Judul: Chemical Compounds of Adenostemma lavenia and Muntingia calabura as Anti-inflammatory Agents: In Vitro and in Silico Asssay
Abstrak: Inflamasi biasanya dipicu oleh mediator-mediator proinflamasi seperti tumor necrosis factor (TNF)-α, interleukin (IL)-1β, dan IL-6 serta prostaglandin yang dikatalisis oleh enzim siklooksigenase-2 (COX-2). Inflamasi yang terjadi secara terus menerus dapat menimbulkan masalah baru yang lebih berbahaya seperti penyakit jantung, penyakit paru-paru, arthritis, dan dapat memicu terjadinya proliferasi sel kanker. Diperlukan upaya pengobatan salah satunya dengan menurunkan produksi prostaglandin dengan cara menghambat aktivitas COX-2 serta menurunkan produksi TNF-α, IL-1β, dan IL-6. Tujuan penelitian ini adalah menentukan daya inhibisi ekstrak A. lavenia dan M. calabura terhadap COX-2 secara in vitro dan in silico terhadap beberapa protein proinflamasi TNF-α, IL-1β, dan IL-6. Penambatan molekul dilakukan untuk mengetahui energi ikat protein-ligan dan melihat interaksi yang terjadi antara senyawa aktif dari A. lavenia dan M. calabura terhadap reseptor COX-2, TNF-α, IL-1β, dan IL-6. Kestabilan pengikatan protein dengan ligan yang dihasilkan dari proses docking dapat ditentukan menggunakan simulasi dinamika molekul (MD). Pengujian daya inhibisi sediaan ekstrak etanol A. lavenia dan M. calabura ditentukan menggunakan COX-2 Inhibitor Screening Assay KIT. Berdasarkan hasil penambatan molekul dengan COX-2 dihasilkan senyawa 1a,9b-Dihydro-1h-Cyclopropa[A]Anthracene dari A. lavenia dengan energi ikat terendah sebesar -8.7 kkal/mol, sementara senyawa aktif dari M. calabura yang menghasilkan energi ikat terendah yaitu senyawa 7-hydroxyflavone (-9.1 kkal/mol). Hasil docking molekular terhadap reseptor TNF-α, IL-1β, dan IL-6 menghasilkan tiga senyawa A. lavenia dan empat senyawa M. calabura dengan energi ikat paling rendah terhadap ketiga protein tersebut. 3,6-Dimethylphenanthrene, 1a,9b-Dihydro-1h-Cyclopropa[A]Anthracene, dan ent-11α-hydroxy-15-oxo-kaur-16-en-19-oic acid merupakan senyawa aktif dari A. lavenia sementara Lupenone, Stigmasterol, β-amyrenone, dan 2a,3b-dihydroxy-olean-12-en-28-oic acid merupakan senyawa aktif terpilih dari M. calabura. Senyawa 7-hydroxyflavone dan ent-11α-hydroxy-15-oxo-kaur-16-en-19-oic acid memiliki sifat farmakokinetik dan farmakodinamik yang baik sebagai obat karena tidak melanggar aturan lipinski dan tidak memiliki toksisitas yang berbahaya bagi tubuh. Studi dinamika molekul menunjukkan bahwa protein COX-2, IL-1β, TNF-α dan IL-6 tetap stabil saat membentuk interaksi dengan senyawa aktif terpilih. Hasil uji daya inhibisi COX-2 menunjukkan bahwa sediaan ekstrak EtOH 96% A. lavenia pada konsentrasi 25 dan 100 ppm memiliki aktivitas penghambatan sebesar 98%. Sediaan ekstrak EtOH 70% dan 96% M. calabura pada konsentrasi 1000 ppm dapat menghambat aktivitas COX-2 hingga 100%., Inflammation is usually triggered by proinflammatory mediators such as tumor necrosis factor (TNF)-α, interleukin (IL)-1β, and IL-6, as well as prostaglandins catalyzed by the enzyme cyclooxygenase-2 (COX-2). Inflammation that occurs continuously can cause new, more dangerous problems such as heart disease, lung disease, arthritis and can trigger the proliferation of cancer cells. Treatment efforts are needed by reducing the production of prostaglandins by inhibiting COX-2 activity and reducing the production of TNF-α, IL-1β, and IL-6. This study aimed to determine the inhibitory power of A. lavenia and M. calabura extracts against COX-2 in vitro and in silico against several proinflammatory proteins TNF-α, IL-1β, and IL-6. Molecular docking was carried out to determine the binding energy of the protein-ligand and to observe the interactions between the active compounds from A. lavenia and M. calabura on the COX-2, TNF-α, IL-1β and IL-6 receptors. The stability of protein binding with ligands resulting from the docking process can be determined using molecular dynamics simulations. The assay of the inhibitory activity of the ethanolic extracts of A.
Keyword: daya inhibisi, dinamika molekul, docking molekuler, sitokin proinflamasi

Judul: Molecular Docking of Katuk Leaf (Sauropus androgynus) Flavonoid Active Compound as Antiinflammatory Against COX-2 Enzyme
Abstrak: Cyclooxygenase-2 (COX-2) merupakan enzim pro-inflamasi yang memproduksi prostaglandin. Senyawa flavonoid memiliki peran antiinflamasi berdasarkan uji in vitro dan in vivo. Penelitian ini bertujuan menganalisis interaksi hasil penambatan molekul senyawa aktif flavonoid katuk terhadap enzim COX-2. Penelitian dilakukan dengan metode in silico menggunakan program YASARA structure. Senyawa flavonoid yang digunakan sebagai ligan uji yaitu, apigenin, caffeic acid, chlorogenic acid, ferulic acid, kaempferol, luteolin, myricetin, quercetin dan senyawa hasil isolasi yaitu, sauropunol A, B, C dan D. Ligan alami polmacoxib digunakan sebagai ligan kontrol. Semua ligan uji lolos dalam uji farmakologi, namun beberapa ligan tidak layak dalam uji toksisitas. Seluruh ligan uji kecuali sauropunol C dan D, berinteraksi pada sisi aktif COX-2 (PDB ID:5GMN), yaitu Val509, His94, Ser530, Asn62, Thr198, Thr199, Trp5 dan Gln92. Kaempferol berpotensi dalam menghambat COX-2 dengan ΔG -5,1400 kkal/mol, Kd 0,1691 µM, satu ikatan hidrogen, enam interaksi hidrofobik. Sedangkan ligan kontrol polmacoxib memiliki nilai ΔG lebih rendah, yaitu -2,3050 kkal/mol dengan Kd 20,3492 µM, tiga ikatan hidrogen, delapan ikatan hidrofobik., Cyclooxygenase-2 (COX-2) is a pro-inflammatory enzyme that produces prostaglandins. Flavonoid compounds have anti-inflammatory roles based on in vitro and in vivo tests. This study aimed to analyze the interaction of active flavonoid compounds from katuk with COX-2 enzymes through molecular docking. The study was conducted using in silico methods by YASARA structure program. Flavonoid compounds used as test ligands are apigenin, caffeic acid, chlorogenic acid, ferulic acid, kaempferol, luteolin, myricetin, quercetin and isolated compounds sauropunol A, B, C and D. The natural ligand polmacoxib was used as a control ligand. All ligands passed pharmacological tests, but some ligands were not suitable for toxicity tests. All ligands except sauropunol C and D interacted with active site of COX-2 (Val509, His94, Ser530, Asn62, Thr198, Thr199, Trp5, Gln92). Kaempferol has the potential to inhibit COX-2 with ΔG -5.1400 kcal/mol, Kd 0.1691 µM, one hydrogen bond and six hydrophobic interactions. Meanwhile, the polmacoxib control ligand has a lower ΔG value of -2.3050 kcal/mol with Kd 20.3492 µM, three hydrogen bonds and eight hydrophobic bonds.
Keyword: antiinflammatory, flavonoids, molecular docking, cyclooxygenase-2 (COX-2)

Judul: Implementation of Spatio-Temporal Change Query in Relational Database.
Abstrak: Geographic object changes in various views. Object changes are recorded using a model of static storage. No historical connection between old version data and new version data has been built. For that, a storage model of spatio-temporal queries that can analyze spatio-temporal changes has been developed. The object changes the geometry are grouped according to the taxonomy of Spatio-Temporal Pattern Change. This research has been able to apply the query patterns change including born, expand, merge, contract, split, normal and die. This query based on geometric (area) changes. The implementation of spatio-temporal change queries represents an object changes continuously with easy, change detection is done by comparing two versions of data. Keyword: spatio-temporal change query, spatio-temporal change pattern.
Keyword: