આમાં સંકળાયેલા વિવાદને ધ્યાનમાં લેતા ઘણી શંકાઓ જન્મે છે, કેસ જે રીતે ઊભો થયો હતો, સોહરાબુદ્દીન કેસમાં સુપ્રીમ કોર્ટનો અત્યંત સક્રિય હસ્તક્ષેપ અને મોટી સંખ્યામાં સાક્ષીઓનું હોસ્ટાઇલ થઈ જવું, આ સ્થિતિમાં કોર્ટ એક સ્વતંત્ર તપાસનો આદેશ આપે તે જરુરી હતું. આવી તપાસમાં, સગાંવહાલાઓની વાત સ્પષ્ટ થઈ શકી હોત, ન્યાયાધીશોને પ્રશ્નો સ્પષ્ટ કરવા માટે કહી શકાયું હોત અને પોસ્ટમોર્ટમ રિપોર્ટ નિષ્ણાત દ્વારા સ્વતંત્ર રીતે તપાસી શકાયો હોત. તેના બદલે કોર્ટ જેની સાથે અમીત શાહ જોડાયેલા હતા તે રાજકીય પક્ષ દ્વારા તપાસ હાથ ધરવા માટે કહેવામાં આવ્યું તે ઇન્ટેલિજન્સ બ્યૂરોએ આપેલી માહિતીને આધારે ચુકાદો આપ્યો. જો સુપ્રીમ કોર્ટે પોતે જ વિગતમાં જવા માગતી હોત તો જેમણે જજ લોયાના મૃત્યુની તપાસ કરી હતી તે પત્રકારને બોલાવી શકી હોત, જજ લોઆના સંબંધીઓ અને ચાર ન્યાયાધીશોને લઈને સ્વતંત્ર તપાસ કરી શકી હોત. કોર્ટ પોતાના સંતોષ માટે વિવિધ વ્યક્તિઓના કોલ રેકોર્ડ્સ પર ધ્યાન આપી શકી હોય અને સ્વતંત્ર વ્યક્તિને ગેસ્ટ હાઉસ અને હોસ્પિટલોની મુલાકાત લેવા માટે કહી શકી હોત.