જોકે 2002માં ગર્લફ્રેન્ડની સાથે મારઝૂડ કરવાનો આરોપ મુકાયા બાદ ભૂતપૂર્વ રાષ્ટ્રપતિ આસિફ અલી ઝરદારીએ તેમને પાકિસ્તાન પાછા બોલાવી લીધા હતા. ડો. મલિહા લોધીને શા માટે હટાવવામાં આવ્યા એનાં કારણ આપવામાં આવ્યાં નથી પણ એવું મનાય છે કે કાશ્મીર મુદ્દે ઇમરાન ખાનને સંયુક્ત રાષ્ટ્રસંઘમાં કોઈ દેશનો સપોર્ટ મળ્યો નહીં એથી તેમને હટાવવામાં આવ્યાં છે.