ઓટોઇમ્યુન રોગના કારણો સારી રીતે સમજી શકાયા નથી પરંતુ માનવામાં આવે છે કે તે જીનેટિક્સ, પર્યાવરણ અને રેડિયેશનથી લઈને ઝેર સુધીના દરેક વસ્તુના સંપર્કમાં છે.