ખાસ કરીને મોટા આંતરડાના માઇક્રોબાઇમને ક્રોહન રોગ અને અલ્સેરેટિવ કોલેટીસના સંબંધમાં અભ્યાસ કરવામાં આવ્યો છે, કારણ કે આઈબીડી એ માઇક્રોબાઇમમાં ભંગાણનું પરિણામ છે, અથવા IBD એ વિક્ષેપને કારણભૂત બનાવે છે.