એક સિદ્ધાંત એ છે કે ક્લસ્ટર માથાનો દુખાવો હાયપોથાલેમસમાંથી ઉદ્દભવે છે - એક વ્યક્તિની ઊંઘ અને સર્કેડિયન લયના નિયમનકર્તા.