વર્ષ ૧૯૮૧માં કલામને ભારત સરકારે પદ્મ ભુષણ અને વર્ષ ૧૯૯૦માં પદ્મવિભુષણ  તેમજ વર્ષ ૧૯૯૭માં તેમને ભારત રત્નથી સન્માનિત કરવામાં આવ્યા હતા.