નાગરાજન નોટબેન બાદથી જ નોટનાં કાળા ધોળા કરવામાં સંડોવાયેલ હોવાનો પોલીસને શંકા હતી. 2002માં તે બેંગ્લોર કોર્પોરેશનમાંથી અપક્ષ તરીકે પ્રકાશનગર સિવિક વોર્ડમાં ઉભા રહ્યા અને કોર્પોરેશનની ચૂંટણી જીતી હતી.