પરંતુ મોદીએ ગુજરાતનું સુકાન સંભાળ્યું તેના થોડા મહિનાઓમાં રાજ્યમાં મુસ્લિમ વિરોધી રમખાણો ફાટી નીકળ્યા જેમાં ૧૦૦૦ કરતાં પણ વધારે મુસ્લિમોની હત્યા કરી દેવામાં આવી જ્યારે સમગ્ર દેશ આ હત્યાઓ વિશે ચૂપ હતો ત્યારે કેટલાક લોકોએ પ્રશ્ન કર્યો કે રાજ્યના મુખ્યમંત્રીએ રમખાણોને કાબૂમાં લેવા કોઈ પગલાં કેમ ન લીધા અને સમગ્ર રાજ્યમાં મુસ્લિમોની હત્યા થવા દીધી.