જોકે ફ્લિપ બાજુ પર, ઓર્ગેનિક રેસ્ટોરન્ટ માલિકોને ખર્ચાઓ અને ઓર્ગેનિક રેસ્ટોરન્ટ પ્રમાણપત્ર પ્રક્રિયાના અસંગતતાને કારણે પડકારોનો સામનો કરવો પડે છે.