ગેસ્ટ્રિક બાયપાસ કાર્યવાહીમાં કુપોષણનું ઊંચું જોખમ રહેલું છે, કારણ કે તે દર્દીને ખાઈ શકે તે રકમમાં ઘટાડો કરે છે અને તે શરીરને શોષી શકે તેવા પોષણની માત્રાને મર્યાદિત કરે છે.