યોજનાને ગાંધીજી તેમજ કૉંગ્રેસની મંજુરી મળ્યા બાદ સરદારે ભાગલા સમિતિમાં ભારતનું પ્રતિનિધીત્વ કર્યું જ્યાં તેમના નિરીક્ષણ હેઠળ લોક સંપત્તિની વહેંચણી કરવામાં આવી તથા તેમણે નેહરુ સાથે મળીને ભારતીય મંત્રી મંડળના સભ્યોની પસંદગી કરી. આમ છતાં સરદારે કે બીજા કોઈ ભારતીય નેતાએ ભાગલા વખતે થયેલી અતિ હિંસા તથા જનસમુદાયના થયેલા સ્થળાંતરની અપેક્ષા નહોતી કરી. તે વખતે સરદારે અત્યાવશ્યક જરૂરીયાતો પુરી પાડવા તેમજ સહાયકાર્યોનું આયોજન કરવામાં આગેવાની લીધી હતી. શાંતી જાળવવાના પ્રયાસ રુપે પાકિસ્તાની નેતાઓ સાથે મળીને તેઓએ સરહદ પાસના વિસ્તારોની મુલાકાત લીધી. આ પ્રયત્નો છતાં આશરે ૨ લાખથી લઈને ૧૦ લાખ લોકોના મૃત્યુ થયા હોવાનો અંદાજ છે અને બન્ને દેશોમાં મળીને શરણાર્થીઓની સંખ્યા ૧.૫ કરોડ઼થી વધુ હોવાનો અંદાજ છે. સરદાર જાણતા હતા કે દિલ્હી તેમજ પંજાબની પોલીસ, કે જેમની ઉપર મુસ્લિમો વિરુદ્ધ હુમલા આયોજીત કરવાના આરોપો હતા, તે લોકો પણ ભાગલા વખતની કરુણ પરિસ્થિતિથી પ્રભાવિત થયા હતા અને તેથી પરિસ્થિતિને સામાન્ય કરવા તેમણે દક્ષિણ ભારતથી સેનાની ટુકડીઓ મંગાવી તેમને કડક સંચારબંદી લાગુ કરવા તેમજ દેખો ત્યાં ઠાર કરવાના આદેશો આપ્યા હતા. દિલ્હીના નિઝામુદ્દીન ઔલિયા વિસ્તારમાં, કે જ્યાં હજારો મુસ્લિમો ઉપર હુમલા થવાનો ભય હતો, ત્યાંની દરગાહે જઈ તેમણે પ્રાર્થના કરી હતી તેમજ લોકોને મળીને પોલીસની મોજુદગીને વધારે મજબુત કરી હતી. વળતી હિંસાને રોકવા માટે પાકિસ્તાનમાં હિંદુઓ તેમજ શિખો ઉપર થતા અત્યાચારોની ખબરો તેમણે પ્રેસમાં છપાતા અટકાવી હતી. પાટનગરમાં સામાન્ય પરિસ્થિતિ બહાલ કરવા સરદારે દિલ્હી ઈમરજન્સી કમીટીની સ્થાપના કરી અને અમલીઓને પક્ષપાત તેમજ અવગણથી દુર રહેવાની જાહેરમાં તાકીદ આપી હતી. જ્યારે સરદારને ખબર પડી કે શિખોના મોટા જુથ પાકિસ્તાન તરફ જઈ રહેલા મુસ્લમાનો ઉપર હુમલા કરવાનું આયોજન કરી રહ્યા છે ત્યારે તેઓ ઉતાવળે અમૃતસર પહોંચી હિંદુ અને શિખ નેતાઓને મળ્યા. તેમણે એવી દલીલ મુકી કે નિ:સહાય ઉપર હુમલો કરવો તે કાયરતાભર્યું તેમજ અનૈતિક વર્તન છે અને તેનાથી પાકિસ્તાનથી ભારત આવી રહેલા હિંદુ તેમજ શિખો ઉપરના હુમલાઓ વધશે. તેમણે કોમના નેતાઓને બાંહેધરી આપતા કહ્યું હતુ કે જો તેઓ શાંતી અને સંયમ જાળવવાનો પ્રયત્ન કરી, મુસલમાનોની સલામતીનું ધ્યાન રાખશે તો પાકિસ્તાન દ્વારા તેની અવગણા સામે ભારત સરકાર આકરા પગલાં લેશે. આ ઉપરાંત તેમની સભાના અંતે જ્યારે બે લાખ લોકો તેમના ગાડીના કાફલાને ઘેરી વાળ્યા ત્યારે તેમને સંબોધતા સરદારે કહ્યું હતું કે: