હકીકત એ છે કે ક્રોહન રોગ સાથેના અંગો વ્યવસ્થિત રીતે અસરગ્રસ્ત છે તે વૈજ્ઞાનિકોને આ વિચારને ધકેલી દે છે કે આ રોગવિજ્ઞાન ઑટોઇમ્યુન પ્રક્રિયાઓ દ્વારા થાય છે.