કેટલાક વૈકલ્પિક વૈદ્યકીય પ્રેક્ટિશનરોના જણાવ્યા મુજબ, ખાદ્ય અસહિષ્ણુતા બગડતી બાવલ સિન્ડ્રોમમાં ભૂમિકા ભજવી શકે છે, કદાચ ગટમાં રોગપ્રતિકારક પ્રતિક્રિયાઓ સર્જાય છે અને નીચા ગ્રેડની બળતરા અને આંતરડાની બેક્ટેરિયાના અસંતુલનને કારણે.