નક્કર નિર્ણય લેવા માટે પ્રખ્યાત વાજપાયીને ભારત-પાકિસ્તાનના મતભેદો દૂર કરવાની દિશામાં અસરકારક પહેલ કરવાનું માન જાય છે. આ જપગલાંઓના કારણે તેઓ ભાજપના રાષ્ટ્રવાદી રાજકીય એજન્ડાથી વધીને એક નેશનલ નેતા તરીકે જાણીતા બન્યા. કોંગ્રેસ સિવાયના અન્ય કોઈ પાર્ટીના દેશના સૌથી લાંબા સમય સુધી વડાપ્રધાનપદે રહેનાર વાજપાયીને ભાજપનો ઉદારવાદી ચહેરો માનવામાં આવે છે. વર્ષ 199માં વાજપાયીએ પાકિસ્તાનની મુલાકાત કરી હતી ત્યારે અમુક તેમના જ નેતાઓએ તેમની ટીકા પણ કરી હતી. જોકે તેઓ બસમાં બેસીને લાહોર ગયા હતા. વાજપાયીની આ રાજકીય સફળતાને ભારત-પાકિસ્તાન સંબંધોમાં એક નવાયુગની શરૂઆત માનવામાં આવી હતી. પરંતુ આ દરમિયાન પાકિસ્તાનીસેનાએ ગુપચુપ અભિયાન દ્વારા તેમના સૈનિકોની કારગીલમાં ઘુસણખોરી કરાવી હતી અને તે દરમિયાન થયેલા સંઘર્ષમાં પાકિસ્તાનની હાર થઈ હતી. ચાર દશકા સુધી વિપક્ષમાં રહેનાર વાજપાયી 1996માં પહેલીવાર વડાપ્રધાન બન્યા હતા.