નિપાહ વાયરસના  તાવ, માથામાં દુખાવો, ખાંસી, ઉધરસ, સુસ્તી, માનસિક અસ્વસ્થતા, શ્વાસોશ્વાસમાં તકલીફ,  સહિતના મુખ્ય લક્ષણો હોય છે.