bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
The phenomenon of environmental terrorism
Authors: Гедгафов М.М. 
Published: September 2024

В статье рассматривается экологический терроризм как преступный инструмент, который может способствовать развитию межгосударственных и военных конфликтов. Нанесение экологического вреда отдельными личностями или террористическими организациями или угроза таких действий осуществляется с целью давления на правительство или население, запугивания. Террористы могут совершать быстрые и разрушительные атаки, направленные на окружающую среду. Ее загрязнение или уничтожение объектов может негативно влиять на жизнь людей и животных, населяющих данную среду. Для нейтрализации данной проблемы для Российской Федерации необходимо принять ряд мер, от проработанности которых зависит успех деятельности правоохранительных органов.
The article considers environmental terrorism as a criminal tool that can contribute to the development of interstate and military conflicts. The infliction of environmental harm by individuals or terrorist organizations or the threat of such actions is carried out with the aim of putting pressure on the Government or the population, intimidation. Terrorists can carry out rapid and destructive attacks aimed at the environment. Its pollution or destruction of objects can negatively affect the lives of people and animals inhabiting this environment. To neutralize this problem for the Russian Federation, it is necessary to take a number of measures, the elaboration of which determines the success of law enforcement agencies.
STUDY OF TRANSCRIPTIONAL REGULATORY CIRCUITS AND CLUSTERS OF TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITES IN PLANT GENOMES ACCORDING TO CHIP-SEQ DATA
Authors: Дергилев А.И. , Добровольская О.Б. , Орлова Н.Г. , Орлов Ю.Л. 
Published: September 2024

С развитием технологий высокопроизводительного геномного секвенирования, в том числе иммунопреципитации хроматина с последующим секвенированием ChIP-seq, появляется возможность исследовать сайты связывания транскрипционных факторов в масштабе генома для многих модельных организмов, включая растения, имеющие биотехнологическое значение. Объёмы данных об экспериментально определенных сайтах связывания продолжают расти, и это приводит к появлению всё новых и новых качественных задач биоинформатики, среди которых: определение параметров регуляции экспрессии генов транскрипционными факторами, определение генов-мишеней и реконструкции регуляторных генных сетей в модельных организмах и т.д. Актуальной задачей становится разработка новых инструментов анализа сайтов связывания транскрипционных факторов, их взаимного расположения в последовательностях ДНК, кластеризации в геноме, включающих в себя такие возможности, как визуализация, получение статистических оценок вероятности возникновения таких кластеров.
With the development of high-throughput genomic sequencing technologies, including chromatin immunoprecipitation followed by ChIP-seq sequencing, it becomes possible to study transcription factor binding sites at the genome scale for many model organisms, including plants of biotechnological importance. The amount of data on experimentally determined binding sites continues to grow, and this leads to the emergence of more and more new qualitative problems of bioinformatics, including: determining the parameters of regulation of gene expression by transcription factors, determining target genes and reconstructing regulatory gene networks in model organisms, etc. . An urgent task is to develop new tools for analyzing the binding sites of transcription factors, their mutual arrangement in DNA sequences, clustering in the genome, including such features as visualization, obtaining statistical estimates of the probability of occurrence of such clusters.
IMPROVEMENT OF GINOFIP - ALGORITHM FOR IDENTIFICATION OF OPERONS OF INTEREST
Authors: Кучур П.Д. , Афонникова С.Д. , Комиссаров А.С. 
Published: September 2024

Бактериальные геномы – один из наиболее распространенных видов данных секвенирования. По этой причине они всё чаще становятся объектами исследований. Фокус внимания исследователей постепенно смещается с анализа одной геномной сборки на сравнительный анализ нескольких геномов. Проводить его на уровне всего генома всё ещё не целесообразно, однако можно сконцентрироваться на сопоставлении отдельных его структур. Геном бактерий представлен оперонами – функциональными единицами, которые сочетают в себе несколько генов, контролирующих общий процесс.
Bacterial genomes are one of the most common types of sequencing data. For this reason, they are increasingly becoming objects of research. The focus of attention of researchers is gradually shifting from the analysis of one genomic assembly to the comparative analysis of several genomes. It is still not advisable to conduct it at the level of the entire genome, but one can concentrate on comparing its individual structures. The genome of bacteria is represented by operons - functional units that combine several genes that control the overall process.
RELATIONSHIP OF PHYLOGENETIC ANALYSIS OF THE E183L GENE OF THE ASF VIRUS WITH THE CLASSIFICATION OF ISOLATES BY SEROGROUP
Authors: Минкова С.И. , Кольцов А.Ю. , Холод Н.С. , Кольцова Г.С. 
Published: September 2024

Африканская чума свиней (АЧС) – это высококонтагиозное вирусное заболевание диких и домашних свиней. К 2021 г. только в Российской Федерации зарегистрировано более 1500 эпизоотических вспышек. В настоящее время АЧС остаётся острой проблемой для сельского хозяйства, так как отсутствуют эффективные методы профилактики и лечения.
African swine fever (ASF) is a highly contagious viral disease of wild and domestic pigs. By 2021, more than 1,500 epizootic outbreaks have been registered in the Russian Federation alone. Currently, ASF remains an acute problem for agriculture, as there are no effective methods of prevention and treatment.
POLYMORPHISM OF CSN3, LGB AND MGST1 GENES IN DAIRY COWS
Authors: Романенкова О.С. , Зимина А.А. , Сермягин А.А. , Кольцов Д.Н. 
Published: September 2024

К настоящему времени выявлено большое количество генов, ассоциированных с параметрами молочной продуктивности крупного рогатого скота, определена их локализация в хромосомах и последовательность пар нуклеотидов в их молекулярной структуре [1]. При этом широкое использование современных технологий высокопроизводительного секвенирования (NGS, next generation sequencing) геномов крс и полногеномного поиска ассоциаций (GWAS, genome-wide association studies) позволило выявить ранее неизвестные аллельные варианты генов, связанных с молочной продуктивностью [2].
To date, a large number of genes associated with the parameters of dairy productivity of cattle have been identified, their localization in chromosomes and the sequence of base pairs in their molecular structure have been determined [1]. At the same time, the widespread use of modern technologies for high-throughput sequencing (NGS, next generation sequencing) of bovine genomes and genome-wide association studies (GWAS, genome-wide association studies) made it possible to identify previously unknown allelic variants of genes associated with milk production [2].
ANALYSIS OF THE SUNFLOWER COLLECTION FOR THE Pl6 LOCUS RESPONSIBLE FOR THE RESISTANCE OF HELIANTHUS ANNUUS TO DOWY POWDERY DEW
Authors: Сидоров Л.А. , Милюкова Н.А. , Пырсиков А.С. 
Published: September 2024

Ложная мучнистая роса подсолнечника (ЛМР) - это заболевание растения, которое вызывается возбудителем Plasmopara halstedii (Farl.) из порядка Peronosporales, который принадлежит к оомицетам. Является облигатным паразитом, образует в органах растения толстую ветвящуюся границу диаметром 6-9 мкм с зернистым бесцеветным или желтоватым содержимым. Источниками первичной инфекции являются ооспоры, которые сохраняются в почве до 10 лет; источником вторичной инфекции являются зооспоры. Проявляется одновременно, как и системно, так и локально. Симптомами заболевания являются белый налёт на нижней стороне листа, отсутствие гелиотропизма, замедленный рост, укороченные междоузлия, карликовость.
Sunflower downy mildew (SMF) is a plant disease caused by the pathogen Plasmopara halstedii (Farl.) from the order Peronosporales, which belongs to the oomycetes. It is an obligate parasite that forms a thick branching border 6-9 µm in diameter with granular, colorless or yellowish contents in plant organs. Sources of primary infection are oospores that persist in the soil for up to 10 years; zoospores are the source of secondary infection. It manifests itself both systemically and locally. Symptoms of the disease are white bloom on the underside of the leaf, lack of heliotropism, slow growth, shortened internodes, dwarfism.
PHYLOGENETIC ANALYSIS OF RUSSIAN LOCAL SHEEP BREEDS BASED ON THE POLYMORPHISM OF THE MITOCHONDRIAL DNA CYTOCHROME B GENE
Authors: Кошкина О.А. , Денискова Т.Е. , Соловьева А.Д. , Зиновьева Н.А. 
Published: September 2024

Генетическое разнообразие популяций сельскохозяйственных животных играет жизненно важную роль в формировании признаков, ответственных за улучшение, выживание и адаптацию биологического вида [1]. Изучение генетической изменчивости современных аборигенных пород овец позволит накопить знания об их происхождении и расселении, а также понять влияние человеческой деятельности на овец с момента одомашнивания, что является актуальной задачей в современном мире. Одним из эффективных подходов к оценке генетического разнообразия является исследование митохондриальной ДНК (мтДНК). Филогенетический анализ проводится на основе данных о полиморфизме контрольной области (D-петли) или гена цитохрома В (CytB)
The genetic diversity of farm animal populations plays a vital role in the formation of traits responsible for the improvement, survival and adaptation of a biological species [1]. The study of the genetic variability of modern native breeds of sheep will allow to accumulate knowledge about their origin and distribution, as well as to understand the impact of human activity on sheep from the moment of domestication, which is an urgent task in the modern world. One of the effective approaches to assessing genetic diversity is the study of mitochondrial DNA (mtDNA). Phylogenetic analysis is based on data on polymorphism of the control region (D-loop) or the cytochrome B (CytB) gene [2-6]. In this regard, the aim of our work was to study the genetic diversity and determine the haplotype variability and haplogroup affiliation of Russian sheep breeds based on the CytB gene sequences.
HISTOLOGICAL FEATURES OF THE STRUCTURE OF THE SPERMATOGENIC EPITHELIUM OF THE TESTILES OF MAMMALS
Authors: Дуденкова Н.А. 
Published: September 2024

С наступлением половой зрелости в мужском организме млекопитающих начинается процесс образования мужских половых клеток – сперматогенез. Этот процесс происходит в извитых семенных канальцах мужских половых желез – семенниках [2].
With the onset of puberty in the male body of mammals, the process of formation of male germ cells - spermatogenesis begins. This process occurs in the convoluted seminiferous tubules of the male gonads - the testes [2].
POTENTIAL STRESS-INDUCED MATRYOSHKA GENES AS TARGETS FOR INCREASING RESISTANCE TO VARIOUS TYPES OF STRESS: A SEARCH ALGORITHM IN MODEL AND CULTURE PLANTS
Authors: Шешукова Е.В. , Ершова Н.М. , Поздышев Д.В. , Комарова Т.В. 
Published: September 2024

Системные защитные реакции растений в ответ на неблагоприятные воздействия биотической и абиотической природы сопровождаются активацией экспрессии стрессиндуцируемых генов. Подобная индукция экспрессии может осуществляться как на уровне транскрипции, так трансляции и стабильности мРНК. В этот процесс вовлечены транскрипционные факторы, регуляторы трансляции, а также различные белки, которые участвуют в контроле качества мРНК. Целью настоящего исследования было изучение генных систем-матрёшек, содержащих в пределах основного гена экспрессирующиеся альтернативные открытые рамки считывания (аОРС), а также выявление их роли в формировании механизмов обеспечения устойчивости растений к стрессам.
Systemic defense reactions of plants in response to adverse effects of biotic and abiotic nature are accompanied by activation of the expression of stress-induced genes. Such induction of expression can be carried out both at the level of transcription and translation and mRNA stability. This process involves transcription factors, translational regulators, and various proteins that are involved in mRNA quality control. The aim of this study was to study matryoshka gene systems containing expressed alternative open reading frames (aORFs) within the main gene, as well as to identify their role in the formation of mechanisms for ensuring plant resistance to stress.
REPLICATION OF RECOMBINANT AFRICAN SWINE FEVER VIRUSES WITH EP402R GENE DELETION IN VIVO
Authors: Кольцов А.Ю. , Крутько С.А. , Белов С.В. , Холод Н.С. , Коротин А.В. , Сухер М.М. , Кольцова Г.С. 
Published: September 2024

Африканская чума свиней - контагиозная вирусная геморрагическая болезнь домашних и диких свиней с летальностью до 100 %, сопровождающаяся лихорадкой, цианозом кожи, диареей, судорогами (Montgomery, 1921). Вирус АЧС - крупный икосаэдрический цитоплазматический вирус семейства Asfarviridae (Dixon et al., 2012). С момента регистрации первых случаев АЧС в 2007 году свиноводческая отрасль России испытывает серьезные экономические потери. Вакцины против АЧС не разработаны, а прогресс создания безопасных и эффективных вакцин сдерживается недостатком знаний о степени разнообразия штаммов вируса АЧС и вирусных антигенах, обеспечивающих защитный иммунитет у свиней. Несмотря на многолетние исследования функции многих белков вируса АЧС не изучены. Кроме того, продемонстрировано, что одни и те же белки разных штаммов могут обладать различными функциональными особенностями в инфицированных вирусом клетках.
African swine fever is a contagious viral hemorrhagic disease of domestic and wild pigs with a mortality rate of up to 100%, accompanied by fever, cyanosis of the skin, diarrhea, and convulsions (Montgomery, 1921). ASF virus is a large icosahedral cytoplasmic virus of the Asfarviridae family (Dixon et al., 2012). Since the first cases of ASF were registered in 2007, the Russian pig industry has experienced serious economic losses. Vaccines against ASF have not been developed, and progress in developing safe and effective vaccines has been hampered by a lack of knowledge about the degree of diversity in ASF virus strains and the viral antigens that confer protective immunity in pigs. Despite many years of research, the functions of many proteins of the ASF virus have not been studied. In addition, it has been demonstrated that the same proteins of different strains can have different functional features in virus-infected cells.
CREATING A CONVENIENT TOOL FOR STUDYING VIRUS-PLANT INTERACTION
Authors: Колесникова В.В. , Лебедева М.В. 
Published: September 2024

Вирусные болезни приносят наиболее значимый ущерб вегетативно размножающимся культурам, таким как картофель. В качестве мер борьбы с вирозами используют устойчивые сорта и здоровый посадочный материал. Эффективные химические препараты против вирусов недоступны на рынке.
Viral diseases cause the most significant damage to vegetatively propagating crops such as potatoes. Resistant varieties and healthy planting material are used as measures to combat viroses. Effective chemicals against viruses are not available on the market.
EFFECTIVENESS OF THE NEW PLANT PROMOTER pro-SmAMP-X IN MODEL AND AGRICULTURAL PLANTS
Authors: Иванова Л.А. , Комахин Р.А. 
Published: September 2024

Несмотря на развитие генетической инженерии растений, в настоящее время актуален вопрос расширения спектра растительных промоторов для биотехнологии модельных и сельскохозяйственных растений. Изолированные промоторы растительного происхождения могут сохранять свои основные функции в гетерологичных растениях, однако качественные и количественные вариации экспрессии рекомбинантных генов под их контролем не являются редкостью и должны быть изучены для каждого промотора, предлагаемого для биотехнологии растений. Ранее нами из генома растения мокрицы (Stellaria media) был клонирован промотор гена альфа-гарпинина SmAMP-Х. Было установлено, что в геноме мокрицы существует не менее двух версий промотора, обозначенные нами pro-SmAMP-X1 и pro-SmAMP-X2, которые благодаря 27 % полиморфизму демонстрируют различающиеся наборы цис- элементов.
Despite the development of plant genetic engineering, the issue of expanding the range of plant promoters for the biotechnology of model and agricultural plants is currently relevant. Isolated promoters of plant origin can retain their main functions in heterologous plants; however, qualitative and quantitative variations in the expression of recombinant genes under their control are not uncommon and should be studied for each promoter proposed for plant biotechnology. Previously, we cloned the promoter of the SmAMP-X alpha-harpinin gene from the genome of the woodlice plant (Stellaria media). It was found that there are at least two versions of the promoter in the woodlouse genome, which we designated as pro-SmAMP-X1 and pro-SmAMP-X2, which, due to 27% polymorphism, demonstrate different sets of cis-elements.
DEVELOPMENT OF TECHNOLOGY ELEMENTS FOR OBTAINING DOUBLE HAPLOIDS OF BEET
Authors: Заячковская Т.В. , Минейкина А.И. , Кан Л.Ю. , Заячковский В.А. , Домблидес Е.А. 
Published: September 2024

Большая экономическая значимость свеклы столовой (Beta vulgaris L. ssp. europaea Krass. var. atrorubra Krass.), как одной из основных корнеплодных овощных культур России, требует в настоящее время внедрения в селекционный процесс современных биотехнологических методов, в частности культуры неопыленных семяпочек in vitro, с возможностью получения удвоенных гаплоидных растений для ускоренного создания на их основе высокопродуктивных гибридов. Наиболее распространенным объектом биотехнологических исследований семейства Амарантовые (Chenopodiaceae Vent.) является свекла сахарная.
The great economic importance of table beet (Beta vulgaris L. ssp. europaea Krass. var. atrorubra Krass.), as one of the main root vegetable crops in Russia, currently requires the introduction of modern biotechnological methods into the breeding process, in particular, the culture of unpollinated ovules in vitro , with the possibility of obtaining doubled haploid plants for the accelerated creation of highly productive hybrids on their basis. The most common object of biotechnological research of the Amaranth family (Chenopodiaceae Vent.) is sugar beet.
RESULTS OF ISOLATION OF SOMATIC CELL CULTURE FROM MATERIAL OBTAINED 10 HOURS AFTER THE DEATH OF A HYBRID OF SHEEP AND SNOW SHAM
Authors: Ворожбит Т.А. , Сингина Г.Н. 
Published: September 2024

Одной из задач соматического клонирования является сохранение редких или уникальных животных [1]. В качестве доноров ядер в таких случаях как правило используются фибробласты кожи, также возможно использование и других клеток, полученных от живых животных. Однако, возможны ситуации, когда уникальное животное погибло, а от него так и не были получены образцы соматических клеток. В таком случае возникает вопрос о методе получения культуры соматических клеток от мертвого животного, и в течение какого времени это еще возможно [2]. Целью работы являлась оценка возможности получения культуры соматических клеток от погибшего животного (гибрид овцы и снежного барана). Материал (уши), для выделения первичной культуры соматических клеток был получен от гибрида овцы и снежного барана. Работа по получению первичной культуры соматических клеток началась через 10 часов после смерти животного.
One of the tasks of somatic cloning is the preservation of rare or unique animals [1]. In such cases, skin fibroblasts are usually used as nuclear donors, and other cells obtained from living animals can also be used. However, situations are possible when a unique animal has died, and somatic cell samples have not been obtained from it. In this case, the question arises about the method of obtaining a culture of somatic cells from a dead animal, and for how long it is still possible [2]. The aim of the work was to evaluate the possibility of obtaining a culture of somatic cells from a dead animal (a hybrid of a sheep and a bighorn sheep). The material (ears) for the isolation of the primary culture of somatic cells was obtained from a hybrid of a sheep and a bighorn sheep. Work on obtaining a primary culture of somatic cells began 10 hours after the death of the animal.
INFLUENCE OF CYTOCHALASIN B ON THE DEVELOPMENT OF CLONED PORK EMBRYOS DEPENDING ON THE DURATION OF THE PROCEDURE OF ENUCLEATION AND SOMATIC CELL NUCLE TRANSFER
Authors: Лопухов А.В. , Сингина Г.Н. 
Published: September 2024

При соматическом клонировании механическое удаление ядра может оказывать негативное влияние на ультраструктуру энуклеируемых ооцитов, вызывая утрату и разрушение ряда функционально значимых клеточных компартментов и, как следствие, снижение метаболической активности и жизнеспособности получаемых цитопластов. По мнению ряда авторов, способность цитохалазина Б к разрушению актин-содержащих филаментов может повышать пластичность цитоскелета и устойчивость ооцита к механическим повреждениям в ходе удаления хромосомного материала и подсадки донорской соматической клетки [1,2].
During somatic cloning, mechanical removal of the nucleus can have a negative effect on the ultrastructure of enucleated oocytes, causing the loss and destruction of a number of functionally important cellular compartments and, as a result, a decrease in the metabolic activity and viability of the resulting cytoplasts. According to some authors, the ability of cytochalasin B to destroy actin-containing filaments can increase the plasticity of the cytoskeleton and the resistance of the oocyte to mechanical damage during the removal of chromosome material and transplantation of a donor somatic cell [1, 2].
MICROCLONAL REPRODUCTION OF KOK-SAGYZ (TARAXACUM KOK-SAGYZ RODIN), A PROMISING SOURCE OF NATURAL RUBBER
Authors: Мартиросян Л.Ю. , Эсембаева М.А. , Мягкова Е.Р. , Филатова С.И. , Цыганкова Е.А. , Джумакулыева М. 
Published: September 2024

Натуральный каучук является высоко востребованным сырьем, широко применяется при производстве медицинских и бытовых изделий, шин для авиации и военной техники. Основную часть натурального каучука получают из Hevea brasiliensis. Родина гевеи — Бразилия — сейчас практически не производит каучук, все плантации там поражены патогенным грибом, Microcyclus Ulei, бороться с которым пока еще очень сложно. Это заболевание, против которого не существует эффективных методов борьбы, поражает деревья до того, как они достигают своей физиологической зрелости, и уничтожает каучуковые плантации. Наиболее перспективным альтернативным гевее каучуконосом по праву считается кок-сагыз (Taraxacum kok-saghyz Rodin) [1,2]. В его корнях синтезируется каучук, не уступающий по качеству полученному из гевеи, и его содержание у высокопродуктивных коллекционных образцов достигает до 17% к сухой массе корней.
Natural rubber is a highly demanded raw material, widely used in the production of medical and household products, tires for aviation and military equipment. The main part of natural rubber is obtained from Hevea brasiliensis. The birthplace of hevea - Brazil - now practically does not produce rubber, all plantations there are affected by a pathogenic fungus, Microcyclus Ulei, which is still very difficult to fight. This disease, for which no effective control methods exist, infects trees before they reach their physiological maturity and destroys rubber plantations. Kok-saghyz (Taraxacum kok-saghyz Rodin) is considered to be the most promising alternative to hevea rubber [1,2]. In its roots, rubber is synthesized, which is not inferior in quality to that obtained from hevea, and its content in highly productive collection samples reaches up to 17% of the dry weight of the roots.