પીડીપીના તત્કાલીન પ્રમુખ મુફતી મોહંમદ સઈદના જન્નતનશીન થયા પછી મહેબૂબાએ શાસનની ધુરા સંભાળી પછી પરિસ્થિતિ વધારે વિષમ બની કારણ કે મહેબૂબા પણ અલગાવવાદીઓના સીધા સંપર્કમાં હતાં.