સોયા પ્રોટીન પણ નાના બાળકોમાં બિન-એલર્જીક પ્રોટીન અસહિષ્ણુતા પેદા કરી શકે છે, જેને પ્રોટીનથી પ્રેરિત એન્ટરલોઇટિસ સિન્ડ્રોમ (એફપીઇએસ) કહેવામાં આવે છે , જે ઉબકા, ઉલટી, ઝાડા, નિર્જલીકરણ, વજન ઘટાડવા અને આઘાતથી પરિણમે છે.