ઉત્તરાખંડ અને અરુણાચલ રાજ્યોમાં રાષ્ટ્રપતિ શાસન લાદવાનો સરકારી નિર્ણય ઉપરાંત જમીન અધિગ્રહણ અધ્યાદેશ જેવા મુદ્દે પ્રણવ મુખરજી સરકારને ના પાડી શકતા હતા.