જેફર્સન, તેમ છતાં તે કાયમી લશ્કરી દળમાં માનતા ન હતા, બાર્બેરી પાઇરેટ્સ સામે લડવા માટે યુ. એસ. નૌકાદળને મોકલ્યો.