જો કે, બાદમાં સંભાજીએ એમનાં સેનાપતિને મારીને રાયગઢ કિલ્લમાં પર પોતાનો અધિકાર જમાવી દીધો !!!! અને પોતેજ સિંહાસન પર બેસી ગયો !!!! સંભાજી મહારાજે રાજારામ અને એમની પત્ની જાનકીબાઈ ને આજીવન કારાવાસની સજા કરી અને માં સોયરાબાઈને સાઝીશ કરવાનાં આરોપસર ફાંસી પર લટકાવી દીધી !!!! મહારાજાએ તેમની પત્ની જાનકી બાઇને જેલમાં મોકલી દીધી અને માતા સોયરાબાઈને કાવતરા માટે ફાંસી આપવામાં આવી. આ પછી સંભાજી મહારાજ એક બહાદુર યોદ્ધાની જેમ ઘણાં વર્ષો સુધી મરાઠાઓ માટે લડયા . શિવાજીના મૃત્યુ પછી, મરાઠાઓએ મુગલો સામે ૨૭ વર્ષ સુધી યુદ્ધ ચાલ્યું અને છેવટે મુગલોને હરાવ્યા. આ પછી બ્રિટિશરોએ મરાઠા સામ્રાજ્યનો અંત કર્યો હતો.