વાજપેયીજીના નેતૃત્વમાં બીજેપીએ ઓપરેશન બ્લ્યુ સ્ટાર અને શીખ વિરોધી તોફાનોની નિંદા અને વિરોધ સો પીડિતોને ન્યાય અપવાવવાનું સંઘર્ષી કાર્ય કર્યું.