શ્યામાપ્રસાદ મુખર્જીનેભારતના વડાપ્રધાન સાથે વૈચારિક અનેનીતિ-રીતિમાં ભેદ હોવાની વિગતો સમયે સમયે ઉજાગર થઈ છે. ડો. શ્યામાપ્રસાદ મુખર્જીને કાશ્મીરના મુદ્દે અને દેશની એકતા અને અખંડિતતાના મુદ્દે સરકાર સાથે જામતું નહોતું.