કેન્દ્રીય ભ્રષ્ટાચાર વિરોધી તપાસ એજન્સી વર્ષ ૨૦૧૫માં જ નટરાજન સામે વિવિધ પ્રોજેક્ટ્સની મંજૂરીમાં થયેલી ગેરરીતિના આક્ષેપ બદલ પાંચ પ્રાથમિકી દાખલ કરી ચૂકી હતી.