context: Secuencias del genoma del virus de la diarrea epidémica porcina: In Vivo and In Vitro Phenotypeshttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4056290/SHA: f6d6d7efc1686a7d219ecfc55f9a48ce72d4fb00Autores: Lawrence, Paulraj K.; Bumgardner, Eric; Bey, Russell F.; Stine, Douglas; Bumgarner, Roger E.Fecha: 2014-06-12DOI: 10.1128/genomea.00503-14Licencia: cc-byAbstract: Desde el brote del virus de la diarrea epidémica porcina (PEDV) en mayo de 2013, los productores de cerdos estadounidenses han perdido casi cinco millones de cerdos. En un intento de entender la evolución de PEDV en los Estados Unidos y posiblemente desarrollar una estrategia de control, comparamos las secuencias del genoma de una cepa PEDV aislada de un cerdito infectado con su versión adaptada in vitro. La cepa PEDV original fue cultivada en células Vero y pasó 10 veces en serie en una línea celular MARC145. El análisis de la secuencia de la cepa PEDV nativa y el virus in vitro pasaje muestra que la adaptación del cultivo celular modifica específicamente la proteína PEDV pico mientras que el marco de lectura abierto 1a/b (ORF1a/b) codificada poliproteína, la nucleoproteína, NS3B (ORF3) y proteínas de membrana y envoltura permanecen inalteradas. Texto: enfermedad porcina altamente contagiosa. Mientras que los cerdos mayores tienen una probabilidad de supervivencia, entre el 80 y el 100 por ciento de los cerditos infectados por PEDV mueren Una vez que el virus se internaliza, destruye el revestimiento de los intestinos de los lechones, haciéndolos incapaces de digerir y derivar nutrición de la leche y el alimento (1). El virus causa diarrea, vómitos y muerte por deshidratación y hambre (2). PEDV es un miembro de la subfamilia Coronavirinae y pertenece al género Alphacoronavirus. Su tamaño genómico varía de aproximadamente 26 a 32 kb, que es relativamente grande para un virus ARN. Aunque existen vacunas para PEDV en China, Japón y Corea del Sur, no hay vacuna aprobada en los Estados Unidos o Europa (3). Además, PEDV sigue evolucionando dentro de la población porcina de EE.UU. Este informe describe brevemente la comparación de secuencias del genoma de una cepa PEDV aislada de muestras de intestino delgado de un lechon infectado y su versión adaptada in vitro. La cepa original de PEDV fue llamada NPL-PEDV/2013, cultivada en células de Vero, y pasó 10 veces en una línea celular MARC145. La cepa de paso in vitro serial fue llamada NPL-PEDV/2013/P10. El ARN viral total fue extraído por reactivo TRIzol LS y secuenciado por secuenciación de dideoxi Sanger usando una técnica de primer paso. Las secuencias en bruto fueron importadas al ensamblador Geneious (Biomatters, CA), ensambladas, anotadas, y comparadas entre sí usando USA/Colorado/2013 (adhesión de GenBank no. KF272920) como secuencia de referencia. Las secuencias de genoma completo de NPL-PEDV/2013 y NPL-PEDV/2013/P10 contienen 28,038 y 28,025 nucleótidos (nt), respectivamente, El genoma de NPL-PEDV/2013 comparte una identidad del 99% con todos los aislados de EE.UU. secuenciados hasta la fecha y muchos aislados chinos también. Los tres primeros éxitos de BLAST fueron contra aislados de EE.UU., USA/Colora-do/2013 (adhesión de GenBank no. KF272920), IA1 (adhesión de GenBank no. KF468753.1) y un aislado de Iowa, 13-019349 (adhesión de GenBank no. KF267450.1). El aislado de NPL-PEDV/2013 también comparte una identidad del 99% con el aislado de brote chino AH2012 (adhesión de GenBank no. KC210145). Cuando se comparó la cepa NPL-PEDV/2013/P10 con la NPL-PEDV/2013, se encontró que el marco de lectura abierto 1a/b (ORF1a/b) poliproteína, la nucleoproteína, NS3B y proteínas de membrana y envoltura eran 100% idénticos a nivel de aminoácidos. En contraste, el gen de la púa contiene seis polimorfismos de nucleótidos individuales no sinónimos, resultando en sustituciones de aminoácidos (aa) en las siguientes posiciones: 375 (F!L), 486 (T¡P), 856 (D!E), 1081 (A.V), 1099 (A.S), y 1253 (Y.D). El dominio S1 de proteína de púas contiene 2 sustituciones aa, mientras que el dominio S2 contiene 4 sustituciones aa. Se ha demostrado que el PEDV utiliza la aminopeptidasa N porcina (pAPN) como principal receptor de entrada celular (4, 5). Sin embargo, las células Vero y MARC145 carecen de pAPN, lo que indica claramente que otros receptores o vías receptor-independientes pueden ser utilizados para la entrada (6). La proteína de pico en su conformación trimérica interactúa con el receptor celular y contiene numerosos epítopos de unión a anticuerpos neutralizantes (7). El análisis del pico por PeptideCutter (http://web.expasy.org/ péptido_cutter/) muestra que la proteína de pico nativa de NPL-PEDV/2013 tiene 63 sitios de tripsina y 2 sitios de escisión de quimotripsina con una eficiencia del 100%, mientras que NPL-PEDV/2013/P10 ha perdido un sitio de escisión Esto indica que la adaptación del cultivo celular modifica específicamente la proteína del pico del PEDV; sin embargo, se desconocen las implicaciones inmunológicas. Números de adhesión de la secuencia de nucleótidos. Las secuencias del genoma completo de las cepas NPL-PEDV/2013 y NPL-PEDV/2013/P10 se han depositado en DDBJ/EMBL/GenBank bajo los números de adhesión KJ778615 y KJ778616.
question: ¿Cuál es el tamaño del genoma del PEDV?
answers.text: 26 a 32 kb