Il museo ha sede dal 1898 in Palazzo Schifanoia;comprende una serie di collezioni che testimoniano la storia cittadina.Le sue origini risalgono al XVIII secolo;quando furono istituiti il Museo Pubblico;la Biblioteca e l'Accademia del Disegno in Palazzo Paradiso;sede dell'Università.Attualmente le raccolte;presentate in modo parziale o a rotazione;sono sistemate nelle sale del Quattrocento e nell'ala trecentesca del palazzo.Il primo nucleo;costituito dalla raccolta lapidaria;venne formato nel 1735 a Palazzo Paradiso.Fu però l'acquisto del fondo numismatico Bellini a sancire nel 1758 la costituzione del museo.Incrementato da copiose donazioni;il Medagliere;tra i principali in ambito regionale;conta più di 22.000 pezzi;oltre al nucleo di monete italiane;medioevali e moderne;comprende le sezioni greca;romana;punica;una raccolta di conii e punzoni della zecca di Ferrara e una serie di medaglie eseguite da grandi artisti del rinascimento:Pisanello;Matteo dè Pasti;Sperandio da Mantova.Le raccolte archeologiche;accresciute nel corso del Settecento;ebbero origine dall'accorpamento di ceramiche greche;etrusche e romane;vetri;lucerne e bronzetti;cui si aggiunse nel XIX secolo la collezione egizia.Dal cardinal Riminaldi furono poi donati il gruppo delle gemme incise e il nucleo principale della collezione dei bronzi;con opere del Giambologna e dell'Algardi.E' poi visibile a rotazione una selezione di corali certosini e olivetani di qualità straordinaria:si segnalano inoltre la Bibbia commissionata da Borso d'Este per il monastero di San Cristoforo miniata da Guglielmo Giraldi e l'incunabolo Decretum Gratiani miniato da maestranze del tempo di Ercole I.Tra le raccolte minori;la collezione degli avori vanta pezzi eterogenei di grande interesse;tra i quali placchette con scene cortesi.Nel 1935 fu acquisita la collezione Pasetti delle ceramiche graffite;nel secondo dopoguerra;in seguito alla soppressione delle Opere Pie;giunse un ingente numero di arredi sacri e un gruppo di dipinti ferraresi del Sei e Settecento;con quadri di Bononi;Zola;Scarsellino.Nell'ala trecentesca sono esposte opere di eccezionale valore;come il polittico in alabastro dello scultore di Nottingham;degli inizi del XV secolo;la Madonna con Bambino;terracotta policroma di Domenico di Paris e parte del coro ligneo di Sant'Andrea;intarsiato nel XV secolo dalla bottega dei Lendinara.