પરંતુ, એ સમયગાળામાં પાકિસ્તાનમાં અલ્પસંખ્યક હિંદુઓનાં નરસંહારનાં મુદ્દે વડાપ્રધાન નહેરુ સાથે ગંભીર મતભેદ થતાં શ્યામાપ્રસાદજીએ મંત્રીપદ ઠુકરાવી દીધું હતું.