સાધ્વી પ્રજ્ઞાસિંહ ઠાકુર પહેલી વખત ત્યારે ચર્ચામાં આવી હતી જ્યારે વર્ષ 2008માં માલેગાંવ બ્લાસ્ટ કેસમાં તેની ધરપકડ કરવામાં આવી હતી.