તે જ સમયે, જ્યારે કોલોનોસ્કોપીના લાભો વિશાળ હોઈ શકે છે, ત્યારે પ્રક્રિયા પોતે તેની મર્યાદાઓ અથવા ક્ષમતાઓ વગર નથી.