મનમોહન સિંહના ખાસ અધિકારીઓમાં પણ સુબ્રમણ્યમનું નામ હતું અને તેમણે યુપીએ-1માં મનમોહનને પોતાના ખાનગી સચિવ તરીકે નિમણૂક કર્યા હતા.