સીઆરએસએસપીઆર સિસ્ટમ માત્ર આરએનએના બે ટૂંકા ટુકડાઓ પર આધાર રાખે છે: જે લક્ષિત ડીએનએ પ્રદેશ સાથે મેળ ખાય છે, અને બીજું કે જે કસ 9 નામની પ્રોટીન સાથે જોડાય છે.