bluuebunny/crossref_metadata_2025 huggingface dataset:
How life became colourful: colour vision, aposematism, sexual selection, flowers, and fruits
Authors: Wiens John J. , Emberts Zachary
Published: September 2024

Plants and animals are often adorned with potentially conspicuous colours (e.g. red, yellow, orange, blue, purple). These include the dazzling colours of fruits and flowers, the brilliant warning colours of frogs, snakes, and invertebrates, and the spectacular sexually selected colours of insects, fish, birds, and lizards. Such signals are often thought to utilize pre‐existing sensitivities in the receiver's visual systems. This raises the question: what was the initial function of conspicuous colouration and colour vision? Here, we review the origins of colour vision, fruit, flowers, and aposematic and sexually selected colouration. We find that aposematic colouration is widely distributed across animals but relatively young, evolving only in the last ~150 million years (Myr). Sexually selected colouration in animals appears confined to arthropods and chordates, and is also relatively young (generally <100 Myr). Colourful flowers likely evolved ~200 million years ago (Mya), whereas colourful fruits/seeds likely evolved ~300 Mya. Colour vision (sensu lato) appears to be substantially older, and likely originated ~400–500 Mya in both arthropods and chordates. Thus, colour vision may have evolved long before extant lineages with fruit, flowers, aposematism, and sexual colour signals. We also find that there appears to have been an explosion of colour within the last ~100 Myr, including >200 origins of aposematic colouration across nine animal phyla and >100 origins of sexually selected colouration among arthropods and chordates.
Autoimmune astrocytopathy double negative for AQP4‐IgG and GFAP‐IgG: Retrospective research of clinical practice, biomarkers, and pathology
Authors: Lin Pei‐Hao , Yao Hai‐Yan , Huang Li , Fu Cong‐Cong , Yao Xiao‐Li , Lian Chun , Zhang Shi‐Feng , Lai Wen‐Dong , Lin Guan‐Yan , Liao Sha , Yang Jie , Mao Zhi‐Feng , Liu Ding , Long Bao‐Yi , Yue Jia‐Jia , Gao Cong , Long You‐Ming
Published: September 2024

Objective

The objective of this study is to investigate the presence of astrocyte antibodies in patients, excluding aquaporin‐4 or glial fibrillary acidic protein (GFAP) antibodies, while evaluating associated biomarkers and pathologies.

Methods

Patient serum and cerebrospinal fluid (CSF) were tested for antibodies using tissue‐ and cell‐based assays. Neurofilament light chain (NFL) and GFAP in the CSF were detected using single‐molecule array (SIMOA).

Results

116 patients accepted SIMOA. Fifteen functional neurological disorders patients without antibodies were designated as controls. Thirty‐five patients were positive for astrocyte antibodies (Anti‐GFAP: 7; Anti‐AQP4: 7; unknown antibodies: 21, designed as the double‐negative group, DNAP). The most frequent phenotype of DNAP was encephalitis (42.9%), followed by myelitis (23.8%), movement disorders (19.0%), and amyotrophic lateral sclerosis‐like (ALS‐like) disease (14.2%). The levels of CSF GFAP and NFL in DNAP were higher than in the control (GFAP: 1967.29 [776.60–13214.47] vs 475.38 [16.80–943.60] pg/mL, p < 0.001; NFL: 549.11 [162.08–2462.61] vs 214.18 [81.60–349.60] pg/mL, p = 0.002). GFAP levels decreased in DNAP (n = 5) after immunotherapy (2446.75 [1583.45–6277.33] vs 1380.46 [272.16–2005.80] pg/mL, p = 0.043), while there was no difference in NFL levels (2273.78 [162.08–2462.61] vs 890.42 [645.06–3168.06] pg/mL, p = 0.893). Two brain biopsy patterns were observed: one exhibited prominent tissue proliferation and hypertrophic astrocytes, with local loss of astrocytes, while the other showed severe astrocyte depletion with loss of neurofilaments around the vessels. Eighteen patients received immunotherapy, and improved except one with ALS‐like symptoms. We identified anti‐vimentin in this patient.

Discussion

There are unidentified astrocyte antibodies. The manifestations of double‐negativity are heterogeneous; nevertheless, the pathology and biomarkers remain consistent with astrocytopathy. Immunotherapy is effective.
Development and characterization of topical formulation for maintenance therapy containing sorbitan monostearate with and without PEG‐100‐stearate
Authors: Schoenfelder Hans , Wiedemann Yvonne , Lunter Dominique Jasmin
Published: September 2024

Objective

Basic therapy is an integral part of the treatment of chronic skin diseases. However, the formulation of skin products should be analysed with respect to the physical stability and tolerance by the patients before applying them to diseased skin. In particular, the suitability of the formulation for use on damaged skin should be taken into consideration so that no exacerbation of the condition is caused.

Methods

The following approach investigated two formulations with the emulsifier sorbitan monostearate and one with the addition of polyethylene glycol 100 stearyl ether. The characterization included rheology, macroscopic and microscopic cream analysis compared to marketed products for basic therapy. Pyranine staining of stratum corneum (SC) and trans‐epidermal water loss (TEWL) measurements were performed with ex vivo porcine SC to asses skin barrier function.

Results

The rheological characterization showed a gel‐like, viscoelastic behaviour of the formulations and a viscosity in the same order of magnitude as the marketed products. Staining with pyranine revealed that skin damage caused by sodium lauryl sulfate was compensated by treatment with the developed formulations. Following the same trend, TEWL results clearly showed decreasing values, which evidence improved skin barrier function.

Conclusion

In conclusion, the developed sorbitan monostearate formulations can potentially improve deficient skin barrier function as a part of basic therapy of skin diseases and act as a superior alternative to market products comprising a minimum of well‐chosen ingredients.
Identification of two molecularly and prognostically distinct subtypes in acral melanoma using network prediction method
Authors: Yin Mingzhu , Zhang Yiding , Wang Wenhua , Zhao Shuang , Su Juan , Li Shao , Chen Xiang
Published: September 2024

Background

Acral melanoma, characterized by its aggressiveness and poor prognosis compared to other melanoma subtypes, poses significant challenges in clinical management. However, the molecular underpinnings driving the biological and clinical features of this disease remain poorly understood.

Objectives

In this study, our aim was to elucidate the molecular landscape and the correlation between subtypes and clinical features of acral melanoma.

Methods

We conducted comprehensive analyses to dissect the molecular characteristics of acral melanoma, employing a combination of multi‐omics data analysis and network‐based disease gene prediction algorithms. Single‐cell RNA‐Seq data were utilized to investigate the contribution of immunocytes to the molecular classification of acral melanoma. Additionally, we used clinical samples to validate the correlation between new subtypes and the prognosis of acral melanoma and the expression of subtype markers and verified the interaction between macrophages and acral melanoma cells at cellular level.

Results

Our study reveals the existence of two distinct subtypes of acral melanoma exhibiting marked differences in clinical behaviour, cellular and molecular mechanisms. We identified a robust biomarker panel (EREG, VSIG4, FCGR3A and RAB20) that accurately distinguishes these two subtypes with an impressive AUC of 0.946, validated using clinical samples. Subtype I, characterized by thinner Breslow thickness, demonstrates a favourable prognosis, whereas Subtype II represents a high‐risk subtype with a propensity for dermal invasion. Notably, the signature gene EREG of Subtype I is enriched in FCN1+ macrophages, known for promoting inflammatory and immune responses. Conversely, signature genes VSIG4 and FCGR3A of Subtype II are enriched in SPP1+ macrophages, which exhibit significant crosstalk with tumour cells.

Conclusions

Our findings significantly enhance the understanding of the molecular landscape of acral melanoma and offer novel insights into its clinical management by identifying distinct subtypes and potential therapeutic targets. The findings have to be confirmed in different cohorts in the future for full validation.
Inter‐algal associations and nutrients linked by Scenedesmus and Desmodesmus structure eukaryotic algal communities
Authors: Lin Juan , Wang Hongxia , Chen Jianfeng , Li Yun
Published: September 2024

Eutrophication reduces the variability of the community composition of plankton. However, the mechanisms underlying the diversity and restructuring of eukaryotic algal communities remain unknown. This study analysed the diversity and compositional patterns of algal communities in shallow eutrophic lakes. It investigated how these communities were modified by key genera through mediating inter‐algal associations under the influence of abiotic factors. Inter‐algal associations explained more variance in algal communities than environmental variables, and variation in composition and diversity was primarily derived from Scenedesmus, Desmodesmus and Cryptomonas, rather than nutrients. Scenedesmus and Desmodesmus were positively correlated with the genera of Chlorophyta and formed the hub of the algal association network. When the relative abundance of Scenedesmus and Desmodesmus increased from 0.41% to 13.74%, communities enriched in biomarkers of Bacillariophyta, Chrysophyceae and Cryptophyta transitioned to communities enriched in biomarkers of Chlorophyta. Moreover, negative associations between the Chlorophyta hub genera and other non‐Chlorophyta genera increased. High concentrations of total phosphorus altered the composition of algal communities by increasing the abundance of Scenedesmus and Desmodesmus, which in turn had cascading effects through inter‐algal associations. Additionally, algal communities with higher abundances of Scenedesmus and Desmodesmus were more susceptible to the effects of total phosphorus. Our study suggested that inter‐algal associations, centred on Scenedesmus and Desmodesmus, had a greater influence on algal diversity and community structure than other factors. Nutrient levels were not a direct driver of algal diversity and community structure adjustments, but acted indirectly by enhancing the influence of Scenedesmus and Desmodesmus.
ОПЫТ ПРИМЕНЕНИЯ АЛЛОГЕННОЙ ПЛАЗМЫ, ОБОГАЩЕННОЙ РАСТВОРИМЫМИ ФАКТОРАМИ ТРОМБОЦИТОВ, В ЛЕЧЕНИИ СИНДРОМА ДИАБЕТИЧЕСКОЙ СТОПЫ
Authors: Абдрахманова С.А. , Имашпаев Д.М. , Оспанова М.Е. , Ахаева М.А. , Жангазиева К.Х.
Published: September 2024

Социально значимой проблемой общественного здравоохранения в мировом масштабе является сахарный диабет (СД). Одним из осложнений СД является диабетическая стопа.
Оценка эффективности и безопасности применения аллогенной плазмы, обогащенной растворимыми факторами тромбоцитов (ПОРФТ) в лечении длительно незаживающих ран у пациентов с сахарным диабетом.
По анкетным данным мужчины составили 60%, женщины - 40%, возраст пациентов варьировался от 31 до 71 года. Избыточная масса тела диагностирована у восьми пациентов, у двоих - ожирение 1 степени. Все пациенты проживали в городе и состояли в браке. По статусу образовательного уровня, пациенты с высшим образованием составили - 80%. Из анамнеза выявлено, что пациенты ранее получали местное лечение раневой поверхности, без эффекта. Перед исследованием пациентам проведены лабораторные исследования: общий анализ крови с лейкоцитарной формулой, биохимические анализы крови и бактериологическое исследование ран.
Локализация ран у пациентов в основном наблюдалась в пяточной области стопы, одиночные, у 2 пациентов глубина поражения поверхностная, парциальная (частично -глубокая) - у 7 пациентов и глубокая (до 1 см) – у 1 пациента, раны непроникающие, цвет раны - бледно-розовые. Исследование формы раны показало, что у 4 пациентов были округлой формы, линейные - у 3-х, с неровными контурами - у 3-х, все раны имели слепой раневой канал. Длительность существования ран в среднем составила от 8 до 48 месяцев.
На каждого пациента применялось до 10 доз аллогенной ПОРФТ, перевязки выполнялись 2 раза в неделю (1 перевязка 1 доза ПОРФТ (2 мл). Частота перевязок и срок лечения каждого пациента различалось, примерно по 8-20 перевязок сроком от 1,5 до 2,5 месяца. Для удержания ПОРФТ в ране использовался гидроколлоидный гель без лекарственных добавок для ухода за ранами.
Конечный результат лечения был различным в зависимости от тяжести течения основного заболевания, наличия сопутствующих заболеваний и осложнений. У шести пациентов произошло закрытие ран в разные сроки от начала лечения: в одном из этих случаев рана закрылась в течение 2,5 месяца лечения с применением ПОРФТ, это был самый длительный период заживления раны. В двух случаях - лечение было прекращено в связи с переездом пациентов, которые продолжили лечение с использованием других средств ухода за ранами. В двух случаях лечение было прекращено через 2 месяца на фоне декомпенсации основного заболевания.
Местное лечение аллогенной ПОРФТ для улучшения заживления ран дает положительный эффект и терапию синдрома диабетической стопы необходимо вести комплексно с основным и сопутствующими заболеваниями для достижения максимального эффекта лечения.
ПРОБИОТИЧЕСКИЕ ПРЕПАРАТЫ И ИХ СВОЙСТВА
Authors: Жакупова Д.С. , Хасенова А.Е. , Альжанова Г.С. , Ерғазы Б.
Published: September 2024

Рынок пробиотиков является одним из наиболее быстрорастущих сегментов пищевой промышленности, поскольку появляется все больше научных доказательств положительного воздействия пробиотиков на здоровье потребителей.
В связи с этим в филиале «Национального центра биотехнологии» в г. Степногорск, нами уделяется большое внимание для работы по выделению и изучению свойств пробиотических штаммов, а также их взаимодействию с другими активными добавками.
Пробиотические и кисломолочные бактерии Lactococcus lactis, Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus zeae, Lactobacillus plantarum, Lactobacillus acidophillus, Lactobacillus helveticus, Lactobacillus bulgaricus, Bifidobacterium bifidum, Streptococcus cremoris, Streptococcus thermophilus выделены из домашних кисломолочных напитков. Штаммы идентифицированы по биохимическим, культурально-морфологическим свойствам и методом генетической идентификации, задепонированы в депозитарии ТОО «КАЗНИИППП», исследованы на патогенность в ТОО «Нутритест» и хранятся в коллекции филиала.
Отработана технология сублимированной формы пробиотических микроорганизмов и подобраны оптимальные консерванты для максимального сохранения жизнеспособности клеток.
На основе полученных пробиотических микроорганизмов разработана технология получения биологически активных добавок. Во время хранения и доставки при пероральном приеме, пробиотики подвергаются воздействию воды, кислорода, температуры и желчи. В связи с этим биологически активные добавки представлены в одной из наиболее доступных лекарственных форм, в виде капсул.
Препарат «BioLife» представляет собой микробную массу живых, антагонистически активных штаммов Bifidobacterium bifidum с добавлением стабилизатора. В качестве стабилизатора был подобран наполнитель-пребиотик лактулоза, способствующий сохранению биологической активности Bifidobacterium bifidum. Лактулоза является не только самостоятельным ферментом, но и способствует размножению нормальной микрофлоры кишечника, оказывает слабительное действие.
Препарат «Биолакт» изготовлен на основе высушенных пробиотически активных культур. Является синбиотиком, содержит в своем составе пробиотические штаммы: Lactobacillus acidophilus, Bifidobacterium bifidum. Препарат используется в молочнокислой промышленности для обогащения кисломолочных продуктов, также в качестве биологически активной добавки как дополнительный источник пробиотических микроорганизмов.
В результате проведенных исследований разработаны биологически активные добавки, которые применяются в качестве пробиотиков для нормализации и восстановления нормальной микрофлоры кишечника при антибиотикотерапии, химиотерапии, расстройстве желудочно-кишечного тракта.
«BioLife» и «Биолакт» прошли регистрационные испытания и зарегистрированы под номером KZ.16.01.78.003. Е.001132.05.13 и KZ.16.01.78.003. Е.002324.10.14 соответственно.
ҚАЗАҚСТАНДАҒЫ АЛМА ЦИТОСПОРОЗЫНЫҢ ҚОЗДЫРҒЫШТАРЫНА МОРФОЛОГИЯЛЫҚ ЖӘНЕ ГЕНЕТИКАЛЫҚ СИПАТТАМА
Authors: Аманбаева У.И. , Дюсембаев К.А. , Елюбаева Д.К. , Жаксылыков А.Ж. , Смагулова А.М. , Киян В.С. , Мукиянова Г.С. , Тулегенова Ж.А.
Published: September 2024

Цитоспороз – бүкіл әлемдегі табиғи және агроэкожүйедегі ағаш өсімдіктерінде ісік тудыратын агрессивті патогендерден туындаған саңырауқұлақ ауруы. Бұл өсімдік қоздырғышы тірі ұлпада (флоэмада) және ағашта (ксилемада) өсе алады және олардың өлуіне әкеледі. Зерттеу жұмыстың мақсаты – алма цитоспорозының қоздырғыштарын молекулалық әдіспен анықтау және Қазақстанның интенсивті бау-бақшасын биобақылаудың эффективті агенттерін идентификациялау болып табылады. Алматы облысының интенсивті бақтарында алма ағаштарының цитоспора ісігін қоздыратын Cytospora қоздырғыштарының түрлері мен морфологиялық/генетикалық сипаттамалары аз зерттелген.
Осыған байланысты зерттеулерде цитоспороз қоздырғыштарының дақылдық-морфологиялық қасиеттері зерттелді, қоздырғыштардың өсуіне қолайлы орта және температуралық жағдайлар таңдалды. Алынған нәтижелерге сәйкес, Алматы облысының интенсивті бау-бақшаларынан (Алма-Есік, Мәншүк, Юнифрут, Асыл Агро, Арнау Агро және Бақдала) 200-ден астам цитоспорозбен зақымдалған алма ағашы үлгілері жинақталып, олардан 74 изолят оқшауландырылды. Молекулалық-генетикалық талдаудың нәтижесінде алма цитоспорозының сегіз түрлі қоздырғышы (C. Sorbina, C. Pruinopsis, C. Pruni-mume, C. Parasitica, C. Haidianensis, Valsa sordida, C. Schulzeri, C. Viticola) анықталды. Анықталған қоздырғыштардың изоляттары бірнеше маркерлік гендер негізінде секвенирленіп, GenBank мәлметтер базасында депонирленді.
Сонымен қатар зақымдалған алма ағашы үлгілерінен Fusaruim Proliferatum түрі гентикалық талдау нәтижесінде анықталды. Ары қарай сау алма ағашы бұтақтарынан эндофитті микрофлораларды бөліп алу және микроскопиялық талдау жасау жұмыстары жоспарланған. Онымен қоса, табылған эндофиттердің молекулалық идентификациясын айқындап, жоғары дәрежелі антогонистік белсенділікке ие түрлерін зерттеу жалғасуда.
РАСПРОСТРАНЕННОСТЬ АЛЬФАКОРОНАВИРУСОВ СРЕДИ ЛЕТУЧИХ МЫШЕЙ В КАЗАХСТАНЕ
Authors: Карагулов А.И. , Наметов А.М. , Тулендибаев А.Б. , Аргимбаева Т. , Омарова З.Д. , Аубакир Н. , Орынбаев М.Б.
Published: September 2024

Известно, что летучие мыши являются идеальным резервуаром для различных вирусов. Однако мало что известно о разнообразии и распространении вирусов, переносимых летучими мышами в Казахстане. Настоящее исследование одно из немногих работ посвященный изучению летучих мышей, обитающих на территории Казахстана на носительство коронавирусов.
В 2020-22 гг в девяти областях Казахстана было собрано 800 образцов (ротоглоточные смывы, гуано) от четырех видов летучих мышей (Vespertilio murinus, Myotis blythii, Nyctalus noctula, Eptesicus serotinus). РНК альфакоронавирусов обнаружены в 39 (4,7%) образцах от летучих мышей. Альфакоронавирусы были обнаружены у трех видов исследованных летучих мышей.  Инфицированность летучих мышей вида Vespertilio murinus составила 0,85%, Eptesicus serotinus 9,94%, Myotis blythii 27,27%. Превалентность коронавируса среди летучих мышей в Алматинской области составила 100%, Атырауской области 18,18%, Актюбинсокй области 13,92%, Западно-Казахстанской области 5,16%, Туркистанской области 1,39%, в Кызылординской области 0,66%. В других областях РНК коронавирусов в образцах от летучих мышей не обнаружены.
Нам удалось получить последовательности гена RdRp (460 п.н.) 11 образцов от летучих мышей собранные в 5 областях Казахстана (Западно-Казахстанской, Актюбинсокой, Атырауской, Кызылоридинской и Туркестанской областях). Филогенетический анализ позволил отнести все последовательности к альфакоронавирусам, и разделить их на две разные группы. Десять последовательностей сформировали отдельную новую монофилетическую одиночную кладу с 100%-ной идентичностью нуклеотидных последовательностей. Эта клада была филогенетически близка к африканским последовательностям. Наиболее близкими к этой группе были последовательности, полученные от летучих мышей в Гане, Зимбабве и Кении. Одна последовательность (BatCov-47-2021) от летучей мыши из Туркестанской области заметно отличалась (идентичность нуклеотидов: 71.98%) от остальных 10 последовательностей, и была идентична казахстанским изолятам, ранее выделенным в южных регионах Казахстан.
Полученные данные доказывают, что летучие мыши, обитающие на территории Казахстана, являются носителями коронавирусов. Эти данные предоставили новую информацию и расширили знания о распространении коронавирусов в популяциях летучих мышей. Однако этих данных недостаточно для понимания роли летучих мышей в эпидемиологии различных инфекционных заболеваний. Поэтому необходимо продолжить исследования в популяциях летучих мышей для улучшения надзора за инфекционными болезнями.
ОБЗОР ЗАВОЗНЫХ СЛУЧАЕВ ХОЛЕРЫ В РК ЗА ПЕРИОД 1993-2024 ГГ.
Authors: Кульбаева М.М. , Мусагалиева Р.С. , Тойжанов Б.К. , Абдел З.Ж. , Өтебай Д.М.
Published: September 2024

Холера – особо опасная инфекционная болезнь с неуправляемым диарейным синдромом, фекально-оральным механизмом передачи возбудителя инфекции, водным, пищевым и контактным путями распространения.
Холера не является эндемичным заболеванием в Республике Казахстан, но некоторые области имеют экологические и социальные факторы для длительной циркуляции Vibrio cholerae в объектах окружающей среды с дальнейшим его распространением среди населения.
Все эпидемические осложнения по холере в Казахстане исключительно связаны с завозами и некоторыми случаями дальнейшего распространения среди населения внутри страны.
Анализ вспышек холеры в мире и случаев заболевания холерой в Казахстане показал, что инфекция имеет склонность к быстрому распространению при наличии комплекса определенных предпосылок, таких как высокая плотность населения, недостаточное обеспечение населения доброкачественной питьевой водой, низкий социальный уровень жизни, активный миграционный процесс и наличие благоприятных экологических ниш для выживания холерного вибриона в окружающей среде.
Эпидемические осложнения по холере в Республике Казахстан были зарегистрированы в 1993-1995, 1997, 1998, 2000, 2001, 2005 и 2008 гг. За это время холера 12 раз завозилась из дальнего зарубежья (из Пакистана – 5, Турции – 2, Индии – 2, Индонезии – 1, Ирана – 1, Сингапура – 1) и 10 раз из ближнего (из Узбекистана – 7, Таджикистана – 1, Кыргызстана – 1, Туркменистана – 1). Из дальнего зарубежья завоз холеры осуществлялся преимущественно авиатранспортом – 11 случаев, один случай завоза был зафиксирован морским транспортом (из Ирана). Из ближнего зарубежья, холеру завозят, в основном, граждане Республики Казахстан, которые имеют тесные контакты с родственниками, проживающими в Узбекистане и других странах. Завоз холеры оттуда осуществляется в большинстве случаев автотранспортом.
В 2014 (Пакистан) зарегистрирован – 1 случай, а 2017, 2018 гг. было всего 5 случаев завоза холеры из Индии в г. Алматы, предположительными местами вывоза холеры являются: штат Гоа, г. Гургаон, провинция Джайпур, г.Нью-Дели Республики Индии.
Последний случай завоза холеры зарегистрирован в начале апреля 2024 г., который был завезён транзитным пассажиром, гражданкой Республики Кыргызстан, прибывшей из Нью-Дели. Выделенный штамм был идентифицирован как Vibrio cholerae O1 Ogawa, токсигенный, эпидемически значимый.
Успех контроля завоза и распространения холеры и профилактики укоренения холерных вибрионов в окружающей среде в значительной степени предопределяется своевременной лабораторной диагностикой возбудителя, определением его характеристик, проведением рациональных лечебных и профилактических мер. Для улучшения профилактических работ необходимо внедрение современных технологий диагностических исследований и эпидемиологических расследований.
ИДЕНТИФИКАЦИЯ И ПОЛУЧЕНИЕ АНТИ-CRISPR БЕЛКА, ИНГИБИТОРА АКТИВНОСТИ ФЕРМЕНТА CAS12A
Authors: Тимощук С.А. , Шамухан А.М. , Амиргазин А.О. , Шайзадинова А.М. , Кириллов С.О. , Тургимбаева А.М. , Абельденов С.К.
Published: September 2024

В ответ на эволюционное давление со стороны вирусов, бактерии развили различные стратегии защиты, включая системы CRISPR-Cas. Внедрение генетического материала вируса в клетку хозяина активирует систему CRISPR-Cas, которая распознает и расщепляет чужеродную ДНК, что предотвращает размножение вируса и развитие инфекции. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) - это система иммунитета бактерий и архей, которая обеспечивает защиту от вирусов и других мобильных генетических элементов. Эта система состоит из коротких повторяющихся последовательностей ДНК (повторы), разделенных участками, называемыми спейсерами. CRISPR-ассоциированные белки, такие как Cas9 и Cas12a, разрезают ДНК в целевых участках, что делает их мощными инструментами для геномного редактирования.
Однако в постоянной «борьбе за выживание» бактериофаги эволюционно развили собственные механизмы защиты от систем CRISPR-Cas. Одним из таких механизмов являются белковые ингибиторы, известные как анти-CRISPR. Анти-CRISPR - это семейство белков, которые могут ингибировать или блокировать активность CRISPR-Cas систем. Эти белки были обнаружены в бактериальных плазмидах и фагах и играют ключевую роль в регуляции активности системы CRISPR. Анти-CRISPR белки могут быть использованы для временного выключения или контроля активности CRISPR-Cas системы в различных биологических исследованиях или приложениях, таких как генная терапия и биотехнология.
С помощью средств биоинформатического анализа, над данными полногеномного секвенирования, был проведен широкий поиск потенциальных анти-CRISPR белков в геномных последовательностях изолятов Moraxella spp. В результате был обнаружен ген анти-CRISPR белка AcrVA2. Ген был успешно амплифицирован и клонирован в экспрессирующий вектор. После оптимизации экспрессии, последующая очистка двухэтапной хроматографией позволила получить белок высокой степени чистоты. Биохимические эксперименты подтвердили, что AcrVA2 обладает способностью ингибировать активность фермента Cas12a. Результаты открывают перспективы для дальнейших исследований и разработки новых методов регуляции активности системы CRISPR-Cas12a.
PREPARATION OF A SPECIFIC PEROXIDASE CONJUGATE TO THE CAUSATIVE AGENT OF CAMPYLOBACTERIOSIS
Authors: Abutalipova A.Zh. , Suranshiev Zh.A. , Otepova G.M.
Published: September 2024

Immunoglobulins are protein compounds in blood plasma - glycoproteins, the main function of which is to protect the body from infections. Immune antibodies are divided into five classes - IgA, IgG, IgM, IgD, IgE. Great importance in diagnostic studies is attached to immunoglobulins IgG, IgA, IgM. During the study, their qualitative and quantitative content is determined. The first determines the presence of infection in the blood, the second determines the level of antibodies in the blood of the organism affected by the disease. For each infection there is a certain level of antibodies M and G in the blood, and some infections are not accompanied by an increase in the level of immunoglobulin.
IgG antibodies are large molecules with a mass of about 150 kDa. These are specific antibodies produced by cells of the immune system in response to the attack of pathogens - causative agents of viral, bacterial, fungal and other diseases. G-class immunoglobulins (IgG) are dominant among all other serum immunoglobulins. They ensure the formation of long-term and stable, in some cases lifelong immunity against a number of serious pathologies such as measles, rubella, chickenpox.
IgG makes up 80% of all immunoglobulins in the blood serum and up to 20% of its total proteins. Plasmocytes (mature B-lymphocytes) synthesize IgG.
G-immunoglobulin (IgG). Immunoglobulins of this isotype have the classic monomeric form and provide the bulk of the antibodies synthesized during the second immune response. Because of its low molecular weight, IgG readily penetrates tissues and is the most studied immunoglobulin with the ability to penetrate the placental barrier. It passes through the placenta from mother to fetus and protects the baby from infection, many different viruses, providing the baby with humoral immunity until the first (until about 4-6 months of age) of its own immunity. Consequently, a newborn baby will have the same antibodies as its mother for the first five to six months of life, and thus will be able to protect itself from all the dangerous pathogens the baby encounters in the mother's life until these antibodies break down and disappear. This set of immunoglobulins is very important for the newborn, who is very susceptible to infections, especially in the respiratory and digestive systems that can activate the complement system.
The main purpose of this work is to isolate and purify G-immunoglobulins from rabbit serum immunized with Campylobacteriosis pathogen antigen.
As a result of precipitation and purification of rabbit blood serum immunized with Campylobacteriosis antigen-causing agent by saturated ammonium sulfate solution by chromatography method, G-immunoglobulin with a total volume of 30 ml and protein concentration of about 1 mg/ml was isolated. The obtained G-immunoglobulin will be used in the preparation of peroxidase conjugate specific for campylobacteriosis pathogen.
ALLELE-SPECIFIC QPCR METHOD FOR SNP AND INDEL GENOTYPING BASED ON FRET
Authors: Kalendar R.N.
Published: September 2024

The proposed Allele-specific q-PCR (ASQ) method for genotyping of single nucleotide polymorphism (SNP) and insertion-deletion polymorphism (InDel), based on Fluorescence resonance energy transfer (FRET). Initially named by its developers as Kompetitive Allele Specific PCR (KASP), this method is an AS-PCR variant adapted for fluorescence-based detection of amplification results. We developed a bioinformatic tool for designing probe sequences for PCR-based genotyping assays. Probe sequences are designed in both directions, and both single nucleotide polymorphisms (SNPs) and insertion-deletions (InDels) may be targeted. In addition, the tool allows discrimination of up to four allelic variants at a single SNP site. To increase both the reaction specificity and the discriminative power of SNP genotyping, each allele-specific primer is designed such that the penultimate base before the primer’s 3′ end base is positioned at the SNP site. The tool allows the design of custom FRET cassette reporter systems for fluorescence-based assays. FastPCR is a user-friendly and powerful Java-based software that is freely available (http://primerdigital.com/tools/). Using the FastPCR environment and the tool for designing AS-PCR provides unparalleled flexibility for developing genotyping assays and specific and sensitive diagnostic PCR-based tests, translating into a greater likelihood of research success.
THERAPEUTIC AND PROPHYLACTIC PREPARATIONS BASED ON RECOMBINANT PROTEINS
Authors: Patapovich M.I.
Published: September 2024

Animal's infectious and non-infectious diseases is a global problem, which costs billions of dollars annually.
Infectious diseases can be divided into viral, bacterial and mixed (bacterial and viral). The latter group is currently most prevalent and usually, during the first stage of the disease, animal is exposed to the virus, weakening the organism and "opening the gates" for bacterial pathogens, which greatly complicate the picture of the disease.
Humans have antibiotics to fight bacterial infections and they until recently were widely and successfully used. However, a problem of mass resistance and insensitivity of microorganisms to antibiotics arises, i.e. widespread and uncontrolled use of antimicrobial drugs has led to the development of resistant pathogenic strains, which are not susceptible to standard methods of therapy.
In case of viral and mixed infections, when the main or initial causative agent of the disease is a virus, it is still a deficit of effective medications to cure such conditions, and existing tools are directed primarily against human diseases and not effective in animals.
At the heart of the confrontation between the organism and the infectious agent is the immune system. However, if this system is depressed or in non-functional state, the organism almost has no chances to recover.
Many researches focused on the development of preparations that act directly on the infectious agent (antibiotics) or stimulate the immune system, which itself deals with the causative agent. It should be noted that antibiotics fight with bacteria and simultaneously depress the immune system. Chemical immunomodulators have a number of side effects.
In our laboratory we are developing preparations based on protective proteins of animals (cytokines), which are components of the immune system. Moreover, these components are strictly specific, i.e. bovine proteins used only for cows, porcine – for pigs, canine – for dogs, etc.
After injection these component(s) triggers the production of a range of protective components of the immune system, allowing the organism to cope with a variety of pathogens within a short period.
Our researches also show that the joint use of antibiotics and cytokines allows for elimination of the negative effects of antibiotics on animal’s organism and reduction of the effective dose of the antibiotic.
We have also developed an innovative patented injectable dosage form, which prolongs the therapeutic and prophylactic effects of preparations.
ПЕРСПЕКТИВНЫЕ БИОДЕСТРУКТОРЫ ПОЛИКЕТИДНЫХ МИКОТОКСИНОВ, ЗАГРЯЗНЯЮЩИХ СЕЛЬСКОХОЗЯЙСТВЕННУЮ ПРОДУКЦИЮ
Authors: Стацюк Н.В. , Синельников И.Г. , Микитюк О.Д. , Назарова Т.А. , Щербакова Л.А.
Published: September 2024

Афлатоксин В1 (AFB1) и зеараленон (ZEN) относятся к наиболее распространенным поликетидным микотоксинам, загрязняющим сельскохозяйственную продукцию. Воздействие этих микотоксинов на организм сельскохозяйственных животных наносит существенный ущерб их здоровью и продуктивности. Мировой экономический ущерб от потерь урожая, вызванных заражением токсиногенных грибов, достигает 16 млрд. USD/год. Поэтому деконтаминация загрязненной продукции имеет важное экономическое значение. Одним из перспективных методов в этом отношении является использование микроорганизмов-деструкторов, способных катаболизировать микотоксины, в том числе AFB1 и ZEN. В настоящее время для целого ряда микроорганизмов показана способность необратимо трансформировать эти поликетиды в менее токсичные соединения.
В результате проведенного нами скрининга 41 изолята различных видов грибов, колонизирующих природные субстраты совместно с продуцентом AFB1 Aspergillus flavus, на способность разрушать AFB1, добавленный в питательную среду, было выявлено несколько его перспективных биодеструкторов, в частности, изолят Phoma glomerata PG41, обладавший наиболее выраженной целевой активностью. Анализ экзометаболитов PG41 позволил установить белковую природу фактора, ответственного за эту активность. Биоинформационный анализ последовательностей пептидов, полученных в результате трипсинолиза данного белкового фактора, очищенного с помощью электрофореза, позволил выявить его достоверную гомологию с некоторыми микробными оксидазами и оксидо-редуктазами, в частности, с оксидазой из гриба Armillariella tabescens, что позволяет предположить, присутствие в секретоме PG41 токсин-конвертирующих ферментов оксидазного типа.
Было также установлено, что коллекционный штамм GRZ7 гриба Clonostachys rosea (синоним Gliocladium rosea) обладающий лактоназной активностью, обеспечивал высокую степень катаболизма ZEN, добавленного в питательную среду, а его экзометаболиты оказались способны деградировать не только AFB1, но и ZEN. Их ZEN-деградирующая эффективность в модельных смесях достигала 68% и значительно превосходила таковую для AFB1 (30%). Идентификация гена лактоназы ZEN и его перенос в промышленный штамм Penicillium canescens PCA-10 обеспечили возможность создания эффективного рекомбинантного продуцента, в культуральной жидкости которого происходила необратимая трансформация токсина и его полное удаление из модельного раствора после 3-часовой инкубации.
Кроме того, методом гетерологичной экспрессии был получен активный дрожжевой штамм-продуцент GS115, секретирующий афлатоксин-оксидазу из A. tabescens.
Дальнейшие исследования показали, что указанные рекомбинантные продуценты могут быть использованы для получения соответствующих токсин-деградирующих ферментов в количествах, достаточных для обработки зерна, контаминированного AFB1 или ZEN.
Исследование поддержано Российским научным фондом (проект № 22-16-00153).
An interesting mass: a case of abdominal teratoma from ovary complicated with torsion
Authors: Zheng Shuang , Peng Fang , Tong Chengwen , Wang Dawei , Liu Lian-di , Xiao Bin
Published: September 2024

.
Unlocking hidden clues: how ultrasound is transforming gout
Authors: Serban Oana
Published: September 2024

-
Diagnostic application of the ColonFlag AI tool in combination with faecal immunochemical test in patients on an urgent lower gastrointestinal cancer pathway
Authors: Ayling Ruth M , Cotter Finbarr
Published: September 2024

Objective

Colorectal cancer (CRC) is the fourth most common cancer in the UK. Patients with symptoms suggestive of CRC should be referred for urgent investigation. However, gastrointestinal symptoms are often non-specific and there is a need for suitable triage tools to enable prioritisation of investigations. In this study, the performance of the faecal immunochemical test (FIT), anaemia and the artificial intelligence algorithm ColonFlag were retrospectively examined and evaluated for their potential clinical benefits in patients who had been referred on an urgent lower gastrointestinal cancer pathway.

Design

All patients aged over 40 years referred in a 12-month period were included. After 6 months, clinical outcomes were determined and the performance of the triage tests was evaluated.

Results

A total of 3822 patients completed investigations and received a diagnosis. 143 had CRC, 126 high-risk adenomas (HRA). ColonFlag would have missed 27 CRC and 29 HRA. Faecal haemoglobin (f-Hb) at a cut-off of 10 µg/g would have missed 10 CRC and 26 HRA; f-Hb in combination with anaemia would have missed 2 CRC and 14 HRA. Using f-Hb in combination with ColonFlag would have missed only 1 CRC and 5 HRA and would have reduced the need for urgent referral by over 400 patients.

Conclusion

ColonFlag has potential to assist detection of CRC and HRA, alone where no faecal sample is present and in combination with FIT and to reduce the need for urgent referral.
Investigating the efficacy of acupuncture in treating patients with metabolic-associated fatty liver disease: a protocol for a randomised controlled clinical trial
Authors: Fu Lihong , Huang Lingying , Gao Yueqiu , Zhu Wanchun , Cui Yu , Wang Shihao , Yan Meihua , Li Jing , Duan Junyi , Pan Jielu , Li Man
Published: September 2024

Introduction

Acupuncture is widely used for metabolic-associated fatty liver disease (MAFLD) treatment; however, the clinical efficacy has not been confirmed due to the lack of high-level evidence-based clinical practice. The purpose of this study is to design a research protocol that will be used to determine the efficacy of acupuncture versus sham acupuncture (SHA) for MAFLD treatment.

Methods and analysis

This will be a multicentre, randomised and sham-controlled trial. Ninety-eight participants with MAFLD will be enrolled in this trial. Participants will be randomly assigned in a 1:1 ratio to receive acupuncture or SHA for 12 weeks. The primary outcome is the rate of patients with a 30% relative decline in liver fat after 12 weeks of treatment in MRI-proton density fat fraction (MRI-PDFF), which will be obtained by quantitative chemical shift imaging such as the multipoint Dixon method at 0, 12 and 24 weeks. Secondary outcomes include the changes in the relative liver fat content measured by MRI-PDFF, magnetic resonance elastography, liver function, lipid metabolism, homeostatic model assessment for insulin resistance (HOMA-IR) and serum high sensitivity C reactive protein, which will be obtained at 0, 6, 12 and 24 weeks. Body measurement indicators (body mass index, waist circumference, hip circumference and waist-to-hip ratio) will be obtained at 0, 3, 6, 9, 12 and 24 weeks. The alteration in the gut microbiota composition and its metabolism will be assessed by 16S ribosomal RNA sequencing and liquid chromatography-mass spectrometry at 0 and 12 weeks.

Ethics and dissemination

This study protocol has been approved by the ethics committee of Shuguang Hospital Affiliated to Shanghai University of Traditional Chinese Medicine (2023-1347-114-01). The results of this study will be published in a peer-reviewed journal and presented at academic conferences.

Trial registration number

ChiCTR2300075701.
Occurrence of metabolic syndrome in midlife in relation to cardiovascular morbidity and all-cause mortality—lessons from a population-based matched cohort study with 27 years follow-up
Authors: Lönnberg Lena , Leppert Jerzy , Ohrvik John , Rehn Mattias , Chabok Abbas , Damberg Mattias
Published: September 2024

Objectives

We examined how asymptomatic metabolic syndrome (MetS) in midlife affects cardiovascular (CV) morbidity and all-cause mortality later in life and studied difference in time to event and from the individual components related to MetS.

Design

Population-based matched cohort study including data from a screening programme for identification of CV risk factors.

Setting

Primary care, County of Västmanland, Sweden.

Participants

All inhabitants turning 40 or 50 years between 1990 and 1999 were invited to a health screening. Total 34 269 (60.1%) individuals completed the health examination. Participants that met a modified definition of MetS were individually matched to two controls without MetS with regard to age, sex and date of health examination.

Interventions

None.

Main outcome measures

CV events and all-cause mortality from the index examination to June 2022.

Results

All 5084 participants with MetS were matched to two controls. There were 1645 (32.4%) CV events in the MetS group and 2321 (22.8%) CV events for controls. 1317 (25.9%) MetS and 1904 (18.7%) control subjects died. The adjusted HRs (aHR) for CV event and death were significantly higher when MetS was present (aHR) 1.39*** (95% CI 1.28 to 1.50) and 1.27*** (95% CI 1.16 to 1.40) respectively. The factor analysis identified three dominating factors: blood pressure, cholesterol and blood glucose. Mean time for first CV event and death was 2.6 years and 1.5 years shorter respectively for participants within the highest quartile compared with participants with lower mean arterial blood pressure (MAP). The aHR for each 10 mm Hg increased MAP were 1.19*** (95% CI 1.15 to 1.23) for CV event and 1.16*** (95% CI 1.11 to 1.21) for death.

Conclusion

The risk of a CV event and premature death is significantly increased when MetS is present. Early detection of metabolic risk factors, especially, high blood pressure, opens a window of opportunity to introduce preventive treatment to reduce CV morbidity and all-cause mortality.
Voluntary sector specialist service provision and commissioning for victim-survivors of sexual violence: results from two national surveys in England
Authors: Damery Sarah , Gunby Clare , Hebberts Lucy , Patterson Laura , Smailes Harriet , Harlock Jenny , Isham Louise , Maxted Fay , Schaub Jason , Smith Deb , Taylor Julie , Bradbury-Jones Caroline
Published: September 2024

Background

In England, voluntary sector specialist (VSS) services are central to supporting victim-survivors of sexual violence (SV). However, empirical evidence is lacking about the scope, range and effectiveness of VSS provision for SV in England.

Objectives

To undertake national surveys to map SV VSS service provision and describe arrangements for funding and commissioning.

Design

Cross-sectional surveys.

Setting

VSS services for SV and commissioners from multiple organisations across England (January–June 2021).

Methods

Senior staff working in VSS services and commissioners from multiple organisations were surveyed electronically. Surveys explored SV service commissioning, funding and delivery, partnerships between organisations, perceived unmet need for services, and views about facilitators and challenges. Data were analysed descriptively to characterise VSS service provision for SV and commissioning across England.

Results

54 responses were received from VSS providers and 34 from commissioners. Data demonstrated a complex and evolving funding and commissioning landscape in which providers typically secured funding from multiple sources, impacting consistency and scope of service provision. It was common for multiple organisations to co-commission services, demonstrating trends towards larger contracts that may disadvantage smaller specialist providers. Numerous examples of partnership working between organisations were identified, although developing partnerships was noted as challenging, particularly between VSS organisations. There was clear evidence of unmet need for services, with some groups of victim-survivors such as those from black and minority ethnic groups, often underserved by specialist services. However, there was also evidence of innovative service development and commissioning approaches to meet the needs of victim-survivors who face challenges accessing services.

Conclusions

This study provides novel insights into SV service provision and commissioning in England, including unmet needs among victim-survivors.
Microsporidial stromal keratitis: treatment outcomes, clinical manifestations, confocal microscopy and histopathology findings: a retrospective observational study
Authors: Saksurakan Thurdkiat , Puangsricharern Vilavun , Assavapongpaiboon Buravej , Kittipibul Thanachaporn , Pattanawong Urassaya , Satitpitakul Vannarut , Reinprayoon Usanee , Kasetsuwan Ngamjit , Jongwutiwes Somchai , Tulvatana Wasee
Published: September 2024

Objective

Microsporidial stromal keratitis (MSK) is an uncommon disease. Only several case series have been reported. We aimed to describe the clinical manifestations, histopathology and treatment outcomes of MSK.

Methods and analysis

Retrospective data of MSK diagnosed between January 2009 and December 2020 at the King Chulalongkorn Memorial Hospital, Bangkok, Thailand were retrieved. The diagnosis was made based on corneal scraping, corneal biopsy and corneal button histopathology findings. Detailed clinical characteristics, histopathological findings and treatment outcomes were reviewed and analysed.

Results

21 patients with MSK with a mean age of 63.8 years (SD 12.2) had an indolent disease onset with a median of 9 months (IQR 2.2–12.0). Five patients (23.8%) experienced ocular traumas. Herpes stromal keratitis was the most common preliminary diagnosis (33.3%), followed by non-specific ulcers and fungal keratitis. The most common corneal finding was multifocal grey-white lesions with anterior to mid-stromal infiltration and fluffy borders (66.7%). Pathogens were identified by modified trichrome staining of corneal scrapings in 11 of 14 cases (78.6%). Histopathological examination showed positive Ziehl-Neelsen staining in 17 of 19 cases (89.5%). All patients received surgical treatment, with 18 receiving therapeutic penetrating keratoplasty (TPK), 2 undergoing deep anterior lamellar keratoplasty and 1 undergoing femtosecond laser-assisted anterior lamellar keratoplasty. The overall cure rate was 76.2% after the first surgery and 95.2% after the second surgery.

Conclusion

MSK can be easily underdiagnosed. Clues to diagnosis included a history of chronic refractory stromal infiltration and typical corneal findings of deep stromal infiltration, without epithelial defects. TPK is the preferred treatment for MSK.