યજ્ઞનું વૈજ્ઞાનિક મહત્વ પણ ઘણું છે, જેમ અનાજના દાણાને માટીમાં ઉગાડવાથી વિપુલ પ્રમાણમાં પાક મળે છે તેમજ યજ્ઞમાં આહુતીમાં અપાતી વસ્તુ પણ અગ્નિમાં ભળીને અનેક ગણી વધુ શક્તિશાળી બની જાય છે, જેથી ઔષધ રૂપે તે મનુષ્ય સહિતનાં પ્રા ણીઓનાં શરીરમાં સ્નાયુઓ, શ્વસનક્રિયા, પાચનક્રિયા અને લોહીના પરિભ્રમણ એમ શરીર પર ખૂબ જ સકારત્મક અસર ઊભી કરે છે.