1999માં પુનઃ ભારતના વડાપ્રધાન તરીકેનું સુકાન સંભાળીને વાજપેયી પૂજ્ય પ્રમુખસ્વામી મહારાજનાં આશીર્વાદ મેળવવા ગાંધીનગર આવ્યા હતા ત્યારે આશીર્વાદ આપતાં પૂજ્ય પ્રમુખસ્વામી મહારાજે વાજપેયીને કહ્યું હતું કે ‘તમે સાચા હૃદયે દેશભક્તિથી કાર્ય કરો છો  માટે તમારો યશ શાશ્વત રહેશે. '. પૂજ્ય મહંત સ્વામી મહારાજે વડોદરા ખાતે હજારોની ભક્તમેદની વચ્ચે વાજપેયીના તિરોધાન પ્રસંગે અંતઃકરણપૂર્વક પ્રાર્થના કરી હતી.