bluuebunny/crossref_metadata_2025 huggingface dataset:
Phân lập và xác định đặc tính của vi khuẩn bản địa cho sản xuất chế phẩm sinh học trong nuôi trồng thủy sản ở Bạch Long, tỉnh Nam Định
Authors: Đỗ Quang Trung , Vũ Văn Hạnh , Lưu Thế Anh
Published: October 2022

Thức ăn bổ sung probiotic có thể cải thiện sức khỏe và dinh dưỡng của vật nuôi, nhưng vi khuẩn tương ứng chủ yếu được phân lập từ vật chủ máu nóng trên cạn, hạn chế ứng dụng hiệu quả trên tôm, cá và ngao. Chế phẩm sinh học từ loài vi khuẩn bản địa thích nghi với đường tiêu hóa của các loài thủy sản tương ứng do đó sẽ hiệu quả hơn.  Trong nghiên cứu này, 194 chủng vi khuẩn đã được phân lập từ hệ tiêu hóa của ngao, tôm, và cá. Chủng TON1.4 cho thấy hoạt tính enzyme ngoại bào cao và khả năng ức chế các chủng vi khuẩn kiểm định tốt nhất. Kết quả giải trình tự gen 16S rDNA cho thấy chủng TON1.4 là Bacillus amyloliquefaciens. Hơn nữa, chủng TON1.4 cũng có khả năng chịu được pH từ 5 đến 9, nồng độ muối từ 0,5 đến 6%. Chiến lược phân lập và xác định đặc điểm của các chủng vi khuẩn bản địa được trình bày có tiềm năng cho sản xuất probiotic ,có thể dễ dàng thích nghi với các loài thủy sản khác.
Khám phá các phân tử thuốc từ cơ sở dữ liệu Drugbank như là hợp chất ức chế Kinesin Eg5 ở người bằng docking phân tử
Authors: Nguyễn Ngọc Lê , Nguyễn Cường Quốc , Trần Quang Đệ
Published: October 2022

Kinesin Eg5 đóng một vai trò quan trọng trong giai đoạn đầu của quá trình nguyên phân và là một mục tiêu thú vị để thiết kế các loại chất ức chế. Trong nghiên cứu này, sự kết hợp giữa mô hình nghiên cứu 2D-QSAR và docking  phân tử đã được thực hiện trên các loại thuốc từ cơ sở dữ liệu của Drugbank như là các chất ức chế Eg5. Sáu loại thuốc bao gồm Mimosine, Flubendazole, Perampanel, Asenapine, Cloxacillin và Zaleplon được dự đoán là rất tiềm năng cho định hướng ức chế Eg5 với năng lượng liên kết thấp hơn -19 kJ/mol. Kết quả docking cho thấy bốn tương tác hydro với các amino acid Glu116, Gly117, Glu118 và Arg22 tại khoang gắn kết của Eg5. Do đó, kết quả của nghiên cứu này là những thông tin có giá trị cho việc thiết kế và dự đoán các chất ức chế Eg5 tiềm năng mới trong tương lai.
Thành phần hóa học của cao chiết ethyl acetate từ cây ba chẽ Desmodium triangulare (Retz.) Merr
Authors: Mai Phương Trang , Trần Thị Hồng Nhung , Nguyễn Ngọc Hiếu , Lê Thế Tâm , Vũ Đình Hoàng , Võ Thị Kiều Anh , Lê Đăng Quang , Nghiêm Đức Trọng , Nguyễn Thị Duyên , Bùi Thị Thu Trang , Phạm Gia Vũ , Nguyễn Cường Quốc , Trần Quang Đệ
Published: October 2022

Trong nghiên cứu này, thành phần hóa học của cao chiết ethyl acetate từ thân và lá cây ba chẽ đã được nghiên cứu. Mẫu nguyên liệu khô được nghiền nhỏ, sau đó chiết bằng phương pháp ngấm kiệt với methanol thu được cao chiết thô. Cao chiết thô được phân tán trong nước và thực hiện  quá trình chiết lỏng- lỏng với dung môi ethyl acetate nhằm thu được cao ethyl acetate. Cao chiết ethyl acetate đã được phân tách bằng phương pháp sắc ký trên cột silica gel và Sephadex LH20. Kết quả đã phân lập được bốn hợp chất sạch. Dựa vào dữ liệu phổ  1H-NMR và 13C-NMR và kết hợp với các tài liệu tham khảo đã xác định được cấu trúc của bốn hợp chất hữu cơ đã phân lập là stigmasterol, methyl protocatechuate, methyl syringate và methyl ferulate. Kết quả phân tích HPLC của cao chiết methanol chỉ ra rằng các hợp chất phân cực và kém phân cực là thành phần chính của cao chiết.
Nghiên cứu đặc điểm thực vật học và thành phần hóa học cỏ bạc đầu nhiều lá (Kyllinga polyphylla Willd. ex Kunth), họ cói (Cyperaceae)
Authors: Phan Phan Thành Đạt , Lâm Vĩ Nhã , Nguyễn Trọng Hồng Phúc , Nguyễn Phúc Đảm , Phùng Thị Hằng
Published: October 2022

Cỏ bạc đầu nhiều lá (Kyllinga polyphylla Willd. ex Kunth) thuộc họ Cói (Cyperaceae), có nhiều tại một số tỉnh ở Đồng bằng sông Cửu Long. Hệ thống cơ sở dữ liệu từ đặc điểm thực vật đến thành phần hóa học của loài K. polyphylla sẽ là tiền đề cho các nghiên cứu sử dụng loài này trong tương lai. Mẫu tươi được thu thập, mô tả chi tiết về hình thái và cấu trúc giải phẫu. Bột dược liệu và hợp chất trong cây cũng được khảo sát và định tính. Kết quả cho thấy có nhiều sản phẩm chuyển hóa thứ cấp như oxalate calcium, tinh dầu, nhựa, tinh bột được tìm thấy trong cấu trúc giải phẫu và bột dược liệu của loài này. Trong nghiên cứu này, 22 nhóm hợp chất hóa học được xác định gồm alkaloid, carbohydrate, cardiac glycoside, flavonoid, phenol, protein và acid amine, saponin, sterol, tannin, terpenoid, phytosterol, gum, glycoside, xanthoproteic, anthocyanin, coumarin, tinh dầu, carotenoid, diterpene, nhựa, betalains và acid hữu cơ. Các dữ liệu này cho thấy tiềm năng và ý nghĩa về mặt dược liệu của loài K. polyphylla trong nghiên cứu y học.
Thiết kế đề kiểm tra kĩ năng đọc hiểu văn bản nghị luận theo chương trình giáo dục phổ thông 2018
Authors: Nguyễn Hải Yến , Nguyễn Thị Hồng Nam , Lê Minh Thi
Published: October 2022

Chương trình giáo dục phổ thông môn Ngữ văn năm 2018 xác định năng lực ngôn ngữ và văn học là các năng lực đặc thù. Các năng lực này được thể hiện ở các kĩ năng đọc, viết, nói và nghe. Kĩ năng đọc thể hiện qua việc đọc các loại văn bản bao gồm văn bản văn học, văn bản thông tin và văn bản nghị luận. Chương trình cũng đề ra yêu cầu về đánh giá là đánh giá kĩ năng đọc hiểu văn bản theo đặc trưng thể loại. Nhằm đáp ứng yêu cầu đổi mới trong kiểm tra, đánh giá kĩ năng đọc hiểu theo chương trình giáo dục phổ thông 2018, bài viết này đề xuất một số đề kiểm tra đọc hiểu văn bản nghị luận đối với học sinh lớp 9. Kết quả của nghiên cứu này cung cấp một số đề kiểm tra kĩ năng đọc hiểu văn bản nghị luận bao gồm: mục tiêu, ma trận, nội dung đề và các phiếu đánh giá theo tiêu chí (rubric).
Sử dụng phân tích mẫu văn bản trên phần mềm powtoon để hướng dẫn học sinh lớp 6 viết bài văn tự sự đáp ứng yêu cầu kiểu văn bản
Authors: NGUYỄN THANH LIÊM , Nguyễn Thị Hồng Nam , Trịnh Thị Hương
Published: October 2022

Chương trình giáo dục phổ thông (CTGDPT) môn Ngữ văn (2018) xác định mục đích của việc dạy viết là “rèn luyện tư duy và dạy cách viết”. Về phương pháp dạy viết, chương trình định hướng một trong những phương pháp dạy viết hiệu quả đó là phương pháp phân tích mẫu văn bản (VB). Để hướng dẫn học sinh (HS) phân tích VB bằng phương pháp này, giáo viên (GV) có thể sử dụng nhiều kĩ thuật và các công cụ khác nhau. Trong nghiên cứu này, công cụ Powtoon được sử dụng kết hợp với biện pháp giảm dần sự trợ giúp của GV để hướng dẫn HS phân tích mẫu VB tự sự. Từ đó, HS nhận biết được đặc điểm kiểu VB và từng bước viết đúng yêu cầu về kiểu VB. Nghiên cứu được tiến hành từ tháng 9/2021 đến tháng 01/2022 với sự tham gia của 40 HS lớp 6A6, trường Trung học cơ sở (THCS) Phú Thứ, thành phố Cần Thơ. Kết quả thu được trong suốt quá trình thực nghiệm cho thấy khả năng nhận biết được đặc điểm kiểu VB và viết được bài văn tự sự đã được nâng...
Thuận lợi và khó khăn trong việc học trực tuyến của học sinh ở một số trường trung học phổ thông
Authors: Nguyễn Thị Kiều Tiên , Diệp Anh Tuấn , Đinh Minh Quang
Published: October 2022

Học trực tuyến (HTT) là hoạt động học được thực hiện trên hệ thống dạy HTT. Trong nghiên cứu này, những thuận lợi, khó khăn của HTT sẽ được tìm hiểu. Từ đó, đề xuất những giải pháp nâng cao hiệu quả HTT ở bậc Trung học phổ thông (THPT). Kết quả khảo sát dựa trên 2.410 học sinh (HS) ở ba trường THPT, trong đó, phần lớn HS cơ bản đáp ứng được yêu cầu của HTT: sẵn sàng tiếp nhận nhiệm vụ học tập (3,68±0,91), tập trung theo dõi bài học (4,11±0,85), tham gia thảo luận và xây dựng bài học (3,28±0,91), hoàn thành tốt nhiệm vụ (3,52±0,95). Tuy nhiên, vẫn còn một số tồn tại như tốc độ đường truyền Internet yếu, kỹ năng học tập của HS và kỹ năng dạy học trực tuyến của giáo viên đều hạn chế. Như vậy, để nâng cao được hiệu quả HTT, HS cần xác định được mục đích của việc học tập và xây dựng được thái độ tích cực như sẵn sàng tiếp nhận nhiệm vụ học tập, tích cực tham phát biểu, chú ý lắng nghe và hoàn thành nhiệm vụ học tập.
Thực nghiệm đánh giá Double-Head cho bài toán phát hiện phương tiện giao thông từ không ảnh
Authors: Nguyễn Thanh Thanh Trúc , Trần Thị Mỹ Quyên , Bùi Cao Doanh , Võ Duy Nguyễn , Nguyễn Tấn Trần Minh Khang
Published: October 2022

Phát hiện phương tiện giao thông từ không ảnh đặt ra nhiều thách thức và nhận được sự quan tâm từ cộng đồng nghiên cứu. Đối tượng trong không ảnh nhỏ hơn rất nhiều so với ảnh chụp từ camera mặt đất, đây là thách thức rất lớn. Với các đối tượng nhỏ, sự sai khác của các vùng đề xuất sẽ làm ảnh hưởng lớn đến kết quả phát hiện đối tượng. Trong nghiên cứu này, phương pháp Double-Head được đánh giá dựa trên bộ dữ liệu AERIAU – một bộ dữ liệu không ảnh có áp dụng các kỹ thuật tăng cường dữ liệu. Double-Head đạt kết quả 37,09% mAP trên bộ dữ liệu AERIAU. So sánh với mô hình đạt kết quả cao nhất được công bố trước đó trên bộ dữ liệu AERIAU là YOLOv3, Double-Head cao hơn 2,01%. Double-Head đạt kết quả cao trên lớp đối tượng xe ô tô, xe buýt, xe tải, từ đó đưa ra đề xuất phát hiện xe loại nhỏ. Đây là tiền đề cho các nghiên cứu tiếp theo, cơ sở để phát triển các hệ thống giám sát giao thông thông minh.
Bào chế và khảo sát hoạt tính kháng oxy hóa của hệ vi hạt từ fibroin tơ tằm chứa dịch chiết hoa Wedelia trilobata L.
Authors: Huỳnh Quốc Cường , Nguyễn Việt Bách , Phạm Duy Toàn
Published: October 2022

Nghiên cứu được thực hiện nhằm đánh giá khả năng tải các hợp chất polyphenol từ dịch chiết hoa sài đất ba thùy (Wedelia trilobata L. - WT) vào vi hạt fibroin tơ tằm và khảo sát hoạt tính kháng oxy hóa của các sản phẩm, sử dụng phương pháp DPPH (2,2-Diphenyl-1-picrylhydrazyl). Dịch chiết được nạp vào vi hạt bằng phương pháp đồng ngưng tụ. Hệ vi hạt fibroin chứa dịch chiết có kích thước trung bình là 7,11 µm, hiệu suất tải dịch chiết khá cao (74,13%) và có khả năng kiểm soát quá trình giải phóng polyphenol trong hệ đệm pH 7,4. Hơn nữa, dịch chiết WT có hoạt tính kháng oxy hóa rất cao (IC50=8,67 µg/mL) và vi hạt sau khi được tải dịch chiết cũng giữ được khả năng kháng oxy hóa (ở các mốc thời gian 30, 90, 180 phút, lần lượt là 27,89%, 44,75%, 52,61%). Do hệ vi hạt có khả năng giải phóng hoạt chất có kiểm soát, dẫn đến khả năng kháng oxy hóa của hệ phụ thuộc vào thời gian. Tóm lại, hệ vi hạt chứa cao WT là một ứng dụng tiềm năng cho các dạng thuốc phóng thích có kiểm soát.
Khảo sát sự sinh trưởng của gà nòi Bến Tre (Gallus gallus) theo quy mô đàn
Authors: Lê Thanh Phương , Phạm Ngọc Du , Trần Trung Tú
Published: October 2022

Nghiên cứu được thực hiện trên 9 đàn gà nòi Bến Tre (tên khoa học) giai đoạn 1 - 13 tuần tuổi được nuôi theo mô hình bán chăn thả ở 9 nông hộ tỉnh Bến Tre. Các đàn gà được chia thành 3 nhóm theo quy mô đàn tương ứng với 3 nghiệm thức (NT1: quy mô 1.000-1.200 con, NT2: quy mô 1.200-1.500 con, NT3: quy mô 1.500-1.800 con). Kết quả nghiên cứu cho thấy sự khác biệt có ý nghĩa thống kê (P<0,05) giữa 3 nghiệm thức về khối lượng gà từ 1 - 13 tuần tuổi, tăng khối lượng, hệ số chuyển hóa thức ăn và tỉ lệ chết. Khối lượng gà 13 tuần tuổi ở NT1 (1.508 g/con) cao hơn so NT2 (1.410 g/con) và NT3 (1422 g/con). Khối lượng của gà ở NT1 (17,1 g/con/ngày) cao hơn so với NT2 (16,0 g/con/ngày) và NT3 (16,2 g/con/ngày). Hệ số chuyển hóa thức ăn cuối kỳ ở NT1 là thấp nhất (2,44) và cao nhất ở NT3 (2,91). Tỉ lệ chết  toàn kỳ thấp nhất ở NT3 (2,9%). Hiệu quả kinh tế của việc nuôi gà nòi Bến Tre khá tốt và phù hợp với điều kiện của địa phương.
Phân bố và quan hệ không gian của loài sến mủ (Shorea roxburghii G. Don) trong rừng lá rộng thường xanh ở khu vực Tân Phú, tỉnh Đồng Nai
Authors: Nguyễn Văn Quý , Nguyễn Thanh Tuấn , Bùi Mạnh Hưng , Nguyễn Văn Hợp
Published: October 2022

Nghiên cứu được thực hiện trong kiểu rừng lá rộng thường xanh ở khu vực Tân Phú tỉnh Đồng Nai để giúp hiểu rõ hơn về đặc điểm sinh thái của loài sến mủ - loài cây có tên trong Danh lục đỏ IUCN. Về thu thập dữ liệu, một ô tiêu chuẩn 2 ha (OTC) đã được thiết lập. Mật độ, tiết diện ngang và chỉ số giá trị quan trọng (IVI%) được xác định cho từng loài. Tổng số 100 loài thuộc 49 họ đã được xác định. Mật độ, tiết diện ngang và IVI% của sến mủ là cao nhất nhưng đường kính ngang ngực bình quân của loài ở mức trung bình so với 16 loài cây chủ yếu trong OTC. Mô hình không gian của sến mủ là phân bố kiểu cụm ở giai đoạn cây non, phân bố ngẫu nhiên ở giai đoạn cây sào và thành thục. Trong mối quan hệ không gian của sến mủ và 16 loài cây chủ yếu của OTC, sến mủ có quan hệ tương hỗ với 5 loài, quan hệ cạnh tranh với 4 loài và quan hệ độc lập với 7 loài.
Ảnh hưởng của gốc ghép lên đặc tính nông sinh học ở trái ớt (Capsicum spp.) lên cành ghép
Authors: Trần Ngọc Chi , Trương Trọng Ngôn , Lê Việt Dũng
Published: October 2022

Lai và ghép trên cây trồng là những biện pháp nhằm cải thiện giống. Thí nghiệm tiến hành ghép thuận nghịch 2 cặp giống ớt hiểm và sừng, cà và hiểm ở các độ tuổi gốc ghép và độ dài gốc ghép khác nhau. Kết quả cho thấy có sự thay đổi màu bao phấn của cây ghép so với cành ghép ở các cặp ghép sừng-hiểm, hiểm-sừng và cà-hiểm. Đối với các tính trạng trái, cặp ghép sừng-hiểm ở các độ tuổi 50-20, 60-20 và 60-25 có sự ảnh hưởng của gốc ghép sừng làm tăng khối lượng trái cây ghép nhiều hơn. Kết quả giải trình tự vùng gen CaOvate liên quan hình dạng trái nhận thấy cành ghép hầu như tương tự với giống làm cành, điều này cho thấy gốc ghép chưa làm ảnh hưởng đến các đặc điểm nông học trên cành ghép tại vùng gen này.
Ảnh hưởng của vi khuẩn Bacillus CM3.1 lên chất lượng nước và tăng trưởng của tôm thẻ chân trắng (Litopenaeus vannamei)
Authors: Phạm Thị Tuyết Ngân , Vũ Hùng Hải , Vũ Ngọc Út , Huỳnh Trường Giang
Published: October 2022

Nghiên cứu được thực hiện nhằm xác định mật độ tối ưu của Bacillus CM3.1 lên chất lượng nước và tăng trưởng của tôm thẻ chân trắng Litopenaeus vannamei. Nghiên cứu bao gồm 2 thí nghiệm. Thí nghiệm 1 đánh giá khả năng phân hủy vật chất hữu cơ của chủng Bacillus CM3.1 ở các mật độ khác nhau (102, 103, 104, 105 và 106 CFU/mL) trong 48 giờ. Thí nghiệm 2 đánh giá ảnh hưởng của Bacillus CM3.1 lên chất lượng nước và tăng trưởng của tôm. Tôm được bố trí ngẫu nhiên vào bể composite 500L  với mật độ 100 con/bể 4 nghiệm thức (đối chứng và 3 nghiệm thức bổ sung với mật độ Bacillus 102, 103, 104 CFU/mL), mỗi nghiệm thức được lặp lại 3 lần và thời gian nuôi 60 ngày. Kết quả cho thấy việc bổ sung Bacillus CM3.1 ở các nồng độ khác nhau thúc đẩy quá trình phân hủy vật chất hữu cơ dẫn đến gia tăng hàm lượng TAN trong nước thải, đồng thời giảm đáng kể hàm lượng COD, TSS và OSS sau 48 giờ. Khi bổ sung chủng Bacillus CM3.1 vào nước ương tôm ở mật độ 104 CFU/mL giúp cải thiện đáng kể các thông số TAN, N-NO2-, BOD5, COD và mật độ Bacillus. Mật độ tổng Vibrio trong nước giảm đáng kể ở các nghiệm thức bổ sung vi khuẩn. Các thông số tăng trưởng như tốc độ tăng trưởng tương đối về khối lượng (SGR), tỉ lệ sống và sinh khối tôm tăng đáng kể ở các nghiệm thức bổ sung Bacillus, đặc biệt là nghiệm thức 104 CFU/mL.
Thực trạng vận dụng dạy học thông minh trong giảng dạy sinh viên ngành Sư phạm Địa lí tại Trường Đại học Cần Thơ trong bối cảnh của đại dịch Covid-19
Authors: Trịnh Chí Thâm , Trần Thị Mỹ Linh
Published: October 2022

Thực trạng vận dụng lý thuyết dạy học thông minh (DHTM) trong dạy học sinh viên ngành Sư phạm Địa lí tại Trường Đại học Cần Thơ được đánh giá trong bài viết này. Nguồn thông tin trong nghiên cứu được thu thập và xử lí thông qua phương pháp hỗn hợp gồm nghiên cứu tư liệu, khảo sát bằng bản câu hỏi, phỏng vấn sâu,… một số sinh viên và giảng viên. Kết quả nghiên cứu cho thấy cả giảng viên và sinh viên có nhận thức khá tốt về DHTM. Bên cạnh đó, các phương pháp dạy học và kiểm tra đánh giá thông minh đang được vận dụng khá đa dạng và hữu hiệu. Tuy vậy, để hiệu quả DHTM được cải thiện thì cần cải thiện hiểu biết của cả người dạy và người học về DHTM và cung cấp các nền tảng thông minh đầy đủ hơn.
Phân tích yếu tố ảnh hưởng đến cơ cấu chi tiêu giáo dục phổ thông của hộ gia đình Việt Nam năm 2020
Authors: Tô Thị Vân Anh , Phạm Ngọc Anh , Trịnh Thị Hường
Published: October 2022

Chi tiêu giáo dục và các khoản mục là chỉ tiêu quan trọng của hộ gia đình và cả xã hội. Bộ số liệu điều tra Mức sống dân cư 2020 gồm 5491 học sinh đang theo học tại các cấp học phổ thông và đặc điểm nhân khẩu học của hộ gia đình tương ứng được sử dụng trong nghiên cứu. Chi phí cho 1 năm học và tỉ trọng từng khoản mục đều tăng theo cấp học, trong đó, học phí là một khoản chi nhỏ so với nhiều khoản chi khác như học thêm, đóng góp, sách giáo khoa. Thông qua phương pháp phân tích đa hợp, kết quả phân tích cho thấy thu nhập hộ gia đình, loại hình trường học, và khu vực sinh sống tác động có ý nghĩa thống kê đến cơ cấu chi tiêu theo các khoản mục thiết yếu bắt buộc, đóng góp và học thêm. Đặc biệt, giới tính của người học không ảnh hưởng đến chi tiêu giáo dục. Kết quả nghiên cứu cung cấp thêm bằng chứng về đầu tư cho giáo dục của cả Chính phủ và hộ gia đình, đồng thời gợi ý các hàm ý chính sách để tăng hiệu quả đầu tư cho giáo dục ở các cấp học phổ thông.
A Review of Efforts towards Achieving Carbon Negativity
Authors: Wedder Paityn , Shelton Kenneth , Kang Lucas
Published: October 2022

The purpose of this study is to better understand different approaches to achieving carbon negativity, in which more carbon dioxide is removed from the atmosphere and oceans by a process in comparison to what is released. This was examined by analyzing 287 submissions to the XPRIZE Carbon Removal competition, a four year contest focused on approaches to removing carbon dioxide from the atmosphere and oceans on a gigaton scale. The 287 teams analyzed were Qualified Competitors, meaning they demonstrated a working carbon removal solution, estimated costs at full scale, and made a case and plan for scaling and deploying their solutions at megaton or gigaton per year capacity. Results showed that 129 teams used agriculture and forestry in their approaches, while 59 used new technology, 52 used chemical approaches, 49 used Direct Air Capture (DAC) technology, 45 used the cultivation of ocean plants, 39 used geology, 38 used biochar, 29 used burial and underground storage, and 14 used bamboo and hemp. The majority of teams fit into two or more categories, and only five teams did not provide enough information to be categorized. In conclusion, approaches to carbon dioxide removal incorporating agriculture and forestry are most widely used, but approaches from all categories need to be used in conjunction in order to eventually achieve carbon negativity.
Coronavirus (CoV) proteins in GtoPdb v.2022.3
Authors: Alexander Stephen P.H. , Ball Jonathan K. , Tsoleridis Theocharis
Published: October 2022

Coronaviruses are large, often spherical, enveloped, single-stranded positive-sense RNA viruses, ranging in size from 80-220 nm. Their genomes and protein structures are highly conserved. Three coronaviruses have emerged over the last 20 years as serious human pathogens: SARS-CoV was identified as the causative agent in an outbreak in 2002-2003, Middle East respiratory syndrome (MERS) CoV emerged in 2012 and the novel coronavirus SARS-CoV-2 emerged in 2019-2020. SARS-CoV-2 is the virus responsible for the infectious disease termed COVID-19 (WHO Technical Guidance 2020).
Class A Orphans in GtoPdb v.2022.3
Authors: Alexander Stephen P.H. , Battey Jim , Benson Helen E. , Benya Richard V. , Bonner Tom I. , Davenport Anthony P. , Dhanachandra Singh Khuraijam , Eguchi Satoru , Harmar Anthony , Holliday Nick , Jensen Robert T. , Karnik Sadashiva , Kostenis Evi , Liew Wen Chiy , Monaghan Amy E. , Mpamhanga Chido , Neubig Richard , Pawson Adam J , Pin Jean-Philippe , Sharman Joanna L. , Spedding Michael , Spindel Eliot , Stoddart Leigh , Storjohann Laura , Thomas Walter G. , Tirupula Kalyan , Vanderheyden Patrick
Published: October 2022

Table 1 lists a number of putative GPCRs identified by NC-IUPHAR [161], for which preliminary evidence for an endogenous ligand has been published, or for which there exists a potential link to a disease, or disorder. These GPCRs have recently been reviewed in detail [121]. The GPCRs in Table 1 are all Class A, rhodopsin-like GPCRs. Class A orphan GPCRs not listed in Table 1 are putative GPCRs with as-yet unidentified endogenous ligands.Table 1: Class A orphan GPCRs with putative endogenous ligands GPR3GPR4GPR6GPR12GPR15GPR17GPR20 GPR22GPR26GPR31GPR34GPR35GPR37GPR39 GPR50GPR63GPR65GPR68GPR75GPR84GPR87 GPR88GPR132GPR149GPR161GPR183LGR4LGR5 LGR6MAS1MRGPRDMRGPRX1MRGPRX2P2RY10TAAR2 In addition the orphan receptors GPR18, GPR55 and GPR119 which are reported to respond to endogenous agents analogous to the endogenous cannabinoid ligands have been grouped together (GPR18, GPR55 and GPR119).
Biografías y redes en el comercio del café entre Alemania y América Central 1920–1959
Authors: Berth Christiane
Published: October 2022

En este libro la autora analiza las biografías y las redes de los migrantes alemanes que se convirtieron en los actores centrales del comercio cafetalero entre Alemania y América Central (tomando como referencia los casos de Guatemala, Costa Rica y Chiapas). Con ello muestra cómo las redes comerciales que se establecieron alrededor de este producto se volvieron frágiles debido a crisis económicas y a los vaivenes de la política exterior en tiempos turbulentos que van desde las dos guerras mundiales hasta la posguerra.
El Cómputo y las telecomunicaciones en la UNAM del siglo XXI
Authors: Romo Zamudio José Fabián
Published: October 2022

El cómputo y las telecomunicaciones universitarias nacieron como una demanda del sector investigación, actualmente es difícil ubicar un área, servicio, entidad o dependencia en lo general, e incluso universitario en lo particular, que no utilice en mayor o menor grado los servicios, infraestructura, conocimientos y experiencia acumulados por la institución en las últimas seis décadas. Pero el reto es aún mayor en lo que respecta al corto, mediano y largo plazo. El presente artículo contiene los avances tecnológicos desde el año 2000 hasta nuestro siglo con la finalidad de ofrecer un panorama histórico del Cómputo en DGTIC.
The Enactive Torch: Interactive Embodied Learning with a Sensory Substitution Interface
Authors: González-Grandón Ximena Andrea , Zapata-Fonseca Leonardo Iván , Gómez Escobar Héctor , Ortiz Garín Guillermo Ulises , Flores Mares José Javier , Sáenz Burrola Ariel Andrés , Froese Tom
Published: October 2022

Tradicionalmente, el diseño pedagógico para las prácticas de enseñanza y aprendizaje ha estado caracterizado por procesos donde un experto activo se torna en el sostén del aprendiz pasivo mientras éste último completa de manera exitosa su meta o tarea. No obstante, a partir de la accesibilidad actual a las tecnologías de la información y al entendimiento del rol activo que juega el aprendiz, perspectivas más interactivas, corporeizadas, y contextualizadas, han comenzado a ganar espacios. En este artículo, contribuimos con un informe técnico de un estudio piloto basado en el Enactive Torch, una herramienta para el estudio científico de la percepción, la cual fue desarrollada para investigar el rol de los procesos corporeizados en la generación de experiencias perceptuales de sustitución sensorial. Utilizando este andamiaje tecnológico, un grupo de estudiantes de distintas disciplinas académicas, coordinó y llevó a cabo tres proyectos utilizando distintos métodos en cada uno, para analizar de forma cuantitativa y cualitativa los datos generados desde la perspectiva de los participantes en primera y tercera persona. A través de esta práctica, los estudiantes pudieron comprender el potencial transformativo de la tecnología y desarrollaron una visión de los desafíos que conlleva la investigación interdisciplinaria respecto a la percepción y cognición corporeizadas. Por lo tanto, el estudio puede servir como una prueba de concepto de que el Enactive Torch, como un andamiaje tecnológico, puede facilitar el tipo de aprendizaje interactivo que los estudiantes necesitan para obtener una comprensión más profunda de la experiencia perceptual del cuerpo humano y de su relación con la tecnología.
El ciclo de políticas públicas. Casos selectos de la política ambiental mexicana para la enseñanza
Authors: Aguilar Luis F. , Provencio Enrique , Challenger Antony
Published: October 2022

Este libro explica qué es y cómo se aplica la política ambiental en México, lo que puede servir como apoyo al proceso de enseñanza-aprendizaje de las políticas públicas ya que muestra características diferentes a la tradicional forma de hacer este tipo de políticas en nuestro país, puesto que en vez de tener un enfoque teórico que prioriza el deber ser, analiza casos concretos que se han implementado con éxito.
PTP-PEST: Vías de señalización y su importancia como blanco terapéutico en cáncer
Authors: Manzanita-Quintero Katya , Lee-Rivera Irene , López Edith , López-Colomé Ana María
Published: October 2022

La fosfatasa de tirosina PTP-PEST, también llamada PTPN12, es una proteína que se expresa de forma ubicua, y se regula por fosforilación en los residuos de serina y treonina. El gen PTPN12, en humanos, se localiza en el cromosoma 7q11.23. La proteína codificada está formada por una región N-terminal, seguida de un dominio catalítico de fosfatasa de tirosina (PTP, por sus siglas en inglés) y una cola C-terminal que contiene secuencias ricas en prolina, ácido glutámico, serina y treonina (PEST), así como, una secuencia NPLH (asparagina, prolina, leucina, histidina) que es un sitio de anclaje para las proteínas involucradas en la transducción de señales. La PTP-PEST regula procesos fisiológicos como la migración celular, la respuesta inmune, y la actividad neuronal, a través de la desfosforilación de múltiples sustratos entre los que se cuentan proteínas adaptadoras del citoesqueleto como la paxilina, y otras involucradas en diferentes vías de señalización, algunas de las cuales aún no han sido completamente elucidadas. Se ha demostrado la alteración de la PTP-PEST en diferentes enfermedades como el cáncer, por lo que se ha estudiado como un posible blanco terapéutico. Esta revisión se enfoca en la clasificación, estructura y el papel tanto fisiológico como patológico de la PTP-PEST.
Exponiendo la hepatotoxicidad de las plantas medicinales: una revisión de palo amargo (Hintonia latiflora)
Authors: Cervantes Valencia María Eugenia , Rojas Lemus Marcela , López Valdez Nelly , Fortoul van der Goes Teresa I.
Published: October 2022

Approximately 80% of the world’s population uses various medicinal plants for the treatment or control of various diseases, whether acute or chronic, due to their accessibility and low cost, observing in recent years an increase in consumption without proper medical observation. Mexico is considered the second most important country in the world in terms of traditional medicine knowledge, only after China. The use of medicinal plants has been reported since pre-Hispanic times as a therapeutic option; however, the only focus is on the curative part and it has not been considered that plants have secondary metabolites (chemical compounds produced by plants with biological activity in living beings) that, besides having therapeutic effects, have toxic effects in people who consume them, and in some cases reversible effects are observed after suspending their consumption. Copalchi or palo amargo is a medicinal plant obtained from the bark of the Hintonia latiflora tree (syn. Coutarea latiflora), which has been used mainly as an alternative treatment for patients with type 2 diabetes, since it has been shown to have a hypoglycemic effect. However, cases of acute hepatotoxicity have been reported with an increase in hepatic transaminases (ALT and AST) by the continuous consumption of this bark. However, the processing of medicinal plants using physical means (heating or boiling) can alter the pharmacological activity of the organic constituents, which can also be affected in their concentration depending on the environmental factors of cultivation, soil location, humidity, and environmental temperature, as well as the harvesting season (stems, leaves, flowers, roots, seeds). The consumption of this medicinal plant is by means of hot infusions or in capsules with extract.
Keywords: Natural products; toxicity; Hintonia latiflora; hypoglycemia; antimalarial; hepatotoxic.
Forest Fire Detection and Location Tracker Using NODE MCU (ESP 8266) and GPS Module
Authors: Bhoi Saurabh , Gholap Yadnesh , Gawade Prathamesh , Pawar Sugat
Published: October 2022

Abstract: Continuous fire has a lot of plant and animal species to extinction, the Gov. has brought about little change apart from introducing a few forest mens and conducting a few surveys. But controls the forest fire is an exceptionally difficult task, but without the help of new technology. To remedy this, we are going to make a replica model of smart forest fire detection system that can help Gov. and Fire Authority in the monitoring and surveillance of forests fires. In our project, we have developed a forest fire detection and alert system. Our flame sensor is to detect the fire . The ESP 8266 is coded in a way that it on the GPS after detection of fire . connected Telegram dashboard will display the fire status on screen and alert the authorities. We have used NODE MCU(ESP 8266), GPS module. The NODE MCU gets fire detection input using the flame sensor, then using the GPS module it sends signal output to Telegram account. Next, using Telegram it processes the signal detection and shows respected output on screen. It then shows the result of the fire status of forest. All this information will saves on Telegram database for further analysis. So, in this way, our smart forest fire detection system keeps track on forest , detect fire and alert authorities on time and creates a database with previous fire statistics of the forest.
LA EDUCACIÓN AMBIENTAL COMO PROCESO MEDIADOR DE LAS TENSIONES SOCIOAMBIENTALES EN LOS SOCIOECOSISTEMAS
Authors: López Montoya Daniela , Elkin López Correa
Published: October 2022

Los entornos rurales en Colombia y, en especial, los asociados a sistemas de áreas protegidas son un escenario de relaciones sociales y ambientales en los que confluyen multiplicidad de intereses, actores y beneficios, bajo los cuales se generan conflictos en torno a la gestión de los ecosistemas y sus servicios. La comprensión y gestión de las dinámicas de dichos entornos determinan las funciones de diversas instituciones, principalmente públicas, que dependiendo de los procesos que desarrollan se convierten en gestores o mediadores de los diversos conflictos socioambientales. En este texto se destacan los conceptos de educación ambiental y socioecosistema, los cuales se encuentran en permanente construcción de su propia episteme y en los que convergen elementos teóricos de la ecología que, al ocuparse, entre otras cosas, de comprender las interacciones entre los seres vivos y el entorno (Farhad, 2018). En la práctica, en la medida en que acompañan cada una de las etapas de un proceso, especialmente de declaratoria de áreas protegidas, se convierten en mediadores de los conflictos socioambientales, ya que unifican discursos, acompañan la toma de conciencia ambiental y proponen rutas o estrategias de diálogo y organización entre actores y ecosistema.
MODELOS PRODUCTIVOS DE DESARROLLO RURAL Y SU CONTRIBUCIÓN EN LA GENERACIÓN DE SERVICIOS ECOSISTEMICOS EN BOLIVIA
Authors: Peralta Carmelo
Published: October 2022

El presente trabajo analiza el aporte del modelo de desarrollo de la agricultura familiar a través de sistemas productivos pecuarios, agrícolas, forestales y agroforestales en territorios campesino e indígenas en la generación de servicios ecosistémicos de regulación del clima y de aquellos de base o apoyo. Se midieron indicadores para diferentes sistemas productivos de la agricultura familiar que cubren seis ecorregiones de Bolivia, a partir de los cuales se realizó una valoración e inferencia principalmente en cuanto a su capacidad de fijación y/o captura de carbono y su almacenamiento, así como del grado de diversidad florística. Los sistemas productivos con acciones de manejo y conservación que mayor contribución en cuanto a fijación y almacenamiento de carbono, así como de diversidad florística fueron aquellos forestales y agroforestales de características tropicales como el Norte Amazónico, Amazonia Sur, Oriente (Amazonia y Chiquitania), seguido de aquellos sistemas pecuarios y agrícolas de las ecorregiones del Chaco, Altiplano y Valles Interandinos. En sí, todos los sistemas productivos analizados contribuyen a la generación de servicios ecosistémicos en una u otra medida que permiten contrarrestar los efectos adversos del cambio climático y representan un potencial para lograr la mitigación y adaptación al cambio climático. Con la información obtenida es imprescindible hacer uso de los indicadores para promocionar y mejorar la notoriedad del aporte de este tipo de sistemas productivos a la generación de servicios ecosistémicos en diferentes escalas beneficiosas para la población local como para la sociedad en general.
Sufifi Treatises of Abu Hamid Al-Ghazali: Inflfluence on the Tatar Culture Until the Beginning of the 20th Century
Authors: Borodovskaya L. Z.
Published: October 2022

The work is devoted to the analysis of Sufi thought in the treatises of Abu Hamid Muhammad al-Ghazali at-Tusi. Al Ghazali’s attitude to Sufi sm as an integral part of Islam was accepted by the Tatar medieval culture. Al-G hazali’s treatises became the basis for theology of many Tatar Islamic thinkers until the 20th century. On the example of the main treatises of al- Ghazali, some Sufi  images and symbols are shown, namely the Divine Word, Light, heart, dhikr prayers and sama‘. Symbolism as the basis of Islamic esotericism permeates many of al- Ghazali’s Sufi  treatises, so it is important to show the complexity of the continuity of his ideas in the Tatar culture.
Case report of toxic leukoencephalopathy induced by heroin abuse
Authors: Al Lawati Redha , Al Balushi Marwa , Al Hajri Aliya , Ambusaidi Ziayana
Published: October 2022

Toxic leukoencephalopathy is a rare disease that may present with different signs and symptoms, it requires a combination of clinical signs and symptoms along with radiographic evidence to reach a diagnosis. We report the case of a young man who presented with a decreased level of consciousness and found that he took an overdose of heroin prior to admission, after investigations the patient was found to have toxic leukoencephalopathy. Its an uncommon disease, however, it should be in the differential diagnosis of any patient coming with some neurological and behavioral changes along with substance abuse, mainstay treatment is supportive.
Causes and Management of Malabsorption, A Review
Authors: Baraa Emad M Abuzinadah , Mazen Dhaher Aljohani , Mesawa (Kauh) Obai Taher , Sultan Abdullah A Alharthi , Abeer Abdulrahman M Alabi , Ahmed Saeed A Saleh , Ziyad Zaid H Almutawakkil , Mohsen Ali Hasan , Albakr Amirah Bakr , Al Antar Awadh Mohammed , Alshahrani Bashaiyer Mohammed , Abdullah H Albanawi, Ayat , Alshammari Jarrah Jamal , Hussam Mohammed Alamri
Published: October 2022

Maldigestion refers to poor nutritional digestion within the intestinal lumen or at the brush boundary, whereas malabsorption refers to decreased nutrient absorption at any point where nutrients are absorbed. Any flaw in the digestion/absorption process might cause malabsorption. Reduced absorption of certain nutrients, impaired GI motility (decreased peristalsis and stasis), altered bacterial flora, infection, or limited blood flow or weakened lymphatics are all possible causes for these problems. Protozoal infections of the small intestine are very frequent and may be linked to malabsorption. The majority of these infections are self-limiting. For the diagnosis of malabsorption, there is no gold standard. Additional tests should be done based on the clinical situation and the probable underlying condition. Nutritional assistance is provided by enteral or parenteral feeding, as well as screening for and treatment of vitamin and mineral deficiencies. In this article we will be looking at malabsorption causes and management.
Fungal Infections in Neonatal Intensive Care, An Overview
Authors: Faisal Hamid Nazim , Mutkhan Alsharari Naif , Abdullah Aloufi Abdulrahman , M Altoonisi Mustafa , Abdullah Alamri Saad , Hashim Alanazi Khalid , Ahmad Alatawi Abdullah , Mohammed Alsulami Ghalib , Amer Alshahrani Hamzah , Hussain Hamdi Nawaf , Akram Sayfi Jalawi Bakr
Published: October 2022

fungal infections in immature newborns have become more common in the previous two decades, especially when they are admitted to a Neonatal Intensive Care Unit (NICU). Thus, it is projected that the mortality rate of children under the age of five is estimated to be about 6 million children a year, with even about 40% of these mortalities during the newborn period. Considering the increased prevalence of death rates related to invasive fungal infections, proper preventative medication is still critical in their treatment. The proper utilization antifungals medicines are critical in the primary prevention and management of invasive fungal infection in newborns; however, there are no specific guidelines to determine the proper medication selection. The most appropriate cure of fungal infection in this population necessitates extensive research into the pharmacokinetic, tolerability, and effectiveness of antifungal medicines. This paper aims to overview epidemiology, diagnosis and management of neonatal fungal infections.Children's invasive fungal infections appear to have become more common during the previous few decades. Children with primary and secondary immunodeficiencies are at danger, as well as newborns. The most often isolated microbes are Candida and Aspergillus species. Improved outcomes depend on prompt diagnosis and administration of the proper antifungal medication. Traditional methods take a lot of time, and obtaining relevant sample material in a paediatric setting may require intrusive procedures. The improvements in detection and quick species identification are summarised in this paper. In light of the antifungal spectrum of the available drugs and the distinct pharmacokinetic features in various age groups, the current antifungal therapy options for newborns and kids are next examined.
HISTORY LESSONS AND INTERNATIONAL EXPERIENCE IN YOUTH POLICY-MAKING IN MODERN RUSSIA
Authors:   Central Russian Institute of Management, Branch of RANEPA, ELISEEEV A.L. , TITOVA E.V. ,   Central Russian Institute of Management, Branch of RANEPA
Published: October 2022

The purpose of the article is to reveal the experience of implementing youth policy in foreign countries. The process of developing and implementing state youth policy is based on the development of the innovative potential of young people in the interests of society and on recognition of youth activities by society. The authors emphasized that it is necessary to develop measures to support the young generation in the difficult social and economic conditions at present. The youth policy of the most European states is built not only on the basis of domestic legal documents, but also on the most important principles of the international community, enshrined in international documents. The EU members develop and implement the legislation of the European Union with regard to youth policy, and some specific measures; each par-ticipating state develops youth policy based on the internal situation in the country taking into account European trends. As a result, the authors draw a conclusion that the world experience in the youth policy formation and implementation requires a comprehensive study of the conditions and factors for its implementation, initial goals and results achieved.
AGRICULTURAL SQUADS OF STUDENTS AS AN ELEMENT OF LABOR MOBILIZATION DURING THE FIRST WORLD WAR
Authors:   Bryansk State Academician I.G. Petrovsky University, POTVOROV A.I.
Published: October 2022

The purpose of the article is to analyze the features of agricultural student teams’ formation during the First World War. According to the analysis of the references, the general terms for the creation of such squads for agricultural work in the conditions of the First World War are established; the features of their formation in various regions of the country are shown; the profitability of activities is determined. The author stressed that some of the important issues about the mobilization in Russia such as food problems, are not specified. The article analyzes the problem of the food supplies arrangement through the participation of the military authorities and through the implementation of social state measures to support the mobilized soldiers’ families. The author also introduces a number of new documents into scientific circulation.
Migrações internas e diferenciais de rendimentos nas principais regiões receptoras do Brasil
Authors: Loureiro Valquiria Bisarro , Souza Elvanio Costa de , Teixeira Evandro Camargos
Published: October 2022

Este estudo analisou a diferenciação de rendimentos entre trabalhadores migrantes e não migrantes nas principais regiões receptoras do País. Para tal, estimaram-se equações de rendimentos com microdados da PNAD de 2015. Como resultado, mulheres oriundas do Norte e residentes no Sudeste e homens nordestinos vivendo no Centro-Oeste tendem a apresentar rendimentos inferiores aos dos não migrantes. Já mulheres do Sudeste nascidas no Sul e Centro-Oeste, aquelas que vivem no Centro-Oeste e nasceram no Sudeste, homens do Centro-Oeste nascidos no Sul e Sudeste, e os do Norte que são originários de outras regiões possuem rendimentos superiores aos dos não migrantes.
Case report: Management challenges of late diagnosed 17-alpha hydroxylase deficiency
Authors: salah dhoha ben , Trimeche oumeyma , elleuch mouna , abed wafa bel , Salah Ameni , abdelhedi Fatma , kamoun Hassen , feki wiem , mnif zeineb , chaabouni khansa , Ayedi Fatma , mnif fatma , rekik nabila , mnif mouna , charfi nadia , kacem Faten Hadj , Abid Mohamed
Published: October 2022

Herein we report the intriguing case of a 42-year-old woman presenting
with grade three hypertension, severe hypokalemia and primary
amenorrhea, which revealed to be the complete form of 17
alpha-hydroxylase deficiency. We also discuss the challenging
therapeutic approach as well as the outcomes and the follow-up of this
patient.
Endoscopic Resection of Intralabyrinthine Schwannoma Followed by Cochlear Implantation
Authors: Lohnherr Vera , Anschuetz Lukas , Mantokoudis Georgios , Caversaccio M. , Weder Stefan
Published: October 2022

We present the case of a 65 years old patient who developed a complete,
sensorineural hearing loss on the right side due to an intravestibular
schwannoma. Our video shows a transcanal, endoscopic approach with
complete schwannoma removal on the right side, subsequent e-BERA
recordings, and cochlear implantation.
Pulmonary abscess due to Streptococcus intermedius in pregnancy: unusual presentation and complication of a commensal bacteria during pregnancy
Authors: Bueno Cristian Orlando Porras , Trillos Sharon Julieth González , Cano Diana , Bernal Edgar
Published: October 2022

Streptococcus intermedius is a commensal bacterium reported in few cases
as the causative agent of brain and lung abscesses, pneumonia, and
endocarditis. Lung abscesses due to Streptococcus intermedius are rare,
especially in pregnancy. We describe the first case of lung abscess due
to streptococcus intermedius in a pregnant woman.
Comparative analyses of Diospyros (Ebenaceae) plastomes: Insights into genomic features, mutational hotspots, and adaptive evolution
Authors: Sun Jing , Ma Qing , Huang Yue , Lai Chan-Juan , Li Pan , Jin Xin-Jie , Zhang Yong-Hua
Published: October 2022

Diospyros (Ebenaceae) is a widely distributed genus of trees and shrubs
native to tropical and subtropical regions, with numerous species valued
for their fruits (persimmons), timber, and medicinal values. However,
information regarding their plastomes and chloroplast evolution is
scarce. The present study performed comparative genomic and evolutionary
analyses on plastomes of 18 accepted Diospyros species, including three
newly sequenced ones. Our study showed a highly conserved genomic
structure across the species, with plastome size ranging from 157,321 bp
(D. jinzaoshi) to 157,934 bp (D. deyangensis). These plastomes encoded
134–138 genes, including 89–91 protein-coding genes, 1–2 pseudogenes
(Ψycf1 for all, Ψrps19 for a few), 37 tRNA genes, and 8 rRNA genes.
Comparative analysis of Diospyros identified the intergenic regions
(trnH-psbA, rps16-trnQ, trnT-psbD, petA-psbJ, trnL-trnF-ndhJ) as the
mutational hotspots in these species. Phylogenomic analyses identified
three main groups within the genus designated as the evergreen,
deciduous, and island groups. The codon usage analysis identified 30
codons with relative synonymous codon usage (RSCU) values greater than 1
and 29 codons ending with A and U bases. A total of three codons (UUA,
GCU, and AGA) with highest (RSCU) values were identified as the optimal
codons. ENC-plot indicated the significant role of mutational pressure
in shaping codon usage, while most protein-coding genes in Diospyros
experienced relaxed purifying selection (Ka/Ks < 1).
Additionally, the ndhG, rpoC1, and ycf3 genes showed positive selection
(Ka/Ks > 1) in the island, deciduous, and both deciduous
and evergreen species, respectively. Thus, the results provide a
foundation for elaborating Diospyros’s genetic architecture and
taxonomy, conserving genetic diversity and enriching genetic resources.
Perspectives of species identification by MALDI-TOF MS in monitoring - stability of proteomic fingerprints in marine epipelagic copepods
Authors: Peters Janna , Laakmann Silke , Rossel Sven , Arbizu Pedro Martínez , Renz Jasmin
Published: October 2022

We analyzed robustness of species identification based on proteomic
composition to data processing and intraspecific variability,
specificity and sensitivity of species-markers as well as discriminatory
power of proteomic fingerprinting and its sensitivity to phylogenetic
distance. Our analysis is based on MALDI-TOF MS data from 32 marine
copepod species coming from 13 regions (North and Central Atlantic and
adjacent seas). A random forest (RF) model correctly classified all
specimens to species level with only small sensitivity to data
processing, demonstrating the strong robustness of the method. Compounds
with high specificity showed low sensitivity i.e., identification was
rather based on complex pattern-differences than on presence of single
markers. Proteomic distance was not consistently related to phylogenetic
distance. A species-gap in proteome composition appeared at 0.8
Euclidean distance when using only specimens from the same sample. When
other regions or seasons were included, intra-specific variability
increased, resulting in overlaps of intra- and inter-specific distance.
Highest intra-specific distances (> 0.8) were observed
between specimens from brackish and marine habitats i.e., salinity
likely affects proteomic patterns. When testing library sensitivity of
the RF model to regionality, strong misidentification was only detected
between two congener pairs. Still, choice of reference library may have
an impact on identification of closely related species and should be
tested before routine application. We envision high relevance of this
time- and cost-efficient method for future zooplankton monitoring as it
provides not only in-depth taxonomic resolution for counted specimens
but also add-on information e.g., on developmental stage or
environmental conditions.