હરભજન સિંહના આ ચમત્કાર પછી સાથે સૈનિકોની તેમનામાં આસ્થા વધી ગઈ અને તેમને અનેક બંકરને એક મંદિરનું રૂપ આપ્યું. જોકે ત્યાર પછી તેમના ચમત્કાર વધવા લાગ્યા અને તે વિશાળ જન સમૂહની આસ્થાનું કેન્દ્ર થઈ ગયા તો તેમના માટે એક નવા મંદિરનું નિર્માણ કરવામાં આવ્યુ જે કે ‘બાબા હરભજન સિંહ મંદિર' ના નામથી જાણીતું છે. આ મંદિર ગંગટોકમાં જેલેપ્લા દર્રે અને નાથુલા દર્રેની વચ્ચે, 13000 ફૂટ ઉંચાઈ પર સ્થિત છે. જૂનું બંકરવાળુ મંદિર તેનાથી 1000 ફીટ વધારે ઉંચાઈ પર સ્થિત છે. મંદિરની અંદર બાબા હરભજન સિંહનો એક ફોટો અને તેમનો સામાના રાખવામાં આવ્યો છે.