Patent ES-2714851-T3 (ES)
Title: Procedimiento de alto rendimiento de cribado de una población para la obtención de elementos que comprendan mutaciones en una secuencia objetivo, utilizando un análisis de secuencia sin alineación
Inventor: BANKS TRAVIS WILFRED
IPC: C12Q1/6827
Filed: 2016-11-03
Granted: 2019-05-30
Abstract: Procedimiento de identificación de los miembros de una población que comprenda una o más mutaciones en una o más secuencias objetivo, donde cada uno de dichos miembros de dicha población es distinto, incluyendo dicho procedimiento las siguientes etapas: (a) Agrupamiento del ADN genómico aislado procedente de cada uno de los miembros de la población en una o más dimensiones; (b) Amplificación de la secuencia o secuencias objetivo en el ADN genómico agrupado; (c) Secuenciación de los productos amplificados para obtener lecturas de secuencias correspondientes a los productos amplificados; (d) Identificación de las mutaciones en función del análisis de k-meros de las lecturas de secuencia de (c); donde dicho análisis de k-meros comprende (i) La descomposición de dichas lecturas de secuencias en k-meros de la secuencia objetivo; (ii) La determinación del número de ocasiones en que se da cada uno de dichos k-meros de la secuencia objetivo procedentes de dichas lecturas de secuenciación descompuestas; (iii) Determinación de un recuento de tipo natural y de un recuento de mutantes para los k-meros de la secuencia objetivo a partir de dichas lecturas de secuenciación descompuestas utilizando las secuencias de referencia de las secuencias objetivo, a fin de identificar todos los posibles k-meros que contengan una base específica en una posición específica de la secuencia de referencia o de la secuencia objetivo, donde, para cada base de dicha secuencia de referencia que se encuentra en una posición específica, el recuento de elementos naturales viene determinado por el recuento del número de k-meros identificados a partir de dichas secuencias de referencia que incluyen dicha base en dichos k-meros de la secuencia objetivo procedente de las lecturas de secuenciación descompuestas; donde, para cada base situada en una posición específica de dichas secuencias de referencia, dicho recuento de mutantes se determina cambiando dicha base en dicha secuencia de referencia a una base diferente, a fin de obtener una secuencia de referencia alterada, identificando todos los posibles k-meros que contengan la base cambiada, y contando el número de dichos k-meros que contienen la base cambiada en dichos k-meros de la secuencia objetivo procedentes de dichas lecturas de secuenciación descompuestas; (iv) Identificación de una mutación de dicha base en las secuencias objetivo de dicha lectura de secuencias comparando la proporción entre el recuento de mutantes y el recuento de elementos naturales correspondiente a la base con la proporción entre el recuento de elementos mutantes y naturales para el resto de bases de dichas secuencias objetivo procedentes de dichas lecturas de secuenciación descompuestas; donde una proporción entre el recuento de mutantes y el recuento de elementos naturales correspondiente a dicha base que sea estadísticamente y significativamente diferente a la proporción entre el recuento de mutantes y elementos naturales correspondiente a la demás bases de dichas secuencias objetivo indicaría una mutación de dicha base en dicha secuencia objetivo; y (e) Identificación de los elementos individuales de la población que comprenden la mutación o mutaciones identificadas en las secuencias objetivo.