La nascita del museo risale al 1865 ed è legata alla figura del canonico Giovanni Chelli;che iniziò a disporre nella biblioteca da lui aperta al pubblico vari oggetti antichi.Nel 1933 grazie ad un altro ecclesiastico;A.Cappelli;fu aperto il Museo di Arte Sacra.Nel 1975 i due musei sono stati uniti nella sede attuale grazie ad un accordo tra Comune e Diocesi.Chiuso nel 1992 per interventi di ristrutturazione;il museo è stato riaperto il 21 marzo 1999 in veste rinnovata.