પ્રકાર II પ્રતિબંધ ઉત્સેચકો માન્યતા ક્રમના કેન્દ્રમાં બંને સ્ટ્રાન્ડને કાપીને અથવા માન્યતા ક્રમના એક અંતની નજીક દરેક સ્ટ્રાન્ડને કાપે છે કે નહીં તેના આધારે બે વિવિધ પ્રકારનાં કટ્સ પેદા કરી શકે છે.