ગોધરાએ ગુજરાતના બીજા ટોચના નેતા મોરારજી દેસાઈના જીવનમાં પણ મહત્વન ફાળો આપ્યો હતો. એ જાણવુ ઘણું રસપ્રદ બનશે કે મેજિસ્ટ્રેટ એવા મોરારજીના જીવનમાં ગોધરાએ એવી હલચલ પેંદા થઈ કે તેઓ સરકારી નોકરી છોડી રાજકારણમાં આવ્યા અને પીએમની ખુરશી સુધી પહોંચી ગયા. જિલ્લા વિકાસ સદન નામથી ઓળખાતી ગોધરાની પંચમહાલ કલેક્ટર ઓફિસના કેમ્પસમા મોરારજી દેસાઈની પ્રતિમા આજે પણ લાગેલી છે. આ ઓફિસમા મોરારજી ભાઈ કલેક્ટરના ખાનગી સહાયક તરીકે કામ કરતા હતા. તેમની પાસે ગોધરા તાલુકાની જવાબદારી પણ હતી. ગોધરામાં મેજિસ્ટ્રેટની ભૂમિકાના ચાર વર્ષ દરમિયાન તેમનું જીવન જ બદલાઈ ગયુ હતું. સપ્ટેમ્બર ૧૯૨૭માં ગણેશ ચતુર્થી વખતે ગોધરામાં નીકળેલું જુલુસ જ્યારે મુસ્લિમ વિસ્તારોમાંથી પસાર થયુ, ત્યારે તો કાંઈ ન થયુ પરંતુ જુલુસ પુર્ણ થયા બાદ અચાનક હિંદુઓ પર હુમલો કરવામાં આવ્યો. આ હુમલામાં કોંગ્રેસનાં પ્રમુખ પુરુષોત્તમ શાહનું મૃત્યુ થયું હતું. આ ઘટના બાદ તત્કાલીન અંગ્રેજ કલેક્ટર ટયૂડર ઓવને આ ઘટનાની તપાસ માટે મોરારજી દેસાઈને આદેશ આપ્યા. તત્કાલીન ડીએસપી જિયાઉદ્દિન અહેમદ આ રમખાણ માટે કેટલાક હિંદુઓ વિરુદ્ધ કેસ કરવા માગતા હતા પરંતુ મોરારજી દેસાઈએ પોતાની કોર્ટમાં સુનાવણી બાદ હિંદુઓ સામે કોઈ પુરાવા ન હોવાના કારણે તેમને જામીન પર છોડી મુક્યા હતા. આ નિર્ણયને કારણે કલેક્ટર અને ડીએસપી સાથેના મોરારજીના મતભેદો વધી ગયા અને મોરારજી પર હિંદુઓનો પક્ષ લેવાના આરોપ હેઠળ તેમના વિરુદ્ધ તપાસના આદેશ અપાયા. ગુસ્સે ભરાયેલા મોરારજીએ વર્ષ ૧૯૩૦માં ડેપ્યુટી કલેક્ટર પોતાની નોકરીમાંથી રાજીનામુ આપી દીધું.