bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Genomic variations in SARS-CoV-2 strains at the target
sequences of nucleic acid amplification tests
Authors: Cao Canhui , Yu Ruidi , Zeng Shaoqing , Liu Dan , Gong Wenjian , Li Ruyuan , Wang Siyuan , Yuan Yuan , Chi Jianhua , Liu Jiahao , Yu Yang , Jiao Xiaofei , Cai Guangyao , Jin Ning , Ye Fei , Gao Qinglei 
Published: March 2021

IntroductionNucleic acid amplification is the main method used to detect
infections of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2).
However, the false-negative rate of nucleic acid tests cannot be ignored.Material and methodsHerein, we demonstrated genomic variations at the
target sequences for the tests and the geographical distribution of the variations across countries by analyzing the whole-genome sequencing data of
SARS-CoV-2 strains from the 2019 Novel Coronavirus Resource (2019nCoVR)
database.ResultsAmong the 21 pairs of primer sequences in regions ORF1ab, S, E,
and N, the total length of primer and probe target sequences was 938 bp,
with 131 (13.97%) variant loci in 2415 (38.96%) isolates. Primer targets in
the N region contained the most variations that were distributed among the
most isolates, and the E region contained the fewest. Single nucleotide polymorphisms were the most frequent variation, with C to T transitions being
detected in the most variant loci. G to A transitions and G to C transversions
were the most common and had the highest isolate density. Genomic variations at the three mutation sites N: 28881, N: 28882, and N: 28883 were
the most commonly detected, including in 608 SARS-CoV-2 strains from
33 countries, especially in the United Kingdom, Portugal, and Belgium.ConclusionsOur work comprehensively analyzed genomic variations at the
target sequences of the nucleic acid amplification tests, offering evidence to
optimize primer and probe target sequence selection, thereby improving the
performance of the SARS-CoV-2 diagnostic test.
Contracting COVID-19 in the first and second trimester of pregnancy: what we know – a concise qualitative systematic review
Authors: Abu-Amara Jasmine , Szpecht Dawid , Al-Saad Salwan , Karbowski Lukasz 
Published: March 2021

Recent medical literature has drawn attention to the possible influence of COVID-19 on the course of pregnancies. As the coherence of results seems to vary, especially in relation to first and second trimester pregnancies, a concise qualitative systematic review can shed light on the most recent data. A structured systematic search was performed to collect all COVID-19 pregnancy-related articles published between January 1 and September 16, 2020. Two independent reviewers evaluated studies using the STROBE statement in combination with the CERQual quality assessment of findings. In total 1387 articles were screened and finally 22 studies were evaluated (179 1st/2nd trimesters of pregnant women with COVID-19). The majority of reported mothers who contracted COVID-19 during 1st/2nd trimesters are yet to complete their pregnancy. Evidently a limited amount of data is available. Usually, mothers and newborns are discharged from the hospital without any serious complications. Further observations are imperative.
Expression of ADAMTS13 in human endometrium and its potential role in recurrent pregnancy loss
Authors: Feng Yun , Li Xueyin , Chen Xi , Zhao Mengling , Wang Qian , Bai Jing , Mao Meng , Guo Ruixia 
Published: March 2021

IntroductionThe mechanisms underlying the pathogenesis of recurrent pregnancy loss (RPL) and the effective approaches to treat this disease still remain vague and absent. Proteinases of ADAMTS family play important roles in embryonic growth and development. Our previous study suggest a role of ADAMTS13 during pregnancy. Current Study was to determine the expression of ADAMTS13 in human endometrium and its association with RPL.Material and methodsThe spatiotemporal expression of ADAMTS13 in human endometrium was examined by immunohistochemistry. real-time PCR sand western blot were then employed to determine the mRNA and protein expression levels of ADAMTS13 in human endometrium. Proteolytic cleavage of FRETS-VWF73 were performed to determine the activity of ADAMTS13 in plasma and that secreted by human endometrium. ELISA was carried out to measure plasma VWF antigen.ResultsWe show that proteolytically active ADAMTS13 is expressed in human endometrium throughout the menstrual cycle and pregnancy. The decidual expression levels of mRNA and protein in women with RPL were significantly lower compared with women with uncomplicated pregnancies (P<0.01, P<0.05, respectively). Furthermore, significantly reduced plasma ADAMTS13 activity (median [range] 69.09 [65.2–93.7]% versus 93.62 [88.1–115.6]%, P<0.001) and elevated plasma VWF antigen levels (median [range] of 125.5 [54.2–262.8]% versus 91.9[80.4–138.7]%, P < 0.01) were detected in RPL patients compared with the control group.ConclusionsThese findings suggest that ADAMTS13 may play a role in embryo implantation and the pathogenesis of recurrent pregnancy loss. Further investigation on ADAMTS13 gene knockout animal models is necessary for understanding the molecular mechanisms of the biological roles of ADAMTS13 during gestation.
Crocetin improves ischaemic stroke in vitro and vivo
Authors: Liu Jia , Ye Chaoqun , Lv Guanting , Li Gaifen , Gao Yu , Ji Xunming 
Published: March 2021

IntroductionThis study aimed to investigate the preventive and therapeutic effects of crocetin (Cro) on ischaemic stroke in cell and animal models.Material and methodsA cell model of oxygen and glucose deprivation
(OGD) and a rat model of middle cerebral artery occlusion were established
to simulate ischaemic stroke. The infarct volume was measured by TTC assay, and the apoptotic cell number was counted by TUNEL. Relative protein
and gene expression levels in the rats were measured by immunohistochemical and RT-qPCR assays. The apoptosis rate and relative protein and gene
expression levels were determined by flow cytometry, WB and RT-qPCR assay, respectively.ResultsCompared with those in the normal control (NC) group, the brain
tissue injury and apoptotic cell number significantly increased (p < 0.001)
and the miR-145-5p gene expression significantly decreased in the cell and
animal experiments. In the animal experiment, the infarct volume, apoptotic
cell number and pathological status improved in the Cro-treated groups.
In the cell experiment, the apoptosis rates significantly depressed in the
Cro-treated groups (p < 0.05). However, the cell apoptosis rate significantly
increased after miR-145-5p inhibitor transfection (p < 0.001). The protein
and gene expression levels of Toll-like receptor 4, myeloid differentiation
factor 88 and nuclear factor (NF)-κB (p65) significantly decreased (p < 0.05).
In addition, p-NF-κB(p65) nuclear volume significantly decreased (p < 0.05).ConclusionsCrocetin improved ischaemic stroke by regulating the miR145-5p/TLR4 axis in cell and animal experiments.
Novel Alhagi maurorum leaves mediated synthesis
of titanium nanoparticles for human breast carcinoma
applications: a preclinical trial study
Authors: Ye Jiahui , Shi Jiajun , Zhang Meng , Zhang Yin , Tao jinqiu , Jiang Songsong , Wang Yinhe , Zhang Weijie , Yao Yongzhong , Zhou Jing 
Published: March 2021

IntroductionIn this study, titanium nanoparticles (TiNPs) were synthesized
in an aqueous medium using Alhagi maurorum extract as a stabilizing and
reducing agent.Material and methodsUltraviolet–visible spectrophotometry (UV-Vis), Fou�rier-transform infrared spectroscopy (FTIR), X-ray diffraction (XRD), scanning
electron microscopy (SEM), and energy dispersive X-ray spectrometry (EDS)
were the techniques to characterize the biosynthesis of TiNPs. To survey
the anti-human breast cancer effects of TiNPs, MTT assay was used on the
common breast cancer cell lines, i.e., breast cancer (breast adenocarcinoma
(MCF7), infiltrating ductal cell carcinoma (Hs 319.T), inflammatory carcino�ma of the breast (UACC-732), and metastatic carcinoma (MDA-MB-453)) cell
lines. TiNPs’ crystal size was measured as 16.08 nm. SEM images exhibited
a uniform spherical morphology in size range of 12.16 to 43.46 nm for the
biosynthesized nanoparticles respectively.ResultsThe cell viability of breast carcinoma cells decreased dose-de�pendently in the titanium nanoparticles’ presence. The IC50 values of A. mau�rorum and titanium particles on the MCF7 cell line were 680 and 359 µg/ml,
on the Hs 319.T cell line were 507 and 191 µg/ml, on the UACC-732 cell
line were 477 and 217 µg/ml, and on the MDA-MB-453 cell line were 507
and 191 µg/ml, respectively. TiNPs had high anti-breast cancer activities
dose-dependently against MCF7, Hs 319.T, UACC-732, and MDA-MB-453 cell
lines.ConclusionsThe best result of anti-breast cancer effects was seen in the
case of the Hs 319.T cell line.
MİLLİ MÜCADELE DÖNEMİ TÜRK MİZAHINDA MUHALİF BİR KİMLİK: REFİK HALİD (KARAY)
Authors: ÇAKMAK Fevzi 
Published: March 2021

Refik Halid (Karay), 20. Yüzyılın ilk çeyreğinde, Türk düşün ve siyasi hayatında, yazıları ve eylemleriyle adından söz ettiren; İttihatçılara yönelik muhalif tavır sergileyen bir gazeteci ve siyasetçiydi. Mondros Mütarekesi’nin imzalanmasından sonra ülkenin girdiği sıkıntılı günlerde, Posta Telgraf Umum Müdürü görevine gelen Refik Halid, Milli Mücadele’ye karşı tavır almıştır. Refik Halid, savaş boyunca Milli Mücadele’yi İttihatçı bir hareket olarak nitelerken; Mustafa Kemal Paşa’ya yönelik muhalif tavrını sürdürmüştür. Refik Halid, 2 Ocak 1922’den 9 Kasım 1922 tarihine kadar 90 sayı çıkardığı Aydede isimli mizah dergisinde Milli Mücadele karşıtı yayınlarını devam etmiştir. Savaş sona erdiğinde ismi ülkeye girmesi sakıncalı bulunan 150 kişilik liste içerisinde yer alacaktır.
Milli Mücadele’ye yönelik sergilediği bu olumsuz duruş nedeniyle Refik Halid’e, o dönem İstanbul’da yayınlanan mizah dergilerinin sütunlarında, özellikle savaşın son döneminde çok sık yer verilmişti. Bu çalışmada Milli Mücadele günlerinde İstanbul’da yayınlanan mizah dergilerinin Refik Halid’e (Karay) yönelik olumlu ya da olumsuz algısının izi sürülecek; dergilerin Refik Halid’i topluma nasıl sundukları, O’nun görüş ve davranışları hakkında neler düşündükleri, görsel malzeme üzerinden ortaya konulmaya çalışılacaktır. Çalışmanın ana kaynağını Milli Mücadele yıllarında yayın yapan mizah dergileri Karagöz, Ayine, Diken, Güleryüz ve Aydede’nin çeşitli nüshaları oluşturmaktadır.
MİLLİ MÜCADELE VE CUMHURİYET’İN İLK YILLARINDA HİLÂL-İ AHMER CEMİYETİ’NİN AMASYA’DAKİ FAALİYETLERİ (1919-1925)
Authors: SARI Mustafa 
Published: March 2021

Hilâl-i Ahmer Cemiyeti, Salib-i Ahmer Cemiyeti’nin (Kızılhaç) benzeri olarak Osmanlı devlet adamlarının himayesinde 11 Haziran 1868’de kurulmuştur. II. Abdülhamid dönemi boyunca faaliyetlerini askıya almak zorunda kalan Hilâl-i Ahmer Cemiyeti, 1911 yılında yeniden kurulduktan sonra, özellikle Trablusgarp, Balkan Savaşları’nın tesiri ile Osmanlı ülkesinin her tarafında şubelerini açmaya gayret etmiştir. Cemiyetin bu dönemde açılan şubelerden birisi de Amasya şubesidir.
1912 tarihinde kurulan Hilâl-i Ahmer Cemiyeti Amasya Şubesi, bu tarihten itibaren bütün liva genelinde teşkilatlanmaya çalışmıştır. Balkan Savaşları ve I. Dünya Savaşı’nda faydalı hizmetler veren Hilâl-i Ahmer Amasya Şubesi Milli Mücadele döneminde faaliyetlerine aralıksız devam etmiştir. Bu dönemde yetim çocuklar için kurulan Şefkati İslamiye Yurdu’nun kurulmasına öncülük eden Amasya Şubesi, bölgede hastaneler kurarak askerlerin ve halkın yaralarını sarmaya çalışmıştır. Bunun dışında Amasya’daki Hilâl-i Ahmer Şubeleri, yardımsever halktan yardımlar toplayarak Cemiyet’in merkezine göndermişlerdir. Mübadele dönenimde Amasya ve çevresine yerleştirilen mübadillerin ihtiyaçlarının karşılanmasında yine Hilâl-i Ahmer Cemiyeti büyük görevler üstlenmiştir.
Bu çalışmada başta Kızılay Arşivi olmak üzere Başbakanlık Osmanlı Arşivi, Hilâl-i Ahmer Cemiyeti tarafından hazırlanan raporlar, TBMM tutanakları ve araştırma eserler incelenerek Milli Mücadele ve Cumhuriyet’in ilk yıllarında Amasya ve çevresinde Hilâl-i Ahmer Cemiyeti’nin faaliyetleri ele alınacaktır.
LİDER-HALK BULUŞMASI VE BÜTÜNLEŞMESİ AÇISINDAN ATATÜRK’ÜN YURT GEZİLERİNİN DEĞERLENDİRİLMESİ
Authors: AKANDERE Osman 
Published: March 2021

Atatürk’ün gerek İstiklal Savaşı yıllarında gerekse Türkiye Cumhuriyeti’nin kuruluş yılları ve sonrasında çıkmış olduğu yurt gezileri birçok bakımdan önem taşımıştır. Çıktığı her gezinin bir yapılış amacı olmuştur. Nitekim Milli Mücadeleyi başlatmak amacıyla Anadolu’ya geçtiği ilk günlerden itibaren sürekli olarak hareket halinde olmuş ve değişik şehirlere ziyaretler yapmış, kongreler toplamış ya da yapılan kongrelere katılmıştır. Atatürk’e göre bu geziler, onun milletle buluşması ve bütünleşmesini sağlamaktaydı. Bu geziler sayesinde halka kendisini tanıtmış ve onun desteğini almaya çalışmıştır. Gerçekten de bir avuç arkadaşıyla başladığı vatan kurtarma davasını, bütün Türk Milleti’nin milli birlik ve beraberlik içerisinde verdiği bir Milli Mücadeleye dönüştürmesinde onun savaş yıllarında yaptığı yurt gezilerinin rolü büyük olmuştur.
İstiklâl Savaşı’nın kazanılmasından sonra da Atatürk yurt gezilerine çıkmaya devam etmiştir. Çıkmış olduğu yurt gezilerinin temel hedefi halkla buluşmak, kafasındaki düşünceleri, yapmak istediklerini onlarla paylaşmak olmuştur. Çünkü O, yurt gezileri ile ülkede yeni rejimi yani Cumhuriyet rejimini yerleştirmek, ülkenin eğitim, sağlık ve ekonomi gibi temel sorunları konusunda düşüncelerini halka anlatmak için önemli bir zemin ve fırsat olarak görmüştür. Ayrıca bu geziler esnasında Atatürk, yapılacak köklü inkılâpların alt yapısı ile iç ve dış kamuoyu oluşturmak istemiştir. Bu nedenle konuşmalarında, demeçlerinde ve yüz yüze görüşmelerinde halka önemli mesajlar vermiş ve onların nabzını tutmaya çalışmıştır.
Bu çalışmada Atatürk’ün yurt gezilerinde halkla buluşması ve bütünleşmesi örneklerle belirtilerek, bu gezilerde verdiği mesajlar değerlendirilmeye çalışılacaktır.
LOZAN KONFERANSI İLE İLGİLİ BİR TERMİNOLOJİK DEĞERLENDİRME
Authors: ERTAN Temuçin Faik 
Published: March 2021

Lozan Konferansı, 20 Kasım 1922’de başlayan, iki dönemde gerçekleşen ve 24 Temmuz 1923 tarihinde imza ile sonuçlanan bir süreçtir. Lozan Konferansı ve Lozan Antlaşması ile çok sayıda yerli ve yabancı anı ve araştırma bulunmaktadır. Özellikle araştırma eserlerde konuyla ilgili temel kavramların kullanılmasında tutarsızlıklar ve rastgele tercihler söz konusudur. Oysa Lozan Konferansı ve sonunda imzalanan Antlaşma, tarih bilimi kadar, uluslararası ilişkilerin, siyaset bilimin ve devletler arası özel ve genel hukukun da ilgi alanındadır. Bu nedenle kavramların kullanılmasında özen gösterilmesi gereklidir. Bu çalışmayla Lozan Konferansı’nı ve Lozan Antlaşması’nı dönemin literatürüne uygun ve özgün söylem çerçevesinde ele alıp, terminoloji konusundaki yaklaşım sorunlarının giderilmesine katkı sağlamak amaçlanmaktadır. Böylelikle araştırmacının, kişisel tercihleri çerçevesinde değil de Lozan Konferansı’nın gerçekleştiği döneme uygun bir kavramlaştırma yapması önerilecektir.
Söz konusu çalışma sırasında Lozan Konferansı tutanakları ve antlaşma metni temel kaynak olarak kullanılacaktır. Lozan Konferansı sırasındaki yazışmalar da incelenecek ve kullanılan ifadeler aynen yansıtılacaktır. Lozan-Ankara arasındaki telgraflar gözden geçirilerek gönderilen talimatlar incelenecektir. Lozan’da gündeme gelen konular ve kullanılan diplomatik söylem aslına uygun olarak sunulacaktır. Lozan’da hem görüşmelerde hem de antlaşma metininde geçen terimlerin yaygın kullanımı ile doğru kullanımı tartışılacak ve verilere dayalı olarak cevap verilecektir. Ayrıca yeni birtakım kavramlara da rastlandığında özgünlük analizi de yapılacaktır.
Bu çalışmada, öncelikle Lozan Konferansı’nın özgün adının ne olduğu tartışılacaktır. Konferansın adının niçin “Yakındoğu İşleriyle İlgili Lozan Konferansı” olduğuna dair değerlendirme yapılacaktır. Daha sonra Musul Sorunu mu, Irak Sınırı Sorunu mu? Savaş tazminatı mı, tamirat bedeli mi? İngiltere mi, Birleşik Krallık mı? Azınlıklar mı, Gayrimüslimler mi? Batı Trakya Türkleri mi, Batı Trakya Müslümanları mı? Hatay Sorunu mu, Sancak Sorunu mu? Ankara Hükümeti mi, TBMM Hükümeti mi? Başbakan mı, İcra Vekiller Heyeti Reisi mi? gibi soruların cevabı aranacak ve bu bağlamda önerilerde bulunulacaktır. Bu arada kurulan komisyonlar ve alt komisyonların ele aldığı konularla ilgili de açıklamalar yapılacaktır.
İLKOKUL VE ORTAOKUL ÖĞRENCİLERİNİN ATATÜRK’ÜN LİDERLİK ÖZELLİĞİNE İLİŞKİN METAFORLARININ İNCELENMESİ
Authors: ÖKSÜZ Yücel , KARALAR Mehtap 
Published: March 2021

Bu çalışmada ilkokul ve ortaokul öğrencilerinin Atatürk’ün liderlik özelliğine ilişkin metaforlarının incelenmesi amaçlanmıştır. Atatürk’ün liderliği çalışma arkadaşları, aynı dönemlerde yaşayan devlet adamları ve liderlik üzerine çalışmalar yapan bilim adamlarınca tasdik edilmiş, yaşadığı çok önemli olaylardaki tutum ve tavırlarıyla belgelenmiş, eserleriyle somutlaşmış bir gerçektir.
Atatürk’ün geleceği planlayabilen liderlik göstergelerinden birisi de gençliğe verdiği değerdir. Milletin geleceğini oluşturan “gençlik”, Atatürk’te en yüce değer olarak algılanmıştır. Gençleri gelecekteki ideallerini gerçekleştirecek güç olarak görmüş ve güvenmiştir. Türk gençliği de Atatürk’ü gerçek anlamıyla kavramak, onun arzuladığı, ona layık ve eserlerine bağlı nesiller olarak yetişmelidir.
Atatürk’ün önemsediği çocukluk ve gençlik yılları aynı zamanda kimlik arayışının olduğu, kritik ve önemli bir dönemdir. Bu dönemde Atatürk’ün gençlerde rol model olarak alınmasının ve kimlik oluşumunda etkili olmasının gerekliliğine inanılmaktadır. Bu yaş grubu gençlerin algılarının tespiti eğitim planlamalarının ve uygulamalarının niteliğinin artırılmasına katkı sağlayacağı düşünülmektedir. Araştırmada Atatürk’ün liderlik vasfının daha da ön plana çıkacağı düşünülmektedir.
Bu çalışma nitel araştırma yöntemlerinden tarama modelinde hazırlanmıştır. Araştırmanın örneklemi, kolay ulaşılabilir örnekleme yöntemlerinden esas alınarak seçilmiştir. Araştırmanın çalışma grubunu 2018-2019 eğitim öğretim yılında Samsun iline bağlı Şehit Yüzbaşı Tunç Fidaner İlkokulu ve ortaokulundan öğrenim gören 100 öğrenci çalışmaya dahil edilmiştir. Çalışma grubunda yer alan öğrencilerin 65’i ilkokul, 70’i ortaokul düzeyinde öğrenim görmektedir. Çalışma grubu 71 kız, 63 erkek olmak üzere toplam 135 öğrenciden oluşmaktadır. Veri toplama aracı olarak, açık uçlu bir görüşme formu oluşturulmuştur. Görüşme formunda öğrencilerden “Bir Lider olarak Atatürk ……… gibidir; çünkü …….” cümlesini tamamlamaları istenmiştir. Verilerin analizinde ve yorumlanmasında içerik analizi kullanılmıştır. Elde edilen metaforlar cümledeki anlamına göre kategorilere ayrılarak sayısal değerler elde edilmiştir. Öğrencilerin Atatürk’ün liderlik özelliğine yönelik çok sayıda metafor oluşturdukları ve genelde olumlu olduğu görülmüştür. Oluşturulan metaforlar belirli kategoriler halinde gruplandırılarak frekans ve yüzde değerleri çıkarılmıştır. Araştırma sonuçlarına göre ilkokul ve ortaokul düzeyindeki öğrencilerinin farklı metaforlar ürettikleri görülmüştür. Ayrıca belirlenen kategorilerdeki frekans ve yüzde değerlerinin farklılaştığı görülmektedir.
Improving the sectional Model for Simulating Aerosol Interactions and Chemistry (MOSAIC) aerosols of the Weather Research and Forecasting-Chemistry (WRF-Chem) model with the revised Gridpoint Statistical Interpolation system and multi-wavelength aerosol optical measurements: the dust aerosol observation campaign at Kashi, near the Taklimakan Desert, northwestern China
Authors: Chang Wenyuan , Zhang Ying , Li Zhengqiang , Chen Jie , Li Kaitao 
Published: March 2021

Abstract. The Gridpoint Statistical Interpolation data assimilation (DA) system was
developed for the four size bin sectional Model for Simulating Aerosol
Interactions and Chemistry (MOSAIC) aerosol mechanism in the Weather
Research and Forecasting-Chemistry (WRF-Chem) model. The forward and tangent
linear operators for the aerosol optical depth (AOD) analysis were derived
from WRF-Chem aerosol optical code. We applied three-dimensional variational
DA to assimilate the multi-wavelength AOD, ambient aerosol scattering
coefficient, and aerosol absorption coefficient, measured by the sun–sky
photometer, nephelometer, and aethalometer, respectively. These measurements were
undertaken during a dust observation field campaign at Kashi in northwestern
China in April 2019. The results showed that the DA analyses decreased the
model aerosols' low biases; however, it had some deficiencies. Assimilating
the surface particle concentration increased the coarse particles in the
dust episodes, but AOD and the coefficients for aerosol scattering and
absorption were still lower than those observed. Assimilating aerosol
scattering coefficient separately from AOD improved the two optical
quantities. However, it caused an overestimation of the particle
concentrations at the surface. Assimilating the aerosol absorption
coefficient yielded the highest positive bias in the surface particle
concentration, aerosol scattering coefficient, and AOD. The positive biases
in the DA analysis were caused by the forward operator underestimating
aerosol mass scattering and absorption efficiency. As compensation, the DA
system increased particle concentrations excessively to fit the observed
optical values. The best overall improvements were obtained from the
simultaneous assimilation of the surface particle concentration and AOD. The
assimilation did not substantially change the aerosol chemical fractions.
After DA, the clear-sky aerosol radiative forcing at Kashi was −10.4 W m−2
at the top of the atmosphere, which was 55 % higher than the
radiative forcing value before DA.