ઉલ્લેખનીય છે કે પ્રજ્ઞા ઠાકુર માલેગાંવ બ્લાસ્ટ કેસમાં આરોપી છે જ્યારે તેને મુંબઈ હુમલામાં શહીદ થયેલા એટીએસના પ્રમુખ હેમંત કરકરે વિરૂદ્ધ અપમાનજનક ટિપ્પણી કરી હતી અને સાથે જ ગાંધીજીના હત્યારા ગોડસેની પ્રશંસા કરી હતી.