બોનાપાર્ટેના સ્પેનમાં દખલગીરીએ પણ મોટી સમસ્યાઓ ઉભી કરી, કારણ કે સ્પેનિશે નેપોલિયનના ભાઈ જોસેફને શાસક સ્વીકારવાનો ઇનકાર કર્યો હતો, તેના બદલે ફ્રાન્સના આક્રમણખોરો સામે પાપી ગેરિલા યુદ્ધ લડ્યા હતા.