આ સંપ્રદાય વિશે એવી પણ આલોચના કરવામાં આવે છે કે તેમા સ્ત્રીઓ વિશે અન્યાયપૂર્ણ વર્તન અને વ્યવહાર થાય છે અને સ્ત્રીઓને સમાન હક્કથી વંચિત રાખવામાં આવે છે.[૧૬] આવા આળનો બચાવ કરવા ઘણા અનુયાયીઓ કહે છે કે સ્ત્રીઓને સમાન હક્ક આપવાથી વ્યવસ્થા ડગમગે અને નેતા સ્થાપી ન શકાય[૧૭]. આમ છતાં, ઘણા અનુયાયીઓ માને છે કે આ સંપ્રદાયમાં સ્ત્રીઓ ને એક ખાસ દરજ્જો આપવામાં આવે છે. સ્વયં સ્વામિનારાયણે પછાત જાતિના ઉદ્ધાર માટે પ્રયત્નો કર્યા હતા અને ભણતર પર બધાનો હક્ક હોવાની નીતિ અપનાવી હતી.[૧૮] વિધવાઓ માટે તેમણે કહ્યું હતું કે, જેઓ પવિત્રતા અને સંયમ ન જાળવી શકે તેઓ પુન:લગ્ન કરે પણે જેઓ સંયમમાં રહેવા માંગતા હોય, તેમને માટે પુરુષોના અધિકાર અને સામ્રાજ્યને વશ થઈ રહેવાનો આદેશ આપ્યો. આ વિરોધાભાસી વિધાન જણાય છતાં તેનાથી તેમને તે વખતના સમાજમાં આદર મળ્યો.[૧૯] વળી, તેમણે પુરુષ અનુયાયીઓને આજ્ઞા કરી છે કે સ્ત્રીઓ પાસેથી ધર્મ ઉપદેશ ગ્રહણ કરવો નહીં. સ્વામિનારાયણે વિધવાઓને ઘરનાં પુરુષોના આધિપત્યમાં રહેવાનું અને અન્ય કોઇ પુરુષ પાસેથી કોઇ પણ ક્ષેત્રનું જ્ઞાન મેળવવાની મનાઈ કરી હતી.[૨૦]