શંકરાચાર્યના રાજકીય સંપર્કો પણ ઘણા મજબૂત હતા. મુસ્લિમ મૌલવીઓ અને ઓલ ઇન્ડિયા પર્સનલ લૉ બોર્ડના સભ્યો સાથે વાટાઘાટોથી અયોધ્યા રામ મંદિરના વિવાદનો ઉકેલ આવે એ માટે પણ શંકરાચાર્યે ઘણા પ્રયત્નો કર્યા હતા. જોકે મુસ્લિમ પ્રતિનિધિઓએ તેમની વિશ્વસનીયતાના ધોરણે શંકરાચાર્યનો મધ્યસ્થી તરીકે સ્વીકાર કર્યો હતો છતાં તેમને પ્રયત્નોમાં સફળતા મળી નહોતી.