આશ્રમમાં પદાર્પણ કરતાંની સાથે જ તેમણે તેમના સેવા-પરોપકારના સ્વભાવ પ્રમાણે દવાખાનાના સંચાલનની જવાબદારી ઉપાડી લીધી. તેમના હાથમાં રોગ-નિવારણની અદ્ભુત શક્તિ હતી. તેમના આ ગુણની સુવાસ ચોપાસ પ્રસરી ગઈ અને તેના કારણે શિવાનંદના નિ:શુલ્ક દવાખાનામાં રોગીઓ ઊભરાવા લાગ્યા.