મોનોના વ્યવસ્થાપનમાં આવી રહેલી અડચણ, પહેલા તબક્કામાં થયેલો વિખવાદ, બીજા તબક્કામાં થયેલો વિલંબ, મોનોને થઈ રહેલી કરોડો રુપિયાની ખોટ આ તમામ બાબતોને ધ્યાનમાં રાખી મોનોનો કાર્યભાર સંભાળનારી કંપની અને એમએમઆરડીએમાં છેલ્લા કેટલાક સમયથી વિખવાદ ચાલી રહ્યો છે.