Detection of pathogens transmitted between wild birds and domestic animals or humans
Authors: Αθανασακοπούλου Ζωή 
Published: August 2023

Η παρούσα διατριβή είχε στόχο τη διερεύνηση της παρουσίας επιλεγμένων ζωονοτικών παθογόνων σε άγρια πτηνά στην Ελλάδα, εστιάζοντας στην ανίχνευση Εντεροβακτηριοειδών που παράγουν Εκτεταμένου φάσματος β-λακταμάσες (Extended Spectrum β-Lactamase, ESBL), AmpC κεφαλοσπορινάσες και καρβαπενεμάσες, καθώς και στον ιό του Δυτικού Νείλου (ΙΔΝ).Η παρουσία πλασμιδιακών AmpC (pAmpC) ενζύμων αξιολογήθηκε μεταξύ στελεχών Escherichia coli (E. coli) που απομονώθηκαν από δείγματα κοπράνων ορνίθων, βοοειδών, χοίρων και άγριων πτηνών. Προσδιορίστηκαν τα υπεύθυνα pAmpC γονίδια και τα sequence types (ST) των ανιχνευθέντων στελεχών, ενώ όλες οι pAmpC Ε. coli που ήταν φαινοτυπικά ανθεκτικές σε αντιμικροβιακά πέραν των β-λακταμών εξετάστηκαν περαιτέρω για την ανίχνευση των αντίστοιχων γονιδίων αντοχής. Δεκατρείς pAmpC E. coli ταυτοποιήθηκαν από δώδεκα δείγματα ορνίθων και ένα δείγμα καρακάξας (Pica pica), και όλες έφεραν το γονίδιο blaCMY-2 συνδεδεμένο με στοιχείο ISEcp1 προς τα πάνω. Τα στελέχη ταξινομήθηκανσε πέντε διαφορετικά ST, με τα ST131 και ST117 να είναι τα πιο κοινά. Επτά pAmpC στελέχη επίσης έφεραν γονίδια που προσδίδουν αντοχή στις τετρακυκλίνες (tetM, tetB, tetC, tetD), τρία έφεραν γονίδια αντοχής στις σουλφοναμίδες (sulI και sulII) και δέκα παρουσίαζανμεταλλάξεις που προσδίδουν αντοχή στις κινολόνες στις quinolone resistance-determining regions των γονιδίων gyrA (S83L+D87N) και parC (S80I+E84V). Διερευνήθηκε, επίσης, η παρουσία του βακτηρίου Moellerella wisconsensis (M. wisconsensis), ενός μάλλον σπάνιου Εντεροβακτηριοειδούς, μεταξύ δειγμάτων κοπράνων άγριων πτηνών και ανθρώπων στην Ελλάδα. Τα στελέχη που απομονώθηκαν στη συνέχεια χαρακτηρίστηκαν φαινοτυπικά και μοριακά ως προς τα χαρακτηριστικά που τους προσδίδουν αντιμικροβιακή αντοχή. Τέσσερις M. wisconsensis ανακτήθηκαν από ένα δείγμα φασιανού (Phasianus colchicus), δύο δείγματα καρακαξών (Pica pica) και ένα δείγμα ασπρομέτωπης χήνας (Anser albifrons). Μεταξύ των τεσσάρων αυτών στελεχών, τα τρία τελευταία εμφάνιζαν ESBL φαινότυπο και παρήγαγαν CTX-M-1. Δεν απομονώθηκαν στελέχη Moellerella wisconsensis από τα ανθρώπινα δείγματα που εξετάστηκαν. Ακολούθως, αξιολογήθηκε η παρουσία στελεχών E. coli που παράγουν ESBL και καρβαπενεμάσες σε άγρια πτηνά και προσδιορίστηκαν τα μοριακά χαρακτηριστικά τους. Δώδεκα πολυανθεκτικές Ε. coli που παρήγαγαν ESBL ανιχνεύθηκαν από οκτώ διαφορετικά είδη άγριων πτηνών και έφεραν γονίδιο της ομάδας blaCTX-M-1 και/ή γονίδιο blaTEM. Ανιχνεύθηκαν επίσης γονίδια AmpC, καθώς και γονίδια που προσδίδουν αντοχή στις φθοροκινολόνες, την τριμεθοπρίμη/σουλφαμεθοξαζόλη, τις αμινογλυκοσίδες και τα μακρολίδια. Επιπλέον, μια E. coli που παρήγαγε καρβαπενεμάση ανιχνεύθηκε σε δείγμα από γλάρο της Κασπίας (Larus cachinnans), και έφερε το γονίδιο blaNDM καθώς και συνδυασμό λοιπών γονιδίων αντιμικροβιακής αντοχής. Στο τελευταίο κεφάλαιο, εκτιμήθηκε η εμφάνιση του ΙΔΝ σε άγρια πτηνά από δύο γειτονικές περιφέρειες της Ελλάδας, την Πελοπόννησο και τη Δυτική Ελλάδα, κατά τη διάρκεια του έτους 2022. RNA του ΙΔΝ ανιχνεύθηκε από τον Φεβρουάριο έως τον Νοέμβριο σε συνολικά 71 άγρια πτηνά 9 ειδών που προέρχονται και από τις δύο περιοχές που ερευνήθηκαν. Επιλεγμένα στελέχη αλληλουχήθηκαν και βρέθηκαν να ανήκουν στην εξελικτική γενιά 2, παρουσιάζοντας γενετική ομοιότητα με προηγούμενα ελληνικά στελέχη που προκάλεσαν επιδημία (Αργολίδα 2017, Μακεδονία 2010 και 2012). Οι γεωγραφικές θέσεις των θετικών και αρνητικών αγρίων πτηνών για RNA του ΙΔΝ συσχετίστηκαν με περιβαλλοντικές μεταβλητές, οδηγώντας σε συμπεράσματα αναφορικά με την οικολογία του ιού. Η διατριβή αυτή παρέχει πληροφορίες σχετικά με το ρόλο των άγριων πτηνών στην επιδημιολογία σημαντικών, ζωονοτικών, βακτηρίων και ιών. Τονίζεται η σημασία της ενσωμάτωσης των άγριων πτηνών στην αξιολόγηση της κυκλοφορίας Εντεροβακτηριοειδών που παρουσιάζουν αντιμικροβιακή αντοχή σε μη κλινικά περιβάλλοντα. Υπογραμμίζεται επίσης η ανάγκη επιτήρησης του ΙΔΝ στα άγρια πτηνά, η οποία προτείνεται να διεξάγεται ετησίως και καθ' όλη τη διάρκεια του έτους.