ઉપરોક્ત યોજના કાર્યન્‍વિત કરવા માટે બોર્ડના વહીવટી માળખામાં મુખ્‍ય ઇજનેર કક્ષાના નિયંત્રણ હેઠળની ત્રણ ઝોન કચેરીઓ (અમદાવાદ, વડોદરા અને રાજકોટ) ઝોન કચેરીના નિયંત્રણ હેઠળ ૧૭ વર્તુળ કચેરીઓ ૬૦ વિભાગીય કચેરીઓ અને ૨૦૨ પેટા વિભાગીય કચેરીઓ અને ૨૦ સેક્શન કચેરીઓ કાર્યન્વિત છે. બોર્ડ કક્ષાએ મુખ્‍ય ઇજનેર કક્ષાના સભ્ય સચિવ ઉપરાંત મુખ્‍ય ઇજનેર ગુણવત્તા નિયમન એકમ તથા મુખ્‍ય ઇજનેર તકેદારી એકમ કામ કરે છે. આમ બોર્ડ ઉપરોક્ત સમગ્ર કામગીરી અગ્રસચિવશ્રી (પાણી પુરવઠા) ના સીધા નિયંત્રણ હેઠળ હાથ ધરવામાં આવે છે. બોર્ડની તાંત્રિક કામગીરી ઉપરાંત મહેકમ વહીવટી તથા નાણા વિષયક કામગીરી પણ સચિવશ્રી (પાપુ) ની સીધી દેખરેખ હેઠળ હાણ ધરવામાં આવે છે.