વર્ષ 2006માં આ ઘટના કરતા ઉલ્ટુ થયું, ગુજરાત એટીએસ દ્વારા 2005માં રાજસ્થાનના કુખ્યાત શૌરબઉદ્દીન શેખની હત્યા કરી ત્યાર બાદ તેની પત્ની કૌસરને પણ મારી નાખી હતી, સુપ્રીમ કોર્ટના આદેશથી આ તપાસ સીઆઈડી ક્રાઈમ પાસે હતી, આ કેસનું સુપરવીઝન ગીથા જોહરી કરતા હતા, ભાજપ સરકાર પણ માનતી હતી કે ગીથા જોહરી ટીમ ભાજપ અને ગુજરાત પોલીસ સામે જવાની હિંમત કરશે નહીં, પણ જ્યારે સીઆઈડીએ સુપ્રીમમાં રીપોર્ટ મુકયો ત્યારે શૌહરબઉદ્દનની હત્યા થઈ હોવાનું કહ્યું હતું, આ ઘટનાને કારણે અમિત શાહ ખુબ નારાજ થયા હતા, તેમણે ગીથા જોહરીને બોલાવી ધમકાવી નાખતા કહ્યું કે આ કેસના તમામ કેસ પેપરો ફાડી નાખો, પણ તેમણે તેમનો ગેરકાયદે હુકમ માન્યો નહીં.