2002માં ગુજરાતમાં મુસ્લિમવિરોધી રમખાણો બાદ એપ્રિલ 2002માં ગોવામાં ભાજપની રાષ્ટ્રીય કારોબારીની બેઠક મળી તેમાં નરેન્દ્ર મોદી રાજીનામું આપે તેવી વાજપેયીની ઇચ્છા હતી.