ક્રોહન રોગ અન્ય અંગ સિસ્ટમને અસર કરી શકે છે અને દ્રષ્ટિની હાનિ, સંધિવા, ત્વચા અલ્સર, ઑસ્ટિયોપોરોસિસ, પિત્તાશય, ઊંડા નસ થ્રોમ્બોસિસ, યકૃત નિષ્ફળતા અને હુમલાથી સ્ટ્રોક સુધીના વિવિધ ન્યુરોલોજીકલ ડિસઓર્ડર્સ જેવા ગંભીર ગૂંચવણો તરફ દોરી જાય છે.