માછલી ફાર્મ સાથેની અન્ય એક સમસ્યા બેક્ટેરીયલ ફાટી અને પરોપજીવીઓને નિયંત્રિત કરવા માટે દવાઓ અને એન્ટિબાયોટિક્સના ઉદાર ઉપયોગ છે.