કેટલાક અન્ય વીઆર ગેમ્સની જેમ, પ્રોટોન પલ્સની એક વાર્તા છે, જ્યાં MOAI નામની એક સંસ્થા વિશ્વનો નાશ કરવા માટે સુયોજિત છે અને તેને રોકવા માટે તમારા પર છે.