સીરીઝની વાર્તા મુખ્ય ટીમ પર છે જેનો લીડર Agent Coulson છે, જે દરેક એપિસોડમાં કોઈક વિચિત્ર કેસ સોલ્વ કરવા પ્રયત્નો કરે છે અને સાથે સાથે પોતે કઈ રીતે જીવતો રહ્યો તેની પાછળનું રહસ્ય શોધવા મથે છે. વળી Captain America: The Winter Soldier ની ઘટનાઓ પછી તો Coulson ના માથે S.H.I.E.L.D. ને ચાલું રાખી ફરીથી ઉભી કરવાની જવાબદારી પણ આવી પડી છે અને આ બધા સાથે દુનિયાના રક્ષણની જવાબદારી તો ખરી જ!