૧૯૩૯ માં બીજું વિશ્વયુધ્ધ શરૂ થયું. યુધ્ધ દરમ્યાન war economy ની જરૂરીઆતને પહોંચી વળવા વીસ હજાર જેટલી લેબરકેંપ્સમાં, લગભગ કેદી હાલતમાં રહેતા યહુદીઓ પાસેથી જાનવરોની જેમ કામ લેવામાં આવતું. જે કામ કરવાની આનાકાની કરે અથવા જે કામ કરવા અસમર્થ હોય એને મોતને ઘાટ ઉતારી દેવામાં આવતા. યુધ્ધ દરમ્યાન પણ એમની માનવજાતીને શુધ્ધ કરવાની યોજના વણથંભી ચાલુ રહી. જુન ૧૯૪૧ માં એમણે નિર્ણય લીધો કે આ ધ્યેય હાંસિલ કરવાનો એક જ ઉપાય છે, અને તે ઉપાય એટલે બધા યહુદીઓને મારી નાખવા. આને એમણે અંતીમ ઉપાય (Final Solution) નામ આપ્યું. આ નિર્ણયનો યોજનાબધ્ધ રીતે અમલ કરવા એમણે છ જગ્યાએ આવા લોકોને એકઠા કરવાની શરૂઆત કરી અને આ જગ્યાઓને Concentration Camps એવું નામ આપ્યું. આ જગ્યાઓ એટલે અજ્યુવિજ, બેલજેક, કેલ્મનો, મજદાનેક, સોબીબોર અને ટ્રેબ્લીંકા. આ બધા કેમ્પ પોલેન્ડમાં હતા. આમ તો પ્રથમ આવી કેમ્પ ૧૯૩૩ માં ડાચુમાં ખોલવામાં આવેલી, પણ ત્યાં લોકોને મારી નાખવાની પ્રક્રીયા શરૂ થઈ ન હતી. આ અને આવી કેમ્પસમાં કેદીઓને સખત મજૂરી કરાવવામાં આવતી, કલ્પનાતિત શારીરિક અને માનસિક યાતનાઓ આપવામાં આવતી અને એમની ઉપર ક્લીનીકલ પ્રયોગો કરવામાં આવતા.