જુન્હેમોટો જિલ્લો ભારત દેશના પૂર્વ ભાગમાં આવેલા નાગાલેંડ રાજ્યનો એક જિલ્લો છે. જુન્હેમોટો જિલ્લાનું મુખ્યાલય જુન્હેમોટો શહેર ખાતે આવેલું છે.