નવજાત શિશુમાં હાઈપોસ્પાડીયાના ઉદભવના મુખ્ય કારણ શરીરમાં હોર્મોનલ ડિસઓર્ડ્સ ગણવામાં આવે છે, જે સગર્ભાવસ્થાના પ્રારંભિક તબક્કામાં બાળકની માતા દ્વારા હોર્મોનલ દવાઓ લેવાની પૃષ્ઠભૂમિ સામે થઇ શકે છે.