જેએનયુ ઘટનાની તપાસ વિશે તેમણે કહ્યું કે, સંબંધિત અધિકારીઓને જરૃરી આદેશો આપી દેવાયા છે. મેં એક વાત સ્પષ્ટ કરી દીધી છે કે જે દોષી જણાય તેના પર કાર્યવાહી થવી જોઈએ. પરંતુ જે દોષી નથી તેને કોઈપણ રીતે પરેસાન કરવા જોઈએ નહીં. જેએનયુના વિદ્યાર્થીસંઘના અધ્યક્ષ કનૈયાકુમારની ધરપકડ અને તેને ફસાવાયો હોવાના આરોપો વિશે રાજનાથે જણાવ્યું, ‘આપણે કોઈપણ અવરોધ વિના તપાસ ચાલવા દેવી જોઈએ. પોલીસે કોઈક પૂરાવાના આધારે જ કાર્યવાહી કરી હશે.’