આમાંનો એક મુદ્દો જમ્મુ-કાશ્મીરને બંધારણની કલમ ૩૭૦ હેઠળ અપાયેલા વિશેષાધિકારનો વિરોધ કરતો પણ હતો. ડૉ. શ્યામાપ્રસાદ મુખર્જી આ કલમનો વિરોધ કરતી ‘જમ્મુ-કાશ્મીર પ્રજા પરિષદ’ને સંપૂર્ણપણે ટેકો આપતા હતા.