પણ, પી. સી. આર. ડાયગ્નોસ્ટિક્સ નકારાત્મક પરિણામ બતાવી શકે છે જો પ્રતિકારક પ્રક્રિયા પ્રજનન તંત્રના ઊંડા ભાગો (ફેલોપિયન ટ્યુબ, અંડકોશ) માં સ્થાનિય છે.