બાગાયત ખાતાનો મુખ્‍ય ઉદ્દેશ ખેડૂતોને વૈજ્ઞાનિક પદ્ધતિઓનું જ્ઞાન આપી જુદી જુદી યોજનાઓના અમલીકરણ દ્વારા બાગાયત પાકોની ઉત્‍પાદકતા અને પેદાશોમાં વધારો કરી ખેડૂતોની આવક વધારવાનો છે. રાજ્યમાં પશુપાલન, મરઘાં, ડેરી અને ઘાસચારાનો વિકાસ કરવા સાથે પશુ સારવાર, રોગ નિયંત્રણ, પશુધનનું રોગ સામે રક્ષણ વગેરે યોજનાઓનો ક્ષેત્રિય અધિકારીઓ મારફતે અમલ કરાવવા માટે અને રાજ્યમાં પશુપાલનની સમગ્ર પ્રવૃતિઓનું સંચાલન કરવા પશુપાલન નિયામકી તંત્ર ગોઠવેલ છે.