1949થી 1951 સુધી તેઓ મુંબઈ રાજ્યમાં બાળાસાહેબ ખેરની સરકારમાં પ્રધાન તરીકે જોડાયા. 1951થી 1960 સુધી તેઓ નાણાંપ્રધાન રહ્યા. 1956માં મહાગુજરાત ચળવળ ચાલી રહી હતી અને અનેક લોકો શહીદ થયા હતા. મોરારજી દેસાઈની અનિચ્છા છતાં ગુજરાત મુંબઈથી અલગ થયું અને 1મે 1960ના રોજ પૂજ્ય રવિશંકર મહારાજના હસ્તે ગુજરાત અલગ રાજ્ય તરીકે અસ્તિત્વમાં આવ્યું. ત્યાર બાદ ડૉ. જીવરાજ મહેતા ગુજરાતના પ્રથમ મુખ્યમંત્રી બન્યા.1962માં તેઓ ફરી ગુજરાતના મુખ્યમંત્રી તરીકે ચૂંટાઈ આવ્યા.