"પ્રોટોટાઇપ 2" લગભગ દરેક ગેમર રમાય ખેલાડીઓ બીજા ભાગમાં પ્રાપ્ય એક સંપૂર્ણપણે નવી, અત્યંત શક્તિશાળી મહાસત્તાઓને બન્યા, પ્રથમ ભાગ નાયક બીજા મુખ્ય દુશ્મન હતો.