મુખર્જીનું ચિંતન, એમનો દૃષ્ટિકોણ વિશુદ્ધ રાષ્ટ્રવાદી હતો. ડો. મુખર્જી પ્રતિભાની કોઈપણ બાબતમાં નહેરુથી ઉતરતી કક્ષાએ નહોતા.