મહેસાણા દૂધ સાગર ડેરીમાં ચેરમેન તરીકેના કાર્યકાળ દરમિયાન વિપુલ ચૌધરીને સાગરદાણ કૌભાંડ, ખાંડ કૌભાંડ, ખોટી ભરતીઓ, દૂધ સંઘમાં અંગત ખર્ચાઓ અને ખોટા દાન સહિતના મુદ્દે રજીસ્ટ્રારે જવાબદાર ઠેરવ્યા હતા.