La collezione è nata con l'insegnamento della medicina veterinaria nel Granducato nella prima metà del XIX secolo ed è costituito dalla raccolta dei preparati eseguiti a scopo didattico sugli animali domestici;principalmente sul cavallo;per la visualizzazione dell'anatomia animale.Inzialmente si trovava all'interno dell'area ospedale di Santa Chiara;ma negli anni Sessanta del Novecento il museo è stato aperto nella sede attuale della facoltà di Medicina Veterinaria.