માઇક્રોસ્પોરિડીયોસિસનું નિદાન ક્લિનિકલ સુવિધાઓ અને લક્ષણોની પ્રસ્તુતિ દ્વારા સપોર્ટેડ છે; પ્રી-ટેસ્ટ સંભાવના (વ્યક્તિમાં ચેપની શક્યતા અંગે વ્યક્તિલક્ષી આકારણી); અને મળ, પેશાબ, શરીરની પેશીઓ અથવા અન્ય શારીરિક પ્રવાહીનું વિશ્લેષણ.