ECMO ની પ્રતિકૂળ અસરમાં તીવ્ર આંતરિક અને બાહ્ય રક્તસ્રાવ, ચેપ, થ્રોમ્બોસિસ (રક્ત વાહિનીઓ અંદર જીવલેણ રુધિર ગંઠાવાનું) અને પંપ નિષ્ફળતા સમાવેશ થાય છે.