દ્વિતીય વિશ્વ યુદ્ધ સમાપ્ત થયા બાદ ચાર્લ્સ દ ગોલના નેતૃત્વ હેઠળની ફ્રેન્ચ સરકારે આ સંસ્થાનને વધુને વધુ સ્વતંત્રતા આપવા માંડી. થોડા સમય બાદ માલી ફેડરેશનનાં ટૂંકા આયુષ્ય પછી 22 સપ્ટેમ્બર, 1960ના રોજ માલી પ્રજાસત્તાકની અધિકૃત જાહેરાત થઇ. 19 નવેમ્બર, 1968 બાદ 1974માં નવું બંધારણ રચવામાં આવ્યું જેમાં માલીને એક-પક્ષીય રાજ્ય બનાવાયું હતું. [૨૯] ત્યાં સુધીમાં નાઇજર નદી સાથે આ શહેરને જોડતી કેનાલ અતિક્રમી રહેલા રણની રેતીથી ભરાઇ ગઇ હતી. 1973 અને 1985માં સહેલ પ્રદેશમાં ભીષણ દુષ્કાળો પડ્યા જેમાં ટિમ્બક્ટુની આસપાસ બકરાંનાં પશુપાલન પર નભતી તુઆરેગ જાતિ મોટેભાગે ખલાસ થઇ ગઇ. નાઇજરનું પાણીનું સ્તર ઘટતાં ખોરાક પુરવઠો અને વેપારી વહાણો પણ મોડા પડવા લાગ્યા. આ કટોકટીને લીધે ટોમ્બોઉક્ટોઉ પ્રદેશના ઘણા રહેવાસીઓને અલ્જીરિયા અને લિબીયા હિજરત કરવી પડી. જે લોકો બચ્યા હતાં તે ખોરાક અને પાણી માટે યુનિસેફ જેવા માનવતાવાદી સંગઠનોના ભરોસે રહ્યા હતા.[૩૦]