ત્યાર બાદ નિર્મોહી અખાડાએ 1959માં ફરી એક કેસ દાખલ કર્યો. કહ્યું કે - આ જમીન અખાડાની છે અને પ્રાચીન સમયમાં આ સ્થળ પર મંદિર હતું. બે વર્ષ બાદ ઉત્તર પ્રદેશ સુન્ની સેન્ટ્રલ વકફ બોર્ડે પણ વિવાદાસ્પદ માળખાના માલિકી હક માટે કેસ દાખલ કરી દીધો. 1991માં અલ્હાબાદ હાઈકોર્ટમાં સુનાવણી થઈ. કોર્ટે વિવાદાસ્પદ ભૂમી પર કોઈ કાયમી નિર્માણ પર પ્રતિબંધ મૂકી દીધો. બાબરી માળખુ તોડી પડાયા બાદ કેન્દ્રની નરસિંહા રાવ સરકારે અહીંની 67 એકર ભૂમિના હસ્તાંતરણ માટે કાયદો બનાવ્યો. પરંતુ આ હસ્તાંતરણને પણ પડકારવામાં આવ્યો. 2003માં અલ્હાબાદ હાઈકોર્ટના નિર્દેશ પર પુરાતત્વ સર્વેક્ષણ વિભાગે વિવાદાસ્પદ સ્થળનું ખોદકામ શરૂ કર્યું. જૂન સુધી ખોદકામ બાદ રીપોર્ટમાં કહેવાયું કે તેમાં મંદિર સાથે મળતા અવશેષો મળ્યા છે.