જમ્મુ-કાશ્મીરમાં સૈન્યને વિશેષાધિકાર આપતાં એફસ્પાના કાયદા બાબતે પણ મહેબૂબા મુફતીનું વલણ વધુ મુખર અને બોલ્ડ રહ્યું છે. મુખ્યપ્રધાન બન્યા પછી તેમણે આ મુદ્દાને બહુ મહત્ત્વ ન આપતાં ગઠબંધન સરકારના સુચારુ સંચાલન પર ધ્યાન કેન્દ્રિત કરવું જોઈએ. જો તેઓ આ કાયદા અંગેના પોતાના ઉગ્ર વલણને વળગી રહીને ફરી તેને અગ્રતા આપશે તો ભાજપની કેન્દ્ર સરકાર માટે પણ મુશ્કેલી સર્જાશે. મહેબુબાએ રાજ્યમાં કટ્ટરતાવાદીઓ અને ખાસ કરીને હુરિયતના નેતાઓને કાબૂમાં રાખવા પડશે.