સૌથી મુખ્ય બાબત એ છે કે નેશનલ ઇન્સ્ટિટ્યૂટ કે જે હંમેશા વિવાદોના વમળમાં રહેલી શૈક્ષણિક સંસ્થા છે, તેનું લાઇસન્સ નંબર વર્ષ ૨૦૦૭માં જ રદ થઇ ગયું હતું તો પછી વર્ષ ૨૦૦૯માં શંકરભાઇ ચૌધરીએ એવી સંસ્થા પાસેથી કેવી રીતે ઉપાધિ હાંસલ કરી.