Εργαστηριακή ανίχνευση, ταυτοποίηση και γονιδιακή ανάλυση των νοροϊών, αδενοϊών, ροταϊών, αστροϊών του ανθρώπου με σύγχρονες μοριακές τεχνικές
Authors: Βόντας Αλέξανδρος 
Published: September 2021

Οι Νόροϊοι, Ρόταϊοι, Αδένοϊοι και Άστροϊοι αποτελούν σημαντικά παθογόνα του ανθρώπου που σχετίζονται με την πρόκληση γαστρεντερίτιδας. Οι Νόροϊοι, Ρόταϊοι και Άστροϊοι είναι RNA ιοί γεγονός που τους καθιστά ευμετάβλητους ενώ οι Αδένοϊοι έχοντας γονιδίωμα DNA είναι λιγότερο επιρρεπείς στις γενετικές αναδιατάξεις. Οι γενετικές ομάδες που έχουν συσχετισθεί με πρόκληση γαστρεντερίτιδας στον άνθρωπο είναι για τους Νόροϊους GI, GII και GIV, για τους Ρόταϊους της ομάδας Α οι G1, G2, G3, G4, G9 και G12, για τους Αδένοϊους οι ορότυποι 40 και 41, για τους Άστροϊούς οι ορότυποι HastV 1-8. Τα επιδημιολογικά δεδομένα για την Ελλάδα όσον αφορά τις γαστρεντερίτιδες ιογενούς αιτιολογίας οφειλόμενες στους Νόροϊους, Ρόταϊους, Αδένοϊους και Άστροϊους είναι λιγότερα συγκριτικά με τα αντίστοιχα των αναπτυγμένων χωρών. Στην παρούσα διατριβή, πραγματοποιήθηκε έρευνα σε μοριακό επίπεδο για την ταυτοποίηση και γονιδιακή ανάλυση των ιικών στελεχών που προκαλούν γαστρεντερίτιδα στον άνθρωπο με στόχο να αναγνωριστεί το γενοτυπικό προφίλ τους και τυχόν μεταβολές αυτού. Παράλληλα, επιδιώκεται και μία εκτίμηση των διαγνωστικών προσεγγίσεων που χρησιμοποιούνται στο κλινικό εργαστήριο για την ανίχνευση τους. Για την επίτευξη των στόχων συλλέχθηκαν 640 διαρροϊκά δείγματα κοπράνων από νοσηλευόμενους ασθενείς κατά τη χρονική περίοδο 2008-2013 που είχαν αποσταλεί από τις κλινικές του Πανεπιστημιακού Νοσοκομείου Λάρισας στο εργαστήριο μικροβιολογίας για την αναζήτηση εντεροπαθογόνων. Μέρος του δείγματος, συλλέχθηκε και αποθηκεύτηκε σε συνθήκες βαθιάς κατάψυξης (-80 oC). Καταγράφηκαν στοιχεία σχετικά με φύλο, ηλικία και ημερομηνία. Στο σύνολο των δειγμάτων πραγματοποιήθηκε screening με real time PCR όπου ανιχνεύθηκαν 105 δείγματα θετικά σε Ρόταϊους, 51 δείγματα θετικά σε Νόροϊους,23 θετικά σε Αδένοϊους και 2 θετικά δείγματα σε Άστροϊους. Το υψηλό ποσοστό θετικών δειγμάτων σε Ρόταϊους αιτιολογείται από τη μικρή μολυσματική δόση, το μεγάλο ιικό φορτίο που αποβάλλεται στα κόπρανα και την αυξημένη ανθεκτικότητα που παρουσιάζει ο ιός στις περιβαλλοντικές συνθήκες. Στα θετικά δείγματα ακολούθησε συμβατική PCR για τον καθορισμό των γονιδιακών τύπων. Στους Ρόταϊους, ο πιο συχνός τύπος που ανιχνεύθηκε ήταν ο G4P[8] και ο αμέσως επόμενος ήταν ο G1P[8]. Κατά τη μελέτη μας πραγματοποιήθηκε και η τυποποίηση ενός σημαντικού αριθμού θετικών δειγμάτων Ροταϊών με τη χρήση multiplex PCR. Στους Νόροϊους τα 47 εξ’ αυτών τυποποιήθηκαν ως GII και τα 4 ως GI. Σε ενδεικτική περαιτέρω μοριακή τυποποίηση θετικών με τη Real Time PCR δειγμάτων, έξι δείγματα τύπου GII βρέθηκε ότι ανήκουν στο γενότυπο GII.4 ενώ ένα δείγμα του τύπου GI ανήκε επίσης στο γενότυπο GI.2. Η φυλογενετική ανάλυση επέδειξε ότι όλα τα στελέχη των οποίων οι αλληλουχίες αναγνώστηκαν είναι όμοια σε μεγάλο βαθμό με στέλεχη που κυκλοφορούν παγκοσμίως. Στην εκτίμηση των διαγνωστικών προσεγγίσεων που χρησιμοποιούνται στο κλινικό εργαστήριο για την ανίχνευση της παρουσίας ρόταϊων πραγματοποιήθηκε σύγκριση ανοσοχρωματογραφικού τεστ ICT, συμβατικής PCR, και real time RT-PCR όπου διαπιστώθηκε ότι η ευαισθησία του ανοσοχρωματογρα-φικού τεστ (ICT) και της συμβατικής cPCR είναι σχεδόν παρόμοια με τιμές 75,24% και 77,14% αντίστοιχα.