પાણીપૂરીની બનાવટમાં હલકી ગુણવત્તાના ખાદ્ય પદાર્થના થતા ઉપયોગના કારણે લોકોના સ્વાસ્થ્ય પર ગંભીર ખતરો હોવાથી પાણીપૂરીના વિક્રેતા પર જૂનાગઢમાં ફૂડ એન્ડ ડ્રગ્સ વિભાગ દ્વારા પ્રતિબંધ મૂકી દેવામાં આવ્યો છે. મોટાભાગના પાણીપૂરીના વિક્રેતાને ત્યાં પાણીપૂરીમાં વપરાતા ખાદ્ય પદાર્થ અત્યંત હલકી ગુણવત્તાના હોવાનું જણાતા વિક્રેતા સામે દંડનીય કામગીરી હાથ ધરાઈ છે. નિયમ મુજબ લાયસન્સ ન હોય પાણીપૂરી વેંચી ન શકે. કલરની ભેળસેળ થતી હોય, સાઇટ્રીક એસીડ નંખાતો હોય જેના કારણે પ્રતિબંધ મૂકાયો છે.