બીજું, એમિએડારોન થાઇરોઇડ ગ્રંથિ પર પોતે સીધી ઝેરી અસર કરી શકે છે (થાઇરોઈડિટિસનો એક પ્રકાર ઉત્પન્ન કરે છે), અને ડ્રગ થાઇરોઇડ હોર્મોન્સના કાર્યને પણ ઘટાડી શકે છે (ખાસ કરીને, તે ટી 4 થી ટી 3 નું રૂપાંતરણ ઘટાડી શકે છે અને તે ઘટાડી શકે છે બાઉન્ડિંગ-અને તેથી અસરકારકતા- T3 ના)