એક મોલેક્યુલર મશીન તરીકે કાર્ય કરતા, પ્રોટોન પંપ પેટમાંથી બિન-અમ્લીયિત પોટેશ્યમ આયન લે છે અને તેને એસિડિક હાઇડ્રોજન આયન સાથે બદલે છે.