વાજપેયી બે મહિનાથી પણ વધારે સમયથી હોસ્પિટલમાં કિડનીમાં ચેપ ઉપરાંત યુરિનરી તકલીફ, છાતીમાં કફનો ભરાવો થવા જેવી તકલીફો માટે સારવાર હેઠળ હતા.