સને ૧૫૯૯થી ૧૬૦૪ સુધી તેણે ખુદ અકબર સામે વિદ્રોહ પોકાર્યો. અકબરના સલાહકાર અબુલ ફઝલને મારી નખાવ્યો, પરંતુ અકબરે છોરું કછોરું થાય પણ માવતર કમાવતર ન થાય તે ન્યાયે જહાંગીરને બંગાળ-બિહારનો સુબો બનાવી યુવરાજ જાહેર કર્યો અને સમાધાની અપનાવી. તે પછી અકબર લાંબું જીવ્યો નહીં. પેટની બીમારીઓના કારણે ૨૫ ઓક્ટોબર ૧૬૦૫ના રોજ મહાન મુઘલ અકબરનું મૃત્યુ થયું અને તે પછી ૩ નવેમ્બર ૧૬૦૫ના રોજ જહાંગીર ચોથા મુઘલ બાદશાહ તરીકે આગ્રાના તખ્ત પર બેઠો.