કારણ કે માઇક્રોસ્કોપિક કોલીટીસનું મુખ્ય લક્ષણ ક્રોનિક ઝાડા છે, સારવારમાં લોપેરામાઇડ અથવા ડીપોનોઝીયાલાઈટ જેવા વિરોધી ઝાડા દવાઓનો પણ સમાવેશ થઈ શકે છે.