La chiesa e l'annesso convento sorsero nellarea donata ai Francescani da Gregorio XI nel 1236.Venne in parte ricostruita nel 1373;con nuove aggiunte agli inizi del sec.XVII.Dichiarata Monumento Nazionale nel 1886;fu gravemente danneggiata dal bombardamento del 17 gennaio 1944 e si presenta oggi nel suo originario assetto gotico ripristinato dal restauro del 1953.Il primo nucleo dell'edificio prendeva a modello la chiesa madre di Assisi e quella di S.Chiara;della quale la basilica viterbese riprende alcune caratteristiche stilistiche e dimensionali.Nellalta facciata spiccano il portale in peperino;ricomposto con una parte delle colonnine tortili di quello originario (1372) e;allangolo destro;il pulpito del XV secolo che consentiva la predicazione anche all'esterno della chiesa;in perfetta sintonia con lo spirito francescano.Linterno presenta una pianta a croce latina in cui la scelta della navata unica;coperta a capriate lignee con archi trasversali a ogiva che ricadono su semicolonne laterali;si uniforma alla tipologia di molte chiese francescane coeve del centro Italia.Nei bracci del transetto e nel coro;con abside rettilinea su cui si apre una quadrifora;alla copertura a tetto si sostituì quella con eleganti volte a crociera costolonata;secondo uno stile che ricorda le forme caratteristiche dellarchitettura cistercense;cui si ispirano anche i capitelli fogliati terminanti a crochet e le chiavi di volta in bassorilievo.Molto dell'antica chiesa si è perso;come una serie di affreschi lungo le pareti o lantico portico di facciata che scomparve in seguito ai rifacimenti seicenteschi;mentre sono stati ricostruiti alcuni importanti monumenti funebri;tra cui i sepolcri medievali di Adriano V;già attribuito ad Arnolfo di Cambio e successivamente a un maestro formato alla bottega di Nicola Pisano;e quelli di Clemente IV;di Pierre Le Gros e di Pietro di Vico;provenienti da altre chiese della città;realizzati da Pietro dOderisio.