મુસ્લિમ લીગના નેતા મોહમ્મદ અલી જિન્નાની આગેવાની હેઠળની અલગતાવાદી ચળવળ, આઝાદીની પહેલા દેશભરમાં હિંસક હિંદુ-મુસ્લિમ રમખાણોની શ્રેણીમાં પરિણમી હતી. સરદાર પટેલની મતે, રમખાણો દ્વારા ઉદ્ભવેલા ખુલ્લા કોમવાદી સંઘર્ષોએ સ્વતંત્રતા પછી મધ્યમાં નબળી સરકારની સ્થાપના કરવાની ક્ષમતા ધરાવતા હતા જે લોકશાહી રાષ્ટ્રને મજબૂત બનાવવા માટે વિનાશક હશે. પટેલ સાથેના ઉકેલ પર કામ કરવા પટેલ ગયા. મેનન, ડિસેમ્બર 1946 દરમિયાન એક નાગરિક સેવક અને રાજ્યોના ધાર્મિક વલણને આધારે અલગ પ્રભુત્વ બનાવવાના તેમના સૂચનનો સ્વીકાર કર્યો. તેમણે પાર્ટીશન કાઉન્સિલમાં ભારતનું પ્રતિનિધિત્વ કર્યું.