Επιδημιολογική διερεύνηση της αντοχής σε λοιμώξεις από gram-αρνητικά αναερόβια βακτήρια και διερεύνηση των μηχανισμών αντοχής με φαινοτυπική και γονοτυπική μεθοδολογία
Authors: Κατσανδρή Αναστασία 
Published: January 2014

Η διερεύνηση της αντοχής Gram αρνητικών αναερόβιων μικροβίων απομονούμενων από ασθενείς νοσοκομείων που συμμετείχαν στην ‘Ομάδα μελέτης αναερόβιων λοιμώξεων από Gram αρνητικά βακτήρια’ σε συνήθεις αντιμικροβιακές ουσίες με αντι-αναερόβιο δράση, αλλά και σε νεότερα αντιμικροβιακά φάρμακα. Επίσης, η μελέτη των μηχανισμών αντοχής με μοριακές μεθόδους στα συχνότερα χρησιμοποιούμενα αντιμικροβιακά φάρμακα και η επιδημιολογική διερεύνηση της αντοχής, της λοίμωξης και της θνητότητας από τα σημαντικότερα γένη Gram αρνητικών αναερόβιων μικροβίων. Υλικό: Συνολικά 330 Gram αρνητικά αναερόβια βακτηρίδια απομονώθηκαν κατά την χρονική περίοδο Ιανουάριος 2003 - Ιούνιος 2006 από νοσοκομεία της Αττικής, εκ των οποίων συγκεντρώθηκαν κλινικές και επιδημιολογικές πληροφορίες για 206 Gram-αρνητικά μικρόβια: ονοματεπώνυμο του ασθενούς, η ηλικία και το φύλο, η κλινική και ο θάλαμος νοσηλείας, η διάρκεια νοσηλείας, η αιτία εισόδου, κλινικά στοιχεία της λοίμωξης (πχ. αν πρόκειται για βακτηριαιμία, πνευμονικό απόστημα, απόστημα ΚΝΣ, ενδοκοιλιακό απόστημα, απόστημα μαλακών μορίων, αν υπήρξαν επιπλοκές όπως χειρουργική επέμβαση, νοσηλεία στην ΜΕΘ, αν έλαβε θεραπεία για την αναερόβιο λοίμωξη και ποιά ήταν η έκβαση της λοίμωξης), οι προδιαθεσικοί παράγοντες της λοίμωξης (σακχαρώδης διαβήτης, ηπατική ανεπάρκεια, καρδιακή ανεπάρκεια, αιματολογική κακοήθεια, νεοπλασία συμπαγών οργάνων, αγγειοπάθεια, ανοσοκαταστολή, κάκωση/τραύμα και προηγούμενη αντιβιοθεραπεία) και στοιχεία του στελέχους (είδος κλινικού υλικού, συνυπάρχοντα παθογόνα μικρόβια, είδος μικροβίου και σύστημα ταυτοποίησης του). Μέθοδοι: Η απομόνωση των Gram αρνητικών αναερόβιων μικροβίων και η αξιολόγηση των αποτελεσμάτων των καλλιεργειών έγινε με βάση τα πρωτόκολλα της καθημερινής ρουτίνας του μικροβιολογικού εργαστηρίου, όπως αυτά εφάρμοζαν ή τροποποιούσαν δημοσιευμένες στην βιβλιογραφία μέθοδοι (146;114). Η δοκιμασία ευαισθησίας στα αντιβιοτικά πενικιλλίνη, κεφοξιτίνη, τικαρκιλλίνη+κλαβουλανικό οξύ, πιπερακιλλίνη+ταζομπακτάμη, κλινταμυκίνη, ιμιπενέμη, μετρονιδαζόλη, τετρακυκλίνη και ερταπενέμη έγινε με την μέθοδο E-test (AB Biodisk Solna, Sweden). Ο προσδιορισμός της ΕΑΠ στην τιγεκυκλίνη και μοξιφλοξασίνη έγινε με την μέθοδο αραιώσεων του αντιβιοτικού σε άγαρ (agar dilution). Έγινε ανίχνευση της αντοχής στις καρβαπενέμες, όπου στελέχη Bacteroides spp. με ΕΑΠ ?1 mg/L ελέγχθησαν για την παρουσία του γονιδίου cfiA με την μέθοδο της PCR. Επίσης, έγινε ανίχνευση της αντοχής στην μετρονιδαζόλη, όπου στελέχη με ΕΑΠ ?2 mg/L ελέγχθησαν για την παρουσία της ομάδας γονιδίων nim με PCR, καθώς και των αλληλουχιών εισόδου (IS στοιχεία) που προκαλούν ενεργοποίηση του nim γονιδίου. Τα κλινικά και επιδημιολογικά στοιχεία που συγκεντρώθηκαν, αναλύθηκαν με το στατιστικό πρόγραμμα STATA 6.0. Τα δεδομένα περιγράφονται με την απόλυτη και τη σχετική συχνότητα, εκτός από την ηλικία που περιγράφεται με τη μέση τιμή και την τυπική απόκλιση. Για τον έλεγχο της σχέσης ποιοτικών μεταβλητών χρησιμοποιήθηκαν οι έλεγχοι χ2 και Fishers’ exact test. Για τη σύγκριση των μέσων τιμών της ηλικίας χρησιμοποιήθηκε ο έλεγχος Students’ t-test. Τα δεδομένα μοντελοποιήθηκαν με λογαριθμιστική ανάλυση παλινδρόμησης όπου παρουσιάζονται οι σχετικοί λόγοι συμπληρωματικών πιθανοτήτων με τα 95% διαστήματα εμπιστοσύνης τους (95% ΔΕ). Για τη σύγκριση αναλογιών μεταξύ των υποομάδων ποιοτικών μεταβλητών χρησιμοποιήθηκε η μέθοδος Fishers’ exact test με τη διόρθωση κατά Bonferroni για πολλαπλές συγκρίσεις, σύμφωνα με την οποία το επίπεδο για την απόρριψη της μηδενικής υπόθεσης είναι 0,05/κ (κ=αριθμός συγκρίσεων). Τα επίπεδα σημαντικότητας είναι αμφίπλευρα και η στατιστική σημαντικότητα τέθηκε στο 0,05. Αποτελέσματα: Από τα 330 στελέχη, 196 στελέχη ανήκαν στην ομάδα Bacteroides fragilis, 36 ταυτοποιήθηκαν ως non-fragilis Bacteroides spp., 62 Prevotella spp., 19 Fusobacterium spp., 7 Porphyromonas spp. και 8 Veillonella spp. Τα ποσοστά αντοχής στο σύνολο των στελεχών στα αντιμικροβιακά πενικιλλίνη, τικαρκιλλίνη+κλαβουλανικό οξύ, πιπερακιλλίνη+ταζομπακτάμη, κεφοξιτίνη, ιμιπενέμη, κλινταμυκίνη, μετρονιδαζόλη και τετρακυκλίνη είναι 79%, 1%, 1%, 9%, 0%, 23%, 3% και 55%, αντιστοίχως. Τα ποσοστά αντοχής της ομάδας Bacteroides fragilis στα αντιμικροβιακά πενικιλλίνη, τικαρκιλλίνη+κλαβουλανικό οξύ, πιπερακιλλίνη+ταζομπακτάμη, κεφοξιτίνη, ιμιπενέμη, κλινταμυκίνη, μετρονιδαζόλη και τετρακυκλίνη ήταν 96%, 3%, 2%, 14%, 1%, 22%, 0% και 63% αντιστοίχως. Τα αντίστοιχα ποσοστά στα στελέχη Bacteroides spp. non fragilis ήταν 86%, 0%, 0%, 2%, 0%, 27%, 0% και 70%, ενώ στα στελέχη Prevotella spp. ήταν 62%, 0%, 0%, 0%, 0%, 22%, 12% και 39% αντιστοίχως. Η συνολική αντοχή στην ερταπενέμη βρέθηκε 3,8%, στην ομάδα Bacteroides fragilis 5,1%, στα στελέχη Bacteroides spp. non fragilis 6,3%, ενώ στο γένος Prevotella spp. 0%. Όσο αφορά την τιγεκυκλίνη, η αντοχή στο σύνολο των στελεχών που μελετήθηκαν ήταν 3%, ενώ τα στελέχη με ενδιάμεση ευαισθησία ανέρχονται σε 4%. Τα επιμέρους ποσοστά αντοχής στην ομάδα Bacteroides fragilis, στα στελέχη Bacteroides spp. non fragilis και στο γένος Prevotella spp. είναι 3%, 11% και 0% αντιστοίχως. Όσο αφορά την μοξιφλοξασίνη, η ΕΑΠ90 στο σύνολο των Gram αρνητικών μικροβίων, στην ομάδα Bacteroides fragilis, και στα στελέχη non-fragilis Bacteroides spp. και στο γένος Prevotella spp βρέθηκε >32mg/L.