દરેક ખનિજમાં અણુઓની એક અનન્ય વ્યવસ્થા પણ છે, જે તેના સ્ફટિક સ્વરૂપ (અથવા આદત) અને તેની કઠિનતા, અસ્થિભંગ, રંગ અને અન્ય ગુણધર્મોમાં વ્યક્ત થાય છે.