મુઝફફર ત્રીજાના કાળમાં ગુજરાતના ઇલાકામાં અરાજકતાની પરિસ્થિતિ હોવાથી સ્વતંત્ર સુલતાનોનો અંત આવ્યો. અકબરે ગુજરાત પર ચડાઇ કરી અને તેને ૧૫૭૩માં જીતી લીધું. મોગલ શાસનકાળ દરમિયાન અમદાવાદની સમૃધ્ધિ ખૂબ વધી ઔરંગઝેબના અવસાન પછીના શાસકો નબળા હતા. સૂબા અથવા મોગલ ઉમરાવો પરસ્પર અને મરાઠાઓ સાથે લડાઇમાં વ્યસ્ત હતા. પરિણામે દેશમાં ગેરવ્યવસ્થા પ્રવર્તતી હતી. અઢારમી સદીમાં મરાઠાઓના રાજયકાળ દરમિયાન, તમામ હેતુઓ માટે અડધુ ગાયકવાડના કબજામાં વહેંચાયેલું હતું. પેશ્વાઓની હકુમતનો વિસ્તાર વધારે હતો. અમદાવાદમાં ગાયકવાડના તરફથી એક પ્રતિનિધિ હતો. પરંતુ પેશ્વાઓએ પણ શહેરમાં તેઓનો સૂબો નિમ્યો હતો. મરાઠાઓના ૬૪ વર્ષના શાસનમાં અમદાવાદની પરિસ્થિતિ વધુને વધુ ખરાબ થતી ગઇ અને શહેરમાં ધણી ગેરવ્યવસ્થા સર્જાઇ. પેશ્વા અને ગાયકવાડ વચ્ચેની લડાઇ અને ધણા સંધર્ષો બાદ બ્રિટિશરોએ ઇ. સ. ૧૮૧૭ માં અમદાવાદ લઇ લીધું.