બીજી તરફ કિલ્લાની અંદર રહેલા બહાદુર શાહને ખાદ્યસામગ્રી નિયમિત ન મળતાં આફતનો અણસાર આવી ગયો. હુમાયુ કિલ્લામાં આવે તે પહેલાં યુદ્ધના ધોરણે તેણે પોતાની બેગમો અને ચાંપાનેરના ખજાનાને દમણ મોકલી દીધાં. દમણ પર તે સમયે પોર્ટુગીઝ શાસન હતું અને બહાદુર શાહના પોર્ટુગીઝો સાથે સુમેળભર્યા સંબંધો હતા. તેનો લાભ લીધો. પોતાના પરિવાર અને થોડી ઘણી સંપત્તિને સુરક્ષિત કરી દીધી. બીજી તરફ બહાદુરશાહે "હું તો મરું પણ તને પણ વિધવા બનાવું"ની કહેવત સાર્થક કરતો હોય તેમ ચાંપાનેરથી ભાગતા પહેલાં ભવ્ય ચાંપાનેરને આગ લગાડી દીધી, જેથી હુમાયુ પણ નગરને લૂંટી ન શકે! સૈન્યના હાથીઓની સૂંઢ કાપી નાખી જેથી દુશ્મનો તેમનો ઉપયોગ ન કરી શકે! આટલી તજવીજ કરી બહાદુ શાહ પહેલાં ખંભાત અને પછી દીવ ભાગી ગયો. તરત જ હુમાયુ ગુપ્ત માર્ગે ચાંપાનેરના કિલ્લામાં પેઠો. તેમાં બહાદુર શાહના એક વખતના સેનાપતિ રુબી ખાનની ગદ્દારીએ પણ મોટો ભાગ ભજવ્યો હતો. નગરને લગભગ રૂંધી નાંખ્યું. બહારથી ઘાસચારો અને ખોરાકનો પુરવઠો બંધ કરાવી દીધો, પરિણામે ઘાસની એટલી તો અછત સર્જાઈ કે ઘોડા એકબીજાની પૂંછડીના વાળ ખાવા લાગ્યા અને માણસો ઘોડાનું માંસ. તે પછી હુમાયુએ નગરને લૂંટવામાં કોઈ જ કસર ન છોડી. આટલું પૂરતું ન હોય તેમ હુમાયુએ પણ ચાંપાનેરને આગ લગાડી લગભગ ખાખ કરીદીધું. ચાંપાનેરમાં મુઘલ સત્તા સથાપી. અહીં સેનાપતિ હિંદુબેગને ચાંપાનેરનોવહીવટ સોંપ્યો. એ વખતે સમય હતો ઓગસ્ટ મહિનો અને વર્ષ ૧૫૩૫નું. ચાંપાનેર વિજયની યાદમાં હુમાયુએ પોતાના નામના ચાંદી અને તાંબાના સિક્કા પડાવ્યા હતા.