જોકે રાજ્યપાલ રાજખોવા રાજીનામું આપવાના મૂડમાં નથી. વાસ્તવમાં રાજ્યપાલ અંગે વિવાદ અરુણાચલ પ્રદેશમાં સુપ્રીમ કોર્ટ દ્વારા રાષ્ટ્રપતિ શાસનને હટાવીને ફરીથી કોંગ્રેસની સરકાર બનાવવાના આદેશ બાદ છેડાયો છે. વિરોધ પક્ષો સંસદમાં સતત અરુણાચલનો મુદ્દો ઉઠાવી રહ્યા હતા અને રાજખોવાને પરત બોલાવવાની માગણી પણ કરી રહ્યા હતા. વિરોધ પક્ષ અને હવે ગૃહ મંત્રાલયનો આક્ષેપ છે કે રાજખોવાએ કોંગ્રેસની સરકારને હેરાન કરવાનું કામ કર્યું છે. સુપ્રીમ કોર્ટે ૧૩ જુલાઇના રોજ કોંગ્રેસની સરકારને ફરીથી સ્થાપવાના રાજખોવાના નિર્ણયને ગેરબંધારણીય ગણાવ્યો હતો. રાજખોવાએ પહેલાં રાષ્ટ્રપતિ શાસન લાદયું હતું અને ત્યાર બાદ સરકાર રચવાના આદેશ કર્યા હતા.