જન્મજાત હાઇપોથાઇરોડિસમના બે મુખ્ય સ્વરૂપો છે: કાયમી જન્મજાત હાયપોથાઇરોડાઇઝમ અને ક્ષણિક જન્મજાત હાઇપોથાઇરોડાઇઝમ.