કલામને 1981માં ભારત સરકાર દ્વારા પદ્મ ભૂષણ અને ફરીથી 1990માં પદ્મ વિભૂષણ અને 1997માં દેશના સર્વોચ્ય નાગરિક સન્માન ભારત રત્ન આપવામાં આવ્યો હતો.