સામાન્ય રીતે, હાયડ્રોફોનિક્સ પર ઉગાડવામાં આવતી શાકભાજીમાં હાનિકારક રચના પ્રક્રિયામાં ઉપયોગમાં લેવાતા રસાયણો પર જ આધાર રાખે છે, પરંતુ પદ્ધતિમાં નહીં.