બ્રહ્માંડના મોટાભાગના પાસાઓને સમજાવવા માટે સિદ્ધાંતની મહાન સફળતા હોવા છતાં, ત્યાં ત્રણ મુખ્ય સમસ્યાઓ બાકી હતી: