અફઘાન અશ્વદળ અને ભાલા ધારી સૈનિકોએ પાણીપતની શેરીઓમાં આતંક મચાવ્યો અને હજારો મરાઠા સૈનિકો અને નાગરિકોની હત્યા કરી.[૫][૬] પાણીપતની શેરીઓમાં આસરો લેનાર સ્ત્રીઓ અને બાળકોને બંદી બનાવી અફઘાન છાવણીમાં મોકલી દેવાયાં. ૧૪ વર્ષથી વધુ વયના પુરુષ બાળકોને તેમની માતા અને બહેનો સામે માથું વાઢીને હત્યા કરવામાં આવી. જે અફઘાન સરદારોએ લડાઈમાં પોતાના સગા-સંબંધી ગુમાવ્યા હતા તેમને પાણીપત અને આસપાસના વિસ્તારોમાં કાફર હિંદુઓની હત્યા કરવા છૂટ આપવામાં આવી.[૪૮] અફઘાન છાવણીની બહાર કપાયેલાં માથાં વડે વિજય ટેકરા ઉભા કરાયા. શુજા-ઉદ્-દૌલાના દિવાન કાશી રાજે તેમના પ્રથમદર્શી અનુભવની નોંધ કરતા બાખરને માન્ય ગણવામાં આવે છે અને તે અનુસાર લડાઈના બીજા દિવસે ૪૦,૦૦૦ મરાઠા બંદીઓનો ઠંડા કલેજે નરસંહાર કરવામાં આવ્યો હતો.[૫][૬] બોમ્બે ગેઝેટના હેમિલ્ટન અનુસાર લડાઈના દિવસે આશરે ૫,૦૦,૦૦૦ લાખ મરાઠા સૈનિકો અને નાગરિકો હાજર હતા અને બીજા દિવસે આશરે ૪૦,૦૦૦ બંદીઓની હત્યા કરવામાં આવી.(સંદર્ભ આપો) ભાગી રહેલ અનેક મરાઠા સ્ત્રીઓ બળાત્કાર અને અપમાન સહેવાના ડરના કારણે પાણીપતના કુવાઓમાં કૂદી આપઘાત કર્યો.[૪૮]