૧૯૯૭માં સ્વામીએ જૉઇન્ટ સેક્રેટરી કે એનાથી ઉપરના હોદ્દે રહેલા અધિકારીઓ સામે ભ્રક્ટાચારના આરોપોની તપાસ માટે CBIએ વડા પ્રધાન કાર્યાલયમાંથી પરવાનગી લેવી પડે એવી જોગવાઈ સામે પણ સુપ્રીમમાં પિટિશન ફાઇલ કરેલી, જેને પાંચ જજોની બેઠકે ગેરબંધારણીય ઠેરવેલી. ઇલેક્ટ્રૉનિક વોટિંગ મશીનમાં છેડછાડ થઈ શકે છે એવું કહીને તેમણે એની દેખરેખ માટે એક સ્વતંત્ર કમિટી નીમવાની અરજી કરેલી, જે દિલ્હી હાઈ કોર્ટે ફગાવી દીધેલી.