પેશીઓ પરના અસરની નાની ઊંડાઈને કારણે, પ્રવાહી નાઇટ્રોજન સાથે સર્વાઇકલ ધોવાણના ઉપાયના મુખ્ય ગેરફાયદામાં રોગના સંભવિત પુનરાવર્તન અને પુનરાવર્તિત હસ્તક્ષેપની આવશ્યકતા તેમજ શ્લેષ્મ સર્વાઇકલ નહેરના ઊંડા ઘા સાથેના પદ્ધતિની ઓછી અસરકારકતા.