રાજયના મુખ્ય સચિવ તરીકે વડાપ્રધાન મોદીના વિશ્ર્વાસુ એવા અનિલ મુકિમની પસંદગી થયા બાદ રૂપાણી સરકારની કેન્દ્ર સરકાર નારાજ હોવાની ચર્ચાઓએ પણ વેગ લીધો છે.