અમરનાથ યાત્રાનો પ્રારંભ ક્યારથી થયો એ બાબતે કોઈ વિશ્વાસપાત્ર માહિતી ઉપલબ્ધ નથી, પણ દર વર્ષે વધતી યાત્રાળુઓની સંખ્યાને ધ્યાનમાં લઈને 2000ની સાલમાં અમરનાથ શ્રાઇન બોર્ડની રચના કરવામાં આવી હતી.