નવાબ ભાગી ગયા પછી દિવાન સાહેબ સર શાહનવાઝ ભુટ્ટોએ જૂનાગઢને ટકાવી રાખવા ખૂબ કોશિશ કરી જોઈ. તેમને આખા કાઠિયાવાડના મુસ્લીમોનો ટેકો મળશે એવી આશા હતી પરંતુ કાઠિયાવાડ તો ઠીક ખૂદ જૂનાગઢના મુસ્લીમોનો પણ તલભાર ટેકો ન મળ્યો. તેની વાત કોઈ સાંભળવા જ તૈયાર ન હતું. છેવટે તેમણે શરણાગતિ સ્વીકારવાનો નિર્ણય લીધો. જૂનાગઢનું ભારત સાથે જોડાણ કરવાની વાટાઘાટ કરવા કેપ્ટન હાર્વે જોન્સને તા. ૭મી નવેમ્બર, ૧૯૪૭ના રોજ જૂનાગઢથી રાજકોટ મોકલાવ્યા. આરઝી હકૂમત અને ભારત સરકારના પ્રતિનિધિ સાથે બે દિવસની મંત્રણાને અંતે કેપ્ટન જોન્સ ભારતના પ્રતિનિધિઓને લઈને બધી વિધિ પાર પાડવા જૂનાગઢ પાછા આવ્યા ત્યારે બધાને ખબર પડી કે શાહનવાઝ ભુટ્ટો તો આગલી રાતે જ પાકિસ્તાન ચાલ્યા ગયા હતા! છેવટે તા. ૯મી નવેમ્બર, ૧૯૪૭ના રોજ સાંજે ૬ વાગ્યે જૂનાગઢના અધિકારી કેપ્ટન હાર્વે જોન્સે ભારતીય સૈન્યના બ્રિગેડીયર ગુરુદયાલસિંહની હાજરીમાં ભારત સરકારના પ્રતિનિધિ અને રિજિયોનલ કમિશનર શ્રી એન. એમ. બુચ, આઈ.સી.એસ., સમક્ષ શરણાગતિ સ્વીકારી જૂનાગઢનો શાંતિપૂર્ણ કબજો સોંપ્યો.