અન્ય સિદ્ધાંત એ છે કે માઇક્રોસ્કોપિક કોલીટીસ સ્વયંપ્રતિરક્ષા પ્રતિસાદ દ્વારા થાય છે, જ્યાં શરીરની પ્રતિકારક શક્તિ શરીરમાં અન્ય પેશીઓ પર હુમલો કરે છે.