મહેબૂબા હંમેશા લશ્કરને છૂટો દોર આપવાના વિરોધમાં હતાં અને કાશ્મીરમાં લશ્કર સામે પથ્થરમારો કરતા યુવાનો સામે કાર્યવાહી ન કરવાની તરફેણ કરતાં હતાં.