સૂત્રો કહે છે આ સંસ્થાને ચલાવવા સરકાર ગ્રાન્ટ આપે છે જેથી ફી નીચી હોવી જોઇએ પરંતુ અન્ય ખાનગી સંસ્થાઓની જેમ જ ઊંચી ફી લેવાય છે. જો પીડીપીયુ, નિરમા, ધીરુભાઇ અંબાણી ઇન્સ્ટિટ્યૂટની ફી એફઆરસી દ્વારા નક્કી થતી હોય તો આઇઆઇટી-રામની ફી કેમ એફઆરસી નક્કી કરતી નથી તે સૌથી મોટો પ્રશ્ન છે.