સુરેશ પ્રભુની બીજી મહત્વની રજૂઆત રાજધાની કે શતાબ્દી જેવી ખાસ પ્રીમિયમ ટ્રેનોના ભાડા અંગે છે જેની ટિકિટો પર સબસિડી આપવામાં આવતી નથી.