ઉલ્લેખનીય છે કે બેંકિંગ સુવિધા પર જીએસટીમાં આ વિવાદ ત્યારે સામે આવ્યો કે જ્યારે નાણામંત્રાલયના બે વિભાગ, ડિપાર્ટમેન્ટ ઓફ ફાઈનાન્સિયલ સર્વિસીઝ અને ડિપાર્ટમેન્ટ ઓફ રેવન્યૂની મફત સેવાઓ પર જીએસટી લગાવવાને લઈને અલગઅલગ મત સામે આવ્યો. ત્યાર બાદ સેન્ટ્રલ બોર્ડ ઓફ ઈનડાયરેક્ટ ટેક્સીઝ અને કસ્ટમે સવાલ-જવાબ જાહેર કરતા બેંક અને ગ્રાહકો માટે આ મુદ્દાને સ્પષ્ટ કરવાની કોશીષ કરી છે.