જીએસટી અમલી બન્યા બાદ અટપટી સિસ્ટમ તથા વિવિધ જોગવાઇઓને કારણે ટેક્સ, રિફંડ અને વ્યાજ- પેનલ્ટીના પ્રશ્નો ઉપસ્થિત થયા કરે છે.