ઇતિહાસ અનુસાર મુસ્લિમ આક્રાંતાઓ દ્વારા વિક્રમની બારમીથી સોળમી સદી સુધી શાસ્ત્રીય સંગીતની પરંપરાને ઘણા આઘાત પહોંચ્યા. બાદશાહ અકબરના સમયમાં શાસ્ત્રીય સંગીતનો વિકાસ થયો. વિક્રમની પંદર-સોળમી સદીમાં પુષ્ટિમાર્ગનો ઉદય થયો. આ વૈષ્ણવ સંપ્રદાયે સંગીતને માધ્યમ બનાવી ભક્તિમાર્ગનો પ્રસાર કર્યો. મહાપ્રભુ વલ્લભાચાર્યે નવધા ભક્તિમાં કીર્તનનો સમાવેશ કર્યો. પુષ્ટિમાર્ગીય સેવાવિધિમાં આઠ પ્રહરની ઝાંખી (આંગી)ને અનુરૂપ પદોનું ગાયન થતું. અષ્ટછાપના કવિઓ મહાન સંગીતજ્ઞ હતા. તેમાંના હરિદાસ પાસે તાનસેન શાસ્ત્રીય સંગીત શીખ્યા હતા. આ કવિગણે શ્રીકૃષ્ણની દિનચર્યા રાસ, હોળી જેવા પ્રસંગને અનુરૂપ પદો રચ્યા છે શાસ્ત્રીય સંગીત અને લોક સંગીત બન્ને પ્રકારના સંગીતમાં પદો અને ગીતો પ્રચલિત કર્યા. પુષ્ટિમાર્ગની અસરમાં ઘણા જૈનો વૈષ્ણવ થવા લાગ્યા. તે જોઇ ઉપા. શ્રી સકલચંદ્રજીમ., પંડિત શ્રી વીરવિજયજીમ., પંડિત શ્રી રૂપવિજયજીમ., પંડિત શ્રી પદ્મવિજયજીમ. વગેરે મુનિવૃંદે પૂજાઓ બનાવી. પૂજાની દેશી (એટલે ગાવાની ઢબ, તર્જ) લોક સંગીતમાં હતી તેથી જલદી લોકજીભે ચઢી ગઇ. તે સાથે જ શાસ્ત્રીય સંગીત આધારિત રચનાઓ પણ અગણિત થઇ પરંતુ દુર્ભાગ્યે તે પ્રચલિત ન થઇ. શ્રી આનંદઘનજી મ.ના પદો શાસ્ત્રીય રાગમાં છે પણ તે વિરક્તિ પ્રધાન હોવાથી તેમને સંગીતની દૃષ્ટિએ તેમને ન જોવાયા. આથી એક મિથ્યા અવધારણા પ્રચલિત થઇ કે જૈનો પાસે શાસ્ત્રીય સંગીત નથી. રાગમાલા ઉપનિષદ્ જોતા આ અવધારણા મિથ્યા સાબિત થાય છે.