ઝંસ્કાર નદીના ઉપલા ભાગમાં તેની બે શાખાઓ છે. પ્રથમ શાખા ડોડા નદી 4,400 મીટર (14,400 ફૂટ) ઊંચા પૅન્સી લા (ઘાટ) ખાતેથી શરૂ થાય છે અને દક્ષિણપૂર્વ દિશામાં મુખ્ય ઝંસ્કાર ખીણ સાથે સાથે વહેતી ઝંસ્કારના મુખ્ય શહેર પદુમ તરફ જાય છે. બીજી શાખા પોતે બે ઉપનદીઓના સમાવેશથી બને છે - શિંગો લા ઘાટ પાસેથી નીકળતી કરગ્યાગ નદી અને બારાલાચ ઘાટ પાસેથી નીકળતી ત્સરાપ નદી - જેનો સંગમ પુરને નદી નજીક થાય છે, જેના પછી તેને લુંગ્નક નદી અથવા ત્સરાપ નદી કહેવામાં આવે છે અને ઉત્તરપશ્ચિમ દિશામાં એક ઊંડી ખીણમાં થઈને ઝંસ્કાર ખીણના મધ્ય બાગ તરફ જાય છે, જ્યાં તે ડોડા નદીમાં વિલિન થઈ ઝંસ્કાર નદી કહેવાય છે. આ પૂર્વઉત્તર દિશામાં ઝંસ્કાર નદી સાંકડી ઊંડી ખીણમાંથી નીકળી લડાખ ક્ષેત્રમાં નિમ્મુ નજીક સિંધુ નદીમાં વિલિન થઈ જાય છે.[૧][૨]