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Limitations of preoperative biopsy in patients with metastatic renal cell carcinoma: comparison to surgical pathology in 405 cases
Authors: Abel E. Jason , Carrasco Alonso , Culp Stephen H. , Matin Surena F. , Tamboli Pheroze , Tannir Nizar M. , Wood Christopher G. 
Published: April 2012

Study Type – Diagnostic (cohort)Level of Evidence 2bWhat's known on the subject? and What does the study add?Although there have been many investigations of biopsy for small renal masses, there are scant data on the accuracy of biopsy in the setting of metastatic renal cell carcinoma (mRCC). We report a large series of biopsies and compare with nephrectomy pathology in patients with mRCC.The present study highlights the inaccuracy of biopsy in the setting of metastatic disease, which is related to sampling error because of heterogeneity within the tumour and among metastases. These limitations are important to realize when designing trials that depend on pathological findings from biopsy and not nephrectomy. In addition, we found that biopsy of primary tumours were more likely than biopsy of metastatic sites to be diagnostic of RCC. Future studies with multiquadrant biopsies of primary tumours could yield the most accurate pathological results for future studies.OBJECTIVE
To evaluate the ability of preoperative biopsy to identify high‐risk pathological features by comparing pathology from preoperative metastatic site and primary tumour biopsies with nephrectomy pathology in patients with metastatic renal cell carcinoma (mRCC).
PATIENTS AND METHODS
We reviewed clinical and pathological data from patients who underwent biopsy before cytoreductive nephrectomy for mRCC at MD Anderson Cancer Center (MDACC) from 1991 to 2007.
Percutaneous biopsy techniques included fine‐needle aspiration, core needle biopsy or a combination of both techniques.
RESULTS
The pathology of 405 preoperative biopsies (239 metastatic site, 166 primary tumour) from 378 patients was reviewed at MDACC before cytoreductive nephrectomy.
The biopsy and nephrectomy specimens had the same histological subtype in 96.0% of clear‐cell renal cell carcinomas (RCCs) and 72.7% of non‐clear‐cell RCCs.
Of 76 nephrectomy specimens where sarcomatoid de‐differentiation was identified, only seven (9.2%) were able to be identified from the preoperative biopsy.
In 38.3% of patients, the same Fuhrman grade was identified in both the biopsy and nephrectomy specimens.
A definitive diagnosis of RCC was more likely to be reported in primary tumour biopsies than in metastatic site biopsies. (P < 0.001).
CONCLUSIONS
Preoperative biopsy has limited ability to identify non‐clear‐cell histological subtype, Fuhrman grade or sarcomatoid features.
When surgical pathology is not available, a biopsy obtaining multiple samples from different sites within the primary tumour should be recommended rather than limited metastatic site biopsy to identify patients for clinical trials.
High insulin‐like growth factor mRNA‐binding protein 3 (IMP3) protein expression is associated with poor survival in muscle‐invasive bladder cancer
Authors: Szarvas Tibor , Dorp Frank vom , Niedworok Christian , Melchior‐Becker Ariane , Fischer Jens W. , Singer Bernhard B. , Reis Henning , Bánkfalvi Ágnes , Schmid Kurt W. , Romics Imre , Ergün Süleyman , Rübben Herbert 
Published: April 2012

What's known on the subject? and What does the study add?Insulin‐like growth factor mRNA‐binding protein 3 (IMP3) is an oncofetal protein found to be re‐expressed in a series of human cancers including bladder cancer. In vitro analyses showed an invasion and proliferation promoting effect for IMP3. Further in vitro studies suggested that IMP3 is able to bind to the mRNAs of CD44 and insulin‐like growth factor 2 (IGF2), enhancing their stability and expression. However, this molecular interaction has not yet been analysed in tumour samples.In the present study, we identified for the first time high IMP3 tissue protein expression as an independent predictor of poor patients' survival in muscle‐invasive bladder cancer. Furthermore, there was no correlation between IMP3 and its molecular targets in bladder carcinoma specimens and concluded that the tumour‐promoting effect of IMP3 is not related to its regulatory action on IGF2 and CD44.OBJECTIVE
To assess the prognostic value and molecular actions of the oncofetal protein insulin‐like growth factor mRNA‐binding protein 3 (IMP3) in muscle‐invasive bladder cancer (BC).
PATIENTS AND METHODS
IMP3 expression was analysed by immunohistochemistry, real‐time polymerase chain reaction and Western blot analysis in 224 patients with BC.
The molecular targets of IMP3; CD44, insulin‐like growth factor 2 (IGF2) and its receptor the IGF1 receptor (IGF1‐R) were also investigated.
Expression levels were correlated with clinical follow‐up data by using both univariate and multivariate Cox regression analyses.
RESULTS
IMP3 mRNA and protein levels were significantly elevated in high‐stage and high‐grade muscle‐invasive BC.
In muscle‐invasive BC IMP3 protein but not gene expression proved to be an independent predictor of disease‐specific (hazard ratio [HR] 2.58, 95% confidence interval [CI] 1.28–4.56, P = 0.004) and overall survival (HR 2.07, 95% CI 1.12–3.82, P = 0.020).
The expression levels of IGF2 and CD44 showed no correlation with that of IMP3.
CONCLUSIONS
High IMP3 protein levels may identify patients with BC at high risk of disease progression and may therefore select patients for a more intensive therapy or for a strict follow‐up.
Its high expression in high‐grade bladder carcinoma cells makes IMP3 for an attractive target for therapy.
The tumour promoting effect of IMP3 is independent from its regulatory action on IGF2 and CD44 expression.
The WISERD Geoportal: A Tool for the Discovery, Analysis and Visualization of Socio‐economic (Meta‐) Data for Wales
Authors: Fry Richard , Berry Robert , Higgs Gary , Orford Scott , Jones Sam 
Published: April 2012

AbstractThe Wales Institute of Socio‐Economic Research, Data and Methods (WISERD) is an interdisciplinary, cross‐institutional academic research group based in Wales, UK. One of the key objectives of WISERD is to develop a spatial framework that enhances a researcher's ability to discover socio‐economic research data relating to Wales with the aim of encouraging collaborative research and re‐use of existing data. This article describes the development of an online geoportal designed to meet this objective. Using free and open‐source software (FOSS) components and services, a range of software tools has been developed to capture standards‐compliant metadata for a variety of data sources. The geoportal is unique in that, in our review of over 120 geoportals worldwide, we have not previously encountered a geoportal dedicated to supporting quantitative and qualitative social science academic and policy research. A particularly innovative aspect of the geoportal has involved the building of a rich meta‐database of government surveys, geo‐referenced semantically‐tagged qualitative data (generated from primary research), ‘grey’ data (e.g. from transcripts, journal publications, books, PhD theses) and Government administrative data. This article describes the challenges faced during the development of the WISERD Geoportal which can be accessed via http://www.wiserd.ac.uk/geoportal/.
Who's Watching Your Food? A Flexible Framework for Public Health Monitoring1
Authors: Supak Stacy , Luo Huan , Tateosian Laura , Fang Kunsheng , Harrell Julia , Harrelson Cris , Bailey Andrew D. , Devine Hugh 
Published: April 2012

AbstractBy responding to potentially life‐threatening emergencies such as foodborne illnesses and water contamination, U.S. public health agencies play a vital role in promoting human health and protecting the environment. Local, state, and federal partners must collaborate to strategically plan initiatives, allocate resources, and evaluate emergency response activities. These collaborative decision‐making processes can be improved by using web‐based mapping applications for visualization and analysis. We developed a web‐based GIS framework which is applied to public health data for North Carolina's (NC) Department of Health and Human Services. The application visualizes all state‐regulated food service facilities and supports query and analysis tools crucial for food recalls or radiation contamination tracking. Built with PostgreSQL/PostGIS, GeoServer, and a customized GeoExplorer map viewer, the framework delivers a web‐based mapping tool that is flexible and Open Source. The flexibility of the framework is an important dimension of its scalability, allowing it to be customizable, modular, and portable so that it is easily configurable to support additional research and education initiatives. This approach reverses a trend toward application‐specific web mapping development in Open Source GIS. To demonstrate flexibility, we configured an additional website for forest landowner management to be used by another state agency, the NC Forest Service.
Advancing Global Marine Biogeography Research with Open‐source GIS Software and Cloud Computing
Authors: Fujioka Ei , Berghe Edward Vanden , Donnelly Ben , Castillo Julio , Cleary Jesse , Holmes Chris , McKnight Sean , Halpin Patrick 
Published: April 2012

AbstractAcross many scientific domains, the ability to aggregate disparate datasets enables more meaningful global analyses. Within marine biology, the Census of Marine Life served as the catalyst for such a global data aggregation effort. Under the Census framework, the Ocean Biogeographic Information System was established to coordinate an unprecedented aggregation of global marine biogeography data. The OBIS data system now contains 31.3 million observations, freely accessible through a geospatial portal. The challenges of storing, querying, disseminating, and mapping a global data collection of this complexity and magnitude are significant. In the face of declining performance and expanding feature requests, a redevelopment of the OBIS data system was undertaken. Following an Open Source philosophy, the OBIS technology stack was rebuilt using PostgreSQL, PostGIS, GeoServer and OpenLayers. This approach has markedly improved the performance and online user experience while maintaining a standards‐compliant and interoperable framework. Due to the distributed nature of the project and increasing needs for storage, scalability and deployment flexibility, the entire hardware and software stack was built on a Cloud Computing environment. The flexibility of the platform, combined with the power of the application stack, enabled rapid re‐development of the OBIS infrastructure, and ensured complete standards‐compliance.
Using GRASS GIS to Model Solar Irradiation on North Carolina Aquatic Habitats with Canopy Data
Authors: Newcomb Doug 
Published: April 2012

AbstractSunlight can have a significant impact on freshwater aquatic communities. Using 64‐ bit GRASS, a previously generated 18.2 m resolution forest canopy height grid for the State of North Carolina was used as a base elevation layer for calculation of 18.2 m resolution total irradiance (Watt‐hours/square meter/day) grids for 365 days of the year. Daily calculations were aggregated annually and overlaid on rasterized 1:24,000‐scale USGS hydrology with canopy type and seasonal filters to quantify annual solar irradiation input to streams and rivers in North Carolina. Bare earth calculations of solar irradiation for the aquatic habitats were compared to the canopy filtered calculations. There was substantially less solar irradiation in aquatic habitats under the canopy filtered model. Total solar irradiation for subbasins created from point locations of occurrences of Dwarf wedgemussel (Alasmidonta heterodon) were compared with total solar irradiation for watersheds created from locations with no mussels for the full subbasin, 1 km, and 500 m upstream from the sampling point. There was no significant difference in the amount of total solar irradiation modeled for the subbasins with Dwarf wedgemussel and watersheds with no mussels.
GIS‐based Calibration of MassMov2D
Authors: Molinari Monia Elisa , Cannata Massimiliano , Begueria Santiago , Ambrosi Christian 
Published: April 2012

AbstractMassMov2D is a numerical model for simulating runout and deposition of landslide phenomena over a complex topography that is implemented in the free GIS PCRaster. This research aims at improving the mechanism of MassMov2D calibration and verifying its capability of representing complex landslides. In this article the authors present the enhancement of the MassMov2D code due to the introduction of the Nash‐Sutcliffe coefficient for model efficiency calculation; this enables the replacement of the inefficient ‘trial and error’ approach used for sensitivity analysis and calibration with a semi‐automatic procedure. During this research the improved code was tested in a case study located on the Canaria Valley (Switzerland) where a complex landslide occurred. An optimal set of parameters were calculated for evaluating the effects of a possible further slope failure.The availability of a unique dataset of high resolution digital elevation models just before and after the collapse allowed precise evaluation of the sensitivity and calibration of the model with the new procedure. The results demonstrate that this model is capable of reproducing the observed deposits even though some model limitations were identified in steep slope areas. Finally the study presents the expected scenario due to a future landslide.
Monteverdi'sEarlySeventeenth‐Century‘HarmonicProgressions’
Authors: KANG YOUYOUNG 
Published: April 2012

ABSTRACTThe seemingly tonal harmonic markers in Monteverdi's music, identified by many previous analytical investigations, appear side by side with tonally unconventional progressions in Monteverdi's oeuvre, particularly the sacred polyphony composed for San Marco. These unique ‘harmonic progressions’ which so clearly distinguish Monteverdi's music sonorously from that of both his contemporaries and his successors exhibit instead a peculiarly seventeenth‐century experimentation with counterpoint. Monteverdi's harmonic practice, like that of his contemporaries, is firmly embedded in a few basic contrapuntal principles: using the bass as the fundamental part, always preferring the fifth (rather than the sixth) and third above the bass, creating sequences of melodic motives to give impetus for harmonic motion and employing diminished note values to mask consecutive perfect consonances. Consequently, the counterpoint against a melodic bass line which moves by step or by thirds also creates sequential harmonic motion by those intervals, often resulting in juxtapositions of unrelated harmonies. In theSelva Morale(1640) andMessa et Salmi(1650) collections, these adventurous progressions help express affect and provide dramatic contrast to the harmonically static and conventional sections for solo voice or small ensembles.
Über die Beziehungen zwischen Schlaf und Leberfunktion1
Authors: Forsgren Erik 
Published: April 2012

Zusammenfassung.Es ist wahrscheinlich, daß die Leber beim Menschen, ebenso wie beim Kaninchen eine rhythmische Funktion mit einer abwechselnd assimilatorischen und sekretorischen Tätigkeitsphase hat. Wie bereits von früher bekannt ist, erreicht die Gallensekretion des Menschen ihr Maximum am Tage und das Minimum in der Nacht, weshalb man annehmen kann, daß die assimilatorische (anabolische) Tätigkeitsphase der Leber ihr Maximum in der Nacht, zur Zeit des Minimums der Gallensekretion, hat. Beim Kaninchen scheint, nach den bisher gemachten Beobachtungen zu schließen, ein anderes Verhältnis zwischen Leberfunktion und Schlaf zu herrschen als beim Menschen, weil beim Kaninchen am Tage ein Schlaf‐ oder Trägheitszustand eintritt, wo sich die Leber meistens in ihrer sekretorischen Tätigkeitsphase befindet. Vielleicht ist die Mittagsruhe bzw. “die Verdauungsmüdigkeit” beim Menschen ein Gegenstück zum Tagesschlaf des Kaninchens. Denkbar ist, daß gewisse, während ihrer sekretorischen Tätigkeitsphase in der Leber gebildete Stoffe eine hypnotische Wirkung haben. Diese Annahme wird durch Versuche gestützt, die als Resultat ergaben, daß wäßriger Extrakt der Leber von schlafenden Tieren, lebhaften Tieren subkutan eingespritzt, bei diesen einen Trägheitszustand hervorzurufen scheint.
Der Stoffwechsel bakterienfreier Tiere1
Authors: Glimstedt Gösta 
Published: April 2012

Zusammenfassung.Vf. gibt eine orientierende Beschreibung der zur Aufzucht bakterienfreier Meerschweinchen ausgearbeiteten Methodik. Mit dieser Methodik ist es gelungen, Meerschweinchen zwei Monate lang in einem streng aseptischen Milieu aufzuziehen. Untersuchungen über den Stoffwechsel mit Hilfe dieser Methode aufgezogener Tiere werden in weiteren Mitteilungen beschrieben werden.
Der Stoffwechsel bakterienfreier Tiere1
Authors: Borgström Stig 
Published: April 2012

Zusammenfassung.Bei den Meerschweinchen findet eine Ausscheidung der Oxalsäure in den Harn statt, wenn auch das Futter praktisch frei von Oxalsäure ist. Diese Ausscheidung beläuft sich bei Tieren mit Darmbakterienflora auf höchstens 0,6 mg den Tag (der Durchschnittswert von 5 Tieren). Bei bakterienfrei aufgezogenen Tieren ist die Ausscheidung die ersten 15 Tage etwa ebenso groß wie bei den vorigen. Nach dieser Zeit steigt aber die Ausscheidung und erreicht nach einem Monat etwa sechsmal höhere Werte als bei Tieren mit Darmbakterienflora. Eine endogene Bildung der Oxalsäure ist hiermit festgestellt worden.
Über das quantitative Experiment in der Sinnesphysiologie1
Authors: Reenpää Yrjö 
Published: April 2012

Zusammenfassung.An Hand von experimentellem Material auf dem Gebiete der Haptik (v. Bagh) und der Propriozeptik (Jalavisto) und mit Hilfe von logischen Erörterungen werden Gang und Form des sinnesphysiologischen Versuches untersucht. Der erste Teil des sinnesphysiologischen Versuches ist eine auf dem betreffenden Gebiete stattfindende Eigenbestimmung der Erlebnisse. Diese Eigenbestimmung oder Eigenmessung ist entweder eine topologische Bestimmung (Bestimmung der Gleichheit von Erlebnissen, z. B. von absoluten Schwellenerlebnissen) oder eine metrische Bestimmung (Bestimmung von gleichen Erlebnisdifferenzen z. B. von Unterschiedsschwellenerlebnissen). Dieser »psychologischen« Eigenbestimmung, dem sinnesphysiologischen Halb versuch folgt (nicht im zeitlichen Sinn) der zweite Teil des Versuches, der sinnesphysiologische Vollversuch, wobei den im Halbversuch gefundenen Erlebnisgleichheiten »entsprechende« äußere Reizgrößengleichheiten bestimmt werden. Der Vollversuch ist eine abermalige Bestimmung der Erlebnisgleichheit mit Hilfe von fremden, nicht zu dem Sinnesmodalitätskreis gehörenden Größen, den (gewöhnlich) physikalischen Reizgrößen. Diese Fremdbestimmung ist entweder eine Fremdbestimmung der Topologie des Gebietes (Bestimmung von der Erlebnisgleichheit entsprechenden Reizgrößen, z. B. von absoluten Schwellenreizen, Minimum perceptibile) oder eine Fremdbestimmung der Metrik (Bestimmung von den gleichen Erlebniszunahmen entsprechenden Reizzunahmen, z. B. von den Unterschiedsschwellenreizen, Minimum distinguibile). Mit Hilfe der Logik wird die Form des die Topologie und besonders des die Metrik wiedergebenden Ausdrucks analysiert. Die als Webersches Gesetz (mit seinen oberen und unteren Abweichungen) bezeichnete Form des metrischen Ausdrucks sowie die als Konstanzregel zu bezeichnende Form der Metrik werden hierbei besprochen und die Geltung der ersten oder der zweiten Form des Ausdrucks, als von der Wahl der Reizgröße abhängig dargetan. Der Kern des Problems der sinnesphysiologischen Messung (wie allen experimentellen Messens und Observierens) (Schlick) liegt in dem »Einander‐Entsprechen« der Erlebnisgrößen und der fremden »Reizgrößen«. Die logische Form dieses Entsprechens als Wahrscheinlichkeitsimplikation wird besprochen und darauf hingewiesen, daß das Problem der gegenseitigen Beziehungen der verschiedenen beim sinnesphysiologischen Versuch vorkommenden Gegenstände, der Erlebnisse, Empfindungen und der verschiedenartigen Reizgrößen (das psycho‐physische Problem der Sinnesphysiologie) ein Problem der Ableitbarkeit oder Konstituierbarkeit von Gegenständen verschiedener Stufe ist.
Über die Wirkung von Milch‐, Brenztrauben‐, Bernstein‐, Fumar‐ und Glycerinphosphorsäure auf das Arbeitsvermögen monobromessigsäurevergifteter Muskeln und Herzen vom Frosch1
Authors: Grimlund Kurt 
Published: April 2012

Zusammenfassung.Zusatz von Milchsäure zu monobromessigsäurevergifteten Herzventrikeln und von Milchsäure und Brenztraubensäure zu vergifteten, intakten Mm. sartorii vom Frosch befähigt die Herzventrikel bzw. Sartoriusmuskeln zu wesentlich größerer mechanischer Arbeit, als der mit keinem Donator versetzte Muskel leistet. Im Mikrorespirometerversuch riefen diese beiden Donatoren eine kräftige Atmungssteigerung hervor, sowohl bei vergifteter, feinzerkleinerter Muskulatur wie beim vergifteten, intakten Sartorius.Am intakten, monobromessigsäurevergifteten Sartorius war durch Bernstein‐, Fumar‐ oder Glycerinphosphorsäure als Donatorsubstanz weder im Ergograph‐ noch im Mikrorespirometcrversuch ein Effekt zu erhalten. Dieses scheint darauf zu beruhen, daß die betreffenden Donatoren nicht in den intakten Muskel eindringen können.Vergiftete Muskeln, denen Stichverletzungen mit einem »Nadelstempel« zugefügt wurden, lieferten indessen Ergogramme, die deutlich zeigten, daß Zusatz von Bernstein‐, Fumar‐ oder Glycerinphosphorsäure das Arbeitsvermögen des vergifteten Muskels steigern kann, sofern dem Donator das Eindringen in den Muskel ermöglicht wird. Auch zeigte unter denselben Bedingungen der Sauerstoffverbrauch eine kräftige Erhöhung.Bernstein‐, Fumar‐ und Glycerinphosphorsäure scheinen also in derselben Weise wie Milch‐ und Brenztraubensäure bei ihrem oxydativem Abbau Energie liefern zu können, die für die Phosphagen‐resynthese verwertbar ist.
Tannin und Dehydrogenasen
Authors: Thunberg T. 
Published: April 2012

Zusammenfassung.Bei Herstellung dehydrogenasehaltiger Extrakte aus gewissen Pflanzensamen machte Vf. die Beobachtung, daß die Schale vor Extraktion des Samenkerns entfernt werden mußte. Die Schale enthält nämlich in vielen Fällen einen kochbeständigen Stoff von ausgeprägt hemmender Wirkung gegenüber Dehydrogenasen. Auch Dekokte aus verschiedenen Blättern und Rinden enthalten Stoffe mit einer solchen hemmenden Wirkung. Das Vorhandensein von Gerbstoffen in diesen Drogen richtete die Aufmerksamkeit darauf, daß diese eventuell die Ursache der Hemmung sein könnten. Direkte Versuche mit dem Pharmakopöepräparat Tannin zeigten auch, daß dasselbe schon in einer Konzentration von 1: 500.000 hemmend wirkt. Die Hemmung tritt nicht nur bei Verwendung von Methylenblau als Indikator ein, sondern auch bei anderen Indikatoren, wie Indigodisulfonat, Indigotrisulfonat und Indigotetrasulfonat. Die hemmende Wirkung des Tannins macht sich auch bei der Sauerstoffaufnahme mit Bernsteinsäure versetzter Muskulatur und Gehirnsubstanz stark geltend. Auch die Indikatorentfärbung durch Hefe wird durch Tannin gehemmt. — Vf. erörtert die eventuelle biologische Bedeutung der hemmenden Wirkung dieser Gerbstoffe in der Pflanzenwelt und berührt auch, im Hinblick auf tanninhaltige Heilmittel, die eventuelle therapeutische Bedeutung derselben.Johan och Therese Anderssons Minnesfond sage ich für die Bereitstellung von Mitteln für die Durchführung dieser Untersuchungen meinen Dank.