bluuebunny/crossref_metadata_2025 huggingface dataset:
Chromosome 1q21.2 and additional loci influence risk of spontaneous coronary artery dissection and myocardial infarction
Authors: Saw Jacqueline , Yang Min-Lee , Trinder Mark , Tcheandjieu Catherine , Xu Chang , Starovoytov Andrew , Birt Isabelle , Mathis Michael R. , Hunker Kristina L. , Schmidt Ellen M. , Jackson Linda , Fendrikova-Mahlay Natalia , Zawistowski Matthew , Brummett Chad M. , Zoellner Sebastian , Katz Alexander , Coleman Dawn M. , Swan Kirby , O’Donnell Christopher J. ,   Million Veteran Program, Assimes Themistocles L. , O’Donnell Christopher J. , Zhou Xiang , Li Jun Z. , Gornik Heather L. , Assimes Themistocles L. , Stanley James C. , Brunham Liam R. , Ganesh Santhi K.
Published: September 2020

Spontaneous coronary artery dissection (SCAD) is a non-atherosclerotic cause of myocardial infarction (MI), typically in young women. We undertook a genome-wide association study of SCAD (Ncases = 270/Ncontrols = 5,263) and identified and replicated an association of rs12740679 at chromosome 1q21.2 (Pdiscovery+replication = 2.19 × 10−12, OR = 1.8) influencing ADAMTSL4 expression. Meta-analysis of discovery and replication samples identified associations with P < 5 × 10−8 at chromosome 6p24.1 in PHACTR1, chromosome 12q13.3 in LRP1, and in females-only, at chromosome 21q22.11 near LINC00310. A polygenic risk score for SCAD was associated with (1) higher risk of SCAD in individuals with fibromuscular dysplasia (P = 0.021, OR = 1.82 [95% CI: 1.09–3.02]) and (2) lower risk of atherosclerotic coronary artery disease and MI in the UK Biobank (P = 1.28 × 10−17, HR = 0.91 [95% CI :0.89–0.93], for MI) and Million Veteran Program (P = 9.33 × 10−36, OR = 0.95 [95% CI: 0.94–0.96], for CAD; P = 3.35 × 10−6, OR = 0.96 [95% CI: 0.95–0.98] for MI). Here we report that SCAD-related MI and atherosclerotic MI exist at opposite ends of a genetic risk spectrum, inciting MI with disparate underlying vascular biology.
Pan-cancer study detects genetic risk variants and shared genetic basis in two large cohorts
Authors: Rashkin Sara R. , Graff Rebecca E. , Kachuri Linda , Thai Khanh K. , Alexeeff Stacey E. , Blatchins Maruta A. , Cavazos Taylor B. , Corley Douglas A. , Emami Nima C. , Hoffman Joshua D. , Jorgenson Eric , Kushi Lawrence H. , Meyers Travis J. , Van Den Eeden Stephen K. , Ziv Elad , Habel Laurel A. , Hoffmann Thomas J. , Sakoda Lori C. , Witte John S.
Published: September 2020

Deciphering the shared genetic basis of distinct cancers has the potential to elucidate carcinogenic mechanisms and inform broadly applicable risk assessment efforts. Here, we undertake genome-wide association studies (GWAS) and comprehensive evaluations of heritability and pleiotropy across 18 cancer types in two large, population-based cohorts: the UK Biobank (408,786 European ancestry individuals; 48,961 cancer cases) and the Kaiser Permanente Genetic Epidemiology Research on Adult Health and Aging cohorts (66,526 European ancestry individuals; 16,001 cancer cases). The GWAS detect 21 genome-wide significant associations independent of previously reported results. Investigations of pleiotropy identify 12 cancer pairs exhibiting either positive or negative genetic correlations; 25 pleiotropic loci; and 100 independent pleiotropic variants, many of which are regulatory elements and/or influence cross-tissue gene expression. Our findings demonstrate widespread pleiotropy and offer further insight into the complex genetic architecture of cross-cancer susceptibility.
Structures of Echovirus 30 in complex with its receptors inform a rational prediction for enterovirus receptor usage
Authors: Wang Kang , Zhu Ling , Sun Yao , Li Minhao , Zhao Xin , Cui Lunbiao , Zhang Li , Gao George F. , Zhai Weiwei , Zhu Fengcai , Rao Zihe , Wang Xiangxi
Published: September 2020

Receptor usage that determines cell tropism and drives viral classification closely correlates with the virus structure. Enterovirus B (EV-B) consists of several subgroups according to receptor usage, among which echovirus 30 (E30), a leading causative agent for human aseptic meningitis, utilizes FcRn as an uncoating receptor. However, receptors for many EVs remain unknown. Here we analyzed the atomic structures of E30 mature virion, empty- and A-particles, which reveals serotype-specific epitopes and striking conformational differences between the subgroups within EV-Bs. Of these, the VP1 BC loop markedly distinguishes E30 from other EV-Bs, indicative of a role as a structural marker for EV-B. By obtaining cryo-electron microscopy structures of E30 in complex with its receptor FcRn and CD55 and comparing its homologs, we deciphered the underlying molecular basis for receptor recognition. Together with experimentally derived viral receptor identifications, we developed a structure-based in silico algorithm to inform a rational prediction for EV receptor usage.
Protein signatures of seminal plasma from bulls with contrasting frozen-thawed sperm viability
Authors: Gomes Fabio P. , Park Robin , Viana Arabela G. , Fernandez-Costa Carolina , Topper Einko , Kaya Abdullah , Memili Erdogan , Yates John R. , Moura Arlindo A.
Published: September 2020

The present study investigated the seminal plasma proteome of Holstein bulls with low (LF; n = 6) and high (HF; n = 8) sperm freezability. The percentage of viable frozen-thawed sperm (%ViableSperm) determined by flow cytometry varied from -2.2 in LF to + 7.8 in HF bulls, as compared to the average %ViableSperm (54.7%) measured in an 860-sire population. Seminal proteins were analyzed by label free mass spectrometry, with the support of statistical and bioinformatics analyses. This approach identified 1,445 proteins, associated with protein folding, cell–cell adhesion, NADH dehydrogenase activity, ATP-binding, proteasome complex, among other processes. There were 338 seminal proteins differentially expressed (p < 0.05) in LF and HF bulls. Based on multivariate analysis, BSP5 and seminal ribonuclease defined the HF phenotype, while spermadhesin-1, gelsolin, tubulins, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, calmodulin, ATP synthase, sperm equatorial segment protein 1, peroxiredoxin-5, secretoglobin family 1D and glucose-6-phosphate isomerase characterized the LF phenotype. Regression models indicated that %ViableSperm of bulls was related to seminal plasma peroxiredoxin-5, spermadhesin-1 and the spermadhesin-1 × BSP5 interaction (R2 = 0.84 and 0.79; p < 0.05). This report is the largest dataset of bovine seminal plasma proteins. Specific proteins of the non-cellular microenvironment of semen are potential markers of sperm cryotolerance.
Cystathionine β-synthase is involved in cysteine biosynthesis and H2S generation in Toxoplasma gondii
Authors: Conter Carolina , Fruncillo Silvia , Fernández-Rodríguez Carmen , Martínez-Cruz Luis Alfonso , Dominici Paola , Astegno Alessandra
Published: September 2020

Cystathionine β-synthase (CBS) catalyzes the condensation of serine and homocysteine to water and cystathionine, which is then hydrolyzed to cysteine, α-ketobutyrate and ammonia by cystathionine γ-lyase (CGL) in the reverse transsulfuration pathway. The protozoan parasite Toxoplasma gondii, the causative agent of toxoplasmosis, includes both CBS and CGL enzymes. We have recently reported that the putative T. gondii CGL gene encodes a functional enzyme. Herein, we cloned and biochemically characterized cDNA encoding CBS from T. gondii (TgCBS), which represents a first example of protozoan CBS that does not bind heme but possesses two C-terminal CBS domains. We demonstrated that TgCBS can use both serine and O-acetylserine to produce cystathionine, converting these substrates to an aminoacrylate intermediate as part of a PLP-catalyzed β-replacement reaction. Besides a role in cysteine biosynthesis, TgCBS can also efficiently produce hydrogen sulfide, preferentially via condensation of cysteine and homocysteine. Unlike the human counterpart and similar to CBS enzymes from lower organisms, the TgCBS activity is not stimulated by S-adenosylmethionine. This study establishes the presence of an intact functional reverse transsulfuration pathway in T. gondii and demonstrates the crucial role of TgCBS in biogenesis of H2S.
Characterization of glycerol-3-phosphate acyltransferase 9 (AhGPAT9) genes, their allelic polymorphism and association with oil content in peanut (Arachis hypogaea L.)
Authors: Lv Yuying , Zhang Xiurong , Luo Lu , Yang Hui , Li Pinghua , Zhang Kun , Liu Fengzhen , Wan Yongshan
Published: September 2020

GPAT, the rate-limiting enzyme in triacylglycerol (TAG) synthesis, plays an important role in seed oil accumulation. In this study, two AhGPAT9 genes were individually cloned from the A- and B- genomes of peanut, which shared a similarity of 95.65%, with 165 site differences. The overexpression of AhGPAT9 or the knock-down of its gene expression increased or decreased the seed oil content, respectively. Allelic polymorphism analysis was conducted in 171 peanut germplasm, and 118 polymorphic sites in AhGPAT9A formed 64 haplotypes (a1 to a64), while 94 polymorphic sites in AhGPAT9B formed 75 haplotypes (b1 to b75). The haplotype analysis showed that a5, b57, b30 and b35 were elite haplotypes related to high oil content, whereas a7, a14, a48, b51 and b54 were low oil content types. Additionally, haplotype combinations a62/b10, a38/b31 and a43/b36 were associated with high oil content, but a9/b42 was a low oil content haplotype combination. The results will provide valuable clues for breeding new lines with higher seed oil content using hybrid polymerization of high-oil alleles of AhGPAT9A and AhGPAT9B genes.
Identification of mycobacteriophage toxic genes reveals new features of mycobacterial physiology and morphology
Authors: Ko Ching-Chung , Hatfull Graham F.
Published: September 2020

Double-stranded DNA tailed bacteriophages typically code for 50–200 genes, of which 15–35 are involved in virion structure and assembly, DNA packaging, lysis, and DNA metabolism. However, vast numbers of other phage genes are small, are not required for lytic growth, and are of unknown function. The 1,885 sequenced mycobacteriophages encompass over 200,000 genes in 7,300 distinct protein ‘phamilies’, 77% of which are of unknown function. Gene toxicity provides potential insights into function, and here we screened 193 unrelated genes encoded by 13 different mycobacteriophages for their ability to impair the growth of Mycobacterium smegmatis. We identified 45 (23%) mycobacteriophage genes that are toxic when expressed. The impacts on M. smegmatis growth range from mild to severe, but many cause irreversible loss of viability. Expression of most of the severely toxic genes confers altered cellular morphologies, including filamentation, polar bulging, curving, and, surprisingly, loss of viability of one daughter cell at division, suggesting specific impairments of mycobacterial growth. Co-immunoprecipitation and mass spectrometry show that toxicity is frequently associated with interaction with host proteins and alteration or inactivation of their function. Mycobacteriophages thus present a massive reservoir of genes for identifying mycobacterial essential functions, identifying potential drug targets and for exploring mycobacteriophage physiology.
A realistic fish-habitat dataset to evaluate algorithms for underwater visual analysis
Authors: Saleh Alzayat , Laradji Issam H. , Konovalov Dmitry A. , Bradley Michael , Vazquez David , Sheaves Marcus
Published: September 2020

Visual analysis of complex fish habitats is an important step towards sustainable fisheries for human consumption and environmental protection. Deep Learning methods have shown great promise for scene analysis when trained on large-scale datasets. However, current datasets for fish analysis tend to focus on the classification task within constrained, plain environments which do not capture the complexity of underwater fish habitats. To address this limitation, we present DeepFish as a benchmark suite with a large-scale dataset to train and test methods for several computer vision tasks. The dataset consists of approximately 40 thousand images collected underwater from 20 habitats in the marine-environments of tropical Australia. The dataset originally contained only classification labels. Thus, we collected point-level and segmentation labels to have a more comprehensive fish analysis benchmark. These labels enable models to learn to automatically monitor fish count, identify their locations, and estimate their sizes. Our experiments provide an in-depth analysis of the dataset characteristics, and the performance evaluation of several state-of-the-art approaches based on our benchmark. Although models pre-trained on ImageNet have successfully performed on this benchmark, there is still room for improvement. Therefore, this benchmark serves as a testbed to motivate further development in this challenging domain of underwater computer vision.
Author Correction: Dynamic ice loss from the Greenland Ice Sheet driven by sustained glacier retreat
Authors: King Michalea D. , Howat Ian M. , Candela Salvatore G. , Noh Myoung J. , Jeong Seongsu , Noël Brice P. Y. , van den Broeke Michiel R. , Wouters Bert , Negrete Adelaide
Published: September 2020

An amendment to this paper has been published and can be accessed via a link at the top of the paper.
Electrochemical assay of sorbitol dehydrogenase at PEDOT modified electrodes – a new milk biomarker for confirmation of pregnancy in dairy cattle
Authors: Menezes Camilo , Malo-Estepa Irene , Johnston Dayle , Delaney Aoife , Crowe Mark , Diskin Michael , Dempsey Eithne
Published: September 2020

A robust electrochemical assay for sorbitol dehydrogenase (SORDH) activity in milk was developed using voltammetry and chronocoulometry at bare and polymer modified transducers.
A molecularly imprinted polymer based monolith pipette tip for solid-phase extraction of 2,4-dichlorophenoxyacetic acid in an aqueous sample
Authors: Wu Beibei , Muhammad Turghun , Aihebaier Sailemayi , Karim Kal , Hu Yiting , Piletsky Sergey
Published: September 2020

This paper presents a simple approach for fabrication of a pipette tip solid-phase extraction (PT-SPE) device, which possesses a monolith structure with low back pressure and has high selectivity to 2,4-dichlorophenoxyacetic acid (2,4-D).
Highly crystalline ZnO film decorated with gold nanospheres for PIERS chemical sensing
Authors: Barbillon Grégory , Noblet Thomas , Humbert Christophe
Published: September 2020

Demonstration of a high performance PIERS signal based on a highly crystalline ZnO film with Au nanoparticles irradiated by UV.
Elucidating the structure of the graphitic carbon nitride nanomaterials via X-ray photoelectron spectroscopy and X-ray powder diffraction techniques
Authors: Alwin Emilia , Nowicki Waldemar , Wojcieszak Robert , Zieliński Michał , Pietrowski Mariusz
Published: September 2020

Elucidating the layered structure of the g-C3N4 nanomaterials using X-ray photoelectron spectroscopy and X-ray powder diffraction techniques is possible.
The role of bulk and interfacial morphology in charge generation, recombination, and extraction in non-fullerene acceptor organic solar cells
Authors: Karki Akchheta , Vollbrecht Joachim , Gillett Alexander J. , Xiao Steven Shuyong , Yang Yali , Peng Zhengxing , Schopp Nora , Dixon Alana L. , Yoon Sangcheol , Schrock Max , Ade Harald , Reddy G. N. Manjunatha , Friend Richard H. , Nguyen Thuc-Quyen
Published: September 2020

This study provides insight into the detailed bulk and interfacial morphological features critical in achieving high PCEs in polymer:NFA OSCs.
Understanding the formation of bulk- and surface-active layered (oxy)hydroxides for water oxidation starting from a cobalt selenite precursor
Authors: Hausmann Jan Niklas , Mebs Stefan , Laun Konstantin , Zebger Ingo , Dau Holger , Menezes Prashanth W. , Driess Matthias
Published: September 2020

Starting from a cobalt selenite precatalyst, we obtained a bulk and a near-surface active oxygen evolution catalyst and connected their structural properties to the precatalyst structure, the transformation conditions, and the catalytic activity.
Photo-induced crystallization with emission enhancement (PICEE)
Authors: Chen Kongqi , Zhang Rongyuan , Li Ganggang , Li Baoxi , Ma Yao , Sun Ming , Wang Zhiming , Tang Ben Zhong
Published: September 2020

A new photoactivation mechanism, photo-induced crystallization with emission enhancement, is developed based on an isoquinolinium salt with applications in mitochondria-targeting and photodynamic therapy.
Solid-state and liquid-free elastomeric ionic conductors with autonomous self-healing ability
Authors: Qu Xinxin , Niu Wenwen , Wang Rui , Li Zequan , Guo Yue , Liu Xiaokong , Sun Junqi
Published: September 2020

Solid-state and liquid-free self-healing ion-conductive elastomers with high ionic conductivity are developed and exploited as stretchable and pressure-independent touch sensors.
Fullerene rotational dynamics generate disordered configurations that suppress thermal conductivity in superatomic crystals
Authors: Liang Qi , Bartnof Matthew , He Ya-Ling , Malen Jonathan A. , McGaughey Alan J. H.
Published: September 2020

We perform the first-ever molecular dynamics simulations of superatomic crystals (SACs), from which we precisely link orientational order and thermal conductivity by directly observing the rotational dynamics.
Design, synthesis and biological evaluation of novel pteridinone derivatives as potent dual inhibitors of PLK1 and BRD4
Authors: Qi Yinliang , Xu Le , Li Zhiwei , Gong Ping , Hu Tao , Yin Bixi , Qin Mingze , Liu Yajing , Zhao Yanfang , Hou Yunlei
Published: September 2020

To develop novel simultaneous inhibition of PLK1 and BRD4 bromodomain by a single molecule, three series of novel pteridinone derivatives were designed, synthesized and evaluated for their biological activity.
B-Doped and NH2-functionalized SBA-15 with hydrogen bond donor groups for effective catalysis of CO2 cycloaddition to epoxides
Authors: Ye Yifei , Li Dazhi , Xu Ping , Sun Jianmin
Published: September 2020

The novel B-SBA-15-NH2 catalyst with Lewis acid–base properties and hydrogen bond donor groups exhibited good catalytic performance for CO2 conversion under metal- and solvent-free conditions.
A bioorthogonal time-resolved luminogenic probe for metabolic labelling and imaging of glycans
Authors: Zheng Judun , Zhan Qiuqiang , Jiang Lijun , Xing Da , Zhang Tao , Wong Ka-Leung
Published: September 2020

A terbium complex Tb-1 was demonstrated to undergo bioorthogonal ligation with engineered cell-surface glycans, which results in a much less efficient LRET and a 5-fold increase in long-lived terbium emission with low toxicity.
The incorporation of the ionization effect in organic semiconductors assists in triggering multilevel resistive memory behaviors
Authors: Zhang Cheng , Li Hua , Su Yanna , Yu Fei , Li Chao , Zhang Qichun , Lu Jianmei
Published: September 2020

The ionic and zwitterionic semiconductors are stepwise fabricated from their neutral form, transforming the data-storage behavior from binary to ternary state. The unstable performance in the ionic form is caused by the migrated counterions.
Palladium/graphene oxide nanocomposites with carbon nanotubes and/or magnetite for the reduction of nitrophenolic compounds
Authors: Parrott L. K. , Erasmus E.
Published: September 2020

Comparison of the catalytic activity for the reduction of nitrophenol over palladium-supported graphene oxide nanocomposites modified with iron oxide nanoparticles and/or carbon nanotubes.
Formononetin in Radix Hedysari extract-mediated green synthesis of gold nanoparticles for colorimetric detection of ferrous ions in tap water
Authors: Chen Xinyue , Ji Jiahui , Shi Gengen , Xue Zhiyuan , Zhou Xianglin , Zhao Lianggong , Feng Shilan
Published: September 2020

AuNPs were synthesized using Radix Hedysari extract and used for the sensitive and selective detection of Fe2+.
UV-protection from chitosan derivatized lignin multilayer thin film
Authors: Kolibaba Thomas J. , Stevens Daniel L. , Pangburn Stephen T. , Condassamy Olivia , Camus Martin , Grau Etienne , Grunlan Jaime C.
Published: September 2020

An environmentally benign derivatization process enables the use of lignin in an entirely biosourced functional thin film.
Development of a tablet PC-based portable device for colorimetric determination of assays including COVID-19 and other pathogenic microorganisms
Authors: Yoo Woo Sik , Han Hyung Soo , Kim Jung Gon , Kang Kitaek , Jeon Hyo-Sung , Moon Jin-Young , Park Hyeonmi
Published: September 2020

There has been a strong and urgent demand to diagnose community transmission-driven coronavirus disease 2019 (COVID-19) after it crossed borders. Tablet PC-based portable device for colorimetric determination and 3D printed sample holders.
Design and synthesis of magnetic Fe3O4@NFC-ImSalophCu nanocatalyst based on cellulose nanofibers as a new and highly efficient, reusable, stable and green catalyst for the synthesis of 1,2,3-triazoles
Authors: Ghamari kargar Pouya , Bagherzade Ghodsieh , Eshghi Hossein
Published: September 2020

A new and efficient method has been developed for click chemistry reactions using a bifunctional Fe3O4@NFC-ImSalophCu catalyst with part imidazolium under moderate conditions.
Active learning-driven quantitative synthesis–structure–property relations for improving performance and revealing active sites of nitrogen-doped carbon for the hydrogen evolution reaction
Authors: Ebikade Elvis Osamudiamhen , Wang Yifan , Samulewicz Nicholas , Hasa Bjorn , Vlachos Dionisios
Published: September 2020

A data-driven quantitative synthesis–structure–property relation methodology to elucidate correlations between catalyst synthesis conditions, structural properties and observed performance, providing a systematic way to optimize practical catalysts.
Effective hydrogen release from ammonia borane and sodium borohydride mixture through homopolar based dehydrocoupling driven by intermolecular interaction and restrained water supply
Authors: Pei Pei , Cannon Mark , Quan Grace , Kjeang Erik
Published: September 2020

Non-catalytic dehydrogenation of solid-state ammonia borane and sodium borohydride mixtures is achieved in this work by water vapor facilitated hydrothermolysis.
Breaking the lattice match of Pd on Au(111) nanowires: manipulating the island and epitaxial growth pathways to boost the oxygen reduction reactivity
Authors: Wang Jingchun , Qiu Xiaoyu , Su Keying , Wang Siyuan , Li Jiatian , Tang Yawen
Published: September 2020

The Pd atoms respectively select the “Frank–van der Merwe” and “Volmer–Weber” growth mode on Au(111) nanowires by conducting reduction kinetics.
Enhanced electrocatalytic nitrogen reduction activity by incorporation of a carbon layer on SnS microflowers
Authors: Yu Weikang , Shu Fenghao , Huang Yifeng , Yang Fangqi , Meng Qiangguo , Zou Zhi , Wang Jun , Zeng Zheling , Zou Guifu , Deng Shuguang
Published: September 2020

We report that incorporating a hydrophobic carbon layer can greatly boost the NRR activity of SnS. The C layer limits proton availability at the electrode surface while integrating the advantages of strong N2 adsorption, better conductivity, and improved NRR performance.
Enhanced thermoelectric performance of Ca3Co4O9 ceramics through grain orientation and interface modulation
Authors: Shi Zongmo , Su Taichao , Zhang Ping , Lou Zhihao , Qin Mengjie , Gao Tong , Xu Jie , Zhu Jihong , Gao Feng
Published: September 2020

Interface modulations, including a “core–shell” interface and zigzag edge, enhanced the thermoelectric performance of the textured Ca3Co4O9 ceramics.
Metal–organic framework-derived hierarchical ultrathin CoP nanosheets for overall water splitting
Authors: Liu Jianglin , Gao Yan , Tang Xinxin , Zhan Ke , Zhao Bin , Xia Bao Yu , Yan Ya
Published: September 2020

Carbon-matrix-free hierarchical CoP nanorods composed of ultrathin nanosheets are successfully fabricated based on Co-MOFs for efficient water splitting.
Facile synthesis of BiSI and Bi13S18I2 as stable electrode materials for supercapacitor applications
Authors: Sun Huapeng , Yang Guiling , Chen Jie , Kirk Caroline , Robertson Neil
Published: September 2020

In this paper, we demonstrate a novel synthetic route of two bismuth chalcogenide materials 3-D hexagonal Bi13S18I2 and 3-D orthorhombic BiSI, and investigate their potential as the active electrode material for supercapacitors.
An all white magnet by combination of electronic properties of a white light emitting MOF with strong magnetic particle systems
Authors: Seuffert Marcel T. , Wintzheimer Susanne , Oppmann Maximilian , Granath Tim , Prieschl Johannes , Alrefai Anas , Holdt Hans-Jürgen , Müller-Buschbaum Klaus , Mandel Karl
Published: September 2020

A multi-component particle system was developed that combines the properties of white color, white light emission and strong magnetism on the macroscopic and microscopic scale.
Transforming growth factor-β1 induces connective tissue growth factor expression and promotes peritoneal metastasis of gastric cancer
Authors: Lv Ling , Liu Fu-Rong , Na Di , Xu Hui-Mian , Wang Zhen-Ning , Jiang Cheng-Gang
Published: September 2020

Transforming growth factor-β1 (TGF-β1) is involved in human cancer development and progression. Nonetheless, the role of TGF-β1 as regards peritoneal metastasis of gastric cancer has not been completely characterized. In the present study, we investigated the exact role of TGF-β1 on peritoneal metastasis of gastric cancer. The results indicated that human peritoneal mesothelial cells (HPMCs) exposed to TGF-β1 or serum-free conditional medium (SF-CM) of SGC7901 that produced a large amount of TGF-β1 became exfoliated, apoptosis and exhibited signs of injury, and the tumor-mesothelial cell adhesion significantly increased. Connective tissue growth factor (CTGF) expression was also increased when HPMCs were exposed to TGF-β1 or SF-CM of SGC7901. However, these effects were significantly decreased when HPMCs were exposed to SF-CM of SGC7901-TGFβS, a TGF-β1 knockdown stable cell line. Animal studies revealed that nude mice injected with SGC7901-TGFβS cells featured a smaller number of peritoneal seeding nodules and lower expression of CTGF in ascites than the control cell lines. These findings suggest that TGF-β1 promotes peritoneal metastasis of gastric cancer and induces CTGF expression. Therefore, blockage of TGF-β1 or TGF-β1 signaling pathway might prevent and treat peritoneal metastasis of gastric cancer.
Optimal a priori error estimates in weighted Sobolev spaces for the Poisson problem with singular sources
Authors: Ojea Ignacio
Published: September 2020

We study the problem -Δu=f, where f has a point-singularity. In particular, we are interested in f = δx0, a Dirac delta with support in x0, but singularities of the form f ~ |x − x0|−s are also considered. We prove the stability of the Galerkin projection on graded meshes in weighted spaces, with weights given by powers of the distance to x0. We also recover optimal rates of convergence for the finite element method on these graded meshes. Our approach is general and holds both in two and three dimensions. Numerical experiments are shown that verify our results, and lead to interesting observations.
Autisme et pratiques langagières : Analyse linguistique des interactions verbales entre éducateurs spécialisés et adultes avec T.S.A.
Authors: DeMartino Sonia , Romain Christina , Rey Véronique
Published: September 2020

Cette recherche propose de rendre compte à travers une approche linguistique (langage pragmatique et énonciation) des pratiques langagières réalisées entre adultes atteints de T.S.A. et professionnels. Ces professionnels sont des éducateurs spécialisés au sein d'une institution. Les situations linguistiques sont lors d'un trajet en voiture et lors d'un groupe de parole. L'analyse linguistique de ces échanges montre comment les acteurs participent aux actes de parole. La grille repose notamment sur les fonctions de la langue. Ces observations mettent en évidence les capacités des personnes atteintes de TSA dans des situations d'interaction verbale. Des pistes de travail sont proposées aux éducateurs pour considérer ces situations comme un levier de médiation thérapeutique.
Le marqueur discursifbon: ses fonctions et sa position dans le français parlé
Authors: Peltier Joy P. G. , Ranson Diana L.
Published: September 2020

À travers l’examen de 227 occurrences du marqueur discursifbondans un corpus de français parlé, cette étude présente une nouvelle vue d’ensemble de ses fonctions pragmatiques. Nous proposons quebonest essentiellement un marqueur de réorientation et d’acceptation. La réorientation peut être de nature textuelle quandbonmarque l’introduction ou la reprise des unités de discours, ou la formulation ou la reformulation des idées du locuteur. D’autre part, cette réorientation est attitudinale quandbonmarque le contraste, la résignation, et l’atténuation du message du locuteur. Une analyse de la place debondans le tour de parole et dans la phrase n’a pas discerné de patron net entre ses fonctions et sa position. Le locuteur insèrebondans les moments du discours où il veut signaler son acceptation du discours précédent en même temps qu’il indique une réorientation majeure ou mineure dans la structure de la conversation. L’examen des séquences debonavec d’autres éléments qui remplissent des fonctions similaires nous a permis d’évaluer si sa fonction d’acceptation ou de réorientation était mise en avant dans un certain contexte.
Withdrawn article: Étudier les marqueurs épistémiques et évidentiels du français tels qu’ils émergent dans la parole-en-interaction. Synthèse critique de la littérature existante
Authors: Jacquin Jérôme
Published: September 2020

This article has been mistakenly published in this volume and has been withdrawn at the request of the author and the scientific editors. Request approved on September 15, 2020.
Emergence et diffusion des formules diversité biologique et biodiversité dans Le Monde (1979-2018)
Authors: Chandelier Marie , Diwersy Sascha , Paissa Paola
Published: September 2020

Les années 1980 sont marquées par la médiatisation croissante de la crise environnementale. Cette médiatisation conduit à la diffusion de termes spécialisés dans l’espace public. Dans le quotidien français Le Monde, l’expression diversité biologique se trouve dans une relation synonymique avec le néologisme biodiversité. Le Sommet de la Terre à Rio en 1992 conduit à la diffusion élargie des termes. Le néologisme biodiversité est néanmoins privilégié et tend à s’imposer dans les discours portant sur l’environnement. Le contexte de crise environnementale dans lequel émergent les deux expressions conduit à envisager la biodiversité par le prisme des actions humaines – de protection ou de destruction. Entre 1979 et 2018, les gloses de biodiversité et diversité biologique n’indiquent pas de divergences sémantiques entre les deux expressions. Ces gloses témoignent cependant d’une difficulté à attribuer des traits sémantiques clairs aux termes. Les métaphores dont le néologisme biodiversité fait l’objet dessinent deux grandes conceptions du vivant, qui se développent parallèlement : la première, fondée sur une appréhension économique de la nature, se retrouve dans les discours mêmes qui s’opposent au productivisme, alors que la seconde, qui envisage le vivant en dehors de l’intérêt pour l’humain de sa sauvegarde, s’accompagne d’une sollicitation de l’affect du lectorat.
Une approche socio-pragmatique du dys/fonctionnement du rituel des salutations en français
Authors: Ruth De Oliveira
Published: September 2020

Ce travail porte sur le rituel des salutations dans les interactions sociales quotidiennes en contexte francophone. Sur la base d'un corpus de données authentiques - appréhendées selon une approche théorique combinée - nous nous proposons de démontrer dans quelle mesure la formule « bonjour » est une expression formelle et codifiée. Sa fonction étant de régler tout contact social, « bonjour » joue le rôle de garant de solidarité de l'individu et / ou d'appartenance de l'individu àsonou àcetenvironnement social de référence. En ce sens, « bonjour » est un performatif utilisé pour accomplir un acte institutionnel (i.e. saluer) lié à une convention humaine (i.e. Salutations). Parce que « bonjour » est le produit d’utilisation strictement dialogique, une fois cette formule adressée, une réponse sous forme d'une formule considérée comme une réponse équivalente est requise. En cas de dysfonctionnement, que se passe-t-il en termes de relations interpersonnelles / interculturelles ? Quelques résultats préliminaires suggèrent que dans certaines situations de communication, lorsque la symétrie de ce rituel est rompue et l'acte échoue, les locuteurs francophones métropolitains attribuent à [ce qu'ils entendent comme] la politesseune note plus élevéequ'àla coopérationdonnant lieu au phénomène inverse, c’est-à-dire, l'impolitesse.
L’adverbe concessif quand même dans les témoignages de rescapés de camps : entre interdiscours, intradiscours et discours-réponse prêté à l’allocutaire
Authors: Nowakowska Aleksandra , Luxardo Giancarlo
Published: September 2020

Les récits de témoins d’évènements traumatiques peuvent être influencés par des discours autres, avec lesquels ils interagissent dialogiquement. Nous étudions cette interaction dans un corpus de quatre témoignages de rescapés de camps à travers le fonctionnement dialogique de la locution adverbiale quand même. Quel est le rôle joué par cette locution pour marquer l’orientation du témoignage vers l’interdiscours, l’intradiscours et le discours prêté à l’allocutaire ? Nous montrons plusieurs types de fonctionnements : interdiscursif, interlocutif anticipatif et intralocutif, notamment en relation avec la position de l’adverbe dans l’énoncé : à l’intérieur de l’énoncé ou en fin d’énoncé. À l’intérieur, le fonctionnement est intralocutif, interlocutif anticipatif et/ou interdiscursif, lorsque la concession porte sur le contenu inférable de l’enchaînement textuel immédiat ou bien sur un élément de récit, soit énoncé antérieurement, soit enchâssé dans le cotexte postérieur. La position finale favorise le fonctionnement dialogique interdiscursif du fait que la concession porte sur l’évaluation intermédiaire du récit, qui relève de la doxa.
Expression et position du sujet en ancien français : le rôle de la personne pronominale
Authors: Goux Mathieu , Larrivée Pierre
Published: September 2020

Contrairement aux autres langues romanes, le français a adopté l’expression obligatoire du sujet grammatical suivant un long parcours dont les causes restent à pleinement élucider. C’est la dimension de la personne grammaticale du pronom que reconsidère cet article. Utilisant un corpus calibré de données du même type coutumier et de la même région, il se pose la question de savoir si les pronoms personnels de première et deuxième personnes anticipent, par rapport à ceux de troisième, l’expression obligatoire et l’antéposition au verbe qui caractérisent le français actuel. L’étude quantitative montre que l’expression et que l’antéposition de ces pronoms de première et deuxième personne sont en effet plus importantes que pour les pronoms de troisième personne et que le premier ensemble est particulièrement associé à des verbes de dire. Les résultats établissent que les textes légaux donnent une chronologie antérieure du changement linguistique, surtout quand ils sont assemblés pour exclure des variations de type de texte et de région.
Aux sources de la grammaire scolaire de Lhomond
Authors: Piron Sophie
Published: September 2020

L’article porte sur lesÉlémens de la grammaire françoisede Charles-François Lhomond, publiés en 1780. Il s’intéresse aux sources de ce texte qui a connu un immense succès, sans même avoir innové sur le plan conceptuel. Il s’agit donc d’établir quels modèles ont servi à Lhomond. L’article expose d’abord quelles filiations explicites existent entre Lhomond et la tradition grammaticale. Il se penche ensuite sur le texte desÉlémenspour y déceler les filiations non déclarées par Lhomond. L’étude se concentre sur la définition des parties du discours.
L’image de l’ami
Authors: Debrenne Michèle
Published: September 2020

Dans la littérature consacrée aux associations évoquées par les mots le substantifamioccupe une place de choix. En effet on l’a souvent utilisé dans une optique comparatiste dans le but de montrer les différences et similitudes entre l’image mentale véhiculée dans les différentes langues. Dans cette étude nous allons analyser comment cette image a évolué en français durant les quinze dernières années. Pour cela nous allons utiliser les données des différents dictionnaires d’associations évoquées par les mots disponibles pour le français, créés à partir de questionnaires depuis 2007. Nous utiliserons tant les données issues des dictionnaires directs que celles des dictionnaires inverses, pour la France, la Belgique, la Suisse et le Canada sur une période allant de 2007 à 2020.
Gestion des risques d’ambiguïté référentielle dans les textes juridiques :ledit et susdit
Authors: Sobieszewska Marta
Published: September 2020

L'article vise à apporter quelques éléments de réflexion sur l'ambiguïté référentielle comme source potentielle des problèmes d'interprétation des textes juridiques. La prévention des risques de confusion référentielle est strictement liée au fonctionnement des formes de reprises spécialisées dans le contrôle de tels risques (cf. Charolles : 1995). L'analyse du fonctionnement des formes anaphoriques, telles que ledit + N et (le) + (N) + susdit, nous permet d’aborder les questions qui occupent toujours une place marginale dans les recherches linguistiques.
Du texte à l’intertexte. Le palimpseste Macron au révélateur de l’Intelligence artificielle
Authors: Mayaffre Damon , Bouzereau Camille , Guaresi Magali , Precioso Frédéric , Vanni Laurent
Published: September 2020

L’intertexte est la condition de l’interprétation de tout texte. Cependant, sa matérialisation, son explicitation, son implémentation ont toujours paru difficile pour la linguistique textuelle. Cette contribution propose une matérialisation de l’intertexte au sein decorpus réflexifs numériques, et convoque de manière originale l’intelligence artificielle (deep learning, modèle convolutionnel) et la logométrie pour explorer de manière systématique l’intertexte ainsi matérialisé. Pour cette étude, nous postulons que le corpus élyséen depuis 1958 constitue l’intertexte des discours d’Emmanuel Macron, dans lequel le président puise de manière consciente ou inavouée pour construire ses discours. A titre d’exemple, nous mettons ainsi au jour automatiquement les empreintes grammaticales de Giscard dans le discours de Macron, et les emprunts lexicaux que le nouveau président concède à de Gaulle.
Linéaments d’écriture. Les ratures dans la correspondance de peu-lettrés durant la Grande Guerre
Authors: Fonvielle Stéphanie
Published: September 2020

Cet article se propose d’analyser les ratures dans des correspondances peu-lettrées de la Grande Guerre. L’objectif est de voir comment ces dernières peuvent refléter les conditions de production des lettres et cartes échangées entre les soldats et leur famille. Nous présentons dans un premier temps la singularité du contexte générique dans lequel apparaissent ces ratures, précisons leur mode de repérage au moyen d’un logiciel textométrique et explorons, à l’aide des critères proposés par la génétique des écrits, la valeur indicielle de certaines ratures. Une seconde partie sera l’occasion pour nous d’entrer plus avant dans les bifurcations des écrits de peu-lettrés, en interrogeant notamment les degrés de contrainte et de liberté qui guident l’instance raturante, en évoquant la part des ratures liées à l’orthographe, et enfin, en sillonnant quelques réécritures proposées par les épistoliers peu-lettrés, qui nous conduisent du côté du lapsus.
Sciences naturelles avares en mots et sciences humaines en étalant trop ? Réponses statistiques à de vieux stéréotypes sur le discours scientifique
Authors: Chalier Marc , Eiber Bettina , Reutner Ursula
Published: September 2020

Cet article présente une étude portant sur les différences de longueurs de phrases dans des articles de quatre disciplines scientifiques : la biochimie, la phonétique, la sociolinguistique et les études littéraires. La longueur de 10 phrases a été mesurée dans respectivement 20 articles de ces quatre disciplines, pour un total de 800 phrases. En plus de confirmer le stéréotype des phrases globalement plus longues dans les sciences humaines et plus courtes dans les sciences naturelles, il montre également des nuances à l’exemple de la linguistique. La phonétique, dont les méthodes sont souvent attribuables aux sciences naturelles, présente des phrases de longueurs statistiquement similaires à celles de la biochimie, alors que la sociolinguistique se rapproche pour sa part plus fortement des études littéraires. Nos résultats révèlent que la méthode de travail peut également influer sur la longueur des phrases : des faits observés empiriquement seront souvent présentés sur la base de phrases plutôt courtes, alors que des processus de réflexion favoriseront l’utilisation de phrases plutôt longues. Ces résultats montrent ainsi qu’une simple différenciation entre les disciplines n’est pas suffisante pour expliquer les différences observées, des nuances internes aux disciplines, explicables par des différences d’approches méthodologiques, devant également être prises en considération.
Note sur l’acquisition des voyelles du français par les apprenants chinois avec la L2 anglais
Authors: LUO Xiaoliang , ZHAO Qianwen
Published: September 2020

Les apprenants chinois ont souvent de grandes difficultés de prononciation lorsqu'ils apprennent le français. Ces difficultés ne sont pas seulement liées à leur langue maternelle : l’anglais joue également un rôle important dû au système éducatif chinois. Croyant que l'anglais serait plus proche du français, certains apprenants chinois cherchent des prononciations similaires dans la langue anglaise alors que certains sons français existent phonétiquement en chinois. Dans cet article, nous nous concentrons sur l’acquisition des voyelles du français et essayons de déterminer les influences de la L1 et de la L2 respectivement, en nous basant sur un corpus constitué d’enregistrements des apprenants ayant des profils homogènes.
Evolution et prise en compte des représentations et ressentis d’apprenants de la prononciation du français
Authors: Pillot-Loiseau Claire
Published: September 2020

Dans cette étude exploratoire à caractère psychophonétique, les représentations et ressentis de la prononciation du français de 98 apprenants ont été étudiés. Après l’analyse des résultats d’un questionnaire proposé à cette population avant et après une période d’exposition en France de 3 mois, comprenant une formation phonétique, nous exposons les implications pédagogiques conséquentes de ces résultats à des fins formatives. Notre population a une représentation plus positive de la prononciation, de la musique, des voyelles puis des consonnes françaises après 3 mois. Les sensations somesthésiques au niveau de la bouche et de l’énergie articulatoire ne sont pas aussi positives : les termes négatifs dominent, même après les 3 mois, de façon cependant moindre. Ceci invite l’enseignant à privilégier ce travail somesthésique et corporel dans la formation de ces personnes, ainsi que, notamment, une meilleure connaissance de ces individus au travers de la verbalisation et du dialogue.
La mise en discours du savoir orthographique : que se passe-t-il dans la salle de classe ?
Authors: Lavieu-Gwozdz Belinda , Pagnier Thierry
Published: September 2020

Cette contribution s’intéresse à la manière dont le savoir est mobilisé en discours dans les interactions langagières collectives au sein de la classe, et notamment au caractère plus ou moins implicite des savoirs et connaissances grammaticales mobilisées. Cet intérêt pour les interactions collectives tient aux formes linguistiques et langagières qui construisent en discours ce collectif. Les constructions de ce collectif sont plus ou moins linguistiquement explicites et participent certainement à l’opacité ou à la visibilité des enjeux cognitifs de ces interactions. Nous nous appuyons sur un corpus de 12 à 15 séances de 5 classes qui porte sur les corrections d’exercices d’orthographe et de dictées. Dans cette première analyse exploratoire, nous chercherons à mettre en évidence les caractéristiques communes de la manière dont les savoirs sont discursivement mobilisés. Il s’agira notamment de questionner l’usage des termes du métalangage grammatical mais aussi la manière dont la justification constitue ou non un moment de stabilisation de savoirs. En effet, nous cherchons à voir si le savoir est explicité, ou au contraire si le savoir concerné donne lieu à des échanges traversés par des implicites discursifs inégalement partagés qui sont susceptibles d'obscurcir les finalités du dispositif, « réduisant » en quelques sortes l’activité cognitive de raisonnement grammatical à la simple exécution de la tâche de correction des formes erronées.
L’institutionnalisation : un geste langagier de l’enseignant
Authors: Kaheraoui Malika
Published: September 2020

Cet article porte sur le geste d’institutionnalisation par lequel l’enseignant pointe et souligne des significations qui émergent dans les interactions langagières de la classe nécessaires pour l’élaboration de savoirs scolaires. Nous considérons ce geste comme un geste professionnel garant de l’efficacité de l’accompagnement didactique. Notre objectif est de proposer une description de ce geste par la définition d’indicateurs langagiers à partir de l’analyse d’un corpus de vidéos enregistrées dans des classes de cycle trois de l’école primaire dans différentes disciplines scolaires. Après avoir inscrit cette étude dans la problématique des gestes professionnels et de la formation des enseignants, nous montrons, à partir de l’évolution que le concept d’institutionnalisation a connue dans les travaux d’origine de didactique des mathématiques, comment ce concept peut être analysé comme un geste langagier complexe spécifié et par la discipline scolaire et par le domaine disciplinaire relatif ici pour nous à la didactique du français langue première.
Etude acoustique de la production de glides dans la maladie de Parkinson
Authors: Roland Virginie , Delvaux Véronique , Huet Kathy , Piccaluga Myriam , Harmegnies Bernard
Published: September 2020

Dans cet article, les résultats d’une étude acoustique sur la production de glides par des locuteurs atteints de la maladie de Parkinson et des locuteurs témoins sont présentés. Notre objectif est d’explorer la dynamique des articulateurs supralaryngés dans la MP, en particulier chez des locuteurs MP non dysarthriques. Nos résultats montrent des différences entre les deux groupes de sujets (locuteurs MP et témoins), en particulier en ce qui concerne l’amplitude des mouvements et la localisation dans le plan F1-F2. Nous notons également que ces différences se produisent en l’absence de dysarthrie, suggérant l’identification de phénomènes infracliniques dans la maladie de Parkinson.