Patent ES-2745556-T3 (ES)
Title: Acidos nucleicos y métodos para detectar anomalías cromosómicas
Inventor: MANN TOBIAS
IPC: C12Q1/6883
Filed: 2016-07-29
Granted: 2020-03-02
Abstract: Un método de detección sistemática para la aneuploidía en un feto, que comprende: a) obtener una muestra de ácido nucleico que se aísla a partir de una muestra de sangre materna; b) capturar una pluralidad de secuencias diana de interés en la muestra de ácido nucleico que se obtiene en la etapa a) mediante el uso de una o más poblaciones de sondas de inversión molecular (MIP) para producir una pluralidad de replicones, en donde cada una de las MIP en la población de MIP comprende en secuencia los siguientes componentes: primer brazo de polinucleótidos de focalización, primera etiqueta molecular única, ligador polinucleotídico, segunda etiqueta molecular única, segundo brazo de polinucleótidos de focalización; en donde los pares del primero y del segundo brazo de polinucleótidos de focalización en cada una de las MIP son idénticos, y son sustancialmente complementarios a la primera y a la segunda región en el ácido nucleico que, respectivamente, flanquean cada secuencia en la pluralidad de secuencias diana de interés; en donde la primera y la segunda etiqueta molecular de focalización única en cada una de las MIP en combinación son distintas en cada una de las MIP; c) secuenciar una pluralidad de amplicones de MIP que se amplían a partir de los replicones que se obtienen en la etapa b); d) determinar el número de eventos de captura de cada una de una primera población de amplicones de la pluralidad de amplicones que se proporcionan en la etapa c) basado en el número de las etiquetas moleculares únicas de cada MIP que amplificó un replicón, en donde la primera población de amplicones se determina mediante la secuencia de la secuencia diana de interés; e) determinar el número de eventos de captura de cada una de una segunda población de amplicones de la pluralidad de amplicones que se proporciona en la etapa c), basado en el número de las etiquetas moleculares únicas de cada MIP que amplificó un replicón, en donde la primera población de amplicones se determina mediante la secuencia de la secuencia diana de interés; f) determinar, para cada secuencia diana de interés a partir de la cual la primera población de amplicones se produjo, una métrica de captura del sitio, basado al menos en parte en el número de eventos de captura que se determinaron en la etapa d); g) identificar un primer subconjunto de la métrica de captura del sitio que se determinó en la etapa f) que satisface, al menos, un criterio; h) determinar, para cada secuencia diana de interés a partir de la cual la segunda población de amplicones se produjo, una métrica de captura del sitio, basado al menos en parte en el número de eventos de captura que se 30 determinaron en la etapa e); i) identificar un segundo subconjunto de la métrica de captura del sitio que se determinó en la etapa h) que satisface, al menos, un criterio; j) normalizar una primera medida que se determina a partir del primer subconjunto de métricas de captura del sitio que se identifica en la etapa g) mediante una segunda medida que se determina a partir del segundo subconjunto de métricas de captura del sitio que se identifica en la etapa i) para obtener una relación de prueba; k) comparar la relación de prueba con una pluralidad de relaciones de referencia que se computan basado en las muestras de ácido nucleico de referencia que se aislaron a partir de los sujetos de referencia, que se sabe exhiben euploidía o aneuploidía, para determinar la presencia o la ausencia de una relación de prueba que 40 indica la aneuploidía en el feto.