ઇન્ડોનેશિયન પ્રૉસિક્યૂટર્સે અબુ બકર બાસયિરને આતંકના આક્ષેપો હેઠળ જેલ મોકલવાના પ્રયત્નો કર્યા હતા પરંતુ તેમાં ઘણાં વર્ષો નીકળી ગયા.