૧૯૪૬માં કૉંગ્રેસ પ્રમુખપદની ચૂંટણીમાં સરદારે નેહરુની તરફેણમાં પોતાની ઉમેદવારી પાછી ખેંચી હતી. આ ચૂંટણીની મહત્તા એ હતી કે એમાં ચૂંટાઈ આવનારા પ્રમુખ, સ્વતંત્ર ભારતની પ્રથમ સરકારના નેતા બનવાના હતા. જ્યારે ગાંધીજીએ ૧૬ રાજ્યોના પ્રતિનિધિઓ તથા કૉંગ્રેસને યોગ્ય ઉમેદવાર નીમવા જણાવ્યું ત્યારે ૧૬ માંથી ૧૩ પ્રતિનિધિઓએ સરદારનું નામ સુચવ્યું હતું. છતાં ગાંધીજીની ઈચ્છાને માન આપી સરદારે ભારતના પહેલા પ્રધાનમંત્રી બનવાની તક જતી કરી હતી. ગૃહમંત્રીની ભૂમિકામાં તેમણે કેંદ્રીય-તંત્ર હેઠળ ભારતનું એકીકરણ કર્યું, પણ માત્ર નેહરુને કારણે જમ્મુ કાશ્મીરનું પુર્ણ સમન્વય બાકી રહી ગયું. નેહરુના કૉંગ્રેસ પ્રમુખ તરીકે ચૂંટાઈ આવ્યા બાદ, સરદારે ભારતની સંવિધાન સભાની સામાન્ય ચૂંટણી માટે કૉંગ્રેસની તૈયારીઓને દીશા આપવા માંડી. ચૂંટણીમાં કૉંગ્રેસે હિંદુ મતદાર મંડળમાંથી બહુમતીની બેઠકો જીતી, પણ મુસ્લિમ મતદાર મંડળમાંથી મોહમ્મદ અલી જીન્નાના નેતૃત્વ હેઠળ મુસ્લિમ લીગને બહુમતીની બેઠકો મળી. મુસ્લિમ લીગે 1940માં પાકીસ્તાન માટેની માંગણીની ધોષણા કરી હતી તથા તેઓ કૉંગ્રેસના તીવ્ર ટીકાકાર હતા. સિંધ, પંજાબ તથા બંગાળને બાદ કરતા, કે જ્યા તેમણે બીજા પક્ષો સાથે ગઠબંધન કરી સરકાર બનાવી, બીજા બધા પ્રાંતોમાં કૉંગ્રેસે બહુમતીથી સરકાર બનાવી.