bluuebunny/crossref_metadata_2025 huggingface dataset:
Small- and Large-Effect Quantitative Trait Locus Interactions Underlie Variation in Yeast Sporulation Efficiency
Authors: Lorenz Kim , Cohen Barak A
Published: September 2012

Quantitative trait loci (QTL) with small effects on phenotypic variation can be difficult to detect and analyze. Because of this a large fraction of the genetic architecture of many complex traits is not well understood. Here we use sporulation efficiency in Saccharomyces cerevisiae as a model complex trait to identify and study small-effect QTL. In crosses where the large-effect quantitative trait nucleotides (QTN) have been genetically fixed we identify small-effect QTL that explain approximately half of the remaining variation not explained by the major effects. We find that small-effect QTL are often physically linked to large-effect QTL and that there are extensive genetic interactions between small- and large-effect QTL. A more complete understanding of quantitative traits will require a better understanding of the numbers, effect sizes, and genetic interactions of small-effect QTL.
The Am-tra2 Gene Is an Essential Regulator of Female Splice Regulation at Two Levels of the Sex Determination Hierarchy of the Honeybee
Authors: Nissen Inga , Müller Miriam , Beye Martin
Published: September 2012

Heteroallelic and homo- or hemiallelic Complementary sex determiner (Csd) proteins determine sexual fate in the honeybee (Apis mellifera) by controlling the alternative splicing of the downstream gene fem (feminizer). Thus far, we have little understanding of how heteroallelic Csd proteins mediate the splicing of female fem messenger RNAs (mRNAs) or how Fem proteins direct the splicing of honeybee dsx (Am-dsx) pre-mRNAs. Here, we report that Am-tra2, which is an ortholog of Drosophila melanogaster tra2, is an essential component of female splicing of the fem and Am-dsx transcripts in the honeybee. The Am-tra2 transcripts are alternatively (but non-sex-specifically) spliced, and they are translated into six protein isoforms that all share the basic RNA-binding domain/RS (arginine/serine) domain structure. Knockdown studies showed that the Am-tra2 gene is required to splice fem mRNAs into the productive female and nonproductive male forms. We suggest that the Am-Tra2 proteins are essential regulators of fem pre-mRNA splicing that, together with heteroallelic Csd proteins and/or Fem proteins, implement the female pathway. In males, the Am-Tra2 proteins may enhance the switch of fem transcripts into the nonproductive male form when heteroallelic Csd proteins are absent. This dual function of Am-Tra2 proteins possibly enhances and stabilizes the binary decision process of male/female splicing. Our knockdown studies also imply that the Am-Tra2 protein is an essential regulator for Am-dsx female splice regulation, suggesting an ancestral role in holometabolous insects. We also provide evidence that the Am-tra2 gene has an essential function in honeybee embryogenesis that is unrelated to sex determination.
Anex VivoModel for Imprinting: Mutually Exclusive Binding of Cdx2 and Oct4 as a Switch for Imprinted and Random X-Inactivation
Authors: Erwin Jennifer A , del Rosario Brian , Payer Bernhard , Lee Jeannie T
Published: September 2012

In the early mammalian embryo, X chromosome inactivation (XCI) achieves dosage parity between males and females for X-linked genes. During mouse development, imprinted paternal XCI is observed first and switches to random XCI in the epiblast but not placental lineages. The mechanism by which this epigenetic switch occurs is currently unknown. Here, we establish an ex vivo model for imprinting and identify a novel trans-acting regulatory factor for imprinted XCI. Using an induced trophoblast stem cell (iTS) model, we show that embryonic stem (ES) cells transdifferentiated into trophoblasts retain partial memory of the XCI imprint. Cdx2, a stem cell factor that determines commitment to the extraembryonic lineage, directly binds Xist and activates expression of Xist RNA in extrembryonic cells. Cdx2 competes with Oct4, a stem cell factor that determines commitment to the embryonic lineage, for overlapping binding sites within Xist. We propose that mutually exclusive binding between Cdx2 and Oct4 in Xist underlies the switch between imprinted and random XCI in the early mouse embryo.
Semaphorin-1 and Netrin Signal in Parallel and Permissively to Position the Male Ray 1 Sensillum in Caenorhabditis elegans
Authors: Dalpe Gratien , Zheng Hong , Brown Louise , Culotti Joseph
Published: September 2012

Netrin and semaphorin axon guidance cues have been found to function in the genesis of several mammalian organs; however, little is known about the underlying molecular mechanisms involved. A genetic approach could help to reveal the underpinnings of these mechanisms. The most anterior ray sensillum (ray 1) in the Caenorhabditis elegans male tail is frequently displaced anterior to its normal position in smp-1/semaphorin-1a and plexin-1/plx-1 mutants. Here we report that UNC-6/netrin and its UNC-40/DCC receptor signal in parallel to SMP-1/semaphorin-1a and its PLX-1/plexin-1 receptor to prevent the anterior displacement of ray 1 and that UNC-6 plus SMP-1 signaling can account entirely for this function. We also report that mab-20/semaphorin-2a mutations, which prevent the separation of neighboring rays and cause ray fusions, suppress the anterior displacements of ray 1 caused by deficiencies in SMP-1 and UNC-6 signaling and this is independent of the ray fusion phenotype, whereas overexpression of UNC-40 and PLX-1 cause ray fusions. This suggests that for ray 1 positioning, a balance is struck between a tendency of SMP-1 and UNC-6 signaling to prevent ray 1 from moving away from ray 2 and a tendency of MAB-20/semaphorin-2a signaling to separate all rays from each other. Additional evidence suggests this balance involves the relative adhesion of the ray 1 structural cell to neighboring SET and hyp 7 hypodermal cells. This finding raises the possibility that changes in ray 1 positioning depend on passive movements caused by attachment to the elongating SET cell in opposition to the morphologically more stable hyp 7 cell. Several lines of evidence indicate that SMP-1 and UNC-6 function permissively in the context of ray 1 positioning.
Rupturált ív-descendens aorta aneurysma hybrid rekonstrukciója vesetranszplantált betegben
Authors: Oláh Zoltán , Szabolcs Zoltán , Hüttl Kálmán , Pólos Miklós , Rényi-Vámos Ferenc , Széphelyi Katalin , Sótonyi Péter , Acsády György
Published: September 2012

Absztrakt

Esetismertetés: A szerzők 53 éves vesetranszplantált férfi betegről számolnak be, akinél fulladás és nehézlégzés miatt készült mellkasröntgen, majd mellkasi CT-angiographia bal oldali haemothoraxot okozó, rupturált aortaív-descendens aneurysmát igazolt. Acut műtét során sternotomiából ascendo-anonymo-caroticus Y-áthidalást, majd femoralis feltárásból stentgraft-implantációt végeztek. A bal mellkasfélben kialakult, a tüdő kompressziós atelectasiáját okozó haematomát és a szervülő fibrines felrakódásokat második lépésben, thoracotomiából távolították el. A kontroll során a beteg panaszmentes, a bifurcatiós protézis és a stentgraft jó helyzetben rögzült, az aneurysmazsák megkisebbedett, a tüdők expandáltak. Megbeszélés: Az aortaív-aneurysmák ellátásában a hagyományos műtét cardiopulmonalis bypass védelmében és teljes keringésleállítás mellett történik. A műtét alatt kialakuló cerebralis szövődmények magas kockázatát – a mély hypothermia cerebroprotektív hatásán túl – újabban az izolált cerebralis perfusio létesítésével tudták eredményesen csökkenteni. A tisztán sebészi megoldás alternatíváját jelentik a hybrid műtétek, amelyek során a supraaorticus ágak keringésének biztosítása (debranching) után történik stentgraft-implantáció. E beavatkozások kisebb megterhelést jelentenek, ugyanakkor állandó utánkövetést igényelnek, és hosszú távú eredmények még nem állnak rendelkezésre. Acut esetben az aortaív hybrid rekonstrukciója kis számban végzett beavatkozás, azonban a feltételek megléte esetén a magas kockázatú betegek ellátásának valós alternatívája. Jelen esetben fontos további szempont, hogy e metódus alkalmazásával a jól működő transzplantált vese keringése mindvégig biztosítva volt.
A csont mikrokeringési változásainak kísérletes vizsgálati lehetőségei
Authors: Greksa Ferenc , Tóth Kálmán , Boros Mihály , Szabó Andrea
Published: September 2012

Absztrakt

Bevezetés/Célkitűzés:Kísérleteink célja a periosteum mikrokeringési változásainak feltérképezése, valamint a velőűrfelfúrás által okozott periostealis mikroér-reakciók modellezése, időbeli változásuk megismerése volt. További vizsgálatainkban jellemeztük és összehasonlítottuk a humán csípőízületi endoprotetikában használatos anyagok mikrokeringési hatásait a csonthártyában.Anyag és módszer:Hím Wistar-patkányok jobb oldali tibiájába endomedullaris titán-, acélötvözet, illetve polietilén implantátumot helyeztünk mikrosebészeti módszerrel. Intravitalis videomikroszkóp segítségével vizsgáltuk a tibia anteromedialis és anterolateralis felszínén a periosteum érstruktúráját (össz-érdenzitás, kapillárisok aránya), valamint mikroszkópos mechanikai teszt segítségével az implantátumok stabilitását. Kontrollcsoportban vizsgáltuk a velőűrfelfúrás hatását a periostealis érstruktúra változásaira a műtét után 6 és 12 héttel.Eredmények:A velőűr felfúrása önmagában szignifikánsan növelte az anteromedialis periosteum érdenzitását, valamint a kapillárisok sűrűségét a beavatkozás után 12 héttel. Mindhárom implantátum fokozta az érdenzitást az anteromedialis oldalon, az anterolateralis oldalon azonban csak a polietilén implantátum esetében észleltünk jelentős periostealis kapilláris- és érdenzitás-fokozódást. A titán- és acélimplantátumokkal szemben a polietilénből készült implantátum nem váltott ki érdemi osseointegrációt.Következtetés:A patkány tibiavelőűr felfúrása kompenzációs érújdonképződést eredményez, amely megnöveli a periostealis érdenzitást 12 héttel a beavatkozás után. A hosszú csöves csontok endostealis mikrokeringésének roncsolása által okozott periostealis érreakciót a teljes osseointegrációval járó implantátumok nem befolyásolják lényegesen, míg az osseointegrációra képtelen implantátum nagyon jelentős érújdonképződést okozhat.
A húgyhólyag gyulladásos mikrokeringési reakcióinak kísérletes vizsgálata
Authors: Járomi Péter , Szabó Andrea , Garab Dénes , Bodnár Dóra , Uhercsák Gabriella , Boros Mihály , Hartmann Petra
Published: September 2012

Absztrakt

Bevezetés:Átmeneti ischaemia kapcsán az ischaemia/reperfusiós (IR) károsodás elsődleges célpontja az erek endotheliuma, míg interstitialis cystitisben és haemorrhagiás cystitisben a gyulladás az epithelium/urothelium felől indul, és az interstitium felé terjedhet, így okozva másodlagos mikrokeringési változásokat. Vizsgálataink célja a nem fertőzéses eredetű cystitisek és a hólyag IR mikrokeringési következményeinek vizsgálata, valamint a keringési reakciók összehasonlító elemzése volt.Módszerek:Hím Sprague Dawley-patkányokban protamin-szulfát (2 mg / 200 μl sóoldatban,n= 6) 30 perces intravesicalis instillatiójával gyulladást indukáltunk, a második csoportban (n= 5) ciklofoszfamidot (75 mg/kg, i.p.) alkalmaztunk 24 órával a vizsgálat előtt. A harmadik csoportban (n= 5) a húgyhólyag átmeneti ischaemiáját idéztük elő a hólyagot ellátó erek 60 perces leszorításával. A kezeletlen kontrollcsoportban a húgyhólyagot fiziológiás sóoldattal instilláltuk (n= 5). A gyulladásos mikrokeringési reakciókat intravitális fluoreszcens videomikroszkóppal vizsgáltuk 60 perc reperfusio után, illetve 24 órával a protamin-szulfát-instillatiót vagy ciklofoszfamid-kezelést követően.Eredmények:A gördülő leukocyták aránya háromszorosára növekedett a hólyag posztkapilláris ereiben a protamin-szulfát-modellben, a ciklofoszfamid-csoportban ötszörös, az IR csoportban hat és félszeres volt a növekedés. A leukocyták kitapadása mindhárom kísérletes csoportban hasonló mértékben (közel hétszeresére) fokozódott. A vörösvértestek áramlási sebessége a protamin-szulfát- és IR csoportban csökkent, míg a ciklofoszfamid-csoportban kismértékben emelkedett.Következtetések:Eredményeink alapján nemcsak a direkt endotheliumsérülést okozó IR, de a protamin-szulfát és a ciklofoszfamid alkalmazása is mikrokeringési változásokat idéz elő a patkány húgyhólyagában. Ezek az eredmények felvetik a mikrokeringési zavarok kóroki szerepét az irritábilis hólyag szindróma és a haemorrhagiás cystitis pathogenesisében is.
Terápiás lehetőségek a gyulladásos bélbetegség állatkísérletes modelljében – összehasonlító vizsgálat
Authors: Kovács Tamás , Varga Gabriella , Érces Dániel , Tőkés Tünde , Tiszlavicz László , Ghyczy Miklós , Vécsei László , Boros Mihály , Kaszaki József
Published: September 2012

Absztrakt

Bevezetés: A gyulladásos bélbetegségek következménye a citokinek közvetítésével kialakuló súlyos lokális szöveti károsodás. Kutatásunk célja az volt, hogy megvizsgáljuk a trinitro-benzol-szulfonsavval (TNBS) kiváltott kísérletes colitis subacut fázisára jellemző gyulladásos válasz és a morfológiai elváltozások befolyásolhatóságát oralis foszfatidil-kolin (PC) és N-metil-D-aszpartát (NMDA) receptor-antagonista kinurénsav-terápia után. Módszerek: Kísérleteinket Sprague–Dawley-patkányok kontroll-, kezeletlen colitis (ic TNBS), 2%-os PC-vel dúsított táppal kezelt colitis (3 nap előkezelés + 3 nap TNBS indukció utáni kezelés) és a 6. napon kinurénsavval kezelt colitis csoportjain végeztük (n = 7). A gyulladás mértékét a colon-mieloperoxidáz- és a plazma-TNF-α-szintek mérésével jellemeztük. A szöveti károsodást hagyományos szövettani (haematoxylin-eosin) vizsgálattal, valamint in vivo konfokális laser scanning endomikroszkóppal (Optiscan Five1, Australia) vizsgáltuk. Meghatároztuk a microvascularis reakciót (FITC-dextrán-festés) és a nyálkahártya-struktúra változásait (akridin orange-festés) a colitis 6. napján. Eredmények: A kezeletlen colitises állatokban szignifikáns mieloperoxidáz- és TNF-α-emelkedést, valamint az epithelialis struktúra jelentős károsodását figyeltük meg. Mindkét kezelési mód jelentősen csökkentette a gyulladásos markerek szintjét, azonban az epithelialis struktúra megőrzésére csak a PC-előkezelés volt alkalmas: szignifikánsan csökkentette a kapillárisok és kripták károsodását, és növelte a kehelysejtek számát. A kinurénsav-kezelés nem befolyásolta a morfológiai elváltozásokat. Következtetés: Oralis PC-előkezeléssel a gyulladásos reakció csökkenthető a vastagbélben. A kehelysejtek számának növelése révén ez ígéretes lehetőség lehet a gyulladásos bélbetegségek kezelésére.
Klinikailag releváns sepsismodell törpesertésen
Authors: Zsikai Bettina , Bizánc Lajos , Sztányi Péter , Vida Gergely , Nagy Enikő , Jiga Lucian , Ionac Mihai , Érces Dániel , Boros Mihály , Kaszaki József
Published: September 2012

Absztrakt

Bevezetés:A sepsis és a septicus shock megoldatlan terápiájának egyik fő oka, hogy a komplex patológia megfigyelésére alkalmazott állatkísérletek és a klinikai valóság között jelentős az eltérés. Célunk olyan kísérletes modell kialakítása volt, ami megfelelően leképezi a humán intraabdominalis sepsis jól ismert klinikai lefolyását.Anyag és módszerek:Törpesertésekben 0,5 gr/kg autofaeces intraperitonealis injektálásával peritonitist indukáltunk (n= 9), majd a beavatkozást követő 16. órától elkezdtük a ketamin-propofollal altatott állatok invazív haemodynamicai monitorozását (PiCCO monitor, pulmonalis katéter). A megfigyeléseket további 8 órán keresztül folytattuk, artériás és vénás vérgázanalízis mellett regisztráltuk az extravascularis tüdővíz (EVLWI) változását. A sublingualis régió mikrokeringését orthogonalis polarizációs spektrális képalkotó módszerrel vizsgáltuk, a microperfusiót a vörösvértestek áramlási sebességével és a kapillárisok perfusiós arányával jellemeztük. Plazmamintákból big-endothelin (big-ET) és high-mobility group box protein-1 (HMGB1) szinteket határoztunk meg ELISA módszerrel. Az eredményeket álműtött kontrollcsoport (n= 6) párhuzamos adataihoz hasonlítottuk.Eredmények:A septicus csoportban az artériás középnyomás fokozatosan 70 Hgmm alá csökkent, miközben a perctérfogat szignifikánsan emelkedett. A hyperdynamiás makrokeringés ellenére az EVLWI, a big-ET és a HMGB1 plazmaszintek jelentős növekedését és a sublingualis microperfusio szignifikáns csökkenését detektáltuk a kontrollcsoport adataihoz képest.Következtetés:A törpesertésmodell jól tükrözi a humán sepsis kóros keringési és biokémiai jellegzetességeit, így alkalmas lehet új terápiás eljárások vizsgálatára.
Metánbelélegzés gyulladáscsökkentő hatásának vizsgálata ischaemia-reperfusio alatt
Authors: Varga Gabriella , Érces Dániel , Tuboly Eszter , Kaszaki József , Ghyczy Miklós , Boros Mihály
Published: September 2012

Absztrakt

Bevezetés: A gastrointestinalis metántermelődés élettani és kórélettani jelentősége nem világos. Célunk az exogén metán hatásainak vizsgálata volt a reoxigenizációt követő gyulladásos folyamat során, mesenterialis ischaemia-reperfusio (I/R) modellkísérletében. Anyag és módszer: Na-pentobarbitállal altatott beagle kutyák (n = 18) egyedeit álműtött és I/R csoportokba osztottuk. Az arteria mesenterica superiort 1 órán keresztül elzártuk, majd az ischaemiát 3 órás reperfusio követte. Az ischaemia vége előtt 5 perccel kezdtük az állatok lélegeztetését normoxiás levegővel vagy normoxiás, 2,5% metánt tartalmazó gázkeverékkel. Monitoroztuk a macrohaemodynamica és a vékonybél-mikrokeringés (pCO2-gap) változásait, vékonybél-biopsziából szöveti szuperoxid- és nitrotirozin-szintet, valamint mieloperoxidáz enzimaktivitás-változást mértünk; a strukturális nyálkahártya-károsodást fénymikroszkópos szövettani vizsgálattal (HE-festés) jellemeztük. Eredmények: A normoxiás metáninhaláció javította a macrohaemodynamicai változásokat, szignifikánsan csökkentette a pCO2-gap és a szövetkárosodás mértékét a reperfusiót követően. A vékonybél leukocyta-akkumulációt jelző mieloperoxidáz-aktivitása, a szuperoxid- és a nitrotirozin-szint csökkent. Konklúzió: Adataink a metán gyulladáscsökkentő hatását bizonyítják. Exogén normoxiás metán alkalmazásával a leukocyta-aktiváció modulálható, és az I/R által okozott oxidatív és nitrozatív stressz kóros következményei hatékonyan befolyásolhatók.
A laparoscopos készségek in vitro fejlesztése
Authors: Gödri Veronika , Haidegger Tamás , Saftics György , Sándor József , Wéber György
Published: September 2012

Absztrakt

A minimálisan invazív sebészet a nyitott műtéti eljárások népszerű alternatívája. A laparoscopos műtétek nagy gyakorlatot igényelnek, a műtétek sikeres végrehajtásához alapos elméleti és gyakorlati felkészülés szükséges. A laparoscopos készségek fejlesztésének egyik lehetősége a pelvitréneren vagy szimulátoron való gyakorlás. Az Apollo pelvitrénert a Semmelweis Egyetem Kísérletes és Sebészeti Műtéttani Intézetében a hallgatók oktatására használják. A trénert, a rajta végzett feladatok valószerűségét, időkorlátait mérésekkel validálni kell. A mérési eredmények statisztikai módszerekkel történő kiértékelése lehetőséget ad a sebészi képességek számszerű mérésére, illetve a pelvitréner validálására is. Adatgyűjtéshez a pelvitrénerben történő gumigyűrű-áthelyezést használtuk, a kiértékelés során az átlagos feladatvégzési időt, a hibák számát figyeltük. A feladat végrehajtására adott maximális idő graduális szinten 240 s, posztgraduális szinten pedig 100 s volt. A méréseket a laparoscopiában való jártasság függvényében négy csoportban végeztük el: amatőrök, orvostanhallgatók, rezidensek és tapasztalt sebészek csoportjaiban. Az amatőrök (50 fő) feladatvégzési átlagideje 365,7 ± 130 s (átlag ± szórás) volt, 2,57 átlagos hibával. A 326 orvostanhallgató átlagideje 159,3 ± 61,1 s; 1,21 átlaghibával, a 15 rezidens esetén 257,9 ± 75,7 s; 1,13-as hibaponttal, míg a sebészek (4 fő) átlagideje 117,2 ± 29,1 s volt. Az összehasonlító statisztikai tesztek az orvostanhallgatók és a sebészek eredményeinek kivételével szignifikáns különbségeket igazoltak a csoportok között. Terveink között további mérések elvégzése szerepel, több tapasztalt sebész bevonásával.
Az invazivitás prediktív faktorai hengerbiopsziával in situ ductalis carcinomának diagnosztizált emlődaganatokban
Authors: Kósa Csaba , Garami Zoltán , Dinya Tamás , Fülöp Balázs
Published: September 2012

Absztrakt

Célkitűzés: Számos közlemény és saját adataink is azt mutatják, hogy tisztán in situ ductalis carcinoma (DCIS) esetén nem javasolt a rutinszerű őrszemnyirokcsomó-biopszia (SLNB). Ahhoz azonban, hogy elkerülhessük a második műtétet a specimen szövettani vizsgálata során észlelt invazív tumor miatt, preoperatíve kell minél nagyobb biztonsággal meghatározni az invázió valószínűségét. Retrospektív tanulmányunk célja a hengerbiopszia (CB) szenzitivitásának vizsgálata és klinikai és patológiai faktorok prediktív értékének meghatározása invázió vonatkozásában a mintavétel során tisztán DCIS-nek bizonyult emlődaganatokban. Anyag: 2006. január és 2011. december között 1311 esetben végeztünk műtétet emlő rosszindulatú daganata miatt, 50 esetben mutatott a preoperatív diagnosztika során végzett CB DCIS-t. Végleges szövettani vizsgálat 17 (34,7%) esetben invazív daganatot bizonyított, ennek előfordulását vizsgáltuk a betegek kora, a tumortest vagy microcalcificatio mérete, a nukleáris gradus, a comedonecrosis jelenléte, illetve az észlelés módja (szűrés vagy tünetek alapján) függvényében. Eredmények: Azt találtuk, hogy a szűrésen kiemelt, tünetmentes betegek esetében nagyobb eséllyel lesz a végleges diagnózis DCIS, mint a már szimptomatikus (tapintható csomó) esetekben (25/32 vs. 7/17). Ugyancsak összefüggést találtunk a betegek kora és az invazivitás között. 60 évnél fiatalabb betegek esetében lényegesen kisebb volt az invazív daganat előfordulása, mint az ennél idősebbeknél (7/32 vs. 10/17). A hengerbiopszia során meghatározott tumorgradus szintén előjelzője lehet az invazivitásnak, ugyanis adataink szerint a magas gradus (G3) szignifikánsan nagyobb valószínűséggel jelez a végleges szövettani feldolgozáskor talált invazív tumort, mint az alacsony (G1) vagy intermedier (G2) csoportban (3/18 vs. 14/31). Következtetések: Fentiek alapján nagyobb betegszámon végzett vizsgálatokkal pontosabban meghatározható azon betegek köre, akiknél – bár a henger-biopszia DCIS-t mutatott, az invázió fokozott esélye miatt – egy ülésben SLNB elvégzése is javasolt, azonban fenti esetekben rutinszerű axillaris staging nem indokolt.
The importance of fine needle aspiration cytology in the management of recurrent and metastatic melanoma
Authors: Pánczél Gitta , Liszkay Gabriella , Borbola Kinga , Balatoni Tímea , Hunyadi János
Published: September 2012

Fine needle aspiration cytology is a widely accepted, reliable diagnostic modality for the early detection of metastases. Objective: Quality assurance analysis of fine needle aspiration cytology in melanoma patients. Method: A total of 194 biopsies performed in 142 melanoma patients were analyzed retrospectively. Results: 138 (71.13%) cutaneous or subcutaneous nodules and 56 (28.87%) palpable lymph nodes were studied. 87 (44.85%) true positive, 92 (47.42%) true negative, 3 (1.55%) false positive and 12 (6.19%) false negative cytology results were found. High sensitivity (87.89%), specificity (96.84%) and diagnostic accuracy (93.72%) were confirmed. Discussion: The quality assurance of fine needle aspiration biopsy in these patients with recurrent and metastatic melanoma meets the international requirements. Orv. Hetil., 2012, 153, 1419–1423.
Acute mesenteric ischemia: analysis of cases admitted to a hospital during 10 years (2001–2010)
Authors: Szabóné Révész Erzsébet
Published: September 2012

Acute mesenteric ischemia is a rare disorder; it occurs in an average of 0.4% of acute surgery cases. Its diagnosis is often difficult because of the poor symptoms, and mortality of the patients is still as high as 70–90%. Aims: The aims of the study were to assess the importance of time factor that may influence the outcome of the disease and to find out whether it is possible to decrease the high mortality of patients. Method: Among patients admitted to Szent Pantaleon Hospital in Hungary between January 2001 and December 2010, patients whose surgery or autopsy findings confirmed intestinal necrosis were analyzed. A total of 114 patients with acute mesenteric ischemia were included in the study. Results: 55% of the patients had typical symptoms. 43.8% of the patients underwent surgery and among these patients the mortality rate was 70% despite surgical intervention. The survival rate was 72.3% when surgery was performed within less than 12 hours after the onset of symptoms, but only 20% of patients survived when surgery was delayed between 24 and 48 hours after the onset of symptoms. Conclusion: With early diagnosis and intervention, patients with acute mesenteric ischemia may have a better a chance to survive. Orv. Hetil., 2012, 153, 1424–1432.
Coupling policy iteration with semi-definite relaxation to compute accurate numerical invariants in static analysis
Authors: Adjé Assalé , Gaubert Stéphane , Goubault Eric
Published: September 2012

We introduce a new domain for finding precise numerical invariants of
programs by abstract interpretation. This domain, which consists of level sets
of non-linear functions, generalizes the domain of linear "templates"
introduced by Manna, Sankaranarayanan, and Sipma. In the case of quadratic
templates, we use Shor's semi-definite relaxation to derive computable yet
precise abstractions of semantic functionals, and we show that the abstract
fixpoint equation can be solved accurately by coupling policy iteration and
semi-definite programming. We demonstrate the interest of our approach on a
series of examples (filters, integration schemes) including a degenerate one
(symplectic scheme).
QRB-Domains and the Probabilistic Powerdomain
Authors: Goubault-Larrecq Jean
Published: September 2012

Is there any Cartesian-closed category of continuous domains that would be closed under Jones and Plotkin's probabilistic powerdomain construction? This is a major open problem in the area of denotational semantics of probabilistic higher-order languages. We relax the question, and look for quasi-continuous dcpos instead. We introduce a natural class of such quasi-continuous dcpos, the omega-QRB-domains. We show that they form a category omega-QRB with pleasing properties: omega-QRB is closed under the probabilistic powerdomain functor, under finite products, under taking bilimits of expanding sequences, under retracts, and even under so-called quasi-retracts. But... omega-QRB is not Cartesian closed. We conclude by showing that the QRB domains are just one half of an FS-domain, merely lacking control.
Alternating register automata on finite words and trees
Authors: Figueira Diego
Published: September 2012

We study alternating register automata on data words and data trees in
relation to logics. A data word (resp. data tree) is a word (resp. tree) whose
every position carries a label from a finite alphabet and a data value from an
infinite domain. We investigate one-way automata with alternating control over
data words or trees, with one register for storing data and comparing them for
equality. This is a continuation of the study started by Demri, Lazic and
Jurdzinski. From the standpoint of register automata models, this work aims at
two objectives: (1) simplifying the existent decidability proofs for the
emptiness problem for alternating register automata; and (2) exhibiting
decidable extensions for these models. From the logical perspective, we show
that (a) in the case of data words, satisfiability of LTL with one register and
quantification over data values is decidable; and (b) the satisfiability
problem for the so-called forward fragment of XPath on XML documents is
decidable, even in the presence of DTDs and even of key constraints. The
decidability is obtained through a reduction to the automata model introduced.
This fragment contains the child, descendant, next-sibling and
following-sibling axes, as well as data equality and inequality tests.
On the Parameterized Intractability of Monadic Second-Order Logic
Authors: Kreutzer Stephan
Published: September 2012

One of Courcelle's celebrated results states that if C is a class of graphs
of bounded tree-width, then model-checking for monadic second order logic
(MSO_2) is fixed-parameter tractable (fpt) on C by linear time parameterized
algorithms, where the parameter is the tree-width plus the size of the formula.
An immediate question is whether this is best possible or whether the result
can be extended to classes of unbounded tree-width. In this paper we show that
in terms of tree-width, the theorem cannot be extended much further. More
specifically, we show that if C is a class of graphs which is closed under
colourings and satisfies certain constructibility conditions and is such that
the tree-width of C is not bounded by \log^{84} n then MSO_2-model checking is
not fpt unless SAT can be solved in sub-exponential time. If the tree-width of
C is not poly-logarithmically bounded, then MSO_2-model checking is not fpt
unless all problems in the polynomial-time hierarchy can be solved in
sub-exponential time.
Impacts of different salt source and concentrations on germination and seedling growth of many pumpkin seeds used as rootstoch in Iran
Authors: Dadashpour Ahmad
Published: September 2012

The effects of different salt sources (C Cl2, NaCl, and KCl) and
concentrations, as measured by electrical conductivity, (0, "control", 1, 3,
5, 7 and 9 dS m-1) on seed germination and seedling growth of ?Ferro?,
?Obez?, ?RS 841? and ?Strong Tosa F1? pumpkin varieties used as rootstock
were investigated in this study. The results showed that germination rate,
root length, shoot length, fresh root weight, dry root weight, fresh shoot
weight and dry shoot weights tend to decrease when the electrical
conductivity of the solution is higher than 5 dS m-1, independent of salt
sources and in all of the varieties. Three days after seeding, a germination
ratio of 5 % was obtained from RS 841 variety in all salt source and
concentrations, while a germination ratio over 50 % was obtained in ?Strong
Tosa? variety for the same conditions except CaCl2 salt source. Nevertheless,
seeds germinated in medium having high concentrations of CaCl2 had lower
germination rate and poor seedling growth, compared to media having the same
concentrations of NaCl and KCl. It was concluded that all of the varieties
studied were more sensitive to the concentrations prepared using CaCl2 than
that of the KCl, and NaCl.
Characterization of onion genotypes by use of RAPD markers
Authors: Pavlovic Nenad , Zdravkovic Jasmina , Cvikic Dejan , Zdravkovic Milan , Adzic Sladjan , Pavlovic Suzana , Surlan-Momirovic Gordana
Published: September 2012

In order to estimate, at the molecular level, the divergence of parental
lines that were used in diallel crossbreeding for production of superior
offspring (F1 generation hybrids) at the Institute for Vegetable Crops, the
molecular analysis using five RAPD markers for five pairs of parents has been
performed. It gives an insight into their genetic polymorphism and the
possibility of their further use in breeding programs. Information from this
research has pioneered the application of molecular markers of onion in
Serbia. Analyses were performed using the RAPD primers, which in previous
studies established a high degree of polymorphism. In all five cases there
was a corresponding amplification of DNA segments. From totally 50 bands
analyzed, the length of fragments ranged from 500 to 3000 bp. Number of
polymorphic band per example was 8 to 13. In our research at the level of the
analyzed primers, a high degree of polymorphism between analyzed genotypes
has been found. Based on UPGMA dendogram, analyzed genotypes were divided
into two main clusters and two subclusters.
Sweet and sour cherry decorative forms
Authors: Ljubojevic Mirjana , Ognjanov Vladislav , Bosnjakovic Dusica , Barac Goran , Ognjanov Marina , Mladenovic Emina , Cukanovic Jelena
Published: September 2012

Biodiversity of natural populations, biodiversity located on farm and the
introduced cultivars and selections are a rich source of genetic variability
in sour and sweet cherries, but they have never been bread with the aim of
creating decorative varieties. Low vigour ? dwarfing and upright ? sour
cherry genotypes, NS 1/16 KK and NS 1/24 KK, were selected from natural
population of Fruska Gora and private arboretum, respectively. Sweet cherry
selections NS 6/15 K and RS 8/27 were part of on farm conservation of
genetic resources. Furthermore, reduction in vigour was achieved by defining
specific combining abilities as a result of rootstock/scion interaction. The
outcome of this study is unique columnar and dwarf forms that integrate
specific genetic potential of varieties and selections, their interaction
with rootstocks and traditional horticultural skills. Collected biodiversity
is another confirmation that the Balkan peninsula is one of the most
valuable secondary centres of genetic diversity and inexhaustible gene pool
for breeding both, varieties and vegetative rootstocks.
Relationship between chromosomal and mitochondrial DNA variability of Drosophila subobscura population from the Lazar’s river canyon
Authors: Jelic Mihailo , Kenig Bojan , Tanaskovic Marija , Stamenkovic-Radak Marina , Andjelkovic Marko
Published: September 2012

The genetic structure of Drosophila subobscura population from the Lazar?s
River Canyon (Serbia) was studied with respect to restriction site
polymorphism of mitochondrial DNA and chromosomal inversion polymorphism. The
aim was to shed more light on the role of cytonuclear interactions in shaping
mitochondrial DNA variability in this species. Similar to other populations
of D. subobscura two main haplotypes (I and II) were found, as well as less
common ones that appeared at very low frequencies. The frequency distribution
of haplotypes did not depart from neutrality. We did not find statistically
significant linkage disequilibrium between the haplotypes belonging to
haplogroups I and II and any of the chromosomal arrangements. However, when
we compared the data in hereby analyzed population and two previously
analyzed populations we observed that haplotype I is more frequent in
populations where standard inversion arrangements are less frequent. Pattern
of the observed mitochondrial variability could be influenced either directly
by environmental variability or through environmentally specific cytonuclear
coadaptation.
Outcomes Assessment of Case-Based Writing Exercises in a Veterinary Clinical Pathology Course
Authors: Sharkey Leslie , Michael Helen , LeBeau Brandon , Center Bruce , Wingert Deb
Published: September 2012

Our second-year core clinical pathology course uses free-response case-based learning exercises in an otherwise traditional lecture or laboratory course format to augment the development of skills in application of knowledge and critical thinking and clinical reasoning. We previously reported increased learner confidence accompanied by perceived improvements in understanding and ability to apply information, along with enhanced feelings of preparedness for examinations that students attributed to the case-based exercises. The current study prospectively follows a cohort of students to determine the ability of traditional multiple-choice versus free-response case-based assessments to predict future academic performance and to determine if the perceived value of the case-based exercises persists through the curriculum. Our data show that after holding multiple-choice scores constant, better performance on case-based free-response exercises led to higher GPA and better class rank in the second and third years and better class rank in the fourth year. Students in clinical rotations reported that the case-based approach was superior to traditional lecture or multiple-choice exam format for learning clinical reasoning, retaining factual information, organizing information, communicating medical information clearly to colleagues in clinical situations, and preparing high quality medical records. In summary, this longitudinal study shows that case-based free-response writing assignments are efficacious above and beyond standard measures in determining students' GPAs and class rank and in students' acquisition of knowledge, skills, and clinical reasoning. Students value these assignments and overwhelmingly find them an efficient use of their time, and these opinions are maintained even two years following the course.
Antibacterial, Antioxidant and Cytotoxic Properties of Crinum asiaticum Bulb Extract
Authors: Rahman Md Atiar , Sharmin Rumana , Uddin Md Nazim , Rana Md Sohel , Ahmed Nazim Uddin
Published: September 2012

Antibacterial effect of Crinum asiaticum bulb extract (1mg/disc) was tested on four Gram- positive and six Gram-negative bacteria by disc diffusion method using kanamycin (30 ìg/disc) as standard antibiotic disc. The bulb extract (250-1000mg/disc) showed significant zone of inhibition against all Gram-positive and Gram-negative bacteria ranging from 12-14 mm in diameter. Antioxidant potential of the same extract was evaluated by 2,2-diphenyl-1-picrylhydrazyl (DPPH) scavenging method. The extract showed remarkable free radical scavenging effect (95.96%) providing the IC50 value of 5.62 for the bulb extract and 5.46 for ascorbic acid (standard antioxidant) at the concentration of 1000 ìg/ml. The bulb extract was found to be (LC50 value 94.06 ?g/ml) in Brine-Shrimp lethality test. DOI: http://dx.doi.org/10.3329/bjm.v28i1.11801 Bangladesh J Microbiol, Volume 28, Number 1, June 2011, pp 1-5
The Antimicrobial activity and Brine Shrimp Lethality Bioassay of Leaf extracts of Stephania japonica (Akanadi)
Authors: Minhajur Rahman M , Alam M Masud , Daula A F M Shahid Ud , Shahriar Mohammad , Moghal Md Mizanur Rahman , Siddiqui Rokeya
Published: September 2012

The purpose of the present study is to examine the antibacterial and cytotoxic properties of methanol extract of leaves of Stephania japonica. The crude methanolic extract of S. japonica, n-hexane, chloroform and ethyl acetate soluble fractions of methanolic extract were screened for their antimicrobial activity against a wide range of both Gram-positive and Gram-negative bacteria by disc diffusion method. The crude extract showed moderate and n-Hexane, chloroform soluble fraction of crude extract showed mild antibacterial activity against both Gram-positive and Gram-negative bacteria. Ethyl acetate soluble fraction of the extract showed significant antimicrobial activity against Salmonella typhi, Escherichia coli and Bacillus cereus. The zones of inhibition produced by the crude methanolic extract, n-hexane, chloroform and ethyl acetate soluble fractions were found to be 12.80-16.55 mm, 12.60 mm, 5-14.30 mm and 10-20.25 mm, respectively, at a concentration of 30 g/disc. Chloroform, n-hexane and ethyl acetate soluble fractions of methanolic extract of S. japonica were screened for antitumor properties using brine shrimp lethality bioassay. A reputed cytotoxic agent vincristine sulphate was used as a positive control. From the results of the brine shrimp lethality bioassay, it can be well predicted that chloroform and ethyl acetate soluble fractions of methanolic extract of S. japonica possess cytotoxic principles (with LC50 66.488 mg/ml and LC50 45.662 mg/ml, respectively) comparison with positive control vincristine sulphate (with LC50 0.839 mg/ml). But n-hexane soluble fractions of methanolic extract of S. japonica exhibited no lethality effect on shrimp nauplii. DOI: http://dx.doi.org/10.3329/bjm.v28i2.11816 Bangladesh J Microbiol, Volume 28, Number 2, December 2011, pp 52-56
Synergistic Antibacterial Activity of Cassia auriculata L. Flowers and Ofloxacin
Authors: Devi Varadharajan Subhadra , Ushanandhini Dr , AsokKumar Kuppusamy , UmaMaheswari Muthuswamy , Sivashanmugham Andichettiar Thirumalaisamy , Jagannath Puliyath
Published: September 2012

A cost effective antimicrobial agent for multi drug resistant organisms, based on the synergistic activity of ofloxacin with ethanolic extract of flowers of Cassia auriculata was determined. The Minimum Inhibition Concentration (MIC) of ethanolic extract using 3 different Gram-positive bacteria, such as Staphylococcus aureus NCIM 2127 and Bacillus subtilis NCIM 2010, and Gram-negative bacteria Escherichia coli NCIM 2118 was found to be around 1024 to 2048 mg/ml. The synergistic activity varied using checkerboard synergy technique. The results of the conducted experiments showed in vitro interactions between antimicrobial agents and plant extract were additive against the strains tested, it also showed synergistic effects between combination of antibiotics and plant extracts with significant reduction in the MICs of the test antibiotics against these strains. It showed maximum synergistic activity against Gram-negative species. The higher synergistic rate was attained against E. coli NCIM 2118, and lowest synergistic shows against S. aureus NCIM 2127. DOI: http://dx.doi.org/10.3329/bjm.v28i2.11824 Bangladesh J Microbiol, Volume 28, Number 2, December 2011, pp 92-94
James Joyce and Sergei Eisenstein: Haunting Samuel Beckett's Film
Authors: Weiss Katherine
Published: September 2012

Samuel Beckett's Film has been the focus of several articles in the past decade. While current investigations of Beckett's film are diverse, what most of them share is their dependence on biographical data to support their readings. Many scholars who have written on Beckett's failed cinematic excursion, for example, point to Beckett's letter of 1936 to Sergei Eisenstein. However, the link between Beckett's interest in film and his admiration for James Joyce has sadly been overlooked. Both Irish writers saw the artistic possibilities in film and both admired the Russian silent film legend, Sergei Eisenstein. Although there is no record of Joyce and Beckett discussing cinema or of Beckett knowing about Joyce's meeting with Eisenstein in 1929, it seems unlikely that Beckett would not have known something about these meetings or Joyce's much earlier film enterprise, the Volta. By re-examining Film and speculating on the possible three way connections between Eisenstein, Joyce and Beckett, I wish to add a footnote to Beckett studies which hopefully will lead others to wander on the Beckett-Joyce-Eisenstein trail and which will open up further discussions of Film. Beckett's film is haunted by the memory of his friendship with James Joyce and his admiration for Eisenstein's talent, both of which are visible in the screen images and theme of Film.
Wind Turbine Blade Design
Authors: Schubel Peter J. , Crossley Richard J.
Published: September 2012

A detailed review of the current state-of-art for wind turbine blade design is presented, including theoretical maximum efficiency, propulsion, practical efficiency, HAWT blade design, and blade loads. The review provides a complete picture of wind turbine blade design and shows the dominance of modern turbines almost exclusive use of horizontal axis rotors. The aerodynamic design principles for a modern wind turbine blade are detailed, including blade plan shape/quantity, aerofoil selection and optimal attack angles. A detailed review of design loads on wind turbine blades is offered, describing aerodynamic, gravitational, centrifugal, gyroscopic and operational conditions.
Successful Treatment of Liver Aspergilloma by Caspofungin Acetate First-Line Therapy in a Non-Immunocompromised Patient
Authors: Bai Qing-Xian , Huan Yi , Wang Jian-Hong , Yang Li-Jie , Dong Hong-Juan
Published: September 2012

Aspergillosis remains to be a life-threatening complication in immunocompromised patients. However, Aspergillus infection can be observed in non-immunocompromised individuals in rare cases. We report a case of liver aspergilloma in a chronic aplastic anemia patient under relatively intact immune status. Therapeutic strategy for this rare condition was extensively discussed and caspofungin acetate single agent first-line therapy was applied after careful consideration. Encouraging clinical and radiologic improvements were achieved in response to the antifungal salvage. Our long-term follow-up study also revealed a favorable prognosis. Based on this experience, we suggest caspofungin acetate as first-line therapy for treatment plans of liver aspergilloma.
Synthesis and Protective Effect of Scutellarein on Focal Cerebral Ischemia/Reperfusion in Rats
Authors: Qian Lihua , Shen Minzhe , Tang Hao , Tang Yuping , Zhang Li , Fu Yifan , Shi Qianping , Li Nian-Guang
Published: September 2012

Scutellarein, the main metabolite of scutellarin in vivo, has relatively better solubility, bioavailability and bio-activity than scutellarin. However, compared with scutellarin, it is very difficult to obtain scutellarein from Nature. Therefore, the present study focused on establishing an efficient route for the synthesis of scutellarein by hydrolyzing scutellarin. Neurological deficit score and cerebral infarction volume with the administration of scutellarein were then used to compare its neuroprotective effects on focal cerebral ischemia/reperfusion in rats induced by middle cerebral artery occlusion (MCAO) with those of scutellarin. The results showed that scutellarein had better protective effect on focal cerebral ischemia/reperfusion than scutellarin, which laid the foundation for further research and development of scutellarein as a promising candidate for ischemic cerebro-vascular disease.
Sensor Systems Based on FPGAs and Their Applications: A Survey
Authors: De la Piedra Antonio , Braeken An , Touhafi Abdellah
Published: September 2012

In this manuscript, we present a survey of designs and implementations of research sensor nodes that rely on FPGAs, either based upon standalone platforms or as a combination of microcontroller and FPGA. Several current challenges in sensor networks are distinguished and linked to the features of modern FPGAs. As it turns out, low-power optimized FPGAs are able to enhance the computation of several types of algorithms in terms of speed and power consumption in comparison to microcontrollers of commercial sensor nodes. We show that architectures based on the combination of microcontrollers and FPGA can play a key role in the future of sensor networks, in fields where processing capabilities such as strong cryptography, self-testing and data compression, among others, are paramount.
Pulmonary Congestion and Physical Functioning in Peritoneal Dialysis Patients
Authors: Enia Giuseppe , Tripepi Rocco , Panuccio Vincenzo , Torino Claudia , Garozzo Maurizio , Battaglia Giovanni Giorgio , Zoccali Carmine
Published: September 2012

Purpose

Decline in physical function is commonly observed in patients with kidney failure on dialysis. Whether lung congestion, a predictable consequence of cardiomyopathy and fluid overload, may contribute to the low physical functioning of these patients has not been investigated.

Methods

In 51 peritoneal dialysis (PD) patients, we investigated the cross-sectional association between the physical functioning scale of the Kidney Disease Quality of Life Short Form (KDQOL-SF: Rand Corporation, Santa Monica, CA, USA) and an ultrasonographic measure of lung water recently validated in dialysis patients. The relationship between physical functioning and lung water was also analyzed taking into account the severity of dyspnea measured using the New York Heart Association (NYHA) classification currently used to grade the severity of heart failure.

Results

Evidence of moderate-to-severe lung congestion was evident in 20 patients, and this alteration was asymptomatic (that is, NHYHA class I) in 11 patients (55%). On univariate analysis, physical functioning was inversely associated with lung water ( r = –0.48, p < 0.001), age ( r = –0.44, p = 0.001), previous cardiovascular events ( r = –0.46, p = 0.001), and fibrinogen ( r = –0.34, p = 0.02). Physical functioning was directly associated with blood pressure, the strongest association being with diastolic blood pressure ( r = 0.38, p = 0.006). The NYHA class correlated inversely with physical functioning ( r = –0.51, p < 0.001). In multiple regression analysis, only lung water and fibrinogen remained independent correlates of physical functioning. The NYHA class failed to maintain its independent association.

Conclusions

This cross-sectional study supports the hypothesis that symptomatic and asymptomatic lung congestion is a relevant factor in the poor physical functioning of patients on PD.