Judul: Isolasi Bakteri Penghasil Lipase Termofilik Kloning Dan Ekspresi Gen Penyandi Lipase.
Abstrak: Bakteri termofil merupakan kelompok bakteri yang dapat tumbuh optimal pada suhu 70-80oC. Enzim lipase yang berasal dari bakteri ini memiliki ketahanan terhadap denaturan kimia seperti detergen, agen chaotropic (urea, guanidinium chloride), pelarut organik dan pH ekstrem, sehingga cukup menjanjikan hasil yang maksimal untuk digunakan dalam proses industri. Lipase (triacyl glycerol acylhidrolase EC 3.1.1.3) merupakan kelompok enzim kelas hidrolase yang mengkatalisis reaksi hidrolisis ikatan ester pada rantai panjang asam lemak (trigliserida) menjadi gliserol dan asam lemak bebas pada permukaan air dengan minyak. Selain itu lipase mendapat perhatian khusus karena keunikannya yaitu pada kondisi yang sedikit air (micro-aqueous) mampu mengkatalisis reaksi esterifikasi, trans-esterifikasi, aminolisis dan asidolisis. Tujuan penelitian ini ialah melakukan isolasi bakteri termofilik penghasil lipase; identifikasi dari isolat terpilih; kloning dan ekspresi gen lipase dari isolat terpilih yang berasal dari sumber air panas geiser di Cisolok, Sukabumi, Jawa Barat yang suhunya dapat mencapai 95oC. Bakteri termofil yang diisolasi dari sumber air panas geiser, Sukabumi, Jawa Barat, Indonesia yang memiliki pH 8 dan suhu mencapai 95oC menggunakan metode pengenceran bertingkat yang disebar pada media padat Luria Bertani Rhodamine B. Bakteri termofil ini memiliki kemampuan menghasilkan lipase secara ekstraseluler yang ditunjukkan dengan terjadinya pendaran orange bila diamati di bawah sinar UV dengan panjang gelombang 350 nm. Isolat yang diperoleh diukur kemampuannya dalam menghasilkan lipase dengan metode titrasi. Isolat bakteri termofilik S4-01 memiliki aktivitas tertinggi sebesar 3.91 U menit-1 yang dipilih untuk dilakukan uji selanjutnya. Identifikasi bakteri dilakukan secara molekuler dengan metode 16S rRNA, hasil sekuensing parsial gen 16S rRNA menunjukkan isolat ini berkerabat paling dekat dengan Bacillus amyloliquefaciens. Gen lipase yang berasal dari isolat S4-01 diisolasi dengan primer BamyKpnI-F dan BamyNotI-R yang didesain berdasarkan gen yang diambil dari genebank ncbi.nih.nlm.gov. Hasil isolasi menunjukkan gen lipase memiliki panjang 645 pb dan telah berhasil dikloning ke dalam vektor p-GEMT-Easy pada E. coli TOP10 dengan metode heat shock. Untuk ekspresi gen lipase dilakukan pada vektor ekspresi pET15-by dalam inang E. coli BL21(DE3) pLyss. Produksi lipase rekombinan dilakukan dengan induksi 0.5 mM IPTG pada nilai 0.5-0.6 OD600nm. Penentuan suhu optimum dilakukan dengan metode 4-para nitrofenil palmitat (pNPP) dan pH optimum menggunakan metode 4-para nitrofenil oktanoat (pNPC). Hasil uji menunjukkan lipase rekombinan ini memiliki suhu dan pH optimum pada 40oC dan pH 8. Pengujian terhadap pelarut organik dengan metode pNPP menunjukkan bahwa lipase rekombinan toleran terhadap n-heksan dan substrat nitrofenil ester dilakukan dengan metode pNPP dan pNPC yang menunjukkan lipase rekombinan lebih suka terhadap substrat C6 (heksanoat) dan C14 (miristat).
Keyword: Bakteri termofil, Bacillus amyloliquefaciens, Gen lipase, Kloning, Ekspresi

Judul: Kloning Gen Penyandi  Lipase  Termofilik  dari  Isolat  Bakteri  Asal Mata  Air  Panas  di  Pulau  Seram,  Maluku
Abstrak: Bakteri termofilik seringkali memiliki enzim yang stabil dan aktif pada suhu tinggi yang bermanfaat untuk diaplikasikan dalam bidang bioteknologi dan industri, seperti enzim lipase yang digunakan dalam reaksi hidrolisis dan esterifikasi. Tujuan penelitian ini ialah untuk mengisolasi bakteri termofilik penghasil lipase, mengkarakterisasi lipase yang dihasilkan, dan untuk mengisolasi serta mengklon gen penyandi lipase. Isolat T I.2 adalah bakteri termofilik yang diisolasi dari sumber mata air panas yang terdapat di pulau Seram yang memiliki suhu 89°C dan pH 6,3. Isolasi dilakukan menggunakan media Basal Salt Medium dengan minyak zaitun sebagai sumber karbon untuk pertumbuhan bakteri penghasil enzim lipase. Pembandingan sekuen 16S rDNA terhadap basis data pada GenBank menggunakan Basic Local Alignment Search Tools for nucleotides (BLASTn) menunjukkan bahwa isolat T I.2 memiliki kekerabatan yang lebih dekat kepada Geobacillus stearothermophilus dengan homologi 99%. Primer yang digunakan dikonstruksi oleh Marchesi et al untuk amplifikasi gen 16S rRNA dan merupakan primer universal yang spesifik terhadap domain bakteri,. Analisis filogenetik untuk 16S rRNA dilakukan dengan menggunakan metode Neighbour Joining, dengan jarak diperkirakan menggunakan metode Kimura two parameters dengan 100 bootstrap replicates. Pohon filogenetik yang dikonstruksi menunjukkan bahwa isolat T I.2 mengelompok di antara anggota dari genus Geobacillus dan memiliki kemiripan yang lebih dekat terhadap Geobacillus stearothermophilus. Metode titrimetri digunakan untuk mengukur aktivitas lipase ekstrak kasar dari isolat T I.2 pada berbagai suhu dan pH. Hasil yang diperoleh menunjukkan aktivitas lipase optimal suhu 80°C dan pH 6,5. Prakiraan adanya gen lipase dilakukan dengan mengamplifikasi fragmen gen lipase menggunakan primer yang dikonstruksi oleh Bell et al. Primer tersebut tidak dapat mendeteksi adanya gen lipase, untuk prakiraan keberadaan gen lipase pada isolat T I.2. Isolasi gen lipase kemudian dilakukan dengan menggunakan pasangan primer yang dikonstruksi oleh Jiang et al. Primer degenerate digunakan untuk menghasilkan beberapa fragmen DNA dengan ukuran yang berbeda, dan fragmen yang berukuran kurang lebih 1200 bp digunakan sebagai template untuk amplifikasi dengan menggunakan pasangan primer F1-R1 yang dikonstruksi untuk amplifikasi gen lipase beserta sekuen signalnya, dan primer F2-R1 untuk mengamplifikasi gen lipase tanpa menyertakan signal sekuen. Pasangan primer F1-R1 hanya dapat mengamplifikasi fragmen DNA berukuran 600 bp. Gen lipase isolat T I.2 berukuran 1180 bp berhasil diamplifikasi dengan menggunakan pasangan primer F2-R1, dan diklon ke pGEM-T Easy sehingga diperoleh plasmid rekombinan pGEM-TGeolipFull dengan ukuran 4204 bp. Plasmid rekombinan kemudian ditransformasikan ke Escherichia coli TOP 10. Aktivitas enzim lipase ekstrak kasar yang dihasilkan E.coli TOP 10 transforman yang membawa plasmid rekombinan ialah sebesar 3,11 U/ml pada kondisi optimal yaitu suhu 80°C dan pH ..dst
Keyword: kloning, Geobacillus stearothermophilus, lipase, bakteri termofilik

Judul: Implementasi Space Time Composite (STC) Data Model Menggunakan Model Data Relasional
Abstrak: The data model is a concept that describes the data stored in the database and the relationship between the data to the user in logic. Development of data models is very important in the design of the database as the basis of the stage of database design to be made. This study aims to apply the concept of Space Time Composite (STC) on the Model Data storage vector data types that can store enough information and describes the process of drafting objects and objects spatiotemporal evolution over time. From the results of the test queries on the data model that have been created, queries in a system are acquired that can help display the information preparation of objects from time to time and know the history of the object polygon and arc that has undergone changes in topology.
Keyword: