ગુરુવાયૂર નામ ત્રણ શબ્દોનું એક સંયોજન છે. ગુરુ છે ગુરુ બૃહસ્પતિ માટે, વાયુ સર્વવ્યાપક પવન ભગવાન અને મલયામમાં ઓરનો અર્થ ભૂમિથી આવે છે. આ સ્થળનું નામ એક મિથકના નામ પર રાખવામાં આવ્યું છે. એક કહાણી અનુસાર બૃહસ્પતિને કળિયુગની શરૂઆતમાં ભગવાન કૃષ્ણની એક મૂર્તિ મળી. ત્યારે શ્રદ્ધાળું ગુરુએ ભગવાન પવન, વાયુ સાથે મુત્રિને પવિત્ર કરી, તેથી આ સ્થળ ગુરુવાયૂર તરીકે જાણીતું થયું.