bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Loss of recognition by cross‐reactive T cells and its relation to a C‐terminus‐induced conformational reorientation of an HLA‐B*2705‐bound peptide
Authors: Loll Bernhard , Rückert Christine , Hee Chee Seng , Saenger Wolfram , Uchanska‐Ziegler Barbara , Ziegler Andreas 
Published: November 2010

AbstractThe human major histocompatibility complex class I antigen HLA‐B*2705 binds several sequence‐related peptides (pVIPR, RRKWRRWHL; pLPM2, RRRWRRLTV; pGR, RRRWHRWRL). Cross‐reactivity of cytotoxic T cells (CTL) against these HLA‐B*2705:peptide complexes seemed to depend on a particular peptide conformation that is facilitated by the engagement of a crucial residue within the binding groove (Asp116), associated with a noncanonical bulging‐in of the middle portion of the bound peptide. We were interested whether a conformational reorientation of the ligand might contribute to the lack of cross‐reactivity of these CTL with a peptide derived from voltage‐dependent calcium channel α1 subunit (pCAC, SRRWRRWNR), in which the C‐terminal peptide residue pArg9 could engage Asp116. Analyses of the HLA‐B*2705:pCAC complex by X‐ray crystallography at 1.94 Å resolution demonstrated that the peptide had indeed undergone a drastic reorientation, leading it to adopt a canonical binding mode accompanied by the loss of molecular mimicry between pCAC and sequence‐related peptides such as pVIPR, pLMP2, and pGR. This was clearly a consequence of interactions of pArg9 with Asp116 and other F‐pocket residues. Furthermore, we observed an unprecedented reorientation of several additional residues of the HLA‐B*2705 heavy chain near the N‐terminal region of the peptide, including also the presence of double conformations of two glutamate residues, Glu63 and Glu163, on opposing sides of the peptide binding groove. Together with the Arg‐Ser exchange at peptide position 1, there are thus multiple structural reasons that may explain the observed failure of pVIPR‐directed, HLA‐B*2705‐restricted CTL to cross‐react with HLA‐B*2705:pCAC complexes.
Selenoprotein‐P is down‐regulated in prostate cancer, which results in lack of protection against oxidative damage
Authors: Gonzalez‐Moreno Oscar , Boque Noemi , Redrado Miriam , Milagro Fermin , Campion Javier , Endermann Tobias , Takahashi Kazuhiko , Saito Yoshiro , Catena Raul , Schomburg Lutz , Calvo Alfonso 
Published: November 2010

AbstractBACKGROUNDOxidative stress plays a role in prostate cancer (PrCa) initiation and development. Selenoprotein‐P (SepP; a protein involved in antioxidant defence) mRNA levels are down‐regulated in PrCa. The main goal of our study was to assess whether SepP protects prostate cells from reactive oxygen species (ROS) in prostate carcinogenesis.METHODSModification of SepP levels and ROS conditions in C3(1)/Tag‐derived cell lines representing prostate epithelial neoplasia (PIN) lesions (Pr‐111, with high SepP expression); and invasive tumors (Pr‐14, with very low SepP expression).RESULTSBoth Pr‐111 and Pr‐14 cells express ApoER2 (SepP receptor), which suggests that they may uptake SepP. Pr‐14 cells had much higher ROS levels than Pr‐111 cells and were highly sensitive to H2O2‐mediated cytotoxicity. When SepP mRNA levels were knocked down with siRNAs in Pr‐111 cells, a significant increase in ROS and cell growth inhibition upon H2O2 exposure was found. Subsequent administration of purified SepP in the culture medium of these cells was able to rescue the original phenotype. Similarly, administration of SepP to Pr‐14 cells was able to reduce ROS concentrations. Administration of flutamide decreased SepP mRNA levels whereas dihydrotestosterone or synthetic androgens induced SepP expression, indicating the importance of androgens for SepP expression. Immunohistochemical analysis using a PrCa tissue microarray further revealed that SepP protein was reduced in 60.8% prostate tumors compared to benign prostates.CONCLUSIONSLevels of SepP in prostate cells determine basal ROS levels and sensitivity to H2O2‐induced cytotoxicity. Deregulation of SepP during prostate carcinogenesis may increase free radicals, thus promoting tumor development and de‐differentiation. Prostate 71:824–834, 2011. © 2010 Wiley‐Liss, Inc.
GWAS SNP Replication among African American and European American men in the North Carolina–Louisiana prostate cancer project (PCaP)
Authors: Xu Zongli , Bensen Jeannette T. , Smith Gary J. , Mohler James L. , Taylor Jack A. 
Published: November 2010

AbstractBackground Genome‐wide association studies (GWAS) have identified numerous common SNPs associated with prostate cancer (CaP) risk in men of European descent. This study evaluates GWAS SNPs associated with CaP in African Americans (AAs) and European Americans (EA).METHODSEight hundred SNPs were genotyped, including 32 from European‐based GWAS and 35 flanking SNPs, in 417 AA and 455 EA cases from the NC‐LA Prostate Cancer Project (PCaP) and compared to 925 AA and 1,687 EA controls from Illumina's iControlDB. The 32 GWAS SNPs were evaluated for their predictive power to discriminate between cases and controls using ROC curves.RESULTSOf the 32 GWAS SNPs, 13 were significant at P < 0.05 in EA and 4 in AA (rs6983267, rs7017300, rs1859962, rs6501455). Three of 35 flanking SNPs, all from chromosome 8q, reached study‐wide significance (P < 3.5 × 10−5); 2 in AA (rs10505476 rs6985504) and 1 in EA (rs16901970). Among the remaining 656 SNPs, 2 were associated with CaP (P < 3.5 × 10−5): rs1472606 (OR: 1.43 in EA) and rs9351265 (OR: 1.48 in AA) both in intergenic regions. For the 32 GWAS SNPs, ROC plots yielded AUC estimates too low for clinical use (EA AUC = 0.60 and AA AUC = 0.56).CONCLUSIONSThis study confirms a large proportion of CaP associated regions implicated by European‐based GWAS and provides evidence that some regions may be important in AA CaP risk. Despite the identification of a large panel of GWAS replicated SNPs for CaP, this panel is not appropriate for clinical screening. Prostate 71:881–891, 2011. © 2010 Wiley‐Liss, Inc.
Effect of luteinizing hormone on the steroidogenic pathway in prostate cancer
Authors: Pinski Jacek , Xiong Shigang , Wang Qingcai , Stanczyk Frank , Hawes Debra , Liu Stephen V. 
Published: November 2010

AbstractBACKGROUNDRecent data has shown that prostate cancer (PCA) cells are capable of producing testosterone directly from cholesterol, which may contribute to the development of castration resistance. While up‐regulation of steroidogenic enzymes has been previously described during castration‐resistant prostate cancer (CRPC) progression, regulation of this process is poorly defined. These data examine the role of luteinizing hormone (LH) in the regulation of steroidogenic machinery in PCA cells.METHODSPCA cell lines LNCaP, C4‐2B, and 22RV1 were exposed to LH. Gene expression was quantified using real‐time PCR and protein expression was characterized with standard Western blot analysis. Steroid analysis was performed using radioimmunoassay (RIA). Cell viability was measured using an MTS viability assay.RESULTSAndrogen‐sensitive (LNCaP) and ‐independent PCA cells (C4‐2B and 22RV1) express both mRNA and protein for LH and LH receptor (LHR). Exposure of these cells to LH for 4 hr increased the expression of several steroidogenic genes. Exposure for 10 days resulted in the increase of additional genes. At both time points, the upregulation of these genes was dose‐dependent. This was mirrored by an increase in the expression of several key steroidogenic enzymes, including StAR, CYB5B, CYP11A, and 3βHSD. LH stimulated the production of progesterone and testosterone in LNCaP cells as measured by RIA. We have also demonstrated that treatment of LNCaP cells with LH enhanced their viability.CONCLUSIONSOur data show that LH‐mediated activation of LHR significantly up‐regulates the expression of genes and enzymes required for steroidogenesis and increases steroid production in PCA cells. Prostate 71:892–898, 2011. © 2010 Wiley‐Liss, Inc.
Prognostic and predictive value of intact and cleaved forms of the urokinase plasminogen activator receptor in metastatic prostate cancer
Authors: Almasi Charlotte E. , Brasso Klaus , Iversen Peter , Pappot Helle , Høyer‐Hansen Gunilla , Danø Keld , Christensen Ib J. 
Published: November 2010

AbstractBACKGROUNDThe purpose of this study was to investigate the prognostic value of different forms of the urokinase receptor, uPAR, in serum from prostate cancer (PC) patients.PATIENTS AND METHODSThe uPAR forms were measured in samples from 131 metastatic PC patients. These constituted a subset of patients included in a randomized clinical trial of treatment with total androgen blockade (TAB) versus polyestradiol phosphate (PEP). Pre‐treatment serum levels of intact uPAR (uPAR(I–III)), intact plus cleaved uPAR (uPAR(I–III) + uPAR(II–III)) and domain I (uPAR(I)) were measured using time‐resolved fluorescence immunoassays (TR‐FIAs).RESULTSHigh serum levels of each of the uPAR forms were significantly associated with short overall survival (OS). The prognostic impact was strongest in the TAB treated patients with all uPAR forms being statistically significant. In multivariate analysis, uPAR(I–III) + uPAR(II–III) was an independent prognostic factor in TAB treated patients (HR = 5.2, 95% confidence interval (CI): 2.5–10.6, P < 0.0001) but not in PEP treated patients (P = 0.40). In the entire study population, OS was similar in the two treatment groups. The survival analysis showed significant interactions between treatment modality and the level of either uPAR(I–III) or uPAR(I–III) + uPAR(II–III). High levels of uPAR(I–III) + uPAR(II–III) were found to be predictive of effect of PEP versus TAB treatment. Patients with uPAR(I–III) + uPAR(II–III) levels above the median had significantly longer OS (median difference 11.3 months), if treated with PEP rather than with TAB (HR = 1.8, 95% CI:1.1–3.1, P = 0.03).CONCLUSIONuPAR forms are significantly associated with OS. High uPAR(I–III) + uPAR(II–III) predicts longer OS in patients treated with PEP compared to TAB. uPAR forms are promising prognostic and predictive markers in PC. Prostate 71:899–907, 2011. © 2010 Wiley‐Liss, Inc.
Control of poly(A) tail length
Authors: Eckmann Christian R. , Rammelt Christiane , Wahle Elmar 
Published: November 2010

AbstractPoly(A) tails have long been known as stable 3′ modifications of eukaryotic mRNAs, added during nuclear pre‐mRNA processing. It is now appreciated that this modification is much more diverse: A whole new family of poly(A) polymerases has been discovered, and poly(A) tails occur as transient destabilizing additions to a wide range of different RNA substrates. We review the field from the perspective of poly(A) tail length. Length control is important because (1) poly(A) tail shortening from a defined starting point acts as a timer of mRNA stability, (2) changes in poly(A) tail length are used for the purpose of translational regulation, and (3) length may be the key feature distinguishing between the stabilizing poly(A) tails of mRNAs and the destabilizing oligo(A) tails of different unstable RNAs. The mechanism of length control during nuclear processing of pre‐mRNAs is relatively well understood and is based on the changes in the processivity of poly(A) polymerase induced by two RNA‐binding proteins. Developmentally regulated poly(A) tail extension also generates defined tails; however, although many of the proteins responsible are known, the reaction is not understood mechanistically. Finally, destabilizing oligoadenylation does not appear to have inherent length control. Rather, average tail length results from the balance between polyadenylation and deadenylation. WIREs RNA 2011 2 348–361 DOI: 10.1002/wrna.56This article is categorized under:

RNA Processing > 3' End Processing
RNA Turnover and Surveillance > Turnover/Surveillance Mechanisms
Zur numerischen Auflösung linearer Gleichungssysteme nach dem Matrizenverfahren von Banachiewicz Herrn Prof. Dr. A: Walther zum 50. Geburtstag
Authors: Zurmühl Rudolf 
Published: November 2010

AbstractEs wird ein bisher wenig bekanntes allgemein anwendbares Verfahren zur Auflösung linearer Gleichungssysteme beschrieben, welches durch Kombination des Matrizenkalküls mit den in der Rechenmaschine gelegenen Möglichkeiten einer Rechnungsabkürzung zu einer wesentlichen Herabsetzung des Arbeits‐ und Schreibaufwandes gegenüber den sonst üblichen Methoden führt. Zum Verfahren werden ein Rechenschema mit eingebauten Summenproben sowie bestimmte Regeln der praktischen Maschinenrechnung angegeben und durch ein Zahlenbeispiel erläutert. Das Verfahren eignet sich gleicherweise zur Berechnung der Koeffizientendeterminante und der Kehrmatrix, und es vereinfacht sich wesentlich bei symmetrischem Koeffizientenschema.
Iterationsverfahren für komplexe Nullstellen algebraischer Gleichungen
Authors: Collatz L. 
Published: November 2010

AbstractEs wird ein Iterationsverfahren beschrieben, welches bei einer beliebigen Wurzel einer algebraischen Gleichung mit reellen oder Komplexen Koeffizienten konvergiert, sofern man über einige, noch frei wählbare Größen passend verfügt and welches häufig rascher als das Newtonsche Verfahren Näherungswerte für komplexe Nullstellen liefert, oft sogar für mehrere komplexe Nullstellen zugleich.
Influence of the Integration Steps on the Results of Numerical Simulations for a System with Friction
Authors: Klepp H. J. 
Published: November 2010

AbstractDie nichtlineare Differentialgleichung eines Mehrkörpersystems mit reibungsbehafteten Bindungen wird betrachtet. Mit numerischer Simulation werden stationäre und nichtstationäre Bewegungszustände bestimmt. Der Einfluß der Integrationsschritte auf die Parameter der Bewegungen wird untersucht. Auf Periodenvervielfachung und auf irreguläres Verhalten, hervorgerufen durch nichtadäquate Integrationsschritte, wird hingewiesen.
On the Numerical Solution of Semilinear Parabolic Problems in Multicomponent Structures with Volterra Operators in the Transmission Conditions and in the Boundary Conditions
Authors: Kačur J. , van Keer R. 
Published: November 2010

AbstractDiese Arbeit beschäftigt sich mit einem Rothe‐Galerkin‐Finite‐Elemente‐Verfahren für eine Klasse parabolischer Probleme in Verbundmaterialien. An den internen Rändern dürfen sowohl die co‐normale Ableitung (Wärmefluß) als auch die unbekannte Funktion (Temperatur) unstetig sein. Es werden recht allgemeine Sprünge gestattet, wie sie etwa in Form von Volterra‐Operatoren ausgedrückt werden können, die auf der unbekannten der beiden Seiten der Grenzflächen erklärt sind. Sowohl die Leitungsmatrizen als auch die Quellterme können von der Unbekannten abhängen. Schließlich dürfen auch die natürlichen Randbedingungen Volterra‐Operatoren enthalten. Derart unvollständige thermische Kontaktprobleme treten z. B. bei der Modellierung von Wärmeleitungsproblemen in Gebäuden auf. Siehe etwa [5] und [10].
Contact of a Plate and an Elastic Body
Authors: Ang D. D. , Vy L. K. 
Published: November 2010

AbstractIn der vorliegenden Arbeit wird das Problem des Kontaktes zwischen einer Platte und einem elastischen Körper betrachtet, wobei die Platte am elastischen Körper bleibt. Das Problem wurde in [1] untersucht, wobei die Autoren die Boussinesq‐Lösung verwendeten, um die Verrückungen der Randpunkte der elastischen Grundlage darzustellen, die in ihrem Fall ein homogener elastischer Halbraum war. Wir verwenden hier für unsere Modellierung die z. B. in [8] gegebene lineare Elastizitätstheorie. Der Kontakt zwischen der Platte und dem elastischen Körper wird hier durch eine Signorini‐Bedingung gesteuert und somit kann das Problem auf eine eventuell nicht‐koerzitive Variationsungleichung reduziert werden. Wir befassen uns hier mit der Existenz und Eindeutigkeit einer Lösung dieser Ungleichung. Außerdem geben wir eine Finite‐Elemente‐Approximation dieser Lösung.
Dynamics of Nonholonomic Systems
Authors: Mladenova C. 
Published: November 2010

AbstractThe present paper considers Hamel's equations of motion for nonholonomic systems in terms o] pseudo‐coordinates and gives an efficient method (for definiteness it is called Hamel's method) for obtaining the reaction forces. The group of the nonholonomic operators is defined and its group structural constants are given. On the basis of the geometrical language it is outlined how the equations of motions are simplified when the system dynamics is considered in the tangent space of the configurational manifold.
Zur mathematischen Beschreibung eines Halbleiterinjektionslasers
Authors: Föurste J. 
Published: November 2010

AbstractZur mathematischen Beschreibung eines Halbleiterinjektionslasers wird ein System partieller Differentialgleichungen vorgeschlagen, das aus den Maxwellschen Gleichungen und der Ladungsträgerbilanz in der aktiven Zone besteht. Es zeigt sich, daβ man für dieses System ein vernünftig gestelltes Rand‐Anfangswertproblem formulieren kann.
A Simplified Spectral Analysis of some Numerical Methods in Fluid Dynamics
Authors: Delfs J. , Rozhdestvensky B. L. 
Published: November 2010

AbstractMost of the schemes used in simulations of transition to turbulence are based on spectral methods. Useful tools of the mathematical investigation of their numerical stability and accuracy have been published in English only recently [1]. Such an investigation may be rather complicated especially for those schemes which use different temporal discretization for different terms in the Navier‐Stokes equations (semi‐implicit schemes). In this paper we propose a considerably simplified version of such an investigation.
Eigenwertschranken für das Problem der frei schwingenden rechteckigen Platte und Untersuchungen zum Ausweichphänomen
Authors: Henninc  , Behnke  , Mertins U. 
Published: November 2010

AbstractIn der vorliegenden Arbeit werden sehr genaue Einschließungsintervalle für die Schwingungsfrequenzen rechteckiger freier Platten berechnet. Das bekannte Rayleigh‐Ritz‐Verfahren zur Berechnung oberer Schranken wird zur Berechnung unterer Schranken kombiniert mil einem von F. GOERISCH vorgeschlagenen Verfahren, das eine Methode von N. J. Lehmann verallgemeinert. Die Theorie für diese Vorgehensweise wird hergeleitet. Numerische Ergebnisse werden unter Einsatz einer objektorientierten Programmiersprache bestimmt. Dies ermöglicht eine Diskretisierung ohne jede „analytische Rechnung”︁ Werden die Eigenwertnäherungen in Abhängigkeit des Seitenverhältnisses der Plane aufgetragen, ergibt sich ein Kurven ausweichen. Es wird gezeigt, daß dieses Phänomen nicht von Approximationstechniken hervorgerufen wird.
On a Control Problem for Memory Kernels in Heat Conduction
Authors: Unger Friedmar , Wolfersdorf Lothar Von 
Published: November 2010

AbstractEs wird ein Identifikationsproblem für memory‐Kerne betrachtet, die bei der Beschreibung des Wärmestromes in einem Stab aus Material mit thermischem Gedächtnis auftreten. Die zugehörige lineare Integrodifferentialgleichung für die Temperatur enthält ein Paar von unbekannten zeitabhängigen Faltungstermen. Diese werden bestimmt als Lösungen eines optimalen Steuerproblems vom least‐squares‐Typ, wobei zusätzliche Daten benutzt werden, die durch Temperaturmessungen in festen Punkten des Stabes über ein endliches Zeitintervall gewonnen werden. Es werden Optimalitätsbedingungen für die memory‐Kerne und ein numerisches Beispiel zu deren Berechnung angegeben.
Instabilities of Ideal Fluids and Related Topics: Plenary Lecture, presented at the Annual GAMM Conference, Braunschweig 1994
Authors: Lifschitz A. 
Published: November 2010

AbstractWir beschreiben ein Verfahren zur Stabilitätsanalyse von dreidimensionalen, nicht notwendig stationären Strömungen idealer Flüssigkeiten. In unserem Verfahren kommen Ideen aus der geometrischen Optik zur Anwendung. Anders als bei Methoden, in denen das Spektrum eines linearisierten Operators oder die Energiefunktion des Systems betrachtet wird, ist unser Verfahren speziell darauf ausgerichtet, die Instabilität beliebiger Strömungen gegenüber Störungen mit kurzer Wellenlänge zu studieren (ähnlich den von Rayleigh and Taylor untersuchten zentrifugalen Instabilitäten). Im vorliegenden Artikel benutzen wir unsere Methode, um die Stabilität von Strömungen inkompressibler Flüssigkeiten, nichtrelativistisch‐adiabatischer Flüssigkeiten sowie relativistisch‐adiabatischer Flüssigkeiten zu untersuchen. Insbesondere studieren wir die Stabilität von Wirbelringen. Wir weisen nach, daß Wirbelringe im generischen Fall instabil sind.
The Spinning Top: A Complementary Approach
Authors: Tabarrok B. , Tong X. , Rimrott F. P. J. 
Published: November 2010

AbstractIn der Dynamik werden die Bewegungsgleichungen eines mechanischen Systems oft aus den Lagrangeschen Gleichungen in Form verallgemeinerter Koordinaten abgeleitet. Aus der Sicht der Variationsrechnung ergeben sich diese Gleichungen als Extremalbedingungen aus dem Hamilton‐Prinzip. Es existiert aber auch ein alternativer Ansatz für die Ableitung der Bewegungsgleichungen aus einer komplementären Form des Hamilton‐Prinzips in Form verallgemeinerter Impulse. Der komplementäre Ansatz wurde für die lineare Schwingungsanalyse verwendet. In dieser Studie wird der komplementäre Ansatz auf die Starrkörperdynamik ausgedehnt, bei der sich aus Zentrifugalkraft und Corioliskraft ergebende kinematische Größen in den Gleichgewichtsbedingungen auftreten. Es wird eine Anwendung der komplementären Formulierung vorgeschlagen und zur Illustration das klassische Spielzeugkreiselproblem analysiert. Dabei wird die Stabilität einiger typischer Bewegungen des Kreisels wie etwa der aufrechte schwere Kreisel und die Präzessionsbewegung diskutiert.
The Problem of Lateral Buckling of Cantilever Plates
Authors: Reissner E. 
Published: November 2010

AbstractEine zweidimensionale Formulierung des Problems der Kippstabilität im Rahmen der Theorie schubweicher Platten dient als die Basis einer Ableitung eines eindimensionalen Randwertproblems für verallgemeinerte Versionen des Problems im Sinne der Resultate, die mil den Namen Euler, Michell, Prandtl und Timoshenko verbunden sind.Es wird weiterhin gezeigt, daß diese eindimensionale Formulierung im allgemeinen auf ein System zehnter Ordnung führt. Wenn man Schubstarrheit in der Querrichtung annimmt, geht die Ordnung von zehn auf acht herunter. Eine weitere Reduzierung von acht auf sechs findet statt, wenn Vlasovs Differentialbiegungssteife vernachlässigt wird. Für eine orthotrope Platte mit Querkraftbelastung läßt sich das Problem mil Hilfe von „ersten Integralen”︁ auf ein System vierter bzs. zweiter Ordnung reduzieren. Die Annahme von Schubstarrheit in der Längsrichtung reduziert das Problem zweiter Ordnung weiterhin auf die klassische Michell‐Prandtl‐Formulierung.
Discontinuity Waves in a Periodic Layered Medium
Authors: Herrmann K. P. , Wesolowski Z. 
Published: November 2010

AbstractEs wird eine räumlich periodische Struktur, bestehend aus einer großen Anzahl von homogenen elastischen Schichten mit unterschiedlichen Dicken, Dichten und elastischen Materialkonstanten, betrachtet. Die Schichten sollen an den Materialgrenzflächen perfekten Kontakt aufweisen. Es wird angenommen, daß eine anfängliche statische Verschiebung Wellen innerhalb dieser Struktur erzeugt. Das Ziel der Arbeit besteht in der Berechnung aufeinanderfolgender Positionen der Wellenfronten, wobei letztere unterschiedlichen Ausbreitungsmoden zugeordnet sind.