જેમ જેમ અનિચ્છનીય પ્રોટીનને ધીમે ધીમે મિશ્રણમાંથી દૂર કરવામાં આવે છે, એસડીએસ-PAGE જેલ પર જોવાયેલા બેન્ડની સંખ્યા ઘટી જાય છે, જ્યાં સુધી ઇચ્છિત પ્રોટીનનું પ્રતિનિધિત્વ કરતી માત્ર એક જ બેન્ડ નથી.