મોહન ભાગવતના અનામત પરનાં નિવેદનના એટલા ઉગ્ર પ્રત્યાઘાતો પડયા કે ખુદ ભાજપને પણ મોહન ભાગવતના સૂચનનો વિરોધ કરવો પડયો. ભાજપે સંઘથી વિરોધાભાસી નિવેદન કરતાં જણાવ્યું હતું કે અનુસૂચિત જાતિ, જનજાતિ અને પછાત જ્ઞાતિઓને અનામત માટે અધિકાર છે અને જણાવ્યું હતું કે ભાજપ તેમના આ અધિકારનો આદર કરે છે. ભાજપના વરિષ્ઠ પ્રધાન રવિશંકર પ્રસાદે સ્પષ્ટતા કરતાં જણાવ્યું હતું કે જનસંઘના સમયથી ભાજપ એવું દૃઢપણે માને છે કે એસસી, એસટી, પછાત અને દલિતોના સામાજિક અને આર્થિક ઉત્થાન અને અધિકારિતા માટે અનામત આવશ્યક છે. આમ હવે જ્યારે અનામત મુદ્દે વિવાદ છેડાયો છે અને ગુજરાતમાં પણ પાટીદારો માટે અનામતનું આંદોલન ઉગ્ર બની રહ્યું છે ત્યારે અનામતના ઇતિહાસ, તેની આવશ્યકતા, તેની કસોટી, તેની પદ્ધતિ અને લાભાર્થીઓની ઓળખ વગેરે વિવિધ પાસાઓ પર અનામત અંગે જાહેર ચર્ચા થવી આવશ્યક છે.