bluuebunny/crossref_metadata_2025 huggingface dataset:
Estimation of racial mixture in a native italian cattle breed
Authors: Astolfi P. , Pagnacco G. , Wijsman E.
Published: March 2011

Gene frequency data can be used to estimate the total amount of admixture in a present day cattle population, bred in Northern Italy. The relative contributions of two parental populations to the genetic constitution of the hybrid population were evaluated using different methods taking into account forces which can modify the original parental gene frequencies: random genetic drift and/or sampling. The analyses of single loci suggest that the effects of selection on the parental gene frequencies are negligible.

Estimation du croisement des races dans une race bovine italienne

Les fréquences des gènes ont été utilisées pour estimer la valeur totale du flux des gènes dans une population bovine élevée en Italie du Nord. La contribution relative des deux populations de base à la constitution génétique de la population hybride était estimée en utilisant différentes méthodes, en tenant compte des influences qui modifient les fréquences originales des gènes dans la population de base: drift génétique accidentel et/ou sampling. Les analyses de différents loci laissent supposer, que les effects de sélection sur les fréquences des gènes paternels sont négligeables.

Estimatión de la mezcla racial en una raza nativa italiana de ganado lechero

Fueron usado las frecuencias génicas para estimar el valor total del flujo genético en una población criada en el norte italiano. La contribución relativa de 2 poblaciones parentales en la constitución genética de la población híbrida, fue evaluada utilizando diferentes métodos, tomando en cuenta fuerzas las cuales pueden modificar la original frecuencia génica parental: deriva génica al azar y/o muestreo. El análisis de los loci simples sugiere que el efecto de selección sobre las frecuencias génicas paternales son insignificantes.

Schätzung der Rassenmischung in einer italienischen Rinderrasse

Es wurden Genfrequenzen verwendet, um das Gesamtausmaß des Genflusses einer in Norditalien gezüchteten Rinderrasse zu schätzen. Der relative Beitrag der beiden Ausgangspopulationen zur Erbmasse der Hybridpopulation wurde mit Hilfe verschiedener Methoden geschätzt, wobei die Einflüsse, welche die ursprünglichen Genhäufigkeiten in den Ausgangspopulationen ändern – Zufallsdrift und/oder Stichprobenfehler – Berücksichtigung gefunden haben. Die Analyse einzelner Genorte läß vermuten, daß Wirkungen der Selektion auf die elterlichen Genfrequenzen zu vernachlässigen sind.
Estimation of breeding values by multitrait Direct Updating
Authors: Andersen S.
Published: March 2011

The Direct Updating method (DU) for estimation of breeding values is extended to cover multiple traits and to include estimation of fixed effects. In DU breeding values of all animals are estimated so that bias due to assortative mating is reduced. The method is a recursive method and it can be viewed as an approximation to the BLUP method. Explicit expressions are given for the case where the registrations are taken on animals which are not themselves evaluated e.g. slaughtered progeny, and where the dam has at most one progeny test.

Estimation de la valeur héréditaire pour plusieurs caracterès moyennant un “updating” direct

La méthode “direct updating” (DU) pour l'estimation des valeurs héréditaires est modifée pour plusieurs caractères et pour l'inclusion d'effets fixes. Les valeurs héréditaires DU de tous les animaux sont estimées de façon à réduire un biais dut à un accouplement assortatif. La méthode est récursive et peut être considérée comme approximation à la méthode BLUP. Des expressions explicites sont données où l'estimation est à faire pour des animaux sans performance directe, par exemple, avec descendance abattue et où la mère a tout au plus un progeny test.

Estimatión del valor aditivo para características múltiples mediante el método directo “Updating”

El método “directo updating” (DU) para la estimación de los valores aditivos, es extendido para cubrir características múltiples y para incluir la estimación de efectos fijos. Son estimados los valores aditivos con DU de todos los animales, tal que el sesgo debido a cruzamientos sorteados se reduce. El método es un módelo recursivo y puede ser visto como una aproximación del método BLUP. Se entregan explícitas expresiones para el caso cuando los registros son tomados sobre animales en los cuales ellos mismos no son evaluados, por ejemplo, descendencia de animales faenados, y donde tengan las hembras al menos un test de progenie.

Zuchtwertschätzung für mehrere Merkmale durch direktes “updating”

Die direkte Updating‐Methode (DU) zur Schätzung der Zuchtwerte wird für mehrere Merkmale und zur Einbeziehung gegebener Wirkungen modifiziert. Die DU‐Zuchtwerte aller Tiere werden geschätzt, so daß eine Verzerrung aufgrund von assortativer Paarung reduziert wird. Die Methode ist rekursiv und kann als Approximation der BLUP Methode angesehen werden.

Explizite Größen werden für alle Fälle angegeben, wo Tiere ohne eigene Leistung auszuwerten sind, also zum Beispiel mit geschlachteter Nachkommenschaft und wo das Muttertier höchstenfalls eine Nachkommenschaftsprüfung hat.
Homogeneity of variance among hatches for some economic traits of egg‐type chickens
Authors: Brah G. S. , Chaudhary M. L. , Sandhu J. S.
Published: March 2011

Homogeneity of variance among hatches within year was examined for several traits of chickens based on data of 16 years obtained from 19082 pullets. None of the traits exhibited homogenous variance over all the years. The heterogeneity was highest for age at first egg and egg number followed by 20‐week body weight, whereas it was smallest for 40‐week body weight and egg weight. The traits exhibiting higher heterogeneity of variance also tended to have higher departures from the normality of distribution.

Homogénéité de variance entre éclosions pour quelques caractères de performance de poules pondeuses

L'homogénéité de la variance entre éclosions pendant un an a été examinée pour quelques caractéristiques de performance de poules pondeuses. Les dates provenaient de 19.082 poules pendant 16 ans. Aucune des caractéristiques ne montrait des variances homogènes pendant toutes les années. L'hétérogénéité était au plus élevé pour l'âge au premier œuf et nombre d'œufs, suivie du poids à 20 semaines, au plus faible pour le poids à 40 semaines et poids de l'œuf. Les caractéristiques montrant une hétérogénéité plus élevée de la variance montraient également des déviations plus élevées de la distribution normale.

Homogenicidad de Varianzas entre Nacimientos para algúnas Características Productivas en Aves de Postura

Fue examinada la Homogenicidad de Varianzas entre Nacimientos dentro de años, para algunas caracteristicas productivas en aves de posturas. Los datos provienen de 19.082 pollas desde 16 años. Ninguna de las características mostró varianzas homogenias sobre todos los años. La mayor heterogenicidad fue para edad al primer huevo y cantidad de huevos seguido del peso corporal a las 20 semanas de edad, mientras que las menores heterogenicidad fueron para el peso corporal a las 40 semanas de edad y peso del huevo. Las características que mostraron mayor heterogenicidad de varianzas, mostraron también elevadas desviaciones de la distribución normal.

Homogenität von Varianzen zwischen Schlüpfen bei einigen Leistungseigenschaften von Legehennen

Die Homogenität der Varianz zwischen Schlüpfen innerhalb eines Jahres wurde für einige Leistungseigenschaften von Hühnern untersucht. Die Daten stammten von 19082 Hühnern aus 16 Jahren. Keine der Eigenschaften zeigte über alle Jahre homogene Varianzen. Die Heterogenität war am höchsten für Alter beim ersten Ei und Eizahl gefolgt vom 20‐Wochen‐Gewicht; sie war am geringsten für 40‐WochenGewicht und Eigewicht. Die Eigenschaften mit stärkerer Heterogenität der Varianz zeigten auch höhere Abweichungen von der Normalverteilung.
Estimating the heritability of all‐or‐none and categorical traits by offspring‐parent regression
Authors: Thompson R. , McGuirk B. J. , Gilmour A. R.
Published: March 2011

The estimation of the heritability of liability for a binomial or multiple threshold categorical trait is described and demonstrated. The method is an extension of that proposed by Falconer (1965) and allows for fixed effects in both the parent and offspring generations. The probit transformation is used to relate the liability scale to observations on the probability scale. Data on fleece rot incidence and scores in Merino sheep have been used to illustrate the method.

Estimation de l'héritabilité de caractéristiques catégoriques par la regression descendance‐parents

L'estimation de l'héritabilité de la responsabilité relative à un caractère binomial catégorique ou d'un caractère à seuils multiples est décrite et démontrée. La méthode est une extension de celle proposée par Falconer (1965) et permet la considération d'effets fixes dans les générations des parents aussi bien que dans les générations des descendants. La transformation «probit» est utilisée pour mettre en relation l'échelle de responsabilité aux observations sur l'échelle de probabilité.

Les dates d'incident de putréfaction de toison et points en moutons mérino ont été utilisées pour I'illustration de la méthode.

Estimación de heredabilidad de características binomiales y categoricas por la regresión de la descendencia sobre los padres

Se describe y demuestra, la estimatión de la heredabilidad de propensión, para una característica binomial o de umbra1 múltiple. El método es una extensión del propuesto por Falconer (1965) y toma en cuenta 10s efectos fijos en ambos, los padres y de la descendencia. La transformación «probit», es usada para relacionar la escala de exposición por observación, sobre la escala de probabilidad. Datos sobre incidencia de vellón podrido (en puntos) en ovejas Merino, han sido usadas para ilustrar el método.

Schätzung der Heritabilität kategorischer Merkmale durch Nachkommen‐Elternregression

Die Schätzung der Heritabilität der Anfälligkeit bezüglich eines binomialen kategorischen Merkmales und eines solcnen mit mehrfachen Schwellen wird beschrieben und demonstriert. Die Methode ist eine Fortentwicklung der von Falconer (1965) vorgeschlagenen und gestattet die Berücksichtigung fixer Wirkungen sowohl in den Eltern wie auch in den Nachkommengenerationen. Die Probittransformation wird verwendet, um die Verbindung zwischen der zugrundeliegenden Skala der Anfälligkeit und der Beobachtungen auf der Wahrscheinlichkeitsskala herzustellen.

Es werden Unterlagen von Vliessfäulebefall und ‐punkten in Merinoschafen zur Illustration der Methode verwendet.
Linear approximation of non‐linear selection indices: an example with Australian Merino sheep
Authors: Ponzoni R. W.
Published: March 2011

Linear approximations of a non‐linear index were obtained by the following two methods: 1. Defining an index with coefficients equal to the first partial derivatives of the non‐linear index, evaluated at the average value for each character. 2. Calculating the index coefficients retrospectively from the selection differentials resulting from the application of the non‐linear index. The accuracy of the linear approximations was tested in a set of ram performance records. Both methods resulted in good approximations of the non‐linear index, but it was concluded that method 1. is to be preferred, as it is simpler to calculate.

A proximación lineal de índices no lineales: un ejemplo con ovinos Merino Australiano

Se obtuvieron aproximaciones lineales de un índice no lineal mediante los siguientes dos métodos: 1. Definiendo un índice con coeficientes iguales a las primeras derivadas parciales del índice no lineal, evaluadas en el valor promedio de cada carácter. 2. Calculando los coeficientes del índice retrospectivamenta, a partir de los diferenciales de selección resultantes de la aplicación del índice no lineal. La exactitud de las approximaciones lineales se evaluó en un conjunto de datos de producción de carneros. Ambos métodos resultaron en buenas aproximaciones del índice no lineal, pero se concluyó que el método (1) es preferible, ya que es más simple de calcular.

Lineare Approximation nicht‐linearer Selektionsindizes: Ein Beispiel vom australischen Merinoschaf

Lineare Approximation nicht‐linearer Indizes wurden mit Hilfe folgender Methoden erstellt: 1. Definition eines Index mit Koeffizienten, die den ersten partiellen Ableitungen der nicht‐linearen Indizes entsprechen, wenn diese am Mittelwert für jede Eigenschaft genommen wurden. 2. Rückwirkende Berechnung der Indexkoeffizienten von Selektionsdifferentialen, die von der Anwendung nicht‐linearer Indizes resultierten. Die Genauigkeit der linearen Approximationen wurde an einer Reihe von Widderleistungsabschlüssen geprüft. Beide Methoden resultierten in guten Approximationen des nicht‐linearen Index, doch wäre der Methode 1 der Vorzug zu geben, da sie leichter zu rechnen ist.

Approximation linéaire d'indices de sélection non‐linéaire: un exemple du mouton mérino australien

Les approximations linéaires d'un index non‐linéaires ont été obtenues par les deux méthodes suivantes: 1. Définition d'un index avec coéfficients, correspondants aux premières dérivations partielles de l'index non‐linéaire, lorsque ceux‐ci ont été évalues à la valeur moyenne de chaque caractère. 2. Calculation rétroactive des coéfficients de l'index, à partir des différentielles de sélection résultant de l'application de l'index non‐linéaire. L'exactitude des approximations linéaires a été testée dans une série d'examens de performance des béliers. Chaque méthode résultait en bonnes approximations de l'index non‐linéaire, cependant, la préférence serait à donner à la méthode 1, puisqu'elle est plus facile à calculer.
The value of accuracy in making selection decisions
Authors: Klieve H. M. , Kinghorn B. P. , Barwick S. A.
Published: March 2011

A stochastic simulation was carried out to investigate the impact of using an index of ehvs and accuracy on genetic response and utility. Two population types were considered based on the range of accuracy used (Type A: 0–1.0 and B: 0.5–1.0). Five hundred replications were carried out leading to the evaluation of the sample mean response and its variance. The index weightings defining plateaux within 1% and 5% of the maximum response were identified, these suggesting that for population Types A and B, minimal loss in response will occur if weightings on accuracy of up to ± 0.5 σ and ± 1.5σ are selected. These weightings result in relatively minor changes in the ranking of animals, particularly where only a small number of animals are selected. Utility was defined as a function of the mean and variance of the sample response. The index weightings leading to the maximal utility were identified for seven utility functions (three risk averse, three risk preferring and a risk neutral function). Placing some weighting on accuracy when making selection decisions can be done with little compromise in expected mean response. This gives opportunity to reflect risk preferring or risk averse attitudes through the use of negative or positive weightings on accuracy. However, it seems that somewhat extreme utility functions are required before this opportunity can result in significant benefit.

Der Wert von Genauigkeit bei Selektionsentscheidungen

Zur Untersuchung des Einflusses eines Index aus geschätzten Zuchtwerten und Genauigkeit auf genetischen Fortschritt und Nützlichkeit wurde durch stochastische Simulation durchgeführt. Es wurden zwei Populationstypen untersucht, die einen Bereich von 0–1 (A) in der Genauigkeit oder 0.5–1 (B) haben. Fünfhundert Wiederholungen wurden zur Bewertung des Stichprobendurchschnitts hinsichtlich Erfolg und Varianz durchgeführt. Die Indexgewichtung, die zu einem Plateau innerhalb 1% bzw. 5% des Maximalfortschrittes führte, wurde identifiziert und ließ darauf schließen, daß für Populationen des Typus A und B minimaler Erfolgsverlust vorhanden ist, wenn Gewichtungen der Genauigkeit von bis zu ± 0,5 und ± 1,5 σ ausgewählt wurden. Diese Gewichtungen resultierten in relativ geringfügigen Änderungen in der Rangierung von Tieren, besonders bei geringer Zahl von Kandidaten. Nützlichkeit wurde als eine Funktion von Mittelwert und Varianz des Stichprobenerfolges betrachtet. Indexgewichtungen für maximale Nützlichkeit wurden für sieben Nützlichkeitsfunktionen (drei Risikoabwendungen, drei Risikoerwählungen und eine risikoneutrale Funktion) identifiziert. Eine gewisse Gewichtung der Genauigkeit bei Selektionsentscheidungen kann mit wenig Verminderung des erwarteten mittleren Erfolges vorgenommen werden, so daß Risikobevorzugungen oder Risikoabwendungen durch Veränderung negativer oder positiver Gewichtungen der Genauigkeit möglich und überlegenswert sind. Allerdings scheint es, daß eher extreme Nützlichkeitsfunktionen vorhanden sein müssen, bevor diese Änderungen in signifikanten Vorteilen resultieren.
Multitrait restricted and desired gains selection indices designed to change growth and body composition in mice1
Authors: Eisen E. J.
Published: March 2011

Effectiveness of restricted and desired gains index selection to change growth and body composition was tested in mice. Replicate lines were selected within full‐sib families as follows: RI, restricted index to increase 12‐week body weight (BW) and hind carcass weight (HC) with no change in right epididymal fat pad weight (EF); DG, desired gains index to increase BW and HC and decrease EF and right subcutaneous fat pad weight (SF) in designated proportions; RS, random selection. Realized heritabilities of index units, converted to an individual basis, were 0.65 ± 0.17 in RI and 0.50 ± 0.23 in DG, which exceeded the respective base population estimates of 0.32 ± 0.11 and 0.37 ±0.11, calculated as twice the regression of son on sire. Realized genetic correlation between the two selection index units of 0.87 ± 0.12 was not significantly different from the base population estimate of 0.91 ± 0.21. Realized correlated responses in component traits of the indices did not agree closely with expectation. Possible explanations for these discrepancies include genetic drift, weak selection intensity, discrepancies between estimated and true genetic parameters and changes in genetic parameters due to selection. Antagonistic selection for multiple traits may magnify the importance of these factors.

Restringierte und erwünschte genetische Fortschritte zur Veränderung von Wachstum und Körperzusammensetzung von Mäusen

Die Wirksamkeit restraingierter und erwünschter Fortschritt‐Indexselektionsveränderung von Wachstum und Körpergewicht wurde bei Mäusen geprüft. Wiederholungslinien wurden innerhalb Vollgeschwisterfamilien folgendermaßen selektiert: RI, restringierter Index zur Steigerung des 12‐Wochengewichtes (BW), Schlachtkörperhälfte (HC) ohne Änderung des rechten Nebenhodenfettgewichts (EF); TG, erwünschter Zuchtfortschrittindex zur Steigerung von BW und HC und Verminderung von EF des rechten subkutanen Fettanteils (SF) in erwünschten Verhältnissen; RS Zufallsselektion. Realisierte Heritabilitätswerte im Index, auf individuelle Basis umgerechnet, waren 0,65 ±0,17 bei RI und 0,50 ± 0,23 bei DG, die die diesbezüglichen Basispopulationsschätzungen von 0,23 ±0,11 und 0,37 ±0,11 übertrafen. Diese wurden als die doppelte Regression von Sohn auf Vatertier berechnet. Realisierte genetische Korrelationen zwischen den zwei Selektionsindexeinheiten von 0,87 unterschieden sich nicht signifikant vom Basispopulationswert 0,91 ± 0,21. Realisierte korrelierte Selektion‐sreaktionen in den Teilmerkmalen der Indices haben mit den Erwartungswerten nicht gut übereingestimmt. Mögliche Erklärung für diese Abweichung beinhalten genetische Drift, schwache Selektionsintensität, Nichtübereinstimmung zwischen geschätzten und wahren genetischen Parametern und Veränderungen in diesen durch Selektion. Antagonistische Selektion für mehrere Merkmale könnte die Bedeutung dieser Faktoren steigern.
A theoretical comparison between direct and indirect conversions of dairy bull evaluations
Authors: Banos G.
Published: March 2011

Simulated data were used to compare direct and indirect conversions of bull evaluations in the presence of selection. In the case of indirect conversion, when bulls used to calculate conversions from the exporting to the intermediate country were first tested in the exporting country, indirect conversions resulted in unbiased predicted evaluations. When these bulls were first tested in the intermediate country and were selected on their estimated breeding value, indirect conversions overestimated predicted evaluations in the importing country. In all cases the prediction error variance was consistently higher for indirect than for direct conversions. Indirect conversions could be used only if there are no adequate common bulls in two countries; caution should be exercised when choosing the intermediate country.

Theoretischer Vergleich zwischen direkten und indirekten Konversionen von Milchtierhewertungen

Es wurden simulierte Daten zum Vergleich direkter und indirekter Konversionen von Nachkommenschaftsprüfergebnissen bei Selektion verwendet. Wenn Stiere zur Berechnung der Konversionen von Export zu Mittlerländern zuerst in Exportländern geprüft worden waren, resultierten indirekte Konversionen in unverzerrten Prädiktionen. Bei Nachkommenschaftsprüfung in Mittlerländern und bei Selektion auf der Basis des geschätzten Zuchtwertes überschätzten indirekte Konversionen die Werte in Importländern. In allen Fällen war die Varianz der Prädiktion bei indirekter höher als bei direkter Konversion. Indirekte Konversionen sollten nur verwendet werden, wenn keine Vergleichsbullen in zwei Ländern vorhanden sind. Vorsicht sollte bei der Wahl in Mittlerländern am Platz sein.
Solution of multiple trait animal models with missing data on some traits
Authors: Ducrocq V. , Besbes B.
Published: March 2011

In multiple trait animal model evaluations, several transformations (canonical, triangular, combined) can be used to decrease the size of the mixed model equations or to increase their sparsity. A simple method based on an EM argument and replacing missing records by their expectation given the current parameters allows the use of the canonical transformation in situations where data are missing and selection is ignorable. The convergence behavior of these different approaches were compared on real data sets simulating different missing patterns. The combined transformation is always better than the triangular transformation. The extended version of the canonical transformation clearly leads to the fastest convergence, in terms of overall CPU time, especially when a reduced animal model is used (2 to 3 times faster than the triangular transformation) and when more traits are considered simultaneously.

Solution des modèles animales multicaractères avec fichiérs manquantes

Dans les évaluations multicaractères de type modèle animal, diverses transformations (canonique, triangulaire, combinée) peuvent être utilisées pour diminuer la taille du système d'équations du modèle mixte ou pour en accroître le nombre d'éléments nuls. Une méthode simple basée sur un raisonnement de type EM et remplaçant les données manquantes par leur espérance sachant la valeur courante des paramètres permet l'utilisation de la transformation canonique dans des situations avec données manquantes et où le processus de sélection peut être ignoré. Les vitesses de convergence de ces différentes approches ont été comparées ` partir de fichiers réels simulant différent types de données manquantes. La transformation combinée s'est revelée toujours meilleure que la transformation triangulaire. La version étendue de la transformation canonique conduit clairement ` la convergence la plus rapide, tout spécialement quand un modèle animal réduit est utilisé (2 ` 3 fois plus rapide que la transformation triangulaire) et quand un grand nombre de caractères sont considérés simultanément.

Lósung bei Mehrmerkmalsmodellen und teilweise fehlenden Daten bei einzelnen Merkmalen

Beim Mehrmerkmal‐Tiermodell können mehrere Transformationen (kanonisch, Winkel, kombiniert) zur Reduktion der Gleichungszahl oder zur Steigerung der null Elemente verwendet werden. Eine einfache Methode, die auf EM‐Schlußfolgerungen beruht und fehlende Beobachtungen mit ihren Erwartungswerten (aufgrund gegebener Parameter) ersetzt, gestattet Verwendung kanonischer Transformation bei teilweise fehlenden Daten und vernachlässigbarer Selektion. Das Konvergenzverhalten verschiedener Ansätze wurde an realem Datenmaterial mit simulierten Fehlmustern verglichen. Die erweiterte Transformation ist immer besser als die Winkeltransformation, und diese kanonische Transformation führt hinsichtlich CPU‐Zeit zur schnellsten Konvergenz, besonders wenn ein reduziertes Tiermodell mit mehreren Merkmalen verwendet wurde (2‐ bis 3 mal schneller als Winkeltransformation).
Estimation of variance components with dominance and inbreeding in dairy cattle
Authors: Hoeschele I. , Vollema A. R.
Published: March 2011

The five variance components in the genetic (co)variance among inbred relatives for a quantitative trait with additive and dominance genetic variation were estimated by equating variances among and within different types of families of inbred cows to their expectations. The data used were milk and fat yields of 85,433 U.S. Holstein cows with inbreeding coefficients of 6.25% or higher. When all five parameters were estimated, unrealistic results were obtained. If all quantitative trait loci are biallelic, genetic (co)variance depends on only four parameters. More realistic estimates were obtained under this assumption. There was a substantial negative covariance among breeding values and dominance effects under inbreeding, and the dominance variance in inbred cows was larger than the dominance variance in the noninbred base population.

Varianzkomponenteneinschätzung bei Dominanz und Inzucht von Milchvieh

Die fünf Varianzkomponenten in der genetischen (Ko)Varianz zwischen ingezüchteten Verwandten in einem quantitativen Merkmal wurden geschätzt durch Gleichsetzen von Varianzen zwischen und innerhalb verschiedener Familien von ingezüchteter Kühen zu ihren Erwartungswerten. Das Datenmaterial bestand aus den Milch‐ und Fettmengen von 85,433 U.S. Holstein Kühen mit Inzuchtkoeffizienten von 6.25% oder höher. Die gleichzeitige Schätzung aller fünf Parameter führte zu unrealistischen Ergebnissen. Wenn an allen Genorten des quantitativen Merkmals nur zwei Allele vorkommen, gehen nur vier Parameter in die genetische (Ko)Varianz ein. Die Schätzwerte, die unter dieser Annahme berechnet wurden, waren plausibler. Eine beträchtliche negative Kovarianz zwischen den Zuchtwerten und den Dominanzwerten bei Inzucht wurde gefunden, und die Dominanzvarianz war unter Inzucht gróßer als in der Basispopulation.
Animal model estimation of non‐additive genetic parameters in dairy cattle, and their effect on heritability estimation and breeding value prediction
Authors: Akbas Y. , Brotherstone Susan , Hill W. G.
Published: March 2011

First lactation production records of pedigree Holstein‐Friesian cows in the UK were analysed by an animal model, in order to estimate effects of heterosis and recombination loss between North American Holstein and European Friesian cattle and the influence of these effects on breeding value prediction. Coefficients of heterosis and recombination loss were fitted in the animal model as covariables and unknown parents were assigned to a varying number of genetic groups.

The estimates of heterosis effects were 104 kg, 4.3 kg and 2.9 kg for milk, fat and protein yield, respectively, while the corresponding coefficients for recombination loss were −135 kg, −2.6 kg and −3.7 kg respectively. Neither the sire component of variance nor the heritability estimates were appreciably affected by the inclusion of heterosis and recombination loss in the model. Including both these effects in the breeding value estimation increased the predicted sire proof for fat plus protein of a typical F1 Holstein × Friesian sire by 3 kg.

Tiermodellschätzungen nicht‐additiv genetischer Parameter bei Milchrindern und ihre Auswirkung auf Heritabilitätsschätzung und Zuchtwertvoraussage

Laktationsleistungen von Herdbuch Holstein‐Friesen Kühen im UK wurden mittels eines Tiermodells analysiert zur Schätzung der Wirkungen von Heterosis und Rekombinationsverlust zwischen nordamerikanischen Holstein und europäischen Schwarzbunten und Einfluß dieser Wirkungen auf Zuchtwahlvorhersagen. Koeffizienten für Heterosis und für Rekombinationsverlust wurden im Tiermodell als Co‐Variable berücksichtigt und unbekannte Eltern einer unterschiedlichen Zahl genetischer Gruppen zugeordnet.

Schätzungen der Heterosiswirkungen waren 104 kg, 4,3 kg und 2,1 kg für Milch‐, Fett‐ Proteinmengen, während die diesbezüglichen Koeffizienten für Rekombinationsverlust −135, −2,6 und −3,7 kg waren. Weder die Vatervarianzkomponente noch Heritabilitätswerte wurden durch Berücksichtigung von Heterosis und Rekombinationsverluste im Modell tangiert. Berücksichtigung beider Wirkungen in der Zuchtwertschätzung erhöhte den geschätzten Vaterzuchtwert für Fett + Protein eines typischen F1 Holstein‐Friesen‐Stieres um 3kg.
Genetic parameters of lifetime performance traits in Holstein cows
Authors: Chauhan V.P.S. , Hayes J.F. , Jairath L.K.
Published: March 2011

Heritabilities, genetic and phenotypic correlations among lifetime yields of milk, fat and protein, herdlife, productive life and number of lactations initiated in the herd were estimated from records of 44,933 progeny of 427 young and 119 proven Holstein sires in 1949 herds using a multivariate Reml technique to fit a sire model with relationships among young sires. Proven sires were fitted as fixed effects. Heritabilities of lifetime traits ranged from 0.005 to 0.030, suggesting little scope for direct selection for lifetime performance traits. Productive life had highest genetic correlation with lifetime fat yield (0.934), but correlations with lifetime milk and protein yields were smaller and similar (0.773 and 0.772). The number of lactations also had highest genetic correlation with lifetime fat yield.

Genetische Parameter von Lebensleistungsmerkmalen bei Holsteinkühen

Heritabilitätswerte, genetische und phänotypische Korrelationen zwischen Lebensleistungsmerkmalen für Milch, Fett und Protein, Lebensdauer, produktive Zeit und Zahl Laktationen wurden won 44933 Nachkommen von 427 jungen und 119 nachkommenschaftsgeprüften Holsteinstieren in 1949 Herden mittels einer multivariablen REML‐Technik geschätzt, die auf einem Vatertiermodell mit Verwandtschaft zwischen den jungen Stieren beruhte. Geprüfte Stiere wurden als fixe Effekte im Modell berücksichtigt. Heritabilitätswerte dieser Merkmale rangieren von 0.005 bis 0.03, so daß wenig Aussichten für Erfolg direkter Selektion auf Lebensleistungsmerkmale besteht. Die Länge des produktiven Lebens hatte die höchste genetische Korrelation mit Lebensfettmenge (0.934), aber die Korrelationen mit Milch‐ und Protein‐Lebensleistung waren kleiner und ähnlich (0.773 und 0.772). Die Zahl der Laktationen hatte die höchste genetische Korrelation mit der Lebensfettmenge.
A note on the use of DNA fingerprints to assess the coefficient of inbreeding in populations with unknown pedigree
Authors: Groen A. F.
Published: March 2011

The relationship between the inbreeding coefficient and characteristics of DNA fingerprints is described to show opportunities of using DNA fingerprinting in assessing the inbreeding coefficient in populations with unknown pedigree. Characteristics studied include the number of bands per individual and the average level of bandsharing among individuals in a population.

Conceptually simple functions relating allelic frequencies, inbreeding coefficient, and DNA fingerprint characteristics are derived. An increase in the inbreeding coefficient, with constant allelic frequencies, decreases both the number of bands and bandsharing. Allelic fixation will give rise to low numbers of bands but also to higher levels of bandsharing.

It is concluded, that when empirically positive correlations between bandsharing and inbreeding are found, this should be due to drift and family structure in small populations subjected to drift and not to the effect of inbreeding per se.

Verwendung von DNA‐Fingerprints zur Inzuchtschätzung in Populationen ohne Herdbuchaufzeichnungen

Der Zusammenhang zwischen Inzuchtkoeffizienten und DNA‐Fingerprints ist in Hinblick auf Nutzung von DNA‐Fingerprints zur Ermittlung der Inzuchtkoeffizienten in Populationen mit unbekannter Abstammung dargestellt worden. Bei DNA‐Fingerprints sind Anzahl der Bande eines Individuums und das durchschnittliche Niveau der Bandengleichheit zwischen Individuen meßbar.

Zwischen Frequenz von Genen, Inzuchtkoeffizienten und Eigenschaften von DNA Fingerprints existiert ein relativ einfacher Zusammenhang. Eine Zunahme des Inzuchtkoeffizienten bei gleichbleibender Frequenz der Gene ergibt eine Abnahme der Bandenzahl je Individuum und der Bandengleichheit. Genfixierung ergibt niedrigere Anzahl von Banden, aber auch höhere Bandengleichheit.

Zusammenfassend, ein empirisch positiver Zusammenhang zwischen Bandengleichheit und Inzuchtkoeffizient kann infolge Zufallsdrift und Verwandtschaft von Individuen in kleinen Populationen auftreten und nicht unbedingt infolge Inzucht an sich.
Relationship between age, nutritional status and dairy merit with plasma profiles of growth hormone (GH) and free fatty acids (FFA) in bulls
Authors: Olbrich‐Bludau Angelika , Schams D. , Schallenberger E. , Graml R. , Pirchner F.
Published: March 2011

Blood plasma levels of growth hormone (bGH) and of free fatty acids (FFA) were measured in repeated samples drawn every 15′ for bHG, every 1 h for FFA one day after morning feeding and after 3 days of severe feed restriction of 7 young (< 2 years) and 14 old (> 5 years) bulls. The numerous data were condensated by the PULSAR program of Merriam and Wachter (1982) to mean level, average baseline concentration, number, average amplitude and average duration of secretory peaks. Young bulls had higher values for all of these parameters except peak duration and increased these after fast except for peak duration, baseline and integral while mature bulls reacted little to food restriction.

FFA plasma levels were higher in young bulls under normal feeding when mature bulls had more frequent peaks. After feed restriction mature bulls increased the mean plasma level to the increased level of young bulls but decreased the peak frequency.

The milk protein yield breeding values are related significantly to mean level, integral and the peak duration of plasma bGH levels but in different directions in young and in mature bulls.

Beziehungen zwischen Alter, Futterstatus, Milchzuchtwert und Plasmaspiegel von Wachstumshormon (GH) und Freien Fettsäuren (FFA) bei Stieren

Blutplasmaspiegel von Wachstumshormon (GH) und Freien Fettsäuren (FFA) wurden in wiederholten Proben gemessen, die im Falle von GH alle 15 min. und im Falle von FFA jede Stunde einen Tag nach Morgenfütterung, nach drei Tagen starker Futterrestriktion bei sieben jungen (weniger als zwei Jahre) und 14 alten (über fünf Jahre) Stieren gezogen worden waren. Die zahlreichen Daten wurden mit Hilfe des Computerprogrammes von Merriam und Wachter (1982) kondensiert zu durchschnittlichen Plasmaspiegel, durchschnittliche Basiskonzentration, Zahl, durchschnittliche Amplitude und durchschnittliche Dauer von Sekretionsspitzen und Integral. Die Jungstiere hatten für alle diese Parameter höhere Werte, außer der Dauer von Sekretionsspitzen und nahmen mit Ausnahme von dieser, von Basisspiegel und Integral nach Futterrestriktion zu, während Altstiere auf diese sehr wenig reagiert haben. FFA‐Plasmaspiegel waren bei jungen Stieren höher unter Normalfütterung, während alte Stiere häufiger Sekretionsspitzen zeigten. Nach Futterrestriktion steigerten Altstiere den mittleren Plasmaspiegel auf den angestiegenen Spiegel junger Stiere, aber verminderten die Häufigkeit der Sekretionsspitzen.

Milchprotein‐Zuchtwerte sind signifikant mit mittlerem Plasmaspiegelwert, Integral und Dauer der Sekretionsspitzen bei Plasma GH korreliert, aber in verschiedener Richtung bei jungen und bei Altstieren.
The effects of genotype by environment interactions in dairy cattle open nucleus breeding schemes
Authors: Bondoc O. L. , Smith Ch.
Published: March 2011

The evaluation of open nucleus breeding systems using progeny testing or adult or juvenile embryo transfer in the nucleus is extended to include genotype by environment interactions. Knowledge of the extent of such interactions can be used to design breeding schemes and to predict realistic rates of genetic gain in the commercial environment. Interactions between the nucleus and base (commercial) herds are assumed to be more important than those interactions within tiers (e. g., among base herds). The genetic selection differentials of animals born in the nucleus and evaluated for their performance under the base conditions are reduced by a factor equivalent to the genetic correlation for economic merit between the nucleus and base test environment. This leads to a lower asymptotic genetic gain per year and longer asymptotic genetic lag with regard to the genetic improvement in the base herds. The mean genetic merit in the commercial population at a given planning horizon (20 years) is also increased as the genetic correlation for economic merit between the nucleus and base environment decreases. The applies to all the breeding systems and so the genetic correlation is a critical parameter in evaluating open nucleus breeding schemes.

Wirkungen von Genotyp‐Umweltinteraktionen in offenen Nukleuszuchtsystemen von Milchrindern

Die Bewertung offener Nukleuszuchtsysteme mit Nachkommenschaftsprüfung oder adultem oder juvenilem Embryotransfer im Nukleus wird mit Berücksichtigung von Genotyp‐Umweltinteraktionen erweitert. Kenntnis solcher Interaktionen sollen bei der Zuchtplanung und zur Vorausschätzung realistischer genetischer Fortschrittsraten in praxisnahen Situationen Anwendung finden. Interaktionen zwischen Nukleus und Basis (kommerziell) Herden werden als wichtiger angenommen als Interaktionen innerhalb der Schichten (z.B. zwischen Basisherden). Genetische Selektionsdifferentiale von nukleusgeborenen Tieren, die ihre Leistung unter Bedingung der Praxis erbringen, werden proportional der genetischen Korrelation für Wirtschaftswert zwischen Nukleus und Basismilieu vermindert. Dies führt zum geringeren asymptotischen genetischen Fortschritt pro Jahr und einem längeren asymptotischen, mit genetischer Verzögerung in bezug auf genetische Verbesserung der Basisherden. Der mittlere Zuchtwert der kommerziellen Population bei gegebenem Planungshorizont (20 Jahre) wird ebenfalls proportional der genetischen Korrelation kleiner. Das bezieht sich auf alle Zuchtsysteme, so daß die genetische Korrelation ein kritischer Parameter zur Bewertung offener Nukleuszuchtsysteme ist.
Estimation of direct and maternal (co)variance components for growth traits in Australian Simmental beef cattle
Authors: Swalve H. H.
Published: March 2011

Field data on weight recordings provided by the Australian Simmental Breeders Association was analysed. From a data set of 64,962 animals, which had either birth (BW), weaning (WW), yearling (YW), or final weight (FW) records a subset of 17 herds comprising 18,083 animals was used to obtain uni‐ and bivariate estimates of variance components. This subset had to be subdivided into six further subsets, called group herds. The models used allowed for additive genetic, maternal genetic, and permanent environmental effects and for a covariance between additive direct and maternal genetic effects. Estimates were pooled across group herds. The results for BW, WW, YW, FW were .33, .35, .37, and .30, respectively, for heritabilities and .074, .18, and .11 for maternal heritabilities (not estimated for FW). Significant correlations between direct and maternal genetic effects (rAM) existed for WW and YW in the magnitude of ‐.39 and ‐.22. However, further research is needed due to the problems associated with the estimation of rAM.

Schätzung direkter und maternaler (Ko)Varianz‐Komponenten für Wachstumsmerkmale bei australischem Fleckvieh

Gegenstand der Untersuchung waren im Feld erhobene Gewichte, die von der Australischen Simmental Breeders Association bereitgestellt worden waren. Aus einer Datei von 64.962 Tieren, die entweder ein Geburtsgewicht (GG), ein Absetzgewicht (AG), ein Jährlingsgewicht (JG) oder ein Endgewicht (EG) aufwiesen, wurde ein Teildatensatz von 18.083 Tieren extrahiert und einer uni‐ und bivariaten Schätzung von Varianzkomponenten unterzogen. Diese Datei mußte weiterhin in sechs verschiedene Dateien aufgeteilt werden; diese wurden Gruppenherden genannt. Die verwendeten Modelle erlaubten additiv‐genetische, maternal‐genetische und permanente Umwelteffekte sowie das Vorhandensein einer Kovarianz zwischen additiv‐genetischem und maternal‐genetischem Effekt. Die Schätzwerte wurden über die Gruppenherden gepoolt. Die Ergebnisse in der Reihenfolge GG, AG, JG und EG waren 0,33, 0,35, 0,37 und 0,30 für die Heritabilitäten sowie 0,074, 0,18 und 0,11 für die maternalen Heritabilitäten (nicht geschätzt für EG). Signifikante Korrelationen zwischen direktem und maternal‐genetischem Effekt (rAM) existierten für AG und JG in der Größenordnung von −0,39 und −0,22. Trotz dieses Ergebnisses sind weitere Untersuchungen nötig, weil die Schätzung von rAM problematisch ist.
MIVQUE estimation of genetic parameters for traits of dam and young traits in a prolific species
Authors: Baselga M. , Camacho J.
Published: March 2011

A two‐trait model is proposed to analyse jointly a dam trait and a young trait in prolific species such as pigs or rabbits. The model is a true repeatability animal model for the dam trait and a sire‐dam model with maternal effects for the young trait. A feasible MIVQUE is worked out to estimate the variance‐covariance components involved in the model. In order to reduce demands on computer memory and time an equivalent model is proposed and some algebraic work has been done. Thus, the time required to compute the expectations of the MIVQUE quadratics is only 70% of the one necessary to invert the coefficient matrix. Thus REML could be solved through an I‐MIVQUE algorithm as an alternative to the EM algorithm. The suggested procedure presumes that the levels of the fixed effects are low. This is frequently the case when selecting pigs or rabbits in a nucleus. Finally, an example is presented for the analysis of litter size at weaning and weight at 77 days in a line of rabbits.

MIVQUE‐Schätzung genetischer Parameter für Merkmale von Müttern und Jungen fruchtbarer Haustierarten

Es wird ein Zwei‐Merkmal‐Modell verwendet, das ein echtes Wiederholbarkeitsmodell für Muttermerkmal und ein Vater/Muttermodell mit Maternalwirkungen für Nachkommenmerkmale darstellt. MIVQUE wird zur Schätzung der Varianzkomponenten verwendet. Zur Verminderung von Ansprüchen an Speicher und Zeit wird ein äquivalentes Modell vorgeschlagen und algebraische Untersuchungen durchgeführt. Die für die Berechnung der Erwartungswerte von MIVQUE notwendige Zeit beträgt 70%, der für Inversion der Koeffizientenmatrix notwendig ist. REML konnte mit I‐MIVQUE‐Algorithmus als Alternative zu EM‐Algorithmus gelöst werden. Die vorgeschlagene Methode verlangt ein niedriges Ausmaß von fixen Wirkungen, was häufig für Nukleus‐selektierte Schweine oder Kaninchen zutrifft. Ein Beispiel analysiert Wurfgröße beim Absetzen und 77‐Tage‐Gewicht von Kaninchen.
Relationships of first lactation yields with lifetime performance traits in Holstein cows
Authors: Chauhan V. P. S. , Hayes J. F.
Published: March 2011

Genetic and phenotypic correlations between the first lactation and lifetime yields of milk, fat and protein, herdlife, productive life and number of lactations initiated in the herd were estimated from records of 24,231 progeny of 234 young and 119 proven Holstein sires in 1791 herds using a multivariate REML technique to fit a sire model with relationships among young sires. Proven sires were fitted as fixed effects.

Genetic correlations between first lactation and lifetime yields were highest for milk (0.666) followed by fat (0.660) and protein (0.512). Genetic as well as phenotypic correlations of herdlife, productive life and number of lactations were higher with first lactation milk yield than with first lactation fat and protein yields. Direct selection for higher lifetime yields would not be effective because of low heritabilities. However the high, positive genetic correlations of lifetime yields of milk and fat with first lactation yields suggested that first lactation yields might be used for indirect selection for higher lifetime yields.

Beziehung zwischen Erstlaktations‐ und Lebensleistung bei Holstein‐Kühen

Zwischen Erstlaktations‐ und Lebensleistung für Milch, Fett, Protein, Verbleibedauer, produktiver Lebensdauer und Zahl von Laktationen in der Herde wurden von 24.291 Töchtern, 234 Jung‐ und 119 geprüften Holsteintieren in 1.791 Herden genetische Beziehungen geschätzt, wobei eine multivariate REML‐Technik zur Analyse eines Stiermodells mit Verwandtschaft zwischen jungen Stieren angewendet worden ist. Die geprüften Stiere wurden als fixe Effekte angesehen.

Genetische Korrelationen zwischen Erstlaktation und Lebensleistung war am höchsten für Milch (0,666), gefolgt von Fett (0,660) und Protein (0,512). Genetische und phänotypische Korrelationen mit Verbleibedauer, produktiver Lebensdauer und Zahl der Laktationen waren ebenfalls für Erstlaktations‐milchmenge höher als bei Fett und Protein. Direkte Selektion auf höhere Lebensleistung würde wegen der niedrigen Heritabilität nicht wirksam sein. Allerdings könnten die hohen positiven genetischen Korrelationen des Merkmals mit Erstlaktationsleistungen diese als geeignetes indirektes Selektionskriterium für höhere Lebensleistung anzeigen.
Oligonucleotide probes for DNA fingerprinting in horses
Authors: Wilke K. , Weimann M. , Jung M. , Geldermann H.
Published: March 2011

10 different oligonucleotide probes were evaluated for DNA fingerprinting in horses. Five probes were able to detect polymorphic bands. The probes (GT)8, (GTG)5 and (GGAT)4 are most informative for individual identification and were used to analyze a population of Hannoveranian horses. The probability that two individuals have the same DNA fingerprint pattern is 1.2 × 10−8, 5.2 × 10−10 and 1.5 × 10−7 respectively. Using a combination of the three probes, paternity tests were performed with exclusion probabilities between 0.08% and 4%.

Oligonukleotide‐Sonden für DNS‐Fingerprints von Pferden

Zur Darstellung von DNA‐Fingerprints beim Pferd wurden zehn verschiedene Oligonukleotid‐Sonden verglichen. Mit fünf Sonden konnten polymorphe Banden nachgewiesen werden. Die Sonden (GT)8, (GTG)5 und (GGAT)4 besaßen die größte Informativität für den Identitätsnachweis und wurden für die Analyse einer Population von Hannoverschen Pferden benutzt. Die Wahrscheinlichkeit, daß zwei Individuen dieselben Fingerprint‐Muster aufweisen, liegt bei 1,2 × 10−8, 5,2 × 10−10 bzw. 1,5 × 10−7. Bei Verwendung einer Kombination der drei Sonden wurden Vaterschaftskontrollen mit Ausschlußwahrscheinlichkeiten zwischen 0,08% und 4% erreicht.