blaNDM Gram αρνητικά βακτήρια σε ανθρώπους και ζώα στην Κεντρική Ελλάδα
Authors: Τσιλιπουνιδάκη Κατερίνα 
Published: February 2024

Η αντιμικροβιακή αντοχή έχει αναδειχθεί ως ένα από τα κυριότερα προβλήματα της δημόσιας υγείας που καταγράφονται τον 21ο αιώνα καθώς εμποδίζει την αποτελεσματική θεραπεία λοιμώξεων που προκαλούνται κυρίως από πολυανθεκτικά Gram-αρνητικά βακτήρια, τα οποία δεν εμφανίζουν πλέον καμία ευαισθησία σε αντιβιοτικά. Στην παρούσα διατριβή μελετήθηκαν 4 είδη Gram αρνητικών βακτηρίων (E.coli, K.pneumoniae, P.aeruginosa και A.baumannii) με αντοχή στις καρβαπενέμες, τα οποία συλλέχθηκαν κατά τα έτη 2017-2023 και απομονώθηκαν κυρίως από ασθενείς του Πανεπιστημιακού Γενικού Νοσοκομείου Λάρισας. Πρώτο στάδιο της μελέτης αποτέλεσε η απομόνωση ανθεκτικών στελεχών και η ανίχνευση των συχνότερων μηχανισμών αντοχής που εμφανίζονται στην Ελλάδα (blaKPC, blaNDM, blaVIM και blaOXA-48). Δεύτερο στάδιο ήταν η επιλογή των blaNDM (+) βακτηρίων και ο χαρακτηρισμός του γενετικού περιβάλλοντος του γονιδίου blaNDM με αλληλούχιση ολικού γονιδιώματος. Τέλος, πραγματοποιήθηκε σύγκριση των αποτελεσμάτων με την διαθέσιμη βιβλιογραφία. Ο στόχος ήταν η διερεύνηση της διασποράς του γονιδίου blaNDM σε διάφορα Gram-αρνητικά βακτηρίδια τα οποία απομονώθηκαν από κλινικά δείγματα ανθρώπων και ζώων κατά την περίοδο 2017-2023 στην Θεσσαλία.Από τα 756 δείγματα ζώων που μελετήθηκαν, αναπτύχθηκε μόνο ένα στέλεχος E.coli (0,1%) με αντοχή σε καρβαπενέμες, ενώ από τα ανθρώπινα δείγματα μελετήθηκαν 270 μικροοργανισμοί με αντοχή σε καρβαπενέμες. Ο έλεγχος ανίχνευσης γονιδίων αντοχής έδειξε την παρουσία τεσσάρων γονιδίων (blaKPC, blaNDM, blaVIM και blaOXA-48) στα στελέχη K.pneumoniae και τριών γονιδίων (blaKPC, blaNDM, blaVIM) στα στελέχη E.coli σε διάφορους συνδυασμούς, ενώ σε στελέχη P.aeruginosa εντοπίστηκαν δύο γονίδια (blaNDM, blaVIM) και σε στελέχη A.baumannii ένα γονίδιο (blaNDM). Από τα 70 blaNDM (+) στελέχη που προέκυψαν κατά τον γονοτυπικό έλεγχο, τα 34 (11 E.coli -1 ζωικής προέλευσης και 10 ανθρώπινης προέλευσης, 9 A.baumannii, 9 P.aeruginosa και 5 K.pneumoniae) επιλέχθηκαν για περαιτέρω ανάλυση. Συγκεκριμένα το ζωικό στέλεχος Ε. coli βρέθηκε να ανήκει στον κλώνο ST361 και να φέρει το blaNDM-5 γονίδιο σε γενετική δομή όμοια με αυτή του πλασμιδίου p52148 που είχε περιγραφεί στο παρελθόν. Από τα ανθρώπινα δείγματα, τα στελέχη E.coli βρέθηκε ότι ανήκουν σε διάφορους κλώνους (ST744, SST998, ST224, ST410, ST4380, ST46, ST683, ST12) ενώ το blaNDM-1 εντοπίστηκε σε τρεις γενετικές δομές όμοιες με προηγούμενα χαρακτηρισμένα πλασμίδια (pS-3002cz, pB3002cz, pEc19397-131). Τα στελέχη K.pneumoniae βρέθηκε ότι ανήκουν σε τρεις διαφορετικούς κλώνους (ST11, ST231, Νέο ST) ενώ το γονίδιο blaNDM-1 εντοπίσθηκε σε γενετικές δομές όμοιες με αυτές των στελεχών E.coli της μελέτης (pS-3002cz, pB3002cz). Τα στελέχη P.aeruginosa βρέθηκε ότι ανήκουν στον κλώνο ST308 και το γονίδιο blaNDM-1 βρέθηκε στο χρωμόσωμα πάνω στο συζευκτικό στοιχείο ICETn43716385. Τέλος, τα στελέχη A.baumannii βρέθηκε ότι ανήκουν σε 4 διαφορετικούς κλώνους (ST2, ST85, ST160 και ST2493), ενώ το γονίδιο blaNDM-1 εντοπίσθηκε σε 2 διαφορετικές δομές τοποθετημένες στο χρωμόσωμα σε ήδη χαρακτηρισμένα μεταθετά στοιχεία (Tn125, Tn7382). Αξιοσημείωτο είναι το γεγονός ότι η ανίχνευση του γονιδίου blaNDM-5 σε στέλεχος E.coli και blaNDM-1 σε στελέχη E.coli και P.aeruginosa αναφέρεται για πρώτη φορά στην Ελλάδα, ενώ ταυτόχρονα είναι η πρώτη εκτεταμένη μελέτη blaNDM(+) στελεχών A.baumannii. Η διασπορά συγκεκριμένων πολυανθεκτικών παθογόνων κλώνων και η μεταφορά γονιδίων αντοχής τόσο μεταξύ βακτηρίων του ίδιου είδους όσο και μεταξύ διαφορετικών γενών που απομονώνονται στον τομέα της υγείας και της κτηνιατρικής δημιουργεί μία αναδυόμενη απειλή για τις υπηρεσίες Υγείας του ανθρώπου σε παγκόσμιο επίπεδο.