સ્વયંચાલિત તંત્ર પ્રોટીન છે જે પ્રતિકારક શક્તિ દ્વારા ઉત્પન્ન થાય છે, પરંતુ તેઓ વિદેશી પદાર્થો પર હુમલો કરવાને બદલે શરીરની પોતાની પેશીઓ પર હુમલો કરે છે.