Judul: Application of DNA Barcoding for Identification of Several Hoya Species from Indonesia
Abstrak: Hoya menghadapi kendala tumpang tindih karakterisasi yang berpotensi menyebabkan kegagalan identifikasi dan klasifikasinya. Penurunan keragaman hayati di dunia, termasuk Indonesia, membutuhkan teknik identifikasi yang tepat dan membutuhkan waktu lebih singkat. Saat ini penanda barcode ITS, matK, rbcL, dan trnH-psbA telah banyak digunakan untuk barcoding tanaman. Pada prosesnya, dibutuhkan tahap optimasi untuk menentukan suhu amplifikasi optimal setiap primer. Penelitian ini bertujuan mengoptimasi suhu amplifikasi dan membandingkan performa barcode ITS, matK, rbcL, dan trnH-psbA, serta mendeliniasi identitas beberapa Hoya menggunakan DNA barcoding. Hasil optimasi menunjukkan suhu annealing optimal sebesar; 56 ॰C (ITS), 50 ॰C (matK), dan 60 ॰C (rbcL dan trnH-psbA). Sequencing dilakukan menggunakan metode Oxford Nanopore Sequencing. Amplifikasi menunjukkan tingkat keberhasilan sebesar; 83,3% (ITS), 66,67% (matK), 91,67% (rbcL), dan 95,83% (trnH-psbA). Semua sampel berhasil diidentifikasi pada tingkat genus tetapi tidak berhasil pada tingkat spesies. Hasil analisis filogeni menunjukkan ITS memiliki kemampuan diskriminasi yang baik pada tingkat spesies. Perlu dilakukan pengisian data dalam Genebank. Morfologi tanaman sampel perlu dibandingkan dengan tanaman hasil identifikasi untuk validasi.
Keyword: amplifikasi, barcode, filogenetik, nanopore sequencing, amplification, phylogenetic

Judul: Asosiasi Hoya dengan Pohon Hutan dan Identifikasinya melalui Metode DNA Barcode di Taman Nasional Bukit Duabelas, Jambi.
Abstrak: Hoya spp. berpotensi untuk dikembangkan sebagai tanaman hias bernilai ekonomi tinggi, karena memiliki bunga yang unik dan indah. Hoya spp. merupakan epifit merambat yang kelangsungan hidupnya banyak tergantung pada keberadaan pohon tumpangannya atau disebut dengan pohon forofit. Asosiasi Hoya spp. dengan pohon hutan belum banyak diketahui, identifikasinya dengan menggunakan karakter morfologi pun masih problematis karena plastisitas yang dimiliki oleh daun Hoya spp. tersebut. Untuk melengkapi dan mengonfirmasi hasil identifikasi secara morfologi, penggunaan DNA barcode dapat dilakukan. Penelitian ini dilakukan di Taman Nasional Bukit Duabelas, Jambi dengan tujuan untuk mengidentifikasi tingkat asosiasi pohon dengan epifit Hoya spp., serta mengarakterisasi dan menguji daya aplikasi kandidat DNA barcode yaitu: psbA-trnH, ITS1, matK, dan rbcL dalam mengidentifikasi Hoya spp.. Jumlah Hoya spp. yang dijumpai di lokasi penelitian sebanyak 4 jenis yaitu: Hoya rintzii, Hoya revoluta, Hoya coronaria, dan Hoya cf. caudata. Keempat jenis Hoya spp. tersebut ditemukan tumbuh pada 11 jenis pohon forofit yang berbeda. Analisis pola sebaran spasial terhadap 4 jenis Hoya spp. yang ditemui di lokasi penelitian menunjukkan pola distribusi mengelompok. Pola yang berkelompok menunjukkan bahwa suatu area memiliki kondisi fisik yang heterogen, sehingga jenis tersebut akan tumbuh mengelompok pada lokasi yang sesuai dengan kebutuhan hidupnya. Berdasarkan hasil perhitungan tabel kontingensi diketahui bahwa semua jenis Hoya spp. tidak memiliki asosiasi dengan pohon forofitnya. Penutupan tajuk dan diameter pohon merupakan dua variabel habitat yang mempengaruhi keberadaan Hoya revoluta di lokasi penelitian. Keberadaan Hoya caudata di lokasi penelitian dipengaruhi oleh variabel suhu, keberadaan Hoya coronaria berhubungan dengan variabel kelembaban, namun hubungan keduanya tergolong lemah, sementara variabel yang mempengaruhi keberadaan Hoya rintzii adalah variabel tinggi pohon dan elevasi. Secara umum kandidat barcode yang digunakan memiliki kelemahan dan kelebihan. Lokus rbcL dan matK pada Hoya spp. lebih mudah diamplifikasi dibandingkan dengan dua lokus lainnya. Lokus ITS1 memiliki potensi untuk dikaji lebih lanjut sebagai DNA barcode untuk Hoya spp. karena memenuhi kriteria yang dinilai.
Keyword: asosiasi, Hoya spp., forofit, DNA barcode, matK, rbcL, ITS1, psbA-trnH

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: