લીનિયર એન્ટરપ્રાઇઝ મેનેજમેન્ટ માળખું નીચેની ગેરફાયદા છે: સંભાળ, જે વ્યૂહાત્મક આયોજન મુદ્દાઓ સંબોધવા જોઈએ અભાવ; વારંવાર અક્ષમતા પરિસ્થિતિ ફેરફારો સ્વીકારવાનું માટે; સંચાલન કર્મચારી સંગઠન મોટી સંખ્યામાં છે, કે જે કર્મચારીઓ, તેના ઉત્પાદનો અને કંપનીના સંચાલનમાં વચ્ચે "માળ" દેખાવ પરિણમે છે.