Έλεγχος ασθενών με συγγενείς ανωμαλίες με τη μέθοδο του μοριακού καρυοτύπου/ Array-CGH
Authors: Σύρμου Αρετή 
Published: September 2021

Ο όρος συγγενείς ανωμαλίες αναφέρεται σε κάθε δομική, λειτουργική, μεταβολική διαταραχή που συμβαίνει στο έμβρυο κατά την διάρκεια της προγεννητικής ανάπτυξης και γίνεται εμφανής είτε στη γέννηση είτε αργότερα στη νεογνική/ βρεφική ή μετέπειτα ηλικία, με αποτέλεσμα τη σωματική ή νοητική μειονεξία. Υπολογίζεται τουλάχιστον ότι το 2% των εμβρύων και των βρεφών παρουσιάζουν μείζονες συγγενείς ανωμαλίες, φτάνοντας περίπου το 6-7% σε μητρώα συστηματικής καταγραφής συγγενών ανωμαλιών. Αντιπροσωπεύουν το 1/3 των εισαγωγών σε παιδιατρικά τμήματα, και περίπου το 20 με 25% των αιτιών θανάτου κατά την περιγεννητική περίοδο, κατέχοντας την πρώτη αιτία θανάτου στη βρεφική ηλικία σε όλο το δυτικό κόσμο. Στο 30% των νεογνών με τις δομικές ανωμαλίες που θα επιβιώσουν στην περιγεννητική περίοδο συνεχίζεται να απειλείται η ζωή τους στην νεογνική και πρώτη βρεφική ηλικία. Στις ηλικίες μεταξύ 1 έως 5 ετών καταλαμβάνουν τη δεύτερη κατά σειρά αιτία θανάτου μετά τα παιδικά ατυχήματα, ενώ βρίσκονται μέσα στις πρώτες πέντε αιτίες θανάτου κατά την εφηβεία. Οι συγγενείς ανωμαλίες με ή χωρίς νοητική υστέρηση/ δυσμορφίες/ διαταραχές φάσματος αυτισμού μπορεί να οφείλονται σε αδρές χρωμοσωμικές ανωμαλίες που εντοπίζονται σε περίπου 1 ανά 200 νεογνά με τον απλό (συμβατικό) καρυότυπο. Ωστόσο η κλασική κυττταρογενετική ανάλυση δεν είναι σε θέση να εντοπίσει αξιόπιστα ανακατατάξεις (ελλείμματα ή διπλασιασμούς) γενομικών τμημάτων μικρότερων των 5 εώς 10 μεγαβάσεων (Mb), ή τη χρωμοσωμική προέλευση των υπεράριθμων χρωμοσωμικών δεικτών (markers) ούτε τη θέση θραύσης των αναδιατάξεων. Έτσι στις μείζονες συγγενείς ανωμαλίες με τον καθιερωμένο γενετικό έλεγχο με καρυότυπο, συνολικά παραμένουν αδιάγνωστοι πάνω από 25% των ασθενών που έχουν υπομικροσκοπικές χρωμοσωμικές ανακατατάξεις. Προκειμένου να βελτιωθούν περαιτέρω οι διαγνωστικές γενετικές δοκιμασίες και να γεφυρωθεί το χάσμα μεταξύ της κυτταρογενετικής (κλασικός καρυότυπος) και της μοριακής γενετικής ανάλυσης μεταλλάξεων (DNA ανάλυση) έχει αναπτυχθεί η τεχνολογία του Μοριακού Καρυοτύπου με Μικροσυστοιχίες Συγκριτικού Γενωμικού Υβριδισμού (array-CGH). Με την εφαρμογή του Μοριακού Καρυοτύπου, ανιχνεύονται σε όλο το μήκος των χρωμοσωμάτων υπομικροσκοπικές μη ισοζυγισμένες χρωμοσωμικές αναδιατάξεις μεγέθους μερικών κιλοβάσεων (Kb) έως πολλών μεγαβάσεων (Mb), συμβάλλοντας καταλυτικά στη μείωση του ποσοστού περιπτώσεων πολλαπλών συγγενών ανωμαλιών και ΝΥ ή δυσμορφιών αγνώστου αιτιολογίας οι οποίες παρέμεναν αδιάγνωστες. Στα πλαίσια της εκπόνησης της παρούσης διδακτορικής διατριβής για τον εντοπισμό Copy Number Variations (CNVs) χρησιμοποιήθηκαν οι υψηλής διακριτικής ικανότητας μικροσυστοιχίες σε 197 ασθενείς με συγγενείς ανωμαλίες, με /ή χωρίς ΝΥ/ΔΑΦ (92 άρρενα, 105 θήλεα), ηλικίας από 1 ημερών έως 35 ετών. Η μελέτη array-CGH έδειξε φυσιολογικά αποτελέσματα σε 75 ασθενείς, CNVs που δεν σχετίζονται με συγγενείς ανωμαλίες σε 41 ασθενείς και παθολογικά CNVs που σχετίζονται με συγγενείς ανωμαλίες σε 81 ασθενείς (41%), χωρίς να ληφθούν υπόψη οι πολυμορφικές αλληλουχίες Copy Number Polymorphisms (CNPs). Από τους 81 ασθενείς με παθολογικά CNVs οι 20 είχαν συγγενείς ανωμαλίες χωρίς άλλα ευρήματα, οι 57 είχαν συγγενείς ανωμαλίες με ΝΥ και συγγενείς ανωμαλίες με ΝΥ και ΔΑΦ είχαν οι 4 στους 81. Η πλειοψηφία των 133 CNVs που εντοπίστηκαν συνολικά στους 81 ασθενείς ήταν μικροελλείμματα (89/133) με συχνότητα 67%, ενώ οι μικροδιπλασιασμοί ήταν σπανιότεροι (44/133) με συχνότητα 33%. Σε 47 ασθενείς ο παθολογικός φαινότυπος συνδέεται με 1 CNV, σε 21 ασθενείς με 2 CNVs, ενώ σε 13 ασθενείς συνδέθηκε με 3 ή περισσότερα CNVs. To μέγεθος των CNVs που εντοπίστηκαν ποικίλλει από 8 Kb έως 22,5 Mb. Γνωστά σύνδρομα μικροελλειμμάτων και μικροδιπλασιασμών που έχουν περιγραφεί στη βιβλιογραφία σε άτομα με ίδιο ή παρόμοιο κλινικό φαινότυπο εντοπίστηκαν σε συνολικά 62/197 ασθενείς που περιελήφθησαν συνολικά στη μελέτη.