અથર્વવેદની કૂલ ૯ શાખાઓ છે, જેમાંથી હાલમાં ફક્ત બે જ ઉપલબ્ધ છે, પિપ્પલાદ અને શૌનકિય શાખા. પિપ્પલાદ શાખાની હસ્તપ્રતો નાશ પામી હોવાનું માનવામાં આવતું હતું પરંતુ ઇસ. ૧૯૫૭માં ઑડિશામાથી તેની સુસંગ્રહિત તાડપત્ર પર લખાયેલી પ્રમાણભૂત હસ્તપ્રત મળી આવી છે[૫]. અથર્વવેદને ઘણા લોકો કાળોવેદ કહે છે કેમકે તેમાં જાદુટોણા અને મેલીવિદ્યા જેવી વિગતો છે, પરંતુ આ વાતનો અનેક વિદ્વાનો વિરોધ કરે છે[૬]. વેદમાંથી રચાએલી સંહિતાઓમાં આ પ્રકારનું લખાણ જોવા મળે છે, પરંતુ તેને મૂળ વેદ ન ગણી શકાય.