વર્ષ ૨૦૦૭માં તેમની પર ઈશરત અને સોહરાબુદ્દીન એન્કાઉન્ટર નકલી હોવાના આરોપો લાગ્યા હતા. જેને પગલે તત્કાલિન આઇપીએસ અધિકારી રજનીશ રાયે વણઝારા સહિતના ઉચ્ચ અધિકારીઓની ઘરપકડ કરી હતી. વર્ષ ૨૦૧૩માં જેલમાંથી સ્ફોટક પત્ર લખીને રાજીનામું આપ્યું પણ સરકારે રાજીનામાનો અસ્વિકાર કર્યો. તેઓ વર્ષ ૨૦૧૪માં જેલમાંથી જ નિવૃત્ત થયા હતા. વર્ષ 2૦૧૫માં ૫ ફેબ્રુઆરીએ સીબીઆઇ કોર્ટે ઈશરત કેસમાં તેમના જામીન મંજૂર હર્તા. ત્યાર બાદ તેઓ મહારાષ્ટ્રમાં રહી રહ્યાં હતા. પણ ગત શનિવારે સીબીઆઇ કોર્ટે ડી.જી. વણઝારાને ગુજરાતમાં પ્રવેશની મંજૂરી આપતા, આજે નવ વર્ષ બાદ તેમની ભવ્ય સ્વાગત સાથે ઘર વાપસી થઇ છે.