ક્લિનિકલ પ્રસ્તુતિ ક્રિપ્ટોસ્પોરિડીયોસિસથી અસ્પષ્ટ છે અને નિદાનની ખાતરી કરવા માટે દર્દીના સ્ટૂલ નમૂનાના (અથવા, ક્યારેક, આંતરડાના દિવાલના બાયોપ્સી) માઇક્રોસ્કોપિક પરીક્ષાની જરૂર છે.