bluuebunny/crossref_metadata_2025 huggingface dataset:
Η σχέση του κλίματος παρακίνησης και της κοινωνικής συμπεριφοράς στον παιδικό αθλητισμό και την φυσική αγωγή
Authors: Κεραμίδας Παναγιώτης
Published: September 2021

Η Φυσική Αγωγή και ο παιδικός αθλητισμός έχουν τη δυνατότητα να συνεισφέρουν στην θετική ανάπτυξη των παιδιών και των εφήβων με την προϋπόθεση να πληρούν ορισμένα χαρακτηριστικά. Η υπάρχουσα ερευνητική βιβλιογραφία έχει δείξει ότι ενα από αυτά είναι η δημιουργία ενός κλίματος παρακίνησης το οποίο θα προωθεί τα εσωτερικά κίνητρα και τους κατάλληλους στόχους επίτευξης. Μία πληθώρα ερευνών έχει δείξει ότι ένα κλίμα παρακίνησης προσανατολισμένο στον αυτό-καθορισμό και με έμφαση στη μάθηση συνδέεται με θετικά συναισθήματα, θετικές γνωστικές διεργασίες και με μεγαλύτερη συμμετοχή. Η παρούσα έρευνα εμπλουτίζει σε αυτή τη σειρά ευρημάτων τη σχέση του κλίματος παρακίνησης στον παιδικό αθλητισμό και στη φυσική αγωγή με την κοινωνική συμπεριφορά των νεαρών αθλητών και των μαθητών. Διεξήχθησαν δύο έρευνες, μία στο παιδικό ποδόσφαιρο και μία στη σχολική φυσική αγωγή. Για την εξέταση του κλίματος παρακίνησης χρησιμοποιήθηκε η ελληνική εκδοχή του ερωτηματολογίου του Κλίματος Ενδυνάμωσης Ομάδας στο Ποδόσφαιρο (Appleton, Ntoumanis, Quested, & Duda, 2011), το οποίο, με βάση τη Θεωρία του Αυτό-καθορισμού ((Deci & Ryan, 2000) και τη θεωρία των Στόχων Επίτευξης (Nicholls, 1989) αξιολογεί δύο παράγοντες: το Ενδυναμωτικό Κλίμα Ομάδας και το Αποδυναμωτικό Κλίμα Ομάδας. Για την μέτρηση της κοινωνικής συμπεριφοράς των νεαρών αθλητών και μαθητών χρησιμοποιήθηκε η εκδοχή αυτό-αναφορών της κλίμακας Πολλαπλής Πηγής Αξιολόγηση της Κοινωνικής Ικανότητας των Παιδιών (ΠΠΑΚΙ, Magotsiou, Goudas, & Hassandra, 2006). H κλίμακα αυτή αξιολογεί 2 παράγοντες θετικής κοινωνικής συμπεριφοράς (Συνεργατικές Δεξιότητες, Ενσυναίσθηση) και 2 παράγοντες αρνητικής κοινωνικής συμπεριφοράς (Οξυθυμία και Πρόκληση Αναστάτωσης).Η έρευνα στο παιδικό ποδόσφαιρο έγινε στο πλαίσιο του προγράμματoς Promoting Adolescents’ Physical Activity, και συμμετείχαν 266 νεαροί αθλητές, ηλικίας 10 έως 14 ετών από 9 ακαδημίες ποδοσφαίρου. Στην έρευνα στη Φυσική Αγωγή συμμετείχαν 143 μαθητές και μαθήτριες της 6ης τάξης από 10 δημοτικά σχολεία. Και τις δύο έρευνες, η ανάλυση κανονικής συσχέτισης έδειξε ότι το Ενδυναμωτικό Κλίμα Ομάδας σχετιζόταν θετικά με τις Συνεργατικές Δεξιότητες και την Ενσυναίσθηση, ενώ το Αποδυναμωτικό Κλίμα Ομάδας συνδεόταν θετικά με την Οξυθυμία και την Πρόκληση Αναστάτωσης.Με βάση τα αποτελέσματα το γενικό συμπέρασμα της εργασίας αυτής, είναι ότι το κλίμα παρακίνησης, που δημιουργούν οι προπονητές και οι καθηγητές Φυσικής Αγωγής συνδέεται σημαντικά με την κοινωνική συμπεριφορά των μαθητών/τριων και των νεαρών αθλητών. Όταν οι εκπαιδευτικοί Φυσικής Αγωγής και οι προπονητές δημιουργούν ένα κλίμα παρακίνησης που προωθεί τον αυτό-καθορισμό και την έμφαση στην προσωπική βελτίωση, τότε διευκολύνουν την επίδειξη θετικής συμπεριφοράς από τους μαθητές και τους νεαρούς αθλητές.
Η επίδραση της αντιοξειδωτικής προστασίας στον πνεύμονα σε πειραματικό μοντέλο χοίρου αιμορραγικής καταπληξίας
Authors: Μάνη Αλεξάνδρα
Published: September 2021

Η αιμορραγική καταπληξία σχετίζεται με σημαντική θνητότητα και θνησιμότητα, μιας και η οξεία και βαριά υπογκαιμία και αναιμία οδηγούν σε ανεπαρκή αιμάτωση και οξυγόνωση ζωτικών οργάνων. Η κυτταρική βλάβη και η ενεργοποίηση συστηματικής φλεγμονώδους αντίδρασης, που προκαλούνται, σχετίζονται με την έκλυση παθολογικά ενεργών ουσιών, όπως οι κυτοκίνες και δραστικές μορφές οξυγόνου. Η δημιουργία ελεύθερων ριζών κατά την αιμορραγική καταπληξία αυξάνει το οξειδωτικό στρες και καταλήγει στην εκδήλωση ανεπάρκειας πολλαπλών οργάνων. Σκοπός της παρούσας ερευνητικής πειραματικής μελέτης ήταν να εκτιμηθεί κατά πόσο η συστηματική μαζική αιμορραγία μπορεί να προκαλέσει οξεία πνευμονική βλάβη και να διερευνηθεί η πιθανή προστατευτική δράση των αντιοξειδωτικών παραγόντων Ν-ακετυλοκυστεῒνης (NAC) και δεσφεροξαμίνης (DFX) στην προκληθείσα βλάβη σε πειραματικό μοντέλο. Είκοσι ένας χοίροι κατανεμήθηκαν τυχαία στις εξής ομάδες σύμφωνα με το ερευνητικό πρωτόκολλο: Ομάδα Α - Ελέγχου (Ν=5), Ομάδα Β- αιμορραγική καταπληξία και αναπλήρωση υγρών (Ν=8) και Ομάδα C- αιμορραγική καταπληξία, αναπλήρωση υγρών και χορήγηση των αντιοξειδωτικών παραγόντων NAC και DFX (Ν=8). Τα πειραματόζωα των ομάδων B και C υποβλήθηκαν σε ηπατεκτομή για πρόκληση αιμορραγικής καταπληξίας, όπου παρέμεναν για 40 λεπτά χωρίς καμία παρέμβαση και στη συνέχεια ακολουθούσε ανάνηψη για 60 λεπτά με ενδοφλέβια χορήγηση κρυσταλλοειδών (35ml/kg) και κολλοειδών διαλυμάτων (18ml/kg) με στόχο την επάνοδο των τιμών της μέσης αρτηριακής πίεσης (ΜΑΠ) στις προ της αιμορραγίας τιμές ±10%. Κατά την διάρκεια της καταπληξίας η μέση αρτηριακή πίεση διατηρούνταν στα 30-40 mmHg. Στην ομάδα C χορηγούνταν επιπλέον NAC 200mg/kg και DFX 2g ενδοφλεβίως. Μετρήθηκαν στον πνευμονικό ιστό οι δραστικές μορφές του θειοβαρβιτουρικού οξέος (TBARS), η περιεκτικότητα πρωτεϊνικών καρβονυλίων και η δραστηριότητα της υπεροξειδάσης της γλουταθειόνης (GPx). Επίσης διενεργήθηκε και ιστολογική εξέταση του πνευμονικού ιστού.Από τις μετρήσεις προέκυψε ότι τα επίπεδα των TBARS και η περιεκτικότητα πρωτεϊνικών καρβονυλίων στην ομάδα Β ήταν ψηλότερα σε σύγκριση με την ομάδα Α και C, ενώ η δραστηριότητα της GPx δεν παρουσίασε αξιόλογη μεταβολή ανάμεσα στις τρεις ομάδες. Η ιστοπαθολογική εικόνα του πνεύμονα ήταν βελτιωμένη στην ομάδα C σε σύγκριση με την ομάδα Β και παρουσίαζε μείωση στην κυψελιδική σύγκλειση, στο οίδημα του διάμεσου ιστού και στην φλεγμονώδη διήθηση.Συμπερασματικά, η ενδοφλέβια χορήγηση NAC σε συνδυασμό με DFX απέτρεψε την αύξηση των οξειδωτικών δεικτών και την βλάβη των πρωτεϊνών στον πνεύμονα μετά από αιμορραγική καταπληξία και παρουσίασε ευεργετικά αποτελέσματα στην ιστοπαθολογική εικόνα. Ο συνδυασμός NAC/DFX μπορεί να χορηγηθεί ως ενίσχυση στην πολύπλοκη θεραπεία της αιμορραγικής καταπληξίας, επειδή αποτρέπει σημαντικά την βλάβη στον πνεύμονα που προκαλείται από τις ελεύθερες ρίζες.
Μοριακή μελέτη του οικογενούς μεσογειακού πυρετού επί των Ελλήνων
Authors: Κάντα Αλεξάνδρα
Published: September 2021

Ο Οικογενής Μεσογειακός Πυρετός (ΟΜΠ) είναι κληρονομούμενηδιαταραχή που χαρακτηρίζεται από υποτροπιάζοντα επεισόδια πυρε-τού και φλεγμονωδών εκδηλώσεων. Από τις μεταλλάξεις του γονιδίουMEFV που έχουν συνδεθεί με τη νόσο οι Μ694V, M694I, V726A, M680I,και E148Q αποτελούν τις συχνότερα απαντώμενες.Στην παρούσα εργασία, μελετήθηκαν τα κλινικά και γενετικά χαρα-κτηριστικά 87 ασθενών ελληνικής καταγωγής. Η συχνότητα των 5 ση-μαντικότερων μεταλλάξεων του MEFV εξετάσθηκαν σε πληθυσμιακήομάδα 165 υγιών εθελοντών ελληνικής καταγωγής, προκειμένου να υπο-λογισθεί η συχνότητα τους στον γενικό πληθυσμό.Σε ποσοστό 91% των ασθενών ανιχνεύθηκε τουλάχιστον μια μετάλ-λαξη του MEFV ενώ στο 9,2% δεν ανευρέθηκε καμία από τις 13 εξετα-σθείσες μεταλλάξεις. Απ’ αυτές συχνότερα απαντώμενη ήταν η μετάλ-λαξη M694V που ανιχνεύθηκε στο 30,5% των χρωμοσωμάτων των ασθε-νών, ακολουθούμενη από τις E148Q (19%) και την M694I (10,9%). Οι συ-χνότητες των μεταλλάξεων διέφεραν ανάλογα με τη γεωγραφική προ-έλευση των πασχόντων. Σε ποσοστό 72% των οικογενειών τουλάχιστονο ένας από τους δύο γονείς προέρχονταν από τη Ρόδο, την Κρήτη ή ήτανΈλληνας πρόσφυγας από τον Πόντο την Κων/πολη ή τη Μ. Ασία. Κατά τη γενετική ανάλυση διαπιστώθηκαν επίσης 3 σύνθετα αλληλόμορφαπου περιγράφονται για πρώτη φορά σε ασθενείς ελληνικής καταγωγής.Η βαρύτητα της νόσου βρέθηκε να συνδέεται με την παρουσία μετάλλα-ξης στη θέση 694 της κωδικοποιούμενης πρωτεΐνης (πυρίνη) χωρίς κά-ποια επιπλέον συσχέτιση μεταξύ των κλινικών εκδηλώσεων των ασθε-νών και του γονότυπου.Κατά τη μελέτη των υγιών εθελοντών συχνότερα απαντώμενη με-τάλλαξη ήταν η V726Α (0,012) ακολουθούμενη από την Ε148Q (0,009) καιτην Μ694V με (0,003). Συνολικά μεταλλάξεις του MEFV ανευρέθησανσε 2,4% των εξετασθέντων χρωμοσωμάτων. Η αναντιστοιχία μεταξύτων ευρημάτων της πληθυσμιακής μελέτης και της συχνότητας των με-ταλλάξεων του MEFV στην ομάδα των ασθενών ερμηνεύεται από τηνατελή διεισδυτικότητα, όπως έχει διαπιστωθεί και σε άλλες μελέτες.Οι ασθενείς τέθηκαν σε προφυλακτική αγωγή των κρίσεων με κολ-χικίνη με ικανοποιητικά αποτελέσματα. Πλήρης ή μερική ύφεση της νό-σου διαπιστώθηκε στο 94% των ασθενών.Οι μεταλλάξεις του MEFV που διαπιστώθηκαν στους έλληνες ασθε-νείς ήσαν ανάλογες με αυτές των λαών της Ανατολικής Μεσογείου καιη κλινική συμπτωματολογία των ελλήνων ασθενών παρόμοια με αυτήπου παρουσιάζουν οι ασθενείς άλλων πληθυσμιακών ομάδων. Η γεω-γραφική διασπορά και η προέλευση των οικογενειών των πασχόντωνυποδεικνύουν ότι η νόσος είναι ”εισαγόμενη”, καθώς οι μεταλλάξειςαναπτύχθηκαν σε άλλους πληθυσμούς και διαδόθησαν σαν αποτέλε-σμα των μεταναστεύσεων. Ενώ η νόσος είναι σπάνια στον ελληνικόπληθυσμό, θα πρέπει να λαμβάνεται υπόψιν κατά την κλινική διαγνω-στική πράξη.
Συσχέτιση της εγκεφαλικής βλάβης κατά την ενδαρτηρεκτομή της έσω καρωτίδας με την ποιότητα της αθηρωματικής πλάκας και την εγχειρητική τεχνική
Authors: Μπέσιας Νικόλαος
Published: September 2021

Σκοπός: Σκοπός της μελέτης μας είναι να διερευνήσουμε την επίπτωση νέων ισχαιμικών εγκεφαλικών βλαβών μετά από ενδαρτηρεκτομή καρωτίδας καθώς και τη συσχέτισή τους με την ηχοδομή της καρωτιδικής πλάκας και την εγχειρητική τεχνική.Ασθενείς-Μέθοδος: 105 ασθενείς (81 άνδρες, μέση ηλικία 69.5±8 έτη) συμμετείχαν στη μελέτη. Η ηχοδομή της καρωτιδικής πλάκας εκτιμήθηκε με υπολογισμό του gray scale median (GSM) score. Μαγνητική τομογραφία εγκεφάλου DW-MRI πραγματοποιήθηκε 24 ώρες πριν και 48-72 ώρες μετά την ενδαρτηρεκτομή καρωτίδας.Αποτελέσματα: Η επίπτωση ΑΕΕ και η θνητότητα στις 30 ημέρες ήταν 0,95% (1/105 ασθενείς). Το GSM score ήταν 31.8 +/- 16 στους συμπτωματικούς ασθενείς και 33.6 +/- 18 στους ασυμπτωματικούς ασθενείς (P =.931). Οι ασθενείς χωρίσθηκαν σε δύο ομάδες: GSM ≤25 (44 ασθενείς) and GSM >26 (61 ασθενείς). Νέες βλάβες εντοπίσθηκαν σε 8 ασθενείς (7.6%), 5 εντός και 3 εκτός της περιοχής άρδευσης της χειρουργηθείσας καρωτίδας. Δεν υπήρχε διαφορά στη συχνότητα εμφάνισης νέων βλαβών στις δύο ομάδες (GSM≤25: 4 ασθενείς με νέες βλάβες, GSM>25: 4 ασθενείς με νέες βλάβες, P = .629).Συμπέρασμα: Νέες βλάβες στη DW-MRI εντοπίσθηκαν σε 7,6% των ασθενών μετά από ενδαρτηρεκτομή καρωτίδας. Η ηχογένεια της καρωτιδικής πλάκας και η εγχειρητική τεχνική δε φαίνεται να επηρεάζουν την επίπτωσή τους.
Η βασική εκπαίδευση στην Ηλεία τον 19ο αιώνα
Authors: Γαργαλιάνος Ιωάννης
Published: September 2021

Η βασική εκπαίδευση του νομού Ηλείας, κατά το 19ο αιώνα, από την ίδρυση του ελληνικού κράτους και εξής και μέχρι, περίπου, τις αρχές του 20ού αιώνα, μελετήθηκε, μέσα από την επεξεργασία του πρωτογενούς αρχειακού υλικού, από τα Αρχεία των Δημοτικών Σχολείων του νομού. Η συγκεκριμένη μελέτη οδήγησε στην εξαγωγή ορισμένων βασικών συμπερασμάτων, γύρω από την τοπική ιστορία της εκπαίδευσης και σε άμεση συνάρτηση με την τοπική πολιτική βούληση. Επιπροσθέτως, η συνολική εκπαιδευτική κατάσταση του νομού παρουσιάστηκε, από το 1830 ως το 1905, σε σχέση και με μια σειρά από αρχές που διέπουν τη γενική ιστορία της εκπαίδευσης του ελληνικού κράτους, κατά τη διάρκεια του 19ου αιώνα. Τα συμπεράσματα που εξήχθησαν, μέσω της συσχέτισής τους με την τοπική και με την κρατική ιστορία της ελληνικής εκπαίδευσης, επιβεβαιώνουν την πρωτοτυπία της παρούσας έρευνας. Με βάση, λοιπόν, τα ανωτέρω πρωτότυπα στοιχεία, διαμορφώνεται το συμπέρασμα ότι ο νομός Ηλείας δεν παρουσίασε ιδιαίτερη ανάπτυξη στον τομέα της Παιδείας, κατά το 19ο αιώνα. Από τα αλληλοδιδακτικά σχολεία που ιδρύθηκαν, στην Πελοπόννησο, κατά την περίοδο του Καποδίστρια, ελάχιστα αναφέρονται στην περιοχή της Ηλείας. Κατά την περίοδο της βασιλείας του Όθωνα, σημειώθηκε μια μικρή βελτίωση στην περιοχή αυτή, αλλά η ίδρυση πληθώρας Δημοτικών Σχολείων παρατηρείται, κατά την περίοδο της βασιλείας του Γεωργίου του Πρώτου. Ειδικότερα, τα περισσότερα σχολεία στην Ηλεία άρχισαν να ιδρύονται, κυρίως, κατά την τελευταία δεκαετία του 19ου και τις αρχές του 20ού αιώνα.
Η γαλλική ποίηση μέσα από ποιητικές ανθολογίες
Authors: Σιδηροπούλου Αγγελικούλα
Published: September 2021

Στα πλαίσια της εν λόγω έρευνας, επιχειρείται μία όσο το δυνατόν πληρέστερη καταγραφή των ενδεικτικότερων ανθολογιών γαλλικής ποίησης που εκδόθηκαν στον ελληνόφωνο χώρο και είτε αποτελούν προϊόν μετάφρασης από υφιστάμενες γαλλικές ανθολογίες, είτε προϊόν μακρόχρονης συγκομιδής μεταφράσεων από μία πλειάδα Νεοελλήνων λογοτεχνών μας, είτε προϊόν μεταφραστικής κατάθεσης ενός ατόμου. Η περίοδος που καλύπτεται είναι από το 1913 έως το 2014.
Μέτρηση οστικής πυκνότητας και δεικτών οστικού μεταβολισμού σε άρρενες εφήβους
Authors: Παπαευθυμίου Μαρία
Published: September 2021

Τις τελευταίες δεκαετίες, παρατηρείται αυξημένη επίπτωση της οστεοπόρωσης και των καταγμάτων σε παιδιά και εφήβους. Τα κατάγματα στη διάρκεια της ανάπτυξης αποτελούν ένα κοινό αλλά παραμελημένο δημόσιο πρόβλημα υγείας, καθώς το βάρος έχει δοθεί στο να καθοριστούν και να περιοριστούν οι παράγοντες κινδύνου στη διάρκεια της ενήλικης ζωής, ενώ περιορισμένη προσοχή δίνεται στο να καθοριστούν οι παράγοντες κινδύνου για κάταγμα, που ξεκινούν στην εφηβεία. Είναι σημαντικό να μελετηθεί η οστική πυκνότητα και οι παράγοντες κινδύνου για κάταγμα σε υγιή παιδιά και εφήβους, όχι μόνο γιατί σχετίζονται με σοβαρές συνέπειες , όπως κόστος, νοσηλεία, καθυστέρηση ανάπτυξης, ώρες εκτός σχολείου και μέρες με περιορισμό της δραστηριότητας, αλλά ταυτόχρονα, επειδή η χαμηλή οστική πυκνότητα σε αυτή την ηλικιακή ομάδα αποτελεί ένδειξη διαταραγμένης οστικής υγείας και επίμονης σκελετικής ευθραυστότητας. Σκοπός της παρούσας μελέτης ήταν να καταγράψει την οστική πυκνότητα και τους δείκτες οστικού μεταβολισμού σε υγιείς άρρενες εφήβους και να εκτιμήσει πιθανές συσχετίσεις μεταξύ παραγόντων κινδύνου για κάταγμα, καθώς και την επίπτωσή τους.Στη μελέτη έλαβαν μέρος 63 άρρενες έφηβοι, 21 με ιστορικό κατάγματος και 42 υγιείς έφηβοι χωρίς ιστορικό κατάγματος. Ο κάθε έφηβος εκτιμήθηκε για τη φυσική του κατάσταση, το στάδιο εφηβείας του, το ορμονικό του προφίλ, την οστική πυκνότητα, τους δείκτες οστικού μεταβολισμού και τις διαιτητικές του συνήθειες.Παρατηρήθηκε στατιστικά σημαντική θετική συσχέτιση μεταξύ οστικής πυκνότητας και των παραμέτρων IGF-1, τεστοστερόνης και της ευκαμψίας από την εδραία θέση. Αύξηση των δεικτών CTX, tP1NP και OPG οδήγησε σε μείωση της οστικής πυκνότητας. Χαμηλά z-scores στην οστική πυκνότητα και αυξημένη τεστοστερόνη και αυξημένα επίπεδα CTX σχετίστηκαν με αυξημένο κίνδυνο κατάγματος, ενώ αυξημένα επίπεδα IGF-1, sRANKL και sRANKL/OPG αποδείχθηκαν προστατευτικά για εμφάνιση καταγμάτων.Τα ευρήματα της μελέτης μας υποδεικνύουν μια ‘προστιθέμενη αξία’ του ορμονικού προφίλ και των δεικτών οστικού μεταβολισμού στην οστική πυκνότητα, ώστε να εκτιμηθεί πληρέστερα ο καταγματικός κίνδυνος σε υγιείς άρρενες εφήβους. Κρίνεται αναγκαία η αυξημένη επαγρύπνηση της κοινωνίας σε όλα τα επίπεδα σχετικά με το πρόβλημα της οστεοπόρωσης στους άνδρες, έτσι ώστε να αυξηθούν οι ερευνητικές προσπάθειες και να προληφθούν τα κατάγματα.
Stay Home or Not? Modeling Individuals’ Decisions During the COVID-19 Pandemic
Authors: Wan Qifeng , Xu Xuanhua , Hunt Kyle , Zhuang Jun
Published: September 2021

During the COVID-19 pandemic, staying home proved to be an effective way to mitigate the spread of the virus. Stay-at-home orders and guidelines were issued by governments across the globe and were followed by a large portion of the population in the early stages of the outbreak when there was a lack of COVID-specific medical knowledge. The decision of whether to stay home came with many trade-offs, such as risking personal exposure to the virus when leaving home or facing financial and mental health burdens when remaining home. In this research, we study how individuals make strategic decisions to balance these conflicting outcomes. We present a model to study individuals’ decision making based on decision and prospect theory, and we conduct sensitivity analysis to study the fluctuations in optimal strategies when there are changes made to the model’s parameters. A Monte Carlo simulation is implemented to further study the performance of our model, and we compare our simulation results with real data that captures individuals’ stay-at-home decisions. Overall, this research models and analyzes the behaviors of individuals during the COVID-19 pandemic and can help support decision making regarding control measures and policy development when public health emergencies appear in the future.

History: This article was accepted for the Decision Analysis Special Issue on Emerging Topics in Health.

Funding: The first two authors’ efforts were supported by the National Natural Science Foundation of China [Grants 71971217 and 71671189], the Key Project of Natural Science Foundation of China [Grants 71790615 and 91846301], and the Independent Exploration of Innovation Project for Postgraduate of Central South University [Grant 2019zzts843]. The third author’s effort was partially supported by the U.S. National Science Foundation Graduate Research Fellowship Program [Grant 2043091].
Generalized Trust, External Sourcing, and Firm Performance in Economic Downturns
Authors: Vanneste Bart S. , Gulati Ranjay
Published: September 2021

Going beyond prior research that has focused on dyadic, party-specific trust, this study investigates the importance of generalized trust, which is not specific to a counterparty and originates from a broader context. We analyze how generalized trust at the regional level affects the extent to which a firm relies on external suppliers and the performance effects of doing so. Furthermore, we assess how these relationships are impacted by an economic downturn. We exploit differences in generalized trust across 145 regions in 12 European countries and use data on more than a million small- and medium-sized enterprises (SMEs) before and during the Great Financial Crisis (from 2008 to 2010). Control variables are selected via a double-selection procedure based on machine learning. We find that firms in high generalized trust regions, compared with those in low generalized trust regions, source more externally (but do not reduce external sourcing less in an economic downturn) and benefit more from external sourcing during an economic downturn.
Diversity and Molecular Characterization of Endophytic fungi associated with Leaves of Acacianilotica
Authors: Shaikh Jawed , Khan Ashfaque Mehboob , Baig Mirza Mushtaq Vaseem
Published: September 2021

Fungal endophytesare colonized in different part of the plants and play important role in survival of plants in stressful habitat. In search of potential endophytic fungito produce bioactive metabolites inthis study we investigate thediversity of endophytic fungi associated with leaves of the Acacia nilotica plant. Twenty-six endophytic fungi were subjected to morphologicaland molecular identification with internal transcribes spacer (ITS) region sequenced. All 26 endophytic fungi were divided into nine genera Chaetomium, Amesia, Ovatospora, Penicillium, Phialemonium, Colletotrichum, Crinipellis, Acrophialophora, Cribbea. Most of them belonged to the phylum Ascomycota only one belonging to the phylum Basidiomycota. This study shows that Acacia leaves inhabitant by diverse group of endophytic fungi. The biodiversity analysis showed Chaetomium sp. Being dominant with the highest colonization frequency (26.9%). One of the Chaetomium sp. showed sequence similarity of93% with the species reported earlier, Further investigationsarein needed to harness the bioactive compounds.
Purification, Characterization and N-terminal Protein Sequencing of the Enzyme Dextransucrase Produced by Leuconostoc mesenteroides
Authors: Dawoud Turki M. , Alshehrei Fatimah , Siddiqui Khaizran , Ameen Fuad , Akhtar Jameela , Arif Afsheen
Published: September 2021

Background: The wide use of dextran in many different applications, makes its industrial production a challenge and, hence, to obtain a control branched structure of this enzyme research is in progress. Objectives: In the present paper, the enzyme dextransucrase, produced by cultivation of the bacterium Leuconostoc mesenteroides CMG713, was purified and characterized. Methods: The produced dextransucrase was partially purified by PEG400 obtaining a purification factor of 29.4-fold and an overall yield of 18.3% from the initial crude enzymatic extract. Results: The partially purified dextransucrase had a specific activity of 24.0 U/mg and presented a molecular weight of about 200 kDa. In addition, the produced dextransucrase was stable at 30ºC and pH 5.5 for 3 days and led to a highly soluble dextran with wide potential industrial applications. The current study has successfully partial purification, characterization and conformation of dextransucrase produced by fermentation of the bacterium Leuconostoc mesenteroides CMG713.
Optimization of a-Amylase Production from Bacillus Amyloliquefaciens using Taguchi method
Authors: Sharma Pankhuri , Chapadgaonkar Shilpa
Published: September 2021

α-amylase, an enzyme of industrial importance is used extensively in food, pharmaceutical, textile and detergent industries. Since, a substantial quantity of α-amylase isderived from microbial sources, manipulation of bacterial strain, fermentation conditions and media composition has a major effect on yield of enzyme. Bacillus amyloliqifaciens, obtained from MTCC culture collection was used to study the enhancement of α-amylase production using media concentration manipulation. Taguchi’s orthogonal array was designed for maximization of α-amylase output. The different media components selected as parameters to be optimized were calcium chloride, starch, tryptone, ammonium sulphate and glucose. The concentration of starch and tryptone demonstrated to have maximum effect on amylase production. The optimization strategy was successful in obtaining substantial increase in amylase production of about 2 folds as compared to the unoptimized medium.
SARS-COV-2 and COVID-19: A Global Pandemic
Authors: Vittaladevaram Viswanath , Kuruti Kranthi , Urity Sudheer Venkatesh
Published: September 2021

The evolution of COVID-19 across the globe is rapid due to increased mobility which spreads and evolves continuously among human population. Based on phylogenetic analysis the virus is termed as SARS-COV-2 (Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) which spreads rapidly among human beings. The article focuses on aspects of virus structure, organization of genome, epidemiological characteristics, mode of transmission and global impact of Coronavirus. In addition to this, diagnosis and pharmacological approach, treatment, prevention procedures and vaccines that are currently in use were highlighted.
Paradigm of Climate Change and its Influence on Zooplankton
Authors: Arafat Mohammad Yasir , Bakhtiyar Yahya , Mir Zahoor Ahmad , Tak Hamid Iqbal
Published: September 2021

Zooplankton are the precious elements of aquatic ecosphere playing a significant role in some ecological phenomena viz., biomonitoring, ecological indication, link between primary producers and higher trophic levels, aquaculture,and maintenance of balance in aquatic food webs.The climate,being a dynamic abiotic entity, changed many times during the history of earth particularly before and after the industrial revolution.The unending materialistic benefits of human beings have been increasing the concentration of greenhouse gases such as carbon dioxide, methane, nitrous oxide, and fluorinated gases since the last few decades that is enough to raise the global temperature. It is a fact that both biotic and abiotic factors affect the dynamics of aquatic biota due to which the aquatic ecosystems and the organisms inhabiting them such as zooplankton are becoming the worst targets of the climate change phenomenon. Some of the significant consequences of climate change posing threats for the zooplankton community include increased temperature, acidification, nutrient enrichment,and increasing ultraviolet (UV) environment of the aquatic ecosystem that significantly affect theirsurvival, behaviour, nutritional procurement, reproduction,and their overall population dynamics.Due to the profound effects of climate change on the zooplankton community, the entire aquatic food web gets crushed away leading to more severe concerns about the higher trophic levels and overall dynamics of the aquatic biota. Thus,unending loss in the dynamics of the aquatic ecosystem could prevailand will go on expanding if the causal factors of climate change continue to operate beyond their limits unless a strong scientific policy and framework in contrary to climate change are reinforced with the key focus on aquatic biota especially zooplankton.
Phraseodidaktik an der Schnittstelle zur Grammatik- und Wortschatzarbeit im DaF/DaZ- und im sprachsensiblen (Fach-) Unterricht am Beispiel von festen nehmen-Konstruktionen
Authors: Ránics László
Published: September 2021

In this paper, I investigate if phraseodidactic approaches can be transferred to grammar and vocabulary training in foreign language lessons to the same extent. Taking a usage-based approaches to foreign and second language didactics, it is shown that phraseologisms can be subjected to structural semantic analyses in foreign language lessons for learners to develop (i) phraseological language awareness and (ii) adequate phraseological language skills. On the basis of the analyses and the recommendations for basic and advanced phraseological vocabulary, a new approach of pragmatic-semantic construction didactics is introduced.
«Giordano, tal y como yo lo imagino». Reseña de El giro autobiográfico, de Alberto Giordano
Authors: Grossi Bruno
Published: September 2021

El giro autobiográfico puede ser leído como un chiste o como una coartada, un modo quizás más espectacular y por ello más enfático, más equivoco, de pensar la experiencia narrativa, de entrar en comunicación, en intimidad con la intimidad del otro. La «sensación de vida» como valor, Giordano busca aquí configurarla por lo tanto allí donde esta se manifiesta más visiblemente: en los relatos en primera persona, en las confesiones y autofiguraciones de los escritores. Casi como si dijera: «miren hasta donde soy capaz para que vean las virtudes y bondades de mi punto de vista». Pero no porque los textos elegidos no respondan a su gusto propio —todo lo contrario: le fascinan—, sino porque Giordano acepta, momentáneamente, someter sus intereses al manoseo de la cultura para experimentar la intensidad de la no-identidad con respecto a ella.
Reescriptures literàries. La hipertextualitat en les literatures occidentals (1900-1939), de Carme Gregori, Gonçal López-Pampló, Jordi Malé (eds.)
Authors: Armengol Gimeno Elisabet
Published: September 2021

Els estudis recollits en el volum Reescriptures literàries (Publicacions de l’Abadia de Montserrat, 2020) ofereixen un ampli i rigorós estudi dels usos i les funcions de la reescriptura a partir d’un marc teòric compartit: l’aportació de Gérard Genette a la qüestió de la hipertextualitat (Palimpsestes. La littérature au second degré, 1982). El text aquí en examen se centra en la producció literària del període que va de 1900 a 1939 i pretén ampliar els horitzons i el camp d’investigació en la fase culminant de la Modernitat.
Patencia de lo demoníaco: la experiencia artística como restitución de la vida en la novela Doktor Faustus de Thomas Mann
Authors: Cabrera Sánchez Juan David
Published: September 2021

En el escenario de la cuarta década del siglo XX en Europa, crítico de las consecuencias de la guerra en Alemania y en su exilio en los Estados Unidos, el escritor Thomas Mann publicó la novela Doktor Faustus. La vida del compositor alemán Adrian Leverkühn contada por un amigo. La obra explora la naturaleza singular de la creación en contraste con las condiciones sociales de la época en la que fue escrita y señala una reflexión particular sobre la restitución de la experiencia humana en un contexto de «crisis general de la cultura». El artículo indaga en esa experiencia en la novela por medio de los análisis de Mann, de algunas aproximaciones críticas sobre la obra y del problema de lo poético, según la mirada de Jean-Luc Nancy.
256. Alternativas à escassez e a crise hídrica produzidas por políticas neoliberais no Rio de Janeiro
Authors: Pires Hindenburgo Francisco , Cerqueira Danilo Rocha
Published: September 2021

A escassez hídrica tal qual iremos tratar nesse artigo, pode ser entendida como um processo generalizado de produção de disparidades e de exacerbação das desigualdades sociais. A falta constante de acesso a bens tangíveis e não tangíveis, de objetos, produtos, recursos, tecnologias, acesso a espaços e serviços considerados essenciais para a maioria da humanidade, é o que caracteriza, no período atual, o que denominamos como escassez. A escassez de água será tratada também como sendo decorrente do crescimento das desigualdades e vinculada à expansão do capitalismo periférico e à urbanização tardia, típica das economias “emergentes”. Nesse sentido, nossos objetivos são, em primeiro lugar, analisar a escassez hídrica na Região Metropolitana do Rio de Janeiro (RMRJ), sob a gestão da Companhia Estadual de Águas e Esgotos do Rio de Janeiro (CEDAE), empresa responsável pelo fornecimento precário de água potável à maioria dos municípios da RMRJ; em segundo lugar, apresentar um quadro com um conjunto de ações políticas, possibilidades e estratégias políticas para a gestão e o enfrentamento da escassez hídrica, por meio de sistematização de recomendações selecionadas, a partir de práticas e estudos técnicos potencialmente compatíveis, em que serão propostas medidas, estratégias e escalas de ação, como alternativas à crise hídrica produzida por políticas neoliberais, que favorecem a distribuição espacial desigual da água no Rio de Janeiro.
257. ¿Telarañas digitales e hiperrealidad? Cavilaciones sobre ciberespacios, proto-cíborgs y realidades aumentadas en espacios públicos
Authors: Chaparro Mendivelso Jeffer
Published: September 2021

Los avances recientes en las tecnologías digitales son bastante potentes. Entre ellos se encuentra la realidad aumentada (RA), que involucra una gran cantidad de dispositivos de alta tecnología para su funcionamiento. Es así que se están estableciendo telarañas digitales muy fornidas y poderosas. Este artículo está dividido en siete segmentos. El primero es una apertura a la investigación. El segundo aborda el asunto de los ciberespacios y sus consecuencias para considerar el surgimiento de los metaversos. El tercero gira en torno a los proto-cíborgs como expresión de la imbricación profunda de las tecnologías digitales en la especie humana. El cuarto versa directamente sobre la RA y sus diversas implicaciones espaciales. La quinta parte apunta a discutir las consecuencias de estas tecnologías digitales de vanguardia en los espacios públicos. La sexta sección reflexiona sobre los vínculos de la RA con el cine de ciencia ficción. El último apartado, a modo de cierre conclusivo, discute la hiperrealidad como fenómeno espacio-temporal ontológico y emergente.
Critical analysis of Mediterranean sea level limit cycles during the Messinian salinity crisis
Authors: Baum Mark
Published: September 2021

The Messinian Salinity Crisis (5.97-5.33Ma) may be one of the most significant periods of sea-level change in recent geologic history. During this period, evaporite deposition throughout the Mediterranean basin records a series of dramatic environmental changes as flow through the Strait of Gibraltar was restricted. In the first stage of evaporite deposition, cycles of gypsum appear in shallow basins on the margins of the Mediterranean. The complex environmental history giving rise to these cycles has been investigated for decades but remains controversial. Notably, whether the evaporites are connected to significant changes in Mediterranean sea level is an open question.
In one proposed model, competition between tectonic uplift and erosion at the Strait of Gibraltar gives rise to selfsustaining sea-level oscillations—limit cycles—which trigger evaporite deposition. Here I show that limit cycles are not a robust result of the proposed model and discuss how any oscillations produced by this model depend on an unrealistic formulation of a key model equation. First, I simplify the model equations and test whether limit cycles are produced in 64 million unique combinations of model parameters, finding oscillations in only 0.2% of all simulations. Next, I examine the formulation of a critical model equation representing stream channel slope over the Strait of Gibraltar, concluding that a more realistic formulation would render sea-level limit cycles improbable, if not impossible, in the proposed model.
La búsqueda del centro. Primera parte
Authors: Antoni Remesar
Published: September 2021

Este artículo, primera parte de una serie, repasa la idea de ‘centro’ de la ciudad mediante un análisis de algunas propuestas utópicas, incluidas las de Howard para la ciudad jardín y finaliza en el análisis de la policentralidad de la ciudad medieval.
Tras un repaso de la evolcución de las ciudades circulares y poligonales realizado a partir de un análisis de fuentes secundarias, iconografía artísica, cartografía de los primeros tiempos de la imprenta e imágenes de Google Earth, entra en la discusión acerca de la ‘ciudad ideal’estudiando dicho concepto en la escolástica medieval, especialmente en la obra de Eiximenis, así como la relación de este ideal con la materialización de las ciudades [1] medievales de repoblamiento, valorando la relación entre los trazados y la emergencia del centro urbano y [2] el estudio, con distintas intensidades, de ciudades medievales importantes: Siena, Bolonia, Florencia, Venecia, Bruselas, Cracovia, Nápoles y Barcelona.
En el caso de estas dos últimas ciudades el artículo focaliza en la importancia del espacio portuario y de ribera, como gran espacio público de la ciudad.
Coherent coupling of laterally coupled quantum dot lasers
Authors: Asadian Neda , Sheikhey Mohammad M. , Yadipour R. , Baghban H.
Published: September 2021

Coherent coupling between two laterally coupled quantum dot semiconductor lasers based on longitudinal modes in the weak coupling regime has been investigated. Considering the effect of homogeneous and inhomogeneous broadenings, the spectral behavior of lasing modes in the coupled lasers depends on the coupling coefficient and the frequency detuning between the lasers. For cavity lengths with a minute difference and specific homogeneous broadening, full phase-locking along with single-mode operation is guaranteed provided that the coupling coefficient reaches a critical value. This result can be generalized for various cavity lengths and homogeneous broadenings covering almost all practical temperatures in the intermediate homogeneous broadening regime. The effect of coherent coupling on the emission spectrum, especially at sufficiently low temperatures at which the lasing spectrum shows broadband emission in the absence of coupling, has also been discussed. For constant cavity lengths and relatively high temperatures, onset of full phase-locking occurs at lower values of the coupling strengths, while longer cavity lengths lead to higher critical coupling strengths at a constant temperature. From a practical view, coherent coupling based on longitudinal modes has been examined in the case of a differential bias condition, which proves the electronically controllable coherent coupling of optical output signals.
Cascaded microring resonator configuration with inbuilt tapered regions for simultaneous detection of assorted nanoparticles
Authors: Kumar Bag Saawan , Varshney Shailendra K.
Published: September 2021

Fast and accurate detection of nanoparticles (NP) has always been challenging due to the weak interaction of nanoparticles with the transducing signal. Moreover, detecting nanoparticles of different sizes and types mixed in a matrix adds more difficulty. In this work, we propose an integrated on-chip photonic platform that can detect a single nanoparticle. The proposed device comprises two parallel-coupled microring resonators where a small region in the noncoupled arms of the resonator has been tapered. Tapered regions intensify the evanescent field strength by many folds, which improves light–matter interaction, resulting in better sensitivity. Finite difference time domain simulations reveal the splitting of a resonant mode in the presence of a gold nanoparticle (AuNP) of radius 100 nm, whereas in the case of dielectric NP, broadening in linewidth is observed. The proposed approach has the unique capability to detect various sizes and types of NP simultaneously, including dielectric nanoparticles. Therefore, the proposed architecture may play a pivotal role in the simultaneous quantification and identification of biological objects such as novel viruses, bacteria, and proteins.
Ultrabroadband and ultrathin absorber based on an encapsulated T-shaped metasurface
Authors: Wang Xun , Sang Tian , Li Guoqing , Mi Qing , Pei Yao , Wang Yueke
Published: September 2021

Ultrabroadband absorbers are vital for applications such as solar energy harvesting and integrated optoelectronic devices. Herein, we design, fabricate and characterize a novel ultrabroadband and ultrathin absorber based on the encapsulated T-shaped metasurface (ETM). The ETM consists of a 20 nm Cr film and a Cr substrate sandwiched by the T-shaped polymethyl methacrylate (PMMA) arrays. The Cr film provides a robust absorptive surface with improved impedance matching, and ultrabroadband absorption can be achieved via the excitation of the localized surface plasmon (LSP) of this ultrathin film. The average absorption of simulated and experimental results of the ETM in the visible range of 400-800 nm for the TM (TE) polarization are 96.4% (96.3%) and 90.6% (89.4%), respectively. Three-dimensional (3D) power dissipation density distributions of the proposed structure have been investigated, which indicates that the synergistic absorption effect of different parts of the T-shaped ultrathin Cr film contributes to the major absorption enhancement. The absorption of the ETM is very robust to the changes of geometrical parameters and the symmetry of the structure, and it can be maintained almost the same even if T-shaped profiles are changed to L-shaped profiles. Moreover, the absorption performance of the ETM exhibits polarization-insensitive and wide-angle features, which has advantages for many potential applications.
Improved dual-polarized wideband multifunctional switchable absorber/reflector based on active frequency selective surfaces
Authors: Li Huangyan , Yuan Hang , Costa Filippo , Cao Qunsheng , Wu Wen , Monorchio Agostino
Published: September 2021

An improved dual-polarized multifunctional switchable absorber/reflector with both wideband absorbing and wideband reflecting characteristics is presented in this paper. The proposed structure consists of three parts including a top-layer active frequency selective surface (AFSS) structure, a bottom-layer metal sheet and an air spacer in between. The polarization stability is satisfied by deploying the super-element topology, which contains four similar unitary elements arranged in a 2 × 2 matrix form. The PIN diode is employed as a RF switch in the AFSS structure for the purpose of switching. The bias networks responsible for different polarizations are intentionally separated through via holes. Multifunctional properties with four different operating states can be attained by controlling horizontally- and vertically-loaded PIN diodes independently. In addition, the biggest advantage of the proposed structure lies in its wideband features at both absorbing and reflecting states for different polarizations and incident angles. Finally, a prototype of the design is fabricated and measured to verify the simulation, and a good agreement between the simulated and observational results can be achieved under normal incidence as well as oblique incidence.
Hybrid integrated photonic platforms: opinion
Authors: Yoo S. J. Ben
Published: September 2021

While photonic integration has made remarkable progress in recent years, there is no one integrated photonic platform that offers all desired functionalities and manufacturability on the same platform. GaAs and InP-based optoelectronic integrated circuits (OEICs) were very popular in the past decades; however, silicon photonics has recently emerged as a preferred platform due to its high-density and high-yield manufacturability leveraging the CMOS ecosystem, although it lacks optical gain, the Pockels effect, and other characteristics. On the other hand, hybrid photonic integration adds new and diverse functionalities to the host materials like silicon. This opinion paper investigates hybrid integrated photonic platforms, and discusses the new functionalities added to the silicon CMOS photonic platform.
The antiviral state has shaped the CpG composition of the vertebrate interferome to avoid self-targeting
Authors: Shaw Andrew E. , Rihn Suzannah J. , Mollentze Nardus , Wickenhagen Arthur , Stewart Douglas G. , Orton Richard J. , Kuchi Srikeerthana , Bakshi Siddharth , Collados Mila Rodriguez , Turnbull Matthew L. , Busby Joseph , Gu Quan , Smollett Katherine , Bamford Connor G. G. , Sugrue Elena , Johnson Paul C. D. , Da Silva Ana Filipe , Castello Alfredo , Streicker Daniel G. , Robertson David L. , Palmarini Massimo , Wilson Sam J.
Published: September 2021

Antiviral defenses can sense viral RNAs and mediate their destruction. This presents a challenge for host cells since they must destroy viral RNAs while sparing the host mRNAs that encode antiviral effectors. Here, we show that highly upregulated interferon-stimulated genes (ISGs), which encode antiviral proteins, have distinctive nucleotide compositions. We propose that self-targeting by antiviral effectors has selected for ISG transcripts that occupy a less self-targeted sequence space. Following interferon (IFN) stimulation, the CpG-targeting antiviral effector zinc-finger antiviral protein (ZAP) reduces the mRNA abundance of multiple host transcripts, providing a mechanistic explanation for the repression of many (but not all) interferon-repressed genes (IRGs). Notably, IRGs tend to be relatively CpG rich. In contrast, highly upregulated ISGs tend to be strongly CpG suppressed. Thus, ZAP is an example of an effector that has not only selected compositional biases in viral genomes but also appears to have notably shaped the composition of host transcripts in the vertebrate interferome.
RhoA- and Cdc42-induced antagonistic forces underlie symmetry breaking and spindle rotation in mouse oocytes
Authors: Dehapiot Benoit , Clément Raphaël , Bourdais Anne , Carrière Virginie , Huet Sébastien , Halet Guillaume
Published: September 2021

Mammalian oocyte meiotic divisions are highly asymmetric and produce a large haploid gamete and 2 small polar bodies. This relies on the ability of the cell to break symmetry and position its spindle close to the cortex before anaphase occurs. In metaphase II–arrested mouse oocytes, the spindle is actively maintained close and parallel to the cortex, until fertilization triggers sister chromatid segregation and the rotation of the spindle. The latter must indeed reorient perpendicular to the cortex to enable cytokinesis ring closure at the base of the polar body. However, the mechanisms underlying symmetry breaking and spindle rotation have remained elusive. In this study, we show that spindle rotation results from 2 antagonistic forces. First, an inward contraction of the cytokinesis furrow dependent on RhoA signaling, and second, an outward attraction exerted on both sets of chromatids by a Ran/Cdc42-dependent polarization of the actomyosin cortex. By combining live segmentation and tracking with numerical modeling, we demonstrate that this configuration becomes unstable as the ingression progresses. This leads to spontaneous symmetry breaking, which implies that neither the rotation direction nor the set of chromatids that eventually gets discarded are biologically predetermined.
Comparing mutational pathways to lopinavir resistance in HIV-1 subtypes B versus C
Authors: Posada-Céspedes Susana , Van Zyl Gert , Montazeri Hesam , Kuipers Jack , Rhee Soo-Yon , Kouyos Roger , Günthard Huldrych F. , Beerenwinkel Niko
Published: September 2021

Although combination antiretroviral therapies seem to be effective at controlling HIV-1 infections regardless of the viral subtype, there is increasing evidence for subtype-specific drug resistance mutations. The order and rates at which resistance mutations accumulate in different subtypes also remain poorly understood. Most of this knowledge is derived from studies of subtype B genotypes, despite not being the most abundant subtype worldwide. Here, we present a methodology for the comparison of mutational networks in different HIV-1 subtypes, based on Hidden Conjunctive Bayesian Networks (H-CBN), a probabilistic model for inferring mutational networks from cross-sectional genotype data. We introduce a Monte Carlo sampling scheme for learning H-CBN models for a larger number of resistance mutations and develop a statistical test to assess differences in the inferred mutational networks between two groups. We apply this method to infer the temporal progression of mutations conferring resistance to the protease inhibitor lopinavir in a large cross-sectional cohort of HIV-1 subtype C genotypes from South Africa, as well as to a data set of subtype B genotypes obtained from the Stanford HIV Drug Resistance Database and the Swiss HIV Cohort Study. We find strong support for different initial mutational events in the protease, namely at residue 46 in subtype B and at residue 82 in subtype C. The inferred mutational networks for subtype B versus C are significantly different sharing only five constraints on the order of accumulating mutations with mutation at residue 54 as the parental event. The results also suggest that mutations can accumulate along various alternative paths within subtypes, as opposed to a unique total temporal ordering. Beyond HIV drug resistance, the statistical methodology is applicable more generally for the comparison of inferred mutational networks between any two groups.
MicrobeTrace: Retooling molecular epidemiology for rapid public health response
Authors: Campbell Ellsworth M. , Boyles Anthony , Shankar Anupama , Kim Jay , Knyazev Sergey , Cintron Roxana , Switzer William M.
Published: September 2021

Outbreak investigations use data from interviews, healthcare providers, laboratories and surveillance systems. However, integrated use of data from multiple sources requires a patchwork of software that present challenges in usability, interoperability, confidentiality, and cost. Rapid integration, visualization and analysis of data from multiple sources can guide effective public health interventions. We developed MicrobeTrace to facilitate rapid public health responses by overcoming barriers to data integration and exploration in molecular epidemiology. MicrobeTrace is a web-based, client-side, JavaScript application (https://microbetrace.cdc.gov) that runs in Chromium-based browsers and remains fully operational without an internet connection. Using publicly available data, we demonstrate the analysis of viral genetic distance networks and introduce a novel approach to minimum spanning trees that simplifies results. We also illustrate the potential utility of MicrobeTrace in support of contact tracing by analyzing and displaying data from an outbreak of SARS-CoV-2 in South Korea in early 2020. MicrobeTrace is developed and actively maintained by the Centers for Disease Control and Prevention. Users can email microbetrace@cdc.gov for support. The source code is available at https://github.com/cdcgov/microbetrace.