Edificata nel 591;sui resti di un antico tempio oracolare pagano dedicato a Calcante;fu affidata ai monaci dell'ordine di Sant'Equizio abate.Poco note sono le vicende storiche fino al XII secolo quando;nel 1129;l'intervento di San Giovanni da Matera e della sua Congregazione Pulsanense la fece risorgere dal grave stato di abbandono in cui versava;fondando l'ordine monastico autonomo dei poveri eremiti pulsanesi.;Nel 1177 fu ultimata la costruzione della chiesa abbaziale dedicata alla Santa Madre di Dio;il cui altare;sotto il quale furono poste le spoglie di San Giovanni da Matera;abate morto nel 1139;fu consacrato dal papa Alessandro III in pellegrinaggio sul Gargano.Al termine del XIV secolo;durante il pontificato del papa Martino V;l'Ordine Pulsanense si estinse e i superstiti passarono all'Ordine benedettino;rinunciando alla regola di San Giovanni abate.;Nel XV secolo furono i Celestini a prendersi cura dell'Abbazia;tutelandola dalle pretese dei signori locali;L'abbazia fu comunque affidata ad un cardinale commendatario che l'amministrava da Roma.Nel 1646 fu danneggiata da un violento terremoto che travolse l'archivio e la biblioteca.In seguito furono i Celestini di Manfredonia a reggere Santa Maria di Pulsano sino all'emanazione delle leggi napoleoniche del 1806.Giuseppe Bonaparte soppresse definitivamente la presenza di un ordine monastico e autorizzò i fittuari dei beni a ritenere in enfiteusi i pagamenti.Nel 1842 il sacerdote montanaro Nicola Bisceglia riceve ufficialmente in enfiteusi dal Demanio il complesso del protomonastero pulsanense per “sottrarlo all'abbandono e agli atti vandalici dei pastori e pecorai”;ad eccezione della chiesa soggetta alla giurisdizione dell'Ordine diocesano.Nel 1966 è stata trafugata la pregevole e venerata icona della Madre di Dio di Pulsano;non ancora ritrovata;opera di quella scuola bizantino – italiana;detta dei “Ritardatari”;fiorita in Puglia nel XII secolo e nel XIII secolo."