bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
DeepCINAC: A Deep-Learning-Based Python Toolbox for Inferring Calcium Imaging Neuronal Activity Based on Movie Visualization
Authors: Denis Julien , Dard Robin F. , Quiroli Eleonora , Cossart Rosa , Picardo Michel A. 
Published: July 2020

AbstractTwo-photon calcium imaging is now widely used to infer neuronal dynamics from changes in fluorescence of an indicator. However, state-of-the-art computational tools are not optimized for the reliable detection of fluorescence transients from highly synchronous neurons located in densely packed regions such as the CA1 pyramidal layer of the hippocampus during early postnatal stages of development. Indeed, the latest analytical tools often lack proper benchmark measurements. To meet this challenge, we first developed a graphical user interface (GUI) allowing for a precise manual detection of all calcium transients from imaged neurons based on the visualization of the calcium imaging movie. Then, we analyzed movies from mouse pups using a convolutional neural network (CNN) with an attention process and a bidirectional long-short term memory (LSTM) network. This method is able to reach human performance and offers a better F1 score (harmonic mean of sensitivity and precision) than CaImAn to infer neural activity in the developing CA1 without any user intervention. It also enables automatically identifying activity originating from GABAergic neurons. Overall, DeepCINAC offers a simple, fast and flexible open-source toolbox for processing a wide variety of calcium imaging datasets while providing the tools to evaluate its performance.
Gene Transcription as a Limiting Factor in Protein Production and Cell Growth
Authors: Metzl-Raz Eyal , Kafri Moshe , Yaakov Gilad , Barkai Naama 
Published: July 2020

AbstractCell growth is driven by the synthesis of proteins, genes, and other cellular components. Defining processes that limit biosynthesis rates is fundamental for understanding the determinants of cell physiology. Here, we analyze the consequences of engineering cells to express extremely high levels of mCherry proteins, as a tool to define limiting processes that fail to adapt upon increasing biosynthetic demands. Protein-burdened cells were transcriptionally and phenotypically similar to mutants of the Mediator, a transcription coactivator complex. However, our binding data suggest that the Mediator was not depleted from endogenous promoters. Burdened cells showed an overall increase in the abundance of the majority of endogenous transcripts, except for highly expressed genes. Our results, supported by mathematical modeling, suggest that wild-type cells transcribe highly expressed genes at the maximal possible rate, as defined by the transcription machinery’s physical properties. We discuss the possible cellular benefit of maximal transcription rates to allow a coordinated optimization of cell size and cell growth.
Abono orgánico, microorganismos de montaña (MM) y fertibiol para el control biológico de la hernia de las crucíferas (Plasmodiophora brassicae wor.) en el cultivo de mostaza china (Brassica rapa sp. pekinensis var. Taranko F1)
Authors: Castro Barquero Leida , Martínez Vargas Verónica , Castro Zúñiga Óscar , Blanco Meneses Mónica 
Published: July 2020

Introducción. La producción de mostaza(Brassica rapa sp. pekinensis) se ve afectadapor la enfermedad causada por Plasmodiophorabrassicae. Objetivo. Determinar el efecto deAbono Orgánico, Microorganismos de Montaña
y Fertibiol, para el control biológico de P. brassicae. Materiales y métodos. Los tratamientos
diseñados se evaluaron de manera individual yen combinación, las variables evaluadas fueronpeso fresco y seco de la parte aérea y la radical,relación raíz-tallo, índice de severidad radical ypersistencia de esporas en el suelo (rtPCR). Serealizaron 2 ciclos de cultivo y 2 evaluaciones.Se utilizaron las pruebas de Kruscal-Wallis,Shapiro-Wilks y Levene, ANDEVA y la pruebaDGC (Di Rienzo, Guzmán y Casanoves) para
la separación de medias. Resultados. Los tratamientos que contenían abono orgánico (solo o
en mezcla) obtuvieron los mayores valores paralas variables de peso fresco y seco, tanto parala parte aérea (más de 300% respecto al testigo)como la radical. La relación raíz-tallo (R/T) fue
menor y, por ende, más favorable en el tratamiento con abono orgánico, con un valor de 0,22. Para
el índice de severidad, el tratamiento con MMpresentó el menor valor en las 2 evaluaciones,
mientras que los tratamientos con abono orgánico mostraron el mayor valor, pero esto no afectó
negativamente el rendimiento. Para la variablepersistencia, fue posible determinar que en eltestigo hubo una disminución en la cantidad deesporas germinativas con el avance del tiempoy que los tratamientos aplicados ocasionaron
respuestas variables en cuanto a este comportamiento, mostrando ecuaciones con diferente
pendiente y muy diversos coeficientes de variación. El tratamiento con MM presentó para la
segunda evaluación la menor cantidad promedio
de esporas y el menor índice de severidad radical. Conclusión. El abono orgánico mejoró el
rendimiento de las plantas y la utilización deMM redujo la severidad y mostró potencial paradisminuir la presencia de esporas en el suelo.
Efectividad a nivel in vitro de Trichoderma spp. nativos e importados contra Fusarium oxysporum
Authors: Rodríguez García Daniela , Wang Wong Amy 
Published: July 2020

Introducción. Los hongos fitopatógenoscausan pérdidas en la producción de tomate ypor ello es importante y necesaria la búsquedade alternativas orientadas al manejo de agentesantagonistas que sean eficientes y compatibles
con el ambiente. Objetivo. Determinar la efectividad de cepas nativas e importadas de Trichoderma spp. en el combate de Fusarium spp. a
nivel de laboratorio. Materiales y métodos. Se
emplearon productos comerciales de Trichoderma spp. con cepas nativas (THM-03 y THM-04)
e importadas (THU-01 de Estados Unidos yTHC-02 de Colombia). El patógeno fue aisladode plantas enfermas de tomate, para los cualesse empleó análisis molecular y morfológico para
su identificación. Se utilizó la técnica de cultivo dual para evaluar los radios de crecimiento
del antagonista (RCA) y del patógeno (RCP),
el micoparasitismo y el porcentaje de inhibición del crecimiento radial (PICR). Resultados.
Se identificaron las especies T. asperellum, T.
asperelloides y T. guizhouense; el patógenose identificó como F. oxysporum. Los valorespromedios de los RCA fueron 26,5; 39,3; 41,2y 32,1 mm para THU-01, THC-02, THM-03 yTHM-04, respectivamente, y 42,75 mm para lostestigos. En cuanto al micoparasitismo, se obtuvoque THC-02, THM-03 y THM-04 presentaroninvasión completa de la colonia del patógeno conesporulación y THU-01 solo logró invadir un
cuarto de la superficie del patógeno. Se determinó el PICR, en el que se encontraron diferencias entre cepas donde las más efectivas fueron
THM-3 y THC-2 con 67% y 63% de inhibición,respectivamente. Conclusión. En este estudio
in vitro se encontraron diferencias en la capacidad antagónica de las especies de Trichoderma
frente al patógeno F. oxysporum. Las cepas T.asperellum, T. asperelloides y la cepa nativa deT. guizhouense mostraron ser más agresivas enel combate del patógeno, independientemente desu procedencia, por lo que se podría ampliar elestudio con el uso de más aislamientos.
Desarrollo de métodos de análisis de espectroscopia y algoritmos de aprendizaje automático para la evaluación de algunas propiedades del suelo en Costa Rica
Authors: Perret Johan , Villalobos Leandro José Eduardo , Abdalla Bolaños Karim , Fuentes Fallas Carol Lucía , Cuarezma Espinoza Katherine Michelle , Macas Amaya Esteban Nicolás , López Maietta María Teresa , Drewry Darren 
Published: July 2020

Introducción. Los métodos convencionales de laboratorio para analizar el contenido
de nutrientes del suelo, generalmente requierenmucho tiempo y son costosos. En contraparte,la espectroradioscopia visible e infrarroja ofreceuna técnica rápida para caracterizar el suelo enlaboratorio. Las firmas espectrales codificaninformación sobre las características inherentes
del suelo, como la composición mineral, el contenido de nutrientes, los compuestos orgánicos y
el agua. Objetivo. El objetivo principal de esteproyecto fue construir bibliotecas espectrales
para los suelos tropicales de Costa Rica y determinar las bandas hiperespectrales óptimas en
el rango espectral visible infrarrojo cercano e
infrarrojo de onda corta para caracterizar propiedades de suelo. Materiales y métodos. Las
mediciones hiperespectrales se llevaron a cabocon un espectroradiómetro ASD FieldSpec 4para generar las firmas de reflectancia espectralde más de 1300 muestras de suelo de Costa Rica,pre-procesadas en el Laboratorio de Suelo de laUniversidad EARTH. Se determinó el contenidode nutrientes de cada muestra de suelo, medianteplasma acoplado inductivamente. Además, seevaluaron el pH, la acidez extraíble, la saturaciónde bases, la saturación de acidez, la capacidadefectiva de intercambio catiónico, el carbono,la materia orgánica y la textura del suelo. Sedesarrollaron modelos de regresión de mínimoscuadrados parciales (PLSR) en MATLAB para
predecir esas propiedades de suelo a partir de firmas hiperespectrales. Resultados. Este enfoque
espectroradioscópico, combinado con modelosde aprendizaje automático, permitió identificarbandas de ondas óptimas específicas en zonasespectrales en las que se puede predecir cadanutriente. Se logró una estimación precisa delcontenido de diferentes componentes (Ca, Mg,Fe, C, N y CICE) con un R2 superior a 0,8 y unerror cuadrático medio (RMSE) inferior a 10%.
Conclusión. Los análisis espectroscópicos combinados con el método Mínimo Cuadrático Parcial (PLS), pueden proporcionar una herramienta
muy útil para la agricultura de precisión en lossuelos tropicales de Costa Rica.
Costos de producción de teca (Tectona grandis) y melina (Gmelina arborea) en sistemas silvopastoriles de la zona norte de Costa Rica
Authors: Ospino Araya Mónica , Badilla Valverde Yorleny , Paniagua Madrigal Wilfrido , Campos Granados Carlos , Murillo Gamboa Olman 
Published: July 2020

Introducción. La ausencia de información económica constituye una barrera para elfomento de sistemas silvopastoriles. El componente forestal representa una contribución marginal en la economía de la ganadería, que mantiene una huella de carbono alta y ocupa un 43%del territorio. Se requiere un nuevo modelo silvopastoril de mayor impacto económico-socialy ambiental. Objetivo. Generar información decostos del cultivo de árboles, en un diseño silvopastoril que logra integrar el negocio pecuariocon el de madera. Materiales y métodos. Sereporta la estructura completa de costos delcomponente forestal, basado en clones de melinay teca. Se adaptó la información de plantacionescompactas ordinarias, a un sistema de cultivode árboles en franjas dentro de una finca ganadera, utilizado en la zona norte de Costa Rica.
La información se diferenció en dos escenarios,el modelo de alta y baja inversión, según elpaquete tecnológico utilizado. Resultados. Losárboles se plantaron dentro de franjas cercadasde seis metros de ancho.ha-1 en los linderos de losapartos, en distribución tresbolillo a 2,5 m entrehileras y 4,0 m entre árboles, que permiten cultivar 150 árboles en dos franjas.ha-1, en un ciclo de8 años para melina y de 16 años para teca. Conclusiones. El costo total de cultivar melina endos franjas.ha-1, en el modelo de alta inversión,fue de ₡751 759 (US $1307) y de ₡966 818 (US$1681) con teca. En el modelo de baja inversiónel costo total para melina fue de ₡545 739 (US$949) y para teca ₡714 548 (US $1242). La manode obra representó 41% de los costos totales enmelina y 44% en teca. Este diseño silvopastorilrequiere plantar 4,17 ha con melina y 5,5 ha conteca para obtener la misma cantidad de maderaque en una plantación convencional.
Development and validation of method for determination of organophosphorus pesticides traces in liver sample by GC-MS/MS-ion trap
Authors: Boneva Iskra , Yaneva Spaska , Danalev Dancho 
Published: July 2020

AbstractA method for simultaneous determination of trace of four organophosphorus pesticides residues in animal liver samples has been developed and validated. This method is based on the preliminary sample preparation using extraction of target compound with a mixture of toluene-cyclohexane by means of up-to-date accelerated solvent extraction (ASE), liquid-liquid partitioning with acetonitrile and hexane, additional clean up step using QuEChERS method. Further the obtained analytes are determined by gas chromatography with ion-trap detector. The validation of the method is performed in accordance with the recommendations in Document SANTE/11945/2015 and it meets the acceptability criteria for precision, mean recovery and limits of quantification. The samples were investigated by analysing blank liver samples and samples spiked with the target analytes chlorpyrifos-methyl, parathion and pirimiphos-methyl at levels of 25, 50, and 75 ng/g and with diazinon at levels of 15, 30, and 45 ng/g. The recovery for all compounds were in the range from 73 to 104% which perfectly fit with requirements of documents and European legislations. The repeatability and within-laboratory reproducibility also reveal acceptable in documents coefficient of variation and uncertainty less than 20 and 18%, respectively. The limits of quantification were less than 3 ng/g for all compounds and allowed determination of residues below the maximum residue levels (MRLs) set in Regulation (EC) Nº 396/2005.
Physiotherapist involvement in concussion services in New Zealand: A national survey
Authors: Maxtone Sophie , Bishop Megan , Chapple Cathy , Tumilty Steve , Quinn Dusty , Kennedy Ewan 
Published: July 2020

The purpose of this study was to describe physiotherapist involvement in concussion services in New Zealand. This would enable a comparison with international recommendations for concussion care, and evaluation of physiotherapy concussion care in New Zealand to help determine what is successful and what could be improved. The study involved a national online survey of physiotherapists distributed via Physiotherapy New Zealand (PNZ) branches and special interest groups. The responses of 175 participants were analysed, representing approximately 5% of PNZ members. Respondents were commonly involved in the recognition (107; 61%), assessment (133; 76%), and management (154; 88%) of concussion in a wide range of primary care concussion services in various settings/contexts and under different funding schemes. Respondents reported frequently assessing and managing disorders in the physiological brain, vestibulo-ocular, and cervicogenic sub-systems. Overall, physiotherapists currently provide a wide range of primary care services for people with concussion that aligns with international recommendations, especially in active rehabilitation and screening for concurrent injuries. Key challenges highlighted by this research include people presenting late to physiotherapy, continuity of care, and the frequency of persistent or recurrent symptoms.
Поляризация и сжатие освоенных пространств в центре России: тренды, проблемы, возможные решения
Authors: Нефёдова Татьяна Григорьевна , Трейвиш Андрей Ильич 
Published: July 2020

Поляризация и сжатие обжитых и освоенных территорий как следствие их крайне неравномерного развития стали одной из ключевых проблем не только всей России и её макрорайонов, но и отдельных регионов или их групп. Анализ одной из них, расположенной в историческом ядре страны вокруг Москвы, выявил резкие и нарастающие контрасты типа центр-периферия, вообще наиболее характерные для России. Их факторами стали специфика урбанизации, подверженной кризисным колебаниям, центростремительные миграции населения, депопуляция внутренней периферии, особенно сельской, в условиях постсоветской пространственной перестройки экономики и расселения. Эти процессы болезненны для обоих полюсов, центрального и периферийного, но на втором вызванные ими проблемы стоят и ощущаются острее. Отношение к ним у населения, экспертов и чиновников различно. Выделены четыре основных возможных подхода к этим проблемам и варианта соответствующей политики и решений: 1) невмешательство в духе laissez-faire с надеждой на естественную смену (разворот) тренда сжатия; 2) ускорение сжатия в целях экономии бюджетных средств путём укрупнения поселений и социальных объектов; 3) его сдерживание, смягчение негативных социальных последствий доступными мерами; 4) поиск и всемерная поддержка новых, возвратных волн освоения (своего рода реконкисты) пустеющей периферии, среди которых в качестве одной из самых реальных, массовых и притом наименее затратных для государства выделяется дачная волна. У каждого варианта есть свои позитивные и негативные, сильные и слабые стороны, беглый обзор которых содержится в статье. Но выбор того или иного пути остаётся, как обычно, за политиками и управленцами.
The Application of Group Investigation (GI) Method to Improve the Students’ Interpersonal Intelligence in Social Sciences Learning
Authors: Umami Fauzia 
Published: July 2020

This background of this research was the lack of the students’ interpersonal intelligence of Class VIII-A at SMP Negeri 14 Bandung during the learning of social sciences, marked by several students experiencing difficulties to socialize with their peers and tend to homogenicly choose their groupmates in order to form a group consisting of only their close friends. The Social Sciences’ course teachers then applied Group Investigation (GI) method to improve the students’ interpersonal intelligence during the teaching of Social Sciences. Interpersonal intelligence is gravely needed by students in Social Sciences learning, because individuals with excellent interpersonal intelligence level area able to communicate well and not having any trouble in establishing relationships with others. Based on the observation’s result, this research was conducted to further acknowledge how was the students of VIIIA’s interpersonal intelligence during Social Sciences learning process through application of Group Investigation method (GI). The research method used was descriptive qualitative with a data processing system which was suitable with the observation’s results during the application of Group Investigation (GI) method in Social Sciences in class VIII-A. The research results obtained showed that the application of Group Investigation (GI) method conducted by the teachers through topics selection by groups, planning, plan execution or action, analysis and evaluation, group presentations and evaluations in Social Sciences learning indicated changes in the students’ interpersonal intelligence in terms of communication and cooperation. That being said, a conclusion that the application of Group Investigation (GI) method in Social Sciences learning can inprove the students’ interpersonal intelligence.
Economía de la salud: identificación de los principales productores, la especialización relativa de los países y temas
Authors: Moral-Munoz Jose A. , Moral-Munoz Carmen M. , Pacheco-Serrano Ana I. , Lucena-Anton David , Santisteban-Espejo Antonio 
Published: July 2020

El área de investigación en economía de la salud tuvo una gran evolución a partir de la década de 1960 y está en constante crecimiento. Actualmente, el gasto en salud es un tema clave en todo el mundo. La bibliometría proporciona varios métodos para explorar el impacto y la evolución de la investigación. Así pues, el principal objetivo del presente estudio es comprender la situación actual de la investigación en materia de economía de la salud para el período 2010-2019. Se analizaron tres aspectos diferentes: la producción de los países, el índice de prioridad relativa y los temas principales. El conjunto de datos se obtuvo a partir de los documentos indizados en la base de datos Web of Science de 2010 a 2019. Se utilizó el software SciMAT para obtener el análisis temático mediante el análisis de mapas de la ciencia. Las revistas Health economics, Value in Health, Journal of Health Economics y European Journal of Health Economics son los principales productoras. Estados Unidos, Inglaterra y Alemania son los que tienen una mayor producción; los Países Bajos, Inglaterra y Australia son los que tienen el índice de prioridad relativa más alto. Los años de vida ajustados en función de la calidad y la desigualdad en materia de salud son los temas con mayor número de documentos y medidas de impacto. Este estudio es un marco útil basado en ciencia que servirá de base para futuras acciones de investigación.
RETURN ON INVESTMENT MECHANISMS OF THE INCINERATORS DEVELOPMENT BY SELLING ELECTRICITY AND POWER
Authors: Melnikova E. A. 
Published: July 2020

The article analyzes the current state and world experience of the waste management sphere, identifies the reasons for incinerators development, identifies and classifies the main mechanisms for returning investments in their construction. The necessity of building incineration plants in Russia is demonstrated.Has been given a critical analysis of the plan of new waste incineration plants development in Russia. Has been made an inference about their environmental safety and the possibility of equating this type of generation theoretically and legislatively.to renewable.A qualitative and quantitative analysis of the planned method of return on investment was carried out. It was established that the use of power supply agreements as a mechanism for the return on investment is impractical. Rational methods of return on investment were identified: the mechanism of free bilateral agreements, inclusion in the structure of regime facilities and combining the selling of electricity in the balancing market and the day-ahead market with the selling of utilization services. The combination method turned out to be optimal, recommendations for its usage are given.Thus, the article developed recommendations on the usage of mechanisms for the return on investment in the incinerators development in Russia by selling electricity and power.
Comeditation: A Thanatological Aid
Authors: Boerstler Richard 
Published: July 2020

Ancient traditions have employed powerful meditative practices at the time of death. This article explores one of these practices originating in Tibetan medicine,which relied upon specially trained practitioners in the science of consciousness. The goal is to maintain "clear mind and peaceful heart," which is accomplished by sharing a meditational breathing technique that brings about a deep state of relaxation. Studies in autonomic nervous system response and in the physiology of pain indicate that stress reduction is becoming a necessary modality in modern health care.
This article describes a breathing and meditative procedure called "comeditation" to deal with anxieties and stress associated with life-threatening illness. This method involves no religious belief system and brings some of the psychological effects of the meditative state to patients who have never meditated. The meditative practices described in this article were transmitted through the Clear Light Society, Boston, Massachusetts(Patricia Shelton Harvey, executive director). I offer these techniques to deal with the pain and anxieties that may flood one's consciousness during a life-threatening illness. The methods can be used by anyone, sick or healthy,who wants to center his or her spinning mind and achieve serenity.
Let your life lightly dance on the edges of time like dew on the tip of a leaf.–Rabindranath Tagore
The Call of Spirit: A Case Study in Phoenix Rising Yoga Therapy
Authors: Lee Michael 
Published: July 2020

As practicing yoga therapists, we live in an exciting time. It is a time when yoga, and all it offers, is being rediscovered and developed in many new directions.
Idelight in playing a part in that development. I am particularly interested in an approach that focuses on empowering the client in every aspect of being. To me, an empowered being is one who is strong in spirit; able to attune to a deeper level of knowing and then able to live from that place.