bluuebunny/crossref_metadata_2025 huggingface dataset:
Zinc Regulates the Stability of Repetitive Minisatellite DNA Tracts During Stationary Phase
Authors: Kelly Maire K , Jauert Peter A , Jensen Linnea E , Chan Christine L , Truong Chinh S , Kirkpatrick David T
Published: December 2007

Repetitive minisatellite DNA tracts are stable in mitotic cells but unstable in meiosis, altering in repeat number and repeat composition. As relatively little is known about the factors that influence minisatellite stability, we isolated mutations that destabilize a minisatellite repeat tract in the ADE2 gene of Saccharomyces cerevisiae. One mutant class exhibited a novel color segregation phenotype, “blebbing,” characterized by minisatellite instability during stationary phase. Minisatellite tract alterations in blebbing strains consist exclusively of the loss of one 20-bp repeat. Timing experiments suggest that these tract alterations occur only after cells have entered stationary phase. Two complementation groups identified in this screen have mutations in either the high-affinity zinc transporter ZRT1 or its zinc-dependent transcriptional regulator ZAP1. The Δzrt1 mutant specifically affects the stability of minisatellite tracts; microsatellites or simple insertions in the ADE2 reading frame are not destabilized by loss of ZRT1. The Δzrt1 blebbing phenotype is partially dependent on a functional RAD50. Zinc is known for its role as an essential cofactor in many DNA-binding proteins. We describe possible models by which zinc can influence minisatellite stability. Our findings directly implicate zinc homeostasis in the maintenance of genomic stability during stationary phase.
Two Zinc-Cluster Transcription Factors Control Induction of Alternative Oxidase in Neurospora crassa
Authors: Chae Michael S , Nargang Cheryl E , Cleary Ian A , Lin Colin C , Todd Andrea T , Nargang Frank E
Published: December 2007

The alternative oxidase transfers electrons from ubiquinol to molecular oxygen, providing a mechanism for bypassing the later steps of the standard cytochrome-mediated electron transport chain. The enzyme is found in an array of organisms and in many cases is known to be produced in response to perturbations of the standard chain. Alternative oxidase is encoded in the nucleus but functions in the inner mitochondrial membrane. This implies the existence of a retrograde regulation pathway for communicating from the mitochondrion to the nucleus to induce alternative oxidase expression. Previous studies on alternative oxidase in fungi and plants have shown that a number of genes are required for expression of the enzyme, but the identity of these genes has remained elusive. By gene rescue we have now shown that the aod-2 and aod-5 genes of Neurospora crassa encode transcription factors of the zinc-cluster family. Electrophoretic mobility shift assays show that the DNA-binding domains of the AOD2 and AOD5 proteins act in tandem to bind a sequence element in the alternative oxidase gene promoter that is required for expression. Both proteins contain potential PAS domains near their C terminus, which are found primarily in proteins involved in signal transduction.
Nucleotide Variation in Wild and Inbred Mice
Authors: Salcedo Tovah , Geraldes Armando , Nachman Michael W
Published: December 2007

The house mouse is a well-established model organism, particularly for studying the genetics of complex traits. However, most studies of mice use classical inbred strains, whose genomes derive from multiple species. Relatively little is known about the distribution of genetic variation among these species or how variation among strains relates to variation in the wild. We sequenced intronic regions of five X-linked loci in large samples of wild Mus domesticus and M. musculus, and we found low levels of nucleotide diversity in both species. We compared these data to published data from short portions of six X-linked and 18 autosomal loci in wild mice. We estimate that M. domesticus and M. musculus diverged <500,000 years ago. Consistent with this recent divergence, some gene genealogies were reciprocally monophyletic between these species, while others were paraphyletic or polyphyletic. In general, the X chromosome was more differentiated than the autosomes. We resequenced classical inbred strains for all 29 loci and found that inbred strains contain only a small amount of the genetic variation seen in wild mice. Notably, the X chromosome contains proportionately less variation among inbred strains than do the autosomes. Moreover, variation among inbred strains derives from differences between species as well as from differences within species, and these proportions differ in different genomic regions. Wild mice thus provide a reservoir of additional genetic variation that may be useful for mapping studies. Together these results suggest that wild mice will be a valuable complement to laboratory strains for studying the genetics of complex traits.
Genomewide Spatial Correspondence Between Nonsynonymous Divergence and Neutral Polymorphism Reveals Extensive Adaptation in Drosophila
Authors: Macpherson J Michael , Sella Guy , Davis Jerel C , Petrov Dmitri A
Published: December 2007

The effect of recurrent selective sweeps is a spatially heterogeneous reduction in neutral polymorphism throughout the genome. The pattern of reduction depends on the selective advantage and recurrence rate of the sweeps. Because many adaptive substitutions responsible for these sweeps also contribute to nonsynonymous divergence, the spatial distribution of nonsynonymous divergence also reflects the distribution of adaptive substitutions. Thus, the spatial correspondence between neutral polymorphism and nonsynonymous divergence may be especially informative about the process of adaptation. Here we study this correspondence using genomewide polymorphism data from Drosophila simulans and the divergence between D. simulans and D. melanogaster. Focusing on highly recombining portions of the autosomes, at a spatial scale appropriate to the study of selective sweeps, we find that neutral polymorphism is both lower and, as measured by a new statistic QS, less homogeneous where nonsynonymous divergence is higher and that the spatial structure of this correlation is best explained by the action of strong recurrent selective sweeps. We introduce a method to infer, from the spatial correspondence between polymorphism and divergence, the rate and selective strength of adaptation. Our results independently confirm a high rate of adaptive substitution (∼1/3000 generations) and newly suggest that many adaptations are of surprisingly great selective effect (∼1%), reducing the effective population size by ∼15% even in highly recombining regions of the genome.
Large-Scale Survey of Cytosine Methylation of Retrotransposons and the Impact of Readout Transcription From Long Terminal Repeats on Expression of Adjacent Rice Genes
Authors: Kashkush Khalil , Khasdan Vadim
Published: December 2007

Transposable elements (TEs) represent ∼45% of the human genome and 50–90% of some grass genomes. While most elements contain inactivating mutations, others are reversibly inactivated (silenced) by epigenetic mechanisms, including cytosine methylation. Previous studies have shown that retrotransposons can influence the expression of adjacent host genes. In this study, the methylation patterns of TEs and their flanking sequences in different tissues were undertaken using a novel technique called transposon methylation display (TMD). TMD was successfully applied on a highly copied (∼1000 copies), newly amplified LTR retrotransposon family in rice called Dasheng. We determined that the methylation status of a subset of LTRs varies in leaves vs. roots. In addition, we determined that tissue-specific LTR methylation correlated with tissue-specific expression of the flanking rice gene. Genes showing tissue-specific expression were in opposite orientation relative to the LTR. Antisense transcripts were detected in the tissue where the sense transcripts from that gene were not detected. Comparative analysis of Dasheng LTR methylation in the two subspecies, japonica vs. indica revealed LTR-mediated differences in subspecies gene expression. Subspecies-specific expression was due either to polymorphic Dasheng insertion sites between the two subspecies or to subspecies-specific methylation of LTRs at the same locus accounted for observed differences in the expression of adjacent genes.
Joint Inference of the Distribution of Fitness Effects of Deleterious Mutations and Population Demography Based on Nucleotide Polymorphism Frequencies
Authors: Keightley Peter D , Eyre-Walker Adam
Published: December 2007

The distribution of fitness effects of new mutations (DFE) is important for addressing several questions in genetics, including the nature of quantitative variation and the evolutionary fate of small populations. Properties of the DFE can be inferred by comparing the distributions of the frequencies of segregating nucleotide polymorphisms at selected and neutral sites in a population sample, but demographic changes alter the spectrum of allele frequencies at both neutral and selected sites, so can bias estimates of the DFE if not accounted for. We have developed a maximum-likelihood approach, based on the expected allele-frequency distribution generated by transition matrix methods, to estimate parameters of the DFE while simultaneously estimating parameters of a demographic model that allows a population size change at some time in the past. We tested the method using simulations and found that it accurately recovers simulated parameter values, even if the simulated demography differs substantially from that assumed in our analysis. We use our method to estimate parameters of the DFE for amino acid-changing mutations in humans and Drosophila melanogaster. For a model of unconditionally deleterious mutations, with effects sampled from a gamma distribution, the mean estimate for the distribution shape parameter is ∼0.2 for human populations, which implies that the DFE is strongly leptokurtic. For Drosophila populations, we estimate that the shape parameter is ∼0.35. Differences in the shape of the distribution and the mean selection coefficient between humans and Drosophila result in significantly more strongly deleterious mutations in Drosophila than in humans, and, conversely, nearly neutral mutations are significantly less frequent.
Flowering Time Quantitative Trait Loci Analysis of Oilseed Brassica in Multiple Environments and Genomewide Alignment with Arabidopsis
Authors: Long Y , Shi J , Qiu D , Li R , Zhang C , Wang J , Hou J , Zhao J , Shi L , Park Beom-Seok , Choi S R , Lim Y P , Meng J
Published: December 2007

Most agronomical traits exhibit quantitative variation, which is controlled by multiple genes and are environmentally dependent. To study the genetic variation of flowering time in Brassica napus, a DH population and its derived reconstructed F2 population were planted in 11 field environments. The flowering time varied greatly with environments; 60% of the phenotypic variation was attributed to genetic effects. Five to 18 QTL at a statistically significant level (SL-QTL) were detected in each environment and, on average, two new SL-QTL were discovered with each added environment. Another type of QTL, micro-real QTL (MR-QTL), was detected repeatedly from at least 2 of the 11 environments; resulting in a total of 36 SL-QTL and 6 MR-QTL. Sixty-three interacting pairs of loci were found; 50% of them were involved in QTL. Hundreds of floral transition genes in Arabidopsis were aligned with the linkage map of B. napus by in silico mapping; 28% of them aligned with QTL regions and 9% were consistent with interacting loci. One locus, BnFLC10, in N10 and a QTL cluster in N16 were specific to spring- and winter-cropped environments respectively. The number of QTL, interacting loci, and aligned functional genes revealed a complex genetic network controlling flowering time in B. napus.
The Impact of Genetic Relationship Information on Genome-Assisted Breeding Values
Authors: Habier D , Fernando R L , Dekkers J C M
Published: December 2007

The success of genomic selection depends on the potential to predict genome-assisted breeding values (GEBVs) with high accuracy over several generations without additional phenotyping after estimating marker effects. Results from both simulations and practical applications have to be evaluated for this potential, which requires linkage disequilibrium (LD) between markers and QTL. This study shows that markers can capture genetic relationships among genotyped animals, thereby affecting accuracies of GEBVs. Strategies to validate the accuracy of GEBVs due to LD are given. Simulations were used to show that accuracies of GEBVs obtained by fixed regression–least squares (FR–LS), random regression–best linear unbiased prediction (RR–BLUP), and Bayes-B are nonzero even without LD. When LD was present, accuracies decrease rapidly in generations after estimation due to the decay of genetic relationships. However, there is a persistent accuracy due to LD, which can be estimated by modeling the decay of genetic relationships and the decay of LD. The impact of genetic relationships was greatest for RR–BLUP. The accuracy of GEBVs can result entirely from genetic relationships captured by markers, and to validate the potential of genomic selection, several generations have to be analyzed to estimate the accuracy due to LD. The method of choice was Bayes-B; FR–LS should be investigated further, whereas RR–BLUP cannot be recommended.
Gene-Based Sequence Diversity Analysis of Field Pea (Pisum)
Authors: Jing Runchun , Johnson Richard , Seres Andrea , Kiss Gyorgy , Ambrose Mike J , Knox Maggie R , Ellis T H Noel , Flavell Andrew J
Published: December 2007

Sequence diversity of 39 dispersed gene loci was analyzed in 48 diverse individuals representative of the genus Pisum. The different genes show large variation in diversity parameters, suggesting widely differing levels of selection and a high overall diversity level for the species. The data set yields a genetic diversity tree whose deep branches, involving wild samples, are preserved in a tree derived from a polymorphic retrotransposon insertions in an identical sample set. Thus, gene regions and intergenic “junk DNA” share a consistent picture for the genomic diversity of Pisum, despite low linkage disequilibrium in wild and landrace germplasm, which might be expected to allow independent evolution of these very different DNA classes. Additional lines of evidence indicate that recombination has shuffled gene haplotypes efficiently within Pisum, despite its high level of inbreeding and widespread geographic distribution. Trees derived from individual gene loci show marked differences from each other, and genetic distance values between sample pairs show high standard deviations. Sequence mosaic analysis of aligned sequences identifies nine loci showing evidence for intragenic recombination. Lastly, phylogenetic network analysis confirms the non-treelike structure of Pisum diversity and indicates the major germplasm classes involved. Overall, these data emphasize the artificiality of simple tree structures for representing genomic sequence variation within Pisum and emphasize the need for fine structure haplotype analysis to accurately define the genetic structure of the species.
Characterization of New Spt3 and TATA-Binding Protein Mutants of Saccharomyces cerevisiae: Spt3–TBP Allele-Specific Interactions and Bypass of Spt8
Authors: Laprade Lisa , Rose David , Winston Fred
Published: December 2007

The Spt-Ada-Gcn5-acetyltransferase (SAGA) complex of Saccharomyces cerevisiae is a multifunctional coactivator complex that has been shown to regulate transcription by distinct mechanisms. Previous results have shown that the Spt3 and Spt8 components of SAGA regulate initiation of transcription of particular genes by controlling the level of TATA-binding protein (TBP/Spt15) associated with the TATA box. While biochemical evidence exists for direct Spt8–TBP interactions, similar evidence for Spt3–TBP interactions has been lacking. To learn more about Spt3–TBP interactions in vivo, we have isolated a new class of spt3 mutations that cause a dominant-negative phenotype when overexpressed. These mutations all cluster within a conserved region of Spt3. The isolation of extragenic suppressors of one of these spt3 mutations has identified two new spt15 mutations that show allele-specific interactions with spt3 mutations with respect to transcription and the recruitment of TBP to particular promoters. In addition, these new spt15 mutations partially bypass an spt8 null mutation. Finally, we have examined the level of SAGA–TBP physical interaction in these mutants. While most spt3, spt8, and spt15 mutations do not alter SAGA–TBP interactions, one spt3 mutation, spt3-401, causes a greatly increased level of SAGA–TBP physical association. These results, taken together, suggest that a direct Spt3–TBP interaction is required for normal TBP levels at Spt3-dependent promoters in vivo.
Avalanche Safety Practices in Utah
Authors: Silverton Natalie A. , McIntosh Scott E. , Kim Han S.
Published: December 2007

Objective

Avalanche fatalities occur on a yearly basis in Utah. The purpose of this study was to assess avalanche safety practices of different backcountry users in Utah and to identify groups that can be targeted for avalanche safety education.

Methods

We surveyed 353 winter backcountry users to determine the percentage of participants in each group who were traveling with one or more partners; the percentage who were carrying avalanche transceivers, shovels, probes, or AvaLungs; and the percentage who had taken an avalanche safety course. A measure of minimum safe practice was defined as 1) traveling with a partner, 2) carrying an avalanche transceiver, and 3) carrying a shovel. Participants in this study were backcountry skiers, snowboarders, snowshoers, snowmobilers, and out-of-bounds resort skiers/snowboarders traveling in the Wasatch and Uinta Mountains of Utah during the winter of 2005–06.

Results

The percentage of backcountry recreationists traveling with one or more partners was not significantly different ( P = .0658) among backcountry skiers, snowboarders, snowshoers, snowmobilers, and out-of-bounds resort skiers/snowboarders. These groups did, however, differ in the percentage who carried avalanche transceivers ( P < .0001), shovels ( P < .0001), probes ( P < .0001), and AvaLungs ( P = .0020), as well as in the percentage who had taken an avalanche safety course ( P < .0001) and the percentage who were carrying out minimum safe practices ( P < .0001). Backcountry skiers showed the highest level of avalanche preparedness, with 98% carrying avalanche transceivers, 98% carrying shovels, 77% carrying probes, 86% having taken an avalanche safety course, and 88% carrying out minimum safe practices. Out of bounds snowboarders were the least prepared with 9% carrying avalanche transceivers, 9% carrying shovels, 7% carrying probes, 33% having taken an avalanche safety course, and 2% carrying out minimum safe practices.

Conclusions

There are significant differences in the avalanche safety practices of the various groups of backcountry travelers in Utah. Backcountry skiers and snowboarders were the most prepared, while snowmobilers, snowshoers, and out-of-bounds skiers/snowboarders were relatively less prepared.
New-Onset Anxiety Disorders at High Altitude
Authors: Fagenholz Peter J. , Murray Alice F. , Gutman Jonathan A. , Findley John K. , Harris N. Stuart
Published: December 2007

Objective

Studies on the neurologic effects of high-altitude travel have focused on psychometric and cognitive testing and the long-term effects of hypoxia on memory and cognition. Few authors have discussed overt clinical psychiatric illness during high-altitude travel, and those few have focused on patients with preexisting psychiatric diagnoses. We describe a series of patients with new-onset anxiety disorders at high altitude treated at the Himalayan Rescue Association (HRA) clinic in Pheriche, Nepal (4240 m) in the spring season of 2006.

Methods

We report on all 6 cases of anxiety-related illness diagnosed at the HRA Pheriche Clinic during the spring season, 2006. Three cases, representing the 3 discrete types of illness we encountered, are described in detail.

Results

Six of 76 foreign patients and none of the 224 Nepalis seen during the season had anxiety-related primary diagnoses. None of the 6 patients had a history of psychiatric disorders or anxiety-related problems at low altitude. Three of the 6 patients were seen after hours, and all 6 required multiple visits. We describe 3 types of anxiety-related disorders: limited-symptom panic attacks induced by nocturnal periodic breathing, excessive health-related anxiety, and excessive emotionality.

Conclusions

Anxiety-related illness requires significant use of medical resources by high-altitude travelers. Further research is needed to define the epidemiology of anxiety-related disorders at high altitude, to quantify the contributions of various etiologic factors, and to identify safe, effective treatments.
Tratamento da deficiência do hormônio de crescimento (GH) em crianças: comparação entre o uso de canetas versus frascos/seringas para a aplicação do GH
Authors: Marchisotti Frederico G. , Carvalho Luciani R.S. , Berger Karina , Arnhold Ivo J.P. , Mendonça Berenice B.
Published: December 2007

O objetivo deste estudo foi comparar as duas apresentações de GH recombinante humano (rGH) para tratamento da deficiência de GH (DGH). Dez crianças pré-púberes portadoras de DGH foram acompanhadas durante 6 meses. Elas receberam, por 3 meses, injeções com seringa e, a seguir, com canetas por mais 3 meses. A aceitabilidade foi avaliada através de questionário. O desperdício foi calculado através da diferença entre o número de frascos/refis utilizados e o previsto para o período. A resposta ao tratamento foi avaliada pelo ganho em desvio-padrão (DP) de altura medido a cada 3 meses. Após 6 meses, 90% dos pacientes/familiares afirmaram preferir a caneta em termos de facilidade técnica e dor local, e todos consideraram a caneta melhor em termos de facilidade de transporte e armazenamento. O desperdício foi menor com a caneta, assim como o custo. Concluímos que a administração de rGH através de caneta é mais conveniente, melhor aceita pelos pacientes e resulta em menor desperdício quando comparada com o tratamento por seringa.
Comparação entre a bomba de infusão de insulina subcutânea e o esquema de múltiplas doses de insulina em adolescentes com diabetes melito do tipo 1 da rede pública de saúde na abordagem da hipoglicemia grave
Authors: Gabbay Mônica A.L. , Dib Sérgio A.
Published: December 2007

OBJETIVO: Avaliação comparativa da freqüência de hipoglicemia severa após mudança da terapia com múltiplas doses de insulina (MDI) para bomba de insulina subcutânea (BIISC). PACIENTES E MÉTODOS: Sete pacientes DM1, idade Mi = 14 anos e tempo médio de diabetes de 8 anos, comparados de acordo com a incidência de hipoglicemia, a dose total de insulina (U/Kg/d), IMC (Kg/m²) e HbA1c (vn: 3,5-6,7%) 1 ano antes e 1 ano após a transferência de terapêutica. Houve redução significativa dos episódios de hipoglicemia severa (1,3 episódio/paciente/ano para zero episódio/paciente/ano; p = 0,04), na dose total diária de insulina (1,33 ± 0,26 U/Kg/dia para 0,87 ± 0,17 U/kg/dia; p = 0,04) e na HbA1c (8,7 ± 0,7% para 7,8 ± 0,9%; p = 0,05 com BIISC). Concluímos que a BIISC é eficaz e segura na redução de hipoglicemia severa em um subgrupo de pacientes DM1 com MDI. Entretanto, os resultados obtidos precisam ser reproduzidos em centros semelhantes e estudos de custo são necessários para que a sua viabilidade seja confirmada e aplicada nos sistemas públicos de saúde, que correspondem à maioria no nosso país.
Association analysis between a VNTR intron 8 polymorphism of the dopamine transporter gene (SLC6A3) and obsessive- compulsive disorder in a Brazilian sample
Authors: Miguita Karen , Cordeiro Quirino , Siqueira-Roberto Jacqueline , Shavitt Roseli Gedanke , Castillo José Carlos Ramos , Castillo Ana Regina , Miguel Euripedes Constantino , Vallada Homero
Published: December 2007

Family, twin and segregation analysis have provided evidences that genetic factors are implicated in the susceptibility for obsessive-compulsive disorder (OCD). Several lines of research suggest that the dopaminergic system may be involved in the pathophysiology of OCD. Thus, the aim of the present study was to investigate a possible association between a polymorphism located in intron 8 of the dopamine transporter gene (SLC6A3) and OCD in a Brazilian sample composed by 208 patients and 865 healthy controls. No statistically differences were observed in allelic and genotype distributions between cases and controls. No association was also observed when the sample was divided according to specific phenotypic features such as gender, presence of tic disorders co-morbidity and age at onset of obsessive-compulsive symptoms (OCS). Our results suggest that the intron 8 VNTR of the SLC6A3 investigated in this study is not related to the susceptibility for OCD in our Brazilian sample.
Mesial temporal sclerosis in children
Authors: Brandão Eliana Maria Domingues , Manreza Maria Luiza Giraldes de
Published: December 2007

Mesial temporal sclerosis is the most frequent cause of drug-resistant temporal lobe epilepsy but has a satisfactory response to surgery, and is considered infrequent in children. OBJECTIVE: To evaluate the clinical, electrographic and radiological spectrum of the disease in children. METHOD: Retrospective study by review of charts of 44 children with a diagnosis of mesial temporal sclerosis on magnetic resonance imaging, attended at the "Hospital das Clínicas" of the University of São Paulo Faculty of Medicine. RESULTS: Febrile seizure was identified in the history of 54% of the patients. Injuries at the left side predominated in patients with schooling difficulties (p=0.049), in those with the first seizures between six months and five years (p=0.021) and in those with complex febrile seizure (p=0.032). Thirteen patients were submitted to surgery and of these, eight remained without seizures. CONCLUSION: Febrile seizure may be related in a more direct way to the presence of left-side mesial temporal sclerosis.
Variable fMRI activation during two different language tasks in a patient with cognitive delay
Authors: Escorsi-Rosset Sara , Wichert-Ana Lauro , Bianchin Marino Muxfeldt , Velasco Tonicarlo Rodrigues , Sakamoto Américo C. , Leite João Pereira , Santos Antonio Carlos , Araújo Dráulio Barros de
Published: December 2007

Functional MRI produces a more accurate localization of the language areas for epilepsy surgery purpose, but requires the patient cooperation. We report a 34 years-old woman with mental retardation who underwent two different verbal fluency tasks, category and word naming. We found a strong activation of the Broca’s area in the most difficult task. We suggest that a multi-task fMRI study could be successful in patients with cognitive delay.
Giant cavernoma of the orbit: clinical and surgical considerations
Authors: Chaddad Neto Feres , Lopes Armando , Machado Filho Mario , Catanoce Aguinaldo , Campos Filho José Maria , Oliveira Evandro de
Published: December 2007

Cavernous hemangiomas of the orbit are benign, hamartomatous, vascular lesions, more frequent in middle-aged women, representing the most common benign primitive neoplasm of the orbit. Several therapeutic modalities and surgical approaches have been described, in order to preserve the normal orbital structures. We describe the case of a patient with a volumous orbital cavernoma, approached by a fronto-orbito-zigotomy. A review on diagnostic modalities and surgical approaches is also presented.
Qualidade da bebida do café: efeito do acondicionamento e do tempo de conservação
Authors: Teixeira A. A. , Fazuoli L. C. , Carvalho A.
Published: December 2007

O efeito do tempo de armazenamento sobre a qualidade da bebida de café do cultivar mundo novo de Coffea arabica foi estudado em Campinas, no período de junho de 1974 a março de 1976. Planejou-se o delineamento em blocos ao acaso para as amostras, sendo analisada a bebida do café despolpado e beneficiado conservado em latas hermeticamente fechadas, em sacos de plástico, de aniagem, de tecido de algodão e de papel. Para os testes de bebida adotou-se o delineamento de blocos ao acaso. Três séries de amostras foram retiradas 5, 16 e 21 meses, após o inicio do experimento e analisadas quanto à qualidade da bebida, usando-se a escala de 0-5 pontos, normalmente empregada para essas avaliações. Não se notaram efeitos de embalagem nas amostras analisadas na primeira época, tendo as médias de pontos variado de 3,2 a 3,3. Para a segunda e terceira épocas, notaram-se diferenças significativas, sendo obtidas médias de pontos maiores nas amostras conservadas em latas e em sacos de plástico, que constituem as melhores embalagens. O tempo de armazenamento influiu desfavoravelmente para os tratamentos. Quanto à cor dos grãos, as amostras conservadas em latas e em sacos de plástico revelaram-se inalteradas, enquanto as demais pioraram, tornando-se esbranquiçadas. O teor de umidade revelou-se menor nas latas e nos sacos plásticos, bem como os valores da peneira média. Nessas embalagens observou-se maior peso de sementes de algumas peneiras.
Qualidade da bebida do café Icatu
Authors: Fazuoli L. C. , Carvalho A. , Mônaco L. C. , Teixeira A. A.
Published: December 2007

Analisaram-se as características da bebida de alguns cafeeiros híbridos (Coffea arabica x C. canephora) que deram origem ao icatu, e de plantas pertencentes a nove populações deste cultivar. A qualidade da bebida dos cafeeiros originais mostrou-se semelhante à do arábica, variando de "mole" a "apenas mole". Nas populações de icatu foram efetuadas 1953 determinações. Verificou-se que a bebida não difere daquela produzida pelo cultivar acaiá (C. arabica), tomada como padrão. Em escala de cinco pontos, 63 (3,2%) determinações deram bebida "dura" e 1324 (67,8%), "mole", enquanto o acaiá apresentou bebida "mole". Na escala de 10 pontos o número 3 foi dado a nove determinações (0,5%) e o máximo de nove pontos a 677 (34,6%), sendo de 7,7 a média de pontos conferida ao acaiá. Verificou-se que as populações H 3849-7, H 3851-4 e H 4782-7 apresentaram médias de pontos mais elevadas e que as populações H 3849-14-2 e H 3849-14-3 deram as menores médias, nas duas escalas de valores. As populações examinadas não diferem do acaiá quanto à qualidade da bebida, podendo ser utilizadas comercialmente.
Estudo de métodos de infestação para avaliação precoce da resistência do cafeeiro a Meloidogyne exigua
Authors: Fazuoli L. C , Carvalho A. , Lordello Rubens R. A.
Published: December 2007

Procurou-se desenvolver um método para avaliar a resistência de mudas novas de cafeeiros ao nematóide Meloidogyne exigua. Dois experimentos foram realizados, a fim de testar a eficiência de quatro métodos de infestação, em mudas do cultivar mundo novo de Coffea arabica, utilizando-se areia como substrato, em caixas de plástico. A avaliação do ataque pelo nematóide foi realizada subjetivamente, dando-se um ponto na ausência de galhas e cinco pontos na presença de elevado número de galhas nas raízes do cafeeiro. Com base nos parâmetros estudados, verificou-se que 60 dias após a germinação das sementes, o sistema de infestação mais eficiente consistiu na colocação de pequenos pedaços de raízes de cafeeiro com galhas, misturados com o substrato das caixas de germinação, juntamente com uma suspensão em água, de ovos e larvas do nematóide. Em leitura efetuada 150 dias após a germinação, não se verificou diferença significativa entre a infestação provocada através do uso de pequenos pedaços de raízes e com a suspensão contendo ovos e larvas ou a associação de ambos os métodos de infestação. Em todos estes tratamentos notou-se que as raízes dos cafeeiros possuíam elevado número de galhas. Os dados obtidos indicam a possibilidade de realizar testes precoces de resistência ao nematóide M. exigua, o que é de particular interesse no plano geral de melhoramento visando resistência a esse parasita.
Tolerância de cultivares de trigo a diferentes níveis de alumínio em solução nutritiva e no solo
Authors: Camargo Carlos Eduardo de Oliveira , Oliveira Otávio Franco de
Published: December 2007

Foram estudados dez cultivares de trigo em soluções nutritivas contendo cinco diferentes níveis de alumínio tóxico. A tolerância foi medida pela capacidade de as raízes primárias continuarem a crescer em solução sem alumínio, após um período prévio de 48 horas em solução contendo uma concentração conhecida de alumínio. Os cultivares Siete Cerros e Tobari-66 foram sensíveis, respectivamente, a 1 e 3 ppm de alumínio. 'Alondra-S-46', 'Alondra-S-45' e 'IAC-17' foram sensíveis a 6 ppm; 'BH-1146', 'IAC-5', 'IAC-18', 'IAC-13' e 'Londrina' foram tolerantes a 10 ppm, porém 'BH-1146', 'IAC-18' e 'IAC-13' foram mais tolerantes que 'IAC-5' e 'Londrina'. Os cultivares BH-1146, IAC-17, Alondra-S-46, Tobari-66 e Siete Cerros foram cultivados em vasos contendo solo ácido mostrando a presença de alumínio. Metade do número de vasos recebeu uma aplicação de calcário. Os resultados desse experimento mostraram que o cultivar BH-1146 diferiu significativamente em produção de grãos por planta de 'Tobari-66', 'Alondra-S-46', 'IAC-17' e 'Siete Cerros'. Esse resultado confirmou a tolerância ao alumínio do cultivar BH-1146, observada quando se empregou solução nutritiva com a presença desse elemento.
Fatores que afetam a qualidade de sementes de sorgo: cultivares e localidades
Authors: Maeda Jocely Andreuccetti , Sawasaki Eduardo
Published: December 2007

Avaliou-se a qualidade de sementes de quatro cultivares de sorgo granífero provenientes de três localidades, em diversas épocas de armazenamento, através de testes de germinação, primeira contagem e envelhecimento rápido. A germinação e o vigor, que aos dois meses de armazenamento se encontravam com valores relativamente baixos, tiveram grande variação com locais e cultivares, sendo melhores as sementes provenientes de Manduri e do híbrido Contibrasil 102.
Efeito de diferentes herbicidas nas culturas de alho e cebola
Authors: Deuber Robert , Fornasier João Baptista , Lisbão Rogério Salles
Published: December 2007

Foram instalados dois experimentos de campo, um com alho 'Lavínia' e outro com cebola 'Monte Alegre' e 'Roxa do Traviú', para estudar a eficiência de controle e a seletividade de herbicidas. Na cultura do alho, havia os seguintes tratamentos: pendimethalin a 1,50kg/ha, linuron a 1,00kg/ha e oxadiazon a 1,00kg/ha, aplicados no dia do plantio; ioxinil a 0,50 e 0,75kg/ha, ioxinil + oxadiazon a 0,75 + 0,25kg/ha e 0,50 + 0,50kg/ha, aplicados em pós-emergência, testemunhas com e sem cultivo e com palha seca. Ocorreu uma população mista de mato com predomínio de beldroega. Em contagens realizadas aos 48 e 84 dias, verificou-se excelente controle de dicotiledôneas por todos os tratamentos. Ioxinil só ou em mistura com oxadiazon, em pós-emergência, não controlou gramíneas. Nenhum tratamento herbicida reduziu o número de plantas de alho, ocorrendo os menores valores com as testemunhas com mato e com palha. As produções, em peso, de bulbos ocorreram na seguinte ordem decrescente: testemunha capinada >oxadiazon >ioxinil + oxadiazon a 0,50 + 0,50 = pendimethalin = testemunha com palha = ioxinil + oxadiazon a 0,75 + 0,25kg > linuron > ioxinil a 0,75kg >ioxinil a 0,50kg > testemunha com mato. Na cultura da cebola, havia os seguintes tratamentos: pendimethalin a 1,50kg/ha, linuron a 1,00kg, oxadiazon a 1,00kg e chloroxuron a 4,00kg, aplicados no dia do transplantio; ioxinil a 0,50kg e 0,75kg, oxadiazon + ioxinil a 0,75 + 0,25kg, idem a 1,00 + 0,25kg e a 1,00 + 1,00kg, e linuron a 1,00kg, todos aplicados 32 dias após o transplantio, testemunhas com e sem capina. Ocorreu uma população predominante de dicotiledôneas com maior frequência de beldroega e de quenopódio.A avaliação, realizada aos 48 dias, mostrou excelente controle de dicotiledôneas por todos os tratamentos, com valores acima de 95%.O ioxinil, só ou em mistura com oxadiazon, não controlou gramíneas, e o chloroxuron apresentou o menor controle geral, mas ainda satisfatório.O oxadiazon em PRÉ e o linuron em PÓS foram os mais eficientes no controle de gramíneas. Não houve diferenças entre as produções de cebola nos diferentes tratamentos.
Resistência de soja a insetos: II. Teste de livre escolha entre a linhagem IAC 73/228 e o cultivar Paraná, infestados por Nezara viridula (L.) em telado
Authors: Rossetto Carlos Jorge , Lourenção André Luiz , Miranda Manoel Albino Coelho de , Igue Toshio
Published: December 2007

A linhagem de soja IAC 73/228 foi comparada com o cultivar Paraná, em condições de telado e com infestação artificial de Nezara viridula (L.) (Hemiptera, Pentatomidae). As plantas foram cultivadas diretamente no solo do telado. Utilizou-se um delineamento em blocos ao acaso com dois tratamentos e trinta repetições, sendo a parcela de uma planta individual. Não houve diferença no número de percevejos observados infestando os dois tratamentos. O número de vagens planas (não granadas) resultantes do dano causado pelos insetos, também não diferiu nos dois tratamentos. O número total de vagens da linhagem IAC 73/228 foi em média 291 e, o do 'Paraná', 100. O número de vagens cheias (com grãos desenvolvidos) e o peso de grãos comerciais colhidos da linhagem IAC 73/228 foram maiores que os do 'Paraná'. Comparando as produções em peso dos dois materiais, com infestação artificial do inseto e sem infestação em telado contíguo, observou-se que a linhagem não sofreu nenhuma perda na sua produção devida à infestação do inseto, enquanto o cultivar sofreu 67,5% de quebra na produção. Por ocasião da colheita, todas as plantas do 'Paraná' apresentavam o sintoma de retenção foliar, conhecido por "soja louca", contra apenas quatro plantas (13,3%) da linhagem IAC 73/228. Concluiu-se que os quatro critérios mais práticos para discriminar materiais resistentes de suscetíveis em condições de alto nível de infestação foram: produção em peso de grãos, porcentagem de plantas com retenção foliar, índice de dano de vagens da região mediana da planta e porcentagem de grãos sadios.
Caracterização isoenzimática e morfológica de clones e introduções de alho
Authors: Siqueira Walter José , Medina Filho Herculano Penna , Lisbão Rogério Salles , Fornasier João Baptista
Published: December 2007

Em virtude do grande número de denominações locais para clones de alho, nem sempre correspondentes a materiais distintos, conduziu-se o presente estudo objetivando a caracterização e classificação de 72 clones e introduções de alho (Allium sativum L.), e um clone de alho-rei (A. ampeloprasum L.). Isso foi feito analisando as isoenzimas alcooldesidrogenase (ADH), esterase (EST), peroxidase (PRX) e fosfoglucoisomerase (PGI) através da técnica de eletroforese horizontal em gel de amido hidrolisado de batata. Verificou-se que os clones nacionais e introduzidos se enquadram nos grupos aqui denominados DIKA ou CJLB, respectivamente para os padrões de ADH, EST, PRX e PGI. Entretanto, os padrões CILB, CJKB e CIKB foram observados em alguns clones estrangeiros, sugerindo sua maior variabilidade em relação aos nacionais. O alho-rei apresentou padrões diferentes dos encontrados na espécie A. sativum L. A associação dos resultados da técnica de eletroforese de isoenzinas com a caracterização morfológica da parte aérea, bulbos, bulbilhos, coloração externa dos bulbos e bulbilhos e ciclo cultural, permitiu a classificação dos clones nacionais de alho em 19 grupos distintos.
Sacarificação da serragem de bambu visando ao estabelecimento de um método de determinação de amido
Authors: Azzini Anísio , Arruda Maria Carla Queiroz
Published: December 2007

No presente estudo, determinaram-se as condições de hidrólise da serragem de colmo de bambu (Bambusa vulgaris Schrad.), visando ao estabelecimento de um método de determinação de amido. Os resultados obtidos mostram que as condições mais adequadas de sacarificação de amido na serragem foram obtidas em solução de ácido sulfúrico na concentração de 2% (v/v), após 60 minutos de reação sob refluxo, empregando-se uma relação de 1:30, entre a quantidade de serragem e o volume da solução. Nessas condições, o teor de amido no colmo (A) foi calculado em função do rendimento em glicose proveniente da hidrólise do amido (Gh), do teor de glicose na serragem (Ga) e do fator de conversão de glicose para amido (0,9), através da seguinte expressão: A = (Gh - Ga) x 0,9.
Técnica de amostragem para comparar o dano causado pela lagarta-da-espiga, Heliothis zea (Boddie), em cultivares de milho
Authors: Nagai Violeta , Rossetto Carlos Jorge , Gomes Frederico Pimentel
Published: December 2007

Neste trabalho, realizado no Instituto Agronômico, determinou-se o tamanho da amostra para estudos de danos causados pela lagarta-da-espiga, Heliothis zea (Boddie), avaliados pelo método de Widstrom. Foram utilizados dados de dois experimentos de campo, com um cultivar resistente (Asteca Prolífico VRPE VII), um suscetível (híbrido duplo IAC Hmd 7974), o 'Maya XVI' e o híbrido simples HS 7777, em 1978/79 e 1979/80. O critério para estimar o tamanho da amostra foi de que esse tamanho permitisse detectar uma diferença de 10 ou de 20% da média geral entre médias de danos, em cultivares de milho, e avaliar o dano médio por cultivar com erro-padrão de 10 ou de 20% da média. Para definir o processo de amostragem, utilizou-se o método de componentes de variância, estimados a partir de dois modelos matemáticos. O tamanho da amostra foi bastante variável entre cultivares, sendo maior no resistente. Entre os possíveis tamanhos mínimos de amostra para detectar uma diferença de 10% da média geral entre médias de danos de tratamentos, podem ser utilizados seis blocos com quatro linhas de 24 plantas; para uma diferença de 20% de média, cinco blocos com três linhas de seis plantas são suficientes. Para estimar a média de danos por cultivar, com erro-padrão de 10% de média, são necessários sete blocos com quatro linhas de 30 plantas, no cultivar Asteca, e cinco blocos com duas linhas de 24 plantas nos cultivares Hmd 7974, HS 7777 e Maya e, com erro-padrão de 20% de média, cinco blocos de três linhas com doze plantas, no 'Asteca', e cinco blocos com duas linhas de seis plantas nos demais cultivares.
Discriminação entre lotes de sementes de girassol através do teste de envelhecimento rápido
Authors: Maeda Jocely Andreuccetti , Razera Luiz Fernandes , Lago Antonio Augusto do , Ungaro Maria Regina Gonçalves
Published: December 2007

Vinte lotes distintos de sementes de girassol foram submetidos ao envelhecimento rápido a 42°C e 100% de umidade relativa, por 0, 24, 48, 72, 96 e 120 horas, com o objetivo de determinar o tempo de exposição que melhor discriminasse os lotes pelas suas repostas de germinação após o envelhecimento. Os resultados mostraram que os lotes exibiram grandes diferenças entre si quanto ao grau de resistência às condições desfavoráveis impostas pelo envelhecimento rápido, inclusive aqueles com porcentagens comparáveis de germinação inicial. Esse comportamento variável não pôde ser estimado pelo teste inicial de germinação. O período de 72 horas de exposição na câmara foi o que ofereceu melhor discriminação entre os lotes de germinação inicial mais alta. Entre os lotes de menor poder germinativo inicial (menos de 50%), o período que proporcionou melhor discriminação foi o de 48 horas de exposição.
Ocorrência do complexo Carpophilus humeralis (Fabricius)-Ceratocystis paradoxa (De Seynes) Moreau em cana-de-açúcar no Estado de São Paulo
Authors: Rossetto Carlos Jorge , Lourenção André Luiz , Espironelo Ademar , Igue Toshio , Ribeiro Ivan José Antunes
Published: December 2007

Foi constatada a ocorrência do besourinho Carpophilus humeralis (Fabricius) (Coleoptera, Nitidulidae) no Estado de São Paulo, em toletes de cana-de-açúcar com podridão-abacaxi, causada pelo fungo Ceratocystis paradoxa (De Seynes) Moreau. Experimento conduzido com duas variedades de cana, IAC64-257 e NA56-79, tratamento do tolete com fungicida e posição da gema no tolete, demonstrou que a variedade NA56-79 respondeu positivamente ao tratamento com fungicida enquanto a variedade IAC64-257 não apresentou resposta. As gemas da extremidade do tolete foram mais afetadas que as centrais.
Longevidade de sementes de algumas espécies de mucuna
Authors: Maeda Jocely Andreuccetti , Lago Antonio Augusto do
Published: December 2007

Sementes de mucuna-preta (Stizolobium atterrimum Piper et Tracy), mucuna-rajada (S. deeringianum Bort), mucuna-anã(S. deeringianum Bort) e mucuna-jaspeada (Stizolobium sp.) foram mantidas em condições comuns de armazém no Centro Experimental de Campinas e submetidas a testes de germinação no início e a cada dois meses, por um período total de 30 meses, com exceção dos testes em mucuna-jaspeada que, por insuficiente quantidade de sementes, foram realizados somente até os 12 meses. As sementes de mucuna-preta exibiram 80,0% ou mais de germinação até 30 meses, enquanto as de mucuna-rajada e mucuna-anã tiveram decréscimos significativos, apresentando ao final do período de armazenamento, 64,7% e 58,1% de germinação respectivamente. Até 12 meses, esse decréscimo nas sementes de mucuna-preta, rajada, anã e jaspeada foi pequeno. A partir dos 12 meses, as porcentagens de germinação das sementes de mucura-preta foram sempre estatisticamente superiores às da mucuna-rajada e anã.
Parcelamento da cobertura nitrogenada do algodoeiro
Authors: Silva Nelson Machado da , Carvalho Luiz Henrique , Bortoletto Nelson
Published: December 2007

São relatados e discutidos resultados de produção obtidos em vinte e quatro ensaios de adubação com o algodoeiro, conduzidos em diferentes solos das principais áreas produtoras paulistas de 1975 a 1984. Para avaliar o efeito da adubação nitrogenada, doses de 0,25 e 50kg/ha de N foram fornecidas em cobertura logo após o desbaste, 30 a 40 dias após a emergência das plantas. Em três outros tratamentos, a dosagem de 50kg/ha de N foi parcelada, sendo fornecida metade no desbaste e metade em fases posteriores do ciclo, a saber. 45-55, 65-75 e 85-95 dias de idade. Nesses tratamentos, o sulfato de amônio forneceu o nitrogênio. Uma cobertura com uréia (50kg/ha de N), no desbaste, completou o quadro de tratamentos, estudados em esquema de quadrado latino 7 x 7. Foram efetuadas análises estatísticas dos dados individuais de produção e análises conjuntas para grupos de ensaios, reunidos em função do tipo de solo e da intensidade de cultivo anterior das glebas. Em linhas gerais, a reação das plantas ao nitrogênio aparentemente se relacionou mais à intensidade de cultivo do solo do que ao fator textura, indicado pelo teor de matéria orgânica, uma vez que os maiores efeitos da adubação nitrogenada ocorreram nos solos intensamente cultivados, independente de sua textura. Cultivado, porém, em solo arenoso, com baixo teor de matéria orgânica, logo após pastagem, o algodoeiro reagiu pouco à adubação nitrogenada. Mesmo no grupo de alta resposta ao nitrogênio, o parcelamento da cobertura deixou de apresentar vantagens sobre a aplicação total por ocasião do desbaste. Ademais, houve tendência para queda da produtividade em função do atraso da segunda aplicação. Assim, para algodão cultivado em solos de textura média/argilosa, recomenda-se que a cobertura nitrogenada seja feita após o desbaste, logo que as condições de umidade se mostrem adequadas. Para os solos arenosos, há necessidade de maiores informações, especialmente em glebas de mais intenso cultivo. Da mesma forma, novos estudos devem conferir a pequena vantagem obtida pelo sulfato de amônio sobre a uréia.