સુધારાવાદી શંકરાચાર્ય બનવાના નફા અને નુકસાન બંને છે. આ કારણે મઠના કેટલાક તત્ત્વોએ શંકરાચાર્યમાં પરંપરાને તોડવાનો દોષ જોયો. દરમિયાન મંદિરના મેનેજરની હત્યા થઈ. શંકરાચાર્યને કાંચી વરદરાજ પેરુમલ મંદિરના મેનેજરના ખૂનના આરોપ હેઠળ જેલમાં પૂરવામાં આવ્યા હતા. દ્રવિડ કઝગમ પાર્ટી અને સોનિયા ગાંધીએ આને એક રાજકીય તક તરીકે જોઈ અને શંકરાચાર્યની ધરપકડ થઈ. ૨૦૦૪માં હિન્દુ મહાતહેવાર દિવાળીના દિવસે જ સોનિયાએ શંકરાચાર્ય જયેન્દ્ર સરસ્વતીની ધરપકડ કરીને જેલના સળિયા પાછળ ધકેલી દેવાનું આયોજન કર્યું હતું. એ માટે સોનિયા ગાંધીએ મિટિંગ બોલાવી હતી અને એ મિટિંગની વિગતો પ્રણવ મુખર્જીએ તેમની આત્મકથામાં લખી છે. પ્રણવદા લખે છે કે, ‘એ મિટિંગમાં મારો ગુસ્સો ફાટી પડ્યો હતો. મેં એ કેબિનેટ મિટિંગમાં કહ્યંુ હતું કે ભારત દેશનું સેક્યુલારિઝમ માત્ર હિન્દુ સાધુની ધરપકડ પૂરતું જ સીમિત છે? સરકારમાં ઈદ વખતે મુસ્લિમ મૌલવીની ધરપકડ કરવાનું સાહસ છે? કરોડો હિન્દુઓની આસ્થા શંકરાચાર્ય સાથે જોડાયેલી છે અને ખાસ કરીને દિવાળીના દિવસે શંકરાચાર્યની ધરપકડ ન કરવામાં આવે એવી મેં દલીલ કરી હતી. તે વખતે વડાપ્રધાનના મુખ્ય સલાહકાર એમ.કે. નારાયણન મારી વાત સાથે સંમત હતા,’