ગૌણ માળખું પોલિએપ્પાથાઇડ અથવા પ્રોટીન અણુના સ્થાનિક ક્ષેત્રોમાં એમિનો એસિડ્સની ક્રમમાં ગોઠવણી અથવા ગોઠવણી છે.