શંકરાચાર્યની ધરપકડના અઠવાડિયામાં જ સ્પષ્ટ થઈ ગયું હતું કે તેમના ઉપરની આ ખોટી અને અન્યાયી કાર્યવાહી છે. ૯ વર્ષ બાદ કોર્ટે પણ તેમને નિર્દોષ છોડ્યા, પરંતુ નવ વર્ષ સુધી તેમણે ધરપકડની ભારે પીડા અને અપમાન વેઠવા પડ્યા હતા. ચાર્જશીટ દાખલ કરતાં પહેલાં જ તેમને અપરાધી જાહેર કરી દેવામાં આવ્યા હતા. વડાપ્રધાન નરેન્દ્ર મોદીએ તેમને શ્રદ્ધાંજલિ આપતા તેમની સમાજસેવાને બિરદાવી હતી. સૌથી આશ્ચર્યકારક શ્રદ્ધાંજલિ દ્રવિડ કઝગમ નેતા કે. વીરામણી તરફથી આવી હતી. તેમણે કહ્યંુ હતું, ‘મારે કાંચી મઠ સાથે તીવ્ર મતભેદો હોવા છતાં મને તેમના મૃત્યુનંુ ભારે દુઃખ છે.’