શરીફ બીજી વાર ૧૯૯૭માં વડા પ્રધાન બન્યા ત્યારે લશ્કરી વડા જનરલ મુશર્રફે ૧૯૯૯માં તેમને સત્તા પરથી ઉતારી મૂકી સાઉદી અરેબિયામાં દેશનિકાલ કરી દીધા હતા.