એ બાબત પણ નોંધવા જેવી છે કે ગુજરાત સરકારે ગોધરાકાંડ અને તેના પછીની ઘટનાઓની તપાસ માટે કમિશન ઓફ ઇન્કવાયરી એક્ટ હેઠળ કમિશનની સમયસર રચના કરી હોવાં છતાં, મુખ્ય પ્રધાન મોદી અને ભાજપ સરકારને ભીંસમાં લેવા તત્કાલીન યુપીએ સરકારના રેલવે પ્રધાન લાલુ પ્રસાદ યાદવ દ્વારા જસ્ટિસ યુ. સી. બેનરજીની અધ્યક્ષતા હેઠળ કમિશનને તપાસ સોંપવામાં આવી હતી.