સલ્મામેથોક્સાઝોલ બેક્ટેરિયાના ચયાપચયની ક્રિયાને અવરોધે છે, જેમાં તેમના કોશિકાઓમાં ડાયહાઇડ્રોફૉલિક એસિડના સંશ્લેષણ સાથે દખલનો સમાવેશ થાય છે.