૧૯૯૪માં કાશ્મીરમાં તેની ધરપકડ કરાઈ હતી, પરંતુ ૧૯૯૯માં ભારતનું પ્લેન હાઈજેક કરી મસૂદ અઝહરને છોડાવી લેવાયો હતો, ત્યારથી મસૂદ અઝહર ભારતવિરોધી ઝેર ઓકી રહ્યો છે.