જૂનાગઢના પ્રશ્નનો નિકાલ લાવી સરદારે હૈદરાબાદ ઉપર ધ્યાન કેંદ્રિત કર્યું. અહીં પણ ૮૬ ટકા પ્રજા હિન્દુ હતી પણ નિઝામ મુસ્લિમ હતા. નિઝામની ઇચ્છા ભારત અને પાકિસ્તાનની જેમ ત્રીજું સ્વતંત્ર રાજ્ય રચવાની હતી. હૈદરાબાદ પણ ચારે તરફથી ભારતીય પ્રદેશોથી ઘેરાયલું હતું અને એનું કોઈ બંદર પણ ન હતું. સરદારની સંમતિથી નિઝામ સાથે વાટાઘાટ કરવાનું કામ લૉર્ડ માઉંટબેટનને સોંપાયું. સરદાર સંમતા હતા કે માઉંટબેટન વચ્ચે હશે તો આંતરાષ્ટ્રીય દબાણ નિવારી શકાશે. તે સિવાય નિઝામના મુખ્ય સલાહકાર વોલ્ટર મોંક્ટન માઉંટબેટનના મિત્ર હતા.