Il grande coro ligneo venne commissionato nell'aprile 1486 a Bartolomeo de Polli;modenese già attivo a Mantova;che l'anno prima aveva consegnato due stalli come saggio.I lavori;condotti con al collaborazione degli intagliatori Antonio e Paolo Mola;dovevano essere a buon punto nel 1489.Ma nel 1491;Ludovico il Moro scrisse alla cognata Isabella d'Este che il coro "non fusse de la decentia del resto de lo hedifitio [...];et lo feci ruinare;designandolo como haveva ad stare".L'anno dopo il duca ordinava l'arresto di Bartolomeo de Polli;che intanto si era dato alla fuga;ordinando che portasse a termine il lavoro per il quale si era impegnato coi Certosini.In marzo veniva eseguita la stima di quento lasciato dal de Polli;e in ottobre venivano chieste all'intarsiatore cremonese Pantaleone de Marchi 12 tarsie con le immagini degli Apostoli "de bona prospectiva [...] et non pictas et de bono lignamine";secondo disegni fornitigli dagli agenti ducali.Dalle memorie manoscritte di Matteo Valerio;risulta che ai lavori abbia preso parte anche il pittore Pietro da Velate tra il 1495 e il 1497;ma può darsi che in realtà questi sia stato retribuito per la fornitura di modelli;ipotizzata peraltro anche a carico di altri pittori;come il Bergognone;lo Zenale e Iacopino de Mottis;almeno stando all'impressione fornita dagli stalli stessi (si veda S.Buganza;Il coro inarsiato;in Certosa di Pavia;Parma 2006;pp.237-238)