બંગાળના રાજકારણમાં કોંગ્રેસી તરીકે શરૂઆત કરીને ૧૯૨૯માં વિધાન પરિષદમાં પ્રવેશ મેળવનાર અને ૩૩ વર્ષની વયે કલકત્તા યુનિવર્સિટીના સૌથી યુવા કુલપતિ રહેલા ડૉ. શ્યામાપ્રસાદ મુકરજી હિંદુ મહાસભાના કાર્યાધ્યક્ષ હતા. માર્ચ ૧૯૪૦માં લાહોરમાં મુસ્લિમ લીગના અધિવેશનમાં પાકિસ્તાનનો ઠરાવ રજૂ કરનાર ફઝલુલ હકની બંગાળ સરકારમાં ડૉ. મુકરજી ૧૯૪૧-૪૨માં નાણા પ્રધાન હતા.પાછળથી એમણે હિંદુ મહસાભામાંથી રાજીનામું આપીને દેશ આઝાદ થતાં વડાપ્રધાન જવાહરલાલ નેહરુની સરકારમાં ઉદ્યોગ અને વાણિજ્ય મંત્રી તરીકે જોડાવાનું પસંદ કર્યું હતું. જોકે તેમણે પૂર્વ પાકિસ્તાનના હિંદુઓની સુરક્ષા સહિતના મુદ્દે ૬ એપ્રિલ ૧૯૫૦ના રોજ રાજીનામું આપીને બંગાળમાં પ્રદેશ પક્ષની સ્થાપના કરી હોવાનું સંઘના દ્વિતીય સરસંઘચાલક માધવ સદાશિવ ગોળવળકરે નોંધ્યું છે. તેમના કહેવા મુજબ, મુકરજીએ મદદ માંગી એટલે અખિલ ભારતીય જનસંઘની સ્થાપનામાં સંઘે મદદ કરી અને તેઓ એના સંસ્થાપક અધ્યક્ષ બન્યા.