સ્વયંપ્રતિરક્ષા વિકૃતિઓમાં, રોગપ્રતિકારક તંત્ર શરીરમાં એક ખાસ પેશીઓ અથવા માળખુંની ભૂલ કરે છે, જેમ કે વાયરસ અથવા બેક્ટેરિયા.