ગુજરાતના ગવર્નર તરીકે બેનિવાલના સંબંધ રાજ્યના મુખ્યમંત્રી નરેન્દ્ર મોદીની સરકાર સાથે તણાવપૂર્ણ રહ્યા હતા. રાજ્યપાલ અને મોદી સરકાર વચ્ચે લોકપાલ સહિતના અનેક બિલ મુદ્દે અસહમતી રહી હતી. ગુજરાતમાં તેમનો કાર્યકાળ નવેમ્બરમાં પૂરો થવાનો હતો. જો કે કેન્દ્રમાં નરેન્દ્ર મોદીની સરકાર આવતા જ તેમની બદલી મિઝોરમ કરવામાં આવી હતી.