જન્મજાત હાઇપોથાઇરોડિસમનું સૌથી સામાન્ય કારણ થાઇરોઇડ ડિસિઝેનનેસ છે જેમાં થાઇરોઇડ ગ્રંથિ ક્યાં ખૂટે છે, વિકૃત્ત છે અથવા ગંભીર અવિકસિત છે.