જોકે સ્વતંત્રતાના થોડા સમય પછી, સુદાનના નેતાઓએ સરકારની ફેડરલ સિસ્ટમ બનાવવાના વચનો પર વિતરિત કરવામાં નિષ્ફળ થયાં, જે દેશના ઉત્તરીય અને દક્ષિણી વિસ્તારો વચ્ચે લાંબા ગાળાના યુદ્ધનો પ્રારંભ કર્યો, કારણ કે ઉત્તરએ લાંબા સમયથી મુસ્લિમ નીતિઓ અને રિવાજો અમલમાં મૂકવા માટે પ્રયાસ કર્યો છે.