ફડનવીસે શિવસેના પ્રમુખ ઉદ્ધવ ઠાકરે સાથે પણ ઘણા પ્રસંગોએ ચર્ચા કરી છે અને તેમને કથિત 'મહાજોડાણ' માટે તૈયાર કરવાનો પ્રયાસ કર્યો છે.