વર્ષ ૨૦૦૭ પછી જુદા જુદા એન્કાઉન્ટર કેસોમાં ગૃહમંત્રી તરીકે તેમનું નામ સાંકળવામાં આવતા ઘણી મુશ્કેલીઓનો સામનો પણ કરવો પડયો હતો.