90ના દાયકામાં નરેન્દ્ર મોદી ભાજપમાં ઘણા આગળ વધી ગયા હતા. અમિત શાહ ભાજપ ઉપરાંત તેમની અંગત મદદ કરતા હતા. આ સમયગાળામાં બાબરી ધ્વંસ બાદ એલ કે અડવાણીએ ગાંધીનગર બેઠક પરથી ચૂંટણી લડવાનું નક્કી કર્યું. નરેન્દ્ર મોદીએ ગાંધીનગર બેઠકનું ચૂંટણી મેનેજમેન્ટ અમિત શાહને સોંપવાની ભલામણ કરી. અડવાણી આ બેઠક પરથી વિક્રમી લીડ સાથે જીત્યા.આ ચૂંટણી બાદ ગુજરાતના રાજકારણમાં અમિત શાહનું કદ વધ્યું.