બન્ને દેશોમાં ઇસ્લામિક ધર્મ સૂફીવાદથી પ્રભાવિત થઈને ઉદાર અને મનુષ્ય સંબંધી પરંપરાઓ અનુસરે છે, પરંતુ છેલ્લા કેટલાક સમયથી ઇન્ડોનેશિયામાં કટ્ટરપંથ સંબંધિત ઘટનાઓ વધી ગઈ છે.