કેરીયોટીપીંગની તુલનામાં FISH વિશ્લેષણનો મુખ્ય ગેરલાભ એ છે કે FISH વિશ્લેષણ તમને અભ્યાસ કરાયેલા તમામ રંગસૂત્રો વિશે ઓછી માહિતી આપે છે.