આ દરમિયાન સપ્ટેમ્બર 2002માં આર. બી. બ્રહ્મભટ્ટને હુમલાની માહિતી મળતાં જ તેઓ અક્ષરધામ મંદિર પહોંચી ગયા હતા. જ્યાં આતંકવાદીઓને પકડવા જતાં આતંકવાદીઓએ એ.કે.47માંથી આર. બી. બ્રહ્મભટ્ટ પર ગોળીબાર કર્યો હતો. આ દરમિયાન આર. બી. બ્રહ્મભટ્ટ બચી ગયા અને ગોળી તેમના હાથ પરથી સરકીને નીકળી ગઈ હતી. જોકે તે સમયે તેઓ લોહી લુહાણ થઈ ગયા હતા. ત્યાર બાદ તેમને ગાંધીનગર સિવિલમાં સારવાર માટે લઈ ગયા હતા. જ્યાં પણ તેઓ માત્ર પાટાપીડીં કરાવીને તુરંત અક્ષરધામ મંદિરે પરત આવી પોતાની કામગીરીમાં જોડાઈ ગયા હતા.