અફઘાન સરદાર શેરશાહ સાથે ભૂંડી રીતે પરાસ્ત થયેલો હુમાયુ આગ્રા તરફ ભાગ્યો, પણ ત્યાં પણ તેને સંઘરવા કોઈ તૈયાર નહોતું. કારણ કે અફઘાન સૈનિકોનું એક દળ સતત હુમાયુનો પીછો કરી રહ્યું હતું. તેનાથી બચી આગ્રા છોડી લાહોર ભાગી ગયો. પંજાબની ચોમાસામાં ઉફાન પર ચડેલી નદીઓને મહામુસીબતે પાર કરી તે લાહોર પહોંચ્યો. સગા ભાઈઓ પણ વારસાઈ મુદ્દે અને વિશેષ તો શેરશાહની દુશ્મની વહોરવી ન પડે તે માટે હુમાયુને મદદ કરતા કતરાતા હતા. દરમિયાન હુમાયુને અફઘાનોની વિજયયાત્રાની ખબરો પણ મળતી રહેતી હતી. હવે ડિસેમ્બર ૧૫૪૦માં હુમાયુ સિંધ તરફ નાસી ગયો. આ રઝળપાટમાં મુઘલ બાદશાહ હુમાયુ અને તેની સેનાએ ઘણી યાતનાઓ વેઠવી પડી. રાજપુતાનામાંરેગિસ્તાન પાર કરતી વખતે તો તેના સૈનિકોને ત્રણ દિવસ સુધી પાણીનું એક બુંદ પણ નસીબ થયું ન હતું. તે પછી એક કૂવા પર પાણી મળ્યું તો એક ઘોડાએ એટલું બધું પાણી પીધું કે તેનો જીવ નીકળી ગયો.