ઇસરો જાસૂસી કેસ વર્ષ 1994માં સામે આવ્યો. 1994ના ઓક્ટોબરમાં માલદીવની મહિલા મરિયમ રાશિદાની થિરુવનંતપુરમથી ધરપકડ કરવામાં આવી. નવેમ્બર મહિનામાં ઇસરોના ટોચના વૈજ્ઞાનિક અને ક્રાયોજેનિક પ્રોજેક્ટના ડાયરેક્ટર નમ્બી નારાયણન સહિત વૈજ્ઞાનિકો ડી. શશિકુમારન અને ડેપ્યુટી ડાયરેક્ટરના ચંદ્રશેખરની ધરપકડ કરવામાં આવી. આ ઉપરાંત રશિયન સ્પેસ એજન્સીના ભારતીય પ્રતિનિધિ એસ.કે. શર્મા, એક લેબર કોન્ટ્રાક્ટર અને રાશિદાની માલદીવની દોસ્ત ફૌઝીયા હસનની પણ ધરપકડ કરાઇ. તમામ પર ઇસરોના સ્વદેશી ક્રાયોજેનિક એન્જિન અંગેની ગુપ્ત જાણકારી પાકિસ્તાન તેમજ વિદેશોને વેચવાનો આરોપ મુકવામાં આવ્યો. આઇબીના અધિકારીઓની પૂછપરછમાં નમ્બીએ તમામ આરોપોનું ખંડન કર્યું.