ત્રણ વાર વડાપ્રધાન બન્યા: વાજપેયી સૌથી પહેલા 1996માં 13 દિવસ માટે વડાપ્રધાન બન્યા. બહુમત સાબિત ન કરી કરવાના કારણે તેમણે રાજીનામું આપી દીધું. બીજા વાર તેઓ 1998માં વડાપ્રધાન બન્યા. સહયોગી પાર્ટીઓએ સમર્થન પરત લેવાના કારણે 13 મહિના બાદ 1999માં ફરી લોકસભા ચૂંટણી યોજાઈ. 13 ઓક્ટોબર 1999ના રોજ તેઓ ત્રીજી વાર વડાપ્રધાન બન્યા. આ વખતે તેઓએ 2004 સુધી પોતાનો કાર્યકાળ પૂર્ણ કર્યો. 2014ના ડિસેમ્બરમાં અટલજીને ભારત રત્ન આપવાની જાહેરાત કરવામાં આવી. માર્ચ 2015માં તત્કાલીન રાષ્ટ્રપતિ પ્રણવ મુખર્જીએ પ્રોટોકોલ તોડી અને અટલજીને તેમના ઘરે જઈને ભારત રત્નથી સન્માનિત કર્યા.