Judul: MAPK14 Protein Structure Selection with Benchmark Variations via Molecular Docking
Abstrak: Kanker adalah penyakit kompleks yang melibatkan berbagai proses biologis yang berubah termasuk pertumbuhan sel yang tidak terkendali, resistensi terhadap kematian sel (apoptosis). Salah satu cara untuk membunuh sel kanker adalah apoptosis, apoptosis adalah mekanisme penting untuk mencegah proliferasi sel kanker. Salah satu gen yang menarik perhatian para peneliti dalam kaitanya dengaan kanker adalah MAPK14. Protein MAPK14 (p38 Mitogen Activated Protein Kinase) merupakan enzim yang terlibat dalam berbagai fungsi seluler (proliferasi, apoptosisi, diferensiasi, metastasis) dan juga terlibat dalam berbagai penyakit manusia. Protein MAPK14 memiliki struktur 3D yang sangat kompleks dan banyak yaitu 245 struktur 3D pada situs UniPort. Beberapa penelitian sebelumnya telah dilakukan untuk memprediksi struktur protein dengan menggunakan metode penambatan molekuler. Metode penambatan molekuler (redocking) dapat membantu dalam memprediksi struktur protein yang akurat dan terbaik, namun perlu dilakukan evaluasi kinerja metode dengan menggunakan variasi benchmark (pembanding) untuk memperoleh struktur yang akurat dan terbaik. Penelitian ini menggunakan protein MAPK14 dengan variasi benchmark melalui penambatan molekuler untuk memperoleh struktur terbaik, sehingga diperoleh 16 struktur terbaik di setiap benchmark berdasarkan RMSD (Root Mean Square Deviation) ≤ 2.0 Å, 12 struktur terbaik berdasarkan nilai afinitas yang tinggi yaitu nilainya semakin negatif dibawah -9.00 kcal/mol, dan struktur yang paling terbaik sering muncul (memiliki 2 kriteria yaitu RMSD ≤ 2.0 Å dan afinitas tinggi) terdiri dari 8 struktur yaitu (ID: 5WJJ, 6M95, 3ZSG, 4F9W, 3GCQ, 3HV3, 3IW7) di setiap benchmark. Variasi benchmark dalam penambatan molekuler menunjukkan tidak terdapat perbedaan secara nyata, dimana kita bebas untuk memilih struktur apa saja yang digunakan sebagai benchmark (titik acu pembandingnya). Interaksi ligan protein pada struktur 3D MAPK14 yang lebih kuat adalah interaksi hidrofobik, karena residu asam amino nya paling banyak muncul dan saling berinteraksi dibandingkan dengan ikatan hidrogen, baik sebelum dan setelah dilakukannya redocking, serta residu asam amino pada proses redocking lebih banyak muncul dan berikatan dibandingkan sebelum dilakukan redocking, dikarenakan proses redocking dapat mempengaruhi interaksi antara ligan dan protein.
Keyword: Binding Affinity, Ligand-Protein Interaction, MAPK14, Molecular Docking

Judul: Potensi Kandidat Obat Sintetik terhadap Inhibisi Protein Antiapoptosis dengan Pendekatan Simulasi Molekuler
Abstrak: Proses perkembangan senyawa obat termasuk untuk terapi kanker berjalan tidak dalam waktu yang singkat. Simulasi molekuler dengan bantuan perangkat komputer mampu mempermudah penelitian yang rumit dan mempersingkat waktu untuk beberapa bidang tertentu. Tujuan penelitian ini untuk analisis interaksi senyawa-senyawa yang berpotensi sebagai obat terapi anti kanker dengan memanfaatkan penerapan kimia komputasi pada senyawa yang masih dalam tahap pengujian dengan pendekatan simulasi molekular dan berdasarkan perubahan energi bebas Gibbs, interaksi hidrogen, dan tetapan inhibisi. Sebanyak 14 kandidat senyawa inhibitor sel kanker yang diujikan ialah Idelalisib, IPI-145, NVP-BEZ235, BKM-120, BYL-719, GDC-0941, GDC-0980, PX-866, PF-04691502, BAY-80-6946, XL-765, XL-147, GSK2126458, dan ZSTK474. Masing-masing ligan didocking dengan 8 protein antiapoptosis, yaitu PI3K, AKT, mTOR, P38, Bcl-2, Bcl-xL, BAD, dan P70. Berdasarkan hasil pengujian senyawa kandidat terbaik ialah BAY-80-6946 yang mampu menginhibisi AKT, Bcl-2, Bcl-xL, dan BAD.
Keyword: Antiapoptosis, docking, simulasi molekuler, validasi docking

Judul: Ornithonyssus Bursa (Berlese, 1888) Famili Macronyssidae yang Menyerang Unggas Dan Penaggulangannnya
Abstrak: Ornithonyssus bursa adalah tungau penghisap darah pada unggas di daerah tropis dan subtropis. Tungau ini relatif kecil, dengan panjang tubuh antara 700-1000 mikron dan lebarnya 250-490 mikron. Tubuhnya bulat berwarna coklat kekuningan sebelum menghisap darh dan berwarna merah setelah menghisap darah dari induk semangnya.
Keyword: