જન્મજાત હાઇપોથાઇરોડાઇઝમનું સૌથી સામાન્ય કારણ એ થાઇરોઇડ ગ્રંથાનું ખામી અથવા અસામાન્ય વિકાસ છે, જેને ડિઝેનેજેસિસ કહેવાય છે.