અલ્સેટરેટિવ કોલેટીસથી વિપરીત , જે મોટા આંતરડાના આંતરિક સ્તર પર અસર કરે છે, ક્રોહન રોગ સામાન્ય રીતે આંતરડાના દિવાલના તમામ સ્તરોને સામેલ કરે છે.