Judul: Identifikasi Melastoma Sp. Di Sekitar Kampus Ipb Menggunakan Dna Barkode Gen Maturase K (Matk).
Abstrak: Melastoma sp. merupakan tumbuhan liar yang banyak tumbuh di Indonesia dan dapat tumbuh sampai ketinggian 1650 mdpl. Tujuan penelitian ini adalah identifikasi spesies Melastoma sp. di Kampus IPB menggunakan DNA barkode gen matK. Primer yang digunakan untuk PCR dan sekuensing adalah primer matK-3F dan matK-3R menghasilkan fragmen nukleotida sekitar 750 pb. Selain identifikasi secara molekular, juga diamati morfologi daun dan bunganya. DNA genom berasal dari daun Melastoma sp. digunakan sebagai DNA cetakan dalam PCR. Fragmen gen matK hasil PCR digunakan untuk sekuensing. Hasil urutan nukleotida kemudian dianalisis menggunakan BLAST pada situs NCBI. Hasil identifikasi Melastoma sp. menunjukkan bahwa morfologi bunga sampel asal Cikabayan, Pool Bus IPB, Rektorat, dan Jasinga Hijau adalah Melastoma malabathricum L. Hasil BLAST pada situs NCBI juga menunjukkan kemiripannya dengan Melastoma malabathricum subsp. normale KP093758.1, meskipun nilai max score sampel tersebut menunjukkan kemiripan terhadap Melastoma saigonense. Sampel asal Fapet adalah Melastoma saigonense.
Keyword: DNA barkode, gen matK, sekuensing

Judul: Diferensiasi Genetik Meliaceae pada Region Second Internal Transcribed Spacer (ITS2) dan Maturase-K (mat-K)
Abstrak: Anggota famili Meliaceae seperti mahoni daun besar (Swietenia macrophylla), mahoni daun kecil (Swietenia mahagoni), mindi (Melia azedarach), mimba (Azadirachta indica), dan khaya (Khaya anthotheca) termasuk ke dalam jenis penting baik secara ekonomi maupun ekologi. Pada umumnya anggota Meliaceae dimanfaatkan untuk penghasil kayu, buah, atau kandungan bahan kimianya, sehingga permintaan terhadap jenis ini sangat tinggi yang menyebabkan penurunan populasi alami. Untuk itu diperlukan upaya pelestarian jenis yang sebaiknya berbasis scientific, yang salah satunya adalah melalui pemanfaatan penanda genetik (DNA). Penanda DNA dapat digunakan untuk melihat adanya variasi antar (diferensiasi) dan di dalam jenis dengan akurat melalui deteksi perubahan urutan basa nukleotida. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui variasi genetik dan jarak kekerabatan dari lima jenis Meliaceae, sehingga pembagian taksonominya menjadi lebih jelas. DNA sekuen untuk kedua wilayah diekstraksi dengan metode CTAB, diikuti dengan proses PCR dan sekuen (http://base-asia.com). Pengamatan ada tidaknya pola pita polimorfik dilakukan dengan enzim restriksi secara in silico. Analisis data dilakukan dengan bantuan perangkat lunak BioEdit, ClustalW2 EMBL-EBI, TreeViewX, PopGene, NTSYs dan pDRAW32. Hasil perhitungan jarak genetik pada sekuens DNA pada wilayah ITS2 menunjukkan bahwa jenis yang memiliki jarak genetik yang paling jauh adalah antara S. mahagoni dengan S. macrophylla dan jenis dengan jarak genetik terdekat adalah antara A. indica dengan M. azedarach. Hasil ini sesuai dengan analisis yang dilakukan pada wilayah gen mat-K.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: