મુખરજીને લાગ્યું કે પંડિત નેહરુ કાશ્મીરમાં અલગાવના વિષવૃક્ષને પોતાના કુસુમકોમળ હૃદયથી ઉછેરવાનો ખતરનાક પ્રયોગ કરી રહ્યા છે ત્યારે તેમણે ‘કાશ્મીર બચાવ’ અભિયાન છેડ્યું. ડો. મુખરજી સંસદના વિપક્ષના સર્વમાન્ય નેતા હતા.