ત્યાં ફરી એક નવો વિવાદ વિવાદ ચર્ચામાં આવ્યો છે, મોરારીબાપુ બાદ આ વખતના વિવાદમાં શંકરાચાર્યજીની ટિપ્પણી કેન્દ્રમાં છે, દ્વારકાપીઠના શંકરાચાર્ય સ્વામી સ્વરૂપાનંદજીએ સ્વામિનારાયણ સંપ્રદાયના સંતોને હિન્દુ દેવી દેવતાઓના થઇ રહેલા અપમાન અંગે આપેલી સલાહને લઈને નવો વિવાદ સામે આવ્યો છે.