atepeq/tico19 huggingface dataset:
This extended surveillance comprises of five components: (1) Recording in medical records of anyone suspected to have or who has been exposed to COVID-19.
Этот расширенный эпидемиологический надзор состоит из пяти компонентов: (1) Записи в учетно-медицинских картах лиц с подозрением на контакт или контактировавших с носителями COVID-19.
Computerized medical records suppliers have within a week of request created new codes to support this.
В течение недели после обращения поставщики компьютеризованных учетно-медицинских карт создали новые коды для поддержки этой инициативы.
(2) Extension of current virological surveillance and testing people with influenza-like illness or lower respiratory tract infections (LRTI)—with the caveat that people suspected to have or who have been exposed to COVID-19 should be referred to the national containment pathway and not seen in primary care.
(2) Расширение существующего вирусологического эпидемиологического надзора и тестирование людей с гриппоподобными заболеваниями или инфекциями нижних дыхательных путей — с пояснением, что лица с подозрением на контакт или контактировавшие с COVID-19 должны направляться по национальному маршруту сдерживания и не появляться в отделении неотложной медицинской помощи.
(3) Serology sample collection across all age groups.
(3) Сбор серологических проб по всем возрастным группам.
This will be an extra blood sample taken from people who are attending their general practice for a scheduled blood test.
Это будет дополнительный забор крови, взятый у людей, посещающих своего врача с целью проведения планового анализа крови.
The 100 general practices currently undertaking annual influenza virology surveillance will be involved in the extended virological and serological surveillance.
Сто кабинетов общей практики, осуществляющих в настоящий момент ежегодный вирусологический эпидемиологический надзор, примут участие в расширенном вирусологическом и серологическом эпидемиологическом надзоре.
(4) Collecting convalescent serum samples.
(4) Сбор проб сыворотки, взятых в период выздоровления.
We have the opportunity to escalate the data extraction to twice weekly if needed.
У нас есть возможность при необходимости проводить экстракцию данных дважды в неделю.
Swabs and sera will be analyzed in PHE reference laboratories.
Мазки и сыворотка будут анализироваться в референтных лабораториях PHE.
General practice clinical system providers have introduced an emergency new set of clinical codes to support COVID-19 surveillance.
Поставщики клинических систем общей практики включили дополнительный новый набор клинических кодов для поддержки эпидемиологического надзора COVID-19.
Additionally, practices participating in current virology surveillance are now taking samples for COVID-19 surveillance from low-risk patients presenting with LRTIs.
Кроме того, врачи, участвующие в текущем вирусологическом эпидемиологическом надзоре, сейчас отбирают для эпидемиологического надзора пробы на COVID-19 у пациентов из группы низкого риска, обращающихся с инфекциями нижних дыхательных путей.
Within the first 2 weeks of setup of this surveillance, we have identified 3 cases: 1 through the new coding system, the other 2 through the extended virology sampling.
За первые две недели с начала этого эпидемиологического надзора мы выявили три случая: 1 благодаря новой системе кодирования, а 2 других благодаря расширенному отбору вирусологических проб.
We have rapidly converted the established national RCGP RSC influenza surveillance system into one that can test the effectiveness of the COVID-19 containment policy.
Мы быстро преобразовали существующую национальную систему RCGP RSC эпидемиологического надзора за гриппом в систему, способную тестировать эффективность политики сдерживания COVID-19.
The extended surveillance has already seen the use of new codes with 3 cases reported.
В рамках расширенного эпидемиологического надзора уже применено использование новых кодов для трех случаев, о которых сообщалось.
Rapid sharing of this protocol should enable scientific critique and shared learning.
Быстрое распространение этого протокола должно содействовать научной критике и всеобщему приобретению знаний.
The Royal College of General Practitioners (RCGP) Research and Surveillance Centre (RSC) is a network of general practices (GPs) with a nationally representative population that provides pseudonymized data for weekly surveillance of infectious diseases.
Центр по исследованиям и эпидемиологическому надзору (RSC) Королевского Колледжа врачей общей практики (RCGP) — это сеть врачей общей практики с репрезентативным населением в национальном масштабе, которая обеспечивает обезличенные данные для еженедельного эпидемиологического надзора за инфекционными болезнями.
The disease surveillance program is commissioned by Public Health England (PHE) and covers 37 infectious diseases, including influenza.
Программа эпидемиологического надзора за заболеваниями выполняется по заказу Службы общественного здравоохранения Англии (PHE) и охватывает 37 инфекционных заболеваний, в том числе грипп.
The RCGP RSC and PHE have an established collaboration of over 50 years in influenza and respiratory disease surveillance and are now in their 53rd season of surveillance and analysis.
RCGP RSC и PHE плодотворно сотрудничают в течение 50 лет в области эпидемиологического надзора за гриппом и респираторными заболеваниями, и это уже их 53-й сезон эпидемиологического надзора и анализа.
The RCGP RSC extracts pseudonymized data from a nationally representative sample of over 500 urban and nonurban GPs each week covering a population of over 4 million.
Каждую неделю RCGP RSC экстрагирует обезличенные данные из национальной репрезентативной выборки из более 500 городских и негородских клиник, которые охватывают население более 4 миллионов человек.
Data from these practices are reported online in a weekly return, which includes monitoring weekly rates of influenza-like illness (ILI) and other communicable and respiratory diseases in England.
Данные из этих клиник передаются онлайн в еженедельном отчете, включающем данные еженедельного мониторинга уровней гриппоподобных заболеваний и иных передающихся контактным путем и респираторных заболеваний в Англии.
We also produce an annual report.
Мы также готовим ежегодный отчет.
The RCGP RSC data set includes all coded data and all prescribed items including vaccine exposure.
Набор данных RCGP RSC включает все закодированные данные и заданные параметры, включая охват вакцинацией.
The RCGP RSC conducts virology surveillance each influenza season, with 100 GPs participating in the 2019-2020 season (Figure 1).
RCGP RSC проводит вирусологический эпидемиологический надзор в течение каждого сезона гриппа, и в исследованиях сезона 2019–2020 гг. приняли участие 100 врачей общей практики (рис. 1).
These virology sampling practices are also recruited to be nationally representative (Figure 1).
Этих врачей из вирусологической выборки также отбирают таким образом, чтобы получить национальную репрезентативную выборку (рис. 1).
GPs take nasopharyngeal swabs from persons showing acute respiratory illness within 7 days of the onset of symptoms.
У пациентов с признаками острого респираторного заболевания не позже чем через 7 дней после появления симптомов берут мазок из носоглотки.
Nasopharyngeal swabs are taken from children younger than 5 years showing symptoms of acute bronchitis or bronchiolitis.
Мазок из носоглотки берут у детей младше 5 лет с признаками острого бронхита или бронхиолита.
Additionally, nasopharyngeal samples are taken from anyone 5 years and older showing acute onset of ILI and respiratory synctial virus.
Кроме того, мазок из носоглотки берут у всех пациентов в возрасте 5 лет и старше, у которых имеются признаки острого начала гриппоподобного заболевания и респираторно-синцитиального вируса.
Swabs are tested at the PHE Respiratory Virus Unit for influenza to monitor positivity rates and circulating strains, as well as for measuring vaccine effectiveness.
Мазки исследуют в Отделении респираторных вирусов PHE на наличие гриппа с целью мониторинга уровней и циркулирующих штаммов, а также измерения эффективности вакцины.
The RCGP RSC successfully conducted a pilot collecting serological samples from adults and linking them to a patient’s medical records during the 2018-2019 influenza season.
В течение сезона гриппа 2018–2019 гг. RCGP RSC успешно провел пилотный сбор серологических проб от взрослых и их привязку к медицинским документам пациентов.
This pilot was in collaboration with the PHE Seroepidemiology Unit and added to the residual blood samples submitted to PHE by National Health Service (NHS) laboratories.
Этот пилотный проект проводился в сотрудничестве с Сероэпидемиологическим отделом PHE и дополнил исследование проб крови, переданных PHE лабораторией Национальной службы здравоохранения (NHS).
Serology can provide important information about background population immunity, and sentinel networks can provide a mechanism for systematic data collection and linkage to medical records and health outcomes.
Серология может предоставить важную информацию о фоновом иммунитете населения, а дозорные сети могут обеспечить механизм систематического сбора данных и привязки к медицинским документам и результатам лечения.
The serology pilot has demonstrated the ability of the network to collect serology samples in adults.
Серологический пилотный проект продемонстрировал способность сети собирать серологические пробы у взрослых.
With the COVID-19 outbreak, PHE and RCGP RSC have adapted existing influenza surveillance to monitor the spread of COVID-19 in the community, and this protocol sets out the basis for that collaboration.
Во время вспышки COVID-19 PHE и RCGP RSC адаптировали существующий эпидемиологический надзор за гриппом для мониторинга распространения COVID-19 среди населения, и этот протокол лег в основу этого сотрудничества.
The primary national strategy for COVID-19 infection is containment, with patients who are at high risk managed via the telephone help system NHS111 and the PHE health protection teams, but the RCGP RSC surveillance is entirely separate.
Главной национальной стратегией в отношении инфекции COVID-19 является сдерживание, причем пациентов из группы высокого риска ведут с помощью телефонной справочной системы NHS111 и медицинских групп PHE, но надзор RCGP RSC является абсолютно отдельной инициативой.
The RCGP RSC, by extending its established work, will provide virological and serological surveillance to monitor the temporal and geographical distribution of COVID-19 infection in the community, and assess the effectiveness of the containment strategy.
Расширяя свою существующую сеть, RCGP RSC обеспечит вирусологический и серологический эпидемиологический надзор для мониторинга временного и географического распределения инфекции COVID-19 среди населения и оценит эффективность стратегии сдерживания.
We would not be working in isolation on this research.
Мы бы не стали работать в изоляции над этим исследованием.
We will share the protocol with UK colleagues and the I-MOVE consortium who have recently obtained EU Horizon 2020 funding from the stream “Advancing knowledge for the clinical and public health response to the novel coronavirus epidemic”.
Мы передадим протокол британским коллегам и консорциуму I-MOVE, который недавно получил финансирование от программы ЕС Горизонт 2020 по направлению «Повышение знаний для клинического и санитарно-эпидемиологического реагирования на эпидемию нового коронавируса».
It is anticipated that great efficiencies in project management will result through this collaboration than that obtained from countries acting alone.
Ожидается, что такое сотрудничество даст более эффективные результаты, чем смогут получить страны, действуя поодиночке.
The aim of this study is to identify whether there is undetected community transmission of COVID-19, estimate population susceptibility, and monitor the temporal and geographical distribution of COVID-19 infection in the community.
Цель данного исследования — установить, существуют ли невыявленные пути передачи COVID-19 среди населения, оценить восприимчивость населения и отследить временное и географическое распределение инфекции COVID-19 среди населения.
The objectives of this study are as follows:
Исследование направлено на решение таких задач:
To monitor the burden of suspected COVID-19 activity in the community through primary care surveillance and clinical coding of possible COVID-19 cases referred into the containment pathway
Провести мониторинг нагрузки предполагаемой активности COVID-19 среди населения с помощью эпидемиологического надзора первичной медико-санитарной помощи и клинического кодирования возможных случаев COVID-19 при направлении пациента по маршруту сдерживания
To provide virological evidence on the presence and extent of undetected community transmission of COVID-19 and monitor positivity rates among individuals presenting ILI or acute respiratory tract infections to primary care
Обеспечить серологические свидетельства наличия и масштаба невыявленной передачи COVID-19 в сообществе и провести мониторинг процента лиц с положительной реакцией среди лиц, обращающихся за первичной медицинской помощью с признаками гриппоподобной инфекции или острых инфекций дыхательных путей
To estimate baseline susceptibility to COVID-19 in the community and estimate both symptomatic and asymptomatic exposure rates in the population through seroprevalence monitoring
Оценить базовую восприимчивость к COVID-19 среди населения и оценить уровни интенсивности контактов среди населения как с клиническими симптомами, так и без них на основе мониторинга серопревалентности
To pilot implementation of a scheme for collection of convalescent sera with antibody profiles among recovered cases of COVID-19 discharged to the community
Провести апробацию схемы сбора сыворотки выздоравливающих пациентов с профилями антител среди случаев выздоровления от COVID-19 после выписки
We intend to capture the following.
Мы намерены собрать следующую информацию.
Clinical workload related to reports of COVID-19 using the codes created to flag cases, those being assessed and where the infection is located are excluded (Figures 2-​-44)
Клинический объем работ в связи с сообщениями о COVID-19 с использованием кодов, разработанных для обозначения случаев, причем оцененные случаи и случаи установления инфекции исключены (рис. 2-​-44)
Foreign countries visited in the last 28 days
Страны, которые пациент посетил за последние 28 дней
Existing codes that may have utility (Tables 1-​-3).3).
Существующие коды, которые могут оказаться полезны (табл. 1-​-3).3).
Many GPs and primary care teams may not realize that important relevant data can be coded.
Многие врачи и бригады первичной медико-санитарной помощи могут не сознавать, что важные существующие данные можно кодировать.
There is also the potential during any pandemic to monitor the effectiveness of any transmission control measures.
Во время любой пандемии также существует возможность проводить мониторинг эффективности мероприятий по контролю передачи инфекции.
Reliable coding of letters and test results that will show an infection has become either confirmed or excluded
Надежное кодирование направлений и результатов анализов, которые покажут, что инфекция подтверждена либо исключена
The methods will follow the approach used in the current influenza surveillance system and recent serology study, and includes five components: (1) primary care clinical surveillance; (2) virological surveillance; (3) population serological surveillance; (4) convalescent sera in cases; and (5) data curation.
Методика будет следовать подходу, который используется в существующей системе эпидемиологического надзора за гриппом и недавно проведенном исследовании серологии; она включает пять компонентов: (1) эпидемиологический надзор первичной медико-санитарной помощи; (2) вирусологический эпидемиологический надзор; (3) серологический эпидемиологический надзор населения; (4) сыворотка выздоравливающих пациентов; и (5) курирование данных.
The NHS uses the Systematized Nomenclature of Medicine Clinical Terms (SNOMED CT) system of coding, which is normally only updated twice annually.
NHS использует систему кодирования Систематизированной медицинской номенклатуры — Клинических терминов (SNOMED CT), которая обычно обновляется всего лишь дважды в год.
There was added complexity as some computerized medical record (CMR) suppliers use the Read coding systems (Read clinical terms version 3 – CTv3), which is no longer updated.
Ситуация несколько осложнена тем, что некоторые поставщики компьютеризованной медицинской документации (CMR) используют систему кодирования Read (Клинические термины Read, версия 3 – CTv3), которая больше не обновляется.
Additionally, there were no clinical codes to record COVID-19 in early February 2020.
Кроме того, в начале февраля 2020 года не существовало клинических кодов для регистрации COVID-19.
Therefore, the two main GP system suppliers added the five terms shown in Table 4 as system-wide local codes.
Поэтому два основных поставщика добавили пять терминов, показанных в таблице 4, как общесистемные локальные коды.
A UK emergency release of SNOMED CT concepts for COVID-19 was also subsequently made available across all CMR systems (Table 4).
Чрезвычайный выпуск концепций SNOMED CT для COVID-19 в Великобритании стал также доступен для всех систем CMR (табл. 4).
The intention is that these will eventually be mapped to the new SNOMED CT concepts as they become available, allowing recording of relevant data (Multimedia Appendix 1).
Предполагается, что в будущем они будут привязаны к новым концепциям SNOMED CT по мере их выпуска, что позволит регистрировать соответствующие данные (мультимедийное приложение 1).
The key requirements for this release were the ability to code (Table 4) a case of COVID-19, exposure to risk of infection (travel to an area where there may be a higher risk), contact with anyone infected with COVID-19, a report that a person had been tested for COVID-19, and that the disease had been excluded (likely a negative test).
Ключевыми требованиями к этому релизу были: возможность кодирования (табл. 4) случая COVID-19, наличие риска инфекции (поездка туда, где может существовать повышенный риск), контакт с лицом, инфицированным COVID-19, данные о тестировании пациента на COVID-19, а также об исключении диагноза (вероятно отрицательный анализ).
In addition, practices are now able to code any foreign travel undertaken, including the ability to record visits to multiple countries (implemented February 8, 2020).
Кроме того, теперь врачи могут кодировать какие-либо заграничные поездки, включая возможность кодирования посещения нескольких стран (осуществлено 8 февраля 2020 г.).
Figures 2-​-44 show the EMIS web implementation.
Рис. 2-​-44 демонстрируют веб-реализацию системы чрезвычайной медицинской информации (EMIS).
Currently, virology samples for influenza surveillance are accompanied by a standard request form.
В настоящее время вирусологические пробы для эпидемиологического надзора за гриппом сопровождаются стандартной формой запроса.
For COVID-19, we will create a new request form that will record:
Для COVID-19 мы создадим новую форму запроса, в которую войдут:
Date of onset of symptoms
Дата появления симптомов
Diagnosis of any of the following:
Любой из нижеследующих диагнозов:
Acute bronchitis/bronchiolitis in those younger than five years
Острый бронхит/бронхиолит у пациентов младше пяти лет
Lower respiratory tract infection (LRTI)
Инфекция нижних дыхательных путей
History of fever (Y/N); measured (Y/N); if yes, level
Была ли высокая температура (да/нет); измерялась (да/нет); если да, указать значение
Shortness of breath (Y/N), if measured: oxygen saturation and respiratory rate
Затруднение дыхания (да/нет), если проводились измерения: насыщение кислородом и частота дыхания
Recent travel (Y/N); if yes, countries visited in last 14 days
Недавние поездки (да/нет); если да, страны, посещенные за последние 14 дней
Contact with a named person with confirmed COVID-19 (Y/N) with a free text comment about the level of certainty
Контакты с указанным лицом с подтвержденным COVID-19 (да/нет) с развернутым текстовым комментарием о степени достоверности
These codes will be grouped ontologically into “definite”, “probable”, “possible”, and “not a case” using our standard approach to grouping codes (Table 5), which has been used previously across disease areas.
Данные коды будут онтологически сгруппированы в категории «определенно», «вероятно», «возможно» и «не случай заболевания» с использованием нашего стандартного подхода к группировке кодов (табл. 5), который использовался ранее для разнообразных групп заболеваний.
The RCGP RSC definition for ILI is shown in Multimedia Appendix 2.
Определение гриппоподобных инфекций, принятое RCGP RSC, показано в мультимедийном приложении 2.
Public Presentation of Data Using an Observatory and Dashboards
Публичная презентация данных с помощью экрана мониторинга и информационных панелей
We will develop an observatory to present data nationally and a dashboard for feedback to practices about their data quality and collection of virology and serology samples.
Чтобы представить данные на национальном уровне, мы разработаем экран мониторинга, а для обратной связи с врачами относительно качества их данных и сбора проб вирусологии и серологии, будут созданы информационные панели.
This is based on coding described in Table 4.
Это основано на кодировке, представленной в табл. 4.
Definite case will be presented on our dashboard as “cases” of COVID-19.
Достоверные случаи будут представлены на наших информационных панелях как «случаи» COVID-19.
Possible cases will be presented as “Under investigation” (investigating).
Возможные случаи будут представлены как «В стадии исследования» (изучение).
“Not a case” will be presented as “Excluded”.
«Не случай заболевания» будут представлены как «Исключенные».
Online data has been established within the initial few weeks in the COVID-19 Observatory (Figure 5), indicating the overall number of patients and rate per 10,000 patients of cases confirmed or under investigation, as well as where the virus is excluded.
В течение первых нескольких недель онлайн-данные были представлены на экране мониторинга COVID-19 (рис. 5), где указано общее число пациентов и показатель подтвержденных или исследуемых случаев на 10 000 пациентов, а также где вирус был исключен.
We have the option to move to twice weekly surveillance reports with a scope to change this to daily reporting.
У нас есть вариант перейти на предоставление отчетов эпидемиологического надзора дважды в неделю с перспективой перейти на ежедневные отчеты.
We will continue virology sampling from our sentinel practices, rather than discontinuing as seasonal influenza declines.
Мы продолжим сбор вирусологических проб от наших дозорных врачей и не прекратим эту практику в связи с сезонным снижением заболеваемости гриппом.
Additionally, we will recruit more surveillance practices.
Кроме того, мы мобилизуем больше врачей для эпидемиологического надзора.
The RCGP RSC virology practices will aim to undertake 200-300 nasopharyngeal swabs per week across the RCGP RSC sentinel network, collecting specimens across all age bands.
Вирусологи RCGP RSC будут стремиться еженедельно выполнять 200–300 мазков из носоглотки по всей дозорной сети RCGP RSC, собирая пробы во всех возрастных группах.
In addition to the inclusion criteria for influenza virology surveillance (ILI, acute bronchitis/bronchiolitis), participating practices will take nasopharyngeal swab samples from any people showing acute symptoms of LRTI if the onset of symptoms is within 7 days.
Кроме включения критериев для вирусологического эпидемиологического надзора гриппа (гриппоподобное заболевание, острый бронхит/бронхиолит), участвующие врачи будут брать мазок из носоглотки у любого человека с острыми симптомами инфекции нижних дыхательных путей, если симптомы появились в течение 7 дней.
RCGP RSC research officers and practice liaison staff will manage practices to achieve a total national sample of 200-300 swabs per week.
Исследователи RCGP RSC и контактные сотрудники клиник приложат усилия, чтобы общая национальная выборка составляла 200–300 мазков в неделю.
This could be increased if PHE modelers require more samples.
Если исследователям из PHE потребуется больше проб, это количество можно будет увеличить.
Samples from each practice would be spread across the following age groups: &lt; 5 years, 5-17 years, 18-64 years, and 65 years and older
Пробы из каждой клиники будут распределены по следующим возрастным группам: младше 5 лет, 5–17 лет, 18–64 года и 65 лет и старше
Samples (swabs or serum) collected will be sent via prepaid envelopes addressed to the appropriate PHE laboratory for analysis.
Собранные пробы (мазки или сыворотка) будут пересылаться с помощью предоплаченных отправлений, адресованных соответствующим лабораториям PHE для анализа.
All samples collected will be tested for the presence of influenza and COVID-19.
Все собранные пробы будут проверены на наличие гриппа и COVID-19.
Additionally, PHE will retrospectively test any influenza virology samples collected between early and mid-February 2020 for COVID-19.
Кроме того, PHE ретроспективно проанализирует любые вирусологические пробы гриппа, отобранные между началом и серединой февраля 2020 года на COVID-19.
Practices will still follow the PHE protocol for COVID-19 with respect to people at risk of infection who should be signposted down the containment pathway, rather than physically attend their practice.
Врачи будут по-прежнему следовать протоколу для COVID-19 в отношении людей с риском инфекции, которых необходимо предупредить с помощью указаний в рамках стратегии сдерживания, а не в результате физического посещения своего врача.
Direct testing of those who attend surgery remains permitted, but we have also rolled out self-swabbing at home.
По-прежнему разрешено прямое тестирование посетителей хирургии, но мы также ввели самовзятие мазка на дому.
Summary of processes are detailed in Multimedia Appendix 3.
Детали процессов кратко описаны в мультимедийном приложении 3.
Everyone with an ILI or a respiratory illness who contacts a GP (eg, phones for an appointment) should be asked specifically about recent travel to China and other countries flagged in current PHE advice, or if they have had contact with other people with COVID-19.
Каждого пациента с гриппоподобной инфекцией или респираторным заболеванием, который связывается с врачом (например, звонит, чтобы записаться на прием), необходимо специально спросить о недавних поездках в Китай и другие страны, указанные в текущих рекомендациях PHE, а также о контактах с другими лицами с COVID-19.
If these screening enquiries are positive, the patient would be advised to not come to the practice but instead to follow the PHE flow sheet.
Если ответы на эти вопросы скрининга положительны, пациенту следует рекомендовать не идти к врачу, а следовать указаниям, приведенным в карте лечения PHE.
This can be by a reception or clinician staff, depending on individual practice protocol.
Это могут делать сотрудники приемной или клинический персонал в зависимости от протокола конкретной клиники.
These calls should be coded into the GP CMR system and can be reported as part of the RCGP RSC weekly return.
Эти звонки следует закодировать в системе CMR клиники, и о них можно сообщить в рамках еженедельного отчета RCGP RSC.
We have developed training material to support this coding (Multimedia Appendix 4).
Чтобы помочь с этим кодированием, мы разработали специальные учебные материалы (мультимедийное приложение 4).
These include prompt cards for:
Они включают карты-подсказки для:
Practice reception or triage staff: for coding of any patients calling the practice with symptoms of acute respiratory infection with a history of travel to important areas based on PHE advice
Персонала приемного отделения клиники: для кодирования пациентов, позвонивших в клинику с симптомами острой респираторной инфекции с историей поездок в зоны риска на основе рекомендаций PHE
Administrative staff or clinicians who code: to encourage consistent coding of results for any suspected cases, including coding of negative results for exclusion
Административного персонала или клиницистов, которые занимаются кодированием: чтобы обеспечить последовательное кодирование для всех подозрительных случаев, включая кодирование отрицательных результатов с целью исключения
Practices participating in virology surveillance will opportunistically collect blood samples from patients coming into the practice for a routine blood test.
Клиники, участвующие в вирусологическом эпидемиологическом надзоре, будут по обстоятельствам брать пробы крови у пациентов, обращающихся в клинику, чтобы сделать плановый анализ крови.
Patients who attend their practice for a routine blood test will be asked to provide an additional sample for serology.
Пациентов, посетивших свою клинику, чтобы сделать плановый анализ крови, будут просить предоставить дополнительную пробу для серологии.
We have conducted initial searches within the RCGP RSC database to look at the number of full blood count (FBC) results and overall rates in adults and children (Figures 6-​-9).9).
Мы провели первоначальный поиск по базе данных RCGP RSC, чтобы найти количество результатов общего анализа крови и общие уровни у взрослых и детей (рис. 6-​-9).9).
An FBC is one of the most common tests performed, and we hope this will give an approximate indication of overall numbers of blood tests performed.
Общий анализ крови — один из самых распространенных выполняемых анализов, и мы надеемся, что это позволит нам оценить приблизительное общее количество анализов крови, которые выполняются.
The sampling rate, per 100,000 patients was highest for children 15-17 years of age and 60 year or older in adults, with the lowest rates in children 0-4 years of age and 18-29 years of age in adults (Figures 6-​-99).
Частота отбора проб на 100 000 пациентов была самой высокой для детей в возрасте 15–17 лет и взрослых в возрасте 60 лет и старше, а самой низкой — у детей в возрасте 0–4 лет и взрослых в возрасте 18–29 лет (рис. 6-​-99).
We will provide 1000 serology baseline samples across all ages that reflect the varying rates of attendance by age.
Мы предоставим 1 000 серологических базовых проб из всех возрастных групп, которые отражают разные уровни посещения врача в зависимости от возраста.
Additionally, we will test if we can obtain these all from virology practices to enhance the yield.
Кроме того, мы проверим, сможем ли мы получить их все от вирусологов, чтобы повысить диагностическую значимость.
A good geographical spread is important, so PHE can advise on areas where serology will most usefully be collected.
Важно хорошее географическое распределение, чтобы PHE мог давать рекомендации касательно областей, в которых полезнее всего собирать серологию.
This will be followed by 800 samples monthly.
За этим последует 800 проб в месяц.
The sample will be stratified with 200 specimens for prepandemic survey (100 for monthly) in the following age groups: &lt; 5 years, 5-17 years, 18-64 years, and 65 years or older.
Выборка будет расслоенной и включит 200 проб для препандемического исследования (100 для ежемесячного) в следующих возрастных группах: до 5 лет, 5–17 лет, 18–64 года и 65 лет и старше.
The younger patients, in many practices younger than 14 years, and in nearly all for children younger than 8 years will require pediatric serology surveillance.
Педиатрический серологический эпиднадзор потребуется для пациентов младшего возраста, во многих клиниках младше 14 лет и практически во всех для пациентов младше 8 лет.
We will develop a new request form for practices to capture recent travel and exposure to COVID-19.
Мы разработаем новую форму запроса для клиник для отображения недавних поездок и контактов с COVID-19.
We will pilot a scheme for collecting convalescent serology from people with confirmed cases and who have had an acute virology sample at the time of their infection.
Мы опробуем схему сбора серологии выздоравливающих пациентов у лиц с подтвержденными случаями и тех, кто сдавал острые вирусологические пробы во время своей инфекции.
This is to identify a carrier state in patients who have recovered from the virus but may continue shedding the virus.
Это делается для установления статуса носителя у пациентов, которые выздоровели от вируса, но могут продолжать распространять его.
If there are a small number of cases, this may assist in developing a test kit for patients to take to their own GP and explore its acceptability to patients.
Если количество случаев невелико, это может помочь разработать тестовый набор для пациентов, который они могут взять к своему врачу и исследовать его приемлемость.
If there are a large number of COVID-19 cases nationally, convalescent samples could be collected from RCGP RSC practices where there are confirmed cases, with the ability to link to the full medical record.
Если в национальном масштабе окажется много пациентов с COVID-19, пробы выздоравливающих пациентов можно собрать с помощью клиник RCGP RSC, где есть подтвержденные случаи, с возможностью подключения к полным медицинским документам.
This process may include checking pseudonymized NHS numbers for positive individuals at RCGP RSC practices, checking current PHE guidance regarding considerations of infectiousness for confirmed cases, and offering the patient an appointment following the previously mentioned process.
Этот процесс может включать проверку обезличенных номеров NHS для положительных пациентов в клиниках RCGP RSC, проверку текущих указаний PHE в отношении соображений инфекционности для подтвержденных случаев и приглашение пациента к врачу после вышеуказанного процесса.
This needs to be carefully coordinated nationally across the network and may require PHE to ensure individuals are not contacted by multiple agencies.
Это должно быть тщательно скоординировано в национальном масштабе по всей сети, и от PHE может потребоваться обеспечить, чтобы с пациентом не связывалось несколько организаций.
RCGP RSC could provide a useful structure to channel the initial contact once PHE has made a request.
RCGP RSC может предоставить полезную структуру, чтобы провести исходный контакт, после того как PHE обратится с запросом.
The RCGP RSC practices participating in the annual influenza virology surveillance have started sampling from patients showing symptoms of a LRTI.
Врачи Центра исследований и эпидемиологического надзора Королевского колледжа врачей общей практики (RCGP RSC), которые принимают участие в ежегодном вирусологическом эпиднадзоре за гриппом, начали забор проб у пациентов с симптомами инфекционных заболеваний нижних дыхательных путей.
All samples received are being tested for influenza and COVID-19.
Все полученные пробы были протестированы на грипп и COVID-19.
The RCGP RSC will explore ways to collect convalescent samples from any patients tested positive for COVID-19 through the extension of the virological surveillance.
RCGP RSC изучит возможности отбора проб у выздоравливающих пациентов, которые получили положительные результаты анализов на COVID-19 благодаря расширенному вирусологическому эпидемиологическому надзору.
From the start, we will be carefully curating data to ensure that it can be used for future studies.
С самого начала мы будем тщательно курировать данные, чтобы обеспечить возможность их использования для будущих исследований.
Our clinical data will be linked to virology.
Наши клинические данные будут привязаны к вирусологии.
We will curate our data using the Findable, Accessible, Interoperable, Reusable principles.
Мы будем курировать данные на основе принципов FAIR (данные должны быть находимыми, доступными, интероперабельными и пригодными для повторного использования).
To facilitate this our data set is listed with Health Data Research UK and the European Health Data Evidence Network.
Чтобы способствовать этому, наш набор данных зарегистрирован в Институте по изучению данных в области здравоохранения Великобритании (Health Data Research UK) и Европейской сети данных в области здравоохранения и доказательной медицины (European Health Data Evidence Network).
The statistical methodology is in support of a policy approach to widespread disease outbreak, where so-called nonpharmaceutical interventions (NPIs) are used to respond to an emerging pandemic to produce disease suppression.
Статистическая методология поддерживает тот политический подход к вспышке широко распространенного заболевания, когда в ответ на возникающую пандемию для подавления заболевания используются так называемые нефармацевтические средства общественного здравоохранения.
This policy aims to reduce contact rates in the population and thereby reduce transmission of the virus.
Эта политика направлена на уменьшение частоты контактов среди населения и таким образом на снижение передачи вируса.
To implement this the UK government has recently articulated the desire to implement population self-isolation measures.
Для ее осуществления правительство Великобритании недавно озвучило желание провести мероприятия по самоизоляции населения.
By targeting the reproduction number (R) (the average number of secondary cases each case generates) and aiming to reduce the R to below 1, the policy seeks to reduce case numbers to low levels or (as seen in previous outbreaks with severe acute respiratory syndrome and Ebola) to eliminate human-to-human transmission.
Политика, направленная на репродуктивное число (R) (среднее число вторичных случаев, которое генерирует каждый случай) и имеющая целью снизить R до уровня ниже 1, должна снизить число случаев до низкого уровня или (как видно в предыдущих вспышках тяжелого острого респираторного синдрома и Эболы) исключить передачу от человека к человеку.
As the experience from the 2009 H1N1 pandemic has shown, NPIs can be a crucial component of pandemic mitigation.
Как показал опыт предыдущей пандемии H1N1 2009 года, нефармацевтические средства общественного здравоохранения могут стать жизненно важным компонентом ослабления пандемии.
Key to the focus of our study will be the estimation of peak cases in the population and continual monitoring by data collection and modelling the potential growth and emergence of subsequent peaks in new cases as social distancing measures are relaxed.
Ключевой для фокуса нашего исследования будет оценка пиковых случаев среди населения и постоянный мониторинг с помощью сбора данных и моделирования потенциального роста и возникновения последующих пиков новых случаев по мере ослабления мероприятий по социальному дистанцированию.
There has already been publication of important disease epidemiological measures concerning the outbreak of COVID-19 in mainland China.
Уже появились публикации важных эпидемиологических мероприятий в отношении вспышки COVID-19 в материковом Китае.
A further fundamental measure in pandemic dynamics is the length of time from infection to when a person is infectious to others and the mean duration of infectiousness.
Следующее фундаментальное измерение динамики пандемии — это время от момента инфицирования до момента, когда человек становится заразен для других, и средняя длительность контагиозности.
These factors, if estimated accurately, will give good predictions for the likely length of the pandemic, the final number of infected cases.
При корректной оценке эти факторы дадут достоверные прогнозы вероятной длительности пандемии и окончательного количества случаев заражения.
We intend to apply approximate Bayesian inference (ABC) to (possibly spatially heterogeneous) Susceptible-Exposed- Infectious-Removed (SEIR) stochastic epidemic models.
Мы собираемся применить приблизительный байесовский вывод (ABC) к (возможно пространственно гетерогенным) стохастическим эпидемическим моделям SEIR (Susceptible-Exposed Infectious-Removed).
Such techniques are highly parallelizable and have been successfully applied to many fields including disease transmission modelling.
Такие техники легко параллелизуемы и могут успешно применяться ко многим областям, включая моделирование передачи заболеваний.
They are particularly suited to situations where likelihood functions are absent and where more traditional approaches such as Markov chain Monte Carlo are impractical.
Они особенно хорошо подходят для ситуаций, где отсутствуют функции правдоподобия и где нецелесообразны более традиционные подходы, такие как анализ Монте-Карло с использованием цепей Маркова.
Such an approach has been demonstrated to work effectively on the ASPREN surveillance data, a network of sentinel GPs and nurse practitioners who report deidentified information on ILIs and other conditions, where issues such as missing data and the need to model the observation process itself has been successfully addressed.
Было показано, что такой подход эффективно работает с данными эпидемиологического надзора ASPREN, сети дозорных врачей и средних медработников, которые передают деидентифицированную информацию о гриппоподобных заболеваниях и иных состояниях, где были успешно решены такие вопросы, как неполные данные и необходимость моделировать сам процесс наблюдения.
Furthermore, peaks in new cases have been estimated by distributional methods.
Более того, пики в новых случаях оценивались с помощью дистрибутивных методов.
Estimates of the parameters of the SEIR model are tractable on large data sets because of parallelizability, and these methods have been implemented in several R libraries; we intend to use the libraries ABSEIR (deposited on GitHub: https://tinyurl.com/vqu35cj) and abctools (https://tinyurl.com/tfjavz4) to estimate epidemic measures on a weekly basis.
Оценки параметров модели SEIR определяются на больших наборах данных благодаря параллелизуемости, и эти методы были реализованы в нескольких R-библиотеках; мы собираемся использовать библиотеки ABSEIR (размещенные на GitHub: https://tinyurl.com/vqu35cj) и инструменты abctools (https://tinyurl.com/tfjavz4) для оценки эпидемических мероприятий на еженедельной основе.
Since we are fitting an SIR-epidemic model in the ABC routine, we anticipate that our results will be robust against weekly case data containing relatively small counts.
Поскольку мы приспосабливаем эпидемическую модель SIR к процедурам ABC, мы ожидаем, что наши результаты будут надежны в свете данных о случаях за неделю, содержащих относительно малые числа.
For example, see for the ABC methodology applied to the Tristan da Cunha common cold data from 1967, where counts of I (number of infectious cases) and R (number of recovered cases) are in the tens at most.
Например, смотрите применение методологии ABC к данным по острой респираторной вирусной инфекции на островах Тристан-да-Кунья 1967 г., где показатели I (количество случаев инфекции) и R (количество случаев выздоровления) исчислялись в лучшем случае десятками.
Finally, in addition to the above methodology we will employ the Kaplan-Meier method with two outcomes (death and recovery) to estimate the case fatality ratio.
Наконец, для оценки смертности в дополнение к вышеуказанной методологии мы прибегнем к методу Каплана-Мейера с двумя результатами (смерть и выздоровление).
This approach is independent of the ABC methodology and will allow comparisons between estimates from the two modelling approaches to judge robustness of results.
Этот подход независим от методики ABC и позволит сравнить оценки двух подходов к моделированию, чтобы оценить надежность результатов.
RCGP RSC’s surveillance with PHE is defined as Health Protection under Regulation 3 of The Health Service (Control of Patient Information) Regulations 2002.
PHE определяет эпидемиологический надзор RCGP RSC как «меры по охране здоровья» согласно Положению 3 Положений о здравоохранении (контроль информации о пациенте) 2002 г.
This has been confirmed by PHE’s Caldicott Guardian’s Office.
Это было подтверждено отделом Caldicott Guardian в PHE.
We do not see any increased risk to practices or practitioners taking part in this surveillance.
Мы не видим никакого возросшего риска для клиник и врачей в связи с участием в этом эпидемиологическом надзоре.
Infection prevention and control advice will follow extant national guidance.
Вслед за существующими национальными инструкциями последуют рекомендации по профилактике и контролю инфекций.
Any cases identified will be managed according to the PHE/NHS guidance in force at the time, including advice for identified contacts.
Все установленные случаи будут вестись согласно инструкциям PHE/NHS, действующим в тот момент, включая рекомендации для установленных контактов.
However, our training will include reminders about safe handling of specimens and revision of infection control measures anticipated to be high in our practices.
В то же время наш тренинг включит напоминания о безопасном обращении с пробами и пересмотре мероприятий по контролю инфекций, которые, как ожидается, будут активны в наших клиниках.
It is a key part of Regulation 12 about safe care and treatment, periodically inspected by the Care Quality Commission.
Это ключевая часть Положения 12 о безопасном уходе и лечении, которое периодически проверяет Комиссия по качеству ухода.
Travel History and Clinical Descriptors of the COVID-19 Infections
История поездок и клинические характеристики инфекций COVID-19
The RCGP RSC practices have been advised on the clinical coding that has been made available for COVID-19 across all CMR systems.
Клиникам RCGP RSC сообщили о клиническом кодировании, доступном для COVID-19 во всех системах CMR.
This includes information on coding of clinical descriptors (Table 4) and any recent travel history.
Это включает информацию о кодировании клинических характеристик (табл. 4) и истории поездок за последнее время.
Establishment of Extended Virology Sampling
Расширенный забор вирусологических проб
The RCGP RSC practices participating in the annual influenza virology surveillance have started sampling from patients showing symptoms of LRTI.
Врачи Центра исследований и эпидемиологического надзора Королевского колледжа врачей общей практики (RCGP RSC), которые принимают участие в ежегодном вирусологическом эпидемиологическом надзоре за гриппом, начали забор проб у пациентов с симптомами инфекционных заболеваний нижних дыхательных путей.
This has led to initial early identification of background spread in low-risk patients.
Это привело к первичной ранней идентификации фоновой распространенности инфекции среди пациентов из группы низкого риска.
As of March 7, 2020, the surveillance system has detected 2 cases of COVID-19 in low-risk patients with no history of travel through extended virological sampling.
По состоянию на 7 марта 2020 года, благодаря расширенному забору вирусологических проб, система эпидемиологического надзора выявила 2 случая COVID-19 у пациентов из группы низкого риска без поездок в анамнезе.
This protocol describes how we have adapted a national influenza surveillance system to monitor community spread of an unexpected infection of COVID-19.
Этот протокол описывает, как мы адаптировали национальную систему эпидемиологического надзора за гриппом для мониторинга локального распространения неожиданной инфекции COVID-19.
We have rapidly created and incorporated new codes to allow data recording, and are collecting data to monitor the effectiveness of containment strategies.
Мы быстро создали и интегрировали новые коды, чтобы обеспечить регистрацию данных, и сейчас собираем данные для мониторинга эффективности стратегий сдерживания.
Through this surveillance, we intend to find out more about the epidemiology of COVID-19 in ambulatory care.
Благодаря такому эпидемиологическому надзору мы намереваемся больше узнать об эпидемиологии COVID-19 в поликлинической помощи.
In particular, its rate of spread, both temporal and geographical.
В частности, скорость его распространения во времени и географию.
Our testing of low-risk patients will also inform whether the containment strategy that is based on virology testing of high-risk patients and their contacts plus self-isolation is effective.
Тестирование пациентов с низким риском также покажет, является ли эффективной стратегия сдерживания, основанная на вирусологическом тестировании пациентов с низким риском и их контактов в сочетании с самоизоляцией.
Containment should slow the spread, and there may be benefits in the management of spread from intense surveillance.
Сдерживание должно замедлить распространение, а интенсивный эпидемиологический надзор может быть полезен для управления распространением инфекции.