સેફ અલી ખાનના પ્રથમ લગ્ન તેમના જીવનથી 10 વર્ષ મોટી અભિનેત્રી અમૃતા સિંહ સાથે થુયા હતા,તેઓને બે બાળકો સરા અલી ખાન અને ઇબ્રાહિમ હાંસલ હતા અને તેમણે વર્ષ 2004 માં તલાક લીધા હતા.