bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
WFS1 protein expression correlates with clinical progression of optic atrophy in patients with Wolfram syndrome
Authors: Hu Kun , Zatyka Malgorzata , Astuti Dewi , Beer Nicola , Dias Renuka P , Kulkarni Archana , Ainsworth John , Wright Benjamin , Majander Anna , Yu-Wai-Man Patrick , Williams Denise , Barrett Timothy 
Published: May 2021

BackgroundWolfram syndrome (WFS) is a rare disorder characterised by childhood-onset diabetes mellitus and progressive optic atrophy. Most patients have variants in theWFS1gene. We undertook functional studies ofWFS1variants and correlated these with WFS1 protein expression and phenotype.Methods9 patients with a clinical diagnosis of WFS were studied with quantitative PCR for markers of endoplasmic reticulum (ER) stress and immunoblotting of fibroblast protein extracts for WFS1 protein expression. Luciferase reporter assay was used to assess ATF-6 dependent unfolded protein response (UPR) activation.Results6 patients with compound heterozygous nonsense mutations inWFS1had no detectable WFS1 protein expression; 3 patients with missense variants had 4%, 45% and 48% WFS1 protein expression. One of these also had anOPA1mutation and was reclassified as autosomal dominant optic atrophy-plus syndrome. There were no correlations between ER stress marker mRNA and WFS1 protein expression. ERSE-luciferase reporter indicated activation of the ATF6 branch of UPR in two patients tested. Patients with partial WFS1 expression showed milder visual acuity impairment (asymptomatic or colour blind only), compared with those with absent expression (registered severe vision impaired) (p=0.04). These differences remained after adjusting for duration of optic atrophy.ConclusionsPatients with WFS who have partial WFS1 protein expression present with milder visual impairment. This suggests a protective effect of partial WFS1 protein expression on the severity and perhaps progression of vision impairment and that therapies to increase residual WFS1 protein expression may be beneficial.
Development and evaluation of an online, patient-driven, family outreach intervention to facilitate sharing of genetic risk information in families with Lynch syndrome
Authors: Pande Mala , Peterson Susan , Lynch Patrick M 
Published: May 2021

BackgroundIdentifying at-risk relatives of individuals with genetic conditions facilitates ‘cascade’ genetic testing and cancer prevention. Although current standards of care give mutation-positive (index) patients the responsibility of sharing genetic risk information with relatives, the communication is suboptimal, limited largely to close relatives. We developed FamilyCONNECT, a provider-mediated, patient-navigated online tool to facilitate family outreach, and assessed its feasibility, usability and acceptability.Methods(1) Development of the FamilyCONNECT prototype; (2) testing using online surveys of: (a) members of Lynch Syndrome (LS) International (LSI); (b) genetics service providers; and (3) hands-on testing with patients with LS.Results(1) FamilyCONNECT’s features include introductory email to elicit participation, informational website/video, identity authentication/account creation, informed consent, sharing of genetic test results, pedigree expansion and process to invite at-risk relatives. (2a) 33% of the 170 LSI participants completed the survey. FamilyCONNECT’s features received favourable responses from at least 79% of respondents. Unfavourable responses were for length of the consent document and mistrust of opening emailed links. (2b) Thirty-five genetics professionals responded to the providers’ survey. Key perceived barriers to FamilyCONNECT’s usage were privacy/confidentiality (83%), a lack of institutional resources (76%), a defined process (66%) and time (69%). (3) Ten patients navigated data collection fields and provided feedback for improvements.ConclusionFamilyCONNECT tool’s content and features were well received among patients with LS as well as providers. The tool could be a viable alternative to increase family outreach among patients with LS. Future efforts will focus on refining FamilyCONNECT and assessing its uptake and utilisation by patients with LS.
Wide-ranging clinical spectrum of paradoxical embolism
Authors: Jolobe Oscar 
Published: May 2021

AbstractThe purpose of this review is to raise the index of suspicion for paradoxical embolism among generalists. The review is based solely on anecdotal reports compiled from EMBASE, MEDLINE, Googlescholar and Pubmed. Search terms were ‘paradoxical embolism’, ‘pulmonary embolism’ and ‘pulmonary arteriovenous malformations’. What emerged was that right-to-left paradoxical embolism could occur with or without concurrent pulmonary embolism, and also with and without proof of the presence of an ‘embolus-in-transit’. Potential sites of single or multiple systemic involvement included the central nervous system, the coronary circulation, renal arterial circulation, splenic circulation, the mesenteric circulation and the limbs. In many cases, the deep veins of the lower limbs were the source of thromboembolism. In other cases, thrombi originated from an atrial septal aneurysm, from a central venous line, from a haemodialysis-related arterio-venous shunt, from a popliteal vein aneurysm, internal jugular vein, superior vena cava, from a pulmonary arteriovenous malformation, from tricuspid valve endocarditis (with and without pulmonary embolism) and from the right atrium, respectively. Stroke was by far the commonest systemic manifestation of paradoxical embolism. Some strokes were attributable to pulmonary arteriovenous malformations with or without coexistence of intracardiac shunts. Clinicians should have a high index of suspicion for paradoxical embolism because of its time-sensitive dimension when it occurs in the context of involvement of the intracranial circulation, coronary circulation, mesenteric circulation, and peripheral limb circulation.
Variation of PPARG Expression in Chemotherapy-Sensitive Patients of Hypopharyngeal Squamous Cell Carcinoma
Authors: Lian Meng , Tao Yong , Chen Jiaming , Shen Xixi , Hou Lizhen , Cao Shaolong , Fang Jugao 
Published: May 2021

Our previous study showed that the upregulation of peroxisome proliferator-activated receptor gamma (PPARG) could promote chemosensitivity of hypopharyngeal squamous cell carcinoma (HSCC) in chemotherapeutic treatments. Here, we acquired two more independent expression data of PPARG to validate the expression levels of PPARG in chemotherapy-sensitive patients (CSP) and its individualized variations compared to chemotherapy-non-sensitive patients (CNSP). Our results showed that overall PPARG expression was mildly downregulated (

log

fold

change
=
−
0.55

;

p

value = 0.42; overexpression in three CSPs and reduced expression in four CSPs), which was not consistent with previous results (

log

fold

change
=
0.50

;

p
=
0.22

; overexpression in nine CSPs and reduced expression in three CSPs). Both studies indicated that PPARG expression variation was significantly associated with the Tumor-Node-Metastasis (TNM) stage (

p
=
7.45
e
−
7

and

6.50
e
−
4

, for the first and second studies, respectively), which was used as one of the predictors of chemosensitivity. The new dataset analysis revealed 51 genes with significant gene expression changes in CSPs (

LFC
>
1

or <-1;

p

value < 0.01), and two of them (TMEM45A and RBP1) demonstrated strong coexpression with PPARG (

Pearson

correlation

coefficient
>
0.6

or <-0.6). There were 21 significant genes in the data from the first study, with no significant association with PPARG and no overlap with the 51 genes revealed in this study. Our results support the connection between PPARG and chemosensitivity in HSCC tumor cells. However, significant PPARG variation exists in CSPs, which may be influenced by multiple factors, including the TNM stage.
Association of AFF3 Gene Polymorphism rs10865035 with Rheumatoid Arthritis: A Population-Based Case-Control Study on a Pakistani Cohort
Authors: Ali Yasir , Khan Suleman , Chen Yangchao , Farooqi Nadia , Islam Zia-Ul , Akhtar Mehran , Aamir  , Aman Aisha , Shah Aftab Ali , Jamal Muhsin , Jalil Fazal 
Published: May 2021

Rheumatoid arthritis (RA) is one of the complex diseases with the involvement of the genetic as well as environmental factors in its onset and severity. Different genome-wide association and candidate gene studies have shown the role of several genetic variants in multiple loci/genes with ethnical and geographical variations. This study was designed to detect the association of a single-nucleotide polymorphism (SNP) rs10865035 in the AFF3 gene with the genetic background of rheumatoid arthritis (RA) in the Pakistani cohort. A total of 703 individuals, including 409 RA patients and 294 healthy controls, were genotyped using TaqMan assay and Tri primer ARMS-PCR (amplification-refractory mutation system-polymerase chain reaction) methods. The association of rs10865035 with the RA was statistically determined using different models. Interestingly, besides the homozygous recessive model (G/G vs. A/G + A/A) (OR = 1.693(1.06–2.648);

P

= 0.025), all other models, which included the codominant (χ2 = 5.169;

P

= 0.075), homozygous dominant (A/A vs. G/G + A/G) (OR = 0.867 (0.636–1.187);

P

= 0.41), heterozygous (A/G vs. A/A + GG) (OR = 0.491 (0.667–1.215);

P

= 0.49), and additive model (OR = 0.826 (0.665–1.027);

P

= 0.08) showed insignificant distribution of the genotypes among the cases and controls. These findings suggest that the AFF3 gene (rs10865035) has no significant role in the onset of RA in the Pakistani population.
Regularized Feature Selection in Categorical PLS for Multicollinear Data
Authors: Mehmood Tahir 
Published: May 2021

Article presents the algorithm which models the categorical multicollinear data by providing the balance in model accuracy on test data and number of selected features in the model. In all scientific fields, multicollinear data is being generated, where obviously some variables are noise and some are influential reference to response variable. Features and response appeared to be categorical in mathematical and statistical modeling of public health data. These datasets usually appeared to collinear, where partial least squares (PLS) is the potential method, which is not feature selection at its default level and deals with quantitative features. Recently, categorical PLS (Cat-PLS) is introduced. We have implemented the regularized feature selection in Cat-PLS where filter-based feature selection and categorical mean through Cramer’s V, Phi coefficient, Tschuprow’s T coefficient, Contingency Coefficient, and Yule’s Q and Yule’s Y are used. Monte carlo simulation with 100 runs indicates

Cramer
V
∗
VIP

is the better choice in terms of better model performance, number of feature selection, and interpretations for modeling the stillbirths, which is taken as the case study. The framework can be used in related areas to explore and model the related data structures.
Nedd9 Restrains Autophagy to Limit Growth of Early Stage Non–Small Cell Lung Cancer
Authors: Deneka Alexander Y. , Kopp Meghan C. , Nikonova Anna S. , Gaponova Anna V. , Kiseleva Anna A. , Hensley Harvey H. , Flieder Douglas B. , Serebriiskii Ilya G. , Golemis Erica A. 
Published: May 2021

Abstract

Non–small cell lung cancer (NSCLC) is the most common cancer worldwide. With overall 5-year survival estimated at &lt;17%, it is critical to identify factors that regulate NSCLC disease prognosis. NSCLC is commonly driven by mutations in KRAS and TP53, with activation of additional kinases such as SRC promoting tumor invasion. In this study, we investigated the role of NEDD9, a SRC activator and scaffolding protein, in NSCLC tumorigenesis. In an inducible model of NSCLC dependent on Kras mutation and Trp53 loss (KP mice), deletion of Nedd9 (KPN mice) led to the emergence of larger tumors characterized by accelerated rates of tumor growth and elevated proliferation. Orthotopic injection of KP and KPN tumors into the lungs of Nedd9-wild-type and -null mice indicated the effect of Nedd9 loss was cell-autonomous. Tumors in KPN mice displayed reduced activation of SRC and AKT, indicating that activation of these pathways did not mediate enhanced growth of KPN tumors. NSCLC tumor growth has been shown to require active autophagy, a process dependent on activation of the kinases LKB1 and AMPK. KPN tumors contained high levels of active LKB1 and AMPK and increased autophagy compared with KP tumors. Treatment with the autophagy inhibitor chloroquine completely eliminated the growth advantage of KPN tumors. These data for the first time identify NEDD9 as a negative regulator of LKB1/AMPK–dependent autophagy during early NSCLC tumor growth.

Significance:
This study demonstrates a novel role for the scaffolding protein NEDD9 in regulating LKB1-AMPK signaling in early stage non–small cell lung cancer, suppressing autophagy and tumor growth.
Динаміка біохімічних та мікробіологічних параметрів при моделюванні різної реактивності організму
Authors: Яров Ю. Ю. 
Published: May 2021

Резюме. Захворювання тканин пародонта за соціально-економічним значенням відносяться до числа найбільш складних проблем у сучасній стоматології. Актуальними залишаються питання уточнення ключових механізмів розвитку і перебігу запально-деструктивного ураження тканин пародонта залежно від стану реактивності організму та можливість управління цими процесами.
Мета дослідження – вивчити динаміку біохімічних та мікробіологічних показників в умовах експерименту з моделюванням крайніх станів гіпер- і гіпореактивності організму.
Матеріали і методи. Досліди виконано на 24 дорослих безпородних собаках масою 8–12 кг зі спотанним пародонтитом. Тварин поділили на три рівні групи, в яких моделювали стани нормо-, гіпер- та гіпореактивності організму. В сироватці крові й тканинах ясен оцінювали динаміку біохімічних параметрів, а також частоту виділення і рівень заселення мікрофлори дентальної біоплівки при різній реактивності організму.
Результати досліджень та їх обговорення. При гіпер- та гіпореактивності організму відбувається виснаження резервних можливостей антиокисної системи (АОС), про що свідчить достовірне зниження активності основного ферменту антирадикальної ланки АОС – супероксиддисмутази (СОД) – в сироватці крові й біоптаті ясен, відповідно в 1,41 і 2,84 раза (р<0,05). При цьому вібувається достовірне підвищення активності ферменту фосфоліпази А2 в сироватці крові й тканинах ясен (р<0,05). Аналіз частоти виділення і рівня заселення мікрофлори дентальної біоплівки у тварин зі спонтанним пародонтитом на тлі порушеної реактивності організму свідчить про збільшення виявлення факультативних та облігатних анаеробів.
Висновки. Моделювання порушеної (гіпер- і гіпо-) реактивності організму призводить до дисбалансу регуляторних систем, що проявляється вираженою деструкцією тканин пародонта та відповідною динамікою біохімічних і мікробіологічних параметрів. Тому перспективним вважаємо подальше вивчення можливості впливу на показники реактивності організму з наближенням їх до значень при нормореакції організму, що забезпечить оптимальний перебіг патологічного процесу в пародонті.
Дистанційна форма навчання на післядипломній освіті підготовки лікарів-інтернів-стоматологів: міф чи реальність
Authors: Ільницька О. М. , Костишин A. B. 
Published: May 2021

Резюме. На сьогодні прогресивним у розвитку нашого інформаційного суспільства сфери технологій виступає дистанційна освіта як нова освітня парадигма розвитку освітньо-інформаційного простору.
Мета дослідження – розглянути та визначити значення дистанційної форми навчання на процес професійної підготовки лікарів-інтернів стоматологів на етапі післядипломної освіти. Також довести недоцільність запровадження дистанційного навчання у післядипломній освіті лікарів-стоматологів.
З огляду на це, у статті актуалізовано проблему дистанційної форми навчання лікарів-інтернів на етапі післядипломної підготовки фахівців у сфері стоматології. Розкривається поняття дистанційного навчання та його плюси і мінуси у підготовці лікарів-інтернів. Запропоновано власні визначення понять «дистанційне навчання» та «дистанційне навчання лікарів-інтернів». Розглянуто деякі моменти нормативно-правового регулювання безперервного професійного розвитку фахівців з охорони здоров’я та особливості правового регулювання надання стоматологічних послуг. Визначено значення дистанційного навчання у професійному становленні лікаря-стоматолога на етапі його післядипломної підготовки, адже така форма навчання є недоцільною для одержання освіти і підвищення кваліфікації на даному етапі професійного розвитку. Також з’ясовано ефективність дистанційного навчання у професійному розвитку лікарів-стоматологів на етапі післядипломної освіти шляхом відповідей на актуальні суспільні запитання в медичній освіті. Оскільки використання дистанційної форми навчання на етапі післядипломної підготовки лікаря-інтерна не дасть позитивного впливу на рівень професійної підготовки і готовності майбутнього стоматолога до виконання своїх професійних обов’язків, де професійні вміння і навики набуваються в процесі безпосереднього контакту з пацієнтом.
Хірургічні аспекти лікування тотального варикотромбофлебіту великої підшкірної вени
Authors: Філіп С. С. , Русин В. В. , Гаджега І. І. 
Published: May 2021

Мета роботи: обґрунтувати показання до хірургічного лікування тотального варикотромбофлебіту в басейні великої підшкірної вени (ВПВ).
Матеріали і методи. У роботі наведено аналіз результатів обстеження та лікування 27 хворих із тотальним варикотромбофлебітом у басейні великої підшкірної вени.
Результати досліджень та їх обговорення. У 24 (88,9 %) пацієнтів верхівка тромботичних мас локалізувалася у верхній третині стегна в середньому на (5,2±1,4) см від сафенофеморального співгирла. У 3 (11,1 %) хворих верхівка тромботичних мас доходила до остіального клапана, але не переходила через сафенофеморальне співгирло. Нижня межа тромботичного ураження у 4 (14,8 %) хворих локалізувалася у верхній, у 16 (59,3 %) – у середній та у 7 (25,9 %) – у нижній третинах гомілки. У 22 (81,5 %) пацієнтів у патологічний процес, крім магістрального стовбура, залучалися притоки ВПВ. У 21 (95,5%) пацієнта з тромботичним ураженням приток ВПВ спостерігали їх варикозну трансформацію.
Операційне втручання обов’язково включало кросектомію, видалення тромбованого стовбура ВПВ та при потребі тромбованих приток, субфасціальне лігування неспроможних вен. При відсутності варикозних змін та неспроможних пронизних вен об’єм операційного втручання скорочували за рахунок флебоцентезу з наступною склерооблітерацією. Активна хірургічна тактика при тотальному варикотромбофлебіті дала можливість ефективно запобігти розвитку венозних тромбоемболічних ускладнень.
Морфо-структурні зміни діафрагми на тлі змодельованого підвищеного інтраабдомінального тиску різної тривалості
Authors: Орел Ю. М. , Продан А. М. , Шевяк П. І. , Рудковська Н. Г. , Запорожець Ю. В. 
Published: May 2021

Мета роботи: оцінка ступеня морфо-структурних змін м’язово-апоневротичних елементів діафрагми за дії експериментально змодельованого підвищеного інтраабдомінального тиску різної тривалості.
Матеріали і методи. Робота виконана на 12 нелінійних статевозрілих білих щурах обох статей масою 180–200 г. Експериментальні тварини були розділені на 4 групи залежно від тривалості напруженого інтраабдомінального тиску: 1 група (3 тварини) – до 1 години, 2 група (3 тварини) – до 3 годин, 3 група (3 тварини) – до 5 годин та 4 група (3 тварини) – більше 5 годин. Експериментальний підвищений тиск моделювали за допомогою манжетки та тонометра. З метою оцінки структурних змін у піддослідних білих щурів після виведення їх з експерименту діафрагму відпрепаровували та здійснювали її макроскопічний огляд. Наступним етапом був забір тканини з різних анатомічних відділів (купол, ніжки, сухожильний центр) з їх подальшим гістологічним дослідженням.
Результати досліджень та їх обговорення. Результати гістологічного дослідження свідчать, що загальне знеболення із підвищеним інтраабдомінальним тиском впливає на стан органів і тканин білих щурів і, зокрема, на стан діафрагми. Морфологічно ці зміни характеризуються розвитком гемодинамічних порушень, явищами дезорганізації волокнистих структур сполучної тканини, дистрофічними змінами мʼязової тканини, виникненням запальної реакції. Оцінюючи інтенсивність зазначених змін у експериментальних групах із різною тривалістю загального знеболення, можна простежити пряму залежність між вираженістю структурних змін та тривалістю дії досліджуваного фактора на організм піддослідних тварин.
Оцінка доцільності використання одноетапної стратегії лікування холедохолітіазу та холецистолітіазу шляхом виконання симультанних лапароскопічних втручань із двохетапною стратегією
Authors: Галей М. М. , Дзюбановський І. Я. , Марчук І. П. 
Published: May 2021

Мета роботи: вивчення ускладнень, пов’язаних із одноетапною стратегією лікування холедохолітіазу та холецистолітіазу, що передбачає виконання симультанної холецистектомії та холедохолітотомії з інтраопераційною холангіографією, використовуючи власний розроблений метод встановлення лапароскопічних портів, та оцінка доцільності використання кожного із методів.
Матеріали і методи. У період із 2015 до 2019 р. проліковано 118 пацієнтів із поєднанням холедохолітіазу та холецистолітіазу. Усі пацієнти проходили операційне лікування із використанням розробленої техніки виконання симультанних операцій. Порівняння тривалості лікування та профілю безпеки розробленого методу проводили із таким для двохетапного методу із використанням ендоскопічної ретроградної холангіопанкреатографії (ЕРХПГ). Контрольними точками досліджень були тривалість перебування у стаціонарі та частота ускладнень. Дані про згадані показники отримано із публікацій наших колег.
Результати досліджень та їх обговорення. Тривалість лікування у дослідній групі склала 4 ліжко-дні, що менше від тривалості лікування у дослідах наших колег (не менше 6 днів). Рівень ускладнень при використанні одноетапного методу із власною технікою склав 0,85 %, що суттєво менше від сумарного рівня місцевих і загальних ускладнень, характерних для ЕРХПГ (6,85 %). Якщо повторна ( 12–23 %), то рівень ускладнень зростає до 19,35 %, що, на нашу думку, є неприйнятим ризиком. Також для одноетапного методу нехарактерними ускладненнями є гострий панкреатит, холангіт, перфорація кишечника та септичні стани, включно пов’язані із резистентною мікрофлорою. Використання неінвазивного методу (МРХПГ) для діагностики холедохолітіазу є пріоритетним над інвазивним і небезпечним ЕРХПГ.
Пріоритетність у виборі методу хірургічної корекції кукси після ампутації дистального відділу стопи у хворих із різними формами синдрому діабетичної стопи
Authors: Футуйма Ю. М. , Беденюк А. Д. , Кульбаба І. Я. 
Published: May 2021

Мета роботи: покращити результати хірургічного лікування хворих із різними формами синдрому діабетичної стопи шляхом вибору адекватного закриття дефекту кукси після трансметатарзальної ампутації.
Матеріали і методи. Проведено аналіз результатів лікування 72 хворих із ускладненим цукровим діабетом 2 типу. Невропатична форма переважала та складала 65,3 %, невроішемічна – 29,2 % та ішемічна – 5,5 % серед усіх оперованих пацієнтів. У всіх хворих встановлено ураження дистального відділу стопи 3 та 4 стадій за класифікацією Meggit–Wagner. Усім пацієнтам виконано трансметатарзальну ампутацію. Для запобігання ускладненням в післяопераційному періоді ампутацію дистального відділу стопи здійснювали електромеханічно-вібраційною методикою із наступним закриттям кукси при невропатичній формі за допомогою вільного нижнього клаптя та при невроішемічній чи ішемічній формах синдрому діабетичної стоп із застосуванням ранньої ксено- чи автодермопластики після гельйотинного методу ампутації.
Результати досліджень та їх обговорення. Даний підхід дав нам можливість закрити дефект дистального відділу кукси у тих групах пацієнтів із невроішемічною та ішемічною формами синдрому діабетичної стопи, де судинні реконструктивні операції неможливо було виконати за клініко-діагностичними ознаками.