મોરારજી દેસાઈ એ સમયે પણ મંત્રી મંડળમાં શામેલ ન થયા પરંતુ એક વર્ષની અંદર જ કોંગ્રેસ પાર્ટીના સમીકરણ બદલાવવાનાં શરુ થઈ ગયા હતા. સિન્ડિકેટ ઈન્દિરા ગાંધીને વડાપ્રધાનની ખુરશી પર બેસાડવામાં સફળ રહ્યું. એ જ સિન્ડિકેટને ઈન્દિરા ગાંધીએ ધીરે ધીરે દુર કરવાનુ શરુ કરી દીધું હતું. આ વચ્ચે ૧૯૬૭માં લોકસભાની ચૂંટણી થઈ. આ ચૂંટણીમાં કોંગ્રેસને જીત તો મળી, પરંતું, જીતની સરસાઈ વધારે ન હતી. આવી પરિસ્થિતિમાં મોરારજી દેસાઈએ પોતાની જાતને વડાપ્રધાન પદ માટે આગળ ન ધરી પરંતુ ઈન્દિરા ગાંધીને સિન્ડિકેટના દબાવ હેઠળ પોતાની સરકારમાં મોરારજી દેસાઈને ઉપવડાપ્રધાન પદે રાખવા જ પડયા.