અયોધ્યા વિવાદના મૂળ આમ તો 16મી સદી સાથે સંકળાયેલા છે. ઈતિહાસમાં ઉલ્લેખ છે કે મુઘલ શાસક બાબરના સેનાપતિ મીર બાકીએ 1528માં અહીં એક મસ્જિદનું નિર્માણ કરાવ્યું હતું. તે બાબરી મસ્જિદ તરીકે ઓળખાવા લાગી. હિન્દુ માન્યતા મુજબ અયોધ્યામાં મસ્જિદના સ્થાન પર ભગવાન રામની જન્મ ભૂમિ છે. પરંતુ મંદિર-મસ્જિદ વિવાદ પહેલી વખત 19મી સદીમાં ઘેરો બન્યો.