Patent ES-2699743-T3 (ES)
Title: Procedimiento y sistema para determinar si un genoma es anormal
Inventor: QIU YONG
IPC: C12Q1/68
Filed: 2011-12-17
Granted: 2019-02-12
Abstract: Un procedimiento para determinar si existe una anomalía genómica en un feto, que comprende las etapas de: a) separar glóbulos rojos nucleados fetales de una muestra obtenida de una mujer embarazada; b) amplificar un genoma completo de los glóbulos rojos nucleados para obtener un genoma completo amplificado, construir una biblioteca de secuenciación del genoma completo utilizando el genoma completo amplificado y secuenciar la biblioteca de secuenciación del genoma completo, para obtener un resultado de secuenciación que contiene una pluralidad de datos de secuenciación; c) determinar si la anomalía genómica existe en el feto mediante la determinación de la anomalía genómica en los glóbulos rojos nucleados basándose en el resultado de la secuenciación, en el que la anomalía genómica es una aneuploidía cromosómica, y la anomalía genómica en los glóbulos rojos nucleados se determina de la siguiente manera: c1) dividir la secuencia conocida de un primer cromosoma en una pluralidad de ventanas, la pluralidad de ventanas tiene independientemente una longitud predeterminada, respectivamente; c2) alinear los datos de secuenciación en el resultado de la secuenciación con la secuencia conocida del primer cromosoma, para obtener el número de datos de secuenciación que caen en cada ventana; c3) determinar un primer parámetro en base al número de datos de secuencia que caen en cada una de las ventanas; c4) determinar si los glóbulos rojos nucleados tienen aneuploidía para el primer cromosoma en base al primer parámetro, en el que el primer parámetro se determina por: c4-i) establecer un coeficiente de ponderación predeterminado para el número de datos de secuencia que caen en cada ventana, respectivamente; y c4-ii) según el coeficiente de ponderación, realizar un promedio ponderado en el número de datos de secuenciación que caen en cada una de las ventanas para obtener la mediana del primer cromosoma, la mediana del primer cromosoma que forma el primer parámetro del primer cromosoma, en el que el coeficiente de ponderación predeterminado se obtiene asociando el número de datos de secuenciación que caen en cada ventana con el contenido de GC de la ventana respectiva, c5) realizar el mismo tratamiento en un segundo cromosoma al igual que en el primer cromosoma, para obtener la mediana del segundo cromosoma, en el que el primer cromosoma es al menos uno seleccionado entre el grupo que consiste en cromosoma 21, cromosoma 18, cromosoma 13, cromosoma X y cromosoma Y humanos; y el segundo cromosoma es uno cualquiera seleccionado entre el grupo que consiste en los cromosomas 1- 12 en el genoma humano; c6) realizar la prueba del valor t en la mediana del primer cromosoma y la mediana del segundo cromosoma para obtener una diferencia entre el primer cromosoma y el segundo cromosoma; y c7) comparar la diferencia con un primer umbral y un segundo umbral predeterminados, y si la diferencia es inferior a los umbrales predeterminados, entonces concluir que los glóbulos rojos nucleados tienen aneuploidía para el primer cromosoma, y si la diferencia es superior a los umbrales predeterminados, entonces concluir que los glóbulos rojos nucleados no tienen aneuploidía para el primer cromosoma.