bluuebunny/crossref_metadata_2025 huggingface dataset:
Indescriptible mais… décrit. Éloge de la théorie Shadok des passoires complexes
Authors: Biarnès Jany
Published: January 2021

Réflexions sur la pratique de l’analyse quatrième (ou supervision ou contrôle) : que s’agit-il de décrire du travail avec le patient. Comment est-ce possible ? Quelles en sont les difficultés et paradoxes ? Illustration à travers l’œuvre de Jacques Rouxel, les Shadoks.
Une clinique de la fondation
Authors: Réfabert Philippe
Published: January 2021

L’autoanalyse aura conduit Freud à l’intelligence du refoulement de représentations indésirables, mais pas à celle du traumatisme psychique où sa recherche s’abreuve à son insu. Le mérite de penser l’inscription dans le corps de « ce qui s’est passé », alors que la conscience n’était pas éveillée ou qu’elle aura été abolie temporairement sous le coup d’un traumatisme, reviendra à Ferenczi. Ce retour à la théorie traumatique aura radicalement transformé la métapsychologie en même temps qu’il aura permis de penser le transfert dès l’origine. L’ouvrage en deux volumes de Carlo Bonomi The Cut and the Building of Psychoanalysis rend compte de cette fondation de la psychanalyse en deux temps, après le temps autoanalytique. Dans ce travail encore, la dualité trauma versus fantasme apparaîtra avoir perdu toute pertinence.
Les intuitions ferencziennes d’un fonctionnement psychique archaïque
Authors: Laurent Pierrette
Published: January 2021

Des séquences cliniques où le transfert s’exprime par des manifestations corporelles (perte de la reconnaissance de son propre visage, douleur aiguë du sein, gestualité de l’enfant autiste, atteinte somatique) poussent à interroger le lien qui pourrait se tisser de « la base organique hystérique de l’analyse », selon Ferenczi, au concept de la topique originaire de P. Aulagnier et aux identifications corporelles de G. Haag. Selon l’auteure, les processus psychiques de l’autoclivage narcissique et du mirage de l’autre en soi peuvent être rattachés au fonctionnement psychique spéculaire, spécifique à la topique originaire, forgeant les identifications intracorporelles décrites par G. Haag. Ils sont alors à reconnaître au fonctionnement du fondement de tout psyché avec les modalités de transformation propres aux processus primaires et secondaires.
Coronavirus : peur, crise, prélude à la chance ?
Authors: Martens Francis
Published: January 2021

La pandémie du coronavirus est aussi une crise sociétale. Elle révèle le cynisme de la politique néolibérale en matière de soins de santé, et aussi combien la peur, en deux temps trois mouvements, pourrait faire basculer une démocratie vers un état policier : les outils sont en place. Elle manifeste de plus le côté toxique de la réduction de l’organisation de la santé publique à celle de la techno-médecine managériale des organes. Elle montre aussi, au confluent de la réduction des coûts du service public et de la négation de la spécificité des soins de santé mentale, combien néolibéralisme et contrôle généralisé – mais aussi imprévoyance programmée – vont de pair. En Belgique, l’hécatombe dans les maisons de retraite et de soin ne résulte ni d’un manque d’information, ni d’une erreur d’appréciation : elle procède d’un choix politique.
Un regard intime sur la pratique analytique
Authors: Tisseron Serge , Breton Stéphane
Published: January 2021

Serge Tisseron, psychanalyste et psychiatre, expose sa vision théorique et clinique. Il revient sur ce qui a marqué sa démarche analytique et sur certains points plus intimes de sa vie.
La lettre à Fliess du 21 septembre 1897
Authors: Gauld Christophe
Published: January 2021

Wilhelm Fliess, correspondant de Freud, adopte rapidement, dans leurs échanges épistolaires, la position de critique de ses théories. Freud se confie régulièrement à son ami, et ce courrier-ci revêt une importance capitale. En effet, Freud ne déclarera qu’en 1906, en public, sa désapprobation de la théorie de la séduction. Ce n’est donc que vingt ans plus tard que ses lecteurs ont eu connaissance de la psychanalyse telle qu’elle nous a été transmise. Il souhaitait d’ailleurs que ce corpus de lettres soit détruit.
The Influence of World Heritage Inscription on International Tourism : Guanajuato, Mexico and Adjacent Mines – A Case Study
Authors: Shieldhouse Richard
Published: January 2021

La convention de l’Unesco qui concerne la protection du patrimoine mondial de la culture et de la nature, adoptée en 1972, a défini différents objectifs destinés principalement à encourager la protection des sites importants. Cependant, l’augmentation du tourisme ne fait pas partie de ces objectifs ; en fait trop de visites menacent certains sites du patrimoine mondial. L’UNESCO a donc répondu avec un programme pour ces sites destiné à augmenter les bénéfices pour les populations locales grâce à des pratiques de gestion "durables"
Il existe suffisamment d’anecdotes évidentes qui démontrent que faire partie de la liste des sites du Patrimoine de l’Humanité encourage le tourisme des touristes et qu’une nouvelle "race" de touristes aisés et cultivés cochent sur les "listes" comme les observateurs d’oiseaux ont appris à le faire. Cependant, les études n’ont pas réussi à confirmer qu’il y avait un lien entre le fait d’être inscrit sur la liste du patrimoine mondial et le tourisme.
Cette analyse explore la relation statistique entre l’inscription sur la liste des sites du Patrimoine Mondial et le tourisme pour un site particulier : la ville mexicaine de Guanajuato et ses mines adjacentes. Une analyse de régression pour la période de 1986 – 2006 montre qu’il y a eu une augmentation de 14000 touristes qui n’étaient pas de nationalité mexicaine dans la période étudiée de comme conséquence directe de son appartenance à la liste des sites du Patrimoine Mondial. Cette augmentation est indépendante du nombre de chambres d’hôtel qui, bien sur, accroît également le nombre de touristes étrangers. Cette analyse tient compte des effets des fluctuactions de la monnaie et des attaques du 11 septembre sur le tourisme. Ces chiffres doivent être interprétés comme une estimation approximative des conséquences de l’inscription de Guanauato sur la liste du patrimoine mondial en1988
Si nous allons plus loin, ce modèle peut être utilisé pour un meilleur plan de développement durable sur les sites qui pourraient être nommés Patrimoine Mondial, aidant à pronostiquer les besoins supplémentaires en infrastructures, l’impact total sur l’économie du site et ses zones adjacentes et les besoins en services supplémentaires pour accueillir le tourisme.
Passer ses vacances du côté de chez soi
Authors: Condamines Elisabeth
Published: January 2021

Du côté de chez soi... transformation des séjours d’agrémentLe Trez-Hir est une petite station littorale finistérienne largement fréquentée, aujourd’hui encore, par des habitants de la communauté urbaine de Brest, c’est-à-dire à des personnes habitant à une vingtaine de kilomètres.Cette subsistance d’un modèle qui fut dominant entre la fin des années 1950 et le début des années 1980, permet d’identifier les apports spécifiques de ce type de vacances autre que ceux, évident, de facilité organisationnelle : acculturation, sensibilité géographique, sociabilité spécifique, ancrage de la dimension temporelle dans la dimension spatiale, autonomie.Cet espace, autrefois spécifiquement vacanciers, est à présent intégré à la sphère périurbaine tout en affirmant sa vocation touristique. Mais cette transformation du territoire, dans sa réalité et dans sa fonction, s’est articulée avec celle des formes vacancières.Si des vacanciers de la proximité ont du mal à préserver leurs pratiques anciennes et leur légitimité à être sur cet espace, littoral mais aussi périurbain, d’autres ont inventé, consentant ou contraints, de nouvelels manières d’y être présent ou d’y passer une partie de leurs vacances.
Influence de la structure archipélagique sur la mise en tourisme et les effets du tourisme sur le territoire capverdien
Authors: Kokel Nadège
Published: January 2021

Au Cap Vert, archipel de l’atlantique récemment mis en tourisme, le développement touristique débuta à Sal, seule île possédant alors un aéroport international, et s’appuya sur l’imaginaire insulaire tropical. Après s’être hissé au rang de destination balnéaire grâce à son insularité, le pays souhaite diversifier son offre afin de se démarquer des autres destinations insulaires et d’étendre le développement touristique aux autres îles de l’archipel. Le caractère archipélagique et la diversité du patrimoine deviennent alors des supports stratégiques du développement de l’activité touristique. Si la composition multi-insulaire du territoire représente un atout promotionnel, elle implique également la multiplication des infrastructures touristiques, notamment dans les transports et l’hébergement. La structure archipélagique, la diversité des îles en terme d’intérêt touristique (pratiques, paysages...], leur accessibilité influent sur l’organisation et la mise en tourisme des îles au sein de l’archipel. Les caractéristiques géo-morphologiques des îles, seront ainsi à l’origine d’une spatialisation des tourismes et des modalités de recréation au sein de l’archipel. Des pratiques touristiques différentes selon les îles auront, entre autre, pour effet une intégration différenciée des lieux touristiques aux espaces de vie, une différenciation de l’usage de l’espace entre touristes et habitants ainsi qu’une variabilité inter-insulaire des effets du tourisme sur la culture, l’identité ou la vie quotidienne.
Contradicciones y dilemas del turismo cultural en Hidalgo, México
Authors: Lagunas Arias David , Moragas Segura Natalia
Published: January 2021

Las políticas públicas de oferta y acogida para los turistas en México siguen siendo poco definidas y a menudo chocan con las necesidades de la agenda local. Habitualmente se encuentran desconectadas respecto a la orientación de las instituciones culturales, que se no han concebido de entrada desde la perspectiva del desarrollo turístico cultural. En esta ponencia se analizan las contradicciones y los dilemas respecto al avance de la política turística en el Estado de Hidalgo, cuya oferta cultural es tan amplia como prácticamente inexistente en su planeación. Se plantea la necesidad de afinar los mecanismos de interrelación entre el sector público, principalmente gobiernos locales y regionales, el sector empresarial, las instituciones de investigación y formación y en primer lugar de los propios ciudadanos
Réorganisation et restructuration d’un territoire pour l’accueil des touristes déficients
Authors: Reichhart Frédéric
Published: January 2021

L’accès des personnes déficientes aux activités touristiques s’accompagne d’un certain nombre de conditions et d’aménagements qui varient selon le type (déficience mentale, physique, sensorielle) et le degré (léger, moyen, sévère) de déficience. En fait, il s’agit de combiner l’utilisation de matériel adapté (fauteuil, système sonore..) à une intervention humaine en terme d’encadrement formé et à un aménagement architectural de l’espace. La présence de ces conditions peut faire l’objet d’une reconnaissance institutionnalisée par attribution d’un label signifiant l’accessibilité de ce territoire : le territoire touristique accessible aux personnes déficientes reste ainsi aisément identifié.
Tourisme global, identités locales
Authors: Bachimon Philippe
Published: January 2021

Cette contribution se propose de revisiter quelques idées qui circulent à propos de l’apparent paradoxe qui existerait entre tourisme, forme de mobilité de loisir introduisant plus ou moins subrepticement du global dans le local, et identité territoriale, résultante d’une construction sociale basée sur une originalité – voire une résistance ou invariance – de la Localité, voire du localisme, sur la globalité. Quatre questions nous servirons à sonder ce rapport ambigü.D’abord de quelle identité et mémoire parlons nous quand il s’agit de lieux touristiques ? A quelle modalité de mise en patrimoine faisons-nous référence ? Quand il s’agit d’ouvrir aux visiteurs les lieux renfermant des identités locales, quel partage résulte de cette démarche ? Et finalement quelles nouvelles identités « durables » pour ces deux types d’acteurs, en apparences antinomiques, se construisent sur cet échange ?
Mobilisation des logiques de développement touristique et de patrimonialisation dans les processus territoriaux : le Pays « Ardèche Méridionale » à la recherche d’une cohérence territoriale
Authors: Duval Mélanie
Published: January 2021

Cet article se propose d’interroger les implications territoriales du triptyque liant (i) processus de patrimonialisation, (ii) logiques de développement touristique et [iii] enjeux identitaires dans le contexte d’émergence d’une nouvelle forme territoriale : le pays « Ardèche Méridionale ».Entré en vigueur en juillet 2005, ce territoire de projet associe dans un même ensemble des réalités socio-démographiques et économiques très différentes et pose la question de la cohérence territoriale : au-delà des discours politiques encadrant la création du pays, la création de ce territoire de projet fait-elle sens ? Sur quelles entrées patrimoniales les acteurs ont-ils matière à se concerter et à construire des projets communs ?Dans cette quête de sens, la charte du pays « Ardèche Méridionale » joue largement sur la fibre patrimoniale et sa mise en valeur touristique, Laquelle dynamique est mobilisée en vue d’asseoir la Lisibilité de cette nouvelle entité, à la fois dans l’espace mais aussi dans le temps. Entre diversité et unicité, cette étude de cas permet alors d’expliciter, en partie, les processus interactifs liant « tourismes, patrimoines, identités et territoires ».
« Dimensiones de ’patrimonialización’ cultural: enseñanza y memoria histórica en el barrio granadino del albayzín »
Authors: Antonio Peña Ramos José , Rosón Lorente Javier , López Chaves Pablo
Published: January 2021

Dimensions de la « patrimonialisation » culturelle : enseignement et mémoire historique dans le quartier grenadin de l’Albayzín.Depuis la seconde moitié du XXe siècle, aussi bien la théorie des Biens Culturels que l’UNESCO ont défendu et promu les valeurs immatérielles des divers types de patrimoine, en considérant tout particulièrement le patrimoine culturel matériel, c’est-à-dire les monuments, comme un signé idéalisé, inaltérable et permanent d’une époque passée. D’une certaine façon, cette tendance mettait sur le même plan le « Monumental » avec le « Matériel ». Aujourd’hui, ce concept qui s’est établi durant les siècles passés, a commencé une progressive modification.Durant la dernière décennie, que ce soit au niveau local, national ou international, s’est développée une nouvelle conception du patrimoine liée à la définition classique de patrimoine immatériel et intangible tout en délimitant de nouvelles frontières théoriques en fournissant une nouvelle dimension : une vision opposée mais aussi complémentaire à celle d’un patrimoine « inerte » établie jusqu’alors. Au-delà des « musées », les acteurs sociaux deviennent indispensables introduisant dans l’objet patrimonial, leurs pratiques sociales et éducatives ainsi que leurs traditions par l’expérience concrète de leurs vies quotidiennes. Parallèlement à cela et en agissant de la sorte, ils s’éloignent de l’instrumentalisation de l’héritage culturel qui est faite des anciennes régions et nations européennes.La notion même du « patrimonial », du canon culturel qu’une société en particulier juge digne de conserver, de promouvoir et transmettre aux prochaines générations, devient problématique et souvent disputée puisque l’héritage culturel et les traditions caractéristiques du « groupe »– national, ethnique, linguistique ou régional- ont été considérés comme immuables et intouchables.Tout ceci offre au scientifique du social une occasion inégalable pour la réflexion sur la mutabilité des interrelations entre le patrimoine culturel – matériel ou immatériel- le cosmopolitisme, le « territoire » et le multiculturalisme dans le cadre d’une recherche au sein de La ville de Grenade, encadrée dans le « Mediterranean Voices » et le « Identity is Future : the Mediterranean Intangible Space » projets. Il s’agira d’étudier la construction subjective de la mémoire, de l’identité collective et individuelle des divers résidents au quartier « morisco » de l’Albayzín afin d’analy ser la potentialité de l’enseignement et de la mémoire historique représentés à travers ce quartier, et ainsi ouvrir de nouvelles perspectives vers la « multiculturalisation » d’un passé en commun, partagé entre chrétiens et musulmans.
Paysage-représentation et paysage spectacle : tourisme et patrimoine culturel hérité à Braga (Portugal) et à São João del-Rei (Brésil)
Authors: Campos Franco Suely
Published: January 2021

La ville de São João del-Rei (Brésil) et la ville de Braga (Portugal) restent à jamais marquées par ce qui a suivi la découverte de l’or autour de 1700. Ceux deux villes présentent une très grande richesse de témoignages sur l’action des diverses forces de leurs l’histoire. Leurs paysages, marqués par la force des traces matérielles, culturelles ou artistiques dans le domaine de l’art baroque doivent être plutôt aussi associés à la puissance de phénomènes religieux. Les événements et les pratiques préservées et constantes à São João del-Rei et à Braga qui sont les héritiers du processus et de la dynamique du XVIIIe siècle, s’inscrivent également dans le présent. Encore à nos jours, le goût par la fête, la pompe et le spectacle présents dans les fêtes religieuses à São João del-Rei et à Braga, montrent la gestion de traits du cadre culturel du XVIIIème siècle et insiste dans l’existence de systèmes culturels prolongés. C’est une existence actuelle qui vient du passé.Considérée la plus grande semaine touristique du Minho et également de Minas Gerais, la Semaine Sainte de Braga et de São João del-Rei constituent un élément vivant de culture qui persiste avec intégrité et cohérence. Par son luxe, ses lumières et ses couleurs, ce festivité, qui engage la plupart de la population et qui attire un grand nombre de touristes, est une des grandes manifestations baroque à nos jours. C’est un "théâtre de mémoire" qui soutient la pérennité d’une identité culturelle stockée à travers les temps.À travers la sphère du religieux, ces villes expriment la fierté d’un passé converti en paysage emblématique celle qui sélectionne les « éléments typiques » ou les « traits caractéristiques ». La publicité privilégie certains éléments au détriment d’autres, pour fabriquer les emblèmes du local. Le passé, les histoires et les légendes construisent et entretiennent la renommée du lieu, sa puissance d’attraction en gardant pour modèle une époque donnée, c’est à dire trois siècles précédents.Les fêtes catholiques – notamment la Semaine Sainte – constituent dans ces deux villes un des plus grands potentiels pour le tourisme culturel en ayant comme principal attractif le patrimoine culturel hérité.
L’exogenèse scientifique et science-fictionnelle chez Marie Darrieussecq : une poétique de l’escamotage
Authors: Germoni Karine , Nottet-Chedeville Élise
Published: January 2021

Les documents d’archives de Marie Darrieussecq révèlent que la science et la science-fiction jouent un rôle matriciel dans la genèse de son œuvre. À travers l’étude de sources science-fictionnelles présentes dans les carnets de lecture de jeunesse, puis du traitement réservé à l’iridium, une donnée scientifique récurrente dans la création de l’autrice, nous analysons comment Marie Darrieussecq se livre à une poétique de l’escamotage selon un continuum qui s’échelonne de la suppression totale du matériau extérieur jusqu’à sa présence diffuse masquée par un travail de récriture. Cette dynamique exogénétique, qui réinterroge la notion de propriété littéraire ou scientifique, invite à reconsidérer le sens de certaines des œuvres publiées. Elle atteste en outre que si l’imaginaire de l’écrivaine est bien hanté par des données scientifiques et science-fictionnelles, ces dernières sont toujours travaillées sur le mode de la minoration, conformément à une poétique qui se veut proche du réel.
Exogenèse d’un projet architectural : à la lumière des entretiens avec Fernando Montès
Authors: Baccour Olfa Meziou
Published: January 2021

Cette recherche, qui porte sur la genèse d’un immeuble d’habitation sis au 20-28 de la rue Ramponneau, conçu en 1986 par l’architecte franco-chilien Fernando Montès pour la Régie immobilière de la Ville de Paris, pose la question de la place et du statut de l’entretien en génétique architecturale. L’analyse de cette genèse, entamée in vivo en 1986 et reprise en 2001, a en effet donné lieu à deux séries d’entretiens avec le concepteur. En revenant sur son projet, quinze ans plus tard, l’architecte apporte de nouveaux contenus qui permettent d’éclairer différemment le travail de conception, et notamment d’ouvrir de nouvelles pistes exogénétiques en matière d’identification des sources. Moyennant une nouvelle enquête, ces données permettent de renouveler l’interprétation des documents génétiques en révélant, d’une part, des modes inédits de constitution du matériel référentiel, et d’autre part, en explicitant le fonctionnement de ces procédures référentielles conçues comme une façon de donner forme à la source (à ce qui est prélevé dans l’emprunt) et comme sa transformation motivée par un faisceau de désirs et de contraintes.
What makes flunisolide different among inhaled corticosteroids used for nebulization: a close look at the role of aqueous solubility
Authors: Kantar Ahmad
Published: January 2021

Evidence-based management of bronchial asthma and wheezing in children and adults recommends the employment of inhaled corticosteroids (ICSs). Difficulty in using some inhalation devices for ICS delivery, such as pressurized metered-dose and dry-powder inhalers, is common among young children and in the elderly, and for that reason, they are replaced with nebulizers. We reviewed comparative studies that evaluated funisolide with other ICSs currently available on the market, including beclomethasone dipropionate, fluticasone propionate, and budesonide. Moreover, we assessed the physicochemical properties of these ICSs in determining drug fate in the lung. Data indicate that the flunisolide output in respirable particles by any type of pneumatic nebulizer (traditional, open breath or breath-enhanced) is superior to the output of other ICSs. This is principally attributed to the higher water solubility of flunisolide. Furthermore, in vivo simulation studies demonstrate that the intersubject variability of the inhaled dose among asthmatic children was much greater for suspensions of fluticasone propionate and beclomethasone dipropionate than for those of flunisolide. The physicochemical properties and pharmacokinetic profile of flunisolide favor its employment in nebulization.
Is the BCG Vaccination Effective against COVID-19?
Authors: Velayati Ali Ali
Published: January 2021

Aims and objectives:

Vaccine is one of the most effective tools available to prevent infectious diseases and their complications. One of the most controversial vaccines for its therapeutic effect on COVID-19 is the BCG vaccine. The BCG vaccine has been used worldwide since 1921. The first BCG strain was introduced in 1947, but mass production and nationwide prescribing began in 1984. The BCG vaccine is able to stimulate the immune system's response to a large number of antigens that are effective in causing infectious diseases. Involved mechanisms include activation of NK and NKT memory cells and an increase in 1β-IL against viral infections.

Results:

Due to the prevalence of COVID-19 virus and the need for research to become more aware of the virus and the process of prevention, control and treatment, there is hope of the effectiveness of the BCG vaccine in recovering diseases. Studies show that tuberculosis infection, both active and latent, increases the severity and progression of the disease in people with COVID-19. The BCG vaccine is likely to be able to reduce the cytokine storm after exposure to SARS-COV-2, resulting in mild COVID-19 and early recovery. Children also seem to be protected against COVID-19 compared to adults. In late adulthood, mechanisms such as the reduction of regulatory T cells can help exacerbate COVID-19.

Conclusions:

Despite all the studies, the claim that the BCG vaccine is effective against COVID-19 needs further investigation worldwide. Any incorrect information and lack of accurate tests can lead to misuse of the vaccine and this can lead to the deprivation of children in need of vaccine in some countries due to its lack. As a result, it is better to conduct more comprehensive studies to obtain definitive results.
mfloDx® - an innovative technology for MDR-TB antibiotic resistance profiling
Authors: Spyros Gkotzis , Molina Barbara , David Herthnek , Jose Dominguez , Sven Hoffner , Pavan Asalapuram
Published: January 2021

Aims & objectives:

The aim of this work was to evaluate the performance of mfloDx® MDR-TB assay kit on DNA extracted from 100 pulmonary sputum samples. mfloDx® MDR-TB is a qualitative test that can identify bacteria belonging to the Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) as well as robustly identify single-nucleotide variants of the most common mutations in multidrug resistant M. tuberculosis DNA. The current assay can detect the most prevalent mutations causing resistance to Rifampicin (RIF) and Isoniazid (INH).

Methods:

Genes of interest were selectively enriched and targeted using amplifiable padlock probes (PLP). PLPs that recognize mutation or wild type were ligated upon specific recognition of the correct target sequence. Once PLPs were circularized, they underwent rolling circle amplification. Polymers resulting from this amplification were monomerized and subsequently visualized on disposable cassettes. The developed bands allowed for accurate genotyping of eleven resistance-related mutations, as well as respective wild type alleles and MTC identification.

Results:

From 100 samples; 81 were successfully genotyped, 16 were negative for MTC, two were inconclusive and one ran out during analysis. Among the genotyped samples; 46 were resistant to both RIF and INH, eight samples were resistant only to INH, three samples were resistant only to RIF. The remaining samples were susceptible to both drugs. Clinical sensitivity and specificity were calculated based on phenotypic drug susceptibility test results (MGIT culture) as reference. Sensitivity was 89.6% for RIF and 92% for INH resistance. Specificity was 95.5% for RIF and 89.5% for INH susceptibility.

Conclusions:

In conclusion, mfloDx® MDR-TB offers a reliable and affordable rapid drug-susceptibility testing for MDR-TB with potential implications in early detection of drug-resistance in resource-limited, high burden TB and MDR-TB settings. It enables clinicians to ensure the timely administration of effective drug therapy which will not only reduce the risk of treatment failure but also limit the further development and spread of dug resistant TB.
Metagenomic analysis of the lung tuberculomas microbiome
Authors: Ogarkov Oleg , Khromova Polina , Sinkov Viacheslav , Orlova Elizaveta , Zhdanova Svetlana , Jiao Wei-Wei , Shen Adong , Mokrousov Igor
Published: January 2021

Introduction.

Globally, an estimated 10.0 million (range, 9.0–11.1 million) people fell ill with tuberculosis (TB) in 2018, a number that has been relatively stable in recent years [1]. Despite the obvious differences in the virulence and transmissibility of different genotypes [2], the pathogenesis of tuberculosis, especially in the later stages, is still poorly understood [3]. At the same time, some researchers suggest that the ability of Mycobacterium tuberculosis to form biofilms in vivo [3] is an important aspect of pathogenesis TB that should be used in the development of new generation vaccines [4]. Previously, we suggested that in the long treatment of TB, a specific lung microbiota can develop in the caseous contents of tuberculosis foci, forming a polymicrobial biofilm, resistant to anti-tuberculosis therapy and contributing to the survival of M. tuberculosis [5]. Here, we present results of the metagenomic analysis of 14 tuberculomas and discuss the results obtained.

Methods.

The study recruited 13 patients undergoing planned surgical treatment at the Irkutsk Regional TB Hospital, Russia. DNA was isolated from caseous contents of 14 tuberculomas obtained during surgery. Two samples were obtained from one patient at two time points separated by six months.

Results.

Among 5167 bacterial reads, a total of 105 families were identified. Of them, 68 taxa belonged to Gram-negative bacteria, and 35 to Gram-positive. At the same time, the number of reads of Gram-negative and Gram-positive taxa was very similar - 2430 and 2746, respectively. This was probably due to the presence of 1801 reads from the family Mycobacteriaceae (M. tuberculosis). The microbial content of the tuberculomas was estimated as 104 -108 bacterial genomes per 1 gram of sample. The vast majority of reads (over 95%) were attributed to the human DNA. We have subdivided the samples into two types of bacterial communities: (i) paucibacillary bacterial community with a predominance of TB (63%-96%) and (ii) low-bacterial community with a predominance of non-mycobacterial taxa (13%-38%). Staphylococcaceae, Pseudomonadaceae, Eggerthellaceae, Pasteurellaceae, and Acetobacteraceae prevailed among non-mycobacterial communities.

Conclusions.

It can be unambiguously concluded that the microbiota of about half of the tuberculomas did not have a dominant taxon or it differed from M. tuberculosis.

Acknowledgments.

This work was supported by Russian Foundation for Basic Research (Grant No. 19-515-55009).
MTBCtools
Authors: Couvin David , Reynaud Yann , Rastogi Nalin
Published: January 2021

Aims and objectives:

Bioinformatics and computational tools are increasingly used in a wide variety of scientific studies. Genotyping, genomics and whole genome sequencing (WGS) methods allowed the generation of high amounts of data that are difficult to analyze manually. The purpose of this review is to establish a potential list of available databases and bioinformatics tools/resources related to Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC), the causative agent of tuberculosis (TB).

Methods:

At present, a total of 36 tools with freely-accessible links were recovered from publications indexed in PubMed or Google Scholar. Following keywords were searched: “Mycobacterium tuberculosis AND database”, “Mycobacterium tuberculosis AND web tool”, “Mycobacterium tuberculosis AND tool”, “Mycobacterium tuberculosis AND bioinformatics”. Resources found were classified into several thematic sections/categories such as biological databases, drug resistance, or prediction/classification tools. Among recently available resources (published in 2019), one can mention COMBAT-TB-NeoDB (https://neodb.sanbi.ac.za/browser/), CPLP-TB (http://cplp-tb.ff.ulisboa.pt/), DeepAMR (http://www.robots.ox.ac.uk/~davidc/code.php), SecProMTB (http://server.malab.cn/SecProMTB/index.jsp), SITVIT2 (http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT2), SNP-IT (https://github.com/samlipworth/snpit), StackTB (https://stacktb.cs.sfu.ca/), and TBProfiler (http://tbdr.lshtm.ac.uk/).

Results:

Although several tools/resources have been developed over time, many are either not regularly updated, or not made available permanently. We argue in favor of sustainable development of resources in order to assist the scientific community and policy makers to take timely concerted action for TB control. At “Institut Pasteur de la Guadeloupe”, we intend to build a newer generation of SITVIT databases including classical genotyping, epidemiologic and demographic data, information on drug resistance, as well as WGS data. Several thousands of complete genome sequences are today available for MTBC strains on public sequence repositories (such as GenBank, DDBJ, or ENA). Thanks to recently developed tools, data extracted from available complete sequences would be juxtaposed and stored for comparative and molecular epidemiological studies.

Conclusion:

Although, the present non-exhaustive list is certainly not “revolutionary”, it would nonetheless foster the construction of integrated pipelines/tools related to specific biological questions concerning MTBC. This list will be made available soon through Wikipedia; and in the meantime it is already available for consultation via link: http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SpolSimilaritySearch/info.jsp.
Computed tomography scan features of multidrug-resistant TB and extensively drugresistant TB
Authors: Mehrian Payam , Farnia Poopak , Jalalvand Dina , Chamani Mostafa Rezaei , Bakhtiyari Mahmood
Published: January 2021

Aims and objectives:

Multidrug-resistant TB( MDR-TB) is resistant to isoniazide and rifampin simultaneously. In addition to isoniazide and rifampin, extensively drug-resistant TB (XDR-TB) is also resistant to fluoroquinolones and at least one of the three injectable drugs : amikacin, kanamycin or clarithromycin. Considering different treatment protocols, having some clues in chest computed tomography (CT) scan to differentiate between the two can be helpful clinically. The aim of this study is to compare chest CT findings of MDR-TB and XDR-TB.

Methods:

In this cross-sectional study, TB patients who referred to Masih Daneshvari Hospital (Tehran, Iran) between 2013 and 2020 were enrolled. TB was diagnosed by sputum smear, sensitive molecular and microbial tests. Based on different types of drug resistance, the patients were divided into two groups: MDR-TB and XDR-TB and chest CT scan findings were compared.

Results:

The frequency and characteristics of cavitary lesions in MDR-TB and XDR-TB patients were similar (P > 0.05). The frequency of small and large nodules, tree in bud pattern, ground glass opacity, bronchiectasis, cicatricial emphysema, mediastinal lymphadenopathy and pericardial effusion did not differ significantly in the two groups (P>0.05). Parenchymal calcification was more common in the XDR-TB (P=0.01).

Conclusions:

MDR-TB and XDR-TB have almost similar CT scan findings. However, we found parenchymal calcification and left pleural effusion more frequently in XDR-TB group. Overall, it can be inferred that chest CT scan is not a reliable discriminating tool in this regard.
The evaluation of interleukin-4 and interleukin-13 in the serum of pulmonary sarcoidosis and tuberculosis patients
Authors: Naderi Zohre , Kiani Arda , Marjani Majid , Mortaz Esmaeil , Ghorbani Fariba , Razavi Fatemeh , Abedini Atefeh
Published: January 2021

Aims and objectives:

Sarcoidosis and tuberculosis (TB) are two granulomatous inflammatory diseases with several common symptoms. The aim of the present study was to compare the serum levels of biomarkers including interleukin-4 (IL-4) and IL-13, calcium (Ca), hemoglobin, sedimentation rate, and lymphocyte-to-neutrophil ratio between patients with pulmonary TB, patients with sarcoidosis, and control group.

Methods:

This case-control study was performed on patients referred to the Masih Daneshvari Hospital, Tehran, from April 2017 to 2018. In this study, 24 newly diagnosed patients with active pulmonary TB, 34 patients with pulmonary sarcoidosis, and 30 healthy individuals as the control group were enrolled. Demographic data, erythrocyte sedimentation rate (ESR), the ratio of neutrophil-to-lymphocyte (NLR), serum Ca level, hemoglobin (Hb), and IL-4 and IL-13 were compared between the study groups. Receiver operating characteristic (ROC) curve analysis, sensitivity, and specificity were also calculated using SPSS 16.0 software.

Results:

The mean age was 47.71 ± 10.88 and 55.25 ± 21.58 years in the sarcoidosis and TB. The mean ESR in sarcoidosis patients was 21.45 ± 13.37 mm/h and 41.4 ± 17 mm/h in the TB group. The percentage of peripheral blood lymphocytes in sarcoidosis and TB patients was 28.02 ± 12.20 and 21.41 ± 12.49, respectively, which was significantly higher among patients with sarcoidosis. NLR was also 2.4 ± 1.6 and 4.4 ± 2.9 in sarcoidosis and TB patients, respectively, which showed a significant difference among the groups. Regarding the evaluation of the level of IL-4 and IL-13 in patients, it is worth noting that IL-4 in patients with sarcoidosis was 90 pg/ml compared to 20 pg/ml for TB patients (P < 0.001). There was no significant difference in the levels of IL-13 in the TB and control groups, which varied between 20 and 80 pg/ml (P = 0.35). However, its value was significantly higher in patients with sarcoidosis (P = 0.01) than in the healthy control group and TB (P = 0.01). The ROC curves showed that the diagnostic cutoff of ESR level, Ca, NLR, and Hb could be valuable due to the area under the curves. The cutpoint of 34 mm/h for ESR had a sensitivity of 86% as well as 80% specificity to distinguish TB from the sarcoidosis.

Conclusions:

Serum levels of the biomarkers indicated a stronger immunological background in sarcoidosis using NLR, Ca, ESR, and Hb.
MiRNAs and exosomes in tuberculosis
Authors: Mortaz Esmaeil
Published: January 2021

Aim and objectives:

Tuberculosis (TB) is one of the most lethal global infectious diseases. Despite the availability of much higher levels of technology in health and medicine, tuberculosis still remains a serious global health problem. Mycobacterium tuberculosis has the capacity for prolonged survival inside macrophages by exploiting host metabolic and energy pathways and perturbing autophagy and apoptosis of infected cells.

Results:

The mechanism (s) underlying this process are not completely understood but evidence suggests that mycobacteria subvert the host miRNA network to enable mycobacterial survival. The role of miRNAs in TB immune escape mechanisms and the potential for miRNA-based TB therapeutics has been described. Further validation studies are required to (i) elucidate the precise effect of TB on host miRNAs, (ii) determine the inhibition of mycobacterial burden using miRNA-based therapies and (iii) identify novel miRNA biomarkers that may prove useful in TB diagnosis and treatment monitoring. Circulating exosomes have been used as diagnostic biomarkers in various diseases. Recently, the serum-derived exosomes were isolated from TB patients and expression of miR-484, miR-425, and miR-96 was examined.

Conclusion:

They found that the expression of miR-484, miR-425, and miR-96 were significantly increased in serum of TB patients which correlated with the TB infection level. In conclusion it is well stablished that exosomal miRNAs have diagnostic potential in active tuberculosis. The diagnostic power may be improved when combined with conventional diagnostic markers.
Nontuberculous mycobacteria induce mitochondrial dysfunction in macrophages
Authors: Sadikot Ruxana T
Published: January 2021

Aims and Objectives:

The incidence of nontuberculous mycobacterial (NTM) disease continues to rise, especially in developed countries. While NTM can affect almost any organ system, pulmonary infection is more prevalent than disseminated disease and can occur in patients with COPD, non-cystic fibrosis (CF) bronchiectasis, and CF. Mitochondria are the powerhouse of the cell, but it is unknown what role they play in the host response to NTM infection. Using electron microscopy, we have previously shown that mitochondrial morphology is altered upon infection with Mycobacterium avium intracellulare (MAI). Thus, we hypothesize that mitochondrial damage leading to changes in mitochondrial function and dynamics impair host response to infection with MAI and Mycobacterium abscessus (MAB).

Methods:

We infected MH-S cells (murine alveolar macrophages) and bone marrow-derived macrophages (BMDM) with clinical strains of MAI or MAB (multiplicity of infection [MOI] of 25) for 6 and 24 hours. We determined the expression of mitochondrial DNA fragments mt79 and mt230 that are associated with mitochondrial DNA damage using RT-qPCR; we calculated the fold change of these fragments relative to GAPDH and determined a ratio of these fragments. We also determined the expression of key mitochondrial quality control genes, including peroxisome proliferator activated receptor gamma coactivator (PGC)-1α, transcription factor A mitochondrial (TFAM), and mitofusin (MFN)-2, using RT-qPCR.

Results:

We found that in MH-S cells, the mt79:mt230 ratio was increased at 6 and 24 hours for both MAI and MAB relative to controls infected with PBS. Furthermore, expression of genes involved in mitochondrial biogenesis, PGC-1 α and TFAM, were both decreased at 6 and 24 hours. MFN2 was also decreased at both 6 and 24 hours for MAI and MAB. These data were consistent in BMDM, with a more significant decrease in these genes noted at 24 hours.

Conclusions:

These data suggest that there is an increase in mitochondrial damage as indicated by the mt79:230 ratio when macrophages are infected with NTM. The infected macrophages exhibit decreased mitochondrial biogenesis and also have impaired mitochondrial quality control, including mitochondrial fusion and fission. The functional impact of these impaired mitochondria on host response to NTM infection needs to be further explored as there may be a role for pharmacologic interventions, like PGC-1 α activators, that can augment bacterial killing in patients infected with NTM.
An interactive panel for monitoring the spread of bovine tuberculosis and brucellosis in colombia
Authors: Arenas Nelson Enrique , Ávila Edier F. , Correa Edwin D. , Rueda Wendy N. , López Gina M. , Moren Vilma , Diego Arbil , Torres Jehison , Soto Carlos Y.
Published: January 2021

Aims & objectives:

Bovine tuberculosis (BTB) and brucellosis are communicable diseases that require epidemiological surveillance in real-time as a key strategy to control and eradicate outbreaks. Thus, our purpose was to design an epidemiological tool to monitor BTB and brucellosis in Colombia.

Methods:

We collected the epidemiological data from the epidemiological bulletins of the Colombian Agricultural and Livestock Institute (ICA) between 2004-2019. Data analysis was conducted using multiple correspondence analysis (MCA) and a Chi-square test in Factominer and Factoextra packages executed in the R software (v3.6). We designed a user-friendly dashboard with epidemiological information using the ArcGIS platform coupled with the Esri's Map-Viewer tool.

Results:

Our final dataset included 529 BTB and 739 brucellosis cases reported in Colombia for 15 years. The variables location and case number for both diseases were significantly associated. Our tool's analysis showed that Cundinamarca and Valle del Cauca provinces have been epidemic areas for bovine BTB and brucellosis, respectively (p-value <0.001). Furthermore, increased case detection was reported in 2012 for bovine BTB and brucellosis (p-value <0.001) during 2019. We implemented a user-friendly dashboard for the mapping of both diseases during the observation period to focus on program control actions.

Conclusions:

We expect that our GIS-based tool will support disease control strategies, tracking disease hotspots, and identify trends over time to provide useful information for animal health authorities tailoring new strategies for control programs. Dashboard availability: https://arcg.is/1uvSLv
The burden of disease and the cost of illness attributable to tuberculosis and HIV/aids associated to massive migration between colombia and venezuela
Authors: Arenas Nelson E. , Cuervo Laura I. , Avila Edier F. , Duitama-Leal Alejandro , Pineda-Peña Andrea-Clemencia
Published: January 2021

Aims & objectives:

The Venezuelan socio-political crisis has boosted massive exodus of Venezuelan citizens due to the shortage of medicines and spread of some preventable infectious diseases. We aimed to assess the impact of tuberculosis (TB) and HIV burden, health expenditure and the cost of illness under the framework of Colombian-Venezuelan migration flow focused on Norte de Santander, Santander, and La Guajira provinces.

Methods:

A retrospective study was conducted including TB and HIV data between 2009-2018. A database was made based on the records from the Colombian Surveillance System (SIVIGILA), official reports of the World Health Organization, Indexmundi, Global Health Observatory, IHME HIV Atlas and UNAIDS. Disability metrics in terms of DALYs (Disability Adjusted Life Years) and YLDs (Years Lived with Disability), were compared between both countries. Interactive maps were carried out by using ArcGIS program and the official migration data of Venezuelan citizens. We performed a phylogenetic analysis by retrieving pol sequences based in HIV cases from Venezuela and Colombia by using MEGA X and HIV Alamos database.

Results:

TB country profiles from Colombia and Venezuela were identical in terms of disease burden in 2017 and 2018. However, the Colombian public health settings reported an increase in the TB incidence above national average (22.1 cases per 100,000 inhabitants) in Santander, Norte de Santander and La Guajira provinces during the last years. Similar situation was observed regarding TB multidrug-resistant, prolonged hospital stays (150 days) and low-testing rates for cases of multidrug-resistant TB (67%) and HIV/AIDS (60%). We identified an underfunding for HIV/AIDS control programs and patient care. Our DALY analysis showed an increased disability in HIV/AIDS patients (362.35 for 2017). Moreover, our phylogenetic analysis shows three defined clusters, which indicate specific linages through specific areas, and shared cluster in the Colombo-Venezuela border.

Conclusions:

This study suggests that the massive migration and program underfunding in Venezuela might exacerbate the dual burden of TB and HIV in Colombia, especially towards the Colombo-Venezuelan border.
Cell-penetrating peptidomimetics derived from cathelicidin CAP-18 showed inhibition of Na+ /K+, Cu(I) and Zn(II)ATPases in mycobacterial plasma membrane
Authors: Chingaté S , Guzmán Fanny , Salazar L
Published: January 2021

Aims & objectives:

Mycobacterium tuberculosis is the etiological agent of tuberculosis (TB), which is one of the ten most deadly diseases and the first cause of death by bacterial origin around the world. One of the causes that increase the problem are the M. tuberculosis resistant strains to conventional antibiotics, multi-drug resistant tuberculosis (MDR-TB) and extensively-drug resistant tuberculosis (XDR-TB); so it is necessary to develop new drugs with different mechanisms of action.

Methods:

In this study, the effect on the mycobacterial cell membrane ATPase activity of CAP-18 derived peptide with unnatural amino acids was assessed. Using bioinformatic tools, the amino acid sequence of CAP-18 with the best features of helical structure and antibacterial activity was determined; the corresponding peptide had changes for D-Lys and N-methyl-Gly in the sequence, generating the peptides CAP18-BD and CAP18-CD and the peptoid CAP18-BP.

Results:

In vitro assesament of the peptides and peptidomimetics were tested in plasma membrame from Mycobacterium smegmatis mc2 155. The inorganic phosphate released (Pi) was quantified during the ATP hydrolysis reaction by the action of ATPases, using the Fiske and Subarrow method modified by Cariani et al., in the presence and absence of the peptidic sequences to be evaluated, where the basal ATPase activity in the absence corresponds to zero percent inhibition of these enzymes, and 100% of the residual ATPase activity, understood as the enzymatic activity present with or without peptide treatment.

Conclusions:

The results showed inhibition of basal ATPase activity and Na+ /K+, Cu(I), Zn (II) pumps in the plasma membrane, which is associated with its mechanism of action, which suggests that CAP18-BD, CAP18-CD and CAP18-BP can be considered as a potential antimycobacterial compounds targeting cell membrane ATPases.