ગ્રીનહાઉસમાં બોટ્રીટીસ વ્યવસ્થાપનના સિદ્ધાંતો બગીચામાંના જેવા જ છે, પરંતુ ગ્રીનહાઉસ માળીઓ ગ્રીનહાઉસ પર્યાવરણને બહાર કરતાં વધુ નિયંત્રિત કરી શકે છે.