આઈબીએસ માટે એફએમટીનો વિચાર રસપ્રદ છે ડાયસ્બોઓસિસ, ગટ સૂક્ષ્મ જીવાણુઓની બિનઆરોગ્યપ્રદ સ્થિતિને ગતિશીલતાની સમસ્યાઓ અને આંતરડાની અતિસંવેદનશીલતા સાથે જોડવામાં આવી છે જેના કારણે આઈબીએસના લક્ષણોમાં પરિણમે છે.