ભારતની સુરક્ષા એજંસીઓનું કહેવુ છે કે પાકિસ્તાનની ખુફિયા એજંસી આઇએસઆઇ સાથે પણ હરમિન્દર સિંહ જોડાયેલો છે. આઇએસઆઇ પાસે હરમિન્દર ટ્રેનિંગ લઇ ચૂક્યો છે અને આતંકી ગતિવિધિઓને અંજામ આપવા માટે તેણે ફંડની પણ મદદ લીધી. તે ઘણી વાર પાકિસ્તાન ગયો છે. આઇએસઆઇના પૈસા પર જ હરમિન્દર 2010 અને 2013 માં યુરોપ ગયો. ત્યાં ઇટલી, બેલ્જિયમ, જર્મની, ફ્રાંસ અને બીજા દેશોમાં તેણે એવા લોકોનો સંપર્ક કર્યો જે ભારતમાં આતંકી ગતિવિધિઓ માટે સહયોગ આપી શકે. 2013 માં તે પહેલા પાકિસ્તાન ગયો હતો અને ત્યારબાદ યુરોપ ગયો.