ખાદ્ય અસહિષ્ણુતા નિદાન કરવું મુશ્કેલ હોઈ શકે છે, અને લક્ષણો ખાદ્ય એલર્જી અને સિલીયક બીમારી (જે બંને માટે તબીબી ધ્યાનની જરૂર છે) સહિત, અન્ય વિવિધ શરતો સાથે ઓવરલેપ થાય છે.