Patent AR-123956-A1 (AR)
Title: Cápsides de aav y composiciones que las contienen
Inventor: WILSON JAMES W
IPC: C12N15/861
Filed: 2021-10-29
Abstract: Se proporcionan cápsides de AAV novedosas y rAAV que comprenden estas.  Reivindicación 1: Un virus adenoasociado recombinante (rAAV) que comprende una cápside y un genoma vectorial caracterizado porque comprende una repetición terminal invertida 5 de AAV (ITR), un casete de expresión que comprende una secuencia de ácidos nucleicos que codifica un producto génico unido operativamente a las secuencias del control de expresión y una ITR 3 de AAV, donde la cápside es: (a) una cápside de AAVrh75 que consiste en (a) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos que codifican la SEQ ID nº 40 o una secuencia al menos 99% idéntica a esta que tiene un residuo de aminoácidos de Asn (N) en la posición 24 según la numeración de la SEQ ID nº 40; (b) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos de la SEQ ID nº 39 de una secuencia o una secuencia al menos 95% idéntica a esta que codifica la SEQ ID nº 40; o (c) una cápside que es una mezcla heterogénea de las proteínas vp1, vp2 y vp3 de AAVrh75 que están del 95% a 100% desamidadas en al menos la posición N57, N262, N384, y/o N512 de la SEQ ID nº 40, y opcionalmente desamidadas en otras posiciones; (b) una cápside de AAVhu71/74 que consiste en (a) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos que codifican la SEQ ID nº 4; (b) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos de la SEQ ID nº 3 de una secuencia o una secuencia al menos 95% idéntica a esta que codifica la SEQ ID nº 4; o (c) una cápside que es una mezcla heterogénea de las proteínas vp1, vp2 y vp3 de AAVrh71/74 que están del 95% a 100% desamidadas en al menos 4 posiciones de la SEQ ID nº 4, y opcionalmente desamidadas en otras posiciones; (c) una cápside de AAVhu79 que consiste en (a) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos que codifican la SEQ ID nº 6; (b) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos de la SEQ ID nº 5 de una secuencia o una secuencia al menos 95% idéntica a esta que codifica la SEQ ID nº 6; o (c) una cápside que es una mezcla heterogénea de las proteínas vp1, vp2 y vp3 de AAVhu79 que están del 95% a 100% desamidadas en al menos cuatro posiciones de la SEQ ID nº 6, y opcionalmente desamidadas en otras posiciones; (d) una cápside de AAVhu80 que consiste en (a) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos que codifican la SEQ ID nº 8; (b) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos de la SEQ ID nº 7 de una secuencia o una secuencia al menos 95% idéntica a esta que codifica la SEQ ID nº 8; o (c) una cápside que es una mezcla heterogénea de las proteínas vp1, vp2 y vp3 de AAVhu80 que están del 95% a 100% desamidadas en al menos cuatro posiciones de la SEQ ID nº 8, y opcionalmente desamidadas en otras posiciones; (e) una cápside de AAVhu83 que consiste en (a) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos que codifican la SEQ ID nº 10; (b) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos de la SEQ ID nº 9 de una secuencia o una secuencia al menos 95% idéntica a esta que codifica la SEQ ID nº 10; o (c) una cápside que es una mezcla heterogénea de las proteínas vp1, vp2 y vp3 de AAVhu83 que están del 95% a 100% desamidadas en al menos cuatro posiciones de la SEQ ID nº 10, y opcionalmente desamidadas en otras posiciones; (f) una cápside de AAVhu74/71 que consiste en (a) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos que codifican la SEQ ID nº 12; (b) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos de la SEQ ID nº 11 de una secuencia o una secuencia al menos 95% idéntica a esta que codifica la SEQ ID nº 12; o (c) una cápside que es una mezcla heterogénea de las proteínas vp1, vp2 y vp3 de AAVhu74/71 que están del 95% a 100% desamidadas en al menos cuatro posiciones de la SEQ ID nº 12, y opcionalmente desamidadas en otras posiciones; (g) una cápside de AAVhu77 que consiste en (a) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos que codifican la SEQ ID nº 14; (b) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos de la SEQ ID nº 13 de una secuencia o una secuencia al menos 95% idéntica a esta que codifica la SEQ ID nº 14; o (c) una cápside que es una mezcla heterogénea de las proteínas vp1, vp2 y vp3 de AAVhu77 que están del 95% a 100% desamidadas en al menos cuatro posiciones de la SEQ ID nº 14, y opcionalmente desamidadas en otras posiciones; (h) una cápside de AAVhu78/88 que consiste en (a) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos que codifican la SEQ ID nº 16; (b) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos de la SEQ ID nº 15 de una secuencia o una secuencia al menos 95% idéntica a esta que codifica la SEQ ID nº 16; o (c) una cápside que es una mezcla heterogénea de las proteínas vp1, vp2 y vp3 de AAVhu78/88 que están del 95% a 100% desamidadas en al menos cuatro posiciones de la SEQ ID nº 16, y opcionalmente desamidadas en otras posiciones; (i) una cápside de AAVhu70 que consiste en (a) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos que codifican la SEQ ID nº 18; (b) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos de la SEQ ID nº 17 de una secuencia o una secuencia al menos 95% idéntica a esta que codifica la SEQ ID nº 18; o (c) una cápside que es una mezcla heterogénea de las proteínas vp1, vp2 y vp3 de AAVhu70 que están del 95% a 100% desamidadas en al menos cuatro posiciones de la SEQ ID nº 18, y opcionalmente desamidadas en otras posiciones; (j) una cápside de AAVhu72 que consiste en (a) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos que codifican la SEQ ID nº 20; (b) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos de la SEQ ID nº 19 de una secuencia o una secuencia al menos 95% idéntica a esta que codifica la SEQ ID nº 20; o (c) una cápside que es una mezcla heterogénea de las proteínas vp1, vp2 y vp3 de AAVhu72 que están del 95% a 100% desamidadas en al menos cuatro posiciones de la SEQ ID nº 20, y opcionalmente desamidadas en otras posiciones; (k) una cápside de AAVhu75 que consiste en (a) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos que codifican la SEQ ID nº 22; (b) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos de la SEQ ID nº 21 de una secuencia o una secuencia al menos 95% idéntica a esta que codifica la SEQ ID nº 22; o (c) una cápside que es una mezcla heterogénea de las proteínas vp1, vp2 y vp3 de AAVhu75 que están del 95% a 100% desamidadas en al menos cuatro posiciones de la SEQ ID nº 22, y opcionalmente desamidadas en otras posiciones; (l) una cápside de AAVhu76 que consiste en (a) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos que codifican la SEQ ID nº 24; (b) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos de la SEQ ID nº 23 de una secuencia o una secuencia al menos 95% idéntica a esta que codifica la SEQ ID nº 24; o (c) una cápside que es una mezcla heterogénea de las proteínas vp1, vp2 y vp3 de AAVhu76 que están del 95% a 100% desamidadas en al menos cuatro posiciones de la SEQ ID nº 24, y opcionalmente desamidadas en otras posiciones; (m) una cápside de AAVhu81 que consiste en (a) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos que codifican la SEQ ID nº 26; (b) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos de la SEQ ID nº 25 de una secuencia o una secuencia al menos 95% idéntica a esta que codifica la SEQ ID nº 26; o (c) una cápside que es una mezcla heterogénea de las proteínas vp1, vp2 y vp3 de AAVhu81 que están del 95% a 100% desamidadas en al menos cuatro posiciones de la SEQ ID nº 26, y opcionalmente desamidadas en otras posiciones; (n) una cápside de AAVhu82 que consiste en (a) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos que codifican la SEQ ID nº 28; (b) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos de la SEQ ID nº 27 de una secuencia o una secuencia al menos 95% idéntica a esta que codifica la SEQ ID nº 28; o (c) una cápside que es una mezcla heterogénea de las proteínas vp1, vp2 y vp3 de AAVhu82 que están del 95% a 100% desamidadas en al menos cuatro posiciones de la SEQ ID nº 28, y opcionalmente desamidadas en otras posiciones; (o) una cápside de AAVhu84 que consiste en (a) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos que codifican la SEQ ID nº 30; (b) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos de la SEQ ID nº 29 de una secuencia o una secuencia al menos 95% idéntica a esta que codifica la SEQ ID nº 30; o (c) una cápside que es una mezcla heterogénea de las proteínas vp1, vp2 y vp3 de AAVhu84 que están del 95% a 100% desamidadas en al menos cuatro posiciones de la SEQ ID nº 30, y opcionalmente desamidadas en otras posiciones; (p) una cápside de AAVhu86 que consiste en (a) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos que codifican la SEQ ID nº 32; (b) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos de la SEQ ID nº 31 de una secuencia o una secuencia al menos 95% idéntica a esta que codifica la SEQ ID nº 32; o (c) una cápside que es una mezcla heterogénea de las proteínas vp1, vp2 y vp3 de AAVhu86 que están del 95% a 100% desamidadas en al menos cuatro posiciones de la SEQ ID nº 32, y opcionalmente desamidadas en otras posiciones; (q) una cápside de AAVhu87 que consiste en (a) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos que codifican la SEQ ID nº 34; (b) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos de la SEQ ID nº 33 de una secuencia o una secuencia al menos 95% idéntica a esta que codifica la SEQ ID nº 34; o (c) una cápside que es una mezcla heterogénea de las proteínas vp1, vp2 y vp3 de AAVhu87 que están del 95% a 100% desamidadas en al menos cuatro posiciones de la SEQ ID nº 34, y opcionalmente desamidadas en otras posiciones; (r) una cápside de AAVhu88/78 que consiste en (a) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos que codifican la SEQ ID nº 36; (b) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos de la SEQ ID nº 35 de una secuencia o una secuencia al menos 95% idéntica a esta que codifica la SEQ ID nº 36; o (c) una cápside que es una mezcla heterogénea de las proteínas vp1, vp2 y vp3 de AAVhu88/78 que están del 95% a 100% desamidadas en al menos cuatro posiciones de la SEQ ID nº 36, y opcionalmente desamidadas en otras posiciones; (s) una cápside de AAVhu69 que consiste en (a) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos que codifican la SEQ ID nº 38; (b) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos de la SEQ ID nº 37 de una secuencia o una secuencia al menos 95% idéntica a esta que codifica la SEQ ID nº 38; o (c) una cápside que es una mezcla heterogénea de las proteínas vp1, vp2 y vp3 de AAVhu69 que están del 95% a 100% desamidadas en al menos cuatro posiciones de la SEQ ID nº 38, y opcionalmente desamidadas en otras posiciones; (t) una cápside de AAVrh76 que consiste en (a) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos que codifican la SEQ ID nº 42; (b) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos de la SEQ ID nº 41 de una secuencia o una secuencia al menos 95% idéntica a esta que codifica la SEQ ID nº 42; o (c) una cápside que es una mezcla heterogénea de las proteínas vp1, vp2 y vp3 de AAVhu69 que están del 95% a 100% desamidadas en al menos cuatro posiciones de la SEQ ID nº 42, y opcionalmente desamidadas en otras posiciones; (u) una cápside de AAVrh77 que consiste en (a) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos que codifican la SEQ ID nº 44; (b) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos de la SEQ ID nº 43 de una secuencia o una secuencia al menos 95% idéntica a esta que codifica la SEQ ID nº 44; o (c) una cápside que es una mezcla heterogénea de las proteínas vp1, vp2 y vp3 de AAVrh71 que están del 95% a 100% desamidadas en al menos cuatro posiciones de la SEQ ID nº 44, y opcionalmente desamidadas en otras posiciones; (v) una cápside de AAVrh78 que consiste en (a) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos que codifican la SEQ ID nº 46; (b) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos de la SEQ ID nº 45 de una secuencia o una secuencia al menos 95% idéntica a esta que codifica la SEQ ID nº 46; o (c) una cápside que es una mezcla heterogénea de las proteínas vp1, vp2 y vp3 de AAVrh78 que están del 95% a 100% desamidadas en al menos cuatro posiciones de la SEQ ID nº 46, y opcionalmente desamidadas en otras posiciones; (w) una cápside de AAVrh81 que consiste en (a) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos que codifican la SEQ ID nº 50; (b) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos de la SEQ ID nº 49 de una secuencia o una secuencia al menos 95% idéntica a esta que codifica la SEQ ID nº 50; o (c) una cápside que es una mezcla heterogénea de las proteínas vp1, vp2 y vp3 de AAVrh81 que están del 95% a 100% desamidadas en al menos cuatro posiciones de la SEQ ID nº 50, y opcionalmente desamidadas en otras posiciones; (x) una cápside de AAVrh89 que consiste en (a) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos que codifican la SEQ ID nº 52; (b) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos de la SEQ ID nº 51 de una secuencia o una secuencia al menos 95% idéntica a esta que codifica la SEQ ID nº 52; o (c) una cápside que es una mezcla heterogénea de las proteínas vp1, vp2 y vp3 de AAVrh89 que están del 95% a 100% desamidadas en al menos cuatro posiciones de la SEQ ID nº 52, y opcionalmente desamidadas en otras posiciones; (y) una cápside de AAVrh82 que consiste en (a) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos que codifican la SEQ ID nº 54; (b) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos de la SEQ ID nº 53 de una secuencia o una secuencia al menos 95% idéntica a esta que codifica la SEQ ID nº 54; o (c) una cápside que es una mezcla heterogénea de las proteínas vp1, vp2 y vp3 de AAVrh82 que están del 95% a 100% desamidadas en al menos cuatro posiciones de la SEQ ID nº 54, y opcionalmente desamidadas en otras posiciones; (z) una cápside de AAVrh83 que consiste en (a) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos que codifican la SEQ ID nº 56; (b) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos de la SEQ ID nº 55 de una secuencia o una secuencia al menos 95% idéntica a esta que codifica la SEQ ID nº 56; o (c) una cápside que es una mezcla heterogénea de las proteínas vp1, vp2 y vp3 de AAVrh83 que están del 95% a 100% desamidadas en al menos cuatro posiciones de la SEQ ID nº 56, y opcionalmente desamidadas en otras posiciones; (aa) una cápside de AAVrh84 que consiste en (a) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica la SEQ ID nº 58; (b) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos de la SEQ ID nº 57 de una secuencia o una secuencia al menos 95% idéntica a esta que codifica la SEQ ID nº 58; o (c) una cápside que es una mezcla heterogénea de las proteínas vp1, vp2 y vp3 de AAVrh84 que están del 95% a 100% desamidadas en al menos cuatro posiciones de la SEQ ID nº 58, y opcionalmente desamidadas en otras posiciones; (bb) una cápside de AAVrh85 que consiste en (a) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos que codifican la SEQ ID nº 60; (b) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos de la SEQ ID nº 59 de una secuencia o una secuencia al menos 95% idéntica a esta que codifica la SEQ ID nº 60; o (c) una cápside que es una mezcla heterogénea de las proteínas vp1, vp2 y vp3 de AAVrh85 que están del 95% a 100% desamidadas en al menos cuatro posiciones de la SEQ ID nº 60, y opcionalmente desamidadas en otras posiciones; (cc) una cápside de AAVrh87 que consiste en (a) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos que codifican la SEQ ID nº 62; (b) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos de la SEQ ID nº 61 de una secuencia o una secuencia al menos 95% idéntica a esta que codifica la SEQ ID nº 62; o (c) una cápside que es una mezcla heterogénea de las proteínas vp1, vp2 y vp3 de AAVrh87 que están del 95% a 100% desamidadas en al menos cuatro posiciones de la SEQ ID nº 62, y opcionalmente desamidadas en otras posiciones; o (dd) una cápside de AAVhu73 que consiste en (a) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos que codifican la SEQ ID nº 74; (b) una cápside producida a partir de una secuencia de ácidos nucleicos de la SEQ ID nº 73 de una secuencia o una secuencia al menos 95% idéntica a esta que codifica la SEQ ID nº 74; o (c) una cápside que es una mezcla heterogénea de las proteínas vp1, vp2 y vp3 de AAVrh73 que están del 95% a 100% desamidadas en al menos cuatro posiciones de la SEQ ID nº 74, y opcionalmente desamidadas en otras posiciones. Reivindicación 9: Un método de generación de un virus adenoasociado recombinante (rAAV) caracterizado porque comprende una cápside de AAV, el método que comprende cultivar una célula hospedadora que contiene: (a) una molécula que codifica una proteína de la cápside vp1, vp2 y/o vp3 de AAV de AAVrh75 (SEQ ID nº 40), AAVhu71/74 (SEQ ID nº 4), AAVhu79 (SEQ ID nº 6), AAVhu80 (SEQ ID nº 8), AAVhu83 (SEQ ID nº 10), AAVhu74/71 (SEQ ID nº 12), AAVhu77 (SEQ ID nº 14), AAVhu78/88 (SEQ ID nº 16), AAVhu70 (SEQ ID nº 18), AAVhu72 (SEQ ID nº 20), AAVhu75 (SEQ ID nº 22), AAVhu76 (SEQ ID nº 24), AAVhu81 (SEQ ID nº 26), AAVhu82 (SEQ ID nº 28), AAVhu84 (SEQ ID nº 30), AAVhu86 (SEQ ID nº 32), AAVhu87 (SEQ ID nº 34), AAVhu88/78 (SEQ ID nº 36), AAVhu69 (SEQ ID nº 38), AAVrh76 (SEQ ID nº 42), AAVrh77 (SEQ ID nº 44), AAVrh78 (SEQ ID nº 46), AAVrh81 (SEQ ID nº 50), AAVrh89 (SEQ ID nº 52), AAVrh82 (SEQ ID nº 54), AAVrh83 (SEQ ID nº 56), AAVrh84 (SEQ ID nº 58), AAVrh85 (SEQ ID nº 60), AAVrh87 (SEQ ID nº 62) o AAVhu73 (SEQ ID nº 74), o una proteína de la cápside vp1, vp2 y/o vp3 de AAV que comparte al menos 99% de identidad con cualquiera de las SEQ ID nº 40, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 42, 44, 46, 50, 52, 54, 56, 58, 60, 62 ó 74, (b) un gen rep funcional; (c) un genoma vectorial que comprende repeticiones terminales invertidas (ITR) de AAV y un transgén; y (d) funciones auxiliares suficiente para permitir el empaquetamiento del genoma vectorial en la proteína de la cápside del AAV.