નિત્યાનંદ સ્વામી સાથે સૌથી મોટો વિવાદ વર્ષ ૨૦૧૦થી જોડાયેલો છે જ્યારે તેમની કથિત સેક્સ સી. ડીનો વિવાદ જોડાયેલો છે.