જોકે બાયોટોયલેટનો ઉપયોગ કરવામાં યાત્રિકોમા પુરતી જાગ્રૃતિના અભાવે અને બેદરકારીને લીધે કેટલીક ટ્રેનોના જૈવીક શૈચાલયમાં ગંદકી થઈ રહી છે.