context: Secuencia casi completa del genoma de un ecovirus 30 cepas de un grupo de casos de meningitis aséptica en California, septiembre de 2017https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6953510/SHA: f0c4d40e1879dd1a049298f151940ac168b5f5a7Autores: Pan, Chao-Yang; Huynh, Thalia; Padilla, Tasha; Chen, Alice; Ng, Terry Fei Fan; Marine, Rachel L.; Castro, Christina J.; Nix, W. Allan; Wadford, Debra A. Fecha: 2019-10-31DOI: 10.1128/mra.01085-19Licencia: cc-byAbstract: En septiembre de 2017, reportamos la secuencia casi completa del genoma de un enterovirus humano, una cepa de ecovirus 30, obtenida de un ejemplar de líquido cefalorraquídeo de un paciente adolescente con meningitis aséptica. Texto: Los chovirus E son miembros de la especie enterovirus B del género enterovirus (EV) en la familia Picornaviridae de virus ARN no envueltos, de una sola cadena y de un sentido positivo. Los ecovirus fueron nombrados a partir del acrónimo de virus huérfano humano entérico citopático en el momento de su descubrimiento en la década de 1950, pero más tarde se encontraron asociados con enfermedades respiratorias, enfermedad de pies y bocas, y meningitis aséptica, similar a otros enterovirus (1). De acuerdo con el Código de Reglamento de California, los casos de meningitis son reportables al Departamento de Salud Pública de California (CDPH) dentro de un día de identificación de la etiología (2). En el otoño de 2017, un grupo de casos de meningitis aséptica de una escuela secundaria del norte de California fueron reportados al CDPH. El Laboratorio de Enfermedad Viral y Rickettsial (VRDL) en el CDPH detectaron EV de 19 de 30 pacientes (63%) por transcripción inversa en tiempo real-PCR (RT-PCR), como se describió previamente (3). Generamos y analizamos secuencias de capsid parcial (proteína viral 1 [VP1]) utilizando métodos desarrollados por Minnaar et al. (4). Quince de 19 (79%) pacientes positivos para el EV tenían ecovirus 30 (E-30), utilizando muestras de líquido cefalorraquídeo (CSF). Este grupo de casos de meningitis E-30 es similar a los casos de meningitis aséptica E-30 previamente reportados (5, 6) en síntomas y epidemiología. Aquí, reportamos una secuencia casi completa del genoma de una de las muestras de LCR E-30 positivas. El LCR fue procesado por centrifugación, filtración de 0,45-m y tratamiento de nucleasa antes de la extracción utilizando el sistema NucliSENS easyMAG (bioMérieux, Durham, NC) (7). Los ácidos nucleicos extraídos fueron tratados con Dnasa para producir ARN, el cual fue sometido a transcripción inversa aleatoria y PCR (7). La biblioteca de secuenciación de próxima generación (NGS) fue preparada utilizando un kit de Nextera XT y secuenciado en una plataforma MiSeq de 300 ciclos en pares (Ilumina, San Diego, CA). Los datos del NGS fueron analizados utilizando una tubería interna de Centros para el Control y Prevención de Enfermedades (CDC) que incluye la eliminación de secuencias de host usando bowtie2/2.3.3.1, eliminación de imprimación, baja calidad (por debajo de Q20) y longitud de lectura (50 nucleótidos) filtrando usando cutadapt 1.18, eliminación de duplicación de lectura utilizando un script Dedup.py, ensamblaje de novo utilizando parámetros predeterminados SPAdes 3.7 y búsqueda BLAST de los contigs resultantes (8). Hubo un total de 141.329 lecturas de FASTQ postprocesamiento. El genoma de consenso final fue inspeccionado y anotado usando Geneious v10.0.9 (9). El contig fue construido a partir de 15.712 lecturas, ensamblado a un genoma de referencia E-30 (número de adhesión del GenBank JX976773), y considerado El contenido total de GC es de 48,3% para 7.155 bases. La cobertura media de lectura fue de 260 veces para el genoma E-30. La secuencia del genoma fue designada E-30 USA/2017/CA-RGDS-1005. Su secuencia VP1 fue confirmada por el Laboratorio de Picornavirus CDC como casi idéntica a las de E-30 identificadas en un brote de meningitis aséptica que ocurrió en el otoño de 2017 en Nevada; también tiene mayor identidad nucleótida del 99% a las secuencias VP1 de cepas E-30 del sur de Estados Unidos identificadas por el CDC en mayo de 2017 (números de adhesión de GenBank MG584831 y MG584832), medidos utilizando la versión en línea de blastn (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi). La secuencia del genoma de E-30 USA/2017/CA-RGDS-1005 comparte menos del 89% de identidad de nucleótidos (NI) y menos del 98% de identidad de aminoácidos (AI) con otras secuencias E-30 públicamente disponibles. La secuencia contiene la región completa de codificación de proteínas, sin secciones cortas en las regiones no traducidas (UTR) debido a la falta de cobertura de lectura (aproximadamente 182 y 90 nucleótidos de los 5= y 3= UTR, respectivamente). La poliproteína del enterovirus se puede dividir en una estructural (P1-capsid) y dos no estructurales (P2 y P3). Las regiones de poliproteínas del genoma E-30 reportadas aquí comparten 96%, 88% y 84% NI (P1, P2 y P3, respectivamente) con otras secuencias E-30 en GenBank. Disponibilidad de datos. La secuencia E-30 de USA/2017/CA-RGDS-1005 ha sido depositada en GenBank bajo el número de adhesión MK238483. Las lecturas FASTQ filtradas de calidad han sido depositadas en el archivo de la secuencia con el número de adhesión SRR10082176. Las contribuciones del Departamento de Salud Pública de California Viral y Rickettsial Disease Laboratory fueron apoyadas en parte por el Acuerdo Cooperativo de Epidemiología y Capacidad de Laboratorio para Enfermedades Infecciosas número 6 NU50CK000410 de los EE.UU. Centros para el Control y Prevención de Enfermedades. Este trabajo fue financiado en parte por asignaciones federales a los Centros para el Control y Prevención de Enfermedades, a través de la línea de la Iniciativa de Detección Molecular Avanzada. Los hallazgos y conclusiones en este informe son los de los autores y no representan necesariamente la posición oficial de los Centros para el Control y
question: ¿Dónde se encuentra el Laboratorio de Enfermedades Viral y Rickettsial?
answers.text: CDPH