શંકરાચાર્ય જયેન્દ્ર સરસ્વતી પરંપરાવાદી ઓછા અને સુધારાવાદી વધુ હતા. તેમણે ઘણીવાર રૃઢિવાદની મર્યાદાઓ ઓળંગીને મઠની પહોંચ અને પ્રભાવ વિસ્તાર્યા છે. આ શંકરાચાર્ય વિવાદાસ્પદ રહ્યા તેમાં પણ તેમની તાલીમ અને મઠની આભાથી વિપરીત આ જોખમી ક્ષેત્રોમાં પ્રવેશ જ કારણભૂત હતો. તેમની સાથે જોડાયેલા વિવાદમાં ગુરુ-શિષ્યની તકરાર પણ સમાયેલી છે. ગુરુ મહાસ્વામીના પ્રયત્નોને કારણે કાંચી મઠ દિવ્યતામાં ચારેય મઠમાં સૌથી આદરણીય બન્યો હતો. તેમની નમ્રતા અને સરળતા, તેમની સૌમ્યતા અને મૌને લાખોને તેમના તરફ આકર્ષ્યા હતા. મહાવિદ્વાનો, મોટા રાજનેતાઓ, મોટા શ્રેષ્ઠીઓ તેમનાં દર્શન અને તેમની વાણીમાં તરબોળ થવા તરસતા હતા. આપખુદો તેમનાં દર્શન માત્રથી શાંત બની જતા હતા. મહાસ્વામીની હાજરીમાં મઠ સિદ્ધિના શિખરે પહોંચ્યો હતો. તેમના સીધા વારસ જયેન્દ્ર સરસ્વતી તેમનાથી સાવ સામે છેડે હતા.