સાધ્વી પ્રજ્ઞા ઠાકુર પહેલી વખત ત્યારે ચર્ચામાં આવ્યા, જ્યારે 2008માં માલેગાંવ બ્લાસ્ટ કેસમાં તેમની ધરપકડ કરાઈ હતી.