એક અન્ય શિલાલેખ પણ વિવાદમાં છે જે વામપંથીઓના કથન મુજબ ત્યાં છળથી મૂકી દેવાયો હતો. જે દિવસે બાબરી મસ્જિદ તોડી નંખાઈ તે છઠ્ઠી ડિસેમ્બરે એક મોટો શિલાલેખ ૫ ફૂટ x ૨ ફૂટ મસ્જિદની દીવાલમાંથી મળ્યો હતો. અલાહાબાદ હાઈ કોર્ટના આદેશથી એ.એસ.આઈ.ના એપીગ્રાફી વિભાગ દ્વારા એનું લખાણ ઉકેલવામાં આવ્યું હતું. એ શિલાલેખ ચોખ્ખું દર્શાવે છે કે આ વિષ્ણુ-હરિ મંદિર છે અને મંદિરની બધી જ વિગતો આપે છે જેમ કે કોણે બંધાવ્યું, ક્યારે બંધાયું વગેરે વગેરે. જેનું કોઈ રીતે ખંડન કરી ના શકાય એવી જબરદસ્ત સાબિતી આ હતી, જે મુજબ મંદિર ત્યાં ખરેખર હતું અને વિવાદિત બાંધકામ મંદિરને તોડીને કરવામાં આવ્યું હતું. પરંતુ વામપંથી ઈતિહાસકારોએ અને ખાસ કરીને ઈરફાન હબીબે દાવો કર્યો કે એ “વિષ્ણુ-હરિ” શિલાલેખ બાબરી મસ્જિદના કાટમાળમાંથી નહીં પરંતુ લખનૌ મ્યુઝિયમમાંથી ચોરીને એ સ્થળે મૂકી દેવાયો હતો. એટલે આ બાબત ખુબ જ મહ્ત્વનો પ્રશ્ન ઊભો કરે છે કે આ શિલાલેખને વિવાદને સ્થળે હજારો લોકોની અને પ્રસાર માધ્યમોની હાજરીમાં કઈ રીતે મુકાયો? અને એથી યે વધું જટિલ પ્રશ્નનું સમાધાન થતું નથી કે લખનૌ મ્યુઝિયમમાંથી એ ક્યારે ચોરાયો?