Il museo nasce da una ricca collezione naturalistica che il prof.don Michelangelo Ambrosioni;docente di scienze presso le scuole del Civico Collegio "A.Manzoni" di Merate;raccolse durante gli oltre 40 anni ;di ;insegnamento;sul finire dell'Ottocento e i primi 35 anni del Novecento.Provvide anche personalmente all'ideazione e alla realizzazione di un'esposizione museale didattica presso il collegio.Dopo la sua scomparsa;l'intera collezione fu donata al Comune di Merate che nel corso degli anni ottanta decise di rivalutarla in termini divulgativi e scientifici;facendo nascere l'attuale museo naturalistico.Attualmente le collezioni sono esposte presso alcune sale situate nell'ex collegio Manzoni;nella stessa sede della biblioteca comunale.;;;;;