ક્લોરેક્સિડેઈન જ્યારે તેનો ઉપયોગ થાય છે, ત્યારે જ જીવાણુઓનો નાશ કરવામાં આવે છે, પણ કેટલાક બેક્ટેરિયા, ફૂગ, વાયરસ.