Al centro della parte superiore del Gonfalone è uno stemma;lo scudo dei Savoia;ricamato in seta rossa.A sinistra è lo stemma di Alberto V e a destra quello di Nicolò III;entrambi Estensi.La parte inferiore del gonfalone mostra due medaglioni figurati che simboleggiano le due classi in cui l'Università si divideva:legisti e artisti.L'emblema dei legisti rappresenta la Giustizia che ripara gli orfani sotto il manto;l'emblema degli artisti invece raffigura S.Luca Evangelista;dinanzi al quale è il bue alato.Tra i due emblemi scende l'arma di Bonifacio IX e da essa;legata da un nastro d'oro;pende un ricco medaglione in cui si incrociano l'arma dell'Università e della città di Ferrara.In basso altri due stemmi:a sinistra quello di alfonso II d'Este;a destra lo scudo di Clemente XIV.Sul nastro superiore è un antico sigillo dell'Università recante la Fenice che risorge dal rogo;con la legenda "citterae resegunt".Lo sfondo è in velluto bordeaux e le bande in tessuto verde.