Il museo è ubicato nell'ex Palazzo Vescovile;edificio abbaziale della fine del sec.XVI;che venne trasformato nelle attuali forme rinascimentali mediante gli interventi di Francesco di Giorgio Martini (1439-1502);di Gerolamo Genga (1476-1551) e degli scalpellini di Sant'Ippolito (XV-XVI sec.).Il Museo è articolato in varie Sale nelle quali è suddiviso l'eterogeneo patrimonio della diocesi:il Lapidario;da cui si accede al piano superiore;che ospita anche la Biblioteca ecclesiastica e gli Archivi diocesani;il Salone d'onore della diocesi;dove si svolgono le attività dell'Istituto culturale diocesano;la Sala dell'argenteria;la Sala dei paramenti sacri;la Sala Giustini del Vescovo;la Sala dei manieristi metaurensi con i bozzetti e le opere di alcuni tra i più rappresentativi pittori di quel periodo.Tra questi:Federico Zuccari (1605 c.);Giovanni Giacomo Pandolfi (1615) e Claudio Ridolfi (1636 c.).Da vedere anche la Sala dei ricevimenti e la Sala delle Madonne.Nelle ultime Sale è allestita la sezione dedicata alla ceramica urbinate:dalle maioliche di Castel di Ripe (1200-1272) a quelle di Casteldurante (1271-1636);a quelle di Urbania (1636-1993);tutta la produzione dal XIII al XX secolo è scrupolosamente documentata.L'ultima sala conserva ceramiche del XX secolo a testimonianza di un'arte che tutt'oggi;ad Urbania;produce oggetti di alta qualità.