એનજીઓ અને કોંગ્રેસ પક્ષ દ્વારા એવો આક્ષેપ કરવામાં આવ્યો હતો કે ગોધરા બનાવ અંગે મહદઅંશે તત્કાલીન મુખ્યમંત્રી નરેન્દ્ર મોદી તેમજ તેમના મંત્રીઓ જવાબદાર છે. તા. ૨૭ ફેબ્રુઆરી ૨૦૦૨ના રોજ કોઈપણ અધિકારીને જાણ કર્યા સીવાય ગાંધીનગર છોડી રહસ્યમય રીતે ગોધરા ગયા હતા.