ગિની-બિસ્સાઉનો રાષ્ટ્રધ્વજ પોર્ટુગલ પાસેથી આઝાદી મળ્યા બાદ અપનાવવામાં આવ્યો. ગિની-બિસ્સાઉનો રાષ્ટ્રધ્વજ ઘાનાનો રાષ્ટ્રધ્વજ પરથી લેવામાં આવ્યો.