સ્વામીનારાયણ સંપ્રદાય માટે પણ આ શિવાલય અનેક રીતે મહત્વનું છે, ભગવાન શ્રી સ્વામીનારાયણ જ્યારે બાલ્યાવસ્થામાં ગૃહત્યાગ કરીને નીકળ્યા ત્યારે ‘નીલકંઠવર્ણી’ નામે ઓળખાતા હતાં, બાલ્યાવસ્થાના સમગ્ર ભારતના એ વિચરણ દરમ્યાન ઈ. સ. ૧૭૯૯ની આસપાસના અરસામાં તેઓ અહીં ચાંચુડા મહાદેવના દર્શને આવ્યા હતાં એવું માનવામાં આવે છે.