1999માં મનોજ કુમાર મુખર્જીના નેતૃત્વમાં ત્રીજો આયોગ બનાવવામાં આવ્યું . 2005માં તાઇવાન સરકારએ મુખર્જી આયોગને બતાવી દીધું કે 1945માં તાઇવાનની ભૂમિ પર કોઈ હવાઈ જહાજ દુર્ઘટનાગ્રસ્ત થયો ન હતો . 2005માં મુખર્જી આયોગે ભારત સરકારને પોતાની રિપોર્ટ પેશ કરી , જેમાં એમને કહ્યું , કે નેતાજીની મૃત્યુ એ વિમાન દુર્ઘટનામાં થવાનો કોઈ સબૂત નથી. પણ ભારત સરકારએ મુખર્જી આયોગની રિપોર્ટનો અસ્વીકાર કરી દીધો .