એન્સેફાલીટીસ અને મેનિન્જીટીસ વચ્ચેનો મુખ્ય તફાવત એ છે કે એન્સેફાલીટીસમાં લક્ષણોનું સ્થાન છે (મગજમાં ક્યાંથી ચેપ છે), જોકે ત્યાં ઘણી ઓવરલેપ છે કેટલીકવાર આ શરતોને "મેનિંગોએન્સફાલિટીસ" તરીકે ભેળવવામાં આવે છે.