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Comment évaluer les services rendus par l'élevage ? Une première approche méthodologique sur le cas de la France
Authors: RYSCHAWY J. , TICHIT M. , BERTRAND S. , ALLAIRE G. , PLANTUREUX S. , AZNAR O. , PERROT C. , GUINOT C. , JOSIEN E. , LASSEUR J. , AUBERT C. , TCHAKERIAN E. , DISENHAUS C.
Published: January 2020

L’élevage joue un rôle essentiel dans les territoires ruraux au sein desquels il assure de nombreux services économiques, environnementaux et sociaux. Appréhender la multiplicité des services rendus par l’élevage à la société représente donc un enjeu essentiel mais aussi un champ nouveau pour la recherche agronomique. L’objectif de cette étude est de réaliser une première quantification des services rendus par l’élevage en considérant les dimensions économiques, environnementales et sociales. Sur la base de réunions d’experts et de la revue de la littérature, nous avons d’abord proposé une qualification des services rendus par l’élevage pour définir le bouquet de services rendus par l’élevage en France. Nous avons ensuite sélectionné des indicateurs pour quantifier des bouquets de services départementaux à partir des bases de données mobilisables à l’échelle de la France. Nous avons analysé les services et leurs interrelations (synergies ou antagonismes) par une typologie de bouquets de services au niveau départemental. L’analyse met en évidence quatre catégories principales de services : approvisionnement (e.g. quantité et qualité d’aliments), qualité environnementale (e.g. biodiversité, hétérogénéité des paysages), vitalité territoriale (e.g. dynamisme rural et emploi) et identité culturelle (e.g. gastronomie, identité des terroirs). Quatre grands types de bouquets de service ont été mis en évidence présentant des niveaux contrastés d’expression des services. L’analyse de leur distribution géographique a montré une répartition non-aléatoire des types de bouquets. Une perspective de ce travail consistera à étudier les principaux leviers socio-économiques, politiques, écologiques et géographiques impliqués dans la fourniture de services pour informer les décideurs politiques et la société.
Avant-propos - Numéro spécial "Le muscle et la viande"
Authors: MÉDALE F.
Published: January 2020

Numéro spécial "Le muslce et la viande"
Les principales composantes de la qualité des carcasses et des viandes dans les différentes espèces animales
Authors: LEBRET B. , PICARD B.
Published: January 2020

La viande et la chair de poisson constituent une source essentielle de protéines, de vitamines et de micronutriments pour l’alimentation humaine. Les produits carnés représentent une activité économique importante au niveau mondial ; le niveau et l’évolution de leur consommation varient fortement selon les espèces et les zones géographiques. Le volume des  productions doit répondre à l’accroissement de la population mondiale, tout en considérant les composantes environnementales, sociétales et économiques du développement durable. Cet article constitue une introduction générale au numéro spécial « Le muscle et la viande ». Il définit les principales composantes de qualité des carcasses, de la viande ou de la chair communes aux différentes espèces animales. Dans les articles suivants les principales filières (bovin, ovin, porc, poulet, poisson) sont présentées : production, consommation,problèmes de qualité spécifiques et attentes des acteurs, enjeux et questions de recherche prioritaires.
La viande et la carcasse des agneaux : les principales qualités recherchées
Authors: PRACHE S. , BAUCHART D.
Published: January 2020

Bien que la consommation de viande ovine s’érode régulièrement en France depuis 25 ans, la viande d’agneau porte une forte valeur symbolique, culturelle et cultuelle. La filière française est caractérisée par une grande diversité de systèmes de production et de races auxquelles correspondent différents modes d’élevage et d’engraissement des agneaux, avec des conséquences importantes sur la qualité sensorielle et nutritionnelle des carcasses et des viandes. L’objectif de cet article est de faire le point sur les principales qualités demandées à la viande ovine et de présenter les questions de recherches majeures.
Comprendre le développement des muscles et des tissus adipeux : un préalable pour maîtriser les qualités des carcasses et des produits des animaux d’élevage
Authors: BONNET M. , LOUVEAU I. , CASSAR-MALEK I. , LEFAUCHEUR L. , RESCAN P.Y.
Published: January 2020

Les qualités des carcasses et des viandes/chairs des espèces d’intérêt agronomique (mammifères, espèces aviaires et poissons) dépendent en grande partie des caractéristiques et des proportions relatives des différents compartiments tissulaires, principalement les fibres et le tissu conjonctif musculaires et les tissus adipeux. Dans cette revue, nous décrivons la mise en place de ces trois compartiments au cours du développement embryonnaire et foetal, ainsi que leur croissance après la naissance ou l’éclosion. Les fibres musculaires et le tissu conjonctif des muscles du tronc sont issus de domaines embryonnaires distincts de ceux à l’origine des muscles des membres et de la tête. L’origine embryonnaire des adipocytes blancs reste à établir, mais est vraisemblablement multiple et dépendante de la localisation anatomique des tissus adipeux. La croissance post-embryonnaire des muscles et des tissus adipeux implique la prolifération puis la différenciation de cellules progénitrices non-embryonnaires. Le nombre total de fibres musculaires est fixé aux deux tiers ou aux quatre cinquièmes de la gestation chez le bovin et le porc respectivement, et dès la naissance chez les volailles alors qu’il augmente encore après l’éclosion chez certains poissons. Le nombre d’adipocytes augmente durant la croissance foetale et dans une moindre mesure après la naissance. Des interactions entre tissus au cours de la croissance, auparavant suggérées, sont maintenant démontrées par l’identification de protéines sécrétées par les cellules musculaires et adipeuses qui participent au dialogue entre tissus.
Qualités des viandes : influences des caractéristiques des animaux et de leurs conditions d'élevage
Authors: LEBRET B. , PRACHE S. , BERRI C. , LEFÈVRE F. , BAUCHART D. , PICARD B. , CORRAZE G. , MÉDALE F. , FAURE J. , ALAMI-DURANTE H.
Published: January 2020

Cette synthèse présente l’influence des caractéristiques des animaux et de leurs conditions d’élevage sur les qualités des viandes et des chairs des principales espèces animales d’élevage (porc, bovins, ovins, poulets, poissons). Les dimensions intrinsèques (composition des carcasses, qualités sensorielle, nutritionnelle et technologique) et extrinsèques (interactions entre productions animales et environnement, bien-être des animaux, origine des produits, authenticité des pratiques de production…) de la qualité des produits sont considérées. Dans toutes les espèces, le type génétique et la conduite alimentaire sont les principaux déterminants de la composition des carcasses. La nature de l’alimentation des animaux constitue le principal levier pour moduler la qualité nutritionnelle, toutefois le niveau d’enrichissement des viandes et chairs en acides gras, minéraux ou vitamines favorables à la santé humaine varie selon les espèces. Pour une espèce donnée, les caractéristiques des animaux, leurs conditions d’élevage et d’abattage interagissent pour déterminer les propriétés (teneurs en lipides, glycogène, myoglobine…) et le métabolisme péri et post-mortem des muscles, et consécutivement la qualité sensorielle des viandes ou chairs et de leurs produits. A l’inverse, la qualité technologique, composante importante dans les filières porc, poulet et poisson résulte essentiellement du type génétique et des conditions d’abattage des animaux et de transformation des viandes. Dans les différentes filières animales, les qualités extrinsèques des produits font partie intégrante de certaines démarches collectives ou privées et sont garanties aux consommateurs au travers des signes officiels de qualité. Elles visent à améliorer les interactions favorables entre les productions animales et l’environnement et/ou le bien-être des animaux, garantir l’origine des produits et/ou valoriser l’authenticité des méthodes de production et de transformation. Différents exemples sont développés pour illustrer la prise en compte par les acteurs des filières de cette demande croissante des consommateurs et plus largement des citoyens envers leur alimentation.
Stress en élevage et à l’abattage : impacts sur les qualités des viandes.
Authors: TERLOUW E.M.C. , CASSAR-MALEK I. , PICARD B. , BOURGUET C. , DEISS V. , ARNOULD C. , BERRI C. , LE BIHAN-DUVAL E. , LEFÈVRE F. , LEBRET B.
Published: January 2020

On sait depuis longtemps que lorsque les animaux sont stressés pendant la période de l’abattage, le risque de produire des viandes avec des défauts de qualité, notamment les viandes exsudatives et à coupe sombre, augmente. Des études récentes basées sur des approches comportementales, physiologiques et/ou génomiques montrent que des niveaux de stress modérés au cours de l’abattage peuvent également influencer les qualités technologiques et/ou sensorielles des viandes de porc, de bovin, d’ovin, de volaille et des chairs de poisson, expliquant jusqu’à 70% de la variabilité des composantes de qualité entre les animaux. La réactivité au stress d’abattage varie selon les individus et peut être partiellement prédite à partir de leurs réactions lors de tests de réactivité réalisés pendant l’élevage. La réactivité au stress d’un animal dépend en partie de ses expériences antérieures et de son patrimoine génétique. En plus des questions relatives au bien-être animal à l’abattage, il est nécessaire aujourd’hui de mieux comprendre les mécanismes sous-jacents aux effets négatifs du stress sur les qualités des viandes. L’espèce doit être prise en considération, car les causes de stress à l’abattage et les critères de qualité de viandes optimaux varient selon l’espèce. Les mécanismes biologiques impliqués dans les effets du stress sur la viande et la chair varient également en fonction de l’espèce.
Des marqueurs génomiques au service de la qualité de la viande
Authors: PICARD B. , LEBRET B. , CASSAR-MALEK I. , LIAUBET L. , BERRI C. , LE BIHAN-DUVAL E. , LEFEVRE F. , HOCQUETTE J.F. , RENAND G.
Published: January 2020

Le séquençage et l’annotation du génome des principaux animaux producteurs de viande ou de chair, ont permis l’essor des études de génomique au cours de la dernière décennie. Les techniques utilisées concernent d’une part la détection de mutations sur des régions du génome (QTL : « Quantitative Trait Loci »). Cette approche dite de génomique structurale a permis la détection de gènes majeurs (mutations ayant un effet majeur sur un caractère), comme le gène « culard » chez le bovin et le mouton, les gènes halothane et « Rendement Napole » chez le porc. Des QTL associés à une qualité, comme la vitesse de chute de pH chez le poulet, ont été identifiés. D’autre part, le niveau d’expression des gènes mesuré au travers de l’abondance relative d’ARN messagers et de protéines est analysé respectivement dans les études de transcriptomique et de protéomique. Des protéines ou des ARN messagers dont l’abondance est associée à une composante de qualité de viande, ont été identifiés chez le porc, le bovin, le poulet et la truite. Ils constituent des biomarqueurs d’intérêt pour la compréhension et la maîtrise des qualités d’intérêt pour chaque espèce. Le développement en cours d’outils d’évaluation de la qualité à destination des acteurs des filières permettra des applications sur l’animal vivant pour l’évaluation de son potentiel de qualité et l’adaptation de la conduite d’élevage à ce potentiel. Sur la carcasse, ils serviront à orienter sa destination bouchère ou celle des pièces ou morceaux de découpe. Ces biomarqueurs seront également utiles pour fournir des mesures phénotypiques pour la sélection génomique appliquée à la qualité de la viande.
Utilisation de la spectroscopie dans le proche infrarouge et de la spectroscopie de fluorescence pour estimer la la qualité et la traçabilité de la viande
Authors: ANDUEZA D. , MOUROT B.P. , AÏT-KADDOUR A. , PRACHE S. , MOUROT J.
Published: January 2020

Ces dernières années, la spectroscopie dans le proche infrarouge et la spectroscopie de fluorescence ont fait preuve d’une efficacité remarquable pour l’obtention d’estimations rapides et précises des paramètres de qualité des produits agricoles. Cette synthèse fait le point de l’état des connaissances sur l’application de ces technologies pour l’estimation de la qualité de la viande et des produits carnés. Un bref rappel des fondements théoriques des techniques est d’abord exposé. Les possibilités actuelles de leur application analytique aux différents paramètres de la qualité de la viande sont ensuite décrites. Les deux techniques montrent un grand potentiel pour la prédiction des composants du muscle et la détermination des différents paramètres de la qualité de la viande. Cependant, malgré l’important effort de recherche réalisé jusqu’à présent sur le sujet, la plupart des résultats montrent que leur utilisation pratique reste encore limitée. Les causes de ces performances sont décrites. Les résultats de l’utilisation de la spectroscopie dans le proche infrarouge dans une optique de traçabilité sont plus prometteurs. Cette technologie peut être utilisée pour détecter différentes types de viande entrant dans la composition des produits carnés, différencier la viande fraiche de la viande décongelée ou pour authentifier l’alimentation des animaux.
Simulation des potentialités de la sélection génomique chez les bovins laitiers
Authors: COLLEAU J. , FRITZ S. , GUILLAUME F. , BAUR A. , DUPASSIEUX D. , JOURNAUX L. , EGGEN A. , BOICHARD D.
Published: January 2020

Cet article présente une simulation de sélection génomique dans une grande population de bovins laitiers en comparaison à un programme basé sur le testage des taureaux sur descendance. L’accroissement de progrès génétique est maximum (au moins 80% sans augmentation de coût) quand les pères à taureaux, dont les effectifs sont en forte augmentation, sont sélectionnés uniquement sur information génomique, sans testage sur descendance. Avec ce nombre élevé de pères à taureaux, les coefficients de consanguinité et de parenté diminuent, contrairement à ce qu’on aurait pu craindre compte tenu du raccourcissement de l’intervalle entre générations. Au niveau des éleveurs, la recommandation est de choisir les taureaux d’insémination de service (pères des femelles) en nombre suffisant dans l’ensemble des nombreux pères à taureaux génomiques, en opposition complète avec la pratique générale qui, jusqu’en 2009, consistait au contraire à sélectionner un nombre relativement réduit de taureaux de service parmi les taureaux testés et un nombre encore plus faible de pères à taureaux parmi les taureaux de service. Ces résultats, obtenus en 2009, ont jeté les bases de la gestion des populations bovines laitières en France en sélection génomique, mais ils restent tout à fait d’actualité aujourd’hui. Il est en effet essentiel pour la durabilité de la sélection et de la production que le nombre efficace de reproducteurs soit élevé pour limiter l’augmentation de la consanguinité. L’observation des premières années d’application montre que ces préconisations sont relativement bien suivies en moyenne.
Production de viande bovine en Chine et perspectives d’évolution
Authors: HUANG Y. , HOCQUETTE J.F. , PORRY J.L. , CHAUMET J.M. , HUO Y.
Published: January 2020

La consommation de viande bovine a fortement augmenté en Chine depuis la réforme économique et la politique d’ouverture du pays à la fin des années 1970. Cependant, la Chine ne possède pas de véritable filière « viande bovine » avec des partenaires professionnels organisés. De plus, la production augmente avec difficulté. Le ralentissement de la croissance de la production ces dernières années a entraîné une forte hausse du prix de la viande bovine pour le consommateur. La filière « viande bovine » chinoise est face à de nombreux problèmes techniques liés aux pratiques traditionnelles (par exemple, les bovins étaient utilisés comme force de traction pour les travaux agricoles). Ces difficultés entraînent une faible productivité de la filière et s'accompagnent d'une dégradation continue du cheptel de vaches reproductrices en raison de la dispersion des petites fermes paysannes, de la forte réduction des besoins en traction animale, de la faible valorisation des ressources fourragères, du manque de connaissances techniques de la part des petits éleveurs, et du retard dans l’amélioration génétique des races locales. L’amélioration de la technicité est nécessaire notamment pour mieux valoriser les différentes ressources alimentaires des bovins (herbe pâturée ou récoltée, coproduits) et adapter la production à la demande des consommateurs. La structuration de la filière « viande bovine » est également nécessaire pour un élevage durable qui sera amené à prendre en compte d’autres problématiques comme la protection de l’environnement et le bien-être animal.
L’élevage biologique de poulets au risque de la vente en circuits courts
Authors: DARDUIN U. , DELANOË M. , NICOURT C. , CABARET J.
Published: January 2020

Dans un contexte de scandales alimentaires liés à des fraudes, les consommateurs se tournent de plus en plus vers une consommation locale d’aliments sains, produits selon des modes d’élevage considérés comme naturels. Les agriculteurs biologiques ont dès le départ participé au développement de circuits de commercialisation courts. À leur travail de production s’est donc ajoutée une activité de vente, multipliant les tâches et complexifiant la gestion de leur temps. L’articulation entre ces activités sera au cœur de notre étude qui repose sur un corpus de vingt-et-un entretiens menés auprès d’éleveurs de poulets de chair en élevage biologique situés dans différentes régions de France. Nous verrons que le choix de commercialiser en circuits courts implique pour les producteurs de faire face à de nombreux enjeux, de développer de nouvelles compétences et d’organiser leur exploitation en fonction de l’activité de vente.
Performances de croissance et efficacité alimentaire des bovins au pâturage en conditions tropicales : étude par méta-analyse
Authors: BOVAL M. , EDOUARD N. , NAVES M. , SAUVANT D.
Published: January 2020

Les pâturages représentent la principale voie écologiquement satisfaisante pour accroître la production bovine, notamment en zones tropicales. Afin d’évaluer le potentiel des pâturages tropicaux, une méta-analyse des données publiées comportant des estimations fiables du gain de poids vif, des quantités ingérées et de la digestibilité a été réalisée. Le chargement animal constitue un levier majeur de gestion, son accroissement réduisant le gain de poids vif individuel, mais l’augmentant lorsqu’il est exprimé par hectare. Les essais portant sur l’apport de concentré révèlent un effet positif sur le gain de poids vif avec un taux de substitution moyen de 0,76 avec l’ingestion de fourrage. Au pâturage, la matière sèche ingérée digestible est le premier facteur déterminant le gain de poids vif, selon une relation positive curvilinéaire, qui dépend davantage de la matière sèche ingérée que de sa digestibilité. L’ingestion d’énergie métabolisable et les besoins d’entretien ont été estimés respectivement à 5,44 kcal par g de gain de poids vif et à 180 kcal par kg de poids métabolique. Les variations de l’efficacité alimentaire et de ses composantes, l’efficacité digestive et métabolique ont également pu être calculées. Il apparaît que l’efficacité digestive est plus élevée que l’efficacité métabolique, et que l’efficacité alimentaire est davantage liée à l’efficacité métabolique, ces deux dernières étant positivement et fortement très corrélées au gain de poids vif. Les équations établies par cette méta-analyse pourront servir à la construction et l’évaluation d’un modèle mécaniste de l’ingestion et de la croissance de bovins au pâturage en zone tropicale
Actualisation des besoins protéiques des ruminants et détermination des réponses des femelles laitières aux apports de protéines digestibles dans l’intestin
Authors: SAUVANT D. , CANTALAPIEDRA-HIJAR G. , DELABY L. , DANIEL J.B. , FAVERDIN P. , NOZIÈRE P.
Published: January 2020

Dans le cadre de la révision des unités d’alimentation des ruminants (projet INRA « Systali »), les besoins protéiques ainsi que les réponses aux variations des apports protéiques ont été actualisés. Le calcul des besoins d’entretien intègre les trois principales voies de pertes obligatoires azotées, qui aboutissent aux besoins protéiques non productifs : les protéines endogènes fécales, les pertes azotées urinaires endogènes et les pertes de protéines par les phanères. Ces actualisations ont été effectuées par approche factorielle et à partir de méta-analyses de larges bases de données de la littérature. Les nouvelles valeurs de ces besoins en protéines digestibles dans l’intestin (PDI) « non productifs » ont ensuite été appliquées à de nombreuses expériences conduites sur vaches ou chèvres laitières avec pour objectif d’étudier les variations des réponses aux apports protéiques. Pour l’estimation de la réponse de l’efficacité des PDI en protéine de lait (EffPDI), il a été décidé d’appliquer une valeur commune pour les différentes productions de protéines ainsi que pour l’accrétion et la mobilisation des protéines corporelles, liées au bilan d’énergie. EffPDI est une fonction décroissante non linéaire de la concentration en PDI, identique entre les vaches et les chèvres. Il est aussi possible de prédire la réponse de la production des protéines laitières en fonction du niveau d’apport des PDI disponibles et en utilisant, comme situation pivot, soit la production pour EffPDI = 67%, soit le potentiel de production. Les données recueillies ont également permis de calculer, de façon factorielle, les pertes azotées urinaires dont les deux principales causes sont l’inefficacité des PDI et l’état nutritionnel azoté du rumen évalué par le critère de la balance protéique du rumen (BalProRu).
L’épandage de matières fertilisantes d’origine résiduaire sur les prairies comporte-t-il des risques en termes de transfert de polluants organiques et inorganiques vers la chaîne alimentaire ?
Authors: CHATELET A. , FOURNIER A. , JURJANZ S. , LERCH S. , TOUSSAINT H. , DELANNOY M. , FEIDT C. , RYCHEN G.
Published: January 2020

L’objectif de cet article est d’identifier les points de vigilance relatifs aux transferts de polluants inorganiques ou organiques vers les animaux d’élevage via l’ingestion de sol, de plantes, d’eau ou encore de pédofaune, consécutivement à l’épandage de MAtières Fertilisantes d’Origine Résiduaire (MAFOR) sur les prairies. Cette identification consiste à prendre en compte simultanément les quantités de polluants ingérées (quantité de matrice ingérée × concentration du polluant dans cette matrice), la fraction biodisponible et le devenir des polluants au sein de l’organisme. Les études réalisées en conditions de terrain et qui renseignent l’ensemble des données nécessaires pour estimer l’impact des MAFOR épandues sur prairies sont rares et peu conclusives. Elles reposent principalement sur l’application des boues de stations d’épuration sur des prairies et ne permettent pas de comparer l’impact des autres formes de MAFOR. Cependant, en prenant en compte l’ensemble des connaissances sur les transferts de polluants vers les produits animaux, il apparaît que les polluants organiques sont plus fortement absorbés que les Eléments Traces Métalliques (ETM). Seuls les composés peu biotransformés s’accumulent significativement dans les produits animaux. In fine, les polluants organiques se concentrent généralement dans les tissus et produits gras alors que les ETM se retrouvent préférentiellement dans les abats. Cependant, un manque manifeste de connaissances sur le devenir de contaminants organiques émergents (bromés, perfluorés, phtalates et paraffines) ou de certains ETM (vanadium et thallium) doit être signalé. De manière globale, les transferts de polluants organiques et inorganiques vers les produits animaux, suite à l’épandage de MAFOR sur les prairies, ne peuvent être exclus.
Panorama de la production de lait de brebis en France et son évolution depuis 50 ans
Authors: LAGRIFFOUL G. , MORIN E. , ASTRUC J.M. , BOCQUIER F. , De BOISSIEU C , HASSOUN P. , LEGARTO J. , MARNET P.G. , POULET J.L. , BARILLET F.
Published: January 2020

Au cours des 50 dernières années, la production de lait de brebis en Francea progressé en moyenne de 3,6% par an pou atteindre 275 millions de litres. Partant du constat des années 1970 qui identifiait la traite mécanique, les conditions d’élevage et le potentiel génétique laitier des brebis comme les principaux verrous techniques au développement de la production, les grandes évolutions dans ces trois domaines sont retracées. Les solutions techniques, fruits d’un continuum historique entre la recherche et le développement, ont pris en compte les particularités des systèmes d’élevage de brebis laitières comme la pratique de l’allaitement avant la traite des brebis, la taille des élevages, une production saisonnée basée sur la valorisation de l’herbe dans trois territoires de montagnes et se sont appuyées sur l’organisation d’un service global de conseil aux éleveurs. Les travaux d’adaptation aux spécificités ovines, de simplification des pratiques et plus récemment les automatismes ont permis de développer des systèmes de traite performants. L’amélioration génétique des cinq races de brebis laitières françaises repose sur des programmes de sélection efficaces dans leurs bassins de production respectifs en lien avec des systèmes d’élevage diversifiés et des produits de qualité. Si à l’échelle européenne, la France n’est que le cinquième pays producteur de lait de brebis, elle demeure le leader en matière d’encadrement technique avec 60 % des brebis dans des élevages en suivi technique.
DOSSIER : « Brebis laitières en France : 50 ans de recherche et de développement »
Authors: BARILLET F. , HASSOUN P. , ASTRUC J.M. , LAGRIFFOUL G. , MORIN E.
Published: January 2020

Avant-propos
Objectifs de sélection et stratégie raisonnée de mise en oeuvre à l'échelle des populations de brebis laitières françaises
Authors: BARILLET F. , LAGRIFFOUL G. , MARNET P.G. , LARROQUE H. , RUPP R. , PORTES D. , BOCQUIER F. , ASTRUC J.M.
Published: January 2020

L’un des facteurs limitants identifiés dans les années 1950 était le potentiel laitier insuffisant des races de brebis traites en France, qui a initié la collaboration entre profession et recherche qui perdure depuis. Après une phase initiale où les deux stratégies génétiques possibles, croisement ou race pure, ont été explorées, la profession a fait le choix dans les années 1970 de la sélection de chaque race locale dans son terroir de production avec son fromage d’Appélation d’Origine Protégée. La réussite de la sélection des cinq races locales concernées est le fruit d’une démarche raisonnée et optimisée dans l’espace (gestion pyramidale) et dans le temps (la quantité de lait, puis les aptitudes fromagères du lait, puis les caractères fonctionnels de la sphère mammaire), et de la mise en oeuvre d’objectifs de sélection cumulatifs à l’échelle de chacune des populations concernées. Cette démarche est validée par des va-et-vient permanents entre élevages privés et expérimentaux, ou des expérimentations dans les élevages privés : elle a permis de proposer des solutions inédites comme le contrôle laitier qualitatif ponctuel pour les taux butyreux et protéiques, puis pour les comptages de cellules somatiques, tout en permettant de comprendre l’originalité de milieux de sélection induits par le pilotage global au troupeau, susceptible de favoriser des réponses génétiques indirectes durables (capacité d’ingestion, vitesse de traite et aptitude à la monotraite des brebis) bien exploitées par les éleveurs. Cette démarche balisée n’interdit pas de sortir du cadre quand il s’agit de répondre à un objectif stratégique et imprévu, comme la résistance à la tremblante dans les années 1990. La diversification pour chacune des cinq races locales de nouveaux objectifs de sélection (aptitude à la monotraite quotidienne, longévité fonctionnelle, persistance laitière, résistance aux strongles gastrointestinaux) est susceptible d’intervenir avec le démarrage depuis 2015 de la sélection génomique des brebis laitières françaises.
La sélection génomique des ovins laitiers en France
Authors: ASTRUC J.M. , BALOCHE G. , BUISSON D. , LABATUT J. , LAGRIFFOUL G. , LARROQUE H. , ROBERT-GRANIÉ C. , LEGARRA A. , BARILLET F.
Published: January 2020

Après une présentation du contexte de la sélection ovine laitière française et de la stratégie de sélection génomique qui en découle, cet article retrace l’ensemble des travaux de recherche et développement entrepris depuis 2009 pour mettre en oeuvre cette stratégie et qui débouchent sur le déploiement de la sélection génomique en 2015. Sont abordés successivement la constitution des populations de référence, les investissements en méthodes et stratégies de calcul d’index génomique, les résultats de précision des index génomiques en ovins laitiers, l’expérimentation génomique originale mise en oeuvre en race Lacaune, la conception, la modélisation et l’optimisation de schémas de sélection génomique adaptés aux spécificités des races ovines laitières, les choix opérés par les entreprises et organismes de sélection et leurs conséquences organisationnelles et contractuelles. Les perspectives ouvertes par la sélection génomique sont évoquées : inclusion de nouveaux caractères, plus grande flexibilité, meilleure gestion de la variabilité génétique. La sélection génomique est effective depuis 2015 en race Lacaune et devrait être déployée en 2017 dans les races Pyrénéennes.
Recherche française sur les maladies infectieuses des animaux d’élevage : évolution et comparaison à la recherche mondiale
Authors: DUCROT C. , GAUTRET M. , PINEAU T. , JESTIN A.
Published: January 2020

Une base de données bibliométrique établie à partir du Web of Science Core collection® a recensé les articles scientifiques publiés entre 2006 et 2013 dans le domaine des maladies infectieuses et zoonotiques des animaux d’élevage, incluant poissons et abeilles ; seules les revues internationales et les articles rédigés en anglais ont été considérés. La production scientifique française de ce domaine, de 400 publications par an environ, représente 4,3 % de la production scientifique mondiale. L'auteur principal de ces articles est d'équipe françcaise dans 60 % des cas, et le nombre de publications augmente de 3 % par an, à comparer à 5 % au niveau mondial. Quarante-quatre pourcents des articles portent sur les ruminants, 20 % sur les volailles, 11 % les poissons, 10 % le porc, 5 % le lapin, 4 % le cheval, 1 % les abeilles, le reste concernant différentes espèces. Le nombre d'articles est en diminution pour le lapin et le cheval, en augmentation pour les volailles, les poissons, le porc et les abeilles ; 44 % des articles portent sur des virus, 31 % sur des bactéries, 22 % sur des parasites, 5 % sur les prions. Cette distribution et les familles d'agents pathogènes étudiés sont très semblables à ce qui est produit au niveau mondial, aves des nuances. Une collaboration internationale est présente dans 62 % des cas et cette proportion augmente progresssivement. Les principaux pays partenaires sont les pays européens limitrophes de la France, aisnsi ques les États-unis et dans une moindre mesure le Canada la Chine et l'afrique du sud..
Effets de la biomasse et de la quantité d’herbe offerte sur l’ingestion, les performances laitières et le comportement alimentaire des vaches laitières conduites en pâturage tournant : étude par métaanalyse
Authors: DELAGARDE R. , PÉREZ-PRIETO L.A.
Published: January 2020

En pâturage tournant, la gestion du pâturage par les éleveurs détermine en partie les performances des vaches laitières et la valorisation de l’herbe. Deux méta-analyses de la littérature ont été réalisées afin de définir les effets respectifs de la quantité d’herbe offerte (exprimée en kg MS/vache/jour, étudiée à même biomasse d’herbe) et de la biomasse d’herbe (exprimée en kg MS/ha, étudiée à même quantité d’herbe offerte) sur l’ingestion, la production laitière et le comportement alimentaire des vaches. La hauteur à laquelle l’herbe est coupée (0, 2-3 ou 5 cm au-dessus du sol) pour estimer la biomasse d’herbe a été considérée comme un facteur explicatif clé de la variabilité des réponses des vaches. Les relations curvilinéaires décrivant les effets de la quantité d’herbe offerte sur l’ingestion et la production laitière sont conceptuellement identiques et indépendantes de la méthodologie de rélèvement de l’herbe (hauteur de coupe), même si les paramètres des équations restent spécifiques à chaque méthodologie. Les variations d’ingestion et de production laitière sont reliées à des variations importantes de la vitesse d’ingestion, mais peu à celles de la durée d’ingestion. L’effet de la biomasse d’herbe sur l’ingestion, la production laitière et la vitesse d’ingestion est inféodé à la méthodologie de prélèvement de l’herbe (hauteur de coupe) : il peut être positif, nul ou négatif selon la hauteur de coupe de l’herbe choisie (0, 3 ou 5 cm). La quantité d’herbe offerte au- dessus de 3 cm est le meilleur prédicteur des performances des vaches, car elle ne dépend pas de la biomasse d’herbe. Ces résultats permettent de mieux comprendre et prévoir les effets des pratiques sur les performances des vaches laitières en pâturage tournant.
Nutrition et métabolisme : quel lien avec le développement folliculaire et embryonnaire ches les mammifères ?
Authors: DUPONT J. , SCARAMUZZI R.J. , FROMENT P.
Published: January 2020

L’influence du poids et des apports énergétiques sur la fertilité chez les animaux, mais aussi chez l’Homme est reconnue depuis très longtemps. Les animaux ou individus en mauvaise condition, ou perdant du poids, ont généralement des performances reproductives décevantes. Les pertes économiques associées à l’infertilité sont parfois importantes, et dépassent chez le bovin largement le coût de l’insémination et de la semence. De nombreux arguments suggèrent que l’influence de la nutrition sur la reproduction s’exerce par l’intermédiaire des composants du régime alimentaire comme les lipides, le glucose, les acides aminés et les minéraux au niveau de l’axe hypothalamo-hypophysaire et aussi directement au niveau des gonades. Ces effets nutritionnels peuvent aussi s’exercer par une modulation des hormones du métabolisme comme l’insuline, l’insulin-like growth factor 1, l’hormone de croissance, la ghréline, les hormones thyroïdiennes ou encore les hormones produites et secrétées par le tissu adipeux blanc. Dans cette revue nous rapportons les effets connus de ces nutriments et hormones métaboliques sur le développement folliculaire, les cellules ovariennes, la qualité ovocytaire ainsi que sur le développement embryonnaire précoce en prenant l’exemple de différentes espèces de mammifères.
La gestion des nombreux critères de qualité de la viande bovine : une approche complexe
Authors: LEGRAND I , HOCQUETTE Jean-François , DENOYELLE C. , BIÈCHE-TERRIER C.
Published: January 2020

La filière bovine est importante en Europe, mais doit faire face à un contexte économique difficile, notamment en raison d’une baisse régulière de la consommation de viande par personne. Les opérateurs de l’élevage à la transformation dégagent peu de marges et les circuits de commercialisation sont de plus en plus complexes et déconnectés de la carcasse, base sur laquelle est encore rémunéré l’éleveur. En parallèle, les comportements des consommateurs évoluent par leurs lieux d’achat, la nature des produits consommés et les attentes qui se sont diversifiées au fil des années, amenant la recherche et le développement à élargir largement son champ d’action. Alors que les actions étaient centrées sur la production et son efficacité dans les années 1970-80, le champ de recherche a progressivement pris en compte les caractéristiques intrinsèques de la viande que sont les qualités sensorielles, sanitaires et nutritionnelles. S’y sont ajoutées plus récemment des qualités associées au produit (appelées qualités extrinsèques) répondant à des attentes sociétales larges, en lien avec les modes de production : bien-être animal, impact environnemental et durabilité des élevages. Cet article a pour objectif de présenter des approches de recherche transversales et intégrées qui sont souvent les seules à apporter les résultats escomptés, ainsi qu’illustré pour la maîtrise d’un risque sanitaire ou la prédiction de la qualité d’une viande en bouche. Certaines lacunes dans les connaissances subsistent encore sur ces aspects, mais de nombreux résultats sont disponibles, bien qu’ils ne soient pas toujours pris en compte dans les pratiques des opérateurs. Des travaux en lien direct avec les attentes des consommateurs sont de plus en plus nécessaires. La recherche doit apporter des outils intégratifs pour prédire de façon objective les qualités intrinsèques de la viande, mais aussi ses qualités extrinsèques. Un fort besoin d’innovation se fait effectivement ressentir pour conquérir de nouveaux marchés et répondre aux attentes sociétales. La combinaison des qualités intrinsèques et extrinsèques afin de mieux satisfaire les consommateurs est un enjeu majeur pour l’avenir de la filière viande bovine et plus largement de la filière viande de ruminants.
Neurobiologie des fonctions et des comportements
Authors: CHAILLOU E. , TILLET Y. , BAUMONT R.
Published: January 2020

Dossier : Neurobiologie des fontiobns et des comportements
Régulation des émotions chez l’animal d’élevage : focus sur les acteurs neurobiologiques
Authors: MENANT O. , DESTREZ A. , DEISS V , BOISSY A. , DELAGRANGE P. , CALANDREAU L. , CHAILLOU Elodie
Published: January 2020

La question des émotions des animaux d’élevage s’inscrit dans la volonté d’améliorer les conditions d’élevage en prenant en compte leur bien-être. La genèse des émotions repose sur la capacité cognitive des individus à percevoir, évaluer et réagir à leur environnement. La capacité de perception met en jeu différentes sensorialités et participe à la reconnaissance des éléments de l’environnement de l’animal sans nécessairement déclencher d’émotions. Les situations déclenchantes d’émotion les plus étudiées chez les animaux d’élevage sont la nouveauté, la séparation sociale ou la présence d’un être humain. De plus, les réactions émotionnelles, évaluées par les réponses comportementales, endocriniennes et neurovégétatives sont modulées par le genre, l’état physiologique ou certaines hormones comme la mélatonine. Les structures cérébrales du réseau neuronal des émotions sont impliquées dans la perception et le traitement des informations de l’environnement, et/ou dans l’expression des réponses émotionnelles. Chez les animaux d’élevage, les structures cérébrales les plus étudiées sont le système olfactif pour la perception, le cortex frontal et l’amygdale pour le traitement des informations, le noyau paraventriculaire de l’hypothalamus pour les réponses endocriniennes. D’autres travaux suggèrent le rôle potentiel de structures du tronc cérébral dans les réponses neurovégétatives et de la substance grise périaqueducale dans les réponses comportementales et plus largement dans les stratégies d’adaptation. En perspective, il est maintenant nécessaire d’étudier l’impact de l’expérience précoce sur le développement du réseau neuronal des émotions et de mieux comprendre la part de l’évaluation cognitive dans la genèse des émotions.
Les anomalies génétiques : définition, origine, transmission et évolution, mode d'action
Authors: BOICHARD Didier , GROHS C. , DANCHIN-BURGE C. , CAPITAN A.
Published: January 2020

Cet article rappelle les notions et principes relatifs aux anomalies génétiques dont on observe régulièrement des émergences dans les populations animales d’élevage. Ces anomalies proviennent de mutations naturelles et certaines d’entre elles voient leur fréquence augmenter du fait principalement de la dérive génétique, parfois de la sélection. Lorsqu’elles sont dominantes, elles sont généralement rapidement contre-sélectionnées et tendent à disparaître. Mais lorsqu’elles sont  récessives, les cas observables ne représentent qu’une toute petite fraction des individus porteurs. On définit généralement les anomalies génétiques comme des syndromes monogéniques. Toutefois, cette règle a beaucoup d’exceptions, soit parce que l’anomalie se révèle plus complexe qu’initialement supposé, soit parce que le syndrome présente une variabilité phénotypique due à des gènes modulateurs. Les anomalies récessives sont principalement dues à des mutations de type perte de fonction, tandis que les mutations dominantes résultent souvent d’interactions entre gènes ou entre protéines, ou de l’altération d’un gène répresseur. Les anomalies cytogénétiques conduisent à des phénotypes anormaux généralement différents entre types de caryotypes déséquilibrés. Enfin, les anomalies présentent parfois des déterminismes particuliers, par exemple dans le cas de gènes portés par les chromosomes sexuels ou soumis à empreinte parentale.
L’Observatoire National des Anomalies Bovines, son action et ses résultats pour une aide efficace à la gestion des anomalies génétiques
Authors: GROHS Cécile , DUCHESNE A. , FLORIOT S. , DELOCHE M.C. , BOICHARD D. , DUCOS A. , DANCHIN-BURGE C.
Published: January 2020

Le facteur limitant de l’identification des anomalies génétiques dans les populations animales d’élevage est la phase de détection des émergences et de caractérisation clinique. En effet, ces évènements sont rares et mal répertoriés dans les bases nationales d’information génétique. Après différentes expériences passées montrant que des anomalies n’avaient pas été détectées, un Observatoire National des Anomalies Bovines a été mis en place en 2002, rassemblant l’INRA, les acteurs de la sélection animale et les acteurs du monde vétérinaire. L’objectif de cet observatoire est avant tout de collecter les déclarations de cas sur une base normalisée, ainsi que les échantillons biologiques associés, mais aussi d’assurer une veille et une information scientifique et une coordination des actions (www.onab.fr). Les déclarations sont loin d’être exhaustives avec  quelques centaines de dossiers par an. Mais par la bonne couverture géographique, raciale et partenariale de l’ONAB, elles sont sans doute suffisantes pour détecter la plupart des nouvelles émergences. Cet article présente un bilan des activités, en mettant l’accent sur les différentes anomalies rencontrées ainsi que les succès en termes d’identification des mutations causales correspondantes, ouvrant la voie à leur gestion en sélection.
Les anomalies congénitales héréditaires chez le porc
Authors: RIQUET J. , ROUSSEAU S. , MERCAT M.J. , PAILHOUX E. , LARZUL C.
Published: January 2020

Les anomalies congénitales sont définies comme des défauts de structure ou de fonction présents à la naissance. Bien que la fréquence des anomalies congénitales soit relativement faible, leur impact en production porcine est significatif. Elles provoquent le plus souvent un mal-être des animaux et une dépréciation des carcasses à l’abattoir induisant des pertes économiques. Les anomalies congénitales peuvent être de nature diverse, mais les défauts les plus courants rencontrés chez le porcelet sont de type urogénital (les hernies inguinales et scrotales, la cryptorchidie et l’intersexualité). Ces défauts peuvent être dus à des problèmes nutritionnels, aux conditions d’environnement ou à la conduite de l’élevage, mais une part de leur déterminisme est très souvent génétique. Les développements récents des outils de génomique permettent désormais d’entreprendre, à grande échelle, des études d’association afin d’identifier les régions chromosomiques des gènes impliqués. L’identification des mutations causales est devenue une priorité afin de proposer de nouveaux schémas de sélection. L’objectif de cet article est de présenter une synthèse des connaissances génétiques sur les anomalies congénitales les plus fréquentes chez le porc et les stratégies mises en œuvre pour gérer ces défauts en sélection.
Prise en compte des anomalies génétiques en sélection : le cas des bovins
Authors: BOICHARD D. , GROHS C. , MICHOT P. , DANCHIN-BURGE C. , CAPITAN A. , GENESTOUT L. , BARBIER S. , FRITZ S.
Published: January 2020

Pendant plusieurs dizaines d’années après la mise en place des programmes de sélection génétique, la découverte de nouvelles anomalies est restée sporadique. Cela a incité jusqu’à présent les gestionnaires de ces programmes à appliquer une politique d’éradication drastique des reproducteurs porteurs, combinée à la procréation de futurs reproducteurs non porteurs. Mais la situation est en train de changer avec l’avènement de la sélection génomique et des technologies associées, qui permettent de détecter les anomalies plus rapidement et donc en plus grand nombre. Il est donc indispensable de faire évoluer la façon de les prendre en compte dans les programmes de sélection. Un état de la situation dans la population doit d’abord être établi en estimant la fréquence allélique de l’anomalie et en caractérisant le statut des reproducteurs les plus importants avec les tests moléculaires disponibles, en particulier avec les puces à « Single Nucleotide Polymorphism » (SNP). Dans certains cas, une prédiction indirecte, à partir d’haplotypes ou d’imputation, permet de connaître le statut à la mutation des reproducteurs plus anciens avec une forte probabilité sans nécessité de ré-analyser leur ADN. Une fois ce bilan établi, les mesures à prendre dépendent du poids économique des anomalies qui est fonction de deux paramètres, le coût par individu atteint et la fréquence allélique dans la population. La méthode optimale permettant une éradication progressive des anomalies repose sur l’utilisation d’un objectif de sélection combinant les anomalies aux autres caractères. Une phase délicate à gérer, principalement au travers des accouplements, est celle de l’utilisation de reproducteurs porteurs durant la période de transition entre la découverte de l’anomalie et l’éradication complète. Enfin, il est rappelé qu’une mesure simple permettant de limiter l’émergence de nouvelles anomalies est d’utiliser un nombre élevé de reproducteurs tout en restreignant leur taille de descendance.
Permafrost Hydrology Research Domain: Process-Based Adjustment
Authors: Tananaev Nikita , Teisserenc Roman , Debolskiy Matvey
Published: January 2020

Permafrost hydrology is an emerging discipline, attracting increasing attention as the Arctic region is undergoing rapid change. However, the research domain of this discipline had never been explicitly formulated. Both 'permafrost' and 'hydrology' yield differing meanings across languages and scientific domains, hence 'permafrost hydrology' serves as an example of linguistic relativity. The differing views of permafrost as either an ecosystem class or a geographical region, and hydrology as a discipline concerned with either landscapes or generic water bodies, maintain a language-specific touch in the definition of permafrost hydrology. From this point of view, the English and Russian usage of this term is explained. A universal process-based definition is further proposed, developed on a specific process assemblage, including (i) water table dynamics caused by migration of an upper aquitard through freeze–thaw processes; (ii) water migration in soil matrix, driven by phase transitions in the active layer; (iii) transient water storage in solid state in the subsurface compartment. This definition is shown to fill the niche in existing vocabulary, and other definitions from northern hydrology field are revisited.