માછલીઘર શોખિનો જેને નાઇટ્રોજન ચક્ર કહે છે તે એક સંપૂર્ણ ચક્રનો માત્ર એક ભાગ છેઃ પ્રણાલીમાં નાઇટ્રોજન ઉમેરાવો જ જોઇએ (સામાન્ય રીતે ટાંકીમાં વસતા પ્રાણીનો આપવામાં આવતા ખોરાક દ્વારા) અને પ્રક્રિયાના અંતે નાઇટ્રેટ સંચયિત થાય છે અથવા છોડના બાયોમાસમાં બંધાય છે. નાઇટ્રેટની સાંદ્રતા વધ્યા બાદ માછલીઘર સંભાળકર્તાએ પાણી દૂર કરવું જોઇએ અથવા નાઇટ્રેટ્સમાંથી ઉગેલા છોડ દૂર કરવા જોઇએ.શોખના માછલીઘરોમાં ઘણીવાર કચરાને યોગ્ય રીતે ડિનાઇટ્રિફાય કરવા માટે પુરતા પ્રમાણમાં બેક્ટેરિયાની વસતિ હોતી નથી. આ સમસ્યા ઘણીવાર બે ફિલ્ટરેશન દ્વારા ઉકેલી શકાય છે: સક્રિય કાર્બન નાઇટ્રોજન સંયોજન અને અન્ય ઝેરી તત્વોને ગાળે છે અને શોષે છે અને જ્યારે જૈવિક ફિલ્ટર બેક્ટેરિયલ કોલોનાઇઝેશન વધારવા માટે એક માધ્યમ પુરું પાડે છે. સક્રિય કાર્બન અને એમોનિયાનું શોષણ કરતા રેઝિન્સ જેવા અન્ય પદાર્થો જ્યારે તેમના છિદ્રો પુરાઇ જાય છે ત્યારે કામ કરતા અટકી જાય છે. માટે આ પદાર્થો નિયમિત રીતે બદલાતા રહેવા જોઇએ.નવા માછલીઘરમાં ઘણીવાર અપુરતા લાભકારક બેક્ટેરિયાને કારણે નાઇટ્રોજન ચક્ર સાથે સંકળાયેલી સમસ્યા હોઇ શકે છે.[૪૭] માટે તાજા પાણીમાં માછલી રાખતા પહેલા તેને પરિપકવ કરવું જોઇએ. આ માટે ત્રણ અભિગમ છેઃ "માછલીરહિત ચક્ર", "શાંત ચક્ર" અને "ધીમી વૃદ્ધિ".માછલીરહિત ચક્રમાં ટાંકીમાં બેક્ટેરિયાને ખોરાક આપવા વસતી નહીં ધરાવતી ટાંકીમાં એમોનિયાની થોડી માત્રા ઉમેરવામાં આવે છે. પ્રક્રિયા દરમિયાન, પ્રગતી પર નજર રાખવા એમોનિયા, નાઇટ્રાઇટ, અને નાઇટ્રેટના સ્તરનું પરીક્ષણ કરાય છે. "શાંત" ચક્રમાં માછલીઘરમાં ઝડપથી વૃદ્ધિ પામતા જલીય છોડને મોટા પ્રમાણમાં રાખવામાં આવે છે અને નાઇટ્રોજન વાપરવા માટે તેમના પર આધાર રાખવામાં આવે છે. અને જરૂરી બેક્ટેરિયાની વસતીને વિકસવા માટે પુરતો સમય આપવામાં આવે છે. એનિક્ડોટર અહેવાલ મુજબ, છોડ નાઇટ્રોજનયુક્ત કચરાનો એટલી કાર્યક્ષમતાથી વપરાશ કરે છે કે પરંપરાગત ચક્રીય પદ્ધતિમાં જોવા મળતું એમોનિયા અને નાઇટ્રાઇટ સ્તર મોટા પાયે ઘટાડે છે અથવા અદ્રશ્ય કરે છે. "ધીમી વૃદ્ધિ"માં 6થી 8 સપ્તાહના સમયગાળામાં માછલીની વસતિ ધીમે ધીમે વધારવામાં આવે છે અને બેક્ટેરિયા કોલોનીને માછલીના કચરામાં વધારા સાથે વૃદ્ધિ પામવા અને સ્થિર થવા સમય આપવામાં આવે છે.