Judul: Identifikasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP) pada Gen Terkait Pertambahan Tinggi Batang Kelapa Sawit.
Abstrak: Karakter pertambahan tinggi lambat merupakan salah satu tujuan program pemuliaan kelapa sawit untuk meningkatkan umur ekonomis tanaman sehingga dapat mengurangi siklus replanting dan memudahkan dalam proses pemanenan. Karakter ini sangat erat kaitannya dengan gen kekerdilan (dwarf gene). Gen kekerdilan banyak ditemukan berasosiasi dengan regulator pertumbuhan dan perkembangan seperti Giberelin (GA), Brasinosteroid (BR) dan Poliamin. Sebanyak 12 aksesi kelapa sawit yang merepresentasikan karakter pertambahan tinggi yang berbeda yaitu lima genotipe E. guineensis sebagai pertambahan tinggi normal, tiga genotipe E. oleifera sebagai pertambahan tinggi lambat dan lima genotipe hibrida (E.o x E.g) sebagai karakter intermediet, digunakan untuk percobaan identifikasi dan karakterisasi gen-gen terkait biosintesis hormon regulator tanaman. Selanjutnya sebanyak 69 individu terbagi dalam 7 populasi yang berbeda digunakan untuk mengembangkan marka berbasis Single Nucleotide Polymorphism (SNP) untuk mengkaji keragaman genetik dan mengestimasi asosiasi marka Single Nucleotide Amplified Polymorphism (SNAP) dengan karakter pertambahan tinggi. Analisis data menggunakan perangkat lunak Geneious, MEGA6, DnaSP, Cervus, DARwin, dan STAR. Gen Le, Rht-1, GID1 BRI1, DET2, SMT1 dan ACL5 mempunyai ukuran yang bervariasi mulai dari 792 pb sampai dengan 3362 pasang basa (pb). Jumlah situs SNP yang diperoleh pada tiap gen Le, Rht-1, GID1, BRI1, DET2, SMT1 dan ACL2 adalah 11, 16, 12, 26, 8, 3 dan 5 situs SNP berturut-turut. Analisis pohon filogenetik berdasarkan sekuens asam amino tujuh gen target tersebut menunjukkan bahwa 12 aksesi mengelompok dalam satu kelompok yang terbagi dalam sub-sub kelompok sesuai dengan masing-masing aksesi yang merepresentasikan karakter pertambahan tinggi. Pengelompokkan sesuai dengan hasil pensejajaran asam amino yang menunjukkan bahwa terdapat keragaman sekuens ketujuh gen target dengan homolognya pada spesies lain. Domain terkonservasi teridentifikasi dari tujuh gen target direpresentasikan dengan pensejajaran asam amino tiga genotipe kelapa sawit yaitu E. guineensis, E. oleifera dan hibrida (E.o x E.g). Sebanyak 15 marka SNAP terpilih diuji pada 69 aksesi memiliki tingkat polimorfisme yang rendah sampai moderate (cukup informatif). Sebanyak 15 lokus yang digunakan dalam penelitian ini, 6 lokus cukup informatif didalam mendeteksi polimorfisme DNA terhadap populasi yang diuji. Pengelompokkan filogenetik berdasarkan 15 marka SNAP membagi tiga kelompok populasi. Hasil analisis asosiasi marka single-locus diperoleh satu lokus yang berasosiasi dengan karakter pertambahan tinggi tanaman, yaitu marka berbasis situs SNP ke 1008 pada gen Le.
Keyword: biosintesis fitohormon, karakter pertambahan tinggi, kelapa sawit, SNP

Judul: Marka SNAP Berbasis Fragmen Gen SAD sebagai Indikator Kandungan Asam Lemak Tidak Jenuh Kelapa Sawit
Abstrak: Kelapa sawit merupakan salah satu tanaman penghasil minyak nabati utama dengan produktifitas per hektar tertinggi dibandingkan semua tanaman penghasil minyak lainnya. Kebutuhan terhadap kualitas minyak nabati yang sehat dengan harga yang murah menjadi tren pada perkembangan industri minyak dan asam lemak secara global, diharapkan kelapa sawit dapat memenuhi kebutuhan tersebut. Oleh karena itu perlu dikembangkan materi genetik dengan produktifitas yang tinggi dan kualitas minyak yang baik, sebagai sumber bahan pangan maupun non pangan. Salah satu cara mempercepat mendapatkan tanaman unggul yang memenuhi kriteria yang diinginkan adalah dengan mengembangkan marka molekuler yang dapat mengindikasikan kualitas minyak yang dihasilkan tanaman kelapa sawit sejak dini. SNPs (Single Nucleotide Polimorphisms) merupakan salah satu teknologi marka molekuler, selain pemuliaan konvensional yang dapat dimanfaatkan untuk memperkuat dan mempercepat program pemuliaan kelapa sawit. Kualitas minyak dipengaruhi oleh kandungan asam lemak tidak jenuh pada minyak. Asam oleat merupakan salah satu komponen utama asam lemak tidak jenuh tunggal yang baik untuk kesehatan, bersifat stabil dan mampu mengurangi resiko serangan penyakit jantung. Pembentukan dan kandungan asam oleat serta asam lemak tidak jenuh pada kelapa sawit dipengaruhi oleh gen kunci stearoyl ACP desaturase (SAD). Gen ini memainkan peran penting dalam menentukan komposisi asam lemak tidak jenuh pada kelapa sawit (Elaeis sp.). Dalam penelitian ini, fragmen gen SAD diisolasi dari genom sumber keragaman kelapa sawit untuk mengidentifikasi dan meanganalisis lokus SNP yang digunakan sebagai dasar pengembangan marka SNAP (Single Nucleotide Amplified Polimorphisme). Dua pasang primer gen SAD spesifik berhasil didisain untuk mengisolasi fragmen gen SAD dari genom sumber keragaman kelapa sawit, yakni primer SAD1 dan SAD2. Fragmen gen SAD telah berhasil diisolasi dan diamplifikasi dari DNA genom 5 aksesi kelapa sawit yang terdiri atas satu aksesi spesies E.oleifera (open polinated) dan 4 aksesi dari spesies E.guineensis var tenera, Dura, Pisifera, dan Virescens. Fragmen gen SAD yang diisolasi dari berbagai sumber keragaman kelapa sawit mempunyai tingkat homologi 99% dengan gen SAD yang terdeposit di NCBI (National Center for Biotechnology Information). Primer SAD1 berhasil mengamplifikasi semua sampel dengan ukuran 1100 bp dengan satu intron ukuran 507 bp. Primer SAD2 menghasilkan urutan basa dengan ukuran 600 bp. Total ukuran exon yang teramplifikasi berkisar antara 969-1032 bp. Hasil identifikasi dan analisis sekuens SAD menghasilkan 13 lokus SNPs gen SAD, yang kemudian dikembangkan untuk mendapatkan 26 pasang marka SNAP. Diantara 13 lokus SNP yang dievaluasi, terdapat enam (6) lokus marka SNAP (2 lokus di bagian intron, 3 lokus di bagian exon, dan 1 lokus di bagian 3’UTRs), yang dapat digunakan untuk menduga variasi aktivitas biosintesis dan komposisi asam lemak tidak jenuh dalam buah kelapa sawit umumnya dan kandungan asam oleat pada khususnya. Ini adalah hasil penelitian pertama yang menunjukkan gabungan lokus SNPs pada exon, intron dan 3’UTRs dapat mengindikasikan kandungan asam lemak tidak jenuh pada tanaman penghasil minyak nabati. Hasil penelitian ini dapat dimanfaatkan oleh industri benih kelapa sawit untuk mendapatkan induk superior dengan kandungan asam oleat yang tinggi, meningkatkan efisiensi seleksi dan mengurangi jumlah generasi silang balik pada backcross E.oleifera dan E.guineesis, mengindentifikasi tanaman tenera yang mengalami mutasi alami pada gen SAD dengan komposisi kandungan asam lemak spesifik yang dapat diperbanyak dengan teknik kultur jaringan sehingga didapatkan tanaman
Keyword: Elaeis guineensis, E. oleifera, Asam oleat, SAD (Stearoyl ACP Desaturase), SNPs, SNAP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: