ત્યારબાદ વર્ષ ૧૯૯૮માં તેઓ બીજી વખત વડાપ્રધાન બન્યા તે સમયે સરકાર માત્ર ૧૩ મહિના ચાલી અને ત્યારબાદ વર્ષ ૧૯૯૯માં અટલ બિહાર વાજપેયી ત્રીજી વખત વડાપ્રધાન બન્યા અને પાંચ વર્ષ વડાપ્રધાન તરીકે મુદત પૂરી કરનાર પહેલા બિન કોંગ્રેસી વડાપ્રધાન હતા.