bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Sex Chromosome Evolution, Heterochiasmy, and Physiological QTL in the Salmonid Brook Charr Salvelinus fontinalis
Authors: Sutherland Ben J G , Rico Ciro , Audet Céline , Bernatchez Louis 
Published: June 2017

Abstract
Whole-genome duplication (WGD) can have large impacts on genome evolution, and much remains unknown about these impacts. This includes the mechanisms of coping with a duplicated sex determination system and whether this has an impact on increasing the diversity of sex determination mechanisms. Other impacts include sexual conflict, where alleles having different optimums in each sex can result in sequestration of genes into nonrecombining sex chromosomes. Sex chromosome development itself may involve sex-specific recombination rate (i.e., heterochiasmy), which is also poorly understood. The family Salmonidae is a model system for these phenomena, having undergone autotetraploidization and subsequent rediploidization in most of the genome at the base of the lineage. The salmonid master sex determining gene is known, and many species have nonhomologous sex chromosomes, putatively due to transposition of this gene. In this study, we identify the sex chromosome of Brook Charr Salvelinus fontinalis and compare sex chromosome identities across the lineage (eight species and four genera). Although nonhomology is frequent, homologous sex chromosomes and other consistencies are present in distantly related species, indicating probable convergence on specific sex and neo-sex chromosomes. We also characterize strong heterochiasmy with 2.7-fold more crossovers in maternal than paternal haplotypes with paternal crossovers biased to chromosome ends. When considering only rediploidized chromosomes, the overall heterochiasmy trend remains, although with only 1.9-fold more recombination in the female than the male. Y chromosome crossovers are restricted to a single end of the chromosome, and this chromosome contains a large interspecific inversion, although its status between males and females remains unknown. Finally, we identify quantitative trait loci (QTL) for 21 unique growth, reproductive, and stress-related phenotypes to improve knowledge of the genetic architecture of these traits important to aquaculture and evolution.
Transcriptional Complexity and Distinct Expression Patterns ofauts2Paralogs inDanio rerio
Authors: Kondrychyn Igor , Robra Lena , Thirumalai Vatsala 
Published: June 2017

AbstractSeveral genes that have been implicated in autism spectrum disorders (ASDs) have multiple transcripts. Therefore, comprehensive transcript annotation is critical for determining the respective gene function. The autism susceptibility candidate 2 (AUTS2) gene is associated with various neurological disorders, including autism and brain malformation. AUTS2 is important for activation of transcription of neural specific genes, neuronal migration, and neurite outgrowth. Here, we present evidence for significant transcriptional complexity in the auts2 gene locus in the zebrafish genome, as well as in genomic loci of auts2 paralogous genes fbrsl1 and fbrs. Several genes that have been implicated in ASDs are large and have multiple transcripts. Neurons are especially enriched with longer transcripts compared to nonneural cell types. The human autism susceptibility candidate 2 (AUTS2) gene is ∼1.2 Mb long and is implicated in a number of neurological disorders including autism, intellectual disability, addiction, and developmental delay. Recent studies show AUTS2 to be important for activation of transcription of neural specific genes, neuronal migration, and neurite outgrowth. However, much remains to be understood regarding the transcriptional complexity and the functional roles of AUTS2 in neurodevelopment. Zebrafish provide an excellent model system for studying both these questions. We undertook genomic identification and characterization of auts2 and its paralogous genes in zebrafish. There are four auts2 family genes in zebrafish: auts2a, auts2b, fbrsl1, and fbrs. The absence of complete annotation of their structures hampers functional studies. We present evidence for transcriptional complexity of these four genes mediated by alternative splicing and alternative promoter usage. Furthermore, the expression of the various paralogs is tightly regulated both spatially and developmentally. Our findings suggest that auts2 paralogs serve distinct functions in the development and functioning of target tissues.
Evidence for Adaptive Introgression of Disease Resistance Genes Among Closely Related Arabidopsis Species
Authors: Bechsgaard Jesper , Jorgensen Tove Hedegaard , Schierup Mikkel Heide 
Published: June 2017

Abstract
The generation and maintenance of functional variation in the pathogen defense system of plants is central to the constant evolutionary battle between hosts and parasites. If a species is susceptible to a given pathogen, hybridization and subsequent introgression of a resistance allele from a related species can potentially be an important source of new immunity and is therefore expected to be selected for in a process referred to as adaptive introgression. Here, we survey sequence variation in 10 resistance (R-) genes and compare them with 37 reference genes in natural populations of the two closely related and interfertile species: Arabidopsis lyrata and A. halleri. The R-genes are highly polymorphic in both species and show clear signs of trans-species polymorphisms. We show that A. lyrata and A. halleri have had a history of limited introgression for the reference genes. For the R-genes, the introgression rate has been significantly higher than for the reference genes, resulting in fewer fixed differences between species and a higher sharing of identical haplotypes. We conclude that R-genes likely cross the species boundaries at a higher rate than reference genes and therefore also that some of the increased diversity and trans-specific polymorphisms in R-genes is due to adaptive introgression.
A mikrorespirációs (MicroRespTM) módszer alkalmazása apajpusztai szikes talajok mikrobaközösségeinek katabolikus aktivitás mintázatának vizsgálatára
Authors: Mucsi Márton , Csontos Péter , Borsodi Andrea , Krett Gergely , Gazdag Orsolya , Szili-Kovács Tibor 
Published: June 2017

A talajok hazai és nemzetközi kutatásában egyre nagyobb szerepet kap a talajok mikrobiótájának vizsgálata. Hazai viszonylatban szikes talajokon eddig kevés ilyen irányú kutatás történt. Kutatásunkban kiskunsági szikes talajok mikrobaközösségeinek katabolikus aktivitás mintázatát vizsgáltuk Apajpusztáról származó mintákon. A mintavételhez négy, a szikesedés különböző fázisaira jellemző növényzettel rendelkező területet választottunk ki (szoloncsák vaksziknövényzet, kiskunsági szikfoknövényzet, ürmös szikespuszta és füves szikespuszta), ezek területéről a talaj mikrobiológiai szempontból legaktívabbnak tekintett 0-10 cm-es rétegét mintáztuk.
A minták néhány fontosabb talajtani paraméterét meghatároztuk (szemcseösszetétel, pH, só-, humusz- és mésztartalom, valamint néhány fontosabb tápelem mennyisége). A négy eltérő növényzetű terület között a talajtani paramétereik alapján is jelentős különbségeket tapasztaltunk.
A minták mikrobiológiai aktivitását az itthon még kevéssé ismert mikrorespirációs (MicroRespTM) módszerrel vizsgáltuk. Ennek során a talajmintákhoz 23 különböző szerves szubsztrátot adtunk, és az általuk indukált légzési válaszon keresztül mértük, hogy az egyes talajminták mikrobaközösségei milyen mértékben képesek hasznosítani az egyes szubsztrátokat. Az így kapott, közösségre jellemző katabolikus aktivitás mintázatokat főkomponens elemzéssel és kanonikus korreszpondancia elemzéssel értékeltük.
Eredményeink alapján a mikrorespirációs módszer egyértelműen alkalmas az általunk vizsgált talajok mikrobiótájának elkülönítésére. Az egyes minták katabolikus aktivitás mintázatai közötti különbségek egybevágtak a minták közötti, talajfizikai és —kémiai tulajdonságban megfigyelt eltérésekkel.
A kutatást az OTKA (K 108572) támogatta.
Gyomflóra és biomassza produkció vizsgálatok trágyázási tartamkísérletben a kukorica korai fenológiai stádiumában
Authors: Mazsu Nikolett , Kamuti Mariann , Sándor Renáta , Szentes Dóra , Lehoczky Éva 
Published: June 2017

A nagy területeken elterjedt gyomfajok erős alkalmazkodó képességgel rendelkeznek, így - különösen a kukorica korai fejlődési időszakában - a tápanyagokért és vízért folyó versenyben intenzív növekedésükkel a kultúrnövény fölé kerekedhetnek. A gyomflóra diverzitásának és gyomnövény-gyomnövény kapcsolatrendszernek a tápanyag-ellátottsággal összefüggésben történő vizsgálata kukorica állományban segítséget nyújthat a gyombiomassza produkció, a gyomflóra dominancia viszonyainak és a versengés várható hatásainak meghatározásában.
Kutatómunkánkat az MTA ATK TAKI nagyhörcsöki kísérleti telepén, mészlepedékes csernozjom talajon 2003-ban beállított trágyázási tartamkísérletben végeztük 2014-ben, öt kezelésben (kontroll, PK, NK, NP, NPK), hat ismétlésben a kukorica korai fejlődési szakaszaiban (BBCH 12-14 és BBCH 16-18). Öt és hét héttel a vetést követően vizsgáltuk a gyomflóra faji összetételét, a gyomnövények egyedsűrűségét, dominancia viszonyait, továbbá mértük a gyomok földfeletti biomassza tömegét.
A mintaterületeken összesen 22 gyomfaj fordult elő. A gyomflóra diverzitásában a tápanyagkezelések szerint szignifikáns eltérések mutatkoztak. A kontroll (Ø), PK és NK kezelésekben az Ambrosia artemisiifolia L. és a Sorghum halepense (L.) Pers., az NP és NPK kezelésekben a Chenopodium album L., Chenopodium hybridum L. és Datura stramonium L. voltak a domináns fajok.
Az egyes gyomfajok egyedszáma és száraz biomassza tömege szignifikánsan változott a kezelések hatására. Az összes gyom egyedsűrűség az első mintavételkor 71 db·m−2 (NK) és 126 db·m−2 (NPK) között volt. Két hét alatt átlagosan 14%-kal nőtt meg: 80 (NK) és 142 db·m−2 (NPK) között volt az egy négyzetméterre eső egyedek száma. A kezelések egyedsűrűség szerinti sorrendje nem módosult, mindkét vizsgálati időpontban a következőképpen alakult: NK<NP<PK<Ø<NPK.
A gyomok összes száraz biomassza tömege mindkét vizsgált időpontban az NK kezelésben volt a legkisebb (5 és 40 g·m−2), a PK kezelésben pedig a legnagyobb (21 és 125 g·m−2). A száraz biomasszatömeg szerint az NK, NP és kontroll kezelések között nem volt szignifikáns különbség, valamint a PK és NPK kezelés között sem. A két időpont átlaga alapján a kezelések sorrendje a következő volt: NK<Ø<NP<NPK<PK. Az egyes tápanyag kezelések hatását a gyomflóra egyedsűrűségében és biomassza tömegében is kimutattuk.
Korai fenológiai fázisban a gyomok növekedését, ill. biomassza képzését az eltérő tápanyagellátás, a műtrágyázás hatására kialakuló eltérő fajösszetételű gyomnövényzet és a különböző összetételű gyomflóra kukoricával való kompetíciójának együttes hatása befolyásolta a legnagyobb mértékben.
Mikrobiális anyagcsere aktivitás-mintázat és mikorrhiza gomba kolonizáció elemzése három szikes tó melletti talaj rizoszférában
Authors: Szili-Kovács Tibor , Bárány Ágnes , Füzy Anna , Takács Tünde , Krett Gergely , Kovács Ramóna , Borsodi Andrea 
Published: June 2017

A szikes talajok szélsőséges vízháztartásuk, nagy sótartalmuk és alkalikus kémhatásuk miatt az élőlények alkalmazkodását alaposan próbára teszik. A talaj mikrobiális közösség katabolikus aktivitás mintázatát hasonlítottuk össze három szikes tó, a Böddi-szék, a Kelemen-szék és a Zab-szék (Felső-Kiskunsági szikes tavak) partközeli vegetációjának rizoszférájában az iszaptól a zsiókáson és a mézpázsiton keresztül a homoki legelőig. Feltételeztük, hogy a szikes jellegben és a növényzetben meglévő különbségek a mikrobiális közösségre is hatást gyakorolnak. Kezdeti eredményeink azt mutatták, hogy a szubsztrát hasznosítási mintázat alapján az egyes minták jól elkülönültek egymástól. Az alaprespiráció elsősorban a talaj humusztartalmával mutatott szoros összefüggést. A katabolikus aktivitás mintázatokat 5 szubsztrát alapján a gázkromatográfiás SIR méréssel a pH és EC, míg 15 szubsztrát alapján mikrorespirációval a pH és humusztartalom szignifikánsan befolyásolta, a növényzet közvetlen hatása kevésbé volt igazolható.
A szélsőséges talajtulajdonságokkal jellemezhető élőhelyeken, mint amilyenek a szikesek, a növények túlélésében az arbuszkuláris mikorhiza (AM) gombák fontos szerepet játszanak. Az AM gombák kolonizációjában jelentős különbség adódott két domináns növényfaj, a sziki őszirózsa és a sziki mézpázsit között, az előbbi jóval erőteljesebb kolonizációt mutatott. Ugyanazon növényfaj AM kolonizációja a három területen eltérő volt, ami nem magyarázható a talaj tulajdonságokkal.
A kutatást az OTKA (K 108572) támogatta.
Flexural Strength Deterioration of Steel Fiber Reinforced Concrete Due to High Temperature.
Authors: Kadir Mohammed , Musa Ismail 
Published: June 2017

There are important cases in which concrete is exposed to high temperatures such as fire, chimneys and refractory structures, etc. exposing concrete to high temperature causes strength deterioration, increase in drying shrinkages, and the reduction in bond strength with reinforcement.
This investigation is carried out to study the effect of steel fiber addition on flexural strength deterioration of concrete exposed to high temperatures in the range of 20o to 800o C. The following variables are taken in to account: type of mix, fiber content and aspect ratio, heating duration and type of cooling. Test results have shown that the inclusion of steel fibers in concrete reduces the amount of strength loss due to heating, the degree of strength deterioration depends on the fiber content and high temperatures, and the bulk flexural strength lose occurs within two hours of heat exposure.
EMERGÊNCIA DE PLÂNTULAS DE FAVEIRA (Clitoria fairchildiana R.A. Howard) EM DIFERENTES SUBSTRATOS
Authors: Silva Breno Marques da Silva e , Santos Ivanize Maria Barros dos , Araújo Paulo Adller Alves de , Soares Rubiene Neto , Silva Camila de Oliveira e 
Published: June 2017

Clitoria fairchildiana R.A. Howard, vulgarmente conhecida como faveira, é uma espécie arbórea utilizada na arborização e recomendada para recuperação de áreas degradadas. O objetivo da presente pesquisa foi a avaliação do uso da casca de eucalipto na composição do substrato para a emergência de plântulas de faveira. Na avaliação dos substratos, as sementes foram colocadas em caixas de plástico entre areia, solo, casca de eucalipto, areia e casca de eucalipto (3:1; 1:1; 1:3), solo e casca de eucalipto (3:1; 1:1; 1:3) e areia, casca de eucalipto e solo (1:1:1; 1:2:1; 1:4:1), mantidas em casa de vegetação. Foram avaliados a porcentagem, velocidade de emergência e a biometria das plântulas de faveira. A emergência de plântulas de faveira é menos influenciada pelas proporções de eucalipto no substrato (solo e/ou areia) em comparação com o vigor de suas plântulas. Os substratos mais adequados para a emergência de plântulas de faveira são areia (A), casca de eucalipto triturada (C), Solo (S) + C (3:1), S + C (1:3), A + C (3:1) e A + C (1:3).
Profile on status epilepticus, clinical features and lab parameters and outcome in pediatric intensive care
Authors: T. Arun Prakash , K. Shruthi T. , S. Rajakumar P. , S. Shuba 
Published: June 2017

Background: Status Epilepticus is a major medical and neurological emergency. Despite advance in treatment, it is still associated with mortality and morbidity. The objective of the study was to estimate the profile of status epilepticus on clinical features, lab parameters and outcome of the children admitted in pediatric intensive care.Methods: Children between 1 month to 18 years who were fulfilling the definition of status epilepticus and who were admitted in PICU in Sri Ramachandra Medical Center were included in the study. All the children who met inclusion criteria were taken for the study. history and physical examination was done for all the children with blood samples, CSF samples, urine sample, computerized tomography scan, EEG details were collected after getting informed consent.Results: Among 50 children 60% were in the age group were less than 5 years ,22% were between 6-10 years ,14% were between 11-15 years and 4% were above 16 yrs. The mean age group was 5.74 years (SD±4.75). Incidence was higher in males (54%) when compared to females (46%). Forty-seven children (94%) were brought to casualty with status epilepticus whereas three children developed SE in hospital. CSF study was done among 19 (38%) of the children in which CSF was found normal among 16(84%). CT scan/MRI brain findings were abnormal in (34%) and normal in 10 (66%) patients. Epilepsy was the most common diagnosis noted in 29 (58%) patients and febrile seizure was second common etiology noted in 12 (24%) in this series. In this series 47 (94%) patients were treated and discharged home, 2 (4%) patients died and one patient went against medical advice without follow up.Conclusions: Status epilepticus is one of the common neurological emergency which requires admission to PICU. In our study epilepsy is one of the most common causes of status epilepticus. Early and appropriate treatment with anticonvulsants and use of mechanical ventilation may improve the outcome.
Complimentary Address
Authors: Rudas Imre ,   Obuda University, Full Professor, Head of Steering Committee of University Research and Innovation Center
Published: June 2017

First of all it is my great pleasure to congratulate to the 20th anniversary of the Journal of Advanced Computational Intelligence and Intelligent Informatics (JACIII). The first volume of the journal was published in 1997 – and now twenty years later we reached the Vol. 21. Over these years JACIII was one of the forefront and determining journals of soft computing and intelligent informatics and focused to the most up-to-date topic despite the fast vary and evolvement of this research field through its regular and special sessions. One of the greatest merit of the journal is that it is able be serve as a common platform for the most relevant researchers and societies in order to expand the boundaries of many related fields including Fuzzy Logic, Neural Networks, Genetic and Evolutionary Computation, Biologically-Inspired Computation Systems and so on. In these days the most up-coming challenges are connected to the topics of JACIII including the current special issue as well. Self-driving cars, Wearables, Internet-of-Things and many other phenomena are imaginable with the advanced <em>Computational Intelligence</em> behind the rooftop. Expert- and decision-making systems and effective usage of big data request the highly developed <em>Fuzzy Inference Systems</em>. Monitoring of social media in order to get useful information regarding the habits of human users and artificial robots cannot be realized without <em>Web and Artificial Intelligence</em>. Soft-computing based methods and many other intelligent and automated solutions are needed for eligible <em>Data mining</em> – and for the further preparation of the gathered data. Moreover, the demands of future smart city concepts, developed green energy producing solutions and connected power grids present the scientists with specific challenges whereon <em>Smart Grid</em> concept can be the only answer. I would like to invite the Reader to an interesting reading which deals with the aforementioned challenges and scenarios. Furthermore, I hope that JACIII can continue its contribution to the leading-edge research and we can celebrate the 30th anniversary together as well.
Implementasi Modul Analisis Kebijakan Pendidikan Berbasis Riset
Authors: Fatkuroji Fatkuroji 
Published: June 2017

Problems faced by students in understanding the subject of Educational Policy Analysis are: difficulties in identifying the strategic educational issues and low understanding of material. There are two problems in this research, they are: first, how to design Educational Policy Analysis module; second, can using the module improve student learning. This study uses Research and Developement (RD) method. The subjects of this study are students who take the subject of Educational Policy Analysis. The techniques of data collecting used are observation, questionnaire and interview. Data analysis technique used quantitative and qualitative description by the expert judgment. The result shows that using module in learning can improve the quality of student learning. Based on the validation, using the Educational Policy Analysis module improves the quality of learning. Based on the results of t test, t countt table (3.426 2.021), with an error rate of 0,000%.AbstrakMasalah yang dihadapi para mahasiswa dalam memahami mata kuliah Analisis Kebijakan Pendidikan yaitu kesulitan menentukan isu-isu strategis dalam pendidikan dan rendahnya daya serap mahasiswa terhadap materi. Penelitian ini mempunyai dua tujuan, pertama: bagaimana desain modul Analisis Kebijakan Pendidikan, kedua: apakah belajar dengan modul dapat meningkatkan kualitas belajar mahasiswa. Penelitian ini menggunakan metode Research and developement (RD). Subjek penelitiannya ialah mahasiswa yang mengambil mata kuliah Analisis Kebijakan Pendidikan. Teknik pengumpulan data menggunakan observasi, kuisioner dan wawancara. Teknik analisis menggunakan deskripsi ahli validasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pembelajaran dengan modul dapat meningkatkan kualitas belajar siswa. Berdasarkan hasil validasi, modul Analisis Kebijakan Pendidikan dapat meningkatkan kualitas pembelajaran. Berdasarkan hasil uji t, diketahui t hitung t tabel (3,426 2,021), dengan margin eror 0,000%.
Development and application of the anarchic society algorithm (ASO) to the optimal operation of water distribution networks
Authors: Bozorg-Haddad Omid , Latifi Milad , Bozorgi Atiyeh , Rajabi Mohammad-Mehdi , Naeeni Seyed-Taghi , Loáiciga Hugo A. 
Published: June 2017

Abstract
Optimizing the design and operation of urban water distribution networks (WDNs) is a complex, nonlinear problem. The optimization of WDNs can be performed for the pumping schedule, the location and elevation of reservoirs, the physical characteristics of pipes, and the placement of pressure-reducing valves, among other objectives. This study applies the anarchic society optimization (ASO) algorithm to find the optimal location and elevation of auxiliary tanks in urban water networks. The ASO is validated with mathematical benchmark functions, and is implemented to determine the location and elevation of auxiliary tanks in two urban water networks. The fuzzy reliability index for urban water network ranges between 74 and 79%, which is close to the global optima. The ASO exhibited better performance optimizing the reliability of WDNs than the genetic algorithm.