કારણ કે બૂટ સેક્ટર વાઇરસ બૂટ સેક્ટરને એન્ક્રિપ્ટ કરી શકે છે, તેમાંથી પુનઃ પ્રાપ્ત કરવું મુશ્કેલ થઈ શકે છે.