બાદમાં વર્ષ ૨૦૧૧માં ફોરેન કન્ટ્રીબ્યુશન રેગ્યુલેશન રૂલ (એફસીઆરઆર) લાગુ કરવામાં આવ્યો હતો. આ કાયદાઓ અન્વયે વિદેશી ભંડોળના પુરાવાઓ, તેના ખર્ચની વિગતો, ખર્ચની તપાસ થઈ શકે તે માટેની સત્તા વગેરે બાબતોની જોગવાઈ કરવામાં આવી હતી. આ નિયમોની દરકાર ન કરનારી એનજીઓને સસ્પેન્ડ અને રદ કરવાની સત્તા પણ સરકારે પોતાની પાસે રાખી હતી. આટલા નિર્દેશો છતાં પણ સતત ત્રણ વર્ષ સુધી વાર્ષિક રિટર્ન ફાઈલ ન કરવા બદલ વર્ષ ૨૦૧૪માં ૧૦,૩૪૩ એનજીઓને નોટિસ પાઠવવામાં આવી હતી. બાદમાં વર્ષ ૨૦૧૫ના માર્ચ મહિનામાં ૧૦,૧૧૭ એનજીઓની નોંધણી રદ કરવામાં આવી હતી. સરકારે પૂરતી તકો આપી હોવા છતાં આ સંસ્થાઓ તેમની નોંધણીની પ્રક્રિયામાં ખરી નહોતી ઊતરી શકી. કેટલીક સંસ્થાઓની કામગીરી પર શંકાના આધારે સ્ક્રુટિની અને તપાસ બાદ ૧૫ કેસ સીબીઆઈને અને ૧૦ કેસ જે-તે રાજ્યની પોલીસને સોંપવામાં આવ્યા હતા.