નારાયણ ૧૯૯૪થી કાયદાની લડાઇ લી રહ્યા હતા. વૈજ્ઞાનિક નારાયણનો આરોપ હતો કે તેમને જાસૂસીના ખોટા કેસમાં ફંસાવ્યા હતા. ઇસરો જાસૂસી કાંડ વર્ષ ૧૯૯૪નો મામલો છે. વૈજ્ઞાનિક નંબી નારાયણ અને ડી શશિકુમારનને જાસૂસીના આરોપમાં ૧૯૯૪માં ધરપકડ કરવામાં આવી હતી. પોલીસે દાવો કર્યો હતો કે, નારાયણ અને શશિકુમારને કેટલાક ગુપ્ત દસ્તાવેજ પાકિસ્તાનને આપ્યા હતા. આ દસ્તાવેજોમાં ક્રોયોજેનિક એન્જીનનો ઉલ્લેખ હતો.