વર્ષ બાદ 27 સપ્ટેમ્બર, 2006ના રોજ પ્રજાપતિની ગુજરાત અને રાજસ્થાનની પોલીસે ગુજરાત-રાજસ્થાનની બોર્ડ પર ચાપરીમાં કથિત એન્કાઉન્ટરમાં ગોળી મારી હતી.