એકંદરે, કોલોનોસ્કોપી ખૂબ સલામત પરીક્ષા છે, અને ગૂંચવણો ઉપરની ચિંતાઓ સામાન્ય રીતે એકને બંધ કરવા અથવા એકથી સંપૂર્ણપણે અવગણવાની એક માન્ય કારણ નથી.