bluuebunny/crossref_metadata_2025 huggingface dataset:
Validation of an extremely patient-friendly progestin-primed ovarian stimulation protocol in normal and high responders by comparing with conventional antagonist protocol: a retrospective study
Authors: Huang Chen-Yu , Chen Guan-Yeu , Shieh Miawh-Lirng , Li Hsin-Yang
Published: April 2020

Background. Our previous study has shown a satisfactory reproductive outcome resulting from the extremely patient-friendly ovarian stimulation protocol of long-acting follicle stimulation hormone (FSH) plus oral medroxyprogesterone acetate (MPA). The present study was aimed to compare the efficacy of the extremely patient-friendly ovarian stimulation protocol with that of antagonist protocol.Methods. A retrospective study was conducted on normal and high responders aged from 24 to 39 years starting ovarian stimulation for IVF/ICSI with long-acting FSH at early follicular phase in a tertiary fertility center in Taiwan between December 2016 and August 2017. To prevent premature luteinizing hormone (LH) surge, oral MPA was applied in some cycles (group 1), whereas antagonist protocol was applied in other cycles (group 2). Freezing all embryos was applied to all patients in both groups. Duration of stimulation, number of shots and visits before trigger, incidence of premature LH surge, number of oocytes retrieved, fertilization rate, cleavage rate, rate of good embryos available, incidence of ovarian hyperstimulation syndrome, cumulative clinical pregnancy rate, and cumulative live birth rate per retrieval were compared between groups. Results. One hundred and ten cycles of IVF/ICSI were included, among which there were fifty-seven cycles in group 1 and fifty-three cycles in group 2. Starting with long-acting FSH, group 1 (MPA) required much fewer injections and visits but had comparable reproductive outcomes to those in group 2 (antagonist protocol).Conclusions. Long-acting FSH plus MPA use for ovarian stimulation is extremely friendly for the patients and demonstrates satisfactory stimulation and reproductive outcomes that are comparable to those of antagonist protocol.
miR-4668-5p is up-regulated in serum of patients with pancreatic cancer
Authors: Lv Pengfei , Hao Zhengwen , Zhang Haoruo , Li Jun
Published: April 2020

Backgroud:

Pancreatic cancer is the most common of gastrointestinal tumor, with a high malignancy and poor prognosis,and early and effective diagnosis is the key for prolonging patient’s overall survival, especially for fluid biopsy.
Methods

In this study, expression profile array was downloaded from GEO database, and differentially expressed miRNAs in serum were screened from patients with pancreatic cancer and healthy individuals, then co-expressed serum miRNAs in pancreatic cacner patients was analyzed by R software with weighted correlation network analysis(WGCNA) package. Finally, key differentially expressed miRNA was verified in serum of 16 patients with pancreatic cancer and 10 healthy individuals by quantitative real-time PCR (qRT-PCR).
Results

Results found that there were eleven differentially expressed miRNAs(miR-155-5p, miR-4668-5p, miR-3613-3p, -miR-3201, miR-548ac, miR-486-5p, miR-548a-3p, miR-8084, miR-455-3p, miR-6068, and miR-1246) between pancreatic cancer and healthy individuals. WGCNA results further found that miR-4668-5p has a higher associated modules compared to other differentially expressed miRNAs. Then, the expression level of miR-4668-5p was further verified, and results found that serum miR-4668-5p expression level was significantly higher in patients with pancreatic cancer than that of healthy individuals.
Conclusion

Our results firstly substantiated that miR-4668-5p was significantly up-regulated in serum of patients with pancreatic cancer, which may be a potential biomarker for pancreatic cancer diagnosis.
Detailed comparison of the da Vinci Xi and S surgical systems for transaxillary thyroidectomy
Authors: Yu Da Young , Lee Hye Yoon , Kim Woo Young , Kim Hoon Yub , Lee Jae Bok , Son Gil Soo , Chang Young Woo
Published: April 2020

Background
Robotic surgical systems have evolved over time. The da Vinci Xi system was developed in 2014 and was expected to solve the shortcomings of the previous S system. Therefore, we conducted this study to compare these two systems and identify if the Xi system truly improves surgical outcomes.
Methods
In this retrospective study, a total of 86 patients with unilateral papillary thyroid carcinoma without central lymph node involvement underwent gasless transaxillary hemithyroidectomy using two robotic systems, the da Vinci S and Xi. Forty patients were in the da Vinci S group and 46 patients were in the da Vinci Xi group. All surgeries were performed by one surgeon (YWC). All surgery video files were analyzed to compare the duration of each surgical step.
Results
The total operation time was significantly shorter in the Xi group than in the S group (153.0 min vs. 105.7 min, p < 0.01). Time for robot docking was shorter in the Xi group (19.8 min vs. 10.6 min, p < 0.01), and all procedures performed in the console also required a shorter time in this group. The overall complication rate did not differ significantly (p = 0.464).
Conclusions
The da Vinci Xi system made robotic thyroidectomy easier and faster without increasing the complication rate. It is a safe and valuable system for robotic thyroidectomy.
Effect of Self-Compassion Intervention Based on a Religious Perspective on the Anxiety and Quality of Life of Infertile Women: A quasi-experimental study
Authors: Rezapour-Mirsaleh Yasser , Abolhasani Fatemeh , Amini Raziyeh , Choobforoushzadeh Azadeh , Masoumi Sepideh , Shameli Leila
Published: April 2020

Background Anxiety is one of the common psychological problems among infertile women, which affects their quality of life. The purpose of this study was to determine the effect of self-compassion intervention based on religious perspective on the anxiety and quality of life of infertile women. Methods A qusai-experimental design with experimental and control groups was used. 24 women who lived in Maybod city, Iran, and were referred to Yazd reproductive sciences institute selected by available sampling and randomly assigned to experimental and control groups. The participants of experimental group received 8 sessions self-compassion focused intervention based on religious instructions and control group was put on the waiting list. Data were collected using Quality of Life Questionnaire in Infertile Couples Questionnaire (QOLICQ) and Beck anxiety inventory (BDI) in pretest and posttest phase and then analyzed using multivariate analysis covariance (MANCOVA). Results The results showed as compared to control group at the post-test phase, the quality of life (p< .001) and anxiety (p< .001) of infertile women increased and decreased, respectively, in the experimental group. Conclusion Infertility medical centers can use self-compassion intervention based on a religious approach as a complementary psychological intervention, alongside with medical interventions, to improve the quality of life and reduce anxiety in infertile women.
Eckol alleviates intestinal dysfunction during suckling-to-weaning transition via modulation of PDX1 and HBEGF
Authors: Lee Sang In , Kim In Ho
Published: April 2020

Background
Maintaining intestinal health in livestock is critical during weaning. Although intestinal dysfunction during this period can be alleviated by phlorotannins including eckol, the precise mechanisms are not fully understood. We addressed this question by evaluating changes in gene expression and intestinal function after treatment with eckol during the suckling-to-weaning transition. The biological roles of differentially expressed genes in intestinal development were investigated by assessing intestinal wound healing and barrier function and associated signaling pathways, along with oxidative stress levels.
Results
We identified 890 differentially expressed genes in the intestine whose expression was altered by eckol treatment including pancreatic and duodenal homeobox (PDX)1, which directly regulate the expression of heparin-binding epidermal growth factor-like growth factor (HBEGF) to preserve intestinal barrier function and promote wound healing via phosphoinositide 3-kinase (PI3K)/AKT and P38 signaling. Additionally, eckol alleviated H2O2-induced oxidative stress via PI3K/AKT, P38, and 5' AMP-activated protein kinase signaling, improved growth, and reduced oxidative stress and intestinal permeability in pigs during weaning.
Conclusions
Eckol modulates intestinal barrier function, wound healing, and oxidative stress via PDX/HBEGF and improves growth during the suckling-to-weaning transition, suggesting that it can be used as a feed supplement to preserve intestinal function during this process in pigs and other livestock.
Endometrial neuroendocrine carcinoma frequently associated with mismatch repair deficiency
Authors: Zhou Feng , Xu Mengfei , Chen Qin , Zhang Xiaofei , Chen Hao , Zheng Wenxin
Published: April 2020

Background: Endometrial neuroendocrine carcinoma (NEC) is a uncommon histologic subtype of endometrial cancer. It is currently unclear if the endometrial NEC has any particular relationship with mismatch repair (MMR) protein expression patterns. Here we report 3 endometrial NEC cases showing loss of MMR expression.Case presentation: The cancers had two components with one poorly differentiated or NEC component, accounting for 60–90% of the neoplasms and the other of well differentiated glandular component. The NEC cells mainly showed solid sheets and organoid patterns, whereas insular, trabecular and rosette/pseudorosette patterns were also found. The NEC component was composed of cells with large, polygonal, vesicular nuclei, prominent nucleoli, and abundant eosinophilic cytoplasm. In all cases, the NEC component was diffusely positive for p16 and at least 2 of the 3 neuroendocrine markers (CGA, SYN, CD56) reactive in > 10% of the cancer cells. Loss of MMR protein expression was found in all three cases with loss of MLH1 in cases 1 and 2 and loss of MSH2 and MSH 6 in case 3. No PMS2 loss was found. In addition, aberrant TP53 and SMARCB1 (INI1) expression was found in case 3 only. All patients underwent total abdominal hysterectomy and bilateral salpingo-oophorectomy, and two of them received postoperative chemotherapy and/or radiation therapy. The patients remained alive with no disease for 51, 17 and 6 months, respectively.Conclusion: Endometrial NEC is frequently associated with MMR deficiency, some of which may have a better prognosis than we expect.
New sight: rapid monitor of intracellular water information in plant leaves based on electrophysiological parameters
Authors: Zhang C. , Wu Yanyou , Su Y. , Xing D.K. , Dai Y. , Wu Y.S. , Fang L.
Published: April 2020

Background: Intracellular water in plant leaves is paramount importance to physiological and biochemical processes. Water changes trigger the rapid response of plant electrophysiological information. In this study, plant electrophysiological information was firstly used to rapid monitor intracellular water information in plant leaves. Results: Based on the thermodynamics laws, the fitting equations between plant electrophysiological parameters and clamping force were innovative established. Subsequently, leaf intrinsic electrophysiological parameters, intracellular water-holding capacity (IWHC), water use efficiency (IWUE), water-holding time (IWHT) and water transfer rate (WTR), were firstly developed and applied. The results show that the leaves of Broussonetia papyrifera in the cultivated soil had higher IWHC, WTR and water content than in the moderate rocky desertification soil. The leaf IWHC, WTR and water content of the herbaceous plants were higher than that of the woody plants. Solanum tuberosum had higher leaf IWHC, WTR and lower IWUE, IWHT, as compared to Capsicum annuum. Conclusions: These indexes strongly reveal the life phenomenon of the intracellular water metabolism in plant leaves. This study highlights that the online electrophysiological parameters promise a new sight for intracellular water metabolism in plants.
Decoding the structure of RNA-dependent RNA-polymerase (RdRp), understanding the ancestral relationship and dispersion pattern of 2019 Wuhan Coronavirus
Authors: Khan Abbas , Khan Mazhar , Saleem Shoaib , Babar Zainib , Ali Arif , Khan Abdul Aziz , Sardar Zain , Hamayun Fahad , Ali Syed Shujait , Wei Dong-Qing
Published: April 2020

Most recently, an outbreak of severe pneumonia caused by the infection of 2019-nCoV, a novel coronavirus first identified in Wuhan, China, imposes serious threats to public health. Upon infecting host cells, coronaviruses assemble a multi-subunit RNA-synthesis complex of viral non-structural proteins (nsp) responsible for the replication and transcription of the viral genome. Therefore, the role and inhibition of nsp12 are indispensable. Since there is no crystallographic structure of RdRp is available, so, here, we present the 3-dimensional structure of the 2019-nCoV nsp12 polymerase using a computational approach. nsp12 of 2019-nCoV possesses an architecture common to all viral polymerases as well as a large N-terminal extension. This structure illuminates the assembly of the coronavirus core RNA-synthesis machinery, provides key insights into nsp12 polymerase catalysis and fidelity, and acts as a template for the design of novel antiviral therapeutics. Besides, the experimental structure could reveal the organization in a more sophisticated way. Furthermore, the ancestral state reconstruction suggests the possible evolution of nCoV in Wuhan China and its dispersal to the USA. The result of our analyses postulates the possible dispersal of nCoV from the USA and Shenzhen back to Wuhan. This disclosing of valuable knowledge regarding the 3D structure of 2019-nCoV nsp12 architecture, ancestral relation, and dispersion pattern could help to design effective therapeutic candidates against the coronaviruses and design robust preventive measurements.
The Ideological Embodiment on Nadiem Makarim’s Speech: A Critical Discourse Analysis
Authors: Maghfiroh Ani , Triyono Sulis
Published: April 2020

This study purposes to uncover the symbolic ideology and the structures of the speech discourse delivered by the current new-inaugurated educational and cultural minister; Nadiem Makarim on National Teacher’s Day. The descriptive qualitative method was employed to shed a light on the interpretation and finding of the study whilst the model of van Dijk in CDA was used to identify and answer the problems. The data were totally elicited from the speech text whilst it was as well used as subject of the study. The documentation method was applied and the data were afterwards expounded descriptively. The finding denotes that of the speech discourse’s structures including macro, micro, and supra, the speech is perceived to have certain language style usage by underlying topic of speech on conveying the mission of providing a change towards Indonesia’s Better Education. In addition, the ideology is as well indicated in ways behind the structures organized. The macro structure puts the ideology beneath the theme and the topic which are in the forms of ideology purposed as system of beliefs and system of actions. In essence, the tendency of the ideology lies on the aspect of speech theme in which it was utilized to invite (deliberately aimed) the educators and all parts getting involved in education realm and to believe and to act as what was expected.
Heavy metal pollution status in surface sediments of the Khajeh Kory River, north Iran
Authors: Zare Khosheghbal Maryam , Esmaeilzadeh Marjan , Ghazban Fereydoun , Charmsazi Mohammad Ebrahim
Published: April 2020

This study aimed at exploring the extent of likely sources of heavy metal pollution in sediments of the Khajeh Kory riverbed in the north of Iran. In order to assess the heavy metal contamination, samples from surface sediments in 10 stations covering the river were collected and analysed to determine heavy metal contents including Cd, Cu, Ni, Pb, Zn, Mn, Co, Al, and Fe. Three guidelines were applied to assess the heavy metal contamination. Compared with the global average values, the calculated enrichment factors indicated high values for Fe, Mn, Cd, Co, and Cu, and very high values for Pb and Zn. The results obtained from principal component analysis revealed that the geogenic and anthropogenic sources were the main causes of the widespread enrichment of heavy metals in the riverbed sediments. The results suggested that the riverbed sediments were contaminated with heavy metals, which contribute to the freshwater toxicity in the ecosystem of the Khajeh Kory River.
Visible-light-driven photocatalytic degradation of rhodamine B in water by BiOClxI1−x solid solutions
Authors: Xu Huan-Yan , Lu Dan , Tan Qu , He Xiu-Lan , Qi Shu-Yan
Published: April 2020

Bismuth oxyhalides (BiOXs, X = Cl, Br and I) are emerging photocatalytic materials with unique layered structure, flexible band structure and superior photocatalytic activity. The purpose of this study was to develop a facile alcoholysis route to prepare BiOClxI1−x nanosheet solid solutions at room temperature. X-ray diffraction (XRD), field emission scanning electron microscopy (FESEM), transmission electron microscopy (TEM), UV-vis diffuse reflectance spectroscopy (UV-vis DRS), photoluminescence emission spectroscopy (PL) and Brunauer–Emmett–Teller (BET) surface area analyzer were used to characterize the as-prepared photocatalysts. These results revealed that two-dimension BiOClxI1−x nanosheet solid solutions could be obtained with high percentage of {001} crystal facets exposed. Moreover, the formation of solid solution could regularly change the optical absorption thresholds and band gaps of BiOClxI1−x photocatalysts. The photocatalytic experiments indicated that BiOCl0.75I0.25 exhibited the highest photocatalytic performance for the degradation of Rhodamine B (RhB) under simulated sunlight irradiation and the photocatalytic process followed a pseudo-first-order kinetic equation. A possible mechanism of RhB photodegradation over BiOClxI1−x solid solutions was proposed based on the structural properties of BiOClxI1−x solid solutions and RhB photosensitization.
Identidad cultural en grupos sociales de la zona fronteriza de Baja California
Authors: Rodríguez Sala Ma. Luisa
Published: April 2020

En este trabajo se presenta un resumen comparativo de los resultados que se obtuvieron en el grupo de estudiantes y en el grupo de científicos y profesionistas en torno a la identidad cultural en la zona fronteriza. Tanto las conclusiones particulares como las generales comprueban las hipótesis que se sustentan en el marco teórico general de esta investigación, las que además se refuerzan con los subsecuentes resultados provenientes de un profundo análisis de los grupos sociales y del subgrupo de los adolescentes de conducta antisocial que complementan la investigación. El objetivo fundamental de esta primera etapa es lograr el primer acercamiento de carácter semiológico al entendimiento de la identidad cultural en una zona fronteriza del norte de México.
Sistemas industriales y cambio en las economías de regiones fronterizas: comparaciones transculturales
Authors: Mikus Werner
Published: April 2020

En este ensayo se examinan tres ejemplos de regiones fronterizas: 1) Baden-Alsacia (el norte de Suiza-el norte de Italia); 2) el caso de la zona fronteriza de Río Grande, Estados Unidos, y México; así como 3) el ejemplo de los países del Pacto Andino con especial consideración de Estados Unidos. En la explicación de la estructura y desarrollo de los sistemas industriales en las regiones fronterizas deben considerarse los factores históricos, la política geográfica y el desarrollo regional, en la misma medida en que se consideran los procesos de la economía de "plantas sucursales", de la expansión y movilidad de determinados grupos industriales, sin dejar a un lado los factores de localización industrial. Es de vital importancia conocer de qué tipo de frontera se trata y la fuerza con que ejerce su influencia sobre regiones con diferente grado de desarrollo.
Yeni Sosyal İlişki Düzeninin 15. İstanbul Bienali Üzerinden Okunması
Authors: Şengünalp Caner
Published: April 2020

Bu araştırmanın amacı, sosyal bir ilişki ağı olan komşuluk kavramının sahip olduğu sosyo kültürel, günlük yaşam, tarihsel ve siyasi dinamikleri üzerinden kurulan etkileşimleri bir güncel sanat etkinliği aracılığıyla aktararak, bir arada yaşayabilmenin önemini alternatif bir ifade biçimi üzerinden hatırlatmaktır. Bienal, iki yılda bir yapılan, farklı kültürlerden ve ülkelerden sanatçı, eser, izleyici ve eleştirmenleri bir araya getiren küresel bir sanat etkinliğidir. 16 Eylül-12 Aralık 2017 tarihleri arasında izleyiciyle buluşan 15. İstanbul Bienali’nin ana teması iyi bir komşu idi. Bu başlık altında gerçekleşen bienali ortaya çıkarabilmek, sanatçılarına kimliklerinden feragat etmeden bir arada yaşamak zorunda olduklarını hatırlatmıştır. Peki, iyi bir komşu nedir? Bunun tek bir tanımı yoktur. İçinde bulunduğumuz zamana, mekâna ve topluma göre farklılıklar gösteren komşuluk, ev, mahalle, şehir, ülke ve evren gibi farklı ölçeklerde yaşanabilen sosyal bir ilişki düzenine sahiptir. Serginin küratörleri Elmgreen ve Dragset, İyi bir komşu, korkmadığınız bir yabancı mıdır?, İyi bir komşu sizinle aynı gazeteyi mi okur? gibi komşuluk kavramı etrafında oluşturdukları 40 soruyla bienalin kavramsal çerçevesini belirlerken, dikkatleri barınak ve tasarım olarak ev fikrinden uzaklaştırıp yan yana yaşayanlara çekmişler ve sanatçılar bunun üzerinden çalışmalar üretmişlerdir. 32 ülkeden 56 sanatçının 6 mekânda seyirciye sunulan 150 eseri, farklı grup, kimlikler ve sosyal statüler bağlamında iyi bir komşunun kim olduğunun ölçütlerini sorgulamıştır. Dünya insanı olmakla iyi bir komşu olma arasındaki anlam benzeşmesine kadar bizleri sorgulatan bienalden biz payımıza düşeni aldık mı? Bu araştırmada, serginin ana teması olan komşuluk ve onun farklı tanımları üzerine yapılan çalışmalar arasından belirlenen seçili örnekler analiz edilmiş, yapıtların çağdaş sanat ortamına kattığı yeni çağrışımlar görünür kılınmış, birbiriyle bitişik ve yan yana olma halinin sanat aracılığıyla nasıl bir sorgulama zeminine çekildiğini göstermek hedeflenmiştir. İçinde bulunduğumuz dönemde covid-19 salgını nedeniyle insanların toplu olarak bir arada bulunmalarının kısıtlandığı, toplum sağlığı gözetilerek evde kalma süreçlerine girdiği bu süreçte sosyal ilişkilerin önemi bir kez daha anlaşılmış, İyi Bir Komşu Sergisi’ne bu perspektiften bakıldığında anlam alanı daha da genişlemiştir.
p-Benzoquinone as a Privileged Scaffold of Pharmacological Significance: A Review
Authors: Silakari Pragati , Priyanka  , Piplani Poonam
Published: April 2020

Quinones are a huge class of compounds with affluent and captivating chemistry.
p-Benzoquinone (p-BNZ) or 1,4-Benzoquinone is the key structural motif of numerous biologically active
synthetic and natural compounds. This draws interest in its biological exploration to assess prospective
therapeutic implications. It possesses immense therapeutic potential depending on different
substitutions. This moiety has a marvelous potential to regulate a varied range of different cellular
pathways which can be investigated for various selective activities. p-Benzoquinones have been a requisite
core for the development of novel therapeutic molecules with minimum side effects. In this review,
various synthetic, pharmacological approaches and structure-activity relationship studies focusing
on the chemical groups responsible for evoking the pharmacological potential of p-benzoquinone
derivatives have been emphasized. Additionally, the compilation highlights the chemical, pharmaceutical
and medicinal aspects of synthetic and natural benzoquinone derivatives. The natural occurrences
of p-benzoquinone derivatives with different pharmacological significance have also been reported in
this review.
Tanshinones and their Derivatives: Heterocyclic Ring-Fused Diterpenes of Biological Interest
Authors: Estolano-Cobián Arturo , Alonso Mariana Macías , Díaz-Rubio Laura , Ponce Cecilia Naredo , Córdova-Guerrero Iván , Marrero Joaquín G.
Published: April 2020

The available scientific literature regarding tanshinones is very abundant, and after its review,
it is noticeable that most of the articles focus on the properties of tanshinone I, cryptotanshinone,
tanshinone IIA, sodium tanshinone IIA sulfonate and the dried root extract of Salvia miltiorrhiza (Tan-
Shen). However, although these products have demonstrated important biological properties in both in
vitro and in vivo models, their poor solubility and bioavailability have limited their clinical applications.
For these reasons, many studies have focused on the search for new pharmaceutical formulations
for tanshinones, as well as the synthesis of new derivatives that improve their biological properties. To
provide new insights into the critical path ahead, we systemically reviewed the most recent advances
(reported since 2015) on tanshinones in scientific databases (PubMed, Web of Science, Medline, Scopus,
and Clinical Trials). With a broader perspective, we offer an update on the last five years of new
research on these quinones, focusing on their synthesis, biological activity on noncommunicable diseases
and drug delivery systems, to support future research on its clinical applications.
Across the “Sweetest” Properties of Human Breast Milk: Focus on Oligosaccharides
Authors: Bardanzellu Flaminia , Reali Alessandra , Marcialis Maria A. , Fanos Vassilios
Published: April 2020

Introduction:

Breast Milk (BM), containing nutrients and bioactive components, represents
the best source for neonatal nutrition and determines short- and long- term benefits. Human
milk oligosaccharides (HMOs) play an active role in these pathophysiological mechanisms. In fact,
they influence the shaping of breastfed infant’s gut microbiota, promote intestinal development,
confer protection against intestinal or systemic infections modulating immune system; moreover,
HMOs determine extra-intestinal effects on several target organs, i.e reducing necrotizing enterocolitis
rate or improving brain development.

Aims:

In this review, we analyze the great inter- and intra-individual variability of BM HMOs, investigating
maternal, genetic and environmental factors modulating their composition. Moreover,
we provide an update regarding HMOs’ unique properties, underlining their complex interaction
with intestinal microbiota and host-derived metabolites. The possible HMOs’ influence on extraintestinal
bacterial communities, potentially influencing newborns’ and even lactating mothers’
health, have been hypothesized. Finally, recognized HMOs’ crucial role, we underline the promising
opportunities showed by their addition in formula milk, to make it more similar to maternal
milk itself.
A Review on the Methods of Peptide-MHC Binding Prediction
Authors: Liu Yang , Ouyang Xia-hui , Xiao Zhi-Xiong , Zhang Le , Cao Yang
Published: April 2020

Background:

T lymphocyte achieves an immune response by recognizing antigen
peptides (also known as T cell epitopes) through major histocompatibility complex (MHC)
molecules. The immunogenicity of T cell epitopes depends on their source and stability in
combination with MHC molecules. The binding of the peptide to MHC is the most selective step,
so predicting the binding affinity of the peptide to MHC is the principal step in predicting T cell
epitopes. The identification of epitopes is of great significance in the research of vaccine design
and T cell immune response.

Objective:

The traditional method for identifying epitopes is to synthesize and test the binding
activity of peptide by experimental methods, which is not only time-consuming, but also
expensive. In silico methods for predicting peptide-MHC binding emerge to pre-select candidate
peptides for experimental testing, which greatly saves time and costs. By summarizing and
analyzing these methods, we hope to have a better insight and provide guidance for future
directions.

Methods:

Up to now, a number of methods have been developed to predict the binding ability of
peptides to MHC based on various principles. Some of them employ matrix models or machine
learning models based on the sequence characteristic embedded in peptides or MHC to predict the
binding ability of peptides to MHC. Some others utilize the three-dimensional structural
information of peptides or MHC, for example, by extracting three-dimensional structural
information to construct a feature matrix or machine learning model, or directly using protein
structure prediction, molecular docking to predict the binding mode of peptides and MHC.

Results:

Although the methods in predicting peptide-MHC binding based on the feature matrix or
machine learning model can achieve high-throughput prediction, the accuracy of which depends
heavily on the sequence characteristic of confirmed binding peptides. In addition, it cannot provide
insights into the mechanism of antigen specificity. Therefore, such methods have certain
limitations in practical applications. Methods in predicting peptide-MHC binding based on
structural prediction or molecular docking are computationally intensive compared to the methods
based on feature matrix or machine learning model and the challenge is how to predict a reliable
structural model.

Conclusion:

This paper reviews the principles, advantages and disadvantages of the methods of
peptide-MHC binding prediction and discussed the future directions to achieve more accurate
predictions.
An Algorithm to Improve the Speed of Semi and Non-specific Enzyme Searches in Proteomics
Authors: Rolfs Zach , Millikin Robert J. , Smith Lloyd M.
Published: April 2020

Background:

The identification of non-specifically cleaved peptides in proteomics and
peptidomics poses a significant computational challenge. Current strategies for the identification of
such peptides are typically time-consuming and hinder routine data analysis.

Objective:

We aimed to design an algorithm that would improve the speed of semi- and nonspecific
enzyme searches and could be applied to existing search programs.

Methods:

We developed a novel search algorithm that leverages fragment-ion redundancy to
simultaneously search multiple non-specifically cleaved peptides at once. Briefly, a theoretical
peptide tandem mass spectrum is generated using only the fragment-ion series from a single
terminus. This spectrum serves as a proxy for several shorter theoretical peptides sharing the same
terminus. After database searching, amino acids are removed from the opposing terminus until the
observed and theoretical precursor masses match within a given mass tolerance.

Results:

The algorithm was implemented in the search program MetaMorpheus and found to
perform an order of magnitude faster than the traditional MetaMorpheus search and produce
superior results.

Conclusion:

We report a speedy non-specific enzyme search algorithm that is open-source and
enables search programs to utilize fragment-ion redundancy to achieve a notable increase in search
speed.
Концептуальные аспекты остеосинтеза диафизарных переломов костей голени
Authors: Bilinskyi P.I. , Tsiura Yu.P. , Stetsenko O.P. , Antoniv V.R.
Published: April 2020

На основании биомеханического системного анализа конструкций контактной пластины, LCP-фиксаторов, особенностей течения репаративной регенерации, причин возникновения осложнений и отрицательных результатов разработана концепция малоконтактного многоплоскостного остеосинтеза переломов костей голени. Остеосинтез производится фиксаторами минимального объема и длины, наиболее оптимальной конструкции для конкретной линии излома. Возобновление несущей способности кости происходит при отсутствии на нее давления пластины, многоплоскостном проведении фиксации винтов, наличии элементов взаимодействия их с фиксатором. Это создает с фрагментами стабильную биомеханическую конструкцию «фиксатор — кость», позволяет программировать величину микроподвижности отломков, оптимизировать ход репаративной регенерации. Предложенный фиксатор с положительным результатом применен у 430 пациентов с различными переломами голени.
Результаты лечения мобильной плосковальгусной деформации стоп у детей, больных ДЦП
Authors: Korolkov O.I. , Rakhman P.M.
Published: April 2020

Цель работы: предоставить дифференцированный подход и анализ результатов хирургического лечения мобильной плосковальгусной деформации стоп (МПВДС) у детей, больных детским церебральным параличом (ДЦП). Материалы и методы. Проведен ретроспективный анализ историй болезни 39 пациентов с мобильной плосковальгусной деформацией стоп, со спастическим типом ДЦП, которым были выполнены различные варианты хирургического лечения. Согласно примененному варианту хирургического лечения МПВДС, пациенты были разделены на 3 группы. Результаты. Установлено, что хирургическое лечение МПВДС у детей в возрасте 7–11 лет, больных ДЦП, с использованием методик, изолированно направленных на коррекцию контрактур и сухожильно-мышечного баланса голени и стопы, сопровождается значительным процентом рецидивов (66,7 %). Дополнительное использование малоинвазивной хирургической методики артроэреза подтаранного сустава (АЭПТС) позволяет улучшить клинико-рентгенологические результаты хирургической коррекции МПВДС, однако в 80 % случаев сопровождается развитием хронического болевого синдрома. Клинико-рентгенологически подтверждена эффективность хирургического лечения МПВДС среднего и тяжелой степени у детей старше 12 лет, больных ДЦП, с использованием корректирующей латеральной удлиняющей остеотомии пяточной кости. Разработан и внедрен полый двуступенчатый конусный имплантат для подтаранного артроэреза, который позволяет предупредить возникновение болевого синдрома, снизить частоту миграций и необходимость повторных хирургических вмешательств. Эффективность разработанного имплантата для артроэреза подтаранного сустава доказана при клинической апробации. Выводы. Разработанный алгоритм дифференцированного выбора методики хирургического лечения МПВДС у детей, больных ДЦП, в зависимости от возраста, уровня моторных функций и клинических характеристик МПВДС позволяет провести выбор между малоинвазивными методиками (АЭПТС, вмешательство на мягких тканях) и хирургическими вмешательствами на костях и суставах стопы (корректирующая латеральная остеотомия пяточной кости, артродез крупных суставов заднего и среднего отделов стопы).
Состояние репаративной регенерации костной ткани при поражении тазобедренного сустава у больных ревматоидным артритом и анкилозирующим спондилитом
Authors: Babko A.M. , Gerasymenko A.S. , Panchenko L.M.
Published: April 2020

В статье приведен анализ показателей репаративной регенерации 67 образцов спонгиозы костей, образующих тазобедренный сустав, 26 больных ревматоидным артритом и 30 образцов спонгиозы костей, образующих тазобедренный сустав, 18 больных анкилозирующим спондилитом, которым выполнено эндопротезирование тазобедренного сустава. Проведенные нами исследования выявили существенные отличия в эффективности клонирования колониеобразующих единиц фибробластов среди 105 ядросодержащих клеток костного мозга спонгиозы вертлужной впадины, головки и межвертельной области бедренной кости. Полученные данные объективно отображают состояние репаративной регенерации костной ткани в различных участках тазобедренного сустава у этой сложной категории больных.
Поражение опорно-двигательного аппарата при узелковом полиартериите
Authors: Syniachenko O.V. , Pomazan D.V. , Yermolaieva M.V. , Verzilov S.M.
Published: April 2020

Актуальность. Поражение суставов и периартикулярных тканей является одним из основных признаков всех системных васкулитов (СВ). Сейчас широко обсуждаются изменения опорно-двигательного аппарата при мелкососудистых СВ, ассоциированных с антинейтрофильными цитоплазматическими антителами (микроскопический полиангиит, гранулематоз с полиангиитом Вегенера, эозинофильный гранулематозный полиангиит Черджа — Стросса). Такие исследования при среднесосудистом узелковом полиартериите (УПА) отсутствуют. Цель: оценить характер течения и факторы риска патологии суставов и периартикулярных тканей при УПА, выделить прогностические критерии. Материалы и методы. Под наблюдением находились 39 больных УПА (62 % мужчин и 38 % женщин) в возрасте от 17 до 75 лет (в среднем — 44 года). Длительность заболевания составила в среднем 9 лет, соотношение острого и хронического течения патологического процесса было 1 : 7, минимальной, умеренной и высокой степени активности болезни — 1 : 2 : 2. Результаты. Изменения опорно-двигательного аппарата установлены в 97 % случаев УПА. Периферическая нейропатия диагностирована у 82 % от числа больных, периферический артрит — у 63 %, миозит конечностей — у 56 %, тендовагиниты — у 28 %, энтезопатии — у 23 %, сакроилеит и спондилопатия — соответственно у 21 %, альгодистрофия — у 8 %, что было связано с системными проявлениями болезни (в первую очередь с поражением кожи и сердца), функцией почек (с артритом голеностопных сочленений и формированием лигаментоза), степенью активности патологического процесса (с параметрами активности и тяжести суставного синдрома). Тяжесть артропатии прямо коррелирует с уровнем среднего артериального давления, наличием диастолической дисфункции левого желудочка сердца, тендовагинитов и энтезопатий, при этом уровень периферического сосудистого сопротивления обладает прогностической значимостью в отношении миозита конечностей. Выводы. Поражение опорно-двигательного аппарата наблюдается практически во всех случаях УПА, что требует дальнейшего ­изучения патогенеза такой патологии и разработки индивидуальной медикаментозной технологии лечения больных.
Роль визуализационных методов исследования в диагностике и менеджменте аксиального спондилоартрита
Authors: Golovach I.Yu. , Yehudina Ye.D. , Ter-Vartanіan S.Kh.
Published: April 2020

Трудности диагностики спондилоартритов обусловлены в основном медленным, обычно в течение нескольких лет, развитием характерных рентгенологических изменений (сакроилеит, синдесмофиты и др.). Магнитно-резонансная томография (МРТ) крестцово-подвздошных суставов считается ведущим визуализационным методом исследования в ранней диагностике аксиального спондилоартрита (аксСпА) и играет важную роль в прогнозировании течения этого заболевания. МРТ позволяет выявить воспалительные изменения различных тканей, в первую очередь отек костного мозга, который предшествует развитию структурных изменений. Однако ограниченный доступ к МРТ, высокая стоимость этого исследования и недостаток опыта врачей-диагностов в интерпретации МРТ привели к возрождению интереса к компьютерной томографии (КТ), особенно к разработке протоколов с излучением малой интенсивности для оценки крестцово-подвздошных суставов. Исследования оценки эффективности ингибиторов фактора некроза опухоли у пациентов с нерентгенографическим аксСпА обусловили лучшее понимание роли МРТ и КТ в отборе пациентов, которые могут хорошо отвечать на эту терапию. Диагностическая ценность активных и структурных повреждений для оценки прогностического риска и выбора подходящего лечения также является областью современных исследований. Цель данного обзора литературы — характеристика диагностической оценки аксСпА с использованием обычной рентгенографии, КТ и МРТ и возможности применения различных методов на практике. Обсуждаются новые перспективные данные, поясняющие эволюцию недавно описанных на МРТ поражений и то, как эти данные могут улучшить понимание роли МРТ как диагностического и прогностического инструмента согласно новым рекомендациям ASAS по МРТ-диагностике аксСпА.
Клинико-неврологическая характеристика болевого синдрома и особенности двигательного стереотипа у молодых пациентов, страдающих вертеброгенными дорсалгиями шейно-плечевой локализации
Authors: Kufterina N.S.
Published: April 2020

В статье проанализированы клинико-неврологические особенности болевого синдрома и двигательных паттернов у 95 молодых пациентов, страдающих вертеброгенными дорсалгиями шейно-плечевой области. При визуальной диагностике у 100 % исследуемых пациентов наблюдался неоптимальный двигательный паттерн в сочетании с наличием постурального дисбаланса мышц. Указанные нарушения выявлялись как в статике, так и в динамике и выражались в различных нарушениях телосложения и ходьбы, что определяло формирование клинической картины заболевания. Чаще всего выявлялись сколиоз шейного, грудного и грудопоясничного отделов позвоночника, кифотическая деформация грудного отдела позвоночника, асимметрия ног и плечевого пояса. Нами установлено, какие мышцы чаще всего определяют рефлекторно-мышечные тонические реакции, выраженность болевого синдрома и нарушение движений при вертеброгенных цервикалгиях и цервикобрахиалгиях. Выявлено, что постуральный дисбаланс наблюдался не только в мышцах шеи и плечевого пояса, но и в мышцах грудной клетки, живота, поясницы и тазового пояса, что определяло появление скелетно-мышечных асимметрий. Это приводило к компенсаторной перестройке осевого скелета с перегрузкой мышц верхнего плечевого пояса, что вызывало усиление болевого синдрома в области шеи и плечевого пояса и определяло клиническое течение заболевания. Выявленные патобиомеханические нарушения необходимо учитывать как при диагностике, так и при лечении данного контингента больных.
Особенности клинико-параклинических параметров и коморбидной патологии у больных с диабетической полинейропатией
Authors: Chupryna G. N. , Dubynetska V. N. , Vashenyuk O. L. , Vashenyuk N. O.
Published: April 2020

Актуальность. В данной работе показано наиболее частые изменения в лабораторных и инструментальных методах обследования и распространенную сопутствующую патологию при диабетической полинейропатии. Цель работы – выявить особенности клинико-параклинических параметров и коморбидной патологии у больных с диабетической полинейропатей. Материалы и методы. Осмотрено 70 пациентов в возрасте от 19 до 69 лет, которые болеют сахарным диабетом и имеют диабетическую полинейропатию. У 38 (54 %) пациентов диагностирован сахарный диабет I типа, у 32 (46 %) – сахарный диабет II типа. Средняя продолжительность сахарного диабета – 14,71 года. Все пациенты разделены на возрастные группы: от 19 до 24 лет – юношеский возраст (I группа), от 25 до 44 лет – молодой возраст (II группа), от 45 до 60 лет – средний возраст (ІІІ группа), от 61 до 69 лет – преклонный возраст (IV группа). Использовали общеклинический, клинико-неврологический, лабораторный, инструментальный, нейрофизиологический, статистический методы обследования. Результаты. В первой группе обследованных больных среди жалоб, связанных с диабетической полиневропатией, преобладали общая слабость, жажда и полиурия (60 %), во II группе – онемение, боли в конечностях (84 %) и гипогликемии (61 %), в III и IV группах – онемение и боли в конечностях (91 % и 100 %). В первой группе обследованных больных высокими являются показатели АсАТ и АлАТ, соответственно, 61,8±27,35 Ед/л и 70,6±33,23 Ед/л, чем в других группах. Все группы больных отличаются высокими показателями липопротеинов низкой плотности (0,58±0,23, 1,06±0,27, 1,03±0,14, 0,97±0,20 Ед). В большей части пациентов по ЭКГ наблюдался синусовый ритм. Пациенты всех возрастных групп имеют признаки гепатомегалии. Выводы. Выявлено, что пациенты юношеского возраста имеют высокие показатели гликированного гемоглобина, что в будущем может значительно обременять течение сахарного диабета с точки зрения осложнений. Гепатомегалия указывает на быстрое первоочередное поражения печени при сахарном диабете независимо от возраста и продолжительности болезни. Минимальные изменения при ЭКГ демонстрируют наличие начальных признаков автономной кардиопатии.
Вирусный гепатит С у пациентов с хронической болезнью почек и на заместительной почечной терапии: диагностика и лечение
Authors: Taran O.
Published: April 2020

Всех пациентов с хронической болезнью почек (ХБП) необходимо обследовать на инфицированность вирусным гепатитом С (ВГС), поскольку распространение инфекции, вызванной ВГС, даже у тех, кто не получает диализную терапию, выше, чем в общей популяции. Установлено, что инфицированность ВГС увеличивает риск развития ХБП и способствует прогрессированию ХБП. Особенно часто заражение инфекцией происходит в отделениях заместительной почечной терапии, а противоэпидемические мероприятия по профилактике заражения недостаточно разработаны. Лечению противовирусными препаратами подлежат как пациенты с ХБП, ассоциированной с ВГС, так и пациенты с ХБП и ВГС всех стадий.
Исследование железодефицитных состояний у больных глютензависимыми заболеваниями, находящихся на аглиадиновой диете
Authors: Gubska O.Yu. , Kuzminets А.A. , Naumova O.A. , Rodionova I.A. , Dolko O.A.
Published: April 2020

Актуальность. Железодефицитная анемия (ЖДА) — это наиболее частый внекишечный симптом при целиакии у взрослых. Исследований наличия или отсутствия железодефицита, в том числе скрытого, у пациентов, имеющих как целиакию, так и непереносимость глютена без цели­акии (НГБЦ), ранее в нашей стране не проводилось. Цель исследования: изучить и проанализировать общеклинические и биохимические показатели крови, отражающие наличие анемии и/или железодефицита у больных целиакией и непереносимостью глютена без целиакии, находящихся на АГД. Материалы и методы. В исследование были включены 38 взрослых с диагностированными ранее основными видами непереносимости злаков — целиакией и НГБЦ. Все они находились на диете с полным исключением глютена. Всем исследуемым определялись гематологические показатели: общая железосвязывающая способность сыворотки, содержание эритроцитов, гемоглобина, ферритина, железа и трансферрина крови. Результаты. В результате обследования 38 пациентов, находящихся на аглиадиновой диете продолжительностью 6,5 (IQR 4–12) года, выявлено наличие ЖДА легкой степени у 13,16 % обследованных, при этом латентный железодефицит выявлялся у 18,42 % обследованных. Снижение концентрации сывороточного железа крови отмечено у 23,08 % больных общей группы, но частота железодефицита (в том числе латентного) в обследованной группе по анализу показателей концентрации сывороточного ферритина достигла 31,58 %, превалируя над частотой выявления ЖДА почти вдвое. При этом содержание эритроцитов было нормальным у 100 % обследованных. Среди пациентов с железодефицитом лица с целиакией встречаются чаще, чем среди пациентов с НГБЦ (83,3 и 16,7 % соответственно). Выводы. Больные целиакией и НГБЦ остаются в группе риска по развитию ЖДА, несмотря на то, что они находятся на аглиадиновой диете. Изолированный показатель эритроцитов не является информативным для диагностики не только скрытого железодефицита, но и ЖДА. Изолированный сывороточный уровень железа также не является показательным для диагностики данных состояний. В этом отношении именно ферритин становится наиболее показательным маркером железодефицита. Необходимо целенаправленное наблюдение за этой группой больных с целью выявления скрытых форм микронутриентного дефицита, в частности железа, и осуществления обоснованной, индивидуализированной коррекции их последствий.
Fundamental factors of firm value: Evidence from the cement industry in Indonesia
Authors: Kusumowardhani Widyarti
Published: April 2020

This study aims to analyze the factors which influence firm value. This study uses multiple regression analysis and takes data from three cement companies listed on the IDX. The results of this study concluded that companies must be efficient and keep the debt ratio to maintain the firm value.
Effect of entrepreneurial orientation and knowledge sharing on business performance
Authors: Eko Putra Sri Sentanu I Gede , Praharjo Ardik
Published: April 2020

This study aims to determine the effect of entrepreneurial orientation and knowledge sharing on innovation and business performance on creative industry-based SMEs in Malang City. Entrepreneurial orientation is very important because the creative industry currently has an important role in building the economy. The type of research used is explanatory research using hypothesis testing and quantitative approaches. The number of samples in this study amounted to 57 respondents who were creative industry-based SMEs in Malang City. The research uses descriptive statistics and path analysis. The results of the study show that there is a significant influence between entrepreneurial orientation and knowledge sharing on business performance with innovation capability as a mediating variable.