૧૯૪૯માં જ્યારે પુર્વ પાકિસ્તાનમાંથી પશ્ચિમ બંગાળ, આસામ અને ત્રિપુરામાં આવવા વાળા શરણાર્થીઓની સંખ્યા ૮ લાખને વાટાવી ગઈ ત્યારે કટોકટી ઉભી થઈ હતી. ઘણાખરા કિસ્સાઓમાં શરણાર્થીઓને જોર જબરદસ્તીથી પાકિસ્તાની હુકુમત દ્વારા કાઢી મુકવા આવ્યા હતા તેમજ તેમને ધમકીઓ અને હિંસાનો સામનો કરવો પડ્યો હતો. [૫૨] નેહરુએ પાકિસ્તાનના પ્રધાનમંત્રી લિયાકત અલી ખાનને શાંતિપુર્ણ ઉકેલ માટે આમંત્રિત કર્યા હતા. પોતાની ઈચ્છા ન હોવા છતાં સરદારએ ખાન સાથે મંત્રણા કરી હતી. તેમ છતાં સરદારે નેહરુના એ ઈરાદાની ટીકા કરી હતી કે જેમા નેહરુને એવા કરાર ઉપર સહી કરવી હતી જેમા બન્ને દેશોમાં અલ્પસંખ્યકો માટે આયોગ રચવામાં આવે તેમજ બન્ને દેશોમાં રહેતા અલ્પસંખ્યકોની સલામતીની બાંયધરી આપવામાં આવે.[૫૩] શ્યામ પ્રસાદ મુખર્જી તેમજ કે. સી. નિયાગી તેવા બે બંગાળી મંત્રીઓએ આની વિરોધમાં રાજીનામા આપ્યા હતા અને પશ્ચિમ બંગાળમાં નેહરુ દ્વારા પાકિસ્તાની ગેરવ્યાજબી માંગોને માન્ય રાખવાની કહેવાતી નિતીની આકરી ટીકા થઈ હતી. કરાર તરતજ જોખમમાં આવી ગયા હતા. પણ સરદાર ત્યારે નહેરુને વહારે આવ્યા હતા અને તેમણે સંસદના સદસ્યો અને પશ્ચિમ બંગાળની આમ જનતા સામે કરારની તરફેણમાં ભાવપૂ્ર્ણ ભાષણો આપ્યા હતા તથા ઘણા પ્રતિનિધિ મંડળો જેમ કે કોંગ્રેસી કાર્યકરો, હિંદુ તથા મુસ્લિમ અને બીજા જાહેર હિતના મંડળોને મળીને તેમને છેલ્લા શાંતિ પ્રયાસોને તક આપવા રાજી કર્યા હતા. એક વરસની અંદર કરારને બહાલી મળી ગઈ હતી અને મોટાભાગના હિંદુ શર્ણાથીઓ પુર્વ પાકિસ્તાન પાછા ગયા હતા.[૫૪]