bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
COVID-19 Lung CT Image Segmentation Using Deep Learning Methods: UNET Vs. SegNET
Authors: Saood Adnan , Hatem Iyad 
Published: December 2020

Abstract
Background: Currently, there is an urgent need for efficient tools to assess the diagnosis of COVID-19 patients. In this paper, we present feasible solutions for detecting and labeling infected tissues on CT lung images of such patients. Two structurally-different deep learning techniques, SegNet and UNET, are investigated for semantically segmenting infected tissue regions in CT lung images.Methods: We propose to use two known deep learning networks, SegNet and UNET, for image tissue classification. SegNet is characterized as a scene segmentation network and UNET as a medical segmentation tool. Both networks were exploited as binary segmentors to discriminate between infected and healthy lung tissue, also as multi-class segmentors to learn the infection type on the lung. Each network is trained using seventy-two data images, validated on ten images, and tested against the left eighteen images. Severalstatistical scores are calculated for the results and tabulated accordingly.Results: The results show the superior ability of SegNet in classifying infected/non-infected tissues compared to the other methods (with 0.95 mean accuracy), while the UNET shows better results as a multi-class segmentor (with 0.91 mean accuracy).Conclusion: Semantically segmenting CT scan images of COVID-19 patients is a crucial goal because it would not only assist in disease diagnosis, also help in quantifying the severity of the illness, and hence, prioritize the population treatment accordingly. We propose computer-based techniques that prove to be reliable as detectors for infected tissue in lung CT scans. The availability of such a method in today’s pandemic wouldhelp automate, prioritize, fasten, and broaden the treatment of COVID-19 patients globally.
Expressing a cytosolic pyruvate dehydrogenase complex to increase free fatty acid production in Saccharomyces cerevisiae
Authors: Zhang Yiming , Su Mo , Qin Ning , Nielsen Jens , Liu Zihe 
Published: December 2020

Abstract
Background Saccharomyces cerevisiae is being exploited as a cell factory to produce fatty acids and their derivatives as biofuels. Previous studies found that both precursor supply and fatty acid metabolism deregulation are essential for enhanced fatty acid synthesis. A bacterial pyruvate dehydrogenase (PDH) complex expressed in the yeast cytosol was reported to enable production of cytosolic acetyl-CoA with lower energy cost and no toxic intermediate. Results Overexpression of the PDH complex significantly increased cell growth, ethanol consumption and reduced glycerol accumulation. Furthermore, to optimize the redox imbalance in production of fatty acids from glucose, two endogenous NAD + -dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenases were deleted, and a heterologous NADP + -dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase was introduced. The best fatty acid producing strain PDH7 with engineering of precursor and co-factor metabolism could produce 840.5 mg/L free fatty acids (FFAs) in shake flask, which was 83.2% higher than the control strain YJZ08. Profile analysis of free fatty acid suggested the cytosolic PDH complex mainly resulted in the increases of unsaturated fatty acids (C16:1 and C18:1). Conclusions We demonstrated that cytosolic PDH pathway enabled more efficient acetyl-CoA provision with the lower ATP cost, and improved FFA production. Together with engineering of the redox factor rebalance, the cytosolic PDH pathway could achieve high level of FFA production at similar levels of other best acetyl-CoA producing pathways.
Rapid detection of M. bovis and M. avium in cytological smears and tissue sections by PNA-FISH
Authors: Javed Rabyia , Narang Deepti , Gupta Kuldip , Deshmukh Siddartha , Chandra Mudit 
Published: December 2020

Abstract
Background: Bovine Tuberculosis is globally the paramount cause of death from single pathogen in cattle and other species. Rapid and explicit identification of mycobacteria is essential to hold back tuberculosis in bovines. We performed a fluorescence Peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA-FISH) procedure for specific detection of Mycobacterium bovis and Mycobacterium avium in bovine was optimized on cytological smears and tissue sections of bovines suspected for bovine tuberculosis.Results: PNA-FISH was performed on lung and lymph node tissues impression smears. The probes were standardized for standard bovine mycobacterial cultures at 50% formamide concentration for M.bovis and 30% formamide concentration for M.avium. All the cytological smears were positive from M.bovis probe (MTBCcy3) which was standardized at hybridization conditions of (55oC and 40% formamide) concentrations. Results revealed four out of twenty five were positive in tissue sections with a bright red fluorescence with cy3 filter (MTBC probe). No results were seen with (MAVTAMRA) probe for M.avium which was standardized at hybridization conditions of (55oC and 30% formamide) respectively. No fluorescence was seen in control tissue sections .In addition, results were juxtaposed to other commonly used detection methods like IHC and PCR by targeting esxA gene. None of the sample was found positive for M. avium.Conclusion: PNA-FISH can be used in cytological impression smears and tissue sections. It is less time consuming in diagnosis of bTB in post mortem cases than PCR.
Ekorozwój jedyną drogą polskiej wsi i rolnictwa
Authors: Górny Mieczysław 
Published: December 2020

Limiting agricultural production with the use of industrial methods is in society's best interest. Industrial farms are places where the natural degradation of soil, rural landscapes, and ground waters takes place. They are also places where farm animals are mistreated and suffer. The crops, being high are, at the same time, of low quality, posing threat to people's and animals' health. The only agricultural managing system which complies with the idea of eco-development is ecological farming, whose initiators were: Dezydery Chłapowski at the beginning of the 9th century, officer, Napoleon's aide-de-camp as well as Rudolf Steiner from Austria, philosopher, theologian, and occultist at the beginning of the 20th century. Neither of them had agricultural education, both were active in the area now belonging to Poland (in Turew in Wielkopolska district and in Kobierzyce near Wroclaw respectively). Ecological farming based on family farms is a combination of ethical, ecological, and economic approaches. Not only does it provide the highest quality food and feeding stuff but it also helps protect the environment, fertilizes the soil, caters to good growth conditions of cultivated plants and animals, provides new jobs, and improves living conditions in rural areas.
The ecological farm must make sure: there is a balance between plant and animal production, take care of the landscape, prevent and not only fight pests. Every ecological farmer's duty is a continuous struggle to increase the fertility of the soil. He should not misunderstand the aim or the methods of fertilizing so that he can deliver high-quality food which undergoes the system of control.
There are about 2 000 certified ecological farms in Poland with an average area of 15 hectares, the total acreage being 50 000 ha. There are more than 20 ecological products processing plants (mills, bakeries, dairy plants, fruit, vegetables, and meat processing plants). There are 8 agricultural high schools where the rules of ecological farming are taught. Some schools run their own ecological farms and an experimental ecological farm is being prepared by the Warsaw University of Agriculture (SGGW). There are also 3 associations of ecological farmers and gardeners as well as 6 organizations that control and issue certificates to farms and processing plants. In the Ministry of Agriculture, there is the Department of Ecological Agriculture as well as the Ecological Farming Board.
Ecological farms are used in medical and social therapy, play an important role in ecological education, and increasing people's awareness. It should be hoped that ecological farming, bringing much good and being based on the idea of sustainable development, will eventually become part of far-reaching plans concerning rural and agricultural development in Poland.
Chemi-Informatic Approach to Investigate Putative Pharmacoactive
Agents of Plant Origin to Eradicate COVID-19
Authors: Joshi Amit , Sharma Vandna , Singh Joginder , Kaushik Vikas 
Published: December 2020

Background::
The scientific community has supported from the medicinal flora of ancient as well as modern
times in extracting chemicals, which holds therapeutic potential. In many previous studies, it was discovered Amentoflavone
as an anti-viral agent and its presence as a bioactive constituent in many plants of different families Selaginellaceae, Euphorbiaceae,
and Calophyllaceae etc. Withania somnifera (Ashwagandha) is already considered significant anti-viral agent
in traditional medicine, and it is the main source of Somniferine-A, Withanolide-B.

Objective::
In this study phytochemicals such as Withanolide-B, Somniferine-A, Stigmasterol, Amentoflavone, and Chavicine
were analyzed to screen protein inhibitors out of them; such proteins are involved in SARS-Cov-2's internalization and
interaction with human cytological domains. This will help in developing check point for SARS-Cov-2 internalization.

Material and methods::
Chemi-informatic tools like basic local alignment search tool (BLAST), AutoDock-vina, SwissADME,
MDWeb, Molsoft, ProTox-II, and LigPlot were deployed to examine the action of pharmacoactive agents against
SARS-Cov-2. The many tools deployed in the study were based on finest algorithms like Artificial neural networking, Machine
Learning, and Artificial intelligence.

Results::
On the basis of binding energies less than equal to -8.5 kcal/mol. Amentoflavone, Stigmasterol, and Somniferine-A
were found to be most effective against COVID-19 disease as these chemical agents exhibit hydrogen bond interactions and
competitively inhibit major proteins (SARS-Cov-2 Spike, Human ACE-2 receptor, Human Furin protease, SARS-Cov-2 RNA
binding protein) that are found to involved in its infection and pathogenesis. Simulation analysis provides more validity to the
selection of drug candidate Amentoflavone. ADMET properties were found to be in feasible range for putative drug candidates.

Conclusion::
Computational analysis was successfully deployed in searching pharmacoactive phytochemicals Like Amentoflavone,
Somniferine-A, and Stigmasterol that can bring control over COVID-19 expansion. This new methodology was
found to be efficient, as reduces monetary expenditures and time consumption, aftermath molecular wet-lab validations will
provide better approval for finalizing our selected drug model for controlling COVID-19 pandemic.
A distopia enquanto linguagem
Authors: De Camargo Santos Taynnã 
Published: December 2020

No âmbito dos saraus temáticos online promovidos pelo coletivo Sinestéticas, a edição de 13 de maio de 2020 trouxe à pauta as Distopias. Sob a égide de uma pandemia global marcada por conflitos políticos e sociais em diversos países, observamos o retorno às listas dos livros mais vendidos de alguns clássicos distópicos como 1984, de George Orwell, Ensaio Sobre a Cegueira, de José Saramago e O Conto de Aia, de Margaret Atwood.
Entre os participantes do sarau, a escritora e editora brasileira Anita Deak apresentou uma releitura da ideia tradicional de distopia, uma abordagem que nomeou linguagem distópica. Esta entrevista, conduzida por Taynnã de Camargo Santos, foi transcrita e expandida para publicação na edição nº 2 da Revista 2i.
Leadership Perspectives on Implementing Health Information Exchange: Qualitative Study in a Tertiary Veterans Affairs Medical Center
Authors: Dixon Brian E , Luckhurst Cherie , Haggstrom David A 
Published: December 2020

Background
The US Department of Veterans Affairs (VA) seeks to achieve interoperability with other organizations, including non-VA community and regional health information exchanges (HIEs).

Objective
This study aims to understand the perspectives of leaders involved in implementing information exchange between VA and non-VA providers via a community HIE.

Methods
We interviewed operational, clinical, and information technology leaders at one VA facility and its community HIE partner. Respondents discussed their experiences with VA-HIE, including barriers and facilitators to implementation, and the associated impact on health care providers. Transcribed interviews were coded and analyzed using immersion-crystallization methods.

Results
VA and community HIE leaders found training to be a key factor when implementing VA-HIE and worked cooperatively to provide several styles and locations of training. During recruitment, a high-touch approach was successfully used to enroll patients and overcome their resistance to opting in. Discussion with leaders revealed the high levels of complexity navigated by VA providers and staff to send and retrieve information. Part of the complexity stemmed from the interconnected web of information systems and human teams necessary to implement VA-HIE information sharing. These interrelationships must be effectively managed to guide organizational decision making.

Conclusions
Organizational leaders perceived information sharing to be of essential value in delivering high-quality, coordinated health care. The VA continues to increase access to outside care through the VA Maintaining Internal Systems and Strengthening Integrated Outside Networks (MISSION) Act. Along with this increase in non-VA medical care, there is a need for greater information sharing between VA and non-VA health care organizations. Insights by leaders into barriers and facilitators to VA-HIE can be applied by other national and regional networks that seek to achieve interoperability across health care delivery systems.
Кардиоваскулярные патологии у пациентов с хронической болезнью почек на гемодиализе среди городского населения Республики Узбекистан
Authors: Sharapov О.N. , Daminov B.T. , Yarygina S.V. 
Published: December 2020

приоритетом. Несмотря на то, что распространенность ХБП и ее влияние на здоровье изучались в основном в экономически развитых странах, бремя этого заболевания еще больше в развивающихся странах. Цель исследования: изучение структуры сердечно-сосудистых патологий у пациентов с хронической болезнью почек V стадии, получающих программный гемодиализ, среди городского населения Республики Узбекистан. Материалы и методы. В ходе научного исследования были обследованы 104 пациента, постоянно проживающих в г. Ташкенте. Средний возраст пациентов составил 49,7 ± 11,7 года. В исследование были включены пациенты с клинически установленным диагнозом ХБП V стадии в результате нефропатий различного генеза. Скорость клубочковой фильтрации рассчитывали, основываясь на концентрации креатинина сыворотки по формуле CKD-Epi. Сеансы гемодиализа проводили по схеме 4 часа 3 раза в неделю. Результаты. По результатам исследования 104 пациентов у 62 (59,6 %) обследованных была обнаружена сердечно-сосудистая патология. Самой частой оказалась артериальная гипертензия, ею страдали почти 53 % (n = 55) пациентов. Стабильная стенокардия напряжения была диагностирована у 38,5 % (n = 40) обследованных. Хроническая сердечная недостаточность была выявлена у более чем 19 % (n = 20) пациентов. Выводы. На основании анализа данных 104 пациентов с ХБП на программном гемодиализе можно предположить, что основными патологиями сердечно-сосудистой системы у больных городского населения являлись хроническая сердечная недостаточность, артериальная гипертензия, стенокардия напряжения и различные аритмии. Можно сделать вывод, что коморбидная патология сердечно-сосудистой системы занимает ведущее место в структуре сердечно-сосудистых заболеваний у пациентов с хронической болезнью почек терминальной стадии, получающих программный гемодиализ, и существенно не отличается в половом разрезе. Также можно отметить высокую частоту сахарного диабета у обследуемых пациентов с сердечно-сосудистыми заболеваниями, что соответствует литературным данным.
Эффективность биорегуляционного подхода в комплексной коррекции эндогенной интоксикации при хроническом поражении панкреатогепатобилиарной системы
Authors: Babinets L.S. , Kryskiv O.I. , Shaihen O.R. , Khomin G.O. 
Published: December 2020

Актуальность. Поиск методов коррекции эндогенной интоксикации (ЭИ) является актуальным, несмотря на большое количество существующих методов терапии заболеваний панкреатогепатобилиарной системы (ПГБС). Цель работы: изучить характер изменений показателей синдрома ЭИ у больных с хроническими поражениями панкреатогепатобилиарной системы в процессе биорегуляционной терапии (БРТ). Материалы и методы. Обследовано 72 больных с хроническим панкреатитом в фазе нестойкой ремиссии в возрасте 18–62 лет, среди которых 15 мужчин и 57 женщин. При наличии сопутствующей патологии ПГБС пациентов разделили на три группы: хронический вирусный гепатит С впервые диагностирован у 26 больных (I группа), хронический бескаменный холецистит — у 25 (II группа), дискинезию желчевыводящих путей — у 21 (III группа). Всем пациентам назначали курс препаратов базовой терапии и одновременно — курс комплексного биорегуляционного корректора внешнесекреторной недостаточности поджелудочной железы и комплексного биорегуляционного гепатотропного препарата. Для оценки эндотоксикоза изучали динамические изменения (до БРТ и после нее) среднемолекулярных пептидов (СМП), циркулирующих иммунных комплексов (ЦИК) и лейкоцитарного индекса интоксикации (ЛИИ). Результаты. После проведенного курса БРТ наряду с исчезновением или уменьшением болевого синдрома, диспептических явлений, нормализацией деятельности кишечника и другими клиническими признаками улучшения состоялось достоверное снижение уровня ЭИ (р < 0,05). Согласно данным определения СМП, ЦИК и ЛИИ после проведенного комплексного лечения с включением курса БРТ, незначительные признаки эндотоксикоза проявлялись лишь у 33,6 % больных. Выводы. Вышеописанные изменения показателей ЭИ можно расценить как физиологические адаптационные процессы, которые проходят в организме человека под воздействием биорегуляционного лечения и способствуют формированию детоксикационного и саногенного эффектов БРТ.
Применение показателей вариабельности сердечного ритма для оценки адаптационных процессов и уровня стресса у гастроэнтерологических больных (использование современных технологий PRECISE-диагностики)
Authors: Stepanov Yu.M. , Zyhalo E.V. 
Published: December 2020

Изучению вариабельности сердечного ритма (ВСР) посвящено множество научных работ. В статье приведен обзор публикаций по данной теме, где изложены современные представления о ВСР, по показателям которой можно оценить состояние механизмов регуляции физиологических функций организма человека, рассмотрены классические методы анализа и возможности клинического применения. Сердечный ритм является индикатором отклонений в вегетативном гомеостазе, причем изменение сердечного ритма — наиболее ранний прогностический признак возникновения многих заболеваний. В клинической практике анализ ВСР находит все более широкое применение при гастроэнтерологической патологии (гастроэзофагеальная рефлюксная болезнь, язвенная болезнь, синдром раздраженного кишечника), взаимодействии звеньев вегетативной нервной системы при различной гастроэнтерологической патологии. В ГУ «Институт гастроэнтерологии НАМН Украины» пациентов с разнообразной патологией пищеварительной системы обследуют при помощи современной PRECISE-диагностики для определения адаптационных и вегетативных нарушений с последующим лечением, используя технологии виртуальной реальности. С помощью PRECISE-диагностики анализируют уровень стресса и определяют возможный риск возникновения осложнений у гастроэнтерологических больных. Проводится анализ ВСР с использованием облачной технологии автоматизированной интерпретации электрокардиограммы с анализом более 700 параметров на основе Миннесотского кода с анализом каждого миллиметра сигнала.
Модернизация энтерального пищеварения больных хроническим панкреатитом с трофологическими нарушениями после перенесенного острого панкреатита
Authors: Babinets L.S. , Мigenko B.O. 
Published: December 2020

Актуальность. Хронический панкреатит (ХП), по данным многих ученых и практиков, характеризуется прогрессирующей функциональной экзокринной и эндокринной недостаточностью поджелудочной железы (ПЖ). На фоне функциональной несостоятельности ПЖ достаточно часто возникает полинутриентная трофологическая недостаточность (ПТН), которая требует адекватной коррекции. Цель: обосновать целесообразность применения модифицированного метода лаважа кишечника для коррекции мальдигестии и полинутриентной трофологической недостаточности при хроническом панкреатите, возникшей после перенесенного острого панкреатита. Материалы и методы. Исследована эффективность применения модифицированного лаважа кишечника для улучшения энтерального пищеварения у больных ХП с признаками ПТН после перенесенного острого панкреатита (ОП). Обследованы 60 больных ХП после перенесенного в анамнезе ОП. I группа (38 па­циентов) получала общепринятый комплекс лечения ХП (ОЛ). Во II группе (22 больных) комплекс лечения дополнительно к ОЛ включал курс модифицированного лаважа кишечника, 1–5 процедур, в зависимости от тяжести клинической симптоматики, а эффективность и продолжительность определялись по лабораторным, антропометрическим и инструментальным параметрам ХП и ПТН при ХП после перенесенного ОП. Результаты. Предложенная методика кишечного лаважа имеет следующие преимущества: позволяет увеличить время лаважа кишечника за счет «пульсирующей» подачи жидкости, обеспечивает щадящее воздействие промывки на слизистую оболочку кишки, предотвращает дополнительную травматизацию кишечника при необходимости такого введения лекарственных средств. Использование двойного контура позволяет вводить лекарственные средства сразу после лаважа без вынимания зонда, предотвращая таким образом смешивание и возможные побочные эффекты при необходимости одновременного применения нескольких лекарственных средств. Выводы. Проведенный анализ уровня С-реактивного протеина показал, что этот параметр может служить маркером глубины интоксикации и остроты воспаления, а также определяющим для назначения количества процедур кишечного лаважа: при СРП 3,0–7,0 г/мл выполняли одну процедуру лаважа, при СРП 7,0–14,0 мг/л — 3 процедуры, при СРП ≥ 14,0 мг/л — 5 процедур. Применение курса процедур кишечного лаважа в общепринятом лечении пациентов с хроническим панкреатитом после перенесенного острого панкреатита привело к достоверно более эффективному уменьшению болевого синдрома, улучшению антропометрических параметров, показателей копрограммы и нормализации про- и антиоксидантных изменений.