1558 માં તેણીએ ફ્રાન્સિસ સાથે લગ્ન કર્યાં અને જુલાઈ 1559 માં, જ્યારે તેમના પિતા હેનરી II મૃત્યુ પામ્યા હતા, ત્યારે ફ્રાન્સિસ II રાજા બન્યા અને મેરી ફ્રાન્સની રાણી પત્ની બન્યા.