નાયપૉલે પ્રથમ લગ્ન પેટ્રીસિયા એન. હેલ સાથે 1955માં કર્યા હતા પણ 1996માં પેટ્રીસિયાનું અવસાન થયું હતું ત્યારબાદ તેમણે પાકિસ્તાની પત્રકાર નાદિરા અલ્વી સાથે લગ્ન કર્યા હતા.