અહીં એવી પણ એક ચિંતા ઉભી થાય છે કે જીએમઓ જંગલી જાતો સાથે ક્રોસ-પોલિનેટ થશે અને સ્થાનિક વસ્તીની આનુવંશિક અખંડિતતામાં કાયમી ફેરફાર કરી દેશે; ટ્રાન્સજેનિક જનીનો સાથેની જંગલી વનસ્પતિઓની ઘણી જાતોને અગાઉથી ઓળખવામાં આવી છે. સંબંધિત જંતુની જાતિ તરફ જીએમઓ જનીનનું વહન, તેમજ બિન-ટ્રાન્સજેનિક પાકો સાથે ક્રોસ-પોલિનેશન એ ચિંતાનું કારણ છે. તેલીબિયાંના જેમ ઘણા જીએમઓ પાકોનું તેમના બીજ માટે વાવેતર કરવામાં આવે છે ત્યારથી વારાફરતી પાક લેવામાં આવતા હોય તેવા ક્ષેત્રોમાં સ્વૈચ્છિક વનસ્પતિઓ માટે બીજનું સ્પિલેજ સમસ્યારૂપ બને છે, તેમજ વાહન-વ્યવહાર દરમિયાન પણ તેની સમસ્યા ઉભી થાય છે.[૬૮]