જોકે આ કેસની તપાસ માટે સ્પેશિયલ ઈન્વેસ્ટિગેશન ટીમ એસઆઈટીની રચના કરાઈ હતી અને એસઆઈટીએ નરેન્દ્ર મોદીને ક્લીનચિટ આપી હતી. આ કેસમાં ૭ સપ્ટેમ્બર, ૨૦૦૯થી ટ્રાયલ શરૂ કરવામાં આવી હતી જેમાં ૩૩૮ જેટલા સાક્ષીઓને તપાસવામાં આવ્યા હતા. ગુલબર્ગકાંડનો ચુકાદો ૩૧ મે સુધીમાં જાહેર કરવાનો સુપ્રીમ કોર્ટે નિર્દેશ કર્યો હતો જેના પગલે આ ચુકાદો જાહેર કરાયો હતો. ૩૧ મે બાદ આ કેસમાં ત્રણ મુદત પડી હતી જેમાં પ્રથમ મુદતમાં ૩૬ નિર્દોષોને છોડી મુકાયા હતા જ્યારે આરોપીઓને સજા ફરમાવવા માટે બીજી મુદત પડી હતી જેમાં ૧૭ જૂનની તારીખ મુકરર કરવામાં આવી હતી. આ કેસમાં મૂળભૂત રીતે ૬૬ આરોપી હતા જે પૈકી છ આરોપી ટ્રાયલ દરમિયાન મૃત્યુ પામ્યા હતા જયારે એક આરોપી કૈલાસ ધોબીને ભાગેડુ જાહેર કરાયો હતો.