ભાગલાના સમયે જ પાકિસ્તાનમાં બીજા ધર્મના લોકોની સાથે અત્યાચાર શરૂ થઇ ગયો હતો, સમયની સાથે પાકિસ્તાનમાં હિન્દૂ-જૈન-શીખ-બૌદ્ધ પર ધર્મના આધાર પર અત્યાચાર વધતો ગયો છે.