જૈન 'પરમાણુ'ની કલ્પના અને ભૌતિકશાસ્ત્રનાં 'પરમાણુ'ની વ્યાખ્યા વચ્ચે પાયાનો ભેદ છે. જૈન ધર્મ પ્રમાણે પદાર્થ-પુદગલનો અતિ સુક્ષ્મ કણ જેને વિભાજીત કરી તેનાંથી સુક્ષ્મ કણ મેળવવો શક્ય જ નથી. આ વ્યાખ્યાને આધુનિક ભૌતિકશાસ્ત્રનાં 'ક્વોટા ઓફ એનર્જી' કે 'ક્વોન્ટા' તરીકે લઇ શકાય. વિજ્ઞાાનનાં સિધ્ધાંતો પ્રમાણે સુક્ષ્મ કણ પરમાણુ છે. જો તેનું વિભાજન કરવામાં આવે તો, ન્યુટ્રોન પ્રોટોન, ઈલેક્ટ્રોન કર્વાર્ક વગેરે મળી આવે. જૈન પરમાણુ પદાર્થનું સૌથી છેલ્લું સુક્ષ્મ સ્વરૂપ છે. તેને હાલનાં ભૌતિકશાસ્ત્ર પ્રમાણે પરમાણુ રચતા સબ-એટમીક પાર્ટીકલ સાથે સરખાવી શકાય. ભવિષ્યમાં સબ-એટમીક પાર્ટીકલની રચના કરનારાં નવાં કણ કે તરંગો મળી આવે તો જૈન-પરમાણુને તેની સાથે જોડવા પડે.