આ જ કારણે કોંગ્રેસે ઝાકીર નાઇકની વાંધાજનક પ્રવૃત્તિઓ વિરુદ્ધ કોઇ પગલાં ન લીધા હોવાનો આક્ષેપ પણ ભાજપે કોંગ્રેસ ઉપર કર્યો હતો, પરંતુ હવે કોંગ્રેસે ભાજપ વિરુદ્ધ આ મુદ્દે મોરચો ખોલ્યો છે અને 2003માં વાજપેયી સરકારે ઝાકીર નાઇક માટે એક કાર્યક્રમનું આયોજન કર્યું હોવાનો આરોપ મૂક્યો છે.