પ્રણવ મુખર્જીને વર્ષ 2008 દરમિયાન સાર્વજનિક મામલાઓમાં તેમના યોગદાન બદલ ભારતના બીજા સર્વોચ્ચ નાગરિક પુરસ્કાર પદ્મ વિભૂષણ પણ આપવામાં આવ્યો છે.