મોલેક્યુલર મિમિક્રીમાં, રોગપ્રતિકારક તંત્ર ચેપી એજન્ટ સામે લડતા હોય છે અને ત્યારબાદ તેને શરીરના એક સમાન કોષ સાથે મૂંઝવણમાં મૂકવાનું શરૂ કરે છે અને તેથી તે તેના પર હુમલો કરવાનું શરૂ કરે છે.