ડાકોર મંદિરનું સંચાલન પબ્લિક ચેરિટેબલ ટ્રસ્ટ તરીકે કરવામાં આવે છે. કોર્ટની માન્યતાથી અમલમાં આવેલ એક સ્કીમ(વિવિધ નિયમોની સૂચિ) મુજબ મંદિરના વિવિધ વહીવટ અને વ્યવસ્થાપન કરવામાં આવે છે. આ સ્કીમ અંગ્રેજોના સમયમાં અમલમાં આવી હતી. વૈષ્ણવ સંપ્રદાયના તત્કાલીન આચાર્યો અને આગેવાનોના માર્ગદર્શન હેઠળ તેને બનાવવામાં અને અમલમાં મૂકવામાં આવી હતી. ડાકોરના સ્થાનિક દર્શનાર્થીઓએ આ નિર્ણયની વિરુદ્ધમાં સૂર પુરાવ્યો છે. તેમની દલીલ છે કે આ ફેરફાર સ્કીમ અને સંપ્રદાય બંનેની વિરુદ્ધમાં છે. તહેવારના દિવસોમાં ત્રણેય ભોગ એકસાથે ધરી દેવાય તે વાત સમજી શકાય પરંતુ સામાન્ય દિવસોમાં પણ કેમ આ નિયમને લાગુ કરવામાં આવે છે ?