1998માં વડાપ્રધાન અટલ બિહારી વાજપેઇએ કલામ સાહેબને મંત્રી મંડળમાં સામેલ થવા માટે જણાવ્યું હતું, પરંતુ વિશેષ પ્રોજેક્ટમાં વ્યસ્ત હોવાના કારણે કલામ સાહેબે મંત્રી બનવાનો ઇનકાર કરી દીધો હતો.