bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Assessing the efficacy of CRISPR/Cas9 genome editing in the wheat pathogen Parastagonspora nodorum
Authors: Khan Haseena , McDonald Megan C , Willams Simon J , Solomon Peter 
Published: February 2020

Abstract
Background: The genome-editing tool CRISPR/Cas9 has revolutionized gene manipulation by providing an efficient method to generate targeted mutations. This technique deploys the Cas9 endonuclease and a guide RNA (gRNA) which interact to form a Cas9-gRNA complex that initiates gene editing through the introduction of double stranded DNA breaks. We tested the efficacy of the CRISPR/Cas9 approach as a means of facilitating a variety of reverse genetic approaches in the wheat pathogenic fungus Parastagonospora nodorum .

Results: Parastagonospora nodorum protoplasts were transformed with the Cas9 protein and gRNA in the form of a preassembled ribonuclear protein (RNP) complex targeting the Tox3 effector gene. Subsequent screening of the P. nodorum transformants revealed 100% editing of those mutants screened. We further tested the efficacy of RNP complex when co-transformed with a Tox3 -Homology Directed Repair cassette harbouring 1 kb of homologous flanking DNA. Subsequent screening of resulting transformants demonstrated homologous recombination efficiencies exceeding 70%. A further transformation with a Tox3 -Homology Directed Repair cassette harbouring a selectable marker with 50 bp micro-homology flanks was also achieved 25% homologous recombination efficiency. The success of these homology directed repair approaches demonstrate that CRISPR/Cas9 is amenable to other in vivo DNA manipulation approaches such as the insertion of DNA and generating point mutations.

Conclusion: These data highlight the significant potential that CRISPR/Cas9 has in expediting gene transgene-free knockouts in Parastagonospora nodorum and also in facilitating other gene manipulation approaches. Access to these tools will significantly decrease the time required to assess the requirement of gene for disease and to undertake functional studies to determine its role.
Characterization of Induced Pluripotent Stem Cells from Human Epidermal Melanocytes by Transduction with Two Combinations of Transcription Factors
Authors: Cheng Sai , Li Di , Zhang Ru-Zhi , Zhu Jing , Wang Li , Liu Qi , Chen Ren-He , Liu Xiao-Ming 
Published: February 2020

Objective:
In order to generate induced Pluripotent Stem Cells (iPSCs) more efficiently, it
is crucial to identify somatic cells that are easily accessible and possibly require fewer factors for conversion
into iPSCs.

Methods:
Human epidermal melanocytes were transduced with lentiviral vectors carrying 3 transcription
factors (OCT-4, KLF-4 and c-MYC, 3F) or 4 transcription factors (OCT-4, KLF-4, c-MYC and
SOX-2, 4F). Once the clones had formed, assays related to stem cell pluripotency, including alkaline
phosphatase staining, DNA methylation levels, expression of stem cell markers and ultrastructure
analysis were carried out. The iPSCs obtained were then induced to differentiate into the cells representing
the three embryonic layers in vitro.

Results:
Seven days after the transduction of epidermal melanocytes with 3F or 4F, clones were
formed that were positive for alkaline phosphatase staining. Fluorescent staining with antibodies
against OCT-4 and SOX-2 was strongly positive, and the cells showed a high nucleus-cytoplasm ratio
and active karyokinesis. No melanosomes were found in the cytoplasm by ultrastructural analysis.
There were obvious differences in DNA methylation levels between the cloned cells and their parental
cells. However, there was not a significant difference between 3F or 4F transfected clonal cells.
Meanwhile, the iPSCs successfully differentiated into the three germ layer cells in vitro.

Conclusion:
Human epidermal melanocytes do not require ectopic SOX-2 expression for conversion
into iPSCs, and may serve as an alternative source for deriving patient-specific iPSCs with fewer genetic
elements.
Effect of Proteasome Inhibitors on the AAV-Mediated Transduction Efficiency in Retinal Bipolar Cells
Authors: Cui Shengjie , Ganjawala Tushar H. , Abrams Gary W. , Pan Zhuo-Hua 
Published: February 2020

Background:
Adeno-associated Virus (AAV) vectors are the most promising vehicles for
therapeutic gene delivery to the retina. To develop a practical gene delivery tool, achieving high AAV
transduction efficiency in specific cell types is often required. AAV-mediated targeted expression in
retinal bipolar cells is needed in certain applications such as optogenetic therapy, however, the transduction
efficiency driven by endogenous cell-specific promoters is usually low. Methods that can improve
AAV transduction efficiency in bipolar cells need to be developed.

Objective:
The study aimed to examine the effect of proteasome inhibitors on AAV-mediated transduction
efficiency in retinal bipolar cells.

Methods:
Quantitative analysis of fluorescent reporter protein expression was performed to assess the
effect of two proteasome inhibitors, doxorubicin and MG132, on AAV-mediated transduction efficiency
in retinal bipolar cells in mice.

Results:
Our results showed that doxorubicin can increase the AAV transduction efficiency in retinal
bipolar cells in a dose-dependent manner. We also observed doxorubicin-mediated cytotoxicity in retinal
neurons, but the cytotoxicity could be mitigated by the coapplication of dexrazoxane. Three
months after the coapplication of doxorubicin (300 μM) and dexrazoxane, the AAV transduction efficiency
in retinal bipolar cells increased by 33.8% and no cytotoxicity was observed in all the layers of
the retina.

Conclusion:
Doxorubicin could enhance the AAV transduction efficiency in retinal bipolar cells in
vivo. The potential long-term cytotoxicity caused by doxorubicin to retinal neurons could be partially
mitigated by dexrazoxane. The coapplication of doxorubicin and dexrazoxane may serve as a potential
adjuvant regimen for improving AAV transduction efficiency in retinal bipolar cells.
Pollutants in Organic Chemistry and Medicinal Chemistry Education Laboratory. Experimental and Machine Learning Studies
Authors: Montes-Bageneta Iker , Akesolo Urtzi , López Sara , Merino Maria , Anakabe Eneritz , Arrasate Sonia 
Published: February 2020

Aims:
Computational modelling may help us to detect the more important factors governing
this process in order to optimize it.

Background:
The generation of hazardous organic waste in teaching and research laboratories poses a
big problem that universities have to manage.

Methods:
In this work, we report on the experimental measurement of waste generation on the chemical
education laboratories within our department. We measured the waste generated in the teaching laboratories
of the Organic Chemistry Department II (UPV/EHU), in the second semester of the 2017/2018
academic year. Likewise, to know the anthropogenic and social factors related to the generation of
waste, a questionnaire has been utilized. We focused on all students of Experimentation in Organic
Chemistry (EOC) and Organic Chemistry II (OC2) subjects. It helped us to know their prior knowledge
about waste, awareness of the problem of separate organic waste and the correct use of the containers.
These results, together with the volumetric data, have been analyzed with statistical analysis software.
We obtained two Perturbation-Theory Machine Learning (PTML) models including chemical, operational,
and academic factors. The dataset analyzed included 6050 cases of laboratory practices vs. practices
of reference.

Results:
These models predict the values of acetone waste with R2 = 0.88 and non-halogenated waste
with R2 = 0.91.

Conclusion:
This work opens a new gate to the implementation of more sustainable techniques and a
circular economy with the aim of improving the quality of university education processes.
Neuro-Clinical Signatures of Language Impairments after Acute Stroke: A VBQ Analysis of Quantitative Native CT Scans
Authors: Muller Sandrine , Dauyey Kaisar , Ruef Anne , Lorio Sara , Eskandari Ashraf , Schneider Laurence , Beaud Valérie , Roggenhofer Elisabeth , Draganski Bogdan , Michel Patrik , Kherif Ferath 
Published: February 2020

Objective:
Ischemic stroke affects language production and/or comprehension and leads to
devastating long-term consequences for patients and their families. Previous studies have shown that
neuroimaging can increase our knowledge of the basic mechanisms of language recovery. Currently,
models for predicting patients’ outcomes have limited use in the clinic for the evaluation and optimization
of rehabilitative strategies mostly because that are often based on high-resolution magnetic resonance
imaging (MRI) data, which are not always possible to carry out in the clinical routine. Here, we
investigate the use of Voxel-Based Morphometry (VBM), multivariate modelling and native Computed
Tomography (nCT) scans routinely acquired in the acute stage of stroke for identifying biological signatures
that explicate the relationships between brain anatomy and types of impairments.

Methods:
80 stroke patients and 30 controls were included. nCT-scans were acquired in the acute
ischemia stage and bedside clinical assessment from board-certified neurologist based on the NIH stroke
scale. We use a multivariate Principal Component Analyses (PCA) to identify the brain signatures group
the patients according to the presence or absence of impairment and identify the association between
local Grey Matter (GM) and White Matter (WM) nCT values with the presence or absence of the impairment.

Results:
Individual patient’s nCT scans were compared to a group of controls’ with no radiological
signs of stroke to provide an automated delineation of the lesion. Consistently across the whole group
the regions that presented significant difference GM and WM values overlap with known areas that support
language processing.

Conclusion:
In summary, the method applied to nCT scans performed in the acute stage of stroke provided
robust and accurate information about brain lesions’ location and size, as well as quantitative values.
We found that nCT and VBQ analyses are effective for identifying neural signatures of concomitant
language impairments at the individual level, and neuroanatomical maps of aphasia at the population
level. The signatures explicate the neurophysiological mechanisms underlying aetiology of the stroke.
Ultimately, similar analyses with larger cohorts could lead to a more integrated multimodal model of
behaviour and brain anatomy in the early stage of ischemic stroke.
Development and Validation of RP-HPLC Method for the Simultaneous Determination of Levamisole HCl and Oxyclozanide and its Application in the Assay of Veterinary Bolus Formulations
Authors: Seid Kemal Hussien , Berhanu Tarekegn , Asres Kaleab , Ashenef Ayenew 
Published: February 2020

Introduction:
A reverse-phase high-performance liquid chromatography (RP-HPLC) method
was developed and validated for the simultaneous analysis of two drugs, levamisole hydrochloride
(LH) and oxyclozanide (OX), in co-formulation for veterinary use.

Materials and Methods:
The new HPLC method was validated as per the ICH and other guidelines. A
C18 column was used with a gradient program; eluent A was an equal mixture of methanol and acetonitrile,
and eluent B included a 25 mM phosphate buffer at pH 7.0 containing 30 mM sodium decanesulfonate
and triethylamine (50:50:1 v/v) with pH adjusted to 7.0 using H3PO4 [51:49 v/v] .The detection
wavelength was set at 220 nm. For the final gradient program, the retention times were 8.2(for
LH) and 13.6(for OX) minutes, respectively, at a flow rate of 1 ml/min over 20 minutes run time.

Results:
The method was precise, specific and robust. The correlation coefficient, R2 was 0.9998 and
0.9999 for LH and OX, respectively in the range of 5 – 280 μg / mL. The percent y-intercepts and percent
residual standard deviations were 1.6%/0.4% and 1.4%/1.0% for LH and OX, respectively. The
LOD and LOQ of the method were 0.21 μg / mL and 0.62 μg / mL for LH and 0.06 μg / mL and 0.18
μg / mL for OX. The method has an average accuracy of 100.5% for LH and 101.1% for OX when
tested on veterinary bolus formulations, and the samples could be stored under typical lab conditions
for about 7 days without significant degradation.

Conclusion:
This HPLC method is suitable for assaying levamisole hydrochloride and oxyclozanide
simultaneously from veterinary formulations.
Особенности функции внешнего дыхания у детей с внебольничной пневмонией
Authors: Usenko D.V. 
Published: February 2020

Актуальность. Новые возможности улучшения функции внешнего дыхания (ФВД) связаны с применением высокочастотной осцилляции грудной клетки (ВЧОГК), которая позволяет восстановить дренаж бронхиального дерева и оптимизировать легочную вентиляцию. Цель исследования — изучение и оценка ФВД у детей с внебольничной пневмонией (ВП). Материалы и методы. Проведено обследование 107 детей (основная группа (ОГ) — 55 человек и контрольная группа (КГ) — 52 человека) в возрасте 6–17 лет с ВП с острым и неосложненным течением. Дети ОГ получали базисную терапию (БТ) с проведением процедур ВЧОГК, тогда как дети КГ получали исключительно БТ. Исследовали ФВД в динамике лечения, применяя спирометрию. Результаты. В начале терапии ВП показатели ФВД в исследуемых группах имели несущественные различия. При анализе параметров ФВД у детей ОГ на 10-й день БТ отмечено повышение объема форсированного выдоха за 1-ю секунду (ОФВ1) (88,36 ± 1,55 %, p = 0,02), жизненной емкости легких (ЖЕЛ) (88,18 ± 1,53 %, p = 0,02), форсированной жизненной емкости легких (ФЖЕЛ) (86,77 ± 1,37 %, p = 0,03), максимальной объемной скорости воздуха на уровне выдоха 25 % (МОШ25) (90,10 ± 2,99 %, p = 0,02) и максимальной вентиляции легких (МВЛ) (88,31 ± 1,70 %, p = 0,04). Сравнивая показатели ФВД детей КГ, выявили менее выраженную динамику, в частности, ОФВ1 (81,65 ± 2,44 %), ЖЕЛ (82,95 ± 2,56), ФЖЕЛ (80,85 ± 2,09), МОШ25 (82,63 ± 3,08 %) и МВЛ (85,65 ± 1,99 %). При проведении ROC-анализа динамика восстановления ФВД у детей ОГ более заметна за счет улучшения МВЛ, о чем свидетельствует самая большая площадь под кривой ROC (ППК) — 0,99, ОФВ1 — ППК 0,94 и ОФВ1/ФЖЕЛ — ППК 0,94. У детей КГ была менее выражена динамика исследуемых параметров ФВД, что подтверждается МВЛ — ППК 0,63, ОФВ1 — ППК 0,79 и ОФВ1/ФЖЕЛ — ППК 0,89. Выводы. Для улучшения вентиляционной функции легких у детей с ВП необходимо проводить процедуры бронходренажа, используя ВЧОГК в составе БТ, о чем свидетельствуют полученные положительные результаты спирометрии.
Клініко-неврологічні особливості судинної патології головного мозку у військовослужбовців, евакуйованих із зони проведення Операції об’єднаних сил
Authors: Saiko O.V. 
Published: February 2020

Інсульт є важливою медико-соціальною проблемою сьогодення. Щорічно у світі виникає близько 17 млн мозкових інсультів, а 6 млн пацієнтів помирають унаслідок даного захворювання. Протягом останніх 25 років поширеність мозкового інсульту збільшилася на 113 %, захворюваність — на 70 %, летальність від інсульту — на 36 %, інвалідизація — на 73 %, кількість інсультів у людей віком 20–64 роки — на 25 %, мозкових крововиливів — на 16 %. Популяційне дослідження INTERSTROKE показало, що найбільш значимими факторами ризику ішемічного інсульту після артеріальної гіпертензії (35 %) є відсутність регулярного фізичного навантаження, ожиріння (26 %), співвідношення аполіпопротеїну В і А1 (25 %), тютюнопаління (19 %), нездорова дієта (19 %), кардіологічні чинники (7 %), цукровий діабет, депресія, психосоціальний стрес (5 %). Останнім часом особливого значення набула концепція стресу в умовах ведення бойових дій, що має багатозначне тлумачення, а введення визначення «травматичний», з одного боку, підкреслює інтенсивність стрес-чинників, а з іншого — потенційну можливість травмування психіки під їх впливом. Проте основними чинниками ризику виникнення мозкового інсульту у військовослужбовців, які перебувають на передових позиціях у зоні збройного конфлікту, залишаються артеріальна гіпертензія, ішемічна хвороба серця, порушення ліпідного обміну, вроджені й набуті вади серця, вроджена й набута патологія церебральних інтра- й екстракраніальних судин, перенесені мозкові інсульти, цукровий діабет і ожиріння. Особливу роль ці чинники відіграють на фоні постійної психоемоційної травми і хронічного бойового стресу, куріння тютюну й періодичного вживання міцних алкогольних напоїв, що служать тригерами серйозних кардіоваскулярних подій. Депресивно-тривожна симптоматика, що має місце в значної кількості хворих військовослужбовців, може підсилювати прояви набутої соматичної патології і прискорювати виникнення раптових гострих мозкових катастроф, прогресування хронічної ішемії мозку.
Вплив премедикації й знеболювання на стан тривоги і післяопераційної когнітивної функції при операціях на поперековому відділі хребта
Authors: Lyzohub M.V. , Georgiyants M.A. , Lyzohub K.I. 
Published: February 2020

Актуальність. Операції на поперековому відділі хребта можуть виконуватися як в умовах загальної (ЗА), так і спінальної анестезії (СА) та з різним режимом періопераційного знеболювання. Вплив цих двох факторів на емоційний і когнітивний стан пацієнтів залишається невизначеним. Мета дослідження: оцінити вплив премедикації та анестезії на передопераційну тривогу та післяопераційну когнітивну функцію при операціях на хребті. Матеріали та методи. Дослідження проведене на 254 пацієнтах віком 18–70 років, ASA I–II, яким виконувались планові оперативні втручання на поперековому відділі хребта. Пацієнти отримували спінальну або загальну внутрішньовенну анестезію та стандартне знеболювання (СЗ) або періопераційну мультимодальну аналгезію (ММА). СЗ включало парацетамол 1 г тричі на добу та морфін за необхідності та премедикацію феназепамом 0,5 мг. Пацієнти з ММА отримували додатково прегабалін 75 мг per os напередодні та у перші 3 доби післяопераційного періоду та парекоксиб 40 мг двічі на добу. Для оцінки тривоги використовували шкалу APAIS-A (Amsterdam Preoperative Anxiety and Information Scale частина Anxiety) та для оцінки когнітивних функцій — тест зв’язування чисел (ТЗЧ). Результати. Премедикація феназепамом та прегабаліном однаково впливала на рівень тривожності. Вірогідних відмінностей за APAIS-A не знайдено у пацієнтів жодної групи. ТЗЧ перед операцією вірогідно не відрізнявся між групами. На 3-тю добу після операції час за ТЗЧ у пацієнтів обох груп, які отримували СЗ та премедикацію феназепамом, був більшим за передопераційний рівень (у групі СА-СЗ — 87,3 ± 27,2 с проти 63,1 ± 16,3 с, р < 0,05; у групі ЗА-СЗ — 92,1 ± 25,1 с проти 61,1 ± 18,5 с, р < 0,05), а також більшим за аналогічні показники пацієнтів відповідних підгруп ММА (87,3 ± 27,2 с проти 57,4 ± 23,8 с, р < 0,05, у групах спінальної анестезії та 92,1 ± 25,1 с проти 61,8 ± 19,8 с, р < 0,05, у групах тотальної внутрішньовенної анестезії). Висновки. Введення у склад ММА прегабаліну забезпечує не тільки знеболюючий, але й протитривожний ефект, співставний з таким у бензодіазепінів. На відміну від прегабаліну, феназепам викликає зниження уваги та концентрації (до 3-ї доби). Режим премедикації та знеболювання, а не метод анестезії впливає на розвиток когнітивних змін у післяопераційному періоді.
Effect of Terra Exercise on Increasing Quality of Life Scores for Postmenopausal Women
Authors: Sukestiningsih Nawang , Agustiningsih Denny , Istiono Wahyudi 
Published: February 2020

Background: The number and proportion of the Indonesian female population aged 60 years and over from year to year have experienced a significant increase. Women who have gone through menopause and enter old age are described as having many physical and psychological changes, sometimes resulting in a crisis and psychological symptoms. Eighty percent of women report discomfort that can significantly reduce their quality of life. Terra exercise is an exercise movement that is adapted to the anatomical and physiological conditions of the elderly person’s body (low impact). Terra exercise is used to train stamina both physically and mentally. Objective: This study aimed to examine the effect of Terra exercise on the quality of life of postmenopausal women in Kemanukan Village, Bagelen District, Purworejo Regency. Method: This study used a quasi-experimental pre-test-post-test design with a control group. The samples were selected by purposive sampling with the following inclusion criteria: postmenopausal women aged 60-75 years, who did not experience kidney failure, heart disease, rheumatism, blood pressure below 160/90 mmHg, did not have a mental disorder (schizophrenia) nor violent behavior, have a level of independence in the category of sufficient or more, can communicate verbally, and willing to be respondents with a signature/thumbprint of approval to follow the study. Quality of life was measured using the Older People’s Quality of Life Questionnaire (OPQOL-35). Hypothesis testing used paired t-test and Mann-Whitney tests to see the average differences between treatment groups. Result: There was a significant change in the mean pre-test-post-test scores of quality of life of the intervention group with Terra exercise. Conclusion: Terra exercise can improve the quality of life of women after menopause.
Comparison of dimensions and volume of upper airway before and after mini-implant assisted rapid maxillary expansion
Authors: Li Qiming , Tang Hongyi , Liu Xueye , Luo Qing , Jiang Zhe , Martin Domingo , Guo Jing 
Published: February 2020

ABSTRACT

Objectives
To evaluate changes in dimensions and volume of upper airway before and after mini-implant assisted rapid maxillary expansion (MARME) and observe correlations between changes of upper airway and vertical skeletal pattern in young adults.

Materials and Methods
In this retrospective study, 22 patients (mean age, 22.6 ± 4.5 years; 4 male 18 female) with transverse discrepancy underwent MARME. Cone beam computed tomography was taken before and 3 months after expansion. Vertical and horizontal dimensions and volume of the nasal cavity, nasopharyngeal, retropalatal, retroglossal and hypopharyngeal airway were compared before and after MARME. Correlations between changed volume and dimensions were explored, as well as the vertical skeletal pattern.

Results
Nasal osseous width, maxillary width, volume of the nasal cavity and nasopharynx increased significantly (P &lt; .05). Enlarged nasopharyngeal volume correlated with increased nasal width at the PNS plane (P &lt; .05). There were no correlations between expanded volume and maxillary width. No measurements except nasal cavity volume had a correlation with Sum angle. Increased maxillary width correlated negatively with hard palate thickness (P &lt; .05).

Conclusions
(1) MARME caused an increase in volume of the nasal cavity and nasopharynx, with expansion of nasal osseous width and maxillary width. (2) Enlarged nasal width at the PNS plane contributed to the increase in nasopharynx volume. Enlarged maxillary width showed no direct relation with increased volume. (3) In this study, it was unclear about the association between changes of the upper airway and vertical skeletal pattern because of complex structures. (4) Palate thickness affected skeletal expansion of the maxilla in MARME.