જો પ્રોટીન અણુના માળખામાં માત્ર એમિનો એસિડ ઘટકો જ નહીં, પણ આયર્ન, મેંગેનીઝ, જસત, ખાંડ, ન્યુક્લિયોટાઇડ્સ, લિપિડ્સના સંયોગો પણ આ કિસ્સામાં અણુઓને  જટિલ પ્રોટીન  કહેવામાં આવે છે  .