જો માસિક ચક્રનું ફિઝિયોલોજી (Physiology) સમજીએ તો આ આખું ચક્ર મગજમાં આવેલા હાયપોથેલેમસ નામના ભાગ સાથે જોડાયેલું છે, જેમાંથી ગોનાડોટ્રોફીન રિલીઝિંગ હોર્મોન બહાર પડે છે જે પિચ્યુટરી ગ્રંથિને કંટ્રોલ કરે છે અને પિચ્યુટરીમાંથી FSH અને LH નામનો અંતઃસ્ત્રાવ બહાર પડે છે, જે સ્ત્રીના અંડપિંડને કંટ્રોલ કરે છે.