જોકે, ઇંદિરા ગાંધીની એમના શીખ અંગરક્ષકોએ હત્યા કરી એ પછીની શીખ વિરોધી હિંસાને વાજપેયીએ આકરા શબ્દોમાં વખોડી કાઢી હતી.