પાણીપતનું યુદ્ધ ભલે બાબર અને મુઘલો જીત્યા પણ તેમના માટે પાણીપત તો પાશેરામાં પહેલી પૂણી સમાન જ હતું. તેનું કારણ એ હતું કે બાબર સામે આના કરતાં પણ વિકરાળ સમસ્યાઓ મોઢું ફાડીને ઊભી હતી. પાણીપત વિજય પછી બાબર આગ્રા પહોંચ્યો અને ત્યાં પોતાની અને મુઘલોની પહેલી રાજધાની બનાવી. પરંતુ અફઘાનોનાં પતન પછી પણ આગ્રાની આજુબાજુ વિદ્રોહ ફાટી નીકળ્યો હતો. ઉત્તર ભારતના બીજા અફઘાનો અને રજપૂતોએ તેની આગેવાની લીધી હતી. આ બંને કોમો મુઘલોને પોતાના દુશ્મન માનતા હતા. ખુદ બાબરે નોંધ્યું છે કે, "જ્યારે હું પહેલીવાર આગ્રા પહોંચ્યો ત્યારે ત્યાંના લોકો મને અને મારા માણસોને અત્યંત ઘૃણાની નજરે જોતા હતા. તેમનો અમારા તરફ પુષ્કળ તિરસ્કાર અને શત્રુતાનો ભાવ સ્પષ્ટ દેખાતો હતો. ત્યાંના બધા રહેવાસીઓ ભયના માર્યા નાસી જતા હતા. જેને કારણે અમારા સૈનિકો અને પશુઓ માટે અનાજ અને ઘાસચારાની અછત પેદા થઈ હતી."