પ્રત્યેક ક્ષેત્રમાં કાર્યરત રહેલી આ સંસ્થાને માથે મહાત્મા ગાંધીની હત્યાનો આરોપ આવ્યો અને હિંદુ મહાસભાના સ્વાતંત્ર્યવીર સાવરકર સાથે જ સંઘના દ્વિતીય સરસંઘચાલક માધવ સદાશિવ ગોળવળકર (ગુરુજી) સહિતનાએ ગાંધીજીની હત્યાના ખટલામાં હત્યારા નથૂરામ ગોડસે સાથે જેલવાસ ભોગવવો પડ્યો.