જેમ રેડિયેશન થેરપીમાં કૅન્સરની ગાંઠને બાળવા માટે ખાસ કિરણોત્સર્ગ આપવામાં આવે છે એના જેવી જ પ્રક્રિયા પ્રોટોન બીમ થેરપીમાં થાય.