પ્રજાપતિએ કુલપતિના હોદ્દા પર રહીને અનેક પ્રકારની ગેરરીતિઓ આચાર્યાનંર બહાર આવતા મુખ્યમંત્રીએ ઉપરોક્ત નિર્ણય કર્યો છે. ડો. પ્રજાપતિએ કુલપતિના હોદ્દાનો દુરુપયોગ કરીને પોતાના પુત્રને આર્કિટેક્ચર ડિપાર્ટમેન્ટમાં ગોઠવ્યો એટલં જ નહીં, યુનિવર્સિટીના ભંડોળમાંથી સૌથી વધુ રકમ પણ આર્કિટ્કેચર ડિપાર્ટમેન્ટમાં ફાળવાઈ હતી.