ધી મેટ્રિક્સ ફિલ્મોની વધુ મહત્વની દાર્શનિક વિષયોમાંની એક નાસ્તિકતા છે - વિશેષરૂપે, ફિલોસોફિકલ નાસ્તિકતા જેમાં વાસ્તવિકતાની પ્રકૃતિ અંગે પ્રશ્ન ઊભો કરવાનો સમાવેશ થાય છે અને શું આપણે ક્યારેય ખરેખર કંઇક જાણ કરી શકીએ છીએ.