ઍંકનાગુઆ જ્વાળામુખી નથી પ્રમાણમાં તાજેતરના એન્ડ્રીયન ઓર્જેની અથવા પર્વત નિર્માણના સમયગાળા દરમિયાન નાસ્કા પ્લેટ અને દક્ષિણ અમેરિકન પ્લેટની અથડામણ દ્વારા પર્વતની રચના કરવામાં આવી હતી.