માઈક્રોસોફ્ટ ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ્સ માટે એમએસ ડોસ 3.30 દ્વારા એફએટી 12 એ પ્રાથમિક ફાઇલ સિસ્ટમ હતી પરંતુ એમએસ-ડોસ 4.0 દ્વારા મોટાભાગની સિસ્ટમોમાં તેનો ઉપયોગ કરવામાં આવ્યો હતો.