એન્ઝાઇમ ઑપ્ટિમાઇઝેશનની અન્ય પદ્ધતિઓ જેમાં જીન ક્લોનિંગની તકનીકોનો સમાવેશ થતો નથી તે સ્વદેશી સુક્ષ્મસજીવોને લાગુ કરી શકાય છે જેથી તેઓ તેમના પહેલાથી અસ્તિત્વમાં રહેલા લક્ષણોમાં વધારો કરી શકે.