ત્યારબાદ તેણે ૨૩ વર્ષો સુધી ચાંપાનેરને ફરી વસાવવાનું કામ કરાવ્યું અને તેનું નામ મુહમદાબાદ રાખ્યું, ત્યારબાદ તેણે સલ્તનતની રાજધાની અમદાવાદથી ત્યાં ખસેડી. ઇ. સ. ૧૫૩૫માં ગુજરાતના બહાદુર શાહનો પીછો કરતાં હુમાયુએ ૩૦૦ મુગલો સાથે ત્યાં ચડાઇ કરી હતી.