Il chiostro era l'atrio della cappella della Compagnia dei Disciplinati di San Giovanni Battista;detto dello Scalzo;fondata nel 1376.Il grande pittore fiorentino Andrea del Sarto affrescò a più riprese;dal 1509 al 1526;le pareti del chiostro con scene monocrome rappresentati la Vita del Battista e le Virtù.Due episodi della serie furono eseguiti dal Franciabigio;in occasione dell'assenza di Andrea del Sarto.