પાટલીપુત્રમાં તેમણે નાલંદા વિદ્યાપીઠ ઊભી કરવા રાજાને વિનંતિ કરી. તેમને ખબર હતી કે ધનનંદ આવી વાતની ના પાડશે સાથે સાથે આવી જ કોઇ વાતથી પાટલીપુત્રની પ્રજા રાજા સામે બળવો કરશે. ચાણક્યનો પ્રસ્તાવ રાજાએ ઠુકરાવ્યો અને બધા જ મંત્રીઓ રાજા પ્રત્યે નારાજ થયા. આ જ દરમિયાન ચાણક્યના વિશ્વાસુ લોકોએ ધનનંદના પુત્રને, સેનાપતિને ફોડી લીધા. નગરમાં એક રાત્રી યુદ્ધ પણ થયું અને ચાણકયએ ચંદ્રગુપ્ત જે ગુપ્તવેશે નગરમાં આવેલો તેને રાજા બનાવ્યો અને ધનનંદને સવાર પહેલા જ રથમાં બેસાડી નગર બહાર મોકલી આપ્યો. ધનનંદના જ મહામંત્રી રાક્ષસને મહાઅમાત્ય તરીકે નિયુક્ત કર્યા.