હુમાયુ માટે માળવા અને ગુજરાત એક રીતે પાક્કા ફળની જેમ તેના ખોળામાં આવીને પડ્યાં હતાં, પણ આવા અત્યંત સમૃદ્ધ પ્રદેશોમાં સ્થાયી વ્યવસ્થા સ્થાપવાને બદલે પોતાની આદત મુજબ મોજશોખમાં પડી ગયો. લગભગ એક વર્ષ સુધી ગુજરાતમાં હુમાયુ એટલા જલસા અને ભોગવિલાસમાં સરી પડ્યો કેગુજરાતમાં કોઈ જ વ્યવસ્થા ન કરી શક્યો. તે પછી પણ પાટણ, ભરૂચ, ખંભાત, વડોદરા, ચાંપાનેર અને મહેમદાવાદમાં સુબાઓની નિયુક્તિ કરી, પરંતુ આ વ્યવસ્થા એટલી તો નબળી હતી કે હુમાયુ જેવો દિલ્હી પહોંચ્યો કે પરાજિત બહાદુર શાહ ફરી ચડી આવ્યો અને ગુજરાત મુઘલ શાસનનો ભાગ બને તે પહેલાં ૨૪ મે ૧૫૩૬ના રોજ મુઘલ સુબાઓને ખદેડી મૂક્યા અને ગુજરાત પુન: જીતી લીધું.