સમીરખાન ત્યારબાદ પાકિસ્તાન જતો રહ્યો હતો. લાંબો સમય પાકિસ્તાન રહ્યા પછી ૨૦૦૨માં અમદાવાદ પરત ફર્યો હતો. ક્રાઇમ બ્રાંચના તત્કાલીન ડીસીપી ડી.જી.વણજારાને સમીરખાનની માહિતી મળતા પોલીસ ઇન્સ્પેક્ટર તરુણ બારોટ અને કે.એમ.વાઘેલાની ટીમે તેની ધરપકડ કરી હતી. સમીરખાન ઉપર આરોપ મુક્યા હતા કે તે જૈશે-એ-મહંમદનો આતંકવાદી છે અને નરેન્દ્ર મોદીની હત્યા કરવા માટે આવ્યો છે.