Pengembangan Obat Baru dari Senyawa Curcumin, Genistein, Lactacystin, Phloretin, Quercetin sebagai Inhibitor RNA Polimerase MTB dengan Menggunakan Metode In Silico
Authors: Akmal Syihabuddin  , Taufik Muhammad Fakih  , Dwi Syah Fitra Ramadhan  
Published: September 2022

Abstract. The discovery and development of new drugs begins with detecting the target of action of the drug which is then continued with the discovery of compounds and prediction of performance based on their chemical structure using the in silico method. The purpose of this study was to determine whether curcumin, genistein, lactacystin, phloretin, and quercetin compounds have the potential to be developed into medicinal compounds that have activity as RNA polymerase inhibitors. The research method used was to determine the physicochemical properties of the test compounds, then predict pharmacological activity using the way2drug.com server, then prepare macromolecular structures using the BIOVIA Discovery Study Visualizer 2021 software. Then validate and simulate the docking method using MGL Tools 1.5.7 software. which is equipped with Autodock Tools 4.4. Then proceed with toxicity prediction using the PreAdmet server. The results obtained from this study are that the compound quercetin has the potential to be developed into a drug as an RNA polymerase inhibitor with a bond free energy value (ΔG) of -5.62 kcal/mol and an inhibition constant (Ki) of 76.40 M. This value is still higher than the natural ligand (rifampicin) with the value of free bond energy (ΔG) in the natural ligand of -10.33 kcal/mol and the value of the inhibition constant (Ki) of 26.63 nM. However, this value is good enough to bind to the receptor and this value has a fairly good inhibitory activity as an MTB RNA Polymerase inhibitor.

Abstrak. Penemuan dan pengembangan obat baru dimulai dengan mendeteksi target kerja dari obat yang kemudian dialnjutkan dengan penemuan senyawa dan prediksi kinerja berdasarkan struktur kimianya menggunakan metode in silico. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengetahui apakah senyawa curcumin, genistein, lactacystin, phloretin, dan quercetin berpotensi untuk dikembangkan menjadi senyawa obat yang memliki aktivitas sebagai inhibitor RNA Polimerase. Metode penelitian yang dilakukan yaitu penentuan sifat fisikokimia senyawa uji, kemudian prediksi aktivitas farmakologi menggunakan server way2drug.com, selanjutnya dilakukan preparasi struktur makromolekul menggunakan perangkat lunak BIOVIA Discovery Studi Visualizer 2021. Kemudian dilakukan validasi dan simulasi metode docking menggunakan perangkat lunak MGL Tools 1.5.7 yang dilengkapi dengan Autodock Tools 4.4. Kemudian dilanjutkan dengan prediksi toksisitas menggunakan server PreAdmet. Hasil yang diperoleh dari penelitian ini yaitu senyawa quercetin memiliki potensi untuk dikembangkan menjadi obat sebagai inhibitor RNA Polimerase dengan nilai energi bebas ikatan (ΔG) sebesar -5.62 kcal/mol dan nilai konstanta inhibisi (Ki) sebesar 76.40 µM. Nilai tersebut masih lebih tinggi dibandingkan dengan ligan alami (rifampisin) dengan nilai energi bebas ikatan (ΔG) pada ligan alami sebesar -10.33 kcal/mol dan nilai konstanta inhibisi (Ki) sebesar 26,63 nM. Tetapi nilai tersebut sudah cukup baik untuk berikatan dengan reseptor dan nilai tersebut memiliki aktivitas penghambatan yang cukup baik sebagai inhibitor RNA Polimerase MTB.