નરેન્દ્ર મોદીના સત્તારોહણ પછી એનઆઈએ દ્વારા સ્વામી પ્રજ્ઞા ઠાકુર જે ૨૦૦૮ના માલેગાંવ બ્લાસ્ટની મુખ્ય આરોપી છે, તેની સામેના ચાર્જ પડતા મૂકવામાં આવેલ છે.