સોહરાબુદ્દીન અને તુલસીરામ પ્રજાપતિના નકલી એનકાન્ટરના સમયે અમિત શાહ ગુજરાતના ગૃહ રાજ્યમંત્રી હતા. આરોપ છે કે તેમના કહેવા પર જ બંને નકલી એન્કાઉન્ટર થયા હતા. તેમના પર આરોપો હતા કે તેમણે બંને એન્કાઉન્ટરનું ષડયંત્ર રચ્યું હતું અને પુરાવા નષ્ટ કર્યા હતા.