bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Essentials in the diagnosis of postoperative myocardial lesions similar to or unrelated to rejection in heart transplant
Authors: Dumitru Costel , Zazgyva Ancuta , Habor Adriana , Cotoi Ovidiu , Suciu Horațiu , Cotrutz Carmen , Grecu Bogdan , Sin Ileana Anca 
Published: August 2021

Abstract

Background, objectives: Histological diagnosis of control biopsies in patients with heart transplant represents a significant step of monitoring, with a great influence on adjusting immunosuppressive treatment. Histological lesions are usually related to ischemia and reperfusion, with varying degrees of intensity. This study aimed to highlight the most important aspects of the histological diagnosis and differential diagnosis of postoperative myocardial lesions associated or unrelated to rejection in heart transplant.

Materials and Methods: This retrospective study involved 53 patients who received cardiac transplant between 2000 and 2017. Patients were monitored by lesion quantification of endomyocardial biopsies, with diagnoses established based on biopsy material in the early, medium and late post-transplant periods. Hematoxylin eosin, Masson’s trichrome, and Van Gieson stains were used; immunohistochemical determinations used CD4, CD20, CD45, CD68, HLA-DR, VEGF and CD31.

Results: Ischemia and reperfusion lesions were diagnosed on all biopsies in the first 6 weeks post-transplant. Nine cases of the Quilty effect were identified, and in 12 cases, the biopsies were performed on the same spot as previous biopsies. A significant number of transplanted patients presented cytomegalovirus that was difficult to diagnose on endomyocardial biopsies.

Conclusions: The detailed study of ischemia and reperfusion lesions, as well as of changes un-related to rejection becomes a major objective in the short, medium and late post-transplant period. Overdiagnosis of rejection induces changes of the immunosuppressive therapeutic protocol, with alarming repercussions on cytomegalovirus reactivation, and risks of potentiating inflammation, myocyte destruction and the recurrence of disorders related to both inducing and aggravating heart failure.
The “Aum Incident” as a Catalyst for Societal Critique: An Analysis of Letters to the Editor of Asahi Shinbun on Aum Shinrikyō
Authors: Mayer Patricia Sophie 
Published: August 2021

Abstract
This article analyses the discussion of Aum Shinrikyō in letters to the editor of one of the major Japanese newspapers, Asahi Shinbun, through the method of qualitative content analysis. The examination focuses on two aspects of the letters in order to uncover how Aum is understood and localised in a bigger context: first, how Aum itself is discussed, and second, what topics are brought up in relation to the group. The analysis reveals that Aum was rarely referred to as a cult or a false religion, but more often merely as a religion, which is subsequently associated with negative notions. The majority of letters, however, did not specify the nature of Aum at all. This is congruent with the topics covered in the letters, since the content of a large portion of them is not concerned with Aum directly but with a more abstract critique of society and authorities. Letters to the editor of Asahi Shinbun for a large part do not make use of sensationalist wording, all the while expressing a critical stance towards the movement, and additionally they focus on a critique of the dealings with Aum prior to and after the subway attack in 1995.
Confounding: Linking Evidence to Practice
Authors: Kamper Steven J. 
Published: August 2021

A confounder is a variable that influences the relationship between an exposure and an outcome. This means that a difference in outcome is not only explained by the factor that we think explains it (the exposure), but also (completely or partly) by another factor (the confounder). Confounding underpins the hackneyed expression, “Correlation does not imply causation.” Your assessment of a study's risk of confounding should inform how much confidence you have in the results. J Orthop Sports Phys Ther 2021;51(8):412–413. doi:10.2519/jospt.2021.0702
Lingual split bone technique – Revisited as a standard operating procedure for surgical removal of third molar during COVID pandemic
Authors: Mohan Sushmitha , Thangavelu Annamalai , Aravindraj  
Published: August 2021

Objectives:
The objective of the study is to revisit the forgotten art of Lingual split bone technique during the COVID pandemic as a Standard Operating Procedure (SOP) for the surgical removal of impacted mandibular third molars. It was originally introduced in early 90’s by Sir William Kelsey Fry and also we have compared its advantages over the bone guttering technique.

Materials and Methods:
Twenty seven cases were operated during COVID pandemic in our institution using Davi’s modified lingual split technique under strict COVID protocol.

Results:
All impacted mandibular third molars were successfully removed. With regards to post-operative complication; 3 patients had nerve injury (11%), 2 patients had lingual paraesthesia (7.6%), 1 patient had alveolar osteitis (3.8%), 2 patients had postoperative infection (7.6%), 3 patients had trismus (19%). The overall success rate was 100%. Also the results of a comparison between bone guttering and chisel-mallet technique were stated.

Conclusion:
The use of lingual split bone technique deserves consideration during this COVID time as an alternate for bone guttering in surgical removal of third molar as it ensures minimal cross infectivity rate among both dentists and patients. Thus, patient care can be delivered with confidence even during pandemic.
Contribution of risk factors in the development of chronic pancreatitis in carriers of rs213950 CFTR
Authors: Самгина Т.А. , Колмыков Д.И. , Мяснянкина Г.Н. , Горбунов С.М. , Азарова Ю.Э. , Канищев Ю.В. , Бондарев Г.А. , Назаренко П.М. , Полоников А.В. , Лазаренко В.А. 
Published: August 2021

К настоящему времени сложились представления о мультифакториальной природе панкреатита, в развитии которого играют роль, как генетические факторы, так и факторы окружающей среды. Цель: определить вклад некоторых факторов риска и полиморфного локуса rs213950 гена СFTR в развитие хронического панкреатита. Исследованы образцы ДНК, полученные от 302 неродственных больных хроническим панкреатитом и 465 неродственных индивидов без заболеваний ЖКТ. Генотипирование выполнено методом ПЦР с дискриминацией аллелей с помощью TaqMan-зондов. Для оценки ассоциаций аллелей и генотипов генов с риском развития заболевания использовали критерий χ2 и отношение шансов (OR) с 95% доверительными интервалами (CI). В ходе проведенного исследования обнаружена ассоциация аллеля А rs213950 гена СFTR с повышенным риском развития хронического панкреатита (OR=1,24, CI 95%=1,01-1,53, p=0,04). У курящих носителей генотипов A/G-A/A (OR=2,07, CI 95%=1,13-3,78, p=0,017D) и при злоупотреблении алкогольными напитками более 10 лет у носителей генотипа А/А (OR=2,23, CI 95%=1,12-4,47, р=0,02R) риск развития хронического панкреатита повышался.
Chronic pancreatitis is the multifactorial disease, genetic and environmental factors play a role in the development of it. The aim was to determine the contribution of rs213950 CFTR gene to the risk of chronic pancreatitis (CP). DNA samples obtained from 302 unrelated patients with chronic pancreatitis and 465 unrelated individuals without gastrointestinal diseases. Genotyping was performed using the PCR method with discrimination of alleles using TaqMan probes. The χ2 criterion and the odds ratio (OR) with 95% confidence intervals (CI) were used to assess the associations of alleles and genotypes of genes with the risk of the disease. We found an association of the A allele rs213950 of the CFTR gene with an increased risk of chronic pancreatitis (OR=1,24, CI 95%=1,01-1,53, P=0,04). Also, the risk of CP increased in smokers with the A/G-A/A genotypes (OR=2,07, CI 95%=1,13-3,78, P=0,017D) and with alcohol abuse for more than 10 years in carriers of the A/A genotype (OR=2,23, CI 95%=1,12-4,47, P=0,02R). The frequency and volume of alcohol consumed in carriers of the rs213950 polymorphism of the CFTR gene didn’t reveal statistically significant differences.
Molecular genetic diagnostics of Bardet-Biedl syndrome with an MPS-panel
Authors: Орлова М.Д. , Гундорова П. , Поляков А.В. 
Published: August 2021

Синдром Барде-Бидля - аутосомно-рецессивное заболевание, характеризующееся ожирением, пигментной дегенерацией сетчатки, полидактилией, задержкой психоречевого развития и структурными повреждениями почек. В работе представлены результаты применения МПС-панели, включающей кодирующие последовательности и прилегающие интронные области 21 гена, ассоциированного с синдромом Барде-Бидля. Впервые была проведена молекулярно-генетическая диагностика в группе из сорока российских пациентов с синдромом Барде-Бидля из неродственных семей. В результате исследования удалось подтвердить диагноз молекулярно-генетическим методом у 40% пациентов (n=16). В генах BBS1, BBS7 и BBS10 встретились повторяющиеся варианты. Частота встречаемости патогенных и вероятно патогенных вариантов в генах BBS1 и BBS10 у российских пациентов соответствует зарубежным данным. Варианты в гене BBS7 встретились у пяти человек, у четырех из них был обнаружен патогенный вариант c.1967_1968delTAinsC, не встречающийся в других популяциях. Результаты, представленные в статье, показывают значительный вклад в заболеваемость синдромом Барде-Бидля в российской популяции патогенных вариантов в гене BBS7.
Bardet-Biedl syndrome is an autosomal recessive disorder characterized by obesity, retinitis pigmentosa, polydactyly, development delay, and structural kidney defects. This study shows the results of using an MPS panel that includes coding sequences and intronic areas of 21 genes associated with Bardet-Biedl syndrome. For the first time molecular genetic testing has been provided for the group of 40 Russian patiens with Bardet-Biedl syndrome from unrelated families. As a result of the testing, diagnoses were confirmed for 40% of the patients (n=16). The genes BBS1, BBS7, BBS10 had recurrent variants. The frequency of pathogenic and likely pathogenic variants in the genes BBS1 and BBS10 among Russian patients matches the research data in other countries. Variants in the BBS7 gene were found for five people, four of them had a pathogenic variant c.1967_1968delTAinsC, which is not present among other populations. Results provided in this article show the significant role of pathogenic variants in the BBS7 gene in patients with Bardet-Biedl syndrome in Russian population.
A case of deletion 8q22.2q22.3 in a child with de novo balanced translocation t(1;6)
Authors: Миньженкова М.Е. , Маркова Ж.Г. , Анисимова И.В. , Канивец И.В. , Шилова Н.В. 
Published: August 2021

Выяснение этиопатогенеза аномального фенотипа у пациентов со сбалансированными транслокациями является актуальным аспектом в современной клинической цитогенетике. Формирование аномалий развития может быть ассоциировано с наличием скрытого геномного дисбаланса как в точках разрывов, так и на хромосомах, не задействованных в перестройке. Целью данного исследования явилась этиологическая диагностика геномного дисбаланса у пациента со сбалансированной транслокацией и аномалиями развития. Для детекции геномного дисбаланса у пациента со сбалансированной транслокацией использовали хромосомный микроматричный анализ (ХМА) и FISH-исследование. У пациента со сбалансированной транслокацией при ХМА была выявлена делеция на хромосоме 8, не задействованной в транслокации. Таким образом, в статье представлен новый случай делеции 8q22.2q22.3 у пациента со сбалансированной транслокацией t(1;6) и аномалиями развития вследствие делеции.
Identification of the etiopathogenesis of the abnormal phenotype in patients with balanced translocations is current trend in cytogenetic laboratories. The formation of developmental anomalies can be associated with the presence of a cryptic genomic imbalance both at breakpoints and on chromosomes not involved in rearrangements.The aim of this study is diagnostics of genomic imbalance in a patient with balanced translocation and abnormal phenotype. The case was characterized by GTG-banding, chromosomal microarray analysis and FISH diagnosis. We present a new case of deletion 8q22.2-q22.3 in child with balanced translocation t(1;6) and developmental delay/congenital defects due to deletion.
Gene polymorphisms associated with the remodeling of the connective tissue as markers of preclinical diagnosis of primary open-angle glaucoma in patients with hereditary predisposition
Authors: Кириллова М.О. , Журавлева А.Н. , Марахонов А.В. , Петрова Н.В. , Балинова Н.В. , Зинченко Р.А. , Кадышев В.В. 
Published: August 2021

Цель исследования - изучение взаимосвязи полиморфизмов генов, кодирующих структуру регуляторных белков синтеза и деградации экстрацеллюлярного матрикса соединительной ткани, с развитием первичной открытоугольной глаукомы (ПОУГ). Обследовано 144 человека (мужчин - 56, женщин - 88), средний возраст 59,3±6,2, не состоящих в родстве, русской национальности. Группу I составили 40 человек с подозрением на глаукому, в группу II вошли 40 человек с диагнозом ПОУГ I-II стадий на одном или обоих глазах. Пациенты обеих групп имели отягощенный семейный анамнез по глаукоме. Группу контроля составили 64 относительно здоровых человека. Всем пациентам проведены стандартные и специальные офтальмологические, а также молекулярно-генетические исследования. Носительство генотипа GT и аллеля Т полиморфизма rs8136803 (TIMP3), генотипа AG и аллеля A полиморфизма rs652438 (MMP12), генотипа GA и аллеля A полиморфизма rs3825942 (LOXL1) ассоциировано с развитием ПОУГ. Ассоциации полиморфизма rs1048661 гена LOXL1 с развитием ПОУГ не выявлено. Проведенное исследование указывает на необходимость формирования алгоритма обследования пациентов с ПОУГ и подозрением на глаукому с включением молекулярно-генетических исследований.
Objective: to study gene polymorphisms associated with the remodeling of the connective tissue of the eye as markers of preclinical diagnosis of primary open-angle glaucoma in patients with hereditary predisposition. Materials and methods: a total of 144 persons (56 men, 88 women), average age 59.3±6.2, were examined, not related, of Russian nationality. Group I consisted of 40 individuals suspected to affected by glaucoma, group II included 40 individuals with a diagnosis of I-II stage POAG in one or both eyes. Patients of both groups had a complicated family history of glaucoma. The control group consisted of 64 relatively healthy individuals. All patients underwent standard and special ophthalmological examination, as well as molecular genetic testing. Results: carriage of GT genotype and T allele of rs8136803 polymorphism (TIMP3), AG genotype and A allele of rs652438 polymorphism (MMP12), GA genotype and A allele of rs3825942 polymorphism (LOXL1) was associated with the development of POAG. The rs1048661 polymorphism of the LOXL1 gene cannot be considered as a marker of POAG development. Conclusion: the study indicates the need to develop a correct algorithm for diagnosing patients with POAG and suspected glaucoma with the inclusion of molecular genetic studies.
To the orthogonal expansion theory of the solution to the Cauchy problem for second-order ordinary differential equations
Authors: Арушанян О.Б. , Залеткин С.Ф. 
Published: August 2021

Доказана теорема о разрешимости нелинейной системы уравнений относительно приближенных значений коэффициентов Чебышёва старшей производной, входящей в дифференциальное уравнение. Теорема является теоретическим обоснованием ранее предложенного приближенного метода интегрирования канонических систем обыкновенных дифференциальных уравнений второго порядка на основе ортогональных разложений с использованием многочленов Чебышёва первого рода.
A solvability theorem is proved for a nonlinear system of equations with respect to the approximate Chebyshev coefficients of the highest derivative in an ordinary differential equation. This theorem is a theoretical substantiation for the previously proposed
approximate method of solving canonical systems of second-order ordinary differential equations using orthogonal expansions on the basis of Chebyshev polynomials of the first kind.
The use of MPI and OpenMP technologies for subsequence similarity search in very long time series on a computer cluster system with nodes based on the Intel Xeon Phi Knights Landing many-core processor
Authors: Краева Я.А. , Цымблер М.Л. 
Published: August 2021

В настоящее время поиск похожих подпоследовательностей требуется в широком спектре приложений интеллектуального анализа временных рядов: моделирование климата, финансовые прогнозы, медицинские исследования и др. В большинстве указанных приложений при поиске используется мера схожести Dynamic Time Warping (DTW), поскольку на сегодняшний день научное сообщество признает меру DTW одной из лучших для большинства предметных областей. Мера DTW имеет квадратичную вычислительную сложность относительно длины искомой подпоследовательности, в силу чего разработан ряд параллельных алгоритмов ее вычисления на устройствах FPGA и многоядерных ускорителях с архитектурами GPU и Intel MIC. В настоящей статье предлагается новый параллельный алгоритм для поиска похожих подпоследовательностей в сверхбольших временных рядах на кластерных системах с узлами на базе многоядерных процессоров Intel Xeon Phi поколения Knights Landing (KNL). Вычисления распараллеливаются на двух уровнях: на уровне всех узлов кластера - с помощью технологии MPI и в рамках одного узла кластера - с помощью технологии OpenMP. Алгоритм предполагает использование дополнительных структур данных и избыточных вычислений, позволяющих эффективно задействовать возможности векторизации вычислений на процессорных системах Phi KNL. Эксперименты, проведенные на синтетических и реальных наборах данных, показали хорошую масштабируемость алгоритма.
Nowadays, the subsequence similarity search is required in a wide range of time series mining applications: climate modeling, financial forecasts, medical research, etc. In most of these applications, the Dynamic Time Warping (DTW) similarity measure is used, since DTW is empirically confirmed as one of the best similarity measures for the majority of subject domains. Since the DTW measure has a quadratic computational complexity with respect to the length of query subsequence, a number of parallel algorithms for various many-core architectures are developed, namely FPGA, GPU, and Intel MIC. In this paper we propose a new parallel algorithm for subsequence similarity search in very large time series on computer cluster systems with nodes based on Intel Xeon Phi Knights Landing (KNL) many-core processors. Computations are parallelized on two levels as follows: by MPI at the level of all cluster nodes and by OpenMP within a single cluster node. The algorithm involves additional data structures and redundant computations, which make it possible to efficiently use the capabilities of vector computations on Phi KNL. Experimental evaluation of the algorithm on real-world and synthetic datasets shows that the proposed algorithm is highly scalable.
Spectral analysis of discrete signals with high frequency resolution
Authors: Осипов О.В. 
Published: August 2021

Представлены алгоритмы прямого и обратного быстрого преобразований Фурье (БПФ), позволяющие обрабатывать дискретные сигналы с высоким частотным разрешением, в том числе с небольшим количеством отсчетов получать амплитудночастотные характеристики с длиной набора частот, большей, чем длина исходного дискретного сигнала. Временная сложность разработанных алгоритмов для прямого и обратного БПФ равна
O(N R log2 N), где R частотное разрешение спектральной характеристики (отношение длины набора частот к длине N набора отсчетов сигнала). Разработанные методы позволят увеличить разрешающую способность отечественных систем цифровой обработки сигналов и могут быть реализованы в электронике и программном обеспечении для спектрального анализа.
Algorithms of direct and inverse fast Fourier transforms are discussed. These algorithms allow one to process discrete signals with high frequency resolution, including with a small number of frequency samples, and to receive the frequency responses with a set length of frequencies greater than the length of the original discrete signal. The time complexity of the developed algorithms for the direct and inverse FFT is O(N R log2 N), where R is the frequency resolution of the spectral characteristic (the ratio of the length of a set of frequencies to the length N of a set of signal samples). The developed methods allow one to increase the resolution of systems of digital signal processing and can be implemented in electronic devices and in software for spectral analysis.
Numerical modeling of turbulent flow in a plane channel on the basis of the Cabaret scheme
Authors: Асфандияров Д.Г. 
Published: August 2021

Представлены результаты моделирования классической задачи течения вязкой несжимаемой жидкости в плоском канале по схеме Кабаре при числах Рейнольдса, равных 5600, 13750 и 21900. Расчеты выполнены как при полном (прямое численное моделирование DNS Direct Numerical Simulation), так и неполном разрешении спектра турбулентных пульсаций. Во втором случае для расчетов используются сетки, характерные для моделирования пристенных течений методом крупных вихрей. Для более точного моделирования потока импульса на стенки при грубом разрешении пристенной области вводятся специальные искусcтвенные граничные условия. Это позволяет повысить точность определения средних характеристик течения. Проведено сравнение полученных результатов по схеме Кабаре с результатами прямого численного моделирования по псевдоспектральному методу.
Some results of modeling the classical problem of flow of a viscous incompressible fluid in a plane channel at the Reynolds numbers equal to 5600, 13750, and 21900 using the Cabaret scheme are discussed. The computations are performed for the complete turbulence spectrum resolution (direct numerical simulation) and for the incomplete resolution. In the latter case, the grids typical for the large eddy simulation of nearwall turbulent flows are used. In order to obtain a more accurate representation of the momentum transfer toward the wall, some artificial boundary conditions are introduced. This allows us to model the mean flow characteristics with a higher accuracy. The numerical results obtained by the Cabaret scheme are compared with the numerical results obtained by the pseudospectral method.
Projection algorithms for calculating the Roben potential
Authors: Лежнев В.Г. , Марковский А.Н. 
Published: August 2021

Представлены проекционные алгоритмы метода базисных потенциалов (фундаментальных решений) вычисления плотности потенциала Робена. Доказывается полнота специальной системы потенциалов.
Several projection algorithms of the basic potential method are proposed for calculating the density of the Roben potential. The completeness of a special system of potentials is proved.