1942 માં નેવલ રિઝર્વ ઓફિસર તાલીમ શાળા પૂર્ણ કર્યા બાદ, તેમને લેફ્ટનન્ટ જુનિયર ગ્રેડમાં પ્રમોટ કરવામાં આવ્યા હતા અને મેલ્વિલે, રોડે આઇલેન્ડમાં પેટ્રોલ ટોરપિડો બોટ સ્ક્વોડ્રનને સોંપવામાં આવ્યો હતો. . 1 9 43 માં, કેનેડીને બીજા વિશ્વયુદ્ધના પેસિફીક થિયેટર પર ફરીથી સોંપવામાં આવ્યો, જ્યાં તેઓ બે પેટ્રોલ ટોરપિડો બોટ, પીટી -109 અને પીટી -59 ને આદેશ આપશે.