સુબ્રમણ્યમે મોદી સરકારની સાથે પણ જોઇન્ટ સેક્રેટરીના પદ પર કામ કર્યું અને ત્યારબાદ જ તેમની વાપસી પોતના કેડર છત્તીસગઢમાં થઇ.