Judul: Bakteri Endofit Asal Tanaman Mentimun, Paria, dan Oyong sebagai Pemacu Pertumbuhan dan Anti-Quorum Sensing
Abstrak: Bakteri endofit merupakan mikroba yang mampu hidup dalam jaringan tanaman tanpa membahayakan inangnya. Bakteri endofit mempunyai kemampuan untuk menghasilkan hormon auksin yang dapat membantu pertumbuhan dan perkembangan tanaman serta dapat mengendalikan patogen tanaman. Mekanisme anti-quorum sensing (anti-QS) merupakan salah satu alternatif pengendalian bakteri patogen dengan menggunakan bakteri endofit yang lebih aman dan tidak menyebabkan resistensi. Penelitian ini bertujuan mengisolasi dan menyeleksi bakteri endofit yang dapat memacu pertumbuhan tanaman dan menghasilkan anti- QS untuk pengendalian patogen tanaman. Bakteri endofit diisolasi dari tanaman mentimun, paria, dan oyong sehat di antara hamparan tanaman yang sakit. Isolat bakteri endofit selanjutnya diseleksi dengan uji hipersensitif dan uji hemolisis pada media agar darah. Isolat bakteri diuji lebih lanjut untuk mengetahui produksi IAA dan anti-QS. Gen penyandi AHL-laktonase isolat bakteri endofit potensial dideteksi dengan PCR. Karakterisasi bakteri endofit potensial dilakukan dengan mengamati morfologi koloni dan pengujian Gram bakteri. Selanjutnya bakteri endofit potensial yang dapat menghasilkan senyawa IAA dan anti-QS di uji in planta terhadap bibit mentimun. Hasil isolasi bakteri endofit didapatkan 170 bakteri yang terdiri dari 64 bakteri asal mentimun, 49 bakteri asal paria, dan 57 bakteri asal oyong. Hasil uji hipersensitif terhadap 170 isolat terdapat tiga bakteri yang menunjukkan reaksi hipersensitif positif. Hasil uji hemolisis dari 167 isolat bakteri terdapat delapan isolat hemolisis alfa dan satu isolat hemolisis beta. Penapisan penghasil IAA dari 156 isolat bakteri menunjukkan 53 bakteri yang dapat menghasilkan hormon IAA dengan konsentrasi terendah sebesar 0.03 ppm dan konsentrasi tertinggi sebesar 27.57 ppm. Penapisan bakteri penghasil anti-QS yang dilakukan terhadap 53 bakteri yang menghasilkan IAA didapatkan 12 isolat bakteri yang dapat menghasilkan zona penghambatan produksi violacein pada Chromobacterium violaceum. Hasil deteksi gen penyandi AHL-laktonase menunjukkan dua isolat yang positif teramplifikasi gen aiiA yaitu isolat PDK06 dan ODW02. Pengujian yang dilakukan terhadap vigor benih menunjukkan bahwa perlakuan bakteri tidak berpengaruh nyata terhadap daya berkecambah, indeks vigor, dan potensi tumbuh maksimum. Pengujian yang dilakukan terhadap pertumbuhan bibit menunjukkan bahwa isolat PDK04 merupakan isolat potensial yang dapat mempengaruhi bobot kering, panjang akar dan panjang tajuk bibit mentimun.
Keyword: AHL, gen aiiA, IAA

Judul: Isolasi, Seleksi, Dan Identifikasi Bakteri Endofit Sebagai Agens Penginduksi Ketahanan Tanaman Padi Terhadap Penyakit Hawar Daun Bakteri
Abstrak: Hawar daun bakteri (HDB) yang disebabkan Xanthomonas oryzae pv. oryzae menjadi salah satu masalah besar dalam produksi padi di Indonesia. Salah satu upaya pengendalian yang dapat dilakukan yaitu dengan pemanfaatan agens hayati seperti bakteri endofit. Bakteri endofit merupakan bakteri yang dapat mengolonisasi jaringan internal tanaman tanpa menyebabkan kerusakan pada inangnya. Bakteri ini memiliki mekanisme induksi ketahanan tanaman atau dikenal dengan induced systemic resistance (ISR) dalam pengendalian penyakit. Namun potensinya sebagai agens penginduksi ketahanan tanaman terhadap penyakit hawar daun bakteri serta pengaruhnya terhadap pertumbuhan dan hasil panen padi sejauh ini belum banyak diketahui. Penelitian ini bertujuan mengisolasi, menyeleksi, dan menguji kemampuan bakteri endofit asal tanaman padi sebagai agens penginduksi ketahanan tanaman serta mengetahui pengaruhnya terhadap pertumbuhan dan hasil panen padi. Selain itu untuk mengidentifikasi bakteri endofit yang potensial sebagai agens penginduksi ketahanan tanaman padi terhadap penyakit HDB. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Bakteriologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, dan Rumah Kaca Cikabayan, IPB mulai bulan Juni 2013 sampai Desember 2014. Bakteri endofit yang digunakan merupakan hasil isolasi dari tanaman padi sehat yang berada diantara tanaman sakit akibat HDB. Isolat bakteri endofit hasil isolasi diseleksi berdasarkan viabilitas dan morfologi koloni, pengaruhnya terhadap induksi ketahanan dan pertumbuhan padi di pembibitan, serta uji reaksi hipersensitif pada tanaman tembakau. Bakteri endofit hasil seleksi selanjutnya diuji pada percobaan rumah kaca. Parameter yang digunakan meliputi ekspresi gen PR1 dan PBZ1, aktivitas enzim peroksidase, periode inkubasi, dan perkembangan penyakit HDB. Selain itu juga diamati pengaruhnya terhadap pertumbuhan dan hasil panen padi dengan parameter daya berkecambah, indeks vigor benih, pertambahan tinggi tanaman, jumlah anakan maksimum, jumlah anakan produktif, bobot kering, dan kadar air gabah. Perlakuan bakteri endofit di rumah kaca terdiri dari W1 (aplikasi bakteri endofit pada benih saja), W2 (aplikasi bakteri endofit pada benih dan 4 MST), dan W3 (aplikasi bakteri endofit pada benih, 4, dan 6 MST). Bakteri endofit yang potensial sebagai agens penginduksi ketahanan tanaman padi dan berpengaruh baik terhadap pertumbuhan dan hasil panen padi selanjutnya diidentifikasi menggunakan teknik molekuler berdasarkan sekuen 16S rRNA. Hasil isolasi diperoleh 549 isolat bakteri endofit. Isolat bakteri endofit dari bagian akar sebanyak 225 isolat (38%), dari bagian batang sebanyak 236 isolat (40%), dan dari bagian daun sebanyak 133 isolat (22%). Hasil seleksi menunjukkan bahwa 370 isolat dari 549 isolat bakteri endofit hasil isolasi memiliki viabilitas yang baik dan morfologi koloni yang berbeda. Selanjutnya 14 dari 370 isolat menunjukkan kemampuan menginduksi ketahanan atau memacu pertumbuhan padi di pembibitan, namun hanya 7 isolat diantaranya yang tidak ii menyebabkan reaksi hipersensitif pada tanaman tembakau. Tujuh isolat bakteri endofit tersebut adalah EA2 154, EB3 307, EB4 451, EB4 452, EB6 748, ED1 63, dan ED4 467. Hasil pengujian di rumah kaca menunjukkan bahwa ketujuh isolat yang diujikan mampu menginduksi ekspresi gen PR1 dan PBZ1, dan 4 diantaranya mampu meningkatkan aktivitas enzim peroksidase (EB4 451, EB4 452, EB6 748, dan ED4 467). Selain itu 4 isolat mampu memperpanjang periode inkubasi (EA2 154, EB4 451, EB6 748, dan ED4 467) dan 2 isolat mampu menghambat perkembangan penyakit HDB (EB4 451 dan ED1 63). Secara umum perlakuan bakteri endofit tidak berpengaruh nyata terhadap pertumbuhan dan hasil panen padi, kecuali terhadap daya
Keyword: bakteri endofit, gen PR1 dan PBZ1, padi, ISR

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: