તેની માન્યતા વિશે પ્રશ્નો હોવા છતાં, SIBO ના મોટા ભાગના કિસ્સાઓમાં હાઇડ્રોજન (અથવા મિથેન) શ્વાસ પરીક્ષણના ઉપયોગ દ્વારા નિદાન કરવામાં આવે છે.