જ્યારે અંગ્રેજ મિશને સત્તા સોંપણી માટે બે અલગ યોજનાઓ સુચવી ત્યારે તે બન્ને યોજનાઓનો કૉંગ્રેસમાં વિરોધ થયો. ૧૬ મે ૧૯૪૬ની યોજનાના પ્રસ્તાવ પ્રમાણે છુટ્ટા રાજ્યોનો સંઘ, કે જેમાં દરેક પ્રાંતને વિસ્તૃત સ્વાયત્તતા આપવામાં આવે તથા પ્રાંતોનું સામૂહીકરણ ધાર્મિક બહુમતીના આધારે કરવામાં આવે, તેવું સૂચવવામાં આવ્યું હતું. ૧૬ જૂન ૧૯૪૬ની યોજનાનાં પ્રસ્તાવ પ્રમાણે ભારતનું વિભાજન ધાર્મિકતાનાં આધારે કરવામાં આવે તથા ૬૦૦ રજવાડાઓને પૂર્ણ સ્વતંત્રતા કે પછી બેમાંથી કોઈ પણ એક રાજ્ય સાથે જોડાઈ જવાનો વિકલ્પ આપવાનું સૂચન કરવામાં આવ્યું હતું. મુસ્લિમ લીગે બન્ને યોજનાઓને માન્યતા આપી હતી, જ્યારે કૉંગ્રેસે ૧૬ જૂનની યોજનાનો સજ્જડપણે અસ્વીકાર કર્યો. ૧૬ મેની યોજનાની ટીકા કરતા ગાંધીજીએ તેને અંતગર્તરુપે વિભાજનાત્મક વર્ણવી હતી, આમ છતાં સરદારને જાણ હતી કે જો કૉંગ્રેસ તે યોજનાનો પણ અસ્વીકાર કરશે તો માત્ર મુસ્લિમ લીગને સરકાર બનાવવાનું આમંત્રણ આપવામાં આવશે અને તેથી સરદારે કૉંગ્રેસ કાર્યકારી સમિતિને ૧૬ મેની યોજનાને મંજૂરી આપવા રાજી કરવા માટે મહેનત કરવા માંડી હતી. તેમણે અંગ્રેજ રાજદુતો, સર સ્ટ્રેફ્રોડ ક્રિપ્સ તથા લોર્ડ પૅથીક લોરેન્સ સાથે મંત્રણા કરીને તેમની બાંહેધરી મેળવી હતી કે સામૂહીકરણની જોગવાઈને લગતા કોઈપણ નક્કર પગલાં ભરવામાં નહીં આવે અને તેજ સમયે તેમણે નેહરુ, રાજેન્દ્રપ્રસાદ તેમજ રાજગોપાલાચાર્યને ૧૬ મેની યોજનાને મંજૂરી આપવા તૈયાર કરી લીધા. જ્યારે મુસ્લિમ લીગે ૧૬ મેની યોજના માટે પોતાની મંજુરી પાછી ખેંચી લીધી ત્યારે વાઇસરોય લોર્ડ વૅવલે કૉંગ્રેસને સરકાર બનાવવા માટેનું આમંત્રણ મોકલ્યું. નેહરુની પ્રમુખતા હેઠળ, કે જેમને વાઇસરોયની કારોબારી સમિતિના ઉપ-પ્રમુખ તરીકે નિમવામાં આવ્યા હતા, સરદારે ગૃહ બાબતો તથા માહિતી ને પ્રસારણ વિભાગોની દોરવણી સંભાળી હતી. તેઓ ૧, ઔરંગઝેબ રોડ, દિલ્હી ખાતે આવેલા સરકારી મકાનમાં રહેવા ગયા કે જ્યાં તેઓ ૧૯૫૦માં તેમાના દેહાંત પર્યંત રહ્યાં.