પક્ષીઓનું વર્ગીકરણ એ તકરારી મુદ્દો છે. સિબલી અને અહલક્વીસ્ટના ફિલોજેની અને પક્ષીઓના વર્ગીકરણ (1990) એ પક્ષીઓના વર્ગીકરણ પરના સીમાચિહ્ન કામો છે,[૨૫] જોકે તેની પર સતત ચર્ચા થતી રહી છે અને તેમાં સતત સુધારો પણ તો રહ્યો છે. મોટા ભાગના પૂરાવાઓ સુચવે છે કે ઓર્ડરોની સોંપણી સચોટ હતી,[૨૬]પરંતુ વૈજ્ઞાનિકો ઓર્ડરોની વચ્ચે સબંધો હતા તે બાબતે અસંમતિ વ્યક્ત કરે છે; આધુનિક પક્ષીઓની શરીર રચના, અવશેષો અને ડીએનએએ સમસ્યા ઊભી કરી છે, પરંતુ કોઇ મજબૂત સંમતિ સાધી શકાઇ નથી. તાજેતરમાં જ, નવા અવશેષો અને પરમાણુ પૂરાવાઓ આધુનિક પક્ષીઓના ઓર્ડરો અંગે વધુને વધુ રીતે સ્પષ્ટ ચિત્ર પૂરું પાડી રહ્યા છે.