નોંધનીય છે કે સ્વામી નિત્યાનંદ ઉપર તેમની શિષ્યા અને દક્ષિણ ભારતીય અભિનેત્રી રંજીતાએ બળાત્કારનો કેસ નોંધાવ્યો હતો અને આરોપ મૂક્યો હતો કે સ્વામી નિત્યાનંદ સ્વામી શિષ્યાઓનું યૌન શોષણ કરે છે.