કોગા નિન્જાને કામે રાખવામાં આવેલી છેલ્લી જાણીતી ક્રિયા 1637-38 ના શિમબારા બળવા હતી, જેમાં નિન્જા જાસૂસી કરવામાં સહાય કરી હતી ખ્રિસ્તી બળવાખોરોને નીચે મૂકીને શોગુન ટોકુગાવા આઇમેત્સુ જો કે, લોકશાહી અને સ્વતંત્ર નિન્જા પ્રાંતની ઉંમર 1581 માં સમાપ્ત થઈ, જ્યારે નોબુનાગાએ ઈગાનું બળવો મૂક્યો.