સારી રીતે સંતુલિત ટેન્કમાં રહેલા જીવો (બેકટેરિયા અને વાયરસ) માછલીઘરના બીજા જીવો ઉત્પાદિત કચરાની ચયાપચય ક્રિયા કરી શકે છે. માછલીઘર રાખવાના શોખમાં આ પ્રક્રિયાને નાઈટ્રોજન ચક્ર કહે છે. બેકટેરિયા તરીકે ઓળખાતતા નાઈટ્રીફાયર્સ (નાઈટ્રોસોમોનાસ ) નાઈટ્રોજન કચરાનો નિકાલ કરે છે. નાઈટ્રીફાય થયેલા બેકટેરિયા પાણીમાંથી એમોનિયા મેળવે છે અને તેનો ઉપયોગ નાઈટ્રાઈટ બનાવવા માટે કરે છે.(સંદર્ભ આપો) નાઈટ્રાઈટ જો વધુ પ્રમાણમાં હોય તો માછલીઓ માટે ઝેરી બને છે. બીજા પ્રકારના બેકટેરિયા જેને નાઈટ્રોસ્ફિરા કહેવાય છે તે નાઈટ્રાઈટને નાઈટ્રેટમાં ફેરવે છે, અને તે ઓછો ઝેરી હોય છે. નાઇટ્રોબેક્ટર બેક્ટેરિયા આ ભૂમિક ભજવે છે તેવું અગાઉ માનવામાં આવતું હતું.(સંદર્ભ આપો) જૈવિક રીતે તેઓ સૈદ્ધાંતિક રીતે નાઇટ્રોસ્પાઇરાની જેમ જીવનપદ્ધતિ ભરી શકે છે ત્યારે તાજેતરમાં જણાયું છે કે નાઇટ્રોબેક્ટર સ્થાપિત માછલીઘરમાં શોધી શકાય તેટલા સ્તરમાં હાજર હોતા નથી જ્યારે નાઇટ્રોસ્પાઇરા પુષ્કળ પ્રમાણમાં હોય છે.)(સંદર્ભ આપો) તાત્કાલિક રીતે નાઇટ્રોજન ચક્ર શરૂ કરવા માટે વેચાતી કમર્શિયલ પ્રોડક્ટ્સ પણ ઘણી વાર નાઇટ્રોબેક્ટર ધરાવે છે.(સંદર્ભ આપો) બેક્ટેરિયા ઉપરાંત જલીય છોડ પણ એમોનિયા અને નાઇટ્રેટનું ચયાપચય કરીને નાઇટ્રોજન કચરો દૂર કરે છે. છોડ જ્યારે નાઇટ્રોજન સંયોજનોને ચયાપચય કરે છે ત્યારે તેઓ પાણીમાંથી નાઇટ્રોજન દૂર કરે છે અને બાયોમાસ રચે છે જે પાણીમાં પહેલેથી ઓગળેલા એમોનિયા આધારિત પ્લેન્ક્ટોન કરતા ધીમા વિઘટન પામે છે.