14 માર્ચ, 1995 ના રોજ તેઓ ગુજરાતના મુખ્યમંત્રી બન્યા, પરંતુ સાત મહિના પછી તેમના સાથી શંકરસિંહ વાઘેલાએ તેમની વિરુદ્ધ બળવો કરતા કેશુભાઈએ  રાજીનામું આપ્યું. હતો. વાઘેલએ શરુ કરેલી રાષ્ટ્રીય જનતા પાર્ટીએ (આરજેપી)  ઑક્ટોબર 1996 કોંગ્રેસના ટેકાથી સરકાર બનાવી પરંતુ 1998માં કોંગ્રેસે સમર્થન પાછું લેતા વિધાનસભા ભંગ કરવામાં આવી અને પટેલની આગેવાનીમાં ભાજપ સત્તા પર પાછુ ફર્યું અને 4 માર્ચ, 1998 ના રોજ તેઓ મુખ્ય પ્રધાન બન્યા.