જોખમ ધરાવતાં જૂથોના લોકોને ફલૂના લક્ષણોનો પ્રથમ અનુભવ થાય ત્યારે જેમ બને તેમ સત્વર તેઓને એન્ટિવાયરલ (ઓસેલ્ટામિવિર કે ઝનામિવિર) દવાથી સારવાર આપવી જોઇએ. જોખમ ધરાવતાં જૂથોમાં સગર્ભા સ્ત્રીઓ અને પ્રસૂતિ બાદની સ્ત્રીઓ, 2 વર્ષથી નીચેનાં બાળકો અને શ્વસન સમસ્યાઓ જેવી અંતર્ગત સ્થિતિ ધરાવતાં લોકોનો સમાવેશ થાય છે.[૧૪] જોખમ ધરાવતાં જૂથના ન હોય અને જેઓમાં સતત કે ઝડપથી વણસતા લક્ષણો હોય તેવા લોકોને પણ એન્ટિવાયરલ સાથેની સારવાર આપવી જોઇએ. આ લક્ષણોમાં શ્વાસની મુશ્કેલી અને 3 દિવસ કરતાં વધુ વખત રહેલ ઊંચા તાવનો સમાવેશ થાય છે.ન્યૂમોનિયા થયો હોય તેવા લોકોને એન્ટિવાયરલ અને એન્ટિબાયોટિકસ બંને આપવા જોઇએ, કેમ કે H1N1 માંદગીના ઘણા તીવ્ર કેસોમાં બેકિટરિયાનો ચેપ વિકસે છે.[૩૭] લક્ષણો શરુ થયાના 48 કલાકમાં અપાય તો એન્ટિવાયરલ અત્યંત ઉપયોગી થાય છે અને હોસ્પિટલમાં દાખલ કરેલ દર્દીઓની સ્થિતિ સુધારી શકે છે.[૧૧૪] 48 કલાક પછી પણ મધ્યમસર કે તીવ્રપણે માંદગી હોય તેઓને એન્ટિવાયરલ લાભદાયક બની શકશે.[૧૨] જો ઓસેલ્ટામિવિર (ટેમિફ્લ્યૂ) મળે નહીં કે ઉપયોગ ન કરી શકાય તો ઝનામિવિર (રિલેન્ઝા) તેની અવેજીમાં વાપરવાની ભલામણ છે.[૧૪][૧૧૫] જ્યાં બીજી ઉપલબ્ધ સારવાર પદ્ધતિઓ બિનઅસરકારક કે ઉપલબ્ધ ન હોય તેવા કેસોમાં હોસ્પિટલમાં દાખલ કરેલા દર્દીઓ માટે મંજૂર કરેલ પેરામિવિર એક પ્રયોગાત્મક એન્ટિવાયરલ દવા છે.[૧૧૬]