Il complesso monastico;singolare e unico nel suo genere;legato alla sua particolare collocazione;nella baia di Capodimonte;comprende:la chiesa;il chiostro e l’abbazia.La sua origine è legata allo spostamento delle reliquie di San Fruttuoso nella baia;intorno all’ VIII secolo;da parte monaci greci.L’abbazia risale al X-XI secolo;ad eccezione del corpo affacciato verso mare che è databile al XIII secolo;composto da due ordini di trifore;la cui tipologia riconduce ai palazzi nobiliari genovesi.La torre nolare realizzata nel X secolo circa;in principio a calotta sferica;seguendo il canone artistico dei bizantini;in seguito venne sovrapposta da una torre ottagonale.Il chiostro dell’abbazia;fu costruito nel XII secolo e in seguito venne modificato per volere di Andrea Doria;oggi è composto da due ordini di arcate.Al piano superiore;un deambulatorio con volte a crociera impostate su colonne si affaccia sul cortile a pianta quadrata;la parte inferiore venne adibita a sepolcro dei componenti della famiglia Doria morti tra il 1275 ed il 1305;si tratta di tombe sormontate da arcosolii a sesto acuto alternate da strisce bianche e nere;tipiche dell’arte ligure;oltre alle tombe della nobile famiglia genovese figurano altri due sepolcri e un antico sarcofago romano.Nel XVII secolo il complesso subì una vera e propria decadenza strutturale;alcuni ambienti vennero adibiti a ovile;altri a legnaia;nel 1730 intervenne Camillo Doria;provvedendo ad un restauro;che restituì alla chiesa la sua funzione originaria.Nel 1915;un’alluvione distrusse parte del complesso;che venne restaurato nel 1933 dallo Stato.Nel 1983 la famiglia Doria Pamphili donò al FAI il complesso di San Fruttuoso;e nel 1985 iniziarono i lavori di restauro.