મિશનના વૈજ્ઞાનિકો ફ્લાય દ્વારા જવાનું જાણે છે કે પ્લુટોમાં વાતાવરણ છે, અને અવકાશયાન વાસ્તવમાં પ્લુટોમાં પસાર થયા પછી "પાછળ જોવામાં" પસાર થાય છે, તેની ચકાસણી કરવા માટે વાતાવરણમાં સૂર્યના પ્રકાશને ચમકતા પ્રકાશનો ઉપયોગ કરીને.