СРАВНИТЕЛЬНАЯ ОЦЕНКА МЕТОДОВ ТИПИРОВАНИЯ E.COLI - MLST И СЕРОТИПИРОВАНИЯ
Authors: Д.Б. Бабенко , А.А. Турмухамбетова , Н.Е. Аукенов 
Published: October 2024

Актуальность и цель: Методы субвидового типирования позволяют проводить анализ генетического родства (клональности) между штаммами микроорганизмов одного вида и установить возможную эпидемиологическую связь между источниками инфицирования, факторами передачи возбудителя. Определение и сравнение результатов серологического и мультилокусного секвенирования типирований на основе полногеномных данных E.coli. Материал и методы исследования: Определение серологических вариантов и МЛСТ типов E.coli проводилось на основе полногеномных данных с использованием веб ресурса центра геномной эпидемиологии (www.genomicepidemiology.org). Разрешающая способность, а также согласованность результатов проводилась на основании Rand и adj.Wallace индексов. Результаты и обсуждения: Исследование, проведенное на основе полногеномных данных E.coli с определение МЛСТ и серотипов продемонстрировало разрешающую способность на уровне (95-96%). Конкордантность между результатами, полученными двумя методами, составило 83,9% (95% ДИ 80,2-86,5). Предсказательная способность для МЛСТ на основе О:Н генотипов 76%, для серотипов используя данные МЛСТ составило 92,2% Вывод: При схожей разрешающей способности серотипирования и МЛСТ (95-96%), согласованность результатов в целом составило 84%. При этом, в отношении одних сиквенс типов наблюдается однозначное соответствие серотипов, в тоже время как для других МЛСТ типов характерна неоднородная картина серотипов.

Background and Objectives:Subspecies typing methods allow to carry out of genetic relationship (clonality) analysis between strains within species and to establish a possible epidemiological link between the source of infection, the factors of transmission. Identify and compare the results of serological and multilocus sequencing typing data based on E.coli genomes. Material and methods:Determination of serotypes and MLST types of E.coli have been done based on genome-wide data using a web resource Center of Genomic Epidemiology (www.genomicepidemiology.org). Discriminatory power and concordance of the results was calculated using Rand and adj.Wallace indeces. Results and Discussion: Research based on the genome-wide data E.coli with determination MLST and serotypes demonstrated the same level of discriminating ability (95-96%). Concordance between the results obtained by the two methods was 83.9% (95% CI 80,2-86,5). The predictive ability for the MLST-based O:H serotypes was 76%, for serotypes using MLST data was 92.2% Conclusion: While resolution power of serotyping and MLST analysis were at same level (95-96%), the concordanceof the results was was 84%. There was very good conformity between some MLST types and serotypes, at the same time, other MLST types were characterized with different serotypes.

Маңыздылығы және мақсаты: субвидтік типировалдық әдіспен бір түрде микроорганизмдер штаммалар арасында және індет жұқтыру көзі мүмкін болатын эпидемиологиялық байланысты енгізу, қоздырғыштын таралу факторлары генетикалық тұқымдастықты талдау. Серологиялық және мультилокустық секвенировалдық типировалды полногендық деректерін E.coli анықтау және қортындысын салыстыру. Зеттреу әдістер және материал: Генді эпидемиологиялық (www.genomicepidemiology.org) орталық қорын қолдану негізінде толық гендік деректер және МЛСТ түрлері E.coli серологиялық нұсқаны анықтау өткізілді. Rand және adj.Wallace индекстерінің негізінде рұқсат етілген және сонымен бірге келісімді нәтижелер өткізілді. Нәтижелер және сараптау: толық гендік E.coli негізді деректері МЛСТ және серотиптер (95-96%) мөлшерінде зерттеу өткізілген. Конкордантық екі талдаудын арасындағы алынған нәтиже 83,9% (95% ДИ 80,2-86,5) байқалды. МЛСТ үшін алдын ала зейіндеу О:Н генотиптер негізінде76 % , серотиптерге МЛСТ деректерін қолданғанда92,2% құрады. Тұжырым: ұқсас рұқсат берілген серотивтік және МЛСТ(95-96%) келісімді нәтижелер толық 84% құрады. Содан бір сиквенсті үлгілері қатынастарының бір қалыпты серотивтер сәйкестегі байқалады, сол кезде басқа МЛСТ типтерінен біркелкі серотивтердің суреті мінезделген.