પ્રજ્ઞાબહેનનું પ્રાથમિક શાળાનું શિક્ષણ મુંબઈની જાણીતી અમુલખ અમીચંદ ભીમજી વિવિધલક્ષી વિદ્યાલયમાં થયેલું. અહીં ભણતર ઉપરાંત બાળકોની પ્રતિભા નિખારવા, વિવિધ વિષયો શીખવવામાં આવતા, અને છઠા ધોરણથી વિવિધ લાઈન પસંદ કરવા મળતી. આ શાળામાંથી પ્રજ્ઞાબહેને ૧૯૭૫ માં SSC પરીક્ષા પાસ કરી. પ્રજ્ઞાબહેન મુંબઈની SIESકોલેજમાંથી ફિલોસોફી અને સાઈકોલોજી વિષય સાથે ગ્રેજ્યુએટ થયા.