ગુરુની આજ્ઞા શીરોચાર્ય કરીને મહર્ષિ સ્વામી દયાનંદે પોતાનું શેષ જીવન આજ કાર્યમાં લગાવી દીધું. હરિદ્વારમાં જઈને એમણે ” પાખંડખંડિણી પતાકા” ફહેરાવી અને મુર્તીપુજાનો વિરોધ કર્યો. એમનુ કહેવું હતું કે જો ગંગા નહાવાથી, માથે મુંડન કરાવવાથી અને શરીરે ભભૂત ચોળવાથી જ જો સ્વર્ગ મળતું હોય તો માછલી, ભેંસ અને ગધેડો સ્વર્ગના પહેલા અધિકારી બને !!! બુજુર્ગોનું અપમાન કરીને મૃત્યુ પછી એમનું શ્રાધ્ધ કરવાને તેઓ નર્યો ઢોંગ જ માને છે. છૂતનું એમણે જોરદાર કહંદન કર્યું. બીજા ધર્મવાળા માટે એમણે હિંદુ ધર્મનાં દ્વાર ખોલી આપ્યાં. મહિલાઓની સ્થિતિમાં સુધાર કરવાનો પ્રયત્ન કર્યો. મિથ્યાડંબર અને અસમાનતાના સમર્થકોને શાસ્ત્રાર્થમાં પરાજિત કર્યા. પોતાનાંમતના પ્રસાર માટે સ્વામીજી ૧૮૬૩ થી ૧૮૭૫ સુધી દેશનું ભ્રમણ કરતાં રહ્યાં