bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
The effect of gradual extinction training on the renewal of electrodermal conditional responses
Authors: Wang Yi , Luck Camilla C. , Waters Allison M. , Ney Luke J. , Lipp Ottmar V. 
Published: September 2024

AbstractExtinction, the repeated presentation of a conditional stimulus (CS) without the unconditional stimulus (US), is the standard paradigm to reduce conditional responding acquired by the repeated pairing of CS and US in acquisition. However, this reduction of conditional responding is prone to relapse. In rodent fear‐conditioning, gradual extinction, the fading out of CS‐US pairings during extinction, has been shown to reduce the return of fear. The current study replicated the gradual extinction procedure in human fear conditioning and assessed whether it reduced the return of fear due to ABA renewal and reacquisition. During extinction, one group received standard extinction, a second received gradual extinction (increasing the spacing of USs presented after the 1st, 3rd, 6th, 10th, and 15th CS+ trials), and a third received reversed extinction training (decreasing the spacing of USs presented after the 1st, 6th, 10th, 13th, and 15th CS+ trials). Larger renewal and faster reacquisition of differential electrodermal responses to CS+ and CS− were expected after standard and reversed extinction than after gradual extinction training. The results were inconclusive due to the failure to find extinction of differential electrodermal responses and US expectancy ratings in both gradual and reversed extinction groups. Despite successful extinction in group standard, renewal was only observed in US expectancy. Visualization of US expectancy ratings during extinction suggested that potential identification of the US presentation patterns during extinction in the gradual and reversed groups delayed extinction learning.
The interface between research funding and environmental policies in an emergent economy using neural topic modeling: Proposals for a research agenda
Authors: Barbosa Marcelo Werneck , Gomes André 
Published: September 2024

AbstractResearchers have been calling for further analysis of the relationships between academia and policy making. Since several studies are conducted with resources from public funding agencies, it is essential to assess whether governments have been supporting research that can contribute to future environmental policies and whether research has been supporting the elaboration of public policies. To fill these gaps, the objective of this study was to evaluate the similarities and gaps between research and environmental policies. A bibliometric analysis of studies funded by Chilean agencies and text analytics techniques were employed to analyze research and environmental policies. We used BERTopic, a topic modeling technique that generates coherent topic representations. Then, topics obtained from the two sets of documents (research and policies) were compared. This study found that sustainability, life‐cycle assessment, climate change, and ecosystem services are central research themes in the country. The topic modeling analysis showed that research has been concentrated on the areas of “Sustainable Fisheries and Aquaculture Management” and “Sustainable Bioenergy Production and Chemical Processes.” The topics most frequently present in the environmental policies were “Environmental Education for Children: Awareness and Care,” “Bird Conservation and Habitat Importance in Chile,” and “National Biodiversity Conservation and Sustainable Use Strategy.” The greatest gaps are observed in the clusters of “Sustainable Bioenergy Production and Chemical Processes” and “Copper Mining and Mineral Processing Techniques” (prevalent in research) and in “Anatomy and Physiology of Aquatic and Terrestrial Organisms” and “Biogeography and Taxonomy of Southern Hemisphere Insects” (prevalent in policy).
Conservation beyond biopolitics: Vulnerability and abundance in Chennai's nature‐cultures
Authors: Srinivasan Krithika 
Published: September 2024

AbstractThis paper examines the possibilities for nature in contemporary times through a ground‐up investigation of nature practices in Chennai, India. It navigates dissonant strands of scholarship on the promise of urban regions as sites of exemplary social natures with an analytical framework that examines how autonomous nonhuman life in Chennai is variously enabled and inhibited. By studying a breadth of natures and nature practices within this urban site (instead of focusing on a particular species or habitat), the paper illuminates the socio‐material processes that undermine some natures even while supporting others, highlighting paradoxical responses to nonhuman agencies and resilience within the domain of ecological concern. The simultaneous analysis of Chennai's abundant and diminishing natures explains dissonances in urban natures scholarship, while offering fresh insights on more equitable approaches to nonhuman nature in human‐dominated landscapes. Specifically, it points to the value of reconfiguring concepts and practices of nature, both within and beyond conservation, in ways that are attentive to the plural forms of nonhuman flourishing and experiential vulnerability. Any meaningful prospect for more‐than‐human futures in urbanising worlds, the paper argues, rests not on biopolitical conservation that seeks to reproduce the past or build future ecologies of ‘legitimate’ natures, but on desisting from the displacement of, and re‐allowing room – conceptual, material and ethical – for already existing natures, whether scientifically valued or unintentional, whether imperilled or flourishing.
ЗИЯНДЫ ИНГАЛЯТОР ЭЛЕКТРОНДЫ ТЕМЕКІНІҢ ДЕНСАУЛЫҚҚА ӘСЕРІ
Authors: Ильясова И.Т. , Тулепбергенова С.А. 
Published: September 2024

Электронды темекі шегу жыл сайын 5 миллион адамды өлтіреді, бұл өлімге алып келетін қазіргі уақыттағы басты себептердің бірі. Дүниежүзілік денсаулық сақтау ұйымының мәліметі бойынша, 2022 жылға қарай дамушы елдерде жыл сайын 7 миллионнан астам адам электронды темекі шегу факторына байланысты аурулардан қайтыс болады. Электрондық темекі қазір жастар арасында өте танымал регресс құралы болып табылады.
Жұмыстың мақсаты: Электронды темекі құрамының тірі организмнің биологиялық белсенділігін төмендетуші қауіптілігін анықтау.
Жұмыстың зерттеу нысаны, Астана қалалық №6 емхананың пациенттері және электронды темекі.
Теориялық: таңдалған тақырып бойынша шетелдік дереккөздерді оқу; алынған мәліметтерді талдау; жалпылау.
Практикалық: Сауалнама, сұхбат, эксперимент; адамның өмірлік көрсеткіштерін анықтау (қысым, импульс).
№6 қалалық емхананың кардиологиялық пациенттерімен 1 апта жұмыс жүргізілді. Күніне орта есеппен 30 пациентпен қабылдау жүргізіледі. 1 апта көлемінде 150 пациенттен сауалнама алу көзделді. Барлығы 150 адам сұралды, оның ішінде: 69 адам электронды темекі шегеді (46%), 38 адам электронды темекі шегуге тырысты (25%), 21 адам электронды темекіні адам ағзасына зиянды деп санайды (14%), 4 адам электронды темекіні зиянсыз деп санайды (3%), 18 адам жауап беруге қиналады (12%);
Емхананың кардиолог дәрігерімен бірлесіп, пациенттердің ауру тарихын зерттедік. Электронды темекіні жүйелі пайдаланатын 69 адамның физиологиялық өзгерістеріне жеке тоқталдық. Барлығы 75 адам сұралды, оның ішінде:69 жүрек-тамыр жүйелері аурулары (100%),57 жүйке жүйесі аурулары (83%),51 ас қорыту жүйелері аурулары (74%),43 жыныстық аурулары (62%),31 несеп шығару жүйесі аурулары (45%);Электрондық темекіден улану жағдайлары 7.
Негізгі эксперимент үшін электронды темекіні пайдаланын пациенттің электронды темекі шеккенге дейін және шеккеннен кейінгі динамикасын бақыладық. Зерттеуге қатысқан пациент: ер адам, жасы 48-де, жеңіл дәрежедегі артериалды қан қысымының жоғарылауы мазалайды. Электронды темекіні тұрақты пайдаланады. Қалыпты жағдайдағы пациенттің динамикалық көрсеткіштері: пульс 75, қысым 128/70 мм.сын.бағ. Тыныс алу жиілігі 16; Бір рет электронды темекі шегуден кейін өмірлік белгілері өзгерді: пульс минутына 91 рет, қысым 146/90 мм.сын.бағ дейін көтерілді. Тыныс алу жылдамдығы 22 дейін өсті;
Тәжірибе нәтижелеріне сүйене отырып, электронды темекі құрамындағы улы заттардың жиынтығы адам организміндегі негізгі құрылымдық функцияларды бәсеңдетеді және өмірлік маңызды ағзалардың жұмыс жасауына кедергі келтіреді. Зерттеу нәтижесі анықталды және мақсат орындалды.
ANTICIPATING BIOSECURITY HAZARDS: DISTRIBUTION AND RECOGNITION OF BIOLOGICAL THREATS
Authors: Ansari Naushin 
Published: September 2024

Understanding the potential biological weapons that can be created, the technologies involved, and the entities capable of producing them is crucial for biosecurity. Equally important is comprehending the various targets a biological weapon might be aimed at, the deployment methods, and available detection strategies to counteract illegal biological threats. This chapter delves into these aspects, starting with methods of deployment. The Center for Disease Control and Prevention (CDC) categorizes disease transmission into direct and indirect modes. Direct transmission involves contact with an infected person or environmental reservoir, including droplet spread, proven highly effective in densely populated areas. Indirect transmission occurs through contaminated objects or vectors. Vehicle-based transmission involves contaminating inanimate objects like food, water, and biological products. Vector-based transmission involves organisms carrying and transmitting pathogens. Airborne transmission, receiving significant attention for its potential in biological attacks, involves pathogens suspended in the air, posing significant risks, especially in crowded areas.
Biological weapons could target humans, agriculture, technology, and the environment. Attacks on humans, often the focus of biosecurity efforts, pose catastrophic outcomes. State-sponsored programs often focus on human pathogens like Bacillus anthracis and Yersinia pestis. Agroterrorism, targeting agriculture and livestock, can lead to economic losses and social instability. Attacks on technology, utilizing synthetic biology, have shown the potential to manipulate DNA to store and deploy malicious code, highlighting vulnerabilities in sequencing systems. While attacks on the environment remain theoretical, advancements in gene drives raise concerns about manipulating ecosystems.
Effective biosecurity involves pre- and post-deployment screening techniques. Pre-deployment screening, particularly gene synthesis, focuses on preventing the acquisition of DNA fragments for weapon production. Current measures involve background checks and screening against pathogen lists, yet gaps exist, including inadequate international policies and the potential to hide malicious sequences within longer ones. Post-deployment detection relies on traditional molecular diagnostic methods, but synthetic pathogens may evade detection, necessitating ongoing advancements in detection techniques. Real-time sensors and biosensors offer promising avenues for quick and accurate pathogen recognition, although challenges remain in detecting novel pathogens against a natural background.
In conclusion, understanding the range of biological weapons, their potential targets, deployment methods, and detection strategies is essential for effective biosecurity. Continued research and advancements in detection technologies are crucial to staying ahead of evolving biological threats, ensuring a safer and more secure future.
КЛЕТОЧНАЯ ТЕХНОЛОГИЯ СОЗДАНИЯ БИОПРЕПАРАТОВ НОВОГО ПОКОЛЕНИЯ ДЛЯ ПОВЫШЕНИЯ УРОЖАЙНОСТИ И УСТОЙЧИВОСТИ С/Х КУЛЬТУР
Authors: Бишимбаева Н.К. , Рахимбаев И.Р. 
Published: September 2024

В настоящее время в мировой агроиндустрии наблюдается тенденция перехода к органическому земледелию с постепенным уменьшением доли ядовитых химически синтезированных пестицидов и средств защиты растений, накапливающихся в окружающей среде и наносящих вред здоровью человека и животных. Предпочтение отдается экологически чистым, не токсичным природным биопрепаратам, среди которых наиболее безопасными для животных и человека, а также физиологичными для с/х культур являются препараты растительного происхождения (фитопрепараты). В то же время на рынке имеется дефицит фитопрепаратов для растениеводства, т.к. их создание связано с большими затратами: требует земельных площадей, сельхозтехники, зависит от сезона, требует много времени для выращивания растительного сырья.
Нами разработана клеточная биотехнология получения фитопрепаратов (ФП) с высокой (в наномолярных концентрациях) рострегулирующей и иммуномодулирующей активностью. Предполагается сигнальный механизм действия данных соединений. Получены лабораторные образцы, которые тестированы в лабораторных, тепличных и полевых условиях в 5 селекционных центрах страны с использованием 10-ти с/х культур. Показана способность ФП стимулировать всхожесть, энергию прорастания, урожайность и устойчивость с/х культур к болезням и абиотическим стрессам (засуха, засоление, высокие и низкие температуры). Выявлена их способность сокращать сроки созревания растений, стимулировать соматический эмбриогенез в культуре гаплоидных клеток. Показано, что данные препараты не токсичны для клеток животных.
Работа находится на стадии подготовки проекта коммерциализации и поиска бизнес партнера для совместной организации биотехнологического производства и реализации на рынке новых фитопрепаратов на взаимовыгодных условиях. Преимущества данной технологии:
- биотехнологическое производство (в биореакторах) проще, дешевле, быстрее, не зависит от сезона, не требует земельных площадей;
- экологическая безопасность и полифункциональность получаемых ФП;
- возможность регулировать структуру и функции ФП изменением состава среды.
Конечные потребители: предприятия АПК, садоводческие и тепличные хозяйства, семеноводческие и биотехнологические компании.
Работа выполнена в рамках проекта ГФ (ГР № 0106РК00297), инновационного проекта НАТР (ГР№0112РК00218), целевой научно-технической программы (ГР № 0115РК01884).
СКРИНИГ СОРТОВ И ГИБРИДОВ ТОМАТА КАЗАХСТАНСКОЙ СЕЛЕКЦИИ (SOLANUM LYCOPERSICON L.) НА УСТОЙЧИВОСТЬ К АЛЬТЕРНАРИОЗУ
Authors: Есимсеитова А.К. , Абдрахманова А.Б. , Муранец А.П. , Какимжанова А.А. 
Published: September 2024

Томат (Solanum lycopersicum L.) является одной из самых универсальных и экономически важных овощных культур в мире. Также плоды томата полезны для здоровья в связи с высоким содержанием витаминов и антиоксидантов. Различные патогены влияют на производство томатов и снижают его качество и урожайность. Альтернариоз, вызываемый грибами рода Alternaria spp., является одним из наиболее распространенных заболеваний томата и проявляется в виде круглых коричневых пятен на нижних листьях, которые по мере прогрессирования приводят к увяданию и отмиранию листьев; при этом на урожайность влияет влажность и температура воздуха, инфекционная нагрузка патогена и восприимчивость растения-хозяина. В борьбе с альтернариозом используют следующие меры - это агротехника, применение фунгицидов и использование устойчивых сортов. С экономической и экологической точки зрения наиболее эффективным и альтернативным методом борьбы с этим заболеванием является использование устойчивых сортов.
В нашем исследовании для скрининга томата на устойчивость к альтернариозу на искусственном инфекционном фоне было использовано 39 сортов и гибридов казахстанской селекции, предоставленные Казахским научно-исследовательским институтом плодоовощеводства (КазНИИПО), г. Алматы. Инокуляцию растений проводили путем опрыскивания суспензией спор гриба A.alternata в концентрации 10000 спор/мл. Далее учитывали степень заражения каждого растения томата и рассчитывали процент индекса заболеваемости (PDI) по методике Pandey et al. (2003). Согласно данной классификации генотипы ВенерахМечта и ГлорияхBSS-335 продемонстрировали высокую устойчивость к альтернариозу по сравнению с другими генотипами. Умеренная устойчивость с PDI от 12,1 до 25% наблюдали у генотипов Меруерт, Лучезарный, Пламя, Нарттай, Рассвет, Заря востока, Огонек-777, Янтарь, Венера, Аян, Чудесный, Г-2005, Ситора х Сантьяго, Авицена х BBS-335, Пламя х Polset, Искорка х Г-71-88-1, Авицена х ТМК, Янтарь х BZ, BSS-335 х Лидер, Роза Востока х Г-205, Л-51-95-2, Г-103-88-2, Глория х Г-201. В то время как умеренно восприимчивыми (PDI 25,1-50%) генотипами были К-10 х Танаит, Самаладай, Сюрприз, Лидер, Таншолпан, Восторг, Дарын, Мечта, Коркем, Г-205 х Polset, Китай-12 х Моя радость, Авицена х Г-205, Лидер х Лучезарный. Сорт томата Умит, характеризовался как устойчивый. Таким образом, устойчивые генотипы могут быть использованы в программах селекции томата на устойчивость к альтернариозу.
Исследования проводятся в рамках проекта АР19679502 при финансовой поддержке Министерства науки и высшего образования Республики Казахстан (2023-2025 гг.).
ПЕРСОНАЛИЗИРОВАННАЯ ТЕРАПИЯ БИОЛОГИЧЕСКИМИ ПРЕПАРАТАМИ
Authors: Буркитбаева С.С. , Ахмадьяр Н.С. , Болатбек С.Д. , Болатбек А.Д. , Сергазиева С.Ж. 
Published: September 2024

Биологические препараты относительно новые лекарства. Они специфически воздействуют на определенные белки или клетки – мишени. С их созданием появилась возможность лечить пациентов, которые ранее не поддавались терапии. Первым биопрепаратом была вакцина против оспы, созданная в 1796 году. В настоящее время в мире существует 3894 биопрепаратов, в том числе 51 биосимиляров, из них, имеют лицензию FDA - 370. К биопрепаратам относят вакцины, кровь и компоненты крови, аллергены, соматические клетки, генные и рекомбинантные терапевтические белки. Их производят из тканей человека, животных и микроорганизмов. Среди биологических препаратов можно выделить моноклональные антитела, цитокины, биологические препараты фактора роста, биологические ферменты и иммуномодуляторы.
В топ 5 широко используемых биопрепаратов вошли моноклональное антитело - Адалимумаб, антикоагулянт - Апиксабан, противоопухолевое средство - Леналидомид, противомеланомное - Ниволумаб, противораковое- Пембролизумаб. Биосимиляры похожи на исходные биопрепараты. Они применяются по тем же показаниям и не имеют значимых отличий по эффективности, безопасности, чистоте, фармакокинетическим параметрам и точно также должны быть одобрены FDA. При этом, биоаналоги не являются дженериками. Так, 26 апреля 2024 года последним биосимиляром одобренный FDA стал шестой аналог трастузумаба – Герценси. Применение биоаналогов способствует сокращению расходов финансовых средств. В среднем стоимость года лечения одного пациента биопрепаратом составляет более чем 100 000 долларов!
Определить доступность биопрепаратов для персонализированного, таргетного лечения в Республике Казахстан (РК) путем выявления регистрации и анализа стоимости лечения.
Проведен фармакоэкономический анализ Государственного реестра лекарственных средств РК за 26 апреля 2024 год (сайт Национального центра экспертизы лекарств, ndda.kz). В программе Excel использовались фильтры: биологическое происхождение, иммунобиологический препарат, биоаналогическое. Анализ стоимости проводился на основе приказа РК от 5 августа 2021 года №77 «Об утверждении предельных цен на торговое наименование лекарств». Исследовались топ 5 биопрепаратов - Адалимумаб, Апиксабан, Леналидомид, Ниволумаб и Пембролизумаб. К сожалению, Ниволумаб исключен из анализа, так как не имеет государственной регистрации в РК.
В нашей стране зарегистрированы 388 биопрепаратов и биосимиляров, из них биопрепаратов 320, биоаналогов 68. Среди анализируемых ЛС средняя стоимость в тенге 1 флакона составила: Пембролизумаба (1 346 394,26). Адалимумаба (158 591,14), Леналидомида (55 319,98), Апиксабана (324,28).
Из 370 биопрепаратов, одобренных FDA, в РК применяются 320, что составляет 86,5%, и средняя стоимость топ 4 ЛС составила 43 558,61 тенге. Следовательно, биопрепараты и биосимиляры доступны пациентам для лечения различных заболеваний, для которых отсутствуют альтернативные терапевтические методы. При этом, у большинства биопрепаратов имеются несколько показаний к применению.
Hybrid Exb/Mot stators require substitutions distant from the chimeric pore to power flagellar rotation
Authors: Ridone Pietro , Baker Matthew A. B. 
Published: September 2024

ABSTRACT

Powered by ion transport across the cell membrane, conserved ion-powered rotary motors (IRMs) drive bacterial motility by generating torque on the rotor of the bacterial flagellar motor. Homologous heteroheptameric IRMs have been structurally characterized in ion channels such as Tol/Ton/Exb/Gld, and most recently in phage defense systems such as Zor. Functional stator complexes synthesized from chimeras of PomB/MotB (PotB) have been used to study flagellar rotation at low ion-motive force achieved via reduced external sodium concentration. The function of such chimeras is highly sensitive to the location of the fusion site, and these hybrid proteins have thus far been arbitrarily designed. To date, no chimeras have been constructed using interchange of components from Tol/Ton/Exb/Gld and other ion-powered motors with more distant homology. Here, we synthesized chimeras of MotAB, PomAPotB, and ExbBD to assess their capacity for cross-compatibility. We generated motile strains powered by stator complexes with B-subunit chimeras. This motility was further optimized by directed evolution. Whole-genome sequencing of these strains revealed that motility-enhancing residue changes occurred in the A-subunit and at the peptidoglycan binding domain of the B-unit, which could improve motility. Overall, our work highlights the complexity of stator architecture and identifies the challenges associated with the rational design of chimeric IRMs.

IMPORTANCE
Ion-powered rotary motors (IRMs) underpin the rotation of one of nature’s oldest wheels, the flagellar motor. Recent structures show that this complex appears to be a fundamental molecular module with diverse biological utility where electrical energy is coupled to torque. Here, we attempted to rationally design chimeric IRMs to explore the cross-compatibility of these ancient motors. We succeeded in making one working chimera of a flagellar motor and a non-flagellar transport system protein. This had only a short hybrid stretch in the ion-conducting channel, and function was subsequently improved through additional substitutions at sites distant from this hybrid pore region. Our goal was to test the cross-compatibility of these homologous systems and highlight challenges arising when engineering new rotary motors.
Whole-genome sequencing and analysis of
Streptococcus iniae
strain isolated from the brain of tilapia (
Oreochromis
sp.)
Authors: Safwat Anan , Ellward Garrett L. , Pouder Deborah B. , Yanong Roy P. E. , Czyż Daniel M. 
Published: September 2024

ABSTRACT

Streptococcus iniae
is a bacterium that can infect fish, mammals, and humans. In this study, the
S. iniae
-313 strain was isolated from the brain of an infected tilapia, and the analysis of its sequenced genome is reported. The data revealed that
S. iniae
-313 carried antibiotic-resistant genes and virulence factors.
Complete genome sequence of
Deinococcus sonorensis
type strain KR-87: a rare biofilm-producing representative of the genus
Deinococcus
Authors: Boren Leilani S. , Grosso Ryan A. , Hugenberg-Cox Alex N. , Hill Jonathan T.E. , Albert Chad M. , Tuohy James M. 
Published: September 2024

ABSTRACT

Here, we present a complete genome of
Deinococcus sonorensis
KR-87
T
, a biofilm-producing mesophile from the Arizonan Sonoran Desert. The sequence, assembled using Oxford Nanopore Technologies’ long-read sequencing platform, predicts a genome size of 4.78 Mbp, with 6 replicons, 4,361 protein-coding genes, and a G+C content of 69.0%.
Deciphering the complete genome sequence of multidrug-resistant
Escherichia coli
strain Hakim RU_GHWS isolated from ladies' hall sewage water in Bangladesh
Authors: Polash Md. Arif-Uz-Zaman , Zahan Nusrat , Khan Muhib Ullah , Sarker Subir , Zhang Tianyu , Haque Md. Hakimul 
Published: September 2024

ABSTRACT

This report details the genome sequence of
Escherichia coli
strain Hakim RU_GHWS, isolated from sewage water. The assembled genome comprises 5.022 Mb with 77.675× coverage, depicting an average GC content of 50.50%. This genome contains 10 CRISPR arrays, 14 prophages, 65 antibiotic resistance genes, and 28 virulence factor genes.