સરદાર પટેલ એવા જુજ કૉંગ્રેસી નેતાઓમાંના એક હતા કે જેમણે ભારતના ભાગલાને મહમ્મદ અલી જીન્નાના નેતૃત્વ હેઠળ ચાલેલી મુસ્લિમ અલગાવવાદની ચળવળના ઉપાય તરીકે અપનાવી લીધો હતો. જીન્ના દ્વારા આયોજાયેલા ‘ડાયરેક્ટ ઍકશન ડૅ’ તેમને ખુબજ ધૃણાસ્પદ લાગ્યો હતો કે જેનાથી દેશભરમાં સાંપ્રદાયીક હિંસા વિફરી હતી, તેમજ બંધારણીયતાના આધારે હિંસા બંધ કરાવવાની તેમની ગૃહ ખાતાંની યોજનાને જ્યારે વાઇસરોયે તેમનો મતાધિકાર વાપરીને અમલમાં મુકાતા રોકી ત્યારે સરદાર ખુબ રોષે ભરાણા હતા. તેમણે મુસ્લિમ લીગના મંત્રીઓને સરકારમાં ભાગ આપવા, તેમજ કૉંગ્રેસની મંજૂરી વિના સામૂહીકરણની જોગવાઈની પરત માન્યતા આપવાના વાઇસરોયના નિર્ણયની આકરી ટીકા કરી હતી. મુસ્લિમ લીગે સરકારમાં આવ્યા પછી જ્યારે વિધાનસભાનો બહિષ્કર કર્યો તથા ૧૬ મેની યોજનાનો અસ્વીકાર કર્યો ત્યારે સરદાર ખુબ રોષે ભરાયા હોવા છતાં તેમને એ વાતની જાણ હતી કે જીન્નાને મુસ્લિમોનો લોકપ્રિય ટેકો હતો અને જીન્ના સાથે કે પછી રાષ્ટ્રવાદીઓની સાથે ખુલ્લા સંઘર્ષમાં ઉતરવાથી હિંદુ-મુસ્લિમ વચ્ચે આન્તરવિગ્રહની વિનાશક પરિસ્થિતિ ઉભી થવાની શક્યતા હતી. સરદારના મત પ્રમાણે જો વિભાજીત તેમજ નબળી સરકાર અસ્તિત્વમાં હોત તો તેનાથી ભારતના વધુ ભાગલા પડવા તેમજ ૬૦૦ રજવાડાઓને પોતપોતની સ્વાત્રંતતા મેળવવા માટે વધુ પ્રોત્સાહનરુપ નીવડી હોત.[૪૦] ડિસેંબર ૧૯૪૬ થી જાન્યુઆરી ૧૯૪૭ની વચ્ચેના મહીનાઓ દરમ્યાન તેઓએ સરકારી સનદી વી. પી. મેનનના સુચન પ્રમાણે તેમની સાથે મળીને મુસ્લિમ બહુમતીવાળા પ્રાંતોમાંથી પાકિસ્તાનું નિર્માણ કર્યું. જાન્યુઆરી તેમજ માર્ચ ૧૯૪૭માં પંજાબ તેમજ બંગાળમાં થયેલા કોમી રમખાણે તેમને વિભાજનના નિર્ણયની આધારભુતતાની વધુ ખાતરી કરાવી. પંજાબ તેમજ બંગાળના હિંદુ બહુમતીવાળા ક્ષેત્રોનો પણ પાકિસ્તાનમાં સમાવેશ કરવામાં આવે તેવી જીન્નાની માંગણીનો સખત વિરોધ સરદારે કર્યો હતો તથા તે પ્રાંતોના ભાગલા કરાવી તેમને પાકિસ્તાનમાં જોડાતા અટકાવ્યા હતા. પંજાબ અને બંગાળના ભાગલા માટે સરદારે દેખાડેલી નિર્ણાયક્તાએ તેમના માટે ભારતીય જનસમુદાયમાંથી ઘણા ચાહકો જીતી આપ્યા કે જેઓ મુસ્લિમ લીગના કરતૂતોથી કંટાળી ચુક્યા હતા, છતાં ગાંધી, નેહરુ, બિનસાંપ્રદાયિક મુસ્લિમો તેમજ સમાજવાદીઓના મતે તે બાબતમાં તેમણે ઉતાવળ કરવા માટેની ટીકા મેળવી હતી. જ્યારે લોર્ડ લુઈ માઉન્ટબેટને આ પ્રસ્તાવની ૩જી જુન ૧૯૪૭ના દિવસે ઘોષણા કરી ત્યારે સરદારે તેને મંજુરી આપી તેમજ નેહરુ અને બીજા કૉંગ્રેસી નેતાઓને પણ તેમ કરવા મનાવ્યા હતા. ભાગલાની યોજના બાબત ગાંધીજીની ગહન વેદનાની લાગણીની તેમને જાણ હોવાથી તેમણે ગાંધીજી સાથે ખાનગી મુલાકાતો દરમ્યાન સંભવિત કૉંગ્રેસ-મુસ્લિમ લીગ વચ્ચેની વાસ્તવિક બિનકાર્યક્ષમ સંધી, વધતી હિંસા તેમજ આન્તરવિગ્રહના ડર વિષે નિખાલસ ચર્ચાઓ કરી હતી. જ્યારે યોજના ઉપર મત લેવા અખિલ ભારતીય કૉંગ્રેસ સમિતિની બેઠક બોલાવવામાં આવી ત્યારે સરદારે કહ્યું હતું કે: