દક્ષિણ પૌરાણિક કથા પ્રમાણે ભગવાન અયપ્પાને ભગવાન શિવ અને મોહિની (ભગવાન વિષ્ણુનું રૂપ)ના પુત્ર માનવામાં આવે છે.