પરંતુ અનિલ પટેલ જ્યારે મત્સ્ય ઉદ્યોગમાં આવ્યા અને તેમની પાસે બંદર વિભાગનો સંયુક્ત સચિવનો વધારો હવાલો સોંપવામાં આવ્યો તો પાકિસ્તાનમાં પકડાયેલા માછીમારોને મૂક્ત કરાવવા માટે એનઓસી માંગવામાં આવી ત્યારે અનિલ પટેલને જાણ થઈ હતી તે સરદાર સરોવર નિગમમાં સ્ટેનોગ્રાફરની નીતિ-નિયમો નેવે મૂકીને કરવામાં આવેલી નિમણૂંકે અંગેની તપાસ ચાલી રહી છે.