ગુજરાત પોલિસે 15 જૂને 2004માં ઇશરત અને તેના સાથીદારોને એક એન્કાઉન્ટરમાં મારી નાંખ્યા હતા ગુજરાત પોલિસનો દાવો હતો કે ઇશરત એક આતંકી હતી અને તે મોદી પર આત્મધાતી હુમલો કરવાની યોજના બનાવી રહી હતી. જો કે સીબીઆઇ આ એન્કાઉન્ટરને ફેક બતાવ્યું હતું.