આ સંસ્થાએ આસામમાં ચાલી રહેલી નેશનલ રજીસ્ટર ઓફ સિટીઝન્સ (NRC) ની નોંધણી તથા ગૃહ પ્રધાન શાહ દ્વારા પ્રસ્તાવિત દેશવ્યાપી NRC અંગે કહ્યું છે કે USCIRF ને એવી દહેશત છે કે ભારત સરકાર ભારતીય નાગરિકતા માટે ધાર્મિક પરિક્ષણની સ્થિતિનું સર્જન કરી રહી છે, જેને લીધે લાખોની સંખ્યામાં મુસ્લિમોની નાગરિકતા પર જોખમ સર્જાઈ શકે છે.