પરંતુ કાઉન્સિલ ઓફ ટ્રેન્ટે કેથોલિક ચર્ચની અંદર માળખાકીય સમસ્યાઓને સંબોધ્યા હતા, જેમાંના ઘણા લ્યુથર અને અન્ય પ્રોટેસ્ટન્ટ સુધારકો દ્વારા ટાંકવામાં આવ્યા હતા.