Patent ES-2911613-T3 (ES)
Title: Análisis de patrones de metilación de haplotipos en tejidos en una mezcla de ADN
Inventor: LO YUK-MING DENNIS
IPC: C12Q1/6883
Filed: 2016-07-20
Granted: 2022-05-20
Abstract: Un método para analizar una muestra biológica de un organismo para identificar el origen de una aberración cromosómica, incluyendo la muestra biológica una mezcla de moléculas de ADN acelular de una pluralidad de tipos de tejidos, incluyendo un primer tipo de tejido, comprendiendo el método: analizar, mediante un sistema informático, una pluralidad de moléculas de ADN acelular de la muestra biológica, siendo la pluralidad de moléculas de ADN acelular al menos 1000 moléculas de ADN acelular, en donde el análisis de una molécula de ADN acelular incluye: identificar una ubicación de la molécula de ADN acelular en un genoma de referencia correspondiente al organismo; determinar un alelo respectivo de la molécula de ADN acelular; identificar que una primera región cromosómica presenta una aberración en el número de copias en el organismo en función de una primera cantidad de moléculas de ADN acelular que están ubicadas en la primera región cromosómica; determinar un primer haplotipo y un segundo haplotipo del organismo en la primera región cromosómica; identificar uno o más locus heterocigóticos de la primera región cromosómica, incluyendo cada locus heterocigótico un primer alelo correspondiente en el primer haplotipo y un segundo alelo correspondiente en el segundo haplotipo; identificar un primer conjunto de la pluralidad de moléculas de ADN acelular, cada una de las cuales: está ubicada en uno cualquiera del o los locus heterocigóticos, incluye el primer alelo correspondiente del locus heterocigótico e incluye al menos uno de N sitios genómicos, siendo N un número entero superior o igual a 2; medir los N primeros niveles de metilación de la mezcla en los N sitios genómicos utilizando el primer conjunto de la pluralidad de moléculas de ADN acelular; identificar un segundo conjunto de la pluralidad de moléculas de ADN acelular, cada una de las cuales: está ubicada en uno cualquiera del o los locus heterocigóticos, incluye el segundo alelo correspondiente del locus heterocigótico e incluye al menos uno de los N sitios genómicos; medir los N segundos niveles de metilación de la mezcla en los N sitios genómicos utilizando el segundo conjunto de la pluralidad de moléculas de ADN acelular; para cada tipo de tejido de los M tipos de tejido: determinar, mediante el sistema informático, una primera contribución fraccionaria correspondiente del tipo de tejido en la mezcla utilizando una desconvolución de un sistema lineal de ecuaciones creado a partir de los N primeros niveles de metilación de la mezcla y los niveles de metilación de los M tipos de tejido, siendo M un número entero mayor de uno; determinar, mediante el sistema informático, una segunda contribución fraccionaria correspondiente del tipo de tejido en la mezcla utilizando una desconvolución de un sistema lineal de ecuaciones creado a partir de los N segundos niveles de metilación de la mezcla y los niveles de metilación de los M tipos de tejido; y calcular un valor de separación correspondiente entre la primera contribución fraccionaria correspondiente y la segunda contribución fraccionaria correspondiente; e identificar el primer tipo de tejido como el origen de la aberración del número de copias en función de un primer valor de separación del primer tipo de tejido que tiene un valor máximo entre los valores separados correspondientes.