context: MERS coronavirus: diagnóstico, epidemiología y transmisiónhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4687373/SHA: f6fcf1a99cbd073c5821d1c4ffa3f2c6daf8ae29Autores: Mackay, Ian M.; Arden, Katherine E.Fecha: 2015-12-22DOI: 10.1186/s12985-015-0439-5Licencia: cc-byAbstract: Los primeros casos conocidos de síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS), asociados con la infección por un nuevo coronavirus (CoV), se produjeron en 2012 en Jordania, pero se informó retrospectivamente.El primer caso que se informó públicamente fue de Jeddah, en el Reino de Arabia Saudita (KSA). Desde entonces, las secuencias de MERS-CoV se han encontrado en un murciélago y en muchos camellos dromedarios (DC). MERS-CoV es enzoótico en toda la Península Arábiga y en partes de África, causando enfermedades leves del tracto respiratorio superior en su reservorio de camellos y infecciones humanas esporádicas, pero relativamente raras. Precisamente cómo el virus transmite a los seres humanos sigue siendo desconocido, pero la exposición estrecha y prolongada parece ser un requisito. El KSA es el punto focal de MERS, con la mayoría de los casos humanos. En los seres humanos, MERS se conoce principalmente como una enfermedad del tracto respiratorio inferior (RTL) que incluye fiebre, tos, dificultades respiratorias y neumonía que puede progresar a síndrome de dificultad respiratoria aguda, fallo multiorgánico y muerte en un 20% a 40% de los infectados. Sin embargo, MERS-CoV también se ha detectado en enfermedades leves y similares a En comparación con el síndrome respiratorio agudo grave (SARS), otra enfermedad zoonótica del coronavirus a veces fatal que ha desaparecido desde entonces, el MERS progresa más rápidamente hacia la insuficiencia respiratoria y la lesión renal aguda (también tiene afinidad por el crecimiento de las células renales en condiciones de laboratorio), es más frecuente en los pacientes con enfermedad subyacente y es más a menudo fatal. La mayoría de los casos humanos de MERS se han relacionado con fallos en la prevención y el control de infecciones (IPC) en los entornos de salud, con aproximadamente el 20% de todas las detecciones de virus notificadas entre los trabajadores de la salud (HCWs) y exposiciones más altas en aquellos con ocupaciones que los ponen en estrecho contacto con camellos. Los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) han estado disponibles casi desde el comienzo de la aparición de MERS. Mientras que la virología básica de MERS-CoV ha avanzado en los últimos tres años, la comprensión de la interacción entre camello, medio ambiente y restos humanos limitados. MATERIAL SUPLEMENTO ELECTRÓNICO: La versión en línea de este artículo (doi:10.1186/s12985-015-0439-5) contiene material suplementario, que está disponible para los usuarios autorizados. Texto: Un correo electrónico del Dr. Ali Mohamed Zaki, un virólogo egipcio que trabaja en el Hospital Dr. Soliman Fakeeh en Jeddah en el Reino de Arabia Saudita (KSA) anunció la primera cultura de un nuevo coronavirus al mundo. El correo electrónico fue publicado en el sitio web de la red de enfermedades emergentes profesionales (ProMED) el 20 de septiembre de 2012 [1] (Fig. 1) y describió el primer caso reportado, un hombre de 60 años de edad de Bisha en la KSA. Esta información llevó al rápido descubrimiento de un segundo caso del virus, esta vez en un paciente enfermo en el Reino Unido, que había sido transferido de Qatar para su atención [2]. El nuevo virus fue inicialmente llamado coronavirus nuevo (nCoV) y subsecuentemente titulado el síndrome de respiración del Oriente Medio coronavirus (MERS-CoV). A partir del 2 de septiembre de 2015, ha habido 1.493 detecciones de ARN viral o anticuerpos específicos del virus en 26 países (Fichero adicional 1: Figura S1) confirmado por la Organización Mundial de la Salud (OMS), con más de un tercio de las personas positivas muriendo (al menos 527, 35 %) [3]. Desde ese primer informe, un lento proceso de descubrimiento durante los siguientes dos o tres años reveló un virus que había infectado más del 90 % de los camellos dromedarios adultos (DC; Camelus dromedario) en la KSA [4], también en los países en desarrollo de toda la Península Arábiga y partes de África que son una fuente de importaciones de DC para la KSA [5]. Hasta la fecha, el MERS-CoV no se ha detectado en los países en desarrollo sometidos a pruebas en zoológicos o rebaños de otras partes del mundo [6] [7] [9]. Ocasionalmente, el virus se transmite de los DC infectados a los seres humanos expuestos. La transmisión posterior a otros seres humanos requiere una exposición relativamente cercana y prolongada [10]. Se patentó el primer aislado viral y se planteó la preocupación de que ello limitaría el acceso tanto al virus como a los diagnósticos virales [11, 12]. Sin embargo, los diagnósticos basados en la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-rtPCR) se describieron rápidamente y el virus se puso a disposición de forma gratuita, sujeto a consideraciones rutinarias de bioseguridad [13]. La epidemiología y la investigación posteriores han identificado al receptor celular como exopeptidasa dipeptidil peptidasa 4 (DPP4; también llamada CD26); que el MERS-CoV tiene un amplio tropismo, replicando mejor en algunas líneas celulares y provocando una respuesta más proinflamatoria que el SARS-CoV; está muy extendido en los DC; tiene el potencial de infectar a otros animales y que el MERS mata a su huésped humano con más frecuencia que el SARS (20-40% frente al 9 % para el SARS [14] ) [15] [16] [17] [19]. El MERS-CoV se propaga esporádicamente entre las personas, causando enfermedades más graves entre los adultos mayores, especialmente los varones, con enfermedades preexistentes.La propagación del MERS-CoV entre los seres humanos se ha asociado a menudo con brotes en los hospitales, con alrededor del 20% de todos los casos hasta la fecha en los que han participado trabajadores de la salud (HCWs).Aunque los DC parecen sufrir el equivalente a un "frío común" de la infección por MERS-CoV, en los seres humanos el virus puede ser un patógeno más grave y oportunista asociado con la muerte de hasta el 40% de los casos notificados. Aún no se ha establecido si las infecciones que se cree que se han adquirido de una fuente animal producen un resultado más grave que los que se propagan entre los seres humanos [20]. Los estudios han establecido que el período medio de incubación para el MERS es de cinco a seis días, que van de dos a 16 días, con 13 a 14 días entre el inicio de la enfermedad en una persona y posteriormente se extiende a otra [21] [22] [23]. Entre aquellos con enfermedad progresiva, la mediana de tiempo hasta la muerte es de 11 a 13 días, que van de cinco a 27 días [23, 24]. La fiebre y los síntomas gastrointestinales pueden formar un pródromo, después de lo cual los síntomas disminuyen, sólo para ser seguidos por un síndrome sistémico y respiratorio más grave [25, 26]. La primera definición de caso de la OMS [27] definió los casos probables de MERS basados en la presencia de enfermedad febril, tos y el requisito de hospitalización con sospecha de compromiso del tracto respiratorio inferior (RTL), incluyendo también roles para el contacto con un caso probable A partir de julio de 2013, la definición revisada del caso de la OMS incluía la importancia de buscar y comprender el papel de los casos asintomáticos y, a partir de junio de 2014, la definición de la OMS indicaba más claramente que un caso confirmado incluía a cualquier persona cuya muestra fuera RT-PCR positiva para MERS-CoV, o que produjera una seroconversión, independientemente de los signos y síntomas clínicos. [28] [30] Aparte de los informes de la OMS y del Ministerio de Salud de la KSA, los casos asintomáticos o subclínicos de infección por MERS-CoV se documentaron en la literatura científica, aunque no siempre tan a menudo como ocurrió a principios de [31, 32]. La definición del caso de la KSA se hizo más estricta el 13 de mayo de 2014, basándose en la presencia de ambas características clínicas y confirmación de laboratorio [33]. Las pruebas de personas asintomáticas fueron recomendadas a partir de diciembre de 2014 [34], reforzadas por una definición de caso publicada por el Ministerio de Salud de la KSA en junio de 2015 [35]. La KSA ha sido la fuente del 79 % de los casos humanos. El MERS severo es notable por su impacto entre los hombres mayores con enfermedades comorbidas, incluyendo diabetes mellitus, cirrosis y diversas afecciones pulmonares, renales y cardíacas [36] [38]. Interesantemente en junio de 2015, un brote en Corea del Sur siguió una distribución similar [39, 40]. Entre los casos confirmados en laboratorio, los signos y síntomas de fiebre, tos y tracto respiratorio superior (URT) generalmente ocurren primero, seguidos en una semana por trastornos progresivos de TL y linfopenia [37]. Los pacientes a menudo se presentan a un hospital con neumonía o peor, y se han notificado infecciones Según se informa, el MERS ha matado aproximadamente el 35 % de todos los casos notificados, el 42 % de los casos en la KSA, pero sólo el 19 % de los casos en Corea del Sur, donde la mortalidad osciló entre el 7 % entre los grupos de edad más jóvenes y el 40 % entre los de 60 años o más [42] ; todos pueden ser valores inflados con infecciones asintomáticas o leves a veces no buscadas o no reportadas [34]. La atención de apoyo general es clave para tratar los casos graves [43]. Rara vez se informa que los niños menores de 14 años son positivos para la MERS-CoV, que comprende sólo el 1,1% (n = 16) del total de casos notificados. Entre el 1 de septiembre de 2012 y el 2 de diciembre de 2013, un estudio describió el recuento de casos pediátricos en la KSA, que se situaba en 11 (dos a 16 En Amman (Jordania), se probaron 1.005 muestras de niños hospitalizados menores de dos años con fiebre y/o signos y síntomas respiratorios, pero ninguna fue positiva para ARN MERS-CoV, a pesar de haber sido recolectadas en un momento similar al primer brote conocido de MERS-CoV en la ciudad vecina de Al-Zarqa [45]. Un segundo trimestre de mortinato ocurrió en una mujer embarazada durante una enfermedad respiratoria aguda y aunque no fue RT-rtPCR positivo, la madre desarrolló posteriormente anticuerpos contra MERS-CoV, sugestivos de infección reciente [46]. Su historia de exposición a un pariente positivo de MERS-CoV RT-rtPCR y un esposo anticuerpo reactivo, su período de incubación y su historia sintomática cumplieron los criterios de la OMS para ser un probable caso de MERS-CoV [46]. Los métodos de diagnóstico se publicaron dentro de los días del correo electrónico ProMED anunciando el primer caso MERS [47], incluyendo varios ensayos RT-rtPCR (Fig. 2 ) y cultivo de virus en células Vero y LLC-MK2 [18, 47, 48]. Un adenocarcinoma colorrectal (Caco-2 ) línea celular epitelial ha sido recomendado desde entonces para el aislamiento de infecciones MERS-CoV [49]. Anteriormente [18].. Los marcos de lectura abiertos se indican como rectángulos amarillos entre corchetes por regiones terminales no traducidas (UTR; rectángulos grises ). FS-frame-shift. Las regiones predictas que abarcan puntos de ruptura de recombinación se indican por píldoras naranjas. Creado utilizando Geneious v8.1 [211] y anotado usando Adobe Illustrator. Bajo este esquema se muestra la ubicación de los imprimadores RT-PCR (las flechas azules indican la dirección) y oligoprobes (rectángulos verdes) utilizados en los primeros ensayos de cribado RT-rtPCR y en los convencionales, seminés (tres imprimaciones) RT-PCR confirmatorios de secuenciación [47, 48]. El orden de publicación se observa por primera [27 de septiembre de 2012; rojo] y segundo [6 de diciembre de 2012; naranja] rectángulos de color; ambos de Corman y otros [47, 48] Los ensayos recomendados por la OMS se destacan debajo por puntos amarillos [53]. El imprimador reverso NSeq ha contenido consistentemente una secuencia incompatibilidad con algunas variantes de MERS-CoV. Una versión alterada de la de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio del Oriente Medio: Una Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con el permiso de Elsevier [5] revisó el amplio tropismo de MERS-CoV [5]. Sin embargo, como se describe bien, el cultivo celular es un método lento, especializado e insensible [50] mientras que las técnicas basadas en PCR son el método preferido para la detección de MERS-CoV. Los primeros marcos de lectura abiertos (ORF 1a y 1b; Fig. 2) se han convertido en un objetivo diagnóstico clave y taxonómico para la identificación de especies CoV. Con menos del 80 % de identidad entre la secuencia de aminoácidos de MERS ORF 1ab y parientes del betacoronavirus, Tylonycteris Bat HKU4 y Pipistrellus Bat HKU5, se puede concluir que es un virus novedoso y distinto. Las proteínas estructurales incluyen el pico (S), la envoltura (E), la membrana (M) y el nucleocápsido (N) [52]. Se prevé que los productos de ORF1a y ORF1b codificarán proteínas no estructurales. La mayoría de los ensayos de muestras realizados hasta la fecha han empleado ensayos RT-rtPCR validados que han demostrado ser sensibles y específicos [47, 48, 53]. El kit de RealStar® utiliza estos ensayos recomendados por la OMS [54]. Las secuencias objetivo de estos ensayos de cribado no han cambiado entre los genomas examinados hasta al menos mediados de 2015 (observación IMM). Otros ensayos RT-rtPCR han sido desarrollados y validados para su uso como herramientas de diagnóstico basadas en laboratorio [55] [56]. Además, los ensayos isotérmicos [58, 59] o recombinasa polimerasa [60] La detección del antígeno MERS-CoV no ha sido común hasta la fecha, pero la combinación de corto tiempo de retorno de la prueba al resultado, alto rendimiento e identificación de proteínas virales hace que esta opción sea atractiva. La detección de proteínas virales en lugar de ARN viral indica la probable presencia de virus infecciosos. La primera herramienta inmunocromatográfica rápida descrita podría detectar proteína nucleocápsida MERS-CoV recombinante de hisopos nasales DC con sensibilidad al 94 % y especificidad al 100 % en comparación con RT-rtPCR [61]. Un enfoque diferente utilizó una captura basada en anticuerpos monoclonales ELISA dirigida a la proteína nucleocápsida MERS-CoV con una sensibilidad de 10 3 CCID 50 y especificidad al 100 % [62]. La demostración de una seroconversión a una infección por MERS-CoV cumple con la definición actual de la OMS de un caso tan optimizado y ampliamente validado que los seroensayos empleados junto con buenas historias clínicas son útiles para identificar la infección por MERS-CoV y ayudar a apoyar estudios de transmisión. Debido a que las pruebas serológicas son, por su naturaleza, retrospectivas, es habitual detectar una huella viral, en forma de anticuerpos, en ausencia de signos o síntomas de enfermedad y a menudo en ausencia de ARN viral [63]. Las seroencuestas estratégicas y generalizadas de seres humanos que utilizan muestras recogidas después de 2012 son infrecuentes. Gran parte de la Península Arábiga y todo el Cuerno de África carecen de datos de referencia que describan la proporción de la comunidad que puede haber sido infectada por un MERS-CoV. Sin embargo, las seroencuestas han tenido un uso Debido a la identidad compartida entre DC y el MERS-CoV humano (ver epidemiología molecular: utilizando genomas para entender brotes), los ensayos serológicos para las seroencuestas de DC deben ser transferibles al cribado humano con una reconfiguración mínima. Además, no se ha encontrado ninguna variación diagnóstica relevante en la actividad de neutralización entre una gama de aislados y seras testados de MERS-CoV circulantes, por lo que los seroensayos de virus enteros o específicos basados en proteínas deben funcionar de manera equivalente en la detección de respuestas serológicas al serotipo único de MERS-CoV [49]. El desarrollo de ensayos serológicos robustos requiere paneles confiables de sueros animales o humanos bien caracterizados, incluidos los positivos para anticuerpos específicos del MERS-CoV, así como para fuentes probables de reacción cruzada [64]. La obtención de estos materiales fue problemática y enlenteció el desarrollo y comercialización de ensayos de detección de anticuerpos para ensayos humanos [64]. Se han liberado varios kits comerciales de ELISA, kits de ensayos inmunofluorescentes (IFA), proteínas recombinantes y anticuerpos monoclonales [31, [65] [66] [68]. Inicialmente, se utilizaron IFAs convencionales para seroencuestas humanas. Estos se basaron en el cultivo celular infectado por MERS-CoV como fuente de antígeno, detectando la presencia de anticuerpos humanos anti-MERS-CoV IgG, IgM o neutralizantes en muestras humanas [18, 48, 69]. No se encontró ningún signo de anticuerpos MERS-CoV entre 2.400 sueros de pacientes que visitaron el Hospital de Jeddah, desde 2010 hasta 2012, antes de la descripción de MERS-CoV [18]. Los métodos IFA tampoco detectaron ningún signo de infección previa por MERS-CoV entre una pequeña muestra de 130 donantes de sangre sanos de otro hospital de Jeddah (recogida entre enero y diciembre de 2012) [70]. De 226 trabajadores del matadero, sólo ocho (3,5%) fueron positivos por IFA, y los sueros no pudieron ser confirmados por la prueba de neutralización del virus (NT). El estudio indicó que HCoV-HKU1 era una fuente probable de antígenos de reacción cruzada en todo el virus IFA [70]. El virus completo MERS-CoV IFA también sufrió alguna reactividad cruzada con el SRAS convaleciente sera y esto no pudo resolverse mediante una prueba de NT que también fue reactiva [71]. La IFA utilizando proteínas recombinantes en lugar del virus entero IFA, ha demostrado ser una herramienta más específica [31]. Dado que se han postulado zoonosis asintomáticas [72], la ausencia de anticuerpos contra el MERS-CoV entre algunos humanos que tienen contacto regular y estrecho con camellos puede reflejar la rareza de animales infectados activamente en carnicerías, un riesgo de transmisión limitado asociado con DCs de sacrificio [70], un estado inmune cruzado de protección preexistente o algún otro factor(s) que resulta en un bajo riesgo de enfermedad y seroconversión concurrente que se desarrolla después de la exposición en este grupo. IFA usando proteínas recombinantes en su lugar. Algunos seroensayos han pasado por alto los riesgos de trabajar con virus infecciosos al crear células transfectadas que expresan porciones recombinantes de las proteínas nucleocápsidas y punzantes del MERS-CoV [48, 73], o utilizando un lentivirus recombinante que expresa la proteína de pico del MERS-CoV Un ensayo de pseudoneutralización de partículas (ppNT) ha sido ampliamente utilizado en estudios en animales y fue al menos tan sensible como la prueba tradicional de microneutralización (MNT). [10, 74, [76] [77] [78] ] Los estudios que utilizaron pequeños números de muestra y ppNT no encontraron evidencia de anticuerpos neutralizantes MERS-CoV en sueros de 158 niños con infecciones de LRT entre mayo de 2010 y mayo de 2011, 110 sera de 19 a 52 años de edad donantes de sangre masculina y 300 trabajadores autoidentificados de animales de la Región Jazan de la KSA durante 2012 [79, 80]. Del mismo modo, un estudio de cuatro pastores en contacto con una manada infectada de DC en Al-Ahsa, ocho personas que tenían contacto intermitente con la manada, 30 veterinarios y personal de apoyo que no estaban expuestos a la manada, tres trabajadores de mataderos no protegidos en Al-Ahsa y 146 controles que no estaban expuestos a DC en ningún rol profesional, no encontró ninguna evidencia serológica de infección por MERS-CoV en el pasado utilizando el ensayo ppNT [10]. Un retraso en la respuesta de anticuerpos neutralizantes a la infección por MERS-CoV se asoció con un aumento de la gravedad de la enfermedad en los casos de Corea del Sur con la mayoría de las respuestas detectables en la tercera semana de enfermedad, mientras que otros, aunque la enfermedad era grave, no respondieron durante cuatro o más semanas [81]. Las implicaciones para nuestra capacidad de detectar cualquier respuesta en casos leves o asintomáticos no fueron exploradas, pero Un brote jordano de TRT aguda en un hospital en 2012 se encontró retrospectivamente asociado a la infección por MERS-CoV, utilizando inicialmente RT-rtPCR, pero posteriormente, y en una escala mayor, a través de la positividad por ELISA y la prueba IFA o MNT. [46, 82, 83] Este brote fue anterior al primer caso de MERS en la KSA. La ELISA utilizó una proteína nucleocápsida recombinante del grupo 2 betacoronavirus bat-CoV HKU5 para identificar anticuerpos contra la proteína MERS-CoV reactiva equivalente [71]. Se validó utilizando 545 sera recolectada de personas con HCoV-OC43, HCoV-229E, SARS-CoV, HCoV-NL63, HRV, HMPV o influenza A(H1N1), pero fue supuestamente menos específica que la I También se consideró una herramienta aplicable para el cribado de grandes números de muestra [82]. Un microarray de proteína que expresa la subunidad de proteína S1 ha sido validado y ampliamente utilizado para las pruebas de DC [5, 84]. Detección de infección por MERS-CoV usando microarray de proteína ELISA o S1 [84] suele ser seguido por IFA confirmatoria y/ o una neutralización de reducción de placa (PRNT) [69, 70, 85] o MNT test. [74, 85, 86] Este proceso confirmatorio tiene como objetivo asegurar que los anticuerpos detectados sean capaces de neutralizar específicamente el virus previsto y no sean más ampliamente reactivos a otros coronavirus encontrados en DCs (coV bovina, BCoV) o humanos (HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, SARS En el estudio más grande de sueros humanos, un proceso de diagnóstico escalonado asignó tanto el SERA positivo recombinante como el SERA ELISA recombinante a la seropositividad 'etapa 1'. Un resultado seropositivo en estadio 2 requirió además un resultado PRNT adecuadamente titulado [87]. El estudio encontró que 15 SERA recolectados en 2012 a 2013 de 10.009 (0,2%) personas en 13 provincias KSA contenían anticuerpos MERS-CoV, pero proporciones significativamente mayores en se produjeron en pastores de camellos (dos de 87; 2,3 %) y trabajadores de mataderos (cinco de 140; 3,6 %) [87]. Se necesitan encuestas contemporáneas. MERS-CoV no parece ser fácilmente transmitido de DCs a los seres humanos, o tal vez es [72], pero generalmente no desencadena una respuesta inmune detectable si sólo se producen enfermedades leves o infecciones asintomáticas. Los ensayos serológicos necesitan una validación adicional en esta área, por lo que es necesario tener cuidado al trasladar algoritmos de serología diagnóstica de reciente desarrollo de un entorno de investigación a uno que informe las decisiones de salud pública, lo que se reforzó cuando un caso falso positivo en EE.UU., supuestamente infectado después de un apretón de manos y dos reuniones cara a cara, no resistió más análisis confirmatorios utilizando un ensayo NT más específico y posteriormente se retractó [88, 89]. La OMS recomienda tomar muestras de la TRL para las pruebas RT-rtPCR del MERS-CoV, especialmente cuando la recolección de muestras se retrasa una semana o más después del inicio de los síntomas. [53] Las muestras de TRL también son mejores para intentar aislar el virus infeccioso, aunque el éxito del cultivo se reduce cuando persiste la enfermedad [49]. Los tipos de muestras recomendados incluyen lavado broncoalveolar (BAL), aspirado traqueal/traqueobronquial, líquido pleural y esputo [53, 90]. Las muestras frescas arrojan mejores resultados diagnósticos que el material refrigerado [69] y si es probable que se produzcan retrasos en las pruebas de ≥72 h, las muestras (excepto sangre) deben congelarse a −70°C [90]. Si se dispone de ellas, también se pueden realizar biopsias pulmonares o tejidos de autopsia [53]. Sin embargo, la TRU es un lugar de muestreo menos invasivo y más conveniente, y se recomienda un hisopo orofaríngeo y de garganta o un aspirado/lavado nasofaríngeo cuando se va a realizar el muestreo de TRU [90]. Los sueros emparejados, recogidos de dos a tres semanas de diferencia son preferibles para las pruebas serológicas, mientras que se sugiere que una muestra única sea suficiente si se recogen dos semanas después de la aparición de la enfermedad o un único suero recogido durante los primeros 10-12 días si se realiza RT-rtPCR [53, 90]. Se ha encontrado que la orina y las heces humanas contienen ARN MERS-CoV 12 a 26 días después de la aparición de los síntomas [25, 69, 91] y se enumeran como muestras que deben considerarse [53, 90]. En dos casos que llegaron a los Países Bajos, la orina fue RT-rtPCR negativa pero las heces fueron débilmente positivas y los sueros fueron RT-rtPCR positivos durante cinco días o más [25]. El hallazgo de ARN viral MERS-CoV en el suero proporciona una vía para estudios retrospectivos basados en PCR La ARNemia también puede correlacionarse con la gravedad de la enfermedad; los signos de virus fueron eliminados del suero de un paciente recuperado, pero se mantuvo hasta la muerte de otro [92]. Los casos de sospecha clínica de MERS pueden devolver resultados negativos por RT-rtPCR. Los datos han demostrado que una o más muestras de URT negativas pueden ser contradichas mediante un muestreo adicional de URT o el uso de muestras de LRT, lo que se prefiere [2, 43, 93]. En la LRT se producen cargas virales más altas que en la URT. [22, 69, 88, 94] Esto concuerda con la observación de que la mayoría de los síntomas de la enfermedad se reportan como enfermedad sistémica y LRT [21]. Sin embargo, en ocasiones incluso los especímenes de LRT de los casos de MERS pueden ser inicialmente negativos, sólo para más tarde ser positivos por RT-PCR [95 Esto puede deberse a una mala toma de muestras cuando la tos está ausente o no es productiva o porque la carga viral es baja [95]. A pesar de esto, tanto los mayores estudios de MERS-CoV humanos [32, [96] [97] [98] y los más pequeños [22, 25, 99], utilizan muestras de la URT. Cabe destacar que un estudio reportó una asociación entre cargas más altas en la URT y peores resultados clínicos incluyendo cuidados intensivos y muerte [94]. Al escribir, no existen datos humanos para definir si el virus se replica única o preferentemente en la LRT o URT, o réplicas en otros tejidos humanos in vivo, aunque el ARN MERS-CoV se ha detectado tanto de la URT como de la LRT en un modelo de mono macaco [100].La distribución de DPP4 en las vías respiratorias superiores humanas tampoco está bien descrita. Los estudios individuales de casos humanos reportan largos periodos de eliminación viral, a veces intermitentes y no necesariamente relacionados con la presencia de síntomas de la enfermedad. [25, 69, 99, 101] En un caso, un HCW arroja ARN viral durante 42 días en ausencia de enfermedad [99]. Es un área de alta prioridad para entender mejor si estos casos son capaces de infectar a otros. Más de tres cuartas partes de los casos de MERS arrojan ARN viral en sus muestras de TL (aspirados traqueales y esputo) durante al menos 30 días, mientras que sólo el 30 % de los contactos seguían arrojando ARN en sus muestras de TRU [91, 102]. En el único estudio para examinar el efecto del tipo de muestra en el análisis molecular, se examinaron 64 aspirados nasofaríngeos (ANP; una muestra de TRU), 30 aspirados traqueales, 13 Los aspirados traqueales y el BAL devolvieron los valores de carga viral más altos seguidos por el NPA y el esputo. Como era de esperar, las cargas virales más altas generalmente coincidían con la secuenciación del genoma completo y el éxito del cultivo y, en las pruebas del NPA, estaban significativamente correlacionadas con enfermedades graves y muerte [49, 94, 103]. Este estudio demostró la importancia del muestreo de LRT para la secuenciación del genoma completo. Cuando se probó, las muestras positivas para el MERS-CoV a menudo son negativas para otros patógenos [25, 93, 104]. Sin embargo, muchos estudios no mencionan pruebas adicionales para virus respiratorios humanos endémicos [21, 23, 73, 105]. Cuando se buscan virus, se han incluido el herpesvirus humano (VHH), los rinovirus (VHR), los enterovirus (VVV), el virus sincitial respiratorio (VRS), el virus parainfluenzavirus tipos 1, 2 y 3 (VIP), los virus de la gripe (VFI), los HCoV endémicos, los adenovirus (VCD) metapneumovirus (VPM) y el virus influenza A\H1N1; en ocasiones se han encontrado codetecciones con MERS-CoV [2, 22, 37, 69, 97]. A veces se incluyen pruebas bacterianas (por ejemplo, para Legionella y Pnemocococcus), pero el impacto de la copresencia bacteriana tampoco está claro [22, [104] [105] [106]. Otras pruebas de la muestra de TRL del primer caso del MERS utilizaron IFA para detectar algunos virus (negativos para IFV, PIV, RSV y AdVs) y RT-PCR para otros (negativos para AdV, EV, MPV y HHVs) [18]. RT-PCR también detectó MERS-CoV. La OMS recomienda encarecidamente pruebas para otros patógenos respiratorios [53] pero con esta recomendación a menudo descontada, hay datos limitados para abordar la ocurrencia y el impacto de coinfecciones o diagnósticos virales alternativos entre ambos casos del MERS y sus contactos. Poco se sabe de otras causas de neumonía similar al MERS en el KSA o de la carga general de enfermedad debido a los virus respiratorios clásicos conocidos. Pruebas de peregrinos adultos que realizan el Hajj en 2012 a 2014 no ha detectado ningún MERS-CoV. En 2012, se realizaron pruebas de hisopos nasales de 154 peregrinos recogidos antes de partir hacia el KSA o partir de él [47]. En 2013, las pruebas se ampliaron significativamente con 5.235 hisopos nasofaríngeos de 3.210 peregrinos entrantes y 2.025 hisopos de peregrinos salientes probados [98]. Cabe señalar que la mayoría de los peregrinos llegaron de países libres de MERS. Se tomaron otros 114 hisopos de peregrinos con enfermedad similar a la gripe [96, 107]. En reuniones anteriores del Hajj, se descubrió que los virus de la gripe circulaban ampliamente, mientras que otros virus, a menudo rinovirus, circulaban de manera más selectiva, interpretando que indicaban su importación junto con peregrinos extranjeros [107] [108] [108] Con el tiempo, el aumento de la vacunación contra la gripe se ha acreditado como una disminución de la prevalencia de enfermedades similares a la gripe entre los peregrinos [110] A menudo no se recoge una muestra de TRL para estos estudios [98, 107, 109], por lo que los hallazgos negativos falsos son una posibilidad, aunque poco se sabe sobre el sitio inicial de infección y replicación del MERS-CoV; se puede haber supuesto que fue la TRL porque la enfermedad se notó por primera vez allí, pero la TRL puede ser el lugar de la replicación más temprana. En Jeddah entre marzo y julio de 2014 (en adelante, el brote de Jeddah-2014; Fig. 3 ), hubo un rápido aumento en los casos del MERS, acompañado de un intenso cribado; aproximadamente 5.000 muestras de dentro y alrededor de la región se probaron en un mes, produciendo alrededor de 140 detecciones del MERS-CoV (prevalencia ~3 %) [111]. Entre los 5.065 individuos muestreados y analizados en la KSA entre octubre de 2012 y septiembre de 2013, se realizaron 108 (2,1%) detecciones en una población hospital-céntrica que incluyeron casos hospitalizados (n = 2.908; 57,4 %), sus familias (n = 462; 9,1 %) y HCW asociados (n = 1.695; 33,5 %) [32]. Entre las detecciones, 19 (17,8 %) eran HCW y 10 (9,3 %) eran contactos familiares [32]. La prevalencia del 2-3 % de infecciones activas por MERS-CoV no es diferente a la prevalencia hospitalaria de otras COV humanas. [112] Sin embargo, la proporción de muertes entre los infectados por MERS-CoV es mucho mayor que la conocida por los HCoV NL63, HKU1, 229E u OC43 en otros países, e incluso superior a la de SRAS-CoV; no es un virus que pueda razonablemente ser descrito como una "tormenta en una taza de té". Es la baja tasa de transmisión que ha evitado la propagación mundial, a pesar de muchas "oportunidades". Muy temprano en el brote de MERS, algunos animales fueron altamente considerados como el reservorio o huésped(s) intermedio(s) de MERS-CoV con tres de los cinco primeros casos que tuvieron contacto con DCs [73, 113, 114]. Hoy en día, las infecciones por MERS-CoV animales deben ser reportadas a la organización mundial para la salud animal como una enfermedad emergente [115]. Un resumen de los primeros casos de MERS reportados por la OMS definió el contacto animal con humanos como directo y dentro de los 10 días previos al inicio de los síntomas [20]. Esta definición no permitió específicamente la adquisición de DCs a través de una vía basada en gotitas, que es muy probable que sea la vía de adquisición de un virus que inicialmente y predominantemente causa enfermedad respiratoria [23]. Se sabe que los camellos producen altos niveles de ARN MERS-CoV en su URT y pulmones [116]. Proporcionando apoyo para una vía de transmisión de gotitas y tal vez indicando la presencia de ARN en núcleos más pequeños y secos de gotitas, se identificó ARN MERS-CoV en una muestra de aire de alto volumen recogida de un granero que alberga un DC infectado [117]. La fuente precisa de la que los humanos adquieren MERS-CoV sigue siendo poco estudiada pero parece probable Estos factores pueden resultar importantes para los casos humanos que no describen ningún contacto DC [119] ni ningún contacto con un caso confirmado. Si la definición de contacto con animales de la OMS es suficiente para identificar la exposición a este virus respiratorio no está clara. La formulación se centra en el consumo de productos DC, pero no atribuye específicamente el riesgo a una vía de gotitas para la adquisición de MERS-CoV desde DC [120]. Algunos pacientes MERS se enumeran en los avisos de enfermedad de la OMS como próximos a los DCs o granjas, pero los individuos no han descrito entrar en contacto con los animales. No se reporta ninguna vía alternativa para adquirir infección en muchos de estos casos. Lo que constituye una definición de "contacto" durante estas entrevistas se ha definido para un estudio [72]. A pesar de esta falta de claridad, la OMS considera que la evidencia que vincula la transmisión de MERS-CoV entre DCs a humanos es irrefu La posibilidad de que los murciélagos fueran un huésped animal de MERS-CoV fue ampliamente discutida inicialmente debido a la diversidad existente de coronavirus conocidos por residir entre ellos [121] [122] [123]. Evidencia concluyente que apoya a los murciélagos como fuente de infecciones humanas por MERS-CoV todavía no se ha encontrado, pero los murciélagos parecen albergar a los representantes ancestrales [53, 125]. Sin embargo, estas no son variantes del mismo virus ni siempre dentro del mismo linaje filogenético que MERS-CoV; cada uno son un virus genéticamente distinto. La infección de murciélago a humano por MERS-CoV es un evento puramente especulativo. La única pieza de evidencia específica del MERS-CoV que apunta a los murciélagos se origina en la amplificación de un fragmento de 190 nt del gen ARN dependiente de la polimerasa del genoma del MERS-CoV, identificado en un pellet fecal de un murciélago insectívoro Emballonuridae, Taphozous perforatus encontrado en Bisha, el KSA [121]. Aunque muy corta, la secuencia del fragmento lo definió como un descubrimiento diagnóstico. Posteriormente se informó de un enlace a los DC [85] y ese enlace ha madurado en una asociación verificada [38, 126] (Fig. 4). (Véase la figura en la página anterior.) Fig. 3 Detecciones mensuales de MERS-CoV (barras azules) y de casos que murieron (barras rojas) con algunas fechas de interés marcadas para 2012 al 4 de septiembre de 2015. Se indica una aproximación de cuando la estación de parto DC [128] y cuando los DC recién nacidos son destetados. La primavera (verde) y el verano (naranja) en la Península Arábiga también están sombreados. Tenga en cuenta la escala del eje y de la izquierda para 2014 y 2015 que es mayor que para 2012/13. Fuentes de estos datos públicos incluyen la OMS, Ministerios de Salud y FluTrackers [207] [209] [209]. Versiones anteriores y posteriores de este gráfico se mantienen en un blog personal [210]. Modificado y reimpreso de Mackay IM, Arden KE. Síndrome respiratorio de Oriente Medio: Una infección por coronavirus emergente rastreada por la multitud. Virus Res 2015 Vol 202:60-88 con permiso de Elsevier [5] Los DCs, que constituyen el 95 % de todos los camellos, tienen una presencia central en la El contacto puede ser común y puede ocurrir de diversas maneras (Fig. 4a). Hay varios grandes festivales, razas, ventas y desfiles bien atendidos que cuentan con DCs y DCs también son mantenidos y criados cerca de áreas pobladas en el KSA [127, 128]. La leche y la carne DC son ampliamente consumidas y el DC más viejo es un animal de importancia ritual después de la peregrinación del Hajj [129]. Sin embargo, la frecuencia de infección del MERS-CoV es mucho menor que el hábito generalizado y frecuente de comer, beber y preparar productos DC. La ingestión diaria de leche DC fresca no pasteurizada es común entre los beduinos del desierto y muchos otros en el KSA. La orina DC también se consume o se utiliza para supuestos beneficios para la salud. A pesar de que la carnicería de camellos es una ocupación local, ni los carniceros ni otros grupos en riesgo son identificables entre los casos de MERS; esto puede ser simplemente un problema de información en lugar de una ausencia inexplicable de MERS. Un pequeño estudio de casos y controles publicado en 2015 identificó el contacto directo con la DC, y no la ingestión de productos, para estar asociado con la aparición de MERS [38]. La primera investigación sero-encuesta de ganado que vive en la región de Oriente Medio se llevó a cabo durante 2012-2013 [85]. Los DCs fueron muestreados a partir de una manada de canarios nacidos principalmente y de DCs omaníes (originalmente importados del Cuerno de África) [85]. b Las infecciones de camello a humano parecen ser poco frecuentes, mientras que la propagación de la infección de ser humano a ser humano se ve facilitada regularmente por una CIP deficiente en los entornos de salud donde se amplifica la transmisión, lo que explica la mayor parte de los casos. Hay casos de MERS humanos que no entran en ninguna de las categorías de origen y no está claro si estas infecciones adquiridas a través de alguna vía totalmente separada, o de casos que escaparon al diagnóstico. c Las formas hipotéticas en las que la subclínica (cuando la infección puede no alcanzar un umbral clínico previamente definido de signos y/o síntomas) o asintomáticas (sin signos obvios ni medidos, observados o recordados de enfermedad) la infección por MERS-CoV puede estar implicada en la transmisión DC sera podría neutralizar MERS-CoV mientras que todas las seras DC de Omán tenían niveles elevados de anticuerpos neutralizantes específicos de MERS- Desde este estudio, una serie de informes revisados por pares han analizado tanto a los DCs como a otros animales, y la posibilidad de que puedan albergar la infección por MERS-CoV. Se han encontrado DCs seropositivos en toda la Península Arábiga, incluyendo Omán, la KSA, Qatar, Jordania, los Emiratos Árabes Unidos (EAU), Kuwait así como Sudán, Somalia, Egipto, Túnez, Nigeria, Kenia y Etiopía en África y las Islas Canarias [85, [130] [133] [133] [134]. Otros animales probados incluyen ovejas, vacas, cerdos, caballos, burros, mulas, aves, búfalos acuáticos, cabras, camellos bactrianos, llamas y guanacos (camélidos suramericanos) pero ninguno tenía anticuerpos neutralizantes detectables contra MERS-CoV [4, 74, 78, 85, 86, 135, 136]. No se han notificado hasta la fecha estudios de virología o serología de muestras humanas procedentes de zonas de África donde hay camellos con antecedentes de MERS-CoV. Sin embargo, la ausencia de neumonía inexplicable que pueda atribuirse a la infección por MERS-CoV puede no indicar la ausencia de virus entre los seres humanos en cada país, sino simplemente reflejar la falta de costosos estudios de epidemiología realizados por países pobres en recursos. Por lo tanto, no está claro si el MERS-CoV, o una CoV relacionada con antígenos, es un patógeno no reconocido en estas regiones, quizás circulando durante más tiempo del que se ha conocido en la Península Arábiga [133]. El ARN del MERS-CoV también se ha detectado en muestras de DC, y también se ha logrado la recuperación del virus infeccioso a partir de muestras de DC [4, 77, 117, 132, [137] [139] De algunos de ellos, se han secuenciado genomas completos o mayoritarios de MERS-CoV [77, 137, 138]. Las versiones DC de MERS-CoV fueron tan similares entre sí, como las variantes detectadas de diferentes seres humanos a lo largo del tiempo y a lo largo de la distancia. Los ensayos de detección de anticuerpos anticuerpos también han detectado anticuerpos cruzados en sera. Estos se identificaron como tales mediante la detección de sera contra virus similares, por ejemplo BCoV o HCoV-OC43 (como facsímil antigénico para BCoV). Es posible que otros virus similares a MERS-CoV también residan dentro de los DCs, pero esto no menoscaba el hallazgo definitivo de secuencias genéticas de MERS-CoV tanto en DCs como en humanos [117, 142, 143]. Los estudios de detección han demostrado que los DC juveniles son más a menudo positivos para el virus o el ARN viral, mientras que los DC mayores son más propensos a ser seropositivos y ARN o virus negativos [76, 77, 144]. En los DC adultos, se ha detectado ARN MERS-CoV entre animales con anticuerpos preexistentes, lo que sugiere que es posible la reinfección [77, 144]. Las cargas virales entre DC positivos pueden ser muy altas [4, 76, 77, 139, 144] y DCs se han encontrado positivos tanto cuando están enfermos con signos respiratorios de TRU [77, 117, 142, 145] o cuando aparentemente sanos [137]. Estos hallazgos indican que los DCs hospedan infecciones naturales MERS-CoV. Además, los sera DC almacenados han revelado signos de MERS-CoV en DCs que datan de hace más de tres décadas (los más tempranos Los sera más viejos no han sido probados y, por lo tanto, cuánto tiempo los DC han sido afectados por MERS-CoV, si el virus es enzoótico entre ellos, introducidos hace décadas o siglos de murciélagos en África o la Península Arábiga, o son objeto de incursiones virales regulares pero de corta duración de un huésped aún desconocido, no pueden ser respondidos. Los investigadores buscaron determinar una dirección para la infección; estaban los DC transmitiendo virus a los seres humanos o estaban los humanos infectando DC? En un sitio de Qatar, un propietario de una granja y su empleado se enfermaron a mediados de octubre de 2013 y dieron positivo para el ARN MERS-CoV en una muestra de esputo y hisopos de garganta, respectivamente. RT-rtPCRs encontró MERS-CoV ARN en 11 de 14 hisobas nasales de DC positivas en la granja; seis (43 %) positivos Los resultados indicaron que se había producido un brote reciente en este rebaño; la primera indicación de ARN MERS-CoV encontrado en DCs con una asociación temporal a infecciones humanas; tres muestras de DC positivas fueron confirmadas por secuenciación de una porción de 358 nt del gen de la espiga; estas secuencias eran idénticas unas a otras, de nuevo con homología cercana a otras secuencias humanas y DC MERS-CoV [138]. Los DCs y contactos humanos produjeron secuencias ORF1a y ORF4b que diferían por un solo nucleótido cada una, agrupando estrechamente con la variante Hafr-Al-Batin_1_2013 [138]. Estudios de casos posteriores encontraron evidencia de una infección humana y DC concurrente y la dirección de esa infección fue inferida a partir de los DCs enfermos y a sus propietarios humanos [117, 142, 146]. Las secuencias del genoma parcial indicaron que un humano y un DC positivo de la RT-RTPCR del MERS-CoV habían sido infectados por una variante del mismo virus, albergando el mismo patrón distinto de polimorfismos de nucleótidos. [142] Todos los nueve DC en la manada del propietario, muestreados en serie, reaccionaron en un antígeno S1 recombinante ELISA, con los dos animales que habían sido positivos de la RT-rtPCR mostrando un pequeño aumento verificable del título de anticuerpos [142]. Un aumento del título teóricamente comienza 10 a 21 días después de la infección de la DC [142]. Los autores sugirieron que el aumento del título en la suera de la DC que ocurrió junto con una disminución de la carga de ARN, mientras que el paciente estaba activamente enfermo y hospitalizado, indicó que los DC fueron infectados primero seguidos por el propietario [117, 142]. Los anticuerpos BCoV también estuvieron presentes, y aumentaron en uno de los dos animales positivos RT-rtPCR, pero ninguno de ellos pudo neutralizar la infección BCoV [142]. La temporada de parto en camellos se produce en los meses de invierno (entre finales de octubre y finales de febrero; Fig. 3 ) y este puede ser un momento en el que existe un mayor riesgo para los seres humanos de derrames debido a nuevas infecciones entre las poblaciones de DC ingenuas [128]. ¿Qué papel podría desempeñar el anticuerpo de camello materna en el retraso de la infección de terneros sigue siendo desconocido [128, 142]. Los DC juveniles parecen tener una infección activa con más frecuencia que los DC adultos y, por lo tanto, el sacrificio de los DC, que debe ser de cinco años de edad o más (llamados a thane), puede no ir acompañado de un riesgo significativo de exposición a la infección. A diferencia de los resultados anteriores, los trabajadores de los mataderos que matan tanto a los DC más jóvenes como a los más viejos, pueden ser un grupo ocupacional con una incidencia significativamente mayor de seropositividad a la MERS-CoV cuando los animales tienen infecciones activas por MERS-CoV [129, 139, [147] [148] [149]. Las investigaciones virológicas ampliadas de los DC africanos pueden dar lugar a animales más seropositivos y zonas geográficas en las que los seres humanos pueden estar en riesgo. Es posible que haya zonas en las que los seres humanos ya albergan infecciones por MERS-CoV que no se han identificado debido a la ausencia de vigilancia de laboratorio. Las investigaciones virológicas de los murciélagos pueden dar lugar a hallazgos de virus ancestrales y "eslabones de pérdida viral" e identificar cualquier otra fuente animal de propagación zoonótica es importante para informar opciones para reducir la exposición humana [56, El MERS-CoV infeccioso añadido a la leche de CC, cabra o vaca y almacenado a 4 °C podría recuperarse al menos 72 h más tarde y, si se almacena a 22 °C, la recuperación fue posible hasta 48 h [150]. El título de MERS-CoV disminuyó un poco cuando se recuperó de la leche a 22 °C, pero la pasteurización completamente ablada Infectividad MERS-CoV [150]. En un estudio posterior, se identificó ARN MERS-CoV en la leche, secreción nasal y heces de DCs de Qatar [151]. Un estudio único ha examinado la capacidad de MERS-CoV para sobrevivir en el medio ambiente [150]. Las superficies plásticas o de acero fueron inoculadas con 10 6 TCID 50 de MERS-CoV a diferente temperatura y humedad relativa (RH) y se A alta temperatura ambiente (30°C) y a baja RH (30 %) MERS-CoV permaneció viable durante 24 h [150]. En comparación, un virus respiratorio bien conocido y eficientemente transmitido, el virus influenza A, no pudo recuperarse en cultivo más allá de cuatro horas bajo ninguna condición [150]. Los experimentos de Aerosol encontraron que la viabilidad del MERS-CoV sólo disminuyó un 7 % a baja RH a 20°C. En comparación, el virus influenza A disminuyó un 95 % [150]. La supervivencia del MERS-CoV es inferior a la demostrada previamente para el SARS-CoV [152]. En el contexto, las bacterias patógenas pueden permanecer viables y en el aire durante 45 minutos en un aerosol tosido y pueden propagarse 4 m. La capacidad de MERS-CoV para permanecer viable durante largos períodos de tiempo le da la capacidad de contaminar completamente las superficies de Se desconoce si el MERS-CoV puede permanecer a la deriva e infeccioso durante períodos prolongados (verdaderamente aerotransportado) y si estos hallazgos amplían nuestra comprensión de las posibilidades de que las gotitas transmitan virus respiratorios en muchos entornos, incluyendo salas de espera hospitalarias, departamentos de emergencia, salas de tratamiento, instalaciones de cuidados intensivos abiertos y salas privadas de pacientes. La naturaleza y calidad del intercambio de aire, circulación y filtración son variables importantes en la medición y reducción del riesgo, así como el uso de salas de presión negativa para contener casos conocidos. Se considera que la propagación de la gota entre humanos es el mecanismo de transmisión humana a humana y se hizo hincapié en la necesidad de precauciones de las gotas después del hospital Al-Ahsa, la KSA y los brotes de Corea del Sur [21, 23, 154, 155]. La provisión de pruebas que apoyen la mejor formulación de equipos de protección personal para ser usados por los HCW que reciben, manejan o realizan procedimientos en casos infecciosos sigue siendo una prioridad. MERS-CoV fue encontrado y caracterizado por su aparente asociación con enfermedades graves, y por lo tanto más obvias, en humanos; éramos canarios en la mina de carbón. Seroensayos y estudios prospectivos de cohortes todavía no han determinado hasta qué punto los casos más leves o asintomáticos contribuyen a las cadenas de transmisión de MERS-CoV. Sin embargo, la transmisión de MERS-CoV se define como esporádica (no sostenida), intrafamiliar, a menudo asociada a la atención médica, ineficiente y que requiere contacto cercano y prolongado [22, 31, 63, 93, 97, 102, 156] En un estudio doméstico, 14 de 280 (5 %) contactos de 26 pacientes con índice positivo de MERS-CoV eran ARN o anticuerpos positivos; la tasa de transmisión general, incluso en brotes es de alrededor del 3 % [31]. Parece que la mayoría de los casos humanos de MERS-CoV, incluso cuando los números parecen aumentar repentinamente, no transmiten fácilmente a más de otro humano hasta la fecha, la epidemia localizada de MERS-CoV no ha sido autosostenible [157] [159] [160] [161]. Es decir, el número básico de reproducción (R 0 ) -el número medio de infecciones causadas por un individuo infectado en una población totalmente susceptible ha estado cerca de uno en varios grupos y brotes. Si R 0 era mayor que 1, se esperaría un aumento sostenido en el número de casos. Algunos cálculos de R o pueden verse afectados por el rastreo incompleto de los contactos de casos, pruebas comunitarias limitadas y cómo se define un caso. El MERS ha tenido una presencia constante en la Península Arábiga desde 2012 se debe a los eventos de derrames esporádicos en curso de DCs amplificados por brotes hospitalarios mal controlados. En marcado contraste, una seroencuesta de HCW que a veces estaba en contacto cercano y prolongado con el primer caso fatal de MERS-CoV en 2012 [162], encontró que ninguno de los HCW se había seroconvertido cuatro meses más tarde, a pesar de la ausencia de protección ocular y el cumplimiento variable de los estándares requeridos de EPP [162]. Al principio de la historia del MERS, las muestras para la prueba fueron recolectadas principalmente de pacientes con enfermedad grave y no de aquellos con infecciones respiratorias agudas más leves. Los contactos de los casos confirmados de MERS fueron a menudo observados para enfermedad clínica, pero no probados. Estas omisiones pueden haber confundido nuestra comprensión de la transmisión del MERS-CoV y sesginar los datos tempranos hacia un mayor número de pacientes gravemente enfermos y hospitalizados, inflando la aparente proporción de casos mortales. A medida que cambiaban los paradigmas de las pruebas y se hacían cada vez más pruebas de los contactos, se reconocían infecciones más asintomáticas y leves [163]. Un aumento en los casos llamados asintomáticos (que amplían el denominador para los cálculos de la proporción de casos mortales, definida en [164] ) dio lugar a una disminución en la proporción de casos mortales durante el brote de Yeddah-2014. Históricamente, tales aumentos son consistentes con la modificación de las definiciones y respuestas de laboratorio y el manejo clínico de una infección por virus recién descubierta que se observó por primera vez sólo entre los enfermos graves. Tras el seguimiento, más de tres cuartas partes de esas personas positivas del ARN del MERS-CoV recordaron haber tenido uno o más síntomas en ese momento, a pesar de que se notificó como asintomática [165], planteando alguna pregunta sobre la fiabilidad de otros datos Aproximadamente el 43 % de los casos MERS (549 de 1277) en la KSA fueron mortales entre 2012 y diciembre de 2015, mientras que el 21 % (72 de 330) fallecieron entre los que se produjeron fuera de la KSA. El número total de casos masculinos siempre supera en número a las mujeres y la proporción de muertes masculinas es siempre mayor que la proporción de mujeres que mueren. Sin embargo, la proporción de muertes masculinas de varones totales con MERS es similar a la de las mujeres. En la KSA, hay una mayor proporción de varones más jóvenes entre los casos y muertes que se observaron en los brotes de Corea del Sur o Jeddah-2014 de 2015 (Fichero adicional 2: Figura S2 ). Por qué estos aspectos han diferido pueden deberse a diferencias en el tiempo de presentación y diagnóstico, la naturaleza y calidad de la atención de apoyo, la forma en que una persona se contagió (habita, exposición a una fuente humana o zoonótica, carga viral, vía de infección) o la medida en que las diferentes poblaciones se ven afectadas por enfermedades subyacentes [40]. Como grupo, los HCW representaron el 16 % de los casos de MERS en la KSA y Corea del Sur. Es evidente que la proporción semanal de HCW infectados aumenta junto con cada fuerte aumento en las detecciones generales (Fig. 5). En mayo de 2013, la OMS publicó directrices para IPC durante el cuidado de casos probables o confirmados de infección por MERS-CoV en un entorno sanitario [166]. Estos aumentos en las detecciones de MERS-CoV pueden disminuir la edad media durante cada evento debido a que los HCW son generalmente más jóvenes que los pacientes internados con MERS. Las instalaciones sanitarias han sido un objetivo regular de mejoras sugeridas para mejorar los procedimientos de prevención y control de infecciones (IPC) [115, 118]. La mayor parte del análisis de la genética MERS-CoV se ha realizado utilizando métodos de secuenciación de alto rendimiento o "profundo" para la deducción completa del genoma [167] [168] [169]. MERS-CoV fue el primer sujeto de un uso tan extendido de secuenciación profunda para estudiar un brote viral emergente con alcance global. La técnica puede producir genómica [207] [209]. Las versiones anteriores y posteriores de esta tabla se mantienen en un blog personal [210] cobertura de longitud en un solo experimento con medición altamente repetitiva de cada posición de nucle A pesar de los ensayos publicados al principio, la secuenciación subgenómica, una vez el pilar de los estudios de brotes virales, se ha publicado con menos frecuencia durante la caracterización de MERS-CoV [48]. A medida que se han caracterizado más genomas tanto de humanos como de DC, se han hecho evidentes dos clados; A y B (Fig. 6). Clade A contiene sólo genomas de MERS-CoV derivados del hombre de Jordania, mientras que Clade B comprende la mayoría de genomas humanos y de camellos deducidos hasta ahora [168]. Dos estudios durante 2015, uno mirando a variantes de Jeddah-2014 MERS-CoV y otro mirando a una variante exportada de Corea del Sur a China, ahora han identificado signos de recombinación genética entre variantes de MERS-CoV. Si bien las secuencias del genoma humano y del genoma entero de camello han conservado una identidad de >99 % entre sí, los miembros de linajes genéticamente distintos pueden intercambiar material genético y lo hacen cuando co-ocurren condiciones adecuadas y co-fecciones [170] [171] [172]. La identidad compartida implica que la principal fuente de adquisición humana es el DC, en lugar de otro animal, aunque se necesitan más pruebas de otras especies animales para confirmar esa conclusión. Durante un mes, un virus de DC secuenciado en diferentes ocasiones no cambió en absoluto indicando un grado de estabilidad genómica en su huésped, apoyando que los DC son el anfitrión natural, en lugar de intermedio, del MERS-CoV que conocemos hoy [77]. Hasta la fecha, la recombinación se ha localizado en puntos de ruptura cerca del límite entre las regiones ORF1a y ORF1b, dentro del gen de pico [170] No es inesperado que la recombinación se produzca ya que es bien conocida entre otras CoVs [124] y porque la mayoría de los genomas enteros del MERS-CoV recogidos a partir de muestras de tres años (2012-2015) y de seres humanos, camellos y diferentes países han mostrado una identidad genética cercana entre sí, con una variación sutil suficiente para apoyar investigaciones de brotes mientras se aplique la secuenciación del genoma completo [52, 77, 135, 138, 168, [173] [174] [175]. Los cambios en la secuencia del genoma pueden anunciar alteraciones en la transmisibilidad del virus, replicación, persistencia, letalidad o respuesta a medicamentos futuros. Si tenemos conocimiento previo del impacto de los cambios genéticos debido a estudios de caracterización exhaustivos, podemos establecer una estrecha relación genética entre las secuencias de nucleótidos del MERS-CoV (cargado desde GenBank utilizando los números de adhesión enumerados y Este árbol de unión vecino fue creado en MEGA v6 utilizando una alineación de las secuencias humanas y DCderivadas de MERS-CoV (Genious v8.1 [211] ). Clades se indican junto a barras verticales azules oscuras (Clade A) o pálidos (Clade B). Los iconos de camello denotan genomas de DC. Los brotes sanitarios o comunitarios se encajonan y etiquetan utilizando esquemas previamente descritos [212, 213] monitorean las regiones genómicas y entienden mejor cualquier cambio en la transmisión o patrones de enfermedad a medida que ocurren. Las mutaciones genéticas observadas durante el mayor de los brotes humanos, Jeddah-2014, no impartieron ningún cambio importante replicativo o inmunomodulador cuando se comparan con las variantes virales anteriores in vitro [156, 176]. Sin embargo, entendemos muy poco de los resultados fenotípicos que resultan del cambio genético sutil en Hasta la fecha no se ha informado de ninguna relevancia clínica ni de cambios in vivo evidentes en la replicación, eliminación o transmisión vírica, o se ha atribuido a mutaciones o a nuevos virus recombinantes [156]. Pero se necesitan vigilancia y estudios más grandes, contemporáneos e in vivo. La secuencia genomática localizada a un clado distinto se identificó a partir de un DC egipcio que probablemente fue importado de Sudán. Esto no encaja en ninguno de los clados actuales [125, 168, 177]. Un virus secuenciado a partir de un murciélago Neoromicia capensis estaba más estrechamente relacionado con el MERS-CoV que otras grandes secuencias derivadas de murciélagos habían estado hasta ese punto, pero el genoma de una variante de un MERS-CoV aún no se ha descubierto y deducido de cualquier murciélago [125]. Los análisis de genomas del MERS-CoV han demostrado que la mayoría de las diferencias nucleó 2), que codifica la proteína de pico y proteínas accesorias [168]. Al menos nueve genomas del MERS-CoV contenían sustituciones de aminoácidos en el dominio de unión a los receptores (RBD) de la proteína de pico y los codones 158 (región N-terminal), 460 (RBD), 1020 (en la repetición de heptad 1), 1202 y 1208 investigación de osos como marcadores de cambio adaptativo [140, 169]. La proteína de pico no había cambiado en el genoma recombinante del MERS-CoV identificado en China en 2015, pero se informó que había variado a un ritmo superior al de genomas completos del MERS-CoV, entre variantes surcoreanas [172, 178]. Esto destaca que las regiones subgenómicas pueden no siempre contener suficiente diversidad genética para ser útiles para diferenciar variantes virales. A pesar de esto, un ensayo que amplificaba un fragmento de nucleótido 615 del gen de dominio S2 de pico para la secuenciación de Sanger coincidió con los resultados generados por la secuenciación de algunos genomas completos y fue útil para definir grupos de secuencias adicionales [177]. La secuencia genómica también se puede utilizar para definir los límites geográficos de un cúmulo o brote y monitorear su progreso, basado en la similitud de las variantes encontradas entre humanos y animales infectados cuando ocurren juntos, o entre diferentes sitios y tiempos (Fig. 6 ) [169]. Este enfoque se utilizó al definir el brote de hospital MERS con limitaciones geográficas en Al-Ahsa, que ocurrió entre el 1 de abril y el 23 de mayo de 2013, así como los cúmulos en Buraidah y un brote comunitario en Hafr Al-Batin, el KSA. La secuenciación genómica identificó que aproximadamente 12 detecciones de MERS-CoV de un brote comunitario en Hafr Al-Batin entre junio y agosto de 2013 pudieron haber sido desencadenadas por un caso índice que se infectó a través del contacto DC [175]. La secuenciación de genomas de MERS-CoV del brote hospitalario de Al-Ahsa de 2013 indicó que múltiples variantes virales contribuyeron a los casos, pero que la mayoría fueron lo suficientemente similares entre sí como para ser consistentes con la transmisión humano-humana. La epidemiología molecular ha revelado enlaces ocultos en cadenas de transmisión que abarcan un período de hasta cinco meses [179]. Sin embargo, la mayoría de los brotes no han continuado durante más de dos a tres meses y por lo tanto las oportunidades para que el virus se adapte más a los seres humanos a través de la coinfección y el tránsito en serie sostenido han sido raras [169]. En Riad-2014, la evidencia genética apoyaba la probabilidad de múltiples introducciones externas de virus, implicando una gama de instalaciones de salud en un caso que de otro modo parecía contiguo [23, 168, 179]. Riad es un nexo para el viaje de camellos y humanos y ha tenido más casos MERS que cualquier otra región de la KSA hasta la fecha, pero también alberga una amplia gama de variantes MERS-CoV [128, 167, 179]. Sin embargo, el brote surcoreano se originó de una sola persona infectada, resultando en tres a cuatro generaciones de casos [180, 181]. Estudios de esta variante viral aparentemente recombinante no encontraron un aumento de la tasa evolutiva y ningún signo de adaptación al virus, por lo que el brote parece haber sido impulsado por circunstancias más que por circunstancias junto con mutación [181]. Para muchos casos MERS detectados fuera de la Península Arábiga, se El rastreo de contacto es esencial para contener la aparición y transmisión de un nuevo virus y hoy en día está apoyado por la epidemiología molecular. Aunque es un proceso costoso y que consume tiempo, el rastreo de contacto puede identificar posibles nuevas infecciones y, a través del monitoreo activo o pasivo, reaccionar más rápidamente si la enfermedad se desarrolla. Los resultados del rastreo de contacto hasta la fecha han encontrado que la transmisión continua entre los seres humanos es un evento poco frecuente. Por ejemplo, hubo 83 contactos, tanto sintomáticos como asintomáticos, de un caso tratado en Alemania que viajó desde los Emiratos Árabes Unidos pero no se encontraron signos de virus o anticuerpos en ninguno de ellos [73]. En un estudio de 123 contactos de un caso tratado en Francia, sólo siete coincidieron con la definición de un posible caso y fueron probados; uno que había compartido una habitación hospitalaria de 20 m2 mientras que en una cama a 1,5 m de distancia del caso índice durante un período prolongado fue positivo [26]. Ninguno de los contactos de los dos primeros casos MERS importados a los EE.UU. en 2014 contenía ninguna huella MERS-CoV [182] y ninguno de los 131 contactos de dos viajeros que regresaron a los Países Bajos desarrolló anticuerpos MERS-CoV o testó ARN positivo [25, 183]. Los análisis de datos públicos revelan muchos casos probables de adquisición nosocomial de infección en la Península Arábiga y estos datos pueden ir acompañados de algunos detalles que señalan el contacto con un caso o instalación conocido. Un ejemplo identificó el papel probable de un paciente con una infección subclínica, presente en un hospital durante su ingreso por otras razones, como el caso índice más probable que desencadena un grupo familiar [93]. El rastreo de contacto fue un factor significativo en la terminación de un brote de 2015 con múltiples hospitales surcoreanos [184]. Estos estudios demuestran la necesidad de encontrar y comprender un papel para los casos leves y asintomáticos, junto con la restricción del contacto cercano o la exposición prolongada de las personas infectadas a otras, especialmente familiares mayores y amigos con enfermedad subyacente (Fig. 4c). El brote asociado al hospital en Jeddah en 2014 fue la acumulación más grande y rápida de las detecciones de MERS-CoV hasta la fecha. El mayor número de detección de MERS-CoV de cualquier mes registrado se produjo en Yeddah en abril. El brote se asoció principalmente (> 60 % de los casos) con la propagación de seres humanos a seres humanos dentro de los entornos hospitalarios y se debió a la falta de prevención y control de las infecciones o a su desorganización [37, 185, 186]. Un aumento de las muertes siguió al rápido aumento del número de casos. En 2015 ocurrieron dos grandes brotes. Corea del Sur fue el lugar del primer brote a gran escala fuera de la Península Arábiga y produjo los primeros casos tanto en Corea del Sur como en China, entre mayo y julio de 2015. Esto fue seguido de cerca por un brote distinto en la provincia de Ar Riyad, en la KSA, que parecía estar bajo control a principios de noviembre. Después de permanecer en Bahréin durante dos semanas, un varón de 68 años (68 M) viajó a Corea del Sur vía Qatar, llegando libre de síntomas el 4 de mayo de 2015 [187]. Desarrolló fiebre, Visitó una clínica como ambulatorio entre los días 12 y 15 de mayo y fue ingresado en el Hospital A el día 15 [188]. Fue dado de alta del Hospital A el día 17 y luego fue ingresado en el servicio de urgencias del Hospital B el día 18. Durante esta segunda estancia, se tomó una muestra de esputo y dio positivo para el MERS-CoV el día 20 [187, 188], desencadenando el traslado al centro de tratamiento de aislamiento designado. Durante un período de 10 días, el caso índice fue visto en tres hospitales diferentes, demostrando una característica clave de "compra hospitalaria" que conformó el brote surcoreano. Aproximadamente 34 personas fueron infectadas durante este tiempo [187]. En total 186 casos fueron generados en este brote, todos vinculados a través de una única cadena de transmisión a 68 M; 37 casos murieron [189]. En Corea del Sur, el sistema nacional de seguro médico prevé una atención médica de costo relativamente bajo, sufragando algunos costos al hacer que los familiares sean responsables de una parte de la administración de los enfermos, lo que a veces los hace permanecer durante largos períodos en las habitaciones que a menudo tienen más de cuatro camas en ellas [24]. Otros factores que se pensaba que habían permitido este brote eran la falta de familiaridad de los médicos locales con MERS, la facilidad con la que el público puede visitar y ser tratado por hospitales terciarios, la costumbre de visitar a amigos y familiares enfermos en hospitales, la naturaleza jerárquica de la sociedad coreana, las salas de emergencia abarrotadas, las medidas deficientes del IPC, la falta de salas de aislamiento de presión negativa y la mala comunicación interhospitalaria de los historiales de enfermedades de los pacientes [24, [190] [191] [192]. Hasta la fecha se han comunicado pocos detalles clínicos sobre estos casos y los detalles sobre la transmisión y el rastreo de los contactos son mínimos. Los hospitales involucrados inicialmente no fueron identificados, la orientación y las acciones gubernamentales produjeron mensajes confusos y hubo una comunicación muy limitada en los primeros tiempos, lo que dio lugar a preocupaciones innecesarias, desconfianza y un impacto económico distinto [191, [196] [197] [198]. Al principio del brote, un viajero infectado, hijo de un caso identificado en Corea del Sur, pasó por Hong Kong en su camino a China, donde estaba ubicado, aislado y atendido en China [91, 199, 200]. No hubo contactos que enfermaran.El brote se puso bajo control a finales de julio/a principios de agosto [201] después de que se emplearan medidas mejoradas del IPC, seguimiento y cuarentena de contactos sólidos, pruebas de laboratorio ampliadas, hospitales fueron mejor asegurados, se envió personal especializado para gestionar los casos Una revisión de los datos públicos mostró que, al igual que en el caso del MERS en la KSA, la edad avanzada y la presencia de enfermedad subyacente se asociaron significativamente con un desenlace fatal en Corea del Sur. [40] Aunque R 0 es <1, los eventos de superdifusión facilitados por circunstancias creadas en entornos de salud y caracterizadas por tamaños de clúster superiores a 150, como este, no son inesperados por la infección por MERS-CoV [204]. La dinámica de un brote depende de la R 0 y de los patrones de eliminación viral de un individuo, el tipo y la frecuencia de contacto, los procedimientos hospitalarios y la estructura y densidad de la población [204]. En la región de Ar Riyad, incluida la capital de Riad, se inició un cúmulo hospitalario dentro de un solo hospital a partir de finales de junio de 2015 [205]. A mediados de septiembre se habían notificado aproximadamente 170 A pesar de la introducción continua y posiblemente estacional del virus en la población humana a través de los DC infectados y tal vez otros animales que aún no se han identificado, la gran mayoría de la transmisión del MERS-CoV se ha producido de seres humanos infectados a no infectados en contacto cercano y prolongado a través de circunstancias creadas por un control deficiente de las infecciones en los entornos de atención de la salud. Este virus oportunista ha tenido su mayor impacto en las personas con enfermedades subyacentes y esas personas vulnerables, que a veces sufren múltiples comorbilidades, se han asociado con mayor frecuencia con los hospitales, creando una tormenta perfecta de exposición, transmisión y mortalidad. No está claro si este grupo se ve afectado de manera única por el MERS-CoV o si otras infecciones respiratorias, incluidas las de los HCoV, producen un impacto igualmente grave. En Corea del Sur, un solo caso importado creó un brote de 185 casos y 36 muertes que tuvieron un impacto desproporcionado en el desempeño económico, el comportamiento de la comunidad y la confianza en el gobierno y el sistema de atención de la salud. La transmisión del hogar de seres humanos a seres humanos se produce, pero también es limitada. Los programas educativos serán herramientas esenciales para combatir la propagación del MERS-CoV tanto dentro de las comunidades urbanas y regionales como para el entorno de atención de la salud. La vigilancia sigue siendo importante para la contención, ya que el MERS-CoV es un virus con una composición genética que se ha observado durante sólo tres años y no es estable. Entre todos los seres humanos que se han notificado que están infectados, casi el 40% han muerto. La secuenciación del genoma completo se ha utilizado extensamente para estudiar el recorrido y la variación del MERS-CoV y aunque sigue siendo una herramienta para expertos, parece ser la mejor herramienta para el trabajo. El MERS y el SRAS tienen algunas similitudes clínicas pero también difieren significativamente [206]. Entre las características definitorias se incluyen el PFC más alto entre los casos del MERS (superior al 50 % en 2013 y actualmente en el 30-40%; muy por encima del 9 % del SRAS) y la asociación más alta entre el MERS mortal y los hombres mayores con comorbilidades subyacentes. Para los virus, el MERS-CoV tiene un tropismo más amplio, crece más rápidamente in vitro, induce más rápidamente cambios citopatógenos, desencadena respuestas transcripcionales distintas, hace uso de un receptor diferente, induce un estado más proinflamatorio y tiene una respuesta antiviral tardía en comparación con el SRAS Parece haber una prevalencia del 2-3 % de MERS-CoV en la KSA con una probabilidad del 5 % de transmisión secundaria dentro del hogar. Hay un mayor riesgo de infección a través de ciertas ocupaciones en ciertos momentos y una probabilidad mucho mayor de propagación a otros seres humanos durante circunstancias creadas por los humanos, lo que impulsa una transmisión más efectiva que cualquier R 0 predeciría sobre el valor facial. Sin embargo, a pesar de las múltiples concentraciones masivas que han proporcionado al virus muchos millones de oportunidades de propagación, no se han reportado brotes de MERS o MERS-CoV durante o inmediatamente después de estos eventos. No hay evidencia de que el MERS-CoV sea un virus de preocupación pandémica. Sin embargo, los entornos hospitalarios continúan describiendo casos y brotes de MERS en la Península Arábiga. Mientras facilitemos la propagación del MERS-CoV entre nuestras poblaciones más vulnerables, el mundo debe permanecer en alerta para los casos que puedan ser exportados con mayor frecuencia cuando un país de acogida con reservorios de camellos infectados está experimentando conglomerados o brotes humanos. El MERS-CoV parece ser un virus enzoótico que infecta a la URT DC con evidencia de recombinación genética reciente. Puede que una vez haya tenido su origen entre los murciélagos, pero falta evidencia y la relevancia de ello para la epidemia actual es académica. Gracias a la acción rápida, las herramientas de diagnóstico molecular sensibles y rápidas necesarias para lograr un objetivo de detección rápido y sensible han sido establecidas y ampliamente disponibles desde que el virus fue reportado en 2012. RT-PCR pruebas de muestras de LRT siguen siendo el estándar de oro para la confirmación del MERS-CoV. Las herramientas serológicas siguen surgiendo pero necesitan una validación adicional utilizando muestras de infecciones leves y asintomáticas y un estudio de cohorte densamente muestreado para seguir los contactos de nuevos casos puede abordar esta necesidad. Del mismo modo, la importante cuestión de si aquellos que eliminan el ARN MERS-CoV durante períodos prolongados son infecciosos mientras aparecen bien, sigue sin respuesta. Incluso no está claro cuántas infecciones 'asintomáticas' se han descrito y reportado correctamente, lo que a su vez plantea preguntas sobre la fiabilidad de la recolección de otros datos clínicos hasta la fecha. Si bien la virología básica del MERS-CoV ha avanzado en el transcurso de los últimos tres años, la comprensión de lo que está sucediendo en, y la interacción entre, camello, medio ambiente y humano todavía está en su infancia.
question: ¿De qué porcentaje de casos ha sido fuente la KSA?
answers.text: 79 %