Il museo contiene la maggior parte di reperti storici di tutto il complesso conventuale.Qui è possibile ammirare una parte dei reperti acquisiti o donati nei secoli dalla Congregazione Armena;reperti archeologici proveniente da ogni parte del mondo;come ad esempio alcuni ushapti (statuette egiziane di valore apotropaico);terrecotte antiche;ceramiche e oggetti d’arte orientale come la Palla di Canton;pezzo unico d’avorio nel quale furono ricavate 14 sfere concentriche;oltre ad alcune sculture;tra cui un gesso di Canova raffigurante il figlio di Napoleone Bonaparte.La pinacoteca ospita numerose opere di pittori armeni quali Hovhannes Aivazovski (1817-1900) e Harutiun Ajemian (1904-1965).Sul soffitto si può ammirare lo splendido dipinto del Tiepolo che raffigura un’allegoria della Giustizia.;Nella sala dedicata all’arte e storia armena ;sono conservati alcuni importanti reperti bronzei;numerose ceramiche;argenterie in gran parte di uso liturgico ed altri cimeli e oggetti di interesse storico della civiltà di Urartu;antica popolazione armena.In una piccola sala del museo è conservata la mummia egiziana di Nemen Khet Amen;risalente al VII secolo e considerata una tra le meglio conservate al mondo;completa di sarcofago.;nella stessa sala è esposto un trono principesco indiano in legno di tek decorato a tarsie eburnee.;Attraverso un piccolo passaggio;si accede al vero "tesoro" dell'isola:la biblioteca del monastero di san Lazzaro degli Armeni;realizzata nel 1740 da Mechitar e considerata oggi la più significativa collezione di manoscritti armeni conservati in Occidente.Il patrimonio librario della Congregazione Armena Mechitarista;composto da circa 4000 manoscritti che vanno dal VI al XVIII secolo;la maggior parte dei quali di provenienza armena;è infatti frutto di un'operazione secolare di raccolta di testi e di acquisizione di collezioni.Tra i testi conservati;oltre alla più ampia raccolta di periodici e giornali armeni che esista;segnaliamo la collezione di testi di archeologia;donata dal ministro egiziano Artin Cerakian ai primi del Novecento;tra cui due edizioni originali della Description de l’Égypte;opera monumentale che segna la nascita dell’archeologia moderna promossa da Napoleone durante la campagna d’Egitto.;All’interno del monastero troviamo anche altri oggetti e opere d’arte come ceramiche;argenti e tele di pittori armeni.;