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Absolventen-Nachbefragung (ABNA) des MSc-Studiengangs Physiotherapie – Was bringt der MSc-Abschluss im Berufsalltag?
Authors: Bruderer-Hofstetter M. , Bechter S. , Tal A. , Schämann A. , Niedermann K. 
Published: June 2017

Zusammenfassung
Hintergrund: Aufgrund der veränderten Anforderungen an die Gesundheitsfachpersonen übernehmen auch Physiotherapeuten Aufgaben, die über ihre klinische Expertise hinausgehen. Ein MSc-Abschluss qualifiziert sie sowohl für erweiterte Aufgaben in der Klinik als auch für Tätigkeiten in der Forschung und Lehre.
Ziel: Das Ziel der Absolventen-Nachbefragung (ABNA) war, die Umsetzbarkeit der im Studium vermittelten Kompetenzen in den Berufsalltag zu untersuchen.
Methode: Im Herbst 2015 wurden die ersten beiden Abschlussjahrgänge 2013 und 2014 (n = 51) des MSc in Physiotherapie mit einem Online-Fragebogen befragt.
Ergebnisse: An der Befragung nahmen 34 Absolventen teil. Die Rücklaufquote betrug 68 %. Die Mehrheit der Teilnehmenden (84 %) arbeitet in direktem Patientenkontakt, häufig in Kombination mit erweiterten Tätigkeiten (92 %) wie etwa Fachentwicklung, Forschungs- oder Unterrichtstätigkeit. Als Veränderungen im Berufsalltag, die auf den MSc-Abschluss zurückzuführen sind, wurden interessantere und abwechslungsreichere Tätigkeiten (74 %), erweiterte Aufgabenfelder (71 %) oder Projektverantwortung (41 %) genannt. Rund ein Viertel der Absolventen treibt die akademische Karriere voran.
Schlussfolgerung: Die Erfahrungen der Absolventen der ersten beiden Studienjahrgänge zeigen, dass der MSc-Abschluss einen beruflichen Aufstieg ermöglicht und dies zu einer Vielzahl an beruflichen Veränderungen, wie z. B. neue Tätigkeiten, erweiterte Aufgabenfelder oder Projekt- und Personalverantwortung führt. Für MSc-Physiotherapeuten gibt es adäquate Stellen auf dem Arbeitsmarkt, in denen sie ihre Kompetenzen einsetzen können. Weiter ermöglicht der MSc-Abschluss den Zugang zu einem PhD.
Colonic Polyps: Diagnosis and Surveillance
Authors: Huck Michael , Bohl Jaime 
Published: June 2017

AbstractColorectal cancer begins as a polyp that is a benign growth on the mucosal surface of the colon or rectum. Over a period of 5 to 15 years, polyps can degenerate into a cancer, thus invading the colonic wall. Colorectal screening methods are designed to diagnose and remove polyps before they acquire invasive potential and develop into cancer. Screening for colorectal cancer can prevent and reduce mortality. Given the benefits and effectiveness of screening, guidelines exist from multiple organizations. These guidelines risk-stratify patients to determine the age of screening initiation and the interval for repeat screening. Categories of colorectal cancer risk include average risk, increased risk, and high risk based on individual and family medical history. Screening methods vary widely in the ability to diagnose and treat polyps and in the degree of invasiveness or risk of complication to the patient. Colonoscopy is held as the “gold standard” by which all other methods are compared; however, less-invasive modalities including computed tomographic colonography are increasing in popularity.
The Impact of Intestinal Parasitic Infections on the Health Status of Children: An Overview
Authors: Ramadan Manar , El-Sayed Nagwa 
Published: June 2017

AbstractIntestinal parasitic infections (IPIs) represent a major public health problem in children worldwide, especially in the developing countries. The impact of these infections on the health status of children depends on the parasite species, the intensity and course of infection, and nutritional and immunological status of the children. Giardia lamblia, Entamoeba histolytica, Cryptosporidium parvum, Enterobius vermicularis, Hymenolepis nana, Ascaris lumbricoides, and Ancylostoma duodenale are the most frequent intestinal parasites found among children. This review discussed the main consequences resulting from IPIs as diarrhea, anemia, malnutrition, impaired growth, and learning disabilities.
Psychometric Properties of Brief Screening Tests for Alcohol Use Disorders during Pregnancy in Argentina
Authors: López Mariana Beatriz , Lichtenberger Aldana , Conde Karina , Cremonte Mariana 
Published: June 2017

Background Considering the physical, mental and behavioral problems related to fetal alcohol exposure, prenatal clinical guides suggest a brief evaluation of alcohol consumption during pregnancy to detect alcohol intake and to adjust interventions, if required. Even if any alcohol use should be considered risky during pregnancy, identifying women with alcohol use disorders is important because they could need a more specific intervention than simple advice to abstain. Most screening tests have been developed and validated in male populations and focused on the long-term consequences of heavy alcohol use, so they might be inappropriate to assess consumption in pregnant women.
Objective To analyze the internal reliability and validity of the alcohol screening instruments Alcohol Use Disorders Identification Test (AUDIT), Alcohol Use Disorders Identification Test – Consumption (AUDIT-C), Tolerance, Worried, Eye-Opener, Amnesia and Cut-Down (TWEAK), Rapid Alcohol Problems Screen – Quantity Frequency (RAPS-QF) and Tolerance, Annoyed, Cut-Down and Eye-Opener (T-ACE) to identify alcohol use disorders in pregnant women.
Methods A total of 641 puerperal women were personally interviewed during the 48 hours after delivery. The receiver operating characteristics (ROC) curves and the sensitivity and specificity of each instrument using different cut-off points were analyzed.
Results All instruments showed areas under the ROC curves above 0.80. Larger areas were found for the TWEAK and the AUDIT. The TWEAK, the T-ACE and the AUDIT-C showed higher sensitivity, while the AUDIT and the RAPS-QF showed higher specificity. Reliability (internal consistency) was low for all instruments, improving when optimal cut-off points were used, especially for the AUDIT, the AUDIT-C and the RAPS-QF.
Conclusions In other cultural contexts, studies have concluded that T-ACE and TWEAK are the best instruments to assess pregnant women. In contrast, our results evidenced the low reliability of those instruments and a better performance of the AUDIT in this population.
Der Beitrag der 18FDG-PET in der Entzündungsdiagnostik
Authors: Gotthardt Martin , Schlieck Anja , Nagarajah James , Aarntzen Erik 
Published: June 2017

ZusammenfassungDie 18FDG-PET/CT kann bei der Diagnostik entzündlicher Erkrankungen eine entscheidende Rolle spielen. Die PET/CT kombiniert die Möglichkeit der Ganzkörperaufnahme mit einer guten anatomischen Zuordnung von Befunden durch die simultan durchgeführte low dose CT. Sie ist daher eine exzellente Technik nicht nur für die Suche nach Entzündungsherden, sondern auch für die differenzialdiagnostische Unterscheidung von entzündlichen /Autoimmun-Erkrankungen und Tumorerkrankungen. Die hohe Sensitivität geht jedoch mit einer eher geringen Spezifität der FDG-Aufnahme einher. Daher ist die Erkennung bestimmter Muster und die korrekte Interpretation der Verteilung von Läsionen zusammen mit dem klinischen Kontext entscheidend für den Beitrag der FDG-PET/CT im Hinblick auf das klinische Management von Patienten. In dieser Arbeit wird eine Übersicht über die möglichen Ursachen und pathophysiologischen Mechanismen entzündlicher Erkrankungen (wie z. B. Sarkoidose, entzündliche Lungenerkrankungen, Osteomyelitis, Fieber unklarer Genese, Infektionen von Gefäßprothesen, Streuherde bei Infektionserkrankungen, etc.), sowie die damit verbundenen typischen Muster der FDG-Anreicherung gegeben. Weiterhin werden Differenzialdiagnosen diskutiert und Hinweise zur optimalen Bildinterpretation gegeben.
Visualisierung molekularer Zielstrukturen bei Entzündungen und Infektionen
Authors: Meller Birgit 
Published: June 2017

ZusammenfassungExo- und endogene Reize führen zu Abwehrreaktionen des hämatopoetisch-immunologischen Zellsystems, die von der Emigration entzündungsrelevanter Zellen bis hin zu lytischen Prozessen reichen.Mittlerweile wurden Radiopharmaka für die Visualisierung einer Großzahl von Einzelaspekten inflammatorischer Prozesse entwickelt und sowohl in vitro als auch in vivo untersucht. Ein klarer Schwerpunkt liegt dabei unverändert auf granulozytären Prozessen, wobei von den Granulozyten, über deren Adhäsion und Emigration, ihren gesteigerten Energiebedarf und ihre erhöhte Rezeptorexpression bereits eine Vielzahl von Aspekten adressiert und visualisiert werden können. Die Visualisierung des adaptiven Immunsystems – speziell der Lymphozyten – kann mittlerweile mittels Antikörpern und Peptiden erfolgen. Für die Bildgebung bei Infektionen wurden bakterienspezifische Substanzen, wie z. B. markierte Antibiotika und antimikrobielle Peptide, entwickelt sowie Besonderheiten des bakteriellen Stoffwechsels adressiert.Auffällig ist generell, dass in den vergangenen Jahren viele der lange bekannten Einzelphotonen-emittierenden Radiopharmaka für die Positronen-emittierende nuklearmedizinische Diagnostik variiert und evaluiert wurden. Da viele der theoretisch spezifischen Radiopharmaka unspezifisch in Entzündungen exsudiert werden, könnte die unterschiedliche Kinetik von spezifischen und unspezifischen Anreicherungen ein Beitrag zu einer erhöhten Spezifität der nuklearmedizinischen Entzündungsdiagnostik sein.
Nuklearmedizinische Entzündungsdiagnostik: Update 2017
Authors: Ivančević Velimir 
Published: June 2017

ZusammenfassungDie Szintigrafie mit radioaktiv markierten Leukozyten und Antigranulozytenantikörpern bildet den Eckpfeiler der nuklearmedizinischen Diagnostik entzündlicher und infektiöser Erkrankungen. Obwohl sich die FDG-PET/CT in der Diagnostik entzündlicher Erkrankungen in immer mehr Indikationen etabliert, bleibt die Szintigrafie mit markierten Leukozyten und Antigranulozytenantikörpern – auch wegen eingeschränkter Verfügbarkeit der FDG – bei entzündlichen Erkrankungen, die mit hoher Wahrscheinlichkeit erregerbedingt sind, die nuklearmedizinische Bildgebung der Wahl. In dieser Übersichtsarbeit werden die Entwicklung und der derzeitige Stellenwert der Leukozyten- und Antigranulozytenantikörperszintigrafie bei den wichtigsten dafür geeigneten Fragestellungen beleuchtet. Abschließend wird auch der aktuelle Kenntnisstand zum Beitrag der Hybridbildgebung SPECT/CT in der Diagnostik entzündlicher Erkrankungen wiedergegeben.
Konservative Therapieoptionen beim nicht-muskelinvasiven Urothelkarzinom der Harnblase nach BCG-Versagen: Systematische Übersichtsarbeit
Authors: Martini Thomas , Wezel Felix , Löbig Niklas , Mitterberger Michael , Colleselli Daniela 
Published: June 2017

Zusammenfassung
Hintergrund Die adjuvante intravesikale Instillation von Bacillus Calmette-Guérin (BCG) stellt bei Patienten mit nicht-muskelinvasivem Harnblasenkarzinom (NMIBC) mit hohem Risiko die Therapie der ersten Wahl dar. Nichtsdestotrotz entwickeln etwa 40 – 50 % dieser Patienten trotz Therapie ein Rezidiv oder eine Progression. Die radikale Cystektomie (RC) stellt für diese sogenannten BCG-Versager die Therapie der ersten Wahl dar. Da jedoch nicht alle Patienten für eine RC geeignet sind oder diese ablehnen, gibt es einen Bedarf an konservativen Therapiealternativen. Ziel dieser Studie war die Erhebung von konservativen Therapieoptionen für Patienten mit NMIBC nach BCG-Versagen.
Material und Methoden Es erfolgte eine systematische Recherche in folgenden Literaturdatenbanken: Cochrane Central Register of Controlled Trials (CENTRAL), MEDLINE und EMBASE. Dabei wurden alle randomisierten kontrollierten Studien (RCTs), quasi RCTs und single-Arm Studien von Patienten mit BCG-Versagen und einer Mindest-Patientenzahl von acht, die einer intravesikalen oder systemischen Therapie unterzogen wurden, eingeschlossen. Es wurden nur Publikationen in englischer Sprache berücksichtigt. Die Literaturrecherche und Datenanalyse erfolgte durch zwei Gutachter. Folgende Kriterien wurden erhoben: vollständiges Therapieansprechen (CR), Rezidiv, rezidivfreies Überleben (RFS), Krankheitsprogression und Rate an RC.
Ergebnisse 42 Publikationen mit einer Gesamtzahl von 3521 Patienten (davon 2371 BCG-Versager) wurden in die systematische Übersichtsarbeit eingeschlossen. Als konservative Therapieoptionen wurden Valrubicin, Taxane, Gemcitabin, Chemotherapie-Kombinationen, Thermochemotherapie, Photodynamische Therapie, Kombinationstherapie aus BCG und Interferon, zielgerichtete Therapien (targeted therapies) und Immuntherapien identifiziert. Die höchste klinische Evidenz konnte für Taxane, Gemcitabin und die Thermochemotherapie bei gleichzeitig geringer Toxizität festgestellt werden.
Schlussfolgerung Trotz teilweise guter Ansprechraten mit Taxanen, Gemcitabin und der Thermochemotherapie kann für Patienten mit BCG-Versagen keine Evidenz-basierte konservative Therapieoption empfohlen werden, die der RC überlegen ist. BCG-Versager stellen eine heterogene Patientengruppe dar. Der Begriff „BCG-Versagen“ wird in der Literatur uneinheitlich verwendet. Zur Identifikation von konservativen Therapieoptionen bei BCG-Versagern sind prospektiven Studien mit homogenem Design von großer Bedeutung.
When the appeal of a dominant leader is greater than a prestige leader
Authors: Kakkar Hemant , Sivanathan Niro 
Published: June 2017

SignificanceWe examine why dominant/authoritarian leaders attract support despite the presence of other admired/respected candidates. Although evolutionary psychology supports both dominance and prestige as viable routes for attaining influential leadership positions, extant research lacks theoretical clarity explaining when and why dominant leaders are preferred. Across three large-scale studies we provide robust evidence showing how economic uncertainty affects individuals’ psychological feelings of lack of personal control, resulting in a greater preference for dominant leaders. This research offers important theoretical explanations for why, around the globe from the United States and Indian elections to the Brexit campaign, constituents continue to choose authoritarian leaders over other admired/respected leaders.
The impact of Chinese textile imperialism on Nigeria’s textile industry and trade: 1960–2015
Authors: Muhammad Murtala , Mukhtar Mansur Ibrahim , Lola Gold Kafilah 
Published: June 2017

SUMMARY
This briefing examines the effects of globalisation and the challenge posed by China to the Nigerian textile industry in the twenty-first century. The meteoric rise of imports of cheap Chinese textiles into the Nigerian market, which was formerly dominated by local fabrics, has shifted the balance in favour of the imports, which has consequently destroyed the economic base of the local textile industry.
Relationship of tennis play to executive function in children and adolescents
Authors: Ishihara Toru , Sugasawa Shigemi , Matsuda Yusuke , Mizuno Masao 
Published: June 2017

AbstractThis study evaluated the association between the frequency of tennis play and executive function in children and adolescents. One hundred and six junior tennis players (6–15 years old) participated in this study. Executive function, including inhibitory control, working memory, and cognitive flexibility were evaluated at rest. Females showed better inhibitory control and cognitive flexibility than males. In males, more frequent tennis play was associated with higher basic processing speed and inhibitory control after controlling for age, gender, body mass index (BMI), and tennis experience. More frequent tennis play was associated with better working memory in both males and females after controlling for age, gender, BMI, and tennis experience. Furthermore, longer tennis experience was related to better cognitive flexibility in males after controlling for age, gender, BMI, and frequency of tennis play. These findings suggest that tennis play is associated with the development of three foundational aspects of executive function (i.e. inhibitory control, working memory, cognitive flexibility). Especially, frequent participation in tennis play is related to better inhibitory control and working memory, while longer experience of tennis play is associated with better cognitive flexibility. Although development of inhibitory control and cognitive flexibility is slower in males than in females, the associations between tennis play and inhibitory control and cognitive flexibility appear to be larger in males than in females.
Detecting and removing multiplicative spatial bias in high-throughput screening technologies
Authors: Caraus Iurie , Mazoure Bogdan , Nadon Robert , Makarenkov Vladimir 
Published: June 2017

Abstract

Motivation
Considerable attention has been paid recently to improve data quality in high-throughput screening (HTS) and high-content screening (HCS) technologies widely used in drug development and chemical toxicity research. However, several environmentally- and procedurally-induced spatial biases in experimental HTS and HCS screens decrease measurement accuracy, leading to increased numbers of false positives and false negatives in hit selection. Although effective bias correction methods and software have been developed over the past decades, almost all of these tools have been designed to reduce the effect of additive bias only. Here, we address the case of multiplicative spatial bias.

Results
We introduce three new statistical methods meant to reduce multiplicative spatial bias in screening technologies. We assess the performance of the methods with synthetic and real data affected by multiplicative spatial bias, including comparisons with current bias correction methods. We also describe a wider data correction protocol that integrates methods for removing both assay and plate-specific spatial biases, which can be either additive or multiplicative.

Conclusions
The methods for removing multiplicative spatial bias and the data correction protocol are effective in detecting and cleaning experimental data generated by screening technologies. As our protocol is of a general nature, it can be used by researchers analyzing current or next-generation high-throughput screens.

Availability and implementation
The AssayCorrector program, implemented in R, is available on CRAN.

Supplementary information
Supplementary data are available at Bioinformatics online.
The interfacial character of antibody paratopes: analysis of antibody–antigen structures
Authors: Nguyen Minh N , Pradhan Mohan R , Verma Chandra , Zhong Pingyu 
Published: June 2017

Abstract

Summary
In this study, computational methods are applied to investigate the general properties of antigen engaging residues of a paratope from a non-redundant dataset of 403 antibody–antigen complexes to dissect the contribution of hydrogen bonds, hydrophobic, van der Waals contacts and ionic interactions, as well as role of water molecules in the antigen–antibody interface. Consistent with previous reports using smaller datasets, we found that Tyr, Trp, Ser, Asn, Asp, Thr, Arg, Gly, His contribute substantially to the interactions between antibody and antigen. Furthermore, antibody–antigen interactions can be mediated by interfacial waters. However, there is no reported comprehensive analysis for a large number of structured waters that engage in higher ordered structures at the antibody–antigen interface. From our dataset, we have found the presence of interfacial waters in 242 complexes. We present evidence that suggests a compelling role of these interfacial waters in interactions of antibodies with a range of antigens differing in shape complementarity. Finally, we carry out 296 835 pairwise 3D structure comparisons of 771 structures of contact residues of antibodies with their interfacial water molecules from our dataset using CLICK method. A heuristic clustering algorithm is used to obtain unique structural similarities, and found to separate into 368 different clusters. These clusters are used to identify structural motifs of contact residues of antibodies for epitope binding.

Availability and implementation
This clustering database of contact residues is freely accessible at http://mspc.bii.a-star.edu.sg/minhn/pclick.html.

Supplementary information
Supplementary data are available at Bioinformatics online.
Matrix completion with side information and its applications in predicting the antigenicity of influenza viruses
Authors: Huang Li , Li Xianhong , Guo Pengfei , Yao Yuhua , Liao Bo , Zhang Weiwei , Wang Fayou , Yang Jiasheng , Zhao Yulong , Sun Hailiang , He Pingan , Yang Jialiang 
Published: June 2017

Abstract

Motivation
Low-rank matrix completion has been demonstrated to be powerful in predicting antigenic distances among influenza viruses and vaccines from partially revealed hemagglutination inhibition table. Meanwhile, influenza hemagglutinin (HA) protein sequences are also effective in inferring antigenic distances. Thus, it is natural to integrate HA protein sequence information into low-rank matrix completion model to help infer influenza antigenicity, which is critical to influenza vaccine development.

Results
We have proposed a novel algorithm called biological matrix completion with side information (BMCSI), which first measures HA protein sequence similarities among influenza viruses (especially on epitopes) and then integrates the similarity information into a low-rank matrix completion model to predict influenza antigenicity. This algorithm exploits both the correlations among viruses and vaccines in serological tests and the power of HA sequence in predicting influenza antigenicity. We applied this model into H3N2 seasonal influenza virus data. Comparing to previous methods, we significantly reduced the prediction root-mean-square error in a 10-fold cross validation analysis. Based on the cartographies constructed from imputed data, we showed that the antigenic evolution of H3N2 seasonal influenza is generally S-shaped while the genetic evolution is half-circle shaped. We also showed that the Spearman correlation between genetic and antigenic distances (among antigenic clusters) is 0.83, demonstrating a globally high correspondence and some local discrepancies between influenza genetic and antigenic evolution. Finally, we showed that 4.4%±1.2% genetic variance (corresponding to 3.11 ± 1.08 antigenic distances) caused an antigenic drift event for H3N2 influenza viruses historically.

Availability and implementation
The software and data for this study are available at http://bi.sky.zstu.edu.cn/BMCSI/.

Supplementary information
Supplementary data are available at Bioinformatics online.
Pheno4J: a gene to phenotype graph database
Authors: Mughal Sajid , Moghul Ismail , Yu Jing ,   UKIRDC, Black Graeme , Hall Georgina , Ingram Stuart , Gillespie Rachel , Manson Forbes , Sergouniotis Panagiotis , Inglehearn Chris , Toomes Carmel , Ali Manir , McKibbin Martin , Poulter James , Khan Kamron , Lord Emma , Nemeth Andrea , Downes Susan , Halford Stephanie , Yu Jing , Lise Stefano , Arno Gavin , Fiorentino Alessia , Pontikos Nikolas , Plagnol Vincent , Michaelides Michel , Hardcastle Alison J , Cheetham Michael E , Webster Andrew R , van Heyningen Veronica , Clark Tristan , Gregory David S , Pontikos Nikolas 
Published: June 2017

Abstract

Summary
Efficient storage and querying of large amounts of genetic and phenotypic data is crucial to contemporary clinical genetic research. This introduces computational challenges for classical relational databases, due to the sparsity and sheer volume of the data. Our Java based solution loads annotated genetic variants and well phenotyped patients into a graph database to allow fast efficient storage and querying of large volumes of structured genetic and phenotypic data. This abstracts technical problems away and lets researchers focus on the science rather than the implementation. We have also developed an accompanying webserver with end-points to facilitate querying of the database.

Availability and implementation
The Java and Python code are available at https://github.com/phenopolis/pheno4j.

Supplementary information
Supplementary data are available at Bioinformatics online.