ટીકાકારોના સૌથી ગંભીર આરોપોમાં જીએમઓના એન્ટીબાયોટીક પ્રતિરોધક "સુપરબ્યુગ" અને જંતુનાશક-પ્રતિરોધક "સુપરવેડ્સ" ના ઉદભવને ઉત્તેજીત કરવાની સંભવિતતા છે જેમાં વધુને વધુ શક્તિશાળી દવાઓ અને જોખમી કેમિકલ્સનો ઉપયોગ કરવાની જરૂર છે.