bluuebunny/crossref_metadata_2025 huggingface dataset:
БИОРЕМЕДИАЦИОННЫЙ ПОТЕНЦИАЛ ШТАММОВ BACILLUS AMYLOLIQUEFACIENS TI05Ps И BACILLUS LICHENIFORMIS TI48-6 ВЫДЕЛЕННЫХ ИЗ АКТИВНОГО ИЛА
Authors: Темирбекова А.Ж. , Кульжанова К.А. , Бегахмет А.М. , Текебаева Ж.Б. , Сармурзина З.С.
Published: September 2024

В современной экологической инженерии все более популярным становится эффективное использование бактерий Bacillus для очистки сточных вод. Известно, что, бактерии рода Bacillus применяют при очистке сточных вод, загрязненных пластиком, тяжелыми металлами, нефтью, нефтепродуктами и другими органическими загрязнителями. Они также могут превращать аммиачный азот в молекулярный азот посредством процесса, называемого денитрификацией. Благодаря своей липолитической активности способны разлагать жирные загрязняющие вещества, включая масла, жиры и остатки мыла, которые могут быть обнаружены в сточных водах. Белковые загрязнители, такие как органические пищевые отходы и другие белковые молекулы, могут расщепляться Bacillus благодаря их протеолитической активности. Бактерии рода Bacillus способны расщеплять целлюлозу, которая присутствует в сточных водах в виде остатков бумаги, древесины и других органических материалов, на более мелкие компоненты, такие как глюкоза и олигомеры целлюлозы. Это ускоряет процесс биологической очистки сточных вод.
В этой работе штаммы Bacillus amyloliquefaciens TI05Ps и Bacillus licheniformis TI48-6 были выделены с активного ила канализационно-очистных сооружений г. Астана. Выделенные щтаммы B. amyloliquefaciens TI05Ps и B. licheniformis TI48-6 были оценены на биохимический потенциал, который можно будет применить к биоремедиации сточной воды и активного ила. Оба щтамма – это спорообразующие грамотрицательные факультативно-анаэробные бактерии, при росте в жидком питательном мясном бульоне, образуют одновременно пленку на поверхности бульона и белый осадок на дне пробирки. B. amyloliquefaciens TI05Ps и B. licheniformis TI48-6 продемонстрировали высокую степень липолитической, целлюлозолитической, протеолитической и амилолитической активности. Также бактерии обладали высокой антагонистической активностью к широкому профилю бактерий рода Aeromonas, которые являются одним из основных видов патогенных микроорганизмов канализационных сточных вод. Исследуемые бактерии могли расти в широком диапазоне температур– штамм B. amyloliquefaciens TI05Ps способен был расти при температуре 15 ℃ - 45 ℃, а штамм B. licheniformis TI48-6 в диапазоне 20℃ - 50 ℃. Оба штамма также могли адаптироваться к различным значениям pH: от 5 до 9, но оптимальные значения pH для каждого штамма могло отличаться. Диапазон pH, при котором штаммы могли функционировать, позволяет его эффективно использовать в различных типах сточных вод, включая кислые, нейтральные и щелочные среды.
Таким образом, штаммы B. licheniformis TI48-6 и B. amyloliquefaciens TI05Ps перспективны в качестве кандидатов для применения в процедурах очистки сточных вод различного состава и происхождения.
Работа финансирована Министерством науки и высшего образования РК (Грант №BR18574066).
OPTIMIZATION OF THE HORMONAL STATUS OF THE CULTURE MEDIUM FOR H. RHAMNOIDES IN VITRO CULTIVATION
Authors: Tumenbayeva A.R. , Vdovina T.A. , Khapilina O.N.
Published: September 2024

Sea buckthorn (Hippophae rhamnoides L.) is an ancient crop that has traditionally been used as a medicinal plant, health promotion agent and dietary supplement. The fruits of sea buckthorn, which are a source of carotenoids, which had been collected since ancient times and was introduced into cultivation only at the beginning of the 20th century. Currently, sea buckthorn berries are harvested on an industrial scale, as due to the high content of biologically active substances in them, consumer interest in sea buckthorn products has increased significantly, and their use in the food industry and medicine is expanding. Due to its biologically active compounds, high content of vitamin C, flavonoids, carotenoids and tocopherols, sea buckthorn is an excellent raw material for functional foods.
The purpose of this work is to select conditions for cultivating explants of H. rhamnoides L. plants and obtaining micro-shoots for subsequent microclonal reproduction.
The material for initiating a sterile culture was the seeds H. rhamnoides. The samples were introduced from natural populations in the RSE “Altai Botanical Garden” of the SC of MoES of the Republic of Kazakhstan (Ridder).
Solutions of 0.1% sulema, 34% hydrogen peroxide, and 10% Domestos solution were used for seed sterilization, the exposure period was 20 minutes. Next, the seeds were planted on the surface of the WPM and ½ MS nutrient medium with the addition of phytohormones 6-benzylaminopurine (BA) and gibberellic acid (GA3) in various concentrations. Activated carbon in an amount of 2 g/l was used to reduce the accumulation of polyphenols in the medium.
The beginning of germination was noted on days 7-8, depending on the genotype of sea buckthorn. The minimum number of infected seeds was observed in the variant using 0.1% sulema. When using hydrogen peroxide, the contamination of seeds with fungal and bacterial infections was at the level of 40.8-45.5%. The largest number of germinated seeds were observed when using WPM medium.
The maximum values of seedling length were noted on WPM media with the addition of 1 mg/l BA + 1 mg/l GA3, where the average shoot length was 8.6±0.9 cm. In this variant, sterile seedlings were characterized by an intense green color and well-developed cotyledon leaves. In some genotypes, intensive growth and the appearance of a second internode were noted. In other variants, height indicators varied from 3.2 cm. up to 4.2 cm.
Thus, we have found that WPM medium supplemented with 1 mg/l 6-benzylaminopurine and 1 mg/l gibberellic acid is better suited for obtaining sterile shoots from H. rhamnoides seeds.
The obtained sterile seedlings of H. rhamnoides will be used in vitro culture for subsequent microclonal reproduction.
ОЦЕНКА СТАБИЛЬНОСТИ РЕКОМБИНАНТНОГО ВИРУСА ГРИППА, ЭКСПРЕССИРУЮЩИЙ БЕЛОК RBD ВИРУСА SARS-COV-2
Authors: Абаева М.Р. , Мухами Н.Н. , Исабек А.У. , Бопи А.Қ. , Шыныбекова Г.О. , Кожабергенов Н.С. , Червякова О.В. , Султанкулова К.Т.
Published: September 2024

Пандемия, связанная с новым бетакоронавирусом (β-CoV), коронавирусом тяжелого острого респираторного синдрома (SARS-CoV-2), который вызвал вспышку коронавирусной болезни 2019 года (COVID-19), стала серьезной проблемой общественного здравоохранения во всем мире. Основным механизмом адаптации зоонозных бетакоронавирусов к человеку является изменение структуры рецептор-связывающего домена поверхностного белка S, в результате чего он приобретает способность связывать клеточные рецепторы эпителиальных клеток респираторного и пищеварительного трактов человека.
Целью данной работы является оценка стабильности рекомбинантного вируса гриппа, экспрессирующий белок RBD вируса SARS-COV-2 методом ОТ-ПЦР и секвенирования модифицированного химерного NS-RBD гена.
Генетически устойчивый размер рекомбинантного гена NS1 вируса гриппа был определен  методом ОТ-ПЦР. Вирусы гриппа, содержащие конструкции NS-RBD были отобраны в качестве самых устойчивых конструкций и были пассированы в культуре клеток Vero. Вирусы показали инфекционную активность, 5,5logТЦД50/мл, 1:64 в анализе гемагглютинирующей активности и были генетически устойчивы согласно размеру фрагмента NS. Анализ нуклеотидной последовательности подтвердила их идентичность к начальным конструкциям. После пяти пассажей в культуре клеток Vero, выделены вирусные РНК и с помощью специфических праймеров на NS ген выполнена постановка ОТ-ПЦР с целью выявления химерной вирусной конструкций NS-RBD в составе вируса FLU-ΔNS-RBD-SARS-COV-2. В качестве контроля был представлен NS ген вируса гриппа без модификации (890 п.о.) и RBD ген вируса SARS-CoV-2 (620 п.о.). Для подтверждения стабильности модифицированной последовательности гена NS (RBD) было проведено 5 пассажей рекомбинантного штамма FLU-ΔNS-RBD-SARS-COV-2 вируса гриппа на культуре клеток Vero. Модифицированный ген NS-RBD размером 1510 п.о. наработан рекомбинантным вирусом гриппа FLU-ΔNS-RBD-SARS-COV-2. Целевой ген RBD размером 620 п.о. в составе вируса гриппа FLU-ΔNS-RBD-SARS-COV-2 в различных пассажных уровнях подтвержден методом ПЦР. Секвенирование последовательности гена NS (RBD) подтвердили наличие модификации в гене NS и присутствие RBD.
Проведенные исследования показали, что рекомбинантный штамм FLU-ΔNS-RBD-SARS-COV-2 вируса гриппа в процессе пассирования (5 пассажей) на культуре Vero  проявляет стабильные свойства.
О ВОЗМОЖНОМ РЕГУЛИРОВАНИИ ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ИНЖЕНЕРИИ: “ ЭТОТ КОНСТРУКТОР ТЕБЕ РАНО ЕЩЁ. А ЗАВТРА ЕГО УЖЕ НЕ БУДЕТ, ЕГО ДРУГИЕ КУПЯТ!”
Authors: Шустов А.В.
Published: September 2024

В Казахстане уровень развития генетической инженерии полных геномов, в том числе геномов клеточных микроорганизмов и вирусов, сильно отстаёт от уровня развития этой науки в ведущих странах мира. В текущей ситуации могут принести вред для развития отрасли в РК непродуманные и поспешные попытки законодательного регулирования геномного редактирования и генетической инженерии, если такое регулирование будет разработано поспешно, без учёта мнения учёных – генных инженеров, вирусологов. Пандемия коронавирусной инфекции COVID-19 ясно показала реальное сравнение уровней развития вирусологии в разных странах. На самом деле, в странах мира с передовой наукой ужё давно идёт экспоненциальный, взрывной рост уровня знаний о биологии вирусов, в особенности молекулярных аспектов взаимодействия вирус-клетка, но также патологии и разработки защиты от инфекций.
Как учёным в Казахстане быть конкурентными? Как организовать в Казахстане разработку и производство иммунобиологических препаратов на том технологическом уровне, который был достигнут с появлением допущенных для массового применения мРНК-вакцин и аденовирусных векторных вакцин против COVID-19? Сейчас отсутствие в РК законодательного регулирования геномного редактирования и генетической инженерии микроорганизмов является благом, а не препятствием для отрасли, стимулом к приходу в неё новых компаний, стартапов, генерации идей и амбициозных проектов. Тем не менее, специалисты уже сейчас должны готовиться к тому, что такое регулирование будет. НЦБ имеет компетенции для того, чтобы принимать активное участие в экспертной деятельности по оценке рисков геномного редактирования и генетической инженерии микроорганизмов, в том числе потенциальных патогенов.
Учёным и компаниям, работающим в отраслях вирусологии, генетической инженерии, вакцинологии в РК, чтобы отвечать на текущие вызовы не только в обеспечении биобезопасности, но и в том, что относится к страновой конкуренции, необходимо направить фокус государственного интереса на инжиниринг, геномное редактирование и генетическую инженерию микроорганизмов.
Каковы текущие задачи для НЦБ для полноценного участия в будущем регулировании геномного редактирования и генетической инженерии?

Создать в НЦБ Ситуационный центр по оценке рисков инжиниринга микроорганизмов. Задача центра - содействие внедрению новых технологий в вирусологические исследования, разработку и производство вакцин.
Создать в НЦБ официально функционирующий депозитарий молекулярно-генетического материала вирусов (геномов и генов).
Создать в НЦБ лабораторию, аккредитованную по стандарту ISO17025, для тестирования безопасности иммунобиологических препаратов и вакцин, созданных с применением геномного редактирования и генно-инженерных технологий.
Создать в НЦБ возможности для разработки и опытного производства вакцин с применением технологий, применяемых в известных вакцинах, таких как Moderna, Pfizer/BioNTech, “Спутник V”.
РАЗВИТИЕ ИССЛЕДОВАНИЙ В ОТРАСЛИ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ВИРУСОЛОГИИ ВИРУСОВ ЧЕЛОВЕКА И ЖИВОТНЫХ В НАЦИОНАЛЬНОМ ЦЕНТРЕ БИОТЕХНОЛОГИИ
Authors: Шустов А.В.
Published: September 2024

История преподаёт нам примеры радикальных изменений. Так случилось, что в тяжёлые для казахстанской науки 90-е гг., Национальный центр биотехнологии (НЦБ, но тогда он назывался иначе) производил вирусные вакцины и антигены культивируемых вакцинных вирусов, и в НЦБ до сих пор работают специалисты, которые могут рассказать, как выживал НЦБ за счёт спешно организованных производств.
К сожалению, сохранить в НЦБ те технологии (классическую вирусологию в части работы с вакцинами птиц и сельскохозяйственных животных) потом не удалось. Следующий этап развития работ с вирусными системами в НЦБ связан уже с постепенным становлением молекулярной вирусологии, генетической инженерии конструкций, применяющих протяжённые области вирусных геномов. С затратами больших усилий, концентрируя небольшие средства, в НЦБ был создан задел, которым в настоящее время наш центр может гордиться, потому что с помощью генетических модификаций проводятся работы, не имеющие прямых аналогов в Казахстане. В НЦБ с филиалом в г. Алматы (и в ряде других профильных НИИ) развита молекулярная эпидемиология, в том числе вирусных патогенов, актуальных для Казахстана. В НЦБ также стали использовать возможности вирусной репликации для создания новых и эффективных генно-инженерных систем, в том числе для продукции рекомбинантных белков в клетках млекопитающих, для поиска ингибиторов репликации – потенциальных противовирусных лекарств, для фундаментальных исследований в молекулярной биологии вирусов, или перспективных в качестве новых типов иммуногенов для вакцин.
Для организации высокопроизводительной экспрессии мРНК и рекомбинантных белков в культурах клеток млекопитающих в НЦБ созданы платформы с применением репликативной машины альфавирусов (р. Alphavirus, сем. Togaviridae), конструкции аналогичны эффективным альфавирусным векторам, описанным за рубежом. Для участия НЦБ в деятельности по обеспечению биологической безопасности поставлена генетическая инженерия флавивирусов (р. Flavivirus, сем. Flaviviridae), в том числе вирусов, актуальных для Казахстана – TBEV и WNV. Для соответствия регулированию, работы ведутся с фрагментами геномов, реплицирующихся в цитоплазме как автономно реплицирующиеся РНК, но не способными к инфекционной передаче (репликоны), с дефектными интерферирующими частицами (DI) и с псевдоинфекционными вирусами (PIV).
MYCOFLORAL ANALYSIS OF AGARICS AND MEDICINAL MUSHROOMS DISTRIBUTED IN THE BOROVOE AND KOKSHETAU NATIONAL PARKS
Authors: Ashikbayeva M. , Abiev S. , Altayeva N.
Published: September 2024

The article provides a literature review of mycofloral analysis of agarics and medicinal mushrooms distributed in the Borovoe and Kokshetau national parks. As a result of the literature review, 15 species of fungi belonging to 4 genera and 9 genera of the genus Agaricales were identified. Of these, edible -5, inedible – 3, poisonous – 1 species.
Collection of Macromycetes during the expedition was collected by route method from Borovoe and Kokshetau national parks. The collection, sorting, drying, packaging and transportation of the collected material was carried out in accordance with the methods of mycology and Botany. 30-40 min at 45-50° t for the purpose of disinfection of the collected samples.  in between, a heating cabinet (water heater) was used. Each processed sample is stored in a specially designed box with the date, place, time of collection and herbarium number. The external morphological description of the fruiting body of the fungus was made by visual observation, and for determining the microscopic structure, features of spores, we used the Mikmed-1 microscope and cameras connected to it Exilim-S880, SAMSUNG-ES65, Canon-PC1474.
To separate the tissue particle from the fruit body of the fungi, a fertile, non-darkening, young specimen was obtained. A cube-shaped or triangular pyramidal "tissue" particle was cut out of the pre-cleaned fruit bodies through a scalpel and planted in a nutrient medium (oblique agar) through an inoculation needle. Isolation was carried out from different parts of the fruit body: caps, legs, places of transition of the cap to the stem.
The growth and development of the selected clean crop will depend on the composition of the nutrient medium. The cortical medium we used was diverse, including "Chapeka–Doxa", "Murashige Skuga" and potato-glucose agar.
As a result of the study, more than 25 mushroom samples were collected. As a result, 15 species from 9 relatives from 4 genera belonging to the family of cap mushrooms Agaricales were identified.  4 genera have been identified in the agaricales series: Agaricaceae, Russulaceae, Tricholomataceae, Strophariaceae.
As a result of summing up the results of the conducted research, we came to the following conclusions:

During the study, the characteristics of morphological forms of fungi were developed.
Based on the obtained morphometric characteristics, the species of fungi were determined using special determinants. As a result of studying all the collected mushrooms in the Kokshetau and Borovoe National parks, 15 species of fungi from 9 genera belonging to the genus Agaricales were identified. Of these, 1 is poisonous, 5 is edible, and 3 are inedible.
A species synopsis of Agaricales fungi in the Kokshetau and Borovoe National parks has been compiled.
All the results and data obtained are of great importance for the effective use of natural resources and their protection.
GENETIC VARIABILITY AND GEOGRAPHIC DISTRIBUTION OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS LINEAGE 2
Authors: Atavliyeva S. , Auganova D. , Tarlykov P.
Published: September 2024

Mycobacterium tuberculosis (MTB) is a substantial threat to public health, infecting approximately 10 million individuals annually with tuberculosis. Among the genetic lineages of MTB, lineage 2 (L2), notably the Beijing family, plays a significant role in global tuberculosis epidemiology, accounting for nearly a quarter of all reported TB cases. Originating possibly in East Asia, this lineage spread globally, causing significant epidemics in Central Asia, Eastern Europe, and Eastern Africa.
Geographic variability in the distribution of MTB L2 strains reveals diverse prevalence patterns among sublineages across different regions. L2.1 (proto-Beijing) is primarily composed of isolates originating from China, Thailand, and Vietnam, with a smaller number from Japan, Malaysia, and Indonesia. The ancestral sublineage, named L2.2.A, is mostly spread in China, Japan, and Thailand, while the modern sublineage, L2.2.M, is widespread, spanning almost the entire world. Moreover, the L2.2.M1 clade demonstrates a wide geographic spread, encompassing various countries across Asia and Australia, while other subclades of the L2.2.M2, L2.2.M3, and L2.2.M4 clades show more localized distributions across different regions. The L2.2.M4 clade comprises nine subclades, L2.2.M4.1 and L2.2.M4.2 are primarily found in Thailand, while L2.2.M4.3, L2.2.M4.6, and L2.2.M4.8 predominate in China. In South Africa, L2.2.M4.4 is the predominant subclade, whereas L2.2.M4.7 is associated with Nepalese isolates. In contrast, in regions such as Central Asia, Eastern Europe, and Russia, L2 strains, particularly the Modern Beijing sublineage, dominate. Notable examples include Europe/Russia W148 outbreak L2.2.M4.5 (B0W/148), Central Asia L2.2.M4.9 (CA), Central Asia outbreak L2.2.M4.9.1 (CAO), and Clade A L2.2.M4.9.2. Additionally, recent small clades like L2.2.M5 and L2.2.M6, originating from Vietnam, Thailand, and China, have emerged, with L2.2.M6 also detected in Kenya and South Africa. In Kazakhstan, we have identified such sublineages of L2 as CAO (n=69; 67.64%) L2.2.M4.9.1, CA (n=27; 26.47%) L2.2.M4.9, B0W/148 (n=5, 4.90%) L2.2.M4.5 and one isolate representative of a rare L2.2.M4 lineage (n =1; 0.98%).  Strains of this lineage demonstrate the development of multidrug resistance (MDR) and extensive drug resistance (XDR), reflecting the emergence of resistance mechanisms against all available anti-tuberculosis drugs. In summary, M. tuberculosis lineage 2, especially the Beijing family, significantly impacts global tuberculosis epidemiology, with diverse prevalence patterns among sublineages across regions.
OPTIMIZING ULTRASONIC gDNA FRAGMENTATION FOR NGS SEQUENCING
Authors: Tynyshtykbayeva N.Y. , Aitkulova A.M. , Kadenova T.B. , Sarbassov D.D. , Akilzhanova A.R.
Published: September 2024

The fragmentation of genomic DNA (gDNA) is a crucial step in many Illumina library preparation protocols, including the TSO 500 assay, aimed at achieving fragment sizes ranging from 90 to 250 base pairs (bp) for next-generation sequencing (NGS). However, challenges arise in practice due to variations in fragmentation times, which are influenced by different extraction methods and sample sources.
To optimize ultrasonic gDNA fragmentation across various extraction methods for NGS sequencing applications.
Shearing of gDNA was performed using the Covaris S220 system, employing microtubes containing a total volume of 130 microliters of diluted Tris EDTA (pH 8.0) and 100 ng of gDNA, following the manufacturer's protocol. gDNA samples were extracted using three different kits: AllPrep DNA/RNA FFPE (Qiagen) from FFPE blocks, ReliaPrep FFPE gDNA Miniprep system (Promega) from glass slides, and Gentra Puregene (Qiagen) from cell lines.
The shearing times varied depending on the extraction method and sample source. gDNA extracted using the AllPrep DNA/RNA FFPE kit from FFPE blocks required shearing times ranging from 300 to 400 seconds. In contrast, gDNA extracted using the ReliaPrep FFPE gDNA Miniprep system from glass slides exhibited shearing times of approximately 480 to 500 seconds. Lastly, gDNA extracted using the Gentra Puregene kit from cell lines showed shearing times ranging from 150 to 180 seconds.
Our study demonstrates the influence of gDNA extraction methods and sample sources on ultrasonic fragmentation efficiency for NGS sequencing. The observed differences in shearing times highlight the need for method optimization to achieve consistent and optimal fragment sizes across diverse sample types. These findings contribute to the development of standardized protocols for gDNA fragmentation, facilitating reliable and reproducible NGS data generation in various research and clinical settings. Further investigations into the underlying factors affecting fragmentation efficiency are warranted to advance our understanding and improve NGS library preparation methodologies.
ТЕКУЩЕЕ СОСТОЯНИЕ И ПЕРСПЕКТИВЫ ВНЕДРЕНИЯ ТЕРАПИИ ПО ТЕХНОЛОГИИ ХИМЕРНОГО АНТИГЕННОГО РЕЦЕПТОРА В КАЗАХСТАНЕ
Authors: Шустов А.В.
Published: September 2024

В Казахстане ежегодно выявляют примерно 1200 новых больных с опухолями кроветворной системы (лейкозы, лимфомы, миеломы), и каждый год примерно 300 больных узнают, что проведённая (доступная сейчас) терапия была безуспешна, остановить развитие рака крови не удалось, далее им можно предложить только паллиативное лечение (дожитие). Для пациентов с рецидивом или рефрактерной болезнью (RR) после последней линии химиотерапии или трансплантации костного мозга, в РК, эффективной терапии нет. В странах с передовой медициной и развитыми биомедицинскими технологиями с 2017 г. стала доступна новая терапия CAR-T (русск. “кар-ти”), которая показывает необыкновенный клинический успех при лечении пациентов с RR, для лечения распространённых нозологических форм B-клеточного лейкоза и лимфомы. Терапия CAR-T - это метод лечения генно-модифицированными Т-лимфоцитами пациента. Как проводится CAR-T: у пациента в клинике берут концентрат лейкоцитов (лейкаферез), передают лейкаферез в биотехнологическую лабораторию, в лаборатории из лейкоцитов выделяют фракцию T-лимфоцитов (CD3+ клетки), эти аутологические T-клетки активируют в культурах ex vivo к пролиферации и обрабатывают таким образом, чтобы внедрить в геном клеток искусственный ген химерного антигенного рецептора (ген CAR). Полученные CAR+ T-лимфоциты выращивают для достижения нужного количества клеток. Эти CAR+ T-лимфоциты вводят назад пациенту с помощью внутривенной инфузии. Терапия CAR-T эффективна. Но существует ряд объективных причин, тормозящих внедрение терапии CAR-T во всех развивающихся странах, включая Казахстан. О сложности технологии говорит тот факт, что до сих пор на всём пространстве ЕАЭС CAR-T официально применяется только в двух клиниках – ДГОИ им. Рогачёва и НМИЦ Гематологии (обе клинике – в Москве). Цена лечения по технологии CAR-T в странах-лидерах по применению этой терапии, высока (терапия Kymriah от Novartis, наиболее часто применяемая в мире, стоит $475,000 за 1 курс одного пациента). Такая высокая цена ставит непреодолимый заслон для пациентов из Казахстана.
В докладе обсуждаются текущее состояние и перспективы внедрения терапии CAR-T, предлагаются пути решения проблем внедрения на уровнях техническом (организация производства клеточных препаратов), медицинском (подготовка врачей) и регуляторном.
ПОЛУЧЕНИЕ КОДОНОПТИМИЗИРОВАННОГО РЕКОМБИНАНТНОГО ИНТЕРЛЕЙКИНА-15 КРУПНОГО РОГАТОГО СКОТА В ESCHERICHIA COLI BL21
Authors: Абирбеков Б.Е.
Published: September 2024

Интерлейкин-15 (IL-15) является важнейшим фактором иммунной регуляции, имеющим значение как для научных исследований, так и для клинической терапии. Данное исследование направлено на изучение экспрессии кодоноптимизированного IL-15 крупного рогатого скота (КРС) в Escherichia coli BL21 с использованием вектора pET28, который оснащен промотором T7 для облегчения индуцикции производства белка. Цель - максимизировать выход функционально активного IL-15 путем оптимизации условий переноса генов и индукции.
В качестве вектора для гена IL-15 КРС был использован pET28, который затем был введен в клетки E. coli BL21(DE3) путем электропорации. Культуры выращивали в среде LB, дополненной канамицином, и подвергали экспериментам по индукции IPTG, чтобы определить оптимальные условия для экспрессии белка. Концентрация IPTG варьировала от 0,1 мМ до 1,0 мМ. После индукции культуры поддерживали при различных температурах (20°C, 37°C, 42°C) и собирали в разные временные точки (2, 4, 6 часов и ночь) для оценки кинетики экспрессии.
Очистку белка проводили с помощью никель-аффинной хроматографии, используя His-Tag экспрессируемого белка. Целостность и чистоту выделенного IL-15 оценивали с помощью SDS-PAGE, а дальнейшую характеристику проводили с помощью масс-спектрометрии. Биологическую активность цитокина оценивали с помощью набора для ИФА бычьего интерферона гамма, чтобы определить его способность стимулировать выработку интерферона гамма.
Оптимальными условиями для экспрессии IL-15 были определены концентрация IPTG 0,2 мМ и постиндукционная инкубация при 37°C в течение 6 часов. Эти параметры способствовали получению наибольшего количества растворимого белка, эффективно минимизируя деградацию белка и образование тел включения. Очищенный IL-15 продемонстрировал высокую чистоту и значительную биологическую активность, что было подтверждено SDS-PAGE и масс-спектрометрией. Биологическая функциональность IL-15 была подтверждена его способностью стимулировать выработку интерферона гамма в анализе ELISA.
Данное исследование демонстрирует, что Escherichia coli BL21(DE3) в сочетании с векторной системой pET28 и специфическими параметрами индукции является жизнеспособной платформой для получения биологически активного IL-15 крупного рогатого скота. Эти результаты подчеркивают потенциал этой оптимизированной системы экспрессии для продвижения исследований и терапевтических применений на основе IL-15.
КАПРИПОКСВИРУСЫ ДЛЯ РАЗРАБОТКИ ВЕКТОРНЫХ ВАКЦИН
Authors: Червякова О.В.
Published: September 2024

Capripoxvirus относится к семейству Poxviridae и включает три вида: вирус оспы овец (Sheeppox virus), вирус оспы коз (Goatpox virus) и вирус нодулярного дерматита (Lumpy skin disease virus), которые вызывают инфекционные заболевания жвачных животных. Вакцины на основе живых аттенуированных штаммов каприпоксвирусов используют много лет в ветеринарной практике. Доказано, что они безопасны, надежны и обеспечивают долгосрочную защиту. За счет ограниченного круга восприимчивых животных и непатогенности для человека каприпоксвирусы являются уникальными вирусами для разработки векторных вакцин.
Аттенуированный штамм НИСХИ вируса оспы овец, который широко применяется для производства вакцины в Казахстане и ряде стран СНГ, был использован для разработки каприпоксвирусного вектора. Методом гомологичной рекомбинации в геном вируса оспы овец были интегрированы чужеродные последовательности, кодирующие как вирусные, так и бактериальные антигены. Полученные рекомбинантные вирусы оставались генетически стабильными и эффективно экспрессировали чужеродные антигены in vitro и in vivo.
Работы были выполнены в рамках проектов грантового финансирования КН МНВО РК АР19678503, АР08856376, АР05133746
ИЗУЧЕНИЕ УСТОЙЧИВОСТИ МОЛОЧНОКИСЛЫХ БАКТЕРИЙ, ВЫДЕЛЕННЫХ ИЗ МОЛОЧНОКИСЛЫХ ПРОДУКТОВ, К РАЗЛИЧНЫМ УСЛОВИЯМ СТРЕССА И ОЦЕНКА ИХ АНТИМИКРОБНОЙ АКТИВНОСТИ
Authors: Абилхадиров А.С. , Халымбетова А.Е. , Тыныбаева И.К. , Абитаева Г.К. , Шайхин С.М. , Сармурзина З.С. , Бекшин Ж.М.
Published: September 2024

Исследование устойчивости молочнокислых бактерий к различным условиям стресса имеет большое значение для понимания клеточных механизмов регуляции метаболизма в экстремальных кислотных, солевых и окислительных условиях обработки пищевых продуктов и их хранения.
Целью исследования является поиск молочнокислых бактерий с высоким пробиотическим потенциалом в казахских традиционных продуктах путем скрининга стрессоустойчивых изолятов с высокой антимикробной активностью. Устойчивость к стрессовым факторам, возникающим во время обработки и хранения пищевых продуктов (pH, соли, нагреванию, перекиси водорода и этанолу) была оценена с помощью общепринятых стандартных методов. Молекулярная идентификация изолятов проводилась с помощью секвенирования генов 16S рРНК с использованием алгоритма BLAST.
В результате проведенной работы было выделено и идентифицировано 37 изолятов. Самые устойчивые 3 изолята Latilactobacillus curvatus 19, Lactococcus lactis subsp. lactis 37, Enterococcus faecalis 020 были толерантны к 4 стресс факторам: pH 3.5, NaCl 8%, температуре 45⁰С и Н2О2 120 мМ (24 ммоль). 10 изолятов, идентифицированные как Leuconostoc sp. (60% из 10 изолятов), Lactococcus lactis sp. (10% из 10), Enterococcus faecium (10% из 10), Enterococcus faecalis (20% из 10) сохраняли жизнеспособность к 3 стрессовым факторам. 12 изолятов были учтойчивы к 2 стрессам и 10 изолятов были толерантными к одному стресс фактору, где преобадающим родом был Leuconostoc sp.
Анализ антимикробной активности в отношении патогенных микроорганизмов, включая E. coli, S. aureus, P. aeruginosa S. enteriditis показал максимальную активность для штаммов L. mesenteroides 18, Lactobacillus delbrueckii subsp. Lactis 20, Enterococcus faecalis 020, Enterococcus durans 013, Enterococcus faecium 046, L. mesenteroides 022, L. mesenteroides 11.
Таким образом, выделенные и изученные штаммы молочнокислых бактерий проявляют антимикробную активность широкого спектра действия в сочетании с высокой стрессоустойчивостью, что делает их подходящими кандидатами для применения в качестве пробиотиков.
Данная работа выполнена в рамках финансирования Комитета науки Министерства науки и высшего образования Республики Казахстан (BR 18574066).
Impact of Blowing and Density Ratio on the Film Cooling and Heat Transfer in an Aggressive Turbine Center Frame
Authors: Jagerhofer Patrick R. , Glasenapp Tobias , Patzer Bastian , Göttlich Emil
Published: September 2024

It was shown in the previous study that the aft purge flows from the last stage of the high-pressure turbine (HPT) have a significant film cooling potential in the downstream turbine center frame (TCF) (Jagerhofer et al., 2023, “Heat Transfer and Film Cooling in an Aggressive Turbine Center Frame,” ASME J. Turbomach., 145(12), p. 121012). The TCF is a stationary duct that guides the flow from the HPT outlet to the low-pressure turbine (LPT) inlet and is the third most thermally loaded engine component. This article investigates the impact of different purge-to-mainstream blowing and density ratios on the film cooling effectiveness and the heat transfer coefficient in the TCF. The experiments were conducted in a product-representative 1.5-stage HPT-TCF-LPT vane configuration under Mach-similarity in the Transonic Test Turbine Facility (TTTF) at TU Graz. The blowing ratio has been demonstrated to be the dominant parameter for purge film cooling in TCFs since HPT purge flows typically have very low momentum. Even at twice the nominal blowing ratio, no cooling film detachment was observed on the TCF hub or shroud surface. Varying the density ratio in the experimentally possible range delivered no significant differences in the results. With increasing purge blowing ratios, the film cooling effectiveness in the TCF increases as expected, but the heat transfer also intensifies due to the purge injection. The circumferentially averaged film cooling on the hub scales relatively well with an offset version of the well-known Hartnett correlation (Hartnett et al., 1961, “Velocity Distributions, Temperature Distributions, Effectiveness and Heat Transfer for Air Injected Through a Tangential Slot Into a Turbulent Boundary Layer,” ASME J. Heat Transfer, 83(3), pp. 293–305) that takes into account the ingress-induced premixing of the purge flow in the cavities.
Cubital tunnel syndrome and stroke coincide – adding insult to injury
Authors: Albayrak Mustafa Güngör , Abdulsalam Ahmad J. , Kara Murat
Published: September 2024

.
Ultrasound findings of non-Hodgkin’s mantle cell lymphoma in the right inguinal region
Authors: Zhao Haotian , Wang Xiaona , Yan Yaru , Li Li
Published: September 2024

.
Draft genome sequence of non-pathogenic
Escherichia coli
5C LMG S-33222, isolated from healthy donor feces
Authors: Di Pierro Francesco , Zerbinati Nicola , Guasti Luigina , Cazzaniga Massimiliano , Bertuccioli Alexander , Palazzi Chiara Maria , Labrini Edoardo , Sagheddu Valeria , Soldi Sara
Published: September 2024

We present the genome sequence of
Escherichia coli
5C LMG S-33222, a non-pathogenic microorganism with potential probiotic features. The strain was isolated in 2021 from a fecal sample of a healthy Italian infant. The total genome size is 4,712,575 bp with a G + C content of 51%.
Assembled genome of an Ethiopian
Plasmodium vivax
isolate generated using GridION long-read technology
Authors: Callejas-Hernández Francisco , Nikulkova Maria , Adamski Nicole , Yan Guiyun , Yewhalaw Delenasaw , Carlton Jane M.
Published: September 2024

Plasmodium vivax
causes ~20% of malaria cases in Ethiopia. Here, we report a long-read genome assembly generated from an individual collected in 2022.
P. vivax
is genetically diverse across endemic regions; thus, the genome assembly of an African isolate is an important resource for the malaria research community.
Iatrogenic pseudoaneurysm after bone biopsy managed with endovascular coil embolisation
Authors: Tripathy Taraprasad , Patel Ranjan Kumar , Mohapatra Adarsh Kumar , Peram Priyadarshini
Published: September 2024

Bone marrow biopsy (BMB) is a routinely performed procedure, with the preferred site being the posterior superior iliac crest. Uncommonly, it may be complicated by haemorrhagic complications, especially in patients with coagulopathy. Here, we present a case of pelvic haematoma following a BMB due to the injury of the right internal iliac artery. Endovascular embolisation was performed on an urgent basis to manage this complication. The bleeding stopped following the embolisation.
E-participation in policy-making for health: a scoping review protocol
Authors: Esmailzadeh Hamid , Mafimoradi Shiva , Gholami Masoumeh , Mansourzadeh Mohammad Javad , Rajabi Fatemeh
Published: September 2024

Introduction

For the general public, e-participation represents a potential solution to the challenges associated with in-person participation in health policy-making processes. By fostering democratic engagement, e-participation can enhance civic legitimacy and trust in public institutions. However, despite its importance, there is currently a gap in the literature regarding a comprehensive synthesis of studies on various aspects of e-participation in the health policy domain. These aspects include levels of participation, underlying mechanisms, barriers, facilitators, values and outcomes. To address this gap, our proposed scoping review aims to systematically investigate and classify the available literature related to e-participation in policy-making for health.

Methods and analysis

We will employ the Population, Concept and Context framework developed by Arksey and O’Malley (2005). Our population of interest will consist of participants involved in policy-making for health, including both government organisers of e-participation and participating citizens (the governed). To identify relevant studies, we will systematically search databases such as CINAHL (EBSCO), Academic Search Premier (EBSCO), Social Services Abstracts (ProQuest), Scopus (Elsevier), EMBASE (Elsevier), The Cochrane Database of Systematic Reviews, Campbell Collaboration, JBI Evidence Synthesis and PubMed using a predefined search strategy. Two independent reviewers will conduct a three-tiered screening process for identified articles, with a third reviewer resolving any discrepancies. Data extraction will follow a predefined yet flexible form. The results will be summarised in a narrative format, presented either in tabular or diagrammatic form.

Ethics and dissemination

The National Institute of Health Research of the Islamic Republic of Iran’s ethics committee has approved this review study. Our findings will be disseminated through peer-reviewed publications, conference presentations and targeted knowledge-sharing sessions with relevant stakeholders.
Newborn community health advancements among Ethiopian Orthodox Christian women in North Gondar, Ethiopia: community-based randomised trial protocol
Authors: Alemie Getahun A , Walson Judd , Rankin Katherine C , Wild Lorie M , Tesema Getayeneh Antehunegn , Belay Daniel Gashaneh , Hakizimana Dieudonne , Guthrie Brandon L
Published: September 2024

Introduction

Despite significant progress over past decades, neonatal and infant morbidity and mortality remain unacceptably high in Ethiopia. Simple interventions have been shown to improve the health of children and reduce mortality. These include promotion of exclusive breast feeding for the first 6 months of life, immunisation and utilisation of available newborn healthcare services, which are proven to improve newborn survival. This study aims to determine the impact of a behaviour change intervention that partners Orthodox priests with volunteer community health workers, known in Ethiopia as the Health Development Army and trains them to conduct newborn health outreach to improve care seeking, uptake of key interventions and identification of sick infants.

Methods

The study designed is a community-randomised trial conducted in the Central Gondar area. The behaviour change intervention pairs trained Orthodox priests with members of the Health Development Army to conduct community health outreach by identifying near-term pregnant women in their communities and educating them on the topics of exclusive breast feeding, immunisation, nutrition and uptake of available child healthcare services. The evaluation of the intervention will enrol up to 150 newborn–mother pairs from communities receiving the behaviour change intervention and another 150 pairs enrolled from control communities. The quantitative analysis will be done by comparing data between the intervention and control groups related to breast feeding, anthropometry, immunisation status and uptake of child health services. The primary outcomes are exclusive breastfeeding through 6 months, mid-upper arm circumference, completion of vaccinations and infant hospitalisation.

Ethics and dissemination

Ethical approval has been obtained from the University of Washington (STUDY00006942) and the University of Gondar (No.V/P/RCS/05/2523/2019) Institutional Review Boards. Oral consent was obtained for the formative study, whereas written consent (or witnessed thumbprint) will be obtained from all enrolled mothers. Results will be communicated to community members, relevant government agencies and other stakeholders.

Trial registration number

NCT05111899.
Addressing diagnostic uncertainty and excellence in emergency care—from multicountry policy analysis to communication practice in Australian emergency departments: a multimethod study protocol
Authors: Dahm Maria R , Chien Laura J , Morris Jen , Lutze Lucy , Scanlan Sam , Crock Carmel
Published: September 2024

Introduction

Communication failings may compromise the diagnostic process and pose a risk to quality of care and patient safety. With a focus on emergency care settings, this project aims to examine the critical role and impact of communication in the diagnostic process, including in diagnosis-related health and research policy, and diagnostic patient–clinician interactions in emergency departments (EDs).

Methods and analysis

This project uses a qualitatively driven multimethod design integrating findings from two research studies to gain a comprehensive understanding of the impact of context and communication on diagnostic excellence from diverse perspectives. Study 1 will map the diagnostic policy and practice landscape in Australia, New Zealand and the USA through qualitative expert interviews and policy analysis. Study 2 will investigate the communication of uncertainty in diagnostic interactions through a qualitative ethnography of two metropolitan Australian ED sites incorporating observations, field notes, video-recorded interactions, semistructured interviews and written medical documentation, including linguistic analysis of recorded diagnostic interactions and written documentation. This study will also feature a description of clinician, patient and carer perspectives on, and involvement in, interpersonal diagnostic interactions and will provide crucial new insights into the impact of communicating diagnostic uncertainty for these groups. Project-spanning patient and stakeholder involvement strategies will build research capacity among healthcare consumers via educational workshops, engage with community stakeholders in analysis and build consensus among stakeholders.

Ethics and dissemination

The project has received ethical approvals from the Human Research Ethics Committee at ACT Health, Northern Sydney Local Health District and the Australian National University. Findings will be disseminated to academic peers, clinicians and healthcare consumers, health policy-makers and the general public, using local and international academic and consumer channels (journals, evidence briefs and conferences) and outreach activities (workshops and seminars).
Cohort profile: DNA methylation in the Northern Ireland Cohort for the Longitudinal Study of Ageing (NICOLA) – recruitment and participant characteristics
Authors: Potter Claire , Hill Claire , Smyth Laura J , Neville Charlotte , Scott Angela , Kee Frank , McGuinness Bernadette , McKnight Amy
Published: September 2024

Purpose

Epigenetic modifications including DNA methylation (DNAm) are proposed mechanisms by which social or environmental exposures may influence health and behaviours as we age. The Northern Ireland Cohort for the Longitudinal Study of Ageing (NICOLA) DNAm cohort, established in 2013, is one of several worldwide, nationally representative prospective studies of ageing with biological samples from participants who consented to multiomic analysis.

Participants

NICOLA recruited 8478 participants (8283 aged 50 years or older and 195 spouses or partners at the same address aged under 50 years). Computer-Assisted Personal Interviews, Self-Completion Questionnaires and detailed Health Assessments (HA) were completed. Of the 3471 (44.1%) participants who attended the HA in wave 1, which included venous blood sampling, 2000 were identified for the DNAm cohort. Following technical and data quality control checks, DNAm data are currently available for n=1870.

Findings to date

There was no significant difference based on age, self-reported gender, education, employment, smoking or alcohol status and subjective health reports between the DNAm cohort and other HA attendees. Participants were more likely to be in the DNAm group if they lived with one other person (OR 1.26, 95% CI 1.07 to 1.49). The DNAm group had a lower proportion of depressed participants and those meeting criteria for post-traumatic stress disorder (11.7% and 4.4% vs 13.5% and 4.5%, respectively) categorised by objective assessment tools but this was not significant (OR 0.84, 95% CI 0.69 to 1.02 and OR 0.87, 95% CI 0.64 to 1.19).

Future plans

The deeply phenotyped DNAm cohort in NICOLA with planned prospective follow-up and additional multiomic data releases will increase the cohort’s utility for research into ageing. The genomic and epigenetic data for the DNAm cohort has been deposited on the European Genome-Phenome Archive, increasing the profile of this cohort and data availability to researchers.
Combination of exhaled breath condensate samples with lipoarabinomannan point of care assay for pulmonary tuberculosis (TB) diagnosis: protocol for a diagnostic accuracy study
Authors: Pouzol Stephane , Khaja Mafij Uddin Mohammad , Islam Ashabul , Jabin Maha Sultana , Nigou Jérôme , Banu Sayera , Hoffmann Jonathan
Published: September 2024

Introduction

The WHO estimates a gap of about 30% between the incident (10.6 million) and notified (7.5 million) cases of tuberculosis (TB). Combined with the growing recognition in prevalence surveys of the high proportion of cases identified who are asymptomatic or paucisymptomatic, these data underscore how current symptom screening approaches and use of diagnostic tests with suboptimal performance on sputum miss large numbers of cases. Thus, the development of sputum-free biomarker-based tests for diagnosis is becoming necessary, which the WHO has already identified as a priority for new TB diagnostics.

The objective of this study is to evaluate a combination of exhaled breath condensate (EBC) samples and mycobacterial lipoarabinomannan (LAM) as point-of-care (POC) assays to identify TB patients.

Methods and analysis

This prospective diagnostic accuracy study is conducted at the TB Screening and Treatment Centre of International Center for Diarrhoeal Disease Research, Bangladesh, on a cohort of adults and adolescents >11 years of age. A total of 614 individuals with presumptive pulmonary TB based on TB signs, symptoms and radiography are being recruited from 28 August 2023. Spot sputum is collected for standard reference testing (L-J culture, GeneXpert MTB/Rif, acid-fast Bacilli microscopy) to fine-tune categorisation of TB disease status for each participant, defined as (1) definite TB (at least one positive standard reference test); (2) probable TB (not microbiologically confirmed but under TB treatment); (3) possible TB (no TB treatment but signs, symptoms and radiography suggestive of TB); (4) other respiratory disease (microbiologically not confirmed and no radiography presenting abnormalities compatible with TB); and (5) unknown (no microbiological evidence with normal/no TB abnormalities with radiography). Urine and EBC specimens will be subjected to LAM POC testing and biobanked for further investigation. Statistical analyses will include an assessment of diagnostic accuracy by constructing receiver operating curves and calculating sensitivity and specificity, as well as post-test probabilities.

Ethics and dissemination

The study protocol was approved by the Research Review Committee as well as the Ethical Review Committee of icddr,b and recorded under a protocol reference number, PR-2301. Results will be submitted to open-access peer-reviewed journals, presented at academic meetings, and shared with national and international policymaking bodies.