Judul: Verifikasi Metode Ekstraksi Fenol Kloroform untuk Isolasi DNA pada Daging dan Produk Olahan
Abstrak: Ekstraksi DNA yang merupakan prosedur rutin dalam analisis molekular menjadi titik kritis dan sangat mempengaruhi hasil analisis. Salah satu metode ekstraksi yang banyak digunakan adalah metode fenol kloroform. Verifikasi terhadap metode ini sangat diperlukan untuk membuktikan bahwa laboratorium yang bersangkutan mampu melakukan pengujian menggunakan metode tersebut dengan hasil yang valid. Penelitian ini bertujuan memverifikasi metode ekstraksi DNA metode fenol kloroform pada daging segar dan daging olahan dengan menggunakan presisi ketertiruan (repeatibility), keseksamaan (reproducibility), dan ketangguhan metode (ruggedness). Tolak ukur analisis ini adalah kemurnian DNA yang diukur menggunakan spektrofotometer nanodrop. Berdasarkan hasil penelitian, uji presesi ketertiruan (repeatibility) yang dilakukan oleh seorang laboran dan uji presisi keseksamaan (reproducibility) yang dilakukan tiga analis yang berbeda menunjukkan nilai simpangan baku relatif (SBR) di bawah 5% pada tiap sampel yang diuji. Hal ini menunjukkan bahwa metode ekstraksi yang digunakan memiliki nilai presisi yang baik, sehingga hasil yang didapat akan sama walaupun dilakukan berulang dan oleh analis yang berbeda. Berdasarkan uji ketangguhan yang dilakukan menunjukkan bahwa volume fenol dan klororform isoamil alkohol (CIAA) optimal yang diberikan yaitu masing-masing 400 μL, serta bobot sampel yang digunakan yaitu 0.075 g untuk meningkatkan efisiensi metode.
Keyword: ekstraksi DNA, fenol kloroform, ketangguhan, presisi, verifikasi

Judul: Perbandingan Dua Metode Isolasi DNA pada 49 Jenis Kayu Tropis
Abstrak: Keberhasilan ekstraksi DNA (Deoxyribonucleic Acid) sangat penting bagi proses investigasi genetika kehutanan molekuler. Penggunaan sampel biasanya berupa organ tanaman hutan yang lunak dan muda karena memiliki sumber DNA yang bagus. Namun, jenis sampel tersebut tidak dapat diperoleh dalam kasus tertentu seperti untuk tujuan forensik. Sebagai penggantinya, kayu memiliki potensi sebagai sumber DNA dimana metode ekstraksinya sudah dikembangkan dengan berbagai tingkat keberhasilan, akan tetapi pengujian efektifitasnya pada kayu tropis yang tumbuh di Indonesia belum pernah dilaporkan. Tujuan penelitian ini adalah untuk membandingkan hasil isolasi DNA dari berbagai jenis sampel kayu kering dan segar menggunakan dua metode isolasi yaitu Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide (CTAB) dan Qiagen DNeasy Plant Mini Kit (QDPMK). Hasil ekstraksi divisualisasi dalam gel agarosa, dikuantifikasi menggunakan Nanophotometer NP80 Implen dan diamplifikasi menggunakan dua primer universal yaitu ITS dan rbcL. Hasil ekstraksi sampel kayu kering tidak tervisualisasi pada gel sedangkan sampel kayu segar menunjukkan sapuan (smear) yang cukup tebal untuk kedua metode ekstraksi. Hasil uji kuantitas menunjukkan bahwa sampel yang diekstraksi menggunakan metode CTAB memiliki konsentrasi lebih banyak dibandingkan dengan metode QDPMK pada kedua jenis sampel, namun memiliki nilai optical density ratios diluar rentang kemurnian (λ260/280 : 1,8 – 2,0 dan λ260/230 : 2,0). Keberhasilan proses amplifikasi primer ITS dan rbcL pada sampel kering cukup rendah namun tidak berbeda jauh pada kedua metode. Hasil amplifikasi ITS dan rbcL pada sampel kayu segar memiliki keberhasilan yang cukup tinggi.
Keyword: Amplifikasi, CTAB, DNA, Ekstraksi, QDPMK

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: