એનઆઈએની તપાસમાં એવું ફલિત થયું હતું કે ગુજરાતના અક્ષરધામ અને જમ્મુના રઘુનાથ મંદિર તથા વારાણસીના સંકટ મોચન મંદિર પર થયેલા આતંકી હુમલાનો બદલો લેવા માટે આરોપીઓએ પાકિસ્તાની નાગરિકોને નિશાન બનાવવા માટે સમજોતા એક્સ્પ્રેસમાં બોંબ વિસ્ફોટનું કાવતરુ ઘડયું હતું.