પાટણ હેમચંદ્રાચાર્ય યુનિવર્સિટીમાં કુલપતિ ડો. બી.એ.પ્રજાપતિ પર છેલ્લા કેટલાક માસથી પાટણ ધારાસભ્ય દ્વારા ગંભીર આક્ષેપો કરવામાં આવી રહ્યા છે જેને પગલે તેઓએ પ્રેસ યોજી માહિતી આપતાં જણાવ્યું હતું કે, પાટણ યુનવર્સિટીના કુલપતિ આર્કિટેક ભવનમાં પ્રોફેસરની ભરતીમાં પોતાના પુત્રને યુજીસી અને સરકારના નિયમોનું ઉલ્લઘન કરી નોન ક્રિમીલીયર સર્ટી રજુ કરી પોતાની આવક છુપાવી હતી. જ્યારે મહેન્દ્ર પ્રજાપતિને પણ ગણિત વિભાગમાં ખોટી રીતે ભરતી કરી છે. સાથે સાથે સુરતની નર્મદા યુનીવર્સીટીમાં એબીવીપી દ્વારા ૧૦ ભષ્ટ કુલપતિના નામ જાહેર કર્યા હતા તેમાં એકથી પાંચમાં ડો બી એ પ્રજાપતિનું નામ પણ હતું તેવા આક્ષેપો કર્યા હતા અને એસીબીમાં લેખિત ફરિયાદને પગલે ચકચાર પ્રસરી છે ત્યારે સરકાર દ્વારા આ બાબતે કાર્યવાહી નહી કરવામાં આવે તો આંદોલન અને ભૂખ હડતાળની ચીમકી ઉચ્ચારી છે. જો કે કુલપતિએ પોતાના ઉપર કરેલા આક્ષેપો ખોટા હોવાનું કહી સત્યતા બહાર આવશે તેમ જણાવ્યું હતું.