૧૫૪૦થી ૧૫૫૬ વચ્ચે અફઘાન શાસક શેરશાહ સુરીના કબજા પછી ઈ. સ. ૧૫૫૬થી ૧૬૫૮ વચ્ચે આગરા ફરી મુઘલ શાસનનું પાટનગર બની રહ્યું.