**RNA 간섭**(;RNAi)은 세포 내에서 활성화 상태의 유전자와 그렇지 않은 유전자를 구별하는 역할을 한다. microRNA(miRNA)와 small interfering RNA(siRNA)와 같은 두 가지의 작은 RNA 분자(small RNA molecules)가 이 현상의 중심에 있다. RNA는 유전자의 직접적인 산물이며, 앞에서 언급된 작은 RNA(이하 small RNA로 표기)들은 다른 RNA에 결합하여 이들의 활성을 증가시키거나 감소시킬 수 있다. mRNA가 단백질을 발현하는 것을 억제하는 것이 적절한 예일 것이다. RNA 간섭 현상은 바이러스와 전위인자(transposon)와 같은 기생 유전자로부터 세포를 보호하는 기능을 가짐과 동시에 일반적인 유전자의 발현을 조절하는 기능을 한다.

동물을 포함한 많은 진핵생물에서 발견되는 RNAi 경로는, 긴 이중 가닥 RNA를 20개 내외의 뉴클레오티드로 절단하는 기능을 하는 Dicer 효소에 의해 개시된다. Dicer의 핵산내부 가수분해효소(endonuclease) 활성이 이와 같은 작용을 가능하게 해 준다. 이들 가닥 중 ''guide strand''로 알려진 한 가닥은 RNA-induced silencing complex(RISC)의 일부로 편입된다. 이와 같은 작용의 결과 중 가장 잘 알려진 유전자 침묵(post-transcriptional gene silencing)의 경우, guide strand가 mRNA 분자의 상보적인 서열과 짝을 이루어, RISC 복합체의 촉매 활성 부분인 Argonaute에 의한 절단이 유도됨으로써 일어난다. 반응 초기의 체내 siRNA의 농도와 관계 없이 개체 전체에 영향을 주는 것으로 알려져 있다.

RNAi는 이와 같이 유전자의 발현에 대해 선택적이면서 강력한 영향을 행사하며, 또한 (식물에서 더 잘 적용되는 경향이 있지만) 특정한 dsRNA를 합성하여 원하는 유전자의 억제를 유도할 수 있다는 점 때문에 실험실에서는 ''in vitro''와 ''in vivo'' 조건 모두를 활용한다. 각 세포에서 특정 유전자를 큰 규모로 억제(shut off)하는 용도로도 활용될 수 있다.

역사적으로, RNA 간섭은 전사후 '유전자 침묵(post transcriptional gene silencing 또는 ''quelling'')'이라는 다른 이름으로 알려져 왔다. 그다지 연관이 없어 보이는 이들의 과정이 완전히 규명된 후에야 RNAi 현상이 완전히 이해될 수 있었다. Andrew Fire와 Craig C. Mello는 예쁜꼬마선충(''C. elegans'')

## 생물체 내에서의 작용
RNAi는 RNA-induced silencing complex(RISC)에 의한 조절을 받는, RNA에 의존적인 유전자 침묵(gene silencing) 과정으로써, 짧은 이중 가닥 RNA 분자(double-stranded RNA molecules)이 세포질에서 RISC의 구성 요소인 argonaute와 상호작용을 함으로써 개시된다. dsRNA가 외인성일 때  RNA는 곧바로 세포질로 이동하며 Dicer 효소에 의해 짧은 조각으로 절단된다. 개시를 매개하는 dsRNA는 또한 게놈(genome)의 RNA 코딩 유전자(RNA-coding gene)에서 발현하는 pre-microRNA의 형태로 세포 내 유래(endogenous)일 수도 있다. 이와 같은 유전자로부터 유래한 1차 전사체는 핵 속에서 stem-loop 구조를 이룬 다음, 세포질 쪽으로 방출되어 Dicer에 의해 절단된다. 앞에서 언급된 내인성과 외인성 dsRNA 경로 모두 RISC 복합체와 맞닥뜨리게 된다.

### dsRNA의 절단
우선, Dicer라는 리보핵산 가수분해효소(ribonuclease) 단백질이 dsRNA에 의해 활성화 된 다음 여기에 붙어, dsRNA를 약간의 단일 가닥 말단이 포함된 21~25 염기쌍 정도의 길이들로 이루어진 이중 가닥 조각들로 분해하며, 이로써 RNAi 과정이 개시된다.

외부에서 유래한 dsRNA가 탐지되면 이 dsRNA에는 dicer를 활성화하는, ''C. elegans''에서는 RDE-4, ''Drosophila''에서는 R2D2로 알려진 효과기 단백질(effector protein)이 결합한다. 이와 같은 단백질들은 길이가 긴 dsRNA에만 결합하여 뒤이어 절단된 siRNA를 RISC 복합체에 전달한다.

''C. elegans''에서, 이와 같은 개시 반응은 dicer에 의해 직접 생성된, 달리 표현하면 1차 siRNA들을 주형으로 한 '2차 siRNA'들을 합성하는 방식으로 세포 내에서 증폭된다.

### MicroRNA
MicroRNA(miRNA)는 특히 발생 과정에서 유전자 발현의 조절을 보조하는 비번역 RNA(non-coding RNA)를 말한다.

한편 긴 dsRNA로부터 유래한 siRNA의 특성이 miRNA의 특성과 완전히 일치하는 것은 아니다. miRNA에는 특히 동물에서 표적 유전자에 불완전하게 결합하는 성질이 있어 상보적으로 비슷한 서열을 지닌 수많은 mRNA 번역의 억제가 가능하다. 반면에, siRNA는 자신의 서열과 완전히 들어맞는 서열을 지닌 특정한 표적에만 결합한다.

## 생물학적인 기능

### 면역
RNA 간섭 현상은, 바이러스를 비롯한 체외에서 유래한 유전 물질에 대한 면역 반응에 핵심적인 부분을 담당한다. 특히 식물에서는 전위인자(transposon)에 의한 자기증식(self-propagation)을 방지하는 것으로 알려져 있다.

비록 동물에서는 식물에서처럼 다양한 종류의 dicer 효소를 생성하지 않지만, 몇몇 종에서 또한 바이러스 감염에 대처하기 위한 방법으로서 RNAi 현상이 일어나는 것이 확인되었다. 초파리(''Drosophila'') 유충과 성체 모두 RNA 간섭 현상이 바이러스 감염에 대한 내재면역의 중요한 부분을 차지하며, 실제로 이와 같은 방식으로 Drosophila X 바이러스와 같은 병원균에 대응한다는 사실이 알려져 있다.

포유류의 내재면역 반응으로서의 RNA 간섭 현상은 아직 잘 알려져 있지 않으며, 축적된 데이터 또한 많지 않다. 하지만, 포유류 세포에서의 RNAi 반응을 억제하는 기능을 갖춘 유전자를 암호화하는 바이러스가 존재한다는 사실은 포유류 또한 RNAi에 의존적인 면역반응을 지니고 있을 것이라는 추정을 가능케 해 준다....

### 유전자 발현의 감소(Downregulation)
인트론 miRNA(Intronic miRNA)와 유전자간 miRNA(intergenic miRNA) 모두를 아우르는, 체내에서 발현된 miRNA들은 번역 억제 과정이라든지, 형태 형성(morphogenesis) 시간을 조절하거나 줄기세포와 같이 미분화되거나 불환전하게 분화된 세포 유형을 유지하는 등의 발생 과정을 조절하는 데 가장 중요한 역할을 담당한다.

### 유전자 발현의 증가 (Upregulation)
프로모터에 부분적으로 상보적인 RNA 서열들(siRNA와 miRNA)은 유전자의 전사량을 증가시킬 수 있으며 RNA activation이라 불린다. 이들 RNA들이 어떻게 유전자의 발현을 증가시킬 수 있는지에 관한 부분적인 매커니즘이 알려져 있다. 이 때 dicer와 argonaute가 관여하며, 히스톤이 탈메틸화된다.