જો કે, અન્ય બળતરા વિરોધી દવાઓ સાથે, ઇન્ડૉમેથાસિનની આડઅસરો ઘણીવાર લાંબા ગાળાના ઉપયોગને રોકશે હકીકતમાં, ઇન્ડૉમેથાસિન ઉપચારના દર્દીઓમાંથી 25% થી 50% દર્દીઓ પેટનો દુખાવો, પેટના અલ્સર અને આંતરડાના રક્તસ્રાવ સહિત, આ દવાને લીધે ગેસ્ટ્રોઈંટેસ્ટેઈનલ આડઅસરોનો વિકાસ કરે છે.