પ્રજાપતિ રાજસ્થાનના ગેંગસ્ટર સોહરાબુદ્દીન શેખનો સાગરિત હતો. સોહરાબુદ્દીનનું પણ ગુજરાત પોલીસે એન્કાઉન્ટર કરી નાખ્યું હતું. ભાજપના સંસદસભ્યો પ્રકાશ જાવડેકર અને ભૂપેન્દ્ર સિંહ યાદવ સામે સુપ્રીમ કોર્ટમાં નોંધવામાં આવેલી જનહિતની અરજીમાં એવો આરોપ મૂકાયો છે કે આ બંને નેતાએ ગુજરાતના ભૂતપૂર્વ ગૃહ પ્રધાન અમિત શાહ જેમાં મુખ્ય આરોપી છે તે પ્રજાપતિ એન્કાઉન્ટર કેસની તપાસમાં અવરોધો પેદા કરવાનો પ્રયાસ કર્યો છે.