વર્ષ 1996માં અટલ બિહારી વાજપેયી ગાંધીનગરથી ચૂંટણી લડ્યા, પોતાના મતવિસ્તારને સમય ફાળવી ના શક્યા, જો કે અડવાણીની જીતથી પ્રભાવિત ભાજપના ટોચના નેતાઓએ અમિત શાહ પર વિશ્વાસ મૂકી આ વખતે પણ ચૂંટણી મેનેજમેન્ટની જવાબદારી અમિત શાહને સોંપી. ભાજપની અપેક્ષા ખરી ઠરી અને વાજપેયી અહીંથી વિજયી બન્યા. આ મોટા પડકારો પાર કર્યા બાદ અમિત શાહ રાજકીય સફરને વેગ મળ્યો.