જોકે વડાપ્રધાનને આ શિક્ષણશાસ્ત્રી પર પૂરો ભરોસો હતો એટલે તેમણે હુસૈન સાહેબની ઈચ્છા મુજબ તેમને અલિગઢ મુસ્લિમ યુનિવર્સિટીના કુલપતિ તરીકે નિયુક્ત કર્યા.