પાકિસ્તાન અને ઇરાનની વચ્ચે 900 કિલોમીટર લાંબી સીમા છે. ઇરાનની સેનાને સુન્ની આતંકી સંગઠન જુંદુલ્લાહ મોટાભાગે ટાર્ગેટ બનાવતા રહે છે. આરોપ છે કે આ સંગઠનને પાકિસ્તાન સહકાર આપી રહી છે. આ કારણથી ઇરાન પાકિસ્તાન સામે નારાજગી પણ વ્યક્ત કરી ચૂક્યું છે. ઇરાન પણ પાકિસ્તાન પર એ આરોપ લગાવી રહ્યું છે કે તે આતંકીઓને પોતાની જમીનનો ઉપયોગ કરવા દે છે.