કાર્બનિક ખાતરો કુદરતી સાંકળના એક કુદરતી ઘટક હોવાથી, તેમાં જમીન પર કોઇ નુકસાન નથી હોતું, કેમ કે રાસાયણિક રીતે બનાવવામાં આવેલી ખનિજ પરાગાધાન વિશે ન કહી શકાય.