કેન્દ્રમાં શ્રી વાજપેયીના નેતૃત્વ હેઠળની એનડીએ સરકાર હતી તે વખતે ગુજરાતના મુખ્યમંત્રી તરીકે ફરજ બજાવતા શ્રી નરેન્દ્ર મોદીની ગોધરા કાંડ પછીની નીતિરીતિ વિરુઘ્ધ અજંપો વ્યકત કરીને શ્રી વાજપેયીએ શ્રી મોદીની સનસનીખેજ ટીકાટિપ્પણી કરી હતી.