Judul: Kajian Metode Deteksi Bakteri Patogen Penyebab Penyakit Asal Pangan di Pusat Riset Obat dan Makanan Badan POM RI
Abstrak: Mikroorganisme sering mencemari pangan dan deteksinya dapat dilakukan dengan metode konvensional dan metode cepat. Metode konvensional memerlukan waktu yang lama karena berbasiskan morfologi dan sifat biokimiawi, dan kadangkadang memerlukan konfirmasi berdasarkan uji serologi. Metode cepat yang berbasiskan Polymerase Chain Reaction (PCR) dapat mengidentifikasi dengan cara memperbanyak DNA target pada patogen. Perbanyakan DNA tersebut dapat berlangsung dengan adanya fragmen oligonukleotida yang komplementer terhadap DNA target tersebut (primer), enzim DNA polimerase, deoksinukleotida, Mg2+, buffer dan thermal cycler. Deteksi patogen dalam pangan juga dilakukan oleh Pusat Riset Obat dan Makanan, Badan POM RI. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari uji serologi untuk konfirmasi Salmonella spp., metode deteksi berbasiskan DNA terhadap B. cereus dalam pangan, dan menetapkan limit deteksi B. cereus dalam nasi goreng.
Keyword: 

Judul: Study of the Characterization and Detection Methods of Staphylococcus aureus in Foods
Abstrak: Keamanan pangan merupakan hal utama dalam menyediakan pangan yang baik bagi manusia. Saat ini beban penyakit bawaan pangan di Indonesia cukup tinggi yang diperkirakan 680 DALYs per 100.000 penduduk. Keracunan pangan Staphylococcus adalah penyakit bawaan pangan yang umum terjadi di seluruh dunia. Staphylococcus dibedakan menjadi 49 spesies dan 14 di antaranya dapat menyebabkan keracunan pangan, seperti Staphylococcus aureus yang dapat diklasifikasikan menjadi enam biotipe. S. aureus menghasilkan enterotoksin Staphylococcus (SE) yang resisten terhadap enzim proteolitik dan memungkinkan untuk transit utuh melalui saluran pencernaan. Tujuan penulisan karya ilmiah ini adalah untuk mengkaji metode-metode berbasis molekuler yang telah dikembangkan untuk mempelajari karakteristik S. aureus dan SE dalam berbagai jenis pangan, diantaranya pada susu dan produk susu, daging dan produk daging, makanan jajanan, produk biji-bijian, dan minuman. Kajian yang dilakukan melalui penelusuran pustaka terpublikasi melalui internet dengan sumber yang dapat dipertanggungjawabkan tersebut menghasilkan 65 publikasi ilmiah antara tahun 1977–2020. Penandaan plasmid (plasmid profiling) merupakan metode molekuler pertama untuk karakterisasi bakteri melalui isolasi serta pembandingan jumlah dan ukuran plasmid dengan gel elektroforesis agarosa. PFGE (pulsed field gel electrophoresis) dan RFLP (restriction fragment length polymorphism) mengkarakterisasi S. aureus dan SE berdasarkan pemecahan kromosom menjadi fragmen kecil menggunakan enzim restriksi dilanjutkan dengan elektroforesis. PFGE memiliki keunggulan dalam daya diskriminasi, kemampuan pemecahan DNA, reproduktifitas, serta merupakan standar emas untuk typing. RFLP tidak memerlukan informasi urutan DNA atau sintesis oligonukleotida sebelum analisis. PCR (polymerase chain restriction) digunakan untuk menggandakan molekul DNA dengan bantuan enzim DNA polymerase dan primer. PCR memiliki kecepatan dan efisiensi yang tinggi dalam mendeteksi S. aureus dan SE.
Keyword: PCR, PFGE, plasmid profiling, RFLP, Staphylococcus aureus

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: