જલાભિષેકનાં સંદર્ભમાં એક કથા પ્રચલિત છે. જેના અનુસાર દેવો અને દાનવોએ સમુદ્રમંથન કર્યું ત્યારે તેમાંથી ‘કાલફટ’ નામનું હળાહળ ઝેર નીકળ્યું. જેની જવાળાઓ સમસ્ત બ્રહ્માંડને જલાવવા લાગી આ સંકટમાંથી ઉગારવા માટે ભગવાન શિવ પાસે પહોંચ્યા અને પ્રાર્થના કરવા લાગ્યા. ત્યારે બધાની પ્રાર્થના સાંભળી ભગવાન શિવે સૃષ્ટિ બચાવવા માટે એ વિષને પોતાનાં કંઠમાં ઉતારી લીધું અને ત્યાં સ્થિર કર્યું. જેનાથી તેમનો કંઠ નીલો થઈ ગયો. જેના લીધે તે “નીલકંઠ” કહેવાયા.