બાબરી મસ્જિદ હિંદુઓને આપીને સમસ્યાનું સમાધાન કરવા માટે મધ્યમમાર્ગી મુસલમાનો તૈયાર હતા, પરંતુ તે બાબતે ખૂલીને કહેવાની કોઈનામાં હિંમત ન હતી. બાબરી મસ્જિદ પર દાવો છોડવાથી સંઘર્ષ ટાળી શકાશે. કેટલાક મુસલમાનોએ એવું પણ વિચાર્યું. આ પ્રકારના વિચારોથી સમસ્યાના સમાધાનની સંભાવના હતી. પરંતુ ખેદ સાથે કહેવાનું કે ઉગ્રપંથી મુસ્લિમ જૂથની મદદ કરવા માટે કેટલાક ડાબેરી ઇતિહાસકારો સામે આવ્યા અને તેમણે મસ્જિદ નહીં છોડવાનો ઉપદેશ આપ્યો. તેમને એ ખબર ન હતી કે તેઓ કેટલું મોટું પાપ કરી રહ્યા છે. જેએનયુના કે.એસ. ગોપાલ, રોમિલા થાપર, બિપિન ચંદ્રા જેવા ઇતિહાસકારોએ કહ્યું કે ૧૯મી સદી પહેલાં મંદિર તોડવાના પુરાવા નથી. તેમણે અયોધ્યાને બૌદ્ધ-જૈન કેન્દ્ર ગણાવ્યું. તેમનો સાથ આપવા માટે આર.એસ. શર્મા, અનવર અલી, ડી.એન. ઝા, સૂરજભાણ, પ્રૉ. ઇરફાન હબીબ વગેરે પણ આગળ આવ્યા. તેમાંથી માત્ર સૂરજભાણ જ પુરાતત્ત્વવિદ્ હતા. પ્રો. આર.એસ. શર્માની સાથે આવેલા કેટલાય ઇતિહાસકારોએ બાબરી મસ્જિદ એક્શન કમિટીના વિશેષજ્ઞો પે કેટલીય બેઠકોમાં ભાગ લીધો. આ કમિટીની કેટલીય બેઠકો ભારતીય ઇતિહાસ અનુસંધાન પરિષદના અધ્યક્ષ પ્રો. ઇરફાન હબીબની અધ્યક્ષતામાં થઈ. કમિટીની બેઠક આ પરિષદના કાર્યાલયમાં આયોજિત કરવાનો તત્કાલીન સદસ્ય સચિવ અને ઇતિહાસકાર પ્રો. એમ.જી.એસ. નારાયણે વિરોધ પણ કર્યો, પરંતુ પ્રો. ઇરફાન હબીબે તેને ગણકાર્યો નહીં. ડાબેરી ઇતિહાસકારોએ અયોધ્યાની વાસ્તવિકતા પર સવાલ ઉઠાવતા સતત લેખો લખ્યા અને તેમણે જનતામાં ભ્રમ અને અસમંજસ પેદા કરી દીધાં. ડાબેરી ઇતિહાસકાર અને તેમનું સમર્થન કરનાર મીડિયાએ સમજૂતીના પક્ષમાં રહેલા મુસ્લિમ બુદ્ધિજીવીઓને પોતાના ઉદાર વિચાર છોડવાની પ્રેરણા આપી. આ જ કારણે મસ્જિદને હિંદુઓ માટે છોડીને સમસ્યાના સમાધાન માટે વિચારી રહેલા મુસલમાનોએ પોતાનો વિચાર બદલી નાખ્યો અને મસ્જિદ નહીં આપવાના પક્ષમાં વિચાર કરવાનું શરૂ કરી દીધું. સામ્યવાદી ઇતિહાસકારોના હસ્તક્ષેપથી તેમના વિચારમાં પરિવર્તન થયું. આ પ્રકારે સમજૂતીનો દરવાજો હંમેશ માટે બંધ કરી દેવામાં આવ્યો. જો સમજૂતી થાત તો હિંદુ-મુસ્લિમ સંબંધ ઐતિહાસિક દૃષ્ટિએ નવા વળાંક પર આવી જાત અને કેટલીય સમસ્યાઓનો સામાજિક હલ પણ નીકળી શકે તેમ હતું. તેનાથી એક વાત સ્પષ્ટ થઈ જાય છે કે મુસ્લિમ-હિંદુ ઉગ્રપંથી જ નહીં, સામ્યવાદી ઉગ્રપંથી પણ રાષ્ટ્ર માટે ખતરનાક છે. પંથનિરપેક્ષ રહીને સમસ્યાને જોવાને બદલે ડાબેરીઓની આંખથી અયોધ્યા મુદ્દાનું વિશ્ર્લેષણ કરીને એક મોટો અપરાધ કરવામાં આવ્યો. તેના માટે રાષ્ટ્રએ ભારે કિંમત ચૂકવવી પડી. ઇતિહાસ સંશોધન પરિષદમાં સમસ્યાનું સમાધાન ઇચ્છનારા લોકો હતા, પરંતુ ઇરફાન હબીબ સામે તેઓ કશું ન કરી શક્યા. સંઘ પરિવારની અસહિષ્ણુતાને પાકિસ્તાનની અસહિષ્ણુતા અને આઈએસનાં નિષ્ઠુર કાર્યો સાથે તુલના કરવામાં ઇતિહાસ સંશોધન પરિષદના કેટલાય સભ્યો સહમત નહીં હોય, પરંતુ વિરોધમાં બોલવા માટે કોઈ તૈયાર ન થયું. અયોધ્યા મુદ્દાના પક્ષ અને વિપક્ષમાં ઇતિહાસકાર અને પુરાતત્વવિદ્ બે જૂથોમાં વહેંચાયેલા હતા.