અલગતાવાદી નેતા સૈયદઅલીશાહ ગિલાની ફરતે પણ એનઆઇએ દ્વારા હવે ગાળિયો મજબૂત કરવામાં આવ્યો છે. તેમની સામે પણ એફઆઇઆર દાખલ કરવામાં આવી છે. ઇન્ડિયા ટુડેએ સ્ટિંગ ઓપરેશન હાથ ધરીને કાશ્મીરમાં પથ્થરબાજી અને અશાંતિ માટે પાકિસ્તાની ફં‌િડંગનો પર્દાફાશ કર્યો હતો, જેમાં પ્રથમ વાર કેમેેરા પર અલગતાવાદી નેતા પાકિસ્તાન પાસેથી રૂપિયા લઇને ખીણમાં હિંસા ભડકાવવાની વાત કબૂલતા દેખાય છે. ત્યારબાદ કેન્દ્ર સરકારે એનઆઇએને આ બાબતમાં તપાસ સોંપી હતી.