જે રીતે પાણીપૂરીનો ફાયદો છે તે રીતે કેટલાક નુકસાન પણ છે. એક હદથી વધારે પાણીપૂરી ખાવી આરોગ્ય માટે જોખમી છે. કેટલાક લોકો એવું માને છે કે પાણીપૂરી ખાવાથી વજન ઘટે છે પરંતુ, વજન ઘટવાને બદલે તે વજન વધારે છે. તેથી ખાવામાં તકેદારી રાખવી જરૂરી છે.