કમનસીબે, કેટલાક કિસ્સાઓમાં, એન્ડોમેટ્રિઓઇડ અંડાશયના કોથળીઓ, હોર્મોન ઉપચાર અસરકારક નથી અને આ રોગને શસ્ત્રક્રિયાની જરૂર છે.