Il Museo di Storia Naturale nasce nel 1691 con l’Accademia dei Fisiocritici fondata da Pirro Maria Gabbrielli (1643-1705).Il Museo ha un ruolo di primo piano nel realizzare gli scopi istituzionali di promozione e divulgazione della scienza.Caratteristiche principali del Museo sono l’aspetto storico-scientifico delle collezioni;la rappresentatività regionale;in particolare della Toscana meridionale;l’acquisizione dei reperti attraverso donazioni avvenute prevalentemente nei secoli XVIII-XIX da parte soprattutto degli stessi studiosi che le formavano.Anche oggi è mantenuta l’ostensione tipica di quel periodo;per cui è appropriata la definizione di “museo del museo”.Il Museo si articola nelle due sezioni principali Geologica e Zoologica;a cui si aggiungono la sezione Anatomica e quella Botanica.Altro patrimonio museale è costituito da:Collezione metrologica;Collezione paletnologica;Collezione di acque minerali della provincia senese;Eliometri;Macchina del vuoto;Planetario;Reperti storici dell’Accademia.Negli anni 1935-1938 sono realizzati inventari dell’intero patrimonio museale.Dopo la seconda guerra mondiale il museo è chiuso al pubblico e viene riaperto ufficialmente nel 1972;a seguito di lavori di ristrutturazione della sede.Nel 1991 è pubblicata la prima guida del Museo in concomitanza con il riordinamento della Sezione Geologica.Inizia il processo di informatizzazione delle collezioni che giunge;a partire dal 2004;a mettere in rete alcuni cataloghi secondo l’attualità degli standard museali e a realizzare un percorso di schermi touch screen;cornici digitali nelle sale e palmari per i visitatori che ampliano l’accessibilità per i diversamente abili.