જોકે રાજકીય જીવનમાં કોઇ કંલકથી દૂર રહી શકતું નથી. તેમ અમિત શાહ ઉપર પણ 26 નવેમ્બર 2005ના રોજ ગાંધીનગરની પાસે થયેલા સોહરાબુદ્દીન નકલી એન્કાઉન્ટર મામલાએ કલંકનો ડાગ લગાવ્યો.