પ્રોટોનમેલ વપરાશકર્તાઓ વચ્ચેની ઇમેઇલ્સ આપમેળે અને પારદર્શક રીતે ડિલિવરીના સમયે જ એન્ક્રિપ્ટ થાય છે અને જ્યારે ખોલવામાં આવે ત્યારે પ્રાપ્તકર્તાના મશીન પર ડિક્રિપ્ટ થાય છે .