માધ્યમિક હાઈપોગોનાડિઝમ અન્ય 75% જેટલા છે, અને મોટા ભાગે નુરોસેન્ડોક્રિન વિક્ષેપ સાથે સંબંધિત છે જેમાં નર્વસ સિસ્ટમ અને અંતઃસ્ત્રાવી પ્રણાલી વચ્ચેની ક્રિયાપ્રતિક્રિયા નોંધપાત્ર રીતે નબળી છે.