ઊંડી પેશી મસાજ દરમિયાન શારીરિક અગવડતાના અમુક સ્તર હોઈ શકે છે, કારણ કે મસાજ ચિકિત્સક ઊંડા સ્નાયુ સ્તરો પર કામ કરે છે.