Inaugurato nel 1990;il museo è stato promosso e realizzato dall'Amministrazione Provinciale di Ferrara in alcuni ambienti del Castello della Mesola;delizia estense voluta da Alfonso II su progetto di Marco Antonio Pasi alla metà del Cinquecento.Sorto con uno scopo essenzialmente didattico-culturale per la diffusione della conoscenza naturalistica e ambientale del delta del Po;il museo dedica alcune sale alla descrizione degli aspetti evolutivi geomorfologici;la flora e la fauna dell'ambiente delle valli d'acqua dolce e salmastra;nonché quelle del Boscone della Mesola.Un ampio plastico dell'area deltizia mostra in modo sintetico l'altimetria;mentre le salette degli acquari;degli audiovisivi ed il laboratorio con la biblioteca naturalistica;costituiscono efficaci sussidi didattici.Una sezione specifica è dedicata al Cervo della Mesola:un animale assolutamente peculiare nel corredo genetico;nell'aspetto fisico;nel comportamento.Presso la chiavica cinquecentesca di Torre dell'Abate;voluta da Alfonso II;sono visibili riproduzioni cartografiche storiche del territorio mesolano.Un interessante modello in scala della torre mostra il funzionamento delle porte vinciane nel regolare afflusso e deflusso delle acque.