જનરલ ઝિયાને તકલીફ એ થઈ કે ખાલીસ્તાન મુવમેન્ટ ચલાવાનારોએ ખાલીસ્તાનનો નકશો બહાર પાડ્યો એમાં પાકિસ્તાન પંજાબને પણ આવરી લીધેલું. ઝીયાએ શીખ ઉગ્રવાદીઓ પર કડક નજર રાખવાની સુચના આપી દીધી. ૧૯૮૮માં ISI નાં વડા જનરલ હમીદ ગુલે બેનઝીર ભુટ્ટોને ખાલીસ્તાન મુવમેન્ટને સપોર્ટ કરવા પત્તા ઉતારવાનું કહ્યું પણ બેનઝીરે પત્તા ફેંકાવી દીધા હતા ઉતરવા નહોતા દીધા.