Microbiota do queijo Minas Frescal: diversidade bacteriana e resistência aos antimicrobianos
Authors:   , Macedo Ana Caroline Lopes de Paula 
Published: December 2024

A microbiota dos queijos é bastante diversificada e sua caracterização pode fornecer informações relevantes sobre qualidade microbiológica e questões sanitárias. Investigações sobre o papel dos queijos como reservatório de bactérias resistentes aos antimicrobianos tem suscitado preocupações, à medida que o fenômeno da resistência ganha visibilidade na abordagem de Saúde Única. Considerando a relevância econômica e cultural do Queijo Minas Frescal (QMF), o objetivo deste estudo foi elucidar a identidade de populações bacterianas dominantes em sua microbiota através do sequenciamento de alto rendimento, e investigar o envolvimento do QMF na ecologia da resistência aos antimicrobianos. Para o sequenciamento da microbiota, o fluxo de trabalho consistiu no processamento das amostras, extração de DNA, preparação da biblioteca de amplicon 16S rRNA, sequenciamento na plataforma Illumina MiSeq e análise de dados utilizando ferramentas de bioinformática. Além disso, os padrões de suscetibilidade bacteriana aos antimicrobianos foram avaliados para bastonetes Gram-negativos isolados de amostras de QMF em Ágar MacConkey. A extração de DNA e pesquisa de integron de classe 1 por técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) foi realizada para os isolados que apresentaram resistência a algum dos antimicrobianos testados. Três bastonetes Gram-negativos não fermentadores de glicose (BGNNF) foram selecionados para o sequenciamento completo do genoma, baseando-se na relevância do fenótipo de resistência apresentado e na presença de integrons de classe 1. Primeiramente, através do sequenciamento da microbiota do QMF, observou-se que os queijos foram agrupados em marcas, exibindo perfis bacterianos únicos que variaram em diversidade e abundância de táxons. O filo Proteobacteria foi dominante em todas as amostras, correspondendo a uma média de 88,7% de todas as sequências. Grupos de bactérias associados a baixa qualidade sanitária como Pseudomonas, Acinetobacter e Vibrio foram frequentes na maioria das marcas. A microbiota central comum (core) compartilhado por 100% das amostras apresentou predominância de enterobactérias. Um total de 217 bastonetes Gram negativos foram recuperados por cultura seletiva das amostras de QMF. O perfil de susceptibilidade dos isolados recuperados demonstrou que, entre as enterobactérias, 37% foram resistentes à ampicilina, 10% a cefoxitina e 16% a amoxicilina. Entre os BGNNF, 76% foram resistentes a ampicilina, 71% ao sulfazotrim e 6% a ceftazidima. O gene para integron de classe 1 foi detectado em três isolados BGNNF resistentes a ampicilina e sulfazotrim, dos quais dois pertenciam a mesma linhagem. Os isolados selecionados para o sequenciamento completo de genoma foram identificados como Acinetobacter ursingii, Pseudomonas juntendi e Pseudomonas spp. Análises preliminares dos genomas revelaram a presença de genes associados a expressão de bombas de efluxo e resistência aos aminoglicosídeos. Em geral, os dados relatados apontam para uma preocupação quanto à ocorrência de patógenos oportunistas em QMF, os quais podem atuar como hospedeiros de genes de resistência aos antimicrobianos, configurando um risco adicional para os consumidores.