બાપ્ટીસ્ટ સંપ્રદાયો એક મંડળવાદી ચર્ચના શાસનને અનુસરે છે જેમાં દરેક વ્યક્તિગત મંડળ સ્વાયત્તતાને નિયંત્રિત કરે છે, જે કોઈ પણ અન્ય સંસ્થાના સીધા નિયંત્રણથી મુક્ત છે.