"સિક્કિમ" નામ વિષે સૌથી વધુ માન્યતા પ્રાપ્ત ધારણા એવી છે કે આ શબ્દ લિંબુ ભાષાના બે શબ્દોમાંથી બન્યો છે. લિંબુ ભાષામાં "સુ" એટલે નવુ અને "ખિયિમ" એટલે મહેલ કે આવાસ. આ નામ તે રાજ્યના પ્રથમ રાજા ફુન્તસોગ નામગ્યાલ દ્વારા બંધાવવામાં આવેલા મહેલના સંદર્ભે પડ્યું હોવાનું મનાય છે. તિબેટી ભાષામાં સિક્કિમને "ડેનજોંગ" તરીકે ઓળખાય છે. જેનો અર્થ થાય છે "ડાંગરની ખીણ",[૪]. ભૂતિયા લોકો આને "બેયુલ ડેમઝોંગ" કહે છે, જેનો અર્થ છે "ડાંગરની ગુપ્ત ખીણ"[૫]. સિક્કિમના મૂળ વતની લેપ્ચા લોકો આને "નાયે-માઈ-એલ" કહે છે જેનો અર્થ સ્વર્ગ એવો થાય છે[૫] હિંદુ પૌરાણિક ગ્રંથોમાં સિક્કિમને "ઈન્દ્રકિલ" તરીકે ઓળખાવાયો છે, જેનો અર્થ ભગવાનનું ઉદ્યાન એવો થાય છે.[૬]