આઇબીડીની આંતરડાની ગૂંચવણોમાં ફોલ્લાઓ, આંતરડાના અવરોધ, આંતરડાના પટ્ટા, કોલોરેક્ટલ કેન્સર, ફિઝર્સ, ફિસ્ટ્યુલ્સ, માસિક સમયગાળા દરમિયાન લક્ષણોમાં બગડીને અને ઝેરી મેગાકોલોનનો સમાવેશ થાય છે.