જોકે તેમણે શરૂઆતમાં નવા ચૂંટાયેલા પ્રમુખ અબ્રાહમ લિંકનની રિપબ્લિકન નીતિઓને ટેકો આપ્યો ન હતો, તેમ છતાં હેનકોક ગૃહ યુદ્ધની શરૂઆતમાં યુનિયન આર્મી સાથે રહી હતી કારણ કે તેમને લાગ્યું હતું કે યુનિયનની જાળવણી કરવી જોઈએ.