સરકારી દસ્તાવેજો અનુસાર ઘણા રોહિંગ્યાઓ આઇએસઆઇ અને આઇએસઆઇએસ તથા અન્ય આતંકવાદી જૂથો સાથે સંકળાયેલા હોવાના શંકાસ્પદ છે જેઓ ભારતમાં પોતાના ગુપ્ત એજન્ડાને પાર પાડવા માગે છે જેમાં દેશના સંવેદનશીલ વિસ્તારોમાં કોમવાદી અને સાંપ્રદાયિક હિંસા ફેલાવવાનું સામેલ છે.