સોયાબીનમાં વાયરસથી થતો રોગ પીળો મોઝેક મુખ્યત્વે સફેદ માખીથી ફેલાય છે. તેનાથી બચવા સફેદ માખીના નિયંત્રણ માટે દવા વાપરવી તથા અસરગ્રસ્ત છોડ ઉખાડી સત્વરે નાશ કરવા. સોયાબીનમાં ફુગથી થતાં અન્થ્રેકનોઝ, રસ્ટ વિગેરે રોગો કોઈકવાર આવે છે. તેના નિયંત્રણ માટે ફૂગનાશક દવાનો છંટકાવ કરવો.