પર્યાવરણની દૃષ્ટિએ, જળચરઉછેર કુદરતી માછીમારી ક્ષેત્રોના શોષણ કરતાં વધુ હાનિકારક બની શકે છે.[૩૮] તેની ચિંતાકારક બાબતોમાં કચરાનું વ્યવસ્થાપન, જીવાણુનાશક(ઍન્ટીબાયોટિક્સ)ની આડઅસરો, ઉછેરવામાં આવેલાં અને જંગલી પ્રાણીઓ વચ્ચેની સ્પર્ધા, અને વધુ વેચાણક્ષમ માંસભક્ષક માછલી મેળવવા માટે તેને આહારમાં અન્ય માછલી આપવા જેવી બાબતોનો સમાવેશ થાય છે. જો કે, 1990ના દાયકા અને 2000ના દાયકામાં દરમ્યાન થયેલા સંશોધન અને આહાર આપવા અંગેની વ્યાવસાયિક સુધારણાઓના કારણે આ સમસ્યાઓમાંની ઘણી હળવી બની છે.[૩૯]