Judul: Cowpea mild mottle virus; Keragaman Genetik, Kisaran Inang, Potensi Tular Benih pada Kedelai, dan Epidemi Penyakit.
Abstrak: Kedelai merupakan salah satu komoditas pangan utama di Indonesia setelah padi dan jagung. Produktivitas kedelai saat ini masih di bawah target pemerintah untuk mencapai swasembada kedelai. Oleh karena itu sejak tahun 2015 pemerintah melalui Kementerian Pertanian mengupayakan swasembada kedelai melalui program Upaya Khusus Padi Jagung Kedelai (Upsus Pajale). Program tersebut dilaksanakan dengan perluasan lahan tanam serta peningkatan produktivitas di sentra-sentra budidaya tanaman pangan. Berbagai faktor yang dapat meningkatkan daya hasil tanaman kedelai perlu untuk diperhatikan dan diterapkan. Penelitian dilakukan dengan tujuan utama mempelajari sifat-sifat CPMMV dan status tular benihnya pada kedelai di Indonesia. Salah satu kendala dalam budidaya kedelai adalah infeksi virus yang dapat menyebabkan penyakit penting dan menurunkan produktivitas tanaman kedelai. Cowpea mild mottle virus (CPMMV) merupakan salah satu virus yang dilaporkan menjadi penyakit endemik di pertanaman kedelai di Jawa dan Sumatera. Survei telah dilakukan untuk memperbaharui status daerah sebar CPMMV pada kedelai di Indonesia. Selain itu dilakukan juga penelitian untuk mendapatkan karakter molekuler, serta variasi genetik CPMMV dari beberapa daerah budidaya kedelai di Indonesia. Hasil survei tahun 2014-2015 mengonfirmasi CPMMV sebagai virus yang paling banyak dideteksi dari sampel tanaman kedelai asal Jawa Barat (Cirebon, Cianjur, Bogor), Daerah Istimewa Yogyakarta (Bantul), Jawa Timur (Ngawi), Sumatera Selatan (Musi Banyuasin), Bengkulu (Sungai Hitam), Jambi (Kota Baru), dan Sulawesi Tenggara (Kendari). Selain CPMMV, juga berhasil dideteksi Cucumber mosaic virus (CMV), Soybean mosaic virus (SMV), dan Mungbean yellow mosaic India virus (MYMIV) pada sampel hasil survei. Lima klon DNA coat protein CPMMV asal Bantul, Musi Banyuasin, Cirebon, Kendari dan Cianjur berhasil diperoleh dan sudah dilakukan sikuensing. Homologi sikuen diantara CPMMV isolat Indonesia berkisar antara 88.2-99.8%; sedangkan homologinya dengan CPMMV isolat Taiwan dan China berkisar 88.2-98.6%. Berdasarkan analisis filogenetik diketahui bahwa CPMMV isolat Bantul, Cirebon, Musi Banyuasin (Palembang) membentuk satu kelompok dengan CPMMV isolat Taiwan (nomor aksesi JX020701); sedangkan CPMMV isolat Cianjur lebih dekat dengan isolat China (nomor aksesi KX534092); dan CPMMV isolat Kendari lebih dekat dengan isolat Puerto Rico (nomor aksesi GU191840), Brazil (nomor aksesi KC884247), dan USA (nomor aksesi KC774020). Perbedaan kisaran inang, dan keragaman gejala infeksi CPMMV telah banyak dilaporkan. Namun, CPMMV belum pernah dilaporkan menyebabkan infeksi alami pada tanaman lain selain kedelai di Indonesia. Pengujian kisaran inang telah dilakukan pada beberapa tanaman Leguminoceae (Vigna unguiculata subsp. sesquipedalis, V. radiata, Phaseolus vulgaris, Arachis hypogaea, dan Glycine max), Solanaceae (Lycopersicum esculentum, Solanum melongena, Nicotiana tabacum, dan N. benthamiana), Amaranthaceae (Gomphrena globosa), dan Chenopodiaceae (Chenopodium amaranticolor) menggunakan dua isolat CPMMV, yaitu isolat CR16 (asal Cirebon) dan KN10 (asal Kendari). Selain itu juga diuji respons 10 varietas kedelai terhadap infeksi CPMMV. Metode inokulasi CPMMV pada tanaman uji adalah secara mekanis. Infeksi CPMMV pada tanaman uji dikonfirmasi dengan metode dot immunobinding assay (DIBA) menggunakan antiserum spesifik CPMMV. Hasil pengujian kisaran inang menunjukkan bahwa diantara 11 tanaman uji, gejala lokal hanya muncul pada C. amaranticolor dan G.globosa; sedangkan gejala sistemik ditemukan pada 9 tanaman uji lainnya. Semua tanaman uji yang menunjukkan gejala sistemik dapat menimbulkan infeksi CPMMV saat diinokulasi kembali pada tanaman kedelai. Hal ini menunjukkan potensi tanaman Leguminoceae dan Solanaceae sebagai sumber inokulum CPMMV pada tanaman kedelai. Varietas ‘Argomulyo’, dan ‘Grobogan’ tahan CPMMV isolat CR16; namun, tidak
Keyword: insidensi penyakit, kehilangan hasil, penyakit belang, survei

Judul: Deteksi Virus Pada Kedelai Di Jawa Dan Respons Ketahanan Sembilan Varietas Terhadap Cucumber Mosaic Virus Strain Soybean
Abstrak: Kedelai (Glycine max [L.] Merrill) merupakan salah satu komoditas pangan penting di Indonesia. Namun produksinya belum mencukupi kebutuhan nasional sehingga kebutuhan kedelai dicukupi dengan importasi benih. Faktor pembatas menurunnya produktivitas kedelai salah satunya adalah gangguan hama dan penyakit tanaman. Penyakit tanaman kedelai yang disebabkan infeksi virus dapat mempengaruhi hasil panen secara kualitas dan kuantitas. Oleh karena importasi benih kedelai di Indonesia cukup tinggi, untuk mempertahankan dan meningkatkan produksi kedelai, maka perlu dilakukan pemutakhiran informasi terkait virus di lapangan. Penelitian bertujuan mendeteksi virus yang menginfeksi kedelai di beberapa lokasi di Jawa dan mengevaluasi respons ketahanan sembilan varietas terhadap infeksi virus yang dominan ditemukan. Survei dan pengambilan sampel dilakukan di Kecamatan Cikarawang dan Kecamatan Bogor Barat, Kabupaten Bogor (Jawa Barat), Kecamatan Gempol, Kabupaten Cirebon (Jawa Barat), Kecamatan Kasihan, Kabupaten Bantul (DI Yogyakarta), dan Kecamatan Babadan, Kabupaten Ponorogo (Jawa Timur). Sampel diambil sebanyak masingmasing 50 tanaman dengan metode purposive sampling dari setiap lokasi. Insidensi penyakit virus ditentukan secara serologi dengan mengggunakan antiserum Cucumber mosaic virus (CMV), Soybean mosaic virus (SMV), Cowpea mild mottle virus (CPMMV), dan Bean pod mottle virus (BPMV). Virus yang dominan selanjutnya dideteksi dengan RT-/PCR menggunakan primer spesifik, dan atau universal, kemudian dirunut sekuen nukleotidanya. Insidensi penyakit oleh CMV, SMV, dan CPMMV berturut-turut berkisar 72–84%, 14–24%, dan 6–8%; sedangkan BPMV tidak terdeteksi dari semua sampel. Gejala cupping dan menguning terdeteksi oleh antiserum CMV, CMV dan SMV merupakan virus yang dominan ditemukan. RT-PCR dengan primer spesifik gen CI SMV, DNA tidak teramplifikasi, namun berhasil teramplifikasi dengan primer universal Potyvirus. CMV teramplifikasi dengan primer spesifik gen CP dan DNA teramplifikasi dari gejala “cupping” dan menguning dengan primer universal Geminivirus. Homologi nukleotida tertinggi CMV terhadap CMV strain S asal Bogor (99.3%). Homologi Potyvirus tertinggi terhadap BCMV isolat Mungbean asal Cina dan strain Blackeye asal Vietnam (88.3%). Homologi Geminivirus tertinggi terhadap Pepper yellow leaf curl virus (PYLCV) asal Bogor dan Jawa (95.5%). Analisis filogenetika menunjukkan CMV-S berada dalam satu kelompok terpisah dari CMV strain lainnya. BCMV pada kedelai dalam penelitian ini membentuk kelompok terpisah dari BCMV asal negara lain, sedangkan PYLCV isolat kedelai membentuk satu kelompok dengan PYLCV isolat cabai asal Bogor dan Jawa. Penanaman varietas unggul yang tahan virus adalah salah satu strategi pengendalian yang paling baik. Berdasarkan hasil deteksi serologi, CMV-S merupakan virus yang dominan di Jawa. Uji respons ketahanan terhadap CMV-S dilakukan pada percobaan rumah kaca menggunakan sembilan varietas kedelai yaitu Argomulyo, Anjasmoro, Burangrang, Cikuray, Detam-1, Detam-2, Grobogan, Sinabung, dan Wilis. Inokulasi dilakukan secara mekanis pada daun yang membuka penuh. Tiap varietas terdiri atas 15 tanaman sebagai ulangan. Respons ketahanan terhadap inokulasi mekanis CMV-S diukur berdasarkan beberapa parameter penilaian penyakit (periode inkubasi, tipe gejala, keparahan penyakit, indeks keparahan penyakit, titer virus) dan parameter pertumbuhan tanaman (tinggi tanaman, masa berbunga, dan jumlah bunga). Varietas Grobogan memiliki periode inkubasi terpendek yaitu 8-14 hari setelah inokulasi, sedangkan varietas Detam-1 dan Burangrang memiliki periode inkubasi terpanjang yaitu 14-19 hari setelah inokulasi. Tipe gejala penyakit yang muncul bervariasi tergantung varietas. Indeks keparahan penyakit tertinggi pada varietas Grobogan yaitu 6.13 dengan ratio nilai absorbansi ELISA (NAE) sebesar 4.01 kali dari NAE kontrol negatif, sedangkan indeks keparahan penyakit terendah pada
Keyword: Insidensi penyakit, indeks keparahan penyakit, kedelai, RT-PCR, varietas tahan

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: