ગુજરાતના મુખ્યમંત્રી નરેન્દ્ર મોદીના વિશ્વાસ પાત્ર અને પૂર્વ ગૃહ મંત્રી અમીત શાહ પણ સોહરાબુદ્દીન શેખ એન્કાઉન્ટર કેસમાં આરોપી છે. અમિત શાહ અત્યારે જામીન પર બહાર છે.