વાજપેયી બીજેપીના પહેલા રાષ્ટ્રીય અધ્યક્ષ બન્યા અને તે કોંગ્રેસ સરકારના સૌથી મોટા વિરોધકર્તાઓમાં ગણાવા લાગ્યા.