1998-99માં અટલ બિહારી વાજપાઈના મંત્રીમંડળમાં તેને સ્થાન મળ્યું હતું. વાજપાઈ સરકારમાં રાજેને વિદેશ રાજ્યમંત્રી બનાવવામાં આવ્યા હતા. 1999માં રાજ્યમંત્રી તરીકે સ્વતંત્ર પ્રભાર સોંપ્યો હતો. 2003માં રાજસ્થાન વિધાનસભા ચૂંટણી જીત્યા હતા. વસુંધરા રાજે પ્રથમ વખત રાજસ્થાનના CM બન્યા. 2013માં અશોક ગહેલોત સામે વસુંધરા રાજે હાર્યા હતા.