ઇન્દ્રધનુષ અભિયાનના બીજા તબક્કામાં ૩૫૨ જિલ્લાઓને આવરી લેવાયા, જે પૈકીના ૨૭૯ જિલ્લાઓમાં રસીકરણ ઝૂંબેશ અધૂરી રહી ગઈ હતી અને બીજા ૭૩ જિલ્લાઓમાં તો આ ઝૂંબેશ લગભગ નહી જેવી જ ચાલેલી. ઇન્દ્રધનુષ અભિયાનના આ બીજા તબક્કામાં પણ સતત એક અઠવાડિયા સુધી રસીકરણ કાર્યક્રમ ચાલેલો, જે સળંગ ચાર મહિના સુધી ચાલતો રહેલો અને એની શરૂઆત ૨૦૧૫ના ઓક્ટોબર માસથી કરેલી.