આચાર્યશ્રીએ અનેકગ્રંથો લખ્યા છે જેમાં ‘શ્રીમદ્‌ ભાગવતની ટીકા સુબોધિની’ અને ‘ષોડશગ્રંથો’ ખૂબ પ્રસિદ્ધ છે.