Judul: Variasi nukleotida pada ekson dan intron 7 Gen Pengkode Subunit E1β Branched-chain α-keto Acid Dehydrogenase (BCKDHB) pada Sapi Madura
Abstrak: Sapi Madura merupakan salah satu bangsa sapi asli Indonesia hasil persilangan dari Bos indicus dan Bos javanicus. Sapi Madura dapat dikelompokkan menjadi 3 peruntukan, yaitu sapi karapan (balapan), sapi sonok (pajangan), dan sapi sayur (pedaging). Kompleks Branched-Chain α-Keto Acid Dehydrogenase (BCKDH) merupakan kompleks multi enzim yang memiliki peran penting dalam regulasi katabolisme asam amino bercabang (branched-chain amino acids, BCAA) yang mengkatalisis proses degenerasi asam α-keto bercabang (branched-chain α-ketoacids, BCKA). Mutasi yang terjadi pada daerah pengkode gen BCKDHB menyebabkan defisiensi pada fungsi enzim sehingga mengakibatkan akumulasi asam α-keto di dalam tubuh. Data mutasi pada daerah ekson dan intron dapat berpotensi sebagai dasar pemuliaan ternak berdasarkan analisis fungsional gen BCKDHB. Penelitian ini bertujuan menganalisis variasi nukleotida pada ruas ekson 7 dan intron 7 gen pengkode Branched-Chain α-Keto Acid Dehydrogenase Complex E1β (BCKDHB) pada sapi Madura. Sampel yang digunakan sebanyak 4 sampel darah utuh Sapi Karapan. Metode yang digunakan dalam penelitian ini yaitu Polymerase Chain Reaction (PCR), sekuensing, dan analisis runutan nukleotida dengan aplikasi MEGA 7.0. Variasi pada daerah ekson 7 gen BCKDHB hanya ditemukan satu varian berupa subtitusi dan tidak berpengaruh terhadap translasi asam amino. Variasi pada daerah intron 7 merupakan subtitusi dapat berupa transversi maupun transisi. Selain itu, ditemukan juga kejadian indel pada daerah intron 7 pada posisi basa ke-341.
Keyword: Daerah pengkode., daerah non-pengkode, mutasi, Sapi Karapan, variasi asam amino

Judul: Keragaman Nukleotida Ruas Ekson 1 Gen Branched Chain Ketoacid Dehydrogenase E1-α Polypeptide (BCKDHA) pada Sapi Madura
Abstrak: Sapi madura merupakan salah satu bangsa sapi lokal yang memiliki keunggulan berupa kekuatan fisik dan kemampuan adaptasi yang baik terhadap iklim kering. Kompleks Branched Chain α-Keto Dehydrogenase (BCKD) merupakan enzim terikat membran bagian dalam mitokondria yang berfungsi untuk mengkatalisis katabolisme asam amino bercabang menjadi α-keto. Kompleks enzim BCKD memiliki subunit E1-α yang disandikan oleh gen Branched Chain Ketoacid Dehydrogenase E1-α Polypeptide (BCKDHA). Penelitian ini dilakukan untuk menganalisis keragaman nukleotida ruas ujung 3 promotor dan ekson 1 gen BCKDHA pada sapi madura. Analisis keragaman dilakukan pada 6 sampel sapi madura, 1 sampel sapi peranakan ongole (po), dan 1 sampel sapi bali. Substitusi nukleotida G95A ditemukan pada sapi madura dan menyebabkan perubahan asam amino arginin menjadi glutamin. Keragaman nukleotida T125C pada semua sampel sapi menyebabkan perubahan asam amino fenilalanin menjadi serin. Substitusi nukleotida C42G dan G78T tidak mengubah asam amino yang dihasilkan. Mutasi delesi enam nukleotida, ATGGCG, pada ruas ekson 1 gen BCKDHA ditemukan pada empat sampel sapi madura yang merupakan sapi pedaging. Mutasi delesi tersebut memendekkan dua asam amino di ujung N dari peptida sinyal.
Keyword: BCKDHA, sapi madura, variasi gen

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: