સંઘર્ષ બાદ ટેક્સાસમાં પરત ફરીને, જોહન્સ્ટન 1848 થી 1853 સુધી ટેક્સાસના ડિપાર્ટમેન્ટના મુખ્ય સ્થળ-ઇજનેરી ઇજનેર તરીકે સેવા આપતા હતા.