કિડનીમાં ચેપ, મૂત્રવિસર્જન કરતાં અવયવોમાં ચેપ અને છાતીમાં ચેપને કારણે તેઓ હોસ્પિટલમાં દાખલ કરાયા હતા. ડાયબિટીઝની બીમારીથી પીડાતા વાજપેયીની એક જ કિડની કામ કરતી હતી. તેમને 2009માં સ્ટ્રોક આવ્યો હતો અને તેના કારણે તેમને ભૂલવાની બીમારી શરૂ થઇ હતી. આશરે બે મહિના સુધી હોસ્પિટલમાં રહી તેમને અંતિમ શ્વાસ લીધા છે.