Fondato nel 1568 per iniziativa di Ulisse Aldrovandi;dopo vari trasferimenti trovò la sua definitiva collocazione presso l'antico Collegio Ferrerio.La superficie complessiva ammonta a di circa due ettari e su di essa sono coltivati più di cinquemila esemplari di piante locali ed esotiche.Le serre sono tre:due accolgono piante tropicali (principalmente felci;orchideacee;broneliacee e alberi di interesse alimentare;mentre la terza ospita la collezione di piante grasse.Gli altri settori dell'Orto comprendono l'area delle piante officinali;l'area ornamentale;il bosco parco e il settore delle ricostruzioni di ambienti naturali.Il primo nucleo;denominato l'Orto dei Semplici;ebbe origine nel 1568 sull’area cortilizia di Palazzo d'Accursio;nello spazio che nel 1925 fu occupato dalla Sala Borsa su progetto di Edoardo Collamarini;per iniziativa di Ulisse Aldrovandi (1522-1605);professore di filosofia naturale presso l'Università di Bologna;e creatore - nel 1556 - del museo di storia naturale.Dal 1803;si estende negli oltre due ettari di terreno tra le porte urbiche di San Donato e Mascarella;dove sono coltivati più di cinquemila esemplari di piante locali ed esotiche.Qui sono allestite diverse aree tematiche:le piante officinali;le piante ornamentali;il bosco-parco;e la ricostruzione di diversi ambienti naturali.Tra le specie in terra si ricordano Ginkgo biloba (femmina) e Magnolia grandiflora.Di particolare interesse le tre serre che accolgono piante tropicali e grasse.