ન્યુમોનિયા  ઉપરાંત, સ્વાઈન ઈન્ફલ્યુએન્ઝા હૃદયને લગતી ગૂંચવણો આપી શકે છે (પેરિકાકાર્ટિસ, ચેપી-એલર્જીક માઇકાર્ડાટીસ) અને મગજ (એન્સેફાલાઇટીસ, મેનિન્જીટીસ).