Il santuario sotterraneo dedicato a Sant'Efisio e a San Gregorio Magno è strutturato in due ambienti che originariamente erano separati da un'inferriata:il vestibolo e il santuario.Nel primo;a pianta rettangolare con copertura a botte;cinque nicchie per lato ospitano busti di Santi legati alla tradizione francescana.Nel secondo ambiente;sempre a pianta rettangolare e voltato a botte;si trovano numerosi altari e simulacri in stucco policromo realizzati dal Mutoni e dal Corbellino.Le tempere nella volta sono state eseguite dagli Are.;L'oratorio di San Michele Arcangelo venne eretto tra il 1758-1759 su modelli lombardi importati dal Quallio e dai suoi collaboratori.La cupola dell'edificio è decorata con le tempere di Gregorio Are.All'interno del Convento è conservata una preziosa collezione di dipinti del Seicento e del Settecento;eseguiti da artisti che hanno lavorato nel cantiere francescano:Antonio Todde;Giuseppe Lopez e Pietro Antonio Are.;