આ યોજનાનો વ્યાજદર નિશ્રિત હોતો નથી, કારણ કે તેમાં ઘણા રોકાણ વિકલ્પોમાં રોકાણ કરવામાં આવે છે, પરંતુ એનપીએસે સબ્સ્ક્રાઇબરને 12-14 ટકાના દરથી વ્યાજ કમાવવામાં મદદ કરી છે, જે ઈપીએફ કે પીપીએફ જેવા અન્ય રોકાણ વિકલ્પો કરતાં સારી છે.