વર્ષ 2002માં અમિત શાહ પહેલી વાર ગુજરાત સરકારમાં મંત્રી બન્યા અને ઘણા મહત્વના મંત્રાલયોની જવાબદારી સંભાળી પરંતુ આ દરમિયાન તેમણે શોહરાબુદ્દીન નકલી એનકાઉન્ટર કેસમાંથી પસાર થવુ પડ્યુ.