bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
A novel quantitative PCR mediated by high-fidelity DNA polymerase
Authors: Zhang Mengling , Liu Kyle , Hu Yihong , Lin Yi , Li Yang , Zhong Ping , Jin Xia , Zhu Xiaoli , Zhang Chiyu 
Published: August 2017

AbstractThe biggest challenge for accurate diagnosis of viral infectious disease is the high genetic variability of involved viruses, which affects amplification efficiency and results in low sensitivity and narrow spectrum. Here, we developed a new simple qPCR mediated by high-fidelity (HF) DNA polymerase. The new method utilizes an HFman probe and one primer. Fluorescent signal was generated from the 3′–5′ hydrolysis of HFman probe by HF DNA polymerase before elongation initiation. Mismatches between probe/primer and template have less influence on the amplification efficiency of the new method. The new qPCR exhibited higher sensitivity and better adaptability to sequence variable templates than the conventional TaqMan probe based-qPCR in quantification of HIV-1 viral load. Further comparison with COBAS TaqMan HIV-1 Test (v2.0) showed a good correlation coefficient (R2 = 0.79) between both methods in quantification of HIV-1 viral load among 21 clinical samples. The characteristics of tolerance to variable templates and one probe-one primer system imply that the probe/primer design for the new method will be easier and more flexible than the conventional method for highly heterogeneous viruses. Therefore, the HF DNA polymerase-mediated qPCR method is a simple, sensitive and promising approach for the development of diagnostics for viral infectious diseases.
Erythropoietin enhances Kupffer cell number and activity in the challenged liver
Authors: Gilboa Dafna , Haim-Ohana Yasmin , Deshet-Unger Naamit , Ben-Califa Nathalie , Hiram-Bab Sahar , Reuveni Debby , Zigmond Ehud , Gassmann Max , Gabet Yankel , Varol Chen , Neumann Drorit 
Published: August 2017

AbstractErythropoietin (EPO) is the main hormone driving mammalian erythropoiesis, with activity mediated via the surface receptor, EPO-R, on erythroid progenitor cells. Recombinant human EPO is currently used clinically for the treatment of anemia in patients with end-stage renal disease, and in certain cancer patients suffering from anemia induced either by the tumor itself or by chemotherapy. EPO-R expression is also detected in non-erythroid cells, including macrophages present in the peritoneum, spleen, and bone marrow (BM). Here we demonstrate that Kupffer cells (KCs) - the liver-resident macrophages - are EPO targets. We show that, in vitro, EPO initiated intracellular signalling and enhanced phagocytosis in a rat KC line (RKC-2) and in sorted KCs. Moreover, continuous EPO administration in mice, resulted in an increased number of KCs, up-regulation of liver EPO-R expression and ﻿﻿﻿elevated﻿ production of the monocyte chemoattractant CCL2, with corresponding egress of Ly6Chi monocytes from the BM. In a model of acute acetaminophen-induced liver injury, EPO administration increased the recruitment of Ly6Chi monocytes and neutrophils to the liver. Taken together, our results reveal a new role for EPO in stimulating KC proliferation and phagocytosis, and in recruiting Ly6Chi monocytes in response to liver injury.
Monolithic integration of AlGaInP-based red and InGaN-based green LEDs via adhesive bonding for multicolor emission
Authors: Kang Chang-Mo , Kang Seok-Jin , Mun Seung-Hyun , Choi Soo-Young , Min Jung-Hong , Kim Sanghyeon , Shim Jae-Phil , Lee Dong-Seon 
Published: August 2017

AbstractIn general, to realize full color, inorganic light-emitting diodes (LEDs) are diced from respective red-green-blue (RGB) wafers consisting of inorganic crystalline semiconductors. Although this conventional method can realize full color, it is limited when applied to microdisplays requiring high resolution. Designing a structure emitting various colors by integrating both AlGaInP-based and InGaN-based LEDs onto one substrate could be a solution to achieve full color with high resolution. Herein, we introduce adhesive bonding and a chemical wet etching process to monolithically integrate two materials with different bandgap energies for green and red light emission. We successfully transferred AlGaInP-based red LED film onto InGaN-based green LEDs without any cracks or void areas and then separated the green and red subpixel LEDs in a lateral direction; the dual color LEDs integrated by the bonding technique were tunable from the green to red color regions (530–630 nm) as intended. In addition, we studied vertically stacked subpixel LEDs by deeply analyzing their light absorption and the interaction between the top and bottom pixels to achieve ultra-high resolution.
RefEx, a reference gene expression dataset as a web tool for the functional analysis of genes
Authors: Ono Hiromasa , Ogasawara Osamu , Okubo Kosaku , Bono Hidemasa 
Published: August 2017

AbstractGene expression data are exponentially accumulating; thus, the functional annotation of such sequence data from metadata is urgently required. However, life scientists have difficulty utilizing the available data due to its sheer magnitude and complicated access. We have developed a web tool for browsing reference gene expression pattern of mammalian tissues and cell lines measured using different methods, which should facilitate the reuse of the precious data archived in several public databases. The web tool is called Reference Expression dataset (RefEx), and RefEx allows users to search by the gene name, various types of IDs, chromosomal regions in genetic maps, gene family based on InterPro, gene expression patterns, or biological categories based on Gene Ontology. RefEx also provides information about genes with tissue-specific expression, and the relative gene expression values are shown as choropleth maps on 3D human body images from BodyParts3D. Combined with the newly incorporated Functional Annotation of Mammals (FANTOM) dataset, RefEx provides insight regarding the functional interpretation of unfamiliar genes. RefEx is publicly available at http://refex.dbcls.jp/.
Decreased AGO2 and DCR1 in PBMCs from War Veterans with PTSD leads to diminished miRNA resulting in elevated inflammation
Authors: Bam M , Yang X , Zumbrun E E , Ginsberg J P , Leyden Q , Zhang J , Nagarkatti P S , Nagarkatti M 
Published: August 2017

AbstractChronic inflammation is a characteristic of post-traumatic stress disorder (PTSD). The initiation of inflammation and molecules involved are not yet clearly understood. Here, we provide compelling evidence that the inflammation seen in PTSD may result from the dysregulated miRNA processing pathway. Using microarray analysis with a discovery group of peripheral blood mononuclear cell (PBMC) samples from War Veterans with PTSD, we found 183 significantly downregulated miRNAs, several of which target numerous genes categorized to be pro-inflammatory in nature. This observation was further confirmed in a replicate group by including more samples. Furthermore, employing RNA-sequencing, quantitative real time PCR (qRT-PCR) and in vitro experiments, we found that Argonaute 2 (AGO2) and Dicer1 (DCR1) were downregulated in PTSD and provided convincing evidence that their downregulation affects mature miRNA generation. In addition, we noted that STAT3 transcript was reduced in PTSD and this was possibly responsible for reduced AGO2 and DCR1, which in turn affected miRNA synthesis. Furthermore, we observed that activation of CD4+ T cells or monocytes led to reduced mature miRNA availability. Finally, the inflammation seen in PTSD was associated with downregulated miRNA profile. Altogether, the current study demonstrates that the chronic inflammation seen in PTSD may be a result of dysregulated miRNA biogenesis pathway due to diminished expression of the key molecules like AGO2, DCR1 and STAT3.
Spinal Canal Involvement in Solitary Infantile Myofibromatosis: Case Report
Authors: Gautam S.N. , Mittal Siddharth 
Published: August 2017

AbstractInfantile myofibromatosis involving the spinal canal is very rare; only 11 cases have been reported so far in the literature. The authors present a case of an 18-month-old male child who presented with the history of dribbling of urine and weakness in bilateral lower limbs since 2 months. MRI of spine revealed single intramedullary intradural space-occupying lesion (SOL) at D1 to D2.The patient underwent laminectomy with excision of SOL with biopsy report suggestive of benign nerve sheath tumor, and immunohistochemistry report revealed desmin negative, smooth muscle actin positive, and S-100 focally positive infantile myofibromatosis. The patient gradually recovered and had a clear stream of urine with improved movements and tone of bilateral lower limbs at the time of discharge.
Immunhämatologische und molekulargenetische Diagnostik bei einer Patientin mit multiplen Blutgruppenantikörpern und Anti-Tc(a)
Authors: Scharberg Erwin , Huck Rahel , Leimkühler Klaus , Lenz Veronika , Breyer Marianne , Bugert Peter 
Published: August 2017

ZusammenfassungEine 65-jährige Dialysepatientin, die aufgrund einer ausgeprägten Anämie nach einem operativen Eingriff eine Erythrozytentransfusion benötigte, zeigte im Rahmen der prätransfusionellen Diagnostik positive Reaktionen mit allen Testzellen im Antikörpersuchtest und in der Antikörperdifferenzierung. Alle gekreuzten Erythrozytenkonzentrate waren ebenfalls positiv in der serologischen Verträglichkeitsprobe. Da die Autokontrolle und der direkte Antiglobulintest (DAT) negativ waren, bestand der Verdacht auf einen Antikörper gegen ein hochfrequentes Blutgruppenantigen. Wegen klinisch dringender Transfusionsindikation wurden der Patientin 2 Erythrozytenkonzentrate übertragen, von denen das 1. vertragen wurde. Bei der Gabe des 2. Präparats kam es zu einer hämolytischen Transfusionsreaktion, sodass die Transfusion nach ca. 20 ml abgebrochen wurde. Bei der immunhämatologischen Abklärung reagierte das Serum der Patientin positiv mit allen Zellen mehrerer Antikörperdifferenzierungspanels, inklusive multipler Testzellen, die negativ für hochfrequente Antigene waren. Mithilfe verschiedener serologischer Untersuchungsmethoden konnten neben einem panreaktiven Alloantikörper irreguläre Antikörper mit der Spezifität Anti-c, Anti-Kp(a) und Anti-Jk(b) identifiziert werden. Vier Wochen später entwickelte die Patientin zusätzlich noch Anti-Fy(a). Die serologischen Eigenschaften des nicht mit Fremdplasma neutralisierbaren unklaren panreaktiven Antikörpers erlaubten eine Eingrenzung der infrage kommenden Spezifitäten. Inhibitionsversuche mit ausgewählten rekombinanten Blutgruppenproteinen zeigten, dass der Antikörper mit dem rekombinanten Cromer-Protein (DAF) neutralisierbar war und es sich somit um einen Antikörper gegen ein hochfrequentes Antigen aus dem Cromer-Blutgruppensystem handeln musste. Dank der Inhibition konnten die bis dahin differenzierten Antikörper bestätigt werden. Da das Cromer-Blutgruppensystem 13 bekannte hochfrequente Antigene erhält, antigennegative Testerythrozyten eine Rarität darstellen und die oben genannten begleitenden Antikörper eine genaue serologische Differenzierung des Antikörpers praktisch unmöglich machten, wurde eine Sequenzierung des Cromer-Gens (CROM) der Patientin vorgenommen. Diese ergab eine Homozygotie für die Mutation c.155G>T und damit den Phänotyp Tc(a−b+c−). Es ist also davon auszugehen, dass bei der Patientin ein Antikörper gegen das hochfrequente Merkmal Tc(a) vorliegt. Zwei Söhne der Patienten waren heterozygot für das c.155T-Allel: Sohn 1 mit c.155G>T für Tc(a+b+c−) und Sohn 2 mit c.155T>C für Tc(a−b+c+). In dieser Familie waren also das seltene Merkmal Tc(b) mütterlich und das seltene Merkmal Tc(c) väterlich vererbt.
Bestrahlung von Blutprodukten für pädiatrische Empfänger
Authors: Zimmermann Robert , Achenbach Susanne , Hauck-Dlimi Barbara 
Published: August 2017

ZusammenfassungDie Gammabestrahlung von zellulären Blutkomponenten bleibt die Methode der Wahl, um eine transfusionsassoziierte Graft-versus-Host-Krankheit (TA-GvHD) zuverlässig zu verhindern. Durch die Einführung der universellen Leukozytenreduktion von zellulären Blutkomponenten und der Gammabestrahlung von Komponenten für potenziell anfällige Empfänger ist die TA-GvHD fast vollständig verschwunden. Die Lagerung von Erythrozytenkonzentraten verursacht Schädigungen der Erythrozyten, die zu Kaliumfreisetzung und Hämolyse führen. Die Gammabestrahlung beschleunigt die Kaliumfreisetzung sofort und die Zunahme der Hämolyse mit einiger zeitlicher Verzögerung. Die Konsequenzen des Lagerungsschadens und des Bestrahlungsschadens an Erythrozyten sind für die sogenannte Transfusion kleiner Volumina für Frühgeborene, Neugeborene und ältere Kinder vernachlässigbar, während bei großvolumigen Transfusionen und Transfusionen in der pädiatrischen Herzchirurgie sogar geringe Freisetzungen von Kalium kritisch sind.
Einfluss der Verschattung auf die Vitamin-D-gewichtete UV-Exposition eines Menschen
Authors: Schrempf M. , Thuns N. , Lange K. , Seckmeyer G. 
Published: August 2017

ZusammenfassungDie Vitamin-D3-gewichtete UV-Exposition eines aufrecht stehenden Menschen wurde für ausgewählte urbane Umgebungen bestimmt, um den Einfluss der Verschattung durch Gebäude oder Bewuchs auf die Exposition zu untersuchen. Die Exposition wird berechnet unter Berücksichtigung der Strahldichte, also der Strahlungsenergie von direkter Sonnenstrahlung und diffuser Himmelsstrahlung aus verschiedenen Einfalls- und Azimutwinkeln und der 3 D-Geometrie eines Modellmenschen. Die Verschattung wird durch Hemisphären-Bilder bestimmt, die mithilfe einer Fotokamera mit Fischaugenobjektiv aufgenommen wurden, wobei angenommen wird, dass die Strahlung verschatteter Himmelssegmente vernachlässigbar klein ist. Dadurch werden den Himmel verdeckende Hindernisse räumlich hochaufgelöst erfasst und als Input in das Expositionsmodell eingegeben. Die Vitamin-D3-gewichtete Exposition betrug an einer bebauten Straße am 21. Dezember zu Sonnenhöchststand ungefähr 50 % und am 21. März 70 % von der Exposition einer hindernisfreien Umgebung.
Langjährige erfolglose Behandlung eines sekundären Lymphödems unter der Diagnose Acne inversa
Authors: Troyanova-Slavkova S. , Eickenscheidt L. , Eichelkraut S. , Bielfeld C. , Kowalzick L. 
Published: August 2017

ZusammenfassungWir berichten über eine 48-jährige, deutlich adipöse Patientin, die über viele Jahre unter der Diagnose einer inguinalen Acne inversa erfolglos behandelt wurde. Wegen der hierfür untypischen Anamnese und Klinik, die eher für ein chronisches Lymphödem sprach, führten wir eine bildgebende Diagnostik des Bauchraumes durch. Hierbei fand sich eine monströse intraabdominelle, vermutlich benigne Raumforderung.
Statine als Therapie bei Lebererkrankungen?
Authors: Sauerbruch Tilman , Schierwagen Robert , Trebicka Jonel 
Published: August 2017

AbstractStatins have proven effects in the primary and secondary prevention of coronary disease. Besides lowering LDL-cholesterol beneficial pleiotropic consequences of statin therapy are increasingly discussed. Retrospective analyses of large cohort studies have shown favorable effects on the sequels of chronic viral induced liver disease and of non alcoholic fatty liver disease. These findings are substantiated by experimental work showing that statins reduce inflammation, fibrosis and proliferation in the diseased liver. Prospective controlled trials are necessary to elucidate whether, when and where statins have a role in the therapeutic armamentarium for liver disease.
Kennzeichnung hämatopoetischer Stammzellzubereitungen mit dem „Einheitlichen Europäischen Code“ (SEC) gemäß Richtlinie (EU) 2015/565
Authors: Wiesneth Markus 
Published: August 2017

ZusammenfassungAufgrund der Änderung des Arzneimittelgesetzes (AMG) vom 21. November 2016 sind hämatopoetische Stammzellzubereitungen (HSZZ) aus Knochenmark, peripherem Blut oder Nabelschnurblut ab dem 29. April 2017 vor dem Inverkehrbringen zur Anwendung beim Menschen gemäß der Richtlinie (EU) 2015/565 mit dem „Einheitlichen Europäischen Code“ (SEC) zu kennzeichnen. Zur leichteren Rückverfolgbarkeit werden die von den zuständigen Behörden für HSZZ lizenzierten Einrichtungen mit den jeweils autorisierten Produktarten und Tätigkeiten in einem öffentlichen Register geführt, was auch zu einer Erleichterung für das Verbringen von HSZZ aus EU-Mitgliedstaaten führen könnte. Die Gesetzesänderung wurde in der Arzneimittel- und Wirkstoffherstellungsverordnung (AMWHV) umgesetzt und wird in diesem Artikel mit Bezug auf die Kennzeichnungspflicht gemäß den Genehmigungen nach § 21 a AMG kommentiert, zumal einige Fragen zur SEC-Kennzeichnung offen bleiben.
Der komplementäre Einsatz des internetbasierten Selbstmanagementprogramms „moodgym“ bei Menschen mit depressiven Erkrankungen in der stationären Versorgung – die Perspektive von Patienten und Behandlern
Authors: Dorow Marie , Stein Janine , Förster Franziska , Löbner Margrit , Franz Michael , Günther Rolf , Schröder Rolf , Sommer Dieter , Möller Dieter , Dekoj Marie , Becker Thomas , Riedel-Heller Steffi 
Published: August 2017

Zusammenfassung
Ziel der Studie Erfassung der Nutzungsakzeptanz, Zugangsmöglichkeiten und -barrieren eines Online-Selbstmanagementprogramms (moodgym) für Depressionen.
Methodik Schriftliche Befragungen von n = 181 stationär behandelten Patienten (Prä-Post-Messung, 8 Wochen) und n = 31 Experten.
Ergebnisse Moderate bis hohe Nutzungsakzeptanz. Relevante Zugangsbarrieren waren geringe PC-Erfahrungen, Konzentrationsschwierigkeiten und schwere Krankheitsverläufe.
Schlussfolgerung Erstmals konnte gezeigt werden, dass Interventionen wie moodgym einen komplementären Behandlungsbaustein in der stationären Versorgung bilden könnten.
Indikationen und Evidenz von international entwickelten Online-Coaches zur Intervention bei psychischen Erkrankungen – ein Meta-Review
Authors: Stein Janine , Röhr Susanne , Luck Tobias , Löbner Margrit , Riedel-Heller Steffi 
Published: August 2017

Zusammenfassung
Ziel der Studie Für welche psychischen Indikationen wurden international Online-Coaches entwickelt und welche Nutzenevidenz gibt es?
Methodik Systematische Literaturrecherche, Meta-Review.
Ergebnisse Die Wirksamkeit wurde für eine Vielzahl an Online-Coaches für psychische Indikationen belegt bei überwiegend akzeptabler und hoher Qualität.
Schlussfolgerung Die vorliegende Arbeit liefert einen guten Überblick über international entwickelte Online-Coaches für psychische Indikationen. Online-Coaches stellen eine sinnvolle Ergänzung zur Behandlung und Prävention psychischer Erkrankungen dar.
Quality Standards for Herbal Drugs and Herbal Drug Preparations – Appropriate or Improvements Necessary?
Authors: Länger Reinhard , Stöger Erich , Kubelka Wolfgang , Helliwell Keith 
Published: August 2017

AbstractStandards for quality control as defined in the European Pharmacopoeia contribute significantly to a consistent and high quality of herbal drugs, herbal drug preparations, and herbal medicinal products. The minimum content of single plant constituents is considered of high relevance. Therefore, nearly all monographs on herbal drugs or herbal drug preparations contain an obligatory assay.However, a critical evaluation of the data published for such assayed constituents reveals that in most cases these constituents have to be considered as purely analytical markers without correlation to quality or efficacy. Examples where the assay does not meet its objective support the need to adapt current quality standards. Moreover, the trend to increase the content of certain constituents may lead to significant modifications to traditional manufacturing processes.In order to initiate a scientific discussion, the role of the assay in the context of quality requirements, quality documentation in the manufacturing process, safety, and efficacy is discussed and possible alternatives to the single marker assay are examined.
Reputation offsets trust judgments based on social biases among Airbnb users
Authors: Abrahao Bruno , Parigi Paolo , Gupta Alok , Cook Karen S. 
Published: August 2017

SignificanceWe investigate the extent to which artificial features engineered by sharing-economy platforms, such as reputation systems, can be used to override people’s tendency to base judgments of trustworthiness on social biases, such as to trust others who are similar (i.e., homophily). To this end, we engaged 8,906 users of Airbnb as volunteers in an online experiment. We demonstrate that homophily based on several demographic characteristics is a relatively weak driver of trust. In fact, having high reputation is enough to counteract homophily. Using Airbnb data, we present evidence that the effects we found experimentally are at work in the actual platform. Lastly, we found an inverse relationship between risk aversion and trust in those with positive reputations.
Shear force-based genetic screen reveals negative regulators of cell adhesion and protrusive activity
Authors: Lampert Thomas J. , Kamprad Nadine , Edwards Marc , Borleis Jane , Watson Ayende J. , Tarantola Marco , Devreotes Peter N. 
Published: August 2017

Significance
We report a forward genetic screen to identify genes involved in cell adhesion and motility. Cells with mutations in these genes have increased adhesion, flattened morphology, and decreased motility. The mutants display increased cytoskeletal and signal transduction network activity suggesting that these genes are negative regulators. The GFP-tagged localization of these proteins shows the remarkable diversity in the regulation of these cell behaviors. Several of the identified proteins have strong homologs throughout metazoans and have relevance to human disease. Because many of the resulting mutant phenotypes are similar to those of cells lacking PTEN or expressing active Ras GTPases, these gene families are promising cancer targets in humans. Better understanding of these pathways holds the possibility for therapeutic intervention.
Compounding effects of sea level rise and fluvial flooding
Authors: Moftakhari Hamed R. , Salvadori Gianfausto , AghaKouchak Amir , Sanders Brett F. , Matthew Richard A. 
Published: August 2017

Significance
Population and assets in coastal regions are threatened by both oceanic and fluvial flooding hazards. Common flood hazard assessment practices typically focus on one flood driver at a time and ignore potential compounding impacts. Here we outline a unique bivariate flood hazard assessment framework that accounts for the interactions between a primary oceanic flooding hazard, coastal water level, and fluvial flooding hazards. Using the notion of “failure probability,” we also assess coastal flood hazard under different future sea level rise scenarios. The results show that, in a warming climate, future sea level rise not only increases the failure probability, but also exacerbates the compounding effects of flood drivers.
Distribution of lifetime nursing home use and of out‐of‐pocket spending
Authors: Hurd Michael D. , Michaud Pierre‐Carl , Rohwedder Susann 
Published: August 2017

Significance
Although it is important to know the annual costs and use of nursing homes, for individuals and households, it is also important to know expected lifetime costs and use of nursing homes; that is, how much they will use nursing homes and how much might spend over their lifetimes. They need this information in deciding how much to save and whether to purchase insurance that will pay for nursing home use. By following individuals over many years as they progress to advanced old age, we estimated how many days individuals will spend in nursing homes and how much they will spend out-of-pocket.