આ સાથે જ મણિશંકર અય્યરે વડાપ્રધાન નરેન્દ્ર મોદી અને ગૃહમંત્રી અમિત શાહના સંબંધોને પણ નકારાત્મક ટિપ્પણી કરી હતી.