તેમ છતાં આ રક્ષણાત્મક પગલાં હોવા છતાં, ગ્રેટ બેરિયર રીફના આરોગ્યને હજી પણ આબોહવામાં પરિવર્તન, પ્રદૂષણ, માછીમારી અને આક્રમક પ્રજાતિઓના કારણે ધમકી આપવામાં આવી છે.