ઈસુની બારમી સદીની આસપાસ આ ટાપુઓ પર કેરળની મૂળભૂમિ પરના કેન્નોરના અલી રાજાઓનું નિયંત્રણ સ્થપાયું હતું. સન 1525માં અહીં પોર્ટુગીઝોનું શાસન આવ્યું હતું અને ભારતમાં પોર્ટુગીઝ સત્તા નબળી પડતાં પુન: અલી રાજાઓએ આધિપત્ય જમાવ્યું હતું. સન 1783માં મૈસૂરના હૈદરઅલીએ અને તેના પછી તેના પુત્ર ટીપુ સુલતાનનો વાવટો લક્ષદ્વીપ પર ફરકતો હતો. સન 1908માં ટીપુને હરાવ્યા પછી લક્ષદ્વીપ અંગ્રેજોના તાબા હેઠળ આવ્યું. આજે લક્ષદ્વીપ ભારતીય સંઘમાં કેન્દ્રશાસિત પ્રદેશનો દરજ્જો ધરાવે છે.