તેણે હિંદુમાંથી મુસ્લિમ બની ગયેલા લોકોને ફરી પોતાના ધર્મમાં જવાની છુટ આપી હતી. તેની એકપણ રાજપૂત રાણીનો ધર્મ બદલવામાં આવ્યો નહતો અને તેમના માટે મંદિરોની વ્યવસ્થા મહેલમાં જ કરવામાં આવી હતી. તે તેની હિંદુ રાણીઓ સાથે યજ્ઞમાં પણ ભાગ લેતો. તેણે સાચા અર્થમાં એક ધર્મનિરપેક્ષ શાસન ચલાવ્યું. જેના કારણે તેના આધીન રાજપૂત રાજાઓની વફાદારી તેની સાથે ટકી રહી. પણ પ્રતાપનો આદર્શ અકબરના શાસનમાં એક મહત્વપૂર્ણ ખૂટતી કડીરૃપ હતો. એક ધર્મનિરપેક્ષ શાસન ક્યારેય કોઇ એક ધર્મની સત્તા કે ઝંડા હેઠળ શક્ય નથી. અકબરે તેની રાણીઓના ધર્મ પરિવર્તન ન કરાવ્યા. પણ તે રાણીઓથી અકબરના જે સંતાનો થયા તે બધા મુસ્લિમધર્મી હતા અને તેમનામાં જ આગળ જતાં ઔરંગઝેબ જેવો ધર્મઝનૂની રાજા થયો જેણે અકબરની નીતિઓને ઉથલાવી આખા ભારતને મુસ્લિમધર્મી કરી દેવાની કોશિષ કરી. આમ, રાણા પ્રતાપ જાણતા હતા કે અકબરની આધીનતા એ ખાલી આજની રાજકીય પરાધીનતા નથી. તે તેમની આવનારી પેઢીઓની સાંસ્કૃતિક અને ધાર્મિક પરાધીનતા પણ છે.