NSEL કૌભાંડ પાછળનું મુખ્ય કારણ એ હતું કે, વેરહાઉસમાં પડેલી કોમોડિટીઝ અને એક્સ્ચેન્જમાં ટ્રેડ થયેલી કોમોડિટી વચ્ચે મોટો તફા‌વત હતો.