કમનસીબે, વિસ્ફોટના સમયે ઉષ્ણકટિબંધીય તોફાન યુનાયાનું પર્વત પિનટુબોના ઉત્તરપૂર્વમાં 75 કિલોમીટર (47 માઇલ) પસાર થયું હતું, જેના કારણે આ પ્રદેશમાં મોટી માત્રામાં વરસાદ પડ્યો હતો.