કારણ કે તે વિવિધ સ્રોતોમાંથી આવે છે, બાયોમાસ ફ્યુઅલ ગુણવત્તા અથવા ઉર્જા કાર્યક્ષમતામાં હંમેશા સુસંગત નથી, અને હજુ સુધી બાયોમાસ રિફાઈનરીઓ અને ડિસ્ટ્રીબ્યુટોર્સનું સુવ્યવસ્થિત નેટવર્ક નથી, જેમ કે ગેસોલીન અને નેચરલ ગેસ માટે.