તેના જીવાણુનાશક ગુણધર્મોને લીધે, ક્લોરેક્સિડેઇનને કાકડાનો સોજો કે દાહ, ગિંગિવાઇટિસ,  કાકડાનો  સોજો કે દાહ જેવા રોગો સામે લડતમાં લોકપ્રિયતા મળી છે.