ત્યાર બાદ જેલ ઇલેક્ટ્રોફોરોસિસિસનો ઉપયોગ ચાર અલગ-અલગ લેનમાં ચાર પ્રતિક્રિયાઓની સેરને અલગ કરવા માટે કરવામાં આવે છે અને મૂળ ટેમ્પ્લેટના ક્રમને નક્કી કરે છે કે જે ન્યુક્લિયોટાઇડ સાથે કેવી રીતે લંબાઈનો અંત આવે છે.