પ્રજાપતિ દ્વારા કરવામા આવેલ વિવિધ ભરતી પ્રકિયા, નાણાકિય ચૂકવણું, તેમજ વિવિધ વહીવટી પ્રકિયા અને કોલેજો પાસે પૈસા ઉઘરાવ્યા હોવા સુધીના પાટણ ધારાસભ્ય ડૉ. કિરીટ પટેલ, સહીત યુનિવર્સિટી બચાવો સમિતિ, એબીવીપી અને એનએસયુઆઈના કાર્યકરો દ્વારા તબક્કા વાર રજૂઆતો સાથે આક્ષેપો કર્યા હતા અને જેને લઈ કુલપતિની છાપ ખરડાઈ હતી તેમના પર લાગેલા આક્ષેપોના તપાસ મામલે સરકારે સમિતિઓ રચી હતી.