એવું માનવામાં આવે છે કે હાશિમટો રોગની જેમ, હાશિમોટોની એન્સેફાલોપથી સ્વયંપ્રતિરક્ષા છે, અને શરીરની પોતાના અંગો, ગ્રંથીઓ અને પેશીઓને લક્ષ્યાંકિત કરતી એક આક્રમક પરંતુ ભૂલથી પ્રતિકારક તંત્ર દ્વારા થાય છે.