એનપીએસ મેનેજરો રોકાણના સંચાલન માટે 0.0009 ટકા ફી લાદે છે, પણ ઇન્ડેક્સ ફન્ડ યોજનાઓ ફી તરીકે રોકાણના 1.5 ટકા લે છે.