Conserva reperti archeologici provenienti dall'Arcipelago Toscano;che sono ordinati secondo una linea storico-topografica.L'arco cronologico si estende dalla fine dell'VIII sec a.C.al V d.C.e documenta il ruolo strategico dell'Arcipelago nel commercio marittimo dell'Antichità.Adiacente al museo si trovano i resti della villa romana della Linguella.All'estremità opposta del golfo di Portoferrario si trovano i resti della Villa Romana delle Grotte;visitabili in estate dalle 9.00 alle 18.30.