La sede museale si articola in tre corpi di fabbrica due dei quali destinati all'esposizione.L'edificio ""A"" realizzato negli anni '70 quando venne istituito il museo;e l'edificio "B";torrione del fortino borbonico di cui restano larghi tratti di mura.;Il Museo illustra la storia della colonia greca di Naxos;prendendo al contempo in esame le evidenze preistoriche;attestanti l'ininterrotta continuità di vita nel sito.Le collezioni sono costituite in massima parte da reperti provenienti dagli scavi che;condotti a partire dal 1953;sono ancora in corso nel sito dell'antica colonia.Un ristretto gruppo di materiali rinvenuti tra la fine dell '800 e gli inizi del nostro secolo proviene dai Musei Archeologici di Palermo e Siracusa e;molto di recente;anche dal Museo dell'Università di Heidelberg grazie alla cessione di un frammento di arula con sfingi affrontate;che;acquistato nel 1902 a Taormina da F.von Duhn;risulta perfettamente riconnettibile ad uno del Museo di Naxos.L'ordinamento segue un criterio cronologico.;Piano terra;Il periodo preistorico;Reperti rinvenuti tra la fine dell'800 ed i primi del '900;La fase più antica dello stanziamento coloniale:materiali ceramici tardo-geometrici di produzione corinzia e di produzione euboico-cicladica e di imitazione;corredi rinvenuti nella necropoli settentrionale;anfore da trasporto arcaiche;di fabbriche diverse;tutte riutilizzate come sepolture;Piano 1;Monete del V sec a.C.dal quartiere settentrionale della città;Le aree sacre della città:rivestimenti architettonici ed antefisse a maschera silenica;L'abitato arcaico e classico;le necropoli del V sec.a.C.e quelle ellenistiche (III sec.a.C.);Torrione del Fortino Borbonico;Reperti da recuperi subacquei (ceppi d'ancora;macine;anfore)