Virüs replikasyonu

Viral replikasyon biyolojik virüslerin konak hücrelerde kopyalanması işlemidir. Viral replikasyon sürecinin başlaması için virüsün konak hücreye girmesi gerekmektedir. Virüs açısından viral replikasyonun amacı, kendini kopya ederek türünün üretimini ve yeni konak hücrelere girerek hayatta kalmasını sağlamaktır. Replikasyon, virüsün genom yapısına ve barındırdığı kor proteinlerine göre önemli farklılıklar gösterebilir. Birçok RNA virüsü sitoplazmada gelişirken, birçok DNA virüsü çekirdeğe bağlanır. "Virüsler, genom tiplerine göre 7 tipe ayrılmışlardır, her birinin kendi çoğalma stratejileri olan aileleri vardır..  David Baltimore, Nobel Ödüllü biyolog, farklı virüsleri sınıflandırmak için kendilerine özgü çoğaltma stratejisine dayalı baltimore sınıflandırma sistemi adı verilen bir sistem geliştirdi. Bu sistem replikasyon stratejilerini temel alan yedi gurptan oluşur (Baltimore Sınıfları I, II, III, IV, V, VI, VII). Bu yedi sınıfın genel özellikleri kısaca şöyledir:Bu tipteki virüsler, replike olabilmek için genelde konak hücre çekirdeğine taşınmalıdırlar. Adenovirüsler ve herpesvirüsler gibi virüsler kendi replikasyon faktörlerini kodlayabilirken, bazı virüsler genomlarını kopya edebilmek için konak polimerazlarına ihtiyaç duyarlar. Ancak her iki durumda da, viral genomun replikasyonu, konağın hücre döngüsünde DNA replikasyonuna yatkınlığına yüksek oranda bağımlıdır. Hücre bölünmesinin zorlanması ile birlikte konak hücre kanser hücresine dönüşebilir.Poksvirüs ailesi sınıf I virüslerde, replike olabilmek için hücre çekirdeğine taşınmayan iyi çalışılmış bir virüs ailesidir. Bu ailedeki virüsler omurgalıları enfekte ederler ve yüksek oranda patojeniktirler.Bu sınıftaki virüsler iyi çalışılmış olmamalarına rağmen omurgalılar için oldukça patojenik virüsler vardır. Bunlardan ikisi Sirkovirüsler ve Parvovirüslerdir. Bunlar hücre çekirdeğinde replike olurlar ve replikasyonda çift iplikçikli DNA aracısı kullanırlar. Bir insan  Sirkovirüsü olan TTV bu sınıftadır ve neredeyse tüm insanlarda mevcuttur, her organı asemptomatik olarak enfekte ederler.Birçok RNA virüs genomu gibi çift iplikçikli RNA virüsleri de replikasyon için konak hücre polimerazına DNA virüsları kadar gerek duymazlar. çiRNA virüsleri, diğer sınıflar kadar iyi çalışılmamışlardır. Bu sınıf iki büyük aileyi barındırır, bunlar Reovirüsler ve Birnavirüsler. Replikasyonları monosistroniktir, bireysellik ve parçalı genomlar içerir,  bunun anlamı her gen sadece bir proteini kodlar. Diğer virüslerin aksine daha karmaşık bir translasyon sergilenir.Bu virüsler iki tipten oluşur, replikasyon aslen sitoplazmada olur. Bu virüsler replikasyonda hücre döngüsüne DNA virüsleri kadar bağımlı değildir. Bu virüs sınıfı çiDNA virüsleri ile birlikte virüslerin en çok çalışılan türlerindendir.Pozitif yönelimli RNA virüsleri ve aslında pozitif yönelimli tüm genler doğrudan doğruya protein oluşturan form olarak konak ribozomuna bağlanabilir.Negatif yönelimli RNA virüsleri ve aslında negatif yönelimli tüm genler doğrudan doğruya protein oluşturan form olarak konak ribozomuna bağlanamazlar. Bunun yerine viral polimeraz tarafından "okunabilir" tamamlayıcı pozitif yönelimli iplikçiği yazılmalıdır.Bu sınıfın çok iyi çalışılmış bir üyesi Retrovirüslerdir. Bu sınıfın belirleyici özelliği, virüs hücreye girdikten sonra tek iplikçikli RNA'dan çift iplikçikli DNA oluşumudur. Bu DNA konak hücre genomuna entegre olur.Bu sınıf hepatit B virüsü ile örneklenir ve virüslerin küçük bir grubunu oluşturur, kısmi çift iplikçikli DNA yapısı, kovalent olarak kapalı komplementer DNA'ya (cccDNA) dönüştürülür ve bu cccDNA, viral mRNA ve altgenomik mRNA üretimi için bir şablon olarak kullanılır. Öngenomlu RNA, DNA genomunun yapımı için viral ters transkriptazın bir şablonu gibi hizmet verir.