ધ્યાનથી બીજો એક ફેરફાર ધ્યાનમાં આવ્યો છે કે બ્રેનના hippocampus વિભાગના ગ્રે મૅટરમાં વધારો થયેલો, જે વિભાગ મૅમરી અને લર્નિગ માટે મહત્વના હોય છે, અને amygdale વિભાગના ગ્રે મૅટરમાં ઘટાડો નોંધાયો જે pre-cortical alarm system માટે ઇનિશિએટર છે. આનાથી એવું તારણ નીકળે કે meditation increases conscious control over emotional, behavioral, and attentional response to threat.