જો કે મોટાભાગના લોકો જાપાનીઝ એન્સેફાલીટીસથી ચેપ લગાવે છે, તેઓ લક્ષણોનો અનુભવ કરતા નથી, જાપાનીઝ એન્સેફાલીટીસ મગજની ચેપ પેદા કરી શકે છે.