bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Molecular genetic analysis of multiple sclerosis
Authors: Тимашева Я.Р. , Насибуллин Т.Р. , Туктарова И.А. , Эрдман В.В. , Галиуллин Т.Р. , Заплахова О.В. , Бахтиярова К.З. , Мустафина О.Е. 
Published: November 2020

Рассеянный склероз - это хроническое воспалительное демиелинизирующее заболевание центральной нервной системы многофакторной природы. Цель настоящего исследования состояла в проведении анализа ассоциаций с заболеванием полиморфных маркеров в генах, продукты которых предположительно участвуют в патогенезе заболевания, а также идентифицированных в результате проведения полногеномных исследований, в популяциях башкир, русских и татар, проживающих в Республике Башкортостан. В результате проведенного исследования нами получены данные, подтверждающие ассоциацию с рассеянным склерозом генов, продукты которых участвуют в развитии аутоиммунного воспаления центральной нервной системы.
Multiple sclerosis is a chronic inflammatory demyelinating disorder of central nervous system of multifactorial origin. Genome-wide association studies identified 700 polymorphic genetic variants associated with multiple sclerosis. The aim of the current study was to analyse associations of the polymorphic markers in genes involved in the pathogenesis of the disease and those identified by genome-wide association studies in the populations of Bashkirs, Russians, and Tatars from the Republic of Bashkortostan (Russian Federation). The study group was comprised of 644 patients with multiple sclerosis and 1408 control group individuals. Genotyping of 35 polymorphic genetic markers was performed using allele-specific PCR and PCR followed by restriction fragment length polymorphism analysis. The data obtained in our study confirm the association with multiple sclerosis of the genes involved in the development of autoimmune inflammation in central nervous system.
New mutations in the integrin-linked kinase gene (ILK) in patients with arrhythmogenic cardiomyopathy
Authors: Сивицкая Л.Н. , Вайханская Т.Г. , Даниленко Н.Г. , Курушко Т.В. , Левданский О.Д. , Ермакович Д.П. , Давыденко О.Г. 
Published: November 2020

Представлены два случая аритмогенной правожелудочковой кардиомиопатии (АПЖК) с вовлечением левого желудочка и кожными проявлениями у неродственных пациентов. Методом NGS в обоих случаях выявлены новые варианты в консервативных позициях гена интегрин-связанной киназы (ILK) - p.T181A и p.I188T. Изменения в работе ILK нарушают контакты клеток c матриксом и проведение сигналов, вызывая развитие кардиомиопатий, блистеринг и гиперплазию эпидермиса. С большой вероятностью замены p.T181A и p.I188T являются причиной развития АПЖК и неспецифических кожных проявлений у представленных в статье пациентов, однако требуют дополнительных исследований.
Two cases of arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy (ARVC) with the left ventricle involvement and skin manifestations in unrelated patients are presented in the article. In both cases, new variants in the conserved positions of the integrin-linked kinase gene (ILK), p.T181A and p.I188T, were found using the NGS method. Changes of ILK functioning disrupt cell contact with the matrix and signalling, causing cardiomyopathies development in the heart; blistering and hyperplasia of the epidermis. With a high probability, the substitutions p.T181A and p.I188T result in the ARVC and nonspecific skin manifestations in the patients described in the article. However additional investigations are required.
Mutations in genes associated with inherited arrhythmias in patients with Brugada syndrome
Authors: Чакова Н.Н. , Ниязова С.С. , Комиссарова С.М. , Плащинская Л.И. , Савченко А.А. , Долматович Т.В. 
Published: November 2020

Методом высокопроизводительного секвенирования у пациентов с синдромом Бругада проведен поиск мутаций в генах, ассоциированных с наследственными аритмиями. Половина нуклеотидных замен локализована в генах, кодирующих белки натриевых и калиевых ионных каналов (SCN5A, KCNJ2, KCNJ8, HCN4, KCNQ1). Выявлены мутации в генах, ассоциированных преимущественно с другими каналопатиями и аритмогенными кардиомиопатиями.
Mutation detection in the coding sequences of genes associated with inherited arrhythmias was performed by next generation sequencing (NGS) in patients with Brugada syndrome. Half of the mutations are located in the genes encoding the sodium and potassium ion channel proteins (SCN5A, KCNJ2, KCNJ8, HCN4, KCNQ1). In the genes associated predominantly with other canalopathies and arrhythmogenic cardiomyopathies the mutations were found.
Mitochondrial genome variability in sudden cardiac death
Authors: Голубенко М.В. , Салахов Р.Р. , Цепокина А.В. , Афанасьев С.А. , Муслимова Э.Ф. , Реброва Т.Ю. , Арчаков Е.А. , Борисова Е.В. , Баталов Р.Е. , Максимов В.Н. , Иванова А.А. , Гуражева А.А. , Орлов П.С. , Бабушкина Н.П. , Зарубин А.А. , Понасенко А.В. , Назаренко М.С. , Пузырев В.П. 
Published: November 2020

Проведено исследование полиморфизма митохондриального генома и числа копий мтДНК в клетке при внезапной сердечной смерти (ВСС). Выявлено более низкое значение числа копий мтДНК в миокарде умерших ВСС. Анализ полиморфизма мтДНК показал более высокую частоту гаплогруппы Н1 в выборке ВСС, по сравнению с популяцией, а также более высокую частоту миссенс-варианта Ala177Thr в гене ATP6 у лиц, переживших остановку сердца. Результаты исследования указывают на связь полиморфизма мтДНК и числа копий мтДНК в клетке с риском внезапной сердечной смерти.
We studied mitochondrial DNA polymorphism and mtDNA copy number in sudden cardiac death (SCD). In the SCD group, a lower mtDNA copy number was found in the myocardium. Analysis of mtDNA polymorphism revealed a higher frequency of H1 haplogroup in the SCD samples, compared with the population, as well as higher frequency of missense variant Ala177Thr in ATP6 gene in the group of cardiac arrest survivors. The results of the study suggest association of mtDNA polymorphism and mtDNA copy number with the risk of sudden cardiac death.
Features of CpG site methylation within miRNA gene MIR10B and transcription factor gene TWIST1 in atherosclerosis
Authors: Марков А.В. , Бабушкина Н.П. , Голубенко М.В. , Салахов Р.Р. , Зарубин А.А. , Слепцов А.А. , Королёва Ю.А. , Шарыш Д.В. , Муслимова Э.Ф. , Афанасьев С.А. , Кузнецов М.С. , Козлов Б.Н. , Назаренко М.С. 
Published: November 2020

В работе проведен анализ профилей метилирования гена miR-10b и гена транскрипционного фактора TWIST1, регулирующего экспрессию данной микроРНК, в кровеносных сосудах и лейкоцитах крови пациентов с клинически выраженным атеросклерозом и у относительно здоровых лиц. Обнаружено гипометилирование MIR10B в поражённых атеросклерозом артериях относительно непораженных артерий и вен. Профиль метилирования гена TWIST1 был тканеспецифичен и постоянен вне зависимости от наличия заболевания.
We analyzed DNA methylation profiles within genes of miR-10b and TWIST1 regulating the expression of this microRNA in blood vessels and blood leukocytes of patients with advanced atherosclerosis and in relatively healthy individuals. MIR10B hypomethylation was detected in arteries affected by atherosclerosis in comparison with unaffected arteries and veins. Methylation profile of TWIST1 gene was tissue-specific and consistent regardless of atherosclerosis.
Genetic predictors of early coronary in-stent restenosis
Authors: Богатырева К.Б. , Азова М.М. , Шугушев З.Х. , Аит Аисса А. , Агаджанян А.В. , Цховребова Л.В. 
Published: November 2020

В настоящее время рестеноз является основной проблемой, возникающей после чрескожных коронарных вмешательств. К причинам повторного сужения артерии после стентирования относятся клинические, ангиографические и генетические факторы. В представленной работе изучены некоторые полиморфные локусы генов ренин-ангиотензин-альдостероновой системы, фолатного цикла и эндотелиальной синтазы оксида азота. Выявлены генетические варианты, ассоциированные с рестенозом, развивающимся в различные сроки после стентирования (до 6 месяцев или позже).
Currently, restenosis is a major challenge arising after percutaneous coronary interventions. Causes of re-narrowing of the artery after stenting include clinical, angiographic, and genetic factors. Some polymorphic loci of the renin-angiotensin-aldosterone system, folate cycle, and endothelial nitric oxide synthase genes have been studied. Genetic variants associated with the restenosis developing at different time periods after stent implantation (within the first 6 months or later) have been identified.
Epigenetic effects of polymorphism of candidate genes associated with the development of hypertension, according to full-genomic studies
Authors: Абрамова М.Ю. 
Published: November 2020

Представлены результаты анализа функциональной значимости полиморфных локусов, ассоциированных с артериальной гипертензией (АГ), по данным каталога GWAS. Функциональные эффекты полиморфных локусов были изучены с использованием онлайн программного обеспечения HaploReg (v4.1), PolyPhen-2, GTEx portal. Для исследования было отобрано 10 SNPs (rs167479, rs8068318, rs7302981, rs4387287, rs932764, rs633185, rs2681472, rs1173771, rs1799945, rs805303), ассоциированных с развитием АГ, по данным не менее чем 3 полногеномных исследований. Установлено, что все полиморфные локусы играют важную функциональную роль: 3 из них являются nsSNPs, 9 имеют связь с экспрессией 74 генов, 5 ассоциированы с уровнем альтернативного сплайсинга транскрипта 69 генов.
This paper presents the results of an analysis of the functional significance of polymorphic loci associated with arterial hypertension, according to the GWAS catalog. Functional effects of polymorphic loci were studied using the online software HaploReg (v4.1), PolyPhen-2, and GTEx portal. The following was selected for the study 10 SNPs (rs167479, rs8068318, rs7302981, rs4387287, rs932764, rs633185, rs2681472, rs1173771, rs1799945, rs805303) associated with the development of arterial hypertension, according to at least 3 full-scale studies. It was found that all polymorphic loci have an important functional role in the body: 3 SNPs are nsSNPs, 9 SNPs are associated with the expression of 74 genes, 5 SNPs are associated with the level of alternative splicing of the transcript of 69 genes.
SNP rs4538 CYP11B2: g.142913286G> T study in essential hypertension
Authors: Тхоренко Б.А. , Цепокина А.В. 
Published: November 2020

Обсуждаются результаты анализа последовательности 6 экзона гена CYP11B2 в 40 образцах ДНК пациентов с диагнозом артериальная гипертензия. Выявлена высокая частота мутации в сайте rs4538 (NC_000008.11:g.142913286G>T). Частота носителей аллелей G и Т составила 0,556 и 0,444 соответственно. Уровень содержания альдостерона в сыворотке крови у обследованных в среднем составил 206,1 пг/мл; обнаружена высокая вариация в концентрациях - от 18,18 пг/мл до 933,8 пг/мл. Предварительная оценка ассоциации полиморфизма показала, что при носительстве аллельного варианта Т уровень альдостерона выше (224,0 пг/мл), чем при G (191,7 пг/мл).
The paper presents results of processing sequences of 6th exon CYP11B2 taken from 40 DNA samples of patients diagnosed with arterial hypertension. Site rs4538 (NC_000008.11:g.142913286G>T, NM_000498.3:c.1120C>A) revealed a high mutation frequency. The carrier frequencies of allelic variants G and T were 0.556 and 0.444 respectively. The aldosterone content in the blood serum samples averaged 206.1 pg/ml, with high variation in concentrations ranging from 18.18 pg/ml to 933.8 pg/ml. Preliminary evaluation of polymorphism association showed that aldosterone levels were higher for allele T variant (224.0 pg/ml) than for G (191.7 pg/ml).
Genetic variants of the ITGB3 gene encoding the GP IIIa subunit, and their relationship with quantitative and qualitative characteristics of the platelet receptor for fibrinogen GP IIb-IIIa
Authors: Сироткина О.В. , Масленников А.Б. , Цикаленко Е.А. , Вавилова Т.В. , Пчелина С.Н. 
Published: November 2020

В работе представлены результаты исследования генетических вариантов ключевого тромбоцитарного рецептора для фибриногена GPIIb-IIIa, а также взаимосвязь генетических вариантов с количественными характеристиками рецептора и функциональной активностью тромбоцитов.
The results of the study of genetic variants of the key platelet receptor for fibrinogen GPIIb-IIIa, as well as the relationship of genetic variants with quantitative characteristics of the receptor and the functional activity of platelets, were presented.
Application of NGS to improve the effectiveness of molecular genetic diagnostics of monogenic forms of diabetes in children
Authors: Глотов О.С. , Серебрякова Е.А. , Туркунова М.Е. , Башнина Е.Б. , Глотов А.С. , Барбитов Ю.А. , Полев Д.Е. , Иващенко Т.Э. , Федяков М.А. , Сарана А.М. , Щербак С.Г. , Баранов В.С. 
Published: November 2020

Исследованы образцы ДНК 60 пациентов с подозрением на наличие моногенного сахарного диабета (МСД-MODY) путем секвенирования NGS панели 13 генов MODY и 22 гена «неонатального» диабета и синдромальных форм диабета. МСД был подтвержден у 55% (n=33). Из 33 пациентов 27 (81,8%) имели мутации (варианты) в MODY генах. Наиболее часто встречались варианты в гене GCK-31,6% (n=19). Спектр вариантов в гене GCK включал 13 миссенс мутаций, 3 нонсенс, 4 со сдвигом рамки считывания и 1 в промоторной области. Были также выявлены варианты в других генах: HNF1A (n=3), WFS1(n=4), PAX4 (n=1), EIF2AK3 (n=1, гомозигота), GATA6 (n=1), KCNJ11(n=1), ABCC8 (n=1), SLC19A2 (n=2), BLK (n=2). Из 38 детектированных вариантов 15 оказались новыми. Высокая выявляемость может быть связана как с особенностями нашей группы, так и с использованным биоинформатическим подходом. Молекулярно-генетическая верификация диагноза при помощи NGS секвенирования позволяет повысить эффективность диагностики, прогнозировать течение заболевания и вносить коррективы в лечение СД.
The present study included 60 unrelated Russian children with non-type 1 diabetes mellitus diagnosed before the age of 18 years. Genetic variants were analyzed using whole-exome sequencing (WES) in a panel of 35 genes causative of maturity onset diabetes of the young (MODY) and transient or permanent neonatal diabetes. Verification of the WES results was performed using PCR-direct sequencing. A total of 38 genetic variants were identified in 33 out of 60 patients (55%). The majority of patients (27/33, 81.8%) had variants in MODY-related genes: GCK (n=19), HNF1A (n=2), PAX4 (n=1), ABCC8 (n=1), KCNJ11 (n=1), GCK+HNF1A (n=1), GCK+BLK (n=1) and GCK+BLK+WFS1 (n=1). A total of 6 patients (6/33, 18.2%) had variants in MODY-unrelated genes: GATA6 (n=1), WFS1 (n=3), EIF2AK3 (n=1) and SLC19A2 (n=1). A total of 15 out of 38 variants were novel, including GCK, HNF1A, BLK, WFS1, EIF2AK3 and SLC19A2. To summarize, the present study demonstrates a high frequency and a wide spectrum of genetic variants causative of monogenic diabetes in Russian children with non-type 1 diabetes mellitus. The spectrum includes previously known and novel variants in MODY-related and unrelated genes, with multiple variants in a number of patients. The prevalence of GCK variants indicates that diagnostics of monogenic diabetes in Russian children may begin with testing for MODY2. However, the remaining variants are present at low frequencies in 9 different genes, altogether amounting to ~50% of the cases and highlighting the efficiency of using WES in non-GCK-MODY cases.
Genes of different molecular classes and their relationship with type 1 diabetes an age of manifestation
Authors: Тарасенко Н.В. , Гончарова И.А. , Марков А.В. , Кондратьева Е.И. , Спирина Л.В. , Саприна Т.В. , Трубченко К.В. , Милованова Т.А. , Пилипенко В.Е. , Назаренко М.С. 
Published: November 2020

В работе изучена генетическая составляющая возраста манифестации сахарного диабета 1-го типа (СД1). В общей группе больных СД1 (n=330), а также в подгруппах с разным возрастом манифестации СД1 (до 30 лет, n=269, с 31 года, n=61) и популяционной выборке (n=289) изучено 58 однонуклеотидных полиморфизмов (SNPs), локализованных в 47 генах, продукты которых участвуют в различных метаболических путях и вовлечены в процессы фиброгенеза, эндотелиальную дисфункцию, иммунный ответ и воспаление. Генотипирование выполнено методом масс-спектрометрии на приборе «Sequenom MassARRAY» (США). В результате выявлена ассоциация с возрастом манифестации СД1 до 30 лет rs1007856 гена ITGB5 (генотип TT, р=0,02), rs3765124 гена ADAMDEC1 (генотип AA, р=0,01). При сравнении подгрупп СД1 с разным возрастом манифестации отличия получены для rs1107946 гена COL1A1 (генотип AA, р=0,03) и rs514921 гена MMP1 (генотип AA, р=0,03). Гены, SNPs которых показали ассоциацию с возрастом манифестации СД1, кодируют белковые продукты, вовлеченные в метаболизм экстрацеллюлярного матрикса и коллагена. Данные варианты могут рассматриваться в качестве маркеров возраста дебюта СД1.
We have studied the genetic component of the age of onset of type 1 diabetes (T1D). We examined a group of patients with T1D (n = 330), which was divided into subgroups with different ages of manifestation of T1D (up to 30 years, n = 269, from 31 years old, n=61). A total of 289 healthy population individuals were enrolled in this study. We studied 58 SNPs of 47 genes whose products are involved in various metabolic pathways as well as fibrogenesis, endothelial dysfunction, the immune response and inflammation. We performed genotyping by mass spectrometry using a Sequenom MassARRAY (USA). As a result, we identified an association with the manifestation age of T1D up to 30 years for rs1007856 of the gene ITGB5 (genotype TT, p=0,02), rs3765124 of the gene ADAMDEC1 (genotype AA, p=0,01). Differences received when comparing subgroups of T1D with different ages of manifestation: for rs1107946 of the gene COL1A1 (genotype AA, p=0,03) and rs514921 of the gene MMP1 (genotype AA, p=0,03). Genes whose SNPs have been associated with an age of manifestation of T1D are involved in the metabolism of extracellular matrix and collagen. Identified genetic variants can be considered as markers of the age of onset of T1D.
The features of the follicular thyroid cancer genetic determination
Authors: Штандель С.А. , Хазиев В.В. , Сазонов М.Е. 
Published: November 2020

Комплексный анализ наследственной предрасположенности к фолликулярному раку щитовидной железы (ФРЩЖ) с использованием генеалогического, молекулярно-генетического методов и показателей отбора показал, что ФРЩЖ является генетически самостоятельной формой рака щитовидной железы, описывается параметрами полигенной пороговой модели, в его наследовании существенная роль принадлежит наследственным факторам (88,8%), имеются нелинейные межлокусные взаимодействия, отбор в пользу этой формы заболевания (Δs =0,041) и ассоциация мутаций Р12А и H449H во экзонах 2 и 6 гена PPARγ с фолликулярной структурой неоплазий.
The complex analysis of the follicular thyroid cancer (FTC) hereditary predisposition with using of genealogical, molecular methods and selection indexes is shown the FTC genetic independence; the distribution in the population and families may well be described by means of a variants polygene model with the importance role of genetic factors in determination of disease (88,8 %) and have allowed to assume the presence of interloci interactions in system of its genetic control; positive selection (Δs =0,041) of FTC and association of mutations Р12А and H449H in 2 and 6 exons of gene PPARγ with follicular structure of neoplasias.
Predicting the spread of head and neck cancer tumors to surrounding lymph nodes based on genetic testing
Authors: Угаров И.В. , Черных В.Б. , Иванов Н.В. , Масленников В.В. , Остапенко Д.К. 
Published: November 2020

Рак головы и шеи (HNSC) - полигенное заболевание с тяжелыми инвалидизирующими последствиями и высокой смертностью, занимает 6 место среди онкологических заболеваний по распространенности в мире. Рост заболеваемости у людей до 40 лет, частое диагностирование в продвинутой стадии требуют разработки мер профилактики данного заболевания. Одним из способов решения такой задачи является выявление и использование в практике биомаркеров, выявляющих изменения на ранней доклинической стадии, и разработка подхода для оценки суммарного риска многофакторной патологии. Разработан подход и выявлены рисковые паттерны, характерные для пациентов с раком головы и шеи, математическая модель учитывает полиморфизмы в 17 генах и показывает чувствительность более 16% и специфичность более 93%. Валидация на тестовой выборке показала чувствительность 10% и специфичность 82%, что позволяет считать, что модель выявляет пациентов с высоким риском при наличии ключевых маркеров.
Head and neck cancer (HNSC) is a polygenic disease with severe disabling consequences and high mortality.it is the 6th most common cancer in the world. The increase in the incidence in people under 40 years of age, frequent diagnosis at an advanced stage requires the development of prevention measures for this disease. One of the ways to solve this problem is to identify and use in practice biomarkers that detect changes at an early preclinical stage and an approach for assessing the total risk of multifactorial pathology. An approach was developed and risk patterns typical for patients with head and neck cancer were identified. the mathematical model takes into account polymorphisms in 17 genes and shows a sensitivity of more than 16% and a specificity of more than 93%. Validation on a test sample showed 10% sensitivity and 82% specificity, which suggests that the prognosis identifies patients with high risk in the presence of key markers.
Survival of breast cancer patients treated with cyclophosphamide depending on the expression of the LTB4R leukotriene receptor gene in tumor tissue
Authors: Калинкин А.И. , Сигин В.О. , Стрельников В.В. , Танас А.С. 
Published: November 2020

По результатам широкогеномного скрининга дифференциального метилирования в образцах рака молочной железы (РМЖ) нами было обнаружено аномальное деметилирование CpG-островка гена лейкотриенового рецептора LTB4R, которое может приводить к его эктопической экспрессии. В настоящей работе мы использовали данные, полученные при анализе 1083 образцов РМЖ в рамках проекта TCGA-BRCA, для определения влияния экспрессии LTB4R на эффективность лечения циклофосфамидом. Анализ кривых выживаемости пациенток с трижды-негативным (ТН) РМЖ с высокой экспрессией LTB4R в опухолях показал увеличение общей выживаемости при лечении циклофосфамидом (p<0,05). Для LumB подтипа РМЖ эффект циклофосфамида не зависел от экспрессии LTB4R. Полученные результаты расширяют возможности персонализации терапии РМЖ.
Based on the results of genome-wide screening of differential methylation in breast cancer samples (BC), we have identified abnormal demethylation of the LTB4R leukotriene receptor gene CpG island, which can lead to its ectopic expression. In this paper, we used the data obtained for 1083 BC samples under the TCGA-BRCA project to determine impact of LTB4R expression on the effectiveness of treatment with cyclophosphamide. Analysis of survival curves for patients with triple-negative (TN) breast cancer and high expression of LTB4R showed an increase in overall survival of patients treated with cyclophosphamide (p <0.05). For LumB BC subtype, the effect of cyclophosphamide was not dependent on LTB4R expression. The results obtained expand the possibilities of personalizing BC therapy.