એનએમસી નીચે ચાર સ્વાયત્ત બોર્ડ રહેશે જેમ કે અંડર ગ્રેજ્યુએટ મેડિકલ એજ્યુકેશન બોર્ડ, પોસ્ટ ગ્રેજ્યુએટ મેડિકલ એજ્યુકેશન બોર્ડ, મેડિકલ એસેસમેન્ટ અને રેટિંગ બોર્ડ અને એથિક્સ અને મેડિકલ રજિસ્ટ્રેશન બોર્ડ.