ડિસેમ્બર, 2005માં થયેલા સોહરાબુદ્દીન શેખ અને કૌશરબીના એન્કાઉન્ટરમાં મોત સાથે જજ લોયા કેસ જોડાયેલો છે. એ કેસમાં સુપ્રીમ કોર્ટે શેખના ભાઇએ કરેલી અરજીના સંદર્ભે સીબીઆઇને આ કેસ હાથ ધરવાની સૂચના આપી હતી. ગુજરાતના તત્કાલીન ગૃહ મંત્રી અમિત શાહની ધરપકડ બાદ સુપ્રીમ કોર્ટે ટ્રાયલને મુંબઈમાં ખસેડવાનો અને સેશન્સ કોર્ટના જજને ટ્રાયલ કરવા માટે નિમવાનો આદેશ આપ્યો હતો. વધુ મહત્વના આદેશમાં સુપ્રિમ કોર્ટે કહ્યુ હતું કે શરૂઆતથી અંત સુધી ટ્રાયલ એક જ જજ દ્વારા હાથ ધરાશે. દેખીતી રીતે જ સુપ્રીમ કોર્ટ ગુજરાતમાં સંભવિત રાજકીય હસ્તક્ષેપથી સભાન હશે. ફરીથી, સોહરાબુદ્દીન એન્કાઉન્ટરનો સાક્ષી એવા તુલસીરામ પ્રજાપતિનું એન્કાઉન્ટરમાં મૃત્યુ થયુ હતું અને તેની તપાસ પણ સુપ્રીમ કોર્ટે સીબીઆઇને સોંપી હતી. અદાલતે આખરે બંને કેસોને સંકલિત કરીને બોમ્બે હાઇકોર્ટને તેને ચલાવવાનો આદેશ આપ્યો. અત્યંત સંવેદનશીલ કેસને લઈને વિવિધ ન્યાયમૂર્તિઓને સમયાંતરે લાગ્યું કે મૂળ તપાસ સાથે ચેડા કરવામાં આવી રહ્યા છે.