રાજપક્સે તે સમયે સંરક્ષણ મંત્રાલયમાં હતા અને તેમના માર્ગદર્શનમાં જ શ્રીલંકન સુરક્ષા દળોએ એલટીટીઇ વિરુદ્ધ આક્રમક ઓપરેશન હાથ ધરીને તેમનો સફાયો કરી નાંખ્યો હતો.