એજન્સી પર લાંબા સમયથી આતંકીઓને આશરો આપવાનો અને તેમના દ્વારા ભારતની વિરૂદ્ધ છદ્મ યુદ્ધ છેડાયાનો આરોપ મૂકાઇ રહ્યો છે.