ફિલ્મની સ્ટોરી અંગે વાત કરીએ તો 'માર્ગરીટા વિથ અ સ્ટ્રો' એક ભાવનાત્મક સફર છે, જેને જોયા પછી તમે કલ્કિની ભાવનાઓ અને દુઃખને અનુભવી શકશો. ફિલ્મ ધીરે ધીરે આગળ વધે છે અને ખુબ ધીરેથી તમારા હૃદયમાં ઉતરી જાય છે. આ ફિલ્મમાં એક એ પણ બાબત પર પ્રકાશ ફેંકવામાં આવ્યો છે કે લાયલાની ભાવનાઓ સાથે તો તમે જોડાઈ જ જશો પણ તેને પાંગળી કે બીચારી અથવા તો લાચાર જરાય બતાવવામાં આવી નથી.