નક્કી કરેલા યુવાન અમીરએ 1501 સુધીમાં બન્ને શહેરોને પરત ફર્યા હતા, પરંતુ ઉઝબેક શાસક શાયબાની ખાનએ તેમને સમરકંદ પર પડકાર્યા હતા, અને બાબરની દળોને ક્રૂર હારનો સામનો કર્યો હતો.