ક્રોહનની બિમારી પાચનતંત્રમાં કોઈ પણ અવયવોને અસર કરી શકે છે, જોકે નાની આંતરડાના અને મોટા આંતરડાના તે છે જે મોટેભાગે સામેલ છે.