bluuebunny/crossref_metadata_2025_split huggingface dataset:
Tocilizumab improves survival in severe COVID-19 pneumonia with persistent hypoxia: A retrospective cohort study with follow-up from Mumbai, India
Authors: Gokhale YOJANA , Mehta Rakshita , Kulkarni Uday , Karnik Nitin , B.Tech Sushant Gokhale , Sundar Uma , Chavan Swati , Kor Akshay , Thakur Sonal , Trivedi Trupti , Kumar Naveen , Bavej Sujata , Wadal Aniket , Kolte Shaonak , Deolankar Aukshan , Pednekar Sangeeta , Kalekar Lalana , Padiyar Rupal , Londhe Charulata , Darole Pramod , Pol Sujata , Goke Seema Bansode , Padwal Namita , Pandye Dharmendra , Yadav Dhirendra , Joshi Anagha , Badgujar Harshad , Trivedi Mayuri , Shah Priyanshu , Bhavsar Prerana 
Published: October 2020

Abstract
Background: Cytokine storm triggered by Severe Corona Virus Disease 2019 (COVID-19) is associated with high mortality. With high ‘Interlukin -6’ (IL-6) levels reported in COVID-19 deaths in China1, IL-6 is considered to be the key player in COVID-19 cytokine storm. Tocilizumab, a monoclonal antibody against IL-6 receptor, is used on compassionate grounds for treatment of COVID-19 cytokine storm. Aim of this study was to assess effect of tocilizumab on mortality due to COVID-19 cytokine storm.Method: This retrospective, observational study included patients of severe COVID-19 pneumonia with persistent hypoxia (defined as saturation 94% or less on supplemental Oxygen of 15 L per minute through non-rebreathing mask or PaO2/FiO2 ratio of less than 200) who were admitted to tertiary care center in Mumbai, India, between 31st March to 5th July 2020. In addition to standard care, single Inj. Tocilizumab 400mg was given intravenously to 151 consecutive COVID-19 patients with persistent hypoxia from 13th May to 5th July 2020. These 151 patients were retrospectively analysed and compared with historic controls i.e consecutive COVID-19 patients with persistent hypoxia, defined as above (N=118, from our first COVID-19 admission on 31st March to 12th May 2020 ie till tocilizumab was available in hospital). Univariate and multivariate Cox regression analysis was performed for identifying predictors of survival. Statistical analysis was performed using IBM SPSS version 26.Results: On multivariate Cox regression analysis, independent predictors of survival were use of tocilizumab (HR 0.621, 95% CI 0.427-0.903, P 0.013) and higher oxygen saturation.Conclusion: Tocilizumab improved survival in severe COVID-19 pneumonia with persistent hypoxia
Petrographic Analysis of the Palaeocene-Eocene Phosphate-Bearing Rocks of Eastern Dahomey Basin, Southwestern Nigeria.
Authors: Olanipekun Timileyin , Bolarinwa Anthony 
Published: October 2020

Abstract
Phosphorus is ubiquitous for its essential function in plant growth. Phosphate-bearing rocks include phosphorites and rocks that host phosphate mineral. Phosphorites, rocks containing ≥18 % phosphorus-pentoxide (P2O5), are essential sources of phosphorus. Due to the vast application of phosphorites in the manufacture of fertilisers and industrial products, the study of phosphate bearing rocks is crucial. This article examines the mineral component and structure of phosphate-bearing rocks in the Eastern Dahomey Basin, Southwestern Nigeria. Eleven pulverised samples of phosphatic rocks were analysed, employing a microscope, for petrographic studies. Three major types of phosphorites exist in the Eastern Dahomey Basin: Granular (which are composed of oolitic and pelletal structures), Nodular (which comprises cylindrical, rectangular, ellipsoidal shapes), and the vesicular (which either have coarse or fine forms) varieties. The phosphorites contain fluorapatite (as the dominant mineral), calcite, quartz, and glauconite. Generally, the phosphorites are fossiliferous (lamellibranches, echinoderms, shell, and bone fragments are observable). The phosphatic limestones are micrite (allochems) hosting collophane (specks of fine-textured fluorapatite) and glauconite. While fluorapatite occurs in the phosphatic claystone, it is glauconitic, just as the gypsum. The results of the petrographic analysis indicated the influence of seawater in the deposition of the phosphate-bearing rocks in an oxic environment.
A Medium-Sized Nanoclusters Au38: A Numerical Finite-Difference Method with DFTB Approach
Authors: Vishwanathan K. 
Published: October 2020

Abstract
We present a vibrational spectrum analysis ofAu38cluster, with energy(-4.95 eV/atom) having a group symmetry C1. We have carried out DFTB calculation by using the numerical finite-difference method and extracted the required force constants. Our calculations have confirmed with the experimental results, that is, a thermodynamically very stable structure cannot be crystalline, but having a high probability of amorphus. The lowest energy geometrical structures are being confirmed by comparison (of the nuclei coordination numbers) of the different axis of rotations at a standard orientation of crystal shape. Moreover, we have accurately predicted the vibrational frequency range from 1.62 to 298.53 cm−1at ∆E = 0. Significantly, the spectrum has shown 10 sets of double state degeneracy and the rest of the 88 spectrum’s are having independent single state degeneracy. Amazingly, at NVM 101,102 that gives a pair of degeneracy {238.54, 238.89} cm−1 that has occurred within the range of Mid Infrared MIR, IR-C 3330-200 cm−1. Nevertheless, our investigation has revealed that the vibrational spectrum strongly depends upon the size, shape, and structure, as well as, stretching and bending vibrations of the atoms.
Nosocomial infections associated to COVID-19 in the Intensive Care Unit. Clinical characteristics and outcome
Authors: BARDI TOMMASO , Pintado Vicente , Gomez-Rojo Maria , Escudero-Sanchez Rosa , Lopez Amal Azzam , Diez-Remesal Yolanda , Castro Nilda Martinez , Ruiz-Garbajosa Patricia , Pestaña David 
Published: October 2020

Abstract
Background: Bacterial and fungal co-infection has been reported in patients with COVID-19, but there is limited experience on these infections in critically ill patients.Aim: To assess the characteristics and outcome of ICU-acquired infections in COVID-19 patients.Methods: In this retrospective single-centre, case-control study, we included 140 patients with severe COVID-19 admitted to the ICU between March and May 2020. We evaluated the epidemiological, clinical and microbiological features, and outcome of ICU-acquired infections.Results: Fifty seven patients (40.7%), developed a bacterial or fungal nosocomial infection during ICU stay. Infection occurred after a median of 9 days (IQR 5-11) of admission, and was significantly associated with the APACHE II score (p=0.02). There were 91 episodes of infection: primary (31%) and catheter-related (25%) bloodstream infections were the most frequent, followed by pneumonia (23%), tracheobronchitis (10%) and urinary tract infection (8%), that were produced by a wide spectrum of Gram positive (55%) and Gram negative bacteria (30%) as well as fungi (15%). In 60% of cases, infection was associated with septic shock, and a significant increase in SOFA score. Overall ICU mortality was 36% (51/140). Infection was significantly associated with death (OR 2.7, 95% CI 1.2-5.9, p=0.015), and a longer ICU stay (p<0.001).Conclusions: Bacterial and fungal nosocomial infection is a common complication of ICU admission in patients with COVID-19. It usually presents as a severe form of infection and it is associated with a high mortality and longer course of ICU stay.
Analysis of the Seismicity Pattern Change for Probabilistic Seismic Hazard Analysis (PSHA) and Mitigation: Mapping the Probability Difference Before Large Earthquake and Its implementation for PSHA &amp; Mitigation around southern off the coast of Sumatra - West Java
Authors: Triyoso Wahyu , Suwondo Aris , Afnimar  
Published: October 2020

Abstract
﻿The implementation of the Seismic Quiescence Index (SQI) into seismic hazard study and analysis mapped around the off southern coast of Sumatra - West Java. The 15 years of Region Time Length (RTL) were used in this study. To construct the SQI, first of all, we divided the period of the declustered shallow earthquake catalog of observation into two parts, i.e., a period of 1978 to 1992 and 1993 to June 2006. Two rate models were then developed to estimate the probability of a given magnitude and a specified time window. The result was then used to determine the probability difference between the two periods of observation and SQI estimation. The SQI then used better to understand the pattern of seismicity changes for PSHA. To construct the model for SHA is done by developing the seismicity rate model of the period 1978 to June 2006 and then weighted by the SQI index. Furthermore, the median Peak Ground Acceleration (PGA) of 10% probability exceedance level for 50 years is estimated and mapped. By incorporating an amplification factor, the PGA value on the surface can be determined. The amplification factor is calculated using the Horizontal-Vertical Spectral Ratio (HVSR) method. This result might be useful for better understand the future PSHA and mitigation before a large earthquake.
Alterations in Mitochondrial Dynamic-related Genes in the Peripheral Blood of Alzheimer’s Disease Patients
Authors: Pakpian Nattaporn , Phopin Kamonrat , Kitidee Kuntida , Govitrapong Piyarat , Wongchitrat Prapimpun 
Published: October 2020

Background:
Mitochondrial dysfunction is a pathological feature that manifests early in the
brains of patients with Alzheimer’s Disease (AD). The disruption of mitochondrial dynamics contributes
to mitochondrial morphological and functional impairments. Our previous study demonstrated that the
expression of genes involved in amyloid beta generation was altered in the peripheral blood of AD patients.

Objective:
The aim of this study was to further investigate the relative levels of mitochondrial genes involved
in mitochondrial dynamics, including mitochondrial fission and fusion, and mitophagy in peripheral
blood samples from patients with AD compared to healthy controls.

Methods:
The mRNA levels were analyzed by real-time polymerase chain reaction. Gene expression
profiles were assessed in relation to cognitive performance.

Results:
Significant changes were observed in the mRNA expression levels of fission-related genes; Fission1
(FIS1) levels in AD subjects were significantly higher than those in healthy controls, whereas Dynamin-
related protein 1 (DRP1) expression was significantly lower in AD subjects. The levels of the
mitophagy-related genes, PTEN-induced kinase 1 (PINK1) and microtubule-associated protein 1 light
chain 3 (LC3), were significantly increased in AD subjects and elderly controls compared to healthy
young controls. The mRNA levels of Parkin (PARK2) were significantly decreased in AD. Correlations
were found between the expression levels of FIS1, DRP1 and PARK2 and cognitive performance scores.

Conclusion:
Alterations in mitochondrial dynamics in the blood may reflect impairments in mitochondrial
functions in the central and peripheral tissues of AD patients. Mitochondrial fission, together with
mitophagy gene profiles, might be potential considerations for the future development of blood-based
biomarkers for AD.
Effects of Transport Medium Composition on In vitro Drug Permeation Across Excised Pig Intestinal Tissue
Authors: Peterson Bianca , Heystek Henrico , Hamman Josias H. , Steyn Johan D. 
Published: October 2020

Background::
Knowledge of the permeation characteristics of new chemical entities
across biological membranes is essential to drug research and development. Transport medium
composition may affect the absorption of compounds during in vitro drug transport testing. To preserve
the predictive values of screening tests, the possible influence of transport media on the solubility
of model drugs and on the activities of tight junctions and efflux transporter proteins (e.g., Pglycoprotein)
must be known.

Objective::
The aim of this study was to compare the impact of different transport media on the bidirectional
transport of standard compounds, selected from the four classes of the Biopharmaceutical
Classification System (BCS), across excised pig intestinal tissue.

Methods::
The Sweetana-Grass diffusion apparatus was used for transport studies. Krebs-Ringer bicarbonate
(KRB) buffer and simulated intestinal fluids in the fed (FeSSIF) and fasted (FaSSIF)
states were used as the three transport media, while the chosen compounds were abacavir (BCS
class 1), dapsone (BCS class 2), lamivudine (BCS class 3) and furosemide (BCS class 4).

Results::
Abacavir exhibited lower permeability in both the simulated intestinal fluids than in the
KRB buffer. Dapsone showed similar permeability in all media. Lamivudine exhibited lower
permeability in FaSSIF than in the other two media. Furosemide exhibited improved transport with
pronounced efflux in FaSSIF.

Conclusion::
Different permeation behaviors were observed for the selected drugs in the respective
media, which may have resulted from their different physico-chemical properties, as well as from
the effects that dissimilar transport media components had on excised pig intestinal tissue.
Effect of Barley Grain on Memory and Brain’s Oxidative Stress Factors in Male Rats
Authors: Shakiba-Jam Batool , Moghani Azam , Kafami Marzieh , Hosseini Mahmoud , Hosseinzadeh Masoud , Naeimi Adel 
Published: October 2020

Background & Objective:
Barley is widely used as a major staple of human food and animal
feed. Several antioxidant phenols are found in barely, which have scavenging properties. The
present study aimed to assess the protective effects of barley seed against the oxidative damage of
brain tissues in a scopolamine-induced memory impairment model.

Materials and Methods:
In total, 32 male albino rats (mean weight: 250±10 g) were divided into
four groups of saline (control), scopolamine, barley seed (100 mg/kg) with scopolamine, and barley
seed alone. The spatial memory function was assessed using the Morris water maze.

Results:
Compared to the scopolamine group, barley seed could decrease the escape latency time
in the treated rats, while the time spent and distance traveled in the target quadrant on the probe
trial increased. Moreover, barley seed could increase the malondialdehyde concentration in the hippocampus
and cortical tissues, while the thiol content was observed to decrease.

Conclusion:
According to the results, the use of dietary barley seed could improve the memory
function in dementia associated with increased oxidative stress.
ОСОБЛИВОСТІ СТРУКТУРНОЇ ПЕРЕБУДОВИ НЕЙРОМ’ЯЗОВИХ З’ЄДНАНЬ ЖУВАЛЬНОГО І СКРОНЕВОГО М’ЯЗІВ У ПОСТНАТАЛЬНОМУ ПЕРІОДІ ОНТОГЕНЕЗУ
Authors: Кошкін О. Є. 
Published: October 2020

Резюме. Скроневий і жувальний м’язи є одними із складових компонентів жувального апарату і беруть участь у багатьох функціях організму: жуванні, ковтанні, диханні, мові. Порушення функцій жувальних м'язів є потужним етіопатогенетичним чинником виникнення аномалій положення зубів і розвитку щелеп, що призводять до аномалії прикусу. Тому метою нашої роботи було встановлення морфогенезу нейром’язових з’єднань (НМЗ) жувального і скроневого м’язів у постнатальному періоді онтогенезу.
Площа НМЗ у 2-міс тварин у скроневому та жувальному м’язах є в 1,6-1,5 раза менша від відповідних величин у 6-міс щурів (у всіх випадках р<0,05). Окремі м’язові волокна 2-міс тварин мають полінейронну іннервацію, тоді як у 6-міс вона є тільки мононейронною. У скроневому м’язі площа НМЗ і патерн галужень термінальних гілочок аксонів є вірогідно більшими за відповідні показники жувального м’яза, при цьому ця закономірність простежується у щурів різних вікових груп.
З віком вірогідно збільшуються площа нейром’язових синапсів, кількість і площа складок засинаптичної перетинки та відстань між ними, кількість синаптичних пухирців. Така перебудова нейром’язових синапсів призводить до зростання чисельності активних зон у них. Площа нейром’язових синапсів є вірогідно більшою у скроневому м’язі ніж у жувальному, при цьому синаптоархітектоніка нейром’язових синапсів у досліджуваних м’язах щурів різних вікових груп суттєво не відрізняється між собою.
ПІСЛЯОПЕРАЦІЙНИЙ ПАРЕЗ КИШЕЧНИКУ: ПРОГНОЗУВАННЯ ТА ЛІКУВАЛЬНА ТАКТИКА НА ОСНОВІ ГЕНЕТИЧНИХ ДОСЛІДЖЕНЬ
Authors: Полянський І. Ю. , Москалюк В. І. , Андрієць В. В. 
Published: October 2020

Резюме. Післяопераційний парез кишечника є важким ускладненням у хірургії. Відсутність прогностичних критеріїв, низька ефективність методів профілактики і лікування вимагають дослідження причин і механізмів його розвитку.
Мета дослідження: розробити ефективні методи профілактики та лікування післяопераційного парезу кишечника.
Матеріали і методи досліджень. Обстежено 124 пацієнти, яким виконані лапаротомні операції, у 61 з яких був післяопераційний парез кишечника. Визначали концентрацію у крові серотоніну та проводили аналіз алелей поліморфних ділянок гену 5-HTTLPR за допомогою полімеразної ланцюгової реакції.
Результати досліджень. Доведена залежність між розвитком післяопераційного парезу кишечника та зниженням концентрації серотоніну, яка генетично детермінована і зумовлена варіантами гену 5-HTTLPR. У більшості таких пацієнтів виявлявся SS-варіант генотипу, який зумовлює низьку концентрацію серотоніну. На основі цього розроблено спосіб прогнозування розвитку післяопераційного парезу кишечника та лікувальна тактика, яка включає способи локального підведення до кишки серотонінергічних препаратів, розширення показань до її інтубації та формування стом. Це дозволило знизити частоту виникнення післяопераційного парезу кишечника.
Висновки:

Післяопераційні порушення скоротливої здатності кишечника залежать від адекватності серотонінергічних механізмів його регуляції, які генетично детерміновані.
Прогнозування виникнення післяопераційного парезу кишечника на основі генетичних досліджень дозволяють персоналізувати лікувальну тактику, попередити його розвиток, змінити обсяг оперативного втручання та медикаментозної терапії, покращити результати лікування.
ДО ПИТАННЯ ОЦІНКИ ЗНАЧЕННЯ ГІПЕРУРИКЕМІЇ З ПОЗИЦІЙ ПРИНАЛЕЖНОСТІ ДО МЕТАБОЛІЧНОГО СИНДРОМУ
Authors: Черняєва А. О. 
Published: October 2020

Резюме. Цілі: проведення аналізу зв’язку гіперурикемії (ГУ) з компонентами метаболічного синдрому (МС) у випадковій популяційній вибірці.
Методи. Група обстежених (n=727) сформована за загальноприйнятими епідеміологічними підходами методом випадкової вибірки з числа робочих і службовців промислового підприємства. Вік обстежених від 18 до 65 років, середній (38,13±5,1) років. МС діагностували згідно спільної проміжної заяви IDF, NHLBI, AHA, WHF, IAS і IASO. Діагностику порушень глюкозного гомеостазу (ПГГ) здійснювали згідно рекомендацій ADA, 2012. Проводили клініко-біохімічне дослідження (антропометричні показники і рівень артеріального тиску, рівень імунореактивного інсуліну, показники ліпідограми, концентрацію сечової кислоти в крові), ступінь виразності інсулінорезистентності оцінювали за індексом HOMA2_IR. Статистичний аналіз отриманих даних проводили з використанням “Statgraphics Plus for Windows 3.0». ГУ діагностовано у 16,2 % осіб у випадковій статистичній вибірці.
Результати. ГУ діагностовано у 16,2 % осіб. Встановлено, що у осіб із ГУ підвищується вірогідність діагностики ПГГ в 5,1 разів, цукрового діабету (ЦД) 2 типу в 3,7 рази, ожиріння в 2,9 рази, артеріальної гіпертензії (АГ) в 2,3 рази і дисліпідемії в 1,7 рази, відповідно. Визначено, що практично кожний другий випадок ГУ в випадковій популяційній вибірці асоціюється як мінімум ще з двома компонентами МС (АГ+ожиріння), в кожному четвертому випадку – з трьома компонентами (АГ+ожиріння+дисліпідемія), в кожному восьмому випадку – з чотирма компонентами (АГ+ожиріння+дисліпідемія+ПГГ). Встановлено, що в кожний четвертий представник випадкової популяційної вибірки, у якого було діагностовано порушення толерантності до глюкози (ПТГ) і ЦД 2 типу, має «повний» МС; вірогідність діагностики МС у осіб з ПГГ зростає в 10 раз порівняно з популяцією.
Висновки. Якщо верифікацію «повного» МС не обмежувати обов’язковим включенням до його складу ГУ, частота діагностики у одного представника випадкової популяційної вибірки квартету симптомів (ожиріння+АГ+дисліпідемія+гіперінсулінемія) зростає в два рази і складає вже 4% від усієї випадкової популяційної вибірки. За цієї умови у кожного другого представника випадкової популяційної вибірки з ПТГ діагностують «повний» МС.
КЛІНІЧНИЙ ВИПАДОК ПІСЛЯТРАВМАТИЧНОГО ТРОМБОЗУ І ПЕРФОРАЦІЇ ДИСТАЛЬНОГО ВІДДІЛУ ДВАНАДЦЯТИПАЛОЇ КИШКИ ВНАСЛІДОК КЕРМУВАЛЬНОГО УДАРУ ПРИ ЗАКРИТІЙ ТРАВМІ ЖИВОТА
Authors: Покидько М. І. , Грицко Б. М. , Українець В. М. , Демченко Ю. С. , Фунікова А. В. 
Published: October 2020

Резюме. В статті наведений клінічний випадок травматичного пошкодження дистального відділу дванадцятипалої кишки внаслідок тупої травми живота у вигляді повного її розриву і сегментарного посттравматичного тромбозу проксимальної частини худої кишки з аналізом літературних даних діагностики та вибору хірургічної тактики корекції аналогічних пошкоджень. Травми такої локалізації зустрічаються відносно рідко і складають серед травм органів черевної порожнини 0,9-5%, однак складна діагностика, відсутність стандартизованої хірургічної тактики і висока летальність – від 10 до 40% визначають актуальність проблеми для досліджень та обміну власним досвідом.
Анатомічно глибоке розташування ДПК обумовлює достатньо сильний захист при передніх травмах та задніх за рахунок хребта й масивного м’язевого шару. В зв’язку з цим механічні пошкодження зустрічаються досить рідко, проте з клінічної точки зору, такий природній захист має негативні наслідки, обумовлені складною, іноді пізньою, діагностикою, що призводить до розвитку важких ускладнень та високої летальності.
Таким чином, термін від отримання травми до початку лікування є визначальним фактором, який обумовлює вірогідність розвитку ускладнень і, безперечно, результат лікування. Проте, складність діагностики призводить до затримки визначення пошкодження ДПК > 12 год. у 53%, а у 28% терміни діагностики перевищують > 24 год. Відомо, що затримка вчасної діагностики травми ДПК на строк більше доби, призводить до зростання летальності до 40%, тоді як діагностика в більш пізні терміни зумовлює летальність, яка наближається до 100%
Методом вибору оперативного втручання є мобілізація заочеревинного відділу кишки з накладанням дуоденоєюноанастомозу та відключенням шлунково-дуоденального пасажу.
Ключові слова: абдомінальна травма, клінічний випадок, шлунок та дванадцятипала кишка