bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Cytomegalovirus appendicitis after hematopoietic stem cell transplantation
Authors: Kothari Atul , Caradine Kari D. , Rico Crescencio Juan Carlos , Sasapu Appalanaidu , Veeraputhiran Muthu K. , Jethava Yogesh , Burgess Mary J. 
Published: July 2017

AbstractWe present the case of a young man with acute lymphoblastic leukemia who developed cytomegalovirus (CMV) appendicitis after receiving alemtuzumab for acute refractory graft‐versus‐host disease after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation (HSCT). CMV appendicitis is a rare complication; and we are reporting the first case to our knowledge of CMV appendicitis following HSCT. Our case highlights the importance of recognition of CMV viral reactivation following the use of alemtuzumab. Using a preemptive strategy of checking CMV PCR, with initiation of early effective treatment on detection of CMV replication, may be appropriate following use of alemtuzumab in hematologic malignancies in patients after HSCT.
First Genome Sequences of Dengue Virus Strains Isolated during the First DENV-4 Outbreak in São Paulo, Brazil
Authors: Ortiz-Baez Ayda Susana , Silva Danielle Ferreira , Ferreira Daniel , Zanotto Paolo M. 
Published: July 2017

ABSTRACT

Dengue virus (DENV) is an arbovirus belonging to the genus
Flavivirus
, family
Flaviviridae
. In Brazil, the reemergence and spread of DENV type 4 (DENV-4) across the country were responsible for a significant outbreak in Guarujá, São Paulo, Brazil. Here, we report the first genomic sequences of DENV strains circulating in Guarujá during the 2013 outbreak.
Draft Genome Sequences of 1,183
Salmonella
Strains from the 100K Pathogen Genome Project
Authors: Kong Nguyet , Davis Matthew , Arabyan Narine , Huang Bihua C. , Weis Allison M. , Chen Poyin , Thao Kao , Ng Whitney , Chin Ning , Foutouhi Soraya , Foutouhi Azarene , Kaufman James , Xie Yi , Storey Dylan B. , Weimer Bart C. 
Published: July 2017

ABSTRACT

Salmonella
is a common food-associated bacterium that has substantial impact on worldwide human health and the global economy. This is the public release of 1,183
Salmonella
draft genome sequences as part of the 100K Pathogen Genome Project. These isolates represent global genomic diversity in the
Salmonella
genus.
Genome Sequence of Oxalobacter formigenes Strain OXCC13
Authors: Hatch Marguerite , Allison Milton J. , Yu Fahong , Farmerie William 
Published: July 2017

ABSTRACT

The lack of
Oxalobacter formigenes
colonization in the human gut is generally acknowledged as a risk factor for kidney stone formation since this microorganism can play an important role in oxalate homeostasis. Here, we present the genome sequence of OXCC13, a human strain isolated from an individual residing in Germany.
Genome Sequences of New Faustovirus Strains ST1 and LC9, Isolated from the South of France
Authors: Cherif Louazani Amina , Andreani Julien , Ouarhache Maryem , Aherfi Sarah , Baptiste Emeline , Levasseur Anthony , La Scola Bernard 
Published: July 2017

ABSTRACT

Faustoviruses are amoeba-infecting giant viruses closely related to the
Asfarviridae
family. Here, we report the isolation, genome sequencing, and annotation of ST1 and LC9, two new strains belonging to lineages L and E9 of faustoviruses, currently represented by only one representative each.
Draft Genome Sequence of
Alkalinema
sp. Strain CACIAM 70d, a Cyanobacterium Isolated from an Amazonian Freshwater Environment
Authors: Lima Alex Ranieri Jerônimo , Castro Wendel de Oliveira , Moraes Pablo Henrique Gonçalves , Siqueira Andrei Santos , Aguiar Délia Cristina Figueira , de Lima Clayton Pereira Silva , Vianez-Júnior João Lídio Silva Gonçalves , Nunes Márcio Roberto Teixeira , Dall’Agnol Leonardo Teixeira , Gonçalves Evonnildo Costa 
Published: July 2017

ABSTRACT

In order to increase the genomic data of cyanobacterial strains isolated in Brazil, we hereby present the draft genome sequence of the
Alkalinema
sp. strain CACIAM 70d, isolated from an Amazonian freshwater environment. This report describes the first genome available for this genus.
Measuring patient safety culture in maternal and child health institutions in China: a qualitative study
Authors: Wang Yuanyuan , Liu Weiwei , Shi Huifeng , Liu Chaojie , Wang Yan 
Published: July 2017

IntroductionPatient safety culture (PSC) plays a critical role in ensuring safe and quality care. Extensive PSC studies have been undertaken in hospitals. However, little is known about PSC in maternal and child health (MCH) institutions in China, which provide both population-based preventive services as well as individual care for patients.ObjectivesThis study aimed to develop a theoretical framework for conceptualising PSC in MCH institutions in China.MethodsThe study was undertaken in six MCH institutions (three in Hebei and three in Beijing). Participants (n=118) were recruited through stratified purposive sampling: 20 managers/administrators, 59 care providers and 39 patients. In-depth interviews were conducted with the participants. The interview data were coded using both inductive (based on the existing PSC theory developed by the Agency for Healthcare Research and Quality) and deductive (open coding arising from data) approaches. A PSC framework was formulated through axial coding that connected initial codes and selective coding that extracted a small number of themes.ResultsThe interviewees considered patient safety in relation to six aspects: safety and security in public spaces, safety of medical services, privacy and information security, financial security, psychological safety and gap in services. A 12-dimensional PSC framework was developed, containing 69 items. While the existing PSC theory was confirmed by this study, some new themes emerged from the data. Patients expressed particular concerns about psychological safety and financial security. Defensive medical practices emerged as a PSC dimension that is associated with not only medical safety but also financial security and psychological safety. Patient engagement was also valued by the interviewees, especially the patients, as part of PSC.ConclusionsAlthough there are some common features in PSC across different healthcare delivery systems, PSC can also be context specific. In MCH settings in China, the meaning of ‘patient safety’ goes beyond the traditional definition of patients. General well-being, health and disease prevention are important anchor points for defining PSC in such settings.
Long-term patient survival in a Swedish population-based cohort of patients with ANCA-associated vasculitis
Authors: Heijl Caroline , Mohammad Aladdin J , Westman Kerstin , Höglund Peter 
Published: July 2017

ObjectivesPatients with antineutrophil cytoplasmatic antibodies-associated vasculitides (AAV) exhibit higher mortality than the general population. In the current study, we assessed whether cluster affiliation based on clinical presentation might predict mortality.MethodsWith case record review, the outcomes for a population-based cohort of patients diagnosed with AAV in southern Sweden (catchment area of 0.7 million inhabitants) between 1997 and 2010 were assessed. Based on organ involvement at presentation, the cohort was stratified into the following clusters: gastrointestinal, cardiovascular, non-renal, renal with proteinase 3 (PR3) and renal without PR3. Cluster affiliation, demographics, clinical and laboratory values at entry were tested as prognostic factors for survival in multivariable models.Results195 patients (98 female) with a median age of 69 years (IQR 55–77) at diagnosis were included in the cohort. The median time of follow-up was 4 years for the 98 patients (50%) who died during follow-up and 11 years for those alive at end of follow-up. The 1-year, 2-year, 5-year and 10-year survival was 87%, 82%, 70% and 55%, respectively. Prognostic factors for survival were sex, age, renal function and cluster affiliation. The mortality of patients with AAV was significantly increased compared with the general population except in the non-renal cluster. The cardiovascular and gastrointestinal clusters showed the highest mortality.ConclusionEven though the mortality in patients with AAV is increased compared with the general population this does not apply to patients without gastrointestinal, cardiovascular or renal involvement at diagnosis. We suggest that the initial clinical presentation is an important predictor for survival.
Nardilysin is involved in autoimmune arthritis via the regulation of tumour necrosis factor alpha secretion
Authors: Fujii Takayuki , Nishi Eiichiro , Ito Hiromu , Yoshitomi Hiroyuki , Furu Moritoshi , Okabe Namiko , Ohno Mikiko , Nishi Kiyoto , Morita Yusuke , Morita Yugo , Azukizawa Masayuki , Okahata Akinori , Tomizawa Takuya , Kimura Takeshi , Matsuda Shuichi 
Published: July 2017

ObjectiveTumour necrosis factor alpha (TNF-α) plays an important role in rheumatoid arthritis (RA). TNF-α is synthesised as a membrane-anchored precursor and is fully activated by a disintegrin and metalloproteinase 17 (ADAM17)-mediated ectodomain shedding. Nardilysin (NRDC) facilitates ectodomain shedding via activation of ADAM17. This study was undertaken to elucidate the role of NRDC in RA.MethodsNRDC-deficient (Nrdc–/–) mice and macrophage-specific NRDC-deficient (NrdcdelM) mice were examined in murine RA models, collagen antibody-induced arthritis (CAIA) and K/BxN serum transfer arthritis (K/BxN STA). We evaluated the effect of gene deletion or silencing ofNrdcon ectodomain shedding of TNF-α in macrophages or monocytes. NRDC concentration in synovial fluid from patients with RA and osteoarthritis (OA) were measured. We also examined whether local gene silencing ofNrdcameliorated CAIA.ResultsCAIA and K/BxN STA were significantly attenuated inNrdc–/–mice andNrdcdelMmice. Gene deletion or silencing ofNrdcin macrophages or THP-1 cells resulted in the reduction of TNF-α shedding. The level of NRDC is higher in synovial fluid from RA patients compared with that from OA patients. Intra-articular injection of anti-Nrdcsmall interfering RNA ameliorated CAIA.ConclusionThese data indicate that NRDC plays crucial roles in the pathogenesis of autoimmune arthritis and could be a new therapeutic target for RA treatment.
Mortality in patients with interstitial lung disease treated with rituximab or TNFi as a first biologic
Authors: Druce Katie L , Iqbal Kundan , Watson Kath D , Symmons Deborah P M , Hyrich Kimme L , Kelly Clive 
Published: July 2017

ObjectivesGuidelines cautioned prescribing of tumour necrosis factor inhibitors (TNFi) to patients with rheumatoid arthritis and interstitial lung disease (RA-ILD) after reports of new or worsening of ILD. Less is known about outcomes among patients with RA-ILD who receive rituximab (RTX). This study compares mortality in patients with RA-ILD who received RTX or TNFi as their first biologic.MethodsParticipants with RA-ILD recruited to the British Society for Rheumatology Biologics Register for RA were included. Death rates were calculated and risk comparisons were made using Cox regression. Causes of death, including the frequency in which ILD was recorded on death certificates were examined.Results43 patients on RTX and 309 on TNFi were included. RTX recipients had shorter disease duration and less disability. Death rates were 94.8 (95%CI: 74.4 to 118.7) and 53.0 (22.9 to 104.6) per 1000 person years, respectively. The adjusted mortality risk was halved in the RTX cohort, but the difference was not statistically significant (HR 0.53, 95% CI: 0.26 to 1.10). ILD was the underlying cause of death in 1 of 7 RTX deaths (14%) and 12 of 76 TNFi deaths (16%).ConclusionsPatients with RA-ILD who received RTX had lower mortality rates compared to TNFi. The absence of information on ILD severity or subtype prevents conclusions of which drug represents the best choice in patients with RA-ILD and active arthritis.
Aspirin as a COX inhibitor and anti-inflammatory drug in human skeletal muscle
Authors: Ratchford Stephen M. , Lavin Kaleen M. , Perkins Ryan K. , Jemiolo Bozena , Trappe Scott W. , Trappe Todd A. 
Published: July 2017

Although aspirin is one of the most common anti-inflammatory drugs in the world, the effect of aspirin on human skeletal muscle inflammation is almost completely unknown. This study examined the potential effects and related time course of an orally consumed aspirin dose on the inflammatory prostaglandin E2(PGE2)/cyclooxygenase (COX) pathway in human skeletal muscle. Skeletal muscle biopsies were taken from the vastus lateralis of 10 healthy adults (5 male and 5 female, 25 ± 2 yr old) before (Pre) and 2, 4, and 24 h after (Post) a standard dose (975mg) of aspirin and partitioned for analysis of 1) in vivo PGE2levels in resting skeletal muscle and 2) ex vivo skeletal muscle PGE2production when stimulated with the COX substrate arachidonic acid (5 μM). PGE2levels in vivo and PGE2production ex vivo were generally unchanged at each time point after aspirin consumption. However, most individuals clearly showed suppression of PGE2, but at varying time points after aspirin consumption. When the maximum suppression after aspirin consumption was examined for each individual, independent of time, PGE2levels in vivo (184 ± 17 and 104 ± 23pg/g wet wt at Pre and Post, respectively) and PGE2production ex vivo (2.74 ± 0.17 and 2.09 ± 0.11pg·mg wet wt−1·min−1at Pre and Post, respectively) were reduced ( P < 0.05) by 44% and 24%, respectively. These results provide evidence that orally consumed aspirin can inhibit the COX pathway and reduce the inflammatory mediator PGE2in human skeletal muscle. Findings from this study highlight the need to expand our knowledge regarding the potential role for aspirin regulation of the deleterious influence of inflammation on skeletal muscle health in aging and exercising individuals.NEW & NOTEWORTHY This study demonstrated that orally consumed aspirin can target the prostaglandin/cyclooxygenase pathway in human skeletal muscle. This pathway has been shown to regulate skeletal muscle metabolism and inflammation in aging and exercising individuals. Given the prevalence of aspirin consumption, these findings may have implications for skeletal muscle health in a large segment of the population.
CLINICAL AND FUNCTIONAL CHARACTERISTICS OF RESISTANT ARTERIAL HYPERTENSION
Authors: Busel S. V. 
Published: July 2017

Мета дослідження – вивчити клініко-функціональні особливості резистентної і псевдорезистентної артеріальної гіпертензії.Матеріали і методи. Було обстежено 420 хворих з есенціальною артеріальною гіпертензією 2 стадії у віці від 45 до 74 років з тривалістю захворювання понад 3 роки з ознаками резистентності до проведеної гіпотензивної терапії. Всі пацієнти були поділені на 2 групи: 1 група – з резистентною АГ і 2 група – з псевдорезистентною АГ. У всіх пацієнтів оцінювали дані анамнезу, скарги, тривалість захворювання АГ, наявність супутніх захворювань. Були проведені всі необхідні загальноклінічні та інструментальні обстеження відповідно до поставлених завдань дослідження: загальноклінічне дослідження, ЕКГ, ЕхоКГ.Результати. В ході дослідження у 26,2 % пацієнтів була діагностована справжня резистентна АГ, у 73,8 % – псевдорезистентна АГ. Тривалість псевдорезистентної АГ в середньому склала (8,2±1,2) років, а резистентної АГ – майже вдвічі більше – (14,7±2,1) років. У хворих з резистентною АГ, порівняно з хворими з псевдорезистентною АГ, було виявлено більше скарг, вищі значення систолічного артеріального тиску, частіше зустрічалися супутня патологія і порушення серцевого ритму і провідності.Висновки. У хворих з резистентною АГ відзначається більш тяжкий перебіг АГ, що створює умови для підвищення загального кардіоваскулярного ризику.
ВПЛИВ КСЕНОБІОТИКІВ У ПОВІТРІ НА ПЕРЕБІГ АНГІОПАТІЇ У ЩУРІВ З МОДЕЛЛЮ СИСТЕМНОГО АУТОІМУННОГО РЕВМАТИЧНОГО ЗАХВОРЮВАННЯ
Authors: Iegudіna Ye. D. , Taktashov G. S. , Mіkuksts V. Ya. , Syniachenko O. V. , Suyarko V. І. 
Published: July 2017

Системні аутоімунні ревматичні захворювання (САРЗ) пов'язані з несприятливими факторами навколишнього середовища, які визначають темпи прогресування і виживання хворих. Забруднення атмосфери полютантами сприяє збільшенню в таких регіонах поширеності цих хвороб.Мета дослідження – оцінити вплив ксенобіотиків у повітрі на характер морфологічних змін судин легень, серця і нирок у тварин з моделлю САРЗ. Матеріали та методи. Експеримент проводили на безпородних щурах, яких поділили на три групи: в першу увійшли тварини з моделлю ССД, які перебували щодня по п'ять годин у несприятливому атмосферному середовищі (аміак+бензол+формалін), другу склали тварини з моделлю захворювання, які знаходилися в звичайних екологічних умовах, а в третю увійшли інтактні щури, яких поміщали в середовище з високим вмістом у повітрі ксенобіотиків, як і представників першої групи. Гістологічні зрізи тканин серця, легень і нирок фарбували гематоксиліном–еозином, альциановим синім і за ван-Гізон, ставили PAS-реакцію.Результати. Зміни з боку легень, серця і нирок виявлені у всіх тварин з експериментальним САРЗ і, відповідно, у 47 %, 47 % і 40 % спостережень інтактних щурів, які перебувають в несприятливому середовищі з забрудненням повітря ксенобіотиками. Негативна екологічна ситуація підвищувала частоту таких морфологічних ознак захворювання як проліферація ендотелію судин серця на 68 % і ниркових артеріол на 52 %, до того ж, існували прямі кореляційні зв'язки між ступенем ангіопатії в окремих органах, що залежало від характеру моделювання патологічного процесу і доводило, що забруднення атмосфери є фактором ризику захворювання у людей. Безпосередньо з моделлю САРЗ був пов'язаний вплив склерозу легеневих судин на розвиток бронхосклерозу, периваскулярної інфільтрації м'яза серця, тоді як забруднення повітря ксенобіотиками визначало залежність ступеня клітинної інфільтрації альвеолярних перегородок від периваскулярною легеневої інфільтрації, розвиток гіпертрофії кардіоміоцитів – від проліферації ендотелію судин серця, збільшення мезангіального матриксу нирок від проліферації ендотелію клубочковох капілярів.Висновок. Забруднення атмосфери ксенобіотиками слід розглядати як негативний фактор щодо розвитку і подальшого перебігу САРЗ у людей, а в патогенезі його провідне значення має ангіопатія.
ВИКОРИСТАННЯ ІМПУЛЬСНОЇ МАГНІТНОЇ СТИМУЛЯЦІЇ ПРИ ЛІКУВАННІ ОСТЕОХОНДРОЗУ ХРЕБТА ПОПЕРЕКОВОГО ВІДДІЛУ УСКЛАДНЕНОГО БОЛЬОВИМ СИНДРОМОМ
Authors: Loboiko V. V. 
Published: July 2017

Запропонований нами лікувально-реабілітаційний комплекс з використанням імпульсної магнітної стимуляції для профілактики та лікування ускладнень при деструктивно-дегенеративних розладах в хребті у хворих на остеохондроз поперекової зони значно підвищує ефективність саногенетичних механізмів покращення трофічних процесів в міжхребцевих сегментах, як в зоні формування патоморфологічних порушень так і в дистальних зонах нижніх кінцівок.Позитивна динаміка функціонування нейроморфологічних структур хребтових нервів під впливом імпульсної магнітної стимуляції забезпечує покращення гемодинамічних показників впродовж всього судинного русла в нижніх кінцівках.Встановлено, що в основі саногенетичних механізмів покращення стану судин, лежать процеси, які визначають їх тонус, еластичність та адекватність реакції на вплив лікувально-реабілітаційних факторів.Висока ефективність імпульсної магнітної стимуляції досягається за рахунок її потенціючої дії на біологічні ефекти, які формуються в організмі при використанні стандартних методів лікування остеохондрозу.
ЗМІНИ ПОКАЗНИКІВ КАЛІКРЕЇН-КІНІНОВОЇ СИСТЕМИ У ХВОРИХ НА ХРОНІЧНИЙ ПАНКРЕАТИТ ІЗ СУПУТНІМ ЦУКРОВИМ ДІАБЕТОМ
Authors: Zakharchuk U. M. , Babinets L. S. , Pidruchna S. R. 
Published: July 2017

РЕЗЮМЕ.Калікреїн-кінінова система відіграє важливу роль у перебігу хронічного панкреатиту із супутнім цукровим діабетом.Метою роботи було дослідити вплив наявності цукрового діабету на показники калікреїн-кінінової системи у хворих на хронічний панкреатит.Матеріал і методи дослідження. Обстежено 112 хворих на ХП, яких було поділено на 2 групи: І група – 35 хворих на ХП без ЦД; ІІ група – 77 хворих на ХП із супутнім ЦД.Висновки. Було виявлено статистично достовірну більш значиму активацію ПРА, підвищення протеолітичного ферменту КК, зниження рівня ПКК, підвищення рівня α1-ІП та α2-МГ та зниження активності кінінази-ІІ у хворих на хронічний панкреатит із супутнім цукровим діабетом (р<0,05) у порівнянні з хворими на ХП без ЦД. Це констатувало ускладнювальну роль розладу калікреїн-кінінової системи при наявності коморбідного перебігу хронічного панкреатиту і цукрового діабету.
Парадуоденальний (groove) панкреатит. Термінологія, етіопатогенез, патоморфологія
Authors: Nychytaylo M. Yu. , Bulyk I. I. , Nazarko L. R. , Horbunov A. A. , Kolesnyk A. V. 
Published: July 2017

Парадуоденальний, або groove панкреатит, рідкісний тип фокального хронічного запалення підшлункової залози, що переважно вражає ‘‘борозну‘‘ –анатомічний простір між дорсокраніальною частиною головки підшлункової залози, дванадцятипалою кишкою та загальною жовчною протокою. В літературі зустрічається під такими синонімами: дуоденальна дистрофія гетеротопічної підшлункової залози, панкреатична гамартома дванадцятипалої кишки, міоаденоматоз. Спірним залишається питання патогенезу парадуоденального панкреатиту. Основними етіопатогенетичними факторами захворювання є анатомічні особливості протокової системи підшлункової залози та підвищення в'язкості панкреатичного соку, які призводять до хронічного персистуючого запалення в ділянці ‘‘борозни‘‘ з наступним втягненням в патологічний процес головки підшлункової залози, двадцятипалої кишки та термінального відділу холедоха. Тяжкість диференціації groove панкреатиту з пухлинами періампулярної ділянки створює певні діагностичні труднощі для клініцистів та патоморфологів, що вимагає проведення операційного лікування для верифікації остаточного діагнозу. Дане повідомлення описує основні етіологічні, патофізіологічні та морфологічні зміни, які виникають при парадуоденальному панкреатиті.
Fatigability, Exercise Intolerance, and Abnormal Skeletal Muscle Energetics in Heart Failure
Authors: Weiss Kilian , Schär Michael , Panjrath Gurusher S. , Zhang Yi , Sharma Kavita , Bottomley Paul A. , Golozar Asieh , Steinberg Angela , Gerstenblith Gary , Russell Stuart D. , Weiss Robert G. 
Published: July 2017

Background
Among central and peripheral factors contributing to exercise intolerance (EI) in heart failure (HF), the extent to which skeletal muscle (SM) energy metabolic abnormalities occur and contribute to EI and increased fatigability in HF patients with reduced or preserved ejection fraction (HFrEF and HFpEF, respectively) are not known. An energetic plantar flexion exercise fatigability test and magnetic resonance spectroscopy were used to probe the mechanistic in vivo relationships among SM high-energy phosphate concentrations, mitochondrial function, and EI in HFrEF and HFpEF patients and in healthy controls.

Methods and Results
Resting SM high-energy phosphate concentrations and ATP flux rates were normal in HFrEF and HFpEF patients. Fatigue occurred at similar SM energetic levels in all subjects, consistent with a common SM energetic limit. Importantly, HFrEF New York Heart Association class II–III patients with EI and high fatigability exhibited significantly faster rates of exercise-induced high-energy phosphate decline than did HFrEF patients with low fatigability (New York Heart Association class I), despite similar left ventricular ejection fractions. HFpEF patients exhibited severe EI, the most rapid rates of high-energy phosphate depletion during exercise, and impaired maximal oxidative capacity.

Conclusions
Symptomatic fatigue during plantar flexion exercise occurs at a common energetic limit in all subjects. HFrEF and HFpEF patients with EI and increased fatigability manifest early, rapid exercise-induced declines in SM high-energy phosphates and reduced oxidative capacity compared with healthy and low-fatigability HF patients, suggesting that SM metabolism is a potentially important target for future HF treatment strategies.