મદરેસાઓને ભારતમાં શંકાની નજરે જાવામાં આવે છે કેમ કે કેટલાય કિસ્સાઓમાં મદરેસાઓમાંથી તાલીમ લીધેલા લોકો ત્રાસવાદી ઘટનાઓ સાથે સંકળાયેલા જાવા મળ્યા છે.