આફ્રિકા માટેની ચઢાઇને બર્લિન કોન્ફરન્સમાં ઔપચારિક સ્વરૂપ અપાયા બાદ, 14મા મરિડિઅન અને મેલ્ટોઉ, ચાડ વચ્ચેનો પ્રદેશ ફ્રેન્ચ હકૂમત હેઠળ આવી ગયો. આ પ્રદેશ દક્ષિણમાં સે, નાઇજરથી બરોઉઆ સુધી જતી લાઇન સાથે જોડાયેલો હતો. ટિમ્બક્ટુ પ્રદેશ હવે ફ્રેન્ચ નામ હેઠળ આવતો હોવા છતાં, અસરકારકતાના સિદ્ધાંત હેઠળ ફ્રાન્સે તેમને અપાયેલા પ્રદેશો પર ખરી સત્તા હાંસલ કરવાની બાકી હતી, ઉદાહરણ તરીકે કબજો પૂરો થઇ જાય તે પહેલા સ્થાનિક આગેવાનો સાથે લેખિત કરારો કરવા, સરકારને રચવી અને વિસ્તારનો આર્થિક ઉપયોગ કરવો જેવી બાબતોનો તેમાં સમાવેશ થાય છે. 28 ડિસેમ્બર 1893ના રોજ ટિમ્બક્ટુને લેફ્ટનન્ટ બોઇટ્યુક્સની આગેવાની હેઠળના ફ્રેન્ચોના નાના જૂથે તેમની સાથે જોડ્યું. આ ઘટના બાદ ટિમ્બક્ટુ ફ્રાન્સના સંસ્થાન ફ્રેન્ચ સુદાનનો એક હિસ્સો બની ગયું.[૨૫][૨૬] આ પરિસ્થિતિ 1902 સુધી જળવાઇ રહી. 1899માં ફરી એક વખત સંસ્થાનના થોડા ભાગના વિભાજન બાદના ભાગોને પુનઃસંગઠિત કરવામાં આવ્યા. થોડા સમય માટે આ વિસ્તારો સેનેગામ્બિઆ અને નાઇજર તરીકે ઓળખાયા. માત્ર બે વર્ષ બાદ 1904માં અન્ય પુનઃસંગઠને આકાર લીધો જેના પગલે ટિમ્બક્ટુ ઊચ્ચ સેનેગલ અને નાઇજરનો હિસ્સો બન્યું. 1920માં આ સંસ્થાને ફરીથી ફ્રેન્ચ સુદાન નામ ધારણ ન કર્યું ત્યાં સુધી ટિમ્બક્ટુની આ પરિસ્થિતિ જળવાઇ રહી હતી. [૧૫]