સૌથી સામાન્ય આડઅસર થાક છે, પરંતુ એવું લાગ્યું છે કે પરંપરાગત કિરણોત્સર્ગ ઉપચાર કરતાં આડઅસરો વધુ સહ્ય હશે, ખાસ કરીને પેન્ટિલ બીમ સ્કેનીંગ જેવા પ્રોટોન બીમ ઉપચારના નવા સ્વરૂપો સાથે.