વિભિન્ન ઉપાસ્ય દેવોને માનતા રહેલા ઉપાસકોમાં રહેલો દ્વેષ અોછો કરવા શંકરાચાર્યે યુક્તિપૂર્ણ રીતે સમાજમાં પંચાયતન પૂજાની શરૂઆત કરી. આ પૂજા અનુસાર સમાજમાં ગણપતિ, શિવ, હરિ, ભાસ્કર અને અંબા, એ પાંચ દેવતાઓનું પૂજન થવું જોઇએ. આ પાંચ દેવોમાંથી ઉપાસક જેને પ્રધાન માનતો હોય તેને મુખ્ય સ્થાન આપીને આજુબાજુ બીજા ચાર દેવો રાખીને તેણે પૂજા કરવાની. આ રીતે ‘ગણેશ-પંચાયતન’; ‘શિવ-પંચાયતન’ વગેરે શરૂ થયા. આ કારણે વ્યક્તિની ભાવના સંતોષાઇ અને સમાજમાં રહેલા વિભિન્ન સંપ્રદાયો વચ્ચેના રાગ દ્વેષો પણ ઘટ્યા.