La struttura museale è costituita da due sedi:il Museo Civico di Scienze Naturali;allestito in un’ampia struttura di impianto razionalista realizzata fra il 1975 ed il 1978 nella zona settentrionale della città;e dalla Specola Astronomica Cidnea;sita entro il perimetro fortificato del Castello di Brescia.Al museo è collegato;tramite un passaggio coperto;un ambiente esterno;che ospita l’auditorium;aggiunto nel 1981.Alla specola è annessa una piccola sala didattica ricavata dal riutilizzo dell’abitazione del custode;la cui gestione è stata parzialmente affidata nel 2003 al Museo Civico di Scienze Naturali.
Il museo raccoglie collezioni di mineralogia;botanica;zoologia e preistoria.La specola ospita l’osservatorio astronomico con il telescopio e un nuovo macchinario rappresentativo del sistema solare e della volta celeste.