bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Advantages of distributed and parallel algorithms that leverage Cloud Computing platforms for large-scale genome assembly.
Authors: Kumari Priti , Mazumder Raja , Simonyan Vahan , Krampis Konstantinos 
Published: January 2015

Background: The transition to Next Generation sequencing (NGS) sequencing technologies has had numerous applications in Plant, Microbial and Human genomics during the past decade. However, NGS sequencing trades high read throughput for shorter read length, increasing the difficulty for genome assembly. This research presents a comparison of traditional versus Cloud computing-based genome assembly software, using as examples the Velvet and Contrail assemblers and reads from the genome sequence of the zebrafish (Danio rerio) model organism.Results: The first phase of the analysis involved a subset of the zebrafish data set (2X coverage) and best results were obtained using K-mer size of 65, while it was observed that Velvet takes less time than Contrail to complete the assembly. In the next phase, genome assembly was attempted using the full dataset of read coverage 192x and while Velvet failed to complete on a 256GB memory compute server, Contrail completed but required 240hours of computation.Conclusion: This research concludes that for deciding on which assembler software to use, the size of the dataset and available computing hardware should be taken into consideration. For a relatively small sequencing dataset, such as microbial or small eukaryotic genome, the Velvet assembler is a good option. However, for larger datasets Velvet requires large-memory compute servers in the order of 1000GB or more. On the other hand, Contrail is implemented using Hadoop, which performs the assembly in parallel across nodes of a compute cluster. Furthermore, Hadoop clusters can be rented on-demand from Cloud computing providers, and therefore Contrail can provide a simple and cost effective way for genome assembly of data generated at laboratories that lack the infrastructure or funds to build their own clusters.
FORGE: A tool to discover cell specific enrichments of GWAS associated SNPs in regulatory regions
Authors: Dunham Ian , Kulesha Eugene , Iotchkova Valentina , Morganella Sandro , Birney Ewan 
Published: January 2015

Genome Wide Association Studies (GWAS) provide an unbiased discovery mechanism for numerous human diseases. However, a frustration in the analysis of GWAS is that the majority of variants discovered do not directly alter protein-coding genes. We have developed a simple analysis approach that detects the tissue-specific regulatory component of a set of GWAS SNPs by identifying enrichment of overlap with DNase I hotspots from diverse tissue samples. Functional element Overlap analysis of the Results of GWAS Experiments (FORGE) is available as a web tool and as standalone software and provides tabular and graphical summaries of the enrichments. Conducting FORGE analysis on SNP sets for 260 phenotypes available from the GWAS catalogue reveals numerous overlap enrichments with tissue-specific components reflecting the known aetiology of the phenotypes as well as revealing other unforeseen tissue involvements that may lead to mechanistic insights for disease.
Inaugural editorial: Urban cultural studies – a manifesto (part 2)
Authors: Fraser Benjamin 
Published: January 2015

Abstract
This two-part editorial launching the first volume of the Journal of Urban Cultural Studies (JUCS) details the need for and significance of an urban cultural studies (UCS) method, broadly conceived. Focusing on two specific areas of interdisciplinary study – the ever-shrinking gap between film studies and geography and the rise of spatial theory in literary studies, this installment of the editorial hopes to tease out the problems and potential that arise with discipline-crossing scholarship. Overall, UCS foments a dialogue between art and society – between textual/representational (humanities) understandings of culture and anthropological, geographical, sociological (social science) approaches. This is ideally accomplished within a reconfigured urban studies paradigm that continues to embrace its characteristic focus on architecture, built environment, city planning, everyday life, identity formation, landscape, space/place and transportation, while venturing further into artistic terrain than ever before – films, literature, music, sequential art, painting, digital humanities approaches and more.
Comparison of four automated serum vitamin B12 assays
Authors: İspir Emre , Serdar Muhittin A. , Ozgurtas Taner , Gulbahar Ozlem , Akın Kadir Okhan , Yesildal Fatih , Kurt İsmail 
Published: January 2015

AbstractDiagnosis of vitamin B12 deficiency is generally based on the measurement of serum vitamin B12 levels. However, in selected cases functional indices of vitamin B12, such as methylmalonic acid (MMA) and homocysteine (HCY), are needed. Here we compare the performance of four automated total vitamin B12 assays and also investigate how these assays relate to functional indices of vitamin B12 status.Total vitamin B12, MMA and HCY were measured in 69 serum samples from routine vitamin B12 assay requests. Serum vitamin B12 analysis was performed using four different immunoassay autoanalyzers: DxI 800 Unicel (Beckman Coulter, USA), ADVIA Centaur XP (Siemens Diagnostics, Tarrytown, NY, USA), Roche Cobas E601 (Roche Diagnostics, Germany), Architect i2000sr (Abbott Laboratories, Abbott Park, IL, USA). Serum MMA levels were determined by liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS) and serum homocysteine levels were determined by high pressure liquid chromatography (HPLC) methods.Four immunoassay methods were comparable and correlated with each other. Correlation coefficients (r) ranged from 0.898 to 0.987, p<0.001. Highest correlation was observed between Roche Cobas – Architect i2000sr and poorest correlation was observed between DxI 800 Unicel – ADVIA Centaur comparison. DxI 800 Unicel assay demonstrated high mean bias [–122 pg/mL (–616–125 pg/mL)] and a concordance correlation coefficient (CCC) of 0.9161, lower than the others. MMA and HCY were correlated with the vitamin B12 results. The correlation coefficients with their 95% CI indicated that there was no statistically significant difference between the four methods according to their relationship with MMA and HCY.Total B12 assays correlate very well with each other. However, results of DxI 800 Unicel were lower compared to the other three autoanalyzers. All total vitamin B12 methods show similar relationships with HCY and MMA. Standardization of serum vitamin B12 assays is still not completed and further standardization studies are needed. Laboratory professionals and clinicians should be aware of this disagreement between assay methods and they should use these tests as ancillary tests.
Drive counts for grey brocket deer Mazama gouazoupira in the Bolivian Chaco / Estimation de la population du cerf brun Mazama gouazoupira dans le Chaco de Bolivie par la méthode du dénombrement total
Authors: Noss Andrew J. , Leny Cuéllar Salidas Rosa , Ayala Crespo Jhonny 
Published: January 2015

AbstractIn the context of a community wildlife management program with the Isoseño communities of the Bolivian Chaco, we tested drive sample counts as a method for estimating densities of grey brocket deer ( Mazama gouazoupira ). Drive count density estimates of 12–14/km
Redetermination of the crystal structure of benzyltriethylammoniumchloride monohydrate at 200 K – localization of hydrogen atoms, C13H24ClNO
Authors: Hosten Eric C. , Betz Richard 
Published: January 2015

Abstract C13H24ClNO, triclinic, P1̅ (no. 2), a = 8.1836(2) Å, b = 8.4974(2) Å, c = 10.8493(3) Å, α = 82.291(1)°, β = 79.191(1)°, γ = 69.961(1)°, V = 694.2 Å3, Z = 2, Rgt(F) = 0.0305, wRref(F2) = 0.0876, T = 200 K.
Sequential extraction as a tool for mobility studies of radionuclides and
metals in soils and sediments
Authors: Skipperud Lindis , Salbu Brit 
Published: January 2015

Abstract
To assess the long term environmental impact of radioactive contamination of ecosystems, information on source terms including
radionuclide speciation, mobility and biological uptake is of high importance. The speciation of radionuclides deposited or
occurring naturally depends on source term and release scenario characteristics, transport and dispersion mechanisms and
ecosystem properties. If mobile species are present, ecosystem transfer is relatively fast, whereas the ecosystem transfer is
delayed if radionuclides are present as particles or incorporated in mineral lattices.
This paper discusses cases showing important factors influencing the mobility of different radionuclides and metals. As
examples can be given:

the difference between 137Cs and 90Sr from Chernobyl fallout and stable Cs and Sr in the soil showing
that the fallout has not reached a steady state and therefore shows different mobility properties, thus the time since contamination is
important.

the presence of organic matter affect the mobility of plutonium in soils and sediments even though the source term is the same.

physical properties (i.e. pH, OM, clay content, grain sice etc.) is important to interpret mobility data
between similar sites.

the influence of industrial activity on radionuclides and metals shows that any man-made activity might change the mobility.
Abundance of DLK1, differential expression of CYP11B1, CYP21A2 and MC2R, and lack of INSL3 distinguish testicular adrenal rest tumours from Leydig cell tumours
Authors: Lottrup Grete , Nielsen John E , Skakkebæk Niels E , Juul Anders , Rajpert-De Meyts Ewa 
Published: January 2015

ObjectiveTesticular adrenal rest tumours (TARTs) are a common finding in patients with congenital adrenal hyperplasia (CAH). These tumours constitute a diagnostic and management conundrum and may lead to infertility. TART cells share many functional and morphological similarities with Leydig cells (LCs), and masses consisting of such cells are occasionally misclassified as malignant testicular tumours, which may lead to erroneous orchiectomy in these patients.DesignIn this study, we aimed to investigate the potential of LC developmental markers and adrenal steroidogenic markers in the differential diagnosis of TARTs and malignant LC tumours (LCTs).MethodsWe investigated mRNA and protein expression of testicular steroidogenic enzymes; CYP11A1 and HSD3B1/2, markers of adrenal steroidogenesis; CYP11B1, CYP21A2 and ACTH receptor/melanocortin 2 receptor (MC2R), and markers of LC maturation; and delta-like 1 homolog (DLK1) and insulin-like 3 (INSL3) in testicular biopsies with TART, orchiectomy specimens with LCTs and samples from human fetal adrenals.ResultsExpression of testicular steroidogenic enzymes was observed in all specimens. All investigated adrenal steroidogenic markers were expressed in TART, and weak reactions for CYP11B1 and MC2R were observed at the protein level in LTCs. TART and fetal adrenals had identical expression profiles. DLK1 was highly expressed and INSL3 not detectable in TART, whereas INSL3 was highly expressed in LCTs.ConclusionsThe similar expression profiles in TART and fetal adrenals as well as the presence of classical markers of adrenal steroidogenesis lend support to the hypothesis that TART develops from a displaced adrenal cell type. Malignant LCTs seem to have lost DLK1 expression and do not resemble immature LCs. The different expression pattern of DLK1, INSL3 and most adrenocortical markers adds to the elucidation of the histogenesis of testicular interstitial tumours and may facilitate histopathological diagnosis.
Naturaleza, cultura, economía y política.
Authors: Quesada Vanegas Gustavo Adorlfo 
Published: January 2015

Los seres humanos son los únicos seres que habitan la cultura, la noosfera; ésta contextualiza todas las tendencias nacidas de la condición natural del hombre, las inhibe o las suplanta por conductas culturales. Todas las culturas son incompletas; el ser humano ha tenido múltiples culturas, unas particularistas y otras universalistas que han sido igualmente excluyentes; toda cultura es producto de una hegemonía que construye máquinas sociales para forjar disciplina. La actual hegemonía se apoya en un Estado y en un gobierno global (Banco Mundial, Fondo Monetario Internacional, los siete grandes y las multinacionales). Para el futuro se puede prever que la hegemonía, ahora global del capitalismo neoliberal, no necesitará reprimir sino implementar una educación que sigue exclusivamente el modelo empresarial. La precisión pedagógica de los ingenieros de conducta y la sutileza de los medios masivos de comunicación, logrará, por la persuasión y la seducción, lo que antes se lograba con la represión y la Inquisición. La extensión a todos los niveles de la defensa del sujeto, la democratización de la vida en todos los espacios, incluida la escuela, la información y la comunicación, la defensa de la diversidad cultural y la universalización de los derechos humanos, son las únicas medidas preventivas para mantener la diversidad y para proteger al hombre del unanimismo hegemónico.
Betas al alza y betas a la baja en la conformación de carteras de inversión.
Authors: Parisi Antonio , Cornejo Edison 
Published: January 2015

En este análisis los autores presentan los resultados de con- formar carteras de inversión sobre la base de un beta prome- dio –o tradicional, postulado por el modelo de valuación de activos de capital, CAPM–, y sobre la base de betas al alza (baja) calculados con series históricas de retornos positivos (negativos) del mercado, cuando los precios accionarios suben (bajan). Para ello se utilizan los datos de las acciones que han pertenecido al índice Dow Jones Industry Average (DJI) entre los años 2000 y 2005, que constituyen una muestra de 33 acti- vos. Los resultados de las pruebas no paramétricas de Mann Whitney y de Wilcoxon señalan que 31 acciones muestran diferencias significativas entre las series de betas al alza y betas a la baja. Se aprecia una notoria ventaja en el rendimiento de las carteras conformadas con betas a la alza y a la baja. Más aún, en ningún caso el retorno acumulado (RA) de las carteras con betas al alza y a la baja resultó ser menor que el de las carteras conformadas con el beta tradicional. Esta diferencia en los retornos es significativa en 19 de las 25 carte- ras construidas, de acuerdo con la prueba de Mann Whitney y considerando un nivel de significación del 5%. También resulta relevante que, en 18 casos, la desviación estándar de la ren- tabilidad (DE) de las carteras alza-baja, resultó ser menor que la de las carteras tradicionales. Estos resultados aportarían evidencias en favor de que el uso de betas asimétricos en la conformación de carteras de inversión podría aumentar la ren- tabilidad y disminuir el nivel de riesgo.
Los campos formativo, epistemológico e investigativo: elementos que aportan para una ciencia emergente como la didactología
Authors: Velásquez Montoya Hernando 
Published: January 2015

Este artículo tiene como propósito presentar los elementos teóricos alrededor de los campos estructurantes de la didactología como disciplina científica. Se trata de posicionar la didactología como ciencia autónoma y emergente. Con el fin de visualizar con clari- dad la discusión en torno a la delimitación del campo formativo y epistemológico de la didactología, se destaca la importancia que para ella tienen la naturaleza de la ciencia, la historia de la ciencia y la sociología. Finalmente, se muestra cómo existe hoy en día un cuerpo de conocimientos que permite presentar unas líneas de investigación propias.
Revisión del método de pronóstico del texto. Elementos de producción
Authors: Alarcón Miller Jimmy 
Published: January 2015

Este documento hace una revisión de un método de pronóstico, que se usa en diferentes programas de Ingeniería Industrial y en algunos programas de postgrado de nuestro país, en asignaturas propias del área de producción. El método “Torres”, como lo llamaremos de aquí en adelante, se basa en el uso de la técnica de suavización exponencial, basado en el texto de Spyros Makridakis: Método de pronóstico basado en la técnica de suavización exponencial,(México: Limusa, 1997) En el documento se puede observar más a fondo el análisis que se hizo de cada uno de los componentes del método de Torres, y se trata de entender mejor la metodología propuesta, hallar las bondades y debilidades de la misma, y ante todo, mostrar una metodología para determinar uno de los componentes que es dejado a la subjetividad del usuario del método para que se halle de manera objetiva. Se espera, que esta revisión sirva para que se aproveche mejor este método de pronóstico, que se entien- dan sus bondades y también sus limitaciones, y que se añada la manera de hallar el componente subjetivo de una manera más clara. Otro resultado esperado es que, de algún modo, este documento sea un punto de partida para futuras revisiones más profundas, hechas por docentes a otras herramientas que son usadas día a día en las asignaturas y cátedras, y, por supuesto, en esta misma área (los métodos de pronósticos).
Dualidad: competencias genéricas- dispositivos pedagógicos como estrategia para el aprendizaje en educación virtual
Authors: Guzmán Serna María Del Socorro 
Published: January 2015

Este artículo, hace parte del proyecto “Diseño del modelo para la evaluación de las competencias: comunicativa, tecnológica e investigativa, en la modalidad de Educación Virtual de la Institución Universitaria Politécnico Grancolombiano”, en el cual se muestran algunos hallazgos que dan cuenta del papel dual que juegan las Competencias comunicativa, tecnológica e investigativa, denominadas Competencias genéricas, en la estructura de la propuesta virtual del Politécnico. Por una parte, el modelo virtual busca que estas competencias sean un aporte en la formación profesional y en la vida de los estudiantes y por otra, muestra cómo las mismas son dispositivos pedagógicos que le permiten a la propuesta virtual del Politécnico realizar su gestión y apropiación de conocimiento. El contenido del trabajo se dividirá en tres partes: en primera instancia, se precisarán algunos conceptos básicos para clarificar los temas abordados; en segundo lugar, se presentará la experiencia del Politécnico con las competencias y su papel dual como estrategia para el aprendizaje en Educación Virtual y, por último, se presentarán algunas conclusiones.
Panamá en nuestra historia constitucional
Authors: Alarcón Nuñez Óscar 
Published: January 2015

Hay quienes tienen aún la creencia de que Panamá nació con lo que hoy es Colombia y que hizo parte de nuestra nación como lo son departamentos tales como Nariño, Antioquia o Bolívar. Mientras el grito de nuestra independencia fue el 20 de julio de 1810, Panamá lo hizo once años después, el 28 de noviembre de 1821. La verdad fue que en los primeros tiempos de la dominación española Panamá estaba más vinculada a Lima que a la Nueva Granada, tanto que se le conocía como la “garganta del Perú”. Sólo en 1717, cuando se creó el virreinato de Santa Fe, por la imposibilidad de gobernar el norte de América del Sur desde Lima, fue cuando Panamá, por primera vez, se puso a depender de la Nueva Granada. Ello se ratificó después por orden expedida en San Lorenzo del Escorial, el 20 de agosto de 1739.
Los procesos de lectura y escritura en la inteligencia emocional
Authors: Giraldo Ramírez Germán 
Published: January 2015

La asociación entre la inteligencia emocional —como un conjunto de recursos inherentes al sujeto que faci- litan su calidad de vida— y los procesos de lectura y escritura constituyen una indagación muy reciente que no alcanza investigaciones depuradas en diferen- tes contextos académicos. No existe una axiomática generadora de principios y metodologías, sino un con- junto de textos que vienen alcanzando un éxito edito- rial que llaman la atención de muchos investigadores en actividades específicas, como es el caso de la lec- tura y escritura de textos. En este escrito se exponen algunas experiencias de proyectos de investigación con estudiantes de Enfermería de la Facultad de Salud de la Universidad Santiago de Cali y estudiantes del Distrito de Agua Blanca de Santiago de Cali. Dichas experiencias se desarrollan en cinco preguntas de investigación así: 1. Lectura, escritura y conocimiento de sí mismo. 2. Los recursos del control emocional 3. Auto motivación lectura y escritura. 4. La apro- piación de la empatía 5. La inteligencia interpersonal como apropiación de las disciplinas en la formación profesional.
El monumento a las banderas en la avenida de las Américas en Bogotá
Authors: Carrizosa Posada Diego 
Published: January 2015

El presente ensayo tiene como objetivo indagar sobre el momentosociopolítico que se vivió en el país desde 1946 hasta 1948 y porqué razón se encarga al artista Alonso Neira Martínez la realizaciónarquitectónica y escultórica del monumento a las banderas;conocer las políticas de diseño urbano que durante esos años imperaron en la capital y de qué manera beneficiaría a losbogotanos la construcción de la avenida de las Américas; asimismo, conocer la biografía del artista Alonso Neira Martínez (1913 - 1991) e indagar sobre las razones por las cualesrealizó un diseño escultórico neoclásico en el monumento a las banderas.
Choosing Wisely for Birth
Authors: Budin Wendy C. 
Published: January 2015

ABSTRACTIn this column, the editor of The Journal of Perinatal Education describes the American Academy of Nursing’s engagement in the national Choosing Wisely campaign and how it has implications for promoting normal birth. The editor also describes the contents of this issue, which offer a broad range of resources, research, and inspiration for childbirth educators in their efforts to promote, support, and protect natural, safe, and healthy birth.
Social Support, Postpartum Depression, and Professional Assistance: A Survey of Mothers in the Midwestern United States
Authors: Corrigan Catherine P. , Kwasky Andrea N. , Groh Carla J. 
Published: January 2015

ABSTRACTTransition into motherhood is generally a joyful life event; for some women, however, it is marked by emotional turmoil. Lack of support can be associated with postpartum depression and can compromise both the mother and infant. A descriptive, cross-sectional study (N = 61) was conducted to explore the relationship between social support and postpartum depression and to determine whether mothers overwhelmed with childcare, or overwhelmed with life in general since becoming a mother, sought professional help. The results revealed that screening for depression alone may not be sufficient, that mothers are willing to contact a professional for help in the postpartum period, and that assessments after birth should include a broader assessment of life’s difficulties rather than focusing on childcare responsibilities alone.
Does Auditor Reputation “Discourage” Related-Party Transactions? The French Case
Authors: Bennouri Moez , Nekhili Mehdi , Touron Philippe 
Published: January 2015

SUMMARY
We use a unique dataset from a sample of 85 French firms over the period 2002–2008 in order to answer the following questions: Is there any relation between the use of auditors with a brand-name reputation for providing high-quality audit reports and the number of related-party transactions (RPTs) reported to outside shareholders? And, how does a more transparent environment for the reporting of related-party transactions affect this relationship, if at all? We find that firms audited by Big 4 auditors report fewer related-party transactions. The period under study includes the change in accounting standards in Europe that occurred in 2005 with the adoption of IFRS standards, which resulted in a more transparent reporting environment for RPTs. We find that the negative relationship between auditor reputation and the number of reported of RPTs is “weaker” in a more transparent reporting environment. We argue that these results are related to the accounting uncertainty surrounding the reporting of related-party transactions that particularly affects the behavior of Big 4 auditors.
JEL Classifications: G34, G38, K33, M42.
Data Availability: All untabulated results are available upon request from the authors.