ધોનીના નેતૃત્વ સામે અનેક સવાલો ઉઠ્યા, ટીમ ઇન્ડિયામાં બે ફાટ પડી ગઇ હોવાના અહેવાલો પણ સમયાંતરે વર્ષ દરમિયાન મીડિયામાં આવતા રહ્યાં.