27 ડિસેમ્બર, 2006 ના રોજ એક વર્ષ પછી પ્રજાપતિના ગુજરાત અને રાજસ્થાન પોલીસે ગુજરાત-રાજસ્થાન સરહદ નજીક ચેપરીમાં નકલી  એન્કાઉન્ટરમાં  હત્યા કરી હતી.