યુનિવર્સિટીમાં 9 ફેબ્રુઆરીનાં રોજ આતંકવાદી અફઝલ ગુરૂ અને મકબુલ બટ્ટનાં માટે કાર્યક્રમ આયોજિત કરવામાં આવ્યો હતો. આ કાર્યક્રમમાં કથિત રીતે દેશવિરોધી નારા લગાવાયા હતા. આ નારાઓનાં વીડિયો પણ સામે આવ્યો હતો. જો કે વીડિયોની સાથે છેડછાડ કરવાનો આરોપ પણ લાગ્યો હતો. આ મુદ્દે જેએનયુ વિદ્યાર્થી સંઘ અધ્યક્ષ કનૈયા કુમાર, ઉમર ખાલિદ સહિત અન્ય વિદ્યાર્થીઓની ધરપકડ કરવામાં આવી હતી. હાલ આ તમામ વિદ્યાર્થીઓ 6 મહિનાનાં જામીન પર બહાર છે.