ચિતરંજન લોકોમોટિવ ફેક્ટરી, હિન્દુસ્તાન એરક્રાફ્ટ ફેક્ટરી, સિંદરી ફર્ટિલાઇઝર કારખાના અને દામોદર વેલી કોર્પોરેશન, એવી અનેક માટા પ્રોજેક્ટના વિકાસમાં ડોક્ટર મુખર્જીનું મોટું યોગદાન છે.