જે ક્ષત્રમાં રસીકરણની ટકાવારી ઓછી હતી, એવા ૨૦૧ જિલ્લાઓમાં ઇન્દ્રધનુષ અભિયાનનો પહેલો તબક્કો અમલમાં મૂકેલો. એ પછીથી બીજા ૨૯૭ જિલ્લાઓમાં વર્ષ ૨૦૧૫માં બીજો તબક્કો અને વર્ષ ૨૦૧૬માં બાકી રહી ગયેલા બીજા ૨૧૬ જિલ્લાઓમાં ત્રીજો તબક્કો ચાલેલો.