મોટાભાગના કિસ્સાઓમાં આ પ્રક્રિયા દર્દી માટે ખૂબ અપ્રિય છે, અને ઘણી વખત પીડાદાયક કારણ કે ગુદામાં કોલોનોસ્કોપ દાખલ કરવાની જરૂર પડે છે અને તે સેકિયમના ગુંબજ પર ખસેડો જ્યારે વારાફરતી અંગની પોલાણમાં હવા દાખલ કરે છે.