જ્યાર બાદ ત્રીજી વખત 1999માં તેઓ ચૂંટાઇ આવ્યા અને 1994થી 2004 સુધી પાંચ વર્ષ માટે તેઓ વડાપ્રધાન પદે રહ્યા અને આ કાર્યકાળ દરમિયાન ઇન્ડિયન એરલાઇન્સનું વિમાન અપહરણ, નેશનલ હાઇવે પ્રોજેક્ટ્સ, આર્થિક સુધારણા, 2001માં સંસદ પર આતંકવાદી હુમલો, ગુજરાતમાં 2002માં ગોધારા કાંડ અને કોમી રમખાણો થયા હતા.