કેટલીક ચિંતાઓ એવી છે કે હરિત કોફીના લાંબા ગાળાના અથવા નિયમિત વપરાશમાં હોમોસીસ્ટીનનું સ્તર વધે છે (એલિવેટેડ સ્તરે જ્યારે એમિનો એસિડ હૃદય રોગ સાથે જોડાય છે).