સ્થાનિક રીતે તેમના નાના વર્ષથી શિક્ષિત, જોહન્સ્ટન 1820 ના દાયકામાં ટ્રાન્સીલ્વેનિયા યુનિવર્સિટીમાં પ્રવેશ્યું ત્યાં તેમણે કન્ફેડરેસીસના ભાવિ પ્રમુખ જેફરસન ડેવિસને મિત્ર બનાવ્યાં.