Analysis of the SLC26A4 gene including its genetic background in patients with hearing impairments and an enlarged vestibular aqueduct from Buryatia
Authors: Чердонова А.М. , Борисова Т.В. , Пшенникова В.Г. , Терютин Ф.М. , Кларов Л.А. , Никанорова А.А. , Романов Г.П. , Соловьев А.В. , Федорова С.А. , Барашков Н.А. 
Published: February 2024

Патогенные варианты гена SLC26A4 ассоциированы как с аутосомно-рецессивной глухотой 4 типа (DFNB4, OMIM #600791), так и с синдромом Пендреда (PS, OMIM #274600). В настоящей работе проведен поиск каузативных вариантов гена SLC26A4 и анализ его генетического окружения (гаплотип CEVA) у шести пациентов из Бурятии с нарушениями слуха и расширенным водопроводом преддверия (EVA), которые в части случаев были сочетаны с кистозными аномалиями улитки (IP-1 и IP-2) и с нарушением тиреоидной функции. Исследование включало клинико-аудиологический анализ порогов слуха, компьютерную томографию височных костей, анализ гормонов гипофизарно-тиреоидной системы (ТТГ, св.Т3 и св.Т4), прямое секвенирование по Сэнгеру кодирующих районов гена SLC26A4 (21 экзон) и генотипирование 12 SNP-маркеров, составляющих гаплотип CEVA. В целом, у обследованных пациентов доля SLC26A4 биаллельных (M2) и моноаллельных случаев в сочетании с CEVA-гаплотипом в транс-положении (M1+CEVA) составила 83,3% (5 из 6 пациентов). При этом, у пациентов бурятов доля случаев с M2 составила 100% (3 из 3 пациентов), в то время как у русских пациентов доля случаев с М2 и М1+CEVA составила 66,6% (2 из 3 пациентов). Высокий мутационный вклад гена SLC26A4 у пациентов бурятов может быть связан с распространенностью в регионе озера Байкал мажорных вариантов этого гена c.919-2A>G (IVS7-2A>G) и c.2027T>A p.(Leu676Gln), характерных для ряда регионов Сибири и Восточной Азии. Идентификация гаплотипа CEVA в транс-положении у одного русского пациента с моноаллельным вариантом гена SLC26A4 (М1+CEVA), свидетельствует об актуальности дальнейшей оценки диагностической значимости CEVA-гаплотипа в когортах российских пациентов с нарушениями слуха.

Pathogenic variants of the SLC26A4 gene are associated with both autosomal recessive deafness type 4 (DFNB4, OMIM #600791) and Pendred syndrome (PS, OMIM #274600). In this work, we searched for causative variants of the SLC26A4 gene and its genetic background (CEVA haplotype) in six patients in Buryatia with hearing impairments and an enlarged vestibular aqueduct (EVA), which in some cases was combined with cystic cochlear anomalies (IP-1 and IP-2) and with impaired thyroid function. The study included clinical and audiological analyses of hearing thresholds, computed tomography of the temporal bones, analysis of hormones of the hypothalamic– pituitary–thyroid axis (TSH, free T3 and free T4), direct Sanger sequencing of the coding regions of the SLC26A4 gene (21 exons) and genotyping of 12 SNPs markers of the CEVA haplotype. In general, among the studied patients, the proportion of SLC26A4 biallelic (M2) and monoallelic cases in combination with the CEVA haplotype in trans-position (M1+CEVA) was 83.3% (5 of 6 cases). At the same time, in Buryat patients, the proportion of cases with M2 was 100% (3 out of 3 cases), while in Russian patients, the proportion of cases with M2 and M1 + CEVA was 66.6% (2 out of 3 cases). The high contribution of the SLC26A4 gene in Buryat patients may be associated with the prevalence of the major variants of this gene c.919-2A>G (IVS7-2A>G) and c.2027T>A p.(Leu676Gln) common for regions of Siberia and Eastern Asia. Identification of the CEVA haplotype in trans-position in one Russian patient with a monoallelic variant of the SLC26A4 gene (M1+CEVA) indicates the relevance of further assessment of the diagnostic significance of the CEVA haplotype in cohorts of Russian patients with hearing impairments.