Patent ES-2819206-T3 (ES)
Title: Transcriptoma génico de amplio espectro del virus del papiloma y genotipo como biomarcadores de las etapas del cáncer asociadas al virus del papiloma
Inventor: ELOIT MARC
IPC: C12Q1/70
Filed: 2015-07-07
Granted: 2021-04-15
Abstract: Un método para determinar el riesgo de un paciente a desarrollar cáncer inducido por virus oncogénicos, como el VPH del grupo alfa, que comprende: a) enriquecer los ARN virales en una muestra mediante amplificación previa aleatoria o de consenso y / o reacción de transcriptasa inversa específica, preferiblemente amplificación previa de consenso, b) secuenciar el ADNc producido en el paso a) y generar lecturas de dicho ADNc, c) determinar el número de lecturas que coinciden con dichos virus en función de la discriminación de especies y determinar las especies de alto riesgo más prevalentes presentes en la muestra en relación con otras especies, d) determinar dentro de dichas especies de alto riesgo más prevalentes el número relativo de lecturas que coinciden con al menos un gen oncogénico en comparación con al menos un gen no oncogénico, preferiblemente genes oncogénicos en comparación con genes no oncogénicos, e) calcular las proporciones dentro de dicha especie de alto riesgo de lecturas que coinciden con al menos un gen oncogénico frente al correspondiente gen estructural o regulador interespecies, preferiblemente genes oncogénicos frente a los correspondientes genes estructurales o reguladores interespecies, f) determinar el riesgo de desarrollar cáncer inducido por virus oncogénicos en pacientes en los que dicha proporción tiende a infinito, en el que el enriquecimiento de los ARN virales se realiza mediante una transcripción inversa de los ARN virales, y una amplificación del ADNc producido mediante PCR múltiple con una composición de cebadores específica de VPH del grupo alfa que comprende al menos uno de los siguientes grupos de pares de cebadores: - grupo SD1-SA1 que consiste en los pares de cebadores de SEQ ID NO: 397-398; 521-522; 609-610; 695-696; 819- 820; 865-866; 947-948; 1067-1068; 1119-1120; 1267-1268; 1325-1326; 1507-1508; 1597-1598; 1655-1656; 1755- 1756; y / o - grupo SD1-SA2 que consiste en los pares de cebadores de SEQ ID NO: 459-460; 633-634; 687-688; 1111-1112; 1235-1236; 1341-1342; 1503-1504; 1657-1658; 1797-1798; y / o - grupo SD1-SA3 que consiste en los pares de cebadores de SEQ ID NO: 381-382; 541-542; 599-600; 903-904; 941- 942; 1047-1048; 1135-1136; 1287-1288; 1459-1460; 1473-1474; 1621-1622; 1717-1718; 1745-1746; y / o - grupo SD1-SA4 que consiste en los pares de cebadores de SEQ ID NO: 413-414; 551-552; 637-638; 713-714; 793- 794; 857-858; 981-982; 1093-1094; 1179-1180; 1227-1228; 1319-1320; 1413-1414; 1509-1510; 1563-1564; 1709- 1710; 1791-1792; y / o - grupo SD1-SA5 que consiste en los pares de cebadores de SEQ ID NO: 453-454; 549-550; 613-614; 747-748; 761- 762; 949-950; 1163-1164; 1249-1250; 1329-1330; 1453-1454; 1501-1502; y / o - grupo SD1-SA6 que consiste en los pares de cebadores de SEQ ID NO: 431-432; 595-596; 719-720; 827-828; 1089-1090; 1137-1138; 1285-1286; 1353-1354; 1561-1562; 1719-1720; 1763-1764; y / o - grupo SD1-SA7 que consiste en los pares de cebadores de SEQ ID NO: 919-920; 1449-1450; y / o - grupo SD1-SA8 que consiste en los pares de cebadores de SEQ ID NO: 489-490; 963-964; 1519-1520; y / o - grupo SD2-SA4 que consiste en los pares de cebadores de SEQ ID NO: 387-388; 473-474; 615-616; 745-746; 815- 816; 849-850; 933-934; 1091-1092; 1177-1178; 1209-1210; 1367-1368; 1437-1438; 1521-1522; 1603-1604; 1651- 1652; 1779-1780; y / o - grupo SD2-SA5 que consiste en los pares de cebadores de SEQ ID NO: 455-456; 529-530; 629-630; 717-718; 777- 778; 975-976; 1153-1154; 1273-1274; 1347-1348; 1451-1452; 1531-1532; y / o - grupo SD2-SA6 que consiste en los pares de cebadores de SEQ ID NO: 399-400; 645-646; 727-728; 811-812; 1079-1080; 1127-1128; 1253-1254; 1369-1370; 1615-1616; 1659-1660; 1781-1782; y / o - grupo SD2-SA7 que consiste en los pares de cebadores de SEQ ID NO: 531-532; 899-900; 943-944; 1411-1412; 1495-1496; y / o - grupo SD2-SA9 que consiste en los pares de cebadores de SEQ ID NO: 437-438; 505-506; 607-608; 739-740; 785- 786; 887-888; 979-980; 1063-1064; 1185-1186; 1233-1234; 1297-1298; 1423-1424; 1491-1492; 1607-1608; 1693- 1694; 1775-1776; y / o - grupo SD2-SA10 que consiste en los pares de cebadores de SEQ ID NO: 545-546; 831-832; 1149-1150; 1269- 1270; 1427-1428; 1671-1672; y / o - grupo SD3-SA4 que consiste en los pares de cebadores de SEQ ID NO: 379-380; 483-484; 611-612; 721-722; 833- 834; 911-912; 937-938; 1053-1054; 1139-1140; 1251-1252; 1335-1336; 1435-1436; 1487-1488; 1591-1592; 1715- 1716; 1785-1786; y / o - grupo SD3-SA5 que consiste en los pares de cebadores de SEQ ID NO: 415-416; 493-494; 593-594; 733-734; 817- 818; 993-994; 1145-1146; 1243-1244; 1337-1338; 1401-1402; 1483-1484; y / o - grupo SD3-SA6 que consiste en los pares de cebadores de SEQ ID NO: 435-436; 655-656; 673-674; 813-814; 1045-1046; 1173-1174; 1241-1242; 1303-1304; 1557-1558; 1627-1628; 1647-1648; 1773-1774; y / o - grupo SD3-SA7 que consiste en los pares de cebadores de SEQ ID NO: 855-856; 1387-1388; y / o - grupo SD3-SA8 que consiste en los pares de cebadores de SEQ ID NO: 511-512; 957-958; 1529-1530; y / o - grupo SD5-SA9 que consiste en los pares de cebadores de SEQ ID NO: 419-420; 527-528; 567-568; 587-588; 683- 684; 775-776; 891-892; 999-1000; 1041-1042; 1113-1114; 1247-1248; 1371-1372; 1403-1404; 1511-1512; 1617- 1618; 1677-1678; 1733-1734; y / o - grupo SD5-SA10 que consiste en los pares de cebadores de SEQ ID NO: 495-496; 837-838; 1183-1184; 1279- 1280; 1433-1434; 1723-1724.