વાજપાઇના સમયકાળમાં ત્રણ મોટી આતંકવાદી ઘટના ઘટી હતી : કારગિલ યુદ્ધ, ભારતીય વિમાનનું અપહરણ-કંદહારકાંડ અને સંસદ પર આતંકવાદી હુમલો.