લખન ભૈયા પર 12 હત્યા સહિત કુલ 19 કેસ દાખલ હતા. કુલ 21 આરોપીઓમાંથી 13 મુંબઇ પોલીસ સાથે જોડાયેલા છે. તેમના લખનને ઘરમાંથી ઉઠવવાનો અને બનાવટી એન્કાઉન્ટરમાં હત્યા કરવાનો આરોપ હતો. ઘટનાના થોડા સમય બાદ લખનના ભાઇ રામ પ્રસાદ ગુપ્તાની ફરિયાદ પર બોમ્બે હાઇકોર્ટે આખા કેસમાં તપાસના આદેશ આપ્યા હતા. તપાસ પોલીસવાળા ખોટા સાબિત થયા અને તેમના પર બનાવટી એન્કાઉન્ટરનો કેસ દાખલ કરવામાં આવ્યો હતો. આ બધા પોલીસવાળાઓ પર અપહરણ અને હત્યાના આરોપ લાગેલા છે. લખન ભૈયાના ભાઇનો આરોપ છે કે એન્કાઉન્ટર સ્પેશ્યાલિસ્ટ પ્રદિપ શર્માએ તેમના ભાઇને મારવાની સોપારી લીધી હતી.