કેનાલના ખૂણાઓ પર સતત રેતીના તોફાનોને કારણે, જ્યાં બેન્કો ઘણીવાર ભાંગી પડે છે, ખાસ કરીને તમામ ઓપરેટિંગ સંગઠનો દ્વારા દેખરેખ અને જોગવાઈ માટે આખું વર્ષ કામ કરે છે, કારાકુમ કેનાલ ખૂબ જટિલ છે.