સીપીઆઈ(એમ)એ અમેરિકા સાથે થયેલા પરમાણુ-કરારના મુદ્દા પર યુપીએ-૧ને આપેલો ટેકો પાછો ખેંચ્યો હતો ત્યારે ચેટરજીને પણ લોકસભાના અધ્યક્ષ પદેથી રાજીનામું આપવાનું કહેવામાં આવ્યું હતું, પરંતુ ચેટરજીએ રાજીનામું આપવાની ના પાડતા તેમને પાર્ટીમાંથી બરતરફ કરવામાં આવ્યા હતા.