ગુજરાતમાં 2001માં નરેન્દ્ર  મોદી ગુજરાતના મુખ્યપ્રધાન થયા પછી કેશુભાઈ પટેલ જુથ પુર્વ ગૃહમંત્રી હરેન પંડયા અને મોદીના રાજકિય સંબંધોમાં ખટાશ આવી હતી, ત્યાર બાદ 2002માં થયેલી કોમી તોફાનો બાદ જસ્ટીશ સાવંતના તપાસ પંચ સામે હરેન પંડયાએ જુબાની આપી હતી જો કે સાવંત સામે આપેલી જુબાનીમાં તેમણે શું કહ્યું હતું તે આજ સુધી જાહેર થયું નથી.