Il museo è stato allestito nel 2003 a seguito degli scavi archeologici e dei restauri dell'abbazia fondata nel'anno 884.E' stata musealizzata l'area presbiterianle con la tomba del santo (sec.X) ed i resti delle absidi delle chiese dei secoli VIII e IX.Lavori di recupero;con demolizione di pareti di sale adibite ad uffici;hanno permesso di recuperare e mettere in evidenza una grande sala capitolare;una porzione di chiostro e altri due locali adibiti a magazzino fino al 2003.In questi spazi è stata allestita l'esposizione museale che illustra la vita nell'abbazia;la storia di San Caprasio;il passaggio dei pellegrini della via Fracigena.Il museo si propone di illustrare;in sinergia con il Museo di Storia Naturale;l'antropizzazione della confluenza fluviale Magra-Aulella;semplificando;attraverso i reperti rinvenuti;le testimoninze delle frequentazioni umane dalla preistoria;alla cristianizzazione;sino alla distruzione di Aulla dai bombardamenti del 1944.