દ્વિતીય અધ્યાય ખંડન પ્રધાન અધ્યાય રહ્યો છે. વૈદિક સનાતન સિદ્ધાંતથી વિરુદ્ધ નિર્બીજ સાંખ્યયોગ જેવા પ્રતિપક્ષ મતોની અહીં પુનઃ તર્કની સરેણીએ પાક્કી પરીક્ષા કરવામાં આવી છે. જેમાં તે પ્રતિપક્ષ મતોમાં તર્કોની શિથિલતા, વિપરીતાર્થતા, ભ્રાંતિમૂલકતા કે પછી મોક્ષ પ્રતિબંધકતા દર્શાવી સાચા અને સારા તર્કો દ્વારા તેનો નિરાસ કરી, શ્રુતિસંગત સિદ્ધાંતોની સત્યતાનો પુનઃ જયઘોષ કર્યો છે. પરિણામે આ સિદ્ધાંતો વધુ શક્તિશાળી અને પ્રભાવક બન્યા છે.