Le collezioni sono costituite da migliaia di reperti mineralogici;geologici e palentologici provenienti non solo dalla Sardegna;ma anche da altre parti della terra.Gran parte di questi sono presenti negli armadi situati nei corridoi del Dipartimento di Scienze della Terra;mentre numerosi altri sono custoditi nelle cassettiere;in attesa di essere trasferiti in idonee vetrine.;Il materiale conservato è prevalentemente sardo.;Nella collezione ""Leonardo De Prunner"" sono presenti minerali come le argentiti e l'argento nativo del Sarrabus;le cerussiti;le anglesiti e le fosgeniti;provenienti da Montevecchio;Monteponi e Villaputzu.Il Museo custodisce una collezione di rocce sarde di Alberto Della Marmora e gli splendidi atlanti a corredo dell'opera ""Voyage en Sardaigne"" sempre del Della Marmora.;Di notevole interesse è anche la raccolta di diamanti e di pepite di platino donate nel 1866 da G.Mendel.;