bluuebunny/crossref_metadata_2025 huggingface dataset:
Assessment of structural sediment connectivity within catchments: insights from graph theory
Authors: Cossart Étienne , Fressard Mathieu
Published: May 2017

Abstract. To describe the sedimentary signal delivered at catchment outlets, many authors now refer to the concept of connectivity. In this framework, the sedimentary signal is seen as an emergent organization of local links and interactions. The challenge is thus to open the black boxes that remain within a sediment cascade, which requires both accurate geomorphic investigations in the field (reconstruction of sequences of geomorphic evolution, description of sediment pathways) and the development of tools dedicated to sediment cascade modeling. More precisely, the development of tools devoted to the study of connectivity in geomorphology is still in progress, although graph theory offers promising perspectives (Heckmann and Schwanghart, 2013). In this paper, graph theory is applied to abstract the network structure of sediment cascades, keeping only the nodes (sediment sources, sediment stores, outlet) and links (linkage by a transportation agent), represented as vertices and edges. From the description of the assemblages of sedimentary flows, we provide three main indices to explore how small-scale processes may result in significant broad-scale geomorphic patterns. The main hypothesis guiding this work is that the network structure dictates how sediment inputs from various sources interact at tributary junctions and finally at the outlet of a cascading system. First, we use the flow index to assess the potential contribution of each node to the sediment delivery at the outlet. Second, we measure the influence of each node regarding how it is accessible from both sediment sources and the outlet (using the Shimbel index). Third, we propose a new connectivity index named Network Structural Connectivity index (NSC) revealing whether the potential contribution of a node is lower or higher than expected from its location within the network. These indices are first computed for a conceptual sediment cascade network and then applied to a catchment located in the southern French Alps. We demonstrate that this index may be used to simulate sediment transfer and help in identifying the hotspots of geomorphic change. In the present case, we try to predict how a sediment cascade may be impacted by an edge disruption or a reconnection.
Comparing soil moisture anomalies from multiple independent sources over different regions across the globe
Authors: Cammalleri Carmelo , Vogt Jürgen V. , Bisselink Bernard , de Roo Ad
Published: May 2017

Abstract. Agricultural drought events can affect large regions across the World, implying the urge for a suitable global tool for an accurate monitoring of this phenomenon. Soil moisture anomalies are considered a good metric to capture the occurrence of agricultural drought events, and they have become an important component of several operational drought monitoring systems. In the framework of the JRC Global Drought Observatory (GDO, http://edo.jrc.ec.europa.eu/gdo/) the suitability of modelled and/or satellite-derived proxy of soil moisture anomalies was investigated. In this study, three datasets have been evaluated as possible proxies of root zone soil moisture anomalies: (1) soil moisture from the Lisflood distributed hydrological model (LIS), (2) remotely sensed land surface temperature data from the MODIS satellite (LST), and (3) the combined passive/active microwave skin soil moisture dataset developed by ESA (CCI). Due to the independency of these three datasets, the Triple Collocation (TC) technique has been applied, aiming at quantifying the likely error associated to each dataset in comparison to the unknown true status of the system. TC analysis was performed on five macro-regions (namely North America, Europe, India, Southern Africa and Australia) detected as suitable for the experiment, providing insight into the mutual relationship between these datasets as well as assessment of the accuracy of each method. A clear outcome of the TC analysis is the good performance of remote sensing datasets, especially CCI, over dry regions such as Australia and Southern Africa, whereas the outputs of LIS seem to be more reliable over areas that are well monitored through meteorological ground station networks, such as North America and Europe. In a global drought monitoring system, these results can be used to design an ensemble system that exploits the advantages of each dataset.
LESION DETECTION IN CT IMAGES USING DEEP LEARNING SEMANTIC SEGMENTATION TECHNIQUE
Authors: Kalinovsky A. , Liauchuk V. , Tarasau A.
Published: May 2017

Abstract. In this paper, the problem of automatic detection of tuberculosis lesion on 3D lung CT images is considered as a benchmark for testing out algorithms based on a modern concept of Deep Learning. For training and testing of the algorithms a domestic dataset of 338 3D CT scans of tuberculosis patients with manually labelled lesions was used. The algorithms which are based on using Deep Convolutional Networks were implemented and applied in three different ways including slice-wise lesion detection in 2D images using semantic segmentation, slice-wise lesion detection in 2D images using sliding window technique as well as straightforward detection of lesions via semantic segmentation in whole 3D CT scans. The algorithms demonstrate superior performance compared to algorithms based on conventional image analysis methods.
CNN BASED RETINAL IMAGE UPSCALING USING ZERO COMPONENT ANALYSIS
Authors: Nasonov A. , Chesnakov K. , Krylov A.
Published: May 2017

Abstract. The aim of the paper is to obtain high quality of image upscaling for noisy images that are typical in medical image processing. A new training scenario for convolutional neural network based image upscaling method is proposed. Its main idea is a novel dataset preparation method for deep learning. The dataset contains pairs of noisy low-resolution images and corresponding noiseless highresolution images. To achieve better results at edges and textured areas, Zero Component Analysis is applied to these images. The upscaling results are compared with other state-of-the-art methods like DCCI, SI-3 and SRCNN on noisy medical ophthalmological images. Objective evaluation of the results confirms high quality of the proposed method. Visual analysis shows that fine details and structures like blood vessels are preserved, noise level is reduced and no artifacts or non-existing details are added. These properties are essential in retinal diagnosis establishment, so the proposed algorithm is recommended to be used in real medical applications.
USING SUPERVISED DEEP LEARNING FOR HUMAN AGE ESTIMATION PROBLEM
Authors: Drobnyh K. A. , Polovinkin A. N.
Published: May 2017

Abstract. Automatic facial age estimation is a challenging task upcoming in recent years. In this paper, we propose using the supervised deep learning features to improve an accuracy of the existing age estimation algorithms. There are many approaches solving the problem, an active appearance model and the bio-inspired features are two of them which showed the best accuracy. For experiments we chose popular publicly available FG-NET database, which contains 1002 images with a broad variety of light, pose, and expression. LOPO (leave-one-person-out) method was used to estimate the accuracy. Experiments demonstrated that adding supervised deep learning features has improved accuracy for some basic models. For example, adding the features to an active appearance model gave the 4% gain (the error decreased from 4.59 to 4.41).
Development of a chopper charge amplifier for measuring the cavity pressure inside injection moulding tools and signal optimisation with a Kalman filter
Authors: Schneider Manuel , Jahn Alexander , Greifzu Norbert , Fränzel Norbert
Published: May 2017

Abstract. This article provides insight into the development of a powerful and low-cost chopper amplifier for piezoelectric pressure sensors and shows its possible applications for injection moulding machines. With a power supply of 3.3 volts and the use of standard components, a circuit is introduced which can be connected to a commercially available microcontroller without any additional effort. This amplifier is specialised for low frequencies and high-pressure environments. With the adjustment of the sample and chopper frequency by means of software, the amplifier can easily be adapted for other applications. This chopper amplifier is a very compact and cost-effective solution with a small number of required components. In this contribution, it will be shown that the amplifier has good results in various laboratory tests as well as in the production process. Furthermore, an approach to fuse data from force and pressure signals by using a Kalman filter will be presented. With this method, the quality of the sensor signals can be significantly improved. This article is an extension of our previous work in Schneider et al. (2016b).
The Coastal Observing System for Northern and Arctic Seas (COSYNA)
Authors: Baschek Burkard , Schroeder Friedhelm , Brix Holger , Riethmüller Rolf , Badewien Thomas H. , Breitbach Gisbert , Brügge Bernd , Colijn Franciscus , Doerffer Roland , Eschenbach Christiane , Friedrich Jana , Fischer Philipp , Garthe Stefan , Horstmann Jochen , Krasemann Hajo , Metfies Katja , Merckelbach Lucas , Ohle Nino , Petersen Wilhelm , Pröfrock Daniel , Röttgers Rüdiger , Schlüter Michael , Schulz Jan , Schulz-Stellenfleth Johannes , Stanev Emil , Staneva Joanna , Winter Christian , Wirtz Kai , Wollschläger Jochen , Zielinski Oliver , Ziemer Friedwart
Published: May 2017

Abstract. The Coastal Observing System for Northern and Arctic Seas (COSYNA) was established in order to better understand the complex interdisciplinary processes of northern seas and the Arctic coasts in a changing environment. Particular focus is given to the German Bight in the North Sea as a prime example of a heavily used coastal area, and Svalbard as an example of an Arctic coast that is under strong pressure due to global change.The COSYNA automated observing and modelling system is designed to monitor real-time conditions and provide short-term forecasts, data, and data products to help assess the impact of anthropogenically induced change. Observations are carried out by combining satellite and radar remote sensing with various in situ platforms. Novel sensors, instruments, and algorithms are developed to further improve the understanding of the interdisciplinary interactions between physics, biogeochemistry, and the ecology of coastal seas. New modelling and data assimilation techniques are used to integrate observations and models in a quasi-operational system providing descriptions and forecasts of key hydrographic variables. Data and data products are publicly available free of charge and in real time. They are used by multiple interest groups in science, agencies, politics, industry, and the public.
Biomechanical analysis to characterize the impact of knee osteoarthritis on hip, knee, and ankle kinematics
Authors: Mezghani Neila , Billard Delphine , Ouakrim Youssef , Fuentes Alexandre , Hagemeister Nicola , Guise Jacques A de
Published: May 2017

Background: Numerous studies use a biomechanical assessment to evaluate joint function in knee pathologies such as osteoarthritis. However, most of them focus only on the knee and the consequences of the pathology on other lower limb joints are poorly documented. The objective of this study is to analyze the impact of knee osteoarthritis on ipsilateral hip and ankle joint during gait.Methods: Three-dimension (3D) angular kinematic patterns of the three joints were analyzed on 32 patients diagnosed with knee osteoarthritis (OA) and a control group of 15 asymptomatic subjects (AS). Kinematic data was captured during treadmill gait trials at a self-selected comfortable speed. Analysis of covariance (ANCOVA) was performed on selected points of interest from 3D kinematic patterns of the hip, knee and ankle joints to compare both groups. The significance level was set at p = .05.Results: Gait 3D kinematic gait patterns of OA patients revealed significant differences with those of AS subjects at the three joints.Conclusions: Results suggest that patients with knee osteoarthritis also present alterations in hip and ankle kinematic during gait that should be considered when tailoring conservative treatments.
Ternir l’héroïsme : modernité(s) du complot et de l’espionnage févaliens
Authors: Gauthier Nicolas
Published: May 2017

L’article propose une relecture de trois oeuvres de Paul Féval (1816-1887) – L’Homme du gaz (1872), Les Mystères de Londres (1843-1844) et La Quittance de Minuit (1846) – à la lumière du récit d’espionnage. Si seul le premier de ces romans peut être considéré comme appartenant à ce genre, tous trois sont construits sur une conspiration visant à renverser un État-nation. L’article met en évidence les éléments typiques du récit d’espionnage à l’oeuvre dans ces romans afin d’illustrer comment ces récits participent déjà d’un schisme fondamental au sein du genre, même si la critique situe généralement l’apparition de ce schisme dans le second tiers du XXe siècle. En déplaçant ce repère, cette étude cherche à montrer que le récit d’espionnage a, dès ses origines, partie liée avec une conception de la modernité marquée par un inexorable sentiment d’impuissance.
Analogous mechanism regulating formation of neocortical basal radial glia and cerebellar Bergmann glia
Authors: Heng Xin , Guo Qiuxia , Leung Alan W , Li James YH
Published: May 2017

Neocortical basal radial glia (bRG) and cerebellar Bergmann glia (BG) are basal progenitors derived from ventricular apical radial glia (aRG) that selectively lose their apical processes. bRG and BG have been implicated in the expansion and folding of the cerebrum and cerebellum, respectively. Here, we analyzed the molecular characteristics and development of bRG and BG. Transcriptomic comparison revealed striking similarity of the molecular features of bRG and BG. We found that heightened ERK signaling activity in aRG is tightly linked to the temporal formation and the relative abundance of bRG in human and mouse cortices. Forced activation of an FGF-ERK-ETV axis that is crucial to BG induction specifically induced bRG with canonical human bRG features in mice. Therefore, our data point to a common mechanism of bRG and BG generation, bearing implications to the role for these basal progenitors in the evolution of cortical folding of the cerebrum and cerebellum.
Reciprocal synapses between mushroom body and dopamine neurons form a positive feedback loop required for learning
Authors: Cervantes-Sandoval Isaac , Phan Anna , Chakraborty Molee , Davis Ronald L
Published: May 2017

Current thought envisions dopamine neurons conveying the reinforcing effect of the unconditioned stimulus during associative learning to the axons of Drosophila mushroom body Kenyon cells for normal olfactory learning. Here, we show using functional GFP reconstitution experiments that Kenyon cells and dopamine neurons from axoaxonic reciprocal synapses. The dopamine neurons receive cholinergic input via nicotinic acetylcholine receptors from the Kenyon cells; knocking down these receptors impairs olfactory learning revealing the importance of these receptors at the synapse. Blocking the synaptic output of Kenyon cells during olfactory conditioning reduces presynaptic calcium transients in dopamine neurons, a finding consistent with reciprocal communication. Moreover, silencing Kenyon cells decreases the normal chronic activity of the dopamine neurons. Our results reveal a new and critical role for positive feedback onto dopamine neurons through reciprocal connections with Kenyon cells for normal olfactory learning.
USP5/Leon deubiquitinase confines postsynaptic growth by maintaining ubiquitin homeostasis through Ubiquilin
Authors: Wang Chien-Hsiang , Huang Yi-Chun , Chen Pei-Yi , Cheng Ying-Ju , Kao Hsiu-Hua , Pi Haiwei , Chien Cheng-Ting
Published: May 2017

Synapse formation and growth are tightly controlled processes. How synaptic growth is terminated after reaching proper size remains unclear. Here, we show that Leon, the Drosophila USP5 deubiquitinase, controls postsynaptic growth. In leon mutants, postsynaptic specializations of neuromuscular junctions are dramatically expanded, including the subsynaptic reticulum, the postsynaptic density, and the glutamate receptor cluster. Expansion of these postsynaptic features is caused by a disruption of ubiquitin homeostasis with accumulation of free ubiquitin chains and ubiquitinated substrates in the leon mutant. Accumulation of Ubiquilin (Ubqn), the ubiquitin receptor whose human homolog ubiquilin 2 is associated with familial amyotrophic lateral sclerosis, also contributes to defects in postsynaptic growth and ubiquitin homeostasis. Importantly, accumulations of postsynaptic proteins cause different aspects of postsynaptic overgrowth in leon mutants. Thus, the deubiquitinase Leon maintains ubiquitin homeostasis and proper Ubqn levels, preventing postsynaptic proteins from accumulation to confine postsynaptic growth.
Insecticidal action of synthetic girgensohnine analogues and essential oils on Rhodnius prolixus (Hemiptera: Reduviidae)
Authors: Cuadros Juliana , Carreño Aurora L. , Kouznetsov Vladimir V. , Duque Jonny E.
Published: May 2017

Introducción. El alcaloide natural girgensohnina se ha usado como modelo en la síntesis de nuevos análogos de alcaloidales alfa-aminonitrílicos con efecto insecticida en vectores de enfermedades.Objetivo. Evaluar la actividad biocida de análogos de girgensohnina y de aceites esenciales de las plantas Cymbopogon flexuosus, Citrus sinensis y Eucalyptus citriodora en ninfas de estadios I y V de Rhodnius prolixus.Materiales y métodos. Se empleó la aplicación tópica en terguitos, esternitos y superficies tratadas con diferentes dosis exploratorias de cada una de las moléculas y aceites esenciales para determinar las dosis letales (LD50 y LD95).Resultados. El análogo 3 tuvo la mayor actividad insecticida, con una mortalidad de 83,3±16,7% en los terguitos, de 38,9±4,8 % en los esternitos y de 16,7±0 % a las 72 horas en ninfas de estadio I expuestas a superficies tratadas y 500 mg.L-1. En las ninfas de estadio V solo se presentó mortalidad en los esternitos (11,1±9,6 % con el análogo 6 y 5,5±4,7 % con los análogos 3 y 7 a las 72 h y 1.500 mg.L-1). Las dosis letales para la molécula 3 en los terguitos de ninfas de estadio I fueron las siguientes: DL50, 225,60 mg.L-1y DL95, 955,90 mg.L-1. En cuanto a los aceites esenciales, el efecto insecticida solo se presentó con C. flexuosus (11,1±4,8%) en los esternitos de ninfas de estadio I expuestas a superficies tratadas; con C. sinensis (5,6±4,8%) en los terguitos y en los esternitos (8,3±0%) a las 72 horas y 1.000 mg.L-1.Conclusión. Los análogos sintéticos del alcaloide girgensohnina y los aceites esenciales de C. flexuosus y C. sinensis exhibieron actividad insecticida en R. prolixus. El análogo 3 exhibió la mayor actividad insecticida de todas las moléculas evaluadas bajo las condiciones de laboratorio.
Triatoma dimidiata in Colombia. Distribution, ecology and its epidemiological importance
Authors: Quirós-Gómez Oscar , Jaramillo-O Nicolás , Angulo Víctor , Parra-Henao Gabriel
Published: May 2017

Triatoma dimidiata es un importante vector de la enfermedad de Chagas en Centro América y países del norte de Suramérica. En Colombia tiene una amplia dispersión con reportes de presencia en 14 departamentos de las regiones Andina, Caribe, Llanos Orientales y Alto Magdalena, áreas en las cuales ocupa diferentes ecotopos naturales y artificiales. La especie está clasificada como secundaria para la transmisión de Trypanosoma cruzi sin embargo su presencia en el ambiente silvestre, peridoméstico e intradoméstico en la región Andina, y su capacidad de movilizarse entre estos escenarios lo facultan para escapar del control basado en aspersión con piretroides resaltando su importancia en el mantenimiento de la transmisión del parásito a través de la potencial re-infestación de las viviendas. La comprensión de las conexiones establecidas por T. dimidiata, entre los escenarios, y el trabajo con la comunidad en actividades de empoderamiento permitirá contribuir en el desarrollo de sistemas de control efectivos y perdurables en el tiempo. El propósito de esta revisión es describir la distribución, factores de riesgo, ecología, características entomológicas y escenarios de las poblaciones de T. dimidiata en Colombia, así como proponer alternativas de intervención acorde a las exigencias particulares que esta especie demanda.
Mutations frequency of RdxA a nitroreductase Helicobacter pylori for activation of metronidazole: a population study in the Department of Cauca
Authors: Acosta Claudia Patricia , Quiroga Andrés Javier , Sierra Hernán , Trespalacios Alba Alicia
Published: May 2017

Introducción. La resistencia a metronidazol es un factor clave asociado con el fracaso del tratamiento contra la infección por Helicobacter pylori. Aunque la resistencia se asocia principalmente con mutaciones en la nitroreductasa RdxA, estudios en esta proteína de H. pylori en Popayán – Colombia son aún incipientes. Objetivo. Evaluar la frecuencia de mutaciones en la nitroreductasa RdxA en una población de pacientes con enfermedad gastroduodenal H. pylori positivo.Materiales y métodos. El ADN de 170 biopsias gástricas fue amplificado por PCR para detectar las mutaciones en la nitroreductasa RdxA. Se realizó análisis de las secuencias traducidas a aminoácidos y se comparó con la cepa de referencia 26695.Resultados. La frecuencia de mutaciones en la nitroreductasa RdxA en la población de estudio fue 78%. Su distribución más frecuente, fue encontrada en las posiciones: D59N (153 muestras); R131K (101 muestras); R90K (97 muestras); A118T (42 muestras), I160F (32 muestras), H97T (26 muestras) y en los codones de parada  Q50*; D59*; E75*; C159*; I160* (5, 1, 3, 10 y 6 muestra) respectivamente. El genotipo de virulencia más frecuente fue vacAs1/m1 cagA negativo, (48,6 %).Conclusiones. La alta frecuencia de mutaciones en la nitroreductasa RdxA en aislamientos de H. pylori en la ciudad de Popayán – Colombia indica que terapias empíricas con metronidazol podrían no ser una opción válida para la erradicación de H. pylori en pacientes de la población estudiada del departamento del Cauca.
A new multiplex PCR for species-specific diagnosis of human candidiasis
Authors: García Liliana Torcoroma , Luna Liany Johanna , Velasco Tania Katherine , Guerra Beatriz Elena
Published: May 2017

Introducción. Las candidiasis son un grupo de infecciones oportunistas causadas por levaduras del género Candida. C. albicans es la especie de mayor prevalencia en infecciones superficiales y profundas, sin embargo en la actualidad la frecuencia de especies no albicans, ha incrementado considerablemente su relevancia clínica en la última década, haciendo obligatoria la utilización de técnicas diagnósticas que permitan la identificación de especies para el manejo terapéutico adecuado de los pacientes.Objetivo. Diseñar y optimizar una técnica de PCR múltiplex considerando parámetros termodinámicos, para la identificación simultánea de cinco especies de Candida relevantes en la etiología de candidiasis humana.Materiales y métodos. Para el diseño de los cebadores se consideraron restricciones físicas y termodinámicas que afectan la PCR múltiplex, usando Gene Runner y Mult-PSOS. Como secuencias base se utilizaron: región transcrita interna 2 (ITS2) (AJ249486.1) para C. albicans y topoisomerasa II (TOPII) para C. parasilopsis (AB049144.1), C. krusei (AB049139.1), C. tropicalis (AB049141.1) y C. guillermondii (AB049145.1). Como moldes fueron utilizados extractos de ADN total obtenidos de cepas ATCC y aislamientos clínicos de las especies de Candida.Resultados. Se diseñaron 10 cebadores para la amplificación simultánea de las especies de Candida. El patrón de bandas obtenido fue: C. albicans (206pb), C. guillermondii (244pb), C. tropicalis (474pb), C. parasilopsis (558pb) y C. krusei (419pb).Conclusión. El ensayo de PCR múltiplex diseñado permitió la amplificación simultánea y eficiente de todos los amplicones correspondientes a las especies de Candida estudiadas, las cuales presentaron una adecuada resolución en gel de agarosa al 1,3%.
Survival in renal transplant recipients in Colombia, 2008-2012
Authors: Osorio-Arango Karime , Beltrán-Durán Mauricio , Arias-Murillo Yazmin , Prieto Alvarado Franklyn , Robayo Adriana
Published: May 2017

Introducción. La Red Nacional de Donación y Trasplantes del Instituto Nacional de Salud reportó que durante 2014 en Colombia, se realizaron 1.059 trasplantes de órganos, 761 de riñón, de los cuales 643 (84,5%) correspondían a órganos provenientes de donantes cadavéricos.Objetivo. Describir las características socio demográficas de los pacientes con trasplante renal y sus desenlaces en términos de supervivencia.Materiales y métodos. Estudio observacional, retrospectivo de cohorte en donde se analizó la base nacional de trasplantados renales. Se realizó un análisis de supervivencia con el método Kaplan-Meier en el cual se estimó la supervivencia global, se compararon las curvas según sexo, edad, tipo de donante, tipo de régimen de afiliación y tiempo en lista de espera utilizando la prueba de hipótesis Log Rank y se realizó una regresión de Cox.Resultados. Se incluyeron 3.980 pacientes de los cuales fallecieron 338 según el Registro Único de Afiliados. Con una mediana de seguimiento de 49 meses, la supervivencia global fue de 6,35 años (IC95% 6,30-6,40), la supervivencia al año de trasplante fue del 97,2 %, a los tres años del 93,2 % y a los cinco años del 90,8 %. La supervivencia fue mayor en los pacientes menores de 50 años, trasplantados con donante vivo y con menos de seis meses en lista de espera.Conclusiones. Los resultados obtenidos permiten tener un acercamiento al panorama de los pacientes trasplantados renales en el país en términos de supervivencia, lo cual sirve de base para estudios prospectivos con estricto seguimiento.
Determination of HLA -A, -B, -DRB1 polymorphism in brain dead organ donors representative of the Colombian general population, 2007-2014
Authors: Arias Yazmin Rocío , Osorio-Arango Karime , Bayona Brayan , Ercilla Guadalupe , Beltrán-Durán Mauricio
Published: May 2017

Introducción. Los genes que codifican para el sistema de antígenos leucocitarios humanos (HLA) son altamente polimórficos y tiene alta importancia en procedimientos de trasplante de órganos. La determinación de frecuencias alélicas en poblaciones definidas se tiene en cuenta en la designación de criterios científicos para la asignación de órganos.Objetivo. Establecer las frecuencias antigénicas y haplotípicas de HLA -A, -B, y -DRB1 en donantes de órganos en muerte encefálica, representativos de población colombiana.Materiales y métodos. Estudio descriptivo retrospectivo que incluyó 2.506 donantes cadavéricos de órganos en el que se realizó un análisis alélico y haplotípico de HLA- A, HLA-B, HLA-DRB1, así como la determinación del desequilibrio de Hardy Weinberg.Resultados. Se identificaron 21, 43 y 15 grupos alélicos para los locus A*, B* y DRB1*, respectivamente. Fue posible la identificación de 1.268 haplotipos HLA A-HLA B-HLA DR; 409 haplotipos HLA A, B; 383 haplotipos HLA B, DR y 218 haplotipos HLA A, DR. Los tres locus se encontraron en equilibrio de Hardy-Weinberg al encontrar valores de p<0,05 entre el número de heterocigóticos observados en relación al número de heterocigóticos esperados.Conclusiones. Este estudio por primera vez proporciona información sobre la distribución de los alelos HLA clase I y II en población de donantes de órganos, con representación de individuos de las seis regionales en las que está dividida estructuralmente Colombia para la prestación de servicios de trasplante.
Performance of LED-Fluorescence microscopy for the detection of acid-fast bacilli from respiratory samples in peripheral laboratories in Argentina
Authors: Imaz María , Allassia Sonia , Aranibar Mónica , Gunia Alba , Poggi Susana , Togneri Ana , Wolff Lidia , Of Fluorescence Group of Implementation
Published: May 2017

Introducción. La microscopía de fluorescencia con lámpara LED (MF-LED) ha sido recomendada por la Organización Mundial de la Salud (OMS), pero su precisión en pacientes con VIH continúa siendo controversial y pocos estudios han explorado factores metodológicos que pueden afectar su utilidad.Objetivo. Evaluar el rendimiento de MF-LED en el diagnóstico de tuberculosis (TB) en pacientes con y sin VIH, usando un novedoso dispositivo LED.Materiales y métodos. Se comparó el rendimiento de la MF-LED y la microscopía Ziehl-Neelsen (M-ZN) en frotis de muestras respiratorias examinados por técnicos cegados sobre el estado de VIH y el resultado de prueba comparativa. Se analizó el efecto de concentrar muestras previo a la microscopía, usar diferentes esquemas de observación y la valoración del dispositivo LED.Resultados. 869/6968 (12,5%) muestras resultaron cultivo-positivo para Mycobacterium tuberculosis. MF-LED fue 11,4% más sensible que M-ZN (p <0,01). Entre los pacientes TB-VIH, la diferencia de sensibilidad entre MF-LED y M-ZN (20,6%) duplicó la cifra obtenida en pacientes VIH negativo/desconocido (9,3%). Al estratificar los frotis en directos/concentrados, se mantuvo la superioridad de MF-LED. Las especificidades de la MF-LED (99,9%) y la M-ZN (99,9%) resultaron elevadas. La relectura de una muestra de frotis mostró positividad significativamente mayor utilizando un aumento de 200x (49,4%) que 400x (33,8%) (p <0,05). El dispositivo LED recibió buena aceptación.Conclusión. El rendimiento superior de MF-LED comparada con M-ZN en pacientes con VIH y su fácil utilización, alientan su adopción. El tamizaje a 200x aumentos es esencial para lograr el incremento de sensibilidad de la MF-LED.
Characterization of patients with genetic diseases of the skeleton in a Colombian referral center
Authors: Velasco Harvy Mauricio , Buelvas Lina Patricia
Published: May 2017

Introducción. La talla baja tiene una prevalencia en Colombia aproximada del 10%. La nosología 2009 de enfermedades genéticas del esqueleto describe 456 condiciones clínicas empleando criterios bioquímicos, radiológicos y moleculares para su diagnóstico.Objetivo. Analizar las variables demográficas, epidemiológicas y clínicas en un grupo de pacientes con enfermedades genéticas del esqueleto, remitido al centro especializado Instituto de Ortopedia Infantil Roosevelt.Materiales y métodos. Se analizaron pacientes referidos entre 2008 a 2014 filtrando 167 diagnósticos CIE 10 relacionados con enfermedad genética del esqueleto. Se exploraron las variables demográficas, epidemiológicas y clínicas empleando estadística descriptiva. Se generó un score de intervención donde se contemplaron las combinaciones de tratamientos. Sobre las variables se realizaron análisis de estadística inferencial, t de student.Resultados. El motivo de consulta más frecuente fue sospecha de enfermedad genética de esqueleto. Dentro de los tipos de tratamientos se consideraron de soporte, quirúrgicos, farmacológico y ortesis, y se pudo establecer que los pacientes con enfermedades genéticas del esqueleto se relacionan con mayores puntajes de intervención mientras talla alta y baja presentaban menor puntuación.Conclusiones. La mayoría de pacientes remitidos clasificaban como enfermedad genética de esqueleto, talla baja y otras enfermedades genéticas monogénicas. Se encontraron diferencias significativas entre las edades de inicio de síntomas y la edad diagnóstico. Se encontró diversidad en el abordaje terapéutico entre los diferentes grupos de patologías. Los pacientes con talla alta y baja, presentaron menor intervención, lo que podría alertar sobre la necesidad de revalorar los requerimientos terapéuticos para este grupo.
Association of polymorphic variants of PTPN22, TNF and VDR systems in children with lupus nephritis: a study in trios of Colombian families
Authors: Garavito Gloria , Egea Eduardo , Fang Luis , Malagón Clara , Olmos Carlos , González Luz , Guarnizo Pilar , Aroca Gustavo , López Guillermo , Iglesias Antonio
Published: May 2017

Introducción. El lupus eritematoso sistémico es una enfermedad autoinmune cuya gravedad varía según la raza, género y edad de aparición. Esta disparidad también se observa en los marcadores genéticos asociados con la enfermedad presentes en los genes PTPN22, VDR y TNF. La estratificación genética que presentan las diferentes poblaciones en el mundo puede estar influyendo dicha variabilidad.Objetivo. Analizar la asociación y heredabilidad de variantes genéticas de los genes PTPN22, VDR y TNF con nefritis lúpica pediátrica (NLp) en familias colombianas.Materiales y métodos. Se realizó un estudio basado en familias con 46 tríos (caso/padre y madre). Se genotipificaron las variantes rs2476601 de PTPN22; rs361525 y rs1800629 de TNF; TaqI [rs731236], ApaI [rs7975232], BsmI [rs1544410] y FokI [rs2228570] de VDR mediante qPCR. Se estimó el efecto de la sobretransmisión del alelo de riesgo de padres a hijos y el desequilibrio de ligamiento de los loci VDR y TNF.Resultados. Se observó que el alelo A de rs2476601 en PTPN22 se distribuyó en el 8,69 % [n=16] de los padres mientras que en los casos es de 19,5 % [n=18] al igual que es sobretransmitido de padres a hijos 17 veces más con relación al alelo G (p=0,028). Los polimorfismos de TNF y VDR no se mostraron en desequilibrio de transmisión. Las variantes TaqI, ApaI y BsmI del VDR se mostraron en desequilibrio de ligamiento.Conclusión. Estos hallazgos muestran una asociación del polimorfismo rs2476601 de PTPN22 con NLp debido a su sobretransmisión en el grupo de familias estudiadas.
Cases of acute pesticide poisoning in Colonia Puerto Pirapó, Itapúa-Paraguay, february 2014
Authors: Pedrozo María Esther , Ocampos Sandra , Galeano Rosa , Ojeda Andrea , Cabello Agueda , De Assis Dalva
Published: May 2017

De las intoxicaciones reportadas en Paraguay, un 13,7 % tiene como agente causal los plaguicidas, destacándose en primer lugar los compuestos organofosforados. Las intoxicaciones con compuestos organofosforados producen la inhibición de la enzima acetilcolinesterasa y pueden generar tres cuadros clínicos: la intoxicación aguda, el síndrome intermedio y una neurotoxicidad tardía. Se presentan 15 casos de intoxicación aguda, diez mujeres y cinco hombres, entre 5 y 67 años de edad, procedentes de una comunidad rural, quienes iniciaron síntomas luego de haber utilizado el agua de la red comunitaria contaminada con plaguicidas. Los síntomas más frecuentes fueron náuseas y vómitos, seguidas de dolor abdominal, cefalea, fiebre, prurito, inyección conjuntival, sudoración. A cinco casos se les realizó análisis de sangre que incluyeron hemograma, perfil renal, perfil hepático y colinesterasa sérica, con resultados dentro de los valores de referencia, solo uno de los casos presentó enzimas hepáticas alteradas. En dos muestras de agua de la red comunitaria se detectó el compuesto organofosforado con ingrediente activo Profenofos. Es fundamental que el personal de atención primaria de la salud, sobre todo en las zonas rurales, sea capaz de identificar los casos de intoxicaciones agudas por plaguicidas de manera oportuna a fin de brindar el tratamiento adecuado.
Genetic diversity of extraintestinal Escherichia coli strains producers of β-lactamases TEM, SHV and CTX-M associated with health-care
Authors: Varela Yasmin , Millán Beatriz , Araque María
Published: May 2017

Introducción. En Venezuela existen escasos reportes que describan las bases genéticas que sustenten el potencial patogénico y filogenético de cepas nosocomiales de Escherichia coli.Objetivo. Determinar la diversidad genética de Escherichia coli extraintestinales productoras de β-lactamasas TEM, SHV y CTX-M asociada a los cuidados de la salud.Materiales y métodos. Se estudió una colección de 12 cepas extraintestinales de E. coli con sensibilidad disminuida a las cefalosporinas de amplio espectro. La susceptibilidad antimicrobiana se determinó por concentración inhibitoria mínima. La detección de los grupos filogenéticos, factores de virulencia y genes que codifican resistencia antimicrobiana se realizó mediante la técnica de reacción en cadena de la polimerasa y la relación clonal por REP-PCR.Resultados. Todas las cepas analizadas fueron resistentes a las cefalosporinas y demostraron resistencia conjunta con quinolonas y aminoglucósidos. La distribución filogenética evidenció que los grupos A y B1 fueron los más frecuentes seguido por D y B2, encontrando en este último la presencia de todos los factores de virulencia evaluados, siendo fimH el gen más frecuente. blaCTX-M se encontró en todas las cepas analizadas, con predominio de blaCTX-M-8 y de éstas, dos cepas evidenciaron coproducción con blaCTX-M-9 variantes blaCTX-M-65 yblaCTX-M-147.Conclusión. Las cepas estudiadas demostraron diversidad genética, albergando diferentes genes de virulencia y de βLEEs no predominante a filogrupo en particular. Este estudio constituye el primer reporte de variantes blaCTX-M-65 yblaCTX-M-147 aún no descritos en Venezuela y el mundo respectivamente provenientes de cepas nosocomiales no relacionadas genéticamente, situación que merece atención y racionalización del uso de los antimicrobianos.
Identification of the Mycobacterium tuberculosis Beijing lineage in Ecuador
Authors: Jiménez Patricia , Calvopiña Karina , Herrera Diana , Rojas Carlos , Pérez Laura , Grijalva Marcelo , Guna Remedios , García Darío
Published: May 2017

Introducción. Los aislados de Mycobacterium tuberculosis pertenecientes al linaje Beijing son considerados especialmente virulentos, transmisibles y con mayor tendencia a la adquisición de resistencias. El linaje Beijing ha sido descrito en todo el mundo, sin embargo estudios al respecto son más escasos en Latinoamérica. El único estudio multinacional realizado en la region detectó una distribución heterogénea de este linaje, estando ausente en Chile, Colombia y Ecuador. Estudios nacionales posteriores ya identificaron aislados Beijing en Chile y Colombia.Objetivo. Analizar la presencia del linaje Beijing de M. tuberculosis en Ecuador, el único país en la región en el que aún permanece inédito.Materiales y métodos. Se analizó una muestra de conveniencia (2006-2012), obtenida de dos hospitales que cubrían poblaciones diferentes. El genotipado de los aislados de M. tuberculosis se realizó por 24-MIRU-VNTR. La asignación de linajes se realizó mediante comparación de los patrones genotípicos con los incluidos en la plataforma MIRU-VNTRplus y aquellos pertenecientes al linaje Beijing fueron confirmados mediante PCR alelo-específica.Resultados. Se identificó el primer aislado Beijing descrito en Ecuador, en un escenario epidemiológico inesperado, infectando a un paciente de la región andina, en una comunidad con escasa movilidad y alejada de las fronteras con los países limítrofes, Perú y Colombia, en los que ya se han identificado aislados de M. tuberculosis pertenecientes al linaje Beijing.Conclusiones. Este trabajo constituye la primera descripción de la presencia del linaje Beijing de M. tuberculosis en Ecuador, y sugiere un contexto epidemiológico singular que merece especial atención.
Screening of a natural compound library identifies emodin, a natural compound from Rheum palmatum Linn that inhibits DPP4
Authors: Wang Zhaokai , Yang Longhe , Fan Hu , Wu Peng , Zhang Fang , Zhang Chao , Liu Wenjie , Li Min
Published: May 2017

Historically, Chinese herbal medicines have been widely used in the treatment of hyperglycemia, but the mechanisms underlying their effectiveness remain largely unknown. Here, we screened a compound library primarily comprised of natural compounds extracted from herbs and marine organisms. The results showed that emodin, a natural compound from Rheum palmatum Linn, inhibited DPP4 activity with an in vitro IC50 of 5.76 µM without inhibiting either DPP8 or DPP9. A docking model revealed that emodin binds to DPP4 protein through Glu205 and Glu206, although with low affinity. Moreover, emodin treatment (3, 10 and 30 mg/kg, P.O.) in mice decreased plasma DPP4 activity in a dose-dependent manner. Our study suggests that emodin inhibits DPP4 activity and may represent a novel therapeutic for the treatment of type 2 diabetes.
Band Alignment at Heteroepitaxial Perovskite Oxide Interfaces. Experiments, Methods, and Perspectives
Authors: Giampietri Alessio , Drera Giovanni , Sangaletti Luigi
Published: May 2017

Recent advances in the growth of epitaxial oxide thin films have fostered a steady increase of research on perovskite oxide heterojunctions, which are now produced with unprecedented quality. Applications of these ultra‐thin interfaces in the field of electronics, photon harvesting, photovoltaics and photocatalysis strongly rely on the capability to master band gap engineering at the nanoscale. In this report the band gap alignment at all‐oxide perovskite interfaces is reviewed, with focus on oxide perovskite layers grown on SrTiO3, as these systems can display a two dimensional electron gas at the interface, disclosing possible applications in the next‐generation nanoelectronic devices. Papers reporting an experimental determination of band diagram are considered. The most reliable methods to experimentally track the band alignment at the interface are presented, based on photoelectron spectroscopy analysis of core level or valence band structures, including recent resonant photoemission spectroscopy studies. Experimental data from several conducting and insulating SrTiO3‐based heterostructures are presented and results are discussed through comparison with theoretical predictions. It is shown that electron spectroscopies are a powerful tool to investigate band alignment and to address band engineering issues, filling the gap between theoretical predictions and a relatively limited experimental dataset.
Metal‐Free, Visible‐Light‐Promoted Synthesis of 3‐Phosphorylated Coumarins via Radical C−P/C−C Bond Formation
Authors: Liu Dan , Chen Jian‐Qiang , Wang Xing‐Zhi , Xu Peng‐Fei
Published: May 2017

A metal‐free, visible‐light‐promoted direct difunctionalization of alkynoates was achieved under mild conditions. By employing catalytic quantities of the commercially available Eosin Y (EY) as the photocatalyst and tert‐butyl‐hydroperoxide (TBHP) as the oxidant, we developed a radical tandem phosphorylation/cyclization reaction to synthesize various 3‐phosphorylated coumarins with high functional group tolerance, moderate to good yields, and excellent regioselectivities.

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An assessment of postcranial indices, ratios, and body mass versus eco‐geographical variables of prehistoric Jomon, Yayoi agriculturalists, and Kumejima Islanders of Japan
Authors: Seguchi Noriko , Quintyn Conrad B. , Yonemoto Shiori , Takamuku Hirofumi
Published: May 2017

Objectives

We explore variations in body and limb proportions of the Jomon hunter‐gatherers (14,000–2500 BP), the Yayoi agriculturalists (2500–1700 BP) of Japan, and the Kumejima Islanders of the Ryukyus (1600–1800 AD) with 11 geographically diverse skeletal postcranial samples from Africa, Europe, Asia, Australia, and North America using brachial‐crural indices, femur head‐breadth‐to‐femur length ratio, femur head‐breadth‐to‐lower‐limb‐length ratio, and body mass as indicators of phenotypic climatic adaptation. Specifically, we test the hypothesis that variation in limb proportions seen in Jomon, Yayoi, and Kumejima is a complex interaction of genetic adaptation; development and allometric constraints; selection, gene flow and genetic drift with changing cultural factors (i.e., nutrition) and climate.

METHODS

The skeletal data (1127 individuals) were subjected to principle components analysis, Manly's permutation multiple regression tests, and Relethford‐Blangero analysis.

RESULTS

The results of Manly's tests indicate that body proportions and body mass are significantly correlated with latitude, and minimum and maximum temperatures while limb proportions were not significantly correlated with these climatic variables. Principal components plots separated “climatic zones:” tropical, temperate, and arctic populations. The indigenous Jomon showed cold‐adapted body proportions and warm‐adapted limb proportions. Kumejima showed cold‐adapted body proportions and limbs. The Yayoi adhered to the Allen‐Bergmann expectation of cold‐adapted body and limb proportions. Relethford‐Blangero analysis showed that Kumejima experienced gene flow indicated by high observed variances while Jomon experienced genetic drift indicated by low observed variances.

CONCLUSIONS

The complex interaction of evolutionary forces and development/nutritional constraints are implicated in the mismatch of limb and body proportions.
Feminization of the fat distribution pattern of children and adolescents in a recent German population
Authors: Scheffler Christiane , Dammhahn Melanie
Published: May 2017

Objectives

During the early 1990s, the economic and political situation in eastern Germany changed overnight. Here, we use the rare chance of an experiment‐like setting in humans and aim to test whether the rapid change of environmental conditions in eastern Germany in the 1990s led to a change in the sex‐specific fat distribution pattern, an endocrine‐influenced phenotypic marker.

METHODS

Based on a cross‐sectional data set of 6‐ to 18‐year‐old girls and boys measured between 1982–1991 and 1997–2012, we calculated a skinfold ratio of triceps to subscapular and percentage of body fat. Using linear regressions, we tested for differences in percentage of body fat and skinfold ratio between these two time periods.

RESULTS

We found that the percentage of body fat increased in boys and girls, and they accumulated relatively more fat on extremities than on the trunk in all BMI groups measured after 1997 as compared to those measured between 1982 and 1991.

CONCLUSIONS

Concurrent with drastic and rapid changes of environmental conditions, the body fat distribution of children and adolescents changed to a more feminized pattern during the early 1990s in an East German population. The changes in this endocrinologically mediated pattern might be associated with the increased exposure of individuals to endocrine‐disrupting chemicals which are known to influence the endocrine, reproductive, and immune systems in animals and humans.
Sclerotic bone lesions in tuberous sclerosis complex: A genotype–phenotype study
Authors: Boronat Susana , Barber Ignasi , Thiele Elizabeth Anne
Published: May 2017

Tuberous sclerosis complex (TSC) is due to pathogenic variants in TSC1 or TSC2 genes resulting in hyperactivation of the mTOR pathway. Many organ systems can be affected, such as brain, skin, eye, heart, bone, kidney, or lung. Sclerotic bone lesions have been reported as frequent findings in TSC although they are not considered diagnostic criteria. The objective of this study is to characterize sclerotic bone lesions detected by chest CT in a large cohort of adult TSC patients and to correlate with genotype. Chest CT scans of 92 adult patients with a definite clinical diagnosis of TSC were reviewed. Sclerotic bone lesions were found in 82 cases (89%) and affected mainly the posterior vertebral elements. Patients without bone lesions had negative mutational studies of TSC1/TSC2 in 86%. Awareness of these lesions in TSC is important to avoid misdiagnosis with osteoblastic metastases.
Cu‐Catalyzed Synthesis of C‐3 Dicarbonyl Indoles via Aerobic Oxidative Coupling of Acetophenones with Indoles
Authors: Guo Shiyu , Dai Zhongxue , Hua Jiawei , Jiang Wenjin , Yang Zhao , Fang Zheng , Guo Kai
Published: May 2017

A Cu‐catalyzed aerobic oxidative coupling of acetophenones with indoles has been developed, and is an efficient and practical C−H (sp3) functionalization approach to C‐3 dicarbonyl indoles, using O2 as the green oxidant. Moreover, a series of dicarbonyl indoles have been obtained smoothly and the plausible mechanism is proposed based on control experiments.