દક્ષિણ ચીન સમુદ્ર મુદ્દે ભલે ઈન્ડોનેશિયા એક્ટિવ પ્લેયર નથી, પરંતુ નટ્રુના દ્વીપ વિસ્તાર પર તેનો ચીન સાથે વિવાદ છે.