જો કે પાછળથી ઇશરત જહાં નિર્દોષતા પર સવાલ ઉઠતા તપાસ થઇ. કેન્દ્ર અને રાજ્ય દ્વારા કરાયેલી તપાસમાં અનેક વિવાદો બહાર આવ્યા. સીબીઆઇના સાોંગદનામાં વાત બહાર આવી કે ઇશરત નિર્દોષ વિદ્યાર્થીની હતી અને અમદાવાદ પોલિસ અને આઇબીએ મળીને કે એક ફેક એન્કાઉન્ટર કર્યું છે.