જેએનયુ અલગ-અલગ કારણોથી સતત વિવાદોથી સતત ચર્ચામાં રહ્યુ. દેશ વિરોધી ગતિવિધિ થતી હોવાની વાત સામે આવવા પર ભાજપના એક સાંસદે કહ્યુ કે અહીં રોજના 3000 કોંડોમનો ઉપયોગ થાય છે. ત્યારબાદ સોશિયલ મીડિયામાં જેએનયુ અંગે વિવિધ પ્રકારના મેસેજ વાયરલ થવા લાગ્યા. વાયરલ મેસેજમાં દાવો કરવામાં આવ્યો કે જેએનયુના કર્મચારીઓને રોજના 3000 બિયર કેન, 2000 દારુની બોટલો અને 10 હજારથી વધુ સિગરેટના ટુકડા મળે છે. આ ઉપરાંત બીડીના ચાર હજાર ટુકડા અને 3000 ઉપયોગ કરેલા કોંડોમ પણ મળે છે. સાથે એબોશન માટે ઉપયોગ કરેલા 500 ઇંજેક્શન પણ મળે છે. જો કે તપાસ કરવામાં આવી તો આ બધા દાવા નકલી સાબિત થયા. આનો કોઇ સ્ત્રોત નહોતો. આ વાતો પાયાવિહોણી સાબિત થઇ.