નિત્યાનંદ ભલે સંન્યાસી અને ટોચના ધર્મગુરૂ હોય પણ તેમની વિરૂદ્ધ બળાત્કારથી લઇને સેક્સ સ્કેન્ડલ સહિત અનેક વિવાદો જોડાયેલા છે.