L'Istituto è nato nel 1927 per tutelare il patrimonio scientifico della cultura toscana.È stato completamente ristrutturato e riallestito nel 2010 ed ha preso il nome di museo Galileo;già Museo di Storia della Scienza.È erede del Museo di Fisica e Storia Naturale voluto da Pietro Leopoldo di Lorena.Lo spazio antistante il Museo ospita dal 2007 una moderna meridiana monumentale.