હાયપોથાલેમસની વિકૃતિઓમાં હાયપોટીટ્યુટારિઝમ (ખામીયુક્ત કફોત્પાદક હોર્મોન ઉત્પાદન), હાયપોથાઇરોડિઝમ (ખામીયુક્ત થાઇરોઇડ હોર્મોન ઉત્પાદન) અને જાતીય વિકાસના વિકારનો સમાવેશ થાય છે.