ક્રોહન રોગનું કારણ અજાણ હોવા છતાં, સંશોધન સૂચવે છે કે રોગપ્રતિકારક તંત્રમાં અસામાન્ય કામગીરી શરીરને પાચનતંત્રમાં હાનિકારક પદાર્થો પર હુમલો કરવા પ્રેરે છે.