એપ્રિલ 1996માં, મધર ટેરેસા પડી ગયાં અને તેમનું હાંસડીનું હાડકું તૂટી ગયું. ઑગસ્ટમાં તેમને મેલેરિયા થયો અને તેમના હૃદયના ડાબા પોલાણને નુકસાન થયું. તેમનાં હૃદયની સર્જરી કરવામાં આવી, પરંતુ એટલું તો સ્પષ્ટ હતું કે તેમનું સ્વાસ્થ્ય રોજબરોજ કથળતું જાય છે. તેમને લઈને થયેલા વિવાદોમાં એક એ પણ હતો કે જયારે તેઓ માંદા પડ્યા ત્યારે પોતાના એકાદ રુગ્ણાલયમાં સારવાર લેવાને બદલે તેમણે અત્યાધુનિક સાધનોથી સુસજ્જ એવી કેલિફોર્નિયાની હોસ્પિટલમાં સારવાર લેવાનું પસંદ કર્યું હતું.[૫૦] માર્ચ 13, 1997ના તેમણે મિશનરિઝ ઓફ ચૅરિટિનો પ્રમુખ હોદ્દો છોડ્યો અને સપ્ટેમ્બર 5, 1997ના રોજ તેમનું અવસાન થયું. કલકત્તાના વડા પાદરી, હેન્રી સબાસ્ટીયન ડિસોઝાના કહેવા મુજબ મધર ટેરેસા જયારે પહેલી વાર હૃદયરોગની બીમારીના કારણે હોસ્પિટલમાં દાખલ થયા હતા ત્યારે તેઓ કોઈ શેતાનના હુમલાની અસર હેઠળ છે એવું લાગતાં તેમણે મધર ટેરેસાની પરવાનગી લઈને વળગાડમુકિત માટે એક પાદરીને બોલાવ્યા હતા.[૫૧]