ફેડરર 2006માં ત્રણ સિંગલ્સ ગ્રાન્ડ સ્લૅમ બિરુદ જીત્યો હતો અને અન્યની ફાઇનલમાં પહોંચ્યો હતો. તેનો એકમાત્ર પરાજય નાદાલ સામે ફ્રેન્ચ ઓપનની ફાઇનલમાં 1-6, 6-1, 6-4, 7-6(4)થી થયો હતો. બંને ટોચના ખેલાડીઓની ગ્રાન્ડ સ્લૅમમાં આ પ્રથમ ટક્કર હતી.[૪૪] ફેડરરે નાદાલને વિમ્બલ્ડન ચેમ્પિયનશિપની ફાઇનલમાં 6-0, 7-6(5), 6-7(2), 6-3થી હરાવ્યો હતો, બસ ત્યારથી બંને વચ્ચેના ઐતિહાસિક મુકાબલાનો પ્રારંભ થયો હતો. ઓસ્ટ્રેલિયન ઓપન ફેડરરે માર્કોસ બેઘડેટિસને 5-7, 7-5, 6-0, 6-2થી હરાવી જીતી હતી,[૪૪] અને યુએસ (US) ઓપનમાં ફેડરરે રોડ્ડીક (2003નો ચેમ્પિયન)ને 6-2, 4-6, 7-5, 6-1થી હરાવી ચેમ્પિયનશિપ જીતી હતી.[૪૪] વધારામાં ફેડરર છ એટીપી (ATP) માસ્ટર્સ શ્રેણી 1000ની ફાઇનલમાં પહોંચ્યો છે અને ચાર સખત સપાટી પર જીતી છે અને બે મેચ માટીની સપાટી પર નાદાલ સામે હાર્યો છે. ફેડરરે ટોક્યોમાં એટીપી (ATP) 500 શ્રેણી જીતી હતી અને તેની કારકિર્દીમાં ત્રીજી વખત વર્ષાંત ચેમ્પિયનશિપ જીતી હતી.[૪૪]