એમએસ યુનિર્વિસટીમાં દર વર્ષે વિવિધ ર્કોિસસમાં પ્રવેશ લેતા વિદ્યાર્થીઓને અન્ય કોર્સમાં પ્રવેશ મેળવતાં ભરેલી ફી પરત મેળવતા સમયે વિવાદો થતાં હોય છે.