ફેડરરે ભૂતપૂર્વ વિમેન્સ ટેનિસ એસોસિયેશન પ્લેયર મિર્કા વાવરીનેક સાથે લગ્ન કર્યા છે. તેઓ 2000માં સિડની ઓલિમ્પિક્સમાં સ્વિટ્ઝરલેન્ડ તરફથી રમતી વખતે મળ્યા હતા. વાવરીનેક 2002માં પગની ઇજાના લીધે નિવૃત્ત થઈ હતી અને તે ત્યારથી ફેડરરની પબ્લિક રિલેશન્સ મેનેજર તરીકે કામ કરતી હતી.[૨૨] તેમણે 11 એપ્રિલ 2009ના રોજ વેન્કેનહોફ વિલા (રિહેન મ્યુનિસિપાલિટી)માં નજીકના મિત્રો અને કુટુંબની હાજરીમાં લગ્ન કર્યા હતા.[૨૩] 23 જુલાઈ 2009ના રોજ, મિર્કાએ જોડિયા બાળક (કન્યા) મિલા રોઝ અને ચાર્લીન રિવાને જન્મ આપ્યો હતો.[૨૪]