bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Genetic dissection of basal defence responsiveness in accessions of Arabidopsis thaliana
Authors: AHMAD SHAKOOR , VAN HULTEN MARIEKE , MARTIN JANET , PIETERSE CORNÉ M. J. , VAN WEES SASKIA C. M. , TON JURRIAAN 
Published: March 2011

ABSTRACTBasal resistance involves a multitude of pathogen‐ and herbivore‐inducible defence mechanisms, ranging from localized callose deposition to systemic defence gene induction by salicylic acid (SA) and jasmonic acid (JA). In this study, we have explored and dissected genetic variation in the responsiveness of basal defence mechanisms within a selection of Arabidopsis accessions. Responsiveness of JA‐induced PDF1.2 gene expression was associated with enhanced basal resistance against the necrotrophic fungus Plectosphaerella cucumerina and the herbivore Spodoptera littoralis. Conversely, accessions showing augmented PR‐1 induction upon SA treatment were more resistant to the hemi‐biotrophic pathogen Pseudomonas syringae, and constitutively expressed defence‐related transcription factor (TF) genes. Unexpectedly, accessions with primed responsiveness to SA deposited comparatively little callose after treatment with microbe‐associated molecular patterns. A quantitative trait locus (QTL) analysis identified two loci regulating flagellin‐induced callose and one locus regulating SA‐induced PR‐1 expression. The latter QTL was found to contribute to basal resistance against P. syringae. None of the defence regulatory QTLs influenced plant growth, suggesting that the constitutive defence priming conferred by these loci is not associated with major costs on plant growth. Our study demonstrates that natural variation in basal resistance can be exploited to identify genetic loci that prime the plant's basal defence arsenal.
Portrayal of organ donation and transplantation on American primetime television
Authors: Harbaugh Calista , Afana Majed , Burdick Stephanie , East Joseph , Kodali Sindhura , Lee Jay , Patel Shaun , Rangrass Govind , Ranney David , Sood Vikram , Lynch Raymond , Sonnenday Christopher J. , Englesbe Michael J. , Mathur Amit K. 
Published: March 2011

Harbaugh C, Afana M, Burdick S, East J, Kodali S, Lee J, Patel S, Rangrass G, Ranney D, Sood V, Lynch R, Sonnenday CJ, Englesbe MJ, Mathur AK. Portrayal of organ donation and transplantation on American primetime television. Clin Transplant 2011: 25: E375–E380. © 2011 John Wiley & Sons A/S.Abstract:  Recently, both living and deceased organ donation rates have hit a plateau, despite increases in need for viable organs. One approach to improve donation rate is public education and policy; thus, it is necessary to understand the information the public is receiving regarding organ donation. We hypothesized that primetime medical dramas portray organ donation and transplantation in a negative manner. We compiled data on all primetime medical drama episodes with transplant themes from November 2008 through June 2010 and assessed depictions of organ donors and transplant candidates. Positive and negative thematic elements surrounding the process and individuals involved were also identified. One hundred and fifty‐five million and 145 million households watched episodes containing any negative message and any positive message, respectively. Episodes containing only negative messages had over twice the household viewership per episode compared to episodes containing only positive messages (8.4 million vs. 4.1 million, p = 0.01). Widespread exposure to these representations may reinforce public misconceptions of transplantation. The transplant community should consider the popularity of medical dramas as an opportunity to impact the perception of organ donation and transplantation for millions of Americans.
Alternatives to least squares in multiple linear regression to predict production traits
Authors: Bergmann J. A. G. , Hohenboken W. D. 
Published: March 2011

SummaryThe objectives of this study were to describe and compare the efficacy of least‐squares, ridge‐and principal‐components‐regression methodology for analysis of data for which multicollinearity existed among regressor variables. A data set composed of calfhood traits (regressor variables) and first‐progeny weaning weight (the dependent variable) of 771 Angus females was used. The statistics variance‐inflation factors, eigenvalues, condition numbers and variance proportions were used in diagnosing multicollinearity. Although biased, the regression‐coefficient estimates produced by ridge and principal components regression had smaller variances than estimates obtained from least squares.Between the two alternatives to least squares, ridge regression produced better results than principal‐components regression. Ridge and least‐squares regression produced similar regression‐coefficient estimates, prediction sum of squares (PRESS‐like) statistics and, to a lesser extent, conceptual predictive criteria (Cp‐like) statistics. For prediction, the performance of least‐squares and ridge‐regression models was very similar.ZusammenfassungAlternativen zu Minimum‐Quadrat bei multipler linearer Regression zur Voraussage von LeistungsmerkmalenDie Untersuchung bezieht auf Beschreibung und Vergleich der Wirksamkeit von Minimum‐Quadrat, Ridge und Hauptkomponentenregressionsmethodik zur Analyse von Daten mit Multicollinearität zwischen Regressorvariablen. Das Datenmaterial aus Kälberleistungen (Regressorvariable) und Absatzgewicht der ersten Nachkommen (abhängige Variable) von 771 Anguskühen wurde verwendet. Die statistischen Größen Varianz inflationsfaktoren, Eigenwerte, Bedingungszahl und Varianzverhältnisse wurden zur Diagnose der Multicollinearität verwendet. Obwohl verzerrt, haben die Regressionskoeffizientenschätzungen aus Ridge‐und Hauptkomponentenregression geringere Varianzen als Minimum‐Quadratschätzungen. Von den zwei Alternativen hat Ridge‐Regression bessere Resultate als Hauptkomponentenregression ergeben. Ridge und Miniumum‐Quadratregression haben ähnliche Regressionskoeffizienten ergeben, Schätzungsquadratsumme (PRESS‐ähnlich), Statistik und, in einem geringeren Ausmaß, Schätzungskriterien (Cp‐ähnliche)‐statistik. Im Hinblich auf Voraussage war die Leistung der Minimum‐Quadrat‐und Ridge‐Regressions‐Modelle sehr änlich.
Genetic parameters for reproduction traits in sows and relations to performance‐test measurements
Authors: Rydhmer L. , Lundeheim N. , Johansson K. 
Published: March 2011

SummaryMultivariate REML (Restricted Maximum Likelihood) analysis was used to estimate genetic parameters for 4068 Swedish Yorkshire sows from nucleus herds. Heritabilities were estimated to be 0.27, 0.13, 0.08 and 0.12 for age at first farrowing, number of piglets born alive in the first litter, length of the first farrowing interval, and number of piglets born alive in the second litter, respectively. Month of first farrowing had a significant effect on age at first farrowing and length of the first‐farrowing interval. The genetic correlation between litter size in the first litter and that in the second litter was 0.67, and the corresponding environmental correlation was 0.09. There was a significant negative genetic correlation between growth rate during the performance test and age at first farrowing. The genetic correlation between backfat thickness at the end of performance test and age at first farrowing also tended to be negative. No significant correlations between either of the two production traits and litter size at birth were found.ZusammenfassungGenetische Parameter für Fruchtbarkeitsmerkmale von Sauen und Beziehungen zu MastleistungsmerkmalenMultivariate REML Analyse wurde zur Schätzung genetischer Parameter an Datenmaterial von 4068 Schwedischen Yorkshire Sauen angewendet. Heritabilitätswerte für Erstferkelalter, Zahl lebendgeborener Ferkel im ersten Wurf und zweiten Wurf und Zwischenwurfintervall waren 0,27, 0,13, 0,12 und 0,08. Monat des Erstwurfes zeigte signifikanten Einfluß auf Erstwurfalter und Zwischen‐wurfzeit. Die genetische Korrelation zwischen Wurfgrößen 1 und 2 was 0,67, die umweltbedingte 0,09. Zwischen Zuwachs im Prüfabschnitt und Erstwurfalter existiert eine signifikante negative genetische korrelation, während die zwischen Rückenspeckdicke und Erstwurfalter dahin tendiert. Wurfgröße ist aber mit keinem der beiden Mastleistungsmerkmale signifikant korreliert.
Genetic parameters for milk yield in dairy sheep
Authors: Carriedo J. A. , Baro J. A. , Fuente L. F. de la , Primitivo F. san 
Published: March 2011

SummaryA repeatability animal model and restricted‐maximum‐likelihood methods were used to estimate genetic parameters of milk yield in dairy sheep. A total of 14 388 lactation records of 4123 ewes from three Churra flocks with full pedigree information for many years were considered. The following estimates were obtained for each flock: repeatability: 0.43, 0.32, and 0.32; percentage of permanent environmental variance: 14.3%, 17.3%, and 16.8%; heritability: 0.29, 0.15, and 0.15; coefficient of additive genetic variation: 13.6%, 11.8%, and 11.2%. When the additive genetic variation coefficient is taken into consideration, the estimates obtained could allow one to expect that the response to selection using a repeatability model for dairy‐sheep‐breeding programmes may be relatively high.ZusammenfassungGenetische Parameter für Milchleistung von SchafenEin Wiederholbarkeits‐Tiermodell und restringierte Maximum‐Likelihood‐Methoden wurden zur Schätzung genetischer Parameter für Milchmenge in Schafen verwendet. Insgesamt 14 388 Laktationen von 4123 Mutterschafen von 3 Churra‐Herden mit voller Pedigreeinformation über mehrere Jahre wurden analysiert. Folgende Schätzwerte wurden für die einzelnen Herden erhalten: Wiederholbarkeit 0,43, 0,32 und 0,32; Anteil permanenter Umweltvarianz 14,3, 17,3 und 16,8%; Heritabilität 0,29, 0,15 und 0,15; genetischer Variationskoeffizient 13,6, 11,8 und 11,2%.Im Hinblick auf die genetischen Variantionskoeffizienten sollte der Selektionserfolg bei Verwendung eines Wiederholbarkeitsmodells für Milchschaf günstig sein.ResumenParámetros genéticos para la producción láctea del ganado ovino lecheroUn modelo animal de repetibilidad y el método de máxima versimilitud restringida fueron usados para estimar los parámetros genéticos de la produccoión láctea en el ganado ovino lechero. Se consideraron 14 388 lactaciones de 4123 ovejas de tres rebaños de raza Churra con información de pedigree completa para muchos años. Fueron obtenidas las siguientes estimas para cada rebaño: repetibilidad: 0.43, 0.32, y 0.32; porcentage de varianza del ambiente permanente: 14.3, 17.3, 16.8%; heredaibilidad: 0.29, 0.15, 0.15; coeficiente de variación genético aditivo: 13.6, 11.8, 11.2%. Tomando en consideración el coeficiente de variación genético aditivo, las estimaciones obtenidas nos permitirían esperar que la respuesta a selección del ganado ovino lechero puede ser relativamente grande.
Sequence variation in the ovine cytochrome‐b gene
Authors: Hiendleder S. 
Published: March 2011

SummaryThe complete mitochondrial cytochrome b sequences of two Merinolandschaf individuals, preselected for mtDNA divergence on the basis of RFLP data, were determined and compared with a published sequence of Ovis aries. A total of 14 variable nucleotide positions were identified, the majority of these were silent third‐position transitions. Sequence differences ranged from 0.18% to 1.23%. A total of three variable residues (Ala/Gly, Ile/Val) in the predicted amino‐acid sequence was detected. The replacements can be considered conservative, and are located in the transmembrane regions of the protein. An influence on electron transport is therefore unlikely, although influences on enzyme function cannot be completely ruled out.ZusammenfassungSequenzvariabilität im ovinen Cytochrom b GenDie vollständige Sequenz des mitochondrialen Cytochrom b Genes zweier Merinolandschafe, die mittels RFLP‐Analysen auf Sequenzdivergenz vorselektiert worden waren, wurde bestimmt und mit einer publizierten Ovis aries Sequenz verglichen. Insgesamt wurden 14 variable Nukleotidpositionen identifiziert. Hierbei handelte es sich überwiegend um stille Transitionen in der dritten Codonposition. Die berechneten Sequenzunterschiede betragen 0.18%‐1.23%. An drei Positionen wurden Aminosäurensubstitutionen in der abgeleiteten Sequenz ermittelt (Ala/Gly, Ile/Val). Da diese Substitutionen als konservativ angesehen werden können und sich ausnahmslos in den Transmembranregionen des Proteins befinden, ist eine Beeinflussung des Elektronentransportes eher unwahrscheinlich. Mögliche Einflüsse auf die Enzymfunktion können allerdings nicht ausgeschlossen werden.
Crossbreeding in farm animals. V. Analysis of crossbreeding plans with secondary crossbred generations
Authors: Wolf J. , Distl O. , Hyánek J. , Grosshans T. , Seeland G. 
Published: March 2011

SummaryStarting with the consideration of a two‐locus system of a diploid organism, a general model for crossbreeding parameters, including additive, dominance, additive × additive, additive × dominance and dominance × dominance effects, is derived. A general procedure for the calculation of the coefficients of the crossbreeding parameters is described. As the number of parameters in the general model is high, reparametrization conditions must be introduced to reduce this number. The derivation of 13 models for two source populations known from the literature is demonstrated. Four new models for a detailed analysis of epistatic effects in crossbreeding plans with more than two source populations are presented. An example from cattle breeding is given. Problems connected with the reparametrization and the estimation of effects are discussed.ZusammenfassungKreuzungszucht bei Nutztieren. V. Analyse von Kreuzungsplänen mit sekundären KreuzungsgenerationenAusgehend von der Betrachtung eines Zweilokus‐Systems eines diploiden Organismus wird ein allgemeines Modell für Kreuzungsparameter abgeleitet, das additive, dominante, additiv × additive, additiv × dominante und dominant × dominante Effekte enthält. Eine allgemeine Methode zur Berechnung der Koeffizienten der Kreuzungsparameter wird beschrieben. Da die Anzahl der Parameter im allgemeinen Modell hoch ist, müssen Reparametrisierungsbedingungen eingeführt werden, um diese Anzahl zu senken. Die Ableitung von 13 Modellen für zwei Ausgangspopulationen, die aus der Literatur bekannt sind, wird demonstriert. Vier neue Modelle für eine detaillierte Analyse von epistatischen Effekten in Kreuzungsplänen mit mehr als zwei Ausgangspopulationen werden vorgestellt. Ein Beispiel aus der Rinderzüchtung wird angeführt. Probleme, die mit der Reparametrisierung und der Schätzung der Effekte zusammenhängen, werden diskutiert.
Estimation of prediction‐error variances by resampling
Authors: García‐Cortés L. A. , Moreno C. , Varona L. , Altarriba J. 
Published: March 2011

SummaryTwo resampling procedures were used to obtain consistent estimates of the prediction‐error variances. These procedures are based on different empirical estimators of the variance of the involved variables, such as the predictors or the prediction errors. The efficiency of these procedures is analysed in single‐record animal models. To improve the efficiency in the whole parametric space, a pool of these estimators was also proposed. The correlation coefficient was 0.96 in the best of the proposed methods. Finally, a short comment is made on their efficiency in variance component estimation.ResumenEstimatión de varianzas de error de predictión mediante remuestreoSe han utilizado dos procedimientos para obtener estimadores consistentes de las varianzas de error de predicción Estos procedimientos se basan en distintos estimadores empíricos de las varianzas de las variables involucradas, tales como los predictores o los errores de predicción. Se analiza su eficiencia en modelos animales con un sólo registro. Se propone además una combinación de estimadores que incrementa la eficiencia en todo el espacio paramétrico. El coeficiente de correlación fue de 0.96 en el mejor de los métodos popuestos. Finalmente, se comenta de forma sucinta la eficiencia de estos procedimientos en la estimación de componentes de varianza.ZusammenfassungScbätzung der Fehler Varianzen für Zuchtwertvoraussage mittels wiederholter StichprobenziehungKonsistente Schätzungen der Inversen der Koeffizientenmatrize von Mischmodellgleichungen wurden mittels zweier Arten von Stichproben ermittelt. Diese beruhen auf verschiedenen empirischen Schätzfehlern. Die Wirksamkeit der beiden Ansätze wurden an einem Tiermodell für ein Merkmal untersucht. Kombination der Schätzer steigerte die Effizienz über den ganzen Parameterraum. Die Korrelation zwischen den besten der vorgeschlagenen Methode war 0.96. Die Wirksamkeit der Varianzkom‐ponentenschätzung wird kommentiert.
Relationship between plasma hormone and metabolite levels and breeding values of bulls1
Authors: Graml R. , Olbrich‐Bludau A. , Schwab M. , Schallenberger E. , Schams D. , Pirchner F. 
Published: March 2011

SummaryBlood plasma levels of the hormones bovine growth hormone (bGH), insulin and insulin‐like growth factor 1 (IGF‐1) and the metabolites glucose, free fatty acids (FFA), urea, creatine and creatinine in 70 bulls (Fleckvieh, Braunvieh, Grauvieh) kept at four AI stations were measured. Plasma determinations were performed on day 1 with normal feeding (N), day 4 after fast (F), and day 5 (R) after realimentation. Fleckvieh bulls had lower bGH but higher IGF‐1 levels than Braunvieh bulls; young bulls had lower IGF‐1 and insulin but higher glucose levels than mature bulls. The effect of fasting led to higher plasma levels of FFA, urea and creatinine and to lower levels of bGH and IGF‐1. Correlations between plasma levels and breeding values for yield of milk, fat and protein were estimated for mature bulls. All three breeding values correlated positively with bGH and negatively with insulin, while correlations with other indicators depended on the feeding status of bulls. Prediction equations for breeding values which were limited to three indicators, included FFA, urea, and creatinine, and the r2 values ranged up to 0.32. Validation of these equations, derived from Fleckvieh bulls, on Braunvieh and Grauvieh bulls resulted in correlations of about 0.2. The use of indicators, in addition to information from relatives (dam, full and half‐sisters), improves the accuracy of selection of young bulls.ZusammenfassungBeziehungen zwischen Plasmahormon und ‐metabolitenspiegel in MilchzuchtwertenVon 70 Bullen der Rassen Fleckvieh, Braunvieh und Tiroler Grauvieh aus vier Besamungsstationen wurden die Blutkonzentrationen der Hormone bGH, IGF‐1 und Insulin sowie die der Metaboliten Glucose, Freie Fettsäuren (FFA), Harnstoff, Kreatin und Kreatinin während normaler Fütterung (N), nach einer Fastenperiode (F) und nach Wiederfütterung (R) bestimmt. Fleckviehbullen hatten signifikant mehr bGH und IGF‐1 als Braunviehbullen, Jungbullen signifikant weniger IGF‐1 und Insulin, aber mehr Glucose als ausgewachsene Bullen. Fasten der Tiere führte zu signifikant höherem Blutspiegel an Freien Fettsäuren, Harnstoff und Kreatin und zu niedrigerem Blutspiegel an bGH und IGF‐1. Korrelationen zwischen Blutserumspiegel und Zuchtwert für Milchmenge, Fettmenge und Proteinmenge wurden geschätzt. bGH hatte eindeutig einen positiven, Insulin einen negativen Zusammenhang zu alien Zuchtwerten, während er bei den anderen Blutparametern je nach Fütterungsstatus unterschiedlich war. Schätzungsgleichungen für Zuchtwerte aus drei Blutwerten wurden erstellt, die Freie Fettsäuren, Harnstoff und Kreatinin berücksichtigten. Validierungen der Schätzungsgleichungen für Fleckvieh an Braunvieh und Grauvieh ergaben Korrelationen von etwa 0,20. Die Wirksamkeit der Verwendung der Indikatoren zur Zuchtwertschätzung eines Jungbullen‐und MOET‐Nukleus‐Programm wurde untersucht und dabei jeweils die Genauigkeit der Schätzung aus Verwandten (Mutter, Voll‐bzw. Halbschwestern) deutlich erhöht.
Models for estimating typical lactation curves in dairy cattle
Authors: Leon‐Velarde C. U. , McMillan I. , Gentry R. D. , Wilton J. W. 
Published: March 2011

SummaryMilk yields from monthly tests of 59474 Holsteins cows were used to estimate model parameters of the incomplete Gamma, Y(t) = atbe−ct, Compartmental, Y(t) = me−nt (1 ‐ e−p(t‐q)), and Modified Compartmental, Y(t) = ge−ht/(1+e−s(t‐r)), models to describe the shape of typical first lactations, where Y(t) is daily milk production on day t. Gamma parameters were estimated by both linear (L) and non‐linear (NL) procedures. Models were evaluated on the basis of average bias (B) of the estimated 305‐day (305‐d) milk yield compared with that reported under the Agriculture Canada official milk recording program (ROP). Gamma (L) underestimated milk yield more than Gamma (NL) (p < 0.05), and Compartmental more than Modified Compartmental (p < 0.05). When the same cow lactations were used in fitting all three models, the Compartmental model had least bias (p < 0.05). Heritabilities for parameters of the Compartmental model were small (from 0.02 to 0.18). Genetic and phenotypic correlations of parameters from this model with 305‐d milk yield ranged from −0.11 to 0.17. Parameters associated with the beginning of the lactation were positively correlated with 305‐d yield, while the parameter representing decrement of production had a negative correlation.ZusammenfassungModelle zur Schätzung typischer Laktationskurven von MilchrindernMonatliche Milchtestergebnisse von 59474 Holsteinkühen wurden zur Schätzung von Modellparametern vom kompletten Gamma y(t) = atb e−ct, Compartmentalen, [Y(t) = me−nt (1 ‐ e −p(t‐q),] und modifiziert Compartmentalen, Y(t) = ge −ht/(1+e−s(t‐r)) Modell wurden zur Beschreibung der Formen der typischen Erstlaktationskurven verwendet, wobei y(t) die tägliche Milchproduktion am Tag t symbolisiert. Gamma Parameter wurden zur Schätzung sowohl linearer (L) wie auch nichtlinearer (NL) Methoden geschätzt. Modelle wurden auf der Basis der durchschnittlichen Verzerrung (B) des geschätzten 305 d Milchertrages im Vergleich zu den vom offiziellen Testprogramm berichteten (ROP) bewertet. Gamma (L) unterschätzte den Milchertrag mehr als Gamma (NL) (p < 0,05), und Compartmentales Modell mehr als modifiziert Compartmentales (p < 0,05). Bei Verwendung derselben Kuhlaktationen zur Schätzung der drei Modelle zeigte das Compartmentale Modell die geringste Verzerrung (p < 0,05). Heritabilitätswerte für Parameter des Compartmentalen Modells waren klein (0,02‐0,18). Genetische und phänotypische Korrelationen der Parameter des Modells mit 305 d Milchleistung schwanken von —0,11 bis 0,17. Die mit dem Beginn der Laktation asoziierten Parameter waren positiv mit 305 d Leistung korreliert, während die Parameter zur Beschreibung des Produktionsabfalls eine negative Korrelation zeigten.