પાપુઆમાં માનવ અધિકારના ઉલ્લંઘનના ઘણા કિસ્સાઓ પ્રકાશમાં આવ્યા છે જ્યાં ભાગલાવાદીઓ પાપુઆની આઝાદી માટે લડત લડી રહ્યા છે.