પ્રતિબંધિત ટુકડાની લંબાઈ પોલીમૉર્ફિઝમ ( આરએફએલપી ) અથવા પીસીઆર અથવા બન્નેનો ઉપયોગ કરીને અને એક ન્યુક્લિયોટાઇડ્સ (સિંગલ ન્યુક્લિયોટાઇડ પોલીમોર્ફિઝમ્સ; એસએનપીઝ), ટૂંકા ટેન્ડેમ પુનરાવર્તન (એસટીઆર) અને અન્યમાં જાણીતા વિવિધતાવાળા સહિતના ડીએનએના જુદા જુદા વિસ્તારોને લક્ષ્યાંક કરીને વિવિધ ડી. એન. એ. ફિંગરપ્રિંટિંગ પદ્ધતિઓ અસ્તિત્વ ધરાવે છે.