સુજાત બુખારીની હત્યા પાછળ કાશ્મીર મુદ્દે હુર્રિયતના વાતચીત વિરોધી જુથ અને પાકિસ્તાની ગુપ્તચર એજન્સી આઈએસઆઈનો હાથ હોવાનું માનવામાં આવે છે.