એજન્સી પર લાંબા સમયથી આતંકીઓને શરણ આપવાનો અને તેમના દ્વારા ભારત વિરુદ્ધ પ્રોક્સી વોર છેડવાનો આરોપ લાગતો રહ્યો છે.