એફઆઈઆર દાખલ થયા બાદ સેનાએ ગોગોઈ સામે કોર્ટ ઓફ ઈન્કવાયરી શરૂ કરી હતી, જેમાં ગોગોઈને ક્લિન ચીટ અપાઈ હતી.