જો કે એક સમયે તેની કામગીરીને કારણે સર્વશ્રેષ્ઠ સંસ્થા સાબિત થનાર સીબીઆઇ ભલે સ્વાયત્ત કહેવાતી હોય પણ તેને સરકારનાં દબાણ અંતર્ગત કામ કરવાની ફરજ પડી છે અને તેના પર અનેક પ્રકારનાં આરોપ લાગતા રહ્યાં છે.