શ્રીલંકામાં તમિળ બળવાખોર સંગઠન એલટીટીઇ સક્રિય હતું ત્યારે રાજપક્સે વરિષ્ઠ સંરક્ષણ અધિકારી તરીકે કાર્યરત હતા.