ઓક્ટોબર ૨૦૧૮માં મુંબઈની ખાસ એનઆઈએ કોર્ટે ઠાકુર અને છ અન્ય આરોપીઓ સામે યુએપીએની કલમ ૧૬ (ત્રાસવાદી કૃત્ય આચરવું) અને કલમ ૧૮ (ત્રાસવાદી કૃત્ય આચરવાના ષડ્યંત્ર) તથા હત્યા, ગુનાઈત ષડ્યંત્ર અને બે સમૂદાયો વચ્ચે દ્વેષભાવ ફેલાવવાના ગુનાઓ હેઠળ ચાર્જ ફ્રેમ કર્યો હતો.