પરંતુ, ડ્રગ ડિલિવરીની અન્ય પધ્ધતિઓ અને સંકેતોની વ્યાપક શ્રેણીના ઘણા લાભો હોવા છતાં, ડ્રગ ઇલેક્ટ્રોફોરેસિસમાં પણ ઉપયોગમાં લેવાતી સંખ્યાબંધ મતભેદો છે.