આ ઐતિહાસિક ઇમારતમાં ઇ.સ. ૧૮૭૭માં હુન્નરશાળાનું નિર્માણ કરવામાં આવ્યું. મુંબઇની જે જે આર્ટ્સ કોલેજના જે ડી. એસ્પેરન્સ અહિના પ્રથમ આચાર્ય રહ્યા હતા. રાઓ ખેગારજીના લગ્ન સમયે હસ્તકળા અને વિવિધ કલાઓનાં પ્રદર્શન રાખવામાં આવ્યું હતું. ભુતપુર્વ રાજ્યે એ પ્રદર્શનમાંથી ૫૮૭૯ ચીજો ખરીદી અને એ ચીજો પ્રદર્શિત કરવા નવી ઇમારતનું નિર્માણ કરવામાં આવ્યું, એ ચીજો આજે પણ આ મ્યુઝિયમમાં સચવાયેલી છે . આ મ્યુઝિયમનો પ્રથમ પાયાનો પથ્થર મુકનાર ફરગયુસન જે મુંબઇના ગવર્નર હતા તેમના નામે મ્યુઝિયમનું નામ "ફરગ્યુસન મ્યુઝિયમ" રાખવામાં આવ્યું હતું. પહેલાં મ્યુઝિયમ માત્ર રાજ્યના મહેમાનોને જ બતાવવામાં આવતું, અને અન્ય લોકો માત્ર દિવાળીના દિવસે જ મ્યુઝિયમ જોઇ શકતા. આઝાદી બાદ મ્યુઝિયમ જાહેર જનતા માટે ખુલ્લું મૂકવામાં આવતાં તેનું નામ લોકજીભે "કચ્છ મ્યુઝિયમ" થઇ ગયું. શિક્ષણખાતામાંથી અલગ થઇ આ ગુજરાત્ મ્યુઝિયમ બોર્ડ હેઠળ વડોદરાના મ્યુઝિયમ વિભાગ હેઠળ રાખવામાં આવ્યું. ૨૦૦૧ના ધરતીકંપમાં મ્યુઝિયમને નુકસાન થવા પામ્યું હતું. તેની સુરક્ષા માટે હથિયારબંધ રક્ષકો તૈનાત રાખવામાં આવ્યા છે.