એ પછી વાજપેયી ફરી એનડીએ સાથે 1999માં સત્તા પર પાછા આવ્યા હતા અને આ વખતે તેમણે 2004 સુધી સંપૂર્ણ પાંચ વર્ષ સુધી શાસન ચલાવ્યું હતું. વાજપેયી છેલ્લાં ઘણાં વખતથી બીમારીને કારણે જાહેર-જીવનથી અલિપ્ત રહ્યા હતા.