મુઝફ્ફર હુસેને ‘ઇસ્લામ ઔર શાકાહાર’, મુસ્લિમ માનસશાસ્ત્ર, ‘અલ્પસંખ્યક વાદ - એક ધોખા’, ‘ઇસ્લામ ધર્મ મેં પરિવાર નિયોજન’, ‘લાદેન’, ‘દહશતવાદ ઔર અફઘાનિસ્તાન’, ‘સમાન નાગરિક કાયદા’ જેવાં પુસ્તકો પણ લખ્યાં છે. જે ખૂબ ચર્ચામાં રહ્યાં છે. એક રાષ્ટ્રવાદી વિચારક અને નિડર પત્રકાર યોદ્ધા તરીકે તેઓ જાણીતા હતા.