Patent RU-2725477-C1 (RU)
Title: Способ выявления наличия мутаций, приводящих к резистентности у Mycoplasma genitalium к макролидным и фторхинолоновым антибиотикам
Inventor: Khajrullina Guzel Anvarovna
IPC: C12Q1/68
Filed: 2019-11-15
Granted: 2020-07-02
Abstract: Изобретение относится к области биотехнологии. Изобретеение представляет собой способ включает в себя выделение ДНК исследуемого образца, включающего ДНК M. genitalium, ПЦР-амплификацию мишеней, включая участок фрагмента гена гиразы указанной M. genitalium GyrB, участок V домена гена 23S рРНК указанной M. genitalium и участок QRDR гена ParC указанной M. genitalium, с флуоресцентной детекцией накопления продуктов амплификации с использованием зондов CGACGAGTTAACTCCCTAGCCTCGTC, Mg23SZwt1-1A и MgParCZwt1, содержащих различные флуорофоры на 5'-концах и гасители – на 3'-концах, с последующим построением кривой накопления продуктов амплификации и с определением k – тангенса угла наклона линейной части кривой накопления продуктов амплификации, F – максимального уровня флуоресцентного сигнала в образце, содержащем M. genitalium и разности десятичного логарифма общей концентрации M. genitalium в исследуемом образце и десятичного логарифма концентрации M. genitalium в исследуемом образце, полученного в результате амплификации ДНК M. genitalium с использованием прямого и обратного праймеров, амплифицирующих мишень, выбранную из участка V домена гена 23S рРНК указанной M. genitalium и участка QRDR гена ParC указанной M. genitalium, при этом, если величина F для фрагмента 23S рРНК составляет менее 15%, или если разность десятичного логарифма общей концентрации M. genitalium в исследуемом образце и десятичного логарифма концентрации M. genitalium в исследуемом образце, полученного в результате амплификации ДНК M. genitalium с использованием прямого и обратного праймеров, амплифицирующих участок V домена гена 23S рРНК M. genitalium, составляет более 0,6, или если k составляет менее 0,9, то делают вывод о наличии в исследуемом образце мутаций, приводящих к резистентности у M. genitalium к макролидным антибиотикам, а если величина F для фрагмента гена ParC составляет менее 15%, или если разность десятичного логарифма общей концентрации M. genitalium в исследуемом образце и десятичного логарифма концентрации M. genitalium в исследуемом образце, полученного в результате амплификации ДНК M. genitalium с использованием прямого и обратного праймеров, амплифицирующих участок QRDR гена ParC M. genitalium, составляет более 1,0, или если k составляет менее 0,6, то делают вывод о наличии в исследуемом образце мутаций, приводящих к резистентности у M. genitalium к фторхинолоновым антибиотикам. Изобретение обеспечивает способ выявления мутаций M. genitalium, использующий ПЦР-РВ, не требующий ни использования дополнительных ферментов, ни осуществления дополнительных стадий анализа, при этом позволяющий выявить наличие у M. genitalium, содержащихся в полученном от пациента исследуемом клиническом материале, мутаций на участке V домена гена 23S рРНК, ассоциированных с резистентностью к макролидным антибиотикам, а также наличие у M. genitalium, содержащихся в полученном от пациента исследуемом клиническом материале, мутаций на участке QRDR гена ParC, ассоциированных с резистентностью M. genitalium к фторхинолоновым антибиотикам. 3 з.п. ф-лы, 2 пр., 3 ил.