આર્યસમાજની સ્થાપના પછી આઠ વર્ષ સુધી તેમણે જોશભેર પ્રવૃત્તિઓ ચાલુ રાખી. એ દરમિયાન તેમની હત્યાના અનેક પ્રયાસ થયા પણ દરેક વખતે તેઓ બચી ગયા. જોકે ૧૮૮૩માં જોધપુરમાં તેમની સામે કાવતરું રચાયું એ તેમના માટે જીવલેણ સાબિત થયું. બન્યું હતું એવું કે સ્વામી દયાનંદ સરસ્વતી જોધપુરના મહારાજાને મળવા ગયા હતા ત્યારે જોધપુરના મહારાજાની રખાત ત્યાં બેઠી હતી. સ્વામી દયાનંદ સરસ્વતીએ જોધપુરના મહારાજાને કહ્યું કે “સિંહ કૂતરી સાથે કઈ રીતે બેસી શકે? સિંહની ગુફામાં કૂતરી કેવી રીતે દાખલ થઈ શકે? આવો સંગ છોડી દો.”