જીએસટીની શરૂઆતથી અનેક રિટર્નમાં મિસમેચની સમસ્યા છે અને જીએસટીઆર-9માં અગાઉના તમામ રિટર્નની મેળવણી કરવાની હોવાથી સરવાળે વિભાગ અને વેપારીઓ વચ્ચેની સમસ્યાઓમાં વધારો થવાની ભીતિ નિષ્ણાતો વ્યક્ત કરી રહ્યા છે.