atepeq/tico19 huggingface dataset:
World Health Organization declared the ongoing outbreak of lower respiratory tract infection caused by SARS-CoV-2 a Public Health Emergency of International Concern and also named the disease COVID-19.
Il est possible que de nombreux mammifères y compris des animaux domestiques soient sensibles au SARS-CoV-2.
As of March 3, 2020, 90,053 cases have been confirmed worldwide, with a crude case fatality of 3.4%.
Troisièmement, comme mentionné ci-dessus, la recombinaison et l’adaptation du SARS-CoV-2 peuvent avoir eu lieu au sein d’une troisième espèce ayant été à la fois en contact avec les chauves-souris et les pangolins.
Notably, the case fatality in Hubei, China is 4.2%, whereas the one outside of it is 1.2%.
Les recherches sur les origines animales du SARS-CoV-2 sont en cours.
SARS-CoV-2 causes severe respiratory infection like SARS-CoV and MERS-CoV, presented as fever, cough and dyspnea.
Comparé à d’autres virus à ARN à simple brin, les taux de mutation estimés des CoV pourraient être considérés comme « modérés » à « élevés » avec un taux de substitution moyen de ~10-4 substitutions par an par site, selon la phase d’adaptation du CoV aux nouveaux hôtes.
Diarrhea is also seen in some patients.
Néanmoins, les taux de mutation des CoV sont environ un million de fois supérieurs à ceux de leurs hôtes.
Pneumonia is one of the most severe symptoms and can progress rapidly to acute respiratory distress syndrome.
En outre, le taux de mutation est souvent élevé lorsque les CoV ne se sont pas bien adaptés à l’hôte.
Although SARS-CoV and SARS-CoV-2 are very similar due to high nucleotide sequence homology of 82%, they cluster into different branches in the phylogenetic tree.
Par rapport au SARS-CoV, présentant un taux de mutation élevé, le taux de mutation du SARS-CoV-2 est apparemment plus bas, suggérant un taux supérieur d’adaptation à l’homme.
SARS-CoV-2 is apparently less pathogenic but more transmissible compared to SARS-CoV and MERS-CoV.
On peut présumer qu’il s’est déjà adapté à un autre hôte proche des humains.
Asymptomatic subjects infected with SARS-CoV-2 have been reported and might contribute to its rapid spreading around the world.
Outre le SARS-CoV-2, cela s’applique également au MERS-CoV, lequel s'est bien adapté aux dromadaires.
Comparing and contrasting SARS-CoV-2 with the other six HCoVs reveal similarities and differences of great interest.
En théorie, il est peu probable que la dérive génétique rende les vaccins et les antiviraux contre le SARS-CoV-2 inefficaces à court terme.
First, the incubation period and the duration of the course of HCoV disease are very similar.
Troisièmement, les CoV changent aléatoirement et fréquemment de modèle lors de la réplication de l’ARN grâce à un mécanisme unique de « choix-copie ».
In this regard, SARS-CoV-2 follows the general trend of the other six HCoVs.
Des preuves phylogénétiques de la recombinaison naturelle ont été trouvées à la fois pour le HCoV-HKU1 et le HCoV-OC43, ainsi que pour les CoV observés chez l’animal, comme le SL-CoV et le batCoV-HKU9.
Second, the severity of symptoms of COVID-19 lies between SARS-CoV and the four community-acquired HCoVs (i.e. HCoV-229E, HCoV-OC43, HCoV-HKU1 and HCoV-NL63).
Interaction virus-hôte en lien avec la transmission
On one hand, SARS-CoV-2 infection exhibits features that are more commonly seen during infection with community-acquired HCoVs, including the presentation of non-specific, mild or even no symptoms.
Au-delà de ces trois facteurs viraux indiqués ci-dessus, l’interaction virale avec un récepteur de l’hôte est un autre facteur clé influençant la transmission inter-espèces.
On the other hand, a small subset of severe cases of COVID-19 can also be seen as in the case of SARS-CoV infection, although the ratio is a bit lower.
La recombinaison du SARS-CoV est prise comme exemple typique ici ; elle montre également des preuves de sélection positive pendant les épisodes de transmission inter-espèces.
Third, the transmission of SARS-CoV-2 also shows interesting patterns characteristic of both community-acquired HCoVs and SARS-CoV.
En d’autres termes, ces deux substitutions d’acides aminés peuvent être des facteurs clefs de l’adaptation du virus à l’homme.
On one hand, the transmissibility of SARS-CoV-2 is at least as high as that of community-acquired HCoVs.
Il est intéressant de noter que le SARS-CoV-2 partage le même récepteur cellulaire que le SARS-CoV.
On the other hand, it remains to be verified whether the transmissibility of SARS-CoV-2 decreases after passages in humans as in the cases of SARS-CoV and MERS-CoV.
Une différence de 30 % entre le SARS-CoV-2 et le SARS-CoV dans l’unité S1 de la protéine S signifie que l’affinité de liaison de cette protéine S avec l’ACE2 humaine peut avoir été altérée.
Finally, same as the other HCoVs, SARS-CoV-2 can be detected in fecal samples.
En effet, une étude par cryomicroscopie électronique indique une affinité 10 à 20 fois supérieure de cette liaison par rapport à celle observée entre l’ACE2 humaine et la protéine S du SARS-CoV.
Whether fecal-oral transmission of SARS-CoV-2 plays an important role as in the case of SARS-CoV at least under some circumstance remains to be clarified by future studies.
Il sera également intéressant de déterminer si un autre co-récepteur peut être requis pour la transmission du SARS-CoV-2.
It is also of particularly great interest to see whether SARS-CoV-2 might exhibit seasonality as in the cases of community-acquired HCoVs.
Étrangement, le HCoV-NL63 se lie également à l’ACE2 mais avec une partie différente de la protéine S.
Nevertheless, the features of SARS-CoV-2 including its transmissibility, pathogenicity and sustainable spreading after passages in humans will be influential on the ultimate fate of the ongoing outbreak of COVID-19.
Il existe de nombreux autres récepteurs de HCoV, comme l’aminopeptidase N pour le HCoV-229E, et l’acide sialique 9-O-acétylé pour le HCoV-OC43.
All four community-acquired HCoVs causing mild symptoms have been well adapted to humans.
La divergence de protéines hôtes entre les humains et les hôtes réservoirs naturels des HCoV, tels que les chauves-souris, les dromadaires et les rongeurs, pourrait constituer une barrière à la transmission inter-espèces.
From another perspective, it might also be true that humans have been well adapted to these four HCoVs.
Émergence de nouveaux HCoV : retour à la case départ
In other words, both could be the survivors of ancient HCoV pandemics.
La diversité des CoV de chauve-souris offre de nombreuses opportunités d’émergence de nouveaux HCoV.
HCoVs that cause severe diseases in humans and humans who developed severe HCoV diseases have been eliminated.
En ce sens, les CoV de chauve-souris sont des réserves génétiques des HCoV.
For this to happen, HCoVs have to replicate in humans to sufficient extent to allow the accumulation of adaptive mutations that counteract host restriction factors.
Parmi les protéines accessoires du SARS-CoV, l’ORF8 a été considérée comme importante dans l’adaptation aux humains, étant donné que les virus de chauve-souris apparentés au SARS-CoV étaient isolés, mais codaient des protéines ORF8 divergentes.
In this sense, the longer the SARS-CoV-2 outbreak persists and the more people that it infects, the greater chance that it will fully adapt to humans.
Cette suppression scinde l’ORF8 en ORF8a et ORF8b et est pressentie comme étant une mutation adaptative qui favorise le changement d’hôte.
If it adapts well, its transmission in humans would be difficult to stop by quarantine or other infection control measures.
Des sites de recombinaison ont également été identifiés dans le nsp9, dans la plupart des nsp10 et dans certaines nsp14.
For many years, the four community-acquired CoVs circulate in human populations, triggering common cold in immunocompetent subjects.
De même, il a été démontré que l’épidémie de MERS-CoV a connu des épisodes de recombinaison entre différentes lignées, qui se sont produits chez les dromadaires en Arabie Saoudite.
These viruses do not need an animal reservoir.
Alors qu’une ORF4 pouvait être observée dans les virus de la chauve-souris et du chameau associés au HCoV-229E, l’alpha-CoV de l’alpaga présente une insertion simple de nucléotide, engendrant un décalage du cadre de lecture.
In contrast, highly pathogenic SARS-CoV and MERS-CoV have not adapted to humans well and their transmission within humans cannot be sustained.
Enfin, l’évolution des nouveaux HCoV est également stimulée par la pression sélective exercée dans leurs hôtes réservoir.
They need to maintain and propagate in their zoonotic reservoirs and seek the chance to spillover to susceptible human targets, possibly via one or more intermediate and amplifying hosts.
Des cas asymptomatiques ou des symptômes modérés ont été détectés lorsque les chauves-souris étaient infectées par des CoV, indiquant une adaptation mutuelle entre les CoVs et les chauves-souris.
SARS-CoV-2 has features that are similar to both SARS-CoV/MERS-CoV and the four community-acquired HCoVs.
Il semblait que les chauves-souris s'étaient bien adaptées aux CoV du point de vue anatomique et physiologique.
It is highly transmissible like community-acquired HCoVs, at least for the time being.
Par exemple, des anomalies dans l’activation de la réponse pro-inflammatoire chez les chauves-souris réduisent efficacement la pathologie déclenchée par les CoV.
However, it is more pathogenic than community-acquired HCoVs and less pathogenic than SARS-CoV or MERS-CoV.
En outre, le niveau élevé de dérivés réactifs de l'oxygène (DRO) généré par l’activité métabolique élevée des chauves-souris pourrait à la fois supprimer la réplication du CoV et affecter la "relecture" par l’exoribonucléase, ce qui créerait une pression sélective et donnerait lieu à des souches virales hautement pathogènes lorsqu’elles sont introduites dans un nouvel hôte.
It remains to be seen whether it will adapt fully to humans and circulate within humans without a reservoir or intermediate animal host.
Des souches de CoV davantage pathogènes pourraient également évoluer par recombinaison, engendrant l’acquisition de nouvelles protéines ou de caractéristiques protéiniques destinées à l’adaptation de l’hôte.
Before discussing the animal origins of HCoVs, it will serve us well to discuss the definitions and characteristics of evolutionary, natural, reservoir, intermediate and amplifying hosts of HCoVs.
Ainsi, ce n’est pas un hasard si trois nouveaux HCoV sont apparus au cours des deux dernières décennies.
An animal serves as the evolutionary host of an HCoV if it harbours a closely related ancestor sharing high homology at the level of nucleotide sequence.
Les CoV sont non pathogènes ou causent des symptômes modérés chez leurs hôtes réservoir comme les chauves-souris et les chameaux.
The ancestral virus is usually well adapted and non-pathogenic in this host.
Ils se répliquent solidement sans provoquer une forte réponse immunitaire de l’hôte.
Likewise, a reservoir host harbours HCoV continuously and for long term.
C’est ici que résident les secrets de l’observation de porteurs asymptomatiques et de ce qui cause des cas d’infection sévère chez l’homme.
In both cases, the hosts are naturally infected and are the natural hosts of HCoV or its parental virus.
Les symptômes sévères sont essentiellement dus à l’hyperactivation de la réponse immunitaire et du choc cytokinique ; plus la réponse immunitaire est forte, plus les lésions pulmonaires sont sévères.
In contrast, if the HCoV is newly introduced to an intermediate host right before or around its introduction to humans, it is not well adapted to the new host and is often pathogenic.
En revanche, chez les porteurs asymptomatiques, la réponse immunitaire a été découplée de la réplication du CoV.
This intermediate host can serve as the zoonotic source of human infection and play the role of an amplifying host by allowing the virus to replicate transiently and then transmitting it to humans to amplify the scale of human infection.
La même stratégie de dissociation de la réponse immunitaire pourrait avoir des effets bénéfiques dans le traitement contre le SARS-CoV-2.
An HCoV can undergo a dead-end infection if it cannot sustain its transmission within the intermediate host.
Ainsi, l’administration d’interféron de type I au moins dans la phase précoce de l’infection au SARS-CoV-2 devrait être bénéfique.
On the contrary, HCoVs can also adapt to the intermediate host and even establish long-term endemicity.
En outre, l’activation de l’inflammasome NLRP3 est défaillante chez les chauves-souris.
In this case, the intermediate host becomes a natural reservoir host.
En suivant ce raisonnement, l’inhibition de l’inflammasome NLRP3 avec le MCC950 pourrait être utile dans le traitement du COVID-19.
Epidemiological data revealed retrospectively that the index case of SARS had a contact history with game animals.
Alors qu’un bêta-CoV de chauve-souris partageant 95 % d’homologie nucléotidique avec le SARS-CoV a été découvert, il existe également un CoV de chauve-souris partageant 96 % d’homologie nucléotidique avec le SARS-CoV-2.
Subsequent seroprevalence investigations indicated that animal traders had a higher prevalence of anti-SARS-CoV IgG compared with that of the general population.
Des bêta-CoV du pangolin remarquablement similaires au SARS-CoV-2 ont été découverts, indiquant que le pangolin peut être l’un des hôtes intermédiaires ou que le bêta-CoV du pangolin pourrait contribuer aux fragments génétiques de la version finale du SARS-CoV-2.
Masked palm civets (Paguma larvata) and a racoon dog in live animal markets were first identified to carry SARS-CoV-like viruses that are almost identical to SARS-CoV.
Les CoV sont revenus sous les feux de la rampe en raison de la récente épidémie de SARS-CoV-2.
This was indirectly supported by the fact that no further SARS was reported after killing all civets in the markets.
D’autre part, le MERS-CoV existe chez le dromadaire depuis longtemps.
However, it has been reported that masked palm civets from the wild or farms without exposure to the live animal markets were largely negative for SARS-CoV, suggesting that masked palm civets might only serve as the intermediate amplifying host but not the natural reservoir of SARS-CoV.
Ces chameaux sont un moyen de transport important et une source majeure de viande, de lait, de cuir et de laine pour les locaux.
Notably, since 80% of the different animals in the markets in Guangzhou have anti-SARS-CoV antibodies, the possibilities that multiple species of small mammals might also serve as intermediate amplifying hosts of SARS-CoV cannot be excluded.
Ils sont très présents au Moyen-Orient et en Afrique.
All of these appear to be dead-end hosts of SARS-CoV.
Il est par conséquent impossible de sacrifier tous les chameaux pour contrôler le MERS, comme cela a été fait sur les marchés d’animaux sauvages en Chine pour prévenir la propagation du SARS-CoV et du SARS-CoV-2.
Subsequent search for the natural animal host of SARS-CoV unveiled a closely related bat CoV, termed SARS-related Rhinolophus bat CoV HKU3 (SARSr-Rh-BatCoV HKU3), which exists in Chinese horseshoe bats.
Pour arrêter les épidémies récurrentes de MERS, une approche globale devrait être adoptée pour développer des vaccins efficaces contre le MERS-CoV chez les chameaux, associée à d’autres mesures de contrôle de l’infection.
These bats are positive for anti-SARS-CoV antibodies and genome sequence of SARSr-Rh-BatCoV HKU3.
Étant donné que nous ne sommes pas capables d’éliminer ces virus, de nouveaux génotypes pourraient émerger et causer des épidémies.
This and other bat CoVs share 88-92% nucleotide sequence homology with SARS-CoV.
Plusieurs CoV zoonotiques circulent dans la nature.
These studies have laid the foundation for the new concept that bats host emerging human pathogens.
En particulier, les CoV de chauve-souris, dont le potentiel zoonotique est très élevé.
Several SARS-like CoVs (SL-CoVs) have also been identified from bats, but none except for one designated WIV1 can be isolated as live virus.
La culture de la consommation d’animaux sauvages dans certaines régions de Chine devrait être abandonnée pour réduire les contacts inutiles entre l’homme et les animaux.
Human angiotensin converting enzyme 2 (ACE2) is known to be the receptor of SARS-CoV.
En réalité, de nombreux virus existent sur la planète depuis très longtemps.
WIV1 derived from fecal sample of bats was demonstrated to use bat, civet and human ACE2 as receptor for cell entry.
Ils restent dans leurs propres réservoirs naturels jusqu’à ce que se présente une opportunité de contagion.
Intriguingly, sera of convalescent SARS patients were capable of neutralizing WIV1.
Une surveillance continue des mammifères est nécessaire pour mieux comprendre l’écologie des CoV et de leurs hôtes naturels, ce qui sera utile dans la prévention de la transmission de l’animal à l’homme et des épidémies futures.
Thus far, WIV1 represents the most closely related ancestor of SARS-CoV in bats, sharing 95% nucleotide sequence homology.
Pour conclure, le moyen le plus efficace pour l’homme de prévenir les zoonoses virales est de se tenir à distance des niches écologiques des réservoirs naturels de zoonoses.
Albeit the high homology between these two viruses, it is generally believed that WIV1 is not the immediate parental virus of SARS-CoV and bats are not the immediate reservoir host of SARS-CoV.
Premièrement, si les chauves-souris transmettent un virus parental du SARS-CoV-2 aux pangolins, il serait intéressant d'observer dans quelles circonstances les chauves-souris et les pangolins pourraient partager la même niche écologique.
Phylogenetic analysis clusters MERS-CoV to the same group as bat CoV-HKU4 and bat CoV-HKU5.
Deuxièmement, si les chauves-souris jouent un rôle plus direct dans la transmission à l’homme, il faudrait déterminer comment les humains entrent en contact avec les chauves-souris.
Bat CoV-HKU4 and MERS-CoV utilize the same host receptor, dipeptidyl peptidase 4 (DPP4), for virus entry.
Troisièmement, si un troisième mammifère joue le rôle de véritable hôte intermédiaire, il reste à clarifier comment il interagit avec les différentes espèces, y compris les hommes, les chauves-souris et les pangolins.
RNA-dependent RNA polymerase sequences of MERS-CoV are phylogenetically closer to counterparts in bat beta-CoVs identified from Europe and Africa.
Qu’il s’agisse d’une chauve-souris, d’un pangolin ou d’un autre mammifère, on devrait parvenir à identifier le SARS-CoV-2 ou les virus parents quasi-identiques observés chez leurs hôtes naturels.
Up to now, no live MERS-CoV can be found in wild bats.
Il est possible de contracter des maladies respiratoires telles que la grippe ou le rhume, par exemple, en omettant de se laver les mains avant de se toucher les yeux, le nez ou la bouche (c.-à-d. les muqueuses).
MERS-CoV and its closest relative bat CoV-HKU25 share only 87% nucleotide sequence homology.
Le principal objectif médical du lavage des mains est d’éliminer les agents pathogènes (bactéries, virus ou autres microorganismes susceptibles de provoquer des maladies) et les produits chimiques, pouvant être nocifs ou provoquer des maladies.
Thus, bats might not be the immediate reservoir host of MERS-CoV.
Le lavage des mains possède de nombreux avantages pour la santé, notamment la réduction de la propagation de la grippe, du coronavirus et d’autres maladies infectieuses ; la prévention des causes infectieuses de diarrhée ; la réduction des infections respiratoires ;
On the other hand, studies in Middle East have shown that dromedary camels are seropositive for MERS-CoV-specific neutralizing antibodies, same as camels of Middle East origin in multiple African countries.
ainsi que la réduction du taux de mortalité infantile lors des accouchements à domicile.
Live MERS-CoV identical to the virus found in humans was isolated from the nasal swabs of dromedary camels, further indicating that camels serve as the bona fide reservoir host of MERS-CoV.
Dans les pays en développement, les taux de mortalité infantile liés aux maladies respiratoires et à la diarrhée peuvent être réduits en introduisant de simples changements comportementaux, tels que le lavage des mains au savon.
It is also noteworthy that generally mild symptoms but massive virus shedding were observed in camels experimentally infected with MERS-CoV.
La pneumonie, l’une des principales IRA, est la première cause de mortalité chez les enfants de moins de cinq ans, qui fait près de 1,8 million de victimes par an.
Notably, infected camels shed viruses not only through respiratory route but also through fecal-oral route, which is also the main route for virus shedding from bats.
Ensemble, la diarrhée et la pneumonie entraînent chaque année le décès de près de 3,5 millions d’enfants.
However, questions still remain since many confirmed cases of MERS have no contact history with camels prior to symptom onset, plausibly ascribed to human-to-human transmission or unknown transmission routes involving unrecognized animal species that harbour MERS-CoV.
Le lavage des mains protège également de l’impétigo, qui est transmis par contact physique direct.
SARS-CoV-2 shares 96.2% nucleotide homology with a bat CoV RaTG13 isolated from Rhinolophus affinis bats.
Effet délétère mineur, le lavage fréquent des mains peut abîmer la peau en provoquant un dessèchement cutané.
As in the cases of SARS-CoV and MERS-CoV, the sequence divergence between SARS-CoV-2 and RaTG13 is too great to assign parental relationship.
Une étude danoise de 2012 a révélé que le lavage excessif des mains pouvait entraîner de l’eczéma ou une dermatite au niveau des mains, caractérisés par une peau squameuse et des démangeaisons, et particulièrement fréquents chez les travailleurs de la santé.
That is to say, bats might not be the immediate reservoir host(s) of SARS-CoV-2 unless almost identical bat CoVs are found in future.
Le lavage trop fréquent des mains est également considéré comme l’un des symptômes du trouble obsessionnel compulsif (TOC).
Presumably, the intermediate animal hosts of SARS-CoV-2 should be among the wildlife species sold and killed at the Huanan Seafood Wholesale Market, with which many of the initial cases of COVID-19 were associated, indicative of a probable animal-to-human transmission event.
Le déparasitage deux fois par an, associé au lavage quotidien des mains au savon et au brossage quotidien des dents avec un dentifrice fluoré, est au cœur de ce programme national.
Several recent studies based on metagenomic sequencing have suggested that a group of endangered small mammals known as pangolins (Manis javanica) could also harbour ancestral beta-CoVs related to SARS-CoV-2.
Il a également été mis en œuvre avec succès en Indonésie.
These novel pangolin CoV genomes share 85-92% nucleotide sequence homology with SARS-CoV-2.
L’action principale des savons et des détergents consiste à réduire les obstacles à la solution et d’accroître la solubilité.
However, they are equally closely related to RaTG13 with about 90% identity at the level of nucleotide sequence.
L’eau seule n’est pas un nettoyant efficace pour la peau étant donné que les lipides et les protéines, qui sont des matières organiques du sol, sont difficilement solubles dans l’eau.
They cluster into two sub-lineages of SARS-CoV-2-like viruses in the phylogenetic tree, one of which share a more similar receptor binding domain (RBD) with SARS-CoV-2, with 97.4% amino acid sequence identity.
Le savon solide, en raison de sa nature réutilisable, peut renfermer des bactéries issues d’utilisations précédentes.
In stark contrast, the RBDs of SARS-CoV-2 and RaTG13 are more divergent, albeit a higher degree of sequence homology genome-wide.
À ce jour, il n’existe aucune preuve suggérant que l’utilisation des antiseptiques ou des désinfectants recommandés permet de cibler les organismes résistants aux antibiotiques dans la nature.
An earlier study on diseased pangolins also reported the detection of viral contigs from lung samples, which turn out to be similarly related to SARS-CoV-2.
Par conséquent, même si les souches résistantes aux antibiotiques ne sont pas le fruit des savons antibactériens, ces derniers pourraient ne pas être aussi efficaces qu’annoncé.
This study adopted different assembly methods and manual curation to generate a partial genome sequence comprising about 86.3% of the full-length viral genome.
Outre l’agent tensioactif et protecteur de la peau, les formules les plus complexes peuvent contenir des acides (acide acétique, acide ascorbique, acide lactique) servant à réguler le pH, de l’acide benzoïque, ayant une fonction antimicrobienne, et d’autres agents de protection (aloe vera, vitamines, menthol, extraits de plantes).Une analyse rigoureuse de l’École de santé publique de l’Université de l’Oregon a indiqué que les savons ordinaires étaient aussi efficaces que les savons antibactériens destinés aux particuliers et contenant du triclosan, pour prévenir les maladies et éliminer les bactéries des mains.
We cannot exclude the possibility that pangolin is one of the intermediate animal hosts of SARS-CoV-2.
L’eau chaude utilisée pour se laver les mains n’est pas suffisamment chaude pour tuer les bactéries.
However, currently there is no evidence in support of a direct pangolin origin of SARS-CoV-2 due to the sequence divergence between SARS-CoV-2 and pangolin SARS-CoV-2-related beta-CoVs.
Les bactéries se multiplient bien plus vite à la température du corps (37 °C).
In addition, the distance between SARS-CoV-2 and RaTG13 is even shorter than that between SARS-CoV-2 and pangolin SARS-CoV-2-related beta-CoVs.
Toutefois, de l’eau tiède et savonneuse est plus efficace que de l’eau froide et savonneuse pour éliminer les huiles naturelles porteuses de saletés et bactéries.
The evolutionary pathway of SARS-CoV-2 in bats, pangolins and other mammals remains to be established.
Mais contrairement à la croyance populaire, des études scientifiques ont révélé que l’utilisation d’eau tiède ne contribuait pas à réduire la charge microbienne sur les mains.
Whereas the highest sequence homology has been found in the RBDs between SARS-CoV-2 and pangolin, SARS-CoV-2-related beta-CoVs, SARS-CoV-2 and RaTG13 share the highest genome-wide sequence homology.
Un désinfectant ou un antiseptique pour les mains est un produit d’hygiène des mains non aqueux.
It is highly speculative that the high degree of similarity between the RBDs of pangolin SARS-CoV-2-related beta-CoVs and SARS-CoV-2 is driven by selectivity-mediated convergent evolution.
La plupart sont formulés à base d’alcool isopropylique ou d’éthanol associé à un agent épaississant tel que le carbomère (polymère de l'acide acrylique) pour obtenir un gel, ou à un humectant tel que la glycérine afin d’obtenir un liquide ou une mousse pour une plus grande facilité d’utilisation et réduire l’effet asséchant de l’alcool.
A counter-proposal is in favour of a recombination between a pangolin SARS-CoV-2-related beta-CoV and RaTG13 in the third wild animal species.
L’ajout de peroxyde d'hydrogène dilué renforce l’activité antimicrobienne.Les désinfectants pour les mains contenant au moins 60 à 95 % d’alcool éliminent efficacement les germes.
As a driving force in evolution, recombination is widespread among beta-CoVs.
Les solutions hydroalcooliques tuent les bactéries, les bactéries multirésistantes (SARM et ERV), la tuberculose et certains virus (dont le VIH, l’herpès, le VRS, le rhinovirus, la vaccine, la grippe et l’hépatite), ainsi que les champignons.
The jury is still out on the immediate zoonotic origin of SARS-CoV-2.
Les solutions hydroalcooliques sont presque entièrement inefficaces contre les virus de type norovirus (ou Norwalk), la principale cause de gastroentérite contagieuse.Une quantité suffisante de désinfectant pour les mains ou solution hydroalcoolique doit être utilisée pour bien mouiller ou couvrir les deux mains.
Besides the highly pathogenic HCoVs, the zoonotic origin of HCoV-229E, HCoV-OC43, HCoV-NL63 and HCoV-HKU1 have also been studied.
L’utilisation accrue de ces produits est due à leur facilité d’utilisation et leur activité d’élimination rapide des microorganismes ; néanmoins, ils ne doivent pas remplacer un lavage des mains adéquat à moins que vous n'ayez pas d'eau et savon à portée de main.
Phylogenetic evidence indicated that both HCoV-NL63 and HCoV-229E might have originated from bat CoVs, while the parental viruses of HCoV-OC43 and HCoV-HKU1 have been found in rodents.
L’utilisation fréquente de solutions hydroalcooliques peut entraîner un dessèchement cutané si la formule n’est pas renforcée par des émollients et/ou des agents hydratants de la peau.
It has been reported that a bat CoV termed ARCoV.2 (Appalachian Ridge CoV) detected in North American tricolored bat displayed close relationship with HCoV-NL63.
L’effet asséchant de l’alcool peut être réduit ou éliminé en ajoutant de la glycérine et/ou d’autres émollients à la formule.
On the other hand, HCoV-229E was genetically related to another bat CoV, termed Hipposideros/GhanaKwam/19/2008, which was detected in Ghana, while camelids have also been suspected as its intermediate host.
Dans le cadre d’essais cliniques, les solutions hydroalcooliques contenant des émollients ont provoqué nettement moins d’irritation et de sécheresse cutanée que les savons ou détergents antimicrobiens.
For clarity, the current knowledge on animal origins of known HCoVs is summarized in Figure ​1 and Table 2.
La dermatite de contact allergique, l’urticaire de contact ou l’hypersensibilité à l’alcool ou aux additifs présents dans les solutions hydro-alcooliques sont rares.
Phylogenetic analysis has provided evidence for interspecies transmission events of HCoVs in the history.
Malgré leur efficacité, les produits non aqueux n’éliminent pas les matières organiques présentes sur les mains, mais ne font que les désinfecter.
When HCoV-OC43 crossed species to infect humans from domestic livestock around 1890, a pandemic of respiratory infection was recorded.
C’est pour cette raison que les désinfectants pour les mains ne sont pas aussi efficaces que le savon et l’eau pour éviter la propagation de nombreux agents pathogènes, étant donné que ces derniers restent sur les mains.
The interspecies transmission history of HCoV-229E is less clear.
L’efficacité des désinfectants pour les mains sans alcool dépend fortement des ingrédients et de la formule, et a toujours été nettement inférieure à celle de l’alcool et des désinfectants à base d’alcool.
Bat alpha-CoVs closely related to HCoV-229E have been found.
Plus récemment, les formules qui utilisent du chlorure de benzalkonium ont présenté une activité antimicrobienne durable et cumulative après l’application, à la différence de l’alcool, dont l’efficacité s’atténue après une utilisation répétée, probablement en raison des réactions indésirables cutanées progressives.
Between them there is an alpaca alpha-CoV.
La cendre ou la terre peuvent être plus efficaces que l’eau seule, mais moins que le savon.
Several lines of evidence support the transmission of virus from bats to humans directly.
Qui plus est, si la terre ou la cendre est contaminée par des microorganismes, elle risque d’accroître la propagation des maladies au lieu de la freiner.
First, humans but not alpacas might have contact with bats in a shared ecological niche.
À l’instar du savon, la cendre est également un agent désinfectant car, en contact avec de l’eau, elle forme une solution alcaline.
Instead, humans have close contact with alpacas.
L’OMS recommande la cendre ou le sable comme alternative au savon lorsque celui-ci n’est pas disponible.
Second, HCoV-229E-related bat alpha-CoVs are diverse and non-pathogenic in bats, whereas alpaca alpha-CoV caused an outbreak of respiratory disease in infected animals.
Se mouiller les mains avec de l’eau courante tiède ou froide.
Finally, alpaca alpha-CoV has not been found in feral animals.
L’eau courante est recommandée en raison du risque de contamination des points d’eau stagnante, tandis que la température de l’eau ne semble pas faire de différence).
Thus, the possibility cannot be excluded that alpacas obtain the HCoV-229E-related alpha-CoV from humans.
Faire mousser une quantité généreuse de savon sur les mains en les frottant l’une contre l’autre, sans oublier le dos des mains, entre les doigts et sous les ongles.
In fact, bats are the direct source of human pathogenic viruses including rabies virus, Ebola virus, Nipah virus and Hendra virus.
Le savon élimine les germes de la peau, et des études révèlent que les personnes ont tendance à se laver les mains plus soigneusement lorsqu’elles utilisent du savon qu’avec de l’eau seule.
It is therefore not too surprising that bats might transmit HCoV-229E to humans directly.
Frotter pendant au moins 20 secondes.
Alternatively, whereas bat alpha-CoVs serve as the gene pool of HCoV-229E, alpacas and dromedary camels might serve as intermediate hosts that transmit viruses to humans, exactly as in the case of MERS-CoV.
L’action de frotter crée de la friction, qui aide à éliminer les germes de la peau, et frotter plus longtemps retire plus de germes.
MERS-CoV serves as an excellent example of interspecies transmission from bats to dromedary camels and from dromedary camels to humans.
Rincer abondamment à l’eau courante.
The evolutionary origin of MERS-CoV from bats is known at its initial identification and has also been strengthened by subsequent findings.
Le rinçage dans un bassin d’eau stagnante peut entraîner la recontamination des mains.
It is obvious that bats provide a rich pool of virus species for interspecies exchange of genetic fragments and interspecies transmission.
Sécher avec une serviette propre ou à l’air libre.
Longevity, densely packed colonies, close social interaction and strong ability to fly are all favourable conditions for bats to be an ideal 'virus spreader'.
Des mains mouillées et humides se recontaminent plus facilement.Les zones les plus souvent oubliées sont le pouce, le poignet, les espaces entre les doigts et le dessous des ongles.
On the other hand, MERS-CoV has been introduced to dromedary camels for decades.
Les ongles artificiels et le vernis à ongles écaillé peuvent héberger des microorganismes.
It is well adapted to these camels that have turned from an intermediate host to a stable and natural reservoir host.
Une lotion hydratante est souvent recommandée pour éviter d’avoir les mains sèches ; la sécheresse cutanée favorise l’apparition de lésions cutanées qui peuvent accroître le risque de transmission des infections.
MERS-CoV causes very mild disease and maintains a relatively low mutation rate in these animals.
Il existe de nombreuses alternatives économiques pour se laver les mains lorsque l’eau du robinet et/ou le savon ne sont pas disponibles. Par exemple, faire couler de l’eau d’un bidon ou d’une gourde suspendus et percés et/ou utiliser de la cendre si besoin, dans les pays en développement.Dans les situations où l’approvisionnement en eau est limité (comme dans les écoles ou les zones rurales des pays en développement), il existe des solutions pour économiser l’eau, comme les « tippy-taps » et d’autre options économiques.
Its sporadic transmission to humans is an accident and humans remain a dead-end host of MERS-CoV as its transmission cannot be sustained.
Un tippy-tap est une technologie simple qui utilise une cruche suspendue à l’aide d’une corde, et une pédale permettant de verser une petite quantité d’eau sur les mains et un pain de savon.
In contrast to the role of camels in the transmission of MERS-CoV, the role of pangolins, if there is any, in the transmission of SARS-CoV-2 is different.
Le séchage efficace des mains est une partie essentielle du processus d’hygiène des mains, mais le meilleur moyen de se sécher les mains dans les toilettes publiques fait débat.
Particularly, pangolin beta-CoVs are highly pathogenic in pangolins.
De plus en plus de recherches suggèrent que les serviettes en papier sont bien plus hygiéniques que les sèche-mains électriques que l’on retrouve souvent dans les toilettes.
They might be a dead-end host for SARS-CoV-2-related beta-CoVs, similar to civets in the case of SARS-CoV.
Après le lavage et le séchage des mains au sèche-mains à air chaud, il a été révélé que le nombre total de bactéries augmentait en moyenne de 194 % sur la pulpe des doigts et de 254 % sur les paumes.
Several possibilities for interspecies transmission of SARS-CoV-2 from animals to humans have to be ruled in or ruled out in future studies.
Le séchage au sèche-mains à jet d’air entraînait une augmentation moyenne du nombre total de bactéries sur la pulpe des doigts de 42 % et sur les paumes de 15 %.
First, bats could be the reservoir host of a SARS-CoV-2-related virus almost identical to SARS-CoV-2.
Après le séchage des mains, les variations suivantes de la numération bactérienne ont été observées :
Humans might share the ecological niche with bats through butchering or coal mining.
Il existe de nombreux fabricants de sèche-mains différents, et les sèches-mains ont été comparés au séchage à l’aide de serviettes en papier.
Second, pangolins could be one of intermediate amplifying host to which a SARS-CoV-2-related virus had been newly introduced.
Le lavage des mains avec des lingettes désinfectantes est une solution alternative pendant les déplacements, en l’absence de savon et d’eau.
Humans contract the virus through butchering and consumption of game meat.
Les solutions hydroalcooliques doivent contenir au moins 60 % d’alcool.
It is possible that many mammals including domestic animals are susceptible to SARS-CoV-2.
Il existe des dispositifs électroniques qui émettent des rappels lorsque le personnel hospitalier oublie de se laver les mains.
A survey of domestic and wild animals for antibodies is warranted.
Le lavage médical des mains doit durer au moins 15 secondes, en utilisant une quantité généreuse de savon et d’eau ou du gel pour faire mousser et frotter chaque partie des mains.
Third, as mentioned above, recombination and adaptation of SARS-CoV-2 might have occurred in a third species that has contact with both bats and pangolins.
Les mains doivent être frottées l’une contre l’autre en passant entre les doigts.
The search for the animal origins of SARS-CoV-2 is still on.
Après le séchage, la serviette en papier doit être utilisée pour fermer le robinet (et ouvrir la porte de sortie le cas échéant).
Apart from different types of the animal hosts, three major factors on the viral side are also important in facilitating CoVs to cross species barriers.
L’objectif du lavage des mains dans les structures de santé est de retirer les microorganismes pathogènes (« germes ») et d’éviter leur transmission.
First of all, their relatively high mutation rates in RNA replication.
Une analyse pertinente a été menée par Whitby et al.
In comparison to other single-stranded RNA viruses, the estimated mutation rates of CoVs could be regarded as “moderate” to “high” with an average substitution rate being ~10-4 substitution per year per site 2, depending on the phase of CoV adaptation to novel hosts.
après une exposition au sang/à un liquide biologique;
CoVs have a proof-reading exoribonuclease, deletion of which results in exceedingly high mutability and attenuation or even inviability.
avant un geste aseptique; et
Interestingly, the nucleotide analogue Remdesivir is known to suppress CoV replication through inhibition of this exoribonuclease and the RNA-dependent RNA polymerase.
Tous les bijoux doivent être retirés.
Remdesivir is one of most promising anti-SARS-CoV-2 agents to be tested in clinical trials.
Dans le cadre de cette procédure, il est nécessaire de se laver les mains et les avant-bras jusqu’au coude, généralement pendant 2 à 6 minutes.
Nevertheless, mutation rates of CoVs are about a million times higher than those of their hosts.
Lors du rinçage, il faut éviter que l’eau sur les avant-bras ne s’écoule jusqu’aux mains.
In addition, mutation rate is often high when CoVs are not well adapted to the host.
Afin de réduire la propagation des germes, il est préférable de se laver les mains ou d’utiliser un antiseptique pour les mains avant et après s’être occupé d’une personne malade.
Compared to SARS-CoV with a high mutation rate, the mutation rate of SARS-CoV-2 is apparently lower, suggestive of a higher level of adaptation to humans.
Concernant le contrôle des infections aux staphylocoques dans les hôpitaux, on a découvert que les principaux bénéfices du lavage des mains étaient obtenus lors des premiers 20 % du lavage, et qu’il n’existait que très peu de bénéfices supplémentaires à augmenter la fréquence de lavage des mains au-delà de 35 %.
Presumably, it has already been adapted to another host close to humans.
De plus amples recherches sont nécessaires pour découvrir quelles sont les interventions les plus efficaces dans différentes structures de santé.
In addition to SARS-CoV-2, this also applies to MERS-CoV, which is well adapted to dromedary camels.
Par exemple, dans la majeure partie de l’Afrique rurale, il est rare de trouver des robinets pour se laver les mains à proximité des toilettes privées ou publiques, malgré l’existence d’options économiques pour construire des stations de lavage des mains.
Theoretically, it is unlikely that genetic drift would render vaccines and antivirals against SARS-CoV-2 ineffective quickly.
Néanmoins, les faibles taux de lavage des mains peuvent également être imputables à des habitudes tenaces, plutôt qu’à un manque de savon ou d’eau.
Second, the large RNA genome in CoVs exerts extra plasticity in genome modification for mutations and recombination, thereby increasing the probability for interspecies co-evolution, which is advantageous for the emergence of novel CoVs when the conditions become appropriate.
Une fois que les normes minimales sont atteintes, les écoles peuvent passer d’une aux trois étoiles finales.
This is supported by the copious unique open reading frames and protein functions encoded towards the 3′ end of the genome.
La construction de stations de lavage des mains peut s’inscrire dans les campagnes de promotion de l’hygiène des mains qui sont menées afin de réduire les maladies et la mortalité infantile.
Third, CoVs randomly and frequently switch templates during RNA replication through a unique “copy-choice” mechanism.
La Journée mondiale du lavage des mains est un autre exemple de campagne de sensibilisation qui prétend fomenter l’évolution des comportements.Suite à la pandémie de coronavirus de 2019-2020, l’UNICEF a encouragé l’adoption d’un emoji illustrant le lavage des mains.
In a host that serves as the mixing vessel, strand switching occurs frequently during CoV RNA transcription.
Toutefois, une revue suggère que la promotion du lavage des mains au savon est nettement plus rentable que d’autres interventions en matière d’eau et d’assainissement.
Highly homologous full-length and subgenomic RNAs could recombine to generate new CoVs.
À cette époque, la plupart des gens croyaient encore que les infections étaient dues aux odeurs fétides appelées miasmes.
Phylogenetic evidence of natural recombination has been found in both HCoV-HKU1 and HCoV-OC43, as well as animal CoVs such as bat SL-CoV and batCoV-HKU9.
Par exemple, en Allemagne, des affiches illustrant les « bonnes techniques de lavage des mains » ont été placées à côté des éviers dans les toilettes publiques et dans les toilettes des immeubles de bureaux et des aéroports.
Virus-host interaction in relation to transmission
L’expression « s’en laver les mains » fait référence au refus d’une personne d’assumer la responsabilité ou d’être complice de quelque chose.
Besides three viral factors stated above, viral interaction with host receptor is another key factor influential on interspecies transmission.
En outre, celles qui sont autorisées à se laver les mains après avoir eu ce genre de pensées sont moins enclines à se livrer à d’autres mesures compensatoires de « purification », comme le bénévolat.
Herein, recombination of SARS-CoV is taken as a typical example, which also showed evidence of positive selection during interspecies transmission events.
De même, l’hindouisme, le bouddhisme, le sikhisme, le judaïsme et l’islam exigent de se laver les mains avant et après chaque repas.
Based on the comparative analysis between isolates of human and civet SARS-CoVs, SARS-CoV is thought to undergo rapid adaptation in different hosts, particularly with mutations at the RBD of the S protein.
et toutes les douleurs thoraciques doivent être traitées de cette manière, en particulier à votre âge
Generally, the RBD in the S protein of a CoV interacts with the cellular receptor and is intensely selected by the host antibody response.
et surtout si vous avez de la fièvre
In SARS-CoV, the RBD is in the 318th to 510th amino acids on the S1 fragment, which binds to the human ACE2 as well as its coreceptors for viral entry.
et votre cholestérol et votre tension doivent également être contrôlés
The RBD of SARS-CoV is capable of recognizing the ACE2 receptors of various animals, including bat, civet, mouse and raccoon dog, allowing interspecies transmission of the virus.
et avez-vous de la fièvre actuellement ?
In fact, only 6 amino acid residues were observed to be different from human and civet viral isolates in the RBD and 4 of them locate in the receptor-binding motif for interaction with the ACE2 receptor.
et avez-vous l’un des symptômes suivants en plus de vos douleurs thoraciques ?
Civet SARS-CoV has K479N and S487T mutations in its RBD, which might increase the affinity of the interaction of spike protein with human ACE2 receptor.
et votre nez coule-t-il ?
In other words, these two amino acid substitutions might be critical to viral adaption to humans.
et la douleur se déplace-t-elle depuis votre poitrine ?
It is noteworthy that SARS-CoV-2 shares the same cellular receptor with SARS-CoV.
et buvez beaucoup de liquides
A 30% difference between SARS-CoV-2 and SARS-CoV in the S1 unit of the S protein implicates that the binding affinity of its S protein with human ACE2 might have altered.
et combien avez-vous eu de fièvre?
Indeed, a cryo-EM study indicates a 10- to 20-fold higher affinity of this binding than that between human ACE2 and SARS-CoV S protein.
et je tousse aussi
It will also be of interest to determine whether any other coreceptor might be required for SARS-CoV-2 transmission.
et j’ai un petit rhume et je tousse
Intriguingly, HCoV-NL63 also binds to ACE2 but with a different part of S.
et j’ai vraiment très mal à la poitrine aujourd’hui
There exist many other HCoV receptors, such as aminopeptidase N for HCoV-229E, and 9-O-acetylated sialic acid for HCoV-OC43.
et j’ai ces douleurs dans la poitrine
They might also account for successful adaptation of these CoVs in humans after interspecies transmission from their animal hosts.
et je pense que j’ai un peu de fièvre
In addition to cellular receptors, the outcome of interspecies transmission of HCoVs is also governed by other host dependency and restriction factors.
et elle a à peu près les mêmes symptômes
The divergence of these host proteins between humans and natural reservoir hosts of HCoVs such as bats, dromedary camels and rodents might constitute a barrier to interspecies transmission.
et dites-moi, quels symptômes vous avez actuellement ?
HCoVs have to usurp host dependency factors and subvert host restriction factors for a successful interspecies transmission.
et ils ont un peu de fièvre aussi
In this regard, molecular determinants in this important area of virus-host interaction remain to be identified and characterized.
et avec vos antécédents de diabète
An unbiased genome-wide screening of host dependency and restriction factors for SARS-CoV-2 using the state-of-the-art technology of CRISPR might be fruitful.
et vous savez que j’ai l’impression que ma poitrine va s’écraser
Emergence of novel HCoVs: back to ground zero
et vous savez que des gens me toussent dessus tout le temps
The diversity of bat CoVs provides ample opportunities for the emergence of novel HCoVs.
et vous avez des douleurs dans la poitrine
In this sense, bat CoVs serve as the gene pool of HCoVs.
et vos symptômes ne disparaissent pas en cinq jours
In addition, rapid mutation and genetic recombination also drive HCoV evolution and serve as two important steps in this process.
et vous avez dit ressentir une pression dans la poitrine
For example, the acquisition or loss of novel protein-coding genes has the potential to drastically modify viral phenotypes.
remarquez-vous d’autres symptômes ou problèmes en plus des douleurs musculaires ?