હાશીમોટો રોગ ત્યારે થાય છે જ્યારે તે રોગપ્રતિકારક તંત્રમાં નિષ્ફળતા, એટલે કે, જ્યારે તે અતિશય પ્રતિભાવ અથવા ટી દાબી પ્રવૃતિ ઘટાડીને છે.