bluuebunny/crossref_metadata_2025 huggingface dataset:
Feasibility of conducting a web-based survey of patient-reported outcomes and rehabilitation progress
Authors: Howard Jennifer S , Toonstra Jenny L , Meade Amanda R , Whale Conley Caitlin E , Mattacola Carl G
Published: June 2016

Background

Web-based surveys provide an efficient means to track clinical outcomes over time without the use of clinician time for additional paperwork. Our purpose was to determine the feasibility of utilizing web-based surveys to capture rehabilitation compliance and clinical outcomes among postoperative orthopedic patients. The study hypotheses were that (a) recruitment rate would be high (>90%), (b) patients receiving surveys every two weeks would demonstrate higher response rates than patients that receive surveys every four weeks, and (c) response rates would decrease over time.

Methods

The study deaign involved a longitudinal cohort. Surgical knee patients were recruited for study participation during their first post-operative visit ( n = 59, 34.9 ± 12.0 years of age). Patients with Internet access, an available email address and willingness to participate were counter-balanced into groups to receive surveys either every two or four weeks for 24 weeks post-surgery. The surveys included questions related to rehabilitation and questions from standard patient-reported outcome measures. Outcome measures included recruitment rate (participants consented/patients approached), eligibility (participants with email/participants consented), willingness (willing participants/participants eligible), and response rate (percentage of surveys completed by willing participants).

Results

Fifty-nine patients were approached regarding participation. Recruitment rate was 98% ( n = 58). Eligibility was 95% ( n = 55), and willingness was 91% ( n = 50). The average response rate was 42% across both groups. There was no difference in the median response rates between the two-week (50%, range 0–100%) and four-week groups (33%, range 0–100%; p = 0.55).

Conclusions

Although patients report being willing and able to participate in a web-based survey, response rates failed to exceed 50% in both the two-week and four-week groups. Furthermore, response rates began to decrease after the first three months postoperatively. Therefore, supplementary data collection procedures may be necessary to meet established research quality standards.
Mass media, new technology, and ideology: An analysis of political trends in China
Authors: Lu Ye , Chu Yajie , Shen Fei
Published: June 2016

Based on a nationwide survey, this study examines the mediated constructions of political ideology and its antecedents in contemporary China. The empirical findings offer insights into China’s future by examining political beliefs in the country. Our study found that most of the respondents share an inclination toward Liberalism, indicating that the general public harbors expectations not only for expansion of market competition to ensure the country’s successful entry into the world economic system in the age of globalization, but also for deepening political reforms, increased supervision of political power, and growing access to democratic participation. The study also investigated the relationship between media use and political ideology, as the former, together with new technology, predicts the latter to varying degrees. In addition, social psychological factors such as the motivation to use the Internet and trust in media were found to play significant roles in these complex relationships. Individuals’ social interactions and their political cognitions also help to explain the complexity of political ideology in a transitional society.
Diminished Foot and Ankle Muscle Volumes in Young Adults With Chronic Ankle Instability
Authors: Feger Mark A. , Snell Shannon , Handsfield Geoffrey G. , Blemker Silvia S. , Wombacher Emily , Fry Rachel , Hart Joseph M. , Saliba Susan A. , Park Joseph S. , Hertel Jay
Published: June 2016

Background:

Patients with chronic ankle instability (CAI) have demonstrated altered neuromuscular function and decreased muscle strength when compared with healthy counterparts without a history of ankle sprain. Up to this point, muscle volumes have not been analyzed in patients with CAI to determine whether deficits in muscle size are present following recurrent sprain.

Purpose:

To analyze intrinsic and extrinsic foot and ankle muscle volumes and 4-way ankle strength in young adults with and without CAI.

Study Design:

Cross-sectional study; Level of evidence, 3.

Methods:

Five patients with CAI (mean age, 23.0 ± 4 years; 1 male, 4 females) and 5 healthy controls (mean age, 23.8 ± 4.5 years; 1 male, 4 females) volunteered for this study. Novel fast-acquisition magnetic resonance imaging (MRI) was used to scan from above the femoral condyles through the foot and ankle. The perimeter of each muscle was outlined on each axial slice and then the 2-dimensional area was multiplied by the slice thickness (5 mm) to calculate the muscle volume. Plantar flexion, dorsiflexion, inversion, and eversion isometric strength were measured using a handheld dynamometer. Patients with CAI were compared with healthy controls on all measures of muscle volume and strength. Extrinsic muscle volumes of patients with CAI were also compared with a normative database of healthy controls (n = 24) by calculating z scores for each muscle individually for each CAI subject.

Results:

The CAI group had smaller total shank, superficial posterior compartment, soleus, adductor hallucis obliqus, and flexor hallucis brevis muscle volumes compared with healthy controls as indicated by group means and associated 90% CIs that did not overlap. Cohen d effect sizes for the significant group differences were all large and ranged from 1.46 to 3.52, with 90% CIs that did not cross zero. The CAI group had lower eversion, dorsiflexion, and 4-way composite ankle strength, all with group means and associated 90% CIs that did not overlap. No other significant differences were identified.

Conclusion:

Patients with CAI demonstrate atrophy of intrinsic and extrinsic foot and ankle musculature accompanied by lower ankle strength.

Clinical Relevance:

Clinicians should be aware of the muscle atrophy and strength deficits when prescribing rehabilitation for patients with lateral ankle sprain or CAI.
From the Inside In
Authors: Supovitz Jonathan , Fink Ryan , Newman Bobbi
Published: June 2016

Developing instructional capacity in schools is a central challenge of the Common Core movement. Most conceptualizations of capacity building focus on infusing externally generated professional development into schools. In this article, we explore the professional resources that reside inside schools that might be utilized to develop instructional capacity from within. Overall, we found that an abundance of these resources existed in schools, but they were unevenly distributed across and within schools. We also found that coaches and administrators were more likely to be recipients for requests for assistance and that they tended to have more Common Core subject matter knowledge, on average, than teachers did. We also found that external resource seeking was correlated with Common Core knowledge and with those who were recipients of requests for advice from colleagues. The article concludes with a discussion of the implications of these findings for research and practice.
Value Creation in Business Services through the Prism of Experience Economy: Conceptualizing Value-in-experience
Authors: Kukk Jana , Leppiman Anu
Published: June 2016

The research of body of knowledge on service value has grown remarkably over the last few decades. Moreover, the whole view of value formation has undergone a shift of paradigms from provider-centric to customer-centric.

In parallel to these changes, the theory of experience economy has emerged. Even though the researchers of various schools have been contributing a significant effort to conceptualize service value, the experiential dimension of value has remained unexplored.

Current research aims to identify and describe the concept of value in the service-dominant economy, where the role of experience cannot be underestimated. This article presents the results of a comparative review of the literature on service value formation from the perspectives of service value and experience economy domains of marketing literature. As a result of this analysis, we present the concept of value-in-experience, which continues the evolution of value and includes service experience as an element of service value formation.
Gene expression prediction using low-rank matrix completion
Authors: Kapur Arnav , Marwah Kshitij , Alterovitz Gil
Published: June 2016

Background

An exponential growth of high-throughput biological information and data has occurred in the past decade, supported by technologies, such as microarrays and RNA-Seq. Most data generated using such methods are used to encode large amounts of rich information, and determine diagnostic and prognostic biomarkers. Although data storage costs have reduced, process of capturing data using aforementioned technologies is still expensive. Moreover, the time required for the assay, from sample preparation to raw value measurement is excessive (in the order of days). There is an opportunity to reduce both the cost and time for generating such expression datasets.

Results

We propose a framework in which complete gene expression values can be reliably predicted in-silico from partial measurements. This is achieved by modelling expression data as a low-rank matrix and then applying recently discovered techniques of matrix completion by using nonlinear convex optimisation. We evaluated prediction of gene expression data based on 133 studies, sourced from a combined total of 10,921 samples. It is shown that such datasets can be constructed with a low relative error even at high missing value rates (>50 %), and that such predicted datasets can be reliably used as surrogates for further analysis.

Conclusion

This method has potentially far-reaching applications including how bio-medical data is sourced and generated, and transcriptomic prediction by optimisation. We show that gene expression data can be computationally constructed, thereby potentially reducing the costs of gene expression profiling. In conclusion, this method shows great promise of opening new avenues in research on low-rank matrix completion in biological sciences.
PGA: an R/Bioconductor package for identification of novel peptides using a customized database derived from RNA-Seq
Authors: Wen Bo , Xu Shaohang , Zhou Ruo , Zhang Bing , Wang Xiaojing , Liu Xin , Xu Xun , Liu Siqi
Published: June 2016

Background

Peptide identification based upon mass spectrometry (MS) is generally achieved by comparison of the experimental mass spectra with the theoretically digested peptides derived from a reference protein database. Obviously, this strategy could not identify peptide and protein sequences that are absent from a reference database. A customized protein database on the basis of RNA-Seq data is thus proposed to assist with and improve the identification of novel peptides. Correspondingly, development of a comprehensive pipeline, which provides an end-to-end solution for novel peptide detection with the customized protein database, is necessary.

Results

A pipeline with an R package, assigned as a PGA utility, was developed that enables automated treatment to the tandem mass spectrometry (MS/MS) data acquired from different MS platforms and construction of customized protein databases based on RNA-Seq data with or without a reference genome guide. Hence, PGA can identify novel peptides and generate an HTML-based report with a visualized interface. On the basis of a published dataset, PGA was employed to identify peptides, resulting in 636 novel peptides, including 510 single amino acid polymorphism (SAP) peptides, 2 INDEL peptides, 49 splice junction peptides, and 75 novel transcript-derived peptides. The software is freely available from http://bioconductor.org/packages/PGA/, and the example reports are available at http://wenbostar.github.io/PGA/.

Conclusions

The pipeline of PGA, aimed at being platform-independent and easy-to-use, was successfully developed and shown to be capable of identifying novel peptides by searching the customized protein database derived from RNA-Seq data.
Detection of disseminated tumor cells in lymph nodes from patients with early stage non-small cell lung cancer
Authors: Kongsgaard Ane , Boye Kjetil , Fodstad Øystein , Juell Siri , Jørgensen Lars H. , Solberg Steinar , Helland Åslaug , Brustugun Odd Terje , Mælandsmo Gunhild Mari
Published: June 2016

Background

The regional lymph node involvement is a major prognostic factor in patients with non-small cell lung cancer (NSCLC) undergoing surgical resection. Disease relapse is common, suggesting that early disseminated disease is already present in the regional lymph nodes at the time of surgery, and that the current nodal staging classification might be suboptimal. Early detection of disseminated tumor cells (DTCs) in lymph nodes could potentially enable identification of subcategories of patients with high risk of disease relapse.

Method

Lymph node samples were collected from 128 NSCLC patients at the time of surgery and the presence of DTCs determined by immunomagnetic selection (IMS) using the MOC31 antibody recognizing EpCAM. Results obtained with IMS were compared to the pathological staging obtained by histopathology. Associations between the presence of DTCs and clinicopathological variables and patient outcome were investigated.

Results

DTCs were detected in 40 % of the lymph node samples by IMS. Their presence was significantly associated with pN status as assessed by histopathology, and samples from 83 % of the patients with lymph node metastases (pN1-2) had detectable DTCs. In the group of patients who were negative for lymph node metastases by standard histopathology (pN0) DTCs were detected in 32 %. The presence of DTCs was not associated with any other clinicopathological variables. Patients with IMS-positive samples showed decreased relapse free survival compared to patients with IMS-negative samples, but the difference was not statistically significant. The pN status was significantly associated with both relapse free and overall survival, but the presence of DTCs had no prognostic impact in the subcategory of patients with pN0 status.

Conclusion

Our findings do not support further development of lymph node DTC detection for clinical use in early stage NSCLC.
CD68 on rat macrophages binds tightly to S100A8 and S100A9 and helps to regulate the cells’ immune functions
Authors: Okada Kohki , Arai Satoshi , Itoh Hiroshi , Adachi Souichi , Hayashida Masahiko , Nakase Hiroshi , Ikemoto Masaki
Published: June 2016

S100A8 and S100A9 (S100 proteins) are regulators of immune cells of myeloid origin. Whereas S100 proteins are found at high concentrations in such cells, their immunologic roles remain unclear. We focused on cluster of differentiation 68 (CD68). The aim of this study is to investigate whether CD68 binds to extracellular S100A8 and/or S100A9 and subsequently participates in the regulation of the cells’ immune functions. ELISA and affinity chromatography showed that both recombinant rat S100A8 (r-S100A8) and r-S100A9 bound to r-CD68, but not to r-CD14. Flow cytometry clearly showed evidences supporting above the 2 results. As analyzed by flow cytometry, a less amount of r-S100A8 or r-S100A9 bound to the macrophages treated with some deglycosylation enzymes. In an in vitro assay, the expression levels of S100A8 and S100A9 were significantly suppressed after the macrophages had been treated with an anti-CD68 antibody (ED1). As stimulated macrophages with r-S100A9, the expression of IL-1β mRNA in macrophages, which were treated with anti-TLR4 or -RAGE antibodies, was significantly suppressed. r-S100A8 up-regulated IL-6 and IL-10 mRNAs, while r-S100A9 did TNF-α and IL-6 mRNAs, although these regulations were not statistically significant. Small interfering CD68 also significantly suppressed activation of macrophages through an autocrine pathway by r-S100A8 or r-S100A9. In macrophages stimulated with LPS, fluorescent immunologic staining showed that most CD68 colocalized with S100A8 or S100A9 and that the levels of all 3 molecules were markedly increased. In conclusion, CD68 on macrophages binds to S100A8 and S100A9 and thereby, plays a role in the regulation of the cells’ immune functions.
Nicotine induces neutrophil extracellular traps
Authors: Hosseinzadeh Ava , Thompson Paul R , Segal Brahm H , Urban Constantin F
Published: June 2016

NETs serve to ensnare and kill microbial pathogens. However, NETs can at the same time contribute to tissue damage and excessive inflammation. Nicotine is a major toxic agent and has been associated with exacerbated inflammatory diseases. The current study aimed at investigating the role of nicotine, the addictive component of tobacco and electronic cigarettes, on triggering NET formation. We report that nicotine induces neutrophils to release NETs in a dose-dependent manner. Nicotine-induced NET formation is mediated via nicotine acetylcholine receptors, depends on Akt and PAD4 activation, but is Nox2-independent, as demonstrated by pharmacological inhibition of Nox2 and by use of Nox2-deficient mouse neutrophils. These findings demonstrate that nicotine induces NETs, which may in turn contribute to smoking-related diseases.
An organelle K+ channel is required for osmoregulation in Chlamydomonas reinhardtii
Authors: Xu Feifei , Wu Xiaoan , Jiang Lin-Hua , Zhao Hucheng , Pan Junmin
Published: June 2016

Fresh water protozoa and algae face hypotonic challenges in their living environment. Many of them employ a contractile vacuole system to uptake excessive water from the cytoplasm and expel it to the environment to achieve cellular homeostasis. K+, a major osmolyte in contractile vacuole, is predicted to create higher osmolarity for water influx. Molecular mechanisms for K+ permeation through the plasma membrane have been well studied. However, how K+ permeates organelles such as the contractile vacuole is not clear. Here, we show that the six-transmembrane K+ channel KCN11 in Chlamydomonas is exclusively localized to contractile vacuole. Ectopic expression of KCN11 in HEK293T cells results in voltage-gated K+ channel activity. Disruption of the gene or mutation of key residues for K+ permeability of the channel leads to dysfunction of cell osmoregulation in very hypotonic conditions. The contractile cycle is inhibited in the mutant cells with a slower rate of contractile vacuole swelling, leading to cell death. These data demonstrate a new role for six-transmembrane K+ channels in contractile vacuole functioning and provide further insights into osmoregulation mediated by the contractile vacuole.
In vivo regulation of integrin turnover by outside-in activation
Authors: López-Ceballos Pablo , Herrera-Reyes Alejandra Donají , Coombs Daniel , Tanentzapf Guy
Published: June 2016

The development of three-dimensional tissue architecture requires precise control over the attachment of cells to the extracellular matrix (ECM). Integrins, the main ECM-binding receptors in animals, are regulated in multiple ways to modulate cell–ECM adhesion. One example is the conformational activation of integrins by extracellular signals (‘outside-in activation’) or by intracellular signals (‘inside-out activation’), whereas another is the modulation of integrin turnover. We demonstrate that outside-in activation regulates integrin turnover to stabilize tissue architecture in vivo. Treating Drosophila embryos with Mg2+ and Mn2+, known to induce outside-in activation, resulted in decreased integrin turnover. Mathematical modeling combined with mutational analysis provides mechanistic insight into the stabilization of integrins at the membrane. We show that as tissues mature, outside-in activation is crucial for regulating the stabilization of integrin-mediated adhesions. This data identifies a new in vivo role for outside-in activation and sheds light on the key transition between tissue morphogenesis and maintenance.
Polarization sensitivity in Collembola: an experimental study of polarotaxis in the water-surface-inhabiting springtail,Podura aquatica
Authors: Egri Ádám , Farkas Alexandra , Kriska György , Horváth Gábor
Published: June 2016

The 6-ommatidium ventral eye of the water-surface-inhabiting springtail Poduara aquatica has horizontal and vertical microvilli and perceives light from the ventral, frontal and frontodorsal regions, while the 2-ommatidium dorsal eye possesses two upward-looking ommatidia with vertical microvilli. The ventral eye may serve water detection by its polarization sensitivity, even if the insect is resting with its head slightly tipped down on a raised surface. The polarization sensitivity and polarotaxis in springtails (Collembola) have not been investigated. Therefore, we performed behavioural choice experiments to study them in P. aquatica. We found that the strength of phototaxis in P. aquatica depends on the polarization characteristics of stimulating light. Horizontally and vertically polarized light were the most and least attractive, respectively, while unpolarized stimulus elicited moderate attraction. We showed that horizontally polarized light attracted more springtails than unpolarized, even if the polarized stimulus was 10 times dimmer. Thus, besides phototaxis, P. aquatica also has polarotaxis with the ability to measure or at least estimate the degree of polarization. Our results indicate that the threshold d* of polarization sensitivity in P. aquatica is between 10.1 and 25.5 %.
Divergence of the diapause transcriptome in apple maggot flies: winter regulation and post-winter transcriptional repression
Authors: Meyers Peter J. , Powell Thomas H. Q. , Walden Kimberly K. O. , Shieferecke Adam , Feder Jeffrey L. , Hahn Daniel A. , Robertson Hugh M. , Berlocher Stewart H. , Ragland Gregory J.
Published: June 2016

Duration of dormancy regulates seasonal timing in many organisms and may be modulated by day length and temperature. Though photoperiodic modulation has been well studied, temperature modulation of dormancy has received less attention. Here, we leverage genetic variation in diapause in the apple maggot fly, Rhagoletis pomonella, to test whether gene expression during winter or following spring warming regulates diapause duration. We used RNAseq to compare transcript abundance during and after simulated winter between an apple-infesting population and a hawthorn-infesting population where the apple population ends pupal diapause earlier than the hawthorn-infesting population. Marked differences in transcription between the two populations during winter suggests that the ‘early’ apple population is developmentally advanced compared to the ‘late’ hawthorn population prior to spring warming, with transcripts participating in growth and developmental processes relatively up-regulated in apple pupae during the winter cold period. Thus, regulatory differences during winter ultimately drive phenological differences that manifest themselves in the following summer. Expression and polymorphism analysis identify candidate genes in the Wnt and insulin signaling pathways that contribute to population differences in seasonality. Both populations remained in diapause and displayed a pattern of up- and then down-regulation (or vice versa) of growth-related transcripts following warming, consistent with transcriptional repression. The ability to repress growth stimulated by permissive temperatures is likely critical to avoid mismatched phenology and excessive metabolic demand. Compared to diapause studies in other insects, our results suggest some overlap in candidate genes/pathways, though the timing and direction of changes in transcription are likely species-specific.
Τα Mathlets στη Μαθηματική Εκπαίδευση
Authors: Κασούτσας Αιμιλιανός
Published: June 2016

Η παρούσα εργασία αποτελεί μια κριτική παρουσίαση και εφαρμογή των Java Applets (mathlets) στο χώρο της διδασκαλίας των μαθηματικών.Οι βασικοί στόχοι είναι η σύναψη της μαθηματικής κοινωνίας με μια άκρως υποσχόμενη πτυχή των νέων τεχνολογιών, τις μικροεφαρμογές Java (Java Applets) και να δοθεί έμφαση στα πλεονεκτήματα της χρήσης αυτών στη μαθηματική εκπαίδευση μέσα από την παρουσίαση παραδειγμάτων.
Ανάπτυξη Μαθηματικών Θεμάτων στα πλαίσια της ΑεξΕκπ.
Authors: Ανούσης Μιχαήλ
Published: June 2016

Παρουσιάζουμε συνοπτικά διπλωματικές εργασίες που έχουν εκπονηθεί στο πρόγραμμα Μεταπτυχιακές Σπουδές στα Μαθηματικά του ΕΑΠ στην περιοχή των θεωρητικών μαθηματικών.
Μια εισαγωγή στη θεωρία Ramsey
Authors: Ανανίας Άγγελος
Published: June 2016

Η παρούσα εργασία επιχειρεί μια εισαγωγή στη θεωρία Ramsey. Στόχος της είναι να εκθέσει σύντομα πώς η θεωρία των γραφημάτων συναντά τη συνδυαστική δίνοντας κομψά και χρήσιμα αποτελέσματα. Μετά από μια όχι και τόσο σύντομη εισαγωγή, παρουσιάζεται το θεώρημα του Turan, το θεώρημα του Ramsey και οι αποδείξεις τους. Συνεχίζοντας συναντάμε εφαρμογές αλλά και ιδέες για μελλοντικές εργασίες. Ο προσανατολισμός της συγγραφής είναι περισσότερο εκπαιδευτικός παρά ερευνητικός. Επιχειρείται να κεντριστεί το ενδιαφέρον του αναγνώστη και να δοθεί ένα θεωρητικό υπόβαθρο χρήσιμο σε όποιον επιθυμεί να φτάσει σε υψηλότερο από αυτό το επίπεδο.
Καταστασιακά περιβάλλοντα για την ηλεκτρονική μάθηση
Authors: Σοφός Αλιβίζος
Published: June 2016

Στο άρθρο αυτό παρουσιάζεται η έννοια του μαθησιακού περιβάλλοντος στο πλαίσιο της καταστασιακής προσέγγισης (situiert) σε σχέση με τα ηλεκτρονικά Μέσα που στηρίζουν την εκπαιδευτική διαδικασία. H εργασία είναι δομημένη σε τέσσερα μέρη. Στο πρώτο μέρος προσεγγίζονται εννοιολογικά οι Τεχνολογίες Πληροφορικής και Επικοινωνιών (ΤΠΕ) και συζητείται η κατάταξή τους στα τεταρτογενή Μέσα. Στο δεύτερο μέρος προσδιορίζεται η έννοια «Περιβάλλον Μάθησης» και τα ηλεκτρονικά Μέσα οριοθετούνται ως «πλαίσιο μαθησιακών ευκαιριών και δυνατοτήτων διάδρασης». Στο τρίτο μέρος διατυπώνονται τα χαρακτηριστικά που διέπουν τα καταστασιακά περιβάλλοντα μάθησης. Τέλος, το άρθρο ολοκληρώνεται με το εξής συμπέρασμα: στο πλαίσιο διαμόρφωσης ηλεκτρονικών περιβαλλόντων, κεντρικό σημείο αναφοράς αποτελεί ο παιδαγωγικός και διδακτικός μετασχηματισμός του περιεχομένου. Η θέση αυτή τεκμηριώνεται με βάση τις προσεγγίσεις του MacLuhan και προτείνεται ένα μοντέλο ολιστικής προσέγγισης σε 6 άξονες για κάθε εκπαιδευτικό που σχεδιάζει ηλεκτρονικά περιβάλλοντα.
Η αυτο-ρυθμιζόμενη μάθηση στην εξΑΕ
Authors: Νικολάκη Εύη , Κουτσούμπα Μαρία
Published: June 2016

Η εργασία μελετά την έννοια της αυτο-ρυθμιζόμενης μάθησης στην εξΑΕ.Ειδικότερα, διερευνά το ρόλο της αυτο-ρυθμιζόμενης μάθησης σε σχέση με τημαθησιακή λειτουργία και την ακαδημαϊκή επίτευξη στην εξΑΕ. Η διερεύνησηστηρίζεται στη βιβλιογραφική ανασκόπηση της εξΑΕ και της αυτο-ρυθμιζόμενηςμάθησης. Στα συμπεράσματα της έρευνας καταγράφεται πως η αυτο-ρυθμιζόμενη μάθηση και, ειδικότερα η κοινωνικογνωστική της προσέγγιση, παρέχει το κατάλληλο θεωρητικό πλαίσιο για την κατανόηση και ανάλυση της μαθησιακής διαδικασίας στην εξΑΕ καταδεικνύοντας έτσι τη σημαντικότητα υποστήριξής της στο περιβάλλον αυτό.
Digital literacy of students participating in a one-to-one laptop initiative in Greece
Authors: Spanos Dimitrios , Sofos Alivisos
Published: June 2016

This research was conducted at a private school in Athens Greece, that implements a one-to-one laptop initiative. There were two research questions: a) does the digital literacy of students participating in the program of one laptop per student change and b) is there a differentiation in the digital literacy of boys and girls. The students completed a questionnaire in two phases (pre / post) that included 75 Likert-scale questions, divided in 5 sections. According to the data, it can be concluded that the digital literacy of the students does indeed improve, while the second research question cannot be answered as there is no clear superiority of either of the sexes.
Προσδοκίες και οφέλη γυναικών από τη φοίτησή τους στο ΕΑΠ
Authors: Βασάλα Παρασκευή , Κονταρίδου Ειρήνη
Published: June 2016

Η ευελιξία και η μορφωτική αυτονομία των εκπαιδευομένων καθιστά την ΑεξΑΕ ιδιαίτερα φιλική στις ενήλικες γυναίκες, με τους ποικίλους και συχνά συγκρουόμενους ρόλους εντός των στερεοτυπικά και πατριαρχικά διαμορφωμένων κοινωνικών δομών. Αντικείμενο της έρευνας αποτέλεσαν οι προσδοκίες  και τα οφέλη που εξασφάλισαν από τη φοίτησή τους οι μεταπτυχιακές φοιτήτριες του Ελληνικού Ανοικτού Πανεπιστημίου (ΕΑΠ) που είχαν κάνει προπτυχιακές σπουδές στο ίδρυμα. Η έρευνα διεξήχθη το 2012 με ημι-δομημένη συνέντευξη και το δείγμα αποτέλεσαν 17 φοιτήτριες. Τα αποτελέσματα ανέδειξαν πως η δυναμική συμμετοχή των γυναικών στο ΕΑΠ αντικατοπτρίζει την ανάγκη για κοινωνική εξέλιξη και ενεργοποίηση, αλλά και την αγωνία τους να μην παραγκωνισθούν στην ασταθή και  κρίσιμη οικονομική – κοινωνική συγκυρία. Η εκπαιδευτική διεργασία τις βοήθησε να καλλιεργήσουν στάσεις, γνώσεις και δεξιότητες που προήγαγαν την κατάρτιση και την προσωπική τους καλλιέργεια και ενδυνάμωση. Τέλος, η «φωνή» των γυναικών – συμβάλλοντας στην κατανόηση του νοήματος που οι ίδιες δίνουν στις σπουδές τους – εμπλουτίζει την ακαδημαϊκή συζήτηση και αναδεικνύει πεδία για μελλοντικές σχετικές έρευνες.
Διδασκαλία ως φαινόμενο χωροχρονικής αποπλαισίωσης και ο ρόλος των νέων και ψηφιακών Μέσων για το σχεδιασμό της
Authors: Αλιβίζος Σοφός (Λοΐζος)
Published: June 2016

Το άρθρο επικεντρώνεται στις διαφοροποιήσεις που λαμβάνουν χώρα στο φαινόμενο της διδασκαλίας και επηρεάζουν προφανώς την διευθέτηση της εκπαιδευτικής διαδικασίας, τόσο στη δια ζώσης όσο και σε μικτές μορφές εκπαίδευσης. Η ανάλυση εστιάζει στη σχέση που υπάρχει μεταξύ Διδασκαλίας, Μέσων και Κοινωνίας η οποία τεκμηριώνεται σε τρεις ενότητες. Η πρώτη παρουσιάζει τέσσερα στάδια εξέλιξης της διδασκαλίας σε κοινωνίες με διαφορετικό τρόπο οργάνωσης και πολιτισμικά τεχνουργήματα. Η δεύτερη σκιαγραφεί τη χωροχρονική αποπλαισίωση των περιβαλλόντων μάθησης κάνοντας αναφορά στο μετρικό και στο ψηφιακό χώρο καθώς επίσης και σε μορφές ηλεκτρονικής και διαδικτυακής μάθησης. Η τρίτη εστιάζει στη σημασία  της ολιστικής παιδαγωγική θεώρησης των ηλεκτρονικών περιβαλλόντων. Στο τέλος διατυπώνονται συμπεράσματα για την παιδαγωγικά τεκμηριωμένη ένταξη ψηφιακών μέσων στην εκπαιδευτική διαδικασία.
Η δυνατότητα αξιοποίησης των ΤΠΕ για τη συμπληρωματική εξ αποστάσεως ηλεκτρονική διδασκαλία θεμάτων της αγγλικής γραμματικής στην πρωτοβάθμια εκπαίδευση
Authors: Αναστασίου Αδάμος , Ανδρούτσου Δέσποινα , Γεωργάλας Παναγιώτης
Published: June 2016

Στο παρόν άρθρο παρουσιάζεται η πειραματική διδασκαλία της «ώρας» και της «ημερομηνίας» στην αγγλική γλώσσα βασισμένη στις Τεχνολογίες της Πληροφορίας και της Επικοινωνίας (ΤΠΕ). Στόχο της συγκεκριμένης προσπάθειας αποτελεί η συμπληρωματική εξ αποστάσεως αποτελεσματική εξάσκηση των παραπάνω γραμματικών φαινομένων με συστηματικό τρόπο. Ο σχεδιασμός και η εφαρμογή του μοντέλου για τη συμπληρωματική εξ αποστάσεως ηλεκτρονική διδασκαλία στηρίζεται σε ένα εκπαιδευτικό λογισμικό, το οποίο δημοσιεύεται σε ένα δυναμικό ιστότοπο. Η μέθοδος που χρησιμοποιείται επιχειρεί να αξιοποιήσει τον ηλεκτρονικό υπολογιστή και ειδικότερα το Διαδίκτυο με τέτοιο τρόπο, ώστε να μπορέσει να αυξηθεί στο μέγιστο δυνατό βαθμό η αλληλεπίδραση του μαθητή με το εκπαιδευτικό υλικό, επιδεικνύοντας παράλληλα έντονη διάθεση προσανατολισμού προς το μαθητοκεντρισμό. Το λογισμικό αυτό χρησιμοποιήθηκε πειραματικά σε 68 μαθητές της Ε΄ τάξης τεσσάρων τμημάτων από τρία διαφορετικά δημοτικά σχολεία του νομού Χαλκιδικής. Από την έρευνα προκύπτει ότι, με τη χρήση ορισμένων από τις δυνατότητες που προσφέρει το Διαδίκτυο, η εξ αποστάσεως συμπληρωματική εξάσκηση της «ώρας» και της «ημερομηνίας» δύναται να λειτουργήσει ιδιαίτερα αποδοτικά ως προς την εμπέδωσή τους από τους μαθητές. Επιπρόσθετα, τα αποτελέσματα δείχνουν συγκεκριμένες συμπεριφορές και προτιμήσεις από τη μεριά των χρηστών κατά τη μαθησιακή διαδικασία. Παρουσιάζεται, ακόμη, μία προτίμηση στις ασκήσεις κειμένου σε σχέση με τις ηχητικές. Οι γρήγορες ασκήσεις πολλαπλής επιλογής προτιμώνται σε σχέση με τις πιο αργές ασκήσεις συμπλήρωσης. Τέλος, υπάρχει σαφής προτίμηση προς την επίλυση ασκήσεων και τη μελέτη παραδειγμάτων αντί για τη μελέτη θεωρητικών παρουσιάσεων.
Συνολικό Τεύχος
Authors: Τεύχος Συνολικό
Published: June 2016

Το Συνολικό Τεύχος του Περιοδικού.
Η μεταβαλλόμενη έννοια της ευρωπαϊκής ερευνητικής πολιτικής
Authors: Μητσός Αχιλλέας
Published: June 2016

Η έννοια της ευρωπαϊκής ερευνητικής πολιτικής μεταβάλλεται συνεχώς. Αντικατοπτρίζει τις διεθνείς τάσεις αλλά και τις καθορίζει σε μεγάλο βαθμό. Αντανακλά και συναρτάται με την έκταση, τη μορφή και το βάθος της ευρωπαϊκής ολοκλήρωσης. Απηχεί και ακολουθεί τη μεταβαλλόμενη δεοντολογική θεώρηση της αναγκαιότητας δημόσιας παρέμβασης γενικά, και δημόσιας παρέμβασης στο κεντρικό γεωγραφικό επίπεδο, ειδικότερα. Η αναγνώριση της αποτυχίας της αγοράς και η θεώρηση της έρευνας ως δημόσιου αγαθού καθώς και η προστιθέμενη σε αυτή συοτημική αποτυχία δεν αρκούν για την τεκμηρίωση της ανάγκης δημόσιας ευρωπαϊκής πολιτικής. Οι διασυνοριακές εξωτερικότητες, οι αδιαιρετότητες και η δυνατότητα οικονομιών κλίμακας, η συμβολή στην παραγωγή και διάθεση των ευρωπαϊκών δημόσιων αγαθών, για παράδειγμα στην υγεία ή το περιβάλλον, η πολλαπλή σύνδεση με άλλες ευρωπαϊκές πολιτικές και η σύγκλιση των εθνικών προτιμήσεων ως προς τις ερευνητικές προτεραιότητες συνθέτουν τη δεοντολογική θεώρηση. Στο θετικό επίπεδο, η διάκριση μεταξύ ρυθμιστικών αποφάσεων, όπου η εφαρμογή της κοινοτικής μεθόδου προσδίδει αυξημένο ρόλο στην Ευρωπαϊκή Επιτροπή, και δημοσιονομικών αποφάσεων οι οποίες διατηρούν τον διακρατικό τους χαρακτήρα, καθορίζει και την εξέλιξη της πολιτικής έρευνας. Οι αποφάσεις ως προς το ύψος της δημοσιονομικής κοινοτικής παρέμβασης λαμβάνονται στις ιστορικές, 'συνταγματικές' στιγμές με σχεδόν αποκλειστικά κριτήρια αναδιανομής μεταξύ των κρατών-μελών, ενώ οι αποφάσεις ως προς το περιεχόμενο της δημοσιονομικής παρέμβασης μέσω των προγραμμάτων-πλαισίων, αλλά και οι αποφάσεις ως προς το πλαίσιο λειτουργίας των εθνικών πολιτικών ακολουθούν την κοινοτική μέθοδο η οποία και επιτρέπει μεγαλύτερη έμφαση στη λειτουργία της συνολικής αποδοτικότητας, σε αντιδιαστολή με αυτή της αναδιανομής. Τέλος, οι ήπιες μορφές παρέμβασης, με τις διακηρύξεις και τις Ανακοινώσεις του Ευρωπαϊκού Συμβουλίου και την 'ανοικτή μέθοδο συντονισμού' χρησιμοποιούνται ολοένα και περισσότερο, ιδιαίτερα από τη στιγμή που η συμβολή της έρευνας στην ανάπτυξη της ευρωπαϊκής οικονομίας συνδέεται όχι γραμμικά με τη συμβολή της στην καινοτομία, αλλά με τη βαθύτερη συμβολή του τριπτύχου της παραγωγής, διάχυσης και μετατροπής της γνώσης σε αυτή -του τριγώνου Έρευνα-Εκπαίδευση-Καινοτομία
Οι τεχνολογίες πληροφορικής και επικοινωνιών στην Ελλάδα και η συμβολή τους στην καινοτομία των επιχειρήσεων
Authors: Τσακανίκας Άγγελος
Published: June 2016

Στην εργασία αυτή εξετάζονται συνοπτικά τα βασικά χαρακτηριστικά των κλάδων πληροφορικής και επικοινωνιών όπως έχουν εξελιχθεί κατά την τελευταία δεκαετία στην Ελλάδα και αναλύεται ο ρόλος τους στη βελτίωση των καινοτομικών επιδόσεων της ελληνικής επιχειρηματικότητας. Η υπόθεση που υπονοείται είναι ότι, παρόλο που η πορεία αυτών των κλάδων δεν μεταφράζεται αυτόματα σε αύξηση του καινοτομικού αποτελέσματος, η μεγέθυνση τους και η βελτίωση των προϊόντων/ υπηρεσιών που προσφέρουν μπορεί να μοχλεύσει πόρους, δεξιότητες και γνώση σε άλλους κλάδους επιτρέποντας τελικά καλύτερες επιδόσεις στο σύνολο του εθνικού παραγωγικού συστήματος. Άλλωστε, οι τεχνολογίες πληροφορικής και επικοινωνιών (ΤΠΕ) είναι τεχνολογίες υποδομής που επηρεάζουν οριζόντια το σύνολο της οικονομικής και κοινωνικής δραστηριότητας της χώρας και αφορούν όλους τους κλάδους. Έτσι, ακόμη και παραδοσιακοί κλάδοι μπορούν να ωφεληθούν και να βελτιώσουν την καινοτομική τους συμπεριφορά, καθώς η χρήση τους καθίσταται ανεξάρτητη και εξίσου σημαντική με την παραγωγή των ΤΠΕ. Στην εργασία αξιοποιούνται τα αποτελέσματα ποσοτικής έρευνας, σε δείγμα 800 επιχειρήσεων, για τη χρήση των τεχνολογιών πληροφορικής και επικοινωνιών σε 10 κλάδους της ελληνικής οικονομίας και των επιπτώσεων που αυτή έχει στην καινοτομία και την παραγωγικότητα των ελληνικών επιχειρήσεων.
Η παρουσία και ο ρόλος των ελληνικών ακαδημαϊκών και ερευνητικών ιδρυμάτων και των επιχειρήσεων στα ευρωπαϊκά ερευνητικά προγράμματα (1984-2006)
Authors: Καλογήρου Γιάννης , Πρωτόγερου Αιμιλία
Published: June 2016

Στην εργασία αυτή επιχειρείται η διερεύνηση της παρουσίας και του ρόλου των ελληνικών ερευνητικών φορέων και των επιχειρήσεων στα δίκτυα που δημιουργούνται από τις ερευνητικές συνεργασίες οι οποίες χρηματοδοτούνται -σε ανταγωνιστυχή βάση- από τα προγράμματα-πλαίσια (Π.Π.) της Ευρωπαϊκής Ένωσης (1984-2006). Για την κατασκευή των δικτύων χρησιμοποιήθηκε η βάση δεδομένων STEP to RJVs η οποία περιέχει λεπτομερή στοιχεία για τις ερευνητικές συνεργασίες που έχουν χρηματοδοτηθεί από το πρώτο Π.Π. μέχρι και σήμερα. Για την ανάλυση των ερευνητικών δικτύων χρησιμοπουήθηκε η τεχνική της ανάλυσης κοινωνικών δικτύων. Μερικά από τα πιο ενδιαφέροντα ευρήματα που προκύπτουν είναι ότι η Ελλάδα έχει μια διαχρονικά σταθερή παρουσία στα ανταγωνιστικά αυτά προγράμματα. Επιπλέον, κάποιοι ελληνυχοί φορείς, κυρίως πανεπιστήμια και ερευνητικά κέντρα, έχουν αποκτήσει κεντρυώ ρόλο στα δίκτυα που δημιουργούνται από τις χρηματοδοτούμενες ερευνητικές συνεργασίες των Π.Π. Τέλος, οι κεντρικοί ελληνικοί φορείς παίζουν κρίσιμο ρόλο στη διατήρηση της συνδεσιμότητας των περισσότερο περιφερειακών και λιγότερο κεντρικών ελληνικών φορέων στα δίκτυα αυτά. Η ενεργή συμμετοχή της Ελλάδας στα προγράμματα-πλαίσια και οι πολύ καλές επιδόσεις συγκεκριμένων ελληνικών ερευνητυχών ομάδων στα δίκτυα ερευνητικών συνεργασιών αντιστρέφουν την κρατούσα κακή εικόνα του ερευνητικού συστήματος της χώρας. Ταυτόχρονα, όμως τα ευρήματα αυτά υποδεικνύουν ότι υπάρχει ανάγκη για μια συγκροτημένη πολιτική έρευνας, τεχνολογικής ανάπτυξης και καινοτομίας, ώστε να αξιοποιηθούν αυτές οι επιμέρους ερευνητυχές ομάδες και να ενδυναμωθεί ακόμη περισσότερο η συμμετοχή και ο ρόλος των ελληνικών φορέων στα ευρωπαϊκά ερευνητυχά δίκτυα.
Η πρωτοβουλία αριστείας στα γερμανικά πανεπιστήμια: το πανεπιστημιακό όραμα του μέλλοντος μεταξύ παγκόσμιου ακαδημαϊκού ανταγωνισμού και Νέας Δημόσιας Διοίκησης
Authors: Γιαννακόπουλος Άγγελος , Μάρας Κώστας
Published: June 2016

Το άρθρο αναλύει τον θεσμό αριστείας που εισήχθη το 2006 στην ανώτατη εκπαίδευση στη Γερμανία με γνώμονα τέσσερις κυρίως άξονες. Κατά πρώτον, περιγράφεται η γενικότερα προβληματική κατάσταση όσον αφορά δυνατότητες έρευνας που παρέχονται στους μεταδιδακτορικούς επιστήμονες οι οποίοι αποτελούν την πολυπληθέστερη ομάδα επιστημόνων που εργάζεται στα γερμανικά πανεπιστήμια. Ακολούθως, σημειώνεται πως τα κριτήρια αξιολόγησης της αριστείας καθ' εαυτής είναι όχι μόνον ρευστά αλλά έχουν να κάνουν πολύ περισσότερο με όρους που ελάχιστα συγγενεύουν με την εξέχουσα επιστημονική απόδοση. Διαπιστώνεται πως η αριστεία είναι περισσότερο προϋπόθεση και συγχρόνως αποτέλεσμα της κατοχής κοινωνυχού κεφαλαίου, παρά προϊόν αντικειμενικής κριτηριολογίας, τυποποιημένων διαβαθμίσεων και ποσοτικών σταθμίσεων. Κατά τρίτον, η πρωτοβουλία αριστείας στα γερμανιχά πανεπιστήμια καθιστά φανερό το γεγονός μιας σημαντικής στροφής στη γενικότερη εκπαιδευτική 'φιλοσοφία' που στοχεύει στην αντικατάσταση της παραδοσιακής ιδέας του πανεπιστημίου με τις επιταγές της Νέας Δημόσιας Διοίκησης, δηλαδή την οικονομική αξιοποίηση των αποτελεσμάτων της έρευνας, την περιστολή των δαπανών λειτουργίας και διαχείρισης και την ορθολογικοποίηση της τρέχουσας λειτουργίας των ακαδημαϊκών θεσμών με γνώμονα τις αρχές οργάνωσης και διοίκησης επιχειρήσεων. Ενώ προκύπτουν έτσι σοβαρά ερωτήματα πάνω στο όραμα του πανεπιστημίου του μέλλοντος, το άρθρο αποτιμά, κατά τέταρτον, τις θεσμικές αλλαγές στο πανεπιστήμιο αριστείας της Konstanz, όπου επιβεβαιώνεται με τον καλύτερο τρόπο και σε όλα τα επίπεδα η προαναφερθείσα κριτική στον θεσμό.
Από τον (αυτόνομο) τραγικό ήρωα στη σύγχρονη ιδεολογία της πολιτικής αυτονομίας
Authors: Μιράσγεζη Αθηνά
Published: June 2016

Επιχειρούμε να φέρουμε σε αντιπαράθεση τη σύγχρονη ιδεολογία της πολιτικής αυτονομίας με τις απαρχές του αυτόνομου υποκειμένου: τον τραγικό ήρωα. Είτε έχουμε στο νου μας την Αντιγόνη, είτε τον Προμηθέα ή τη Μήδεια, το κύριο χαρακτηριστικό του αυτόνομου υποκειμένου είναι η ρήξη με την κοινωνία του, γιατί να υπακούς σε δικούς σου νόμους σημαίνει ότι παραβιάζεις τους συλλογικούς/κοινούς νόμους, όποιος κι αν τους έχει θέσει. Αυτό που δίνει το μέγεθος στον τραγικό ήρωα είναι ότι έχει τη φαντασία, την τόλμη και τη δύναμη να δημιουργεί εξ ιδίων. Το μέγεθος του τραγικού ήρωα σχηματίζεται ακριβώς από την αντιπαράθεση του ως ίσος προς ίσον με ολόκληρη την κοινωνία αλλά και με τον Νομοθέτη που όλοι υπακούουν. Όχι μόνο η τραγικότητα αλλά και η υφή του ήρωα ορίζονται από την αυτονομία του. Θα παρακολουθήσουμε την εξέλιξη της έννοιας της αυτονομίας στον χρόνο, μέσα από τρεις σημαντικούς σταθμούς, τον Kant, τον Καστοριάδη και την αναρχυχή αυτονομία. Με τον Kant είναι που, ως γνωστόν, δημιουργείται για πρώτη φορά το πέρασμα από τον υποκειμενικό γνώμονα στον καθολικό νόμο. (Εμμέσως, είναι η καθολικότητα εκείνη που τρέπει τον γνώμονα σε νόμο). Ειδικότερα στον Καστοριάδη, η αυτονομία, από τραγική επιλογή, γίνεται αισιόδοξη και πολλά υποσχόμενη ιδεολογία. Το ερώτημα που τίθεται είναι αν η απόδοση της αυτονομίας σε ένα συλλογικό υποκείμενο όπως και η κατάλυση της ρήξης με την κοινωνία (αφού αυτόνομη γίνεται πια η ίδια η κοινωνία) δεν καταλήγουν στο ακριβώς αντίθετο αποτέλεσμα. Τέλος, εκφράζονται φόβοι ότι η ουσιαστική αυθεντική αυτονομία δεν επιζεί ούτε μέσα στο αναρχικό κίνημα.
Ο πολίτης και η σχέση δικαίου και ηθικής στην καντιανή και την ντουορκινιανή πολιτική κοινωνία
Authors: Χαλανούλη Χριστίνα
Published: June 2016

Δεν διατίθεται περίληψη.
Zeev Sternhell, Ο Αντι-Διαφωτισμός. Από τον 18ο αιώνα ως τον Ψυχρό Πόλεμο
Authors: Γεωργιάδου Βασιλική
Published: June 2016

Zeev Sternhell, Ο Αντι-Διαφωτισμός. Από τον 18ο αιώνα ως τον Ψυχρό Ilohpo
[Les anti-Lumières. Du XVIIIe siècle à la guerre froide], μτφρ.: Av. Καρακατσοό-
λη, επιμ.: Α. Κιούπκιολης, εκδόσεις Πόλις, Αθήνα 2009,627 σελ.
GPR21 KO mice demonstrate no resistance to high fat diet induced obesity or improved glucose tolerance
Authors: Wang Jinghong , Pan Zheng , Baribault Helene , Chui Danny , Gundel Caroline , Véniant Murielle
Published: June 2016

Gpr21 KO mice generated with Gpr21 KO ES cells obtained from Deltagen showed improved glucose tolerance and insulin sensitivity when fed a high fat diet. Further mRNA expression analysis revealed changes in Rabgap1 levels and raised the possibility that Rabgap1 gene may have been modified. To assess this hypothesis a new Gpr21 KO mouse line using TALENS technology was generated. Gpr21 gene deletion was confirmed by PCR and Gpr21 and Rabgap1 mRNA expression levels were determined by RT-PCR. The newly generated Gpr21 KO mice when fed a normal or high fat diet chow did not maintain their improved metabolic phenotype. In conclusion, Rabgap1 disturbance mRNA expression levels may have contributed to the phenotype of the originally designed Gpr21 KO mice.
The changing faces of cholangitis
Authors: Lee Sum P. , Roberts Joseph R. , Kuver Rahul
Published: June 2016

A variety of diseases are included under the umbrella term ‘cholangitis’, including hepatobiliary diseases with an autoimmune pathogenesis (such as primary sclerosing cholangitis, primary biliary cholangitis, and IgG4-associated sclerosing cholangitis) and disease processes associated with intraductal stones and infectious etiologies (such as ascending bacterial cholangitis, recurrent pyogenic cholangitis, and liver fluke-associated cholangitis). Recent advances in the pathophysiologic bases of these disorders, particularly with respect to the autoimmune variety, are allowing improved diagnosis and prognostication as well as providing the opportunity to refine and re-imagine treatment modalities. The aim of this review is to highlight selected advances in cholangitis research that point to novel insights into the pathophysiology, diagnosis, and treatment of this diverse array of disorders.
RNA-seq analysis is easy as 1-2-3 with limma, Glimma and edgeR
Authors: Law Charity W. , Alhamdoosh Monther , Su Shian , Smyth Gordon K. , Ritchie Matthew E.
Published: June 2016

The ability to easily and efficiently analyse RNA-sequencing data is a key strength of the Bioconductor project. Starting with counts summarised at the gene-level, a typical analysis involves pre-processing, exploratory data analysis, differential expression testing and pathway analysis with the results obtained informing future experiments and validation studies. In this workflow article, we analyse RNA-sequencing data from the mouse mammary gland, demonstrating use of the popular edgeR package to import, organise, filter and normalise the data, followed by the limma package with its voom method, linear modelling and empirical Bayes moderation to assess differential expression and perform gene set testing. This pipeline is further enhanced by the Glimma package which enables interactive exploration of the results so that individual samples and genes can be examined by the user. The complete analysis offered by these three packages highlights the ease with which researchers can turn the raw counts from an RNA-sequencing experiment into biological insights using Bioconductor.
A Benders Decomposition Approach for the Symmetric TSP with Generalized Latency Arising in the Design of Semiflexible Transit Systems
Authors: Errico Fausto , Crainic Teodor Gabriel , Malucelli Federico , Nonato Maddalena
Published: June 2016

We present the symmetric traveling salesman problem with generalized latency (TSP-GL) a new problem arising in the planning of the important class of semiflexible transit systems. The TSP-GL can be seen as a very challenging variant of the symmetric traveling salesman problem (S-TSP), where the objective function combines the usual cost of the circuit with a routing component accounting for the passenger travel times. The main contributions of the paper include the formulation of the problems in terms of multicommodity flows, the study of its mathematical properties, and the introduction of a branch-and-cut approach based on Benders reformulation taking advantage of properties that relate the feasible region of the TSP-GL and the S-TSP polyhedron. An extensive computational experimentation compares a number of variants of the proposed algorithm, as well as a commercial solver. These experiments show that the method we propose significantly outperforms a well-known commercial solver and obtains good-quality solutions to realistically sized instances within short computational times.
Selected Medication Safety Risks to Manage in 2016—Part II Methylergonovine Errors in Obstetrics
Authors: Cohen Michael R. , Smetzer Judy L.
Published: June 2016

These medication errors have occurred in health care facilities at least once. They will happen again—perhaps where you work. Through education and alertness of personnel and procedural safeguards, they can be avoided. You should consider publishing accounts of errors in your newsletters and/or presenting them at your inservice training programs.

Your assistance is required to continue this feature. The reports described here were received through the Institute for Safe Medication Practices (ISMP) Medication Errors Reporting Program. Any reports published by ISMP will be anonymous. Comments are also invited; the writers' names will be published if desired. ISMP may be contacted at the address shown below. Errors, close calls, or hazardous conditions may be reported directly to ISMP through the ISMP Web site ( www.ismp.org ), by calling 800-FAIL-SAFE, or via e-mail at ismpinfo@ismp.org . ISMP guarantees the confidentiality and security of the information received and respects reporters' wishes as to the level of detail included in publications.