સીબીઆઇના આરોપ અનુસાર, સોહરાબુદ્દીન શેખ નવેમ્બર 2005માં પોતાની પત્નીની સાથે બસમાં હૈદરાબાદથી સાંગલી જઇ રહ્યો હતો, ત્યારે ગુજરાતની એંટી ટેરરિઝમ સ્ક્વોડે બંનેનું પહેલા અપહરણ કર્યું અને પછી નકલી એન્કાઉન્ટરમાં તેની હત્યા કરી દીધી. લગભગ એક વર્ષ બાદ ડિસેમ્બરમાં કેસના સાક્ષી તુલસીરામ પ્રજાપતિની પણ નકલી એન્કાઉન્ટરમાં હત્યા કરી દેવામાં આવી.