કેટલાક કારણોસર, મેડ્રિડ કોડેક્સ યુરોપ પહોંચ્યા પછી તે બે ભાગોમાં વિભાજીત થઈ ગયા હતા, અને થોડા સમય માટે તેને બે અલગ અલગ કોડ્સ ગણવામાં આવ્યા હતા: તે 1888 માં ફરી એકસાથે મૂકવામાં આવ્યું હતું.