Il museo nasce da un progetto del prof.Alessandro Fei;mineralogista fiorentino;e del dott.Armando Schiaffino;studioso di storia locale.Con tale progetto;che andrà successivamente ad inserirsi in un più vasto progetto mineralogico sull'Isola del Giglio;si intende valorizzare l'isola sia nella sua componente geo-mineralogica (si conserva infatti la più completa collezione di specie mineralogiche gigliesi esistente) che per quanto concerne la storia delle escavazioni ferrifere e dell'estrazione del granito (iniziate dai Romani nel I sec.d.C.e proseguite;a fasi alterne;fino agli anni Sessanta del Novecento);e delle ricerche scientifiche sull'Isola;che hanno permesso di chiarire numerosi interrogativi sui processi litogenetici toscani e scoprire;tra l'altro;una varietà di tormalina unica al mondo;con una curiosa forma discoidale.Il museo è strutturato con finalità prettamente educative;e a tale scopo si sta progettando una serie di itinerari geo-mineralogici nell'isola con partenza dal museo.