કૃષિ દક્ષિણ સુડાનના અર્થતંત્રમાં પણ મુખ્ય ભૂમિકા ભજવે છે અને તે ઉદ્યોગના મુખ્ય ઉત્પાદનો કપાસ, શેરડી, ઘઉં, બદામ અને આંબા, પપૈયા અને કેળા જેવા ફળ છે.