શેર બહાદુર દેઉબા બીજીવાર સરકારમાં આવ્યા પરંતુ 1 ફેબ્રુઆરી, 2005ના રોજ જ્ઞાનેન્દ્રે વધુ એક વાર તેમને ગાદી પરથી હટાવ્યા અને તે પછી છ મહિના બાદ તેમને ભ્રષ્ટાચારના આરોપમાં જેલમાં ધકેલી દીધા.