કેટલીક એમએએસ ફાઇલોને ખોલવા માટે મેગાનો ઉપયોગ કરવામાં આવે છે, તો તે અસંભવિત છે કે તે સંરેખણ સિક્વન્સ ફાઇલોને કન્વર્ટ કરી શકે છે - તે મર્યાદિત હેતુ ધરાવે છે અને તેથી સંભવત: કોઈપણ અન્ય ફોર્મેટમાં અસ્તિત્વમાં નથી.