ગુપ્તચર તંત્રને એવી આશંકા છે કે જો ગોધરા રમખાણ ગ્રસ્તો માટે કામ કરનાર સંસ્થાના અગ્રણી તીસ્તા અને કોંગ્રેસ મોદીની સામે એફઆઇર નોંધાય તેમાં સફળ નહી થાય તો મોદી પર જાનનું જોખમ વધી શકે છે.