ત્યારબાદ આ કેસ સીબીઆઈને ટ્રાન્સફર કરાયો હતો. 2011માં આ કેસ એનઆઈએનો સોંપાયો હતો. આ કેસમાં કુલ 160 શાક્ષીના નિવેદન લેવાયા હતા, જે પૈકી 54 શાક્ષીઓ હોસ્ટાઈલ થયા હતા. મસ્જીદ બ્લાસ્ટ કેસના બે આરોપી સંદીપ વી ડાંગે અને રામચંદ્ર કલસંગરા હજુ પણ ફરાર છે. આ સમગ્ર સુનાવણી દરમિયાન 226ની પૂછપરછ થી હતી અને 411 દસ્તાવેજો રજૂ કરાયા હતા.