વાજપેયીના શાસન દરમિયાન અનેક આફતો ત્રાટકી હતી. જેમ કે, 2001માં કચ્છનો ભૂકંપ આવ્યો હતો, 1999 અને 2000માં વાવાઝોડા ત્રાટક્યા હતા, 2002-03માં કારમો દુકાળ પડ્યો હતો, 2003માં ઓઈલ કટોકટી સર્જાઈ હતી, 1999માં પાકિસ્તાન સાથે કારગીલ યુદ્ધ થયું હતું અને સંસદભવન પર હુમલો કરવામાં આવ્યો હતો. આ બધી આફતો છતાં ભારતીય અર્થતંત્ર સ્થિર રહી શક્યું હતું.