Genetic architecture of human plasma lipidome and its link to cardiovascular disease
Authors: Tabassum Rubina , Rämö Joel T. , Ripatti Pietari , Koskela Jukka T. , Kurki Mitja , Karjalainen Juha , Palta Priit , Hassan Shabbeer , Nunez-Fontarnau Javier , Kiiskinen Tuomo T. J. , Söderlund Sanni , Matikainen Niina , Gerl Mathias J. , Surma Michal A. , Klose Christian , Stitziel Nathan O. , Laivuori Hannele , Havulinna Aki S. , Service Susan K. , Salomaa Veikko , Pirinen Matti ,   FinnGen Project, Jalanko Anu , Kaprio Jaakko , Donner Kati , Kaunisto Mari , Mars Nina , Dada Alexander , Shcherban Anastasia , Ganna Andrea , Lehisto Arto , Kilpeläinen Elina , Brein Georg , Awaisa Ghazal , Harju Jarmo , Pärn Kalle , Parolo Pietro Della Briotta , Kajanne Risto , Lemmelä Susanna , Sipilä Timo P. , Sipilä Tuomas , Lyhs Ulrike , Llorens Vincent , Niiranen Teemu , Kristiansson Kati , Männikkö Lotta , Jiménez Manuel González , Perola Markus , Wong Regis , Kilpi Terhi , Hiekkalinna Tero , Järvensivu Elina , Kaiharju Essi , Mattsson Hannele , Laukkanen Markku , Laiho Päivi , Lähteenmäki Sini , Sistonen Tuuli , Soini Sirpa , Ziemann Adam , Lehtonen Anne , Lertratanakul Apinya , Georgantas Bob , Riley-Gillis Bridget , Quarless Danjuma , Rahimov Fedik , Heap Graham , Jacob Howard , Waring Jeffrey , Davis Justin Wade , Smaoui Nizar , Popovic Relja , Esmaeeli Sahar , Waring Jeff , Matakidou Athena , Challis Ben , Close David , Petrovski Slavé , Karlsson Antti , Schleutker Johanna , Pulkki Kari , Virolainen Petri , Kallio Lila , Mannermaa Arto , Heikkinen Sami , Kosma Veli-Matti , Chen Chia-Yen , Runz Heiko , Liu Jimmy , Bronson Paola , John Sally , Lahdenperä Sanni , Eaton Susan , Zhou Wei , Hendolin Minna , Tuovila Outi , Pakkanen Raimo , Maranville Joseph , Usiskin Keith , Hochfeld Marla , Plenge Robert , Yang Robert , Biswas Shameek , Greenberg Steven , Laakkonen Eija , Kononen Juha , Paloneva Juha , Kujala Urho , Kuopio Teijo , Laukkanen Jari , Kangasniemi Eeva , Savinainen Kimmo , Laaksonen Reijo , Arvas Mikko , Ritari Jarmo , Partanen Jukka , Hyvärinen Kati , Wahlfors Tiina , Peterson Andrew , Oh Danny , Chang Diana , Teng Edmond , Strauss Erich , Kerchner Geoff , Chen Hao , Chen Hubert , Schutzman Jennifer , Michon John , Hunkapiller Julie , McCarthy Mark , Bowers Natalie , Lu Tim , Bhangale Tushar , Pulford David , Waterworth Dawn , Kulkarni Diptee , Xu Fanli , Betts Jo , Gordillo Jorge Esparza , Hoffman Joshua , Auro Kirsi , McCarthy Linda , Ghosh Soumitra , Ehm Meg , Pitkänen Kimmo , Mäkelä Tomi , Loukola Anu , Joensuu Heikki , Sinisalo Juha , Eklund Kari , Aaltonen Lauri , Färkkilä Martti , Carpen Olli , Kauppi Paula , Tienari Pentti , Ollila Terhi , Tuomi Tiinamaija , Meretoja Tuomo , Pitkäranta Anne , Turunen Joni , Hannula-Jouppi Katariina , Pikkarainen Sampsa , Seitsonen Sanna , Koskinen Miika , Palomäki Antti , Rinne Juha , Metsärinne Kaj , Elenius Klaus , Pirilä Laura , Koulu Leena , Voutilainen Markku , Juonala Markus , Peltonen Sirkku , Aaltonen Vesa , Loboda Andrey , Podgornaia Anna , Chhibber Aparna , Chu Audrey , Fox Caroline , Diogo Dorothee , Holzinger Emily , Eicher John , Gormley Padhraig , Mehta Vinay , Wang Xulong , Kettunen Johannes , Pylkäs Katri , Kalaoja Marita , Karjalainen Minna , Hinttala Reetta , Kaarteenaho Riitta , Vainio Seppo , Mantere Tuomo , Vainio Seppo , Remes Anne , Huhtakangas Johanna , Junttila Juhani , Tasanen Kaisa , Huilaja Laura , Luodonpää Marja , Hautala Nina , Karihtala Peeter , Kauppila Saila , Harju Terttu , Blomster Timo , Soininen Hilkka , Harvima Ilkka , Pihlajamäki Jussi , Kaarniranta Kai , Pelkonen Margit , Laakso Markku , Hiltunen Mikko , Kiviniemi Mikko , Kaipiainen-Seppänen Oili , Auvinen Päivi , Kälviäinen Reetta , Julkunen Valtteri , Malarstig Anders , Hedman Åsa , Marshall Catherine , Whelan Christopher , Lehtonen Heli , Parkkinen Jaakko , Linden Kari , Kalpala Kirsi , Miller Melissa , Bing Nan , McDonough Stefan , Chen Xing , Hu Xinli , Wu Ying , Auranen Annika , Jussila Airi , Uusitalo-Järvinen Hannele , Kankaanranta Hannu , Uusitalo Hannu , Peltola Jukka , Kähönen Mika , Isomäki Pia , Laitinen Tarja , Salmi Teea , Muslin Anthony , Wang Clarence , Chatelain Clement , Xu Ethan , Auge Franck , Call Kathy , Klinger Kathy , Crohns Marika , Gossel Matthias , Palin Kimmo , Rivas Manuel , Siirtola Harri , Tabuenca Javier Gracia , Jauhiainen Matti , Daly Mark J. , Freimer Nelson B. , Palotie Aarno , Taskinen Marja-Riitta , Simons Kai , Ripatti Samuli 
Published: September 2019

Understanding genetic architecture of plasma lipidome could provide better insights into lipid metabolism and its link to cardiovascular diseases (CVDs). Here, we perform genome-wide association analyses of 141 lipid species (n = 2,181 individuals), followed by phenome-wide scans with 25 CVD related phenotypes (n = 511,700 individuals). We identify 35 lipid-species-associated loci (P <5 ×10−8), 10 of which associate with CVD risk including five new loci-COL5A1, GLTPD2, SPTLC3, MBOAT7 and GALNT16 (false discovery rate<0.05). We identify loci for lipid species that are shown to predict CVD e.g., SPTLC3 for CER(d18:1/24:1). We show that lipoprotein lipase (LPL) may more efficiently hydrolyze medium length triacylglycerides (TAGs) than others. Polyunsaturated lipids have highest heritability and genetic correlations, suggesting considerable genetic regulation at fatty acids levels. We find low genetic correlations between traditional lipids and lipid species. Our results show that lipidomic profiles capture information beyond traditional lipids and identify genetic variants modifying lipid levels and risk of CVD.