વધુ ચિંતાજનક, આઇસોટ્રેટિનઇનને ગંભીર જન્મજાત ખામીઓ હોવાનું જાણવા મળ્યું છે, જેમાં ચહેરો, આંખ, કાન, ખોપરી, સેન્ટ્રલ નર્વસ સિસ્ટમ, કાર્ડિયોવાસ્ક્યુલર સિસ્ટમ, અને થિમસ અને પેરાથિઓફાઇડ ગ્રંથીઓનો અસામાન્ય સમાવેશ થાય છે.