નાગોરી ઉપરાંત અન્ય દોષિતો સામે એનઆઇએ દ્વારા આઇપીસીની કલમ ૧૨૨ (ભારત સરકાર સામે યુદ્ધ લડવાના ઇરાદા સાથે શસ્ત્રો એકત્રિત કરવા), કલમ ૧૨૪-એ (સરકાર પ્રત્યે અસંતોષ ફેલાવવાના પ્રયાસો કરવા), કલમ ૧૫૩-એ (સમુદાયો વચ્ચે દુશ્મની ફેલાવવા) હેઠળના મુકાયેલા આરોપો ફગાવી દીધા હતા.