આંતરિક તપાસ અને આંતરીક નિયંત્રણ વચ્ચેનો મુખ્ય તફાવત મુખ્યત્વે સંસ્થા દ્વારા થતા જોખમોને ઘટાડવા માટે ઉપયોગમાં લેવામાં આવે છે તેના પર આધાર રાખે છે. આંતરિક તપાસ આંતરિક નિયંત્રણો સાથે વાક્ય માં હાથ ધરવામાં આવે છે; આમ, બંને વચ્ચે આંતરિક સંબંધ અને આંતરિક તપાસ અને આંતરિક નિયંત્રણ એકબીજાને પૂરક છે. અપૂરતી તપાસ અને નિયંત્રણો સંસ્થાકીય અને ઓપરેટિંગ અસરકારકતા ઘટાડે છે અને નોંધપાત્ર ખર્ચમાં પરિણમી શકે છે. આમ, સંસ્થાઓએ આવા સંજોગોને નિયંત્રિત કરવા માટે જરૂરી પગલાં ભરવા જોઈએ.