26 નવેમ્બર 2005ના રોજ ગાંધીનગર પાસે થયેલા સોહરાબુદ્દીન બનાવટી એન્કાઉન્ટર કેસે અમિત શાહ પર ગ્રહણ લગાવી દિધું. આ કેસમાં સીબીઆઇએ અમિત શાહ અને ગુજરાતના કેટલાક પોલીસ ઓફિસરો વિરૂદ્ધ ચાર્જશીટ દાખલ કરી છે. 25 જુલાઇ 2010ના રોજ અમિત શાહ આ કેસમાં ધરપકડ કરવામાં આવી અને તેમને ત્રણ મહિના સુધી સાબરમતી જેલમાં રહેવું પડ્યું. તેમને જામીન તો મળી ગયા પરંતુ ગુજરાત જવા પર કોર્ટે પ્રતિબંધ લગાવી દિધો. સપ્ટેમ્બર 2012માં સુપ્રીમ કોર્ટે આ પાબંધી હટાવી દિધી, પરંતુ કોર્ટે કેસને મુંબઇ ટ્રાંસફર કરી દિધો. જો કે અમિત શાહ પોતાને નિર્દોષ ગણાવે છે.