bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
The mammalian cytosolic thioredoxin reductase pathway acts via a membrane protein to reduce ER-localised proteins
Authors: Cao Xiaofei , Lilla Sergio , Cao Zhenbo , Pringle Marie Anne , Oka Ojore B. V. , Robinson Philip J. , Szmaja Tomasz , van Lith Marcel , Zanivan Sara , Bulleid Neil J. 
Published: March 2020

ABSTRACT
Folding of proteins entering the mammalian secretory pathway requires the insertion of the correct disulfides. Disulfide formation involves both an oxidative pathway for their insertion and a reductive pathway to remove incorrectly formed disulfides. Reduction of these disulfides is crucial for correct folding and degradation of misfolded proteins. Previously, we showed that the reductive pathway is driven by NADPH generated in the cytosol. Here, by reconstituting the pathway using purified proteins and ER microsomal membranes, we demonstrate that the thioredoxin reductase system provides the minimal cytosolic components required for reducing proteins within the ER lumen. In particular, saturation of the pathway and its protease sensitivity demonstrates the requirement for a membrane protein to shuttle electrons from the cytosol to the ER. These results provide compelling evidence for the crucial role of the cytosol in regulating ER redox homeostasis, ensuring correct protein folding and facilitating the degradation of misfolded ER proteins.
Meeting Report – Workshop ‘Actin-based mechanosensation and force generation in health and disease’
Authors: Polesskaya Anna , Vicente-Manzanares Miguel 
Published: March 2020

ABSTRACT
International experts in the fields of cellular motility, force generation and mechanosensation met in Baeza, a UNESCO World Heritage city, from the 10th to the 13th of November, 2019. The meeting, part of the ‘Current Trends in Biomedicine’ series, took place at the ‘Sede Antonio Machado’, a beautiful 17th century building turned into a conference center of the Universidad Internacional de Andalucía (UNIA), which sponsored the event. The meeting was organized by Alexis Gautreau, Pekka Lappalainen and Miguel Vicente-Manzanares, with the support of the European Molecular Biology Organization (EMBO) and the Spanish-based company IMPETUX. Fifty scientists presented recent results during the talks, poster sessions and thematic discussions. As Baeza itself served as a crossroads of medieval Christian, Moorish and Jewish cultures, the meeting brought together cell biologists, biochemists, biophysicists and engineers from around the world that provided an integrated vision of the role of the actin cytoskeleton, force generation and mechanosensation in diverse physiological processes and pathologies.
Novel Biodegradable Laminarin Microparticles for Biomedical Applications
Authors: Castanheira Edgar J , Correia Tiago R , Rodrigues João M M , Mano João F 
Published: March 2020

Abstract
Fabrication of biocompatible polymeric carriers for sustained/controlled drug-delivery have been extensively explored over the years. Furthermore, systems based on polymers from natural origins exceed conventional polymers in biocompatibility, biodegradability and cost efficiency. Polysaccharides are one of the most common biopolymers found in nature and they can achieve a high degree of complexity and fine biological properties. Herein, is proposed a biodegradable and biocompatible microcarrier synthesized from laminarin, a low Mw marine polysaccharide based on glucose units with great biological activity, such as immune modulation and antimicrobial properties. Within this work, controlled size microparticles were obtained from novel modifications of laminarin. Microparticles showed 40% release of fluorescein isothiocyanate-dextran (70 kDa) after 24 h and full degradability after 11 days, when in physiological conditions. When incubated with human adipose stem and L929 cell lines (up to a microparticle concentration of 100 µg/mL) no cytotoxicity was perceived, and neither membrane or nucleus disturbance. Thus, microparticles synthesized from laminarin, proved to be a cost efficient, biocompatible and biodegradable system.
Development of Flow-Injection Spin-Trapping ESR Methods for Kinetic Study of the O2−• Radical Scavenging Reaction with Mixtures of Phenolic Antioxidants
Authors: Sakurai Yasuhiro , Yamaguchi Shuhei , Yamamoto Naoto , Yamashita Tomoyuki , Lu Yao , Kuwabara Keiko , Yamaguchi Tomoko , Miyake Yusuke , Kanaori Kenji , Tajima Kunihiko 
Published: March 2020

AbstractThe apparent second-order rate constants (aks) of the reaction between the O2−• radical and mixed solutions (aAox) of caffeic acid (CA) and 4-hydroxy-coumaric acid (4CA) were estimated in this study; this was achieved by a flow-injection spin-trapping ESR (FI-ESR) method that employed 5,5-dimethyl-pyrroline-N-oxide (DMPO) as the spin-trapping reagent. The aAox solutions were prepared by varying the mixing molar ratio of CA (a = [CA]/([CA] + [4CA])). The FI-ESR signal intensities of the DMPO spin-adduct of the O2−• radical (DMPO/O2) were monitored in the absence (I0) and presence (I) of aAox to estimate the inhibition ratio Y (%) (Y = 100 × I/I0), and 50% inhibitory dose of aAox (aID50). Further, the aks values of aAox were evaluated using these aID50 values through a competitive reaction kinetics treatment, which was conducted by using the second-order rate constant of the spin-trapping reaction (k1). The value obtained for the aks of aAox showed excellent agreement with the calculated values (akscal) that were estimated from the molar ratio (a) weighted mean of the ks values of CA (CAks) and 4CA (4CAks): akscal = aCAks + (1 − a)4CAks. These results demonstrate that CA and 4CA contribute independently to the O2−• radical scavenging reactions, and that the aks values of aAox completely satisfy the additive property depending on the mixing molar ratio (a). The O2−• radical scavenging capacities of aAox were also evaluated as equivalent concentrations of CA (Y[CA]eq.) using the observed inhibition ratio Y (%), and the 50% inhibitory dose of CA (CAID50): Y[CA]eq. = CAID50 × (100 − Y)/Y. The estimated Y[CA]eq. values of aAox agreed with the calculated equivalent concentrations of CA (k[CA]eq.) that were obtained on the basis of the additive property established for aAox and aks: k[CA]eq. = [CA] + (4CAks/CAks) × [4CA].
Optimisation of Transport Capacity of a Railway Siding Through Construction-Reconstruction Measures
Authors: Černá Lenka , Dolinayová Anna , Hranický Michal Petr 
Published: March 2020

Abstract
Railway sidings in the Slovak Republic, despite their reduction, still do not lose their importance. In railway transport, a significant part of the realised performances is represented by transport on railway sidings and there is therefore a need to continuously develop and adapt the siding operation to the requirements of the transport market. The reason for the decrease of their number is nowadays mainly the financial demands on the construction of the new siding and its operation. In view of this fact, there are sidings in several companies in the Slovak Republic where the transport performances do not decrease and the performances realised on their railway siding are considered as dominant and economically advantageous. The aim of this paper is based on the analysis of the current state of the siding operation in the selected company in order to solve the problem with insufficient capacity of the siding due to the increase in the volume of processed materials. The problem with the capacity of the analysed siding will be solved through construction-reconstruction measures - namely by construction of a new handling track. This option is a solution to the problem of an insufficient capacity of the siding, which affects the current transport performances and costs of railway wagons staying at stations, too. The proposed measures to support the increase of a siding capacity will be economically evaluated and the pay-back period of these solutions will be assessed.
Nomogram for predicting severe morbidity after pheochromocytoma surgery
Authors: Wang Hongyan , Wu Bin , Yao Zichuan , Zhu Xianqing , Jiang Yunzhong , Bai Song 
Published: March 2020

Purpose
Although resection is the primary treatment strategy for pheochromocytoma, surgery is associated with a high risk of morbidity. At present, there is no nomogram for prediction of severe morbidity after pheochromocytoma surgery, thus the aim of the present study was to develop and validate a nomogram for prediction of severe morbidity after pheochromocytoma surgery.

Methods
The development cohort consisted of 262 patients who underwent unilateral laparoscopic or open pheochromocytoma surgery at our center between 1 January 2007 and 31 December 2016. The patients’ clinicopathological characters were recorded. The least absolute shrinkage and selection operator (LASSO) binary logistic regression model was used for data dimension reduction and feature selection, then multivariable logistic regression analysis was used to develop the predictive model. An independent validation cohort consisted of 128 consecutive patients from 1 January 2017 and 31 December 2018. The performance of the predictive model was assessed in regards to discrimination, calibration, and clinical usefulness.

Results
Predictors of this model included sex, BMI, coronary heart disease, arrhythmia, tumor size, intraoperative hemodynamic instability, and surgical duration. For the validation cohort, the model showed good discrimination with an AUROC of 0.818 (95% CI, 0.745, 0.891) and good calibration (Unreliability test,
P = 0.440). Decision curve analysis demonstrated that the model was also clinically useful.

Conclusions
A nomogram was developed to facilitate the individualized prediction of severe morbidity after pheochromocytoma surgery and may help to improve the perioperative strategy and treatment outcome.
Mutations in a Novel Cadherin Gene Associated with Bt Resistance inHelicoverpa zea
Authors: Fritz Megan L , Nunziata Schyler O , Guo Rong , Tabashnik Bruce E , Carrière Yves 
Published: March 2020

AbstractTransgenic corn and cotton produce crystalline (Cry) proteins derived from the soil bacterium Bacillus thuringiensis (Bt) that are toxic to lepidopteran larvae. Helicoverpa zea, a key pest of corn and cotton in the U.S., has evolved widespread resistance to these proteins produced in Bt corn and cotton. While the genomic targets of Cry selection and the mutations that produce resistant phenotypes are known in other lepidopteran species, little is known about how selection by Cry proteins shape the genome of H. zea. We scanned the genomes of Cry1Ac-selected and unselected H. zea lines, and identified twelve genes on five scaffolds that differed between lines, including cadherin-86C (cad-86C), a gene from a family that is involved in Cry1A resistance in other lepidopterans. Although this gene was expressed in the H. zea larval midgut, the protein it encodes has only 17 to 22% identity with cadherin proteins from other species previously reported to be involved in Bt resistance. An analysis of midgut-expressed cDNAs showed significant between-line differences in the frequencies of putative nonsynonymous substitutions (both SNPs and indels). Our results indicate that cad-86C is a likely target of Cry1Ac selection in H. zea. It remains unclear, however, whether genomic changes at this locus directly disrupt midgut binding of Cry1Ac and cause Bt resistance, or indirectly enhance fitness of H. zea in the presence of Cry1Ac by some other mechanism. Future work should investigate phenotypic effects of these nonsynonymous substitutions and their impact on fitness of H. zea larvae that ingest Cry1Ac.
Multiscale Estimation of Event Arrival Times and Their Uncertainties in Hydroacoustic Records from Autonomous Oceanic Floats
Authors: Simon Joel D. , Simons Frederik J. , Nolet Guust 
Published: March 2020

ABSTRACTWe describe an algorithm to pick event onsets in noisy records, characterize their error distributions, and derive confidence intervals on their timing. Our method is based on an Akaike information criterion that identifies the partition of a time series into a noise and a signal segment that maximizes the signal-to-noise ratio. The distinctive feature of our approach lies in the timing uncertainty analysis, and in its application in the time domain and in the wavelet timescale domain. Our novel data are records collected by freely floating Mobile Earthquake Recording in Marine Areas by Independent Divers (MERMAID) instruments, midcolumn hydrophones that report triggered segments of ocean-acoustic time series.
ÜNİVERSİTELERİN FARKLI LİSANS BÖLÜMLERİNDE ÖĞRENİM GÖREN ÖĞRENCİLERİN MÜZİĞE YÖNELİK İLGİ DÜZEYLERİNİN İNCELENMESİ
Authors: Baydağ Cemalettin 
Published: March 2020

Bu araştırmanın amacı, farklı bölümlerde öğrenim gören üniversite öğrencilerinin müziğe yönelik ilgi düzeylerini incelemektir.Araştırma deseni olarak genel tarama modeli kullanılmıştır. Araştırmanın çalışma grubunu, 2018-2019 öğretim yılı bahar döneminde, Batı Karadeniz bölgesinde yer alan bir devlet üniversitesinde öğrenim gören 105 (61 kadın, 44 erkek) öğrenci oluşturmaktadır. Farklı bölümlerde öğrenim gören öğrencilerin müziğe yönelik ilgi düzeylerini ölçmek için, Okay, Gençel Ataman ve Kırtak Ad (2015) tarafından geliştirilen ‘Müziğe Yönelik İlgi Ölçeği’ kullanılmıştır. Elde edilen veriler, Mann-Whitney U ve Kruskal Wallis H testi aracılığıyla analiz edilmiştir. Araştırma bulguları; Tıp, Makina Mühendisliği ve Türk Dili ve Edebiyatı olmak üzere üç farklı bölümde öğrenim gören üniversite öğrencilerinin müziğe yönelik ilgi düzeyleri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık olduğunu göstermiştir. Ayrıca öğrencilerin yaş ve sınıf değişkenleri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık bulunmazken, cinsiyet ve lise türü değişkeni açısından da anlamlı bir farklılık olduğu saptanmıştır.
“AŞK MÜLKÜNÜN SULTANI” MOLLA NEFES VE LİRİK YARATICILIĞI
Authors: Seferli Aynur 
Published: March 2020

Molla Nefes’in Türkmenlerin “Teke”,
“Yazı”, “Toktamış” boylarından olduğuna dair bilgiler vardır. İlk eğitimini
babasından ve zamanının meşhur bir pedagog bilgini olan Molla Muhammed Saleh'ten
aldığı tahmin edilmektedir. Kendini halkının, milletinin çocuklarına adamış
şairin ismine ilave edilen “molla” kelimesinin de nedeni budur. Şair, Türkmenler
arasında “Aşk mülkünün sultanı” olarak bilinir. Eserlerinin çoğu, insanın doğal
görünümünden bahseder. Şiirlerindeki ses, müzik, üslup, anlam ve söz sanatları ;
ritim ve kafiye yapısı bakımından orijinaldir. Sanatçının farklılıklar ve
yenilikler arayışında bulunması, şiirsel hassasiyetinin ve gücünün
göstergisidir. Şairin yaratıcılığının şaheserlerinden olan «Ben bu mekâna
gelmişem» poemidir. Bu eserde sevginin en yüksek şiirsel seviyede olduğunu görürüz.
İslam dininin yücelerini ve erenlerini bile şair poemine dahil etmiştir. Allah’ın
bile âşık olduğu kız aslında Molla Nefes’in bir zamanlar sevdiği, ama hiç bir
zaman kavuşamadığı sevgilisi Durduhal’mış. Kim görürse bu kızı sevdiğini
unuturmuş. Yer yüzündeki kargaşayı görüp de kimi gönderdiyse sonuç alamadığını
görünce Allah, kendisi dünyaya iner. Kızı görünce Allah bile kendinden geçer. Şairin
birçok şiirinin zamanla Feraki, Kemine, Talibi, Andelip’ gibi şairlere ait
olduğu sanılmıştır.
YEŞİL PAZARLAMA AÇISINDAN ÇİMENTO SANAYİSİNDEKİ UYGULAMALAR: ELAZIĞ’DA ÖRNEK OLAY İNCELEMESİ
Authors: Gök Ayda , Yüzgeç Zeynep 
Published: March 2020

Müşteriler
son yıllarda
işletmelerin sundukları ürün ya da hizmetin sadece kendisiyle
ilgilenmemektedir. Çevreye olan duyarlılığın artması ile birlikte, müşteriler
tercihlerini belirlerken işletmenin bir ürünü ya da hizmeti sunarken yeşil uygulamalardan yararlanıp yararlanmadığını da dikkate
almaktadır. Müşterilerin tercihlerini belirleyen bu faktörleri fark eden
işletmeler bu durumu rekabet yönünden ve finansal açıdan avantaj olarak
görmekte; üretim ve pazarlama faaliyetlerinde kullanmaktadır. Bazı işletmeler yeşil
pazarlamayı kurum kültürüne yerleştirmiş ve bu şekilde olması gerektiği için;
bazıları ise sadece rekabet edebilmek ve üzerinde çeşitli sebeplerden ötürü
baskı hissettiği için yapmaktadır.

Çimento
Sanayisi Türkiye’deki en önemli sektörlerden biridir. Hatta dünyada üretim ve
ihracat konusunda söz sahibi ülkeler arasındadır. Ticari olarak bu kadar önemli olmasına
rağmen, hammadde çıkarımından başlayıp nihai alıcısına kadar geçen süreçte
izlenilen yöntemlerdeki eksiklikler sebebi ile çevresel zararın fazla oluşu
sektörün olumsuz yüzünü oluşturmaktadır.

Bu
çalışmada Elazığ ilindeki iki ayrı entegre çimento fabrikası yöneticileriyle
derinlemesine görüşme
tekniği ile veri toplanarak, işletmelerde yeşil pazarlama için neler yapıldığı
ortaya konmaya çalışılmıştır. Çevreyi koruma adına belirtilen alanlarda
düzenlemeler ve iyileştirmeler yapılmasına yönelik önerilerde bulunulmuştur.
Pers İmparatorluğu'nun Çöküşü
Authors: Yılmaz Cuma Ali 
Published: March 2020

Pers imparatorluğu, uzun yıllar tarih
sahnesinde yer alan köklü bir medeniyettir. MÖ 6. yüzyılda temelleri atılan
imparatorluğun Asya, Anadolu, Mısır ve Kıbrıs’ı da içine alan geniş bir
hâkimiyet sahası bulunmaktaydı. Hâkim olduğu bölgelerde izlediği hoşgörü
politikası sayesinde uzun yıllar siyasi varlığını sürdürebilmiştir. Tarihteki
bütün imparatorluklar gibi, bu güçlü devlet de, önce zayıflayacak ardından da
yıkılacaktır. Çalışmamızın bel kemiğini, söz konusu imparatorluğun yıkılış
süreci oluşturacaktır.

Pers İmparatorluğu’nun siyasi
evrelerinin kısa bir analiziyle başlayacak olan çalışmamızda, imparatorluğu
çöküşe götüren siyasi, iktisadi ve sosyal sebepler, yerli ve yabancı
kaynakların ışığında izah edilecektir. Çalışmanın sonunda, İlkçağ tarihi
açısından Pers İmparatorluğu’nun önemi, doğu-batı kültür sentezindeki rolü,
İmparatorluğun ardında bıraktığı izler değerlendirilecektir. Ayrıca bu güçlü
imparatorluğa son veren Büyük İskender’in, Persleri nasıl yenilgiye uğrattığı,
yıkılan imparatorluğun ardından yaşanan gelişmeler de izah edilecektir.
SARAYBOSNA SUİKASTÇILARI: GAVRİLO PRİNCİP VE DİĞERLERİ
Authors: Günaydın Meryem 
Published: March 2020

Avusturya-Macaristan İmparatorluğu’nun
veliahdı Fransuva Ferdinand on beşinci ve on altıncı kolordu generalleri,
zabıtları ve askerleri ile birlikte gerçekleştireceği askeri manevraların
icrası için 25 Haziran 1914’te Saraybosna’ya gitmiştir. Burada ahali tarafından
alkışlarla ve coşkuyla karşılanan Avusturya Arşidükü Veliaht Arşidük Fransuva
Ferdinand ile refikası 28 Haziran 1914 Pazar günü şereflerine icra edilecek resmikabulde
hazır bulunmak üzere Saraybosna belediye dairesine gittikleri sırada binmiş
oldukları otomobile bir bomba atılmıştır. Belediye’de icra edilen resm-i kabulden
sonra veliaht ile refikası ilk suikast esansında atılan bombadan yaralanan vali
Potiorek’in yaveri miralay Merizzi’yi hastahanede ziyaret etmek için tekrar
şehre giden yol üzerinden devam etmişlerdir. Arşidük’ün binmiş olduğu otomobil
Fransuva Jozef sokağına saptığı ikinci bir suikast gerçekleştirilmiştir.
Arşidük yüzünden, refikası arşidüşes ise karnından yaralanmış ve orada terk-i
hayat etmişlerdir.

Saraybosna’da
vukua gelen ve büyük bir elem ve endişeyle karşılanan bu cinayet siyasi idi.
Slav birliği için faaliyetlerde bulunan “Kara El” gizli örgütü; Gavrilo Princip
ve beraberindeki Nedjelko Čabrinović, Trifko Grabež , Muhamed Mehmedbašić, Vaso
Čubrilović, Cvijetko Popović ile birlikte gerçekleştireceği Saraybosna Suikastını
planlamıştır. Bosna-Saray ziyareti esnasında Avusturya Arşidükü ’ne yönelik
yapılacak olan bu Suikastın komplocuları 28 Haziran 1914 günü rıhtım boyunca
yerleştirilmiştir. Dünya tarihinde
günleri değiştiren bu günün aktörleri yani suikastçıları kimdir bu çalışmada
ele alınacaktır.
MUSTAFA NEŞET’İN SERGÜZEŞT-İ BEGZÂDE HİKÂYESİNİN ÇEVRİYAZISI VE TAHLİL DENEMESİ
Authors: Özerol Nazmi , Atlı Semih 
Published: March 2020

Türk edebiyatında yeni
yazıya aktarılmamış, üzerinde inceleme yapılmamış pek çok eser bulunmaktadır.
İstanbul’da 1873’te Mustafa Neşet tarafından yayımlanan ve İSAM (İslâm
Araştırmaları Merkezi) Kütüphanesinin elektronik veritabanında “Hikâye-i
Sergüzeşt-i Begzâde” adıyla kayıtlı bulunan hikâye de barındırdığı masalsı öğeler,
gizem ve aksiyon sahneleriyle ilginç özellikler gösterdiği için çalışmamızın
konusunu oluşturmuştur. Hikâyenin yazarı hakkında yapılan araştırmalar
neticesinde herhangi bir bilgiye rastlanmamıştır.

Yeni yazıya aktarılarak tahlili yapılmaya çalışılan bu
masalsı hikâyede genel anlatı sürecindeki ana karakterler Hint Padişahı ve oğlu
Şehzâde’dir. Begzâde ve Dünyagüzeli de hikâyede önemli karakterlerdir ancak
ikisi de Şehzâde ile birlikte var olabilmektedir. Begzâde, hikâyenin yardımcı
karakteri olup zor işlerin başarılmasında kahramana sürekli yardım edendir.
Hikâyede Padişah’ın oğlu ile aynı kıza âşık olması babalık ve padişahlık
arasında kimlik çatışması yaşamasına yol açmıştır. Şehzâde ise çocukluğundan
beri varoluş çabası vermiştir. Padişah, hileleri ile şehzadeyi aldattığını, onu
alt ettiğini düşünür ama hikâyenin sonunda sahip olacağını sandığı kişi
tarafından öldürülür.
Post operative visual outcomes after cataract surgery in a teaching hospital
Authors: Ramanarao Addagarla Suresh 
Published: March 2020

An uneventful cataract surgery with intraocular lens implant is capable of providing normal vision. Good visual outcome increases patient’s satisfaction and quality of life. Aim is to evaluate the postoperative complications and visual outcomes after manual small incision cataract surgery at a teaching hospital. In this study 100 patients who underwent uneventful SICS with PCIOL implant were followed up. Patients having pre-existing ocular disease were excluded. IOL power was accurately estimated. Visual acuity, anterior segment and fundus findings were recorded at each postoperative visit upto 6 weeks and in some cases upto 3months. We followed the visual outcome standards set by WHO. 53 males and 47 females in the age group of 45 to 75 and above were selected. On 1st post operative day 38% patients had quiet eyes. In 62% patients, decreased vision and complications observed on 1st post operative day and upto 1st week were: Striate keratopathy and corneal edema, anterior uveitis with pupillary membrane, residual lens matter, macular edema, endophthalmitis, intraocular hemorrhage with secondary glaucoma and IOL related causes. On the 6th postoperative week during spectacles prescription, 60% had uncorrected Astigmatism, 5% consecutive myopia/ hypermetropia and 8% had posterior capsular opacity. At 3 months follow up, 92% had good outcome, 3% patients had borderline outcome. 5% poor visual outcome was seen in patients with Bullous keratopathy, endophthalmitis, vitreous hemorrhage and longstanding macular edema.Our hospital based study reports 5% patients with poor visual outcome 3 months after uneventful cataract surgery.