એન્સેફાલીટીસમાંથી પરિણમી શકે તેવા લાંબા ગાળાના ફેરફારોના ઉદાહરણોમાં થાક, મુશ્કેલીમાં ઊંઘ, જ્ઞાનાત્મક કાર્યમાં ઘટાડો અને દ્રષ્ટિ ફેરફારોનો સમાવેશ થાય છે.