પોનાનીનો ઇતિહાસ સદીઓ જૂનો છે. પોનાનીની જૂમા મસ્જિદનો ઉલ્લેખ ઔપનિવેશક ઇતિહાસકાર વિલિમય લોગાનના માલાબાર મેનુઅલમાં મળે છે. આ ગામ ક્યારેયક માલાબાની બીજી રાજધાની હતું તથા સમૂથિરિ શાસકોના શક્તિ સ્થળના રૂપમાં કાર્યરત હતું. ભારતીય સ્વતંત્રતાના ઇતિહાસમાં પણ તેનું ઉલ્લેખનીય સ્થાન છે, કારણ કે આ નાનું ગામ અનેક સ્વતંત્રતા સેનાનીની ભૂમિ રહ્યું છે.