બુટ સેક્ટરની મરામત એન્ટીવાયરસ સૉફ્ટવેરના ઉપયોગ દ્વારા શ્રેષ્ઠ રીતે પૂર્ણ થાય છે કારણ કે કેટલાક બૂટ સેક્ટર વાઇરસ MBR ને એન્ક્રિપ્ટ કરે છે, અયોગ્ય દૂર કરવાથી ડ્રાઈવમાં પરિણમે છે જે દુર્ગમ છે.