Γενετική ανάλυση σε οικογένειες με ιστορικό καρκίνου μαστού και ωοθηκών με χρήση κλασσικής και επόμενης γενεάς (genomic capture) ανάλυσης του γενετικού υλικού
Authors: Κωνσταντά Ειρήνη 
Published: September 2021

Ο καρκίνος του μαστού αποτελεί τον πιο συχνά εμφανιζόμενο καρκίνο και την κυριότερη αιτία θανάτου από καρκίνο στις γυναίκες, τόσο στις αναπτυγμένες όσο και τις αναπτυσσόμενες χώρες, ενώ ο καρκίνος των ωοθηκών αποτελεί τον 8ο πιο συχνό καρκίνο παγκοσμίως. Σήμερα γνωρίζουμε πως ένα ποσοστό 5-10% των καρκίνων του μαστού σχετίζεται με την ύπαρξη μεταλλάξεων υψηλής, μεσαίας ή χαμηλής διεισδυτικότητας σε ογκοκατασταλτικά κυρίως γονίδια. Η ταυτοποίηση και ο χαρακτηρισμός παθογόνου μετάλλαξης σε μία ασθενή συμβάλει στη βέλτιστη κλινική της διαχείριση αλλά και στη δυνατότητα πρόληψης της εμφάνισης μίας νέας κακοήθειας στην ίδια ή σε κάποιο μέλος της οικογένειάς της. Σε ερευνητικό επίπεδο η γενετική ανάλυση στον κληρονομικό καρκίνο του μαστού-ωοθηκών συμβάλει στην κατανόηση των μοριακών μηχανισμών της δημιουργίας και της εξέλιξης της νόσου αλλά και στη βέλτιστη φαρμακευτική αντιμετώπισή της. Η παρούσα διδακτορική διατριβή είχε σκοπό την ταυτοποίηση και τον χαρακτηρισμό μεταλλάξεων όχι μόνο στα γνωστά και υψηλής διεισδυτικότητας γονίδια BRCA1,2 αλλά και σε άλλα γονίδια, λιγότερο γνωστά έως σήμερα. Την ομάδα μελέτης μας αποτέλεσε μεγάλος αριθμός γυναικών με καρκίνο μαστού ή ωοθηκών, με ή χωρίς οικογενειακό ιστορικό. Η ανάλυση ξεκίνησε με τον έλεγχο των γονιδίων BRCA1 και BRCA2 τα οποία λειτουργούν ως σημείο αναφοράς και την κλασσική μέθοδο κατά Sanger. Ανιχνεύθηκαν οκτώ παθογόνοι γενετικές αλλαγές, σε εννέα από τις 111 ασθενείς που αναλύθηκαν για τα γονίδια BRCA1 και BRCA2 (ποσοστό 8,11%) . Μάλιστα οι δύο από το σύνολο των 8 μεταλλάξεων που ανευρέθηκαν στα γονίδια BRCA1,2 αποτελούν καινοφανείς γενετικές αλλαγές, δηλαδή αλλαγές που δεν έχουν καταγραφεί ποτέ στην παγκόσμια βιβλιογραφία. Ανιχνεύθηκαν επιπλέον πέντε παρανοηματικές παραλλαγές αγνώστου κλινικής σημασίας στο σύνολο των ασθενών, για τις οποίες χρησιμοποιήθηκαν διάφορα εργαλεία βιοπληροφορικής με στόχο την αξιολόγηση της παθογένειάς τους.Συνέχεια της μελέτης μας αποτέλεσε η ανάλυση μεγάλου αριθμού γυναικών που είχαν διαγνωσθεί με καρκίνο μαστού ή ωοθηκών για την ανίχνευση της μετάλλαξης (c.706-2A>G) , στο γονίδιο RAD51C. Ο έλεγχος ξεκίνησε με συμβατικές μεθόδους αλληλούχησης (Real Time PCR) και συνεχίστηκε με επόμενης γενεάς αλληλούχηση του γενετικού υλικού. Η εν λόγω μετάλλαξη ταυτοποιήθηκε σε δεκατρείς γυναίκες ασθενείς, που είχαν διαγνωσθεί με καρκίνο μαστού ή ωοθηκών και είχαν ή όχι οικογενειακό ιστορικό. Ακολούθησε η στοχευμένη ανάλυση μεγάλου αριθμού υγιών μετεμμηνοπαυσιακών γυναικών, σε καμία από τις οποίες δεν ανιχνεύθηκε η συγκεκριμένη γενετική αλλαγή, ενώ η ανάλυση απλοτύπων που ακολούθησε απέδειξε πως η εν λόγω αλλαγή αποτελεί ιδρυτική μετάλλαξη για τον ελληνικό πληθυσμό.Παράλληλα, μελετήθηκε εκτενώς το γονίδιο RAD51D στο πλαίσιο της παρούσας διδακτορικής διατριβής, το οποίο ανήκει στην ίδια οικογένεια πρωτεϊνών με το γονίδιο RAD51C. Χρησιμοποιώντας κλασσικές αλλά και νέες μεθόδους αλληλούχησης του γενετικού υλικού, ταυτοποιήσαμε τέσσερις παθογόνους γενετικές αλλαγές αλλά και αρκετά ευρήματα αγνώστου κλινικής σημασίας τα οποία μελετήσαμε στη συνέχεια εκτενώς με σκοπό την αξιολόγηση της παθογένειάς τους. Τέλος, κατά τη διάρκεια της συγκεκριμένης διδακτορικής διατριβής αναλύθηκε το γενετικό υλικό 35 γυναικών με το πολυγονιδιακό πάνελ Trusight Cancer Gene Panel. Όλες οι ασθενείς που έλαβαν μέρος στη μελέτη είχαν διαγνωσθεί με Τριπλά Αρνητικό Καρκίνο του Μαστού σε ηλικία μικρότερη των 35 χρόνων. Το 20% των ασθενών αυτών βρέθηκε να φέρει παθογόνο γενετική αλλαγή σε κάποιο από τα γονίδια BRCA1, BRCA2, ERCC3 και MUTYH. Επιπλέον ταυτοποιήθηκαν ευρήματα αγνώστου κλινικής σημασίας σε γονίδια υψηλής και μεσαίας διεισδυτικότητας όπως τα BRCA2, RAD51C, BRIP1, SLX4, RECQL4 και PALB2.Δεδομένου ότι η πλειονότητα των γονιδίων που φέρουν παθογόνους μεταλλάξεις συμμετέχουν στη διαδικασία του ομόλογου ανασυνδυασμού ενδέχεται οι ασθενείς αυτές να επωφεληθούν από τα φάρμακα νέας γενιάς που στοχεύουν στον ομόλογο ανασυνδυασμό όπως οι αναστολείς της πολυμεράσης PARP.