bluuebunny/crossref_metadata_2025 huggingface dataset:
In silico assessment of the possible pathogenetic effect of the missense variant c.441G>A p.(Met147Ile) of the SLC26A4 gene on the function/structure of the pendrin protein using the AlfhаFold neural network algorithm
Authors: В.Г. Пшенникова, , Г.П. Романов, , Л.А. Кларов, , Н.А. Барашков,
Published: January 2023

В работе впервые проведена in silico оценка возможного патогенетического влияния варианта c.441G>A p.(Met147Ile) гена SLC26A4, имеющего в настоящее время статус -вариант неопределенного значения (US - uncertain significance), на функцию/структуру белка пендрина (SLC26A4), выполненного при помощи нейросетевого алгоритма AlphaFold, предсказывающего пространственную структуру белка, когда подобная структура неизвестна. На основе предсказанной модели третичной структуры пендрина человека, было проведено выравнивание мутантной (p.Met147Ile) и нативной структуры белка с помощью графической программы PyMOL. В результате рассчитанный показатель сходства двух структур RMSD (среднеквадратичное отклонение положения атомов) составил меньше 2 Å, то есть миссенс замена p.(Met147Ile) теоретически не нарушает структурную стабильность белка. Вероятно, патогенетическое влияние мутации происходит на функциональном уровне, поскольку анализируемая замена p.(Met147Ile) находится в критическом участке корового домена (эволюционно консервативный участок α3-спирали TMD), нарушение которого может привести к неправильной транспортировке субстрата или появлению токсичных конформаций в трансмембранной области.

In this work, for the first time, an in silico evaluation of the possible pathogenic effect of the c.441G>A p.(Met147Ile) variant of uncertain significance of the SLC26A4 gene on the function/structure of the pendrin (SLC26A4) protein was performed using the AlphaFold neural network algorithm, which predicts the spatial structure of the protein when such a structure is unknown. Based on the predicted model of the human pendrin tertiary structure, the alignment of the mutant (p.Met147Ile) and native protein structures was carried out using the PyMOL graphics program. As a result, the calculated similarity index of the two structures RMSD (root-mean-square deviation of atomic positions) was less than 2 Å, which indicates that the missense p.(Met147Ile) substitution theoretically does not violate the structural stability of the protein. Probably, the pathogenic effect of the mutation occurs at the functional level, since the analyzed p.(Met147Ile) is located in a critical region of the core domain (an evolutionarily conserved α3-helix region of the TMD), the disruption of which can lead to incorrect substrate transport or the appearance of toxic conformations in the transmembrane region.
The PMS2 gene is associated with HCVC
Authors: Н.П. Бабушкина, , И.А. Гончарова, , А.Е. Постригань, , А.Н. Кучер,
Published: January 2023

Хронический вирусный гепатит С (ХВГС) является многофакторным заболеванием со сложной генетической компонентой. В настоящем исследовании была изучена вовлеченность гена PMS2 в развитие ХВГС и прогрессирование фиброза до цирроза печени. Проанализированы частоты аллелей и генотипов rs1805321 в гене PMS2 у пациентов с ХВГС (n=150) и популяционной выборке г. Томска (n=345). Установлена ассоциация изученного маркера с ХВГС: к развитию патологии предрасполагают аллель С (p=0,00005) и генотип СС (p=0,013), генотип TT является протективным (p=0,00002). Показано, что аллель С предрасполагает к развитию цирроза печени (p=0,038). Изученный полиморфный вариант может также влиять на темп прогрессирования фиброза печени при ХВГС.

Chronic viral hepatitis C (HCVC) is a multifactorial disease with a complex genetic component. The present study examined the involvement of the PMS2 gene in the development of HCVC and the progression of fibrosis to cirrhosis. The frequencies of alleles and genotypes of rs1805321 in the PMS2 gene were analyzed in patients with chronic hepatitis C (n=150) and in a population samples from the Tomsk (n=345). The association of the studied marker with HCVC was established: the C allele (p=0.00005) and the CC genotype (p=0.013) predispose to the development of pathology, the TT genotype is protective (p=0.00002). Allele C has been shown to predispose to the development of liver cirrhosis (p = 0.038). The studied SNP may also affect the rate of progression of liver fibrosis in HCVC.
Molecular similarity of multifactorial and Mendelian diseases
Authors: Е.Ю. Брагина, , М.С. Назаренко, , В.П. Пузырёв,
Published: January 2023

В работе изучена генетическая связь 22 многофакторных и 6 менделевских болезней, основываясь на данных, экстрагированных из курируемой базы DisGenNet. Для анализа рассчитан коэффициент генетической «общности» между болезнями, а также использованы методы кластеризации и приоритизации. В результате установлена выраженная общая наследственная компонента многофакторных болезней разных патогенетических групп. Неполные знания о вкладе генов-модификаторов в развитие менделевских заболеваний, как и многофакторных болезней, существенно лимитируют оценку их молекулярного сходства.

The genetic relationship of 22 multifactorial and 6 Mendelian diseases based on data extracted from the curated DisGenNet database were studied. The coefficient of genetic «commonality» between diseases was calculated and as well as methods of clustering and prioritization were used. As a result, a pronounced common hereditary component of multifactorial diseases of various pathogenetic groups was established. The assessment of molecular similarity between Mendelian and multifactorial diseases is significantly limits due to incomplete knowledge about the contribution of genes.
Relationship between schizophrenia polygenic risk scores and schizotypy: dimensional and taxonomic approaches
Authors: М.В. Алфимова, , Н.В. Кондратьев, , В.В. Плакунова, , Т.В. Лежейко, , В.Е. Голимбет,
Published: January 2023

Шизотипию рассматривают как фенотип, отражающий доклинические проявления генетической предрасположенности к шизофрении. Существует два взгляда на природу этой связи - дименсиональный и таксономический. Предыдущие исследования вклада полигенных показателей риска (PRS) шизофрении в выраженность шизотипии были проведены в западноевропейских популяциях, использовали дименсиональную модель и получили отрицательные результаты. Цель настоящего исследования заключалась в оценке связи PRS шизофрении с дименсиями и таксонами шизотипии в русской популяции. Методы. Полногеномные данные были получены для выборки из 290 здоровых испытуемых, принадлежащих к кластерам лиц с низкой, позитивной, негативной и высокой смешанной шизотипией. Шизотипию измеряли с использованием Опросника шизотипической личности (SPQ). Результаты. PRS шизофрении не коррелировали с когнитивно-перцептивным, параноидным, межличностным или дезорганизационным дименсиями SPQ. Таксоноподобные группы (кластеры) различались по PRS на уровне тенденции с максимальными PRS в группе с высоко выраженной смешанной шизотипией. Заключение. Результаты согласуются с предположением таксономической модели о том, что у части здоровых лиц с высокой выраженностью шизотипических личностных черт последние являются отражением генетической предрасположенности к шизофрении.

Schizotypy is considered as a phenotype that reflects preclinical manifestations of a genetic predisposition to schizophrenia. There are two views on the nature of this relationship - dimensional and taxonomic. Previous studies on the contribution of schizophrenia polygenic risk scores (PRS) to schizotypy were conducted in Western European populations using the dimensional model and yielded negative results. The objective of this study was to assess the relationship between schizophrenia PRS and dimensions and taxa of schizotypy in the Russian population. Methods. Genome-wide data were obtained from a sample of 290 healthy subjects belonging to the clusters of individuals with low, positive, negative, and high mixed schizotypy. Schizotypy was measured using the Schizotypal Personality Questionnaire (SPQ). Results. The schizophrenia PRS did not correlate with cognitive-perceptual, paranoid, interpersonal, or disorganized SPQ factors. Taxon-like groups (clusters) differed in PRS at a trend level, with the highest PRS being found in the high mixed schizotypy group. Conclusion. The results are consistent with the assumption of the taxonomic model of schizotypy that in some healthy individuals with a high degree of schizotypal personality traits, these traits reflect the genetic predisposition to schizophrenia.
Adipose tissue extracellular vesicles: search for new biomarkers of lipid and glucose metabolism dysfunction in obesity
Authors: В.В. Мирошникова, , К.В. Драчева, , И.А. Побожева, , К.А. Анисимова, , З.М. Хамид, , С.Г. Баландов, , Д.И. Василевский, , С.Н. Пчелина,
Published: January 2023

Исследование направлено на поиск микроРНК, секретируемых жировой тканью (ЖТ), которые могли бы выступать в качестве потенциальных биомаркеров дисфункции ЖТ, ассоциированной с развитием сопутствующих заболеваний при ожирении. На первом этапе было проведено профилирование микроРНК экстраклеточных везикул ЖТ при ее культивировании ex vivo у пациентов с ожирением и без ожирения. На следующем этапе был проведен сравнительный анализ экспрессии в ЖТ основных таргетных генов для микроРНК, продемонстрировавших различия по содержанию в экстраклеточных везикулах у пациентов с ожирением, в том числе с сахарным диабетом 2 типа (СД2), и в контрольной группе. В результате проведенного исследования установлены микроРНК (hsa-miR-145-5p и hsa-miR-302d-3p), изменение содержания которых в экстраклеточных везикулах коррелирует со снижением экспрессии ключевых генов липидного и углеводного обмена PPARG, SLC2A4 в ЖТ у пациентов с ожирением и СД2.

The aim of the study was searching for miRNAs that are secreted by adipose tissue (AT) and could act as potential biomarkers of AT dysfunction and the development of concomitant pathologies in obesity. At the first step, miRNA profiling of extracellular vesicles from cultivated ex vivo adipose tissue was carried out in two groups of individuals: obese and non-obese. The next step included analysis of AT expression levels of the main target genes for microRNAs, which showed variation of their content in AT extracellular vesicles, this analysis was carried out in extended sample group of patients with obesity, including those with type 2 diabetes mellitus (DM2), and in the control group. The study has identified microRNAs (hsa-miR-145-5p and hsa-miR-302d-3p), that are associated with a decrease in the expression of key genes of lipid and glucose metabolism - PPARG, SLC2A4 - in AT of patients with obesity and DM2.
A study of the role of polymorphic variants of genes involved in the glucocorticosteroid metabolism in the development and course of bronchial asthma in individuals from the Republic of Bashkortostan
Authors: О.Н. Савельева, , А.С. Карунас, , Ю.Ю. Федорова, , Р.Ф. Гатиятуллин, , Э.И. Эткина, , Э.К. Хуснутдинова,
Published: January 2023

Ингаляционные глюкокортикостероиды (ГКС) являются одной из наиболее часто используемых групп противовоспалительных препаратов, назначаемых для лечения бронхиальной астмы (БА). Целью работы являлся мета-анализ ассоциаций полиморфных вариантов генов, участвующих в метаболизме ГКС или ассоциированных с чувствительностью к лечению ГКС по данным GWAS, с риском развития, возрастом манифестации и тяжестью течения БА у индивидов русской, татарской и башкирской этнической принадлежности. В работе использованы образцы ДНК 846 больных БА и индивидов контрольной группы в возрасте от 3 до 67 лет из Республики Башкортостан. При мета-анализе ассоциаций 10 исследованных полиморфных вариантов генов с развитием и тяжестью клинического течения БА у индивидов русской, татарской и башкирской этнической принадлежности обнаружены ассоциации аллелей rs10044254*T гена FBXL7 и rs1876828*T гена CRHR1 с риском развития БА, rs10044254*T гена FBXL7 и rs2395672*G гена CMTR1 - с манифестацией БА в детском возрасте, rs1876828*T гена CRHR1 - с тяжелым и среднетяжелым течением БА.

Inhaled glucocorticosteroids (GCS) are one of the most commonly used groups of anti-inflammatory drugs prescribed to asthma treatment. The aim of this work has been to perform a meta-analysis of the associations of polymorphic variants of genes involved in GCS metabolism or associated with sensitivity to GCS treatment according to GWAS with asthma development, age of manifestation and severity in individuals of Russian, Tatar, and Bashkir ethnicity. DNA samples of 846 of asthma patients and controls aged 3 to 67 years from the Republic of Bashkortostan have been used in the study. A meta-analysis of the associations of 10 polymorphic variants of studied genes with asthma development and clinical course severity in individuals of Russian, Tatar, and Bashkir ethnicity has been carried out. The associations of the rs10044254*T allele of the FBXL7 gene and the rs1876828*T allele of the CRHR1 gene with risk of asthma development, the rs10044254*T allele of the FBXL7 gene and the rs2395672*G allele of the CMTR1 gene with asthma manifestation in childhood, the rs1876828*T allele of the CRHR1 gene with severe and moderate asthma have been found.
Replicative study of hereditary thrombophilia factors and endothelial dysfunction in the development of preeclampsia
Authors: В.Н. Сереброва, , Е.А. Трифонова, , А.Ю. Ворожищева, , В.А. Степанов,
Published: January 2023

Проведен репликативный анализ ассоциаций однонуклеотидных полиморфных вариантов 8 наиболее значимых генов-кандидатов преклампсии: rs1801133 гена MTHFR, rs1799963 гена F2, rs6025 гена F5, rs1799889 гена SERPINE1, rs1799983 и VNTR гена NOS3, rs3025000, rs3025010 и rs10434 гена VEGF, rs699 гена AGT, rs4646994 гена ACE. Полученные результаты показали ассоциацию с развитием данной патологии шести SNP пяти генов: rs1799889 гена SERPINE1 и rs1799983 гена NOS3 у бурятов, русских и якутов, VNTR гена NOS3 у бурятов, rs1801133 гена MTHFR, rs6025 гена F5 и rs3025010 гена VEGF у русских.

We conducted a replicative associations analysis of the single-nucleotide polymorphisms of 8 most significant candidate genes of preeclampsia: rs1801133 in the MTHFR gene, rs1799963 in the F2 gene, rs6025 in the F5 gene, rs1799889 in the SERPINE1 gene, rs1799983 and VNTR in the NOS3 gene, rs3025000, rs3025010 and rs10434 in the VEGF gene, rs699 in the AGT gene, rs4646994 in the ACE gene. The results demonstrate а significant associations of preeclampsia with 5 SNP 6 genes: rs1799889 in the SERPINE1 gene and rs1799983 in the NOS3 gene in Buryats, Russians and Yakuts, VNTR in the NOS3 gene in Buryats, rs1801133 in the MTHFR gene, rs6025 in the F5 gene and rs3025010 in the VEGF gene in Russian.
MicroRNAs miR-221 and miR-223 in blood plasma microvesicles as perspective biomarkers of the severity of post-thromboembolic syndrome
Authors: О.В. Сироткина, , А.С. Улитина, , Ю.И. Жиленкова, , Е.А. Золотова, , М.А. Симакова, , О.М. Моисеева, , Т.В. Вавилова,
Published: January 2023

В работе представлены результаты исследования микроРНК miR-221 и miR-223 в микровезикулах плазмы крови у пациентов, перенесших тромбоэмболию легочной артерии, а также их взаимосвязь с показателями клинического анализа крови и тяжестью развившихся осложнений.

The results of the study of microRNAs miR-221 and miR-223 in blood plasma microvesicles in patients with pulmonary embolism, as well as their relationship with clinical blood test parameters and the severity of complications, were presented.
Variability of mitochondrial genome of the type 1 diabetes
Authors: Е.А. Трифонова, , Т.В. Габидулина, , А.И. Зарубин, , В.Н. Сереброва, , В.А. Степанов,
Published: January 2023

Преэклампсия (ПЭ) встречается в 2-8% беременностей и является одной из важнейших причин материнской и перинатальной заболеваемости и смертности в мире. Многочисленными исследованиями продемонстрировано, что в основе развития ПЭ лежит нарушение процессов плацентации, связанное с патологической инвазией трофобласта и снижением ремоделирования спиральных артерий миометрия. Однако молекулярные механизмы и факторы генетической детерминации данного наблюдения все еще остаются не ясными. В представленной работе на примере ПЭ апробирован системный подход к поиску перспективных биомаркеров гестационных осложнений, основанный на комбинации геномных, транскриптомных и биоинформатических методов. Данный подход продемонстрировал свою эффективность и позволил обнаружить новые генетические маркеры ПЭ, а также выявить значимую роль регуляторных участков генома человека в подверженности к изученной акушерской патологии.

Preeclampsia (PE) occurs in 2-8% of pregnancies and is one of the most important causes of maternal and perinatal morbidity and mortality in the world. Numerous studies have demonstrated the key role of impaired placentation processes associated with pathological trophoblast invasion and reduced remodeling of myometrial spiral arteries in the development of PE. The molecular mechanisms and genetic factors behind this observation are still unclear. On the example of PE, we tested a systematic approach to the search for promising biomarkers of gestational complications, which is based on a combination of genomic, transcriptomic, and bioinformatic methods. This approach has demonstrated its effectiveness and made it possible to discover new genetic markers of PE, to reveal the significant role of regulatory regions of the human genome in susceptibility to this disease.
FTO (rs9939609), FABP2 (rs1799883), and PPARG (rs1801282) gene polymorphisms and obesity risk in men living in Kuzbass
Authors: А.А. Яковлева, , А.В. Торгунакова, , О.А. Соболева, , В.И. Минина,
Published: January 2023

Цель: изучение ассоциаций полиморфизма генов FTO, FABP2, PPARG и ожирения у жителей Кузбасса. Методы. Выборка для исследования составила 395 мужчин, жителей Кузбасса. Средний возраст испытуемых составил 59±7,7 года. Согласно анкетным данным, все обследованные мужчины отнесли себя к русской национальности. Частота ожирения в данной выборке (индекс массы тела>30) составила 46,3%. Генотипирование полиморфных вариантов FTO (rs9939609), FABP2 (rs1799883) и PPARG (rs1801282) проводилось с использованием TaqMan PCR. Далее проводилась проверка ассоциации данных полиморфных вариантов с ожирением в различных моделях наследования. Результаты. Были выявлены ассоциации вариантов гена FTO rs9939609 с ожирением в кодоминантной (для генотипа T/A OR = 2,05; СI: 1,26-3,33; р = 0,004; для генотипа A/A (OR = 2,27; CI: 1,28-4,04; р= 0,004) и доминантной модели наследования (OR = 2,12; CI: 1,34-3,34 р= 0,001). Другие гены не показали значимой связи с ожирением в нашей выборке. Заключение. Вариант rs9939609 гена FTO ассоциирован с повышенным риском развития ожирения у мужчин, проживающих в Кузбассе.

Purpose: To investigate the associations of FTO, FABP2, PPARG gene polymorphism and body mass index in Kuzbass residents. Methods. The sample for the study was 395 men, residents of Kuzbass. The average age of the subjects was 59±7.7 years. According to the questionnaire data, all the examined men referred themselves to the Russian nationality. The frequency of obesity in this sample (body mass index>30) was 46.3%. Genotyping of 3 polymorphic variants: FTO (rs9939609), FABP2 (rs1799883), and PPARG (rs1801282) were performed using TaqMan PCR. The association of these polymorphic variants with obesity in various inheritance models was then tested. Results. The associations of FTO rs9939609 gene variants with obesity in the codominant (for genotype T/A OR = 2.05; CI: 1.26-3.33; p = 0.004; for genotype A/A (OR = 2.27; CI: 1.28-4.04; p = 0.004) and dominant inheritance models (OR = 2.12; CI: 1.34-3.34 p = 0.001) were detected. Other genes showed no significant association with obesity in our sample. Conclusion. The rs9939609 variant of the FTO gene is associated with an increased risk of obesity in Kuzbass residents.
Search for pathogenic changes in the PIK3CA gene in women with HR+/HER- subtype breast cancer from the Republic of Bashkortostan
Authors: Э.М. Кагирова, , Р.Р. Рахимов, , А.В. Султанбаев, , Р.И. Хусаинова, , И.Р. Минниахметов,
Published: January 2023

Проведена идентификация спектра и частоты патогенных изменений в гене PIK3CA в препаратах опухолевой ткани 60 женщин с гормонозависимым HER2-отрицательным раком молочной железы из Республики Башкортостан методом аллель-специфической полимеразной цепной реакции. В результате было идентифицировано 32 патогенных варианта в гене PIK3CA: 18 мутаций в экзоне 9 и 14 мутаций в экзоне 20. Наиболее частой оказалась мутация H1047R (p.His1047Arg(c.3140A>G)), которая составила 21,6%. Второй по частоте была мутация Е545К (p.Glu545Lys (c.1633G>A)), которая составила 20%. Мутации Е542К (p.Glu542Lys(c.1624G>A)), E545А (p.Glu545Ala(c.1634A>C)) в экзоне 9 и H1047L (p.His1047Leu(c.3140A>T)) в экзоне 20 были идентифицированы с частотой 8,3%, 1,6% и 1,6% соответственно. Полученные результаты показывают высокую частоту соматических мутаций в гене PIK3CA (50%), что указывает на необходимость выявления патогенных изменений для адекватной терапии рака молочной железы.

A study was carried out to identify the spectrum and frequency of pathogenic changes in the PIK3CA gene in the tumor tissue preparations of 60 women with hormone-dependent HER2-negative breast cancer from the Republic of Bashkortostan using the allele-specific polymerase chain reaction. As a result 32 pathogenic variants in the PIK3CA gene were identified: 18 mutations in exon 9 and 14 mutations in exon 20. The most frequent mutation was H1047R (p.His1047Arg(c.3140A>G)), which accounted for 21.6%. The second most frequent mutation was E545K (p.Glu545Lys (c.1633G>A)), which was 20%. E542K (p.Glu542Lys(c.1624G>A)), E545A (p.Glu545Ala(c.1634A>C)) mutations in exon 9 and H1047L (p.His1047Leu(c.3140A>T)) in exon 20 were identified with a frequency of 8.3%, 1.6% and 1.6% respectively. The results show a high frequency of somatic mutations in the PIK3CA gene (50%), indicating the need to identify pathogenic changes for adequate therapy of breast cancer.
Molecular genetic diagnostics of Tay-Sachs disease with late clinical manifestation
Authors: Н.В. Кадырова, , Е.А. Иванов, , И.В. Шмунк, , А.И. Побединская, , В.П. Пушкарев,
Published: January 2023

В исследовании представлен редкий клинический случай болезни Тея-Сакса (БТС) с поздней манифестацией у 34-летней женщины смешанного этнического происхождения (русского, украинского, мордовского и удмуртского) с клиникой спинальной амиотрофии и спиноцеребеллярной атаксии. Было проведено таргетное секвенирование следующего поколения кодирующих регионов 300 генов, клинически значимых для развития наследственных нервно-мышечных заболеваний, включая ген HEXA. Были идентифицированы 2 патогенных варианта в гене HEXA - NM_000520.6(HEXA): c.2T>C (p.Met1Thr) и c.805G>A (p.Gly269Ser). Присутствие данных вариантов в геноме пациентки было подтверждено при помощи секвенирования по Сэнгеру. Хорошо известно, что мутация Gly269Ser ассоциирована с БТС с поздней манифестацией. Фенотипы пациентов с поздней манифестацией БТС существенно отличаются от младенческой и ювенильной форм, меньше известны клиницистам и хуже диагностируются. Авторы надеются, что описание этого случая дополнит недостающую информацию и поможет в диагностике БТС с поздней манифестацией.

Rare clinical case of Tay-Sachs disease (TSD) with late clinical manifestation in a 33-year-old female of mixed ethnicity (Russian, Ukrainian, Mordovian, Udmurt) with symptoms of spinal amyotrophy and spinocerebellar ataxia is presented. Targeted NGS of coding regions of 300 genes clinically significant for the development of hereditary neuromuscular diseases, including gene HEXA, was carried out. Two pathogenic variants in the HEXA gene have been identified - NM_000520.6(HEXA): c.2T>C (p.Met1Thr) and c.805G>A (p.Gly269Ser). Both variants were validated by Sanger sequencing. It is well known that Gly269Ser mutation associated with the adult onset of symptoms. The phenotypes of patients with late manifestation of TSD differ significantly from infant and juvenile forms, are less known to clinicians and are worse diagnosed. The authors hope that the description of this case will complement the missing information and help in the diagnosis of TSD with late clinical manifestation.
Association of Adiponectin and Leptin Genetic Polymorphisms with Clinical Manifestations of Metabolic Syndrome
Authors: Ю.И. Шрамко, , Е.С. Агеева, , К.Д. Малый, , И.Н. Репинская, , К.О. Таримов, , И.И. Фомочкина, , А.В. Кубышкин, , О.В. Остапенко, , А.К. Гуртовая, , Шекхар Суман, , С.Г. Настоящий,
Published: January 2023

Абдоминальное ожирение, связанное с полигенными наследственными дефектами, считается начальным событием в развитии метаболического синдрома (МС). Целью исследования был анализ частоты полиморфизма генов адипонектина (ADIPOQ) и лептина (LEP) у пациентов с МС, а также ассоциации симптомов МС с полиморфизмом названных генов. ДНК была выделена из цельной крови 207 пациентов с МС и 100 здоровых лиц (контрольная группа). Полиморфизмы генов определяли методом полимеразной цепной реакции в реальном времени. Установлена ассоциация генотипа GG полиморфизма -2548 A/G (rs7799039) гена LEP с риском высокого артериального давления у пациентов с МС, а генотипа GG полиморфизма +45 T/G (rs2241766) гена ADIPOQ с гипергликемией как ведущим звеном развития МС. Установлена статистически значимая связь риска развития МС с аллелем G полиморфизма +45 T/G (rs2241766) гена ADIPOQ (OR (95% СI)= 5,6 (2,4-13,0)), а также с генотипами TG и GG данного варианта (OR (95% СI)=3,81 (1,79-8,09) и OR (95% СI)=10,0 (2,25-44,7).

Abdominal obesity connecting with polygenic hereditary defects is considered the initial event in metabolic syndrome (MS) development. The purpose of study was to analyse the frequency of adiponectin (ADIPOQ) and leptin (LEP) gene polymorphisms in patients with MS, and the association of MS’s symptoms with named genes’ polymorphism. DNA was isolated from the whole blood of 207 patients with MS and 100 healthy individuals (control group). Gene polymorphisms were determined by real-time polymerase chain reaction. The association of the GG genotype of -2548 A/G polymorphism of the LEP gene (rs7799039) with the risk of high blood pressure in patients with MS, and the genotype of GG polymorphism + 45 T/G of the ADIPOQ gene (rs2241766) with hyperglycemia as a leading link in the development of MS was established. The association of the allele G of polymorphism +45 T/G (rs2241766) of the ADIPOQ gene with the risk of metabolic syndrome was established (OR (95% CI) =5,6 (2,4-13,0)), as well as the association of the TG and GG genotypes of this genetic variant (OR (95% CI)=3.81 (1.79-8.09) and OR (95% CI)=10.0 (2.25-44.7).
New mutation p.Glu48Gly in the GJA8 gene in a compound heterozygous state in a patient with sporadic congenital zonular cataract
Authors: И.М. Хидиятова, , И.И. Хидиятова, , М.Т. Азнабаев, , А.С. Карунас, , Э.К. Хуснутдинова,
Published: January 2023

Значительная клиническая и генетическая гетерогенность наследственных катаракт существенно затрудняет их раннюю ДНК-диагностику и определяет актуальность изучения эпидемиологии заболевания, популяционных особенностей спектра и частот мутаций в ответственных генах, клинико-генетических корреляций. Мутации в гене коннексина 50 (GJA8) относятся к частым причинам наследственных, преимущественно аутосомно-доминантных, врожденных катаракт. У пациента с врожденной двусторонней зонулярной катарактой в гене GJA8 идентифицированы две нуклеотидные замены в компаунд-гетерозиготном состоянии - ранее не описанный миссенс-вариант с.143A>G (p.Glu48Gly) и известный нуклеотидный вариант с.741Т>G (p.Ile24Met). На основании клинико-генеалогического и молекулярно-генетического анализа установлен спорадический характер заболевания в семье. Впервые выявленный вариант p.Glu48Gly, предположительно, является патогенной мутацией, проявляющей рецессивный характер.

Significant clinical and genetic heterogeneity of hereditary cataracts significantly complicates their early DNA diagnosis and determines the relevance of studying the epidemiology of the disease, population features of the spectrum and frequencies of mutations in responsible genes, clinical and genetic correlations. Mutations in the connexin 50 (GJA8) gene are common causes of hereditary, mainly autosomal dominant, congenital cataracts. In a patient with congenital bilateral zonular cataract in the GJA8 gene two nucleotide substitutions were identified in the compound heterozygous state - the previously undescribed missense variant C.143A>G (p.Glu48Gly) and the known nucleotide variant C.741T>G (p.Ile24Met). Based on clinical genealogical and molecular genetic analysis, the sporadic nature of the disease in the family was established. The newly identified variant of p.Glu48Gly is presumably a pathogenic mutation showing a recessive character.
Chromosomal aberrations in blood cells of lung cancer patients in miners of the Kemerovo region
Authors: М.Л. Баканова, , В.И. Минина, , А.А. Тимофеева, , Я.А. Савченко, , Е.А. Астафьева, , А.Н. Глушков,
Published: January 2023

Воздействие комплекса факторов производственной среды предприятий угольного цикла, может привести к возникновению различных легочных заболеваний. Подтвержденным биомаркером генотоксического воздействия, отражающим индивидуальную чувствительность к воздействию факторов окружающей среды, является частота хромосомных аберраций в лимфоцитах периферической крови человека. Цель: изучение хромосомной нестабильности в клетках периферической крови у рабочих угольных шахт Кузбасса и у больных раком легкого, имеющих стаж работы на угольных шахтах Кузбасса. Материалом для исследования послужила периферическая кровь. Культивирование лимфоцитов крови для получения препаратов хромосом осуществляли стандартным полумикрометодом. Стaтистическaя обрaботкa проводилaсь с использовaнием методов непараметрической статистики, реализованных в программе «Statistica 10.0» (StatSoft, Inc., USA). Выявлено статистически значимое повышение частоты аберрантных метафаз у рабочих угольных шахт Кузбасса и у больных раком легкого, имеющих стаж работы на угольных шахтах Кузбасса, по сравнению со здоровыми донорами из группы сравнения.

Mining has a direct impact on the environment and on the health of miners and is considered one of the most hazardous occupations worldwide. The aim of this study was the analysis of chromosomal aberrations (CAs) in lung cancer patients and healthy donors resident in the same territory. Statistical analysis were performed using nonparametric statistics (Mann-Whitney U Test for paired comparison of quantitative characteristics), logistic regression. It was determined that the CAs frequency (both chromatid- and chromosome-type aberrations) was significantly increased in lung cancer patients compared to control group.
Complex genomic rearrangements in etiology of the «chromosomal phenotype»
Authors: М.Е. Миньженкова, , Ж.Г. Маркова, , Д.А. Юрченко, , А.А. Тарлычева, , Т.В. Маркова, , Н.А. Семенова, , А.Ф. Муртазина, , В.В. Кадышев, , М.М. Гридина, , Э. Весна, , В.С. Фишман, , Н.В. Шилова,
Published: January 2023

Представлены результаты молекулярно-генетического исследования четырех пациентов с комплексными геномными перестройками и «хромосомным фенотипом», который может включать нарушение интеллектуального развития и множественные врожденные пороки и аномалии развития. C целью выявления геномного дисбаланса и оценки влияния геномных перестроек на проявление фенотипических аномалий проведены FISH-исследование, ХМА и Hi-C у пациентов с «по-видимому» сбалансированными хромосомными перестройками. Идентификация геномного дисбаланса, его структуры и механизмов формирования в этих случаях позволяет охарактеризовать комплексные геномные перестройки в целом и оценить индивидуальные генетические риски в семье.

We present the results of a molecular-genetic study of 4 patients with complex genomic rearrangements and «chromosomal phenotype», which may include phenotype anomalies, intellectual disabilities, and multiple congenital abnormalities. FISH analysis, CMA and Hi-C were carried out in patients with “apparently” balanced chromosomal rearrangements associated with an abnormal phenotype to identify and estimate the genomic imbalance. The identification of the structure, mechanisms of formation and genomic imbalance in these cases allows us to characterize complex genomic rearrangements and assess individual genetic risks in the family.
Diagnosis of X-linked CNV in families with intellectual disorders
Authors: Е.Н. Толмачева, , А.А. Кашеварова, , Е.О. Беляева, , О.А. Салюкова, , Е.А. Фонова, , М.Е. Лопаткина, , Д.А. Федотов, , И.Н. Лебедев,
Published: January 2023

Проведено молекулярное кариотипирование 1176 больных с задержкой нервно-психического развития и выявлено 53 пациента с Х-сцепленными CNV. На основе результатов исследования разработан и апробирован алгоритм диагностики для пациентов, несущих Х-сцепленные CNV, который предполагает анализ патогенетической значимости CNV с использованием баз данных (DGV, OMIM и DECIPHER) и исследование статуса инактивации Х-хромосомы у носительниц CNV. Предложенный комплексный подход позволяет выявлять патогенетически значимые микроперестройки на хромосоме Х в семьях и проводить для этих семей персонализированное медико-генетическое консультирование.

Molecular karyotyping of 1176 patients with neuropsychiatric development delay was performed and 53 patients with X-linked CNVs were identified. Based on the results, a diagnostic algorithm was developed and tested for patients carrying X-linked CNV. The algorithm involves the analysis of pathogenic significance of CNV using databases (DGV, OMIM and DECIPHER) and investigating the X-chromosome inactivation in CNV carriers. An integrated approach makes it possible to identify pathogenetically significant rearrangements on the X-chromosome in families and perform personalized genetic counseling for these families.
Dynamic Tissue-Specific Mosaicism of a ring chromosome
Authors: Н.В. Шилова, , М.Е. Миньженкова, , Ж.Г. Маркова, , А.А. Тарлычева, , Д.А. Юрченко, , В.Ю. Табаков, , А.О. Боровиков,
Published: January 2023

Кольцевая хромосома 13 является редкой структурной хромосомной аномалией. Изменение структуры хромосомы из линейной в кольцевую вызывает ее митотическую нестабильность, приводящую к соматическому динамическому мозаицизму вследствие которого формируются клоны клеток с различным вторичными числовыми и структурными хромосомными перестройками. Цитогеномный анализ культивированных лимфоцитов и фибробластов кожи в представленном случае кольцевой хромосомы 13 в кариотипе пациента с задержкой физического развития, микроцефалией и аномалиями развития выявил различную структуру вторичного геномного дисбаланса, вариабельный уровень динамического мозаицизма и избирательную эволюцию кариотипа.

Ring chromosome 13 is a rare type of chromosome structural abnormalities. A change in the linear structure of the chromosome into a circular one causes its mitotic instability, leading to somatic dynamic mosaicism, which results in the formation of cell clones with various secondary numerical and structural chromosomal rearrangements. We report here a study on ring chromosome 13 instability in lymphocyte and fibroblast cultures established from a child with developmental delay, microcephaly and congenital abnormalities. The cytogenomic analysis revealed a different structure of secondary genomic imbalance, variable levels of dynamic mosaicism and selective karyotype evolution.
Epigenomic changes in peripheral blood leukocytes in patients with hypertension and dyscirculatory encephalopathy
Authors: И.О. Сучкова, , Н.И. Дергачева, , В.А. Соколова, , Э.М. Фирова, , З.Э. Мамедова, , Н.Г. Мещерякова, , Л.Т. Агибалова, , С.Л. Шурпа, , Л.К. Сасина, , Т.В. Баранова, , З.М. Муружева, , А.Е. Татаринов, , Е.Л. Паткин,
Published: January 2023

В настоящее время эпигеномный ландшафт, лежащий в основе гипертонической болезни и дисциркуляторной энцефалопатии, мало изучен. Идентификация эпигенетического паттерна в комплексе с генетическим паспортом индивида может предоставить дополнительную информацию об этиологии заболеваний и риске развития осложнений, а также о выборе стратегии и тактики лечения. В представленной работе проведена количественная оценка уровня полногеномного метилирования ДНК и степени компактизации хроматина в лейкоцитах периферической крови у пациентов с гипертонической болезнью и дисциркуляторной энцефалопатией и здоровых добровольцев из Санкт-Петербурга. У пациентов с гипертонической болезнью выявлены гендерные различия в риске развития дисциркуляторной энцефалопатии. По сравнению с контролем при гипертонической болезни повышены уровень метилирования ДНК и степень компактизации хроматина. В исследованных группах у мужчин и женщин обнаружена различная эпигеномная реакция лейкоцитов на лекарственную терапию при данных заболеваниях.

Currently, the epigenomic landscape underlying hypertension and dyscirculatory encephalopathy is poorly understood. Identification of the epigenetic pattern in combination with genetic passport can provide additional information about the etiology of diseases and the risk of complications, as well as the choice of strategy and tactics of treatment. We carried out a quantitative assessment of the level of genome-wide DNA methylation and the degree of chromatin compaction in peripheral blood leukocytes in patients with hypertension and dyscirculatory encephalopathy, and also in healthy volunteers from St. Petersburg. Gender differences in the risk of developing dyscirculatory encephalopathy were revealed in patients with hypertension. It was found that the level of DNA methylation and the degree of chromatin compaction are increased in hypertension (compared to control). In the studied groups, men and women showed different epigenomic reactions of leukocytes to drug therapy in these pathologies.
GC-rich fragments in circulating free DNA accelerate replicative aging in cultured human skin fibroblasts
Authors: Е.С. Ершова, , Л.А. Каменева, , Н.Н. Вейко, , С.В. Костюк,
Published: January 2023

Цель исследования: определить влияние GC-богатого фрагмента рибосомного повтора в среде культивирования на скорость репликативного старения клеток. Установлено, что GC-богатые фрагменты в составе внеклеточной ДНК ускоряют репликативное старение культивируемых фибробластов кожи человека и увеличивают уровень активных форм кислорода в клетках.

Purpose of the study: to determine the impact of rDNA fragments in the culture medium on the rate of replicative cell aging. We found that GC-rich fragments in extracellular DNA accelerate the replicative aging of cultured human skin fibroblasts and increase the level of reactive oxygen species in cells.
Influence of ibuprofen on adenoviral transduction of multipotent mesenchymal stromal cells
Authors: Т.Б. Бухарова, , И.А. Недорубова, , В.О. Мокроусова, , А.Ю. Меглей, , А.В. Васильев, , Д.В. Гольдштейн,
Published: January 2023

При разработке методов генной терапии на основе аденовирусных конструкций одной из основных проблем является иммунный ответ на введение вирусных частиц. Для снижения иммунной реакции предлагается использовать нестероидный противовоспалительный препарат ибупрофен. Установлено, что ибупрофен в высоких концентрациях оказывает дозозависимое токсическое действие на культуры мультипотентных мезенхимальных стромальных клеток. Определено, что в концентрации 0,125 мг/мл ибупрофен не вызывает гибели клеток, а также оказывает положительное влияние на аденовирусную трансдукцию культур ММСК: через 3 суток после заражения Ad-GFP в дозе 320 TCID50/мл выявлено 48,47±2,06% трансдуцированных клеток, а при добавлении в среду 0,125 мг/мл ибупрофена - 60,07±1,64% (p < 0,05). Ибупрофен может быть использован в генной терапии, основанной на аденовирусной трансдукции, для снижения иммунного ответа при локальном воздействии высоких доз вирусных векторов.

One of the main problems in the development of gene therapy methods based on adenovirus constructs is the immune response to the introduction of viral particles. It is proposed to use the non-steroidal anti-inflammatory drug ibuprofen to reduce the immune response. Ibuprofen at high concentrations has a dose-dependent toxic effect on cultures of multipotent mesenchymal stromal cells (MSCs). It was determined that at concentration of 0,125 mg/ml ibuprofen does not cause cell death, and also has a positive effect on adenovirus transduction of MSCs: 48,47±2,06% of transduced cells were detected 3 days after infection with 320 TCID50/ml Ad-GFP, and when 0,125 mg/ml Ibu was added - 60,07±1,64% (p < 0,05). Ibuprofen can be used in gene therapy based on adenoviral transduction to reduce the immune response to local exposure high doses of viral vectors.
Investigation of population characteristics of the frequencies of polymorphic variants of the vitamin D receptor gene in the population of Western Siberia
Authors: Д.О. Имекина, , А.Д. Падюкова, , А.В. Мейер, , М.В. Ульянова, , М.Б. Лавряшина,
Published: January 2023

Обсуждаются результаты исследования популяционных частот полиморфных вариантов гена VDR (Fokl, rs2228570; BsmI, rs1544410) в популяциях тоболо-иртышских сибирских татар и шорцев. Материал для исследования собран в экспедициях научных групп КемГМУ Минздрава РФ, ФГБНУ МГНЦ, КемГУ, Тобольской комплексной научной станции УрО РАН. Суммарный объем выборки 166 человек. Генотипирование осуществляли методом ПЦР в режиме реального времени с применением TaqMan зондов. Статистическая обработка - с использованием пакета программ STATISTICA 8.0 и стандартных подходов популяционной генетики. Исследование показало, что популяция шорцев (ареал расселения в Таштагольском районе Кемеровской обл.) характеризуется меньшими частотами полиморфных вариантов гена VDR BsmI*А и Fok1*С в сравнении с тоболо-иртышскими сибирскими татарами (Тюменский, Ярковский, Ялуторовский районы Тюменской обл.). В исследованных группах наблюдается отклонение уровня гетерозиготности.

The results of a study of the population frequencies of polymorphic variants of the VDR gene (FokI, rs2228570; BsmI, rs1544410) in populations of Tobolo-Irtysh Siberian Tatars and Shors are discussed. The material for the study was collected in the expeditions of the scientific groups of KemSMU of the Ministry of Health of the Russian Federation, MGNC, KemSU, Tobolsk Integrated Scientific Station of the UrB of RAS. The total sample size is 166 people. Genotyping was carried out by real-time PCR using TaqMan probes. Mathematical processing - using the STATISTICA 8.0 statistical software package and standard approaches of population genetics. The study showed that the population of Shorets (the area of settlement in the Tashtagolsky district of the Kemerovo region) they are characterized by lower frequencies of minor alleles of the VDR BsmI*A and FokI*C in comparison with the Tobolo-Irtysh Siberian Tatars (Tyumen, Yarkovsky, Yalutorovsky districts of the Tyumen region). In the studied groups, there is a deviation in the level of heterozygosity.
Synthesis of α-substituted alkenylammonium salts through Suzuki–Miyaura and Sonogashira coupling
Authors: Yoshita Aoi , Sakakibara Yota , Murakami Kei
Published: January 2023

Alkenylammonium salts are a unique class of compounds, wherein an electron-withdrawing ammonio group is attached to olefin. Although these salts are structurally simple, the synthesis of α-substituted alkenylammonium salts has been less explored. Herein we report the synthesis of α-aryl and α-alkynylated alkenylammonium salts through Suzuki–Miyaura and Sonogashira coupling.
Optimization of Pd in Au-Pd nanoparticles for the hydrogenation of alkynes
Authors: Foucher Alexandre , Ngan Hio Tong , Shirman Tanya , Filie Amanda , Duanmu Kaining , Aizenberg Michael , Madix Robert J. , Friend Cynthia M. , Aizenberg Joanna , Sautet Philippe , Stach Eric A.
Published: January 2023

Supported Au-Pd nanoparticles are an excellent catalyst for the hydrogenation of alkynes, a crucial step for olefin polymerization. They have better selectivity at a high conversion rate for the hydrogenation of 1-hexyne compared to pure Pd. The size, shape, and composition of the supported catalyst ultimately determine their properties. In this work, a combined scanning transmission electron microscopy (STEM) and density functional theory (DFT) study is used to determine how Pd concentration affects the activity and selectivity of Au-Pd particles for the hydrogenation of acetylene. Atomic resolution microscopy shows the increased probability of Pd-rich islands within particles with increasing Pd concentration. DFT models of the surface concentrations of Pd as monomers, dimers, and trimers allowed insight into the origin of the high activity for ethylene production. Specifically, monomers of Pd were found to be more active than dimers and trimers. This provides insight into why Au1-xPdx particles with low Pd concentration have higher production rates, as Pd monomers are more statistically likely. These combined STEM and DFT results explain the existence of an optimum for Au:Pd ratio, where conversion per gram of Pd is maximized at a concentration of 4 % Pd.
تاثير استراتيجية سوم على تنمية التفكير الابداعي و اكتساب فن اداء مهارات الاخماد في لعبة كرة القدم
Authors: عبدالله احمد
Published: January 2023

هدف البحث الكشف عن تاثير استراتيجية سوم على تنمية التفكير الابداعي و اكتساب فن اداء مهارات الاخماد في لعبة كرة القدم ، واستخدم الباحث المنهج التجريبي باستخدام التصميم  ذو المجموعتين التجريبية والضابطة ذات الاختبار القبلي والبعدي لملاءمته أهداف البحث ومشكلته، تكون مجتمع البحث من طلبة الصف الثامن الاساسي في مدرسة الند الاساسية التابعة لمديرية تربية محافظة دهوك  للعام الدراسي 2021-2022 و البالغ عددهم (143) طالباً موزعين على اربعة شعب دراسية اما عينة البحث فاختار الباحثان عشوائياً شعب (ب، د) لمتثل شعبة (ب) المجموعة التجريبية و شعبة (د) المجموعة الضابطة واختار الباحثان عشوائياً من كل شعبة 20 طالباً وبهذا اصبح مجموع عينة البحث 40 طالباً  ، اجريه التجانس و التكافؤ على عينة البحث في ( الطول، العمر، الكتلة، بعض عناصر اللياقة البدنية ، مهارات الاخماد ) ،أما أدوات جمع بيانات البحث فقد اشتملت على اختبار تورسن للتفكير الابداعي  الذي قام (كاظم، 2018) بتقنينه على البيئة العراقية وإيجاد الأسس العلمية له. بالإضافة إلى تقييم فن اداء بعض المهارات الاساسية  في مهارات الاخماد، بعد اختيار العينة و اجراء التجانس و التكافؤ قام الباحثان بتطبيق التجربة لمدة (6) اسابيع بواقع وحدتين تدريسيتين و كان زمن الدرس (40) دقيقة ، درست المجموعة التجريبة وفق خطوات استراتيجية سوم اما المجموعة الضابطة درست وفق الاسلوب المتبع ، واستخدم الباحثان الحقيبة الإحصائية SPSS لمعالجة البيانات وتوصل الباحثان إلى الاستنتاجات التالية)  اثبت فاعلية استخدام استراتيجية سوم للمجموعة التجريبية  و الاسلوب المتبع للمجموعة الضابطة في تعلم مهارات الاخماد في لعبة كرة القدم ، اثبت فاعلية استخدام استراتيجية سوم للمجموعة التجريبية  و الاسلوب المتبع للمجموعة الضابطة في التفكير الابداعي .،استراتيجية سوم كانت اكثر فاعليتاً في تعلم مهارات الاخماد في لعبة كرة القدم فضلا عن تنمية و تطور التفكير الابداعي  من الاسلوب المتبع (للعرض والشرح) مما يدل على فاعليته عليه )