પાકિસ્તાન અને અન્ય મુસ્લિમ દેશોની જેમ ઇન્ડોનેશિયા પણ કટ્ટરપંથીઓનો શિકાર બન્યો હતો, પરંતુ ઇન્ડોનેશિયાએ બહુ સાવધાનીથી કટ્ટરવાદને કંટ્રોલમાં કરી લીધો છે.