bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Rehabilitation der chinoloninduzierten Tendinopathie der Achillessehne
Authors: Kohlbrenner Dario , Schneider Sandra , Benden Christian 
Published: December 2018

Zusammenfassung
Hintergrund Der Einsatz von Antibiotika gehört zum medizinischen Alltag. Ein dabei häufig eingesetzter Wirkstoff ist die Gruppe der Chinolone. Physiotherapeutisch relevant sind deren muskuloskeletale Nebenwirkungen, insbesondere auf das Sehnengewebe. Meist sind die Achillessehnen durch Tendinopathien oder Rupturen betroffen. Es besteht ein Mangel an Literatur bezüglich der Pathophysiologie als auch der Rehabilitation dieser klinischen Muster.
Ziel Diese Fallstudie evaluierte die Anwendung eines exzentrischen Trainingsprotokolls bei chinoloninduzierter Tendinopathie der Achillessehne.
Methode Die physiotherapeutische Rehabilitation einer 48-jährigen Frau mit unilateraler Tendinopathie der Achillessehne unter Einnahme des Antibiotikums Ciprofloxacin nach Lungentransplantation wird beschrieben. Dabei wurde ein kriterienbasierter Ansatz mit ausschließlich Hands-off-Therapie unter Einsatz eines exzentrischen Belastbarkeitsaufbaus der Achillessehne angewendet.
Ergebnisse Nach 9 Einzeltherapien fanden sich Verbesserungen beim 1-Minute-Sitz-Stand-Test, der Range of Motion bei Dorsalextension des oberen Sprunggelenks rechts, beidseitige Kraft von Knieextensoren und -flexoren, Dorsalextensoren und Plantarflexoren des oberen Sprunggelenks, beim VISA-A-Fragebogen sowie bei Schmerz und Partizipation.
Schlussfolgerungen Bei chinoloninduzierter Tendinopathie der Achillessehne ist ein exzentrisch betontes Trainingsprotokoll durchführbar und wirksam, wobei die zahlreichen Komorbiditäten der primär betroffenen Population zu beachten sind. Da Physiotherapeuten aufgrund der demografischen Entwicklung zunehmend mit hochkomplexen Fällen konfrontiert werden, ist es für sie wichtig, die unerwünschten Wirkungen von Medikamenten zu kennen.
Die Effekte des Lee Silverman Voice Treatment (LSVT)-BIG Trainings auf die motorische Funktionsfähigkeit von Menschen mit M. Parkinson – eine systematische Übersichtsarbeit
Authors: Stickdorn Isabelle , Marks Detlef , Thiel Christian , Braun Tobias 
Published: December 2018

Zusammenfassung
Hintergrund Interventionen zur Verbesserung der motorischen Funktionsfähigkeit sind wichtige Aspekte der Rehabilitation von Menschen mit Morbus Parkinson. Das Lee Silverman Voice Treatment BIG (LSVT-BIG) ist ein in der klinischen Praxis verbreitetes bewegungstherapeutisches Therapiekonzept bei M. Parkinson, dessen Wirksamkeit auf die motorische Funktionsfähigkeit unklar ist.
Ziel Dieser systematische Review fasst die Studien zur Wirksamkeit des LSVT-BIG auf die motorische Funktionsfähigkeit im Vergleich zu anderen bewegungstherapeutischen Interventionen zusammen.
Methode Die elektronischen Datenbanken MEDLINE, CINAHL und Cochrane Library wurden für den Publikationszeitraum 2005 bis 2017 nach randomisierten kontrollierten Studien (RCT) durchsucht, die das LSVT-BIG bei leicht bis schwer betroffenen Menschen mit idiopathischem M. Parkinson (Hoehn u. Yahr Stadium I–IV) mit anderen bewegungstherapeutischen Interventionen verglichen. Die Bewertung der methodischen Qualität der eingeschlossenen Studien erfolgte anhand der PEDro-Skala. Die eingeschlossenen Studien wurden narrativ zusammengefasst.
Ergebnisse Eingeschlossen wurden 3 RCT mit moderater methodischer Qualität (PEDro-Skala: 5 – 6/10 Punkten). Zwei Studien zeigten keine Vorteile des standardisierten LSVT-BIG-Trainings gegenüber einer anderen bewegungstherapeutischen Intervention bei annähernd vergleichbaren Trainingsdosierungen. In einer Studie, die das LSVT-BIG mit anderen bewegungstherapeutischen Interventionen in anderen Trainingsdosierungen untersuchte, erwies sich das LSVT-BIG als überlegen.
Schlussfolgerungen Aufgrund der geringen Studienzahl ist die Bewertung der Wirksamkeit des LSVT-BIG auf die motorische Funktionsfähigkeit nur bedingt möglich. Für eine mögliche Dose-Response-Beziehung zwischen körperlichem Training – darunter LSVT-BIG – und motorischer Funktionsfähigkeit sind mehr qualitativ hochwertige Studien notwendig.
Psychische Belastung, Nähe, Distanz und Kohärenzgefühl von Physiotherapeuten in der Einzelbehandlung
Authors: Schäberle Wolfgang , Roth Roswitha , Lothaller Harald , Endler Christian 
Published: December 2018

Zusammenfassung
Hintergrund Physiotherapeuten behandeln meist fremde Personen, häufig mit Körperkontakt. Dies kann einen erheblichen Stressfaktor darstellen. Der Kohärenzsinn wird als Bewältigungsressource gesehen, um psychisch und physisch gesund zu bleiben.
Ziel Die Ausprägung von psychischer Belastung, emotionaler (Sympathie, Antipathie), räumlicher und kultureller Nähe und Distanz in der Therapie wird aufgezeigt und in Relation zum Kohärenzsinn gebracht. Die Vorhersage der psychischen Belastung dient zur Entwicklung von gesundheitserhaltenden Strategien.
Methode 10 Vignetten zu typischen Situationen in der Einzeltherapie wurden erstellt, um Nähe und Distanz zu untersuchen. Die Einschätzung von psychischer Belastung, emotionaler, räumlicher, kultureller Nähe und Distanz erfolgte auf einer Skala von 0 – 10. Zur Messung des Kohärenzsinns wurde der Fragebogen SOC-29 vorgegeben.
Ergebnisse Insgesamt wurden 51 Physiotherapeuten und 102 Physiotherapeutinnen mit durchschnittlich 8,69 Jahren Berufserfahrung untersucht. Über alle Vignetten wurden 7 Skalen gebildet: psychische Belastung, Sympathie, Antipathie, räumliche und kulturelle Nähe und Distanz. Die am höchsten eingestuften psychischen Belastungen waren unfreundliche Patienten, unangenehmer Körpergeruch, unerwünschtes Eindringen in die Privatsphäre und unerreichbarer Therapieerfolg. Eine höhere psychische Belastung steht im Zusammenhang mit niedrigerem Kohärenzsinn, Partnerschaft mit Kindern, stärkerer Antipathie, kultureller Nähe und kürzerer Berufstätigkeit.
Schlussfolgerungen Aus der Nähe- und Distanzproblematik bei Physiotherapeuten resultierende psychische Belastung und geringer Kohärenzsinns als Bewältigungsressource hängen stark zusammen. Um die psychische Belastung gering zu halten, werden institutionelle und individuelle Strategien diskutiert.
Blasenentleerungsstörung auf dem Boden einer gutartigen Prostatavergrößerung (BPO)
Authors: Martinelli Evangelista , Herrmann Thomas 
Published: December 2018

ZusammenfassungDer klassische Therapiealgorithmus zur Behandlung des benignen Prostatasyndroms (BPS) beinhaltet bei Versagen der medikamentösen Therapie einen chirurgischen Ansatz. Neue minimalinvasive Therapien (MIT) bieten das Potenzial für eine schnelle Symptomlinderung bei gleichzeitiger Reduzierung der mit den invasiven Verfahren assoziierten perioperativen Morbidität. Die konvektive interstitielle Radiofrequenz-generierte Wasserdampf-Thermoablation der Prostata mit dem Rezūm®-System ist ein neuartiges MIT zur Behandlung von Männern mit moderaten bis schweren LUTS. Es ermöglicht eine schnelle und dauerhafte Linderung von Speicher- und Entleerungs-LUTS, das Erhalten unzerstörter Sexualfunktion (in Bezug auf sowohl Erektion als auch Ejakulation) und die Verbesserung der Lebensqualität. Das Verfahren bietet sich für die Behandlung eines breiten Spektrums von Prostatadrüsenmorphologien einschließlich intravesikaler Prostataprotrusion, Mittellappen- oder Blasenhalselevation durch zentrale Hyperplasie. Das Rezūm-Verfahren kann auch als Erstlinientherapie zur Krankheitsprogressionsvorbeugung als Alternative zur medikamentösen Langzeit-Polytherapie bei selektionierten Patienten angesetzt werden, um mögliche medikamentenassoziierte Nebenwirkungen zu vermeiden. Dieser Übersichtsartikel befasst sich mit der Beschreibung dieser neuen Technologie und ihrer klinischen Anwendung sowie mit der aktuellen Evidenz, die die Effektivität, die Sicherheit und die Perspektive des Rezūm-Verfahrens bis zum jetzigen Zeitpunkt unterstützt.
Negation and negative copulas in Bantu
Authors: Cocchi Gloria 
Published: December 2018

Abstract
The main aim of this work is to further speculate on the many syntactic similarities, already discussed in previous work, which may be observed in Bantu and Romance languages. In particular, this work analyses the expression of negation in Bantu, a phenomenon which involves different elements and multiple positions. Crucially, Bantu negation is generally encoded in a specialized prefix, which shows up at the left edge of the complex verbal form; however, negation may also interfere either with tense feature – at least in languages, like Swahili, which exhibit morphologically different tense/aspect infixes in affirmative and negative clauses – or with modality, encoded in the final inflection. This recalls the situation observed also in Romance varieties and especially in Northern Italian dialects.
On gender and number
Authors: Lorusso Paolo 
Published: December 2018

Abstract
In the theory of agreement developed by Chomsky (2000, 2001) φ features are undifferentiated, they are organized in a bundle of features, despite the intrinsically different information that each of them carries. However, while person is found to have an autonomous status in many psycholinguistic studies, number and gender show contrasting results: some studies show a crucial difference in the processing of number and gender, others, mainly ERP, do not. We will review the different psycholinguistic findings and we will propose that number and gender simply denote different nominal classes. The difference found in some experiments for number and gender maybe linked to when the feature is made available in the comprehension of the sentence (early/late cues).
Micro‑ and macro-variation
Authors: Rita Manzini M. 
Published: December 2018

Abstract

Manzini and Savoia (2005, 2017) argue that morphophonology is involved in enclisis/proclisis alternations only in so far as it externalizes the syntactico-semantic category of non-veridicality, as outlined here in Section 1. In Section 2 we review typological literature reporting that the irrealis category governs the alternation between different pronominal series cross-linguistically. This evidence potentially fulfills a prediction issuing from the treatment of Romance. What is more, comparison between treatments of Romance microvariation and of typological macrovariation reveals a propensity to treat the former in terms of morphophonological organization and the latter in terms of conceptual systems. If Manzini and Savoia are correct, efforts at defining opposed notions of macro‑ and micro-parametrization are not warranted by the evidence (Section 3).
Concealed pseudo-clefts? Evidence from a Lombard dialect
Authors: Pescarini Diego , Donzelli Giulia 
Published: December 2018

Abstract
This paper focuses on the syntax of clefts in the Lombard dialect of Comun Nuovo (Bergamo). In this dialect, clefts are highly constrained (in particular, they are ungrammatical in questions) and, in the contexts where clefts and pseudo-clefts alternate, the distinction between the two is often blurred. We argue that Comunuovese clefts are better analysed as concealed pseudo-clefts (Paul 2001 a.o.).
Remarks on the vulnerability of grammar
Authors: Marotta Giovanna 
Published: December 2018

Abstract
This paper deals with the special status of morphological features in a series of contexts that are crucial for the understanding of the architecture of human grammar: language pathology and impairment, L1/L2 acquisition, language evolution, language contact. The critical review of data referring to different domains and to different languages enlightens the special vulnerability of morphology. In language impairments, as well as in communicative exchanges occurring in multilingual contexts, morphological categories are not perfectly acquired. Empirical evidence relative to atypical contexts shows a peculiar asymmetry in the structure of language: alongside early development and strength of lexicon and phonology, late appearance and vulnerability of morphology. However, the weakness of morphology does not imply a minor role of this component into the grammar.
Levitated electromechanics: all-electrical cooling of charged nano- and micro-particles
Authors: Goldwater Daniel , Stickler Benjamin A , Martinetz Lukas , Northup Tracy E , Hornberger Klaus , Millen James 
Published: December 2018

Abstract
We show how charged levitated nano- and micro-particles can be cooled by interfacing them with an RLC circuit. All-electrical levitation and cooling is applicable to a wide range of particle sizes and materials, and will enable state-of-the-art force sensing within an electrically networked system. Exploring the cooling limits in the presence of realistic noise we find that the quantum regime of particle motion can be reached in cryogenic environments both for passive resistive cooling and for an active feedback scheme, paving the way to levitated quantum electromechanics.
The class of the affine line is a zero divisor in the Grothendieck ring: Via 𝐺₂-Grassmannians
Authors: Ito Atsushi , Miura Makoto , Okawa Shinnosuke , Ueda Kazushi 
Published: December 2018

Motivated by [J. Algebraic Geom. 27 (2018), pp. 203–209] and [C. R. Math. Acad. Sci. Paris 354 (2016), pp. 936–939], we show the equality

(
[
X
]
−
[
Y
]
)

⋅
[

A

1

]
=
0

\left ( [ X ] - [ Y ] \right ) \cdot [ \mathbb {A} ^{ 1 } ] = 0

in the Grothendieck ring of varieties, where

(
X
,
Y
)

( X, Y )

is a pair of Calabi-Yau 3-folds cut out from the pair of Grassmannians of type

G

2

G _{ 2 }

.
Improving prediction of protein secondary structure, backbone angles, solvent accessibility and contact numbers by using predicted contact maps and an ensemble of recurrent and residual convolutional neural networks
Authors: Hanson Jack , Paliwal Kuldip , Litfin Thomas , Yang Yuedong , Zhou Yaoqi 
Published: December 2018

Abstract

Motivation
Sequence-based prediction of one dimensional structural properties of proteins has been a long-standing subproblem of protein structure prediction. Recently, prediction accuracy has been significantly improved due to the rapid expansion of protein sequence and structure libraries and advances in deep learning techniques, such as residual convolutional networks (ResNets) and Long-Short-Term Memory Cells in Bidirectional Recurrent Neural Networks (LSTM-BRNNs). Here we leverage an ensemble of LSTM-BRNN and ResNet models, together with predicted residue-residue contact maps, to continue the push towards the attainable limit of prediction for 3- and 8-state secondary structure, backbone angles (θ, τ, ϕ and ψ), half-sphere exposure, contact numbers and solvent accessible surface area (ASA).

Results
The new method, named SPOT-1D, achieves similar, high performance on a large validation set and test set (≈1000 proteins in each set), suggesting robust performance for unseen data. For the large test set, it achieves 87% and 77% in 3- and 8-state secondary structure prediction and 0.82 and 0.86 in correlation coefficients between predicted and measured ASA and contact numbers, respectively. Comparison to current state-of-the-art techniques reveals substantial improvement in secondary structure and backbone angle prediction. In particular, 44% of 40-residue fragment structures constructed from predicted backbone Cα-based θ and τ angles are less than 6 Å root-mean-squared-distance from their native conformations, nearly 20% better than the next best. The method is expected to be useful for advancing protein structure and function prediction.

Availability and implementation
SPOT-1D and its data is available at: http://sparks-lab.org/.

Supplementary information
Supplementary data are available at Bioinformatics online.
MapOptics: a light-weight, cross-platform visualization tool for optical mapping alignment
Authors: Burgin Josephine , Molitor Corentin , Mohareb Fady 
Published: December 2018

Abstract

Summary
Bionano optical mapping is a technology that can assist in the final stages of genome assembly by lengthening and ordering scaffolds in a draft assembly by aligning the assembly to a genomic map. However, currently, tools for visualization are limited to use on a Windows operating system or are developed initially for visualizing large-scale structural variation. MapOptics is a lightweight cross-platform tool that enables the user to visualize and interact with the alignment of Bionano optical mapping data and can be used for in depth exploration of hybrid scaffolding alignments. It provides a fast, simple alternative to the large optical mapping analysis programs currently available for this area of research.

Availability and implementation
MapOptics is implemented in Java 1.8 and released under an MIT licence. MapOptics can be downloaded from https://github.com/FadyMohareb/mapoptics and run on any standard desktop computer equipped with a Java Virtual Machine (JVM).

Supplementary information
Supplementary data are available at Bioinformatics online.
SPRING: a next-generation compressor for FASTQ data
Authors: Chandak Shubham , Tatwawadi Kedar , Ochoa Idoia , Hernaez Mikel , Weissman Tsachy 
Published: December 2018

Abstract

Motivation
High-Throughput Sequencing technologies produce huge amounts of data in the form of short genomic reads, associated quality values and read identifiers. Because of the significant structure present in these FASTQ datasets, general-purpose compressors are unable to completely exploit much of the inherent redundancy. Although there has been a lot of work on designing FASTQ compressors, most of them lack in support of one or more crucial properties, such as support for variable length reads, scalability to high coverage datasets, pairing-preserving compression and lossless compression.

Results
In this work, we propose SPRING, a reference-free compressor for FASTQ files. SPRING supports a wide variety of compression modes and features, including lossless compression, pairing-preserving compression, lossy compression of quality values, long read compression and random access. SPRING achieves substantially better compression than existing tools, for example, SPRING compresses 195 GB of 25× whole genome human FASTQ from Illumina’s NovaSeq sequencer to less than 7 GB, around 1.6× smaller than previous state-of-the-art FASTQ compressors. SPRING achieves this improvement while using comparable computational resources.

Availability and implementation
SPRING can be downloaded from https://github.com/shubhamchandak94/SPRING.

Supplementary information
Supplementary data are available at Bioinformatics online.
GlycanFormatConverter: a conversion tool for translating the complexities of glycans
Authors: Tsuchiya Shinichiro , Yamada Issaku , Aoki-Kinoshita Kiyoko F 
Published: December 2018

Abstract

Motivation
Glycans are biomolecules that take an important role in the biological processes of living organisms. They form diverse, complicated structures such as branched and cyclic forms. Web3 Unique Representation of Carbohydrate Structures (WURCS) was proposed as a new linear notation for uniquely representing glycans during the GlyTouCan project. WURCS defines rules for complex glycan structures that other text formats did not support, and so it is possible to represent a wide variety glycans. However, WURCS uses a complicated nomenclature, so it is not human-readable. Therefore, we aimed to support the interpretation of WURCS by converting WURCS to the most basic and widely used format IUPAC.

Results
In this study, we developed GlycanFormatConverter and succeeded in converting WURCS to the three kinds of IUPAC formats (IUPAC-Extended, IUPAC-Condensed and IUPAC-Short). Furthermore, we have implemented functionality to import IUPAC-Extended, KEGG Chemical Function (KCF) and LinearCode formats and to export WURCS. We have thoroughly tested our GlycanFormatConverter and were able to show that it was possible to convert all the glycans registered in the GlyTouCan repository, with exceptions owing only to the limitations of the original format. The source code for this conversion tool has been released as an open source tool.

Availability and implementation
https://github.com/glycoinfo/GlycanFormatConverter.git

Supplementary information
Supplementary data are available at Bioinformatics online.
Methane inhalation reduces the systemic inflammatory response in a large animal model of extracorporeal circulation
Authors: Bari Gábor , Érces Dániel , Varga Gabriella , Szűcs Szilárd , Varga Zoltán , Bogáts Gábor , Boros Mihály 
Published: December 2018

Abstract

OBJECTIVES
Extracorporeal circulation induces cellular and humoral inflammatory reactions, thus possibly leading to detrimental secondary inflammatory responses. Previous data have demonstrated the bioactive potential of methane and confirmed its anti-inflammatory effects in model experiments. Our goal was to investigate the in vivo consequences of exogenous methane administration on extracorporeal circulation-induced inflammation.

METHODS
Two groups of anaesthetized Vietnamese minipigs (non-treated and methane treated, n = 5 each) were included. Standard central cannulation was performed, and extracorporeal circulation was maintained for 120 min without cardiac arrest or ischaemia, followed by an additional 120-min observation period with haemodynamic monitoring. In the methane-treated group, 2.5% v/v methane–normoxic air mixture was added to the oxygenator sweep gas. Blood samples through the central venous line and tissue biopsies from the heart, ileum and kidney were taken at the end point to determine the whole blood superoxide production (chemiluminometry) and the activity of xanthine-oxidoreductase and myeloperoxidase, with substrate-specific reactions.

RESULTS
Methane treatment resulted in significantly higher renal blood flow during the extracorporeal circulation period compared to the non-treated group (63.9 ± 16.4 vs 29.0 ± 9.3 ml/min). Whole blood superoxide production (548 ± 179 vs 1283 ± 193 Relative Light Unit (RLU)), ileal myeloperoxidase (2.23 ± 0.2 vs 3.26 ± 0.6 mU/(mg protein)) and cardiac (1.5 ± 0.6 vs 4.7 ± 2.5 pmol/min/mg), ileal (2.2 ± 0.6 vs 7.0 ± 3.4 pmol/min/mg) and renal (1.2 ± 0.8 vs 13.3 ± 8.0 pmol/min/mg) xanthine-oxidoreductase activity were significantly lower in the treated group.

CONCLUSIONS
The addition of bioactive gases, such as methane, through the oxygenator of the extracorporeal circuit represents a novel strategy to influence the inflammatory effects of extracorporeal perfusion in cardiac surgical procedures.