રોગપ્રતિકારક તંત્ર એક બીજો પરિબળ મૌખિક સ્વચ્છતાની બહાર છે જે મૌખિક સ્વાસ્થ્ય સમસ્યાઓમાં ફાળો આપી શકે છે કારણ કે બીમારીના સમયમાં બેક્ટેરિયાને નિયમન કરવાની શારીરિકની ઘટાડવાની ક્ષમતા.