કિશોરવયે વાજપેયી બ્રિટિશ સંસ્થાનવાદી શાસનનો વિરોધ કરવા બદલ થોડા સમય માટે જેલમાં ગયા હતા. રાષ્ટ્રીય સ્વયંસેવક સંઘ (આરએસએસ) અને જન સંઘને ટેકો આપવા પહેલાં તેઓ સામ્યવાદી વિચારશ્રેણીથી પ્રેરિત હતા.