2002માં ગુજરાતમાં ગોધરાકાંડ પછી હિંસા ભડકી હતી. જેમાં સેકડો લોકો માર્યા ગયા હતા. વાજપેયી તે દિવસો દરમિયાન કેન્દ્રમાં ગઠબંધન સરકારનું નેતૃત્વ કરી રહ્યા હતા. જ્યારે ગુજરાતની સત્તા મુખ્યમંત્રી નરેન્દ્ર મોદીના હાથમાં હતી. તે સમયે ગુજરાત સરકારે જે રીતે પરિસ્થિતિ સંભાળવાનો પ્રયત્ન કર્યો હતો તેનાથી વાજપેયી ખુશ ન હતા. જોકે તે સમયે મુખ્યમંત્રી નરેન્દ્ર મોદીની ખુરશી પાર્ટી અને આરએસએસ બંનેના સમર્થનથી બચી ગઈ હતી.