જોકે આ બહુ જ અલ્પકાળ માટે રહ્યું કારણકે લગભગ મહિના પછી હુમાયુ એ ફરી દિલ્હીથી સેના મોકલી. સ્વામી મહેશ્વરાનંદજી બાદ સ્વામી બલરામચારીજી એ યુદ્ધનું નેતૃત્વ સંભાળ્યું. હવે પછીના યુદ્ધોથી થોડા થોડા સમયે અયોધ્યા પર અધિકારમાં ફેર-બદલ થવા માંડી. થોડો સમય હિંદુઓ પાસે અધિકાર આવતો, ફરી પાછા મુઘલ જીતે તો તેમનો અધિકાર સ્થાપિત થઇ જતો.