શુદ્ધિકરણના અંતિમ તબક્કા દરમિયાન પાણીમાં ઓગળેલા નાઈટ્રોજન અને ફેસ્ફ્રસને ખાસ પ્રકારની પ્રક્રિયાઓ દ્વારા દૂર કરવામાં આવે છે.