એપ્રિલ, 2006માં મહારાષ્ટ્રના નાન્દેડ નજીક બોમ્બ બનાવવાની પ્રક્રિયામાં બજરંગ દળના બે કાર્યકરો માર્યા ગયા હતા. આ જ જૂથના કાર્યકરો વર્ષ 2003માં પરભાણી મસ્જિદ વિસ્ફોટના ષડયંત્રમાં સામેલ હોવાની પણ શંકા હતી[૧૫]. પાછળથી ધરપકડ થયેલા લોકોએ પૂછપરછ દરમિયાન જણાવ્યું હતું કે તેઓ દેશમાં થયેલા કેટલાંક બોંબ વિસ્ફોટોનો બદલો લેવા માગતા હતા.[૧૬] તે પછી એનડીટીવી (NDTV)એ નાન્દેડ[૧૭] પ્રકરણમાં પોલીસ છુપાવી રહી હોવાનો આરોપ મૂક્યો હતો. સેક્યુલર સિટિઝન્સ ફોરમ અને પીયુસીએલ (PUCL), નાગપુરે એક રીપોર્ટમાં દાવો કર્યો હતો કે બોંબ બનાવવાની પ્રક્રિયામાં મૃત્યુ પામેલા બજરંગ દળના બે કાર્યકરોમાંથી એકના ઘરેથી વિવિધ મસ્જિદોના નકશા મળ્યાં હતાં.[૧૮]