ઉલ્લેખનીય છે કે જ્યારે નરેન્દ્ર મોદી ગુજરાતમાં આરએસએસના પ્રચારક હતા ત્યારે તોગડિયા તેમના ખાસ મિત્ર હતા. 2001માં નરેન્દ્ર મોદી જ્યારે ગુજરાતના મુખ્યમંત્રી બન્યા ત્યારે તેમના સંબંધોમાં તિરાડ પડી. 16 જાન્યુઆરી, 2018ના રોજ જ્યારે -કેટેગરીની સુરક્ષા હોવા છતાં જ્યારે તોગડિયા ગાયબ થઈ ગયા હતા તે ઘટનાક્રમ પછી તેમણે આરોપ મુક્યો હતો કે પોલીસ એન્કાઉન્ટરમાં તેમની હત્યા કરવાનું ષડયંત્ર રચાઈ રહ્યું છે.