દેશના વિભાજન બાદ પાકિસ્તાન, બાંગલાદેશ અને અફઘાનિસ્તાનસ્થિત લઘુમતી હિન્દુઓને નાગરિકત્વ આપવાને મામલે ભૂતકાળમાં તેમના પોતાના જ નેતાઓએ આપેલા સૂચનોનો કોંગ્રેસ અમલ ન કરી રહી હોવાનો આક્ષેપ અમિત શાહે કર્યો હતો. પ. બંગાળનાં મુખ્ય પ્રધાન અને તૃણમૂલ કોંગ્રેસનાં વડા મમતા બેનરજીને તેમણે એમ કહીને નિશાન બનાવ્યા હતા કે હવે તેઓ દલિત બંગાળીઓ માટે નાગરિકત્વ ધારાનો વિરોધ કરી રહ્યા છે.