આતંકીઓએ એક વિમાનથી અમેરિકાના રક્ષા મંત્રાલયના મુખ્યાલય પેંટાગન પર પણ હુમલો કર્યો. જ્યારે એક વિમાન પેંસિલવેનિયાના શાંક્શવિલેમાં જઇને પડ્યું. આ ચારેય વિમાનમાં સવાર તમામ યાત્રીઓના મોત થઇ ગયા. આ હુમલામાં લગભગ 3000 લોકો માર્યા ગયા. કોઇપણ આતંકી હુમલામાં અત્યાર સુધી માર્યા ગયેલા લોકોની આ સૌથી મોટી સંખ્યા હતી. આ હુમલા બાદ અમેરિકાએ આતંકવાદ વિરુદ્ધ નવા અભિયાનની શરૂઆત કરી અને અલકાયદાના પ્રમુખ ઓસામા બિન લાદેનની શોધખોળ શરૂ કરી.