આ વિવાદની શરુઆત એ સમયે થઈ જ્યારે મંદિરના મુખ્ય જ્યોતિષિ પરપ્પનગડી ઉન્નીકૃષ્ણને કહ્યું કે, ભગવાન અયપ્પાની શક્તિ મંદિરમાં મહિલાના પ્રવેશ કરવાને કારણે નબળી પડી રહી છે.