Inaugurato nel 1998;l'itinerario museale comprende gli interrati;le sale gotiche al piano terra;le ex cucine;la Torre dei Leoni;l'Appartamento dello Specchio e consente di visitare quindici ambienti del Castello;seguendo un percorso che dai sotterranei della Torre dei Leoni;con le prigioni;si collega al piano terra per arrivare al piano nobile.Si ripercorrono in questo modo gli ambienti un tempo abitati dai Duchi;in cui è possibile ancora ammirare l'apparato decorativo;caratterizzato da marmi e affreschi.Tra il 2001 e il 2003 gli ambienti di interesse storico;artistico ed architettonico più rilevante sono stati collegati con una ricostruzione filologica di forte impatto didattico;progettata dall'architetto Gae Aulenti.La visita ruota intorno a quattro temi;diversi tra di loro ma in relazione con il Castello:la fabbrica come immagine del potere;la dinastia;la storia urbanistica di Ferrara e infine i domini estensi.Dal 2006;il Castello è anche sede di rappresentanza del progetto Ermitage Italia;frutto di di un accordo tra il Museo dell'Ermitage di San Pietroburgo e la Provincia di Ferrara;finalizzato alla catalogazione delle opere italiane del museo russo;con un’attenzione particolare al patrimonio estense.Il percorso di visita si snoda attraverso le Sale Gotiche;le Cucine Ducali;la Sala del Cordolo adiacente alla torre originaria di cui incorpora parte della struttura;la Prigione di Don Giulio.Al piano nobile si trova la Sala dell'Aurora;posta all'interno della torre dei Leoni;che fa parte;assieme alla Saletta dei Giochi e alla Sala dei Giochi;degli appartamenti privati e di rappresentanza realizzati dai Duchi a partire dalla seconda metà del XV secolo.Le decorazioni delle sale vennero affidate alla famiglia Filippi (il padre Camillo e i figli Cesare e Sebastiano);coadiuvata da Leonardo da Brescia e Ludovico Settevecchi:sono tutte databili al terzultimo decennio del XVI secolo.Da ricordare;inoltre;i “Camerini d'Alabastro” destinati alle collezioni ducali che comprendevano dipinti di Tiziano;Dosso Dossi e del Garofalo accorpati secondo un programma iconografico incentrato sul tema del baccanale e alternati alle sculture di Antonio Lombardo.