bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Common measures of immune function vary with time of day and sampling protocol in five passerine species
Authors: Zylberberg Maxine 
Published: January 2015

ABSTRACT
Ecological immunology is a rapidly growing field of study that focuses on understanding variation in immune systems across species and how this relates to species ecology and evolution. Newly developed field methods aimed at studying variation in immune function in a field setting have yielded many insights. Nonetheless, there continues to be much debate regarding the interpretation of field measures of immune function. There is substantial evidence to suggest that handling stress could introduce variation into measures of immune function, yet no study has examined the impacts of incremental changes in handling times under 30 min on immune measures. Nor has any study examined variation in immune function with time of day, though other physiological measures, including glucocorticoids known to impact immune function, vary with time of day. Here, I used observational field data to test the hypothesis that innate immune function varies with handling stress. Furthermore, I tested the hypothesis that innate immune function changes over the course of the day. I show that measures of innate immune function vary with (1) handling stress over short time periods typical of sample collection in the field, and (2) the time of day that an individual is sampled. I discuss these findings from an ecological perspective and suggest that the observed variation is not random, but is likely to have important adaptive functions. I end with a summary of the practical implications of these findings for field studies of ecological immunology.
Regulatory mechanisms of metabolic flexibility in the dark-eyed junco (Junco hyemalis)
Authors: Stager Maria , Swanson David L. , Cheviron Zachary A. 
Published: January 2015

ABSTRACT
Small temperate birds reversibly modify their aerobic performance to maintain thermoregulatory homeostasis under seasonally changing environmental conditions and these physiological adjustments may be attributable to changes in the expression of genes in the underlying regulatory networks. Here, we report the results of an experimental procedure designed to gain insight into the fundamental mechanisms of metabolic flexibility in the dark-eyed junco (Junco hyemalis). We combined genomic transcriptional profiles with measures of metabolic enzyme activities and whole-animal thermogenic performance from juncos exposed to four 6-week acclimation treatments that varied in temperature (cold, 3°C; warm, 24°C) and photoperiod (short day, 8 h light:16 h dark; long day, 16 h light:8 h dark). Cold-acclimated birds increased thermogenic capacity compared with warm-acclimated birds, and this enhanced performance was associated with upregulation of genes involved in muscle hypertrophy, angiogenesis, and lipid transport and oxidation, as well as with catabolic enzyme activities. These physiological changes occurred over ecologically relevant timescales, suggesting that birds make regulatory adjustments to interacting, hierarchical pathways in order to seasonally enhance thermogenic capacity.
Evolutionary adaptations for the temporal processing of natural sounds by the anuran peripheral auditory system
Authors: Schrode Katrina M. , Bee Mark A. 
Published: January 2015

Abstract
Sensory systems function most efficiently when processing natural stimuli, such as vocalizations, and it is thought that this reflects evolutionary adaptation. Among the best-described examples of evolutionary adaptation in the auditory system are the frequent matches between spectral tuning in both the peripheral and central auditory systems of anurans (frogs and toads) and the frequency spectra of conspecific calls. Tuning to the temporal properties of conspecific calls is less well established, and in anurans has so far been documented only in the central auditory system. Using auditory evoked potentials, we asked whether there are species-specific or sex-specific adaptations of the auditory systems of gray treefrogs (Hyla chrysoscelis) and green treefrogs (H. cinerea) to the temporal modulations present in conspecific calls. Modulation rate transfer functions (MRTFs) constructed from auditory stead-state responses (ASSRs) revealed that each species was more sensitive than the other to the modulation rates typical of conspecific advertisement calls. In addition, auditory brainstem responses (ABRs) to paired-clicks indicated relatively better temporal resolution in green treefrogs, which could represent an adaptation to the faster modulation rates present in this species' calls. MRTFs and recovery of ABRs to paired-clicks were generally similar between the sexes, and we found no evidence that males were more sensitive than females to the temporal modulation patterns characteristic of the aggressive calls used in male-male competition. Together, our results suggest that efficient processing of the temporal properties of behaviorally relevant sounds begins at potentially very early stages of the anuran auditory system that include the periphery.
How effective are acoustic signals in territorial defence in the Lusitanian toadfish?
Authors: Conti Carlotta , Fonseca Paulo J. , Picciulin Marta , Amorim Maria Clara P. 
Published: January 2015

Abstract
The function of fish sounds in territorial defence, in particular its influence on the intruder's behaviour during territorial invasions, is poorly known. Breeding Lusitanian toadfish males (Halobatrachus didactylus) use sounds (boatwhistles) to defend nests from intruders. Results from a previous study suggest that boatwhistles function as a 'keep-out signal' during territorial defence. To test this hypothesis we performed territorial intrusion experiments with muted Lusitanian toadfish. Subject males were assigned to three groups: muted, sham and unmanipulated. Males were muted by making a cut and deflating the swimbladder (the sound producing apparatus) under anaesthesia. Sham males suffered the same surgical procedure except the swimbladder cut and deflation. Toadfish nest-holder males reacted to intruders mainly by emitting sounds (sham and unmanipulated) and less frequently with escalated fights. When the nest-holder produced a boatwhistle, the intruder fled more frequently than expected by chance alone. Muted males experienced a higher number of intrusions than the remaining groups probably due to their inability to vocalise. Together, our results show that fish acoustic signals are effective deterrents in nest/territorial intrusions, similar to bird song.
Spectral sensitivity in Onychophora (velvet worms) revealed by electroretinograms, phototactic behaviour and opsin gene expression
Authors: Beckmann Holger , Hering Lars , Henze Miriam J. , Kelber Almut , Stevenson Paul A. , Mayer Georg 
Published: January 2015

ABSTRACT
Onychophorans typically possess a pair of simple eyes, inherited from the last common ancestor of Panarthropoda (Onychophora+Tardigrada+Arthropoda). These visual organs are thought to be homologous to the arthropod median ocelli, whereas the compound eyes probably evolved in the arthropod lineage. To gain insights into the ancestral function and evolution of the visual system in panarthropods, we investigated phototactic behaviour, opsin gene expression and the spectral sensitivity of the eyes in two representative species of Onychophora: Euperipatoides rowelli (Peripatopsidae) and Principapillatus hitoyensis (Peripatidae). Our behavioural analyses, in conjunction with previous data, demonstrate that both species exhibit photonegative responses to wavelengths ranging from ultraviolet to green light (370–530 nm), and electroretinograms reveal that the onychophoran eye is maximally sensitive to blue light (peak sensitivity ∼480 nm). Template fits to these sensitivities suggest that the onychophoran eye is monochromatic. To clarify which type of opsin the single visual pigment is based on, we localised the corresponding mRNA in the onychophoran eye and brain using in situ hybridization. Our data show that the r-opsin gene (onychopsin) is expressed exclusively in the photoreceptor cells of the eye, whereas c-opsin mRNA is confined to the optic ganglion cells and the brain. Together, our findings suggest that the onychopsin is involved in vision, whereas c-opsin might have a photoreceptive, non-visual function in onychophorans.
MicroRNA In Vitro Diagnostics Using Immunoassay Analyzers
Authors: Kappel Andreas , Backes Christina , Huang Yiwei , Zafari Sachli , Leidinger Petra , Meder Benjamin , Schwarz Herbert , Gumbrecht Walter , Meese Eckart , Staehler Cord F , Keller Andreas 
Published: January 2015

Abstract

BACKGROUND
The implementation of new biomarkers into clinical practice is one of the most important areas in medical research. Besides their clinical impact, novel in vitro diagnostic markers promise to have a substantial effect on healthcare costs. Although numerous publications report the discovery of biomarkers, only a fraction of those markers are routinely used. One key challenge is a measurement system that is compatible with clinical workflows.

METHODS
We designed a new immunoassay for microRNA (miRNA) quantification. The assay combines streptavidin-linked microparticles, a biotinylated catcher oligonucleotide complementary to a single miRNA species, and finally, a monoclonal antibody to DNA/RNA heterohybrids labeled with acridinium ester. Importantly, our assay runs on standard immunoassay analyzers. After a technical validation of the assay, we evaluated the clinical performance on 4 Alzheimer disease miRNAs.

RESULTS
Our assay has an analytical specificity of 99.4% and is at the same time sensitive (concentrations in the range of 1 pmol/L miRNA can be reliably profiled). Because the novel approach did not require amplification steps, we obtained high reproducibility for up to 40 biological replicates. Importantly, our assay prototype exhibited a time to result of &lt;3 h. With human blood samples, the assay was able to measure 4 miRNAs that can detect Alzheimer disease with a diagnostic accuracy of 82% and showed a Pearson correlation &gt;0.994 with the gold standard qRT-PCR.

CONCLUSIONS
Our miRNA immunoassay allowed the measurement of miRNA signatures with sufficient analytical sensitivity and high specificity on commonly available laboratory equipment.
Crowned jellyfish (Cnidaria: Scyphozoa: Rhizostomeae: Cepheidae) from waters off the coast of Pakistan, northern Arabian Sea
Authors: Gul Shahnawaz , Mohammad Moazzam Mohammad , Morandini Andre Carrara 
Published: January 2015

This report presents the occurrence of two species of crowned jellyfish, Cephea coerulea and Netrostoma setouchianum, recorded for the first time from waters off the coast of Pakistan in the northern Arabian Sea. Diagnosis of the genera Cephea and Netrostoma are provided. We also provide simple keys for the identification of cepheid genera. We found that long filaments on mouth arms in Cephea easily distinguish it from Netrostoma, which has no such filaments.
A Randomized Phase II Study of Carboplatin With Weekly or Every-3-Week Nanoparticle Albumin-Bound Paclitaxel (Abraxane) in Patients With Extensive-Stage Small Cell Lung Cancer
Authors: Grilley-Olson Juneko E. , Keedy Vicki L. , Sandler Alan , Moore Dominic T. , Socinski Mark A. , Stinchcombe Thomas E. 
Published: January 2015

Abstract

Author Summary

Background.
Platinum plus etoposide is the standard therapy for extensive-stage small cell lung cancer (ES-SCLC) and is associated with significant myelosuppression. We hypothesized that the combination of carboplatin and nanoparticle albumin-bound paclitaxel (nab-paclitaxel) would be better tolerated. We investigated carboplatin with nab-paclitaxel on every-3-week and weekly schedules.

Methods.
This noncomparative randomized phase II trial used a two-stage design. The primary objective was objective response rate, and secondary objectives were progression-free survival, overall survival, and toxicity. Patients with ES-SCLC and an Eastern Cooperative Oncology Group performance status ≤2 and no prior chemotherapy were randomized in a 1:1 ratio to arm A (carboplatin area under the curve [AUC] of 6 on day 1 and nab-paclitaxel of 300 mg/m2 on day 1 every 3 weeks) or arm B (carboplatin AUC of 6 on day 1 and nab-paclitaxel 100 mg/m2 on days 1, 8, and 15 every 21 days). Response was assessed after every two cycles.

Results.
Patients required frequent dose reductions, treatment delays, and omission of the weekly therapy. The trial was closed because of slow accrual.

Conclusion.
Carboplatin and nab-paclitaxel demonstrated activity in ES-SCLC but required frequent dose adjustments.
Le rôle de la prononciation dans l’intercompréhension entre locuteurs de français lingua franca
Authors: Kennedy Sara , Guénette Danielle , Murphy Jacinthe , Allard Suzanne 
Published: January 2015

Résumé :L’objectif de cette étude était d’identifier les aspects de la prononciation en français qui ont mené à des problèmes de compréhension durant les interactions entre des locuteurs de français comme lingua franca. Neuf paires d’apprenants de français langue seconde inscrits à un cours de niveau intermédiaire ou avancé dans une université francophone au Québec ont accompli quatre tâches interactives en français, puis ont visionné les enregistrements de leurs échanges et commenté les problèmes de compréhension survenus, réels ou potentiels. Dix-huit pour cent (18 %) des problèmes de compréhension étaient attribuables à la prononciation, particulièrement la production de segments, y compris la correspondance entre l’orthographe et la phonologie ainsi que l’influence de l’anglais. Par contre, très peu de problèmes étaient associés à la liaison ou à d’autres aspects suprasegmentaux. En outre, aucune différence significative n’a été observée entre les paires de L1 commune et de L1 différentes dans la fréquence des problèmes de compréhension causés par la prononciation. Des pistes pédagogiques sont proposées pour le développement de tâches de perception et de prononciation des aspects segmentaux et suprasegmentaux et pour l’enseignement des stratégies de communication.
De l'efficacité de la géopolitique électorale
Authors: Giblin Béatrice 
Published: January 2015

La sortie de ce numéro en septembre 2014 sur ce thème quand il faut dix-huit mois pour le réaliser prouve que nous avions vu juste comme l’ont confirmé les résultats des élections municipales de mars, des européennes de mai et l’accélération de la réforme territoriale. Chance ou résultat d’une observation attentive des rapports de force et rivalités politiques sur des territoires bien identifiés ? Plutôt la seconde hypothèse car les chercheurs qui publient dans Hérodote sont dans le suivi précis des actions politiques conduites sur des territoires qu’ils connaissent bien. Les résultats électoraux sont donc pour ces chercheurs plus souvent une confirmation d’un diagnostic géopolitique territorial qu’une surprise déstabilisante. C’est aussi dans ce contexte de déroute électorale socialiste et de confirmation de l’ancrage du Front national qu’est lancée la réforme territoriale pour mettre fin au fameux millefeuille français, source majeure selon certains des dysfonctionnements de l’action territoriale publique. Réforme risquée à un moment où un quart des électeurs est en demande de repères locaux et de protection nationale.
Municipales 2014, une étape essentielle dans la réimplantation territoriale du Front national
Authors: Alidières Bernard 
Published: January 2015

Par une approche multiscalaire et diachronique, il s’agit de dresser le bilan des municipales de 2014 pour le FN. C’est en référence à 1995, apogée de l’implantation locale du FN avant la scission Le Pen/ Mégret, que sont mesurées l’évolution de l’offre « Bleu Marine » et la progression des votes. Derrière la représentation d’une « percée historique » sur l’ensemble du territoire, l’analyse des cartes met au jour de nets contrastes. Ainsi, la progression dans les villes du Midi et du Pas-de-Calais est spectaculaire ; au contraire, c’est une tendance au recul du vote FN qui caractérise celles des régions parisienne et lyonnaise. Dans l’Ouest et le Sud-Ouest, les progrès du FN au premier tour ne sont pas confirmés au second. Enfin, c’est en descendant au niveau infracommunal de Tourcoing, « bastion » du FN en 1995, et par une perspective sur un temps long, que sera précisé ce qui a pu faire obstacle à l’effort de réimplantation, et ce au sein même d’une région « laboratoire du nouveau FN ».
Les « nouveaux maîtres du Sud » ? Déclin des systèmes géopolitiques et recompositions du paysage électoral à Béziers et Perpignan
Authors: Giband David , Lefèvre Marie-Anne 
Published: January 2015

Marquées par la percée de l’extrême droite, les élections municipales de 2014 à Béziers et Perpignan sont l’aboutissement de processus à l’œuvre depuis plusieurs décennies. Derrière la poussée de l’extrême droite se lisent le déclin des systèmes géopolitiques locaux qui dominaient ces villes et une extrême-droitisation du paysage politique, marqueurs de profonds changements. Pauvreté, difficile succession à droite, crise de la gauche, ancienneté du vote FN fournissent le terreau sur lequel prospèrent de nouveaux maîtres du Sud. Nouveaux maîtres qui posent désormais la question des pouvoirs aux différentes échelles institutionnelles.
Élections municipales à Marseille : le maintien d'un système géopolitique local à bout de souffle servi par la fragmentation urbaine
Authors: Voy-Gillis Anaïs 
Published: January 2015

Les élections municipales de 2014 à Marseille ont été marquées par un effondrement de la gauche et l’entrée massive d’élus du Front national à la mairie centrale. S’il était prévu que le parti de Marine Le Pen obtiendrait de bons résultats, en revanche, les sondages annonçaient une probable victoire du Parti socialiste. Le maintien de réseaux clientélistes et la logique de fiefs importante à Marseille ont conduit à ce que les résultats viennent contredire en partie les prévisions des sondages.
Métropole de Paris : les aventures extraordinaires d'un projet de loi
Authors: Subra Philippe 
Published: January 2015

La victoire de la droite aux élections municipales de mars 2014 aura pour conséquence inattendue de lui donner le contrôle de la future métropole de Paris, créée par la loi Maptam du 27 janvier 2014, après une bataille politique d’anthologie, et qui entrera en fonction début 2016. Le nouveau dispositif de gouvernance locale, voulu par la ministre Marylise Lebranchu et un groupe de parlementaires socialistes, est toujours contesté par la majorité des élus locaux de tous bords. Deux conceptions de la métropole s’affrontent : une métropole confédérale, coordonnant l’action des communautés d’agglomération existantes, ou une métropole intégrée et puissante, tendant à remplacer la commune comme territoire de la gestion urbaine et de la démocratie locale et dépassant l’intercommunalité telle qu’elle a existé jusqu’à ici. Plus concrètement, le conflit porte sur le statut, les compétences et l’autonomie financière des « territoires » qui doivent remplacer les communautés d’agglomération. À court terme se profile un autre conflit sur les transferts financiers entre Paris et les Hauts-de-Seine, d’un côté, la Seine-Saint-Denis, de l’autre.
La création de la métropole marseillaise : un combat géopolitique entre l'État et les collectivités locales
Authors: Ronai Simon 
Published: January 2015

La création de la métropole « Aix Marseille Provence » dans la loi « Maptam » est l’aboutissement encore incertain d’un long bras de fer entre les élus des Bouches-du-Rhône et l’État. Cette situation plus conflictuelle que dans toutes les autres grandes métropoles régionales s’explique par la conjugaison d’une situation géographique et urbaine spécifique et d’un jeu d’acteurs politiques qui a toujours donné la priorité au local... Quelques données particulières expliquent la cristallisation et l’impasse du débat marseillais. Les caractéristiques géographiques singulières : le poids dominant de la ville-centre qui est aussi la plus pauvre alors que les communes de la périphérie sont plus prospères et en développement, l’étendue et la discontinuité spatiale de l’aire urbaine, la juxtaposition de pôles urbains historiquement et économiquement concurrents notamment le trio Aix-Marseille-Fos. Des facteurs directement liés à la continuation du système politique defferriste et à la tradition du rôle modernisateur de l’État. Dans cet environnement les tergiversations des élus locaux, fortement unis au sein de l’union des maires et puissamment soutenus par le conseil général des Bouches-du-Rhône, ont freiné et continuent de bloquer toute avancée métropolitaine jusqu’à la décision unilatérale de l’État. Actuellement, après les élections municipales et en dépit de la volonté d’une large fraction de la société civile et du monde économique, nul ne peut prévoir si la métropole sera créée et si elle sera effective au 1 er janvier 2016.
Entre marché mondial et stratégies nationales, quelle place pour une industrie automobile en France ?
Authors: Archambeau Olivier 
Published: January 2015

En 2009, la Chine devenait tout à la fois le premier producteur de véhicules dans le monde et le premier marché automobile de la planète. Entre 2000 et 2012, la production de véhicules sur le territoire français enregistrait un recul historique de – 37,2 %, ramenant la part de l’industrie automobile nationale de 5,7 % à 2,3 % de la production mondiale. Dans ce contexte de désindustrialisation du territoire français et à l’heure où Renault et PSA ont chacun à leur manière créé de nouveaux liens avec l’industrie automobile chinoise, il est intéressant de se pencher sur les choix stratégiques effectués par les deux groupes au cours de leur histoire pour tenter d’éclairer l’avenir. Entre interventionnisme étatique et course au gigantisme des groupes automobiles mondiaux, quelle place pour Renault et PSA qui chacun dépendent aujourd’hui fortement de leurs alliés Nissan et Dongfeng ?
« Subversion » et « dialectique »
Authors: Baas Bernard 
Published: January 2015

On se propose ici de faire retour sur un certain écart entre philosophie et psychanalyse, qui aura été constituant pour le renouvellement de cette dernière : celui qu’a produit en 1960 l’affranchissement de Lacan vis-à-vis de la théorie de la reconnaissance de Hegel, que lui avait léguée Kojève et sur laquelle il avait appuyé la première partie de son enseignement. Dans cette relecture de l’essai, Subversion du sujet et dialectique du désir dans l’inconscient freudien , il s’agit de se demander quelle subversion du sujet est opérée par cette nouvelle dialectique du désir qu’introduit le concept lacanien de castration. Renversant par son moyen un concept philosophique par excellence – celui de sujet –, Lacan prend position par rapport au primat hégélien du savoir, d’un sujet non-barré, en instaurant une théorie du désir où ce dernier redouble, grâce à la Loi, la limitation initiale de la jouissance par le plaisir.
L'esprit est au-dehors
Authors: Marie Pierre 
Published: January 2015

Depuis Platon, le modèle internaliste ou mentaliste s’est imposé pour des raisons gnoséologiques afin de tenter de dissiper tout risque sceptique. Cela s’est fait au prix de privilégier un modèle non seulement solipsiste, mais erroné, dont témoigne le cognitivisme contemporain. À ceci près que nombre d’interprètes de Freud et Lacan situent aussi ces auteurs du côté du mentalisme, comme si le modèle externaliste, celui développé par Peirce, Frege, Wittgenstein et Austin, en nous dépossédant de toute intériorité privée, nous dépossédait de nous-même. Ce qui n’est, bien sûr, absolument pas le cas : au contraire, ce modèle nous ouvre des perspectives cliniques et thérapeutiques inouïes.