ગુરુવાયૂર મંદિરના પ્રમુખ દેવતા વિષ્ણુંને માનવામાં આવે છે, મંદિરમાં તેમનો અવતાર શ્રીકૃષ્ણના બાળસ્વરુપની પૂજા કરવામાં આવે છે,અહિયા શ્રી કૃષ્ણના બાળસ્વરુપને ગુરુવાયૂરપ્પન કહેવામાં આવે છે,આ મંદિરની વેબસાઈટ મુજબ અહિ ગુરુવાયૂરપ્પનના ગળામાં પવિત્ર તુલસીની માળા અને કિંમતી મોતિઓનો હાર છે.