૨૦૦૪માં પાકિસ્તાનને જૈસ-એ-મુહમ્મદના દરેક અડ્ડાઓ પર દરોડા પાડયાં પરંતુ પાકિસ્તાનની ખૂફિયા એજન્સી આઇ. એસ. આઇ. એ પાકિસ્તાન સરકાર અને જૈસ-એ-મુહમ્મદ વચ્ચે સમાધાન કરાવ્યું અને એ નક્કી થયું કે જૈસ-એ-મુહમ્મદ હવે પાકિસ્તાનમાં હુમલા નહીં કરાવે.