કપાસની દેશી જાતોમાં રોગ અને જીવાતનું પ્રમાણ નહીવત જોવા મળે છે. તેમ છતાં જ્યારે જીવાત ક્ષમ્ય માત્રા વટાવે ત્યારે જરૂરીયાત મુજબ યાંત્રિક, જૈવીક, તથા રાસાયણીક પધ્ધતિથી જરૂરીયાત મુજબ નિયંત્રણનાં પગલાં લેવાં.