માછલીઘર રાખનારની સૌથી પહેલી ચિંતા માછલીઘરમાં રહેતી માછલીઓ દ્વારા કરવામાં આવતા કચરાની શું વ્યવસ્થા કરવી તે હોય છે. માછલીઓ, જળચર પ્રાણીઓ, ફૂગ અને બેકટેરિયા નાઈટ્રોજન કચરો એમોનિયા બહાર કાઢે છે (જે એમોનિયમ, એસિડવાળા પાણીમાં ફેરવાર છે) અને ત્યારબાદ તે નાઈટ્રોજન ચક્રમાંથી પસાર થાય તે જરૂરી છે.વનસ્પતિ અને પ્રાણીઓના પદાર્થોનું વિઘટન થઇ એમોનિયા ઊત્પન્ન થાય છે, તેમાં મળ અને અન્ય અવશેષોનો પણ સમાવેશ થાય છે. નાઈટ્રોજનમાંથી ઊત્પન્ન થતો કચરો વધુ પ્રમાણમાં હોય તો માછલીઓ અને માછલીઘરમાં રહેતા બીજા જીવો માટે ઝેરી સાબિત થઈ શકે છે.[૪૬]