કેટલાક મદરેસાએ આતંકવાદીઓ, ખાસ કરીને પાકિસ્તાનમાં, જ્યાં 1980 માં સરકારે કાશ્મીર અને અફઘાનિસ્તાનમાં લડવા માટે સક્રિય ઇસ્લામિક લશ્કરના નિર્માણને સમર્થન આપ્યું હતું.