મંત્રાલયે એવી જોગવાઇ પણ કરી છે કે જો મદ્રેસા આ બોર્ડ સાથે જોડાશે તો જ તેમને કેન્દ્ર સરકાર દ્વારા ફાળવણી કરાતા ફંડની રકમ મળશે.