15મી સદીના પ્રથમ અર્ધમાં માલી સામ્રાજ્યનું જોર ઘટતાં માઘશરન તુઆરેગે 1433-1434માં આ શહેર પર કાબૂ મેળવ્યો અને સાન્હાજા ગવર્નરને બેસાડ્યો.[૧૧] જોકે ત્રીસ વર્ષ બાદ, ઉગતું સોન્ઘાય સામ્રાજ્ય વિસ્તર્યું અને 1468-1469માં ટિમ્બક્ટુને પોતાનામાં સમાવી લીધું. અનુક્રમે સુન્ની અલી બેર (1468–1492), સુન્ની બારુ (1492–1493) અને અસ્કિઆ મોહમ્મદ પહેલા (1493–1528)તેમની આગેવાની હેઠળ સોન્ઘાય સામ્રાજ્ય તેમજ ટિમ્બક્ટુ માટે સુવર્ણ કાળ લઇ આવ્યા. સામ્રાજ્યનાં પાટનગર ગાઓની સાથે, ટિમ્બક્ટુએ પ્રમાણમાં ઘણી સ્વાયત્ત સ્થિતિ ભોગવી હતી. ઉત્તર આફ્રિકાના ઘાદામેસ, આવજિદાહ અને અન્ય સંખ્યાબંધ શહેરો ત્યાં ટાગાઝાનાં સહારન મીઠાંનાં બદલામાં સોનું અને ગુલામો ખરીદવા તેમજ ઉત્તર આફ્રિકન કાપડ અને ઘોડા માટે ભેગાં થતાં હતાં.[૧૨] 1591 સુધી સામ્રાજ્યની આગેવાની અસ્કિઆ વંશમાં રહી, તેમ છતાં આંતરિક લડાઇઓ આ શહેરની સમૃદ્ધિના પતન તરફ દોરી ગઇ.