શંકરાચાર્યએ સાંઇબાબાને હિન્દુ-મુસ્લિમ એકતાના પ્રતિક માનવાની પણ મનાઇ કરી છે. તેમણે કહ્યું કે જો સાંઇબાબા મુસલમાન હોત તો તેમને મુસ્લિમ પણ પુજતા પરંતુ એવું નથી. સરસ્વતીએ કહ્યું કે સાંઇબાબા ના તો ભગવાન છે ના તો ગુરૂ. તેમણે તેમની પૂજાને ખોટી ગણાવી છે. તેમણે કહ્યું કે સાંઇબાબાની પૂજા ધર્મને વહેંચવાનું કાવતરું છે. તેમણે એમપણ કહ્યું કે સાંઇબાબાના નામ પર કમાણી કરવામાં આવી રહી છે.