ભૂગર્ભજળની સૂક્ષ્મજીવ છોડના મૂળિયાંની સપાટી પર વળગી રહે છે, અને કેટલાક ઉપચારાત્મક જીવાણુઓ પેટ્રોલિયમ જેવા કાર્બનિક પદાર્થો તોડી શકે છે અને ભારે ધાતુને જમીનમાંથી અને બહાર લઈ શકે છે.