Manuel du laboratoire ODIN - Procédures opérationnelles standard pour le prétraitement des échantillons environnementaux, l'analyse des agents pathogènes et le séquençage du génome entier
Authors: Al-Hello Haider ,   Finnish Institute for Health and Welfare (THL), Finland, Nyholm Outi ,   Finnish Institute for Health and Welfare (THL), Finland, Pitkänen Tarja ,   Finnish Institute for Health and Welfare (THL), Finland, Salmivirta Elisa ,   Finnish Institute for Health and Welfare (THL), Finland, Vainio Anni ,   Finnish Institute for Health and Welfare (THL), Finland, Valkama Kristiina ,   Finnish Institute for Health and Welfare (THL), Finland, Baraka Vito ,   The National Institute for Medical Research (NIMR), Tanzania, Lyimo Eric ,   The National Institute for Medical Research (NIMR), Tanzania, Mnyawonga Steven ,   The National Institute for Medical Research (NIMR), Tanzania, Msoma Edward ,   The National Institute for Medical Research (NIMR), Tanzania, Sebukoto Hillary ,   The National Institute for Medical Research (NIMR), Tanzania, Chuwa Modest ,   National Public Health Laboratory (NPHL), Tanzania, Claver Jackson ,   National Public Health Laboratory (NPHL), Tanzania, Mauki Ibrahim ,   National Public Health Laboratory (NPHL), Tanzania, Moremi Nyambura ,   National Public Health Laboratory (NPHL), Tanzania, Garba Zakaria ,   Clinical Research Unit of Nanoro/ IRSS-DRCO, Burkina Faso, Lompo Palpouguini ,   Clinical Research Unit of Nanoro/ IRSS-DRCO, Burkina Faso, Sibidou Yougbaré ,   Clinical Research Unit of Nanoro/ IRSS-DRCO, Burkina Faso, Tahita Marc ,   Clinical Research Unit of Nanoro/ IRSS-DRCO, Burkina Faso, Kabena Kabengele Melissa ,   University of Kinshasa, DRC, Maketa Vivi ,   University of Kinshasa, DRC, Ngelesi Evodie ,   University of Kinshasa, DRC, Kisala Mays ,   National Institute of Biomedical Research (INRB) Goma, DRC, Modadra Madakpa Brigitte ,   National Institute of Biomedical Research (INRB) Goma, DRC, Bodisa Matamu Tavia ,   National Institute of Biomedical Research (INRB) Goma, DRC, Kavira Muhindo Marie-Anne ,   National Institute of Biomedical Research (INRB) Goma, DRC, Ngimba Michel ,   National Institute of Biomedical Research (INRB) Goma, DRC, Kabuyaya Nzoloka Pascal ,   National Institute of Biomedical Research (INRB) Goma, DRC, Tsiwedi Tsilabia Esperance ,   National Institute of Biomedical Research (INRB) Goma, DRC
Published: February 2025

Le projet ODIN a publié un manuel sur le flux de travail analytique pour le traitement des échantillons environnementaux, la création de bibliothèques de séquences de génomes entiers et la collecte des données de surveillance des eaux usées et de l'environnement générées en vue d'une utilisation ultérieure par les autorités sanitaires locales et d'autres parties prenantes. Le manuel de laboratoire contient un protocole détaillé pour générer des informations microbiologiques et génomiques à partir des échantillons environnementaux et des isolats bactériens collectés. Le manuel sera utilisé dans les laboratoires de recherche d'ODIN pour analyser les échantillons d'eaux usées et d'environnement collectés sur les sites d'étude lors de la campagne d'échantillonnage mensuelle. Le manuel a été préparé en collaboration avec des laboratoires de microbiologie clinique et des laboratoires d'eau en Tanzanie, au Burkina Faso et en République démocratique du Congo afin de produire une procédure opérationnelle commune pour la réalisation du programme de surveillance environnementale d'ODIN. La procédure comprend des conseils pour la collecte des échantillons environnementaux, des protocoles de prétraitement des échantillons pour chaque matrice d'échantillon, des méthodes de laboratoire détaillées pour les investigations microbiologiques et moléculaires et des protocoles pour le séquençage du génome entier des isolats environnementaux. Au cours de la préparation du manuel, nous avons d'abord identifié les capacités exactes des laboratoires d'experts en microbiologie en ce qui concerne la réalisation des investigations souhaitées à partir d'échantillons d'eaux usées et d'échantillons environnementaux et nous nous sommes mis d'accord sur la liste des cibles microbiennes à analyser dans chaque lieu d'étude où le système de surveillance de l'environnement ODIN sera testé. Sur la base des méthodes décrites dans le manuel, il est possible de mettre en place un système intégré de surveillance environnementale des multipathogènes et de la RAM pour les pays subsahariens.