મોટી ધજા પાછળ પણ રોચક કથા છે. દ્વારકાનગરમાં 56 યાદવોએ શાસન કર્યુ હતું. દરેક રાજાને પોતાનો મહેલ હતો અને તેના પર પોતાની નિશાનીરૂપે ધજા હતી. જ્યારે તેમાના મુખ્ય શ્રીકૃષ્ણ, બલરામ, અનિરૂદ્ધ અને પ્રદ્યુમન આ ચાર ભગવાન હોવાથી તેમના મંદિરો બનાવવામાં આવ્યા છે. જ્યારે બાકીના 52 યાદવોના પ્રતીક રૂપે દ્વારકાધીશના મંદિર પર 52 ગજની ધજા ફરકે છે. આ રીતે મંદિરમાં પ્રવેશ માટે ગોમતી નદી સામે 56 પગથિયાની સીડી બનાવવામાં આવી છે. મંદિર પર લહેરાતી ધજામાં સૂર્ય અને ચંદ્રના પ્રતિક ચિન્હો છે. જેનો અર્થ એવો કરવામાં આવે છે કે, જ્યાં સુધી સૂર્ય ચંદ્ર રહેશે ત્યાં સુધી દ્વારકાધીશનું નામ રહેશે. જો કે સૂર્ય અને ચંદ્ર બંને કૃષ્ણના પ્રતીક છે. અહીં મંદિરમાં દિવસમાં ત્રણ વખત ધજા બદલવામાં આવે છે. સવારે, બપોર અને સાંજે એમ ત્રણ વખત ધજા અબોટી બ્રાહ્મણ દ્વારા બદલવામા આવે છે. દરેક વખતે અલગ અલગ રંગની ધજા ચડાવવામાં આવે છે. જો કે આ તમામ ધજામાં સાત અલગ અલગ રંગ હોય છે. ભગવાન શ્રીકૃષ્ણનો રંગ મેઘ સમાન હોવાથી ધજા મેઘધનુષ્ય સમાન સપ્તરંગી હોય છે.