જો કે, જેઓ માનસિક રીતે પુખ્ત નથી તેમજ દરેક સાધારણ પ્રક્રિયા અંગે સચોટ પ્રતિક્રિયા આપવા અંગે સભાન ન હોય એવા બાળકો અને કેટલાક ખાસ પ્રકારના મનોરોગીઓ માટે fMRI પદ્ધતિ એટલી સચોટ નથી નીવડી.