bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Clinical Problem Solving and Using New Paths in the Laboratory: Learning from Case Studies
Authors: Lämmle Bernhard 
Published: August 2020

AbstractThree selected casuistic studies of individual patient problems from my long-standing professional experience are presented. I intend to highlight the potential contribution of case studies, including new approaches of laboratory investigation, for the advancement of pathophysiological knowledge and would encourage to “rehabilitate” the low academic profile generally attributed to “case reports.”
Light sheet microscopy-based 3-dimensional histopathology of the lymphatic vasculature in Emberger syndrome
Authors: Hägerling René 
Published: August 2020

Abstract
Introduction Lymphovascular diseases represent a heterogenous group of inherited and sporadic disorders and refer to a range of possible underlying pathologies and pathogenesis.Emberger Syndrome, an inherited form of lymphedema, is characterized by bilateral lower limb lymphedema, however, upper limbs do not show any signs of swelling.To identify disease-associated histopathological alterations in patients with Emberger Syndrome and to elucidate potential histological differences between the lymphatic vasculature of upper and lower limbs, a detailed knowledge on the 3-dimensional tissue and vessel architecture is essential. However, the current gold standard in 2-dimensional histology provides only very limited spatial information.
Material and methods To elucidate the underlying vascular pathology in Emberger Syndrome on the cellular level, we applied the 3-dimensional visualization and analysis approach VIPAR (volume information-based histopathological analysis by 3D reconstruction and data extraction) to entire wholemount immunofluorescence-stained human tissue samples. VIPAR is a light sheet microscopy-based imaging technique, which allows 3-dimensional reconstruction of entire tissue biopsies followed by automated and semi-automated analysis of vascular parameters in 3-dimensional space.
Results Using VIPAR we could show that in Emberger Syndrome the dermal lymphatic vasculature is intact and non-disrupted.However, lower limbs showed an hypoplastic lymphatic vasculature with absence of lymphatic valves in pre-collecting and collecting vessels. In contrast to the lower limbs, the lymphatic vasculature of the upper limbs showed no morphological alterations of lymphatic vessels and lymphatic valves compared to healthy controls.
Discussion Based on the 3-dimensional histopathological analysis we were able to perform a detailed phenotyping of lymphatic vessels in the upper and lower limb in Emberger Syndrome and to identify the underlying vascular pathology. In addition, we could show vascular alteration between the upper and lower limbs indicating a vascular heterogeneity of dermal lymph vessels causing the lower limb lymphedema.
Psychologische Merkmale jugendlicher Patienten vor einer
Gewichtsreduktionsbehandlung
Authors: Breinker Julius Lars , Schmidt Ricarda , Hübner Claudia , Cämmerer Jana , Körner Antje , Sergeyev Elena , Kiess Wieland , Hilbert Anja 
Published: August 2020

ZusammenfassungÜbergewicht und Adipositas zeigen bei Kindern und Jugendlichen eine hohe
Prävalenz und Persistenz. Entsprechende Therapien sind kaum
individualisiert und zeigen nur moderate Erfolge. Die Psychopathologie bleibt
zumeist unberücksichtigt. Die vorliegende Studie hat die
Psychopathologie von Jugendlichen mit Übergewicht und Adipositas
(N=201, Alter 12–17 Jahre) vor einer
Gewichtsreduktionsbehandlung erhoben und Alters- sowie Geschlechtseffekte
untersucht. Mittels Fragebögen wurden selbstberichtet die allgemeine
Symptombelastung, Essstörungs- und allgemeine Psychopathologie,
gewichtsbezogene Selbststigmatisierung und die körperliche und
psychische Lebensqualität erhoben. Mädchen zeigten
hypothesenkonform ein höheres Maß an gewichtsbezogener
Selbststigmatisierung und eine stärkere
Essstörungspsychopathologie als Jungen. Ältere Jugendliche
berichteten eine geringere Lebensqualität als jüngere.
Vergleiche zu Referenzgruppen aus Bevölkerungs- und
Normierungsstichproben zeigten auffälligere Werte bei Jugendlichen mit
Übergewicht und Adipositas für alle untersuchten Parameter. Eine
auffällige Psychopathologie ist demzufolge ein wichtiges Korrelat bei
Jugendlichen mit hohem Gewichtsstatus und ein potenzieller Einflussfaktor auf
den Erfolg einer Gewichtsreduktionsbehandlung. Zukünftige Studien
sollten die Psychopathologie bei Übergewicht und Adipositas weiter
differenzieren und therapeutische Ressourcen evaluieren.
Antibiotikaresistenz von E. coli aus Rinderpopulationen in Deutschland
Authors: Tenhagen Bernd-Alois , Käsbohrer Annemarie , Grobbel Mirjam , Hammerl Jens , Kaspar Heike 
Published: August 2020

Zusammenfassung
Gegenstand und Ziel Ziel dieser Arbeit ist, die Resistenzsituation bei Escherichia (E.) coli aus verschiedenen Rinderpopulationen zu beschreiben.
Material und Methoden Dazu wurden die minimalen Hemmkonzentrationen (MHK) von Antibiotika gegen sowohl klinische als auch nicht klinische E. coli-Isolate von Milchkühen, Mastrindern, Mastkälbern und Kälbern ausgewertet. Diese Untersuchungen erfolgten im Rahmen des Monitoringprogramms GERM-Vet (klinische Isolate) sowie im Rahmen des Zoonosen-Monitorings (nicht klinische Isolate) mithilfe der Bouillon-Mikrodilutionsmethode. Zur einheitlichen Bewertung der ermittelten MHK dienten die vom European Centre for Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) veröffentlichten epidemiologischen Grenzwerte.
Ergebnisse In die Untersuchung wurden insgesamt 5127 Isolate einbezogen. Die höchsten Resistenzraten (RR) gegenüber den meisten Substanzen ergaben sich bei Isolaten von erkrankten Kälbern, gefolgt von solchen von Mastkälbern und Jungrindern unter 1 Jahr am Schlachthof. Die niedrigsten RR wiesen E. coli-Isolate aus Tankmilchproben von Milchviehbetrieben und von Mastrindern im Bestand auf. Die Resistenzraten bei Mastitisisolaten waren deutlich höher als bei den nicht klinischen Isolaten aus Tankmilch, aber niedriger als bei den Isolaten von Kälbern und Jungrindern.
Schlussfolgerungen und klinische Relevanz Vor allem die RR gegenüber den besonders wichtigen Substanzklassen Cephalosporine der 3. Generation und Fluorchinolone lagen bei Kälbern mit Enteritis, aber auch bei Isolaten aus Mastitisproben höher als in anderen Tierpopulationen. Ein Zusammenhang mit dem relativ hohen Einsatz dieser Substanzen bei Milchkühen ist naheliegend, da die Kälber über die Vertränkung nicht vermarktungsfähiger Milch sowohl gegenüber Arzneimittelrückständen als auch gegenüber resistenten Bakterien exponiert sind. Der Einsatz dieser Substanzklassen in der Rinderhaltung muss auf ein Minimum reduziert werden, um die weitere Ausbreitung dieser Resistenzen gegen diese Substanzen in der Rinderhaltung einzudämmen.
Phänotypische Antibiotikaresistenzen von Bakterienisolaten aus Zier-, Zoo- und falknerisch gehaltenen Greifvögeln
Authors: Steger Leonie , Rinder Monika , Korbel Rüdiger 
Published: August 2020

Zusammenfassung
Gegenstand und Ziel Die Prävalenz von antibiotikaresistenten Bakterien bei Zier-, Zoo- und falknerisch gehaltenen Greifvögeln ist noch weitgehend unbekannt. Daher sollten retrospektiv Antibiogramme schnellwachsender aerober Bakterienarten ausgewertet werden.
Material und Methoden Im Auswertungszeitraum von 2007 bis 2016 standen 1036 Antibiogramme zur Verfügung. Die Bakterienisolate stammten vorzugsweise aus Süddeutschland und von 811 Vögeln aus 20 zoologischen Ordnungen (am häufigsten Papageienvögel [61,8 %] und Sperlingsvögel [14,5 %]) sowie aus Proben von klinischen Patienten und Sektionsmaterial. Die phänotypische In-vitro-Empfindlichkeit wurde mittels Plattendiffusionstest ermittelt.
Ergebnisse Die meisten Antibiogramme lagen für E. coli (n = 386 Isolate) vor, gefolgt von Staphylococcus (S.). aureus (n = 150), Enterobacter cloacae (n = 122), Klebsiella pneumoniae (n = 86) und Pseudomonas aeruginosa (n = 64). Resistenzen gegen mindestens einen antibiotischen Wirkstoff zeigten 53,1 % der E. coli-Isolate, dabei am häufigsten gegen Doxycyclin (50,3 %) und Ampicillin (46,1 %). Bei 78,0 % der S. aureus-Isolate und bei 95,9 % der Enterococcus faecalis-Isolate wurden Resistenzen gegenüber mindestens einem Wirkstoff nachgewiesen. Multiresistenzen (Resistenz gegenüber ≥ 3 Antibiotikagruppen) traten bei 37,3 % der Isolate von S. aureus auf. Bei Isolaten von Zier- und Greifvögeln wurden höhere Resistenzraten festgestellt als bei Isolaten von Zoovögeln und bei Papageienvögeln höhere Resistenzraten als bei Sperlingsvögeln. Im Untersuchungszeitraum zeigte sich bei E. coli ein tendenzieller Anstieg der Resistenzrate für Fluorchinolone (Minimum von 0 % im Jahr 2013 und Maximum von 27,3 % im Jahr 2015) und bei S. aureus eine tendenzielle Abnahme der Resistenzraten für Tetrazykline (Maximum von 39,4 % im Jahr 2007 und Minimum von 0 % in den Jahren 2014 und 2015).
Schlussfolgerung und klinische Relevanz Die Resistenzsituation von Bakterien aus Zier-, Zoo- und falknerisch gehaltenen Greifvögeln ist als problematisch zu bewerten und verdeutlicht die Wichtigkeit der Empfindlichkeitsprüfung für eine gewissenhafte Therapie. Im Fall einer Infektion mit S. aureus bei Zier-, Zoo- oder falknerisch gehaltenen Greifvögeln kann es zu einem Therapienotstand kommen.
Pleuroperitoneal true diaphragmatic hernia of the liver in a cat
Authors: Pilli Mehmet , Özgencil Fatma E. , Seyrek-Intas Deniz , Gültekin Cagri , Turgut Kürsad 
Published: August 2020

AbstractA 2-year old female domestic shorthair cat was referred with intermittent vomiting. Laboratory analyses revealed only an elevated alanine aminotransferase activity. Plain thoracic radiographs showed a right-sided transdiaphragm protrusion of a liver lobe into the thoracic cavity. On abdominal ultrasound the diaphragm and liver parenchyma also presented a bulge towards the thoracic cavity. By cranial median laparotomy herniation of the quadrate liver lobe through the right aspect of the diaphragm into the thoracic cavity was confirmed. The protruding quadrate liver lobe was covered by intact parietal peritoneum. Following relocation of the liver lobe the defect was closed. Postoperatively the intermittent vomiting stopped. The purpose of this case report was to present plain radiography and abdominal ultrasonography as effective tools in the diagnosis of this rare and usually asymptomatic true herniation case along with its operative treatment.
Die Bandverletzung des oberen Sprunggelenks – eine unterschätzte Verletzung?
Authors: Fehske Kai , Lukas Christoph 
Published: August 2020

ZusammenfassungDie Bandverletzung des oberen Sprunggelenks ist eine der häufigsten Verletzungen im Sport. Landung auf dem gegnerischen Fuß oder direkter Kontakt gehören zu den häufigsten Verletzungsmechanismen. Initial zählt vor allem die klinische Diagnostik, je nach Bedarf um Röntgen, Sonografie oder MRT ergänzt. Meist wird konservativ therapiert; zunächst müssen Schmerz und Schwellung reduziert, dann die Funktion wiederhergestellt werden, bevor nach Return-to-Play-Testung in den Sport zurückgekehrt werden kann. Teilweise liegen komplexere Verletzungsmuster mit Begleitschäden vor und trotz aller Erfolge der konservativen Behandlung bleiben bestimmte Fälle dem operativen Vorgehen vorbehalten. Nicht nur die reelle Ausfallzeit der Athleten, sondern die Ausprägung von Folgeschäden und chronischen Funktionseinschränkungen und auch die damit verbundenen Behandlungskosten legen die Empfehlung nahe, eine Sprunggelenkverletzung nicht zu unterschätzen und die Therapie adäquat auszuwählen.
Nutzung der Haptoglobinkonzentration im Blutserum als Indikator im Tiergesundheitsmonitoring bei Milchkühen
Authors: Hajek Franziska , Reus Anne , Gruber Simone , Plattner Stefan , Kammer Martin , Baumgartner Christian , Smink Moniek , Döpfer Dörte , Hachenberg Sabrina , Mansfeld Rolf 
Published: August 2020

ZusammenfassungZiel Untersuchung von Zusammenhängen zwischen der Haptoglobinkonzentration im Blut und dem Auftreten einer Ketose, ausgewählten klinischen Parametern und Lahmheit bei Milchkühen.Material und Methoden Die Datenerhebung fand in 39 bayerischen Milchviehbetrieben über 8 Monate statt. Bei den einbezogenen 712 Fleckvieh- und Braunviehkühen, deren Kalbung 10–30 Tage zurücklag, wurde eine klinische Untersuchung durchgeführt sowie eine Milch- und eine Blutprobe entnommen. Im Blut wurden die Konzentrationen von freien Fettsäuren (non-esterified fatty acids, NEFA), β-Hydroxybutyrat (BHB) und Haptoglobin (Hp) bestimmt, in der Milch die Milchinhaltsstoffe (Fett, Eiweiß, Harnstoff, Laktose, Azeton), BHB, NEFA und die somatische Zellzahl (SCC).Ergebnisse Signifikante Korrelationen ergaben sich zwischen erhöhten Hp-Konzentrationen einerseits und erhöhten NEFA-Konzentrationen in Blut und Milch (p < 0,001), erhöhter SCC (p < 0,001), Lahmheit (p < 0,001), vermindertem Laktosegehalt (p < 0,001) sowie vermindertem Proteingehalt der Milch (p = 0,001) andererseits. In den wärmeren Sommermonaten beprobte Tiere hatten signifikant höhere Hp-Konzentrationen (p < 0,001). Erstkalbinnen wiesen signifikant höhere Hp-Werte auf als multipare Tiere (p < 0,001). Durch die Einteilung der Tiere in 4 Cluster ließ sich ein Hp-Grenzwert bestimmen, der 0,18 mg/ml betrug. Kombiniert mit einem SCC-Grenzwert von 40 500 Zellen/ml Milch konnte der Großteil der subklinisch und klinisch auffälligen Tiere ermittelt werden.Schlussfolgerung und klinische Relevanz Die Messung der Hp-Konzentration im Blut stellt einen praktikablen Ansatz zur Unterstützung des Tiergesundheitsmonitorings im postpartalen Zeitraum dar. Zusammen mit der Auswertung der Milchmenge und der Milchinhaltsstoffe können Abweichungen von physiologischen Zuständen erkannt und betroffene Tiere zeitnah behandelt werden. Haptoglobin kann für die Bewertung des Gesundheitsstatus des Einzeltieres wie auch als Indikator für die Herdengesundheit genutzt werden.
Serial Mud Packs Induce Anti-inflammatory Effects in Knee
Osteoarthritis – A Randomized, Prospective Clinical
Study
Authors: Klemm Philipp , Dischereit Gabriel , Lange Uwe , Fetaj Shaban , Ehnert Markus 
Published: August 2020

Abstract
Background Mud bath and pack have been used to treat musculoskeletal
disorders since ancient times. However, the actual mechanisms of action of mud
therapy on the inflammatory processes are complex and still not clarified.
Methods Therefore, the clinical effects of serial mud packs in patients
with knee osteoarthritis were investigated on the molecular level. A total of 52
patients were recruited from an in-patient rheumatology clinic. The participants
were randomized in 2 groups: the intervention group (IG, n=26) underwent
9 mud packs in 21 days and a standardized multimodal physical therapy in an
in-patient setting, whereas the control group (CG, n=26) only received
the multimodal physical therapy. Primary outcome parameters were changes in the
serum levels of interleukin(IL)-1ß and IL-10. Secondary outcome
parameters were changes of the C-reactive protein (CRP), erythrocyte
sedimentation rate (ESR), Western Ontario and Mc Master Universities Arthritis
(WOMAC) index and pain (visual analog scale - VAS).
Results The IG presented after the serial mud packs significantly
decreased pro-inflammatory IL-1ß levels and significantly increased
anti-inflammatory IL-10 levels, whereas the CG showed no changes of the 2
cytokines. CRP and ESR remained within in the normal range in both groups
without significant changes. Furthermore, the IG presented a significant
decrease of the WOMAC index and pain (VAS).
Conclusions The results suggest an additive anti-inflammatory effect of
serial mud packs within a multimodal physical therapy concept in patients with
knee osteoarthritis and could explain the beneficial clinical effects.
Reference Values for Pulmonary Single-Breath Diffusing Capacity – Results of the “Study of Health in Pomerania”
Authors: Schäper C. , Stubbe B. , Bollmann T. , Ittermann T. , Gläser S. , Völzke H. , Doerr M. , Habedank D. , Obst A. , Ewert R. 
Published: August 2020

Abstract
Objectives The assessment of pulmonary single-breath diffusing capacity is a frequently performed diagnostic procedure and considered as an important tool in medical surveillance examinations of pulmonary diseases.The aim of this study was to establish reference equations for pulmonary single-breath diffusing capacity parameters in a representative adult-population across a wide age range and to compare the normative values from this sample with previous ones.
Methods Diffusing capacity measurement was carried out in 3566 participants (1811 males) of a cross-sectional, population-based survey (“Study of Health in Pomerania – SHIP”).
Results Individuals with cardiopulmonary disorders and current smoking habits were excluded, resulting in 1786 healthy individuals (923 males), aged 20 – 84 years. Prediction equations for both sexes were established by quantile regression analyses, taking into consideration the influence of age, height, weight and former smoking.
Conclusion The study provides a novel set of prediction equations for pulmonary single-breath diffusing capacity in an adult Caucasian population. The results are comparable to previously reported equations, underline their importance and draw attention to the need for up-to-date reference equations that adequately take into account both the subjects’ origin, age, anthropometric characteristics and the equipment used.
Ontologies, Knowledge Representation, and Machine Learning for Translational Research: Recent Contributions
Authors: Robinson Peter N. , Haendel Melissa A. 
Published: August 2020

Objectives: To select, present, and summarize the most relevant papers published in 2018 and 2019 in the field of Ontologies and Knowledge Representation, with a particular focus on the intersection between Ontologies and Machine Learning.Methods: A comprehensive review of the medical informatics literature was performed to select the most interesting papers published in 2018 and 2019 and that document the utility of ontologies for computational analysis, including machine learning.Results: Fifteen articles were selected for inclusion in this survey paper. The chosen articles belong to three major themes: (i) the identification of phenotypic abnormalities in electronic health record (EHR) data using the Human Phenotype Ontology ; (ii) word and node embedding algorithms to supplement natural language processing (NLP) of EHRs and other medical texts; and (iii) hybrid ontology and NLP-based approaches to extracting structured and unstructured components of EHRs.Conclusion: Unprecedented amounts of clinically relevant data are now available for clinical and research use. Machine learning is increasingly being applied to these data sources for predictive analytics, precision medicine, and differential diagnosis. Ontologies have become an essential component of software pipelines designed to extract, code, and analyze clinical information by machine learning algorithms. The intersection of machine learning and semantics is proving to be an innovative space in clinical research.
Medical Information Extraction in the Age of Deep Learning
Authors: Hahn Udo , Oleynik Michel 
Published: August 2020

Objectives: We survey recent developments in medical Information Extraction (IE) as reported in the literature from the past three years. Our focus is on the fundamental methodological paradigm shift from standard Machine Learning (ML) techniques to Deep Neural Networks (DNNs). We describe applications of this new paradigm concentrating on two basic IE tasks, named entity recognition and relation extraction, for two selected semantic classes—diseases and drugs (or medications)—and relations between them.Methods: For the time period from 2017 to early 2020, we searched for relevant publications from three major scientific communities: medicine and medical informatics, natural language processing, as well as neural networks and artificial intelligence.Results: In the past decade, the field of Natural Language Processing (NLP) has undergone a profound methodological shift from symbolic to distributed representations based on the paradigm of Deep Learning (DL). Meanwhile, this trend is, although with some delay, also reflected in the medical NLP community. In the reporting period, overwhelming experimental evidence has been gathered, as illustrated in this survey for medical IE, that DL-based approaches outperform non-DL ones by often large margins. Still, small-sized and access-limited corpora create intrinsic problems for data-greedy DL as do special linguistic phenomena of medical sublanguages that have to be overcome by adaptive learning strategies.Conclusions: The paradigm shift from (feature-engineered) ML to DNNs changes the fundamental methodological rules of the game for medical NLP. This change is by no means restricted to medical IE but should also deeply influence other areas of medical informatics, either NLP- or non-NLP-based.
Design and Use of Semantic Resources: Findings from the Section on Knowledge Representation and Management of the 2020 International Medical Informatics Association Yearbook
Authors: Dhombres Ferdinand , Charlet Jean ,   Section Editors for the IMIA Yearbook Section on Knowledge Representation and Management
Published: August 2020

Objective: To select, present, and summarize the best papers in the field of Knowledge Representation and Management (KRM) published in 2019.
Methods: A comprehensive and standardized review of the biomedical informatics literature was performed to select the most interesting papers of KRM published in 2019, based on PubMed and ISI Web Of Knowledge queries.
Results: Four best papers were selected among 1,189 publications retrieved, following the usual International Medical Informatics Association Yearbook reviewing process. In 2019, research areas covered by pre-selected papers were represented by the design of semantic resources (methods, visualization, curation) and the application of semantic representations for the integration/enrichment of biomedical data. Besides new ontologies and sound methodological guidance to rethink knowledge bases design, we observed large scale applications, promising results for phenotypes characterization, semantic-aware machine learning solutions for biomedical data analysis, and semantic provenance information representations for scientific reproducibility evaluation.
Conclusion: In the KRM selection for 2019, research on knowledge representation demonstrated significant contributions both in the design and in the application of semantic resources. Semantic representations serve a great variety of applications across many medical domains, with actionable results.