કેટલીક એન્ટિબાયોટિક્સના કારણે પેટની તકલીફો પણ જોવા મળતી હોય છે, જેમ કે અપચો, ઊબકા, ઊલટી, પેટનો દુખાવો તેમજ ડાયરિયા જેવી તકલીફ જોવા મળે છે.