હેમુને પરાસ્ત કર્યા પછી પણ મુઘલો કોઈ કસર છોડવા માગતા ન હતા. હેમુના પરાજય પછી તેની પત્ની અને બાળકો અલવર તરફ ભાગી ગયાં હતાં. તેમની પાસે પુષ્કળ માત્રામાં ધન હતું. તેમનો કેટલોક હિસ્સો મુઘલોએ પડાવી લીધો. આટલો હિસ્સો પણ મુઘલો માટે ગણવો મુશ્કેલ હતો. વર્ષો સુધી આ વિસ્તારમાં હેમુના પરિવાર પાસેથી મુઘલોએ પડાવી લીધેલા આ ધનની ચર્ચા થતી રહેતી હતી. હેમુના પિતાને બંદી બનાવી ઇસ્લામ સ્વીકારવાનું કહેવાયું, પણ તેણે મક્કમતાથી ના પાડી. પરિણામે પીર મોહમ્મદ નામના સેનાપતિએ તેમને જાનથી મારી નાખ્યા. પાણીપતના બીજા યુદ્ધમાં યશસ્વી વિજયપછી મુઘલોના જુસ્સામાં ખાસ્સો વધારો થયો હતો. તેઓએ દિલ્હી અને આગ્રા પણ ગણતરીના દિવસોમાં જીતી લીધાં હતાં. જીતેલું મુઘલ સૈન્ય તેના બાદશાહ અકબર સાથે દિલ્હીમાં પ્રવેશ્યું. ત્યારે તારીખ હતી ૬ નવેમ્બર અને વર્ષ ૧૫૫૬. પાણીપત પછી તરત જ મુઘલ લશ્કરે વિશ્રામ લેવાને બદલે સુર વંશના સેનાપતિઓ અને બીજા સહાયકોને સાફ કરવાનું શરૂ કર્યું. ઈ.સ. ૧૫૫૮ સુધીમાં તો ભારતમાંથી અફઘાનોને નેસ્તનાબુદ કરી દીધા.