મોરોક્કોના સાદી શાસક અહમદ પહેલા અલ-મન્સુરે મોકલેલા લશ્કરે 17 ઓગસ્ટ, 1591ના રોજ આ શહેર પર કબજો જમાવ્યો. સોનાની ખાણો શોધવા માટે પાશા મહમુદ બી. ઝારકુનની આગેવાનીમાં કરવામાં આવેલા આ કબજાએ શહેરની સાપેક્ષ સ્વાયત્તતાના યુગનો અંત આણ્યો. આ ઘટનાથી ટિમ્બક્ટુ બૌદ્ધિક અને વિશાળ પ્રમાણમાં આર્થિક પતનમાં પ્રવેશી ચૂક્યું હતું. 1593માં સાદીએ 'બિનવફાદારી'નું કારણ આપી અહમદ બાબા સહિત કેટલાય ટિમ્બક્ટુના વિદ્વાનોની ધરપકડ કરી, અને બાદમાં આ વિદ્વાનોને મારી નખાયાં અથવા તો તેમને દેશનિકાલ કરી દેવામાં આવ્યાં. [૧૩] મોરોક્કન ગવર્નરના બૌદ્ધિક વિરોધના કારણે શહેરના કદાચ સૌથી મહાન વિદ્વાન એવા બાબાને મારાકેશ ભાગી જવા માટે મજબૂર કરવામાં આવ્યા, જોકે ત્યાં પણ તેમણે વિદ્વાન વિશ્વનું સતત ધ્યાન ખેંચવાનું કાર્ય કર્યું.[૧૪] અહમદ બાબા બાદમાં ટિમ્બક્ટુ પરત ફર્યા, જ્યાં 1608માં તેઓ મૃત્યુ પામ્યાં. આ દરમિયાન ટિમ્બક્ટુનું અસામાન્ય પતન તો ચાલુ રહ્યું હતું. તેમાં પણ એટલાન્ટિક પરના વેપારીમાર્ગો વધવાને લીધે (ટિમ્બક્ટુના નેતાઓ અને વિદ્વાનોની સાથેસાથે આફ્રિકાના ગુલામોની હેરફેર) ટિમ્બક્ટુની ભૂમિકા સાવ હાંસિયામાં ધકેલાઇ ગઇ. મોરોક્ટો-ટિમ્બક્ટુ વેપારીમાર્ગો પર કબજો મેળવીને શરૂઆત કરનાર મોરોક્કનો 1780 સુધીમાં તો આ શહેર પરનો તેમનો કાબૂ ગુમાવવા લાગ્યા. 19મી સદીની શરૂઆતમાં આ સામ્રાજ્ય વિવિધ આક્રમણોથી શહેરને બચાવવામાં અને તેના પગલે તુઆરેગ (1800), ફુલા (1813) અને તુકુલાર (1840)ના ટૂંકાગાળાનાં શાસનોને પણ ખાળવામાં નિષ્ફળ નીવડ્યું.[૬][૧૩] ફ્રેન્ચો આવ્યા ત્યાં સુધી તુકુલાર શાસનમાં રહેશે કે નહીં[૧૫] અથવા તો તુઆરેગ ફરીથી સત્તાના સૂત્રો સંભાળશે[૧૬] તે બાબતે શંકા-કુશંકાઓ પ્રવર્તી રહી હતી.