અગાઉ હિંદુ મહાસભાનાં અધ્યક્ષ સ્વામી ચક્ર્પાણી મહારાજે અલીગઢ મુસ્લીમ યુનિવર્સીટીમાં મોહમ્મદ અલી ઝીણાની તસ્વીર પર થયેલાં વિવાદમાં પણ વિવાદાસ્પદ નિવેદન આપ્યું હતું. તેમણે કહ્યું હતું કે આ ઘટાના દેશનાં મહાપુરુષોનું અપમાન છે , તેમણે AMU યુ.નિ.ને મિની પાકિસ્તાન કહ્યું હતું. ઝીણાને ભારત અને પાકીસ્તાનનાં ભાગલા માટે જવાબદાર ગણાવ્યાં હતાં.