ગ્રીનહાઉસમાં કેવા પ્રકારના ખાતરનો ઉપયોગ કરવો, બજારમાં ખાતર ઉપલબ્ધ છે તે જાણીને અને ખાતરનો કેવી રીતે ને કયારે વપરાશ કરવો તે મહત્વપૂર્ણ બની ગયું છે. પોષક તત્વો પ્રણાલિકાગત અને દ્રાવ્ય ખાતરો દ્વારા આપવાથી તેની કાર્યક્ષમતામાં ખૂબ જ તફાવત જોવા મળે છે.