bluuebunny/crossref_metadata_2025 huggingface dataset:
Development and Assessment of the Systematically Merged Pacific Ocean Regional Temperature and Salinity (SPORTS) Climatology for Ocean Heat Content Estimations
Authors: McCaskill Claire , Shay Lynn K. , Brewster Jodi K. , Meyers Patrick C.
Published: June 2016

A Systematically Merged Pacific Ocean Regional Temperature and Salinity (SPORTS) climatology was created to estimate ocean heat content (OHC) for tropical cyclone (TC) intensity forecasting and other applications. A technique similar to the creation of the Systematically Merged Atlantic Regional Temperature and Salinity (SMARTS) climatology was used to blend temperature and salinity fields from the Generalized Digital Environment Model and World Ocean Atlas 2001 at a 0.25° resolution. The weights for the blending of these two climatologies were estimated by minimizing residual covariances across the basin. Drift velocities associated with eddy variability were accounted for using a series of 3-yr sea surface height anomalies (SSHA) to ensure continuity between the periods of different altimeters. In addition to producing daily estimates of the 20° and 26°C isotherm depths, mixed-layer depth, and OHC, the model produces mapping errors from the optimal interpolation of the SSHA due to gaps in altimeter track coverage and sensor uncertainties.

Using SPORTS with satellite-derived sea surface temperature (SST) and SSHA fields from radar altimetry, daily OHC was estimated from 2000 to 2011 using a 2.5-layer model approach. Argo profiling floats, expendable probes from ships and aircraft, long-term Tropical Atmosphere Ocean (TAO) moorings, and drifters provide more than 267 000 quality controlled in situ thermal profiles to assess uncertainty in estimates from SPORTS. This carefully constructed climatology creates an accurate estimation of OHC from satellite-based measurements, which can then be used in TC intensity forecasts in the North Pacific Ocean and analysis of ocean thermodynamics. The SPORTS time and space series extends from 1998 to 2016, forming a 19-yr dataset by the end of 2016.
Using Convection-Allowing Ensembles to Understand the Predictability of an Extreme Rainfall Event
Authors: Nielsen Erik R. , Schumacher Russ S.
Published: June 2016

This research uses convection-allowing ensemble forecasts to address aspects of the predictability of an extreme rainfall event that occurred in south-central Texas on 25 May 2013, which was poorly predicted by operational and experimental numerical models and caused a flash flood in San Antonio that resulted in three fatalities. Most members of the ensemble had large errors in the location and magnitude of the heavy rainfall, but one member approximately reproduced the observed rainfall distribution. On a regional scale a flow-dependent diurnal cycle in ensemble spread growth is observed with large growth associated with afternoon convection, but the growth rate then reduced after convection dissipates the next morning rather than continuing to grow. Experiments that vary the magnitude of the perturbations to the initial and lateral boundary conditions reveal flow dependencies on the scales responsible for the ensemble growth and the degree to which practical (i.e., deficiencies in observing systems and numerical models) and intrinsic predictability limits (i.e., moist convective dynamic error growth) affect a particular convective event. Specifically, it was found that large-scale atmospheric forcing tends to dominate the ensemble spread evolution, but small-scale error growth can be of near-equal importance in certain convective scenarios where interaction across scales is prevalent and essential to the local precipitation processes. In a similar manner, aspects of the “upscale error growth” and “downscale error cascade” conceptual models are seen in the experiments, but neither completely explains the spread characteristics seen in the simulations.
Normalisation Process Theory and the Implementation of Resident Assessment Instrument–Home Care in Saskatchewan, Canada
Authors: Toye Colleen R. A.
Published: June 2016

Meeting the health needs of the community client in Saskatchewan, Canada, has been theoretically improved by the home care program’s adoption of an electronic client assessment system, Resident Assessment Instrument–Home Care (RAI-HC). Valid and reliable client outcome data are generated from a completed RAI-HC, and available to home care and its assessor coordinators to support clinical and program decisions. To realize the benefits of RAI-HC, user comprehension and application of this system in totality is central. This study fostered an understanding of the association of normalisation process theory (NPT) with the implementation, utilization, and integration of RAI-HC within home care practice in Saskatchewan. The findings suggest encumbered utilization and integration of RAI-HC into day-to-day home care practice, and a parallel relationship with NPT.
A fixed point theorem for weakly inward A-proper maps and application to a Picard boundary value problem
Authors: Cremins Casey T
Published: June 2016

A fixed point theorem for weakly inward A-proper maps defined on cones in Banach spaces is established using a fixed point index for such maps. The result generalizes a theorem in Deimling (Nonlinear Functional Analysis, 1985) for weakly inward maps defined on a cone in $\mathbb{R}^{n}$

R
n

. We then apply the theorem to a Picard boundary value problem and obtain the existence of a positive solution.
3D reconstruction of biological structures: automated procedures for alignment and reconstruction of multiple tilt series in electron tomography
Authors: Phan Sébastien , Boassa Daniela , Nguyen Phuong , Wan Xiaohua , Lanman Jason , Lawrence Albert , Ellisman Mark H.
Published: June 2016

Transmission electron microscopy allows the collection of multiple views of specimens and their computerized three-dimensional reconstruction and analysis with electron tomography. Here we describe development of methods for automated multi-tilt data acquisition, tilt-series processing, and alignment which allow assembly of electron tomographic data from a greater number of tilt series, yielding enhanced data quality and increasing contrast associated with weakly stained structures. This scheme facilitates visualization of nanometer scale details of fine structure in volumes taken from plastic-embedded samples of biological specimens in all dimensions. As heavy metal-contrasted plastic-embedded samples are less sensitive to the overall dose rather than the electron dose rate, an optimal resampling of the reconstruction space can be achieved by accumulating lower dose electron micrographs of the same area over a wider range of specimen orientations. The computerized multiple tilt series collection scheme is implemented together with automated advanced procedures making collection, image alignment, and processing of multi-tilt tomography data a seamless process. We demonstrate high-quality reconstructions from samples of well-described biological structures. These include the giant Mimivirus and clathrin-coated vesicles, imaged in situ in their normal intracellular contexts. Examples are provided from samples of cultured cells prepared by high-pressure freezing and freeze-substitution as well as by chemical fixation before epoxy resin embedding.
Discussions and Communications
Authors: LAMB GEORGE R.
Published: June 2016

To the Editor:

In his paper in the April and July 1942 issues of GEOPHYSICS, Dr. Sharpe gives a very enlightening analytic solution to the problem of the wave motion generated in an elastic medium by application of a pressure of arbitrary form to the interior surface of a spherical cavity. It is very encouraging to find that deductions regarding the relation of the amplitude and frequency of the generated wave to the physicai characteristics of the medium agree so well with empirical operation. A thorough understanding of the explosion process and its accompanying wave phenomena is a prerequisite to the final refinement of the seismograph as a tool of Exploration Geophysics. It is to be hoped that Dr. Sharpe and his colleagues, as well as others, will continue the combined analytic and experimental attack.
DISCUSSIONS AND COMMUNICATIONS: STATUS OF THE FEDERAL EXPLOSIVES ACT
Authors: Kintz G. M.
Published: June 2016

Because of recent statements in the press and the elimination of the office of licensing agents, many persons are confused regarding the status of the Federal Explosives Act. This Act is still in full force, and any person violating its provisions is still subject to the penalties provided.
On Anomalous Propagation of Radio Waves in Earth Strata
Authors: Wait James R.
Published: June 2016

Reports have been made from time to time on the possibility of radio transmission to great depths in the earth of the order of 1,000 feet or more. (Barrett, 1949 and 1952). From the standpoint of conventional theory this would appear to be a rather unusual situation. For example for a typical rock resistivity of IO4 ohm-cm and a frequency of 1,600 kc the classical electrical “skin depth” δ is equal to 4 metres or about 13 feet. This corresponds to attenuations of the order of one decibel per foot.
Comprehensive Audiometric Analysis of Hearing Impairment and Tinnitus After Cisplatin-Based Chemotherapy in Survivors of Adult-Onset Cancer
Authors: Frisina Robert D. , Wheeler Heather E. , Fossa Sophie D. , Kerns Sarah L. , Fung Chunkit , Sesso Howard D. , Monahan Patrick O. , Feldman Darren R. , Hamilton Robert , Vaughn David J. , Beard Clair J. , Budnick Amy , Johnson Eileen M. , Ardeshir-Rouhani-Fard Shirin , Einhorn Lawrence H. , Lipshultz Steven E. , Dolan M. Eileen , Travis Lois B.
Published: June 2016

Purpose

Cisplatin is widely used but highly ototoxic. Effects of cumulative cisplatin dose on hearing loss have not been comprehensively evaluated in survivors of adult-onset cancer.

Patients and Methods

Comprehensive audiological measures were conducted on 488 North American male germ cell tumor (GCT) survivors in relation to cumulative cisplatin dose, including audiograms (0.25 to 12 kHz), tests of middle ear function, and tinnitus. American Speech-Language-Hearing Association criteria defined hearing loss severity. The geometric mean of hearing thresholds (0.25 to 12 kHz) summarized overall hearing status consistent with audiometric guidelines. Patients were sorted into quartiles of hearing thresholds of age- and sex-matched controls.

Results

Increasing cumulative cisplatin dose (median, 400 mg/m2; range, 200 to 800 mg/m2) was significantly related to hearing loss at 4, 6, 8, 10, and 12 kHz (P trends, .021 to < .001): every 100 mg/m2increase resulted in a 3.2-dB impairment in age-adjusted overall hearing threshold (4 to 12 kHz; P < .001). Cumulative cisplatin doses > 300 mg/m2were associated with greater American Speech-Language-Hearing Association–defined hearing loss severity (odds ratio, 1.59; P = .0066) and worse normative-matched quartiles (odds ratio, 1.33; P = .093) compared with smaller doses. Almost one in five (18%) patients had severe to profound hearing loss. Tinnitus (40% patients) was significantly correlated with reduced hearing at each frequency (P < .001). Noise-induced damage (10% patients) was unaffected by cisplatin dose (P = .59). Hypertension was significantly related (P = .0066) to overall hearing threshold (4 to 12 kHz) in age- and cisplatin dose–adjusted analyses. Middle ear deficits occurred in 22.3% of patients but, as expected, were not related to cytotoxic drug dosage.

Conclusion

Follow-up of adult-onset cancer survivors given cisplatin should include routine inquiry for hearing status and tinnitus, referral to audiologists as clinically indicated, and hypertension control. Patients should be urged to avoid noise exposure, ototoxic drugs, and other factors that further damage hearing.
Simulation-based Education for Endoscopic Third Ventriculostomy: A Comparison Between Virtual and Physical Training Models
Authors: Breimer Gerben E. , Haji Faizal A. , Bodani Vivek , Cunningham Melissa S. , Lopez-Rios Adriana-Lucia , Okrainec Allan , Drake James M.
Published: June 2016

BACKGROUND: The relative educational benefits of virtual reality (VR) and physical simulation models for endoscopic third ventriculostomy (ETV) have not been evaluated “head to head.”

OBJECTIVE: To compare and identify the relative utility of a physical and VR ETV simulation model for use in neurosurgical training.

METHODS: Twenty-three neurosurgical residents and 3 fellows performed an ETV on both a physical and VR simulation model. Trainees rated the models using 5-point Likert scales evaluating the domains of anatomy, instrument handling, procedural content, and the overall fidelity of the simulation. Paired t tests were performed for each domain's mean overall score and individual items.

RESULTS: The VR model has relative benefits compared with the physical model with respect to realistic representation of intraventricular anatomy at the foramen of Monro (4.5, standard deviation [SD] = 0.7 vs 4.1, SD = 0.6; P = .04) and the third ventricle floor (4.4, SD = 0.6 vs 4.0, SD = 0.9; P = .03), although the overall anatomy score was similar (4.2, SD = 0.6 vs 4.0, SD = 0.6; P = .11). For overall instrument handling and procedural content, the physical simulator outperformed the VR model (3.7, SD = 0.8 vs 4.5; SD = 0.5, P < .001 and 3.9; SD = 0.8 vs 4.2, SD = 0.6; P = .02, respectively). Overall task fidelity across the 2 simulators was not perceived as significantly different.

CONCLUSION: Simulation model selection should be based on educational objectives. Training focused on learning anatomy or decision-making for anatomic cues may be aided with the VR simulation model. A focus on developing manual dexterity and technical skills using endoscopic equipment in the operating room may be better learned on the physical simulation model.
Assessment of the Minimum Clinically Important Difference in the Timed Up and Go Test After Surgery for Lumbar Degenerative Disc Disease
Authors: Gautschi Oliver P. , Stienen Martin N. , Corniola Marco V. , Joswig Holger , Schaller Karl , Hildebrandt Gerhard , Smoll Nicolas R.
Published: June 2016

BACKGROUND: The Timed Up and Go Test (TUG Test) has previously been described as a reliable tool to evaluate objective functional impairment in patients with degenerative disc disease.

OBJECTIVE: The aim of this study was to assess the minimum clinically important difference (MCID) of the TUG Test.

METHODS: The TUG Test (measured in seconds) was correlated with validated patient-reported outcome measures (PROs) of pain intensity (Visual Analog Scale for back and leg pain), functional impairment (Oswestry Disability Index, Roland Morris Disability Index), and health-related quality of life measures (Short Form-12 and EuroQol 5D). Three established methods were used to establish anchor-based MCID values using responders of the following PROs (Visual Analog Scale back and leg pain, Oswestry Disability Index, Roland Morris Disability Index, EuroQol 5D index, and Short Form-12 Physical Component Summary) as anchors: (1) average change, (2) minimum detectable change, and (3) change difference approach.

RESULTS: One hundred patients with a mean ± SD age of 56.2 ± 16.1 years, 57 (57%) male, 45 patients undergoing microdiscectomy, 35 undergoing lumbar decompression, and 20 undergoing fusion surgery were studied. The 3 MCID computation methods revealed a range of MCID values according to the PRO used from 0.9 s (Oswestry Disability Index based on the change difference approach) to 6.0 s (EuroQol 5D index based on the minimum detectable change approach), with a mean MCID of 3.4 s for all measured PROs.

CONCLUSION: The MCID for the TUG Test time is highly variable depending on the computation technique used. The average TUG Test MCID was 3.4 s using all 3 methods and all anchors.
Υλοποίηση σχεδίων εργασίας με χρήση τoυ διαδικτύου: Η συμβολή τους στα κίνητρα για μάθηση της Αγγλικής ως ξένης γλώσσας
Authors: ΦΡΑΓΚΟΥΛΗΣ Ιωσήφ , ΤΣΙΠΛΑΚΙΔΗΣ Ιάκωβος
Published: June 2016

Ενώ σε θεωρητικό επίπεδο υπάρχει  πλούσια βιβλιογραφία σχετικά με τη χρήση των σχεδίων εργασίας με τη χρήση του διαδικτύου στη διδασκαλία της αγγλικής ως ξένης γλώσσας, λίγες είναι οι εμπειρικές έρευνες που εστιάζονται σε πρακτικό επίπεδο. Ο σκοπός της εργασίας είναι να γεφυρώσει αυτό το ερευνητικό κενό, εξετάζοντας σε θεωρητικό και κυρίως σε πρακτικό επίπεδο τη συμβολή των σχεδίων εργασίας με χρήση του διαδικτύου σε σχέση με: α) με τα κίνητρα μάθησης μαθητών με χαμηλές επιδόσεις, και β) την επίδοσή τους στο μάθημα της αγγλικής γλώσσας. Υποστηρίζουμε ότι η εκπαιδευτική θεωρία και πράξη πρέπει να συμβαδίζουν, και ότι οι εκπαιδευτικοί χρειάζεται να κάνουν χρήση σύγχρονων μεθόδων και τεχνικών διδασκαλίας. Μια τέτοια προσέγγιση έχει θετικά αποτελέσματα στην επαγγελματική ανάπτυξη των εκπαιδευτικών, στην αποτελεσματική αξιοποίηση σύγχρονων διδακτικών μεθόδων και εκπαιδευτικών εργαλείων, στα κίνητρα των μαθητών, και συνεπώς στην επίδοσή τους στο μάθημα της ξένης γλώσσας.
Ενδοεταιρικές θεματικές ομάδες γνώσης: μια μορφή δια βίου και συνεχιζόμενης μάθησης, συντελεστής επιχειρηματικής ευφυίας και παράγοντας προσωπικής ανάπτυξης
Authors: ΠΑΛΛΑΔΑ Ανναμπέλλα
Published: June 2016

Στην παρούσα εργασία παρουσιάζονται αρχικά οι βασικές έννοιες που σχετίζονται με τη Δια Βίου και Συνεχιζόμενη Μάθηση, τη Διαχείριση Γνώσης, την Επιχειρηματική Ευφυία και την Προσωπική Ανάπτυξη, θεμελιώνοντας σε θεωρητικό επίπεδο τον συσχετισμό και τις αλληλεπιδράσεις τους. Ακολούθως γίνεται σύντομη παρουσίαση μίας ενδοεταιρικής “Θεματικής Ομάδας Γνώσης” η οποία έχει οργανωθεί και λειτουργεί στην Κοινωνία της Πληροφορίας Α.Ε.. Στη βάση των παραπάνω στοιχείων, τεκμηριώνεται και έμπρακτα η θέση ότι ο κατάλληλος σχεδιασμός, η οργάνωση και η λειτουργία μιας τέτοιας ομάδας αποτελεί μία μορφή Δια Βίου και Συνεχιζόμενης Μάθησης, η οποία υποστηρίζει και εξελίσσει(ταυτόχρονα και αλληλεπιδραστικά), την Επιχειρηματική Ευφυία και την Προσωπική Ανάπτυξη, μέσω της συλλογικής, αλλά και της ατομικής Διαχείρισης Γνώσης. Τέλος, παρουσιάζονται σε σύνοψη, τα κύρια οφέλη - πλεονεκτήματα, τα ενδεχόμενα μειονεκτήματα, καθώς και οι βασικοί κρίσιμοι παράγοντες επιτυχίας μιας ενδοεταιρικής Θεματικής Ομάδας Γνώσης.
Educational scenarios and social networking
Authors: Ιορδανίδου Σ. , Χουλιάρα Ξ.
Published: June 2016

Οι Τεχνολογίες Πληροφορίας και Επικοινωνίας (ΤΠΕ) και ειδικότερα η έντονη διαδικτυακή δραστηριότητα των κοινωνικών δικτύων είναι μια σύγχρονη ψηφιακή τεχνολογία που χρησιμοποιείται τόσο για την ενίσχυση της παραδοσιακής διδασκαλίας όσο και για την υποστήριξή της από απόσταση διδασκαλίας μέσω διαδικτύου. Η ανάπτυξή τους ξεκίνησε από τους ίδιους τους χρήστες, δηλαδή κοινότητες ανθρώπων που έχουν κοινά ενδιαφέρονται και διαχειρίζονται δημιουργικά τα χαρακτηριστικά του Διαδικτύου για να μοιραστούν και να αναπτύξουν κοινά ενδιαφέροντα και προσδοκίες. Η παρούσα εργασία έχει σαν σκοπό την ανάπτυξη ενός σεναρίου μάθησης για την αξιοποίηση των ΤΠΕ στη διδασκαλία παρασκευής χορτόπιτας σε Επαγγελματική Σχολή Αρτοποιίας- Ζαχαροπλαστικής. Ειδικότερα εφαρμόστηκαν ιστοεξερευνήσεις από τους μαθητές, συμπληρωθήκαν φύλλα εργασίας και πραγματοποιήθηκε αλληλεπίδραση με επαγγελματίες του κλάδου της αρτοζαχαροπλαστικής μέσω του κοινωνικού δικτύου facebook.
Ανοικτοί Εκπαιδευτικοί Πόροι και Ανοικτά Μαθήματα στην Πανεπιστημιακή Εκπαίδευση
Authors: Παπαδημητρίου Σοφία , Λιοναράκης Αντώνης
Published: June 2016

Οι Ανοικτοί Εκπαιδευτικοί Πόροι (ΑΕΠ) εστιάζουν στην παραγωγή, αδειοδότηση, χρήση, επαναχρησιμοποίηση μαθησιακών πηγών και στην προσβασιμότητα τους από εκδόσεις ανοικτής πρόσβασης, ως δημόσια αγαθά. Ένα δομημένο υποσύνολο των ΑΕΠ, τα Ανοικτά Προγράμματα Σπουδών, αφορούν την ελεύθερη και ανοικτή ψηφιακή δημοσίευση υψηλής ποιότητας εκπαιδευτικών υλικών πανεπιστημιακού επιπέδου, τα οποία οργανώνονται σαν μαθήματα περιλαμβάνοντας συχνά, τον σχεδιασμό των προγραμμάτων σπουδών, εργαλεία αξιολόγησης, καθώς και θεματικό περιεχόμενο. Στο άρθρο παρουσιάζεται η δυναμική των ΑΕΠ στην κατεύθυνση της δραστικής μείωσης του κόστους του εκπαιδευτικού υλικού των προγραμμάτων σπουδών, κάνοντας τις ανώτατες σπουδές πιο προσιτές για εκατομμύρια φοιτητών. Στοχεύοντας στην ανοικτή εκπαίδευση οι ΑΕΠ παρουσιάζουν τη στρατηγική ευκαιρία να βελτιώσουν την ποιότητα της πανεπιστημιακής εκπαίδευσης και να διευκολύνουν το διάλογο σχετικά με την αντίστοιχη εκπαιδευτική πολιτική, τη διάδοση της γνώσης και την οικοδόμηση ικανοτήτων.
Επικοινωνία φοιτητών εκπαιδευτή σε ένα πλαίσιο εξ αποστάσεως εκπαίδευσης: Αντιλήψεις των φοιτητών του Ελληνικού Ανοικτού Πανεπιστημίου (Ε.Α.Π.) για την ανατροφοδότηση των γραπτών τους εργασιών
Authors: Σιούλης Ηρακλής , Γαρδικιώτης Αντώνης
Published: June 2016

Έρευνες των τελευταίων ετών αναγνωρίζουν την ποιοτική ανατροφοδότηση ως σημαντικό παράγοντα της μαθησιακής εξέλιξης. Η μορφή της παρεχόμενης ανατροφοδότησης αποτελεί παραδοσιακά ένα αντικείμενο με το οποίο ασχολείται αποκλειστικά ο εκπαιδευτικός σχεδιασμός των επίσημων φορέων εκπαίδευσης. Στα πλαίσια ενός μαθητο-κεντρικού μοντέλου που προβάλλεται τα τελευταία έτη ως αναγκαία συνθήκη για τη βελτίωση της εκπαίδευσης, έχει ιδιαίτερη αξία η άποψη των φοιτητών για μία σημαντική εκπαιδευτική διεργασία όπως η ανατροφοδότηση. Η παρούσα μελέτη εξετάζει τις αντιλήψεις των μεταπτυχιακών φοιτητών για τηνανατροφοδότηση που λαμβάνουν στις γραπτές τους εργασίες, ώστε να διαπιστωθεί σε ποιο βαθμό υποστηρίζονται μαθησιακά. Στην έρευνα συμμετείχαν μεταπτυχιακοί φοιτητές του Ε.Α.Π. (n=296), οι οποίοι εξέφρασαν τις απόψεις τους σε θέματα μορφής, ποιότητας και χρησιμότητας της ανατροφοδότησης που λαμβάνουν, καθώς και στον τύπο ανατροφοδότησης που θεωρούν ότι θα λειτουργούσε αποτελεσματικότερα για αυτούς. Παράλληλα, διερευνήθηκαν θέματα κατανόησης, αλληλεπίδρασης, συναισθηματικής επιρροής, επικοινωνίας και εκπαιδευτικού σχεδιασμού. Οι φοιτητές εκτός από τις απόψεις τους για τον τύπο της ανατροφοδότησης που λαμβάνουν και τα προβλήματα που θεωρούν ότι έχει στο να τους υποστηρίξει σε μεγαλύτερο βαθμό, παρείχαν και προτάσεις που πιστεύουν πως αν ληφθούν υπόψη στον εκπαιδευτικό σχεδιασμό του Ε.Α.Π., θα βελτιώσουν την διεργασία της ανατροφοδότησης. Τα ευρήματα της έρευνας επικυρώνουν αντίστοιχα ευρήματα ερευνών πεδίου που εκπονήθηκαν την τελευταία κυρίως δεκαετία.
Εποικοδομητικό Διεπιστημονικό Πρόγραμμα Διαδικασίας: «Φασισμός: Εκπαίδευση και Νεολαία κατά το δικτατορικό καθεστώς Μεταξά»
Authors: Αποστολίδου Μαρία , Αρχοντή Χριστίνα , Γιαζιτζίδου Σοφία , Δεληγκάρη Ολυμπία , Τσανικίδου Αναστασία
Published: June 2016

Η εργασία αυτή αναφέρεται στην διερεύνηση του θεωρητικού αλλά, κυριότερα, του πρακτικού πλαισίου εφαρμογής του Εποικοδομητικού Διεπιστημονικού Προγράμματος Διαδικασίας Σχολικής Εκπαίδευσης και πραγματοποιήθηκε με αφορμή τη μελέτη του συγκεκριμένου προγράμματος στο Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα του Τομέα Παιδαγωγικής, του Τμήματος Φιλοσοφίας και Παιδαγωγικής της Φιλοσοφικής Σχολής του Α.Π.Θ. Στόχος είναι η παρουσίαση της εφαρμογής του Προγράμματος σε πραγματικές συνθήκες τάξης, όπως διεξήχθη σε τμήμα της Γ΄ Γυμνασίου του 1ου Γυμνασίου Τριανδρίας Θεσσαλονίκης. Στο θεωρητικό μέρος εντοπίζονται τα ιδεώδη των μαθητοκεντρικών προγραμμάτων σπουδών που βασίζονται στη θεωρία του Εποικοδομητισμού και εμπεριέχουν μορφές Διεπιστημονικότητας. Στο πρακτικό μέρος παρουσιάζεται η εφαρμογή του Προγράμματος σε δεκαπέντε διδακτικές ώρες με τη Mέθοδο Πρότζεκτ και θέμα «Φασισμός: Εκπαίδευση και Νεολαία κατά το δικτατορικό καθεστώς Μεταξά». Τα μαθήματα που συνέβαλαν στη σύσταση του προγράμματος πάνω στο Διεπιστημονικό Μοντέλο pluri έχουν συνάφεια ως προς την κατηγορία τους (Ανθρωπιστικοί επιστημονικοί κλάδοι) και ήταν η Ιστορία, τα Νεοελληνικά Κείμενα και τα Εικαστικά με την προσθήκη της Πληροφορικής, η οποία καλύπτει το κομμάτι της τεχνολογίας στις δραστηριότητες. Γίνεται αναφορά στις κυριότερες δραστηριότητες ανά διδακτική ώρα, ο στόχος, η περιγραφή της διαδικασίας, το αποτέλεσμα και η αξιολόγησή του. Η εργασία ολοκληρώνεται με σύντομα γενικά συμπεράσματα από την ενασχόληση με την έμπρακτη εφαρμογή του προγράμματος στην τάξη.
Προοδευτική Παιδαγωγική και Εξατομικευμένη Ηλεκτρονική Μάθηση: Dalton Plan και Εξ Αποστάσεως Εκπαίδευση. Μια Συγκριτική Θεώρηση
Authors: Σοφός Αλιβίζος , Μαντζιούκας Παναγιώτης
Published: June 2016

Η παρούσα εργασία αποσκοπεί στην ανάλυση δυο μεθόδων διδασκαλίας, των οποίων η γένεση άπτεται στα τέλη του 19ου αιώνα με αρχές του 20ου αιώνα. Οι δυο μέθοδοι διδασκαλίας είναι το δια ζώσης σύστημα διδασκαλίας Dalton Plan, που βασίζεται στις παραδοχές της προοδευτικής εκπαίδευσης και η εξ αποστάσεως εκπαίδευση. Σκοπός της εργασίας ήταν να προβεί σε μια συγκριτική θεώρηση των δυο μεθόδων διδασκαλίας και να απαντήσει στα παρακάτω ερωτήματα. Τα ερωτήματα που μας απασχόλησαν στην παρούσα εργασία είναι: Ποια είναι τα βασικά χαρακτηριστικά και οι βασικές αρχές που διέπουν τις εν λόγω μεθόδους διδασκαλίας; Ποια είναι η σχέση τους με τις νέες τεχνολογίες και πιο συγκεκριμένα με την ηλεκτρονική εξατομικευμένη μάθηση; Πώς δυο μέθοδοι διδασκαλίας με διαφορετική προσέγγιση (η μια δια ζώσης και η άλλη εξ αποστάσεως) μπορούν να συγκλίνουν σε πολλά σημεία; Πώς μια εναλλακτική ζώσης μέθοδος διδασκαλίας όπως το Dalton Plan μπορεί με τη χρήση των νέων τεχνολογιών να γίνει πιο καινοτόμα και παιδαγωγικά αξιοποιήσιμη από την παρούσα ηλεκτρονική μάθηση που γίνεται εξ αποστάσεως;
Η χρήση του διαδραστικού πίνακα στην εκπαίδευση από απόσταση
Authors: Σταθοπούλου Ανδριάνα , Γεωργιάδη Ειρήνη , Κόκκαλη Άννα
Published: June 2016

Η εργασία αυτή στοχεύει στη διερεύνηση της χρήσης του διαδραστικού πίνακα ως μέσο για την ενίσχυση της μαθησιακής διαδικασίας στην εκπαίδευση από απόσταση. Για την επίτευξη του στόχου αυτού έγινε λεπτομερής βιβλιογραφική ανασκόπηση στην πρόσφατη διεθνή και ελληνική βιβλιογραφία και εντοπίστηκαν κάποια χαρακτηριστικά παραδείγματα της χρήσης του διαδραστικού πίνακα για τους σκοπούς της εξ αποστάσεως εκπαίδευσης. Τα αποτελέσματα αυτής της ανασκόπησης έδειξαν ότι ο διαδραστικός πίνακας μπορεί να υποστηρίξει σημαντικά την εξ αποστάσεως εκπαίδευση, μέσα από την οργάνωση τηλεδιασκέψεων και εξ αποστάσεως μαθημάτων που προωθούν τη συνεργατικότητα μεταξύ των απομακρυσμένων φοιτητών, τη μεταξύ τους αλληλεπίδραση και την ενεργό συμμετοχή. Μέσα από την παράθεση παραδειγμάτων εξ αποστάσεως ένταξης του διαδραστικού πίνακα στη δευτεροβάθμια και τριτοβάθμια εκπαίδευση φάνηκε ότι ανεξάρτητα από τη βαθμίδα εκπαίδευσης, ο διαδραστικός πίνακας μπορεί να αποτελέσει ένα σημαντικό εργαλείο για την αποτελεσματικότερη ένταξη όλων των εκπαιδευομένων στην εκπαιδευτική διαδικασία.
Educating of linguistic minorities: an action research in the Muslim Minority of Thrace
Authors: Καξίρα Παρασκευή , Καπλάνη Εύη , Μακρυγιάννης Στέφανος , Πουταχίδης Γιάννης
Published: June 2016

Η διδασκαλία της κυρίαρχης γλώσσας ως δεύτερης ή ξένης σε παιδιά γλωσσικών μειονοτήτων αποτελεί μια πρόκληση για τους/τις εκπαιδευτικούς, καθώς εγείρει ζητήματα κοινωνικού αποκλεισμού και ένταξης. Η καλλιέργεια στην τάξη ενός κλίματος αλληλοσεβασμού και κατανόησης και η ενδυνάμωση της μητρικής γλώσσας και της κουλτούρας των παιδιών είναι, επομένως, υψίστης σημασίας. Σε αυτή την εργασία θα παρουσιάσουμε την έρευνα δράσης που πραγματοποιήσαμε σε ένα Μειονοτικό Δημοτικό Σχολείο της Ροδόπης, με στόχο όχι μόνο τη βελτίωση των επιδόσεων των παιδιών στο μάθημα της ελληνικής γλώσσας, αλλά και την ανάπτυξη δεξιοτήτων σε ποικίλους τομείς. Για να επιτύχουμε τους στόχους μας υλοποιήσαμε ένα σχέδιο εργασίας με βάση την κωμωδία του Αριστοφάνη «Ιππείς», κατά το οποίο επιχειρήσαμε να βοηθήσουμε τα παιδιά να μάθουν καλύτερα τόσο την ελληνική όσο και την τουρκική γλώσσα, να εμπλουτίσουν τις γνώσεις τους σε τομείς όπως η ιστορία και η γεωγραφία, να ασκηθούν σε ψυχοκινητικές και κοινωνικές δεξιότητες και, τέλος, να αναπτύξουν κριτική και πολιτική σκέψη. Η παρέμβασή μας είχε αντίκτυπο και στην τοπική κοινωνία, καθώς τα θέματα που απασχόλησαν την τάξη κατά την εκπόνηση του σχεδίου εργασίας (καταπίεση, πολιτική αντιπαράθεση, λαϊκή αντίδραση) αποτέλεσαν αντικείμενο συζήτησης ανάμεσα στους κατοίκους του χωριού.
The development of a “virtual patient” case for the continuing professional education of dentists
Authors: Μπάκας Άγγελος , Ε. Κοσιώνη Αναστασία
Published: June 2016

Ο σκοπός της παρούσας εργασίας είναι να παρουσιάσει την ανάπτυξη ενός ηλεκτρονικού «εικονικού ασθενή» για τις ανάγκες της συνεχούς εκπαίδευσης των οδοντιάτρων. Η ανάγκη της συνεχιζόμενης εκπαίδευσης των Επαγγελματιών της Υγείας μετά από τη λήψη του πτυχίου είναι δεδομένη, ενώ παγκόσμια επικρατεί η τάση να θεσμοθετηθεί και ως υποχρεωτική. Η εξέλιξη της Τεχνολογίας της Επικοινωνίας και της Πληροφορίας έδωσε ώθηση στην ανάπτυξη εναλλακτικών 
εκπαιδευτικών μεθόδων πέραν από τις συμβατικές (συμμετοχή σε συνέδρια, ανάγνωση επιστημονικών εντύπων κ.λπ.). Μία τέτοια εφαρμογή είναι και οι «εικονικοί ασθενείς». Η πιο συνηθισμένη μορφή τους είναι οι ρεαλιστικές αναπαραστάσεις κλινικών καταστάσεων σε ηλεκτρονική μορφή με τις οποίες αλληλεπιδρά ο εκπαιδευόμενος στο χρόνο και στον τόπο που αυτός επιθυμεί. Η επιλογή του περιεχομένου του συγκεκριμένου «περιστατικού» έγινε με βάση τις τρέχουσες επιστημονικές εξελίξεις ενώ το σχεδιασμό επιμελήθηκαν ειδικοί στο αντικείμενο και στην εκπαίδευση από απόσταση. Για την ανάπτυξη του περιστατικού χρησιμοποιήθηκαν τα προγράμματα Vue και OpenLabyrinth και έγινε εμπλουτισμός με κατάλληλο οπτικό υλικό. Ο εκπαιδευόμενος πλοηγείται στο περιστατικό επιλέγοντας μέσα από μία σειρά διαθέσιμων επιλογών/ κλινικών αποφάσεων. Για κάθε επιλογή του λαμβάνει άμεση ανατροφοδότηση, ενώ στο τέλος του περιστατικού λαμβάνει την τελική του αυτοαξιολόγηση με ανασκόπηση της συνολικής του πορείας. Η εφαρμογή περιλάμβανε επίσης αρχική διερευνητική αξιολόγηση, καθώς και τελική αξιολόγηση της προσπάθειας, για την καταγραφή της άποψής των εκπαιδευομένων για την εκπαιδευτική αποτελεσματικότητά του «εικονικού ασθενή».
Εισάγοντας την έννοια των Προσδοκώμενων Αποτελεσμάτων σε Συστήματα Διαχείρισης Γνώσης της Ηλεκτρονικής Μάθησης
Authors: Καλού Αικατερίνη , Σολωμού Γεωργία , Καμέας Αχιλλέας
Published: June 2016

Ο σαφής καθορισμός των στόχων, που αναμένεται να επιτευχθούν από τους εκπαιδευόμενους μετά το πέρας συγκεκριμένης μελέτης, είναι ένα ιδιαίτερα σημαντικό κομμάτι της εκπαιδευτικής διαδικασίας. Τα προσδοκώμενα αποτελέσματα, εκτός του ότι αποτελούν έναν οδηγό για τον εκπαιδευόμενο όσον αφορά την πρόοδό του, μπορούν -στα πλαίσια ενός περιβάλλοντος ηλεκτρονικής μάθησης- να αποτελέσουν σημαντική πληροφορία προς αξιοποίηση από ευφυείς πράκτορες ικανούς να συνδυάσουν, να διαχειριστούν και να εξάγουν γνώση. Στην παρούσα εργασία, εξετάζεται αυτή ακριβώς η διάσταση των επιδιωκόμενων στόχων ενός προγράμματος εξ αποστάσεως εκπαίδευσης. Προτού, όμως, τα προσδοκώμενα αποτελέσματα τεθούν στη διάθεση ενός υπολογιστικού συστήματος χρειάζεται καταρχάς να αποσαφηνιστεί η έννοια και η δομή τους και κατόπιν αυτές να μοντελοποιηθούν με τρόπο που να μπορεί να γίνουν αντιληπτές και διαχειρίσιμες από μια μηχανή. Συνεπώς, μέσα από αυτή την εργασία επιχειρούμε να εντοπίσουμε και να υιοθετήσουμε έναν σαφή ορισμό για τα προσδοκώμενα αποτελέσματα, απόλυτα σύμφωνο με την εκπαιδευτική τους διάσταση αλλά και αρκετά αυστηρό και τεχνικό ώστε να μπορεί να αξιοποιηθεί από «έξυπνες» εφαρμογές ηλεκτρονικής μάθησης. Κατόπιν, προσπαθούμε να αποτυπώσουμε τη γνώση που φέρουν τα προσδοκώμενα αποτελέσματα, χρησιμοποιώντας για το σκοπό αυτό οντολογίες, οι οποίες αποτελούν αρκετά διαδεδομένες τεχνικές στο χώρο της αναπαράστασης γνώσης.
Οι κοινότητες Πρακτικής ως Υποστηρικτικό Εργαλείο στη βασική εκπαίδευση των εκπαιδευτικών
Authors: Ρουσάκη Φεβρωνία , Κώστας Απόστολος
Published: June 2016

Στόχος της παρούσας εργασίας είναι η διερεύνηση της χρήσης των Κοινοτήτων πρακτικής στην Επαγγελματική Εξέλιξη των εκπαιδευτικών, η οποία να ορίζει τα βασικά στοιχεία ανάπτυξης μιας Διαδικτυακής Κοινότητας Πρακτικής έτσι ώστε να συμβάλλει υποστηρικτικά στη Βασική Εκπαίδευση και στην Επαγγελματική Ανάπτυξη των εκπαιδευτικώ στην Ελλάδα. Δίνεται μια βασική αποσαφήνιση όρων και εννοιών, παρουσιάζονται τα βασικά χαρακτηριστικά επιτυχίας Διαδικτυακών Κοινοτήτων πρακτικής του εξωτερικού και εν συνεχεία παρουσιάζεται η έρευνα, η οποία εστιάζεται στην παρουσίαση ενός θεωρητικού μοντέλου σε εν ενεργεία εκπαιδευτικούς και στην καταγραφή των απόψεων και προθέσεών τους  ως προς την πρακτική χρήση του. Η εργασία ολοκληρώνεται με αξιολόγηση των ευρημάτων τα οποία αποτυπώνοουν με σαφήνεια την τρέχουσα πραγματικότητα και αναδεικνύουν τη δυναμική και την χρησιμότητα που τείνουν ν ααποκτήσουν οι Διαδικτυακές Κοινότητες σε μορφές άτυπης μάθησης και επιμόρφωσης εκπαιδευτικών σε περιβάλλον τεχνολογιών του Κοινωνικού Λογισμικού.
Temporal and spatial variability of nutrients and oxygen in the North Aegean Sea during the last thirty years
Authors: SOUVERMEZOGLOU Ε. , KRASAKOPOULOU Ε. , PAVLIDOU A.
Published: June 2016

Inorganic nutrient and dissolved oxygen data collected in the North Aegean Sea during 1986 - 2008 were analyzed in order to evaluate the role of the inflowing Black Sea originated surface water (BSW) in the nutrient regime of the area.  In periods of high buoyancy inflow from Dardanelles strait, a reduction of inorganic nutrients in the surface layer is observed along the north-west route of the BSW; in parallel, the underlying layer of Levantine intermediate water revealed an increase of inorganic nutrients, receiving the degradation material from the surface layer. The above spatial patterns suggest a contribution of the BSW to the observed enhanced production of the North Aegean Sea. Anomalously low buoyancy inflow of BSW combined with severe winter meteorological conditions promote deep water formation events. The physical and chemical characteristics of the deep waters found in the different basins of the North Aegean Sea in 1997 (following the deep water formation in winters of 1992-1993) differed from those observed after the formation in winter 1987. These differences were probably related to the drastic changes occurred in the deep waters of the Eastern Mediterranean in the early 1990, by the Eastern Mediterranean Transient. Considering that deep water formation processes provide occasionally inorganic nutrients to the euphotic layer, it seems that BSW through its uninterrupted supply of small quantities of nutrients should play an additional role in the production in the North Aegean Sea.
Polychaetes from the northern part of the Sea of Marmara with the description of a new species of Polydora (Annelida: Polychaeta: Spionidae)
Authors: ÇINAR M. E. , DAĞLI E. , ÇAĞLAR S. , ALBAYRAK S.
Published: June 2016

Soft-bottom material collected from the northern part of the Sea of Marmara (off Küçükçekmece) included a total of 67 species belonging to 24 polychaete families. Three species (Brania pusilla, Lysidice cf. margaritacea and Sabellaria spinulosa) are new records for the Sea of Marmara. Three alien species (Polydora cornuta, Prionospio pulchra and Pseudopolydora paucibranchiata) were found at the shallow-water stations. Different polychaete assemblages occurred in the area and the mud percentage of sediment and salinity were the main factors related to their distribution. A new Polydora species, which is mainly characterized in having brownish pigmentation solely on the antero-dorsal sides of the body, and falcate major spines with only a bulge (anterior ones) or with a bulge and a small tooth, is described.
New insights on the biological parameters of the exploited cuttlefish Sepia officinalis L. (Mollusca: Cephalopoda) in the northern Adriatic Sea in relation to the main fishing gears employed
Authors: BETTOSO N. , BORME D. , FARESI L. , ALEFFI I. , ORLANDO-BONACA M. , LIPEJ L.
Published: June 2016

The cuttlefish (Sepia officinalis Linnaeus 1758) represents one of the most important coastal fishery resources of the Mediterranean Sea. For Italy, 45% of cuttlefish landings (2,328 t) originates from coastal regions of the northern Adriatic Sea: Veneto, Marche, Emilia Romagna and Friuli Venezia Giulia. In terms of economic value this species represents about 8% (~€ 16.5 million) of the production from this basin. From May 2004 to October 2005, cuttlefish were purchased from commercial landings of the Grado fishery fleet. At least 30 specimens were randomly taken each month from each fishing method employed for this species: bottom trawl (cod end mesh size 40 mm), rapido trawl, trammel net (mesh size of inner panel 30 mm) and cuttlefish specific trap. The main biological aspects, such as size, sex ratio, reproductive stage and diet in relation to both the season and type of fishing gear were analyzed. 1,495 specimens, ranging from 3.5 to 18.0 cm mantle length, were analyzed. In relation to the observed size and reproductive stage of individuals caught, trammel nets and cuttlefish traps both appeared to target sexually mature individuals, whilst trawling gear were not selective for either recruits or spawners. In total 34 prey taxa were found in the stomachs of S. officinalis: crabs and bony fish species were the most important prey, although the latter appeared mostly in the largest specimens. Finally the fullness index revealed that cuttlefish caught by trawling were more suitable for diet analysis than those caught by static gear. In this way the contribution of the present paper was to give new insights on the biological parameters of this species in relation to the main fishing gears employed in the northern Adriatic Sea.
Catch and discardfish species of trawl fisheries in the Iskenderun Bay (Northeastern Mediterranean) with emphasis on lessepsian and chondricthyan species
Authors: YEMISKEN E. , DALYAN C. , ERYILMAZ L.
Published: June 2016

Fish species in catch and discard of trawl fisheries in and around Iskenderun Bay were examined within the fishing closure period and fishingperiod.The sampling was performed from May 2010 to January 2011 by a commercial trawl vessel.Chondricthyan species composed 49 % of discard catch biomass whileGymnura altavela and Dasyatis pastinacawere dominant in hauls. 27 lessepsian fish species were captured during the study,nine of them beingtarget species for trawl fisheries. In total, 14 of the lessepsian fish species were determined as discard species.In both sampling periods, Equulites klunzingeriand Citharus linguatula contributed to discard fish catch dissimilarity among depth ranges (deeper and shallower than 60 m). E. klunzingerishowed high abundance in discard catch.There were no significant differences in the distribution of the discard fish biomass between the sampling periods (ANOVA test, p>0.05). However, depth range pointed out significantdifferences in discard fish catch composition (p<0.05).Among major commercial fish species of trawl fisheries, Mullus surmuletus and Sparus aurata were not separated as discard in anyhaul by fishermen. Any size of these two species  were included in commercial catch (Total length ranged from 61 to 721 mm).
An evaluation of sampling methodology for assessing settlement of temperate fish in seagrass meadows
Authors: CATALAN I. A. , DUNAND A. , ÁLVAREZ I. , ALOS J. , COLINAS N. , NASH R. D.M.
Published: June 2016

All demersal fish with planktonic larvae settle at some point early in life, generally around the transformation from larvae to juveniles or soon after. Sampling pre-settlement or very young, settled fish is challenging due to spatial concretions within the habitat and the pulsed, rapid nature of the settlement process. There is a lack of robust methods that enable this sampling, but information on the settlement, that represents a mortality bottleneck, is crucial for the follow-up of populations for fisheries and conservation purposes. An empirical evaluation of sampling methods has not been conducted in temperate habitats. Here, we compare six different sampling methods to collect pre- and post-settlement stages of fish to determine the best combination of techniques to utilise in Posidonia oceanica, an endemic Mediterranean seagrass that provides a key nursery habitat for coastal fish. We considered three types of pelagic nets (bongo net, neuston net and ring net), two types of light-traps (Quatrefoil and Ecocean CARE®) to sample pre-settled stages and a low-impact epibenthic trawl for recent settlers. Our results show a significantly different size-spectrum for each method, with a continuous range of sizes from 2 mm to 200 mm. The smallest sizes were collected by the bongo net, followed by the ring net, the neuston net, the Quatrefoil, the Ecocean and finally the epibenthic trawl. Our results suggest that an appropriate strategy for collecting and estimating the abundance of key littoral fish species around settlement size is the combination of the Ecocean light trap and the epibenthic trawl.
INTER-annual/decadal variability of the north Aegean Sea hydrodynamics over 1960-2000
Authors: VERVATIS V. , SKLIRIS N. , SOFIANOS S. S.
Published: June 2016

Results from a high-resolution hindcast model experiment, supported by available observations, reveal an increasing salinity trend in the north Aegean during the Eastern Mediterranean Transient (EMT), largely controlled by increases in the flow rate and salinity of water masses of Levantine origin entering the domain through the Myconos-Ikaria strait as a response to an acceleration of the Aegean thermohaline cell. Changes in the Dardanelles inflow (increasing salinity) and in the surface freshwater flux (increasing Evaporation-Precipitation), although both contribute to a higher salt content of the basin during the EMT, play a minor role in the inter-annual/decadal variability of the freshwater budget. A long-term decreasing temperature trend is observed from the 1960s to the early 1990s. It is superimposed on the salinity-preconditioning phase over the 1980s and early 1990s. Both signals are, concomitantly, favouring conditions for intense Dense Water Formation (DWF) in the north Aegean Sea. In addition, the northward displacement of the Black Sea Water front over the EMT, leads to the expansion of convective cells towards the north and to higher formation rates associated with both colder and saltier surface waters.
Recent insights: mesenchymal stromal/stem cell therapy for acute respiratory distress syndrome
Authors: Horie Shahd , Laffey John G.
Published: June 2016

Acute respiratory distress syndrome (ARDS) causes respiratory failure, which is associated with severe inflammation and lung damage and has a high mortality and for which there is no therapy. Mesenchymal stromal/stem cells (MSCs) are adult multi-progenitor cells that can modulate the immune response and enhance repair of damaged tissue and thus may provide a therapeutic option for ARDS. MSCs demonstrate efficacy in diverse in vivo models of ARDS, decreasing bacterial pneumonia and ischemia-reperfusion-induced injury while enhancing repair following ventilator-induced lung injury. MSCs reduce the pro-inflammatory response to injury while augmenting the host response to bacterial infection. MSCs appear to exert their effects via multiple mechanisms—some are cell interaction dependent whereas others are paracrine dependent resulting from both soluble secreted products and microvesicles/exosomes derived from the cells. Strategies to further enhance the efficacy of MSCs, such as by overexpressing anti-inflammatory or pro-repair molecules, are also being investigated. Encouragingly, early phase clinical trials of MSCs in patients with ARDS are under way, and experience with these cells in trials for other diseases suggests that the cells are well tolerated. Although considerable translational challenges, such as concerns regarding cell manufacture scale-up and issues regarding cell potency and batch variability, must be overcome, MSCs constitute a highly promising potential therapy for ARDS.
The regulation of hematopoietic stem cell populations
Authors: Mayani Hector
Published: June 2016

Evidence presented over the last few years indicates that the hematopoietic stem cell (HSC) compartment comprises not just one but a number of different cell populations. Based on HSCs’ proliferation and engraftment potential, it has been suggested that there are two classes of HSC, with long- and short-term engraftment potential. HSC heterogeneity seems to involve differentiation capacities as well, since it has been shown that some HSC clones are able to give rise to both myeloid and lymphoid progeny, whereas others are lymphoid deficient. It has been recognized that HSC function depends on intrinsic cell regulators, which are modulated by external signals. Among the former, we can include transcription factors and non-coding RNAs as well as epigenetic modifiers. Among the latter, cytokines and extracellular matrix molecules have been implicated. Understanding the elements and mechanisms that regulate HSC populations is of significant relevance both in biological and in clinical terms, and research in this area still has to face several complex and exciting challenges.
Infrastructure for genomic interactions: Bioconductor classes for Hi-C, ChIA-PET and related experiments
Authors: Lun Aaron T. L. , Perry Malcolm , Ing-Simmons Elizabeth
Published: June 2016

The study of genomic interactions has been greatly facilitated by techniques such as chromatin conformation capture with high-throughput sequencing (Hi-C). These genome-wide experiments generate large amounts of data that require careful analysis to obtain useful biological conclusions. However, development of the appropriate software tools is hindered by the lack of basic infrastructure to represent and manipulate genomic interaction data. Here, we present the InteractionSet package that provides classes to represent genomic interactions and store their associated experimental data, along with the methods required for low-level manipulation and processing of those classes. The InteractionSet package exploits existing infrastructure in the open-source Bioconductor project, while in turn being used by Bioconductor packages designed for higher-level analyses. For new packages, use of the functionality in InteractionSet will simplify development, allow access to more features and improve interoperability between packages.
Robust de novo pathway enrichment with KeyPathwayMiner 5
Authors: Alcaraz Nicolas , List Markus , Dissing-Hansen Martin , Rehmsmeier Marc , Tan Qihua , Mollenhauer Jan , Ditzel Henrik J. , Baumbach Jan
Published: June 2016

Identifying functional modules or novel active pathways, recently termed de novo pathway enrichment, is a computational systems biology challenge that has gained much attention during the last decade. Given a large biological interaction network, KeyPathwayMiner extracts connected subnetworks that are enriched for differentially active entities from a series of molecular profiles encoded as binary indicator matrices. Since interaction networks constantly evolve, an important question is how robust the extracted results are when the network is modified. We enable users to study this effect through several network perturbation techniques and over a range of perturbation degrees. In addition, users may now provide a gold-standard set to determine how enriched extracted pathways are with relevant genes compared to randomized versions of the original network.
New capabilities of Chetaev´s model
Authors: Савин Михаил , Savin Mihail , Израильский Юрий , Izrailsky Yuriy
Published: June 2016

This paper considers anomalies in the magnetotelluric field in the Pc3 range of geomagnetic pulsations. We present experimental data on Pc3 field recording which show negative (from Earth’s surface to air) energy fluxes Sz<0 and reflection coefficients |Q|>1. Using the model of inhomogeneous plane wave (Chetaev’s model), we try to analytically interpret anomalies of energy fluxes. According to a mathematical experiment there are two three-layer models with both electrical and magnetic modes satisfying the condition |Qh|>1. Here we discuss a possibility of explaining observable effects within the framework of the resonance model inhomogeneous plane wave — layered medium.