ઝાકિર નાઇકની દેશ વાપસી સાથે હવે પ્રશ્ન એ થયો છે કે શું તેની ધરપકડ કરવામાં આવશે? કહેવામાં આવી રહ્યું છે કે મુંબઇ પોલીસ અને તપાસ એજન્સી નાઇકની વિદેશી ફંડિંગ અને વિવાદીત ભાષણોની તપાસ કરી કહી છે. આ ઉપરાંત તેની વિરુદ્ધ ધાર્મિક ભાવનાઓ ભડકાવવાનો પણ કેસ દાખલ કરવામાં આવ્યો છે. તેની ઉપર આરોપ છે કે ઝાકિર નાઇકથી પ્રેરાઇને દુનિયાભરના યુવાનો ગેરમાર્ગે દોરાઇને આતંકવાદના રસ્તા પર ચાલવા લાગ્યા છે.