રિવોલ્વીંગ ભંડોળની અગાઉની વ્યવસ્થા હેઠળ, દરેક સ્તરે અમલીકરણ કરતી એજન્સીઓને તેમના પોતાના એકાઉન્ટ્સ હતા અને ચૂકવણી કરવા માટે સહીકર્તાઓ નિમ્યા હતાં. સ્થાનિક સંસ્થાઓ દ્વારા વિકેન્દ્રીકૃત વિકાસને મજબૂત કરવા આ રિવોલ્વીંગ ભંડોળની વ્યવસ્થા હતી. NeFMS હેઠળ ફંડ ભારત સરકારના નિયંત્રણ હેઠળના એક ખાતામાં જમા રહે છે, રાષ્ટ્રિય સ્તરેથી જ અમલીકરણ એજન્સીઓને નાણાંની ફાળવણી થાય છે. અમલીકરણ એજન્સીઓ એફટીઓ મારફતે મસ્ટર રોલ મુજબ વેતન માટે દાવા કરે છે. એફટીઓ બન્યા પછી પ્રોગ્રામર ઓફિસર ચુકવણી માટે તેને અપલોડ કરે છે. આ પ્રક્રિયા સપ્લાયર્સને મટિરિયલ ખર્ચ માટેના પેમેન્ટ જેવી જ છે, આ પ્રક્રિયા માનવ હસ્તક્ષેપ વગરની હોવાથી લીકેજથી મુક્ત પણ છે. જો કે, પ્રક્રિયાની કેટલીક નબળાઈઓ પણ છે.