પ્રોટોન બીમ ઉપચારનો સૌથી મોટો ફાયદો એ છે કે તે ગાંઠો માટે ઉપયોગ કરી શકે છે જે જટિલ માળખાઓથી સંલગ્ન છે, જે શસ્ત્રક્રિયાને મુશ્કેલ અથવા અશક્ય બનાવી શકે છે.