જેએનયૂના ચોક્કસ જૂથો દ્વારા પણ સહિષ્ણુતાની વાત દેશદ્રોહી સૂત્રોચ્ચાર અને અફઝલ ગુરુના મહિમામંડનમાં પણ કરવામાં આવે છે.