સાયનોબેક્ટેરિયા પણ નાઇટ્રોજન ફિક્સેશન માટે સક્ષમ છે, એક પ્રક્રિયા છે જેના દ્વારા વાતાવરણીય નાઇટ્રોજન એમોનિયા, નાઇટ્રાઇટ અને નાઇટ્રેટમાં પરિવર્તિત થાય છે.