સૌથી ચટાકેદાર થિયરી એ હતી કે લિન્ડન જ્હોનસન અને સીઆઈએ દ્વારા હત્યા થઈ હતી, કેમ કે બંનેને કેનેડીને હટાવવામાં રસ હતો. અમેરિકામાં પ્રમુખ કરતાં પણ સીઆઈએ પાવરફુલ હોય તેવી થિયરી આજેય ચાલે છે. પાકિસ્તાનમાં સરકાર ચૂંટાઈને આવી હોય, પણ સેના કહે તેમ કરવું પડે. દેશની વિદેશ નીતિ પાકિસ્તાનમાં સેના નક્કી કરે અને અમેરિકામાં શક્તિશાળી સીઆઈએ કરે તેવી લોકપ્રિય માન્યતા છે. તેમાંથી જોકે પાકિસ્તાનના મામલામાં માત્ર માન્યતા નથી, સાચી વાત છે.