અલકાયદા, જૈશ-એ-મોહમ્મદ જેવા સંગઠન પાકિસ્તાનથી સક્રિય છે અને ભારતમાં સરહદ પાર આતંકી ગતિવિધિઓને અંજામ આપે છે.