જૂનાગઢના અન્ય જોવાલાયક સ્થળોમાં એક પ્રસિદ્ધ સ્થાન છે ‘ઉપરકોટ’નો કિલ્લો. નવાબોના સમયનો આ કિલ્લો ગિરનારથી આશરે 3-4 કિ.મી. ના અંતરે આવેલો છે. વિશાળ મોટા પ્રવેશદ્વારમાંથી પસાર થતાં ઢોળાવવાળા રસ્તે બે તોપો મૂકવામાં આવેલી છે. ત્યાંથી જૂનાગઢ શહેરનું દ્રશ્ય નયનરમ્ય દેખાય છે. આ ઉપરકોટ વિસ્તારનું સર્વપ્રથમ દર્શનીય સ્થાન છે ‘જુમા મસ્જિદ’. ભારતમાં ભાગ્યેજ જોવા મળે તેવા પ્રકારની આ મસ્જિદ 15મી સદીની છે. એનો ચોક છાપરાવાળો છે જેમાં પ્રકાશ માટે ત્રણ અષ્ટકોણીય પ્રવેશકો છે. એની ઉપર સ્તંભો ઉપર ગોઠવેલા ગુંબજો હોવાની શક્યતા છે. પૂર્વાભિમુખ મુખ્ય પ્રવેશદ્વાર નમાજખંડ કરતાં એક માળ નીચે આવેલું છે. મિહરાબ એટલે કે મક્કાની દિશા તરફનો ગોખલો, ઝરોખા અને દીવાલો પરના પટ્ટા સ્થાનિક પરંપરાગત પથ્થર કોતરણી કળાની અસર દાખવે છે. ત્યાંથી થોડે આગળ ઢાળ ઊતરીને જતા બૌદ્ધગુફાઓ આવેલી છે. એક જ પથ્થરમાંથી કોતરીને બનાવેલી આ ગુફાઓમાં ભોંયરામાં ઊતરતા હોઈ તેવો પ્રવેશદ્વાર છે. વિશાળ ખડકોને કોતરીને રસ્તા બનાવવામાં આવ્યા હોય તેવું જણાય છે. ગુફામાં કુદરતી ઠંડક પ્રસરેલી રહે છે. સૂર્યપ્રકાશ મેળવવા માટે ઉપર જાળીઓ મૂકવામાં આવી છે.