રાતે હરસિદ્ધિ મંદિરના પટ બંધ થયા બાદ ગર્ભગૃહમાં વિશેષ પર્વોના અવસર પર વિશેષ પૂજા કરવામાં આવે છે. શ્રીસૂક્ત અને વેદોક્ત મંત્રોની સાથે થનારી આ પૂજાનું તાંત્રિક મહત્વ બહુ છે. ભક્તોની મનોકામના પૂર્તિ માટે વિશેષ તિથિઓ પર આ પૂજા કરવામાં આવે છે.