વર્નર સિન્ડ્રોમ પર અસર કરે છે અંતઃસ્ત્રાવી સિસ્ટમ, જેથી વ્યક્તિ ગૌણ જાતીય લક્ષણો અભાવ હોઈ શકે છે: માસિક સ્રાવ થાય છે નથી, ખૂબ ઊંચો છે  અવાજનો ટોન,  થાઇરોઇડ ગ્રંથિ વિકૃતિઓ, ડાયાબિટીસ (ઇન્સ્યુલિન પ્રત્યે પ્રતિકાર) વિકસાવે છે.