Діагностичний інструмент для боротьби з пандемією та точність біоматеріалів для виявлення SARS-COV-2
Authors: Obertynska O.V. 
Published: March 2022

Актуальність. Пандемія спричинена новим коронавірусом SARS-CoV-2 продовжує справляти безпрецедентний вплив на соціальні аспекти суспільства та економіку всього світу. Для запобігання та контролю передачі COVID-19, моніторингу інфекції залишається постійна потреба у високоефективних технологіях для ідентифікації збудника чи його маркерів. Важливим інструментом і золотим стандартом сьогодення у діагностиці коронавірусної хвороби (COVID-19) є молекулярно-генетичні технології, а саме метод полімеразної ланцюгової реакції із зворотньою транскрипцією (RT–PCR) для виявлення маркерів рибонуклеїнових кислот (РНК) гострого респіраторного синдрому коронавірусу - 2 (SARS-CoV-2) у зразках різного типу біологічного матеріалу, з визначених найбільш імовірних за локалізацією збудника місць організму людини доступних для відбору. Досліджували біологічний матеріал мазків з носу (NS), слину (SS), хоча достовірні дані про їх точність використання обмежені. Для цього ми провели вивчення діагностичної цінності та точності зібраних зразків різного біологічного матеріалу: носоглотки/носу/слини (NPS/NS/SS). Матеріали та методи. Тридцять пацієнтів були включені після позитивного тесту на SARS-CoV2 RT-PCR у зразках NPS відповідно до чинного наказу № 662 МОЗ України «Методичні рекомендації "Порядок забору, транспортування та зберігання матеріалу для дослідження методом полімеразної ланцюгової реакції», рекомендацій ВООЗ щодо збору, обробки та тестування клінічних зразків на COVID-19. У порівнянні з цим рекомендованим методом дослідження, зразки NPS/NS/SS були протестовані за допомогою автоматизованої портативної системи виявлення НК ExiStation 48 (Bioneer Corporation, Південна Корея). Щоб дослідити доцільність та корисність методу системи ExiStation 48 та різницю між типами вибірок біологічних зразків, було розраховано специфічність та чутливість.Від кожного пацієнта було відібрано три – п’ять зразків за загальний період досліджень 6 – 9 днів. Результати. Було відібрано 171 комплект зразків NPS/NS/SS, з яких 122 дали позитивний результат на COVID-19 методом RT-PCR з біологічного матеріалу NPS. У цілому, коефіцієнт конкордатності щодо типів біологічного матеріалу були 82,0%/68,2%/50,4% для зразків NPS/NS/SS (системи ExiStation 48); однак для зразків, зібраних на 9-й день після початку захворювання (66 негативних і три позитивні зразки), відповідні показники були 91,7%/80,0%/65,2%. Загальні оцінки чутливості були 100,0%/67,5%/37,5% для зразків NPS/NS/SS (системи ExiStation 48). Для зразків до 7 днів після початку захворювання значення були 98,0%/84,4%/64,6%. Висновки. Біологічний матеріал зразків відібраних із нижнього носового ходу (вводимо кінчик тампона в ніздрю на 2-3 см від носового отвору, торкаючись передньої носової раковини і слизової оболонки перетинки) NS є більш надійними, ніж зразки SS, і можуть бути альтернативою біологічним зразкам NPS зібраними і доставленими у транспортному середовищі для вірусів з лізуючим компонентом. Отже, біологічний матеріал зразків відібраний з передньої носової раковини в спеціальне транспортне середовище з лізуючим компонентом можуть бути рекомендованими для досліджень методом RT-PCR для діагностики COVID-19 під час епідемії чи підйому захворюваності щодо ГРВІ з метою диференційної діагностики.