ભાજપે આરોપ મૂક્યો હતો કે, ઇશરત કેસમાં યુપીએ સરકારે ગુજરાતના તત્કાલીન મુખ્ય પ્રધાન નરેન્દ્ર મોદીને બદનામ અને રાજકીય વિરોધીઓને પરેશાન કરવા સીબીઆઈનો દુરુપયોગ કર્યો હતો.