એવું માનવામાં આવે છે કે જીવનમાં પ્રારંભિક બેક્ટેરિયા અને અન્ય જીવાણુના પૂરતા પ્રમાણમાં એક્સપોઝર ન હોઈ શકે EoE ના અન્ડરલાઇંગ કારણ હોઇ શકે છે.