૧૯૯૮માં જયલલિતાની કૃપાથી સ્વામી મદુરાઈ બેઠક પરથી જીતી ગયા હતા. તે વખતે પણ સ્વામીને હતું કે જનતા સરકાર વખતે ન મેળ પડ્યો તો કંઈ નહીં, આ વખતે તો મેળ પડશે. જયલલિતા પણ તેમના ક્વોટામાંથી સ્વામીને નાણાપ્રધાન બનાવવા માગતા હતા, પણ વાજપેયી સ્વામીની દુશ્મની ભૂલી શકે તેમ નહોતા. સામાન્ય રીતે અજાતશત્રુ કહેવાતા વાજપેયીએ સ્વામીને મંત્રી ન બનાવ્યા. એમાં સ્વામીની વાજપેયી પ્રત્યેની કડવાશ વધી ગઈ. વાજપેયી સ્વામીને જનતા સરકાર વખતથી અલગ રાખતા હોય તેમાં કદાચ એક કારણ એ પણ હોઈ શકે કે તેઓ પક્ષની અંદર પોતાના હરીફ ઊભા થવા દેવા માગતા ન હોય. પરિણામ એ આવ્યું કે તે વખતે સ્વામીએ સોનિયા ગાંધી અને જયલલિતા વચ્ચે ટી પાર્ટી રખાવીને સરકાર ઉથલાવી દીધી, પણ કારગિલ યુદ્ધ થયું અને ૧૯૯૯માં ફરીથી વાજપેયી વડા પ્રધાન બન્યા. સ્વામીની ઈચ્છા પૂરી ન થઈ.વી. પી. સિંહ બોફોર્સ કૌભાંડ સામે ઝુંબેશ ચલાવીને વડા પ્રધાન બન્યા હતા, પણ સ્વામીએ પુરાવા સાથે તેમનું નામ પણ તેમાં જોડી દીધું હતું!