લગ્ન ઝડપથી લેવાયાં અને સાદાઈથી ઊજવાઈ ગયાં. સામાન્ય રીતે લગ્નવિધિ છોકરીવાળાને ત્યાં થાય, તેને બદલે ખાસ કશી મોટી ધામધૂમ વગર લગ્ન જોડાસાંકોના ઘરે ઉકેલાયું. કન્યાનું પિયરનું નામ હતું ‘ભવતારિણી’. મોટાભાઈ દ્વિજેન્દ્રનાથે સાસરવાસનું નવું નામ આપ્યું ‘મૃણાલિની’. રવીન્દ્રનાથે ‘જીવનસ્મૃતિ’માં ઘણીઘણી બાબતો વિષે વિસ્તારથી લખ્યું છે, પણ તેમનાં લગ્ન વિષે ફક્ત એક જ વાક્ય લખ્યું છે : ‘કારાવારથી આવ્યા પછી થોડા જ સમયમાં 9-12-1883ના દિવસે મારાં લગ્ન થયાં, ત્યારે મારે ઉંમર બાવીસ વર્ષની હતી.’ એ સિવાય લગ્ન કે મૃણાલિનીદેવી વિષે ક્યાંય કશો ઉલ્લેખ નથી. લગ્ન પછી મૃણાલિનીદેવી એકાદ મહિનો જોડાસાંકોના ઘરે રહ્યાં. તે પછી ચૌરંગી નજીકના બીરજી તળાવના પોતાના ઘરે જ્ઞાનનંદિનીદેવી તેમને લઈ ગયાં. રવીન્દ્રનાથને પણ સાથે લીધા. મૃણાલિની લૉરેટો ઈંગ્લિશ સ્કૂલમાં અભ્યાસ કરે તેવું જ્ઞાનદાનંદિનીએ ગોઠવ્યું હતું. જ્ઞાનદાનાં પુત્રી ઈન્દિરા પણ તે જ શાળામાં હતાં. મૃણાલિની ઈન્દિરાની જેમ આધુનિક કેળવણી મેળવે તથા સાહિત્ય, સંગીત, કળા વગેરેમાં રસ કેળવે, તેવું જ્ઞાનદાનંદિની ઈચ્છતાં હતાં. રવીન્દ્રનાથે પણ મૃણાલિનીને સાહિત્ય-સંગીતમાં રસ લેતાં કરવા પ્રયત્નો કરેલા, પણ જ્ઞાનનંદિની તેમજ રવીન્દ્રનાથ સફળ ન થયાં. મૃણાલિની ઝાઝું ભણ્યાં નહીં, સાહિત્ય અને કળા જેવા ઈતર રસ કેળવી શક્યાં નહીં. જોકે મૃણાલિની સારાં ઘરરખ્ખુ પત્ની બની રહ્યાં. કુટુંબમાં તે સારી રીતે ભળી ગયાં. કુટુંબમાં બધાં તેમનાથી પ્રસન્ન હતાં. તેમણે રવીન્દ્રનાથને સંભાળ સારી રીતે રાખી, પાંચ સંતાનો આપ્યાં. શાંતિનિકેતન માટે રવીન્દ્રનાથને નાણાભીડ હતી ત્યારે તેમણે તેમના સર્વ ઘરેણાં વિના સંકોચે કાઢી આપ્યાં હતાં. જીવ્યાં ત્યાં સુધી મૃણાલિની પતિની પડખે રહ્યાં.