અટલ બિહારી વાજપેયીની આગેવાનીમાં જ્યારે એનડીએની સરકાર બની, ત્યારે ફર્નાન્ડિઝને સંરક્ષણ પ્રધાન પદ આપવામાં આવ્યું હતું.