જો સારી રીતે વ્યવસ્થાપિત ન હોય તો, પીસીઓએસ લાંબા ગાળાના ગંભીર સમસ્યાઓ તરફ દોરી શકે છે જેમકે એન્ડોમેટ્રાયલ કેન્સર, હ્રદયરોગ, ડાયાબિટીસ અને મેટાબોલિક સિન્ડ્રોમ.