ગોટાબાયાએ પોતાના મોટાભાઇ મહિન્દા રાજપક્ષેના પ્રમુખ તરીકેના શાસનકાળ દરમ્યાન વર્ષ ર૦૦પથી ર૦૧૪ સુધી રક્ષા સચિવની જવાબદારી નિભાવી હતી.