એવું માનવામાં આવે છે કે મેટોકોન્ટ્રીયાની ઉત્પત્તિ જ્યારે એરોબિક પ્રિકારીયોટિક સજીવો યજમાન કોષમાં દાખલ થયો છે, જેના કારણે ચોક્કસ સહજીવન સંકુલની રચના થઈ હતી.