સંપ્રદાય સ્થાપનાના થોડા દશકો બાદ મહર્ષિ દયાનંદે શ્રી સ્વામીનારાયણને ભગવાન તરીકે સ્વીકારવામાં પ્રશ્ન ઉઠાવ્યો હતો. તેમના મત પ્રમાણે આ સંપ્રદાય વેદોના મતથી ભિન્ન છે અને મુક્તિદાયક નથી. વળી આ સંપ્રદાયના અનુયાયીઓ પર અનીતિથી ધન એકઠું કરવું અને પૈસા અને સત્તાનો દુરુપયોગ કરવાનું આળ પણ લાગ્યું છે.[૧૪] સ્વામી દયાનંદના વિધાન મુજબ, કે જે ૧૮૭૫માં અપાયું હતું, તેમણે કહ્યું હતું કે, "આ એક ઐતિહાસિક તથ્ય છે કે શ્રી સ્વામીનારાયણે અનુયાયીઓની સંખ્યા વધારવા પોતાની જાતને નારાયણ ગણાવી".[૧૫]