In seguito al terremoto del 1980 venne alla luce la Cripta;situata nel succorpo della Cattedrale;contenente diversi manufatti.Il ciclo absidale di circa 11 mq;che ripropone il modello della vita cristiana medioevale e monastica;presenta al centro Gesù Crocifisso in trono;che focalizza la centralità universale del Cristo;ed è circondato da una teoria di Santi;a destra:Pietro Apostolo (legame con la sede di Pietro);Caterina di Alessandria (saggezza del credente) e Antonio Abate;a sinistra:Giovanni Battista;Madonna con il Bambino (pietà mariana collegata alla chiesa bizantina);Guglielmo Vercelli (apostolo eremita in Irpinia e fondatore del monachesimo verginiano).Gli affreschi;opera molto probabilmente di allievi napoletani di Giotto;sono stati restaurati dalla Soprintendenza ai Beni Artistici e Storici di Avellino e Salerno e collocati su robusti telai di alluminio rivestiti di sughero isolante.Oltre agli affreschi sono stati ritrovati anche altri reperti:il coperchio di una tomba romana (1;30x0;50x0;58 m.) con la seguente epigrafe:"D.M.Rubrua resilli JAN Claudio Quintiliano coniugi B.M.fecit";classificata dal Mommsen (Codex Neapol.14 G del 17/07/1789) e dallo Iannacchini (Topografia Istorica dell’Irpinia pg.53);una pietra mensoria o tomolo (1;00x0;87x0;50) per misurare granaglie e cereali;2 capitelli corinzi (30x35x30) e un blocco di pietra con rilievo dell’immagine della Madonna di Monserrat (0;80x0;50x0;22 m.);una scultura lignea della Madonna della Libera (1;25x0;44 m.) del XIV secolo;una scultura lignea della Madonna della Libera (1;00x0;40 m.) del XVI secolo;l’altare sacrificale dietro il quale si trovava il ciclo absidale (2;00x1;55x1;00 m.).
Il Museo è stato inoltre arricchito da diverse tele tra cui una su S.Euplio realizzata dalla pittrice siciliana Carmen Arena e due icone raffiguranti S.Euplio e la Madonna della Libera realizzate dall’iconografo italo-argentino Gustavo Costanzo.