જોકે, સપ્ટેમ્બર ૨૦૦૮માં પ્રથમ અહેવાલમાં જ કમિશને ગોધરાકાંડ પૂર્વ આયોજિત ષડયંત્ર હોવાનું તારણ દર્શાવવા સાથે મુખ્ય પ્રધાન મોદીને ક્લિનચિટ આપી હતી.