bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
SecCT: Secure and Scalable Count Query Models on Encrypted Genomic Data
Authors: Peng Yanguo , Liu Rongqiao , Guo Jingjing , Gao Xiyue , Huang Luyuan , Tu Yaofeng 
Published: June 2024

Recently, due to the continued reduction in DNA sequencing cost, large-scale genetic samples are being gathered for accelerating predispositions to specific diseases, tailoring treatment of efficient drugs and therapies, and the like. Massive genetic samples are encrypted-and-then-delegated to a public cloud to both save investment and maintenance costs and prevent the potential leakage of sensitive information. However, such a manner compromises the serviceability of a public cloud, since encryption inevitably breaks the semantic information of genetic samples. Secure count query of single-nucleotide polymorphisms (SNPs), as a kernel component for GWASs and related genomic analysis, is attracting much more attention.
Existing methods lack provable security, suffer low efficiency caused by multiple interactions with the cloud, and so on. In this paper, a secure virtual CT-Tree (secure vCT-Tree) is carefully constructed to confuse the tree structure by introducing a hash function and a Paillier system. Furthermore, by delegating the secure vCT-Tree to the cloud, concrete models (i.e., SecCT and SecCT+) are presented to resolve secure count query problems on the fly. SecCT+ is a solution based on trusted execution environment while SecCT is a pure software solution. Both models advance the provable security of genetic research and are proven to be secure under the adaptive chosen keyword (query) attack (IND-CKA2) model. Furthermore, massive experiments are evaluated on realistic data to show the superiority of SecCT and SecCT+.
T2-FLAIR Mismatch Sign Predicts DNA Methylation Subclass and CDKN2A/B Status in IDH-Mutant Astrocytomas
Authors: Lee Matthew D. , Jain Rajan , Galbraith Kristyn , Chen Anna , Lieberman Evan , Patel Sohil H. , Placantonakis Dimitris G. , Zagzag David , Barbaro Marissa , Guillermo Prieto Eibl Maria del Pilar , Golfinos John G. , Orringer Daniel A. , Snuderl Matija 
Published: June 2024

Abstract

Purpose:
DNA methylation profiling stratifies isocitrate dehydrogenase (IDH)-mutant astrocytomas into methylation low- and high-grade groups. We investigated the utility of the T2-fluid-attenuated inversion recovery (T2-FLAIR) mismatch sign for predicting DNA methylation grade and cyclin-dependent kinase inhibitor 2A/B (CDKN2A/B) homozygous deletion, a molecular biomarker for grade 4 IDH-mutant astrocytomas, according to the 2021 World Health Organization classification.

Experimental Design:
Preoperative MRI scans of IDH-mutant astrocytomas subclassified by DNA methylation profiling (n = 71) were independently evaluated by two radiologists for the T2-FLAIR mismatch sign. The diagnostic utility of T2-FLAIR mismatch in predicting methylation grade, CDKN2A/B status, copy number variation, and survival was analyzed.

Results:
The T2-FLAIR mismatch sign was present in 21 of 45 (46.7%) methylation low-grade and 1 of 26 (3.9%) methylation high-grade cases (P &lt; 0.001), resulting in 96.2% specificity, 95.5% positive predictive value, and 51.0% negative predictive value for predicting low methylation grade. The T2-FLAIR mismatch sign was also significantly associated with intact CDKN2A/B status (P = 0.028) with 87.5% specificity, 86.4% positive predictive value, and 42.9% negative predictive value. Overall multivariable Cox analysis showed that retained CDKN2A/B status remained significant for progression-free survival (P = 0.01). Multivariable Cox analysis of the histologic grade 3 subset, which was nearly evenly divided by CDKN2A/B status, copy number variation, and methylation grade, showed trends toward significance for DNA methylation grade with overall survival (P = 0.045) and CDKN2A/B status with progression-free survival (P = 0.052).

Conclusions:
The T2-FLAIR mismatch sign is highly specific for low methylation grade and intact CDKN2A/B in IDH-mutant astrocytomas.
ОСОБЛИВОСТІ ХАРЧУВАННЯ ПІДЛІТКІВ КОМУНАЛЬНОГО ЗАКЛАДУ «МЕЛІТОПОЛЬСЬКИЙ МЕДИЧНИЙ ФАХОВИЙ КОЛЕДЖ» ЗАПОРІЗЬКОЇ ОБЛАСНОЇ РАДИ ЗА КРИЗОВИХ УМОВ
Authors: Галько Т. І. , Шульгай О. М. 
Published: June 2024

Вступ. Харчування підлітків – надзвичайно важлива проблема сьогодення, яка формує майбутнє здоров’я і добробут нації в цілому. Правильне, раціональне, здорове харчування забезпечує нормальний ріст організму, визначає розумовий і фізичний розвиток, оптимальне функціонування всіх органів та систем, формування імунітету й адаптаційних резервів організму. Статтю присвячено основним принципам харчування студентської молоді, а саме підлітків, за сучасних кризових умов.
Мета роботи – провести аналіз харчування студентів молодших курсів комунального закладу «Мелітопольський медичний фаховий коледж» Запорізької обласної ради та пошук варіантів формування свідомого ставлення до харчування як фактора збереження здоров’я і високої працездатності.
Основна частина. Ми розробили анкету-опитувальник, за допомогою якої було опитано 60 респондентів, проведено аналіз та отримано певні результати. Проаналізувавши результати анкетування, насамперед помітили, що війна змінила життя підлітків, зокрема тим, що досить швидко сформувала нові гастрономічні звички. Було помічено розбіжності в досвіді харчування між тими, хто опинився в окупації, тими, хто перебував у зоні бойових дій, тими, хто став внутрішньо переміщеними особами, а також тими, хто емігрував чи проживав у так званих «безпечних регіонах». Так чи інакше, але в багатьох з опитаних дітей сформувалися нові харчові звички та особливості харчової поведінки. Серед респондентів було 44 (73,3 %) особи жіночої статі й 16 (26,7 %) осіб – чоловічої. За віком вони розподілилися таким чином: 15–16 років – 32 (53,3 %) дитини, 17–18 років – 28 (46,7 %) дітей. На запитання «Чи погіршилося Ваше харчування в період кризової ситуації?» 36 (60,0 %) респондентів відповіли «так», 24 (40,0 %) опитаних – «ні». На запитання «Чи хотіли би Ви покращити режим та раціон Вашого харчування?» 47 (78,3 %) підлітків відповіли «так» і лише 13 (21,7 %) – «ні».
Висновки. Правильно харчуватися важливо завжди, а особливо за кризових умов, адже організм постійно перебуває у стані стресу. Фізіологічні можливості організму підлітків не завжди можуть витримувати ті стресові ситуації, в яких вони опиняються. Тому харчування є тим чинником, який буде доз­воляти справлятися з кризовою ситуацією та запобігати розвитку патологічних станів.
ОСНОВНІ НАПРЯМКИ ВПЛИВУ ОЗДОРОВЧОЇ ГІМНАСТИКИ НА ОРГАНІЗМ ЛЮДИНИ
Authors: Панкратьєв О. І. , Новакова Л. В. 
Published: June 2024

Вступ. Оздоровча гімнастика – це структура специфічних вправ і методичних прийомів, які використовують з метою фізичного виховання, освіти, оздоровлення, відновлення, лікування, спортивної підготовки, набуття життєво важливих умінь.
Мета роботи – обґрунтувати застосування оздоровчої гімнастики для впливу на організм людини.
Основна частина. Гімнастика являє собою «унікальний конструктор, потенційні перетворювальні можливості якого перевершують можливості багатьох інших видів спорту». Основні засоби гімнастики, відповідно до їх переважного впливу на організм людини, дослідники В. Зінченко та Ю. Усачов об’єднали в групи: вправи, спрямовані на розвиток фізичних якостей і формування рухових здібностей (стройові вправи, загальнорозвивальні вправи, рухливі ігри та естафети); вправи, спрямовані на формування життєво важливих рухових умінь і навичок (вправи прикладного характеру, стрибки); вправи, спрямовані на розвиток та вдосконалення рухових здібностей і вольових якостей (акробатичні вправи, опорні стрибки, вправи на гімнастичних приладах, а також вправи художньої гімнастики). Українські дослідниці Н. Борецька й О. Литвиненко вважають, що оздоровча гімнастика – це структура спеціально підібраних фізичних вправ та обґрунтованих методичних прийомів, спрямованих на виконання завдань педагогічного й оздоровчого, гігієнічного характеру, всебічного фізичного розвитку, вдос­коналення рухових здібностей, зміцнення здоров’я. У свою чергу, О. Худолій зазначає, що оздоровча гімнастика є одним з універсальних засобів фізичного виховання. В. Язловецький, О. Маркова, О. Язловецька зауважують, що оздоровча система атлетичної гімнастики основана на застосуванні комплексів силових вправ з різними обтяженнями чи без них у поєднанні з різнобічною фізичною підготовкою; вона не передбачає використання обов’язкового набору спеціальних тренажерів, штанг та ін.
Висновки. Отже, гімнастика має найбільш оздоровчий напрям порівняно з іншими видами спорту, її вважають універсальною системою гармонійного розвитку, вона своєрідно впливає на духовний і фізичний стан людини, коригування тіла й удосконалення рухової координації.
МОРФОЛОГІЧНІ ОСОБЛИВОСТІ ПЕРЕБІГУ ТА ДИНАМІКА ВИРАЗКОВОГО СУБСТРАТУ У КРОВОТОЧИВИХ ГАСТРОДУОДЕНАЛЬНИХ ВИРАЗКАХ ЗАЛЕЖНО ВІД СТУПЕНЯ АКТИВНОСТІ КРОВОТЕЧІ
Authors: ЗАПОРОЖАН С. Й. 
Published: June 2024

Мета роботи: оцінити морфологічні зміни у ділянці виразкового дефекту шлунка та дванадцятипалої кишки при різних стигматах активності кровотечі за Forrest.
Матеріали і методи. Оцінено біопсійний матеріал післяопераційних осіб (675 пацієнтів), патологоанатомічного відділення Київської міської клінічної лікарні № 12 впродовж 2000–2011 рр. Морфологічне дослідження проведено відповідно до вимог стандартизованих методів з фіксацією 10 % розчином нейтрального забуференого формаліну, заливкою в пластичний парафін та забарвленням гематоксиліном та еозином. Окремі гістологічні зрізи завовшки не більше 7 мкм зафарбовували три хромом за Масоном. Препарати фотографували за допомогою мікроскопа American Optical.
Результати. При гістологічному дослідженні стінки та дна гострих та хронічних виразок (серед групи пацієнтів F1A-F1C) ми спостерігали дифузну лімфо-гістіоцитарну інфільтрацію строми, структур слизової оболонки. Дно виразки вкривав свіжоутворений фібрин та велика кількість лейкоцитів і масивні еритроцитарні скупчення, що було прогностично несприятливим в плані ймовірної кровотечі з виразки. При гістологічному дослідженні тканини прооперованого шлунка (серед групи пацієнтів FIIA – FIIC – кровотеча зупинена, нестійкий гемостаз) було виявлено, що стінка краю виразки була дифузно-інфільтрованою лімфо-гістіоцитарними інфільтратами, мало місце виражене вогнищеве скупчення лімфоцитів та приєднання до даних інфільтратів нейтрофілів. У дні виразки спостерігали накопичення фібрину у вигляді пухкої сіточки (ознаки кровотечі, яка відбулася). При гістологічному дослідженні стінки хронічної виразки шлунка було виявлено, що поверхневий шар був представлений фібринозними нашаруваннями, що є характерним для виразкової хвороби, ускладненої кровотечею із стигматами кровотечі (FIII – кровотеча зупинена, ознаки стійкого гемостазу).
Арозована судина є причиною виникнення кровотечі з виразкового дефекту. Ці зміни зумовлені ознаками запальної інфільтрації слизової оболонки шлунка і дванадцятипалої кишки, що поширюються на підслизовий та м’язовий шари.
Genetic Architecture and Clinical Outcomes of Combined Lipid Disturbances
Authors: Gilliland Thomas , Dron Jacqueline S. , Selvaraj Margaret Sunitha , Trinder Mark , Paruchuri Kaavya , Urbut Sarah M. , Haidermota Sara , Bernardo Rachel , Uddin Md Mesbah , Honigberg Michael C. , Peloso Gina M. , Natarajan Pradeep 
Published: June 2024

BACKGROUND:
Dyslipoproteinemia often involves simultaneous derangements of multiple lipid traits. We aimed to evaluate the phenotypic and genetic characteristics of combined lipid disturbances in a general population-based cohort.

METHODS:
Among UK Biobank participants without prevalent coronary artery disease, we used blood lipid and apolipoprotein B concentrations to ascribe individuals into 1 of 6 reproducible and mutually exclusive dyslipoproteinemia subtypes. Incident coronary artery disease risk was estimated for each subtype using Cox proportional hazards models. Phenome-wide analyses and genome-wide association studies were performed for each subtype, followed by in silico causal gene prioritization and heritability analyses. Additionally, the prevalence of disruptive variants in causal genes for Mendelian lipid disorders was assessed using whole-exome sequence data.

RESULTS:

Among 450 636 UK Biobank participants: 63 (0.01%) had chylomicronemia; 40 005 (8.9%) had hypercholesterolemia; 94 785 (21.0%) had combined hyperlipidemia; 13 998 (3.1%) had remnant hypercholesterolemia; 110 389 (24.5%) had hypertriglyceridemia; and 49 (0.01%) had mixed hypertriglyceridemia and hypercholesterolemia. Over a median (interquartile range) follow-up of 11.1 (10.4–11.8) years, incident coronary artery disease risk varied across subtypes, with combined hyperlipidemia exhibiting the largest hazard (hazard ratio, 1.92 [95% CI, 1.84–2.01];
P
=2×10
−16
), even when accounting for non-HDL-C (hazard ratio, 1.45 [95% CI, 1.30–1.60];
P
=2.6×10
−12
). Genome-wide association studies revealed 250 loci significantly associated with dyslipoproteinemia subtypes, of which 72 (28.8%) were not detected in prior single lipid trait genome-wide association studies. Mendelian lipid variant carriers were rare (2.0%) among individuals with dyslipoproteinemia, but polygenic heritability was high, ranging from 23% for remnant hypercholesterolemia to 54% for combined hyperlipidemia.

CONCLUSIONS:
Simultaneous assessment of multiple lipid derangements revealed nuanced differences in coronary artery disease risk and genetic architectures across dyslipoproteinemia subtypes. These findings highlight the importance of looking beyond single lipid traits to better understand combined lipid and lipoprotein phenotypes and implications for disease risk.
Annual Minimum Snow/Ice Extent Variations over Greenland since 2000: Ice Sheet, Peripheral Areas, and Relation to Ice Mass Balance
Authors: Trishchenko Alexander P. , Ungureanu Calin 
Published: June 2024

Abstract
A novel satellite image processing technique was utilized to produce an annual time series of the minimum snow/ice (MSI) extent over the entire Greenland landmass for the period 2000–22. The information was derived from the Moderate Resolution Imaging Spectroradiometer 10-day clear-sky composites over the April–September period. The data products were generated from 250-m swath imagery. The annual aggregates were downscaled to a 150-m grid for consistency with data on margins of Greenland available from the Geological Survey of Denmark and Greenland (GEUS) and the Greenland Ice Mapping Project. Interannual variations in the MSI extent were derived and analyzed for each of the seven major glacier basins in Greenland split into the main ice sheet, represented by a static map, and the peripheral areas from which all variations originated. Four of the seven regions demonstrated statistically significant negative trends in the MSI extent. The entire Greenland area also showed a declining snow/ice extent although this was not statistically significant. The region-wide and peripheral snow/ice extent varied from a minimum of 1.807 × 106 km2 (1.449 × 105 km2 for peripheral areas) observed in 2012 to a maximum of 1.860 × 106 km2 (1.977 × 105 km2) observed in 2006 with an average value of 1.829 × 106 km2 (1.664 × 105 km2). The derived MSI variations showed a statistically significant correlation with the near-surface 2-m air temperature from the ERA5-Land reanalysis and Greenland ice mass balance from GEUS for all catchments, with correlation coefficients for the entire area equal to −0.74 and 0.53, respectively. The mapping of many peripheral glaciers and ice shelves included in the glaciology databases and utilized for the IPCC reporting is not always consistent with our results and requires improvement, especially in coastal areas.
Revealing the Precipitation Characteristics of Tropical Cyclone Ockhi from Polarimetric Doppler Weather Radar in Conjunction with Disdrometer Observations
Authors: Sasidharan Saranya , Anandan V. K. , Mukhopadhyay Sourin 
Published: June 2024

Abstract
This paper describes the rainfall and microphysical structure of precipitation associated with Tropical Cyclone Ockhi using polarimetric Doppler weather radar (PDWR) products. The study reports the statistical analysis of precipitation types of tropical cyclone cloud systems over the north Indian Ocean, by combining the observations of the PDWR and disdrometer for the first time. There are few studies that mention initial DWR observations of TC over this low-latitude region below 23.5°N. We tried to further carry out a statistical analysis of precipitating clouds in a cyclone from its depression stage to severe cyclonic stage. This study tries to classify and quantify the contribution of convective and stratiform rain to the total TC rainfall. Precipitating clouds have been classified into convective and stratiform based on reflectivity measurements. The vertical profiles (VPRs) of the radar reflectivity Z and the differential reflectivity ZDR obtained for the stratiform and the convective events are compared. A study of the VPR of the convective events reveals that the Z and ZDR parameters tend to increase as the raindrops descend toward the ground owing to enhanced collision–coalescence processes. The VPR of stratiform rain shows signatures of the bright band (BB). The drop size distribution (DSD) parameters and rainfall rate pertaining to the two different precipitation regimes are estimated from the radar data and have been compared. The Joss–Waldvogel Disdrometer measurements have been used to derive DSD parameters and polarimetric rain-rate relation.
Variability of SST through Koopman Modes
Authors: Navarra Antonio , Tribbia Joe , Klus Stefan , Lorenzo-Sánchez Paula 
Published: June 2024

Abstract
The majority of dynamical systems arising from applications show a chaotic character. This is especially true for climate and weather applications. We present here an application of Koopman operator theory to tropical and global sea surface temperature (SST) that yields an approximation to the continuous spectrum typical of these situations. We also show that the Koopman modes yield a decomposition of the datasets that can be used to categorize the variability. Most relevant modes emerge naturally, and they can be identified easily. A difference with other analysis methods such as empirical orthogonal function (EOF) or Fourier expansion is that the Koopman modes have a dynamical interpretation, thanks to their connection to the Koopman operator, and they are not constrained in their shape by special requirements such as orthogonality (as it is the case for EOF) or pure periodicity (as in the case of Fourier expansions). The pure periodic modes emerge naturally, and they form a subspace that can be interpreted as the limiting subspace for the variability. The stationary states therefore are the scaffolding around which the dynamics takes place. The modes can also be traced to the Niño variability and in the case of the global SST to the Pacific decadal oscillation (PDO).

Significance Statement
We compute the Koopman modes for the tropical and global SST, demonstrating that significant dynamical modes can be identified also in complex high-dimensional datasets with continuous spectra. The Koopman modes are then used to identify the stationary subspace, namely, the limit subspace for the invariant evolution of the system.
Toward Parameterizing Eddy-Mediated Transport of Warm Deep Water across the Weddell Sea Continental Slope
Authors: Dettling Nicolas , Losch Martin , Pollmann Friederike , Kanzow Torsten 
Published: June 2024

Abstract
The transport of warm deep water (WDW) onto the Weddell Sea continental shelf is associated with heat flux and strongly contributes to the melting of Antarctic ice shelves. The small radius of deformation at high latitudes makes it difficult to accurately represent the eddy-driven component of onshore WDW transport in coarse-resolution ocean models so that parameterization becomes necessary. The Gent and McWilliams/Redi (GM/Redi) scheme was designed to parameterize mesoscale eddies in the open ocean. Here, it is assessed to what extent the GM/Redi scheme can generate a realistic transport of WDW across the Weddell Sea continental slope. To this end, the eddy parameterization is applied to a coarse-resolution idealized model of the Weddell Sea continental shelf and slope, and its performance is evaluated against a high-resolution reference simulation. With the GM/Redi parameterization applied, the coarse model simulates a shoreward WDW transport with a heat transport that matches the high-resolution reference and both the hydrographic mean fields and the mean slopes of the isopycnals are improved. A successful application of the GM/Redi parameterization is only possible by reducing the GM diffusivity over the continental slope by an order of magnitude compared to the open ocean value to account for the eddy-suppressing effect of the topographic slope. When the influence of topography on the GM diffusivity is neglected, the coarse model with the parameterization either under- or overestimates the shoreward heat flux. These results motivate the incorporation of slope-aware eddy parameterizations into regional and global ocean models.

Significance Statement
Mesoscale eddies drive warm water across the continental slope and onto the continental shelf of the Weddell Sea, where it melts the adjacent Antarctic ice shelves. This process is not resolved in ocean models employing a coarse horizontal resolution akin to state-of-the-art climate models. This work addresses this issue by modifying and applying a well-established eddy parameterization to this specific case. The parameterization works particularly well when it accounts for the effect of sloping topography, over which eddy transports are weaker. We expect this modification also to be of benefit to regional and global models.
Process mapping homicide investigations and estimating resource requirements for homicide units: Findings from a case study in the United States
Authors: Kuhns Joseph B , Messer Shannon , Exum M Lyn 
Published: June 2024

A research team worked with a large urban jurisdiction in the southeastern United States, conducted detective interviews, developed process maps, and estimated the work hours associated with various phases of homicide investigations. The investigative process was organized into separate stages and presented as process maps. The average time elapsed for the initial investigative stage was 72.0 hours, while time to complete the second stage was 10.3 days. Plea-bargained cases consumed 12 hours of lead investigator’s time; homicide trials required an additional 13.2 workdays. These workflow maps and workload estimates could be used to help determine staffing allocations in similar agencies.