અધિકાર બોક્સની બહાર એપલ આઇફોન 6s, ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ સૌથી તાજેતરનું સંસ્કરણ હેઠળ ચાલે છે - iOS 9. તે ખાસ કરીને આ ગેજેટની જાહેરાત માટે ઉત્પાદક દ્વારા વિકસાવવામાં આવી હતી.