કોલોનોસ્કોપી દરમિયાન ઉત્પન્ન થતી કેટલીક જટિલતાઓમાં છિદ્રો (આંતરડામાં એક છિદ્ર), રક્તસ્રાવ, પોસ્ટપોલીપ્ટોમિ સિન્ડ્રોમ, એનેસ્થેટિકની પ્રતિક્રિયા અને ચેપનો સમાવેશ થાય છે.