બીજી વાત, આ સોફ્ટવેટ આપણા કમ્પ્યુટરમાંની એક સરખી બે ફાઇલ તારવે છે. કેટલીક વાર અમુક ફાઇલ અમુક જગ્યાએ હોય તો જ જે તે પ્રોગ્રામ બરાબર ચાલે છે. આથી પ્રોગ્રામ ફાઇલ્સ, વિન્ડોઝ કે અન્ય સિસ્ટમ ફોલ્ડરમાંની ફાઇલ્સ ડિલીટ કરવા માટે ડુપ્લિકેટ ક્લિનર સોફ્ટવેરનો ઉપયોગ કરવો હિતાવહ નથી.