બીજું, કેન્દ્રિય મિકેનિઝમ પંચાયતી રાજની સંસ્થાઓને મજબૂત કરવાની પ્રક્રિયાને વિપરીત અસર કરે છે. ફેડરલ બંધારણીય વ્યવસ્થાના 25 વર્ષના ભાગરૂપ હોવા છતા તેના પાવર, ફંકશન અને ફંકશનરીઓ નબળા પડે છે. મનરેગા દ્વારા એક જ ઘાએ આ ત્રણેય પૂરા પાડવામાં આવ્યા હતા. ઘણા રાજ્યોમાં પહેલીવાર ગ્રામ પંચાયતોએ બેંક ખાતા ખોલ્યા હતા અને તેમના ખાતામાં નિયમિત ધોરણે નાણાં મેળવતા હતા. આ પ્રક્રિયાઓ ગ્રામ પંચાયતોને સશક્ત કરતી હતી તે NeFMS અને એફટીઓ લાગુ પડ્યા પછી અર્થહીન બની ગઈ છે.