ડોકટર નાઈકની સામે ગેરકાયદેસર પ્રવૃત્તિઓ નિવારણ કાયદો (UAPA) અને ઈપીકો 20(બ), 153(અ), 295(અ),198 અને 505(2) હેઠળ ગુનો નોંધાયો હતો. બાંગ્લાદેશમાં આતંકી હુમલો કરનાર આતંકવાદીઓએ જયારે ઝાકિર નાઈકથી પ્રભાવિત થવાની વાત સ્વીકારી ત્યારે તે 1 જૂલાઈ 2016નાં રોજ ભારતમાંથી ભાગી ગયા હતા. ત્યાર બાદ નવેમ્બર 2016માં ઝાકીરનાં સામે કેસ દાખલ કરવામાં આવ્યા, ત્યારબાદ ડિસેમ્બર 2016માં, કેન્દ્રીય ગૃહ મંત્રાલયે ઝાકિરની એનજીઓ પર પ્રતિબંધ મૂક્યો હતો.