bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Disposable silicon-based all-in-one micro-qPCR for rapid on-site detection of pathogens
Authors: Nunez-Bajo Estefania , Silva Pinto Collins Alexander , Kasimatis Michael , Cotur Yasin , Asfour Tarek , Tanriverdi Ugur , Grell Max , Kaisti Matti , Senesi Guglielmo , Stevenson Karen , Güder Firat 
Published: December 2020

AbstractRapid screening and low-cost diagnosis play a crucial role in choosing the correct course of intervention when dealing with highly infectious pathogens. This is especially important if the disease-causing agent has no effective treatment, such as the novel coronavirus SARS-CoV-2, and shows no or similar symptoms to other common infections. Here, we report a disposable silicon-based integrated Point-of-Need transducer (TriSilix) for real-time quantitative detection of pathogen-specific sequences of nucleic acids. TriSilix can be produced at wafer-scale in a standard laboratory (37 chips of 10 × 10 × 0.65 mm in size can be produced in 7 h, costing ~0.35 USD per device). We are able to quantitatively detect a 563 bp fragment of genomic DNA of Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis through real-time PCR with a limit-of-detection of 20 fg, equivalent to a single bacterium, at the 35th cycle. Using TriSilix, we also detect the cDNA from SARS-CoV-2 (1 pg) with high specificity against SARS-CoV (2003).
A human tissue map of 5-hydroxymethylcytosines exhibits tissue specificity through gene and enhancer modulation
Authors: Cui Xiao-Long , Nie Ji , Ku Jeremy , Dougherty Urszula , West-Szymanski Diana C. , Collin Francois , Ellison Christopher K. , Sieh Laura , Ning Yuhong , Deng Zifeng , Zhao Carolyn W. T. , Bergamaschi Anna , Pekow Joel , Wei Jiangbo , Beadell Alana V. , Zhang Zhou , Sharma Geeta , Talwar Raman , Arensdorf Patrick , Karpus Jason , Goel Ajay , Bissonnette Marc , Zhang Wei , Levy Samuel , He Chuan 
Published: December 2020

AbstractDNA 5-hydroxymethylcytosine (5hmC) modification is known to be associated with gene transcription and frequently used as a mark to investigate dynamic DNA methylation conversion during mammalian development and in human diseases. However, the lack of genome-wide 5hmC profiles in different human tissue types impedes drawing generalized conclusions about how 5hmC is implicated in transcription activity and tissue specificity. To meet this need, we describe the development of a 5hmC tissue map by characterizing the genomic distributions of 5hmC in 19 human tissues derived from ten organ systems. Subsequent sequencing results enabled the identification of genome-wide 5hmC distributions that uniquely separates samples by tissue type. Further comparison of the 5hmC profiles with transcriptomes and histone modifications revealed that 5hmC is preferentially enriched on tissue-specific gene bodies and enhancers. Taken together, the results provide an extensive 5hmC map across diverse human tissue types that suggests a potential role of 5hmC in tissue-specific development; as well as a resource to facilitate future studies of DNA demethylation in pathogenesis and the development of 5hmC as biomarkers.
Hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry captures distinct dynamics upon substrate and inhibitor binding to a transporter
Authors: Jia Ruyu , Martens Chloe , Shekhar Mrinal , Pant Shashank , Pellowe Grant A. , Lau Andy M. , Findlay Heather E. , Harris Nicola J. , Tajkhorshid Emad , Booth Paula J. , Politis Argyris 
Published: December 2020

AbstractProton-coupled transporters use transmembrane proton gradients to power active transport of nutrients inside the cell. High-resolution structures often fail to capture the coupling between proton and ligand binding, and conformational changes associated with transport. We combine HDX-MS with mutagenesis and MD simulations to dissect the molecular mechanism of the prototypical transporter XylE. We show that protonation of a conserved aspartate triggers conformational transition from outward-facing to inward-facing state. This transition only occurs in the presence of substrate xylose, while the inhibitor glucose locks the transporter in the outward-facing state. MD simulations corroborate the experiments by showing that only the combination of protonation and xylose binding, and not glucose, sets up the transporter for conformational switch. Overall, we demonstrate the unique ability of HDX-MS to distinguish between the conformational dynamics of inhibitor and substrate binding, and show that a specific allosteric coupling between substrate binding and protonation is a key step to initiate transport.
Radiation-induced DNA damage and repair effects on 3D genome organization
Authors: Sanders Jacob T. , Freeman Trevor F. , Xu Yang , Golloshi Rosela , Stallard Mary A. , Hill Ashtyn M. , San Martin Rebeca , Balajee Adayabalam S. , McCord Rachel Patton 
Published: December 2020

AbstractThe three-dimensional structure of chromosomes plays an important role in gene expression regulation and also influences the repair of radiation-induced DNA damage. Genomic aberrations that disrupt chromosome spatial domains can lead to diseases including cancer, but how the 3D genome structure responds to DNA damage is poorly understood. Here, we investigate the impact of DNA damage response and repair on 3D genome folding using Hi-C experiments on wild type cells and ataxia telangiectasia mutated (ATM) patient cells. We irradiate fibroblasts, lymphoblasts, and ATM-deficient fibroblasts with 5 Gy X-rays and perform Hi-C at 30 minutes, 24 hours, or 5 days after irradiation. We observe that 3D genome changes after irradiation are cell type-specific, with lymphoblastoid cells generally showing more contact changes than irradiated fibroblasts. However, all tested repair-proficient cell types exhibit an increased segregation of topologically associating domains (TADs). This TAD boundary strengthening after irradiation is not observed in ATM deficient fibroblasts and may indicate the presence of a mechanism to protect 3D genome structure integrity during DNA damage repair.
Human blood plasma factors affect the adhesion kinetics of Staphylococcus aureus to central venous catheters
Authors: Gunaratnam Gubesh , Spengler Christian , Trautmann Simone , Jung Philipp , Mischo Johannes , Wieland Ben , Metz Carlos , Becker Sören L. , Hannig Matthias , Jacobs Karin , Bischoff Markus 
Published: December 2020

AbstractStaphylococcus aureus is a common cause of catheter-related blood stream infections (CRBSI). The bacterium has the ability to form multilayered biofilms on implanted material, which usually requires the removal of the implanted medical device. A first major step of this biofilm formation is the initial adhesion of the bacterium to the artificial surface. Here, we used single-cell force spectroscopy (SCFS) to study the initial adhesion of S. aureus to central venous catheters (CVCs). SCFS performed with S. aureus on the surfaces of naïve CVCs produced comparable maximum adhesion forces on three types of CVCs in the low nN range (~ 2–7 nN). These values were drastically reduced, when CVC surfaces were preincubated with human blood plasma or human serum albumin, and similar reductions were observed when S. aureus cells were probed with freshly explanted CVCs withdrawn from patients without CRBSI. These findings indicate that the initial adhesion capacity of S. aureus to CVC tubing is markedly reduced, once the CVC is inserted into the vein, and that the risk of contamination of the CVC tubing by S. aureus during the insertion process might be reduced by a preconditioning of the CVC surface with blood plasma or serum albumin.
Mortality cost of sex-specific parasitism in wild bird populations
Authors: Valdebenito José O. , Liker András , Halimubieke Naerhulan , Figuerola Jordi , Székely Tamás 
Published: December 2020

AbstractSex-specific mortality is frequent in animals although the causes of different male versus female mortalities remain poorly understood. Parasitism is ubiquitous in nature with widespread detrimental effects to hosts, making parasitism a likely cause of sex-specific mortalities. Using sex-specific blood and gastrointestinal parasite prevalence from 96 and 54 avian host species, respectively, we test the implications of parasites for annual mortality in wild bird populations using phylogenetic comparative methods. First, we show that parasite prevalence is not different between adult males and females, although Nematodes showed a statistically significant but small male-biased parasite prevalence. Second, we found no correlation between sex-biased host mortalities and sex-biased parasite prevalence. These results were consistent in both blood and gastrointestinal parasites. Taken together, our results show little evidence for sex-dependent parasite prevalence in adults in wild bird populations, and suggest that parasite prevalence is an unlikely predictor of sex difference in adult mortalities, not withstanding sampling limitations. We propose that to understand causes of sex-biased mortalities, more complex analyses are needed that incorporate various ecological and life history components of animals life that may include sex differences in exposure to predators, immune capacity and cost of reproduction.
Down-regulation of miR-let-7e attenuates LPS-induced acute lung injury in mice via inhibiting pulmonary inflammation by targeting SCOS1/NF-κB pathway
Authors: Li Wuquan , Zhang Wentao , Liu Jun , Han Yalong , Jiang He , Ji Gang , Liu Wenjun 
Published: December 2020

Abstract
Excessive pulmonary inflammatory response is critical in the development of acute lung injury (ALI). Previously, microRNAs (miRNAs) have been recognized as an important regulator of inflammation in various diseases. However, the effects and mechanisms of miRNAs on inflammatory response in ALI remain unclear. Herein, we tried to screen miRNAs in the processes of ALI and elucidate the potential mechanism. Using a microarray assay, microRNA let-7e (let-7e) was chose as our target for its reported suppressive roles in several inflammatory diseases. Down-regulation of let-7e by antagomiR-let-7e injection attenuated LPS-induced acute lung injury. We also found that antagomiR-let-7e could obviously improve the survival rate in ALI mice. Moreover, antagomiR-let-7e treatment reduced the production of proinflammatory cytokines (i.e., TNF-α, IL-1β and IL-6) in bronchoalveolar lavage fluid (BALF) of LPS-induced ALI mice. Luciferase reporter assays confirmed that suppressor of cytokine signaling 1 (SOCS1), a powerful attenuator of nuclear factor kappa B (NF-κB) signaling pathway, was directly targeted and suppressed by let-7e in RAW264.7 cells. In addition, it was further observed that SOCS1 was down-regulated, and inversely correlated with let-7e expression levels in lung tissues of ALI mice. Finally, down-regulation of let-7e suppressed the activation of NF-κB pathway, as evidenced by the reduction of p-IκBα, and nuclear p-p65 expressions in ALI mice. Collectively, our findings indicate that let-7e antagomir protects mice against LPS-induced lung injury via repressing the pulmonary inflammation though regulation of SOCS1/NF-κB pathway, and let-7e may act as a potential therapeutic target for ALI.
The Tinnitus Retraining Therapy Counseling Protocol as Implemented in the Tinnitus Retraining Therapy Trial
Authors: Gold Susan L. , Formby Craig , Scherer Roberta W. 
Published: December 2020

Purpose
This clinical focus article is a companion to the work of Erdman et al. (2019), in which we described the rationale, development, and implementation of the standard-of-care protocol used in the Tinnitus Retraining Therapy Trial (TRTT), a multicenter, placebo-controlled, randomized, definitive efficacy trial of tinnitus retraining therapy (TRT). We now describe the historical background, development, and standardized implementation and delivery of the TRT counseling protocol (tinnitus counseling [TC]) used in the TRTT. TC is conjectured to be the key component in the TRT protocol for initiating the habituation process that reduces the response to the tinnitus signal and, ultimately, reduces its impact. In the TRTT, participants assigned to receive TC achieved > 30% reduction in the impact of tinnitus.

Method and Results
The design and implementation of standardized treatments in multisite randomized controlled trials presents many challenges for investigators. Here, subsequent to presenting the background, rationale, and the TRT protocol model, we describe the development, refinement, and training/certification for standardized delivery of TC in the TRTT. The primary challenges encountered while distilling and streamlining TC for standardized delivery across multiple clinicians and their replacements at six participating military treatment centers in the TRTT are considered, and the resulting counseling protocol is detailed.

Conclusions
The standardized and streamlined TC used in the TRTT was successful for treating debilitating tinnitus among persons with functionally adequate unaided hearing sensitivity. The structured TC protocol described here appears to be the main determinant of the significant and sizable TRT treatment effects measured in the TRTT, thus bolstering the merits of this standardized counseling approach as one model for the clinical implementation of TRT for the treatment of primary tinnitus.
Depression und Suizid/Suizidalität nach adipositaschirurgischen Eingriffen
Authors: de Zwaan Martina , Müller Astrid 
Published: December 2020

ZusammenfassungZiel: Personen mit schwerer Adipositas profitieren von adipositaschirurgischen Maßnahmen bezüglich Gewichtsabnahme und Reduktion körperlicher Komorbiditäten. Der Artikel fokussiert auf postoperative Depression und Suizidalität/Suizid und stellt eine narrative Überblicksarbeit von rezenten Metaanalysen und kontrollierten Studien dar.Methodik: Selektive Literatursuche.Ergebnisse: Es gibt deutliche Hinweise auf eine kurz- bis mittelfristige Reduktion von depressiven Symptomen nach Adipositaschirurgie. Eine Subgruppe von Patienten zeigt längerfristig jedoch eine Wiederzunahme der depressiven Symptomatik oder das erstmalige Auftreten einer depressiven Symptomatik. Große Kohorten-Studien lassen ein erhöhtes Risiko für selbstschädigendes Verhalten und Suizid bei postoperativen Patienten vermuten.Schlussfolgerungen: Prospektive longitudinale Studien, die das Zusammenspiel von Faktoren untersuchen, die zu Depression und Suizid nach Adipositaschirurgie beitragen, stehen noch aus. Die sowohl prä- als auch postoperativen multi-professionellen Teams sollten immer auch einen Experten für psychische Erkrankungen involvieren, um eine professionelle Diagnostik zu realisieren und Risikopatienten rechtzeitig identifizieren zu können.
Einstellung der Oberkiefer-Eckzähne mit Tendenz zur
Retention/Verlagerung und Transposition – Diagnostik und
Therapie
Authors: Zahn Alexa , Müller-Hartwich Ralf , Jung Britta A. 
Published: December 2020

ZusammenfassungDer vorliegende Patientenfall thematisiert eine kieferorthopädische
Behandlung zur Einstellung von Oberkiefereckzähnen mit der Tendenz
zur Verlagerung und Transposition durch mesiale Migration.
Die Seelenkrankheit in der Medizin der Romantik – objektive Erscheinung, subjektives Leiden, ganzheitliche Therapie, geistiger Sinn
Authors: von Engelhardt Dietrich 
Published: December 2020

ZusammenfassungDie Medizin der Epoche der Romantik im deutschsprachigen Raum ist überzeugt von der inneren Einheit der Natur und Kultur, Leib und Seele, Wissenschaft und Kunst – v. a. in der Psychiatrie. Diese Zeit ist mit verschiedenen Initiativen die Quelle und Geburtsstunde der modernen Psychotherapie: Einführung der Ausdrücke ‚Psychiatrie‘ (Reil), ‚Psychosomatik‘ (Heinroth), ‚Unbewußtes‘ (Carus), neuen Klassifikation der Seelen- oder Geisteskrankheiten, der Natur und Kultur integrierenden Therapie, der personalen Arzt-Patienten-Beziehung. Eine Rückkehr zur romantischen Medizin ist nicht möglich, aber ihre Ideen und Konzepte können Vorbild und Anregung für eine humane Humanmedizin zum Wohl und zur Würde des leidenden, kranken und sterbenden Menschen.
Injuries in female and male elite Korean rowing athletes: an epidemiological study
Authors: Kim Hyun Chul , Park Ki Jun 
Published: December 2020

AbstractThis study aimed to determine the patterns of injury associated with training activities in elite South Korean rowing athletes training for the Olympic Games. Data were prospectively collected between 2010 and 2019 at the Korea National Training Center in South Korea. Three sports medicine doctors assessed athletes, and the data were stratified according to sex, rowing style, weight class, site of injury, and severity of injury. The groups were compared using the c 2 test. The 95 % confidence interval with Poisson rates and exact Poisson test were used for comparison of rates. In total 514 injuries were recorded during the study period, with an average of 2.86 injuries per athlete annually; among these, over half (57.8 %) were mild injuries. Most injuries occurred in the lower extremities (42.0 %), followed by the trunk (30.2 %), the upper extremities (24.9 %), and the head and neck area (2.9 %). Weight class was significantly associated with severity of injury in all rowing athletes (p < 0.001), for both male and female rowing athletes (p = 0.006 and p = 0.014, respectively). Lightweight male athletes demonstrated higher incidence rate of injury than open-weight male athletes (p < 0.001). On the contrary, lightweight female athletes demonstrated lower incidence rates of injury than open-weight female athletes (p < 0.001). These findings on the incidence of training injuries and patterns based on rowing styles, sexes, and weight classes may elucidate the circumstances leading to injuries in elite Korean rowing athletes. Furthermore, these findings may contribute to the development of programs to enhance athletic performance and reduce the incidence of sports injuries.
Zur Rolle des Bewegungsfachberufs in internationalen Bewegungsversorgungsstrukturen – ein internationaler Vergleich
Authors: Weissenfels Anja , Naber Inga , Mino Eriselda , Klamroth Sarah , Geidl Wolfgang , Abu-Omar Karim , Pfeifer Klaus 
Published: December 2020

ZusammenfassungAufgrund einer zunehmenden körperlichen Inaktivität der Weltbevölkerung haben durch Bewegungsmangel induzierte Erkrankungen in den letzten Jahren stark zugenommen. Nicht nur zur Prävention nichtübertragbarer Erkrankungen (noncommunicable diseases: NCD), sondern auch aus rehabilitativer Perspektive ist regelmäßige körperliche Aktivität ein essenzieller Gesundheitsfaktor und eine Ergänzung oder Alternative zur medikamentösen Behandlung. Ärztlich initiierte Bewegungsversorgung ist in vielen Ländern bereits in den jeweiligen Gesundheitssystemen etabliert, während die deutsche Regelversorgung hier bislang noch Defizite aufweist. Die Bewegungsversorgungsmodelle aus Schweden, Dänemark und Neuseeland zeigen deutliche Stärken bei der interdisziplinären Zusammenarbeit unterschiedlicher Berufsgruppen (Ärzt*innen, Bewegungsfachberufe) sowie der Integration verhaltensbezogener Bewegungsförderung. Personen aus Bewegungsfachberufen (u. a. Physio-, Bewegungs- und Sporttherapeut*innen) haben international eine einflussreiche Rolle bei der individuellen Verhaltensänderung zur Steigerung körperlicher Aktivität, und im Vergleich zum deutschen System ist das Aufgabengebiet dieser Berufsgruppe bedeutsam erweitert. International betrachtet setzen Bewegungsfachberufe regelhaft theoriebezogene Inhalte der Bewegungsförderung ein, wie z. B. motivationale Gesprächsführung (MI) oder auch Follow-up-Telefonanrufe, und sind teilweise sogar befugt, Bewegungsrezepte auszustellen. Der systematische Einsatz von Inhalten zur Bewegungsförderung durch Bewegungsfachberufe und die gezielte interdisziplinäre Zusammenarbeit mit Ärzt*innen werden im hiesigen Gesundheitssystem bislang kaum oder nur rudimentär verfolgt, weshalb das Projekt BewegtVersorgt neben der Etablierung einer wirkungsvollen Bewegungsversorgungskette besonders das Aufgabengebiet der Bewegungsfachberufe in den Fokus nimmt.
Motive und Barrieren für ein gesundheitsförderliches Bewegungsverhalten bei Schichtarbeitern
Authors: Strobl Helmut , Bergler Daniel 
Published: December 2020

ZusammenfassungRegelmäßige Bewegung stellt einen wichtigen Bestandteil eines gesundheitsförderlichen Lebensstils dar, speziell auch für Schichtarbeiter. Die regelmäßige Ausübung eines Bewegungsverhaltens hängt unter anderem von der Ausprägung der handlungsleitenden Motive sowie der wahrgenommenen Barrieren ab. Ziel dieser Studie ist es, handlungsleitende Motive sowie wahrgenommene Barrieren von Schichtarbeitern zu analysieren. Daraus sollen Handlungsempfehlungen für die bedarfsgerechte Ausgestaltung von Bewegungsangeboten im betrieblichen Setting abgeleitet werden. An einem Standort eines deutschen Großkonzerns wurden n = 664 Beschäftigte verschiedener Arbeitszeitmodelle mit einem standardisierten Fragebogen anonym befragt. Als Fragebogeninstrumente wurden eine modifizierte Fassung des Berner Motiv- und Zielinventars (BMZI) sowie ein international bewährter Fragebogen zur Erfassung von wahrgenommenen Barrieren eingesetzt. Gruppenunterschiede zwischen den verschiedenen Arbeitszeitmodellen wurden diskriminanzanalytisch untersucht. Die Motive Gesundheit und Ablenkung / Entspannung sowie die Barrieren Fehlende Motivation, Fehlende soziale Unterstützung, Unwissenheit, Ungeeignetes Angebot sowie Sorge vor Verletzungen tragen zur Unterscheidung zwischen Schichtarbeitern und in Gleitzeit / Außertariflich Beschäftigten bei (λ=0,746; χ2(36)=173,864; p <,001). Zeitmangel und Freude an der Bewegung tragen zur Unterscheidung zwischen Beschäftigten der Dauernachtschicht und der Wechselschicht bei (λ= 0,882; χ2(22)=74,538; p <,001). Zeitmangel und soziale Kontakte tragen schließlich zur Unterscheidung zwischen Beschäftigten der Dauernachtschicht und der kontinuierlichen Schicht bei (λ=0,960; χ2(10)=24,116; p=,007). Maßnahmen zur Bewegungsförderung von Schichtarbeiten sollten einerseits die strukturellen Voraussetzungen, wie z. B. die Gestaltung der Arbeitszeit, berücksichtigen. Damit kann für die betroffenen Personen auch die Teilhabe am sozialen Leben erleichtert werden. Darüber hinaus deuten die Ergebnisse darauf hin, dass Erkenntnisse aus der genderspezifischen Forschung zur Bewegungsförderung insbesondere auch im Bereich der Schichtarbeit Geltung haben könnten.
Herausforderungen für die Kompetenzorientierung im Gesundheitssport
Authors: Carl Johannes ,   im Namen des Netzwerks Bewegungsbezogene Gesundheitskompetenz
Published: December 2020

ZusammenfassungWeltweit ist körperliche Inaktivität weit verbreitet. Das diesbezügliche Ziel der Weltgesundheitsorganisation ist eine deutliche Reduktion, wofür Maßnahmen zur Verbesserung von umwelt- und systembezogenen Bedingungen ebenso benötigt werden, wie eine Stärkung des individuellen Verhaltenspotenzials. Die gesundheitsbezogene Bewegungsförderung hat sich in den vergangenen Jahren einer zunehmenden Kompetenzorientierung angenommen, welche sich zum Beispiel in dem Bezug zu bewegungsbezogener Gesundheitskompetenz (BGK) ausdrückt. Dieses Modell nimmt an, dass das Vorliegen von Bewegungs-, Steuerungs- und Selbstregulationskompetenz eine Voraussetzung für die Aufrechterhaltung eines körperlich aktiven Lebensstils darstellt. Diese Arbeit berichtet zunächst von der Gründung eines Netzwerks mit Akteurinnen und Akteuren aus dem deutschsprachigen Raum, die sich gegenwärtig mit dem BGK-Modell oder dem verwandten Physical-Literacy-Ansatz befassen. Im Anschluss rücken zwei Auftaktveranstaltungen in den Vordergrund, bei welchen zukünftige Herausforderungen für den kompetenzorientierten Gesundheitssport in Forschung und Praxis identifiziert wurden. Dabei wurden für die Zukunft drei wichtige Themenfelder identifiziert: „Herausforderungen auf begrifflich-konzeptioneller Ebene“, „Herausforderungen auf dem Gebiet von Messverfahren“ und „Interventionelle und vermittlungsbezogene Aspekte“.