અંકુર સ્કૂલને ગુજરાત બોર્ડની માન્યતા હોવાથી આ સ્કૂલ દ્વારા માત્ર ગુજરાત બોર્ડનો જ અભ્યાસક્રમ ચલાવવાની પરવાનગી હોય છે, પરંતુ આ સ્કૂલ દ્વારા સીબીએસઈનો અભ્યાસક્રમ ભણાવી વિદ્યાર્થીઓને અંધારામાં રખાતા હોવાના આક્ષેપો થયા છે.