દુષિત થયેલા પર્યાવરણનને સાફ કરવા માટે બાયોટેકનોલોજીનો એન્જિનિયર અને દુષિત પર્યાવરણને સાફ કરવાના ટકી સેવા તેવા રસ્તા શોધવા માટે ઓર્ગેનિઝમ (organisms) અને ખાસ કરીને માઈક્રોઓર્ગેનિઝમ (microorganisms)ને અપનાવવું જોઈએ.આપણા સમાજમાં ટકી શકે તેવા વિકાસની સાથે સાથે પર્યાવરણને ઓછી અસર કરતા હોય તેવા વિકાસને પ્રોત્સાહિત કરવા માટે પર્યાવરણ (environment)માંથી મોટા પ્રમાણમાં પ્રદુષકો અને વેસ્ટને દુર કરવાની જરૂર છે. દુષિત (contaminant)કરવાના કેસમાં જૈવ તકનીકી પ્રક્રિયા મહત્વનો ભાગ ભજવે છે તેમજ માઈક્રોઓર્ગેનિઝમને ડીગ્રેડ કરવાની વિઘટન કરવાની આશર્યજનક પ્રક્રિયાનો પણ લાભ જૈવ તકનીક દ્વારા મળે છે. મેથોડોલોજીકલમાં મળેલી મહત્વપુર્ણ સફળતાને કારણે સિક્વિસિંગ (sequencing), જિનોમિક્સ (genomics), પ્રોટેએમોકિસ (proteomics), બાયોઈન્ફોર્મેટીક (bioinformatics)અને ઈમેજીંગમાંથી ઘણા પ્રમાણમાં મહત્વની માહીતી મળી રહી છે. પર્યાવરણીય માઈક્રોબાયોલોજીના ક્ષેત્રમાં, જેનોમ (genome)ને લગતો એક વૈશ્વિક અભ્યાસે મેટાબોલિક અને રેગ્યુલેટરી નેટવર્કને લગતા સિલિકોના વ્યુહે એક નવા જ યુગના દ્વારા ખોલી નાંખ્યા છે. સાથે સાથે પર્યાવરણીય પરિસ્થિતિને બદલવા માટે મોલેક્યુલર એડેપ્શન સ્ટ્રેટેજીની જાણકારી અને ડીગ્રેડેશન ( degradation) ને લગતી હત્વની કડી પૂરી પાડી છે. કોઈ ચોક્કસ પર્યાવરણને લગતા કાર્બન ફ્લ્સ (carbon flux)ના નિયમનકારી નેટવર્ક અને રસ્તા જોવા માટે જુઓનોમિક અને મેટાજીઓનોમિકે આપણને ઘણી મદદ કરી છે. આ ચોક્કસ પર્યાવરણ, ચોક્કસ વસ્તુ માટે બાયોરીમેડીશન (bioremediation) ટેકનોલોજી અનેબાયો ટ્રાન્સફોર્મેશન (biotransformation)પ્રક્રિયાને એકદમ વિકસિત કરી દે છે. [૩૪]