એમટીડીએનએ પરીક્ષણ સામાન્ય રીતે હાયપર-વેરિયેબલ પ્રદેશો તરીકે જાણીતા જિનોમના બે ક્ષેત્રોમાં થાય છે: એચવીઆર 1 (16024-16569) અને એચવીઆર 2 (00001-00576) માત્ર HVR1 નું પરીક્ષણથી મોટી સંખ્યામાં મેચો સાથે નીચા રિઝોલ્યુશન પરિણામો પેદા થાય છે, તેથી મોટાભાગના નિષ્ણાતો વધુ ચોક્કસ પરિણામો માટે HVR1 અને HVR2 બંનેને પરીક્ષણ કરવાની ભલામણ કરે છે.