મોટા ભાગે કેક્ટસના મૂળિયા છીછરા હોય છે જે જમીનની નજીક જ ઉગેલાં હોય છે જેનાથી તેને અનિયમિત વરસાદી પાણીને એકત્રિત કરવામાં સુલભતા રહે છે. કોઈ એક કિસ્સામાં, માત્ર 12 સે.મી. ઊંચાઈ ધરાવતાં એક નાના સગુઆરોના મૂળિયાનું માળખું 2 મીટરના વિસ્તારમાં ફેલાયેલું હોય છે, પરંતુ એકપણ મૂળિયાની ઊંડાઈ 10 સે.મી.થી વધારે નથી.[૮] મોટાં સ્તંભીય કેક્ટસ પણ પ્રાથમિક રીતે સ્થિર થવા માટે તેમજ ઊંડા પાણીને ખેંચવા અને ખનીજ મેળવવા માટે ખીલા મૂળ વિકસિત કરે છે.[૮]