નિયમ ૯૬ (૪) મુજબ ફક્ત બે જ સંજોગોમાં રિફંડ આપવાની મનાઇ કરી શકાય (૧) GSTના કમિશનર તરફથી કોઇ વ્યક્તિને રિફંડ ન ચૂકવવા કલમ ૫૪ની પેટા કલમ ૧૦ અને ૧૧ અનુસાર વિનંતિ કરવામાં આવી હોય કે જેમાં કાં તો વેપારીએ પત્રક ન ભરેલ હોય અથવા તેની સામે કોઇ માગણુ ઉપસ્થિત થયેલ હોય અને તેની વસૂલાત સામે એપેલેટ ઓથોરિટીનો મનાઇહુકમ મળેલ ન હોય અથવા જે આદેશથી રિફંડ મળવાપાત્ર હોય તેની સામે અપીલ કે અન્ય કાર્યવાહી પડતર હોય અને કમિશનરને એમ માનવાને કારણ હોય તે વેપારીને રિફંડ ચૂકવાશે તો વેપારી દ્વારા કોઇ છળકપટ થઇ શકે છે કે જેનાથી રાજ્યની આવકને નુકસાન સંભવી શકે છે અને (૨) કસ્ટમના અધિકારી દ્વારા એવું નક્કી કરવામાં આવે કે કસ્ટમ્સના કાયદાનો ભંગ કરીને નિકાસ કરવામાં આવેલ હતી.