મલેશિયાની ઇસ્લામની સર્વોચ્ચ સંસ્થાએ વર્ષ 2008માં એક ફતવો પ્રસિદ્ધ કર્યો હતો, જેમાં મુસ્લિમોને યોગસાધનાથી દૂર રહેવાનો આદેશ આપ્યો હતો. આ ફતવા મુજબ, યોગમાં હિંદુ આધ્યાત્મિક તત્વજ્ઞાનના અંશો રહેલા છે, જે ઇશ્વરની ટીકા તરફ દોરી જશે અને એટલે ઇસ્લામના બંદાઓ માટે તે હરામ છે. મલેશિયામાં મુસ્લિમ યોગ શિક્ષકોએ આ ફતવાનો વિરોધ કર્યો હતો અને ઇસ્લામિક સંસ્થાના આ નિર્ણયને "અપમાનજનક" ગણાવ્યો હતો.[૮૦] મલેશિયામાં મહિલાધિકારોના સંગઠન સિસ્ટર્સ ઇન ઇસ્લામએ પણ આ નિર્ણય પ્રત્યે નારાજગી વ્યક્ત કરતાં જણાવ્યું હતું કે તેઓ તેમના યોગ વર્ગો ચાલુ રાખશે.[૮૧] આ ફતવો કહે છે કે યોગસાધન માત્ર શારીરિક વ્યાયામ માટે સ્વીકાર્ય છે, પણ ધાર્મિક મંત્રોના ઉચ્ચારણ વર્જ્ય છે,[૮૨] ઉપરાંત તેમાં જણાવવામાં આવ્યું છે કે ઇશ્વર સાથે એકરૂપતા જેવું તત્વજ્ઞાન ઇસ્લામના દર્શનને અનુરૂપ નથી.[૮૩] તે જ રીતે ઇન્ડોનેશિયામાં એક ઇસ્લામિક સંસ્થા કાઉન્સિલ ઓફ ઉલેમાસ એક ફતવો પસાર કરી યોગમાં હિંદુ તત્વજ્ઞાનના અંશો[૮૪] હોવાના આધારે તેના પર પ્રતિબંધ મૂકી દીધો હતો. આ ફતવાની ભારતમાં દેવબંધી ઇસ્લામિક સંસ્થા દારુલ ઉલુમ દેવબંધએ ટીકા કરી છે.[૮૫]