એક નોંધપાત્ર ખામી એ છે કે એન્ટીબેક્ટેરિયલ દવાઓ માત્ર પેથોજેનિક વનસ્પતિને દૂર કરે છે, પરંતુ ફાયદાકારક સુક્ષ્મસજીવો, સંતુલન ભંગ કરે છે.