સેપ્ટિક સિસ્ટમમાં યોગ્ય રીતે નિયંત્રિત ન થાય તો આ રસાયણો પર્યાવરણમાં ભૂગર્ભ જળ અને સપાટીના પાણીના ગંભીર દૂષકો બની શકે છે.