પ્રોટોન બીમ ઉપચારની લાંબા ગાળાના આડઅસરો અને ગૂંચવણો સંપૂર્ણપણે સ્પષ્ટ નથી કારણ કે ઉપચાર રેડિયેશન ઉપચારના અન્ય સ્વરૂપોની તુલનામાં પ્રમાણમાં નવી છે.