કારકિર્દીના પ્રારંભમાં ડેવિડ નેલ્બેન્ડિયન ફેડરરનો સૌથી મોટો હરીફ હતો. બંને ખેલાડીઓની જુનિયર સ્તરની કારકિર્દી જબરજસ્ત હતી, ફેડરર જુનિયર વિમ્બલ્ડન બિરુદ જીત્યો હતો અને નેલ્બેન્ડિયન (ફેડરરને હરાવી) યુએસ (US) ઓપનનું જુનિયર બિરુદ જીત્યો હતો. ફેડરર નેલ્બેન્ડિયન સામે સામાન્ય સરસાઈ ધરાવે છે, છતા ફેડરરનો તેની સામેનો વિક્રમ 10-8નો છે, નેલ્બેન્ડિયને વ્યસાયિક ખેલાડી બન્યા બાદ પ્રથમ પાંચ મેચમાં ફેડરરને હરાવ્યો હતો, જેમાં 2003માં ઓસ્ટ્રેલિયન ઓપન અને યુએસ (US) ઓપનના ચોથા રાઉન્ડનો સમાવેશ થાય છે. જો કે બંને વચ્ચેની જોરદાર રોમાંચક મેચ 2005નો શાંઘાઈ માસ્ટર્સ કપ હતો, જ્યારે નેલ્બેન્ડિયને ફેડરર સામે પ્રથમ બે સેટ એકપણ ગેમ જીત્યા વગર ગુમાવી સમગ્ર મુકાબલો છેવટે પાંચમાં સેટમાં ટાઇબ્રેકરમાં જીત્યો હતો. આ પરાજયના લીધે ફેડરર 1984માં જોન મેકેન્રોએ સ્થાપેલા 82-3ના વિક્રમની બરોબરી કરવાથી ચૂકી ગયો હતો. નેલ્બેન્ડિયન, લીટોન હ્યુઇટ અને એન્ડી મૂર્રીએ ફેડરરને 8 વખત હરાવ્યો છે, પણ તેમનાથી વધારે વખત એકમાત્ર રફેલ નાદાલે તેને હરાવ્યો છે.