એમના પર આક્ષેપ એ છે કે તેમનાં પ્રવચનોથી નવયુવકો હિંસક માર્ગ અપનાવે છે. બાંગ્લાદેશમાં થયેલી સામૂહિક હત્યાના હત્યારાઓમાંના બે જણા ડો. ઝાકીરથી પ્રભાવિત થયા હતા. હૈદરાબાદમાંથી પકડાયેલો એક શખ્સ પણ ડૉ. ઝાકીરનો પ્રશંસક છે. જુદી જુદી તપાસ એજન્સીઓ દ્વારા ૨૦૦૬થી આજ સુધી દેશ અને દુનિયામાં થયેલી કેટલીય આતંકવાદી ઘટનાઓમાં પકડાયેલાઓ પૈકી ઘણાં તેના પ્રશંસક નીકળ્યા છે. સરકારની ઊંઘ ઉડાડી દે એવી ખબર એ પ્રાપ્ત થઈ છ કે ખૂંખાર આતંકવાદી સંગઠન આઈએસમાં જોડાયેલા ભારતીય યુવકો એ બધા જ ડૉ. ઝાકીરના અનુયાયીઓ છે ! ડૉ. ઝાકીરનું કહેવું એવું છે કે મારાં પ્રવચનો સાંભળીને કોઈ ગુનાખોરીનો માર્ગ પકડતો હોય તો તેમાં હું દોષિત નથી ! એક વધુ આશ્ચર્યની વાત એ છે કે ડૉ. ઝાકીરના સમર્થકો અને પ્રશંસકોમાં માત્ર મુસ્લિમ જ નહીં, અન્ય ધર્મોના લોકો પણ છે. અલબત્ત, ડૉ. ઝાકીરની શૈલી વિવાદાસ્પદ રહી છે તે તર્કના આધારે અર્ધસત્યોને સત્યની કક્ષામાં મૂકી બતાવે છે.