Patent ES-2701440-T3 (ES)
Title: Sistemas y métodos de muestreo y análisis de dinámica conformacional de polímeros
Inventor: DIXIT SURJIT B
IPC: G16B15/20
Filed: 2013-08-16
Granted: 2019-02-22
Abstract: Un método de muestreo y análisis de la dinámica conformacional de polímeros mediante la búsqueda en el espacio de conformación de una proteína para determinar si una conformación tridimensional de la proteína puede unir más de un antígeno en una pluralidad de antígenos objetivo, comprendiendo la proteína una primera pluralidad de residuos, comprendiendo el método: en un sistema informático (11) que tiene uno o varios procesadores (22) y memoria (36) que almacena uno o varios programas a ejecutar por el uno o varios procesadores (22): (A) obtener (402), desde el almacenamiento de memoria (36), un conjunto inicial de coordenadas tridimensionales {x1A_init, ..., xNA_init, x1B_init, ..., xMB_init, ..., xPC_init, ...}; (46) correspondientes a los átomos de la proteína, en donde la proteína comprende una pluralidad de dominios, cada respectivo xiA en {x1A_init, ..., xNA_init, x1B_init, ..., xMB_init, ..., xPC_init, ...} (46) corresponde a una coordenada tridimensional para un átomo en un primer dominio en la pluralidad de dominios, cada respectivo xiB en {x1A_init, ..., xNA_init, x1B_init, ..., xMB_init, ..., xPC_init, ...} (46) corresponde a una coordenada tridimensional para un átomo en un segundo dominio en la pluralidad de dominios, y cada respectivo XiC en {x1A_init, ..., xNA_init, x1B_init, ..., xMB_init, ..., xPC_init, ...} (46) corresponde a una coordenada tridimensional para un átomo en una primera bisagra de la proteína, en donde la primera bisagra comprende una segunda pluralidad de residuos que es un subconjunto de la primera pluralidad de residuos, en donde la proteína está caracterizada por una capacidad para que el primer y el segundo dominios pivoten entre sí alrededor de la primera bisagra; (B) alterar (404), utilizando un módulo de generación de polímeros (50), el conjunto inicial de coordenadas tridimensionales (46) de la proteína pivotando el primer dominio con respecto al segundo dominio sobre la primera bisagra, obteniendo así un conjunto alterado de coordenadas tridimensionales {x1A_alt, ..., xNA_alt, x1B_alt, ..., xMB_alt, ..., xPC_alt, ...} (56) para la proteína, en donde todos los átomos dentro del primer dominio se mantienen fijos entre sí durante la alteración, y todos los átomos dentro del segundo dominio se mantienen fijos entre sí durante la alteración; (C) puntuar (406), usando un módulo de puntuación (52), una energía potencial calculada del conjunto alterado de coordenadas tridimensionales (56) frente a una energía potencial calculada de las coordenadas tridimensionales iniciales para la proteína con un criterio de Metropolis, en donde, cuando se cumple el criterio de Metrópolis, el conjunto alterado de coordenadas tridimensionales es aceptado como el conjunto inicial de coordenadas tridimensionales; (D) llevar a cabo (408), usando el módulo de puntuación (52), instancias adicionales de la alteración (B) y la puntuación (C) hasta que una energía del conjunto alterado de coordenadas tridimensionales {x1A_alt, ..., xNA_alt, x1B_alt, ..., xMB_alt, ..., xPC_alt, ...} (56) satisface el criterio de Metrópolis; y (E) evaluar si el conjunto alterado de coordenadas tridimensionales {x1A_alt, ..., xNA_alt, x1B_alt, ..., xMB_alt, ..., xPC_alt, ...} puede unir más de un antígeno en la pluralidad de antígenos de destino acoplando el conjunto alterado de coordenadas tridimensionales {x1A_alt, ..., xNA_alt, x1B_alt, ..., xMB_alt, ..., xPC_alt, ...} a un modelo de la pluralidad de antígenos.