નીલકંઠવર્ણી અંગે કથાકાર મોરારિબાપુએ કરેલા નિવેદનનો વિવાદ વકર્યો છે, બાપુના નિવેદનથી સ્વામિનારાયણ સંપ્રદાયના સમર્થકો અને હરિભક્તોમાં ઉગ્ર રોષ ફાટી નીકળ્યો હતો.