સૌરાષ્ટ્ર યુનિવર્સિટીના 53 વર્ષના ઈતિહાસમાં ઘણા ઉતાર – ચઢાવ આવ્યા છે પરંતુ સૌથી વધુ ચર્ચિત મુદ્દાઓ પરીક્ષામાં ચોરીની ઘટના, ભવનોમાં વિદ્યાર્થીઓનું શોષણ કે બિલ્ડિંગના બાંધકામમાં ભ્રષ્ટાચાર થવા ટોક ઓફ ધ ટાઉન બન્યા છે અને યુનિવર્સિટીના ઈતિહાસમાં પ્રથમ વખત વિધાનસભાની જાહેર હિસાબ સમિતિની તપાસ કમિટી નિરિક્ષણ કરવા આવી હતી.