જોકે, મહત્વપૂર્ણ વાત એ રહી કે, તપાસ બાદ મોરારજી દેસાઈ નિર્દોષ સાબિત થયા પરંતુ ત્યાર સુધી તો, તેઓ દેશનાં સ્વાતંત્ર સંગ્રામમાં કુદી ચુક્યા હતા અને ગાંધીજીના આગ્રહ છતા પણ તેઓ સરકારી સેવામા પાછા જવા માટે તૈયાર થયા નહીં. ગાંધી અને સરદારને પ્રેરણા સ્ત્રોત માનીને મોરારજીભાઈએ બારડોલી સત્યાગ્રહમા ઝંપલાવ્યુ. પરિણામે તેઓને પહેલીવાર સાબરમતી જેલમાં ચાર મહિનાનો જેલવાસ પણ કરવો પડયો હતો. જેલમાંથી છુટયા બાદ, તેમણે ખેડા, સુરત, અને પંચમહાલના કેટલાક વિસ્તારમાં આંદોલન કર્યાં હતા. ત્યાર બાદ ૧૯૩૨માં ફરી એક વાર બે વર્ષ માટે તેઓ જેલમાં ગયા. આ વચ્ચે ૧૯૩૧મા મોરારજી ગુજરાત પ્રદેશ કોંગ્રેસ સમિતિના અધ્યક્ષ બની ચુક્યા હતા. જ્યારે બાળા સાહેબ ખેરના નેતૃત્ત્વમા પહેલીવાર ૧૯૩૭મા કોંગ્રેસની સરકાર બની, ત્યારે મોરારજીને મહેસૂલ મંત્રી બનાવવામા આવ્યા હતા. મોરારજીનો મંત્રી તરીકેનો કાર્યકાળ ૪ નવેમ્બર ૧૯૩૯ સુધી ચાલ્યો. સ્વતંત્રતા સંઘર્ષ અને જેલવાસનો સીલસીલો ફરી એક વાર શરુ થયો. આખરે ૧૯૪૬મા જ્યારે મુંબઈ પ્રાંતમા ફરી એક વાર કોંગ્રેસની સરકાર બની તો, મોરારજી વહીવટી કાર્યમા ફરી પાછા આવી ગયા. આ વખતે બાલા સાહેબ ખેરના મંત્રી મંડળમાં તેમને ક્લાસ ટુ ની જગ્યા મળી હતી. ગૃહમંત્રીની ભૂમિકામાં ૧૯૪૮માં એક વાર ફરીથી મોરારજીનું ગોધરા આવવાનુ થયુ. અહીં પણ કોમી રમખાણો થયા હતા. જે શહેરમા થયેલા રમખાણો મામલે જ મોરારજી દેસાઈએ સરકારી નોકરી માંથી રાજીનામુ આપી દીધુ હતુ. તે જ શહેરમાં મોરારજી દેસાઈ મંત્રીની ભૂમિકામાં આવ્યા હતા. તે સમયના દૃશ્યોના કેટલાક ફોટા હજી પણ ગોધરાના દસ્તાવેજોમાં કેદ થયેલા છે. તે સમયે તોફાનમાં બળેલા અને ભાંગેલા મકાનોની વચ્ચે ફરતા મોરારજી દેસાઈના ફોટાઓ ભગવાન દાસ ખરાડીએ પાડયા હતા.