કલમ ૪૯માં એવી સ્પષ્ટ જોગવાઈ દાખલ કરવામાં આવેલ કે સ્ટેટની ટેક્સ ક્રેડિટ IGST ચૂકવવા માટે ત્યારે જ વાપરી શકાશે જ્યારે IGST ચૂકવવા CGSTની ક્રેડિટ જમા ન હોય.