બીજા બ્રેકડાઉન પધ્ધતિમાં એપી એ બી-સિકેક્ટેઝ (બી = બીટા) ઉત્સેચકો દ્વારા વિભાજિત થાય છે અને પછી વાય-સિક્રેસેસ (વાય = ગામા).