અત્રે ઉલ્લેખનીય છે કે સ્વરૂપાનંદ સરસ્વતીજીએ સાઇબાબાની પુજા કરવાનો વિરોધ કર્યો હતો. તેમણે ગત્ત વર્ષે કહ્યું હતું કે સાઇબાબા ભગવાન નથી. માટે તેમની પુજા કરવી યોગ્ય નથી. સાઇબાબા એક મુસ્લિમ વ્યક્તિ હતા. શાસ્ત્રો અને વેદોમાં તેમનાં નામનો કોઇ જ ઉલ્લેખ નથી. તેઓ માત્ર એક મુસ્લિમ ફકીર હતા માટે હિંદુ દેવતાઓની જેમ તેમની પુજા કરવામાં ન આવવી જોઇએ. આ વક્તવ્ય બાદ સ્વરૂપાનંદ સરસ્વતીની વિરુદ્ધ ઘણી ફરિયાદો દાખલ થઇ હતી અને જનહિત અરજીઓ પણ દાખલ થઇ હતી.