પ્રણવ મુખરજીની ગણના કોંગ્રેસના દિગ્ગજ નેતાઓમાં થતી રહી છે, જે પોતાના પુરા રાજકીય જીવનમાં રાષ્ટ્રીય સ્વયંસેવક સંઘ અને ભારતીય જનતા પાર્ટીની વિચારધારા વિરૂદ્ધ લડતા રહ્યાં છે.