એનઆઇને વડા તરીકે હિંદુત્વ જૂથોને સંડોવતા આતંકી કેસો જે રીતે બંધ કરવામાં આવ્યા હતા તે જોતા એનજીઓએ એનઆઇએના વડા તરીકે તેમની ભૂમિકા સામે સવાલ ઉઠાવ્યા હતા.