બંદરનું નામ નાગના કે નાગનેસ નાગમતી નદીને કારણે પડ્યું હશે તેવું ઈતિહાસકારો માને છે, કારણ કે જેઠવા રાજા નાગ જેઠવા એવો કોઈ પ્રસિદ્ધ વીર પુરૃષ ન હતો કે જેથી તેના નામ ઉપરથી બંદરનું નામ પડે. નાગનેસ બંદર, નાગેશ્વરનું મંદિર અને નાગમતી નદીને પરસ્પર સંબંધ જણાય છે. ભુજંગ નાગ અને ભોરીયોજીની સુપ્રસિદ્ધ પ્રેમકથા સાથે પણ સુસંગત બેસે છે. નાગેશ્વરમાં આજે પણ નાગદેવતાનો કલાત્મક પાળિયો મણી નાગનાથના ડેરા પાસે આ હકીકતને સમર્થન આપતો ઉભો છે.