ઇન્ડોનેશિયામાં પણ કિન્નરોને રુઢિવાદી સમાજ દ્વારા સ્વીકાર કરવામાં આવતો નથી. એવામાં મોટાભાગે કિન્નર જાવા ચાલ્યા ગયા અને અહીંયા બનેલા દુનિયાના પહેલા ઇસ્લામિક બોર્ડિંગ સ્કૂલનો ભાગ બની ગયા. ગત વર્ષે લોકોના હંગામાના કારણે સ્કૂલને બંધ કરવી પડી. જો કે અહીંયા કિન્નરો હજુ પણ રહી રહ્યા છે. જો કે કેટલાક ટીચર્સ 42 વિદ્યાર્થીઓ માટે ખાસ પ્રસંગે ક્લાસ ચલાવે છે. એમાંથી મોટાભાગના કિન્નોરોનો પરિવાર નથી અને કોઇ લીગલ ઓળખ નથી. કેટલાકે સિલિકોન દ્વારા બ્રેસ્ટ ઇમ્પ્લાન્ટ કરાવ્યું છે અને કેટલાકના પુરુષો સાથે સ્થિર સંબંધ છે.