ખેલાડીઓ ભૂતપૂર્વ XCOM કમાન્ડરની ભૂમિકા લે છે કારણ કે તેઓ ગુપ્તમાં XCOM પુનઃબીલ્ડ કરવાનો પ્રયાસ કરે છે અને પૃથ્વીને પાછું લે છે!