આલ્વેરેઝ મેનહટન પ્રોજેક્ટના પાછળના તબક્કામાં પણ સામેલ હતા, જે વિશ્વ યુદ્ધ II ના અંતમાં જાપાન પર પડતા અણુ બૉમ્બનું ઉત્પાદન કરે છે.