ઓમેપ્રોઝોલ મુખ્યત્વે પેશાબમાં વિસર્જન થાય છે, લગભગ 60-77% ચયાપચયની જેમ ઉત્સર્જન કરે છે, જેમ કે હાઇડ્રોક્સિમોપેરાઝોલ અને કાર્બોક્ઝિલિક એસિડ.