આ પછી ભદ્રંભદ્રે અનેક કષ્ટો વેઠ્યાં. માર ખાવામાં પણ તપશ્ચર્યાનું પુણ્ય છે એવું માનતા ભદ્રંભદ્ર મારની પીડા વીસરી સુધારાવાળાઓનો વિરોધ કરતા રહ્યા. આ માટે એમણે કારાવાસ પણ વેઠ્યો પણ પોતાના ધ્યેયમાંથી ડગ્યા નહિ.