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Properties of internalization factors contributing to the uptake of extracellular DNA into tumor-initiating stem cells of mouse Krebs-2 cell line
Authors: Dolgova Evgeniya V. , Potter Ekaterina A. , Proskurina Anastasiya S. , Minkevich Alexandra M. , Chernych Elena R. , Ostanin Alexandr A. , Efremov Yaroslav R. , Bayborodin Sergey I. , Nikolin Valeriy P. , Popova Nelly A. , Kolchanov Nikolay A. , Bogachev Sergey S. 
Published: May 2016

AbstractBackgroundPreviously, we demonstrated that poorly differentiated cells of various origins, including tumor-initiating stem cells present in the ascites form of mouse cancer cell line Krebs-2, are capable of naturally internalizing both linear double-stranded DNA and circular plasmid DNA.MethodsThe method of co-incubating Krebs-2 cells with extracellular plasmid DNA (pUC19) or TAMRA-5’-dUTP-labeled polymerase chain reaction (PCR) product was used. It was found that internalized plasmid DNA isolated from Krebs-2 can be transformed into competentEscherichia colicells. Thus, the internalization processes taking place in the Krebs-2 cell subpopulation have been analyzed and compared, as assayed byE. colicolony formation assay (plasmid DNA) and cytofluorescence (TAMRA-DNA).ResultsWe showed that extracellular DNA both in the form of plasmid DNA and a PCR product is internalized by the same subpopulation of Krebs-2 cells. We found that the saturation threshold for Krebs-2 ascites cells is 0.5 μg DNA/106cells. Supercoiled plasmid DNA, human high-molecular weight DNA, and 500 bp PCR fragments are internalized into the Krebs-2 tumor-initiating stem cells via distinct, non-competing internalization pathways. Under our experimental conditions, each cell may harbor 340–2600 copies of intact plasmid material, or up to 3.097 ± 0.044×106plasmid copies (intact or not), as detected by quantitative PCR.ConclusionThe internalization dynamics of extracellular DNA, copy number of the plasmids taken up by the cells, and competition between different types of double-stranded DNA upon internalization into tumor-initiating stem cells of mouse ascites Krebs-2 have been comprehensively analyzed. Investigation of the extracellular DNA internalization into tumor-initiating stem cells is an important part of understanding their properties and possible destruction mechanisms. For example, a TAMRA-labeled DNA probe may serve as an instrument to develop a target for the therapy of cancer, aiming at elimination of tumor stem cells, as well as developing a straightforward test system for the quantification of poorly differentiated cells, including tumor-initiating stem cells, in the bulk tumor sample (biopsy or surgery specimen).
Antifibrotic therapies to control cardiac fibrosis
Authors: Fan Zhaobo , Guan Jianjun 
Published: May 2016

Abstract
Cardiac fibrosis occurs naturally after myocardial infarction. While the initially formed fibrotic tissue prevents the infarcted heart tissue from rupture, the progression of cardiac fibrosis continuously expands the size of fibrotic tissue and causes cardiac function decrease. Cardiac fibrosis eventually evolves the infarcted hearts into heart failure. Inhibiting cardiac fibrosis from progressing is critical to prevent heart failure. However, there is no efficient therapeutic approach currently available. Myofibroblasts are primarily responsible for cardiac fibrosis. They are formed by cardiac fibroblast differentiation, fibrocyte differentiation, epithelial to mesenchymal transdifferentiation, and endothelial to mesenchymal transition, driven by cytokines such as transforming growth factor beta (TGF-β), angiotensin II and platelet-derived growth factor (PDGF). The approaches that inhibit myofibroblast formation have been demonstrated to prevent cardiac fibrosis, including systemic delivery of antifibrotic drugs, localized delivery of biomaterials, localized delivery of biomaterials and antifibrotic drugs, and localized delivery of cells using biomaterials. This review addresses current progresses in cardiac fibrosis therapies.
How blockchain-timestamped protocols could improve the trustworthiness of medical science
Authors: Irving Greg , Holden John 
Published: May 2016

Trust in scientific research is diminished by evidence that data are being manipulated. Outcome switching, data dredging and selective publication are some of the problems that undermine the integrity of published research. Methods for using blockchain to provide proof of pre-specified endpoints in clinical trial protocols were first reported by Carlisle. We wished to empirically test such an approach using a clinical trial protocol where outcome switching has previously been reported. Here we confirm the use of blockchain as a low cost, independently verifiable method to audit and confirm the reliability of scientific studies.
On complexism: Pulsion and computation
Authors: Tina Yvan 
Published: May 2016

Abstract
This article discusses a concept introduced by art theorist Philip Galanter in several publications over the past decade: complexism is a notion that looks at both past and future while aiming to reconcile (post) modern aesthetics with the cybernetic and biological paradigms. This article focuses on the re-evaluation of the performance arts within the framework of this theory, favouring the idea that every artwork necessarily resists attempts of subordination through language and scientific discourses. By referring to the dispositive, a notion that considers complexism as a conceptual matrix, the author argues that it can be described in terms of pulsion and computation.
Synthesizing fields: Art, complexism and the space beyond now
Authors: Olynyk Patricia 
Published: May 2016

Abstract
The attributes that characterize the compelling world-view of Philip Galanter’s Complexism constitute a rich array that spans complexity theory, biological systems, cybernetics, computation and the phenomenology of affect. An ever-growing movement of transdisciplinary artists who engage and synthesize the unique combination of fields, theories and practices associated with Complexism suggests that this model – particularly its embrace of complexity theory – holds promise in the problem space of art and science. This article examines three contemporary artists and their collaborative teams, each of whose work embodies a unique attitude and synthesizing model that expresses the ethos of Complexism. Their work arguably contributes to a higher synthesis of modernism and postmodernism and the coalescence of art and science through the progression of ideas that emerge from this union in direct correspondence to the larger culture. Furthermore, they do so through the embrace of evolutionary and generative processes, connectionist networks, and participatory practices that engender new discourse about contemporary life, moving us beyond the space of postmodernity.
The capsule as cyborg bioarchitecture
Authors: Toloudi Zenovia 
Published: May 2016

Abstract
In 1969, Kisho Kurokawa stated that the ‘capsule is cyborg architecture’. The capsule is the ultimate form of the prefabricated building. As such it has emancipated itself from the land to become the immediate extension of the moving self, similar to cars or the Japanese kago. In Japanese Metabolism, an architecture movement of the 1960s and 1970s, the capsule is a small, repeatable building unit rooted in historical elements, such as the teahouse. The capsule is also a tool – a machine for living – that is modular and part of a system offering simplicity and complexity. The capsule signifies individuality within a diverse society, including standardization, functionality, technology and smallness in scale. This article re-examines the potential of the capsule in contemporary bioarchitecture, in living systems and in evolving environments. Through Philip Galanter’s theory of ‘complexism’, the article connects the capsule to modular(ity), embodiment, protective vulnerability, voyeurism, unpredictability, complexity, immateriality and ephemerality. I propose that the capsule instantiates a cyborg bioarchitecture.
Influences of hydrozoan colonization on proteomic profiles of the brown alga Saccharina japonica
Authors: Getachew Paulos , Nam Bo-Hye , Young Cho Ji , Hong Yong-Ki 
Published: May 2016

Abstract
The stoloniferous hydrozoan Obelia geniculata frequently colonizes late-harvested blades of the aquacultured Saccharina japonica. To understand the corresponding changes at protein level, we compared the proteomic profiles in hydrozoan-colonized and healthy tissues. Our results showed that 107 and 75 protein spots were detected in colonized and healthy tissues, respectively. Among them, 7 and 16 identified proteins were significantly up- and down-regulated, respectively. Up-regulated proteins of cell-division cycle 46/minichromosome maintenance protein 5 and glutamyl-tRNA reductase were found mostly in hydrozoan-colonized tissues but were rare in healthy tissues. Microcompartments protein, carboxysome shell peptide, biotin synthetase, serine/arginine-rich splicing factor and a two-component response regulator were up-regulated in hydrozoan-colonized tissues. However, downregulated proteins of phosphoglycerate kinase, expansin 6, translation initiation factor 3, calcium/calmodulin-dependent protein kinase II inhibitor 2 and 50S ribosomal protein L1P were found mostly in healthy tissues but rare in hydrozoan-colonized tissues. Transmembrane protein, protoporphyrinogen oxidase, dual oxidase 2, PIH1 domain-containing protein 2, GTPase-activating protein alpha, threonyl-tRNA synthetase, flavanone 3-hydroxylase, uncoupling protein 3, bromoperoxidase 7, peptide release factor 1, and interaptin were down-regulated in hydrozoan-colonized tissues. Most of the up- and down-regulated proteins are known to be related to stress control, signal transduction and photosynthesis.
Molecular and morphological characterisation of Ulva chaugulii, U. paschima and U. ohnoi (Ulvophyceae) from the Persian Gulf, Iran
Authors: Pirian Kiana , Piri Khosro , Sohrabipour Jelveh , Tamadoni Jahromi Saied , Blomster Jaanika 
Published: May 2016

Abstract
Species of Ulva are distributed worldwide in various aquatic habitats and their morphological characters change considerably in response to environmental conditions, which makes identification in this genus problematic. All Ulva species so far described from the Persian Gulf, Iran, have been identified by classical taxonomic methods. In this study, Ulva spp. collected from the Persian Gulf were identified by combined morphological and molecular methods. We sequenced the internal transcribed spacer ITS2 and the rbcL gene in 15 specimens, representing typical morphotypes of over 50 samples. Maximum likelihood, maximum parsimony and Bayesian inference (BI) phylogenetic reconstructions using ITS and rbcL revealed clades, which we identified as Ulva chaugulii, U. paschima and U. ohnoi. These three species have not been recorded from the Persian Gulf, Iran before. The morphology of U. chaugulii differed considerably from its species description, showing further evidence for extreme intraspecific variation in morphology in this cosmopolitan genus.
Lactic acid-catalyzed fusion of ninhydrin and enamines for the solvent-free synthesis of hexahydroindeno[1,2-b]indole-9,10-diones
Authors: Chen Xuwen , Liu Yunyun 
Published: May 2016

Abstract
The lactic acid-catalyzed reactions of ninhydrin and secondary enaminones were conducted by solvent-free grinding at room temperature to yield polycyclic 4b,9b-dihydroxy-4b,5,6,7,8,9b-hexahydroindeno[1,2-b]indole-9,10-diones.
A joint modeling approach for uncovering associations between gene expression, bioactivity and chemical structure in early drug discovery to guide lead selection and genomic biomarker development
Authors: Perualila-Tan Nolen , Kasim Adetayo , Talloen Willem , Verbist Bie , Göhlmann Hinrich W.H. , QSTAR Consortium  , Shkedy Ziv 
Published: May 2016

Abstract
The modern drug discovery process involves multiple sources of high-dimensional data. This imposes the challenge of data integration. A typical example is the integration of chemical structure (fingerprint features), phenotypic bioactivity (bioassay read-outs) data for targets of interest, and transcriptomic (gene expression) data in early drug discovery to better understand the chemical and biological mechanisms of candidate drugs, and to facilitate early detection of safety issues prior to later and expensive phases of drug development cycles. In this paper, we discuss a joint model for the transcriptomic and the phenotypic variables conditioned on the chemical structure. This modeling approach can be used to uncover, for a given set of compounds, the association between gene expression and biological activity taking into account the influence of the chemical structure of the compound on both variables. The model allows to detect genes that are associated with the bioactivity data facilitating the identification of potential genomic biomarkers for compounds efficacy. In addition, the effect of every structural feature on both genes and pIC50 and their associations can be simultaneously investigated. Two oncology projects are used to illustrate the applicability and usefulness of the joint model to integrate multi-source high-dimensional information to aid drug discovery.
Die Kriminalitätsfurcht der Bundesbürger 1965-1987
Authors: Reuband Karl-Heinz 
Published: May 2016

Zusammenfassung
Die objektive und subjektive Kriminalitätsbedrohung haben sich in der Bundesrepublik auseinanderentwickelt. Während die Zahl der Gewaltdelikte langfristig stieg, ist die Kriminalitätsfurcht gesunken. Unter Umständen hat die Medienberichterstattung, die mit der Realität nur in einer lockeren Weise gekoppelt ist, dieses Auseinandertreten der objektiven und subjektiven Veränderungen mitbegünstigt. In erster Linie aber wohl werden die Veränderungen auf ein verändertes Selbstbild und gestiegenes Selbstbewußtsein bei den Frauen zurückgehen. Damit erweist sich die Kriminalitätsfurcht nicht allein durch die Kriminalitätsentwicklung geprägt, sondern ebenfalls durch allgemeine soziokulturelle Entwicklungen auf seiten der Bevölkerung.
Professionelle Institutionensysteme oder Teilsysteme der Gesellschaft?
Authors: Pokol Béla 
Published: May 2016

Zusammenfassung
Das Problem der Grenzziehung der gesellschaftlichen Teilsysteme in der Luhmannschen Theorie wird analysiert. Es wird gezeigt, daß die Grenzen dieser Teilsysteme wie in den frühen Schriften von Luhmann auf die professionelle Komponente eingeengt werden sollten. In der Studie wird diese Möglichkeit weitergedacht und es wird behauptet, daß sich der Einbau der Kategorie des „Alltagslebens“ in die Luhmannsche Theorie neben professionellen Institutionensystemen und die Zweiteilung der Systemebene der Gesellschaft auf diese Weise als unvermeidbar erweisen.
Der Einfluß gefälschter Interviews auf Survey-Ergebnisse
Authors: Schnell Rainer 
Published: May 2016

Zusammenfassung
Zu den vielen möglichen Kritikpunkten an Umfrageergebnissen gehören Verzerrungen durch gefälschte Interviews. Diese Bedenken werden analytisch und empirisch untersucht. Interviewfälschungen sind ein Spezialfall von „Missing-Data-Problemen“ und können daher mit denselben Formeln abgeschätzt werden. Die entsprechenden analytischen Ergebnisse legen für einfache Statistiken nur kleine Verzerrungen nahe. Da solche analytischen Abschätzungen für multivariate Statistiken kaum möglich sind, werden mögliche Verzerrungseffekte mit verschiedenen Methoden empirisch untersucht. Die Ergebnisse einer Untersuchung zur „Qualität“ gefälschter Interviews mit 22 „Interviewern“, die je 10 „Interviews“ durchführten, zeigt zwar u. a. eine größere Konsistenz gefälschter Interviews im Vergleich zu echten Interviews, aber keine größeren Unterschiede zu den echten Daten. Diese Fälschungen hätten sich weder auf die Berechnung univariater Statistiken noch auf multivariate Analysen ausgewirkt, wenn sie 5 %-Bestandteil eines Datensatzes gewesen wären. Schließlich wird mit einigen Simulationen die Robustheit eines Regressionsmodells selbst gegenüber höheren Anteilen von Interviewfälschungen demonstriert. Falls die Abschätzung möglicher Effekte von Interviewfälschungen notwendig erscheint, müssen ähnliche Simulationen in jedem Einzelfall durchgeführt werden.
Zur Bedeutung von Alters-, Perioden- und Generationseinflüssen für den Wandel politischer Werte in der Bundesrepublik
Authors: Klein Thomas 
Published: May 2016

Zusammenfassung
Soziologische Theorien des Wertewandels akzentuieren häufig einseitig Alters-, Perioden- oder Kohorteneinflüsse, während sich empirische Untersuchungen i.d.R. auf allenfalls zwei dieser Faktoren beschränken. Der vorliegende Beitrag versucht demgegenüber auf der Basis von Paneldaten sowohl Alters- wie Perioden- und Kohorteneinflüsse auf den Wandel politischer Werte empirisch zu erfassen. Der Beitrag rekurriert dabei auf den vielfach von Inglehart postulierten Wandel von materialistischen zu postmaterialistischen Werten sowie auf die veränderte Bewertung von Umwelt, Frieden, wirtschaftlicher Prosperität und eigenem Wohlstand. Im Ergebnis zeigt sich, daß der dominierende Einfluß von der jeweils betrachteten Wertdimension abhängt, aber auch von bislang noch häufig in der empirischen Werteforschung vernachlässigten Faktoren wie der sozialen Gruppenzugehörigkeit.
„Alternative“ Wirtschaft oder Atoll des Kleinunternehmertums?
Authors: Bögenhold Dieter 
Published: May 2016

Zusammenfassung
In diesem Beitrag wird eine Diskussion wieder aufgenommen, die in den 80er Jahren vor allem in der Bundesrepublik ausgesprochen lebhaft geführt wurde, nämlich die Debatte um die „alternative“ Ökonomie und die „alternativen“ Selbständigen. Es hieß hier, daß ein neuer Typus des Wirtschaftslebens entstanden sei, der in einer spezifisch anderen Art und Weise gesellschaftlich und ökologisch „nützliche“ Produkte erstelle. Gleichzeitig läge darin eine Pionierfunktion in Richtung einer „besseren“ Gesellschaft. Das zentrale Argument dieses Artikels lautet, daß die Diskussion von falschen Voraussetzungen ausging, weil sie die beobachteten, vermeintlich neuen Entwicklungen im Kleingewerbe stillschweigend mit der Situation in der großbetrieblichen (kapitalistischen) Industrie in Kontrast setzte. Weitestgehend übersehen wurde, daß es stets ein Kleingewerbe mit seinen entsprechenden Logiken der Erstellung von Gütern und Leistungen gegeben hat. Ausgehend von der Beachtung dieser Spezifika erscheint das diskutierte Phänomen unter soziologischem Gesichtspunkt eher als graduelle Modifikation im Kleingewerbe, nicht als „Gegenökonomie“. Neben die Stelle des traditionellen Familien(klein)betriebs sind im Zuge von verschiedenen gesellschaftlichen Tendenzen von Fluktuation, Segmentation und Individualisierung zunehmend häufiger auch andere Muster der kooperativen beruflichen Vergemeinschaftung und der Gründungspraxis von Firmen getreten.
„Der Sozialismus braucht den ganzen Menschen“
Authors: Rottenburg Richard 
Published: May 2016

Zusammenfassung
„Volkseigene Betriebe“ der DDR mußten wie alle Organisationen darum ringen, ihre Interessen mit jenen der Mitarbeiter in Einklang zu bringen. Die von der Organisationsumwelt vorgeschriebenen formalen Strukturen verhinderten hier allerdings ein selbstorganisiertes Zusammenspiel zwischen den vertraglichen und den nichtvertraglichen Aspekten der sozialen Organisation der Arbeit. Gleichzeitig bewirkte das Versagen des Plans, daß die Aufrechterhaltung der Produktion immer mehr von nichtvertraglichen Leistungen abhing. Diese „freiwilligen“ Leistungen waren weitgehend sublegal, da sie zwangsläufig Regelverletzungen der institutionalisierten Ordnung einschlossen. Dennoch entstand dadurch innerhalb und zwischen den Betrieben eine umfassende Schattenwirtschaft. Die vollständige Entkoppelung der nur noch zeremoniell dargebotenen formalen Struktur der VEB von den ausschlaggebenden, hinter der Bühne ablaufenden Handlungen verursachte indes nicht nur eine bemerkenswerte Ineffektivität der Betriebe. Sie führte auch dazu, daß sich Vertrauen und Solidarität unter Bedingungen entwickelt haben, die nur im Schatten der Hinterbühne, nicht aber im wirklichen Leben gelten.
Die Erfindung des ärztlichen Gehörs. Zur historischen Soziologie der stethoskopischen Untersuchung
Authors: Lachmund Jens 
Published: May 2016

Zusammenfassung
Unter Zugrundelegung eines soziologischen Begriffs kultureller Praxis wird die Einführung der stethoskopischen Untersuchung in die Medizin während des 19. Jahrhunderts untersucht. Dieser Prozeß wird zu Veränderungen der lokalen Rahmenbedingungen medizinischer Praxis in Beziehung gesetzt. Während die ärztliche Diagnose in der „Krankenbettmedizin“ des ausgehenden 18. und frühen 19. Jahrhunderts fast ausschließlich in der Interpretation des Diskurses des Patienten bestand, führt die Herausbildung der modernen „Krankenhausmedizin“ zur Entwicklung und Verwendung des Stethoskops als neuer Diagnosetechnik. Es wird gezeigt, daß die Institutionalisierung der stethoskopischen Untersuchung als einer verallgemeinerten professionellen Praktik die Redefinition von Krankheit und die Ausweitung sozialer Zuständigkeit der Medizin beinhaltete.
Wozu Klassiker? Eine Zitationsanalyse zur soziologischen Rezeption Georg Simmels
Authors: Barrelmeyer Uwe 
Published: May 2016

Zusammenfassung
Am Beispiel des soziologischen Klassikers Georg Simmel und auf der Materialbasis einer Bibliographie der Sekundärliteratur zum Werk Simmels (1975-1990) wird a) die Frage nach der Funktion des soziologischen Klassikers Simmel behandelt und b) die Zitationsverteilung skizziert, mit der in den letzten 15 Jahren einzelne Arbeiten von Simmel rezipiert wurden. Die wissenschaftssoziologische Analyse der soziologischen Rezeptionsweisen weist nach, daß die wesentliche Funktion des soziologischen Klassikers Georg Simmel darin liegt, erstens hinreichende fachwissenschaftliche Identität für die wissenschaftliche Kommunikationen der Disziplin bereitzustellen, die zweitens dazu genutzt wird, mittels Kompetenzzitation einen legitimierenden Traditionsanschluß für die eigene Arbeit zu erlangen.
Civilizational Incompetence: The Trap of Post-Communist Societies
Authors: Sztompka Piotr 
Published: May 2016

Abstract
Recent history has witnessed two huge surprises: first the collapse of communism, and then the unexpected slow-down of post-communist transition. The author claims that the secret of current tensions and drawbacks experienced by Eastern and Central European societies is to be sought in the area of “intangibles and imponderables”, the deep cultural legacy inherited both from the distant pre-modern past of these societies and the more recent syndrome of “fake modernity” imposed by real socialism. The vicious effect of these complex historical influences is described by the concept of “civilizational incompetence” comprising deficiencies in: (a) entrepreneurial culture, (b) civic or political culture, (c) discourse culture and (d) everyday culture. The agents able to undermine and slowly eliminate civilizational incompetence must be sought among the elites most insulated from the impact of real socialism, and at the same time most exposed to the influence of modern, Western culture.