Il museo è stato istituito;grazie ad un accordo tra Comune;Soprintendenza e parrocchie;allo scopo di tutelare e valorizzare opere di arte sacra prodotte nel periodo storico-artistico più importante per Massa Marittima;quello che va dal XIII secolo al XVI nel quale la città vive un momento di grande ricchezza dovuto allo sfruttamento delle miniere delle Colline Metallifere.Il percorso museale è un percorso nell'arte a Massa Marittima in quei secoli nei quali si sentiva l'influenza della cultura e dell'arte pisana e senese con artisti come Giovanni Pisano;Ambrogio Lorenzetti;Gano di Fazio.Dal 2005 fa parte insieme al museo d'Arte Sacra;del Complesso Museale di San Pietro all'Orto;il centro espositivo costituito grazie alla volontà del collezionista Angiolino Martini di donare alla sua città natale la sua collezione d'arte.Dalla collezione sono scelte a rotazione opere per organizzare ciclicamente esposizioni a carattere monografico o tematico.