૨૦૦૪માં કેન્દ્રમાં સત્તા પરિવર્તન પછી માલેગાંવ વિસ્ફોટની તપાસ કરી રહેલ એનઆઈએની સ્વતંત્રતા પર કેન્દ્ર સરકારે તરાપ મારવાની શરૃઆત કરી.