બધા ફિંગરપ્રિન્ટ સ્કેનર, જે હાલમાં વપરાય છે, કામગીરી ભૌતિક સિદ્ધાંત પર આધારિત છે, અને ત્રણ જૂથમાં વર્ગિકૃત કરી શકાય છે: