ફોસ્ફરસનો નિકાલ એક મહત્વપૂ્ર્ણ ક્રિયા છે કારણકે તે અનેક તાજા પાણીની પ્રણાલીમાંથી શેવાળની વૃદ્ધિને મર્યાદિત કરતો એક પોષક તત્વ છે. ખાસ કરીને પાણીના પુનઉપયોગની પ્રણાલીઓ માટે તે ખુબ મહત્વપૂર્ણ હોય છે, જ્યાં વધુ ફોસ્ફરસ કેન્દ્રીકરણના કારણે નીચેના પ્રવાહના ઉપકરણ ખરાબ થઇ શકે છે, જેમ કે પ્રતિકૂળ ઝરણ. ફોસ્ફરસને જૈવિક રીતે વર્ધિત જૈવિક ફોસ્ફરસ નિકાલ નામની પ્રક્રિયાથી નિકાળી શકાય છે. આ પ્રક્રિયામાં, પોલિફોસ્ફેટ સંગ્રાહક જીવ (પીઇઓ(PAO)) નામના ખાસ જીવાણુ મોટે પાયે વિકસે છે અને પોતાની કોશિકાઓની અંદર મોટી માત્રામાં (પોતાના દ્રવ્યના 20 ટકા જેટલું) ફોસ્ફરસનો સંગ્રહ કરી શકે છે. જ્યારે બાયોમાસથી ભરેયેલા આ જીવાણુને પદ્ધતિ કરાયેલા પાણીથી અલગ કરવામાં આવે છે, ત્યારે આ જૈવઘનોનું ખાતર મૂલ્ય અતિશય વધારે હોય છે. ફોસ્ફરસ નિકાળવાની ક્રિયાને રસાયણિક પ્રેસિપીટેશનથી કરવામાં આવે છે, આ ઉપરાંત મીઠાના લોખંડની સાથે (જેમ કે ફેરિક ક્લોરાઇડ), એલ્યુમિનિયમ (જેવા કે –એલ્યુમ), કે ચૂનાની સાથે, આ ક્રિયા કરી શકાય છે.[૫]:18 આ કારણે હાઇડ્રોક્સાઇડ તલછટની રીતે ખુબ જ વધુ કાદવ ઉત્પન્ન કરી શકે છે અને મળેલા રસાયણ મોંધા પણ હોઇ શકે છે. રાસાયણિક ફોસ્ફરસને નિકાલમાં જૈવિક નિકાલની કરતા ખૂબ જ નાના ઉપકરણની જરૂરિયાત પડે છે, જૈવિક ફોસ્ફરસના નિકાલની તુલનામાં તેને સંચાલિત કરવું વધુ સરળ અને મોટેભાગે વધુ ભરોસાપાત્ર હોય છે . ફોસ્ફરસને નિકાળવાની એક અન્ય પદ્ધતિમાં બારીક લેટરાઇટનો ઉપયોગ કરવામાં આવે છે. ફોસ્ફેટવાળા કાદવના સ્વરૂપમાં નિકળ્યા બાદ આ ફોસ્ફરસને કોઇ ભૂમિમાં ભરીને તેનો સંગ્રહ કરી શકાય છે કે ખાતરમાં ઉપયોગ કરવા માટે તેને ફરીથી વેચી શકાય છે.