ગૃહમંત્રાલયની પાસે ઇશરત જહા અંગેની ફાઇલ અનુસાર ઇશરત જહાને આતંકવાદી જણાવવા અને લશ્કરે તોયબાનાં આત્મઘાતી જુથનાં સભ્ય હોવાનો દાવો કરનારા હલફનામાંને ચિદંબરમે પોતે જ 29 જુલાઇ 2009નાં રોજ લીલી ઝંડી આફી હતી. પરંતુ એક મહિનાની અંદર જ તેમણે નવું હલફનામુ દાખલ કરવા માટે જણાવ્યું હતું. તત્કાલીન ગૃહસચિવ જી.કે પિલ્લ પહેલા જ સ્પષ્ટ કરી ચુક્યા છે કે ઇશરતને ક્લિન ચીટ આપવાનાં બીજા હલફનામા સાથે તેમને કોઇ લેવા દેવા નથી અને તેનો નિર્ણય રાજનીતિક સ્તર પર એટલે કે મંત્રી સ્તર પર લેવામાં આવ્યો હતો. જોકે ફાઇલ પરથી તે સ્પષ્ટ નથી થતું કે બીજુ હલફનામું દાખલ કરવાની જરૂર શા માટે પડી હતી.