કોલોનોસ્કોપી પછી સૌથી ગંભીર જટીલતા રક્તસ્ત્રાવ પડી શકે છે અથવા આંતરડાનું કાણું છે, પરંતુ આ પ્રકારના કિસ્સા ખૂબ થોડા છે.