ડો. પ્રજાપતિ સામે કુલપતિના પદેથી સત્તાનો દુર ઉપયોગ કરી કરોડો રૂપિયાનો ભ્રષ્ટાચાર કર્યાની ફરિયાદો થઈ હતી.