1296ના વર્ષમાં અલ્લાઉદ્દીન ખિલજીના સૈનિકોએ ફરી સોમનાથ મંદિર પર હુમલો કર્યો હતો. ગુજરાના રાજ કરણની હાર થઈ હતી અને તેને દેશ છોડી ભાગી જવાની ફરજ પડી હતી. રાજા મહિપાલ દેવે 1308માં ફરી મંદિર બનાવડાવ્યું હતું અને લિંગનું સ્થાપન તેમના પુત્ર ખેંગારે 1326થી 1351 વચ્ચે કર્યું હતું. જો કે મહેમુદ બેગડાએ તે 1451માં ગુજરાતનો સુલતાન બન્યો ત્યારે આ મંદિર તોડી નાંખ્યુ હતુ. 1665માં ઔરંગઝેબે ફરી સોમનાથ મંદિર પર હુમલો કર્યો હતો. ડો કે પુણેના પેશ્વા રાજા ભોંસલે, કોલ્હાપુરના છત્રપતિ ભોંસલે અને રાણી અહિલ્યાબાઈ હોલકરે તથા ગ્વાલિયરના શ્રીમંત પાટિલબુવા શિંદેએ સાથે મળીને 1783માં ફરી મંદિર બંધાવ્યું હતુ.