પ્રતિબંધિત સંગઠન જેમ કે, જૈશ-એ-મોહમ્મદ, જમાત-ઉદ-દાવા દ્વારા પણ પાકિસ્તાનમાં અનેક મદરેસાઓ ચલાવવાનો દાવો કરવામાં આવે છે.