2002માં ગુજરાતમાં ગોધરાકાંડ પછી હિંસા ભડકી હતી. જેમાં સેકડો લોકો માર્યા ગયા હતા. વાજપેયી તે દિવસો દરમિયાન કેન્દ્રમાં ગઠબંધન સરકારનું નેતૃત્વ કરી રહ્યા હતા