ક્યારેક પ્લાઝ્મા બી કોશિકાઓ આપણા પોતાના કોશિકાઓ અથવા સ્વયંચાલિત અંગો પર એન્ટિજેન્સ માટે એન્ટિબોડીઝ ઉત્પન્ન કરે છે, અને આ વિવિધ સ્વયંપ્રતિરક્ષા બિમારીઓનો એક ઘટક હોઈ શકે છે , જેમ કે રયુમેટોઇડ સંધિવા, લ્યુપસ, મલ્ટિપલ સ્ક્લેરોસિસ અને ટાઇપ 1 ડાયાબિટીસ.