મુસ્લિમ સમુદાયના અન્ય લોકોની જેમ ઝફરભાઇ પણ ગોધરાકાંડના લીધે નરેન્દ્રભાઇ માટે ભારોભાર પૂર્વગ્રહ ધરાવતા હતા.