મલ્ટીસ્ટાજ ફ્લેશ ડિસ્ટિલેશનના મુખ્ય ગેરફાયદા એ છે કે તેને રિવર્સ ઑસ્મૉસિસ કરતાં મીઠું પાણી વધારે લેવાની જરૂર છે અને અગાઉથી અને જાળવણી ખર્ચ નોંધપાત્ર રીતે ઊંચો છે.