Judul: Analisis keragaman genetik labi-labi, dogania Subpkma (Testudines: trionychidae), melalui teknik PCR-RFLP
Abstrak: Saat ini telah terjadi penurunan populasi labi-labi yang sebagian besar diakibatkan adanya perburuan liar dan kerusakan lingkungan. Melihat hal itu diperlukan suatu langkah untuk mengumpulkan berbagai informasi biologi labi-labi. Salah satu caranya adalah dengan melakukan anal isis molekular sebelum berbagai informasi lainnya diungkapkan. Penanda molekular genetik yang sering digunakan dalam analisis molekular adalah daerah pengendali (d-loop) genom mitokondria menggunakan teknik PCR-RFLP. Bagian yang paling stabil dari daerah pengendali mtDNA diamplifikasi secara in vitro dengan pasangan primer 577 dan 578. Produk PCR dipotong dengan lima macam enzim restriksi, yaitu Alu I, Hsp92 II, Hha I, Hpa II dan Rsa I yang menghasilkan tujuh haplotipe. Keragaman nukleotida antara haplotipe yang ditemukan di Jawa dan Sumatera (interlokasi) adalah 12.11 %. Angka itu jauh lebih besar dibanding keragaman nukleotida antar haplotipe di dalam Sumatera maupun Jawa (intralokasi) yang berturut-turut adalah 6.5% dan 3%.
Keyword: 

Judul: Genetic Differentiation and Labi-Labi  Distribution Amyda cartilaginea in Populations in Northern Kalimantan
Abstrak: Labi-labi is a freshwater turtle with a soft shell and is widespread in some Asian countries. Indonesia has a species of labi-labi that is spread naturally, one of which is Amyda cartilaginea. The research was conducted using mitochondrial d loop DNA as a genetic marker. The study aims to study the genetic variation and the phylogeographic relationship of A. cartilaginea in the Kalimantan population. Peripheral samples of carapace and liver labi-labi A. cartilaginea are collected in the laboratory as a source of DNA molecules. DNA amplification is performed using the primary pairs AF574 (forward) and AF575 (reverse). The sequencing results had a length of 377 bp and all samples were confirmed as species A. cartilaginea. The genetic variation of A. cartilaginea populations in Northern Kalimantan contains 27 polymorphic sites that form six haplotipes with a haplotype diversity of 0.8444 and a nucleotide variety of 0.02107. The resulting genetic distance ranges from 0.000–0.061 with the phylogeographic tree A. cartilaginea Northern Kalimantan forming a single cluster compared to the distance., Labi-labi merupakan kura-kura air tawar dengan cangkang yang lunak dan tersebar luas di beberapa negara Asia. Indonesia memiliki spesies labi labi yang tersebar secara alami, salah satunya Amyda cartilaginea. Penelitian dilakukan dengan memanfaatkan ruas d-loop DNA mitokondria sebagai penanda genetik. Penelitian ini bertujuan mempelajari variasi genetik serta hubungan filogeografi A. cartilaginea pada populasi Kalimantan. Sampel perifer karapas dan hati labi-labi A. cartilaginea koleksi laboratorium sebagai sumber molekul DNA. Amplifikasi DNA dilakukan menggunakan pasangan primer AF574 (forward) dan AF575 (reverse). Hasil sekuensing memiliki panjang 377 bp dan semua sampel terkonfirmasi sebagai spesies A. cartilaginea. Variasi genetik A. cartilaginea populasi Kalimantan Utara terdapat 27 situs polimorfik yang membentuk enam haplotipe dengan keragaman haplotipe sebesar 0,8444 dan keragaman nukleotida sebesar 0,02107. Jarak genetik yang dihasilkan berkisar 0,000–0,061 dengan pohon filogeografi A. cartilaginea Kalimantan Utara membentuk satu klaster yang dibandingkan dengan jarak.
Keyword: filogeografi, molekuler, mtDNA, PCR, phylogeography, molecular

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: