પછી, 1798 માં, જ્યારે નેપોલિયન ઇજિપ્તને માર્ગ પર ટાપુ પર કબજો કર્યો ત્યારે તેમણે માલ્ટા ગુમાવી દીધો ટૂંકા સમય માટે તેઓ એમીન્સ (1802) ની સંધિના આશ્રય હેઠળ પરત ફર્યા હતા, પરંતુ જ્યારે 1814 ની પેરેસની સંધિએ બ્રિટનને દ્વીપસમૂહ આપ્યો હતો, હોસ્પીટલાર્સે એક વખત વધુ છોડી દીધું હતું.