એવું માનવામાં આવે છે કે ગુજરાતના ગોધરા કાંડ બાદ જેટલી એ અમુક નેતાઓમાં સામેલ છે જેમણે પાર્ટીની અંદર તત્કાલિન મુખ્યમંત્રી નરેન્દ્ર મોદીનો બચાવ કર્યો હતો.