માળખાકીય આઇસોમેરિઝમના પ્રકારોમાં ચેઇન ઇસોમેરિઝમ છે, જેમાં હાઈડ્રોકાર્બનની સાંકળો શાખાના વિવિધ પ્રકારનાં હોય છે, કાર્યાત્મક સમૂહ આઇસોમેરિઝમ, જ્યાં એક વિધેયાત્મક જૂથ જુદા જુદા ભાગોમાં વિભાજિત થઈ શકે છે, અને કંકાલ અસ્થિમજ્જા, જ્યાં મુખ્ય કાર્બન સાંકળ અલગ અલગ હોય છે.