ઈન્દિરા ગાંધીની સરકારે ૧૯૭૫-૭૭ દરમિયાન લાદેલી કટોકટી વખતે ભારતીય જન સંઘના અન્ય કાર્યકરોની માફક વાજપેયીની પણ અટકાયત થઈ હતી.