૧૭મી સદીમાં ભારતના દરિયામાં વર્ચસ્વ જમાવનારી મરાઠા સેનાના ટાપુ ઉપર બાંધવામાં આવેલા કિલ્લા ખંડેરી ઉપરથી સબમરીનને ખંડેરી નામ આપવામાં આવ્યું છે.