સરકારના ઑટોનમસ ઈન્સ્ટીટ્યુટનો – સીબીઆઈ, આરબીઆઈ -  તથા  સુપ્રીમ કોર્ટ  સાથેના સંબંધો પણ અનેક પ્રશ્નો ઊભા કરે છે.