માલેગાંવ બ્લાસ્ટના કેસની તપાસ પહેલાં મુંબઇ ATSને સોંપવામાં આવી હતી. ATSએ કેસ તપાસ કરતાં આ લોકોને આરોપી બનાવ્યા હતા. આ લોકોને પ્રતિબંધિત સંગઠન સિમી સાથે સંકળાયેલા હોવાનું દર્શાવવામાં આવ્યા હતા. પરંતુ એનઆઇએએ આ કેસની તપાસ પોતાના હાથમાં લીધા બાદ આ આરોપીઓને છોડીને 4 નવા લોકોને આરોપી બનાવ્યા.