તેઓ રાષ્ટ્રપતિ બન્યા ત્યારે કોંગ્રેસના નેતૃત્વવાળા યુપીએ ગઠબંધનના ઉમેદવાર હતા પરંતુ કેન્દ્રમાં સત્તા પરિવર્તન બાદ એનડીએ આવ્યું અને તેમ છતાં શ્રી મુખરજીએ તેમની તમામ બંધારણીય ફરજો કોઈપણ જાતના વિવાદ વગર તટસ્થાપૂર્ણ રીતે અદા કરી છે.