પરંતુ જીએસટીના નવા મોડલ એક્ટ સેક્શન-૫૩ મુજબ વેપારીઓના ઓડિટ કરવાની સત્તા સીએ અને આઈસીડબલ્યુએને જ આપવામાં આવી છે અને તેના કારણે નાના વેપારીઓની મુશ્કેલી વધી શકે છે. ટેક્સ નિષ્ણાતોના જણાવ્યા પ્રમાણે સીએ અને આઈસીડબલ્યુએને જ ઓડિટ કરવાની સત્તા આપવામાં આવવાના કારણે નાના વેપારીઓના ઓડિટ કરવાના ખર્ચમાં પણ વધારો થવાની શક્યતા છે, જોકે આ દરખાસ્તને જીએસટી કાઉન્સિલમાં મંજૂરીની મહોર માર્યા બાદ સંસદમાં ‌િબલ પસાર થયા બાદ કાયદો બની શકે છે.