Trae origine dalla Quadreria di Palazzo comunale;istituita nel 1788 e riordinata nel 1858 da Gaetano Guasti.L'attuale allestimento risale al 1954 ed è prevalentemente finalizzato a rappresentare la cultura artistica e il collezionismo di Prato dal Trecento all'Ottocento.
Il Museo Civico è attualmente chiuso per restauro.Le opere più importanti sono esposte nella mostra "Immagini del Sacro" nel chiostro di San Domenico.