વર્ષ 2005માં થયેલા સોહરાબુદ્દીન ઍન્કાઉન્ટર કેસમાં ગુજરાતના તત્કાલીન ગૃહરાજ્યમંત્રી અને સંખ્યાબંધ પોલીસ અધિકારીઓ સાથે અજય પટેલનું નામ પણ આવ્યું હતું.