Protein variability among Portuguese and other populations of Globodera rostochiensis revealed by two-dimensional gel electrophoresis with computed image analysis
Authors: Santos Maria Susana Newton De Almeida , Mugniéry Didier , Cunha Maria José Moreno Da , Abrantes Isabel Maria De Oliveira , Bossis Michel 
Published: July 2002

Silver-stained two dimensional gel electrophoresis (2-DGE) was used to characterize 46 populations of G. rostochiensis and, as an outgroup, one population of G. pallida. Protein patterns of white females were compared with the aid of computer assisted image analysis using Kepler software. A synthetic master pattern of G. rostochiensis, built with spots present in all populations and detected in at least two of three gels of each population, revealed the presence of 379 protein spots. The populations were compared taking into account the main spots present in each isolate (spots present in two of three gels, amplitude greater than 7, volume greater than 500 and with values fitting the Gaussian model). Comparison allowed the identification of 200 polymorphic spots. Similarity indices (F) and genetic distances (D = 1 ­ F) between populations were calculated on the basis of homologous polymorphic spots, and a dendrogram was constructed according to the UPGMA method. Bootstrap analysis was used to assess the significance of the results from the phenetic study. The presence or absence of specific spots in some G. rostochiensis populations is discussed. Further biochemical and biological studies are necessary to determine if specific proteins are linked to virulence. Variabilité protéique de populations portugaises et d'origines diverses de Globodera rostochiensis détectée par électrophorèse bidimensionnelle et analysée par informatique - L'électrophorèse bidimensionnelle (E2D) est utilisée pour caractériser 46 populations européennes de G. rostochiensis et une population de G. pallida, prise comme groupe extérieur. Les protéinogrammes obtenus à partir de femelles blanches sont comparés par analyse informatisée d'images à l'aide du logiciel Kepler. Une image de référence est constituée au vu des taches protéiques détectées dans l'ensemble des populations étudiées par transfert vers cette image synthétique de chaque protéine détectée au moins deux fois sur trois dans une population. Celle-ci permet de répertorier et de localiser 379 protéines. Les populations ont été comparées avec les taches pröteiques les plus importantes (taches présentes dans au moins deux gels sur trois, amplitude plus grande que 7, volume plus grand que 500 et valeurs dans le model Gaussien). La comparaison des populations a permis de détecter 200 protéines. Les indices de similarité (F) et les distances génétiques (D = 1 ­ F) ont été étudiés à partir des taches polymorphes homologues présentes dans chaque population. Le dendrogramme a été construit selon la méthode UPGMA. Une analyse des valeurs de bootstraps a été utilisée pour estimer la signification des résultats phénétiques. La présence ou l'absence de protéines spécifiques de certaines populations de G. rostochiensis est discutée. D'autres études biochimiques et biologiques sont en cours pour déterminer si les protéines spécifiques sont ou non liées à la virulence.