સંશોધકોને ક્રોનિક થાક સિન્ડ્રોમના ચોક્કસ કારણ વિશે હજુ સુધી ખબર નથી, પરંતુ ઘણા નિષ્ણાતો માને છે કે તે ચોક્કસ જિનેટિક મ્યુટેશન દ્વારા પેદા થાય છે, જે ચોક્કસ વાયરસ અથવા ઝેરના સંપર્કમાં જોડાય છે.