આ કેસની શરુઆતની તપાસ હૈદરાબાદ પોલીસે કરી હતી. જોકે બાદમાં આ કેસ CBIને ટ્રાન્સફર કરવામાં આવ્યો હતો. અને વર્ષ 2011માં NIAને સોંપવામાં આવ્યો હતો. આ મામલામાં કુલ 160 સાક્ષીઓના નિવેદન નોંધવામાં આવ્યા હતા. જેમાંથી 54 સાક્ષીઓ તેમના નિવેદનથી ફરી ગયા હતા. મસ્જિદ બ્લાસ્ટ કેસમાં અન્ય બે આરોપી સંદીપ ડાંગે અને રામચંદ્ર કલસંગરા હજી પણ ફરાર છે.