1683 માં લિન્ચ દ્વારા જમૈકન કાઉન્સીલમાંથી દૂર કર્યું, મોર્ગનને તેના મિત્ર ક્રિસ્ટોફર મોન્ક ગવર્નર બન્યા પછી પાંચ વર્ષ બાદ પુનઃસ્થાપિત કરવામાં આવ્યા હતા ઘણા વર્ષો સુધી આરોગ્યમાં ઘટાડો થવાથી, મોર્ગન 25 ઓગસ્ટ, 1688 ના રોજ મૃત્યુ પામ્યા હતા, જે કેરેબિયન પ્રવાસ માટે અત્યાર સુધીના સૌથી સફળ અને ક્રૂર ખાનગીમાંના એક તરીકે પ્રસિદ્ધ હતા.