Antimicrobial resistance and molecular epidemiology of Campylobacter spp. isolated from broiler flocks in southern Greece
Authors: Νάτσος Γεώργιος 
Published: November 2021

Μια διατμηματική μελέτη πραγματοποιήθηκε για να υπολογιστεί ο επιπολασμός και οι παράγοντες επικινδυνότητας της μόλυνσης των σμηνών κρεοπαραγωγής και των σφαγίων τους με Campylobacter spp. στα πτηνοσφαγεία της Ελλάδας. Επιπλέον, ελέγχθηκε η αντιμικροβιακή αντοχή των απομονωθέντων στελεχών Campylobacter από το περιεχόμενο των τυφλών εντέρων και του δέρματος του λαιμού σε 7 αντιμικροβιακούς παράγοντες (ναλιδιξικό οξύ, σιπροφλοξασίνη, ερυθρομυκίνη, τετρακυκλίνη, γενταμυκίνη, στρεπτομυκίνη και αμπικιλλίνη). Τέλος, πραγματοποιήθηκε αλληλούχιση του γoνιδίου flaA για την υποτυποποίηση 62 στελεχών C. jejuni και 58 στελεχών C. coli και κατασκευάστηκαν φυλογενετικά δέντρα χρησιμοποιώντας τη μέθοδο σύνδεσης γειτόνων για να μελετηθούν οι εξελικτικές τους σχέσεις.Για μια περίοδο 14 μηνών, πραγματοποιήθηκε σειρά δειγματοληψιών 10 τυφλών εντέρων και 5 δερμάτων λαιμού από σφάγια ορνιθίων κρεοπαραγωγής για κάθε μία από τις 142 παρτίδες που σφάχτηκαν σε 3 διαφορετικά σφαγεία. Ακολούθησε συλλογή πληροφοριών σχετικά με τους πιθανούς παράγοντες επικινδυνότητας για τη μόλυνση των ορνιθίων κρεοπαραγωγής με Campylobacter ύστερα από συνέντευξη που έλαβε χώρα στις πτηνοτροφικές μονάδες από τις οποίες προέρχονταν τα πουλερικά με τη χρήση ειδικά σχεδιασμένου ερωτηματολογίου, και αυτά τα δεδομένα συσχετίστηκαν με την παρουσία Campylobacter στα σμήνη κρεοπαραγωγής και τις διαφορές στα χαρακτηριστικά των εκτροφών και τις διαχειριστικές πρακτικές που ακολουθούνταν.Aπομονώθηκαν Campylobacter spp. από το 73.94% των τυφλών (95% ΔΕ 65.92-80.94) και το 70.42% των δερμάτων λαιμού (95% ΔΕ 62.19-77.78), αντίστοιχα. Βρέθηκε στατιστικώς σημαντική συσχέτιση (p < 0.001) μεταξύ της παρουσίας των Campylobacter spp. στα τυφλά και τη μόλυνση του δέρματος των σφαγίων, υποδεικνύοντας τη διάδοση του μικροοργανισμού στο δέρμα των σφαγίων κατά τη διαδικασία της σφαγής. Δύο διαφορετικά είδη Campylobacter (C. jejuni, C. coli) ανακτήθηκαν, ενώ το C. coli ήταν το επικρατέστερο είδος που εντοπίστηκε τόσο στα τυφλά όσο και στα δείγματα δέρματος λαιμού.Μια πολλαπλή ανάλυση παλινδρόμησης έδειξε ότι η απολύμανση των υποστατικών από μη εξειδικευμένο προσωπικό (OR 1⁄4 = 3.983) αποτελεί στατιστικώς σημαντικό παράγοντα επικινδυνότητας (p < 0.05) , ενώ η χρήση αχύρου ως στρωμνή (OR 1⁄4 = 0.170) και το κλείσιμο των παραθύρων κατά τη διάρκεια του υγειονομικού κενού μεταξύ των παραγωγικών κύκλων (OR 1⁄4 = 0.396) αποτελούν στατιστικώς σημαντικούς προστατευτικούς παράγοντες (p < 0.05) για τη μόλυνση των σμηνών κρεοπαραγωγής με Campylobacter.Συνολικά 98.5% των απομονωθέντων στελεχών βρέθηκαν ανθεκτικοί σε τουλάχιστον έναν αντιμικροβιακό παράγοντα. Όσον αφορά την πολυανθεκτικότητα, 11.7% των στελεχών βρέθηκαν ανθεκτικά σε τρεις ή περισσότερες ομάδες αντιμικροβιακών. Ανιχνεύθηκε εξαιρετικά υψηλή αντοχή στις φλουοροκινολόνες (89%), πολύ υψηλή αντοχή στην τετρακυκλίνη (69%) και χαμηλή αντοχή στα μακρολίδια (7%).Δεν παρατηρήθηκε επικράτηση συγκεκριμένου τύπου flaA, γεγονός που υποδεικνύει τη γενετική ποικιλομορφία των απομονωθέντων στελεχών, ενώ ορισμένοι τύποι flaA βρέθηκαν να παρουσιάζουν παρόμοιο προφίλ αντιμικροβιακής αντοχής. Επτά ομάδες (clusters) στο φυλογενετικό δέντρο των C. jejuni και τρεις ομάδες στο δέντρο των C. coli θεωρήθηκαν στατιστικώς σημαντικές με τιμές bootstrap > 75%. Ορισμένα στελέχη που ομαδοποιήθηκαν μαζί βρέθηκε ότι προέρχονταν από την ίδια ή παρακείμενες εκτροφές, γεγονός που υποδεικνύει μετάδοση μέσω του εργατικού προσωπικού της εκτροφής ή του κοινόχρηστου εξοπλισμού. Τα αποτελέσματα αυτά είναι σημαντικά και βοηθούν στην περαιτέρω κατανόηση της μοριακής επιδημιολογίας και της αντιμικροβιακής αντοχής των Campylobacter spp. που προέρχονται από την πτηνοτροφία στην Ελλάδα.