અગાઉ સાધ્વી પ્રજ્ઞા ઠાકુર ત્યારે વિવાદોમાં ઘેરાઈ હતી જ્યારે તેણે મહારાષ્ટ્ર એટીએસના પૂર્વ ચીફ અને 26/11ના આતંકી હુમલામાં શહીદ થનાર હેમંત કરકરને લઈ નિવેદન આપ્યું હતું.