atepeq/tico19 huggingface dataset:
Comorbidities and complications: Patients with COVID-19 who require intensive care are more likely to suffer from acute cardiac injury and arrhythmia.
Comorbidités et complications : les patients atteints de la COVID-19 nécessitant des soins intensifs sont plus susceptibles de souffrir de lésions cardiaques aiguës et d’arythmie.
Cardiac events were also the main reason for death in SARS patients.
Les événements cardiaques constituaient également la principale cause de décès chez les patients atteints du SRAS.
It has been reported that SARS-CoV-2 can also bind to ACE2-positive cholangiocytes, which might lead to liver dysfunctions in COVID-19 patients.
Il a été établi que le SARS-CoV-2 peut également se lier aux cholangiocytes positifs de l’ACE2, ce qui peut entraîner des dysfonctions hépatiques chez les patients atteints de la COVID-19.
It is worth noting that age and underlying disease are strongly correlated and might interfere with each other.
Il convient de noter que l’âge et la présence de problèmes de santé sous-jacents sont fortement corrélés et peuvent interférer l’un avec l’autre.
Abnormal laboratory findings: The C-reactive protein (CRP) level in blood reflects the severity of inflammation or tissue injury and has been proposed to be a potential prognostic factor for disease, response to therapy, and ultimate recovery.
Résultats de laboratoire anormaux : le taux de protéine C-réactive (CRP) dans le sang reflète la sévérité de l’inflammation ou des lésions tissulaires ; il a été avancé comme facteur de pronostic potentiel de la maladie, de la réponse au traitement et de la guérison.
The correlation of CRP level to the severity and prognosis of COVID-19 has also been proposed.
La corrélation entre le taux de CRP et la sévérité ainsi que le pronostic de la COVID-19 a également été proposée.
In addition, elevated lactate dehydrogenase (LDH), aspartate aminotransferase (AST), alanine aminotransferase (ALT), and creatine kinase (CK) may also help predict the outcome.
Par ailleurs, un taux élevé de lactate déshydrogénase (LDH), d’aspartate aminotransférase (AST), d’alanine aminotransférase (ALT) et de créatine kinase (CK) peut également participer à établir le pronostic.
These enzymes are expressed extensively in multiple organs, especially in the heart and liver, and are released during tissue damage.
Ces enzymes sont largement exprimées au sein de plusieurs organes, notamment au niveau du cœur et du foie, et sont libérées en cas de lésions tissulaires.
Thus, they are traditional markers for heart or liver dysfunctions.
Elles constituent donc traditionnellement des marqueurs de dysfonction cardiaque ou hépatique.
Major clinical symptoms: Chest radiography and temporal progression of clinical symptoms should be considered together with the other issues for the prediction of outcomes and complications of COVID-19.
Symptômes cliniques majeurs : les résultats de radiographie thoracique et la progression temporelle des symptômes cliniques doivent être examinés en association avec les autres éléments pour la détermination du pronostic et des complications de la COVID-19.
Use of steroids: As described above, steroids are immunosuppressant commonly used as an adjunctive therapy for infectious diseases to reduce the severity of inflammatory damage.
Utilisation de stéroïdes : comme décrit ci-avant, les stéroïdes sont des immunosuppresseurs communément utilisés en traitement d’appoint pour les maladies infectieuses afin de réduire la gravité des lésions inflammatoires.
Since a high dosage of corticosteroids was widely used in severe SARS patients, many survivors suffered from avascular osteonecrosis with life-long disability and poor life quality.
Étant donné que la prise de corticostéroïdes a dose élevée a été largement utilisée pour les cas graves de SRAS, de nombreux survivants ont présenté une ostéonécrose avasculaire résultant en une incapacité permanente et une qualité de vie médiocre.
Thus, if needed, steroids should be used at low dosage and for a short time in COVID-19 patients.
Ainsi, si nécessaire, l’administration de stéroïdes aux patients atteints de la COVID-19 doit être limitée à une faible dose et à une courte durée.
Mental stress: As described above, during the COVID-19 outbreak many patients have suffered from extraordinary stress as they often endured long periods of quarantine and extreme uncertainty and witnessed the death of close family members and fellow patients.
Stress mental : comme décrit ci-avant, l’épidémie de COVID-19 a entraîné un grand nombre de cas de stress exceptionnel, les patients connaissant souvent de longues périodes de quarantaine, une incertitude extrême ainsi que le décès de proches ou d’autres patients.
It is imperative to provide psychological counseling and long-term support to help these patients recover from the stress and return to normal life.
Il est impératif de proposer un accompagnement psychologique et un soutien sur le long terme afin d’aider ces individus à surmonter ce stress et à retrouver une vie normale.
According to demographic studies so far, COVID-19 seems to have different epidemiological features from SARS.
D’après les études démographiques réalisées jusqu’ici, la COVID-19 semble présenter des caractéristiques épidémiologiques différentes de celles du SRAS.
In addition to replicating in the lower respiratory tract, SARS-CoV-2 can efficiently replicate in the upper respiratory tract and causes mild or no symptoms in the early phase of infection, similar to other CoVs that cause common colds.
En plus de se répliquer dans les voies respiratoires inférieures, le SARS-CoV-2 se réplique également efficacement dans les voies respiratoires supérieures et n’entraîne pas ou peu de symptômes dans la première phase de l’infection, à l’instar des coronavirus à l’origine des rhumes communs.
Therefore, infected patients at the early phase or incubation period can produce a large amount of virus during daily activities, causing great difficulty for the control of the epidemic.
Par conséquent, les individus récemment infectés ou en période d’incubation peuvent produire une grande quantité de virus au cours de leurs activités quotidiennes, ce qui entrave considérablement le contrôle de l’épidémie.
However, the transmission of SARS-CoV was considered to occur when the patients are severely ill, while most transmission did not happen at the early phase.
Cependant, il était considéré que le SARS-CoV était transmis par les patients gravement malades, avec une très faible probabilité de transmission dans la première phase.
Thus, the current outbreak of COVID-19 is much more severe and difficult to control than the outbreak of SARS.
L’actuelle épidémie de COVID-19 est donc bien plus grave et difficile à contrôler que ne l’a été celle du SRAS.
Great efforts are currently underway in China including the lockdown of Wuhan and surrounding cities and continuous quarantine of almost the entire population in hopes of interrupting the transmission of SARS-CoV-2.
Des efforts considérables sont actuellement déployés en Chine, avec notamment le confinement de Wuhan et des villes voisines, ainsi que la mise en quarantaine continue de la quasi-totalité de la population en vue d’interrompre la transmission du SARS-CoV-2.
Although these actions have been dramatically damaging the economy and other sectors of the country, the number of new patients is declining, indicating the slowdown of the epidemic.
Bien que ces mesures aient eu un impact dramatique sur l’économie ainsi que sur d’autres secteurs du pays, le nombre de nouveaux cas décline, indiquant un ralentissement de l’épidémie.
The most optimistic estimate is that the outbreak will end by March and the downswing phase will last for 3-4 months.
Les estimations les plus optimistes suggèrent que l’épidémie prendra fin en mars et que la phase de décroissance durera de 3 à 4 mois.
However, some other experts are not that optimistic.
Cependant, tous les experts ne partagent pas cet optimisme.
Paul Hunter, et al., estimated that COVID-19, which seems substantially more infectious than SARS, will not end in 2020.
Paul Hunter, et al., estiment que la COVID-19, qui semble être nettement plus infectieuse que le SRAS, ne s’éteindra pas en 2020.
Ira Longini, et al., established a model to predict the outcome of the epidemic and suggested that SARS-CoV-2 could infect two-thirds of the global population.
Ira Longini, et al., ont établi un modèle afin de prévoir l’issue de l’épidémie et ont conclu que le SARS-CoV-2 pourrait infecter deux tiers de la population mondiale.
A Canadian group reported that SARS-CoV-2 was detected in both mid-turbinate and throat swabs of patients who recovered and left the hospital 2 weeks earlier, which indicates that the newly identified virus could become a cyclical episode similar to influenza.
Un groupe canadien a rapporté que le SARS-CoV-2 avait été détecté dans les prélèvements du cornet nasal moyen et de la gorge de patients rétablis, 2 semaines après leurs sortie de l’hôpital, indiquant que le virus nouvellement identifié pourrait devenir un épisode cyclique à l’instar de la grippe.
However, promising signs have occurred in China based on the declining number of new cases, indicating the current strategies might have been working.
Cependant, des signes encourageants ont été observés en Chine avec la diminution progressive de nouveaux cas, suggérant que les stratégies mises en œuvre auraient fonctionné.
Ebola was originally predicted to cause up to a million cases with half a million deaths.
Selon les prévisions initiales, le virus Ebola devait entraîner jusqu’à un million de cas et un demi-million de décès.
However, via strict quarantine and isolation, the disease has eventually been put under control.
Cependant, grâce à une mise en quarantaine et à un isolement stricts, la maladie a été finalement placée sous contrôle.
It is possible, similar to SARS-CoV, that SARS-CoV-2 might become weaker in infectivity and eventually die down or become a less pathogenic virus co-existent with humans.
Il est possible, comme pour le SARS-CoV, que le SARS-CoV-2 s’affaiblisse en termes d’infectiosité pour finalement s’éteindre ou qu’il évolue en un virus moins pathogène coexistant avec l’Homme.
A comparison of the epidemic of COVID-19 with that of SARS and MERS is provided below (Fig. ​(Fig.55).
Une comparaison de l’épidémie de COVID-19 avec celle du SRAS et du MERS est fournie ci-après (Fig. ​(Fig.55).
SARS-CoV-2 is highly transmittable through coughing or sneezing, and possibly also through direct contact with materials contaminated by the virus.
Le SARS-CoV-2 est hautement transmissible par la toux ou les éternuements, et également possiblement par contact direct avec des matériaux contaminés.
The virus was also found in feces, which raises a new possibility of feces-to-mouth transmission.
Le virus a également été identifié dans des selles, dévoilant ainsi une nouvelle possibilité de transmission féco-orale.
A recent study on 138 cases reported that 41% of the cases were possibly caused by nosocomial infections, including 17 patients with other prior diseases and 40 health-care providers.
Une récente étude menée sur 138 patients a révélé que 41 % des cas étaient possiblement dus à des infections nosocomiales, avec 17 patients présentant des maladies antérieures et 40 professionnels de santé.
Thus, great precaution should be used to protect humans, especially health-care providers, social workers, family members, colleagues, and even bystanders in contact with patients or infected people.
Il convient ainsi de prendre des mesures de précaution afin de protéger les individus, notamment les professionnels de santé, les travailleurs sociaux, les proches et collègues des malades, et même toute personne susceptible d’être en contact avec des patients ou des personnes infectées.
The first line of defense that could be used to lower the risk of infection is through wearing face masks; both the use of surgical masks and N95 respirator masks (series # 1860s) helps control the spread of viruses.
La première ligne de défense possible pour réduire le risque d’infection réside dans le port de masques faciaux ; l’utilisation de masques chirurgicaux et de masques respirateurs N95 (1860) participe à contrôler la propagation des virus.
Surgical face masks prevent liquid droplets from a potentially infected individual from traveling through the air or sticking onto surfaces of materials, where they could be passed on to others.
Les masques chirurgicaux empêchent la projection de gouttelettes potentiellement infectées ou leur dépôt sur des surfaces, où elles pourraient être transmises à d’autres personnes.
However, only N95 (series # 1860s) masks can protect against the inhalation of virions as small as 10 to 80 nm, with only 5% of the virions being able to penetrate completely; SARS-CoV-2 is similar to SARS-CoV in size and both are approximately 85 nm.
Cependant, seuls les masques N95 (1860) assurent une protection contre l’inhalation de virions de 10 à 80 nm, avec seulement 5 % des virions capables de pénétrer entièrement ; le SARS-CoV-2 est similaire au SARS-CoV en taille, puisque tous deux mesurent environ 85 nm.
Since particles can penetrate even five surgical masks stacked together, health-care providers in direct contact with patients must wear N95 (series # 1860s) masks but not surgical masks.
Étant donné que les particules parviennent à traverser cinq masques chirurgicaux empilés les uns sur les autres, il est impératif que les professionnels de santé en contact direct avec des patients portent des masques N95 (1860s) et non des masques chirurgicaux.
In addition to masks, health-care providers should wear fitted isolation gowns in order to further reduce contact with viruses.
Outre des masques, les professionnels de santé doivent porter des blouses d’isolation ajustées afin de réduire encore le contact avec les virus.
Viruses can also infect an individual through the eyes.
Les virus peuvent également infecter un individu par voie oculaire.
On January 22, 2020, a doctor was infected with SARS-CoV-2 although he wore an N95 mask; the virus might have entered his body through his inflammatory eyes.
Le 22 janvier 2020, un médecin s’est révélé être infecté au SARS-CoV-2 alors même qu’il portait un masque N95 ; le virus pourrait avoir pénétré son organisme par voie oculaire en raison d’une inflammation.
Thus, health-care providers should also wear transparent face shields or goggles while working with patients.
Par conséquent, les professionnels de santé doivent également porter des visières transparentes ou des lunettes de protection au contact des patients.
For the general public in affected or potentially affected areas, it is highly suggested that everybody wash their hands with disinfectant soaps more often than usual, try to stay indoors for self-quarantine and limit contact with potentially infected individuals.
Pour les populations des régions affectées ou potentiellement affectées, il est fortement recommandé de se laver les mains avec du savon désinfectant plus souvent que d’ordinaire, de rester confiné au maximum et de limiter tout contact avec des personnes potentiellement infectées.
Three feet is considered an appropriate distance for people to stay away from a patient.
Il est conseillé de maintenir une distance d’un mètre avec les malades.
These actions are effective methods to lower the risk of infection as well as prevent the spread of the virus.
Ces mesures constituent des moyens efficaces de réduire le risque d’infection et de prévenir la propagation du virus.
Although SARS-CoV-2 came as a new virus to the human world, its high homology to SARS-CoV as reported on 7 January 2020 should have caused high alert to China based on her deep memory of the SARS outbreak in 2003.
Bien que le SARS-CoV-2 soit un nouveau virus pour l’Homme, son haut degré d’homologie avec le SARS-CoV, tel que rapporté le 7 janvier 2020, doit avoir placé la Chine en état d’alerte élevé après l’épidémie de SRAS en 2003.
However, not until 19 January 2020 did the director of the Center of Disease Control of Wuhan comfort the citizens by saying that the novel virus has low contagiousness and limited reproductivity from human to human and that it is not a problem to prevent and contain the disease.
Cependant, le 19 janvier 2020, le directeur du Centre de contrôle et de prévention des maladies de Wuhan rassurait la population en affirmant que le nouveau virus était peu contagieux, qu’il présentait une transmissibilité interhumaine limitée et qu’il ne serait pas difficile de prévenir et de contenir la maladie.
This message remarkably relaxed the alarm of the public, especially when the entire country was preparing for the Spring Festival, and the critical time was missed to contain the disease at its minimal scale in Wuhan.
Ce message a entraîné un relâchement notable, en particulier à l’heure où le pays tout entier se préparait pour le Festival du printemps, et l’occasion critique de contenir la maladie à Wuhan a été manquée.
The disease control agencies in China may take this hard lesson and make critical improvements in the future.
Les agences chinoises de contrôle des maladies doivent en tirer des leçons et prendre les mesures qui s’imposent.
For example, these agencies should be (1) more careful when making public announcements as every word counts to citizens and can change their attitude and decisions; (2) more sensitive and reactive to unusual information from clinics rather than waiting for formal reports from doctors or officials; (3) more restrictive to contain a potential epidemic at its early stage rather than attempting to comfort the public; and (4) more often to issue targeted and effective drills to increase the public's awareness about epidemic diseases and to test and improve the response system of the society periodically.
Par exemple, ces agences doivent (1) se montrer plus prudentes dans leurs annonces publiques, car chaque mot compte et peut affecter le comportement et les décisions de la population ; (2) faire preuve de davantage de sensibilité et de réactivité face aux données inhabituelles des cliniques plutôt que d’attendre des rapports formels de médecins ou d’organismes officiels ; (3) se montrer plus restrictives afin de contenir une épidémie potentielle à ses débuts plutôt que de tenter de rassurer la population ; et (4) réaliser davantage d’exercices ciblés et pertinents afin de sensibiliser la population sur les maladies épidémiques, mais également de tester et d’améliorer régulièrement le système de réponse de la société.
The outbreak of COVID-19 caused by the novel virus SARS-CoV-2 started in the end of December 2019.
L’épidémie de COVID-19 causée par le nouveau virus SARS-CoV-2 a débuté fin décembre 2019.
In less than two months, it has spread all over China and near 50 other countries globally at the time of this writing.
En moins de deux mois, au moment de la rédaction de ce rapport, elle s’est étendue à toute la Chine ainsi qu’à près de 50 autres pays à travers le monde.
Since the virus is very similar to SARS-CoV and the symptoms are also similar between COVID-19 and SARS, the outbreak of COVID-19 has created a sense of SARS recurring.
Dans la mesure où ce virus est très similaire au SARS-CoV et que les symptômes de la COVID-19 sont également proches de ceux du SRAS, l’épidémie de COVID-19 fait naître comme une impression de déjà-vu.
However, there are some remarkable differences between COVID-19 and SARS, which are essential for containing the epidemic and treating the patients.
Cependant, on constate des différences notables entre la COVID-19 et le SRAS, dont il convient de tenir compte en vue de contenir l’épidémie et de traiter les patients.
COVID-19 affects more elderly individuals than youth and more men than women, and the severity and death rate are also higher in elderly individual than in youth.
La COVID-19 affecte davantage les personnes âgées que les jeunes et davantage les hommes que les femmes ; la sévérité et le taux de mortalité sont par ailleurs plus importants chez les personnes âgées.
SARS has higher mortality than COVID-19 (10.91% versus 1.44%).
Le SRAS présente une mortalité supérieure à celle de la COVID-19 (10,91 % contre 1,44 %).
COVID-19 patients transmit the virus even when they are symptomless whereas SARS patients do so usually when they are severely ill, which causes much greater difficulty to contain the spread of COVID-19 than SARS.
La transmission du virus de la COVID-19 est possible même en l’absence de symptômes, tandis que le SRAS était majoritairement transmis par les patients gravement malades ; il est donc bien plus difficile de contenir la propagation de la COVID-19.
This partially explains why SARS-CoV-2 spread much faster and broader than SARS-CoV.
Cela explique en partie pourquoi le SARS-CoV-2 s’est propagé bien plus vite et bien plus largement que le SARS-CoV.
The regular RNA assay for SARS-CoV-2 can be negative in some COVID-19 patients.
Les tests réguliers de détection de l’ARN du SARS-CoV-2 peuvent se révéler négatifs pour certains patients atteints de la COVID-19.
On the other hand, cured patients can be positive for the virus again.
D’un autre côté, les patients rétablis peuvent être à nouveau positifs au virus.
These findings dramatically increase the risk of virus spreading.
Cela augmente considérablement le risque de propagation.
Given such rapid progress in research on COVID-19, several critical issues remain to be solved, as follows:
Malgré les progrès rapides de la recherche sur la COVID-19, plusieurs questions critiques restent encore en suspens, notamment :
Where did SARS-CoV-2 come from?
D’où vient le SARS-CoV-2 ?
Although 96% genetic homolog was found between SARS-CoV-2 and two bat SARS-like CoVs, we still cannot conclude that SARS-CoV-2 is from bats.
Bien qu’une homologie génétique à 96 % ait été établie entre le SARS-CoV-2 et deux coronavirus de type SRAS provenant des chauves-souris, cela n’est pas suffisant pour conclure avec certitude que le SARS-CoV-2 provient des chiroptères.
What animal was the intermediate species to transmit the virus from the original host, say bats, to humans?
Quelle est l’espèce intermédiaire qui a permis la transmission du virus de l’hôte initial, par exemple les chauves-souris, à l’Homme ?
Without knowing answers to #1 and 2, we cannot efficiently cut the transmission, and the outbreak can relapse at any time.
Sans réponses aux questions 1 et 2, il est impossible d’interrompre efficacement la transmission, et l’épidémie peut reprendre à tout moment.
Although molecular modeling and biochemical assays have demonstrated that SARS-CoV-2 binds to ACE2, how exactly does the virus enter the airway cells and cause subsequent pathological changes?
Une modélisation moléculaire et des analyses biochimiques ont montré que le SARS-CoV-2 se lie à l’ACE2, mais comment le virus pénètre-t-il exactement dans les cellules des voies respiratoires et comment entraîne-t-il des modifications pathologiques ?
Does the virus also bind ACE2-expressing cells in other organs?
Le virus se lie-t-il également aux cellules exprimant l’ACE2 d’autres organes ?
Without clear answers to these questions, we cannot achieve fast and accurate diagnosis and effective treatment.
Sans réponses claires à ces questions, il est impossible de définir un diagnostic rapide et précis ou un traitement efficace.
How long will the epidemic last?
Combien de temps l’épidémie va-t-elle durer ?
How is the virus genetically evolving during transmission among humans?
Comment le virus évolue-t-il sur le plan génétique lors de la transmission interhumaine ?
Will it become a pandemic worldwide, die down like SARS or relapse periodically like the flu?
Va-t-il évoluer en pandémie mondiale, disparaître comme le SRAS ou refaire surface régulièrement comme la grippe ?
It is essential but may take some time to search for answers to the above and many other questions.
Il est essentiel, même si cela peut prendre du temps, d’obtenir des réponses à l’ensemble de ces questions ainsi qu’à beaucoup d’autres.
However, with whatever expense it may demand, we have no other choice but to stop the epidemic as soon as possible and bring our life back to normal.
Cependant, peu importe les dépenses que cela doit induire, nous n’avons pas d’autre choix que de mettre fin à cette épidémie le plus rapidement possible afin de reprendre le cours normal de notre existence.
Zoonotic origins of human coronaviruses
Généralement, la période d’incubation de ces deux virus est inférieure à une semaine, suivie d’environ 2 semaines de maladie.
Mutation and adaptation have driven the co-evolution of coronaviruses (CoVs) and their hosts, including human beings, for thousands of years.
Seuls de rares patients immunodéprimés ont présenté une infection sévère des voies respiratoires inférieures.
Before 2003, two human CoVs (HCoVs) were known to cause mild illness, such as common cold.
Le premier cas de SRAS remonte à fin 2002 dans la province de Guangdong en Chine.
The outbreaks of severe acute respiratory syndrome (SARS) and the Middle East respiratory syndrome (MERS) have flipped the coin to reveal how devastating and life-threatening an HCoV infection could be.
Sans compter les super-transmetteurs, il a été estimé que chaque cas pouvait approximativement engendrer deux cas secondaires avec une période d’incubation comprise entre 4 et 7 jours, le pic de la charge virale apparaissant le 10ème jour de la maladie.
The emergence of SARS-CoV-2 in central China at the end of 2019 has thrusted CoVs into the spotlight again and surprised us with its high transmissibility but reduced pathogenicity compared to its sister SARS-CoV.
Les patients infectés par les SARS-CoV présentent initialement une myalgie, des maux de tête, de la fièvre, un malaise et des frissons, suivis de dyspnée, de toux et de détresse respiratoire comme symptômes tardifs.
HCoV infection is a zoonosis and understanding the zoonotic origins of HCoVs would serve us well.
La lymphopénie, des tests faussés de la fonction hépatique et une créatine kinase élevée sont des anomalies courantes observées dans les analyses en laboratoire en cas de suspiçion de SRAS.
Most HCoVs originated from bats where they are non-pathogenic.
Des lésions alvéolaires diffuses, une prolifération des cellules épithéliales et une augmentation des macrophages sont également observées chez les patients atteints du SRAS.
The intermediate reservoir hosts of some HCoVs are also known.
Environ 20 à 30 % des patients nécessitent ensuite des soins intensifs et une ventilation mécanique.
Identifying the animal hosts has direct implications in the prevention of human diseases.
En plus des voies respiratoires inférieures, plusieurs organes incluant les voies gastro-intestinales, le foie et le rein, peuvent également être infectés dans ces cas sévères, souvent accompagnés d’un choc cytokinique, qui peut être fatal en particulier chez les patients immunodéprimés.
Investigating CoV-host interactions in animals might also derive important insight on CoV pathogenesis in humans.
Depuis, d’énormes efforts ont été consacrés à la recherche sur le HCoV.
In this review, we present an overview of the existing knowledge about the seven HCoVs, with a focus on the history of their discovery as well as their zoonotic origins and interspecies transmission.
Le HCoV-NL63 a été isolé chez un enfant de 7 mois aux Pays-Bas, à la fin de l'année 2004.
Importantly, we compare and contrast the different HCoVs from a perspective of virus evolution and genome recombination.
Initialement, il était prévalent chez les jeunes enfants, les personnes âgées et les patients immunodéprimés souffrant de maladies respiratoires.
The current CoV disease 2019 (COVID-19) epidemic is discussed in this context.
La présence de coryza, de conjonctivite, de fièvre et de bronchiolite est courante dans la maladie causée par le HCoV-NL63.
In addition, the requirements for successful host switches and the implications of virus evolution on disease severity are also highlighted.
Une autre étude indépendante a décrit l’isolation de ce même virus à partir du prélèvement nasal d’un garçon de 8 mois souffrant de pneumonie, aux Pays-Bas.
Coronaviruses (CoVs) belong to the family Coronaviridae, which comprises a group of enveloped, positive-sensed, single-stranded RNA viruses.
Bien qu’il ait été identifié aux Pays-Bas, il est en réalité présent dans le monde entier.
These viruses harbouring the largest genome of 26 to 32 kilobases amongst RNA viruses were termed “CoVs” because of their crown-like morphology under electron microscope.
Le HCoV-NL63 est associé à une laryngite obstructive, également appelée croup.
Structurally, CoVs have non-segmented genomes that share a similar organization.
La même année, le HCoV-HKU1 a été isolé chez un homme de 71 ans hospitalisé en raison d'une pneumonie et d'une bronchiolite à Hong Kong.
Approximately two thirds of the genome contain two large overlapping open reading frames (ORF1a and ORF1b), which are translated into the pp1a and pp1ab replicase polyproteins.
À l’instar du HCoV-NL63, du HCoV-229E et du HCoV-OC43, le HCoV-HKU1 est présent au niveau mondial, causant des maladies respiratoires modérées.
The polyproteins are further processed to generate 16 non-structural proteins, designated nsp1~16.
Généralement, lorsque ces HCoV acquièrent la capacité de se transmettre efficacement et de se maintenir de manière continue chez l’homme, ils deviennent également moins virulents ou pathogènes.
The remaining portion of the genome contains ORFs for the structural proteins, including spike (S), envelope (E), membrane (M) and nucleoprotein (N).
Une autre épidémie secondaire est survenue en Corée du Sud en 2015, avec 186 cas confirmés.
A number of lineage-specific accessory proteins are also encoded by different lineages of CoVs.
Les manifestations cliniques du MERS ressemblent à celles du SRAS et sont caractérisées par une pneumonie aiguë évolutive.
Based on the difference in protein sequences, CoVs are classified into four genera (alpha-CoV, beta-CoV, gamma-CoV and delta-CoV), among which the beta-CoV genera contains most HCoVs and is subdivided into four lineages (A, B, C and D).
Contrairement au SRAS, de nombreux patients souffrant du MERS ont également développé une défaillance rénale aiguë, ce qui est caractéristique du MERS par rapport aux pathologies à HCoV.
Phylogenetic evidence has shown that bats and rodents serve as the gene source of most alpha-CoVs and beta-CoVs, while birds are the main reservoir of gamma-CoVs and delta-CoVs.
Plus de 30 % des patients présentent des symptômes gastro-intestinaux comme la diarrhée et les vomissements.
For thousands of years, CoVs have constantly crossed species barriers and some have emerged as important human pathogens.
Au 14 février 2020, plus de 2 500 cas confirmés en laboratoires ont été signalés avec un taux élevé de décès, soit 34,4 %, ce qui fait du MERS-CoV l’un des virus les plus mortels connus chez l’homme.
To date, seven human CoVs (HCoVs) are known.
Une diarrhée est également observée chez certains patients.
Among them HCoV-229E and HCoV-NL63 are alpha-CoVs.
Le SARS-CoV-2 est apparemment moins pathogène, mais plus transmissible que le SARS-CoV et le MERS-CoV.
The other five beta-CoVs include HCoV-OC43, HCoV-HKU1, severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV), Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) and SARS-CoV-2.
Des sujets asymptomatiques infectés au SARS-CoV-2 ont été signalés et pourraient contribuer à sa propagation rapide dans le monde.
HCoV-229E, HCoV-OC43, HCoV-HKU1 and HCoV-NL63 usually cause mild symptoms, like common cold and/or diarrhea.
La comparaison et la mise en opposition du SARS-CoV-2 avec les six autres HCoV ont révélé des similitudes et des différences très intéressantes.
In contrast, SARS-CoV, MERS-CoV and the newly-identified SARS-CoV-2 are highly pathogenic, causing severe lower respiratory tract infection in relatively more patients with a higher chance to develop acute respiratory distress syndrome (ARDS) and extrapulmonary manifestations.
Premièrement, la période d’incubation et la durée des maladies à HCoV sont très semblables.
The first HCoV-229E strain, B814, was isolated from the nasal discharge of patients with common cold in mid-1960s.
À cet égard, le SARS-CoV-2 suit la tendance générale des six autres HCoV.
Since then, more knowledge was accumulated through extensive studies on HCoV-229E and HCoV-OC43, both of which cause self-limiting symptoms.
Deuxièmement, la gravité des symptômes du COVID-19 se situe entre le SARS-CoV et les quatre HCoV communautaires (soit le HCoV-229E, le HCoV-OC43, le HCoV-HKU1 et le HCoV-NL63).
Indeed, the concept had been widely accepted that infection with HCoVs is generally harmless until the outbreak of SARS.
D’autre part, un petit sous-groupe de cas sévères de COVID-19 est également observé comme dans le cas de l’infection au SARS-CoV, bien que la proportion soit légèrement inférieure.
The SARS outbreak occurred in 2003 is one of the most devastating in current history, infecting over 8,000 people with a crude case fatality of approximately 10%.
Enfin, comme les autres HCoV, le SARS-CoV-2 peut être décelé dans des échantillons de selles.
Ten years later, the Middle East respiratory syndrome (MERS) outbreak resulted in a persistent epidemic in the Arabian Peninsula with sporadic spreading to the rest of the world.
Cependant, les caractéristiques du SARS-CoV-2, notamment sa transmissibilité, sa pathogénicité et sa diffusion durable après transmission à l’homme auront une influence sur le destin ultime de l’épidémie actuelle de COVID-19.
The 2019 novel HCoV (2019-nCoV), which has subsequently been renamed SARS-CoV-2, is the causative agent of the ongoing epidemic of coronavirus disease 2019 (COVID-19), which has claimed more than 3,120 lives and infected more than 91,000 people as of March 3, 2020.
Les quatre HCoV communautaires causant des symptômes modérés se sont bien adaptés à l’homme.
The alarm has been ringing and the world has to prepare for the coming pandemic of SARS-CoV-2.
En d’autres termes, tous deux pourraient être les survivants des pandémies précédentes de HCoV.
All seven HCoVs have a zoonotic origin from bats, mice or domestic animals.
Pour que ceci se produise, les HCoV doivent se répliquer chez l’humain dans une proportion suffisante pour permettre l’accumulation de mutations adaptatives qui compensent les facteurs de restriction de l’hôte.
Multiple lines of evidence support an evolutionary origin of all HCoVs from bats, where viruses are well adapted and non-pathogenic but show great genetic diversity.
Dans cette optique, plus l’épidémie de SARS-CoV-2 persiste et plus le nombre de personnes infectées est important, plus il y a de chances que le virus s’adapte totalement à l’homme.
The COVID-19 epidemic has presented enormous medical, scientific, social and moral challenges to China and the world.
S’il s’adapte bien, sa transmission entre hommes sera difficile à stopper par une quarantaine ou par d’autres mesures de contrôle des infections.
Tracing the zoonotic origins of HCoVs provides a framework to understand the natural history, driving force and restriction factors of species jumping.
Depuis de nombreuses années, les quatre CoV acquis en communauté circulent au sein de la population, déclenchant un simple rhume chez les sujets immunocompétents.
This might also guide or facilitate the search for the reservoir, intermediate and amplifying animal host(s) of SARS-CoV-2, with important implications in the prevention of future spillovers.
Ces virus ne nécessitent pas de réservoir animal.
In this review we present an overview of the zoonotic origins, interspecies transmission and pathogenesis of HCoVs.
En revanche, le SARS-CoV et le MERS-CoV, hautement pathogènes, ne se sont pas bien adaptés à l’homme et leur transmission entre hommes n’est pas durable.
Particularly, we highlight and discuss the common theme that parental viruses of HCoVs are typically non-pathogenic in their natural reservoir hosts but become pathogenic after interspecies transmission to a new host.
Ils doivent se maintenir et se propager dans leurs réservoirs zoonotiques et chercher une opportunité d’atteindre de potentielles cibles humaines, probablement via un ou plusieurs hôtes intermédiaires et amplificateurs.
We also review the trend of HCoV evolution in which the increase in transmissibility often comes with the decrease in pathogenicity.
Le SARS-CoV-2 présente des caractéristiques similaires aux SARS-CoV/MERS-CoV et aux quatre HCoV acquis en communauté.
The outcome of the ongoing SARS-CoV-2 outbreak is also discussed in this context.
Toutefois, il est plus pathogène que les HCoV acquis en communauté et moins pathogène que le SARS-Cov ou le MERS-CoV.
Animal CoVs have been known since late 1930s.
Il reste à voir s’il s’adaptera totalement aux êtres humains et circulera parmi ces derniers sans hôte animal réservoir ou intermédiaire.
Before the first isolation of HCoV-229E strain B814 from the nasal discharge of patients who had contracted common cold, different CoVs had been isolated in various infected animals, including turkey, mouse, cow, pig, cat and dog.
Avant de discuter des origines animales des HCoV, il nous sera bien utile de discuter des définitions et des caractéristiques des hôtes évolutifs, naturels, réservoirs, intermédiaires et amplificateurs des HCoV.
In the past decades, seven HCoVs have been identified.
Un animal sert d’hôte évolutif d’un HCoV s’il abrite un ascendant proche partageant une homologie élevée au niveau de la séquence nucléotidique.
A brief summary of the history of HCoV discovery in chronological order (Table ​1) would be informative and instructive.
Le virus d’origine s'est souvent bien adapté et est non pathogène pour son hôte.
The first HCoV-229E strain was isolated from the respiratory tract of patients with upper respiratory tract infection in the year of 1966, and was subsequently adapted to grow in WI-38 lung cell lines.
De la même façon, un hôte réservoir abrite le HCoV de manière continue et à long terme.
Patients infected with HCoV-229E presented with common cold symptoms, including headache, sneezing, malaise and sore-throat, with fever and cough seen in 10~20% cases.
En revanche, les HCoV peuvent également s’adapter à l’hôte intermédiaire et même établir une endémicité à long terme.
Later in 1967, HCoV-OC43 was isolated from organ culture and subsequent serial passage in brains of suckling mice.
Dans ce cas, l’hôte intermédiaire devient un hôte réservoir naturel.
The clinical features of HCoV-OC43 infection appear to be similar to those caused by HCoV-229E, which are symptomatically indistinguishable from infection with other respiratory tract pathogens such as influenza A viruses and rhinoviruses.
En particulier, étant donné que 80 % des animaux du marché de Guangzhou présentent des anticorps anti SARS-CoV, les possibilités que plusieurs espèces de petits mammifères puissent également servir d’hôtes intermédiaires amplificateurs ne peuvent être exclues.
Both HCoV-229E and HCoV-OC43 are distributed globally, and they tend to be predominantly transmitted during the season of winter in temperate climate.
Ces chauves-souris sont positives aux anticorps anti-SARS-CoV et à la séquence génomique du SARSr-Rh-BatCoV HKU3.
Generally, the incubation time of these two viruses is less than one week, followed by an approximately 2-week illness.
Ces études ont posé les bases d’un nouveau concept selon lequel les chauves-souris sont les hôtes de pathogènes humains émergents.
According to a human volunteer study, healthy individuals infected with HCoV-229E developed mild common cold.
L’enzyme de conversion de l'angiotensine humaine 2 (ACE2) est connue comme le récepteur du SARS-CoV.
Only a few immunocompromised patients exhibited severe lower respiratory tract infection.
Malgré une homologie élevée entre ces deux virus, on estime généralement que le WIV1 n’est pas le parent immédiat du SARS-CoV et que les chauves-souris ne sont pas l’hôte réservoir immédiat du SARS-CoV.
SARS, also known as “atypical pneumonia”, was the first well documented HCoV-caused pandemic in human history and the etiological agent is SARS-CoV, the third HCoV discovered.
C’est pourquoi les chauves-souris ne peuvent pas être l’hôte réservoir intermédiaire du MERS-CoV.
The first case of SARS can be traced back to late 2002 in Guangdong Province of China.
En outre des études réalisées au Moyen-Orient ont démontré que les dromadaires étaient séropositifs aux anticorps spécifiques neutralisant le MERS-CoV, tout comme les chameaux originaires du Moyen-Orient présents dans plusieurs pays d’Afrique.
The SARS epidemic resulted in 8,096 reported cases with 774 deaths, spreading across many countries and continents.
En outre, les chameaux infectés excrètent le virus non seulement par les voies respiratoires, mais également par voie fécale, qui constitue également la principale voie d’excrétion des chauves-souris.
Apart from the super-spreaders, it was estimated that each case could give rise to approximately two secondary cases, with an incubation period of 4 to 7 days and the peak of viral load appearing on the 10th day of illness.
Nous ne pouvons pas exclure la possibilité que le pangolin soit l’un des hôtes animaux intermédiaires du SARS-CoV-2.
Patients infected with SARS-CoV initially present with myalgia, headache, fever, malaise and chills, followed by dyspnea, cough and respiratory distress as late symptoms.
En outre, la distance entre le SARS-CoV-2 et le RaTG13 est même moins importante que celle qui sépare les bêta-CoV associés au SARS-CoV-2 et au SARS-CoV-2 du pangolin.
Lymphopenia, deranged liver function tests, and elevated creatine kinase are common laboratory abnormalities of SARS.
La recombinaison est un facteur répandu de l’évolution des bêta-CoV.
Diffuse alveolar damage, epithelial cell proliferation and an increase of macrophages are also observed in SARS patients.
Les scientifiques restent divisés sur l’origine zoonotique immédiate du SARS-CoV-2.
Approximately 20-30% of patients subsequently require intensive care and mechanical ventilation.
Outre les HCoV hautement pathogènes, les origines zoonotiques du HCoV-229E, du HCoV-OC43, du HCoV-NL63 et du HCoV-HKU1 ont également été étudiées.
In addition to lower respiratory tract, multiple organs including gastrointestinal tract, liver and kidney can also be infected in these severe cases, usually accompanied with a cytokine storm, which might be lethal particularly in immunocompromised patients.
Les preuves phylogénétiques indiquent que le HCoV-NL63 et le HCoV-229E pourraient tous deux être issus du CoV de chauve-souris, alors que les virus parents du HCoV-OC43 et du HCoV-HKU1 ont été trouvés chez des rongeurs.
The virus was first isolated from the open lung biopsy of a relative of the index patient who travelled to Hong Kong from Guangzhou.
D’autre part, le HCoV-229E a été associé génétiquement à un autre CoV de chauve-souris, appelé Hipposideros/GhanaKwam/19/2008, détecté au Ghana, alors que des camélidés ont également été suspectés d’être des hôtes intermédiaires.
Since then, tremendous efforts have been dedicated to HCoV research.
Lorsque le HCoV-OC43 a franchi la barrière des espèces pour infecter les humains à partir du bétail domestique aux environs de 1890, une pandémie d’infection respiratoire a été signalée.
HCoV-NL63 was isolated from a 7-month-old child from the Netherlands during late 2004.
L’histoire de la transmission inter-espèces du HCoV-229E est moins claire.
It was initially found to be prevalent in young children, the elderly and immunocompromised patients with respiratory illnesses.
Des alpha-CoV de la chauve-souris proches du HCoV-229E ont été trouvés.
Presentation of coryza, conjunctivitis, fever, and bronchiolitis is common in the disease caused by HCoV-NL63.
Tout d’abord, contrairement aux alpagas, les hommes peuvent avoir un contact avec les chauves-souris dans une niche écologique partagée.
Another independent study described the isolation of the same virus from a nasal specimen from an 8-month-old boy suffering from pneumonia in the Netherlands.
En revanche, les humains ont des contacts étroits avec les alpagas.
Although it was identified in Netherlands, it is actually distributed globally.
Ensuite, les alpha-CoV de la chauve-souris apparentés au HCoV-229E sont nombreux et non pathogènes chez les chauves-souris, alors que l’alpha-CoV de l’alpaga a causé une épidémie de maladie respiratoire chez les animaux infectés.
It has been estimated that HCoV-NL63 accounts for approximately 4.7% of common respiratory diseases, and its peak incidence occurs during early summer, spring and winter.
Enfin, l’alpha-CoV de l’alpaga n’a pas été trouvé chez les animaux sauvages.
HCoV-NL63 is associated with obstructive laryngitis, also known as croup.
En réalité, les chauves-souris sont la source directe de virus pathogènes humains, notamment le virus de la rage, le virus Ebola, le virus Nipah et le virus Hendra.
In the same year, HCoV-HKU1 was isolated from a 71-year-old man who had been hospitalized with pneumonia and bronchiolitis in Hong Kong.
Il n’est par conséquent pas étonnant que les chauves-souris puissent transmettre le HCoV-229E directement à l’homme.
Besides community-acquired pneumonia and bronchiolitis, HCoV-HKU1 was reported to be associated with acute asthmatic exacerbation.
Autre possibilité, alors que les alpha-CoV de la chauve-souris servent de réservoir génétique du HCoV-229E, les alpagas et les dromadaires pourraient servir d’hôtes intermédiaires transmettant les virus aux humains, exactement comme dans le cas du MERS-CoV.
Similar to HCoV-NL63, HCoV-229E and HCoV-OC43, HCoV-HKU1 was found worldwide, causing mild respiratory diseases.
Le MERS-CoV constitue un excellent exemple de la transmission inter-espèces des chauves-souris aux dromadaires et des dromadaires à l’homme.
All these four community-acquired HCoVs have been well adapted to humans and are generally less likely to mutate to cause highly pathogenic diseases, though accidents did occur for unknown reasons as in the rare case of a more virulent subtype of HCoV-NL63, which has recently been reported to cause severe lower respiratory tract infection in China.
L’origine évolutive du MERS-CoV trouvé chez les chauves-souris est connue grâce à son identification initiale et a également été renforcée par des découvertes ultérieures.
Generally, when these HCoVs acquire the abilities to transmit efficiently and to maintain themselves continuously within humans, they also become less virulent or pathogenic.
D’autre part, le MERS-CoV est présent chez les dromadaires depuis des décennies.
MERS-CoV was first isolated in 2012 from the lung of a 60-year-old patient who developed acute pneumonia and renal failure in Saudi Arabia.
Il s’est bien adapté chez ces chameaux qui sont passés d’hôte intermédiaire à hôtes réservoir naturel stables.
Whereas most of the laboratory-confirmed cases originate from the Middle East, imported cases with occasional secondary spreads to close contacts have been reported in various European countries and Tunisia.
Contrairement au rôle des chameaux dans la transmission du MERS-CoV, le rôle des pangolins dans la transmission du SARS-CoV-2, s’ils en ont un, est différent.
Another secondary outbreak occurred in South Korea in 2015 with 186 confirmed cases.
En particulier, les bêta-CoV du pangolin sont hautement pathogènes chez les pangolins.
Clinical manifestations of MERS resemble those of SARS, characterized by progressive acute pneumonia.
Plusieurs possibilités de transmission inter-espèces du SARS-CoV-2 des animaux à l’homme ont été incluses ou exclues des études futures.
Unlike SARS, many patients with MERS also developed acute renal failure, which is thus far unique for MERS among HCoV-caused diseases.
Premièrement, les chauves-souris pourraient être l’hôte réservoir d’un virus apparenté au SARS-CoV-2 presque identique au SARS-CoV-2.
More than 30% of patients present with gastrointestinal symptoms, such as diarrhea and vomiting.
Les humains pourraient partager une niche écologique avec les chauves-souris via le dépeçage ou les mines de charbon.
As of February 14, 2020, over 2500 laboratory confirmed cases were reported with a high case fatality of 34.4%, making MERS-CoV one of the most devastating viruses known to humans.
Deuxièmement, les pangolins pourraient être l'un des hôtes amplificateurs intermédiaires auxquels un virus lié au SRAS-CoV-2 a été récemment introduit.
During middle to late December 2019, clusters of pneumonia patients retrospectively known to be associated with SARS-CoV-2 infection were detected in Wuhan, Hubei Province, China.
Les humains contractent le virus par le dépeçage et la consommation de viande de gibier.