NCIS એજંસી સ્વતંત્ર તપાસ હાથ ધરે છે, સાથે સાથે સ્થાનિક કાયદાના અમલીકરણમાં સહાય કરે છે જ્યારે સ્થાનિક તપાસમાં નૌકાદળના કર્મચારીઓ અથવા હિતોનો સમાવેશ થાય છે.