નિકાસના રિફંડની સમસ્યા આજે પણ બહુ જ મોટી જ છે. નિકાસકારો ફોર્મ 1 એ ભરી રિફંડ માટે ઓનલાઇન અરજી કરે તે પછી દરેક અધિકારીઓ પોતાની સૂઝબૂઝ પ્રમાણે તે ક્લિયર કરવા અલગ અલગ દસ્તાવેજો માગે છે. કેટલાક શિપિંગ બિલ અને બિલ ઓફ લેડિંગ માગે છે તો કેટલાક આ બે દસ્તાવેજો ઉપરાંત પેમેન્ટને લગતા દસ્તાવેજો પણ રજૂ કરવાનો આગ્રહ રાખે છે. આમ સમગ્ર પ્રક્રિયામાં એકસૂત્રતા ન હોવાથી રિફંડ માગવા જનાર સતત અટવાયા જ કરે છે.