જો કે, અલ્ટ્રાસાઉન્ડમાં તેની ખામીઓ છે, જેમ કે: ઘણા પ્રકારનાં કેન્સર ગાંઠોનું નિદાન, અતિરિક્ત વિશ્લેષણ અને અભ્યાસો માટેની આવશ્યકતા, ઉપકરણના સંચાલનમાં સંભવિત ભૂલો, વગેરે.