બીજું કારણ એટલે બહુ જ થોડા ચિન્હો જે કદાચ લિપિ હોઈ શકે એવા મોહેંજો-દરો અને હડપ્પાના અવશેષોમાંથી મળ્યા છે. ઘણા વિદ્વાનોએ આ લિપિનો અનુવાદ કરવાનો પ્રયત્ન અસફળ રહ્યો છે. આ સંસ્કૃતિ એક મોટું રહસ્ય છે. સમ્રાટ અશોકના શિલાલેખ બ્રાહ્મી લીપીમાં જ લખાયા છે. સમ્રાટ અશોકે બૌદ્ધ ધર્મ સ્વીકાર્યા પહેલાનું વેદિક કે હિંદુ ધર્મનું કોઈ પણ લખાણ ઉપલબ્ધ નથી એ પણ એક મોટું રહસ્ય છે. ઈંડસ વેલીની લિપિમાંથી બ્રાહ્મી લિપિ બની હોય એ શક્ય લાગતું નથી કારણકે એ લિપિમાં અને સમ્રાટ અશોકના શિલાલેખોની બ્રાહ્મી લિપિ વચ્ચે ૧૫૦૦ વર્ષનો સમય વીતેલો છે. મૂળાક્ષરો વિષે અત્યાર સુધી જે સંશોધન થયું છે એના પરથી એવું લાગે છે કે કદાચ ભારત ખંડમાં મૂળાક્ષરોથી લખવાની શરૂઆત લગભગ ઈ પૂર્વ ૪૦૦ થી પ્રાકૃત ભાષામાં શરૂ થઇ.