E' dedicato allo studio e all'illustrazione dell’anatomia e dell'evoluzione dei vertebrati (pesci;anfibi;rettili;uccelli e mammiferi) e consta di oltre novemila pezzi;nel suo genere è uno dei musei più noti a livello internazionale per l'entità e la rarità dei materiali.Fondato da Gaetano Gandolfi nel 1814;si trova nella sede attuale dal 1936 e possiede interessanti preparati ottocenteschi eseguiti principalmente da Antonio Alessandrini e da Sebastiano Richiardi.Già allestito da Ercole Giacomini negli anni Trenta del Novecento;è stato riordinato a partire dal 1973 con l’inserimento di nuove vetrine ed un percorso espositivo a carattere didattico-scientifico.Oltre ai numerosi scheletri di vertebrati;tra cui degno di nota è quello del capodoglio;Physeter macrocephalus;meritano segnalazione i preparati relativi agli apparati respiratorio;circolatorio;digerente e urogenitale.Per le attività didattiche sono disponibili plastici e modelli.Propone inoltre un percorso tattile per i diversamente abili;con preparati corredati da didascalie in Braille.