પેપ્સિન તૃતીય અને ગૌણ પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચર્સને તોડે છે જેથી નાના આંતરડાઓમાં પાચક ઉત્સેચકો માટે તેને પાછળથી કામ કરવું સરળ બને.