નોંધનીય છે કે 90ના દાયકામાં જયંતી નટરાજનની નારાજગી સામે આવી હતી અને તેમણે તત્કાલીન વડાપ્રધાન નરસિમ્હા રાવની વિરુદ્ધ થઇને પાર્ટી છોડી દીધી હતી. તેમણે જી કે મૂપનારના નેતૃત્વમાં તમિલ માનિલા કોંગ્રેસની સ્થાપના કરી અને 1997માં ટીએમસી સભ્યના રૂપમાં ફરીથી ચૂંટવામાં આવ્યા હતા. પરંતુ મૂપનારના મોત બાદ ટીએમસીના નેતાઓએ કોંગ્રેસની સાથે મળવાનો નિર્ણય કર્યો અને ત્યારબાદ સોનિયા ગાંધીએ જયંતી નટરાજનને પાર્ટીના પ્રવક્તા બનાવી દીધા.