કોમી નેતાઓ સાથેના તેમના સંવાદ તેમજ તેમણે આપેલા ભાષણ બાદ મુસ્લિમો વિરુદ્ધ કોઈ નવા હુમલાઓ થયા નહી તેમજ આખા વિસ્તારમાં શાંતી તેમજ વ્યવસ્થાની પુન:સ્થાપના થઈ હતી. આમ છતાં ભારતના બાકીના પ્રાંતોના મુસ્લિમો ભારત છોડીને જાય તેવી તેમની કેહવાતી ઈચ્છાની ટીકા નેહરુ અને બિનસાંપ્રદાયિક મુસ્લિમો દ્વારા કરવામાં આવી હતી તેમજ ગાંધીજીએ તે બાબત ઉપર નારાજગી વ્યક્ત કરી હતી. જોકે સરદારે જોર પુર્વક આવા આરોપોને ફગાવ્યા હતા, પણ જ્યારે દિલ્હીના શિખ પોલિસ કમિશનર, કે જેમની ઉપર પક્ષપાતના આરોપો મુકવામાં આવ્યા હતા, તેમને બરતરફ કરવાની માંગણીને સરદારે માન્ય ન રાખી ત્યારે મૌલાના આઝાદ તેમજ બીજા બિનસાંપ્રદાયિક મુસ્લિમ નેતાઓ દ્વાર સરદાર પ્રત્યેના આરોપોની તીવ્રતા વધી હતી. એક બાજુ હિંદુ તેમજ શિખ નેતાઓ પાકિસ્તાન સામે કડક વલણ ન અપનાવાનો સરદાર ઉપર આરોપ મુકી રહ્યા હતા ત્યારે બીજી બાજુ મુસ્લિમ નેતાઓએ સરદારની કહેવાતી નીતિની ટીકા કરી હતી કે જેના હેઠળ પાકિસ્તાન જઈ રહેલા મુસ્લિમોની જરૂરીયાતોની અવગણના કરીને ભારત આવી રહેલા હિંદુ તેમજ શિખ નિરાશ્રીતો માટે વધુ સાધનો ઉપલબ્ધ કરવામાં આવ્યા હતા. પાકિસ્તાન જઈ રહેલા મુસ્લિમોના ખાલી થયેલા મકાનોની વહેંચણીના મુદ્દા ઉપર સરદારના નેહરુ તેમજ આઝાદ કરતા અલગ વિચારો હતા. જ્યારે નેહરુ અને આઝાદનું એમ માનવું હતું કે તે ઘરો બેઘર થયેલા મુસ્લિમોમાં વહેંચાવા જોઈએ ત્યાર સરદારનો તર્ક એ હતો કે કોઈ પણ સરકાર કે જે પોતાને બિનસાંપ્રદાયિક ઘોષિત કરતી હોય તેણે આવો ભેદ ન કરવો જોઈએ. જોકે ગાંધીજીએ જાહેરમાં સરદારનો પક્ષ લીધો હતો તેમજ બહોળા સ્તરે તેમના વખાણ થયા હતા અને સાંપ્રદાયિક મુદ્દાઓ ઉપર નિખાલસતાથી બોલવા તેમજ અવ્યવસ્થા તેમજ હિંસાને કાબુમાં લાવવા માટે તેમણે વાપરેલી મક્કમતા તેમજ ઉપાયચતુરાઈતા માટે તેમને ટેકો મળ્યો હતો.