સચિવાલયમાં વહીવટી મહેકમ, તાલીમ કાર્યક્રમ, નાણાકીય જોગવાઈ તેમજ ખર્ચ પર અંકુશ રાખવા તથા સિંચાઇ યોજનાઓની કાર્ય સમિક્ષા તેમજ લોકોની મુશ્કેલીઓ વિગેરે બાબતોની કામગીરી સંભાળે છે. આ કાર્ય કરવા માટે વિભાગના સચિવશ્રીને નાયબ સચિવ, ઉપ સચિવ અને બિન-તાંત્રિક અધિકારીઓ મદદ કરે છે. આ અધિકારીઓને કેટલીક નાણાકીય તેમજ વહીવટી સત્તા આપવામાં આવી છે.