વિમાન કરાંચીમાં હતું તો આતંકી સિક્યોરિટી પર્સનલના ડ્રેસમાં વિમાનમાં દાખલ થયા. આતંકીઓએ નીરજાને આદેશ આપ્યો કે તે તમામ યાત્રીઓના પાસપોર્ટ કલેક્ટ કરે જેથી તેમને વિમાનમાં સવાર અમેરિકી યાત્રીઓ વિષે જાણ થાય. નીરજાએ તેવું કર્યું.