જ્યારે ચોક્કસ આનુવંશિક ક્રમચયોને હજુ ઓળખવામાં આવ્યા નથી, ત્યારે સ્વયંપ્રતિરક્ષા બિમારીઓ ધરાવતા લોકોમાં એક અથવા વધુ પરિવર્તનો હોવાનું માનવામાં આવે છે જે રોગપ્રતિકારક તંત્રને જે રોગકારક કારણોને ઓળખે છે અને નિશાન બનાવે છે તે રીતે ફેરફાર કરે છે.