આ સ્થળ પર ઈ.સ. ૧૪૩૦ની આસપાસ ઈંકાઓએ બાંધકામ શરૂ કર્યું. પરંતુ તેના ૧૦૦ વર્ષ પછી ઈંકા સામ્રાજ્ય પર સ્પેનિશના વિજય પછી ઈંકાઓએ આ સ્થળને છોડી દીધું. માચુપીચુ સ્થાનિક રીતે તો જાણીતું હતું, પરંતુ ૧૯૧૧ પહેલાં તે વિશ્વથી અજ્ઞાત હતું. ત્યારબાદ હીરમ બીંગહેમ નામના અમેરીકન ઈતિહાસકારે તેની શોધ કરી અને આંતરરાષ્ટ્રીય સ્તરે ધ્યાન આકર્ષિત કર્યું. ત્યારથી, માચુપીચુ એક મહત્વપૂર્ણ પ્રવાસી આકર્ષણ બની ગયેલ છે. ત્યારબાદ ૧૯૮૧માં માચુપીચુ પેરુનું ઐતિહાસિક અભયારણ્ય અને ૧૯૮૩માં યુનેસ્કો વિશ્વ ધરોહર સ્થળ જાહેર કરાયું. માચુપીચુને પરંપરાગત ઈંકાશલિમાં બાંધવામાં આવ્યું હતું, અને ચકચકીત સુકી-પાષાણ ભીંત એ તેની મહત્વની ખાસિયત છે.