સંઘ સાથે તેમનો કાર્યકારી સંબંધ તે બાદ તૂટી ગયો પણ દિલ્હીમાં બેઠેલા ભાજપના નેતાઓના પરસ્પર ઝઘડાના કારણે ૨૦૦૯ની લોકસભા ચૂંટણીમાં તેમને પાર્ટીના વડા પ્રધાન પદ માટે ઉમેદવાર બનાવવામાં આવ્યા અને એ સાથે જ પાર્ટીની બેઠકો પહેલાં કરતાં પણ ઓછી થઈ ગઈ.