કાંચી કામકોટી પીઠ પર 69માં શંકરાચાર્ય તરીકે જયેન્દ્ર સરસ્વતીની પસંદગી થઇ હતી. 2003માં તેમણે પોતાના કાર્યકાળના 50 વર્ષ પૂર્ણ કર્યા હતા. તે સમયે તે વખતના વડાપ્રધાન અટલ બિહારી વાજપાઇ પણ ત્યાં હાજર હતા. અને પીએમ મોદી સાથે પણ તેમની તસવીરો જોવા મળે છે. 2004માં શંકરાચાર્ય પર શંકરરામનની હત્યાનો આરોપ પણ લાગ્યો હતો. આ મામલે શંકરાચાર્ય જયેન્દ્ર સરસ્વતી મુખ્ય આરોપી તરીકે રજૂ કરવામાં આવ્યા હતા. પણ પોંડિચેરીની કોર્ટે તેમને તમામ આરોપોમાંથી મુક્તિ આપી હતી. અયોધ્યા મામલે પણ તેમણે પોતાનું સમર્થન આપ્યું હતું જો કે તેમના નિવેદનોના કારણે તે આ મામલે પણ વિવાદોમાં રહ્યા હતા. જો કે આ વિવાદોને બાદ કરીએ તો તેમને વેદાનું સારું જ્ઞાન હતું. પીએમ મોદીએ પણ તેમના નિધન પર શોક વ્યક્ત કર્યો હતો.