ડીફ્રાગગ્લર અને સ્માર્ટ ડિફ્રાગ જેવા લોકપ્રિય પ્રોગ્રામ્સ બૂટ ટાઇમ ડિફ્રેગ્સને સપોર્ટ કરે છે પરંતુ તે પ્રોગ્રામ સેટિંગ્સમાં પૂર્વ-લખેલા ફોર્મેટ અને ફોલ્ડર્સ સુધી મર્યાદિત છે.