1949. વર્ષ 1948ના ઉત્તરાર્ધમાં, તેઓની આ પ્રવૃત્તિ કેટલાક સમય માટે થંભી ગઈ, જયારે તેમણે તેમના ગુરુ શાન્તાનન્દજીની માંદગી વિષે જાણ્યું. તેઓ ગુરુના આશ્રમે ગયા અને તેઓની પૂરી શ્રદ્ધાથી સેવા કરી. સ્વામી શાન્તાનન્દજીનો દેહવિલય વર્ષ 1949 ની જાન્યુઆરીની 23મી તારીખે થયો. દુઃખાર્ત સ્વામી કૃપાલ્વાનંદે હિમાલયમાં એકાંત શોધ્યો અને ઋષિકેશ પાસે એકાંત જગ્યાએ ઝૂંપડીમાં સાદું જીવન જીવવા લાગ્યા.