રાઉત સનાતન સંસ્થાન અને ગોંધળકર ભીમા-કોરેગાંવ હિંસાચાર પ્રકરણે વિવાદમાં આવેલા સંભાજી ભિડેના શિવ પ્રતિષ્ઠાન સાથે સંકળાયેલો હોવાનું કહેવાઇ રહ્યું છે. જોકે, સનાતન સંસ્થાન તરફથી રાઉત તેમનો કાર્યકર હોવાનો ઇનકાર કરાયો હતો. સાથે જ સનાતનના વકીલ સંજીવ પુનાળેકરે આક્ષેપ કર્યો હતો કે તપાસના નામે એટીએસ પકડાયેલા આરોપીઓની મારપીટ કરીને કેસ સાબિત કરવાનું દબાણ લાવી રહ્યા છે. પુનાળેકરે મુખ્ય પ્રધાન દેવેન્દ્ર ફડણવીસને પત્ર લખીને આક્ષેપ કર્યો હતો કે એટીએસ ચોક્કસ હેતુસર હિંદુવાદી સંઘટનાને નિશાન બનાવી રહી છે. ધરપકડ કર્યા બાદ તેમની સાથે મારપીટ કરાઇ રહી છે.