કોલોનોસ્કોપીનો ઉપયોગ અન્ય ઘણા પાચન રોગો અને નિદાન માટે પણ થાય છે, જેમ કે બળતરા આંતરડા રોગ (ક્રોહન રોગ અને અલ્સેરેટિવ કોલેટીસ).