bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Restored to Science. Challenges in Restoration and Digitisation of Long Abandoned Fungi Collection - Case Study
Authors: Jakubowski Klemens 
Published: June 2019

In 2017 abandoned on the dusty attic for at least twenty years the valuable fungi collection was discovered. After the investigation, it turned out that counting 2159 specimens collection is forgotten and long wanted life work of professor Andrzej Nespiak, a significant polish mycologist (1921-1981). The decision was easy: the collection must be restored, digitalised and secured for the future. These processes met many difficulties on all possible levels.
The project consisted of three main stages: cataloging, conservation, and digitisation.
Cataloging stage showed how valuable the collection is. Almost every specimen has very detailed information about location and habitat like hosting plant name (even specific names for bark or dead branches for fungi growing on wood), soil type for terrestrial ones, phytocoenosis, etc. Almost every specimen has a microscopic drawing of spores with dimensions attached. Collection dates mostly mention only month and year of collection. The big problem cataloging was chaotic naming. No name contains the names of authors. Different grammatic forms of specific epithets of the same species are used. There are a lot of species names and lower taxa names which do not exist in Index Fungorum. The main challenge was to set one standard of conduct.
Conservation stage was very important. Despite the attic was quite dry, many specimens were damaged. A small part was exposed to water and slightly infected by mold. Some were damaged by insects due to high temperatures in summer. All specimens were covered in dust. In the beginning, the whole collection was dried and frozen to stop mold and insects. Later mold was removed and all specimens were transferred to the new envelopes and boxes. All stationery used in herbarium is archive quality, acid-free.
During the digitisation stage, all specimens were photographed with labels and all additional information and drawings.
The whole project brought many challenges and required from staff a lot of commitment and deepening knowledge to properly select solutions.
TaxonWorks: An experience of migrating large datasets into the new cybertaxonomic infrastructure
Authors: Dmitriev Dmitry 
Published: June 2019

TaxonWorks (http://taxonworks.org) in an integrated, open-source, cybertaxonomic web application serving taxonomists and biodiversity scientists. It is designed to facilitate efficient data capture, storage, manipulation, and retrieval. It integrates a wide variety of data types used by biodiversity scientists, including, but not limited to, taxonomy (with validation based on codes of zoological, botanical, bacterial, and viral nomenclature), specimen data, bibliographies, media (images, PDFs, sounds, videos), morphology (character/trait matrices), distribution, biological associations. Available TaxonWorks web interfaces currently provide various data entry forms for simple and advanced querying of the database.
TaxonWorks has integrated batch uploader functionality. But, for larger datasets, specialized migration scripts were used. Several projects, historically build in 3i (http://dmitriev.speciesfile.org), MX (http://mx.phenomix.org), SpeciesFiles (http://software.speciesfile.org), and other databases, have been or are being migrated into TaxonWorks. Of the projects moving into TaxonWorks, it is worth mentioning several: 3i World Auchenorrhyncha Database, LepIndex, Universal Chalcidoidea Database, Orthoptera SpeciesFile, Plecoptera SpeciesFile, Illinois Natural History Survey Insect Collection database, and several others. An experience of the data migration will be shared during the presentation.
Past, Present, and Future of Marcescent Mediterranean Forests
Authors: Vila-Viçosa Carlos , Gonçalves João , Honrado João , Silva Rubim , Vazquez Francisco , Stephan Jean , García Cristina 
Published: June 2019

Mediterranean forests are unique and one of the most threatened biomes worldwide (Klausmeyer and Shaw 2009). They are distributed through marked ecological gradients that are supported by a wide variety of diverse geology and contrasting bioclimatic conditions.
Marcescence (i.e., the abscence of leaf fall abscission; Addicott 1982), is a life-history trait related to contrasting or transitional climatic areas such as those across Eurosiberian and Mediterranean Regions (García-Mijangos et al. 2014). Thus, marcescent forests are ecotones located in the transition between temperate areas with cold winters and mild rainy summers and mediterranean regions with dry and hot summers (Rivas-Martínez et al. 2017).
We aim to provide a global overview of marcescent forests in the Mediterranean basin, a significant ecotone in terms of biogeography and conservation, by exploring the main ecological drivers that have promoted past, current and future changes in the distribution ranges of several oak species.
We used a subset of oak species from the subsection Galliferae (Quercus L.), to unveil biogeographic relationships and recent or past contact between taxa, thus bringing insights to its evolutionary history and speciation. A database was built with records obtained from extensive fieldwork, herbaria review and online resources (e.g., Global Biodiversity Information Facility (GBIF), scrutinized by taxonomic experts. We used downscaled climate data to obtain potential distribution of each species through an ensemble-modelling framework (biomod2 - R package, Araújo and New 2007, Thuiller et al. 2009), across different past (Last Glacial Maximum and Middle Holocene), present and future scenarios (2050 and 2080 Hijmans et al. 2005; Representative Concentration Pathway (RCP) 4.5 IPCC 2013).
Results provide new insights to advance our current understanding of the biogeographic trajectories of transiently co-occurring oak species, at the boundary of two major biomes and biogeographic regions in Southern Europe and North Africa.
Furthermore, we highlight the importance of these forests for biodiversity conservation, not only as refuge of relict and narrow endemic species, but particularly for understanding white oak biogeography and evolution in Europe, anticipating future shifts driven by anthropogenic climate change.
Symbiota2: Enabling greater collaboration and flexibility in mobilizing biodiversity data
Authors: Barkworth Mary , Brandt Benjamin , Dyreson Curtis , Cobb Neil , Pearse Will 
Published: June 2019

Symbiota, the most used biodiversity content management system in the United States, has helped mobilize over 35 million specimen records from over 750 natural history collections via 40+ separate installations. Most Symbiota records come from natural history collections but some Symbiota instances also incorporate records from observations, images, publications, and gardens. Symbiota serves as both a data management system for entering, annotating, and cleaning occurrence data, images and associated specimen data (e.g., genetic sequences, images, publications) and as a primary aggregator/publisher for data stored in any database system that can export to a comma separated value (csv) file. Symbiota integrates and displays data and images from many resources in multiple formats, some of which appeal primarily to researchers, others to land managers, educators, and the general public.
After nearly 20 years, Symbiota is going through a major software revision through Symbiota2, a US National Science Foundation-funded project. The broad goals of Symbiota2 are to make it easier for developers to add new functionality, to improve usability, and to help site managers administer a site. Symbiota2 will have a plugin-based architecture that will allow developers to encapsulate functionality in a plugin. Symbiota2 will improve usability by supporting off-line use, enabling Wordpress (content-managment system) integration, and having a customizable user interface. Symbiota2 will help site managers by simplifying installation and management of a site. The three-year project is on-going, but so far we have created a Symbiota2 GithHub repository and a Docker image with all the necessary components for installing, configuring, and running Symbiota2, an object relational mapping (ORM) of the tables in the database management system (DBMS), and web services to connect to the DBMS via the ORM. We used Doctrine 2 for the ORM and API-Platform for the web services. By the third quarter of 2019, we anticipate deploying the plugin framework to encourage developers to create new functionality for biodiversity content management.
ABCD 3.0 Ready to Use
Authors: Fichtmueller David , Berendsohn Walter G. , Droege Gabriele , Glöckler Falko , Güntsch Anton , Hoffmann Jana , Holetschek Jörg , Petersen Mareike , Reimeier Fabian 
Published: June 2019

The TDWG standard ABCD (Access to Biological Collections Data task group 2007) was aimed at harmonizing terminologies used for modelling biological collection information and is used as a comprehensive data format for transferring collection and observation data between software components.
The project ABCD 3.0 (A community platform for the development and documentation of the ABCD standard for natural history collections) was financed by the German Research Council (DFG). It addressed the transformation of ABCD into a semantic web-compliant ontology by deconstructing the XML-schema into individually addressable RDF (Resource Description Framework) resources published via the TDWG Terms Wiki (https://terms.tdwg.org/wiki/ABCD_2). In a second step, informal properties and concept-relations described by the original ABCD-schema were transformed into a machine-readable ontology and revised (Güntsch et al. 2016). The project was successfully finished in January 2019.
The ABCD 3 setup allows for the creation of standard-conforming application schemas. The XML variant of ABCD 3.0 was restructured, simplified and made more consistent in terms of element names and types as compared to version 2.x. The XML elements are connected to their semantic concepts using the W3C SAWSDL (Semantic Annotation for Web Services Description Language and XML Schema) standard. The creation of specialized applications schemas is encouraged, the first use case was the application schema for zoology. It will also be possible to generate application schemas that break the traditional unit-centric structure of ABCD.
Further achievements of the project include creating a Wikibase instance as the editing platform, with related tools for maintenance queries, such as checking for inconsistencies in the ontology and automated export into RDF. This allows for fast iterations of new or updated versions, e.g. when additional mappings to other standards are done. The setup is agnostic to the data standard created, it can therefore also be used to create or model other standards. Mappings to other standards like Darwin Core (https://dwc.tdwg.org/) and Audubon Core (https://tdwg.github.io/ac/) are now machine readable as well. All XPaths (XML Paths) of ABCD 3.0 XML have been mapped to all variants of ABCD 2.06 and 2.1, which will ease transition to the new standard. The ABCD 3 Ontology will also be uploaded to the GFBio Terminology Server (Karam et al. 2016), where individual concepts can be easily searched or queried, allowing for better interactive modelling of ABCD concepts.
ABCD documentation now adheres to TDWG’s Standards Documentation Standard (SDS, https://www.tdwg.org/standards/sds/) and is located at https://abcd.tdwg.org/. The new site is hosted on Github: https://github.com/tdwg/abcd/tree/gh-pages.
Role of Carotid Ultrasound and Systematic Coronary Risk Evaluation Charts for the Cardiovascular Risk Stratification of Patients with Psoriatic Arthritis
Authors: Martínez-Vidal María Paz , Andrés Mariano , Jovaní Vega , Santos-Ramírez Carlos , Romera Cintia , Fernández-Carballido Cristina 
Published: June 2019

Objective.The assessment of the cardiovascular (CV) risk is recommended in patients with chronic inflammatory rheumatic diseases. The objectives of this study were to assess the CV risk profile in a cohort of patients with psoriatic arthritis (PsA), to determine the presence of subclinical cardiovascular disease by carotid ultrasound (US), and to study the association of CV disease to PsA characteristics.Methods.This was a cross-sectional multicentric descriptive study. The clinical CV risk was calculated with Systematic Coronary Risk Evaluation (SCORE) charts. Common carotid US was conducted to evaluate the carotid wall intima-media thickness and the presence of atheroma plaques. Patients were reclassified upon US results. Multivariate analyses were performed to identify associations of US carotid abnormalities with the classical CV risk factors and PsA characteristics.Results.The study included 176 patients with PsA. The SCORE-estimated CV risk was intermediate in 65.3% of the patients. In the US study, 32% of the patients had abnormalities, and 30.8% of the patients were upgraded and reclassified as very high risk owing to the presence of atheroma. Subclinical CV disease was associated with age and dyslipidemia but not with other risk factors. It was associated with axial disease in the subgroup with intermediate risk, and with C-reactive protein levels in patients with high risk.Conclusion.Many patients with PsA have clinical estimated intermediate or high risk of a fatal CV event. A carotid US study detects subclinical vascular disease and may be useful to depict the real risk. The presence of atheroma is only partially explained by the classic CV risk factors.
Comment l’obésité infantile affecte-t-elle la réussite scolaire ? Contributions d’une analyse qualitative mise en place à Mexico
Authors: Levasseur Pierre , Ortiz-Hernandez Luis 
Published: June 2019

Résumé Afin de mieux comprendre la relation causale qui existe entre le surpoids et l’obésité infantiles et l’échec scolaire, nous réalisons une étude qualitative à Mexico auprès de 29 élèves du primaire et du secondaire. Les conclusions issues de cette étude sont les suivantes. Tout d’abord, l’excès de poids affecte les performances scolaires à travers deux canaux interdépendants : la stigmatisation sociale et une perte de productivité. Trois principaux mécanismes régissent la relation. Tandis que la perte de productivité constitue à elle seule un de ces mécanismes, la stigmatisation sociale de l’obésité se décline en deux types de mécanismes : (i) les mécanismes sociaux directs, prenant la forme d’agression matérielle et d’exclusion par les pairs ; (ii) les mécanismes sociaux indirects se référant aux troubles psychosociologiques dont souffrent les individus stigmatisés. Enfin, le risque de se faire discriminer à cause de son poids dépend de différents facteurs individuels tels que l’âge, le genre, le niveau de corpulence et la distribution de l’adiposité dans le corps.
Relations de travail dans le Laos rural : économie morale paysanne et éthique de l’entrepreneur
Authors: Bouté Vanina 
Published: June 2019

Résumé Cet article interroge les normes et les valeurs introduites dans les relations nouées entre employeurs et employés, paysans et entrepreneurs laotiens et chinois, qui se mettent en place progressivement depuis une dizaine d’années dans le nord du Laos. À travers quelques exemples tirés d’enquêtes ethnographiques menées dans les basses terres de la province de Phongsaly, l’article montre l’importance pour les entrepreneurs laotiens d’instaurer, pour maintenir la « face » de leurs employés, des relations de réciprocité, comme substitut aux anciennes relations horizontales de coopération entre paysans.
Interventions sociales et démocratie : une approche épistémologique
Authors: Salmon Anne 
Published: June 2019

Pour certains auteurs, les techniques d’intervention sociale pourraient être appréhendées sous l’angle d’un processus de normalisation. Cette perspective assez pessimiste peut être confortée empiriquement par l’étude des dispositifs managériaux qui tendent de nos jours à encadrer les interventions sociales. Il n’empêche que, dans le même temps, le foisonnement d’initiatives citoyennes (par exemple celles qui se réclament de l’économie solidaire) est symptomatique d’un mouvement inverse visant la démocratisation des pratiques. Ce sont en fait deux tendances opposées allant de la stricte expertise plus ou moins coercitive de « spécialistes-juges » à l’implication plus ou moins participative « de citoyens-usagers » qu’il faut repérer. Ces tendances offrent à l’observateur une réalité moins monolithique qu’il n’y paraît. Si l’on peut suivre le processus de normalisation comme l’une des voies de la modernisation, il n’en demeure pas moins que les interventions qui s’y rapportent sont en permanence contestées au nom d’autres principes qui, réactivés, pluralisent les solutions occidentales. C’est en définitive sur une toile de fond composite que s’affrontent différentes modalités d’interventions humaines. Deux formes seront examinées ici. Chacune d’elles s’ancre dans une épistémologie particulière : intervenir sur le monde (avec la science classique et Descartes) et intervenir avec le monde (avec l’École de Copenhague et Dewey).
L’analyste mal accueilli et la/sa pulsion de mort
Authors: Lugrin Yves 
Published: June 2019

En 1932, une impensable déchirure entame et blesse la relation d’amitié et de travail tissée vingt-cinq ans durant entre le père de la psychanalyse et Ferenczi, que la maladie allait emporter quelques mois plus tard. En 1937, Freud renvoie cette tragédie à la fatalité, au mortifère retour, chez Ferenczi, d’une névrose dont l’analyse personnelle sur le divan l’avait pourtant jadis guéri. En 1932 Ferenczi, lui, référait cette rupture à une faute de son analyste qui, dans la cure, n’aurait pas pris en compte et aurait laissé inanalysé le transfert négatif de son patient. L’auteur soutient ici une autre hypothèse : ce n’est pas « l’analysant Ferenczi » mais bel et bien « Ferenczi l’analyste » qui aurait été mal accueilli, ce drame fatal répétant des traumas archi-originaires.
Les traces traumatiques dans les œuvres d’art
Authors: Korff-Sausse Simone 
Published: June 2019

Ferenczi a décrit les expériences traumatiques précoces et tenté de les amener dans la situation psychothérapique afin de pouvoir les traiter. Ces traces traumatiques se manifestent dans le transfert parfois des dizaines d’années plus tard. L’auteur fait l’hypothèse qu’elles apparaissent également dans les œuvres d’art. L’hypothèse sera illustrée avec quatre artistes : Zoran Mušič, Juan Miró, Niki de Saint Phalle et Louise Bourgeois, et d’autre part, une séquence d’une psychothérapie d’enfant. Ainsi, certaines œuvres contiennent des traces de la période périnatale, ou elles répètent le traumatisme de la naissance, voire elles s’originent dans la période prénatale. On peut donc postuler qu’il y a une aptitude à transformer les traces du trauma pour en faire la matière d’une création artistique.
L’accueil des exilés hongrois en France après les évènements de 1956
Authors: Baillet Dominique 
Published: June 2019

Cet article s’intéresse à la situation des exilés hongrois après les évènements de Budapest de 1956, dont l’exode a été rendu possible par la mobilisation de la communauté internationale (pays « occidentaux » et organismes internationaux). Nous nous focalisons plus précisément sur la façon dont s’est déroulé l’accueil de cette population en exil sur le sol français. Nous montrons ainsi que des contingences économiques favorables, des impératifs politiques et la nature même des réfugiés hongrois ont permis un consensus favorable à leur accueil en France, qui s’est matérialisé à travers différents dispositifs d’accueil à l’échelon national et local, portés par les pouvoirs publics mais aussi par la société civile française.
Entreprendre collectivement en coopérative d’activité et d’emploi : enjeux démocratiques de la coformation à la coopération
Authors: Brulé-Josso Stéphanie , Liberos Ghislaine 
Published: June 2019

Les coopératives d’activité et d’emploi ( cae ) constituent depuis une vingtaine d’années un modèle innovant apportant une réponse aux risques de précarisation de l’emploi. Voie hybride conciliant le salariat et l’entrepreneuriat, elles reposent sur le principe d’une communauté de travailleurs à la fois autonomes et solidaires. Le collectif en constitue l’un des piliers fondateurs, mais il ne suffit pas à développer une entreprise partagée fondée sur l’association de ses coopérateurs. La contribution repose sur une démarche de recherche-action-formation menée en réponse aux difficultés ressenties par des membres de cae du réseau cpe suite à l’obligation d’association faite aux entrepreneurs-salariés par la loi ess de 2014. Il s’agit d’identifier les raisons de ces difficultés et les leviers qui permettraient d’activer plus fortement l’ambition à la fois politique et économique des cae .
Des collectifs de travailleurs indépendants : une réinvention de la manière de « faire travail » ?
Authors: Felio Cindy , Ottmann Jean-Yves 
Published: June 2019

L’une des conséquences les plus documentées du travail indépendant est relative à la solitude au travail. Or, certains travailleurs indépendants rejoignent ou construisent un collectif. Une approche ethnographique a été menée auprès de deux collectifs d’indépendants installés dans des tiers-lieux. Cet article rend compte de l’analyse du corpus, composé d’entretiens biographiques et de traces d’observation, esquissant des biographies de ces collectifs. Cette recherche offre l’opportunité d’éclairer les liens entre les histoires de vie personnelles et l’histoire d’un collectif. L’apport essentiel de cette étude exploratoire est de révéler les ressources expérientielles et émancipatrices dont se saisissent les individus qui souhaitent réinventer leur métier dans l’autonomie, tout en « faisant collectif ».
Qu’est-ce que le sens littéral ?
Authors: Vidalin Antoine 
Published: June 2019

La question du sens littéral est aujourd’hui fort nébuleuse : est-ce le sens voulu par les auteurs ? Le sens lié au contexte historique ? Le sens donné par la structure du texte lui-même ou par sa canonicité ? Autant de points de vue liés à différents parti-pris herméneutiques. Cet article s’attache à retrouver tout d’abord le sens littéral au plus près de son origine théologique dans la tradition de l’exégèse spirituelle. Il en suit l’altération progressive avec le développement de l’herméneutique moderne. Il cherche enfin à montrer comment l’apport de la phénoménologie de la vie à une philosophie du langage et la prise en compte du lien entre parole et sensibilité permettent de redonner consistance au sens littéral et ainsi de puiser à nouveau aux sources de l’intelligence spirituelle des Écritures.
Les femmes et l’Église
Authors: Bontemps Véronique 
Published: June 2019

La révélation de Dieu éclaire l’humanité sur elle-même. Comment questionner la place de la femme dans l’Église alors que la différence sexuelle s’estompe dans les mentalités ? L’A., auxiliaire de l’apostolat, propose quelques pistes, à partir du rapport entre l’Écriture et la Tradition, pour mieux comprendre la relation homme-femme, la paternité et la maternité, l’Église et Marie, ainsi que l’exercice des ministères.
8. La mouche et le traqueur : alignement et désaxement dans le capitalisme au XXI e siècle
Authors: Fourcade Marion 
Published: June 2019

Ce texte est un extrait édité de l’allocution que j’ai prononcée en ma qualité de présidente de la SASE ( Society of the Advancement of Socio-Economics) à l’Université de Californie à Berkeley. Il y est question du rôle de la morale dans le capitalisme numérique. Je distingue deux sources principales de profitabilité : l’alignement des individus sur les objectifs rationnels du système, et les déviations de leur comportement vis-à-vis de ces objectifs. Ces processus jumeaux reconstruisent nos intuitions morales en soumettant, de manière constante, l’estime de soi à un verdict externe et calculatoire.