La parte espositiva occupa i locali del tardosettecentesco Carcere borbonico;costruito dall'architetto siracusano Natale Bonaiuto e raro esempio di architettura carceraria settecentesca.I musei derivano dal Gabinetto di Archeologia e di Storia naturale voluto nel 1843 da Emanuele Taranto Russo e ricostruito nel 1914 da don Luigi Sturzo.Le collezioni si articolano in una sezione archeologica e una pinacoteca:quest'ultima presenta una raccolta di dipinti di elevata qualità;testimonianza della ricca attività artistica della città;e una raccolta di opere storiche che permettono di cogliere il ruolo delle Universitas nella vita religiosa e civile.Significative sono la collezione dei Privilegi concessi alla città dall'epoca normanna;e quella dei dipinti di fine Ottocento e primi Novecento;con opere di Lo Jacono;Ciardi;Caprile;Bazzaro;Nitti;Esposito;Corrado e altri.Nel vicino palazzo Libertini sono ospitati i servizi offerti al pubblico:archivi;biblioteca;laboratorio etnoantropologico;sala didattica;laboratorio di restauro