એક પૌરાણિક કથા પ્રમાણે તો ભગવાન અયાપ્પાને ભગવાન શિવજી અને વિષ્ણુ ભગવાનનાં અવતાર મોહિનીનો પણ પુત્ર માનવામાં આવે છે  આમ જોવાં જઈએ તો ભગવાન અયપ્પાનાં જન્મ પાછળ ઘણાં તર્ક-વિતર્ક કામ કરે છે.