વૈષ્ણવ માન્યતામાં કૃષ્ણ અને વિષ્ણુ વચ્ચેનો ખરેખરો સંબંધ, ખાસ કરીને કોણ પહેલા આવ્યું અને કોણ તેનો અવતાર છે તે વિષે, હંમેશા ચર્ચાઓ અને મતમતાંતરો પ્રવર્તતા આવ્યાં છે. વૈષ્ણવ માન્યતાનાં લગભગ બધાંજ સંપ્રદાયોમાં વિષ્ણુને પરમાત્મા માનવામાં આવે છે જે બધાજ અવતારોનાં મુળ સ્ત્રોત છે, જ્યારે કૃષ્ણને વિષ્ણુનાં પૂર્ણ અવતાર તરિકે પૂજવામાં આવે છે અને તે કારણે જ તેમને વિષ્ણુથી અભિન્ન ગણવામાં આવે છે.[૧૫] કેટલાંક વૈષ્ણવ સંપ્રદાયોમાં (જેમકે ગૌડીય વૈષ્ણવ સંપ્રદાય),[૧૫][૧૬] વલ્લભ સંપ્રદાય (પુષ્ટિ માર્ગ) અને નિંબાર્ક સંપ્રદાયમાં કૃષ્ણને સ્વયં ભગવાન તરિકે પૂજવામાં આવે છે અને તેમને બધાજ અવતારોનાં મુળ ગણવામાં આવે છે, વિષ્ણુને પણ કૃષ્ણનો અવતાર માનવામાં આવે છે.[૧૭][૧૮]