જીએસટી વાર્ષિક ઓડિટ સમય માંગી લેતી પ્રક્રિયા છે અને જે નોંધાયેલા કરદાતા 31 ડિસેમ્બર સુધીમાં વાર્ષિક રિટર્ન નહીં ભરે તેમણે પ્રતિ દિવસ ₹100 અને મહત્તમ તેમના ટર્નઓવરના 0.25 ટકા સુધીની પેનલ્ટી ભરવાની રહેશે.