જાપાનીઝ દ્વીપસમૂહ અનેક ટાપુઓ ધરાવે છે, જો કે, જાપાનનો મુખ્ય વિસ્તાર (97%) 4 મોટા  ટાપુઓ છે: હોકાઈડો,  હોન્શુ, શિકૂકુ અને કયુશુ.