એ સમયે સુરેશ પ્રભુ શિવસેનામાં હતા અને શિવસેનાના પ્રમુખ બાળ ઠાકરેએ કોઈ અકળ કારણસર પ્રભુને કેન્દ્રના પ્રધાનમંડળમાંથી હટાવી દીધા ત્યારે ખુદ વાજપેયીએ પ્રભુને ગુમાવવા ન પડે એ માટે બાળ ઠાકરેને અપીલ કરી હતી.