નાયડુએ પણ એનડીએના શાસનમાં પોતાની વગ વાપરી જગન સામેના કેસમાં ગાળિયો વધુ મજબૂત બને એ દિશામાં પ્રયત્નો કર્યા હતા, પરંતુ છેલ્લા છ મહિનામાં નાયડુ અને ભાજપ વચ્ચે રાજકીય અંતર ખાસ્સું વધી ગયું.