કારણ કે, પ્રજ્ઞા સ્કૂલોનું સમગ્ર સંચાલન સર્વ શિક્ષા અભિયાન અંતર્ગત કરવામાં આવે છે જ્યારે નોનપ્રજ્ઞા સ્કૂલોનું સંચાલન પ્રાથમિક શિક્ષણ વિભાગ સંભાળે છે.