હંટીંગ્ટનની રોગ દ્વારા અસરગ્રસ્ત મગજના ચોક્કસ પ્રદેશ મૂળભૂત ગેન્ગ્લિઆ છે, જે મગજમાં ઊંડા પ્રદેશ છે જે પાર્કિન્સન રોગ માટે પણ જવાબદાર છે.