એક્સ-રે એવાં કિરણો છે જે આરપાર નીકળી જતાં હોવાથી ટ્યુમરની આજુબાજુના નૉર્મલ ટિશ્યુને પણ ડૅમેજ કરી દે છે જ્યારે પ્રોટોનમાં એક્ઝિટ ડોઝ બહુ જ નહીંવત્ હોવાથી જે એરિયામાં એને પહોંચાડવા હોય ત્યાં જઈને ડિપોઝિટ થઈ જાય એ રીતે કન્ટ્રોલ કરી શકાય છે.