એન્સેફાલીટીસ મૅનિંગાઇટીસ જેવા જ છે, પરંતુ મુખ્ય તફાવત એ છે કે મગજની રચનામાં લોકો એન્સેફાલીટીસને અસાધારણતા ધરાવે છે.