Simulasi Pengembangan Obat Baru pada Senyawa Apigenin, Curcumin, Fisetin, Naringenin dan Silibinin terhadap Protein Target Phosphoinositide 3-Kinases (PI3-Ks) secara In Silico
Authors: Sylvie Kurniasih  , Ridwan Wijaya  , Dina Mulyanti  , Taufik Muhammad Fakih  
Published: September 2022

Abstract. The discovery and development of new drugs starts from the selection of drug work targets, then continues with the determination of compounds and performance predictions based on their chemical structure using in silico, followed by pre-clinical testing in vitro and in vivo, as well as clinical trials in humans to see the drug's response to the body. This study aims to determine whether the compounds apigenin, curcumin, fisetin, naringenin and silibinin can be developed into new drugs using in silico tests.  The method used in this study was an in silico  test using docking. Testing begins with the determination of the physicochemical properties of the test compound, it is known that 4 compounds other than silibinin meet the requirements of the Lipinski Rule of Five. Then the preparation process of the molecular structure on the website rscb.org obtained results in accordance with the RMSD value of the PI3-Ks receptor of 0.67A, where the smaller the RMSD value, the closer the position is to the natural ligand. Then continued with the docking  simulation between the PI3-Ks receptor and the test compound, the  docking  results are that in apigenin compounds there are 11 non-bond interactions, in curcumin compounds there are 8 non-bond interactions, in fisetin compounds there are 15 non-bond interactions, in naringenin compounds there are 7 non-bond interactions and in silibinin compounds there are 9 on-bond interactions. Then tested for toxicity, which has a moderate / medium risk, so it needs to be considered if it is going to be used as a new drug.

Abstrak. Penemuan dan pengembangan obat baru dimulai dari seleksi target kerja obat, kemudian dilanjutkan dengan penentuan senyawa dan prediksi kinerja berdasarkan stuktur kimianya menggunakan in silico, dilanjutkan dengan pengujian pra klinis secara in vitro dan in vivo, serta uji klinis pada manusia untuk melihat respon obat terhadap tubuh. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui apakah senyawa apigenin, curcumin, fisetin, naringenin dan silibinin dapat dikembangkan menjadi obat baru menggunakan uji in silico. Metode yang digunakan pada penelitian ini yaitu uji in silico menggunakan docking.  Pengujian diawali dengan penentuan sifat fisikokimia senyawa uji diketahui bahwa 4 senyawa selain silibinin memenuhi syarat Lipinski Rule of Five. Kemudian dilakukan proses preparasi struktur molekul pada website rscb.org didapatkan hasil yang sesuai dengan nilai RMSD reseptor PI3-Ks sebesar 0.67A, dimana semakin kecil nilai RMSD maka semakin dekat posisinya dengan ligan alaminya. Lalu dilanjutkan dengan simulasi docking antara reseptor PI3-Ks dengan senyawa uji, hasil docking yaitu pada senyawa apigenin terdapat 11 interaksi non-bond, pada senyawa curcumin terdapat 8 interaksi non-bond, pada senyawa fisetin terdapat 15 interaksi non-bond, pada senyawa naringenin terdapat 7 interaksi non-bond dan pada senyawa silibinin terdapat 9 interaksi on-bond. Kemudian diuji toksisitasnya yakni memiliki resiko sedang/menengah, sehingga perlu dipertimbangkan jika akan dijadikan obat baru.