1994માં માલદિવની બે ઈન્ટેલિજન્સ ઑફિસર મારિયમ રશિદા અને ફૌઝીયા હસનને ડિફેન્સ સેક્રેટ્સ લિક કર્યા હોવાનો નંબી નારાયણન પર ગંભીર આરોપ લાગ્યો હતો. નંબી નારાયણનની સાથે ડી સસિકુમારન પર વિરુદ્ધ પણ કરોડો રૂપિયામાં દેશના સિક્રેટ વેચતા હોવાનો આરોપ લાગ્યો હતો. જો કે નંબી નારાયણન વિરુદ્ધ જાસૂસીના કોઈ સબુત ન મળતાં 2001માં તેમને નિર્દોષ જાહેર કરી દીધા હતા અને 10 લાખનું વળતર ચૂકવવા રાજ્ય સરકારને આદેશ આપ્યો હતો.