context: Etiología de enfermedades similares a la gripe de los profesionales de la red centinela en la isla de Reunión, 2011-2012https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5031398/SHA: f5ff89ebfdd0375d0334c112c6c1c7e163fa69a0cAutores: Brottet, Elise; Jaffar-Bandjee, Marie-Christine; Li-Pat-Yuen, Ghislaine; Filleul, LaurentFecha: 2016-09-21DOI: 10.1371/journal.pone.0163377Licencia: cc-byAbstract: In Réunion Island, a pesar de una vigilancia de gripe establecida desde 1996 por la red de médicos generales centinelas, poco se conoce sobre la e Se estableció un estudio retrospectivo con hisopos nasales recolectados por GP centinelas de pacientes con ILI en 2011 y 2012. Se seleccionaron y analizaron al azar 250 hisopos mediante reacción en cadena multiplex transcriptasa inversa polimerasa (RT-PCR), incluyendo investigación de 18 virus y 4 bacterias. Se detectaron virus respiratorios en 169/222 (76,1%) muestras, principalmente rinovirus (23,4%), virus influenza A (21,2%), virus influenza B (12,6%), coronavirus (4,9%) y metapneumovirus humano (3,6%). Nueve hisopos (5,3% de los hisopos positivos) revelaron coinfecciones con dos virus identificados, entre los cuales seis se referían a coinfecciones con virus influenza. Observamos importantes diferencias estacionales, con circulación de Metapneumovirus humano, RSV A y B y coronavirus sólo durante el verano; mientras que En conclusión, este estudio destaca una circulación sustancial de múltiples patógenos respiratorios en Isla Reunión a lo largo del año. Muestra que ILI no sólo son atribuibles a la gripe y subraya la necesidad de vigilancia biológica. Como el uso de multiplex RT-PCR demostró su eficacia, ahora se utiliza de forma rutinaria en la vigilancia de ILI. Texto: La enfermedad similar a la gripe (ILI) o infecciones respiratorias agudas pueden ser causadas por varios tipos de virus respiratorios o bacterias en humanos [1]. Virus de gripe, virus respiratorios sincitiales (RSV) y virus parainfluenza se identifican como virus principales responsables principalmente de ILI y neumonía en varios estudios [2]. Sin embargo, los profesionales no pueden diagnosticar la infección sin una confirmación biológica de la prueba. Desafortunadamente, estas causas de infecciones se identifican en menos del 50% [3]. La isla de Reunión, un territorio francés de ultramar con 850.000 habitantes, se encuentra en el hemisferio sur entre Madagascar y Mauricio en el Océano Índico (Latitud: 21°05.2920 S Longitud: 55°36.4380 E.). La isla se beneficia de un sistema sanitario similar al de Francia continental y la vigilancia epidemiológica ha sido desarrollada por la oficina regional del Instituto Francés de Vigilancia de la Salud Pública (CIRE OI), basado en el sistema de vigilancia de Francia continental [4]. La actividad de la gripe aumenta generalmente durante el invierno austral, correspondiente al verano en Europa [5]. Desde 2011, la campaña de vacunación contra la gripe en la isla de Reunión comienza en abril y la vacuna utilizada corresponde a las recomendaciones de la Organización Mundial de la Salud para el hemisferio sur. Desde 1996, la vigilancia clínica y biológica de la gripe se basa en una red de médicos centinelas [6]. Los hisopos nasales son recolectados al azar durante todo el año y son probados por RT-PCR para virus de la gripe. Entre estas muestras de vigilancia, 40 a 50% son testados positivos para virus influenza A, A(H1N1)pdm09 o virus B por el laboratorio virológico del Hospital Universitario Centro de Reunión. Así, las muestras ILI testadas negativas para influenza son de etiología desconocida. Varias herramientas biológicas permiten identificar patógenos respiratorios a partir de hisopos nasales. En los últimos años, se ha desarrollado la reacción en cadena multiplex transcriptasa inversa polimerasa (RT-PCR) para identificar varios virus simultáneamente [7] [8] [9] [10]. Por lo tanto, utilizamos este nuevo método para establecer un estudio retrospectivo utilizando hisopos recolectados por los GP centineles de 2011 a 2012. El principal objetivo de nuestro estudio fue caracterizar patógenos respiratorios responsables de consultas Los objetivos secundarios fueron resaltar las tendencias estacionales en la circulación de patógenos respiratorios y describir la ocurrencia de coinfecciones, especialmente durante la temporada de gripe. Se definió como un inicio súbito de fiebre de más de 38 grados Celsius y tos, asociada o no con otros síntomas como dificultad respiratoria, dolor de cabeza, etc. Cada semana, se animó a todos los médicos de cabecera de la red centinela a recoger un hisopo nasal de los dos primeros pacientes que presentaron ILI desde menos de tres días. Después de ser probados para virus de gripe, los 994 hisopos recogidos en 2011 y 2012 se congelaron a -80°C en el laboratorio del centro hospitalario universitario (CHU). Con base en el presupuesto, se seleccionó aleatoriamente una muestra estratificada por temporada de 250 hisopos para describir virus circulantes incluyendo la temporada de gripe. Se realizó muestreo aleatorio con Excel 1 utilizando la base de datos de El cuadro de muestreo contenía el número de identificación del hisopo asignado por Cire OI, número de identificación de laboratorio, sexo, edad, fecha de inicio de los síntomas, fecha de recogida del hisopo y resultado de la influenza RT-PCR. Utilizamos Respifinder 1 Smart 22 kits un RT-PCR multiplex (PathoFinder, Maastricht, Países Bajos) que puede detectar 22 patógenos respiratorios. Este ensayo se basa en la tecnología de amplificación de la sonda dependiente de la ligadura múltiple (MLPA). Los pasos de transcripción inversa y preamplificación se realizaron en el Mastercycler epgradiente 1 (Eppendorf) y los pasos de hibridación, ligadura y detección en el sistema LightCycler 1 480 (Roche Applied Science). Este método fue elegido por su alta especificidad, en comparación con otros mismos métodos (78% frente a 33%) De este modo, permite destacar la posible presencia de dieciocho virus respiratorios y cuatro bacterias en una sola reacción mediante el análisis de la curva de fusión: Influenza A not (H1N1 Se realizaron análisis estadísticos con Stata 1 y Excel 1. Se definieron dos estaciones para identificar posibles tendencias estacionales en la circulación de los virus: temporada de invierno durante las semanas 23 a 39 entre junio y septiembre y temporada de verano durante el resto del año. Datos y hisopos resultan de un sistema de vigilancia que recibió aprobaciones reglamentarias, incluida la aprobación de la CNIL (Comisión Nacional de Tecnología de la Información y Libertades Civiles No 1592205) en julio de 2012. Todos los pacientes han recibido información oral y han dado su consentimiento para la recolección de hisopos y datos. Los datos fueron recolectados con fines de vigilancia y son totalmente anónimos. De acuerdo con la sensibilidad del ensayo dos muestras podrían ser resultados discordantes entre Influenza PCR inicialmente realizado y Multiplex PCR. Así fueron eliminadas del análisis: una es positiva para Influenza en un soloplex y negativa para todos los patógenos probados en multiplex y otra es positiva para Influenza en un soloplex y positiva para PIV2 en multiplex. En total, se consideraron 222 análisis. Además, 53 muestras fueron negativas para todos los patógenos respiratorios analizados (23,9%) y 169 muestras tenían al menos un patógeno detectado (76,1%), finalmente se identificó un total de 178 patógenos. Durante el período de estudio, una minoría de las semanas (21, es decir, 20%) no incluyó ninguna muestra, principalmente fuera de la estación de la gripe. La relación entre el sexo y el paciente fue 0,63 (86 hombres y 136 mujeres) y la edad media fue 28,4 años [min 0; El 10% tenían menos de 5 años, el 24% 5-15 años, el 63% 15-65 años y sólo el 3% eran mayores de 65 años. Los patógenos respiratorios identificados con mayor frecuencia en los hisopos ILI fueron rinovirus (23,4%), influenza A no H1N1 (21,2%) y gripe B (12,6%). Entre los 22 patógenos respiratorios probados por el multiplex, sólo tres no se encontraron en ninguna muestra analizada: Parainfluenza3, Legionella pneumophila y Bordetella pertussis. En cuanto a las coinfecciones, nueve hisopos revelaron la presencia de dos virus, entre los cuales6 involucraban virus de gripe (tabla 2). Los análisis mostraron que algunos virus son posiblemente estacionales y circulaban durante un período específico del año. Para este último, es específico del período estudiado desde que el virus influenza A(H1N1)pdm09 reapareció en la Isla Reunión en octubre de 2012 y ya no circulaba desde finales de 2010. Por el contrario, se identificaron parainfluenza 1,2 y 4 virus sólo en invierno. Para otros patógenos, no se observó ningún período específico de detección. Se realizó una descripción semanal de muestras para estudiar la distribución de patógenos respiratorios en 2011 y 2012 (Fig 1). Los resultados de los análisis biológicos se compararon con los datos de las consultas ILI declaradas por los GP centinelas en 2011 y 2012. Se observó en 2011, después de una primera ola en junio principalmente debido al virus influenza A no H1N1, una segunda ola de consultas ILI con identificación principalmente de virus de parainfluenza y no virus de gripe. En 2012, la segunda ola epidémica al final del invierno austral coincidió con En cuanto a los hisopos negativos (Fig 2), no se observó estacionalidad durante el periodo de estudio con una proporción similar sea cual sea la temporada. Este estudio retrospectivo basado en una red de GP centinelas mostró que no sólo los virus de la gripe son responsables de las consultas ILI. De hecho, se observó una importante circulación de múltiples patógenos a lo largo del año, con 12 tipos diferentes de patógenos identificados en 2011 y 2012. Los patógenos virales respiratorios estuvieron presentes en 76,1% de las muestras, lo que es ampliamente superior a los resultados de la vigilancia anual de la gripe [12]. Después de los virus de la gripe, Rhinovirus y Coronavirus fueron los virus respiratorios más comunes en Isla Reunión. Aunque no se tomaron muestras cada semana, la muestra fue representativa de la actividad ILI y consistente con la temporada de gripe. Sin embargo, según el bajo número de muestras, es difícil concluir acerca de la esta Este estudio también destacó varias coinfecciones, mostrando que concomitantemente la etiología múltiple de la ILI. La cocirculación ya se observó en Isla Reunión durante la pandemia de A(H1N1) pdm09, además del virus influenza, con la identificación de otros virus respiratorios como Rhinovirus o Coronavirus [14]. En Francia continental, durante esta pandemia, se encontró la circulación de virus respiratorios mayores, como Rhinovirus, Parainfluenza, Coronavirus, Metaneumovirus Humano, como en nuestra publicación [15] [16]. En nuestro estudio, sólo el 5,3% de los hisopos positivos fueron coinfecciones, mientras que en dos estudios en Madagascar las coinfecciones representaron 27,3% y 29,4% [17] [18]. A pesar de la distancia de 9.300 km entre la Reunión y Francia, la isla está directamente conectada a Europa con cuatro vuelos diarios a Francia. Estos intercambios pueden afectar a la circulación de patógenos respiratorios en el hemisferio sur y norte, por lo que los resultados de este estudio pueden ser de interés tanto para los países del Océano Índico como para Europa. Entre los 148 hisopos inicialmente negativos para la gripe, ya que no fueron previamente probados para otros virus, el estudio encontró una etiología para 95 hisopos. En total, sólo 53 hisopos, que representan el 24% de la muestra, permanecieron sin etiología con resultados negativos multiplex PCR a lo largo del año. Múltiples hipótesis pueden explicar este resultado: una mala calidad de los hisopos, impidiendo identificar un patógeno, causas no infecciosas u otros patógenos no incluidos en el multiplex PCR. Sin embargo, no pudimos probar los hisopos negativos para ARNse P, un marcador de células humanas, que podría proporcionar un mínimo de seguridad de que el hisopo contenía células humanas. En cuanto a las dos muestras divergentes para la identificación de influenza entre el multiplex y el PCR de un soloplex, las descartamos para el análisis; una fue positiva en Influenza con un soloplex y positiva en PIV con multiplex. Podría ser un resultado falso positivo de un soloplex. De hecho, como el ensayo multiplex de PCR tiene una buena sensibilidad y se considera un estándar dorado, decidimos mantener siete resultados negativos para Influenza en un soloplex y positivo en Influenza en multiplex [7] [8] [9] [10]. No hay ningún caso de pertussis de Bordetella que cause tos ferina y Legionella pneumophila que cause la enfermedad de Legionaires fue identificada en este estudio. Sin embargo, estas enfermedades son raras en Isla Reunión, alrededor de tres casos de enfermedad de Legionaires se declaran cada año. Un límite del estudio es que no se Fue imposible comparar los síntomas clínicos según cada patógeno y saber si existen diferentes patógenos que causen, por ejemplo, rinitis, laringitis o bronquitis (enfermedades incluidas en el ILI). Un estudio prospectivo específico que incluya datos clínicos podría proporcionar elementos útiles en la semiótica de las enfermedades. En conclusión, este estudio destacó una importante circulación de múltiples patógenos en Isla Reunión durante todo el año. Muestra que el ILI no es específico de la gripe y por lo tanto es esencial tener resultados biológicos para establecer el diagnóstico diferencial y así explicar la etiología de los síntomas. Para una mejor comprensión de los patógenos respiratorios que circulan en Isla Reunión, la información de este estudio también puede ser útil para los profesionales que ven a muchos pacientes en consulta con el ILI. Como el uso de multiplex RT-PCR demostró su eficacia en la vigilancia de la ILI y permitió resaltar la circulación de otros virus y causas bacterianas de infecciones respiratorias, ahora se utiliza de forma rutinaria en la vigilancia de la ILI. Además, sería interesante repetir este estudio cada 3 o 5 años añadiendo datos clínicos para monitorear la evolución de los patógenos respiratorios en la Isla Reunión a lo largo del tiempo.
question: Patógenos virales respiratorios estaban presentes en qué porcentaje de muestras?
answers.text: 76,1