ગેટ્સની દેખરેખ હેઠળ 25 જુન, 1981માં માઇક્રોસોફ્ટ કંપનીનું પુનગઠન કરવામાં આવ્યું જેમાં કંપનીનું વોશિંગ્ટન ખાતે પુનસ્થાપન કરવામાં આવ્યું અને ગેટ્સ માઇક્રોસોફ્ટ કંપનીના પ્રેસિડેન્ટ અને બોર્ડના અધ્યક્ષ બનાવવામાં આવ્યાં.માઇક્રોસોફ્ટે 20 નવેમ્બર, 1985માં માઇક્રોસોફ્ટ વિન્ડોઝની છુટક આવૃત્તિ રજુ કરી અને ઓગષ્ટમાં કંપનીએ ઓએસ/2 નામની અલગ ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ બનાવવા માટે આઇબીએમ સાથે કરાર કર્યો. બંને કંપનીઓએ નવી સિસ્ટમની પ્રથમ આવૃત્તી સફળતા પૂર્વક ડેવલપ કરી હોવા છતાં રચનાત્મક મતભેદોના કારણે બંનેની ભાગીદારીમાં વિખવાદ ઉભો થયો હતો. ગેટ્સે 16 મે, 1991માં આંતરીક મેમોનો ભંગ કર્યો હતો અને જાહેરાત કરી હતી કે ઓએસ/2 ની ભાગીદારીનો અંત લાવવામાં આવ્યો છે અને માઇક્રોસોફ્ટ તેના કાર્યો વિન્ડોઝ એનટી કેર્નેલ (કોમ્પ્યુટર સાયન્સ) ના વિકાસમાં લગાવશે