ક્રોહન રોગ સાથે, પાચનતંત્રનો કોઈ પણ ભાગ બળતરાથી પ્રભાવિત થઈ શકે છે અને જો મોટી આંતરડા દૂર કરવામાં આવે તો પણ, ક્રોહન રોગ હજુ પણ પુનરાવર્તિત થઈ શકે છે.