વાજપેયી 3 વખત વડાપ્રધાન રહ્યા. તેઓ પહેલી વખત 1996માં વડાપ્રધાન બન્યા અને તેમની સરકાર માત્ર 13 દિવસ સુધી રહી. 1998ની સાલમાં તેઓ બીજી વખત વડાપ્રધાન બન્યા, ત્યારે તેમની સરકાર 13 મહિના સુધી ચાલી હતી. 1999માં વાજપેયી ત્રીજી વખત વડાપ્રધાન બન્યા અને પાંચ વર્ષનો કાર્યકાળ પૂરો કર્યો. 5 વર્ષનો સંપૂર્ણ કાર્યકાળ પૂરો કરનાર તેઓ પહેલાં બિનકૉંગ્રેસી વડાપ્રધાન છે.