આ સંસ્થાએ આસામમાં ચાલી રહેલી નેશનલ રજીસ્ટર ઓફ સિટીઝન્સની નોંધણી તથા ગૃહ પ્રધાન શાહ દ્વારા પ્રસ્તાવિત દેશવ્યાપી નેશનલ રજીસ્ટર ઓફ સિટીઝન્સ અંગે કહ્યું છે કે યુએસસીઆઇઆરએફને એવી દહેશત છે કે ભારત સરકાર ભારતીય નાગરિકતા માટે ધાર્મિક પરિક્ષણની સ્થિતિનું સર્જન કરી રહી છે, જેને લીધે લાખોની સંખ્યામાં મુસ્લિમોની નાગરિકતા પર જોખમ સર્જાઈ શકે છે.