જ્યાર બાદ બીજી  વખત તેઓ ચૂંટાઇ આવ્યા અને 1998થી 1999 દરમિયાન તેઓ ભારતના વડાપ્રધાન પદે રહ્યા હતા અને જયલલિતાએ સમર્થન પાછું ખેંચતા વાજયેપીએ 13 મહિનાના શાસન બાદ વડાપ્રધાન પદે રાજીનામુ આપવુ પડ્યું.