ડાઉન સિન્ડ્રોમ સાથે આશરે 5 ટકા શિશુઓ ગેસ્ટ્રોઇનટેસ્ટીનલ મુદ્દાઓ ધરાવતા હશે જેમ કે આંતરડાઓ (ડ્યુઓડીનલ એરેસિયા) અથવા ગેરહાજર ગુદા ખોલવા (ગુદા આર્ટ્રેસીયા) ની અવરોધ.