bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Peripheral Blood TCR Repertoire Profiling May Facilitate Patient Stratification for Immunotherapy against Melanoma
Authors: Hogan Sabrina A. , Courtier Anaïs , Cheng Phil F. , Jaberg-Bentele Nicoletta F. , Goldinger Simone M. , Manuel Manuarii , Perez Solène , Plantier Nadia , Mouret Jean-François , Nguyen-Kim Thi Dan Linh , Raaijmakers Marieke I.G. , Kvistborg Pia , Pasqual Nicolas , Haanen John B.A.G. , Dummer Reinhard , Levesque Mitchell P. 
Published: November 2018

Abstract
Many metastatic melanoma patients experience durable responses to anti-PD1 and/or anti-CTLA4; however, a significant proportion (over 50%) do not benefit from the therapies. In this study, we sought to assess pretreatment liquid biopsies for biomarkers that may correlate with response to checkpoint blockade. We measured the combinatorial diversity evenness of the T-cell receptor (TCR) repertoire (the DE50, with low values corresponding to more clonality and lack of TCR diversity) in pretreatment peripheral blood mononuclear cells from melanoma patients treated with anti-CTLA4 (n = 42) or anti-PD1 (n = 38) using a multi-N-plex PCR assay on genomic DNA (gDNA). A receiver operating characteristic curve determined the optimal threshold for a dichotomized analysis according to objective responses as defined by RECIST1.1. Correlations between treatment outcome, clinical variables, and DE50 were assessed in multivariate regression models and confirmed with Fisher exact tests. In samples obtained prior to treatment initiation, we showed that low DE50 values were predictive of a longer progression-free survival and good responses to PD-1 blockade, but, on the other hand, predicted a poor response to CTLA4 inhibition. Multivariate logistic regression models identified DE50 as the only independent predictive factor for response to anti-CTLA4 therapy (P = 0.03) and anti-PD1 therapy (P = 0.001). Fisher exact tests confirmed the association of low DE50 with response in the anti-CTLA4 (P = 0.041) and the anti-PD1 cohort (P = 0.0016). Thus, the evaluation of basal TCR repertoire diversity in peripheral blood, using a PCR-based method, could help predict responses to anti-PD1 and anti-CTLA4 therapies.
High-Throughput Stability Screening of Neoantigen/HLA Complexes Improves Immunogenicity Predictions
Authors: Blaha Dylan T. , Anderson Scott D. , Yoakum Daniel M. , Hager Marlies V. , Zha Yuanyuan , Gajewski Thomas F. , Kranz David M. 
Published: November 2018

Abstract
Mutated peptides (neoantigens) from a patient's cancer genome can serve as targets for T-cell immunity, but identifying which peptides can be presented by an MHC molecule and elicit T cells has been difficult. Although algorithms that predict MHC binding exist, they are not yet able to distinguish experimental differences in half-lives of the complexes (an immunologically relevant parameter, referred to here as kinetic stability). Improvement in determining actual neoantigen peptide/MHC stability could be important, as only a small fraction of peptides in most current vaccines are capable of eliciting CD8+ T-cell responses. Here, we used a rapid, high-throughput method to experimentally determine peptide/HLA thermal stability on a scale that will be necessary for analysis of neoantigens from thousands of patients. The method combined the use of UV-cleavable peptide/HLA class I complexes and differential scanning fluorimetry to determine the Tm values of neoantigen complexes. Measured Tm values were accurate and reproducible and were directly proportional to the half-lives of the complexes. Analysis of known HLA-A2–restricted immunogenic peptides showed that Tm values better correlated with immunogenicity than algorithm-predicted binding affinities. We propose that temperature stability information can be used as a guide for the selection of neoantigens in cancer vaccines in order to focus attention on those mutated peptides with the highest probability of being expressed on the cell surface.
Mapping the MHC Class I–Spliced Immunopeptidome of Cancer Cells
Authors: Liepe Juliane , Sidney John , Lorenz Felix K.M. , Sette Alessandro , Mishto Michele 
Published: November 2018

Abstract
Anticancer immunotherapies demand optimal epitope targets, which could include proteasome-generated spliced peptides if tumor cells were to present them. Here, we show that spliced peptides are widely presented by MHC class I molecules of colon and breast carcinoma cell lines. The peptides derive from hot spots within antigens and enlarge the antigen coverage. Spliced peptides also represent a large number of antigens that would otherwise be neglected by patrolling T cells. These antigens tend to be long, hydrophobic, and basic. Thus, spliced peptides can be a key to identifying targets in an enlarged pool of antigens associated with cancer.
ДЕЯКІ АСПЕКТИ КОРЕКЦІЇ ЛІПІТЕНЗІЇ – НОВОЇ ПРОБЛЕМИ У СУЧАСНІЙ КАРДІОЛОГІЇ
Authors: Radetska L. V. , Yarema N. I. , Smachylo I. V. , Bob A. O. , Mandzii Z. P. , Khomitska A. I. , Savchenko I. P. , Naumova L. V. 
Published: November 2018

Ліпітензія – це сучасний термін, що описує адитивний вплив артеріальної гіпертензії та гіперхолестеринемії на ризик серцево-судинних захворювань (ССЗ). Згідно з епідеміологічними дослідженнями, понад 50 % пацієнтів з артеріальною гіпертензією (АГ) мають гіперліпідемію.
Мета дослідження – оцінити ефективність сучасної антигіпертензивної терапії у поєднанні зі статинотерапією та урсодезоксихолевою кислотою (УДХК) у хворих із ліпітензією (АГ та гіперхолестеринемією).
Матеріали і методи. Обстежено 36 пацієнтів із гіпертонічною хворобою (ГХ) ІІ стадії 2–3 ступенів та гіперхолестеринемією, яким на тлі потрійної антигіпертензивної терапії (валсартан, амлодипін, тіазидний діуретик), аторвакору, урсохолу проводили комплексне клінічне дослідження, моніторування артеріального тиску (АТ) та ліпідного метаболізму.
Результати досліджень та їх обговорення. Результати моніторування АТ свідчать про сприятливий вплив лікування на добовий профіль АТ: через 2 місяці терапії зареєстровано достовірне зниження середньодобового систолічного та діастолічного артеріального тиску. Під впливом аторвастатину та урсохолу відбулось поліпшення показників ліпідного обміну, що проявлялось достовірним зниженням рівня загального холестерину та холестерину ліпопротеїнів низької щільності, зростанням вмісту ліпопротеїнів високої щільності.
Висновки. У статті обґрунтовано поєднане використання потрійної антигіпертензивної терапії, статинотерапії та урсохолу в пацієнтів із ліпітензією, особливо у клінічних випадках, при яких необхідно обмежити дозування статинів з точки зору поліпшення прогнозу хворих на ГХ за рахунок синергізму антигіпертензивного та ліпідознижувального потенціалів і плейотропних ефектів цих препаратів, дія яких направлена на сповільнення прогресування ГХ і атеросклерозу.
ДОСЛІДЖЕННЯ ВИМОГ ДО ІНСТРУМЕНТА ДЛЯ ОТРИМАННЯ ЕЛЕКТРОЗВАРНОГО З’ЄДНАННЯ СТІНОК КИШЕЧНИКА В ЕКСПЕРИМЕНТІ
Authors: Podpriatov S. S. , Podpryatov S. E. , Gichka S. G. , Makarov A. V. , Marinsky G. S. , Tkachenko V. A. , Chernets O. V. , Tarnavsky D. V. , Lopatkina K. G. 
Published: November 2018

Створення електрозварного міжкишкового анастомозу є очікуваною новою технологією. Упровадження результатів досліджень у спеціалізованому інструменті вимагає попереднього вивчення змін у місці електрозварювання.
Мета досліджень – на основі стендових досліджень із прототипом спеціалізованого інструмента установити вимоги до інструментів для створення електрозварного з’єднання в міжкишковому анастомозі для клінічних випробувань.
Матеріали і методи. В умовах гострого експерименту на свині та лабораторних досліджень на органокомплексах виконали 98 серій досліджень із лінійними та циркулярними електродами. Джерелом електрозварювальних імпульсів були адаптовані клінічні апарати ЕК-300М1 та ЕКВЗ-300 “Патонмед”. Тиск втрати герметичності порівнювали з тиском, який визначали ми раніше, для скобкового анастомозу – (24,2±3,2) мм рт. ст.
Результати досліджень та їх обговорення. Моделювали розташування кишки в циркулярному анастомозі та стискали електродами в діапазоні від 2,0 до 3,0 Н/мм2. Застосовували напругу до 140 В, струм – до 5 А. У 32,4 % спостережень виявлено ділянки від 1/3 до 1/4 довжини кола, із менш щільним з’єднанням, або розрізали струмом. Середня міцність анастомозу в дослідженні склала (36,2±12,3) мм рт. ст., діапазон міцності нещільних ділянок – 12–34 мм рт. ст. При тиску 3,0 Н/мм2 розподіл ефектів електрозварного струму в тканинах був рівномірним.
Висновки. Розміри електродів, величина та межі стиснення тканини, функціональний стан стінки кишки, відведення пари та фіксація від розмикання є чинниками стабільної щільності тканини між електродами, перебігу електрозварного струму та досягнення характеристик електрозварного міжкишкового з’єднання, прийнятних для клінічного впровадження.
ОЦІНКА КЛІНІЧНОГО СТАНУ ТКАНИН ПАРОДОНТА В ОСІБ ІЗ ПСИХОФІЗІОЛОГІЧНИМИ РЕАКЦІЯМИ ДЕЗАДАПТАЦІЇ У НАЙБЛИЖЧІ ТЕРМІНИ ЛІКУВАННЯ
Authors: Pyasetska L. V. , Luchynskiy M. A. 
Published: November 2018

У статті представлено результати оцінки клінічного стану тканин пародонта за даними папілярно-маргінально-альвеолярного індексу в осіб із різними клінічними варіантами реакцій психофізіологічної дезадаптації після застосування лікувально-профілактичних комплексів, які розробили та впровадили автори даної роботи, у найближчі терміни спостереження.
Мета дослідження – оцінити клінічний стан тканин пародонта в осіб молодого віку з різним психофізіологічним станом у найближчі терміни лікування (3–6 місяців) за даними папілярно-маргінально-альвеолярного індексу.
Матеріали і методи. У дослідженні взяли участь 48 пацієнтів із запальними захворюваннями тканин пародонта та 52 осіб із запально-дистрофічними захворюваннями тканин пародонта з різним психофізіологічним станом організму. Для оцінки ефективності запропонованих лікувально-профілактичних комплексів було сформовано дві основні лікувальні підгрупи.
Результати досліджень та їх обговорення. У середньому через 6 місяців після лікування значення папілярно-маргінально-альвеолярного індексу зменшувалось стосовно значень до лікування в першій основній лікувальній підгрупі у 2,0 рази та в другій основній лікувальній підгрупі – у 1,5 раза (р<0,01). В осіб із захворюваннями тканин пародонта з контрольних лікувальних підгруп через 6 місяців спостережень у результаті застосування традиційних лікувальних заходів значення папілярно-маргінально-альвеолярного індексу збільшувалось при усіх типах психофізіологічних реакцій дезадаптації і дорівнювало даним до лікування (р>0,05).
Висновки. Проведені клінічні дослідження переконливо доводять ефективність лікувально-профілактичних комплексів при лікуванні захворювань тканин пародонта у пацієнтів основних лікувальних підгруп, які ми запропонували, що підтверджено зниженням інтенсивності запальних процесів у тканинах пародонта за даними папілярно-маргінально-альвеолярного індексу в найближчі терміни спостережень.
THE INFLUENCE OF ATORVASTATIN ON OMENTIN-1 LEVEL AND INSULIN RESISTANCE IN PATIENTS WITH CORONARY ARTERY DISEASE AND OBESITY
Authors: Maksymets T. А. 
Published: November 2018

Adipose tissue is a powerful endocrine organ, which synthesizes significant amount of biologically active substances – adipokines. Due to adipokine dysfunction, a spectrum of diseases associated with obesity appears, namely, coronary artery disease, diabetes mellitus, hypertension and oncology. Hyperinsulinemia and insulin resistance play a significant role in pathogenesis of cardiometabolic complications in patients with obesity. They trigger a pathological cascade of reactions leading to cardiovascular diseases. Omentin-1 possesses anti-atherogenic action and it can modify peripheral effects of insulin.
The aim of the study – to analyze changes in omentin-1 concentration and the condition of insulin resistance in patients with coronary artery disease and obesity during atorvastatin treatment.
Materials and Methods. 55 patients with obesity were examined. They had general clinical examination; blood lipids, uric acid level and liver enzymes; glycated hemoglobin, glucose, insulin with the calculation of HOMA index and omentin-1 concentration was determined. Patients were divided into two groups: the group 1 – 20 patients with obesity, who did not suffer from CAD and did not take atorvastatin, and the group 2 – patients with CAD and obesity, who took atorvastatin. Determination of these indices was performed for patients of the group 2 in dynamics in 12 months.
Results and Discussion. In the group of patients with CAD and obesity, who took atorvastatin, lipid levels were reliably lower, but levels of fasting glucose concentration, uric acid and liver enzymes were higher than in the patients who did not take the drug. Elevation of omentin-1 in blood serum was observed in 12 months in patients with CAD and obesity simultaneously with the increase in insulin level and the decrease in tissue sensitivity to it.
Conclusions. Intake of atorvastatin by patients with coronary artery disease and obesity is accompanied by elevation of insulin concentration, intensification of insulin resistance and increase in omentin-1 level.
БІОХІМІЧНІ ПОКАЗНИКИ ФУНКЦІЇ ПЕЧІНКИ У СПОРТСМЕНІВ ВИСОКОЇ ПРОФЕСІЙНОЇ МАЙСТЕРНОСТІ ПІСЛЯ ЗМАГАЛЬНОГО ПЕРІОДУ
Authors: Grushko V. С. 
Published: November 2018

У процесі інтенсивної м’язової діяльності й адаптації до неї виникає перебудова в роботі усіх систем і органів, а також організму в цілому. Адаптація до фізичних навантажень визначається різноманітними функціями печінки, які забезпечують і дотримують високу працездатність спортсменів вищої професійної майстерності.
Мета дослідження – вивчити стан печінкового метаболізму в спортсменів високої професійної майстерності у період максимальних фізичних навантажень.
Матеріали і методи. З дотриманням принципів біоетики та деонтології на базі фізкультурного диспансеру було обстежено 32 практично здорових осіб і 34 спортсменів-біатлоністів високої професійної майстерності. При дослідженні використали наступні методи діагностики: імунотурбідиметричний, колориметричний ферментний, непрямий 2-ступеневий хемілюмінесцентний імуноаналіз (CLIA), проточну цитофлуориметрію і моноклональні антитіла.
Результати досліджень та їх обговорення. Визначені біохімічні показники функції печінки у спортсменів вищої професійної майстерності в період максимальних фізичних навантажень.
Висновки. Отримані дані свідчать про негативний вплив надмірних фізичних навантажень на функцію печінки.
Marx 200 years on
Authors: Dixon Robert 
Published: November 2018

AbstractThis year marks the 200th anniversary of the birth of Karl Marx, the last of the classical political economists. This article aims to mark the occasion by drawing attention to some of his key works in economics and to present some of his ideas in a way that will make sense to readers not familiar with or very much interested in the complexities of the labour theory of value. I begin with a brief biography and a summary of his main works in economics. I then explore in some detail ideas related to the economic surplus, unpaid labour and exploitation, and attempt to tease out the implications of his analysis for the determination of the wage share. While I argue that Marx has not succeeded in providing adequate theoretical support for his prediction that the wage share will fall as capital accumulates, he has nonetheless provided a very interesting and insightful collection of ideas by which we may, even today, approach a wide range of issues relating to production and distribution.
Cetirizine versus diphenhydramine in the prevention of chemotherapy-related hypersensitivity reactions
Authors: Durham Charis G , Thotakura Deepthi , Sager Lauren , Foster Jennifer , Herrington Jon D 
Published: November 2018

Objective This study evaluated the role of cetirizine compared to diphenhydramine as premedications for patients receiving paclitaxel, cetuximab, and rituximab infusions. Historically, diphenhydramine has been linked with more sedation in comparison to cetirizine; however, it is unknown if cetirizine can replace diphenhydramine in the prevention of hypersensitivity reactions in patients receiving chemotherapy. Methods This is a retrospective study designed to assess infusion reactions occurring in patients receiving diphenhydramine or cetirizine premedication for rituximab, paclitaxel, or cetuximab therapies. Infusion reactions were defined as various symptoms such as flushing, itching, alterations in heart rate and blood pressure, and dyspnea plus the clinical setting of a concurrent or very recent infusion. Results A total of 207 patients were evaluated in this study with 83 patients receiving cetirizine and 124 diphenhydramine patients. Overall, the percentage of patients with at least one chemotherapy-related infusion event in the cetirizine group was 19.3% (95% CI 11.4–29.4) compared to diphenhydramine group 24.2% (95% CI 17.0–32.7), P = 0.40. Of the patients who received cetirizine and then experienced an event in the first cycle, 41.7% (95% CI 13.7–74.3) of the events were due to paclitaxel, 50.0% (95% CI 19.4–80.6) were due to rituximab, and 8.3% (95% CI 0.1–43.6) were due to cetuximab. Of the patients who received diphenhydramine and then experienced an event in the first cycle, 26.1% (95% CI 5.7–51.4) were due to paclitaxel, 73.9% (95% CI 48.6–94.3) were due to rituximab and none due to cetuximab. Conclusion Cetirizine appears to be a viable substitute for diphenhydramine for the prevention of infusions reactions with cetuximab, paclitaxel, and rituximab infusions in adults. Prospective studies are needed to determine the efficacy and safety of cetirizine compared with diphenhydramine in the prevention of chemotherapy-related infusion reactions.
Incidence, risk factors, and clinical impact of non-home discharge following surgical management of proximal humerus fractures
Authors: Malik Azeem T , Barlow Jonathan D , Jain Nikhil , Khan Safdar N 
Published: November 2018

Introduction There has been a reported increase in the number of proximal humerus fractures being surgically managed. In an attempt to manage increasing costs associated with increasing volume, there is a need for identification of factors associated with discharge destinations. Methods The 2012–2016 American College of Surgeons—National Surgical Quality Improvement Program database was queried using Current Procedural Terminology codes for open reduction internal fixation, hemiarthroplasty, and total shoulder arthroplasty being performed for proximal humerus fractures. Results Five hundred and seventy-six (21.5%) patients had nonhome discharge disposition. Following adjusted analysis, age > 65 years (p < 0.001), partially dependent functional health status prior to surgery(p = 0.027), inpatient surgery (p = 0.010), American Society of Anesthesiologists (ASA) grade>II (p < 0.001), transfer from nursing home/chronic care facility (p < 0.001), undergoing a total shoulder arthroplasty versus open reduction internal fixation (p = 0.012), length of stay > 2 days (p < 0.001), and the occurrence of any predischarge complication (p < 0.001) were significant predictors associated with a nonhome discharge disposition. Conclusion The study identifies significant risk factors associated with a nonhome discharge and assesses clinical impact of nonhome discharge destination on postdischarge outcomes. Providers can utilize these data to preoperatively risk stratify those at an increased risk of a nonhome discharge, counsel patients on discharge expectations, and tailor a more appropriate postoperative course of care.
Oxygen delivered by a high flow concentrator for the treatment of medication-overuse headache
Authors: Mawet Jerome , Valade Dominique , Vigan Marie , Laouenan Cedric , Roos Caroline 
Published: November 2018

Treatment of medication-overuse headache (MOH) relies on detoxification, during which patients face rebound headache without alternative to painkiller. As oxygen has been proven effective for cluster and other headache subtypes, we sought to evaluate use of normobaric oxygen delivered by a high flow concentrator (HFC) in patients suffering MOH. For this purpose, twenty patients with MOH were included in this prospective monocentric open-labeled feasibility study. All patients received standard care with detoxification in addition to HFC delivering normobaric oxygen at 9 l/min, used to their discretion to treat rebound headache. Primary endpoint was acceptance of HFC and secondary endpoints evaluated its efficacy. Four patients were lost of follow-up after inclusion, one was excluded. HFC was accepted by 14/15 (93.3%). At M6 of follow-up, 15/15 (100%) reverted to episodic headache. In conclusion, normobaric oxygen delivered by HFC appears to be safe, feasible, and probably efficient to help patient with MOH who undergo withdrawal therapy. A larger double-blind, sham-controlled prospective study is needed. Trial registration: Clinical trials: NCT02302027.
Evolution and multiple origins of zona pellucida genes in vertebrates
Authors: Feng Jin-Mei , Tian Hai-Feng , Hu Qiao-Mu , Meng Yan , Xiao Han-Bing 
Published: November 2018

ABSTRACT
Animal egg coats are composed of different glycoproteins collectively named zona pellucida (ZP) proteins. The characterized vertebrate genes encoding ZP proteins have been classified into six subfamilies, and exhibit low similarity to the ZP genes characterized in certain invertebrates. The origin and evolution of the vertebrate ZP genes remain obscure. A search against 97 representative metazoan species revealed various numbers (ranging from three to 33) of different putative egg-coat ZP genes in all 47 vertebrates and several ZP genes in five invertebrate species, but no putative ZP gene was found in the other 45 species. Based on phylogenetic and synteny analyses, all vertebrate egg-coat ZP genes were classified into eight ZP gene subfamilies. Lineage- and species-specific gene duplications and gene losses occurred frequently and represented the main causes of the patchy distribution of the eight ZP gene subfamilies in vertebrates. Thorough phylogenetic analyses revealed that the vertebrate ZP genes could be traced to three independent origins but were not orthologues of the characterized invertebrate ZP genes. Our results suggested that vertebrate egg-coat ZP genes should be classified into eight subfamilies, and a putative evolutionary map is proposed. These findings would aid the functional and evolutionary analyses of these reproductive genes in vertebrates.
Revisiting Slavery and the Slave Trade in Ethiopia
Authors: Bonacci Giulia , Meckelburg Alexander 
Published: November 2018

Abstract
Slavery remains one of the blind spots in the historiography of the Horn of Africa in general and Ethiopia in particular. This is peculiar in light of the fact that in the territories of the Horn slavery left a significant imprint on the sociocultural fabric, and that the ports along the Horn of Africa coast fed the slave trade to the Arab, Ottoman, and Indian Ocean worlds for many centuries. In this article, we highlight some of the research trends on slavery in Africa and discuss slavery and the slave trade in different Ethiopian regions. We also question the public silence around the legacies of slavery in the country. By means of introducing the articles of this special issue, we point towards new, pending, or unresolved research questions.