આ કાઉન્સિલની સ્થાપના મેડિસિનમાં ઉચ્ચ લાયકાતનાં એકસમાન ધોરણો સ્થાપવા માટે અને ભારત અને વિદેશની મેડિકલ લાયકાતોને માન્યતા આપવા માટે કરવામાં આવી હતી, પરંતુ દેશમાં હવે મેડિકલ એજ્યુકેશન ખાનગી ધોરણે પણ અપાતું થયું હોવાને પગલે એમસીઆઈમાં ભ્રષ્ટાચાર આચરવામાં આવતો હોવાની ફરિયાદો થવા માંડી હતી.