1996 માં, મુગાબેએ તેમના વન-ટાઇમ સેક્રેટરી ગ્રેસ મારુફુ સાથે લગ્ન કર્યા હતા, જેઓ મુઘા કરતાં ચાર દાયકા કરતાં વધુ યુગ ધરાવતા હતા અને જેની સાથે તેમને બે બાળકો હતા, જ્યારે તેમની પત્ની સેલીનો સ્વાસ્થ્ય નિષ્ફળ રહ્યો હતો.