આંતરડાની માઇક્રોફલોરા  ખાસ મેટાબોલિક સિસ્ટમ છે, કે જે જઠરાંત્રિય માર્ગના માં મેટાબોલિક પ્રક્રિયાઓ સાથે સંકળાયેલા છે કહેવામાં આવે છે.