આ આખી ઘટના એટ્લે કે એન્કાઉંટર અનેક વિવાદોમાં સપડાયું હતું આ ઉપરાંત આ ઘટનાનો લાભ કેટલાક રાજકીય પક્ષોએ પણ લીધો હતો તો સાથે સાથે જામિયા મિલીય ઇસ્લામિયા વિશ્વવિદ્યાલયના શિક્ષકો અને વિદ્યાર્થીઓએ આ ઘટનાનો સંપૂર્ણ પણે વિરોધ દર્શાવ્યો હતો.