જનનાતન એન્ડોમિથિઓસિસના સર્જીકલ સારવારમાં એન્ડોમિથિઓસના ફિઓસને દૂર કરવા માટે અંગ-સંરક્ષક કામગીરી (લેપ્રોસ્કોપિક અથવા લેપરોટોમીક) ચલાવવાનો સમાવેશ થાય છે, જો તે શક્ય ન હોય તો, ગર્ભાશયના ઉપગ્રહને સંપૂર્ણ રીતે દૂર કરવું.