કેન્ટુકીમાં 1860 ની મોટાભાગની વસતિ પછી, જોહન્સ્ટને પ્રશાંત વિભાગના આદેશનો સ્વીકાર કર્યો અને 21 ડિસેમ્બરના રોજ કેલિફોર્નિયામાં જવાનું છોડી દીધું.