જો કે જૈશ-એ-મોહમ્મદના આતંકવાદીઓ અન્ય સંગઠનો સાથે મળીને અફઘાનિસ્તાનમાં પણ સક્રિય છે અને ભારતીય પ્રતિષ્ઠાનોને નિશાન બનાવતા હુમલાઓમાં સંડોવાયેલા છે.