જોકે ઇન્ટર્સ્ટિશલ સાઇસ્ટેટીસનું કારણ અજ્ઞાત નથી, એવું માનવામાં આવે છે કે સ્થિતિ મૂત્રાશયના રક્ષણાત્મક અસ્તર, રોગપ્રતિકારક તંત્ર, અને / અથવા પેલ્વિક નસમાં ખામીમાંથી પરિણમી શકે છે.