તો સાથે જ ગુજરાતમાં વિપક્ષના નેતા તરીકે પણ તેઓ સરકારની ટીકા કરતા હતા. ડૉ. કાશીકર કહે છે, "યૂપીએ-2 સરકારમાં શંકરસિંહ વાઘેલાને માત્ર ગુજરાતમાં સંગઠનની જવાબદારી સોંપવામાં આવી અને ફરીથી એક વખત વાદ-વિવાદનો સમય શરૂ થયો.