સીબીઆઈએ દાવો કર્યો હતો કે જે.ડે. અંડરવર્લ્ડની દુનિયા પર એક પુસ્તક લખી રહ્યા હતા, જેમાં રાજનને ચિલ્લર જેવો બતાવવાની અને દાઉદ ઇબ્રાહિમને મુંબઈના અસલી ડોન તરીકે રજૂ કરવાની ચર્ચા હતી. આ વાતથી છોટા રાજનને માઠું લાગ્યું હતું. જે.ડે. હત્યાકાંડમાં છોટા રાજનનું નામ આવ્યું તે પછી તેના ઉપર ઘણી ન્યૂઝ ચેનલોને ફોન કરીને ધમકાવવાનો પણ આરોપ લાગ્યો હતો. પહેલાં રાજન કહેતો હતો કે તેણે જે.ડે.ને માત્ર ધમકાવ્યો હતો, તેની હત્યા નથી કરી. જોકે બાદમાં તેણે ગુનો કબૂલી લીધો હતો. ૧૧ જૂન, ૨૦૧૧ના રોજ ૫૬ વર્ષીય પત્રકાર જે.ડે.ની પોવઈના હીરાનંદાની ગાર્ડનની બાજુમાં ગોળી મારીને હત્યા કરાવી નાખી હતી.