નેપિયર પાછળથી એગ્નેસ કિશોલમ સાથે લગ્ન કર્યા હતા, જેની સાથે તેમણે દસ બાળકો 1608 માં તેમના પિતાના મૃત્યુ બાદ, નેપિઅર અને તેમના પરિવારએ મર્ચિસ્ટોન કેસલમાં પ્રવેશ કર્યો, જ્યાં તેઓ તેમના બાકીના જીવનમાં જીવ્યા.