રાષ્ટ્રપતિ પદ પર રહ્યા દરમિયાન પ્રણવ મુખર્જીએ લોકસભા અને વિધાનસભાની ચૂંટણી એક સાથે કરાવવાના પ્રધાનમંત્રી નરેન્દ્ર મોદીના વિચારોનું સમર્થન કર્યું હતું.