મુસ્લિમ તુષ્ટીકરણ અને ભારતીય રાષ્ટ્રીયતાને વ્યાખ્યાયિત કરવામાં ડૉ.હેડગેવાર અને મહાત્મા ગાંધી વચ્ચે મતભેદ હતા,પરંતુ આ મતભેદો ડૉ.હેડગેવાર માટે રાષ્ટ્રીય આંદોલનમાં સહભાગી થવામાં અવરોધક બન્યા નહોતા. એટલું જરૂર કે બીજીવાર ૧૯૩૦માં સત્યાગ્રહમાં સહભાગી થતાં જેલવાસ વહોરવાની તૈયારી સાથે નીકળતાં તેમણે સરસંઘચાલકપદ ડૉ. લ. વા.પરાંજપેને સુપરત કર્યું હતું. સંઘ સંસ્થા તરીકે નહીં, પણ સ્વયંસેવકો વ્યક્તિગત રીતે સત્યાગ્રહમાં સહભાગી થાય, એવી તેમની ભૂમિકા કોંગ્રેસના જંગલ સત્યાગ્રહ અને ભાગાનગર (હૈદરાબાદ)ના હિંદુ મહાસભાના સત્યાગ્રહ વખતે પણ રહી હતી. જંગલ સત્યાગ્રહમાં સહભાગી થતાં જેલવાસ ભોગવવામાં ગાંધીજીએ આપેલા નિર્દેશોનું જેલમાં પણ પાલન કરવાનું એમણે સ્વીકાર્યું હતું. જેલમુક્તિ પછી એમણે ફરીને સરસંઘચાલકપદ સ્વીકારી લીધું હતું. અત્યારે ભલે સંઘ-ભાજપના મંચ પર વીર સાવરકરનાં ગુણગાન થતાં હોય, હિંદુ મહાસભાના અધ્યક્ષ વિ. દા. સાવરકર અને એમના સાથી ડૉ.બી. એસ. મુંજે સાથે ડૉ. હેડગેવારને ઘણા મતભેદ હતા. ડૉ. હેડગેવારના સંઘના તમામ અનુગામીઓ ગાંધીજી સાથે મતભેદ ધરાવતા રહ્યા.પંડિત નેહરુ એમના કાયમી “વ્હીપિંગ બોય” રહ્યા. આજે પણ છે. સરદાર પટેલે ગૃહમંત્રી તરીકે ગાંધીહત્યા પ્રકરણમાં સંઘ પર પ્રતિબંધ લાદીને દ્વિતીય સરસંઘચાલક માધવ સદાશિવ ગોળવળકર (ગુરુજી) સહિતનાને જેલમાં પૂર્યા હોવા છતાં સરદાર માટે સંઘમાં સદભાવ જળવાયો છે.