કાંચી કામકોટિ પીઠના શંકરાચાર્ય જયેન્દ્ર સરસ્વતીની નવેમ્બર 2004માં એક હત્યાના કેસમાં ધરપકડ કરવામાં આવી હતી. આઠ વર્ષ બાદ પણ પોંડિચેરીની એક અદાલતમાં આ કેસ ચાલી રહ્યો છે. આ કેસ મુજબ કાંચીપુરમમાં વર્ધરાજસ્વામી મંદિરના મેનેજર એ શંકરરામનની 3 સપ્ટેમ્બરના રોજ હત્યા કરી દેવામાં આવી હતી. આ કેસમાં જયેન્દ્ર સરસ્વતીની સાથે તેમના સહયોગી વિજેન્દ્રને પણ મુખ્ય આરોપી બનાવવામાં આવ્યો હતો.