લગભગ દોઢ દાયકા સુધી એલ ચાપો સંતાતો ફરતો રહ્યો અને તેની પાછળ અમેરિકન-મેક્સિકન ખુફિયા સૈનિકો ફરતા રહ્યા. કહે છે કે તેણે પોતાની સુરક્ષા માટે સર્ફેસ ટુ ઍર મિસાઇલો પણ તહેનાત રાખ્યાં હતાં. આખરે ૨૦૧૪ની બાવીસ ફેબ્રુઆરીએ અમેરિકન-મેક્સિકન જૉઇન્ટ ઑપરેશનમાં એલ ચાપોને સિએરા માદ્રે પર્વતમાળામાં બનાવાયેલા એક મકાનના ચોથા માળેથી પકડી પાડ્યો. એ વખતે તે પોતાની લેટેસ્ટ વાઇફ ૨૬ વર્ષની અમેરિકન બ્યુટીક્વિન એમા કોરોનેલ સાથે પથારીમાં હતો. એ પછી ચાપોને મેક્સિકોની સૌથી સુરક્ષિત જેલમાં ધકેલી દેવાયો. અહીં તેને બારી વિનાની કોટડીમાં રખાયો, જ્યાં CCTV કૅમેરા ઉપરાંત ચોવીસે કલાક ગાડ્ર્સ પહેરો રાખતા હતા. ચાપો સાથે કોઈને વાત કરવાની પણ છૂટ નહોતી.