ગર્ભાવસ્થાના શરૂઆતના 3 મહિનામાં બાળક માતાના ગર્ભમાં ઉછેરતું હોઈ ત્યારે કંઇક કારણોથી ક્રોમોઝોમ આંકડામાં કે ક્રોમોઝોમની આકૃતિઓમાં પરિવર્તન આવે છે, જેના કારણે કિન્નર જન્મે છે. જેના માટે નાના નાના કારણો જવાબદાર હોઈ શકે છે. જો શરૂઆતના ત્રણ મહિનામાં ગર્ભવતી સ્ત્રીને તાવ આવ્યો હોઈ અને તેના ઈલાજ માટે કોઈ વધુ પાવર વળી દવા લેવામાં આવી હોઈ તો પણ તે બાળકની લિંગને નુકશાન પહોંચાડે છે.