તેમના પર પોલિસની ચાંપતી નજર પહેલેથી હતી, કેમ કે, તેઓ એલ.ટી.ટી.ઈ.ના સમર્થક હતા. 1992માં તેમણે એલ.ટી.ટી.ઈ.ની તરફેણમાં આપેલા એક વક્તવ્ય બદલ તેમની પર રાજદ્રોહનો આરોપ મૂકવામાં આવ્યો હતો. 1994માં તેમનું આરોપનામું ઘડવામાં આવ્યું, પણ તેની સુનવણી થઈ નહીં. ત્યાર પછી નેદુમારને એલ.ટી.ટી.ઈ.ના વડા વી. પ્રભાકરન વિશે વધુ એક વક્તવ્ય આપ્યું. આથી પોલિસે અગાઉના રાજદ્રોહના આરોપનામામાં હવે ત્રાસવાદને નાથવા માટે ઘડાયેલા વિશેષ કાનૂન ‘પોટા’ (પ્રિવેન્‍શન ઑફ ટેરરિઝમ એક્ટ) પણ લગાડ્યો. પંદર મહિનાનો જેલવાસ ભોગવ્યા પછી વિશેષ અદાલતે 2003માં તેમને મુક્ત કર્યા. તેમનાં લખેલાં પુસ્તકો જપ્ત કર્યા પછી 2005માં તેમની સામે એ બાબતે આરોપનામું દાખલ કરાયું, પણ સેશન્સ અદાલતે તેમને મુક્ત કર્યા. ત્યાર પછી તેમણે પોતાનાં પુસ્તકોનો કબજો મેળવવા માટે અરજી દાખલ કરી. ‘આ પુસ્તકોનું વિતરણ થશે તો તે વાચકોના મગજમાં ઉપદ્રવ મચાવશે તેમજ જાહેર શાંતિનો ભંગ તે કરશે.’ આમ જણાવીને ન્યાયાધીશે આ અરજીને 2007માં રદ કરી દીધી હતી. આની વિરુદ્ધ નેદુમારને મદ્રાસ વડી અદાલતનો સંપર્ક કર્યો હતો. કેસની સુનવણી દરમિયાન એડવોકેટ જનરલ વિજય નારાયણે આ પુસ્તકની નકલ રજૂ કરી હતી અને દલીલમાં કહ્યું હતું, ‘આ પુસ્તકમાં ભારતીય સેના તેમજ ભૂતપૂર્વ વડાપ્રધાન રાજીવ ગાંધીની વિરુદ્ધમાં આક્ષેપો છે.’ આમ કહીને તેમણે આ પુસ્તક નેદુમારનને પાછાં આપવામાં ન આવે એવો આગ્રહ રાખ્યો હતો.