પછી ભલે તે રાષ્ટ્રપતિ મહાત્મા ગાંધીના હત્યારા નાથુરામ ગોડસેને દેશભક્ત ગણાવવાનું હોય, વિપક્ષી નેતાઓ પર ભાજપના નેતાઓ પર મારક શક્તિનો ઉપયોગ કરવાનું નિવેદન હોય, સાધ્વી પ્રજ્ઞા ઘણી વખત વિવાદોમાં રહ્યા છે.