માઇક્રોસ્કોપિક કોલીટીસ સાથે, આંતરડામાં આવરણવાળા કોશિકાઓના બળતરા માત્ર ત્યારે જોઇ શકાય છે જ્યારે પેશીઓ માઇક્રોસ્કોપ હેઠળ જોવામાં આવે છે.