તેના કદને જોતાં, સ્ટેગોસોરસને અસામાન્ય રીતે નાના મગજથી સજ્જ કરવામાં આવતો હતો, જે આધુનિક ગોલ્ડન પ્રાપ્તીની તુલનાએ હતો - જે તેને અત્યંત નીચુ "એન્સેફાલિઝેશન આંક" અથવા ઇક્યુ આપ્યું હતું.