ડાઉન સિન્ડ્રોમ સાથે 10 ટકા શિશુઓ ગેસ્ટ્રોઇનટેસ્ટીનલ મુદ્દાઓ ધરાવતા હશે, જેમ કે આંતરડાની સાંકડી અથવા અવરોધ (ડ્યુઓડીનલ એરેસિયા), ગેરહાજર ગુદા ખુલ્લુ (ગુદા મૈથુન), પેટ (થાઉલિંગ સ્ટેનોસિસ) ના આઉટલેટની અવરોધ, અથવા કોલોનમાં નસની ગેરહાજરી, જેને હર્ચેસપ્રંગ બિમારી કહેવાય છે.