બજરંગ દળ સાથે જોડાવાને કારણે પ્રતાપચંદ્ર સારંગીને વિવાદોનો સામનો પણ કરવો પડ્યો હતો. ઈ. સ. ૧૯૯૯માં ઓડિશાના અંતરિયાળ વિસ્તારોમાં ખ્રિસ્તી ધર્મનો પ્રચાર કરી રહેલા ઓસ્ટ્રેલિયન પાદરી ગ્રેહામ સ્ટેઇન્સ અને તેમનાં બે બાળકોને આગમાં હોમી દેવામાં આવ્યાં તેનો આરોપ બજરંગ દળ પર આવ્યો હતો.