વૈધ્યનાથ જયોર્તિલિંગની માફક આ નાગનાથ જયોર્તિલિંગ વિશે એવો વિવાદ છે કે ઉત્તર પ્રદેશમાં અલ્મોડાથી ૨૫ કિ.મી. દૂર ઈશાનમાં આવેલુ જોગેશ્વર શિવલિંગ અસલી નાગનાથ છે. પરંતુ એના પુરાવા મળતા નથી.