આમ છતાં, વનસ્પતિની આનુવંશિક અભિયાંત્રિકી વિવાદિત સાબિત થઇ છે. જીએમઓ અંગે ખાદ્ય સલામતી અને પર્યાવરણ પર થતી અસરોમાં વધારો વધારો થતો આવ્યો છે. ઉદાહરણ તરીકે, પરિસ્થિતી વિજ્ઞાનના વિજ્ઞાનીઓ અને અર્થશાસ્ત્રીઓએ જીએમઓ સામે પ્રશ્નો ઉઠાવ્યા છે. આ જીએમઓ પદ્ધતિઓમાં ટર્મીનેટર સીડ્સનો સમાવેશ થાય છે [૬૧][૬૨]જે આનુવંશિક સુધારો છે જે જંતુરહિત બીજનું સર્જન કરે છે. ટર્મીનેટર સીડ્સ સામે હાલમાં મજબૂત આંતરરાષ્ટ્રીય વિરોધ ઉઠી રહ્યો છે અને વૈશ્વિક પ્રતિબંધ માટે સતત પ્રયાસો થઇ રહ્યા છે.[૬૩] કંપનીઓને આપવામાં આવેલું પેટન્ટનું રક્ષણ એ અન્ય વિવાદિત મુદ્દો છે જે આનુવંશિક અભિયાંત્રિકીનો ઉપયોગ કરીને નવા પ્રકારના બીજનો વિકાસ કરે છે. કંપનીઓ પાસે જ્યારથી તેમના બીજોની બૌદ્ધિક માલિકી છે, તેઓ તેમના પેટન્ટના ઉત્પાદનો માટે શરતો અને સ્થિતી અંગે આદેશો કરવાની સત્તા ધરાવે છે. હાલમાં, દસ બીજ કંપનીઓ બીજના વૈશ્વિક વેચાણના બે-તૃતિયાંશ હિસ્સા પર નિયંત્રણ ધરાવે છે.[૬૪] વંદના શીવાએ એવી દલીલ કરી હતી કે આ કંપનીઓ જીવનની પેટન્ટ લઇને બાયોપાયરસી તેમજ નફા[૬૫] માટે જીવતંત્રનું શોષણ કરતી હોવા બદલ દોષી છે. પેટન્ટ લીધી હોય તેવા બીજોનો બીજી વારના વાવેતર માટે ઉપયોગ કરવા પર પ્રતિબંધ મુકવામાં આવ્યો છે, જેને કારણે ખેડૂત પર પ્રતિ વર્ષ નવા બીજ ખરીદવાનું દબાણ સર્જાય છે. વિકસીત અને વિકાસશીલ બંને પ્રકારના ઘણા દેશોમાં બીજની બચત એ પરંપરાગત પદ્ધતિ હોવાથી, જીએમઓ બીજ કાયદાકીય રીતે ખેડૂતોને તેમની બીજ બચતની પદ્ધતિથી પ્રતિ વર્ષ નવા બીજ ખરીદવાની પદ્ધતિથી બાંધી લે છે.[૫૬][૬૫]