યુએસડીએના કાર્બનિક સર્ટિફિકેટ પ્રોગ્રામના હેન્ડલિંગ પર કેટલાક વિવાદ છે, અને કેટલાક તંદુરસ્ત ખોરાકના હિમાયત મુખ્ય ખાદ્ય નિર્માતાઓના કાર્યક્રમના પ્રભાવને વિરોધ કરે છે અને કાર્બનિક ધોરણને નબળા બનાવવાના પ્રયાસો કરે છે.