સ્વતંત્રતા મળ્યા પછી ભારતે આ ઘટનાની તપાસ કરાવવા માટે ૧૯૫૬ તથા ૧૯૭૭માં બે વખત આયોગની નીયુક્તી કરી દુર્ઘટના બાબતની તપાસ કરવામાં આવી. ૧૯૯૯માં મનોજકુમાર મુખર્જીના નેતૃત્વમાં ત્રીજા આયોગની રચના કરવામાં આવી હતી. તપાસ દરિમયાન ૨૦૦૫માં તાઈવાન સરકારે મુખર્જી આયોગને જણાવ્યુ હતુ કે, ૧૯૪૫માં તાઈવાનની ભુમી પર કોઈ વિમાન દુર્ઘટનાગ્રસ્ત થયુ જ ન હતુ. ૨૦૦૫માં મુખર્જી આયોગે ભારત સરકારને પોતાનો રિપોર્ટ સુપરત કર્યો, જેમાં તેમણે દર્શાવ્યુ હતુ કે, નેતાજીની મૃત્યુ વિમાન દુર્ઘટનામાં થયુ હોવાના કોઈ પુરાવા નથી. ભારત સરકારે મુખર્જી આયોગની આ રિપોર્ટનો અસ્વીકાર કરી દીધો. પણ ૧૮મી ઓગષ્ટ, ૧૯૪૫ના દિવસે નેતાજી ક્યાં ગુમ થઈ ગયા અને ત્યાપછી શુ બન્યુ, ભારતના ઈતિહાસમાં અનુત્તર રહેલો સૌથી અઘરો પ્રશ્ન બની ગયો છે.