જો કે, વાનકોમીસીન નેફ્રોટોક્સિક હોઇ શકે છે અને કિડનીને નુકસાન પહોંચાડે છે, ખાસ કરીને જ્યારે એમિનોગ્લીકોસાઇડ્સનું સંચાલન કરવામાં આવે છે, અન્ય પ્રકારની એન્ટીબાયોટીક.