પ્રાચીન માન્યતાઓ મુજબ આ મંદિરનો ઇતિહાસ રામાયણ કાળ સાથે જોડાયેલો છે. શ્રીરામ વનવાસ દરમિયાન ઉજ્જૈન પણ આવ્યાં હતાં. જ્યારે શ્રીરામ, સીતા અને લક્ષ્મણ સાથે આ ક્ષેત્રના વનમાં ફરતા હતા ત્યારે સીતાને તરત લાગી. સીતાની તરસ છીપાવવા માટે લક્ષ્મણે પોતાના બાણથી એક બાવડી બનાવી દીધી હતી. આ બાવડી ચિંતામન પાસે જ સ્થિત છે. શ્રીરામને આ ક્ષેત્રની ધરતી દોષપૂર્ણ લાગી રહી હતી, એટલે તેમણે ત્યાંના દોષ દૂર કરવા ગણેશજીના મંદિરની સ્થાપના કરી હતી. આ મંદિર ચિંતામણ ગણેશના નામથી પ્રસિદ્ધ છે.