ПОРОДОСПЕЦИФИЧНЫЕ ГЕНЫ-КАНДИДАТЫ, МАРКИРУЮЩИЕ ПРИЗНАКИ МЯСНОЙ ПРОДУКТИВНОСТИ У КРУПНОГО РОГАТОГО СКОТА КАЗАХСКОЙ БЕЛОГОЛОВОЙ ПОРОДЫ
Authors: Белая Е.В. , Ковальчук А.М. , Юлдашбаев Ю.А. , Селионова М.И. 
Published: December 2024

В данной статье представлены результаты поиска и анализа породоспецифичных для казахской белоголовой породы генов-кандидатов, маркирующих признаки мясной продуктивности на основе данных ДНК-типирования животных с помощью чипа GeneSeek GGP Bovine 150K («Illumina Inc.», США). Обработку данных генотипирования для каждого SNP и каждого образца выполняли с использованием программного пакета PLINK 1.9 (http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/). Поиск уникальных областей генома проводился помощью рядов гомозиготности (ROH). Ряды гомозиготности (ROH) оценивали для каждого животного, с помощью PLINK Cattle QTL database. По геномным координатам выявленных породоспецифичных участков генома был проведен поиск QTL, заявленных для этих пород по базе данных Cattle QTL Database. Затем, в этих участках, через базу данных Ensembl.org/ были получены списки генов, локализованных в данных областях генома и некоторые их характеристики. Для характеристики генов-кандидатов использовались данные открытой международной генетической базы http://www.pantherdb.org. Определены уникальные SNP-гаплотипы соответствующие потенциальным QTL у крупного рогатого скота казахской белоголовой породы обнаружены на хромосомах: 2 - участки 67226923:72583890, 73165500:74246725 и 74322634:74444101, 5 - участок 17125373:19048571, 6- участок 64466274:88186013, 13- участки 64228423:64660314 и 13:65140902:65236809, 14- участок 81915831:82174926, 26- участок 48407133:50450382 п.н. Установлено, что гены-кандидаты, локализованные в породоспецифичных областях генома крупного рогатого скота казахской белоголовой породы, обладают трансдукторной и каталитической молекулярной активностью. В частности, у казахского белоголового скота их доли составляют 27,9 и 36,2% соответственно.

This article presents the results of the search and analysis of breed-specific candidate genes for the Kazakh White-Headed breed, marking the traits of meat productivity based on the data of DNA typing of animals using the GeneSeek GGP Bovine 150K chip (Illumina Inc., USA). Genotyping data for each SNP and each sample was processed using the PLINK 1.9 software package (http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/). The search for unique regions of the genome was carried out using the series of homozygosity (ROH). Rows of homozygosity (ROH) were assessed for each animal using the PLINK Cattle QTL database. Based on the genomic coordinates of the identified breed-specific regions of the genome, a search was carried out for QTLs declared for these breeds using the Cattle QTL Database. Then, in these regions, through the Ensembl.org/ database, lists of genes localized in these regions of the genome and some of their characteristics were obtained. To characterize candidate genes, data from the open international genetic base http://www.pantherdb.org were used. Identified unique SNP-haplotypes corresponding to potential QTLs in cattle of the Kazakh White-Headed breed were found on chromosomes: 2 - sites 67226923: 72583890, 73165500: 74246725 and 74322634: 74444101, 5 - site 17125373: 19048571, 6-18 site 644601366274: 88 sections 64228423: 64660314 and 13: 65140902: 65236809, 14- section 81915831: 82174926, 26- section 48407133: 50450382 b.n. It has been established that candidate genes localized in breed-specific regions of the genome of cattle of the Kazakh White-Headed breed have transducer and catalytic molecular activity. In particular, in the Kazakh White-Headed cattle, their shares are 27.9 and 36.2%, respectively.