Biyosemiyotik

Biyosemiyotik (Yunanca hayat anlamındaki bios ve gösterge anlamındaki "semeion" kelimelerinden) semiyotik ve biyoloji içerisinde büyüyen bir alandır.  Biyoloji bilim dalı kapsamındaki göstergeler ve kodların üretilmesi ve yorumlaması üzerine çalışır. Biyosemiyoloji, biyoloji ile semiyotik bulgularının birleştirilmesine teşebbüs eder.  Batı dünyasının bilimsel hayat görüşünde, semiyozisi (gösterge süreci, anlam ve yorumu kapsar) hayat kavramının içten ve değişmez bir kısmı olarak göstererek, bir paradigma kayması önerir. “Biyosemiyotik” terimi ilk defa Friedrich S. Rothschild tarafından 1962’de kullanılmıştır fakat Thomas Sebeok ve Thure von Uexküll bu terimi kendi alanında uygulamışlardır. Biyolojinin normatif bakış açılarını zorlayan bu alan, genellikle teorik ve uygulamalı biyosemiyotik olarak ikiye ayrılır.Biyosemiyotiği “gösterge sistemleri olarak yorumlanan biyoloji” olarak tanımlamak onun sadece (bir bilimsel araştırma alanı olarak) bildiğimiz anlamda biyoloji ve semiyotik (gösterge çalışmaları) ile yakın ilişkisini vurgulamak değil ama öncelikle, hayat sadece moleküllerin ve kimyanın perspektifinden ele alınmayıp, moleküller aracılığıyla dahil olmak üzere çeşitli yollarla diğer yaşayan göstergeler tarafından iletilen ve yorumlanan göstergeler olarak da düşünüldüğü zaman gerçekleşen derin perspektif değişimini vurgulanmaktır.  Bu anlamda biyosemiyotik, moleküler biyolojiden beyin bilimine ve davranış çalışmalarına kadar biyolojinin mevcut alanlarının ortaya koyduğu gibi, yaşayan süreçlerin karmaşıklığını kanıksar ve buna saygı duyar.  Ancak biyosemiyotik, (evrim biyolojisi dâhil) biyolojinin farklı disiplinlerinin ayrı bulgularını, ribozomdan ekosisteme ve hayatın başlangıcından onun nihai anlamlarına kadar yaşayan dünyanın merkez fenomenleri üzerine yeni ve daha birleşik bir perspektifte bir araya getirmeye teşebbüs eder.Dahası, evrende anlamın (signifikasyon) ortaya çıkması gibi genel gösterge süreçleri (semiyotik) çalışmalarındaki çözümlenememiş sorulara, biyolojiden yeni kavramlar, teoriler ve vaka çalışmaları sağlayarak yeni bir ışık tutmaya teşebbüs eder.  Burada, signifikasyon (ve gösterge) çok genel bir anlamda anlaşılmaktadır, basitçe bilginin bir yerden diğerine aktarılması değil, çok içeriklinin ve insanda olduğu kadar insan-dışı gösterge oluşturucular ve alıcılarda da o bilginin anlamının oluşturulmasıdır.Gösterge süreçleri böylece gerçek olarak ele alınır: Keşfedilebilir ve açıklanabilir düzenler (alışkanlıklar veya doğal kurallar) tarafından yönetilirler.  Yaşayan tabiatın özündedirler ama (açıklamaları inşa ederkenki) bu süreçleri anlayış ve temsil, organizmanın kendi gösterge süreçlerinden ayrı bir bilimsel gösterge sistemi olarak oluşsalar da, bu süreçlere direkt değil ama dolaylı olarak, diğer gösterge süreçleri (örneğin, niteleyici ayırım yöntemleri) ile erişebiliriz.Yaşayan sistemlerin merkez özelliklerinden biri, fiziksel ve kimyasal süreçlerin, kısmen 1960’larda bulunarak genom olarak bilinen ve bilgi içeriği (informasyonel) ile moleküler özellikleri temel alan, yüksek organize karakterleridir.  Ernst Mayr ve Manfred Eigen gibi seçkin biyologlar, bu informasyonel yönlerini hayatın ortaya çıkan ve hayatı fiziksel dünyadaki diğer, belki insan yapımı bilgisayarlar hariç, her şeyden ayıran özellikleri olarak görmüşlerdi.  Ancak, bilgisayar programlarının informasyonel teleolojisi insanlar tarafından bu özel hedeflere ulaşmak için tasarlanarak türetilmişse de, teleoloji ve organizmaların informasyonel karakteristikleri onlara özgüdürler ve doğal olarak evrilirler.Geleneksel biyoloji (ve biyoloji felsefesi) böyle süreçleri sırf fiziksel görmüşlerdir ve indirgemeci ve mekanistik bir gelenekten etkilenerek sadece etkili nedensellikle ilişkilenen, çok kısıtlı bir fiziksel nosyonu benimsemişlerdir.  Biyosemiyotik, (C.S. Peirce açısından, insanda olduğu kadar doğanın herhangi bir yerinde dinamik gösterge eyleminin (aksiyonunun) kapsamlı mantıksal ve bilimsel çalışması olarak) semiyotik kavramlarını, anlam, amaçlılık ve fiziksel dünyanın biyolojik oluşumu ile ilgili soruları yanıtlamak için kullanır.  Bu sorular ya yanıtlanması zordur ya da tamamen mekanistik ve fiziksel çerçeve içerisinde tamamen tutarsızdırlar.Biyosemiyotik, hayatın evrimini ve semiyotik sistemlerin evrimini aynı sürecin iki yönü olarak görmektedir.  Hayatın kaynağına ve evrimine bilimsel yaklaşım, kısmen moleküler biyolojinin başarısından dolayı, tüm sürecin daha harici yönlerinin değerli açıklamalarını vermektedir fakat içerisindeki gösterge aksiyonunun niteliksel yönlerini gözden kaçırmıştır, indirgemeci bir nedensellik resmine yol açar.  Karmaşık, kendinden-organize yaşayan sistemler biçimsel ve nihai nedensellikle de yönetilir.  Biçimsellik, organizma gibi bir tüm yapıdan moleküllerine kadar inen aşağı doğru nedensellik açısındandır ve eylemlerini (aksiyonlarını) sınırlarken onlara tüm metabolizma ile alakalı fonksiyonel anlamlar bahşeder.  Nihai olma ise alışkanlıklar alma ve mevcut gösterge aksiyonları için gelecek yorum-tavrı (interpretant) meydana getirme açısındandır.  Burada, biyosemiyotik, sistem teorisi, teorik biyoloji, Sibernetik, ve karmaşık kendinden-organize sistemler çalışmaları gibi alanların anlayışlarından da yararlanır.Moleküler biyoloji, bilişsel etoloji, bilişsel bilim, robotik, ve nörobiyoloji gibi belli bilimsel alanlar bilgi süreçleri ile çeşitli düzeylerde ilgilenir ve böylece biyosemiyozis (canlı sistemlerde gösterge aksiyonu) ile ilgili bilgiye kendiliğinden katkı sağlar.  Ancak, biyosemiyotik halen özel bir araştırma disiplini programı değildir ama “gösterge” kullanımının yaşam süreçlerindeki rolünü araştırma ihtiyacı üzerine genel bir bakış açısıdır ve öylesi bulguları entegre etme, biyoloji için semiyotik bir temel kurma girişimidir.  Halen akıl felsefesi ile uğraşan Kartezyen düalizmin bazı formlarını çözümlemeye de yardım edebilir.  Biyosemiyotik, beden ile zihin arasındaki sürekliliği tasvir ederek ya da ayrımın yanlış ya da faydasız olduğunu göstererek, insanın “düşünceliliği”nin, hayvanın somutlaşmış “bilme” eylemindeki daha ilkel süreçlerden nasıl doğal olarak ortaya çıkmış olabileceğini anlamamıza yardım edebilir.vejetatif semiyotik (ayrıca endosemiyotik veya fitosemiyotik), semiyozisin hücre ve moleküler düzeyde çalışılması (genom ve organik form ya da fenotiple ilgili çeviri süreçlerini de içerir); vejetatif semiyozis tüm organizmalarda hücre ve doku seviyelerinde gerçekleşir; vejetatif semiyozis, prokaryot semiyotiğini, çoğunluğu algılama (quorum sensing) gibi bakteri topluluklarında gösterge-aracılı etkileşimleri ve çoğunluğu sönümlemeyi (quorum quenching) içerir.zoosemiyotik ya da hayvan semiyotiği; hayvan semiyozisi organizmada nöromüsküler sistemde gerçekleşir ve antroposemiyotiği de içerir. Antroposemiyotik, insanda semiyotik davranış çalışmasıdır.Çalışılan semiyozisin egemen yönlerine göre, şu etiketler kullanılmıştır: biyopragmatik, biyosemantik, ve biyosentaktik.Charles Sanders Peirce (1839–1914) ve Charles W. Morristen (1903–1979) ayrı olarak, biyosemiyotiğin ilk öncüleri  Jakob von Uexküll (1864–1944), Heini Hediger (1908–1992), Giorgio Prodi (1928–1987), Marcel Florkin (1900–1979) ve Friedrich S. Rothschild (1899–1995); çağdaş disiplinler arası alanın kurucuları Thomas Sebeok (1920–2001) ve Thure von Uexküll'dür (1908–2004).(Kopenhag-Tartu Okulu tarafından başlatıldığı gibi) modern dönem, biyologlar Jesper Hoffmeyer, Kalevi Kull, Claus Emmeche, Terrence Deacon’u, semiyotikçiler Martin Krampen, Marcel Danesi’yi, filozoflar John Deely, John Collier, Guenther Witzany’i ve karmaşık sistem bilimcileri Howard H. Pattee, Michael Conrad, Luis M. Rocha ve Cliff Joslyn’i içerir.2001’de, biyosemiyotik araştırma için Biyosemiyotikte Toplanmalar (Gathering in Biosemiotics) olarak bilinen senelik bir uluslararası konferans resmi olarak başlatılmıştır ve o zamandan beri her yıl gerçekleşmiştir.2004’te, bir grup biyosemiyotikçi – Marcello Barbieri, Claus Emmeche, Jesper Hoffmeyer, Kalevi Kull, and Anton Markos – uluslararası bir biyosemiyotik dergisi çıkarmaya karar vermişlerdir. Journal of Biosemiotics  isimli Biyosemiyotik Dergisi bunların editörlüğünde Nova Science Publishers tarafından 2005’te başlatılmıştır (2 dergi yayınlanmıştır) ve Biosemiotics, aynı beş editörle Springer tarafından 2008’de başlatılmıştır. Kitap serisi Biosemiotics (Springer, 2007’den beri) ise, Jesper Hoffmeyer, Kalevi Kull, ve Alexei Sharov tarafından düzenlenmiştir.Uluslararası Biyosemiyotik Çalışmaları Derneği (International Society for Biosemiotic Studies) 2005’te kurulmuştur. Biyosemiyotiğin esas tezleri üzerine program niteliğinde kolektif bir makale 2009’da çıkmıştır.Alexander, V. N. (2011). The Biologist’s Mistress: Rethinking Self-Organization in Art, Literature and Nature. Litchfield Park AZ: Emergent Publications.Emmeche, Claus; Kull, Kalevi (eds.) (2011). Towards a Semiotic Biology: Life is the Action of Signs. London: Imperial College Press.Emmeche, Claus; Kalevi Kull and Frederik Stjernfelt. (2002): Reading Hoffmeyer, Rethinking Biology. (Tartu Semiotics Library 3). Tartu: Tartu University Press.Favareau, D. (ed.) (2010). Essential Readings in Biosemiotics: Anthology and Commentary.  Berlin: Springer.Favareau, D. (2006). The evolutionary history of biosemiotics. In "Introduction to Biosemiotics: The New Biological Synthesis." Marcello Barbieri (Ed.) Berlin: Springer. pp 1–67.Hoffmeyer, Jesper. (1996): Signs of Meaning in the Universe. Bloomington: Indiana University Press. (special issue of Semiotica vol. 120 (no.3-4), 1998, includes 13 reviews of the book and a rejoinder by the author).Hoffmeyer, Jesper (2008). Biosemiotics: An Examination into the Signs of Life and the Life of Signs. Scranton: University of Scranton Press.Hoffmeyer, Jesper; Kull, Kalevi (2003): Baldwin and Biosemiotics: What Intelligence Is For. In: Bruce H. Weber and David J. Depew (eds.), Evolution and Learning - The Baldwin Effect Reconsidered'. Cambridge: The MIT Press.Kull, Kalevi, eds. (2001). Jakob von Uexküll: A Paradigm for Biology and Semiotics. Berlin & New York: Mouton de Gruyter. [ = Semiotica vol. 134 (no.1-4)].Sebeok, Thomas A.; Umiker-Sebeok, Jean (eds.) (1992): Biosemiotics. The Semiotic Web 1991. Berlin and New York: Mouton de Gruyter.Sebeok, Thomas A.; Hoffmeyer, Jesper; Emmeche, Claus (eds.) (1999). Biosemiotica. Berlin & New York: Mouton de Gruyter. [ = Semiotica vol. 127 (no.1-4)].Witzany, G. (2006). The Logos of the Bios 1. Contributions to the foundation of a three leveled biosemiotics. Helsinki: Umweb.Witzany, G. (ed.) (2007). Biosemiotics in Transdisciplinary Contexts: Proceedings of the Gathering in Biosemiotics 6, Salzburg 2006. Helsinki: Umweb.Rothschild, Friedrich S. (2000). Creation and Evolution: A Biosemiotic Approach.  Edison, New Jersey: Transaction Publishers.Hoffmeyer, Jesper (ed.)(2008). A Legacy for Living Systems: Gregory Bateson as a Precursor to Biosemiotics.   Berlin: Springer.TDE-R – Öznel Bir Biyobilgisayar (TDE-R - A Subjective Biocomputer) (İngilizce)  Charles Dyer tarafından