એપ્રિલ 1861 માં સિવિલ વોરની શરૂઆત અને તેના મૂળ વર્જિનિયાના અલગતા સાથે, જોહન્સ્ટન યુએસ આર્મીમાંથી રાજીનામું આપ્યું હતું.