એનપીએસ મેમ્બર્સનો પરમેનેન્ટ રિટાયરમેન્ટ અકાઉન્ટ નંબર જનરેટ કરવામાં મોડુ થવાથી તેમના એનપીએસ કંન્ટ્રીબ્યુશન અપલોડ કરવામાં મોડુ થાય છે. આનાથી એનપીએસ અકાઉન્ટમાં ઉપ્લબ્ધ ફંડ ઓછુ થઈ જાય છે અને આની સીધી અસર મેમ્બર્સના પેન્શન પર પડશે. એટલે કે તેમને રિટાયરમેન્ટ પછી મળનારું પેન્શન ઓછું થઈ જશે. આનાથી એનપીએસ સ્કીમનો જે મુખ્ય ઉદ્દેશ્ય છે તે પૂરો નહી થઈ શકે. એનપીએસનો મુખ્ય ઉદ્દેશ્ય કર્મચારીઓને રિટાયરમેન્ટ પછીની જરુરિયાતોને પૂરી કરવા લાયક પેન્શન ઉપ્લબ્ધ કરાવવાનો છે.