જોકે, ભારે વિવાદ તો અલિગઢ મુસ્લિમ યુનિવર્સિટીને સર સૈયદ અહમદ ખાન નામ આપવા બાબત થઈ શકે, કારણ સંઘપરિવાર અને જનસંઘ-ભાજપની નેતાગીરી સર સૈયદ અહમદ ભણી ભારે નફરત ધરાવે છે અને એમને ભાગલાનું માનસ પ્રેરનાર લેખાવે છે.