પાણીજન્ય રોગો મુખ્ય બે કારણો ધરાવે છે: પ્રદૂષણ ઉદાહરણ તરીકે, ઔદ્યોગિક પ્રદૂષણને કારણે કે કૃષિ રસાયણોનાં વધારે પડતાં ઉપયોગને કારણે પાણીનાં પુરવઠામાં રસાયણો, નાઇટ્રેટ કે ભારે ધાતુઓનું ખતરનાક સ્તર.