સામૂહિક સ્પેક્સના ગેરફાયદા એ છે કે તે સમાન આયન ઉત્પન્ન કરતા હાઈડ્રોકાર્બન્સને ઓળખવામાં ખૂબ સારી નથી અને તે ઓપ્ટિકલ અને ભૌમિતિક ઇસ્મામર્સને અલગથી જણાવવા માટે અસમર્થ છે.