ભારતીય સમુદ્રોમાં કોર રીફ પ્રણાલીઓ, મન્નારની ખાડી, કચ્છ ખાડી, પાક બે અને અંડમાન તથા લક્ષદ્વીપના દરિયાઈ પાણીના ગરમ થવાથી અને મહાસાગરોના ખારા થવાને કારણે અનેક ગંભીર સમસ્યાઓનો સામનો કરવો પડી રહ્યો છે.