કાશ્મીર જિહાદીઓનો સાથ નહીં આપવા માટે તથા તેમની સાથે દગો કરવા બદલ ઝાકિર મૂસાએ પાકિસ્તાન પર પણ ગુસ્સો ઉતાર્યો છે. અમેરિકાના મુજાહિદ્દીન વિરુદ્ધના અભિયાનમાં પાકિસ્તાને અમેરિકાનો સાથ આપ્યો હતો, આ માટે મૂસાએ પાકિસ્તાનને પણ ધમકી આપી છે. મૂસાએ કાશ્મીરના જિહાદી આંદોલન વિરુદ્ધ પાકિસ્તાનના વલણ પર હુમલો કરતાં કહ્યું કે, ઇસ્લામાબાદે અનેક ટ્રેનિંગ કેમ્પ(આતંકી કેમ્પ) બંધ કર્યા છે, કાશ્મીરના અનેક જિહાદીઓને મોતને ઘાટ ઉતારવામાં આવ્યા છે, તો કેટલાક મુજાહિદ્દીનને જેલમાં બંધ કરવામાં આવ્યા છે.