નિત્યાનંદ આશ્રમ અને ડીપીએસની સાંઠગાંઠનો વિવાદ પણ આ દરમ્યાન સામે આવતાં પોલીસ ફરિયાદ તેમજ જમીન વિવાદના પ્રકરણને ધ્યાનમાં લઇને સીબીએસઈ દ્વારા ગુજરાત સરકારના શિક્ષણ વિભાગને એનઓસીની તપાસ મુદ્દે જાણ કરવામાં આવી હતી.