કેસની શરૂઆતની તપાસ પોલીસે કરી હતી. તેના બાદ આ કેસ સીબીઆઈ ટ્રાન્સફર કરી દેવાયો હતો. બાદમાં 2011માં તેને એનઆઈએને સોંપવામાં આવ્યો હતો. આ મામલામાં કુલ 160 સાક્ષીઓના નિવેદન નોંધવામાં આવ્યા હતા. જેમાં 54 સાક્ષી ફરી ગયા હતા. મસ્જિદ બ્લાસ્ટ મામલામાં બે વધુ મુખ્ય આરોપી સંદીપ વી. ડાંગે અને રામચંદ્ર કલસંગરા હજી પણ ફરાર છે.