રાસાયણિક દૃષ્ટિએ માલકાંગણીનાં બીજમાં પર.૨% જેટલું એક ઘટ્ટ, રાતા-પીળા રંગનું, કડવું તથા ગંધયુક્ત તેલ રહેલું છે. બીજમાંથી સિલેસ્ટ્રીન અને પેનિક્યુલેટીન નામના બે ઘટકો પણ મળી આવે છે.