સ્વામી ચેન્નૈયા અને અગાઉ આ મઠના કોષાધ્યક્ષ રહી ચુકેલા વર્તમાન કલ્યાણ પ્રધાન એચ. અંજનેયા વચ્ચે વિવાદ થઇ ચુક્યો છે.