context: Primera secuencia completa del genoma de una cepa del coronavirus bovino francéshttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5477389/SHA: eef0ecf5b8e7b179dadaef967e65f2ab68f021e1Autores: Kin, Nathalie; Guerard, Pauline; Diancourt, Laure; Caro, Valérie; Vabret, Astrid; Ar Gouilh, MeriadegFecha: 2017-05-25DOI: 10.1128/genomea.00319-17Licencia: cc-byAbstract: Secuenciamos la primera secuencia completa del genoma de Bovine (BCoV) de Francia. Esta BCoV fue secuenciada directamente a partir de una muestra fecal recolectada de un becerro en Normandía Texto: El coronavirus ovino B (BCoV) pertenece al orden Nidovirales, a la familia Coronaviridae, a la subfamilia Coronavirinae y al betacoronavirus (https://talk.ictvonline.org/ ICTV/propostions/2008.085-122V.v4.Coronaviridae.pdf). Su genoma es un ARN de una sola cadena, lineal y no segmentado de alrededor de 31 kb. BCoV es responsable de enfermedades respiratorias y entéricas en el ganado bovino, particularmente durante el invierno (1, 2). Hasta la fecha, las 19 secuencias completas del genoma BCoV disponibles en las bases de datos GenBank (consultadas el 17 de enero de 2017) originadas en Estados Unidos o Asia. Aquí informamos de la primera secuencia completa del genoma de un BCoV detectado en Francia. La cepa BCoV/FRA-EPI/CAEN/2014/13 se obtuvo de una muestra fecal recolectada de un ternero de 1 semana de edad en Normandía en 2014. La presencia de BCoV en la muestra fecal se evaluó utilizando una transcripción inversa interna-PCR (RT-PCR) dirigida al gen M (3). Se sintetizó una biblioteca de cDNA utilizando SuperScript III (Invitrogen, Carlsbad, CA, EE.UU.) y hexameros. La secuenciación completa del genoma de los productos PCR superpuestos se llevó a cabo en ambas direcciones, utilizando imprimadores originales y la secuenciación dideoxida de Sanger. Se realizaron reacciones secuenciales como se describió previamente (3). Se montaron secuencias y se anotó utilizando el software Geneious (versión 5.1.6). Obtuvimos una secuencia contando 30.847 nucleótidos. Los genes orf1ab, HE, S, ns5, E, M y N del BCoV obtenido fueron sometidos a un análisis de Blastn. De acuerdo con estos análisis, el gen orf1ab (20kb nucleótidos, localizado en el lado 5= del genoma) está estrechamente relacionado con el coronavirus de camellos dromedario (DcCoV) HKU23-23-362F cepa de los Emiratos Árabes Unidos (adhesión no KF906251), con una identidad nucleótida de 99,19%. Por el contrario, los genes NS2, HE, S, ns5, y M están estrechamente relacionados con la cepa BCoV Bubalus/Italia/179/07-11 (adhesión no EU019216), con identidades nucleótidas de 99,88, 99,45%, 99,02%, 98,79% El gen E está estrechamente relacionado con la cepa china del coronavirus bovino BCV-AKS-01 (adhesión no. KU886219), con una identidad de nucleótidos del 100%. Finalmente, se encontró la puntuación más alta de Blastn para el gen N con el BCoV-ENT entérico americano (adhesión no. AF391541), asociado con una identidad de nucleótidos del 100%. La alineación de múltiples secuencias, incluyendo 20 BCoV y 10 clado Un betacoronavirus estrechamente relacionado con BCoV de América del Norte, dos DcCoV de los Emiratos Árabes Unidos, y dos cepas del coronavirus humano OC43 (HCoV-OC43) de Francia, se realizó utilizando el algoritmo muscular implementado en MEGA7 (4, 5). El análisis filogenético sobre el orf1ab confirma que BCoV/FRA-EPI/CAEN/2014/13 está estrechamente relacionado con el coronavirus de camellos dromedario (DcCoV) HKU23-23-362F. El gen orf1ab de estos dos virus agrupados por separado de los virus de BCoV y BCoV similares a los de América del Norte y Asia. Este hallazgo también confirma los resultados de nuestro análisis previo sobre genomas parciales en los que los genes nsp12, S y N de BCoVs americanos y asiáticos se agrupan en un grupo llamado tentativamente C 1. Las regiones de codificación nsp12 y N de BCoVs de Francia y DcCoVs de los Emiratos Árabes Unidos agrupados en C 2. El gen DcCoV S individualizado a partir de ambos genes HCoV-OC43 y BCoV Los posibles eventos de recombinación podrían estar en el origen de DcCoV. Número(s) de adhesión. La secuencia completa de secuencia del genoma del aislado BCoV/FRA-EPI/CAEN/2014/13 ha sido depositada en GenBank bajo el número de adhesión KX982264.
question: ¿Cuántos nucleótidos contiene el coronavirus bovino?
answers.text: 30.847 nucleótidos