ત્યાર બાદ નવેમ્બર 2016માં ઝાકીરનાં સામે કેસ દાખલ કરવામાં આવ્યા, ત્યારબાદ ડિસેમ્બર 2016માં, કેન્દ્રીય ગૃહ મંત્રાલયે ઝાકિરની એનજીઓ પર પ્રતિબંધ મૂક્યો હતો.