પૂર્વ તરફ પાછા ફર્યા બાદ ઑડુબોનની સ્વાસ્થ્ય ઘટી જવાનું શરૂ થયું, અને 27 જાન્યુઆરી, 1851 ના રોજ હડસન પર તેમની એસ્ટેટમાં તેઓ મૃત્યુ પામ્યા.