ગંગટોકમાં કોઈ રેલવે સ્ટેશન નથી. સિલીગુડીમાં ન્યૂ જલપાઈગુડી ગંગટોકથી સૌથી નજીકનું રેલવે સ્ટેશન છે. આ સ્ટેશન માટે કોલકાતા અને નવી દિલ્હીથી સીધું કનેક્શન છે. કોલકાતાથી ગંગટોકની યાત્રા લગભગ 12 કલાકની છે. ગંગટોકથી સૌથી નજીકનું રેલેવે સ્ટેશન ન્યૂ જલપાઈગુડી જંક્શન છે.