નિતિશ અને નરેન્દ્ર વચ્ચે 27મી ફેબ્રુઆરી, 2002 સુધી કોઈ અણબનાવ નહોતો, પરંતુ પછી ગોધરા કાંડ અને રમખાણોએ નિતિશના હૃદયમાં નરેન્દ્ર મોદીની છબી મુસ્લિમ વોટ બૅંક સામે સૌથી મોટા જોખમ તરીકેની ધરબાઈ ગઈ અને 2004ની લોકસભા ચૂંટણીમાં બાજપાઈ સરકારના પરાજયના સૌથી મોટા કારણ તરીકે નિતિશે નરેન્દ્ર મોદીની કથિત મુસ્લિમ વિરોધી છબીને જ ઠેરવી.