તેમના નામ પર કલકત્તામાં આચાર્ય પ્રફુલ્લચંદ્ર કોલેજ, પ્રફુલ્લચંદ્ર કોલેજ અને આચાર્ય પ્રફુલ્લચંદ્ર રાય પોલિટેક્નિક કોલેજ છે.