હુમાયુ બંગાળ છોડી પોતાના સગા ભાઈ હિન્દાલ સાથે લડવા આવ્યો હતો, પણ તે પહેલાં તો તેણે કદાવર અફઘાન સરદાર શેરશાહ સાથે ટકરાવું પડ્યું. શેરશાહ તેનો રસ્તો રોકી ઊભો હતો. શેરશાહ અને હુમાયુ વચ્ચે ૨૬ જુન ૧૫૩૯ના રોજ ગંગા નદીના કાંઠે બક્સર પાસે ચૌસામાં ભીષણ યુદ્ધ થયું. હુમાયુએ મુઘલ સેનાને બે ભાગમાં વહેંચી એકનું નેતૃત્વ અશ્કારીને અને બીજાભાગનું ખુદ નેતૃત્વ લીધું. ગંગાના દક્ષિણ તટને ક્રોસ કરી એ આગ્રા તરફ આગળ વધ્યો. તેણે લખનૌ અને કનૌજ જીતી લીધાં. હવે તેણે એક મિનિટ પણ બગડવાની જરૂર ન હતી.