શંકરાચાર્યએ સાંઇબાબાને ગુરૂ અથવા ભગવાન ન માનતા પોતાની તરફથી દલીલો પણ આપી. તેમણે કહ્યું કે પૂજા અવતાર કે ગુરૂની કરવામાં આવે છે. સનાતન ધર્મમાં ભગવાન વિષ્ણુના 24 અવતાર માનવામાં આવે છે. કળિયુગમાં બુદ્ધ અને કલ્કિ ઉપરાંત કોઇ અવતારની ચર્ચા નથી. એટલા માટે સાંઇ અવતાર હોઇ ના શકે. એવામાં વાત થઇ રહી છે ગુરૂ માનવાની. તો ગુરૂ તે હોય છે જે સદાચારથી ભરપૂર હોય, પરંતુ સાંઇ માંસાહરી હતા, લોકોની સુન્નત કરાવતા હતા, પંડારક સમાજનું સંતાન હત જે લુટેરા સમાજ છે. એવામાં તે આપણા આદર્શ હોઇ ના શકે.