નવજાત બાળકોમાં આંતરડાના અવરોધનું કારણ આંતરડાની નળીના ખલેલનું માળખું હોઈ શકે છે અથવા આંતરડાના મધ્યભાગના પરિભ્રમણનું ઉલ્લંઘન કરી શકે છે.