ખાસ વાત એ છે કે મુખર્જી કોંગ્રેસના નેતા તરીકે હિન્દુત્વની વિચારધારા અને સાંપ્રદાયિકતાના આરોપોને કારણે RSSના મોટા ટીકાકાર રહ્યા છે.