ગુજરાતમાં વર્ષોથી રહેતા યહુદીઓને ધાર્મિક લઘુમતીનો દરજ્જો આપવાનો તેમણે સૈદ્ધાંતિક નિર્ણય લીધો છે. રૂપાણીએ ઇઝરાયલી વડાપ્રધાન બેન્જામિન નેતન્યાહુ સાથેની મુલાકાત દરમિયાન તેમણે આ અંગે નિર્દેશ આપ્યા હતા. ગુજરાત સરકાર યહુદીઓને લઘુમતીનો દરજ્જો આપવા વહેલી તકે જાહેરનામુ બહાર પાડશે. ત્યાર બાદ યહુદી સમાજને લઘુમતી સમાજને મળતા વિવિધ લાભ મળશે.