એમના પિતાનું નામ અંબાશંકર હતું. સ્વામી દયાનંદ બાલ્યકાળમાં શંકર ભગવાનના ભક્ત હતાં. એ બહુજ મેઘાવી અને હોનહાર હતાં. શિવભક્ત પિતાજીના કહેવાથી મૂળશંકરે પણ એક વાર શિવરાત્રીનું વ્રત રાખ્યું હતું. જયારે એમને જોયું કે ઉંદરો શિવલિંગ પર ચઢી જઈને નાવેદ્ય ખાતાં હતાં. તો એમને અચરજ થયું અને નાને ઠેસ પણ પહોંચી. એમનો મુર્તીપુજા પરથી બિલકુલ જ વિશ્વાસ ઉઠી ગયો. તો પુત્રના વિચારોમાં આવેલું પરિવર્તન જોઇને એમના પિતાજી એમનાં વિવાહની તૈયારીઓ કરવા લાગ્યાં. જેવી મૂળશંંરને આવાતની ખબર પડી કે તેઓ તરતજ ત્યાંથી ભાગી નીકળ્યાં. એમને માથે મુંડન કરાવિ દીધું ગેરુ રંગના વસ્ત્રો ધારણ કરી દીધાં. બ્રહ્મચર્યકાલમાં જ એમણેભાર્તોદ્વારનું વ્રત લઈને ઘરથી નીકળી પડ્યાં.