અટલ બિહારી વાજપાયીના નેતૃત્વ વળી NDA સરકારમાં શિવસેના માંથી 2 કેબિનેટ અને 1 રાજ્ય મંત્રી રહ્યા, પરંતુ લેબર રિફોર્મ, મંદિર અને 370 જેવા મુદ્દો પર શિવસેનાએ બીજેપી સરકારની આલોચના કરી.