1999માં ફરીથી લોકસભાની ચૂંટણીમાં – ત્રીજી વખત ભાજપને સૌથી વધુ બેઠકો મળી, પણ મિશ્ર સરકારનો યુગ હોવાથી પ્રાદેશિક પક્ષો સાથે એલાયન્સ કરવું પડે અને બાંધછોડ પણ કરવી પડે, તેથી અયોધ્યામાં રામમંદિર અને કાશ્મીરને વિશેષ દરજ્જો આપતી બંધારણની કલમ 370 રદ કરવાનો આગ્રહ પડતો મુકાયા પછી એનડીએ સરકાર આવી શકી. 31મી ડિસેમ્બર, 1999માં કંદહારમાં આતંકવાદીઓને છોડીને આપણા ઇન્ડિયન એરલાઇન્સના 170 ભારતીય પ્રવાસીઓને બચાવવા પડ્યા. આ નિર્ણય આસાન નહોતો. વિદેશમંત્રી જશવંત સિંહ વિમાનમાં એમની સાથે આતંકવાદીઓને લઈ ગયા અને આ નિર્ણય એમણે પોતે લીધો છે, એમ કહ્યું… ભૂતકાળમાં વી. પી. સિંહની સરકાર વખતે કાશ્મીરી મુફતી મહમદ સઇદ ગૃહમંત્રી હતા અને એમની બેટી રુબિયાને આતંકવાદીઓ પાસેથી છોડાવવા માટે પણ આવી મોટી કિંમત ચૂકવવી પડી હતી.