atepeq/tico19 huggingface dataset:
Foreign countries visited in the last 28 days
Negara asing yang dikunjungi dalam 28 hari terakhir
Existing codes that may have utility (Tables 1-​-3).3).
Kode saat ini yang mungkin dapat digunakan (Tabel 1-3).3).
Many GPs and primary care teams may not realize that important relevant data can be coded.
Banyak GP dan tim fasilitas kesehatan tingkat pertama mungkin tidak menyadari bahwa data relevan yang penting dapat dikode.
There is also the potential during any pandemic to monitor the effectiveness of any transmission control measures.
Tersedia juga potensi selama pandemi untuk memantau keefektifan langkah pengendalian transmisi.
Reliable coding of letters and test results that will show an infection has become either confirmed or excluded
Hasil uji dan pengodean huruf tepercaya yang akan menunjukkan infeksi telah dikonfirmasi atau dikesampingkan
The methods will follow the approach used in the current influenza surveillance system and recent serology study, and includes five components: (1) primary care clinical surveillance; (2) virological surveillance; (3) population serological surveillance; (4) convalescent sera in cases; and (5) data curation.
Metode akan mengikuti pendekatan yang digunakan dalam sistem surveilans influenza saat ini dan studi serologi terbaru, dan mencakup lima komponen: (1) surveilans klinis fasilitas kesehatan tingkat pertama; (2) surveilans virologis; (3) surveilans serologis populasi; (4) serum konvalesen dalam kasus; dan (5) pengumpulan data.
The NHS uses the Systematized Nomenclature of Medicine Clinical Terms (SNOMED CT) system of coding, which is normally only updated twice annually.
NHS menggunakan sistem pengodean Systematized Nomenclature of Medicine Clinical Terms (SNOMED CT), yang biasanya hanya diperbarui dua kali setahun.
There was added complexity as some computerized medical record (CMR) suppliers use the Read coding systems (Read clinical terms version 3 – CTv3), which is no longer updated.
Ada kerumitan tambahan karena sebagian pemasok rekam medis terkomputasi (CMR) menggunakan sistem pengodean Read (istilah klinis Read versi 3 – CTv3) yang tidak diperbarui lagi.
Additionally, there were no clinical codes to record COVID-19 in early February 2020.
Selain itu, tidak ada kode klinis untuk melaporkan COVID-19 di awal Februari 2020.
Therefore, the two main GP system suppliers added the five terms shown in Table 4 as system-wide local codes.
Karena itu, dua pemasok sistem GP utama menambahkan lima istilah yang diperlihatkan di Tabel 4 sebagai kode lokal seluruh sistem.
A UK emergency release of SNOMED CT concepts for COVID-19 was also subsequently made available across all CMR systems (Table 4).
Selanjutnya, rilis darurat konsep SNOMED CT untuk COVID-19 UK juga dibuat tersedia di seluruh sistem CMR (Tabel 4).
The intention is that these will eventually be mapped to the new SNOMED CT concepts as they become available, allowing recording of relevant data (Multimedia Appendix 1).
Tujuannya adalah agar konsep ini akhirnya dapat dipetakan ke konsep SNOMED CT baru, setelah tersedia, sehingga memungkinkan pencatatan data yang relevan (Lampiran Multimedia 1).
The key requirements for this release were the ability to code (Table 4) a case of COVID-19, exposure to risk of infection (travel to an area where there may be a higher risk), contact with anyone infected with COVID-19, a report that a person had been tested for COVID-19, and that the disease had been excluded (likely a negative test).
Persyaratan utama untuk rilis ini adalah kemampuan mengodekan (Tabel 4) kasus COVID-19, paparan ke risiko infeksi (perjalanan ke area yang mungkin memiliki risiko lebih tinggi), kontak dengan orang yang terinfeksi COVID-19, laporan bahwa seseorang telah diuji COVID-19, dan bahwa penyakit telah dikesampingkan (kemungkinan melalu hasil uji negatif).
In addition, practices are now able to code any foreign travel undertaken, including the ability to record visits to multiple countries (implemented February 8, 2020).
Selain itu, praktik sekarang mampu mengodekan setiap perjalanan luar negeri yang dilakukan, yang mencakup kemampuan mencatat kunjungan ke beberapa negara (diimplentasikan 8 Februari 2020).
Figures 2-​-44 show the EMIS web implementation.
Gambar 2-44 menunjukkan implementasi web EMIS.
Currently, virology samples for influenza surveillance are accompanied by a standard request form.
Saat ini, sampel virologi untuk surveilans influenza disertai dengan formulir permintaan standar.
For COVID-19, we will create a new request form that will record:
Untuk COVID-19, kami akan membuat formulir permintaan baru yang akan mencatat:
Date of onset of symptoms
Tanggal awitan gejala
Diagnosis of any of the following:
Diagnosis salah satu hal berikut:
Acute bronchitis/bronchiolitis in those younger than five years
Bronkitis/bronkiolitis akut pada anak berusia kurang dari lima tahun
Lower respiratory tract infection (LRTI)
Infeksi saluran napas bawah (LRTI)
History of fever (Y/N); measured (Y/N); if yes, level
Riwayat demam (Y/T); diukur (Y/T); jika ya, tingkat panas
Shortness of breath (Y/N), if measured: oxygen saturation and respiratory rate
Sesak napas (Y/T), jika diukur: saturasi oksigen dan laju pernapasan
Recent travel (Y/N); if yes, countries visited in last 14 days
Baru bepergian (Y/T); jika ya, negara yang dikunjungi dalam 14 hari terakhir
Contact with a named person with confirmed COVID-19 (Y/N) with a free text comment about the level of certainty
Kontak dengan seseorang yang terkonfirmasi COVID-19 (Y/T) dengan komentar terbuka tentang tingkat keyakinan
These codes will be grouped ontologically into “definite”, “probable”, “possible”, and “not a case” using our standard approach to grouping codes (Table 5), which has been used previously across disease areas.
Kode ini akan dikelompokkan secara ontologis menjadi “pasti”, “besar kemungkinan”, “kecil kemungkinan”, dan “bukan kasus” menggunakan pendekatan standar untuk mengelompokkan kode (Tabel 5), yang telah digunakan sebelumnya di bidang penyakit.
The RCGP RSC definition for ILI is shown in Multimedia Appendix 2.
Definisi RSC RCGP untuk ILI diperlihatkan di Lampiran Multimedia 2.
Public Presentation of Data Using an Observatory and Dashboards
Penyajian Data di Publik Menggunakan Observatori dan Dasbor
We will develop an observatory to present data nationally and a dashboard for feedback to practices about their data quality and collection of virology and serology samples.
Kami akan mengembangkan observatori untuk menyajikan data secara nasional dan dasbor untuk memberi umpan balik kepada praktik tentang kualitas data mereka dan pengumpulan sampel virologi dan serologi.
This is based on coding described in Table 4.
Hal ini berdasarkan pengodean yang dijelaskan di Tabel 4.
Definite case will be presented on our dashboard as “cases” of COVID-19.
Kasus pasti akan disajikan di dasbor kami sebagai “kasus” COVID-19.
Possible cases will be presented as “Under investigation” (investigating).
Kasus mungkin akan disajikan sebagai “Dalam penyelidikan” (sedang diselidiki).
“Not a case” will be presented as “Excluded”.
“Bukan kasus” akan disajikan sebagai “Dikesampingkan”.
Online data has been established within the initial few weeks in the COVID-19 Observatory (Figure 5), indicating the overall number of patients and rate per 10,000 patients of cases confirmed or under investigation, as well as where the virus is excluded.
Data online telah dibuat dalam beberapa minggu awal di Observatori COVID-19 (Gambar 5), yang mengindikasikan keseluruhan jumlah pasien dan angka kasus terkonfirmasi atau dalam penyelidikan per 10.000 pasien, serta saat virus ini dikesampingkan.
We have the option to move to twice weekly surveillance reports with a scope to change this to daily reporting.
Kami memiliki opsi untuk bergerak menjadi laporan surveilans dua kali seminggu dengan kapasitas untuk mengubahnya menjadi pelaporan harian.
We will continue virology sampling from our sentinel practices, rather than discontinuing as seasonal influenza declines.
Kami akan meneruskan pengambilan sampel virologi dari praktik sentinel dan tidak berhenti saat influenza musiman menurun.
Additionally, we will recruit more surveillance practices.
Selain itu, kami akan merekrut lebih banyak praktik surveilans.
The RCGP RSC virology practices will aim to undertake 200-300 nasopharyngeal swabs per week across the RCGP RSC sentinel network, collecting specimens across all age bands.
Praktik virologi RSC RCGP akan menargetkan untuk melakukan 200-300 usap nasofaring per minggu di seluruh jaringan sentinel RSC RCGP, dengan mengumpulkan spesimen di seluruh kelompok usia.
In addition to the inclusion criteria for influenza virology surveillance (ILI, acute bronchitis/bronchiolitis), participating practices will take nasopharyngeal swab samples from any people showing acute symptoms of LRTI if the onset of symptoms is within 7 days.
Selain kriteria untuk surveilans virologi influenza (ILI, bronkitis/bronkiolitis akut), praktik yang berpartisipasi akan mengambil sampel usap nasofaring dari semua orang yang menunjukkan gejala LRTI akut jika awitan gejala terjadi dalam 7 hari.
RCGP RSC research officers and practice liaison staff will manage practices to achieve a total national sample of 200-300 swabs per week.
Petugas riset RSC RCGP dan staf penghubung praktik akan mengelola praktik untuk mencapai total sampel nasional sebesar 200-300 usapan per minggu.
This could be increased if PHE modelers require more samples.
Angka ini dapat ditingkatkan jika pemodel PHE memerlukan lebih banyak sampel.
Samples from each practice would be spread across the following age groups: < 5 years, 5-17 years, 18-64 years, and 65 years and older
Sampel dari masing-masing praktik akan disebar di seluruh kelompok usia berikut: < 5 tahun, 5-17 tahun, 18-64 tahun, dan lebih dari 65 tahun
Samples (swabs or serum) collected will be sent via prepaid envelopes addressed to the appropriate PHE laboratory for analysis.
Sampel (usapan dan serum) yang dikumpulkan akan dikirim melalui amplop prabayar yang dialamatkan kepada laboratorium PHE yang sesuai untuk dianalisis.
All samples collected will be tested for the presence of influenza and COVID-19.
Semua sampel yang dikumpulkan akan diuji untuk melihat adanya influenza dan COVID-19.
Additionally, PHE will retrospectively test any influenza virology samples collected between early and mid-February 2020 for COVID-19.
Selain itu, PHE akan menguji secara retrospektif setiap sampel virologi influenza yang dikumpulkan antara awal dan pertengahan Februari 2020 untuk memeriksa COVID-19.
Practices will still follow the PHE protocol for COVID-19 with respect to people at risk of infection who should be signposted down the containment pathway, rather than physically attend their practice.
Praktik akan tetap mengikuti protokol PHE untuk COVID-19 terkait orang dengan risiko infeksi yang harus diarahkan ke jalur pembendungan dan bukan datang secara fisik ke tempat praktik mereka.
Direct testing of those who attend surgery remains permitted, but we have also rolled out self-swabbing at home.
Pengujian langsung orang yang datang ke praktik dokter umum tetap diizinkan, tetapi kami juga telah meluncurkan pengambilan usap mandiri di rumah.
Summary of processes are detailed in Multimedia Appendix 3.
Ringkasan proses diperinci di Lampiran Multimedia 3.
Everyone with an ILI or a respiratory illness who contacts a GP (eg, phones for an appointment) should be asked specifically about recent travel to China and other countries flagged in current PHE advice, or if they have had contact with other people with COVID-19.
Setiap orang dengan ILI atau penyakit pernapasan yang menghubungi GP (misalnya, menelepon untuk membuat janji temu) harus ditanya secara spesifik tentang perjalanan baru-baru ini ke Tiongkok atau negara lain yang ditandai dalam saran PHE saat ini, atau jika mereka telah berkontak dengan orang lain yang menderita COVID-19.
If these screening enquiries are positive, the patient would be advised to not come to the practice but instead to follow the PHE flow sheet.
Jika pertanyaan penapisan ini positif, pasien akan disarankan untuk tidak datang ke praktik, tetapi sebagai gantinya untuk mengikuti lembar alur PHE.
This can be by a reception or clinician staff, depending on individual practice protocol.
Hal ini dapat dilakukan oleh staf resepsi atau dokter, tergantung masing-masing protokol praktik.
These calls should be coded into the GP CMR system and can be reported as part of the RCGP RSC weekly return.
Telepon ini harus dikodekan ke dalam sistem CMR GP dan dapat dilaporkan sebagai bagian dari laporan mingguan RSC RCGP.
We have developed training material to support this coding (Multimedia Appendix 4).
Kami telah mengembangkan bahan pelatihan untuk mendukung pengodean ini (Lampiran Multimedia 4).
These include prompt cards for:
Proses ini mencakup kartu perintah untuk:
Practice reception or triage staff: for coding of any patients calling the practice with symptoms of acute respiratory infection with a history of travel to important areas based on PHE advice
Staf resepsi atau triase praktik: untuk pengodean setiap orang yang menelepon ke praktik dengan gejala infeksi pernapasan akut dan dengan riwayat perjalanan ke daerah penting berdasarkan saran PHE
Administrative staff or clinicians who code: to encourage consistent coding of results for any suspected cases, including coding of negative results for exclusion
Staf administratif atau dokter yang mengodekan: untuk mendorong pengodean hasil yang konsisten untuk kasus terduga, yang mencakup pengodean hasil negatif untuk dikesampingkan
Practices participating in virology surveillance will opportunistically collect blood samples from patients coming into the practice for a routine blood test.
Praktik yang berpartisipasi dalam surveilans virologis akan mengambil sampel darah secara oportunistis dari pasien yang datang ke praktik untuk pengujian darah rutin.
Patients who attend their practice for a routine blood test will be asked to provide an additional sample for serology.
Pasien yang datang ke praktik mereka untuk pengujian darah rutin akan diminta untuk memberikan sampel tambahan untuk serologi.
We have conducted initial searches within the RCGP RSC database to look at the number of full blood count (FBC) results and overall rates in adults and children (Figures 6-​-9).9).
Kami telah melakukan pencarian awal dalam basis data RSC RCGP untuk melihat jumlah hasil hitung darah lengkap (FBC) dan keseluruhan laju pada orang dewasa dan anak (Gambar 6-9).9).
An FBC is one of the most common tests performed, and we hope this will give an approximate indication of overall numbers of blood tests performed.
FBC adalah salah satu pengujian yang paling banyak dilakukan, dan kami berharap data ini akan memberi indikasi perkiraan keseluruhan jumlah pengujian darah yang dilakukan.
The sampling rate, per 100,000 patients was highest for children 15-17 years of age and 60 year or older in adults, with the lowest rates in children 0-4 years of age and 18-29 years of age in adults (Figures 6-​-99).
Tingkat pengambilan sampel per 100.000 pasien paling tinggi untuk anak berusia 15-17 tahun dan lebih dari 60 tahun pada orang dewasa, dengan tingkat terendah pada anak berusia 0-4 tahun dan 18-29 tahun pada orang dewasa (Gambar 6-9).
We will provide 1000 serology baseline samples across all ages that reflect the varying rates of attendance by age.
Kami akan menyediakan 1000 sampel dasar serologi di seluruh kelompok usia yang mencerminkan variasi tingkat kedatangan berdasarkan umur.
Additionally, we will test if we can obtain these all from virology practices to enhance the yield.
Selain itu, kami akan menguji dapat tidaknya kami memperoleh semua ini dari praktik virologi untuk meningkatkan hasil.
A good geographical spread is important, so PHE can advise on areas where serology will most usefully be collected.
Sebaran geografis yang baik penting, jadi PHE dapat memberi saran area tempat serologi paling berguna dikumpulkan.
This will be followed by 800 samples monthly.
Ini akan diikuti dengan 800 sampel setiap bulan.
The sample will be stratified with 200 specimens for prepandemic survey (100 for monthly) in the following age groups: < 5 years, 5-17 years, 18-64 years, and 65 years or older.
Sampel akan distratifikasi dengan 200 spesimen untuk survei prapandemi (100 untuk setiap bulan) dalam kelompok usia berikut: < 5 tahun, 5-17 tahun, 18-64 tahun, dan lebih dari 65 tahun.
The younger patients, in many practices younger than 14 years, and in nearly all for children younger than 8 years will require pediatric serology surveillance.
Pasien yang lebih muda, yaitu yang berusia kurang dari 14 tahun di banyak praktik dan yang berusia kurang dari 8 tahun di hampir semua praktik, akan memerlukan surveilans serologi pediatrik.
We will develop a new request form for practices to capture recent travel and exposure to COVID-19.
Kami akan mengembangkan formulir permintaan baru untuk praktik guna mencatat perjalanan terbaru dan paparan terhadap COVID-19.
We will pilot a scheme for collecting convalescent serology from people with confirmed cases and who have had an acute virology sample at the time of their infection.
Kami akan merintis skema untuk mengumpulkan serologi konvalesen dari orang dengan kasus terkonfirmasi dan yang telah diambil sampel virologi akut pada saat infeksinya.
This is to identify a carrier state in patients who have recovered from the virus but may continue shedding the virus.
Tindakan ini untuk mengidentifikasi status pembawa pada pasien yang telah sembuh dari virus, tetapi mungkin masih terus meluruhkan virus.
If there are a small number of cases, this may assist in developing a test kit for patients to take to their own GP and explore its acceptability to patients.
Jika jumlah kasus kecil, tindakan ini mungkin membantu mengembangkan kit uji bagi pasien guna dibawa ke GP-nya sendiri dan ditelusuri penerimaannya bagi pasien.
If there are a large number of COVID-19 cases nationally, convalescent samples could be collected from RCGP RSC practices where there are confirmed cases, with the ability to link to the full medical record.
Jika jumlah kasus COVID-19 nasional besar, sampel konvalesen dapat dikumpulkan dari praktik RSC RCGP saat ada kasus terkonfirmasi, dengan kemampuan untuk menghubungkan ke rekam medis lengkap.
This process may include checking pseudonymized NHS numbers for positive individuals at RCGP RSC practices, checking current PHE guidance regarding considerations of infectiousness for confirmed cases, and offering the patient an appointment following the previously mentioned process.
Proses ini mungkin mencakup memeriksa nomor NHS pseudoanonim untuk orang yang positif di praktik RSC RCGP, memeriksa panduan PHE saat ini mengenai pertimbangan penularan untuk kasus terkonfirmasi, dan menawarkan janji temu kepada pasien dengan mengikuti proses yang disebutkan sebelumnya.
This needs to be carefully coordinated nationally across the network and may require PHE to ensure individuals are not contacted by multiple agencies.
Hal ini perlu dikoordinasi dengan cermat secara nasional di seluruh jaringan dan PHE mungkin perlu memastikan bahwa orang tidak dihubungi oleh beberapa badan.
RCGP RSC could provide a useful structure to channel the initial contact once PHE has made a request.
RSC RCGP dapat menyediakan struktur yang diperlukan untuk menyalurkan kontak awal setelah PHE membuat permintaan.
The RCGP RSC practices participating in the annual influenza virology surveillance have started sampling from patients showing symptoms of a LRTI.
Praktik RSC RCGP yang berpartisipasi dalam surveilans virologi influenza tahunan telah mulai mengambil sampel dari pasien yang menunjukkan gejala LRTI.
All samples received are being tested for influenza and COVID-19.
Semua sampel yang diterima diuji untuk memeriksa influenza dan COVID-19.
The RCGP RSC will explore ways to collect convalescent samples from any patients tested positive for COVID-19 through the extension of the virological surveillance.
RSC RCGP akan mencari cara untuk mengambil sampel konvalesen dari pasien yang memberi hasil positif untuk COVID-19 melalui perluasan surveilans virologis.
From the start, we will be carefully curating data to ensure that it can be used for future studies.
Sejak awal, kami akan mengumpulkan data secara saksama untuk memastikan data dapat digunakan untuk studi di masa mendatang.
Our clinical data will be linked to virology.
Data klinis kami akan dihubungkan dengan virologi.
We will curate our data using the Findable, Accessible, Interoperable, Reusable principles.
Kami akan mengumpulkan data menggunakan prinsip Dapat Ditemukan, Dapat Diakses, Dapat Saling Operasi, dan Dapat Digunakan Kembali.
To facilitate this our data set is listed with Health Data Research UK and the European Health Data Evidence Network.
Untuk memfasilitasinya, set data kami didaftarkan di Health Data Research UK dan European Health Data Evidence Network.
The statistical methodology is in support of a policy approach to widespread disease outbreak, where so-called nonpharmaceutical interventions (NPIs) are used to respond to an emerging pandemic to produce disease suppression.
Metode statistik yang dipakai mendukung pendekatan kebijakan untuk wabah penyakit yang tersebar luas, dengan intervensi nonfarmaseutikal (NPI) digunakan untuk menanggulangi wabah yang merebak guna menekan penyakit.
This policy aims to reduce contact rates in the population and thereby reduce transmission of the virus.
Kebijakan ini bertujuan untuk menurunkan tingkat kontak dalam populasi dan dengan demikian mengurangi transmisi virus.
To implement this the UK government has recently articulated the desire to implement population self-isolation measures.
Untuk menerapkan hal ini, pemerintah UK baru-baru ini mengutarakan keinginan untuk menerapkan langkah isolasi mandiri populasi.
By targeting the reproduction number (R) (the average number of secondary cases each case generates) and aiming to reduce the R to below 1, the policy seeks to reduce case numbers to low levels or (as seen in previous outbreaks with severe acute respiratory syndrome and Ebola) to eliminate human-to-human transmission.
Dengan menargetkan angka reproduksi (R) (angka rata-rata kasus sekunder yang dihasilkan setiap kasus) dan bertujuan menurunkan R hingga di bawah 1, kebijakan ini berupaya untuk menurunkan jumlah kasus hingga tingkat rendah atau (sebagaimana terlihat pada wabah sebelumnya yakni sindrom pernapasan akut bawah dan Ebola) untuk menghilangkan transmisi manusia-ke-manusia.
As the experience from the 2009 H1N1 pandemic has shown, NPIs can be a crucial component of pandemic mitigation.
Sebagaimana ditunjukkan oleh pengalaman wabah H1N1 tahun 2009, NPI dapat menjadi komponen krusial dalam mitigasi pandemi.
Key to the focus of our study will be the estimation of peak cases in the population and continual monitoring by data collection and modelling the potential growth and emergence of subsequent peaks in new cases as social distancing measures are relaxed.
Fokus utama studi kami adalah mengestimasi kasus puncak di populasi dan pemantauan berkelanjutan melalui pengumpulan data serta pemodelan potensi pertumbuhan dan kemunculan puncak berikutnya pada kasus baru saat langkah pembatasan sosial dikendurkan.
There has already been publication of important disease epidemiological measures concerning the outbreak of COVID-19 in mainland China.
Sudah ada publikasi tentang ukuran epidemiologi penyakit yang penting terkait wabah COVID-19 di Tiongkok daratan.
A further fundamental measure in pandemic dynamics is the length of time from infection to when a person is infectious to others and the mean duration of infectiousness.
Ukuran selanjutnya yang sangat penting dalam dinamika pandemi adalah jangka waktu sejak infeksi hingga seseorang dapat menularkan kepada orang lain dan rata-rata durasi kemampuan menularkan.
These factors, if estimated accurately, will give good predictions for the likely length of the pandemic, the final number of infected cases.
Faktor-faktor ini, jika diestimasi secara akurat, akan memberi prediksi yang baik untuk kemungkinan durasi pandemi dan jumlah akhir kasus yang terinfeksi.
We intend to apply approximate Bayesian inference (ABC) to (possibly spatially heterogeneous) Susceptible-Exposed- Infectious-Removed (SEIR) stochastic epidemic models.
Kami bermaksud menerapkan inferens Approximate Bayesian Computation (ABC) untuk model epidemi stokastik SEIR (Susceptible-Exposed-Infectious-Removed) yang mungkin heterogen spasial.
Such techniques are highly parallelizable and have been successfully applied to many fields including disease transmission modelling.
Teknik tersebut sangat dapat diparalelkan dan telah berhasil diterapkan pada banyak bidang, mencakup pemodelan transmisi penyakit.
They are particularly suited to situations where likelihood functions are absent and where more traditional approaches such as Markov chain Monte Carlo are impractical.
Teknik tersebut terutama sesuai untuk situasi saat fungsi kemungkinan tidak ada dan saat pendekatan yang lebih tradisional, seperti Markov chain Monte Carlo, tidak dapat diterapkan.
Such an approach has been demonstrated to work effectively on the ASPREN surveillance data, a network of sentinel GPs and nurse practitioners who report deidentified information on ILIs and other conditions, where issues such as missing data and the need to model the observation process itself has been successfully addressed.
Pendekatan tersebut telah terbukti berfungsi efektif pada data surveilans ASPREN, yakni jaringan GP sentinel dan praktisi perawat yang melaporkan informasi ILI dan kondisi lain yang telah dihilangkan identitasnya, dengan masalah seperti data tidak lengkap dan kebutuhan untuk memodelkan proses observasi itu sendiri berhasil diatasi.
Furthermore, peaks in new cases have been estimated by distributional methods.
Lebih lanjut, puncak pada kasus baru telah diestimasi melalui metode distribusi.
Estimates of the parameters of the SEIR model are tractable on large data sets because of parallelizability, and these methods have been implemented in several R libraries; we intend to use the libraries ABSEIR (deposited on GitHub: https://tinyurl.com/vqu35cj) and abctools (https://tinyurl.com/tfjavz4) to estimate epidemic measures on a weekly basis.
Estimasi parameter model SEIR dapat dilacak pada set data besar karena sifatnya yang dapat diparalelkan, dan metode ini telah diterapkan pada beberapa pustaka R; kami bermaksud menggunakan pustaka ABSEIR (disimpan di GitHub: https://tinyurl.com/vqu35cj) dan abctools (https://tinyurl.com/tfjavz4) untuk mengestimasi ukuran epidemi setiap minggu.
Since we are fitting an SIR-epidemic model in the ABC routine, we anticipate that our results will be robust against weekly case data containing relatively small counts.
Karena kami menyesuaikan model epidemi SIR dalam prosedur ABC, kami memperkirakan hasil kami akan teguh terhadap data kasus mingguan dengan angka relatif kecil.
For example, see for the ABC methodology applied to the Tristan da Cunha common cold data from 1967, where counts of I (number of infectious cases) and R (number of recovered cases) are in the tens at most.
Sebagai contoh, kita dapat melihat metodologi ABC yang diterapkan pada data pilek Tristan da Cunha tahun 1967, dengan angka I (jumlah kasus infeksi) dan R (jumlah kasus sembuh) paling banyak puluhan.
Finally, in addition to the above methodology we will employ the Kaplan-Meier method with two outcomes (death and recovery) to estimate the case fatality ratio.
Akhirnya, selain metodologi di atas, kami akan menggunakan metode Kaplan-Meier dengan dua hasil akhir (kematian dan sembuh) untuk mengestimasi rasio fatalitas kasus.
This approach is independent of the ABC methodology and will allow comparisons between estimates from the two modelling approaches to judge robustness of results.
Pendekatan ini independen terhadap metodologi ABC dan akan memungkinkan perbandingan antara estimasi dari dua pendekatan pemodelan untuk menilai keteguhan hasil.
RCGP RSC’s surveillance with PHE is defined as Health Protection under Regulation 3 of The Health Service (Control of Patient Information) Regulations 2002.
Surveilans RSC RCGP dengan PHE didefinisikan sebagai Perlindungan Kesehatan berdasarkan Regulasi 3 pada Health Service (Control of Patient Information) Regulations 2002.
This has been confirmed by PHE’s Caldicott Guardian’s Office.
Hal ini telah dikonfirmasi oleh Kantor Caldicott Guardians PHE.
We do not see any increased risk to practices or practitioners taking part in this surveillance.
Kami tidak melihat adanya peningkatan risiko bagi praktik atau praktisi yang mengambil bagian dalam surveilans ini.
Infection prevention and control advice will follow extant national guidance.
Saran pencegahan dan pengendalian infeksi akan mengikuti panduan nasional yang berlaku.
Any cases identified will be managed according to the PHE/NHS guidance in force at the time, including advice for identified contacts.
Setiap kasus yang teridentifikasi akan dikelola sesuai dengan panduan PHE/NHS yang berlaku saat ini, yang mencakup saran untuk kontak yang teridentifikasi.
However, our training will include reminders about safe handling of specimens and revision of infection control measures anticipated to be high in our practices.
Namun, pelatihan kami akan mencakup pengingat tentang penanganan spesimen yang aman dan revisi langkah pengendalian infeksi yang diduga akan tinggi dalam praktik kami.
It is a key part of Regulation 12 about safe care and treatment, periodically inspected by the Care Quality Commission.
Hal ini merupakan bagian utama Regulasi 12 tentang perlakuan dan penanganan aman, yang diperiksa secara berkala oleh Care Quality Commission.
Travel History and Clinical Descriptors of the COVID-19 Infections
Riwayat Perjalanan dan Deskriptor Klinis Infeksi COVID-19
The RCGP RSC practices have been advised on the clinical coding that has been made available for COVID-19 across all CMR systems.
Praktik RSC RCGP telah diberi tahu mengenai pengodean klinis yang telah tersedia untuk COVID-19 di seluruh sistem CMR.
This includes information on coding of clinical descriptors (Table 4) and any recent travel history.
Hal ini termasuk informasi mengenai pengodean deskriptor klinis (Tabel 4) dan setiap riwayat perjalanan terbaru.
Establishment of Extended Virology Sampling
Pemapanan Pengambilan Sampel Virologi Diperluas
The RCGP RSC practices participating in the annual influenza virology surveillance have started sampling from patients showing symptoms of LRTI.
Praktik RSC RCGP yang berpartisipasi dalam surveilans virologi influenza tahunan telah mulai mengambil sampel dari pasien yang menunjukkan gejala LRTI.
This has led to initial early identification of background spread in low-risk patients.
Tindakan ini telah menghasilkan identifikasi awal sebaran latar pada pasien berisiko rendah.
As of March 7, 2020, the surveillance system has detected 2 cases of COVID-19 in low-risk patients with no history of travel through extended virological sampling.
Hingga 7 Maret 2020, sistem surveilans telah mendeteksi 2 kasus COVID-19 pada pasien berisiko rendah tanpa riwayat perjalanan melalui pengambilan sampel virologis diperluas.
This protocol describes how we have adapted a national influenza surveillance system to monitor community spread of an unexpected infection of COVID-19.
Protokol ini menjelaskan cara kami mengadaptasi sistem surveilans influenza nasional untuk memantau sebaran komunitas infeksi COVID-19 yang tidak diduga.
We have rapidly created and incorporated new codes to allow data recording, and are collecting data to monitor the effectiveness of containment strategies.
Dengan cepat, kami telah membuat dan menambahkan kode baru untuk memungkinkan pencatatan data, serta mengumpulkan data untuk memonitor keefektifan strategi pembendungan.
Through this surveillance, we intend to find out more about the epidemiology of COVID-19 in ambulatory care.
Melalui surveilans ini, kami bermaksud mencari tahu lebih lanjut tentang epidemiologi COVID-19 di perawatan ambulatori.
In particular, its rate of spread, both temporal and geographical.
Khususnya, laju sebarannya, baik temporal maupun geografis.
Our testing of low-risk patients will also inform whether the containment strategy that is based on virology testing of high-risk patients and their contacts plus self-isolation is effective.
Pengujian kami terhadap pasien berisiko rendah juga akan memberi informasi tentang keefektifan strategi pembendungan yang berdasarkan pada pengujian virologi pasien berisiko tinggi dan kontaknya, ditambah dengan isolasi mandiri.
Containment should slow the spread, and there may be benefits in the management of spread from intense surveillance.
Pembendungan mestinya akan memperlambat penyebaran, dan pengelolaan sebaran dengan surveilans intensif mungkin akan bermanfaat.
However, there may come a point at which the virus spreads more widely into the population, as has happened in Italy.
Namun, mungkin akan ada suatu titik ketika sebaran virus lebih luas dalam populasi, seperti yang terjadi di Italia.
Surveillance of low-risk patients should inform when we reach this tipping point and when infection rates start to remit.
Surveilans pasien berisiko rendah akan memberi informasi saat kita mencapai titik kritis ini dan saat laju infeksi mulai menurun.
The epidemiology of COVID-19 remains emergent.
Epidemiologi COVID-19 masih baru muncul.
The registration-based nature of UK primary care means that we will be able to create a complete picture of the cumulative incidence and duration.
Sifat fasilitas kesehatan tingkat pertama UK yang berbasis pendaftaran berarti bahwa kita akan dapat membuat gambaran lengkap durasi dan insiden kumulatif.
The surveillance system should be able to identify areas where COVID-19 spread is taking place that might be suitable for trials of antiviral therapy.
Sistem surveilans akan dapat mengidentifikasi area tempat berlangsungnya penyebaran COVID-19 yang mungkin sesuai untuk uji coba terapi antivirus.
We could also follow up on the effectiveness or any adverse reactions to these medicines or vaccinations.
Kita juga dapat menindaklanjuti efektivitas atau reaksi samping terhadap obat atau vaksinasi ini.
Finally, early detection of a confirmed COVID-19 case has exemplified the rapid implementation of this enhanced surveillance in the national network.
Akhirnya, deteksi awal kasus COVID-19 terkonfirmasi telah memperlihatkan pentingnya implementasi cepat surveilans yang ditingkatkan ini di jaringan nasional.
Safety of practices is our primary concern.
Keamanan praktik adalah perhatian utama kami.
The RCGP RSC has operated for over 50 years and has been involved in collecting samples to monitor disease and vaccine effectiveness through the Hong Kong flu pandemic of 1968/69, the Russian flu of 1977/78, and the 2009 Swine flu pandemic.
RSC RCGP telah beroperasi selama lebih dari 50 tahun dan telah terlibat dalam pengumpulan sampel untuk memantau penyakit dan keefektifan vaksin selama pandemi flu Hong Kong pada tahun 1968/69, flu Rusia pada tahun 1977/78, dan pandemi flu babi pada tahun 2009.
We are not aware of any increased risk to practice staff or other patients from involvement in surveillance.
Kami tidak mengetahui adanya peningkatan risiko bagi staf praktik atau pasien lain akibat keterlibatan dalam surveilans.
Pandemic preparedness is part of the role of the RCGP RSC.
Kesiapan pandemi adalah bagian dari peran RSC RCGP.
It is plausible that enhanced coding of information from contacts with the practices in RCGP RSC will reduce the likelihood of people who may be suspected COVID-19 cases being brought to the surgery inadvertently.
Pengodean yang ditingkatkan terhadap informasi dari kontak dengan praktik di RSC RCGP dipercaya akan mengurangi kemungkinan orang yang berpotensi terduga kasus COVID-19 tanpa sengaja diminta datang ke praktik dokter umum.
Where cases are detected unexpectedly, it is probably helpful for that patient, their contacts, and the practice to know.
Ketika kasus terdeteksi tanpa diduga, mungkin akan bermanfaat jika pasien, kontaknya, dan praktik diberi tahu.
The impact on practices has been to close for a day, if a case is found, for deep cleaning and then reopen.
Dampak bagi praktik adalah ditutup selama sehari jika kasus ditemukan, untuk pembersihan secara saksama, lalu dibuka kembali.
The principal limitations of our system are the number of data points.
Limitasi utama sistem kami adalah jumlah titik data.
We are collecting serology and virology data from 100 sites, which covers a small group of the population.
Kami mengumpulkan data serologi dan virologi dari 100 lokasi, yang mencakup sekelompok kecil populasi.
This has been satisfactory for monitoring influenza, but we are not certain if this is a sufficiently large sample for the COVID-19 outbreak.
Sampel ini memadai untuk pemantauan influenza, tetapi kami tidak yakin jika sampel ini cukup besar untuk wabah COVID-19.
Our sites (surveillance practices) are currently fixed, and it could be helpful to be able to rapidly onboard practices in regions where there are more cases.
Lokasi (praktik surveilans) kami saat ini adalah praktik yang sudah tetap; penyertaan cepat praktik-praktik di daerah yang memiliki banyak kasus mungkin akan berguna.
Currently, we will be reporting weekly.
Saat ini, kami akan melaporkan setiap minggu.
Our existing system can be enhanced to twice weekly, but maybe daily or hourly data should be our current approach.
Sistem yang ada dapat ditingkatkan menjadi dua kali seminggu, tetapi mungkin data per hari atau per jam seharusnya menjadi pendekatan kami saat ini.
Opportunistic sampling for serology in children younger than 10 years might be limited due to the overall reduced rate of blood tests in children.
Pengambilan sampel oportunistik untuk serologi pada anak berusia kurang dari 10 tahun mungkin terbatas karena tingkat pengujian darah yang secara keseluruhan dikurangi pada anak.
The extended surveillance using the RCGP RSC-PHE network for the emergent COVID-19 outbreak has been established rapidly.
Surveilans yang diperluas menggunakan jaringan RSC RCGP-PHE untuk wabah COVID-19 yang baru muncul telah dibuat dengan cepat.
The model of getting the appropriate informatics to enable capture of the required data has already been a success, with data recording starting the week the codes were created.
Model untuk mendapatkan informatika yang sesuai guna memungkinkan pencatatan data yang diperlukan sudah berhasil, dengan pencatatan data dimulai pada minggu yang sama ketika kode dibuat.
In addition, modifying the existing surveillance system to collect population data in a parallel way has also been effective.
Selain itu, modifikasi sistem surveilans yang ada untuk mengumpulkan data populasi dalam cara yang paralel juga efektif.
However, we are at present unsure as to whether the scale of this surveillance provides sufficient data to drive local containment strategies or if reporting infrequently meets the need of our information age.
Namun, saat ini kami tidak yakin apakah skala surveilans ini menyediakan data yang memadai untuk mendorong strategi pembendungan lokal atau apakah pelaporan yang tidak cukup sering memenuhi kebutuhan kita di era informasi ini.
Updating the diagnostic criteria of COVID-19 “suspected case” and “confirmed case” is necessary
Pembaruan kriteria diagnostik “kasus terduga” dan “kasus terkonfirmasi” COVID-19 perlu dilakukan
On 6 February 2020, our team had published a rapid advice guideline for diagnosis and treatment of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) infection, and this guideline provided our experience and make well reference for fighting against this pandemic worldwide.
Pada 6 Februari 2020, tim kami mempublikasikan panduan nasihat cepat untuk diagnosis dan penanganan infeksi koronavirus baru 2019 (2019-nCoV). Panduan ini berdasarkan pengalaman kami dan menjadi referensi yang baik untuk melawan pandemi di seluruh dunia.
However, the coronavirus disease 2019 (COVID-19) is a new disease, our awareness and knowledge are gradually increasing based on the ongoing research findings and clinical practice experience; hence, the strategies of diagnosis and treatment are also continually updated.
Meski demikian, penyakit koronavirus 2019 (COVID-19) adalah penyakit baru, kesadaran dan pengetahuan kita semakin meningkat berdasarkan temuan riset yang sedang berlangsung dan pengalaman praktis klinis; karena itu, strategi diagnosis dan penanganan juga terus diperbarui.
In this letter, we answered one comment on our guideline and provided the newest diagnostic criteria of “suspected case” and “confirmed case” according to the latest Diagnosis and Treatment Guidelines for COVID-19 (seventh version) that issued by the National Health Committee of the People’s Republic of China.
Dalam surat ini, kami menjawab salah satu komentar di panduan kami dan menyediakan kriteria diagnostik terbaru untuk “kasus terduga” dan “kasus terkonfirmasi” berdasarkan Panduan Diagnosis dan Penanganan untuk COVID-19 (versi ketujuh) yang dikeluarkan oleh Komisi Kesehatan Nasional Republik Rakyat Tiongkok.
In December 2019, the 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) has caused an outbreak, which is now officially named as the coronavirus disease 2019 (COVID-19) and the virus has been named severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2).
Pada Desember 2019, koronavirus baru 2019 (2019-nCoV) telah menyebabkan wabah, yang saat ini secara formal disebut penyakit koronavirus 2019 (COVID-19) dan virus tersebut diberi nama koronavirus sindrom pernapasan akut berat 2 (SARS-CoV-2).
On 11 March 2020, WHO characterized COVID-19 as a pandemic.
Pada 11 Maret 2020, WHO menjelaskan COVID-19 sebagai pandemi.
In order to fight against the SARS-CoV-2 infection, our team has developed a rapid advice guideline and that has been published online in Military Medical Research on 06 February 2020.
Untuk melawan infeksi SARS-CoV-2, tim kami mengembangkan panduan nasihat cepat dan panduan tersebut telah dipublikasikan secara daring di Military Medical Research pada 6 Februari 2020.
It has attracted a great attention since published.
Panduan tersebut telah banyak menarik perhatian sejak diterbitkan.
Note however that COVID-19 is a new disease, our awareness and knowledge is gradually increasing based on the ongoing research findings and clinical practice experience; hence, the strategies of diagnosis and treatment are also continually updated.
Namun, perlu dicatat bahwa COVID-19 adalah penyakit baru, kesadaran dan pengetahuan kita semakin meningkat berdasarkan temuan riset yang sedang berlangsung serta pengalaman praktis klinis; karena itu, strategi diagnosis dan penanganan juga terus diperbarui.
For instance the Diagnosis and Treatment Guidelines for COVID-19 issued by the National Health Committee of the People’s Republic of China (http://www.nhc.gov.cn/), among 16 January 2020 to 3 March 2020, has issued a total of seven editions with some contexts being substantively changed.
Sebagai contoh Panduan Diagnosis dan Penanganan untuk COVID-19 yang dikeluarkan oleh Komisi Kesehatan Nasional Republik Rakyat Tiongkok (http://www.nhc.gov.cn/), antara 16 Januari 2020 hingga 3 Maret 2020, komisi ini telah mengeluarkan total tujuh edisi dengan sebagian konteks telah diubah cukup banyak.
Now our guideline received a comment by Zhou et al., they introduced a simple scoring proposal based on their clinical experience.
Panduan kami menerima komentar dari Zhou et al., mereka memperkenalkan proposal pemberian skor sederhana berdasarkan pengalaman klinis mereka.
Their work added new evidence for our guideline and also make valuable reference for this pandemic worldwide.
Hasil kerja mereka menambahkan bukti baru untuk panduan kami serta menjadi rujukan berharga untuk pandemi ini di seluruh dunia.
We endorse their significant work and express our thanks.
Kami mendukung hasil kerja mereka yang signifikan dan mengungkapkan rasa terima kasih kami.
However, their work also needs update according to the latest Diagnosis and Treatment Guidelines for COVID-19 (Trial seventh version) and recently studies.
Meski demikian, hasil kerja mereka juga memerlukan pembaruan berdasarkan Panduan Diagnosis dan Penanganan untuk COVID-19 terbaru (versi ketujuh uji coba) dan studi terbaru.
According to the seventh edition (3 March 2020), to confirm the suspected case needs to combine any one item of epidemiological history features with two items of clinical manifestations to make a comprehensive analysis, or needs to meet three items of clinical manifestations if without clear epidemiological history:
Berdasarkan edisi ketujuh (3 Maret 2020), untuk mengonfirmasi kasus terduga diperlukan kombinasi salah satu gambaran riwayat epidemiologis dengan dua manifestasi klinis untuk membuat analisis yang komprehensif, atau diperlukan pemenuhan tiga manifestasi klinis jika tidak ada riwayat epidemiologis yang jelas:
Epidemiological history: (1) a history of travel or residence in Wuhan city and surrounding areas, or other communities where COVID-19 cases had been reported in the last 14 days before symptom onset; (2) a history of contact with SARS-CoV-2 infectious cases (with positive nucleic acid test); (3) a history of contacting with patients with fever or respiratory symptoms from Wuhan city and surrounding areas, or other communities where COVID-19 had been reported in the last 14 days before symptom onset; (4) a history of contacting with cluster of confirmed cases (≥ 2 cases with fever and/or respiratory symptoms occurred within 2 weeks in small areas, such as home, office, class of school, etc).
Riwayat epidemiologis: (1) riwayat perjalanan atau tinggal di kota Wuhan dan daerah sekitarnya, atau komunitas lain tempat kasus COVID-19 telah dilaporkan dalam 14 hari terakhir sebelum awitan gejala; (2) riwayat kontak dengan kasus menular SARS-CoV-2 (dengan uji asam nukleat positif); (3) riwayat kontak dengan pasien yang mengalami demam atau gejala pernapasan dari kota Wuhan dan daerah sekitarnya, atau komunitas lain tempat kasus COVID-19 telah dilaporkan dalam 14 hari terakhir sebelum awitan gejala; (4) riwayat kontak dengan klaster kasus terkonfirmasi (≥ 2 kasus dengan demam dan/atau gejala pernapasan yang terjadi dalam 2 minggu di area kecil, seperti rumah, kantor, kelas sekolah, dll.).
Clinical manifestations: (1) fever and/ or respiratory symptoms; (2) with imaging features of COVID-19 infection; (3) total white blood cell counts showing normal, decreased, or reduced lymphocyte count in the early onset stage.
Manifestasi klinis: (1) demam dan/atau gejala pernapasan; (2) fitur pencitraan infeksi COVID-19; (3) total hitung sel darah putih menunjukkan hitung limfosit normal, menurun, atau berkurang di tahap awitan awal.
Diagnosing the confirmed case should base on suspected case with any one item of pathogenic or serological evidence as following: (1) real-time PCR test positive for SARS-CoV-2; (2) viral whole genome sequencing showing high homogeneity to the known novel coronaviruses; (3) positive for the specific IgM antibody and IgG antibody to SARS-CoV-2 in serum test; or a change of the SARS-CoV-2-specific IgG antibody from negative to positive, or titer rising ≥4 times in the recovery phase above that in the acute phase.
Mendiagnosis kasus terkonfirmasi harus didasarkan pada kasus terduga dengan salah satu bukti patogenik atau serologis sebagai berikut: (1) uji PCR real-time positif untuk SARS-CoV-2; (2) sekuensi seluruh genom virus menunjukkan homogenitas tinggi untuk koronavirus baru yang diketahui; (3) positif untuk antibody IgM spesifik dan antibodi IgG terhadap SARS-CoV-2 dalam uji serum; atau perubahan antibodi IgG spesifik-SARS-CoV-2 dari negatif menjadi positif, atau titer meningkat ≥4 lipat pada fase pemulihan di atas kadar pada fase akut.
We can see that the real-time PCR test for nucleic acid in respiratory tract or blood samples was added to the second (18 January 2020) and third (22 January 2020) editions.
Kita dapat melihat bahwa uji PCR real-time asam nukleat dalam sampel saluran pernapasan atau darah ditambahkan pada edisi kedua (18 Januari 2020) dan ketiga (22 Januari 2020).
The pathogenic detection of blood sample was added to the fourth (27 January 2020) and fifth (8 February 2020) editions; and then the serological evidence was added to the seventh edition.
Deteksi patogenik pada sampel darah ditambahkan pada edisi keempat (27 Januari 2020) dan kelima (8 Februari 2020); lalu, bukti serologis ditambahkan pada edisi ketujuh.