Dal 1985 il Museo ha sede all'interno del Palazzo Ghisilardi-Fava;le prime due sale illustrano la storia del museo con i nuclei principali che contribuirono alla sua formazione:la stanza delle "meraviglie" del marchese Ferdinando Cospi;allestita nel Palazzo pubblico nel 1675;e la raccolta "sperimentale" del generale Luigi Ferdinando Marsili;formata nell'ambito dell'Istituto delle Scienze (1714).Tra il 1742 e il '43 i due nuclei furono trasferiti in palazzo Poggi e incrementati dalla donazione di Benedetto XIV.Fu da quei fondi;aumentati nel tempo da patrimoni soppressivi;lasciti;acquisizioni;che si scelsero i materiali destinati a formare il primo museo civico (1881).Le opere esposte nelle due sale risultano dalla selezione tipologica delle diverse collezioni:tra le testimonianze esotiche figurano uova di struzzo e noci di cocco impreziosite da incisioni;oggetti di provenienza o di gusto orientale.Largo spazio è dedicato agli strumenti scientifici tra i quali un orologio notturno del XVI secolo e lastre di incisioni (1756).Una sala raccoglie parte dei materiali esotici della collezione Palagi.Il percorso museale prosegue con il nucleo medievale e del primo Rinascimento;costituito da opere collegate alla storia cittadina come nel caso della 'Statua di Bonifacio VIII';eseguita nel 1301 per il Palazzo pubblico dall'orafo Manno Bandini da Siena con lastre di rame dorate su anima lignea;il 'S.Pietro Martire' di Giovanni di Balduccio;già in S.Domenico;e le sculture provenienti dalla loggia della Mercanzia.La cultura dello Studio è documentata dai monumenti funebri dei dottori;come quello attribuito a Jacopo Lanfrani;e quelli eseguiti da Pier Paolo delle Masegne e da Andrea da Fiesole.Tra le altre opere scultoree si segnala la 'Lastra Garganelli';unica opera scultorea di Francesco del Cossa.Nella raccolta dei bronzetti figurano il modello per la 'Fontana del Nettuno' del Giambologna;il 'Busto di Gregorio XV' del Bernini e il 'S.Michele Arcangelo' dell'Algardi.Tra gli avori un 'Trittico' della bottega degli Embriachi e gli esemplari della Sierra Leone (sec.XV-XVI).Le arti decorative sono rappresentate da esemplari di oreficeria e medaglistica;vetri;tessuti;armi;alcune di provenienza Bentivoglio;molte dalla collezione Marsili;da segnalare l'armatura da torneo della famiglia Cospi (sec.XVI).Rilevante;in ambito regionale;il nucleo degli strumenti musicali.Nel 1995 si sono aggiunte al percorso espositivo un'importante collezione di codici miniati bolognesi dei secoli XIII-XVI e una ricchissima raccolta di ceramiche composta da 300 pezzi dal XIII al XIX secolo di varia produzione.