મે 1999 માં નવાઝ શરીફ જ્યારે પાકના પ્રધાનમંત્રી હતા ત્યારે ભારત અને પાકિસ્તાન વચ્ચે ત્રીજુ યુદ્ધ એટલે કે કારગિલ વૉર શરૂ થઈ ગયુ. નવાઝ શરીફે ઓક્ટોબર 1998 માં પરવેઝ મુશર્રફને પાક આર્મીના પ્રમુખ નિયુક્ત કર્યા હતા. કેટલાક વિશેષજ્ઞોની માનીએ તો નવાઝ શરીફ કારગિલ વૉરની બ્લૂપ્રિન્ટથી વાકેફ હતા પરંતુ નવાઝ હંમેશાથી ઈન્કાર કરતા આવ્યા છે. નવાઝની માનીએ તો તેમને આ વિશે કોઈ જાણકારી નહોતી. તેમને આના વિશે ત્યારે ખબર પડી જ્યારે તે સમયે ભારતના પ્રધાનમંત્રી અટલ બિહારી વાજપેયીએ એક અરજન્ટ કોલ કરીને તેમનો સંપર્ક કર્યો. વળી, જો મુશર્રફની વાત પર વિશ્વાસ કરીએ તો નવાઝ શરીફે જ કારગિલ યુદ્ધની યોજના વિશે તેમની સાથે વાત કરી હતી. મુશર્રફે એક પુસ્તકના લેખકને જે વાત કહી તે મુજબ મુશર્રફ ઉપરાંત શરીફ અને ત્રણ જનરલને આ યોજના વિશે જાણ હતી. મુશર્રફની વાતો પર વિશ્વાસ કરીએ તો શરીફને 19 ફેબ્રુઆરી 1999 ની વાજપેયીની લાહોર યાત્રાના 20 દિવસ પહેલા જ કારગિલ ઓપરેશન વિશે બધી જાણકારી આપી દેવામાં આવી હતી.