સુપ્રીમ કોર્ટે સ્પષ્ટ રીતે સંકેત કર્યો હતો કે સીબીઆઇ કહેવાય છે તેવી સ્વતંત્ર નથી અને તે કેન્દ્ર સરકારના ઇશારે કામ કરે છે. દેશમાં મોટી ઘટના બને ત્યારે અથવા તો વિવાદને ટાળવા માટે રાજ્ય સરકારો સીબીઆઇને કેસ સોંપતી હોય છે. નાગરિકોની રજૂઆતના આધારે પણ કોર્ટ સીબીઆઇને તપાસ સોંપતી હોય છે, જોકે સીબીઆઇની કામગીરી સામે હંમેશાં વિવાદો ઊઠતા રહ્યા છે.