આ સમયની આસપાસ, મેગેલને બે જહાજો ગુમાવ્યા હતા: સાન એન્ટોનિયો સ્પેન પાછો ફર્યો (પરવાનગી વગર) અને સેન્ટિયાગોમાં ડૂબી ગયો, જોકે તમામ ખલાસીઓને બચાવી લેવામાં આવ્યા હતા આ સમય સુધીમાં, એલ્કેનો મેગ્લૅનના નિર્ણયના કન્સેપીસિઓનના કપ્તાન હતા, જે સંભવતઃ એ હકીકત છે કે અન્ય અનુભવી જહાજોના કેપ્ટરોને બળવો થયા બાદ ચલાવવામાં આવ્યા હતા અથવા અરુણ કરવામાં આવ્યા હતા અથવા સાન એન્ટોનિયો સાથે સ્પેન પાછા ગયા હતા.