મેથોટર્ૅકસેટ ગંભીર જન્મના ખામીઓનું કારણ બની શકે છે અને ગર્ભાવસ્થા દરમિયાન અથવા ગર્ભવતી થવાની યોજના કરતી સ્ત્રીઓ દ્વારા લેવામાં આવવી જોઈએ નહીં.