લશ્કર-એ-ઓમરનો શબ્દાર્થ સ્પષ્ટ નથી પરંતુ કેટલાક અહેવાલો મુજબ તાલિમાની સંગઠનના વડા મુલ્લાહ મહમદ ઓમરને યાદ રાખતાં સંગઠનને તે નામ આપવામાં આવ્યું હતું, તો કેટલાક અહેવાલ કહે છે કે સિંધનાં હૈદરાબાદ ખાતે ત્રાસવાદવિરોધી કોર્ટે અમેરિકી પત્રકાર ડેનિયલ પર્લનાં અપહરણ અને હત્યા કેસમાં ૧૫ જુલાઈ, ૨૦૦૨ના રોજ જૈશ-એ-મોહમ્મદ સંગઠનના જે ત્રાસવાદી સૈયદ અહમદ ઓમર શેખને આજીવન કેદની સજા સંભળાવી હતી તેને નામકરણ દ્વારા અંજલિ આપવામાં આવી હતી.