નીરજાએ સમયસૂચકતા વાપરીને કૉકપીટમાં હાઈજેક કોડ પાઠવી દીધો જેથી કૉકપીટમાં રહેલાં પાઇલટ, કો-પાઇલટ અને ફ્લાઈટ એન્જિનિયર બહાર નીકળીને ભાગી ગયા. આ વાતની જાણ હાઈજેકર્સને થતાં તેમણે રાજેશકુમાર નામના પ્રવાસીને ગોળી મારી દીધી અને વિમાનની બહાર ફેંકી દીધો. જેથી વિમાનમાં રહેલા અન્ય પ્રવાસી અને એરપોર્ટ ઓથોરિટી તેમના ઈરાદાની ગંભીરતા સમજે.