પ્રથમ તબક્કામાં કમિશને ગોધરામાં ટ્રેન પર થયેલા હુમલાની તપાસ કરી હતી, જેમાં કહેવામાં આવ્યું હતું કે તે એક પૂર્વ આયોજિત હુમલો હતો.