atepeq/tico19 huggingface dataset:
The aims of this study are to surveil COVID-19 in both asymptomatic populations and ambulatory cases with respiratory infections, ascertain both the rate and pattern of COVID-19 spread, and assess the effectiveness of the containment policy.
Los objetivos de este estudio son vigilar la COVID-19 tanto en poblaciones asintomáticas como en casos ambulatorios con infecciones respiratorias, determinar la tasa y el patrón de propagación de la COVID-19 y evaluar la eficacia de la política de contención.
The RCGP RSC, a network of over 500 general practices in England, extract pseudonymized data weekly.
El RSC del RCGP, una red de más de 500 consultorios de medicina general de Inglaterra, extrae datos seudonimizados todas las semanas.
This extended surveillance comprises of five components: (1) Recording in medical records of anyone suspected to have or who has been exposed to COVID-19.
Esta vigilancia ampliada abarca cinco componentes: (1) Registro de historias clínicas de cualquiera que se sospecha que tiene o que ha estado expuesto a la COVID-19.
Computerized medical records suppliers have within a week of request created new codes to support this.
Los proveedores de historias clínicas digitales han creado, en una semana tras la petición, nuevos códigos para respaldar esto.
(2) Extension of current virological surveillance and testing people with influenza-like illness or lower respiratory tract infections (LRTI)—with the caveat that people suspected to have or who have been exposed to COVID-19 should be referred to the national containment pathway and not seen in primary care.
(2) Ampliación de la vigilancia virológica actual y examen de personas con enfermedad similar a la influenza o infecciones de las vías respiratorias inferiores (LRTI)—con la advertencia de que las personas que se sospecha que tienen o que han estado expuestas a la COVID-19 deben ser derivadas a la vía de contención nacional y no ser atendidas en atención primaria.
(3) Serology sample collection across all age groups.
(3) Toma de muestras serológicas en todos los grupos etarios.
This will be an extra blood sample taken from people who are attending their general practice for a scheduled blood test.
Esto será una muestra de sangre adicional que se tomará a las personas que asistan al consultorio de su médico general para un análisis de sangre programado.
The 100 general practices currently undertaking annual influenza virology surveillance will be involved in the extended virological and serological surveillance.
Los 100 consultorios de medicina general que actualmente realizan vigilancia virológica anual de la influenza participarán en la ampliación de la vigilancia virológica y serológica.
(4) Collecting convalescent serum samples.
(4) Toma de muestras de suero de convaleciente.
We have the opportunity to escalate the data extraction to twice weekly if needed.
Tenemos la oportunidad de aumentar la extracción de datos al doble por semana en caso de ser necesario.
Swabs and sera will be analyzed in PHE reference laboratories.
Los exudados y sueros se analizarán en laboratorios de referencia de PHE.
General practice clinical system providers have introduced an emergency new set of clinical codes to support COVID-19 surveillance.
Los proveedores del sistema clínico de consultorios de medicina general han incorporado una nueva serie de emergencia de códigos clínicos para respaldar la vigilancia de la COVID-19.
Additionally, practices participating in current virology surveillance are now taking samples for COVID-19 surveillance from low-risk patients presenting with LRTIs.
Además, los consultorios que participan en la vigilancia virológica actual ahora tomarán muestras para la vigilancia de la COVID-19 a pacientes de bajo riesgo que presenten LRTI.
Within the first 2 weeks of setup of this surveillance, we have identified 3 cases: 1 through the new coding system, the other 2 through the extended virology sampling.
En las primeras 2 semanas de implementación de esta vigilancia, hemos identificado 3 casos: 1 a través del nuevo sistema de codificación y los otros 2 a través del muestreo virológico ampliado.
We have rapidly converted the established national RCGP RSC influenza surveillance system into one that can test the effectiveness of the COVID-19 containment policy.
Hemos convertido rápidamente el sistema nacional establecido de vigilancia de la influenza del RSC del RCGP en uno que puede comprobar la eficacia de la política de contención de la COVID-19.
The extended surveillance has already seen the use of new codes with 3 cases reported.
La vigilancia ampliada ya ha visto en uso a los nuevos códigos con 3 casos informados.
Rapid sharing of this protocol should enable scientific critique and shared learning.
La rápida divulgación de este protocolo debe debería permitir la crítica científica y el conocimiento compartido.
The Royal College of General Practitioners (RCGP) Research and Surveillance Centre (RSC) is a network of general practices (GPs) with a nationally representative population that provides pseudonymized data for weekly surveillance of infectious diseases.
El Centro de Investigación y Vigilancia (RSC) del Real Colegio de Médicos Generales (RCGP) es una red de consultorios de medicina general (GP) con una población representativa a nivel nacional que suministra datos seudonimizados para la vigilancia semanal de enfermedades infecciosas.
The disease surveillance program is commissioned by Public Health England (PHE) and covers 37 infectious diseases, including influenza.
El programa de vigilancia de enfermedades es encomendado por Salud Pública de Inglaterra (PHE) y comprende 37 enfermedades infecciosas, incluida la influenza.
The RCGP RSC and PHE have an established collaboration of over 50 years in influenza and respiratory disease surveillance and are now in their 53rd season of surveillance and analysis.
El RSC del RCGP y PHE mantienen una firme colaboración desde hace más de 50 años para la vigilancia de la influenza y enfermedades respiratorias, y actualmente se encuentran en el ciclo 53 de vigilancia y análisis.
The RCGP RSC extracts pseudonymized data from a nationally representative sample of over 500 urban and nonurban GPs each week covering a population of over 4 million.
El RSC del RCGP extrae cada semana datos seudonimizados de una muestra representativa a nivel nacional de más de 500 GP urbanos y no urbanos, que abarca a una población de más de 4 millones.
Data from these practices are reported online in a weekly return, which includes monitoring weekly rates of influenza-like illness (ILI) and other communicable and respiratory diseases in England.
Los datos de estos consultorios se comunican en línea en un informe semanal, lo que incluye llevar un seguimiento de las tasas semanales de enfermedades similares a la influenza y otras enfermedades transmisibles y respiratorias en Inglaterra.
We also produce an annual report.
También elaboramos un informe anual.
The RCGP RSC data set includes all coded data and all prescribed items including vaccine exposure.
El conjunto de datos del RSC del RCGP incluye todos los datos codificados y todos los elementos recetados, incluida la exposición a la vacuna.
The RCGP RSC conducts virology surveillance each influenza season, with 100 GPs participating in the 2019-2020 season (Figure 1).
El RSC del RCGP realiza vigilancia virológica cada temporada de influenza, en la temporada 2019-2020 participaron 100 consultorios de medicina general (gráfico 1).
These virology sampling practices are also recruited to be nationally representative (Figure 1).
Estos consultorios para muestreo virológico también se reclutan de tal manera que sean representativos a nivel nacional (gráfico 1).
GPs take nasopharyngeal swabs from persons showing acute respiratory illness within 7 days of the onset of symptoms.
Los consultorios de medicina general realizan hisopados nasofaríngeos a las personas que desarrollen enfermedades respiratorias agudas dentro de los 7 días posteriores al comienzo de los síntomas.
Nasopharyngeal swabs are taken from children younger than 5 years showing symptoms of acute bronchitis or bronchiolitis.
Se realizan hisopados nasofaríngeos a los niños menores de 5 años que presenten síntomas de bronquitis o bronquiolitis aguda.
Additionally, nasopharyngeal samples are taken from anyone 5 years and older showing acute onset of ILI and respiratory synctial virus.
Además, se toman muestras nasofaríngeas a cualquier persona mayor de 5 años que tenga un comienzo agudo de enfermedad similar a la influenza y virus respiratorio sincitial.
Swabs are tested at the PHE Respiratory Virus Unit for influenza to monitor positivity rates and circulating strains, as well as for measuring vaccine effectiveness.
Los hisopados se analizan en la Unidad de Virus Respiratorios de la influenza de PHE para controlar las tasas de positividad y las cepas circulantes, así como para evaluar la eficacia de la vacuna.
The RCGP RSC successfully conducted a pilot collecting serological samples from adults and linking them to a patient’s medical records during the 2018-2019 influenza season.
El RSC del RCGP realizó exitosamente una prueba piloto en la que recolectó muestras serológicas de personas adultas y las vinculó con un registro médico de pacientes durante la temporada de influenza 2018-2019.
This pilot was in collaboration with the PHE Seroepidemiology Unit and added to the residual blood samples submitted to PHE by National Health Service (NHS) laboratories.
Esta prueba piloto se hizo en colaboración con la Unidad de Seroepidemiología de PHE y se agregó a las muestras de sangre residual enviadas a PHE por los laboratorios del Servicio Nacional de Salud (NHS).
Serology can provide important information about background population immunity, and sentinel networks can provide a mechanism for systematic data collection and linkage to medical records and health outcomes.
La serología puede proporcionar información importante sobre la inmunidad de la población originaria, y las redes centinelas pueden proporcionar un mecanismo para la recopilación sistemática de datos y la vinculación a registros médicos y resultados de salud.
The serology pilot has demonstrated the ability of the network to collect serology samples in adults.
La prueba serológica piloto demostró la capacidad de la red de recolectar muestras serológicas en personas adultas.
With the COVID-19 outbreak, PHE and RCGP RSC have adapted existing influenza surveillance to monitor the spread of COVID-19 in the community, and this protocol sets out the basis for that collaboration.
Con el brote de la COVID-19, PHE y el RSC del RCGP han adaptado la actual vigilancia de la influenza para controlar la propagación de la COVID-19 en la comunidad, y este protocolo sienta las bases para esa colaboración.
The primary national strategy for COVID-19 infection is containment, with patients who are at high risk managed via the telephone help system NHS111 and the PHE health protection teams, but the RCGP RSC surveillance is entirely separate.
La estrategia nacional principal para la infección por COVID-19 es la contención, se supervisa a los pacientes con alto riesgo a través del sistema de ayuda telefónica NHS111 y los equipos de protección sanitaria de PHE, pero la vigilancia del RSC del RCGP es completamente independiente.
The RCGP RSC, by extending its established work, will provide virological and serological surveillance to monitor the temporal and geographical distribution of COVID-19 infection in the community, and assess the effectiveness of the containment strategy.
El RSC del RCGP, mediante la ampliación de su trabajo establecido, proporcionará vigilancia serológica y virológica para controlar la distribución temporal y geográfica de la infección por COVID-19 en la comunidad, y evaluar la eficacia de la estrategia de contención.
We would not be working in isolation on this research.
No trabajaríamos de forma aislada en esta investigación.
We will share the protocol with UK colleagues and the I-MOVE consortium who have recently obtained EU Horizon 2020 funding from the stream “Advancing knowledge for the clinical and public health response to the novel coronavirus epidemic”.
Compartiremos el protocolo con colegas del Reino Unido y con el consorcio I-MOVE, que recientemente obtuvo financiación del programa Horizonte 2020 de la Unión Europea a partir de la convocatoria “Avances en el conocimiento para la respuesta clínica y de salud pública a la epidemia del nuevo coronavirus”.
It is anticipated that great efficiencies in project management will result through this collaboration than that obtained from countries acting alone.
Se prevé obtener una gran eficacia en la gestión del proyecto a través de esta colaboración, mayor de la que obtienen los países que actúan solos.
The aim of this study is to identify whether there is undetected community transmission of COVID-19, estimate population susceptibility, and monitor the temporal and geographical distribution of COVID-19 infection in the community.
El objetivo de este estudio es identificar si hay una transmisión comunitaria no detectada de la COVID-19, estimar la susceptibilidad de la población y controlar la distribución temporal y geográfica de la infección por COVID-19 en la comunidad.
The objectives of this study are as follows:
Los objetivos de este estudio son los siguientes:
To monitor the burden of suspected COVID-19 activity in the community through primary care surveillance and clinical coding of possible COVID-19 cases referred into the containment pathway
Controlar la carga de la presunta actividad de la COVID-19 en la comunidad a través de la vigilancia de la atención primaria y la codificación clínica de los posibles casos de COVID-19 incluidos en el procedimiento de contención.
To provide virological evidence on the presence and extent of undetected community transmission of COVID-19 and monitor positivity rates among individuals presenting ILI or acute respiratory tract infections to primary care
Proporcionar pruebas virológicas sobre la existencia y la magnitud de la transmisión comunitaria no detectada de COVID-19 y controlar las tasas de positividad entre las personas que padecen una enfermedad similar a la influenza o infecciones agudas de las vías respiratorias en la atención primaria.
To estimate baseline susceptibility to COVID-19 in the community and estimate both symptomatic and asymptomatic exposure rates in the population through seroprevalence monitoring
Estimar la susceptibilidad de referencia a la COVID-19 en la comunidad y calcular las tasas de exposición tanto sintomática como asintomática en la población a través del control de la seroprevalencia.
To pilot implementation of a scheme for collection of convalescent sera with antibody profiles among recovered cases of COVID-19 discharged to the community
Implementar un programa piloto para recolectar suero de convaleciente con perfiles de anticuerpos entre casos recuperados de la COVID-19 reintegrados a la comunidad.
We intend to capture the following.
Pretendemos registrar lo siguiente.
Clinical workload related to reports of COVID-19 using the codes created to flag cases, those being assessed and where the infection is located are excluded (Figures 2-​-44)
Carga de trabajo clínico relacionada con los informes de COVID-19 usando los códigos creados para señalar los casos, aquellos que se están evaluando y dónde se encuentra la infección quedan excluidos (gráficos 2-4).
Foreign countries visited in the last 28 days
Países extranjeros visitados en los últimos 28 días.
Existing codes that may have utility (Tables 1-​-3).3).
Códigos existentes que pueden tener utilidad (cuadros 1-3).
Many GPs and primary care teams may not realize that important relevant data can be coded.
Es posible que muchos consultorios de medicina general y equipos de atención primaria no se den cuenta de que los datos relevantes importantes pueden codificarse.
There is also the potential during any pandemic to monitor the effectiveness of any transmission control measures.
También existe la posibilidad durante cualquier pandemia de evaluar la eficacia de cualquier medida de control de la transmisión.
Reliable coding of letters and test results that will show an infection has become either confirmed or excluded
La codificación confiable de las letras y de los resultados de las pruebas que indican una infección se convirtió en confirmado o excluido.
The methods will follow the approach used in the current influenza surveillance system and recent serology study, and includes five components: (1) primary care clinical surveillance; (2) virological surveillance; (3) population serological surveillance; (4) convalescent sera in cases; and (5) data curation.
Los métodos seguirán el enfoque utilizado en el actual sistema de vigilancia de la influenza y en el estudio serológico reciente, e incluye cinco componentes: (1) vigilancia clínica de la atención primaria; (2) vigilancia virológica; (3) vigilancia serológica de la población; (4) suero de convaleciente en los casos y (5) conservación de datos.
The NHS uses the Systematized Nomenclature of Medicine Clinical Terms (SNOMED CT) system of coding, which is normally only updated twice annually.
El NHS utiliza el sistema de codificación de la Nomenclatura Sistematizada de Medicina - Términos Clínicos (SNOMED CT), que generalmente solo se actualiza dos veces al año.
There was added complexity as some computerized medical record (CMR) suppliers use the Read coding systems (Read clinical terms version 3 – CTv3), which is no longer updated.
Hubo una complejidad adicional ya que algunos proveedores de registros médicos computarizados (CMR) utilizan los sistemas de codificación de lectura (términos clínicos de lectura versión 3, CTv3), que ya no se actualiza.
Additionally, there were no clinical codes to record COVID-19 in early February 2020.
Además, no había códigos clínicos para registrar la COVID-19 a principios de febrero de 2020.
Therefore, the two main GP system suppliers added the five terms shown in Table 4 as system-wide local codes.
Por lo tanto, los dos proveedores principales de sistemas de consultorios de medicina general agregaron los cinco términos que se muestran en el cuadro 4 como códigos locales para todo el sistema.
A UK emergency release of SNOMED CT concepts for COVID-19 was also subsequently made available across all CMR systems (Table 4).
Posteriormente, también se puso a disposición una publicación de emergencia del Reino Unido de conceptos de SNOMED CT para la COVID-19 en todos los sistemas de CMR (cuadro 4).
The intention is that these will eventually be mapped to the new SNOMED CT concepts as they become available, allowing recording of relevant data (Multimedia Appendix 1).
La intención es que, finalmente, se mapeen a los nuevos conceptos de SNOMED CT a medida que estén disponibles, lo que permitirá el registro de los datos relevantes (anexo 1 de Multimedia).
The key requirements for this release were the ability to code (Table 4) a case of COVID-19, exposure to risk of infection (travel to an area where there may be a higher risk), contact with anyone infected with COVID-19, a report that a person had been tested for COVID-19, and that the disease had been excluded (likely a negative test).
Los requisitos clave para esta publicación fueron la capacidad para codificar (cuadro 4) un caso de COVID-19, la exposición al riesgo de infección (viaje a una zona en la que puede haber un riesgo más alto), el contacto con alguien infectado con COVID-19, un informe que indique que a una persona se le hizo la prueba de COVID-19, y que la enfermedad se excluyó (probablemente una prueba negativa).
In addition, practices are now able to code any foreign travel undertaken, including the ability to record visits to multiple countries (implemented February 8, 2020).
Además, los consultorios ahora pueden codificar cualquier viaje al extranjero realizado, lo que incluye la capacidad de registrar visitas a varios países (implementado el 8 de febrero de 2020).
Figures 2-​-44 show the EMIS web implementation.
Los gráficos 2 a 4 muestran la implementación web de EMIS.
Currently, virology samples for influenza surveillance are accompanied by a standard request form.
Actualmente, las muestras virológicas para la vigilancia de la influenza van acompañadas de un formulario de solicitud estándar.
For COVID-19, we will create a new request form that will record:
Para la COVID-19, crearemos un nuevo formulario de solicitud que registrará:
Date of onset of symptoms
Fecha del comienzo de los síntomas
Diagnosis of any of the following:
Diagnóstico de cualquiera de las siguientes condiciones:
Acute bronchitis/bronchiolitis in those younger than five years
Bronquitis/bronquiolitis aguda en menores de cinco años
Lower respiratory tract infection (LRTI)
Infección de las vías respiratorias inferiores (IVRI)
History of fever (Y/N); measured (Y/N); if yes, level
Antecedentes de fiebre (S/N); se midió (S/N); en caso afirmativo, nivel
Shortness of breath (Y/N), if measured: oxygen saturation and respiratory rate
Falta de aire (S/N), si se evaluó: saturación de oxígeno y frecuencia respiratoria
Recent travel (Y/N); if yes, countries visited in last 14 days
Viaje reciente (S/N); en caso afirmativo, países visitados en los últimos 14 días
Contact with a named person with confirmed COVID-19 (Y/N) with a free text comment about the level of certainty
Contacto con una persona mencionada con COVID-19 confirmada (S/N) con un comentario de texto libre sobre el nivel de certidumbre
These codes will be grouped ontologically into “definite”, “probable”, “possible”, and “not a case” using our standard approach to grouping codes (Table 5), which has been used previously across disease areas.
Estos códigos se agruparán de manera ontológica en “definitivo”, “probable”, “posible” y “no es un caso” a través de nuestro enfoque estándar para agrupar códigos (cuadro 5), que se ha utilizado anteriormente en ámbitos de enfermedades.
The RCGP RSC definition for ILI is shown in Multimedia Appendix 2.
La definición del RSC del RCGP de enfermedad similar a la influenza se muestra en el anexo 2 de Multimedia.
Public Presentation of Data Using an Observatory and Dashboards
Presentación pública de los datos usando un observatorio y tableros
We will develop an observatory to present data nationally and a dashboard for feedback to practices about their data quality and collection of virology and serology samples.
Desarrollaremos un observatorio para presentar los datos a nivel nacional y un tablero para comentarios a los consultorios sobre la calidad de sus datos y la recolección de muestras para virología y serología.
This is based on coding described in Table 4.
Esto se basa en la codificación descrita en el cuadro 4.
Definite case will be presented on our dashboard as “cases” of COVID-19.
Los casos definitivos se presentarán en nuestro tablero como “casos” de COVID-19.
Possible cases will be presented as “Under investigation” (investigating).
Los casos posibles se presentarán como “en investigación” (investigando).
“Not a case” will be presented as “Excluded”.
“No es un caso” se presentará como “excluido”.
Online data has been established within the initial few weeks in the COVID-19 Observatory (Figure 5), indicating the overall number of patients and rate per 10,000 patients of cases confirmed or under investigation, as well as where the virus is excluded.
Se establecieron datos en línea en las primeras semanas en el observatorio de COVID-19 (gráfico 5), que indican la cantidad total de pacientes y la tasa por cada 10 000 pacientes de casos confirmados o en investigación, así como aquellos en los que se excluyó el virus.
We have the option to move to twice weekly surveillance reports with a scope to change this to daily reporting.
Tenemos la opción de comenzar a hacer informes de vigilancia dos veces por semana con la posibilidad de cambiar esto por la presentación de informes diarios.
We will continue virology sampling from our sentinel practices, rather than discontinuing as seasonal influenza declines.
Continuaremos con el muestreo virológico de nuestros consultorios centinela, en lugar de interrumpirlo a medida que la influenza estacional disminuya.
Additionally, we will recruit more surveillance practices.
Además, reclutaremos más consultorios de vigilancia.
The RCGP RSC virology practices will aim to undertake 200-300 nasopharyngeal swabs per week across the RCGP RSC sentinel network, collecting specimens across all age bands.
Los consultorios de virología del RSC del RCGP tendrán el objetivo de realizar entre 200 y 300 hisopados nasofaríngeos por semana en toda la red centinela del RSC del RCGP, con la recopilación de especímenes en todos los grupos de edad.
In addition to the inclusion criteria for influenza virology surveillance (ILI, acute bronchitis/bronchiolitis), participating practices will take nasopharyngeal swab samples from any people showing acute symptoms of LRTI if the onset of symptoms is within 7 days.
Además de los criterios de inclusión para la vigilancia virológica de la influenza (enfermedades similares a la influenza, bronquitis/bronquiolitis aguda), los consultorios participantes tomarán muestras de hisopados nasofaríngeos de cualquier persona que tenga síntomas agudos de IVRI si los síntomas comienzan dentro de los 7 días.
RCGP RSC research officers and practice liaison staff will manage practices to achieve a total national sample of 200-300 swabs per week.
Los oficiales de investigación del RSC del RCGP y el personal de enlace de los consultorios administrarán los consultorios para obtener una muestra nacional total de entre 200 y 300 hisopados por semana.
This could be increased if PHE modelers require more samples.
Esto podría aumentar si los modeladores de PHE requieren más muestras.
Samples from each practice would be spread across the following age groups: &lt; 5 years, 5-17 years, 18-64 years, and 65 years and older
Las muestras de cada consultorio se extenderán en los siguientes grupos etarios: < 5 años, 5-17 años, 18-64 años y 65 años en adelante.
Samples (swabs or serum) collected will be sent via prepaid envelopes addressed to the appropriate PHE laboratory for analysis.
Las muestras (hisopados o de suero) recolectadas se enviarán en sobres prepagados al laboratorio de PHE correspondiente para su análisis.
All samples collected will be tested for the presence of influenza and COVID-19.
Todas las muestras recolectadas se analizarán para detectar la presencia de influenza y COVID-19.
Additionally, PHE will retrospectively test any influenza virology samples collected between early and mid-February 2020 for COVID-19.
Además, PHE analizará retrospectivamente las muestras virológicas de influenza recolectadas entre principios y mediados de febrero de 2020 para detectar la COVID-19.
Practices will still follow the PHE protocol for COVID-19 with respect to people at risk of infection who should be signposted down the containment pathway, rather than physically attend their practice.
Los consultorios aún seguirán el protocolo de PHE para la COVID-19 con respecto a las personas en riesgo de infección que deberán recibir indicaciones sobre el procedimiento de contención, en lugar de asistir físicamente a los consultorios.
Direct testing of those who attend surgery remains permitted, but we have also rolled out self-swabbing at home.
Las pruebas directas de aquellos que se someten a una cirugía todavía se permiten, pero también hemos implementado el autohisopado en la casa.
Summary of processes are detailed in Multimedia Appendix 3.
El resumen de los procesos se detalla en el anexo 3 de Multimedia.
Everyone with an ILI or a respiratory illness who contacts a GP (eg, phones for an appointment) should be asked specifically about recent travel to China and other countries flagged in current PHE advice, or if they have had contact with other people with COVID-19.
A todas las personas con una enfermedad similar a la influenza o una enfermedad respiratoria que se contacten con un consultorio de medicina general (por ejemplo, llaman por teléfono para programar una cita) se les debe preguntar específicamente si hicieron un viaje reciente a China y a otros países señalados en la recomendación actual de PHE, o si han tenido contacto con otras personas con COVID-19.
If these screening enquiries are positive, the patient would be advised to not come to the practice but instead to follow the PHE flow sheet.
Si estas consultas de evaluación son positivas, se aconsejará al paciente no ir al consultorio y, en cambio, seguir el diagrama de flujo de PHE.
This can be by a reception or clinician staff, depending on individual practice protocol.
Puede hacerlo personal clínico o de recepción, según el protocolo del consultorio individual.
These calls should be coded into the GP CMR system and can be reported as part of the RCGP RSC weekly return.
Estas llamadas se deben codificar en el sistema de CMR del consultorio de medicina general y pueden informarse como parte del informe semanal del RSC del RCGP.
We have developed training material to support this coding (Multimedia Appendix 4).
Hemos desarrollado material de capacitación para respaldar esta codificación (anexo 4 de Multimedia).
These include prompt cards for:
Estos incluyen tarjetas de ayuda para:
Practice reception or triage staff: for coding of any patients calling the practice with symptoms of acute respiratory infection with a history of travel to important areas based on PHE advice
Personal de recepción o clasificación del consultorio: para la codificación de los pacientes que llaman al consultorio con síntomas de infección respiratoria aguda con antecedentes de viaje a zonas importantes según la recomendación de PHE.
Administrative staff or clinicians who code: to encourage consistent coding of results for any suspected cases, including coding of negative results for exclusion
Personal administrativo o médicos que codifican: para impulsar la codificación coherente de los resultados para cualquier caso sospechoso, incluida la codificación de los resultados negativos para su exclusión.
Practices participating in virology surveillance will opportunistically collect blood samples from patients coming into the practice for a routine blood test.
Los consultorios que participan en vigilancia virológica recolectarán de manera oportunista muestras de sangre de los pacientes que vayan al consultorio para hacerse un análisis de sangre de rutina.
Patients who attend their practice for a routine blood test will be asked to provide an additional sample for serology.
A los pacientes que asistan al consultorio para hacerse un análisis de sangre de rutina se les pedirá que proporcionen una muestra adicional para serología.
We have conducted initial searches within the RCGP RSC database to look at the number of full blood count (FBC) results and overall rates in adults and children (Figures 6-​-9).9).
Hemos realizado búsquedas iniciales dentro de la base de datos del RSC del RCGP para observar la cantidad de resultados de conteos sanguíneos completos (CSC) y las tasas generales en adultos y niños (gráficos 6-9).
An FBC is one of the most common tests performed, and we hope this will give an approximate indication of overall numbers of blood tests performed.
Un CSC es uno de los análisis más frecuentes que se realizan, y esperamos que esto proporcione una indicación aproximada de la cantidad total de análisis de sangre realizados.
The sampling rate, per 100,000 patients was highest for children 15-17 years of age and 60 year or older in adults, with the lowest rates in children 0-4 years of age and 18-29 years of age in adults (Figures 6-​-99).
La tasa de muestreo, por cada 100 000 pacientes, fue más alta en los niños de 15 a 17 años y en los adultos de 60 años o más, mientras que las tasas más bajas se observaron en los niños de 0 a 4 años y en los adultos de 18 a 29 años (gráficos 6-9).
We will provide 1000 serology baseline samples across all ages that reflect the varying rates of attendance by age.
Proporcionaremos 1000 muestras de referencia para serología en todas las edades que reflejen las distintas tasas de asistencia por edad.
Additionally, we will test if we can obtain these all from virology practices to enhance the yield.
Además, evaluaremos si podemos obtenerlas a todas de consultorios de virología para mejorar el rendimiento.
A good geographical spread is important, so PHE can advise on areas where serology will most usefully be collected.
Una buena distribución geográfica es importante, por lo que PHE puede sugerir áreas en las que la recolección para serología será más útil.
This will be followed by 800 samples monthly.
Esto continuará con 800 muestras mensuales.
The sample will be stratified with 200 specimens for prepandemic survey (100 for monthly) in the following age groups: &lt; 5 years, 5-17 years, 18-64 years, and 65 years or older.
La muestra se estratificará con 200 especímenes para la encuesta sobre la prepandemia (100 mensuales) en los siguientes grupos etarios: < 5 años, 5-17 años, 18-64 años y 65 años o más.
The younger patients, in many practices younger than 14 years, and in nearly all for children younger than 8 years will require pediatric serology surveillance.
Los pacientes más jóvenes, menores de 14 años en muchos consultorios y niños menores de 8 años en prácticamente todos los consultorios, requerirán vigilancia serológica pediátrica.
We will develop a new request form for practices to capture recent travel and exposure to COVID-19.
Elaboraremos un nuevo formulario de solicitud para los consultorios para registrar los viajes recientes y la exposición a la COVID-19.
We will pilot a scheme for collecting convalescent serology from people with confirmed cases and who have had an acute virology sample at the time of their infection.
Implementaremos un programa piloto para recolectar serología convaleciente de personas con casos confirmados y que han tenido una muestra de virología aguda en el momento de su infección.
This is to identify a carrier state in patients who have recovered from the virus but may continue shedding the virus.
Esto se hace para identificar un estado de portador en los pacientes que se recuperaron del virus, pero lo pueden seguir transmitiendo.
If there are a small number of cases, this may assist in developing a test kit for patients to take to their own GP and explore its acceptability to patients.
Si hay una pequeña cantidad de casos, esto puede ayudar a desarrollar un kit de prueba para que los pacientes lleven a su propio consultorio de medicina general y se explore su aceptabilidad para los pacientes.
If there are a large number of COVID-19 cases nationally, convalescent samples could be collected from RCGP RSC practices where there are confirmed cases, with the ability to link to the full medical record.
Si hay una gran cantidad de casos de COVID-19 a nivel nacional, se podrían recolectar muestras convalecientes de consultorios del RSC del RCGP en los que haya casos confirmados, con la capacidad de vincularlos con el registro médico completo.
This process may include checking pseudonymized NHS numbers for positive individuals at RCGP RSC practices, checking current PHE guidance regarding considerations of infectiousness for confirmed cases, and offering the patient an appointment following the previously mentioned process.
Este proceso puede incluir verificar los números seudonimizados del NHS de personas que obtuvieron resultados positivos en los consultorios del RSC del RCGP, verificar la directriz actual de PHE sobre las consideraciones de infecciosidad para los casos confirmados y ofrecerle al paciente una cita siguiendo el proceso anteriormente mencionado.
This needs to be carefully coordinated nationally across the network and may require PHE to ensure individuals are not contacted by multiple agencies.
Esto debe coordinarse cuidadosamente a nivel nacional en toda la red y puede requerir que PHE se asegure de que no se contacten varias agencias con las personas.
RCGP RSC could provide a useful structure to channel the initial contact once PHE has made a request.
El RSC del RCGP podría proporcionar una estructura útil para canalizar el contacto inicial una vez que PHE haya realizado una solicitud.
The RCGP RSC practices participating in the annual influenza virology surveillance have started sampling from patients showing symptoms of a LRTI.
Los consultorios del RSC del RCGP que participan en la vigilancia virológica anual de la influenza han comenzado a tomar muestras en pacientes con síntomas de IVRI.
All samples received are being tested for influenza and COVID-19.
Todas las muestras recibidas se están analizando para detectar influenza y COVID-19.
The RCGP RSC will explore ways to collect convalescent samples from any patients tested positive for COVID-19 through the extension of the virological surveillance.
El RSC del RCGP analizará maneras de recolectar muestras convalecientes de pacientes que obtuvieron resultados positivos en pruebas de la COVID-19 a través de la extensión de la vigilancia virológica.
From the start, we will be carefully curating data to ensure that it can be used for future studies.
Desde el principio, conservaremos cuidadosamente los datos para garantizar que puedan usarse para estudios futuros.
Our clinical data will be linked to virology.
Nuestros datos clínicos se vincularán con virología.
We will curate our data using the Findable, Accessible, Interoperable, Reusable principles.
Conservaremos nuestros datos usando los principios de localización, accesibilidad, interoperabilidad y reutilización.
To facilitate this our data set is listed with Health Data Research UK and the European Health Data Evidence Network.
Para facilitar esto, nuestro conjunto de datos está incluido en el Health Data Research UK y en la European Health Data & Evidence Network.
The statistical methodology is in support of a policy approach to widespread disease outbreak, where so-called nonpharmaceutical interventions (NPIs) are used to respond to an emerging pandemic to produce disease suppression.
La metodología estadística está a favor de un enfoque normativo al brote generalizado de la enfermedad, en el que se utilizan las denominadas intervenciones no farmacéuticas (NPI) para responder a una nueva pandemia para provocar la supresión de la enfermedad.
This policy aims to reduce contact rates in the population and thereby reduce transmission of the virus.
El objetivo de esta política es reducir los índices de contacto en la población y, de esa manera, reducir la transmisión del virus.
To implement this the UK government has recently articulated the desire to implement population self-isolation measures.
Para implementar esto, el Gobierno del Reino Unido expresó recientemente el deseo de implementar medidas de autoaislamiento de la población.
By targeting the reproduction number (R) (the average number of secondary cases each case generates) and aiming to reduce the R to below 1, the policy seeks to reduce case numbers to low levels or (as seen in previous outbreaks with severe acute respiratory syndrome and Ebola) to eliminate human-to-human transmission.
Al centrarse en el número de reproducción (R) (la cantidad promedio de casos secundarios que genera cada caso) e intentar reducir R por debajo de 1, la política busca reducir la cantidad de casos a niveles bajos o (como se observó en brotes anteriores con el síndrome respiratorio agudo grave y el Ébola) eliminar la transmisión de persona a persona.
As the experience from the 2009 H1N1 pandemic has shown, NPIs can be a crucial component of pandemic mitigation.
Tal como demostró la experiencia de la pandemia de H1N1 en 2009, las intervenciones no farmacéuticas pueden ser un componente crucial de la mitigación de la pandemia.
Key to the focus of our study will be the estimation of peak cases in the population and continual monitoring by data collection and modelling the potential growth and emergence of subsequent peaks in new cases as social distancing measures are relaxed.
Será clave para el foco de nuestro estudio la estimación de los casos pico en la población y el seguimiento continuo a través de la recopilación de datos y del modelado del crecimiento potencial y la aparición de posteriores picos en casos nuevos a medida que se flexibilicen las medidas de distanciamiento social.
There has already been publication of important disease epidemiological measures concerning the outbreak of COVID-19 in mainland China.
Ya se han publicado importantes medidas epidemiológicas de la enfermedad relativas al brote de la COVID-19 en China continental.
A further fundamental measure in pandemic dynamics is the length of time from infection to when a person is infectious to others and the mean duration of infectiousness.
Otra medida fundamental en la dinámica de la pandemia es el tiempo que transcurre entre la infección y el momento en que una persona puede contagiar a otras, y la duración media de la infecciosidad.
These factors, if estimated accurately, will give good predictions for the likely length of the pandemic, the final number of infected cases.
Estos factores, si se calculan con precisión, darán buenas predicciones sobre la duración probable de la pandemia, la cantidad final de casos infectados.
We intend to apply approximate Bayesian inference (ABC) to (possibly spatially heterogeneous) Susceptible-Exposed- Infectious-Removed (SEIR) stochastic epidemic models.
Queremos aplicar la interferencia bayesiana aproximada (ABC) a los (posiblemente heterogéneos espacialmente) modelos epidemiológicos estocásticos Susceptible, Expuesto, Infectado, Recuperado (SEIR).
Such techniques are highly parallelizable and have been successfully applied to many fields including disease transmission modelling.
Estas técnicas se pueden realizar en paralelo y se han aplicado exitosamente a muchas áreas, incluidos los modelos de transmisión de enfermedades.
They are particularly suited to situations where likelihood functions are absent and where more traditional approaches such as Markov chain Monte Carlo are impractical.
Están adaptados particularmente a las situaciones que carecen de funciones de verosimilitud y en las que los enfoques más tradicionales, como los métodos de Monte Carlo basados en cadenas de Markov, no son prácticos.
Such an approach has been demonstrated to work effectively on the ASPREN surveillance data, a network of sentinel GPs and nurse practitioners who report deidentified information on ILIs and other conditions, where issues such as missing data and the need to model the observation process itself has been successfully addressed.
Se ha demostrado que este enfoque funciona de forma eficaz en los datos de vigilancia de ASPREN, una red de consultorios de medicina general centinela y enfermeros especializados que comunican información anónima sobre enfermedades similares a la influenza y otras afecciones, donde cuestiones como datos faltantes y la necesidad de modelar el proceso de observación se abordaron satisfactoriamente.
Furthermore, peaks in new cases have been estimated by distributional methods.
Además, los picos en los casos nuevos se estimaron mediante métodos de distribución.
Estimates of the parameters of the SEIR model are tractable on large data sets because of parallelizability, and these methods have been implemented in several R libraries; we intend to use the libraries ABSEIR (deposited on GitHub: https://tinyurl.com/vqu35cj) and abctools (https://tinyurl.com/tfjavz4) to estimate epidemic measures on a weekly basis.
Las estimaciones de los parámetros del modelo SEIR se pueden abordar en conjuntos de datos grandes debido a la posibilidad de hacer análisis paralelos, y estos métodos se han implementado en varias bibliotecas R; tenemos previsto usar las bibliotecas ABSEIR (disponibles en GitHub: https://tinyurl.com/vqu35cj) y abctools (https://tinyurl.com/tfjavz4) para estimar las medidas epidemiológicas con una frecuencia semanal.
Since we are fitting an SIR-epidemic model in the ABC routine, we anticipate that our results will be robust against weekly case data containing relatively small counts.
Dado que estamos adaptando un modelo epidemiológico SIR en la rutina del cálculo bayesiano aproximado, prevemos que nuestros resultados serán sólidos en comparación con los datos de casos semanales que contienen conteos relativamente pequeños.
For example, see for the ABC methodology applied to the Tristan da Cunha common cold data from 1967, where counts of I (number of infectious cases) and R (number of recovered cases) are in the tens at most.
Por ejemplo, observemos la metodología del cálculo bayesiano aproximado aplicada a los datos sobre el resfriado común en Tristán de Acuña de 1967, donde los conteos de I (cantidad de casos infectados) y de R (cantidad de casos recuperados) a lo sumo alcanzan las decenas.
Finally, in addition to the above methodology we will employ the Kaplan-Meier method with two outcomes (death and recovery) to estimate the case fatality ratio.
Finalmente, además de la metodología anterior, aplicaremos el método de Kaplan-Meier con dos resultados (muerte y recuperación) para estimar la tasa de letalidad por casos.
This approach is independent of the ABC methodology and will allow comparisons between estimates from the two modelling approaches to judge robustness of results.
Este enfoque es independiente de la metodología del cálculo bayesiano aproximado y permitirá comparar las estimaciones de los dos enfoques de modelización para evaluar la solidez de los resultados.
RCGP RSC’s surveillance with PHE is defined as Health Protection under Regulation 3 of The Health Service (Control of Patient Information) Regulations 2002.
La vigilancia del RSC del RCGP con PHE se define como Protección de la salud en la regulación 3 de las regulaciones del Servicio de Salud (Control de la información del paciente) de 2002.
This has been confirmed by PHE’s Caldicott Guardian’s Office.
Esto fue confirmado por la oficina del Custodio Caldicott de PHE.
We do not see any increased risk to practices or practitioners taking part in this surveillance.
No vemos ningún aumento del riesgo para los consultorios o los médicos que participan en esta vigilancia.
Infection prevention and control advice will follow extant national guidance.
El asesoramiento sobre el control y la prevención de la infección seguirá las directrices nacionales existentes.
Any cases identified will be managed according to the PHE/NHS guidance in force at the time, including advice for identified contacts.
Cualquier caso identificado se abordará según las directrices de PHE/NHS vigentes en ese momento, incluido el asesoramiento para los contactos identificados.
However, our training will include reminders about safe handling of specimens and revision of infection control measures anticipated to be high in our practices.
Sin embargo, nuestra capacitación incluirá recordatorios sobre la manipulación segura de los especímenes y la revisión de las medidas de control de las infecciones, que se prevé que serán altas en nuestros consultorios.
It is a key part of Regulation 12 about safe care and treatment, periodically inspected by the Care Quality Commission.
Es una parte clave de la regulación 12 sobre el tratamiento y cuidado seguros, que la Comisión de Calidad de la Atención inspecciona periódicamente.
Travel History and Clinical Descriptors of the COVID-19 Infections
Antecedentes de viajes y descriptores clínicos de las infecciones por COVID-19
The RCGP RSC practices have been advised on the clinical coding that has been made available for COVID-19 across all CMR systems.
Se informó a los consultorios del RSC del RCGP sobre la codificación clínica que se puso a disposición para la COVID-19 en todos los sistemas de registros médicos computarizados.
This includes information on coding of clinical descriptors (Table 4) and any recent travel history.
Esto incluye información sobre la codificación de los descriptores clínicos (cuadro 4) y los antecedentes de viaje recientes.
Establishment of Extended Virology Sampling
Establecimiento de muestreo virológico extendido
The RCGP RSC practices participating in the annual influenza virology surveillance have started sampling from patients showing symptoms of LRTI.
Los consultorios del RSC del RCGP que participan en la vigilancia virológica anual de la influenza han comenzado a tomar muestras en pacientes con síntomas de IVRI.
This has led to initial early identification of background spread in low-risk patients.
Esto llevó a la identificación temprana inicial de propagación en el entorno en pacientes de bajo riesgo.