એપ્રિલ 2009 માં કરુણાનિધિએ એક વિવાદાસ્પદ ટિપ્પણી કરી કે, ‘પ્રભાકરણ મારો સારો દોસ્ત છે' અને એમ પણ કહ્યુ કે ‘રાજીવ ગાંધીની હત્યા માટે ભારત એલટીટીઈને ક્યારેય માફ નહિ કરી શકે.