bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Isolation and characterization of bovine chromosome region specific sequence‐tagged microsatellite sites (STMS)
Authors: Weikard R. , Goldammer T. , Brockmann G. , Kühn Ch. , Schwerin M. 
Published: February 2011

SummaryA strategy to fill in gaps in small targeted regions of bovine chromosomes is presented. The procedure involved microdissection of subchromosome areas, their PCR amplification and cloning. Out of three approaches which have been tested to amplify chromosome material two have shown tobe not suitable for generation of bovine chromosome region specific probes. In contrast, probes generated by DOP‐PCR after treatment with Topoisomerase I showed region specific rehybridization on the corresponding dissected chromosome areas indicating a representative and complex pattern of specific sub‐chromosomal sequences. Nevertheless, all methodical steps still require special emphasis on accurate handling to exclude formation of artifacts and contamination with DNA of other sources. Using this approach chromosome region specific libraries were established from the chromosome areas 1q1.1‐1.4, 5q2.1‐2.4, 1q1.3‐2.4 and 12q2.4‐2.6 providing an average of 0,06–0,6% microsatellite containing sequences, several of which were of human. Three of the isolated bovine specific microsatellites revealed polymorphism (FBN5 and FBN8 from chr 5q2.1‐2.4; FBN7 from chr 1q1.3‐2.4); one of them (FBN5) was genotyped in the IBRP and assigned to its predefined subchromosomal origin by linkage analysis.ZusammenfassungIsolierung und Charaktesierung boviner chromosom enfragment‐spezifischer ‘sequence tagged microsatellite sites’ (STMS)Mit dem Ziel der gerichteteten Isolierung boviner chromosomenfragmentspezifischer Mikrosatelliten, wird eine Methode, die die Mikrosektion subchromosomaler Bereiche, deren PCR‐Amplifikation und Klonierung umfaßt, beschrieben. Während sich zwei der drei Versuche, das Chromosomenmaterial zu amplifizieren als nicht geeignet für die Erzeugung fragmentspezifischer Sonden erwiesen, zeigten PCR‐Produkte, die mittels DOP‐PCR nach Topoisomerase I Vorbehandlung der isolierten Fragmente amplifiziert wurden, spezifische Rehybridisierungen zu den entsprechenden subchromosomalen Regionen im Rindergenom, was auf ein komplexes Muster spezifischer genomischer Sequenzen schließen läßt. Die einzelnen methodischen Schritte erfordern jedoch ein Höchstmaß an experimenteller Genauigkeit, um die Bildung von Artefakten und Kontamination mit DNA anderen Ursprungs zu vermeiden. Partielle DNA‐Bibliotheken wurden von den in dieser Weise amplifizierten Chromosomenbereichen 1q1.1‐1.4, 1q1.3‐2.4, 5q2.1‐2.4 und 12q2.4‐2.6 erstellt, die durchschnittlich 0,060–6% Mikrosatellitensequenzen enthielten, die jedoch vorwiegend humanen Ursprungs waren. Drei der isolierten bovinen Mikrosatelliten wiesen Polymorphismen auf (FBN5 und FBN8 von Chr 5q2.1‐2.4; FBN7 von Chr 1q1.3‐2.4); einer wurde genetisch kartiert (FBN5) und dessen subchromosomaler Ursprung mittels Kopplungsanalyse nachgewiesen.
Molecular characterization of ovine α‐, βAand βB‐inhibin/activin alleles
Authors: Hiendleder S. , Leyhe B. , Jaeger C. , Erhardt G. , Wassmuth R. 
Published: February 2011

SummaryThe ovine inhibin/activin genes were investigated as QTL candidates for litter size. An RFLP study with five breeds of differing fecundity identified 4INHA, 2INHBAand 2INHBBalleles. The frequency of aTaqIINHBAallele was correlated with the average litter size of the investigated breeds (n = 40–169). Statistical analysis of lambing records from East Friesian Milksheep (n = 146) yielded significantINHBAgene effects on litter size. Sequence analysis of PCR products identified several nucleotide substitutions in coding regions of theINHBAgene, some of which change the predicted amino acid sequences. Genomic cloning and sequence analyses of three copies each of all three inhibin/activin genes identified additionalINHBAandINHBBalleles, and revealed further sequence polymorphism in coding regions and regulatory elements. All three genes were mapped byin situhybridization. This excludedINHBBas the site of the Fee8mutation. ForINHAandINHBA, the assignments were confirmed by linkage mapping.ZusammenfassungMolekulare Charakterisierung oviner α‐, βA‐ und βB‐Inhibin/Aktivin AlleleDie ovinen Inhibin/Aktivin‐Gene wurden als QTL‐Kandidaten für das Merkmal Wurfgröße untersucht. In einer RFLP‐Studie an fünf Rassen mit unterschiedlicher Fruchtbarkeit wurden 4INHA‐, 2INHBA‐ und 2INHBB‐Allele identifiziert. Die Frequenz einesTaqIINHBA‐Allels korrelierte mit der durchschnittlichen Fruchtbarkeit der untersuchten Rassen (n = 40–169). Die statistische Analyse der Ablammdaten von Milchschafen (n = 146) ergab signifikante Effekte desINHBA‐Genes auf das Merkmal Wurfgröße. Die Sequenzanalyse von PCR‐Produkten zeigte mehrere Nukleotidsubstitutionen in kodierenden Regionen desINHBA‐Genes, von denen einige zu einer veränderten abgeleiteten Aminosäuresequenz führen. Durch die genomische Klonierung von jeweils 3 Kopien aller 3 Gene und den nachfolgenden Sequenzanalysen wurden zusätzlicheINHBA‐ undINHBB‐Allele nachgewiesen und weitere Sequenzvarianten in kodierenden und regulatorischen Bereichen identifiziert. Alle 3 Gene wurden mittelsin situHybridisierung kartiert. Auf diese Weise wurdeINHBBals FecB‐Kandidat ausgeschlossen. Die Zuordnung vonINHAundINHBAkonnte über Kopplungsanalysen bestätigt werden.
Mapping of quantitative‐trait loci by means of marker genes in F2 generations of Wild boar, Pietrain and Meishan pigs
Authors: Geldermann H. , Müller E. , Beeckmann P. , Knorr C. , Yue G. , Moser G. 
Published: February 2011

SummaryThree F2 families have been established for QTL mapping by crossing genetically divergent Wild boar, Meishan and Pietrain pigs. More than 900 F2 animals are typed for a large number of marker loci and are recorded for over 100 quantitative traits. In a first analysis QTLs on chromosome 6 have been mapped in the region of the ryanodine receptor gene. Also several traits were significantly associated with different GH haplotyes.ZusammenfassungEinsatz von Markergenen zur Kartierung quantitativer Merkmale in Wildschwein, Pietrain und Meishan F2‐GenerationenZur Kartierung von QTLs wurden durch Kreuzung der genetisch sehr unterschiedlichen Rassen Wildschwein, Meishan und Pietrain, drei F2 Familien erstellt. Bei mehr als 900 Tieren wurde eine große Zahl an Markerloci bestimmt und mehr als 100 quantitative Merkmale erfaßt. In einer ersten Analyse konnten QTLs in der Region des Ryanodin Rezeptor Gens auf Chromosom 6 kartiert werden. Weiterhin zeigten zahlreiche Merkmale signifikante Beziehungen zu verschiedenen Haplotypen des GH Gens.
Development of an efficient and safe integration system for the production of transgenic farm animals
Authors: Salmons B. , Günzburg W. H. , Janka I. , Brem G. 
Published: February 2011

SummarySubretroviral particles can be utilized as gene transfer systems. We have shown that the micro‐injection of such particles into tissue culture cells results in the expression of indicator genes carried within the vector. The injection of such ‘retroviral cores’ into fertilized oozytes results in the integration of the vector in the resulting transgenic mice. However, in these mice there is a deletion of part of the transferred vector sequences. Our preliminary data suggest that this method is very efficient since 81% of the live progeny carry the vector.ZusammenfassungEntwicklung eines hocheffizienten und sicheren Integrationssystems zur Erstellung transgener NutztiereSub‐retrovirale Vektor Partikel können als Gentransfer System verwendet werden. Dabei konnten wir zeigen, dai die Mikroinjektion von solchen Partikeln in Zellkulturzellen zur Expression eines vom Vektor getragenen Indikatorgens führt. Die Injektion solcher ‘Cores’ in befruchtete Oozyten führte zur Integration des Vektors in den daraus entstehenden Mäusen. Jedoch lag in diesen transgenen Mäusen eine Deletion eines Teils der übertragenen Sequenz vor. Die vorläufigen Ergebnisse zeigten aber, dai die entwickelte Methode sehr effizient ist. 81% der lebend geborene Mäuse wiesen den BAG Vektor auf.
Liposome‐mediated gene transfer via sperm cells. High transfer efficiency and persistence of transgenes by use of liposomes and sperm cells and a murine amplification element
Authors: Rottmann O. , Antes R. , Höfer P. , Sommer B. , Wanner G. , Görlach A. , Grummt F. , Pirchner F. 
Published: February 2011

SummaryPlasmid DNA was encapsulated in liposomes to protect from degradation and to support the incorporation into sperm cells. Transgenic spermatozoa carry the foreign DNA to the target cell when fertilizing the egg. Several plasmid constructs were transferred into rabbits, cattle and chicken. The plasmid apparently can persist when provided with a murine amplification promoting sequence. The transgeneity of sperm cells as well as fetuses or offspring was demonstrated by dot blot, Southern blot analysis and PCR. Expression of the transgene was shown as enzymatic activities of the reporter genes SEAP or β‐galactosidase and by gelelectrophoretic characterization of the expressed gene products. The transfer efficiency and the persistence of the gene constructs is significantly increased due to the use of sperm cells as gene carriers mediated by liposomes and the amplification element.ZusammenfassungGentransfer mittels Liposomen und SpermienPlasmid‐DNA wurde in Liposomen eingeschlossen, um sie vor enzymatischem Abbau zu schützen und ihre Inkorporation in die Spermienzelle zu ermöglichen. Bei der Befruchtung bringt das Spermium die Fremd‐DNA in die Eizelle. Es wurden verschiedene Genkonstrukte in Kaninchen, Rind und Huhn übertragen. Das Plasmid kann offensichtlich persistieren, wenn es eine murine amplifikationsfördernde Sequenz enthält. Die Transgenität von Spermien, Feten und Nachkommen wurde mit Dot Blot, Southern Blot und PCR nachgewiesen, die Expression der Reportergene SEAP und β‐Galaktosidase gelelektrophoretisch bzw. enzymatisch charakterisiert. Der Einsatz von Spermien und Liposomen zur Genübertragung sowie die Verwendung einer ‘amplification promoting sequence' erhöhen die Transfereffizienz und die Persistenz der Genkonstrukte beträchtlich.
Identification, isolation and culture of pluripotent cells from the porcine inner cell mass
Authors: Ropeter‐Scharfenstein M. , Neubert N. , Prelle K. , Holtz W. 
Published: February 2011

SummaryThis investigation addresses the issue of establishing a porcine embryonic stem cell line. By staining for the intracellular filaments vimentin and keratin in whole‐mount‐preparations it was concluded that the ICM has to be isolated before D9. Although the isolation by way of Ca‐ionophore or immunosurgery was possible, a mechanical approach was preferred. A range of feeder cell layers—both primary and established cell lines—and of conditioned media was found to be less suitable for the culture of ICM cells than was DMEM substituted with LIF or ESG. Eventually a two‐stage culture system was established comprising a 4 day culture of embryos on a three‐dimensional collagen matrix followed by culture of the ICM in a fortified medium supplemented with LIF. With this system, undifferentiated ICM cells could be cultured on average 5.6 and up to 8 passages of 7–10 days each. Attempts to use these cells to make chimaeras or embryo clones are forthcoming.ZusammenfassungIdentifizierung, Isolierung und Kultur pluripotenter Zellen der Inneren Zellmasse (ICM) beim SchweinDas Ziel der Arbeit war die Erstellung porciner embryonaler Stammzellinien. Als erstes wurde durch Intermediärfilamentfärbung von ‘whole mount'‐Präparaten mit Anti‐Keratin und Anti‐Vimentin ermittelt, daß eine Isolierung der ICM vor D9 zu erfolgen hat. Obschon dies auf immunologischem Wege oder mit Hilfe von Ca‐Ionophor möglich war, wurde der mechanischen Isolierung der Vorzug gegeben. Die Kultur von ICM‐Zellen in DMEM mit LIF oder ESG war erfolgreicher als auf verschiedenen Feeder layern—sowohl primären als auch etablierten Zellinien — oder in konditionierten Medien. Am geeignetsten erwies sich eine Zwei‐Phasen‐Kultur bestehend aus einer 4‐tägigen Vorkultivierung der Embryonen auf einer dreidimensionalen Kollagen‐Matrix mit anschließender Kultivierung der isolierten ICM in LIF‐haltigem angereicherten DMEM Medium. Damit wurden durchschnittlich 5,6 und maximal 8 Passagen von jeweils 7–10 Tagen erreicht, bis die Vitalität der Zellen erschöpft war.Derzeitige Bemühungen richten sich auf die Verwendung dieser Zellen zur Erstellung von Injektionschimären oder zur Embryoklonierung.
An efficient algorithm for segregation analysis in large populations
Authors: Kerr R. J. , Kinghorn B. P. 
Published: February 2011

SummaryA computationally tractable approach to complex segregation analysis for large data sets is described. This is then used to extend the value of DNA tests for major locus genotype, by calculating probabilities of belonging to each genotype class for all animals not DNA tested. Under the conditions simulated, this approach led to an approximate doubling of the number of animals genotyped with 100% confidence, the ability to exclude many more animals from one genotype class, plus a high probability (> 90%) of belonging to a given genotype class for many other animals.ZusammenfassungVerwendung von Spaltungsanalyse für rationelle Anwendung von DNA Tests für HauptgeneEin rechnermäßig traktabler Ansatz zu komplexer Spaltungsanalyse großer Datenmengen wird beschrieben. Dieser wird verwendet, um den Wert der DNA Tests für Hauptgene zu erweitern und zwar dadurch, daß die Wahrscheinlichkeiten der Zugehörigkeit zu jeder Genotypenklasse für Tiere ohne DNA Diagnose berechnet wird. Die Simulation ergab eine Verdopplung der Zahl der Tiere, die mit 100% Sicherheit genotypisiert werden konnten sowie Ausschluß von mehr Tieren aus einer gegebenen Genotypenklasse und schließlich eine hohe Wahrscheinlichkeit (> 90%) der Zuweisung vieler Tiere zu gegebenen Genotypenklassen.
Environmental effects and genetic parameters for measurements of hunting performance in the Finnish Spitz
Authors: Karjalainen L. , Ojala M. , Vilva V. 
Published: February 2011

SummaryGenetic parameters for seven measures of hunting performance in the Finnish Spitz were estimated by applying the animal model and the Restricted Maximum Likelihood (REML) method to a data set, which consisted of 12 432 test results from 1683 dogs. Environmental effects on the measures of hunting performance were evaluated by the F‐test, and the solutions for the fixed effects were calculated from the mixed animal model. All seven measures of hunting performance were affected by the age of the dog, testing month, testing area and season, and the interaction between area and season. Differences between the sexes were statistically significant for barking frequency, searching and barking scores. The combined wind and rain effect was important for all measures, except barking frequency. Heritability estimates were moderate for frequency of barking (h2 = 0.15–0.17) and for searching scores (h2 = 0.14–0.15), and somewhat lower for other measures of hunting performance. Phenotypic and genetic correlations between the measures of hunting performance were positive, and their magnitude was usually moderate or high.ZusammenfassungUmwelteinflüsse auf und genetiche Parameter von Jagdhundemerkmalen des Finnischen SpitzGenetische Parameterschätzung für sieben Maße der Jagdhundeeignung wurde mit Tiermodell und mittels REML an 12432 Testergebnissen von 1683 Hunden durchgeführt. Umwelteinflüsse wurden mittels F‐Test geprüsft und Lösungen für fixe Wirkungen mittels des gemischten Modells errechnet. Die sieben Merkmale für Jagdeignung werden beeinflußt von Hundealter, Testmonat, Testgebiet und Saison und der Interaktion zwischen diesen. Geschlechtsunterschiede waren signifikant für Häufigkeit des Bellens, Suchen und Intensität des Bellens. Die kombinierte Wirkung von Regen und Wind war für alle Merkmale außer für Häufigkeit des Bellens wichtig. Heritabilitätsschätzungen waren mäßig für Häufigkeit des Bellens (0,15–0,17) und für Suchpunkte (0,14–0,15) und etwas niedriger für die anderen Merkmale. Die phänotypischen und genetischen Korrelationen zwischen den Merkmalen waren mäßig bis stark positiv.
Prenatal growth in lines of mice selected for body weight
Authors: Güneren G. , Bünger L. , Hastings I. M. , Hill W. G. 
Published: February 2011

SummaryBody weight and crown‐rump length were recorded on 874 fetuses from 105 females at 10–18.5 days of gestation in selected lines of mice and, in a non‐contemporaneous experiment, in their reciprocal crosses. The lines had been selected High and Low, for 10‐week body weight for approximately 50 generations. Fetuses from the High line were heavier than those from the Low line at all ages recorded. The almost two‐fold ratio of weight changed little with age. Fetuses of the reciprocal crosses did not differ greatly in weight, although those with the large dam were heavier, and were intermediate between those of pure lines. Fetal crown‐rump length showed similar growth characteristics to fetal weight.The selection for body weight had therefore produced genetic change in fetal growth from an early age, and the change was mainly associated with the genotype of the fetus rather than that of the mother.ZusammenfassungPränatales Wachstum in auf Körpermasse selektierten MäuselinienErfaßt wurden Körpermassen und ‐längen von insgesamt 874 Feten zwischen dem 10. und 18.5. Trächtigkeitstag von 105 Müttern aus selektierten Linien und (in einem zeitlich nicht korrespondierenden Experiment) aus den reziproken Kreuzungen. Die Linien wurden divergent über ca. 50 Generationen auf hohe bzw. niedrige Körpermasse selektiert. Feten der ‘High’‐Linie (H) waren an allen Alterspunkten schwerer als die der ‘Low’‐Linie (L). Das Massenverhältnis (1:2) zwischen beiden Linien verändwerte sich kaum mit dem Alter. Zwischen Feten aus den reziproken Kreuzungen bestanden weit geringere Unterschiede in der Körpermasse. Dabei waren die Feten aus L‐Müttern schwerer im Vergleich zu Feten aus L‐Müttern. Beide lagen intermediär zwischen den reinen Linien. Die Körperlange zeigte ähnliche Ergebnisse. Die Selektion auf Körpermasse am 70.
Hha I enzyme reveals genetic polymorphisms at the second exon of porcine‐growth‐hormone gene
Authors: Jiang Z. H. , Rottmann O. J. , Pirchner F. 
Published: February 2011

SummaryA 230‐bp fragment, which contains the second exon of the porcine‐growth‐hormone (pGH) gene, was amplified using DNA samples of 30 Erhualian, 36 Pietrain, and 30 German Landrace pigs. Polymorphic restriction sites for Hha I were identified at bases 506–509 and 555–558, respectively. The digestion yields a single 230‐bp fragment, two fragments of 173 and 57 bp, two fragments of 106 and 124 bp, or three fragments of 124, 57, and 49 bp, respectively. The allele frequencies are significantly different (p < 0.01) between Chinese pigs and European pigs, when each or both restriction sites with Hha I were considered. The sequence analysis indicated that a C/T substitution at position 507 caused the polymorphisms at 506–509, while both a G/A substitution at position 555 and a C/A substitution at position 556 resulted in the polymorphic bands at 555–558. These mutations caused amino‐acid substitutions in the amino‐acid sequence of pGH.ZusammenfassungHha I–Polymorphismus im zweiten Exon des porcinen WachstumshormongensEin 230 bp–Fragment des zweiten Exons im Wachstumshormongen der Schweinerassen Erhualian (30 Tiere), Pietrain (36) und Deutsche Landrasse (30) zeigte sich bei einer Restriktionsanalyse polymorph. Hhal generierte Fragmente folgender Längen: ein Fragment mit 230 bp, zwei mit 173 und 57 bp, zwei mit 106 unde 124 bp oder drei mit 124, 57 und 49 bp. Die Schnittstellen befanden sich innerhalb der Basen 506–509 und 555–558. Die Allelfrequenzen unterschieden sich signifikant zwischen der chinesischen und den europäischen Rassen (p < 0.01). Die Sequenzanalyse ergab eine Basensubstitution C/T an Position 507 und weiterhin and den Positionen 555 (G/A) und 556 (C/A), welche jeweils auch auch eine Aminosäuresubstitition bewirken.
Comparison of mating systems in a fish population: a simulation st udy
Authors: Engström G. , McMillan I. , McKay L. , Quinton M. 
Published: February 2011

SummaryInbreeding can lead to significant depression of growth and other important traits in fish. Computer simulation was used to compare two mating systems in a fish population, for a trait controlled by different number of loci and different levels of dominance. The choice of a suitable mating system is one way of avoiding inbreeding. A fish population was modelled, in which the simulated traits were controlled by a different number (75 and 150) of unlinked loci, each with equal gene effects. The initial gene frequencies were 0.5 for the two alleles. The dominance was either complete or partial. Parents for the next generation were selected on individual phenotypic performance. Selection was carried out over five generations in a population of 2000 offspring. For each generation, 0.5% of the individuals were selected and mated, according to either a single‐pair mating system or a factorial mating system. The factorial mating system produced a higher genetic response and lower inbreeding depression for all traits, compared with single‐pair mating, with the difference being most pronounced for traits with complete dominance and controlled by a large number of loci.ZusammenfassungPaarungssystemvergleich in einer Fischpopulation–Eine SimulationsuntersuchungComputersimulierung wurde verwendet, um zwei Paarungssysteme in einer Fischpopulation zu vergleichen. Das simulierte Merkmal wurde von unterschiedlich vielen Loci beeinflusst und auch Dominanz nahm Werte verschiedener Höhe an. Inzucht kann zu signifikanter Depression des Wachstums und auch anderer wichtiger Merkmale führen. Die Wahl eines geeigneten Paarungssystem kann aber dazu beitragen, Inzucht zu vermeiden. Es wurde eine Fischpopulation, in der das simulierte Merkmal von unterschiedlich vielen nicht gekoppelten Loci (75 oder 150), mit den selben Geneffekten, beeinflusst wurde, erstellt mit anfänglichen Genfrequenzen viz 0.5. Die Dominanzeffekte entsprachen entweder der Hälfte oder dem ganzen additiven Geneffekt. Die Elterntiere der folgende Generation wurden auf ihre individuelle phänotypische Leistung wurde über 5 Generationen selektiert, und aus jeder Generation 0,5% der 2000 Nachkommen genommen. Die selektierten weiblichen Individen wurden entweder mit einem oder mit sämtlichen männlichen Individen angepaart. Die Anpaarungen mit den gesamten männlichen Individen erzielten, für sämtliche Merkmale, den höchsten genetischen Fortschritt. Der Unterschied war besonders auffällig für Mermale mit vollständiger Dominanz, die gleichzeitig auch von einen grorsen Anzahl von Loci beeinflusst wurden.
Analysis of powdery mildew resistance in the Spanish barley core collection
Authors: Silvar C. , Flath K. , Kopahnke D. , Gracia M. P. , Lasa J. M. , Casas A. M. , Igartua E. , Ordon F. 
Published: February 2011

With 2 figures and 4 tables AbstractThe Spanish Barley Core Collection, consisting of one hundred and fifty‐nine landrace‐derived inbred lines and sixteen cultivars, was characterized for resistance to powdery mildew (Blumeria graminis f. sp. hordei) using a set of 27 isolates with a wide spectra of virulences/avirulences on most of the genes expected to occur in Europe. No landrace‐derived line and no cultivar were resistant to all the isolates but at least three landraces showed infection types below 2 for 23 isolates. Twenty‐two landraces and one cultivar showed resistance against half of the isolates used. Eleven isolates were sufficient to separate the majority of resistance profiles. In total, thirty‐four resistance spectra were detected and fourteen resistance genes/alleles were postulated alone or in combination: MlLa, Mlh, Mlg, Mla22, Mla7(Mlu), Mla7(Mlk), Mlk, Mla12, Mla9, Mla3, Mla6(Mla14), Mlra and Mla1. The majority of resistance spectra are composed only by one line. Resistance in twenty‐one landrace‐derived lines and four cultivars was based on either unidentified genes or combinations of known and unknown genes/alleles. Therefore, the SBCC may be a source for broadening the genetic base of powdery mildew resistance.