1995માં પણ નરેન્દ્ર મોદીને ભાજપના રાષ્ટ્રીય સચિવ પદ પર નિયુકત કરવામાં આવ્યા અને 1998માં સંગઠનના સૌથી મહત્વપૂર્ણ રાષ્ટ્રીય મહાસચિવની જવાબદારી સોંપવામાં આવે છે.