Patent WO-2007121489-A3 (WO)
Title: Réactifs, procédés et bibliothèques conçus pour un séquençage à base de sphères sans gel
Inventor: MCKERNAN KEVIN
IPC: C12Q1/68
Filed: 2007-04-19
Abstract: La présente invention concerne des procédés permettant de déterminer une séquence d'acides nucléiques au moyen de cycles successifs d'extension de double hélice sur une matrice à simple brin. Les cycles comprennent des étapes d'extension, de ligature et, de préférence, de clivage. Dans certains modes de réalisation, les procédés mettent en oeuvre des sondes d'extension qui contiennent des liaisons phosphorothiolate et utilisent des agents adaptés au clivage de telles liaisons. Dans certains modes de réalisation, les procédés mettent en oeuvre des sondes d'extension qui contiennent un résidu abasique ou une base endommagée et utilisent des agents adaptés au clivage de liaisons entre un nucléoside et un résidu abasique et/ou des agents adaptés au retrait d'une base endommagée d'un acide nucléique. Cette invention concerne des procédés permettant de déterminer des informations concernant une séquence au moyen d'au moins deux familles de sondes marquées de façon reconnaissable. Dans certains modes de réalisation, les procédés permettent d'obtenir moins de 2 bits d'informations de chacun des nucléotides dans la matrice au cours de chaque cycle. Dans certains modes de réalisation, les réactions de séquençage sont réalisées sur des matrices reliées à des microparticules qui sont immobilisées dans ou sur un support semi-solide ou reliées à un substrat. Cette invention concerne également des ensembles de sondes d'extension marquées qui contiennent des liaisons phosphorothiolate ou des résidus de déclenchement adaptés à une utilisation dans le cadre dudit procédé. De plus, cette invention consiste à mettre en oeuvre de multiples réactions de séquençage sur une matrice unique par retrait d'oligonucléotides d'initialisation et de brins étendus, puis à mettre en oeuvre des réactions ultérieures au moyen d'oligonucléotides d'initialisation différents. Ladite invention concerne aussi des procédés permettant de préparer des matrices, notamment permettant de mettre en oeuvre en parallèle un séquençage de plusieurs matrices différentes. Elle concerne également des procédés permettant d'effectuer une ligature et un clivage. Cette invention concerne aussi de nouvelles bibliothèques de fragments d'acide nucléique contenant des étiquettes appariées, ainsi que des procédés permettant de préparer des microparticules auxquelles sont reliées plusieurs matrices différentes (par ex. contenant des étiquettes appariées) et de séquencer les matrices individuellement. Cette invention concerne également des systèmes de séquençage automatisé, des cuves à circulation, des procédés de traitement d'image et des supports lisibles sur ordinateur qui enregistrent des instructions exécutables sur ordinateur (par ex. pour mettre en oeuvre les procédés de traitement d'image) et/ou des informations de séquence. Dans certains modes de réalisation, les informations de séquence sont enregistrées dans une base de données. Ladite invention concerne aussi des oligonucléotides de blocage et des procédés pour les utiliser afin de faciliter le séquençage. Elle concerne également des réseaux comprenant des microparticules auxquelles sont reliées des matrices et qui sont reliées à un substrat en l'absence d'un support semi-solide, ainsi que des procédés de séquençage des matrices. En outre, cette invention concerne des réseaux de colonies d'acides nucléiques produites au moyen desdites microparticules afin de laisser l'empreinte de matrices sur un support semi-solide ou un substrat, ainsi que des procédés de séquençage de ceux-ci.