જ્યારે ગૌણ માળખું અવકાશમાં એમિનો એસિડની સાંકળોના આકારનું વર્ણન કરે છે, તૃતીયાંશ માળખું સમગ્ર પરમાણુ દ્વારા આકારવામાં આવેલું એકંદર આકાર છે, જેમાં બંને શીટ્સ અને કોઇલના પ્રદેશો હોઈ શકે છે.