ફેડરરનો જન્મ સ્વિસ નાગરિક રોબર્ટ ફેડરર અને દક્ષિણ આફ્રિકામાં જન્મેલી લિનેટીને ત્યાં બાસેલ નજીક બિનિન્ગેન ખાતે થયો હતો.[૧૬] તે સ્વિસ અને દક્ષિણ આફ્રિકા બંનેનું નાગરિકત્વ ધરાવે છે.[૧૭] તેનો ઉછેર બાસેલ નજીક મ્યુન્કેન્સ્ટેઇન ખાતે થયો છે, આ વિસ્તાર ફ્રેન્ચ-જર્મન સરહદની નજીક છે અને ફેડરર સ્વિસ જર્મન, જર્મન, ફ્રેન્ચ અને અંગ્રેજી સારી રીતે બોલી શકે છે.[૧૬][૧૮][૧૯] તેનો ઉછેર રોમન કેથલિક તરીકે થયો છે અને તે 2006માં રોમમાં ઇન્ટરનેઝનલી બીએનએલ (BNL) ડી’ઇટાલિયા ટુર્નામેન્ટ દરમિયાન તે પોપ બેનેડિક્ટ 16માને મળ્યો હતો.[૨૦] બધા પુરુષ સ્વિસ નાગરિકોની જેમ ફેડરરે સ્વિસ લશ્કરી દળની ફરજિયાત લશ્કરી સેવા આપવી પડી હતી. જોકે, 2003માં તે લાંબા સમયની પીઠની મુશ્કેલીના લીધે અનફિટ જાહેર થયો હતો અને તેના પરિણામે તે તેની “ફરજ” બજાવી શકે તેમ ન હતો.[૨૧]