કુઝ્કો વિશાળ અને કૃષિ સમૃદ્ધ ખીણના ઉત્તરીય ભાગમાં આવેલું છે, જે પેરુના એન્ડ્સ પર્વતોમાં ઊંચું છે, જે સમુદ્ર સપાટીથી 3,395 મીટર (11,100 ફૂટ) ની ઉંચાઇ પર છે.