નિર્ભય મિસાઈલને રિસર્ચ સેન્ટર ઈમરત દ્વારા વિકસિત કરવામાં આવેલી આંતરીક નેવિગેશન સિસ્ટમથી માર્ગદર્શિત કરવામાં આવે છે અને રેડિયો અલ્ટમીટર દ્વારા ઊંચાઈને નિર્દેશિત કરવા માટે વાપરવામાં આવે છે.