Al museo Pistoia Sotterranea si accede dall'antico Ospedale del Ceppo di Pistoia;il museo si sviluppa nell'originario alveo del torrente Brana poi divenuta Gora di Scornio e passeggiando al suo interno è possibile ammirare la stratificazione architettonica che si è succeduta dal rinascimento in poi nel centro della città di Pistoia;dove le esigenze urbanistiche hanno modificato nel tempo il corso di due torrenti.Il percorso sotterraneo recuperato raggiunge una lunghezza di 1200 metri;dei quali 650 visibili.L'antico Ospedale del Ceppo venne proprio costruito insieme ad altre strutture dello stesso ospedale dove era la gora del torrente Brana già deviato nel medioevo.Con questa deviazione il torrente divenne fossato lungo le mura della seconda cerchia della città e successivamente con la costruzione della terza cerchia;fu ridotto a gora per il servizio idrico all'interno della città con il nome di Gora di Scornio.Ad est dell'abitato di Pistoia già in epoca romana era stato deviato e bonificato il territorio intorno dell'antico Pantano dove scorreva il torrente Diecine.