ભાજપે પ્રણવ મુખરજી દ્વારા રજૂ કરાયેલા જીએસટીના મૂળભૂત માળખાનો પણ વિરોધ કર્યો હતો. આ ઉપરાંત ભાજપ શાસિત રાજ્ય સરકારોએ તેનો વિરોધ કરતા ફેબ્રઆરી ર૦૧૦માં નાણા મંત્રાલયે તેને મિશન મોડમાં લાવવાનો પ્રયાસ કર્યો પરંતુ રાજ્ય સરકારોના વિરોધના કારણે જીએસટી પોતાની ડેડલાઈન ૧ એપ્રિલ પર લાગુ ન થઈ શક્યો.