એન્ડોસ્કોપીક સજર્રીની સાથે બીજી કોઈ પણ સજર્રી હોય તેવા ઘણા જોખમો જોડાયેલ છે પરંતુ નિષ્ણાંત ડોક્ટર પાસે આ સજર્રી કરાવવાથી ઘણી જ ફાયદાકારક રહે છે.