તેમની મોતના કેટલાક મહિનાઓ બાદ એવો વિવાદ ચગ્યો હતો કે અરાફાતના પરિવારના સભ્યોએ એ જ વખતે તેમની મોત પર પ્રશ્નો ઉઠાવ્યા હતા અને તેમની હત્યા કરવામાં આવી હોવાનો આરોપ લગાવાયો હતો.