આની સાથે-સાથે તંત્રના ઓપરેશન વિભાગની કામગીરી પણ ચર્ચાના ચગડોળે ચઢી છે. બીઆરટીએસ બસ સર્વિસમાં ઓપરેશનને લગતો સ્વતંત્ર વિભાગ છે અને તેની જવાબદારી ડેપ્યુટી જનરલ મેનેજર કક્ષાના ઉચ્ચ અધિકારી સંભાળી રહ્યા છે. બીઆરટીએસ બસના વધતા જતા અકસ્માતો માટે આ વિભાગની સુસ્તી જવાબદાર હોવાનું ચર્ચાઇ રહ્યું છે જો કે આ અંગે બીઆરટીએસના ઓપરેશન વિભાગનાે હવાલો સંભાળતા ડેપ્યુટી જનરલ મેનેજર મૂકેશ પટેલનો સંપર્ક કરવાનો પ્રયાસ નિષ્ફળ નિવડ્યો છે.