કારણ કે તે જાણીતું નથી અને તેના લક્ષણો મુખ્યત્વે ન્યુરોલોજીકલ છે, તે ખોટી તપાસ અથવા નજરમાં સરળ છે અને હાશીમોટોના એન્સેફાલોપથી લક્ષણો વારંવાર ભૂલથી ન્યુરોલોજીકલ નિદાન તરફ દોરી જાય છે.