atepeq/tico19 huggingface dataset:
This extended surveillance comprises of five components: (1) Recording in medical records of anyone suspected to have or who has been exposed to COVID-19.
Cette surveillance étendue comprend cinq éléments : (1) Enregistrement dans des dossiers médicaux de toute personne soupçonnée d’avoir été ou ayant été exposée au COVID-19.
Computerized medical records suppliers have within a week of request created new codes to support this.
Une semaine après la demande, les fournisseurs de dossiers médicaux informatisés ont créé de nouveaux codes à cette fin.
(2) Extension of current virological surveillance and testing people with influenza-like illness or lower respiratory tract infections (LRTI)—with the caveat that people suspected to have or who have been exposed to COVID-19 should be referred to the national containment pathway and not seen in primary care.
(2) Extension de la surveillance virologique actuelle et test des personnes présentant un syndrome grippal ou des infections des voies respiratoires inférieures (IVRI) ; sous réserve que les personnes soupçonnées d’avoir été ou ayant été exposées au COVID-19 soient orientées vers le parcours de confinement national et n’effectuent pas de consultation dans les établissements de soins primaires.
(3) Serology sample collection across all age groups.
(3) Prélèvement d’échantillons sérologiques dans toutes les tranches d’âge.
This will be an extra blood sample taken from people who are attending their general practice for a scheduled blood test.
Il s’agira d’un échantillon de sang supplémentaire prélevé chez les personnes qui se rendent dans leur cabinet de médecine générale pour une prise de sang programmée.
The 100 general practices currently undertaking annual influenza virology surveillance will be involved in the extended virological and serological surveillance.
Les 100 cabinets de médecine générale qui mènent actuellement la surveillance virologique annuelle de la grippe seront impliqués dans la surveillance virologique et sérologique étendue.
(4) Collecting convalescent serum samples.
(4) Prélèvement d’échantillons de sérum de patients convalescents.
We have the opportunity to escalate the data extraction to twice weekly if needed.
Nous avons la possibilité d’intensifier l’extraction de données à deux fois par semaine si nécessaire.
Swabs and sera will be analyzed in PHE reference laboratories.
Les écouvillons et les sérums seront analysés dans les laboratoires de référence de PHE.
General practice clinical system providers have introduced an emergency new set of clinical codes to support COVID-19 surveillance.
Les fournisseurs du système clinique de médecine générale ont introduit un nouvel ensemble de codes cliniques d’urgence afin de soutenir la surveillance du COVID-19.
Additionally, practices participating in current virology surveillance are now taking samples for COVID-19 surveillance from low-risk patients presenting with LRTIs.
En outre, les cabinets participant à la surveillance virologique actuelle prélèvent à présent des échantillons destinés à la surveillance du COVID-19 chez les patients à faible risque présentant des IVRI.
Within the first 2 weeks of setup of this surveillance, we have identified 3 cases: 1 through the new coding system, the other 2 through the extended virology sampling.
Au cours des 2 premières semaines de mise en place de cette surveillance, nous avons identifié 3 cas : 1 via le nouveau système de codage, les 2 autres grâce à l’échantillonnage virologique étendu.
We have rapidly converted the established national RCGP RSC influenza surveillance system into one that can test the effectiveness of the COVID-19 containment policy.
Nous avons rapidement converti le système national établi de surveillance de la grippe du RSC du RCGP en un système apte à tester l’efficacité de la politique de confinement du COVID-19.
The extended surveillance has already seen the use of new codes with 3 cases reported.
La surveillance étendue a déjà constaté l’utilité des nouveaux codes avec 3 cas signalés.
Rapid sharing of this protocol should enable scientific critique and shared learning.
Le partage rapide de ce protocole devrait permettre la critique scientifique et l’apprentissage commun.
The Royal College of General Practitioners (RCGP) Research and Surveillance Centre (RSC) is a network of general practices (GPs) with a nationally representative population that provides pseudonymized data for weekly surveillance of infectious diseases.
Le Centre de recherche et de surveillance (Research and Surveillance Centre, RSC) du Royal College of General Practitioners (RCGP) est un réseau de cabinets de médecine générale (MG) doté d’une population représentative à l’échelle nationale qui fournit des données pseudonymisées pour la surveillance hebdomadaire des maladies infectieuses.
The disease surveillance program is commissioned by Public Health England (PHE) and covers 37 infectious diseases, including influenza.
Le programme de surveillance des maladies est mandaté par Public Health England (PHE) et couvre 37 maladies infectieuses, dont la grippe.
The RCGP RSC and PHE have an established collaboration of over 50 years in influenza and respiratory disease surveillance and are now in their 53rd season of surveillance and analysis.
Le RSC du RCGP et PHE collaborent depuis plus de 50 ans pour la surveillance de la grippe et des maladies respiratoires et se livrent actuellement à leur 53e saison de surveillance et d’analyse.
The RCGP RSC extracts pseudonymized data from a nationally representative sample of over 500 urban and nonurban GPs each week covering a population of over 4 million.
Le RSC du RCGP extrait des données pseudonymisées d’un échantillon représentatif à l’échelle nationale de plus de 500 cabinets de MG urbains et ruraux chaque semaine, couvrant une population de plus de 4 millions de personnes.
Data from these practices are reported online in a weekly return, which includes monitoring weekly rates of influenza-like illness (ILI) and other communicable and respiratory diseases in England.
Les données issues de ces cabinets sont signalées en ligne dans un rapport hebdomadaire, qui comprend la surveillance des taux hebdomadaires de syndrome grippal (SG) et d’autres maladies respiratoires en Angleterre.
We also produce an annual report.
Nous publions également un rapport annuel.
The RCGP RSC data set includes all coded data and all prescribed items including vaccine exposure.
L’ensemble de données du RSC du RCGP comprend toutes les données codées et tous les produits prescrits, notamment l’exposition au vaccin.
The RCGP RSC conducts virology surveillance each influenza season, with 100 GPs participating in the 2019-2020 season (Figure 1).
Le RSC du RCGP mène une surveillance virologique lors de chaque saison grippale, avec 100 cabinets de MG participant pendant la saison 2019-2020 (Figure 1).
These virology sampling practices are also recruited to be nationally representative (Figure 1).
Ces cabinets d’échantillonnage virologique sont également recrutés pour être représentatifs à l’échelle nationale (Figure 1).
GPs take nasopharyngeal swabs from persons showing acute respiratory illness within 7 days of the onset of symptoms.
Les cabinets de MG prélèvent des écouvillons nasopharyngés chez les personnes qui présentent une maladie respiratoire aiguë dans les 7 jours suivant le début des symptômes.
Nasopharyngeal swabs are taken from children younger than 5 years showing symptoms of acute bronchitis or bronchiolitis.
Des écouvillons nasopharyngés sont prélevés chez les enfants de moins de 5 ans présentant des symptômes de bronchite aiguë ou de bronchiolite.
Additionally, nasopharyngeal samples are taken from anyone 5 years and older showing acute onset of ILI and respiratory synctial virus.
En outre, des échantillons nasopharyngés sont prélevés chez toute personne âgée de 5 ans ou plus qui présente une apparition aigüe de SG et de virus respiratoire syncytial.
Swabs are tested at the PHE Respiratory Virus Unit for influenza to monitor positivity rates and circulating strains, as well as for measuring vaccine effectiveness.
Les écouvillons sont testés dans l’Unité des virus respiratoires de PHE pour la grippe afin de surveiller les taux de positivité et les souches circulantes, ainsi que pour mesurer l’efficacité du vaccin.
The RCGP RSC successfully conducted a pilot collecting serological samples from adults and linking them to a patient’s medical records during the 2018-2019 influenza season.
Le RSC du RCGP a mené avec succès un projet pilote de recueil d’échantillons sérologiques chez des adultes et de couplage de ces échantillons aux dossiers médicaux de patients pendant la saison grippale 2018-2019.
This pilot was in collaboration with the PHE Seroepidemiology Unit and added to the residual blood samples submitted to PHE by National Health Service (NHS) laboratories.
Ce projet pilote a été mené en collaboration avec l’Unité séro-épidémiologique de PHE et les échantillons obtenus ont été ajoutés aux échantillons de sang restants envoyés à PHE par les laboratoires du National Health Service (NHS).
Serology can provide important information about background population immunity, and sentinel networks can provide a mechanism for systematic data collection and linkage to medical records and health outcomes.
La sérologie peut fournir des informations importante sur l’immunité générale de la population, et les réseaux sentinelles peuvent fournir un mécanisme de collecte systématique de données capable de les coupler à des dossiers et résultats médicaux.
The serology pilot has demonstrated the ability of the network to collect serology samples in adults.
Le projet pilote de sérologie a démontré la capacité du réseau à recueillir des échantillons sérologiques chez des adultes.
With the COVID-19 outbreak, PHE and RCGP RSC have adapted existing influenza surveillance to monitor the spread of COVID-19 in the community, and this protocol sets out the basis for that collaboration.
Avec l’épidémie de COVID-19, PHE et le RSC du RCGP ont adapté la surveillance de la grippe existante pour contrôler la propagation du COVID-19 dans la communauté, et ce protocole fixe les bases de cette collaboration.
The primary national strategy for COVID-19 infection is containment, with patients who are at high risk managed via the telephone help system NHS111 and the PHE health protection teams, but the RCGP RSC surveillance is entirely separate.
La principale stratégie nationale face à l’infection au COVID-19 est le confinement, en prenant en charge les patients à risque élevé grâce au système d'aiguillage téléphonique NHS111 et aux équipes de protection de la santé de PHE, mais la surveillance du RSC du RCGP est entièrement indépendante.
The RCGP RSC, by extending its established work, will provide virological and serological surveillance to monitor the temporal and geographical distribution of COVID-19 infection in the community, and assess the effectiveness of the containment strategy.
Le RSC du RCGP, par l’extension de son travail établi, fournira une surveillance virologique et sérologique afin de contrôler la distribution temporelle et géographique de l’infection au COVID-19 dans la communauté, et pour évaluer l’efficacité de la stratégie de confinement.
We would not be working in isolation on this research.
Nous ne travaillerons pas de façon isolée dans le cadre de cette recherche.
We will share the protocol with UK colleagues and the I-MOVE consortium who have recently obtained EU Horizon 2020 funding from the stream “Advancing knowledge for the clinical and public health response to the novel coronavirus epidemic”.
Nous partagerons le protocole avec nos collègues du Royaume-Uni et le consortium I-MOVE, qui a récemment obtenu le financement Horizon 2020 de l’UE de la catégorie « Faire progresser les connaissances pour la réponse clinique et de santé publique face à l’épidémie du nouveau coronavirus ».
It is anticipated that great efficiencies in project management will result through this collaboration than that obtained from countries acting alone.
Cette collaboration devrait permettre une efficacité accrue dans la gestion du projet par rapport à celle obtenue si les pays agissaient seuls.
The aim of this study is to identify whether there is undetected community transmission of COVID-19, estimate population susceptibility, and monitor the temporal and geographical distribution of COVID-19 infection in the community.
L’objectif de cette étude est d’identifier s’il existe une transmission communautaire non détectée du COVID-19, de déterminer la sensibilité de la population et de surveiller la distribution temporelle et géographique de l’infection au COVID-19.
The objectives of this study are as follows:
Les objectifs de cette étude sont les suivants :
To monitor the burden of suspected COVID-19 activity in the community through primary care surveillance and clinical coding of possible COVID-19 cases referred into the containment pathway
Surveiller le fardeau de l’activité présumée du COVID-19 au sein de la communauté par le biais de la surveillance en soins primaires et du codage clinique des cas potentiels de COVID-19 orientés vers le parcours de confinement
To provide virological evidence on the presence and extent of undetected community transmission of COVID-19 and monitor positivity rates among individuals presenting ILI or acute respiratory tract infections to primary care
Fournir une preuve virologique de la présence et l’étendue de la transmission communautaire non détectée du COVID-19 et surveiller les taux de positivité parmi les individus présentant un SG ou des infections aigües des voies respiratoires en soins primaires
To estimate baseline susceptibility to COVID-19 in the community and estimate both symptomatic and asymptomatic exposure rates in the population through seroprevalence monitoring
Déterminer la sensibilité de référence au COVID-19 dans la communauté et mesurer les taux d’exposition symptomatique et asymptomatique dans la population via la surveillance de la séroprévalence
To pilot implementation of a scheme for collection of convalescent sera with antibody profiles among recovered cases of COVID-19 discharged to the community
Tester la mise en œuvre d’un système de collecte de sérums de patients convalescents avec des profils d’anticorps parmi les cas rétablis de COVID-19 renvoyés dans la communauté
We intend to capture the following.
Nous avons l’intention d’enregistrer ce qui suit.
Clinical workload related to reports of COVID-19 using the codes created to flag cases, those being assessed and where the infection is located are excluded (Figures 2-​-44)
La charge de travail clinique liée aux rapports de COVID-19 à l’aide des codes créés pour signaler les cas, les cas testés et l’emplacement de l’infection sont exclus (Figures 2--44)
Foreign countries visited in the last 28 days
Pays étrangers visités au cours des 28 derniers jours
Existing codes that may have utility (Tables 1-​-3).3).
Codes existants pouvant être utiles (Tableaux 1--3).3).
Many GPs and primary care teams may not realize that important relevant data can be coded.
De nombreux MG et équipes de soins primaires ne se rendent pas toujours compte que d’importantes données pertinentes peuvent être codées.
There is also the potential during any pandemic to monitor the effectiveness of any transmission control measures.
Il existe également la possibilité, lors de toute pandémie, de mesurer l’efficacité des mesures de contrôle de la transmission.
Reliable coding of letters and test results that will show an infection has become either confirmed or excluded
Un codage fiable de lettres et résultats d’analyse qui montrera si une infection est confirmée ou exclue
The methods will follow the approach used in the current influenza surveillance system and recent serology study, and includes five components: (1) primary care clinical surveillance; (2) virological surveillance; (3) population serological surveillance; (4) convalescent sera in cases; and (5) data curation.
Les méthodes suivront l’approche employée dans le système de surveillance actuel de la grippe et l’étude sérologique récente, et comprenant cinq éléments : (1) surveillance clinique de soins primaires ; (2) surveillance virologique ; (3) surveillance sérologique de la population ; (4) sérums de patients convalescents dans certains cas ; et (5) curation des données.
The NHS uses the Systematized Nomenclature of Medicine Clinical Terms (SNOMED CT) system of coding, which is normally only updated twice annually.
Le NHS utilise le système de codage de la nomenclature systématisée des termes cliniques en médecine (Systematized Nomenclature of Medicine Clinical Terms, SNOMED CT), qui n’est normalement mise à jour que deux fois par an.
There was added complexity as some computerized medical record (CMR) suppliers use the Read coding systems (Read clinical terms version 3 – CTv3), which is no longer updated.
Il y avait une complexité accrue car certains fournisseurs de dossiers médicaux informatisés (DMI) utilisent les systèmes de codage Read (version 3 des termes cliniques Read – CTv3), qui ne sont plus mis à jour.
Additionally, there were no clinical codes to record COVID-19 in early February 2020.
En outre, il n’existait aucun code clinique pour enregistrer le COVID-19 au début du mois de février 2020.
Therefore, the two main GP system suppliers added the five terms shown in Table 4 as system-wide local codes.
Par conséquent, les deux principaux fournisseurs de systèmes de MG ont ajouté cinq termes présentés dans le Tableau 4 en tant que codes locaux du système.
A UK emergency release of SNOMED CT concepts for COVID-19 was also subsequently made available across all CMR systems (Table 4).
Une version d’urgence des concepts de la SNOMED CT pour le COVID-19 a ensuite été publiée au Royaume-Uni dans tous les systèmes de DMI (Tableau 4).
The intention is that these will eventually be mapped to the new SNOMED CT concepts as they become available, allowing recording of relevant data (Multimedia Appendix 1).
L’objectif est qu’ils soient intégrés aux nouveaux concepts de la SNOMED CT à mesure qu’ils deviennent disponibles, permettant ainsi l’enregistrement des données pertinentes (Annexe multimédia 1).
The key requirements for this release were the ability to code (Table 4) a case of COVID-19, exposure to risk of infection (travel to an area where there may be a higher risk), contact with anyone infected with COVID-19, a report that a person had been tested for COVID-19, and that the disease had been excluded (likely a negative test).
Les conditions essentielles pour cette version étaient la possibilité de coder (Tableau 4) un cas de COVID-19, l’exposition au risque d’infection (se rendre dans une zone où le risque peut être plus élevé), le contact avec toute personne infectée par le COVID-19, un rapport qu’une personne a été testée pour le COVID-19, et que la maladie a été exclue (probablement un test négatif).
In addition, practices are now able to code any foreign travel undertaken, including the ability to record visits to multiple countries (implemented February 8, 2020).
En outre, les cabinets ont désormais la possibilité de coder tout voyage à l’étranger effectué, ainsi que d’enregistrer les escales dans plusieurs pays (mise en œuvre le 8 février 2020).
Figures 2-​-44 show the EMIS web implementation.
Les figures 2--44 présentent la mise en œuvre d’EMIS Web.
Currently, virology samples for influenza surveillance are accompanied by a standard request form.
Actuellement, les échantillons virologiques pour la surveillance de la grippe sont accompagnés d’un formulaire de demande standard.
For COVID-19, we will create a new request form that will record:
Pour le COVID-19, nous allons créer un nouveau formulaire de demande qui consignera :
Date of onset of symptoms
Date d’apparition des symptômes
Diagnosis of any of the following:
Diagnostic de l’une des maladies suivantes :
Acute bronchitis/bronchiolitis in those younger than five years
Bronchite aigüe/bronchiolite chez les moins de cinq ans
Lower respiratory tract infection (LRTI)
Infection des voies respiratoires inférieures (IVRI)
History of fever (Y/N); measured (Y/N); if yes, level
Antécédents de fièvre (O/N) ; mesurée (O/N) ; si oui, température
Shortness of breath (Y/N), if measured: oxygen saturation and respiratory rate
Essoufflement (O/N), si mesuré : saturation en oxygène et fréquence respiratoire
Recent travel (Y/N); if yes, countries visited in last 14 days
Voyage récent (O/N) ; si oui, pays visités au cours des 14 derniers jours
Contact with a named person with confirmed COVID-19 (Y/N) with a free text comment about the level of certainty
Contact avec une personne identifiée comme porteuse confirmée du COVID-19 (O/N) avec un commentaire en texte libre sur le degré de certitude
These codes will be grouped ontologically into “definite”, “probable”, “possible”, and “not a case” using our standard approach to grouping codes (Table 5), which has been used previously across disease areas.
Ces codes seront regroupés ontologiquement comme « certain », « probable », « possible » et « écarté » à l’aide de notre approche normalisée des codes de groupement (Tableau 5), qui a déjà été utilisée dans les domaines de maladies.
The RCGP RSC definition for ILI is shown in Multimedia Appendix 2.
La définition du SG du RSC du RCGP figure dans l’Annexe multimédia 2.
Public Presentation of Data Using an Observatory and Dashboards
Présentation publique des données à l’aide d’un observatoire et de tableaux de bord
We will develop an observatory to present data nationally and a dashboard for feedback to practices about their data quality and collection of virology and serology samples.
Nous développerons un observatoire visant à présenter les données à l’échelle nationale ainsi qu’un tableau de bord pour faire des remarques aux cabinets quant à la qualité de leurs données et la collecte d’échantillons virologiques et sérologiques.
This is based on coding described in Table 4.
Cela s’appuie sur le codage décrit dans le Tableau 4.
Definite case will be presented on our dashboard as “cases” of COVID-19.
Les cas confirmés seront présentés dans notre tableau de bord en tant que « cas » de COVID-19.
Possible cases will be presented as “Under investigation” (investigating).
Les cas potentiels seront présentés comme « À l’étude » (en cours d’examen).
“Not a case” will be presented as “Excluded”.
« Écarté » sera affiché comme « Exclu ».
Online data has been established within the initial few weeks in the COVID-19 Observatory (Figure 5), indicating the overall number of patients and rate per 10,000 patients of cases confirmed or under investigation, as well as where the virus is excluded.
Des données en ligne ont été établies au cours des premières semaines dans l’Observatoire du COVID-19 (Figure 5), indiquant le nombre total de patients et le taux de cas confirmés ou à l’étude sur 10 000 patients, ainsi que lorsque le virus est exclu.
We have the option to move to twice weekly surveillance reports with a scope to change this to daily reporting.
Nous avons la possibilité de passer à des rapports de surveillance bihebdomadaires dans l’objectif d’adopter des rapports quotidiens.
We will continue virology sampling from our sentinel practices, rather than discontinuing as seasonal influenza declines.
Nous poursuivrons l’échantillonnage virologique de nos cabinets sentinelles, au lieu de l’interrompre avec la fin de la saison grippale.
Additionally, we will recruit more surveillance practices.
En outre, nous recruterons de nouveaux cabinets de surveillance.
The RCGP RSC virology practices will aim to undertake 200-300 nasopharyngeal swabs per week across the RCGP RSC sentinel network, collecting specimens across all age bands.
Les cabinets de virologie du RSC du RCGP auront pour objectif de prélever 200-300 écouvillons nasopharyngés par semaine dans le réseau sentinelle du RSC du RCGP, collectant des échantillons dans toutes les tranches d’âge.
In addition to the inclusion criteria for influenza virology surveillance (ILI, acute bronchitis/bronchiolitis), participating practices will take nasopharyngeal swab samples from any people showing acute symptoms of LRTI if the onset of symptoms is within 7 days.
En plus des critères d’inclusion de la surveillance virologique de la grippe (SG, bronchite aigüe/bronchiolite), les cabinets participant effectueront des prélèvements nasopharyngés chez toute personne présentant des symptômes aigus d’IVRI si les symptômes se manifestent dans les 7 jours.
RCGP RSC research officers and practice liaison staff will manage practices to achieve a total national sample of 200-300 swabs per week.
Les agents de recherche et le personnel de liaison des cabinets du RSC du RCGP organiseront les cabinets afin d’obtenir un échantillon national total de 200-300 écouvillons par semaine.
This could be increased if PHE modelers require more samples.
Ce chiffre pourrait augmenter si les modélistes de PHE ont besoin de plus d’échantillons.
Samples from each practice would be spread across the following age groups: &lt; 5 years, 5-17 years, 18-64 years, and 65 years and older
Les échantillons de chaque cabinet seront distribués selon les tranches d’âge suivantes : &lt; 5 ans, 5-17 ans, 18-64 ans et 65 ans et plus
Samples (swabs or serum) collected will be sent via prepaid envelopes addressed to the appropriate PHE laboratory for analysis.
Les échantillons (écouvillons ou sérum) prélevés seront envoyés par enveloppes prépayées adressées au laboratoire compétent de PHE.
All samples collected will be tested for the presence of influenza and COVID-19.
Tous les échantillons collectés seront testés pour la présence de grippe et de COVID-19.
Additionally, PHE will retrospectively test any influenza virology samples collected between early and mid-February 2020 for COVID-19.
En outre, PHE analysera de manière rétrospective tout échantillon virologique de grippe collecté entre le début et la mi-février 2020 pour le COVID-19.
Practices will still follow the PHE protocol for COVID-19 with respect to people at risk of infection who should be signposted down the containment pathway, rather than physically attend their practice.
Les cabinets continueront de suivre le protocole de PHE relatif au COVID-19 pour la prise en charge des personnes à risque d’infection, qui devraient être intégrées au parcours de confinement au lieu de se rendre physiquement au cabinet.
Direct testing of those who attend surgery remains permitted, but we have also rolled out self-swabbing at home.
Le test direct des personnes qui subissent une intervention chirurgicale reste autorisé, mais nous avons également introduit l’auto-écouvillonnage à domicile.
Summary of processes are detailed in Multimedia Appendix 3.
Le résumé des processus est détaillé dans l’Annexe multimédia 3.
Everyone with an ILI or a respiratory illness who contacts a GP (eg, phones for an appointment) should be asked specifically about recent travel to China and other countries flagged in current PHE advice, or if they have had contact with other people with COVID-19.
Toute personne présentant un SG ou une maladie respiratoire et qui contacte un MG (par ex. prend rendez-vous par téléphone) devrait être interrogée spécifiquement au sujet de tout récent voyage en Chine et dans d’autres pays signalés dans les recommandations en vigueur de PHE, ou si elle a été en contact avec d’autres personnes atteintes du COVID-19.
If these screening enquiries are positive, the patient would be advised to not come to the practice but instead to follow the PHE flow sheet.
En cas de réponse affirmative à ces questions de filtrage, le patient doit être prié de ne pas venir au cabinet et de suivre l’organigramme de PHE à la place.
This can be by a reception or clinician staff, depending on individual practice protocol.
Il peut s’agir d’un membre du secrétariat ou du personnel clinique, selon le protocole de chaque cabinet.
These calls should be coded into the GP CMR system and can be reported as part of the RCGP RSC weekly return.
Ces appels doivent être codés dans le système de DMI du cabinet de MG et peuvent être signalés dans le cadre du rapport hebdomadaire du RSC du RCGP.
We have developed training material to support this coding (Multimedia Appendix 4).
Nous avons développé du matériel de formation afin de faciliter ce codage (Annexe multimédia 4).
These include prompt cards for:
Cela comprend des fiches repères pour :
Practice reception or triage staff: for coding of any patients calling the practice with symptoms of acute respiratory infection with a history of travel to important areas based on PHE advice
Le secrétariat ou le personnel de triage du cabinet : pour le codage de tout patient appelant le cabinet avec des symptômes d’infection respiratoire aigüe et des antécédents de voyage dans des zones importantes conformément aux recommandations de PHE
Administrative staff or clinicians who code: to encourage consistent coding of results for any suspected cases, including coding of negative results for exclusion
Le personnel administratif ou les médecins qui codent : pour encourager le codage systématique des résultats de tout cas suspect, notamment le codage des résultats négatifs pour leur exclusion
Practices participating in virology surveillance will opportunistically collect blood samples from patients coming into the practice for a routine blood test.
Les cabinets participant à la surveillance virologique prélèveront de façon opportuniste des échantillons de sang des patients venant au cabinet pour une analyse de sang de routine.
Patients who attend their practice for a routine blood test will be asked to provide an additional sample for serology.
Il sera demandé aux patients qui se rendent dans leur cabinet pour une analyse de sang de routine de fournir un échantillon de sang supplémentaire pour l’analyse sérologique.
We have conducted initial searches within the RCGP RSC database to look at the number of full blood count (FBC) results and overall rates in adults and children (Figures 6-​-9).9).
Nous avons mené des recherches initiales dans la base de données du RSC du RCGP afin d’examiner le nombre de résultats de formule sanguine complète (FSC) et les taux globaux chez les adultes et les enfants (Figures 6--9).9).
An FBC is one of the most common tests performed, and we hope this will give an approximate indication of overall numbers of blood tests performed.
Une FSC est l’une des analyses les plus communément effectuées, et nous espérons qu’elle fournira une indication approximative du nombre total d’analyses de sang effectuées.
The sampling rate, per 100,000 patients was highest for children 15-17 years of age and 60 year or older in adults, with the lowest rates in children 0-4 years of age and 18-29 years of age in adults (Figures 6-​-99).
Le taux d’échantillonnage pour 100 000 patients était plus élevé chez les enfants de 15-17 ans et les adultes de 60 ans et plus, avec les taux les plus bas correspondant aux enfants de 0-4 ans et aux adultes de 18-29 ans (Figures 6--99).
We will provide 1000 serology baseline samples across all ages that reflect the varying rates of attendance by age.
Nous fournirons 1 000 échantillons sérologiques de référence pour toutes les tranches d’âge qui reflètent les divers taux de fréquentation par âge.
Additionally, we will test if we can obtain these all from virology practices to enhance the yield.
En outre, nous testerons la possibilité d’obtenir l’ensemble de ces derniers auprès des cabinets de virologie afin d’accroître le rendement.
A good geographical spread is important, so PHE can advise on areas where serology will most usefully be collected.
Une bonne diffusion géographique est importante pour que PHE puisse indiquer les zones où la collecte virologique sera la plus utile.
This will be followed by 800 samples monthly.
Cela sera suivi par 800 échantillons par mois.
The sample will be stratified with 200 specimens for prepandemic survey (100 for monthly) in the following age groups: &lt; 5 years, 5-17 years, 18-64 years, and 65 years or older.
Les échantillons seront stratifiés avec 200 échantillons destinés à l’étude pré-pandémique (100 par mois) dans les tranches d’âge suivants : &lt; 5 ans, 5-17 ans, 18-64 ans et 65 ans ou plus.
The younger patients, in many practices younger than 14 years, and in nearly all for children younger than 8 years will require pediatric serology surveillance.
Les patients plus jeunes, de moins de 14 ans dans de nombreux cabinets, de moins de 8 ans dans presque tous les cabinets, devront faire l’objet d’une surveillance sérologique pédiatrique.
We will develop a new request form for practices to capture recent travel and exposure to COVID-19.
Nous développerons un nouveau formulaire de demande afin de consigner les voyages récents et l’exposition au COVID-19.
We will pilot a scheme for collecting convalescent serology from people with confirmed cases and who have had an acute virology sample at the time of their infection.
Nous allons mener un projet pilote visant à collecter les résultats sérologiques de patients convalescents dont le cas a été confirmé et auprès desquels un échantillon virologique aigu a été prélevé au moment de leur infection.
This is to identify a carrier state in patients who have recovered from the virus but may continue shedding the virus.
Cela a pour but d’identifier un état de porteur chez les patients qui ont guéri du virus mais pourraient continuer de le propager.
If there are a small number of cases, this may assist in developing a test kit for patients to take to their own GP and explore its acceptability to patients.
Si les cas sont peu nombreux, cela pourrait aider au développement d’un kit de test que les patients pourront amener à leur cabinet de MG et à évaluer son acceptabilité chez les patients.
If there are a large number of COVID-19 cases nationally, convalescent samples could be collected from RCGP RSC practices where there are confirmed cases, with the ability to link to the full medical record.
Si les cas de COVID-19 sont nombreux à l’échelle nationale, les échantillons de patients convalescents pourraient être recueillis dans les cabinets du RSC du RCGP où des cas confirmés ont été identifiés, avec la possibilité de les relier au dossier médical complet.
This process may include checking pseudonymized NHS numbers for positive individuals at RCGP RSC practices, checking current PHE guidance regarding considerations of infectiousness for confirmed cases, and offering the patient an appointment following the previously mentioned process.
Ce processus peut comprendre l’examen des nombres pseudonymisés de patients positifs du NHS dans les cabinets du RSC du RCGP, en vérifiant les directives actuelles de PHE concernant les considérations de contagiosité des cas confirmés, et en donnant au patient un rendez-vous selon le processus susmentionné.
This needs to be carefully coordinated nationally across the network and may require PHE to ensure individuals are not contacted by multiple agencies.
Cela doit être coordonné avec soin à l’échelle nationale dans l’ensemble du réseau et peut impliquer que PHE s’assure que les patients ne soient pas contactés par plusieurs agences.
RCGP RSC could provide a useful structure to channel the initial contact once PHE has made a request.
Le RSC du RCGP pourrait fournir une structure utile pour organiser le premier contact dès lors que PHE émet une demande.
The RCGP RSC practices participating in the annual influenza virology surveillance have started sampling from patients showing symptoms of a LRTI.
Les cabinets du RSC du RCGP participant à la surveillance virologique annuelle de la grippe ont commencé l’échantillonnage chez les patients présentant des symptômes d’IVRI.
All samples received are being tested for influenza and COVID-19.
Tous les échantillons reçus sont testés pour la grippe et le COVID-19.
The RCGP RSC will explore ways to collect convalescent samples from any patients tested positive for COVID-19 through the extension of the virological surveillance.
Le RSC du RCGP étudiera des moyens de collecter des échantillons de patients convalescents chez les patients testés positifs au COVID-19 dans le cadre de l’extension de la surveillance virologique.
From the start, we will be carefully curating data to ensure that it can be used for future studies.
Dès le début, les données seront dûment conservées afin de garantir leur utilisation dans le cadre d’études futures.
Our clinical data will be linked to virology.
Nos données cliniques seront liées à la virologie.
We will curate our data using the Findable, Accessible, Interoperable, Reusable principles.
Nous conserverons nos données conformément aux principes Facile à trouver, Accessible, Interopérable et Réutilisable.
To facilitate this our data set is listed with Health Data Research UK and the European Health Data Evidence Network.
En ce sens, notre ensemble de données est listé avec Health Data Research UK et le Réseau européen de données et de preuves en matière de santé.
The statistical methodology is in support of a policy approach to widespread disease outbreak, where so-called nonpharmaceutical interventions (NPIs) are used to respond to an emerging pandemic to produce disease suppression.
La méthode statistique soutient une approche politique à la diffusion d’épidémies, où les fameuses interventions non-pharmaceutiques (INP) sont employées pour répondre à l’apparition d’une pandémie et freiner la maladie.
This policy aims to reduce contact rates in the population and thereby reduce transmission of the virus.
Cette politique vise à réduire les taux de contact parmi la population et minimiser ainsi la transmission du virus.
To implement this the UK government has recently articulated the desire to implement population self-isolation measures.
Dans cette optique, le gouvernement du Royaume-Uni a récemment formulé la volonté de mettre en œuvre des mesures d’auto-confinement de la population.
By targeting the reproduction number (R) (the average number of secondary cases each case generates) and aiming to reduce the R to below 1, the policy seeks to reduce case numbers to low levels or (as seen in previous outbreaks with severe acute respiratory syndrome and Ebola) to eliminate human-to-human transmission.
En ciblant le taux de reproduction (R) (le nombre moyen de cas secondaires généré par chaque cas) et en cherchant à faire passer R en dessous de 1, la politique vise à atteindre de faibles niveaux de cas ou (comme observé lors d’épidémies antérieures du syndrome respiratoire aigu sévère et de l’Ebola) à éliminer la transmission de personne à personne.
As the experience from the 2009 H1N1 pandemic has shown, NPIs can be a crucial component of pandemic mitigation.
Comme l’a montré l’expérience de la pandémie de H1N1 de 2009, les INP peuvent constituer un élément essentiel de l’atténuation d’une pandémie.
Key to the focus of our study will be the estimation of peak cases in the population and continual monitoring by data collection and modelling the potential growth and emergence of subsequent peaks in new cases as social distancing measures are relaxed.
Le point essentiel de notre étude sera l’estimation du pic des cas dans la population et la surveillance continue grâce à la collecte des données et à la modélisation de la croissance potentielle et l’apparition de pics ultérieurs de nouveaux cas lorsque les mesures de distanciation sociale s’assouplissent.
There has already been publication of important disease epidemiological measures concerning the outbreak of COVID-19 in mainland China.
D’importantes mesures épidémiologiques de la maladie ont déjà été publiées au sujet de l’épidémie de COVID-19 en Chine continentale.
A further fundamental measure in pandemic dynamics is the length of time from infection to when a person is infectious to others and the mean duration of infectiousness.
Une autre mesure fondamentale dans la dynamique d’une pandémie est la durée entre l’infection et le moment où une personne devient contagieuse pour les autres, ainsi que la période moyenne de contagiosité.
These factors, if estimated accurately, will give good predictions for the likely length of the pandemic, the final number of infected cases.
Ces facteurs, en cas d’estimation exacte, fourniront de bonnes prédictions de la durée probable de la pandémie et du nombre total de cas infectés.
We intend to apply approximate Bayesian inference (ABC) to (possibly spatially heterogeneous) Susceptible-Exposed- Infectious-Removed (SEIR) stochastic epidemic models.
Nous prévoyons d’appliquer l’inférence bayésienne approximative (ABC) aux modèles épidémiques stochastiques Susceptible-Exposé-Infectieux-Retiré (SEIR) (potentiellement hétérogènes dans l’espace).
Such techniques are highly parallelizable and have been successfully applied to many fields including disease transmission modelling.
Ces techniques sont hautement parallélisables et sont appliquées avec succès dans plusieurs domaines, notamment la modélisation de la transmission de maladies.
They are particularly suited to situations where likelihood functions are absent and where more traditional approaches such as Markov chain Monte Carlo are impractical.
Elles sont particulièrement adaptées aux situations dans lesquelles les fonctions de vraisemblance sont absentes et des approches plus traditionnelles telles que les méthodes de Monte-Carlo par chaînes de Markov sont irréalisables.
Such an approach has been demonstrated to work effectively on the ASPREN surveillance data, a network of sentinel GPs and nurse practitioners who report deidentified information on ILIs and other conditions, where issues such as missing data and the need to model the observation process itself has been successfully addressed.
Une telle approche s’est avérée efficace dans les données de surveillance d’ASPREN, un réseau de MG et d’infirmiers praticiens sentinelles qui fournissent des informations anonymes sur le SG et d’autres maladies, où des problèmes tels que le manque de données et le besoin de modéliser le processus d’observation ont été résolus avec succès.
Furthermore, peaks in new cases have been estimated by distributional methods.
En outre, les pics de nouveaux cas ont été estimés à l’aide de méthodes distributionnelles.
Estimates of the parameters of the SEIR model are tractable on large data sets because of parallelizability, and these methods have been implemented in several R libraries; we intend to use the libraries ABSEIR (deposited on GitHub: https://tinyurl.com/vqu35cj) and abctools (https://tinyurl.com/tfjavz4) to estimate epidemic measures on a weekly basis.
Les estimations des paramètres du modèle SEIR peuvent être adaptées à de grands ensembles de données en raison de leur caractère parallélisable, et ces méthodes ont été mises en œuvre dans plusieurs bibliothèques R. Nous avons l’intention d’utiliser les bibliothèques ABSEIR (consignées sur GitHub : https://tinyurl.com/vqu35cj) et abctools (https://tinyurl.com/tfjavz4) afin d’estimer les mesures de l’épidémie sur une base hebdomadaire.
Since we are fitting an SIR-epidemic model in the ABC routine, we anticipate that our results will be robust against weekly case data containing relatively small counts.
Étant donné que nous adaptons le modèle épidémique SIR à la routine ABC, nous prévoyons que nos résultats seront solides par rapport aux données de cas hebdomadaires contenant des nombres relativement faibles.
For example, see for the ABC methodology applied to the Tristan da Cunha common cold data from 1967, where counts of I (number of infectious cases) and R (number of recovered cases) are in the tens at most.
Par exemple, voir la méthodologie ABC appliquée aux données du rhume de 1967 de Tristan da Cunha, où le taux de I (nombre de cas infectieux) et R (nombre de cas rétablis) ne dépassent pas les dizaines.
Finally, in addition to the above methodology we will employ the Kaplan-Meier method with two outcomes (death and recovery) to estimate the case fatality ratio.
Enfin, outre la méthodologie susmentionnée, nous utiliserons la méthode de Kaplan-Meier à deux résultats (décès et rétablissement) afin d’estimer le taux de létalité.
This approach is independent of the ABC methodology and will allow comparisons between estimates from the two modelling approaches to judge robustness of results.
Cette approche est indépendante de la méthodologie ABC et permettra de comparer les estimations des deux approches de modélisation afin d’évaluer la solidité des résultats.
RCGP RSC’s surveillance with PHE is defined as Health Protection under Regulation 3 of The Health Service (Control of Patient Information) Regulations 2002.
La surveillance du RSC du RCGP avec PHE est définie comme Protection de la santé dans le 3e règlement (Contrôle des données des patients) des Règlements 2002 du Service de santé.
This has been confirmed by PHE’s Caldicott Guardian’s Office.
Cela a été confirmé par le bureau du gardien Caldicott de PHE.
We do not see any increased risk to practices or practitioners taking part in this surveillance.
Nous n’identifions pas de risque accru lié à la participation des cabinets et des médecins à cette surveillance.
Infection prevention and control advice will follow extant national guidance.
Les recommandations en matière de prévention et de contrôle des infections suivront les directives nationales en vigueur.
Any cases identified will be managed according to the PHE/NHS guidance in force at the time, including advice for identified contacts.
Tout cas identifié sera pris en charge conformément aux directives de PHE/NHS en vigueur au moment de sa détection, notamment les recommandations relatives aux contacts identifiés.
However, our training will include reminders about safe handling of specimens and revision of infection control measures anticipated to be high in our practices.
Toutefois, notre formation comprendra des rappels sur la manipulation sûre des échantillons et la révision des mesures de contrôle des infections qui devraient être élevées dans nos cabinets.
It is a key part of Regulation 12 about safe care and treatment, periodically inspected by the Care Quality Commission.
Il s’agit d’une partie essentielle du 12e règlement relatif à la sécurité des soins et du traitement, qui fait l’objet d’inspections régulières de la Commission de la qualité des soins.
Travel History and Clinical Descriptors of the COVID-19 Infections
Antécédents de voyages et descripteurs cliniques des infections au COVID-19
The RCGP RSC practices have been advised on the clinical coding that has been made available for COVID-19 across all CMR systems.
Les cabinets du RSC du RCGP ont été informés du codage clinique qui est à présent disponible pour le COVID-19 dans tous les systèmes de DMI.
This includes information on coding of clinical descriptors (Table 4) and any recent travel history.
Cela comprend des informations sur le codage des descripteurs cliniques (Tableau 4) et de tout antécédent de voyage récent.
Establishment of Extended Virology Sampling
Mise en place de l’échantillonnage virologique étendu
The RCGP RSC practices participating in the annual influenza virology surveillance have started sampling from patients showing symptoms of LRTI.
Les cabinets du RSC du RCGP participant à la surveillance virologique annuelle de la grippe ont commencé l’échantillonnage chez les patients présentant des symptômes d’IVRI.
This has led to initial early identification of background spread in low-risk patients.
Cela a conduit à l’identification initiale précoce de la transmission de fond chez les patients à faible risque.
As of March 7, 2020, the surveillance system has detected 2 cases of COVID-19 in low-risk patients with no history of travel through extended virological sampling.
Au 7 mars 2020, le système de surveillance a détecté 2 cas de COVID-19 chez des patients à faible risque sans antécédent de voyage par le biais de l’échantillonnage virologique étendu.
This protocol describes how we have adapted a national influenza surveillance system to monitor community spread of an unexpected infection of COVID-19.
Ce protocole décrit la manière dont nous avons adapté un système de surveillance national de la grippe afin de surveiller la propagation communautaire d’une infection inattendue au COVID-19.
We have rapidly created and incorporated new codes to allow data recording, and are collecting data to monitor the effectiveness of containment strategies.
Nous avons rapidement créé et mis en œuvre de nouveaux codes afin de permettre l’enregistrement des données, et nous recueillons des données pour mesurer l’efficacité des stratégies de confinement.