bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Pathogenic variants in the AFG3L2 proteolytic domain cause SCA28 through haploinsufficiency and proteostatic stress-driven OMA1 activation
Authors: Tulli Susanna , Del Bondio Andrea , Baderna Valentina , Mazza Davide , Codazzi Franca , Pierson Tyler Mark , Ambrosi Alessandro , Nolte Dagmar , Goizet Cyril , Toro Camilo , Baets Jonathan , Deconinck Tine , DeJonghe Peter , Mandich Paola , Casari Giorgio , Maltecca Francesca 
Published: March 2019

BackgroundSpinocerebellar ataxia type 28 (SCA28) is a dominantly inherited neurodegenerative disease caused by pathogenic variants in AFG3L2. The AFG3L2 protein is a subunit of mitochondrial m-AAA complexes involved in protein quality control. Objective of this study was to determine the molecular mechanisms of SCA28, which has eluded characterisation to date.MethodsWe derived SCA28 patient fibroblasts carrying different pathogenic variants in the AFG3L2 proteolytic domain (missense: the newly identified p.F664S and p.M666T, p.G671R, p.Y689H and a truncating frameshift p.L556fs) and analysed multiple aspects of mitochondrial physiology. As reference of residual m-AAA activity, we included SPAX5 patient fibroblasts with homozygous p.Y616C pathogenic variant, AFG3L2+/− HEK293 T cells by CRISPR/Cas9-genome editing and Afg3l2−/− murine fibroblasts.ResultsWe found that SCA28 cells carrying missense changes have normal levels of assembled m-AAA complexes, while the cells with a truncating pathogenic variant had only half of this amount. We disclosed inefficient mitochondrial fusion in SCA28 cells caused by increased OPA1 processing operated by hyperactivated OMA1. Notably, we found altered mitochondrial proteostasis to be the trigger of OMA1 activation in SCA28 cells, with pharmacological attenuation of mitochondrial protein synthesis resulting in stabilised levels of OMA1 and OPA1 long forms, which rescued mitochondrial fusion efficiency. Secondary to altered mitochondrial morphology, mitochondrial calcium uptake resulted decreased in SCA28 cells.ConclusionOur data identify the earliest events in SCA28 pathogenesis and open new perspectives for therapy. By identifying similar mitochondrial phenotypes between SCA28 cells and AFG3L2+/− cells, our results support haploinsufficiency as the mechanism for the studied pathogenic variants.
Allele frequency analysis of variants reported to cause autosomal dominant inherited retinal diseases question the involvement of 19% of genes and 10% of reported pathogenic variants
Authors: Hanany Mor , Sharon Dror 
Published: March 2019

BackgroundNext generation sequencing (NGS) generates a large amount of genetic data that can be used to better characterise disease-causing variants. Our aim was to examine allele frequencies of sequence variants reported to cause autosomal dominant inherited retinal diseases (AD-IRDs).MethodsGenetic information was collected from various databases, including PubMed, the Human Genome Mutation Database, RETNET and gnomAD.ResultsWe generated a database of 1223 variants reported in 58 genes, including their allele frequency in gnomAD that contains NGS data of over 138 000 individuals. While the majority of variants are not represented in gnomAD, 138 had an allele count of >1 and were examined carefully for various aspects including cosegregation and functional analyses. The analysis revealed 122 variants that were reported pathogenic but unlikely to cause AD-IRDs. Interestingly, in some cases, these unlikely pathogenic variants were the only ones reported to cause disease in AD inheritance pattern for a particular gene, therefore raising doubt regarding the involvement of 11 (19%) of the genes in AD-IRDs.ConclusionWe predict that these data are not limited to a specific disease or inheritance pattern since non-pathogenic variants were mistakenly reported as pathogenic in various diseases. Our results should serve as a warning sign for geneticists, variant database curators and sequencing panels’ developers not to automatically accept reported variants as pathogenic but cross-reference the information with large databases.
Current epidemiology of cerebrospinal fluid shunt surgery in the UK and Ireland (2004–2013)
Authors: Fernández-Méndez Rocío , Richards Hugh K , Seeley Helen M , Pickard John D , Joannides Alexis J 
Published: March 2019

ObjectivesTo determine current epidemiology and clinical characteristics of cerebrospinal fluid (CSF) shunt surgery, including revisions.MethodsA retrospective, multicentre, registry-based study was conducted based on 10 years’ data from the UK Shunt Registry, including primary and revision shunting procedures reported between 2004 and 2013. Incidence rates of primary shunts, descriptive statistics and shunt revision rates were calculated stratified by age group, geographical region and year of operation.Results41 036 procedures in 26 545 patients were submitted during the study period, including 3002 infants, 4389 children and 18 668 adults. Procedures included 20 947 (51.0%) primary shunt insertions in 20 947 patients, and 20 089 (49.0%) revision procedures. Incidence rates of primary shunt insertions for infants, children and adults were 39.5, 2.4 and 3.5 shunts per 100 000 person-years, respectively. These varied by geographical subregion and year of operation. The most common underlying diagnoses were perinatal intraventricular haemorrhage (35.3%) and malformations (33.9%) in infants, tumours (40.5%) and malformations (16.3%) in children, and tumours (24.6%), post-haemorrhagic hydrocephalus (16.2%) and idiopathic normal pressure hydrocephalus (14.2%) in adults. Ninety-day revision rates were 21.9%, 18.6% and 12.8% among infants, children and adults, respectively, while first-year revision rates were 31.0%, 25.2% and 17.4%. The main reasons for revision were underdrainage and infection, but overdrainage and mechanical failure continue to pose problems.ConclusionsOur report informs patients, carers, clinicians, providers and commissioners of healthcare, researchers and industry of the current epidemiology of shunting for CSF disorders, including the potential risks of complications and frequency of revision.
Echocardiographic wall motion abnormalities in patients with stroke may warrant cardiac evaluation
Authors: Yaghi Shadi , Chang Andrew D , Ricci Brittany A , MacGrory Brian , Cutting Shawna , Burton Tina , Dakay Katarina , McTaggart Ryan , Jayaraman Mahesh V , Merkler Alexander E , Reznik Michael , Lerario Michael , Gupta Ajay , Mehanna Emile , Song Christopher , Seiffge David J , De Marchis Gian Marco , Paciaroni Maurizio , Kamel Hooman , Elkind Mitchell S V , Furie Karen L 
Published: March 2019

BackgroundThe aetiology of wall motion abnormalities (WMA) in patients with ischaemic stroke is unclear. We hypothesised that WMAs on transthoracic echocardiography (TTE) in the setting of ischaemic stroke mostly reflect pre-existing coronary heart disease rather than simply an isolated neurocardiogenic phenomenon.MethodsData were retrospectively abstracted from a prospective ischaemic stroke database over 18 months and included patients with ischaemic stroke who underwent a TTE. Coronary artery disease was defined as history of myocardial infarction (MI), coronary intervention or ECG evidence of prior MI. The presence (vs absence) of WMA was abstracted. Multivariable logistic regression was used to determine the association between coronary artery disease and WMA in models adjusting for potential confounders.ResultsWe identified 1044 patients who met inclusion criteria; 139 (13.3%, 95% CI 11.2% to 15.4%) had evidence of WMA of whom only 23 (16.6%, 95% CI 10.4% to 22.8%) had no history of heart disease or ECG evidence of prior MI. Among these 23 patients, 12 had a follow-up TTE after the stroke and WMA persisted in 92.7% (11/12) of patients. In fully adjusted models, factors associated with WMA were older age (OR per year increase 1.03, 95% 1.01 to 1.05, p=0.009), congestive heart failure (OR 4.44, 95% CI 2.39 to 8.33, p<0.001), history of coronary heart disease or ECG evidence prior MI (OR 27.03, 95% CI 14.93 to 50.0, p<0.001) and elevated serum troponin levels (OR 2.00, 95% CI 1.06 to 3.75, p=0.031).ConclusionIn patients with ischaemic stroke, WMA on TTE may reflect underlying cardiac disease and further cardiac evaluation may be considered.
Динаміка показників гепатодепресивного, цитолітичного і холестатичного синдромів та частота ускладнень у хворих із механічною жовтяницею пухлинного генезу після ендоскопічної і лапароскопічної передопераційної декомпресії загальної жовчної протоки
Authors: Nychitaylo M. Y. , Kondratiuk A. P. , Khilko Yu. A. , Ogorodnyk P. V. , Deinychenko A. G. , Kondratiuk V. A. , Yermak N. A. , Yusupov T. A. , Bulik I. I. , Dieiev V. A. 
Published: March 2019

Мета роботи: з’ясувати динаміку показників гепатодепресивного, цитолітичного і холестатичного синдромів, а також частоту ускладнень у хворих із механічною жовтяницею пухлинного ґенезу після ендоскопічної і лапароскопічної передопераційної декомпресії загальної жовчної протоки.
Матеріали і методи. В основу роботи покладено аналіз історій хвороб 60 хворих на пухлини біліопанкреатодуоденальної зони з синдромом механічної жовтяниці, які перебували на лікуванні в ДУ “Національний інститут хірургії та трансплантології імені О. О. Шалімова” НАМН України з 2011 до 2017 р. Усім пацієнтам проведено декомпресію загальної жовчної протоки як перший – підготовчий етап, з подальшим радикальним операційним втручанням із лапаротомного доступу. У першій групі виконували ендоскопічну декомпресію жовчних шляхів, заводячи катетер ретроградно через великий дуоденальний сосочок. У другій групі лапароскопічно виконували холецистектомію, а далі катетер заводили антеградно через міхурну протоку. Додатково через праве підребер’я дренували ложе жовчного міхура. Основне операційне втручання виконували не раніше, ніж через 14 діб. Всім пацієнтам виконували загальноклінічні, спеціальні, лабораторні та інструментальні методи обстеження. До операції, а також через 3, 7 і 14 діб у пацієнтів у сироватці крові за загальновідомими методами визначали маркери гепатодепресивного, цитолітичного і холестатичного синдромів: вміст загального білірубіну, активність аланінамінотрансферази (АлАТ), лужної фосфатази (ЛФ), протромбіновий час, а також частоту ускладнень у віддаленому післяопераційному періоді.
Результати досліджень та їх обговорення. У всіх пацієнтів з обтураційним холестазом пухлинного походження на момент госпіталізації спостерігали збільшення показників – маркерів гепатодепресивного, цитолітичного і холестатичного синдромів. У ході виконання декомпресії, незалежно від способу, до 14 доби суттєво спадала активність у сироватці крові АлАТ та ЛФ, знижувався вміст загального білірубіну, а також величина протромбінового часу, які не досягали рівня загальноприйнятої норми. За більшістю досліджуваних маркерів холестазу ефективність обох методів декомпресії загальної жовчної протоки була практично однакова, однак величина протромбінового часу після лапароскопічної декомпресії через 14 діб була істотно менша. У віддаленому післяопераційному періоді після лапароскопічної декомпресії частота ускладнень була у 5,33 раза менша, ніж після ендоскопічного втручання, що дозволяє рекомендувати ширше впровадження лапароскопічних технологій з метою декомпресії жовчних шляхів як першого етапу перед радикальним видалення пухлин біліопанкреатодуоденальної зони.
Інтенсивність процесів ліпідної пероксидації та рівень маркерів запалення в пізній період комбінованої травми в експерименті
Authors: Kashchak T. V. , Gudyma A. A. 
Published: March 2019

Мета роботи – встановити динаміку процесів ліпідної пероксидації та маркерів запалення в пізній період комбінованої травми в експерименті.
Матеріали і методи. Експерименти виконано на нелінійних білих щурах-самцях масою 180–200 г. В умовах тіопентало-натрієвого знеболення (40 мг×кг-1) в першій дослідній групі моделювали скелетну травму шляхом нанесення дозованого удару по кожному стегну, який спричинив їх закритий перелом. У другій дослідній групі моделювали опік шкіри III А-Б ступеня 10–11 % поверхні тіла – до депільованої поверхні шкіри спини прикладали мідну пластину площею 28 см2, попередньо занурену в киплячу воду протягом 3–5 хв. У третій дослідній групі ці два пошкодження поєднували. Контрольну групу стали інтактні тварини. Тварин виводили з експерименту через 14, 21 і 28 діб посттравматичного періоду. У гомогенаті печінки визначали вміст реагентів до тіобарбітурової кислоти (ТБК-активних продуктів ПОЛ), у сироватці крові встановлювали концентрацію церулоплазміну (ЦП) та методом проточної цитометрії визначали вміст прозапального цитокіну – туморнекротичного фактора-α (TNF-α).
Результати досліджень та їх обговорення. У період пізніх проявів травматичної хвороби після нанесення ізольованої скелетної травми, опіку та їх комбінації спостерігали високу активність процесів ліпідної пероксидації, про що свідчить підвищений вміст у печінці ТБК-активних продуктів ПОЛ. Одночасно у сироватці крові підвищений вміст ЦП та TNF-α, динаміка яких має коливальний характер. Через 14 діб величина досліджуваних показників найбільша після нанесення опіку, через 21 добу – після ізольованої скелетної та комбінованої травм. Через 28 діб активність запальної реакції стихає порівняно з попередніми термінами спостереження. В цей термін привертає увагу тенденція до зростання вмісту в сироватці крові ЦП після опіку та TNF-α після ізольованої скелетної травми. Очевидно, така динаміка відображає специфіку патогенно-саногенних співвідношень, спрямовану на адекватну адаптацію організму до патогенних чинників травми.
Клініко-лабораторна характеристика хворих на облітеруючий атеросклероз артерій нижніх кінцівок при IIIA-Б – IV ступені хронічної артеріальної недостатності і ризику розвитку реперфузійно-реоксигенаційного синдрому
Authors: Venher I. K. , Herasymiuk N. I. , Kostiv S. Ya. 
Published: March 2019

Мета роботи: Вивчити клініко-лабораторну характеристику хворих на облітеруючий атеросклероз магістральних артерій при ХАН ІІІА-Б – ІV ст. із метою розпрацювання системи профілактики та лікування розвитку реперфузійно-реоксигенаційного синдрому.
Матеріали і методи. В основу роботи покладено аналіз комплексного обстеження та хірургічного лікування 119 хворих на облітеруючий атеросклероз аорти та магістральних артерій нижніх кінцівок. Виділено дві групи пацієнтів. Перша група налічувала 63 особи із атеросклеротичним ураженням аорти та магістральних артерій, ХАН ІІІА-Б – ІV ст., друга група налічувала 56 осіб із атеросклеротичним ураженням магістральних артерій, ХАН ІІІА-Б – ІV ст., у яких запідозрено можливий розвиток реперфузійно-реоксигенаційного синдрому після реваскуляризації магістральних артерій нижніх кінцівок.
Результати досліджень та їх обговорення. Хворі з другої групи дослідження характеризуються тривалим і високим ступенем хронічної артеріальної недостатності, вираженою неспроможністю колатеральної системи нижньої кінцівки, високим рівнем запальної відповіді, вираженим лейкоцитарним індексом інтоксикації, індексом зсуву лейкоцитів, високою фагоцитарною активністю нейтрофілів, моноцитів та їх оксидативною здатністю, активністю всіх груп цитокінів, підвищеною активністю неспецифічних протеїназ та їх інгібіторів, підвищеною активністю компонентів прооксидантно-антиоксидантної системи, яка не тільки активує вільнорадикальні механізми, але й потенціює процеси ушкодження тканин, вираженою наростаючою ендотеліальною дисфункцією.
Гнійно-септична патологія заочеревинного простору: досвід діагностики та лікування
Authors: Deikalo I. M. , Zaporozhan S. I. , Chepil S. V. , Nykytiuk M. M. 
Published: March 2019

У статті проаналізовано результати лікування 67 пацієнтів із гнійними ураженнями заочеревинного простору. Первинний гнійний процес у 10 хворих локалізувався в принирковій клітковині, у 33 – в навколоободовому клітковинному просторі, і у 24 пацієнтів – у власне заочеревинній клітковині.
У 29 пацієнтів (43,2 %) мали місце діагностичні помилки. Зроблено висновок, що обов’язковим методом топічної діагностики гнійників заочеревинного простору має бути рання комп’ютерна томографія із внутрішньовенним контрастуванням. Усім хворим виконано операційні втручання. При хірургічному лікуванні гнійників заочеревинного простору розроблено диференційований підхід до вибору доступу та дренування залежно від їх топографо-анатомічної локалізації та поширення процесу. В результаті проведеного лікування видужали 58 хворих, померли 9 (13,4 %) пацієнтів.
YAŞAM DOYUMUNUN İŞ DOYUMUNA ETKİSİNDE SOSYAL ZEKANIN ARACI ROLÜ
Authors: BAYRAM Ayhan , ELEVLİ Özcan 
Published: March 2019

Bu çalışmanın amacı belediye çalışanlarında yaşam
doyumunun iş doyumu üzerindeki etkisinde sosyal zekanın aracılık etkisini
belirlemektir. Kolayda örnekleme
yöntemine göre Giresun merkez ve çeşitli ilçe belediyelerde çalışanlara anket
yapılarak elde edilen veriler analiz edilmiştir. Giresun merkez ve çeşitli ilçe
belediyelerde çalışan toplam 255 çalışan ankete katılmış, hatalı ve eksik olanlar
elendikten sonra 252 ankete analiz uygulanmıştır. Katılımcılardan demografik
etkenlerle ilgili 9, yaşam doyumuyla ilgili 5, iş doyumuyla ilgili 14 ve sosyal
zeka ile ilgili 21 ifadeyi cevaplamaları istenilmiştir. Elde edilen veriler
SPSS 24 programı, Amos 24 programı ve Process makrosu kullanılarak analiz
edilmiştir. Regresyon analizi sonucunda yaşam doyumunun, iş doyumu ve sosyal
zeka üzerinde; sosyal zekanın iş doyumu üzerinde pozitif etkisinin olduğu
belirlenmiştir. Çalışmanın sonucunda, yaşam doyumunun iş doyumu üzerindeki
etkisinde sosyal zekanın kısmi aracılık etkisinin olduğu görülmüştür.
Interannual Variability of the North Pacific Mixed Layer Associated with the Spring Tibetan Plateau Thermal Forcing
Authors: Sun Ruizao , Duan Anmin , Chen Lilan , Li Yanjie , Xie Zhiang , Zhao Yu 
Published: March 2019

AbstractBy using multisourced data and two sets of sensitivity runs from the coupled general circulation model CESM1.2.0, we investigated the effects of the spring [March, April, and May (MAM)] surface sensible heating over the Tibetan Plateau (SHTP) on the interannual variability of the North Pacific Ocean sea surface temperature (SST) and mixed layer. The results indicated that an above-normal MAM SHTP can generate a Rossby wave downstream and form an anomalous equivalent barotropic anticyclone over the North Pacific, inducing anticyclonic wind stress anomalies. As a result of Ekman transport and Ekman pumping, sea currents converge near 40°N, accompanied by weak downwelling motion. The mixed layer heat budget diagnosis indicates that the net heat fluxes, together with meridional advection anomalies, contributed significantly to changes in the mixed layer temperature (MLT). As a result, the SST anomalies (SSTAs) and MLT anomalies both present a horseshoelike pattern. In addition, the significant warm SSTAs show a maximum in the late spring, but the significant warm MLT anomalies centered under the sea surface (25-m depth) could be sustained until summer, acting like a signal storage for the anomalous spring SHTP. Moreover, the midlatitude ocean–atmosphere interaction provides a positive feedback on the development of the anomalous anticyclone over the North Pacific, since the SSTA pattern could strengthen the oceanic front and induce more active transient eddy activities. The eddy vorticity forcing that is dominant among the total atmospheric forcings tends to produce an equivalent barotropic atmospheric high pressure, which in turn intensifies the initial anomalous anticyclone.
Approximating Input Data to a Snowmelt Model Using Weather Research and Forecasting Model Outputs in Lieu of Meteorological Measurements
Authors: Havens Scott , Marks Danny , FitzGerald Katelyn , Masarik Matt , Flores Alejandro N. , Kormos Patrick , Hedrick Andrew 
Published: March 2019

Abstract
Forecasting the timing and magnitude of snowmelt and runoff is critical to managing mountain water resources. Warming temperatures are increasing the rain–snow transition elevation and are limiting the forecasting skill of statistical models relating historical snow water equivalent to streamflow. While physically based methods are available, they require accurate estimations of the spatial and temporal distribution of meteorological variables in complex terrain. Across many mountainous areas, measurements of precipitation and other meteorological variables are limited to a few reference stations and are not adequate to resolve the complex interactions between topography and atmospheric flow. In this paper, we evaluate the ability of the Weather Research and Forecasting (WRF) Model to approximate the inputs required for a physics-based snow model, iSnobal, instead of using meteorological measurements, for the Boise River Basin (BRB) in Idaho, United States. An iSnobal simulation using station data from 40 locations in and around the BRB resulted in an average root-mean-square error (RMSE) of 4.5 mm compared with 12 SNOTEL measurements. Applying WRF forcings alone was associated with an RMSE of 10.5 mm, while including a simple bias correction to the WRF outputs of temperature and precipitation reduced the RMSE to 6.5 mm. The results highlight the utility of using WRF outputs as input to snowmelt models, as all required input variables are spatiotemporally complete. This will have important benefits in areas with sparse measurement networks and will aid snowmelt and runoff forecasting in mountainous basins.
Potential Predictability of Regional Precipitation and Discharge Extremes Using Synoptic-Scale Climate Information via Machine Learning: An Evaluation for the Eastern Continental United States
Authors: Knighton James , Pleiss Geoff , Carter Elizabeth , Lyon Steven , Walter M. Todd , Steinschneider Scott 
Published: March 2019

Abstract
Current generation general circulation models (GCMs) simulate synoptic-scale climate state variables such as geopotential heights, specific humidity, and integrated vapor transport (IVT) more reliably than mesoscale precipitation. Statistical downscaling methods that condition precipitation on GCM-based, synoptic-scale climate features have shown promise in the reproduction of local precipitation. However, current approaches to climate-state-informed downscaling impose some limitations on the skill of precipitation reproduction, including hard clustering of climate modes into a discrete set of states, utilization of numerical clustering methodologies poorly suited to nonnormal data, and a tendency to focus on relationships to a limited set of large-scale climate modes. This study presents a methodology based on emerging machine learning techniques to develop global approximators of regional precipitation and discharge extremes given a suite of synoptic-scale climate state variables. Archetypal analysis is first used to define regional modes of winter and summer extreme precipitation and discharge across the eastern contiguous United States. A 2D convolution neural network (NN) is then used to predict the co-occurrence of the archetypes using 300- and 700-hPa geopotential heights, 300- and 700-hPa specific humidity, and IVT. Results suggest that 300-hPa geopotential height, 700-hPa specific humidity, and IVT yield the most reliable predictions, although with some important differences by season and region. Finally, we demonstrate that the trained activations of NN convolutional layers can be used to infer the causal pathways between synoptic-scale climate features and regional extremes.