bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Ultrabroadband Seismic and Tsunami Wave Observation of High‐Sampling Ocean‐Bottom Pressure Gauge Covering Periods From Seconds to Hours
Authors: Kubota T. , Saito T. , Chikasada N. Y. , Suzuki W. 
Published: September 2020

AbstractRecent developments of ocean‐bottom pressure gauges (PG) have enabled us to observe various waves including seismic and tsunami waves covering periods of T ∼ 100–103 s. To investigate the quality for broadband observation, this study examined the broadband PG records (sampling rate of 1 Hz) around Japan associated with the 2010 Chile earthquake. We identified three distinct wave trains, attributed to seismic body waves, Rayleigh waves, and tsunamis. Clear dispersive features in the Rayleigh waves and tsunamis were explained by theories of elastic waves and gravity waves. Quantitative comparison between pressure change and nearby seismograms demonstrated the validity of the theoretical relation between pressure p and vertical acceleration az for ∼3 hr from the origin time. We also found a relationship between p and vertical velocity vz holds only at the first P wave arrival, but not for later arrivals. Similar results were confirmed for various earthquakes with different source‐station distances and magnitudes, suggesting the robustness of these relations. The results demonstrate that the high‐sampling rate (≥1 Hz) is necessary to observe seismic‐wave dispersion and PG can record both seismic waves and tsunamis with reasonable quality for waveform analyses, whereas conventional onshore and offshore seismometers or tide gauges can observe either of seismic waves and tsunamis. Utilizing the high‐sampling PG in combination with the seismic and tsunami propagation theory for estimating earthquake source process or analyzing wave propagation processes in the ocean will deepen our geophysical understanding of the solid‐fluid coupled system in the Earth and contribute toward disaster mitigation.
Improved haplotype inference by exploiting long-range linking and allelic imbalance in RNA-seq datasets
Authors: Berger Emily , Yorukoglu Deniz , Zhang Lillian , Nyquist Sarah K. , Shalek Alex K. , Kellis Manolis , Numanagić Ibrahim , Berger Bonnie 
Published: September 2020

AbstractHaplotype reconstruction of distant genetic variants remains an unsolved problem due to the short-read length of common sequencing data. Here, we introduce HapTree-X, a probabilistic framework that utilizes latent long-range information to reconstruct unspecified haplotypes in diploid and polyploid organisms. It introduces the observation that differential allele-specific expression can link genetic variants from the same physical chromosome, thus even enabling using reads that cover only individual variants. We demonstrate HapTree-X’s feasibility on in-house sequenced Genome in a Bottle RNA-seq and various whole exome, genome, and 10X Genomics datasets. HapTree-X produces more complete phases (up to 25%), even in clinically important genes, and phases more variants than other methods while maintaining similar or higher accuracy and being up to 10× faster than other tools. The advantage of HapTree-X’s ability to use multiple lines of evidence, as well as to phase polyploid genomes in a single integrative framework, substantially grows as the amount of diverse data increases.
Atoms and the void: modular construction of ordered porous solids
Authors: Wuest James D. 
Published: September 2020

AbstractFor millennia, humans have exploited the special properties of porous materials. Advances in recent years have yielded a new generation of finely structured porous materials that allow processes to be controlled at the molecular level. These materials are built by a strategy of modular construction, using molecular components designed to position their neighbors in ways that create predictable voids.
Phonon heat transport in cavity-mediated optomechanical nanoresonators
Authors: Yang Cheng , Wei Xinrui , Sheng Jiteng , Wu Haibin 
Published: September 2020

AbstractThe understanding of heat transport in nonequilibrium thermodynamics is an important research frontier, which is crucial for implementing novel thermodynamic devices, such as heat engines and refrigerators. The convection, conduction, and radiation are the well-known basic ways to transfer thermal energy. Here, we demonstrate a different mechanism of phonon heat transport between two spatially separated nanomechanical resonators coupled by the cavity-enhanced long-range interactions. The single trajectory for thermalization and non-equilibrium dynamics is monitored in real-time. In the strong coupling regime, the instant heat flux spontaneously oscillates back and forth in the nonequilibrium steady states. The universal bound on the precision of nonequilibrium steady-state heat flux, i.e. the thermodynamic uncertainty relation, is verified in such a temperature gradient driven far-off equilibrium system. Our results give more insight into the heat transfer with nanomechanical oscillators, and provide a playground for testing fundamental theories in non-equilibrium thermodynamics.
DENR promotes translation reinitiation via ribosome recycling to drive expression of oncogenes including ATF4
Authors: Bohlen Jonathan , Harbrecht Liza , Blanco Saioa , Clemm von Hohenberg Katharina , Fenzl Kai , Kramer Günter , Bukau Bernd , Teleman Aurelio A. 
Published: September 2020

AbstractTranslation efficiency varies considerably between different mRNAs, thereby impacting protein expression. Translation of the stress response master-regulator ATF4 increases upon stress, but the molecular mechanisms are not well understood. We discover here that translation factors DENR, MCTS1 and eIF2D are required to induce ATF4 translation upon stress by promoting translation reinitiation in the ATF4 5′UTR. We find DENR and MCTS1 are only needed for reinitiation after upstream Open Reading Frames (uORFs) containing certain penultimate codons, perhaps because DENR•MCTS1 are needed to evict only certain tRNAs from post-termination 40S ribosomes. This provides a model for how DENR and MCTS1 promote translation reinitiation. Cancer cells, which are exposed to many stresses, require ATF4 for survival and proliferation. We find a strong correlation between DENR•MCTS1 expression and ATF4 activity across cancers. Furthermore, additional oncogenes includinga-Raf,c-RafandCdk4have long uORFs and are translated in a DENR•MCTS1 dependent manner.
An engineered antibody binds a distinct epitope and is a potent inhibitor of murine and human VISTA
Authors: Mehta Nishant , Maddineni Sainiteesh , Kelly Ryan L. , Lee Robert B. , Hunter Sean A. , Silberstein John L. , Parra Sperberg R. Andres , Miller Caitlyn L. , Rabe Amanda , Labanieh Louai , Cochran Jennifer R. 
Published: September 2020

AbstractV-domain immunoglobulin (Ig) suppressor of T cell activation (VISTA) is an immune checkpoint that maintains peripheral T cell quiescence and inhibits anti-tumor immune responses. VISTA functions by dampening the interaction between myeloid cells and T cells, orthogonal to PD-1 and other checkpoints of the tumor-T cell signaling axis. Here, we report the use of yeast surface display to engineer an anti-VISTA antibody that binds with high affinity to mouse, human, and cynomolgus monkey VISTA. Our anti-VISTA antibody (SG7) inhibits VISTA function and blocks purported interactions with both PSGL-1 and VSIG3 proteins. SG7 binds a unique epitope on the surface of VISTA, which partially overlaps with other clinically relevant antibodies. As a monotherapy, and to a greater extent as a combination with anti-PD1, SG7 slows tumor growth in multiple syngeneic mouse models. SG7 is a promising clinical candidate that can be tested in fully immunocompetent mouse models and its binding epitope can be used for future campaigns to develop species cross-reactive inhibitors of VISTA.
Long-term changes in habitat and trophic level of Southern Ocean squid in relation to environmental conditions
Authors: Abreu José , Phillips Richard A. , Ceia Filipe R. , Ireland Louise , Paiva Vítor H. , Xavier José C. 
Published: September 2020

AbstractLong-term studies of pelagic nekton in the Southern Ocean and their responses to ongoing environmental change are rare. Using stable isotope ratios measured in squid beaks recovered from diet samples of wandering albatrossesDiomedea exulans, we assessed decadal variation (from 1976 to 2016) in the habitat (δ13C) and trophic level (δ15N) of five important Southern Ocean squid species in relation to indices of environmental conditions—Southern Oscillation Index (SOI) and Southern Annular Mode (SAM). Based onδ13C values, corrected for the Suess effect, habitat had changed over the last 50 years forTaoniussp. B (Voss),Gonatus antarcticus,Galiteuthis glacialisandHistioteuthis atlanticabut notMoroteuthopsis longimana. By comparison, meanδ15N values were similar across decades for all five species, suggesting minimal changes in trophic levels. Both SAM and SOI have increased in strength and frequency over the study period but, of the five species, only inTaoniussp. B (Voss) did these indices correlate with,δ13C andδ15N values, indicating direct relationships between environmental conditions, habitat and trophic level. The five cephalopod species therefore changed their habitats with changing environmental conditions over the last 50 years but maintained similar trophic levels. Hence, cephalopods are likely to remain important prey for top predators in Southern Ocean food webs, despite ongoing climate change.
Low-cost portable microwave sensor for non-invasive monitoring of blood glucose level: novel design utilizing a four-cell CSRR hexagonal configuration
Authors: Omer Ala Eldin , Shaker George , Safavi-Naeini Safieddin , Kokabi Hamid , Alquié Georges , Deshours Frédérique , Shubair Raed M. 
Published: September 2020

AbstractThis article presents a novel design of portable planar microwave sensor for fast, accurate, and non-invasive monitoring of the blood glucose level as an effective technique for diabetes control and prevention. The proposed sensor design incorporates four cells of hexagonal-shaped complementary split ring resonators (CSRRs), arranged in a honey-cell configuration, and fabricated on a thin sheet of an FR4 dielectric substrate.The CSRR sensing elements are coupled via a planar microstrip-line to a radar board operating in the ISM band 2.4–2.5 GHz. The integrated sensor shows an impressive detection capability and a remarkable sensitivity of blood glucose levels (BGLs). The superior detection capability is attributed to the enhanced design of the CSRR sensing elements that expose the glucose samples to an intense interaction with the electromagnetic fields highly concentrated around the sensing region at the induced resonances. This feature enables the developed sensor to detect extremely delicate variations in the electromagnetic properties that characterize the varying-level glucose samples. The desired performance of the fabricated sensor is practically validated through in-vitro measurements using a convenient setup of Vector Network Analyzer (VNA) that records notable traces of frequency-shift responses when the sensor is loaded with samples of 70–120 mg/dL glucose concentrations. This is also demonstrated in the radar-driven prototype where the raw data collected at the radar receiving channel shows obvious patterns that reflect glucose-level variations. Furthermore, the differences in the sensor responses for tested glucose samples are quantified by applying the Principal Component Analysis (PCA) machine learning algorithm. The proposed sensor, beside its impressive detection capability of the diabetes-spectrum glucose levels, has several other favorable attributes including compact size, simple fabrication, affordable cost, non-ionizing nature, and minimum health risk or impact. Such attractive features promote the proposed sensor as a possible candidate for non-invasive glucose levels monitoring for diabetes as evidenced by the preliminary results from a proof-of-concept in-vivo experiment of tracking an individual’s BGL by placing his fingertip onto the sensor. The presented system is a developmental platform towards radar-driven wearable continuous BGL monitors.
DNN‐based interference mitigation beamformer
Authors: Ramezanpour Parham , Mosavi Mohammad Reza 
Published: September 2020

In classical beamforming techniques such as minimum mean squared error and minimum variance distortion‐less response, for computing optimum weight vector of an antenna array, direction of arrival (DoA) of desired signal should be known as prior knowledge. In this study, a deep neural‐network‐based beamformer is proposed for estimating the desired signal in presence of noise and interference without requiring prior knowledge on the DoA of the desired signal. In the proposed beamformer, a bidirectional long short‐term memory (bi‐LSTM) is employed for estimating samples of interferences. On the other hand, samples of the desired signal are estimated by either another bi‐LSTM or a convolutional neural network. The signal to interference and noise ratio (SINR) at the output of the proposed beamformer is 10 dB higher than the SINR at the output of the classical beamformers when the number of available snapshots is as low as 100. The proposed beamformer has promising performance when the input interference to signal ratio is as high as 34 dB and the input signal‐to‐noise ratio is as low as −10 dB.
ICAT acts as a Coactivator in Regulating PPARγ Transcriptional Activity in Mesangial Cells
Authors: Wei Yi , Yu Jiawei , Zhang Xiaopeng , Mu Jiao , Zhang Jun , Zeng Wei , Feng Bing 
Published: September 2020

AbstractAims Our study aims to explore the role of β-catenin interaction protein-1(ICAT) in regulating peroxisome proliferator-activated receptor γ (PPARγ) transcriptional activity in mesangial cells. The abnormal ICAT expression in mesangial cells under high glucose(HG) contributes to the development of diabetes and its complications such as diabetic nephropathy (DN).Methods Human mesangial cells (HMCs) were cultured in either 5.5 (normal control) or 30 (high glucose) mmol/L glucose medium. Overexpression and knock-down of ICAT or β-catenin were carried out by transient transfection. PPARγ transcriptional activity was evaluated by luciferase assay. Protein-protein interactions were tested by Coimmunoprecipitation and GST-pull down assay. Cell phenotype transition of HMCs was detected by the expression level of α-SMA and fibronectin, as well as MTT assay.Results High β-catenin protein expression but low ICAT was accompanied by low PPARγ transcriptional activity in HMCs cultured in HG. By using bioinformatics prediction, protein-protein and protein-DNA interaction experimental methods, ICAT and β-catenin were confirmed to act as coactivators in regulating PPARγ transcriptional activity. Overexpression of ICAT could mitigate the decrease of PPARγ transcriptional activity and partly relieve cell phenotype transition in HMCs.Conclusions β-catenin and ICAT interact as coactivator to modulate PPARγ transcriptional activation. In HMCs cultured in HG, the low expression of ICAT leads to low PPARγ transcriptional activation.
Wirkungsweise von Fluoriden: Allgemeine Aspekte –
Festsitzende KFO-Apparaturen: Karies und Prophylaxe
Authors: Lussi Adrian , Attin Rengin 
Published: September 2020

ZusammenfassungSchmelz und Dentin bestehen zum größten Teil aus dem harten
mineralischen kristallinen Material „Apatit“. Die
Zahnoberfläche steht in ständigem Austausch mit ihrer
Umgebung: mit dem Speichel, dem Biofilm Plaque und allem, was in den Mund
hineingelangt. Dazu gehören kariogene und erosive sowie die
Remineralisation fördernde Substanzen.Stoffe aus der Zahnhartsubstanz werden in die umgebende Flüssigkeit
abgegeben und Stoffe aus der Umgebung in den Zahn aufgenommen und in das
Kristallgitter eingelagert oder adsorbiert. Damit die Zähne intakt
bleiben, darf nicht mehr Material abgegeben werden als auch wieder eingebaut
wird: es herrscht ein dynamisches Gleichgewicht. Um neue Schäden
(wie z. B. Karies oder Erosionen) zu verhindern, muss ein
für die Zähne günstiges Gleichgewicht
aufrechterhalten werden. Dies kann durch entsprechende Ernährung und
Mundhygiene entscheidend beeinflusst werden. Auch Fluorid hat durch seine
Eigenschaften eine positive Wirkung auf dieses Gleichgewicht.
Während kieferorthopädischen Behandlungen kommt es
insbesondere im Bereich der Front- und Eckzähne nicht selten zu
kariösen Läsionen. Die Brackets sind eine Retentionsstelle
für den Biofilm und die üblich verwendeten Hilfsmittel
(Zahnbürste mit Zahnpaste zu Hause, Napf mit Paste in der Praxis)
erreichen wichtige Stellen nicht. Neue Methoden wie die Guided Biofilm
Therapy (GBT) und Hilfsmittel für eine bessere Reinigung der
Bracketumgebung werden vorgestellt.
Die Biologie der kieferorthopädischen Zahnbewegung – Möglichkeiten und Grenzen der Beschleunigung
Authors: Maltha Jaap C. 
Published: September 2020

ZusammenfassungAuf einen kurzen Überblick über die histologischen Veränderungen im Desmodont und dem Alveolarknochen während der unterschiedlichen Phasen einer kieferorthopädischen Bewegung von Zähnen folgt eine Zusammenfassung von zellbiologischen Aspekten der Interaktionen zwischen Zellen, wie Fibroblasten, Osteoblasten, Osteozyten und Osteoklasten, und der extrazellulären Matrix bei der Zahnbewegung.Eine immer deutlicher werdende Forderung nach einer Beschleunigung der Zahnbewegung und damit einer Verkürzung der Dauer einer kieferorthopädischen Behandlung hat zur Entwicklung einer ganzen Reihe unterschiedlicher Interventionen geführt. Zwei der Hauptkategorien werden im vorliegenden Beitrag diskutiert. Einerseits die Veränderung der physikalischen Bedingungen und andererseits die Applikation von Agentien, mit denen die zellbiologischen Prozesse des Knochenumbaus stimuliert werden können.
Behandlung mit Okklusionsschienen und deren Herstellung im digitalen
Workflow
Authors: Schupp Werner , Haubrich Julia , Funke Julia 
Published: September 2020

ZusammenfassungOkklusionsschienen sind definiert als intraorale Geräte zur
Änderung der okklusalen Relation zwischen oberem und unterem
Zahnbogen. Die Hauptindikation der Okklusionsschiene besteht in der
Behandlung einer kraniomandibulären Dysfunktion (CMD) sowie zum
Schutz von Zahnschmelz und Zahnhalteapparat. Aufgrund der beabsichtigten
Änderung der Unterkieferpositionierung und der Neupositionierung der
Kondylen bezeichnen wir die Okklusionsschiene als kraniomandibuläre
orthopädische Positionierungsapparatur (COPA). Okklusionsschienen
bestehen aus hartem Kunststoff. Nahezu immer verwenden wir eine COPA im
Unterkiefer. Die Herstellung erfolgt im digitalen Workflow.
Begehren und Konsens
Authors: Dannecker Martin 
Published: September 2020

ZusammenfassungVorgelegt wird der Versuch einer dichten Beschreibung dessen, was als sexuelle Grenzüberschreitung bzw. sexuelle Belästigung bezeichnet wird. Rekurriert wird dabei auch auf die derartigen Handlungen inhärenten Botschaften und Absichten. Das phänomenologische Material für diesen Versuch ist dem Artikel der Associated Press vom 13. August 2019 entnommen, in dem der Sänger Plácido Domingo von mehreren Frauen, die mit ihm beruflich zu tun hatten, der fortgesetzten sexuellen Belästigung beschuldigt wird. Zeigen lässt sich an diesem Material, dass mit charismatischer Macht häufig ein sexueller Verblendungszusammenhang einhergeht: Gegenüber den Trägern von Charisma scheint in beruflichen Zusammenhängen ein Nein sehr viel schwerer möglich zu sein als in anderen Beziehungskonstellationen. Und die Träger von Charisma neigen offenbar besonders leicht dazu, die Sprache der Macht mit der Sprache der Sexualität zu verwechseln.
Arzneimittelprüfungen und deren Weg zur Wiedererkennung an Patienten
Authors: Hildebrandt Jörg 
Published: September 2020

ZusammenfassungDer Aufwand einer homöopathischen Arzneimittelprüfung ist hoch, aber lohnend: Man kennt die Arznei durch häufigere Beschäftigung besser, erinnert sich vielleicht an ein besonders eindrückliches Arzneisymptom, das man selbst gespürt hat. In meiner Praxis macht sich der Aufwand mehrfach bezahlt, da ich die Arzneien oft anwenden kann und mitunter gerade bei einigen schwierigeren Verläufen gute Erfolge habe. Dieser Artikel stellt die Mittel Toxopneustes pileolus, Dolomit und Aqua St. Leonhard vor.
Nephrologie – 30-Minuten-Urintest: Harnsteine schnell erkennen
Authors: Freye Carolin 
Published: September 2020

Li H et al. SLIPS-LAB – A bioinspired bioanalysis system for metabolic evaluation of urinary stone disease. Science Advances 2020;6(21): eaba8535
US-Forscher haben einen Urintest für Harnsteine entwickelt, der nur eine halbe Stunde dauert. Bisher muss der Urin eines Patienten mit Harnsteinen über 24 Stunden gesammelt und in einem Diagnostiklabor analysiert werden, was mehrere Tage dauern kann.
G-DRG-System – Zwei Drittel der Universitätsklinika im Minus
Authors: Lerch Markus M. 
Published: September 2020

Lerch MM et al. Die Grenzen des G-DRG-Systems bei der Abbildung von Komplexität in der Universitätsmedizin. Zeitschrift für Gastroenterologie 2020; 58: 747–753
Von den 1900 im DRG-System arbeitenden, nicht universitären Krankenhäusern weist jedes Jahr knapp ein Drittel ein negatives Betriebsergebnis aus, bei den Universitätsklinika sind es zwei Drittel mit einem kumulativen Defizit von 300 Mio. Euro. Eine Analyse von 7 Mio. Kostendaten (§-21-KHEntgG-Datensatz) aus 10 Universitätsklinika und 64 nicht universitären Häusern zeigt, dass Universitätsklinika standardisierbare Leistungen mindestens so effizient und kostenbewusst erbringen wie andere Häuser, sich die höhere Komplexität und Krankheitsschwere von Patienten in der Universitätsmedizin im gegenwärtigen G-DRG-System aber nicht abbilden lässt – auch nicht im Vergleich zu anderen Maximalversorgern. Zum Teil darf sie im heutigen Regelwerk gar nicht abgebildet werden.
Gastrointestinale Endoskopie in Zeiten der COVID-19-Pandemie: Umsetzung von Empfehlungen und Erwartungen für die Zukunft
Authors: Damm Marko , Garbe Jakob , Eisenmann Stephan , Heidemann Clara , Krug Sebastian , Walter Steffen , Lammert Frank , Michl Patrick , Rosendahl Jonas 
Published: September 2020

Zusammenfassung
Einleitung Die COVID-19-Pandemie stellt die Gesundheitssysteme weltweit vor eine große Herausforderung. Aktuelle Daten deuten auf ein erhöhtes Risiko für eine SARS-CoV-2-Infektion für das Endoskopiepersonal hin. Für gastrointestinale Endoskopieeinheiten wurden mehrere Empfehlungen für die aktuelle Situation formuliert, jedoch liegen bislang keine Daten zur momentanen Versorgungsrealität vor.
Material und Methodik Vom 1. bis 7. April 2020 erfolgte eine deutschlandweite, webbasierte Umfrage unter den Mitgliedern der DGVS. Insgesamt wurden 33 Fragen gestellt, die auf Empfehlungen der ESGE (European Society of Gastrointestinal Endoscopy) basierten. Die Umfrage war an die Leiter von Endoskopieeinheiten gerichtet.
Ergebnisse Von 551 teilnehmenden Endoskopieeinheiten stornierten 37 % (202) weniger als 40 % ihrer Eingriffe. Kleinere Abteilungen (< 4000 Untersuchungen/Jahr) sagten einen signifikant geringeren Anteil ihrer Untersuchungen ab als größere (> 4000). Eine vollständige räumliche Trennung von Hochrisikopatienten war nur in 17 % der Fälle möglich. Prozedurale Maßnahmen wie strukturierte Risikostratifikation (91 %) oder Verwendung persönlicher Schutzausrüstung (PSA, 85 %) wurden meist umgesetzt. Für die Zukunft wurden Engpässe bei PSA (83 %) und Personal (69 %) sowie relevante finanzielle Verluste (80 %) erwartet.
Schlussfolgerungen Die Empfehlungen zu den strukturellen Maßnahmen waren nur eingeschränkt umsetzbar, und der Umfang von Stornierungen war heterogen. Eindeutige Definitionen notwendiger Endoskopien in der Pandemiesituation und eine Anpassung struktureller Gegebenheiten sowie eine finanzielle Absicherung erscheinen notwendig.