ગાંધીનાં પાછલાં વર્ષો પંજાબની સમસ્યાઓ સાથે ગૂંચવાયેલા રહ્યાં. જૂન 1984માં, શીખોના સૌથી પવિત્ર સ્થાન ગોલ્ડન ટેમ્પલના સંકુલમાં ભાગલાવાદી શીખ સ્વતંત્રતા માટે લડતું જરનેઈલ સિંઘ ભિંડરાંવાલેનું જૂથ છાવણી નાખીને બેઠું હતું.[૨૫] એ વખતે ગોલ્ડન ટેમ્પલના સંકુલમાં હજારો સામાન્ય નાગરિકો હાજર હોવા છતાં ભારતીય લશ્કરે આડેધડ ગોળીઓ ચલાવી અને તેના પરિણામે ઘણા નાગરિકો ઘવાયા-મર્યા. આંતરરાષ્ટ્રીય પ્રસાર માધ્યમોમાં ગાંધીના આ પગલાંની ખૂબ નિંદા થઈ. એ વખતે મરેલા-ઘવાયેલા લશ્કરી અને સામાન્ય નાગરિકોના આંકડાઓ સરકાર અને સ્વતંત્ર એજન્સી તરફથી જુદા જુદા આપવામાં આવે છે. સરકારી આંકડાઓમાં 4 અધિકારીઓ, 79 સૈનિકો અને 492 શીખો ભોગ બનેલા દર્શાવાય છે, જયારે સ્વતંત્ર એજન્સીએ આપેલા આંકડા ઘણા ઊંચા છે, તેમના મુજબ 500 કે તેથી વધુ લાશ્કરો અને 3,000થી વધુ શીખો- જેમાં આમનેસામને થયેલા ગોળીબારમાં અનેક સ્ત્રીઓ અને બાળકો પણ હોમાઈ ગયેલાં દર્શાવાયાં છે.[૨૬] ભોગ બનેલા સામાન્ય નાગરિકોના આંકડા અંગે વિવાદ રહ્યો છતાં વ્યવસ્થિત રેકોર્ડ, સમય અને હુમલાની રીતને વ્યાપક રીતે વખોડવામાં આવી હતી. આ બનાવને શીખો પરના અંગત હુમલા તરીકે ગણાવીને મોટા ભાગની ટીકાઓ સીધી ઈન્દિરા ગાંધી તરફ આંગળી ચીંધતી હતી. આ હુમલો શીખોને સ્વતંત્રતાના ઉપદેશ આપતા અને ખાલિસ્તાન નામનો અલગ દેશ રચવાની ચઢવણી કરીને અંદરોઅંદર "અદાવત" ઊભી કરતા ત્રાસવાદી ભિંડરાંવાલેને બહાર ફેંકી દેવા માટે કરવામાં આવ્યો હતો તેવું કહીને ઈન્દિરાએ વાજબી ઠેરવ્યો હતો.