આત્મહત્યા કરી તે પછી તરત જ એવા અહેવાલ આવ્યાં હતાં કે તેમની બીજી પત્ની અને પ્રથમ પત્નીથી થયેલી દીકરી કૂહૂ વચ્ચે અણબનાવ છે. કૂહૂને પિતાના બીજા લગ્ન પસંદ પડ્યાં નહોતાં અને તે જ્યારે પણ આશ્રમ પર આવતી હતી ત્યારે ઝઘડા થતાં હતાં. તેને ભણવા માટે પૂણે મોકલવામાં આવી હતી, પણ મામલાનો ઉકેલ આવ્યો નહોતો. કૂહૂ માટે અલગ રખાયેલા કમરામાં જ ભૈયુજીએ આત્મહત્યા કરી હતી.