1690ના દાયકામાં ન્યૂટને અનેક ધાર્મિક સંશોધન લખ્યા, જે બાઇબલની શાબ્દિક વ્યાખ્યાથી સંબંધિત હતા. હેનરી મોરના બ્રહ્માંડમાં વિશ્વાસ અને કાર્ટેસિયન દ્વૈતવાદ માટેના અસ્વીકારે કદાચ ન્યૂટનના ધાર્મિક વિચારોને પ્રભાવિત કર્યા. તેમણે એક પાંડુલિપી જૉન લોકેને પણ મોકલી જેમાં તેમણે ટ્રિનિટીના અસ્તિત્વને વિવાદિત માની હતી, જેને ક્યારેય પ્રકાશિત ન કરવામાં આવી. પાછળના કાર્યો[57]- ધ ક્રોનોલોજી ઓફ એન્સિયન્ટ કિંગડમ્સ એમેન્ડેડ (1728) અને ઓબ્સર્વેશન્સ અપોન ધ પ્રોફિસીઝ ઓફ ડેનિયલ એન્ડ ધ એપોકેલિપ્સ ઓફ સેન્ટ જોન (1733)[58]નું પ્રકાશન તેમના અવસાન પછી થયું. તેમણે રસાયણ વિજ્ઞાન માટે પણ પોતાનો ઘણો બધો સમય આપ્યો (ઉપર જુઓ).