ચિદમ્બરમ 29 નવેમ્બર 2008થી 31 જુલાઇ 2012 સુધી દેશના ગૃહમંત્રી રહ્યાં હતા, તે સમયે સોહરાબુદ્દીન શેખ એન્કાઉન્ટરનો કેસ ચાલતો હતો અને આ મામલે ગુજરાતના તત્કાલીન ગૃહમંત્રી અમિત શાહ પર કાર્યવાહી કરવામાં આવી હતી.