bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Factoring out common terms in the mixed model equations
Authors: Tier B. 
Published: February 2011

SummaryIn the coefficient matrix of the mixed model equations (MME) for the multiple trait animal and reduced animal models of animal breeding there is considerable repetition of some coefficients. This paper describes how some of these common terms can be factored out when iterating for solutions. As a result considerable savings in computation are possible.ZusammenfassungAusklammern gemeinsamer Größen in MischmodellgleichungenIn der Koeffizientenmatrix gemischter Modellgleichungen (MME) für Mehrmerkmals‐ und reduzierte Tiermodelle gibt es beträchtliche Wiederholungen einzelner Koeffizienten. Die Arbeit beschreibt, wie solche gemeinsame Größen für Iteration herausgenommen werden können. Es können beträchtliche Recheneinsparungen erzielt werden.
A modified pseudoexpectation method for variance component estimation
Authors: Iwaisaki H. 
Published: February 2011

SummaryA set of quadratic forms that are translation invariant and whose matrices are not symmetric are considered. Using the quadratics, a modified pseudoexpectation method for estimating variance components is discussed. Whereas this method does not require calculation of the inverse of the coefficient matrix of mixed model equations as other pseudoexpectation methods do not, weighted sums of squares of off‐diagonal elements of the coefficient matrix need to be computed in each iteration. A simple simulation study conducted suggests that the current method gives an estimator closer to REML estimator and would have a better ability to account for culling type of selection than previous pseudoexpectation methods.ZusammenfassungEine modifizierte Pseudo‐Erwartungswert‐Methode zur VarianzkomponentenschätzungEine Reihe von quadratischen Formen, translationsinvariant mit nicht symmetrischen Matrizen, wurden untersucht. Durch Verwendung quadratischer Formen wird eine modifizierte Pseudo‐Erwartungswert‐Methode zur Schätzung von Varianzkomponenten betrachtet. Die Methode benötigt zwar nicht die Inverse der Koeffizientenmatrix, doch müssen gewichtete Quadratsummen der nicht‐diagonalen Elemente der Koeffizientenmatrix bei jeder Situation berechnet werden. Eine einfache Simulationsstudie deutet an, daß die Methode einen Schätzwert ergibt, der näher am REML‐Wert liegt und besser Abschnittsselektion in Rechnung stellt, als frühere Pseudo‐Erwartungswert‐Methoden.
Combining evidence and trials1
Authors: Gill J. L. 
Published: February 2011

SummaryStatistical procedures are given for combining data for continuous and discrete variables from multiple independent trials. Also discussed are the philosophy of meta‐analysis and the details of specific techniques for combining estimates of parameters and multiple test evidence when original data from past trials are not available, or heterogeneity of trials precludes combined analysis of the raw data. Procedures are illustrated with results from multiple trials with poultry and cattle.ZusammenfassungKombination von Ergebnissen und VersuchenEs werden statistische Verfahren zur Kombination von Ergebnissen für kontinuierliche und diskrete Variable mehrerer unabhängiger Versuche dargestellt. Ebenfalls diskutiert werden Gründe und Berechtigung für Meta‐Analyse und spezifische Methoden zur Kombination von Parametern sowie Resultaten aus multiplen Versuchen bei Nichtverfügbarkeit von Originaldaten aus früheren Versuchen, oder wenn Heterogenität der Versuche die kombinierte Analyse der Rohdaten ausschließt. Die Methoden werden mit Ergebnissen multipler Geflügel‐ und Rinderversuche illustriert.
Capercaillie ‐ chicken hybrids
Authors: Skjervold H. , Mjelstad H. 
Published: February 2011

SummaryCrosses were made by means of artificial insemination using semen from capercaillie (Tetrao urogallus) on chicken (Gallus domesticus). Semen samples were collected from 22 birds and within a few minutes inseminated into a group of 25 meat ‐type virgin pullets. Each pullet was inseminated about once a week, always with semen from a new male.A total of 1418 eggs were incubated, of which only 8 eggs showed embryonic development. Out of these, three eggs hatched at the 24th day of incubation. The eight cases of embryonic development, all originated from five inseminatios from a total of 136. Four of these inseminations and seven of the eight embryos, all originated from only one of the 22 capercaillie males used for inseminations. Male no. 7 is the sire of the three vigorous hybrids.The results of this trial support the hypothesis that an incompatibility exists between the oviduct of domestic fowl and foreign sperm. Similarly the confinement of successful fertilization to only five groups of full sibs and the fact that seven out of eight embryos were sired by one male suggests a genetic component.
Halothane susceptibility and calcium homeostasis of porcine blood platelets1
Authors: Maak S. , Fink H. S. , von Lengerken G. , Hofmann J. G. 
Published: February 2011

SummaryMeasurements of parameters of the calcium homeostasis in blood platelets revealed distinct reactions of the intracellular calcium level in non‐muscular tissue to an in‐vitro exposure to halothane dependent on the halothane genotype of the pigs. A combination of different aspects of the calcium homeostasis led to a clear differentiation within the halothane negative group into homozygous and heterozygous negative pigs. The index SH (Sensitivity of calcium homeostasis to halothane) seems to be unaffected by the age of the pigs as distinct from other tests.ZusammenfassungHalothanempfindlichkeit und Calciumhomöostase in Blutplättchen beim SchweinMessungen von Parametern der Calciumhomöostase in Blutplättchen zeigen, daß in‐vitro Halothanbelastung auch in nichtmuskulärem Gewebe eine nach dem Halothangenotyp differenzierte Auslenkung des intrazellulären Calciumionenspiegels hervorruft. Durch Kombination verschiedener Aspekte der Calciumhomöostase ist eine deutliche Differenzierung innerhalb der halothannegativen Gruppe in homozygot und heterozygot negative Tiere möglich. Im Gegensatz zu anderen Verfahren scheint der vorgestellte Index SH (Sensitivity of calcium homeostasis to halothane) unabhängig vom Alter der Tiere zum Zeitpunkt der Messung zu sein.
Biochemical blood parameters in pigs
Authors: Lingaas F. , Brun E. , Havre G. , Frøslie A. , Aarskaug T. , Vangen O. 
Published: February 2011

SummaryBlood samples were drawn repeatedly from sows to detect quantitative variation in several blood parameters associated with disease resistance, performance or both. Pure Norwegian Landrace (L) sows, crosses between L and Duroc (L*D) and crosses between L and Yorkshire (L*Y) were compared. Blood samples were collected one and three months after farrowing, and repeatability, as well as effects of breed, of litter number and time of blood sampling, were estimated.Investigated were alanine aminotransferase, albumin, alkaline phosphatase, amylase, aspartate aminotransferase, calcium, cholesterol, complement factor C3, creatine kinase, creatinine, free fatty acids, gamma glutamyl transferase, globulin, glutathione peroxidase, haemolytic complement activity, IgG, lactate dehydrogenase, lysozyme activity, magnesium, total protein, triglycerides and selenium.The repeatability varied from 0.06 (creatine kinase) to 0.66 (selenium). Several blood‐parameters were influenced by breed (alanine aminotransferase, alkaline phosphatase, amylase, calcium, C3, gamma glutamyl transferase, globulin, IgG, lactate dehydrogenase, lysozyme, magnesium, selenium and total protein). Thirteen of the blood parameters were influenced by litter number, and fifteen were influenced by time of blood sampling after farrowing.The moderate and high repeatabilities, and the breed differences suggest that the levels of several of the investigated blood parameters is genetically regulated.ZusammenfassungChemische Blutwerte bei Schweinen. 1. Wiederholbarkeit und Wirkungen von Rasse, Wurfzahl und ProbennormenWiederholte Blutproben wurden von Sauen zur Untersuchung quantitativer Variabilität einiger Blutwerte gezogen, die mit Krankheitsresistenz, Leistung oder beiden zu tun haben. Norwegische Landrasse (L) Sauen, Kreuzungen zwischen L und Duroc (L × D) und Kreuzungen zwischen L und Yorkshire (L × Y) wurden verglichen. Blutproben wurden ein und drei Monate nach dem Ferkeln gezogen und Wiederholbarkeit sowohl als auch Rassenwirkungen und Einflüsse von Wurfzahl und Blutentnahme geschätzt. Untersucht wurden: Alanin, Aminotransferase, Albumin, Alkaline Phosphotase, Amylase, Aspartat, Aminotransferase, Kalzium, Cholesterin, Komplement factor C3, Creatinkinase, Creatinin, freie Fettsäuren, Gammaglutamyl Transferase, Globulin, Glutathion Peroxydase, hämolithische Complementaktivität, IgG, Laktatdehydrogenase, Lysozyme Aktivität, Magnesium, Gesamtprotein, Triglyzeride und Selen.Die Wiederholbarkeit schwankte von 0.06 (Creatinkinase) bis zu 0.66 (Selen). Einige Blutwerte wurden durch Rasse beeinflußt (Alanin Aminotransferase, Alkaline Phosphotase, Amylase, Kalzium, C, Gamma Glutamyltransferase, Globulin, IgG, Laktat Dehydrogenase, Lysozym, Magnesium, Selenium und Gesamtprotein). Zwölf der Blutwerte wurden durch Wurfzahl und 15 durch Blutentnahme‐Termin beeinflußt. Die mittelhohen bis hohen Wiederholbarkeiten und Rassendifferenzen lassen vermuten, daß der Spiegel von einigen der untersuchten Blutwerte genetisch beeinflußt wird.
Associations between blood marker loci and stress susceptibility in pigs
Authors: Russ I. , Duda J. , Pirchner F. 
Published: February 2011

SummaryAssociations between blood marker and stress susceptibility in pigs as indicated by halothane reaction and log CK‐activity are characterized in three selection lines (DLM, DLK, Pietrain). Strong linkage disequilibria varying in direction and extent between the lines were found in DLK and DLM, but not for Pietrain. Thus, A1BSS is associated with about 75% of the Hallnn genotypes in the DLK and PGDBB with about 89% of these in the DLM. The GPI‐system appeared not to be suitable for marker analysis. Application of markers to selection of stress resistant animals is more efficient since no positive reagents and only 1% heterozygous animals are found in the A1BFF/PGDAA‐genotype combinatin. Combining marker alleles to haplotypes is superior in accuracy and efficiency to the use of marker genotypes for identification of halothane genotypes. Gene effects of marker‐ and halothane loci on log CK‐activity have been estimated. Independent of the dominating influence of Haln (a = 0.6) marker alleles A1BF and PGDB affect CK‐activity desirably by additive and epistatic gene effects. Linkage with an other loci might be considered as cause of this.ZusammenfassungZusammenhänge zwischen Blutmarkersystemen und Streßanfälligkeit bei SchweinenDie Zusammenhänge zwischen Blutmarkersystemen und Streßanfälligkeit beim Schwein, die durch Halothangenotypen und log CK‐Aktivität repräsentiert wird, wurden in drei Schweineselektionslinien (DLK, DLM, Pietrain) festgestellt. Während in der Pietrainlinie keine Zusammenhänge zu finden sind, wurden Kopplungsungleichgewichte zwischen Marker‐ und Halothangenotypen bei DL gefunden, die jedoch in Ausmaß und Richtung zwischen den Linien differieren. Mit Hilfe von A1BSS könnten etwa 75% der Halnn‐Genotypen in der DLK und mit PGDBB 89% in der DLM erfaßt werden. Das GPI‐System erwies sich als unbrauchbar zur Anwendung bei markergestützten Selektionsmaßnahmen. Die Marker würden sich wesentlich besser zur Selektion von homozygot resistenten Tieren eignen, da in der A1BFF/PGDAA Genotypenkombination keine halothan‐positive und nur etwa 1% halothan‐heterozygote Tiere zu finden sind. Die Verknüpfung von Markerallelen zu Haplotypen ist geeigneter zur Bestimmung der Halothangenotypen. Durch Trennung von Marker‐ und Halothangenotypeffekten konnten Geneffekte auf die log CK‐Aktivität geschätzt werden. Unabhängig von der dominierend erhöhenden Wirkung durch Haln (a = 0.6), beeinflussen die Markergenotypen A1BF und PGDA die CK‐Aktivität im züchterisch positiven Sinn mit additiven und epistatischen Genwirkungen. Als Ursache wurde Kopplung mit einem weiteren Locus der Synthäniegruppe für möglich erachtet.
Genomische Analyse des K‐Casein‐Locus bei österreichischen Zuchtstieren1
Authors: Schellander K. , Mayr B. , Kalat M. 
Published: February 2011

SummaryGenomic analysis of K‐Casein genotypes in bullsBovine K‐Casein genotypes were identified in 131 Austrian Fleckvieh‐, 105 Austrian Braunvieh‐ and 23 Austrian Grauviehbulls by using a combined PCR‐RFLP technique. In Fleckvieh, gene frequencies for K‐CnA and K‐CnB were 0,73 resp. 0,27, in Braunvieh 0.36 resp. 0,64 and in Grauvieh 0,54 resp. 0,46. The BB‐genotype frequency was in Fleckvieh 5,3%, in Braunvieh 42,9% and in Grauvieh 17,4%. The populations were in genetic equilibrium.
Variance component estimation by resampling
Authors: A. García‐Cortés L. , Moreno C. , Varona L. , Altarriba J. 
Published: February 2011

SummaryA method to avoid the inverse of the coefficient matrix of the mixed model equation is presented. This method makes use of Monte Carlo samples that have been simulated with the same information matrix as the data and is applied to approximate the restricted maximum likelihood variance component estimation via EM algorithm. The results were analyzed in a single trait and single record animal model. The different size data samples used to analyze this procedure were simulated with selection. The computational cost of this algorithm is proportional to the number of random variables in the model. The variability of estimates was satisfactory, and more efficient when sample size increased.ZusammenfassungVarianzkomponentenschätzung mittels wiederholter StichprobenEine Methode zur Vermeidung der inversen Koeffizientenmatrix einer Misch‐Modell‐Gleichung wird vorgestellt. Sie verwendet Monte Carlo Stichproben, die mit derselben Informationsmatrix wie in dem Datenmaterial simuliert worden sind und wird zur Approximation der REML‐Varianzkomponentenschätzung über den EM Algorithmus angewendet. Die Resultate werden mit Ein‐Merkmal Eine‐Leistung Tiermodell analysiert. Die unterschiedliche Größe der Stichproben zur Analyse der Methode werden mit Selektion simuliert. Die Rechenkosten dieses Vorganges sind proportional zur Zahl der Zufallsvariablen des Modells. Die Variabilität der Schätzwerte war zufriedenstellend und effizienter bei Steigerung der Stichprobengröße.ResumenEstimación de componentes de varianza mediante remuestreoSe presenta un método que evita invertir la matriz de coeficientes de las ecuaciones de modelo mixto. Este método utiliza muestras de Monte Carlo que han sido simuladas con la misma matriz de información que en los datos. Este método se utiliza para obtener una estimación aproximada de componentes de varianza por màxima verosimilitud restringida mediante el algoritmo EM. Se analizan los resultados en un modelo animal con un carácter y un registro por individuo. Las muestras de datos de diferente tamaño utilizadas para analizar este procedimiento se simulan con selección. El coste computacional del algoritmo es proporcional a la cantidad de variables aleatorias incluidas en el modelo. La variabilidad de las estimaciones obtenidas es satisfactoria, y más eficiente cuando el volumen de información aumenta.
Accuracy of genetic evaluations in dominance genetic models allowing for inbreeding
Authors: Uimari P. , Mäki‐Tanila A. 
Published: February 2011

SummaryThe effect of dominance on the accuracy of genetic evaluation was investigated by selection index theory. Three different prediction models were used: a purely additive model, a complete model including dominance and an approximate model (complete only for non‐inbred population). Other variables were number of fullsibs, allele frequency and an amount of environmental variance. The complete model including dominance gave better accuracies than both the purely additive model and the approximate model. The difference between the complete model and other models was considerable only when dominance variance was large compared to additive variance (dominant allele was common) and when there was a small amount of environmental variation. An increase in number of full‐sibs increased this difference. At most the difference between the models was 8%. The frequency of recessive alleles is probably low in production traits, such as the number of offspring, connected to fitness. The main component of genetic variance in these traits could therefore be dominance variance and some gains could be achieved in considering dominance in their genetic evaluation routines.ZusammenfassungDie Genauigkeit der genetischen Zuchtwertschätzungen in den dominanz‐genetischen Modellen unter Berücksichtigung von InzuchtDie Rolle der Dominanz hinsichtlich der Genauigkeit der Zuchtwertschätzungen wurde mittels Index‐selektions‐Theorie mit drei verschiedenen Zuchtwertschätzungsmodellen — ein rein additives, ein vollständiges mit Dominanz und ein approximatives Modell (vollkommen nur in den zufallsgepaarten Populationen) — untersucht. Andere Variable waren Zahl der Vollgeschwister, Genfrequenz und der umweltbedingte Varianzanteil. Das vollständige Modell war genauer als die beiden anderen. Der Unterschied war deutlicher, wenn die Dominanzvarianz im Vergleich zur additiven groß war (häufiges dominantes Allel). Dieser Unterschied wurde mit der Zahl der Vollgeschwister und der Umweltvarianz vergrößert. Die größte Differenz zwischen dem vollständigen und den anderen Modellen betrug 8%. Die rezessive Allelfrequenz ist bei Produktionseigenschaften wahrscheinlich niedrig, wenn sie mit Fitness, wie z. B. Nachkommenanzahl, verknüpft sind. Der Großteil der genetischen Varianz dieser Eigenschaften kann also dominanzbedingt sein und Fortschritt kann in geringem Maße durch die Einbeziehung der Dominanzeffekte in die Zuchtwertschätzung gesteigert werden.
Milk production traits in diallel cross ewes1
Authors: Sakul H. , Boylan W. J. 
Published: February 2011

SummaryEwes produced in a 4 × 4 diallel mating design were evaluated for several milk traits. No significant differences (P >.05) were observed among the purebreds for total milk yield and average daily milk yield. However, all milk composition traits differed significantly among the purebreds. Effects of heterosis were significant (P < .01) for the total and average daily milk yield, resulting in a heterosis value of 16.4% and 16.1%, respectively. Heterosis values for milk composition traits were either low and negative or zero. Effects of general combining ability were significant (P < .01) for all traits, whereas effects of specific combining ability were significant only for total and average daily milk yield.The results of this study indicate that crossbreeding is effective for increasing milk production but not necessarily milk composition traits. A short term breeding strategy utilizing heterosis, reciprocal and maternal effects will require test crosses to predict which will be more productive.For the long term these results suggest that crosses between breeds or lines selected for milk traits will also be valuable.ZusammenfassungMilchleistungsmerkmale in einem Diallel von SchafenMilchleistungsmerkmale wurden in einem 4 × 4 Diallel untersucht. Zwischen den Reinzuchttieren waren keine signifikanten Unterschiede hinsichtlich Gesamtlaktationsmilchmenge und durchschnittliche Tagesmilchmenge vorhanden, wohl aber unterschieden sich die Rassen signifikant in der Milchzusammensetzung und signifikant war auch Heterosis für Laktations‐ und durchschnittliche tägl. Milchmenge (16,4% bzw. 16,1%). Heterosis aber war niedrig oder negativ für Gehaltsmerkmale. Unterschiede in der allgemeinen Kombinationseignung waren für alle Merkmale signifikant, während spezielle Kombinationseignung nur für die Mengenmerkmale Signifikanz erreichte.Diese Untersuchungen zeigen, daß Kreuzungszucht wirksam zur Steigerung der Milchleistung ist, aber nicht unbedingt für Gehaltsmerkmale. Eine kurzfristige Zuchtstrategie zur Ausnutzung von Heterosis, reziproken und maternalen Wirkungen wird Testkreuzungen zur Erfassung produktiver Kombinationen benötigen.Langfristig gesehen bedeuten die vorliegenden Resultate, daß Kreuzungen zwischen Rassen oder Linien, die für Milchmerkmale selektiert worden sind, wertvoll sein würden.
Enzootic pneumonia and osteochondrosis dissecans possibly associated with the swine major histocompatibility complex
Authors: Gautschi C. , Schwörer D. , Lazary S. , Gaillard C. 
Published: February 2011

SummaryEnzootic Pneumonia (EP) and Osteochondrosis dissecans (Oc) were investigated in relation to the swine histocompatibility complex (SLA). Animals of the Swiss Large White breed in the Pig Performance Testing Station were typed for SLA and examined for EP and Oc at slaughter. The statistical evaluation was analysed in a logistic regression model. A weak association between SLA and resistance to EP was registered. Pathological changes in the distal epiphuge of the ulna appeared to be associated to SLA. As the material was a random sample of the Swiss pig population, some SLA haplotype were hardly or not at all present in our study, which means that the results need to be confirmed by independent future studies.ZusammenfassungMögliche Assoziation zwischen dem Haupthistokompatibilitätskomplex beim Schwein und der enzootischen Pneumonie sowie der Osteochondrosis dissecansIn dieser Studie wurde die Beziehung zwischen dem Schweinehistokompatibilitätskomplex (SLA) und der enzootischen Pneumonie (EP) sowie der Osteochondrosis dissecans (Oc) untersucht. Edelschweine der Mast‐ und Schlachtleistungsprüfanstalt wurden SLA typisiert und die Schlachtkörper auf EP‐ und Oc‐Läsionen diagnostiziert. Die statistische Auswertung erfolgte mit einer logistischen Regressionsanalyse. Zwischen SLA und EP konnte eine schwache Beziehung ermittelt werden. Pathologische Veränderungen in der distalen Epifuge der Ulna scheint mit SLA assoziiert zu sein. Da das Untersuchungsmaterial nur eine kleine Stichprobe der schweizerischen Schweinepopulation darstellt, sind einige SLA Haplotypen nicht oder nur vereinzelt vorhanden. Die erzielten Resultate sollten deshalb in einer unabhängigen Studie bestätigt werden.ResuméAssociation possible entre le complexe majeur d'histocompatibilité porcin et la pneumonie enzootique et l'ostéochondrosis dissecansLa pneumonie enzootique (EP) et l'ostéochondrosis dissecans (Oc) ont été étudiées en relation avec le complexe majeur d'histocompatibilité (SLA). Les porcs de la race Large White Suisse de la station de testage de performance ont été typisés pour le SLA et les lésions causées par l'EP et l'Oc ont été examinées sur les carcasses. L'evaluation statistique a été réalisé au moyen d'un modèle de regression logistique. Une faible correlation a été observée entre le système SLA et la resistance à l'EP. Des modifications pathologiques du carilage épiphysaire distal du cubitus semblent être associées au systéme SLA. Le materiel ne représentant qu'un échantillon aléatoire de la population porcine suisse, quelques haplotypes de SLA ne sont que peu ou pas du tout représentés dans cette étude, ce qui implique que ces résultats doivent être confirmés par une étude ulterieure.