જોકે,ગુજરાત પ્રદુષણ નિયંત્રણ બોર્ડમાં મુદ્દે થયેલો વિવાદ નડી જતાં અગ્રવાલને મુખ્ય સચિવ પદ મળી શક્યુ ન હતું.