bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Brain volume and white matter in youth with type 2 diabetes compared to obese and normal weight, non‐diabetic peers: A pilot study
Authors: Rofey Dana L. , Arslanian Silva A. , El Nokali Nermeen E. , Verstynen Timothy , Watt Jennifer C. , Black Jessica J. , Sax Rebecca , Krall Jodi S. , Proulx Chelsea , Dillon Meredith , Erickson Kirk I. 
Published: August 2015

AbstractType 2 Diabetes Mellitus (T2DM) and obesity are linked to specific patterns of subcortical brain atrophy and decreased microstructural integrity of white matter. Fifteen adolescents (12–21‐years‐old, 80% Caucasian, 15% African American, mean BMI = 32)–five with T2DM confirmed by oral glucose tolerance test, five matched obese adolescent controls without diabetes (OBCN), and five matched (race, sex) normal‐weight controls (NWCN)–underwent Magnetic Resonance Imaging (MRI) for the collection of gray matter volume and white matter integrity. Analyses of Variance (ANOVAs) of the neuroimaging data revealed significant differences in caudate nucleus volume [F(2,12) = 7.79, p < 0.05] such that the normal‐weight group had significantly greater volume than the obese and T2DM groups (NWCN>OBCN, p = 0.020; OBCN > T2DM, p = 0.042; and NWCN > T2DM; p = 0.003) after controlling for participant Body Mass Index (BMI). Similarly, there was a main effect for the volume of the thalamus [F(2,12) = 4.39, p < 0.05] with greater volume for both the NWC and the OBC groups in comparison to the T2DM group (NWC > T2DM, p = 0.020; OBC > T2DM; p = 0.040). Finally, an examination of white matter integrity among the three groups illustrated a pattern of white matter integrity reduction between normal‐weight participants and both obese controls and T2DM participants, with T2DM demonstrating the greatest deficit in functional anisotropy (FA) volume, but these results were not significant after further controlling for BMI. Results from the current pilot study illuminate a host of brain morphology differences between youth with T2DM, obese youth, and normal‐weight controls; future research with a larger sample size is critical.
Phase 3 solanezumab trials: Secondary outcomes in mild Alzheimer's disease patients
Authors: Siemers Eric R. , Sundell Karen L. , Carlson Christopher , Case Michael , Sethuraman Gopalan , Liu‐Seifert Hong , Dowsett Sherie A. , Pontecorvo Michael J. , Dean Robert A. , Demattos Ronald 
Published: August 2015

AbstractIntroductionEXPEDITION and EXPEDITION2 were identically designed placebo‐controlled phase 3 studies assessing effects of solanezumab, an antiamyloid monoclonal antibody binding soluble amyloid‐β peptide, on cognitive and functional decline over 80 weeks in patients with mild‐to‐moderate Alzheimer's disease (AD). Primary findings for both studies have been published.MethodsSecondary analyses of efficacy, biomarker, and safety endpoints in the pooled (EXPEDTION + EXPEDITION2) mild AD population were performed.ResultsIn the mild AD population, less cognitive and functional decline was observed with solanezumab (n = 659) versus placebo (n = 663), measured by Alzheimer's Disease Assessment Scale Cognitive subscale, Mini‐Mental State Examination, and Alzheimer's Disease Cooperative Study–Activities of Daily Living functional scale Instrumental ADLs. Baseline‐to‐endpoint changes did not differ between treatment groups for Alzheimer's Disease Cooperative Study–Activities of Daily Living functional scale, basic items of the ADCS‐ADL, and Clinical Dementia Rating Sum of Boxes. Plasma/cerebrospinal fluid biomarker findings indicated target engagement by solanezumab. Solanezumab demonstrated acceptable safety. Efficacy findings for the moderate AD population are also provided.DiscussionThese findings describe solanezumab effects on efficacy/safety measures in a mild AD population. Another phase 3 study, EXPEDITION3, will investigate solanezumab's effects in a mild AD population.
Execution quality: An analysis of fulfillment errors at a retail distribution center
Authors: Craig Nathan , DeHoratius Nicole , Jiang Yan , Klabjan Diego 
Published: August 2015

AbstractPurchase orders specify many aspects of a fulfillment process, including item quantity, delivery time, carton labeling, bar coding, electronic data interchange, retail ticketing, and others. These fulfillment terms are instrumental for highly optimized retail supply chains employing automation and techniques such as pack‐by‐store. When fulfilling a purchase order, a supplier may commit a fulfillment error, i.e., the supplier may fail to adhere to the terms specified by the retailer. The retailer may then penalize the supplier for the fulfillment error via a chargeback deduction, which reduces the supplier's revenue. We present a study of the fulfillment errors and chargebacks that occur in practice using data collected from a major retailer's distribution center. While fulfillment errors involving incorrect product quantities and delivery times have received the most attention in the literature, we find that the majority of fulfillment errors in the context we study involve documentation, bar coding, and retail ticketing. We refer to these as correctable fulfillment errors, since they are amended at the retailer's distribution center through rework. We develop a model of inventory management with correctable fulfillment errors and use the retailer's data to assess the cost of these correctable fulfillment errors to the retailer's inventory system. Our research provides guidance to managers in identifying products and suppliers that impose large fulfillment error costs as well as in setting appropriate chargebacks for fulfillment errors.
El reconocimiento de conceptos básico-clínicos bajo la terminología anatómica internacional hacia la formación médica
Authors: Parra Gámez Leticia , Ibarra Ramírez Víctor Hugo , González Ríos Jacquelina , García Hidalgo A. Alejandro 
Published: August 2015

Introducción: La importancia del conocimiento y dominio de la anatomía en la formación del estudiante de medicina se inicia desde el primer año de la carrera de médico cirujano, por lo que el fomentar el uso de la terminología anatómica internacional (TAI) en el aprendizaje de dicha asignatura coadyuva a la integración de conocimientos que garantizan al estudiante el satisfactorio cumplimiento de las tareas y responsabilidades de su ejercicio profesional (competencias profesionales) aunado al reforzamiento de su uso y aplicación a lo largo de los ciclos clínicos. Objetivo: Mostrar el reconocimiento de conceptos médicos básico-clínicos en TAI en dos diferentes años de la formación del estudiante de medicina. Método: Se elaboró un instrumento a manera de cuestionario que demandó la asociación de conocimientos básicos de anatomía en función del reconocimiento con la TAI que se comparó en dos poblaciones de estudiantes de medicina (primer año y alumnos de ciclos clínicos). Resultados: Encontramos que en ambos grupos existe un mejor reconocimiento con epónimos. Asimismo, existe mayor frecuencia de aciertos en el grupo de alumnos de ciclos clínicos que de los alumnos de primer año así como un mejor valor de evaluación en el cuestionario. Conclusiones: El conocimiento de la anatomía en los estudiantes de medicina no se obtiene bajo los propósitos de la TAI debido a que existe mayor reconocimiento de conceptos médicos básico-clínicos de anatomía que utilizan epónimos, lo que resulta antagónico con el propósito fundamental del programa de estudios. Consideramos que el conocimiento anatómico debe facilitar la integración del conocimiento médico universal mediante el manejo y aplicación de un lenguaje anatómico internacional coherente tanto con el contexto actual del plan de estudios como con el perfil del egresado.
Alcances de una estrategia educativa participativa en el desarrollo de aptitud clínica en Geriatría
Authors: Díaz-Torres Yaneth , García-Chávez Erika , Oseguera-Rodríguez Jorge Francisco , Figueroa-García Raúl 
Published: August 2015

Introducción: Las prácticas educativas tradicionales privilegian la función del profesor y la actitud receptiva del alumno (enfoque pasivo). De manera diferente, para la corriente educativa participativa, el centro del quehacer educativo es el aprendizaje, el protagonista es el alumno, y la labor docente debe estar encaminada a lograr en él una educación de tipo autónomo. El objetivo de este trabajo fue estimar los alcances de una estrategia educativa participativa para desarrollar la aptitud clínica en Geriatría en médicos familiares.
Método: Para ello, se realizó un diseño longitudinal, prospectivo, para el cual se construyó un instrumento de evaluación en el que se incluyeron: 5 casos clínicos de importancia en Geriatría con 153 ítems que exploran 6 diferentes temas: 1) valoración geriátrica integral; 2) identificación de síndromes geriátricos; 3) integración de diagnósticos; 4) uso de recursos diagnósticos; 5) adecuación del tratamiento, y 6) medidas de geroprofilaxis. El instrumento fue validado por 2 rondas de expertos, que estimaron en un 0.95 la confiabilidad interna mediante la fórmula de Kuder-Richardson. Se incluyeron 10 médicos familiares con quienes se realizó una estrategia educativa participativa con tendencia hacia el aprendizaje autónomo, durante 60 h efectivas; la evaluación se aplicó al inicio y al final de la estrategia.
Resultados: La mediana de la puntuación obtenida por los alumnos al inicio de la estrategia fue de 56 (21-82), mientras que la mediana al final de la estrategia fue de 72 (29-100). La prueba de Wilcoxon para comparar las puntuaciones antes y después de la estrategia dio una p = 0.015.
Conclusiones: Por lo tanto, la estrategia educativa participativa es eficaz en el desarrollo de la aptitud clínica en la atención del paciente geriátrico.
Construcción de un instrumento para evaluar competencias profesionales durante la formación preclínica en Medicina
Authors: Córdova Alfredo , Moreno Julia , Stegaru Mihaela , Staff Carlos 
Published: August 2015

Introducción: Los graduados universitarios buscan adquirir competencias necesarias para resolver problemas específicos a los que se enfrentan en el trabajo diario asistencial médico. También buscan tener el potencial para cambiar y adaptar su actuación y organización de manera que esta satisfaga mejor los retos y oportunidades que se les presentan. Puede que las competencias requeridas para estos desarrollos científicos a largo plazo (como profesionales) sean muy diferentes a las requeridas para desarrollos a corto plazo (como estudiantes).
Objetivo: Este estudio propone una encuesta realizada en universidades de Panamá para la carrera de Medicina. Se utilizó un muestreo probabilístico y estratificado en todas sus etapas. El objetivo de la encuesta fue conocer la opinión de los estudiantes de la carrera de Medicina respecto a asignaturas preclínicas y sobre las competencias que deben promoverse mediante la enseñanza de las mismas.
Método: Creemos que la encuesta propuesta es un instrumento adecuado para conocer cómo se desarrolla el proceso de la enseñanza por competencias. Ello ayudará a mejorar la calidad de la docencia.Resultados: La encuesta tiene varias fortalezas: a) poco onerosa y de aplicación fácil; b) naturaleza impersonal; c) el anonimato de la misma, junto con la ausencia de los docentes implicados en la asignatura evaluada, garantiza la libertad de respuesta, y d) no está ajustada a realizar en un tiempo determinado, lo que facilita las respuestas del estudiante.
Conclusión: Facilita el conocimiento del proceso de enseñanza-aprendizaje de los estudiantes de Medicina.
Desarrollo e implementación de un curso de investigación para estudiantes de ciencias de la salud: una propuesta para estimular la producción científica
Authors: Chávez Caraza Karla Lorena , Rodríguez de Ita Julieta , Lozano Ramírez Juan Francisco , Vargas Duarte Gabriel Martín , Lozano Lee Francisco Gerardo 
Published: August 2015

Introducción: En México, la producción de artículos científicos en medicina es baja. Además la experiencia en investigación es limitada durante los primeros años de la carrera de medicina. De esto surge la necesidad de formar investigadores desde etapas tempranas dentro de su preparación profesional.
Método: Se instituyó un curso de investigación teórico-práctico durante el verano académico (6 semanas) en 3 ocasiones. Participaron un total de 38 alumnos (11 en 2012, 16 en 2013 y 11 en 2014). El objetivo fue proporcionar los conocimientos teóricos y prácticos para elaborar y desarrollar un proyecto de investigación hasta llevarlo a su publicación. El curso consistió en dar soporte teórico con clases presenciales y en línea donde el alumno aprendió los fundamentos en investigación y cómo diseñar un protocolo aplicando el pensamiento crítico. Simultáneamente, mediante tutoreo estrecho, se guió a los equipos de trabajo sobre cómo desarrollar el protocolo diseñado y su implementación en el trabajo de campo, la interpretación de resultados hasta la redacción del artículo científico.
Resultados: Se produjeron 8 trabajos de investigación dentro del área clínica. Todos los trabajos han sido presentados en congresos, otros están en proceso de envío a revistas para su publicación y uno ha sido publicado.
Conclusiones: Con este curso sembramos en el alumno el interés por la investigación para que sea capaz de desarrollar sus propios proyectos en el futuro. Por lo que este curso puede implementarse en otras carreras con el fin de crear más investigadores e incrementar la producción científica en México.
La libertad de cátedra: ¿una libertad malentendida?
Authors: Aguilar-Tamayo Raúl , Sánchez-Mendiola Melchor , Fortoul van der Goes Teresa I. 
Published: August 2015

El concepto de «libertad de cátedra» existe desde hace varias décadas, y en tiempos recientes ha habido controversia por el uso que en ocasiones se hace del mismo. El presente ensayo pretende revisar aspectos de la libertad de cátedra en educación superior, utilizando algunas definiciones y la normatividad que existe al respecto en México y en la Universidad Nacional Autónoma de México. Lo anterior con la finalidad de propiciar la reflexión y el debate sobre la vigencia de la libertad de cátedra en educación en ciencias de la salud, y sus implicaciones educativas.
Ética y profesionalismo en un mundo cambiante
Authors: Worthington Roger P. 
Published: August 2015

La medicina se encuentra en un estado constante de cambio, y lo mismo podría decirse de la organización y la prestación de servicios de salud, lo que puede dar lugar a obligaciones contradictorias en cuanto a la ética, el profesionalismo y las normas a las que los clínicos generalmente se enfrentan. La complejidad aumenta si hay confusión en cuanto a lo que comprenden estos 2 dominios, y si bien hay mucha literatura sobre la ética y el profesionalismo en la medicina, menos se ha escrito acerca de la relación entre ellos. Un observador lego podría ser perdonado por tener poco conocimiento sobre dónde termina uno y empieza el otro; también es posible que pocos profesionales hayan reflexionado específicamente sobre estos temas, y no solo puede ayudar en el caso de los educadores (cuya tarea es diseñar, implementar y evaluar los programas y planes de estudios) para tener mayor claridad sobre estos temas, sino que potencialmente podría también beneficiar a los pacientes.
La ética y el profesionalismo no son lo mismo, a pesar de que tienen una conexión íntima, y si la ética y el profesionalismo se convertirán en parte del ADN de la práctica de los médicos, debe ser claro para todos los dominios que comprenden y lo que significa la terminología. Esto podría hacer una diferencia en cómo los médicos se comportan el uno hacia el otro, y más importante aún, para con sus pacientes; las actitudes definen el comportamiento, el comportamiento influye la forma en que se dan los episodios individuales de atención, así que esto es mucho más que simplemente una cuestión de semántica.
¿Dicotomía artificial en la formación científica y emocional?
Authors: Lemus Alcántara Sergio 
Published: August 2015

Tenemos el beneficio de recibir la revista Investigación en Educación Médica, en la cual encontramos tópicos de suma importancia para la necesaria reflexión y análisis sobre los procesos formativos de médicos de pregrado y posgrado.
Repeatability of Central and Peripheral Pulse Wave Velocity Measures: The Atherosclerosis Risk in Communities (ARIC) Study
Authors: Meyer Michelle L. , Tanaka Hirofumi , Palta Priya , Patel Mehul D. , Camplain Ricky , Couper David , Cheng Susan , Al Qunaibet Ada , Poon Anna K. , Heiss Gerardo 
Published: August 2015

Abstract

BACKGROUND
Arterial stiffness measures are emerging tools for risk assessment and stratification for hypertension and cardiovascular disease (CVD). Carotid-femoral pulse wave velocity (cfPWV) is an established measure of central arterial stiffness. Other measures of PWV include femoral-ankle (faPWV), a measure of peripheral stiffness, and brachial-ankle PWV (baPWV), a composite measure of central and peripheral stiffness. Repeatability of central, peripheral, and composite PWV measures has not been adequately examined or compared.

METHODS
Participants ( n = 79; mean age 75.7 years; USA) from a repeatability study nested within the Atherosclerosis Risk in Communities (ARIC) Study visit 5 (2011–2013) underwent 2 standardized visits, 4–8 weeks apart. Trained technicians obtained 2 PWV measurements at each visit using the VP-1000 Plus system. We calculated the intraclass correlation coefficient (ICC), SE of measurement, and minimal detectable change (MDC 95 ; 95% confidence interval) and difference (MDD).

RESULTS
The ICCs and 95% confidence intervals (95% CIs) were 0.70 (0.59, 0.81) for cfPWV, 0.84 (0.78, 0.90) for baPWV, and 0.69 (0.59, 0.79) for faPWV. The MDC 95 between repeat measures within an individual was 411.0cm/s for cfPWV, 370.6cm/s for baPWV, and 301.4cm/s for faPWV. The MDD for 2 independent samples of 100 per group was 139.3cm/s for cfPWV, 172.3cm/s for baPWV, and 100.4cm/s for faPWV.

CONCLUSIONS
Repeatability was acceptable for all PWV measures in a multicenter, population-based study of older adults and supports its use in epidemiologic studies. Quantifying PWV measurement variation is critical for applications to risk assessment and stratification and eventual translation to clinical practice.
HHalign-Kbest: exploring sub-optimal alignments for remote homology comparative modeling
Authors: Yu Jinchao , Picord Geraldine , Tuffery Pierre , Guerois Raphael 
Published: August 2015

Abstract
Motivation: The HHsearch algorithm, implementing a hidden Markov model (HMM)-HMM alignment method, has shown excellent alignment performance in the so-called twilight zone (target-template sequence identity with ∼20%). However, an optimal alignment by HHsearch may contain small to large errors, leading to poor structure prediction if these errors are located in important structural elements.
Results: HHalign-Kbest server runs a full pipeline, from the generation of suboptimal HMM-HMM alignments to the evaluation of the best structural models. In the HHsearch framework, it implements a novel algorithm capable of generating k-best HMM-HMM suboptimal alignments rather than only the optimal one. For large proteins, a directed acyclic graph-based implementation reduces drastically the memory usage. Improved alignments were systematically generated among the top k suboptimal alignments. To recognize them, corresponding structural models were systematically generated and evaluated with Qmean score. The method was benchmarked over 420 targets from the SCOP30 database. In the range of HHsearch probability of 20–99%, average quality of the models (TM-score) raised by 4.1–16.3% and 8.0–21.0% considering the top 1 and top 10 best models, respectively.
Availability and implementation: http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/services/HHalign-Kbest/ (source code and server).
Contact: guerois@cea.fr
Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
An efficient algorithm for the extraction of HGVS variant descriptions from sequences
Authors: Vis Jonathan K. , Vermaat Martijn , Taschner Peter E. M. , Kok Joost N. , Laros Jeroen F. J. 
Published: August 2015

Abstract
Motivation: Unambiguous sequence variant descriptions are important in reporting the outcome of clinical diagnostic DNA tests. The standard nomenclature of the Human Genome Variation Society (HGVS) describes the observed variant sequence relative to a given reference sequence. We propose an efficient algorithm for the extraction of HGVS descriptions from two sequences with three main requirements in mind: minimizing the length of the resulting descriptions, minimizing the computation time and keeping the unambiguous descriptions biologically meaningful.
Results: Our algorithm is able to compute the HGVS descriptions of complete chromosomes or other large DNA strings in a reasonable amount of computation time and its resulting descriptions are relatively small. Additional applications include updating of gene variant database contents and reference sequence liftovers.
Availability: The algorithm is accessible as an experimental service in the Mutalyzer program suite (https://mutalyzer.nl). The C++ source code and Python interface are accessible at: https://github.com/mutalyzer/description-extractor.
Contact: j.k.vis@lumc.nl
MICC: an R package for identifying chromatin interactions from ChIA-PET data
Authors: He Chao , Zhang Michael Q. , Wang Xiaowo 
Published: August 2015

Abstract
Summary: ChIA-PET is rapidly emerging as an important experimental approach to detect chromatin long-range interactions at high resolution. Here, we present Model based Interaction Calling from ChIA-PET data (MICC), an easy-to-use R package to detect chromatin interactions from ChIA-PET sequencing data. By applying a Bayesian mixture model to systematically remove random ligation and random collision noise, MICC could identify chromatin interactions with a significantly higher sensitivity than existing methods at the same false discovery rate.
Availability and implementation: http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/member/xwwang/MICCusage
Contact: michael.zhang@utdallas.edu or xwwang@tsinghua.edu.cn
Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
stringgaussnet: from differentially expressed genes to semantic and Gaussian networks generation
Authors: Chaplais Emmanuel , Garchon Henri-Jean 
Published: August 2015

Abstract
Motivation: Knowledge-based and co-expression networks are two kinds of gene networks that can be currently implemented by sophisticated but distinct tools. We developed stringgaussnet, an R package that integrates both approaches, starting from a list of differentially expressed genes.
Contact: henri-jean.garchon@inserm.fr
Availability and implementation: Freely available on the web at http://cran.r-project.org/web/packages/stringgaussnet.