પાણીપતનાં યુદ્ધ વખતે અકબર કિશોર અવસ્થામાં હતો. તેના વતી મોટાભાગના નિર્ણયો વાલી તરીકે બૈરામ ખાન અને હરમની મહિલાઓ લેતી હતી, પણ તે સહુમાં અકબર જેને ખાનબાબા કહી સંબોધતો હતો તે બૈરામ ખાનનો પ્રભાવ અકબર અને મુઘલ વહીવટીતંત્ર પર પુષ્કળ હતો. બૈરામ ખાન શિયા મુસ્લિમ હતો. તેનો મજબુત શકંજો કિશોર અકબર પર હતો, પણ અકબર હવે યુવાન થતો જતો હતો. પોતે મુઘલ બાદશાહ છે તેવી અનુભૂતિ થવાની શરૂઆત થઈ. ખાન એટલી હદે અકબર અને શાહી પરિવાર પર નજર રાખતો હતો કે અકબર અને શાહી કુટુંબના ખર્ચની ગોઠવણ પણ બૈરામ જ કરતો હતો. વિશેષમાં તે શાહી પરિવારના સભ્યો વચ્ચે રાગદ્વેષ પણ ભરતો રહેતો હતો. આ બધું હવે યુવા અકબરની નજર બહાર ન હતું. તેણે ધીરેથી પોતાના ખાનબાબાને મક્કાની યાત્રા કરવા જણાવ્યું. તે જમાનામાં મક્કાની યાત્રા એટલે રાજકીય સંન્યાસ કે નિર્વાસન જેવી સ્થિતિ હતી. ૧૫૬૦માં બૈરામ ખાને અકબર સામે બગાવત કરી હોવાનું પણ કહેવાય છે. આખરે બાદશાહ સલામતની છુપી આજ્ઞાને અનુસરી બૈરામ મક્કા જવા નીકળી પડ્યા. તે સમયે મક્કા જવા માટે ગુજરાતથી એક રસ્તો હતો. રાજસ્થાન થઈ તે ગુજરાતમાં પ્રવેશ્યો. અકબરના વાલી તરીકે બૈરામ ખાને અનેક શત્રુઓ પેદા કર્યા હતા. આ બાબતમાં તે સ્વાશ્રયી હતો. તેમાંના એક અફઘાન સેનાપતિ મુબારક ખાને બૈરામને ગુજરાતના પાટણ કે ધોરાજી પાસે આંતર્યો અને ૩૧ જાન્યુઆરી ૧૫૬૧ના રોજ બૈરામ ખાનની હત્યા કરી નાખી. બૈરામના અવસાન પછી અકબર ખૂબ દુઃખી થયો. પોતાની કિશોરાવસ્થામાં બૈરામ ખાનની મદદને તે ભૂલ્યો ન હતો. તેનો બદલો ચૂકવવા બૈરામની વિધવા સલીમા બેગમ સાથે પોતે લગ્ન કર્યાં અને તેના પુત્ર અબ્દુલ રહીમને વહીવટી તંત્રમાં ઘણો ઊંચો હોદ્દો આપ્યો. જે પાછળથી અબ્દુલ રહીમ ખાનખાના તરીકે અકબરનાં નવ રત્નોમાં પણ બિરાજ્યો હતો.