મસ્જિદના ઉદઘાટનના થોડા સમય પછી, ઘણા ઇન્ડોનેશિયાવાસીઓ માનતા હતા કે ઇસ્ટિકલાલ મસ્જિદના ગુંબજ અને મિનેર સ્પષ્ટ આરબ શૈલીમાં બનાવવામાં આવ્યા હતા અને તેની સ્થાપત્ય સામાન્ય રીતે સ્વીકૃત ઇન્ડોનેશિયન-ઇસ્લામિક સ્થાપત્ય પરંપરાઓથી અલગ છે.