1864 માં જ્યારે પ્રમુખ લિંકન ફરીથી ચૂંટાયા ત્યારે, તેમણે જ્હોનસનને તેના વાઇસ પ્રેસિડેન્ટ તરીકે પસંદ કર્યું.