ડો. આર. કે. કંછલના કાર્યકાળમાં મોટાપાયે ગોટાળા ચાલી રહ્યા હોવાના આક્ષેપો થયા હતા જેને કારણે ભારે ઊહાપોહ સર્જાવા પામ્યો હતો.