bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
mStruct: Inference of Population Structure in Light of Both Genetic Admixing and Allele Mutations
Authors: Shringarpure Suyash , Xing Eric P 
Published: April 2009

Abstract
Traditional methods for analyzing population structure, such as the Structure program, ignore the influence of the effect of allele mutations between the ancestral and current alleles of genetic markers, which can dramatically influence the accuracy of the structural estimation of current populations. Studying these effects can also reveal additional information about population evolution such as the divergence time and migration history of admixed populations. We propose mStruct, an admixture of population-specific mixtures of inheritance models that addresses the task of structure inference and mutation estimation jointly through a hierarchical Bayesian framework, and a variational algorithm for inference. We validated our method on synthetic data and used it to analyze the Human Genome Diversity Project–Centre d'Etude du Polymorphisme Humain (HGDP–CEPH) cell line panel of microsatellites and HGDP single-nucleotide polymorphism (SNP) data. A comparison of the structural maps of world populations estimated by mStruct and Structure is presented, and we also report potentially interesting mutation patterns in world populations estimated by mStruct.
Novel Nucleotide Sequence Motifs That Produce Hotspots of Meiotic Recombination inSchizosaccharomyces pombe
Authors: Steiner Walter W , Steiner Estelle M , Girvin Angela R , Plewik Lauren E 
Published: April 2009

AbstractIn many organisms, including yeasts and humans, meiotic recombination is initiated preferentially at a limited number of sites in the genome referred to as recombination hotspots. Predicting precisely the location of most hotspots has remained elusive. In this study, we tested the hypothesis that hotspots can result from multiple different sequence motifs. We devised a method to rapidly screen many short random oligonucleotide sequences for hotspot activity in the fission yeast Schizosaccharomyces pombe and produced a library of ∼500 unique 15- and 30-bp sequences containing hotspots. The frequency of hotspots found suggests that there may be a relatively large number of different sequence motifs that produce hotspots. Within our sequence library, we found many shorter 6- to 10-bp motifs that occurred multiple times, many of which produced hotspots when reconstructed in vivo. On the basis of sequence similarity, we were able to group those hotspots into five different sequence families. At least one of the novel hotspots we found appears to be a target for a transcription factor, as it requires that factor for its hotspot activity. We propose that many hotspots in S. pombe, and perhaps other organisms, result from simple sequence motifs, some of which are identified here.
Molecular Evolution of Phytochromes inCardamine nipponica(Brassicaceae) Suggests the Involvement ofPHYEin Local Adaptation
Authors: Ikeda Hajime , Fujii Noriyuki , Setoguchi Hiroaki 
Published: April 2009

AbstractGiven that plants are sessile organisms, traits involved in adapting to local environments and/or in monitoring the surrounding environment, such as having photoreceptors, are significant targets of natural selection in plant evolution. To assess the intraspecific adaptive evolution of photoreceptors, we investigated sequence variations in four phytochrome genes (PHYA–C and PHYE) of Cardamine nipponica (Brassicaceae), an endemic Japanese alpine plant. The genealogies of haplotypes and genetic differentiations showed inconsistent patterns of evolution across phytochromes, suggesting that evolutionary forces were distinct in phytochromes of C. nipponica. An overall low level of nucleotide diversity in phytochrome genes suggests that the evolution of phytochromes is constrained by purifying selection within C. nipponica, which is consistent with previous findings on phytochromes. However, PHYE alone exhibited a non-neutral pattern of polymorphisms (Tajima's D = 1.91, P &lt; 0.05) and an accumulation of nonsynonymous substitutions between central and northern Japan. In particular, the PHY domain, which plays an important role in stabilizing the active form (Pfr) of phytochromes, harbored a specific nonsynonymous fixation between regions. Thus, our finding indicates that local adaptation is involved in the evolution of PHYE in C. nipponica and is the first to suggest the involvement of PHYE in local adaptation.
Genetic Architecture of Tameness in a Rat Model of Animal Domestication
Authors: Albert Frank W , Carlborg Örjan , Plyusnina Irina , Besnier Francois , Hedwig Daniela , Lautenschläger Susann , Lorenz Doreen , McIntosh Jenny , Neumann Christof , Richter Henning , Zeising Claudia , Kozhemyakina Rimma , Shchepina Olesya , Kratzsch Jürgen , Trut Lyudmila , Teupser Daniel , Thiery Joachim , Schöneberg Torsten , Andersson Leif , Pääbo Svante 
Published: April 2009

AbstractA common feature of domestic animals is tameness—i.e., they tolerate and are unafraid of human presence and handling. To gain insight into the genetic basis of tameness and aggression, we studied an intercross between two lines of rats (Rattus norvegicus) selected over &gt;60 generations for increased tameness and increased aggression against humans, respectively. We measured 45 traits, including tameness and aggression, anxiety-related traits, organ weights, and levels of serum components in &gt;700 rats from an intercross population. Using 201 genetic markers, we identified two significant quantitative trait loci (QTL) for tameness. These loci overlap with QTL for adrenal gland weight and for anxiety-related traits and are part of a five-locus epistatic network influencing tameness. An additional QTL influences the occurrence of white coat spots, but shows no significant effect on tameness. The loci described here are important starting points for finding the genes that cause tameness in these rats and potentially in domestic animals in general.
Reciprocal Silencing, Transcriptional Bias and Functional Divergence of Homeologs in Polyploid Cotton (Gossypium)
Authors: Chaudhary Bhupendra , Flagel Lex , Stupar Robert M , Udall Joshua A , Verma Neetu , Springer Nathan M , Wendel Jonathan F 
Published: April 2009

AbstractPolyploidy is an important force in the evolution of flowering plants. Genomic merger and doubling induce an extensive array of genomic effects, including immediate and long-term alterations in the expression of duplicate genes (“homeologs”). Here we employed a novel high-resolution, genome-specific, mass-spectrometry technology and a well-established phylogenetic framework to investigate relative expression levels of each homeolog for 63 gene pairs in 24 tissues in naturally occurring allopolyploid cotton (Gossypium L.), a synthetic allopolyploid of the same genomic composition, and models of the diploid progenitor species. Results from a total of 2177 successful expression assays permitted us to determine the extent of expression evolution accompanying genomic merger of divergent diploid parents, genome doubling, and genomic coevolution in a common nucleus subsequent to polyploid formation. We demonstrate that 40% of homeologs are transcriptionally biased in at least one stage of cotton development, that genome merger per se has a large effect on relative expression of homeologs, and that the majority of these alterations are caused by cis-regulatory divergence between the diploid progenitors. We describe the scope of transcriptional subfunctionalization and 15 cases of probable neofunctionalization among 8 tissues. To our knowledge, this study represents the first characterization of transcriptional neofunctionalization in an allopolyploid. These results provide a novel temporal perspective on expression evolution of duplicate genomes and add to our understanding of the importance of polyploidy in plants.
The role of Helicobacter pylori infection in children with chronic immune thrombocytopenic purpura
Authors: Veres Gábor , Karóczkai István , Bodánszky Hedvig , Marosi Anikó , Magyarossi Edina , Dezsőfi Antal , Arató András 
Published: April 2009

A
Helicobacter pylori
kóroki szerepe a felnőttkori immunthrombocytopeniás purpurában bizonyított, ám a gyermekkori esetekről eddig csak kevés és egymásnak ellentmondó adatok ismeretesek. Jelen felmérésükben a szerzők a
Helicobacter pylori-
infekció előfordulását vizsgálták immunthrombocytopeniás purpurában szenvedő gyermekekben. Ezenkívül a
Helicobacter pylori
-pozitív gyermekek thrombocytaszámának változását követték nyomon az eradikációt követően.
Betegek és módszer:
A vizsgálatukba 27 immunthrombocytopeniás purpurás gyermeket vontak be (13 fiú, 14 lány, átlagéletkor: 8,2 év, tartomány: 18 hó–18 év). A kontrollcsoportba 38 egészséges gyermek tartozott (20 fiú, 18 lány, átlagéletkor: 9,6 év, tartomány: 4–18 év). A
Helicobacter pylori
-fertőzés igazolása
13
C urea-kilégzési teszt segítségével történt. Az eradikáció sikerességét a kombinált kezelést követően 6 héttel újabb
13
C urea-kilégzési teszt elvégzésével állapították meg.
Eredmény:
Az immunthrombocytopeniás purpurás betegekben a 27 főből 2 gyermek (7,7%) bizonyult
Helicobacter pylori
-pozitívnak. A kontrollokban hasonló előfordulási arányt találtak (3/38, 7,9%). A nyomon követés során (átlagosan 10 hónap, tartomány: 6–14 hó) a
Helicobacter pylori
eradikációját követően a betegek thrombocytaszáma nem emelkedett szignifikánsan. A
Helicobacter pylori
-pozitív immunthrombocytopeniás purpurás betegek eradikációja a kontroll
13
C urea-kilégzési teszt alapján sikeresnek bizonyult.
Következtetés:
Vizsgálatok alapján a
Helicobacter pylori
kóroki szerepe nem igazolható a gyermekkori immunthrombocytopeniás purpurában. Ennek megfelelően a kórképben szenvedő gyermekekben a
Helicobacter pylori
szűrővizsgálata nem javasolt.
The role of zinc in the homeostasis of human organism
Authors: Szentmihályi Klára , Vinkler Péter , Fodor Judit , Balla József , Lakatos Béla 
Published: April 2009

Az emberi szervezet sejtjei különböző kompartmentjeinek nyomelem-koncentrációi pontosan szabályozottak (homeosztázis). A fémelemek raktározásának vagy kiürülésének rendellenességei jól karakterizált betegségekhez vezetnek. Ez az összefoglaló a cink metabolizmusával, továbbá az ennek szabályozására szolgáló folyamatokkal foglalkozik, amelyek biztosítják, hogy a cinkionok intracelluláris és extracelluláris szintje azokon a fiziológiai határokon belül maradjon, amelyek között a biológiai funkciók normálisak. Patológiás állapotban a metabolizmus folyamatai is megváltoznak. A cinkionoknak a kompartmenteket elválasztó membránokon és a citoszólon való átjutását, a fémionok szekvesztrálását génregulációk irányítják. A cink hatására kialakuló sejt- és szövetkárosodási folyamatokat, valamint a nyomelemhiányok szimptómáit is részletesen elemezzük.
Role of hormonal risk factors in oral cancer development
Authors: Suba Zsuzsanna , Maksa Györgyi , Mihályi Szilvia , Takács Dániel 
Published: April 2009

Az orális carcinoma (OC) esetek körében igen magas a férfi:nő arány. A nők alacsony száma a férfiakhoz viszonyítva arra utal, hogy endokrin tényezők is szerepet játszhatnak a daganat kialakulásában. Jelen vizsgálataink célja, hogy tisztázzuk, milyen különbségek vannak férfiak és nők között az OC rizikófaktoraira vonatkozóan. A Semmelweis Egyetem Arc-Állcsont-Szájsebészeti és Fogászati Klinikáján jelentkező 2660 beteget (2130 férfi és 530 nő) vontuk be a vizsgálatba. Regisztráltuk a dohányzást és az alkoholfogyasztást, az emelkedett szérumglükózszintet és a nőbetegek menopauzára vonatkozó adatait. A dohányzás és a túlzott alkoholfogyasztás, az irodalmi adatokkal megegyezően, fontos rizikófaktornak bizonyult az OC-esetekben férfiak és nők körében egyaránt. A mérsékelt alkoholfogyasztás viszont gyenge rizikófaktornak bizonyult férfiak körében, és egyáltalán nem jelentett kockázatot a nők számára. Az emelkedett éhomi glükózszint nem volt kimutatható OC-kockázat a férfi betegek körében, ugyanakkor a nők esetében jelentős rizikófaktornak bizonyult, különös tekintettel a gingivacarcinomára. A női OC-betegek csaknem valamennyien posztmenopauzálisak voltak, továbbá a menopauza és az OC diagnózisa között meglehetősen hosszú idő telt el (átlagosan 17 év). Ezek a vizsgálati leletek arra utalnak, hogy az ösztrogénhiány szerepet játszhat az OC iniciációjában. A női OC-esetekben szignifikánsan fiatalabb korban jelentkezett a menopauza, és a hysterectomia aránya is jóval magasabb volt a tumormentes kontrollokkal összehasonlítva, ami szintén alátámasztja az ösztrogénhiány-elméletet. Posztmenopauzális nőbetegekben mind az ösztrogénhiány, mind az emelkedett éhomi glükózszint OC-rizikófaktornak tűnik. Ezek az eredmények új megvilágításba helyezik az orális carcinomák etiológiáját, és magyarázatot adnak arra vonatkozóan, hogy hogyan alakulhatnak ki dohányzásfüggő tumorok dohányzás nélkül.
The role of Orvosi Hetilap in the development of contemporary Hungarian gastroenterology. Part 4: 1989–2008
Authors: Buzás György Miklós 
Published: April 2009

Az
Orvosi Hetilap
1948 és 1989 között az előző időszakhoz képest jelentősen több gasztroenterológiai tárgyú publikációt közölt. Az ismeretek elsősorban angol közvetítéssel kerültek a magyar szakirodalomba.
Célkitűzés:
Az
Orvosi Hetilap
ban 1989 és 2008 között megjelent gasztroenterológiai tárgyú publikációk kiértékelése.
Módszer:
A szerző manuális módszerrel áttekintette a folyóirat 1989 és 2008 közötti évfolyamait. A gasztroenterológiai tárgyú eredeti közleményeket, lapszemléket és könyvismertetéseket azonosította és azokból adatbázist készített. A publikációkat tematikai csoportokba sorolta és arányukat meghatározta. Az eredményeket összehasonlította az 1948 és 1989 közötti időszak publikációs tevékenységével. Részletesen áttekintette a laparoszkópos sebészet, a májátültetés és a genetikai ismeretek recepcióját az
Orvosi Hetilap
ban. Eredmények: 1989 és 2008 között az
Orvosi Hetilap
ban 2817 gasztroenterológiai tárgyú dolgozat jelent meg (1067 eredeti közlemény, 1698 folyóirat-referátum, 52 könyvismertetés), ez az összes közlemény 10,1%-a. Az előző korszakhoz képest a gasztroenterológiai tárgyú közlemények száma nem változott (p = 0,82), a folyóirat-referátumok (p = 0,006) és könyvismertetések száma jelentősen csökkent (p = 0,01). 2007-től megjelent az
Orvosi Hetilap
online változata és a
Hungarian Medical Journal
. A 1989 és 2008 között legtöbbet a máj (17,8%) és epeutak betegségeivel (4,31%), ezen belül a vírusos hepatitisekkel foglalkoztak (7,0%). Laparoszkópos sebészettel 27 (1,8%), májátültetéssel 39 (2,6%), genetikával 61 (4,0%) közlemény foglalkozott. Százharmincegy szakfolyóiratot szemléztek, a gasztroenterológiai tárgyú folyóirat-referátumok száma az előző időszakhoz képest csökkent (p = 0,006). A referátumok 65,4%-a magfolyóiratokban jelent meg. Az angol nyelvű lapok aránya 62,4%, a lapszemlék 31,5%-a német, 1,69%-a francia forrásból táplálkozik, tehát az angol dominancia erősödött. A könyvismertetések száma 211-ről 52-re csökkent (p = 0,01). A laparoszkópos sebészetben elsősorban a cholecystectomiával szerzett tapasztalatokat ismertették. A májátültetés kérdéskörének fő fóruma az
Orvosi Hetilap
volt. A 2000-es években az egyetemi centrumokban működő munkacsoportok ismertették az emésztőszervi betegségek genetikai kutatásait.
Következtetés:
Az utóbbi két évtizedben az
Orvosi Hetilap
sikerrel látta el hagyományos feladatát a hazai orvosok szakmai tájékoztatásában, emellett fontos szerepet vállalt a kortárs gasztroenterológia új vívmányainak (laparoszkópos sebészet, májátültetés, genetika) ismertetésében.
Are HIV/AIDS Prevention Interventions for Heterosexually Active Men in the United States Gender-Specific?
Authors: Dworkin Shari L. , Fullilove Robert E. , Peacock Dean 
Published: April 2009

Although gender-specific theories are often deployed in interventions to reduce women's HIV risks, the same is often not true for interventions among men. Theories of masculinity are not guiding most US research on the risky sexual behavior of heterosexual men or on what can be done to intervene.We first assess the extent to which evidence-based HIV-prevention interventions among heterosexually active men in the United States draw upon relevant theories of masculinity. Next, we introduce a useful framework within masculinity and gender studies that can be applied to HIV-prevention interventions with heterosexually active men.Finally, we make suggestions to improve the gender specificity of HIV-prevention interventions for heterosexually active men in the United States.
Far-Field Volumetric Distribution of Fracturing Fluids away from an Uncemented Horizontal Liner in the Bakken Formation
Authors: Dunek Kenneth L. , Walser Doug W. , Astakhov Dmitriy K. 
Published: April 2009

Abstract
The Middle Bakken member of the Bakken series in the Williston Basin is sometimes completed with horizontal open holes, or with horizontal uncemented liners. Completion strategy involves fracture stimulation of the mature Upper and Lower Bakken Shales above and below the middle Bakken member (often a thin, moderately low porosity carbonate or siltstone). Knowledge of the volumetric fluid distribution away from the wellbore in the middle Bakken member is important, in terms of determining which portions of the reservoir are actually stimulated.
A case study of a Williston Basin Bakken completion in which precision surface tiltmeter technology mapped volumetric fracture distribution along an uncemented horizontal liner is presented.
When a long horizontal interval with unknown initiation points is stimulated, the number of created hydraulic fractures is unknown, as well as fracture orientation and dimensions. There are often more degrees of freedom than the number of measurements, and the same surface deformation response may be simulated by different combinations of fractures of various orientation and sizes. To reduce the number of unknown parameters, the wellbore may be divided into several segments, with all fracture volume in each segment placed in the middle, and the size of each segment larger than the spatial resolution of the tiltmeter array.
Non-Darcy Porous Media Flow According to the Barree and Conway Model: Laboratory and Numerical Modeling Studies
Authors: Lai Bitao , Miskimins Jennifer L. , Wu Yu-Shu 
Published: April 2009

Abstract
This paper presents supplementary laboratory data to show that a non-Darcy flow model, proposed by Barree and Conway in 2004, is capable of overcoming the limitation with the Forchheimer non-Darcy equation in high flow rates while describing the entire range of relationships between rate and potential gradient from low- to high-flow rates through proppant packs using a single equation or model. To supplement these laboratory findings, a numerical model is developed that incorporates the Barree and Conway model into a general-purpose reservoir simulator for modeling single-phase non-Darcy flow in porous and fractured media. In the numerical approach, flow through fractured rock is handled using a general multi-continuum approach, applicable to both continuum and discrete fracture conceptual models. The numerical formulation is based on a discretization using an unstructured grid of regular or irregular meshes, followed by time discretization carried out with a backward, first-order, finite-difference method. The final discrete nonlinear equations are handled fully implicitly, using Newton iteration. Additionally, an analytical solution under steady-state linear flow condition is derived and used to verify numerical simulation results for the steady-state linear flow case. The numerical model is applied to evaluate the transient flow behavior at an injection well for non-Darcy flow according to the Barree and Conway model. Results show that the parameter of characteristic length, τ, is more sensitive than other parameters; while the impact of the minimum permeability plateau is shown only at extremely large flow rates or pressure gradients. The proposed numerical modeling approach is suitable for modeling various types of multi-dimensional non-Darcy flow through porous and fractured heterogeneous reservoirs.
From Hydraulic Fracturing, What Can We Learn About Reservoir Properties of Tight Sand at the Wattenberg Field in the Denver-Julesburg Basin?
Authors: Yang Yuanhai , Birmingham Thomas , Kremer Anne 
Published: April 2009

Abstract
While hydraulic fracturing is the most commonly used stimulation method for the Codell tight sand at the Wattenberg Field, the authors have observed that the leak-off tests during a typical frac can be utilized to calculate the near wellbore reservoir pressure, far-field reservoir pressure, and permeability indicator. The correlations calculating the reservoir pressures are based on the linear relationship between the fracture closure pressure and reservoir pressure, whereas the permeability indicator is inferred from an analysis of the leak-off coefficiency, or a critical factor of the formation transmissibility. The validity of these methods has been substantiated by the corresponding pertrophysical property distribution, as well as well performances. As the results of these methods, the distribution of the calculated reservoir pressures and permeability indicator have greatly benefited the infill drilling program in terms of situating new in high pressure and high permeability areas while avoiding depleted places.
Reservoir Simulation Study of An In-situ Conversion Pilot of Green-River Oil Shale
Authors: Shen Chonghui 
Published: April 2009

Abstract
Shell Oil Company conducted an oil shale thermal conduction pilot in the Piceance Basin of Colorado during 1997 and 1998. Six heaters and one producer were arranged in a single unconfined hexagonal seven spot pattern to test the viability of the Shell's proprietary in-situ conversion process (ICP) in oil shale under field conditions and to substantiate the in-house experiments that produced high quality crude. The pilot succeeded in meeting all of the intended objectives. The history match of the production data, however, encountered some technical challenges and hindered the full interpretation of test results.
This paper presents the results and findings of a new history match study of the pilot. This simulation succeeded in achieving a good match of the production data by the identification of (1) borehole reflux heat loss, and (2) production impairment from scale build-up and the proper adjustment of well skin effects in the model. It also confirmed that the ICP performance observed in laboratory could be used as a good proxy for ICP in field.
Micro-Emulsion Effectiveness for Twenty Four Wells, Eastern Green River, Wyoming
Authors: Crafton J. W. , Penny G. S. , Borowski D. M. 
Published: April 2009

Abstract
The evaluation of 24 wells representing 339 stages of fracture stimulation which produce from the Lance interval in the northeastern Pinedale Anticline area of the Green River Basin, Wyoming has been conducted to determine if the use of a micro-emulsion (ME) surfactant intended to reduce permeability impairment and improve load recovery, had any observable benefits. The well group consisted of wells in a limited contiguous six square mile area, with 10 wells having 1.5 gallons of ME per thousand used throughout the fracture stimulations, but at no other time during in-well operations. Fourteen wells completed approximately nine months earlier had no micro-emulsion used during stimulation or other in-well operations. Based on the matched reservoir properties and effective degree of stimulation, 20 year forecasts were performed for each well. Then comparisons of those results and various treating parameters were used to assess the potential benefit arising from using ME. The determination of potential benefit was assessed using classical statistical methods to ensure that the interpretation was as unbiased as possible. From that analysis, there is distinct and clear benefit from using the micro-emulsion to facilitate placing the fracture stimulations, to increase effective fracture length, to minimize damage arising from operational shut-ins and especially to increase gas recovery and net present value of wells in which the micro-emulsion system is used.