તેમના મિત્ર રાષ્ટ્રપ્રમુખ જેફરસન ડેવિસ દ્વારા પુષ્કળ પ્રમાણમાં પ્રાપ્ત થયું, જોહન્સ્ટનને 31 મે, 1861 ના રોજ ક્રમાંકની તારીખ સાથે કન્ફેડરેટ આર્મીમાં સંપૂર્ણ જનરલ તરીકે નિમણૂક કરવામાં આવી હતી.