Aperto nel 1854 ed arricchito fino al 1926 per opera soprattutto dei direttori anatomici Paolo Gaddi e Giuseppe Sperino;il museo conta circa millecento pezzi esposti secondo il criterio dell'Anatomia descrittiva;ossia con finalità documentative dei diversi apparati umani.Tra i preparati naturali;singolari sono la raccolta di scheletri fetali in posizione eretta fissati in vari atteggiamenti (49 esemplari dal secondo all'ottavo mese di crescita) e tre mummie femminili realizzate nell'Ottocento.Notevoli appaiono anche due collezioni di crani:la raccolta etnografica-antropologica del Gaddi e l'interessante nucleo di crani classificati secondo la teoria del Lombroso;il fondatore dell'antropologia criminale.Degni di particolare attenzione sono poi le cere anatomiche eseguite nella seconda metà del XIX secolo dal ceroplasta Remigio Lei;in forza all'Università di Modena come modellatore dell'Istituto di Anatomia;e le settecentesche terrecotte dipinte;quasi tutte a grandezza naturale;che raffigurano le diverse fasi della gravidanza e del parto;opera del bolognese Giovan Battista Manfredini sotto la guida dell'anatomico Francesco Febbrari.Il museo trae origine da un nucleo iniziale;sorto sotto il regno di Francesco III d'Este e corrispondente all'attuale piano terra;con inclusione del loggiato;del Teatro anatomico e di alcuni locali contigui.L'inaugurazione del Teatro si ebbe nel 1775 per impegno del celebre anatomista Antonio Scarpa;docente di Anatomia nell'Ateneo modenese.Il progetto del Teatro fu steso dallo stesso Scarpa;che trasse ispirazione dal Teatro anatomico dell'Ateneo patavino;il più antico d'Italia.In questa prima fase non era ancora compreso il museo;tuttavia alcuni pezzi ivi conservati risalgono a quel periodo;si sa ad esempio che lo stesso Scarpa aveva invitato a Modena il ceroplasta Giovan Battista Manfredini;che precedentemente aveva eseguito una cinquantina di modelli di soggetto ostetrico in terracotta;per realizzare diversi preparati;oggi irreperibili.Dal momento della sua inaugurazione la fisionomia del museo;con le quattro sale intercomunicanti;le bacheche e le vetrine del tipico allestimento ottocentesco è rimasta invariata:a ciò si deve l'esposizione nelle bacheche della terza sala anche di preparati relativi ad animali;dovuta al fatto che per lungo tempo l'anatomia comparata è stata parte integrante della ricerca anatomica in genere.