NPS ટ્રાન્ઝેક્શન પર જે પણ ચાર્જ અમલી બને છે, તથા સર્વિસ ટેક્સની જે રકમ ચૂકવવામાં આવે છે તે એનપીએસમાં કરવામાં આવેલી ફાળવણીમાંથી બાદ મળે છે. ત્યાર બાદ જે રકમ રહે છે તે એનપીએસ એકાઉન્ટમાં જમા કરવામાં આવે છે.