ઇંદિરા ગાંધીની કોંગ્રેસ સરકારે 1975-77 દરમ્યાન લાદેલી કથિત 'કટોકટી' વખતે બીજેએસના અન્ય કાર્યકરોની માફક વાજપેયીને પણ અટકાયતમાં લેવામાં આવ્યા હતા.