નાફેડનો એવો પણ આરોપ છે કે ગોડાઉન મામલે કેન્દ્ર સરકારના નિયમો નેવે મુકાયા છે અને નિમ્નકક્ષાની મંડળીઓને ખરીદી કરવા અપાઈ હતી તો સામે સરકાર કહી રહી છે કે સરકારી માલની પૂરતી કાળજી લેવાઈ છે અને નાફેડના અધિકારીઓએ જ ધ્યાન નથી આપ્યું.