ક્રિસ્ટલ ગુફાની શોધ વર્ષ ૨૦૦૦માં થઇ હતી, તે સમયે નાઇકાની ખાણમાં કામ ચાલતંુ હતું, નાઇકાની ખાણમાં કામ ચાલતું હતંુ તે દરમિયાન ઇલયો અને જેવિયર ડેગાડો નામના બે ભાઇઓએ આ ગુફાની શોધ કરી હતી.