સાધ્વી પ્રજ્ઞા ઠાકુર પહેલીવાર ત્યારે ચર્ચામાં આવ્યા જ્યારે વર્ષ 2008ના માલેગાંવ બ્લાસ્ટ કેસમાં તેમની ધરપકડ કરવામાં આવી હતી.