**SARS-CoV-2**

SARS-CoV-2는 박쥐 중증급성호흡기증후군-유사 코로나바이러스(Bat SARS-like coronavirus)와 강한 유전적 유사성을 지니고 있는 것으로 보여지며, 이 바이러스에서 기원한 것으로 생각된다.

제2형 중증급성호흡기증후군 코로나바이러스 2(SARS-CoV-2)는 중국 우한시에서 일어나 국제적 공중보건 비상사태로 나아간 코로나바이러스감염증-19 유행의 원인이다.
세계보건기구의 보고서에서는 질병의 이름에 지역명을 사용하는 것을 자제하라고 권고하고 있다.
중증급성호흡기증후군 감염증과 혼동하지 않도록 세계보건기구는 가끔 공중보건 의사소통에서 이 바이러스를 "2019년 코로나바이러스감염증 바이러스"나 "2019년 코로나바이러스감염증 유책 바이러스"라고 부른다.

박쥐는 에볼라 출혈열, 마르부르크 출혈열, 니파바이러스 감염증, 헨드라 바이러스, 중증급성호흡기증후군, 중동호흡기증후군, 그리고 SARS-CoV-2의 주요 숙주이다.

## 명칭
코로나바이러스감염증-19 유행 진행 중, 세계보건기구는 이 바이러스를 **2019년 신종 코로나바이러스**라는 임시 명칭으로 부르자는 관례를 권고했다. 그러나 이 일은 적절한 공식 명칭이 없다는 우려를 낳았고, 일상적 말투에서는 이 바이러스는 자주 **신종 코로나바이러스**

2020년 1월 11일, 국제 바이러스 분류학 위원회는 앞서 2019년 신종 코로나바이러스로 이름난 바이러스 균주(:en:Virus strain)를 부르고자 **SARS-CoV-2**라는 명칭을 도입했다.

한국어 화자가 가장 많이 분포하는 대한민국에서는 2020년 2월 12일부터 신종 코로나바이러스 감염증을 코로나19라는 명칭으로 부르기로 했다.

## 병원성

### 전염
코로나 바이러스는 특히 2m 반경 내 기침이나 콧물에서 온 호흡기 비말에 대한 밀접 접촉을 통해 주로 전파된다.

바이러스가 사람에게 최초로 전염된 원인에 대해서는, 몇몇 국가에서 박쥐고기를 섭취하는 습관으로 인하여 바이러스가 전파되었을 것이라는 전문가의 지적이 있다.

### 병원소
최초 감염 확진된 사람이 우한화난수산물도매시장의 노동자였기 때문에 식품으로 판매하는 동물이 병원소나 매개체로 의심된다. 결국 동물과 더 큰 접촉에 노출된 셈이다. 야생 동물 판매 시장이 2003년에 사스 전염병에도 원인을 제공한 것으로 비판 받았는데, 그런 시장은 신종 병원체의 배양소로 간주된다.
배열된 유전체의 충분한 수로 해당 바이러스과의 변이 내력에 대한 계통수를 재구성하는 게 가능하다. 2003년 사스 전염병의 기원을 향한 연구의 결과로 관박쥐과의 관박쥐속에서 대부분 유래한 수많은 박쥐 중증급성호흡기증후군-유사 코로나바이러스 WIV1(:en:Bat SARS-like coronavirus WIV1)의 발견이 일어났다. 박쥐 중증급성호흡기증후군-유사 코로나바이러스(Bat SARS-like coronavirus) 종은 수많은 아종이 있는데이다.

천산갑은 중국 법에 따라 보호되지만, 중의학으로 인한 천산갑의 밀렵과 거래(:en:Pangolin trade)는 흔하게 잔존해 있다. 앞서 2019년에 발행된 메타유전학 연구에서는 가장 많이 분포하는 병원체(the most widely distributed pathogens)인 센다이바이러스(:en:Sendai virus) 다음으로, 4 속(:en:Genus)을 다 아우르는 코로나바이러스아과가 말레이천산갑 표본에 넓게 분포하는 것으로 드러났다. 혼합 표본(Mixed sample) 검사를 수행한 상태에서 해당 논문에서 언급도 하지 않는 2019년 신종 코로나바이러스가 벌써 거기 있었다는 주장은 공신력이 떨어진다.

네이처지는 “화난 농업대학 일부 연구진 Shen and Xiao는 네이처지의 요청에 즉각 반응하지는 못했지만, 화난 농업대학의 일부 연구진 Liu Yahong은 1월 7일 기자 회견(Press conference)에서 곧 발행될 예정이나(would be published soon) 공식적으로 아직 발행되지 않은(but is yet to be formally published) 결과에서 천산갑 표본 내 어떤 바이러스가 2019년 신종 코로나바이러스와 99% 유사하다는 주장을 폈는데, 과학자들은 해당 팀이 천산갑에게 그 유사 바이러스가 있다는 장소 등 세부 사항을 제공하기를 희망했다. 면역학자이자 계산 생물학자인 Kristian Andersen은 사실이라고 **믿을 수도 있다**며, 발행된 보고와 자료를 **고대한다**.”라는 전언을 소개하고 있다.

실제로 네 문단 위에서 언급되었던 Viruses 저널의 Viral Metagenomics Revealed Sendai Virus and Coronavirus Infection of Malayan Pangolins (Manis javanica) 논문 그 어디에도 2019년 신종 코로나바이러스와 가장 일치도가 높은 bat-SL-CoVZC45, bat-SL-CoVZXC21은 전혀 나오지 않고, 대신 다른 균주들만 나온다.라는 자료에 기재된 코로나바이러스아과의 숙주 정보는 다음과 같다.

위에서 살펴볼 수 있듯이 해당 논문의 숙주인지 여부 자체는 분명히 별개의 문제이다. 발행된 학술 문헌 본문에 나오지도 않는 내용을 가지고 불안을 조장할 필요는 없다.

마지막으로 고유 영향력 지표(Eigenfactor) SJR이 16.345로서 31971위 중 30위이면서

따라서 요약하자면 신종 코로나바이러스의 조상은, 유사 유전자 식별과 계통수상 공신력 있게 발행된 학술 자료의 일치상으로 평가할 때, 중국적갈색관박쥐(Rhinolophus sinicus)가 숙주로서 88% 일치하는 bat-SL-CoVZC45, bat-SL-CoVZXC21되기 때문에 천산갑을 한의학이나 중의학에서 약재로 섭취하는 습관은, 델타코로나바이러스속 바이러스와 분류 미상의 바이러스 바이러스 중, 혹시 인수 공통 감염병이 있을 경우에, 그 외 병원체에 대한 감염을 부추기는 행동이라 할 수 있다.

### 구조 생물학
SARS-CoV-2 바이러스 입자는 1개에 직경이 대략 0.05~0.2µm이다. 극상돌기(S) 단백질의 원자 수준 이미지가 저온전자현미경으로 고안되었다.

### 계통학과 분류학
SARS-CoV-2는 코로나바이러스아과에 속한다. 이 바이러스는 전도 기능 단일 가닥 RNA 바이러스(:en:Positive-sense single-stranded RNA virus)이다. 그 외의 코로나바이러스아과는 감기에서 중동호흡기증후군와 같은 더 심각한 감염증에 이르는 질병을 야기할 수 있다. 이 바이러스는 인간 코로나바이러스 229E, NL63, OC43, HKU1, 중동호흡기증후군 코로나바이러스, 본디의 중증급성호흡기증후군 코로나바이러스 다음에 인간을 감염시키는 것으로 알려진 7번째 바이러스이다. 이 바이러스의 유전체 서열은 대략 염기 3만 개이다.

미국 국립 알레르기 감염병 연구소(:en:National Institute of Allergy and Infectious Diseases)가 지원하는 바이러스 병원체 데이터베이스 및 분석원(:en:Virus Pathogen Database and Analysis Resource)에서는 2019년 신종 코로나바이러스를 2015년 7월 분리된 bat-SL-CoVZXC21

### 일부 작은 변이율
상기된 계통학과 분류학 마지막 문단은 2019년 신종 코로나바이러스가 그 유전체 서열 중 Sarbecovirus 아속의 이중 돌연변이 유전자인 TRS-1 (ACGGAT), 즉 Sarbecovirus 아속을 기준으로 할 때 SARS-CoV-2가 TRS-1 (ACGGAT)을 특징으로 하는 이중 돌연변이를 일으킨 변종이라는 말이다.

2019년 3월 5일 현재까지, 2019년 신종 코로나바이러스의 전 유전체 서열 즉 대략 염기 3만 개 내외를 확인할 수 있도록 단리된 균주를 바이러스 병원체 데이터베이스 및 분석원(en:Virus Pathogen Database and Analysis Resource)에서 전수 조사해 보면, 그 중 80~100%의 인과관계 수준에 속하는 87.72%가 TRS-1 (ACGGAT)을 지님으로써되는 것도 확인할 수 있다.

실제로 **2020년 3월 5일 현재까지 단리된 SARS-CoV-2 균주 57개 중**, 2019년 3월 5일 현재 단리 일시와 장소를 알 수 없는 UNKNOWN-LR757996 균주(Strain)까지 **7개 균주, 즉 12.28%(=7*100/57)는 원인 미상이나 상세 불명의 돌연변이를 보이고 있다**.

### 유전자 분석
2020년 2월 27일 질병관리본부는 코로나19 바이러스 유전자 분석 중간 결과를 발표하였다. 결과에 따르면 바이러스가 인체에 침입하는데 주요한 역할을 하는 세포결합부위, 바이러스 증식과 병원성 등을 담당하는 유전자에서 변이가 검출되지 않았다. 한국 포함 총 16개국에서 발표한 코로나19 바이러스 유전자 염기서열 103건과 비교했을 때 일치율은 99.89~100%를 보였다. 정은경 본부장은 "코로나19 바이러스 유전자 변이가 없다는 것은 돌연변이로 인한 독성변화나, 유전자 검사 등의 오류 우려가 아직까지 없다는 것을 의미한다"며, "현재 세포에서의 증식성 및 사람 코로나바이러스 항체와의 교차반응에 대한 분석을 진행하고 있으므로, 예방과 대응을 위한 보다 상세한 분석결과가 곧 제시될 수 있을 것"이라고 밝혔다.

## 증상
2019년 신종 코로나바이러스가 야기하는 질병은 WHO에서 2019년 신종 코로나바이러스 급성 호흡기 감염병이라 임시적으로 명명되었다.

폐렴, 신부전, 또 심각한 감염의 경우 사망에 이를 수 있다. 병원에 이송된 사람들 대부분이 입원 당시에는 활력 징후가 안정적이었으며 이들에게서 백혈구감소증과 림프구감소증이 보고되었다.

## 치료 후보 연구
이와 병행해 여러 탐색적 예비조사(:en:Exploratory research)의 계열에서는 2020년 1월에 잠재적 치료법이 시작되었다. 중국 질병 관리 예방 센터에서는 1월 말 해당 코로나바이러스 연관 폐렴 치료의 효과성에 대한 현존하는 폐렴 치료법 시험을 시작했다. 현재 특정한 치료법은 없으나 항바이러스제에 관한 연구가 진행되고 있는데,

2020년 1월 말 중국 연구 의료진이 중증급성호흡기증후군 및 2019-nCoV 대항 조사 중인 신약 렘데시비르, 말라리아 치료제인 클로로퀸, 항레트로바이러스 인간면역결핍 I 단백질분해효소 억제제인 로피나비르/리토나비르에 대한 임상 시험을 시작할 뜻을 표현했는데, 이 약제는 모두 탐색적 예비조사(:en:Exploratory research)상 세포 수준에서 2019년 신종 코로나바이러스에 '꽤 좋은 억제 효과'를 보였다.

## 백신 연구
2020년 1월, 여러 단체 및 기관에서 공개된 게놈을 기반으로 코로나바이러스감염증-19 감염자를 치료하기 위한 백신 개발에 착수했다.

중국 질병예방통제센터가 신종 코로나바이러스에 대항하는 백신을 개발 중이다.

생명공학기술 회사 모더나(Moderna)와 퀸즐랜드 대학교의 연구를 포함한 3건의 백신연구 프로젝트는 전염병예방혁신연합(CEPI)으로부터 지원된다.

출판된 문헌에서 가장 잘 고찰(review)된 백신은 :en:Pfizer–BioNTech COVID-19 vaccine으로서 1차 접종 뒤 14일 이후 2차 접종 시에는 6개월 동안의 위중증 예방 효과가 있고.

## 진단
2019년 신종 코로나바이러스는 인두 면봉법(pharyngeal swab), 직장 면봉법(anal swab), 소변 표본과 혈액 표본(Urine sample and Blood sample)을 통해 실시간 중합효소연쇄반응(Real-time polymerase chain reaction)을 하거나

이 중 과거 병력을 묻는 이유는 2019년 신종 코로나바이러스가 속한 중증급성호흡기증후군 코로나바이러스라는 종[사실 변종]의 극상돌기(spike) 단백질이 안지오텐신 전환 효소 II(:en:Angiotensin-converting enzyme 2) 수용체에 대한 충분한 결합력을 이용해 세포에 진입하는 기전을 지니고 있는데 기저 질환자에게 의료인이 응급 시 사전 조치를 취하는 데 도움을 줄 수 있게 하기 위해서이다.

## 임상적 치료
2019년 신종 코로나바이러스는 보통 항바이러스제 치료(antiviral therapy)

진단이 필요한 사람은 후베이성 거주 및 여행의 역학적 내력∙변천∙발달(epidemiological history)이 있거나 지난 2주 동안 의심자와 확진자에 노출[호흡기 분비물을 고농도로 생성할 법한 과정에 대한 공간이나 대합실의 간병∙간호, 생활, 방문, 공유 중 밀접 접촉]된 경우로서 발열(fever), 피로(fatigue), 근육통(myalgia), 두통(headache), 기침(cough), 객담 생산(sputum production), 가슴통증∙흉통(:en:chest tightness), 호흡곤란(dyspnea) 등 증상을 보이는 사람을 말하며, 백혈구 감소∙정상이나 림프구 감소 아니면 단순흉부방사선사진(Chest Radiograph)이나 흉부 컴퓨터단층촬영(Chest Computed Tomography)상 바이러스성 폐렴(Viral pneumonia)의 전형적 발견이 된다.

단순 흉부방사선사진(chest radiograph)을 찍거나 흉부 컴퓨터단층촬영(Chest computed tomography)을 하는 이유는 치료 중 변화 찾기(Find out the changes in the course of treatment)를 위함이며, 이는 객관적으로 지장 없이 환자가 일상생활에 심리적으로 정상 복귀하기 위함이다.

Lopinavir 200mg/Ritonavir 50mg는 위장 장애(Gastrointestinal Upset), 무증상 서맥(Asymptomatic Bradycardia), 간 기능이상(Liver Dysfunction), 두통(Headache), 흐려 보임(Blurred Vision)의 아주 흔한 부작용과 수혈(Transfusion)이 필요한 2 g/dl 이하의 헤모글로빈 감소, 급성 호흡 곤란 증후군(Acute Respiratory Distress Syndrome)의 흔한 부작용이 있지만, 위독한 상태에서 중증급성호흡기증후군 코로나바이러스 아종에 의한 부작용을 줄여준다.

2022년 :en:John Wiley & Sons, Inc.에서 출판된 한 체계적 고찰(:en:systematic review)에서 현재 :en:Nirmatrelvir/ritonavir, 즉 상표명 팍스로비드(:en:Paxlovid)가 코로나바이러스감염증-19 무증상 및 경도 유증상(asymptomatic or mild disease) 감염자에게 변이여도 공유하는 3C 유사 단백질분해효소(:en:3C-like protease)에 항바이러스제로 작용해 사망률은 96%, 28일 내 입원 및 사망률은 87% 낮추고, 28일까지 삶의 질은 66% 개선하며, 연구 기간 중 치료 관련 부작용은 아주 흔하게 늘리더라도 연구 기간 중 응급 부작용은 5%, 금단 증상은 51% 줄이는 효과가 있음이 드러났다.

2021년 12월에 미국은 이 바이러스의 치료를 위해 :en:Nirmatrelvir/ritonavir에 대한 긴급 사용 승인을 인정했고,

## 병리학
알려진 SARS-CoV-2의 유전체 배열 중 확인되는 낮은 변이량에 근거를 두어 이 바이러스 균주는 2019년 말 인간 개체군 사이에서 발현되기 몇 주 전 이내에 보건당국에 발견되었다.그리고 현재이탈리아에 여러 가지 변종이발견되었다.

2020년 3월 17일 19시 33분 경에는 감염 확진자가 183198명이 있는데, 이 중 81058명은 중국 본토 내에 있고 102140명은 그 외 지역에 있다.
한 수학적 모형에서는 2020년 1월 25일 경 우한 시에서만 감염된 사람 수가 75815명인 상태인 것으로 추정했다..

이 바이러스의 기초감염재생산수는 1.4명에서 3.9명 사이이다.으로 실시간으로 취합해 메타데이터에 가장 가까운 존스 홉킨스 대학교(:en:Johns Hopkins University) 시스템 과학 및 공학 센터 코로나바이러스감염증-19 환자 현황에 따르면, 2020년 3월 17일 19시 33분 경 이 바이러스에 원인이 있는 실제 사망률은 3.91%[=7165*100/183198]로 추정된다.