bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Colib'read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads
Authors: Le Bras Yvan , Collin Olivier , Monjeaud Cyril , Lacroix Vincent , Rivals Éric , Lemaitre Claire , Miele Vincent , Sacomoto Gustavo , Marchet Camille , Cazaux Bastien , Zine El Aabidine Amal , Salmela Leena , Alves-Carvalho Susete , Andrieux Alexan , Uricaru Raluca , Peterlongo Pierre 
Published: February 2016

Abstract

Background
With next-generation sequencing (NGS) technologies, the life sciences face a deluge of raw data. Classical analysis processes for such data often begin with an assembly step, needing large amounts of computing resources, and potentially removing or modifying parts of the biological information contained in the data. Our approach proposes to focus directly on biological questions, by considering raw unassembled NGS data, through a suite of six command-line tools.

Findings
Dedicated to ‘whole-genome assembly-free' treatments, the Colib'read tools suite uses optimized algorithms for various analyses of NGS datasets, such as variant calling or read set comparisons. Based on the use of a de Bruijn graph and bloom filter, such analyses can be performed in a few hours, using small amounts of memory. Applications using real data demonstrate the good accuracy of these tools compared to classical approaches. To facilitate data analysis and tools dissemination, we developed Galaxy tools and tool shed repositories.

Conclusions
With the Colib'read Galaxy tools suite, we enable a broad range of life scientists to analyze raw NGS data. More importantly, our approach allows the maximum biological information to be retained in the data, and uses a very low memory footprint.
Haute Africa
Authors: Jennings Helen 
Published: February 2016

From March 30 to June 9, 2014, in the coastal town of Knokke-Heist, Belgium’s international photography festival hosted an outdoor exhibition that brought together world-renowned artists whose works examine contemporary African dress practices. The continent’s burgeoning fashion industry signals a newfound creative energy and prosperity, yet it also raises debate around such issues as Westernization, postcolonialism, race, gender equality and religion.
Haute Africa focused on the work of photographers who are not interested in African fashion per se but who choose instead to conduct an anthropological study of contemporary African clothing culture. Magnum photographer Martin Parr was the festival’s ambassador and contributed his Luxury series, which includes candid images of a South African elite wearing Western designer clothes and sipping champagne at the Durban July races. Conversely, Daniele Tamagni’s Gentlemen of Bacongo documents the lives of a different kind of elite, the sapeurs of Congo-Brazzaville, whose devotion to European bespoke suits creates a stark contrast to their modest day-to-day reality.
These and other participating artists including Viviane Sassen, Zanele Muholi, Hassan Hajjaj, NontsikeleloVeleko, Jodi Bieber, Phyllis Galembo and Namsa Leuba, are opening up a new discourse where art and fashion collide.
The plant hopperIssus coleoptratuscan detoxify phloem sap saponins including the degradation of the terpene core
Authors: Himmelsbach Markus , Weth Agnes , Böhme Christine , Schwarz Martin , Bräunig Peter , Baumgartner Werner 
Published: February 2016

ABSTRACTIssus coleoptratus is a small plant hopper which mainly feeds on the phloem sap from ivy. Although all parts of ivy are poisonous as the plant contains saponins, especially hederasaponins, I.coleoptratus can cope with the poison. In contrast to other animals like the stick insect Carausius morosus which accumulates saponins in its body, I. coleoptratus can degrade and disintegrate not only the saponins but even the genines, i.e. the triterpene core of the substances. This is perhaps made possible by a specialised midgut and/or the salivary glands. When the glands and the gut are dissected and added to saponins in solution, the saponins, including the genines, are degraded ex vivo.
Integration Processes in Knowledge-Intensive Industries of the Russian Economy
Authors: Евсюков  , Evsyukov S. , Устюжанина  , Ustyuzhanina E. , Комарова  , Komarova Irina 
Published: February 2016

This article is devoted to the study of integration processes taking place in
knowledge-intensive sectors of the modern Russian economy. The authors
of the article analyze typical mistakes, which were made during the privatization
of knowledge-intensive enterprises and their consequences for the Russian
economy; reveal the main problems and risks associated with the policy of
creating tightly integrated multi-tiered structures, which stay under control
of the state. The article presents figures describing changes in financial
indicators of a number of integrated structures in high-tech industries.
Wound healing and hyper-hydration: a counterintuitive model
Authors: Rippon M.G. , Ousey K. , Cutting K.F. 
Published: February 2016

Winter's seminal work in the 1960s relating to providing an optimal level of moisture to aid wound healing (granulation and re-epithelialisation) has been the single most effective advance in wound care over many decades. As such the development of advanced wound dressings that manage the fluidic wound environment have provided significant benefits in terms of healing to both patient and clinician. Although moist wound healing provides the guiding management principle, confusion may arise between what is deemed to be an adequate level of tissue hydration and the risk of developing maceration. In addition, the counter-intuitive model ‘hyper-hydration’ of tissue appears to frustrate the moist wound healing approach and advocate a course of intervention whereby tissue is hydrated beyond what is a normally acceptable therapeutic level. This paper discusses tissue hydration, the cause and effect of maceration and distinguishes these from hyper-hydration of tissue. The rationale is to provide the clinician with a knowledge base that allows optimisation of treatment and outcomes and explains the reasoning behind wound healing using hyper-hydration. Declaration of interest: K. Cutting is a Clinical Research Consultant to the medical device and biotechnology industry. M. Rippon is Visiting Clinical Research Fellow, University of Huddersfield and K. Ousey provides consultancy for a range of companies through the University of Huddersfield including consultancy services for Paul Hartmann Ltd on HydroTherapy products
Binding of two bacterial biofilms to dialkyl carbamoyl chloride (DACC)-coated dressings in vitro
Authors: Cooper R. , Jenkins L. 
Published: February 2016

Objective: To date only planktonic bacteria have been shown to bind irreversibly to dialkyl carbamoyl chloride (DACC)-coated Cutimed Sorbact dressings. Therefore, this study was designed to determine whether bacterial biofilm bound to the DACC-coated dressing in vitro. Method: Samples of DACC-coated dressings and uncoated control dressings (supplied by BSN medical Ltd, Hull) were placed in contact with plastic coverslips on which biofilms of either Pseudomonas aeruginosa or methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) had been cultivated for 24 hours. Dressing samples were examined by scanning electron microscopy to detect the presence of biofilm. Results: Pseudomonas aeruginosa biofilm bound avidly to both DACC-coated and uncoated dressing samples. MRSA bound more extensively to DACC-coated dressings than to uncoated samples. Conclusion: Biofilms of two different test bacteria bound to dressings in vitro with the DACC-coating on the dressings enhancing the binding of MRSA biofilm. Declaration of interest: This study was supported by BSN medical Ltd (Hull). The company had no influence on the experimental design or the interpretation of the results.
Diversity and the role of yeast in spontaneous cocoa bean fermentation from Southeast Sulawesi, Indonesia
Authors: JAMILI JAMILI , YANTI NUR ARFA , SUSILOWATI PRIMA ENDANG 
Published: February 2016

Jamili, Yanti NA, Susilowati PE. 2016. Diversity and the role of yeast in spontaneous cocoa bean fermentation fromÂ Southeast Sulawesi, Indonesia. Biodiversitas 17: 90-95. Yeast is one of the microbial group which is role in the process of cocoaÂ spontaneously fermentation. The objective of this study was to determinate and to know the diversity of yeast that role on cocoa beanÂ fermentation. Yeast was isolated by pour plate method from cocoa bean that was naturally fermented by a cocoa farmer in KolakaÂ District, Southeast Sulawesi using yeast mannitol agar (YMA) media. Yeast was characterized and identified using phenotypic characters based on numeric-phenetic analysis. Yeast isolates applied to cocoa bean to determine its role in cocoa bean fermentation. The result was obtained seven isolates the dominant yeast during cocoa bean fermentation in Kolaka District, Southeast Sulawesi. The result of numerical-phenetic analysis based on phenotypic characters to seven yeast isolates showed that 1 isolates (Klk1) identical withÂ Candida krusei. Three isolates (Klk4, Klk5 and Klk7)Â identical with Candida tropicalis, one isolate (Klk2) identical withÂ Saccharomycopsis fibuligera, one isolate (Klk3)Â identical with Kloeckera sp. and one isolate (Klk6) identical with Saccharomyces cerevisiae. The result also showed that fermentation of cocoa with seeding of yeast inoculums served to increase the quality of cocoa beans than spontaneous fermentation. Therefore, the seven yeast isolates potentially be used as an inoculum to improve the cocoa quality.
Subjektivierung der Arbeit - Subjektivierung der Arbeitswissenschaften. Was folgt aus dem Epochenbruch?
Authors: Georg Arno , Peter Gerd 
Published: February 2016

Abstract
In den westlichen Arbeitsgesellschaften kommt ein tiefgreifender Umbruch zum Abschluss, der vor allem durch Prozesse der Flexibilisierung, Entgrenzung und Subjektivierung der Erwerbsarbeit gekennzeichnet ist. Dieser Bruch hat weitreichende Konsequenzen auch für die arbeitsbezogenen Wissenschaften. Herkömmliche Standards, Verfahren und Erkenntnisse der Arbeitsforschung stehen zur Disposition, vor allem die zentralen Orientierungen an den Arbeitsaufgaben und den darauf bezogenen organisatorisch - qualifikatorischen Gestaltungskonzepten gerät in die Krise. Die zunehmende Unübersichtlichkeit in der Arbeitswelt führt zu einer Subjektivierung auch der Arbeitsforschung, die die Arbeitsverhältnisse zunehmend aus dem Blick geraten lässt. Neue subjektzentrierte Vorgehensweisen und Disziplinen mit z.T. problematischen Auswirkungen auf die Arbeitenden drängen nach vorn. Dies wird am Beispiel der betriebsorientierten Arbeitsforschung zur menschengerechten Arbeitsgestaltung und Prävention nachgezeichnet. Es werden Vorschläge zur Diskussion gestellt (das Ganze der Arbeit, die typischen Arbeitssituationen, die Grenzkonflikte der Arbeit), über die die alte Interdisziplinarität der Arbeitsforschung weiter aufrechterhalten bzw. auch erweitert werden könnte.
Entscheidungsfindung in Meetings: Beschäftigte zwischen Hierarchie und Selbstorganisation
Authors: Bolte Annegret , Neumer Judith 
Published: February 2016

Abstract
Diskursive Koordinierung findet in dezentralisierten Arbeitsstrukturen zumeist in „Meetings“ statt. Insbesondere mit dem Anspruch der Entscheidungsfindung ist das Meeting jedoch strukturell überfordert. Der Artikel zeigt auf, wie in dem Gefüge von Informationsüberflutung, unklaren Entscheidungskompetenzen, Entscheidungsangst sowie Absicherungs- und Rechtfertigungskultur das Meeting vom Entscheidungsforum zum Ort der immerwährenden Problemgenese mutiert: Der Wunsch nach perfekt rationalen Entscheidungen führt zu Handlungsblockaden. Die Autorinnen plädieren stattdessen für eine effizientere Entscheidungsfindung durch die Nutzung informeller Kooperation.
Das „Übergangsregime“ in der Schweiz – Von der Sekundarstufe I in die Berufsbildung
Authors: Stolz Stefanie , Gonon Philipp 
Published: February 2016

Abstract
Die Übergänge von Jugendlichen zwischen Schule und Arbeitswelt gestalten sich zunehmend prekärer. Der vorliegende Beitrag fokussiert dabei insbesondere auf den, für den individuellen Bildungsverlauf entscheidenden, Übergang von Sekundarstufe I in Sekundarstufe II. Europaweit haben sich verschiedene Ausbildungsregimes herausgebildet, welche diese Übergänge von Jugendlichen steuern (1). Die Perspektive auf die Schweiz, als dual organisiertes Berufsbildungssystem (2), legt dar, dass lineare Bildungs- und Erwerbsverläufe auch in diesem Land keine Selbstverständlichkeit mehr sind, insbesondere für schulleistungsschwächere und benachteiligte Jugendliche (3). Ein Vergleich der verschiedenen Übergangsregimes (4) zeigt, dass sich, trotz der tiefverankerten Strukturen der Bildungs- und Sozialsysteme, konvergente Neigungen nachweisen lassen (5).
Führung und Arbeitsgestaltung – Warum gute Führung allein nicht gesund macht/ Leadership and job design. Why good leadership is not sufficient for health promotion
Authors: Wieland Rainer , Winizuk Sandra , Hammes Mike 
Published: February 2016

Abstract
Inzwischen hat sich der Einfluss der Führung auf die Gesundheit der Beschäftigten zu einem wichtigen Thema entwickelt. Dieser Beitrag berichtet von drei empirischen Studien (N = 877, N = 300, N = 570), in denen der Einfluss des Führungsverhaltens, der Arbeitsgestaltung und der Personeneigenschaften der Beschäftigten auf die Gesundheit der Beschäftigten im Rahmen eines arbeitspsychologischen Analyse- und Interventionsmodells analysiert wird. Die Ergebnisse zeigen: Gute Führung allein macht nicht gesund. Die psychische Beanspruchung während der Arbeit, gesundheitliche Beschwerden, Fehlzeiten und Präsentismus lassen sich auf Wechselwirkungen zwischen Führungsstil und Arbeitsbedingungen zurückführen.
Wie frei-gemeinnützig tätige Personen unterschiedliche Arbeitsformen erleben und bewerten: Eine narrative Grid- Studie als Beitrag zur erweiterten Arbeitsforschung / How volunteers experience and evaluate different forms of work: A narrative grid study as contribution to an advanced work research
Authors: Mösken Gina , Dick Michael , Wehner Theo 
Published: February 2016

Abstract
Erwerbsarbeit verändert sich derzeit organisatorisch wie inhaltlich in starkem Maße. Kriterien dafür, was heute „gute“ Arbeit ist, können nicht einfach aus der traditionellen industriellen Arbeit in neue Formen von Dienstleistungs-, Wissens- und freiberuflicher Arbeit übertragen werden. Das vorzustellende Forschungsprojekt ermittelt Merkmale guter Arbeit durch den Vergleich verschiedener Formen von Tätigkeit aus der subjektiven Sicht der Arbeitenden.
In einer explorativen Studie wurden mit Hilfe narrativer Grid-Interviews die subjektiven Repräsentationen zum Thema Arbeit bei frei-gemeinnützig (ehrenamtlich) tätigen Menschen untersucht. Dabei wurde die Erfahrung frei-gemeinnütziger Tätigkeit mit den Erfahrungen in anderen Formen der Arbeitstätigkeit kontrastiert. Dabei wurden insbesondere Gemeinsamkeiten und Unterschiede in der Wahrnehmung von freiwilliger Arbeit und Erwerbsarbeit herausgearbeitet. Es zeigt sich, aus welchen subjektiven und biographischen Motiven heraus Menschen einer frei-gemeinnützigen Arbeit nachgehen. Auch das Verhältnis verschiedener Arbeitstätigkeiten zu den Idealvorstellungen von Arbeit ist aufschlussreich und wird dargestellt.
Enabling Innovation: Innovationsfähigkeit von Organisationen vor dem Hintergrund zentraler Dilemmata der modernen Arbeitswelt / Enabling innovation: Innovative ability of organizations against the background of central dilemmas of a modern work environment
Authors: Hansen Alan , Trantow Sven , Hees Frank 
Published: February 2016

Abstract
Im Rahmen des Forschungs- und Entwicklungsprogramms „Arbeiten - Lernen - Kompetenzen entwickeln. Innovationsfähigkeit in einer modernen Arbeitswelt“ (A-L-K) adressiert das Bundesministerium für Bildung und Forschung eine humanzentrierte Sichtweise auf Innovationen. Das am ZLW/IMA und IfU der RWTH Aachen durchgeführte, programmbezogene Monitoringprojekt „Internationales Monitoring“ (IMO) erforscht in engem Austausch mit nationalen und internationalen Experten zentrale Dilemmata wirtschaftlichen Handelns, welche elementare Problemstellungen moderner Arbeits- und Innovationsprozesse darstellen. Darüber hinaus werden organisationale Strategien identifiziert, die einen signifikanten Beitrag zum Umgang mit den sozio-ökonomischen Dilemmata und damit zu einem nachhaltig innovations- und wettbewerbsfähigen Unternehmen leisten. Im vorliegenden Artikel werden erste Ergebnisse dieser Forschungsarbeit vorgestellt.
„Einfacharbeit“ im Dienstleistungssektor / “Low-level jobs” in the Service sector
Authors: Bosch Gerhard , Weinkopf Claudia 
Published: February 2016

Abstract
Der Anteil der Einfacharbeitsplätze im Dienstleistungssektor liegt prozentual niedriger als im Produzierenden Gewerbe. Aufgrund des hohen Anteils des Dienstleistungssektors an der Gesamtbeschäftigung entfallen aber rund drei Viertel aller Einfacharbeitsplätze in Deutschland auf den Dienstleistungssektor. Fallstudien zu Stellenbesetzungsprozessen in 25 Dienstleistungsunternehmen zeigen, dass die Anforderungen an einfache Dienstleistungstätigkeiten aufgrund der technischen Vernetzung, der zunehmenden Kundenkontakte und der teilweise ambulanten Tätigkeit beim Kunden gestiegen sind. Neben guter Allgemeinbildung werden ein ansprechendes Äußeres und soziale Schlüsselqualifikationen gefragt. Zunehmend werden beruflich Qualifizierte für diese Tätigkeiten rekrutiert. Die Ergebnisse sprechen dafür, dass das Segment einfacher Arbeit in der Segmentationstheorie ausdifferenziert werden sollte. Zu unterscheiden wäre zwischen einfachen spracharmen und komplexeren kommunikationsintensiven Dienstleistungstätigkeiten.
Zur Untrennbarkeit von systemischen und personalen Aspekten des Vertrauens: Wider vereinseitigender Differenzierungen / Inseparability of personal and systemic aspects of trust against onesided differentiations
Authors: Sauer Stefan , Schilcher Christian , Will-Zocholl Mascha 
Published: February 2016

Abstract
Bezugnehmend auf die empirischen Ergebnisse des Forschungsprojekts TRUST zu Kooperationen in der Autoindustrie lässt sich - so die Kernthese dieses Beitrags - keine Trennung von personalem und systemischem Vertrauen als zwei Arten des Vertrauens legitimieren. Vielmehr halten wir diese Trennung für irreführend. Bei unseren konkreten Analysen von Vertrauensverhältnissen sind personale und systemische Momente untrennbar ineinander verflochten, so dass wir vorschlagen, von personalen und systemischen Aspekten des Vertrauens zu sprechen und auf die begriffliche Auftrennung von Vertrauensarten zu verzichten.
Fragil und prekär? Private Care-Arbeit in der Schweiz / Insecure and precarious? Private care work in Switzerland
Authors: Hettlage Raphaela , Baghdadi Nadia 
Published: February 2016

Abstract
Als Folge der verstärkten Erwerbsorientierung und der demographischen Veränderungen werden individuelle Care-Verpflichtungen zunehmend ausgelagert und statt als Familienarbeit im Rahmen von marktlich organisierten Care-Arrangements bearbeitet. Die Care-Arbeiterinnen sind oftmals Migrantinnen, die unter prekären finanziellen und organisatorischen Bedingungen für ältere Personen und Kinder in Privathaushalten sorgen. Diese Care-Arrangements sind jedoch für alle Beteiligten fragil und bergen auch für die Arbeitgeberinnen-Seite viel Unsicherheitspotenzial. Dieser Artikel untersucht anhand jüngerer Entwicklungen in der Schweiz, für wen sich welche Fragen bezüglich Sicherheit und Prekarisierung stellen und wie die soziale Praxis von Care im Privathaushalt aussieht.
„Posted Workers“: Zwischen Regulierung und Invisibilisierung / „Posted Workers“: Between regulatory efforts and invisibility
Authors: Staples Ronald , Trinczek Rainer , Whittall Michael 
Published: February 2016

Abstract
Entsandte Arbeitnehmer stellen kein grundsätzlich neues Phänomen auf dem Arbeitsmarkt dar. Historisch sind , Wanderarbeiter4 gut dokumentiert. In der europäischen Union jedoch kommt Wanderarbeitern ein eigener Status zu, repräsentiert durch den Begriff „Posted Worker“. Mit der damit verbundenen ,posted workers directive4 und nationalen Umsetzungen soll transnationale abhängige Arbeit so reguliert werden, dass allzu große Schieflagen unterschiedlicher Arbeitsbedingungen vermieden werden. In unserer explorativen Studie gehen wir der Frage nach, wie sich die Regulierungen in branchenspezifischer Praxis auswirken und wie sich die Lebens- und Arbeitsbedingungen von „Posted Workers44 gestalten. Dabei wird deutlich, dass diese Form von transnational mobiler Arbeit zwar ein persistentes Phänomen auf dem europäischen Arbeitsmarkt ist, die Akteure selber aber wenig sichtbar sind und die Umsetzungsdifferenzen zwischen europäischen und nationalen Regulierungsbemühungen Missbrauchsnischen öffnen.
The Open-ended Normativity of the Ethical
Authors: Buchanan Allen 
Published: February 2016

Abstract
In The Ethical Project, Kitcher has throe main aim: (1) to provide a naturalistic explanation of the rise of morality and of its subsequent development, (2) to supply an account of moral progress that explains progressive developments that have occurred so far and shows how further progress is possible, and (3) to propose a further progressive development the emergence of a cosmopolitan morality and make the case that it is a natural extension of the ethical project. I argue that Kitcher does not succeed in achieving any of these aims and that he cannot do so given the meager resources of his explanatory model. The chief difficulty is that Kitcher equivocates in his characterization of the original (and still supposedly primary) function of ethics. Although he begins by characterizing it as (a) remedying altruism failures in order to avoid their social costs, he sometimes characterizes it instead as (b) remedying altruism failures simpliciter. Kitcher does not explain how a practice whose original function was (a) developed into one whose function is (b). Further, it appears that he cannot do so without significantly enriching his explanatory model to include a more robust account of how humans came to have the capacity to reflect on and revise norms.
The Moral Realism of Pragmatic Naturalism
Authors: Rottschaefer William 
Published: February 2016

Abstract
In his The Ethical Project, Philip Kitcher offers a pragmatic naturalistic account of moral progress, rejecting a moral realist one. I suggest a moral realist account of moral progress that embraces Kitcher’s pragmatic naturalism and calls on moral realism to show how the pragmatic account is successful. To do so I invoke a hypothesis about moral affordances and make use of a cognitive account of emotions.
Background Justice over Time: Property-Owning Democracy versus a Realistically Utopian Welfare State
Authors: Schefczyk Michael 
Published: February 2016

Abstract
In Justice as Fairness, Rawls presents a case for property-owning democracy (POD) which heavily depends on a favourable comparison with welfare state capitalism (WSC). He argues that WSC, but not POD, fails to realise ‘all the main political values expressed by the two principles of justice’. This article argues that Rawls’s case for POD is incomplete. He does not show that POD is superior to other conceivable forms of WSC. In order to present a serious contender, I sketch what I call a realistically utopian welfare state (RUWS) that (a) guarantees the fair equality of political liberties and opportunity and that (b) maximises the situation of the worst.-off via a kind of participation income. The main aim of the article is to give credibility to the claim that RUWS is not obviously worse than POD by Rawlsian standards and therefore deserves a fair hearing in further research.