સપ્ટેમ્બર 2016માં પીઓકેમાં કરવામાં આવેલી સર્જિકલ સ્ટ્રાઇકમાં પણ અજીત ડોભાલની મોટી ભૂમિકા રહી હતી, તેમણે આ મિશન પહેલા સેનાના ત્રણેય ચીફ અને જાસુસી એજન્સીના હેડ સાથે અંતિમ મીટિંગ કરી હતી.