૨૦૦૧માં તેમને ભારતના સર્વોચ્ચ નાગરિક તરીકેનું ભારતરત્નનું સન્માન આપવામાં આવ્યું હતું. એમ. એસ. સુબ્બુ લક્ષ્મી અને રવિશંકર પછી બિસ્મિલ્લા ખાન ત્રીજા એવા સંગીતકાર છે જેમને આ બિરૂદ આપવામાં આવ્યું હતું.