ઇલેક્ટ્રોફોરેસિસમાં, બે મુખ્ય પરિબળો છે કે જે કણો ઝડપથી કેવી રીતે આગળ વધે છે અને કઈ દિશામાં આગળ વધે તે નિયંત્રિત કરે છે.