મોરારજી દેસાઈ સરકારની બહાર નિકળ્યા અને તેના છ મહિનામાં જ કોંગ્રેસ સંગઠનમાં ભૂકંપ આવી ગયો. ઈન્દિંરા ગાંધીએ પહેલા તો રાષ્ટ્રપતિપદ માટે કોંગ્રેસના સત્તાવાર અધિકારી નીલમ સંજીવ રેડ્ડીનું નામ આગળ ધર્યું અને પાછળથી વી.વી. ગીરીને પોતાના ઉમેદવાર તરીકે ઉભા કરી દીધા. જેના કારણે સિન્ડિકેટ અને ઈન્દિરા ગાંધી સામસામે આવી ગયા. જ્યારે ચૂંટણીનાં પરિણામો આવ્યા ત્યારે, કોંગ્રેસના સત્તાવાર ઉમેદવાર રેડ્ડી હારી ગયા અને ગીરી જીતી ગયા. કોંગ્રેસ અધ્યક્ષ નીજલિંગપ્પા વિરુદ્ધ ઈન્દિરા ગાંધીએ પોતાના સમર્થકો દ્વારા દબાણ વધારવા માંડયું. જગજીવન રામ અને ફખરુદ્દીન અલી અહેમદે કોંગ્રેસ અધ્યક્ષ પર તેઓ સ્વતંત્ર પાર્ટી અને જનસંઘ સાથે સાંઠગાંઠ ધરાવતા હોવાનો આક્ષેપ કર્યો. ઝગડો વધતો ગયો. જેનુ અંતિમ પરિણામ એમ આવ્યુ કે, ૧૧ નવેમ્બરે મળેલી કાર્ય સમિતિની બેઠકમાં ઉપસ્થિત ૧૧ સભ્યોએ સર્વાનુમતે વડાપ્રધાન ઈન્દિરા ગાંધીને કોંગ્રેસમાંથી કાઢી નાખવાનો પ્રસ્તાવ પાસ કરી દીધો.