ટૂંકા અને લાંબા પ્રોટોકોલ વચ્ચે મુખ્ય તફાવત એ છે કે, ટૂંકા પ્રોટોકોલ સાથે, દર્દી તરત જ ઉત્તેજક તબક્કામાં જાય છે, જ્યારે લાંબા સમય સુધી ત્યાં એક નિયમનકારી મંચ પણ હોય છે.