જો કેન્દ્ર બાકી ચુકવણી નહીં કરે તો રાજ્યો તેમના પોતાના સંસાધનો દ્વારા ચુકવણી કરવામાં અસમર્થ છે અને છેલ્લે પહેલાંની કેન્દ્ર સરકારની જેમ તેનો દાવો કરે છે. 2016-17માં, પ્રોગ્રામના કુલ બજેટ ફાળવણીના લગભગ ચોથા ભાગની 12,000 કરોડ રૂપિયા જેટલી બાકી રકમની ઝારખંડ અને ત્રિપુરા જેવા રાજ્યોએ તેમના સંસાધનો દ્વારા કર્મચારીઓને ચૂકવણીની ખાતરી આપી હતી. હવે, NeFMS સાથે આ શક્ય નથી. આની ગંભીર અસર તે કામદારોના અધિકારોનું ઉલ્લંઘન છે. કામદાર પ્રોગ્રામમાં કામકાજના 15 દિવસની અંદર તેમના વેતનની સંપૂર્ણ ચૂકવણી મેળવવા માટે હકદાર છે. "ચૂકવણીની ગેરંટી" વિના આ પ્રોગ્રામ દાંત વગરના ઝડબા જેવો થઈ જાય છે. સમય જતાં તેનાથી કામદારોમાં નિરાશા વ્યાપે છે અને પરિણામે તે કામદારોને વધુ જોખમી કામ કરવા તરફ અને સ્થળાંતરણ તરફ દોરી જાય છે. ગરીબોને તેમની રોજીંદી જરૂરિયાતોને પહોંચી વળવા પૈસાની જરૂર પડે છે અને એ કારણે તેને પ્રોગ્રામથી દૂર કરવાની અને વૈકલ્પિક રોજગાર શોધવાની ફરજ પાડવામાં આવે છે. ચૂકવણીનો વિલંબ અને વેતન વિશે અનિશ્ચિતતા પ્રોગ્રામના આત્માને હણે છે.