સંજીવ ભટ્ટે ગુજરાતમાં કથિત નકલી એન્કાઉન્ટરોમાં અમિત શાહનો હાથ હોવાનો દાવો પણ કર્યો હતો, પરંતુ આ આરોપ અદાલતમાં સિદ્ધ થઈ શક્યા નહીં.