પરંતુ શાહજાદા શાહઆલમે ખાનગીમાં ભેટસોગાદો સ્વીકારી ઔરંગઝેબ પર સુલતાનને માફી આપવા માટે દબાણ કર્યું. જેનો ખ્યાલ ઔરંગઝેબને આવી જતાં તેણે શાહઆલમ અને તેના પરિવારને કેદ કર્યો, તેની મિલકતો જપ્ત કરી. દરમિયાન કેટલાક ચુસ્ત શિયા અને સુન્ની મુસ્લિમ બિરાદરોએ મુઘલો અને ગોલકોંડાના યુદ્ધને મુસ્લિમો વચ્ચેનું યુદ્ધ હોવાથી તેનો વિરોધ કર્યો. પણ ઔરંગઝેબ તેમનું માન્યો નહીં અને ગોલકોંડાનો ઘેરો વધુ મજબૂત બનાવ્યો. પરંતુ કિલ્લાની અંદરથી થતો સતત તોપમારો, સતત વરસાદ, યુદ્ધ સામગ્રીની ખેંચ અને રોગચાળાને લઈ મુઘલ સેના ઘણી મુસીબતમાં હતી. તેનો લાભ ઉઠાવી કુતુબશાહી સેનાએ ૧૫ જૂન ૧૬૮૭ના રોજ રાત્રે મુઘલ તોપખાના પર અચાનક હુમલો કરી શાહી તોપચી ગેરત ખાન અને બીજા ૧૩ ઉચ્ચ મુઘલ અધિકારીઓને ગિરફતાર કર્યા. આ ઘટના પછી ઔરંગઝેબે ત્રણ સુરંગો ખોદાવી તેને દારૂગોળાથી સજ્જ કરી, પણ ત્રણેય સુરંગોની યોજના નિષ્ફળ ગઈ, પણ ઘેરો ચાલુ રાખ્યો અને ગોલકોંડા હવે મુઘલ સામ્રાજ્યનો ભાગ છે તેવી જાહેરાત કરી દીધી.