સિક્કિમમાં નેપાળી લોકોના આગમન પછી હિંદુ ધર્મ એ સિક્કિમનનો બહુસાંખ્યક ધર્મ રહ્યો છે. કુલ વસ્તીના ૬૦.૯૩% લોકો આ ધર્મ પાળે છે. બૌદ્ધ ધર્મ એ સિક્કિમનો બીજો સૌથી બહુસંખ્યક ધર્મ છે. ૨૮.૧૦% લોકો આ ધર્મ પાળે છે. સિક્કિમમાં ૭૫ બૌદ્ધ મઠો આવેલા છે તેમાંથી સૌથી જૂનો ૧૭૦૦ના સૈકામાં સ્થપાયો છે.[૯૫] સિક્કિમના ખ્રિસ્તીઓ મૂળે લેપ્ચ લોકો છે જેમને બ્રિટિશ મિશનરીઓએ વટલાવ્યા હતા. વસતીનો ૬.૬૦% ભાગ ખ્રિસ્તી ધર્મ પાળે છે. અન્ય અલ્પ સંખ્યકોમાં બિહારી મુસલમાનો અને જૈન લોકોનો સમાવેશ થાય છે, જેમની વસતી લગભગ ૧% જેટલી છે.[૯૬] વસતીનો સિવાયનો ભાગ સિક્કિમના સ્થાનિક લોકોનો છે તેઓ પારંપારિક ધર્મ પાળે છે.