આ સંગઠન ઉપર મુક્તી મોહમ્મદ સઇદની પુત્રી રુબૈયાના અપહરણ, એરફોર્સના અધિકારીઓની હત્યા જેવા સંગીન આરોપ લાગી ચૂક્યા છે.