રાહુલે મોદી સરકાર સીબીઆઈ, ચૂંટણી પંચ, કેગ, રીઝર્વ બેંક જેવી સ્વાયત્ત સંસ્થાઓનો પોતાના રાજકીય લાભ માટે દૂરપયોગ કરી રહ્યાનો આક્ષેપો પણ કર્યા હતા.