મનુષ્યો અને બેક્ટેરિયા વચ્ચેના સંબંધના સકારાત્મક અને નકારાત્મક પાસાં બંને માનવામાં આવે છે ત્યારે બેક્ટેરિયા મિત્ર અથવા શત્રુ છે તે બાબતે નિર્ણય વધુ મુશ્કેલ બને છે.