માછલીના તેલ સાથેની મુખ્ય ચિંતા એ છે કે તેલ રસી હોઇ શકે છે અથવા પીસીબી (પોલિક્લોરિનેટેડ બાયફેનીલીસ) અને પારો જેવા માછલીઓમાં મળી રહેલા પર્યાવરણીય દૂષણોને સમાવી શકે છે.