જ્યારે રાજીવ ગાંધી જીતીને આવ્યા તો તેમણે મુખરજીને પોતાના મંત્રીમંડળમાં પણ સામેલ ન કર્યા અને બાદમાં પક્ષમાંથી પણ હાકી કાઢ્યા.