એમિએડાયરન પ્રેરિત હાયપોથાઇરોડિઝમનો ઉપચાર મૂળભૂત રીતે અન્ય કોઇ પ્રકારની હાયપોથાઇરોડાઇઝમ (એટલે ​​કે, મૌખિક થાઇરોઇડ હોર્મોન રિપ્લેસમેન્ટ સાથે) નું સારવાર કરવા જેવું જ છે, પરંતુ, ફરીથી, તે પ્રમાણમાં મુશ્કેલ છે કારણ કે એમિએડારોન થાઇરોઇડ હોર્મોન્સની અસરકારકતાને બદલી શકે છે.