ડૉ. મુખર્જી, ચિતરંજન લોકમોટિવ ફેક્ટરી, હિન્દુસ્તાન એરક્રાફ્ટ ફેક્ટરી, સિંદ્રી ખાતર ફેક્ટરી અને દામોદર વેલી કોર્પોરેશન જેવા ઘણા મોટા પ્રોજેક્ટ્સના વિકાસમાં મદદરૂપ થયા છે.