bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Using the Generic Synteny Browser (GBrowse_syn)
Authors: McKay Sheldon J. , Vergara Ismael A. , Stajich Jason E. 
Published: September 2010

AbstractGenome Browsers are software that allow the user to view genome annotations in the context of a reference sequence, such as a chromosome, contig, scaffold, etc. The Generic Genome Browser (GBrowse) is an open‐source genome browser package developed as part of the Generic Model Database Project (see UNIT here; Stein et al., 2002). The increasing number of sequenced genomes has led to a corresponding growth in the field of comparative genomics, which requires methods to view and compare multiple genomes. Using the same software framework as GBrowse, the Generic Synteny Browser (GBrowse_syn) allows the comparison of colinear regions of multiple genomes using the familiar GBrowse‐style Web page. Like GBrowse, GBrowse_syn can be configured to display any organism, and is currently the synteny browser used for model organisms such as C. elegans (WormBase; http://www.wormbase.org; see UNIT here) and Arabidopsis (TAIR; http://www.arabidopsis.org; see UNIT here). GBrowse_syn is part of the GBrowse software package and can be downloaded from the Web and run on any Unix‐like operating system, such as Linux, Solaris, or MacOS X. GBrowse_syn is still under active development. This unit will cover installation and configuration as part of the current stable version of GBrowse (v. 1.71). Curr. Protoc. Bioinform. 31:9.12.1‐9.12.25. © 2010 by John Wiley & Sons, Inc.
Using the Velvet de novo Assembler for Short‐Read Sequencing Technologies
Authors: Zerbino Daniel R. 
Published: September 2010

AbstractThe Velvet de novo assembler was designed to build contigs and eventually scaffolds from short‐read sequencing data. This protocol describes how to use Velvet, interpret its output, and tune its parameters for optimal results. It also covers practical issues such as configuration, using the VelvetOptimiser routine, and processing colorspace data. Curr. Protoc. Bioinform. 31:11.5.1‐11.5.12. © 2010 by John Wiley & Sons, Inc.
A Molecular Brush Approach to Enhance Quantum Yield and Suppress Nonspecific Interactions of Conjugated Polyelectrolyte for Targeted Far‐Red/Near‐Infrared Fluorescence Cell Imaging
Authors: Pu Kan‐Yi , Li Kai , Liu Bin 
Published: September 2010

AbstractA red‐fluorescent conjugated polyelectrolyte (CPE, P2) is grafted with dense poly(ethylene glycol) (PEG) chains via click chemistry and subsequently modified with folic acid to form a molecular brush based cellular probe (P4). P4 self‐assembles into a core–shell nanostructure in aqueous medium with an average size of 130 nm measured by laser light scattering. As compared to P2, P4 possesses not only a substantially higher quantum yield (11%), but also reduced nonspecific interactions with biomolecules in aqueous medium due to the shielding effect of PEG. In conjunction with its high photostability and low cytotoxicity, utilization of P4 as a far‐red/near‐infrared cellular probe allows for effective visualization and discrimination of MCF‐7 cancer cells from NIH‐3T3 normal cells in a high contrast, selective, and nonviral manner. This study thus demonstrates a flexible molecular brush approach to overcome the intrinsic drawbacks of CPEs for advanced bioimaging applications.
Morphologies and mechanical properties of polylactide/thermoplastic polyurethane elastomer blends
Authors: Feng Fei , Ye Lin 
Published: September 2010

AbstractTo explore a potential method for improving the toughness of a polylactide (PLA), we used a thermoplastic polyurethane (TPU) elastomer with a high strength and toughness and biocompatibility to prepare PLA/TPU blends suitable for a wide range of applications of PLA as general‐purpose plastics. The structure and properties of the PLA/TPU blends were studied in terms of the mechanical and morphological properties. The results indicate that an obvious yield and neck formation was observed for the PLA/TPU blends; this indicated the transition of PLA from brittle fracture to ductile fracture. The elongation at break and notched impact strength for the PLA/20 wt %TPU blend reached 350% and 25 KJ/m2, respectively, without an obvious drop in the tensile strength. The blends were partially miscible systems because of the hydrogen bonding between the molecules of PLA and TPU. Spherical particles of TPU dispersed homogeneously in the PLA matrix, and the fracture surface presented much roughness. With increasing TPU content, the blends exhibited increasing tough failure. The J‐integral value of the PLA/TPU blend was much higher than that of the neat PLA; this indicated that the toughened blends had increasing crack initiation resistance and crack propagation resistance. © 2010 Wiley Periodicals, Inc. J Appl Polym Sci, 2011
Gas‐Sensing Properties of Needle‐Shaped Ni‐Doped SnO2 Nanocrystals Prepared by a Simple Sol–Gel Chemical Precipitation Method
Authors: Yogamalar Rajeswari , Mahendran Vellusamy , Srinivasan Ramasamy , Beitollahi Ali , Kumar R. Pradeep , Bose Arumugam Chandra , Vinu Ajayan 
Published: September 2010

AbstractThe preparation of needle‐shaped SnO2 nanocrystals doped with different concentration of nickel by a simple sol–gel chemical precipitation method is demonstrated. By varying the Ni‐dopant concentration from 0 to 5 wt %, the phase purity and morphology of the SnO2 nanocrystals are significantly changed. Powder XRD results reveal that the SnO2 doped with a nickel concentration of up to 1 wt % shows a single crystalline tetragonal rutile phase, whereas a slight change in the crystallite structure is observed for samples with nickel above 1 wt %. High resolution scanning electron microscopy (HRSEM) results reveal the change in morphology of the materials from spherical, for SnO2, to very fine needle‐like nanocrystals, for Ni‐doped SnO2, annealed at different temperatures. The gas sensing properties of the SnO2 nanocrystals are significantly enhanced after the nickel doping.
Designer Nanorings with Functional Cavities from Self‐Assembling β‐Sheet Peptides
Authors: Park Il‐Soo , Yoon You‐Rim , Jung Minseon , Kim Kimoon , Park SeongByeong , Shin Seokmin , Lim Yong‐beom , Lee Myongsoo 
Published: September 2010

Abstractβ‐Barrel proteins that take the shape of a ring are common in many types of water‐soluble enzymes and water‐insoluble transmembrane pore‐forming proteins. Since β‐barrel proteins perform diverse functions in the cell, it would be a great step towards developing artificial proteins if we can control the polarity of artificial β‐barrel proteins at will. Here, we describe a rational approach to construct β‐barrel protein mimics from the self‐assembly of peptide‐based building blocks. With this approach, the direction of the self‐assembly process toward the formation of water‐soluble β‐barrel nanorings or water‐insoluble transmembrane β‐barrel pores could be controlled by the simple but versatile molecular manipulation of supramolecular building blocks. This study not only delineates the basic driving force that underlies the folding of β‐barrel proteins, but also lays the foundation for the facile fabrication of β‐barrel protein mimics, which can be developed as nanoreactors, ion‐ and small‐molecule‐selective pores, and novel antibiotics.
Lack of effects on male fertility from a quadrivalent HPV vaccine in Sprague‐Dawley rats
Authors: Wise L. David , Pauley Cindy J. , Michael Bindhu , Wolf Jayanthi J. 
Published: September 2010

AbstractBACKGROUND: Human papillomavirus (HPV) infection is one of the most common sexually transmitted diseases in both men and women. A recently developed quadrivalent HPV vaccine, Gardasil®, has been shown to be highly effective in the prevention of several HPV‐mediated diseases. The objective of the present study was to evaluate the potential effects of the vaccine on male fertility including reproductive performance, sperm evaluations, and histology of the testes. In addition, anti‐HPV antibodies were measured during the study. METHODS: Group 1 (30 male rats) received the full human dose of vaccine (0.5 mL, ∼200‐fold excess based on body weight) by intramuscular injection at 6 weeks, 3 weeks, and 3 days prior to cohabitation. Group 2 males received only 1 dose at 3 days prior to cohabitation. Additional groups (20 male rats each) were administered PBS or Merck Aluminum Adjuvant similarly to Group 1. Ten males in the vaccine‐treated groups were bled for immunogenicity assays after each dose. Twenty males per group were mated to untreated female rats. Cesarean sections were performed on Gestation Day 15 or 16. Cohabited males were necropsied and sperm count and motility were evaluated. RESULTS: There were no unscheduled deaths during the study and no evidence of toxicity in vaccine‐treated male rats. The vaccine induced a specific antibody response to the 4 HPV types after each injection. There were no effects on the cesarean‐section parameters of females or reproductive parameters of the cohabited male rats, including histomorphology of testes and epididymis, sperm count, and sperm motility. CONCLUSIONS: These results demonstrate that this quadrivalent HPV vaccine had no detectable adverse effects on routine measures of male fertility in rats. Birth Defects Res (Part B) 89:376–381, 2010. © 2010 Wiley‐Liss, Inc.
Les réactions en chai'nes et les propriétés des mélanges inflammables de méthane et d'air
Authors: Tiggelen A. Van 
Published: September 2010

Abstract1. A chain reaction mechanism is proposed for the inflammation of CH4, the individual branching reaction requiring an activation energy of about 40 kcalories. This value is deduced from the experimental data on the lag on ignition according to the chain reaction theory of Semenoff.2. Assuming that for a slow propagating flame (as in CH4 — air mixtures) the speed depends on the reaction rate rather than on physical factors as conductivity and heat capacity, a very simple expression for the “fundamental speed” of flames can be found. It allows to predict the fundamental speed changes in function of the initial temperature and in function of the addition of inert gases.3. Factors which modify the ignition temperature are considered; their action is explained qualitatively in terms of the same theory.4. Conditions for no propagation of the flame are considered in relation with the protections devices against firedamp explosions.Plate protection devices and wire gauzes are effective because the desappearance of the active centres on the walls prior to the branching reaction rather than because their cooling effect.Foreign ignition sources (sparks and hot wires) may be uneffective in certain circumstances which can be predicted. The important feature is that the small volume, primarily heated above the ignition temperature, must be so small so as to give to the active centres a sufficiently small branching probability.
L'isomérie géométrique en série arylaliphatique
Authors: van Bree G. 
Published: September 2010

AbstractL'auteur a fait une étude comparée de la benzalacétone, de l'aldéhyde et du nitrite cinnamiques.La benzalacétone, Fus. —16° C, inconnue jusqu'à présent, est obtenue par isomérisation de la variété trans sous l'influence des U. V. Les autres méthodes essayées se sont révélées inopérantes.La configuration du nouvel isomère est établie par comparaison des valeurs de la réfraction moléculaire avec la variété connue (Fus. 43°C), et la benzylacétone, composé saturé correspondant. On en conclut que la benzalacétone, Fus. — 16° C, est la variété cis.L'étude des courbes de fusion des mélanges binaires (cis‐trans; cis‐saturé; trans‐saturé) révèle des exceptions à la règle de Bruni.L'aldéhyde cinnamique déjà décrite, Eb.16 mm 127°C, résiste à toute tentative d'isomérisation par les U. V.Le nitrile cinnamique trans, Fus.+23° C, se transforme à raison de 20% en isomère cis, sous l'action des U. V.On a complété l'étude réfractométrique de ces isomères, entreprise précédemment par Ghosez (Louvain).L'étude des mélanges binaires des nitriles (cis‐trans; cis‐saturé; trans‐saturé) montre que ceux‐ci constituent de nouvelles exceptions à la règle de Bruni.
La cinétique de l'hydrogénation du benzène
Authors: Nicolaï J. , Martin R. , Jungers J. C. 
Published: September 2010

AbstractLa déshydrogénation du cyclohexane par transfert d'hydrogène suivant l'équation C6H12 + CO → C6H6 + CH4 + H2O est thermodynamiquement possible, mais ne se produit pas sur le nickel. L'étude des réactions composantes permet de justifier ce résultat.L'hydrogénation du benzéne à basse température fournit le cyclohexane; la réaction présente une énergie d'activation de 11.000 cal. A haute température, elle produit le méthane, l'énergie d'activation de cette réaction est de 45.000 cal. Ces faits signifient que le benzéne subit une adsorption «additive» à basse température et une adsorption «destructive» à haute température. L'hydrogénation du cyclohexane lui‐même est complexe; il fournit d'abord le benzène qui se décompose ensuite en méthane.En produisant ces réactions en présence de substances étrangères (CO, CO2, CH3OH) on peut déterminer les coefficients d'adsorption relatifs des corps présents.L'échec de la réaction projetée est dû au fait que les oxydes de carbone sont notablement plus fortement adsorbés que le cyclohexane, d'une part, et, d'autre part, que le benzène subit une adsorption destructive aux températures oú it prend naissance.
Méthodes nouvelles en analyse quantitative par spectrométrie infra‐rouge
Authors: Pirlot G. 
Published: September 2010

AbstractAprès avoir étudié théoriquement les avantages et les limitations de la méthode des lignes de base, nous proposons une méthode basée sur l'utilisation de fonctions linéaires simples des extinctions à différentes longueurs d'onde au lieu de l'extinction de la méthode classique. L'utilisation judicieuse de ces fonctions que nous appellerons « extinctions compensées » présente certains avantages sur la méthode classique et sur la méthode des lignes de base.Nous avons appliqué la méthode des « extinctions compensées » à l'analyse de deux groupes de mélanges à cinq constituants présentant un intérêt industriel.Nous avons contrǒlé expérimentalement les résultats théoriques auxquels nous étions arrivés dans la partie I de ce rapport.
Quelques constantes physiques des dibrome‐deutéroéthanes et des tribrome‐deutéroéthanes
Authors: Verhulst J. , Jungers J. C. 
Published: September 2010

AbstractCe travail présente le schéma de synthèse de plusieurs séries de composés du deutérium dérivés de l'acétylène et quelques constantes physiques des 1.1′‐dibromedeutéroéthanes et de quatre 1.1′.2‐tribromedeutéroéthanes.
Les chaleurs molaires des bibromures de deutéroéthylène
Authors: Wuyts J. , Jungers J. C. 
Published: September 2010

AbstractLa chaleur molaire des 1.1′‐dibrome‐éthanes a été déterminée à 37° C par une méthode basée sur la vitesse de déperdition de chaleur. La chaleur molaire s'élève de 0,85 cal/°C environ par atome de deutérium.
La chaleur molaire des 1‐1′‐dibrométhanes et 1‐1′‐2‐tribrométhanes en phase liquide
Authors: D'Hont M. , Jungers J. C. 
Published: September 2010

AbstractCe travail présente les résultats obtenus, par une méthode basée sur la vitesse de la déperdition de la chaleur, dans la détermination de la chaleur molaire de cinq termes de la série des 1‐1′‐dibrométhanes et des 1‐1′‐2‐tribrométhanes. Les valeurs pour les dibrométhanes sont en bon accord avec celles déterminées antérieurement par une technique différente basée sur le même principe.La chaleur molaire s'élève de 2,5% environ par substitution d'un hydrogène par un deutérium.Grâce aux fréquences fondamentales de vibration et de la différence de chaleur molaire entre la phase liquide et la phase gazeuse, déduite de la courbe de tension de vapeur, on calcule également pour la chaleur du bromure de trideutérométhyle un incrément du même ordre et on précise ainsi que la différence observée est déterminée en majeure partie, dans ce type de composés, par les fréquences de vibration.
Préparation d'alcoylstyrènes β
Authors: Bruylants Albert 
Published: September 2010

AbstractLes alcoylstyrènes β se préparent par déshydratation des alcoyl‐phénylcarbinols correspondants. Cinq termes de la série homologue ont été obtenus de cette façon. La déshydratation des alcools, quise fait en présence d'un peu d'acide sulfurique, engendre l'hydrocarbure mais est accompagnée de réactions secondaires: entre autres une déshydrogénation en cétone avec condensation éventuelle de cette dernière en un trimère cyclique. L'hydrocarbure obtenu n'est pas pur: il est constitué de l'isomère trans, souillé d'un peu de la variété cis, mais ne contient pas d'isomère allylique. Une étude réfractométrique et spectrographique (Raman) est faite pour démontrer ce résultat.
V. Étude physico‐chimique de quelques acides ribonucléiques
Authors: Delcambe L. , Desreux V. 
Published: September 2010

AbstractLes constantes de diffusion et de sédimentation ainsi que l'asymétrie des acides ribonucléiques de la levure, du pancréas, de Bacillus E. Coli et de l'embryon de blé ont été mesurées. Les trois premiers acides sont, en ce qui concerne ces propriétés, très semblables.Les courbes d'électrotitration des acides de la levure et de E. Coli se confondent tandis que celle du pancréas s'écarte des premières notablement.
Étude cinétique de la déshydrohalogénation des dichloréthylènes cis et trans
Authors: Martin F. L. , Bruylants A. 
Published: September 2010

AbstractLes auteurs ont étudié la réaction de déshydrohalogénation des dichloréthylènes, isomères géométriques cis‐trans.La déshydrohalogénation en milieu alcoolique par la potasse caustique est réalisée à différentes concentrations et sur un large intervalle de température (50 à 95° C).L'isomère cis est plus réactionnel que l'isomère trans: on trouve en effet les rapports suivants entre les constantes de vitesses:

equation image
Par extrapolation, on calcule que les deux isomères se transforment à la même vitesse à la température de 20° C pour laquelle: kcis≃ktrans≃1,4×10−10.Les énergies d'activation: Ecis=31.000 cal. et Etrans=20.000 cal. de même que les coefficients stériques, calculés pour Z=3,0×1011, Pcis=0,6×102 et Ptrans=0,36×10−6 sont très différents et permettent de caractériser les isomères sans ambiguité.
Nouvelles substances antihistaminiques à action prolongée: les 1‐4 bis (aralcoyl) pipérazines
Authors: Morren H. , Trolin S. , Denayer R. , Grivsky E. , Maricq J. 
Published: September 2010

AbstractPréparation et propriétés d'une série de dérivés nouveaux de la pipérazine de formule généralePropriétés biologiques de ces produits.
Le rendement quantique de la chloration photochimique des acides gras et de leurs dérivés
Authors: De Pauw F. , Jungers J. G. 
Published: September 2010

AbstractCe travail présente le rendement quantique de la chloration en phase liquide d'un certain nombre d'acides, de nitriles et d'esters et rapporte comment il varie avec l'intensité lumineuse, la température et la présence d'un tiers solvant. Dans la série normale la valeur du rendement quantique augmente régulièrement avec la longueur de la chaîne, tandis que l'énergie d'activation diminue; les termes iso présentent une réactivité supérieure à celle de termes normaux mais bien inférieure à celle des hydrocarbures correspondants.
Vitesse de propagation de la flamme dans des mélanges gazeux contenant de l'ammoniac
Authors: Ausloos P. , van Tiggelen A. 
Published: September 2010

AbstractLa vitesse de propagation de la flamme a été mesurée, dans une série de mélanges: NH3+O2+N2; NH3+O2+CO2; NH3+O2+H2; NH3+N2O+N2, à l'aide de la méthode du brûleur et par photographie directe de la flamme.Aussi bien dans les mélanges NH3+O2+N2 que dans les mélanges NH3+N2O+N2, la vitesse de propagation atteint un maximum pour des mélanges moins riches que les mélanges stoechiométriques calculés d'après une réction de combustion fournissant uniquement de l'azote et de l'eau.Le dilution par un gaz inerte non dissociable (N2) provoque une diminution linéaire de la vitesse en fonction de la teneur en diluant; par contre l'action d'un diluant dissociable dans la flamme, tel que par exemple CO2, est plus marquée et la variation de vitesse de propagation de la flamme en fonction de la dilution n'est plus linéaire.Dans les mélanges NH3+O2 auxquels on ajoute de l'hydrogène; la vitesse de propagation de la flamme est exaltée; lorsque la teneur en oxygène devient trop faible on constate que la vitesse diminue et que l'ammoniac doit être considéré comme un simple diluant du mélange inflammable O2+H2.
La métalation du diméthyl‐2‐2 chromanne par le N‐Butyl‐Lithium
Authors: Hallet M. , Huls R. 
Published: September 2010

AbstractRésumé ‐ Les auteurs ont étudié la métalation du diméthyl‐2‐2 chromanne par le n‐butyl‐lithium et ont montré que l'atome de métal se fixe sur le carbone 8. L'oxydation du dérivé organo‐lithique obtenu donne en effet un hydroxy diméthyl‐2‐2 chromanne qui se révèle en tout point identique à un échantillon de hydroxy‐8 diméthyl‐2‐2 chromanne synthétisé par une autre méthode, qui ne laisse subsister aucune ambiguïté sur la position du groupement hydroxyle.
Heterocyclic malonamides and malonamates
Authors: Thiers R. , van Dormael A. 
Published: September 2010

AbstractThe preparation of some new ethyl‐N‐(heterocyclic)‐malonamates and N‐N'‐bis‐(heterocyclic)‐malondiamides is given. These products are prepared by heating together without a solvent malonic acid diethylester and the corresponding aminoheterocyclic compounds, or by reacting them in the presence of a solvent and an alkaline condensing agent. Some malonamates were prepared by the action of chloroformylacetic acid ethylester on the amino‐compounds.The asymmetric N‐N'‐bis‐(heterocyclic)‐malondiamides were prepared by reaction of an ethyl‐N‐(heterocyclic)‐malonamate with a different heterocyclic amino‐compound, by heating both reactants in xylene in the presence of pyridine. Some of the new products may be used as colour couplers in colour photography.
Étude spectrale quantitative des flammes 1. Flammes émettant les spectres OH, NO, NH et NH2
Authors: Ausloos P. , van Tiggelen A. 
Published: September 2010

AbstractRésumé ‐ Cette étude a pour objet la mesure quantitative de l'intensité relative des bandes OH, NH et NO émises par les flammes se propageant dans les mélanges NH3+O2, NH3+N2O et H2+N2O.Elle constitue la première d'une série de recherches actuellement en cours au laboratoire à propos d'autres mélanges inflammables. Les possibilités de l'examen spectral quantitatif des flammes dans l'étude cinétique des réactions de combustion des mélanges gazeux sont ainsi pour la première fois mises en évidence.La nature de l'énergie d'excitation des radicaux OH, NH et NO dans la flamme a été discutée à partir de la variation d'intensité des bandes lorsqu'on dilue par des quantités croissantes de gaz inerte (N2), et pour le radical OH par l'examen de l'intensité relative des bandes OH (1,0) et OH (0,0). Ces résultats, combinés aux mesures de la variation d'intensité des mêmes bandes en fonction du rapport comburant‐combustible, sont susceptibles d'interprétation du point de vue de mécanisme de la réaction. L'ordre de grandeur de l'énergie d'activation de la réaction de ramification ainsi trouvé pour les mélanges NH3+O2 est en accord avec la valeur déduite par l'un de nous (A.V.T.) d'une manière entièrement indépendante à partir des vitesses de propagation des flammes dans les mémes mélanges.