Il Museo è situato sull’isola di San Pantaleo l’antica Mozia;nello stagnone di Marsala.che fu acquistata da Giuseppe Whitaker imprenditore di origine inglese;studioso e archeologo;agli inizi del novecento.Esso accoglie numerosi reperti frutto degli scavi condotti dal Whitaker sull’isola;a Birgi e Lilibeo;o pervenuti per donazione o acquisto.