Inaugurato nel 1995;nell'anno 2000 è stato intitolato a Giuseppe Nenci.Il museo è concepito con un sistema dì moduli didattici autonomi e allo stesso tempo interdipendenti;legati da un filo conduttore comune:lo scavo archeologico inteso non come "asportazione" ma come mezzo di conoscenza storica;che in ogni momento collega l'immagine del reperto allo scavo stesso.L'esposizione conduce il visitatore alla comprensione della stratificazione storico-archeologica della città;attraverso un percorso che lo introduce dapprima nel contesto storico del Mediterraneo;per accompagnarlo successivamente lungo un viaggio ideale nella Sicilia antica;visto con gli occhi degli storici di ogni epoca e dei viaggiatori ottocenteschi.