Il museo è ordinato all’interno del seminario;attiguo al santuario della Madonna di San Marco;e comprende la Pinacoteca Parmigiani;una raccolta di scienze naturali intitolata a mons.Silvio Ferrari;l’Opera Omnia “Romeo Musa” e una raccolta archeologica.Vi hanno inoltre sede una ricca biblioteca;il Centro Studi “Cardinal Casaroli”;il Centro di Documentazione sull'Emigrazione;il Centro di Documentazione sulla Devozione Popolare e un planetario.Il seminario di Bedonia fu istituito e aperto nel 1846 come luogo di formazione;cessata tale funzione;nel 1981 la struttura è stata adibita a finalità conservative e di valorizzazione;in particolare sul piano didattico;del ricco e composito patrimonio culturale quivi conservato.La quadreria del Seminario è costituita da importanti dipinti sei settecenteschi di scuola bolognese ed emiliana pervenuti attraverso le donazioni Sidoli;del 1935;e di don Parmigiani;nel 1946;cui si aggiunse un nucleo di 27 opere acquistate nel 1946.Tra i dipinti più rilevanti della collezione si annoverano opere di Ludovico Carracci;Bartolomeo Passerotti;Gaspare Venturini Mastelletta;Luigi Crespi;Filippo Pedrini.Nell'edificio è allestita inoltre l'Opera Omnia "Romeo Musa";che raccoglie in tre stanze e nel corridoio antistante il corpus donato dagli eredi dell'artista;che fu pittore;xilografo;poeta e scrittore;interessanti i materiali che documentano l'esecuzione di una xilografia;le incisioni per l'illustrazione de "I Promessi Sposi";i bozzetti.Una biblioteca offre al pubblico la consultazione di oltre 25.000 volumi;fra i quali 6.600 esemplari di epoca compresa dal Cinquecento al 1820.Una sezione è dedicata alla storia ecclesiastica.Le raccolte naturalistiche sono costituite da reperti zoologici;botanici e mineralogico-petrografici;raccolti da seminaristi o donati da ex alunni a partire dagli anni 1915-1950 per iniziativa di monsignor Silvio Ferrari (1892-1968);insegnante di scienze.La raccolta zoologica comprende uccelli locali ed esotici;mammiferi;rettili;pesci;qualche anfibio;esemplari entomologici e malacologici.La botanica locale è rappresentata da una raccolta di alcune piante officinali;legni di quasi cento specie;con qualche esempio di lavorazione e di utilizzo;e dieci erbari.Tra i campioni di minerali e di rocce si trovano cristalli di zolfo delle miniere siciliane ed esemplari di solfuri da Belgio ed Inghilterra.I materiali sono presentati in un percorso che comprende anche ricostruzioni d'ambiente sistemate in nicchie murarie.Vengono inoltre esposti alcuni reperti archeologici e materiali d'interesse etnografico e storico-scientifico.