bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
corseq: fast and efficient identification of favoured codons from next generation sequencing reads
Authors: Camiolo Salvatore , Porceddu Andrea 
Published: July 2018

BackgroundOptimization of transgene expression can be achieved by designing coding sequences with the synonymous codon usage of genes which are highly expressed in the host organism. The identification of the so-called “favoured codons” generally requires the access to either the genome or the coding sequences and the availability of expression data.ResultsHere we describe corseq, a fast and reliable software for detecting the favoured codons directly from RNAseq data without prior knowledge of genomic sequence or gene annotation. The presented tool allows the inference of codons that are preferentially used in highly expressed genes while estimating the transcripts abundance by a new kmer based approach. corseq is implemented in Python and runs under any operating system. The software requires the Biopython 1.65 library (or later versions) and is available under the ‘GNU General Public License version 3’ at the project webpagehttps://sourceforge.net/projects/corseq/files.Conclusioncorseq represents a faster and easy-to-use alternative for the detection of favoured codons in non model organisms.
Speciation among sympatric lineages in the genus Palythoa (Cnidaria: Anthozoa: Zoantharia) revealed by morphological comparison, phylogenetic analyses and investigation of spawning period
Authors: Mizuyama Masaru , Masucci Giovanni D. , Reimer James D. 
Published: July 2018

Zoantharians are sessile marine invertebrates and colonial organisms possessing sexual and asexual reproductive ability. The zooxanthellate zoantharian genus Palythoa is widely distributed in coral reef ecosystems. In the Ryukyu Archipelago, Japan, sympatric Palythoa tuberculosa and P. mutuki are the dominant species of this genus in the intertidal zone. Previous phylogenetic analyses have shown that these two species are closely related, and additionally revealed a putative sympatric hybrid species (designated as Palythoa sp. yoron). In this study, we attempted to delineate Palythoa species boundaries and to clarify the relationships among these three groups plus another additional putative sympatric species (P. aff. mutuki) by multiple independent criteria. The morphology of these four lineages was clearly different; for example the number of tentacles was significantly different for each species group in all pairwise comparisons. From observations of gonadal development conducted in 2010 and 2011, P. sp. yoron and P. aff. mutuki appear to be reproductively isolated from P. tuberculosa. In the phylogenetic tree resulting from maximum likelihood analyses of the ITS-rDNA sequence alignment, P. tuberculosa and P. sp. yoron formed a very well supported monophyletic clade (NJ = 100%, ML = 95%, Bayes = 0.99). This study demonstrates that despite clear morphological and/or reproductive differences, P. tuberculosa and P. sp. yoron are phylogenetically entangled and closely related to each other, as are P. mutuki and P. aff. mutuki. Additionally, no single molecular marker was able to divide these four lineages into monophyletic clades by themselves, and a marker that has enough resolution to solve this molecular phylogenetic species complex is required. In summary, the morphological and reproductive results suggest these lineages are four separate species, and that incomplete genetic lineage sorting may prevent the accurate phylogenetic detection of distinct species with the DNA markers utilized in this study, demonstrating the value of morphological and reproductive data when examining closely related lineages.
ТОЛКОВАНИЕ ПРАВОВЫХ НОРМ ВЕРХОВНЫМ СУДОМ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ В КОНТЕКСТЕ СОВРЕМЕННОЙ ПРАВОВОЙ СИСТЕМЫ (ОКОНЧАНИЕ)1), "Государство и право"
Authors: Момотов В.В. 
Published: July 2018

В статье рассматриваются место и роль толкований правовых норм, даваемых Верховным Судом РФ, в правовой системе России. С опорой на взгляды представителей социологической школы права обосновывается позиция, согласно которой такие толкования являются источниками права (так называемого “живого права”). Дана общая оценка действующей в Российской Федерации системе толкования права, в рамках которой Верховным Судом осуществляется официальное толкование права. На конкретных примерах показано, что высшая судебная инстанция применяет все разработанные наукой теории права методы толкования: буквальный, системный, телеологический, исторический. Сформулирована иерархия толкований правовых норм Верховным Судом (определения по конкретным делам, обзоры судебной практики, постановления Пленума), каждая из “ступеней” которой выступает предпосылкой для последующей. Показано значение толкований высшей судебной инстанции для развития правовой системы, выражающееся (в частности) в восполнении правовых пробелов, разрешении правовых коллизий, применении существующего правового регулирования к динамично меняющимся и усложняющимся общественным отношениям, а также во взаимном влиянии толкования права и законотворческого процесса. Продемонстрированы последние тенденции в развитии судебного толкования права, в частности появление так называемых упреждающих разъяснений Пленума Верховного Суда.
АДМИНИСТРАТИВНО-ЭКОНОМИЧЕСКОЕ ПРАВО РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ, "Государство и право"
Authors: Ашмарина Е. М. , Стахов А.И. 
Published: July 2018

В статье обосновывается выделение административно-экономического права в системе мегаотрасли экономического права и в системе современного отечественного административного права. В этой связи приводятся общие положения об актуальности, целесообразности и необходимости доктринального признания экономического права, раскрывается специфика задач административо-правового регулирования в российской экономике, системы и структуры органов исполнительной власти в сфере экономики, проводится типизация современных административно-правовых мер, применяемых в сфере экономической деятельности, выделяются административно-правовые требования государственного контроля и надзора, устанавливаемые для хозяйствующих субъектов.
РЕГУЛИРОВАНИЕ ПРОЦЕССА ПРОХОЖДЕНИЯ ГОСУДАРСТВЕННОЙ СЛУЖБЫ В РСФСР (1917-1929?ГГ.), "Государство и право"
Authors: Винниченко О. Ю. , Ваганов А. М. 
Published: July 2018

В статье выявляются сферы правового регулирования и преимущественного влияния актов, исходящих от РСДРП(б), РКП(б), ВКП(б), в функционировании советской государственной бюрократии на примере государственной гражданской службы. Обращается внимание на регламентацию процесса прохождения государственной службы. Исследуются сферы правового регулирования и преимущественного влияния партийных документов в отношениях, связанных с определением требований к кандидатам, претендующим на замещение должностей, с установлением порядка назначения, перемещения, продвижения по службе и увольнения. Адаптируется применительно к государственно-правовой науке термин, существующий в исторической науке: номенклатурный принцип подбора кадров.
ОБЗОР ВСЕРОССИЙСКОЙ НАУЧНОЙ КОНФЕРЕНЦИИ В ФОРМЕ “КРУГЛОГО СТОЛА” ЖУРНАЛОВ “ГОСУДАРСТВО И ПРАВО”, “ПРАВОВАЯ ПОЛИТИКА И ПРАВОВАЯ ЖИЗНЬ” НА ТЕМУ “УГОЛОВНОЕ НАКАЗАНИЕ: СОСТОЯНИЕ, СИСТЕМА, ПРОБЛЕМЫ, ТЕНДЕНЦИИ, ПЕРСПЕКТИВЫ СОВЕРШЕНСТВОВАНИЯ”, "Государство и пра
Authors: Малько А. В. , Кроткова Н.В. , Розенко С. В. 
Published: July 2018

Приведен обзор Всероссийской научной конференции в форме “круглого стола” журналов “Государство и право” и “Правовая политика и правовая жизнь” на тему “Уголовное наказание: состояние, система, проблемы, тенденции, перспективы совершенствования”, которая состоялась 26 мая 2017?г. в Юридическом институте Югорского государственного университета. Актуальность публикации данных материалов обусловлена значимостью роли уголовного наказания в современном государстве и обществе. Цель “круглого стола” - проанализировать состояние и проблемы наказания в российском уголовном праве, характеризующих его специфику и особенности, выработка конструктивных предложений по его развитию и совершенствованию. Участники “круглого стола” обсудили различные аспекты современного состояния уголовного наказания в российском праве. В выступлениях обосновываются роль и значение системы уголовного наказания, приводятся как критические замечания, так и новые предложения по развитию уголовного наказания. Обращается внимание на актуальность и значимость уголовного наказания для российского общества и государства.
Т.А.?ЗЫКИНА, Н.М.?СКОРЮКОВ. ТРУД: СОЦИАЛЬНО-ФИЛОСОФСКОЕ И НОРМАТИВНОЕ ИЗМЕРЕНИЯ. АРХАНГЕЛЬСК: САФУ, 2016. 101 С., "Государство и право"
Authors: Андриановсая И. И. 
Published: July 2018

Рецензируемая монография посвящена актуальным и недостаточно разработанным в науке трудового права вопросам. Актуальность темы исследования несомненна и состоит в том, что в современных социально-экономических условиях особую важность приобретают вопросы ценности труда, предоставления и осуществления достойного труда, его адекватной оценки, соответствующей регламентации.
ПРАВОВЫЕ РИСКИ КАК ПРЕДМЕТ ИССЛЕДОВАНИЯ ОБЩЕЙ ТЕОРИИ ПРАВА: ПРОБЛЕМЫ И ПЕРСПЕКТИВЫ МЕТОДОЛОГИИ МЕЖДИСЦИПЛИНАРНОСТИ, "Государство и право"
Authors: Степаненко Р.Ф. 
Published: July 2018

Рассматриваются актуальные теоретические и методологические проблемы исследований правовых рисков общей теорией права. Отмечается необходимость использования методологии междисциплинарности, при помощи которой познание каузальной природы правовых рисков будет способствовать получению объективного и всестороннего знания об изучаемом феномене. Внимание автора останавливается на познании антропологических факторов проблемного пространства концепции правовых рисков, имеющих общенаучную и юридическую значимость для современной социогуманитаристики. Исследование вопросов неопределенности и маргинальности в контексте построения данной концепции актуализирует проблему реализации целей и задач юриспруденции на практике.
ПРАВО И ИНТЕРЕС (Р. ИЕРИНГ) (НАУЧНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ), "Государство и право"
Authors: Кроткова Н.В. 
Published: July 2018

Даны материалы научной конференции “Право и интерес (Р.?Иеринг)”, состоявшейся 20 декабря 2017?г. на юридическом факультете МГУ им. М.В.?Ломоносова. Тема соотношения права и интереса в трактовке известного немецкого юриста Р.?Иеринга оценивалась участниками конференции в рамках философии права, политики права, истории политических и правовых учений, социологии права, методологии юридической науки. Участники конференции дали разносторонний анализ теории Иеринга и обратили внимание на актуальность многих положений его политико-правовой доктрины для современной юриспруденции и догмы права: оценка права как интереса, соотношение цели права и его содержания, исследование форм борьбы за право, зависимость права от уровня правосознания народа.
ТРАНСФОРМАЦИЯ ПРАВ ЧЕЛОВЕКА В СОВРЕМЕННОМ МИРЕ / ОТВ. РЕД. А.Н.?САВЕНКОВ; РУК. АВТ. КОЛЛ. Н.В.?КОЛОТОВА. М.: ИЗД-ВО “НОРМА”, 2018, "Государство и право"
Authors: Немытина М. В. 
Published: July 2018

Коллектив авторов, принявших участие в создании монографии “Трансформация прав человека в современном мире”, обозначил новые ракурсы исследования прав человека в теоретическом и прикладном аспектах. В работе освещены различные грани трансформационных процессов в области прав человека; показаны современные тенденции в их развитии под воздействием глобализации, цивилизационно-культурных, политических, экономических и социальных факторов; отражены изменения в правовом регулировании прав человека в национальном и международном праве.
А.С. ХОМЯКОВ: КОНЦЕПЦИЯ “ОТВЛЕЧЕННОГО ПРАВА” И “ВНУТРЕННЕГО ЗАКОНА” А.С.?ХОМЯКОВ. ПРИЗВАНИЕ РОССИИ. М.: РИПОЛ-КЛАССИК, 2017. 526 С., "Государство и право"
Authors: Рябчун Н. П. 
Published: July 2018

В статье рецензируется книга “Призвание России”, в которой собраны работы выдающегося русского мыслителя-славянофила А.С.?Хомякова, посвященные философии государства. А.С.?Хомяков размышляет об основах российской государственности, анализирует уникальность исторического развития России в связи c проблемой власти и ее взаимоотношения c народом, сопоставляет два типа культуры?-?русскую и европейскую. Философ разделяет “формальный закон” и “народный обычай”, считает русский быт фактором, способствующим стабильности государственной системы.
A feasibility study of intrafractional tumor motion estimation based on 4D‐CBCT using diaphragm as surrogate
Authors: Zhou Dingyi , Quan Hong , Yan Di , Chen Shupeng , Qin An , Stanhope Carl , Lachaine Martin , Liang Jian 
Published: July 2018

AbstractPurposeTo investigate the intrafractional stability of the motion relationship between the diaphragm and tumor, as well as the feasibility of using diaphragm motion to estimate lung tumor motion.MethodsEighty‐five paired (pre and posttreatment) daily 4D‐CBCT images were obtained from 20 lung cancer patients who underwent SBRT. Bony registration was performed between the pre‐ and post‐CBCT images to exclude patient body movement. The end‐exhalation phase image of the pre‐CBCT image was selected as the reference image. Tumor positions were obtained for each phase image using contour‐based translational alignments. Diaphragm positions were obtained by translational alignment of its apex position. A linear intrafraction model was constructed using regression analysis performed between the diaphragm and tumor positions manifested on the pretreatment 4D‐CBCT images. By applying this model to posttreatment 4D‐CBCT images, the tumor positions were estimated from posttreatment 4D‐CBCT diaphragm positions and compared with measured values. A receiver operating characteristic (ROC) test was performed to determine a suitable indicator for predicting the estimate accuracy of the linear model.ResultsUsing the linear model, per‐phase position, mean position, and excursion estimation errors were 1.12 ± 0.99 mm, 0.97 ± 0.88 mm, and 0.79 ± 0.67 mm, respectively. Intrafractional per‐phase tumor position estimation error, mean position error, and excursion error were within 3 mm 95%, 96%, and 99% of the time, respectively. The residual sum of squares (RSS) determined from pretreatment images achieved the largest prediction power for the tumor position estimation error (discrepancy < 3 mm) with an Area Under ROC Curve (AUC) of 0.92 (P < 0.05).ConclusionUtilizing the relationship between diaphragm and tumor positions on the pretreatment 4D‐CBCT image, intrafractional tumor positions were estimated from intrafractional diaphragm positions. The estimation accuracy can be predicted using the RSS obtained from the pretreatment 4D‐CBCT image.
A sound effect: Exploration of the distinctiveness advantage in voice recognition
Authors: Stevenage Sarah V. , Neil Greg J. , Parsons Beth , Humphreys Abi 
Published: July 2018

SummaryTwo experiments are presented, which explore the presence of a distinctiveness advantage when recognising unfamiliar voices. In Experiment 1, distinctive voices were recognised significantly better, and with greater confidence, in a sequential same/different matching task compared with typical voices. These effects were replicated and extended in Experiment 2, as distinctive voices were recognised better even under challenging listening conditions imposed by nonsense sentences and temporal reversal. Taken together, the results aligned well with similar results when processing faces, and provided a useful point of comparison between voice and face processing.
Nanoscale Metal–Organic Frameworks for Therapeutic, Imaging, and Sensing Applications
Authors: Lu Kuangda , Aung Theint , Guo Nining , Weichselbaum Ralph , Lin Wenbin 
Published: July 2018

AbstractNanotechnology has played an important role in drug delivery and biomedical imaging over the past two decades. In particular, nanoscale metal–organic frameworks (nMOFs) are emerging as an important class of biomedically relevant nanomaterials due to their high porosity, multifunctionality, and biocompatibility. The high porosity of nMOFs allows for the encapsulation of exceptionally high payloads of therapeutic and/or imaging cargoes while the building blocks—both ligands and the secondary building units (SBUs)—can be utilized to load drugs and/or imaging agents via covalent attachment. The ligands and SBUs of nMOFs can also be functionalized for surface passivation or active targeting at overexpressed biomarkers. The metal ions or metal clusters on nMOFs also render them viable candidates as contrast agents for magnetic resonance imaging, computed tomography, or other imaging modalities. This review article summarizes recent progress on nMOF designs and their exploration in biomedical areas. First, the therapeutic applications of nMOFs, based on four distinct drug loading strategies, are discussed, followed by a summary of nMOF designs for imaging and biosensing. The review is concluded by exploring the fundamental challenges facing nMOF‐based therapeutic, imaging, and biosensing agents. This review hopefully can stimulate interdisciplinary research at the intersection of MOFs and biomedicine.
Identifying the Origin and Contribution of Surface Storage in TiO2(B) Nanotube Electrode by In Situ Dynamic Valence State Monitoring
Authors: Tang Yuxin , Zhang Yanyan , Malyi Oleksandr I. , Bucher Nicolas , Xia Huarong , Xi Shibo , Zhu Zhiqiang , Lv Zhisheng , Li Wenlong , Wei Jiaqi , Srinivasan Madhavi , Borgna Armando , Antonietti Markus , Du Yonghua , Chen Xiaodong 
Published: July 2018

AbstractFundamental insight into the surface charging mechanism of TiO2(B) nanomaterials is limited due to the complicated nature of lithiation behavior, as well as the limitations of available characterization tools that can directly probe surface charging process. Here, an in situ approach is reported to monitor the dynamic valence state of TiO2(B) nanotube electrodes, which utilizes in situ X‐ray absorption spectroscopy (XAS) to identify the origin and contribution of surface storage. A real‐time correlation is elucidated between the rate‐dependent electrode performance and dynamic Ti valence‐state change. A continuous Ti valence state change is directly observed through the whole charging/discharging process regardless of charging rates, which proves that along with the well‐known non‐faradaic reaction, the surface charging process also originates from a faradaic reaction. The quantification of these two surface storage contributions at different charging rates is further realized through in situ dynamic valence state monitoring combined with traditional cyclic voltammetry measurement. The methodology reported here can also be applied to other electrode materials for the real‐time probing of valence state change during electrochemical reactions, the quantification of the faradaic and non‐faradaic reactions, and the eventual elucidation of electrochemical surface charging mechanisms.
Scandium (III)‐Catalyzed Cycloaddition of in situ Generated ortho‐Quinone Methides with Vinyl Azides: An Efficient Access to Substituted 4H‐Chromenes
Authors: Thirupathi Nuligonda , Tung Chen‐Ho , Xu Zhenghu 
Published: July 2018

AbstractA convenient and practical synthesis of 4H‐chromenes from the readily accessible o‐hydroxybenzhydryl alcohols and vinyl azides has been achieved. The transformation proceeds through a cascade that involves formation of an ortho‐quinone methide, [4+2]‐cycloaddition and elimination of hydrazoic acid. The reaction is well tolerated with respect to both the o‐hydroxybenzhydrols and the vinyl azides and affords the products in moderate to good yields.magnified image
Oxidation of Tertiary Aromatic Alcohols to Ketones in Water
Authors: Chen Dengfeng , Zhang Yuchen , Pan Xingyu , Wang Fei , Huang Shenlin 
Published: July 2018

AbstractA new rosin‐based amphiphile enables the oxidation of tertiary aromatic alcohols in water under mild conditions. The oxidation process is mediated by β‐scission of alkoxy radicals. Our catalyst system including the surfactant, catalysts, and water can be easily recycled within the same reaction vial.magnified image
Rhodium‐Catalyzed Synthesis of Dialkyl(Heteroaryl)Phosphine Sulfides by Phosphinylation of Heteroaryl Sulfides
Authors: Arisawa Mieko , Tazawa Takeru , Ichinose Wataru , Kobayashi Haruki , Yamaguchi Masahiko 
Published: July 2018

AbstractDialkyl(heteroaryl)phosphine sulfides were synthesized by the rhodium‐catalyzed exchange reaction of heteroaryl aryl sulfides and tetraalkyldiphosphine disulfides. The reaction has a broad applicability, giving diverse dialkyl(heteroaryl)phosphine sulfides containing five‐ and six‐membered heteroaryl groups. Various dialkyl(heteroaryl)phosphines were obtained by desulfurization.magnified image
A Deep Learning Approach to Identify Local Structures in Atomic‐Resolution Transmission Electron Microscopy Images
Authors: Madsen Jacob , Liu Pei , Kling Jens , Wagner Jakob Birkedal , Hansen Thomas Willum , Winther Ole , Schiøtz Jakob 
Published: July 2018

AbstractRecording atomic‐resolution transmission electron microscopy (TEM) images is becoming increasingly routine. A new bottleneck is then analyzing this information, which often involves time‐consuming manual structural identification. A deep learning‐based algorithm for recognition of the local structure in TEM images was developed, which is stable to microscope parameters and noise. The neural network is trained entirely from simulation but is capable of making reliable predictions on experimental images. The method is applied to single sheets of defected graphene, and to metallic nanoparticles on an oxide support.
Mechanism and Regulation of Spontaneous Water Transport in Graphene‐Based Nanoslits
Authors: Wang Yuying , Xu Junbo , Zhu Huajian , Wang Steven , Yang Chao 
Published: July 2018

AbstractWhile nanometer‐scale capillaries have long been theoretically and experimentally studied, their transport mechanisms have not yet been fully understood. Here, the flow control mechanism is theoretically clarified by molecular dynamics (MD) simulations of graphene‐based nanoscale capillaries. The imbibition rate complies with a modified Lucas–Washburn equation. It changes non‐monotonically with the slit width due to a compromise in competition of density and slip length. Secondly, the relative scale of imbibition and evaporation rate is length dependent. From short slits to long ones, the imbibition–evaporation process alters from evaporation controlled to imbibition controlled. Finally, hydrophilic modification is employed to enhance the rates. External modification can spread the water and accelerate the evaporation. Within the slit, the flow is accelerated by a positive hydrophilic gradient but detained by a negative one. These findings can be applied in a novel nanofluidic diode.
Synthesis and characterization of antimicrobial nanocomposite hydrogel based on wheat flour and poly (vinyl alcohol) using γ‐irradiation
Authors: Khozemy Ehab E. , Nasef Shaimaa M. , Mahmoud Ghada A. 
Published: July 2018

AbstractAg nanoparticles incorporated onto flour (F)/polyvinyl alcohol (PVA) were performed by green synthesis using gamma irradiation to form (F/PVA/Ag) bio‐based nanocomposite hydrogel. The effect of the hydrogel composition and irradiation dose on the gelation percent was investigated. Characterization of (F/PVA) and (F/PVA/Ag) by Fourier transform infrared spectroscopy and thermogravimetric analysis was was investigated. The formation of Ag nanoparticles in (F/PVA/Ag) was confirmed by UV–Vis spectra, X‐ray diffraction, and transmission electron microscopy. The (F/PVA/Ag) nanocomposite exhibited excellent antibacterial activity against the gram‐positive bacteria Staphylococcus aureus (ATCC 29213) and moderate activity against the gram‐negative bacteria Escherichia coli (ATCC 25922). It exhibited excellent antifungal activity against Candida albicans (ATCC 10231). The results proved that this novel developed (F/PVA/Ag) naocomposite has a great potential for use in biomedical applications such as wound dressing hydrogel.