Judul: Deteksi dan identifikasi spesies Meloidogyne penyebab umbi berbintil pada kentang (Solanum tuberosum L.) Asal Sulawesi Utara
Abstrak: Kentang (Solanum tuberosum L.) merupakan tanaman hortikultura penting yang dikembangkan sebagai sumber pangan alternatif di Indonesia. Produksi kentang menurun dalam beberapa tahun terakhir, termasuk di Sulawesi Utara. Nematoda puru akar (Meloidogyne spp.) adalah salah satu penyebab penurunan produksi kentang di Sulawesi Utara. Spesies Meloidogyne pada kentang di Sulawesi Utara sampai saat ini belum diidentifikasi. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi spesies Meloidogyne spp. pada kentang dan mengetahui hubungan kekerabatannya dengan spesies dari negara lain serta memperoleh klon rekombinan spesies Meloidogyne. Sampel umbi kentang diambil dari sentra produksi kentang Kabupaten Minahasa Selatan, Kabupaten Bolaang Mongondow Timur dan Kabupaten Bolaang Mongondow, Provinsi Sulawesi Utara. Identifikasi spesies Meloidogyne dilakukan dari bulan April sampai Oktober 2016 di Laboratorium Nematologi Tumbuhan dan Laboratorium Bakteriologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, IPB. Identifikasi secara morfologi dilakukan terhadap pola perineal (sidik pantat) nematoda betina. Identifikasi secara molekuler menggunakan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) dilanjutkan dengan perunutan nukleotida dan analisis filogenetik. DNA nematoda berasal dari ekstraksi nematoda betina dan diamplifikasi dengan menggunakan primer spesifik untuk M. incognita (MI-F dan MI-R), M. arenaria (Far dan Rar), dan M. javanica (Fjav dan Rjav). Primer multipleks, yaitu JMV1, JMV2, dan JMV-hapla digunakan untuk mendeteksi M. hapla, M. fallax, dan M. chitwoodi. Kloning M. javanica dilakukan dengan metode TA kloning pada plasmid PTZ57R/T dan ditransformasikan ke dalam bakteri Escherichia coli DH5α. Konfirmasi klon rekombinan dilakukan dengan PCR menggunakan primer M13/PUC diikuti dengan perunutan nukleotida. Gejala penyakit akibat infeksi Meloidogyne pada tajuk antara lain tanaman cepat layu pada siang hari, kerdil, dan klorosis. Gejala pada umbi kentang meliputi malformasi bentuk umbi, umbi berbintil, dan permukaan umbi bergelombang. Bila kulit umbi dikupas, bagian dalam umbi yang terinfeksi terdapat nekrosis berwarna putih kecoklatan yang terdiri atas nematoda betina dan massa telur. Dua spesies Meloidogyne yaitu M. javanica dan M. incognita berhasil didentifikasi berdasarkan karakter morfologi. Identifikasi molekuler dengan PCR menggunakan primer spesifik berhasil mengamplifikasi fragmen DNA M. javanica dan M. incognita dengan ukuran ± 420 pb dan ± 999 pb. Analisis runutan nukleotida menunjukkan M. javanica asal Sulawesi Utara memiliki tingkat kemiripan paling tinggi dengan M. javanica asal Cina sebesar 97.5 % dengan nilai quary cover 96 %. M. incognita memiliki nilai homologi 100 % dengan M. incognita asal Cina dengan quary cover sebesar 95 %. Analisis filogenetik menunjukkan M. javanica dan M. incognita asal Sulawesi Utara berkerabat sangat dekat dengan isolat spesies yang sama asal Cina, India, Malaysia dan Thailand. Fragmen DNA M. javanica berhasil diligasikan dalam plasmid pTZ57R /T dan ditransformasi ke dalam bakteri E. coi DH5α. Konfirmasi kloning berhasil dilakukan menggunakan primer spesifik Fjav/Rjav dan primer M13/pUC dengan ukuran fragmen DNA secara berturut-turut yaitu ± 420 pb dan ± 720 pb. Analisis runutan nukleotida M. javanica hasil kloning memiliki nilai homologi sebesar 99.3 % dengan spesies M. javanica asal Cina dengan nilai quary cover sebesar 89 %. Hasil ini selaras dengan hasil analisis runutan nukloetida M. javanica sebelum dikloning.
Keyword: analisis filogenetika, kloning, pola perineal, primer spesifik

Judul: Deteksi Dan Identifikasi Spesies Nematoda Puru Akar Meloidogyne Penyebab Umbi Berbintil Pada Kentang
Abstrak: Kentang (Solanum tuberosum L.) adalah tanaman dari famili Solanaceae yang merupakan tanaman pangan keempat utama dunia sesudah gandum, jagung dan padi. Indonesia merupakan salah satu produsen kentang di Asia Tenggara dengan sentra produksi utama di Pulau Jawa, yaitu di provinsi Jawa Barat, Jawa Tengah, dan Jawa Timur. Produksi kentang mengalami penurunan yang disebabkan oleh beberapa faktor salah satunya adalah gangguan hama dan penyakit. Nematoda puru akar/NPA (Meloidogyne spp.) adalah salah satu patogen pada kentang yang berdampak nyata dalam mengurangi kualitas dan kuantitas umbi kentang. Penelitian untuk mendeteksi dan mengidentifikasi spesies Meloidogyne pada kentang di pulau Jawa dilaksanakan di Laboratorium Nematologi Departemen Proteksi Tanaman IPB, Laboratorium Karantina Tumbuhan Tanjung Priok Wilker Pos Bogor, dan Laboratorium Karantina Tumbuhan BBKP Soekarno-Hatta. Contoh umbi kentang yang sakit yaitu umbi berbintil diambil dari Pangalengan (Jawa Barat), Banjarnegara (Jawa Tengah), dan Kota Batu (Jawa Timur). Penelitian dilaksanakan dari bulan Oktober 2014 hingga Maret 2015. Identifikasi secara morfologi dilakukan terhadap pola perineal (sidik pantat) nematoda betina. Identifikasi secara molekuler menggunakan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) dilanjutkan dengan sikuensing fragmen DNA dan analisis filogenetik. DNA nematoda berasal dari ekstraksi nematoda betina dan diamplifikasi dengan PCR menggunakan primer spesifik untuk Meloidogyne incognita (MI-F dan MI-R), M. arenaria (Far dan Rar), dan M. javanica (Fjav dan Rjav). Primer multipleks, yaitu JMV1, JMV2, dan JMV-hapla digunakan untuk mendeteksi M. hapla, M. falax, dan M. chitwoodi. Gejala penyakit oleh NPA di lapangan ditemukan bervariasi, antara lain permukaan umbi tidak rata, bergelombang, tidak normal, dan berbintil dan terkadang disertai dengan adanya infeksi dari patogen lain sehingga umumnya umbi cepat busuk. Pada bagian dalam umbi terdapat bercak-bercak berwarna krem kekuningan (nekrosis) yang terdiri atas nematoda betina dan massa telur. Hasil identifikasi berdasarkan karakter morfologi diikuti (konfirmasi) identifikasi secara molekuler dengan PCR menunjukkan bahwa spesies yang berasosiasi dengan umbi berbintil pada kentang di tiga sentra produksi kentang di Pulau Jawa adalah M. arenaria, M. javanica, dan M. incognita. M. incognita dan M. javanica terdeteksi di Pangalengan, Banjarnegara, dan Kota Batu sedangkan M. arenaria hanya terdeteksi di Pangalengan dan Banjarnegara. Produk PCR kemudian digunakan untuk sikeunsing untuk menunjukkan adanya hubungan filogenetik dan homologi dengan isolat dari negara lain. Isolat M. javanica asal Pangalengan berkerabat sangat dekat dengan isolat M. javanica asal Cina dan Malaysia dengan tingkat homologi yang tinggi yaitu berturut-turut sebesar 95.7% dan 95.4%. Isolat M. incognita asal Pangalengan memiliki hubungan kekerabatan yang sangat dekat dengan isolat asal Cina, India, dan 5 Malaysia dan memiliki nilai homologi yang tinggi dengan M. incognita asal Cina, India, dan Malaysia berturut-turut sebesar 99.8%, 99.6%, dan 99.2%.
Keyword: filogenetik, M. arenaria, M. javanica, M. incognita, pola perineal

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: