કેટલાક કટ્ટર મુસ્લિમ ધાર્મિક નેતાઓએ વંદે માતરમમાં વંદે શબ્દને પ્રાર્થના માની હતી અને કહ્યું હતું કે ઇસ્લામમાં અલ્લાહ સિવાય કોઈ પણ અન્યની પ્રાર્થના (ઇબાદત)ની મંજૂરી નથી આથી તેને ન ગાવું જોઈએ.