ઇન્જેફાલિટીસનું માધ્યમિક પ્રજનન લસિકા ગાંઠો, લીવર, રક્ત વાહિનીઓના અન્ડાઓથેલિયમમાં શરૂ થાય છે, બરોળ તે પછી, વાઈરસ કરોડરજજુ (અગ્રવર્તી સર્વાઇકલ શિંગડા) માં આવે છે, મગજના નરમ પટલ, સેરેનીલમના કોશિકાઓ, મોટર કેન્દ્રો અને નર્વસ સિસ્ટમને અસર કરે છે.