અલિગઢ યુનિવર્સિટીની પડતી પાછળનું એક કારણ એ પણ હતું કે અલિગઢના કેટલાક અધ્યાપકોએ વિભાજન વખતે પાકિસ્તાનની વાટ પકડી હતી.