Patent ES-2659492-T3 (ES)
Title: Método para cuantificar el nivel de enfermedad mínima residual en un sujeto
Inventor: BARRIO GARCÍA SANTIAGO
IPC: C12Q1/68
Filed: 2014-11-05
Granted: 2018-03-15
Abstract: Un método para cuantificar el nivel de enfermedad mínima residual (EMR) en un sujeto que ha sido tratado para dicha enfermedad, que comprende: (a) - amplificar mediante reacción en cadena de polimerasa usando cebadores, al menos una secuencia de nucleótidos comprendida en una cantidad, D, de ADN genómico de una muestra biológica obtenida a partir de dicho sujeto después del tratamiento para dicha enfermedad, donde el ADN genómico tiene un peso promedio, k, por célula diploide de dicha muestra biológica; y - secuenciar dicha al menos una secuencia de nucleótidos para obtener al menos una primera lista de caracteres de lectura de izquierda a derecha; (b) - amplificar mediante reacción en cadena de polimerasa usando los mismos cebadores que en la etapa (a), al menos una secuencia de nucleótidos en una muestra biológica obtenida a partir de dicho sujeto antes del tratamiento de dicha enfermedad; y - secuenciar dicha al menos una secuencia de nucleótidos para obtener al menos una segunda lista de caracteres de lectura de izquierda a derecha; (c) determinar, para cada primera lista de caracteres obtenida en la etapa (a), el grado de similitud con cada segunda lista de caracteres obtenida en la etapa (b), donde un grado de similitud, DS, de una primera lista de caracteres obtenida en la etapa (a) con una segunda lista de caracteres obtenida en la etapa (b) se determina bien mediante: (i) selección del carácter o secuencia continua más larga de caracteres que son los mismos en la primera lista de caracteres y en la segunda lista de caracteres, donde cuando son seleccionados dos o más caracteres o dos o más secuencias continuas más largas de la misma longitud, solo se selecciona el carácter o secuencia continua más larga de caracteres que se encuentra más a la derecha en las listas de caracteres; (ii) exclusión del carácter o secuencia continua más larga de caracteres seleccionados en la etapa (i) de etapas posteriores de selección de un carácter o secuencia continua más larga de caracteres que son los mismos en la primera lista de caracteres y en la segunda lista de caracteres; (iii) - selección del carácter o secuencia continua más larga de caracteres que se encuentra a la izquierda del carácter o secuencia continua más larga de caracteres excluidos en la etapa (ii) que son los mismos en la primera lista de caracteres y en la segunda lista de caracteres, donde cuando son seleccionados dos o más caracteres o dos o más secuencias continuas más largas de la misma longitud, solo se selecciona el carácter o secuencia continua más larga de caracteres que se encuentra más a la derecha en las listas de caracteres; y - selección del carácter o secuencia continua más larga de caracteres que se encuentra a la derecha del carácter o secuencia continua más larga de caracteres excluidos en la etapa (ii) que son los mismos en la primera lista de caracteres y en la segunda lista de caracteres, donde cuando son seleccionados dos o más caracteres o dos o más secuencias continuas más largas de la misma longitud, solo se selecciona el carácter o secuencia continua más larga de caracteres que se encuentra más a la izquierda en las listas de caracteres; (iv) exclusión de cada carácter y/o cada secuencia continua más larga de caracteres seleccionados en la etapa (iii) de etapas posteriores de selección de un carácter o secuencia continua más larga de caracteres que son los mismos en la primera lista de caracteres y en la segunda lista de caracteres; (v) - selección del carácter o secuencia continua más larga de caracteres que se encuentra en la secuencia continua de caracteres inmediatamente a la izquierda de cada carácter o cada secuencia continua más larga de caracteres excluidos en la etapa previa que son los mismos en la primera lista de caracteres y en la segunda lista de caracteres, donde cuando son seleccionados dos o más caracteres o dos o más secuencias continuas más largas de la misma longitud, solo se selecciona el carácter o secuencia continua más larga de caracteres que se encuentra más a la derecha en las listas de caracteres; y - selección del carácter o secuencia continua más larga de caracteres que se encuentra en la secuencia continua de caracteres inmediatamente a la derecha de cada carácter o cada secuencia continua más larga de caracteres excluidos en la etapa previa que son los mismos en la primera lista de caracteres y en la segunda lista de caracteres, donde cuando son seleccionados dos o más caracteres o dos o más secuencias continuas más largas de la misma longitud, solo se selecciona el carácter o secuencia continua más larga de caracteres que se encuentra más a la izquierda en las listas de caracteres; (vi) exclusión de cada carácter y/o cada secuencia continua más larga de caracteres seleccionados en la etapa (v) de etapas posteriores de selección de un carácter o secuencia continua más larga de caracteres que son los mismos en la primera lista de caracteres y en la segunda lista de caracteres; (vii) repetición de las etapas (v) y (vi) hasta que ningún carácter 5 o secuencia continua más larga de caracteres que son los mismos en la primera lista de caracteres y en la segunda lista de caracteres sea seleccionado; (viii) sumar - el número de caracteres en la primera lista de caracteres que se excluyeron en cualquiera de las etapas (i) a (vii); y - el número de caracteres en la segunda lista de caracteres que se excluyeron en cualquiera de las etapas (i) a (vii) para obtener el número total de caracteres, Cc, en la primera y segunda listas de caracteres que son los mismos en la segunda y primera lista de caracteres, respectivamente; (ix) sumar - Cc; y - el número de caracteres en la primera lista de caracteres que se encuentra entre los caracteres y/o secuencias continuas más largas de caracteres que se excluyeron de la primera lista de caracteres y que no se excluyeron en ninguna de las etapas (i) a (vii) de la etapa (c); y - el número de caracteres en la segunda lista de caracteres que se encuentra entre los caracteres y/o secuencias continuas más largas de caracteres que se excluyeron de la segunda lista de caracteres y que no se excluyeron en ninguna de las etapas (i) a (vii) de la etapa (c), para obtener el número total de caracteres, Ct, en la primera y segunda lista de caracteres; y (x) calcular el DS según la siguiente fórmula: DS >= Cc / Ct o mediante: (xi) selección del carácter o secuencia continua más larga de caracteres que son los mismos en la primera lista de caracteres y en la segunda lista de caracteres, donde cuando son seleccionados dos o más caracteres o dos o más secuencias continuas más largas de la misma longitud, solo se selecciona el carácter o secuencia continua más larga de caracteres que se encuentra más a la derecha en las listas de caracteres; (xii) exclusión del carácter o secuencia continua más larga de caracteres seleccionados en la etapa (xi) de etapas posteriores de selección de un carácter o secuencia continua más larga de caracteres que son los mismos en la primera lista de caracteres y en la segunda lista de caracteres; (xiii) - selección del carácter o secuencia continua más larga de caracteres que se encuentra a la izquierda del carácter o secuencia continua más larga de caracteres excluidos en la etapa (xii) que son los mismos en la primera lista de caracteres y en la segunda lista de caracteres, donde cuando son seleccionados dos o más caracteres o dos o más secuencias continuas más largas de la misma longitud, solo se selecciona el carácter o secuencia continua más larga de caracteres que se encuentra más a la derecha en las listas de caracteres; y - selección del carácter o secuencia continua más larga de caracteres que se encuentra a la derecha del carácter o secuencia continua más larga de caracteres excluidos en la etapa (xii) que son los mismos en la primera lista de caracteres y en la segunda lista de caracteres, donde cuando son seleccionados dos o más caracteres o dos o más secuencias continuas más largas de la misma longitud, solo se selecciona el carácter o secuencia continua más larga de caracteres que se encuentra más a la izquierda en las listas de caracteres; (xiv) exclusión de cada carácter y/o cada secuencia continua más larga de caracteres seleccionados en la etapa (xiii) de etapas posteriores de selección de un carácter o secuencia continua más larga de caracteres que son los mismos en la primera lista de caracteres y en la segunda lista de caracteres; (xv) repetición de las etapas (xii) y (xiv) hasta que ningún carácter o secuencia continua más larga de caracteres que son los mismos en la primera lista de caracteres y en la segunda lista de caracteres sea seleccionado; (xvi) sumar - el número de caracteres en la primera lista de caracteres que se excluyeron en cualquiera de las etapas (xi) a (xv); y - el número de caracteres en la segunda lista de caracteres que se excluyeron en cualquiera de las etapas (xi) a (xv) para obtener el número total de caracteres, Cc, en la primera y segunda listas de caracteres que son los mismos en la segunda y primera lista de caracteres, respectivamente; (xvii) sumar - Cc; y - el número de caracteres en la primera lista de caracteres que se encuentra entre los caracteres y/o secuencias continuas más largas de caracteres que se excluyeron de la primera lista de caracteres y que no se excluyeron en ninguna de las etapas (xi) a (xv) de la etapa (c); y - el número de caracteres en la segunda lista de caracteres que se encuentra entre los caracteres y/o secuencias continuas más largas de caracteres que se excluyeron de la segunda lista de caracteres y que no se excluyeron en ninguna de las etapas (xi) a (xv) de la etapa (c), para obtener el número total de caracteres, Ct, en la primera y segunda lista de caracteres; y (xviii) calcular el DS según la siguiente fórmula: DS >= Cc / Ct (d) seleccionar, para cada primera lista de caracteres obtenida en la etapa (a), el DS del valor más alto, DSHV; (e) sumar el número de primeras listas de caracteres que tienen un DSHV superior a un valor umbral, T, para obtener el número total de primeras listas de caracteres, Lc, que son las mismas que una segunda lista de caracteres; (f) sumar - Lc; y - el número de primeras listas de caracteres que no tienen un DSHV superior a T, para obtener el número total de primeras listas de caracteres, Lt; y (g) calcular el nivel de enfermedad mínima residual (EMR) según la siguiente fórmula: EMR >= Lc x (D / k) / Lt2.