તે હજુ સુધી સમજી શક્યું નથી કે માઇક્રોબાઇમના ફેરફારો ક્રોહન રોગના વિકાસને કેવી રીતે અસર કરે છે, પરંતુ તે જાણીતું છે કે ક્રોહન રોગ ધરાવતા લોકો પાચન રોગ વગરના લોકોને તેમના પાચનતંત્રમાં ઓછા પ્રકારનાં બેક્ટેરિયા ધરાવે છે.