રાજાના વકીલ સ્વરૂપે ન્યૂટનનો એક કેસ વિલિયમ કેલોનેર સામે હતો.[129] કેલોનેરની યોજના કેથોલિક્સના બનાવટી ષડયંત્રને નિશ્ચિત કરવાની અને પછી કમનસીબ ષડયંત્રકારીમાં બદલવાની હતી, જેને તે બંધક બનાવી લેતો હતો. કેલોનેરે પોતે સમાજમાં વગદાર સજ્જન બનવા જરૂરી સમૃદ્ધિ મેળવી લીધી હતી. સંસદમાં અરજી રજૂ કરતાં કેલોનેરે ટંકશાળમાં નક્લી સિક્કા બનાવવા જરૂરી સાધનસામગ્રી પૂરી પાડવાનો આરોપ લગાવ્યો (આવો આરોપ અન્ય લોકોએ પણ મૂક્યો હતો). તેણે પ્રસ્તાવ રજૂ કર્યો કે તેને ટંકશાળની પ્રક્રિયાનું નિરીક્ષણ કરવાની મંજૂરી આપવામાં આવે જેથી તે તેમાં સુધારો કરવા માટે ઉપયોગી સૂચનો કરી શકે. તેણે સંસદમાં અરજી આપી કે સિક્કાને ઢાળવા માટે તેની યોજનાનો સ્વીકાર કરવામાં આવે જેથી બનાવટી સિક્કા બની ન શકે, પરંતુ તે જ સમયે બનાવટી સિક્કા સામે આવ્યાં.[૮૦] ન્યૂટને કેલોનેરની ચાલની તપાસ કરી અને સપ્ટેમ્બર, 1697માં તેને ન્યૂ ગેટ જેલના સળિયા પાછળ ધકેલી દીધો. પણ ઉચ્ચ સ્થાને કેલોનેરના મિત્રો હતા, જેમણે તેને છોડાવવામાં મદદ કરી.[131] ન્યૂટને બીજી વખત નિર્ણાયક પુરાવા સાથે તેના પર કેસ ચલાવ્યો. કેલોનેરને ગંભીર રાજદ્રોહનો દોષિત ગણવામાં આવ્યો અને તેને 23 માર્ચ, 1699ના રોજ ટાયબર્ન ગેલોઝમાં ફાંસીની સજા આપી દફનાવી દેવાયો.[132]