નિસ્ટાટિનના લાંબા સમય સુધી ઉપયોગથી, ફૂગના માદક દ્રવ્યોમાં પ્રતિકારનો દેખાવ થઇ શકે છે અને દુર્લભ કિસ્સાઓમાં એલર્જીક પ્રતિક્રિયા થઈ શકે છે.