ત્યાર બાદ 26 જાન્યુઆરી 2001ના રોજ ગુજરાતમાં ભૂકંપ આવ્યો અને ઓક્ટોબર 2001માં સત્તાના દુરુપયોગ, ભ્રષ્ટાચાર અને ભૂકંપમાં નબળી રાહત કામગીરીના આરોપ બદલ કેશુભાઈએ રાજીનામું આપી દીધું. કેશુભાઈના રાજીનામાને પગલે ભાજપ હાઈકમાન્ડે કેશુભાઈના સ્થાને નરેન્દ્ર મોદીને મુખ્યપ્રધાન બનાવ્યા હતા.