Aplikasi Teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) dalam Mendeteksi Streptococcus pneumoniae Menggunakan Gen Autolysin (LytA) sebagai Faktor Virulensi dari Spesimen Klinis Sputum
Authors: Hutabarat Mustika Sari , Hamid Firdaus , Mutmainnah Mutmainnah , Latief Nikmatia , Massi Muh. Nassrum 
Published: December 2022

ABSTRACT

The polymerase chain reaction (PCR) technique can be used to detect Streptococcus pneumoniae (pneumococcus) in sputum specimens of Invasive Pneumococcal Disease (IPD) patients. This technique has shown promising results, especially in the detection of community-acquired pneumococcal (PncCAP) community-acquired pneumonia. This study aimed to evaluate the molecular examination method using PCR technique to detect S. pneumoniae isolates using the Autolysin (LytA) gene in the sputum of patients with lower respiratory tract infections and patients suspected of having IPD. The samples collected were 100 sputum samples from patients infected with lower respiratory tract at Wahidin Sudirohusodo General Hospital, Makassar. S. pneumoniae isolates were confirmed by the growth of colonies growing on Blood Agar Plate (BAP) medium, gram staining, catalase test, Optochin-sensitivity test, and PCR test using the Autolysin (LytA) gene. The presence of the Autolysin (LytA) gene can be detected by conventional PCR. A total of 100 samples were gram-positive diplococcus bacteria, of which 93% were positive for catalase tests, 9% were confirmed using the Optochin sensitivity test and 21% of the isolates were confirmed as S. pneumoniae using the PCR-gene LytA. The Autolysin gene (LytA) can be used to detect S. pneumoniae isolates as early identification in clinical sputum samples in hospitals.

Keywords: LytA, Polymerase Chain Reaction (PCR), sputum, Streptococcus pneumoniae

ABSTRAK

Teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) dapat digunakan untuk mendeteksi Streptococcus pneumoniae (pneumokokus) pada spesimen sputum pasien Invasive Pneumococcal Disease (IPD). Teknik ini menunjukkan hasil yang menjanjikan terutama dalam mendeteksi pneumococcal yang terdapat pada masyarakat (Pneumococcal community-acquired pneumonia - PncCAP). Tujuan penelitian ini untuk mengevaluasi metode pemeriksaan molekuler (teknik PCR) untuk mendeteksi isolat S. pneumoniae dengan menggunakan gen Autolysin (LytA) pada sputum pasien infeksi saluran pernapasan bawah dan pasien yang diduga menderita IPD. Sampel yang dikumpulkan adalah 100 sampel sputum dari pasien yang terinfeksi saluran pernapasan bawah di RSUP Wahidin Sudirohusodo, Makassar. Isolat S. pneumoniae dikonfirmasi oleh pertumbuhan koloni yang tumbuh pada medium Blood Agar Plate (BAP), pewarnaan gram, uji katalase, uji sensitivitas Optochin, dan uji PCR dengan menggunakan gen Autolysin (LytA). Adanya gen Autolysin (LytA) dapat terdeteksi oleh PCR konvensional. Sebanyak 100 sampel merupakan bakteri gram positif-diplococcus dengan uji katalase yang negatif 93%, 9% isolat sensitif terhadap uji sensitivitas Optochin, dan 21% isolat dikonfirmasi sebagai S. pneumoniae dengan gen LytA menggunakan PCR. Gen Autolysin (LytA) dapat digunakan untuk mendeteksi isolat S. pneumoniae sebagai identifikasi awal pada sampel klinis sputum di rumah sakit.

Kata kunci : LytA, Polymerase Chain Reaction (PCR), sputum, Streptococcus pneumoniae