Studi In Silico Potensi Antikanker Leukemia Limfositik Senyawa Alkaloid Indol terhadap Protein BCL-2
Authors: Sari Bulan Rosita , Auli Winni Nur , Saputri Vita Julia , Saputri Okta Dinata , Tumanggor Alika Putriyana Boru , Ferlinda Dhea Anggun , Anggraini Fira , Fatonah Fatonah 
Published: January 2024

BCL-2 is an anti-apoptotic protein that can inhibit cell death, prolong cell survival time, and turn cells into malignant ones, which is one of the pathways targeted in the development of leukemia therapy by binding and inactivating the BH3 domain pro-apoptotic protein. Indole alkaloids have pharmacological activities and contribute to the development of new drug leads. This study aims to analyze the potential of insilico alkaloids against Bcl-2 in silico. The docking process initiated from preparing the ligand taken from the Pubchem website. The three-dimensional macromolecular structure of the protein used was BCL-2 retrieved from the RCSB Protein Data Bank (www.rcsb.org) with PDB ID number 6O0K. The validation and docking process was carried out using the AutodockTools software program from MGLTools 1.5.6. Chemical bond interaction analysis was carried out using BIOVIA Discovery Studio 2021 Client. The binding energy results from validating the native ligand venetoclax as existing drug is -14.46 kcal/mol. The results obtained from the three ligands, namely aspidodasycarpine, tetrahydroalstonine, and kopsamine have binding energies of -6.76, -7.92, -7.57 kcal/mol respectively. When compared with tetrahydroalstonine which has the smallest value among the three other ligands, it can be concluded that venetoclax is still smaller so that it becomes more potent than tetrahydroalstonine.
Keywords:          Indole alkaloids, Cancer, Bcl-2, Docking
 
Abstrak
BCL-2 adalah protein anti-apoptosis yang dapat menghambat kematian sel, memperpanjang waktu hidup sel, dan mengubah sel menjadi ganas, yang merupakan salah satu jalur yang ditargetkan dalam perkembangan terapi penyakit leukemia dengan mengikat serta menonaktifkan protein pro-apoptosis domain BH3. Alkaloid indol memiliki aktivitas farmakologi dan berkontribusi untuk pengembangan lead obat baru, dimana salah satu senyawa yang paling aktif memiliki berbagai aktivitas farmakologi, yaitu antikanker. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis potensi alkaloid indol terhadap Bcl-2 in silico. Proses docking dimulai dari penyiapan ligan yang diambil dari situs web Pubchem. Struktur makromolekul tiga dimensi protein yang digunakan dalam studi docking ini adalah BCL-2 yang diunduh dari RCSB Protein Data Bank (www.rcsb.org) dengan nomor ID PDB 6O0K. Proses validasi dan docking dilakukan menggunakan perangkat lunak program AutodockTools dari MGLTools 1.5.6. Analisis interaksi ikatan kimia dilakukan menggunakan BIOVIA Discovery Studio 2021 Client. Hasil energi ikatan dari validasi ligan bawaan venetoclax sebagai obat yang telah dikembangkan yaitu -14.46 kkal/mol. Diperoleh hasil dari analisis data energi ikatan dari tiga ligan, yaitu aspidodasycarpine, tetrahydroalstonine, dan kopsamine berurutan sebesar -6,76, -7,92, -7,57 kkal/mol. Apabila dibandingkan dengan tetrahydroalstonine yang memiliki nilai paling kecil diantara ketiga ligan lain maka dapat disimpulkan bahwa venetoclax masih lebih kecil sehingga menjadi lebih poten dibandingkan dengan tetrahydroalstonine.
Kata Kunci:         Alkaloid indol, Kanker, BCL-2, Docking