1998માં સુપ્રીમ કોર્ટેથી આ મામલામાં આરોપમુક્ત થયા બાદ નંબી નારાયણને રાષ્ટ્રીય માનવાધિકાર આયોગનો દરવાજો ખખડાવ્યો અને રાજ્ય સરકાર પાસેથી વળતરની માગણી કરી. રાષ્ટ્રીય માનવાધિકાર આયોગ માર્ચ 2001માં નંબી નારાયણનને દસ લાખ રૂપિયા આપવાનો આદેશ આપ્યો હતો. જો કે આ અરજી પર સુપ્રીમ કોર્ટમાં ફરી સુનાવણી હતી. દરમિયાન દિપક મિશ્રાની આગેવાની વાળી ખંડપીઠે નંબી નારાયણનની ધરપકડને અયોગ્ય ગણાવીને રાજ્ય સરકારને 50 લાખનું વળતર ચૂકવવાનો આદેશ આપ્યો છે.