Judul: Komunitas Aktinobakteri Endofit Tabat Barito (Ficus deltoidea) Berdasarkan Pendekatan Kultivasi dan Metagenomik
Abstrak: Aktinobakteri endofit pada tanaman obat berperan penting dalam menghasilkan berbagai macam senyawa bioaktif. Tabat barito (Ficus deltoidea) telah lama digunakan untuk mengobati beberapa penyakit. Namun, keragaman dan kemampuan aktinobakteri endofit tabat barito belum pernah dieksplorasi sebelumnya. Informasi tentang eksistensi komunitas aktinobakteri endofit pada tabat barito dapat dijadikan dasar untuk mengeksplorasi potensinya lebih lanjut. Struktur komunitas aktinobakteri endofit tabat barito dapat diketahui dengan menggunakan pendekatan kultivasi dan metagenomik. Berdasarkan karakteristik morfologi dan melalui analisis gen 16S rRNA, aktinobakteri endofit terkultivasi memiliki kesamaan dengan genus Streptomyces sebagai genus yang dominan. Teknik metagenomik menggunakan PCR-DGGE berdasarkan gen 16S rRNA menunjukkan keragaman aktinobakteri yang lebih tinggi dibandingkan teknik kultivasi. Berdasarkan teknik PCR-DGGE terdapat enam genus aktinobakteri berbeda yang tersebar pada jaringan tanaman tabat barito yaitu Streptomyces, Intrasporangium, Actinomadura, Verrucosispora, Kineospora, dan Rhodococcus. Berdasarkan kajian ini dapat diketahui bahwa aktinobakteri endofit tabat barito yang terkultivasi didominasi oleh Streptomyces berbeda dengan hasil pendekatan metagenomik. Pendekatan metagenomik berdasarkan nilai OTU menunjukkan bahwa Rhodococcus merupakan genus yang paling dominan pada jaringan tabat barito, sedangkan Streptomyces merupakan genus kedua tertinggi setelah Rhodococcus. Observasi dari kedua pendekatan kultivasi dan metagenomik memberikan pemahaman yang lebih baik tentang keragaman dan struktur komunitas aktinobakteri endofit tabat barito.
Keyword: Aktinobakteri, Endofit, Tabat Barito, Metagenomik, PCR-DGGE

Judul: Analisis Komunitas Aktinobakteri Endofit Pegagan (Centella Asiatica L. Urban) Berdasarkan Gen 16s Rrna Dan Potensinya Sebagai Antidiabetes
Abstrak: Aktinobakteri endofit tanaman obat memiliki potensi sebagai sumber beragam senyawa bioaktif termasuk antidiabetes. Pengetahuan tentang keragaman genetik aktinobakteri endofit Centella asiatica penting sebagai dasar untuk mengeksplorasi aktinobakteri endofit potensial dari tanaman tersebut. Analisis keragaman melalui pendekatan metagenomik (culture-independent) dengan teknik PCR-DGGE (Polymerase Chain Reaction - Denaturing Gradient Gel Electrophoresis), merupakan langkah yang efisien dalam mempelajari komunitas aktinobakteri endofit. Penelitian ini bertujuan mengkaji keragaman aktinobakteri tanah rizosfer dan endofit C. asiatica melalui pendekatan metagenomik dengan PCR-DGGE berdasarkan gen 16S rRNA dan gen inhibitor α-glukosidase. DNA genom total tanah rizosfer dan jaringan tanaman diekstraksi menggunakan Soil DNA Isolation Kit dan Genomic DNA Mini Kit (Plant). Gen 16S rRNA aktinobakteri diamplifikasi menggunakan teknik nested-PCR (27F, 16Sact1114R dan P338F-GC, P518R). Keragaman aktinobakteri berdasarkan gen 16S rRNA dianalisis dengan DGGE pada gel poliakrilamida. Produk PCR hasil pemotongan pita DNA pada gel poliakrilamida disekuensing dan dianalisis menggunakan software bioinformatika untuk konstruksi pohon filogenetik. Gen penyandi inhibitor α-glukosidase di amplifikasi menggunakan primer vldA-F dan vldA-R. Isolat Streptomyces sp. BWA 65 digunakan sebagai kontrol positif. Hasil separasi produk gen 16S rRNA pada gel DGGE diperoleh 16 pita dominan dari tanah rizosfer dan jaringan tanaman C. asiatica. Pola distribusi pita menunjukkan bahwa komunitas aktinobakteri pada jaringan tanaman lebih beragam dibandingkan dengan tanah rizosfer meskipun tidak berbeda secara signifikan berdasarkan analisis Shannon-Wiener (2.176-2.57). Analisis BLAST.N menunjukkan 7 pita berkerabat dengan famili Streptomycetaceae (83-100%), 5 pita adalah famili Micromonosporaceae (99-100%), 1 pita adalah famili Gordoniaceae (99%), dan 3 pita lainnya masih dinyatakan sebagai unculturable (87-99%). Dari famili tersebut diperoleh 6 genus, yaitu genus Streptomyces, Micromonospora, Verrucosispora, Actinoplanes, Couchioplanes, dan Gordonia. Persentase kemiripan terhadap strain pembanding dalam database menunjukkan bahwa sebanyak 6, 5, 1, dan 4 spesies masing-masing sebesar 100, 99, 98, dan < 97%. Kemiripan < 97%, menarik untuk diungkap sebagai spesies aktinobakteri endofit baru dari C. asiatica. Amplifikasi PCR gen inhibitor α-glukosidase menunjukkan hasil positif pada sampel tanah rizosfer, akar dan daun C. asiatica. Hasil penelitian menunjukkan bahwa beragam aktinobakteri endofit dapat ditemukan berasosiasi dengan C. asiatica dan dapat dipelajari lebih lanjut terkait fungsinya dalam bidang kesehatan.
Keyword: 16S rRNA, aktinobakteri endofit, Centella asiatica, inhibitor α-glukosidase, metagenomik, PCR-DGGE.

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: