જે યુવાન માતાઓ ગર્ભાવસ્થાના પ્રારંભમાં મનોરંજક દવાઓનો ઉપયોગ કરે છે અથવા જે ધૂમ્રપાન કરાવતી હોય તે એક ગેસ્ટ્રોસ્ચેસિસથી જન્મેલું બાળક હોવાનું ઊંચું જોખમ ધરાવે છે, પરંતુ ઘણા કિસ્સાઓમાં, તે અવ્યવસ્થાનું કારણ શું છે તે જાણતું નથી.