તેમણે તેમના જીવનકાળમાં ન્યૂટનને કુદરતી વિજ્ઞાનની સરખામણીમાં ધર્મ વિશે વધારે લખ્યું. તે તર્કયુક્ત વિશ્વવ્યાપી દુનિયામાં વિશ્વાસ કરતાં હતા, પણ તેમણે લીબનીઝ અને બરુચ સ્પિનોઝાના હાઇલોજોઇઝમનો અસ્વીકાર કર્યો. આ રીતે આદેશિત અને ગતિશીલ સ્વરૂપે સૂચિત બ્રહ્માંડને સમજી શકાય છે અને તેને એક સક્રિય કારણ દ્વારા સમજવું જોઈએ. તેમના પત્ર વ્યવહારમાં ન્યૂટને દાવો કર્યો કે પ્રિન્સિપિયા માં લખતી વખતે "મેં એક નજર એવા સિદ્ધાંતો પર રાખી, જેથી ઈશ્વરમાં વિશ્વાસ રાખવાની સાથે મનુષ્ય પર વિચાર કરી શકાય".[૬૮] તેમણે દુનિયાની વ્યવસ્થામાં ડીઝાઇનનું પ્રમાણ જોયું: "ગ્રહીય વ્યવસ્થામાં આવી અભિન્ન એકરુપતાને પસંદગીની અનુમતી આપવી જોઈએ." પણ ન્યૂટને ભાર આપ્યો કે અસ્થાયીત્વની ધીમી વૃદ્ધિના કારણે દૈવી હસ્તક્ષેપ અંતે વ્યવસ્થાના સુધાર માટે જરૂરી હશે.[૬૯] આ માટે લીબનીઝે તેમની ટીકા કરતો લેખ લખ્યોઃ "સર્વશક્તિમાન ઈશ્વર સમયેસમયે પોતાની ઘડિયાળ સમાપ્ત કરવા માગે છે. નહીં તો આ સ્થાનાંતરિત કરવા માટે બંધ કરવામાં આવશે. એવું લાગે છે કે તેની પાસે તેની એક નિયમિત સતત ગતિ જાળવી રાખવા માટે જરૂરી દીર્ઘદ્રષ્ટિનો અભાવ છે."[૭૦] તેમના અનુયાયી સેમ્યુઅલ ક્લાર્કે એક પ્રસિદ્ધ પત્ર વ્યવહાર દ્વારા ન્યૂટનની સ્થિતિને બચાવવાનો પ્રયાસ કર્યો.