પિમાફ્યુસીનનો ઉપયોગ ગેસ્ટ્રોઇનટેસ્ટીનલ સિસ્ટમ, ચામડી અને નખના ફંગલ રોગો, અને પ્રણાલીગત ફંગલ રોગોના ઉપચાર માટે થાય છે.