એન્ટીરેટ્રોવાયરલ ઉપચારને અમલમાં મૂકવા ઉપરાંત, માઇક્રોસ્પોરિડીયોસિસનો વારંવાર એઝેલેજ દવાઓ જેમકે આલ્બેનડાઝોલ અને ઇરાક્રોનાઝોલ સાથે સારવાર કરવામાં આવે છે.