bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
An Accurate and Comprehensive Clinical Sequencing Assay for Cancer Targeted and Immunotherapies
Authors: Cao Jingyu , Chen Lijuan , Li Heng , Chen Hui , Yao Jicheng , Mu Shuo , Liu Wenjin , Zhang Peng , Cheng Yuwei , Liu Binbin , Hu Zhongxiang , Chen Donglin , Kang Hui , Hu Jinwei , Wang Aodi , Wang Weifeng , Yao Ming , Chrin Gungwei , Wang Xiaoting , Zhao Wei , Li Lei , Xu Luping , Guo Weixin , Jia Jun , Chen Jianhua , Wang Kai , Li Gaofeng , Shi Weiwei 
Published: August 2019

Abstract

Background
Incorporation of next-generation sequencing (NGS) technology into clinical utility in targeted and immunotherapies requires stringent validation, including the assessment of tumor mutational burden (TMB) and microsatellite instability (MSI) status by NGS as important biomarkers for response to immune checkpoint inhibitors.

Materials and Methods
We designed an NGS assay, Cancer Sequencing YS panel (CSYS), and applied algorithms to detect five classes of genomic alterations and two genomic features of TMB and MSI.

Results
By stringent validation, CSYS exhibited high sensitivity and predictive positive value of 99.7% and 99.9%, respectively, for single nucleotide variation; 100% and 99.9%, respectively, for short insertion and deletion (indel); and 95.5% and 100%, respectively, for copy number alteration (CNA). Moreover, CSYS achieved 100% specificity for both long indel (50–3,000 bp insertion and deletion) and gene rearrangement. Overall, we used 33 cell lines and 208 clinical samples to validate CSYS's NGS performance, and genomic alterations in clinical samples were also confirmed by fluorescence in situ hybridization, immunohistochemistry, and polymerase chain reaction (PCR). Importantly, the landscape of TMB across different cancers of Chinese patients (n = 3,309) was studied. TMB by CSYS exhibited a high correlation (Pearson correlation coefficient r = 0.98) with TMB by whole exome sequencing (WES). MSI measurement showed 98% accuracy and was confirmed by PCR. Application of CSYS in a clinical setting showed an unexpectedly high occurrence of long indel (6.3%) in a cohort of tumors from Chinese patients with cancer (n = 3,309), including TP53, RB1, FLT3, BRCA2, and other cancer driver genes with clinical impact.

Conclusion
CSYS proves to be clinically applicable and useful in disclosing genomic alterations relevant to cancer target therapies and revealing biomarkers for immune checkpoint inhibitors.

Implications for Practice
The study describes a specially designed sequencing panel assay to detect genomic alterations and features of 450 cancer genes, including its overall workflow and rigorous clinical and analytical validations. The distribution of pan-cancer tumor mutational burden, microsatellite instability, gene rearrangement, and long insertion and deletion mutations was assessed for the first time by this assay in a broad array of Chinese patients with cancer. The Cancer Sequencing YS panel and its validation study could serve as a blueprint for developing next-generation sequencing-based assays, particularly for the purpose of clinical application.
USANDO CRIANÇAS PARA VENDER: INFÂNCIA E CONSUMO NA PUBLICIDADE DE REVISTAS
Authors: Deporte Andrade Paula , Costa Marisa Vorraber 
Published: August 2019

Na atual sociedade, também identificada como “sociedade de consumidores” (BAUMAN, 2008), todas as pessoas, independentemente de condições econômicas, gênero, idade e grupo social, são convocadas a fazer parte das redes de consumo. Neste artigo nos voltamos para a infância e abordamos uma das faces de sua inserção na sociedade de consumidores, procurando mostrar como as crianças vem sendo usadas para vender. Como referencial teórico adotamos, entre outros, os escritos de Zygmunt Bauman, Juliet Schor e Robert Bocock que tratam das versões contemporâneas do consumo e as problematizam. A partir da análise da publicidade em revistas semanais de grande circulação, discutimos o quanto é produtivo para o mercado econômico a aliança entre infância e consumo, e argumentamos que esse uso das crianças na publicidade contribui para uma nova concepção de infância: a infância do consumo. Uma infância erotizada, preocupada em adquirir, em mostrar-se, uma infância insaciável e sempre em movimento. É essa infância que está chegando à escola com novos interesses, preferências e condutas, tornando-se merecedora de toda a nossa atenção.
Palavras-chave: Infância contemporânea; infância e consumo; sociedade de consumidores; publicidade; revistas.
Experiencia en la aplicación del protocolo de buenas prácticas en parentalidad positiva desde el equipo territorial de servicios sociales área I
Authors: Maseda Lodos María Grata 
Published: August 2019

En el año 2009 se desarrolló en Navia (Asturias) el Programa de Orientación Educativa Familiar (POEF), en fase de pilotaje. En este momento, se comenzó un proceso cíclico de planificación – ejecución- evaluación, como es propio en la práctica de las ciencias sociales. No entendimos este momento como un punto y final, como si fuese la culminación de un proceso, sino que desde su origen tratamos de adaptarnos al contexto, que viene determinado por los cambios sociales y educativos de cada momento, para dar respuestas lo más ajustadas posibles a las necesidades de las personas. Consideramos que en ese momento no se había hecho más que el planteamiento inicial del programa, por lo que continuamos mediante un proceso dialéctico entre la teoría y la práctica, dando forma a una herramienta más adaptada a nuestro entorno de trabajo y a la finalidad última de los servicios sociales que es la compensación de desigualdades, con el objetivo prioritario convertirlo en una medida de acción positiva, entendiendo por acción positiva, aquellas actuaciones o intervenciones que se realizan en un colectivo en el que existe una desigualdad con el fin de disminuir o eliminar esta descompensación social. El trabajo que se presenta podríamos decir que consta de dos partes; en la primera parte, se desarrolla en distintos Ayuntamientos el programa-guía para el desarrollo de competencias emocionales,educativas y parentales desarrollado por la profesora Dra. Raquel-Amaya Martínez González de la Universidad de Oviedo. Desde un primer momento, valoramos el programa como unaherramienta necesaria, muy eficaz y valiosa por su carácter multiplicador y preventivo. En la segunda parte, como respuesta a la convocatoria que presenta el Ministerio de Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad y la Federación Española de Municipios y Provincias que tiene por fin promover el ejercicio positivo de la parentalidad y reforzar el apoyo a la parentalidad positiva en las políticas y servicios públicos de los Gobiernos Locales y en el tejido asociativo. La iniciativa era una oportunidad clara de optimizar la gestión a favor de la coordinación interdisciplinar, la sensibilización, la formación, la promoción ciudadana y la prevención de situaciones de riesgo; también la invitación a que diferentes agentes sociales sumen a sus objetivos o líneas de actuación esta filosofía; todo ello siguiendo la recomendación del Consejo de Europa 2006.
La realidad aumentada en la intervención del alumnado con trastorno del espectro autista a través de la producción científica
Authors: Gilabert Cerdá Alba , Pérez Vázquez Elena , Lorenzo Lledó Alejandro , Lledó Carreres Asunción , Lorenzo Lledó Gonzalo 
Published: August 2019

En el ámbito educativo, los denominados métodos tradicionales están siendo remplazados por otros procesos de enseñanza y aprendizaje con la finalidad de mejorar el rendimiento académico del alumnado. En esta línea, uno de los métodos que mejor está respondiendo a las demandas de la educación es la introducción de las Tecnologías de la Información y Comunicación. Durante las últimas décadas, la Realidad Aumentada, también conocida como RA, se trata de una de las tendencias más novedosas en tecnología. Este protagonismo es cada vez más relevante en distintas áreas de conocimiento. La RA se trata de un sistema interactivo que tiene como propósito el acceso a la información de la realidad del mundo y pone a disposición de la sociedad datos digitales en tiempo real. En definitiva, supone crear una imagen ficticia, un modelo 3D, textos u otro tipo de información generada a partir de un procesador. Centrando la temática en el ámbito educativo, y más concretamente en el contexto del aula de pedagogía terapéutica y en las Necesidades Específicas de Apoyo Educativo (NEAE), la utilización de las TIC empezó con gran fuerza debido a la aparición de algunos materiales muy eficaces como la pizarra digital. Sin embargo, después de algunos años, aparecen nuevas Tecnologías de la Información y Comunicación cuya didáctica mejora la enseñanza. No cabe duda, de que la RA es una herramienta imprescindible en el aula ya que, sostiene dos de los pilares claves en educación: motivación y aprendizaje. Por otro lado, debido al aumento de estudiantes que presentan el Trastorno del Espectro Autista (TEA) y teniendo en cuenta su alta heterogeneidad, tanto en cuestiones etiológicas como en las manifestaciones y evolución de los síntomas, existe una notoria dificultad para acertar en las intervenciones educativas. Resulta complicado definir qué método es el más apropiado y por ello, el que más fortalece las habilidades sociales, de comunicación y de desarrollo sensoriomotor. En este sentido, este estudio tiene por objetivo revisar el estado de producción científica sobre Realidad Aumentada en la intervención del alumnado con TEA. Para alcanzar este fin, se ha trabajado con la Web of Science (WOS) obteniendo una muestra de artículos que fueron analizados en función de una serie de indicadores bibliométricos (número de publicaciones por año, número de citas por año…). Los resultados obtenidos indicaron un aumento de producción significativo, siendo el periodo principal de producción entre el año 2015 y el año 2018 y, el de mayor citación científica aquel comprendido entre el año 2016-2018. Este hecho muestra los beneficios del uso de la RA en alumnado con TEA y, por tanto, la necesidad de indagar en este campo. Este trabajo se enmarca dentro de la línea de investigación del grupo de investigación de la Universidad de Alicante IncluTic (VIRGROB-321).
Garden irrigation as household end-use in the presence of supplementary groundwater supply
Authors: Meyer Bettina Elizabeth , Jacobs Heinz Erasmus 
Published: August 2019

Garden irrigation is a significant and variable household water end‑use, while groundwater abstraction may be a notable supplementary water source available in some serviced residential areas. Residential groundwater is abstracted by means of garden boreholes or well points and – in the study area – abstracted groundwater is typically used for garden irrigation. The volume irrigated per event is a function of event duration, frequency of application and flow rate, which in turn are dependent on numerous factors that vary by source – including water availability, pressure and price. The temperature variation of groundwater abstraction pipes at residential properties was recorded and analysed as part of this study in order to estimate values for three model inputs, namely, pumping event duration, irrigation frequency, and flow rate. This research incorporates a basic end‑use model for garden irrigation, with inputs derived from the case study in Cape Town, South Africa. The model was subsequently used to stochastically evaluate garden irrigation. Over an 11-d period, 68 garden irrigation events were identified in the sample group of 10 residential properties. The average garden irrigation event duration was 2 h 16 min and the average daily garden irrigation event volume was 1.39 m3.
Use of Surgical Tissue Adhesive and Body Mass Change to Assess Ring-necked Pheasant Brood Foraging Habitat
Authors: Bogenschutz Todd R. , Jennelle Chris S. , McInroy Mark W. , Roberts Steven D. 
Published: August 2019

Foraging rates (arthropod consumption [g/min/chick]) of human-imprinted chicks provide a reasonable metric for assessing the quality of brood-rearing habitats for gallinaceous species. Arthropod foraging rates have been estimated using dry mass or allometric equations of crop and gizzard contents, and internal surgical ligature of the crop. Current methods are time- and labor-intensive. We describe a new method to estimate foraging rate using chick mass change (g/min) during a 30-min foraging trial.Our technique requires surgical tissue adhesive be applied to the cloaca to prevent bias in mass change measurements caused by defecation. We compare our mass change technique to a published internal surgical ligature technique using human-imprinted ring-necked pheasant chicks. Chicks treated with tissue adhesive had rates of mass gain (0.012 g/min, SE = 0.004) similar to ligatured chicks (0.006 g/min, SE = 0.004, F1,58 = 3.16, P = 0.0805). In contrast to the surgical ligature procedure, we found tissue adhesives can be applied quickly in the field and provide an efficient means to evaluate foraging quality of brood-rearing habitats. We provide suggestions for a set of standardized protocols for the use of imprinted chicks.
An Examination of Amplification and Attenuation Effects in the Atlantic and Gulf Coastal Plain Using Spectral Ratios
Authors: Guo Zhen , Chapman Martin C. 
Published: August 2019

AbstractThe Atlantic and Gulf Coastal Plain in the southern and southeastern United States contains extensive Cretaceous and Cenozoic sedimentary sequences of variable thickness. We investigated the difference in response of sites in the Coastal Plain relative to sites outside that region using Fourier spectral ratios from 17 regional earthquakes occurring in 2010–2018 recorded by the Earthscope transportable array and other stations. We used mean coda and Lg spectra for sites outside the Coastal Plain as a reference. We found that Coastal Plain sites experience amplification of low‐frequency ground motions and attenuation at high‐frequencies relative to average site conditions outside the Coastal Plain. The spectral ratios at high frequencies gave estimates of the difference between kappa at Coastal Plain sites and the reference condition. Differential kappa values determined from the coda are correlated with the thickness of the sediment section and agree with previous estimates determined from Lg waves. Averaged estimates of kappa reach ∼120  ms at Gulf coast stations overlying ∼12  km of sediments. Relations between Lg spectral ratio amplitudes versus sediment thickness in successive frequency bins exhibit consistent patterns, which were modeled using piecewise linear functions at frequencies ranging from 0.1 to 2.8 Hz. For sediment thickness greater than ∼0.5  km, the spectral amplitude ratio at frequencies higher than approximately ∼3  Hz is controlled by the value of kappa. The peak frequency and maximum relative amplification at frequencies less than ∼1.0  Hz depend on sediment thickness. At 0.1 Hz, the mean Fourier amplitude ratio (Coastal Plain/reference) is about 2.7 for sediment of 12 km thickness. Analysis of residuals between observed and predicted ground motions suggests that incorporating the amplification and attenuation as functions of sediment thickness may improve ground‐motion prediction models for the Coastal Plain region.
Pkm Meningkatkan Kemampuan Hardskill Guru Pembelajar Melalui Implementasi Macro Media Flash dan Video Pembelajaran Cooperative Learning Sebagai Pembelajaran Multimedia Dalam Bingkai PTK SMA/SMK Se Kabupaten Padang Pariaman
Authors: Susanti Dessi , Armiati Armiati , Dewi Ika Parma , Rahmidani Rose 
Published: August 2019

Tujuan dari kegiatan pengabdian masyarakat ini adalah meningkatkan kemampuan hardskill guru-guru SMA dan SMK Bisnis Manajemen Kabupaten Padang Pariaman dalam hal: 1) Membuat media pembelajaran dengan macro media flash, 2) Membuat RPP yang memuat model cooperative learning sebagai penerapan student centred learning (merupakan tuntutan kurikulum KTSP dan kurikulum 2013), 3) Membuat proposal PTK, 4) Melakukan PTK dengan penerapan model cooperative learning dan media pembelajaran macro media flash, 5) Membuat laporan dan artikel PTK. Metode pendekatan yang digunakan adalah sebagai berikut: 1) Untuk pelatihan dan workshop membuat media pembelajaran dengan Macro Media Flash sekaligus mengeksplorasikan dan mengasosiasikan video pembelajaran cooperative Learning menggunakan metode ceramah, tanya jawab, diskusi, pemberian tugas, demonstrasi, pemberian tugas dan tutorial, 2) Untuk pelatihan dan workshop membuat RPP yang memuat model Cooperative Learning mengunakan metode menggunakan metode ceramah, tanya jawab, diskusi, pemberian tugas, demonstrasi, pemberian tugas dan tutorial, 3) Untuk pelatihan dan workshop membuat proposal PTK menggunakan metode ceramah, tanya jawab, diskusi, pemberian tugas, demonstrasi, pemberian tugas dan tutorial, 4) Untuk pelatihan dan workshop membuat laporan dan artikel PTK menggunakan metode ceramah, tanya jawab, diskusi, pemberian tugas, demonstrasi, pemberian tugas dan tutorial, 5) Untuk pendampingan melakukan PTK dengan penerapan model cooperative learning dan media pembelajaran macro media flash menggunakan metode tutorial. Hasil dari kegiatan pengabdian ini adalah 1) Dihasilkannya media pembelajaran dengan macro media flash oleh sebagian besar (85%) guru mata pelajaran ekonomi SMA dan guru bidang keahlian SMK (Bisnis Manajemen) Kabupaten Padang Pariaman, 2) Dihasilkannya RPP dengan sintaks model cooperative learning (tuntutan kurikulum KTSP dan kurikulum 2013) oleh sebagian besar (85%) guru mata pelajaran ekonomi SMA dan guru bidang keahlian SMK (Bisnis Manajemen) Kabupaten Padang Pariaman, 3) Dihasilkannya proposal PTK oleh sebagian besar (85%) guru mata pelajaran ekonomi SMA dan guru bidang keahlian SMK (Bisnis Manajemen) Kabupaten Padang Pariaman, 4) Dihasilkannnya Laporan PTK oleh sebagian besar (85%) guru mata pelajaran ekonomi SMA dan guru bidang keahlian SMK (Bisnis Manajemen) Kabupaten Padang Pariaman, 5) Dihasilkannya artikel PTK oleh sebagian besar (85%) guru mata pelajaran ekonomi SMA dan guru bidang keahlian SMK (Bisnis Manajemen) Kabupaten Padang Pariaman.

Keyword: Macromedia Flash, Cooperative Learning, PTK, Laporan PTK, Artikel
Peningkatan Life Skill dan Minat Wirausaha Siswa Melalui Bio-Entrepreneurship (BIOSHIP) SMK di Sawangan Depok
Authors: Aqil Deden Ibnu , Hudaya Adeng , H. Masri Zainal Arifin 
Published: August 2019

Menurut BPS Kota Depok tahun 2017 angkatan kerja (penduduk usia 15-64 tahun) kecamatan Sawangan berjumlah 115.038 jiwa. Sedangkan penduduk yang bekerja berjumlah 77.734 jiwa (67,6%), sisanya sebesar 37.304 jiwa (32,4%) belum bekerja. Besarnya angka pengangguran yakni 32,4% paling tinggi tingkat penganggurannya adalah pemuda yang tingkat pendidikannya hanya sampai tingkat SMK/SMU dan tidak melanjutkan ke perguruan tinggi karena berorientasi kerja. Keterampilan yang dimilki dan minat untuk berwirausaha para lulusan SMK di kecamatan Sawangan masih sangat rendah. Kegiatan pengabdian kepada masyarakat yang akan dilakukan ini bertujuan untuk membekali siswa SMK di kecamatan Sawangan dengan kemampuan enterpreunership atau kewirausahaan dalam hal ini dengan pendekatan bioenterpreneurship yaitu dengan membuat produk berbahan hayati yang bernilai ekonomis dan memiliki nilai jual agar dapat mempersiapkan mereka menghadapi kehidupan selanjutnya apabila nanti mereka lulus dari SMK . Permasalahan kegiatan ini adalah bagaimanakah pendekatan penerapan pembelajaran biointerpreneurship kepada para siswa SMK di kecamatan Sawangan ini mampu meningkatkan life skill dan minat berwirausaha . Kegiatan ini merupakan pembelajaran yang berorientasi pada bioentrepreneurship yaitu dengan melibatkan unsur kewirausahaan pada produk biologi.
Impact of Patient-Surgeon Relationship on Patient’s Return to Work
Authors: Dubert Thierry , Girault Cédric , Rozenblat Marc , Dorey Julie , Dubert-Khalifa Heba , Katz Gregory 
Published: August 2019

Background:
Upper-limb injuries and musculoskeletal disorders represent a major economic burden for both patients and society, largely due to limitations in returning to work. We hypothesized that a positive patient-surgeon relationship may facilitate patients’ recovery and lead to a faster return to work.

Methods:
This longitudinal observational study comprised 219 patients, from 8 French hand trauma centers, who were 18 to 55 years of age and were on sick leave from work because of an injury or musculoskeletal disorder of the upper limb. In addition to instruments measuring patients’ functional scores and quality of life, the quality of the patient-surgeon relationship was assessed at enrollment using a specific questionnaire (Q-PASREL [Quality of PAtient-Surgeon RELationship]). Six months after enrollment, the return-to-work status was assessed. Logistic and Cox regression models were developed to identify predictors of return to work (yes/no) and the time off from work in days.

Results:
Overall, 74% of the patients who returned to work within 6 months after enrollment had a high or medium-high Q-PASREL score, whereas 64% of the patients who were still on sick leave had a low or medium-low Q-PASREL score. The odds of patients with a low or medium-low Q-PASREL score returning to work were, respectively, 95% and 71% lower than the odds of patients with a high score doing so, with a percent difference of 56% (95% confidence interval [CI] = 40% to 71%) for low versus high (odds ratio [OR] = 0.05 [95% CI = 0.02 to 0.13]) and 25% (95% CI = 6% to 44%) for medium-low versus high (OR = 0.29 [95% CI = 0.11 to 0.76]). All Q-PASREL items and scores were significantly associated with return to work.

Conclusions:
Patients with a lower Q-PASREL score and more severe disability were less likely to return to work within 6 months and had a longer time off from work. Efforts to improve the quality of patient-surgeon relationships may minimize the duration of sick leaves and accelerate patient recovery.

Level of Evidence:
Prognostic Level II. See Instructions for Authors for a complete description of levels of evidence.