તેણે ૨૦૦૬માં નેહા બાજપાઈ સાથે લગ્ન કર્યા અને ૨૦૧૧માં તેના ઘરે બાળકીનો જન્મ થયો ત્યારે મનોજ બાજપાઈની ઉંમર ૪૨ વર્ષ હતી.