શીખ ત્રાસવાદીઓ હજુ મંદિરનો ઉપયોગ છુપાઈ જવા કરતા હતા. ૩૦ એપ્રિલ ૧૯૮૬મા ઓપરેશન બ્લેક થંડર-૧ બીએસએફના ૭૦૦ જવાનોએ કરેલું એમાં ૩૦૦ શીખ મિલીટન્ટ પકડાયેલા. ઓપરેશન બ્લેક થંડર-૨, ૯ મે ૧૯૮૮મા કરવામાં આવેલું તે પંજાબ પોલીસ વડા કંવરપાલસિંઘની આગેવાની હેઠળ થયેલું. તે વખતે ૨૦૦ મિલીટન્ટ શરણે થયેલા તે વખતે અજીત દોવલ આઈપીએસ ઓફિસર હતા અને શીખ બની મંદિરમાં ત્રાસવાદીઓ સાથે એમના હમદર્દ બનીને રહેલાં. એમની જાસુસી રંગ લાવેલી. ઓપરેશન વુડરોઝ ૧૯૮૪ થી ૧૯૯૨ સુધી ચાલેલું. પંજાબ ચંદીગઢ ડીસ્ટર્બડ એરિયા એક્ટ ૧૯૮૩ લગાવી આર્મીને બેમર્યાદ સત્તાઓ આપવામાં આવેલી. શીખ મિલિટન્ટ હત્યાઓ કરી શેરડીના ખેતરોમાં સંતાઈ જતાં, ફોર્સ બહારથી હુમલા કરે ફાવે નહિ. ખેતરોમાં જીપ કે બીજા વાહન જાય નહિ. ગીલ સાહેબે આઈડિયા માર્યો. ટ્રેકટર પર બુલેટપ્રૂફ કેબીનો બનાવડાવી, હવે ટ્રેકટર તો આરામથી ખેતરમાં ફરી શકે. હજારો યુવાન શીખ મિલીટન્ટ માર્યા ગયા. બાકીના પાકિસ્તાન ભેગા થઈ ગયા. ગીલ સાહેબને ગુપ્ત ફંડ આપવામાં આવેલું. કોંગ્રેસના મુખ્ય મંત્રી બીયંતસિંઘ અને ગીલ સાહેબની જોડીએ સપાટો બોલાવી દીધો. એમાં જોકે પાછળથી બીયંતસિંઘની એમની કાર બોમ્બ વડે ઉડાવી હત્યા કરી દેવાઈ હતી.