તાજમહલ પૂરા થયાની તુરંત બાદ જ, શાહજહાંને પોતાના પુત્ર ઔરંગઝેબ દ્વારા પદભ્રષ્ટ કરી, આગરાના કિલ્લામાં નજ઼રબન્દ કરી દેવામાં આવ્યો. શાહજહાંના મૃત્યુ બાદ, તેને તેની પત્નીની બાજુમાં દફનાવી દેવાયો હતો. અંતિમ ૧૯મી સદી થતાં તાજમહલની હાલત ઘણી જીર્ણ-શીર્ણ થઈ રહી હતી.