બીટી કપાસ આવતા ઈયળોનું નુકસાન કપાસમાં નહીવત જોવા મળે છે પણ વાતાવરણમાં થતા ફેરફાર અને ખેતીમાં આવતા બદલાવને લીધે કપાસની પાછલી અવસ્થા એ ગુલાબી ઇયળનું (pink bollworm) નુકસાન જોવા મળે છે.