આવી પરિસ્થિતિમાં, પારદર્શિતા અને નિરંતરતા જાળવવા માટે મુખ્ય ન્યાયમૂર્તિએ આ કેસને ન ચલાવે તે ઇચ્છનીય હતું. જો કે મુખ્ય ન્યાયમૂર્તિ દીપક મિશ્રા, ન્યાયમૂર્તિ એ.એમ. ખાનવીલકર અને ડી વાય ચંદ્રચુડની બનેલી બેન્ચે આ કેસ ચલાવ્યો હતો. તેના ચુકાદામાં, સુપ્રીમ કોર્ટે ઇન્ટેલિજન્સ બ્યુરો દ્વારા હાથ ધરવામાં આવેલી "ઠાવકી ઇન્કવાયરી" પર આધાર રાખ્યો છે. એ ઇન્કવાયરીમાં હોસ્પિટલમાં જજ લોયા સાથે રહેલા ચાર ન્યાયમૂર્તિઓના નિવેદનો નોંધાયા હતા. આ ઇન્કવાયરી સુપ્રીમ કોર્ટે નહી પરંતુ મહારાષ્ટ્રના મુખ્યમંત્રીએ હાથ ધરી હતી. ફરિયાદીના વકીલોએ માગણી કરી છે કે ન્યાયમૂર્તિ લોયાના મૃત્યુ અંગે એક નવી અને સ્વતંત્ર તપાસ હાથ ધરવામાં આવે. જો કે, ફરીયાદીઓ અને તેમના વકીલો તરફ કોર્ટનો અભિગમ આઘાતજનક હતો. વાસ્તવમાં તો તેમનો પ્રયાસ તો આ કેસમાં ન્યાયતંત્રના કાર્યમાં હસ્તક્ષેપની સંભાવના અને ન્યાયતંત્ર પરના હુમલાને પ્રકાશમાં લાવવાનો હતો. તેનું સ્વાગત કરવાને બદલે અપરાધી ગણાવીને તેમને કોર્ટી અવજ્ઞા કરનારા ગણાવાયા.