ભાજપના સિનિયર નેતાઓ તથા પક્ષની નીતિઓ વિરુદ્ધ વિધાનો કરીને શત્રુઘ્નસિંહા વિવાદોમાં રહ્યા જ છે. બિહારમાં પરાજય માટે તેઓએ વડાપ્રધાન નરેન્દ્ર મોદી, પક્ષપ્રમુખ અમિત શાહને જવાબદાર ગણાવ્યા હતા. ચૂંટણીમાં પોતાને આગળ કરવામાં આવ્યો હોત તો પરિણામ જુદુ જ આવત તેવો પણ દાવો કર્યો હતો. શત્રુઘ્નસિંહાએ એક તરફ ભાજપના નેતાઓ પર પ્રહાર કર્યા હતા તો બીજી તરફ નીતીશકુમારના શાસનની પ્રશંસા કરીને વિકાસ પુરુષ ગણાવ્યા હતા.