bluuebunny/crossref_metadata_2025 huggingface dataset:
Supplementary Methods S6 from Safety and Preliminary Efficacy of Pembrolizumab Following Transarterial Chemoembolization for Hepatocellular Carcinoma: The PETAL Phase Ib Study
Authors: Pinato David J. , D'Alessio Antonio , Fulgenzi Claudia Angela Maria , Schlaak Alexandra Emilia , Celsa Ciro , Killmer Saskia , Blanco Jesus Miguens , Ward Caroline , Stikas Charalampos-Vlasios , Openshaw Mark R. , Acuti Nicole , Nteliopoulos Georgios , Balcells Cristina , Keun Hector C. , Goldin Robert D. , Ross Paul J. , Cortellini Alessio , Thomas Robert , Young Anna-Mary , Danckert Nathan , Tait Paul , Marchesi Julian R. , Bengsch Bertram , Sharma Rohini
Published: June 2024

Supplementary Methods 6. Functional categories and related numbers of genes profiled using the NanoString PanCancer Immune panel.
Supplementary Figure S2 from Best Overall Response–Associated Signature to Doxorubicin in Soft Tissue Sarcomas: A Transcriptomic Analysis from ANNOUNCE
Authors: Liu Jiangang , Moura David S. , Jones Robin L. , Aggarwal Amit , Ebert Philip J. , Wagner Andrew J. , Wright Jennifer , Martin-Broto Javier , Tap William D.
Published: June 2024

Expression biomarker ESR1. (A) Boxplot shows the significant subtype difference of ESR1 expression in uterine leiomyosarcoma tumors (P = 0.00014). (B, C) Kaplan-Meier plots show patients with uterine leiomyosarcoma in CC3 had longer (B) PFS (6.97 months vs. 3.02 months) and (C) OS (21.47 months vs. 10.51 months) than those with uterine leiomyosarcoma not in CC3, although both P values were not significant. (D, E) The survival of patients with uterine leiomyosarcoma was significantly associated with ESR1 mRNA expression status. “High” or “low” ESR1 status was dichotomized by zero after the ESR1 expression values were Z scored. Abbreviation: NA, not available.
Supplementary Figure S1 from Best Overall Response–Associated Signature to Doxorubicin in Soft Tissue Sarcomas: A Transcriptomic Analysis from ANNOUNCE
Authors: Liu Jiangang , Moura David S. , Jones Robin L. , Aggarwal Amit , Ebert Philip J. , Wagner Andrew J. , Wright Jennifer , Martin-Broto Javier , Tap William D.
Published: June 2024

Identification of three soft tissue sarcoma subtypes. (A) REMARK (Reporting Recommendation for Tumor Marker Prognostic Studies) diagram for patients in the ANNOUNCE trial. (B) Consensus clustering matrix of 259 samples for k = 2 to k = 5 after clustering showed three robust clusters with limited overlap between clusters. (C) Consensus clustering CDF for k = 2 to k = 8. The greatest increase in the area under the CDF curve was seen when three molecular subtypes were assumed. (D) Sankey diagram showing the association of three molecular subtypes vs. tumor subtype in the ANNOUNCE cohort. (E) Gene set enrichment analysis showing signatures of cancer hallmarks (Liberzon et al., 2015) of special interest in soft tissue sarcoma, including immune signatures (Guinney et al., 2015) and canonical pathways (Carter et al., 2006; Guinney et al., 2015). CC1 samples showed a distinguished immune/inflammation profile, CC3 samples showed a strong cell proliferation and CIN pattern, and CC2 samples were under enriched from immune/inflammation and cell proliferation. Kaplan-Meier plots of PFS (F, H, J) and OS (G, I, K) stratified by three subtypes. Patients with the CC3 subtype were associated with better PFS (J) with placebo + doxorubicin compared with olaratumab + doxorubicin in ANNOUNCE. (L) Sankey diagrams showing high concordances between the TCGA molecular subtypes using SSP with the centroids from ANNOUNCE and published TCGA mRNA clusters (left plot), and subtype–tumor type association (right plot). Abbreviations: CDF, cumulative distribution function; CIN, chromosomal instability; CTL, cytotoxic T lymphocyte; Dox, doxorubicin; EMT, epithelial–mesenchymal transition; IL, interleukin; JAK, Janus kinase; MDSC, myeloid-derived suppressor cell; MPNST, malignant peripheral nerve sheath tumor; N, number of patients in the population; n, number of patients in the specified category; NA, not available; NKC, natural killer cell; Olara, olaratumab; PD1, programmed cell death 1; STAT, signal transducer and activator of transcription; TFH, T-follicular helper cell; TH1, T helper cell 1; TNFA, tumor necrosis factor-alpha; TREG, regulatory T cell; VEGF, vascular endothelial growth factor; VEGFR, vascular endothelial growth factor receptor.
Supplementary Methods S4 from Safety and Preliminary Efficacy of Pembrolizumab Following Transarterial Chemoembolization for Hepatocellular Carcinoma: The PETAL Phase Ib Study
Authors: Pinato David J. , D'Alessio Antonio , Fulgenzi Claudia Angela Maria , Schlaak Alexandra Emilia , Celsa Ciro , Killmer Saskia , Blanco Jesus Miguens , Ward Caroline , Stikas Charalampos-Vlasios , Openshaw Mark R. , Acuti Nicole , Nteliopoulos Georgios , Balcells Cristina , Keun Hector C. , Goldin Robert D. , Ross Paul J. , Cortellini Alessio , Thomas Robert , Young Anna-Mary , Danckert Nathan , Tait Paul , Marchesi Julian R. , Bengsch Bertram , Sharma Rohini
Published: June 2024

Supplementary Methods 4. CyTOF staining
Supplementary Table S2 from Maintenance Pembrolizumab Therapy in Patients with Metastatic HER2-negative Breast Cancer with Prior Response to Chemotherapy
Authors: Iwase Toshiaki , Cohen Evan N. , Gao Hui , Alexander Angela , Kai Megumi , Chiv Vivian , Wang Xiaoping , Krishnamurthy Savitri , Liu Diane , Shen Yu , Kida Kumiko , Reuben Alexandre , Layman Rachel M. , Ramirez David L. , Tripathy Debasish , Moulder Stacy L. , Yam Clinton , Valero Vicente , Lim Bora , Reuben James M. , Ueno Naoto T.
Published: June 2024

Supplementary Table S2. Induction chemotherapy regimen before the maintenance therapy.
Supplementary Figure S9 from Safety and Preliminary Efficacy of Pembrolizumab Following Transarterial Chemoembolization for Hepatocellular Carcinoma: The PETAL Phase Ib Study
Authors: Pinato David J. , D'Alessio Antonio , Fulgenzi Claudia Angela Maria , Schlaak Alexandra Emilia , Celsa Ciro , Killmer Saskia , Blanco Jesus Miguens , Ward Caroline , Stikas Charalampos-Vlasios , Openshaw Mark R. , Acuti Nicole , Nteliopoulos Georgios , Balcells Cristina , Keun Hector C. , Goldin Robert D. , Ross Paul J. , Cortellini Alessio , Thomas Robert , Young Anna-Mary , Danckert Nathan , Tait Paul , Marchesi Julian R. , Bengsch Bertram , Sharma Rohini
Published: June 2024

Supplementary Figure S9. The productive Simpson clonality did not show any significant TACE-induced change when considering all samples analysed (A), and even after a further breakdown in responders (B) and non-responders (C). We did not observe any change in productive Simpson clonality when comparing samples collected before the start of pembrolizumab and at the end of treatment in the whole cohort (D), in responders (E) and non-responders (F). Abbreviations: TACE, trans-arterial chemoembolisation; ns, not significant; ICI, immune checkpoint inhibitor.
Supplementary Material S1 from Maintenance Pembrolizumab Therapy in Patients with Metastatic HER2-negative Breast Cancer with Prior Response to Chemotherapy
Authors: Iwase Toshiaki , Cohen Evan N. , Gao Hui , Alexander Angela , Kai Megumi , Chiv Vivian , Wang Xiaoping , Krishnamurthy Savitri , Liu Diane , Shen Yu , Kida Kumiko , Reuben Alexandre , Layman Rachel M. , Ramirez David L. , Tripathy Debasish , Moulder Stacy L. , Yam Clinton , Valero Vicente , Lim Bora , Reuben James M. , Ueno Naoto T.
Published: June 2024

Study Full Protocol
Supplementary Figure S7 from Maintenance Pembrolizumab Therapy in Patients with Metastatic HER2-negative Breast Cancer with Prior Response to Chemotherapy
Authors: Iwase Toshiaki , Cohen Evan N. , Gao Hui , Alexander Angela , Kai Megumi , Chiv Vivian , Wang Xiaoping , Krishnamurthy Savitri , Liu Diane , Shen Yu , Kida Kumiko , Reuben Alexandre , Layman Rachel M. , Ramirez David L. , Tripathy Debasish , Moulder Stacy L. , Yam Clinton , Valero Vicente , Lim Bora , Reuben James M. , Ueno Naoto T.
Published: June 2024

Supplementary Figure 7. T-cell activation observed as changes in peripheral blood T-cell receptor repertoire after 2 courses of pembrolizumab maintenance therapy. The boxplot shows the interquartile range with whiskers extending up to 1.5 times the interquartile range.
Supplementary Figure S1 from Maintenance Pembrolizumab Therapy in Patients with Metastatic HER2-negative Breast Cancer with Prior Response to Chemotherapy
Authors: Iwase Toshiaki , Cohen Evan N. , Gao Hui , Alexander Angela , Kai Megumi , Chiv Vivian , Wang Xiaoping , Krishnamurthy Savitri , Liu Diane , Shen Yu , Kida Kumiko , Reuben Alexandre , Layman Rachel M. , Ramirez David L. , Tripathy Debasish , Moulder Stacy L. , Yam Clinton , Valero Vicente , Lim Bora , Reuben James M. , Ueno Naoto T.
Published: June 2024

Supplementary Figure 1. CONSORT diagram.
Supplementary Table 1 from Measurement of ctDNA Tumor Fraction Identifies Informative Negative Liquid Biopsy Results and Informs Value of Tissue Confirmation
Authors: Rolfo Christian D. , Madison Russell W. , Pasquina Lincoln W. , Brown Derek W. , Huang Yanmei , Hughes Jason D. , Graf Ryon P. , Oxnard Geoffrey R. , Husain Hatim
Published: June 2024

Supplementary Table 1: Clinical, demographic, and genomic features for patients treated in the first line following negative liquid biopsy CGP and subsequent positive tissue CGP.
Supplementary Figure S1 from Safety and Preliminary Efficacy of Pembrolizumab Following Transarterial Chemoembolization for Hepatocellular Carcinoma: The PETAL Phase Ib Study
Authors: Pinato David J. , D'Alessio Antonio , Fulgenzi Claudia Angela Maria , Schlaak Alexandra Emilia , Celsa Ciro , Killmer Saskia , Blanco Jesus Miguens , Ward Caroline , Stikas Charalampos-Vlasios , Openshaw Mark R. , Acuti Nicole , Nteliopoulos Georgios , Balcells Cristina , Keun Hector C. , Goldin Robert D. , Ross Paul J. , Cortellini Alessio , Thomas Robert , Young Anna-Mary , Danckert Nathan , Tait Paul , Marchesi Julian R. , Bengsch Bertram , Sharma Rohini
Published: June 2024

Supplementary Figure S1.
HCC-specific targeted mutation panel utilised for NGS and quality filters implemented for variant calling.
Data from A First-in-Human Phase 1 Study of a Tumor-Directed RNA-Interference Drug against HIF2α in Patients with Advanced Clear Cell Renal Cell Carcinoma
Authors: Brugarolas James , Obara Gregory , Beckermann Kathryn E. , Rini Brian , Lam Elaine T. , Hamilton James , Schluep Thomas , Yi Min , Wong So , Mao Zhongping Lily , Gamelin Erick , Tannir Nizar M.
Published: June 2024

AbstractPurpose:
ARO-HIF2 is an siRNA drug designed to selectively target hypoxia-inducible factor-2α (HIF2α) interrupting downstream pro-oncogenic signaling in clear cell renal cell carcinoma (ccRCC). The aims of this Phase 1 study (AROHIF21001) were to evaluate safety, tolerability, pharmacokinetics, and establish a recommended Phase 2 dose.
Patients and Methods:
Subjects with ccRCC and progressive disease after at least 2 prior therapies that included VEGF and immune checkpoint inhibitors were progressively enrolled into dose-escalation cohorts of ARO-HIF2 administered intravenously at 225, 525, or 1,050 mg weekly.
Results:
Twenty-six subjects received ARO-HIF2. The most common treatment emergent adverse events (AE) irrespective of causality were fatigue (50.0%), dizziness (26.9%), dyspnea (23.1%), and nausea (23.1%). Four subjects (15.4%) had treatment-related serious AEs. AEs of special interest included neuropathy, hypoxia, and dyspnea. ARO-HIF2 was almost completely cleared from plasma circulation within 48 hours with minimal renal clearance. Reductions in HIF2α were observed between pre- and post-dosing tumor biopsies, but the magnitude was quite variable. The objective response rate was 7.7% and the disease control rate was 38.5%. Responses were accompanied by ARO-HIF2 uptake in tumor cells, HIF2α downregulation, as well as rapid suppression of tumor produced erythropoietin (EPO) in a patient with paraneoplastic polycythemia.
Conclusions:
ARO-HIF2 downregulated HIF2α in advanced ccRCC—inhibiting tumor growth in a subset of subjects. Further development was hampered by off-target neurotoxicity and low response rate. This study provides proof of concept that siRNA can target tumors in a specific manner.
Data from KLRG1 Cell Depletion as a Novel Therapeutic Strategy in Patients with Mature T-Cell Lymphoma Subtypes
Authors: Assatova Bimarzhan , Willim Robert , Trevisani Christopher , Haskett Garrett , Kariya Khyati Maulik , Chopra Kusha , Park Sung Rye , Tolstorukov Michael Yevgeniy , McCabe Sean M. , Duffy Jessica , Louissaint Abner , Huuhtanen Jani , Bhattacharya Dipabarna , Mustjoki Satu , Koh Min Jung , Powers Foster , Morgan Elizabeth A. , Yang Lei , Pinckney Brandy , Cotton Matthew J. , Crabbe Andrew , Ziemba Jessica Beth , Brain Ian , Heavican-Foral Tayla B. , Iqbal Javeed , Nemec Ronald , Rider Anna Baird , Ford Josie Germain , Koh Min Ji , Scanlan Nora , Feith David J. , Loughran Thomas P. , Kim Won Seog , Choi Jaehyuk , Roels Juliette , Boehme Lena , Putteman Tom , Taghon Tom , Barnes Jeffrey A. , Johnson P. Connor , Jacobsen Eric D. , Greenberg Steven A. , Weinstock David M. , Jain Salvia
Published: June 2024

AbstractPurpose:
Develop a novel therapeutic strategy for patients with subtypes of mature T-cell and NK-cell neoplasms.
Experimental Design:
Primary specimens, cell lines, patient-derived xenograft models, commercially available, and proprietary anti-KLRG1 antibodies were used for screening, target, and functional validation.
Results:
Here we demonstrate that surface KLRG1 is highly expressed on tumor cells in subsets of patients with extranodal NK/T-cell lymphoma (ENKTCL), T-prolymphocytic leukemia (T-PLL), and gamma/delta T-cell lymphoma (G/D TCL). The majority of the CD8+/CD57+ or CD3−/CD56+ leukemic cells derived from patients with T- and NK-large granular lymphocytic leukemia (T-LGLL and NK-LGLL), respectively, expressed surface KLRG1. The humanized afucosylated anti-KLRG1 monoclonal antibody (mAb208) optimized for mouse in vivo use depleted KLRG1+ TCL cells by mechanisms of ADCC, ADCP, and CDC rather than apoptosis. mAb208 induced ADCC and ADCP of T-LGLL patient-derived CD8+/CD57+ cells ex vivo. mAb208 effected ADCC of subsets of healthy donor-derived KLRG1+ NK, CD4+, CD8+ Tem, and TemRA cells while sparing KLRG1− naïve and CD8+ Tcm cells. Treatment of cell line and TCL patient-derived xenografts with mAb208 or anti-CD47 mAb alone and in combination with the PI3K-δ/γ inhibitor duvelisib extended survival. The depletion of macrophages in vivo antagonized mAb208 efficacy.
Conclusions:
Our findings suggest the potential benefit of a broader treatment strategy combining therapeutic antibodies with PI3Ki for the treatment of patients with mature T-cell and NK-cell neoplasms.

See related commentary by Varma and Diefenbach, p. 2300
Data from Stabilizing Tumor-Resident Mast Cells Restores T-Cell Infiltration and Sensitizes Sarcomas to PD-L1 Inhibition
Authors: Panagi Myrofora , Mpekris Fotios , Voutouri Chrysovalantis , Hadjigeorgiou Andreas G. , Symeonidou Chloe , Porfyriou Eleni , Michael Christina , Stylianou Andreas , Martin John D. , Cabral Horacio , Constantinidou Anastasia , Stylianopoulos Triantafyllos
Published: June 2024

AbstractPurpose:
To explore the cellular cross-talk of tumor-resident mast cells (MC) in controlling the activity of cancer-associated fibroblasts (CAF) to overcome tumor microenvironment (TME) abnormalities, enhancing the efficacy of immune-checkpoint inhibitors in sarcoma.
Experimental Design:
We used a coculture system followed by further validation in mouse models of fibrosarcoma and osteosarcoma with or without administration of the MC stabilizer and antihistamine ketotifen. To evaluate the contribution of ketotifen in sensitizing tumors to therapy, we performed combination studies with doxorubicin chemotherapy and anti–PD-L1 (B7-H1, clone 10F.9G2) treatment. We investigated the ability of ketotifen to modulate the TME in human sarcomas in the context of a repurposed phase II clinical trial.
Results:
Inhibition of MC activation with ketotifen successfully suppressed CAF proliferation and stiffness of the extracellular matrix accompanied by an increase in vessel perfusion in fibrosarcoma and osteosarcoma as indicated by ultrasound shear wave elastography imaging. The improved tissue oxygenation increased the efficacy of chemoimmunotherapy, supported by enhanced T-cell infiltration and acquisition of tumor antigen–specific memory. Importantly, the effect of ketotifen in reducing tumor stiffness was further validated in sarcoma patients, highlighting its translational potential.
Conclusions:
Our study suggests the targeting of MCs with clinically administered drugs, such as antihistamines, as a promising approach to overcome resistance to immunotherapy in sarcomas.
Data from Measurement of ctDNA Tumor Fraction Identifies Informative Negative Liquid Biopsy Results and Informs Value of Tissue Confirmation
Authors: Rolfo Christian D. , Madison Russell W. , Pasquina Lincoln W. , Brown Derek W. , Huang Yanmei , Hughes Jason D. , Graf Ryon P. , Oxnard Geoffrey R. , Husain Hatim
Published: June 2024

AbstractPurpose:
Liquid biopsy (LBx) for tumor profiling is increasingly used, but concerns remain regarding negative results. A lack of results may truly reflect tumor genomics, or it may be a false negative that would be clarified by tissue testing. A method of distinguishing between these scenarios could help clarify when follow-on tissue testing is valuable.
Experimental Design:
Here we evaluate circulating tumor DNA (ctDNA) tumor fraction (TF), a quantification of ctDNA in LBx samples, for utility in identifying true negative results. We assessed concordance between LBx and tissue-based results, stratified by ctDNA TF, in a real-world genomic dataset of paired samples across multiple disease types. We also evaluated the frequency of tissue results identifying driver alterations in patients with lung cancer after negative LBx in a real-world clinicogenomic database.
Results:
The positive percent agreement and negative predictive value between liquid and tissue samples for driver alterations increased from 63% and 66% for all samples to 98% and 97% in samples with ctDNA TF ≥1%. Among 505 patients with lung cancer with no targetable driver alterations found by LBx who had subsequent tissue-based profiling, 37% had a driver, all of which had ctDNA TF <1%.
Conclusions:
Patients with lung cancer with negative LBx and ctDNA TF ≥1% are unlikely to have a driver detected on confirmatory tissue testing; such informative negative results may benefit instead from prompt treatment initiation. Conversely, negative LBx with ctDNA TF <1% will commonly have a driver identified by follow-up tissue testing and should be prioritized for reflex testing.
Supplementary Figure 6 from Early Changes in Tumor-Naive Cell-Free Methylomes and Fragmentomes Predict Outcomes in Pembrolizumab-Treated Solid Tumors
Authors: Stutheit-Zhao Eric Y. , Sanz-Garcia Enrique , Liu Zhihui (Amy) , Wong Derek , Marsh Kayla , Abdul Razak Albiruni R. , Spreafico Anna , Bedard Philippe L. , Hansen Aaron R. , Lheureux Stephanie , Torti Dax , Lam Bernard , Yang Shih Yu Cindy , Burgener Justin , Luo Ping , Zeng Yong , Cheng Nicholas , Awadalla Philip , Bratman Scott V. , Ohashi Pamela S. , Pugh Trevor J. , Siu Lillian L.
Published: June 2024

Non-negative matrix factorization identifies characteristic cancer-associated signatures of shorter fragment lengths and greater nucleosome core occupancy. (A) Genome-wide fragment lengths were used as features in a two-component non-negative matrix factorization analysis. This revealed a longer and a shorter component. The weight of the shorter was elevated in cell-free DNA of cancer patients relative to normal controls. (B) The distances of fragment ends to nucleosome centers were also used as features in two-component non-negative matrix factorization. This revealed two components with different proportions of intra-nucleosomal fragment ends. The signature with more intra-nucleosomal fragment ends was elevated in the cell-free DNA of cancer patients relative to normal controls. (C) A heatmap showing the localization of fragment ends within the nucleosome core, meaning within 50 bp of nucleosome peaks. Arranging by group and total cfMeDIP-seq score, we observe that those with higher estimated ctDNA levels demonstrated a higher fraction of read ends terminating within the nucleosome core.
Supplementary Figure 3 from Early Changes in Tumor-Naive Cell-Free Methylomes and Fragmentomes Predict Outcomes in Pembrolizumab-Treated Solid Tumors
Authors: Stutheit-Zhao Eric Y. , Sanz-Garcia Enrique , Liu Zhihui (Amy) , Wong Derek , Marsh Kayla , Abdul Razak Albiruni R. , Spreafico Anna , Bedard Philippe L. , Hansen Aaron R. , Lheureux Stephanie , Torti Dax , Lam Bernard , Yang Shih Yu Cindy , Burgener Justin , Luo Ping , Zeng Yong , Cheng Nicholas , Awadalla Philip , Bratman Scott V. , Ohashi Pamela S. , Pugh Trevor J. , Siu Lillian L.
Published: June 2024

Examples of cancer-specific methylation score calculation. Cancer-specific methylation scores were computed using the sum of inferred absolute methylation values for all reads overlapping an independently-trained cancer-specific signature. Here, we show examples illustrating how absolute methylation levels are inferred from coverage depths in 300 bp bins while adjusting for the density of CpGs.
Supplementary Figure 16 from Early Changes in Tumor-Naive Cell-Free Methylomes and Fragmentomes Predict Outcomes in Pembrolizumab-Treated Solid Tumors
Authors: Stutheit-Zhao Eric Y. , Sanz-Garcia Enrique , Liu Zhihui (Amy) , Wong Derek , Marsh Kayla , Abdul Razak Albiruni R. , Spreafico Anna , Bedard Philippe L. , Hansen Aaron R. , Lheureux Stephanie , Torti Dax , Lam Bernard , Yang Shih Yu Cindy , Burgener Justin , Luo Ping , Zeng Yong , Cheng Nicholas , Awadalla Philip , Bratman Scott V. , Ohashi Pamela S. , Pugh Trevor J. , Siu Lillian L.
Published: June 2024

Multivariate Cox analysis of the change in fragment length score (FLS) from baseline to cycle 3 of pembrolizumab. Covariates in clude cohort, PD-L1 expression, and tumor mutation burden.
Supplementary Figure 15 from Early Changes in Tumor-Naive Cell-Free Methylomes and Fragmentomes Predict Outcomes in Pembrolizumab-Treated Solid Tumors
Authors: Stutheit-Zhao Eric Y. , Sanz-Garcia Enrique , Liu Zhihui (Amy) , Wong Derek , Marsh Kayla , Abdul Razak Albiruni R. , Spreafico Anna , Bedard Philippe L. , Hansen Aaron R. , Lheureux Stephanie , Torti Dax , Lam Bernard , Yang Shih Yu Cindy , Burgener Justin , Luo Ping , Zeng Yong , Cheng Nicholas , Awadalla Philip , Bratman Scott V. , Ohashi Pamela S. , Pugh Trevor J. , Siu Lillian L.
Published: June 2024

Predicting survival outcomes using fragment length score (FLS) at baseline and cycle 3 of pembrolizumab. FLS was determined as the mean of the log2 transformed cancer-to-normal ratio of the length of each fragment in a given cfMeDIP-seq sample. At both baseline and cycle 3, patients were split into above- or below-median groups. Survival outcomes are shown, with hazard ratios and p-values adjusted for cohort using a Cox model. PFS analysis at cycle 3 excludes one patient who progressed before the collection of cycle 3 sample.
Supplementary_File_S4 from Glioblastoma-Infiltrating CD8+ T Cells Are Predominantly a Clonally Expanded GZMK+ Effector Population
Authors: Wang Anthony Z. , Mashimo Bryce L. , Schaettler Maximilian O. , Sherpa Ngima D. , Leavitt Lydia A. , Livingstone Alexandra J. , Khan Saad M. , Li Mao , Anzaldua-Campos Markus I. , Bradley Joseph D. , Leuthardt Eric C. , Kim Albert H. , Dowling Joshua L. , Chicoine Michael R. , Jones Pamela S. , Choi Bryan D. , Cahill Daniel P. , Carter Bob S. , Petti Allegra A. , Johanns Tanner M. , Dunn Gavin P.
Published: June 2024

scGSEA correlation values
Supplementary_File_S3 from Glioblastoma-Infiltrating CD8+ T Cells Are Predominantly a Clonally Expanded GZMK+ Effector Population
Authors: Wang Anthony Z. , Mashimo Bryce L. , Schaettler Maximilian O. , Sherpa Ngima D. , Leavitt Lydia A. , Livingstone Alexandra J. , Khan Saad M. , Li Mao , Anzaldua-Campos Markus I. , Bradley Joseph D. , Leuthardt Eric C. , Kim Albert H. , Dowling Joshua L. , Chicoine Michael R. , Jones Pamela S. , Choi Bryan D. , Cahill Daniel P. , Carter Bob S. , Petti Allegra A. , Johanns Tanner M. , Dunn Gavin P.
Published: June 2024

Supplementary Fig. S10 genes and associated GO BPs
Supplementary_File_S2 from Glioblastoma-Infiltrating CD8+ T Cells Are Predominantly a Clonally Expanded GZMK+ Effector Population
Authors: Wang Anthony Z. , Mashimo Bryce L. , Schaettler Maximilian O. , Sherpa Ngima D. , Leavitt Lydia A. , Livingstone Alexandra J. , Khan Saad M. , Li Mao , Anzaldua-Campos Markus I. , Bradley Joseph D. , Leuthardt Eric C. , Kim Albert H. , Dowling Joshua L. , Chicoine Michael R. , Jones Pamela S. , Choi Bryan D. , Cahill Daniel P. , Carter Bob S. , Petti Allegra A. , Johanns Tanner M. , Dunn Gavin P.
Published: June 2024

Neighborhood enrichment raw z scores
Supplementary_File_S1 from Glioblastoma-Infiltrating CD8+ T Cells Are Predominantly a Clonally Expanded GZMK+ Effector Population
Authors: Wang Anthony Z. , Mashimo Bryce L. , Schaettler Maximilian O. , Sherpa Ngima D. , Leavitt Lydia A. , Livingstone Alexandra J. , Khan Saad M. , Li Mao , Anzaldua-Campos Markus I. , Bradley Joseph D. , Leuthardt Eric C. , Kim Albert H. , Dowling Joshua L. , Chicoine Michael R. , Jones Pamela S. , Choi Bryan D. , Cahill Daniel P. , Carter Bob S. , Petti Allegra A. , Johanns Tanner M. , Dunn Gavin P.
Published: June 2024

DEGs of various T cell populations
Supplementary Table 9 from Single-Cell Chromatin Accessibility Analysis Reveals the Epigenetic Basis and Signature Transcription Factors for the Molecular Subtypes of Colorectal Cancers
Authors: Liu Zhenyu , Hu Yuqiong , Xie Haoling , Chen Kexuan , Wen Lu , Fu Wei , Zhou Xin , Tang Fuchou
Published: June 2024

Supplementary Table 9. WGCNA TF co-activation modules and module eigengene score for each cluster.
Supplementary_Fig_S4 from Glioblastoma-Infiltrating CD8+ T Cells Are Predominantly a Clonally Expanded GZMK+ Effector Population
Authors: Wang Anthony Z. , Mashimo Bryce L. , Schaettler Maximilian O. , Sherpa Ngima D. , Leavitt Lydia A. , Livingstone Alexandra J. , Khan Saad M. , Li Mao , Anzaldua-Campos Markus I. , Bradley Joseph D. , Leuthardt Eric C. , Kim Albert H. , Dowling Joshua L. , Chicoine Michael R. , Jones Pamela S. , Choi Bryan D. , Cahill Daniel P. , Carter Bob S. , Petti Allegra A. , Johanns Tanner M. , Dunn Gavin P.
Published: June 2024

Dot plot of select gene markers for cell type identification of CD8+ T cells from cohort 1.
Supplementary_Fig_S2 from Glioblastoma-Infiltrating CD8+ T Cells Are Predominantly a Clonally Expanded GZMK+ Effector Population
Authors: Wang Anthony Z. , Mashimo Bryce L. , Schaettler Maximilian O. , Sherpa Ngima D. , Leavitt Lydia A. , Livingstone Alexandra J. , Khan Saad M. , Li Mao , Anzaldua-Campos Markus I. , Bradley Joseph D. , Leuthardt Eric C. , Kim Albert H. , Dowling Joshua L. , Chicoine Michael R. , Jones Pamela S. , Choi Bryan D. , Cahill Daniel P. , Carter Bob S. , Petti Allegra A. , Johanns Tanner M. , Dunn Gavin P.
Published: June 2024

Correlation plots of expression of various proteins and respective genes by T cells from cohort 1.
Supplementary_Fig_S10 from Glioblastoma-Infiltrating CD8+ T Cells Are Predominantly a Clonally Expanded GZMK+ Effector Population
Authors: Wang Anthony Z. , Mashimo Bryce L. , Schaettler Maximilian O. , Sherpa Ngima D. , Leavitt Lydia A. , Livingstone Alexandra J. , Khan Saad M. , Li Mao , Anzaldua-Campos Markus I. , Bradley Joseph D. , Leuthardt Eric C. , Kim Albert H. , Dowling Joshua L. , Chicoine Michael R. , Jones Pamela S. , Choi Bryan D. , Cahill Daniel P. , Carter Bob S. , Petti Allegra A. , Johanns Tanner M. , Dunn Gavin P.
Published: June 2024

Comparison of TIL from primary and recurrent GBM samples.
Supplementary Figure 9 from Single-Cell Chromatin Accessibility Analysis Reveals the Epigenetic Basis and Signature Transcription Factors for the Molecular Subtypes of Colorectal Cancers
Authors: Liu Zhenyu , Hu Yuqiong , Xie Haoling , Chen Kexuan , Wen Lu , Fu Wei , Zhou Xin , Tang Fuchou
Published: June 2024

Supplementary Figure 9. Epigenetic regulators of tumor evolution in patient P26.
Supplementary Figure 8 from Single-Cell Chromatin Accessibility Analysis Reveals the Epigenetic Basis and Signature Transcription Factors for the Molecular Subtypes of Colorectal Cancers
Authors: Liu Zhenyu , Hu Yuqiong , Xie Haoling , Chen Kexuan , Wen Lu , Fu Wei , Zhou Xin , Tang Fuchou
Published: June 2024

Supplementary Figure 8. Identification of intra-tumor subclones based on CNV profiles.
Supplementary Figure 7 from Single-Cell Chromatin Accessibility Analysis Reveals the Epigenetic Basis and Signature Transcription Factors for the Molecular Subtypes of Colorectal Cancers
Authors: Liu Zhenyu , Hu Yuqiong , Xie Haoling , Chen Kexuan , Wen Lu , Fu Wei , Zhou Xin , Tang Fuchou
Published: June 2024

Supplementary Figure 7. Targets of consistently activated TFs in each iCMS were largely patient-specific.
Supplementary Figure 10 from Single-Cell Chromatin Accessibility Analysis Reveals the Epigenetic Basis and Signature Transcription Factors for the Molecular Subtypes of Colorectal Cancers
Authors: Liu Zhenyu , Hu Yuqiong , Xie Haoling , Chen Kexuan , Wen Lu , Fu Wei , Zhou Xin , Tang Fuchou
Published: June 2024

Supplementary Figure 10. Chromatin accessibility profiles of intra-tumor heterogeneities.
Data from Overcoming Clinical Resistance to EZH2 Inhibition Using Rational Epigenetic Combination Therapy
Authors: Kazansky Yaniv , Cameron Daniel , Mueller Helen S. , Demarest Phillip , Zaffaroni Nadia , Arrighetti Noemi , Zuco Valentina , Kuwahara Yasumichi , Somwar Romel , Ladanyi Marc , Qu Rui , de Stanchina Elisa , Dela Cruz Filemon S. , Kung Andrew L. , Gounder Mrinal M. , Kentsis Alex
Published: June 2024

Abstract
Epigenetic dependencies have become evident in many cancers. On the basis of antagonism between BAF/SWI-SNF and PRC2 in SMARCB1-deficient sarcomas, we recently completed the clinical trial of the EZH2 inhibitor tazemetostat. However, the principles of tumor response to epigenetic therapy in general, and tazemetostat in particular, remain unknown. Using functional genomics and diverse experimental models, we define molecular mechanisms of tazemetostat resistance in SMARCB1-deficient tumors. We found distinct acquired mutations that converge on the RB1/E2F axis and decouple EZH2-dependent differentiation and cell-cycle control. This allows tumor cells to escape tazemetostat-induced G1 arrest, suggests a general mechanism for effective therapy, and provides prospective biomarkers for therapy stratification, including PRICKLE1. On the basis of this, we develop a combination strategy to circumvent tazemetostat resistance using bypass targeting of AURKB. This offers a paradigm for rational epigenetic combination therapy suitable for translation to clinical trials for epithelioid sarcomas, rhabdoid tumors, and other epigenetically dysregulated cancers.
Significance:
Genomic studies of patient epithelioid sarcomas and rhabdoid tumors identify mutations converging on a common pathway for response to EZH2 inhibition. Resistance mutations decouple drug-induced differentiation from cell-cycle control. We identify an epigenetic combination strategy to overcome resistance and improve durability of response, supporting its investigation in clinical trials.

See related commentary by Paolini and Souroullas, p. 903.

This article is featured in Selected Articles from This Issue, p. 897
Supplementary Figure S5 from Molecular Landscape and Clinical Implication of CCNE1-amplified Esophagogastric Cancer
Authors: Rustgi Naryan , Wu Sharon , Samec Timothy , Walker Phillip , Xiu Joanne , Lou Emil , Goel Sanjay , Saeed Anwaar , Moy Ryan H.
Published: June 2024

Supplementary Figure S5 shows immune cell infiltration in EGC with CCNE1 amplification or gain
Supplementary Figure S2 from Molecular Landscape and Clinical Implication of CCNE1-amplified Esophagogastric Cancer
Authors: Rustgi Naryan , Wu Sharon , Samec Timothy , Walker Phillip , Xiu Joanne , Lou Emil , Goel Sanjay , Saeed Anwaar , Moy Ryan H.
Published: June 2024

Supplementary Figure S2 shows frequently occurring molecular co-alterations in CCNE1-amplified EGC by histological subtype
Data from Molecular Landscape and Clinical Implication of CCNE1-amplified Esophagogastric Cancer
Authors: Rustgi Naryan , Wu Sharon , Samec Timothy , Walker Phillip , Xiu Joanne , Lou Emil , Goel Sanjay , Saeed Anwaar , Moy Ryan H.
Published: June 2024

Abstract
Cyclin E overexpression as a result of CCNE1 amplification is a critical driver of genomic instability in gastric cancer, but its clinical implication is largely unknown. Thus, we integrated genomic, transcriptomic, and immune profiling analysis of 7,083 esophagogastric tumors and investigated the impact of CCNE1 amplification on molecular features and treatment outcomes. We identified CCNE1 amplification in 6.2% of esophageal adenocarcinoma samples, 7.0% of esophagogastric junction carcinoma, 4.2% of gastric adenocarcinoma samples, and 0.8% of esophageal squamous cell carcinoma. Metastatic sites such as lymph node and liver showed an increased frequency of CCNE1 amplification relative to primary tumors. Consistent with a chromosomal instability phenotype, CCNE1 amplification was associated with decreased CDH1 mutation and increased TP53 mutation and ERBB2 amplification. We observed no differences in immune biomarkers such as PD-L1 expression and tumor mutational burden comparing CCNE1-amplified and nonamplified tumors, although CCNE1 amplification was associated with changes in immune populations such as decreased B cells and increased M1 macrophages from transcriptional analysis. Real-world survival analysis demonstrated that patients with CCNE1-amplified gastric cancer had worse survival after trastuzumab for HER2-positive tumors, but better survival after immunotherapy. These data suggest that CCNE1-amplified gastric cancer has a distinct molecular and immune profile with important therapeutic implications, and therefore further investigation of CCNE1 amplification as a predictive biomarker is warranted.
Significance:
Advanced gastric cancer has a relatively dismal outcome with a 5-year overall survival of less than 10%. Furthermore, while comprehensive molecular analyses have established molecular subtypes within gastric cancers, biomarkers of clinical relevance in this cancer type are lacking. Overall, this study demonstrates that CCNE1 amplification is associated with a distinct molecular profile in gastric cancer and may impact response to therapy, including targeted therapy and/or immunotherapy.
Potential Correlation between Tea Intake and the Risk of Amyotrophic Lateral Sclerosis: A Mendelian Randomization Study
Authors: Li Jinyue , Li Songyu , Fei Guoqiang
Published: June 2024

Introduction: There were limited observation studies on the association between tea intake and amyotrophic lateral sclerosis (ALS) with inconsistent results. This study aimed to determine the potential relationship between tea intake and ALS by a two-sample Mendelian randomization (MR) analysis. Methods: We identified 41 independent SNPs strongly associated with tea intake from 448,060 participants of European ancestry in the UK Biobank. Summary statistics associated with ALS were also obtained from the UK Biobank including 20,806 cases and 59,804 controls. The study used MR analysis to assess the potential effect of tea consumption on ALS, and several methods such as sensitivity analyses and MR-pleiotropy residual sum and outlier method were performed to further test the robustness of our findings. Results: The F statistic was more than 10 in each SNP, which meets the first assumption for the MR study. Using the inverse variance weighted MR analysis as the primary method, we found that a one standard deviation increase in tea consumption was associated with a 14% lower risk of ALS (OR = 0.86, 95% CI = 0.74–0.99, p < 0.05). Sensitivity analyses detected no potential pleiotropy and directional heterogeneity. Conclusion: Our MR study supported the potential relationship between tea intake and ALS risk, suggesting the potential advantages of tea intake for preventing ALS. Future clinical trials and research are needed to further validate the results and elucidate possible mechanisms.
ЕКСПЕРИМЕНТАЛЬНЕ ВИВЧЕННЯ СИНЬОГНІЙНИХ АВТОВАКЦИН, ОТРИМАНИХ МОДИФІКОВАНИМ ФОТОДИНАМІЧНИМ СПОСОБОМ
Authors: Деркач С. А. , Куцай Н. М. , Скляр Н. І. , Воронкіна І. А. , Дяченко В. Ф.
Published: June 2024

Метою дослідження є підвищення ефективності лікування білих мишей із синьогнійною інфекцією шляхом застосування автовакцин, отриманих із використанням методу фотодинамічної інактивації збудника.
Матеріали і методи. Експериментальні серії автовакцин отримували модифікованим фотодинамічним способом. Для дослідів були задіяні 150 білих безпородних мишей, масою 18-20 г. Для інфікування лабораторних тварин визначали LD50 штамів P. aeruginosa. Ефективність вакцинотерапії оцінювали шляхом порівняння показників виживання мишей у дослідній та контрольній групах.
Результати досліджень. В експерименті вивчено перспективність застосування автовакцин при лікуванні мишей, попередньо інфікованих гомологічним штамом P. aeruginosa. Отримані результати свідчать про високу ефективність вакцинотерапії інфікованих тварин, оскільки показники виживання в дослідній групі склали 71,8 %, тобто були у 3 рази вищі, порівняно з контрольною групою. Вакцинація у період клінічних проявів інфекції (на 3-5-й день після зараження) також була ефективною, оскільки кількість загиблих тварин була достовірно меншою (p<0,05). Більше того, навіть за відсутності повного одужання, лікування автовакциною суттєво подовжувало їх життя (до 20-30 днів) та зменшувало ступінь клінічних симптомів захворювання.
Висновок. Експериментальні дослідження засвідчили, що отримані розробленим способом синьогнійні автовакцини здатні забезпечити високу протективну та терапевтичну активність (у 3 рази більшу кількість тварин, що вижили), тому подальше вивчення особливостей автовакцинотерапії є актуальним і перспективним.
АКТИНОМІКОЗ: СУЧАСНИЙ СТАН ПРОБЛЕМИ. ОСОБЛИВОСТІ ПЕРЕБІГУ ТА ЛАБОРАТОРНОЇ ДІАГНОСТИКИ
Authors: Ткаченко М. В. , Коваленко Н. І. , Ткаченко І. Г.
Published: June 2024

Актиномікоз – це гранулематозне захворювання, яке повільно прогресує і може виникати як у людей з ослабленим імунітетом, так і в імунокомпетених осіб. Ця інфекція є ендогенною, а її збудники – актиноміцети – постійними мешканцями різних екологічних ніш організму людини. Крім порожнини рота, де вони переважають серед інших бактерій, актиноміцети є представниками мікробіоти кишечнику, сечостатевих шляхів і шкіри. За останні роки було ідентифіковано велику кількість нових видів Actinomyces. Із впровадженням сучасних методів дослідження знання про їхню клінічну значимість поступово накопичуються, також розширюється спектр захворювань, пов’язаних з актиноміцетами.
Виявлення та ідентифікація збудників у клінічних мікробіологічних лабораторіях може бути складним завданням, а результати посіву можуть бути хибно негативними, особливо, якщо матеріал відбирали після початку антибіотикотерапії. Використання сучасних гістопатологічних і молекулярних методів діагностики допомагає подолати ці проблеми.
Огляд літератури акцентує увагу на питаннях актиномікозної інфекції, корисних для клініцистів різного профілю. Надається етіологічна характери­стика збудників, розглядаються найбільш поширені та атипові клінічні форми, які реєструються у різних країнах останнім часом, описуються сучасні діагностичні методи та напрямки лікування хворих на актиномікоз.
СИБІРКА ЯК БІОЛОГІЧНА ЗБРОЯ: МОЖЛИВОСТІ ЗАСТОСУВАННЯ ПІД ЧАС ВІЙНИ
Authors: Бондаренко А. М.
Published: June 2024

У теперішніх воєнних умовах спокуса застосування агресором біологічної зброї, особливо за можливо­сті її прихованого використання під маскою природних епідемій, – вкрай велика.
Наведено детальний аналіз бойових штамів збудника сибірки – B. antracis, особливостей спричиненої ними епідеміології, патогенезу, клініки, терапії та специфічної імунопрофілактики, що вже сьогодні дозволяє вжити всіх можливих заходів і бути повністю підготовленими до можливого застосування противником цих бойових штамів.
З огляду на загрозу реального застосування бойових штамів B. antracis та/або інших видів біологічної зброї необхідно повністю відновити знищену санітарну та протиепідемічну службу як у цивільному секторі, так і в структурі військових і армійських підрозділів, а також спеціалізовані армійські підрозділи щодо запобігання та боротьби з результатами застосування біологічної зброї як зброї масового ураження.
ПСЕВДОМЕМБРАНОЗНИЙ КОЛІТ. ЧИ Є НЕБЕЗПЕКА ДЛЯ ВАГІТНИХ?
Authors: Копча В. С. , Шпікула Н. Г.
Published: June 2024

Псевдомембранозний коліт (ПМК) – це захворювання, спричинене Clostridium difficile, яке переважно уражає нижні відділи травного каналу. Основними факторами ризику є прийом антибіотиків, похилий вік і тривала госпіталізація.
Патогенез хвороби остаточно не вивчений. Найчастіше клінічна картина проявляється типовими симптомами – діареєю, болем у нижніх квадрантах живота, гарячкою. Для підтвердження діагнозу необхідні лабораторна ідентифікація токсину C. difficile у зразку калу та/або виявлення псевдомембран під час ендоскопії.
На сьогодні доступне консервативне лікування, однак може виникнути багато ускладнень, а в найтяжчих випадках може бути необхідним хірургічне втручання. Сучасні технології ще не в змозі допомогти усім хворим, оскільки не рідкісні рефрактерні й рецидивні форми недуги.
Особливо складною може бути інфекція C. difficile (CDI) у вагітних, оскільки в такому разі вона становить серйозну небезпеку для здоров’я матері й дитини.
ОСОБЛИВОСТІ ДИНАМІКИ ЗДОРОВ’Я СТУДЕНТІВ-МЕДИКІВ У ХОДІ НАВЧАННЯ В ПЕРІОД COVID-19 ТА ВОЄННОГО СТАНУ
Authors: Новосад А. І. , Гудима А. А.
Published: June 2024

Мета: встановити особливості динаміки здоров’я студентів-медиків у ході навчання в період COVID-19 та воєнного стану.
Матеріали і методи. Серед студентів медичного факультету VI року навчання випадковим методом було відібрано 130 дівчат і 70 юнаків (вступ 2018 р.). На основі анонімного інтерв’ю встановили суб’єктивну оцінку власного здоров’я. За звітами медичного пункту університету провели оцінку захворюваності студентів різної статі за І–VI роки навчання. Одночасно студентам ставили питання стосовно їхнього способу життя.
Результати. Протягом періоду навчання студенти відзначають погіршення рівня здоров’я. Сумарна річна кількість днів непрацездатності наростала з 1 до 5 року навчання. Юнаки і дівчата протягом навчання в університеті відмічали зниження фізичної активності. Частка юнаків, у кого фізична активність протягом шестирічного навчання зменшилась, була суттєво більшою, ніж у дівчат. Одночасно серед юнаків збільшилася частка тих, у кого зросла протягом навчання маса тіла і була удвічі більшою, ніж серед дівчат. Крім цього, частка юнаків, які курять, приблизно на 25 % більша, ніж серед дівчат. Тривалість роботи з ґаджетами та тривалість перебування на свіжому повітрі серед юнаків і дівчат були практично однаковими, хоча в юнаків відмітили тенденцію до збільшення частки тих, хто проводить біля екрана ґаджета 9 і більше годин і частіше тратить його на комп’ютерні ігри.
Висновки. Протягом шестирічного навчання в університеті рівень здоров’я студентів різної статі знижується. Спільним чинником, який однаково погіршується в юнаків і дівчат протягом періоду навчання, є зниження фізичної активності. Характерними особливостями студентів-юнаків порівняно з дівчатами є збільшення частки тих, у кого в ході навчання в університеті зросла маса тіла. Серед юнаків є більше тих, хто курить та триваліше працює з ґаджетами.
АНАЛІЗ ТЕНДЕНЦІЙ ЩОДО СТОМАТОЛОГІЧНОГО СТАНУ ДІТЕЙ: ЧИННИКИ ВПЛИВУ ТА ЗАХОДИ ДЛЯ ПОКРАЩЕННЯ (ЗА РЕЗУЛЬТАТАМИ ОПИТУВАННЯ КЛЮЧОВИХ РЕСПОНДЕНТІВ)
Authors: Крячкова Л. В. , Коробко М. Ю.
Published: June 2024

Мета: на підставі опитування ключових респондентів визначити тенденції щодо стану і змін стоматологічного здоров’я дитячого населення, чинників, що на нього впливають, та з’ясувати пропозиції щодо його покращення.
Матеріали і методи. За самостійно розробленою анкетою було проведено опитування 62-х ключових респондентів – фахівців, які мали достатній рівень інформованості стосовно питання, що вивчалося. При оцінці чинників, які впливають на стоматологічне здоров’я дітей, було використано перелік факторів, що застосовується експертами ВООЗ.
Статистична обробка даних включала застосування стандартних методів описової й аналітичної статистики, ранговий кореляційний і факторний аналізи.
Результати. Опитані респонденти визначили незадовільний сучасний стан та тенденцію до погіршення стоматологічного здоров’я дітей. При цьому звернення по лікувальну стоматологічну допомогу збільшилися, тоді як по профілактичну – переважно зменшилися.
Було визначено п’ять ключових груп детермінант, що впливають на стоматологічне здоров’я дитячого населення в сучасних умовах та на 75,1 % формують його. Це медико-біологічні характеристики дитини, характеристики родини та спосіб її життя, охорона стоматологічного здоров’я, соціально-економічні детермінанти та екологічні чинники. Комплексний характер впливу різноманітних чинників на стоматологічне громадське здоров’я дітей вимагає інтегрального підходу до їх модифікації. Найбільш пріоритетним напрямом взаємодії було визначено інтеграцію зусиль між родиною, сімейними лікарями та лікарями-стоматологами при наявності недостатньо реалізованих напрямів сполучення зусиль родин і стоматологічних закладів з освітніми закладами, первинною медичною допомогою та закладами з громадського здоров’я.
Висновки. Отримані результати свідчать про недостатню увагу до стану стоматологічного здоров’я дитячого населення з боку самого населення, системи стоматологічної допомоги і сектора громадського здоров’я. При розробці заходів для зміцнення стоматологічного здоров’я дитячого населення потрібно врахувати необхідність поліпшення взаємодії між родиною, сімейними лікарями, лікарями-стоматологами, закладами охорони здоров’я, закладами освіти та громадського здоров’я.
ФАКТОРИ РИЗИКУ РОЗВИТКУ РОЗЛАДІВ ЗОРОВИХ ФУНКЦІЙ У ДИТЯЧОМУ ВІЦІ
Authors: Денисюк Л. І. , Медведовська Н. В.
Published: June 2024

Мета: вивчення сучасних факторів ризику розвитку розладів зорових функцій у дитячому віці, їх медико-соціальних аспектів із погляду формування тягаря офтальмологічної патології як підґрунтя для активізації медико-профілактичних технологій попередження зорових втрат у передшкільному та шкільному віці.
Матеріали і методи. Матеріалами для дослідження слугували публікації результатів сучасних наукових досліджень щодо вивчення медико-соціальних аспектів збереження офтальмологічного здоров’я дітей, результатів вивчення особливостей формування факторів ризику розвитку офтальмологічної патології в дитячому віці. Методами для проведення наукового дослідження стали: системний підхід та системний аналіз, а також контент-аналіз.
Результати дослідження дозволили зупинитися на сучасних факторах ризику формування офтальмологічної патології в дітей. Доведено, що дотримання оптимальної періодичності медико-профілактичних обстежень є необхідним для більшості офтальмологічних нозологій, діагностованих із дитинства, та передбачає тривалий нагляд. У дітей дошкільного, передшкільного та раннього шкільного віку обґрунтованими є зусилля з ранньої профілактики, діагностики таких офтальмологічних нозологій, як: аномалії рефракції (астигматизм, гіперметропія, міопія); косоокість та амбліопія; розлади акомодації; недостатність конвергенції.
Висновки. Важливе медико-соціальне значення розладів зорових функцій у дитячому віці підкреслює доцільність застосування заходів із нівелювання керованих факторів ризику їх на тлі міжсекторальної взаємодії медиків, освітян, самої дитини та її родини. Такий підхід дозволяє попередити негативний вплив офтальмологічної патології на успішність у навчанні, активізувати фізичний розвиток, сприяти гармонійності розвитку особистості.