MOLECULAR DOCKING AND MOLECULAR DYNAMIC STUDIES OF STILBENE DERIVATIVE COMPOUNDS AS SIRTUIN-3 (SIRT3) HISTONE DEACETYLASE INHIBITOR ON MELANOMA SKIN CANCER AND THEIR TOXICITIES PREDICTION
Authors: Muttaqin Fauzan Zein 
Published: December 2019

<p class="western" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%;" align="justify"><span style="font-family: Times New Roman, serif;"><span style="font-size: small;"><span lang="id-ID">Reseptor SIRT3 </span></span></span><span style="font-family: Times New Roman, serif;"><span style="font-size: small;">(sirtuin-3) </span></span><span style="font-family: Times New Roman, serif;"><span style="font-size: small;"><span lang="id-ID">diketahui mampu menjaga level Spesies Oksigen Reaktif / </span></span></span><span style="font-family: Times New Roman, serif;"><span style="font-size: small;"><em>Reactive Oxygen Species (ROS)</em></span></span><span style="font-family: Times New Roman, serif;"><span style="font-size: small;"><span lang="id-ID"> pada jumlah yang sesuai </span></span></span><span style="font-family: Times New Roman, serif;"><span style="font-size: small;">dalam</span></span><span style="font-family: Times New Roman, serif;"><span style="font-size: small;"><span lang="id-ID"> menjaga proliferasi sel dan sejumlah agresifitas fenotip yang mampu mencegah apoptosis dan </span></span></span><span style="font-family: Times New Roman, serif;"><span style="font-size: small;">menyebabkan </span></span><span style="font-family: Times New Roman, serif;"><span style="font-size: small;"><span lang="id-ID">karsinogenesis. Pengujian </span></span></span><span style="font-family: Times New Roman, serif;"><span style="font-size: small;"><span lang="id-ID"><em>in vitro </em></span></span></span><span style="font-family: Times New Roman, serif;"><span style="font-size: small;">menunjukkan </span></span><span style="font-family: Times New Roman, serif;"><span style="font-size: small;"><span lang="id-ID">bahwa senyawa stilben </span></span></span><span style="font-family: Times New Roman, serif;"><span style="font-size: small;"><span lang="id-ID">4</span></span></span><span><span lang="ar-SA"><span style="font-family: Times New Roman;"><span style="font-size: small;"><span lang="he-IL"><em>׳</em></span></span></span></span></span><span style="font-family: Times New Roman, serif;"><span style="font-size: small;"><span lang="id-ID">-bromo-resveratrol memiliki potensi kuat dalam menghambat aktivitas SIRT3 pada sel melanoma manusia dengan mencegah proliferasi sel dan menginduksi apoptosis. </span></span></span><span style="font-family: Times New Roman, serif;"><span style="font-size: small;">Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji interaksi dan afinitas senyawa derivat stilben terhadap reseptor hSIRT3 melalui simulasi </span></span><span style="font-family: Times New Roman, serif;"><span style="font-size: small;"><em>docking</em></span></span><span style="font-family: Times New Roman, serif;"><span style="font-size: small;">. Interaksi yang terjadi dipelajari melalui simulasi dinamika molekul yang menggambarkan kestabilan interaksi antara protein ‒ ligan. Prediksi toksisitas dilakukan guna mengkaji keamanan dan toksisitasnya terhadap tubuh manusia. Validasi </span></span><span style="font-family: Times New Roman, serif;"><span style="font-size: small;"><em>docking</em></span></span><span style="font-family: Times New Roman, serif;"><span style="font-size: small;"> dilakukan dengan me-</span></span><span style="font-family: Times New Roman, serif;"><span style="font-size: small;"><em>redocking</em></span></span><span style="font-family: Times New Roman, serif;"><span style="font-size: small;"> ligan alami (</span></span><span style="font-family: Times New Roman, serif;"><span style="font-size: small;"><span lang="id-ID">4</span></span></span><span><span lang="ar-SA"><span style="font-family: Times New Roman;"><span style="font-size: small;"><span lang="he-IL"><em>׳</em></span></span></span></span></span><span style="font-family: Times New Roman, serif;"><span style="font-size: small;"><span lang="id-ID">-bromo-resveratrol</span></span></span><span style="font-family: Times New Roman, serif;"><span style="font-size: small;">) dari reseptor target hSIRT3 (kode PDB 4C7B) dengan hasil nilai RMSD 1,88 Å. Simulasi </span></span><span style="font-family: Times New Roman, serif;"><span style="font-size: small;"><em>docking </em></span></span><span style="font-family: Times New Roman, serif;"><span style="font-size: small;">terhadap 20 senyawa uji diperoleh 10 senyawa uji dengan afinitas terbaik yang akan dilanjutkan ke tahapan simulasi dinamika molekul. Persiapan file topologi kesepuluh senyawa uji dan protein target dilakukan sebelum simulasi dinamika molekul. Hasil simulasi dinamika molekul selama 10 ns menunjukkan bahwa senyawa Tetrahidroksistilben-2, Arahipin-10 dan Gnetin-L memiliki kestabilan interaksi yang baik terhadap hSIRT3 yang ditunjukkan oleh kecenderungan grafik RMSD yang konstan selama simulasi. Hasil prediksi toksisitas 20 senyawa uji diperoleh bahwa sebesar 83% senyawa uji tidak menimbulkan toksisitas.Berdasarkan penelitian tersebut, diketahui bahwa senyawa Tetrahidroksistilben-2 paling berpotensi menjadi kandidat senyawa inhibitor hSIRT3 dengan afinitas tertinggi dan resiko toksisitas yang minimal.</span></span></p>