પુરોહિત પર સેનાથી 60 કિલો આરડીએક્સ ચોરી કરવાનો આરોપ લગાવવામાં આવ્યો છે. આ આરડીએક્સનો ઉપયોગ કથિત રીતે માલેગાંવ બ્લાસ્ટમાં કરવામાં આવ્યો હતો. સાથે જ તેમની પર હિંદુ ઉગ્રવાદી સમૂહને પ્રશિક્ષણ આપવાનો પણ આરોપ લગાવવામાં આવ્યો છે. જો કે રાષ્ટ્રીય તપાસ એજન્સીએ સુપ્રીમ કોર્ટ સમક્ષ પુરોહિતની જમાનત મામલે પોતાનો વિરોધ નોંધાવ્યો છે. સાથે જ એનઆઇએ તે વાત પર પણ ચિંતા વ્યક્ત કરી છે કે આ જનામતથી કેસ પર અસર થઇ શકે છે.