શિવેન્દ્ર ગુપ્તાની લાયકાત અને નિમણૂકને પગલે વિવાદનો વંટોળ સર્જાયો છે. ડો. ગુપ્તાએ કાર્યભાર સંભાળતાની સાથે જ તેમની નિમણૂક સામે અનેક પ્રશ્નો સર્જાયા હતા.