આજકાલ મુકુલ રૉય ભાજપના નેતાઓ સાથે પણ વધુ જોવા મળી રહ્યા છે. તેમણે ભાજપને સેક્યુલર પાર્ટી કહી ટીએમસી પર પ્રહાર કરતાં કહ્યું હતું કે, ‘દુર્ગા પૂજા પર મૂર્તિ વિસર્જન સાથેનો વિવાદ એ પશ્ચિમ બંગાળ સરકારની નિષ્ફળતા છે.’