Monofili

Bir organizma grubu için kladistikte, monofili, klad olmanın koşuludur - yani, yalnızca ortak bir atadan (veya daha kesin olarak bir ata popülasyonundan) ve onun tüm soyundan oluşan bir grup taksondur. Monofiletik gruplar tipik olarak, daldaki organizmaları diğer organizmalardan ayıran ortak türetilmiş özellikler (sinapomorfiler) ile karakterize edilir. Eşdeğer bir terim holofilidir.Monofili farklı olup paraphyly ve polyphyly ikinci şemada gösterilen. Bir parafiletik grup, bir veya daha fazla monofiletik grup eksi ortak bir atadan tüm soyundan oluşur. Polifiletik bir grup, yakınsak özellikler veya bilimsel ilgi alışkanlıkları (örneğin, gece aktif primatlar, meyve ağaçları, suda yaşayan böcekler) ile karakterize edilir. Bir polifiletik grubu diğerlerinden ayıran özellikler ortak bir atadan miras alınmaz.Bu tanımların kabul edilmesi biraz zaman almıştır. Kladistik düşünce okulu 1960'larda ana akım haline geldiğinde birkaç alternatif tanım kullanılıyordu. Gerçekten de, taksonomistler bazen terimleri tanımlamadan kullandılar, bu da erken literatürde kafa karışıklığına neden oldu, bu hala devam eden bir karışıklıktır.İlk diyagram, iki monofiletik gruba sahip filogenetik ağacı gösterir. Birkaç grup ve alt grup, gösterilen tüm organizmalar arasındaki sıralı çizgisel ilişkileri göstermek için özellikle ağacın dalları olarak konumlandırılmıştır. Ayrıca, ortak ata(lar)ına göre üyelerin seçimine bağlı olarak, herhangi bir grup modern sistematiğe göre bir takson olarak kabul edilebilir (veya edilmeyebilir); ikinci ve üçüncü diyagramlara bakın.Monofili  veya monofiletik terimi, "yalnız, sadece, benzersiz" anlamına gelen iki  Eski Yunanca  kelime μόνος (mónos) ve "cins, türler", anlamına gelen φῦλον (phûlon) kelimelerinden türemiştir ve monofiletik bir grubun benzersiz bir ortak atadan gelen tüm torunlardan oluşan organizmaları (örneğin cinsler, türler) içerir.Tersine, polyphyly veya polyphyletic terimi, "pek çok, birçok sayıda"  anlamına gelen eski Yunanca öneki πολύς (polús) üzerine kuruludur ve bir polifiletik grubun birden çok atasal kaynaktan kaynaklanan organizmaları içerdiği gerçeğine atıfta bulunur.Karşılaştırıldığında, paraphyly veya parafiletik terimi, "yanında, yakınında"  anlamına gelen eski Yunanca παρά (pará) önekini kullanır ve bir veya birkaç monofiletik alt grubun, benzersiz bir ortak atadan gelen tüm diğer torunlardan ayrı kaldığı durumu ifade eder. Yani, parafiletik bir grup neredeyse monofiletiktir, dolayısıyla pará öneki kullanılır.Willi Hennig (1966:148) monofiliyi sinapomorfiye dayalı gruplar olarak tanımlamıştır (semplesiomorfiye dayalı parafiletik grupların ve yakınsamaya dayalı polifiletik grupların aksine). Bazı yazarlar, monofiliyi, ortak bir atayı paylaşan herhangi iki veya daha fazla grup olarak parafiliyi içerecek şekilde tanımlamaya çalışmışlardır. Bununla birlikte, bu daha geniş tanım, yukarıda tanımlandığı gibi hem monofiletik hem de parafiletik grupları kapsar. Bu nedenle, bugün çoğu bilim insanı, "monofilik" terimini, bir (varsayımsal) ortak atadan gelen tüm torunlardan oluşan gruplara atıfta bulunmak için sınırlandırmaktadır. Ancak cinsler ve türler gibi taksonomik gruplar düşünüldüğünde, ortak atalarının en uygun doğası belirsizdir. Bunun tek bir birey veya çiftleşen bir çift olacağını varsaymak, tanımı gereği melezlenen popülasyonlar olan eşeyli üreyen türler için gerçekçi değildir.Monofili (ayrıca, holofili) ve ilişkili terimler takson tartışmalarıyla sınırlıdır ve Hennig'in tokogenetik ilişkileri -şimdi soykütük olarak anılacaktır- tanımlamak için kullanıldığında mutlaka doğru değildir. Bazıları, bir tür ve onun tüm soyundan gelenler gibi daha geniş bir tanım kullanmanın bir cinsi tanımlamak için gerçekten işe yaramadığını savunur. Esnek tanım ayrıca tüm organizmaların ilişkilerini tanımakta başarısız olur. DM Stamos'a göre, bir türün veya cinsin tatmin edici bir kladistik tanımı imkansızdır çünkü birçok tür (ve hatta cins) var olan bir türden "tomurcuklanarak", ana türü parafiletik bırakarak oluşabilir; veya türler veya cinsler, melez türleşmenin sonucu olabilir.Ayrıca, monofili, parafili ve polifili kavramları, çeşitli tür gruplarının barkodlanması için anahtar genlerin çıkarılmasında kullanılmıştır.