જોકે ચોક્કસ કારણ અજ્ઞાત નથી, ક્લસ્ટર માથાનો દુખાવો ની પદ્ધતિ સૂચવે છે કે મગજના હાયપોથેલામસ ક્લસ્ટર હુમલા દરમિયાન સક્રિય અથવા ઉત્તેજિત થાય છે.