આંતરડાના હાઈડ્રોકોલોથેરાપીનું સંચાલન કરવા માટે, દર્દીને ડાબી બાજુ પર આડી સ્થિતિમાં મૂકવામાં આવે છે અને હોસીસની વિશિષ્ટ વ્યવસ્થા સાથે ગુદામાર્ગમાં ઇન્જેક્શન આપવામાં આવે છે.