bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Genetic variants of the TCF4, LSM1, and CCDC60 genes are associated with schizophrenia
Authors: Бочарова А.В. , Марусин А.В. , Иванова С.А. , Федоренко О.Ю. , Семке А.В. , Степанов В.А. 
Published: November 2020

Проведен анализ ассоциаций 30 однонуклеотидных полиморфизмов генов в группах больных шизофренией и контроле общей численностью 1020 образцов ДНК представителей русской популяции Сибирского региона. Для исследования были отобраны маркеры, показавшие ассоциацию с шизофренией или ее когнитивными эндофенотипами в широкогеномных ассоциативных исследованиях. Мультиплексное генотипирование проводилось на платформе «MassARRAY System 4». В результате проведенного анализа выявлены статистически значимые ассоциации, как для аллелей, так и для генотипов полиморфных вариантов генов TCF4, LSM1, CCDC60. Совокупность полученных данных указывает на то, что гены TCF4 и LSM1, вероятно, играют существенную роль в патогенезе шизофрении в популяциях мира.
1020 DNA samples of two groups of people (schizophrenia and control) from the Russian population were analyzed using 30 SNPs. As the analyzed markers, SNPs were selected that showed an association with schizophrenia or variability of cognitive abilities in genome-wide association studies. Multiplex genotyping was performed using the MassARRAY System 4 platform. As a result of the analysis, statistically significant associations were revealed for polymorphic variants of the TCF4, LSM1, CCDC60 genes. Our results confirm the role of the TCF4 and LSM1 genes in the schizophrenia pathogenesis in world populations.
The role of exon II HTR2A transcript isoforms in the development of mental pathologies and antipsychotic therapy prognosis
Authors: Грунина М.Н. , Заботина А.М. , Журавлев А.С. , Насырова Р.Ф. , Тараскина А.Е. 
Published: November 2020

Психические расстройства ассоциированы с нарушением паттерна изоформ транскриптов экзона II гена HTR2A за счет преобладания альтернативной изоформы Е2-. При этом высокий уровень экспрессии изоформы Е2- ассоциирован с благоприятным прогнозом антипсихотической терапии.
The aim of the study was to analyze the role of exon II HTR2A gene transcript isoforms and rs6311 genetic variant in the development of mental pathologies and antipsychotic therapy prognosis. Alternative isoforms of exon II HTR2A are associated with the development of mental pathologies and is applicable to predict antipsychotic therapy outcome.
Post-GWAS studies of schizophrenia
Authors: Голимбет В.Е. , Голов А.К. , Царапкин Г.Ю. , Кондратьев Н.В. , Товмасян А.С. , Абашкин Д.А. 
Published: November 2020

Представлены основные направления и полученные результаты проводимых авторами пост-GWAS исследований шизофрении, в том числе эпигенетические исследования, поиск новых регуляторных элементов генома, связанных с патогенезом этого заболевания, создание адекватных клеточных моделей для функциональных исследований.
We present the main directions and results of our post-GWAS studies of schizophrenia, including epigenetic studies, the search for enhancers located in schizophrenia GWAS regions and development of adequate cell models for functional studies.
Plasma exosomal alpha-synuclein in inherited forms of Parkinson’s disease
Authors: Кулабухова Д.Г. , Емельянов А.К. , Сенкевич К.А. , Грачева Е.В. , Милюхина И.В. , Верлов Н.А. , Варфоломеева Е.Ю. , Тимофеева А.А. , Шварцман А.Л. , Пчелина С.Н. 
Published: November 2020

Предполагается, что экзосомы (микровезикулы размером 40-100 нм) могут играть ключевую роль в транспорте патогенных форм альфа-синуклеина при болезни Паркинсона (БП). В настоящем исследовании проведена оценка влияния мутаций в генах GBA и LRRK2 на уровень альфа-синуклеина экзосом плазмы крови. Показано, что мутации в генах GBA и LRRK2 не влияют на уровень альфа-синуклеина экзосом плазмы крови.
Parkinson’s disease (PD) is the second most frequent neurodegenerative disorder. Alpha-synuclein misfolding and aggregation resulting in neurototoxicity is a hallmark of PD. Exosomes (extrcellular vesicles 40-100 nm in size) can play a key role in the transport of pathogenic forms of alpha-synuclein. The aim of our work is to evaluate an effect of GBA and LRRK2 mutations on alpha-synuclein level in exosomes derived from peripheral blood plasma. No significant difference was found for exosomal alpha-synuclein levels patients with sporadic, GBA- and LRRK2- associated PD, PD with dementia compared to controls. Our results indicate that mutations in the LRRK2 and GBA genes do not influence on plasma exosomal alpha-synuclein level.
Neonatal case of dilated cardiomyopathy associated with novel MYH7 and TBX5 genetic variants
Authors: Злотина А.М. , Фомичева Ю.В. , Вершинина Т.Л. , Козырева А.А. , Киселёв А.М. , Первунина Т.М. , Васичкина Е.С. , Костарева А.А. 
Published: November 2020

В настоящем исследовании описан новый случай выраженной дилатационной кардиомиопатии (ДКМП) с ранним дебютом. В семейном анамнезе присутствуют как фенотипы ДКМП разной степени тяжести, так и врожденные структурные пороки сердца. С использованием технологии высокопроизводительного секвенирования был охарактеризован полный спектр генетических вариантов в экзоме пациентки. В результате анализа выявлен новый вероятно-патогенный миссенс вариант в гене MYH7, кодирующем бета тяжелую цепь сердечного миозина (экзон 27, c.G3578T, p.R1193L). Кроме того, найден новый миссенс вариант с неопределенной клинической значимостью в гене TBX5, кодирующем транскрипционный фактор T-box 5 (экзон 7, c.T988A, p.C330S, ENST00000526441). Полученные данные свидетельствуют о том, что комбинация двух генетических вариантов в кардиальных генах может приводить к усилению клинического фенотипа ДКМП.
In the present study we report on a new case of severe early-onset dilated cardiomyopathy (DCM). In family medical history, both DCM phenotypes of different expressivity and congenital structural heart defects (CHDs) were revealed. Using high-throughput sequencing technology, we analyzed a full spectrum of genetic variants in the proband`s exome. On the results of whole-exome sequencing, we identified a novel likely-pathogenic missense variant in MYH7 encoding beta heavy chain of cardiac myosin (exon 27, c.G3578T, p.R1193L). Additionally, the proband possessed a novel missense variant of uncertain clinical significance in TBX5 (exon 7, c.T988A, p.C330S, ENST00000526441). The data obtained suggest that combination of two genetic variants in cardiac genes could cause the deterioration of the DCM clinical phenotype.
Analysis of MIR21 gene methylation level in blood vessels and leukocytes in carotid atherosclerosis by targeting bisulphite sequencing
Authors: Королёва Ю.А. , Марков А.В. , Слепцов А.А. , Зарубин А.А. , Муслимова Э.Ф. , Афанасьев С.А. , Кузнецов М.С. , Козлов Б.Н. , Назаренко М.С. 
Published: November 2020

Методом таргетного бисульфитного секвенирования проанализирован уровень метилирования предполагаемого промоторного региона, CpG-островка и «тела» гена MIR21 в сосудах и лейкоцитах крови у пациентов с атеросклерозом сонных артерий, а также в лейкоцитах крови здоровых индивидов. Выявлено гипометилирование CpG-сайтов в гене MIR21 в сосудах по сравнению с лейкоцитами (вне зависимости от наличия заболевания). В атеросклеротической бляшке 4 последовательных CpG-сайта «тела» гена MIR21 оказались значимо гипометилированы относительно предлежащей макроскопически интактной части сонной артерии. Таким образом, установлена тканеспецифичность метилирования CpG-сайтов в гене MIR21 в сосудах, а также его связь с атеросклерозом сонных артерий.
We analyzed the DNA methylation level of MIR21 gene (proposed promoter, CpG island and gene body) by targeted bisulfite sequencing in blood vessels and leukocytes of patients with carotid artery atherosclerosis and in blood leukocytes of healthy individuals. We detected DNA hypomethylation at the CpG sites in the MIR21 gene in the blood vessels compared to the leukocytes (regardless of the disease). At the same time, 4 consecutive CpG sites of the MIR21 gene body were significantly hypomethylated in atherosclerotic carotid plaque compared to nearby macroscopically intact tissue. Thus, we have shown the tissue specificity at the CpG sites in the MIR21 gene for vessels and its association with carotid artery atherosclerosis.
Search for circular RNAs of the genes involved in lipid metabolism and atherogenesis
Authors: Носова Е.В. , Филиппенков И.Б. , Рожкова А.В. , Дмитриева В.Г. , Дергунов А.Д. , Лимборская С.А. , Дергунова Л.В. 
Published: November 2020

Известно, что некодирующие регуляторные РНК влияют на функцию генов. Ранее мы обнаружили отрицательную корреляцию уровня холестерина липопротеинов высокой плотности (ХС-ЛВП) с содержанием транскриптов ряда генов, участвующих в метаболизме ЛВП и в атерогенезе. В данной работе проведен поиск циклических РНК генов HDLBP и TNFRSF1A, а также анализ их представленности в мононуклеарных клетках пациентов с различающимся содержанием ХС-ЛВП. С помощью биоинформатического анализа предсказаны сети возможных конкурентных взаимодействий миРНК с мРНК или циклоРНК данных генов. Сделано предположение, что обнаруженные циклические РНК играют роль конкурентных эндогенных молекул, участвующих в регуляции функционирования соответствующих генов.
Non-coding regulatory RNAs are known to affect gene function. We found earlier a negative correlation of high-density lipoprotein cholesterol (HDL-C) with transcripts of some genes involved in HDL metabolism and atherogenesis. In this work, we searched for circular RNA of HDLBP and TNFRSF1A genes in mononuclear cells of patients with different level of HDL-C. The network of competitive interactions of siRNAs with mRNA or circRNA of these genes are predicted by bioinformatic analysis. These circRNAs are suggested to function as the competitive endogenous molecules that are involved in the regulation of gene function.
LINE-1 retrotransposon demethylation is associated to atherosclerotic plaques destabilization
Authors: Шарыш Д.В. , Марков А.В. , Слепцов А.А. , Валиахметов Н.Р. , Королева Ю.А. , Казанцев А.Н. , Барбараш О.Л. , Назаренко М.С. 
Published: November 2020

В работе проведен анализ уровня метилирования ретротранспозона LINE-1 в атеросклеротических бляшках сонных артерий, выделенных из них макрофагах и гладкомышечных клетках, а также в лейкоцитах периферической крови пациентов с клинически выраженным атеросклерозом и в лейкоцитах здоровых доноров. Выявлен сниженный уровень метилирования LINE-1 в атеросклеротических бляшках по сравнению с лейкоцитами крови пациентов, а также его связь с гистологическими признаками нестабильности атеросклеротической бляшки.
We analyzed the LINE-1 methylation level in carotid atherosclerotic plaques, macrophages and smooth muscle cells isolated from plaques and in the blood leukocytes of patients with clinically significant atherosclerosis and leukocytes of healthy donors. A reduced level of LINE-1 methylation in atherosclerotic plaques was detected compared to leukocytes, as well as it was associated with the histological features of carotid plaque instability.
Search for new genetic factors associated with the development of hypertrophic cardiomyopathy in the Russian population
Authors: Филатова Е.В. , Шадрина М.И. , Власов И.Н. , Крылова Н.С. , Маслова М.Ю. , Потешкина Н.Г. , Сломинский П.А. 
Published: November 2020

Гипертрофическая кардиомиопатия (ГКМП) - самая распространённая форма наследственных заболеваний сердца с преимущественно аутосомно-доминантным типом наследования. Однако до сих пор не выявлены все гены, которые могут быть связаны с патогенезом ГКМП. В связи с этим, целью данной работы стали изучение и поиск новых генетических факторов, связанных развитием ГКМП в российской популяции.
Hypertrophic cardiomyopathy (HCM) is the most common form of inherited heart disease with a predominantly autosomal dominant type of inheritance. However, all genes that may be associated with the pathogenesis of HCMP have not yet been identified. In this regard, the aim of this work was to search for new genetic factors associated with the development of HCM in the Russian population.
A study of the expression of circular RNAs of the Ece1, Mvp, Egfem1, Cdyl and Rgs9 genes in transient cerebral ischemia model conditions
Authors: Валиева Л.В. , Филиппенков И.Б. , Ставчанский В.В. , Денисова А.Е. , Губский Л.В. , Лимборская С.А. , Дергунова Л.В. 
Published: November 2020

Методом ПЦР в реальном времени в подкорковых структурах мозга крыс, содержащих очаг ишемического повреждения, показано активирующее влияние ишемии на экспрессию циклических РНК (циклоРНК) генов Ece1, Mvp, Egfem1 и Cdyl, а также репрессирующее влияние на экспрессию циклоРНК гена Rgs9. Биоинформатический анализ выявил возможные цис-регуляторные взаимодействия между микроРНК, а также циклоРНК и мРНК исследуемых генов, что указывает на функциональную роль данных циклоРНК в ответе клеток мозга на ишемию.
Using real-time PCR, the activating effect of ischemia on the expression of circular RNAs (circRNAs) of Ece1, Mvp, Egfem1 and Cdyl genes, as well as the repressing effect on the expression of circRNA of the Rgs9 gene, is shown in the subcortical structures of the rat brain containing the focus of ischemic damage. Bioinformatics analysis revealed possible cis-regulatory interactions between miRNAs, as well as circRNAs and mRNAs of the studied genes. The result indicates the functional role of these circRNAs in the response of brain cells to ischemia.
Modeling of pharmacokinetic processes of distribution of cisplatin in tumor tissues
Authors: Гиневский Д.А. , Ижевский П.В. , Шейно И.Н. , Левитова Д.Г. 
Published: November 2020

Разработана математическая модель пространственно-временного распределения радиомодифицирующего агента химиотерапевтического препарата цисплатина с заданными физико-химическими свойствами на тканевом и клеточном уровнях организации биологической ткани. Эксперимент in silico позволил получить данные о кинетике внутриклеточного распределения цисплатина. Модель может быть адаптирована для определения 3D кинетики наночастиц, а также других препаратов для диагностики или терапии злокачественных новообразований.
A mathematical model of the space-time distribution of a radiomodifying agent - a chemotherapeutic drug - cisplatin with specified physical and chemical properties at the tissue and cellular levels of the biological tissue organization has been developed. The in silico experiment provided data on the kinetics of the intracellular distribution of cisplatin. The model can be adapted to determine the 3D kinetics of nanoparticles, as well as other drugs for the diagnosis or therapy of malignant neoplasms.
Identification of DNA differential methylation markers in breast tumors with different response to neoadjuvant chemotherapy
Authors: Сигин В.О. , Игнатова Е.О. , Литвяков Н.В. , Калинкин А.И. , Стрельников В.В. , Танас А.С. 
Published: November 2020

Рак молочной железы (РМЖ) занимает лидирующие позиции среди новообразований у женщин по показателям заболеваемости и смертности. Несмотря на то, что неоадъювантная химиотерапия (НАХТ) позволяет добиться высоких результатов лечения, остается значительная часть пациенток с резидуальной опухолью и значимо худшим прогнозом. Мы провели широкогеномный анализ метилирования ДНК и выявили 33 гена, метилирование промоторных областей которых различается в опухолях молочной железы с различным ответом на НАХТ. Полученные результаты создают основу формирования систем маркеров метилирования ДНК для диагностики потенциальной чувствительности опухолей молочной железы к НАХТ.
Breast cancer (BC) occupies a leading position among neoplasms in women in terms of morbidity and mortality. Despite the advantages of neoadjuvant chemotherapy (NACT) which allows achieving high treatment results, a significant part of patients with residual tumor and significantly worse prognosis remains. We have carried out a genome-wide DNA methylation analysis and identified 33 genes methylation of which distinguishes breast tumors with different responses to NACT. Our findings provide the basis for development of test systems for diagnostics of potential sensitivity of breast tumors to NACT via DNA methylation analysis.
Analysis of the copy number of the BRCA1, NF-κB1 and PARP1 genes in patients with luminal B breast cancer
Authors: Цыганов М.М. , Ибрагимова М.К. , Певзнер А.М. , Гарбуков Е.Ю. , Гаптулбарова К.А. , Слонимская Е.М. , Литвяков Н.В. 
Published: November 2020

Целью работы явилась оценка связи хромосомных аберраций генов BRCA1, NF-κB1, PARP1 в опухолевой ткани молочной железы с эффектом химиотерапии и прогнозом заболевания. В исследование включены 85 больных люминальным В раком молочной железы IIA-IIIB стадии, с морфологически верифицированным диагнозом, в возрасте 25-68 лет (47,8±1,1). Было установлено, что наибольшая частота делеций наблюдается в гене BRCA1 (36%, 30 случаев из 85). Частота амплификаций PARP1 в исследуемой группе больных РМЖ достигает 62% (53 случая из 85). Наименьшее число хромосомных аберраций наблюдается в гене NF-κB1, всего у 22 больных наблюдаются делеции и амплификации данного гена (26%). Показано, что делеция гена BRCA1 сопряжена с хорошим ответом на неоадъювантную химиотерапию вне зависимости от наличия хромосомных аберраций других генов. При этом амплификация PARP1 связана с плохим прогнозом заболевания.
The aim of the work was to assess the relationship of chromosomal aberrations of the BRCA1, NF-κB1, PARP1 genes in breast tumor tissue with the effect of chemotherapy and prognosis of the disease. The study included 85 patients with luminal stage IIA-IIIB breast cancer, with a morphologically verified diagnosis, aged 25-68 years (47.8±1.1). As a result of the study, the CNA frequency of the studied genes was estimated. It was found that the highest deletion rate is observed in the BRCA1 gene (36%, 30 cases out of 85). The frequency of amplification of PARP1 in the studied group of breast cancer patients reaches 62% (53 cases out of 85). The smallest number of chromosomal aberrations is observed in the NF-κB1 gene; in only 22 patients, deletions and amplifications of this gene are observed (26%). it was found that the deletion of the BRCA1 gene is associated with a good response to neoadjuvant chemotherapy, regardless of the presence of chromosomal aberrations of other genes. Moreover, amplification of PARP1 is associated with a poor prognosis of the disease.
Variants in the ASXL1 and DMNT3A genes are potential markers of the effectiveness of tyrosine kinase inhibitors therapy in chronic myeloid leukemia
Authors: Адильгереева Э.П. , Никитин А.Г. , Жегло Д.Г. , Шухов О.А. , Смирнихина С.А. , Челышева Е.Ю. , Лавров А.В. , Туркина А.Г. , Куцев С.И. 
Published: November 2020

Хронический миелоидный лейкоз (ХМЛ) - онкогематологическое заболевание. Благодаря разработке таргетных препаратов ингибиторов тирозинкиназ (ИТК) достигнуты большие успехи в лечении ХМЛ, однако около 20-40% пациентов резистентны к терапии. Цель исследования - обнаружение экзомных вариантов, обуславливающих различную эффективность терапии ХМЛ. Нами было проведено севенирование экзома 60 пациентов, страдающих ХМЛ, на платформе Illumina NextSeq® 550 Sequencing System. Были обнаружены варианты в генах ASXL1, DNMT3A в группе пациентов, резистентных к терапии ИТК. Выявленные варианты могут быть ассоциированы с резистентностью к терапии ИТК.
Chronic myeloid leukemia (CML) is an oncohematological disease. Great success has been achieved in the treatment of CML due to the development of targeted drugs for tyrosine kinase inhibitors (TKI), but about 20-40% of patients are resistant to therapy. The aim of the study was the detection of exome variants causing resistance to CML therapy. We examined the exomes of 60 CML patients using the Illumina NextSeq® 550 Sequencing System platform. In the group of patients resistant to TKI therapy, loss-of-function variants were revealed in the ASXL1 and DNMT3A genes. Identified variants may be associated with resistance to TKI therapy.
Therapeutic Drug Monitoring: Performance of a FRET-Based Point-Of-Care Immunoassay for the Quantitation of Infliximab and Adalimumab in Blood
Authors: Ong Edgar , Huang Ruo , Kirkland Richard , Westin Stefan , Salbato Jared , Bray Kurt , Mimms Larry , Hale Michael 
Published: November 2020

Two fast (<5 min), time-resolved fluorescence resonance energy transfer (FRET)-based immunoassays (Procise IFX™ and Procise ADL™) were developed for the quantitative detection of infliximab (IFX), adalimumab (ADL), and their respective biosimilars for use in therapeutic drug monitoring (TDM) using 20 µL of finger prick whole blood at the point-of-care or whole blood/serum in a central lab. Studies were performed to characterize analytical performance of the Procise IFX and the Procise ADL assays on the ProciseDx™ analyzer. The Procise IFX and Procise ADL assays both showed good analytical performance with respect to sensitivity, specificity, linearity, and precision suitable for routine clinical use as well as excellent correlation to current commercial ELISA IFX and ADL measurement methods. Results indicated that the Procise IFX and Procise ADL assays are sensitive, specific, and precise yielding results in less than 5 minutes from either whole blood or serum. This indicates the Procise IFX and Procise ADL assays are useful for obtaining fast and accurate IFX or ADL quantitation, thus avoiding delays inherent to current methods and enabling immediate drug level dosing decisions to be made during a single patient visit.
Influence of mineral fertilizers and seeding rates on the yield and quality of spring wheat grain
Authors: Kuznetsov Dmitry Aleksandrovich 
Published: November 2020

The article presents the results of field research conducted in 2018-2019 on leached Chernozem of the Volga forest-steppe. The objects of research are varieties of spring wheat-Tulaykovskaya 10, Yoldyz and Tulaykovskaya 108. At different seeding rates of 5.0 and 5.5 million germinating seeds per ha, the effect of mineral fertilizers on 1 ha was studied. They were represented by a complete mineral fertilizer (azofoska) and fertilizing with a mineral nitrogen fertilizer in the tillering phase at doses of 30, 60 and 90 kg of AD/ha against this background. Analysis of the yield of spring wheat varieties indicates that the harvest of grain variety Yoldyz in variants with a seeding rate of 5.5 million germinating seeds per ha against the background of the application of ammonium nitrate at a dose of 60 kg of DA (2.52 t/ha) was superior to other varieties Tulaykovskaya 10 and Tulaykovskaya 108 (2.51 and 2.46 t/ha). The maximum increase in seed productivity when adding ammonium nitrate in the tillage phase of the crop was in Tulaykovskaya 10 variety (0.34 t/ha), the lowest in the Yoldyz variety (0.06 t/ha) compared to the variant with amofoska application in the pre-sowing cultivation. When increasing the doses of nitrogen fertilizers there was an increase in the water content of all the studied varieties by 1-3 PCs. While increasing the seeding rate from 5.0 to 5.5 million germinating seeds per 1 ha the number of grains in the ear changed on average for varieties by 1-2 PCs. Of all the studied varieties, the largest mass of 1,000 grains was in the Yoldyz variety (40.56 g) after azofoska application in the presowing cultivation + N60 during tillering at a seeding rate of 5.0 million germinating seeds per 1 ha, the smallest in the Tulaykovskaya 108 variety (37.87 g) after azofoska application at a dose of 0.15 t/ha at a seeding rate of 5.0 million germinating seeds per 1 ha.