યાકુબ એ વખતે ભીડમાં સામેલ હોવાનો આરોપ છે, કે જ્યારે 27 ફેબ્રુઆરી 2002ના રોજ ગોધરા રેલવે સ્ટેશનની પાસે સાબરમતી એક્સપ્રેસ ટ્રેનના ડબ્બામાં આગ લગાડવામાં આવી હતી.