રોગપ્રતિકારક તંત્રને તેની સંપૂર્ણતામાં દબાવીને, મેથોટર્ૅકસેટ લીવર ઝેરીથી અસ્થિ મજ્જા દમન સુધીના આડઅસર કરી શકે છે.