જલીય જીવસૃષ્ટિમાં એસિડ વરસાદ માછલી, જંતુઓ અને અન્ય જળચર પ્રાણીઓને નુકસાન પહોંચાડી શકે છે. પી. एच. સ્તરમાં ઘણાં પુખ્ત માછલીઓનો નાશ થઈ શકે છે, અને મોટાભાગની માછલીના ઈંડાં જ્યારે પીએચ સામાન્ય કરતા નીચે ઉતારશે ત્યારે તેમાંથી ઉતરશે નહીં.