સૌથી મોટો સંઘર્ષ તેમના પરિવાર પર ભ્રષ્ટાચારના આક્ષેપોનો હતો. તેમની ત્રીજી પત્નીની દીકરી કનીમોડી સામે 2જી સ્પેક્ટ્રમનો મસમોટા કૌભાંડનો આરોપ મૂકાયો હતો. તે આરોપમાંથી તે છુટ્ટી શક્યા, પણ ભ્રષ્ટાચારનો ડાઘ ઘોવો સહેલો નથી. એ જ રીતે તેમના ભત્રીજાઓ દયાનિધિ અને કલાનિધિ મારને અબજો રૂપિયાનું સામ્રાજ્ય જમાવ્યું છે. સમગ્ર તામિલનાડુમાં કેબલ ઇન્ડસ્ટ્રી પર અને ટીવી ચેનલો પણ તેમનો કબજો છે. ટેલિકોમમાં પણ મારનબંધુઓએ મોટા ગોટાળા કર્યા હતા. કૌટુંબિક સંઘર્ષ પણ વધ્યો હતો, કેમ કે બે પત્નીના ત્રણ સંતાનો વચ્ચે રાજકીય વારસા માટે સતત લડાઇ ચાલતી હતી. બીજી પત્નીના બે દીકરા અલાગીરી અને સ્ટાલિન વચ્ચે અને ત્રીજી પત્નીની દીકરી કનીમોડી વચ્ચે સંઘર્ષ ચાલતો રહ્યો હતો. તે સંઘર્ષમાં કામચલાઉ ધોરણે એમ. કે. સ્ટાલિનનું જૂથ આગળ છે, કેમ કે અલાગીરીની તો પક્ષમાં જ હકાલપટ્ટી કરી દેવાઈ હતી. કનીમોડી સ્વતંત્ર રીતે પક્ષ ચલાવી શકે એવી સ્થિતિમાં નથી એથી તેણે બેમાંથી એક ભાઈની સાથે રહેવાની અને દિલ્હીમાં પક્ષનું પ્રતિનિધિત્વ કરવાની જ ભૂમિકા પસંદ કરવાની રહે છે.