Come altri musei scientifici dell'Università di Roma il museo di Anatomia Comparata "Battista Grassi" trae le sue origini dal museo di Mineralogia et Historia Naturalis che nel 1805;durante il Pontificato di Pio VII;fu allestito presso l'Achiginnasio della Sapienza.Molti dei pezzi esposti risultano registrati nel catalogo manoscritto databile attorno al 1850;conservato presso l'Archivio di Stato.Altri oggetti sono ancora più antichi:essi derivano dalla celebrata collezione che il gesuita Atanasio Kircher organizzò attorno alla prima metà del seicento al Collegio Romano e che fu smembrato in seguito alla confisca dei beni ecclesiali successiva alla presa di Roma.La loro appartenenza alla collezione Kircheriana è documentabile attraverso la descrizione nei cataloghi del Museo kircheriano che il Bonanni compilò nel 1709.Vi si espongono grandi scheletri di vertebrati;tra i quali quelli di una balenottera comune e di un capodoglio.Una sala è riservata ad una collezione di strumenti per la microscopia che vanno dal microscopio di Leeuwenhoek a moderni microscopi elettronici a trasmissione e a scansione.