એન્ડોબ્રોન્ચિયલ અલ્ટ્રાસાઉન્ડની જટીલતા મુખ્યત્વે તે છે કે જે બ્રોનોકોસ્કોપીને કારણે થઇ શકે છે અથવા બાયોપ્સીને કારણે થાય છે.