ડિસેમ્બરમાં કેસની તપાસ સીબીઆઇને સોંપવામાં આવી. સીબીઆઇની તપાસમાં આઇબી અને કેરળ પોલીસના આરોપો ખોટા હોવાનું સામે આવ્યું. જાન્યુઆરી-1995માં ઇસરોના 2 વૈજ્ઞાનિકો અને વેપારીને જામીન પર મુક્ત કરાયા. જો કે માલદીવના બંને નાગરિકોને જામીન મળ્યા નહી. એપ્રિલ-1996માં સીબીઆઇએ ચીફ જ્યુડિશીયલ મેજીસ્ટ્રેટની અદાલતમાં રિપોર્ટ ફાઇલ કરી જણાવ્યું કે જાસૂસીનો સમગ્ર કેસ ખોટો છે અને આરોપોના પક્ષમાં કોઇ પૂરાવા જ નથી. મે-1996માં કોર્ટે સીબીઆઇનો રિપોર્ટ સ્વીકાર્યો. અને ઇસરો જાસૂસી કેસના તમામ આરોપીઓને મુક્ત કર્યા. જે બાદ સીપીએમની નવી સરકારે સમગ્ર મામલાની ફરી તપાસના આદેશ આપ્યા.