bluuebunny/crossref_metadata_2025 huggingface dataset:
Duplicação parcial do gene GRHL3 em indivíduos portadores de fissuras de lábio e/ou palato
Authors: Maranhão Betânia Severino da Silva , Gamba Bruno Faulin , Curado Roberta Frota , Marino Juliana , Santos Marlene , Fiori Angelica , Bergamo Nadia Aparecida , Ribeiro Bicudo Lucilene Arilho
Published: January 2023

Fissuras de lábio e/ou palato (FL/P) são defeitos de nascimento facilmente reconhecíveis e amplamente incidentes na população humana. As fissuras têm uma etiologia complexas, envolvendo genes isolados, alterações cromossômicas, interações poligênicas, riscos ambientais e interação gene-ambiente. São encontradas em aproximadamente 1 em 700 nascimentos. Há dois grupos clássicos de FL/P, fissuras sindrômicas e não sindrômicas, e estima-se que 80% das fissuras orais são não sindrômicas. Como a FL/P é semelhante entre os grupos, acredita-se que os genes já identificados nas fissuras sindrômicas são candidatos promissores para a ocorrência das fissuras não sindrômicas. A patogênese da forma não sindrômica é especialmente desafiadora porque parece surgir de uma complexa interação poligênica com fatores ambientais. A identificação de fatores genéticos e ambientais para fissuras tem sido objeto de intensa pesquisa por diversas décadas. Nos últimos anos, com o mapeamento de loci relacionados as fissuras orais, ao menos 20 genes foram identificados. O Objetivo deste trabalho foi realizar análise genética dos genes IRF6 e GRHL3 em 80 indivíduos portadores de fissuras de lábio e/ou palato não sindrômica, pertencentes a Associação de Combate às Deformidades Faciais (REFACE) de Goiânia-GO. A análise de rearranjos foi realizada pela técnica de Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA) utilizando-se o kit SALSA MLPA probemix P304-B1 IRF6-GRHL3, seguindo as instruções do fabricante (MRC-Holland®), e evidenciou um indivíduo com duplicação heterozigota no exon 4 do gene GRHL3. A identificação desta única alteração encontrada na referida amostra corrobora com a complexidade etiológica das FL/P não sindrômica e evidencia a necessidade de novos estudos e da utilização de outras técnicas laboratoriais, disponíveis, para o melhor entendimento etiológico esta condição clínica.
Efeito necrótico de brachydin A, um composto de origem vegetal, em células humanas de próstata normais e tumorais
Authors: Nunes Higor Lopes , Tuttis Katiuska , Serpeloni Juliana Mara , Rocha Cláudia Quintino da , Cólus Ilce Mara de Syllos
Published: January 2023

Para combater efeitos genotóxicos de agentes químicos, aditivos de alimentos e medicamentos que causam danos no DNA, estudos sobre quimioprevenção são desenvolvidos com o propósito de reverter ou suprimir lesões pré-malignas ou malignas por meio da utilização de compostos químicos naturais ou sintéticos. Os fitoterápicos têm sido uma alternativa para quimioprevenção de doenças crônicas. Entre as plantas utilizadas na medicina popular brasileira destaca-se o gênero Arrabidaea (família Bignoniaceae). Diversas espécies deste gênero têm sido utilizadas na medicina tradicional com função antioxidante, antimicrobiana, antitumoral, anti-inflamatória e adstringente. O presente estudo teve como objetivo avaliar os possíveis efeitos citotóxicos de quatro concentrações (0,96; 1,50; 3,84 e 6,00 ?M) de brachydin A, um composto extraído das raízes de Arrabidaea brachypoda (DC) Bureau, em relação ao processo de morte celular em linhagens celulares humanos de próstata normais (PNT2) e tumorais (PC-3). O conhecimento dessa atividade biológica, somado aos resultados de outras investigações sobre este composto poderá contribuir para que futuramente este possa ser recomendado como medicamento fitoterápico. O processo de apoptose ocorre normalmente durante o desenvolvimento e envelhecimento celular, também como um mecanismo homeostático para controlar a população celular ou como um mecanismo de defesa. A necrose, considerada um processo tóxico, degradativo, pode danificar células adjacentes. O ensaio de apoptose/necrose utilizando corantes fluorescentes permite a diferenciação dos distintos tipos de morte celular. No presente estudo uma mistura de fluorocromos (Hoescht + diacetato de fluoresceína + iodeto de propídio, adicionados a tampão fosfato salino) foi feita para o ensaio de apoptose/necrose. O composto brachydin A induziu necrose na concentração de 6 ?M em ambos os tipos celulares após 24 horas de tratamento. Estes resultados corroboram dados do laboratório de Mutagênese e Oncogenética ainda não publicados, onde o extrato etanólico das folhas de A. brachypoda induziu necrose em células primárias de estômago normais (GAS) e tumorais (ACP02). Como brachydin A foi obtido a partir de extratos da mesma planta, a análise conjunta dos resultados reforça o efeito necrótico de compostos presentes nesta planta para células humanas in vitro.
Estudo citogenético comparativo em quatro espécies de percevejos (Heteroptera: Pentatomidae)
Authors: Dionisio Jaqueline Fernanda , Baldissera Joana Neres da Cruz , Rosa Renata Da
Published: January 2023

Pentatomidae é a quarta maior família da subordem Heteroptera, suas espécies são exclusivamente terrestres e geralmente fitófagas, estando agrupados nessa família importantes insetos considerados pragas agrícolas. Diante da diversidade e da sua interferência no agronegócio, é necessária a realização de trabalhos que colaborem para um melhor entendimento da estrutura e comportamento cromossômicos, contribuindo assim para elucidar os eventos envolvidos na evolução desse grupo de insetos. Visando expandir os conhecimentos citogenéticos nessa família, o presente trabalho realizou um estudo comparativo entre quatro espécies de Pentatomidae (Dichelops melacanthus, Euschistus heros, Loxa viridis e Edessa collaris) identificando o comportamento meiótico, e a localização e características da heterocromatina. Todas as espécies estudadas apresentaram cromossomos holocêntricos e meiose invertida para os cromossomos sexuais, característico da subordem Heteroptera. E. heros, L. viridis e E. collaris apresentaram 2n = 14 (12A+XY) e D. melacanthus 2n = 12 (10A+XY), sendo que a última espécie apresentou um cromossomo autossomo de tamanho maior em relação aos demais. A técnica de banda-C corada com Giemsa revelou em todas as espécies um cromossomo sexual totalmente heterocromático, possivelmente o cromossomo Y, além de diferentes marcações intersticiais e/ou terminais nos autossomos. A coloração base-específica com fluorocromos DAPI/CMA3 evidenciou em D. melacanthus e L. viridis o cromossomo sexual Y DAPI+ padrão pouco comum para família, essas espécies também apresentaram marcações DAPI+ em autossomos, além de uma marcação terminal CMA3+ em um autossomo de tamanho médio em L. viridis. Já em E. heros e E. collaris os cromossomos sexuais apresentaram-se associados em fases meióticas iniciais e DAPI+/CMA3+ característica comumente encontrada em heterópteros. Tanto E. heros quanto E. collaris, apresentaram marcações CMA3+ puntiformes, sendo essa característica geralmente relacionada à co-localização com as regiões organizadoras de nucléolo, além disso foram encontradas diversas marcações DAPI+ intersticiais e terminais em autossomos de E. collaris. Nossos dados juntamente com os já existentes na literatura permitem compreender melhor o comportamento meiótico nessa família, além de reforçar a importância de eventos de fissão e fusão e também da heterocromatina para a evolução cariotípica desse grupo de insetos.
Evidencing genome downsizing as a result of multiple robertsonian translocations in the subfamily allioideae (Amararyllidaceae)
Authors: Costa Lucas , Crosa Orfeo , Souza Gustavo
Published: January 2023

Large genomes and a history of chromosome rearrangements have made the subfamily Allioideae an interesting model to understand chromosome evolution. The majority of its genera show high karyotype diversity mainly due to polyploidy and Robertsonian translocations (RT) events. The three lineages of Allioideae present different levels of RT, evidenced by metacentric-rich karyotypes observed in Allieae and Tulbaghieae, and a variable proportion between metacentric/acrocentrics in Gilliesieae. Extreme condition of centric fissions occurs in the genera Ipheion, Zoellnerallium and Miersia, whose results in karyotypes formed almost exclusively by acrocentric chromosomes. In this work we investigate how RT drives genome size and chromosome number variation in species of Allioideae. For this, we estimated the genome size by flow cytometry and compiled chromosome number data for 37 species of Allioideae. We employed comparative phylogenetic methods in a Bayesian tree based on ITS1-5.8S-ITS2 sequences. Genome size ranged from 1C = 9.03 picograms (pg) in Ipheon uniflorum to 1C = 54.97 pg in Leucocoryne ixioides. Our analyses revealed that metacentric-rich karyotype is the plesiomorphic state in the subfamily Allioideae and RT as a driving force in genome size variation. This is demonstrated in the relationships Leucocoryne (2n = 14M+4A) /Zoellnerallium (2n = 8M+16A) and Tristagma (2n = 6M+2A)/Ipheion (2n = 14A) with a strong reduction of DNA content (49.5% and 61.47%, respectively) associated to multiple fissions. These changes in Zoellnerallium and Ipheon genomes occurred independently around 12 myr. This relationship was not observed in the Chilean species Speea humilis (2n = 8M+2SM+2A)/ Miersia chilensis (2n = 2SM+18A) with recent differentiation (5 mya), suggesting that multiple centric fusions may require additional evolutionary time to decrease genome size. Our phylogenetic independent contrast analysis of genome size and chromosome number revealed that these traits have a negative correlation (r²=0.18 and p=0.01). This corroborates a tendency of decrease in genome size after events that increase chromosome number such as fissions. Possibly, changes in chromosome linkage may increase meiotic recombination frequency, which might lead to higher probability of unequal crossing over. This mechanism could associate the loss of repetitive sequences to centric fission, explaining downsizing in Allioideae acrocentric-rich genomes.
FISH e GISH revelam diferentes eventos de hibridização interespecífica entre Cuscuta denticulata e C. nevadensis (Convolvulaceae)
Authors: Ibiapino Amália , García Miguel , Costea Mihai , Stefanovi? Saša , Guerra Marcelo
Published: January 2023

Eventos de hibridização interespecífica são importantes na evolução de diversas famílias de angiospermas. No gênero Cuscuta (Convolvulaceae), seção Denticulata, há apenas três espécies, duas diploides: C. denticulata Engelm. e C. nevadensis I.M. Johnst., ambas com 2n = 30) e uma tetraploide (C. veatchii Brandegee, 2n = 60).  Recentemente, foi encontrada uma outra espécie tetraploide, denominada provisoriamente de C. psorothamnensis (2n = 60). Estudos moleculares sugerem que tanto C. veatchii quanto C. psorothamnensis teriam se originado de hibridização interespecífica entre C. denticulata e C. nevadensis. Para testar citologicamente essa hipótese foi realizada hibridização in situ fluorescente com sondas genômicas (GISH) dos dois supostos ancestrais diploides e com sondas de DNA ribossomal 5S e 35S (FISH) para identificar o número e posição desses sítios. A análise de GISH em C. veatchii revelou 30 cromossomos marcados mais fortemente com o DNA de C. denticulata, enquanto os 30 cromossomos restantes marcaram mais fortemente com a sonda genômica de C. nevadensis. Em C. psorothamnensis, pouco menos de 30 cromossomos marcaram com o DNA de C. denticulata ou com o DNA de C. nevadensis e alguns cromossomos pareceram não marcar com nenhuma das duas sondas. A FISH com DNAr revelou os seguintes números de sítios: C. denticulata, 2 (5S) + 2 (35S); C. nevadensis, 6 5S + 10 35S; C. veatchii, 6 (5S) + 4 (35S); C. psorothamnensis, 4 (5S) + 4 (35S). Variação no número de sítios de DNAr foi encontrada em todas as populações, exceto naquelas de C. denticulata. Os dados de GISH suportam a hipótese de que tanto C. veatchii quanto C. psorothamnensis são alopoliploides derivados de C. denticulata e C. nevadensis. Por outro lado, a análise de sítios de DNAr sugerem que dois ou mais eventos de hibridização interespecífica podem ter ocorrido entre C. denticulata e C. nevadensis.
Gene interaction network analysis within the 4P16.3 critical region
Authors: Corrêa Thiago , Mergener Rafaella , Leite Júlio César , Galera Marcial Francis , Moreira Lilia Maria de Azevedo , Riegel Mariluce
Published: January 2023

Deletions in the 4p16.3 region cause Wolf-Hirschhorn syndrome (WHS), a contiguous gene deletion syndrome involving variable size deletions. This study aimed to perform a gene interaction network analysis within the WHS critical region and to stablish the cytogenomic profile of the chromosome rearrangements involving the 4p16.3 regions. 16 samples from individuals with a clinical indication of WHS were retrospectively analyzed of which 11 had a cytogenetic visible deletion and 5 a submicroscopic deletion not previously identified. Using FISH, chromosomal microarray analysis, WGS and WES, we define the critical breakpoints within the 4p16.3 chromosome rearrangements. A gene interaction network analysis was performed using the Cytoscape (http://apps.cytoscape.org) platform.In addition to 12 terminal deletions, we mapped 1 interstitial deletion, 2 ring chromosomes and 1 typical translocation 4;8. The deletions sizes ranged between 3.7 and 25.6 Mb. We present the genotype-phenotype correlation for each patient and characterize the type, the extension and the genomic position of the chromosome rearrangements as well. Previous genotype-phenotype correlations of the 4p16.3 regions have been hampered by the presence of other imbalances leading to duplication in part of the WHS critical region, which was a confounding factor in some of these correlations. In this study, only patients with 4p deletion due to different types of chromosome rearrangements were included, which enabled us to further refine the 4p critical region map and to explore new insights on mechanisms associated with CNVs within the 4p16.3 regions. The individuals in our study whose deletions encompass the terminal 875 kb 4p16.3 region were reported as having microcephaly and seizures, typical in the clinical context of the WHS. Focusing on the chromosome critical region defined in our sample, we explore, molecular interaction networks and biological pathways involving genes associated with the WHS.
Maior número cromossômico em Onychophora e indício de fusão cromossômica detectada por FISH telomérica
Authors: Dutra Débora Duarte , Cordeiro Lívia Medeiros , Araujo Douglas
Published: January 2023

Onychophora inclui apenas 186 espécies, nas famílias Peripatidae e Peripatopsidae. A baixa diversidade morfológica em Peripatidae é um obstáculo em sua taxonomia, sendo os cromossomos auxiliares nesta finalidade. No Brasil existem apenas 12 espécies de Onychophora, seis consideradas vulneráveis ou em risco de extinção. Atualmente, 29 espécies de Onychophora foram cariotipadas. O número diploide varia de 2n=8 a 2n=64, com sistema cromossômico sexual (SCS) identificado em apenas seis espécies, do tipo XY/XX. O presente estudo citogenético é o segundo com Onychophora do Brasil. Foram coletados quatro machos e uma fêmea de Epiperipatus sp., próximo da gruta Manoel Cardoso, Bodoquena, Mato Grosso do Sul. As gônadas foram extraídas em solução fisiológica para Onychophora, tratadas com colchicina (0,16% em fisiológica-2 horas), hipotonizadas (25 min) e fixadas em Carnoy I. Parte do órgão foi dissociada em ácido acétido 60% sobre lâmina para microscopia, que foi seca a 40 ºC. Algumas lâminas foram coradas com Giemsa 3% e outras submetidas a hibridação in situ fluorescente (FISH) com sonda telomérica (TTAGGG)n. Três machos apresentaram divisão celular, exclusivamente mitoses. A contagem de 37 metáfases mitóticas permitiu concluir que Epiperipatus sp. possui 2n=73, o maior número diploide já encontrado em Onychophora. No gênero, os outros dois registros são de 2n=22 (Mato Grosso do Sul, Brasil) e 2n=64 (San José, Costa Rica). Além disso, um número cromossômico impar nunca havia sido descrito neste filo. A maioria dos cromossomos é extremamente pequena (1-2µm), sendo inviável determinar a morfologia de todos elementos. Entretanto, observa-se alguns elementos com dois braços e outros telocêntricos. O cromossomo sem par é o maior do cariótipo e submetacêntrico. A FISH, inédita em Onychophora, além de marcar os telômeros de todos cromossomos, revela um sítio telomérico intersticial (ITS) na porção proximal do braço longo do cromossomo sem par. A ausência de meiose e de divisão celular na fêmea não permitem definir se este cromossomo ímpar trata-se de um cromossomo sexual, o que poderia levar à descrição de um SCS inédito em Onychophora (diferente do XY), ou um caso de fusão entre autossomos. De qualquer forma, a presença da ITS é um claro indício de fusão cromossômica.
Mapeamento cromossômico comparativo de DNAs repetitivos em duas espécies de Pimelodidae (Siluriformes): Bergiaria westermanni (Liitken, 1874) e Pimelodus pohli (Ribeiro e Lucena, 2006)
Authors: Malimpensa Geovana de Cassia , Traldi Josiane Baccarin , Martinez Juliana de Fátima , Vicari Marcelo Ricard , Moreira Filho Orlando
Published: January 2023

Bergiaria westermanni e Pimelodus pohli são espécies pertencentes à família Pimelodidae (Siluriformes) e endêmicas da bacia do rio São Francisco. Estudos citogenéticos no grupo já evidenciaram cromossomos B, sistemas de cromossomos sexuais heteromórficos e diversificação cariotípica. O presente trabalho objetivou analisar citogeneticamente duas espécies de Pimelodidae coletadas na bacia do rio São Francisco (MG): B. westermanni (26? e 3?) e P. pohli (28? e 19?). Para ambas, o 2n foi de 56 cromossomos sem a ocorrência de cromossomos sexuais e, em B. westermanni uma variação intra e interindividual de 0 a 4 cromossomos B foi observada. As fórmulas cariotípicas são diferenciadas para as duas espécies (28m+14sm+10st+4a, NF = 94 para B. westermanni) e (20m+18sm+12st+6a, NF=106 para P. pohli). A heterocromatina alocou-se preferencialmente nas regiões centroméricas e terminais, sendo os cromossomos B de B. westermanni totalmente heterocromáticos. Evidenciou-se NOR simples, terminal, ativa e coincidente com os sítios de rDNA 18S no par cromossômico 27 em B. westermanni, e no par 24 de P. polhi, além de sítios do rDNA 45S nos cromossomos B de B. westermanni com evidências de atividade transcricional. Sítios intersticiais de rDNA 5S foram detectados nos pares cromossômicos 1 e 5 em B. westermanni e nos pares 1 e 18 em P. pohli. A localização in situ da sonda do snRNA U2 foi sintênica a um par cromossômico portador do rDNA 5S, par 5 em B. westermanni e par 18 em P. pohli. A sequência (TTAGGG)n foi evidenciada nas porções terminais dos cromossomos das espécies, inclusive nos cromossomos B de B. westermanni. Em P. pohli, sítios teloméricos intersticiais (ITS) foram detectados em três pares cromossômicos, os quais podem ser resultado de rearranjos cromossômicos ou quebras da dupla fita com mecanismo de reparo mediado pela telomerase. Os resultados citogenéticos para estas duas espécies evidenciam uma conservação do número diplóide. Entretanto, variações nas fórmulas cariotípicas, presença de cromossomos B em B. westermanni, com genes rRNA 45S provavelmente ativos, e ITS em P. pohli, demonstraram diferenciação na estrutura dos cromossomos e no conteúdo genômico. Esses dados contribuem para a caracterização citogenética da família, e auxiliam no entendimento de sua evolução cromossômica.Órgãos financiadores: FAPESP, CAPES e CNPqApoio de coleta: ICM-Bio (licença Nº 10538-1)
O uso da ferramenta de análise cromossômica por microarranjo (CMA) para auxílio no diagnóstico do transtorno do espectro autista
Authors: Pereira Samara Socorro Silva , Nascimento Gustavo Rios , Pinto Irene Plaza , Gigonzac Marc Alexandre , Cruz Aparecido Divino da , Minasi Lysa Bernardes , Cruz Alex Silva da , Silva Cláudio Carlos da
Published: January 2023

A Análise Cromossômica por Microarranjo (CMA) é recomendada como primeiro teste genético para o diagnóstico de indivíduos com deficiência intelectual, TEA e anormalidades congênitas múltiplas. O objetivo do estudo foi demonstrar aplicação do CMA para contribuir com o diagnóstico de um paciente com indicação clínica de TEA. Probando do sexo feminino, 11 anos de idade, boa socialização, deficiência intelectual grave e com distúrbios motores e da fala, foi encaminhado ao NPR/PUC-GO. Foi realizado o cariótipo com bandeamento G, pesquisa de repetições CGG no gene FMR1 e CMA. Foi utilizado o chip GeneChip CytoScan HD® (Affymetrix,EUA) para identificação de CNVs e as análises dos dados foram realizadas pelo software Chas®2.0. O resultado do cariótipo foi 46, XX e o teste para X-frágil identificou < 45 repetições CGG em FMR1. Após a realização do CMA foi observado três CNVs de ganho nas regiões 2q12.2q12.3, 15q13.3 e Xp22.33 e duas CNVs de perda nas regiões 5p13.2 e 14q11.2. As CNVs de ganho 2q12.2q12.3 (240 Kb), 15q13.3 (440kb), envolveram os genes ST6GAL2 e CHRNA7, respectivamente, e foram identificados os genes NUP155 e WDR70 em 5p13.2 (330Kb). Estudos tem demonstrado a relação de CNV’s de ganho e de perda na região 15q11-q13, destacando a região 15q13.3 com fenótipos de TEA. 1% dos indivíduos com TEA apresentam duplicação herdada maternalmente associada a região de Prader-Willi/Angelman. Pequenas duplicações neste mesmo locus têm sido reportadas em estudos apresentando associação com TEA, comportamento repetitivo e atraso na linguagem, enquanto, duplicações maiores têm sido associadas com déficit cognitivo, características de autismo e convulsões. O gene CHRNA7 já foi relacionado ao fenótipo do TEA devido seu envolvimento com doenças neurológicas. Já foi demonstrado que alguns indivíduos portadores de TEA estão mais propensos a apresentarem CNVs e mutações pontuais. Portanto, a técnica de CMA que apresenta uma ampla cobertura genômica, mostrou-se eficiente na detecção de CNVs em loci associados ao TEA, contribuindo para auxiliar no diagnóstico deste probando. Adicionalmente, com uso do CMA CNVs com <10Mb que não são possíveis de serem detectadas pelo cariótipo, foram identificadas o que demonstra a importância desta técnica como primeiro teste de escolha para indivíduos com TEA.
Papel do retrotransposons na diversidade cariotípica e genômica em Eleocharis (Cyperaceae)
Authors: Souza Thaíssa Boldieri de , Vanzela André Luís Laforga
Published: January 2023

Sequências repetitivas representam a maior porção dos genomas das plantas, sendo os elementos transponíveis (ETs) os mais abundantes e classificados de acordo com seu mecanismo de transposição. Elementos de Classe I (retrotransposons) são sintetizados e transpostos usando um RNA intermediário, sendo mais acumulados que os de Classe II (transposons), que usam o mecanismo de corta-e-cola. As espécies de Eleocharis possuem cromossomos holocêntricos, alta frequência de disploidia, o que poderia levar à estresse genômico e à expressão de ETs. Nosso objetivo foi comparar a ocorrência e a distribuição de linhagens dos retrotransposons Copia e Gypsy em cromossomos de Eleocharis, e relacioná-las com o conteúdo de DNA. Foram selecionadas espécies com diferentes níveis de ploidia, conteúdo de DNA e algumas com rearranjos cromossômicos. Essas amostras foram analisadas por citometria de fluxo, análises genômicas e citogenética molecular. Os genomas de E. elegans e E. geniculata, parcialmente sequenciados por Illumina, serviram como fonte para a busca de trechos conservados de retrotransposons com LTR (LTR-RTs). Linhagens foram isoladas e comparadas usando domínios conservados da transcriptase reversa, integrase e RnaseH. Tais sequências foram usadas para o desenho de primers e produção de sondas. Os dados do sequenciamento mostraram que os LTR-RTs representam a maior fração repetitiva desses genomas, com predominância de membros dos clados Athila/Tat e Sirevirus. Os dados de citogenômica evidenciaram uma correlação positiva entre o aumento dos níveis de ploidia e a quantidade de DNA nuclear, atribuída principalmente à poliploidia, e não pelo efeito direto dos retrotransposons. A FISH mostrou que os retrotransposons podem ocorrer dispersos e em blocos, mas com diferenças na quantidade e localização física entre as linhagens e entre espécies. Embora não haja uma distribuição específica para cada linhagem nos holocêntricos, se comparado com os monocêntricos, a linhagem CRM apareceu colocalizada com os holocentrômeros em algumas hibridizações. Apesar do sequenciamento de baixa cobertura ter sido útil no estudo da diversidade de LTR-RTs, a união de todas as técnicas permitiu relacionar os níveis de ploidia com o conteúdo de DNA e a atividade dos retrotransposons.
Repetitive DNA distribution in Agave (Asparagaceae) bimodal karyotype
Authors: Ramos Lamonier Chaves , Báez Mariana Alejandra , Houben Andreas , Cavalcanti José Jaime Vasconcelos , Carvalho Reginaldo de , Pedrosa Harand Andrea
Published: January 2023

The genus Agave L. comprises about 300 species and is characterized by a bimodal karyotype with basic chromosome number x = 30 (5L and 25S) and ploidy levels ranging from diploids to hexaploids. Species of this genus have low heterochromatin content, visualized as CMA+/DAPI- bands, and one 5S and 35S ribosomal DNA sites per haploid genome. However, in silico analysis of the repetitive fraction of the Agave hybrid 11648 (2n = 2x = 60, 8.35 Mpb) revealed that ~ 67.6% of its genome is composed of different repetitive DNA families. Among the most abundant elements are Maximus, TAR and Tork (Copia), and Athila, Chromovirus and Ogre (Gypsy) LTR-retrotransponsons, as well as, a single family of satellite DNA. In order to investigate the repetitive DNA distribution in this bimodal karyotype, these seven elements were labeled by nick translation and hybridized in situ to the hybrid 11648 metaphases. The satellite DNA was located at centromeric regions of all chromosomes, however a subset of the small chromosomes had stronger signals. All transposable elements showed a dispersed distribution, mostly non-uniform along chromosomes arms. Athila and Maximus lineages showed stronger labeling of interstitial and distal regions of the long arms of large chromosomes, while Tork and especially TAR labeled more intensely the proximal regions. Small chromosomes showed variable labeling with all repetitive elements, generally weaker than large chromosomes. Together, these data revealed that different LTR retrotransposon lineages accumulated differentially, and usually more abundantly, in the large chromosomes, whereas the centromeric satellite DNA showed a quantitative variation between chromosomes, but not related to the bimodal condition of this karyotype.Financial support: CAPES, CNPq.
Syndrome del(5)(q14~23),der(10)(p12p15)?add(10)(q26): Case report and literature review
Authors: Conceição Emerson Vitor Calixto da , Minamihara Aline Sayuri , Barroso Maria Eliane Longhi , Paiva Wagner José Martins
Published: January 2023

Structural chromosomal mutations are changes that do not modify the number of chromosomes in the cell, but they determine the appearance of abnormal chromosomes. The aim of this study is to report the clinical and cytogenetic history of a patient carrier of a structural mutation with karyotype 46,XY,del(5)(q14~23),der(10)(p12p15)?add(10)(q26) attended by the Genetic Counseling Service of the State University of Londrina. The patient (ABT) is male, had 1 year and 9 months on the day of the examination, normally born, full term (38 weeks) with Psychomotor Development Retardation (PDR) and without other complications. At birth, ABT’s mother was 25 years old and his father was 31 years old. The x-ray, urine analysis, pre- and postnatal ultrasonography, parasitological, ophthalmologic, gastrointestinal and neurological exams do not reveal changes. At the time of cytogenetic examination, the patient underwent surgery for the treatment of esophagogastric reflux and inguinal hernia. Currently, ABT follows up with Pediatrician, Social Worker, Physiotherapist, Speech Therapist, Neuropediatrician, Nutritionist and Ophthalmologist. These findings, particularly PDR, were consistent with the rare syndrome of the 10q + chromosome, since only ten cases of trisomy for the distal segment of the major arm of chromosome 10 (10q +) were described. Excluding the PDR, other characteristics were not found in the trial. Structural chromosomal syndromes represent an opportunity to understand clinical phenotypes and become important in gene mapping, especially when associated with molecular genetic techniques, the next step in diagnostic genetic research. In this way, the patient follows the treatment of the symptomatology.
Translocação balanceada herdada t(8;19)(q12;q13)mat concomitante à deleção de 15q11.2 em um paciente com Síndrome de Angelman (SA) - A citogenética clássica não evanesce
Authors: Fonseca Carlos Roberto , Fonseca Letícia Lopes Cabral Guimarães da , Figueiredo Kleber , Santos Cristiane Queila Ebraim , Silva Luana Luana , Moura Vera Lúcia da Silva , Serrão Anna Luiza Vaz , Moraes Lúcia de Fátima Marques de , Correia Patrícia Santana , Bastos Elenice Ferreira , Llerena JR Juan Clinton
Published: January 2023

Síndrome de Angelman (SA) é um transtorno neurocognitivo caracterizado por retardo motor e intelectual grave, distúrbio de movimento ou equilíbrio, comportamentos anormais típicos e limitações graves na fala e na linguagem, hipotonia e epilepsia. A maioria é causada pela ausência da contribuição materna ou erros de impressão genômica em 15q11-q13. Translocações recíprocas são anormalidades cromossômicas comuns, com incidência de 1/500 a 1/625 nativivos. Cerca de 6% estão relacionadas ao fenótipo anormal, porém, devem ser sempre consideradas em termos de aconselhamento genético. Com o desenvolvimento de diversas metodologias moleculares, a citogenética clássica vem sendo cada vez menos utilizada no diagnóstico, direcionando a busca especificamente para a síndrome investigada. Aqui, apresentamos um caso de SA concomitante a uma translocação balanceada entre os cromossomos 8 e 19. Paciente, nascido a termo, mãe 37 anos e pai 36 anos, não consanguíneos. Relato de aborto de primeiro trimestre. Ao exame clínico: Pele e cabelos claros, dentes espaçados, agito de mãos, sorridente, inquieto, espasticidade nos membros inferiores. Citogenética a partir de sangue periférico estimulado por fito-hemaglutinina, bandeamento GTG e classificação segundo ISCN, 2016. Técnica FISH: Segundo protocolo padrão com sonda LPU05 (SNRPN/GABRB3). O bandeamento GTG revelou translocação equilibrada entre os cromossomas 8 e 19 (8q12 e 19q13). Cariótipo paterno normal e materno mostrou a mesma translocação do paciente. A técnica FISH identificou deleção em 15q11.2, confirmando o diagnóstico. Cariótipo: 46,XY,t(8; 19)(q12;q13)mat. ish del (15)(q11.2q11.2) (SNRPN/GABRB3x1). A técnica FISH foi fundamental para a confirmação diagnóstica. Entretanto, este caso, onde há alteração cromossômica familiar balanceada, não relacionada ao diagnóstico, fortalece a ideia de que a citogenética clássica (bandeamento GTG) deve ser ainda aplicada para todos os casos de malformações congênitas e/ou retardo mental, mesmo naqueles suspeitos de síndromes bem caracterizadas, acrescida pelo fato que as metodologias utilizando CGH-array não detectam anomalias estruturais balanceadas. Devemos considerar que, mesmo raros, a ocorrência de alteração balanceada familiar modifica os critérios de aconselhamento genético, tanto para a doença em questão, cujo o risco é desprezível, quanto para outras malformações ou abortos espontâneos, cujo risco é elevado associado a rearranjos balanceados familiares.
Origem dos Cromossomos Supernumerários em Roedores
Authors: Moreira Camila do Nascimento
Published: January 2023

Supernumerários, ou cromossomos Bs, são elementos não-essencias do genoma. Apesar desta característica, já foram descritos em mais de 2000 espécies de eucariontes, sendo que na maioria destas sua função, composição molecular e origem permanecem desconhecidas. Dentre os mamíferos, a ordem Rodentia abrange 70% das espécies portadoras de Bs. Em Dicrostonyx torquatus, por exemplo, a quantidade de Bs pode variar de 0 a 42 Bs, enquanto em Holochilus brasiliensis varia de 0 a 2 Bs, nesta última um dos Bs representa o maior cromossomo do complemento. As duas principais hipóteses para o surgimento dos Bs em roedores apontam para os autossomos e/ou sexuais. A aplicação de diferentes técnicas de citogenética clássica e molecular foram essenciais para caracterizar a principal composição dos supernumerários, as sequências repetitivas. Os Bs de Nectomys squamipes, por exemplo, apresentam sequências teloméricas intersticiais, enquanto os Bs de Akodon montensis, Sooretamys angouya e Rattus rattus apresentam Regiões Organizadoras de Nucléolos, com genes ativos ou não. Outra etapa importante para elucidar a origem destes elementos foi o isolamento e posterior hibridação dos Bs em metáfases da mesma espécie ou de espécies relacionadas. A hibridação dos supernumerários de H. brasiliensis em metáfases de 15 espécies da tribo Oryzomiyni, mostrou sinais de hibridação nas regiões pericentroméricas e intersticiais dos cromossomos X e Y de 12 destas espécies. Apesar de cincos destas espécies apresentarem Bs, somente em três foi detectado sinal de hibridação nos Bs, indicando que mesmo em espécies relacionadas os supernumerários tiveram diferentes origens. Outro resultado similar foi encontrado na espécie Apodemus flavicollis, onde a hibridação dos Bs em metafases da mesma espécies apresentou sinais de hibridação nas regiões pericentroméricas dos sexuais e de dois pares de autossomos. Contudo, a origem e função dos Bs ainda é pouco compreendida, estudos envolvendo técnicas mais avançadas, como o sequênciamento genômico, podem vir a esclarecer melhor os enígmas envolvendo estes elementos.
Análise integrada da alteração do número de cópias de DNA e expressão de miRNAs em tumores mamários triplo-negativos
Authors: Ribeiro Enilze Maria de Souza Fonseca
Published: January 2023

Os carcinomas mamários triplo negativos (TNBC) apresentam em sua maioria uma evolução clínica agressiva, com prognóstico desfavorável. Os microRNAs são uma classe de RNAs não-codificantes endógenos que regulam genes responsáveis por diversos processos biológicos celulares, entre eles a proliferação e sobrevivência celular. Por regularem mais de um gene, uma alteração na expressão de um único miRNA pode resultar na desregulação de diversos genes, apresentando potencial como biomarcadores moleculares. Alguns miRNAs apresentam expressão diferencial em TNBC comparados com tumores não-triplo negativos (NTNBC), apresentando poder discriminatório na classificação de tumores mamários. Com o objetivo de selecionar miRNAs diferencialmente expressos de uma forma mais estrita, integramos os dados de alterações de número de cópias de DNA - CNAs (gerados por aCGH genômico) com os dados de expressão de miRNAs (gerados pela plataforma Nanostring). Cinquenta e sete pacientes foram estudadas (29 classificadas como TNBC e 28 NTNBC) a partir de amostras parafinizadas. A análise de expressão resultou em 209 miRNAs diferencialmente expressos em TNBC quando comparados com NTNBC (Teste t, p<0,05). O mapeamento dos miRNAs diferencialmente expressos nas suas respectivas regiões cromossômicas resultou em 27 miRNAs presentes em regiões mais comumente afetadas por CNAs.  Entre estes, 12 apresentaram concordância entre as duas abordagens, isto é, ganho de número de cópias e aumento de expressão ou diminuição do número de cópias e da expressão.  A integração dos dados de CNAs e miRNAs também foi realizada. Um total de 5.859 genes alvos dos 12 miRNAs (determinados por três ferramentas de predição) foram identificados e comparados com os genes localizados nas regiões com CNAs (n=5.296 genes). A integração desses dados resultou em 1.312 genes em comum, reduzindo em 77,6% a lista de genes alvos. A fim de determinar possíveis vias de sinalização afetadas pelos miRNAs selecionados, o software Diana miRPath v3.0 foi utilizado. As principais vias de sinalização afetadas incluem Via de Sinalização Hippo (hsa04390), Biossíntese de Glicosaminoglicanos (hsa00534) e Via de Sinalização do TGF-beta (hsa04350). Finalmente, a análise ROC determinou um bom poder discriminatório individual e do conjunto dos miRNAs em discriminar os grupos TNBC e NTNBC.
A importância do CMA na detecção de um ganho na região crítica de 2p25.3 em um paciente com deficiência intelectual e catarata congênita
Authors: Oliveira Lorraynne Guimarães , Pinto Irene Plaza , Melo Aldaíres Vieira de , Costa Emília Oliveira Alves , Silva Cláudio Carlos da , Cruz Alex Silva da , Cruz Aparecido Divino da
Published: January 2023

Deficiência intelectual é definida como redução no desempenho intelectual, que se manifesta antes dos 18 anos de idade e está associada às limitações importantes no funcionamento cognitivo e adaptativo, afetando de 1 – 3 % da população em geral. A catarata congênita é uma das principais causas de deficiência visual durante a infância e é detectada nos primeiros três meses de vida após o nascimento. O objetivo do estudo foi relatar um caso de um paciente encaminhado para o Laboratório de Citogenética Humana e Genética Molecular – LaGene/Lacen/SES e Núcleo de Pesquisas Replicon – NPR/PUC/GO com indicação clínica de atraso no desenvolvimento neuropsicomotor e catarata congênita no qual foi realizada a técnica de Análise Cromossômica por Microarranjos. O DNA genômico foi isolado usando o GE HealthCare IllustraTM blood GenomicPrep Mini Spin Kit. A Análise Cromossômica por Microarranjos usando Affymetrix GeneChip® CytoScanHDTM revelou um ganho de 110 kb na região cromossômica 2p25.3 incluindo 2 genes (PXDN e MYT1L). O gene MYT1L pertence à família de fatores de transcrição neural-específicos (MYT1) e sua expressão está restrita às regiões distintas do cérebro e sendo notavelmente alta no cérebro fetal. Estudos mostram que a haploinsuficiência deste gene está relacionada ao aparecimento do sinal clínico da deficiência intelectual, mas foi observado que a expressão aumentada deste gene também pode acarretar a deficiência intelectual. O gene PXDN codifica peroxidasin, uma proteína que está localizada no retículo endoplasmático e é secretada dentro do espaço extracelular, sendo este gene expresso no endotélio corneano. Estudos mostram que mutações em PXDN comprometem a integridade da membrana basal da lente e da córnea, interrompendo a formação de colágeno IV. Mutações em PXDN causam opacificação da córnea, cataratas e outras anomalias oculares. A análise cromossômica por microarranjo foi uma importante ferramenta para detectar um ganho na região cromossômica 2p25.3 e identificar os genes envolvidos, sendo possível correlacionar o achado citogenômico com o fenótipo clínico do paciente. É importante fazer o aconselhamento genético para ajudar a compreender a causa genética do fenótipo da criança e fazer o cálculo de risco de recorrência, proporcionando à família uma melhora da qualidade de vida.
Alterações cromossômicas nas síndromes de Prader-Willi e Angelman
Authors: Nascimento Flavia Caroline , Rezende Lúciana Montes , Santos Ana Paula dos , Sgardioli Ilária Cristina , Viguetti Campos Nilma Lúcia , Simioni Milena , Steiner Carlos Eduardo , Bertuzzo Carmen Sílvia , Gil da Silva Lopes Vera Lúcia , Vieira Társis Antônio Paiva
Published: January 2023

As síndromes de Prader-Willi (SPW) e Angelman (SA) possuem características clínicas distintas e suas prevalências são de :5.000 a :25.000 nascimentos. A etiologia dessas síndromes está relacionada com alterações na região q a q3 do cromossomo 5, que contém um grupo de genes imprintados. O objetivo deste trabalho foi realizar um estudo retrospectivo de pacientes com suspeita clínica de SPW e SA, e realizar análises citogenéticas e moleculares complementares. Foram revisados os resultados de cariótipo e teste de metilação. As técnicas de Hibridação in situ fluorescente (FISH) com a sonda MD IGFR(5q26)/SNRPN/UBE3A(5q) – Podeidon-Kreatech Diagnostics; e hibridação genômica em array (aGH) utilizando a plataforma CytoScan 750 K array (Affymetrix® Microarray Solutions, Santa Clara, CA)  foram empregadas em casos pertinentes. Dos 30 pacientes analisados, o teste de metilação confirmou nove de 23 casos com suspeita de SPW e um de sete casos com suspeita de SA. Todos os pacientes com suspeita clínica de SPW e teste de metilação normal, também possuíam cariótipo normal. Entre os pacientes que tiveram a SPW confirmada através do teste de metilação, sete possuíam resultado de cariótipo normal e dois tinham cariótipo alterado. Em um caso foi identificada a deleção 5q2q2, confirmada por FISH, e, no outro caso, foi encontrada uma translocação Robertsoniana envolvendo os cromossomos 4 e 5. O resultado de FISH foi normal, enquanto a técnica de aGH mostrou uma dissomia uniparental (DUP) segmentar materna em 5q.2-q4. Entre os pacientes com suspeita clínica de SA com metilação normal, cinco tiveram resultado de cariótipo normal e uma apresentou uma inserção entre os cromossomos 9 e 5. O resultado de aGH desta paciente também foi normal. O paciente com a síndrome confirmada pelo teste de metilação possui resultado de cariótipo alterado e a análise do cariótipo dos familiares permitiu constatar que se trata de um rearranjo cromossômico herdado da família materna do paciente. Através dos resultados obtidos conclui-se que o teste de metilação é eficiente para a confirmação do diagnóstico de SPW e SA, porém, os casos relatados neste trabalho, associados a rearranjos cromossômicos, mostram que a análise citogenética contribui para o aconselhamento genético adequado das famílias. Apoio financeiro: FAEPEX-UNICAMP.
Análise da expressão do lncRNA NORAD em tumores de mama e sua correlação com a instabilidade cromossômica
Authors: Pereira Gabrielle Araujo Pedroso , Oliveira Jaqueline Carvalho de , Mathias Carolina , Ribeiro Enilze Maria de Souza Fonseca , Cavalli Iglenir João , Gradia Daniela Fiori
Published: January 2023

Os cânceres compõem um grupo heterogêneo de doenças causadas pela transformação de células normais, que passam a se dividir sem controle, e eventualmente se agregam formando tumores com capacidade invasiva. Alterações na expressão gênica e instabilidade cromossômica são condições características de células cancerosas ou em processo de tumorigênese e, qualquer fator que contribua com esses fenômenos pode ser sugerido como potencial promotor tumoral. O NORAD é um RNA longo não codificante (lncRNA) relacionado a processos de regulação da expressão gênica, modulando a atividade das proteínas PUMILIO, que regulam processos importantes no ciclo e diferenciação celular. A inativação de NORAD em linhagens celulares normais, pode resultar em instabilidade cromossômica, sugerindo que modificações na via regulatória de PUMILIO e NORAD poderiam determinar alterações na expressão de genes responsáveis pela manutenção da integridade genômica. Desta forma, é provável que PUMILIO e NORAD estejam relacionados com o processo de transformação neoplásica. Assim, o objetivo do presente estudo é analisar os níveis de expressão do lncRNA NORAD em amostras de tumores mamários humanos com comprovada presença de instabilidade cromossômica. A partir de dados disponíveis nos bancos de dados The Cancer Genome Atlas (TCGA) e The Atlas of non-coding RNA in Cancer (TANRIC) foi avaliada a expressão do lncRNA NORAD nos subtipos moleculares de câncer de mama, Basal-like (n=95), Normal-like (n=7), HER2 enriched (n=56), Luminal A (n=144) e Luminal B (n=123) em comparação com o tecido mamário normal (n=107). Para isto, foi realizado o teste não paramétrico de Kruskal-Wallis (p<0,001), seguido de uma comparação múltipla entre os grupos (teste de Tukey), utilizando o software Statistica 13.0. Observou-se uma redução estatisticamente significativa da expressão de NORAD dos subtipos Basal-like (p<0,01), e Her2 enriched (p<0,05) em comparação com o tecido normal adjacente. Paralelamente, uma análise inicial em cinco amostras de tumor de mama do tipo carcinoma ductal invasor, com resultados alterados de aCGH, indicou diminuição significativa de expressão de NORAD através de PCR. Estes dados preliminares apontam para a possível utilização da expressão do lncRNA NORAD como um marcador de instabilidade cromossômica auxiliando na conduta médica.
Análise de polimorfismo cromossômico em Synallaxis frontalis Furnariidae (Aves: Passeriformes)
Authors: Costa Alice Lemos , Souza Marcelo Santos de , Barcellos Suziane Alves , Kretschmer Rafael , Gunski Ricardo , Garnero Analía del Valle
Published: January 2023

Dentro da classe Aves a Ordem Passeriformes possui o maior número de espécies com cariótipos descritos, mantendo uma semelhança numérica (2n=80). A espécie Synallaxis frontalis pertence à família Furnariidae, com ampla distribuição na região neotropical. Os rearranjos cromossômicos constituem eventos cromossômicos responsáveis por causar isolamento reprodutivo, fundamental no processo de especiação. O presente trabalho objetivou compreender as características e organização do polimorfismo cromossômico encontrado na população de Synallaxis frontalis. As amostras foram coletadas no município de São Gabriel - RS, conforme licença do SISBIO nº 44173-1, código 84942645 data 07/2014 até 12/2018 e da CEUA/UNIPAMPA sob protocolo nº 026/2012. Foram analisados 7 indivíduos (5 machos e 2 fêmeas), capturados com rede de neblina. As metáfases foram obtidas a partir da cultura de fibroblastos e cultivo de medula óssea de curta duração. Para a determinação do número diploide contou-se cerca de 20 metáfases de cada indivíduo com coloração convencional de Giemsa. A determinação sexual e identificação de áreas ricas em heterocromatina ocorreu a partir da técnica de bandeamento C. Synallaxis frontalis apresentou o número diploide (2n=82). O cariótipo das amostras SFRF1 (fêmea), SFRM2 e SFRM3 (machos) apresentaram polimorfismo no 1° par de cromossomos, com morfologia submetacêntrica/acrocêntrica. O cariótipo das amostras SFRF2 (fêmea), SFRM1 e SFRM4 (machos) apresentaram polimorfismo no 3° par de cromossomos, com morfologia submetacêntrica/acrocêntrica. O cariótipo da amostra SFRStand (macho) apresentou o cariótipo standard, com morfologia acrocêntrica em ambos os pares. Neste cariótipo a morfologia acrocêntrica apresenta-se entre o primeiro, segundo, terceiro, quinto e sexto pares. O quarto par apresenta morfologia submetacêntrica. O oitavo par e os cromossomos sexuais Z e W apresentaram morfologia metacêntrica, os demais pares apresentaram morfologia telocêntrica. Os dados apresentados neste trabalho apontam para a presença de polimorfismo cromossômico, entretanto, pouco se sabe sobre qual é a extensão desse polimorfismo e seu impacto na população. A ocorrência de rearranjos cromossômicos e possíveis inversões pericêntricas podem explicar os diferentes cariótipos encontrados na população. Os dados analisados representam mais um avanço para o melhor entendimento da evolução cariotípica das aves fazendo-se necessário, todavia, mais estudos na área.