અન્તરછાલ જૈવપ્રતિક્રિયાકારકો (એમબીઆર (MBR)) સક્રિય ગાળ પદ્ધતિની સાથે એક આન્તરછાલ પ્રવાહી-ઘનોને અલગ કરવાની પ્રક્રિયાને જોડે છે. અન્તછાલના ઘટકો નીચા દબાણવાળા માઇક્રોફિલ્ટરેશન કે અલ્ટ્રા ફિલ્ટરેશન અન્તછાલોનો ઉપયોગ કરે છે અને શુદ્ધિકરણ અને વિસ્તારીત ગાળણક્રિયા માટેની જરૂરિયાતને બાકાત કરે છે. આ અન્તરછાલ ખાસ કરીને વાયુમિશ્રણ ટાંકીમાં ડૂબેલી હોય છે, કેટલીકવાર એક અલગ અન્તરછાલ ટાંકીનો પણ ઉપયોગ કરવામાં આવે છે. એમબીઆર (MBR) પ્રણાલીનો એક મહત્વપૂર્ણ ફાયદો તે છે કે પારંપરિક સક્રિય કાદવ (સીએએસ (CAS)) પ્રક્રિયાના નબળા કાદવને સ્થિર કરવાની મર્યાદા પર તે અસરકારક છે. આ પદ્ધતિ મોટા પાયે સીએસએસ (CAS) પ્રણાલીની તુલના કરતા વધુ મિશ્ર પાણીના સ્થગિત ઘન પદાર્થો (એમએલએસએસ (MLSS) સાથે જૈવપ્રતિક્રિયાને એકાગ્ર કરી શકે છે, જે કાદવના જમા થવાની મર્યાદિત થાય છે. જ્યારે સીઆઇએસ (CAS)નું સંચાલન 2,000 થી 3,000 મિલિગ્રામ પ્રતિ લીટરની સીમામાં થાય છે. એમબીઆર (MBR) પ્રક્રિયામાં ઉન્નત બાયોમાસ અતિશય ભારે દરે ઓગળી શકતા અને સડનશીલ તેવા બંન્ને પદાર્થોને અસરકારક રીતે દૂર કરે છે. વધતા કાદવને સામાન્યરીતે વધુમાં વધુ 15 દિવસ સુધી અટકાવીને રાખવામાં આવે છે, અને અતિશય ઠંડા સમયમાં પણ તેમાંથી સંપૂર્ણપણે નાઇટ્રીફિકેશન થયું છે કે કેમ તેની સાવધાની રાખવામાં આવે છે.