જેએનયુ આ અગાઉ ડાબેરી વિદ્યાર્થી સંગઠનો દ્વારા અફઝલ ગુરુ જેવા આતંકવાદીનો બચાવ કરવા માટે અને ભારતથી આઝાદીના નારા લગાવવા બદલ વિવાદમાં આવી હતી.