શ્યામજી કૃષ્ણ વર્માનો જન્મ 4થી ઓક્ટોબર, 1857 ના રોજ માંડવી, કચ્છ, ગુજરાતમાં એક પ્રાંત થયો હતો. તે એક કોટન પ્રેસ કંપનીમાં કામ કરતા શ્રી કરશન ભાનુશાળીના પુત્ર હતા અને ફક્તા અગિયારા વર્ષના હતા ત્યારે તેમની માતાનું અવશાન થયુ હતું. પછી શ્યામજી કૃષ્ણ વર્માનો ઉછેર તેમના દાદીમાં દ્વારા કરવામાં આવેલ.