ઉપયોગમાં લેવાતા એન્ટિબાયોટિક્સની પસંદગી સી ડિફિફિલિક કોલીટીસનું ઓછું જોખમ ધરાવે છે કે નહીં તેના આધારે નહીં, પરંતુ ચેપનું કારણ બનતા બેક્ટેરિયાને હટાવવાની યોગ્ય પસંદગી છે.