Patent ES-2699895-T3 (ES)
Title: Detección de la aneuploidía cromosómica
Inventor: CHAN CHIA-HAN
IPC: C12Q1/68
Filed: 2015-07-08
Granted: 2019-02-13
Abstract: Un método para detectar una aneuploidía cromosómica relacionada con una región de ácido nucleico diana (100), de manera que el método comprende: obtener una base de datos de referencia (110), de manera que la base de datos de referencia se establece secuenciando diversas muestras biológicas de referencia mediante una plataforma de secuenciación; determinar los factores de normalización basándose en la base de datos de referencia, de manera que la determinación de los factores de normalización (120) comprende: determinar un número de lecturas de objetivo (o 'target reads', en inglés) de cada muestra biológica de referencia (121), de manera que las lecturas de objetivo de cada muestra biológica de referencia proceden de la región de ácido nucleico diana; determinar un número de lecturas correlacionadas de cada muestra biológica de referencia (122), de manera que el número de lecturas correlacionadas de las muestras biológicas de referencia se correlaciona de manera lineal con el número de lecturas de objetivo de las muestras biológicas de referencia, y de manera que tienen un coeficiente de correlación en un rango o intervalo de entre alrededor de un 0,7 y alrededor de un 0,99, que se calcula mediante un modelo de regresión lineal, y de manera que las lecturas correlacionadas de cada muestra biológica de referencia proceden de una región de ácido nucleico correlacionada; y determinar los factores de normalización basándose en el número de lecturas de objetivo de las muestras biológicas de referencia y el número de lecturas correlacionadas de las muestras biológicas de referencia (123), de manera que los factores de normalización comprenden: una primera correspondencia entre las frecuencias locales diana de referencia y las frecuencias globales correlacionadas de referencia, y una frecuencia global correlacionada de prueba para normalizar una frecuencia local diana de prueba, de manera que la frecuencia global correlacionada de prueba es un ratio o proporción de un número de lecturas correlacionadas de la muestra biológica bajo prueba con respecto al número de lecturas totales de la muestra biológica bajo prueba, y las lecturas correlacionadas de la muestra biológica bajo prueba proceden de la región de ácido nucleico correlacionada, y la frecuencia local diana de prueba es un ratio o proporción del número de lecturas de objetivo de la muestra biológica bajo prueba con respecto a un número de lecturas locales de la muestra biológica bajo prueba, y las lecturas locales de la muestra biológica bajo prueba proceden del propio cromosoma de la región de ácido nucleico diana; y una frecuencia local diana de prueba normalizada, de manera que la frecuencia global diana de prueba es un ratio o proporción del número de lecturas de objetivo de la muestra biológica bajo prueba con respecto al número de lecturas totales de la muestra biológica bajo prueba; determinar un valor límite basándose en la base de datos de referencia (130); secuenciar una muestra biológica bajo prueba mediante la plataforma de secuenciación a fin de obtener un número de lecturas de objetivo de la muestra biológica bajo prueba (140), de manera que la muestra biológica bajo prueba se obtiene de una hembra o mujer embarazada y tiene moléculas de ácido nucleico de la hembra embarazada y su feto, y las lecturas de objetivo de la muestra biológica bajo prueba proceden de la región de ácido nucleico diana; normalizar el número de lecturas de objetivo de la muestra biológica bajo prueba mediante los factores de normalización (150); comparar el número normalizado de las lecturas de objetivo de la muestra biológica bajo prueba con el valor límite (160); y basándose en esta comparación, determinar si la aneuploidía cromosómica relacionada con la región de ácido nucleico diana está presente en el feto (170).