2001માં રાજેશ ખટ્ટર અને નીલિમા અલગ પડ્યા જે પછી નીલિમાએ નાનપણના દોસ્ત ઉસ્તાદ રઝા અલી ખાન સાથે ત્રીજા લગ્ન કર્યાં હતાં.