નિંઝા 400માં 400 સીસી, પેરેલલ ટ્વિન એન્જિનનો ઉપયોગ કરવામાં આવ્યો છે, જે 10 હજાર આરપીએમમાં 45 બીએચપી પાવર અને 8 હજાર આરપીએમમાં 38 એનએમ ટોર્ક જનરેટ કરી શકે છે. એન્જિનમાં લિક્વિડ કૂલ્ડ અને ફ્યૂઅલ ઇન્જેક્ટેડનો ઉપયોગ કરવામાં આવ્યો છે. આ બાઇકમાં ફોર વાલ્વ હેડ અને ટ્વિડ ઓવરહેડ કેમશાફ્ટ્સનો ઉપયોગ કરવામાં આવ્યો છે. બાઇકમાં સ્ટાન્ડર્ડ સ્લિપર ક્લચ સાથે 6 સ્પીડ યુનિટ ગિયરબોક્સ આપવામાં આવ્યું છે.