વર્ષ 2002 માં મુખ્યમંત્રી રહેવા દરમિયાન નરેન્દ્ર મોદીને એક ધમકીભર્યો ઈમેલ મળ્યો હતો. આ ઈમેલ મોકલનાર વ્યક્તિએ ધમકી આપી હતી કે તે ફેબ્રુઆરી, 2003 સુધીમાં નરેન્દ્ર મોદી અને તેમના સહયોગીઓ વિશ્વ હિંદુ પરિષદ, બજરંગ દળ અને આરએસએસને ખતમ કરી દેશે. તેણે ઈમેલમાં લખ્યુ હતુ કે તે ભાજપ નેતા લાલકૃષ્ણ અડવાણી, વિહિપ નેતા, પ્રવિણ તોગડિયા અને અશોક સિંઘલને પણ ખતમ કરી દેશે.