વણઝારાની અરજીનો વિરોધ કરતાં સીબીઆઈએ રજૂઆત કરી હતી કે તેમની સામે પણ ષડયંત્રનો કેસ સાબિત થયો છે અને તેમની સૂચનાથી જ એન્કાઉન્ટર કરવામાં આવ્યું હતું.