પાણીમાં એમોનિયાનું સ્તર કેટલું છે તેનું પણ નિકટથી નિરિક્ષણ થવું જોઈએ કારણ કે તેના વધારે પડતા સ્તરને કારણે માછલીઓ મરી શકે છે. બજારમાં ખાસ બનાવેલા એમોનિયા રિમુવર્સ મળે છે જે એમોનિયાને ફિલ્ટર તેની પ્રક્રિયા શરૂ કરે ત્યાં સુધીમાં તેને બિન ઝેરી બનાવે છે. આકસ્મિક જરૂરિયાતના સમય માટે માછલીઘર રાખનાર તાત્કાલિક ઉપયોગ માટે એમોનિયા રિમુવર આસપાસ રાખે તે સલાહ ભર્યું છે.પાણીને શુદ્ધ કરનાર તત્વોનો ઉપયોગ પાણીને સ્વચ્છ કરવા માટે કરવો જોઈએ જે રાસાયણિક અથવા જૈવિક પ્રક્રિયાને કારણે ફીણવાળું કે ડહોળુ થઈ જતુ હોય છે. વધારે પડતો ખોરાક અથવા માછલીના મૃત્યુને કારણે અચાનક કુદરતી કચરામાં વધારો થાય છે જે જૈવિક અસરમાં પરિણમી શકે છે. વોટર ક્લેરિફાયર આવા કિસ્સામાં મદદરૂપ થાય છે. જોકે, તેની જરૂર વારંવાર પડતી નથી કારણ કે પાણી વધારે પડતુ ડહોળુ થાય તો તેનો અર્થ છે કે ફિલ્ટર્સ અથવા શુદ્ધિકરણના માધ્યમો બરાબર કામ કરતા નથી અને તેને બદલવા જોઈએ.