૧૯૯૫માં હોકિંગે તેમને ન્યૂમોનિયા થયો ત્યારથી તેમની સંભાળ લેતી નર્સ એલેન મેસોન સાથે બીજા લગ્ન કર્યા. એ પહેલાં એલેને હોકિંગના સ્પિચ સિન્થેસાઇઝરની સંભાળ લેતાં એન્જિનિયર ડેવિડ મેસોન સાથે લગ્ન કર્યા હતા. ૨૦૦૪માં બ્રિટિશ સમાચારપત્રોમાં અહેવાલો છપાયા કે એલેને હોકિંગને ત્રાસ આપ્યો હતો અને કેમ્બ્રિજ પોલીસ તપાસ કરી રહી છે. જોકે ફરિયાદ ન નોંધાઈ અને હોકિંગે આરોપોનો રદિયો આપ્યો. બંને ૨૦૦૬માં છૂટાછેડા માટે સંમત થયાં. તે સમયગાળામાં ન્યૂ સાયન્ટિસ્ટ મૅગેઝિને હોકિંગને સવાલ પૂછ્યો હતો કે, તમને મોટા ભાગનો સમય કયા વિચારો આવે છે? હોકિંગે જવાબ આપ્યો, ‘સ્ત્રી એ સાવ વણઉકેલાયેલું રહસ્ય છે.’