ПРИМЕНЕНИЕ MALDI-MS МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ ДЛЯ ДЕТЕКЦИИ SARS-COV-2 В НАЗОФАРИНГИАЛЬНЫХ МАЗКАХ. СИСТЕМАТИЧЕСКИЙ ОБЗОР.
Authors: И.А. Кадырова , А.А. Султанбекова , В.И. Барханская , С.И. Колесниченко , Е.А. Колесникова , А.В. Лавриненко , И.В. Коршуков , Е.К. Беков , С.В. Егоров , Д.Б. Бабенко 
Published: October 2024

Актуальность. Глобальное распространение COVID-19, которое унесло миллионы жизней, показало серьезные проблемы в различных сферах здравоохранения большинства стран, включая Казахстан. Одной из главных задач в борьбе с пандемией стал выбор метода диагностики COVID-19. Метод ПЦР с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) был признан золотым стандартом выявления вируса. Однако, проведенные исследования продемонстрировали эффективность применения метода матричной лазерной десорбции / ионизационной масс-спектрометрии (MALDI-MS) и анализа машинного обучения для обнаружения SARS-CoV-2 в назальных мазках. Цель. Анализ литературы по вопросу использования MALDI-MS масс-спектрометрии для детекции SARS-CoV-2 в назальных мазках человека. Стратегия поиска. Был сделан анализ полнотекстовых публикаций на английском языке за период 2019-2021 года, в базах данных Medline, Scopus. Запрашивались следующие ключевые слова и их комбинации: SARS-CoV-2 and MALDI and “mass spectrometry” and ms. Было идентифицировано 47 статей, из них 37 включены в исследование для изучения. Критерии включения: анализу и обработке подвергались статьи на английском языке за последние 3 года (2019-2021гг), описывающие опыт применения масс-спектрометрии MALDI-TOF MS для детекции SARS-CoV-2 в назальных мазках. Критерии исключении: статьи, не описывающие метод MALDI-MS или биоматериал отличный от назального мазка. Результаты и выводы. Исходя из результатов изученной литературы, использование масс-спектрометрии возможно в качестве альтернативного метода ОТ-ПЦР.

Relevance. The global spread of COVID-19, which has claimed millions of lives, has shown serious problems in various areas of healthcare in most countries, including Kazakhstan. One of the main tasks in the fight against the pandemic was to choose an appropriate method for diagnosing COVID-19. Reverse transcription-PCR (RT-PCR) has been recognized as the gold standard for virus detection. However, studies have demonstrated the effectiveness of matrix laser desorption/ionization mass spectrometry (MALDI-MS) and machine learning analysis to detect SARS-CoV-2 in nasal swabs. Aim. Analysis of the literature on the use of MALDI-MS mass spectrometry for the detection of SARS-CoV-2 in human nasal swabs. Search strategy. An analysis was made of full-text publications in English for the period 2019-2021, in the Medline, Scopus databases. The following keywords and their combinations were requested: SARS-CoV-2 and MALDI and “mass spectrometry” and ms. Forty-seven articles were identified, of which 37 were included in the study for review. Inclusion criteria: Articles in English for the last 3 years (2019-2021) describing the experience of using MALDI-TOF MS mass spectrometry for the detection of SARS-CoV-2 in nasal swabs were analyzed and processed. Exclusion Criteria: Articles that do not describe the MALDI-MS method or a biomaterial other than a nasal swab. Results and conclusions. Based on the results of the studied literature, the use of mass spectrometry is possible as an alternative method of RT-PCR.

Өзектілігі: Миллиондаған адамның өмірін қиғанCOVID-19-дың жаһандық таралуы көптеген елдерде, соның ішінде Қазақстанда да денсаулық сақтау жүйесінің әртүрлі салаларында күрделі проблемаларды көрсетті. Пандемияға қарсы күрестің негізгі міндеттерінің бірі COVID-19 диагностикасының әдісін таңдау болды. Кері транскрипция-ПТР(RT-PCR) вирусты анықтаудың алтын стандарты ретінде таңдалды. Дегенмен, жасалғанзерттеулер мұрын жағындыларында SARS-CoV-2 анықтау үшін матрицалық лазерлік десорбция/ионизация масс-спектрометриясының (MALDI-MS) және машиналық оқыту талдауының тиімділігін көрсетті. Мақсат. Адамның мұрынжағындыларында SARS-CoV-2 анықтау үшінMALDI-MS масс-спектрометриясын қолдану бойынша әдебиеттерді талдау. Iздеу стратегиясы. 2019-2021 жылдар аралығындаMedline, Scopus дерекқорларда ағылшын тіліндегі толық мәтінді жарияланымдарға талдау жасалды. Келесікілт сөздер мен олардың комбинациялары сұралды: SARS-CoV-2 және MALDI және “масс-спектрометрия” және мс. 47 мақала анықталды, оның 37-сі зерттеуге шолу үшін енгізілді. Қосылу критерийлері: мұрын жағындыларында SARS-CoV-2 анықтау үшінMALDI-TOF MS масс-спектрометриясын пайдалану тәжірибесін сипаттайтын соңғы3 жылдағы (2019-2021) ағылшын тіліндегі мақалалар талданды және өңделді. Алып тастау критерийлері: MALDI-MS әдісін немесе мұрын жағындысынан басқа биоматериалды сипаттамайтын мақалалар. Нәтижелер мен қорытындылар. Зерттелген әдебиеттердің нәтижелері бойыншаRT-ПТР балама әдісі ретінде масс-спектрометрияны қолдану мүмкін.