સરકાર અને સંગઠનમાં તાલમેલ જાળવવામાં વાઘાણી નિષ્ફળ રહ્યાં, સાથે જ ગુજરાતમાં ભાજપનો ઘટતો ગ્રાફ એ વાઘાણીનું પ્રદેશ પ્રમુખનું પદ છિનવી શકે છે પણ ભાજપ પાસે આ મામલે વિકલ્પો ઘણા ઓછા છે.