સર્જરી એ આઇબીડી (IBD) ને સારવાર માટે પણ એક માર્ગ છે, અને બંને ક્રોહન રોગ અને અલ્સેટરેટિવ કોલેટીસ માટે, વિવિધ પ્રકારના સર્જરીને સારવાર તરીકે ઉપયોગમાં લેવાય છે.