Patent AR-127206-A1 (AR)
Title: Cápsides de aav novedosas y composiciones que las contienen
Inventor: WILSON JAMES M
IPC: C12N15/86
Filed: 2022-09-30
Abstract: En el presente documento, se proporcionan cápsides de AAV novedosas y vectores de AAV recombinantes que las comprenden. En una realización, los vectores que utilizan una cápside de AAV novedosa muestran una transducción aumentada de un tejido objetivo seleccionado en comparación con un AAV de la técnica anterior.  Reivindicación 1: Un virus adenoasociado recombinante (rAAV) caracterizado porque comprende una cápside de AAV y tiene empaquetado, en dicha cápside de AAV, un genoma vectorial que comprende una secuencia de ácidos nucleicos exógenos que no son de AAV, donde la cápside de AAV se selecciona de: (a) una cápside de AAVhu95 producida por una secuencia de ácidos nucleicos que codifica una secuencia de aminoácidos prevista en la SEQ ID Nº 2 o una secuencia de aminoácido prevista que tiene al menos el 97% de identidad con esta, donde las posiciones de aminoácidos A67, A157, T412, y S483 de la SEQ ID Nº 2 no están cargadas; o (b) una cápside de AAVhu96 producida por una secuencia de ácidos nucleicos que codifica una secuencia de aminoácidos de la SEQ ID Nº 4 o una secuencia de aminoácido prevista que tiene al menos el 97% de identidad con esta, donde las posiciones de aminoácidos A67, E157, T412, y I483 de la SEQ ID Nº 4 no están cargadas. Reivindicación 10: Un de virus adenoasociado recombinante (rAAV) caracterizado porque comprende: (A) una cápside de AAVhu95 que comprende una o más de: (1) la proteína de la cápside de AAVhu95 que comprende: una población heterogénea de proteínas de AAVhu95 vp1 seleccionadas de: proteínas de vp1 producidas por la expresión de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica la secuencia de aminoácidos prevista de 1 a 736 de la SEQ ID Nº 2, proteínas de vp1 producidas de la SEQ ID Nº 1 o proteínas vp1 producidas a partir de una secuencia de ácidos nucleicos al menos 91% idéntica a la SEQ ID Nº 1 que codifica la secuencia de aminoácidos prevista de 1 a 736 de la SEQ ID Nº 2, una población heterogénea de proteínas de AAVhu95 vp2 seleccionadas de: proteínas de vp2 producidas por la expresión de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica la secuencia de aminoácidos prevista de al menos aproximadamente los aminoácidos 138 a 736 de la SEQ ID Nº 2 (o la SEQ ID Nº 21), proteínas vp2 producidas por una secuencia que comprende al menos los nucleótidos 412 a 2211 de la SEQ ID Nº 1 (o la SEQ ID Nº 13), o proteínas vp2 producidas de una secuencia de ácidos nucleicos al menos 91% idéntica a al menos los nucleótidos 412 a 2211 de la SEQ ID Nº 1 (o la SEQ ID Nº 13) que codifica la secuencia de aminoácidos prevista de al menos aproximadamente los aminoácidos 138 a 736 de la SEQ ID Nº 2 (o la SEQ ID Nº 21), una población heterogénea de proteínas de AAVhu95 vp3 seleccionadas de: proteínas de vp3 producidas por la expresión de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica la secuencia de aminoácidos prevista de al menos aproximadamente los aminoácidos 203 a 736 de la SEQ ID Nº 2 (o la SEQ ID Nº 22), proteínas vp3 producidas a partir de una secuencia que comprende al menos los nucleótidos 607 a 2211 de la SEQ ID Nº 1 (o la SEQ ID Nº 14), o proteínas vp3 producidas de una secuencia de ácidos nucleicos al menos 91% idéntica a al menos los nucleótidos 607 a 2211 de la SEQ ID Nº 1 (o la SEQ ID Nº 14) que codifica la secuencia de aminoácidos prevista de al menos aproximadamente los aminoácidos 203 a 736 de la SEQ ID Nº 2 (o la SEQ ID Nº 22); y/o (2) una población heterogénea de proteínas vp1 que son el producto de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID Nº 2, una población heterogénea de proteínas vp2 que son producto de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica la secuencia de aminoácidos de al menos aproximadamente los aminoácidos 138 a 736 de la SEQ ID Nº 2 (o la SEQ ID Nº 21), y una población heterogénea de proteínas vp3 que son producto de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica al menos los aminoácidos 203 a 736 de la SEQ ID Nº 2 (o la SEQ ID Nº 22), donde: las proteínas vp1, vp2 y vp3 contienen subpoblaciones con modificaciones de aminoácidos que comprenden al menos dos asparaginas (N) desamidadas en pares de asparagina-glicina en la SEQ ID Nº 2 y opcionalmente, también, comprenden subpoblaciones que comprenden otros aminoácidos desamidados, donde la desamidación da como resultado un cambio de aminoácido; y (b) un genoma vectorial en la cápside de AAVhu95, el genoma vectorial comprende una molécula de ácido nucleico que comprende secuencias de repetición terminal invertida de AAV y una secuencia de ácidos nucleicos que no corresponde a un AAV y que codifica un producto unido operativamente a secuencias que dirigen la expresión del producto en una célula efectora. Reivindicación 11: Un de virus adenoasociado recombinante (rAAV) caracterizado porque comprende: (A) una cápside de AAVhu96 que comprende una o más de: (1) la proteína de la cápside de AAVhu96 que comprende: una población heterogénea de proteínas de AAVhu96 seleccionadas de: proteínas de vp1 producidas por la expresión de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica la secuencia de aminoácidos prevista de 1 a 736 de la SEQ ID Nº 4, proteínas de vp1 producidas de la SEQ ID Nº 3 o proteínas vp1 producidas a partir de una secuencia de ácidos nucleicos al menos 91% idéntica a la SEQ ID Nº 3 que codifica la secuencia de aminoácidos prevista de 1 a 736 de la SEQ ID Nº 4, una población heterogénea de proteínas de AAVhu96 vp2 seleccionadas de: proteínas de vp2 producidas por la expresión de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica la secuencia de aminoácidos prevista de al menos aproximadamente los aminoácidos 138 a 736 de la SEQ ID Nº 4 (o la SEQ ID Nº 23), proteínas vp2 producidas por una secuencia que comprende al menos los nucleótidos 412 a 2211 de la SEQ ID Nº 3 (o la SEQ ID Nº 15), o proteínas vp2 producidas de una secuencia de ácidos nucleicos al menos 91% idéntica a al menos los nucleótidos 412 a 2211 de la SEQ ID Nº 3 (o la SEQ ID Nº 15) que codifica la secuencia de aminoácidos prevista de al menos aproximadamente los aminoácidos 138 a 736 de la SEQ ID Nº 4 (o la SEQ ID Nº 23), una población heterogénea de proteínas de AAVhu96 vp3 seleccionadas de: proteínas de vp3 producidas por la expresión de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica la secuencia de aminoácidos prevista de al menos aproximadamente los aminoácidos 203 a 736 de la SEQ ID Nº 4 (o la SEQ ID Nº 24), proteínas vp3 producidas a partir de una secuencia que comprende al menos los nucleótidos 607 a 2211 de la SEQ ID Nº 3 (o la SEQ ID Nº 16), o proteínas vp3 producidas de una secuencia de ácidos nucleicos al menos 91% idéntica a al menos los nucleótidos 607 a 2211 de la SEQ ID Nº 3 (o la SEQ ID Nº 16) que codifica la secuencia de aminoácidos prevista de al menos aproximadamente los aminoácidos 203 a 736 de la SEQ ID Nº 4 (o la SEQ ID Nº 24); y/o (2) una población heterogénea de proteínas vp1 que son el producto de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID Nº 4, una población heterogénea de proteínas vp2 que son producto de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica la secuencia de aminoácidos de al menos aproximadamente los aminoácidos 138 a 736 de la SEQ ID Nº 4 (o la SEQ ID Nº 23), y una población heterogénea de proteínas vp3 que son producto de una secuencia de ácidos nucleicos que codifica al menos los aminoácidos 203 a 736 de la SEQ ID Nº 4 (o la SEQ ID Nº 24), donde las proteínas vp1, vp2 y vp3 contienen subpoblaciones con modificaciones de aminoácidos que comprenden al menos dos asparaginas (N) desamidadas en pares de asparagina-glicina en la SEQ ID Nº 4 y opcionalmente, también, comprenden subpoblaciones que comprenden otros aminoácidos desamidados, donde la desamidación da como resultado un cambio de aminoácido; y (b) un genoma vectorial en la cápside de AAVhu96, el genoma vectorial comprende una molécula de ácido nucleico que comprende secuencias de repetición terminal invertida de AAV y una secuencia de ácidos nucleicos que no corresponde a un AAV y que codifica un producto unido operativamente a secuencias que dirigen la expresión del producto en una célula efectora. Reivindicación 13: Una molécula de ácido nucleico recombinante caracterizada porque comprende un promotor y una secuencia de ácidos nucleicos exógena que codifica una proteína de la cápside de AAVhu95, donde dicha secuencia de ácidos nucleicos se selecciona de la SEQ ID Nº 1, una secuencia de ácidos nucleicos al menos aproximadamente 91% idéntica a la SEQ ID Nº 1, la SEQ ID Nº 10, o una secuencia de ácidos nucleicos al menos aproximadamente 99% idéntica a la SEQ ID Nº 10. Reivindicación 14: Una molécula de ácido nucleico recombinante caracterizada porque comprende un promotor y una secuencia de ácidos nucleicos exógena que codifica una proteína de la cápside de AAVhu96, donde dicha secuencia de ácidos nucleicos se selecciona de la SEQ ID Nº 3, una secuencia de ácidos nucleicos al menos aproximadamente 91% idéntica a la SEQ ID Nº 3, la SEQ ID Nº 11, o una secuencia de ácidos nucleicos al menos aproximadamente 99% idéntica a la SEQ ID Nº 11.