સરકારે પ્રધાનમંત્રી જનધન યોજના બેંક એકાઉન્ટમાં કેટલાક નિયંત્રણો મૂક્યા છે. જે અનુસાર આપનું ખાતુ ચાલુ થયા બાદ તેમાં મહત્તમ બેલેન્સ રૂપિયા 50,000થી વધારે હોવું જોઇએ નહીં. આ ઉપરાંત તેમાં સ્મોલ એકાઉન્ટમાં કુલ ઉપાડ રૂપિયા 1 લાખથી વધાવી જોઇએ નહીં. દર મહિને રૂપિયા 10,000થી વધારે રકમ ઉપાડી શકાશે નહીં.