આ વધુ તીવ્ર ગૂંચવણોથી વિપરીત, મેથોટ્રેક્સેટ પણ લ્યુકોએન્સેફાલોપથીનું કારણ બને છે, જેનો અર્થ મગજના મજ્જિત પ્રદેશોમાં થયેલા ફેરફારોને કારણે મગજનો વિકાર છે, જે દવાઓ બંધ થયાના વર્ષો પછી પણ થઇ શકે છે.