ખાદ્ય સુરક્ષાનો મુદ્દો ખોરાકની સલામતી અને ફૂડ લેબલિંગની ચિંતા સાથે પણ સંબંધ ધરાવે છે. હાલમાં વૈશ્વિક કરાર, ધી બાયોસેફ્ટી પ્રોટોકોલ જીએમઓના વેપાર પર નિયંત્રણ ધરાવે છે. ઇયુ હાલમાં બધા જ જીએમઓ ખાદ્યો પર લેબલની માગ કરી રહ્યા છે, જ્યારે યુએસ જીએમઓ ખાદ્યો પર પારદર્શક લેબલિંગની માગ નથી કરતો. જીએમઓ ખાદ્યો સાથે સંકળાયેલા સલામતી અને જોખમો અંગેના પ્રશ્નો હજુ પણ વણઉકેલ્યા છે, ત્યારે કેટલાક એવું માને છે કે જાહેર જનતાને એ જાણવા અને પસંદ કરવા માટે સ્વતંત્ર છે કે તેઓ શું ખાઇ રહ્યા છે અને આથી બધા જીએમઓ ઉત્પાદનો પર લેબલિંગ જરૂરી છે.[૬૯]