એન્ટિબાયોટિક્સ, પ્રેબાયોટિક્સ અને પ્રોબાયોટીક્સના ઉપયોગથી એફએમટીને ગટ સ્વાસ્થ્ય સુધારવા માટે બહેતર માનવામાં આવે છે, કારણ કે તંદુરસ્ત ફેકલ દ્રવ્યમાં બેક્ટેરિયાના "મૈત્રીપૂર્ણ" જાતોની ઘણી વિવિધતા છે.