Accuracy of evaluation and correlation of estimated breeding values among relatives, with evaluation based on information from relatives or from identified loci
Authors: Brisbane J. R. , Gibson J. P. 
Published: March 2011

SummaryDeterministic methods were used to calculate the accuracy of evaluation, and the correlation of estimated breeding values (EBV) among sibs, when evaluation is based on phenotypic records of the individual and relatives, or on quantitative‐trait‐locus (QTL) information. An additive infinitesimal genetic model was assumed, with discrete generations of truncation selection on EBV, and random mating of selected parents in a hierarchical design. It was shown that the overlap of phenotypic data between the evaluations of relatives causes large increases in correlations of EBV with only modest increases in accuracy. This explains the disproportionate increases in inbreeding observed by other authors. By contrast, the use of major‐locus information leads to low correlations of EBV among relatives, provided that functional loci are directly identified or there is complete linkage disequilibrium. Use of information from QTL should reduce EBV correlations and, hence, inbreeding, but use of information from markers may not be so useful, since errors of estimation of association with QTL will be shared by family members, leading to increased correlations of EBV.ZusammenfassungGenauigkeit und Korrelation der geschätzten Zuchtwerte von verwandten Tieren mit Information von Verwandten oder von identifizierten GenenZur Kalkulation der Genauigkeit und Korrelation der geschätzten Zuchtwerte von Geschwistern sind deterministische Methoden angewandt worden für die Situation, daß die geschätzten Zuchtwerte auf phänotypischen Beobachtungen von einem Individuum und dessen Verwandten oder auf der Information von Loci, die quantitative Merkmale beeinflußen (QTL), basieren. Ein additiv‐genetisches Infinitisimalmodell wurde unterstellt, nach diskreten Generationen mit Selektion nach geschätzten Zuchtwerten und Zufallspaarung der selektierten Eltern in einem hierarchischen Design. Es konnte gezeigt werden, daß die Überlappung der phänotypischen Daten bei der Zuchtwertschätzung von verwandten Tieren zu einer erheblichen Erhöhung der Korrelation wischen geschätzten Zuchtwertenführte, während die Genauigkeit der Schätzwerte nur geringfügig erhöht war. Diese Ergebnisse können die unverhältmässige Erhöhung der Inzucht, die andere Autoren beobachtet haben, erklären. Im Gegensatz dazu führte die Verwendung der Information von QTL zu einer niedrigenen Korrelation der geschätzten Zuchtwerte von verwandten Tieren, vorausgesetzt die funktionellen QTL können direkt identifiziert werden oder es besteht ein vollständiges Kopplungsungleichgewicht. Die Berücksichtigung der Information von QTL sollte die Korrelation der geschätzten Zuchtwerte reduzieren können und führt deshalb zur Verminderung der inzucht. Die Verwendung von Markerinformation könnte weriger nützlich sein, weil Fehler bei der Schätzung der Kopplung zwischen Marker und QTL für alle Mitglieder einer Familie gemeinsam sind und deshalb zu erhöhten Korrelationen zwischen geschätzten Zuchtwerten führen können.ResumenPrecisión de la Evaluación y Correlación de los Valores Reproductivos Entre Parientes con Evaluación Basada en Información de Parientes o de Loci Conocido.Métodos deterministicos fueron usados para calcular la precisión de evaluación y la correlación de los valores reproductivos estimados (EBV) entre hermanos cuando la evaluación está basada en información fenotipica de individuos y parientes o basada en información de loci en caracteristicas cuantitativas (QTL). Se asumió un modelo genético infinitesimal con generaciones discretas de selección truncacional sobre los EBV y apareamiento aleatorio de padres seleccionados en un diseno jerárquico. Se demostró que la sobreposición de información fenotipica entre las evaluaciones de los parientes causa un gran incremento en las correlaciones de los EBV con aumentos minimos de la precisión de evaluación. Esto explica los desproporcionados aumentos de endogamia observados por otros autores. En contraste el uso de información proveniente de QTL induce a bajas correlaciones de los EBV entre parientes, asumiendo que los loci funcionales están directamente identificados o hay un complete ligamiento desequilibrado. El uso de la información de QTL deberia reducir las correlaciones de los EBV y por lo tanto la endogamia, pero el uso de información de marcadores puede no ser tan útil debido a que los errores de estimación de la asociación con QTL seran comunes para los miembros de la familia, lo cual lleva al aumento de la correlación entre los EBV.