કેટલાક પેથોજેનિક સૂક્ષ્મજંતુઓ સાથે, ઉપયોગી બાઈફિડાબેક્ટેરિયા તેમના પોતાના પર સામનો કરી શકે છે, પરંતુ જો તેમાંના ઘણા હોય અથવા તો તેઓ જોખમી રોગોના રોગકારક તત્વોથી સંબંધિત હોય, તો વધારાના સારવારની જરૂર છે.