વાજપેયીએ પક્ષ અને સંગઠન કરતાં દેશ અને રાષ્ટ્રહિતને પ્રથમ સ્થાન આપવાના સંઘ-સંસ્કારને રાજકારણમાં પણ અમલમાં મૂકી બતાવ્યું હતું. ઘટના છે મોરારજી દેસાઈની સરકારના પતન સમયની. દેસાઈની જનતા સરકારના આખરી શ્વાસ ગણાતા હતા. એ સરકારને બચાવવા માટે એ સમયે વિદેશપ્રધાન રહેલા વાજપેયીએ એક સાહસિક નિર્ણય લીધો હતો. એ વિશે આજ સુધી કોઈ જાણતું નથી. વાજપેયીએ મોરારજી દેસાઈ સાથે ચર્ચા કર્યા બાદ પૂર્વ કેન્દ્રીય પ્રધાન અને કોંગ્રેસના વરિષ્ઠ નેતા યશવંતરાવ ચવાણના નિવાસ પર જઈને તેમને અનુરોધ કર્યો કે જો તેમને જનસંઘના લોકો સામે વાંધો હોય તો જનસંઘના પ્રધાનો મોરારજી સરકારમાંથી રાજીનામા આપીને સરકારને બહારથી ટેકો આપશે, પરંતુ તમે (ચવાણ) સરકારમાં સામેલ થઈ જાવ તો સરકાર બચી જાય. ચવાણે વાજપેયીની આ વાત પણ સ્વીકારી નહીં અને જનતા સરકાર પદભ્રષ્ટ થઈ હતી. આ ઘટના સ્વયં વાજપેયીએ પત્રકાર એન.બી. લેલેને જણાવી હતી અને કહ્યું હતું કે દેશનું દુર્ભાગ્ય કે ચવાણ માન્યા નહીં.