શોટગન સિક્વિંગિંગે રુચિના ડીએનએ સેગમેન્ટને વધુ યોગ્ય (વ્યવસ્થા) કદના ટુકડાઓમાં કાપીને, દરેક ટુકડાને અનુક્રમિત કરીને અને ઓવરલેપિંગ સિક્વન્સ પર આધારિત ટુકડાઓ ગોઠવી રાખે છે.