Il museo conserva e espone dipinti;suppellettili liturgiche e oggetti legati alla storia della Congregazione Vallombrosana.Nell'abbazia di Vallombrosa;alla fine del Settecento;esisteva un museo che conservava una raccolta eterogenea di opere d'arte;reperti archeologici;naturalistici.Questo antico museo fu chiuso nel 1810 in seguito alla soppressione napoleonica.Il nuovo museo è stato riaperto nel 2006 e conserva oltre alla pala d'altare del Ghirlandaio;paramenti;oggetti sacri;codici miniati e documenti di grande valore.