એક સિદ્ધાંત એ છે કે, બાવલ સિંડ્રોમવાળા લોકો તેમના સામાન્ય આંતરડાની બેક્ટેરિયામાં અસંતુલન ધરાવે છે, જેમાં ગેસ ઉત્પન્ન કરનારા બેક્ટેરિયાના વધુ પડતા વૃદ્ધિનો સમાવેશ થાય છે.