**세종특별자치시청**(世宗特別自治市廳)은 세종특별자치시의 행정을 총괄하는 지방행정기관이다. 시장은 차관급 정무직공무원으로, 부시장은 고위공무원단 가등급에 속하는 일반직공무원이나 별정직 1급상당 지방공무원 또는 지방관리관으로 보한다.

## 청사
한솔동 3-2생활권인 보람동(옛 금남면 호탄리)에 4만1천661m 규모로 지어져 2015년 7월 1일 개청했다. 이외에 조치원읍의 구 연기군 청사를 제2청사, 남면(지금은 연기면) 월산리(지금은 누리동)의 한국토지주택공사 세종제1본부 사옥을 별관으로 활용하고 있다.

## 조직
행정 조직은 15만명(2015년) → 30만명(2020년) → 50만명(2030년)인 인구유입계획을 고려하여 정원 총 954명, 실·국은 5개 이내로 설치되며, 이는 공주시·청주시 일부지역 편입, 기초 및 광역 사무를 함께 수행하는데 따른 필수 인력을 반영한 것이다. 다만, 효율적 인력운영을 위해 공무원교육원, 보건환경연구원 등은 설치하지 않고, 인근 충청남도청 등에 위탁할 예정이다.

부시장, 실·국장, 과장의 직급은 세종시의 광역적 지위를 고려하여 타 시·도와 동일한 수준으로 하며 의회사무기구도 타 시·도와 같이 '처'로 설치된다. 소방행정조직 또한 광역적 지위를 고려하여 소방본부를 설치한다.

## 산하 자치단체
세종특별자치시는 대한민국 지방자치법 상 광역자치단체로 분류되어 산하에 자치구와 군을 가질 법적 권한은 있으나, 현재 가지고 있지 않다.

## 정원
세종특별자치시청에 두는 지방공무원의 정원은 다음과 같다.

## 재정
2022년 총예산은 전년도에 비해 5.73% 증가한 1조 9213억 2795만 4000원이며, 총수입·총지출 기준 구체적인 재정 규모는 다음과 같다.

## 사건·사고 및 논란

### 유한식 시장 딸 인사 논란
2012년 8월 6일 유한식 세종특별자치시장의 딸 유씨의 특혜 전입 의혹에 이어 세종특별자치시청이 유씨를 다른 전입자와 달리 직급을 내리지 않고 전입시킨 사실이 밝혀져 파장이 일었다. 유씨는 2012년 7월 18일자로 대전광역시 유성구에서 7급(지방행정주사보)으로 승진했는데, 세종특별자치시청이 유씨를 전입시키면서 직급을 내리지 않은 채 기획조정실로 인사발령을 냈다.

이에 대해 세종시 인사조직담당관은 "유씨를 부서 배치 때 7급에서 8급으로 내려서 배치했다"며 "아마도 강등 표시가 누락돼 오해가 생긴 것 같다"고 해명했다. 하지만 세종특별자치시민들은 물론 세종특별자치시청에 근무하는 공무원들 사이에서도 인사담당부서의 해명을 믿지 않고 있다. 세종특별자치시청이 유씨에 대해 '공모가 아닌 개별모집을 통한 일방적인 전입이라는 점, 광역업무 경험이 없는데도 전입 후 기획조정실이라는 요직에 배치한 점, 6일자 인사발령 공문에 유씨의 직급을 7급(지방행정주사보)으로 표기한 점'을 들어 시가 "직급을 내리는 것을 실수로 누락시켰다"는 해명을 못 믿겠다는 반응을 보였으며 세종특별자치시청이 유씨의 직급을 내리지 않고 배치했다가 들통이 나 문제가 되자 공지가 아닌 내부 문서로 슬그머니 직급을 내렸다는 의혹을 일고 있다.

2012년 8월 8일 세종특별자치시청이 '직급을 내려 세종특별자치시청으로 전입한 자에 대한 1년 승진제한 방침을 경력과 근무성적 등을 고려해 완화할 수 있다'는 내용으로 내부 행정시스템으로 각 부서에 통지한 사실도 밝혀졌다.

사태가 심각해지자 인사조직담당관은 "승진제한 규정이 법으로 정해진 게 아니라 기관에서 운영하는 방침인데 아직은 변경된 바 없다, 하지만 여건이 된다면 완화할 수도 있다"며 "유씨가 2004년 임용되었지만 유성으로 갈 때도 강임되어 갔고, 이번에 겨우 승진했는데 다시 강임됐다"면서 오히려 아버지(유한식 시장) 때문에 피해를 본 경우라며 유씨의 입장을 대변하는 해명을 늘어놓았다. 이에 대해 세종특별자치시청에 근무하는 A씨는 "기존에 직급을 내려 전입 와 오랜 기간 복원 안 된 사람들도 있는데 특정인이 들어오면서 이같은 방침이 나오면 특정인을 위한 조치라는 의혹은 당연하다"고 주장했다.

한편, 유 시장의 장녀 유 모씨는 2004년 8월 9급으로 충청남도 연기군에서 공무원 생활을 시작한 뒤, 8급으로 승진하고, 2008년 1월 대전광역시 유성구청으로 전입해 구민봉사실, 과학산업과, 교육과학 일자리추진단 등에서 근무하며 7급으로 승진했으며, 세종특별자치시청으로 전입하기 직전에는 노은동 주민자치센터에서 복무해 왔다.

2012년 8월 14일 세종특별자치시청 공보관이 읍·면·동장에 전화로 읍·면·동 민원실에 배포된 세종포스트를 수거해 폐기처분하라고 지시했으며 연기면사무소 민원실에 배포된 세종포스트 20여부가 지시를 받은 공무원에 의해 폐기처분된 사실이 확인됐다. 연기면사무소에 근무하는 공무원 K씨는 "위(세종특별자치시청)에서 지시가 내려와  20여 부를 수거해 폐기처분했다."라고 실토했다.

이에 대해 공보관 K씨는 "각 읍·면·동에 세종포스트 8월 14일자(제37호)를 수거해서 폐기처분하라는 지시를 내렸다"며 "오랫동안 공직생활을 했는데 이 자리가 진짜 힘들다"라고 하소연하였다. 또한 "윗선 지시로 세종포스트를 수거하라고 한 것은 아니다. 신문사 입장에서 상당히 기분 나쁠 것이다. 본인이 감수하겠다."라며 폐기처분에 대해 책임지겠다고 밝혔다.

2012년 8월 22일 세종참여자치시민연대, 세종교육희망네트워크, 전국교원노동조합 세종지회, 세종교육혁신포럼, 세종도서관연대, 세종여성문학회 길마지, 세종특별자치시발전위원회 등 세종특별자치시 시민단체연합은 세종특별자치시장의 사죄와 재발방지 약속, 딸과 측근들에 대한 인사조치 철회, 의혹을 제기한 신문을 수거·폐기하라 지시한 공보관에 대한 징계 등을 요구하는 성명을 발표했으며 이같은 조치가 없을 경우 주민소환운동 등 사회적·법적 책임을 묻기 위한 행동에 돌입하겠다고 밝혔다.

2012년 8월 23일 충청신문은 보도를 통해 유씨는 2008년 1월 29일 대전광역시로 전입될 당시 지방행정서기(8급)에서 지방서기보(9급)로 한 직급강등돼 전입됐고, 2012년 8월 8일 세종특별자치시청 전입인사에서는 지방행정주사보인 7급에서 8급인 지방행정서기로 강등 전입되었다고 밝혔다. 또한, 경험이 전무함에도 요직 배치를 받는 등 특혜라는 논란에 대해서는 세종시가 출범하기전인 연기군청 시절인 2005년 8월부터 2006년 12월말까지 연기군청 기획감사실에서 근무했고, 또 2007년에도 기획실에서 잠시 근무한 것으로 확인이 됐으며, 대전광역시에서도 유씨는 유성구청 과학산업과 교육과학일자리추진단 등 기획부서와 자치구 본청에서 근무한 경험이 있는 것으로 확인됐다고 보도하였다.