પિતા તેગબહાદુરના મોતનો બદલો લેવાનો નિર્ણય તેમના પુત્ર ગુરુ ગોવિંદસિંહે કર્યો. તેઓએ કુનેહપૂર્વક શીખોને સૈનિક સંપ્રદાયમાં ફેરવી નાખ્યા અને તેનું નામ "ખાલસા" આપ્યું. ખાલસા પંથીઓ સામાન્ય શીખો કરતાં જુદા કપડાં પહેરતા. કેશ, કિરપાણ, કચ્છ, કડા અને કુંધી તેમની ઓળખ હતી. તેઓ જાતિભેદ અને ખાનદાની વગેરે બાબતોથી જોજનો દૂર રહેતા. ટૂંકમાં ગુરુ ગોવિંદસિંહે ઔરંગઝેબની ધાર્મિક નીતિનો જડબાતોડ જવાબ ધાર્મિક કટ્ટરતાથી આપવાનું અભિયાન ચાલુ કર્યું હતું. તેના ભાગરૂપે ઉત્તર પંજાબમાં મુઘલ સરદારો અને મુઘલોના વફાદારોને (હિંદુઓ સમેત) સાથે યુદ્ધો શરૂ કર્યાં અને અનેક રણમેદાનમાં પછાડ્યા પણ. ગુરુ ગોવિંદસિંહના નેતૃત્વમાં શીખ અનુયાયીઓની સંખ્યા દિન-પ્રતિદિન વધતી જતી હતી. મુઘલોએ શીખોને નિયંત્રણમાં લાવવા માટે ગુરુ ગોવિંદસિંહના આનંદપુર ખાતેના ઘરનો પાંચ વખત ઘેરો ઘાલ્યો હતો. આખરે કંટાળી ગુરુએ ઘર છોડી ખુલ્લા મેદાનમાં આશ્રય લેવો પડ્યો હતો. ત્યાં પણ તેઓ અને તેમના અનુયાયીઓને શોધી કાઢી પીછો શરૂ કરી શાંતિથી સ્થાપિત ન થવા દીધા. અંતિમ ઉપાય તરીકે તેઓએ પોતાના અનુયાયીઓ સાથે દક્ષિણ ભારતની વાટ પકડી. બિકાનેર થઇ દક્ષિણમાં જતા હતા તે દરમિયાન વર્ષ ૧૭૦૫માં ગુરુના બે પુત્રો માર્યા ગયા. બીજા બે પુત્રોને સરહિન્દના ફોજદારે મારી નાખ્યા. તેઓ દક્ષિણ ભારતમાં પહોંચ્યા ત્યાં સુધી મુઘલોએ તેમનો પીછો છોડ્યો ન હતો.