Ανάλυση του μικροβιώματος σιέλου σε ασθενείς με μη αντιρροπούμενη κίρρωση ήπατος
Authors: Οικονόμου Θεοδώρα 
Published: March 2022

ΕΙΣΑΓΩΓΗ: Η κίρρωση ήπατος αποτελεί αυξανόμενη αιτία νοσηρότητας και θνητότητας παγκοσμίως. Η κατανόηση της παθογένεσης των επιπλοκών θα συμβάλλει στην ορθότερη διαχείριση των ασθενών. Τουλάχιστον την τελευταία δεκαετία είναι γνωστή η συμβολή του εντερικού μικροβιώματος στην εξέλιξη των ηπατικών νοσημάτων. Αναλύσεις του μικροβιώματος σε δείγματα κοπράνων επιβεβαίωσαν την ύπαρξη αλλαγών που χαρακτηρίζουν το δυσβιοτικό μικροβίωμα των ασθενών με κίρρωση. Νεότερα δεδομένα ανέδειξαν τέτοιες αλλαγές και στο μικροβίωμα σιέλου ασθενών με επιπλοκές της κίρρωσης καθώς και σε ασθενείς με ηπατοκυτταρικό καρκίνο (ΗΚΚ). Σύμφωνα με τη θεωρία του άξονα στοματικής κοιλότητας- εντέρου- ήπατος, η αλλαγή του εντερικού μικροβιώματος οφείλεται στην εισβολή μικροβίων από τη στοματική κοιλότητα. ΣΚΟΠΟΣ: Η μελέτη ασθενών με μη αντιρροπούμενη κίρρωση, κάθε αιτιολογίας και με κάθε πιθανή επιπλοκή της νόσου για ανάλυση του μικροβιώματός τους σε δείγματα σιέλου. Ακόμη επιδιώξαμε σύγκριση με βάση υγιείς εθελοντές τους οποίους εξομοιώσαμε με τους ασθενείς. ΥΛΙΚΟ-ΜΕΘΟΔΟΙ: Συμπεριλάβαμε 28 ασθενείς με σταθερή μη αντιρροπούμενη κίρρωση ήπατος, που εξομοιώθηκαν με 26 υγιείς-μάρτυρες. Μεταξύ των ασθενών υπήρχαν πέντε (17.8%) που εμφάνισαν ΗΚΚ. Για τους ασθενείς και τους μάρτυρες εφαρμόστηκαν κριτήρια ένταξης και αποκλεισμού, κυρίως απουσία ενεργού λοίμωξης, μη χρήση αντιβιοτικών/ κορτικοστεροειδών το τελευταίο 3μηνο, αποχή από το αλκοόλ και οι οδοντικές παθήσεις. Σε κάθε έναν από τους συμμετέχοντες ελήφθη δείγμα σιέλου. Συλλέχθηκαν 54 δείγματα στα οποία εφαρμόστηκε αλληλούχιση γονιδιώματος με τεχνολογία next-generation sequencing και ανάγνωση της 16S-rRNA περιοχής των βακτηρίων, προς προσδιορισμό του μικροβιώματος σιέλου. ΑΠΟΤΕΛΕΣΜΑΤΑ: Η ομάδα των ασθενών και των μαρτύρων δεν διέφερε σημαντικά ως προς τα βασικά χαρακτηριστικά. Τα μικρόβια με τις μεγαλύτερες αφθονίες σε επίπεδο φύλου ήταν τα Firmicutes (38.43%), Bacteroidetes (29.88%), Proteobacteria (21.17%), Fusobacteria (4.73%). Υπολογίσαμε τον προτεινόμενο δείκτη δυσβίωσης Firmicutes/Bacteroidetes: βρέθηκε χαμηλότερος στους ασθενείς σε σχέση με τους μάρτυρες (εύρος τιμών: 0.05-2.54 vs 0.28-2.18, p=0.4), χωρίς στατιστικά σημαντική διαφορά ωστόσο. Το φύλο Deinococcus-Thermus βρέθηκε μόνο στα δείγματα των μαρτύρων, ενώ το φύλο Planctomycetes μόνο στους ασθενείς. Στην ανάλυση a-diversity διαπιστώθηκε χαμηλή ποικιλομορφία του μικροβιώματος σιέλου των ασθενών μας, όπως επίσης και στην ομάδα των ασθενών με ΗΚΚ. Στην ανάλυση PCoA (principal coordinate analysis) οι μικροβιακές κοινότητες των ασθενών και των μαρτύρων διαχωρίζονταν και συσπειρώνονταν μεταξύ τους, υποδηλώνοντας την ύπαρξη διαφορών στη σύνθεση του μικροβιώματος, όπως επιβεβαιώθηκε με στατιστική σημαντικότητα στη δοκιμασία PERMANOVA (Permutational Multivariate Analysis of Variance), p=0.008. Ακόμη εφαρμόστηκε ο διαγνωστικός αλγόριθμος Boruta με τον οποίο έγινε επιλογή των πιο αντιπροσωπευτικών μικροβίων σε επίπεδο γένους και επιτεύχθηκε ταξινόμηση των ασθενών και των μαρτύρων με βάση το μικροβίωμα τους, ανάλυση ROC- AUC= 0.815. ΣΥΜΠΕΡΑΣΜΑΤΑ: Οι ασθενείς με σταθερή μη αντιρροπούμενη κίρρωση ήπατος, οποιασδήποτε αιτιολογίας και ιστορικού ρήξης αντιρρόπησης έχουν μειωμένη βακτηριακή ποικιλομορφία και διακριτό μικροβίωμα σε δείγματα σιέλου. Αναδείξαμε την ανάλυση PCoA και τον αλγόριθμο Boruta ως σημαντικά εργαλεία για τη διάκριση των ασθενών έναντι των υγιών μαρτύρων, με βάση το μικροβίωμά τους. Τα ευρήματα της μελέτης μας συμπληρώνουν τη γνώση για το δυσβιοτικό μικροβίωμα στην παθογένεια της κίρρωσης και μάλιστα σε δείγματα σιέλου που είναι πιο εύκολα προσβάσιμο και εύχρηστο. Αναδείξαμε επομένως τη χρησιμότητα της μελέτης του μικροβιώματος σιέλου στην μη αντιρροπούμενη κίρρωση ήπατος, υπονοώντας θεραπευτικές και διαγνωστικές προεκτάσεις.