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The Distribution of Pairwise Genetic Distances: A Tool for Investigating Disease Transmission
Authors: Worby Colin J , Chang Hsiao-Han , Hanage William P , Lipsitch Marc 
Published: October 2014

AbstractWhole-genome sequencing of pathogens has recently been used to investigate disease outbreaks and is likely to play a growing role in real-time epidemiological studies. Methods to analyze high-resolution genomic data in this context are still lacking, and inferring transmission dynamics from such data typically requires many assumptions. While recent studies have proposed methods to infer who infected whom based on genetic distance between isolates from different individuals, the link between epidemiological relationship and genetic distance is still not well understood. In this study, we investigated the distribution of pairwise genetic distances between samples taken from infected hosts during an outbreak. We proposed an analytically tractable approximation to this distribution, which provides a framework to evaluate the likelihood of particular transmission routes. Our method accounts for the transmission of a genetically diverse inoculum, a possibility overlooked in most analyses. We demonstrated that our approximation can provide a robust estimation of the posterior probability of transmission routes in an outbreak and may be used to rule out transmission events at a particular probability threshold. We applied our method to data collected during an outbreak of methicillin-resistant Staphylococcus aureus, ruling out several potential transmission links. Our study sheds light on the accumulation of mutations in a pathogen during an epidemic and provides tools to investigate transmission dynamics, avoiding the intensive computation necessary in many existing methods.
Sociodemographic Differences and Infant Dietary Patterns
Authors: Wen Xiaozhong , Kong Kai Ling , Eiden Rina Das , Sharma Neha Navneet , Xie Chuanbo 
Published: October 2014

OBJECTIVES:To identify dietary patterns in US infants at age 6 and 12 months, sociodemographic differences in these patterns, and their associations with infant growth from age 6 to 12 months.METHODS:We analyzed a subsample (760 boys and 795 girls) of the Infant Feeding Practices Study II (2005–2007). Mothers reported their infants’ intakes of 18 types of foods in the past 7 days, which were used to derive dietary patterns at ages 6 and 12 months by principal component analysis.RESULTS:Similar dietary patterns were identified at ages 6 and 12 months. At 12 months, infants of mothers who had low education or non-Hispanic African American mothers (vs non-Hispanic white) had a higher score on “High sugar/fat/protein” dietary pattern. Both “High sugar/fat/protein” and “High dairy/regular cereal” patterns at 6 months were associated with a smaller increase in length-for-age z score (adjusted β per 1 unit dietary pattern score, −1.36 [95% confidence interval (CI), −2.35 to −0.37] and −0.30 [−0.54 to −0.06], respectively), while with greater increase in BMI z score (1.00 [0.11 to 1.89] and 0.32 [0.10 to 0.53], respectively) from age 6 to 12 months. The “Formula” pattern was associated with greater increase in BMI z score (0.25 [0.09 to 0.40]). The “Infant guideline solids” pattern (vegetables, fruits, baby cereal, and meat) was not associated with change in length-for-age or BMI z score.CONCLUSIONS:Distinct dietary patterns exist among US infants, vary by maternal race/ethnicity and education, and have differential influences on infant growth. Use of “Infant guideline solids” with prolonged breastfeeding is a promising healthy diet for infants after age 6 months.
Sofas and Infant Mortality
Authors: Rechtman Lauren R. , Colvin Jeffrey D. , Blair Peter S. , Moon Rachel Y. 
Published: October 2014

OBJECTIVE:Sleeping on sofas increases the risk of sudden infant death syndrome and other sleep-related deaths. We sought to describe factors associated with infant deaths on sofas.METHODS:We analyzed data for infant deaths on sofas from 24 states in 2004 to 2012 in the National Center for the Review and Prevention of Child Deaths Case Reporting System database. Demographic and environmental data for deaths on sofas were compared with data for sleep-related infant deaths in other locations, using bivariate and multivariable, multinomial logistic regression analyses.RESULTS:A total of 1024 deaths on sofas made up 12.9% of sleep-related infant deaths. They were more likely than deaths in other locations to be classified as accidental suffocation or strangulation (adjusted odds ratio [aOR] 1.9; 95% confidence interval [CI], 1.6–2.3) or ill-defined cause of death (aOR 1.2; 95% CI, 1.0–1.5). Infants who died on sofas were less likely to be Hispanic (aOR 0.7; 95% CI, 0.6–0.9) compared with non-Hispanic white infants or to have objects in the environment (aOR 0.6; 95% CI, 0.5–0.7) and more likely to be sharing the surface with another person (aOR 2.4; 95% CI, 1.9–3.0), to be found on the side (aOR 1.9; 95% CI, 1.4–2.4), to be found in a new sleep location (aOR 6.5; 95% CI, 5.2–8.2), and to have had prenatal smoke exposure (aOR 1.4; 95% CI, 1.2–1.6). Data on recent parental alcohol and drug consumption were not available.CONCLUSIONS:The sofa is an extremely hazardous sleep surface for infants. Deaths on sofas are associated with surface sharing, being found on the side, changing sleep location, and experiencing prenatal tobacco exposure, which are all risk factors for sudden infant death syndrome and sleep-related deaths.
Effect of dosing interval on efficacy of maropitant for prevention of hydromorphone-induced vomiting and signs of nausea in dogs
Authors: Hay Kraus Bonnie L. 
Published: October 2014

Abstract
Objective—To evaluate the effect of dosing interval on the efficacy of maropitant for prevention of opioid-induced vomiting and signs of nausea in dogs.
Design—Randomized prospective clinical study.
Animals—50 client-owned dogs that underwent an elective surgical procedure.
Procedures—Dogs were randomly assigned to receive maropitant (1 mg/kg [0.45 mg/lb], SC), then hydromorphone (0.1 mg/kg [0.045 mg/lb], IM) at 0 (simultaneously; group 0; n = 10), 15 (group 15; 10), 30 (group 30; 10), 45 (group 45; 10), or 60 (group 60; 10) minutes later. Dogs were monitored for vomiting and signs of nausea for 30 minutes after hydromorphone administration. A historical control group of similar dogs (n = 9) that were administered hydromorphone (0.1 mg/kg, IM) but not maropitant served as the referent for comparison purposes.
Results—Vomiting was recorded for 6 dogs in group 0 and 2 dogs in group 15. Signs of nausea were recorded for 10 dogs in group 0, 9 dogs in group 15, 8 dogs in group 30, 6 dogs in group 45, and 1 dog in group 60. Compared with dogs in the historical control group, vomiting was significantly decreased and prevented when maropitant was administered 15 and 30 minutes, respectively, before hydromorphone; signs of nausea were significantly decreased only when maropitant was administered 60 minutes before hydromorphone.
Conclusions and Clinical Relevance—Results indicated that vomiting was significantly decreased and then prevented when maropitant was administered to dogs 15 and 30 minutes before hydromorphone. However, signs of nausea were significantly decreased only when the dosing interval was 60 minutes.
Au seuil du monde divin : reflets et passages du dieu d'Ālantuṟai à Puḷḷamaṅkai
Authors: Schmid Charlotte 
Published: October 2014

Charlotte Schmid
Au seuil du monde divin : reflets et passages du dieu d'Ālantuṟai à Puḷḷamaṅkai
Cet article présente le temple de Puḷḷamaṅkai, temple cōḻa de la fin du IXe ou du début du Xe siècle. L'analyse de l'architecture, du programme iconographique et du corpus épigraphique du temple fait apparaître celui-ci comme un espace de rencontres entre plusieurs mondes, où, à travers des formules iconographiques et littéraires tant shivaïtes que vishnouites bien identifiées, se manifeste une divinité particulière. Ce dieu est le Mahādeva d'Ālantuṟai, ainsi nommé dans les inscriptions du temple et dans l'hymne que le Tēvāram consacre au site, en une correspondance remarquable. L'étude ici présentée analyse en particulier la relation entre les divinités du temple et les dieux pan-indiens ; elle tente aussi de rendre compte de l'unité du projet iconographique et rituel dont ce temple nous paraît être le résultat. Les frises narratives du soubassement sont disposées de façon à souligner la puissance de Śiva, qui s'avère être ici à l'origine d'un cycle consacré au Rāmāyana. Viṣṇu, la déesse à qui on offre la tête du buffle et les différentes formes de Siva qui animent les murs du temple ne seraient-elles pas, en définitive, les différentes formes prises par le dieu d'Ālantuṟai attaché à cet espace où se dresse le temple ?
Les inscriptions forment le second volet de l'étude. Elles sont la marque des fidèles dans l'espace du temple, où ils rendent hommage au dieu en lui donnant des terres qui permettent à la fois à la divinité d'être adorée (grâce au revenu du capital accumulé) et de se constituer en ce monde mortel un territoire spécifique sur lequel régner. La relation entretenue avec le pouvoir central, c'est-à-dire le roi, qu'elle soit artistique, administrative ou financière se révèle changeante au cours des deux siècles où les inscriptions font revivre le temple. Elle confirme ainsi qu'on n'a pas affaire à une fondation royale, hypothèse antérieure qui expliquait le raffinement de la sculpture du temple et l'importance donnée dans l'iconographie à Rāma. La présentation du corpus épigraphique complet du temple que fait le Dr G. Vijayavenugopal nous donne en effet accès à une information précieuse, car nouvelle et très détaillée. Venue du cœur du sanctuaire contenant un liṅga qui se manifeste aussi sur la face ouest du temple, l'incarnation du dieu s'achève dans ces écrits personnels et datés : ici habite le dieu d'Ālantuṟai.
Urbanisation et innovations religieuses en Inde ancienne
Authors: Couture André 
Published: October 2014

André Couture
Urbanisation and religious innovations in Ancient India
Often dismissed as an unwarranted assertion, the Weberian hypothesis that Jainism and Buddhism appeared at the same time as cities and urban kingdoms developed, has once again begun to stir scholarly interest. This paper presents a survey of recent work on the subject, at the same time that it attempts to move the discussion forward. Following brief remarks on "The Socio-Religious Context of Ancient India" and "The Second Urbanization in Northern India", the third section of the paper, entitled "The Urban Context and the Religious Innovations at the End of Vedism", relies largely on the work of R. Thapar and P. Olivelle, as it summarizes the transformations of Brahmanism which may have been linked to urbanization. The fourth part returns briefly to the question of the birth of Buddhism in an urban setting, citing the works of H. Härtel, G. Erdösy, D. D. Kosambi, T. Ling, G. Bailey and I. Mabbett. The final section of the paper, "New Adjustments of Hinduism to a Context of Thriving Cities", makes the most of data contained in the Harivamsha, a supplement to the Mahabharata (a text tentatively dated from the 2nd or 3rd c. A.D.), by suggesting that the proliferation of cities may also help to contextualize certain aspects of Krishna's enigmatic character.
Études sur les fortifications de l'Inde, V. La forteresse de Daulatabad au Maharashtra
Authors: Deloche Jean 
Published: October 2014

Jean Deloche
Études sur les fortifications de l'Inde V. La forteresse de Daulatabad au Maharashtra
À cause de son extraordinaire citadelle naturelle taillée dans le roc, de ses puissantes enceintes, la forteresse de Daulatabad a fasciné les hommes, depuis Ibn Battutah jusqu'à Shajahan et aux voyageurs des XVIIIe et XIXe siècles.
Dans la présente étude, on a tenté d'établir la typologie des ouvrages fortifiés, d'identifier les ouvrages de défense et ainsi de préciser l'évolution des techniques militaires avant et après l'introduction des armes à feu.
On a montré l'œuvre des rois hindous yadavas, en particulier leurs travaux gigantesques ; puis les réalisations de la dynastie musulmane des Bahmanis (1347- 1510) qui ont construit la première enceinte, renforcé les ouvrages de la citadelle et élevé le rempart principal de la deuxième enceinte ; enfin, après l'introduction des armes à feu et l'essor de l'artillerie, les innovations des Adil Shahis d'Ahmadnagar (1510-1636) qui ont coiffé les tours flanquantes de cavaliers, construit une fausse-braie en avant de la seconde enceinte et entouré la base de la citadelle d'une troisième enceinte, suivant un système de défense très élaboré.
Histoire architecturale du Baphuon. Éléments pour une nouvelle chronologie de la construction du temple
Authors: Royère Pascal 
Published: October 2014

Pascal Royère
Histoire architecturale du Baphuon. Éléments pour une nouvelle chronologie de la construction du temple
Le présent article consiste à mettre en évidence les récentes découvertes concernant l'histoire architecturale du temple du Baphuon à Angkor (Cambodge). Avec le soutien d'une analyse archéologique rigoureuse des abords du temple et des méthodes de construction des maîtres d'œuvres du XIe siècle, l'ensemble des vestiges est passé en revue et permet d'envisager une remise en perspective des différentes séquences de construction du temple. Parmi les résultats importants, on notera une inversion des chronologies jusque-là admises, grâce à la mise en évidence des vestiges d'un temple antérieur à la construction de la pyramide, ouvrage remanié pour permettre l'implantation du temple-montagne tel qu'il apparaît de nos jours. Enfin, loin d'être considérés comme des résultats figés, ces nouveaux enseignements relatifs à l'emprise du temple ouvrent de nouvelles perspectives pour la compréhension des différentes étapes de formation de l'espace central d'Angkor Thom.
De brique et de grès : précisions sur les tours de Prah Kô
Authors: Pottier Christophe , Luján-Lunsford Lunsford Rodolfo 
Published: October 2014

Christophe Pottier et Rodolfo Luján-Lunsford Lunsford
De brique et de grès : précisions sur les tours de Prah Kô
L'article présente un examen approfondi des détails constructifs du temple de Prah Kô à Roluos (aux environs d'Angkor). Depuis plusieurs décennies, ce type d'analyse a été utilisé avec succès sur plusieurs monuments angkoriens en grès : il est ici appliqué à des structures appareillées en brique. Dans le cas de Prah Kô, l'observation et l'intégration des détails de mise en œuvre révèlent l'existence de divers états du monument, de changements de partis architecturaux et de travaux de « rénovation » anciens qui mettent en évidence le caractère fortement composite de ce temple. Cette réelle complexité architecturale et historique soulève de sérieux problèmes pour ce temple en apparence si bien daté et qui, jusqu'alors, était considéré comme tellement homogène qu'il donna son nom au premier style de la période angkorienne. L'article réexamine alors l'histoire de ce monument en fonction des données architecturales, stylistiques et épigraphiques disponibles, tout en soulignant les limites de cette analyse classique.
L'empire du Vent, ou le statut du chasseur entre littérature épique et ethnographie
Authors: Rousseleau Raphaël 
Published: October 2014

Raphaël Rousseleau
L'empire du Vent, ou le statut du chasseur entre littérature épique et ethnographie
Divers ouvrages ont été consacrés à l'identification de noms de peuples cités dans la littérature sanskrite ancienne avec ceux de « tribus » de l'Inde (Scheduled Tribes) contemporaines, considérées comme jadis extérieures à la société hindoue des castes. Cet article se place dans une perspective plus structurale, dans la mesure où il envisage les noms niṣāda et śabara (ainsi que secondairement kirāta et bhilla), désignant les « chasseurs » ou « forestiers », comme des catégories de pensée appartenant à l'univers de représentation hindou. Cherchant à nous inspirer des analyses de Charles Malamoud sur la complémentarité du village et de la forêt dans l'Inde brahmanique, nous dégagerons les contours d'un « devoir statutaire » (dharma) du chasseur forestier, tels que les tracent plusieurs œuvres sanskrites connues (Lois de Manu, Rāmāyaṇa, Mahābhārata, Kathāsaritsāgara). Cette étude n'a cependant aucune prétention philologique ; elle vise à confronter les données ethnographiques recueillies par l'auteur en Orissa à un échantillon de textes anciens, afin d'éclairer le présent à la lumière du passé et vice versa. Au-delà des références à l'impureté de ces groupes relativement aux valeurs brahmaniques, l'examen de ces textes montrera que la figure du chasseur forestier indien trouve son statut plus largement défini par rapport à celui du roi. Cette perspective permettra d'éclairer enfin plusieurs mythes d'origine de ces populations, évoqués tant dans les textes sanskrits que dans la littérature orale, faisant intervenir des personnages aussi inattendus (dans ce contexte) que Bhīma ou Vāyu.
« Vīrabrahmam prophète » récit de burrakatha. La légende d'un guru divinisé dans la culture Andhra
Authors: Negers Daniel 
Published: October 2014

Daniel Negers
« Vīrabrahmam prophète » récit de burrakatha. La légende d'un guru divinisé dans la culture Andhra
Le burrakatha (« Récit au Burra ») est un genre narratif théâtralisé qui s'est constitué en Andhra Pradesh dans la deuxième moitié du XXe siècle à des fins de propagande politique, d'abord communiste. Son répertoire en a été grandement influencé, bien qu'il se soit progressivement enrichi de sujets tirés de la culture religieuse ambiante. Recueilli par l'auteur auprès d'un poète-interprète du genre, le « Récit au Burra de Vīrabrahmam » illustre parfaitement ce type d'évolution. Il éclaire aussi des aspects méconnus de la culture populaire associée à des déterminations marquées à la fois par l'appartenance de caste et par des caractéristiques sectaires. On y voit les rapports ambigus, contradictoires et mêlés, entretenus par le modèle brahmanique dominant et les discours réactifs d'un courant particulier de bhakti qui s'organise dans le cadre original de ses rapports avec une caste spécifique, dans des relations subtiles entre les figures divines de Viṣṇu et de Śiva, et autour d'un « prophète-millénariste » hindou, dont le disciple principal est la réincarnation d'un roi de Bénarès en musulman de basse caste.
Le thème de ce burrakatha paraît déjà passionnant en lui-même. Les motifs qui le composent justifieront, je l'espère, ce parti-pris aux yeux du lecteur. L'article consacré à « la légende d'un guru divinisé dans la culture āndhra » se propose donc de présenter la substance textuelle d'un mythe de caste à dimension sectaire en fournissant aussi des clefs de compréhension qui le resituent dans son contexte régional, dans ses dimensions sociales mais aussi dans les formes mal connues, sinon souterraines, de particularités idéologiques religieuses issues de courants radicaux et assimilées à des fins complexes par des castes à forte identité individuelle.
Cette étude du « Récit de Vīrabrahmam burrakatha » présente donc les personnages du prophète-forgeron Vīrabrahmam et de son disciple Siddhayya dans le contexte historico-légendaire de la culture populaire ambiante et par référence aux nombreuses sources textuelles, ainsi que les dimensions cultuelles, plus ethnographiques, des célébrations religieuses que consacre le groupe associé des cinq castes d'« Artisans Viśvabrahmanes » au gourou divinisé issu de leur caste, avant de fournir le « résumé analytique détaillé » d'un texte particulier de burrakatha tiré de la tradition et élaboré par un auteur lui-même « Forgeron-Menuisier » de caste. La dernière partie de l'étude offre une analyse de la légende à partir du texte de burrakatha. Elle s'efforce de restituer les fondements idéologiques, religieux, sociaux ou politiques qui semblent devoir être pris en compte pour obtenir une mise en perspective pertinente du texte à des fins de compréhension plus générales.
Une divinité de circonstance. Le culte de Hoàng Công Chất à Điện-Biên-Phủ
Authors: Le Failler Philippe 
Published: October 2014

Philippe Le Failler
Une divinité de circonstance. Le culte de Hoàng Công Chất à Điện-Biên-Phủ
Au XIIIe siècle, un vaste mouvement de révoltes paysannes secoua le nord du Vietnam. Afin d'échapper aux troupes des seigneurs Trịnh, Hoàng Công Chất, l'un des meneurs, se réfugia à Mường Thanh (Điện-Biên-Phủ), aux confins du royaume, s'y fortifia et entrepris d'y établir son pouvoir quinze ans durant. Chaque année, au mois de février, dans un temple reconstruit, un culte lui est dédié localement. Les différences notables entre le récit d'époque et le mythe recréé par les autorités mettent en évidence des enjeux très contemporains. Désormais, dans les zones frontalières du Vietnam, l'État se livre à une réinterprétation des événements historiques afin de favoriser la propagation de l'idée nationale et l'émergence d'une cohésion interethnique. Ce faisant, il s'inscrit dans une pratique plus ancienne où la promotion du culte des grands personnages historiques s'exerce jusque dans les villages et contribue ainsi à la diffusion d'une conception centralisée de l'ordre social.
Les relations entre la Chine et le monde iranien dans l'Antiquité historiquement revisitées à la lumière des découvertes archéologiques du dernier quart de siècle
Authors: Tsung-I Jao , Vandermeersch Léon 
Published: October 2014

Jao Tsung-I et Léon Vandermeersch
Les relations entre la Chine et le monde iranien dans l'Antiquité historiquement revisitées à la lumière des découvertes archéologiques du dernier quart de siècle
Le présent article revient sur l'histoire des relations entre la Chine et le monde irano-persan à la lumière des découvertes archéologiques chinoises des époques des Han et des Six Dynasties, en reprenant l'analyse des sources historiques et même mythiques relatives à une antiquité bien plus haute. Ce qui conduit à faire remonter les contacts entre ces deux mondes à l'époque Zhou, à envisager une possible influence de l'empire achéménide sur la création de l'empire chinois par Qin Shihuangdi, et à réaccréditer les relations historiographiques, traitées comme controuvées, d'une première introduction du bouddhisme en Chine sous cet empereur. Quant aux époques des Han et des Six Dynasties, les trouvailles archéologiques confirment les textes portant trace de routes marchandes allant d'Asie centrale au Yunnan et au Vietnam d'aujourd'hui, puis de là au pays de Wu du temps des Trois Royaumes, et, par mer, jusqu'à l'ancienne Qingzhou, dans la baie de Qiaozhou (Shandong), qui fut aussi port de départ vers l'Inde de pèlerins chinois.