જેએનયુમાં માસ્ટર ઓફ સાયન્સ માટેનાં બે વરસના કોર્સની શિક્ષણ ફી રૃપિયા ૭૨૮ છે. એમ. એ. ના બે વરસની ફી રૃપિયા ૭૩૩ છે.