L'area dove sorge ora il museo;dalla metà del ‘500 alla fine del '800;ospitava la sede del Teatro di Corte dei Gonzaga e poi dell'impero asburgico.L'edificio si rifà alla Scala di Milano;adattato alle circostanze del sito;dove l’angustia dell’area circoscritta dai muri già esistenti delle altre fabbriche impedì la costruzione dei camerini addetti ai palchi e conferì alla cavea una forma allungata.Dopo l’Unità d’Italia;l’edificio che era fruito ormai saltuariamente e privato di manutenzione;fu messo in vendita dal Demanio e acquistato dal Comune di Mantova nel 1896 che lo destinò a Mercato dei Bozzoli dei bachi da seta e successivamente;nel 1930;al commercio ortofrutticolo.Donato dal Comune di Mantova al Ministero per i Beni e le Attività Culturali cominciò la ristrutturazione con l'obiettivo di conservare le caratteristiche ambientali e architettoniche di un notevole esempio di architettura paleoindustriale di fine '800;mantenendone l’aspetto esterno originario;e la trasformazione in museo archeologico destinato a raccogliere opere rinvenute in città ed altre provenienti dai numerosi siti archeologici della provincia mantovana.Lo spazio all’interno è stato tagliato orizzontalmente da tre solai;con affacci sull’interno e sull’esterno;in modo da non perdere la percezione dell’edificio originario.Dato che i lavori sono tuttora in corso;dei futuri quasi 2000 mq di esposizione ne sono aperti al pubblico solo 200;rappresentati dalle sale di esposizione temporanea.Qui;dal 1998;è visitabile la mostra permanente "Archeologia dal territorio mantovano" ;che si propone come sintesi del futuro museo.L’ingresso è attualmente posto in piazza Castello.Le collezioni del museo comprendono materiali neolitici;dell’età del bronzo;etruschi;veneti;celtici;romani;longobardi;goti;medievali e rinascimentali.