ભારતની સુરક્ષા એજંસીઓનું કહેવુ છે કે પાકિસ્તાનની ખુફિયા એજંસી આઇએસઆઇ સાથે પણ હરમિન્દર સિંહ જોડાયેલો છે. આઇએસઆઇ પાસે હરમિન્દર ટ્રેનિંગ લઇ ચૂક્યો છે અને આતંકી ગતિવિધિઓને અંજામ આપવા માટે તેણે ફંડની પણ મદદ લીધી. તે ઘણી વાર પાકિસ્તાન ગયો છે.