બીજી તરફ પાકિસ્તાનની તપાસ ટીમ પણ એનઆઈએને અત્યાર સુધીની તપાસ અંગે કેટલાક સવાલો કરશે. આવી કવાયતનો મુખ્ય હેતુ બંને દેશની ટીમ વચ્ચેની ગેરસમજ દૂર કરવાનો છે. જોકે પાક.ની એનએસએ ટીમ અજિત ડોભાલની પૂછપરછ કરશે કે કેમ તે અંગે પણ સવાલ છે. કારણ પાકિસ્તાનમાં પઠાણકોટ હુમલા બાબતો જે એફઆઈઆર દાખલ થઈ છે તેમાં ફરિયાદી તરીકે ડોભાલનું નામ દાખલ થયું છે. જોકે આ મુદે ભારત સરકારે કંઈ જણાવ્યું નથી.