서울 이랜드 FC의 2016 시즌은 창단 후 2번째 시즌이다. 6월 15일 마틴 레니 감독이 사임하고, 인창수 수석코치가 감독대행을 맡았다. 6월 24일 박건하 감독이 정식 감독으로 취임하였다.

## 겨울 이적시장
첫번째 시즌에서 승격에 실패한 서울 이랜드 FC는 1월 초 전남 드래곤즈 센터백 김동철과 고양 자이크로 미드필더 김준태 (축구 선수)를 영입하며 보강을 시작했다.
강원에서 좋은 활약을 펼친 조나타스 벨루수를 영입하여 공격진 보강을 꾀하기도 했다.
국가대표 출신 수비수 김동진을 영입하며 팬들의 기대감을 높였다.
또한 몰타리그의 하이버니언스로부터 타라바이를 재임대 영입하며, 주민규의 이니셜 'M', 타라바이의 이니셜 'T', 조나타스 벨루수의 이니셜 'B'를 연결지어 이른바 'MTB 라인'이라는 공격진을 구성하여 새 시즌에 대한 자신감을 나타냈다.

## 프리시즌
서울 이랜드 FC는 '팬 프렌들리'를 표방하는 구단답게, 프리시즌을 특별하게 시작했다. 선수단이 훈련장에만 모이는 것이 아니라, 팬들을 직접 찾아가는 이벤트를 열었다. 모기업 이랜드 산하 백화점 NC 백화점 송파점에서 서울 이랜드 FC 선수들이 곳곳에 자리잡아 일일 아르바이트생으로 활약하며 팬들과 소통했다.
2016년 프리시즌 동계훈련은 미국으로 떠났던 전 시즌과 달리, 국내 경상남도 남해군에서 1월 26일부터 2월 17일까지 치러졌다.
시즌 개막 직전, 새로 영입된 수비수 김동철이 팀의 새로운 주장으로 선임되었다.

## 정규시즌

### 전반기
3월 27일 일요일 오후 2시 잠실종합운동장에서 충주 험멜과의 경기가 개막적으로 잡혔다. 2,467명의 관중이 집결했으나 경기결과는 0:0 무승부에 그쳤다. 그러나 2 라운드 대전 시티즌과의 홈경기에서 타라바이가 두 골을 기록하여 2:0 승리를 건지며, 시즌 첫 승을 신고했다. 뒤이어 3 라운드와 4 라운드 어웨이 경기에서 부천 FC 1995와 부산 아이파크를 차례로 격파하며, 4 라운드 때 구단 창단 이후 첫 K리그 챌린지 1위를 기록했다. 그러나 6 라운드 고양 자이크로와의 경기에서 팀의 간판 스트라이커 주민규가 전반 초반에 득점을 했음에도 부상으로 시즌 레이스를 잠시 멈춰야만 했다. 6월 19일 주민규가 복귀하기 전까지 2승 2무 6패를 기록하며 침체에 빠지고 말았다. 특히나 6월 8일 충주에서 열린 충주 험멜과의 경기에서 3:1로 패배한 것은 큰 타격이었다. 결국 6월 11일 대구 FC와의 어웨이 경기를 무승부로 마치고 난 후, 6월 15일 서울 이랜드 FC의 사령탑 마틴 레니가 책임을 지고 경질되었다.
이후 서울 이랜드 FC는 새로운 사령탑을 물색하는 한편, 팀의 감독직을 수석코치인 인창수에게 대행을 맡겼다. 인창수 감독대행은 그의 부임 기간 동안 FC 안양과의 홈경기를 한차례 치렀고, 0:0 무승부를 거뒀다. 6월 24일 서울 이랜드 FC의 새로운 사령탑으로 박건하가 선임되었다. 이후 부산 아이파크와 강원 FC와의 경기에서 각각 승리와 무승부를 거뒀다.

## 여름 이적시장
박건하 감독체제 아래 시작은 산뜻했으나, 새로운 사령탑에 맞는 팀을 꾸리기 위해 서울 이랜드 FC는 바쁜 여름 이적시장을 보낼 수 밖에 없었다.
가장 먼저 서울 이랜드 FC의 왼쪽 풀백 김민제가 K리그 클래식의 수원 FC로 이적하였다.
여름 이적시장의 첫번째 영입 신호탄으로 일본 J2리그 도쿄 베르디의 수비수 고경준이 결정되었다.
성남 FC로부터 공격수 유창현을 완전영입했다.
수비수 양기훈은 울산 현대미포조선 돌고래에 임대로 6개월간 팀을 떠나게 되었다.
울산 현대로부터 공격수 서정진을 임대영입하였다.
포항 스틸러스로부터 공격수 유제호를 완전영입하였다.
왼쪽 풀백과 수비형 미드필더를 겸하던 멀티 플레이어 윤성열이 공익근무를 위해 팀에서 떠나면서 수비진 재정비는 불가피해졌다.
이에 왼쪽 풀백이 급해진 서울 이랜드 FC는 고요한의 부상으로 오른쪽 풀백이 필요했던 FC 서울과 협상을 하게 된다. 그 결과 오른쪽 풀백 이규로를 FC 서울로 떠나보내고, 왼쪽 풀백 심상민을 임대해 받아오는 선택을 하였다.
독특한 이력의 선수도 영입되었다. 브라질에서 태어나 파라과이에서 축구를 시작한 교포출신 미드필더 김현솔이 영입되었다. 'Chico'(시코)라는 이름으로 활동했으며, 브라질 전국 2부리그인 브라질 세리이 B의 CA 브라간치누에서 10번을 달고 활약한 이력을 가지고도 있다. 대한민국에서 활동하기 위해 계약과정에서 걸림돌이 되던 브라질 국적을 포기하고 서울 이랜드 FC에 입단하였다.
시즌 초반 강원 FC에서 영입되어 좋은 활약을 펼쳤으나, 새로운 사령탑의 선택을 받지 못한 벨루소가 팀을 떠났다.
이적시장 막바지에 풀백자원이 여전히 부족했던 서울 이랜드 FC는 미드필더 김재성 (축구 선수)를 제주 유나이티드의 김봉래와 맞임대 트레이드를 하기로 결정했다.

### 후반기
박건하체제의 서울 이랜드 FC는 7월 3일 K리그 챌린지 21 라운드 부천 FC 1995와의 경기에서 승리하며, 24 라운드 대전 시티즌과의 경기에서 무승부를 거두기까지 좋은 페이스를 이어나갔다. 그러나 25 라운드 대구 FC와의 경기에서 패배 한 후, 26 라운드 강원 FC전 패배, 28 라운드 FC 안양전 패배를 하고, 이후 3연속 무승부를 거두어 다시 침체기에 빠졌다. 그러나 9월 7일 33 라운드 충주 험멜과의 경기에서 승리를 거두고, 팀은 다시 상승세를 타기 시작했다. 38 라운드 강원 FC와의 대결에서 패배를 했으나, 이후 39 라운드 대전 시티즌과의 경기에서 2:3 어려운 승리를 거두고 난 후 연승 가도를 달리기 시작했다. 서울 이랜드 FC의 연승 질주는 시즌 마지막 라운드까지 이어졌으나, K리그 챌린지 승격 플레이오프 티켓을 다툴 부산 아이파크마저 무패를 기록하는 중이었다. 또한 서울 이랜드 FC가 이 경기를 승리하더라도, 고양 자이크로가 부천 FC 1995를 상대로 3점차 이상의 승리를 거두어야만 승격 플레이오프 티켓을 거머쥘 수 있는 어려운 상황이었다. 결국 시즌 마지막 라운드 부산 아이파크와의 홈경기에서 2:0 승리를 거두었음에도 불구하고, 부산 아이파크와 승점 동률이었으나 득실차에서 밀려 6위를 기록해 승격 플레이오프 티켓을 놓치고 말았다.

## 선수단

### 현재 선수단
2016 시즌 선수 등록을 완료한 모든 서울 이랜드 FC 선수

## 전술 총평

### 주요 전술
4 - 3 - 3 전술을 주로 사용했던 마틴 레니 감독과 달리, 박건하 감독은 새롭게 부임하자마자 4 - 4 - 2 전술에 팀을 맞추었다. 투톱 중 한 명은 살짝 내려와 쉐도우 스트라이커의 역할을 부여했으며, 이 자리에는 울산 현대에서 임대 이적을 해 온 서정진이 맡았다. 풀백 자리는 조금 더 공격적인 운용을 보였다.

### 스타팅 11과 포메이션
Use when 2 or more players have the same start
-->

### 교체 대기
Use when 2 or more players have the same start
-->

※ 2016 시즌 공식 경기 선수 출장 / 교체 기록 참고