વર્ષ 1969માં જ્યારે પાકિસ્તાનમાં જનરલ અયૂબ ખાનની સેનાનું શાસન આવ્યું, ડૉક્ટર અલ્વી રાજનીતિમાં સક્રિય થઈ ગયા.