Il Palazzo prende il nome da Guglielmo Ajutamicristo;barone di Misilmeri e di Calatafimi;che l'aveva fatto costruire per la sua famiglia tra il 1495 ed il 1501.Questi;banchiere di origine pisana;arricchitosi nel giro di qualche decennio con il commercio di formaggi e di cereali siciliani;stanco di abitare nell'arabo castello di Misilmeri;da tempo desiderava realizzare nella capitale una "domus magna" che bene potesse rappresentare la sua ricchezza e che risultasse da ornamento e decoro alla città stessa.L'occasione gli fu offerta dall'arrivo a Palermo del celebre architetto Matteo Carnilivari (già autore del Palazzo Abatellis;oggi Galleria Regionale della Sicilia);al quale egli affidò la fabbrica del suo palazzo sulla strada di Porta Termini.Ma;a causa dell'eccessiva spesa;il palazzo venne realizzato solo in parte;modificando i grandiosi piani stabiliti all'inizio.Lo storico palazzo fu in quel tempo la dimora prediletta di ospiti illustri.Nel 1500 ospitò la regina Giovanna;moglie del re Don Ferrante di Napoli;nel 1535 vi soggiornò l'imperatore Carlo V;non potendo alloggiare nel Palazzo Reale non adatto alla sua magnificenza;nel 1544 vi dimorò Muley Hassan;re di Tunisi;poco prima di essere accecato da suo figlio Ajaja;nel 1576 vi fu ricevuto Don Giovanni d'Austria;fratello del re Filippo II;vincitore della battaglia di Lepanto alla quale aveva preso parte anche l'ammiraglio Marcantonio Calefati con la flotta pisana.Nel 1588 Margherita Ajutamicristo concesse il palazzo a Francesco Moncada;primo principe di Paternò;per il canone di 390 onze annuali;concessione che ben presto si tramutò in proprietà.Nell'800 i Moncada vendono il Palazzo alle famiglie Calefati di Canalotti e Tasca d'Almerita;a tutt'oggi la famiglia Calefati detiene la sua parte di proprietà;mentre l'altra metà è stata acquistata dalla Regione Siciliana e sarà;a breve;sede della Soprintendenza per i Beni culturali.I lavori;curati dall'architetto Lina Bellanca;dirigente dell'ufficio;sono stati commissionati dalla sovrintendenza e sono durati tre anni circa.L'obiettivo è stato mantenere;laddove è stato possibile;lo stato originario sia della struttura quattrocentesca;più volte rivista nel corso dei secoli dai proprietari (Aiutamicristo;Moncada;Tasca;Canalotti);della pavimentazione di maioliche siciliane;di parte degli affreschi ritrovati sulle pareti;che in un primo momento saranno protetti da uno strato di cartongesso e delle splendide volte lignee.E' in fase di completamento il giardino prospicente l'ingresso del museo delle carrozze della collezione Martorana;a piano terra.