દ્વારકાધીશ મંદિરમાં ધ્વજા પૂજાનું ખાસ ધ્યાન રાખવામાં આવે છે. મંદિરના શિખર પર લગાવાતી ધજાનું વિધિ વિધાન સાથે પૂજન કરવામાં આવે છે.