આમ છતાં, ઘનિષ્ઠ ખેતીના ટકાઉપણા સામે પણ ઘણી ચિંતાઓ વ્યક્ત કરવામાં આવી છે. ઘનિષ્ઠ ખેતી ભારત અને એશિયામાં જમીનની ઘટતી જતી ગુણવત્તા સાથે સંકળાયેલી છે, અને વિશેષ રૂપે વસ્તીમાં થઇ રહેલા વધારાને કારણે ખોરાકની વધતી જતી માગને કારણે પર્યાવરણ પર ખાતરો અને જંતુનાશકોની થતી અસરોને કારણે થતા નુક્શાન અંગેની ચિંતાઓમાં વધારો થયો છે. ઘનિષ્ઠ ખેતીમાં ઉપયોગમાં લેવામાં આવતા મોનોકલ્ચર જંતુઓની સંખ્યામાં વધારો કરે છે, જેને જંતુનાશકો દ્વારા નિયંત્રણમાં લઇ શકાય છે. ઇન્ટીગ્રેટેડે પેસ્ટ મેનેજમેન્ટ (IPM) કે જેને દાયકાઓથી પ્રોત્સાહન આપવામાં આવે છે અને જેણે ઘણી નોંધપાત્ર સફળતાઓ મેળવી છે તેણે જંતુનાશકોનો ઉપયોગ પર બહુ નજીવી અસર કરી છે, કેમકે નીતિઓ જંતુનાશકોના ઉપયોગને ઉત્તેજન આપે છે અને આઇપીએમ જ્ઞાન-સભર છે.[૨૫] "હરિયાળી ક્રાંતિ"એ એશિયામાં ચોખાની ઉપજમાં નોંધપાત્ર રીતે વધારો કર્યો હોવા છતાં, છેલ્લા 15-20 વર્ષોમાં ઉપજમાં કોઇ વધારો નોંધાયો નથી.[૨૫] ઘઉં માટેની આનુવંશિક "ઉપજ સંભવિતતા"માં વધારો થયો છે, પરંતુ ચોખા માટેની ઉપજ સંભવિતતામાં 1966થી કોઇ વધારો થયો નથી અને મકાઈ માટેની ઉપજ સંભવિતતામાં "છેલ્લા 35 વર્ષમાં ભાગ્યે જ વધારો થયો છે".[૨૫] હર્બિસાઇડ-પ્રતિરોધક નીંદણ બહાર આવવામાં એક કે બે દસકાઓ લાગે છે, અને એક દસકાના સમયમાં જંતુઓ જંતુનાશકો સામે પ્રતિરોધક બને છે.[૨૫] પાકોના ફેરફારથી પ્રતિરોધકતાને પણ રોકી શકાય છે.[૨૫]