કેટલાક વિવાદાસ્પદ હોવા છતાં, કેટલાક સંશોધનો સૂચવે છે કે કેટલીક વ્યક્તિઓમાં આઇબીએસ લક્ષણો માટે નાના આંતરડાના અંદર બેક્ટેરિયાના ગુંડાઓ જવાબદાર છે.