સંસ્થાપન જે વધારો નાણાકીય સ્વતંત્રતા અને સ્વાયત્તતા તરફ દોરી જાય છે છતાં, ક્યોટો યુનિવર્સિટી હજુ આંશિક શિક્ષણ જાપાનીઝ મંત્રાલય દ્વારા નિયંત્રિત થાય છે.