મે 2002માં રાજ્ય સરકારે ઉચ્ચતમ ન્યાયાલયના નિવૃત્ત ન્યાયાધીશ ન્યાયમૂર્તિ જી ટી નાણાવટીને પંચના અધ્યક્ષ નિમણૂક કર્યા. જૂન 2002માં ટીઓઆરમાં સંશોધન કરવામાં આવ્યું જે અંતર્ગત પંચને ગોધરા ઘટના બાદ થયેલી હિંસાની ઘટનાઓની તપાસ કરવાનું પણ કહેવામાં આવ્યું. વર્ષ 2008માં ન્યાયમૂર્તિ કેજી શાહનું નિધન થયા બાદ ન્યાયમૂર્તિ અક્ષય મેહતાને આયોગમાં નિયુક્ત કરવામાં આવ્યા. આયોગને તપાસ પૂર્ણ કરવા માટે લગભગ છ-છ મહિને 24 વખત વધુ સમય આપવામાં આવ્યું. પંચે ટીઓઆર હેઠળ તત્કાલીન મુખ્યમંત્રી નરેન્દ્ર મોદી, તેમના તે સમયના કેબિનેટ સહયોગિયો, વરિષ્ઠ અધિકારીઓ અને કેટલાંક દક્ષિણપંથી સંગઠનોના પદાધિકારીઓની ભૂમિકાઓની તપાસ કરી.