bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
HNF4αpathway mapping identifies wild-typeIDH1as a targetable metabolic node in gastric cancer
Authors: Xu Chang , Ooi Wen Fong , Qamra Aditi , Tan Jing , Chua Benjamin Yan-Jiang , Ho Shamaine Wei Ting , Das Kakoli , Adam Isa Zul Fazreen , Li Zhimei , Yao Xiaosai , Yan Tingdong , Xing Manjie , Huang Kie Kyon , Lin Joyce Suling , Nandi Tannistha , Tay Su Ting , Lee Ming Hui , Tan Angie Lay Keng , Ong Xuewen , Ashktorab Hassan , Smoot Duane , Li Shang , Ng Shyh-Chang , Teh Bin Tean , Tan Patrick 
Published: May 2019

ObjectiveGastric cancer (GC) is a leading cause of cancer mortality. Previous studies have shown thathepatocyte nuclear factor-4α (HNF4α)is specifically overexpressed in GC and functionally required for GC development. In this study, we investigated, on a genome-wide scale, target genes of HNF4α and oncogenic pathways driven by HNF4α and HNF4α target genes.DesignWe performed HNF4α chromatin immunoprecipitation followed by sequencing across multiple GC cell lines, integrating HNF4α occupancy data with (epi)genomic and transcriptome data of primary GCs to define HNF4α target genes ofin vitroandin vivorelevance. To investigate mechanistic roles ofHNF4αand HNF4α targets, we performed cancer metabolic measurements, drug treatments and functional assays including murine xenograft experiments.ResultsGene expression analysis across 19 tumour types revealedHNF4αto be specifically upregulated in GCs. Unbiased pathway analysis revealed organic acid metabolism as the topHNF4α-regulated pathway, orthogonally supported by metabolomic analysis. Isocitrate dehydrogenase 1 (IDH1) emerged as a convergentHNF4αdirect target gene regulating GC metabolism. We show that wild-typeIDH1is essential for GC cell survival, and that certain GC cells can be targeted by IDH1 inhibitors.ConclusionsOur results highlight a role forHNF4αin sustaining GC oncogenic metabolism, through the regulation ofIDH1. Drugs targeting wild-typeIDH1may thus have clinical utility in GCs exhibitingHNF4αoverexpression, expanding the role ofIDH1in cancer beyondIDH1/2mutated malignancies.
Use of polyhalite mineral as an acidogenic ingredient for prepartum diets of non-lactating dairy cows
Authors: Ferreira Gonzalo , Teets Christy L. , Meakin Robert J. 
Published: May 2019

We measured urine pH from cows fed a prepartum diet containing polyhalite mineral as an acidogenic salt. At 21 d before expected calving date (ECD), cows were transferred from the far-off to the close-up group. The polyhalite mineral was incorporated into a pelleted concentrate to provide 500 g d−1. Urine pH at −21, −14, −7, and 0 d relative to ECD was 8.26, 5.18, 5.12, and 5.15, respectively. These results indicate that a metabolic acidosis could be effectively induced when polyhalite mineral is included as an acidogenic source in close-up rations for pregnant and non-lactating dairy cows.
Tachyonic braneworld mimetic cosmology
Authors: Sadatian S. Davood , Sepehri Alireza 
Published: May 2019

Recently, some authors have generalized the idea of mimetic gravity to a Randall–Sundrum II braneworld model [L. Randall and R. Sundrum, Phys. Rev. Lett. 83, 3370 (1999); L. Randall and R. Sundrum, Phys. Rev. Lett. 83, 4690 (1999)] and introduced Braneworld Mimetic Cosmology. In this paper, we extend their new cosmological model to brane–anti-brane systems and obtain the explicit form of potential which appeared in their action. This potential depends on the tachyonic fields, the separation distance between two branes and time. On the other hand, our universe is located on one of the branes and its evolution is controlled by the potential between two branes. By passing time and decreasing the separation distance between branes, more energy dissolves into branes and the universe expands. In the following, we presented the physical applications such as late time accelerating phase, inflation model and behavior of perturbations, with respect to brane–anti-brane system. Finally, we briefly discussed the moduli stabilization of the model.
Understanding of two-zero textures of neutrino mass matrices in minimal extended seesaw mechanism and their symmetry realization
Authors: Patgiri Mahadev , Kumar Priyanka 
Published: May 2019

We study the texture zeros of [Formula: see text] neutrino mass matrices [Formula: see text] in the minimal extended type-I seesaw (MES) mechanism, incorporating one extra gauge singlet field “[Formula: see text]”. The [Formula: see text] MES model deals with [Formula: see text] [Formula: see text], [Formula: see text] [Formula: see text] and [Formula: see text] mass matrix [Formula: see text] which couples the right-handed neutrinos and the singlet field “[Formula: see text]”. We carry out the mapping of all possible zero textures of [Formula: see text], [Formula: see text] and [Formula: see text] with the restriction to phenomenologically predictive cases having total eight zeros of [Formula: see text] and [Formula: see text] studied in the literature. If [Formula: see text], the sterile neutrino mass, is subject to any limit, further block diagonalization of [Formula: see text] shall not be allowed to reduce it to a [Formula: see text] matrix. In [Formula: see text] [Formula: see text] scenario, the study of texture zero is totally different and interesting. With this motivation, we consider the [Formula: see text] scheme where the digits of the pair represent the number of zeros of [Formula: see text] and [Formula: see text], respectively, along with the one/two-zero textures of [Formula: see text]. There are a large number of possibilities of zeros of fermion mass matrices, but the implementation of [Formula: see text] transformations reduces it to a very minimum number of basic structures. As the [Formula: see text] MES matrix is a matrix of rank 3, so we consider only those textures with two zeros which are of rank 3 whereby the number of feasible zero textures reduces to 12, out of 15. On realizing these 12 textures under MES mechanism with [Formula: see text] picture, we arrive at certain correlations for each texture. We examine the viability of each texture by scanning their respective correlations under recent neutrino oscillation data. Also, we discuss the interplay of Dirac and Majorana CP phases in determining the viability of a texture. The allowed two-zero textures are finally realized using a discrete Abelian flavor symmetry group [Formula: see text] with the extension of Standard Model to include some scalar fields.
Performance assessments of the fully submerged sphere and cylinder point absorber wave energy converters
Authors: Xu Qianlong , Li Ye , Xia Yingkai , Chen Weixing , Gao Feng 
Published: May 2019

Fully submerged sphere and cylinder point absorber (PA), wave energy converters (WECs) are analyzed numerically based on linearized potential flow theory. A boundary element method (BEM) (a radiation–diffraction panel program for wave-body interactions) is used for the basic wave-structure interaction analysis. In the present numerical model, the viscous damping is modeled by an equivalent linearized damping which extracts the same amount of wave energy over one cycle as the conventional quadratic damping term. The wave power capture width in each case is predicted. Comparisons are also made between the sphere and cylinder PAs which have identical geometrical scales and submerged depths. The results show that: (i) viscous damping has a greater influence on wave power performance of the cylinder PA than that of the sphere PA; (ii) the increasing wave height reduces wave power performance of PAs; (iii) the cylinder PA has a better wave power performance compared to the sphere PA in larger wave height scenarios, which indicates that fully submerged cylinder PA is a preferable prototype of WEC.
Approximation Schemes for Machine Scheduling with Resource (In-)dependent Processing Times
Authors: Jansen Klaus , Maack Marten , Rau Malin 
Published: May 2019

We consider two related scheduling problems: single resource-constrained scheduling on identical parallel machines and a generalization with resource-dependent processing times. In both problems, jobs require a certain amount of an additional resource and have to be scheduled on machines minimizing the makespan, while at every point in time a given resource capacity is not exceeded. In the first variant of the problem, the processing times and resource amounts are fixed, while in the second the former depends on the latter.
Both problems contain bin packing with cardinality constraint as a special case, and, therefore, these problems are strongly NP-complete even for a constant number of machines larger than three, which can be proven by a reduction from 3-Partition. Furthermore, if the number of machines is part of the input, then we cannot hope for an approximation algorithm with absolute approximation ratio smaller than 3/2.

We present asymptotic fully polynomial time approximation schemes (AFPTAS) for the problems: For any ε > 0, a schedule of length at most (1+ε) times the optimum plus an additive term of
O
(
p
max
log (1/ε)/ε) is provided, and the running time is polynomially bounded in 1/ε and the input length. Up to now, only approximation algorithms with absolute approximation ratios were known. Furthermore, the AFPTAS for resource-constrained scheduling on identical parallel machines directly improves the additive term of the best AFPTAS for bin packing with cardinality constraint so far.
Motor module generalization across balance and walking is impaired after stroke
Authors: Allen Jessica L. , Kesar Trisha M. , Ting Lena H. 
Published: May 2019

Muscle coordination is often impaired after stroke, leading to deficits in the control of walking and balance. In this study, we examined features of muscle coordination associated with reduced walking performance in chronic stroke survivors using motor module (a.k.a. muscle synergy) analysis. We identified differences between stroke survivors and age-similar neurotypical controls in the modular control of both overground walking and standing reactive balance. In contrast to previous studies that demonstrated reduced motor module number poststroke, our cohort of stroke survivors did not exhibit a reduction in motor module number compared with controls during either walking or reactive balance. Instead, the pool of motor modules common to walking and reactive balance was smaller, suggesting reduced generalizability of motor module function across behaviors. The motor modules common to walking and reactive balance tended to be less variable and more distinct, suggesting more reliable output compared with motor modules specific to either behavior. Greater motor module generalization in stroke survivors was associated with faster walking speed, more normal step length asymmetry, and narrower step widths. Our work is the first to show that motor module generalization across walking and balance may help to distinguish important and clinically relevant differences in walking performance across stroke survivors that would have been overlooked by examining only a single behavior. Finally, because similar relationships between motor module generalization and walking performance have been demonstrated in healthy young adults and individuals with Parkinson’s disease, this suggests that motor module generalization across walking and balance may be important for well-coordinated walking. NEW & NOTEWORTHY This is the first work to simultaneously examine neuromuscular control of walking and standing reactive balance in stroke survivors. We show that motor module generalization across these behaviors (i.e., recruiting common motor modules) is reduced compared with controls and is associated with slower walking speeds, asymmetric step lengths, and larger step widths. This is true despite no between-group differences in module number, suggesting that motor module generalization across walking and balance is important for well-coordinated walking.
NRG1 Gene Fusions Are Recurrent, Clinically Actionable Gene Rearrangements in KRAS Wild-Type Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
Authors: Jones Martin R. , Williamson Laura M. , Topham James T. , Lee Michael K.C. , Goytain Angela , Ho Julie , Denroche Robert E. , Jang GunHo , Pleasance Erin , Shen Yaoquing , Karasinska Joanna M. , McGhie John P. , Gill Sharlene , Lim Howard J. , Moore Malcolm J. , Wong Hui-li , Ng Tony , Yip Stephen , Zhang Wei , Sadeghi Sara , Reisle Carolyn , Mungall Andrew J. , Mungall Karen L. , Moore Richard A. , Ma Yussanne , Knox Jennifer J. , Gallinger Steven , Laskin Janessa , Marra Marco A. , Schaeffer David F. , Jones Steven J.M. , Renouf Daniel J. 
Published: May 2019

Abstract

Purpose:
Gene fusions involving neuregulin 1 (NRG1) have been noted in multiple cancer types and have potential therapeutic implications. Although varying results have been reported in other cancer types, the efficacy of the HER-family kinase inhibitor afatinib in the treatment of NRG1 fusion–positive pancreatic ductal adenocarcinoma is not fully understood.

Experimental Design:
Forty-seven patients with pancreatic ductal adenocarcinoma received comprehensive whole-genome and transcriptome sequencing and analysis. Two patients with gene fusions involving NRG1 received afatinib treatment, with response measured by pretreatment and posttreatment PET/CT imaging.

Results:
Three of 47 (6%) patients with advanced pancreatic ductal adenocarcinoma were identified as KRAS wild type by whole-genome sequencing. All KRAS wild-type tumors were positive for gene fusions involving the ERBB3 ligand NRG1. Two of 3 patients with NRG1 fusion–positive tumors were treated with afatinib and demonstrated a significant and rapid response while on therapy.

Conclusions:
This work adds to a growing body of evidence that NRG1 gene fusions are recurrent, therapeutically actionable genomic events in pancreatic cancers. Based on the clinical outcomes described here, patients with KRAS wild-type tumors harboring NRG1 gene fusions may benefit from treatment with afatinib.
See related commentary by Aguirre, p. 4589
Reprogramming of Isocitrate Dehydrogenases Expression and Activity by the Androgen Receptor in Prostate Cancer
Authors: Gonthier Kevin , Poluri Raghavendra Tejo Karthik , Weidmann Cindy , Tadros Maude , Audet-Walsh Étienne 
Published: May 2019

Abstract

Mutations of the isocitrate dehydrogenase genes IDH1 and IDH2, key enzymes involved in citrate metabolism, are important oncogenic events in several cancer types, including in 1%–3% of all prostate cancer cases. However, if IDH1 and other IDH isoforms are associated with prostate cancer progression, as well as the regulatory factors controlling their expression and activity, remain mostly unknown. Using publicly available datasets, we showed that prostate cancer harbors the highest IDH1 expression across the human cancer spectrum and that IDH1 expression is altered during prostate cancer progression. We showed that the androgen receptor (AR), a key oncogene in prostate cancer, controls multiple IDH isoforms in both in vitro and in vivo models, predominantly positively regulating IDH1. Chromatin immunoprecipitation experiments confirmed the recruitment of AR at several regulatory regions of IDH1 and enzymatic assays demonstrated that AR significantly induces IDH activity. Genetic blockade of IDH1 significantly impaired prostate cancer cell proliferation, consistent with IDH1 having a key function in these cancer cells. Importantly, knockdown of IDH1 blocked the AR-mediated induction in IDH activity, indicating that AR promotes a mitochondrial to cytoplasmic reprogramming of IDH activity. Overall, our study demonstrates that IDH1 expression is associated with prostate cancer progression, that AR signaling integrates one of the first transcriptional mechanisms shown to regulate IDH1, and that AR reprograms prostate cancer cell metabolism by selectively inducing extra-mitochondrial IDH activity.

Implications:
The discovery that AR reprograms IDH activity highlights a novel metabolic reprogramming necessary for prostate cancer growth and suggests targeting IDH activity as a new therapeutic approach for prostate cancer treatment.
ЗАГАЛЬНА ОКСИДАНТНА ТА АНТИОКСИДАНТНА АКТИВНІСТЬ ПРИ АЛОТРАНСПЛАНТАЦІЇ ЕМБРІОНАЛЬНОЇ ЧЕРЕВНОЇ М’ЯЗОВОЇ ТКАНИНИ В ЩУРІВ
Authors: Nikolaieva O. V. , Petrov S. A. 
Published: May 2019

Вступ. Алотрансплантація ембріональної тканини є одним з актуальних напрямків у сучасній теоретичній і медичній біохімії, які розробляють для стимуляції та відновлення функцій організму. Алотрансплантацію ембріональної тканини розглядають як можливу альтернативу традиційним, консервативним методам лікування, а також як методологічну основу експериментальних розробок.
Мета дослідження – вивчити вплив алотрансплантації ембріональної черевної м’язової тканини в щурів на загальну оксидантну та антиоксидантну активність.
Методи дослідження. Для алотрансплантації ембріональної м’язової тканини використовували ембріонів строком 2–3 тижні. Під ефірним наркозом в асептичних умовах тварину фіксували до хірургічної дошки в положенні лежачи на спині, операційне поле виголювали і тричі обробляли антисептиком. В ембріонів вилучали черевну м’язову тканину, яку фіксували лігатурою до черевної стінки дорослого щура. Рану пошарово щільно зашивали вузловим швом. Алотрансплантацію проводили згідно з хірургічними правилами операцій на м’язах. Досліджувані показники визначали на першу, третю та сьому доби після операційного втручання в тканині донора та тканині реципієнта. Підсадку сформованої тканини та удавану операцію проводили для того, щоб виключити дію як самої операції, так і ефекту підсадки тканини, щоб виявити дію ембріональної тканини на сформовану. Тому кожен показник досліджували не тільки при підсадці ембріональної тканини, але й при удаваній операції та підсадці сформованої тканини до сформованої, і порівнювали аналогічні показники при всіх цих трьох видах втручань.
Результати й обговорення. Отримані результати щодо загальної оксидантної активності свідчать про те, що удавана операція та алотрансплантація ембріональної тканини призвели до розвитку оксидативного стресу в досліджуваних м’язах.
Висновки. Загальна оксидантна активність проявляється лише на сьому добу дослідження як при удаваній операції, так і при алотрансплантації ембріональної м’язової тканини в усіх досліджуваних тканинах. Загальна антиоксидантна активність визначається в усі строки дослідження після проведення всіх хірургічних маніпуляцій як у тканині донора, так і в тканині реципієнта.
ВИВЧЕННЯ ВАЛІДАЦІЙНОГО ПАРАМЕТРА “ЛІНІЙНІСТЬ/КАЛІБРУВАЛЬНА МОДЕЛЬ” АНАЛІТИЧНОЇ МЕТОДИКИ КІЛЬКІСНОГО ВИЗНАЧЕННЯ КАРДІАЗОЛУ В БІОЛОГІЧНИХ РІДИНАХ ДЛЯ ПРОВЕДЕННЯ ФАРМАКОКІНЕТИЧНИХ ДОСЛІДЖЕНЬ
Authors: Drapak I. V. 
Published: May 2019

Вступ. Одним із найважливіших етапів створення лікарських засобів є доклінічні та клінічні випробування, належне проведення яких гарантує в подальшому безпечність і високу терапевтичну ефективність розроблених лікарських засобів. Ключовим елементом доклінічних досліджень є різноманітні фармакологічні методики, при застосуванні яких здійснюють ряд аналітичних вимірювань на тих чи інших біологічних об’єктах. Таким чином, набувають актуальності питання, пов’язані з визначенням особливостей процесу валідації біоаналітичних методів, які використовують під час доклінічних фармакологічних досліджень лікарських засобів та розробки стандартизованих підходів до проведення таких валідаційних робіт для оригінальних субстанцій.
Мета дослідження – провести експериментальне вивчення валідаційного параметра “лінійність/калібрувальна модель” методики кількісного визначення кардіазолу в плазмі крові для виконання фармакокінетичних досліджень.
Методи дослідження. Біоаналітична методика визначення кардіазолу ґрунтується на ВЕРХ/МС/МС-аналізі аналітів у досліджуваних розчинах, отриманих із зразків плазми після попереднього осадження протеїнів. Проби хроматографують з використанням хроматографічної колонки Discovery C18 (50×2,1 мм) з розміром часток 5 мкм та градієнтного елюювання.
Результати й обговорення. При побудові калібрувальної кривої необхідно виконати такі умови: для нижньої межі кількісного визначення відхилення від номінальної концентрації повинно бути не більшим ±20 % для калібрувальних розчинів з концентраціями, вищими, ніж нижня межа кількісного визначення, не більшим ±15 %. Доведено лінійну залежність між концентрацією та площею хроматографічних піків кардіазолу в діапазоні концентрацій 1–100 нг/мл. Рівняння регресії – y=0,0141x+-0,00146, коефіцієнт кореляції – r2 0,9985.
Висновок. Висновок щодо розробленої методики стосовно валідаційного параметра “лінійність/калібрувальна модель” – коректна.
ПЕРСПЕКТИВИ ФАРМАКОЛОГІЧНОГО ЗАСТОСУВАННЯ НЕЙРОПЕПТИДУ Y ТА ЙОГО ФРАГМЕНТІВ
Authors: Havrylov I. O. , Zagayko A. L. 
Published: May 2019

Вступ. У статті представлено огляди сучасних літературних даних про біологічно активний пептид – нейропептид Y(NPY), систему його рецепторів, їх роль в організмі людини і досліджень з вивчення їх терапевтичної та профілактичної ефективності. Вивчення ендогенних сполук, що мають біологічну активність, відкриває шлях до створення нових відносно безпечних лікарських засобів для терапії і профілактики різних патологічних станів. Нейропептид Y – біологічно активний пептид, який поширений в організмі людини і виконує різноманітні функції, зокрема регулює стрес, тривогу, когнітивні процеси, харчову поведінку та ін. Він активує 4 власних рецептори в людини, розташовані в головному мозку та різних внутрішніх органах, що зумовлює широкий спектр його біологічної активності. Наведено дослідження, які показують терапевтичний потенціал нейропептиду Y і сполук, що активують його рецептори для корекції ожиріння, лікування алкогольної залежності, терапії депресії, стресу, посттравматичного стресового розладу, показано здатність NPY впливати на перебіг нейродегенеративних захворювань.
Розробляють лікарські засоби – агоністи й антагоністи до рецепторів NPY, а також сполуки-онкомаркери. У ході розробок досліджують сполуки як пептидної, так і непептидної природи, які могли б активувати рецептори NPY. Один із напрямків розробок є модифікація молекули NPY, при якій скорочують ланцюг, з використанням функціонально важливих ділянок і заміщення амінокислотних залишків.
Мета дослідження – вивчити сучасні джерела літератури щодо властивостей та застосування нейропептиду Y для розгляду потенційної користі розробки його лікарських засобів.
Висновки. Вивчивши літературні джерела, можна зробити припущення, що дослідження системи нейропептиду відкриває перспективний напрямок цілеспрямованої розробки лікарських засобів для корекції ряду метаболічних розладів. З огляду на широке розташування точок прикладання нейропептиду в організмі, можливий терапевтичний вплив на різноманітні органи і системи.