ખાલીસ્તાન માટેની ચળવળ શરુ થઈ ત્યારથી ભારત સરકાર એમાં પાકિસ્તાનનો હાથ છે તેવું કહેતું આવ્યું છે. શીખ અલગાવવાદીઓને પાકિસ્તાનનું પીઠબળ છે તેવો આક્ષેપ કાયમ ભારત કરતું. પાકિસ્તાનમાં શીખોના ઘણા બધા ધાર્મિક સ્થળો, ગુરુદ્વારા અને સમાધિઓ છે. દર વર્ષે ભારતમાંથી સેંકડો શીખો તેની મુલાકાત લેતા જ હોય છે તે સ્વાભાવિક છે પણ ખાલીસ્તાન મુવમેન્ટ શરુ કરનારા ધિલ્લોન, ગજેન્દરસિંઘ અને જગજીતસિંઘ એવા ધાર્મિક સ્થળોની મુલાકાતના બહાને પાકિસ્તાનના નેતાઓને પણ મળતા હતા. ૧૯૭૭ના માર્શલ લો પછી જનરલ ઝીલા ઉલ હક, શીખ યાત્રાળુઓની બહુ સારી પરોણાગત કરતા હતા. આ શીખ યાત્રાળુઓ સાથે પ્રમુખના નિવાસ સ્થાને મીટીંગો કરતા અને વળાવતી વખતે એમના હાથમાં થોડી પત્રિકાઓ પકડાવતા. એમનો આ વહેવાર ભારત સરકારને ગમતો નહોતો. ઓપરેશન બ્લ્યુ સ્ટાર પછી ધિલ્લોનને ભારતમાં પ્રવેશબંધી હતી. તે અમેરિકન નાગરિક બની ગયો હતો અને અવારનવાર પાકિસ્તાનની મુલાકાત લેતો અને તેના પાકિસ્તાન નિવાસ દરમ્યાન ત્યાના નેતાઓની પરોણાગત માણ્યા કરતો તેને ભારત વિરોધી કૃત્ય ગણવામાં આવતું હતું. ખાલીસ્તાન ચળવળ પુરજોશમાં ચાલતી હતી ત્યારે ભારત સરકારનો દાવો હતો કે શીખ ઉગ્રવાદીઓને પાકિસ્તાન ટ્રેનીગ સાથે હથિયારો પણ પુરા પાડે છે, આર્થીક સહાય પણ કરે છે.