ઓટોટ્રોફ અને હેટ્રોટ્રોફ્સ ઊર્જા સ્ત્રોત (પ્રથમ કિસ્સામાં વાતાવરણ) પરના અને ખોરાક સુક્ષ્મસજીવો બીજા પ્રકારની દ્વારા ઉપયોગમાં સબસ્ટ્રેટને થી આધાર રાખીને બે જૂથોમાં વિભાજિત કરવામાં આવે છે.