આ સાંભળીને રાણી ખૂબ જ પ્રભાવિત થયા અને તેમણે તરત જ દક્ષિણેશ્વર ગામમાં ૨૫ એકરની જગ્યા લીધી. સન ૧૮૪૭થી ૧૮૫૫ સુધી ૯ વર્ષ સુધી કામ ચાલ્યું અને તે સમયના ૯,૦૦,૦૦૦ ના ખર્ચે મંદિર સંપન્ન થયું. બંગાળની પરમ્પરાગત પધ્ધત પ્રમાણે 'નવ-રત્ન' અથવા તો નવ-શિખર વાસ્તુકળામાં બનાવાયેલ આ મંદિર ત્રણ માળ ઊંચું અને દક્ષિણ-મુખી છે. મુખ્ય મંદિર ૩૦ મીટર અથવા તો ૧૦૦ ફૂટ ઊંચું છે. શિવજીના ૧૨ નાના મંદિરો પૂર્વ-મુખી છે અને હુગલી નદીના ઘાટની બંને બાજુએ સ્થિત છે. રાધા-કૃષ્ણ મંદિર મુખ્ય મંદિરની ઇશાન બાજુએ આવેલું છે. જ્યેષ્ઠ મહિનાની પૂનમ એટલેકે એ 'સ્નાન યાત્રા'ના પવિત્ર એવા ૩૧મી મે ૧૮૫૫ના દિવસે મંદિરમાં માતાની પ્રાણપ્રતિષ્ઠા કરવામાં આવી. પૂરા ૧ લાખ બ્રાહ્મણો દેશભરમાંથી પ્રાણપ્રતિષ્ઠા કરવા આવ્યા હતા. રામકુમાર ચટ્ટોપાધ્યાય આ નવા શ્રી શ્રી જગદીશ્વરી મહાકાળી મંદિરના મુખ્ય પૂજારી નિમાયા. થોડાક જ વખતમાં તેમના નાના ભાઈ ગદાઈ કે ગદાધર પણ તેમની સાથે જોડાયા કે જે પાછળથી રામકૃષ્ણ પરમહંસ તરીકે ખ્યાતનામ થયા. મંદિરના ઉદઘાટનના વર્ષ બાદ જ રામકુમારનું અવસાન થતાં રામકૃષ્ણ અને તેમના પત્ની શારદા દેવીના હાથમાં સંચાલન સોંપવામાં આવ્યું.