જૈશ-એ-મોહમ્મદની સ્થાપનામાં પાકિસ્તાનની ખુરાફાતી ઈન્ટેલિજન્સ એજન્સી આઈએસઆઈ, અફઘાનિસ્તાનની તત્કાલિન તાલિબાની સરકાર, અલકાયદાનો ચીફ ઓસામા બિન લાદેન અને પાકિસ્તાનના અન્ય સુન્ની કટ્ટરપંથી સંગઠનોની મુખ્ય અને પ્રભાવી ભૂમિકા હતી.