ખાદ્યમાં સામાન્ય પ્રમાણમાં પ્રોબાયોટીક્સ સામાન્ય રીતે સલામત ગણવામાં આવે છે, તેમ છતાં કેટલાક ગ્રાહકો હળવો પાચન સમસ્યાઓ અનુભવી શકે છે, જેમ કે ગેસ અને ફુલાવવું.