એજન્સી માટે સૌથી ખરાબ સમય 1980 અને 1990ના દાયકા વચ્ચેનો હતો, જ્યારે તત્કાલીન રાષ્ટ્રપતિ ઝિયા-ઉલ-હકે એ બધા જ પ્રમુખ પ્રોજેક્ટના ફંડીંગ પર રોક લગાવી દીધી.