Il museo documenta la storia antica della città di Fiesole e del suo territorio.E' collegato all'annessa area archeologica dove sono visitabili gli scavi del teatro;delle terme e del tempio etrusco-romano.Il primo nucleo museale era collocato nella sede dell'attuale Palazzo Comunale.Fu trasferito nella sede attuale nel 1914.L'ordinamento attuale risale al 1981 ed ha sistemato i materiali con una marcata suddivisione in materiali di provenienza fiesolana e antiquaria.L'apertura del passaggio di collegamento nel 1997 tra il Museo archeologico e l'edificio che ospita la collezione Costantini ha permesso di realizzare un unico percorso museale nel quale hanno trovato posto recenti ritrovamenti tra cui una tomba longobarda integralmente ricostruita.