મુણગેકરને શિક્ષણ કરતાં અંગત પ્રતિષ્ઠામાં વધારે રસ હતો એટલે તેઓ મુદત પહેલાં રાજીનામું આપીને માત્ર બે વર્ષ ઉપકુલપતિપદે રહીને પ્લાનિંગ કમિશનમાં સભ્ય તરીકે દિલ્હી જતા રહ્યા હતા.