ફડનવીસે શિવસેના પ્રમુખ ઉદ્ધવ ઠાકરે સાથે પણ ઘણા પ્રસંગોએ ચર્ચા કરી છે અને તેમને કથિત ‘મહાજોડાણ' માટે તૈયાર કરવાનો પ્રયાસ કર્યો છે. મહારાષ્ટ્ર વિધાનસભામાં ભાજપના વિપક્ષના નેતા એકનાથ ખડસેએ અગાઉ જણાવ્‍યું હતું કે વર્ષ 2009ની વિધાનસભા ચૂંટણીમાં ભાજપના અંદાજ મુજબ મનસેએ કોંગ્રેસ વિરોધી મતમાં ભાગ પડાવતા સમગ્ર રાજયમાં ઓછામાં ઓછી 41 બેઠકો ગુમાવી હતી.