જેએનયુમાં લગભગ વીસેક જેટલાં છાત્ર સંગઠનો કાર્યરત છે, જેમાં રાષ્ટ્રીય સ્વયંસેવક સંઘ પ્રેરિત અખિલ ભારતીય વિદ્યાર્થી પરિષદ, કોંગ્રેસનું એન. એસ. યુ. આઈ. , આઈસા તથા એસએફઆઈ જેવાં મુખ્ય સંગઠન છે.