2002નાં કોમી તોફાનો કે જેમાં 1000 લોકો, અને મુખ્યત: મુસ્લિમોનો ભોગ લેવાયો હતો તેને અટકાવવામાં મોદીએ પૂરતો પ્રયાસ નહોતો કર્યો તેવો આરોપ પણ તેમની પર લગાવાય છે.