યેદિયુરપ્પા પર આરોપ લાગ્યો છે કે તેમણે અનેક વખત કર્ણાટક રાજ્યમાં સત્તારૂઢ કોંગ્રેસ-જેડીએસ ગઠબંધન સરકારને અસ્થિર કરવાનાં પ્રયત્નો કર્યા છે.