ત્રિપુરા ચૂંટણી જીતવા માટે પ્રણવ મુખર્જીની ગરજ પડી ત્યારે તેમને કોંગ્રેસમાં ફરી પ્રવેશ અપાયો, પણ રાજીવે તેમને કદી કોઈ હોદ્દો આપ્યો નહીં. નરસિંહ રાવે તેમને પ્રધાનમંડળમાં લીધા. વડાપ્રધાન બનવા માટે સૌથી વધારે લાયક અને સફળ હોવા છતાં રાજીવ ગાંધીનાં પત્ની સોનિયાજીએ તેમને બાજુએ ખસેડીને મનમોહન સિંહને વડાપ્રધાન બનાવ્યા. કોંગ્રેસી મોરચાના સાથી પક્ષોમાં ગરબડ ઊભી થાય તે તમામ ભાંજગડના ઉકેલ માટે હંમેશાં પ્રણવ મુખર્જીની મદદ લેવામાં આવતી અને છેવટે તેમને સૌથી ઉપલા હોદ્દે-રાષ્ટ્રપતિપદે મૂકી દેવામાં આવ્યા. ભારતમાં પ્રમુખનું પદ શોભાનો ગાંઠિયો છે. સત્તાનું પદ નથી તેથી કોઈ સક્રિય રાજકારણી આ હોદ્દો પસંદ કરે નહીં.