માઇક્રોસ્પોરિડીયોસિસ સામાન્ય રીતે ગંભીર રોગપ્રતિકારક દમન સાથે સંકળાયેલું હોવાથી, એ સલાહ આપવામાં આવે છે કે મિશ્રણ એન્ટીરેટ્રોવાયરલ થેરાપી (કાર્ટ) ને પ્રારંભિક ક્રિયાના ભાગ રૂપે સંચાલિત કરવામાં આવે છે.