લાભો હોવા છતાં, ઝીરો-આધારિત બજેટ તૈયાર કરવું મુશ્કેલ છે અને અત્યંત સમય માંગી લેતા હોય છે જ્યાં તમામ વિભાગોના વરિષ્ઠ મેનેજરોએ સ્પષ્ટતા આપવી જોઈએ કે તમામ અપેક્ષિત પરિણામોને ઉચિત બનાવવા. શોર્ટ-ટર્મિઝમમ પર વધુ ધ્યાન કેન્દ્રિત કરવા માટે ઝીરો-આધારિત બજેટની પણ ટીકા કરવામાં આવે છે, આમ, ભવિષ્યમાં નકારાત્મક અસર કરી શકે તેવા ખર્ચમાં કાપ મૂકવા માટે પ્રેરક મેનેજરો.