બેક્ટેરિયાની સૌથી વધુ વસતિ ફિલ્ટરમા જોવા મળે છે. કાર્યક્ષમ ગાળણ મહત્ત્વનું છે. ઘણીવાર ફિલ્ટરને ઘસીઘસીને સાફ કરવાથી પણ માછલીઘરનું જૈવિક સંતુલન ખોરવાઇ જાય છે. માટે, મિકેનિકલ ફિલ્ટરને એક્વેરિયમના પાણીની બહાર ડોલમાં સાફ કરવું હિતાવહ છે જેથી નાઇટ્રેટ સમસ્યા ઉભી કરતા કાર્બિનક પદાર્થો દૂર થાય અને બેક્ટેરિયાની વસતિ જળવાઇ રહે. અન્ય સલામત પદ્ધતિમાં પ્રત્યેક સર્વિસ સમયે ફિલ્ટર મિડીયાના અડધા ભાગની જ સફાઇનો સમાવેશ થાય છે.