16મી સદીના મધ્ય ભાગમાં શેર શાહ સૂરિના પાંચ વર્ષના રાજયકાળને બાદ કરતાં, મુઘલ સામ્રાજયે ઉત્તર ભારત પર ત્રણ સદીઓ કરતાં પણ વધુ શાસન કર્યું.[૨૨] મુઘલ સમ્રાટ અકબરે પોતાની રાજધાની આગ્રાથી દિલ્હી ખસેડી. શાહજહાંએ પોતાના નામ પર દિલ્હીનું સાતમું શહેરશાહજહાંબાદ બાંધ્યું, જે અત્યારે "જૂનું શહેર" અથવા "જૂની દિલ્હી" નામે વધુ જાણીતું છે. 1638થી આ જૂનું શહેર મુઘલ સામ્રાજયની રાજધાની રહ્યું હતું. 1739માં કર્નાલની લડાઈમાં નાદિર શાહે મુઘલ લશ્કરને હરાવીને શહેરને લૂંટયું- મયુરાસન સહિતની અનેક અમૂલ્ય-વિરલ વસ્તુઓ તે લઈ ગયા.[૨૩] 1761માં પાણીપતના ત્રીજા યુદ્ધ પછી અહમદ શાહ અબ્દાલીએ દિલ્હી પર લશ્કરી હુમલો કરી દીધો. 11 સપ્ટેમ્બર, 1803ના દિલ્હીના યુદ્ધમાં જનરલ લેકના બ્રિટિશ સૈન્યે મરાઠાઓને હરાવ્યા.