ત્યાર બાદ બારમી સદીમાં ચંગીઝખાને અહીંયા આક્રમણ કર્યુ અને ચંગીઝની સેનાએ અહીં તબાહી મચાવી દીધી.સમરકંદથી લઇને ઉઝબેકીસ્તાનનાં અન્ય શહેરોને સળગાવી તબાહ કરી નાખ્યા.એને એટલા મોટા પાયે કત્લેઆમ કરી હતી કે પાત્ર ઉઝબેકીસ્તાનમાં પચાસ હજાર લોકો જ જીવતાં રહ્યા હતાં.તે સમયે મોંગોલ લશ્કરનો અમુક હિસ્સો અહીંયા રહી ગયો હતો અને સ્થાનિક પ્રજા સાથે ભળી ગયો હતો.