Il Museo è allestito nei sotterranei del rinascimentale Palazzo Ubaldini;fatto costruire nella metà del '400 dal Conte Ottaviano Ubaldini su progetto dell'Architetto Francesco Di Giorgio Martini.La raccolta comprende prevalentemente materiale fossile che risale a circa 200 milioni di anni fa e proveniente dal Monte Nerone.Esemplari di particolare interesse sono costituiti da ammoniti;insieme a strumenti in selce;crani di orsi delle caverne ed ossa di elefanti ed altri vertebrati provenienti da Lazio ed Umbria di epoca più recente oltre a minerali di provenienza varia.Notevole è la sezione con crani;uova ed artigli di dinosauro provenienti da Stati Uniti e Mongolia;nonché la sala dedicata all'evoluzione umana;con crani di ominidi;dall'Aegyptopithecus all'Homo sapiens.Il materiale è corredato da pannelli esplicativi.