એસોફેજલ એરેસિયાનું મુખ્ય કારણ ગર્ભાશયના વિકાસના વિકાસ દરમિયાન (ગર્ભાવસ્થાના 12 અઠવાડિયા સુધીની) પાચનતંત્રના વિકાસ અને વિકાસમાં વિક્ષેપ છે.