જોકે, આંતરિક ઓડિટ તેની ખામીઓ ધરાવે છે: કંપનીના કર્મચારીઓ ચકાસણી પર્યાપ્ત સ્વતંત્રતા અને નિષ્પક્ષતા આપી શકતા નથી કારણ કે તેઓ કેટલાક સાહસના સ્ટાફ બાકીના સાથે જોડાયેલ રીતે છે, ઉપરાંત, ઓડિટર્સ દરેક તેમના વિભાગની સહિત ચેક કરવા હોય છે, અને લાલચ ઝટકો પરીક્ષણ પરિણામો અતિ ઊંચી હશે.