જો કે, એવી કેટલીક ચિંતા છે કે પ્રોબાયોટીક્સનો ઉપયોગ ગેસ અને ફૂગ જેવા પાચક મુદ્દાઓ સહિત આડઅસરોની શ્રેણીને ટ્રીગર કરી શકે છે.