Judul: Aktivitas dan purifikasi senyawa antimikroba dari tubuh buah Ganoderma isolat GKR7
Abstrak: Potensi jamur Ganoderma spp sebagai sumber senyawa antimikrob baru perlu mendapat perhatian untuk mengatasi berbagai persoalan yang ditimbulkan mikroorganisme patogen. Penelitian ini bertujuan untuk memurnikan senyawa antimikrob dari tubuh buah Ganoderma sp. isolat GKR7 dengan metode kromatografi lapis tipis preparatif (KLTP) dan menguji kembali aktivitas senyawa semi murni aktif hasil purifikasi tersebut terhadap mikrob uji. Tubuh buah Ganoderma sp. isolat GKR7 diekstraksi dua kali dengan metanol dan diuji aktivitasnya terhadap mikrob uji. Melalui bioautografi diketahui terdapat dua spot aktif dalam ekstrak kasar tubuh buah GKR7 yaitu pada R, 0,73 (fraksi F1) dan R. 0.40 (Fraksi F2). Kedua spot aktif tersebut dipisahkan dengan KLTP dan diuji kembali aktivitasnya. Untuk mengetahui kemungkinan senyawa yang terkandung dalam kedua fraksi, maka dilakukan revelasi kimia dan analisis sifat fisikokimia terhadap kedua fraksi. Ekstrak kasar tubuh buah GKR7, fraksi F1 dan fraksi F2 mampu menghambat pertumbuhan Bacillus subulis, empat galur Escherichia coli enteropatogen (Rb1.2, E12A, 006.5 dan D11.2), Xanthomonas campestris pv. glycines, Pseudomonas syringae pv. glycinea, dan Fusarium oxysporum. Fraksi F1 dan F2 memberi hasil positif ketika direvelasi dengan pereaksi iod, ninhidrin, a-naftol asam sulfat, dan pereaksi Nelson. Fraksi F1 juga memberi hasil positif ketika direvelasi dengan pereaksi kimia sedangkan fraksi F2 vanilin asam sulfat, anisaldehida asam sulfat, anisaldehida asam sulfat modifikasi, dan fenol asam sulfat, menunjukkan hasil negatif. Kedua fraksi diduga mengandung gugus gula Ekstrak kasar tubuh buah GKR7 menunjukkan satu spot bersifat fluoresen dengan UV 336 nm pada Re 0,73. Fraksi F1 bersifat fluoresen pada Rr yang sama, sedangkan fraksi F2 tidak bersifat fluoresen. Ekstrak kasar tubuh buah GKR7 dan fraksi F1 memiliki tiga absorbans maksimum. Absorbans maksimum ekstrak kasar pada panjang gelombang 219, 241, dan 258 nm, sedangkan fraksi F1 pada panjang gelombang 224, 248, dan 259 nm. Fraksi F2 hanya memiliki satu absorbans maksimum, yaitu pada panjang gelombang 217 nm.
Keyword: Ganoderma spp, mikroorganisme patogen, revelasi kimia

Judul: Compounds of Ganoderma GKR7 Fruiting Body and Compound Interactions against Escherichia coli through In Silico
Abstrak: Ganoderma telah lama dikenal dan digunakan sebagai obat tradisional di negara-negara Asia selama lebih dari 2000 tahun. Senyawa bioaktif pada Ganoderma terutama dari spesies Ganoderma lucidum telah banyak diteliti dan memiliki berbagai manfaat medis. Salah satu isolat koleksi asal Indonesia yaitu Ganoderma GKR7 juga telah diuji memiliki aktivitas antimikrob terhadap empat strain enteropatogenik Escherichia coli (EPEC) resisten antibiotik namun Ganoderma isolat GKR7 dan senyawa antimikrob tubuh buah Ganoderma GKR7 belum diidentifikasi. Selain itu, interaksi biomolekul antara senyawa antimikrob Ganoderma GKR7 dan protein reseptor E. coli belum pernah diteliti. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi Ganoderma isolat GKR7, senyawa antimikrob tubuh buah Ganoderma GKR7, dan interaksi biomolekul senyawa antimikrob Ganoderma GKR7 terhadap protein E. coli secara in silico. Identifikasi Ganoderma isolat GKR7 dilakukan berdasarkan pengamatan karakteristik sifat kultur, morfologi tubuh buah, dan analisis molekuler dengan ITS5/ITS4. Tubuh buah diproduksi dengan perlakuan substrat serbuk gergajian kayu (S), jerami (J), serbuk sabut kelapa (K), campuran serbuk gergajian kayu dan jerami (SJ), campuran serbuk gergajian kayu dan serbuk sabut kelapa (SK), dan campuran serbuk gergajian kayu, jerami, dan serbuk sabut kelapa (SJK). Tubuh buah dari semua perlakuan substrat tersebut selanjutnya diekstraksi dengan metode maserasi. Ekstrak kasar tubuh buah Ganoderma GKR7 diuji untuk screening senyawa antimikrob. Ekstrak terpilih selanjutnya dilakukan deteksi senyawa aktif dengan TLC-bioautografi lalu dilanjutkan dengan purifikasi parsial untuk mendapatkan fraksi aktif antimikrob. Fraksi aktif kemudian diuji terhadap enteropatogenik E. coli (EPEC) lalu dilakukan analisis senyawa dengan menggunakan LC-MS/MS. Hasil identifikasi senyawa selanjutnya dilakukan docking molekuler secara in silico untuk mengetahui senyawa antimikrob yang berinteraksi dengan protein target E. coli. Ganoderma isolat GKR7 teridentifikasi sebagai Ganoderma sichuanense. Purifikasi parsial dari ekstrak tubuh buah Ganoderma GKR7 yang diproduksi pada substrat serbuk gergajian kayu (S) menghasilkan tiga fraksi dari dua zona hambat dengan Rf 0,51, Rf antara, dan Rf 0,63. Uji aktivitas secara in vitro menunjukkan ketiga fraksi memiliki aktivitas antimikrob terhadap enteropatogenik E. coli (EPEC). Analisis senyawa melalui LC-MS/MS menghasilkan 57 senyawa yang teridentifikasi secara putatif dari ketiga fraksi. Uji secara in silico menghasilkan 25 senyawa terpilih yang berperan baik dalam penghambatan delapan protein target E. coli (GlmS, GlmU, MurA, MurB, MurD, MurG, DdlB, dan PBP3) yang terlibat pada biosintesis peptidoglikan. Senyawa 1-pentofuranosyl-2,4(1H,3H)-pyrimidine dione (CID_312160) dari fraksi zona Rf 0,51, isopropyl 1,1-dimethyl-3-{3-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-benzoyl}-1,2,3,6-tetrahydroazepino[4,5-b]indole-5-carboxylate (CID_45104531) dari fraksi Rf antara, dan 4-(1-benzofuran-3-ylmethoxy)-N-[1-[2-(3,4-dihydroxy-5-methylpiperidin-1-yl)propyl]piperidin-4-yl]-1H-indole-2-carboxamide (CID_66842043) dari fraksi zona Rf 0,63 memiliki energi afinitas yang tinggi (dengan nilai rata-rata -7,55 kkal/mol, -8,40 kkal/mol, dan -8,72 kkal/mol secara berurutan) terhadap protein target E. coli yang diujikan. Selain itu, protein GlmS, MurB, MurD, dan PBP3 memiliki interaksi terbaik dengan 25 senyawa terpilih sehingga menjadi multitarget penghambatan oleh senyawa antimikrob Ganoderma GKR7. Kajian lanjutan pada penelitian ini ialah melakukan purifikasi lebih lanjut ketiga fraksi untuk mendapatkan senyawa murni CID_312160, CID_45104531, dan CID_66842043 dan mengevaluasi kembali aktivitas senyawa tersebut., Ganoderma has been widely used as a traditional medicinal mushroom in Asian countries for over 2000 years. The bioactive compounds of Ganoderma, foremost from Ganoderma lucidum, have been studied for various medicinal purposes. Ganoderma GKR7 is a culture collection from Indonesia that has been tested for antimicrobial activity against four enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) strains which resistant to antibiotic.
Keyword: antimicrobe, Ganoderma, in silico, LC-MS/MS, TLC-bioautography

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: