ગેરફાયદામાં સાધનોની કિંમત અને કદ, માઇક્રોસ્કોપી માટેના નમૂનાઓ તૈયાર કરવા અને માઈક્રોસ્કોપનો ઉપયોગ કરવા માટે, અને શૂન્યાવકાશમાં નમૂનાઓ જોવાની આવશ્યકતા (જોકે કેટલાક હાઇડ્રેટેડ નમૂનાઓનો ઉપયોગ થઈ શકે છે) માટેની જરૂરિયાતનો સમાવેશ કરે છે.