ખાસ વાત એ છે કે મુખર્જી કૉંગ્રેસ નેતા તરીકે હિન્દુત્વની વિચારધારા અને સાંપ્રદાયિકતાના આરોપોના લીધે RSSના મોટા આલોચક રહ્યા છે.