Il museo espone tutti gli oggetti di rilievo che le Clarisse avevano conservato nei cinque secoli di residenza.Tra le opere spicca la tavola cinquecentesca con il Cristo deposto sorretto da due angeli di ispirazione peruginesca;un apografo di Antonio da Segovia del 1492-1496 e un codice miscellaneo pergamenaceo del XV-XVI secolo contenente la regola delle Clarisse