ઉછેરવામાં માછલી માછલી અથવા અનાજ ખાય છે તે ભલે ગમે તે હોય, ત્યાં પર્યાવરણીય સમસ્યાઓની વિવિધ પ્રકારની સમસ્યાઓ છે કારણ કે માછલીને કેદની પ્રણાલીમાં ઉછેરવામાં આવે છે જે સમુદ્રો અને નદીઓ જેમાં તેઓ સ્થિત થયેલ છે તેમાં કચરો અને પાણી વહેવડાવવાની પરવાનગી આપે છે.