૨૦૦૬ની ૧૧ જુલાઈએ મુંબઈની ટ્રેનોમાં થયેલા વિસ્ફોટો પછી ભાયખલાની ATS ઑફિસમાં ડૉ. ઝાકિર નાઈકને પૂછપરછ માટે બોલાવવામાં આવ્યા હતા, પરંતુ ATSને તેમની વિરુદ્ધ પગલાં લેવા માટે આધારરૂપ કોઈ નક્કર પુરાવા મળ્યા નહોતા.