bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
CODA
Authors: Kim Hyojong , Hadidi Ramyad , Nai Lifeng , Kim Hyesoon , Jayasena Nuwan , Eckert Yasuko , Kayiran Onur , Loh Gabriel 
Published: September 2018

To exploit parallelism and scalability of multiple GPUs in a system, it is critical to place compute and data together. However, two key techniques that have been used to hide memory latency and improve thread-level parallelism (TLP), memory interleaving, and thread block scheduling, in traditional GPU systems are at odds with efficient use of multiple GPUs. Distributing data across multiple GPUs to improve overall memory bandwidth utilization incurs high remote traffic when the data and compute are misaligned. Nondeterministic thread block scheduling to improve compute resource utilization impedes co-placement of compute and data. Our goal in this work is to enable co-placement of compute and data in the presence of fine-grained interleaved memory with a low-cost approach.
To this end, we propose a mechanism that identifies exclusively accessed data and place the data along with the thread block that accesses it in the same GPU. The key ideas are (1) the amount of data exclusively used by a thread block can be estimated, and that exclusive data (of any size) can be localized to one GPU with coarse-grained interleaved pages; (2) using the affinity-based thread block scheduling policy, we can co-place compute and data together; and (3) by using dual address mode with lightweight changes to virtual to physical page mappings, we can selectively choose different interleaved memory pages for each data structure. Our evaluations across a wide range of workloads show that the proposed mechanism improves performance by 31% and reduces 38% remote traffic over a baseline system.
Strategies to Address Chimeric Antigen Receptor Tonic Signaling
Authors: Ajina Adam , Maher John 
Published: September 2018

AbstractAdoptive cell transfer using chimeric antigen receptors (CAR) has emerged as one of the most promising new therapeutic modalities for patients with relapsed or refractory B-cell malignancies. Thus far, results in patients with advanced solid tumors have proven disappointing. Constitutive tonic signaling in the absence of ligand is an increasingly recognized complication when deploying these synthetic fusion receptors and can be a cause of poor antitumor efficacy, impaired survival, and reduced persistence in vivo. In parallel, ligand-dependent tonic signaling can mediate toxicity and promote T-cell anergy, exhaustion, and activation-induced cell death. Here, we review the mechanisms underpinning CAR tonic signaling and highlight the wide variety of effects that can emerge after making subtle structural changes or altering the methodology of CAR transduction. We highlight strategies to prevent unconstrained tonic signaling and address its deleterious consequences. We also frame this phenomenon in the context of endogenous TCR tonic signaling, which has been shown to regulate peripheral tolerance, facilitate the targeting of foreign antigens, and suggest opportunities to coopt ligand-dependent CAR tonic signaling to facilitate in vivo persistence and efficacy. Mol Cancer Ther; 17(9); 1795–815. ©2018 AACR.
We're Not “DON” Yet: Optimal Dosing and Prodrug Delivery of6-Diazo-5-oxo-L-norleucine
Authors: Lemberg Kathryn M. , Vornov James J. , Rais Rana , Slusher Barbara S. 
Published: September 2018

AbstractThe broadly active glutamine antagonist 6-diazo-5-oxo-L-norleucine (DON) has been studied for 60 years as a potential anticancer therapeutic. Clinical studies of DON in the 1950s using low daily doses suggested antitumor activity, but later phase I and II trials of DON given intermittently at high doses were hampered by dose-limiting nausea and vomiting. Further clinical development of DON was abandoned. Recently, the recognition that multiple tumor types are glutamine-dependent has renewed interest in metabolic inhibitors such as DON. Here, we describe the prior experience with DON in humans. Evaluation of past studies suggests that the major impediments to successful clinical use included unacceptable gastrointestinal (GI) toxicities, inappropriate dosing schedules for a metabolic inhibitor, and lack of targeted patient selection. To circumvent GI toxicity, prodrug strategies for DON have been developed to enhance delivery of active compound to tumor tissues, including the CNS. When these prodrugs are administered in a low daily dosing regimen, appropriate for metabolic inhibition, they are robustly effective without significant toxicity. Patients whose tumors have genetic, metabolic, or imaging biomarker evidence of glutamine dependence should be prioritized as candidates for future clinical evaluations of novel DON prodrugs, given either as monotherapy or in rationally directed pharmacologic combinations. Mol Cancer Ther; 17(9); 1824–32. ©2018 AACR.
Shedding Light on the Dark Cancer Genomes: Long Noncoding RNAs as Novel Biomarkers and Potential Therapeutic Targets for Cancer
Authors: Zhang Lin , Peng Dan , Sood Anil K. , Dang Chi V. , Zhong Xiaomin 
Published: September 2018

Abstract
Recently there have been explosive discoveries of new long noncoding RNAs (lncRNA) obtained by progress in the technology of second-generation sequencing. Genome scale analysis of transcriptome, in conjunction with studies on chromatin modifications at the epigenetic level, identified lncRNAs as a novel type of noncoding transcripts whose length is longer than 200 nucleotides. These transcripts are later found as major participants in various physiologic processes and diseases, especially in human cancers. LncRNAs have been found to function as novel types of oncogenes and tumor suppressors during cancer progression through various mechanisms, which endow them with the potential of serving as reliable biomarkers and novel therapeutic targets for cancers. Mol Cancer Ther; 17(9); 1816–23. ©2018 AACR.
BRAF Dimerization: An Underlying Resistance Mechanism in Low-Grade Pediatric Gliomas
Authors: Romano Gabriele , Kwong Lawrence N. 
Published: September 2018

Abstract
Summary: BRAF fusions and mutations are the most frequent genetic alterations in pediatric low-grade gliomas. The work from Wang and colleagues identifies an acquired secondary BRAF mutation that confers resistance to pharmacologic BRAF inhibition in a BRAFV600E glioma. The authors demonstrate that the mutation results in increased BRAF homodimerization, which in turn is targetable with second-generation BRAF inhibitors. Cancer Discov; 8(9); 1064–5. ©2018 AACR.
See related article by Wang et al., p. 1130.
Bringing Pancreas Cancer into the Lab
Authors: Collisson Eric A. 
Published: September 2018

Abstract
Summary: Two articles in this issue of Cancer Discovery show that deep profiling of advanced pancreatic cancer is feasible and identify many clinically actionable features with surprising frequency. Cancer Discov; 8(9); 1062–3. ©2018 AACR.
See related article by Aguirre et al., p. 1096.
See related article by Tiriac et al., p. 1112.
ДИСБІОЗ КИШЕЧНИКА У ХВОРИХ НА ЦУКРОВИЙ ДІАБЕТ 2 ТИПУ ТА ХРОНІЧНИЙ НЕКАЛЬКУЛЬОЗНИЙ ХОЛЕЦИСТИТ
Authors: Sirchak E. S. , Sidey S. M. , Vajs V. V. 
Published: September 2018

Мета роботи – вивчити зміни кількісного і якісного складу мікрофлори товстої кишки у хворих на цукровий діабет (ЦД) 2 типу та хронічний некалькульзний холецистит (ХНХ).Матеріал і методи. Під нашим спостереженням знаходилося 52 хворих, які перебували на стаціонарному лікуванні в гастроентерологічному та ендокринологічному відділеннях ЗОКЛ імені А. Новака м. Ужгород. Діагноз ЦП 2 типу встановлено згідно з рекомендаціями International Diabetes Federation (IDF, 2005 р.). Діагноз загострення ХНХ встановлювали згідно з клінічним протоколом МОЗ України та локальними протоколами. Усім обстеженим хворим на ЦД 2 типу та ХНХ виконано посів калу на дисбіоз. Ступінь дисбіозу кишечника оцінювали за класифікацією Куваєвої І. Б., Ладодо К. С. (1991 р.).Результати. Основним клінічним проявом загострення ХНХ у обстежених хворих на ЦД ІІ типу були больовий та диспепсичний синдроми. Ниючий біль локалізувався переважно в правому підребер’ї, із характерною іррадіацією у праве плече і праву лопатку. В обстежених хворих на ЦД 2 типу також визначали прояви біліарної та кишкової диспепсії (метеоризм, чергування проносів і запорів).У всіх обстежених хворих на ЦД 2 типу та ХНХ за результатами мікробіологічного дослідження виявили зміни у кількісному і якісному складі мікрофлори товстої кишки. При цьому в обстежених хворих на ЦД 2 типу та ХНХ встановили дисбіоз переважно ІІІ та ІІ ступенів, а саме: дисбіоз ІІІ ступеня – у 53,9 % хворих, ІІ ступеня – у 36,5 % хворих, і лише у 9,6 % пацієнтів виявлено дисбіоз І ступеня. Встановлено, що диспепсичний синдром більш виражений і частіше виявляється у хворих на ХНХ та ЦД 2 типу при дисбіозі ІІІ ступеня.Висновки. 1. У хворих на ЦД 2 типу та ХНХ встановлено дисбіоз товстої кишки переважно ІІІ та ІІ ступенів (у 53,9 % та у 36,5 % хворих відповідно). 2. Встановлено зв’язок між вираженістю проявів диспепсичного синдрому та дисбіозу переважно ІІІ ступеня у хворих на ЦД 2 типу та ХНХ.
ПРОГНОЗУВАННЯ РИЗИКУ РОЗВИТКУ КАРДІОВАСКУЛЯРНИХ ПОДІЙ У ХВОРИХ НА СТАБІЛЬНУ СТЕНОКАРДІЮ НАПРУГИ ТА ГАСТРОЕЗОФАГЕАЛЬНУ РЕФЛЮКСНУ ХВОРОБУ ПІД ЧАС ПРОВЕДЕННЯ ЕЗОФАГОГАСТРОДУОДЕНОФІБРОСКОПІЇ
Authors: Khuhlina O. S. , Drozd V. Y. , Andrusiak O. V. 
Published: September 2018

Мета – встановити частоту виникнення кардіальних симптомів та потребу у медикаментозній підготовці хворих на стабільну стенокардію напруги (ССН) за коморбідності з ГЕРХ при проведенні езофагогастро­дуоденофіброскопії (ЕГДФС).Матеріал і методи. Обстежено 44 хворих на стабільну стенокардію напруги І–ІІ ФК із коморбідною ГЕРХ, які уже мали досвід проведення ендоскопічного дослідження. Вік хворих коливався від 48 до 79 років. Ніякої медикаментозної підготовки до проведення ЕГДФС пацієнти не отримували. Власне ендоскопічне дослідження проводилося зранку, натще, через годину після пробудження, під контролем ЕКГ. Усім хворим увечері дня, який передує дню проведення ендоскопічної діагностики, було запропоновано пройти тест Ч. Д. Спілбергера та Ю. Л. Ханіна.Результати. Виявлено, що у групі дослідження середнє значення як реактивної, так і особистісної тривожності було у діапазоні 31–45 балів, що відповідає помірній тривожності. Частота виявлення кардіальних симптомів у групі дослідження під час проведення ЕГДФС становила 77,2 % (35 пацієнтів). За результатами повторного аналізу результатів тестування хворих, у яких виявляли ту чи іншу кардіальну симптоматику, було встановлено граничний результат суми балів за двома підшкалами опитувальника Спілбергера–Ханіна, який становить 75 балів, при досягненні чи перевищенні якого є високий ризик розвитку тих чи інших кардіальних симптомів у хворих на ССН та ГЕРХ при проведенні їм ЕГДФС. Ці пацієнти потребують медикаментозної підготовки до проведення ендоскопічної діагностики. Залежності між співвідношенням субшкал у сумі встановлено не було.Висновок. Частота виявлення кардіальних симптомів при проведенні ЕГДФС хворим на ССН та ГЕРХ – 77,2 %. Рекомендовано проводити діагностику стану тривожності за допомогою опитувальника Спілбергера–Ханіна ввечері дня, який передує дню проведення дослідження, з метою встановлення ризику виникнення кардіоваску­лярних подій при проведенні ЕГДФС. Якщо у сумі результати за двома підшкалами опитувальника Спілбергера–Ханіна становили 75 балів, то ризик виникнення кардіальних симптомів під час проведення ЕГДФС був високим та ці хворі потребують медикаментозної підготовки до проведення ЕГДФС.
БІОХІМІЧНІ ЗМІНИ У СИРОВАТАТЦІ КРОВІ ЩУРІВ ПРИ ІШЕМІЧНО-РЕПЕРФУЗІЙНОМУ СИНДРОМІ (ЕКСПЕРИМЕНТАЛЬНЕ ДОСЛІДЖЕННЯ)
Authors: Televiak A. T. , Veresyuk T. O. , Selskii P. R. , Boimustruk I. I. 
Published: September 2018

Низкою досліджень доведено, що порушення клітинного обміну, накопичення у нефізіологічних концентраціях продуктів метаболізму і розвиток ендогенної інтоксикації при ішемічно-реперфузійному синдромі (ІРС) є вагомими механізмами альтерації тканин.Мета дослідження – встановити ступінь порушення обмінних процесів на основі аналізу біохімічних змін у сироватці крові щурів при ІРС, викликаному накладанням артеріального турнікету на задні кінцівки.Матеріал і методи. Проведено біохімічне дослідження сироватки крові 36 піддослідних щурів за умов експериментального ішемічно-реперфузійного пошкодження. У контрольній групі було 11 інтактних тварин. Синдром ішемії–реперфузії моделювали шляхом накладання гумових турнікетів SWAT на задні кінцівки тварин. Забір крові здійснювали шляхом кардіотомії верхівки серця, а евтаназію тварин – шляхом декапітації під тіопентал-натрієвим знеболенням. Біохімічні зміни, а саме показники загального білірубіну, тригліцеридів (ТГ), холестерину, креатиніну, загального білка (ЗБ), лужної фосфатази (ЛФ) та рівень трансаміназ (АлАТ, АсАТ) визначали у кожній піддослідній групі. Дослідження показників проводили у міжкафедральній науково-клінічній лабораторії Тернопільського державного медичного університету імені І. Я. Горбачевського реактивами ТОВ Н.ВП «Філісіт-Діагностика», м. Дніпро. Кількісні показники обробляли статистично.Результати й обговорення. Дослідження показали зростання активності трансаміназ, ЛФ та загального білірубіну, зниження рівня креатиніну та ЗБ у ранній реперфузійний період. Зокрема рівень АлАТ досяг свого найвищого значення в 1 добу, що на 89,5 % вище групи контролю (Р<0,05), а показник АсАТ був найвищим у тварин з 2-годинною реперфузією, що є на 78,73 % вищим відповідного показника контрольної групи (Р<0,005). Рівень ЛФ досяг максимуму на 7 добу, коли був на 45,78 % вище за показник контрольної групи. Відмічено збільшення концентрації загального білірубіну – у тварин на 7 добу показник перевищував контрольний на 105,3 % (Р<0,005).Висновки. Зміни біохімічних показників були найбільш виражені у тварин моделі раннього періоду постішемічного ураження (2 година та 1 доба). У сироватці крові піддослідних щурів в цьому періоді спостерігали статистично значуще підвищення вмісту загального білірубіну, зростання рівня трансаміназ та підвищення пересічного показника активності ЛФ, а також відмічалося зниження вмісту ЗБ і креатиніну.
ОСОБЛИВОСТІ ДЕЯКИХ СТРУКТУРНО-ФУНКЦІОНАЛЬНИХ ПОКАЗНИКІВ ШЛУНОЧКІВ У ХВОРИХ НА ХРОНІЧНЕ ОБСТРУКТИВНЕ ЗАХВОРЮВАННЯ ЛЕГЕНЬ В УМОВАХ КОМОРБІДНОСТІ З ГІПЕРТОНІЧНОЮ ХВОРОБОЮ
Authors: Burmak Yu. G. , Treumova S. I. , Petrov E. E. , Ivanytskaya T. A. , Ivanytsky I. V. 
Published: September 2018

Коморбідність хронічного обструктивного захворювання легень (ХОЗЛ) із гіпертонічною хворобою (ГХ) була й залишається важливою проблемою. Вважають, що порушення структурно-функціонального стану правого шлуночка (ПШ) підвищує ризик розвитку фатальних ускладнень у таких хворих, а дисфункція лівого шлуночка (ЛШ) є незалежним прогнозонегативним фактором.Мета дослідження – вивчити особливості структурно-функціональних показників шлуночків у хворих на ХОЗЛ в умовах коморбідності з ГХ.Матеріали та методи. Було проведено ехокардіографічне дослідження (Toshiba SSА, 380А Powerwision (Японія) 32 хворих на ХОЗЛ (ІІ стадія) із коморбідною ГХ (ІІ ступінь). Отримані дані зіставляли з аналогічними у 32 хворих на ХОЗЛ (ІІ стадія) та практично здорових осіб (n=15).Результати. У хворих на ХОЗЛ в поєднанні з ГХ спостерігалось зниження швидкості раннього, пізнього діастолічного наповнення шлуночків та їх співвідношення (Р<0,001); час ізоволюмічної релаксації ПШ та ЛШ перевищував такий у хворих на ХОЗЛ, відповідно, на 75 % та 44 %. У коморбідних хворих виявлено зниження фракції скорочення ПШ (на 12 %), швидкості кровотоку у вихідному тракті – на 33 %, порівняно із практично здоровими особами (Р<0,001). На відміну від хворих на ХОЗЛ, у коморбідних пацієнтів відбувалося зниження максимальної швидкості кровотоку у вихідному тракті ЛШ на 20 % (на третину, порівняно із практично здоровими (Р<0,001)), а також спостерігали зниження фракції викиду ЛШ на 7,8 % і на 13 % – ударного індексу (Р<0,001), за наявності тенденції до зниження серцевого індексу.Висновки. У хворих на ХОЗЛ з коморбідною ГХ наявні ознаки вираженої діастолічної дисфункції шлуночків із раннім розвитком систолічної дисфункції, що є прогнозонегативним фактором та має ураховуватись при виборі стратегії і тактики лікування таких пацієнтів.
Imaging the Effects of β-Hydroxybutyrate on Peri-Infarct Neurovascular Function and Metabolism
Authors: Bazzigaluppi Paolo , Lake Evelyn M. , Beckett Tina L. , Koletar Margaret M. , Weisspapir Iliya , Heinen Stefan , Mester James , Lai Aaron , Janik Rafal , Dorr Adrienne , McLaurin JoAnne , Stanisz Greg J. , Carlen Peter L. , Stefanovic Bojana 
Published: September 2018

Background and Purpose—
Recent evidence suggests great potential of metabolically targeted interventions for treating neurological disorders. We investigated the use of the endogenous ketone body β-hydroxybutyrate (BHB) as an alternate metabolic substrate for the brain in the acute phase of ischemia because postischemic hyperglycemia and brain glucose metabolism elevation compromise functional recovery.

Methods—

We delivered BHB (or vehicle) 1 hour after ischemic insult induced by cortical microinjection of endothelin-1 in sensorimotor cortex of rats. Two days after ischemic insult, the rats underwent multimodal characterization of the BHB effects. We examined glucose uptake on 2-Deoxy-
d
-glucose chemical exchange saturation transfer magnetic resonance imaging, cerebral hemodynamics on continuous arterial spin labeling magnetic resonance imaging, resting-state field potentials by intracerebral multielectrode arrays, Neurological Deficit Score, reactive oxygen species production, and astrogliosis and neuronal death.

Results—
When compared with vehicle-administered animals, BHB-treated cohort showed decreased peri-infarct neuronal glucose uptake which was associated with reduced oxidative stress, diminished astrogliosis and neuronal death. Functional examination revealed ameliorated neuronal functioning, normalized perilesional resting perfusion, and ameliorated cerebrovascular reactivity to hypercapnia, suggesting improved functioning. Cellular and functional recovery of the neurogliovascular unit in the BHB-treated animals was associated with improved performance on the withdrawal test.

Conclusions—
We characterize the effects of the ketone body BHB administration at cellular and system levels after focal cortical stroke. The results demonstrate that BHB curbs the peri-infarct glucose-metabolism driven production of reactive oxygen species and astrogliosis, culminating in improved neurogliovascular and functional recovery.
Microstructural White Matter Abnormalities and Cognitive Impairment After Aneurysmal Subarachnoid Hemorrhage
Authors: Reijmer Yael D. , van den Heerik Marc S. , Heinen Rutger , Leemans Alexander , Hendrikse Jeroen , de Vis Jill B. , van der Kleij Lisa A. , Lucci Carlo , Hendriks Mariska E. , van Zandvoort Martine J.E. , Huenges Wajer Irene M.C. , Visser-Meily J.M. Anne , Rinkel Gabriel J.E. , Biessels Geert Jan , Vergouwen Mervyn D.I. 
Published: September 2018

Background and Purpose—
Aneurysmal subarachnoid hemorrhage (aSAH) may have detrimental effects on white matter microstructure, which may in turn explain the cognitive impairments that occur often after aSAH. We investigated (1) whether the white matter microstructure is altered in patients with aSAH compared with patients with an unruptured intracranial aneurysm and (2) whether these abnormalities are associated with cognitive impairment 3 months after ictus.

Methods—
Forty-nine patients with aSAH and 22 patients with an unruptured intracranial aneurysm underwent 3T brain magnetic resonance imaging, including a high-resolution diffusion tensor imaging sequence. Patients with aSAH were scanned 2 weeks and 6 months after ictus. Microstructural white matter alterations were quantified by the fractional anisotropy and mean diffusivity (MD). Cognition was evaluated 3 months after ictus.

Results—

Patients with aSAH had higher white matter MD 2 weeks after ictus than patients with an unruptured intracranial aneurysm (mean difference±SEM, 0.3±0.01×10
−3
mm2/s;
P
≤0.01), reflecting an abnormal microstructure. After 6 months, the MD had returned to the level of the unruptured intracranial aneurysm group. No between-group differences in fractional anisotropy were found (−0.01±0.01;
P
=0.16). Higher MD at 2 weeks was associated with cognitive impairment after 3 months (odds ratio per SD increase in MD, 2.6; 95% CI, 1.1–6.7). The association between MD and cognitive impairment was independent of conventional imaging markers of aSAH-related brain injury (ie, cerebral infarction, hydrocephalus, total amount of subarachnoid blood, total brain volume, or white matter hyperintensity severity).

Conclusions—
Patients with aSAH have temporary white matter abnormalities in the subacute phase that are associated with cognitive impairment at 3 months after ictus.
D-Dimer Is Associated With First-Ever Intracerebral Hemorrhage
Authors: Johansson Kristina , Jansson Jan-Håkan , Johansson Lars , Wiklund Per-Gunnar , Nilsson Torbjörn K. , Lind Marcus 
Published: September 2018

Background and Purpose—
Hypertension is the most important risk factor for intracerebral hemorrhage (ICH), but further characterization is needed for groups at high risk of ICH. One way to predict the risk of developing a disease is with plasma biomarkers. This study aimed to investigate the association between the biomarker, D-dimer, and ICH risk.

Methods—
This population-based, nested case-control study was conducted using data from 2 population-based surveys; the Västerbotten Intervention Programme and MONICA Northern Sweden (Monitoring Trends and Determinants in Cardiovascular Disease). All participants underwent a health examination and blood sampling at baseline before the event. Cases (n=141) were diagnosed with a first-ever ICH between 1985 and March 2007. One or 2 controls (n=255) were matched to each case.

Results—
The median age was 60 years; 39% of participants were women; and the median time from blood sampling to ICH was 5.2 years. When D-dimer was evaluated as a continuous variable, it was significantly associated with ICH. After multivariable adjustment (for hypertension, body mass index, cholesterol levels, diabetes mellitus, and smoking), the odds ratio was 1.36 per SD of D-dimer (95% CI, 1.05–1.77). When participants were stratified in 3 groups according to time from blood sampling at health examination to ICH, we found that the association between D-dimer levels and ICH was most pronounced in individuals with the shortest time from blood sampling to ICH event (<3.5 years; odds ratio, 1.78; 95% CI, 1.05–3.05).

Conclusions—
High plasma concentrations of D-dimer were associated with increased risk of a future ICH, after adjusting for cardiovascular risk factors. This association was predominantly driven by the cases with the shortest time from blood sampling to ICH event.