તે જ સમયે, શગુડન સંપ્રદાય સતત ફરિયાદ કરે છે કે તે ધાર્મિક ભેદભાવનો શિકાર છે, કારણ કે દલાઈ લામા શગુડન ભક્તિનું પાલન કરવાની મંજૂરી આપતું નથી.