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Acceptabilité sociale de l’élevage en France : recensement et analyse des principales controverses à partir des regards croisés de différents acteurs
Authors: DELANOUE E. , ROGUET C.
Published: January 2020

Dans un contexte de remise en cause fréquente de l’élevage et de ses pratiques, une analyse des points de débat, dans différentes filières (porcs, volailles, bovins, ovins et caprins), a été réalisée dans le cadre du GIS Elevages Demain. Une étude bibliographique a été conduite pour comprendre les fondements des préoccupations sociales envers l’élevage et évaluer leur robustesse. En parallèle, une trentaine d’entretiens a été menée auprès de différentes parties prenantes aux débats – professionnels des filières, salariés d’associations, journalistes et distributeurs – afin de recenser et décrire les principaux sujets de controverses sur les élevages en France. Les positionnements et arguments de chaque partie prenante ont été décrits afin de dégager d’éventuels sujets de consensus ou de blocage entre les discours. L’analyse des argumentaires a permis de classer les différents points de débats en quatre grandes thématiques : l’environnement, le bien-être animal, la santé humaine et l’organisation de l’élevage. Ces points de débat varient en fonction de la filière considérée ou de l’échelle d’observation. La hiérarchisation de ces remises en cause révèle les enjeux principaux auxquels les différentes filières françaises doivent faire face pour répondre aux attentes de la société. Par exemple, les filières de ruminants sont remises en cause pour leurs effets globaux sur l’environnement, tandis que les élevages porcins sont confrontés à des mobilisations locales contre les projets d’élevage. En outre, les travaux mettent en lumière des préoccupations fortes et anciennes de la part de la société à l’égard de l’élevage, qui ne peuvent se résumer à des « effets de mode ».
Méthodologie d’aide à la conception et à l’évaluation de systèmes de production multiperformants : application à l’élevage de bovins laitiers et à la production de poulets de chair
Authors: COUDURIER B. , PEYRAUD J.L. , BLESBOIS E. , JEULAND F. , URRUTY N. , HUYGHE C. , GUYOMARD H.
Published: January 2020

Suite à un appel d’offre du Commissariat Général à la Stratégie et à la Prospective du gouvernement français, l’INRA a analysé les possibilités d’évolution des pratiques et des systèmes agricoles français vers des systèmes de production plus durables conciliant performances productives, économiques, environnementales et sociales. Une méthodologie d’aide à la conception et à l’évaluation de systèmes a été développée à cette occasion. Elle s’appuie sur un répertoire de plus de 200 pratiques agricoles élémentaires dont l’impact a été qualifié sur 35 indicateurs de performances, ainsi que sur une table de compatibilité entre pratiques élémentaires. Deux études de cas fondées sur des modalités différentes d’utilisation de cette méthodologie sont présentées : i) la conception pas à pas de système de production par incorporation progressive de pratiques élémentaires à partir d’une pratique d’entrée à effet majeur, pour accroître l’autonomie alimentaire en production bovine laitière en valorisant la prairie ; ii) l’évaluation à postériori des performances de systèmes en transcrivant sous forme de pratiques élémentaires des leviers d’action et marges de progrès identifiés à dire d’expert pour améliorer la compétitivité de la filière poulet de chair par la mise en place de deux systèmes de production très contrastés mais complémentaires. Les tendances d’évolution des performances des systèmes de production ainsi simulés ou reconstitués sont discutées. Dans les situations d’impact ambivalent d’une pratique sur une performance, le recours au descriptif détaillé des pratiques permet le plus souvent de réduire l’incertitude en prenant en compte les situations associées à chaque type d’impact.
Douleurs animales.1. Les mécanismes
Authors: PAULMIER V. , FAURE M. , DURAND D. , BOISSY A. , COGNIÉ J. , ESCHALIER A. , TERLOUW E.MC
Published: January 2020

Qu’ils soient élevés à des fins commerciales ou expérimentales, les animaux de rente sont confrontés tout au long de leur vie à des pratiques potentiellement sources de douleurs : interventions de convenance et d’élevage (castration, écornage…) ; interventions chirurgicales (césariennes, implantation en chronique de cathéters…). L’élaboration d’outils d’évaluation des douleurs ressenties par les animaux et de traitements pharmacologiques nécessite une bonne connaissance des mécanismes impliqués dans l’apparition et la modulation de ces douleurs. L’objectif de cette revue est de rapporter les connaissances acquises au cours des dernières années qui ont de l’intérêt pour la gestion de la douleur des animaux d’élevage. Les connaissances présentées sont en grande partie issues d’études conduites chez les rongeurs dont les conclusions sont applicables aux animaux de rente. La revue est constituée de trois parties complémentaires. La première décrit les différentes étapes d’élaboration, de transmission et d’intégration sensorielle et émotionnelle des messages nociceptifs impliqués dans l’apparition de la douleur. La deuxième partie décrit les différents types de modulation qui peuvent activer ou inhiber la transmission des messages nociceptifs. La troisième partie décrit les différents processus neurophysiologiques qui accompagnent la douleur et peuvent la moduler (inflammation, activation du système nerveux autonome et du système neuroendocrinien).
Douleurs animales. 2. Evaluation et traitement de la douleur chez les ruminants
Authors: FAURE M. , PAULMIER V. , DE BOYER DES ROCHES A. , BOISSY A. , TERLOUW E.M.C. , GUATTEO R. , COGNIÉ J. , COURTEIX C. , DURAND D.
Published: January 2020

Les ruminants sont des animaux sensibles, doués de capacités émotionnelles et cognitives, pouvant être soumis à différents types de douleur (excès de nociception ou neuropathique) et ceci dans différents contextes (élevage ou expérimentation). L’évaluation de ces douleurs est souvent délicate car, dans la plupart des cas, il n’existe pas d'outil unique et spécifique mais plutôt un ensemble d'indicateurs dont les valeurs informatives sont complémentaires. Une évaluation adéquate de la douleur est essentielle afin d'optimiser sa prise en charge en utilisant au mieux l'arsenal thérapeutique actuellement à la disposition des prescripteurs. A travers cette synthèse, nous montrerons en quoi i) l’évaluation du type et du niveau de douleur est indispensable à une prise en charge optimale de la douleur, ii) une évaluation reposant sur une approche multiparamétrique est l'approche la plus adaptée à cet objectif.
Utilisation des données d’insémination artificielle afin d’identifier l’impact d’un évènement abortif dans les élevages de bovins laitiers
Authors: BRONNER A. , MORIGNAT E. , MADOUASSE A. , GASQUI P. , GAY E. , CALAVAS D.
Published: January 2020

Le présent article a pour objectif de discuter de la faisabilité et de l’intérêt que représenterait le suivi d’un indicateur indirect de survenue des avortements élaboré à partir des données d’insémination artificielle, le taux d’avortements précoces, afin d’identifier l’impact d’un évènement abortif, de manière rétrospective ou prospective. Deux études sont présentées pour illustrer le propos, ayant eu pour objet d’estimer, par l’analyse des variations du taux d’avortements précoces, l’impact de l’épizootie de fièvre catarrhale ovine due au sérotype 8 (FCO-8), qui a émergé en France en 2006, puis s’est diffusée dans une large partie du territoire métropolitain en 2007 et 2008. La première étude souligne qu’une analyse des variations temporelles du taux d’avortements précoces à l’échelle du département a permis d’identifier a posteriori l’impact de la FCO-8 sur la survenue d’avortements en élevages de bovins. La seconde étude indique qu’une analyse prospective hebdomadaire des variations temporelles du taux d’avortements précoces aurait permis d’identifier l’impact de la FCO-8 dans un département dans un délai médian de 12 semaines suivant son introduction. Considérant ces résultats, il apparaît pertinent de réfléchir à la mise en place d’une surveillance intégrée des avortements en élevage de bovins, qui reposerait sur deux volets : la déclaration obligatoire des avortements (sous la forme du dispositif actuel en version révisée) et un outil de surveillance syndromique (qui devrait être mis en place à une échelle infra-départementale, en particulier pour améliorer les délais de détection).
Influences maternelles sur la consommation de colostrum et la survie néonatale du porcelet
Authors: QUESNEL H. , GONDRET F. , MERLOT E. , FARMER C.
Published: January 2020

La cause majeure de mortalité néonatale des porcelets est l’hypothermie due à une consommation insuffisante de colostrum. La consommation de colostrum résulte d’interactions complexes entre la truie, le porcelet, la portée et l’environnement. La truie et le déroulement de la gestation peuvent influencer de nombreux facteurs qui jouent un rôle clé dans la prise de colostrum par le porcelet et ses chances de survie, comme son poids, sa maturité et sa vitalité à la naissance, ou la variabilité intra-portée du poids de naissance. La consommation de colostrum dépend aussi de la capacité de la truie à le produire en quantité suffisante pour couvrir les besoins de sa portée. Les stratégies de suralimentation des truies pendant la totalité ou une partie de la gestation pour augmenter le poids ou la maturité des porcelets à la naissance se révèlent généralement inefficaces. L’impact de ces stratégies mériterait néanmoins d’être étudié dans des élevages où les performances zootechniques sont réellement dégradées. Des pistes à explorer concernent la supplémentation des régimes de gestation en certains acides gras ou certains acides aminés. Les supplémentations en composés modulant l’immunité augmentent généralement les teneurs en immunoglobulines du colostrum, mais les conséquences sur la survie néonatale nécessitent d’être étudiées sur le terrain. Enfin, l’alimentation maternelle pendant la gestation et la phase peripartum peut influencer la quantité et la qualité du colostrum consommé par les porcelets nouveau-nés et une attention particulière devra être portée à ce volet dans les recherches futures.
La compétitivité de la filière volaille de chair française : entre doutes et espoirs
Authors: CHATELLIER V. , MAGDELAINE P. , TRÉGARO Y.
Published: January 2020

La filière avicole française, qui bénéficie encore d’une croissance de la demande intérieure, a enregistré une baisse de sa production au cours de la dernière décennie, surtout en dindes. Cette évolution traduit une perte de compétitivité par rapport à d’autres pays, notamment européens, particulièrement structurés en termes productif et industriel et dynamiques en termes d’innovations et de réseaux commerciaux. Les importations françaises de viande de volailles, qui proviennent en priorité de pays voisins (Allemagne, Belgique et Pays-Bas) et beaucoup plus marginalement des grands acteurs du commerce mondial (Brésil, USA, Thaïlande…), sont devenues préoccupantes. Elles représentent, en 2014, plus de 30% de la consommation intérieure contre un peu moins de 15% en 2000. Si la balance commerciale de la France en viande de volailles avec les pays tiers (hors Union Européenne) demeure positive, rien n’est acquis pour le futur. A court terme, la mise à zéro des restitutions n’a pas encore produit tous ses effets et les exportateurs français ont bénéficié depuis mi-2014 d’une parité entre l’euro et le dollar favorable. A moyen terme, la concurrence entre les grandes zones exportatrices pourrait s’accentuer en raison des différentiels de compétitivité, de l’ouverture croissante des marchés et de la sensibilité des flux commerciaux à l’évolution des parités monétaires. Le nombre de pays clients de la France est limité, ce qui accentue le niveau de dépendance à des considérations ciblées d’ordre géopolitique ou économique. Enfin, l’évolution récente des règles européennes relatives aux aides à l’export peut fragiliser les produits historiquement bénéficiaires. En conclusion, une attention est portée aux principales raisons d’espérer pour la filière avicole française : une forte dynamique de la demande mondiale ; un marché français à forte valeur ajoutée sur certains créneaux (volaille de qualité) ; l’amorce d’une restructuration de la filière française qui devrait favoriser une reconquête au moins partielle du marché domestique.
Le commerce international, européen et français des produits laitiers : évolutions tendancielles et dynamiques concurrentielles
Authors: CHATELLIER Vincent
Published: January 2020

À l’échelle internationale, le secteur laitier bénéficie d’une dynamique soutenue de la demande, en provenance principalement des pays asiatiques où la consommation de produits laitiers par habitant demeure largement inférieure à celle observée dans l’Union européenne (UE) et en Amérique du Nord. Au cours des quinze dernières années (2000-2015), la Nouvelle-Zélande est, loin devant les États-Unis et l’UE, le pays qui a le plus bénéficié de la croissance des échanges internationaux de produits laitiers, sous l’influence surtout des importations de la Chine en poudres de laitier entier. En dépit d’une hausse de ses importations, surtout de fromages et de beurre, la France améliore régulièrement sa balance commerciale qui atteint 3,75 milliards d’euros en 2015. Cette performance tient pour une part importante à la dynamique favorable des échanges avec le Royaume-Uni et la Chine. Depuis 2009, le solde commercial de la France avec les pays tiers s’améliore alors que les jeux concurrentiels internes à l’UE deviennent plus difficiles. Pour les producteurs de lait européens, la saturation progressive de la demande européenne de produits laitiers et l’augmentation rapide de la production laitière dans plusieurs États membres depuis l’abandon des quotas laitiers en 2015 constitue une réelle menace. Cela doit être une incitation à, d’une part, développer les exportations à l’international et, d’autre part, mieux valoriser la très grande diversité des produits laitiers sur le marché intérieur.
Modélisation de la flexibilité métabolique : vers une meilleure compréhension des capacités adaptatives de l’animal
Authors: TAGHIPOOR M. , LEMOSQUET Sophie , VAN MILGEN J. , SIEGEL A. , SAUVANT D. , GONDRET F.
Published: January 2020

Une production durable nécessite de disposer d’animaux capables de s’adapter à une diversité croissante de contraintes et perturbations environnementales pour maintenir leurs performances de production. La flexibilité métabolique est un des leviers importants pour la compréhension de l’adaptation individuelle aux perturbations externes. Les éléments du métabolisme sont organisés en un réseau biologique vaste et complexe, recouvrant différentes échelles d’organisations spatiales et temporelles. Cet article présent trois formalismes de modélisation permettant de décrire ce réseau et y associe trois exemples illustratifs du comportement de ce réseau face à des perturbations telles que rencontrées en production animale. Ces formalismes dépendent de la taille du (sous)-réseau que l’on souhaite considérer et du type de prédictions souhaitées (qualitatives, quantitatives) : i) la modélisation structurelle qui se base sur l’étude des propriétés topologiques d’un réseau de grande taille, ii) la modélisation stœchiométrique qui permet d’analyser les flux métaboliques dans un état stationnaire et iii) la modélisation dynamique qui permet d’observer l’évolution des acteurs d’un réseau biologique dans le temps.
Contrôle neuroendocrinien de la reproduction chez les mammifères
Authors: MIGAUD M. , DARDENTE H. , KELLER M. , BATAILLER M. , MEURISSE M. , PILLON D.
Published: January 2020

La reproduction recouvre l’ensemble des processus biologiques qui permettent d’assurer la survie d’une espèce grâce à la naissance de nouveaux individus. Cette propriété fondamentale et obligatoire du monde vivant repose sur un mécanisme efficace et extrêmement complexe. Chez les vertébrés, c’est l’axe hypothalamo-hypophyso-gonadique qui est le cadre anatomique responsable de la compétence reproductive et donc de la pérennité des espèces. La coordination de ce système biologique à trois étages repose sur le contrôle neuronal de libération de la « Gonadotrophin Releasing Hormone » (GnRH), système localisé dans la partie rostrale de l’hypothalamus. La libération de GnRH dans le système porte hypothalamo-hypophysaire stimule la sécrétion des gonadotropines hypophysaires qui sont impliquées dans le déclenchement de la puberté et la régulation de la fonction de reproduction. Cette revue fournit des éléments de compréhension sur le fonctionnement du contrôle neuroendocrine de l’axe hypothalamo-hypophyso-gonadique chez les mammifères, en particulier, sur les propriétés du système à GnRH, le contrôle neuroendocrinien des cycles ovariens, l’effet de neuropeptides hypothalamiques «kisspeptin » sur les neurones à GnRH, le déclenchement de la puberté, la saisonnalité et conclue sur les perspectives de recherche dans cette discipline de la neurobiologie.
Neurobiologie du comportement alimentaire : le modèle porcin en neurosciences comportementales appliquées à l’alimentation et à la santé humaines
Authors: VAL-LAILLET D. , MEUNIER-SALAÜN M.C. , CLOUARD C.
Published: January 2020

Le porc représente un excellent modèle pour étudier le comportement alimentaire humain et ses déterminants neurobiologiques. Outre le fait que le porc soit un omnivore et que son système digestif soit particulièrement proche du nôtre, la mise en place de son comportement et de ses préférences alimentaires obéit aux mêmes règles et influences que celles identifiées chez l’Homme. Il est ainsi possible de décrire des parallèles au niveau des attractions spontanées pour certaines saveurs fondamentales, de la mise en place de préférences conditionnées ou apprises grâce aux expériences individuelles, mais aussi aux signaux perçus dans l’environnement ou transmis par la mère. Le porc possède également un cerveau particulièrement proche de celui des primates, ce qui permet des explorations précises grâce aux outils modernes de l’imagerie fonctionnelle cérébrale. Les mécanismes neurobiologiques sous-tendant la mise en place de préférences ou d’aversions alimentaires ont été décrits chez le modèle porcin, tout comme certaines anomalies neurocognitives associées à l’obésité ou à la consommation chronique de régimes délétères. Le porc peut ainsi être utilisé comme un modèle privilégié pour explorer de nouvelles thérapies pour lutter contre l’obésité et les troubles du comportement alimentaire, telles que la stimulation du nerf vague ou la stimulation intracérébrale profonde. C’est tout un champ exploratoire et préclinique que le modèle porcin permet d’ouvrir en recherche biomédicale, dans le domaine des neurosciences appliquées à l’alimentation et à la nutrition.
Anticiper l'émergence d'anomalies génétiques grâce aux données génomiques
Authors: FRITZ S. , MICHOT P. , HOZE C. , GROHS C. , BOUSSAHA M. , BOICHARD D. , CAPITAN A.
Published: January 2020

Avec le récent développement des approches reposant sur le génotypage et séquençage à haut débit, identifier la mutation responsable d’une anomalie à partir de quelques cas est beaucoup plus simple qu’auparavant. Toutefois, il n’est pas toujours possible d’observer des cas et de disposer du matériel biologique correspondant. Cet article présente deux approches reposant sur l’analyse de données à haut débit, permettant d’identifier des mutations récessives létales ou d’orienter plus efficacement leur recherche à partir des données de séquence du génome. La première approche utilise les données de génotypage à haut débit pour rechercher des régions du génome présentant un déficit en homozygotes. Cette méthode a déjà permis de caractériser plusieurs mutations dans chacune des races bovines analysées. Dans la seconde approche, on recherche dans les données de séquence disponibles des variants dont l’annotation suggère qu’ils ne sont pas tolérés à l’état homozygote. Le nombre de faux positifs est élevé, mais ces données permettent d’orienter la phase d’observation et de diagnostic plus efficacement et, dans les cas les plus favorables, d’anticiper l’émergence de l’anomalie. Des exemples sont fournis avec le gène RP1 responsable de dégénérescence rétinienne ou le gène EDAR responsable de l’absence de poils et de dents.
Análise da relevância da propriedade semântica "reciprocidade" nos verbos recíprocos intransitivos do Português Brasileiro
Authors: Bechir Thaís Fernanda Carvalho
Published: January 2020

Os verbos recíprocos (VR) são tratados como uma classe na literatura por possuírem uma propriedade semântica – a reciprocidade – que licencia uma composição sintática: a alternância simples-descontínua. Nesta composição, os eventos denotados pelos verbos podem alternar entre as formas simples, em que os participantes da reciprocidade são denotados por apenas um argumento (João e Maria conversaram), e descontínua, em que os participantes são denotados por dois argumentos, sendo um deles preposicionado (João conversou com Maria). Objetivamos analisar os VR intransitivos e verificar se eles podem ser agrupados em uma só classe no português brasileiro. Intencionamos propor representações semânticas para as classes encontradas, valendo-nos da decomposição de predicados, além de apresentar uma discussãoacerca do estatuto da propriedade semântica reciprocidade. Propusemos duas estruturas de decomposição de predicados para os VR intransitivos analisados, demonstrando que eles pertencem a duas classes distintas. Concluímos que os VR não formam uma classe e que a propriedade de reciprocidade, apesar de fazer parte do sentido idiossincrático de alguns verbos, é gramaticalmente irrelevante
Gramaticalização do sinal “motivo” na língua brasileira de sinais: uma análise baseada no uso
Authors: Rodrigues Angelica , Souza Joyce Cristina
Published: January 2020

O objetivo deste trabalho é apresentar uma análise inédita dos usos do sinal motivo na Língua Brasileira de Sinais, glosado frequentemente como “por isso” ou “por causa”, buscando oferecer evidências do seu uso polissêmico e multifuncional. Nossa hipótese é a de que os diferentes usos de motivo representam diferentes estágios de gramaticalização (HOPPER; TRAUGOTT, 2003), em que um mesmo sinal é usado como nome, advérbio e conjunção. Nosso córpus é constituído de dados reais/espontâneos extraídos de vídeos produzidos por sujeitos surdos e publicados em blogs sinalizados. No total foram 10 vídeos analisados e 30 ocorrências do sinal motivo foram coletadas. Nossa abordagem teórica busca embasamento nos estudos sobre gramaticalização das línguas orais (HOPPER; TRAUGOTT, 2003) e das línguas de sinais (WILCOX, 2004; PFAU; STEINBACH, 2011).
Sumário
Authors: GEL Revista do
Published: January 2020

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Knowledge regarding antibiotic use among students of three medical schools in Medellin, Colombia: A cross-sectional study
Authors: Hguita-Gutiérrez Luis Felipe , Molina Valentina , Acevedo Jenifer María , Gómez Liceth , Villamil Gustavo Eduardo Roncancio , Quiceno Judy Natalia Jiménez
Published: January 2020

Background The objective of the present study was to describe the knowledge regarding the antibiotic therapy of students of three medical schools in Medellín, Colombia. Methods The study population comprised medical students who were enrolled in three universities. The instrument contained questions regarding their current academic term, the university, the perceived quality of the education received on antibiotic therapy and bacterial resistance, and specific questions on upper respiratory tract infections, pneumonia, urinary tract infections, and skin and soft tissue infections. The information was analyzed by calculating frequencies and measures of dispersion and central tendency. Knowledge regarding the treatment for each type of infection was compared using the Mann–Whitney U test and the Kruskal–Wallis H test. Results We included 536 medical students, of which 43.5% students consider that the university has not sufficiently trained them to interpret antibiograms and 29.6% students consider that the quality of information received on the subject at their university ranges from regular to poor. The mean score for knowledge regarding antibiotic therapy for upper respiratory tract infections was 44.2 (9.9) on a scale from 0 to 100. The median score with regard to the treatment of pneumonia was 52.9 (14.7), that of urinary tract infection was 58.7 (14.8), and that of skin and soft tissue infections was 63.1 (19.4). The knowledge regarding antibiotic therapy for upper respiratory tract infections, pneumonia, and urinary tract infection does not improve with the academic term, the university, or perceived quality of the education received. Conclusion A large proportion of medical students perceive that the training received from the university is insufficient with regard to antibiotic use and bacterial resistance, which is consistent with the limited knowledge reflected in the selection of antibiotic treatment for respiratory, urinary tract, and skin and soft tissue infections. Overall, the situation was identical among all universities, and it did not significantly increase with the completion of an academic term.
Genome-wide analysis of long non-coding RNAs (lncRNAs) in two contrasting rapeseed (Brassica napus L.) genotypes subjected to drought stress and re-watering
Authors: Tan Xiaoyu , Li Su , Hu Liyong , Zhang Chunlei
Published: January 2020

Background: Drought stress is a major abiotic factor that affects rapeseed (Brassica napus L.) productivity. Though previous studies indicated that long non-coding RNAs (lncRNAs) play a key role in response to drought stress, a scheme for genome-wide identification and characterization of lncRNAs’ response to drought stress is still lacking, especially in the case of B. napus. In order to further understand the molecular mechanism of the response of B. napus to drought stress, we compared changes in the transcriptome between Q2 (a drought-tolerant genotype) and Qinyou8 (a drought-sensitive genotype) in response to drought stress and rehydration treatment at the seedling stage.

Results: A total of 5,546 down-regulated and 6,997 up-regulated mRNAs were detected in Q2 compared with 7,824 and 10,251 in Qinyou8, respectively; 369 down-regulated and 108 up-regulated lncRNAs were detected in Q2 compared with 449 and 257 in Qinyou8, respectively. LncRNA- mRNA interaction network analysis indicated that the co-expression network of Q2 was composed of 145 network nodes and 5,175 connections, while the co-expression network of Qinyou8 was composed of 305 network nodes and 22,327 connections. We further identified 34 TFs corresponding to 126 differentially expressed lncRNAs in Q2, and 45 TFs corresponding to 359 differentially expressed lncRNAs in Qinyou8. Differential expression analysis of lncRNAs indicated that up- and down-regulated mRNAs co-expressed with lncRNAs participated in different metabolic pathways and were involved in different regulatory mechanisms in the two genotypes. Notably, some lncRNAs were co-expressed with BnaC07g44670D, which are associated with plant hormone signal transduction. Additionally, some mRNAs which were co-located with XLOC_052298, XLOC_094954 and XLOC_012868 were mainly categorized as signal transport and defense/stress response.

Conclusions: The results of this study increased our understanding of expression characterization of rapeseed lncRNAs in response to drought stress and re-watering, which would be useful to provide a reference for the further study of the function and action mechanisms of lncRNAs under drought stress and re-watering.
Potential biomarkers of ductal carcinoma in situ progression
Authors: Dettogni Raquel Spinassé , Stur Elaine , Laus Ana Carolina , Vieira René Aloísio da Costa , Marques Márcia Maria Chiquitelli , Santana Iara Viana Vidigal , Pulido José Zago , Ribeiro Laura Fregonassi , Parmanhani Narelle de Jesus , Agostini Lidiane Pignaton , Reis Raquel Silva dos , Santos Eldamária de Vargas Wolfgramm , Alves Lyvia Neves Rebello , Garcia Fernanda Mariano , Santos Jéssica Aflávio , Ventorim Diego do Prado , Reis Rui Manuel , Louro Iúri Drumond
Published: January 2020

Background Ductal carcinoma in situ is a non-obligate precursor of invasive breast carcinoma and presents a potential risk of over or undertreatment. Finding molecular biomarkers of disease progression could allow for more adequate patient treatment. We aimed to identify potential biomarkers that can predict invasiveness risk.Methods In this epithelial cell-based study archival formalin-fixed paraffin-embedded blocks from six patients diagnosed with invasive lesions (pure invasive ductal carcinoma), six with in-situ lesions (pure ductal carcinoma in situ) , six with synchronous lesions (invasive ductal carcinoma with an in-situ component) and three non-neoplastic breast epithelium tissues were analyzed by gene expression profiling of 770 genes, using the nCounter® PanCancer Pathways panel of NanoString Technologies. Results The results showed that in comparison with non-neoplastic tissue the pure ductal carcinoma in situ was one with the most altered gene expression profile. Comparing pure ductal carcinoma in situ and in-situ component six differentially expressed genes were found, three of them ( FGF2 , GAS1, and SFRP1 ), play a role in cell invasiveness. Importantly, these genes were also differentially expressed between invasive and noninvasive groups and were negatively regulated in later stages of carcinogenesis. Conclusions We propose these three genes ( FGF2 , GAS1, and SFRP1 ) as potential biomarkers of ductal carcinoma in situ progression, suggesting that their downregulation may be involved in the transition of stationary to migrating invasive epithelial cells.
Tick-borne pathogens in Ixodidae ticks collected from privately-owned dogs in Italy: a country-wide molecular survey
Authors: Zanet Stefania , Battisti Elena , Pepe Paola , Ciuca Lavinia , Colombo Liliana , Trisciuoglio Anna , Ferroglio Ezio , Cringoli Giuseppe , Rinaldi Laura , Maurelli Maria Paola
Published: January 2020

Background
Ticks and tick-borne diseases are increasingly recognized as a cause of disease in dogs worldwide. The epidemiology of ticks and tick-transmitted protozoa and bacteria has changed due to the spread of ticks to urban and peri-urban areas and the movement of infected animals, posing new risks for animals and humans. This countrywide study reports information on distribution and prevalence of pathogens in ticks collected from privately-owned dogs in Italy.
We analyzed 2681 Ixodidae ticks, collected from 1454 pet dogs from Italy. Specific PCR protocols were used to detect i) Piroplasms of the genera Babesia and Theileria , ii) Gram-negative cocci of the family Anaplasmataceae and iii) Borrelia burgdorferi sensu lato. Sequencing of positive amplicons allowed for species identification.
Results
Babesia / Theileria spp. DNA was detected in 435 homogeneous tick-pools (Minimum Infection Rate (MIR) = 27.6%; 95% confidence interval (CI) = 25.4-29.8%) with higher prevalence in Ixodes ricinus and Rhipicephalus sanguneus group. The zoonotic B. venatorum was the most prevalent species (MIR = 7.5%; 95% CI = 6.3-9.0%). Anaplasma and Ehrlichia species were detected in 165 tick-pools (MIR = 10.5%; 95% CI = 9.3-11.8%) and specifically, A. phagocytophilum was identified with MIR = 5.1% (95% CI = 4.1-6.3%). Borrelia burgdorferi s.l. and B. afzelii were detected with MIR = 0.4% (95% CI = 0.2-0.8%) and MIR = 0.3% (95% CI 0.1-0.7%) respectively.
Conclusions
Zoonotic pathogens B. venatorum and A. phagocytophilum were the most frequently detected in ticks collected from privately-owned dogs which might be used as markers of pathogens presence and distribution.
Relationship between fluoroquinolones and the risk of aortic diseases: a meta-analysis of observational studies
Authors: Dai Xiao-ce , Yang Xin-xin , Ma Lan , Tang Guan-min , Pan Yan-yun , Hu Hui-lin
Published: January 2020

Background. Our aim was to determine the relationship between the use of fluoroquinolones and the risk of aortic diseases.
Methods. PubMed, EMBASE and the Web of Science were searched from inception to July 6, 2019, to identify observational studies that evaluated the risk of aortic diseases associated in users of fluoroquinolones compared with nonusers or users of other antibiotics. The primary outcome was the first occurrence of aortic diseases. We used the GRADE approach to rate the strength of evidence. We used the inverse variance method random-effect model to estimate the odds ratios (ORs) with 95% CIs, and statistical heterogeneity was assessed by the I 2 statistic.
Results. This meta-analysis enrolled 2,829,385 patients reported the relationship between fluoroquinolones and the risk of aortic diseases. Compared with nonusers or users of other antibiotics, users of fluoroquinolone had a significantly increased risk of aortic diseases (adjusted OR, 2.10; 95% CI, 1.65-2.68; P =.000, I 2 =16.4%). The quality of evidence was moderate, and the number needed to harm (NNH) for aortic diseases among patients was estimated to be 1301.
Conclusions. The fluoroquinolone use in patients significantly increases the risk of new-onset aortic diseases. Clinicians need to pay attention to these severe adverse events when considering fluoroquinolone use.
Key Words: Fluoroquinolones; aortic aneurysm; aortic dissection; meta-analysis
A novel virtual barcode strategy for accurate panel-wide variant calling in circulating tumor DNA
Authors: wu leilei , Deng Qinfang , Xu Ze , Zhou Songwen , Li Chao , Li yixue
Published: January 2020

Background Hybrid capture-based next-generation sequencing of DNA has been widely applied in the detection of circulating tumor DNA (ctDNA). Various methods have been proposed for ctDNA detection, but low-allelic-fraction (AF) variants are still a great challenge. In addition, no panel-wide calling algorithm is available, which hiders the full usage of ctDNA based ‘liquid biopsy’. Thus, we developed the VBCALAVD (Virtual Barcode-based Calling Algorithm for Low Allelic Variant Detection) i n silico to overcome these limitations. Results Based on the understanding of the nature of ctDNA fragmentation, a novel platform-independent virtual barcode strategy was established to eliminate random sequencing errors by clustering sequencing reads into virtual families.Stereotypical mutant-family-level background artifacts were polished by constructing AF distributions. Three additional robust fine-tuning filters were obtained to eliminate stochastic mutant-family-level noises. The performance of our algorithm was validated using cell-free DNA reference standard samples (cfDNA RSDs) and normal healthy cfDNA samples (cfDNA controls). For the RSDs with AFs of 0.1%, 0.2%, 0.5%, 1% and 5%, the mean F1 scores were 0.43 (0.25~0.56), 0.77, 0.92, 0.926 (0.86~1.0) and 0.89 (0.75~1.0), respectively, which indicates that the proposed approach significantly outperforms the published algorithms. Among controls, no false positives were detected. Meanwhile, characteristics of mutant-family-level noise and quantitative determinants of divergence between mutant-family-level noises from controls and RSDs were clearly depicted. Conclusions Due to its good performance in the detection of low-AF variants, our algorithm will greatly facilitate the noninvasive panel-wide detection of ctDNA in research and clinical settings. The whole pipeline is available at https://github.com/zhaodalv/VBCALAVD.
Silver diamine fluoride (SDF) used in childhood caries management has potent antifungal activity against oral Candida species
Authors: Fakhruddin Kausar Sadia , Samaranayake Lakshman , Egusa Hiroshi , Ngo Hien Chi , Thenmozhi Venkatachalam , Pesee Siripen , Panduwawala Chamila
Published: January 2020

Background: The microbiome of Severe-Early Childhood Caries (S-ECC), is characterized by an ecosystem comprising bacterial and fungal species, with a predominance of Candida species. Hence, an anti-cariogen effective against both bacteria and fungi would be valuable in the management of S-ECC.
Methods : Here we evaluate the antifungal effect of silver diamine fluoride (SDF) against 35-clinical yeast isolates (Ten-each of C. albicans , C. krusei, C. tropicalis and five C. glabrata strains) from dentinal caries-lesions from S-ECC.
Results: Disc-diffusion and time-kill assays as well as MIC 50 and MIC 90 evaluations against therapeutic concentrations confirmed the broad-spectrum anti-candidal potency of SDF. Ultrastructural images revealed morphologic aberrations of yeast-cell walls on exposure to SDF. All C. krusei and C. glabrata isolates were significantly more sensitive to SDF, relative to the standard antifungal fluconazole. Further, SDF appears to effectively abrogate filamentation of C . albicans even at very low concentrations.
Conclusions: Our data, for the first time, elucidate the antifungal potency of SDF, in addition to its known antibacterial activity, in the management of S-ECC.
Plasma creatine kinase and all-cause mortality in patients on peritoneal dialysis: a multi-center retrospective study
Authors: Wen Yueqiang , Peng FenFen , Feng Xiaoran , Wang Niansong , Zhan Xiaojiang , Wu Xianfeng
Published: January 2020

Background Higher plasma creatine kinase (CK) values are associated with the failure of antihypertensive treatment. However, an association between CK and all-cause mortality in peritoneal dialysis (PD) patients has received little attention.Methods In this retrospective multicenter study, 1382 incident PD patients with baseline CK values were enrolled from November 1, 2005, to February 28, 2017. All patients with oral statins were excluded and then were divided into four groups according to quartile range [Quartile 1 (<60 U/L), Quartile 2 (60-100 U/L), Quartile 3 (101-179 U/L), and Quartile 4 (>179 U/L)]. The primary endpoint was all-cause mortality. The association between plasma CK values and all-cause mortality was assessed with Cox regression and the Fine and Gray models.Results Of 1382 patients 298 (21.6%) patients died during a median 35-month (interquartile range=19-54 months) follow-up period. Patients in Quartile 4 were older (P<0.001), likely to be male (P<0.001), had a higher prevalence of diabetes (P=0.002), and a history of cardiovascular disease (P=0.005), and higher values of Charlson comorbidity index (P=0.031). All-cause mortality incidence was a significant difference among the four Quartiles (Quartile 1, 16.2%; Quartile 2, 22.2%; Quartile 3, 23.8%; Quartile 4, 24.1%; P=0.043). Cumulative all-cause mortality in the Quartile 4 was significantly higher compared with other groups (Log Rank=10.55, P=0.015). After adjusting for confounding factors, the highest CK quartile had a hazard ratio (HR) for all-cause mortality of 1.75 [95% confidence interval (CI) 1.34-3.20, P=0.041]. With kidney transplantation or hemodialysis as a competing risk, the Quartile 4 had an HR for all-cause mortality of 1.66 (95%CI 1.30-3.41, P=0.044), after adjusting for confounding factors.Conclusions Higher plasma CK levels at the commencement of PD may be a valuable biomarker for predicting the development of all-cause mortality in PD patients.
Normal levels of TSH affect the metabolic profile differently in physically active males and females
Authors: Malara Marzena , Tkaczyk Joanna , Kęska Anna , Lutosławska Grażyna
Published: January 2020

Background Our study was aimed at the evaluation of relationships between thyroid stimulating hormone (TSH) within the normal range and metabolic risk factors (glucose, insulin, HOMA-IR and lipoprotein profile) in physically active male and female students. Methods In 112 male and 107 female students circulating TSH, glucose, insulin and lipoproteins (triacylglycerols, total cholesterol, HDL-cholesterol and LDL-cholesterol) were measured in blood under fasting conditions. Insulin resistance was expressed as HOMA-IR. For further procedures 99 males and 97 regularly menstruating females with TSH 0.4 – 4.0 µIU/ml were accepted. Results In male students no correlations between circulating TSH, anthropometric and biochemical variables were noted. In females TSH within the normal range was slightly but significantly correlated with the triglyceride (TG) level (p<0.03). However, step-wise multiple regression analysis revealed that the effect of TSH was small (p<0.046) in relation to that found for HOMA-IR (p<0.0009). No relationships between biochemical variables and normal levels of TSH were noted in male students. However, surprisingly normal range TSH in males was slightly but significantly correlated with the percentage of body fat and this issue needs further studies concerning measurements of different fat depots.Conclusions The above data suggests that in active females TG synthesis and export from the liver is more sensitive to TSH action than in active male counterparts.
Determinants of Scabies among Primary School Children in Habru District: a Case-Control Study
Authors: Reta Melat Wodaje , Derseh Behailu Tariku , Sahilu Berhanu Yitayew
Published: January 2020

Background: Human scabies is a parasitic infection caused by Sarcoptes scabiei var hominis. Although affects all age groups; children are more vulnerable. In primary schools, scabies affects children's school regularity and performance. There is a gap of information on the determinants of scabies among primary school children in Ethiopia. The aim of the current study was to identify factors that determine scabies among primary school children in Habru district, North Wollo Zone, Amhara region, Ethiopia. Methods: Institution-based unmatched case-control study was conducted among primary school children. Three hundred (100 cases and 200 healthy controls) study participants were enrolled. Skin examination of scabies was done by trained health professionals. Data were collected using a structured questionnaire and analyzed by SPSS version 20 statistical software. Bivariate and multivariable analyses were used to identify factors that determine the dependent variable and statistical significance was declared at P value less than 0.05. Results: Sex, age, family size, family history of scabies, sharing of clothes with an infected person, previous history of scabies and number of sleeping rooms were found to be independent determinants of scabies. Male were more likely to have scabies (AOR= 7.5; 95% CI: 3.2, 24.4). Younger children were more prone to scabies. Children between 10-12 years of age (AOR= 8; 95%CI: 2.7, 24.2) were found to be the most affected age group followed by 13-15 years of age (AOR= 7.7; 95%CI: 2.6, 23.1). Other factors like family size ≥5 (AOR= 3.4; 95% CI: 1.5, 7.7), family history of scabies (AOR= 9.8; 95% CI: 3.9, 24.4), were also independent factors of having scabies. Conclusion: Being male, younger age group, family history of scabies, having more than five family members, having a smaller number of rooms, children’s previous history of scabies, and sharing of clothes were determinants of scabies among primary school children. Thus, the district health and education offices and the school community should work together to equip students and their families with scabies prevention and control strategies. Keywords: Ethiopia; Family Characteristics; Scabies; Sarcoptes scabiei; Primary School
Preoperative SCC-Ag as a predictive marker for the use of adjuvant chemotherapy in cervical squamous cell carcinoma with intermediate-risk factors
Authors: Guo Hong-tao , Bi Xue-han , Lei Ting , Lv Xiao , Yao Guang , Chen Yao , Liu Chang
Published: January 2020

Background For cervical cancer patients whose tumors display a combination of intermediate risk factors, postoperative radiation with or without adjuvant chemotherapy is suggested for them. However, who should be administered with adjuvant chemotherapy is unknown. The current study was designed to explore the clinical value of squamous cell carcinoma antigen in guiding the use of adjuvant chemotherapy in cervical cancer patients.Methods A retrospective study of 301 cervical cancer patients treated by surgery and adjuvant treatment from Mar. 2005 to Mar. 2015 was performed. All patients were divided into two groups according to receiving adjuvant chemotherapy or not. Overall survival (OS), disease-free survival (DFS) were compare between patients who did and did not receive adjuvant radiotherapy. Multivariate analysis was employed to detect clinical factors associated with disease-free survival, local recurrence-free survival and distant metastasis-free survival.Results For patients with high pre-treatment squamous cell carcinoma level, DFS and OS in adjuvant chemo-radiotherapy group were higher than that in adjuvant radiotherapy group. Besides, the rates of distant metastasis were found lower in patients who did receive adjuvant chemotherapy than those who did not. For patients with upper low pre-treatment squamous cell carcinoma level, the 5-year OS and DFS were similar between groups of adjuvant chemo-radiotherapy and adjuvant radiotherapy. Multivariable analysis indicated adjuvant chemotherapy was independent predictors of DFS and distant metastasis-free survival in patients with high squamous cell carcinoma level.Conclusion Squamous cell carcinoma can serve as an indication for the administration of adjuvant chemotherapy in cervical cancer patients.
Expression Profile Analysis Identifies Key Genes as Prognostic Markers for Metastasis of Osteosarcoma
Authors: Guan Xiaoqing , Guan Zhiyuan , Ji Jiafu , Song Chunli
Published: January 2020

Background : Osteosarcoma (OS) is the most common malignant tumor of bone which was featured with osteoid or immature bone produced by the malignant cells, and biomarkers are urgently needed to identify patients with this aggressive disease.
Methods : We downloaded gene expression profiles from Gene Expression Omnibus (GEO) and The Therapeutically Applicable Research to Generate Effective Treatments (TARGET) datasets for OS, respectively, and performed weighted gene co-expression network analysis (WGCNA) to identify the key module. Whereafter, functional annotation and Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) demonstrated the relationships between target genes and OS.
Results : In this study, we discovered four key genes – ALOX5AP, HLA-DMB, HLA-DRA and SPINT2 as new prognostic markers and confirmed their relationship with OS metastasis in the validation set.
Conclusions : Overall, our work may shed light on the roles of ALOX5AP, HLA-DMB, HLA-DRA and SPINT2, thus providing valuable clues to investigate the metastasis of OS and corroborating the potential clinical application value of the 4-gene signature to some extent.
Genetic variants in MIR17HG affect the susceptibility and prognosis of glioma in a Chinese Han population
Authors: Feng Jigao , Ouyang Yibin , Xu Dedong , He Qinglong , Liu Dayuan , Fan Xudong , Xu Pengxiang , Mo Yehe
Published: January 2020

Background: lncRNA MIR17HG was upregulated in glioma, and involved glioma proliferation, migration, invasion and promoted apoptosis. However, the role of MIR17HG polymorphisms on the occurrence and prognosis of glioma is not obvious. Methods: In the study, 592 glioma patients and 502 control subjects conducted. Agena MassARRAY platform was used to detect the genotype of MIR17HG polymorphisms. Logistic regression analysis was used to evaluate the relation of MIR17HG SNPs to glioma risk by odds ratio (OR) and 95% confidence intervals (CIs). Kaplan–Meier curves, Cox hazards models were performed for assessing the role of these SNPs in glioma prognosis by hazard ratios (HR) and 95% CIs. Results: We found that rs7318578 (OR = 2.25, p = 3.18x10-5) was significantly associated with glioma susceptibility. Rs17735387 (OR = 1.53, p = 9.05x10-3) and rs7336610 (OR = 1.35, p = 0.016) had a higher glioma susceptibility in the subgroup with age < 40 years. More importantly, rs17735387 (HR = 0.82, log-rank p = 0.026) improved glioma prognosis. GA genotype of rs17735387 had a better overall survival (HR = 0.75, log-rank p = 0.013) and progression free survival (HR = 0.73, log-rank p = 0.032) in patients with Ⅰ-Ⅱ glioma. Conclusion: Our study firstly reported that MIR17HG polymorphisms, especially rs7318578, might be risk factors for glioma susceptibility and rs17735387 improved the prognosis of glioma among Chinese Han population, which might help to enhance the understanding of MIR17HG gene in gliomagenesis.