યજુર્વેદ અને અથર્વવેદની ૠતાઓમાં નાગપૂજાના નીચે મુજબના પ્રમાણો પ્રાપ્ત થાય છે. ‘જેઓ હંમેશા પૃથ્વીનું પરિભ્રમણ કરનારા છે. જેઓ અંતરિક્ષમાં છે તે સર્પોને અમારા નમસ્કાર.’ ‘જે જાદુગરોના બાણોમાં તથા વૃક્ષાત્માઓના દરોમાં વસે છે તે સર્પોને અમારા નમન હો.’ ‘આકાશના તેજમાં, સૂર્યકિરણોમાં અને જળમાં રહેનારા સર્પોને અમે નમીએ છીએ.’ આ સઘળી પ્રાર્થનાઓ પરથી કહી શકાય કે પ્રાચીન કાળમાં ભયને કારણે નાગ પ્રત્યે માનવીનો પૂજ્યભાવ હતો. એમાંથી કાળક્રમે નાગપૂજાની પરંપરાનો પ્રારંભ થયો હશે. વેદો અને ઉપનિષદોમાં નાગપૂજાના પ્રત્યક્ષ પ્રમાણો પ્રાપ્ત થતા નથી. નાગપૂજા વૈદિક કાળના અનાર્યોમાં પ્રચલિત હતી એમ કેટલાક વિદ્વાનો માને છે. હડપ્પા સંસ્કૃતિમાં વૃષભ અને નાગપૂજા થતી હોવાના પુરાવા એ સ્થળોના ઉત્ખનનમાંથી મળી આવ્યા છે.