bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
mRNA expression analysis of the SUMO pathway genes in the adult mouse retina
Authors: Abad-Morales Víctor , Domènech Elena B. , Garanto Alejandro , Marfany Gemma 
Published: January 2015

ABSTRACTSumoylation is a reversible post-translational modification that regulates different cellular processes by conjugation/deconjugation of SUMO moieties to target proteins. Most work on the functional relevance of SUMO has focused on cell cycle, DNA repair and cancer in cultured cells, but data on the inter-dependence of separate components of the SUMO pathway in highly specialized tissues, such as the retina, is still scanty. Nonetheless, several retinal transcription factors (TFs) relevant for cone and rod fate, as well as some circadian rhythm regulators, are regulated by sumoylation. Here we present a comprehensive survey of SUMO pathway gene expression in the murine retina by quantitative RT-PCR and in situ hybridization (ISH). The mRNA expression levels were quantified in retinas obtained under four different light/dark conditions, revealing distinct levels of gene expression. In addition, a SUMO pathway retinal gene atlas based on the mRNA expression pattern was drawn. Although most genes are ubiquitously expressed, some patterns could be defined in a first step to determine its biological significance and interdependence. The wide expression of the SUMO pathway genes, the transcriptional response under several light/dark conditions, and the diversity of expression patterns in different cell layers clearly support sumoylation as a relevant post-translational modification in the retina. This expression atlas intends to be a reference framework for retinal researchers and to depict a more comprehensive view of the SUMO-regulated processes in the retina.
Biomechanics and energetics of running on uneven terrain
Authors: Voloshina Alexandra S. , Ferris Daniel P. 
Published: January 2015

ABSTRACT
In the natural world, legged animals regularly run across uneven terrain with remarkable ease. To gain understanding of how running on uneven terrain affects the biomechanics and energetics of locomotion, we studied human subjects (N=12) running at 2.3 m s−1 on an uneven terrain treadmill, with up to a 2.5 cm height variation. We hypothesized that running on uneven terrain would show increased energy expenditure, step parameter variability and leg stiffness compared with running on smooth terrain. Subject energy expenditure increased by 5% (0.68 W kg−1; P&lt;0.05) when running on uneven terrain compared with smooth terrain. Step width and length variability also increased by 27% and 26%, respectively (P&lt;0.05). Positive and negative ankle work decreased on uneven terrain by 22% (0.413 J kg−1) and 18% (0.147 J kg−1), respectively (P=0.0001 and P=0.0008). Mean muscle activity increased on uneven terrain for three muscles in the thigh (P&lt;0.05). Leg stiffness also increased by 20% (P&lt;0.05) during running on uneven terrain compared with smooth terrain. Calculations of gravitational potential energy fluctuations suggest that about half of the energetic increases can be explained by additional positive and negative mechanical work for up and down steps on the uneven surface. This is consistent between walking and running, as the absolute increases in energetic cost for walking and running on uneven terrain were similar: 0.68 and 0.48 W kg−1, respectively. These results provide insight into how surface smoothness can affect locomotion biomechanics and energetics in the real world.
The effects of acute salinity challenges on osmoregulation in Mozambique tilapia reared in a tidally changing salinity
Authors: Moorman Benjamin P. , Lerner Darren T. , Grau E. Gordon , Seale Andre P. 
Published: January 2015

ABSTRACT
This study characterizes the differences in osmoregulatory capacity among Mozambique tilapia, Oreochromis mossambicus, reared in freshwater (FW), in seawater (SW) or under tidally driven changes in salinity. This was addressed through the use of an abrupt exposure to a change in salinity. We measured changes in: (1) plasma osmolality and prolactin (PRL) levels; (2) pituitary expression of prolactin (PRL) and its receptors, PRLR1 and PRLR2; (3) branchial expression of PRLR1, PRLR2, Na+/Cl− co-transporter (NCC), Na+/K+/2Cl− co-transporter (NKCC), α1a and α1b isoforms of Na+/K+-ATPase (NKA), cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR), aquaporin 3 (AQP3) and Na+/H+ exchanger 3 (NHE3). Mozambique tilapia reared in a tidal environment successfully adapted to SW while fish reared in FW did not survive a transfer to SW beyond the 6 h sampling. With the exception of CFTR, the change in the expression of ion pumps, transporters and channels was more gradual in fish transferred from tidally changing salinities to SW than in fish transferred from FW to SW. Upon transfer to SW, the increase in CFTR expression was more robust in tidal fish than in FW fish. Tidal and SW fish successfully adapted when transferred to FW. These results suggest that Mozambique tilapia reared in a tidally changing salinity, a condition that more closely represents their natural history, gain an adaptive advantage compared with fish reared in FW when facing a hyperosmotic challenge.
Nutrient balancing of the adult worker bumblebee (Bombus terrestris) depends on the dietary source of essential amino acids
Authors: Stabler Daniel , Paoli Pier P. , Nicolson Susan W. , Wright Geraldine A. 
Published: January 2015

ABSTRACT
Animals carefully regulate the amount of protein that they consume. The quantity of individual essential amino acids (EAAs) obtained from dietary protein depends on the protein source, but how the proportion of EAAs in the diet affects nutrient balancing has rarely been studied. Recent research using the Geometric Framework for Nutrition has revealed that forager honeybees who receive much of their dietary EAAs from floral nectar and not from solid protein have relatively low requirements for dietary EAAs. Here, we examined the nutritional requirements for protein and carbohydrates of foragers of the buff-tailed bumblebee Bombus terrestris. By using protein (sodium caseinate) or an equimolar mixture of the 10 EAAs, we found that the intake target (nutritional optimum) of adult workers depended on the source and proportion of dietary EAAs. When bees consumed caseinate-containing diets in a range of ratios between 1:250 and 1:25 (protein to carbohydrate), they achieved an intake target (IT) of 1:149 (w/w). In contrast to those fed protein, bees fed the EAA diets had an IT more biased towards carbohydrates (1:560 w/w) but also had a greater risk of death than those fed caseinate. We also tested how the dietary source of EAAs affected free AAs in bee haemolymph. Bees fed diets near their IT had similar haemolymph AA profiles, whereas bees fed diets high in caseinate had elevated levels of leucine, threonine, valine and alanine in the haemolymph. We found that like honeybees, bumblebee workers prioritize carbohydrate intake and have a relatively low requirement for protein. The dietary source of EAAs influenced both the ratio of protein/EAA to carbohydrate and the overall amount of carbohydrate eaten. Our data support the idea that EAAs and carbohydrates in haemolymph are important determinants of nutritional state in insects.
Vocalisations of the bigeye Pempheris adspersa: characteristics, source level and active space
Authors: Radford Craig A. , Ghazali Shahriman , Jeffs Andrew G. , Montgomery John C. 
Published: January 2015

ABSTRACT
Fish sounds are an important biological component of the underwater soundscape. Understanding species-specific sounds and their associated behaviour is critical for determining how animals use the biological component of the soundscape. Using both field and laboratory experiments, we describe the sound production of a nocturnal planktivore, Pempheris adspersa (New Zealand bigeye), and provide calculations for the potential effective distance of the sound for intraspecific communication. Bigeye vocalisations recorded in the field were confirmed as such by tank recordings. They can be described as popping sounds, with individual pops of short duration (7.9±0.3 ms) and a peak frequency of 405±12 Hz. Sound production varied during a 24 h period, with peak vocalisation activity occurring during the night, when the fish are most active. The source level of the bigeye vocalisation was 115.8±0.2 dB re. 1 µPa at 1 m, which is relatively quiet compared with other soniferous fish. Effective calling range, or active space, depended on both season and lunar phase, with a maximum calling distance of 31.6 m and a minimum of 0.6 m. The bigeyes' nocturnal behaviour, characteristics of their vocalisation, source level and the spatial scale of its active space reported in the current study demonstrate the potential for fish vocalisations to function effectively as contact calls for maintaining school cohesion in darkness.
Differentiated Thyroid Cancer: Focus on Emerging Treatments for Radioactive Iodine-Refractory Patients
Authors: Gruber Joshua J. , Colevas A. Dimitrios 
Published: January 2015

Abstract

Background.
The treatment of differentiated thyroid cancer refractory to radioactive iodine (RAI) had been hampered by few effective therapies. Recently, tyrosine kinase inhibitors (TKIs) have shown activity in this disease. Clinical guidance on the use of these agents in RAI-refractory thyroid cancer is warranted.

Materials and Methods.
Molecular mutations found in RAI-refractory thyroid cancer are summarized. Recent phase II and III clinical trial data for TKIs axitinib, lenvatinib, motesanib, pazopanib, sorafenib, sunitinib, and vandetinib are reviewed including efficacy and side effect profiles. Molecular targets and potencies of these agents are compared. Inhibitors of BRAF, mammalian target of rapamycin, and MEK are considered.

Results.
Routine testing for molecular alterations prior to therapy is not yet recommended. TKIs produce progression-free survival of approximately 1 year (range: 7.7–19.6 months) and partial response rates of up to 50% by Response Evaluation Criteria in Solid Tumors. Pazopanib and lenvatinib are the most active agents. The majority of patients experienced tumor shrinkage with TKIs. Common adverse toxicities affect dermatologic, gastrointestinal, and cardiovascular systems.

Conclusion.
Multiple TKIs have activity in RAI-refractory differentiated thyroid cancer. Selection of a targeted agent should depend on disease trajectory, side effect profile, and goals of therapy.
Nouveaux rapports de force politiques dans la petite couronne parisienne après les élections municipales de 2014
Authors: Serisier Wilfried 
Published: January 2015

Une analyse géopolitique des élections municipales et communautaires de mars 2014 en Île-de-France s’avère pertinente dans un contexte où des résultats locaux affectent un autre niveau d’analyse : la métropole du Grand Paris. Si les représentations médiatiques abondent dans les termes de débâcle de la gauche et de victoire de la droite, il est nécessaire de revenir à des interprétations prenant en compte la dimension locale. Les élections de mars 2014 en petite couronne donnent à voir un décalage croissant entre population réelle et votants : non-inscrits, abstention, listes citoyennes, votes blancs et nuls. C’est sur le fond d’une abstention qui ne cesse de croître et d’un nouveau report du droit de vote pour les étrangers non communautaires que peut s’analyser un effondrement relatif des partis de gauche qui doit être lu également comme une recomposition des rapports de force à gauche, une confirmation du glissement à droite de l’Île-de-France et une résurgence du Front national sur la scène locale.
Hollande et les « quartiers », une grande déception... qui n'explique sans doute pas la déroute électorale
Authors: Robine Jérémy 
Published: January 2015

Les cités populaires des agglomérations ont contribué à la double sanction historique subie par le Parti socialiste, après avoir largement participé à la victoire de François Hollande en 2012. L’abstention y a été en 2014 exceptionnellement haute, comme le fut en 2012 la mobilisation en faveur du candidat socialiste... ou contre Nicolas Sarkozy ? Mais, depuis, François Hollande a abandonné ou reporté sine die ses promesses de lutter contre les contrôles d’identité au faciès et d’accorder le droit de vote aux élections locales aux immigrés résidents. Par peur de susciter un fort vote FN, il a déçu les espoirs spécifiques des habitants des « quartiers » et des Français issus de l’immigration postcoloniale, qui comptent aussi parmi ceux que la rigueur budgétaire et le chômage frappent le plus durement. Ce faisant, il n’a pu empêcher la déroute de son camp... dont l’extrême droite seule a profité.
Les Bonnets rouges : un mouvement pour un projet géopolitique
Authors: Loyer Barbara , Guyader Bertrand 
Published: January 2015

Le mouvement des Bonnets rouges s’est créé en Bretagne à la faveur d’une crise pour refuser la perception d’une écotaxe sur les poids lourds. La conjonction de licenciements dans le secteur agroalimentaire, d’une mobilisation de patrons se réclamant de l’identité bretonne, et du savoir-faire médiatique de certains acteurs finistériens du mouvement identitaire breton a permis la construction d’une crise politique aboutissant à la création du mouvement des Bonnets rouges qui a rassemblé de plus amples secteurs de la société. Les principaux protagonistes du mouvement des Bonnets Rouges défendent le projet géopolitique d’un pouvoir régional plus puissant qu’aujourd’hui fondé sur une représentation géopolitique de l’identité bretonne et d’une Europe des peuples concurrente de l’Europe des États actuels. Le droit de « décider » est le nouveau concept utilisé pour légitimer cette revendication, comme en Catalogne ou au Pays basque.
À travers psychanalyse, psychiatrie et philosophie : le « chemin vers Freud » de Ludwig Binswanger
Authors: Lepoutre Thomas 
Published: January 2015

On propose ici de faire retour sur le dialogue de Ludwig Binswanger avec Freud pour réinterroger les rapports complexes de la psychanalyse, de la psychiatrie et de la philosophie. L’étude du « chemin » binswangerien a en effet pour intérêt de revenir aux sources d’un conflit originaire, sinon d’un malentendu fondamental, œuvrant entre ces trois discours intéressant la psychopathologie. Aussi bien l’originalité propre de l’œuvre de Binswanger, en permanence en dialogue avec la psychanalyse, que sa réception dans le regard de Freud, conduit à mettre en question l’étonnant « cousinage » de la psychanalyse et de la psychiatrie phénoménologique.
La fonction des addictions et la question de l'image du corps dans la psychose
Authors: Lippi Silvia 
Published: January 2015

La question de l'image du corps n'a pas les mêmes enjeux dans la névrose et dans la psychose. Nous pouvons observer cliniquement que les addictions alimentaires sont souvent liées à une problématique narcissique. Mais cela vaut-il pour toute structure ? Nous chercherons à montrer, à travers des cas cliniques, la différence dans la fonction des addictions dans la névrose et dans la psychose. Cela nous permettra de signaler une distinction dont il faudra tenir compte dans la direction de la cure.
Des céréales et du lait au Sahara et au Sahel, de l’épipaléolithique à l’âge des métaux
Authors: Dupuy Christian 
Published: January 2015

La diversité des traditions culinaires actuelles au Sahara et au Sahel, centrées sur les céréales et accordant aux laitages une part très variable, témoigne de la complexité de leur histoire. Cet article propose une synthèse et des réflexions à ce sujet à partir des vestiges archéologiques connus.Reconnaître dans les sites préhistoriques à partir de 20 000 av. J.-C. (époque d’apparition du matériel de broyage en pierre dans le désert Libyque) une utilisation des céréales sauvages dans l’alimentation reste problématique. De nouvelles investigations, parmi lesquelles certaines sont au point depuis peu, pourraient apporter des éléments déterminants à ce dossier. Les premières tentatives de domestication du mil apparaissent au cours du IIIe millénaire av. J.-C. dans le Sahel ouest-africain. La domestication des autres céréales toujours exploitées aujourd’hui intervient au moins deux millénaires plus tard, à en juger par les restes botaniques mis au jour. Le développement de la céréaliculture impose gestion des semences, stockage des grains, surveillance et protection des champs, défense des récoltes. Il entraîne également spécialisations économiques, développement de l’artisanat, convoitises, intensification des échanges commerciaux et, par là, une accentuation des hiérarchies sociales et des rivalités politiques. Depuis le début de l’élevage en Afrique, c’est-à-dire depuis le VIe millénaire av. J.-C., les pasteurs du Sahara ont tiré bénéfice de la production laitière de leurs animaux. Diverses sources documentaires plaident en ce sens : femelles laitières et scènes de traite figurées dans les arts rupestres du Sahara, abattage de veaux et de chevreaux en bas âge dans le désert Libyque, graisses de lait de vache conservées dans des tessons de la Tadrart Akoukas.
Entre sables et pierres : s’alimenter et boire dans les villages néolithiques d’une zone refuge saharienne de Mauritanie sud-orientale
Authors: Amblard-Pison Sylvie 
Published: January 2015

En Mauritanie sud-orientale, les falaises de Tichitt et Oualata ont constitué une zone refuge abondamment occupée entre le début du IIIe millénaire avant J.-C. et celui de notre ère, grâce à leurs réserves d’eau. Des centaines de villages aux murs de pierre ont été construits par des hommes vivant de cueillette, de chasse, d’élevage et d’agriculture. La recherche de l’eau, la production et la récolte de nourriture, leur conservation ont entraîné une organisation de la société très spécifique. Les repas se préparaient dans les concessions, à l’aide d’ustensiles façonnés dans les matières premières locales. Les vestiges architecturaux, matériels et artistiques témoignent de la circulation des denrées et de la transmission des savoir-faire tout au long de ces falaises. Certains secteurs villageois semblent avoir été des lieux d’échanges privilégiés de type marché. L’ensemble de ces éléments révèlent la dynamique et l’adaptation de ces sociétés néolithiques face aux impératifs vitaux que sont boire et manger.
Eating and Drinking at the Royal Hospital of Mozambique Island: Medicine and Diet Change between the end of the 18th and the early 19th century
Authors: Rodrigues Eugénia 
Published: January 2015

This article analyses the social construction of the hospital diet in Mozambique Island and the process of dietary change induced by the European medical discourse and extended to the East African colonial world, at the end of the Ancien Régime. Mozambique Island, former capital of the Portuguese East Africa colony, was the crossing point of people from various continents, where culinary traditions sometimes mingled together and sometimes coexisted side by side. These foodways were incorporated into the Royal Hospital diet, which combined dishes of Indian, Portuguese, and African origin. Between the late 18th and the early 19th century, the intervention of the European chief-physicians in the hospital diets tended to configure the patients’ food in accordance with the changes taking place in European medical discourse and to exclude certain dishes which had a strong local tradition.
Events and Happenings: Uncommon Meals and the Atlantic Trade at 18th century Juffure (The Gambia)
Authors: Gijanto Liza 
Published: January 2015

The arrival of the Portuguese on the West African coast in the mid-15th century reoriented the centre of trade relative to the European market in West Africa. In the Senegambia this was manifested as a shift in the concentration of wealth from polities connected to the interior Saharan markets to the newly emerging commercial centres on the coast oriented towards the Atlantic. The Gambia River’s incorporation in the Atlantic World brought about a significant realignment of the local commercial sphere, availability of commodities, and access to wealth, which resulted in specific material manifestations indicative of emerging socio-economic relations in the newly settled Niumi commercial centre. The village of Juffure became the primary trading town in Niumi, possessing a British trading factory and serving as a filling station for their base of operations at James Island. Of interest here is how the increased access to wealth and interaction with European traders affected socio-economic relationships amongst Juffure’s residents, including assertions of socio-economic status through diet. Drawing on archaeological and archival sources, changes in the expression of wealth and status at 18th century Juffure are explored.
De l’igname au manioc dans le golfe de Guinée : traite des esclaves et alimentation au royaume du Danhomè (XVIIe-XIXe siècle)
Authors: Juhé-Beaulaton Dominique 
Published: January 2015

Avant l’introduction de plusieurs plantes d’origine américaine sur l’ancienne côte des Esclaves, la base de l’alimentation reposait sur la consommation de céréales et de tubercules, à savoir le petit mil, le sorgho, le riz et l’igname. La diffusion du maïs, de la patate douce puis du manioc dans les systèmes agraires après l’arrivée des Européens a donc eu des conséquences sur les régimes alimentaires. La région étudiée se situe dans le Sud du Bénin, zone de contact entre la forêt et la savane, favorisant la diversité des cultures vivrières. Cet article s’attache plus particulièrement à l’étude de la place des tubercules dans l’alimentation de cette région et au processus de substitution qui a conduit le manioc à remplacer l’igname, ce processus étant bien avancé à la fin du xixe siècle. Une chronologie de la substitution est proposée à partir de l’analyse des sources écrites européennes mais aussi des sources orales. La combinaison de différents facteurs, tels que la croissance démographique, la traite des esclaves, les conflits entre royaumes mais aussi les aléas climatiques provoquant des crises de subsistance, permet de comprendre la diffusion de plantes américaines qui offrent des rendements supérieurs aux plantes africaines, particulièrement le manioc. Nous verrons qu’aujourd’hui, si les ignames ne sont plus cultivées dans le Sud du pays pour la consommation ordinaire des hommes, elles continuent cependant à l’être pour être utilisées comme offrandes lors de cérémonies religieuses, ce qui témoigne de la place qu’elles occupent encore dans les représentations.
Les temps de la prophétie : Lycophron et le décor de la tombe François
Authors: Haumesser Laurent 
Published: January 2015

L’Alexandra est une source littéraire souvent citée dans les études sur la reconstruction des origines mythiques de l’Étrurie : Lycophron nous a conservé la trace de plusieurs traditions mythologiques qui témoignent d’un intérêt certain pour l’histoire étrusque. Inversement, comme l’ont montré plusieurs travaux récents, le répertoire figuré étrusque montre des affinités significatives avec le poème. Nous nous interrogerons sur cette convergence des représentations, en nous attachant en particulier aux modes d’exploitation idéologique des images par les élites étrusques au début de l’époque hellénistique : dans quelle mesure des monuments complexes – notamment les fresques de la tombe François de Vulci, qui constituent un des documents les plus significatifs de cet usage savant des traditions figurées – peuvent-elles entrer en résonance avec le texte de Lycophron ?