1689માં લાહોર ખાતે (અને બીજા એક મત મુજબ 1702માં દિલ્હી ખાતે) કૈદમાં જ ઝેબુન્નિસા મૃત્યુ પામી. તેના મૃત્યુ વખતે ઔરંગઝેબ દક્ષિણનાં રાજયોને હરાવી પોતાના ધર્મ અને રાજયનો ફેલાવો કરવામાં વ્યસ્ત હતો. પણ તેની પડતીના દિવસો બહુ દૂર ન હતા. ઝેબુન્નિસાના મૃત્યુનાં પાંચેક વર્ષ બાદ ઔરંગઝેબનું પણ મૃત્યુ થયું.