L'orto botanico;fondato nel 1543-44 da Luca Ghini;naturalista;medico e botanico imolese;è il primo orto botanico universitario del mondo;.Costruito in un primo tempo sulle rive del fiume Arno;presso l'Arsenale mediceo;fu trasferito per due volte fino alla sede attuale nel 1591.
Nel 1591 il Granduca di Toscana Ferdinando I dei Medici volle istituire una "Galleria" che raccogliesse le "opere della natura" del prestigioso ateneo del Granducato;da cui la realizzazione del Museo botanico.Vi era associato anche uno studio di pittura dove un miniatore professionista eseguiva dal vero illustrazioni botaniche per uso didattico.Erede della Galleria cinquecentesca;dopo il suo progressivo declino;il Museo botanico conserva attualmente;nelle diverse sezioni;svariati reperti dalla fine dell'Ottocento in poi.