તેમની ઇજાઓમાંથી પુનર્પ્રાપ્ત, 22 ડિસેમ્બર, 1838 ના રોજ રિપબ્લિક ઓફ ટેક્સાસના પ્રેસિડેન્ટ મિરાબૌ બી. લામર દ્વારા જ્હોન્સ્ટનને યુદ્ધના સેક્રેટરી તરીકે નિયુક્તિ કરવામાં આવી હતી.