La basilica di S.Maria degli Angeli viene costruita tra il 1569 e 1679;la sua struttura ingloba le strutture del convento francescano edificate a ridosso della Porziuncola.Pio V a conclusione del Concilio di Trento;volle la costruzione della basilica;sia per riconoscere l’importanza dell’ordine minorita dei francescani sia per accogliere i pellegrini che tuttora vi affluiscono in occasione dell’Indulgenza del Perdono (31 luglio-2 agosto) voluta dallo stesso S.Francesco.La chiesa compiuta nel 1679 con la costruzione del campanile della parte destra;è a tre navate e fu progettata da Galeazzo Alessi;all’esecuzione della chiesa parteciparono Giacomo Martelli;Giacomo Giorgetti e forse anche il Vignola.A causi dei crolli del terremoto del 1832;la basilica fu in parte ricostruita da Luigi Poletti (1836-40) nelle stesse forme.La facciata venne alzata nel 1925-30.Nello stesso 1930 viene posta al vertice della facciata la statua della "Madonna degli Angeli" realizzata dallo scultore Colasanti;mentre per l'attuale sistemazione del piazzale antistante;si deve attendere il progetto dell'architetto Nicolosi del 1950.L’interno è a tre navate e presenta delle cappelle laterali le cui decorazioni parietali rappresentano la più organica raccolta della pittura umbra del tardo Cinquecento e del primo Seicento.Di notevole interesse artistico ma soprattutto religioso legate alla vita del Santo sono la Cappella della Porziuncola e la Cappella del Transito.La cappella della Porziuncola risalente al X-XI sec.è dedicata a S.Maria degli Angeli o a S.Maria della Porziuncola.Intorno al 1025;S.Francesco vi stabilì la sua dimora restaurandola e fondandovi l’Ordine francescano (1208).La parte superiore della facciata è decorata da un affresco di Friedrich Overbeck da Lubecca (1829) che raffigura “S.Francesco implora da Gesù e Maria la concessione dell’Indulgenza del Perdono”.Sul lato destro sono visibili frammenti di affreschi di influsso senese risalenti al Quattrocento.All’altare;grande pala di Ilario da Viterbo raffigurante” l’Annunciazione e Storie del Perdono”.La Cappella del Transito:è la cella dell’infermeria dove S.Francesco morì il 3 ottobre 1226.All’esterno affreschi di Domenico Bruschi (1886);Morte e funerali del Santo Francescano.Nell’interno affreschi dello Spagna.All’interno della cappella si trova la nicchia contenente la statua di S.Francesco;in terracotta smaltata di Andrea della Robbia.Dalla sagrestia si accede al corridoio che porta al Roseto legato ad una leggenda sulla vita di S.Francesco;piccolo giardino piantato esclusivamente a rosai senza spine.Adiacente al Roseto è la cappella del Roseto (1518) composta da tre ambienti decorata da affreschi di Tiberio d’Assisi;autore anche degli affreschi parietali dell’Oratorio di S.Bonaventura (1506).Lungo il tragitto d’uscita è visibile a sinistra;il chiostro quattrocentesco e ciò che resta del conventino dell’epoca di S.Bernardino di Siena (sec.XV).