Il museo nasce dalla raccolta del Gabinetto d’Anatomia Comparata della Pontificia Università di Bologna iniziata al tempo del regime napoleonico sotto la direzione prima di Germano Azzoguidi (1807-1814) e poi di Gaetano Gandolfi (1814-1819).Attualmente consta di più di 2800 preparati;di particolare pregio sono i disegni a colori e soprattutto le mirabili plastiche (modelli) in gesso;creta e cera;riproducenti reperti patologici originali in uguale volume e colore.Rilevante per numero e rarità dei casi è la raccolta di scheletri d'animali con mostruosità.Assai ricca la dotazione di patologie articolari;che è visitata con ammirazione ed interesse anche da cultori dell'artrologia umana e comparata.La collezione del museo ha una valenza storico-artistica (le plastiche a colori sono uniche nel loro genere in patologia veterinaria e molte testimoniano entità morbose scomparse come la pleuropolmonite contagiosa bovina) ed una valenza didattica poiché la collezione può vantare anche numerose patologie attuali utili per dimostrazioni agli studenti.Dopo la restaurazione del Governo Pontificio;a seguito della scomparsa del Gandolfì nel 1819;la direzione passò ad Antonio Alessandrini;il quale;nei quarantadue anni del suo magistero universitario (1819-1861);arricchì a tal punto la raccolta da meritarle fama internazionale.Oltre che alla sezione d’Anatomia Comparata;l'Alessandrini dedicò molta attenzione anche a quella d’Anatomia Patologica e Teratologia;come risulta dal catalogo da lui pubblicato nel 1854.Le due raccolte;normale e patologica;del museo Alessandrini furono divise dopo l'Unità d'Italia;nel 1863:la prima rimase alla cattedra di Anatomia Comparata della Facoltà di Scienze;mentre la seconda fu acquisita dalla cattedra di Anatomia Patologica Comparata ricoperta nello stesso anno da Giovan Battista Ercolani.L'Ercolani si dedicò alla revisione di tutto il materiale;cedendo alla cattedra di Anatomia patologica umana tenuta da Cesare Taruffi (1821-190);insigne autore di un insuperato trattato di Teratologia;i preparati attinenti il settore della medicina umana e ricatalogando quelli di interesse della medicina veterinaria.Sotto la direzione dell'Ercolani;che continuò ad avvalersi dell'opera del Bettini;la raccolta;inizialmente di 1705 preparati;si arricchì ulteriormente nel secolo XIX ed ha continuato ad arricchirsi nel secolo scorso sotto la direzione di Pietro Gherardini;Luigi Montroni e Paolo Stefano Marcato;succedutisi dagli anni '30 fino ai giorni nostri nella cattedra d'Anatomia Patologica Veterinaria.La sistemazione del museo nella nuova sede della Facoltà di Medicina Veterinaria ad Ozzano Emilia;avvenuta nel 2003;è stata curata da Sergio Biavati;per anni titolare della cattedra di Teratologia;il quale ha anche provveduto alla ricatalogazione ed arricchito il museo di nuovi contenitori per la migliore esibizione dei preparati.