bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Solution of multiple trait animal models with missing data on some traits
Authors: Ducrocq V. , Besbes B. 
Published: March 2011

SummaryIn multiple trait animal model evaluations, several transformations (canonical, triangular, combined) can be used to decrease the size of the mixed model equations or to increase their sparsity. A simple method based on an EM argument and replacing missing records by their expectation given the current parameters allows the use of the canonical transformation in situations where data are missing and selection is ignorable. The convergence behavior of these different approaches were compared on real data sets simulating different missing patterns. The combined transformation is always better than the triangular transformation. The extended version of the canonical transformation clearly leads to the fastest convergence, in terms of overall CPU time, especially when a reduced animal model is used (2 to 3 times faster than the triangular transformation) and when more traits are considered simultaneously.RésuméSolution des modèles animales multicaractères avec fichiérs manquantesDans les évaluations multicaractères de type modèle animal, diverses transformations (canonique, triangulaire, combinée) peuvent être utilisées pour diminuer la taille du système d'équations du modèle mixte ou pour en accroître le nombre d'éléments nuls. Une méthode simple basée sur un raisonnement de type EM et remplaçant les données manquantes par leur espérance sachant la valeur courante des paramètres permet l'utilisation de la transformation canonique dans des situations avec données manquantes et où le processus de sélection peut être ignoré. Les vitesses de convergence de ces différentes approches ont été comparées ` partir de fichiers réels simulant différent types de données manquantes. La transformation combinée s'est revelée toujours meilleure que la transformation triangulaire. La version étendue de la transformation canonique conduit clairement ` la convergence la plus rapide, tout spécialement quand un modèle animal réduit est utilisé (2 ` 3 fois plus rapide que la transformation triangulaire) et quand un grand nombre de caractères sont considérés simultanément.ZusammenfassungLósung bei Mehrmerkmalsmodellen und teilweise fehlenden Daten bei einzelnen MerkmalenBeim Mehrmerkmal‐Tiermodell können mehrere Transformationen (kanonisch, Winkel, kombiniert) zur Reduktion der Gleichungszahl oder zur Steigerung der null Elemente verwendet werden. Eine einfache Methode, die auf EM‐Schlußfolgerungen beruht und fehlende Beobachtungen mit ihren Erwartungswerten (aufgrund gegebener Parameter) ersetzt, gestattet Verwendung kanonischer Transformation bei teilweise fehlenden Daten und vernachlässigbarer Selektion. Das Konvergenzverhalten verschiedener Ansätze wurde an realem Datenmaterial mit simulierten Fehlmustern verglichen. Die erweiterte Transformation ist immer besser als die Winkeltransformation, und diese kanonische Transformation führt hinsichtlich CPU‐Zeit zur schnellsten Konvergenz, besonders wenn ein reduziertes Tiermodell mit mehreren Merkmalen verwendet wurde (2‐ bis 3 mal schneller als Winkeltransformation).
Estimation of variance components with dominance and inbreeding in dairy cattle
Authors: Hoeschele I. , Vollema A. R. 
Published: March 2011

SummaryThe five variance components in the genetic (co)variance among inbred relatives for a quantitative trait with additive and dominance genetic variation were estimated by equating variances among and within different types of families of inbred cows to their expectations. The data used were milk and fat yields of 85,433 U.S. Holstein cows with inbreeding coefficients of 6.25% or higher. When all five parameters were estimated, unrealistic results were obtained. If all quantitative trait loci are biallelic, genetic (co)variance depends on only four parameters. More realistic estimates were obtained under this assumption. There was a substantial negative covariance among breeding values and dominance effects under inbreeding, and the dominance variance in inbred cows was larger than the dominance variance in the noninbred base population.ZusammenfassungVarianzkomponenteneinschätzung bei Dominanz und Inzucht von MilchviehDie fünf Varianzkomponenten in der genetischen (Ko)Varianz zwischen ingezüchteten Verwandten in einem quantitativen Merkmal wurden geschätzt durch Gleichsetzen von Varianzen zwischen und innerhalb verschiedener Familien von ingezüchteter Kühen zu ihren Erwartungswerten. Das Datenmaterial bestand aus den Milch‐ und Fettmengen von 85,433 U.S. Holstein Kühen mit Inzuchtkoeffizienten von 6.25% oder höher. Die gleichzeitige Schätzung aller fünf Parameter führte zu unrealistischen Ergebnissen. Wenn an allen Genorten des quantitativen Merkmals nur zwei Allele vorkommen, gehen nur vier Parameter in die genetische (Ko)Varianz ein. Die Schätzwerte, die unter dieser Annahme berechnet wurden, waren plausibler. Eine beträchtliche negative Kovarianz zwischen den Zuchtwerten und den Dominanzwerten bei Inzucht wurde gefunden, und die Dominanzvarianz war unter Inzucht gróßer als in der Basispopulation.
Animal model estimation of non‐additive genetic parameters in dairy cattle, and their effect on heritability estimation and breeding value prediction
Authors: Akbas Y. , Brotherstone Susan , Hill W. G. 
Published: March 2011

SummaryFirst lactation production records of pedigree Holstein‐Friesian cows in the UK were analysed by an animal model, in order to estimate effects of heterosis and recombination loss between North American Holstein and European Friesian cattle and the influence of these effects on breeding value prediction. Coefficients of heterosis and recombination loss were fitted in the animal model as covariables and unknown parents were assigned to a varying number of genetic groups.The estimates of heterosis effects were 104 kg, 4.3 kg and 2.9 kg for milk, fat and protein yield, respectively, while the corresponding coefficients for recombination loss were −135 kg, −2.6 kg and −3.7 kg respectively. Neither the sire component of variance nor the heritability estimates were appreciably affected by the inclusion of heterosis and recombination loss in the model. Including both these effects in the breeding value estimation increased the predicted sire proof for fat plus protein of a typical F1 Holstein × Friesian sire by 3 kg.ZusammenfassungTiermodellschätzungen nicht‐additiv genetischer Parameter bei Milchrindern und ihre Auswirkung auf Heritabilitätsschätzung und ZuchtwertvoraussageLaktationsleistungen von Herdbuch Holstein‐Friesen Kühen im UK wurden mittels eines Tiermodells analysiert zur Schätzung der Wirkungen von Heterosis und Rekombinationsverlust zwischen nordamerikanischen Holstein und europäischen Schwarzbunten und Einfluß dieser Wirkungen auf Zuchtwahlvorhersagen. Koeffizienten für Heterosis und für Rekombinationsverlust wurden im Tiermodell als Co‐Variable berücksichtigt und unbekannte Eltern einer unterschiedlichen Zahl genetischer Gruppen zugeordnet.Schätzungen der Heterosiswirkungen waren 104 kg, 4,3 kg und 2,1 kg für Milch‐, Fett‐ Proteinmengen, während die diesbezüglichen Koeffizienten für Rekombinationsverlust −135, −2,6 und −3,7 kg waren. Weder die Vatervarianzkomponente noch Heritabilitätswerte wurden durch Berücksichtigung von Heterosis und Rekombinationsverluste im Modell tangiert. Berücksichtigung beider Wirkungen in der Zuchtwertschätzung erhöhte den geschätzten Vaterzuchtwert für Fett + Protein eines typischen F1 Holstein‐Friesen‐Stieres um 3kg.
Genetic parameters of lifetime performance traits in Holstein cows
Authors: Chauhan V.P.S. , Hayes J.F. , Jairath L.K. 
Published: March 2011

SummaryHeritabilities, genetic and phenotypic correlations among lifetime yields of milk, fat and protein, herdlife, productive life and number of lactations initiated in the herd were estimated from records of 44,933 progeny of 427 young and 119 proven Holstein sires in 1949 herds using a multivariate Reml technique to fit a sire model with relationships among young sires. Proven sires were fitted as fixed effects. Heritabilities of lifetime traits ranged from 0.005 to 0.030, suggesting little scope for direct selection for lifetime performance traits. Productive life had highest genetic correlation with lifetime fat yield (0.934), but correlations with lifetime milk and protein yields were smaller and similar (0.773 and 0.772). The number of lactations also had highest genetic correlation with lifetime fat yield.ZusammenfassungGenetische Parameter von Lebensleistungsmerkmalen bei HolsteinkühenHeritabilitätswerte, genetische und phänotypische Korrelationen zwischen Lebensleistungsmerkmalen für Milch, Fett und Protein, Lebensdauer, produktive Zeit und Zahl Laktationen wurden won 44933 Nachkommen von 427 jungen und 119 nachkommenschaftsgeprüften Holsteinstieren in 1949 Herden mittels einer multivariablen REML‐Technik geschätzt, die auf einem Vatertiermodell mit Verwandtschaft zwischen den jungen Stieren beruhte. Geprüfte Stiere wurden als fixe Effekte im Modell berücksichtigt. Heritabilitätswerte dieser Merkmale rangieren von 0.005 bis 0.03, so daß wenig Aussichten für Erfolg direkter Selektion auf Lebensleistungsmerkmale besteht. Die Länge des produktiven Lebens hatte die höchste genetische Korrelation mit Lebensfettmenge (0.934), aber die Korrelationen mit Milch‐ und Protein‐Lebensleistung waren kleiner und ähnlich (0.773 und 0.772). Die Zahl der Laktationen hatte die höchste genetische Korrelation mit der Lebensfettmenge.
A note on the use of DNA fingerprints to assess the coefficient of inbreeding in populations with unknown pedigree
Authors: Groen A. F. 
Published: March 2011

SummaryThe relationship between the inbreeding coefficient and characteristics of DNA fingerprints is described to show opportunities of using DNA fingerprinting in assessing the inbreeding coefficient in populations with unknown pedigree. Characteristics studied include the number of bands per individual and the average level of bandsharing among individuals in a population.Conceptually simple functions relating allelic frequencies, inbreeding coefficient, and DNA fingerprint characteristics are derived. An increase in the inbreeding coefficient, with constant allelic frequencies, decreases both the number of bands and bandsharing. Allelic fixation will give rise to low numbers of bands but also to higher levels of bandsharing.It is concluded, that when empirically positive correlations between bandsharing and inbreeding are found, this should be due to drift and family structure in small populations subjected to drift and not to the effect of inbreeding per se.ZusammenfassungVerwendung von DNA‐Fingerprints zur Inzuchtschätzung in Populationen ohne HerdbuchaufzeichnungenDer Zusammenhang zwischen Inzuchtkoeffizienten und DNA‐Fingerprints ist in Hinblick auf Nutzung von DNA‐Fingerprints zur Ermittlung der Inzuchtkoeffizienten in Populationen mit unbekannter Abstammung dargestellt worden. Bei DNA‐Fingerprints sind Anzahl der Bande eines Individuums und das durchschnittliche Niveau der Bandengleichheit zwischen Individuen meßbar.Zwischen Frequenz von Genen, Inzuchtkoeffizienten und Eigenschaften von DNA Fingerprints existiert ein relativ einfacher Zusammenhang. Eine Zunahme des Inzuchtkoeffizienten bei gleichbleibender Frequenz der Gene ergibt eine Abnahme der Bandenzahl je Individuum und der Bandengleichheit. Genfixierung ergibt niedrigere Anzahl von Banden, aber auch höhere Bandengleichheit.Zusammenfassend, ein empirisch positiver Zusammenhang zwischen Bandengleichheit und Inzuchtkoeffizient kann infolge Zufallsdrift und Verwandtschaft von Individuen in kleinen Populationen auftreten und nicht unbedingt infolge Inzucht an sich.
Relationship between age, nutritional status and dairy merit with plasma profiles of growth hormone (GH) and free fatty acids (FFA) in bulls
Authors: Olbrich‐Bludau Angelika , Schams D. , Schallenberger E. , Graml R. , Pirchner F. 
Published: March 2011

SummaryBlood plasma levels of growth hormone (bGH) and of free fatty acids (FFA) were measured in repeated samples drawn every 15′ for bHG, every 1 h for FFA one day after morning feeding and after 3 days of severe feed restriction of 7 young (< 2 years) and 14 old (> 5 years) bulls. The numerous data were condensated by the PULSAR program of Merriam and Wachter (1982) to mean level, average baseline concentration, number, average amplitude and average duration of secretory peaks. Young bulls had higher values for all of these parameters except peak duration and increased these after fast except for peak duration, baseline and integral while mature bulls reacted little to food restriction.FFA plasma levels were higher in young bulls under normal feeding when mature bulls had more frequent peaks. After feed restriction mature bulls increased the mean plasma level to the increased level of young bulls but decreased the peak frequency.The milk protein yield breeding values are related significantly to mean level, integral and the peak duration of plasma bGH levels but in different directions in young and in mature bulls.ZusammenfassungBeziehungen zwischen Alter, Futterstatus, Milchzuchtwert und Plasmaspiegel von Wachstumshormon (GH) und Freien Fettsäuren (FFA) bei StierenBlutplasmaspiegel von Wachstumshormon (GH) und Freien Fettsäuren (FFA) wurden in wiederholten Proben gemessen, die im Falle von GH alle 15 min. und im Falle von FFA jede Stunde einen Tag nach Morgenfütterung, nach drei Tagen starker Futterrestriktion bei sieben jungen (weniger als zwei Jahre) und 14 alten (über fünf Jahre) Stieren gezogen worden waren. Die zahlreichen Daten wurden mit Hilfe des Computerprogrammes von Merriam und Wachter (1982) kondensiert zu durchschnittlichen Plasmaspiegel, durchschnittliche Basiskonzentration, Zahl, durchschnittliche Amplitude und durchschnittliche Dauer von Sekretionsspitzen und Integral. Die Jungstiere hatten für alle diese Parameter höhere Werte, außer der Dauer von Sekretionsspitzen und nahmen mit Ausnahme von dieser, von Basisspiegel und Integral nach Futterrestriktion zu, während Altstiere auf diese sehr wenig reagiert haben. FFA‐Plasmaspiegel waren bei jungen Stieren höher unter Normalfütterung, während alte Stiere häufiger Sekretionsspitzen zeigten. Nach Futterrestriktion steigerten Altstiere den mittleren Plasmaspiegel auf den angestiegenen Spiegel junger Stiere, aber verminderten die Häufigkeit der Sekretionsspitzen.Milchprotein‐Zuchtwerte sind signifikant mit mittlerem Plasmaspiegelwert, Integral und Dauer der Sekretionsspitzen bei Plasma GH korreliert, aber in verschiedener Richtung bei jungen und bei Altstieren.
The effects of genotype by environment interactions in dairy cattle open nucleus breeding schemes
Authors: Bondoc O. L. , Smith Ch. 
Published: March 2011

SummaryThe evaluation of open nucleus breeding systems using progeny testing or adult or juvenile embryo transfer in the nucleus is extended to include genotype by environment interactions. Knowledge of the extent of such interactions can be used to design breeding schemes and to predict realistic rates of genetic gain in the commercial environment. Interactions between the nucleus and base (commercial) herds are assumed to be more important than those interactions within tiers (e. g., among base herds). The genetic selection differentials of animals born in the nucleus and evaluated for their performance under the base conditions are reduced by a factor equivalent to the genetic correlation for economic merit between the nucleus and base test environment. This leads to a lower asymptotic genetic gain per year and longer asymptotic genetic lag with regard to the genetic improvement in the base herds. The mean genetic merit in the commercial population at a given planning horizon (20 years) is also increased as the genetic correlation for economic merit between the nucleus and base environment decreases. The applies to all the breeding systems and so the genetic correlation is a critical parameter in evaluating open nucleus breeding schemes.ZusammenfassungWirkungen von Genotyp‐Umweltinteraktionen in offenen Nukleuszuchtsystemen von MilchrindernDie Bewertung offener Nukleuszuchtsysteme mit Nachkommenschaftsprüfung oder adultem oder juvenilem Embryotransfer im Nukleus wird mit Berücksichtigung von Genotyp‐Umweltinteraktionen erweitert. Kenntnis solcher Interaktionen sollen bei der Zuchtplanung und zur Vorausschätzung realistischer genetischer Fortschrittsraten in praxisnahen Situationen Anwendung finden. Interaktionen zwischen Nukleus und Basis (kommerziell) Herden werden als wichtiger angenommen als Interaktionen innerhalb der Schichten (z.B. zwischen Basisherden). Genetische Selektionsdifferentiale von nukleusgeborenen Tieren, die ihre Leistung unter Bedingung der Praxis erbringen, werden proportional der genetischen Korrelation für Wirtschaftswert zwischen Nukleus und Basismilieu vermindert. Dies führt zum geringeren asymptotischen genetischen Fortschritt pro Jahr und einem längeren asymptotischen, mit genetischer Verzögerung in bezug auf genetische Verbesserung der Basisherden. Der mittlere Zuchtwert der kommerziellen Population bei gegebenem Planungshorizont (20 Jahre) wird ebenfalls proportional der genetischen Korrelation kleiner. Das bezieht sich auf alle Zuchtsysteme, so daß die genetische Korrelation ein kritischer Parameter zur Bewertung offener Nukleuszuchtsysteme ist.
Estimation of direct and maternal (co)variance components for growth traits in Australian Simmental beef cattle
Authors: Swalve H. H. 
Published: March 2011

SummaryField data on weight recordings provided by the Australian Simmental Breeders Association was analysed. From a data set of 64,962 animals, which had either birth (BW), weaning (WW), yearling (YW), or final weight (FW) records a subset of 17 herds comprising 18,083 animals was used to obtain uni‐ and bivariate estimates of variance components. This subset had to be subdivided into six further subsets, called group herds. The models used allowed for additive genetic, maternal genetic, and permanent environmental effects and for a covariance between additive direct and maternal genetic effects. Estimates were pooled across group herds. The results for BW, WW, YW, FW were .33, .35, .37, and .30, respectively, for heritabilities and .074, .18, and .11 for maternal heritabilities (not estimated for FW). Significant correlations between direct and maternal genetic effects (rAM) existed for WW and YW in the magnitude of ‐.39 and ‐.22. However, further research is needed due to the problems associated with the estimation of rAM.ZusammenfassungSchätzung direkter und maternaler (Ko)Varianz‐Komponenten für Wachstumsmerkmale bei australischem FleckviehGegenstand der Untersuchung waren im Feld erhobene Gewichte, die von der Australischen Simmental Breeders Association bereitgestellt worden waren. Aus einer Datei von 64.962 Tieren, die entweder ein Geburtsgewicht (GG), ein Absetzgewicht (AG), ein Jährlingsgewicht (JG) oder ein Endgewicht (EG) aufwiesen, wurde ein Teildatensatz von 18.083 Tieren extrahiert und einer uni‐ und bivariaten Schätzung von Varianzkomponenten unterzogen. Diese Datei mußte weiterhin in sechs verschiedene Dateien aufgeteilt werden; diese wurden Gruppenherden genannt. Die verwendeten Modelle erlaubten additiv‐genetische, maternal‐genetische und permanente Umwelteffekte sowie das Vorhandensein einer Kovarianz zwischen additiv‐genetischem und maternal‐genetischem Effekt. Die Schätzwerte wurden über die Gruppenherden gepoolt. Die Ergebnisse in der Reihenfolge GG, AG, JG und EG waren 0,33, 0,35, 0,37 und 0,30 für die Heritabilitäten sowie 0,074, 0,18 und 0,11 für die maternalen Heritabilitäten (nicht geschätzt für EG). Signifikante Korrelationen zwischen direktem und maternal‐genetischem Effekt (rAM) existierten für AG und JG in der Größenordnung von −0,39 und −0,22. Trotz dieses Ergebnisses sind weitere Untersuchungen nötig, weil die Schätzung von rAM problematisch ist.
MIVQUE estimation of genetic parameters for traits of dam and young traits in a prolific species
Authors: Baselga M. , Camacho J. 
Published: March 2011

SummaryA two‐trait model is proposed to analyse jointly a dam trait and a young trait in prolific species such as pigs or rabbits. The model is a true repeatability animal model for the dam trait and a sire‐dam model with maternal effects for the young trait. A feasible MIVQUE is worked out to estimate the variance‐covariance components involved in the model. In order to reduce demands on computer memory and time an equivalent model is proposed and some algebraic work has been done. Thus, the time required to compute the expectations of the MIVQUE quadratics is only 70% of the one necessary to invert the coefficient matrix. Thus REML could be solved through an I‐MIVQUE algorithm as an alternative to the EM algorithm. The suggested procedure presumes that the levels of the fixed effects are low. This is frequently the case when selecting pigs or rabbits in a nucleus. Finally, an example is presented for the analysis of litter size at weaning and weight at 77 days in a line of rabbits.ZusammenfassungMIVQUE‐Schätzung genetischer Parameter für Merkmale von Müttern und Jungen fruchtbarer HaustierartenEs wird ein Zwei‐Merkmal‐Modell verwendet, das ein echtes Wiederholbarkeitsmodell für Muttermerkmal und ein Vater/Muttermodell mit Maternalwirkungen für Nachkommenmerkmale darstellt. MIVQUE wird zur Schätzung der Varianzkomponenten verwendet. Zur Verminderung von Ansprüchen an Speicher und Zeit wird ein äquivalentes Modell vorgeschlagen und algebraische Untersuchungen durchgeführt. Die für die Berechnung der Erwartungswerte von MIVQUE notwendige Zeit beträgt 70%, der für Inversion der Koeffizientenmatrix notwendig ist. REML konnte mit I‐MIVQUE‐Algorithmus als Alternative zu EM‐Algorithmus gelöst werden. Die vorgeschlagene Methode verlangt ein niedriges Ausmaß von fixen Wirkungen, was häufig für Nukleus‐selektierte Schweine oder Kaninchen zutrifft. Ein Beispiel analysiert Wurfgröße beim Absetzen und 77‐Tage‐Gewicht von Kaninchen.