12મી સદી દરમિયાન, ઘાના સામ્રાજ્યના અવશેષો પર સોસ્સો સામ્રાજ્યના રાજા સોઉમઓરો કાન્તેએ આક્રમણ કર્યું. [૯] વાલાતાના મુસ્લિમ વિદ્વાનો (ઔદાઘોસ્ટને વેપાર માર્ગ પરના ટર્મિનસ તરીકે બદલવાનું શરૂ કરીને) ભાગીને ટિમ્બક્ટુ આવ્યા અને ઇસ્લામની સ્થિતિને મજબૂત કરી. પરિણામે ટિમ્બક્ટુ તેની સાન્કોર યુનિવર્સિટી અને 180 કુરાનિક શાળાઓ સાથે ઇસ્લામિક અભ્યાસનું કેન્દ્ર બન્યું.[૫] 1324માં રાજા મુસા પહેલાએ મક્કાની પવિત્ર યાત્રા કરીને પરત ફરીને ટિમ્બક્ટુને શાંતિપૂર્ણ રીતે પોતાના સામ્રાજ્ય સાથે જોડી દીધું. આ શહેર માલી સામ્રાજ્યનો હિસ્સો બન્યા બાદ રાજા મુસા પહેલાએ શાહી મહેલના બાંધકામના આદેશો આપ્યા. સાથે પોતાના સેંકડો મુસ્લિમ વિદ્વાન અનુયાયીઓ માટે 1327માં દ્જિન્ગારેય બેરનું અભ્યાસ કેન્દ્ર પણ બંધાવ્યું.