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La recherche sur la formation : quelques hypothèses provocatrices
Authors: Huberman Michael 
Published: July 2016

Après avoir souligné la nécessité d'accueillir des opinions diverses sur la recherche comme sur la formation, Michael Huberman émet « quelques hypothèses provocatrices » sur ce que la recherche pédagogique contemporaine nous apprend sur la formation et ce que nous pouvons en faire sur le plan pratique. Il illustre son propos de deux exemples concernant d'une part la formation initiale et les débuts dans l'enseignement, d'autre part la maîtrise pédagogique et la formation continue.
Le constat de la «relative inopérance» des formations initiale et continue amène l'auteur à conclure à la nécessité de recherches scientifiques accompagnatrices plutôt que confirmatoires.
L'enseignant et la représentation de sa discipline
Authors: Nimier Jacques 
Published: July 2016

A partir d'un exemple précis, celui de Claire, professeur de mathématiques. J. Nimier présente une vue d'ensemble des différentes représentations que l'enseignant de mathématiques a de sa discipline :
- « objet, idéalisé » menant à un « monde du miracle » ou « refuge » ;
- « ensemble de règles », domaine de la loi ;
- «objet interne» lié au fonctionnement de la pensée sans rapport avec la réalité ou
- objet externe : activité liée à la réalité et au service d'autres sciences :
- objet à construire ou vérité à découvrir.
Ainsi mises en évidence, ces différentes représentations de la discipline permettent d'appréhender les façons d'enseigner différentes dans la mesure où la représentation est définie comme articulation entre le contenu disciplinaire et la relation pédagogique.
L 'auteur termine son article en soulignant qu'une même recherche systématique sur d'autres disciplines serait à faire.
3D Geometric Analysis of the Pediatric Aorta in 3D MRA Follow-Up Images with Application to Aortic Coarctation
Authors: Schenk Jens-Peter , Alrajab Abdulsattar , von Tengg-Kobligk Hendrik , Rohr Karl , Arnold Raoul , Wörz Stefan 
Published: July 2016

SummaryBackground: Coarctation of the aorta is one of the most common congenital heart diseases. Despite different treatment opportunities, long-term outcome after surgical or interventional therapy is diverse. Serial morphologic follow-up of vessel growth is necessary, because vessel growth cannot be predicted by primer morphology or a therapeutic option. Objectives: For the analysis of the long-term outcome after therapy of congenital diseases such as aortic coarctation, accurate 3D geometric analysis of the aorta from follow-up 3D medical image data such as magnetic resonance angiography (MRA) is important. However, for an objective, fast, and accurate 3D geometric analysis, an automatic approach for 3D segmentation and quantification of the aorta from pediatric images is required. Methods: We introduce a new model-based approach for the segmentation of the thoracic aorta and its main branches from follow-up pediatric 3D MRA image data. For robust segmentation of vessels even in difficult cases (e.g., neighboring structures), we propose a new extended parametric cylinder model that requires only relatively few model parameters. Moreover, we include a novel adaptive background-masking scheme used for least-squares model fitting, we use a spatial normalization scheme to align the segmentation results from follow-up examinations, and we determine relevant 3D geometric parameters of the aortic arch. Results: We have evaluated our proposed approach using different 3D synthetic images. Moreover, we have successfully applied the approach to follow-up pediatric 3D MRA image data, we have normalized the 3D segmentation results of follow-up images of individual patients, and we have combined the results of all patients. We also present a quantitative evaluation of our approach for four follow-up 3D MRA images of a patient, which confirms that our approach yields accurate 3D segmentation results. An experimental comparison with two previous approaches demonstrates that our approach yields superior results. Conclusions: From the results, we found that our approach is well suited for the quantification of the 3D geometry of the aortic arch from follow-up pediatric 3D MRA image data. In future work, this will enable to investigate the long-term outcome of different surgical and interventional therapies for aortic coarctation.
Automated Classification of Selected Data Elements from Free-text Diagnostic Reports for Clinical Research
Authors: Ganzinger Matthias , Senghas Karsten , Riezler Stefan , Knaup Petra , Löpprich Martin , Krauss Felix 
Published: July 2016

SummaryObjectives: In the Multiple Myeloma clinical registry at Heidelberg University Hospital, most data are extracted from discharge letters. Our aim was to analyze if it is possible to make the manual documentation process more efficient by using methods of natural language processing for multiclass classification of free-text diagnostic reports to automatically document the diagnosis and state of disease of myeloma patients. The first objective was to create a corpus consisting of free-text diagnosis paragraphs of patients with multiple myeloma from German diagnostic reports, and its manual annotation of relevant data elements by documentation specialists. The second objective was to construct and evaluate a framework using different NLP methods to enable automatic multiclass classification of relevant data elements from free-text diagnostic reports.Methods: The main diagnoses paragraph was extracted from the clinical report of one third randomly selected patients of the multiple myeloma research database from Heidelberg University Hospital (in total 737 selected patients). An EDC system was setup and two data entry specialists performed independently a manual documentation of at least nine specific data elements for multiple myeloma characterization. Both data entries were compared and assessed by a third specialist and an annotated text corpus was created. A framework was constructed, consisting of a self-developed package to split multiple diagnosis sequences into several subsequences, four different preprocessing steps to normalize the input data and two classifiers: a maximum entropy classifier (MEC) and a support vector machine (SVM). In total 15 different pipelines were examined and assessed by a ten-fold cross-validation, reiterated 100 times. For quality indication the average error rate and the average F1-score were conducted. For significance testing the approximate randomization test was used.Results: The created annotated corpus consists of 737 different diagnoses paragraphs with a total number of 865 coded diagnosis. The dataset is publicly available in the supplementary online files for training and testing of further NLP methods. Both classifiers showed low average error rates (MEC: 1.05; SVM: 0.84) and high F1-scores (MEC: 0.89; SVM: 0.92). However the results varied widely depending on the classified data ele -ment. Preprocessing methods increased this effect and had significant impact on the classification, both positive and negative. The automatic diagnosis splitter increased the average error rate significantly, even if the F1-score decreased only slightly.Conclusions: The low average error rates and high average F1-scores of each pipeline demonstrate the suitability of the investigated NPL methods. However, it was also shown that there is no best practice for an automatic classification of data elements from free-text diagnostic reports.
Computational Electrocardiography: Revisiting Holter ECG Monitoring
Authors: Marx Nikolaus , Deserno Thomas 
Published: July 2016

SummaryBackground: Since 1942, when Goldberger introduced the 12-lead electrocardiography (ECG), this diagnostic method has not been changed.Objectives: After 70 years of technologic developments, we revisit Holter ECG from recording to understanding.Methods: A fundamental change is foreseen towards “computational ECG” (CECG), where continuous monitoring is producing big data volumes that are impossible to be inspected conventionally but require efficient computational methods. We draw parallels between CECG and computational biology, in particular with respect to computed tomography, computed radiology, and computed photography. From that, we identify technology and methodology needed for CECG.Results: Real-time transfer of raw data into meaningful parameters that are tracked over time will allow prediction of serious events, such as sudden cardiac death. Evolved from Holter’s technology, portable smartphones with Bluetooth-connected textile-embedded sensors will capture noisy raw data (recording), process meaningful parameters over time (analysis), and transfer them to cloud services for sharing (handling), predicting serious events, and alarming (understanding). To make this happen, the following fields need more research: i) signal processing, ii) cycle decomposition; iii) cycle normalization, iv) cycle modeling, v) clinical param -eter computation, vi) physiological modeling, and vii) event prediction.Conclusions: We shall start immediately developing methodology for CECG analysis and understanding.
Low‐coverage, whole‐genome sequencing of Artocarpus camansi (Moraceae) for phylogenetic marker development and gene discovery
Authors: Gardner Elliot M. , Johnson Matthew G. , Ragone Diane , Wickett Norman J. , Zerega Nyree J. C. 
Published: July 2016

Premise of the study:We used moderately low‐coverage (17×) whole‐genome sequencing of Artocarpus camansi (Moraceae) to develop genomic resources for Artocarpus and Moraceae.Methods and Results:A de novo assembly of Illumina short reads (251,378,536 pairs, 2 × 100 bp) accounted for 93% of the predicted genome size. Predicted coding regions were used in a three‐way orthology search with published genomes of Morus notabilis and Cannabis sativa. Phylogenetic markers for Moraceae were developed from 333 inferred single‐copy exons. Ninety‐eight putative MADS‐box genes were identified. Analysis of all predicted coding regions resulted in preliminary annotation of 49,089 genes. An analysis of synonymous substitutions for pairs of orthologs (Ks analysis) in M. notabilis and A. camansi strongly suggested a lineage‐specific whole‐genome duplication in Artocarpus.Conclusions:This study substantially increases the genomic resources available for Artocarpus and Moraceae and demonstrates the value of low‐coverage de novo assemblies for nonmodel organisms with moderately large genomes.
Microsatellite development for the genus Guibourtia (Fabaceae, Caesalpinioideae) reveals diploid and polyploid species
Authors: Tosso Felicien , Doucet Jean‐Louis , Kaymak Esra , Daïnou Kasso , Duminil Jérôme , Hardy Olivier J. 
Published: July 2016

Premise of the study:Nuclear microsatellites (nSSRs) were designed for Guibourtia tessmannii (Fabaceae, Caesalpinioideae), a highly exploited African timber tree, to study population genetic structure and gene flow.Methods and Results:We developed 16 polymorphic nSSRs from a genomic library tested in three populations of G. tessmannii and two populations of G. coleosperma. These nSSRs display three to 14 alleles per locus (mean 8.94) in G. tessmannii. Cross‐amplification tests in nine congeneric species demonstrated that the genus Guibourtia contains diploid and polyploid species. Flow cytometry results combined with nSSR profiles suggest that G. tessmannii is octoploid.Conclusions:nSSRs revealed that African Guibourtia species include both diploid and polyploid species. These markers will provide information on the mating system, patterns of gene flow, and genetic structure of African Guibourtia species.
HUBBLE SPACE TELESCOPE OBSERVATIONS OF ACCRETION-INDUCED STAR FORMATION IN THE TADPOLE GALAXY KISO 5639
Authors: Elmegreen Debra Meloy , Elmegreen Bruce G. , Almeida Jorge Sánchez , Muñoz-Tuñón Casiana , Mendez-Abreu Jairo , Gallagher John S. , Rafelski Marc , Filho Mercedes , Ceverino Daniel 
Published: July 2016

ABSTRACT
The tadpole galaxy Kiso 5639 has a slowly rotating disk with a drop in metallicity at its star-forming head, suggesting that star formation was triggered by the accretion of metal-poor gas. We present multi-wavelength Hubble Space Telescope Wide Field Camera 3 images of UV through I band plus Hα to search for peripheral emission and determine the properties of various regions. The head has a mass in young stars of

and an ionization rate of

s−1, equivalent to ∼2100 O9-type stars. There are four older star-forming regions in the tail, and an underlying disk with a photometric age of ∼1 Gyr. The mass distribution function of 61 star clusters is a power law with a slope of −1.73 ± 0.51. Fourteen young clusters in the head are more massive than

, suggesting a clustering fraction of 30%–45%. Wispy filaments of Hα emission and young stars extend away from the galaxy. Shells and holes in the head H ii region could be from winds and supernovae. Gravity from the disk should limit the expansion of the H ii region, although hot gas might escape through the holes. The star formation surface density determined from Hα in the head is compared to that expected from likely pre-existing and accreted gas. Unless the surface density of the accreted gas is a factor of ∼3 or more larger than what was in the galaxy before, the star formation rate has to exceed the usual Kennicutt–Schmidt rate by a factor of

.
DYNAMICS OF HIGH ENERGY IONS AT A STRUCTURED COLLISIONLESS SHOCK FRONT
Authors: Gedalin M. , Dröge W. , Kartavykh Y. Y. 
Published: July 2016

ABSTRACT
Ions undergoing first-order Fermi acceleration at a shock are scattered in the upstream and downstream regions by magnetic inhomogeneities. For high energy ions this scattering is efficient at spatial scales substantially larger than the gyroradius of the ions. The transition from one diffusive region to the other occurs via crossing the shock, and the ion dynamics during this crossing is mainly affected by the global magnetic field change between the upstream and downstream region. We study the effects of the fine structure of the shock front, such as the foot-ramp-overshoot profile and the phase-standing upstream and downstream magnetic oscillations. We also consider time dependent features, including reformation and large amplitude coherent waves. We show that the influence of the spatial and temporal structure of the shock front on the dependence of the transition and reflection on the pitch angle of the ions is already weak at ion speeds five times the speed of the upstream flow.
STUDYING MAGNETOHYDRODYNAMIC TURBULENCE WITH SYNCHROTRON POLARIZATION DISPERSION
Authors: Zhang Jian-Fu , Lazarian Alex , Lee Hyeseung , Cho Jungyeon 
Published: July 2016

ABSTRACT
We test a new technique for studying magnetohydrodynamic turbulence suggested by Lazarian & Pogosyan, using synthetic observations of synchrotron polarization. This paper focuses on a one-point statistics, which is termed polarization frequency analysis, that is characterized by the variance of polarized emission as a function of the square of the wavelength along a single line of sight. We adopt the ratio η of the standard deviation of the line-of-sight turbulent magnetic field to the line-of-sight mean magnetic field to depict the level of turbulence. When this ratio is large (

), which characterizes a region dominated by turbulent field, or small (

), which characterizes a region dominated by the mean field, we obtain the polarization variance

or

, respectively. At small η, i.e., in the region dominated by the mean field, we successfully recover the turbulent spectral index from the polarization variance. We find that our simulations agree well with the theoretical prediction of Lazarian & Pogosyan. With existing and upcoming data cubes from the Low-Frequency Array for Radio Astronomy (LOFAR) and the Square Kilometer Array (SKA), this new technique can be applied to study the magnetic turbulence in the Milky Way and other galaxies.
Psychiatrie et prison
Authors: Denis Faustine , Grohens Marc 
Published: July 2016

L’exercice psychiatrique en milieu carcéral rencontre des difficultés particulières, liées à deux cultures et deux objectifs antinomiques : d’un côté, la prévention et l’accès du patient au soin ; de l’autre, la sanction et la surveillance du détenu. Après un bref retour sur l’histoire de la psychiatrie des origines à nos jours, les auteurs présentent ses rapports actuels avec la prison et analysent les problématiques en jeu.
Souvenirs et histoire, la traversée d’un siècle (1916-2016)
Authors: Trempé Rolande 
Published: July 2016

Cet entretien entremêle quatre vies de 1916 à 2016. Un parcours professionnel : de fille d’ouvriers à professeur d’université. Une vie de femme : libre, hors des conventions, au service de la cause des femmes. Des engagements multiples : dans la Résistance, sans armes, au Parti communiste, sans discipline, à l’Union des femmes françaises, puis à la CGT, avec énergie. Une œuvre de grande historienne par l’écrit et par le film : sur les ouvriers, le travail, les femmes, le syndicalisme, Jaurès et donc la politique, les guerres, la Résistance. Cet entretien est suivi d’une filmographie et d’une audiographie.
Une financiarisation à la française (1979-2009)
Authors: François Pierre , Lemercier Claire 
Published: July 2016

Durant les dernières décennies, le partage de la valeur produite par les plus grandes entreprises cotées a connu une modification spectaculaire en faveur des actionnaires. Pour autant, parler de financiarisation pour décrire ce phénomène présente le risque d’imaginer une finance auparavant absente et désormais hégémonique. En comparant systématiquement des données portant sur ces entreprises et leurs dirigeants en 1979 et 2009, nous montrons que les carrières des dirigeants sont demeurées remarquablement stables, et polarisées par une opposition entre les financiers et les autres, alors même que les formes et les activités des entreprises financières changeaient radicalement. Pourtant, les transformations dans le partage de la valeur ne sont pas tant une conséquence de ces recompositions du périmètre ou de l’actionnariat des entreprises que l’effet d’une conversion de leurs dirigeants, passés par la finance, aux normes de la valeur actionnariale.
L’approche par les capabilités au travail
Authors: Julhe Samuel 
Published: July 2016

Issue des travaux d’Amartya Sen, l’« approche par les capabilités » est aujourd’hui largement diffusée et mobilisée internationalement dans le domaine des sciences sociales, inspirant plusieurs centaines de contributions. Néanmoins, en dehors de quelques auteurs très identifiés, la sociologie francophone semble assez peu s’intéresser aux éventuels apports de l’œuvre senienne. Partant de l’analyse d’un corpus méthodiquement construit de textes académiques, cet article souhaite réaliser une mise en perspective des intérêts épistémologiques et empiriques de ce programme de recherche. Après une présentation de l’appareillage conceptuel produit par A. Sen, ainsi que des commentaires et controverses qu’il a pu soulever, tant du point de vue épistémologique que méthodologique, est observée la manière dont les chercheurs en sciences sociales mobilisent l’approche par les capabilités sur la thématique du travail et de l’emploi, thématique constituant l’un des points d’entrée de cette approche dans l’espace intellectuel francophone. Sont ainsi questionnées les façons dont les auteurs tentent, avec plus ou moins de succès, de dépasser ou de contourner certaines des limites de cette approche, et surtout de l’opérationnaliser à des fins de recherche empirique. Trois points fondamentaux, touchant aux notions de raisonnement contrefactuel, d’ agency et de conversion, sont discutés spécifiquement car susceptibles de venir approfondir un questionnement sociologique relatif aux mondes du travail. À travers cette analyse de l’approche senienne, ce sont finalement les conditions de réception et d’usage des travaux de philosophie politique d’un économiste par des sociologues qui sont interrogées.
Le corps : un poids pour l’âme ?
Authors: Bochet Isabelle 
Published: July 2016

La citation récurrente de Sg 9, 15 : « Le corps qui se corrompt appesantit l’âme et sa demeure de terre accable l’esprit aux multiples pensées », dans le corpus augustinien, semble être l’indice d’un mépris du corps, hérité de la tradition platonicienne du corps-prison. De fait, dans ses premières œuvres, Augustin cite Sg 9, 15 pour affirmer que le corps est un obstacle à la contemplation de la vérité. Mais, dans ses œuvres ultérieures, il utilise Sg 9, 15 pour établir, contre les platoni­ciens, que le corps n’est pas la prison de l’âme et que le poids du corps est à imputer, non au corps lui-même, mais à sa corruptibilité : il n’y a donc pas à « fuir tout corps », comme le veut Porphyre. Face à Julien d’Éclane, enfin, il souligne, en citant Sg 9, 15, que la condition peineuse de l’homme aujourd’hui n’est pas le propre de la nature primitive de l’homme, mais la peine du péché qui a vicié la nature.
Le corps humain à la lumière du corps du Christ ressuscité chez Thomas d’Aquin
Authors: Vetö Étienne 
Published: July 2016

Le corps glorieux du Christ exprime pour Thomas d’Aquin le destin ultime et la vérité profonde du corps humain. Le présent article se propose d’évaluer si ce point de départ permet une réelle valorisation du corps. En ce sens, l’Aquinate pense le corps ressuscité en terme d’achèvement de la logique de l’hylémorphisme, comme parfaite union de l’âme et du corps, doué d’une grande beauté, comme un corps « communicant », aux sens développés au maximum de leur acuité. S’en trouve éclairée, sans aucun doute, la noblesse du corps terrestre, en tant que celui-ci préfigure et inaugure tout cela. Cependant, le même hylémorphisme implique que ce destin glorieux du corps s’opère par sa « spiritualisation », sa soumission à l’esprit auquel il est ordonné : il semble difficile de ne pas y voir, malgré tout, une subtile résistance à la corporéité en son épaisseur la plus charnelle – ainsi qu’à la portée tragique de sa finitude.
Les enseignements d’une histoire récente : l’utopie du DMP
Authors: Cacot Pascal 
Published: July 2016

La chaotique histoire du DMP en France peut tout aussi bien se lire comme celle de l’échec bruyant et coûteux d’une politique de gribouille que comme le révélateur de maux qui, peu analysés, ne trouvent pas ici leur remède malgré l’intention politique qui y fut imprimée. De fait, les transformations de l’objet dossier dans le champ de la santé ne peuvent se comprendre qu’en regard de l’évolution volontariste et conflictuelle d’une pratique et de son contexte : forme, organisation et contenu du dossier se sont transformés et se transformeront encore en fonction de la variation des objectifs, des écrivains et des différents lecteurs du dossier. Retour sur la brève histoire de ce dossier omnipotent au début du XXI e siècle et ébauche des leçons qui pourraient en découler.