La "Chiesa di origine votiva è strettamente legata alle ultime drammatiche vicende delle dinastia roveresca.Fu fatta costruire difatti nel 1603 dal cinquantacinquenne Duca Francesco Maria II quattro giorni dopo il suo secondo matrimonio con la giovane nipote Livia;perché fosse esaudito il voto di avere un'erede maschio.L'edificio potè dirsi compiuto una decina di anni dopo;quando il baroccesco urbinate Antonio Viviani detto il sordo nel 1614;concluse con il suo significativo ciclo pittorico la complessa decorazione barocca dell'interno.Restava tuttavia ancora incompiuta la facciata perché quella attuale di disegno evidentemente più tardo;sembra da connettere al trasferimento della confraternita del Corpus Domini;qui avvenuta nel 1708.Infatti quella storica Compagnia che aveva dato a Urbino i capolavori di Paolo Uccello;di giusto di Gand e di Tiziano;che aveva annoverato tra i suoi affiliati anche i pittori Giovanni e Raffaello Santi si trasferì appunto in questa Chiesa.