નિપાહ વાઇરસનો ચેપ મુખ્યત્વે ચામાચીડિયાથી કે ભૂંડના સંપર્કમાં આવવાથી ફેલાય છે. ચામાચીડિયા આ વાઇરસના કુદરતી આશ્રયસ્થાન છે. આ વાઇરસ તેના પેશાબ, મળ, લાળ તથા ઉત્સગિંક પ્રવાહીમાં જોવા મળે છે. જેના સંપર્કમાં આવવાથી ડુક્કર ચેપગ્રસ્ત થાય છે. નિપાહ વાઇરસના સંપર્કમા આવેલી વ્યક્તિ પણ આ રોગનો ભોગ બને છે.