આ દરમિયાન નીતિશ કુમારે ગુજરાતના મુખ્યમંત્રી નરેન્દ્ર મોદીને અનેક વાર ભાગલાવાદી અને 2002ના ગોધરાકાંડ બાદના રમખાણોમાં વિધ્વંસક તરીકે નામ લીધા વિના સંબોધ્યા છે. બિહારમાં ભાજપ સાથેનો સંબંધ તોડતા પહેલા પણ નીતિશ કુમારે બિહારમાં નરેન્દ્ર મોદીને પ્રચાર કરવા માટે આવવા પર પ્રતિબંધ લગાવ્યો હતો. આ બાબતને ભાજપે સ્વીકારી હતી.