જ્યારે નરેન્દ્ર મોદી ગુજરાતના મુખ્ય મંત્રી હતા ત્યારથી જ પ્રહલાદ મોદી રાજ્ય સરકારની કેટલીક નીતિનો વિરોધ કરતા આવ્યા છે અને તેમણે ખુદ નરેન્દ્ર મોદીની સામે પણ વિરોધ નોંધાવ્યો હતો.