La collezione è composta da 238 vasi;suddivisi in:anfore;albarelli grandi;medi e piccoli;fiasche e brocchette;su molti di essi sono dipinte scene bibliche mitologiche e storiche tratte da originali bozze degli affreschi di Raffaello nelle Logge Vaticane Mancano sui vasi le descrizioni delle scene;ad eccezione di un albarello grande su cui è scritta la dizione “Como Giove si converse in toro e rapì Uropa”.All’interno della Farmacia si trovano altri vasi oltre quelli dei Patanazzi;aggiunti successivamente;di varia fattura;e dei mortai;degli alambicchi;un bilancino;dei filtri ed altro materiale d’epoca.