મધ્યયુગનો એવો કોઈ પણ સ્ત્રોત નથી જે દર્શાવે છે કે બાબરી મસ્જિદ સીધેસીધી જમીન ઉપર બંધાઈ હતી. બધા જ સ્ત્રોતો એ વાતની તો સાક્ષી પુરે જ છે કે રામનું મંદિર તોડી નંખાયું હતું અને એ જ સ્થાને મસ્જિદ બંધાઈ હતી. સોળમી સદીના પર્શિયન સ્ત્રોતો અયોધ્યા એ રામજન્મભૂમિ છે એવા અનેક સંદર્ભોથી પ્રચુર છે. સોળમી સદીમાં અબુલ ફઝલ લખે છે કે અયોધ્યા એ પવિત્ર સ્થળ છે કારણ કે એ રામનું જન્મ સ્થાન છે. ત્યાર બાદ સન ૧૬૦૦માં અકબરે છ વીઘા જમીન હનુમાન ટીલાને જે કોઈ બાંધકામ કરવું હોય તે કરવા માટે પ્રદાન કરી. પર્શિયન ભાષામાં લખાયેલી એ મંજૂરી સન ૧૭૨૩માં રિન્યુ કરવામાં આવી અને લખનાર નોંધે છે કે અકબર અને રામજન્મભૂમિ બંનેના આદેશથી તેઓ આ લખી રહ્યાં છે. ત્યાર બાદ બાબરી મસ્જિદના મુત્તાવલીએ સન ૧૮૫૦માં અંગ્રેજોને બે દરખાસ્ત મોકલી અને બંનેમાં એ પોતાના સ્થળને “મસ્જિદ-એ-જન્મસ્થાન” તરીકે ઓળખાવે છે જેનો ચોખ્ખો અર્થ “જન્મસ્થાન ઉપર મસ્જિદ” એવો થાય છે. અઢારમી સદીમાં મુસ્લિમો દ્વારા લખાયેલા ઘણા ઐતિહાસિક કથનો છે જે બધા આ સ્થળને જન્મસ્થાન તરીકે ઓળખે છે. બાબરી મસ્જિદમાં જેમણે શિલાલેખો પ્રાપ્ત કર્યા હતા તે મોહમ્મદ શોએબ દ્વારા લખાયેલો આ વિશેનો અહેવાલ મૌજુદ છે. એમના મત મુજબ જે ત્રણ શિલાલેખનો એમણે અભ્યાસ કર્યો હતો તેમાંથી એક ઉપર ચોખ્ખું લખાયું છે કે આ મસ્જિદ રામમંદિરના સ્થાન ઉપર બંધાઈ છે. પરંતુ મુદ્દો એ છે કે આ શિલાલેખ કોઈએ જોયો નથી અને એ બાબત સમજવી બહુ મહત્ત્વની છે કે આ શિલાલેખ ત્યાંથી ક્યારે હટાવવામાં આવ્યો અને સો વર્ષ ઉપરનો સમય થયો હોવા છતા આ અહેવાલ જાહેર કેમ ના કરાયો.