કેટલીક વિજ્ઞાાન પ્રવાહની સ્વનિર્ભર શાળામાં લાયકાતવિહોના શિક્ષકોથી ચાલતી હોવાની શંકા સેવાઈ રહી છે. વિ. પ્ર. ની અમુક સ્વનિર્ભર શાળાઓમાં શિક્ષણ બોર્ડના નિયમોને નેવે મુકીને લાયકાત વિહોણા શિક્ષકો શિક્ષણ કાર્ય કરાવીને છાત્રોના ભવિષ્ય સાથે ખિલવાડ કરી રહ્યા છે.