1980માં પ્રતાપસિંહ પહેલીવાર મુખ્યપ્રધાન બન્યા અને ચાર વર્ષ પદ પર રહ્યા. તે પછી ગોવાનું રાજકારણ અસ્તવ્યસ્ત થઈ ગયું હતું. દર થોડા મહિને મુખ્યપ્રધાન બદલવા પડતા હતા. કોંગ્રેસમાંથી જૂથો જુદા પડતા હતા. કોંગ્રેસ તેની સાથે જોડાણ કરીને કે ટેકો આપીને સરકાર ચલાવ્યા કરતી હતી. 15 વર્ષની અસ્થિરતામાં વચ્ચે ભાજપની સરકાર પણ બની હતી. 2005માં ફરી પ્રતાપસિંહ રાણે મુખ્યપ્રધાન બન્યા પણ 2007માં તેમને કોંગ્રેસ હટાવી દીધા.