Il museo è sorto nel 1982 per iniziativa del Comune in collaborazione con il Circolo minerealogico e paleontologico Val d'Elsa al fine di conservare ed esporre reperti preistorici;fossili;mineralogici e zoologici del territorio di Montaione;oltre ad una collezione di oggetti africani donati da privati.Dopo alcuni anni di chiusura;nel 2002 è stata riaperta la Sezione Archeologica del museo;ospitata al piano terreno dell'antico Palazzo Pretorio;appositamente ristrutturato.Nel luglio 2009;a distanza di 7 anni dall'inaugurazione della nuova Sezione Archeologica;l'Amministrazione Comunale ha portato avanti il progetto di recupero complessivo del palazzo con la ristrutturazione dei locali del piano primo e l'ampliamento dello spazio da destinare a superficie espositiva.Tale interfento ha imposto una riorganizzazioneed um ampliamento del percorso museale da sviluppare su i due piani disponibili dellìedificio;secondo un progetto di allestimento curato dal Comune con la collaborazione della Scoietà Archeologica della Valdelsa Fiorentina.Nelle nuove sale hanno trovato collocazione reperti venuti alla luce di recente e materiali non ancora esposti;risultati delle recentissime ricerche archeologiche condotte sul territorio sotto la guida della Soprintendenza Archeologica della Toscana.Uno spazio all'interno del Museo è stato attrezzato come laboratorio didattico;da utilizzare per attività educative con gli istituti scolastici del territorio.Il museo fa parte del Sistema Museale della Valdelsa Fiorentina e partecipa attivamente ai progetti di rete;aderisce inoltre;annualmente alle iniziative promozionali promosse dalla regione e dalla Provincia di Firenze;quali Amico Museo;Le notti dell'archeologia;ecc....