સરકારના ઇશારે, અન્ય કોઈ પણ આરોપી માટે જામીન ઉપલબ્ધ હોય છે તે જામીન શંકરાચાર્ય માટે મૅજિસ્ટ્રેટ અને સેશન્સ કોર્ટ અને મદ્રાસ હાઈકોર્ટ દ્વારા નામંજૂર કરાયા. આખરે તેમને સુપ્રીમ કોર્ટમાંથી જામીન મળ્યા, પરંતુ બધી કાર્યવાહીમાં શંકરાચાર્ય અભિમન્યુની જેમ દ્રઢ રહ્યા. છેલ્લે આંધ્રપ્રદેશ હાઈકોર્ટના જજ રેડ્ડીએ શંકરાચાર્યને નિર્દોષ ઠેરવતા કરેલી ટિપ્પણી ફરી યાદ કરવા જેવી છે. રેડ્ડીએ કહ્યું, ‘સરકારે ૨૫૦૦ વર્ષનો ઇતિહાસ ધરાવતાં પ્રાચીન, પ્રતિષ્ઠિત અને તેજસ્વી મઠને લોકનજરમાંથી ઉતારી પાડવાની કોશિશ કરી હતી. તેમને અપમાનિત કરવા અતિ ભારે શબ્દોનો પ્રયોગ થયો. તેમની સાથે કૌરવોની કોર્ટમાં દ્રૌપદી સાથે થયો હતો તેવો વ્યવહાર થયો છે.’