પહેલી વખત વર્ષ ૨૦૦૬માં કુમારસ્વામીએ જેડીએસ-બીજેપી ગઠબંધનની સમજૂતી અંતર્ગત તેમને મુખ્ય મંત્રી પદ પરથી વંચિત કરી દીધા હતા.