ચાર અલગ અલગ પીસીઆર પ્રતિક્રિયા મિશ્રણ તૈયાર કરવામાં આવે છે, દરેક જેમાં ચાર ન્યુક્લિયોટાઇડ્સ (એટીપી, સીટીપી, જીટીટી અથવા ટીટીપી) માંથી ડીડિઓક્સિનક્લુકોઇડ ટ્રાઇફોસ્ફેટ (ડીડીએનટીપી) એનાલોગની ચોક્કસ ટકાવારી છે.