FPIES ખોરાકની એલર્જી સાથે ભેળસેળ થઈ શકે છે કારણ કે ચોક્કસ ખોરાકના વપરાશ પછી પ્રતિક્રિયા થાય છે; જોકે, કારણ કે FPIES ધરાવતા મોટાભાગના બાળકો ટ્રિગર ખોરાક સામે એલર્જિક એન્ટિબોડીઝ બનાવતા નથી, એલર્જી પરીક્ષણો ઉપયોગી નથી.