Patent AR-106639-A1 (AR)
Title: Ingeniería genómica específica de tejidos usando crispr-cas9
IPC: C07K7/08
Filed: 2016-11-10
Abstract: Reivindicación 1: Un compuesto de fórmula (1), (2) ó (3), o una sal farmacéuticamente aceptable de dicho compuesto, en donde: Rˣˣ es -H, -alquilo, -cicloalquilo, -alquenilo, alquinilo, -arilo, -heteroarilo, -OR⁵, -N(R⁴)-R⁵, -SR⁵, en donde un grupo -CH₂- de dicho Rˣˣ puede estar cada uno independientemente reemplazado con un grupo heteroátomo seleccionado de -O-, -S- y -N(R⁴)-, y en donde un -CH₃ de dicho Rˣˣ puede estar reemplazado con un grupo heteroátomo seleccionado de -N(R⁴)₂, -OR⁴ y -S(R⁴), en donde los grupos heteroátomos están separados por al menos 2 átomos de carbono, y en donde el alquilo, alquenilo, alquinilo y cicloalquilo puede estar cada uno sustituido con uno o varios átomos de halo; Rʸʸ es -CN, -CH₂-CN, -CºCH, -CH₂-N₃, -CH₂-NH₂, -CH₂-N(R⁴)-S(O)₂-R⁵, -CH₂-CO₂H, -CO₂H, -CH₂-OH, -CH₂-SH, -CH=CH-R⁵, -CH₂-R⁵, -CH₂-S-R⁵, -CH₂-N(R⁴)-R⁵, -CH₂-N(R⁴)-C(O)-R⁵, -CH₂-N(R⁴)-C(O)-O-R⁵, -CH₂-N(R⁴)-C(O)-N(R⁴)-R⁵, -CH₂-O-R⁵, -CH₂-O-C(O)-R⁵, -CH₂-O-C(O)-N(R⁴)-R⁵, -CH₂-O-C(O)-O-R⁵, -CH₂-S(O)-R⁵, -CH₂-S(O)₂-R⁵, -CH₂-S(O)₂-N(R⁴)-R⁵, -C(O)-NH₂, -C(O)-O-R⁵, -C(O)-N(R⁴)-R⁵, o arilo o heteroarilo, en donde el arilo o heteroarilo está opcionalmente sustituido con R⁵; cada R¹ es independientemente -CN, -CH₂-CN, -CºCH, -CH₂-N₃, -CH₂-NH₂, -CH₂-N(R⁴)-S(O)₂-R⁵, -CH₂-CO₂H, -CO₂H, -CH₂-OH, -CH₂-SH, -CH=CH-R⁵, -CH₂-R⁵, -CH₂-S-R⁵, -CH₂-N(R⁴)-R⁵, -CH₂-N(R⁴)-C(O)-R⁵, -CH₂-N(R⁴)-C(O)-O-R⁵, -CH₂-N(R⁴)-C(O)-N(R⁴)-R⁵, -CH₂-O-R⁵, -CH₂-O-C(O)-R⁵, -CH₂-O-C(O)-N(R⁴)-R⁵, -CH₂-O-C(O)-O-R⁵, -CH₂-S(O)-R⁵, -CH₂-S(O)₂-R⁵, -CH₂-S(O)₂-N(R⁴)-R⁵, -C(O)-NH₂, -C(O)-O-R⁵, -C(O)-N(R⁴)-R⁵ o arilo o heteroarilo, en donde el arilo o heteroarilo está opcionalmente sustituido con R⁵, o R¹ es -Z-X-Y, -Z-Y, -X-Y, -Z-X⁺Y⁻, -X⁺Y⁻, -Z-X⁻Y⁺, -X⁻Y⁺ o -Y; X es un enlazador; X⁺ es un enlazador de carga positiva; X⁻ es un enlazador de carga negativa; Y es una ribonucleoproteína o endonucleasa que comprende un polipéptido modificador dirigido al sitio, o Y es un polipéptido modificador dirigido al sitio, o Y es ribonucleoproteína Cas9, o Y es una proteína Cas9, o Y es una secuencia de ARN guía simple (sgRNA) o Y es una secuencia de ARN guía doble que comprende un ARN CRISPR (crRNA) y un crRNA trans-activante (tracrRNA); Y⁺ es una ribonucleoproteína o endonucleasa de carga positiva que comprende un polipéptido modificador dirigido al sitio, o Y⁺ un polipéptido modificador dirigido al sitio de carga positiva, o Y⁺ es una proteína Cas9 de carga positiva; Y⁻ es una ribonucleoproteína o endonucleasa de carga negativa que comprende un polipéptido modificador dirigido al sitio, o Y⁻ es un polipéptido modificador dirigido al sitio de carga negativa, o Y⁻ es una ribonucleoproteína Cas9 de carga negativa, o Y⁻ es un sgRNA de carga negativa, o Y⁻ es una secuencia de ARN guía doble de carga negativa que comprende un ARN CRISPR (crRNA) y un crRNA trans-activante (tracrRNA); Z está ausente o es -CºC-, -CH=CH-, -CH₂-, -CH₂-O-, -C(O)-N(R⁴)-, -CH₂-S-, -CH₂-S(O)-, -CH₂-S(O)₂-, -CH₂-S(O)₂-N(R⁴)-, -C(O)-O-, -CH₂-N(R⁴)-, -CH₂-N(R⁴)-C(O)-, -CH₂-N(R⁴)-S(O)₂-, -CH₂-N(R⁴)-C(O)-O-, -CH₂-N(R⁴)-C(O)-N(R⁴)-, -CH₂-O-C(O)-, -CH₂-O-C(O)-N(R⁴)-, -CH₂-O-C(O)-O-, o arilo o heteroarilo, en donde el arilo o heteroarilo está opcionalmente sustituido con R⁵; R² es-OH, -N₃, -N(R³)₂, -N(R³)-C(O)-R³, -N(R³)-C(O)-N(R³)₂, -N(R³)-C(O)-OR³, -N(R³)-S(O)₂-R³, tetrazol, o triazol, en donde el tetrazol y triazol están opcionalmente sustituidos con R³; cada R³ es independientemente -H, -alquilo C₁₋₅, alquilo C₁₋₅ halo-sustituido, cicloalquilo C₃₋₆ halo-sustituido, -alquenilo C₁₋₅, -alquinilo C₁₋₅, -alquenilo C₁₋₅ halo-sustituido, -alquinilo C₁₋₅ halo-sustituido o cicloalquilo C₃₋₆, en donde un grupo -CH₂- del alquilo o cicloalquilo puede estar cada uno independientemente reemplazado con un grupo heteroátomo seleccionado de -O-, -S- y -N(R⁴)-, y -CH₃ del alquilo puede estar cada uno independientemente reemplazado con un grupo heteroátomo seleccionado de -N(R⁴)₂, -OR⁴ y -S(R⁴), en donde los grupos heteroátomos están separados por al menos 2 átomos de carbono; cada R⁴ es independientemente -H, -alquilo C₁₋₂₀, -alquenilo C₁₋₂₀, -alquinilo C₁₋₂₀ o cicloalquilo C₃₋₆, en donde de uno a seis grupos -CH₂- del alquilo o cicloalquilo separados por al menos dos átomos de carbono pueden estar cada uno independientemente reemplazados con un heteroátomo independientemente seleccionado de -O-, -S- o -N(R⁴)-, y el -CH₃ del alquilo puede estar cada uno independientemente reemplazado con un grupo heteroátomo seleccionado de -N(R⁴)₂, -OR⁴ y -S(R⁴), en donde los grupos heteroátomos están separados por al menos 2 átomos de carbono; y en donde el alquilo, alquenilo, alquinilo y cicloalquilo pueden estar sustituidos con átomos de halo; cada R⁵ es independientemente -H, cicloalquilo C₃₋₂₀, -alquenilo C₁₋₆₀, -alquinilo C₁₋₆₀ o alquilo C₁₋₆₀, en donde de uno a seis grupos -CH₂- del cicloalquilo o de uno a 20 grupos -CH₂- del alquilo pueden estar cada uno independientemente reemplazados con heteroátomos independientemente seleccionados de -O-, -S- y -N(R⁴)-, en donde los heteroátomos están separados por al menos dos átomos de carbono, y el -CH₃ del alquilo puede estar cada uno independientemente reemplazado con un grupo heteroátomo seleccionado de -N(R⁴)₂, -OR⁴ y -S(R⁴), en donde los grupos heteroátomos están separados por al menos 2 átomos de carbono; y en donde el alquilo, alquenilo, alquinilo y cicloalquilo pueden estar sustituidos con átomos de halo. Reivindicación 2: Un compuesto de fórmula (4), o una sal farmacéuticamente aceptable de dicho compuesto, en donde: R¹ es -Z-X-Y, -Z-Y, -X-Y, -Z-X⁺Y⁻, -X⁺Y⁻, -Z-X⁻Y⁺, -X⁻Y⁺ o -Y; X es un enlazador; X⁺ es un enlazador de carga positiva; X⁻ es un enlazador de carga negativa; Y es una ribonucleoproteína o endonucleasa que comprende un polipéptido modificador dirigido al sitio, o Y es un polipéptido modificador dirigido al sitio, o Y es ribonucleoproteína Cas9, o Y es una proteína Cas9, o Y es una secuencia de ARN guía simple (sgRNA) o Y es una secuencia de ARN guía doble que comprende un ARN CRISPR (crRNA) y un crRNA trans-activante (tracrRNA); Y⁺ es una ribonucleoproteína o endonucleasa de carga positiva que comprende un polipéptido modificador dirigido al sitio, o Y⁺ un polipéptido modificador dirigido al sitio de carga positiva, o Y⁺ es una proteína Cas9 de carga positiva; Y⁻ es una ribonucleoproteína o endonucleasa de carga negativa que comprende un polipéptido modificador dirigido al sitio, o Y⁻ es un polipéptido modificador dirigido al sitio de carga negativa, o Y⁻ es una ribonucleoproteína Cas9 de carga negativa, o Y⁻ es un sgRNA de carga negativa, o Y⁻ es una secuencia de ARN guía doble de carga negativa que comprende un ARN CRISPR (crRNA) y un crRNA trans-activante (tracrRNA); Z está ausente o es -CºC-, -CH=CH-, -CH₂-, -CH₂-O-, -C(O)-N(R⁴)-, -CH₂-S-, -CH₂-S(O)-, -CH₂-S(O)₂-, -CH₂-S(O)₂-N(R⁴)-, -C(O)-O-, -CH₂-N(R⁴)-, -CH₂-N(R⁴)-C(O)-, -CH₂-N(R⁴)-S(O)₂-, -CH₂-N(R⁴)-C(O)-O-, -CH₂-N(R⁴)-C(O)-N(R⁴)-, -CH₂-O-C(O)-, -CH₂-O-C(O)-N(R⁴)-, -CH₂-O-C(O)-O-, o arilo o heteroarilo, en donde el arilo o heteroarilo está opcionalmente sustituido con R⁵; R² es -OH, -N₃, -N(R³)₂, -N(R³)-C(O)-R³, -N(R³)-C(O)-N(R³)₂, -N(R³)-C(O)-OR³, -N(R³)-S(O)₂-R³, tetrazol o triazol, en donde el tetrazol y triazol están opcionalmente sustituidos con R³; cada R³ es independientemente -H, -alquilo C₁₋₅, alquilo C₁₋₅ halo-sustituido, cicloalquilo C₃₋₆ halo-sustituido, -alquenilo C₁₋₅, -alquinilo C₁₋₅, -alquenilo C₁₋₅ halo-sustituido, -alquinilo C₁₋₅ halo-sustituido o cicloalquilo C₃₋₆, en donde un grupo -CH₂- del alquilo o cicloalquilo puede estar cada uno independientemente reemplazado con un grupo heteroátomo seleccionado de -O-, -S- y -N(R⁴)-, y el -CH₃ del alquilo puede estar cada uno independientemente reemplazado con un grupo heteroátomo seleccionado de -N(R⁴)₂, -OR⁴ y -S(R⁴), en donde los grupos heteroátomos están separados por al menos 2 átomos de carbono; cada R⁴ es independientemente -H, -alquilo C₁₋₂₀, -alquenilo C₁₋₂₀, -alquinilo C₁₋₂₀ o cicloalquilo C₃₋₆, en donde de uno a seis grupos -CH₂- del alquilo o cicloalquilo separados por al menos dos átomos de carbono pueden estar cada uno independientemente reemplazados con un heteroátomo independientemente seleccionado de -O-, -S- o -N(R⁴)-, y el -CH₃ del alquilo puede estar cada uno independientemente reemplazado con un grupo heteroátomo seleccionado de -N(R⁴)₂, -OR⁴ y -S(R⁴), en donde los grupos heteroátomos están separados por al menos 2 átomos de carbono; y en donde el alquilo, alquenilo, alquinilo y cicloalquilo pueden estar sustituidos con átomos de halo; cada R⁵ es independientemente -H, cicloalquilo C₃₋₂₀, -alquenilo C₁₋₆₀, -alquinilo C₁₋₆₀ o alquilo C₁₋₆₀, en donde de uno a seis grupos -CH₂-del cicloalquilo o de uno a 20 grupos -CH₂- del alquilo pueden estar cada uno independientemente reemplazados con heteroátomos independientemente seleccionados de -O-, -S- y -N(R⁴)-, en donde los heteroátomos están separados por al menos dos átomos de carbono, y el -CH₃ del alquilo puede estar cada uno independientemente reemplazado con un grupo heteroátomo seleccionado de -N(R⁴)₂, -OR⁴ y -S(R⁴), en donde los grupos heteroátomos están separados por al menos 2 átomos de carbono; y en donde el alquilo, alquenilo, alquinilo y cicloalquilo pueden estar sustituidos con átomos de halo. Reivindicación 16: Una composición que comprende un compuesto de acuerdo con la reivindicación 1 ó 2 y un agente de escape endosomal, en donde dicho compuesto y el agente de escape endosomal se coincuban para formar la composición. Reivindicación 18: Un método para tratar una enfermedad o afección hepática o una enfermedad o afección mediada por el hígado en un sujeto, que comprende administrar a dicho sujeto una cantidad terapéuticamente efectiva de una composición farmacéutica de acuerdo con la reivindicación 17.