ટ્રેનમાં થયેલા આ હત્યાકાંડની તપાસ પહેલા સ્થાનિક પોલીસે કરી હતી બાદમાં 2008માં સુપ્રીમ કોર્ટે કેસની તપાસ સ્પેશિયલ ઈન્વેસ્ટિગેશન ટીમ (SIT)ને સોંપી. જો કે તે વખતે કોઈ ધરપકડ ન થઈ પરંતુ 94 શખ્સો સામે ફરિયાદ દાખલ થઈ. સ્પેશિયલ SITના જજ જ્યોત્સના યાજ્ઞિકે 94 શખ્સોમાંથી 31ને દોષી ઠેરવ્યા, જ્યારે 63ને નિર્દોષ જાહેર કર્યા. 31 દોષિતોમાંથી 11ને મૃત્યુદંડ આપવામાં આવ્યો જ્યારે 20ને આજીવન કેદની સજા આપવામાં આવી. ગયા વર્ષે ઓક્ટોબર મહિનામાં ગુજરાત હાઈકોર્ટે 11 દોષિતોની ફાંસીની સજાને જન્મટીપમાં ફેરવી. હાઈકોર્ટે રાજ્ય સરકારને આદેશ આપ્યો કે પીડિતોના પરિવારને 10 લાખ રૂપિયાનું વળતર ચૂકવવામાં આવે.