종분화(종이 진화하여 새로운 종이 되는 방법)에 대한 과학적 연구는 19세기 중반 찰스 다윈 시대에 시작되었다. 당시 많은 박물학자들은 생물지리학(종의 분포 방식)과 종의 진화 사이의 관계를 인식했다. 20세기에는 종의 지리적 패턴과 관계를 연구하고 문서화하는 에른스트 마이어와 같은 주요 공헌자들과 함께 종분화 분야가 성장했다. 이 분야는그 세기 초반에 현대 진화 이론과 함께 두각을 나타내게 되었다. 그 이후로 종분화에 대한 연구는 엄청나게 확장되었다.

종분화의 언어는 더욱 복잡해졌다. 종분화 및 생식적 격리의 메커니즘에 대한 분류 체계에 대한 논쟁이 계속되고 있다. 21세기는 분자 계통발생학 및 계통분류학과 같은 새로운 기술과 함께 종분화 연구에서 부활을 보았다. 종분화는 두 개의 초기 개체군 사이의 유전자 흐름 속도에 해당하는 개별 모드로 크게 나뉜다. 현재 연구는 대체 계획의 개발과 새로운 종분화 과정의 발견을 주도했다.

## 초기 역사
찰스 다윈은 1859년 자신의 책 종의 기원에서 specification으로 언급하면서 종이 진화하고 별도의 혈통으로 나눌 수 있다는 아이디어를 소개했다. 1906년이 되어서야 현대적인 의미의 용어, 종분화가 생물학자인 Orator F. Cook에 의해 만들어졌다.

### 다윈의 견해
찰스 다윈이 자신의 출판물 종의 기원에서 진정한 지리학적 기반 종분화 모델을 인식했는지 여부에 대해 논란이 있다.

진화 생물학자인 제임스 말렛(James Mallet)은 다윈의 종의 기원에 대해 실제로 종분화에 대해 논의한 적이 없는 것과 관련하여 반복된 진언은 거짓이라고 주장한다. 이 주장은 헉슬리와 George Romanes(다윈의 동시대인)로부터 시작되었는데, 다윈은 잡종에서 생존 불가능성과 불임의 기원을 설명하는 데 실패했다고 선언했다.

### 다윈의 딜레마
종의 기원에 대한 질문을 다룰 때 두 가지 주요 문제가 있다.

찰스 다윈의 시대 이래로 종의 본질을 이해하려는 노력은 주로 첫 번째 측면에 초점을 맞추었으며, 이제는 새로운 종의 기원 뒤에 있는 중요한 요소가 생식적 고립이라는 데 널리 동의되고 있다. 다윈은 또한 종의 기원의 두 번째 측면을 고려했다.

다윈은 유기체를 종으로 묶는 것에 당황했다. 다윈의 책 6장의 제목은 "이론의 어려움"이다. 이러한 "난이도"에 대해 논의하면서 그는 "첫째, 종이 다른 종에서 감지할 수 없을 정도로 미세한 단계적 변화에 의해 내려왔다면, 우리는 어디에서나 무수한 과도기 형태를 볼 수 없는 이유는 무엇이까? 우리가 보기에 종은 잘 정의되어 있는 것이 아니라 왜 모든 자연이 혼란 속에 있지 않까?" 이 딜레마는 서식지 공간에서 과도기 품종의 부재 또는 희소성이라고 할 수 있다.

첫 번째 딜레마와 관련된 또 다른 딜레마

이러한 딜레마가 어떻게 해결될 수 있는지에 대한 가능한 설명은 종분화 문서에서 논의된다.

## 생물지리학적 영향
종 개체군과 관련된 지리적 요인에 대한 인식은 다윈 이전에도 존재했으며, 많은 박물학자들이 종 관계에서 고립의 역할을 알고 있었다. 

1868년에 바그너는 지리적 종분화의 개념을 최초로 제안했다.

카를 요르단(Karl Jordan)과 데이비드 스타 요르단(David Starr Jordan)과 같은 동물의 지리적 분포를 연구한와그너와 다른 박물학자들은 밀접하게 관련된 종들이 종종 지리적으로 서로 분리되어 있다는 사실을 알아냈다. 

종분화를 설명하는 데 사용된 많은 초기 용어는 에른스트 마이어에 의해 요약되었다. 그는 1942년 간행물인 

마이어의 연구의 주요 초점은 종분화를 촉진하는 지리학의 중요성이었다. 섬은 종종 제시된 많은 종분화 개념의 중심 주제로 작용한다. 그 중 하나는 근소적 종분화의 개념으로 allopatric speciation 이 모델은 나중에 1976년과 1980년에 Kenneth Y. Kaneshiro 에 의해 성 선택을 통합하도록 확장 및 수정되었다.

## 현대 진화 합성
당시 많은 유전학자들은 자연 선택의 유전학과 종 사이의 생식 장벽의 기원 사이의 간극을 메우기 위해 거의 노력하지 않았다. 

현대 진화론적 종합에 종분화를 통합한 주요 기여자는 에른스트 마이어와 테오도시우스 도브잔스키(Theodosius Dobzhansky)였다. 유전학자인 도브잔스키는 1937년에 ''Genetics and Origin of Species''를 출판했는데, 여기서 그는 어떻게 종분화가 일어날 수 있는지에 대한 유전적 틀을 공식화했다. 게다가, 이것은 G. Ledyard Stebbins의 책인 ''Variation and Evolution in Plants''와 훨씬 더 나중인 1981년 Verne Grant의 책 ''Plant Speciation''을 통해 동물뿐만 아니라 식물까지 확장되었다.
1947년 프린스턴 대학 회의에서 "유전학자, 고생물학자 및 체계학자 사이에 합의가 이루어졌으며 독립적인 생물학적 학문으로서의 진화 생물학이 확립되었다."고 했으며,

## 현대 작품
합성 후 종분화 연구는 유전학에 대한 강조가 훨씬 덜한 채 자연사와 생물지리학 내에서 주로 계속되었다.

1980년대부터 새로운 연구 도구가 연구의 견고성을 높였다. 이는 새로운 방법, 이론적 프레임워크, 모델 및 접근 방식의 지원 덕분에 가능했다. Coyne과 Orr는 5가지 주요 주제를 중심으로 현대적인 1980년대 이후의 발전에 대해 논의했다. 이 주요 주제는 다음과 같다.

생태학자들은 종분화의 이면에 있는 생태학적 요인이 과소 대표된다는 사실을 알게 되었다. 이것은 종분화를 촉진하는 생태학의 역할에 관한 연구의 성장을 보았다. 강화 과정을 포함하여 종 분화에 대한 자연 선택의 영향에 대한 연구가 증가했다.

연구자들은 종분화에서 성선택, 자연선택, 유전적 이동의 역할에 대해 오랫동안 논쟁을 벌여왔다.

자연 선택은 생식적 고립을 향한 선택이 간접적이든 직접적이든 종분화를 초래할 수 있다는 점에서 중요한 역할을 한다. 유전적 이동은 1950년대부터 널리 연구되어 왔으며, 특히 유전적 이동에 의한 종분화의 피크 시프트 모델을 사용하여 연구되었다.

마이어는 본토 근처의 섬에서 발견되는 것과 같이 고립된 개체가 주요 개체군에서 유전적 변이의 작은 샘플만 포함하기 때문에 강력한 개체군 병목 현상을 경험하는 창시자 효과를 옹호했다.

### 분류 논쟁
연구의 역사를 통틀어 종분화, 분류 및 양식과 과정의 묘사에 대해 논의가 있었다. 줄리언 헉슬리는 종분화를 지리적 종분화, 유전적 종분화, 생태학적 종분화의 세 가지 개별 모드로 나누었다. 에른스트 마이어는 종 개체군의 물리적, 지리적 분리의 중요성을 옹호하면서 종분화에 있어 그것을 가장 중요하게 여겼다. 그는 원래 오늘날 알려진 세 가지 기본 모드를 제안했다. 이 세가지는 지리적, 반-지리적, 비-지리적이고, 각각 allopatric, parapatric 및 sympatric에 해당한다.

"종분화 방식"이라는 문구는 부정확하게 정의되어 있으며, 대부분은 종의 지리적 분포의 결과로 발생하는 종분화를 나타낸다.) 이 유전자 흐름 개념은 순전히 지리적 설정을 반드시 관련성이 있는 것으로 보는 대신 집단 간의 유전자 교환에 기초한 종분화를 본다. 그럼에도 불구하고 생물지리학적 모드의 개념은 유전자 흐름 모델(예: 왼쪽 이미지)로 번역될 수 있다. 그러나 이 번역은 과학 문헌에서 언어의 혼란을 야기했다.
수십 년 동안 연구가 확장됨에 따라 지리적 체계는 도전을 받았다. 일부 연구자들은 전통적인 분류를 구식으로 간주하고, 다른 사람들은 그 장점을 주장한다. 비지리적 체계의 지지자들은 종종 생식적 격리(또는 심지어 그 과정 자체)의 중요성에 대한 거부가 아니라 종분화의 복잡성을 단순화한다는 사실에 의해 비지리적 분류를 정당화한다.

지리적 틀에 대한 한 가지 주요 비판은 생물학적 연속체를 불연속적인 그룹으로 임의로 분리한다는 것이다.

코인과 오르(Coyne and Orr)는 지리학적 분류 체계가 유전자 흐름과 지리학이 명확하게 연결되어 있기 때문에 생물지리가 작용하는 진화적 힘의 강도를 제어한다는 점에서 가치가 있다고 주장한다.

James Mallet과 동료들은 자연 선택이 종 분화에 작용하는 정도를 결정하는 데 교감 대 동소 이분법이 중요하다고 주장한다. 그들은 종분화를 완전히 이해하려면 발산과 관련된 "공간적, 생태적, 유전적 요인"을 탐구해야 한다고 주장한다. Sara Via는 종분화에서 지리학의 중요성을 인식하지만 이 계획에 따른 분류는 포기해야 한다고 제안한다.

## 모드 및 메커니즘의 역사

### 대칭 종분화
비록 그가 이 용어를 만들지는 않았지만, 다윈과 함께 시작될 때부터 "동종 종분화(sympatric speciation)"는 논쟁의 여지가 있는 문제였다.

### 잡종 종분화
종분화의 역사 대부분에서, 잡종화(배수성)는 논쟁의 여지가 있는 문제였다. 식물학자와 동물학자는 전통적으로 종분화에서 잡종화의 역할을 다르게 보았기 때문이다. 린네는 1760년에 교잡을 제안한 최초의 사람이었고, 오늘날 그것은 종분화의 일반적인 메커니즘으로 널리 인식되고 있다.

역사적으로 동물학자는 잡종화를 드문 현상으로 여겼지만 식물학자는 식물 종에서 흔히 볼 수 있는 것으로 나타났다. 식물학자 G. Ledyard Stebbins와 Verne Grant는 1950년대에서 1980년대 사이에 잡종 종분화의 아이디어를 옹호한 잘 알려진 두 명의 식물학자이다. 배수체 종분화(또는 배수체)라고도 하는 잡종 종분화는 염색체 세트 수의 증가로 인해 발생하는 종분화이다. 최근에 생물학자들은 잡종 종 분화가 동물에서도 발생할 수 있다는 점을 점점 더 인식하게 되었다.

### 보강
강화에 의한 종분화의 개념은 시간이 지남에 따라 학자들 사이에서 그 인기가 크게 변하는 복잡한 역사를 가지고 있다. 

그것은 원래 1889년 월리스에 의해 제안되었다.실제 용어 자체는 W. Frank Blair가 1955년까지 만들지 않았다.

1930년 로날드 피셔 (Ronald Fisher)는 자연 선택의 유전 이론(The Genetic Theory of Natural Selection)에서 강화 과정에 대한 최초의 유전적 설명을 제시했으며, 1965년과 1970년에는 최초의 컴퓨터 시뮬레이션을 실행하여 그 타당성을 테스트했다.

도브잔스키의 아이디어가 종분화 연구의 최전선에 오른 후, 도브잔스키는 이것이 종분화의 마지막 단계를 설명한다고 제안하면서 상당한 지지를 얻었다(예: 동종 개체군이 2차 접촉에 들어간 후). 

강화에 관한 과학적 언어도 시간이 지남에 따라 달라졌으며 연구자마다 용어에 다양한 정의를 적용했다. 강화는 2차 접촉을 경험하는 지리적으로 분리된 개체군을 설명하는 데에도 사용되었다.