StreamThermal: A Software Package for Calculating Thermal Metrics from Stream Temperature Data
Authors: Tsang Yin-Phan , Infante Dana M. , Stewart Jana , Wang Lizhu , Tingly Ralph W. , Thornbrugh Darren , Cooper Arthur R. , Daniel Wesley M. 
Published: August 2016

Improving quality and better availability of continuous stream temperature data allow natural resource managers, particularly in fisheries, to understand associations between different characteristics of stream thermal regimes and stream fishes. However, there is no convenient tool to efficiently characterize multiple metrics reflecting stream thermal regimes with the increasing amount of data from continuously recording data loggers. This article describes a software program packaged as a library in R to facilitate this process. With this freely available package, users will be able to quickly summarize metrics that describe five categories of stream thermal regimes: magnitude, variability, frequency, timing, and rate of change. The installation and usage instruction of this package, the definition of calculated thermal metrics, as well as the output format from the package are described, along with an application showing the utility for multiple metrics. We believe that this package can be widely utilized by interested stakeholders and can greatly assist future fisheries studies.

Mejorar la calidad y disponibilidad de datos continuos de temperatura en los ríos permite a manejadores de recursos naturales, particularmente en pesquerías, entender la relación entre diferentes características de regímenes térmicos en los ríos y los peces que los habitan. No obstante, no existe una herramienta conveniente para caracterizar de forma eficiente diferente métricas que reflejen regímenes térmicos fluviales mediante la creciente cantidad de datos provenientes de dispositivos de registro continuo. En este artículo se describe un software programado en lenguaje R con el fin de facilitar dicho proceso. Con este software de acceso gratuito, los usuarios serán capaces de resumir rápidamente las métricas que describen cinco categorías de regímenes térmicos en ríos: magnitud, variabilidad, frecuencia, sincronización y tasa de cambio. Se describe la instalación e instrucciones de uso, la definición de las métricas utilizadas y el formato de salida de los archivos del programa; así mismo se ofrece una aplicación que muestra la utilidad de diferentes métricas. Creemos que este paquete puede ser ampliamente utilizado por usuarios interesados y puede ser de ayuda en un futuro para estudios de pesquerías.

L'amélioration de la qualité et une meilleure disponibilité des données en continu de la température des cours d'eau permet aux gestionnaires de ressources naturelles, en particulier dans les pêcheries, de comprendre les associations entre les différentes caractéristiques des régimes thermiques des cours d'eau et les poissons de ruisseaux. Cependant, il n'existe pas d'outil pratique pour caractériser efficacement plusieurs paramètres reflétant les régimes thermiques des cours d'eau avec une quantité croissante de données provenant d'enregistreurs de données en continu. Cet article décrit un logiciel conditionné en package sous R pour faciliter ce processus. Avec ce package, disponible gratuitement, les utilisateurs seront en mesure de résumer rapidement les paramètres décrivant cinq catégories de régimes thermiques des cours d'eau: l'amplitude, la variabilité, la fréquence, le temps, et le taux de changement. Les instructions d'installation et d'utilisation de ce package, la définition des paramètres thermiques calculés, ainsi que le format de sortie du package sont décrits, et une application montre l'utilité de plusieurs paramètres. Nous croyons que ce package peut être largement utilisé par les parties intéressées et peut grandement aider les futures études sur les pêches.