સંગીત કારકિર્દી દરમિયાન ઈન્દ્રજિત બેનરજીએ ૧૯૮૭માં બંગીય સંગીત પરિષદ (બંગાળ) દ્વારા ગોકુલ નાગ મેમોરિયલ ગોલ્ડ મેડલ, ૧૯૯૦માં સૂરસાગર સંસદ (મુંબઈ) તરફથી સૂરમણી પુરસ્કાર અને ૧૯૯૭માં અભિનવ કલા પરિષદ (ભોપાલ) તરફથી અભિનવ કલા સન્માન મેળવ્યું છે.