તેમની વૈજ્ઞાનિક તરીકેની પ્રસિદ્ધ ઉલ્લેખનીય છે, સાથેસાથે તેમનો શરૂઆતમાં ચર્ચ પાદરીઓ અને બાઇબલનો અભ્યાસ પણ નોંધપાત્ર છે. ન્યૂટને શાબ્દિક ટીકા પર લખ્યું. તેમાં સૌથી વિશેષ છે એન હિસ્ટોરિકલ એકાઉન્ટ ઓફ ટૂ નોટેબલ કરપ્શન ઓફ સ્ક્રિપ્ચર. તેમણે ઇશુ મસીહના વધસ્તંભની તારીખ પણ 3 એપ્રિલ, 33ના રોજ પ્રતિસ્થાપિત કરી, જે પરંપરાગત સ્વરૂપે સ્વીકૃત તારીખ સાથે સહમત છે.[૬૭] તેમણે બાઇબલની અંદર છુપાયેલા રહસ્યમય સંદેશા શોધવાનો નિષ્ફળ પ્રયાસ પણ કર્યો.