Judul: Pemeriksaan Parasit Darah pada Sapi Berdasarkan Analisis Duplek PCR
Abstrak: Penyakit parasit darah terutama yang disebabkan disebabkan oleh Babesia spp., Theileria spp., dan Trypanosoma spp. merupakan masalah yang serius pada hewan ternak terutama sapi karena sulit dideteksi dan menyebabkan kerugian ekonomi. Penyakit parasit darah tersebut umumnya disebarkan melalui vektor mekanik atau biologis. Caplak dari genus Boophilus, Hyalomma dan Amblyomma dilaporkan sebagai vektor yang efektif untuk parasit darah Babesia spp., dan Theileria spp., sedangkan lalat genus Haematophagus, Tabanus dan Stomoxys merupakan vektor utama dari parasit Trypanosoma spp. Keberadaan vektor ini menyebabkan penyebaran penyakit parasit tersebar luas dengan cepat. Beragam metode diagnosa telah dilakukan untuk mendeteksi keberadaan parasit darah, namun yang umum digunakan adalah metode pemeriksaan ulas darah yang diambil dari pembuluh darah perifer dengan perwarnaan Giemsa. Metode ini memiliki kelemahan, yaitu terjadinya negatif palsu pada sampel-sampel dengan tingkat parasitemia yang rendah. Secara molekular, identifikasi parasit darah dapat dilakukan dengan Polimerase Chain Reaction (PCR) dengan berbagai macam penanda molekular yang spesifik. Selama ini, tehnik PCR yang banyak dilakukan masih bersifat konvensional, yaitu satu reaksi PCR untuk mendeteksi satu jenis penyakit. Namun, kondisi di lapang menunjukkan bahwa beberapa ternak berpotensi untuk terinfeksi oleh lebih dari satu jenis parasit darah. Oleh karena itu, perlu dikembangkan modifikasi teknik PCR untuk mendeteksi lebih dari satu jenis penyakit dengan mengkombinasikan lebih dari satu jenis penanda molekular, misalnya melalui teknik duplex PCR. Teknik ini relatif lebih murah dan cepat dibandingkan dengan PCR konvensional. Sejauh belum pernah dilakukan penelitian apakah teknik duplex PCR dapat digunakan untuk mendiagnosa penyakit yang disebabkan oleh parasit darah terutama Babesia spp., Theileria spp., dan Trypanosoma spp. pada ternak di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi parasit darah pada sapi (Babesia spp., Theileria spp., dan Trypanosoma spp.) secara molekular berdasarkan metode duplex PCR. Tahapan metode yang dilakukan pada penelitian ini adalah dilakukan pengambilan darah sapi Friesian Holstain sebanyak 100 sampel berumur 1-7 tahun di Kawasan Usaha Peternakan (KUNAK) kecamatan Cibungbulang, Kabupaten Bogor, Jawa Barat. Selanjutnya dilakukan pemeriksan ulas darah dan perhitungan tingkat parasitemia. Sebanyak tiga puluh dari seratus sampel diseleksi untuk analisis PCR single berdasarkan jenis parasit dan tingkat parasitemia yang terdiri dari 5 sampel positif Babesia spp, 15 sampel positif Theileria spp. dan 10 sampel negatif parasit darah untuk dilanjutkan pada tahap PCR single. Optimasi PCR single dilakukan menggunakan tiga primer spesifik untuk B. bovis (Bover2A), T. annulata (Cytob 1) dan T. evansi (ITS 1). Hasil optimasi PCR single menunjukan bahwa suhu anneling 56 °C merupakan suhu optimal untuk deteksi Babesia bovis dan T. evansi sedangkan T. annulata tidak menunjukan hasil positif pada kondisi tersebut. Hasil analisis PCR single menunjukan 28 sampel positif B. bovis, 1 sampel positif T. evansi, 1 sampel negatif semua parasit darah dan 0 sampel positif T. annulata sehingga hanya B. bovis dan T. evansi yang dilanjutkan ke tahap analisis duplex PCR duplex. Teknik duplex PCR berhasil dioptimasi dengan dilakukannya modifikasi penambahan MgCl2 (25 μM) sebanyak 0.5 L/tube sehingga dapat diaplikasikan untuk mendeteksi parasit darah B. bovis dan T. evansi pada sampel di lapang.
Keyword: B. bovis, T. annulata, T. evansi, metode ulas darah, PCR single, PCR duplex

Judul: Identifikasi Molekular Babesia bigemina dari Sapi dan Kerbau di Kabupaten Bogor
Abstrak: Livestock is a crucial industry that significantly contributes to the agricultural sector in Indonesia. Babesiosis is a disease that is transmitted through tick vectors and are caused by blood parasites of the genus Babesia. This disease has caused very significant economic losses. Molecular detection of babesiosis has high sensitivity and specificity. However, currently, the detection of babesiosis using Polymerase Chain Reaction (PCR) in Indonesia has not been widely used, especially in the Bogor District. The aim of this study is to identify Babesia bigemina in cattle and buffaloes in the Bogor District using molecular technique. A total of 27 blood samples were collected, consisting of 22 cattle samples and 5 buffalo blood samples. The samples were stained with 10% Giemsa, in addition the blood samples were extracted and proceeded with nested PCR. The results of the blood smear examination showed 81.48% were positive for Babesia spp., while 11.11% were positive for B. bigemina. Based on the type of cattle and buffaloes positive for B. bigemina, the positive rates were 9.09% and 20% respectively. The results of this study provide basic information about the level of Babesia bigemina infection in the Bogor District based on molecular methods. Therefore, programs to prevent and control blood parasitic infections in cattle and buffalo farms needs to be carried out.
Keyword: Babesia bigemina, babesiosis, Bogor, buffalo, cattle, PCR, Babesia bigemina, babesiosis, Bogor, buffalo, cattle, PCR

Judul: Kekonsistenan Hamiltonian pada Gerak Gelombang Interfacial
Abstrak: The interfacial wave is an internal wave that occurs at boundary of two layers fluid. It appears because there is difference of mass density between the two layers. The objective of this thesis is to formulate the motion of internal wave with flat base and flat as well as free upper bound surface. The motion equation obtained is a Hamiltonian system. The Hamiltonian in this system is expressed by variable of wave deviation and horizontal component of potential velocity. Under assumption that interfacial wave moves only in one direction, it can be shown that the Hamiltonian depends on the solution of the wave motion equation. The coefficients of the equation depend on the physical characteristics of the two layers of fluid, i.e. thickness and mass density. The numerical results show that Hamiltonian in the system is constant. It is consistent with Hamiltonian characteristic, which does not depend on time.
Keyword: