૨૦૦૯માં કેન્દ્રીય માનવ સંસાધન મંત્રાલયે એક યોજના રજૂ કરી હતી જેમાં યુજીસી અને એઆઇટીસી(ઓલ ઇન્ડિયા ટૅક્નિકલ કાઉન્સિલ)ને બંધ કરીને તેના સ્થાને વધુ સબળ સંસ્થા બનાવવાની વાત કરવામાં આવી હતી. ભારતમાં શિક્ષણ સંસ્થાઓની ગુણવત્તાને લઈને હંમેશના ચિંતન-મનન થતું રહે છે. તેમાં યુજીસીની ધ્યેય પ્રાપ્તિમાં નિષ્ફળતાને લઈને પણ સવાલો કરવામાં આવ્યા છે. ઘણી સમિતિઓએ એવો નિષ્કર્ષ તારવ્યો છે કે યુજીસી શિક્ષણના કામમાં અંતરાયો ઊભા કરવાનું કામ કરે છે. હાયર એજ્યુકેશનની આડેના અવરોધો હટાવવા માટે પ્રોફેસર યશપાલ કમિટી, નેશનલ નોલેજ કમિશન અને હરિ ગૌતમ કમિટીએ યુજીસીને ખતમ કરીને સિંગલ એજ્યુકેશન રેગ્યુલેટર બનાવવાની ભલામણ કરી હતી. શિક્ષણવિદ્દોનું માનવું છે કે યુજીસી માત્ર ગ્રાન્ટ ફાળવવાના કામમાં જ અટવાયેલું રહે છે.