સંઘ પર ત્રીજી વખત પ્રતિબંધ વર્ષ 1992માં મુકવામાં આવ્યો. આ વખતે સંઘ પર પ્રતિબંધનું કારણ અયોધ્યાના વિવાદાસ્પદ બાબરી ઢાંચાને તોડવામાં RSSની ભૂમિકા હોવાનું જણાવવામાં આવ્યું હતું. સંગઠનને 6 મહિના સુધી પ્રતિબંધનો સામનો કરવો પડ્યો હતો.