માહિમનો ઈતિહાસ પર નજર નાખીએ તો પ્રાચીન કાળમાં આ સ્થળ માઈજિમ, મેજામ્બુ તથા મહિકાવતી તરીકે ઓળખાતુ હતું. ૧૩મી સદીમાં આ સ્થળ રાજા ભીમદેવના રાજ્યની રાજધાની હતું. પ્રભાદેવી વિસ્તારમાં તેમનો મહેલ અને ન્યાયમંદિર હોવાનો ઉલ્લેખો પણ અનેક સ્થળે જોવા મળે છે. ત્યારબાદ ગુજરાતના અહેમદ શાહે માહિમ ટાપુનો કબજો મેળવ્યો હતો. ૧૪૩૧માં માહિમમાં આ દરગાહ બની હતી. મકદૂમ અલી માહિમી કોંકણ વિસ્તારમાંથી આવેલા સૂફી સંત હતા. કહેવાય છે કે મકદૂમબાબા હિજરતી આરબ પરિવારમાં જન્મ્યા હતા. તેમણે મોઈનુદીન ઈબ્ન-એ-અરબીને પોતાના ગુરુ બનાવ્યા હતા અને અહેમદ શાહે તેમને શહેરના કાજી બનાવ્યા બાદ તેમની નામના ફેલાઈ હતી. મકદૂમ શાહ બાબા ભારતના પ્રથમ ઈસ્લામિક વિદ્વાન હતા જેમણે કુરાન પર ભાષ્ય રચ્યું હતું. તેમણે પોતાના જીવનકાળ દરમિયાન કુલ ૨૦ પુસ્તકો લખ્યા હતા અને તેમને કુતુબ-એ-કોંકણનો ખિતાબ આપવામાં આવ્યો હતો.