સારવારનો ઉદ્દેશ દર્દીનાં રક્તપ્રવાહમાંથી પ્લાઝમોડિયમ પરોપજીવીને દૂર કરવાનો છે. જે દર્દીઓમાં ચિહ્નો જોવા મળતાં નથી, તેમની સારવાર આસપાસનાં લોકોમાં રોગ ફેલાવવાનું જોખમ ઘટાડવા માટે ઇન્ફેક્શન માટે કરવામાં આવે છે. આર્ટેમિસ્નિન આધારિત કોમ્બિનેશન થેરવી, ડોક્સીસાઇક્લાઇન, ક્લાઇન્ડેમાયસિન વગેરે વિસ્તૃતપણે ઉપયોગ થતી એન્ટિમેલેરિયલ દવાઓ છે. જટિલ મેલેરિયામાં બે એન્ટમેલેરિયલ ઉપયોગી છે. આર્ટેમિસ્નિન આર્ટેમિસિયા એન્યૂઆ એટલે કે સ્વીટ વોર્મવૂડ નામની વનસ્પતિમાંથી મળે છે. આ રક્તપ્રવાહમાં પ્લાઝમોડિયમ પરોપજીવીઓનાં સંકેન્દ્રણને ઝડપથી ઘટાડવાની ક્ષમતા માટે પ્રસિદ્ધ છે. ACT પાર્ટનર ડ્રગ સાથે આર્ટેમિસિનિન સાથે આપવામાં આવે છે. આર્ટેમિસિનિનની ભૂમિકા ઇન્ફેક્શનનાં પ્રથમ 3 દિવસની અંદર પરોપજીવીઓની સંખ્યા ઘટાડવાની છે, ત્યારે પાર્ટનર દવાઓ બાકીનાં પરોપજીવીઓને દૂર કરે છે. જ્યાં મેલેરિયા ACTનો સામનો કરે છે એવી જગ્યાઓમાં સારવારમાં અસરકારક પાર્ટનર ડ્રગનો ઉપયોગ કરવો જોઈએ. પી. વિવાક્સ મેલેરિયાનાં કેસમાં મેલેરિયા ઉથલો ન મારે એ માટે 14 દિવસ સુધી પ્રાઇમાક્વાઇનનો ઉપયોગ થશે.