જેએનયુ વિવાદમાં અનેક મુદ્દાઓ સાગમટે ઉપસ્થિત થયા છે. દા. ત. વિશ્ર્વવિદ્યાલયની સ્વાયત્તતા, વિદ્યાર્થીઓની સ્વતંત્રતા, રાષ્ટ્રવાદ, એકયુલીરીઝમ, તથા ડાબેરી વિચારધારાથી ઉપસ્થિત થયેલા વાતાવરણની આડમાં કેટલાક રાષ્ટ્ર વિરોધી તત્વોના કારનામા વગેરે.