Judul: Penghambatan Pertumbuhan Pyricularia Oryzae Oleh Aktinomiset Filosfer Padi Penghasil Kitinase
Abstrak: Blas adalah penyakit padi yang disebabkan oleh cendawan Pyricularia oryzae. Penyakit ini dapat menyerang pada seluruh fase pertumbuhan tanaman padi dan mampu menurunkan produksi hingga 70%. Penanggulangan penyakit blas menggunakan senyawa kimia pestisida dapat berakibat buruk terhadap lingkungan dan manusia yang mengkonsumsinya serta dapat menimbulkan resistensi patogen terhadap senyawa kimia tersebut oleh karena itu penelitian mengenai mikrob filosfer padi khususnya aktinomiset penghasil kitinase sebagai agens biokontrol penyakit blas perlu untuk dilakukan. Penelitian ini bertujuan mengisolasi dan melakukan penapisan aktinomiset filosfer padi yang memiliki aktivitas antagonistik terhadap P. oryzae secara in vitro, menguji aktivitas enzim kitinase isolat aktinomiset terpilih secara kualitatif dan kuantitatif, dan melakukan analisis pada sekuen gen penyandinya. Pengambilan sampel daun padi dari tanaman padi sehat dilakukan di tiga lahan persawahan padi yang terserang penyakit blas, yaitu lahan persawahan padi Situgede, Sukabumi dan Jasinga (Jawa Barat, Indonesia). Pengambilan sampel dilakukan pada tanaman padi yang berusia 30 hingga 60 hari setelah tanam. Bagian daun padi yang tidak terendam air kira-kira 10 cm dari permukaan air dipotong secara aseptik. Sampel kemudian dibawa ke Laboratorium Mikrobiologi Institut Pertanian Bogor untuk dilakukan proses isolasi aktinomiset filosfer padi dengan menggunakan teknik pencucian dan media Humid acid vitamin. Sepuluh isolat aktinomiset potensial dipilih berdasarkan hasil penapisan antagonistik terhadap P. oryzae dan nilai indeks kitinolitik dari 57 isolat aktinomiset filosfer yang telah berhasil diisolasi dari lahan persawahan padi di Situgede, Sukabumi dan Jasinga. Pengujian kuantitatif kitinase dilakukan terhadap sepuluh isolat terpilih dan memberikan hasil yang beragam. Isolat STG 10, JSN 3.1 dan STG 24 memiliki aktivitas kitinase tertinggi, yaitu 14.898 ± 0.048 (U/mg), 13.117 ± 0.048 (U/mg) dan 12.534 ± 0.193 (U/mg) yang diperoleh pada hari ke-8 waktu inkubasi. Supernatan isolat STG 10, JSN 3.1 dan STG 24 dapat menghambat pertumbuhan P. oryzae pada medium PDA dengan persen penghambatan 56.48%, 72.15% dan 65.97% dibandingkan dengan perlakuan kontrol. Gen kitinase famili 19 digunakan sebagai gen penanda untuk mengevaluasi aktivitas antifungi dari kitinase yang dihasilkan oleh isolat terpilih. Hasil analisis menggunakan program BLAST.X membagi 10 isolat terpilih menjadi 2 gen kitinase, yaitu 6 isolat kitinase A dan 4 isolat kitinase C. Aktivitas antifungi kitinase C famili 19 dari S. griseus HUT 6037 telah dibuktikan dan dapat menghambat pertumbuhan hifa beberapa cendawan patogen. Isolat JSN 3.1, STG 24 dan STG 23 dengan hasil penapisan antagonistik terhadap P. oryzae, uji enzim dan uji penghambatan pertumbuhan P. oryzae yang relatif tinggi memiliki nilai similaritas 83 - 90% terhadap gen kitinase C S. griseus HUT 6037 dan S. globisporus.
Keyword: Actinomycetes filosfer, antifungal, gen kitinase famili 19, penyakit blas, Pyricularia oryzae

Judul: Bakteri Filosfer Penghasil Senyawa Bioaktif sebagai Pengendali Penyakit Blas pada Padi.
Abstrak: Beras merupakan makanan pokok bagi hampir 50% penduduk dunia dan 90% penduduk Indonesia. Permintaan beras semakin meningkat seiring meningkatnya jumlah penduduk dunia. Indonesia sebagai produsen beras nomor 3 di dunia mengalami berbagai kendala produksi diantaranya adanya serangan patogen Pyricularia oryzae Cav., penyebab penyakit blas pada padi. P. oryzae telah menyerang tanaman padi hampir di semua wilayah di Indonesia dan beberapa negara lain di dunia. Penyakit blas dapat berkembang dengan cepat dan menyebabkan kehilangan hasil sampai 90% pada kondisi lingkungan yang sesuai. Manajemen pengendalian penyakit blas biasanya dilakukan dengan penyemprotan fungisida kimia yang berbahaya bagi lingkungan, manusia, hewan dan produk pertanian. Eksplorasi dan pengembangan agens biokontrol seperti bakteri filosfer padi perlu dilakukan untuk mengurangi penggunaan fungisida kimia. Bakteri filosfer padi diketahui memiliki kemampuan untuk menghasilkan senyawa bioaktif antifungi yang efektif melawan patogen tanaman seperti padi, jagung, kedelai, dsb. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi bakteri filosfer padi dengan aktivitas antifungi terhadap P. oryzae serta menganalisis mekanisme antifungi dari bakteri filosfer potensial. Sampel tanaman padi varietas Ciherang diambil dari tiga daerah endemik penyakit blas di Jawa Barat yaitu Cikembar, Sukabumi, serta Situgede dan Jasinga, Bogor Barat. Daun padi tersebut selanjutnya dijadikan sumber isolat bakteri filosfer untuk penapisan aktivitas antifungi terhadap P. oryzae. Isolat bakteri filosfer potensial dan nonpatogenik selanjutnya diidentifikasi berdasarkan gen 16S rRNA dan dideteksi keberadaan gen nonribosomal peptide syntethases (NRPS) dan polyketide synthases (PKS). Kemampuan bakteri filosfer padi dalam memproduksi senyawa bioaktif dilakukan dengan pengujian aktivitas antifungi dari ekstrak kasar dan deteksi gen penyandi antifungi. Pengujian bakteri filosfer sebagai agens biokontrol penyakit blas juga perlu dilakukan dalam skala rumah kaca. Senyawa antifungi dari isolat terbaik dengan aktivitas antifungi yang konstan secara in vitro dan in planta diidentifikasi menggunakan instrumen Liquid Chromatographic-Mass Spectrometry/Mass Spectrometry (LC-MS/MS). Pengaruh senyawa antifungi terhadap morfologi miselium P. oryzae juga diamati dengan Scanning Electron Microscope (SEM) dan mikroskop cahaya. Sebanyak 7 isolat bakteri dengan aktivitas antifungi terhadap P. oryzae dan nonpatogenik berhasil diisolasi dari lingkungan filosfer padi varietas Ciherang. Tujuh isolat tersebut adalah isolat STGG 3, STGG 7, STGG 8, STGG 14, SKBV 1, SKBG 78 dan STGV 8. Aktivitas antifungi dari 7 isolat tersebut berkisar antara 25.45% sampai 61.5% dimana aktivitas terendah ditunjukkan oleh isolat STGV 8 dan tertinggi oleh isolat STGG 14. Isolat-isolat tersebut teridentifikasi sebagai Bacillus sp. STGG 3, B. subtilis STGG 7, B. amyloliquefaciens STGG 8, B. subtilis subsp. subtilis STGG 14, B. subtilis SKBV 1, Enterobacter cloacae STGV 8 dan Brachybacterium paraconglomeratum SKBG 78. Sementara itu, isolat STGG 3, STGG 7 dan STGG 14 diketahui memiliki domain adenylation (A) dan domain ketide synthase (KS) dari NRPS dan PKS, sedangkan isolat SKBV 1 hanya memiliki domain A dari NRPS. Pengujian rumah kaca membuktikan bahwa 7 isolat bakteri filosfer padi mampu menghambat perkembangan penyakit blas dengan nilai penghambatan relatif yang beragam. Isolat STGG 14 menghasilkan persentase penghambatan tertinggi yaitu 70.83%, sedangkan isolat STGV 8 menghasilkan persentase penghambatan terendah yaitu 48.35%. Hasil pengujian rumah kaca linier dengan aktivitas antifungi secara in vitro. Intensitas penyakit blas tanaman padi dengan perlakuan bakteri filosfer maupun fungisida kimia secara signifikan berbeda nyata dengan kontrol patogen P. oryzae. Sementara itu,
Keyword: Padi, Pyricularia oryzae, Bakteri filosfer, Senyawa bioaktif

Judul: Mixed effect models for high –dimensional longitudinal data with latent variables
Abstrak: A set of data that consist of repeated measurements on a large number of outcomes and covariates are known as high-dimensional longitudinal data. The high-dimensional longitudinal data may consist of several effects of interest that cannot be directly measured, known as latent factors or latent variables. During the last decade, the multivariate responses or high-dimensional in longitudinal data have been a big issue. The analysis of high-dimensional longitudinal data is complicated due to its complex correlation structures between outcomes. To understand changes over time of outcome variables, having correlations in individuals with explanatory variables is not enough. Hence, complex correlation structures between outcomes need to be considered. One approach that is commonly used to overcome high-dimensional longitudinal data is simultaneous equation modeling. A well-known simultaneous equation modeling method is the structural equation model (SEM). This approach has several appealing modeling abilities and can be used for high-dimensional longitudinal data. Under the SEM framework, the continuous time SEM is developed to avoid some issues associated with autoregressive and cross-lagged problems in SEM. Another simultaneous equation modeling method is by combining factor analysis and multivariate analysis methods to overcome high dimensional longitudinal data, namely latent factor linear mixed model (LFLMM). The factor analysis is used to reduce the high-dimensional outcomes, and the multivariate linear mixed model is used to study the longitudinal trends of several latent factors. One example of high-dimensional longitudinal data is the General Election Study. This study is carried out repeatedly to observe tendencies towards political attitudes and behavior over time in Belgium. The data contain political information, knowledge, perceptions, and preferences of a political party and the level of participation in politics. One of the most interesting things to study from the data is to analyze the change of political attitudes and behavior of respondents over time. Also, the relationship of changes in these outcomes is important to analyze. The General Election Study in Belgium was designed to include a representative sample of the target population under the Belgian electorate, so accurate estimates about the population could be made. This sampling design was created by the Institute for Social and Political Opinion (ISPO) and the Inter-university Center for Political Opinion Research (PIOP). The Belgian data set contained three subsamples, the Flemish (Dutch-speaking), the Walloon (French-speaking), and the Brussels Capital Region (Dutch and French-speaking). Several studies conducted on the Belgium data are carried out to understand the relationships between the latent variables Individualism (I), Ethnocentrism (E), and Authoritarianism (A) in Flanders. Cross-sectional or a longitudinal studies have also been carried out. In such cases, it is critical to capture the trend of the latent variables over time and, more importantly, whether there is any association or relationships between the development of nationalism (N), ethnocentrism (E), individualism (I), and authoritarianism (A) in Belgium. An empirical analysis of CT-SEM has been done to present the interdependencies among the four latent variables mentioned above on the basis of the General Election Studies for Belgium in 1991, 1995, and 1999 (Interuniversitair steunpunt politieke-opinieonderzoek, 1991, 1995, 1999). Although the four variables have been the subject of
Keyword: Belgium, CT-SEM, high-dimensional longitudinal data, LFLMM, Supplemented EM Algorithm