અમિત શાહ અને મોદીના નેતૃત્વવાળી ભાજપ સાથે શિવસેનાના સંબંધો એટલા સારા નથી રહ્યા જેટલા અટલ-અડવાણીવાળી ભાજપ અને બાલ ઠાકરેવાળી શિવસેનાના હતા.