Le prime notizie della chiesa risalgono al 1002;quando viene definita come Ecclesia Sancti Benedicti extra muros civitatis Florentiae;in effetti;a quell'epoca la chiesa si trovava al di fuori della cinta muraria carolingia.Fu una delle 36 antiche parrocchie fiorentine;era dotata di beni economici fuori Firenze ed alcuni suoi Rettori si trovano citati in vari documenti fin dal 1127.San Benedetto è l'unica Chiesa di Firenze dedicata al Santo fondatore del Monachesimo occidentale;oggi anche patrono d'Europa:Benedetto da Norcia (480-547).