bluuebunny/crossref_metadata_2025 huggingface dataset:
PERBANDINGAN BODY CONDITION SCORE, SERVICES PER CONCEPTION, CALVING INTERVAL, DAN DAYS OPEN SAPI FRIESIAN HOLSTEIN (FH) DI KEMITRAAN GREENFIELD DENGAN KUD TANI WILIS SENDANG
Authors: Cahya P. Aghid , Mulyati Sri , Suwarno Suwarno , Mustofa Imam , Srianto Pudji , Utomo Budi
Published: June 2020

The purpose of this study was to determine the comparison of Body Condition Score, Services Per Conception, Calving Interval, and Days Open cow friesian holstein (FH) in Greenfield Partnership and Tani Wilis Sendang Cooperation. The material used in this research is dairy cattle that have been inseminated in Greenfield Partnership and KUD Tani Wilis with secondary data retrieval of reproduction notes during IB until partus and quisioner distributed by farmers and inseminators. The exploratory survey method used is secondary data obtained from the record reproduction inseminator. The observed variables BCS, S/C, CI and DO . The data was processed using descriptive analysis to get a number BCS, S/C, CI and DO in Greenfield Partnership and Tani Wilis Sendang Cooperation. The results showed that the average value of BCS at Greenfield Partnership is 4.86 and at Tani Wilis Cooperation is 4.74. The average value of S/C in Greenfield Partnership is 4.36 and at Tani Wilis Sendang Cooperation is 2.06. The average value CI at Greenfield Partnership is 463.00 and at Tani Wilis Sendang is 414.40. The average value DO at Greenfield Partnership is 64.84 and at Tani Wilis Sendang is 88.00. It can be concluded that the comparison of BCS in both places is not significantly different while for the S/C of Tani WilisSendang Cooperation is better than Greenfield Partnership, the CalvingInterval in both places is still less good because it is far from the standard CI value, and for the Days Open Greenfield partnership is better thanTaniWilisSendang Cooperation.
Le devenir des protéines et des acides aminés dans l’intestin du porc : de la digestion à l’apparition dans la veine porte
Authors: LE FLOC’H N. , SEVE B.
Published: June 2020

La digestion intestinale des protéines alimentaires fait intervenir des protéases d’origine pancréatique et des peptidases intestinales. Les produits de la digestion sont constitués d’acides aminés libres et de peptides relativement abondants. Acides aminés et peptides sont transportés dans l’entérocyte où ces derniers subissent une hydrolyse. Les acides aminés libres présents dans la veine porte présentent un profil bien différent de celui des protéines alimentaires. En effet, le métabolisme intestinal des acides aminés est très actif. Afin d’assurer la synthèse des protéines constitutives et sécrétées, l’intestin prélève des acides aminés à la fois dans la lumière intestinale et dans le sang artériel. Cet organe renouvelle plus de 50 % de ses protéines par jour et la synthèse de protéines bien particulières comme les mucines engendre des besoins élevés en certains acides aminés comme la thréonine. L’intestin est le principal tissu utilisant la glutamine artérielle et le glutamate alimentaire. Le catabolisme intestinal de ces acides aminés produit de l’alanine, de l’acide aspartique, de la proline et, par l’intermédiaire des enzymes du cycle de l’urée, de l’ornithine, de la citrulline et de l’arginine. Les acides aminés indispensables n’échapperaient pas non plus au catabolisme intestinal. Le rôle de l’intestin ne se limite donc pas à la digestion des protéines et à l’absorption des acides aminés. Son métabolisme modifie profondément la disponibilité des acides aminés alimentaires pour le reste de l’organisme.
Digestion des matières azotées végétales chez le veau préruminant. Quantification des matières azotées endogènes et importance des mucines
Authors: MONTAGNE L. , LALLES J.P.
Published: June 2020

Améliorer l’utilisation des matières azotées de remplacement par le veau nécessite de mieux comprendre leurs interactions avec le tube digestif. A cet égard, les nouveaux concepts de digestibilité distinguent les pertes azotées endogènes basales des pertes spécifiques, dépendantes de l’aliment. L’objectif de cet article est de caractériser quantitativement et qualitativement les matières azotées basales et celles spécifiques de sources végétales, et de préciser l’importance, dans ces matières azotées endogènes, des mucines, glycoprotéines du mucus qui protège l’épithélium digestif. Le flux des matières azotées endogènes non spécifiques, mesuré avec un aliment dépourvu de protéines, augmente entre le duodénum et le jéjunum. Les matières azotées sont ensuite apparemment réabsorbées à environ 70 % avant l’iléon où le flux est de 20 g/kg de matière sèche ingérée. Les mucines contribuent à 20, 40 et 25 % des pertes iléales d’azote basal, de lysine et de thréonine, respectivement. La digestibilité apparente iléale de l’azote des aliments contenant des matières azotées végétales est inférieure à celle du lait (0,85, 0,73 et 0,81 vs 0,91, respectivement pour un concentrat et un isolat de soja, et un concentrat de protéines de pomme de terre). Les digestibilités réelles des matières azotées de ces aliments sont similaires mais inférieures à celle du lait (0,95 vs 0,99). Ces différences s’expliquent par l’augmentation des flux de matières azotées endogènes spécifiques, et en particulier des mucines. Par ailleurs, la fraction d’azote provenant des bactéries hébergées par l’animal est plus susceptible aux modifications de la nature des protéines alimentaires que la fraction endogène réellement sécrétée. En conclusion, les différences de digestibilité apparente entre les sources de matières azotées végétales étudiées sont principalement déterminées par les pertes iléales de matières azotées spécifiques qu’elles génèrent le long du tube digestif.
Les courbes de croissance chez les oiseaux
Authors: MIGNON-GRASTEAU S. , BEAUMONT C.
Published: June 2020

Cette revue bibliographique présente, pour les espèces avicoles, les principales fonctions mathématiques utilisées pour la description de la courbe de croissance : fonction de Richards, de Gompertz, logistique et de Janoschek. Dans un deuxième temps sont rapportées les méthodes les plus courantes d’estimation des paramètres de ces fonctions. L’influence sur ces derniers de différents facteurs tels que la taille et le mode de vie de l’espèce, le sexe et la sélection sont étudiés dans une troisième partie. Enfin, un bilan des estimations des paramètres génétiques de ces valeurs caractéristiques est présenté.
Etat des lieux de l’amélioration génétique des animaux domestiques
Authors: SELLIER P.
Published: June 2020

La situation actuelle de la sélection animale est décrite dans ses grandes lignes, en mettant l’accent sur les évolutions notoires de la dernière décennie. A ce jour, l’activité de sélection se fonde pour l’essentiel sur les méthodes éprouvées de la génétique quantitative classique (modèle infinitésimal). Elle n’en connaît pas moins des adaptations permanentes visant à accroître l’efficacité de la sélection et l’adéquation des populations sélectionnées aux besoins évolutifs du monde de l’élevage. Les avancées de la génétique moléculaire, pour importantes qu’elles soient, n’ont pas encore imprégné en profondeur le secteur de la sélection animale : elles ne font actuellement l’objet que d’un petit nombre d’applications ciblées sur quelques gènes individuels, mais la situation est susceptible d’évoluer rapidement dans ce domaine.
La fonction du gène : les grandes étapes de l’utilisation de l’information génétique
Authors: LEROUX C. , TOSSER-KLOPP G.
Published: June 2020

L’utilisation de l’information portée par l’ADN nécessite une étape de transcription des gènes en ARN et, dans certains cas, une phase de traduction en protéine. La transcription est un phénomène complexe, régulé (un gène eucaryote contient des séquences régulatrices permettant l’initiation et la régulation de la transcription) qui produit trois types d’ARN : les ARN messagers (ARNm), les ARN de transfert (ARNt) et les ARN ribosomiques (ARNr). Les ARNt et les ARNr sont des constituants de la machinerie de traduction des ARNm. En effet, après la transcription, l’ARNm va être maturé (épissage, polyadénylation ...) puis va sortir du noyau pour aller dans le cytoplasme où sa séquence nucléotidique sera traduite en séquence d’acides aminés. Les protéines acquièrent ensuite leur structure définitive après des modifications posttraductionnelles diverses. La régulation de l’expression des gènes peut intervenir à chacune des étapes (transcription, maturation et/ou traduction).
Les marqueurs anonymes et la détection de leur polymorphisme
Authors: PITEL F. , RIQUET J.
Published: June 2020

Les marqueurs génétiques les plus utilisés actuellement en génétique animale sont présentés, sans que soient développées dans le détail toutes les techniques mises en oeuvre. Nous distinguons les marqueurs utilisés avant la PCR (Polymerase Chain Reaction) et ceux qui sont employés depuis. Les marqueurs actuels sont également présentés en deux groupes : ceux qui sont utilisés pour une approche globale du génome et ceux que l’on emploie dans des approches ponctuelles, en distinguant la mise en évidence d’un polymorphisme et son exploitation à grande échelle. Nous évoquons enfin les SNP (Single Nucleotide Polymorphism), qui seront probablement des marqueurs très utilisés dans l’avenir grâce à la technologie des ’puces à ADN’.
Le polymorphisme du complexe majeur d’histocompatibilité
Authors: CHARDON P.
Published: June 2020

Le complexe majeur d’histocompatibilité est une région chromosomique riche en locus qui témoigne de l’évolution des génomes. Des duplications et réarrangements de cinq exons ancestraux ont donné naissance, chez les vertébrés, à plusieurs dizaines de gènes, dont les gènes d’histocompatibilité, et ont favorisé l’apparition de nouvelles fonctions biologiques comme la réponse immunitaire adaptative. Après l’émergence des mammifères, les gènes d’histocompatibilité ont continué à évoluer et certains ont acquis une fonction spécifique. Les gènes d’histocompatibilité sont caractérisés par un polymorphisme exceptionnel résultant de mécanismes actifs de génération de la diversité. Les multiples copies des gènes constituent un réservoir de séquences favorisant la création de nouveaux allèles. La variabilité est aussi entretenue par une transmission des haplotypes qui favorise les hétérozygotes.
Etablissement des cartes génétiques
Authors: VAIMAN D.
Published: June 2020

La construction de cartes génétiques passe par l’analyse de la ségrégation de marqueurs génétiques (polymorphismes de l’ADN, des protéines ou à effets visibles) dans des familles de référence. La distance génétique (exprimée en centimorgan) est proportionnelle au taux de recombinaison existant entre marqueurs polymorphes portés par le même chromosome, au moins pour des distances faibles, observation qui constitue la base de l’établissement des cartes. Quand les distances deviennent très petites (inférieures à 1 cM), l’analyse génétique peut faire appel à l’étude d’haplotypes de marqueurs dans les régions concernées ou à l’analyse du déséquilibre de liaison dans la population.
Les banques de grands fragments d’ADN
Authors: ROGEL-GAILLARD C.
Published: June 2020

Les banques de grands fragments d’ADN constituent depuis une quinzaine d’années une avancée technologique remarquable pour l’étude des génomes complexes. En effet, chaque fragment cloné, jusqu’à 2 mégabases dans des chromosomes artificiels de levures (YAC) et 200 kilobases dans des chromosomes artificiels de bactéries (BAC), représente une petite région chromosomique qui contient un ou plusieurs gènes avec des éléments de régulation proximaux et distaux, ainsi que des marqueurs associés. Des collections de clones représentatives d’un génome entier ont été produites. Ces banques de grands fragments d’ADN sont intensivement utilisées pour la cartographie intégrée des génomes et sont les éléments fondateurs des programmes de grand séquençage, dont celui de l’Homme. Les clones de grands fragments d’ADN constituent, de plus, un matériel puissant pour élaborer les outils et concepts de la génomique fonctionnelle de demain.
Etablissement des cartes cytogénétiques et physiques
Authors: YERLE M.
Published: June 2020

Les cartes géniques des espèces domestiques sont restées très rudimentaires, voire inexistantes, jusqu’au début des années 1990. La situation a évolué à cette période avec la mise en place de vastes programmes de cartographie du génome, aussi bien au plan national (programmes de cartographie de l’INRA, programmes Génome Français) qu’européen (programmes Bridge) pour quelques espèces majeures dont les espèces bovine et porcine. Il est en effet apparu clairement que la connaissance du génome, indispensable pour l’isolement et le clonage des gènes d’intérêt agronomique, passait par la construction des cartes génétique (mise en place d’un réseau de marqueurs polymorphes par analyse de liaison sur des familles de référence) et cytogénétique (localisation de marqueurs et de gènes sur les chromosomes). Les principales méthodes mises au point pour établir, dans un premier temps, la carte cytogénétique puis, dans un deuxième temps, la carte physique à haute résolution sont présentées.
La cartographie comparée des génomes des vertébrés
Authors: GELLIN J.
Published: June 2020

La cartographie comparée des génomes consiste à étudier le plus précisément possible les homologies existantes dans la structure des génomes des organismes vivants. Ces informations sont très utiles notamment pour l’étude des animaux domestiques. Elles permettent d’accélérer l’acquisition et l’exploitation des données de cartographie génétique dans chaque espèce. Les méthodes et les techniques utilisées sont présentées dans un cadre historique et les résultats les plus marquants sont résumés. Cette présentation permet de comprendre pourquoi cette activité évolue rapidement aujourd’hui dans le cadre du développement des cartes génétiques dites à haute densité. Dans ce contexte sont précisées les limites de ces études et les méthodes d’analyse à privilégier ou à développer.
Etat des lieux de la cartographie du génome du porc
Authors: MILAN D. , YERLE M. , ROBIC A. , LAHBIB-MANSAIS Y. , RIQUET J. , IANNUCCELLI N. , GELLIN J.
Published: June 2020

Les cartes porcines sont maintenant bien développées : près de 1200 microsatellites sont cartographiés sur les familles de référence et 2000 nouveaux sont en cours de développement ; environ 400 gènes ou EST (expressed sequence tags) et 400 marqueurs génétiques sont positionnés sur les cartes cytogénétiques ; les cartes d’irradiation sont en plein essor ; près de 1000 marqueurs et gènes sont ordonnés avec une résolution 10 à 20 fois supérieure à la carte génétique. L’estimation de la taille physique du génome du porc est de 2700 Mb organisées en 38 (2x18 + XY) chromosomes, les cartes génétiques couvrent 2300 cM, et les cartes d’irradiation de 30 à 40000 cR7000. La réalisation d’un contig de BAC global du génome et l’établissement d’un catalogue des gènes sont les deux prochains développements importants de la génomique porcine.
Etat de la carte de la poule
Authors: VIGNAL A.
Published: June 2020

La carte génétique de la poule est développée depuis plusieurs années à l’aide de deux familles de référence de type rétro-croisement. Plus récemment, une troisième famille a été utilisée pour affiner la carte. La structure actuelle est d’environ 1800 locus répartis en 50 groupes de liaison couvrant 3800 cM, dont 785 repérés par des marqueurs de type microsatellite. La carte contient 350 marqueurs dans des séquences exprimées, dont 235 représentent des gènes identifiés, permettant de mettre en évidence des synténies conservées avec les génomes de mammifères. La particularité du génome de la poule, composé de macrochromosomes et de microchromosomes, complique la nécessaire intégration avec la carte cytogénétique.
La cartographie du génome équin
Authors: GUÉRIN G.
Published: June 2020

La cartographie du génome équin a pris une dimension internationale en 1995. Elle a depuis créé les outils nécessaires à sa construction : panel de marqueurs et de familles internationales, panels d’hybrides somatiques et d’hybrides irradiés, banques de petits, moyens et grands fragments, caryotype de référence, bases de données. Elle entre dans une phase de production active de résultats et doit dès à présent recueillir des familles ressource pour appliquer les acquis de la carte génomique. La question d’établir une carte à haute densité est actuellement posée.
Le gène caprin spécifiant la caséine αs1 : un suspect tout désigné aux effets aussi multiples qu’inattendus
Authors: MARTIN P. , LEROUX C.
Published: June 2020

Dans l’espèce caprine, il existe au locus αs1-caséine, un polymorphisme complexe alliant variabilité quantitative et qualitative. Les caractéristiques physico-chimiques des laits caprins et leurs aptitudes technologiques sont gouvernées par ce polymorphisme. Ses fondements moléculaires ont été exploités pour mettre en place un protocole de génotypage des animaux. Si ce caractère est, d’ores et déjà, pris en compte dans les schémas de sélection caprine, ces travaux multidisciplinaires ont ouvert de nombreuses voies de recherche. En effet, outre le modèle de co-évolution d’un marqueur microsatellite et d’un gène à effet majeur, le gène αs1-cas fournit un modèle pertinent d’étude des mécanismes d’épissage et leur implication dans la diversité structurale inter-spécifique. De plus, le polymorphisme génétique de la caséine αs1 constitue un moyen d’investigation incomparable pour étudier la structure micellaire dans le lait ainsi qu’un moyen de décrypter son édification au cours du transport intracellulaire des caséines qui est particulièrement perturbé chez les individus porteurs d’allèles défectifs au locus αs1-Cas. Le polymorphisme αs1-Cas caprin n’a donc pas encore dévoilé tous ses effets.
Cartographie fine de la région du gène PIS de la chèvre
Authors: CRIBIU E.P. , SCHIBLER L. , VAIMAN D.
Published: June 2020

Chez les Mammifères, la différenciation sexuelle résulte d’une cascade complexe dont le premier acteur est le gène SRY, porté par le chromosome Y, qui masculinise la gonade indifférenciée. Cependant, certains individus, en l’absence de SRY, présentent un développement testiculaire et une réversion du sexe. Chez la chèvre, par exemple, la réversion du sexe d’individus XX en l’absence du gène SRY ou d’autres séquences du chromosome Y est étroitement liée à l’absence de corne (mutation motte) puisqu’aucun recombinant n’a jamais été observé. Ce syndrome, nommé PIS pour Polled Intersex Syndrome, est causé par des mutations dans un ou deux gènes autosomiques que nous avons localisés dans un premier temps à proximité de deux marqueurs microsatellites d’origine bovine sur le chromosome 1 caprin. Les cartes génétique, cytogénétique et physique de la région ont ensuite été construites à l’aide, d’une part, de banques d’ADN issues de chromosome 1 trié, des bandes 1q42, 1q43 et 1q44 microdisséquées et de grands fragments (BAC) et, d’autre part, de la cartographie comparée avec les gènes ou EST (expressed sequence tags) localisés dans la région humaine homologue. Ces différentes approches ont permis de localiser le gène PIS au sein d’un contig de 1,5 Mb, dans une région de 100 kb autour d’un marqueur microsatellite.
Recherche des gènes impliqués dans la synthèse des antigènes du système du groupe sanguin C bovin (EAC)
Authors: SAUNIER K. , JULIEN R. , LEVÉZIEL H.
Published: June 2020

L’intérêt de l’INRA pour les systèmes de groupes sanguins bovins remonte à une quarantaine d’années. Les travaux et moyens engagés alors aboutirent à l’obtention de riches données sérologiques ainsi qu’à des données génétiques préliminaires. L’apparition des premières cartes génétiques permit ensuite la localisation de la plupart de ces systèmes. Néanmoins, la nature moléculaire des antigènes sanguins et leur rôle biologique demeurent méconnus. Nous avons choisi d’étudier le groupe sanguin C (EAC), système complexe très polymorphe, cartographié sur le chromosome 18 et codé par au moins deux gènes contigus. Des gènes candidats positionnels et fonctionnels qui pourraient coder pour EAC ont été définis. La construction, en cours, d’un contig de BAC bovins recouvrant la région de EAC, couplée à des analyses de liaisons génétiques a permis de cloner certains de ces candidats et de mieux délimiter la zone d’intérêt. La construction du contig doit être achevée et les candidats obtenus ainsi que les EST de la région devront être testés. Des expérimentations biochimiques viendront compléter et enrichir les données génétiques.
Gènes associés à la lipogenèse chez le poulet
Authors: DOUAIRE M. , LAGARRIGUE S.
Published: June 2020

L’analyse génétique du caractère quantitatif qu’est l’état d’engraissement de la poule a été abordée par une approche de type fonctionnel avec, d’une part, une étude de l’expression de gènes impliqués dans le métabolisme hépatique des lipides et d’autre part, une étude de «liaison génétique» entre ces gènes et le caractère. Deux types de lignées présentant des divergences importantes d’état d’engraissement ont été analysés. Les résultats obtenus permettent de mettre en évidence les apports et les limites de ce type d’analyse et la complémentarité des deux approches dans l’analyse génétique d’un caractère quantitatif.
Le programme Asteroger : vers un outil multifonctionnel pour les productions animales
Authors: HATEY F. , MARTIN P. , DOUAIRE M. , LE GAC F. , DAMBRINE G. , HERPIN P. , MONGET P.
Published: June 2020

La génomique devient fonctionnelle Les travaux conduits dans le domaine animal à l’INRA sont tournés essentiellement vers la compréhension et la maîtrise des caractères d’intérêt zootechnique en vue de leur amélioration : croissance, reproduction, lactation, comportements, résistance aux maladies, qualité des produits. Pour progresser et prendre également en compte les interactions entre caractères, l’étude la plus exhaustive possible de l’expression des gènes est nécessaire. Or, actuellement, pour étudier ces caractères gouvernés le plus souvent par plusieurs gènes, les techniques utilisées ne permettent d’analyser en même temps que l’expression d’un seul gène ou d’un petit nombre de gènes, parmi les 30 000 à 120 000 présents chez les animaux supérieurs. Voir la suite de l'article à l'adresse suivante : https://www6.inrae.fr/productions-animales_eng/content/download/4100/42005/version/1/file/Prod_Anim_2000_hs_hs_30.pdf
Analyse informatique des données moléculaires
Authors: CORPET F. , CHEVALET C.
Published: June 2020

Les données biologiques, en particulier les séquences d’ADN, s’accumulent extrêmement rapidement. Pour exploiter toutes ces données, une nouvelle science est née, la bioinformatique. Accéder de manière rapide et fiable aux données disponibles dans les banques internationales et analyser les données expérimentales produites à grande échelle nécessitent des outils informatiques puissants et en perpétuel développement. Assembler les séquences brutes, trouver les unités fonctionnelles des séquences génomiques, comparer les séquences entre elles, prédire les structures et les fonctions des macromolécules, comprendre les interactions entre les gènes et leurs produits en termes de réseaux métaboliques mais aussi d’évolution des espèces : toutes ces questions nécessitent l’utilisation de la bioinformatique et son développement.
La Base de données Mapgena
Authors: NEAU A. , CHEVALET C. , BIBÉ B.
Published: June 2020

La base de données Mapgena a un double objectif : regrouper et gérer les informations utiles aux programmes d’étude du génome (cartographie, détection de QTL, analyse de populations) et ses applications ; créer des interfaces entre ces données et les outils d’analyse (crimap, linkage, qtlmap, phylip, génépop, fstat...). Elle est multi-espèce et contient des typages variés (protéines, hémotypes, gènes, microsatellites, RFLP...) ainsi que des caractères divers pour les performances. Cette base de données sous Oracle et son application développée avec l’AGL Uniface sont accessibles sur le serveur dga5 au Centre de Traitement de l’Information Génétique. A ce jour, les programmes de recherches gérés dans Mapgena sont : les programmes de détection de QTL dans plusieurs espèces (bovins laitiers, porcs, poule), le programme international de cartographie génétique chez le cheval ainsi que les données de typage dans le programme de sélection des reproducteurs chez les caprins.
Utilisation de marqueurs génétiques en sélection : les activités de LABOGENA
Authors: AMIGUES Y. , MÉRIAUX J.C. , BOSCHER M.Y.
Published: June 2020

Le diagnostic génétique appliqué à la sélection animale n’est pas récent, mais des progrès fantastiques ont été réalisés ces dernières années grâce à l’émergence des techniques de biologie moléculaire. L’évolution du nombre d’analyses réalisées par LABOGENA, 45 000 en 1988 pour plus de 100 000 en 1998, est bien la preuve de cet essor. Si deux tiers des activités demeurent traditionnelles, 30 % sont réalisées grâce aux marqueurs de l’ADN et la tendance va encore s’accentuer. La biologie moléculaire permet de réaliser des progrès et d’augmenter les possibilités de diagnostic : les supports biologiques utilisables sont nombreux (sang, poil, peau, viande, embryon, sperme …) ; l’émergence de nouveaux marqueurs polymorphes comme les marqueurs microsatellites de l’ADN permet l’identification et le contrôle de filiations pour de nouvelles espèces (Porc, Chien, Turbot …) ; les diagnostics peuvent être réalisés très précocement par l’analyse directe des variations des gènes impliqués (exemple de la qualité fromagère du lait déterminée sur les futurs reproducteurs mâles) ; les pathologies d’origine génétique peuvent être recherchées par les mutations causales (hyperthermie maligne, tremblante …). Ces informations sur les génotypes aident les sélectionneurs à définir leurs stratégies et permettent d’assurer une bonne gestion des reproducteurs et des populations animales.
Principes de l’utilisation des marqueurs génétiques pour la détection des gènes influençant les caractères quantitatifs
Authors: LE ROY P. , ELSEN J.M.
Published: June 2020

L’information apportée par les marqueurs génétiques est une aide précieuse pour la mise en évidence des gènes influençant les caractères quantitatifs, les QTL (pour Quantitative Trait Loci). Le principe de base est d’observer s’il y a coségrégation des allèles au marqueur et au QTL dans la descendance de reproducteurs doubles hétérozygotes. La démarche peut être étendue à la prise en compte simultanée d’informations sur plusieurs marqueurs appartenant à un même groupe de liaison : c’est la cartographie d’intervalle. Différentes méthodes statistiques sont employées pour analyser les données. Toutefois, la théorie classique des tests d’hypothèse n’étant pas complètement applicable, il est souvent fait appel aux simulations pour déterminer les seuils de rejet et les intervalles de confiance. Les protocoles mis en place sont de deux types : croisement entre populations extrêmes ou étude intra-famille de populations en ségrégation. Ils doivent être optimisés pour avoir une puissance maximale à taille de protocole fixée.
Sélection et introgression assistées par marqueurs
Authors: ELSEN J.M.
Published: June 2020

La sélection et, plus généralement, l’amélioration génétique assistée par marqueurs est une des perspectives très importantes d’application de la génétique moléculaire. Les principes de base en sont rappelés et les modalités de mise en oeuvre rapidement décrites. L’efficacité de ces méthodes d’amélioration nouvelles est estimée relativement à celle des méthodes traditionnelles basées sur les seules informations quantitatives et généalogiques. Elle est d’autant plus grande que les valeurs génétiques sont difficiles à estimer (héritabilité faible, caractère exprimé dans un seul sexe ...). Le gain maximum sera obtenu en modifiant l’organisation de la sélection (pré-sélection des reproducteurs, introgression génique).
Intérêt et limites de la sélection intra-race assistée par marqueurs
Authors: MANFREDI E.
Published: June 2020

La prédiction de la réponse à la sélection intra-race assistée par marqueurs (SAM) varie en fonction des contextes étudiés et des approches de simulation utilisées. Les bénéfices théoriques de la SAM annoncés dans le passé ont été revus à la baisse, mais l’utilisation des typages offre des nouvelles possibilités de sélection qui doivent être raisonnées. Quand on dispose de marqueurs associés étroitement à des QTL importants, la modalité d’utilisation des typages dépend de l’objectif génétique recherché. Quand le déséquilibre de liaison entre les marqueurs et les QTL n’est pas garanti, la SAM peut devenir coûteuse et son application nécessite une évaluation économique préalable.
Utilisation des marqueurs pour la caractérisation des ressources génétiques
Authors: OLLIVIER L. , CHEVALET C. , FOULLEY J.L.
Published: June 2020

Un aperçu des méthodes de caractérisation des ressources génétiques basées sur les marqueurs moléculaires est présenté. La variabilité génétique entre races s’exprime généralement, à partir d’un ensemble de fréquences alléliques, sous la forme d’indices de fixation et de diversité génique, ainsi que de distances génétiques entre races. Ces dernières peuvent être converties en phylogénie, classification ou mesure globale de diversité. La richesse allélique est une information complémentaire intéressante à prendre en compte. La planification expérimentale des études de diversité et leur fiabilité statistique sont brièvement discutées.
Utilisation des marqueurs pour la gestion de la variabilité génétique des populations
Authors: VERRIER E. , ROGNON X.
Published: June 2020

Les méthodes usuelles de gestion de la variabilité génétique des populations reposent sur la connaissance des généalogies des animaux et sur un contrôle de la structure familiale de ces populations. Les marqueurs permettent d’affilier les animaux à des familles dans les situations où il est malaisé ou impossible d’enregistrer un état civil, donnant ainsi accès aux méthodes classiques de gestion de la variabilité. Ils procurent des outils de suivi de la variabilité intra-population, fondés sur les fréquences alléliques. Enfin, on peut choisir les reproducteurs présentant le plus de variabilité pour un ensemble de marqueurs. Les études effectuées dans ce sens montrent qu’une telle sélection est très efficace pour les régions du génome proches des marqueurs employés, mais qu’elle doit être réalisée en complément des méthodes usuelles si l’on s’intéresse à l’ensemble du génome.
Influence of Temperature on the Global Spread of COVID-19
Authors: Roy Indrani
Published: June 2020

This article investigated whether the atmospheric temperature had any role in the spread and vulnerability to COVID-19 worldwide and how that knowledge can be utilized to contain the fast-spreading disease. It highlighted that temperature was an important factor in transmitting the virus, and a moderately cool environment was the most favourable state for its susceptibility. In fact, the risk from the virus is reduced significantly in high temperature environment. Warm countries and places were likely to be less vulnerable. We identified various degrees of vulnerability based on temperature and specified countries for March and April. The maximum reported case, as well as death, was noted when the temperature was in the range of around 275°K (2°C) to 290°K (17°C). Countries like the USA, UK, Italy and Spain belonged to this category. The vulnerability was moderate when the temperature was less than around 275°K (2°C) and countries in that category were Russia, parts of Canada and few Scandinavian countries. For temperature 300°K (27°C) and above, a significantly lesser degree of vulnerability was noted. Countries from SAARC, South East Asia, the African continent and Australia fell in that category. In fact, when the temperature was more than 305°K (32°C), there was a unusually low number of reported cases and deaths. For warm countries, further analyses on the degree of vulnerability were conducted for the group of countries from SAARC and South East Asia and individual countries were compared. We also showed countries can switch from one vulnerability state to another based on the variability of temperature. We provided maps of temperature to identify countries of different vulnerability states in different months of the year. That influence of temperature on the virus and previous results of clinical trials with similar viruses gave us a useful insight that regulating the level of temperature can provide remarkable results to arrest and stop the outbreak. Based on that knowledge, some urgent solutions are proposed, which are practically without side effects and very cost-effective too.
New Methodological Approach Towards a Complete Characterization of Structural Fiber Reinforced Concrete by Means of Mechanical Testing Procedures
Authors: Alberti Marcos G. , Picazo Alvaro , Gálvez Jaime C. , Enfedaque Alejandro
Published: June 2020

This work proposes a novel methodology for the complete characterization of fiber reinforced concrete (FRC). The method includes bending tests of prismatic notched specimens, based on the Standards for FRC, tensile and pure shear tests. The values adopted by the standards for designing FRC are the obtained from bending tests, typically fR3, even for shear and pure tension loading. This paper shows that the remaining strength of FRC, supplied by the fibers, depends on the type of loading. In the case of shear and tensile loading the prescriptions of the standards may be unsafe. In this work, the remaining halves of specimens subjected to bending test are prepared and used for shear and tension tests. This means significant savings in specimen preparation and a greater amount of information for structural use of FRC. The results provide relevant information for the design of structural elements of FRC compared with the only use of data supplied by bending tests. In addition, a video-extensometry system was used to analyze the crack generation and cracking patterns. The video-extensometry applied to shear tests allowed the assessment of the sliding values and crack opening values at the crack discontinuity. These values may be quite relevant for the study of the FRC behavior when subjected to shear according to the shear-friction model theories.
Non-Detection of Dark Matter Particles: A Case for Alternate Theories of Gravity
Authors: Kenath Arun , Sivaram C , Prasad Avijeet , Rebecca Louise
Published: June 2020

While there is overwhelming evidence for dark matter (DM) in galaxies and galaxy clusters, all searches for DM particles have so far proved negative. It is not even clear whether only one particle is involved or a combination or particles, their masses not precisely predicted. This non-detectability raises the possible relevance of modified gravity theories – MOND, MONG, etc. Here we consider a specific modification of Newtonian gravity (MONG) which involves gravitational self-energy, leading to modified equations whose solutions imply flat rotation curves and limitations of sizes of clusters. The results are consistent with current observations including that involving large spirals. This modification could also explain the current Hubble tension. We also consider effects of dark energy (DE) in terms of a cosmological constant.
Why Has COVID-19 Mortality Been Higher in Certain Countries Than Others? An Ecological Analysis of 204 Countries
Authors: Kenyon Chris
Published: June 2020

Background: It is unclear why certain countries have been more severely affected by COVID-19 than other countries. Methods: In this ecological study we compared COVID-19 mortality and incidence/100,000 as well as 4 putative explanatory factors by WHO world region. Linear regression was then used to assess the country-level predictors of COVID-19 mortality/100,000 and incidence/100,000 in 204 countries with available data. Results: COVID-19 incidence and mortality/capita were greater in Europe than other regions. This was despite a higher testing rate in Europe than other regions. Europe had an older population than all other regions and a higher prevalence of obesity than Africa, South East Asia and the Eastern Mediterranean. Country level multiple linear regression revealed positive associations between mortality/capita and testing rate, percent of the population 65 years or older, and Europe compared to Western Pacific and South East Asia (all P<0.005). Results for the analyses with cases/100,000 as outcome variable were similar. Conclusion: Our results suggest that older populations as well as other undefined regional and national factors, possibly related to efficacy of control efforts, are responsible for differences in national severity COVID-19 epidemics.
Cell Types, Morphology and Evolution of Animal Excretory Organs
Authors: Andrikou Carmen , Gąsiorowski Ludwik , Hejnol Andreas
Published: June 2020

Excretion and osmoregulation are fundamental processes of the organism, as they prevent the accumulation of toxic waste products in the body and control the osmotic differences between the cells and the environment. In most of the animals these phenomena are taking place through specialized organs, namely excretory organs, composed of diverse cell types that are performing tasks such as secretion and ultrafiltration. Although the morphology and embryology of excretory organs can differ dramatically, the common spatial arrangement of structural proteins and transporters as well as the similar transcriptional developmental programs underlying their formation suggests the homology of their cell types. In this chapter we discuss the current understanding of the evolution of excretory organsfrom a comparative morphological, developmental and functional perspective, flanked by an additional, cell-type perspective. We argue that a putative homologization of certain excretory cell types does not necessarily reflect the homology of the resulting organs, and that integrating all different levels of comparison is crucial for addressing evolutionary questions.
Cultural Sustainability in Ethnobotanical Research with Students up to K-12
Authors: Gutiérrez-García Lorena , Blanco-Salas José , Sánchez-Martín Jesús , Ruiz-Téllez Trinidad
Published: June 2020

In the achievement of the Sustainable Development Goals (SDGs), education plays a fundamental role. However, traditional methodologies do not favor the enrichment and personal development essential to promote global awareness. The use of active methodologies based on experiences improve the quality of learning. This work describes the design, implementation, and evaluation of the acquired knowledge of a didactic proposal for non-formal education as a support for regulated education based on botany content. Firstly, a workshop was held, where young people participated directly in developing field work with a real scientific methodology. Subsequently, a group of students was chosen to be interviewed to obtain a global vision of the learning they obtained. The motivation of the students was quite positive, which allowed us to obtain voluntary participation in the field work and gave the students a participative attitude throughout the development of the workshops. Four months later, this positive attitude remained during their direct involvement in various activities, and the students still remembered the fundamental content discussed. Relating the didactic proposal to its immediate environment was shown to increase interest in learning and value in its own context. The results of this educational experience have been very positive, as knowledge was acquired, and interest in the preservation of the environment and the profession of a researcher was promoted.
Analysis of the Primary Presenting Symptoms and Hematological Findings of COVID-19 Patients in Bangladesh
Authors: Mohiuddin Chowdhury Abu Taiub Mohammed , Karim Md Rezaul , Mehedi H.M. Hamidullah , Shahbaz Mohammad , Chowdhury Md Wazed , Dan Guo , He Shuixiang
Published: June 2020

Objective: SARS-Cov-2 infection or COVID-19 is a global pandemic. From the time of identification to till, multiple clinical symptoms and parameters have been identified by the researchers of various countries and regions regarding the diagnosis and presentations of COVID-19 disease. In this manuscript, we investigated the primary symptoms and basic hematological presentations of SARS-CoV-2 infection among the Bangladeshi patients. Methodology: We have collected the disease history of mild to moderate degree of COVID-19 patients; hematological and biochemical on admission reports of moderate degree COVID-19 patients. All of them were tested positive for SARS-CoV-2 by RT-PCR in different institutes in Bangladesh. Results: According to this study though COVID-19 patients in Bangladesh commonly presented with fever, cough, fatigue, shortness of breath, and sore throat, but symptoms like myalgia, diarrhea, skin rash, headache, Abdominal pain/cramp, nausea, vomiting, restlessness, and a higher temperature of >1000F have a greater presentation rate and more frequent than other published studies. CRP and Prothrombin time was found to increase in all the patients. Serum ferritin, ESR, SGPT, and D-Dimer were found increased among 53.85%, 80.43, 44%, and 25% patients respectively. 17.39% of the patients had leukocytosis and neutrophilia. 28.26% of patients presented with lymphocytopenia. 62.52% of patients had mild erythrocytopenia. Conclusion: Despite some similarities, our study has evaluated a different expression in presenting symptoms in the case of COVID-19 patients in Bangladesh. CRP, Prothrombin time, serum ferritin, ESR, SGPT, D-Dimer, erythrocytopenia, and lymphocytopenia can be initial diagnostic hematological findings and assessment for prognosis COVID-19 disease. Also, gender variations have a different scenario of clinical and laboratory appearance in this region.
Successive Addition of Digits of an Integer Number: On Properties and Role in Studying Distribution of Primes
Authors: Khare Manish , Chitta Kalyanlakshmi
Published: June 2020

Successive-addition-of-digits-of-a-number(SADN) refers to the process of adding up the digits of an integer number until a single digit is obtained. Concept of SADN has been occasionally identified but seldom employed in extensive mathematical applications. This paper discusses SADN and its properties in terms of addition, subtraction and multiplication. Further, the paper applies the multiplication-property of SADN to understand the distribution of prime numbers. For this purpose the paper introduces three series of numbers -S1, S3 and S5 series- into which all odd numbers can be placed, depending on their SADN and the rationale of such classification. Extending the analysis the paper explains how composite numbers of the S1 and S5 series can be derived. Based on this discussion it concludes that even as the concept of SADN is rather simple in its formulation and appears as an obvious truism but a profound analysis of the properties of SADN in terms of fundamental mathematical functions reveals that SADN holds a noteworthy position in number theory and may have significant implications for unfolding complex mathematical questions like understanding the distribution of prime numbers and Goldbach-problem.
NKX6.1 Transcription Factor: A Crucial Regulator of Pancreatic β-Cell Development, Identity, and Proliferation
Authors: Aigha Idil I. , Abdelalim Essam M.
Published: June 2020

Understanding the biology underlying the mechanisms and pathways regulating pancreatic β-cell development is necessary to understand the pathology of diabetes mellitus (DM), which is characterized by the progressive reduction in insulin producing β-cell mass. Pluripotent stem cells (PSCs) can potentially offer an unlimited supply of functional β-cells for cellular therapy and disease modeling of DM. Homeobox protein NKX6.1 is a transcription factor (TF) that plays a critical role in pancreatic β-cell function and proliferation. In human pancreatic islet, NKX6.1 expression is exclusive toβ-cells and is undetectable in other islet cells. Several reports showed that activation of NKX6.1 in PSC-derived pancreatic progenitors (MPCs), expressing PDX1 (PDX1+/NKX6.1+), warrants their future commitment to monohormonal β-cells. However, further differentiation of MPCs lacking NKX6.1 expression (PDX1+/NKX6.1-) results in an undesirable generation of non-functional polyhormonal β-cells. The importance of NKX6.1 as a crucial regulator in MPC specification into functional β-cells directs attentions to further investigating its mechanism and enhancing NKX6.1 expression as a mean to increase β-cell function and mass. Here, we shed light on the role of NKX6.1 during pancreatic β-cell development and in directing the MPCs to functional monohormonal lineage. Furthermore, we address the transcriptional mechanisms and targets of NKX6.1 as well as its association with diabetes.
Predicting Sand Production Rate in High-Pressure, High-Temperature Wells in the Tarim Basin
Authors: Liu Hongtao , Wang Haotian , Zhang Wei , Liu Junyan , Zhang Yutao , Sharma Mukul M.
Published: June 2020

Sand production has been a very serious concern for the high-pressure, high-temperature (HPHT) gas wells in the Tarim Basin. However, the possible reasons and mechanisms remain unclear because there is no sufficient model to predict both onset of sanding and sand-production rate. The objective of this study is to develop a three-dimensional (3D) numerical sand production-prediction model and apply it to these HPHT gas wells to determine the main mechanisms for sand production and to propose completion designs to minimize sand production. This paper presents the development of a fully coupled 3D, poro-elasto-plastic sand-production model and the simulation results for two key wells that are prone to sanding.

The sand-production model was used to model the different completion designs and flowback strategies that were used in the field. The model couples multiphase fluid flow and elasto-plasticity to simulate pressure transient behavior and rock deformation during production. The sanding criterion is a combination of both mechanical failure (shear/tensile/compressive failure) and fluid erosion. A novel cell-removal algorithm has been implemented to predict the dynamic (time dependent) sand-production process. In addition, the complex geometry of the wells and perforations are explicitly modeled to show cavity propagation around hole/perforations during sand production.

For this case study, triaxial tests on core samples were conducted, and the stress-strain curves under different confining stresses are analyzed to obtain rock properties for both the preyield and post-yield period. The wells were categorized into ones that had massive sand production and ones that showed much less sand production. Operational and mechanical factors that were empirically found to result in sand production were identified. The sand-production model was run to verify the role played by different factors. It is shown that completion design, rock strength, and post-failure behavior of the rock are key factors responsible for the observed sanding in these wells. In addition, the drawdown strategy and the associated bottomhole pressure (BHP) change and the extent of depletion play an important role in the sanding rate. Several strategies for minimizing sand production are suggested for these wells. These include drawdown management, completion, and perforation design. In this study, we show for the first time that data from HPHT gas wells that have severe sand-production problems can be analyzed quantitatively with the developed model to determine the mechanisms of sand production. This allows us to make operational recommendations to minimize sanding risk in these wells.