Il museo;il cui primo nucleo risale al 1932;è stato costituito per conservare ed esporre le opere della Cattedrale.E' stato riallestito nel 1984 e nel 1992 è stata inaugurata una nuova sezione con le opere provenienti da altre chiese della Diocesi.La visita del museo comprende anche parti del Palazzo Vescovile;con il giardino e gli orti.Dal museo inoltre si accede al cosiddetto Labirinto di Porsenna;un percorso archeologico sotterraneo attraverso i luoghi della Chiusi etrusca;romana e medievale;che passa sotto la piazza e raggiunge la cisterna romana e la sovrastante Torre campanaria della Cattedrale;dalla quale si gode un bellissimo panorama sulla Val di Chiana.Il museo costituisce anche il punto di riferimento per la visita alle due Catacombe di S.Mustiola e S.Caterina;che si trovano appena fuori dalla città.