ગંદાપાણીની પદ્ધતિમાં જંતુરહિત કરવાનો ઉદ્દેશ પર્યાવરણમાં ફરીથી મુક્ત કરવામાં આવતા પાણીમાં સૂક્ષ્મજીવોની સંખ્યાને મોટા પાયે ઓછી કરવાનો છે. અસરકારક રીતે જંતુરહિત કરવાની પદ્ધતિમાં પાણીની ગુણવત્તા (જેમ કે – ડહોળું, પીએચ (pH), વગેરે), ઉપયોગ કરતા જંતુરહિતનો પ્રકાર, જંતુરહિતની માત્રા (એકાગ્રતા અને સમય), અને અન્ય વાતાવરણની વિવિધતા પર નિર્ભર કરે છે. ડહોળા પાણીને સાફ કરવાની પદ્ધતિને ઓછી સફળતા મળી છે, કારણકે નક્કર પદાર્થ જીવોને ઢાંકી દે છે, ને ખાસ કરીને અલ્ટ્રાવાયોલેટ પ્રકાશ, કે પછી ઓછી સંપર્ક અવધિના લીધે આમ થાય છે. સામાન્ય રીતે, ઓછી સંપર્ક અવધિ, ઓછી માત્રા અને ઉચ્ચ પ્રવાહની પ્રતિકૂળતા પ્રભાવી જંતુરહિત પ્રક્રિયાને રોકે છે. જંતુરહિતની સામાન્ય પદ્ધતિઓમાં ઓઝોન ક્લોરીન, અલ્ટ્રાવાયોલેટ પ્રકાશ, કે સોડિયમ હાઇપોક્લોરાઇટનો સમાવેશ થાય છે.[૫]:16 પીવાના પાણીમાં ઉપયોગમાં લેવાતા ક્લોરમીનનો ઉપયોગ ગંદાપાણીની પદ્ધતિમાં નથી કરાતો.