Le origini del Museo risalgono all'istituzione dell'insegnamento di Storia Naturale presso l'Università di Ferrara;nel 1862.Le collezioni;inaugurate dieci anni più tardi nell'ex convento delle Martiri di via Roversella;comprendevano inizialmente un nucleo mineralogico;ereditato dal preesistente Museo Civico;cui vennero ad aggiungersi numerosi materiali;zoologici;geo-paleontologici;mineralogici ed etnografici;donati da collezionisti ferraresi residenti all'estero;specialmente in Egitto e in Argentina.Figura importante per il museo è stato lo scultore e paleontologo Angelo Conti;al quale si deve la donazione di una consistente raccolta di invertebrati pleistocenici di Monte Mario.Dopo un prolungato periodo di abbandono;nel 1937 il museo è stato riaccorpato nella sede attuale;ricavata dall'architetto Carlo Savonuzzi in un'ala dell'ex ospedale di S.Anna.Nel dopoguerra;su iniziativa del direttore Mario Canella;le raccolte sono state ricostituite ed incrementate ed infine riordinate secondo un percorso espositivo in grado di assolvere anche a precise funzioni didattiche.Attualmente il museo;comprende una raccolta entomologica di circa centomila esemplari provenienti in prevalenza dagli ambienti umidi di pianura.Sono in incremento le collezioni malacologica;erpetologica e dei micromammiferi.Tra i pezzi più rilevanti dell'itinerario di visita;di recente ulteriormente aggiornato sulla base del precedente riordinamento;meritano segnalazione i calchi di plesiosauro e di tirannosauro;la foca monaca;l'orso polare;il formichiere gigante e;nella ricca collezione ornitologica;la coppia di condor delle Ande e gli esemplari di uccelli del paradiso.Completano il museo un Punto di Informazione e Documentazione e una Stazione di Ecologia del Territorio;attivi dal 1987;una Biblioteca specializzata;un Osservatorio sulle comunità animali di ambienti umidi.Dal 1997 un'apposita sezione museale tratta il tema dell'ambiente tramite reperti;modelli e ricostruzioni multimediali.