કોકિડીયોઇમાઇકોસિસનું શરીર પ્રવાહી, સ્ફુટમ, એક્સ્યુડાટ્સ (દા. ત. પુ), અથવા ટીશ્યૂ બાયોપ્સિસની માઇક્રોસ્કોપિક પરીક્ષા દ્વારા નિદાન કરી શકાય છે.