છેવટે વર્ષ 2006માં કુમારસ્વામીએ 42 ધારાસભ્યો સાથે પોતાના જ પિતાએ સ્થાપેલ પક્ષ જેડી(એસ)માંથી બળવો કર્યો અને ભાજપના સહયોગથી મુખ્યમંત્રી બનવાની મહેચ્છા પૂર્ણ કરી.