રસ્તામાં અનેક જગ્યાએ મુઘલ-મરાઠા સૈન્ય વચ્ચે અથડામણો થઇ. નાની-નાની લડાઈઓમાં મુઘલોનો ઘણો દારૂગોળો અને હથિયારો તથા ઘોડા-ઊંટ ખતમ થયાં. સાથે સૈન્ય શક્તિમાં પણ ઘણી નુકસાની વેઠવી પડી હતી. ૯ મે ૧૬૬૦ના રોજ શાઈસ્ત ખાન પુના પહોંચ્યો ત્યારે ચોમાસું શરૂ થઇ ચૂક્યું હતું. આ મોસમમાં મરાઠાઓ સાથે લડવામાં ફાવટ નહીં આવે તેમ વિચારી શાઈસ્ત ખાને પુનામાં વિશ્રામ ફરમાવવાનું નક્કી કર્યું અને ૪૦ દિવસ પુનામાં જ પડ્યો રહ્યો.