એમઆરસીીપીના જોખમો ન્યૂનતમ છે ક્લૌસ્ટ્રોફોબિયાનું અનુભવ ધરાવતા દર્દીઓ અથવા ખૂબ જ ભારે હોય તો પરંપરાગત ટ્યુબ-જેવી મશીન કરતાં તેમના અભ્યાસ માટે ઓછા સામાન્ય ઓપન એમઆરઆઈ મશીનની જરૂર પડી શકે છે, પરંતુ આ પ્રકારના અભ્યાસ સાથે કોઈ નોંધપાત્ર જોખમો નથી.