આ મામલે કેરળ સરકારનો પક્ષ છે કે મંદિરોમાં પૂજાની વિધી અને રિત રિવાજ મંદિર પ્રબંધન જ નક્કી કરી છે અને આ અધિકારોને આસ્થાના અધિકારો પ્રમાણે સુરક્ષિત રાખવામાં આવ્યા છે. આ મુદ્દે પણ ન્યાયધીશે આપત્તિ વ્યક્ત કરી હતી કે મંદિરને ભેદભાવ કરવાનો અધિકાર આપવામાં આવી શકે નહીં.