મોક્સોનાઇડિનની મુખ્ય ચયાપચયની ક્રિયા મોક્સોનિડાઇન ડીહાઈડ્રોજેનેટેડ છે, તેમજ ગ્યુનાડિનના ડેરિવેટિવ્ઝ છે.