1336 અને 1600 વચ્ચેના તોફાનના યુગ દરમિયાન આ નીન્જા પોતાની રીતે આવ્યા હતા, જ્યાં સતત યુદ્ધ વાતાવરણ હતું, નેનબુકુચી યુદ્ધો (1336 - 1392), ઓનિન વોર (1460) માં મહત્વની ભૂમિકા ભજવતા બધા પક્ષો માટે નીન્જા કુશળતા જરૂરી હતી.