જોકે ત્યારબાદ તેમના શાસનકાળમાં અનેક એવા મુદ્દા ઉપસ્થિત થયા જેનો તેમને ખરાબ રીતે સામનો કરવો પડ્યો હતો. મોંઘવારી, ગરીબી અને બેરોજગારી, પાટીદાર અનામત, સૌરાષ્ટ્રમાં ઈકો સેન્સિટિવ ઝોન, કેગ અહેવાલ તથા દુકાળની પરિસ્થિતિ મુદ્દે આનંદીબહેન પટેલની સરકાર વિકટ સમસ્યામાં છે અને કેટલાક મુદ્દાને કારણે તો દેશમાં ગુજરાત મૉડેલનો પ્રચાર કરવામાં ખુદ વડા પ્રધાન નરેન્દ્ર મોદીએ પણ પીછેહઠ કરવી પડી છે. કેન્દ્ર સાથે ગુજરાત સરકારને પણ બે વર્ષના શાસનમાં મુશ્કેલીઓ અને વિપરીત મુદ્દાઓનો સામનો કરવો પડ્યો છે.