bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Quantification of human papillomavirus cell-free DNA from low-volume blood plasma samples by digital PCR
Authors: Rosing Fabian , Meier Matthias , Schroeder Lea , Laban Simon , Hoffmann Thomas , Kaufmann Andreas , Siefer Oliver , Wuerdemann Nora , Klußmann Jens Peter , Rieckmann Thorsten , Alt Yvonne , Faden Daniel L. , Waterboer Tim , Höfler Daniela 
Published: June 2024

ABSTRACT

The incidence rate of human papillomavirus-driven oropharyngeal cancer (HPV-OPC) is increasing in countries with high human development index. HPV cell-free DNA (cfDNA) isolated from 3 to 4 mL blood plasma has been successfully used for therapy surveillance. A highly discussed application of HPV-cfDNA is early detection of HPV-OPC. This requires sensitive and specific cfDNA detection as cfDNA levels can be very low. To study the predictive power of pre-diagnostic HPV-cfDNA, archived samples from epidemiological cohorts with limited plasma volume are an important source. To establish a cfDNA detection workflow for low plasma volumes, we compared cfDNA purification methods [MagNA Pure 96 (MP96) and QIAamp ccfDNA/RNA] and digital PCR systems (Biorad QX200 and QIAGEN QIAcuity One). Final assay validation included 65 low-volume plasma samples from oropharyngeal cancer (OPC) patients with defined HPV status stored for 2–9 years. MP96 yielded a 28% higher cfDNA isolation efficiency in comparison to QIAamp. Both digital PCR systems showed comparable analytical sensitivity (6–17 copies for HPV16 and HPV33), but QIAcuity detected both types in the same assay. In the validation set, the assay had 80% sensitivity (
n
= 28/35) for HPV16 and HPV33 and a specificity of 97% (
n
= 29/30). In samples with ≥750 µL plasma, the sensitivity was 85% (
n
= 17/20), while in samples with <750 µL plasma, it was 73% (
n
= 11/15). Despite the expected drop in sensitivity with decreased plasma volume, the assay is sensitive and highly specific even in low-volume samples and thus suited for studies exploring HPV-cfDNA as an early HPV-OPC detection marker in low-volume archival material.

IMPORTANCE
HPV-OPC has a favorable prognosis compared to HPV-negative OPC. However, the majority of tumors is diagnosed after regional spread, thus making intensive treatment necessary. This can cause lasting morbidity with a large impact on quality of life. One potential method to decrease treatment-related morbidity is early detection of the cancer. HPV cfDNA has been successfully used for therapy surveillance and has also been detected in pre-diagnostic samples of HPV-OPC patients. These pre-diagnostic samples are only commonly available from biobanks, which usually only have small volumes of blood plasma available. Hence, we have developed a workflow optimized for small-volume archival samples. With this method, a high sensitivity can be achieved despite sample limitations, making it suitable to conduct further large-scale biobank studies of HPV-cfDNA as a prognostic biomarker for HPV-OPC.
Geologic and anthropologic history of Riverfront Park, Spokane, Washington, USA
Authors: Pritchard C.J. , Morton T. , Imel J. , King S. , Vandenhaak B. , Warren S. 
Published: June 2024

ABSTRACTRiverfront Park in Spokane, Washington, USA, hosts a wide range of sites that highlight the interplay between prominent geologic features and the cultural development of Spokane. Stops in this field guide illustrate such topics as the impacts of historic Silver Valley mining, extraordinary fluvial incisions in Miocene Columbia River Basalt Group flows, cataclysmic alterations to the Spokane River valley from Pleistocene megafloods, earthquake hazards, hydroelectric generation, stormwater management solutions, and fascinating historical tidbits. Human interactions with the land began with the Interior Salish-speaking tribes, who have inhabited this region for thousands of years and historically gathered at the falls to fish. After European American influx, the Spokane River has been harnessed for many uses, including mills, water supply, irrigation, flood control, and hydropower. Today, Riverfront Park is the core of downtown Spokane, providing community access to the river and the largest urban waterfall in the United States.
Arc versus river—The geology of the Columbia River Gorge
Authors: O’Connor* Jim E. , Wells* Ray E. , Bennett* Scott E.K. , Cannon* Charles M. , Staisch* Lydia M. , Anderson* James L. , Pivarunas* Anthony F. , Gordon* Gabriel W. , Blakely* Richard J. , Stelten* Mark E. , Evarts† Russell C. 
Published: June 2024

ABSTRACT
The Columbia River Gorge is the Columbia River’s long-held yet evolving passage through the volcanic arc of the Cascade Range. The globally unique setting of a continental-scale river bisecting an active volcanic arc at the leading edge of a major plate boundary creates a remarkable setting where dynamic volcanic and tectonic processes interact with diverse and energetic fluvial processes. This three-day field trip explores several elements of the gorge and its remarkable geologic history—cast here as a contest between regional tectonic and volcanic processes building and displacing landscapes, and the relentless power of the Columbia River striving to maintain a smooth passage to the sea.
This field trip generally follows the GSA guide published in GSA Field Guide 55 (available at https://pubs.geoscienceworld.org/gsa):
O’Connor, J.E., Wells, R.E., Bennett, S.E.K., Cannon, C.M., Staisch, L.M., Anderson, J.L., Pivarunas, A.F., Gordon, G.W., Blakely, R.J., Stelten, M.E., and Evarts, R.C., 2021, Arc versus river—The geology of the Columbia River Gorge, in Booth, A.M., and Grunder, A.L., eds., From Terranes to Terrains: Geologic Field Guides on the Construction and Destruction of the Pacific Northwest: Geological Society of America Field Guide 62, p. 131–186, https://doi.org/10.1130/2021.0062(05).

DEDICATION
Dedicated to Russell C. Evarts (7 April 1947–11 July 2017) and his contributions to Pacific Northwest geology. Russ Evarts devoted most of his 30-year career with the U.S. Geological Survey to geologic mapping of Oregon and Washington. His thorough geologic mapping of the near-vertical terrain of the western Columbia River Gorge underpins much of what is reported in this guide and continues to inspire our studies of the geology of the Pacific Northwest.
Impact of patient–family physician language concordance on healthcare utilisation and mortality: a retrospective cohort study of home care recipients in Ontario, Canada
Authors: Reaume Michael , Batista Ricardo , Sucha Ewa , Pugliese Michael , Roberts Rhiannon , Rhodes Emily , Seale Emily , Kendall Claire , Bjerre Lise , Bouchard Louise , Johnston Sharon , Sood Manish , Prud'homme Denis , Manuel Douglas , Tanuseputro Peter 
Published: June 2024

IntroductionAs the world’s linguistic diversity continues to increase at an unprecedented rate, a growing proportion of patients will be at risk of experiencing language barriers in primary care settings. We sought to examine whether patient–family physician language concordance in a primary care setting is associated with lower rates of hospital-based healthcare utilisation and mortality.MethodsWe conducted a population-based retrospective cohort study of 497 227 home care recipients living in Ontario, Canada. Patient language was obtained from home care assessments while physician language was obtained from the College of Physicians and Surgeons of Ontario. We defined primary care as language concordant when patients and their rostered family physicians shared a mutually intelligible language, and we defined all other primary care as language discordant. The primary outcomes were Emergency Department (ED) visits, hospitalisations and death within 1 year of index home care assessment.ResultsCompared with non-English, non-French speakers who received language-discordant primary care, those who received language-concordant primary care experienced fewer ED visits (53.1% vs 57.5%; p<0.01), fewer hospitalisations (35.0% vs 37.6%; p<0.01) and less mortality (14.4% vs 16.6%; p<0.01) during the study period. In multivariable regression analyses, non-English, non-French speakers had lower risks of ED visits (adjusted hazard ratio [aHR] 0.91, 95% CI 0.88 to 0.94), hospitalisations (aHR 0.94, 95% CI 0.90 to 0.98) and death (aHR 0.87, 95% CI 0.82 to 0.93) when they received language-concordant primary care. For francophones, the risk of experiencing an ED visit, a hospitalisation or death was not impacted by the language of their family physician.ConclusionsPatient–family physician language concordance is associated with a lower risk of adverse outcomes in non-English and non-French speakers. Optimising the delivery of language-concordant care could potentially result in significant decreases in the use of acute healthcare services and mortality at the population level.
Persistent effects of legal status on healthcare access and outcomes: findings from a state-wide representative cross-sectional survey in California
Authors: Sudhinaraset May , Chen Lei , Pourat Nadereh , Nakphong Michelle Kao , De Trinidad Young Maria-Elena 
Published: June 2024

Background
To examine how legal status and past undocumented status are associated with healthcare access and health outcomes.

Methods
Data were collected between 2018 and 2020 as a follow-on, cross-sectional survey to the California Health Interview Survey (N=2010). We used multiple regression models to assess associations between past and current legal status and usual source of care, delayed medical care and psychological distress.

Results
Overall, 26.2% of the sample had ever been undocumented. Compared with citizens who have always held lawful status (CLS), non-citizens who were previously undocumented (adjusted OR (aOR)=0.48, p<0.05) and non-citizens who have always held lawful status (NLS) (aOR=0.41, p<0.01) were less likely to have a usual source of care. Citizens who were previously undocumented were more likely to delay medical care (aOR=2.32, p<0.05) compared with CLS. NLS were more likely to have moderate and above distress (aOR=2.31, p<0.01) compared with CLS.

Conclusion
Public health efforts are needed to address the burden of trauma and disadvantage among those experiencing persistent effects of undocumented status.
Development and use of axial load test databases for analysis and design of soft rock sockets
Authors: Ye Xiaoyong , Tang Chong , Phoon Kok-Kwang , Chen Jinbo 
Published: June 2024

This paper presents the state of knowledge of analysis and design of rock sockets—main features of axial loading behavior and influential factors, methods for predicting the mobilized strength (shaft shearing fs and end bearing qb) and load–displacement ( Q– w) curves. A total number of 363 field load tests on full-scale rock sockets are compiled into a database—DUT/PileROC/363 and analyzed in a consistent manner. This database is used to evaluate the variability of predictions of mobilized resistances ( fs and qb), loads Qa at settlements w = 5–20 mm and 0.5%–2% of socket diameter, and Q– w curves. For fs, qb, and Qa, the results are characterized as the mean and coefficient of variation (COV) of the ratio of measured over predicted values. It is observed that (1) both shaft shearing and end bearing can be mobilized at small displacements when good construction and inspection procedures are followed, (2) the majority of empirical models for fs and qb are too simplistic (solely accounting for the unconfined compressive strength of rock) and the resulting predictions are highly dispersive (COV > 0.6), (3) the prediction quality does not necessarily improve with an increased level of model sophistication, (4) rock mass modulus Em is crucial for predicting Qa and Q– w curves, (5) predictions of Qa by one nonlinear and two side-slip design methods are of medium dispersion (COV = 0.3–0.6), and (6) only the nonlinear design method produces Q– w curves that resemble the shape of measured Q– w curves in load tests.
Geochronology of the Mines Gaspé porphyry deposit, Québec, Canada
Authors: Marcelissen Mitch , Hollings Pete , Cooke David R. , Baker Michael J. , Belousov Ivan , Orovan Evan , Friedman Richard 
Published: June 2024

The Mines Gaspé area hosts multiple Cu–Mo skarn and porphyry orebodies near the town of Murdochville in the northeastern part of the Gaspé Peninsula, Québec. The orebodies occur within overlapping alteration aureoles in calcareous Lower Devonian sedimentary rocks. The strata are intruded by numerous multiphase porphyry sills, dykes, and plugs of Devonian age. The Porphyry Mountain intrusion and a sill in the Copper Mountain pit have been dated at 378.80 ± 0.37 and 377.60 ± 0.45 Ma, respectively, refining the results of previous studies, and demonstrating Porphyry Mountain intrusion emplacement at least 0.38 m.y. before Copper Mountain. Circa 392 Ma inherited zircon grains at Mines Gaspé suggest an early phase of magmatism that produced the extensive skarn alteration aureoles throughout the Gaspé Peninsula at sites such as Mines Gaspé and the nearby McGerrigle Complex, followed by significantly later (>10 m.y.) porphyritic intrusions and associated mineralization that added to existing skarn resources. Epidote at both Mines Gaspé and Sullipek occur as disseminated/granular crystals within the host groundmass and as larger crystals within veinlets or veinlet halos in metasomatised sedimentary rocks. Epidote ages suggest that there are several different propylitic hydrothermal events within the region at Mines Gaspé and Sullipek, which combined with new zircon U–Pb ages implies a prolonged and complex history of propylitic alteration within Gaspésie.
Laplace’s first law of errors applied to diffusive motion
Authors: Hamdi Omer , Burov Stanislav , Barkai Eli 
Published: June 2024

Abstract
In biological, glassy, and active systems, various tracers exhibit Laplace-like, i.e., exponential, spreading of the diffusing packet of particles. The limitations of the central limit theorem in fully capturing the behaviors of such diffusive processes, especially in the tails, have been studied using the continuous time random walk model. For cases when the jump length distribution is super-exponential, e.g., a Gaussian, we use large deviations theory and relate it to the appearance of exponential tails. When the jump length distribution is sub-exponential, the packet of spreading particles is described by the big jump principle. We demonstrate the applicability of our approach for finite time, indicating that rare events and the asymptotics of the large deviations rate function can be sampled for large length scales within a reasonably short measurement time.

Graphical abstract
The universality of Laplace tails appears everywhere
ОСОБЛИВОСТІ ЕПІДЕМІЧНОГО ПРОЦЕСУ ГЕПАТИТУ В В УКРАЇНІ ПІД ЧАС ЕПІДЕМІЇ COVID-19 ТА ВОЄННОГО СТАНУ
Authors: Сергеєва Т. А. , Задорожна В. І. , Бугаєнко Н. С. 
Published: June 2024

Гепатит В залишається серйозною глобальною медико-соціальною проблемою. Пандемія COVID-19 перервала позитивні зрушення у виконанні Глобальної стратегії ВООЗ щодо боротьби з вірусними гепатитами через затримки скринінгу, діагностики, початку лікування пацієнтів тощо. В Україні криза COVID-19 посилилася кризою воєнного стану. У 2020–2021 рр. в Україні кількість зареєстрованих випадків гепатиту В суттєво зменшилася порівняно з 2015–2019 рр., значніше для хронічного гепатиту В. Починаючи з 2022 р., попри війну та неповну звітність, захворюваність почала помірно зростати, а в 2023 р. для хронічної інфекції наблизилась до «доковідного» рівня. У 2022–2023 рр. підйом захворюваності на гострий гепатит В спостерігався серед дітей до 1 року, 1–4 та 5–9 років, тобто тих, які повинні бути захищені вакцинацією. Рівень охоплення вакцинацією проти гепатиту В в Україні є незадовільним – протягом 2015–2023 рр. він дорівнював 25,4–79,8 %, що значно нижче рекомендованого ВООЗ, і показники охоплення суттєво відрізняються за регіонами України (58,0–98,9 % у 2023 р.). У середньому з 6 осіб із виявленим HBsAg при діагностичному обстеженні лише 1 потрапляла до офіційної реєстрації та, ймовірно, – до медичного спостереження. Зростання в динаміці 2020–2022 р. частоти виявлення маркера вірусу гепатиту В (HBV), а саме HBsAg, серед дітей, народжених від матерів-носіїв HBsAg, дітей 1-го року життя – реципієнтів крові та її компонентів, хворих на венеричні хвороби, пацієнтів наркодиспансерів, тих, які довго перебувають на стаціонарному лікуванні, дітей дитячих будинків та спецінтернатів слід розглядати з позиції ризиків реалізації природних і штучних шляхів передачі HBV. Епідемічна ситуація з гепатиту В, який відносять до інфекцій, актуальних під час війни, в Україні залишається напруженою, кількісно недооціненою, з тенденцією до погіршення.
ОЦІНКА ЗНАНЬ УКРАЇНСЬКИХ ЖІНОК ЩОДО ФАКТОРІВ РИЗИКУ НЕВИНОШУВАННЯ ВАГІТНОСТІ В ПРАКТИЦІ МЕДСЕСТРИ
Authors: Глушко К. Т. , Гуменюк І. В. 
Published: June 2024

Вступ. Невиношування вагітності залишається важливою медико-соціальною проблемою в Україні та світі.
Мета роботи – оцінити загальні знання жінок дітородного віку щодо основних причин невиношування вагітності.
Основна частина. Проведено опитування 50 жінок віком від 19 до 50 років. Залежно від наявності дітей усіх жінок поділили на дві групи: 1-ша – 27 (54,0 %) жінок, які мали дітей; 2-га – 23 (46,0 %) жінки без дітей. Також оцінювали вік та рівень освіти. З’ясували, що опитані найкраще обізнані щодо негативного впливу на вагітність стресу (72,0 %), наркотиків (72,0 %), дуже пізнього віку після 50 років (70,0 %), алкоголю (68,0 %) та інфекцій статевих органів (68,0 %), тоді як рівень знань стосовно відсутності со­ціальної підтримки (10,0 %), багатоплідної вагітності (18,0 %), дуже молодого віку до 18 років (20,0 %), народження недоношеної дитини в анамнезі (22,0 %), дефіциту маси тіла під час чи до вагітності (36,0 %) був низьким. Наявність дітей не впливала на знання опитаних жінок в Україні щодо причин, що призводять до невиношування вагітності, тоді як рівень освіти та вік мали вплив. Жінки з вищою освітою менше знали про негативний вплив на вагітність старшого віку після 50 років (7,7 %), але краще були обізнані стосовно впливу генітальних інфекцій (80,8 %), стресу (73,1 %) та насилля (92,3 %). Жінки віком до 30 років більше знали про важливість соціальної підтримки (15,2 %), бездітні – про значення часу між вагітностями (69,6 %). За даними нашого дослідження, частота жінок, які народили дитину масою менше 2500 г, становила 10,0 %, що є зіставним із світовою статистикою передчасних пологів.
Висновки. Найбільшою мірою знання жінок залежали від рівня освіти, меншою – від віку та наявності дітей.
ВАЖЛИВІСТЬ ПРОФІЛАКТИКИ КАТЕТЕР-АСОЦІЙОВАНИХ ІНФЕКЦІЙ У ПАЦІЄНТІВ ГЕМАТОЛОГІЧНИХ ВІДДІЛЕНЬ
Authors: Головійчук С. В. , Галіяш Н. Б. , Сарапук Г. С. 
Published: June 2024

Вступ. Катетер-асоційовані інфекції є причиною виникнення понад 60 % госпітальних бактеріємій та до 37 % усіх нозокоміальних інфекцій у європейських країнах. Їх частота становить від 2,9 випадку на 1000 днів катетеризації у спеціалізованих відділеннях реанімації та інтенсивної терапії до 7,7 випадку в пацієнтів загального профілю.
Мета роботи – проаналізувати частоту виявлення катетер-асоційованих інфекцій у пацієнтів дитячого віку гематологічних відділень.
Основна частина. Дослідження базувалося на ретроспективному аналізі медичної документації відділення онкогематології КП «Волинське обласне територіальне медичне об’єднання захисту материнства і дитинства» за останні два роки. Із 48 хворих, пролікованих за цей час у відділенні, катетер-асоційовані інфекції було діагностовано в 16 випадках (33 % від загальної кількості пацієнтів). Серед хворих з діагностованими катетер-асоційованими інфекціями було 7 дівчаток (43,7 %) і 9 хлопчиків (56,3 %). Що стосується діагнозів визначених пацієнтів, то 6 (37,5 %) осіб хворіли на лівобічний осцилярний лімфаденіт, 5 (31,2 %) – на геморагічний васкуліт, 2 (12,5 %) – на гострий лімфобластичний лейкоз, 3 (18,8 %) – на гематогенний остеомієліт. Аналіз етіологічних збудників показав, що основна частка мікроорганізмів належала до грампозитивних. У 37,5 % випадків серед виділених мікроорганізмів ідентифіковано Streptococcus pneumoniae. У 18,75 % випадків виділено Pseudomonas aeruginosa й Enterobacter spp. Дещо рідше виявляли Staphylococcus aureus та Enterococcus faecalis.
Висновки. Завдяки заходам епідеміологічного нагляду у відділеннях, де використовують внутрішньосудинні катетери, здійснюють моніторинг катетер-асоційованих інфекцій. Це дозволяє встановити їх етіологічну структуру та оптимізувати як профілактику, так і антибактеріальну терапію, що зумовить підвищення безпеки пацієнтів.
ХАРАКТЕРИСТИКА КАРДІОЛОГІЧНИХ ХВОРИХ ЗАЛЕЖНО ВІД ХРОНОТИПУ
Authors: Бойчук В. Б. , Ліснянська Н. В. , Антонишин І. В. , Габор Г. Г. , Марущак М. І. 
Published: June 2024

Вступ. Нові епідеміологічні дані пов’язали вечірній хронотип із серцево-судинними захворюваннями і кардіометаболічними факторами ризику, включаючи вищий ризик щодо надмірної маси тіла, ожиріння та цукрового діабету 2 типу. Крім того, особи з вечірнім хронотипом більше схильні до поганої поведінки для здоров’я, зокрема, для них характерні вищі показники куріння, нераціональне харчування та пізній нічний сон.
Мета роботи – проаналізувати поширеність хронотипів у пацієнтів з кардіоваскулярною патологією і встановити їх асоціацію з клінічними даними.
Основна частина. У дослідженні взяли участь 124 пацієнти із серцево-судинними захворюваннями. З метою визначення хронотипу застосовували валідизований опитувальник зведеної шкали ранговості «Composite Scale of Morningnes», який перекладено українською мовою. Серед пацієнтів з кардіоваскулярною патологією в 37,90 % виявлено вечірній хронотип, у 8,90 % – ранковий, у 53,23 % – проміжний. Згідно з опитувальником, встановлено, що більшість пацієнтів прокидалася б між 7:45 і 9:45 та лягала б спати між 22:15 і 00:30, якби могла абсолютно вільно планувати свій день; досить втомлена зранку; була б у доволі хорошій формі для ранкових фізичних тренувань; вважає найкращим для розумової праці час 8:00–10:00; було б складно і некомфортно прокидатися о 6:00. Вік пацієнтів із серцево-судинними захворюваннями не залежав від типу хронотипу. Індекс маси тіла був найвищим у пацієнтів з кардіоваскулярною патологією та вечірнім хронотипом, що вірогідно більше на 43,09 % щодо значення індексу маси тіла у хворих з ранковим хронотипом. Концентрація глюкози натще була найвищою у пацієнтів з кардіоваскулярною патологією та вечірнім хронотипом, що вірогідно більше на 17,97 % стосовно рівня глюкози у хворих з ранковим хронотипом.
Висновки. У пацієнтів з кардіоваскулярною патологією та вечірнім хронотипом індекс маси тіла та концентрація глюкози натще вірогідно вищі порівняно з досліджуваними показниками у хворих з ранковим хронотипом.