જયારે હુમાયુએ ફરીથી કાબુલ પર પોતાનો ઝંડો લહેરાવ્યો ત્યારે અકબર પોતાના પિતાના સંરક્ષણમાં પહોંચ્યો. પરંતુ ૧૫૪૫-૧૫૪૬ના ટુંકા ગળામાં અકબરના કાકા કમરાનએ કાબુલ પર પુનઃ અધિકાર જમાવી લીધો. અકબર પોતાના માતા-પિતાના સંરક્ષણમાં જ રહ્યો. અકબરના યોગ્ય શિક્ષણ માટે હુમાયુએ તે સમયના વિખ્યાત મુસ્લિમ વિદ્ધાનો મુલ્લા ઈસામુદ્દીન ઈબ્રાહિમ, મૌલાના અબુલ કાદિર, મિર અબ્દુલ લતિફ વગેરેની નિમણુક કરી.પરંતુ અકબરને અભ્યાસ કરતા ધોડેસવારી, તલવારબાજી,ખેલકુદ વગેરેમા વધારે રસ હોવાથી તે વધારે ભણી શક્યો નહીં અકબરે પોતાને નિરક્ષર બતાવ્યો છે પરંતુ આ વાતનો આત્મસ્વીકૃતિમાં સત્યાંશ બસ એટલો જ છે કે તેણે સ્વયં ક્યારેય કંઈ પણ નથી લખ્યું.