bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Prevalence of COVID-19 infection in black people in primary health care, hospital units and intensive care units: a protocol for a systematic review and meta-analysis
Authors: de Souza Talita Araujo , Silva Pedro Henrique Alcântara da , Galvão Maria Helena Rodrigues , Nunes Aryelly Dayane da Silva , Oliveira Viana Pereira Dalyanna Mildred de , Medeiros Arthur de Almeida , Barbosa Isabelle Ribeiro , Torres Gilson de Vasconcelos 
Published: February 2021

IntroductionCOVID-19 pandemic has affected people all over the world. In this context, health disparities are already evident in becoming ill and dying from this condition, further accentuating historical racial inequalities.Methods and analysisThis protocol will be developed based on the recommendations of Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyses Protocols. For this, searches will be carried out in PubMed, Web of Science, Scopus, Lilacs and ScienceDirect databases searching for cross-sectional studies that assessed the prevalence of black people with COVID-19 at different levels of complexity. All cross-sectional studies that analysed the prevalence of COVID-19 in black people assisted in primary care, hospital wards and intensive care units will be included. The research will be carried out by two independent researchers who will identify the articles; they will exclude duplicate studies. Through blind evaluation, they will select the articles using the Rayyan QCRI application. The instrument proposed by Downs and Black will be used to assess the risk of bias. The meta-analyses will be performed according to the data conditions included.Ethics and disseminationFor this study’s development, there is no need for an ethical appraisal considering that it is a systematic review that will use secondary studies. This study’s findings will be disseminated through peer-reviewed publications, conference presentations and condensed summaries for main stakeholders and partners in the field. The database search is expected to begin on 1 February 2021. It is expected to complete the entire review process by 30 October 2021Trial registration numberCRD42020209079.
Mortality after treatment of intracranial aneurysms with the Pipeline Embolization Device
Authors: Kang Huibin , Luo Bin , Liu Jianmin , Zhang Hongqi , Li Tianxiao , Song Donglei , Zhao Yuanli , Guan Sheng , Maimaitili Aisha , Wang Yunyan , Feng Wenfeng , Wang Yang , Wan Jieqing , Mao Guohua , Shi Huaizhang , Wang Kun , Yang Xinjian 
Published: February 2021

BackgroundThe Pipeline Embolization Device (PED) is reported to be a safe treatment tool for aneurysms. However, mortality occurs in a few cases, and this has not been clearly studied. We conducted a multicenter study to retrospectively evaluate the causes of, and risk factors for, mortality in patients with intracranial aneurysms treated with the PED.MethodsWe retrospectively reviewed the prospectively maintained databases of patients with intracranial aneurysms treated by PED placement at 14 academic institutions from 2014 to 2019. Patients’ data, including clinical and radiographic information, were analyzed with an emphasis on mortality-related complications.ResultsA total of 1171 consecutive patients underwent 1319 PED procedures to treat 1322 intracranial aneurysms. The mortality rate was 1.5% (17/1171), and in 1.3% of the patients (15/1171), deaths were caused by delayed aneurysmal rupture, distal intraparenchymal hemorrhage, and neurological compression symptoms associated with PED procedures. Multivariate analysis showed that previous treatment (OR, 12.657; 95% CI, 3.189 to 50.227; P<0.0001), aneurysm size ≥10 mm (OR, 4.704; 95% CI, 1.297 to 17.068; P=0.019), aneurysm location (basilar artery) (OR, 10.734; 95% CI, 2.730 to 42.207; P=0.001), and current subarachnoid hemorrhage (OR, 4.505; 95% CI, 0.991 to 20.474; P=0.051) were associated with neurological complications resulting in mortality.ConclusionsDelayed aneurysm rupture, distal intraparenchymal hemorrhage, and neurological compression were the main causes of mortality in patients with intracranial aneurysms treated with the PED. Large basilar aneurysms are associated with an increased risk of postoperative death and require increased attention and caution.
First trimester employment, working conditions and preterm birth: a prospective population-based cohort study
Authors: Vrijkotte Tanja , Brand Teus , Bonsel Gouke 
Published: February 2021

ObjectivesTo explore the association between working conditions during first trimester and total preterm birth (PTB), and subtypes: spontaneous PTB and iatrogenic PTB, additionally to explore the role of hypertension.MethodsPregnant women from the Amsterdam Born Children and their Development study, filled out a questionnaire between January 2003 and March 2004, two weeks after first prenatal screening (singleton liveborn, n=7561). Working conditions were working hours/week, standing/walking hours/week, physical work load and job strain.ResultsProlonged standing/walking during first trimester was associated with an increased risk for total PTB (OR=1.5; 95% CI 1.0–2.3, after adjustments). Other working conditions were not related to total PTB. The separation into spontaneous and iatrogenic PTB revealed that standing/walking was associated with iatrogenic PTB only (OR=2.09; 95% CI 1.00–4.97). The highest risk was found for the combination of a long workweek with high physical work load (OR=3.42; 95% CI 1.04–8.21). Hypertension did not mediate these associations; however, stratified analysis revealed that high physical work load was only related to iatrogenic PTB when pregnancy-induced hypertension was present (OR=6.44; 95% CI 1.21–29.76).ConclusionThis study provides evidence that high physically demanding work is associated with an increased risk for iatrogenic PTB and not with spontaneous PTB. Pregnancy-induced hypertension may play a role: when present, high physical work load leads to a more severe outcome.
Effect of the COVID-19 pandemic on the ability of level 1 trauma centers to meet American College of Surgeons research requirements
Authors: Madayag Robert M , Sercy Erica , Berg Gina M , Banton Kaysie L , Carrick Matthew , Lieser Mark , Tanner Allen , Bar-Or David 
Published: February 2021

IntroductionThe COVID-19 pandemic has had major effects on hospitals’ ability to perform scientific research while providing patient care and minimizing virus exposure and spread. Many non-COVID-19 research has been halted, and funding has been diverted to COVID-19 research and away from other areas.MethodsA 28-question survey was administered to all level 1 trauma centers in the USA that included questions about how the pandemic affected the trauma centers’ ability to fulfill the volume and research requirements of level 1 verification by the American College of Surgeons (ACS).ResultsThe survey had a 29% response rate (40/137 successful invitations). Over half of respondents (52%) reported reduced trauma admissions during the pandemic, and 7% reported that their admissions dropped below the volume required for level 1 verification. Many centers diverted resources from research during the pandemic (44%), halted ongoing consenting studies (33%), and had difficulty fulfilling research requirements because of competing clinical priorities (40%).DiscussionResults of this study show a need for flexibility in the ACS verification process during the COVID-19 pandemic, potentially including reduction of the required admissions and/or research publication volumes.Level of evidenceLevel IV, cross-sectional study.
Short-term exposure to elevated suspended sediment increases oxygen uptake of gilled larval Eastern Hellbender (Cryptobranchus alleganiensis) salamanders
Authors: Unger S.D. , Goforth R.R. , Rhodes O.E. , Floyd T.M. 
Published: February 2021

Freshwater ecosystems are increasingly impacted by anthropogenic elevated levels of suspended sediment that may negatively affect aquatic organisms, including salamanders. Although increasing fine sediment in streams has been suggested as a reason for population declines, to date no study has empirically assessed the effect of suspended sediment on gilled larval Eastern Hellbenders (Cryptobranchus alleganiensis (Sonnini de Manoncourt and Latreille, 1801)), a critical life-history stage and a species of conservation concern. We used custom respirometers to elucidate effects of suspended sediments on larval Eastern Hellbender oxygen uptake in trials conducted in situ in Georgia (USA) streams. Mean oxygen uptake increased and was significantly higher in trials when larval salamanders were exposed to suspended sediment (mean = 5.06 mg O2/L for 800 mg/L of sediment treatment vs. 2.25 mg O2/L for 0.00 mg/L of sediment control). This may indicate elevated physiological stress in response to short-term exposure to suspended sediments. Qualitatively, individuals in both groups exhibited rocking behavior in response to low oxygen (hypoxia), albeit at different frequencies (sediment exposure = 7.6 rocks/min and control = 2.1 rocks/min). Larval salamanders may be able to temporarily compensate for low oxygen through increased rocking behavior when high suspended sediment loads are present, with future respirometry research needed.
Size Effects of Closed Encounter Ag Nanoshell Pairs for SERS Application
Authors: Zhao Zhiguo , Liu Wenwen , Zhao Junfeng , Dong Xiaoyan , Li Caiqiong , Zhu Pengcheng , Yu Xinxiang , Dai Han 
Published: February 2021

Closed encounter Ag nanoshell pairs with remarkable improved plasmonic light enhancement in their gaps have been attracting much attention in the production of sensitivity SERS substrates. This work demonstrates the size effects of Ag nanoshell pairs on obtaining higher light intensity in their gaps. It is found that very complex light intensity changes occur in the gaps of Ag nanoshell pairs with their diameter enlargements (

diameters
>
100

nm). By the calculation of scattering efficiency and electric field vectors, the size-related light intensity changes in the gaps have been revealed and been concluded systematically. This work fills in the gaps of application of nanoshell pairs with larger sizes in SERS detectors and could guide the design of some other Ag nanoshell pair-based optical devices.
Development and Validation of Machine Learning–based Model for the Prediction of Malignancy in Multiple Pulmonary Nodules: Analysis from Multicentric Cohorts
Authors: Chen Kezhong , Nie Yuntao , Park Samina , Zhang Kai , Zhang Yangming , Liu Yuan , Hui Bengang , Zhou Lixin , Wang Xun , Qi Qingyi , Li Hao , Kang Guannan , Huang Yuqing , Chen Yingtai , Liu Jiabao , Cui Jian , Li Mingru , Park In Kyu , Kang Chang Hyun , Shen Haifeng , Yang Yingshun , Guan Tian , Zhang Yaxiao , Yang Fan , Kim Young Tae , Wang Jun 
Published: February 2021

Abstract

Purpose:
Nodule evaluation is challenging and critical to diagnose multiple pulmonary nodules (MPNs). We aimed to develop and validate a machine learning–based model to estimate the malignant probability of MPNs to guide decision-making.

Experimental Design:
A boosted ensemble algorithm (XGBoost) was used to predict malignancy using the clinicoradiologic variables of 1,739 nodules from 520 patients with MPNs at a Chinese center. The model (PKU-M model) was trained using 10-fold cross-validation in which hyperparameters were selected and fine-tuned. The model was validated and compared with solitary pulmonary nodule (SPN) models, clinicians, and a computer-aided diagnosis (CADx) system in an independent transnational cohort and a prospective multicentric cohort.

Results:
The PKU-M model showed excellent discrimination [area under the curve; AUC (95% confidence interval (95% CI)), 0.909 (0.854–0.946)] and calibration (Brier score, 0.122) in the development cohort. External validation (583 nodules) revealed that the AUC of the PKU-M model was 0.890 (0.859–0.916), higher than those of the Brock model [0.806 (0.771–0.838)], PKU model [0.780 (0.743–0.817)], Mayo model [0.739 (0.697–0.776)], and VA model [0.682 (0.640–0.722)]. Prospective comparison (200 nodules) showed that the AUC of the PKU-M model [0.871 (0.815–0.915)] was higher than that of surgeons [0.790 (0.711–0.852), 0.741 (0.662–0.804), and 0.727 (0.650–0.788)], radiologist [0.748 (0.671–0.814)], and the CADx system [0.757 (0.682–0.818)]. Furthermore, the model outperformed the clinicians with an increase of 14.3% in sensitivity and 7.8% in specificity.

Conclusions:
After its development using machine learning algorithms, validation using transnational multicentric cohorts, and prospective comparison with clinicians and the CADx system, this novel prediction model for MPNs presented solid performance as a convenient reference to help decision-making.
Loss of Optineurin Drives Cancer Immune Evasion via Palmitoylation-Dependent IFNGR1 Lysosomal Sorting and Degradation
Authors: Du Wan , Hua Fang , Li Xiong , Zhang Jian , Li Shasha , Wang Weichao , Zhou Jiajia , Wang Weimin , Liao Peng , Yan Yijian , Li Gaopeng , Wei Shuang , Grove Sara , Vatan Linda , Zgodziński Witold , Majewski Marek , Wallner Grzegorz , Chen Haoyan , Kryczek Ilona , Fang Jing-Yuan , Zou Weiping 
Published: February 2021

Abstract

Mutations in IFN and MHC signaling genes endow immunotherapy resistance. Patients with colorectal cancer infrequently exhibit IFN and MHC signaling gene mutations and are generally resistant to immunotherapy. In exploring the integrity of IFN and MHC signaling in colorectal cancer, we found that optineurin was a shared node between the two pathways and predicted colorectal cancer patient outcome. Loss of optineurin occurs in early-stage human colorectal cancer. Immunologically, optineurin deficiency was shown to attenuate IFNGR1 and MHC-I expression, impair T-cell immunity, and diminish immunotherapy efficacy in murine cancer models and patients with cancer. Mechanistically, we observed that IFNGR1 was S-palmitoylated on Cys122, and AP3D1 bound with and sorted palmitoylated IFNGR1 to lysosome for degradation. Unexpectedly, optineurin interacted with AP3D1 to prevent palmitoylated IFNGR1 lysosomal sorting and degradation, thereby maintaining IFNγ and MHC-I signaling integrity. Furthermore, pharmacologically targeting IFNGR1 palmitoylation stabilized IFNGR1, augmented tumor immunity, and sensitized checkpoint therapy. Thus, loss of optineurin drives immune evasion and intrinsic immunotherapy resistance in colorectal cancer.

Significance:
Loss of optineurin impairs the integrity of both IFNγ and MHC-I signaling pathways via palmitoylation-dependent IFNGR1 lysosomal sorting and degradation, thereby driving immune evasion and intrinsic immunotherapy resistance in colorectal cancer. Our work suggests that pharmacologically targeting IFNGR1 palmitoylation can stabilize IFNGR1, enhance T-cell immunity, and sensitize checkpoint therapy in colorectal cancer.
See related commentary by Salvagno and Cubillos-Ruiz, p. 1623.
This article is highlighted in the In This Issue feature, p. 1601
ВИГОТОВЛЕННЯ АЦЕЛЮЛЯРНОГО ДЕРМАЛЬНОГО МАТРИКСУ ЗІ ШКІРИ СВИНІ: МОРФОЛОГІЧИЙ АНАЛІЗ
Authors: Kulyanda I. S. , Fedoniuk L. Ya. , Dovgalyuk A. I. , Kramar S. B. , Kulyanda O. O. 
Published: February 2021

РЕЗЮМЕ. Перспективним напрямком у лікуванні дефектів шкіри різної етіології є використання децелюляризованої (ацелюлярної) шкіри свині.
Мета – розробити методику виготовлення ацелюлярного дермального матриксу з дерми шкіри свині зі збереженням нативної структури.
Матеріал і методи. Процес виготовлення ацелюлярного дермального матриксу полягав у поєднанні фізичних і хімічних впливів на дерму. Забір дерми завтовшки 1,0–1,3 мм проводили у свиней віком до 1 року з ділянки спини та, частково, з бокових ділянок тулуба. Попередньо за допомогою дерматома із відповідних ділянок знімали шар шкіри товщиною 0,3–0,4 мм, який піддавали фізичній і хімічній обробці. Досягнення максимальної ацелюлярності дермального матриксу здійснювали покроково, цей процес включав 4 етапи обробки шкіри: 1 – процес заморожування – розморожування; 2 – дегідратація гліцерином; 3 – осмотичний стрес; 4 – вимивання детергентом решток клітин.
Для оцінки ефективності протоколу децелюляризації проводили морфологічний аналіз дерми за допомогою світлової мікроскопії.
Результати. Гістологічний аналіз дерми шкіри свині після циклів заморожування – розморожування виявив, що колагеновий каркас дермального матриксу, отриманий у результаті першого етапу децелюляризації, зберігає свою структурну організацію.
Другий етап децелюляризації виявив зменшення кількості клітин фібробластичного ряду. При цьому сполучнотканинні елементи, які представлені різноспрямованими пучками колагенових волокон, зберігали свою структурну організацію.
Третій етап децелюляризації виявив лізис клітин фібробластичного ряду, які у вигляді базофільно забарвлених елементів у незначній кількості локалізувались у дермі.
У результаті промивки ліофілізованої шкіри неіонним детергентом додецилсульфатом натрію виявлено повну відсутність клітин фібробластичного ряду, епідермоцитів у складі волосяних фолікулів, ендотеліоцитів у стінці кровоносних судин, що свідчить про ефективність вказаного реагента у видаленні залишків продуктів розпаду клітин.
Висновок. Запропонований протокол децелюляризації дерми шкіри свині є ефективним для видалення ядерних та клітинних структур із дерми. Конкретні протоколи можуть бути змінені шляхом збільшення різниці температур або зміни кількості циклів заморожування – розморожування.
ПОРУШЕННЯ ВМІСТУ ВІТАМІНІВ ГРУПИ В ПРИ ДИСБІОЗІ КИШЕЧНИКА У ХВОРИХ НА ХРОНІЧНИЙ ПАНКРЕАТИТ ТА ЦУКРОВИЙ ДІАБЕТ 2-ГО ТИПУ
Authors: Sirchak Ye. S. , Barani V. Ye. , Fabri Z. Yo. 
Published: February 2021

РЕЗЮМЕ. Дисбіоз кишечника часто виникає при захворюваннях травного тракту, зокрема при хронічному панкреатиті. Клініка ХП із супутнім ДК ускладнюється синдромом порушення травлення, гіпо- й авітамінозом, диспротеїнемією, інтоксикацією.
Мета – визначити особливості забезпечення вітамінами групи В хворих на ХП та цукровий діабет (ЦД) 2-го типу за наявності дисбіозу товстої кишки (ТК).
Матеріал і методи. Обстежено 82 хворих на ХП та ЦД 2-го типу. Усім обстеженим пацієнтам проведено загальноклінічні дослідження, аналіз калу на дисбіоз, а також визначення рівнів вітамінів В1, В6, В9, В12 у сироватці крові.
Результати. Встановлено, що 51,2 % хворих на ХП та ЦД 2-го типу мають дисбіоз IIІ ступеня. У хворих на ХП та ЦД 2-го типу виявлено зменшення рівня вітамінів В9, В12 у 3,9–2,8 раза та вітамінів В6, В1 у 2,6–2,0 рази (р<0,01), порівняно з показником контрольної групи. Встановлено сильну пряму залежність між ІІІ ступенем дисбіозу ТК та рівнями всіх вивчених нами вітамінів групи В. Отже, із прогресуванням вираженості дисбіозу ТК у хворих на ХП та ЦД 2-го типу встановлено зменшення рівня вітамінів групи В із мінімальним відхиленням від показників контрольної групи при дисбіозі ТК І ст. та максимальними відхиленнями – при дисбіозі ТК ІІІ ст.
Висновки. У всіх хворих на ХП та ЦД 2-го типу встановлено дисбіоз ТК, причому частіше це дисбіоз ІІІ та ІІ ступенів (у 51,2 % та у 31,7 % обстежених відповідно). У хворих на ХП та ЦД 2-го типу виявлено зниження рівнів вітамінів В1, В6, В9, В12, що прямо залежать від вираженості дисбіозу ТК у даних пацієнтів.
СИНТЕЗ ТА ПРОТИЗАПАЛЬНІ ВЛАСТИВОСТІ ДЕЯКИХ С5 ЗАМІЩЕНИХ 3-МЕТИЛ-4-ТІОКСО-ТІАЗОЛІДИН-2-ОНІВ
Authors: Chulovska Z. I. , Drapak I. V. , Chaban T. I. , Nektegaev I. A. 
Published: February 2021

Вступ. Вивчення реакційної здатності похідних 4-тіазолідону та здійснення їх хімічних перетворень є перспективним напрямком пошуку нових біологічно активних речовин. Це зумовлено широким спектром біологічної активності вказаного класу сполук, а також наявністю ряду реакційно здатних центрів, що дає змогу проводити різносторонню модифікацію вихідної структури. З огляду на дані обставини, актуальним є синтез нових речовин як потенційних біомолекул серед вказаного класу сполук.
Мета дослідження – провести синтез деяких C5 заміщених похідних 3-метил-4-тіоксо-тіазолідин-2-ону для фармакологічного скринінгу in vivo їх протизапальної активності.
Методи дослідження. Проведено органічний синтез, 1Н ЯМР-спектроскопію, елементний аналіз, фармакологічний скринінг.
Результати й обговорення. Синтетична частина роботи полягала у структурній модифікації 3-метил-4-тіоксо-тіазолідин-2-ону. Активна метиленова група в положенні C5 зазначеного скафолду проявляла СН-кислотні властивості та дозволила апробувати її в реакції азосполучення із солями арилдіазонію з отриманням відповідних 3-метил-5-(арил-гідразоно)-4-тіоксо-тіазолідин-2-онів. Будову одержаних сполук та інтерпретацію проведених хімічних досліджень підтверджено даними елементного аналізу та 1Н ЯМР-спектроскопії. Вплив синтезованих речовин на перебіг ексудативної фази запалення вивчали на основі карагенінової моделі запального набряку лап білих щурів. Наявність запальної реакції встановлювали за зміною об’єму кінцівки онкометричним методом на початку досліду і через 4 год після введення флогогенного агента. Для порівняння за аналогічних умов вивчали протизапальний ефект відомого протизапального лікарського засобу – ібупрофену. Отримані результати фармакологічного скринінгу показали, що синтезовані сполуки володіють протизапальними властивостями, а деякі з них за показниками активності наближаються до або перевищують препарат порівняння.
Висновки. У результаті структурної модифікації 3-метил-4-тіоксо-тіазолідин-2-ону за положенням C5 синтезовано серію нових 3-метил-5-(арил-гідразоно)-4-тіоксо-тіазолідин-2-онів. Проведені дослідження протизапальної активності синтезованих сполук демонструють потенціал пошуку протизапальних агентів серед зазначеного класу сполук. Ми продовжуємо досліджувати реакційну здатність, а також хімічні перетворення з перспективою вивчення біологічної активності цього класу сполук.