મંદિરમાં એન્ટ્રી માટે રાહુલ ગાંધીનાં મંદિર પ્રશાસન પાસે પરવાનગી લેતાની સાથે જ વિવાદ શરૂ થઇ ગયો છે. હકીકતમાં સોમનાથ મંદિરમાં હિંદુઓનાં પ્રવેશ માટે કોઇ પણ પ્રકારની દખલગીરી કરવામાં નથી આવતી. પરંતુ જો ગેરહિંદુઓ મંદિરમાં પ્રવેશ કરે તો તેમને મંદિરમાં પ્રવેશ કરવા માટે પરવાનગી લેવી જરૂરી હોય છે.