વધુમાં, સ્વતંત્ર એક્ઝિક્યુટિવ એજન્સીઓનું સંગઠનનું માળખું તેમને પોતાના નિયમો અને કામગીરીના ધોરણો, વિરોધાભાસો સાથે વ્યવહાર કરવા, અને શિસ્ત કર્મચારીઓ કે જેઓ એજન્સી નિયમોનું ઉલ્લંઘન કરે છે તે બનાવવા માટે પરવાનગી આપે છે.