ત્યારબાદ ૧૫૪૧માં તેમને ત્યાં એક પુત્રનો જન્મ થયો જેનું નામ બદરૂદીન રાખવામાં આવ્યું પરંતુ હુમાયુએ પુત્રનું નામ બદલીને જલાલુદીન મોહમ્મદ રાખ્યું ત્યારબાદ હુમાયુ પર હુમલો થતાં જીવ બચાવવા તે પોતાની બેગમ સાથે ઈરાન ભાગી ગયો અને જલાલુદ્દીનને પોતાના કાકાઓના સંરક્ષણમાં રહેવું પડયું. પહેલા થોડાં દિવસો તે કંદહારમાં અને ત્યાર પછી કાબુલમાં રહ્યો અને ૧૫૪૫થી કાબુલમાં હુમાયુને પોતાના ભાઈઓ સાથે સંબંધો બહુ સારા ના હોવાથી જલાલુદ્દીનની સ્થિતી કેદી કરતાં થોડીક જ સારી હતી તેમ છતાં સૌ તેની સાથે સારો વ્યવહાર કરતા અને તેને કંઈક વધુ પ્રમાણમાં લાડ પણ લડાવતા.[૯]