કોલોનોસ્કોપી તીવ્ર ચેપી રોગો, હૃદય પાત, શ્વસન નિષ્ફળતાના, peritonitis, તો આંતરડાના અને ઇસ્કેમિક કોલિટિસ રક્તસ્રાવ ગેરવ્યવસ્થા સહિત અમુક રોગો, હાજરીમાં બિનસલાહભર્યા છે.