ગંગોત્રી એ અન્ય પવિત્ર નદી ગંગાનું ઉદગમ સ્થાન છે. આ સ્થળ સમુદ્રતટથી આશરે 3,042 મીટરની ઊંચાઈ પર આવેલું છે. ગંગામૈયાનાં મંદિરનું નિર્માણ 18મી સદીમાં ગુરખા કમાન્ડર અમરસિંહ થાપાએ કરાવ્યું હતું, પરંતુ ખરાબ હવામાનને કારણે એ નાશ પામ્યા બાદ જયપુરના મહારાણીએ એનું પુનઃનિર્માણ કરાવ્યું હતું. દર વર્ષે એપ્રિલ-મેથી ઓક્ટોબર વચ્ચેના સમયગાળામાં ગંગોત્રી મંદિર અને ગંગામૈયાનાં દર્શન કરવા લાખો શ્રદ્ધાળુઓ-તીર્થયાત્રીઓ-પર્યટકો આવે છે. ગંગોત્રી મંદિરથી 19 કિ.મી. દૂર, 3,892 મીટરની ઊંચાઈ પર ગૌમુખ ગંગોત્રી ગ્લેશિયરનું મુખ છે, એ જ ભાગીરથી નદીનું ઉદગમ સ્થાન છે. ગંગા એટલે જ ભાગીરથી નદી. અહીંના બર્ફિલા પાણીમાં સ્નાન કરવાથી શાંતિનો અનુભવ થાય છે અને એવી માન્યતા છે કે અહીં સ્નાન કરવાથી પાપ ધોવાઈ જાય છે. ગંગોત્રીથી ગૌમુખ સુધી પગપાળા અથવા ટટ્ટુ પર બેસીને જવાય છે. અહીંના પહાડો પરનું ચઢાણ યમુનોત્રી જેટલું કઠિન નથી. આ સ્થળે શિળાળો કાતિલ ઠંડીવાળો હોય છે, પણ ઉનાળાની ઋતુમાં મોસમ સરસ રહે છે. વરસાદ પણ અવારનવાર પડતો હોય છે.