તેના થોડા સમય બાદ જ્યારે કલ્યાણ સિંહના અટલ બિહારી વાજપેયી સાથે સંબંધ ખરાબ થઈ ગયા તો રાજનાથ સિંહ વાજપેયીની સાથે ઊભા રહ્યા.