Judul: Skrining Keberadaan Gen Terkait Stres pada Isolat Lokal Cronobacter sakazakii.
Abstrak: Cronobacter spp. adalah bakteri patogen bawaan pangan emerging penyebab necrotizing enterocolitis, bacteremia, septicemia dan meningitis pada kelompok bayi tertentu yang telah dihubungkan dengan konsumsi susu formula bubuk. Bakteri tersebut dilaporkan mampu menyintas beberapa kondisi stres lingkungan seperti stres kekeringan, stres osmotik, suhu tinggi serta pH rendah. Isolat lokal C. sakazakii strain Yrt2a dan strain E2 telah ditemukan dapat memasuki kondisi VBNC (viable but non culturable) karena stres kekeringan. Gen rpoS diketahui sebagai gen regulator stres sedangkan hfq adalah gen stres yang juga berperan pada virulensi. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi keberadaan gen terkait stres yakni hfq, rpoS, dan grxB pada sepuluh isolat lokal C. sakazakii. Tahapan penelitian meliputi persiapan kultur isolat lokal C. sakazakii, verifikasi metode ekstraksi DNA dengan phenol-chloroform-isoamylalcohol dan chelex100, analisis konsentrasi dan kemurnian DNA hasil ekstraksi, optimasi suhu annealing primer dan deteksi gen target dengan Polymerase Chain Reaction (PCR), serta visualisasi produk PCR dengan elektroforesis gel agarosa. Hasil penelitian menunjukkan bahwa metode ekstraksi chelex100 lebih efektif menghasilkan DNA dengan kemurnian 1.8 – 2.0. Suhu annealing optimal adalah 55oC untuk hfq dengan konsentrasi primer 0.5 μM, 52oC untuk rpoS dengan konsentrasi primer 0.5 μM, dan 57oC untuk grxB dengan konsentrasi primer 0.5 μM dan 0.1 μM. Seluruh (n=10) isolat lokal C. sakazakii memiliki target gen hfq, rpoS, dan grxB. Hal ini mengindikasikan bahwa bakteri tersebut memiliki potensi untuk menyintas kondisi stres.
Keyword: Cronobacter sakazakii, grxB, hfq, rpoS, stres

Judul: Ekspresi Gen Regulator Stres Dan Virulensi Cronobacter sakazakii sebagai Respon terhadap Stres Asam
Abstrak: Cronobacter spp. sebelumnya dikenal sebagai Enterobacter sakazakii telah diisolasi dari berbagai sampel pangan kering seperti susu formula, makanan pendamping Air Susu Ibu (MP-ASI), pati jagung, coklat dan rempah bubuk. Cronobacter spp. dilaporkan menyebabkan sepsis atau meningitis parah pada bayi (umur < 2 bulan), bakteri ini juga dilaporkan dapat menyebabkan nekrosis enterokolitis akibat konsumsi susu tercemar. Cronobacter sakazakii dilaporkan mampu merespon stres lingkungan seperti kekeringan, keterbatasan nutrisi dan pH rendah. Bakteri ini bahkan diketahui masih dapat bertahan pada pH yang sangat rendah (pH 3 - 4), tetapi tidak mampu bertahan pada pH 2.5. Kemampuan C. sakazakii bertahan pada pH rendah berkaitan dengan resistensinya pada pangan ber-pH rendah serta kondisi asam pada lambung bayi. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi respon C. sakazakii dalam kondisi asam serta mengevaluasi ekspresi gen regulator stes (rpoS dan grxB) dan virulensi (ompA, cpa dan hfq). Penelitian ini menggunakan 2 galur isolat C. sakazakii, yaitu C. sakazakii Yrt2a dan C. sakazakii E2 yang sebelumnya telah diisolasi dari susu formula dan MP-ASI. Tahapan yang dilakukan dalam penelitian ini, meliputi deteksi gen target, induksi stress asam dan pengamatan pertumbuhan bakteri, ekstraksi RNA, sintesis cDNA, amplifikasi cDNA dengan qPCR dan kuantifikasi ekspresi gen relatif. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa C. sakazakii Yrt2a dan E2 memasuki kondisi unculturable sangat cepat, yaitu secara berurutan 90 dan 105 menit setelah paparan asam dengan jumlah penurunan sel mencapai ± 7 log. Paparan stres asam memicu terinduksinya ekspresi gen virulensi pada C. sakazakii, sehingga gen diekspresikan menjadi upregulated selama stres asam. Ekspresi gen hfq pada kedua galur mengalami downregulation, sementara pada C. sakazakii E2, gen rpoS dan cpa juga diekspresikan downregulated saat sel memasuki kondisi unculturable. Hasil penelitian ini mengindikasikan bahwa dalam kondisi stres asam, sel C. sakazakii diduga menjadi lebih virulen, namun menurun ketika bakteri memasuki kondisi unculturable.
Keyword: Cronobacter sakazakii, gen virulensi, gen regulator stres, stres asam, unculturable

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: