પોતાની સ્પીચમાં ભડકાઉ ભાષણ બાદ વિવાદોમાં આવેલા જાકીર નાઇક વિરુદ્ધ એનઆઇએ ટેરર ફંડિંગ અને મની લોન્ડ્રિંગની તપાસ કરી રહ્યા છે. એનઆઇએનાં નોટિસ છતા જાકીર નાઇક તપાસમાં સહકાર નહોતો આપ્યો. જાકીર નાઇકની વિરુદ્ધ બિનજામીન પાત્ર વોરન્ટ પણ ઇશ્યુ કરવામાં આવ્યો છે. તપાસમાં સહયોગ ન કરવા બાદ એનઆઇએએ વિદેશ મંત્રાલય પાસે જાકીર નાઇકનો પાસપોર્ટ રદ્દ કરવા માટેની માગં કરી હતી.