એચઆઇવી લાંબા સમય સુધી ઇન્ટેસ્ટિનલ માર્ગને રોગપ્રતિકારક નુકસાન માટે જાણીતી છે, ખાસ કરીને મ્યુકોકલ કોશિકાઓ કે જે કહેવાતા ગટ-સંકળાયેલી લેમિફાઇડ પેશીઓ (જીએએલટી) નો સમાવેશ થાય છે.