એચઆઇવી સંકળાયેલ ચેપ ઊંઘની પદ્ધતિઓ સાથે દખલ પણ કરી શકે છે કારણ કે તેઓ અમુક પ્રોટીન સક્રિય કરે છે કે જે ઊંઘની પદ્ધતિને નિયમન કરે છે, જ્યારે તે હજુ પણ અસ્પષ્ટ છે કે આ પ્રોટીન ડિગ્રી કેવી રીતે અસર કરે છે, તે એન્ટિરેટ્રોવાયરલ થેરાપીની પ્રારંભિક શરૂઆતને સમર્થન આપે છે.