બ્રિટિશ તટસ્થ શાસનનો વિરોધ કરવા માટે કિશોરાવસ્થામાં વાજપેયી કેટલોક સમય જેલ ગયા પરંતુ સ્વતંત્રતા સંગ્રામમાં તેમણે કોઇ મહત્વની ભૂમિકા ભજવી ન હતી.