સીબીઆઇની તપાસમાં મક્કા મસ્જિદ અને અજમેરની ખ્વાજા સાહેબની દરગાહમાં થયેલા બ્લાસ્ટમાં હિન્દુ ત્રાસવાદીઓની સંડોવાણીનો ઘટસ્ફોટ થતા અને કેસમાં મુસ્લિમ યુવાનોની સંડોવણી પુરવાર નહીં થતા એસઆઇટી દ્વારા ધરપકડ કરાયેલા સ્થાનિક યુવાઓને કેસમાંથી છોડી દેવામાં આવ્યા હતા.