એસોસિએન્ફિલિક એન્ટરઓપથી માટેનું કારણ શું છે તે સ્પષ્ટ નથી, તેમ છતાં કેટલાક સંશોધકો માને છે કે અમુક ખોરાકને અતિસંવેદનશીલતા અથવા અન્ય એલર્જન જવાબદાર છે.