શ્રી મુઝફ્ફર હુસેને આજીવન રાષ્ટ્રહિતમાં કાર્ય કર્યું. ભારત સરકારે તેમને પદ્મશ્રી એનાયત કરીને તેમનાં કાર્યને બિરદાવ્યું હતું. આ ઉપરાંત મહારાષ્ટ્ર અને કેન્દ્ર સરકાર તરફથી તેમને અનેક પુરસ્કાર મળ્યા હતાં. મહારાષ્ટ્ર સરકારે ૨૦૧૪માં તેમને લોકમાન્ય તિલક જીવન ગૌરવ પુરસ્કાર એનાયત કરી તેમનું સન્માન કર્યું હતું. ઉપરાંત, રાજમાતા પત્રકારિતા પુરસ્કાર, રામમનોહર ત્રિપાઠી પુરસ્કાર, પત્રકાર કેસરી પુરસ્કારથી પણ તેમને સન્માનિત કરવામાં આવ્યા હતા.