પરંતુ સંખ્યાબળ ન હોવાના કારણે તેમની સરકાર માત્ર 13 દિવસમાં જ પડી ગઈ હતી. તે પછી ફરી એક વાર તેમની સરકાર બની પરંતુ સંખ્યાબળ ન હોવાનાકારણે 13 મહિના પછી 1999ની શરૂઆતમાં તેમના નેતૃત્વવાળી સરકાર પડી ગઈ હતી. અન્નાદ્રમુકના પ્રમુખ જયલલિતા દ્વારા કેન્દ્રમાં ભાજપની આગેવાની વાળી સરકારથી સમર્થન પાછું ખેંચી લેવાના કારણે અટલજીની સરકાર ધરાશાયી થઈ ગઈહતી. પરંતુ 1999ની ચૂંટણીમાં ફરી તેમણે સ્થીર સરકાર બનાવી અને આ વખતે પાંચ વર્ષ સુધી શાસન કર્યું હતું. 11 અને 13 મેના રોજ પોખરણમાં પાંચ ભૂમિગત પરમાણુ વિસ્ફોટ કરીને અટલ બિહારી વાજપાયીએ સૌને આંચકો આપ્યો હતો.