છેક ૧૯૯૬ની ૨૦ મેના રોજ એ વેળાના વડા પ્રધાન અટલ બિહારી વાજપેયીના જાહેર અભિવાદન માટે અમદાવાદમાં સ્ટેડિયમ પર યોજાયેલા કાર્યક્રમમાં ભાજપના વયોવૃદ્ધ નેતા આત્મારામ પટેલનું ધોતિયું ખેંચી કઢાયાના ઘટનાક્રમ અંગે ડૉ. તોગડિયા સહિત ૩૯ જણા વિરુદ્ધ નૉન-બેલેબલ વૉરંટ નીકળ્યાની ઘટનાએ સંઘ પરિવારના આંતરકલહને એકદમ સપાટી પર લાવી દીધો છે.