આ સુપ્રસિધ્ધ મંદિરનો ઈતિહાસ જોઇએ તો સેંકડો વર્ષ પૂર્વે પ્રાચીન મહુડી ગામમાં પદ્મપ્રભુસ્વામી ભગવાનનું જિનાલય હતું. સાબરમતી નદીના અતિ પ્રચંડ પૂરને કારણે મહુડી ગામ ભયમાં આવી જતા અગ્રણી જૈનોએ નવું ગામ વસાવી ત્યાં વસવાટ કરી નૂતન જિનાલય બનાવી મૂળ નાયક પદ્મપ્રભુસ્વામી, આદેશ્ર્વરસ્વામીની પ્રતિષ્ઠા સવંત 1974માં માગશર સુદ 6ના દિવસે આચાર્ય બુધ્ધિસાગર સૂરીશ્ર્વરજી દ્વારા કરવામાં આવી તથા પૂ.ગચ્છાધિપતિ કૈલાસસાગર સૂરીશ્ર્વરજી અને પૂ.સુબોધસાગર સૂરીશ્ર્વરજી મ.સા.ની નિશ્રામાં 27 જિનાલયનું નિર્માણ કરવામાં આવ્યું અને ત્યારથી આ મહાન તીર્થનો વિકાસ થયો.