XCOM 2 માટેની વાર્તા XCOM દુશ્મન અજ્ઞાતની ઘટનાઓના 20 વર્ષ પછી થાય છે; એલિયન્સે યુદ્ધ જીતી લીધું, પૃથ્વી પર નિયંત્રણ કર્યું અને XCOM ને કમજોર પ્રતિકાર બળ કરતાં થોડું વધારે કર્યું.