તેમનાં પુત્રી સવિતા મુખર્જીએ પિતાનું મૃત્યુ દાક્તરી ખૂન થયું હોવાનું કહ્યું હતું. ડૉ. મુખર્જી એક એવા પ્રથમ રાષ્ટ્રનેતા હતા જેમણે કાશ્મીર માટે બલિદાન આપ્યું હતું.