તેમને 1669માં ગણિતના લ્યુકેસિયન પ્રોફેસર તરીકે પસંદ કરવામાં આવ્યા. તે દિવસોમાં કેમ્બ્રિજ કે ઑક્સફર્ડના કોઈ પણ સભ્યને એક એંગ્લિકન (ઇંગ્લેન્ડના સુધારેલા ચર્ચ)ના પાદરી હોવું જરૂરી હતું. જોકે લ્યુકેસિયન પ્રોફેસર થવા માટે જરૂરી હતું કે તે ચર્ચમાં સક્રિય ન હોય (જેથી તે વિજ્ઞાન માટે વધુ સમય ફાળવી શકે). ન્યૂટને દલીલ કરી હતી કે આ શરતમાંથી તેમને મુક્તિ આપવામાં આવે અને તેના માટે જેની મંજૂરીની જરૂર હતી તેવા ચાર્લ્સ બીજાએ તેમની દલીલનો સ્વીકાર કર્યો હતો. આ રીતે ન્યૂટનના ધાર્મિક વિચારો અને એંગ્લિકન રૂઢિચુસ્તો વચ્ચેનો સંઘર્ષ ટળી ગયો હતો.[૨૭]