એચઆઇવી વાયરસની સૌથી મોટી અસર એ છે કે તેના ટી હેલ્પર સેલ નિષ્ફળ છે અને સેલનો નાશ કરે છે. સેલ સરળ રીતે મરી ગયા હોય છે અથવા ઓછા કાર્યને કારણે અસંતુલીત હોય છે (તે વિદેશી એન્ટિજેન્સ (antigens)ને પ્રતિભાવ આપતા નથી.)ચેપી બી સેલ્સ પૂરતા એન્ટિબોડી ઉત્પન્ન કરતા નથી. આમ પ્રતિકાર વ્યવસ્થા તૂટી પડે છે જે જાણીતા એઇડ્ઝ કોમ્પ્લીકેશન જેમ કે ચેપ અને નિયોપ્લાઝ્મા (વાઇડ સુપ્રા)