Sorta intorno alla metà del 1200 la chiesa venne completamente ristrutturata nel 1737 con la ricostruzione dell’edificio suddiviso in aula;presbiterio e vano con cupola con una ricca decorazione interna;opera di Michele Clerici.Dell’edificio originario restano la metà inferiore della facciata e la base del campanile che venne completato;insieme alla cella ottagonale e alla cupola;nel XVI secolo.Nella chiesa di San Francesco è custodito il Miracolo Eucaristico;sacra reliquia che rende Lanciano una delle mete più visitate nel turismo religioso abruzzese.Si narra che nel VIII secolo;nella chiesa dei Santi Legonziano e Domiziano;che si ergeva dove oggi è la chiesa di San Francesco;durante la celebrazione della messa da parte di un sacerdote che non credeva della presenza eucaristica;l'ostia e il vino si trasformarono in carne e sangue.Un prezioso reliquiario del '700 custodisce le reliquie;frutto del prodigio.