જોકે, કરનૈલ સિંહ સરકારના માનીતા રહ્યા છે પણ ઇડીમાં વિવાદાસ્પદ અધિકારી રાજેશ્વર સિંહના પદ પર જાળવી રહેવા અંગે તેઓ સરકારના નિશાના પર આવી ગયા છે.