પરંતુ દારા શિકોહ સાથેના સંઘર્ષના કારણે તેનું સપનું સાકાર થયું ન હતું. ઉત્તર ભારતમાં સત્તાપ્રાપ્તિના શરૂના સમયે અહીંની સમસ્યાઓથી એટલો ત્રસ્ત રહ્યો હતો કે દૂર દક્ષિણમાં તે પૂરતું ધ્યાન આપી શક્યો ન હતો. પરંતુ શાહજાદા અકબર સાથેના વિવાદ વખતે અકબર દક્ષિણમાં જઈ ભરાણો હતો. આ સંજોગોમાં તેનું ધ્યાન દક્ષિણ ભારત તરફ કેન્દ્રિત થયું હતું અને તે ઉત્તરમાં સતનામીઓ, મારવાડી રાજાઓ અને શીખોને પરાસ્ત કરી દક્ષિણમાં પહોંચ્યો હતો. પરંતુ આ દક્ષિણ યાત્રા તેના જીવનની છેલ્લી યાત્રા બની રહી. સર જદુનાથ સરકારે નોંધ્યું છે કે ઔરંગઝેબની નિષ્ફળ દક્ષિણ નીતિના કારણે દખ્ખણ "મુઘલાઈની કબર" બન્યું હતું.