બીજો જાણીતો પ્રકાર છે બાયોટોપ એક્વેરિયમ.[૩૬] બાયોટોપ એક્વેરિયમમાં કોઇ ખાસ પ્રકારના કુદરતી વાતાવરણને ઉભુ કરવામાં આવે છે. સૌથી વધુ લોકપ્રિય બાયોટોપ્સ(કેટલાંક નામ આપીયે તો) માં એમેઝોન નદી,[૩૭] રિઓ નેગ્રો નદી, માલાવીતળાવ,[૩૮] તંગાઇનિકા તળાવ, વિક્ટોરિયા તળાવ મુખ્ય છે. માછલી, ઝાડ, આધાર, ખડકો, લાકડુ અથવા બીજા કોઇપણ સાધનો પ્રાકૃતિક વાતાવરણ સાથે સુસંગત હોવા જોઇએ.આ પ્રકારનું વાતાવરણ ઊભુ કરવું તે ખરેખર એક પડકાર છે અને મોટાભાગના "સાચા" બાયોટોપ્સમાં ઘણી ઓછી જાતની માછલીઓ(કોઇ એક ન હોય તો) અને બીજા જળચર પ્રાણીઓ હોય છે.