Legato al Dipartimento di Scienze della Terra dell'Università;è stato inaugurato nel 1881 in occasione del II Congresso Geologico Internazionale;per opera di Giovanni Capellini (1833-1922);primo presidente e fondatore della Società Geologica Italiana.Oltre ai circa trentamila pezzi raccolti dallo studioso stesso tra il 1860 e il 1911;il museo accoglie le collezioni storiche di Marsili;Aldrovandi e Monti;la ricca collezione di pesci fossili di Bolca (1870);la più grande collezione d'Europa di 'Cicadeoidee;i due scheletri del proboscidato 'Mastodon arvenensis';il fossile del maldentato 'Scelidoterium capellinii'.Ricordiamo infine il modello;lungo 26 metri e alto 4;del dinosauro del Giurassico 'Diplodocus carnegiei'.Nella stanza marsiliana sono presenti sedici pezzi;quattordici dei quali appartenenti ad elefanti fossili;come il 'Palaeoloxodon' e il 'Mammuthus';descritti e figurati dal Marsili nel suo "Danubius Pannonico Mysicus observationibus geograficus...perlustratus";del 1726.E' poi conservato un legno fossile di 'Lithoxilon secundum ex Transilvania';citato nell'"instrumentum donationis" del 1711;cioè il catalogo a stampa della prima donazione.Si segnala;infine;il singolare modello di miniera;dono di Federico Augusto Elettore di Sassonia a Marsili.Il museo conserva le catene che per due anni cinsero le caviglie del Marsili prigioniero dei turchi;donate quale ex voto alla Vergine Annunziata nella cappella dell'istituto da lui stesso fondato.