bluuebunny/crossref_metadata_2025 huggingface dataset:
Maximum Non-Extensive Entropy Block Bootstrap for Non-stationary Processes
Authors: Bergamelli Michele , Novotný Jan , Urga Giovanni
Published: August 2016

In this paper, we propose a novel entropy-based resampling scheme valid for non-stationary data. In particular, we identify the reason for the failure of the original entropy-based algorithm of Vinod and López-de Lacalle (2009) to be the perfect rank correlation between the actual and bootstrapped time series. We propose the Maximum Entropy Block Bootstrap which preserves the rank correlation locally. Further, we also introduce the Maximum non-extensive Entropy Block Bootstrap to allow for fat tail behaviour in time series. Finally, we show the optimal finite sample properties of the proposed methods via a Monte Carlo analysis where we bootstrap the distribution of the Dickey-Fuller test.
Identification-Robust Estimates of the Canadian Natural Rate of Interest
Authors: Kichian Maral
Published: August 2016

The natural rate of interest is an unobservable entity and its measurement presents some important empirical challenges. In this paper, we use identification-robust methods and central bank real-time staff projections to obtain estimates for the equilibrium real rate from contemporaneous and forward-looking Taylor-type interest rate rules. The methods notably account for the potential presence of endogeneity, under-identification, and errors-in-variables concerns.

Our applications are conducted on Canadian data. The results reveal some important identification difficulties associated with some of our models, reinforcing the need to use identification-robust methods to estimate such policy functions. Despite these challenges, we are able to obtain fairly comparable point estimates for the real equilibrium interest rate across our different models, and in the case of the best fitting model, also remarkable estimate precision.
Selection of the Number of Factors in Presence of Structural Instability: A Monte Carlo study
Authors: Mao Takongmo Charles Olivier , Stevanovic Dalibor
Published: August 2016

In this paper we study the selection of the number of primitive shocks in exact and approximate factor models in the presence of structural instability. The empirical analysis shows that the estimated number of factors varies substantially across several selection methods and over the last 30 years in standard large macroeconomic and financial panels. Using Monte Carlo simulations, we suggest that the structural instability, expressed as time-varying factor loadings, can alter the estimation of the number of factors and therefore provides an explanation for the empirical findings.
Les incertitudes du traduire
Authors: Hewson Lance
Published: August 2016

L’incertitude est une valeur fondamentale de la traduction. Pourtant, peu de traductologues s’y sont intéressés. La cartographie des incertitudes proposée dans cet article montre clairement qu’elles peuvent se manifester tout au long de l’opération traduisante. Plusieurs aspects de cette opération et les divers acteurs qui y participent sont examinés. On s’intéresse, tout d’abord, au rôle du donneur d’ouvrage. On se penche sur les aléas de l’interprétation du texte source, et en particulier sur le double regard du traducteur. La contribution d’autres acteurs est évoquée, en particulier le rôle de l’auteur, et les éventuelles ingérences postérieures à la phase de révision de la traduction. On s’intéresse, enfin, aux destinataires du texte traduit, en exploitant la distinction entre le lecteur modèle et le lecteur empirique. Après ce regard critique sur les phases en amont et en aval de l’acte traductif proprement dit, les incertitudes liées aux choix traductifs sont explorées. Quelques paragraphes sont consacrés aux certitudes du traducteur. Deux conclusions ressortent de ces réflexions : il est clair que la traductologie se doit d’intégrer l’incertitude au sein de ses préoccupations ; enfin, ce phénomène bien connu des professionnels devrait être considéré comme un atout qui permet au traducteur de rester en état de vigilance.
« … ce que je ne doute » : traduire à la Renaissance
Authors: Duché-Gavet Véronique
Published: August 2016

L’exemple du passé peut sans nul doute aider à limiter les incertitudes qui compliquent l’acte de traduire. La Renaissance offre alors un terrain particulièrement propice à la comparaison. En effet, tandis que l’humanisme trouve son expression dans un afflux de traductions, tant de textes des Anciens que de textes contemporains, nombreuses sont les zones d’incertitude qui jalonnent le parcours des traducteurs de la Renaissance. Qu’elles soient d’ordre matériel, textuel, pragmatique ou linguistique, ces incertitudes se voient amplifiées par des considérations culturelles ou politiques, voire commerciales. L’incertitude gouverne enfin le genre même de la traduction, si proche de l’imitation, de la paraphrase ou de l’adaptation. Le présent article examine la posture des traducteurs dans la France du xvie siècle en analysant leurs discours sur la traduction tout comme leurs productions, et dégage les tactiques et stratégies déployées par ces traducteurs dans leur combat contre l’incertitude.
(Re)penser l’enseignement de la traduction professionnelle dans un master français : l’exemple des zones d’incertitudes en traduction médicale
Authors: Popineau Joëlle
Published: August 2016

La traduction médicale hautement technique et rigoureuse occupe une place à part dans l’enseignement de la traduction (Balliu 2005) et demande une formation spécifique des apprenants et de leurs formateurs. Dans le master français de traduction de l’Université de Lorraine, cette formation prend appui sur les connaissances linguistiques et grammaticales acquises par nos apprenants dans les cursus de traduction générale. Les premières traductions médicales proposées portent sur la fiche médicament. Nous constatons que la première source d’incertitudes porte sur le vocabulaire spécialisé médical et que la seconde est liée à l’expression de la modalité, phénomène linguistique général. Les théories de la traduction traditionnellement enseignées en France dans les cursus universitaires généraux en langues (Vinay et Darbelnet 1958 ; Chuquet et Paillard 1989 ; Quivy 2010) sont appliquées à la traduction d’énoncés médicaux contenant des modaux et du lexique médical ; et il apparaît que ces zones d’incertitude persistent. Au-delà de la dimension linguistique incontournable dans l’enseignement de la traduction, les dimensions extralinguistiques, telles la recherche documentaire, la dimension communicative et la phraséologie médicale, jouent un rôle dans ce type de traduction professionnelle. Fortement réglementée dans sa rédaction, la fiche médicament est un document informatif, contenant des éléments scientifiques attestés par le milieu médical et s’adressant à un lectorat très large, quelquefois profane. L’approche fonctionnaliste (Nord 1997/2008) intègre ces dimensions et développe une stratégie traductionnelle basée sur la notion centrale de fonction du texte cible. Étudiée par les formateurs et enseignée à nos apprenants, cette approche particulièrement adaptée à la traduction médicale (Montalt et Gonzáles Davies 2007) permet de faire disparaître les incertitudes rencontrées en vocabulaire spécialisé médical et dans des énoncés contenant des modaux.
Variation dénominative et familiarité en tant que source d’incertitude en traduction médicale
Authors: Alarcón-Navío Esperanza , López-Rodríguez Clara Inés , Tercedor-Sánchez Maribel
Published: August 2016

Les traducteurs sont souvent contraints de faire un choix parmi une multitude de variantes terminologiques ayant un signifié similaire. La variation dénominative, également dénommée variation terminologique, est source d’incertitude dans l’esprit du traducteur médical, tant sur le plan cognitif, que sur le plan des équivalences. L’incertitude est présente dès lors que le traducteur ne sait pas si le lecteur d’arrivée sera familiarisé avec la variante choisie dans sa traduction. Les défis soulevés par la variation suffisent à eux seuls à justifier la création d’outils adaptés aux besoins des traducteurs. VariMed est une base de données terminologiques axée sur les motivations cognitives et communicatives de la variation dénominative, et la manière dont elles se reflètent dans les variantes terminologiques d’un concept.

L’objectif de l’article consiste à explorer les zones d’ombre que recèle la traduction de la variation dénominative en traduction médicale sur le plan intralinguistique et interlinguistique dans le cadre des projets de recherche VariMed et CombiMed. Nous aborderons également la perception cognitive de la familiarité (Delgado 1988 ; Connine, Mullennix et al. 1990 ; Gómez Veiga, Carriedo López et al. 2010) chez les sujets profanes en tant que source complémentaire de doute de la part du traducteur. À cet effet, nous avons mené auprès d’étudiants en traduction une expérience basée sur des tests spontanés de production lexicale afin de connaître leur perception des termes les plus familiers à partir d’éléments extraits de la base de données VariMed. Les résultats de l’expérience ont permis de mieux définir les paramètres qui influencent la familiarité des sujets avec les mots et les termes et, de là, les choix lexicaux des traducteurs.
Hermeneutic Uncertainty and Prejudice
Authors: Wallaert Ineke
Published: August 2016

Hermeneutic uncertainty is an inherent part of the art of translation, and its consequences are ineluctable features of translation products. In this article I support the claim that the teaching and practice of translation do not escape the social responsibility which resides in clearly declaring and acknowledging the existence of hermeneutic uncertainty. Investigating how Heideggerian hermeneutics led to Gadamer’s development of the concept of hermeneutic prejudice. I will show that the philosophical description of how this prejudice functions can be a useful part of the pedagogical materials presented by translation teachers, and can help students to approach ambiguous or difficult source text elements more confidently. Such hermeneutic consciousness-raising can also be applied to published translations, where it can be tested to reveal how translators have dealt with specific instances of hermeneutic uncertainty. The case studied here is a pair of terms occurring in Walter Benjamin’s Die Aufgabe des Übersetzers, chosen mainly for its ubiquitous presence in the field of translation studies. The story of how French and English translations differ in their understanding of this specific hermeneutic difficulty will be used to investigate the extent to which translators acknowledge (or ignore) the existence of hermeneutic uncertainty by allowing it to enter their translations or by discarding it from them.
Des zones d’indécidabilité dans la traduction automatique et dans la traduction humaine
Authors: Kadiu Silvia
Published: August 2016

Cet article examine le concept d’indécidabilité de Jacques Derrida dans la traduction automatique et dans la traduction humaine. Définie comme la condition même de toute possibilité d’action et de décision (Caputo 1997 : 137), l’indécidabilité est la composante structurelle de toute décision. S’appuyant sur le concept de Derrida pour penser la complexité des processus décisionnels à l’oeuvre dans l’acte traductif, cet article explore les zones d’indécidabilité dans les traductions d’un extrait de Traduire au xxie siècle d’Henri Meschonnic (2008). Délibérément choisi pour sa résonance directe avec la notion d’indécidabilité, le commentaire de Meschonnic soutient que, mis à part les traductions automatiques, aucune pratique de la traduction n’est possible sans prise de décision réflexive (Meschonnic 2008 : 60). Les observations traitées dans cet article remettent en question l’opposition homme-machine en traduction en montrant que la programmabilité et l’indécidabilité sont des caractéristiques communes à la traduction automatique et à la traduction humaine. Cette étude semble ainsi indiquer que, comme condition préalable à toute prise de décision éthique, l’incertitude doit être développée au sein même des systèmes de traduction automatique et qu’une formation approfondie des traducteurs aux technologies de la traduction est indispensable pour un usage responsable de la traduction automatique.
« The Frenzy of the (In)Visible » : la médiation du désir dans La vie d’Adèle et Shame
Authors: Willis Louis-Paul
Published: August 2016

Alors que le cinéma pornographique a longtemps existé en marge — et souvent à l’insu — du cinéma et de la culture populaires, les frontières entre ces univers tendent aujourd’hui à s’effriter et à se perméabiliser, de sorte qu’on assiste à l’envahissement de plusieurs discours visuels par des codifications propres à la pornographie. Prenant ce contexte culturel comme point de départ, cet article aborde la monstration du désir au sein de l’érotisme cinématographique — ce que Linda Williams (1989) appelle « la frénésie du visible » — à partir de l’idée selon laquelle la logique culturelle pornographisante se trouve aux prises avec le problème de ne jamais pouvoir en montrer assez. En relisant le propos foucaldien formulé par Williams dans la perspective d’une logique lacanienne contemporaine, l’auteur examine ces enjeux à travers l’analyse des filmsShame(La honte, Steve McQueen, 2011) etLa vie d’Adèle(Abdellatif Kechiche, 2013). Il s’agit ultimement de montrer comment le rapport entre le désir, le fantasme et la pornographisation culturelle peut être (re)pensé dans le contexte d’une spectature cinématographique contemporaine.
Nihilisme et fin du monde dans Melancholia de Lars von Trier
Authors: Gauvin Francis
Published: August 2016

Le film Melancholia (Lars von Trier, 2011) s’ouvre et se clôt sur une même représentation : la collision entre la Terre et une autre planète. L’histoire de Justine, la protagoniste, se déroule ainsi à l’intérieur d’un intervalle fort particulier, puisqu’elle se situe entre deux catastrophes. Cet article défend l’hypothèse selon laquelle la mélancolie de Justine serait symptomatique d’une première catastrophe — une perte incommensurable —, tandis que l’impact violent qui met fin au film s’apparenterait plutôt à un brusque retour du refoulé. La mise en parallèle de l’histoire de Justine avec l’histoire de l’art suggère en outre que le trouble du personnage n’est pas indépendant de la mélancolie romantique. En considérant le nihilisme comme un « sinthome », l’auteur montre comment, depuis le moment cartésien, il y eut non pas une perte, mais un aveuglement face à l’objet a et au grand Autre, lesquels n’auraient ainsi d’autre choix que de revenir à l’instar d’un retour du refoulé. La danse de la mort de la planète Melancholia décrirait donc le mouvement insaisissable de ce qui échappe aux lumières de la raison.
Documentary REAL-ism: Catfish and This Is Not a Film
Authors: Friedlander Jennifer
Published: August 2016

This article explores two recent documentary films, one of which may not be a documentary, the other of which may not be a film. Although starkly different in their subject matter and political stakes, both Catfish (Ariel Schulman and Henry Joost, 2010) and This Is Not a Film (Jafar Panahi and Mojtaba Mirtahmasb, 2011) point to underappreciated dimensions of filmic realism, in particular its propensity to evoke what I will call Real-ism—i.e. hints of the Real that emerge precisely when the symbolic framework governing reality becomes imperiled. Drawing upon Jacques Lacan’s notion of the Real and Jacques Rancière’s concept of the “aesthetic regime,” I will suggest that elements of conventional filmic realism have the potential to produce a politically destabilizing Real-ism which, rather than involving the representation of reality in any recognizable form, calls forth that which is necessarily excluded/repressed from the symbolic framework.
Hitler, un film d’Allemagne, une machine de mémoire. Spatialité de l’art du deuil
Authors: Picandet Lucie
Published: August 2016

Cet article propose une lecture poétique du processus psychique de deuil engagé dans Hitler, un film d’Allemagne (Hitler, ein Film aus Deutschland, 1977), de Hans Jürgen Syberberg, et tente de fournir une clé d’interprétation esthétique à cette oeuvre singulière en confrontant les dispositifs d’espace et de temps du film à ceux des arts de la mémoire. En s’appuyant sur ces pratiques mnémoniques qui visent à structurer la pensée par les « images » (imagines) et les « lieux » (loci) de la mémoire, l’auteure interroge la dimension artistique du deuil chez Syberberg, à travers trois exemples qui révèlent une progression dans les opérations de mutation psychique de l’image de Hitler. Quelle(s) forme(s) et fonction(s) le dispositif filmique prend-il dans ces opérations de spatialisation et de mécanisation de la mémoire et de l’oubli propres au travail du deuil ?
Réduire le temps de travail… Pour qui ? Pour quoi ?
Authors: Paquerot Sylvie , Langlois Philippe
Published: August 2016

Le débat québécois concernant la réduction du temps de travail dans les années 1990 a débouché sur deux contradictions pour l’égale liberté des femmes face au temps. Nous analysons ces deux contradictions, qui sont liées à l’absence de redistribution des gains de productivité d’une part et aux caractéristiques particulières du secteur visé alors, les services publics, d’autre part. Cela nous mène d’abord au constat que l’enjeu de la redistribution des gains de productivité exige d’ouvrir la question de la dissociation du revenu et du travail. Nous examinons ensuite les conséquences, pour les femmes, de la re-privatisation du care et de la production des biens sociaux sous-jacente à la réduction des dépenses publiques. Nous concluons en identifiant les conditions auxquelles une réduction du temps de travail permettrait une plus grande égalité dans la maîtrise des temps sociaux pour les femmes et, partant, pour l’ensemble de la société.
Le travail à l’ère des « marchés où le gagnant rafle la mise1 »
Authors: Jobin Christian
Published: August 2016

Dans cet article, je soutiens que les « marchés où le gagnant rafle la mise », c’est-à-dire des marchés où de légères différences de performance se traduisent par de gigantesques différences de revenu, ne respectent pas le principe libertarien selon lequel les individus ont droit aux fruits de leur travail. Si les revenus doivent refléter les fruits du travail et que ces derniers doivent être mesurés selon la performance, alors les revenus sont en effet, dans ces marchés, fortement supérieurs aux fruits du travail, ce qui rend légitime, en vertu de ce principe, l’adoption d’un régime fiscal fortement progressif.
Pour une herméneutique de la misère
Authors: Bernier Émilie
Published: August 2016

Cet article s’intéresse à l’analyse, qui a été proposée par l’interprétation spinoziste du marxisme, des conséquences politiques des transformations ayant affecté la sphère productive au cours du passage aux économies post-fordistes. Caractérisée par l’intégration croissante des activités communicationnelles et affectives à la sphère de la production sociale de la valeur, cette nouvelle étape de l’accumulation capitaliste révèle à la fois un progrès formidable et une évolution surprenante de la séparation des individus par rapport à leurs conditions d’existence que ce mode de production commençait à accomplir aux premiers jours de l’industrialisation. Or, puisque toute production éthique et symbolique se trouve irréversiblement conquise par la logique marchande, l’hypothèse d’un dépassement de la misère qu’engendre cette extension de la valorisation capitaliste – une misère profonde, inédite – semble devoir être formulée sur de nouvelles bases. La pensée politique dont rend compte cet article propose, plutôt qu’une opération de sauvetage de l’autonomie de la sphère politique, une technique d’interprétation, par les subjectivités productives, des modes de subjectivation propres à cette nouvelle ère de l’accumulation capitaliste. Il s’agit en somme de définir, à grands traits, les ressorts de ce projet que j’appelle une « herméneutique de la misère », c’est-à-dire la misère elle-même, dans le geste de son imagination, se saisissant des dynamiques qui l’engendrent et participant de ce fait à la composition communiste de la puissance productive.
Regard transculturel sur l’asservissement des traducteurs : optiques cubaines et canadiennes1
Authors: Hébert Lyse
Published: August 2016

Dans une volonté de contextualiser la position des recherches et chercheurs en traductologie, Daniel Simeoni a soulevé l’importance de conduire des études transculturelles sur l’habitus des traducteurs (Simeoni, 1998, p. 4). Cet article présente tout d’abord un survol des recherches ayant répondu à cet appel puis les résultats d’une enquête menée auprès d’un échantillon transculturel de traducteurs professionnels. Il se fonde sur les travaux du sociologue français Bernard Lahire qui a revisité le concept d’habitus développé par Pierre Bourdieu afin que cette notion tienne compte du fait que « toute personne porte en elle une pluralité de dispositions et traverse une pluralité de contextes sociaux » (Lahire, 2003, p. 342, ma traduction). Partant de la position de Meylaerts (2008, p. 94), pour qui les dispositions intériorisées des traducteurs sont essentiellement « plurielles et dynamiques », l’enquête explore plus particulièrement l’habitus de traducteurs résidant dans les provinces de l’Ontario (Canada) et La Havane (Cuba).
L’Inde traduite par Louis-Mathieu Langlès1
Authors: St-Pierre Paul
Published: August 2016

Dans ses travaux, Daniel Simeoni accordait une grande importance à la pratique du traducteur. Adoptant ce point de départ, j'analyserai ici les pratiques de Louis-Mathieu Langlès, conservateur des manuscrits orientaux de la Bibliothèque nationale de Paris de 1792 à 1824, et fondateur de l’École spéciale des langues orientales vivantes où il a travaillé à titre d’administrateur et de professeur de persan jusqu’à sa mort en 1824. Langlès occupe une position centrale dans l’orientalisme français tel qu’il s’est développé à Paris à la fin du dix-huitième et au début du dix-neuvième siècle. Dans ses multiples publications, qui comptent de nombreuses recensions, des notes biographiques, des éditions et des traductions, Langlès engage systématiquement un dialogue avec les auteurs qu’il traduit ou présente, réagissant à leurs textes et augmentant ceux-ci de copieuses notes et notices, de mémoires, de discours et autres matériaux paratextuels. Loin d’adopter une attitude de servitude, Langlès se pose en égal. Les vives réactions, tant positives que négatives, qu’ont suscitées ses écrits sont un indicateur des changements qui s’opéraient alors au sein de la discipline et des tensions personnelles qu’ils entraînaient parfois, à mesure que l’orientalisme allait se rapprocher de la science et, finalement, de la philologie.
Mind the Gap: Translation Automation and the Lure of the Universal
Authors: Cronin Michael
Published: August 2016

A recurrent concern of Daniel Simeoni’s writings is the concealed or disguised cultural origins of theoretical reflection or absence of reflection on translation. Allying this concern to a discomfort around particular kinds of universalist claims, this article examines forms of translation thought and practice that have emerged in the digital age. Two approaches to thinking about translation, “massive” thinking, and “detailed” thinking are used to situate particular kinds of translation practice in the era of automation and semi-automation. The strategic importance of detail in translation practice is located within the rising popularity of gist or indicative translation. Underlying both the “massive” and “detailed” approaches to translation, it is argued, are two different approaches to the question of the universal. The tension between easy universalism and difficult universalism is seen as bound up with projections of power and influence from which, as Simeoni repeatedly argued, translation and thinking about translation are not immune. In order to further develop the implications of difficult universalism for translation thinking and practice, the notion of “gap” is opposed to that of difference. The idea of “gap” avoids the reifying thrust of typicality that often underlies the invocation of difference and favours not so much the celebration of identity as the cultivation of fecundity. In this view, translators look to languages and cultures not so much for values as for resources. Where these “gaps” might be located is, of course, a source of endless conjecture but it is argued that in translation practices in the digital age, one place to look is in the debates around quality and what quality might mean in a digital age. The challenge quality poses for extensive universality is framed within Simeoni’s notion of the translator as borderline agent.
Behavioral-state modulation of inhibition is context-dependent and cell type specific in mouse visual cortex
Authors: Pakan Janelle MP , Lowe Scott C , Dylda Evelyn , Keemink Sander W , Currie Stephen P , Coutts Christopher A , Rochefort Nathalie L
Published: August 2016

Cortical responses to sensory stimuli are modulated by behavioral state. In the primary visual cortex (V1), visual responses of pyramidal neurons increase during locomotion. This response gain was suggested to be mediated through inhibitory neurons, resulting in the disinhibition of pyramidal neurons. Using in vivo two-photon calcium imaging in layers 2/3 and 4 in mouse V1, we reveal that locomotion increases the activity of vasoactive intestinal peptide (VIP), somatostatin (SST) and parvalbumin (PV)-positive interneurons during visual stimulation, challenging the disinhibition model. In darkness, while most VIP and PV neurons remained locomotion responsive, SST and excitatory neurons were largely non-responsive. Context-dependent locomotion responses were found in each cell type, with the highest proportion among SST neurons. These findings establish that modulation of neuronal activity by locomotion is context-dependent and contest the generality of a disinhibitory circuit for gain control of sensory responses by behavioral state.
Synergistic plasticity of intrinsic conductance and electrical coupling restores synchrony in an intact motor network
Authors: Lane Brian J , Samarth Pranit , Ransdell Joseph L , Nair Satish S , Schulz David J
Published: August 2016

Motor neurons of the crustacean cardiac ganglion generate virtually identical, synchronized output despite the fact that each neuron uses distinct conductance magnitudes. As a result of this variability, manipulations that target ionic conductances have distinct effects on neurons within the same ganglion, disrupting synchronized motor neuron output that is necessary for proper cardiac function. We hypothesized that robustness in network output is accomplished via plasticity that counters such destabilizing influences. By blocking high-threshold K+ conductances in motor neurons within the ongoing cardiac network, we discovered that compensation both resynchronized the network and helped restore excitability. Using model findings to guide experimentation, we determined that compensatory increases of both GA and electrical coupling restored function in the network. This is one of the first direct demonstrations of the physiological regulation of coupling conductance in a compensatory context, and of synergistic plasticity across cell- and network-level mechanisms in the restoration of output.
Co-transcriptional R-loops are the main cause of estrogen-induced DNA damage
Authors: Stork Caroline Townsend , Bocek Michael , Crossley Madzia P , Sollier Julie , Sanz Lionel A , Chédin Frédéric , Swigut Tomek , Cimprich Karlene A
Published: August 2016

The hormone estrogen (E2) binds the estrogen receptor to promote transcription of E2-responsive genes in the breast and other tissues. E2 also has links to genomic instability, and elevated E2 levels are tied to breast cancer. Here, we show that E2 stimulation causes a rapid, global increase in the formation of R-loops, co-transcriptional RNA-DNA products, which in some instances have been linked to DNA damage. We show that E2-dependent R-loop formation and breast cancer rearrangements are highly enriched at E2-responsive genomic loci and that E2 induces DNA replication-dependent double-strand breaks (DSBs). Strikingly, many DSBs that accumulate in response to E2 are R-loop dependent. Thus, R-loops resulting from the E2 transcriptional response are a significant source of DNA damage. This work reveals a novel mechanism by which E2 stimulation leads to genomic instability and highlights how transcriptional programs play an important role in shaping the genomic landscape of DNA damage susceptibility.
A conserved quality-control pathway that mediates degradation of unassembled ribosomal proteins
Authors: Sung Min-Kyung , Porras-Yakushi Tanya R , Reitsma Justin M , Huber Ferdinand M , Sweredoski Michael J , Hoelz André , Hess Sonja , Deshaies Raymond J
Published: August 2016

Overproduced yeast ribosomal protein (RP) Rpl26 fails to assemble into ribosomes and is degraded in the nucleus/nucleolus by a ubiquitin-proteasome system quality control pathway comprising the E2 enzymes Ubc4/Ubc5 and the ubiquitin ligase Tom1. tom1 cells show reduced ubiquitination of multiple RPs, exceptional accumulation of detergent-insoluble proteins including multiple RPs, and hypersensitivity to imbalances in production of RPs and rRNA, indicative of a profound perturbation to proteostasis. Tom1 directly ubiquitinates unassembled RPs primarily via residues that are concealed in mature ribosomes. Together, these data point to an important role for Tom1 in normal physiology and prompt us to refer to this pathway as ERISQ, for excess ribosomal protein quality control. A similar pathway, mediated by the Tom1 homolog Huwe1, restricts accumulation of overexpressed hRpl26 in human cells. We propose that ERISQ is a key element of the quality control machinery that sustains protein homeostasis and cellular fitness in eukaryotes.
The larvae ofEpigomphus jannyaeBelle, 1993 andE. tumefactusCalvert, 1903 (Insecta: Odonata: Gomphidae)
Authors: Novelo-Gutiérrez Rodolfo , Ramírez Alonso , Delgado Débora
Published: August 2016

The taxonomic knowledge about immature stages of the insect order Odonata (dragonflies and damselflies) is rather limited in tropical America. Here, the larvae ofEpigomphus jannyaeBelle, 1993 andE. tumefactusCalvert, 1903 are described, figured, and compared with other described congeners.E. jannyaelarva is characterized by 3rd antennomere 1.6 times longer than its widest part; ligula very poorly developed, with ten short, truncate teeth on middle; apical lobe of labial palp rounded and smooth. Lateral margins on abdominal segments (S5–9) serrated, lateral spines on S6–9 small and divergent; male epiproct with a pair of dorsal tubercles at basal 0.66; tips of cerci and paraprocts strongly divergent. The larva ofE. tumefactusis characterized by 3rd antennomere 2.3 times longer than its widest part, ligula with 6–7 truncate teeth, apical lobe of labial palp acute and finely serrate. Lateral margins of S6–9 serrate, lateral spines on S7–9; male epiproct with a pair of dorsal tubercles at basal 0.50. Differences with other species were found in 3rd antennomere, lateral spines of S7–9, and the caudal appendages.Epigomphuslarvae inhabit small, shallow creeks (1st order streams) where they live in fine benthic sediments. When mature, the larva leaves the water in shady places, climbing small rocks at the water’s edge and metamorphosing horizontally on flat rocks. These new descriptions bring the total number ofEpigomphusspecies with known larval stages to eight; only 28% of the species in this genus are known as larva.
Effects of cattle grazing on small mammal communities in the Hulunber meadow steppe
Authors: Cao Chan , Shuai Ling-Ying , Xin Xiao-Ping , Liu Zhi-Tao , Song Yan-Ling , Zeng Zhi-Gao
Published: August 2016

Small mammals play important roles in many ecosystems, and understanding their response to disturbances such as cattle grazing is fundamental for developing sustainable land use strategies. However, how small mammals respond to cattle grazing remains controversial. A potential cause is that most of previous studies adopt rather simple experimental designs based solely on the presence/absence of grazing, and are thus unable to detect any complex relationships between diversity and grazing intensity. In this study, we conducted manipulated experiments in the Hulunber meadow steppe to survey small mammal community structures under four levels of grazing intensities. We found dramatic changes in species composition in native small mammal communities when grazing intensity reached intermediate levels (0.46 animal unit/ha). As grazing intensity increased,Spermophilus dauricusgradually became the single dominant species. Species richness and diversity of small mammals in ungrazed and lightly grazed (0.23 animal unit/ha) area were much higher than in intermediately and heavily grazed area. We did not detect a humped relationship between small mammal diversity and disturbance levels predicted by the intermediate disturbance hypothesis (IDH). Our study highlighted the necessity of conducting manipulated experiments under multiple grazing intensities.
SICLE: a high-throughput tool for extracting evolutionary relationships from phylogenetic trees
Authors: DeBlasio Dan F. , Wisecaver Jennifer H.
Published: August 2016

We present the phylogeny analysis softwareSICLE(SisterCladeExtractor), an easy-to-use, high-throughput tool to describe the nearest neighbors to a node of interest in a phylogenetic tree as well as the support value for the relationship. The application is a command line utility that can be embedded into a phylogenetic analysis pipeline or can be used as a subroutine within another C++ program. As a test case, we applied this new tool to the published phylome ofSalinibacter ruber, a species of halophilic Bacteriodetes, identifying 13 unique sister relationships toS. ruberacross the 4,589 gene phylogenies.S. rubergrouped with bacteria, most often other Bacteriodetes, in the majority of phylogenies, but 91 phylogenies showed a branch-supported sister association betweenS. ruberand Archaea, an evolutionarily intriguing relationship indicative of horizontal gene transfer. This test case demonstrates howSICLEmakes it possible to summarize the phylogenetic information produced by automated phylogenetic pipelines to rapidly identify and quantify the possible evolutionary relationships that merit further investigation.SICLEis available for free for noncommercial use athttp://eebweb.arizona.edu/sicle/.
Metabolic fate of docosahexaenoic acid (DHA; 22:6n‐3) in human cells: direct retroconversion of DHA to eicosapentaenoic acid (20:5n‐3) dominates over elongation to tetracosahexaenoic acid (24:6n‐3)
Authors: Park Hui Gyu , Lawrence Peter , Engel Matthew G. , Kothapalli Kumar , Brenna James Thomas
Published: August 2016

Docosahexaenoic acid (22:6n‐3) supplementation in humans causes eicosapentaenoic acid (20:5n‐3) levels to rise in plasma, but not in neural tissue where 22:6n‐3 is the major omega‐3 in phospholipids. We determined whether neuronal cells (Y79 and SK‐N‐SH) metabolize 22:6n‐3 differently from non‐neuronal cells (MCF7 and HepG2). We observed that 13C‐labeled 22:6n‐3 was primarily esterified into cell lipids. We also observed that retroconversion of 22:6n‐3 to 20:5n‐3 was 5‐ to 6‐fold greater in non‐neural compared to neural cells and that retroconversion predominated over elongation to tetracosahexaenoic acid (24:6n‐3) by 2–5‐fold. The putative metabolic intermediates, 13C‐labeled 22:5n‐3 and 13C‐labeled 24:5n‐3, were not detected in our assays. Analysis of the expression of enzymes involved in fatty acid beta‐oxidation revealed that MCF7 cells abundantly expressed the mitochondrial enzymes CPT1A, ECI1, and DECR1, whereas the peroxisomal enzyme ACOX1 was abundant in HepG2 cells, thus suggesting that the initial site of 22:6n‐3 oxidation depends on the cell type. Our data reveal that non‐neural cells more actively metabolize 22:6n‐3 to 20:5n‐3 via channeled retroconversion, while neural cells retain 22:6n‐3.
pH‐dependent gas vesicle formation in Microcystis
Authors: Gao Hong , Zhu Tao , Xu Min , Wang Shuai , Xu Xudong , Kong Renqiu
Published: August 2016

In lakes with seasonal cyanobacterial blooms, the pH fluctuates from slightly above 7 to around 10. In this study, we found that the abundance of gas vesicles in Microcystis species, in parallel to the buoyancy of cells, increased in response to elevation of the extracellular pH. Within 48 h after pH upshift, gas vesicle protein genes (gvp) were upregulated at both mRNA and protein levels due to reduced decay of gvp transcripts. The effect of pH on GvpC level was basically unaffected by inorganic carbon availability. This is the first report that long‐term pH range plays a role in controlling gas vesicle formation in certain Microcystis species.
Hematopoietic (stem) cell development — how divergent are the roads taken?
Authors: Kauts Mari‐Liis , Vink Chris S. , Dzierzak Elaine
Published: August 2016

The development of the hematopoietic system during early embryonic stages occurs in spatially and temporally distinct waves. Hematopoietic stem cells (HSC), the most potent and self‐renewing cells of this system, are produced in the final ‘definitive’ wave of hematopoietic cell generation. In contrast to HSCs in the adult, which differentiate via intermediate progenitor populations to produce functional blood cells, the generation of hematopoietic cells in the embryo prior to HSC generation occurs in the early waves by producing blood cells without intermediate progenitors (such as the ‘primitive’ hematopoietic cells). The lineage relationship between the early hematopoietic cells and the cells giving rise to HSCs, the genetic networks controlling their emergence, and the precise temporal determination of HSC fate remain topics of intense research and debate. This Review article discusses the current knowledge on the step‐wise embryonic establishment of the adult hematopoietic system, examines the roles of pivotal intrinsic regulators in this process, and raises questions concerning the temporal onset of HSC fate determination.
Deepwater circulation variation in the South China Sea since the Last Glacial Maximum
Authors: Zheng Xufeng , Kao ShuhJi , Chen Zhong , Menviel Laurie , Chen Han , Du Yan , Wan Shiming , Yan Hong , Liu Zhonghui , Zheng Liwei , Wang Shuhong , Li Dawei , Zhang Xu
Published: August 2016

Deepwater circulation plays a central role in global climate. Compared with the Atlantic, the Pacific deepwater circulation's history remains unclear. The Luzon overflow, a branch of the North Pacific deep water, determines the ventilation rate of the South China Sea (SCS) basin. Sedimentary magnetic properties in the SCS reflect millennial‐scale fluctuations in deep current intensity and orientation. The data suggest a slightly stronger current at the Last Glacial Maximum compared to the Holocene. But, the most striking increase in deep current occurred during Heinrich stadial 1 (H1) and to a lesser extent during the Younger Dryas (YD). Results of a transient deglacial experiment suggest that the northeastern current strengthening at the entrance of the SCS during H1 and the YD, times of weak North Atlantic Deep Water formation, could be linked to enhanced formation of North Pacific Deep Water.
Rethinking the polar cap: Eccentric dipole structuring of ULF power at the highest corrected geomagnetic latitudes
Authors: Urban Kevin D. , Gerrard Andrew J. , Lanzerotti Louis J. , Weatherwax Allan T.
Published: August 2016

The day‐to‐day evolution and statistical features of Pc3‐Pc7 band ultralow frequency (ULF) power throughout the southern polar cap suggest that the corrected geomagnetic (CGM) coordinates do not adequately organize the observed hydromagnetic spatial structure. It is shown that that the local‐time distribution of ULF power at sites along CGM latitudinal parallels exhibit fundamental differences and that the CGM latitude of a site in general is not indicative of the site's projection into the magnetosphere. Thus, ULF characteristics observed at a single site in the polar cap cannot be freely generalized to other sites of similar CGM latitude but separated in magnetic local time, and the inadequacy of CGM coordinates in the polar cap has implications for conjugacy/mapping studies in general. In seeking alternative, observationally motivated systems of “polar cap latitudes,” it is found that eccentric dipole (ED) coordinates have several strengths in organizing the hydromagnetic spatial structure in the polar cap region. ED latitudes appear to better classify the local‐time ULF power in both magnitude and morphology and better differentiate the “deep polar cap” (where the ULF power is largely UT dependent and nearly free of local‐time structure) from the “peripheral polar cap” (where near‐magnetic noon pulsations dominate at lower and lower frequencies as one increases in ED latitude). Eccentric local time is shown to better align the local‐time profiles in the magnetic east component over several PcX bands but worsen in the magnetic north component. It is suggested that a hybrid ED‐CGM coordinate system might capture the strengths of both CGM and ED coordinates. It is shown that the local‐time morphology of median ULF power at high‐latitude sites is dominantly driven by where they project into the magnetosphere, which is best quantified by their proximity to the low‐altitude cusp on the dayside (which is not necessarily quantified by a site's CGM latitude), and that variations in the local‐time morphology at sites similar in ED latitude are due to both geographic local‐time control (relative amplification or dampening by the diurnal variation in the local ionospheric conductivity) and geomagnetic coastal effects (enhanced power in a coastally mediated direction). Regardless of cause, it is emphasized that the application of CGM latitudes in the polar cap region is not entirely meaningful and likely should be dispensed with in favor of a scheme that is in better accord with the observed hydromagnetic spatial structure.
Survey of pickup ion signatures in the vicinity of Titan using CAPS/IMS
Authors: Regoli L. H. , Coates A. J. , Thomsen M. F. , Jones G. H. , Roussos E. , Waite J. H. , Krupp N. , Cox G.
Published: August 2016

Pickup ion detection at Titan is challenging because ion cyclotron waves are rarely detected in the vicinity of the moon. In this work, signatures left by freshly produced pickup heavy ions (m/q ∼ 16 to m/q ∼ 28) as detected in the plasma data by the Cassini Plasma Spectrometer/Ion Mass Spectrometer (CAPS/IMS) instrument on board Cassini are analyzed. In order to discern whether these correspond to ions of exospheric origin, one of the flybys during which the reported signatures were observed is investigated in detail. For this purpose, ion composition data from time‐of‐flight measurements and test particle simulations to constrain the ions' origin are used. After being validated, the detection method is applied to all the flybys for which the CAPS/IMS instrument gathered valid data, constraining the region around the moon where the signatures are observed. The results reveal an escape region located in the anti‐Saturn direction as expected from the nominal corotation electric field direction. These findings provide new constraints for the area of freshly produced pickup ion escape, giving an approximate escape rate of
ions· s−1.
Observations and simulations of midlatitude ionospheric and thermospheric response to the January 2013 stratospheric sudden warming event
Authors: Wu Qian , Maute A. , Yudin V. , Goncharenko L. , Noto J. , Kerr R. , Jacobi Christoph
Published: August 2016

Using observations from midlatitudes, we examine the ionospheric and thermospheric responses to the 2013 stratospheric sudden warming event by comparing data with four simulations performed by the Whole Atmosphere Community Climate Model eXtended (WACCM‐X), Thermosphere‐Ionosphere Mesosphere Electrodynamics General Circulation Model (TIMEGCM), and Thermosphere‐Ionosphere Electrodynamics General Circulation Model (TIEGCM). The WACCM‐X simulation was nudged by the GEOS‐5 data. The two TIMEGCM simulations were nudged by the Modern‐Era Retrospective analysis for Research and Applications data and by the aforementioned WACCM‐X outputs, respectively. The standard TIEGCM simulation was also performed. These four simulations were compared with Millstone Hill (42.6°N, 71.4°W) incoherent scatter radar data, Millstone Hill and Boulder (40.1°N, 105.2°W) upper and lower thermospheric wind data. The meteor radar data from Collm (51.3°N, 13°E) were also used to examine the zonal wave number of the semidiurnal tide (SD). We evaluate the model simulations of the mesospheric and thermospheric responses to the 2013 SSW. The TIMEGCM simulation nudged with the WACCM‐X output has suitable stratospheric input and ionospheric dynamics and can reproduce a sharp rise of hmf2 on January 12 observed by the Millstone Hill radar. The comparison of different models with the lower thermospheric SD tide yielded mixed results. The SD tide maintained mostly as a migrating tide for most of the time and matched the TIEGCM simulation very well. The WACCM‐X appeared to perform better when the observed SD tide displays the large phase shift. It also has larger and more variable SD tide amplitude. The two TIMEGCM simulations have smaller SD amplitudes in general. Observations showed complex SD tide patterns after 20 January, which was difficult to characterize as a migrating tidal mode.
Resolution of rupture directivity in weak events: 1‐D versus 2‐D source parameterizations for the 2011, Mw 4.6 and 5.2 Lorca earthquakes, Spain
Authors: López‐Comino J. A. , Stich D. , Morales J. , Ferreira A. M. G.
Published: August 2016

Resolving robust source parameters of small‐moderate magnitude earthquakes is still a challenge in seismology. We infer directivity from apparent source time functions (ASTFs) at regional distance and quantify the associated uncertainties. ASTFs are used for (i) modeling a propagating 1‐D line source from the duration data and (ii) inverting the 2‐D slip distribution from the full signals. Slip inversion is performed through a Popperian scheme, where random trial models are either falsified on account of large misfit, or else become members of the solution set of the inverse problem. We assess the resolution of rupture directivity representing centroid shifts from the solution set in a rose diagram. Using as example an event with well‐studied rupture directivity, the 2011 Mw 5.2 Lorca (Spain) earthquake, 1‐D and 2‐D parameterizations yield similar estimates for direction (N213°E and N220°E, respectively) and asymmetry (67:33, 65:35) of rupture propagation, as well as rupture length (2.1 km, 2.7 km) and speed (3.5 km/s, 3.25 km/s). The high rupture velocity ≥ 90% vS may be held primarily responsible for the strong directivity effect of this earthquake. We show that inversion of apparent source durations is intrinsically unable to resolve highly asymmetric bilateral ruptures, while inversion of full ASTFs misses part of the signal's complexity, suggesting the presence of deconvolution artifacts. We extend the analysis to the Mw 4.6 foreshock of the Lorca earthquake, inferring similar directivity parameters and slip pattern as for the mainshock. The rupture toward SW of both earthquakes suggests that this direction could be inherent to the fault segment.