이슬람교는 아제르바이잔의 우세 종교이며, 이슬람권에서 가장 세속적인 국가로 여겨진다. 등이 있다. 이 중에서, 다수는 시아파 계열 (55-65%)이고, 반면 상당한 규모의 나머지 (35-45%)는 수니파이다.

대부분의 시아파 이슬람교도들은 자파리파를 따르며, 수니파 신자들은 보통 하나피파나 샤피이파를 따른다.

나머지 인구는 다른 종교나 비신앙자들이며, 그렇지만 이들은 공개적으로 이를 나타내지는 않는다. 아제르바이잔 내 존재하는 이슬람교 이외 종교 및 신앙에는 아르메니아 사도교회 (나고르노카라바흐), 러시아 정교회, 그 외 여러 기독교 종파들이 있다.

과거 소비에트 연방의 지배를 받았던 모든 구소련 국가처럼, 아제르바이잔은 세속 국가이며, 아제르바이잔 헌법의 제48조는 종교의 자유를 보장하고 있다. 1996년 헌법에서는 외국인들은 양심의 자유를 지니나, 벌금이나 강제 추방의 위협 속에서 '종교적 선전' 즉 전도를 할 권한은 거부되었다. 아제르바이잔 헌법 제18조 1-3절에 의하면, 종교적 행위는 정부로부터 분리되어 있고, 각 종교들은 법 앞에서 평등하며 인격을 해치고 인권 원칙에 위배되는 종교의 선전들은 금지되어 있다.

## 이슬람교
아제르바이잔의 정치 그리고 일상에서 이슬람교의 역할은 상대적으로 작다. 소비에트 후기와 소비에트 붕괴 후 초기 조사에서는 아제르바이잔인의 다수가 자신들을 이슬람교도라고 인식하고 있지만, 자신들을 이슬람교도라고 여기는 이들 중 4분의 1 이하는 "이슬람의 다섯 기둥을 기본적인 수준으로 이해하고 있다"라는 사실을 밝혔다. 많은 아제르바이잔인들한테 있어, 이슬람교에 대한 소속감은 순전히 종교적 정체성보다는 인종/민족적 정체성에 두는 경향이 있다.

소련 이후 기간, 아제르바이잔 인구의 다수가 여전히 명목상으로는 이슬람교를 믿는다고 하지만, 연구 자료에서는 아제르바이잔 사회는 소련 붕괴 이후에도 수년간 상대적으로 세속적인 상태로 남아 있음을 보여주었다. 정부 추정치에 의하면, 이슬람교도의 대략 55-65%가 시아파이고 35-45%는 수니파라고 하지만, 이 둘 사이의 차이를 공식으로 면밀하게 강조하고 있지 않다.

아제르바이잔 정부는 세속적 지위를 유지하고 있다. 아제르바이잔 헌법 제7조는 아제르바이잔이 세속 국가임을 공식적으로 알리고 있다. 2010년 12월, 아제르바이잔의 교육부는 히잡 금지를 선포하였으며, 이에 따라 학생들은 학교와 대학교에서 히잡 착용이 금지되었다. 2021년 4월, 아제르바이잔 국회에 아제르바이잔의 종교법과 행정법에 추가적인 세속적인 개정안들이 제출되었다.

## 바하이교
아제르바이잔의 바하이교는 이 지역의 복잡한 변화의 역사를 가로지른다. 1850년 이전, 바하이교 이전의 신자들은 나흐츠반에 정착했다. 아제르바이잔의 기독교에는 정교회, 가톨릭교회, 개신교와 더불어 다수의 소수 공동체들이 있다.

기독교인들은 280,000명–450,000명 (3.1%–4.8%) 사이로 추산되며

### 동방 정교회
최근 아제르바이잔에서 정교회는 러시아와 조지아 정교회로 대표된다. 러시아 정교회의 교회들은 바쿠와 카스피해 지역 교구에 속해있다.

아제르바이잔에는 또한 정교회의 옛 의례와 관련된 몰로칸 공동체 11곳이 있다. 이 공동체들에는 교회가 존재하지 않으며 이들의 신조는 특별한 의식서로 지켜지고 있다. 몰로칸은 특수 권력을 지닌 교회 체계를 반대하고 있다.

### 계몽자 성 그레고리오 교회
계몽자 성 그레고리오 교회

### 알바니아-우디 교회
대략 우디족 공동체의 10,000명 중 6,000명이 아제르바이잔에 거주하며 이 중에 4,400명은 게벨레구의 마을 니즈에 있다.

### 가톨릭교회
바쿠와 그 주변에 소규모 가톨릭교회 공동체가 있으며, 1,000명 이하 규모이다.

바티칸의 외무 장관 조반니 라욜로가 2006년 5월 19일 바쿠를 방문했다. 이 방문은 5월 25일까지 이어졌고, 그는 아제르바이잔과 바티칸 간의 관계를 논하기 위해 대통령 일함 알리예프와 캅카스 종교 평의회 의장 셰이크 알라슈쿠르 파샤자데를 만났다.

조반니 라욜로는 다음 발언을 했다: "우리는 아제르바이잔과 바티칸 간의 우호적인 친교 수준에 만족하고 있다". "아제르바이잔은 실제로 종교와 문화가 어우러진 곳이다. 우리는 이곳에 존재하는 관용을 높게 평가한다. 그리고 우리는 아제르바이잔의 집약적인 발전에 대단히 기뻐하고 있다. 바티칸은 아제르바이잔과 관계 확장에 관심이 있으며, 바쿠를 방문한 저의 목적은 우리의 유대에 추가적인 발전에 대한 의견을 교환하기 위함이다."

바쿠의 가톨릭교회는 스탈린 시대 때 폐쇄되었지만, 2005년 9월에 새 교회 건설이 시작되어 2007년 여름에 문을 열었다.

## 조로아스터교
아제르바이잔의 조로아스터교 역사는 기원전 1000년대로 거슬러 올라간다. 페르시아 제국의 다른 지역들과 함께, 아제르바이잔은 7세기 아랍의 침입이 있을 때까지 주요 조로아스터교 지역으로 있었다. 아제르바이잔이라는 이름은 중세 페르시아어로 '영원한 불의 땅'을 뜻하며 이 명칭은 조로아스터교와 직접적으로 연관되어 있다고 말해진다.
오늘날 조로아스터교라는 종교, 문화, 전통 등은 아제르바이잔 내에서 대단히 존중받고 있고 있으며, 노브루즈도 계속해서 아제르바이잔에서 주요 축제로 남아 있다. 조로아스터교는 아제르바이잔에 깊은 흔적을 남겼다. 조로아스터교의 흔적들은 라마, 키날루, 야나르 다그에서 찾아볼 수 있다.

아제르바이잔의 조로아스터교는 과거 이 지역의 조로아스터교와 연관되어 있지 않고, 좀 더 최근인 1880년대에 바쿠에서 원유가 발견되고 이에 대한 숙련 노동자들이 필요하던 시기 인도 제국에서 온 파르시 조로아스터교들의 도래와 관련이 있다. 바쿠의 배화신전은 이 땅에서 나는 천연가스와 원유를 이용한 고대 배화신전의 터에 건설되었다. 차하르타크 구조는 수천 년간 이어진 조로아스터교의 기본적인 배화신전이었다.

## 유대교
아제르바이잔에는 각기 다른 세 개의 유대인 공동체들이 있으며 , 모두 합하여 대략 16,000명 정도이다. 이들 중에, 11,000명이 산악 유대인들로, 바쿠에 6,000명 쿠바에 4,000명에 집중되어 있다. 아슈케나즈 유대인들은 4,300명이고, 이들 대부분은 바쿠와 숨가이트에 거주하고, 700명은 조지아계 유대인들이다. 바쿠 내에 시나고그 세 곳이 있고 다른 지역들에도 소수의 시나고그가 있다. 셰이크울이슬람 알라슈쿠르 파샤자데는 2000년에 바쿠 내 유대교 사원 건축에 미화로 40,000 달러를 기부했다. 또한 그르므즈 개새배라는 유대인 마을이 있다.

## 힌두교
아제르바이잔의 힌두교는 실크로드에서 기원한 문화적 확산과 관련이 있다. 중세 시대 기간, 힌두교도 무역상들이 비단길 무역 목적으로 오늘날 아제르바이잔 지역을 방문했다. 이 지역은 대부분 물탄과 신드 (파키스탄)에서 온 힌두교 무역상들이 오고 갔었다. 힌두교인들은 또한 바쿠의 배화 신전에서 의식을 드린다. 오늘날 아제르바이잔 내 400명–500명 힌두교인들이 있다.

## 고대 종교
기독교와 이슬람교 이전 아제르바이잔 신화에 대해 알려진 것은 거의 없으며 자료들은 주로 스트라본 같은 그리스 역사가들에서 비롯하고 고고학 출토물들을 기반으로 한다. 스트라본은 태양신, 하늘신, 그리고 절대적인 위치의 달의 신에 대해 언급하였다.

## 아제르바이잔의 다문화주의
아제르바이잔 내에는 모스크 1,802곳, 시나고그 10곳,

## 종교의 자유
아제르바이잔 헌법은 종교의 자유를 명시하고 있고, 법률은 종교 활동이 공공 질서를 해하지 않는다면 간섭할 수 없다라고 하고 있다.

2004년 미 국무부의 아제르바이잔에 대한 인권 보고서는 이맘의 정치적 활동으로 인해 주마 모스크에 대한 간섭을 하는 등 종교의 자유가 침해되고 있다는 예시를 언급했다. 모든 종교 단체들은 정부에 등록되어야 하고, 침례교와 여호와의 증인, 하나님의 성회의 단체들은 종교 등록 거부가 계속되고 있다.

제1차 나고르노카라바흐 전쟁의 결과로, 나고르노카라바흐 지역 내 모스크들은 버려졌고, 아제르바이잔 내 아르메니아 교회들도 마찬가지로 활동을 하지 않거나 교전 중 피해를 입었다.

이슬람교에 대한 정부 당국들의 태도는 논란의 중심에 있다. 평균 이상으로 수염을 기른 남자들은 와하비즘의 선전에 대한 두려움으로 당국에 의심의 눈초리를 받는다.

하지만, 2009년 종교법은 모든 종교 단체들에 의무적인 재등록 절차를 요구했다.

2019년, 미국 국제종교자유위원회는 아제르바이잔에서 77명이 '시아파 극단주의자'라는 명목으로 체포되었고, 그 중 48명을 인권 운동가들은 정치범으로 보고 있다는 발표를 했고, 또한 그 해 열린 청문회에서, 이들로부터 거짓 자백을 받아내기 위해 경찰과 다른 관리들이 자신들에게 고문을 가했음을 증언했다고 밝혔다. 아제르바이잔 당국은 인가받지 않은 종교 만남을 가졌다는 이유로 일시적으로 구금을 하고, 벌금을 부과하거나, 위협을 가했다고 하며 아제르바이잔 정부의 법적 등록 요구 절차는 50명 이하 공동체에는 필요하지 않다. 아제르바이잔 법원에서는 인가받지 않은 종교 물품을 판매하거나 배포한 이유로 개인들에게 벌금을 부과하고 있다. 시민 사회 대표단들은 아제르바이잔 시민들이 '전통적인'(예전부터 아제르바이잔에 존재했던) 소수 종교 집단들에 고문을 이어나가고 있고, '비전통적'이라고 여겨지는 집단들은 의심과 불신의 눈초리를 받고 있다고 진술했다.

시아파교도들이 이 나라의 다수임에도 불구하고, 집권 중인 일함 알리예프 정권은 계속해서 공격적으로 세속주의를 강요하고 있다.

2023년, 아제르바이잔은 종교의 자유에 있어 4점 중 0점을 기록했다.