ત્યારબાદ વિપક્ષ અને કેટલીક એનજીઓ દ્વારા રાજ્ય સરકારની છબી ખરડાય તે પ્રકારના આક્ષેપો કરવામાં આવતા ગોધરાકાંડ બાદ થયેલા તોફાનોના બનાવની રાજ્ય સરકાર પ્રેરીત કે પૂર્વયોજીત હતા તે પ્રકારની મલીન આક્ષેપો સંદર્ભે દુધનું દૂધ અને પાણીનું પાણી ાય તે માટે તે સમયના મુખ્યમંત્રી નરેન્દ્રભાઈ મોદીએ  ઘટનાની તલસ્પર્શી તપાસ માટે કમિશનની રચના કરવામાં આવી હતી.