મુકરજી ૧૯૪૨માં ફઝલુલ હકની સરકારમાં નાણાં પ્રધાન હતા અને હિંદુ-મુસ્લિમ એકતા જાળવીને અલગ બંગાળ દેશના પક્ષધર હતા એ વાતને આગળ કરવાના વ્યૂહ રચાય.