Judul: Identifikasi Keragaman Genetik Klon Karet dengan Teknik Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP).
Abstrak: Tanaman karet di Indonesia telah banyak dikembangkan dalam bentuk klonklon unggul. Proses pemuliaan dengan mengidentifikasi keragaman genetik secara molekuler, salah satunya dengan teknik AFLP, memiliki tingkat polimorfisme dan pengulangan yang tinggi. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi keragaman genetik klon karet. Sebanyak 3 klon karet, IRR 104, RRIM 600, dan PR 300 masing-masing diisolasi DNA genomnya, kemudian direstriksi menggunakan dua enzim restriksi, diligasikan terhadap adapter, dilakukan preamplifikasi dan diamplifikasi menggunakan 64 kombinasi pasangan primer serta analisis hasil elektroforesis dari elektroferogram gel poliakrilamid 6 %. Sebanyak 1023 pita AFLP telah dihasilkan. Keseluruhan pita polimorfis diubah menjadi dendrogram dengan kesamaan genetik ketiganya sebesar 29 %. Selanjutnya garis dendrogram terpisah menjadi dua kelompok, kelompok 1 terdiri dari klon IRR 104 dan RRIM 600 dengan kesamaan genetik sebesar 43 %. Kelompok 2 yang hanya terdiri dari klon PR 300. Informasi dendrogram yang diperoleh telah menunjukkan keragaman genetik ketiga klon karet yang bersifat polimorfis.
Keyword: klon karet, AFLP, polimorfisme, keragaman genetik

Judul: Analisis sebaran genetik hasil persilangan tanaman karet RRIM 600 dan PN 1546 menggunakan teknik RAPD
Abstrak: Siklus pemuliaan tanaman karet (Hevea brasiliensis Muell Arg.) yang membutuhkan waktu 25-30 tahun merupakan permasalahan dalam perakitan klon unggul karet. Deteksi dini klon unggulan karet dibutuhkan untuk menyelesaikan permasalahan ini, salah satunya dapat diatasi dengan memanfaatkan teknik random amplified polymorphic DNA (RAPD) yang merupakan salah satu jenis penanda molekuler DNA. Teknik RAPD dapat digunakan untuk melihat keragaman genetik melalui deteksi pola polimorfisme ruas nukleotida. Penelitian ini bertujuan untuk melihat keragaman genetik tanaman karet hasil persilangan jauh antara klon karet RRIM 600 dengan PN 1546 menggunakan teknik RAPD. Amplifikasi DNA dilakukan dengan menggunakan 16 primer kombinasi dan 40 primer RAPD. Pengolahan data dilakukan dengan menggunakan program NTSYS 2.02. Amplifikasi DNA dengan 16 primer kombinasi menghasilkan lima kandidat primer penanda molekuler, primer D spesifik untuk RRIM 600, primer C dan M spesifik untuk PN 1546, sedangkan primer N dan I spesifik untuk perpaduan kedua sifat tetua. Hasil amplifikasi DNA dengan 40 primer OPH-OPJ (1-20) menggunakan metode RAPD memperlihatkan keragaman genetik yang tinggi dengan nilai koefisien yang diperoleh sebesar 0.89-0.98. Terbentuk dua kelompok besar pada koefisien 0.89 untuk 27 tanaman karet. Dendogram hasil analisis juga memperlihatkan dua tetua terpisah pada percabangan yang berbeda yang menunjukkan bahwa kedua tetua memiliki hubungan kekerabatan yang jauh.
Keyword: RAPD technique, Eschercia coli, Hevea brasiliensis, Bogor Agricultural University, Institut Pertanian Bogor, IPB

Judul: Numerical modeling of the hydrodynamics of standing wave and scouring in front of impermeable breakwater with different steepnesses
Abstrak: The aim of this paper is to numerically study the effects of breakwater steepness on the hydrodynamics of standing wave and scouring process in front of impermeable breakwaters. A two-dimensional hydrodynamics model based on the Reynolds Averaged Navier–Stokes (RANS) equations and the Volume of Fluid (VOF) method was developed and then combined with an empirical sediment transport model. Comparisons with an analytical solution and experimental data showed the present model is very accurate in predicting the near bottom velocity and capable of simulating the scour/deposition patterns consistent with experimental data. It was found that the additional terms of bottom shear stress in the momentum equations are necessary to produce a physical scouring pattern. Different breakwater steepnesses produce different characteristics of standing wave, the steady streaming system, and scouring pattern in front of the breakwaters, which also affects the correlations between them. An additional analysis of the turbulence field parameters and the sediment transport rate was also performed. All these important information will be presented in details in this paper and can be worthwhile for designing the breakwater in coastal areas.
Keyword: The RANS–VOF model Standingwave Steadystreamingsystem Scouring pattern Breakwatersteepness