કેલિફોર્નિયામાં સેવા પછી, જોહન્સ્ટનને બ્રિગેડિયર જનરલ તરીકે બઢતી આપવામાં આવી હતી અને 28 જૂન, 1860 ના રોજ યુ. એસ. આર્મીના ક્વાર્ટર માસ્ટર જનરલની રચના કરવામાં આવી હતી.