bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Non‐linearity in the genetic relationship between traits assessed by a polynomial offspring‐parent regression approach
Authors: Fürst‐Waltl B. , Essl A. , Sölkner J. 
Published: February 2011

SummaryUsing path analysis techniques, some formulae were derived to estimate a non‐linear genetic relationship between traits on the basis of a polynomial offspring‐parent regression model of degree 2. The usefulness of the derived formulae was demonstrated with simulated data, as well as with field data from a cattle population.From the results obtained it became obvious that even a rather distinct non‐linear relationship between traits at the genetic level causes only a slight non‐linearity between offspring and parent phenotypes, as a result of diluting environmental effects and Mendelian segregation. Furthermore, the least‐squares approach may be an adequate estimation procedure only in cases where the causal flow between the traits involved is clear.ZusammenfassungNicht‐Linearität genetischer Beziehungen zwischen Merkmalen, Erfassung durch polynomialen Nachkommen‐Eltern RegressionansatzBasierend auf der Methode der Pfadkoeffizienten wurden verschiedene Formeln zur Schätzung von nichtlinearen genetischen Merkmalsbeziehungen der Art eines Polynomes 2. Grades mit Hilfe einer Nachkommen‐Eltern‐Regression abgeleitet. Die Brauchbarkeit dieser Formeln wurde sowohl anhand simulierter als auch realer Daten des österreichischen Fleckviehs untersucht.Aus den erhaltenen Ergebnissen wird ersichtlich, daß selbst eine starke nichtlineare genetische Beziehung nur zu einer schwachen Nichtlinearität zwischen den Phänotypen führt, was durch Umwelteffekte und Mendel'sche Spaltung erklärt werden kann. Überdies zeigte sich, daß der Least Squares Ansatz für die Beschreibung der tatsächlichen Beziehung zwischen zwei Merkmalen nur dann geeignet ist, wenn der Kausalfluß zwischen diesen Variablen eindeutig ist.
Lifetime reproduction and parturition intervals in mice with and without the rat growth‐hormone transgene
Authors: Nagai J. , Sabour M. P. , Lin C. Y. 
Published: February 2011

SummaryTo examine reproductive performance during lifetime in mice with and without the rat‐growth‐hormone transgene, transgenic and non‐transgenic males and females were pair mated at about 8 weeks of age to form four mating groups (+/‐ × +/‐, +/‐ × ‐/‐, ‐/‐ × +/‐ and ‐/‐ × ‐/‐). Pair breeders were maintained continuously in the same cages throughout their life. Reproductive longevity (days from the first cohabitation to the last parturition), litter size, and parturition intervals were recorded for each pair. The relative contribution of five interval‐related variables to reproductive longevity, and the total number of 18‐day young per breeding pair, were evaluated, using standardized partial regression coefficients. Correlation coefficients between the reproductive longevity and total number of 18‐day young were moderate, ranging from 0.58 to 0.74 in the four mating groups. Mean reproductive longevity was longest (153.5 days) in ‐/‐ × ‐/‐, followed by +/‐ × ‐/‐ (137.4 days), ‐/‐ × +/‐ (92.9 days), and +/‐ × +/‐ (82.0 days), indicating reproductive impairment of transgenic mice. Weight gain from 3 to 12 weeks of age differed significantly between transgenic and non‐transgenic mice. The four mating groups had similar rankings, in terms of the total number of young born per pairs during a lifetime and reproductive longevity. When the parturition intervals of breeding pairs within groups varied greatly during a lifetime, they tended to have a shorter reproductive longevity. On the otherhand, when breeding pairs had a single long interval, they tended to have a long reproductive longevity. The findings suggest that rhythmicity of parturition intervals and, to a lesser degree, the physiological homeostatic ability are important in sustaining a long reproductive life and producing a large number of progeny during a life time.
Objectives and results of the DFG‐Schwerpunktprogramm ‘Genome analysis and gene transfer in livestock’
Authors: Kräusslich H. 
Published: February 2011

SummaryIn 1988, the German National Science Foundation (Deutsche Forschungsgemeinschaft, German Granting Society) decided to support the research programme (Schwerpunktprogramm) ‘Genome Analysis and Gene Transfer in Livestock’. The general objectives of this programme were the improvement of knowledge on the genetic determination of economical important traits in livestock breeding. The ‘Schwerpunktprogramm’ was supported from 1989 to 1995.In this volume, the results of 26 individual research projects (20 genome analysis, 6 gene transfer) are published and reviewed. However, the most important result of the ‘Schwerpunktprogramm’ was the establishment of molecular animal breeding working groups in animal breeding institutes in Germany as well as cooperation between animal breeding institutes and institutes of other disciplines. Research in genome analysis and gene transfer in livestock in Germany was intensified and accelerated. The contributions of the ‘Schwerpunktprogramm’ to important strategies in molecular animal breeding are outlined in this introductory article.ZusammenfassungZiele und Ergebnisse des DFG‐Schwerpunktprogramms ‘Genomanalyse und Gen‐Transfer beim Nutztier’Die Deutsche Forschungsgemeinschaft beschloß 1988 die Förderung des Schwerpunktprogramms ‘Genomanalyse und Gentransfer beim Nutztier’. Das allgemeine Ziel des Forschungsprogramms war die Erweiterung der Kenntnisse über die genetische Determination züchterisch relevanter Merkmale. Das Schwerpunktprogramm wurde von 1989 bis 1995 gefördert.In diesem Band werden die Ergebnisse von 26 Einzelprojekten (20 Genomanalyse, 6 Gentransfer) veröffentlicht und zusammengefaßt. Ein wichtiges Ergebnis des Schwerpunktprogramms war die Einrichtung molekulargenetischer Arbeitsgruppen an deutschen Tierzuchtinstituten sowie die Förderung der Zusammenarbeit zwischen Tierzuchtinstituten und Instituten anderer Disziplinen. Hierdurch wurde eine Intensivierung und Beschleunigung der Forschung über Genomanalyse und Gentransfer beim Nutztier in Deutschland erreicht. Dieser einführende Artikel betont die Beiträge des Schwerpunkts zu wichtigen Strategien der molekularen Tierzucht.
Influence of chromatin‐structure on accessibility and transcriptional regulation of the duck histone H5‐gene
Authors: Kober I. , Seifart K. H. 
Published: February 2011

SummaryThe structure in which genes are packaged in chromatin is presumably of paramount importance for the regulation of their expression in vivo and much current research is centred on unravelling the underlying mechanisms. Here we show, that a nucleosomal core particle can be efficiently reconstituted in vitro over the transcription initiation site of the duck histone H5‐gene specifically expressed in avian and amphibian erythrocytes. Under these conditions binding of transcription activator eUSF is still possible although the specific binding site for this factor is incorporated into the nucleosome. In contrast we found that corresponding promoter regions of the duck histone H5‐gene are nuclease‐sensitive in differentiated erythrocytes and are hence free of nucleosomes. In vitro reconstitution of nucleosomes on plasmids harboring the H5‐gene leads to complete repression of H5‐transcription. This repression can be specifically prevented by preincubating the template DNA with a particular protein fraction from HeLa cells, whereas addition of the same fraction after nucleosome assembly can not relieve repression.ZusammenfassungEinfluß der Chromatinstruktur auf die Zugänglichkeit und Transkriptionsregulation des Histon‐H5‐Gens der EnteElemente der Chromatinstruktur, in die eukaryontische Gene in vivo integriert sind, beeinflussen in hohem Maße deren Expression und die Analyse der zugrundeliegenden Mechanismen ist für das funktionelle Verständnis der Genregulation von groier Bedeutung. Der vorliegende Bericht zeigt, daß es möglich ist, ein Nukleosom in vitro spezifisch über dem Transkriptionsstartpunkt des erythroid‐spezifisch exprimierten Histon H5‐Genes der Ente zu positionieren. Obwohl eine Bindungsstelle für den Transkriptionsaktivator eUSF sich im Bereich des Nukleosoms befindet, kann eUSF auch unter solchen Bedingungen diesen DNA‐Bereich spezifisch binden. Anhand von in vivo Untersuchungen wiesen wir nach, daß im Gegensatz zu diesen Rekonstitutionsexperimenten entsprechende Bereiche des H5‐Promotors in differenzierten Erythrocyten besonders zugänglich für Nukleasen und daher frei von Nukleosomen sind. Wir zeigen ferner, daß in vitro Rekonstitution von Nukleosomen an H5‐Plasmid‐DNA zu vollständiger Inhibition der Transkription führt und daß Vorinkubation der Matrizen‐DNA mit einer aus HeLa‐Zellen chromatographisch gewonnenen Proteinfraktion diese Hemmung spezifisch verhindern kann. Die selbe Proteinfraktion bewirkt keine Aufhebung der Repression, wenn ihre Zugabe erst nach Beendigung der Nukleosomenrekonstitution erfolgt, eine Remodelierung des Chromatins, die zur Aufhebung des reprimierten Zustandes führt, kann also durch diese Fraktion nicht erzielt werden.
Defining candidate genes for mastitis resistance in cattle: the role of lactoferrin and lysozyme
Authors: Seyfert H.‐M. , Henke M. , Interthal H. , Klussmann U. , Koczan D. , Natour S. , Pusch W. , Senft B. , Steinhoff U. M. , Tuckoricz A. , Hobom G. 
Published: February 2011

SummaryWe summarize our previous and ongoing efforts to characterize two potential candidate genes (lactoferrin and lysozyme) for mastitis resistance and examine their relevance for an improvement of udder‐health in cows. The genes encoding lactoferrin (Lf) and lysozyme (Lys) have been isolated and characterized at the DNA‐sequence level, besides the αS1‐casein gene. Starting from these data, two different strategies are being persued to analyse their relevance in breeding for mastitis resistance. First, based on the molecular characterization of their natural variants we are searching for high‐performance alleles of both genes in the active breeding population. A first trend for the implication of a Lf‐gene variant in mastitis‐resistance is seen in the Norwegian breeding population. Second, we want to assess experimentally the value of these genes for mastitis resistance under physiological conditions in transgenic experiments, under expression control of the bovine αS1 ‐casein gene promoter. Based upon extensive molecular and cell biological characterizations of the bovine αS1 ‐casein gene and its regulatory elements, a vector cassette has been constructed for transgene expression in the mammary gland. Positive expression of a lactoferrin expressing transgene in the mammary gland of mice has been demonstrated.ZusammenfassungZur Definition von Kandidatengenen für Mastitisresistenz beim Rind: Die Bedeutung von Laktoferrin und LysozymEs wird eine Übersicht gegeben über unsere langjährigen Untersuchungen zur Charakterisierung zweier möglicher Kandidatengene für Mastitisresistenz (Laktoferrin und Lysozym) beim Rind. Beide Gene wurden isoliert und sequenziert, sowie das αS1 ‐Casein‐Gen. Hierauf aufbauend werden zwei Strategien verfolgt, um ihre grundsätzliche Bedeutung für Mastitis Resistenz zu analysieren. Zum einen wurden ihre natürliche Genvarianten beschrieben, um nun nach Hochleistungsvarianten in der aktiven Zuchtpopulation suchen zu können. Ein erster Hinweis auf die Beteilung einer Lf‐Genvariante wurde anhand der Norwegischen Zuchtpopulation erhalten. Zum zweiten soll experimentell die Bedeutung beider Gene zur Abwehr euterpathogener Organismen unter den physiologischen Bedingungen der Milchdrüse in transgenen Experimenten untersucht werden, und zwar unter der Expressions‐Kontrolle durch den bovinen αS1‐Caseingen‐Promotor. Basierend auf der molekularen und zellbiologischen Charakterisierung des bovinen αS1‐Caseingens und seiner genetischen Steuerelemente wurde ein Vektorkassette zur Transgenexpression in der Milchdrüse aufgebaut. Die Expression des bovinen Laktoferringens wurde in der Milchdrüse von transgenen Mäusen nachgewiesen.
Molecular characterization of the porcine MHC class I region
Authors: Shabahang M. , Gaycken U. , Meyer J.‐N. , Hertner U. , Glodek P. 
Published: February 2011

SummaryFour different clones, PG2, PG3, PG5 and PG6, were isolated by screening a cosmid library of an inbred homozygous SLA typed pig with a human MHC class I cDNA probe (Hertner 1991). These clones were mapped with four different restriction endonucleases (EcoRI, BamHI, HindIII and KpnI). After hybridization, nine SLA class I genes were identified. By transfection of the four clones into Ltk‐ cells, the expression of the SLA class I genes was measured cytometrically using an SLA specific antiserum. To differentiate between classical and‐non‐classical genes, the exons 2 and 3 of the 9 genes were sequenced. After determination of the G/C content at the third codon position and comparison with sequences of published SLA class I genes, three of them could be identified as classical genes. A specific primer was constructed for one of these classical class I genes and used to amplify and differentiate the exon 2 of 200 animals from four different German pig breeds.ZusammenfassungMolekulargenetische Charakterisierung der MHC Klasse I Region beim SchweinVier unterschiedliche Klone PG2, PG3, PG5 und PG6 wurden durch Screening der Cosmidbank eines in seinen SLA‐Haplotypen homozygoten Hausschweines mit einer humanen MHC‐Klasse I‐cDNA‐Sonde isoliert (Hertner 1991). Eine Restriktionskarte für diese Klone wurde mit vier verschiedenen Endonukleasen (EcoRI, BamHI, HindIII und KpnI) erstellt. Durch Hybridizierungsversuche ließen sich neun SLA‐Klasse I‐Gene identifizieren. Nach der Transfektion der vier Klone in Ltk‐ Zellen wurde die Expression der SLA‐Klasse I‐Gene mit Hilfe eines spezifischen Antiserums cytometrisch gemessen. Um die neun Klasse I‐Gene den ‘klassischen’ oder ‘nicht klassischen’ Genen zuzuordnen, wurden die hoch polymorphen Exon 2‐ und 3‐Regionen sequenziert. Nach Bestimmung des G/C‐Gehaltes an der dritten Codonposition der sequenzierten Regionen und des Vergleichs mit den publizierten Sequenzen der SLA‐Klasse I‐Gene wurden drei Gene als ‘klassisch’ zugeordnet. für ein ‘klassisches’ Klasse I‐Gen wurde ein spezifischer Primer konstruiert, mit dem die Exon 2‐Region von 200 Tiere aus vier verschiedenen Schweinerassen amplifiziert wurden.
Major histocompatibility and T‐cell receptor genes in Artiodactyls: characterization, polymorphism and genetic resistance to a helmintic infection
Authors: Buitkamp J. , Epplen J. T. 
Published: February 2011

SummaryResistance or susceptibility to an infectious disease is determined to some extend by genetic variation of the host. This genetic variation can be used to breed more resistant animals to reduce costs for the control of the infection. Since the recording of parameters for disease resistance is usually time consuming, it was not feasible to include these into classical selection indices. Disease resistance associated markers could be used to select for this trait more efficiently. We developed PCR based characterization of an artiodactyl T cell receptor variable element (TCRVB6) and a major histocompatibility complex(MHC)‐DRBgene. Both genes could be amplified in a wide range of artiodactyl species. They harbour simple repetitive sequences in almost the same genomic position as in the human homologes. We developed anMHC‐DRBtyping system combining the microsatellite information with the hybridization of polymorphism specific oligonucleotides. To investigate possible associations to the faecal egg count (FEC), a flock of Scottish Blackface sheep has been typed for theTCRBVand theMHC‐DRBloci. TheMHC‐DRBshowed a highly significant association to the FEC. Potential applications and evolutionary aspects are discussed.ZusammenfassungHaupthistokompatibilitäts‐Komplex und T‐Zell‐Rezeptor‐Gen bei Paarhufern: Charakterisierung, Polymorphismen und genetische Resistenz bei einer WurminfektionIndividuelle Unterschiede in der Resistenz gegen Infektionen sind teilweise durch genetische Variation des Wirtes bedingt. Diese genetische Variation kann genutzt werden, um auf Resistenz zu Züchten und damit die durch Krankheiten bedingten Kosten zu vermindern. Die Erfassung geeigneter Parameter für Krankheitsresistenz ist zeitaufwendig, wodurch die Berücksichtigung in klassischen Zuchtverfahren bisher nicht möglich war. Genetische Marker, welche mit der Resistenz assoziiert sind, können für eine effizientere Selektion benutzt werden. Es wurden PCR‐Systeme für ein variables Element des T‐Zell‐Rezeptor‐Komplexes (TCRVB6) und für ein Haupthistokompatibilitätsgen (MHC‐DRB) entwickelt. Beide Systeme konnten bei verschiedenen Paarhufern angewendet werden. In beiden Genen liegen simple repetitive Sequenzen an fast der gleichen Position wie bei den entsprechenden menschlichen Genen. Dies ermögfichte die Etablierung von PCR‐Typisierungssystemen, welche die gleichzeitige Darstellung von Längenvariationen der Mikrosatelliten und von exonischen Polymorphismen erlauben. In einer Herde von Scottish Blackface Schafen wurde die Assoziation beider Loci mit der Eizahl im Kot untersucht. DasMHC‐DRB‐Gen ist hochsignifikant mit der Eizahl im Kot assoziiert. Mögliche Anwendungen und evolutionäre Aspekte werden diskutiert.
Molecular characterization of the sheep mitochondrial genome
Authors: Hiendleder S. 
Published: February 2011

SummaryMitochondrial DNA (mtDNA) from 240 sheep of 10 breeds and several wild sheep was analysed in an RFLP study with 14 restriction enzymes. Phylogenetic analyses revealed two major domestic sheep mtDNA lineages, and the mitochondrial genome of one sheep from each lineage was mapped and cloned. The complete nucleotide sequence of one of these mtDNAs, which comprises 16616 bp, was determined and 7160 bp were comparatively sequenced. The D‐loop region and the genes encoding Cyt. b, ND 3, CO III, 8 tRNAs (Ala, Arg, Asn, Gln, Gly, Ile, Met, Trp) as well as the origin of L‐strand replication were completely characterized. Partial sequence data were obtained from ND1, ND2, ND41, ND5, ATPase 6, 12s RNA and 5 tRNA (Cys, Glu, Phe, Pro, Thr) genes. Several nucleotide substitutions, some of which cause changes in the predicted amino acid sequences, were observed. Statistical analysis showed significant mtDNA effects on birthweight of lambs, but maternal contributions could not be completely separated from cytoplasmic effects.ZusammenfassungMolekulare Analyse des mitochondrialen Genoms von SchafenDie mitochondriale DNA (mtDNA) von 240 Schafen aus 10 Rassen sowie verschiedener Wildschafe wurde in einer RFLP‐Studie mit 14 Restriktionsenzymen untersucht. Die phylogenetische Analyse zeigte zwei Haupt‐mtDNA‐Linien beim Hausschaf auf. Die mitochondrialen Genome von einem Schaf aus jeder dieser Linien, wurden kartiert und kloniert. Die Nukleotidsequenz einer mtDNA, die 16616 bp umfaßt, wurde vollständig bestimmt und 7160 bp vergleichend sequenziert. Die D‐Loop‐Region sowie die Gene für Cyt. b, ND 3, CO III, 8 tRNAs (Ala, Arg, Asn, Gln, Gly, Ile, Met, Trp) und der L‐Strang‐Replikationsursprung wurden vollständig verglichen. Teilsequenzvergleiche konnten im Bereich der ND 1‐, ND 2‐, ND 4L‐, ND 5‐, ATPase 6‐, 12s RNA‐Gene sowie verschiedener tRNA‐Gene (Cys, Glu, Phe, Pro, Thr) durchgeführt werden. Dabei wurden Nukleotidsubstitutionen beobachtet, die teilweise Veränderungen in den abgeleiteten Aminosäuresequenzen zur Folge haben. Die statistische Analyse ergab signifikante mtDNA‐Effekte auf das Merkmal Geburtsgewicht, die jedoch nicht vollständig von anderen maternalen Einflüssen getrennt werden konnten.
Isolation and mapping of porcine chromosome‐specific microsatellites
Authors: Nagel M. , Looft Chr. , Renard C. , Chardon P. , Reinsch N. , Vaiman M. , Kalm E. 
Published: February 2011

SummaryIsolation of microsatellites from targeted chromosomes is an alternative approach for constructing high density genetic maps. In this study new microsatellite markers from a targeted chromosome were isolated and integrated in the USDA map. Flow sorted chromosomes were amplified with different random primers by PARM‐PCR, selected by fragment size and cloned. Material of a second PARM‐PCR and a (TG)10probe were used for screening a porcine genomic cosmid library. A number of 10 000 flow sorted chromosomes were also used to construct a partial chromosome specific library. After cloning, re‐screening, and sequencing 11 microsatellites were identified. For polymorphism studies DNA of 25 animals from 13 breeds was analysed. For linkage analysis reference families were typed with three informative microsatellites and 4 already mapped markers. The physical localization of the microsatellites was performed by FISH.ZusammenfassungIsolierung und Kartierung von cbromosomen‐spezifischen Mikrosatelliten beim SchweinZiel dieser Forschungsarbeit war es, zur Ergänzung der genetischen Karte beim Schwein chromosomenspezifische Mikrosatellitenmarker zu isolieren und zu kartieren. Die 1000 Chromosomen der ersten Sortierung wurden unter Verwendung von unterschiedlichen Zufallsprimern mit der PARM‐PCR amplifiziert, z.T. größenfraktioniert und kloniert. Das Material einer zweiten PARM‐PCR wurde als Sonde zum Screenen einer Cosmidbibliothek verwendet, um eine partielle chromosomenspezifische Bibliothek zu erstellen. für einen weiteren Versuch wurden 10000 Chromosomen gewonnen und die DNA kloniert. Nach Screenen, Selektion und Sequenzierung der positiven Klone konnten 11 verschiedene Mikrosatelliten identifiziert werden. Die Charakterisierung der Mikrosatelliten erfolgte anhand von 25 Tieren, die 13 unterschiedliche Schweinerassen repräsentieren. Anschließend wurden die Referenzfamilien mit den Markern typisiert und die genetischen Abstände anhand einer Kopplungsanalyse geschätzt. Ergänzend dazu erfolgte die physikalische Kartierung der Mikrosatelliten aus den Cosmidklonen mit Hilfe der FISH.