Patent ES-2804308-T3 (ES)
Title: Métodos y kits para clasificar linfoma de linfocitos B grande difuso (DLBCL) en GCB-DLBCL o en ABC-DLBCL
Inventor: JARDIN FABRICE
IPC: C12Q1/6886
Filed: 2015-03-10
Granted: 2021-02-05
Abstract: Un método para clasificar un linfoma de linfocitos B grande difuso (DLBCL) de un sujeto en un GCB-DLBCL o en un ABC-DLBCL, que comprende la etapa de determinar el nivel de expresión de 10 genes en una muestra de tejido tumoral obtenida del sujeto realizando un ensayo de amplificación con sonda dependiente de ligamiento múltiple con retrotranscriptasa (RT-MLPA) en el que los 10 genes son NEK6, IRF4, IGHM, LMO2, F0XP1, TNFRSF9, BCL6, TNFRSF13B, CCND2 y MYBL1, comprendiendo dicho método las etapas de i) preparar una muestra de ADNc a partir de la muestra de tejido tumoral, ii) incubar la muestra de ADNc de la etapa i) con una mezcla de al menos 10 pares diferentes de sondas específicas de una secuencia de ácido nucleico diana de NEK6, IRF4, IGHM, LMO2, FOXP1, TNFRSF9, BCL6, TNFRSF13B, CCND2 y MYBL1, iii) ligar la primera sonda con la segunda sonda de los partes de sondas, iv) amplificar las sondas ligadas producidas en la etapa iii) y v) detectar y cuantificar los amplicones producidos en la etapa iv), en el que el par de sondas consiste en: - una primera sonda que tiene - una región específica de diana (L) complementaria al primer segmento de la secuencia de ácido nucleico diana y - una región de cola (TL) en el extremo 5' de la región específica de diana (L) que no es complementaria a dicha secuencia de ácido nucleico diana, - una segunda sonda que tiene - una región específica de diana (R) complementaria al segundo segmento de la secuencia de ácido nucleico diana y - una región de cola (TR) en el extremo 3' de la región específica de diana (R) que no es complementaria a dicha secuencia de ácido nucleico diana, en el que el par de sondas específicas para NEK6 consiste en una primera sonda que es la SEQ ID NO:54 (GTGCCAGCAAGATCCAATCTAGACCTGTGCATCCTCCTGACCCACAG) y una segunda sonda que es la SEQ ID NO:55 (AGGCATCCCAACACGCTGTCTTTTCCAACCCTTAGGGAACCC); el par de sondas específicas para IRF4 consiste en una primera sonda que es la SEQ ID NO:56 (GTGCCAGCAAGATCCAATCTAGATCTGCCGAAGCCTTGGCGTTCTCAG) y una segunda sonda que es la SEQ ID NO:57 (ACTGCCGGCTGCACATCTGCCTGTATCCAACCCTTAGGGAACCC); el par de sondas específicas para IGHM consiste en una primera sonda que es la SEQ ID NO:58 (GTGCCAGCAAGATCCAATCTAGATGCGTCCTCCATGTGTGGCCCCG) y una segunda sonda que es la SEQ ID NO:59 (ATCAAGACACAGCCATCCGGGTCTTCTACTATCCAACCCTTAGGGAACCC); el par de sondas específicas para LMO2 consiste en una primera sonda que es la SEQ ID NO:62 (GTGCCAGCAAGATCCAATCTAGACGGAAGCTCTGCCGGAGAGACTATCTCAG) y una segunda sonda que es la SEQ ID NO:63 (GCTTTTTGGGCAAGACGGTCTCTGCTACTATCCAACCCTTAGGGAACCC); el par de sondas específicas para FOXP1 consiste en una primera sonda que es la SEQ ID NO:64 (GTGCCAGCAAGATCCAATCTAGACCCTTCCCCTTCAACCTCTTGCTCAAG) y una segunda sonda que es la SEQ ID NO:65 (GCATGATTCCAACAGAACTGCAGCAGCTACTACTACTCCAACCCTTAGGGAACCC); el par de sondas específicas para TNFRSF9 consiste en una primera sonda que es la SEQ ID NO:66 (GTGCCAGCAAGATCCAATCTAGATACGGACCTGTGACATATGCAGGCAGTGTAAAG) y una segunda sonda que es la SEQ ID NO:67 (GTGTTTTCAGGACCAGGAAGGAGTGTTCCTACTCCAACCCTTAGGGAACCC); el par de sondas específicas para BCL6 consiste en una primera sonda que es la SEQ ID NO:68 (GTGCCAGCAAGATCCAATCTAGATACTACTCATAAAACGGTCCTCATGGCCTGCAG) y una segunda sonda que es la SEQ ID NO:69 (TGGCCTGTTCTATAGCATCTTTACAGACCAGTTGTCCAACCCTTAGGGAACCC); el par de sondas específicas para TNFRSF13B consiste en una primera sonda que es la SEQ ID NO:70 (GTGCCAGCAAGATCCAATCTAGATACTACTACTAGCGCACCTGTGCAGCCTTCTGCA) y una segunda sonda que es la SEQ ID NO:71 (GGTCACTCAGCTGCCGCAAGGAGCTACTACTACTACTCCAACCCTTAGGGAACCC); el par de sondas específicas para CCND2 consiste en una primera sonda que es la SEQ ID NO:72 (GTGCCAGCAAGATCCAATCTAGATACTACTGACCTTCATTGCTCTGTGTGCCACCG) y una segunda sonda que es la SEQ ID NO:73 (ACTTTAAGTTTGCCATGTACCCACCGTCGATACTACTATCCAACCCTTAGGGAACCC); y el par de sondas específicas para MYBL1 consiste en una primera sonda que es la SEQ ID NO:76 (GTGCCAGCAAGATCCAATCTAGACCAGAATTTGCAGAGACTCTAGAACTTATTGAAT CT) y una segunda sonda que es la SEQ ID NO:77 (GATCCTGTAGCATGGAGTGACGTTACCAGTTTTTACTACTTCCAACCCTTAGGGAACC C).