context: Secuencia completa del genoma de una cepa del virus de la bronquitis infecciosa nefropatía aislada en Chinahttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3795213/SHA: f2df4fc3c60338755fd23da3d7e01c0455e20745Autores: Yang, Jing-tian; Ma, Bing-cunFecha: 2013-10DOI: 10.1128/genomea.0081-13Licencia: cc-byAbstract: El virus de la bronquitis infecciosa (IBV) causa enormes pérdidas económicas a la industria avícola. Texto: enfermedad tagiosa y aguda en pollos domésticos, pertenece al grupo III del género Coronavirus en la familia Coronaviridae (1). Es un virus de ARN (ssRNA) envuelto, no segmentado, de sentido positivo y de una sola cadena y tiene un genoma de aproximadamente 27,6 kb (2). Recientemente, muchos informes de análisis epidemiológicos han sugerido que las IBV nefropatógenas se han vuelto cada vez más frecuentes (3) (4) (5) (6) en China. En este trabajo, se analizó la secuencia completa del genoma de un aislado llamado SAIBK y se detectó la recombinación entre SAIBK y algunos IBVs previamente reportados. Se utilizó una rápida amplificación del kit de extremos de ADNc (RACE) (TaKaRa, Japón) para obtener los extremos 5= y 3= del genoma. Otras partes fueron amplificadas por 19 imprimaciones con solapamiento entre cada fragmento y fueron clonadas en el vector pMD19-T (TaKaRa, Japón). Todos los fragmentos fueron secuenciados tres veces por Sangon Biotech (Shanghai, China). Los fragmentos secuenciados fueron ensamblados usando el programa de software SeqMan (DNAStar, Inc.). Se realizó la alineación de secuencias y se construyó un árbol filogenético usando el programa de software MEGA5 (7). El análisis de recombinación fue realizado usando los programas de software RDP 4.14 (8) y SimPlot 3.5.1 (9). El genoma completo de la cepa SAIBK es 27.534 nucleótidos (nt) de longitud, incluyendo la cola poli(A). Tiene una organización clásica del genoma del IBV con 10 marcos de lectura abiertos (ORFs): La secuencia del genoma del SAIBK muestra la identidad más alta (94,3%) a la cepa china del IBV SC021202 (adhesión GenBank no. EU714029) y la identidad más baja (85,8%) a dos cepas chinas del IBV, BJ (adhesión GenBank no. AY319651) y DY07 (adhesión GenBank no. HM245923). Tiene identidades nucleótidas más bajas de 88,1%, 87,9% y 87,7% a las cepas de vacuna del IBV más utilizadas, H120, H52 y M41, respectivamente. El análisis filogenético de los resultados del genoma completo indicó que el SAIBK se agrupa en la misma rama que la cepa del IBV YN (adhesión Gen La subunidad S1 del genoma del IBV es el principal determinante del serotipo (10) (11) (12) (13) y el análisis S1 indicó que la cepa SAIBK tiene un serotipo similar a 4/91. Los métodos de detección de recombinación empleados revelaron que el SAIBK es un virus de la quimera, con la recombinación por la cepa SC021202 como padre principal y la cepa vacunal H120 como padre menor. La primera y la segunda regiones de recombinación se localizaron en las posiciones 7231 a 9126 y 13437 a 14473 en los genes 1a y 1b, respectivamente. Se detectaron otras dos regiones de recombinación en las posiciones 951 a 1067 y 5393 a 5605 de SAIBK, que fueron recombinadas con la cepa SC021202 como madre principal y la cepa vacunal H52 como madre menor. Los resultados de la detección de recombinación sugieren que SAIBK es posiblemente un virus de la quimera derivado de las cepas vacunales H120 y H52 de uso popular y la cepa de campo SC021202, y la cepa SC021202 fue aislada de pollos vacunados con H120 en la provincia de Sichuan en China en 2003 (14). Este resultado reveló que el campo IBV en la provincia de Sichuan ha sido sometido a recombinación genética y posiblemente está surgiendo como nuevas cepas mutantes, como SAIBK. Número de adhesión de secuencia de nucleotida. La secuencia completa del genoma del aislado SAIB
question: ¿Cuántos marcos de lectura abiertos hay en el gen SAIBK?
answers.text: 10