ડૉ. આંબેડકરે જેમ હિન્દુઓની ઊણપો વિશે લખ્યું છે એમ મુસ્લિમ કમીઓ વિશે પણ વિસ્તૃત લખ્યું છે. 1940ના અરસામાં ડૉ. આંબેડકરનું પુસ્તક "થૉટ્સ ઑન પાકિસ્તાન" પ્રકટ થયું ત્યારે હિન્દુ-મુસ્લિમ વૈમનસ્ય પરાકાષ્ઠાએ હતું. આ પુસ્તકનાં 151થી 182 સુધીનાં પૃષ્ઠો પર મુસ્લિમોએ હિન્દુઓ પર કરેલા અમાનુષી જુલ્મોનું સવિસ્તર બયાન છે, જેની સામે સને 2002ની ગુજરાતની હિંસા તદ્દન સામાન્ય લાગે છે. ગાંધીજીએ સપ્ટેમ્બર 8, 1920ને દિવસે લખ્યું હતું કે, મૌલાના શૌકતઅલીએ કહ્યું હતું કે હિન્દુઓ "વંદેમાતરમ"નો નારો લગાવશે તો મુસ્લિમો "અલ્લહો-અકબર" પોકારશે.