મધ્યાહ્ન ભોજન કાર્યક્રમના અમલીકરણ માટે કેન્દ્ર અને રાજ્ય સરકારો હાથમાં હાથ મિલાવીને કામ કરે છે. કેન્દ્ર સરકાર યોજનાનો અમલ કરાવતી વખતે રાજ્ય સરકારોએ અનુસરવાની માર્ગદર્શિકાઓ જારી કરે છે. જો કે, એવાં કેટલાંક રાજ્યો છે જે કેન્દ્ર સરકારની માર્ગદર્શિકાઓ કરતાં જુદી માર્ગદર્શિકાઓ જાહેર કરે છે.