Patent ES-2857953-T3 (ES)
Title: Pronóstico médico y predicción de la respuesta al tratamiento usando las actividades de múltiples rutas de señalización celular
Inventor: VAN OOIJEN HENDRIK JAN
IPC: G16H50/30
Filed: 2015-10-26
Granted: 2021-09-29
Abstract: Un método implementado por ordenador para determinar una puntuación de riesgo que indica un riesgo de que un sujeto experimente un evento clínico asociado a una enfermedad dentro de un periodo de tiempo definido realizado por un dispositivo de procesamiento digital, en el que la determinación comprende: inferir la actividad de cada una de dos o más rutas de señalización celular en el sujeto basándose en la evaluación de un modelo de ruta matemático calibrado que relaciona los niveles de expresión de tres o más genes diana de la ruta de señalización celular respectiva medida en una muestra del sujeto a un nivel de actividad del elemento de factor de transcripción (TF) respectivo de la ruta de señalización celular respectiva en la muestra del sujeto, controlando el elemento TF la transcripción de los tres o más genes diana de la ruta de señalización celular respectiva, estando la actividad de la ruta de señalización celular respectiva definida por el nivel de actividad del elemento TF respectivo, siendo el modelo de ruta matemático calibrado un modelo que se calibra utilizando un conjunto de datos de verdad fundamental que incluye muestras en las que la transcripción de los tres o más genes diana de la ruta de señalización celular respectiva se induce por el elemento TF respectivo y muestras en las que la transcripción de los tres o más genes diana no se induce por el elemento TF respectivo, y determinar la puntuación de riesgo basándose en una combinación de las actividades inferidas, en el que el evento clínico es la recidiva de la enfermedad, en el que la enfermedad es cáncer de mama, en el que las rutas de señalización celular comprenden una ruta de PI3K y una o más de una ruta de Wnt, una ruta de ER y una ruta de HH, en el que la ruta de PI3K, la ruta de Wnt, la ruta de ER y la ruta de HH se definen como la ruta de señalización celular que finalmente conduce a la actividad transcripcional del elemento TF respectivo, en el que el elemento TF de PI3K consiste en un miembro de la familia FOXO, el elemento TF de Wnt consiste en β-catenina/TCF4, el elemento TF de ER consiste en el dímero ERα, y el elemento TF de HH consiste en un miembro de la familia GLI, en el que: los tres o más genes diana de PI3K se seleccionan del grupo que consiste en: AGRP, BCL2L11, BCL6, BNIP3, BTG1, CAT, CAV1, CCND1, CCND2, CCNG2, CDKN1A, CDKN1B, ESR1, FASLG, FBXO32, GADD45A, INSR, MXI1, NOS3, PCK1, POMC, PPARGC1A, PRDX3, RBL2, SOD2, TNFSF10, y/o los tres o más genes diana de Wnt se seleccionan del grupo que consiste en: CEMIP, AXIN2, CD44, RNF43, MYC, TBX3, TDGF1, SOX9, ASCL2, CXCL8, SP5, ZNRF3, EPHB2, LGR5, EPHB3, KLF6, CCND1, DEFA6 y FZD7, y/o los tres o más genes diana de ER se seleccionan del grupo que consiste en: CDH26, SGK3, PGR, GREB1, CA12, XBP1, CELSR2, WISP2, DSCAM, ERBB2, CTSD, TFF1, PDZK1, IGFBP4, ESR1, SOD1, AP1B1 y NRIP1, y/o los tres o más genes diana de HH se seleccionan del grupo que consiste en: GLI1, PTCH1, PTCH2, IGFBP6, SPP1, CCND2, FST, FOXL1, CFLAR, TSC22D1, RAB34, S100A9, S100A7, MYCN, FOXM1, GLI3, TCEA2, FYN y CTSL1, en el que la puntuación de riesgo se basa en una puntuación de múltiples rutas (MPS) que comprende una suma que incluye el término wp · Pp y uno o más de los términos ww · Pw, we · Pe, y wh · Ph, en la que Pp, Pw, Pe y Ph representan la actividad inferida de la ruta de PI3K, la ruta de Wnt, la ruta de ER y la ruta de HH, respectivamente, y en la que wp, ww, we y wh son coeficientes de ponderación constantes que representan una correlación entre el riesgo de que el sujeto experimente el evento clínico dentro del periodo de tiempo definido y la actividad de la ruta de PI3K, la ruta de Wnt, la ruta de ER y la ruta de HH, respectivamente.