જ્યારે આંતરડાના ચાંદીના દાણાનું કારણ સંપૂર્ણપણે સમજી શકતું નથી, તો ઘણા લોકો માને છે કે તે મોટા આંતરડાના સ્વયંપ્રતિરક્ષા પ્રતિસાદ છે, જે સંભવતઃ ખોરાક, બેક્ટેરિયા, અથવા જેનેટિક્સ સાથે સંકળાયેલ છે.