Sorto a fine XII sec.sulla grotta in cui S.Benedetto passò i primi anni di vita monastica;il Sacro Speco è un complesso di edifici composto da due chiese sovrapposte e cappelle incassate in una suggestiva parete di roccia a strapiombo sulla valle sottostante.Da una piccola porta a sesto acuto;sormontata da una croce a mosaico cosmatesco (sec.XIII);si accede a un corridoio (affreschi di scuola umbra del XV sec.) da cui si passa alla sala detta del Capitolo Vecchio (dipinti del XVI sec.di scuola del Perugino) e da qui alla Chiesa Superiore.Linterno è formato da due campate irregolari;in pianta e in elevazione;a causa di varie modifiche apportate negli anni.L'ipotesi più accreditata è che la Chiesa Superiore allinizio fosse costituita dal solo vano della prima campata (ne conserva il pulpito del XIII sec.);uno spazio di stretta clausura mentre gli altri luoghi erano accessibili ai pellegrini;trasformato forse al tempo di Bartolomeo II (1318-1343);abate cui si devono molti interveti di ristrutturazione e ingrandimento;tra cui la creazione del chiostro.Gli ambienti più antichi potrebbero essere stati inglobati;demolendo la parete che oggi corrisponde allarco che separa le due campate;sopra al quale sta l'affresco con la Crocifissione;opera del Maestro trecentesco del Sacro Speco.La prima campata è decorata con affreschi del XIV sec.;mentre al primo trentennio del XV sec.risalgono quelli nella seconda campata;transetto e rispettive cappelle.Labside è scavata nella roccia.La Chiesa Inferiore risale al XIII sec.;è composta di tre vani coperti da volte a crociera e da cappelle su più livelli;anchesse ricavate nella roccia;tra cui il Sacro Speco o grotta di S.Benedetto;con la statua di marmo che lo ritrae opera di Antonio Raggi (1657);e la Cappella di S.Gregorio Magno.Attraverso la Scala Santa si scende alla Cappella della Madonna.Tutti questi ambienti sono interamente ricoperti di affreschi datati dal XIII al XV secolo.