એક સમયે ભારત સરકારના અમેરિકા સાથે કરવામાં આવેલા પરમાણુ સમજૂતીમાં સોમનાથ ચેટરજીએ પક્ષ વિરુદ્ધ જઈને મનમોહન સરકારને સમર્થન આપ્યું હતું અને તે કારણથી તેમને પાર્ટીમાંથી કાઢી મૂકવામાં પણ આવ્યા હતા.