વાજપેયજી દેશમાં અત્યાર સુધીમાં કરવામાં આવેલા બંને પરમાણુ પરીક્ષણના સાક્ષી રહ્યાં છે. પોખરણમાં 1998માં કરાયેલા પરમાણુ પરીક્ષણ દરમિયાન તેઓ પોતે વડાપ્રધાન હતા. જ્યારે આ અગાઉ 1974માં કરાયેલ પરીક્ષણ દરમિયાન ઇન્દિરા ગાંધી પીએમ હતા. તે સમય વાજપેયજીને ઇન્દિરા સરકારના આ નિર્ણયનું ખુલ્લેઆમ સમર્થન કર્યું હતું.