કેટલાક લોકો માને છે કે ૮૦૦ વર્ષ પહેલાં દક્ષિણ ભારતમાં શૈવ અને વૈષ્ણવો વચ્ચેનું વૈમનસ્ય ખૂબ વધી ગયું હતું અને ત્યારે તેમની વચ્ચેનો મતભેદ દૂર કરવા ભગવાન અયપ્પાની સ્થાપના કરવામાં આવી હતી.