આ નામનો અર્થ છે જંતર ("સાધન"), અને મંતર ("સૂત્ર", કે અહીંના સંદર્ભમાં "ગણતરી"). તેટલા માટે જંતર મંતર નો શાબ્દિક અર્થ થયો 'ગણતરીનું સાધન'. આ વેધશાળાનું ધાર્મિક મહત્ત્વ પણ છે, કેમ કે ભારતીય ખગોળવિદો જ્યોતિષમાં પારંગત પણ હતાં.