Μοριακή τυποποίηση στελεχών ειδών candida από συστηματικές μυκητιάσεις ανοσοκατασταλμένων ασθενών
Authors: Τέγος Νικόλαος 
Published: August 2021

Οι μυκητιακές λοιμώξεις, ιδίως οι λοιμώξεις από είδη Candida, αναδεικνύονται πλέον σε μείζον ιατρικό και κοινωνικό πρόβλημα, που απαιτεί ταχεία και επακριβή αναγνώριση του παθογόνου μύκητα. Στην παρούσα μελέτη αναλύθηκαν με μοριακή μεθοδολογία επιλεγμένες γενετικές περιοχές των Candida-yονιδιωμάτων, προκειμένου να χρησιμοποιηθούν ως μοριακοί δείκτες ταυτοποίησης και τυποποίησης των διαφόρων στελεχών Candida. Η γονιδιακή περιοχή 5S rDNA (συντηρημένη περιοχή) και οι διαγονιδιακές περιοχές ITS 1 και ITS 2 (μεταβλητές περιοχές) του rDNA γονιδιακού συμπλέγματος της Candida μελετήθηκαν με συνδυαστική μεθοδολογία PCR-SSCP και νουκλεοτιδική ανάλυση των SSCPs. Οι γονιδιωματικοί αυτοί δείκτες μελετήθηκαν σε δείγματα DNA 218 ταυτοποιημένων στελεχών Candida της Εθνικής Συλλογής Παθογόνων Μυκήτων (WFCC 2023) και σε δείγματα DNA 108 βιοχημικώς ταυτοποιηθέντων στελεχών Candida, που απομονώθηκαν από 64 ανοσοκατασταλμένους και 22 μη ανοσοκατασταλμένους υπερήλικους ασθενείς με επιβεβαιωμένη ή πιθανή συστηματική λοίμωξη από Candida. Η μοριακή ανάλυση της περιοχής 5S rDNA εμφάνισε υψηλή διακριτική ικανότητα (0,91) και επέτρεψε την ταυτοποίηση των 10 από τα 11 είδη Candida που εξετάσθηκαν. Συγκεκριμένα, ταυτοποιήθηκαν τα στελέχη C. albicans, C. parapsilosis, C. glabrata, C. tropicalis, C. krusei, C. rugosa, C. kefyr, C. pulcherimma, C. famata και C. guilliermondii. H C. dubliniensis δεν ταυτοποιήθηκε λόγω προσόμοιου ηλεκτροφορητικού προτύπου με αυτό της C. albicans. Στα 10 ταυτοποιηθέντα είδη Candida βρέθηκαν, κατά τη νουκλεοτιδική ανάλυση, 8 νέες αλληλουχίες μη περιγραφείσες διεθνώς. Επιτυχής ταυτοποίηση στελεχών έγινε και σε μικτά δείγματα που περιείχαν 2 ή 3 διαφορετικά είδη Candida. Η ανάλυση της περιοχής ITS 1 έδειξε ότι η διαγονιδιακή αυτή περιοχή είναι εξελικτικά συντηρημένη στην C. albicans και μεταβλητή στην C. tropicalis (4 υπότυποι) και C. parapsilosis (4 υπότυποι). Αντίθετα, η περιοχή ITS 2 βρέθηκε στην C. albicans με 8 διακριτούς υπότυπους, εκ των οποίων οι 5 ήταν πρωτοπεριγραφόμενοι. Τα αποτελέσματα της μελέτης αυτής καταδεικνύουν ότι περιοχή 5S rDNA προσφέρεται, κατά την PCR-SSCP ανάλυση, ως μοριακός δείκτης ταυτοποίησης των διαφόρων ειδών Candida. Η ανάλυση της περιοχής ITS 2 εμφανίζεται ως πολύτιμος μοριακός δείκτης, διαγνωστικά και επιδημιολογικά, για την αναγνώριση των διαφόρων υπότυπων της C. albicans. Αντίθετα, η ανάλυση της περιοχής ITS 1 δεν προσφέρεται για τυποποίηση C. albicans στελεχών, ενώ ενδεχομένως προσφέρεται για αναγνώριση υπότυπων μη-C albicans στελεχών. Από τα 108 ταυτοποιηθέντα στελέχη Candida, που απομονώθηκαν σε κλινικά δείγματα, 55% ήταν C. albicans, 21% C. tropicalis και 9% C. glabrata. Η ανάπτυξη λοιμώξεων από μη-C.a είδη βρέθηκε αυξημένη σε ασθενείς με βαριά κλινική κατάσταση και σε ασθενείς που νοσηλεύθηκαν στη ΜΕΘ. Στους ανοσοκατασταλμένους ασθενείς υπερείχαν οι λοιμώξεις από C.a στελέχη και επισημάνθηκαν λοιμώξεις από ασυνήθη μη-C.a είδη. Σε αντίθεση προς τα επιδημιολογικά στοιχεία πολλών μελετών, στην παρούσα μελέτη η C. tropicalis εμφανίσθηκε ως το συχνότερο μη-C.a είδος, ιδίως μεταξύ των μη ανοσοκατασταλμένων ασθενών. Σε σχέση με την κλινική έκβαση των ασθενών, επισημαίνεται το αυξημένο ποσοστό μη-C.a στελεχών στους θανόντες ασθενείς και κυρίως η αυξημένη παρουσία C. krusei στελεχών (15%). Περισσότερα του ενός είδη Candida απομονώθηκαν στο 18,6% των ασθενών (75% με συνύπαρξη βακτηριακής λοίμωξης). Περαιτέρω συσχέτιση ορισμένων μοριακών υπότυπων της C.a με αντίσταση σε αντιμυκητιακά φάρμακα θα ήταν ιδιαίτερης κλινικής χρησιμότητας.