Patent ES-2554497-T3 (ES)
Title: Métodos, conjuntos de sondas, y equipos para detección de eliminación de gen supresor de tumores mediante hibridación in situ de fluorescencia
Inventor: SQUIRE JEREMY
IPC: C40B50/00
Filed: 2011-03-15
Granted: 2015-12-21
Abstract: Un método para realizar un ensayo en función de hibridación in situ con fluorescencia para eliminación de un gen supresor de tumor que comprende: (a) realizar hibridación in situ con fluorescencia (FISH) con un conjunto de sondas sobre una muestra celular que comprende una pluralidad de células, en donde el conjunto de sondas comprende por lo menos una primera sonda de flanqueo que se hibrida con una posición centromérica para el gen supresor de tumor, por lo menos una segunda sonda de flanqueo que se hibrida en una posición telomérica para el gen supresor de tumor, y por lo menos una sonda objetivo que se hibrida al gen supresor de tumor; (b) enumerar las señales FISH desde por lo menos una primera y por lo menos una segunda sondas de flanqueo y por lo menos una sonda objetivo en la pluralidad de células; (c) proporcionar por lo menos una frecuencia de eliminación de artefactos desde una muestra de control para (1) una eliminación que afecta solo la sonda objetivo, (2) una eliminación que afecta la sonda objetivo y la sonda de flanqueo centromérica más cercana a la sonda objetivo, (3) una eliminación que afecta la sonda objetivo y la sonda de flanqueo telomérica más cercana a la sonda objetivo, o (4) una eliminación que afecta la sonda objetivo, la sonda de flanqueo centromérica más cercana a la sonda objetivo, y la sonda de flanqueo telomérica más cercana a la sonda objetivo, la frecuencia de eliminación de artefactos se selecciona de (i) una frecuencia de eliminación hemicigota de artefactos y (ii) una frecuencia de eliminación homocigota de artefactos; (d) determinar por lo menos una frecuencia de eliminación aparente a partir de las señales FISH enumeradas de la etapa (b), para el mismo tipo de evento de eliminación que por lo menos una frecuencia de eliminación de artefactos de la etapa (c), la frecuencia de eliminación aparente se selecciona de (i) una frecuencia de eliminación hemicigota aparente y (ii) una frecuencia de eliminación homocigota aparente, en donde por lo menos una frecuencia de eliminación aparente comprende una frecuencia de eliminación hemicigota aparente si no se proporciona una frecuencia de eliminación homocigota de artefactos en la etapa (c), y en donde por lo menos una frecuencia de eliminación aparente comprende una frecuencia de eliminación homocigota aparente si no se proporciona una frecuencia de eliminación hemicigota de artefactos en la etapa (c); y (e) determinar si la muestra comprende células con una eliminación hemicigota del gen supresor de tumor en función de si la frecuencia de eliminación hemicigota aparente es significativamente mayor que la frecuencia de eliminación hemicigota de artefactos, o determinar si la muestra comprende células con una eliminación homocigota del gen supresor de tumor en función de si la frecuencia de eliminación homocigota aparente es significativamente mayor que la frecuencia de eliminación homocigota de artefactos.