1675માં તેની પ્રકાશની પરિકલ્પના માં ન્યૂટને અણુઓ વચ્ચે સ્થાળાંતર હેતુ અવકાશની હાજરી હોવાની દ્રઢપણે રજૂઆત કરી. બ્રહ્મ વિદ્યાવાદી હેનરી મોર સાથે સંપર્કમાં આવવાથી રસાયણવિજ્ઞાનમાં તેમને ફરી રસ જાગ્યો. તેમણે અણુઓ વચ્ચે આકર્ષણ અને અપાકર્ષણના હર્મેટિક સિદ્ધાંતને આધારે અવકાશના સ્થાને અદ્રશ્ય બળ મૂક્યું. જૉન મેનાર્ડ કેનેઝ, જેમણે રસાયણવિજ્ઞાન પર ન્યૂટનના અનેક લેખોને સ્વીકાર્યા હતા, કહે છે કે ન્યૂટન કારણ યુગના પહેલા વ્યક્તિ નહોતા, તે જાદુગરોમાં છેલ્લાં સ્થાને હતા.[૩૬] રસાયણવિજ્ઞાનમાં ન્યૂટનનો રસ તેમના વિજ્ઞાનના પ્રદાનથી અલગ ન કરી શકાય.(આ તે સમયે થયું જ્યારે રસાયણવિજ્ઞાન અને વિજ્ઞાન વચ્ચે કોઈ સ્પષ્ટ તફાવત નહોતો.) જો તેમણે શૂન્યાવકાશમાંથી એક અંતરે ક્રિયાના ગુપ્ત વિચાર પર વિશ્વાસ ન કર્યો હોત તો તે ગુરુત્વનો પોતાનો સિદ્ધાંત વિકસીત ન કરી શક્યા હોત.