ઉલ્લેખનીય છે કે પ્રજ્ઞા ઠાકુરને 2008ના માલેગાંવ શહેરના બોમ્બ બ્લાસ્ટના કેસમાં આરોપી બનાવવામાં આવ્યાં છે.