મુસ્લિમબ્રધર હુડ ની વિચારધારા માં બહાઈ અને અહમદીયા જેવા બીજા મુસ્લિમો ને સ્થાન નથી, એમના માટે સ્ત્રી અને પુરુષ જુદા જુદા છે,સંગીત , ડાન્સ, ગીતો એ પ્રતિબંધિત છે, અને એમના ઉદ્દેશ્યો ને હાંસલ કરવા માટે નિર્દોષ નાગરિકો ની હત્યા અને હિંસા પણ યોગ્ય છે.મુસ્લિમ બ્રધર હુડ ના નેતાઓ મિસ્ર માં એમના તાબા હેઠળ રહેનારા ઈસાઈઓ અને યહૂદીઓ પાસે જજિયા કર લેવા ની અને એમને હંમેશા બીજી કક્ષા ના નાગરિકો બનાવી રાખવા ની વાત અનેક વાર જાહેર કરી ચુક્યા છે.મુસ્લિમ બ્રધર હુડ અનેક વાર સત્તા પરિવર્તન અને અરબ જગત ના શાસકો ની હત્યા ના પ્રયત્નો કરી ચૂક્યું છે,અનેક કાવતરા માં એમનું નામ આવ્યું છે.સાઉદી અરબ સહીત બીજા અરબ દેશો ના કેટલાક નેતાઓ માને છે કે આ વિચારધારા એ અરબવિશ્વ નો દાટ વાળી ને મૂકી દીધો છે, અલકાયદા અને આઈ.એસ.જેવા સંગઠનો પણ મુસ્લિમ બ્રધર હુડ ની જ પ્રોડક્ટ માનવા માં આવે છે.