આ ઉપરાંત NPS હેઠળ કેન્દ્ર સરકારના કર્મચારીઓને આવકવેરા બચત માટેનાં રોકાણોની વધુ બહોળી પસંદગીનો લાભ મળી રહે, તે કારણોસર કલમ ૮૦સીમાં પણ સુધારો કરીને એવી જોગવાઈ કરવામાં આવી છે કે કેન્દ્ર સરકારના કર્મચારી દ્વારા પેન્શન સ્કીમના Tier-II Accountમાં કરવામાં આવતા રોકાણના સંદર્ભમાં કલમ ૮૦સી હેઠળની કપાતનો પણ લાભ મળી શકશે.