Il Museo è situato tra il coro e la sagrestia della Chiesa di San Domenico.Venne realizzato dal Priore e dalla Soprintendenza alle Gallerie nel 1956 per riunire le opere che fino ad allora erano nella chiesa e nel convento.Nella stanza inferiore si trovano opere che vanno dal Trecento al Settecento;tra cui lo Sposalizio mistico di Santa Caterina di Filippino Lippi;il Crocifisso di Giunta Pisano;San Tommaso del Guercino.Si segnala inoltre un trecentesco corale miniato e pregiati reliquiari tra cui quello di S.Tommaso d'Aquino del Quattrocento e il dito di San Luigi di Francia del Duecento.Nella sala superiore si trovano numerosi arredi religiosi;come candelieri;incensieri;calici e un baldacchino del Seicento che;insieme al Manto della Madonna del Rosario;venne offerto in voto dai bolognesi alla Beata Vergine del Rosario;nel 1630;per l'avvenuta fine della peste.