વાજપેયી સરકારે જ આ પ્રોજેક્ટને ૨૦૦૨માં બહાલી આપી હતી પરંતુ ગોવાએ તેનો વિરોધ કર્યો હતો કે તેના કારણે ગોવામાં મોટી પર્યાવરણીય અસમતુલા ઊભી થશે ત્યારબાદ અમિત શાહે ગોવાના મુખ્યપ્રધાન મનોહર પાર્રિકર, કર્ણાટકના ભાજપના નેતા અને પૂર્વ મુખ્ય પ્રધાન ડીએસ યેદિયુરપ્પા અને અમિત શાહ સ્વયં વચ્ચે ત્રિપક્ષીય બેઠક યોજાઇ હતી જેમાં પર્રિકરને યેદિયુરપ્પાને એવો પત્ર લખવા સમજાવવામાં આવ્યા હતા કે ગોવા કર્ણાટકને પીવાના પાણીની જરુર માટે પાણી આપવાનો વિરોધ કરશે નહીં.