Genome Organization of Escherichia Phage YD-2008.s: A New Entry to Siphoviridae Family
Authors: Dharmela Sellvam  , Nyok Sean Lau  , Yahya Mat Arip  
Published: March 2018

Malaysia is one of the countries that are loaded with mega biodiversity which includes microbial communities. Phages constitute the major component in the microbial communities and yet the numbers of discovered phages are just a minute fraction of its population in the biosphere. Taking into account of a huge numbers of waiting to be discovered phages, a new bacteriophage designated as Escherichia phage YD-2008.s was successfully isolated using Escherichia coli ATCC 11303 as the host. Phage YD- 2008.s poses icosahedral head measured at 57nm in diameter with a long non-contractile flexible tail measured at 107nm; proving the phage as one of the members of Siphoviridae family under the order of Caudovirales. Genomic sequence analyses revealed phage YD-2008.s genome as linear dsDNA of 44,613 base pairs with 54.6% G+C content. Sixty-two open reading frames (ORFs) were identified on phage YD-2008.s full genome, using bioinformatics annotation software; Rapid Annotation using Subsystem Technology (RAST). Among the ORFs, twenty-eight of them code for functional proteins. Thirty two are classified as hypothetical proteins and there are two unidentified proteins. Even though majority of the coded putative proteins have high amino acids similarities to phages from the genus Hk578likevirus of the Siphoviridae family, yet phage YD-2008.s stands with its’ own distinctiveness. Therefore, this is another new finding to Siphoviridae family as well as to the growing list of viruses in International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) database.

Malaysia merupakan salah sebuah negara yang kaya dengan kepelbagaian biologi, termasuk komuniti mikrob. Faj adalah komponen utama di dalam komuniti mikrob tetapi bilangan faj yang ditemui sehingga kini hanyalah sebahagian kecil dari keseluruhan populasi faj dalam biosfera. Memandangkan jumlah faj yang belum diemui adalah banyak, satu faj baharu telah berjaya dipencilkan dengan menggunakan Eschrichia coli ATCC 11303 sebagai perumah. Faj baru ini dinamakan Eschrichia phage YD-2008.s. Faj ini mempunyai kepala berbentuk ikosahedra berukuran 57nm diameter dengan struktur ekor yang fleksibel dengan panjang berukuran 107nm diameter; membuktikan ia adalah dari Siphoviridae family dibawah Caudovirales order. Analisis jujukan genomik menunjukkan phage YD-2008.s mempunyai genom dsDNA yang linear bersaiz 44,613bp dengan kandungan 54.6% G+C. Dengan menggunakan perisian anotasi bioinformatik (RAST), sebanyak enam puluh dua kerangka bacaan (ORFs) telah dikenal pasti dalam genom phage YD-2008.s. Diantara ORFs yang dikenalpasti, dua puluh lapan dikodkan mempunyai protein berfungsi. Malah, 32 ORFs diklasifikasi sebagai protein hipotetikal dan dua lagi ORF baru belum dikenal pasti. Walaupun, majoriti protein berkod yang diduga menunjukkan persamaan asid amino yang tinggi dengan faj dari genus ‘HK578likevirus’ dari Siphoviridae family, tetapi phage YD-2008.s mempunyai keunikan tersendiri. Oleh itu, faj ini merupakan satu lagi penemuan baharu dalam Siphoviridae family serta tambahan virus baru di dalam pangkalan data Jawatankuasa Antarabangsa Taksonomi Virus (ICTV).