તમામ પ્રત્યક્ષ અને પરોક્ષ ખર્ચને ધ્યાનમાં લેવો જોઈએ અને ખર્ચને ઓછો અંદાજ ન કરવો અથવા ફાયદાઓનું વધુ પડતું મૂલ્યાંકન ન કરવા માટે કાળજી લેવી જોઈએ. જો કે, એ નોંધવું જોઈએ કે કોસ્ટ બેનિફિટ એનાલિસીસ એક સરળ રોકાણ વિશ્લેષણ સાધન છે અને મર્યાદિત સમયાવધિમાં નાના અને મધ્યમ કદના રોકાણ માટે જ યોગ્ય છે. રોકડ પ્રવાહની જટીલતા અને અનિશ્ચિતતાને લીધે, વિસ્તૃત સમય ગાળામાં વિસ્તરણ કરતી મોટા પાયેના પ્રોજેક્ટ્સ માટે આ યોગ્ય નિર્ણય સાધન તરીકે ગણી શકાય નહીં.