ભગવાન મહાવીર અને એસ. ડી. જૈન કોલેજને લઘુમત્તી સંસ્થાના દરજ્જાને મુદ્દે પણ છેલ્લા ઘણા સમયથી વિવાદ ચાલી રહ્યો છે.