વધુ સુસંસ્કૃત લોકો પાણીને માછલીઘરમાં ઉમેરતા પહેલા તેમાં રહેલા આલ્કલાઇનના સ્તર, ક્ષાર અથવા પ્રાકૃતિક તત્વો અને ગેસની પાણીમાં ઓગળવાની ક્ષમતામાં ફેરફાર કરે છે.બીજા કેટલાંક તત્વો દ્વારા આમ થઇ શકે છે, જેમ કે પીએચનું સ્તર વધારવા માટે સોડિયમ બાયકાર્બોનેટ.[૪૬]કેટલાંક લોકો પાણીનો ઉપયોગ કરતા પહેલા તેમના પાણીનું શુદ્ધિકરણ તેમાંથી આયર્ન દૂર કરીને અથવા તેને ઉલ્ટુ ગાળીને કરે છે.તેનાથી વિરૂદ્ધ જાહેર માછલીઘરો જેમાં વધુ પાણીની જરૂર હોય છે તે ઘણીવાર પાણીના કુદરતી સ્રોતની નજીક હોય છે(જેમકે નદી, તળાવ કે દરિયો) જેથી પાણી પર વધુ પ્રક્રિયા ન કરવી પડે.પાણીનું તાપમાન બે એકદમ પ્રાથમિક પ્રકાર મુજબ માછલીઘરને અલગ કરે છે. એક છે ઉષ્ણ અને બીજુ ઠંડુ પાણી.મોટાભાગની માછલીઓ અને વનસ્પતિની જાત મર્યાદિત તાપમાન જ સહન કરી શકે છે. ઉષ્ણ માછલીઘર જેનું સરેરાશ તાપમાન 25 °C (77 °F) હોય તે વધુ સામાન્ય છે.ઠંડા પાણીનું માછલીઘર એવી માછલીઓ માટે છે જેમને ઠંડુ વાતાવરણ જોઇએ છીએ.વધુ મહત્વની વાત છે સ્થિરતા. મોટા ભાગના દરિયાઇ જીવો તાપમાનમાં અચાનક આવતા ફેરફારને સહન કરવાની ક્ષમતા ધરાવતા નથી, જે તેમના માટે આંચકારૂપ હોય છે અને રોગ તરફ દોરી જાય છે.[૪૬]થર્મોસ્ટેટ અને હીટર અથવા કૂલર દ્વારા પાણીના તાપમાનનું નિયમન કરી શકાય છે.પાણીની હીલચાલ પ્રાકૃતિક પર્યાવરણને જાળવવા માટે પણ મહત્વનું છે. માછલીઘર રાખનારા તેમાં રહેતા પ્રાણીઓની અનુકૂળતાને આધારિત સ્થિર પાણીથી ઝડપી પ્રવાહ સુધીની પાણીની ગતિની પસંદગી કરે છે. પાણીની હીલચાલ પર અંકુશ એર પંપ, પાવર હેડ્સ દ્વારા અને પાણીના આંતરિક પ્રવાહની કાળજીપૂર્વકની ડિઝાઈન (જેમકે શુદ્ધિકરણ વ્યવસ્થાની યોગ્ય જગ્યા પાણીના અંદર આવતા અને બહાર જતા પ્રવાહની જગ્યા) દ્વારા લાવી શકાય છે.