ઇસોસિનોફિલિક એસોફાગ્ટીસનું નિદાન અન્નનળીના બાયોપ્સીનું થાય છે અને હાઇ-પાવર ફિલ્ડ માઇક્રોસ્કોપ હેઠળ 15 ઇઓસિનોફિલને જોવામાં આવે છે.