પ્રજ્ઞા ઠાકુરને 23 ઓક્ટોબર 2008માં પકડવામાં આવી. તેમના પર માલેગાંવ બ્લાસ્ટ અને સુનીલ જોષીની હત્યાનો પણ આરોપ લાગ્યો હતો. જાણકારોનું માનવું હતું કે પ્રજ્ઞાએ સુનિલની હત્યા એટલા માટે કરી હતી કે તેમને ડર હતો કે તે માલેગાંવનો રાજ ખોલી ના દે. NIAની તપાસમાં પણ તે જ બહાર આવ્યું છે કે પ્રજ્ઞા પ્રત્યે સુનિલના આકર્ષણના કારણે જ તેમની હત્યા થઇ હતી.