વર્ષ ૨૦૧૬માં ગાંગુલી તેમ જ સચિન તેન્ડુલકર અને વીવીએસ લક્ષ્મણ સહિતની ક્રિકેટ સલાહકાર સમિતિએ શાસ્ત્રીને બદલે અનિલ કુંબલેને હેડ-કોચ તરીકે પસંદ કર્યો એને પગલે ગાંગુલી-શાસ્ત્રી વચ્ચેના ખટરાગના અહેવાલો બહાર આવ્યા હતા.