નાગરિકત્વ કાયદો અને કાશ્મીર અંગે મહાથિરના નિવેદનો ઉપરાંત, જાકીર નાઈકના પ્રત્યાર્પણ અંગે મલેશિયાના વલણથી પણ ભારત સરકાર નારાજ છે.