bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Species delimitation in the lichenized fungal genus Vulpicida (Parmeliaceae, Ascomycota) using gene concatenation and coalescent‐based species tree approaches
Authors: Saag Lauri , Mark Kristiina , Saag Andres , Randlane Tiina 
Published: December 2014

• Premise of the study: Species boundaries in many organism groups are still in a state of flux, and for empirical species delimitation, finding appropriate character sets and analytical tools are among the greatest challenges. In the lichenized fungal genus Vulpicida, six morphologically circumscribed species have been distinguished, but phenotypic characters partly overlap for three of these and intermediate forms occur. We used a combination of phylogenetic strategies to delimit the species in this genus.• Methods: Five DNA loci were sequenced and analyzed. Single‐locus gene trees and a five‐locus concatenated phylogeny were constructed to assess current Vulpicida species. Species boundaries were inferred from molecular data using two coalescent‐based species delimitation methods (BP&P and Brownie) and from species trees reconstructed with three different algorithms (*BEAST, BEST, and STEM).• Key results: The two species restricted to North America, Vulpicida canadensis and V. viridis, are clearly distinct in all analyses. The four other traditionally accepted species form two strongly supported, closely related species‐level lineages within the core group of the genus. On the basis of these results, we propose four instead of the current six species in the genus: V. canadensis, V. juniperinus, V. pinastri, and V. viridis, while V. tilesii and V. tubulosus are reduced to synonymy under V. juniperinus.• Conclusions: Coalescent species delimitation and tree inference give consistent results for fully distinct Vulpicida species but not for diverging populations. Even the inconsistent results were informative, revealing developing isolation despite a complex history of recombination and incomplete lineage sorting.
Geneious! Simplified genome skimming methods for phylogenetic systematic studies: A case study in Oreocarya (Boraginaceae)
Authors: Ripma Lee A. , Simpson Michael G. , Hasenstab‐Lehman Kristen 
Published: December 2014

• Premise of the study: As systematists grapple with how to best harness the power of next‐generation sequencing (NGS), a deluge of review papers, methods, and analytical tools make choosing the right method difficult. Oreocarya (Boraginaceae), a genus of 63 species, is a good example of a group lacking both species‐level resolution and genomic resources. The use of Geneious removes bioinformatic barriers and makes NGS genome skimming accessible to even the least tech‐savvy systematists.• Methods: A combination of de novo and reference‐guided assemblies was used to process 100‐bp single‐end Illumina HiSeq 2000 reads. A subset of 25 taxa was used to test the suitability of genome skimming for future systematic studies in recalcitrant lineages like Oreocarya.• Results: The nuclear ribosomal cistron, the plastome, and 12 mitochondrial genes were recovered from all 25 taxa. All data processing and phylogenomic analyses were performed in Geneious. We report possible future multiplexing levels and published low‐copy nuclear genes represented within de novo contigs.• Discussion: Genome skimming represents a much‐improved primary data collection over PCR+Sanger sequencing when chloroplast DNA (cpDNA), nuclear ribosomal DNA (nrDNA), and mitochondrial DNA (mtDNA) are the target sequences. This study details methods that plant systematists can employ to study their own taxa of interest.
Le consentement à l'impôt
Authors: de Crouy-Chanel Emmanuel 
Published: December 2014

Le consentement à l’impôt, présenté comme le point de départ du parlementarisme moderne, porte en réalité des conceptions variées de la légitimité du pouvoir fiscal. Que l’une de ces interprétations ait triomphé en France pendant deux siècles, avec un consentement exprimé par un Parlement représentant de la nation souveraine, n’interdit pas que l’article 14 de la Déclaration de 1789, synthèse des débats fiscaux prérévolutionnaires, ne reste passible d’autres lectures.
Gerald A. Cohen (1941-2009) et Le marxisme : apports et prise de distance
Authors: Tarrit Fabien 
Published: December 2014

Le philosophe Gerald A. Cohen est décédé le 5 août 2009. Sa contribution s’est d’abord articulée autour de la pensée de Marx. Elle émergea sur la scène intellectuelle en 1978 avec la parution de Karl Marx’s Theory of History : A Defence , qui impulsa la constitution du marxisme analytique. Par la suite, Cohen tendit à se détacher progressivement de la théorie de Marx. Il participa à la discussion sur le concept libertarien de propriété de soi en vue de l’associer à une approche marxiste, avant d’intégrer pleinement le débat normatif autour des problématiques de justice sociale, autour de la Théorie de la justice de John Rawls. Fondée sur la philosophie kantienne, sa critique de la théorie de Rawls lui reproche de ne pas accorder suffisamment d’autonomie aux choix individuels. Le présent article discute la pertinence du voyage intellectuel de Jerry Cohen dans son rapport à l’œuvre de Marx.
Esprit, où es-tu ? Pérennité de la distinction entre présence locale et présence virtuelle
Authors: Jaffro Laurent 
Published: December 2014

La distinction scolastique entre ubiété (le « là où » un pouvoir s’exerce) et localité (le contact mathématique) est reprise discrètement par les philosophies du xvii e et du xviii e siècles afin de caractériser les modalités spécifiques de la présence de l’esprit dans l’espace. Bien que certains auteurs comme John Locke ou Henry More lui soient hostiles, et alors que les conceptions de l’espace sont renouvelées par ce qu’il est convenu d’appeler la révolution scientifique, cette distinction est l’objet d’un réemploi constant. Cette étude en montre d’abord l’importance, méconnue, pour les pneumatologies de Reid et de Kant. Une deuxième partie, qui suit une suggestion du philologue James Harris, l’auteur des Philosophical Arrangements , en retrace les origines dans l’héritage aristotélicien. On montre enfin comment la notion d’ubiété ou présence dynamique est mobilisée dans l’esthétique et la phénoménologie de l’esprit incarné.
Effets de la désorganisation des collectifs sur le lien... à la tâche et à l'organisation
Authors: Dejours Christophe 
Published: December 2014

La psychodynamique du travail a développé ces dernières années une théorie de la coopération sur la base d’enquêtes de terrain. Le décalage entre la coordination et la coopération fait apparaître la nécessité, pour le traiter, de mettre au point des règles de travail. Ces dernières impliquent une élaboration en commun, dont il s’agit de définir les conditions de possibilités. C’est sur la base de cette production de règles que se définit en psychodynamique du travail la notion de collectif. Quels rapports peut-on établir entre les concepts de collectif et de groupe ? C’est à cette question que l’article propose un début de réponse.
Changement catastrophique, acédie et résistance... au changement
Authors: Diet Emmanuel 
Published: December 2014

Dans le contexte des brutales mutations engendrées par la mondialisation ultralibérale, la notion d’« acédie » permet de désigner la position dépressive produite par les changements catastrophiques qui frappent les organisations. La « résistance au changement » est devenue une arme idéologique pour disqualifier toute forme d’interrogation ou de réticence s’opposant aux transformations imposées par un management totalitaire qui, en méconnaissant les dimensions psychiques et culturelles du travail et du rapport au travail, devient catastrophique, produit et/ou renforce les refus de ce qu’il prétend mettre en œuvre. Lorsque les mesures en question ne sont pas rationnellement aberrantes, socialement régressives et humainement destructrices, des dispositifs d’accompagnement prenant en considération l’expérience et le vécu de menace des sujets peuvent permettre d’élaborer leurs difficultés d’adaptation et soutenir une appropriation effective des changements nécessaires.
L'analyse d'institutions sous une emprise gestionnaire
Authors: Soula Desroche Monique 
Published: December 2014

Les projets d’une société « néolibérale » capitaliste s’inscrivent subrepticement dans le fonctionnement d’équipes, de services, d’établissements de soins, du travail social, dans des associations, remettant en cause les valeurs qui fondent leurs pratiques. Beaucoup d’acquis cliniques longuement élaborés sont remis en cause par une « désinstitutionnalisation » des soins et du travail social où la logique de marché, le discours économique et managérial deviennent les organisateurs dominants. Il existe une pression à appliquer des procédures jusque dans la pratique du soin. Par la distinction entre « valeurs instituantes » et les différents « systèmes d’organisation », notre conception de l’analyse d’institution se révèle peut-être encore plus pertinente face à cette absence de représentation organisationnelle et institutionnelle. Il en est de même de l’analyse que nous conduisons conjointement sur l’évolution des identités professionnelles intériorisées par les personnes et sur le projet institutionnel et les valeurs fondatrices du système d’organisation. Un exemple d’analyse menée pendant quatre ans dans un pôle de psychiatrie comprenant huit unités est développé. Il y devient possible de répondre à la demande initiale « d’analyse de pratique », après avoir traité du fonctionnement interne et des conflits inter-unités, avoir élaboré des projets de soin dans chaque unité, et commencé à mettre en œuvre un projet « inter-unité » du pôle.
Le fétiche et la procédure
Authors: Falla Willy 
Published: December 2014

Dans quelle mesure les déterminants sociaux sont-ils à prendre en compte dans le cadre d’un travail groupal référé à la psychanalyse ? Plus précisément, comment, dans le cadre d’un dispositif d’intervention, articuler prise en compte de la dimension organisationnelle et approche psychanalytique du groupe et de l’institution autrement qu’en considérant le discours des membres d’un groupe sur les implications de la dimension organisationnelle autrement que comme un discours défensif visant à obérer l’élucidation des phénomènes inconscients à l’œuvre dans le groupe ? En prenant appui sur le récit d’une intervention dans le cadre d’un dispositif de régulation dans une structure s’inscrivant dans le champ de l’insertion professionnelle, l’auteur postule, dans une perspective blegerienne, que le mouvement d’autonomisation de la dimension organisationnelle vient potentialiser l’homologie fonctionnelle et qu’on ne peut clairement élucider cette dernière si on n’examine pas celle-là. À considérer l’invocation de la dimension organisationnelle uniquement comme une résistance à élaborer la sociabilité syncrétique et l’homologie fonctionnelle, objet d’un travail de régulation, l’intervenant prend le risque de passer sous silence une composante essentielle de l’homologie fonctionnelle. Ce travail va de pair avec l’élaboration de l’investissement contre-transférentiel du dispositif visant à prévenir un mouvement de fétichisation de ce dernier.
La place imaginaire de l'adolescent en entretien familial
Authors: Dessez Patrick , de la Vaissière Hélène 
Published: December 2014

Les auteurs décrivent les conflits parentaux qui sont des organisateurs psychiques des familles d’adolescents en difficulté. Ils distinguent quatre types de conflits parentaux : les conflits névrotiques générationnels, les conflits narcissiques projectifs, les conflits narcissiques régressifs et les conflits psychotiques dissociés. Ils différencient quatre modalités transférentielles révélatrices de la position imaginaire de l’adolescent dans la famille. Les évolutions sociales produisent une confrontation accrue de familles d’adolescents aux fantasmes originaires et à l’indifférenciation. Le thérapeute familial doit accepter l’absence de limite et il doit aider les familles d’adolescent à reprendre les voies de l’identification à leur histoire singulière familiale.
Les conflits parents/adolescents : entre scènes brutes du transgénérationnel et figure de l'intrus
Authors: Durastante Richard 
Published: December 2014

Une thérapie familiale psychanalytique réclame parfois un indispensable travail en amont pour la rendre possible. L’écoute groupale consiste alors en la prise en compte de scènes brutes qui se déploient à l’insu de leurs protagonistes. Elles constituent un mode d’expression pour le transgénérationnel qui s’actualise dans le cadre des séances, débordant la famille, et tentant d’en figurer les irreprésentables traumatiques. Par cet intermédiaire, la famille montre ce qui lui est impossible de dire. L’importance d’une groupalité en souffrance, donnant lieu au symptôme de l’adolescent et à divers conflits familiaux, rappelle que le sujet est essentiellement scénique. L’origine de ces scènes sera explorée chez A. Ruffiot (psyché pure), R. Kaës (groupes internes), B. Duez (figure de l’intrus et scénalité), et O. Avron (pensée scénique). La nécessité de contenir et de lire ces scènes atténue un lien transféro-contre-transférentiel parfois intense et permet de s’identifier plus facilement à chaque membre du groupe familial.
Et natura mediocritatis est amica
Authors: Siri Francesco 
Published: December 2014

Cette recherche vise à comprendre comment la philosophie, au travers des sentences des philosophes et des auteurs classiques, a laissé des empreintes profondes sur le savoir théologique qui s’exprime dans la prédication d’Alain de Lille. Les textes ici étudiés sont l’ Ars praedicandi et une sélection de sermons. Après avoir commenté la définition de la prédication donnée par Alain, l’attention est portée sur deux sujets : le choix des textes qui servent d’incipit au sermon et l’usage des auctoritates non bibliques. Après avoir justifié le recours aux gentiles et aux philosophes, on étudie : leurs enseignements qui marquent la prédication d’Alain (vivre selon la nature et la famille d’idées liées à elle) ; puis, l’usage de trois métaphores (la civitas comme corps social ordonné, le triple livre, le triple miroir) ; enfin, les sermons qui commencent avec une phrase extraite d’un texte liturgique, une sentence de la littérature classique ou philosophique. Le prédicateur doit composer de manière harmonieuse les éléments divers, provenant de traditions différentes, dans un savoir au caractère fortement unitaire, afin de transmettre la connaissance des mystères célestes et renouveler la conduite de vie de chaque homme.
Philosophie et théologie en prédication chez Thomas d'Aquin
Authors: Oliva Adriano 
Published: December 2014

Après avoir présenté l’ensemble de la prédication de Thomas aujourd’hui connue – les quatre séries de sermons de carême et le corpus de vingt-trois sermons édité par le P. L. J. Bataillon dans le t. 44, 1 de l’édition léonine – l’article étudie le genre littéraire de la prédication, et il montre que la lecture en parallèle des sermons et des autres œuvres de Thomas permet de combler les lacunes propres aux sermons qui sont le fruit de reportations. L’étude conjointe des sermons certainement authentiques et des autres ouvrages de Thomas montre qu’il a élaboré une théologie trinitaire de la prédication. L’article présente, ensuite, une classification des usages de la philosophie en prédication et l’emploi qu’en a fait l’Aquinate. Il étudie la relation entre la philosophie et la théologie et la polémique de Thomas contre ce qu’il est convenu d’appeler la doctrine de la double vérité. Parmi les thèmes théologiques abordés sont présentés : les appropriations trinitaires en relation à la prédication et au salut ; la providence, l’anthropologie théologique en relation au thème de l’homme image de Dieu. L’étude de ses sermons montre combien Thomas était capable de mettre en œuvre les acquis de sa réflexion spéculative dans une prédication en même temps accessible et profonde, adaptée à son auditoire et riche d’un enseignement pratique. De l’analyse d’un sermon sur l’éducation des jeunes étudiants, il ressort un portrait de Thomas religieux, chercheur et prédicateur.
Het ultieme kwaad: de daders
Authors: Smeulers Alette 
Published: December 2014

Extreme evil: the perpetrators
Genocide is so cruel and extreme that a first natural reflex is to distance ourselves from the perpetrators and qualify them as deranged criminals, psychopaths and sadists – very different from us ordinary people. Although some of the perpetrators fit this description, most perpetrators are ordinary people in extraordinary circumstances who commit so-called crimes of obedience. A genocidal regime is usually led by a criminal mastermind, who is supported by a number of fanatics and opportunistic careerists who take advantage of the situation to make themselves a career. Many of these perpetrators are special cases who deliberately participated in the genocide. Perpetrators in the middle cadre as well as the rank and file members are however often very ordinary people who just go along and follow the flow out of ideological conviction, fear or material gain.
Het kwaad in het daglicht
Authors: van der Wilt Harmen 
Published: December 2014

Evil in daylight. History in the courtroom
The author points out that tribunals against war criminals are characterized by investigations of the broader military and social developments. By outlining the historical context of the violence the public is in a better position to make informed and balanced judgments. Criminal tribunals have a communicative character and great educational potential; they make clear why the Great Evil cannot be accepted and has to be punished.
Low‐latitude ionospheric height variation as observed by meridional ionosonde chain: Formation of ionospheric ceiling over the magnetic equator
Authors: Maruyama Takashi , Uemoto Jyunpei , Ishii Mamoru , Tsugawa Takuya , Supnithi Pornchai , Komolmis Taradol 
Published: December 2014

AbstractA multipoint ionosonde observation campaign was conducted along the magnetic meridional plane in Southeast Asia to study ionosphere‐thermosphere coupling. One station was near the magnetic equator and two of the other stations were at off‐equatorial latitudes (∼10° magnetic latitude). The daytime ionospheric peak height (hmF2) was analyzed for each season during the solar minimum years, 2006–2007 and 2009. The peak height increased for ∼3 h after sunrise at the magnetic equator and off‐equatorial latitudes, as expected from the daytime upward E × B drift. The apparent upward drift at the magnetic equator ceased before noon, while the drift at the off‐equatorial latitudes continued upward and the layer height exceeded the equatorial height around noon. The noontime limited layer peak height at the magnetic equator, which was termed the ionospheric ceiling, did not depend on the season, while the maximum peak height at the off‐equatorial latitudes largely varied with each season. Numerical modeling using the SAMI2 code was conducted and the features of the ionospheric ceiling were reproduced quite well. The dynamical parameters provided by the SAMI2 modeling runs showed that the ionospheric ceiling is formed by the field‐aligned plasma diffusion, which is a part of the fountain effect.
Current‐driven Langmuir oscillations and amplitude modulations—Another view on electron beam‐plasma interaction
Authors: Sauer K. , Sydora R. D. 
Published: December 2014

AbstractThe origin of Langmuir amplitude modulations and harmonic waves observed in the solar wind and in planetary foreshock regions is investigated in beam plasmas where the saturation process of the beam instability is accompanied with the formation of a plateau distribution. This saturated state represents a current which is shown to drive homogeneous electric field oscillations at the plasma frequency. This simple mechanism has been ignored in most numerical studies based on Vlasov or particle‐in‐cell simulations because of the use of the Poisson equation which is not suitable to describe the mechanism of current drive in plasmas with immobile ions; instead, Ampere's law must be used. A simple fluid description of stable plateau plasmas, coupled with Ampere's law, is applied to illustrate the basic elements of current‐driven Langmuir oscillations. If beam‐generated Langmuir/electron‐acoustic waves with frequencies above or below the plasma frequency are simultaneously present, beating of both wave modes leads to Langmuir amplitude modulations, thus providing an alternative to parametric decay. Furthermore, very important implications of our studies (presented separately) concern the electrostatic and electromagnetic second harmonic generation by nonlinear interaction of Langmuir oscillations with finite wave number modes which are driven by the plateau current as well.
Intermediate downshifted maximum of stimulated electromagnetic emission at high‐power HF heating: A new twist on an old problem
Authors: Grach S. M. , Sergeev E. N. , Mishin E. V. , Shindin A. V. , McCarrick M. 
Published: December 2014

AbstractWe report a new spectral feature of Stimulated Electromagnetic Emission (SEE) from the F region ionosphere observed during high‐power HF heating experiments at the SURA and High Frequency Active Auroral Research Program heating facilities. It is located in the SEE spectrum between the pump wave frequency f0 and the well‐known Downshifted Maximum and thus named the Intermediate Downshifted Maximum (IDM). IDM appears at effective radiated powers (ERP) P030 MW and the pump frequencies above electron gyroharmonics, (up to 250) kHz (s = 2, 3, 4). It mirrors the well‐known Upshifted Maximum (UM) relative to f0. The salient stationary and dynamic properties of IDM are described and discussed.
Plasma parameter estimation from multistatic, multibeam incoherent scatter data
Authors: Virtanen I. I. , McKay‐Bukowski D. , Vierinen J. , Aikio A. , Fallows R. , Roininen L. 
Published: December 2014

AbstractMultistatic incoherent scatter radars are superior to monostatic facilities in the sense that multistatic systems can measure plasma parameters from multiple directions in volumes limited by beam dimensions and measurement range resolution. We propose a new incoherent scatter analysis technique that uses data from all receiver beams of a multistatic, multibeam radar system and produces, in addition to the plasma parameters typically measured with monostatic radars, estimates of ion velocity vectors and ion temperature anisotropies. Because the total scattered energy collected with remote receivers of a modern multistatic, multibeam radar system may even exceed the energy collected with the core transmit‐and‐receive site, the remote data improve the accuracy of all plasma parameter estimates, including those that could be measured with the core site alone. We apply the new multistatic analysis method for data measured by the tristatic European Incoherent Scatter VHF radar and the Kilpisjärvi Atmospheric Imaging Receiver Array (KAIRA) multibeam receiver and show that a significant improvement in accuracy is obtained by adding KAIRA data in the multistatic analysis. We also demonstrate the development of a pronounced ion temperature anisotropy during high‐speed ionospheric plasma flows in substorm conditions.