ક્રોહન રોગ પણ ટ્રાન્સમ્યુરલ જખમનું કારણ બને છે, જે આંતરડાની સમગ્ર જાડાઈને અસર કરે છે જેના પરિણામે સખ્ત અથવા તો ફસ્ટ્યુલા (આંતરડાના ભાગો વચ્ચે અણગમતી પેસેજ).