કાર્યક્ષમતાને કારણે સોનીપત બાદ જગદીપસિંહને સીબીઆઈ કોર્ટમાં મહત્ત્વની જવાબદારી સોંપાઈ હતી, જે તેમણે બાબા રામરહીમ કેસમા કોઈપણ પ્રકારનાં દબાણને વશ થયા વિના નિભાવી હતી.