કોલોનોસ્કોપી જોખમોમાં ભારે રક્તસ્રાવ, આંતરડાની છિદ્રો (ગટમાં એક છિદ્ર), ચેપ, શામક પદાર્થો પ્રત્યે પ્રતિકૂળ પ્રતિક્રિયા અને આંતરડા ચેપનો સમાવેશ થાય છે.