વૈષ્ણવ મંદિરોમાં વલ્લભી સંપ્રદાયનાં બેચાર મંદિરો છે. તેમાં દ્વારકાધીશનું મંદિર મોટું છે. તે બજાર વચ્ચે તળાવની પાસે આવેલું છે. હાલમાં તે નવીન બાંધવામાં આવ્યું છે. આ સિવાય રણછોડજીનું, લક્ષ્મીનારાયણનું, રામચંદ્રજીનું, નરનારાયણનું વગેરે બીજાં અનેક વૈષ્ણવ મંદિરો છે. શૈવ અને વૈષ્ણવ મંદિરો સિવાય પણ વડનગરમાં અન્ય ધર્મોનાં બીજાં પણ કેટલાંક મંદિરો છે. તેમાં સ્વામીનારાયણ સંપ્રદાયનું એક મંદિર છે. તેની બાંધણી સુંદર છે. મંદિર મોટું અને વિશાળ છે, જે ધીણોજા ઓળે આવેલું છે. રામકબીર, સત્યકેવળ અને તુલસી મંદિર વગેરે જુદા જુદા પંથોનાં બીજાં કેટલાંક મંદિરો છે.