હમીદાબાનું સાથેનાં લગ્ન અને શાહજાદા અકબરના જન્મ પછી હુમાયુ પોતાનું ખોયેલું મુઘલ સામ્રાજ્ય ફરી પ્રાપ્ત કરવા, ઉત્તર ભારતના સ્થાનિક રાજપૂત રાજાઓની મદદ અને ખાસ તો મહાબલિ શેરશાહના ૧૫૪૫માં અવસાન પછી હુમાયુ ફરીથી ભાયડો થઇ ગયો. ૧૫ વર્ષના રાજકીય વનવાસ પછી ૨૩ જુલાઈ અને ૧૫૫૫ના વર્ષે દિલ્હી પહોંચ્યો. ફરીથી મુઘલ તખ્ત પ્રાપ્ત કર્યું પરંતુ હુમાયુની બીજી ઇનિંગ્સ બહુ લાંબી ન ચાલી. ૨૪ જાન્યુઆરી ૧૫૫૬ના રોજ સંધ્યા સમયે હુમાયુ દીન પનાહ કે શેર મંડળ નામની પોતાની લાયબ્રેરીમાં કેટલાક ખાસ સરદારો અને જ્યોતિષીઓ સાથે વિચાર વિમર્શ કરી રહ્યો હતો અને ત્યાં જ મસ્જીદમાંથી સાંજની નમાજ માટે મુલ્લાએ બાંગ પોકારી. નમાજ પઢવા હુમાયુ સીડીઓ ઊતરવા ગયો, હાથમાંની લાકડી સરી પડી અને તે ગબડી પડ્યો. તેની ખોપરીનું હાડકું તૂટી ગયું, બેહોશ થઇ પડ્યો. હોશમાં આવતાં જ પહેલું કામ અકબરને બોલાવી તેને ઉત્તરાધિકારી નિયુક્ત કરવાનું કર્યું. તે પછી ૨૭ જાન્યુઆરી ૧૫૫૬ના રોજ હુમાયુ મૃત્યુ પામ્યો. જીવનભર દરદર ઠોકરો ખાતા રહેલા હુમાયુનું મૃત્યુ પણ ઠોકર ખાવાથી જ થયું.