રાજનાથે ઈશરત કેસની એક ફાઈલ પણ ગુમ થઈ હોવાનો દાવો લોકસભામાં કર્યો હતો. પી. ચિદમ્બરમનું નામ લીધા વગર તેમણે આક્ષેપ કર્યો હતો કે તે સમયના ગૃહ પ્રધાને ‘કેસરિયો આતંક’નું નામ આપીને ત્રાસવાદને પણ ‘રંગ’ આપ્યો હતો.