વર્ષ 1999માં શરદ પવારે એનસીપીની રચના કરી અને કોંગ્રેસ સાથે રાજ્યમાં ગઠબંધન સરકાર બનાવી ત્યારે પાટિલ પ્રથમ વખત પ્રાદેશિક મંત્રીમંડળમાં ગ્રામીણ વિકાસ પ્રધાન તરીકે સામેલ થયા હતા.