bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
LsRTDv1, a reference transcript dataset for accurate transcript‐specific expression analysis in lettuce
Authors: Kara Mehmet Fatih , Guo Wenbin , Zhang Runxuan , Denby Katherine 
Published: August 2024

SUMMARYAccurate quantification of gene and transcript‐specific expression, with the underlying knowledge of precise transcript isoforms, is crucial to understanding many biological processes. Analysis of RNA sequencing data has benefited from the development of alignment‐free algorithms which enhance the precision and speed of expression analysis. However, such algorithms require a reference transcriptome. Here we generate a reference transcript dataset (LsRTDv1) for lettuce (cv. Saladin), combining long‐ and short‐read sequencing with publicly available transcriptome annotations, and filtering to keep only transcripts with high‐confidence splice junctions and transcriptional start and end sites. LsRTDv1 identifies novel genes (mostly long non‐coding RNAs) and increases the number of transcript isoforms per gene in the lettuce genome from 1.4 to 2.7. We show that LsRTDv1 significantly increases the mapping rate of RNA‐seq data from a lettuce time‐series experiment (mock‐ and Botrytis cinerea‐inoculated) and enables detection of genes that are differentially alternatively spliced in response to infection as well as transcript‐specific expression changes. LsRTDv1 is a valuable resource for investigation of transcriptional and alternative splicing regulation in lettuce.
Identification of glycosyltransferases mediating 2‐O‐arabinopyranosyl and 2‐O‐galactosyl substitutions of glucuronosyl side chains of xylan
Authors: Zhong Ruiqin , Zhou Dayong , Phillips Dennis R. , Adams Earle R. , Chen Lirong , Rose John P. , Wang Bi‐Cheng , Ye Zheng‐Hua 
Published: August 2024

SUMMARYXylan is one of the major hemicelluloses in plant cell walls and its xylosyl backbone is often decorated at O‐2 with glucuronic acid (GlcA) and/or methylglucuronic acid (MeGlcA) residues. The GlcA/MeGlcA side chains may be further substituted with 2‐O‐arabinopyranose (Arap) or 2‐O‐galactopyranose (Gal) residues in some plant species, but the enzymes responsible for these substitutions remain unknown. During our endeavor to investigate the enzymatic activities of Arabidopsis MUR3‐clade members of the GT47 glycosyltransferase family, we found that one of them was able to transfer Arap from UDP‐Arap onto O‐2 of GlcA side chains of xylan, and thus it was named xylan 2‐O‐arabinopyranosyltransferase 1 (AtXAPT1). The function of AtXAPT1 was verified in planta by its T‐DNA knockout mutation showing a loss of the Arap substitution on xylan GlcA side chains. Further biochemical characterization of XAPT close homologs from other plant species demonstrated that while the poplar ones had the same catalytic activity as AtXAPT1, those from Eucalyptus, lemon‐scented gum, sea apple, 'Ohi'a lehua, duckweed and purple yam were capable of catalyzing both 2‐O‐Arap and 2‐O‐Gal substitutions of xylan GlcA side chains albeit with differential activities. Sequential reactions with XAPTs and glucuronoxylan methyltransferase 3 (GXM3) showed that XAPTs acted poorly on MeGlcA side chains, whereas GXM3 could efficiently methylate arabinosylated or galactosylated GlcA side chains of xylan. Furthermore, molecular docking and site‐directed mutagenesis analyses of Eucalyptus XAPT1 revealed critical roles of several amino acid residues at the putative active site in its activity. Together, these findings establish that XAPTs residing in the MUR3 clade of family GT47 are responsible for 2‐O‐arabinopyranosylation and 2‐O‐galactosylation of GlcA side chains of xylan.
Energy expenditure, intake and availability in female soccer players via doubly labelled water: Are we misrepresenting low energy availability?
Authors: McHaffie Samuel J. , Langan‐Evans Carl , Strauss Juliette A. , Areta José L. , Rosimus Christopher , Evans Martin , Waghorn Ruth , Grant James , Cuthbert Matthew , Hambly Catherine , Speakman John R. , Morton James P. 
Published: August 2024

AbstractFemale soccer players have been identified as presenting with low energy availability (LEA), though the prevalence of LEA may be overestimated given inaccuracies associated with self‐reporting dietary intakes. Accordingly, we aimed to quantify total daily energy expenditure (TDEE) via the doubly labelled water (DLW) method, energy intake (EI) and energy availability (EA). Adolescent female soccer players (n = 45; 16 ± 1 years) completed a 9–10 day ‘training camp’ representing their national team. Absolute and relative TDEE was 2683 ± 324 and 60 ± 7 kcal kg−1 fat free mass (FFM), respectively. Mean daily EI was lower (P < 0.01) when players self‐reported using the remote food photography method (RFPM) (2047 ± 383 kcal day−1) over a 3‐day period versus DLW derived EI estimates accounting for body mass (BM) changes (2545 ± 518 kcal day−1) over 7–8 days, representing a mean daily Δ of 499 ± 526 kcal day−1 and 22% error when using the RFPM. Estimated EA was different (P < 0.01) between methods (DLW: 48 ± 14 kcal kg−1 FFM, range: 22–82; RFPM: 37 ± 8 kcal kg−1 FFM, range: 22–54), such that prevalence of LEA (<30 kcal kg−1 FFM) was lower in DLW compared with RFPM (5% vs. 15%, respectively). Data demonstrate the potential to significantly underestimate EI when using self‐report methods. This approach can therefore cause a misrepresentation and an over‐prevalence of LEA, which is the underlying aetiology of ‘relative energy deficiency in sport’ (REDs).
Sensitivity of dairy calf
Salmonella enterica
serotype Cerro isolates to infection-relevant stressors
Authors: Raabis Sarah M. , Westerman Trina L. , Cruz Eddy , Deblois Courtney L. , Suen Garret , Elfenbein Johanna R. 
Published: August 2024

ABSTRACT

Salmonella enterica
serotype Cerro (
S
. Cerro) is an emerging
Salmonella
serotype isolated from cattle, but the association of
S
. Cerro with disease is not well understood. While comparative genomic analyses of bovine
S
. Cerro isolates have indicated mutations in elements associated with virulence, the correlation of
S
. Cerro fecal shedding with clinical disease in cattle varies between epidemiologic studies. The primary objective of this study was to characterize the infection-relevant phenotypes of
S
. Cerro fecal isolates obtained from neonatal calves born on a dairy farm in Wisconsin, USA. The
S
. Cerro isolates varied in biofilm production and sensitivity to the bile salt deoxycholate. All
S
. Cerro isolates were sensitive to sodium hypochlorite, hydrogen peroxide, and acidic shock. However,
S
. Cerro isolates were resistant to nitric oxide stress. Two
S
. Cerro isolates were unable to compete with
S
. Typhimurium during infection of calf ligated intestinal loops, indicating decreased fitness
in vivo
. Together, our data suggest that
S
. Cerro is sensitive to some innate antimicrobial defenses present in the gut, many of which are also used to control
Salmonella
in the environment. The observed phenotypic variation in
S
. Cerro isolates from a single farm suggest phenotypic plasticity that could impact infectious potential, transmission, and persistence on a farm.

IMPORTANCE

Salmonella enterica
is a zoonotic pathogen that threatens both human and animal health.
Salmonella enterica
serotype Cerro is being isolated from cattle at increasing frequency over the past two decades; however, its association with clinical disease is unclear. The goal of this study was to characterize infection-relevant phenotypes of
S
. Cerro isolates obtained from dairy calves from a single farm. Our work shows that there can be variation among temporally related
S
. Cerro isolates and that these isolates are sensitive to killing by toxic compounds of the innate immune system and those used for environmental control of
Salmonella
. This work contributes to our understanding of the pathogenic potential of the emerging pathogen
S
. Cerro.
Intranasal delivery of a recombinant adenovirus vaccine encoding the PEDV COE elicits potent mucosal and systemic antibody responses in mice
Authors: Yan Shijie , Luo Yi , Zhan Ningjia , Xu Haoran , Yao Yao , Liu Xiang , Dong Xiaoqing , Kang Li , Zhang Guozhong , Liu Pinghuang 
Published: August 2024

ABSTRACT

Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) is an enteropathogenic coronavirus that causes substantial economic loss to the global pig industry. The emergence of PEDV variants has increased the need for new vaccines, as commercial vaccines confer inferior protection against currently circulating strains. It is well established that the induction of mucosal immunity is crucial for PEDV vaccines to provide better protection against PEDV infection. In this study, we constructed a recombinant adenovirus expressing the core neutralization epitope (COE) of G2b PEDV based on human adenovirus serotype 5 (Ad5). We evaluated the effects of different administration routes and doses of vaccine immunogenicity in Balb/c mice. Both intramuscular (IM) and intranasal (IN) administration elicited significant humoral responses, including COE-specific IgG in serum and mucosal secretions, along with serum-neutralizing antibodies. Moreover, IN delivery was more potent than IM in stimulating IgA in serum and mucosal samples and in dampening the immune response to the Ad5 vector. The immune response was stronger after high versus low dose IM injection, whereas no significant difference was observed between high and low IN doses. In summary, our findings provide important insights for developing novel PEDV vaccines.

IMPORTANCE
Porcine epidemic diarrhea (PED) is a highly contagious disease that has severe economic implications for the pork industry. Developing an effective vaccine against PEDV remains a necessity. Here, we generated a recombinant adenovirus vaccine based on Ad5 to express the COE protein of PEDV (rAd5-PEDV-COE) and systematically evaluated the immunogenicity of the adenovirus-vectored vaccine using different administration routes (intramuscular and intranasal) and doses in a mouse model. Our results show that rAd5-PEDV-COE induced potent systemic humoral response regardless of the dose or immunization route. Notably, intranasal delivery was superior to induce peripheral and mucosal IgA antibodies compared with intramuscular injection. Our data provide valuable insights into designing novel PEDV vaccines.
Supplemental Material: Early Neoarchean geodynamic regime in the North China Craton: Constraints from 2.7 Ga granitoids in the southern Jilin terrane
Authors: Liu Jin , al. et 
Published: August 2024

<p>Detailed analytic methods, summary of early Neoarchean granitoids, and results of zircon U-Pb dating and trace element modeling. </p>
Physical activity, sedentary behaviour, and childhood asthma: a European collaborative analysis
Authors: Eijkemans Marianne , Mommers Monique , Harskamp-van Ginkel Margreet W , Vrijkotte Tanja G M , Ludvigsson Johnny , Faresj� �shild , Bergstr�m Anna , Ekstr�m Sandra , Grote Veit , Koletzko Berthold , B�nnelykke Klaus , Eliasen Anders Ulrik , Bager Peter , Melbye Mads , Annesi-Maesano Isabella , Ba�z Nour , Barros Henrique , Santos Ana Cristina , Duijts Liesbeth , Mensink-Bout Sara M , Flexeder Claudia , Koletzko Sibylle , Schikowski Tamara , Eggesb� Merete �se , Lenters Virissa , Fern�ndez-Tard�n Guillermo , Subiza-Perez Mikel , Garcia-Aymerich Judith , L�pez-Vicente M�nica , Sunyer Jordi , Torrent Maties , Ballester Ferran , Kelleher Cecily , Mehegan John , Berg Andrea von , Herberth Gunda , Standl Marie , Kuehni Claudia E , Pedersen Eva S L , Jansen Maria , Gehring Ulrike , Boer Jolanda M A , Devereux Graham , Turner Steve , Peltola Ville , Lagstr�m Hanna , Inskip Hazel M , Pike Katharine C , Dalmeijer Geertje W , Ent Cornelis K van der , Thijs Carel 
Published: August 2024

Objectives
To investigate the associations of physical activity (PA) and sedentary behaviour in early childhood with asthma and reduced lung function in later childhood within a large collaborative study.

Design
Pooling of longitudinal data from collaborating birth cohorts using meta-analysis of separate cohort-specific estimates and analysis of individual participant data of all cohorts combined.

Setting
Children aged 0�18 years from 26 European birth cohorts.

Participants
136 071 individual children from 26 cohorts, with information on PA and/or sedentary behaviour in early childhood and asthma assessment in later childhood.

Main outcome measure
Questionnaire-based current asthma and lung function measured by spirometry (forced expiratory volume in 1 s (FEV
1
), FEV
1
/forced vital capacity) at age 6�18 years.

Results
Questionnaire-based and accelerometry-based PA and sedentary behaviour at age 3�5 years was not associated with asthma at age 6�18 years (PA in hours/day adjusted OR 1.01, 95% CI 0.98 to 1.04; sedentary behaviour in hours/day adjusted OR 1.03, 95% CI 0.99 to 1.07). PA was not associated with lung function at any age. Analyses of sedentary behaviour and lung function showed inconsistent results.

Conclusions
Reduced PA and increased sedentary behaviour before 6 years of age were not associated with the presence of asthma later in childhood.
Best evidence topic report: are portable handheld fundus cameras effective in diagnosing diabetic retinopathy in emergency settings?
Authors: Arzaghi Mohammadreza , Alavi-Moghaddam Mostafa 
Published: August 2024

A short-cut systematic review was conducted using a described protocol. The three-part question addressed was: In adult patients presenting to the ED with diabetes-related visual symptoms, how effective is using a portable handheld fundus camera in diagnosing diabetic retinopathy?MEDLINE, Embase and Cochrane databases were searched for relevant evidence. Altogether, 237 papers were found using the search strategy developed. 12 provided the best evidence to answer the three-part question. The data on first author name, publication year, country of origin, study type, study sample size, participant’s gender, reported effect sizes, main findings and limitations were extracted from the relevant studies and listed in a table.Following a thorough examination and review of the literature, our analysis identified 12 articles for detailed evaluation. Of these, three provided the most compelling evidence concerning the use of portable handheld fundus cameras for the diagnosis of diabetic retinopathy in emergency settings. Ruanet al(2022) reported superior image quality and a sensitivity of 82.1% (95% CI: 72.1% to 92.2%) with a specificity of 97.4% (95% CI: 95.4% to 99.5%) for a handheld camera combined with artificial intelligence interpretation. Jinet al(2017) demonstrated high-quality images with 63% rated as excellent, showing a comparable efficacy to a traditional tabletop camera. Daset al(2022) found that Remidio and Pictor handheld cameras had high success rates and image quality, with sensitivities of 77.5% (95% CI: 65.9% to 89.0%) and 78.1% (95% CI: 66.6% to 89.5%), respectively, comparable to the Zeiss tabletop camera’s sensitivity of 84.9% (95% CI: 78.2% to 91.5%). The clinical bottom line is that the best available evidence supports the effectiveness of portable handheld fundus cameras for diagnosing diabetic retinopathy in emergency settings.
One side effect: two networks? Lateral and posteromedial stimulation spreads induce dysarthria in subthalamic deep brain stimulation for Parkinson’s disease
Authors: Jergas Hannah , Petry-Schmelzer Jan Niklas , Hannemann Jonathan H , Thies Tabea , Strelow Joshua N , Rubi-Fessen Ilona , Quinting Jana , Baldermann Juan Carlos , Mücke Doris , Fink Gereon R , Visser-Vandewalle Veerle , Dembek Till A , Barbe Michael T 
Published: August 2024

BackgroundStimulation-induced dysarthria (SID) is a troublesome and potentially therapy-limiting side effect of deep brain stimulation of the subthalamic nucleus (STN-DBS) in patients with Parkinson’s disease (PD). To date, the origin of SID, and especially whether there is an involvement of cerebellar pathways as well as the pyramidal tract, remains a matter of debate. Therefore, this study aims to shed light on structural networks associated with SID and to derive a data-driven model to predict SID in patients with PD and STN-DBS.MethodsRandomised, double-blinded monopolar reviews determining SID thresholds were conducted in 25 patients with PD and STN-DBS. A fibre-based mapping approach, implementing the calculation of fibr-wise ORs for SID, was employed to identify the distributional pattern of SID in the STN’s vicinity. The ability of the data-driven model to classify stimulation volumes as ‘causing SID’ or ‘not causing SID’ was validated by calculating receiver operating characteristics (ROC) in an independent out-of-sample cohort comprising 14 patients with PD and STN-DBS.ResultsLocal fibre-based stimulation maps showed an involvement of fibres running lateral and posteromedial to the STN in the pathogenesis of SID, independent of the investigated hemisphere. ROC analysis in the independent out-of-sample cohort resulted in a good fit of the data-driven model for both hemispheres (area under the curve (AUC)left=0.88, AUCright=0.88).ConclusionsThis study reveals an involvement of both, cerebello-thalamic fibres, as well as the pyramidal tract, in the pathogenesis of SID in STN-DBS. The results may impact future postoperative programming strategies to avoid SID in patients with PD and STN-DBSTrial registration numberDRKS00023221; German Clinical Trials Register (DRKS) Number.
ОСОБЛИВОСТІ ФОРМУВАННЯ ЛІДЕРСЬКИХ ЯКОСТЕЙ ФАХІВЦІВ У СФЕРІ ОХОРОНИ ЗДОРОВ’Я ТА МЕНЕДЖЕРІВ ОХОРОНИ ЗДОРОВ’Я
Authors: Петрашик Ю. М. , Трущенкова Л. В. , Повражек І. В. 
Published: August 2024

Мета: дослідити особливості формування лідерських якостей менеджерів у сфері охорони здоров’я та менеджерів охорони здоров’я.
Матеріали і методи. Ми провели комплексне дослідження з метою вивчення найкращих практик, що застосовуються в Україні та деяких інших країнах у сфері розвитку лідерських навичок серед медичних працівників та управлінців. У дослідженні було використано змішаний підхід, що поєднує якісний та кількісний аналіз для отримання всебічного уявлення про стратегії та програми, що реалізуються в цих країнах.
Результати. Підготовка менеджерів є надзвичайно важливою в галузі охорони здоровʼя та в таких авторитетних професійних установах, як Тернопільський національний медичний університет імені І. Я. Горбачевського МОЗ України. Для розуміння суті навчання лідерства у сфері охорони здоровʼя вирішальну роль відіграє середовище, а також підходи, які слід застосовувати для індивідуального й колективного навчання, щоб підвищити ефективність лідера в галузі охорони здоровʼя. Включення різних стратегій розвитку лідерства й розуміння процедур покращує процес навчання менеджерів у сфері охорони здоровʼя.
Висновки. Існує значна кількість доказів, що підтверджують значний вплив ситуаційного контексту, особливо в динамічному й дуже складному середовищі охорони здоровʼя, на формування необхідних управлінських компетенцій і методологій розвитку менеджерів, які використовуються для професіоналізації управління охороною здоровʼя в Україні. Дослідження розглядають розвиток лідерських якостей не лише як особистий розвиток, але й як соціальний процес, на який впливають конкретні контекстуальні фактори й етап карʼєри керівника в галузі охорони здоровʼя. Методології підготовки менеджерів мають бути спрямовані на формування лідера у сфері охорони здоровʼя, який має глибоке розуміння специфіки своєї діяльності й демонструє компетенції, яких очікує від нього галузь охорони здоровʼя. Ефективні методики підготовки менеджерів мають більше шансів на успіх, якщо вони орієнтовані на розвиток практичних знань і підвищення здатності лідера адаптуватися й розвиватися у відповідь на виклики, що постають перед ним у поточному контексті охорони здоровʼя.
СТАТЕВО-ВІКОВА ХАРАКТЕРИСТИКА ПОСТРАЖДАЛИХ З ПОЛІТРАВМОЮ
Authors: Костюк В. П. , Золотий А. Т. 
Published: August 2024

РЕЗЮМЕ. На кінець ХХ ст. у розвинених країнах світу значно зросла роль травми в структурі захворюваності та смертності населення.
Мета роботи – провести статево-віковий аналіз постраждалих при полісистемних пошкодженнях.
Матеріал і методи. Ми проаналізували 102 карти стаціонарного хворого у постраждалих з політравмою. Масив дослідження склали постраждалі віком від 27до 86 років, чоловіків було 64, жінок – 38 осіб.
Результати. Найбільше травм обстежені постраждалі отримали в побутових умовах – 1 рангове місце та 40,2 % випадків, травми в результаті дорожньо-транспортних пригодах (ДТП) у загальному масиві постраждалих обійняли 2 рангове місце (29,4 %).
Висновки. Встановлено, що найбільша частка і серед чоловіків, і серед жінок, припадає на побутові травми (1 рангове місце), які, в осіб чоловічої статі трапляються частіше. Другою за питомою вагою обставин травми є дорожньо-транспортний травматизм: серед чоловіків 40,6 %, серед жінок – 36,8 %.
ВПЛИВ ВІКОВИХ ТА АНТРОПОМЕТРИЧНИХ ПОКАЗНИКІВ НА ПЕРЕБІГ ПОДАГРИ: АНАЛІЗ ХАРАКТЕРУ ЗАХВОРЮВАННЯ І КОМОРБІДНОСТІ З УРАХУВАННЯМ ЙОГО ТРИВАЛОСТІ ТА ІНДЕКСУ МАСИ ТІЛА
Authors: Дума Л. Р. , Прокопчук О. В. , Даньчак С. В. 
Published: August 2024

Вступ. Подагра – найпоширеніше серед чоловіків захворювання суглобів. Учені все більше звертають увагу на дану проблему, оскільки розповсюдженість гіперурикемії зростає щорічно. Надмірне харчування, вживання алкоголю та малорухомий спосіб життя відіграють значну роль у цьому. Особливу увагу звертають на збільшення кількості випадків подагри серед молодих людей, що можна пояснити зазначеними факторами, це сприяє розвитку інших захворювань у пацієнтів з подагрою.
Мета роботи – вивчити вплив вікових та антропометричних показників на перебіг подагри й оцінити характер захворювання з урахуванням його тривалості та індексу маси тіла (ІМТ), проаналізувати частоту коморбідних патологічних процесів у пацієнтів з подагрою.
Основна частина. У статті розглянуто вплив функціональної недостатності суглобів, антропомет­ричних показників і тривалості захворювання на перебіг подагри. Під час дослідження спостерігали за 102 пацієнтами з діагнозом подагри, які отримували лікування у ревматологічному відділенні Львівської обласної клінічної лікарні протягом 2023–2024 рр. Після ретельного аналізу гендерних та вікових аспектів встановили, що подагру в основному діагностують у чоловіків – усі (100 %) обстежені особи належали до чоловічої статі. Найчисленнішою була група пацієнтів віком 46–59 років – 62,70 %, група хворих віком 18–45 років налічувала 20,60 % осіб, група пацієнтів віком 60–74 роки – 11,80 %. Натомість найменшою виявилася група хворих віком 75–90 років – 4,90 %. Дослідження показало, що лише 29,40 % пацієнтів мали збережену працездатність, а 70,60 % втратили її. Під час аналізу ІМТ з’ясували, що тільки 10,80 % осіб мали нормальний ІМТ, ожиріння І ступеня було найпоширенішим. Також встановили, що зі збільшенням тривалості захворювання і зростанням ІМТ загострюється подагра. У пацієнтів також спостерігали високу частоту серцево-судинних захворювань, артеріальної гіпертензії та ішемічної хвороби серця.
Висновки. Дослідження підтверджує низьку працездатність у 70,60 % пацієнтів з подагрою та вказує на поширеність ожиріння. Підвищений ІМТ і тривалість захворювання пов’язані із загостренням подаг­ри. Крім того, в цих хворих частіше спостерігають серцево-судинні захворювання, артеріальну гіпертензію та ішемічну хворобу серця.