સ્વામિનારાયણ પંથ અને ટ્રસ્ટ પોતાના આંતરિક વિખવાદોને કારણે અવારનવાર વિવાદોમાં આવ્યું છે. સિદ્ધપુરમાં આવેલા કાલુપુર નરનારાયણ દેવ તાબાના સ્વામિનારાયણ મંદિરના પુજારી ચંદ્રપ્રકાશસ્વામીનું શખ્શોએ અપહરણ કરીને કરોડોના ચેક પર સહીઓ કરાવી લીધી હતી. પરંતુ બંને શખ્શો પોલીસ શકંજામાં આવી ગયા હતા.