bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Insights into the skeletal muscle characteristics of three southern African antelope species
Authors: Kohn Tertius Abraham 
Published: October 2014

ABSTRACT
Skeletal muscle fibre type, cross-sectional area (CSA), maximum enzyme capacities and fibre oxidative capacities were investigated in three southern African antelope species. Muscle samples from blesbok (Damaliscus pygargus phillipsi), mountain reedbuck (Redunca fulvorufula) and greater kudu (Tragelaphus strepsiceros) were collected post mortem from the Vastus lateralis and analysed for myosin heavy chain (MHC) isoform content, citrate synthase (CS), 3-hydroxyacyl Co A dehydrogenase (3-HAD), phosphofructokinase (PFK), lactate dehydrogenase (LDH) and creatine kinase (CK) activities. Histochemistry and immunohistochemistry were performed to determine relative fibre oxidative capacity, fibre type and cross-sectional area (CSA). Type IIX fibres were the most abundant fibre type in all three species, ranging from 43 to 57%. Kudu had less type IIX fibres than mountain reedbuck and blesbok (P&lt;0.05), values confirmed by their respective MHC isoform content. Blesbok had the smallest fibres, followed by mountain reedbuck and finally kudu (P&lt;0.001). Overall, all three species had high oxidative and glycolytic capacities, but species differences were found. Kudu had the lowest CS activity, followed by blesbok and mountain reedbuck, but the highest PFK, LDH and CK activities. This study confirmed large variation in oxidative capacities within a single fibre type, as well as overlap between the fibre types with no distinct differences between the three species. The fibre type profile of each species is discussed and confirms some of their physical attributes and capabilities.
Epic texturing in the first-person shooter: The aesthetics of video game music
Authors: Summers Tim 
Published: October 2014

Abstract
This article investigates game music aesthetics through considering how music encourages player immersion. In a first-person shooter (FPS), the issue of immersion is highlighted because of the restricted perspective. The article develops the concept of musical ‘texturing’ to explore the ways game music deploys strategically chosen musical signifiers, importing associations that can support signification on the visual level, or fill in gaps left on the other textual levels (dialogue, visual, etc.). The result creates the sense of depth, implied detail and rounded context within the surface level of gameplay activity. Texturing is particularly valuable for the FPS in order to encourage player engagement. The term ‘epic’ describes the narrative vertigo between an intimate personal level of storytelling and a broad backdrop, which acts as a motivation or plot device for the manipulation of the personal story. This is similar to the experience of the FPS: from the avatar’s personal viewpoint, the backdrops/settings are not of immediate importance, other than for the contexts they provide the player – the sense of being part of a larger story or world. Through using musical texturing to create an epic construct, the FPS encourages immersion. Epic texturing is a recurring aesthetic trope, explored here with reference to Wolfenstein 3D (1992), Doom (1993), GoldenEye 007 (1997), Halo: Combat Evolved (2001), Half-Life 2 (2004) and Bioshock (2007).
Associations of obesity with socioeconomic and lifestyle factors in middle-aged and elderly men: European Male Aging Study (EMAS)
Authors: Han T S , Lee D M , Lean M E J , Finn J D , O'Neill T W , Bartfai G , Forti G , Giwercman A , Kula K , Pendleton N , Punab M , Rutter M K , Vanderschueren D , Huhtaniemi I T , Wu F C W , Casanueva F F , _ _ 
Published: October 2014

BackgroundSocial and lifestyle influences on age-related changes in body morphology are complex because lifestyle and physiological response to social stress can affect body fat differently.ObjectiveIn this study, we examined the associations of socioeconomic status (SES) and lifestyle factors with BMI and waist circumference (WC) in middle-aged and elderly European men.Design and settingA cross-sectional study of 3319 men aged 40–79 years recruited from eight European centres.OutcomesWe estimated relative risk ratios (RRRs) of overweight/obesity associated with unfavourable SES and lifestyles.ResultsThe prevalence of BMI ≥30 kg/m2or WC ≥102 cm rose linearly with age, except in the eighth decade when high BMI, but not high WC, declined. Among men aged 40–59 years, compared with non-smokers or most active men, centre and BMI-adjusted RRRs for having a WC between 94 and 101.9 cm increased by 1.6-fold in current smokers, 2.7-fold in least active men and maximal at 2.8-fold in least active men who smoked. Similar patterns but greater RRRs were observed for men with WC ≥102 cm, notably 8.4-fold greater in least active men who smoked. Compared with men in employment, those who were not in employment had increased risk of having a high WC by 1.4-fold in the 40–65 years group and by 1.3-fold in the 40–75 years group. These relationships were weaker among elderly men.ConclusionUnfavourable SES and lifestyles associate with increased risk of obesity, especially in middle-aged men. The combination of inactivity and smoking was the strongest predictor of high WC, providing a focus for health promotion and prevention at an early age.
Transcriptome Analysis Indicates Considerable Divergence in Alternative Splicing Between Duplicated Genes inArabidopsis thaliana
Authors: Tack David C , Pitchers William R , Adams Keith L 
Published: October 2014

AbstractGene and genome duplication events have created a large number of new genes in plants that can diverge by evolving new expression profiles and functions (neofunctionalization) or dividing extant ones (subfunctionalization). Alternative splicing (AS) generates multiple types of mRNA from a single type of pre-mRNA by differential intron splicing. It can result in new protein isoforms or downregulation of gene expression by transcript decay. Using RNA-seq, we investigated the degree to which alternative splicing patterns are conserved between duplicated genes in Arabidopsis thaliana. Our results revealed that 30% of AS events in α-whole-genome duplicates and 33% of AS events in tandem duplicates are qualitatively conserved within leaf tissue. Loss of ancestral splice forms, as well as asymmetric gain of new splice forms, may account for this divergence. Conserved events had different frequencies, as only 31% of shared AS events in α-whole-genome duplicates and 41% of shared AS events in tandem duplicates had similar frequencies in both paralogs, indicating considerable quantitative divergence. Analysis of published RNA-seq data from nonsense-mediated decay (NMD) mutants indicated that 85% of α-whole-genome duplicates and 89% of tandem duplicates have diverged in their AS-induced NMD. Our results indicate that alternative splicing shows a high degree of divergence between paralogs such that qualitatively conserved alternative splicing events tend to have quantitative divergence. Divergence in AS patterns between duplicates may be a mechanism of regulating expression level divergence.
A Novel and Fast Approach for Population Structure Inference Using Kernel-PCA and Optimization
Authors: Popescu Andrei-Alin , Harper Andrea L , Trick Martin , Bancroft Ian , Huber Katharina T 
Published: October 2014

Abstract
Population structure is a confounding factor in genome-wide association studies, increasing the rate of false positive associations. To correct for it, several model-based algorithms such as ADMIXTURE and STRUCTURE have been proposed. These tend to suffer from the fact that they have a considerable computational burden, limiting their applicability when used with large datasets, such as those produced by next generation sequencing techniques. To address this, nonmodel based approaches such as sparse nonnegative matrix factorization (sNMF) and EIGENSTRAT have been proposed, which scale better with larger data. Here we present a novel nonmodel-based approach, population structure inference using kernel-PCA and optimization (PSIKO), which is based on a unique combination of linear kernel-PCA and least-squares optimization and allows for the inference of admixture coefficients, principal components, and number of founder populations of a dataset. PSIKO has been compared against existing leading methods on a variety of simulation scenarios, as well as on real biological data. We found that in addition to producing results of the same quality as other tested methods, PSIKO scales extremely well with dataset size, being considerably (up to 30 times) faster for longer sequences than even state-of-the-art methods such as sNMF. PSIKO and accompanying manual are freely available at https://www.uea.ac.uk/computing/psiko.
Epigenetic Control of Learning and Memory inDrosophilaby Tip60 HAT Action
Authors: Xu Songjun , Wilf Rona , Menon Trisha , Panikker Priyalakshmi , Sarthi Jessica , Elefant Felice 
Published: October 2014

AbstractDisruption of epigenetic gene control mechanisms in the brain causes significant cognitive impairment that is a debilitating hallmark of most neurodegenerative disorders, including Alzheimer’s disease (AD). Histone acetylation is one of the best characterized of these epigenetic mechanisms that is critical for regulating learning- and memory- associated gene expression profiles, yet the specific histone acetyltransferases (HATs) that mediate these effects have yet to be fully characterized. Here, we investigate an epigenetic role for the HAT Tip60 in learning and memory formation using the Drosophila CNS mushroom body (MB) as a well-characterized cognition model. We show that Tip60 is endogenously expressed in the Kenyon cells, the intrinsic neurons of the MB, and in the MB axonal lobes. Targeted loss of Tip60 HAT activity in the MB causes thinner and shorter axonal lobes while increasing Tip60 HAT levels cause no morphological defects. Functional consequences of both loss and gain of Tip60 HAT levels in the MB are evidenced by defects in immediate-recall memory. Our ChIP-Seq analysis reveals that Tip60 target genes are enriched for functions in cognitive processes, and, accordingly, key genes representing these pathways are misregulated in the Tip60 HAT mutant fly brain. Remarkably, we find that both learning and immediate-recall memory deficits that occur under AD-associated, amyloid precursor protein (APP)-induced neurodegenerative conditions can be effectively rescued by increasing Tip60 HAT levels specifically in the MB. Together, our findings uncover an epigenetic transcriptional regulatory role for Tip60 in cognitive function and highlight the potential of HAT activators as a therapeutic option for neurodegenerative disorders.
Expanding Public-Private Collaborations to Enhance Cancer Drug Development: A Report of the Institute of Medicine's Workshop Series, “Implementing a National Cancer Clinical Trials System for the 21st Century”
Authors: Bertagnolli Monica M. , Canetta Renzo , Nass Sharyl J. 
Published: October 2014

Abstract
Since their inception in the 1950s, the National Cancer Institute-funded cancer cooperative groups have been important contributors to cancer clinical and translational research. In 2010, a committee appointed by the Institute of Medicine (IOM) of the National Academy of Sciences completed a consensus review on the status of the U.S. publicly funded cancer clinical trials system. This report identified a need to reinvigorate the cooperative groups and provided recommendations for improving their effectiveness. Follow-up workshops to monitor progress were conducted by the IOM's National Cancer Policy Forum and the American Society of Clinical Oncology (ASCO) in 2011 and 2013. One of the key recommendations of the IOM report was a call for greater collaboration among stakeholders in cancer research. In particular, more active engagement and better alignment of incentives among the cooperative groups, the National Cancer Institute, the U.S. Food and Drug Administration, and the biopharmaceutical industry were identified as essential to achieving the promise of oncology drug development. This review, based on presentations and discussion during the IOM-ASCO workshops, outlines the progress and remaining challenges of these collaborations.
Les noms de matériaux au crible de l'opposition massif-comptable. Une étude de corpus
Authors: Vermote Timotheus 
Published: October 2014

À partir de données tirées de WebCorp , nous réalisons une étude distributionnelle morphosyntaxique et sémantique de 30 noms de matériaux ( velours , cuir , carton , etc.). Nous identifions (i) au-delà des profils variés, une lecture massive commune en termes de « matière de construction » et (ii) deux phénomènes distincts à la source des emplois comptables : des lectures transférées productives (Trieur et Collecteur) et des lectures lexicalisées (objets et collections d’objets). Du point de vue de la théorisation, notre étude permet d’avancer : (i) une corrélation entre connaissance du comportement morphosyntaxique des noms et profils distributionnels de surface, et (ii) une double représentation de l’opposition massif-comptable, au niveau lexical (distribution) et supra-lexical (réseau de regroupements sémantiques ayant valeur de prédicteur quant à la réalisation massive ou comptable d’un nom en contexte).
Massif/comptable et noms de propriété
Authors: Kleiber Georges 
Published: October 2014

Les noms de propriété sont généralement massifs (cf. de la tristesse , de la patience ), mais présentent la particularité d’exiger l’article indéfini un lorsqu’on leur adjoint un modificateur ( une grande tristesse / *de la grande tristesse ; une patience d’ange / *de la patience d’ange ). Nous nous proposons d’apporter une réponse à l’énigme que représente ce curieux phénomène en postulant un nouveau type de transfert massif → comptable, celui d’ occurrence qualitative . Ce transfert consiste en la conversion d’une occurrence du N , indéterminée qualitativement, à une occurrence un N + modificateur , déterminée qualitativement par le modificateur.
Référence collective massive vs référence plurielle indéfinie
Authors: Lammert Marie 
Published: October 2014

Cette étude se propose de résoudre une énigme linguistique du français : quelles différences sémantiques entraîne le collectif massif du mobilier par rapport au pluriel des meubles ? Les réponses apportées prennent en compte les propriétés sémantiques de ces deux noms, les objets qu’ils peuvent désigner, ainsi que la manière dont ils conditionnent ces objets. Nous montrons alors que du mobilier impose une vision ensembliste, dans un mouvement descendant de la collection vers les éléments, tandis que des meubles implique une perspective catégorielle, dans un mouvement ascendant allant des occurrences individuelles vers la pluralité indéfinie qu’elles constituent.
La politique de Roosevelt : le droit social d'un monde nouveau ?
Authors: Mastor Wanda 
Published: October 2014

La présidence de Roosevelt inaugure bien une ère nouvelle, mais est-elle réellement « sociale » ? Le New Deal vise avant tout à stabiliser l’économie, le « droit social » étant plus ponctuel, plus ciblé pour venir en aide aux situations les plus urgentes et porteuses de germes de révolte. C’est la « rhétorique » du New Deal qui confère à cette politique sa plus grande force : le climat de confiance, l’appel à la solidarité, au patriotisme, la foi en la persévérance des Américains, ont été déterminants dans le redressement, même imparfait, du pays.
L’art d’être propriétaire sans l’être tout en l’étant
Authors: Boehler Jean-Michel 
Published: October 2014

La notion de « propriété » rurale ne se laisse enfermer ni dans des cadres juridiques rigides, ni dans d’incontestables statistiques dans la mesure où elle se trouve constamment nuancée, pour peu que l’on étudie les situations concrètes sur le terrain, par celle de « possession ». À l’origine de la confusion, parfois intentionnellement entretenue, les pratiques emphytéotiques, de droit ou de fait, conduisent l’exploitant à disposer du bien d’autrui comme d’une véritable propriété et autorisent la transmission d’une génération à l’autre (Erblehn) de corps de biens entiers, non partageables parce que rattachés à la ferme (Hoflehn). Sans être spécifique à la province, l’emphytéose est inséparable du contexte juridico-foncier de l’espace rhénan, de la conjoncture propre à l’Alsace entre le milieu du XVIIe et la fin du XVIIIe siècle et de structures sociales plus ou moins inégalitaires. Au-delà du formalisme juridique, elle nous invite à aborder l’histoire des mentalités.
La bibliothèque de Lucas Wetzel, érudit du XVIe siècle
Authors: Kehr Monique Debus 
Published: October 2014

L’inventaire après décès du (supposé) père de Lucas Wetzel, Colmarien, établi en 1601, recense quelque 130 ouvrages ayant appartenu à ce dernier, ainsi qu’une quarantaine d’ouvrages supplémentaires que Lucas avait prévu de léguer à un (supposé) compagnon d’étude en cas de décès. Et il semble bien qu’il soit décédé prématurément, après son départ pour Spire, sans laisser de trace de son existence, hormis sa conséquente bibliothèque. Les ouvrages qui la composent, inventoriés selon leur format, sont essentiellement en latin. Ils relèvent des lettres (rhétorique, stylistique, grammaire, philologie, logique, littérature latine, littérature grecque, poésie, belles-lettres et dictionnaires), de la théologie et surtout du droit. Si les ouvrages d’apprentissage remontant à la formation – notamment juridique – de Lucas sont nombreux – et renseignent ainsi sur le contenu des études du XVIe siècle –, d’autres révèlent un intérêt pour les questions du temps. Ils témoignent de l’inscription de L. Wetzel dans le courant de l’humanisme qui imprègne les différents domaines de l’érudition, et donnent un aperçu de l’édition humaniste européenne.
Une dynastie de petits capitaines d’industrie face aux vicissitudes de l’histoire : les Latscha de Jungholtz (1834-1920)
Authors: Risacher Bertrand 
Published: October 2014

L’Alsace est la région française qui a produit le plus grand nombre de dynasties industrielles. Les noms de Dollfus, Koechlin, Mieg, Schlumberger, de Dietrich, etc. sont restés célèbres. Ils sont ceux d’entreprises prestigieuses et de familles alsaciennes engagées dans la production manufacturière sur des durées séculaires… Cependant, parmi les nombreuses dynasties entrepreneuriales qu’a produit l’Alsace, certaines ont été créées par un patronat de « seconde zone » issu de la frange supérieure du monde ouvrier. Dans le vallon du Rimbach, à Jungholtz, la société Latscha & Cie, – spécialisée dans la fabrication de pièces détachées pour machines textile –, a été fondée par d’authentiques self-made-men. Dans le sillage tracé par les grandes dynasties, les Latscha profitèrent des opportunités d’activité dans le contexte de l’industrialisation et saisirent leur chance.Cette étude permet d’avoir une meilleure connaissance des petits entrepreneurs qui par leur audace et leur initiative permirent l’entrée des vallées vosgiennes dans la révolution industrielle. Elle met ainsi en valeur la notion de « petits capitaines d’industrie » souvent catholiques, qui fondent et dirigent des PME modestes et surtout périphériques par rapport à la grande industrie mulhousienne : l’archétype en est la dynastie Latscha, véritable symbole de la réussite manufacturière.Cependant, la Grande Guerre lui fut fatale et les héritiers ne parvinrent pas à préserver les acquis des générations précédentes. La famille Latscha, qui ne s’illustra finalement dans les affaires que sur quatre générations, apparait ainsi comme un cas d’école particulièrement intéressant de dynastie brisée par l’impact de la Première Guerre mondiale. L’extinction de cette dynastie de petits capitaines d’industrie, met en lumière cette rupture majeure et irréversible dans l’évolution de l’économie alsacienne après l’apogée de la Belle Epoque.
L’arrivée des sports en Alsace
Authors: Perny Pierre 
Published: October 2014

L’Angleterre est le berceau du tennis, du football, du rugby et de l’athlétisme. Les « sports anglais » arrivèrent en Allemagne vers 1890 à un moment où ce pays ne connaissait que la gymnastique. Ils eurent immédiatement un énorme succès et des conséquences importantes. L’auteur décrit ici l’arrivée et le développement des sports modernes en Allemagne, un pays dont la culture et la société étaient très différentes de celles du monde britannique. Le lecteur verra que les sports devinrent vite une composante et le reflet de la société allemande, de ses conceptions politiques aussi. Cette histoire de l’arrivée des sports en Alsace, comme événement culturel et sociétal, est un sujet qui n’a jamais été abordé dans l’histoire d’ensemble du Reichsland Elsass-Lothringen.
L’approche écologique dans les théories de l’apprentissage : une perspective de recherche concernant le « sujet-apprenant »
Authors: Hage Fadi El , Reynaud Christian 
Published: October 2014

Nous situons d’abord notre article par rapport à quelques éléments conceptuels issus des théories ayant tenté de définir ce qu’est un sujet. À la suite de ce panorama, nous parlons du sujet en tant que « sujet-apprenant » et nous abordons les différentes conceptions de l’apprentissage ; nous présentons également deux concepts centraux pour concevoir le sujet dans notre perspective : l’apprentissage expansif et l’apprentissage défensif. Nous exposons ensuite les fondements théoriques qui s’adressent au sujet en développement dans toute sa complexité, en particulier le paradigme de la complexité et l’approche écologique. Enfin, nous présentons des exemples de travaux de recherche qui opérationnalisent cette conception du « sujet-apprenant » dans les cadres de l’éducation à la sexualité, à la santé, à l’environnement et à la citoyenneté.
Des modèles du sujet pour éduquer à la responsabilité. Rôles de la conscience et de la méditation
Authors: Hagège Hélène 
Published: October 2014

Éduquer à la responsabilité est un enjeu majeur pour l’avenir de l’humanité et concerne toutes les « éducations à ». Cela implique des changements dans le fonctionnement des sujets. Or certaines attitudes implicites peuvent constituer des obstacles à de tels changements ; le sujet n’a pas une pleine connaissance de ses pensées et agissements. Le présent article propose donc des éléments de réponse aux questions suivantes. Quels changements favoriser, c’est-à-dire quels buts viser pour une éducation à la responsabilité ? Comment fonctionne un sujet ? Comment favoriser des changements dans son fonctionnement ? Dans une première partie, j’aborde cette première question et pose comme base d’une définition préliminaire de la responsabilité le contrôle par le sujet de son propre fonctionnement. Dans une deuxième partie, je propose un modèle spontané du sujet, qui permet de comprendre l’expérience consciente ordinaire. Ce modèle est basé essentiellement sur l’étymologie du mot sujet, qui explique à mon avis la pensée commune sur le fonctionnement subjectif. Ensuite, en m’appuyant sur des résultats scientifiques, je construis un modèle élaboré du sujet qui permet d’expliquer d’une manière plus exacte le fonctionnement du sujet. Ceci me conduit à distinguer les notions d’individu et de sujet, ce qui révèle la phénoménologie ordinaire comme étant illusoire. Dans une troisième partie je discute les implications théoriques de cela en ce qui concerne l’éducation à la responsabilité. Ainsi, la notion de contrôle est remplacée par celle de régulation. Alors la méditation apparaît comme un moyen privilégié d’opérer le changement de phénoménologie nécessaire à la connaissance par le sujet de ses propres fonctionnements. Une telle évolution de conscience apparaît comme étant nécessaire au développement de la responsabilité. En conclusion, j’aborde les perspectives éducatives et de recherches ouvertes par ces réflexions.