કેટલાક તોકુગાવા આઇયસુના સેવામાં ગયા, જે પાછળથી 1603 માં શોગુન બન્યા હતા, પરંતુ ખૂબ જ ઓછી નિન્જાએ સંઘર્ષમાં બંને પક્ષોની સેવા ચાલુ રાખી હતી.