જયારે નવાપુર સ્ટેશન બનાવામાં આવ્યું હતું ત્યારે મહારાષ્ટ્ર અને ગુજરાતનો બટવારો થયો ન હતો. ત્યારે નવાપુર સ્ટેશન સંયુક્ત મુંબઈ પ્રાંતમાં પડતું હતું, પણ જ્યારે મહાગુજરાત આંદોલન ની મદદથી અલગ ગુજરાત બનાવાની માંગ થઇ તો 1961 માં ભારત સરકારે બંને રાજ્યોની વહેંચણી કરીને મહારાષ્ટ્ર અને ગુજરાત બનાવ્યું. બટવારામાં નવાપુર સ્ટેશન બંને રાજ્યોની વચ્ચે આવી ગયું.