1847 માં મેજર જનરલ વિનફિલ્ડ સ્કોટની સેના સાથેની સેવા, જોહન્સ્ટને મેક્સિકો સિટી સામેની ઝુંબેશમાં ભાગ લીધો શરૂઆતમાં સ્કોટના સ્ટાફના ભાગરૂપે, તેમણે પાછળથી પ્રકાશ ઇન્ફન્ટ્રીની રેજિમેન્ટના આદેશમાં બીજા ભાગ તરીકે સેવા આપી હતી.