વાજપેયીની નિકટના લોકો કહે છે કે એમનું અંગત મિશન પાકિસ્તાન સાથેના સંબંધ સુધારવાનું હતું, જેનાં બીજ મોરારજી દેસાઈની સરકારમાં વાજપેયી વિદેશપ્રધાન હતા ત્યારે રોપવામાં આવ્યાં હતાં.