બાબરી મસ્જિદ તોડતાં ત્યાંથી મળેલ સૌથી મહત્ત્વનો પુરાતત્ત્વ અવશેષ છે - વિષ્ણુ હરિશિલા પટલ, જેમાં ૧૧મી-૧૨મી સદીની નાગરી લિપિમાં સંસ્કૃત ભાષામાં લખવામાં આવ્યું છે કે આ મંદિર બાલી અને દસ હાથોવાળા (રાવણ)ને મારનારા વિષ્ણુ (શ્રીરામ વિષ્ણુના અવતાર માનવામાં આવે છે)ને સમર્પિત કરવામાં આવે છે. ડૉ. વાય. ડી. શર્મા અને ડૉ. કે.એન. શ્રીવાસ્તવ દ્વારા ૧૯૯૨માં કરવામાં આવેલ નિરીક્ષણમાં વિષ્ણુના અવતારો અને શિવ-પાર્વતીના કુષાણ જમાના (૧૦૦-૩૦૦ એડી)ની માટીની મૂર્તિઓ પ્રાપ્ત થઈ. ૨૦૦૩માં અલ્હાબાદ હાઈકોર્ટની લખનૌ બેન્ચના નિર્દેશ અનુસાર કરવામાં આવેલ ખોદકામમાં લગભગ ૫૦ મંદિર-સ્તંભોની નીચેના ભાગમાં ઈંટોથી બનાવેલ ચબૂતરો જોવા મળ્યો. તે ઉપરાંત મંદિરની ઉપરનો આમલકા અને મંદિરના અભિષેકનું જળ બહાર કાઢનારી મકર પ્રણાલી પણ ખોદકામમાં મળી આવી. પુરાતત્ત્વ સર્વેક્ષણ વિભાગના ઉત્તર પ્રદેશના નિર્દેશકના રિપોર્ટમાં જણાવાયું કે બાબરી મસ્જિદની આગળના ભાગને સમતળ કરતી વખતે મંદિર સાથે જોડાયેલા ૨૬૩ પુરાતત્ત્વ અવશેષો પ્રાપ્ત થયા.