રાજનાથ સિંહના કાર્યકાળના દરમિયાન પૂર્વોત્તરનાં રાજ્યો, ખાસ કરીને આસામમાં ગેરકાયદે વિદેશી પ્રવાસીઓ (ઘૂસણખોરી)નો મુદ્દો ગૃહ મંત્રાલયની પ્રાથમિકતામાં હતો.