લોકસભા ચૂંટણીમાં પણ મનોહર લાલ ખટ્ટરે મહત્વપૂર્ણ ભૂમિકા ભજવી હતી, તેમણે અમિત શાહની સાથે સંગઠનના કામમાં ભરપૂર યોગદાન આપ્યું હતું.