પ્રો. પ્રજાપતિ સામે હોદ્દોનો દુરુપયોગ કરી પુત્રને પ્રોફેસર બનાવવાનો તેમજ અન્ય આર્થિક ગોટાળા કરી ભ્રષ્ટાચાર કરવા સહિતના અનેક આક્ષેપો હતો.