Judul: Pengoptimuman Alignment Struktur Protein Menggunakan Clique Maksimum
Abstrak: An alignment of protein structures describes the relationship of two types of proteins similarity function. The problems of the protein structure alignments can be identified through the problems of the Contact Map Overlap (CMO). The problems of CMO can be solved by finding a maximum clique in a graph, where vertices and edges represent the amino acids and contacts between any two amino acids respectively. In this paper, the problem of finding maximum cliques is using two main steps, the arranging vertices and edges based on the special properties of the graph and preprocessing vertices. Implementation of the model is done by using the structure of a hypothetical protein.
Keyword: Contact Map Overlap, alignments, protein, maximum cliques

Judul: Paralelisasi Algoritme Pairwise Alignment dan Neighbor Joining pada Progressive Multiple Sequence Alignment
Abstrak: Multiple sequence alignment (MSA) adalah permasalahan dasar dalam Bioinformatika yang bertujuan menjajarkan lebih dari dua sekuens biologi untuk menemukan kemiripan pada masing-masing sekuens. MSA digunakan dalam analisis phylogenetic, identifikasi motif pada keluarga protein dan pemodelan homologi tiga dimensi. Tantangan yang dihadapi dalam melakukan implementasi MSA adalah kompleksitas algoritme dan ukuran data sekuens yang besar. Progressive MSA ClustalW merupakan metode heuristic yang banyak digunakan untuk menyelesaikan masalah kompleksitas algoritme MSA. Beberapa penelitian membuktikan bahwa paralelisasi progressive MSA dapat meningkatkan kinerja dalam menghadapi ukuran data sekuens yang besar. Penelitian ini bertujuan melakukan paralelisasi algoritme pairwise alignment dan neighbor joining pada progressive MSA ClustalW menggunakan model pemrograman message passing, shared memory, dan gabungan keduanya. Perancangan program paralel dilakukan dengan empat tahap yaitu partitioning, communication, agglomeration dan mapping. Perancangan program paralel tersebut menghasilkan lima skenario implementasi untuk algoritme pairwise alignment dan satu skenario untuk algortime neighbor joining. Skenario tersebut antara lain pureMPI, pureOpenMP, ompInner, mpiOmpInner, dan mpiOmpOuter pada algoritme pairwise alignment serta skenario pureOpenMP pada algoritme neighbor joining. Skenario pureOpenMP menjadi skenario terbaik pada algoritme pairwise alignment dengan speedup hingga 12.20 kali menggunakan 20 prosesor. Skenario pureOpenMP pada algoritme neighbor joining menghasilkan speedup hingga 6.11 kali menggunakan 20 prosesor. Algoritme pairwise alignment dan neighbor joining memperoleh speedup terbaik menggunakan skenario pureOpenMP yang merupakan implementasi model pemrograman shared memory. Penggunaan skenario tersebut pada gabungan kedua algoritme diperoleh speedup hingga 12 kali menggunakan 20 prosesor. Paralelisasi kedua algoritme tersebut menggunakan skenario pureOpenMP berkontribusi untuk menjaga algoritme gabungan tetap kokoh pada data yang memiliki sekuens yang panjang dan jumlah sekuens yang banyak.
Keyword: message passing, multiple sequence alignment, neighbor joining, pairwise alignment, shared memory

Judul: Efek Asap Rokok pada Tikus (Rattus norvegicus) Bunting terhadap  Tampilan Fisiologis Induk dan Anaknya Setelah Dilahirkan.
Abstrak: Kebiasaan merokok di Indonesia dan beberapa negara berkembang lainnya terus meningkat. Perokok di Indonesia berjumlah 75% yang terdiri atas 60% berasal dari populasi pria dan 15% dari populasi wanita (WHO 2005). Sementara di negaranegara maju kebiasaan merokok justru semakin menurun, hal ini disebabkan karena mereka telah sadar akan bahaya rokok pada kesehatan. Hasil Survei Global Youth Tobacco memperlihatkan bahwa 88% perokok di Indonesia lebih menyukai rokok kretek dan 12% menyukai rokok putih. Kadar tar dan nikotin pada rokok kretek lebih tinggi, dibanding rokok putih. Rokok kretek berpotensi menghasilkan asap yang lebih banyak baik asap arus utama dan arus samping dibandingkan dengan rokok putih. Belakangan ini, bahaya asap rokok tidak hanya difokuskan pada perokok aktif tetapi juga pada perokok pasif. Perokok pasif mempunyai peluang yang sama bahkan lebih tinggi mendapatkan penyakit dibandingkan perokok aktif. Secara umum gangguan asap rokok terhadap kesehatan manusia dapat terjadi mulai pada fase janin, anak-anak sampai pada orang dewasa. Gangguan kesehatan itu antara lain gangguan pernafasan, fertilitas, impotensi, jantung dan kelainan pada janin. Wanita hamil yang sering terpapar asap rokok dapat menyebabkan gangguan kesehatan pada anaknya bahkan sebelum anak dilahirkan (fase janin). Beberapa kelainan atau gangguan asap rokok terhadap janin diantaranya adalah: a) terjadinya keguguran spontan, b) berat badan lahir rendah, c) komplikasi saat melahirkan, dan d) kelainan pada perkembangan saraf.
Keyword: