વિમાન કરાચીમાં હતું ત્યારે આતંકીઓ સિક્યોરિટી પર્સનલના પહેરવેશમાં વિમાનમાં દાખલ થયા હતા. તેમણે નીરજાને આદેશ આપ્યો કે, તે તમામ યાત્રીઓના પાસપોર્ટ ભેગા કરે, જેથી વિમાનમાં સવાર અમેરિકન અંગે તેમને જાણકારી મળે. એરક્રાફ્ટની અંદર આવતા જ તેમણે ગોળીબાર શરૂ કર્યો હતો, તેઓ ફ્લાઇટને ઇઝરાયેલ લઇ જઇ ક્રેશ કરવા માંગતા હતા.