એટીએસની તપાસમાં એ દાવો કરવામાં આવ્યો હતો કે માલેગાંવની મુસલમાન વસ્તીને નુકશાન પહોંચાડવાના હેતુથી હિંદુ આતંકવાદી સંગઠનોએ આ હુમલાને અંજામ આપ્યો હતો.