નેહરુથી કાશ્મીરને તથા લઘુમતીઓને પંપાળવાની નીતિઓ સામે રાષ્ટ્રવાદી ઉદારતાના ઉચ્ચતમ વિચારો આપનારાઓમાં રાજકીય ક્ષેત્રે ડૉ. મુખર્જી સૌથી મોટું બળ હતાં.