bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Optical Spectroscopy as a Method for Skin Cancer Risk Assessment
Authors: Rodriguez‐Diaz Eladio , Manolakos Danielle , Christman Holly , Bonning Michael A. , Geisse John K. , A'Amar Ousama M. , Leffell David J. , Bigio Irving J. 
Published: July 2019

AbstractSkin cancer is the most prevalent cancer, and its assessment remains a challenge for physicians. This study reports the application of an optical sensing method, elastic scattering spectroscopy (ESS), coupled with a classifier that was developed with machine learning, to assist in the discrimination of skin lesions that are concerning for malignancy. The method requires no special skin preparation, is non‐invasive, easy to administer with minimal training, and allows rapid lesion classification. This novel approach was tested for all common forms of skin cancer. ESS spectra from a total of 1307 lesions were analyzed in a multi‐center, non‐randomized clinical trial. The classification algorithm was developed on a 950‐lesion training dataset, and its diagnostic performance was evaluated against a 357‐lesion testing dataset that was independent of the training dataset. The observed sensitivity was 100% (14/14) for melanoma and 94% (105/112) for non‐melanoma skin cancer. The overall observed specificity was 36% (84/231). ESS has potential, as an adjunctive assessment tool, to assist physicians to differentiate between common benign and malignant skin lesions.
Evaluating antimicrobial resistance in the global shrimp industry
Authors: Thornber Kelly , Verner‐Jeffreys David , Hinchliffe Steve , Rahman Muhammad Meezanur , Bass David , Tyler Charles R. 
Published: July 2019

AbstractAntimicrobial resistance (AMR) is a growing threat to global public health, and the overuse of antibiotics in animals has been identified as a major risk factor. With high levels of international trade and direct connectivity to the aquatic environment, shrimp aquaculture may play a role in global AMR dissemination. The vast majority of shrimp production occurs in low‐ and middle‐income countries, where antibiotic quality and usage is widely unregulated, and where the integration of aquaculture with family livelihoods offers many opportunities for human, animal and environmental bacteria to come into close contact. Furthermore, in shrimp growing areas, untreated waste is often directly eliminated into local water sources. These risks are very different to many other major internationally‐traded aquaculture commodities, such as salmon, which is produced in higher income countries where there are greater levels of regulation and well‐established management practices. Assessing the true scale of the risk of AMR dissemination in the shrimp industry is a considerable challenge, not least because obtaining reliable data on antibiotic usage is very difficult. Combating the risks associated with AMR dissemination is also challenging due to the increasing trend towards intensification and its associated disease burden, and because many farmers currently have no alternatives to antibiotics for preventing crop failure. In this review, we critically assess the potential risks the shrimp industry poses to AMR dissemination. We also discuss some of the possible risk mitigation strategies that could be considered by the shrimp industry as it strives for a more sustainable future in production.
Intestinal surgery in small animals: historical foundations, current thinking, and future horizons
Authors: Ellison Gary W. , Case J. Brad , Regier Penny J. 
Published: July 2019

AbstractIntestinal wounds require precise closure after intestinal biopsy, enterotomy, or enterectomy in small animals. Preexisting factors such as intra‐abdominal sepsis and hypoalbuminemia as well as poor surgical technique increase the risk of intestinal dehiscence, with considerable negative impact on patient morbidity and mortality. Live dog studies have demonstrated the dangers of mucosal eversion especially in the septic abdomen. Approximating patterns preserve luminal diameter, heal optimally, and have equal bursting strength compared with inverting patterns after 24 hours. Simple interrupted and simple continuous suture patterns and disposable skin staples are established alternatives for manual wound closure. Knotless quilled suture currently used in laparoscopic gastropexy techniques shows bursting strength equal to monofilament sutures in dog cadaveric intestine. Dehiscence rates with hand sewn vs titanium automated stapling anastomosis are similar in uncomplicated cases; however, auto stapling devices may be the preferred method of anastomosis when preexisting abdominal sepsis is present and when patient size allows it. Regardless of the technique, current standard of care involves leak testing and omental wrapping, followed by early postoperative feeding. The past decade has ushered in an exciting new era of laparoscopic assisted techniques that have the potential to reduce postoperative pain and patient morbidity. An understanding of these applications will establish the future of minimally invasive small animal intestinal surgery for veterinary specialists. In summary, surgeons have a variety of methods at their disposal for optimal clinical outcome in small animal intestinal surgery.
Extended long‐term radiographic and functional comparison of tibial plateau leveling osteotomy vs tibial tuberosity advancement for cranial cruciate ligament rupture in the dog
Authors: Moore Elisabeth V. , Weeren Robert , Paek Matthew 
Published: July 2019

AbstractObjectiveTo report extended long‐term outcomes of dogs with cranial cruciate ligament rupture treated by tibial plateau leveling osteotomy (TPLO) or tibial tuberosity advancement (TTA).Study designRetrospective clinical cohort study.AnimalsClient‐owned dogs with ≥3 years follow‐up (118 dogs, 166 stifles).MethodsRecords from June 2012 to May 2015 were reviewed. Follow‐up examination and radiography were performed in dogs meeting the inclusion criteria. Measures of outcomes included a radiographic osteoarthritis score (preoperative, 8 weeks postoperative, and ≥3 years postoperative), the Canine Brief Pain Inventory, and the Canine Orthopedic Index.ResultsNinety‐four dogs treated with TPLO (133 stifles) and 24 dogs treated with TTA (33 stifles) met the inclusion criteria. All dogs underwent meniscal release or partial medial meniscectomy. Osteoarthritis score progressed more after TTA (P = .003) and in dogs with bilateral surgery (P = .022). Long‐term outcomes that were better after TPLO compared with TTA included average pain in the last 7 days (P = .007), interference with walking (P = .010), morning stiffness (P = .004), jumping (P = .003) and climbing (P = .040), limping during mild activities (P = .001), and overall quality of life (P = .045).ConclusionOsteoarthritis progressed more after TTA and in dogs with bilateral stifle surgery. Dogs treated with TPLO subjectively seemed to have less pain and fewer mobility issues.Clinical significanceTibial plateau leveling osteotomy provides a better long‐term radiographic and functional outcome than TTA.
The functional and pragmatic contexts of world Englishes
Authors: Valentine Tamara 
Published: July 2019

AbstractDrawing on the concepts of the ‘context of situation’ of J. R. Firth and the Hallidayan meaning of ‘linguistic performance’, the early works of Braj Kachru presented a sociologically oriented linguistic model to the study of Indian English. Giving Indianness ‘functional relevance and formal “manifestation”’, Kachru laid the foundation for contextualizing world Englishes within a sociolinguistic framework. This paper revisits the early cultural wars of language, and Kachru's efforts to explain language variation in the multilingual, multicultural contexts of English around the world within the scope of ‘pragmatism and linguistic realism’ (Kachru, 1986, p. 32). This paper examines the research, studies and insights of scholars who have contributed to furthering the functional and pragmatic contexts in which world Englishes are used.
Kachru's redeeming myth of world Englishes
Authors: Webster Jonathan J. 
Published: July 2019

AbstractMichael Halliday once stated that all theories employ metaphors in order to express their essence, which might be restated as ‘every theory is a myth for what it is theorizing’. In his early work, Braj Kachru set out to creatively and critically ‘de‐mythologize’ the English canon, and in its stead introduced the new metaphor of the ‘Three Circles’, and the innovative, and redeeming, myth of ‘world Englishes’, changing the history of English studies in the process.
Focal neocortical lesions impair distant neuronal information processing
Authors: Wahlbom Anders , Enander Jonas M. D. , Bengtsson Fredrik , Jörntell Henrik 
Published: July 2019

Key points
Parts of the fields of neuroscience and neurology consider the neocortex to be a functionally parcelled structure.
Viewed through such a conceptual filter, there are multiple clinical observations after localized stroke lesions that seem paradoxical.
We tested the effect that localized stroke‐like lesions have on neuronal information processing in a part of the neocortex that is distant to the lesion using animal experiments.
We find that the distant lesion degrades the quality of neuronal information processing of tactile input patterns in primary somatosensory cortex.
The findings suggest that even the processing of primary sensory information depends on an intact neocortical network, with the implication that all neocortical processing may rely on widespread interactions across large parts of the cortex.
AbstractRecent clinical studies report a surprisingly weak relationship between the location of cortical brain lesions and the resulting functional deficits. From a neuroscience point of view, such findings raise questions as to what extent functional localization applies in the neocortex and to what extent the functions of different regions depend on the integrity of others. Here we provide an in‐depth analysis of the changes in the function of the neocortical neuronal networks after distant focal stroke‐like lesions in the anaesthetized rat. Using a recently introduced high resolution analysis of neuronal information processing, consisting of pre‐set spatiotemporal patterns of tactile afferent activation against which the neuronal decoding performance can be quantified, we found that stroke‐like lesions in distant parts of the cortex significantly degraded the decoding performance of individual neocortical neurons in the primary somatosensory cortex (decoding performance decreased from 30.9% to 24.2% for n = 22 neurons, Wilcoxon signed rank test, P = 0.028). This degrading effect was not due to changes in the firing frequency of the neuron (Wilcoxon signed rank test, P = 0.499) and was stronger the higher the decoding performance of the neuron, indicating a specific impact on the information processing capacity in the cortex. These findings suggest that even primary sensory processing depends on widely distributed cortical networks and could explain observations of focal stroke lesions affecting a large range of functions.
Use of routinely collected electronic healthcare data for postlicensure vaccine safety signal detection: a systematic review
Authors: Mesfin Yonatan Moges , Cheng Allen , Lawrie Jock , Buttery Jim 
Published: July 2019

BackgroundConcerns regarding adverse events following vaccination (AEFIs) are a key challenge for public confidence in vaccination. Robust postlicensure vaccine safety monitoring remains critical to detect adverse events, including those not identified in prelicensure studies, and to ensure public safety and public confidence in vaccination. We summarise the literature examined AEFI signal detection using electronic healthcare data, regarding data sources, methodological approach and statistical analysis techniques used.MethodsWe performed a systematic review using the Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-analyses guidelines. Five databases (PubMed/Medline, EMBASE, CINAHL, the Cochrane Library and Web of Science) were searched for studies on AEFIs monitoring published up to 25 September 2017. Studies were appraised for methodological quality, and results were synthesised narratively.ResultWe included 47 articles describing AEFI signal detection using electronic healthcare data. All studies involved linked diagnostic healthcare data, from the emergency department, inpatient and outpatient setting and immunisation records. Statistical analysis methodologies used included non-sequential analysis in 33 studies, group sequential analysis in two studies and 12 studies used continuous sequential analysis. Partially elapsed risk window and data accrual lags were the most cited barriers to monitor AEFIs in near real-time.ConclusionRoutinely collected electronic healthcare data are increasingly used to detect AEFI signals in near real-time. Further research is required to check the utility of non-coded complaints and encounters, such as telephone medical helpline calls, to enhance AEFI signal detection.Trial registration numberCRD42017072741
Glucocorticoid Receptor Signaling Activates TEAD4 to Promote Breast Cancer Progression
Authors: He Lingli , Yuan Liang , Sun Yang , Wang Pingyang , Zhang Hailin , Feng Xue , Wang Zuoyun , Zhang Wenxiang , Yang Chuanyu , Zeng Yi Arial , Zhao Yun , Chen Ceshi , Zhang Lei 
Published: July 2019

Abstract

The Hippo pathway plays a critical role in cell growth and tumorigenesis. The activity of TEA domain transcription factor 4 (TEAD4) determines the output of Hippo signaling; however, the regulation and function of TEAD4 has not been explored extensively. Here, we identified glucocorticoids (GC) as novel activators of TEAD4. GC treatment facilitated glucocorticoid receptor (GR)-dependent nuclear accumulation and transcriptional activation of TEAD4. TEAD4 positively correlated with GR expression in human breast cancer, and high expression of TEAD4 predicted poor survival of patients with breast cancer. Mechanistically, GC activation promoted GR interaction with TEAD4, forming a complex that was recruited to the TEAD4 promoter to boost its own expression. Functionally, the activation of TEAD4 by GC promoted breast cancer stem cells maintenance, cell survival, metastasis, and chemoresistance both in vitro and in vivo. Pharmacologic inhibition of TEAD4 inhibited GC-induced breast cancer chemoresistance. In conclusion, our study reveals a novel regulation and functional role of TEAD4 in breast cancer and proposes a potential new strategy for breast cancer therapy.

Significance:
This study provides new insight into the role of glucocorticoid signaling in breast cancer, with potential for clinical translation.
Immunologic Correlates of Pathologic Complete Response to Preoperative Immunotherapy in Hepatocellular Carcinoma
Authors: Kaseb Ahmed Omar , Vence Luis , Blando Jorge , Yadav Shalini S. , Ikoma Naruhiko , Pestana Roberto Carmagnani , Vauthey Jean Nicolas , Allison James P. , Sharma Padmanee 
Published: July 2019

Abstract
In hepatocellular carcinoma (HCC), surgical resection is associated with high recurrence rate, and no effective adjuvant therapy currently exists. We initiated a pilot randomized trial of perioperative immunotherapy with nivolumab and ipilimumab for resectable HCC. Here, we provide an illustrative report of a case that achieved a complete response and report immunologic correlates of this complete pathologic response to perioperative immunotherapy. Clinical response was correlated with an increase in CD8+ T-cell infiltration, with an increase in two effector T-cell clusters. This study is ongoing, and the final results may contribute to a paradigm shift in the perioperative treatment of HCC, leading to the incorporation of immunotherapy in the curative setting.
ПРОТОЛІТИЧНІ РІВНОВАГИ3-(ТРИФЛУОРОАЦЕТИЛ)ІМІДАЗО[1,2-a]ПІРИМІДИНУ В МІЦЕЛЯРНИХ РОЗЧИНАХ АНІОННОЇ ТА ЦВІТЕР-ІОННОЇ ПАР
Authors: Zavada O. O. , Vodolazka N. О. , Zhuravel I. O. 
Published: July 2019

Мета роботи. Дослідження протолітичних властивостей та спектральних характеристик протигрибкової субстанції 3-(трифлуороацетил)імідазо[1,2-a]піримідину в міцелярних розчинах аніонної та цвітер-іонної поверхнево-активних речовин.
Матеріали та методи дослідження. У роботі використано стандартну спектрофотометричну методику з потенціометричним контролем рН водної фази.
Результати і обговорення. У водних розчинах 3-(трифлуоро­ацетил)імідазо[1,2-a]піримідину існують дві протолітичні рівноваги: в лужних розчинах спостерігається молекулярна депротонована форма R; форма HR+ існує в діапазоні рН від 7 до 4, дикатіон H2R2+ існує у середовищі з рН < 1.
У роботі досліджено кислотно-основні властивості та спектральні характеристики 3-(трифлуороацетил)імідазо[1,2-a]піримідину у міцелярних розчинах поверхнево-активних речовин (ПАР): аніонної ПАР – натрій н-додецилсульфаті (н-C12H25OSO3Na, ККМ ~ 8´10–3 М) та цвітер-іонної ПАР – цетилдиметиламонійпропансульфонаті (C16H33N(CH3)2(CH2)3SO3-, ККМ ~ 5´10–5 М).
Розраховано константи ступінчастої дисоціації речовини у воді та «уявні» («apparent») константи ступінчастої дисоціації в міцелярних системах.
Результати показали, що в міцелярних розчинах аніонної ПАР константи дисоціації збільшуються порівняно з водними розчинами через додатковий внесок електростатичної складової міцелярної поверхні, якою зв’язується субстрат. У міцелярних розчинах цвітер-іонної ПАР значення констант дисоціації досліджуваної речовини незначно змінюються порівняно з водними розчинами, що свідчить про низький розподіл речовини між водною фазою та міцелярною псевдофазою, унаслідок нейтральної поверхні міцел цвітер-іонної ПАР.
Висновки. Досліджено кислотно-основні та спектральні характеристики вперше синтезованої субстанції 3-(трифлуороацетил)імідазо[1,2-a]піриміди­ну протигрибкової дії у воді та у міцелярних розчинах аніонної та цвітер-іонної ПАР. Розраховано константи ступінчастої дисоціації речовини у всіх досліджуваних системах.
ХРОМАТОГРАФІЧНІ ПРОФІЛІ ФЛАВОНОЇДІВ І ГІДРОКСИКОРИЧНИХ КИСЛОТ ВІТЧИЗНЯНИХ ЗРАЗКІВ ЛІКАРСЬКОЇ РОСЛИННОЇ СИРОВИНИ ЛИСТЯ ШОВКОВИЦІ БІЛОЇ
Authors: Vronska L. V. , Demyd A. Ye. 
Published: July 2019

Мета роботи. Вивчення ТШХ- і ВЕРХ-профілів флавоноїдів і гідроксикоричних кислот вітчизняних зразків лікарської рослинної сировини листя шовковиці білої.
Матеріали і методи. Зразки сировини листя шовковиці білої було зібрано на початку червня 2015-2018 років в районах Тернопільської, Волинської, Харківської, Миколаївської областей, два зразки у різні роки було придбано у Польщі – харчова добавка (подрібнене листя) «Morwa biała» (APTEO NATURA, Польща).
У ТШХ-дослідженнях використовували хроматографічні пластинки Silica gel 60 F254 і хроматографічні камери (“Merck”, Німеччина), прилад для нанесення проб Linomat 5 (“CAMAG”, Швейцарія). При ВЕРХ-дослідженнях флавоноїдів і гідроксикоричних кислот застосовували рідинні хроматографи Agilent 1200 із детектором діодна матриця G1315D DAD Detector (“Agilent”, США) і Waters Alliance System 2690 з детектором діодна матриця Waters 996 (“Waters”, США), хроматографічну колонку XTerra C18 (“Waters”, США), градієнтне елюювання.
Результати і обговорення. У результаті хроматографічних досліджень вітчизняних зразків листя шовковиці білої, зібраних у різних регіонах України, встановлено, що рутин, ізокверцитрин, кемпферол-3-O-β-D-глюкозид і хлорогенова кислота є головними представниками флавоноїдів і гідроксикоричних кислот. Кверцитрин і ферулова кислота ідентифікуються, але їхній вміст є незначним, що узгоджується із даними літератури щодо фітохімічного аналізу польських, сербських, китайських, корейських, угорських зразків сировини. У ТШХ-профілях, крім зазначених БАР, присутні характеристичні інтенсивні зони, які, ймовірно, належать іншим флавоноїдам і гідроксикоричним кислотам. Аналогічно ВЕРХ-профілі також містять піки не ідентифікованих речовин, спектри поглинання яких є характерними для флавоноїдів і гідроксикоричних кислот.
Висновки. Отримані ТШХ- і ВЕРХ- хроматографічні профілі флавоноїдів і гідроксикоричних кислот є аналогічними для різних зразків і можуть бути використані для розробки методик ідентифікації ЛРС листя шовковиці білої та засобів на її основі. Рутин, ізокверцитрин, кемпферол-3-O-β-D-глюкозид і хлорогенову кислоту слід обрати активними маркерами при наступній розробці методик ідентифікації даної ЛРС методом “хроматографічного відбитка”.
ОСОБЛИВОСТІ ПЕРЕБІГУ ПОЛОГІВ У ВАГІТНИХ, ЗАЛЕЖНИХ ВІД ТЮТЮНОКУРІННЯ
Authors: Dudchenko L. V. 
Published: July 2019

Мета дослідження – знизити частоту ускладнень вагітності і пологів у жінок за умов тютюнокуріння.
Матеріали та методи. Обстежено 75 вагітних. Вік вагітних коливався від 17 до 26 років. Вагітні основної групи розподілені на 2 підгрупи: 1-А групу склали 45 вагітних, що курили сигарети протягом вагітності; 1-Б групу склали 30 вагітних, що курили сигарети до вагітності і не зловживали тютюном упродовж теперішньої вагітності. Контрольну групу склали 40 здорових вагітних, які не курили і не перебували під впливом тютюнокуріння під час вагітності. Групи вагітних сформовані із дотриманням принципів рандомізації. Обстеження вагітних проводили відповідно до локальних протоколів та регламентуючих наказів МОЗ України.
Результати дослідження та їх обговорення. Виявлено, що дана когорта вагітних відноситься до високої групи ризику щодо перинатальних ускладнень. Встановлено, що тютюнокуріння у вагітних сприяє підвищенню частоти фетоплацентарної дисфункції, зростанню рівня анемії вагітних, загрози переривання вагітності, дистресу плода, прееклампсії, які ускладнюють клінічний перебіг пологів і підвищують частоту перинатальних ускладнень.
Висновок. Тютюнокуріння впродовж вагітності та пологів у жінок сприяє ускладненням гестації, значно підвищує ризик анемії вагітних, дисфункції плаценти, передчасних пологів і стану плода.
Privacy-Preserving Generative Deep Neural Networks Support Clinical Data Sharing
Authors: Beaulieu-Jones Brett K. , Wu Zhiwei Steven , Williams Chris , Lee Ran , Bhavnani Sanjeev P. , Byrd James Brian , Greene Casey S. 
Published: July 2019

Background:
Data sharing accelerates scientific progress but sharing individual-level data while preserving patient privacy presents a barrier.

Methods and Results:
Using pairs of deep neural networks, we generated simulated, synthetic participants that closely resemble participants of the SPRINT trial (Systolic Blood Pressure Trial). We showed that such paired networks can be trained with differential privacy, a formal privacy framework that limits the likelihood that queries of the synthetic participants’ data could identify a real a participant in the trial. Machine learning predictors built on the synthetic population generalize to the original data set. This finding suggests that the synthetic data can be shared with others, enabling them to perform hypothesis-generating analyses as though they had the original trial data.

Conclusions:
Deep neural networks that generate synthetic participants facilitate secondary analyses and reproducible investigation of clinical data sets by enhancing data sharing while preserving participant privacy.