ન્યૂયોર્કના રાજકારણમાં ફરી પ્રવેશવાથી બર્ર અટકાવવા માટે, ક્લિન્ટન ફરી એક વખત 1801 માં ન્યૂ યોર્કના ગવર્નર તરીકે ચૂંટાયા હતા.