L'istituzione del museo risale al 1864;quando furono riuniti in un apposito locale alcuni dipinti provenienti da chiese e conventi della città allo scopo di evitarne la dispersione a seguito della soppressione dei mumerosi istituti ecclesiastici voluta dal nuovo stato postunitario.La collezione;già riordinata nel 1950 e successivamente nel 1990;trova oggi una più idonea e suggestiva collocazione a seguito dei lavori di ampliamento;inaugurati nell'ottobre 2005;con l'apertura di tre nuove sale (oltre ad una saletta didattica ed ad una saletta delle argenterie) e di allestimento (con la ricollocazione delle opere secondo un percorso cronologico e l'adeguamento degli impianti di riscaldamento;microclima;illuminazione e sicurezza).