મુખર્જી, સત્યાગ્રહી તરીકે, શેખ અબ્દુલ્લાના કુશાસનમાં શ્રીનગરની જેલમાં દિવસો સુધી બંદીવાન બની રહ્યા અને અંતે ૨૩ જૂન, ૧૯૫૩ની વહેલી સવારે અત્યંત રહસ્યમય સંજોગોમાં તેમનું પ્રાણપંખેરું ઊડી નીકું!