બેનજીર ભુટ્ટો સરકારે ખાનના પાકિસ્તાનના પ્રથમ કમિશનર જનરલ નિયુક્ત કરવામાં આવ્યા હતા અને બાદમાં તેમણે પાકિસ્તાન સરકારના સંઘીય સચિવ પણ બનાવવામાં આવ્યા.