context: Etiología de las infecciones del tracto respiratorio en la comunidad y la clínica en Ilorin, Nigeriahttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5719735/SHA: f2e835d2cde5f42054dbd0c20d4060721135c518Autores: Kolawole, Olatunji; Oguntoye, Michael; Dam, Tina; Chunara, RumiFecha: 2017-12-07DOI: 10.1186/s13104-017-3063-1Licencia: cc-byAbstract: OBJETIVO: Reconociendo el creciente interés en la vigilancia de enfermedades comunitarias a nivel mundial, el objetivo de este estudio fue investigar si los virus respiratorios que circulan en la comunidad pueden estar representados a través de la vigilancia clínica (hospitalaria RESULTADOS: Los niños fueron seleccionados mediante muestreo de conveniencia de comunidades y un centro de atención terciaria (n = 91) durante la primavera de 2017 en Ilorin, Nigeria. Se recogieron y probaron hisopos nasales utilizando reacción en cadena de la polimerasa. La mayoría (79,1%) de los sujetos eran menores de 6 años, de los cuales 46 estaban infectados (63,9%). Un total de 33 de los 91 sujetos tenían uno o más virus del tracto respiratorio; hubo 10 casos de triple infección y 5 de cuádruple. El virus de la parainfluenza 4, el virus sincitial respiratorio B y el enterovirus fueron los virus más comunes en la muestra clínica; presentes en el 93,8% (15/16) de los sujetos clínicos, y el 6,7% (5/75) de los sujetos comunitarios (diferencia significativa, p < 0,001). Coronavirus OC43 fue el virus más común detectado en miembros de la Una cepa diferente, Coronavirus OC 229 E/NL63 fue detectada entre los sujetos de la clínica (2/16) y no detectada en la comunidad. Este estudio piloto proporciona evidencia de que los datos de la comunidad pueden potencialmente representar información diferente a la obtenida clínicamente, sugiriendo la necesidad de vigilancia comunitaria para mejorar los esfuerzos de salud pública y la comprensión científica de las infecciones respiratorias. Texto: Infecciones respiratorias agudas (ARIs) (la causa tanto de infecciones del tracto respiratorio superior (URIs) como de infecciones del tracto respiratorio inferior (IRS)) son una causa importante de muerte entre los niños menores de 5 años, particularmente en los países en desarrollo donde la carga de enfermedad es 2-5 veces mayor que en los países desarrollados [1]. Si bien estos virus suelen causar síntomas leves de tipo frío y pueden ser autolimitados, en los últimos años nuevos coronavirus como el síndrome respiratorio agudo grave (SARS) y el síndrome respiratorio del Oriente Medio En la actualidad, la mayoría de los brotes de enfermedades infecciosas registrados por la Organización Mundial de la Salud (OMS) se producen en el continente africano, donde existe un alto riesgo de transmisión [3, 4]. Además, en las zonas en desarrollo (tanto rurales como urbanas) hay factores de riesgo cada vez mayores, como las interfaces humano-animal (debido a la proximidad residencial al ganado). Estos cambios en los patrones epidemiológicos han dado lugar a una mejora de la vigilancia de las IRA, especialmente en los lugares de alto riesgo de transmisión [5]. Nigeria es uno de esos lugares con una alta prevalencia de muchos de los factores de riesgo implicados en las IRA entre los niños, entre ellos: edad, sexo, hacinamiento, estado nutricional, situación socioeconómica, y donde el estudio de las IRA es actualmente limitado [6]. Estos factores de riesgo amplios junto con recursos limitados han indicado la necesidad de iniciativas comunitarias de vigilancia e intervenciones [6, 7]. En Nigeria, los hospitales sólo son visitados cuando los síntomas son muy graves. Por lo tanto, se supone que la información viral del muestreo clínico es insuficiente para captar la incidencia de enfermedades en la población general o su previsibilidad a partir de los síntomas [8]. En todo el mundo, incluso en África oriental y meridional, se han centrado los esfuerzos en el desarrollo de métodos de vigilancia participativa de enfermedades basados en la comunidad [9] [10] [11] [12] [13]. Se han demostrado enfoques basados en la comunidad que son útiles para aprender más sobre las infecciones respiratorias emergentes, como la evaluación de la infrarreportación [14], los tipos de virus prevalentes en las comunidades [10], y la predicción de epidemias [15]. Al mismo tiempo, los avances en los métodos de identificación molecular han permitido realizar estudios sobre la aparición y epidemiología de virus ARI en muchos lugares (por ejemplo, los datos clínicos representan los casos más graves, y poliomavirus novedosos en Australia [16, 17], Centro Médico Erasmus del coronavirus humano (HCoV-EMC) en Oriente Medio y Reino Unido [18, 19], SARS en Canadá y China [20] [21] [22] ), sin embargo, la investigación sobre la epidemiología molecular de los virus ARI en Nigeria es limitada. Los métodos de diagnóstico disponibles y otras limitaciones tienen estudios limitados allí a encuestas serológicas de sólo unos pocos de estos virus y sólo en poblaciones clínicas [23, 24]. Así, la utilidad de la vigilancia basada en la comunidad puede ser apropiada en contextos como en Nigeria, y el propósito de este estudio piloto fue investigar si los casos clínicos pueden describir la imagen completa de ARI entre los niños en Nigeria. Realizamos un estudio transversal en tres centros comunitarios y uno clínico en Ilorin, Nigeria. Ilorin se encuentra en el estado de Kwara y es la sexta ciudad más grande de Nigeria por población [25]. Tres áreas de gobierno local (Ilorin East, Ilorin South e Ilorin West LGAs) fueron los sitios comunitarios y el Hospital de Especialistas Infantiles, Ilorin el sitio clínico. Se utilizó el muestreo de conveniencia para los fines de este estudio piloto, y se obtuvieron muestras del 28 de marzo al 5 de abril de 2017. Los criterios de inclusión fueron: niños menores de 14 años que tenían síntomas visibles de IRA dentro de las comunidades o aquellos confirmados en el hospital con IRA. Los criterios de exclusión fueron: niños de 14 años o más, sin mostrar signos de IRA y sujetos cuyos padres no dieron consentimiento. Veinticinco niños con síntomas fueron seleccionados cada uno de los tres lugares de la comunidad, mientras que 16 niños sintomáticos fueron muestreados del hospital. Se registró el tamaño total de la muestra (n = 91) con base en materiales y limitaciones de costos de procesamiento, así como para proporcionar muestras suficientes para permitir la comprensión descriptiva de los patrones de circulación viral estimados en otros estudios comunitarios [10]. Los Oficiales de Vigilancia y Notificación de Enfermedades, empleados por el Ministerio de Salud del Estado y familiarizados con las comunidades en este estudio, realizaron la recolección de muestras y datos. Se consideraron síntomas derivados de otros esfuerzos de vigilancia de IRA: dolor de garganta, fiebre, sofá, nariz, vómitos, dolor corporal, dolor en las piernas, náuseas, escalofríos, falta de aliento [10, 26]. Género y edad, tipo de área residencial (rural/urbana), nivel educativo, proximidad de residencia al ganado, proximidad a una carretera inalterada y número de personas que duermen en la misma habitación. La diferencia general entre los dos entornos fue que los del hospital tenían enfermedades graves, mientras que los de la comunidad eran generalmente "saludables" pero exhibiendo síntomas de IRA (es decir, enfermedad leve). Los hisopos nasales fueron recolectados de los sujetos y almacenados en escudo de ADN/ARN (Zymo Research, Irvine, California). Las muestras recolectadas fueron clavadas y el hisopo extraído. Los residuos que contenían las muestras nasales fueron almacenados a -20 °C antes del análisis molecular. El ARN viral fue aislado usando ZR Viral ARN TM Kit (Zymo Research, Irvine, California) por instrucciones del fabricante (http://www.zymoresearch.com/downloads/dl/file/ id/147/r1034i.pdf ). El PCR en tiempo real (reacción en cadena de la polimerasa), comúnmente utilizado en los estudios ARI [10, 19, 27], se llevó a cabo entonces utilizando el kit de detección RV15 One Step ACE, los números de catálogo RV0716K01008007 y RV0717B011008001 (Seegene, Seúl, Corea del Sur) para la detección de 15 virus humanos: virus de la parainfluenza 1, 2, 3 y 4 (PIV1-4), virus respiratorios sincitiales (RSV) A y B, influenza A y B (FLUA, FLUB), rinovirus tipo A-C, adenovirus (ADV), coronavirus (OC 229 E/NL63, OC43), enterovirus (HEV), enterovirus (hMPV) y bocavirus (BoV). Los reactivos fueron validados en el lugar experimental utilizando un protocolo de validación incorporado para confirmar problemas de falsos resultados negativos y falsos positivos no fueron motivo de preocupación. La reacción de amplificación fue realizada según lo descrito por el fabricante: transcripción inversa 50 °C-30′, activación inicial 94°-15′, 45 ciclos: desnaturalización 94°-30′′, recocido 60°-1′ 30′′, extensión 72°-1, extensión final 72°-10′, retención 4°. La visualización se realizó utilizando electroforesis en un gel de agarosa del 2% en TBE 1X con EtBr, en presencia de marcadores RV15 OneStep A/B/C; marcador de peso molecular. El procesamiento del espectro no fue cegado ya que no hubo riesgo de sesgo experimental. Se utilizaron procedimientos estandarizados para el muestreo comunitario y clínico. Todos los análisis estadísticos se realizaron utilizando la versión R 3.2.4. Se describen estadísticas univa Se evaluó la estadística bivariada (diferencia en proporciones) mediante una prueba de z de dos proporciones. Se consideró significativo un valor de p < 0,001. En este estudio no se observaron datos de ausencia para el análisis. La demografía básica de los participantes se resumió en los resultados de PCR que mostraron diez virus diferentes (influenza A, coronavirus OC 229 E/NL63, RSVA, RSV B, parainfluenza 1-4). La figura 1 muestra cómo estas infecciones se distribuyeron entre los tipos de virus, así como en las muestras de la comunidad frente a la clínica. En suma, un total de 33 de los 91 sujetos encuestados presentaron uno o más virus del tracto respiratorio (36,3%, IC 95% 26,6-47,0%, Fig. 1 ). Además, 10 de estos casos fueron infecciones triples y 5 fueron infecciones cuádruples (iltradas por color de barras en la figura 1 La figura 2 indica la frecuencia con la que se encontró cada par de virus en el mismo participante; las coinfecciones fueron más comunes entre el enterovirus y el virus de la parainfluenza 4 (fig. 2) ; además, se compararon y contrastaron los resultados clínicos y comunitarios; el virus de la parainfluenza 4, el virus respiratorio sincitial B y el enterovirus fueron los virus más comunes en la muestra clínica; estas tres infecciones resultaron en 41 virus detectados en 15 sujetos clínicamente y ocho infecciones detectadas en cinco personas de la comunidad; en conjunto infectaron al 94% (15/16, IC 95% 67-7-99,7 %) de los sujetos clínicos y al 7% (5/75, IC 95% 2,5-15,5%) de la comunidad (diferencia significativa, p < 0,001). El virus más común detectado en muestras comunitarias fue el coronavirus OC43; este virus se detectó en el 13,3% (95% IC 6,9-23,6%) de Sin embargo, se detectó una cepa diferente, el coronavirus OC 229 E/NL63 en el 12,5% de los sujetos clínicos (2/16, IC 95% 2,2-39,6%) y no detectados en la comunidad. Las infecciones dobles, triples y cuádruples fueron otra característica común de la nota. Se identificaron diez virus del tracto respiratorio diferentes entre los sujetos como se muestra en la figura 1. Las muestras recogidas en el hospital especializado para niños mostraron una tasa de prevalencia del 100% de infección con uno o más virus, lo que podría no ser sorprendente, ya que la diferencia básica entre la comunidad y las muestras clínicas fue un aumento de la gravedad de la enfermedad en la muestra clínica, lo que también puede explicar el alto nivel de coinfección encontrado entre los sujetos clínicos. Además, hubo una diferencia significativa entre la prevalencia de los virus más comunes en la muestra clínica (parainfluenza virus 4, sincitial respiratorio virus B y enterovirus) y su prevalencia en la comunidad. Finalmente, algunos de los virus detectados en este estudio no han sido detectados e implicados con IRAs en Nigeria. No hay reporte, a nuestro entender, que implique coronavirus en IRAs en Nigeria, y fue detectado en 12 sujetos en este estudio. Aunque los casos de infecciones dobles y triples fueron observados en un estudio en Nigeria en 2011 [28], por lo que sabemos, los reportes de infecciones cuádruples son raros y no han sido reportados anteriormente en Nigeria. Debido a la naturaleza única de los datos generados en este estudio y la novedad del trabajo en el entorno, no es posible comparar exactamente los resultados con otros estudios. Por ejemplo, aunque encontramos un estudio similar sobre IRAs en sujetos clínicos en Burkina Faso [27], debido al pequeño tamaño de la muestra de este estudio no sería posible inferir o comparar las tasas de prevalencia. Los estudios de etiología de ARI se han enfocado generalmente en áreas del mundo más desarrolladas [29], y es importante señalar que la disponibilidad de métodos de diagnóstico molecular empleados en este estudio mejora sustancialmente la capacidad de detectar virus que hasta ahora no se han detectado en Nigeria. Además, los hallazgos de este trabajo también se suman al creciente cuerpo de investigación que muestra el valor de los datos comunitarios en la vigilancia de enfermedades infecciosas [8]. Como la mayor parte del trabajo hasta la fecha ha sido en áreas de recursos más altos del mundo, este estudio añade perspectiva desde un área donde los recursos sanitarios son menores. En conclusión, los resultados de este estudio proporcionan evidencia para la vigilancia comunitaria activa para mejorar la vigilancia de la salud pública y la comprensión científica de Esto se debe no sólo a que una minoría de niños con infección grave son ingresados en el hospital en áreas como esta en Nigeria, sino también a los hallazgos de este estudio piloto que indican que la circulación viral en la comunidad no puede ser detectada clínicamente [29]. Este estudio piloto indica que en áreas de Nigeria, la etiología de las IRAs comprobadas a partir de muestras clínicas puede no representar a todas las IRAs que circulan en la comunidad. La principal limitación del estudio es el tamaño de la muestra. En particular, la muestra no es igual de representativa en todas las edades. Sin embargo, el tamaño de la muestra fue lo suficientemente grande como para determinar diferencias significativas en virus de origen comunitario y clínico, y proporciona una comprensión cualitativa de la etiología viral en muestras de la comunidad y clínica. Además, la muestra se concentró en gran medida en sujetos menores de 6 años, que se encuentran entre los grupos con mayor riesgo de Además, este estudio resultó en hallazgos únicos Dado que los recursos son limitados para la investigación y la práctica, esperamos que estos resultados piloto puedan motivar investigaciones sistemáticas adicionales sobre la mejor manera de utilizar los datos generados por la comunidad en la vigilancia de ARI. Los resultados de este estudio pueden informar a un estudio más amplio, representativo a través de la demografía y los lugares para evaluar sistemáticamente la etiología de las infecciones y las diferencias en las cohortes clínicas y comunitarias. Un estudio más amplio también permitirá tener en cuenta posibles factores de riesgo ambiental. Finalmente, aunque puede ser intuitivo, los resultados de este estudio piloto arrojaron luz sobre el alcance de las diferencias en los patrones de ARI, incluyendo diferentes tipos y cepas de virus circulantes. Además, debido a que se utilizó PCR para la detección viral, el estudio se limitó a la detección de virus en los conjuntos de primovacunación. El estudio fue concebido por RC y OK. RC y OK, MO y TD participaron en el diseño del estudio, que fue realizado por MO y TD. RC y OK analizaron los datos. RC y OK escribieron y revisaron el manuscrito. Todos los autores leyeron y aprobaron el manuscrito final.
question: ¿Cuáles son algunos factores de riesgo para que los países experimenten una alta prevalencia de infecciones respiratorias agudas?
answers.text: edad, sexo, hacinamiento, estado nutricional, situación socioeconómica, y donde el estudio de las IRA es actualmente limitado