કનૈયા પર દેશદ્રોહનો આરોપ છે. તે જેલમાં પણ જઇ ચુક્યો છે. હાલ તે જામીન પર બહાર છે. જેએનયુની ઉચ્ચ સ્તરીય સમિતીએ કેમ્પસમાં થયેલા વિવાદિત કાર્યક્રમનાં મુદ્દે 25 એપ્રીલનાં રોજ 21 વિદ્યાર્થીઓ દોષીત સાબિત થયા હતા. સમિતીએ કનૈયા કુમાર પર 10 હજાર રૂપિયાનો દંડ લગાવ્યો હતો. જેએનયુની ઉચ્ચ સ્તરીય સમિતીએ દેશદ્રોહનાં આરોપી ઉમર ખાલીદને એક સેમેસ્ટરનાં માટે હાંકી કાઢ્યો હતો સાથે ખાલીદ પર 20 હજાર રૂપિયાનો દંડ લગાવ્યો હતો.