એસ્પર્જરની સિન્ડ્રોમનું શું કારણ છે તે હજુ સુધી જાણીતું નથી, તેમ છતાં, વૈજ્ઞાનિકો માને છે કે હકીકત એ છે કે તે પરિવારોમાં (માતાપિતા પાસેથી બાળકને પસાર થતાં) ચાલે છે તેના કારણે આનુવંશિક લિંક છે.