હુમાયુએ ભાઈ કામરાન પાસે લશ્કરી મદદ માગી, પણ કામરાન તેની સાથે સહમત ન થયો. છતાં હિંમત હાર્યા વગર સૈન્યનો જુસ્સો વધાર્યો અને ૯૦ હજારનું લશ્કર ઊભું કર્યું. સામે શેરશાહ પણ ગંગાના સામે કાંઠે તેની રાહ જોતો સૈન્ય સાથે ઊભો હતો. બંને સૈન્યો પૂરા એક મહિના સુધી સામસામાં પડ્યાં રહ્યાં. યુદ્ધ બાબતે કોઈ પ્રગતિ ન થઈ. ૧૫ મે ૧૫૩૯ના રોજ ભયંકર વરસાદ પડ્યો અને મુઘલ કેમ્પમાં પાણી ભરાઈ ગયું. તેઓ પોતાનું ઠેકાણું બદલે તે પહેલાં મોકાની શોધમાં રહેલા શેરશાહે મુઘલ સેના પર હુમલો કરી દીધો. અણધાર્યા હુમલાથી મુઘલ ફોજને તોપ કે બંદૂકો વાપરવાનો અવકાશ પણ ન રહ્યો. શેરશાહે તેની સેનાને ૭ ભાગમાં વહેંચી હતી અને ખુદ શેરશાહ તેમનું સંચાલન કરી રહ્યો હતો. પરિણામે મુઘલ તોપોને રણમેદાન સુધી લાવવાનું પણ મુશ્કેલ બની ગયું હતું. આખરે અફઘાનોએ એવો તો જબરદસ્ત હુમલો કર્યો કે મુઘલોના છક્કા છૂટી ગયા. મુઘલ સૈનિકો લડવાને બદલે ભાગી છૂટવા મજબુર બન્યા. તેમને રોકવા ખુદ હુમાયુએ પ્રયત્નો કર્યા, પરંતુ મોત ભાળી ચૂકેલા સૈનિકો રોકાયા નહીં. કેટલાક આગ્રા તરફ ભાગ્યા તો સેંકડો સૈનિકો સમેત સેનાપતિ મુહમ્મદ ઝમાન મિર્ઝા પણ જીવ બચાવવા નદીમાં કૂદી પડ્યા. હાથી પર સવાર થઇ નદી પસાર કરવાની હુમાયુની કારી પણ ફાવી નહિ. ખુદ મુઘલ બાદશાહ હુમાયુએ પણ જાન બચાવવા ગંગા નદીમાં પડતું મૂક્યું. હુમાયુના આ જીવન-મરણના સંઘર્ષમાં નિઝામ નામના ભીસ્તીએ મશક પર સવાર કરાવી તેનો જીવ બચાવ્યો હતો. તેના બદલામાં હુમાયુએ આ ભીસ્તીને એક દિવસ માટે મુઘલ બાદશાહ બનાવ્યો હોવાનું પણ દંતકથાઓમાં કહેવાય છે.