જો કે  ભારત સરકારની આ એજન્સીએ બુલેટ ટ્રેન પ્રોજેક્ટ માટે ગુજરાત અને મહારાષ્ટ્રમાં ખેડૂતો પાસેથી જમીન સંપાદન કરવામાં તકલીફોનો સામનો કરવો પડી રહ્યો છે.