૧૯૯૯ની ચુંટણીમાં ફરી લોકોએ આ ગઠબંધનને સત્તા સોંપી અને અટલ બિહારી બાજપાઇના નેતૃત્વમાં એનડીએ સરકારે ૧૯૯૯-૨૦૦૪ સુધી પાંચ વર્ષનો પોતાનો કાર્યકાળ પુરો કર્યા.