ભૂતકાળમાં સંખ્યાબંધ એનજીઓ પર એફસીઆરએના નિયમોના ઉલ્લંઘન, નક્સલવાદીઓ સાથેના સંપર્કો, આદિવાસીઓના ધર્મપરિવર્તન, કોમી હિંસા ફેલાવવા જેવા આરોપો મૂકી વિદેશમાંથી ભંડોળ મેળવવાના લાઇસન્સ રદ કરી દેવાયાં હતાં.