કાર્યાત્મક એમઆરઆઈ ખાસ સિગ્નલનો ઉપયોગ કરે છે જેને બ્લડ ઓક્સિજન સ્તર આધારિત (BOLD) કોન્ટ્રાસ્ટ કહેવાય છે.