મુકરજી ૧૯૪૨માં મહાત્મા ગાંધીના નેજા હેઠળ આરંભાયેલા ‘હિંદ છોડો’ ટાણે હિંદુ મહાસભાના કાર્યાધ્યક્ષ તરીકે બંગાળના પ્રીમિયર અને પાકિસ્તાનવાદી ફઝલુલ હકની સરકારમાં નાણાપ્રધાન રહ્યા.