Judul: In Silico Study of Cu/Zn-SOD Enzyme Activator and In Vitro Antioxidant Activity of Red Betel (Piper crocatum Ruiz & Pav) From Various Regions in Indonesia
Abstrak: Penyakit degeneratif seperti jantung koroner, kanker, dan stroke merupakan penyakit yang menjadi masalah serius di Indonesia yang diakibatkan oleh radikal bebas dan dapat dicegah dengan senyawa antioksidan. Senyawa antioksidan alami terdiri atas dua jenis yaitu antioksidan enzimatik dan non enzimatik. Superoksida dismutase merupakan antioksidan enzimatik yang mengkatalisis pemutusan dua molekul anion superoksida (O2-) menjadi hidrogen peroksida (H2O2) dan molekul oksigen (O2). Penelitian sebelumnya berhasil mengisolasi senyawa bioaktif yang terkandung di dalam sirih merah, mengandung senyawa flavonoid, alkaloid dan tanin, serta senyawa sirih merah guanidine tartratre dapat meningkatkan enzim glutation peroksidase yang merupakan enzim antioksidan. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari senyawa aktif sirih merah yang berperan aktif dalam meningkatkan enzim Cu/Zn superoksida dismutase secara in silico serta mengukur kadar total fenolik dan aktivitas antioksidan ekstrak etanol sirih merah dari daerah Banda aceh, Bogor, Bandung, Jogja, Samarinda, Jayapura, Kendari, dan Malang secara in vitro. Penambatan molekuler 69 senyawa aktif sirih merah dan dua ligan pembanding (Trehalosa dan β-amyrin) dilakukan dengan menggunakan YASARA Structure diperoleh senyawa Amino-2-(3-aminopropylamino)-9-(cyclohexylmethyl)- 2,3,4,5,6,7-hexahydro-1H-purin-8-one yang dapat berperan dan meningkatkan enzim Cu/Zn superoksida dismutase dengan nilai energi afinitas -9.1490 kkal/mol, konstanta disosiasi 1.967 µM dan membentuk ikatan hidrogen pada Val7(B), Val146(B), Val146(A), Val5(A), dan Gly49(B). Sedangkan interaksi hidrofobik terjadi pada residu asam amino Asn51(A), Gly145(B), Cys6(A), Val7(A), Asn51(B), Gly54(B), Lys9(B), dan Lys9(A). Hasil in vitro ekstrak etanol 70% sirih merah menunjukkan kadar total fenolik tertinggi diperoleh dari daerah Malang dengan nilai 12.570 mg GAE/g dan nilai peredam DPPH terbaik diperoleh dari daerah Bogor dengan nilai 55.096 µg/mL.
Keyword: Antioksidan, Cu/Zn Superoksida Dismutase, DPPH, Sirih merah, Total Fenolik

Judul: In Silico Analysis of Bioactive Compounds in Red Betel Leaf (Piper Crocatum Ruiz &Pav) to Glutathion Peroxidase Activity
Abstrak: Glutation peroksidase (GPx) adalah salah satu antioksidan yang berperan sebagai pelindung organisme dari stres oksidatif. Beberapa senyawa dalam tanaman tertentu telah terbukti dapat meningkatkan aktivitas GPx. Sirih merah diketahui memiliki kandungan senyawa antioksidan yang berpotensi meningkatkan aktivitas GPx. Penelitian ini bertujuan untuk melihat potensi senyawa sirih merah sebagai aktivator enzim glutation peroksidase. Daun sirih merah mengandung 44 senyawa aktif yang diuji secara in silico yang diawali dengan preparasi reseptor dan ligan, dilanjutkan dengan penentuan grid box, kemudian dilanjutkan ke tahap penapisan virtual dan penambatan molekuler. Tahap penapisan virtual mengeliminasi 7 senyawa dan pada tahap uji Lipinski terdapat 2 senyawa yang dieliminasi dan uji AdmetSAR yang mengeliminasi 21 sehingga terdapat 14 senyawa yang dilanjutkan ke tahap preparasi fail, penambatan molekuler dan analisis interaksi ligan-reseptor. Parameter energi afinitas dan persentase binding site similarity (%BSS) yang digunakan dalam analisis penambatan molekuler menunjukkan bahwa terdapat beberapa senyawa yang berpotensi sebagai senyawa antioksidan dengan meningkatkan kinerja enzim glutation peroksidase, senyawa terbaik yang diidentifikasi adalah guanidine tartrate dengan energi afinitas -4,8 Kkal/mol dan persen BSS sebesar 62,5 %.
Keyword: antioxidant, free radical, ligand, molecular docking, receptor

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: