Μοριακή επιδημιολογία ενδονοσοκομειακών λοιμώξεων σε τριτοβάθμιο νοσοκομείο
Authors: Καραμπατάκης Θεόδωρος 
Published: September 2021

Τα ανθεκτικά στις καρβαπενέμες Gram (-) βακτήρια (carbapenem-resistant Gram negative bacteria, CRGNB) είναι ενδημικά στην Ελλάδα. Από αυτά, η ανθεκτική στις καρβαπενέμες Klebsiella pneumoniae (carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae, CRKP), η ανθεκτική στις καρβαπενέμες Pseudomonas aeruginosa (carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa, CRPA) και το ανθεκτικό στις καρβαπενέμες Acinetobacter baumannii (carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii, CRAB) είναι τα πιο σημαντικά, καθώς επηρεάζουν δυσμενώς την έκβαση και τη διάρκεια νοσηλείας κυρίως των βαρέως πάσχοντων και ανοσοκατεσταλμένων ασθενών. Η εφαρμογή μέτρων περιορισμού των CRGNB λοιμώξεων (infection control measures, ICM), καθώς και εντατικοποιημένων ICM (enhanced ICM, EICM), σε συνδυασμό με τη γνώση της μοριακής επιδημιολογίας των CRGNB, μπορεί να περιορίσει τη διασπορά τους στο νοσοκομειακό περιβάλλον. Σκοπός της παρούσας διατριβής ήταν η μελέτη της μοριακής επιδημιολογίας στελεχών CRKP, CRPA και CRAB, η μελέτη της επίδρασης των ICM και EICM στον περιορισμό της εξάπλωσής τους, και η ανίχνευση παραγόντων κινδύνου εμφάνισης CRGNB στη Χειρουργική Κλινική Μεταμοσχεύσεων (ΧΚΜ), τη Μονάδα Ενατικής Θεραπείας (ΜΕΘ) και τη ΜΕΘ Παίδων (ΜΕΘ Π/Δ) του Ιπποκρατείου νοσοκομείου Θεσσαλονίκης. Υλικό και μέθοδοι: Στη μελέτη της ΧΚΜ συμπεριλήφθηκαν συνολικά 209 ασθενείς (126 άνδρες-83 γυναίκες) ηλικίας 6-78 ετών (διάμεση ηλικία 52 έτη), οι οποίοι νοσηλεύθηκαν στην κλινική κατά τη χρονική περίοδο Μάρτιος 2012-Αύγουστος 2013. Όσον αφορά τη ΜΕΘ, συμπεριλήφθηκαν συνολικά 300 ασθενείς (202 άνδρες-98 γυναίκες) ηλικίας 15-95 ετών (διάμεση ηλικία 58 έτη), οι οποίοι νοσηλεύθηκαν στη μονάδα κατά τη χρονική περίοδο Αύγουστος 2012-Νοέμβριος 2014. Τέλος, από τη ΜΕΘ Π/Δ επιλέχθηκαν συνολικά 130 ασθενείς (70 αγόρια-60 κορίτσια) ηλικίας 0,1-14 ετών (διάμεση ηλικία 3 έτη), οι οποίοι νοσηλεύθηκαν κατά τη χρονική περίοδο Ιανουάριος 2013-Νοέμβριος 2015. Σε κάθε κλινική η μελέτη περιλάμβανε αναδρομική και προοπτική περίοδο. Η προοπτική περίοδος περιλάμβανε πρόγραμμα ενεργητικής επιτήρησης (active surveillance program, ASP) των λοιμώξεων, με εβδομαδιαία λήψη δειγμάτων ορθού για έλεγχο αποικισμού από CRGNB. Κατά τη διάρκεια του ASP εφαρμόστηκαν ICM (1η υποπερίοδος) και EICM (2η υποπερίοδος) ενώ καταγράφονταν και η συμμόρφωση του προσωπικού. Έγινε υπολογισμός της εβδομαδιαίας επίπτωσης, του επιπολασμού και της πίεσης αποικισμού στο ορθό. Σε όλη τη διάρκεια της μελέτης υπολογίστηκαν τα ποσοστά αντοχής στις καρβαπενέμες και η επίπτωση των λοιμώξεων ως αριθμός/1000 ημέρες νοσηλείας (infections/1000 bed days, IBD) για τα CRKP, CRPA και CRAB. Επίσης, υπολογίστηκε ο κεντρικός μέσος όρος (centered moving average, CMA) του προπορευόμενου κινούμενου μέσου όρου σε 4-εβδομαδιαία και 4-μηνιαία βάση. Η ταυτοποίηση και δοκιμασία ευαισθησίας στα αντιμικροβιακά έγινε με το αυτοματοποιημένο σύστημα VITEK 2. Τα στελέχη CRKP, CRPA και CRAB ελέγχθηκαν με φαινοτυπικές και μοριακές μεθόδους για την παραγωγή διαφόρων β-λακταμασών και καρβαπενεμασών. Ο έλεγχος της γενετικής συγγένειας των στελεχών έγινε με ηλεκτροφόρηση σε παλλόμενο πεδίο (pulsed-field gel electrophoresis, PFGE). Αποτελέσματα: Στη ΧΚΜ επικράτησαν τα στελέχη CRKP, με τον CMA των CRKP λοιμώξεων να αυξάνεται (p<0,001). Αντίθετα, ο CMA των CRAB λοιμώξεων ελαττώθηκε (p=0,028). Κατά τη 2η υποπερίοδο του ASP παρατηρήθηκε αύξηση του CMA του επιπολασμού και της πίεσης αποικισμού (p<0,001) πιθανώς λόγω μεγάλης εισαγωγής ασθενών από τη ΜΕΘ. Ωστόσο, η τάση της επίπτωσης παρέμεινε αμετάβλητη. Η συμμόρφωση του προσωπικού με τις προφυλάξεις επαφής βελτιώθηκε μεταξύ 1ης και 2ης υποπεριόδου του ASP, τόσο για τους ιατρούς (p=0,045) όσο και για το νοσηλευτικό προσωπικό (p=0,041). Η εμφάνιση CRGNB συσχετίστηκε με την ηλικία, την προηγούμενη νοσηλεία στη ΜΕΘ, τον αριθμό εισαγωγών και τη μεταμόσχευση ήπατος. Τα στελέχη K. pneumoniae που παρήγαγαν Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC) (KPC-producing Klebsiella pneumoniae, KPKP) κατατάχθηκαν στην πλειοψηφία τους σε έναν κλώνο, όπως σε έναν κλώνο κατατάχθηκαν και τα στελέχη που παρήγαγαν VIM (VIM-producing Klebsiella pneumoniae, VPKP). Τα στελέχη CRPA με παραγωγή VIM κατατάχθηκαν σε πολλαπλούς κλώνους, ενώ απομονώθηκε για πρώτη φορά στέλεχος CRPA με παραγωγή KPC. Στα CRAB κυριάρχησαν αυτά που παρήγαγαν την καρβαπενεμάση OXA-23-like και παρουσίασαν κλωνική διασπορά. Στη ΜΕΘ, ο CMA των CRKP και CRPA λοιμώξεων ελαττώθηκε (p=0,001 και p=0,043, αντίστοιχα), ενώ για τα CRAB αυξήθηκε (p<0,001). Αντίστοιχη μεταβολή παρουσίασαν και τα ποσοστά αντοχής στις καρβαπενέμες. Στο σύνολο της μελέτης ο CMA του επιπολασμού μειώθηκε (p=0,043), ενώ κατά τη 2η υποπερίοδο του ASP η επίπτωση, ο επιπολασμός και η πίεση αποικισμού μειώθηκαν (p<0,001). Η συμμόρφωση με τις προφυλάξεις επαφής βελτιώθηκε για το ιατρικό και νοσηλευτικό προσωπικό (p=0,009 και p=0,001, αντίστοιχα), όπως και η συμμόρφωση με την υγιεινή των χεριών πριν από καθαρό ή άσηπτο χειρισμό (p=0,027 και p=0,034, αντίστοιχα). Η ύπαρξη κεντρικού φλεβικού καθετήρα (central venous catheter, CVC), η κρανιοεγκεφαλική κάκωση και η χρήση πιπερακιλλίνης-ταζομπακτάμης αναδείχθηκαν ως ανεξάρτητοι παράγοντες κινδύνου εμφάνισης CRGNB. Τα στελέχη KPKP παρουσίασαν κλωνική διασπορά όπως και τα στελέχη VPKP. Στελέχη CRKP με παραγωγή OXA-48-like κατατάχθηκαν σε πολλαπλούς κλώνους. Πολυκλωνική κατανομή παρουσίασαν επίσης τα στελέχη CRPA και τα στελέχη CRAB με παραγωγή OXA-23-like. Για πρώτη φορά απομονώθηκε στην Ελλάδα στέλεχος CRPA με ταυτόχρονη παραγωγή KPC και VIM.Στη ΜΕΘ Π/Δ επικράτησαν τα στελέχη CRAB. Ο CMA των CRKP λοιμώξεων μειώθηκε (p=0,046), ενώ των CRPA λοιμώξεων αυξήθηκε (p<0,001). Ο CMA της επίπτωσης, του επιπολασμού και της πίεσης αποικισμού μειώθηκε στο σύνολο της μελέτης (p=0,029, p=0,006 και p=0,015, αντίστοιχα) με μεγαλύτερη τάση μείωσης κατά τη 2η υποπερίοδο του ASP. Η συμμόρφωση με την υγιεινή των χεριών μεταξύ 1ης και 2ης υποπεριόδου του ASP, βελτιώθηκε για το ιατρικό και νοσηλευτικό προσωπικό πριν (p=0,032 και p=0,041, αντίστοιχα) και μετά την επαφή με τον ασθενή (p=0,011 και p=0,007, αντίστοιχα). Η ύπαρξη CVC αναδείχθηκε ως ανεξάρτητος παράγοντας εμφάνισης CRGNB. Τα KPKP εμφάνισαν κλωνική διασπορά, ενώ τα CRPA που μελετήθηκαν στην πλειοψηφία τους δεν παρήγαγαν κάποια καρβαπενεμάση και κατατάχθηκαν σε πολλαπλούς κλώνους. Τα διπλά θετικά OXA-23-like και OXA-58-like επικράτησαν, κατατασσόμενα σε δύο κλώνους. Στο σύνολο των τριών κλινικών, η πλειοψηφία των KPKP κατατάχθηκε στον κυρίαρχο «ελληνικό υπερεπιδημικό κλώνο», όπως και τα VPKP που εμφάνισαν κλωνική διασπορά. Τα CRPA με παραγωγή VIM ταξινομήθηκαν σε πολλαπλούς κλώνους. Τα CRAB με παραγωγή OXA-23-like κυριάρχησαν έναντι των ΟΧΑ-58-like, και ταξινομήθηκαν σε τρεις βασικούς κλώνους. Συμπεράσματα: Η παρούσα μελέτη έδειξε ότι ο έλεγχος της εξάπλωσης των CRKP, CRPA και CRAB σε ένα ενδημικό περιβάλλον, μπορεί να επιτευχθεί κατά περίπτωση. Η γνώση και η μελέτη της μοριακής επιδημιολογίας των στελεχών αυτών στο νοσοκομειακό περιβάλλον σε συνδυασμό με την εφαρμογή στοχευμένων EICM μπορεί να φέρει μεσομακροπρόθεσμο αποτέλεσμα στην ελάττωση της επίπτωσης των CRGNB. Τα αποτελέσματα αυτά μπορεί να αποτελέσουν βάση για μελλοντικές έρευνες της μοριακής επιδημιολογίας των CRGNB.