અલાઉદ્દીનના રાજ્યાભિષેક સમયે મોટાભાગનો ઉત્તર અને દક્ષિણ ભારત મુસ્લિમ આધિપત્યથી બહાર હતો. એવામાં સમગ્ર ભારત ઉપર વિજય મેળવવો એના માટે સૌથી મોટી સમસ્યા હતી. મુલતાન અને સિંધ ઉપર જલાલુદ્દીન ખિલજીનો પુત્ર કે જે અલાઉદ્દીનનો સાળો થાય. અર્કલીખાન સ્વતંત્ર રૃપે રાજ ચલાવી રહ્યો હતો. ગુજરાતમાં બધેલ રાજપૂતોનું રાજ્ય હતું. રાજપૂતાના તરીકે ઓળખાતું રાજપૂતોનું વતન કે જેમાં હાલના રાજસ્થાન તથા મધ્યપ્રદેશ, ગુજરાત અને પાકિસ્તાનના સિંધના કેટલાક ભાગનો સમાવેશ થતો હતો. એમાં ૧૮ રજવાડાઓ હતા. તેઓ દિલ્હી સલ્તનતથી સ્વતંત્ર હતા પરંતુ અંદરોઅંદર એકબીજા સાથે લડતા હતા. રાજપૂતાનાને પોતાના આધિપત્યમાં લાવવું અલાઉદ્દીન ખિલજી માટે એક પડકાર હતો. એની પહેલાં કોઈ મુસ્લિમ શાસક રાજપૂત રાજ્યોને સંપૂર્ણપણે હરાવીને પોતાને આધિન કરવામાં સફળ થયો ન હતો. ચિત્તોડ અને રણથંભોરનું અસ્તિત્વ જ સલ્તનત માટે ખુલ્લો પડકાર હતો. મધ્ય ભારતમાં માલવા, ધાર, ઉજ્જૈન અને બુંદેલખંડ જેવા પ્રદેશો સંપૂર્ણપણે સ્વતંત્ર હતા. દોઆબ, અવધ, વારાણસી અને ગોરખપુરના પ્રદેશો ઉપર દિલ્હી સલ્તનતનો કોઈ પ્રભાવ ન હતો. આવી સ્થિતિમાં સુલતાન અલાઉદ્દીન ખિલજીએ અવિરત યુદ્ધો કરી સલ્તનતનો વિસ્તાર વધાર્યો. ઉત્તર ભારતમાં પંજાબ, સિંધ અને ઉત્તરપ્રદેશના કેન્દ્રના સીધા શાસન હેઠળ નિયંત્રણમાં લાવી દીધા. મોટાભાગના મધ્ય ભારતમાં કે જેમાં ચંદેરી, એલિમાપુર, ધાર, ઉજ્જૈન અને માંડુ જેવા મહત્ત્વપૂર્ણ પ્રદેશોને પણ એણે કેન્દ્રીય સરકાર દ્વારા પ્રાંતપતિઓના સીધા નિયંત્રણમાં મૂકી દીધા. ગુજરાત એની સલ્તનતનો એક પ્રાંત હતો. પૂર્વમાં વારાણસી અને અવધથી આગળ સલ્તનત વધી ન શકી. બીહાર અને બંગાળ ઉપર ક્રમશઃ હરિસિંહ અને શમ્સુદ્દીન ફિરોઝનું શાસન હતું. જેઓ સલ્તનતથી સ્વતંત્ર હતા. ઓરિસ્સા અને પૂર્વિય રાજ્યોમાં પણ સુલતાનની સેનાઓ પહોંચી ન હતી.