પારંપરિક ગંદાપાણીની પ્રક્રિયા કરતા એમબીઆરને બનાવવાની અને કાર્યરત કરવાની કિંમત વધુ હોય છે. અન્તરછાલ ફિલ્ટરોને ગ્રીસ ઢાંકી કે સ્થગિત કાંકરાઓ દ્વારા ઘસી શકાય છે અને જેના ઉપરી પ્રવાહને પ્રવાહિત કરવા માટે સ્પષ્ટ કરનારની લવચીકતાનો અભાવ હોઇ શકે છે. પૂર્વપ્રક્રિયાના ગંદા પ્રવાહ અને વિશાળ પસંદગી માટે આ પદ્ધતિ મોટેપાયે લોકપ્રિય થઇ રહી છે જ્યાં ક્રમિક પ્રસરણ અને પ્રવાહને નિયમિત કરી શકાય છે, જો કે તેનું જીવન ચક્ર ઓછું હોય છે. એમબીઆર (MBR) પ્રણાલી નાના નાના પગલે અને ઊંચી ગુણવત્તાનુવાળું પ્રવાહી ઉત્પન્ન કરે છે, જેનાથી ખાસ કરીને ફરીથી ઉપયોગમાં લઇ શકાય તેવું પાણી મળે છે.[૧૦]