બીજી મહત્ત્વની તફાવત એ છે કે ક્રોહન રોગમાં, બળતરા આંતરડાના દિવાલના તમામ સ્તરોનો સમાવેશ કરે છે, અને અલ્સેરેટિવ કોલેટીસ માત્ર આંતરિક અસ્તર પર અસર કરે છે.