મોટાભાગની ઇમારતોની જેમ એસ્કોરિયલને કેન્દ્રમાં એક લંબચોરસ સ્વરૂપમાં બનાવવામાં આવ્યું હતું, જેમાં ચર્ચ ઉભું કરવામાં આવ્યું હતું.