ત્યારબાદ એચ. આય. વી ડીએનએ ક્લીવિંગ નામની પ્રક્રિયામાં સંકલન માટે તૈયાર કરવામાં આવે છે , જે શાબ્દિક રીતે વાયરલ આનુવંશિક સ્ટ્રાન્ડને સાફ કરે છે, તેના માળખામાં ખુલ્લું અંતર છોડે છે.