જન્મજાત હાઇપોથાઇરોડિસમ વ્યક્તિના જન્મના ક્ષણથી સાથે છે, જ્યારે હસ્તાંતરણ થાઇરોઇડ ડિસફંક્શનના પરિણામે અથવા તેના કાર્યમાં સર્જીકલ હસ્તક્ષેપ પછી વિકાસ પામે છે.