મોરારી બાપુએ રાજકોટમાં એક કથામાં નિલકંઠવર્ણી મુદ્દે આપેલા એક નિવેદન બાદ મોરારી બાપુ અને સ્વામિનારાયણ સંપ્રદાય વચ્ચે વિવાદ ઉભો થયો હતો, જેમાં હવે નવો વળાંક આવ્યો છે.