આઇપોડ ટચ સિવાયના તમામ આઇપોડ ડિસ્ક મોડ પર માસ સ્ટોરેજ ડિવાઇસ તરીકે ડેટા ફાઇલ સ્ટોર કરવા માટે કામ કરે છે.[૧૮] જો કોઇ આઇપોડને મેક ઓએસ એક્સ કોમ્પ્યુટર પર ફોર્મેટ કરવામાં આવ્યું હોય તો તે HFS+ ફાઇલ સિસ્ટમ ફોર્મેટનો ઉપયોગ કરે છે. જે મેક કોમ્પ્યુટર માટે બુટ ડિસ્ક તરીકે કામ કરવા દે છે.[૧૯] જો તે વિન્ડોઝ પર ફોર્મેટ કરવામાં આવ્યું હોય તો FAT32 ફોર્મેટનો ઉપયોગ થાય છે. વિન્ડોઝ સુસંગત આઇપોડના આગમન સાથે આઇપોડ લાઇન પર વપરાતી ડિફોલ્ટ ફાઇલ સિસ્ટમ HFS+થી FAT32 થઇ ગઇ. જોકે તેને કોઇ પણ સિસ્ટમમાં રિફોર્મેટ કરી શકાય છે. (આઇફોડ શફલ સિવાય જે સંપૂર્ણપણે FAT32 છે.) સામાન્ય રીતે જો નવું આઇપોડ (આઇપોડ શફલ સિવાય) વિન્ડોઝ પર ચાલતા કોમ્પ્યુટર સાથે જોડવામાં આવે તો તે FAT32 સાથે ફોર્મેટ થશે અને શરૂઆતમાં જો મેક ઓએસ એક્સ પર ચાલતા મેક સાથે જોડવામાં આવે તો તે HFS+ સાથે ફોર્મેટ થશે.[૨૦]