તાલિબાન અને અલ કાયદાના નેતા ઓસામા બિન લાદેન સાથે મુશર્રફના સંબંધો શંકાસ્પદ હતા અને આતંક અંગેના યુદ્ધ પ્રત્યે તેમની પ્રતિબદ્ધતા છૂટાછવાયા હતા.