જોકે આ યોજના હેઠળ તમામ પ્રકારના મદ્રેસાઓએ કોઇપણ પ્રકારના સરકારી માન્યતા પ્રાપ્ત શૈક્ષણિક બોર્ડ સાથે જોડાવું પડશે જેમ કે સીબીએસઇ, મદરેસા બોર્ડ, નેશનલ ઇન્સ્ટિટ્યૂટ ઓફ ઓપન સ્કૂલીંગ(એનઆઈઓએસ) સાથે જોડાવું પડશે.