ત્યાર બાદ 1999માં પીએમ બન્યા પણ 12 ઓક્ટોબર 1999ના રોજ તત્કાળ સેના પ્રમુખ જનરલ મુશર્રફે તખતો પલટાવી દીધો અને દેશમાં ઈમરજન્સી લાગુ કરી.