bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Dynamic evolution of inverted repeats in Euglenophyta plastid genomes
Authors: Karnkowska Anna , Bennett Matthew S. , Triemer Richard E. 
Published: October 2018

AbstractPhotosynthetic euglenids (Euglenophyta) are a monophyletic group of unicellular eukaryotes characterized by the presence of plastids, which arose as the result of the secondary endosymbiosis. Many Euglenophyta plastid (pt) genomes have been characterized recently, but they represented mainly one family – Euglenaceae. Here, we report a comparative analysis of plastid genomes from eight representatives of the family Phacaceae. Newly sequenced plastid genomes share a number of features including synteny and gene content, except for genes mat2 and mat5 encoding maturases. The observed diversity of intron number and presence/absence of maturases corroborated previously suggested correlation between the number of maturases in the pt genome and intron proliferation. Surprisingly, pt genomes of taxa belonging to Discoplastis and Lepocinclis encode two inverted repeat (IR) regions containing the rDNA operon, which are absent from the Euglenaceae. By mapping the presence/absence of IR region on the obtained phylogenomic tree, we reconstructed the most probable events in the evolution of IRs in the Euglenophyta. Our study highlights the dynamic nature of the Euglenophyta plastid genome, in particular with regards to the IR regions that underwent losses repeatedly.
The interaction between the Nipah virus nucleocapsid protein and phosphoprotein regulates virus replication
Authors: Ranadheera Charlene , Proulx Roxanne , Chaiyakul Mark , Jones Shane , Grolla Allen , Leung Anders , Rutherford John , Kobasa Darwyn , Carpenter Michael , Czub Markus 
Published: October 2018

AbstractContinued outbreaks of Henipaviruses in South Asia and Australia cause severe and lethal disease in both humans and animals. Together, with evidence of human to human transmission for Nipah virus and the lack of preventative or therapeutic measures, its threat to cause a widespread outbreak and its potential for weaponization has increased. In this study we demonstrate how overexpression of the Nipah virus nucleocapsid protein regulates viral polymerase activity and viral RNA production. By overexpressing the Nipah virus nucleocapsid protein in trans viral transcription was inhibited; however, an increase in viral genome synthesis was observed. Together, the bias of polymerase activity towards genome production led to the severe inhibition of viral progeny. We identified two domains within the nucleocapsid protein, which were each independently capable of binding the viral phosphoprotein. Evident by our data, we propose that the nucleocapsid protein’s ability to interact with the phosphoprotein of the polymerase complex causes a change in polymerase activity and subsequent deficiency in viral replication. This study not only provides insights into the dynamics of Henipavirus RNA synthesis and replication, but also provides insight into potential targets for antiviral drug development.
CRISPRminer is a knowledge base for exploring CRISPR-Cas systems in microbe and phage interactions
Authors: Zhang Fan , Zhao Shijia , Ren Chunyan , Zhu Yuwei , Zhou Haibin , Lai Yongkui , Zhou Fengxia , Jia Yuqiang , Zheng Kangjie , Huang Zhiwei 
Published: October 2018

AbstractCRISPR-Cas systems not only play key roles in prokaryotic acquired immunity, but can also be adapted as powerful genome editing tools. Understanding the native role of CRISPR-Cas systems in providing adaptive immunity can lead to new CRISPR-based technologies. Here, we develop CRISPRminer, a knowledge base and web server to comprehensively collect and investigate the knowledge of CRISPR-Cas systems and generate instructive annotations, including CRISPR arrays and Cas protein annotation, CRISPR-Cas system classification, self-targeting events detection, microbe–phage interaction inference, and anti-CRISPR annotation. CRISPRminer is user-friendly and freely available at http://www.microbiome-bigdata.com/CRISPRminer.
Les mesures atomiques de haute précision. Un outil privilégié pour tester l’électrodynamique quantique
Authors: Cladé Pierre , Julien Lucile 
Published: October 2018

À la fin des années 1940, l'étude des niveaux d'énergie de l'atome d'hydrogène et celle de l'anomalie du rapport gyromagnétique de l'électron ont été à l'origine de l'électrodynamique quantique.
Aujourd'hui encore, les mesures réalisées dans les systèmes atomiques simples, telles que celles que nous menons au laboratoire Kastler Brossel, permettent de tester les prédictions de cette théorie à un niveau de précision extrême qui, à ce jour, n'a pas réussi à la mettre en défaut.
SPIRAL2 : une sonde de nouvelle génération pour explorer la matière nucléaire
Authors: Savalle Alain , Jardin Pascal , Ferdinand Robin , Ledoux Xavier , Thomas Jean-Charles , Savajols Hervé , Bertrand Patrick 
Published: October 2018

SPIRAL2 est un accélérateur d'ions de nouvelle génération, qui va agrandir et renforcer le GANIL (Grand accélérateur national d'ions lourds, installé à Caen et géré par le CEA et le CNRS).
Il fournira des faisceaux d'ions lourds et légers d'intensité inégalée, qui seront utilisés pour produire de nouveaux éléments superlourds et compléter ainsi le tableau de Mendeleïev, pour créer et étudier des noyaux exotiques qui n'existent que dans le cosmos, ou encore pour étudier les effets de l'irradiation de la matière par les neutrons rapides.
Reconnexion magnétique entre le vent solaire et la magnétosphère terrestre : la mission MMS
Authors: Rezeau Laurence , Belmont Gérard 
Published: October 2018

Dans le vent solaire, plasma et champ magnétique se déplacent ensemble à grande échelle. L'interface avec la magnétosphère terrestre est une frontière fine, la magnétopause, où il peut exister des échelles suffisamment petites où les deux mouvements se dissocient. Il en résulte un phénomène nommé « reconnexion magnétique », au cours duquel le plasma est fortement accéléré le long de la frontière.
La mission MMS a des points forts qui en font le meilleur outil pour étudier ce phénomène : une résolution temporelle des mesures inégalée, et des satellites très proches les uns des autres (environ 10 km, de l'ordre du rayon de Larmor des électrons dans les plasmas rencontrés).
Conférences expérimentales à l’Espace Pierre-Gilles de Gennes
Authors: Bico José , Guyon Étienne , Lehoucq Roland 
Published: October 2018

Après un rappel historique sur les démonstrations publiques d’expériences scientifiques depuis les cabinets de physique du 18e siècle, cet article présente les leçons expérimentales mises en place à l’ESPCI depuis 2003, qui se sont donné l’objectif de présenter « en direct » la science d’aujourd’hui. Ces conférences, gratuites et ouvertes à tous, qui montrent aussi bien la manipulation d’une chaîne d’ADN que des expériences avec des jeux, sont filmées et mises à disposition sur Canal-U pour les rendre durablement accessibles au public.
À titre d’exemple, deux encadrés décrivent des extraits d’une leçon donnée en 2017 par R. Lehoucq, sur l’utilisation de jouets (le yo-yo et le ressort slinky) pour parler de physique.
Eine Inventur in der Rheumatologie – Neues zur Versorgungsforschung
Authors: Feist Eugen 
Published: October 2018

Liebe Kollegen,eine Inventur ist in der Regel mit einem erheblichen Aufwand verbunden, der nicht immer nur Enthusiasmus auslöst. Dennoch ist die regelmäßige Bestandsaufnahme durchaus wichtig, um den erreichten Stand zu dokumentieren, aber auch weiterhin bestehende oder neue Probleme aufzudecken. In dieser Ausgabe der Aktuellen Rheumatologie widmen sich verschiedene Arbeitsgruppen der Versorgungssituation für Kinder und Erwachsene mit rheumatischen Erkrankungen in Deutschland und Österreich. Als Quellen dienen dabei Daten sowohl aus der Kerndokumentation und Registern als auch Informationen aus Fachgesellschaften und veröffentlichten Studien, um einen breit gefächerten und somit realistischen Blick zu ermöglichen.
Ergebnisse spektraler optischer Kohärenztomografie bei den mit Chloroquin behandelten Patienten mit systemischem Lupus erythematodes
Authors: Kosic Knez Nina , Šiško Katarina , Holc Iztok , Pahor Dusica , Pahor Artur , Gracner Tomaz 
Published: October 2018

Zusammenfassung
Ziel Das Ziel unserer Studie war es, mögliche Netzhautveränderungen bei den mit Chloroquinphosphat behandelten SLE-Patienten (SLE: systemischer Lupus erythematodes) festzustellen und zwar in Bezug auf die Behandlungsdauer.
Methoden In die Studie wurden 41 SLE-Patienten (82 Augen) eingeschlossen, die mit Chloroquinphosphat oder Hydroxychloroquinphosphat behandelt werden und bei denen noch keine Netzhautpathologie diagnostiziert worden ist. Studienteilnehmende wurden entsprechend der Behandlungsdauer in 2 Gruppen eingeteilt. Die 1. Gruppe umfasste 18 Patienten (36 Augen), die einer bis zu 5-jährigen Behandlung unterzogen wurden, und die 2. Gruppe bestand aus 23 Patienten (46 Augen), die von 5 – 20 Jahren behandelt wurden. Es wurde eine gründliche Augenuntersuchung durchgeführt, einschließlich bestkorrigierter Sehschärfe, Farbsehen, Gesichtsfelduntersuchung, Fundusuntersuchung bei dilatierten Pupillen, Autofluoreszenzuntersuchung, Fundusfotografie und Spectral-Domain optische Kohärenztomografie (SD-OCT).
Ergebnisse Die durchschnittliche Behandlungsdauer der 1. Gruppe betrug 2,79 ± 1,37 Jahre, während die 2. Gruppe im Durchschnitt 8,67 ± 2,26 Jahre behandelt wurde. Der Unterschied in der zentralen Netzhautdicke zwischen den beiden Gruppen war statistisch insignifikant (p > 0,05). Der Vergleich der parafovealen Dicke zwischen den beiden Gruppen war in allen Regionen statistisch insignifikant (p > 0,05). Gesichtsfelduntersuchung, Autofluoreszenzuntersuchung und Fundusfotografie waren ohne nennenswerte Pathologie.
Schlussfolgerung Unsere Ergebnisse zeigen keine statistisch signifikanten Veränderungen in der Netzhautstruktur zwischen den beiden Gruppen und in Bezug auf die Behandlungsdauer. Infolgedessen kann man schließen, dass jährliche Nachuntersuchungen dieser Patienten sicher genug sind, um mögliche präklinische Makulopathie festzustellen.
Die Devaskularisationsoperation zur Behandlung von Fundus- und Ösophagusvarizen bei portaler Hypertension – eine retrospektive Analyse von 55 Fällen
Authors: Overhaus Marcus , Garcia Park Lydia , Fimmers Rolf , Glowka Tim , van Beekum Cornelius , Manekeller Steffen , Kalff Jörg , Schaefer Nico , Vilz Tim 
Published: October 2018

Zusammenfassung
Hintergrund Die gefährlichste Komplikation einer portalen Hypertension ist die Ausbildung von Ösophagusvarizen, das Risiko für eine Blutung beträgt bis zu 80%. Zur Drucksenkung im portalsystemischen Kreislauf und als Sekundärprophylaxe hat sich die Anlage eines transjugulären, portosystemischen Stent-Shunts (TIPSS) bewährt, bei Pfortaderthrombosen ist die operative Anlage eines portosystemischen Shunts möglich. Besteht jedoch eine Thrombose der mesenterikoportalen Achse oder droht eine hepatische Enzephalopathie, ist die interventionelle oder operative Anlage eines portosystemischen Shunts kontraindiziert. Als Ultima Ratio zur Vermeidung von Rezidivblutungen oder notfallmäßig bei aktiver Blutung kann in diesen Fällen eine Sperroperation indiziert sein. Ziel dieser Studie war es, die perioperative Komplikationsrate, die Morbidität und Mortalität, die Inzidenz einer postoperativen Rezidivblutung sowie das Überleben von Patienten nach erfolgter Sperroperation zu untersuchen.
Patienten und Methoden Es wurden 55 Patienten mit überstandener oder akuter Varizenblutung ohne Möglichkeit der Anlage eines interventionellen oder operativen portosystemischen Shunts hinsichtlich Komplikationsrate, Ausbildung von Rezidivvarizen, erneuter Blutung sowie Überleben retrospektiv untersucht.
Ergebnisse Während die Komplikationsrate bei elektiven Eingriffen 61% betrug, stieg sie bei Notfall-OPs signifikant an (75%, p = 0,002), dies betraf insbesondere Komplikationen Dindo/Clavien Grad III – V (14 vs. 58%, p = 0,002). Durch die Sperr-OP konnte die Ausprägung der Varizen deutlich gesenkt werden, eine Rezidivblutung trat nur bei 16% der Patienten in einer Nachbeobachtungszeit von bis zu 24 Jahren auf. Das mittlere Überleben (mÜL) nach Sperr-OP betrug 169 ± 23 Monate. Nach elektiver OP war das mÜL194 ± 25 Monate, nach notfallmäßiger Sperr-OP nur 49 ± 16 Monate. Interessanterweise zeigte kein Patient eine hepatische Enzephalopathie im Verlauf.
Schlussfolgerung Die Sperr-OP ist gut geeignet zur Sekundärprophylaxe bei Patienten mit Fundus- sowie Ösophagusvarizen und portaler Hypertension ohne Möglichkeit eines portosystemischen Shunts oder bei drohender hepatischer Enzephalopathie. Wird jedoch die Operation in der Notfallsituation durchgeführt, treten signifikant mehr Majorkomplikationen auf, das Outcome ist deutlich schlechter. Daher sollte insbesondere bei fehlender Möglichkeit einer Drucksenkung im portalvenösen System und unter Endoskopie bei progredienten Varizen frühzeitig eine elektive Sperroperation in Erwägung gezogen werden.
Offener Ersatz der gesamten thorakalen Aorta über einen „clamshell“-Zugang bei aortoösophagealer Fistel – eine multidisziplinäre Herausforderung
Authors: Gombert Alexander , Grommes Jochen , Kotelis Drosos , Jacobs Michael 
Published: October 2018

Zusammenfassung
Einleitung Aortoösophageale Fisteln infolge offener und endovaskulärer Operationen der thorakoabdominellen Aorta sind seltene und lebensbedrohliche Erkrankungen. Im vorliegenden Fall war durch die infektiöse Mitbeteiligung einer einliegenden Ascendens-Bogenprothese sowie einer thorakalen Endoprothese im Bereich der Aorta descendens der vollständige Ersatz der thorakalen Aorta über einen sog. „clamshell“-Zugang notwendig.
Kasuistik Bei einer Aortendissektion Typ A nach Stanford erfolgte bei einer 43-jährigen Patientin 2015 ein suprakoronarer Aortenersatz. 2016 wurde bei aortoösophagealer Fistel mit schweren Hämoptysen notfallmäßig eine thorakale Stentprothese (TEVAR) implantiert. Zur definitiven Versorgung mit Entfernung des infizierten Prothesenmaterials erfolgte ein vollständiger Ersatz der thorakalen Aorta im Rahmen einer queren Thorakotomie als Teil eines multimodalen Therapiekonzeptes. Bereits vorab war eine Ösophagektomie erfolgt; abschließend wurde die Passage mittels eines sekundären antesternalen Magenhochzugs rekonstruiert.
Schlussfolgerung Aortoösophageale Fisteln stellen eine therapeutische Herausforderung dar, die in Referenzzentren durch ein interdisziplinäres Team behandelt werden sollten. Der „clamshell“-Zugang mittels querer Thorakotomie ermöglichte im vorliegenden Fall den Ersatz der gesamten thorakalen Aorta.
Reflections on Thyroid Autoimmunity: A Personal Overview from the Past into the Future
Authors: Rapoport Basil , McLachlan Sandra 
Published: October 2018

AbstractAfter investigating thyroid autoimmunity for more than 40 years, we present a personal perspective on the field. Despite effective therapies for Graves’ hyperthyroidism and Hashimoto’s thyroiditis, cures are elusive. Novel forms of therapy are being developed, such as small molecule inhibitors of the TSH receptor (TSHR), but cure will require immunotherapy. This goal requires advances in understanding the pathogenesis of thyroid autoimmunity, the ‘keys’ for which are the thyroid antigens themselves. Presently, however, greater investigative focus is on non-thyroid specific immune cell types and molecules. Thyroid autoantigens are the drivers of the autoimmune response, a prime example being the TSHR. In our view, the TSHR is the culprit as well as the victim in Graves’ disease because of its unique structure. Unlike the closely related gonadotropin receptors, the TSHR cleaves into subunits and there is strong evidence that its shed extracellular A-subunit, not the holoreceptor, is the major antigen driving pathogenic thyroid stimulating autoantibodies (TSAb) development. There is no Graves’ disease of the gonads. Studies of potential antigen-specific immunotherapies require an animal model. Such models have been developed in which TSAb can be induced or, more importantly, arise spontaneously. Not appreciated until recently by thyroid investigators is that B cell surface autoantibodies are highly efficient ‘antigen receptors’ and the epitope to which an autoantibody binds influences antigen processing and which peptide is presented to T cells. These animal models and recombinant human autoantibodies cloned from Graves’ and Hashimoto’s B cells (plasma cells) are available for study by future generations.
StärkeR – Strukturierte Delegation ärztlicher Leistungen im Rahmen konzeptionsgeregelter Kooperation in der Versorgung von Patienten mit entzündlich rheumatischen Erkrankungen(Förderkennzeichen: 01NVF17004)
Authors: Braun Jürgen , Krause Dietmar 
Published: October 2018

ZusammenfassungPatienten mit entzündlich-rheumatischen Erkrankungen sind hierzulande zumindest zum Teil nicht bestmöglich versorgt, weil es nach dem letzten Memorandum der DGRh an vielen Orten nicht genug internistische Rheumatologen gibt. Diese Situation könnte durch die Übernahme von ausgewählten Aufgaben der Patientenversorgung durch qualifizierte rheumatologische Fachassistentinnen (RFA) verbessert werden. Kernpunkt des StärkeR-Projekts ist die Evaluation der strukturierten Delegation ärztlicher Leistungen an rheumatologische Fachassistent(inn)en. Dafür werden 800 Patienten mit stabilem Verlauf einer rheumatoiden Arthritis oder einer Psoriasisarthritis in 20 Zentren in Nordrhein-Westfalen und Niedersachsen im Rahmen einer randomisierten, multizentrischen Studie entweder in der neuen Versorgungsform mit Delegation an RFAs oder mit der Standardversorgung behandelt. Beide Versorgungsformen werden mithilfe der Differenz zwischen Beginn und Ende des Evaluationszeitraumes sowohl der Krankheitsaktivität als auch der gesundheitsbezogene Lebensqualität verglichen. An dem Projekt sind folgende Einrichtungen und Kooperationspartner beteiligt: Rheumazentrum Ruhrgebiet als Krankenkasse die BARMER GEK, das Koordinierungszentrum für Klinische Studien Marburg und die Abteilung für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie der Ruhr-Universität Bochum.
Management von Viszeralarterienaneurysmen unter besonderer Berücksichtigung der Organperfusion – Erfahrungen über mehr als 20 Jahre
Authors: Pfister Karin , Kasprzak Piotr , Oikonomou Kyriakos , Apfelbeck Hanna , Derwich Wojciech , Uller Wibke , Stehr Alexander , Schierling Wilma 
Published: October 2018

Zusammenfassung
Einleitung Viszeralarterienaneurysmen (VAA) sind selten und werden meist als Zufallsbefund entdeckt. Die Indikation zur Behandlung besteht bei symptomatischen Patienten, Pseudoaneurysmen sowie bei asymptomatischen Patienten bei einer Größe von mehr als 2,5 cm (Viszeralarterienaneurysmen) bzw. mehr als 3 cm (Nierenarterienaneurysmen), bei Schwangeren und vor einer Lebertransplantation. Neben der erfolgreichen, operativen oder endovaskulären Ausschaltung des Aneurysmas ist der Erhalt der Organperfusion wichtig. Die folgende Arbeit stellt das Management von Viszeralarterienaneurysmen und die Erfahrungen über einen Zeitraum von mehr als 20 Jahren dar und zeigt einen Behandlungsalgorithmus auf.
Patienten Zwischen 1995 und 2018 wurden am Universitätsklinikum Regensburg 179 VAA diagnostiziert (84 Männer, 95 Frauen, medianes Alter 62 (18 – 87) Jahre). 113-mal (63%) lag ein Milzarterien-, 21- bzw. 22-mal (je 12%) ein Nieren- und Leberarterienaneurysma vor. 14-mal (8%) fand sich ein Aneurysma der gastropankreatikoduodenalen Arkade, 9-mal (5%) der A. mesenterica superior/inferior. 110 (62%) Patienten wurden bei fehlender Behandlungsindikation nachbeobachtet, 34 (19%) offen und 35 (19%) endovaskulär behandelt. Bei allen wurde präoperativ eine Bildgebung, meist mit CT-Angiografie durchgeführt.
Ergebnisse Von den 69 therapierten Patienten mit VAA wurden 51 (74%) elektiv und 18 (26%) notfallmäßig wegen Blutung behandelt. 16 Notfallpatienten wurden endovaskulär, 2 offen chirurgisch behandelt. Postoperativ fand sich 2-mal eine partielle Minderdurchblutung der Leber, die folgenlos blieb. Einmal musste Dünndarm teilreseziert werden. 32/51 (63%) elektive VAA wurden offen, 19/51 (37%) endovaskulär therapiert. Leber und Darm blieben bei beiden Verfahren intakt. Bei den 21 Milz- und Nierenarterienaneurysmen wurde operativ 4-mal die Milz, 1-mal die Niere komplett entfernt, zusätzlich fanden sich postoperativ 3 Nierenteilinfarkte (gesamt 8/21 [38%]). Postinterventionell zeigte sich bei den 14 Milz- und Nierenarterienaneurysmen 2-mal ein Milz- und 3-mal ein Nierenteilinfarkt, 2-mal wurde die Milz später entfernt (gesamt 7/14 [50%]). Zum Nachweis der Organperfusion wurde die CT-Angiografie, vor allem aber der Kontrastmittelultraschall (CEUS) durchgeführt.
Schlussfolgerung Bei Blutung und Pseudoaneurysmen ist die endovaskuläre Therapie das Vorgehen der ersten Wahl. Bei elektiven Eingriffen spielt die sorgfältige Planung im Hinblick auf die technische Machbarkeit der Aneurysmaausschaltung, aber auch der Erhalt der Organperfusion, vor allem bei Milz- und Nierenarterienaneurysmen, eine entscheidende Rolle. Eine bildgebende Nachsorge, vorzugsweise mit Ultraschall, wird dringend empfohlen. Vor bzw. nach Splenektomie oder bei funktioneller Asplenie sind entsprechende Impfungen vorgeschrieben.
Heparanase induces tissue factor pathway inhibitor expression and extracellular accumulation in endothelial and tumor cells
Authors: Nadir Yona , Brenner Benjamin , Gingis-Velitski Sveta , Levy-Adam Flonia , Ilan Neta , Zcharia Eyal , Nadir Erez , Vlodavsky Israel 
Published: October 2018

SummaryHeparanase activity is implicated in cell invasion, tumor metastasis and angiogenesis. Recently, we have reported that heparanase stimulates tissue factor (TF) expression in endothelial and cancer cells, resulting in elevation of coagulation activity. We hypothesized that heparanase regulates other coagulation modulators, and examined the expression and localization of tissue factor pathway inhibitor (TFPI) following heparanase over-expression or exogenous addition. Primary human umbilical vein endothelial cells (HUVEC) and human tumor-derived cell lines were incubated with heparanase, or were stably transfected with heparanase gene-constructs, and TFPI expression and secretion were examined. Heparanase over-expression or exogenous addition stimulated TFPI expression by 2–3 folds. TFPI accumulation in the cell culture medium exceeded in magnitude the observed induction ofTFPI gene transcription reaching 5– to 6-fold increase. Extracellular accumulation of TFPI was evident already 60 min following heparanase addition, prior toTFPI protein induction, and correlated with increased coagulation activity. This effect was found to be independent of heparanase enzymatic activity and interaction with heparan-sulfate, and correlated with reduced TFPI levels on the cell surface. Data were verified in heparanase transgenic mice tissues and plasma. Interaction between heparanase and TFPI was evident by co-immunoprecipitation. Interaction of heparanase with TFPI resulted in its displacement from the surface of the vascular endothelium and in increased pro-coagulant activity. Thus, heparanase facilitates blood coagulation on the cell surface by two independent mechanisms:dissociation ofTFPI from the vascular surface short after local elevation of heparanase levels, and subsequent induction of TF expression.