જોકે, સ્વામી નિત્યાનંદે અમદાવાદના છેવાડે ખોલેલા 'સર્વાજ્ઞપીઠમ' આશ્રમમાં બાળકોને ગોંધી રખાયાં હોવાનાં અને યુવતી લાપતા હોવાના વિવાદમાં પોલીસે આશ્રમના સંચાલિકા પ્રાણપ્રિયા અને તત્ત્વપ્રિયાની ધરપકડ કરી હતી.