12થી 17 વર્ષની ઉંમર સુધી તેમણે ધ કિંગ્સ સ્કૂલ, ગ્રાન્થમમાં શિક્ષણ મેળવ્યું (જ્યાં પુસ્તકાલયના એક દરવાજા પર તેમના હસ્તાક્ષર આજે પણ જોઈ શકાય છે). તેમની શાળામાંથી હકાલપટ્ટી કરવામાં આવી અને ઓક્ટોબર, 1659માં તેઓ વૂલ્સ્થોર્પે-બાય-કોલ્સ્ટેવોર્થ આવી ગયા, જ્યાં તેમની માતાએ, જે બીજી વખત વિધવા થયા હતા, તેમને ન્યૂટનને ખેતીવાડી કરવાની સલાહ આપી. તેમને ખેતીવાડી પસંદ નહોતી.[૧૦] કિંગ્સ સ્કૂલના શિક્ષક હેનરી સ્ટોક્સે તેમની માતાને કહ્યું કે તે ન્યૂટનને ફરીથી શાળા મોકલે જેથી તે તેનો અભ્યાસ પૂર્ણ કરી શકે. શાળાના એક છોકરા સાથે બદલો લેવાની ઇચ્છાથી તેઓ એક વર્ગમાં ટોચનું સ્થાન ધરાવતા વિદ્યાર્થી બની ગયા.[૧૧] જૂન 1661માં તેમને ટ્રિનિટી કોલેજ, કેમ્બ્રિજમાં એક સીઝર-એક પ્રકારની કાર્ય-અભ્યાસની ભૂમિકા-સ્વરૂપે ભરતી કરવામાં આવ્યાં.[૧૨] તે સમયે કોલેજનું શિક્ષણ એરિસ્ટોટલ પર આધારિત હતું, પણ ન્યૂટન તો ડેસકાર્ટેસ અને કોપરનિકસ, ગેલિલિયો અને કેપ્લર જેવા વધુ આધુનિક ફિલસૂફો અને ખગોળશાસ્ત્રીઓના વિચારોનો અભ્યાસ કરવા માગતા હતા. તેમણે 1665માં સામાન્યીકૃત દ્વિપદી પ્રમેયની શોધ કરી અને એક ગાણિતિક સિદ્ધાંત વિકસાવવાનું શરૂ કર્યું, જે પાછળથી સૂક્ષ્મ કલન નામે જાણીતો થયો. ઓગસ્ટ 1665માં ન્યૂટને ડિગ્રી મેળવી લીધી અને તે પછી તરત જ પ્લેગના ભયાનક રોગચાળાથી બચવા માટે સાવચેતીના પગલાં રૂપે વિશ્વવિદ્યાલય બંધ કરી દેવાયું. તેઓ કેમ્બ્રિજના વિદ્યાર્થી,[૧૩] નહોતાં તેમ છતાં તેના પછી બે વર્ષ સુધી તેમણે વૂલ્સ્થોર્પેમાં પોતાના ઘરે સ્વતંત્રપણે અભ્યાસ કર્યો અને કલન, પ્રકાશ અને ગુરુત્વાકર્ષણના સિદ્ધાંત પર પોતાના સિદ્ધાંતો વિકસાવ્યાં. તેઓ 1667માં ટ્રિનિટીના એક ફેલો સ્વરૂપે પાછાં ફર્યા.[૧૪]