સબસ્ટ્રેટ ચોક્કસ ભાગમાં એન્ઝાઇમ સાથે ક્રિયાપ્રતિક્રિયા કરે છે, જેને સક્રિય કેન્દ્ર અથવા એન્ઝાઇમના સક્રિય ઝોન કહેવાય છે.