કાલાંતરમાં ભાટી રાજપૂતોએ પોતાની રાજધાની તનોટથી ખસેડીને જૈસલમેર ગયાં પરંતુ મંદિર તો તનોટમાં જ રહ્યું !!! તનોટ માતાનું આ મંદિર અહીંના સ્થાનીય નિવાસીઓનું એક પૂજનીય સ્થાન હંમેશાથી રહ્યું છે !!!