Judul: Aplikasi Marka Molekuler untuk Seleksi Ketahanan Blas pada Populasi Padi Haploid Ganda
Abstrak: Penyakit blas, disebabkan oleh cendawan Pyricularia grisea Sacc., merupakan salah satu penyakit yang merusak pada padi. Penggunaan varietas tahan blas adalah salah satu cara paling efisien untuk melindungi padi dari penyakit ini. Varietas tahan blas dapat diproduksi melalui program pemuliaan. Penggunaan marker-assisted selection (MAS) tersedia untuk membantu seleksi galur tahan berdasarkan gen ketahanan. Program pemuliaan varietas tahan blas dapat dikombinasikan dengan pendekatan kultur antera untuk memproduksi galur haploid ganda terfiksasi agar lebih efisien. Ketahanan terhadap penyakit blas terjadi berdasarkan interaksi gene-to-gene antara gen ketahanan pada tanaman inang dan gen avirulen pada patogen blas. International Rice Research Institute (IRRI) telah mengembangkan set varietas padi diferensial, di mana setiap varietas memiliki gen ketahanan tunggal yang teridentifikasi. Penggunaan set varietas diferensial memungkinkan kita untuk membandingkan respons ketahanan terhadap patogen blas tertentu dan untuk mengidentifikasi gen ketahanan yang bertanggung jawab melindungi tanaman dari patogen blas berdasarkan teori gene-to-gene. Tujuan penelitian ini yaitu: (1) membandingkan respons ketahanan galur haploid ganda dari persilangan ganda IR54/Parekaligolara//Bio110/Markuti dengan sistem diferensial standar terhadap tiga ras blas dari kawasan Indonesia terseleksi; (2) mengidentifikasi gen ketahanan blas pada populasi haploid ganda yang diuji menggunakan marka molekuler untuk gen Pi1, Pi2, Pi9, Pi33, Pib, Pir4, dan Pir7; serta (3) mengidentifikasi potensi gen-gen yang memiliki kontribusi membentuk ketahanan blas berdasarkan analisis asosiasi antara data fenotipe respons ketahanan dan data genotipe menggunakan marka molekuler. Empat puluh sembilan galur haploid ganda dari persilangan ganda IR54/Parekaligolara//Bio110/Markuti diseleksi menggunakan marka gen Pib, Pi1, Pi2, Pi9, Pi33, Pir4, dan Pir7. Untuk membandingkan seleksi fenotipe digunakan varietas diferensial yang terdiri atas 10 galur monogenik dengan background genetik LTH. Semua tanaman diinokulasi dengan 3 isolat dari genotipe PH14. Hasil menunjukkan ras 173 memiliki virulensi paling luas terhadap set varietas diferensial. Berdasarkan sistem penentuan respons ketahanan menurut Hayashi et al. (2009), gen Pish, Pi5, Pi1, Piz, dan Pita bertanggung jawab melindungi tanaman dari ras 123. Gen Pia, Pish, Pi5, Pikm, Pi1, Pita, dan Pita2 bertanggung jawab melindungi tanaman dari ras 133. Gen Pia, Piz, dan Pita2 bertanggung jawab melindungi tanaman dari ras 173. Respons ketahanan yang hampir sama juga ditunjukkan berdasarkan IRRI (1996) kecuali respons terhadap ras 133, varietas diferensial yang memiliki gen Pia rentan terhadap ras ini. Hasil ini mengindikasikan bahwa gen Pia tidak berkontribusi melindungi tanaman dari ras 133. Galur monogenik LTH dikelompokkan dalam 5 kelompok patotipe berdasarkan respons patotipe terhadap isolat blas diferensial Jepang. Pada pengelompokan tersebut, galur-galur dari kelompok patotipe yang sama memiliki respons patotipe yang sama terhadap isolat blas diferensial Jepang, namun hasil menunjukkan gen-gen ketahanan dari varietas diferensial pada kelompok patotipe yang sama belum tentu memiliki respons patotipe yang sama terhadap ketiga isolat. Hal ini mengindikasikan galur monogenik LTH tidak dapat digunakan sebagai pembanding respons ketahanan tanaman terhadap isolat blas di Indonesia. Berdasarkan evaluasi fenotipe terhadap 49 galur haploid ganda, 2 galur tahan terhadap ras 123; 38 galur medium tahan, dan 9 galur bersifat rentan. Dua puluh satu galur tahan terhadap ras 133, 17 galur medium tahan, dan 11 galur bersifat rentan. Dua galur tahan terhadap ras 173, 21 galur medium tahan, dan 26 galur bersifat rentan. Hasil reaksi PCR menunjukkan 8 primer mampu mengamplifikasi fragmen DNA
Keyword: marka molekuler, penyakit blas, populasi haploid ganda, Pyricularia grisea

Judul: Uji ketahanan galur-galur padi gogo hasil seleksi di tanah masam Jasinga terhadap penyakit blas, Pyricularia oryzae
Abstrak: Penelitian ini dilakukan untuk menguji ketahanan galur-galur padi gogo hasil seleksi tanah masam terhadap penyakit blas (Pyricularia oryzae) ras 033 dan 173 yang dilaksanakan di rumah kasa RPI Balitbiogen, Cimanggu, Bogor. IPB Penelitian ini menggunakan 40 galur padi gogo hasil seleksi di tanah masam, 7 tetua yaitu Krowal. Situ Gintung, Jati Luhur, IR 64, Gajah Mungkur, CT6510-24-1-3 dan B850-TB-9-0-3 serta dua varietas pembanding yaitu Asahan sebagai pembanding tahan dan Kencana Bali sebagai pembanding peka. Bahan inokulum yang digunakan yaitu ras 033 dan ras 173. Pengujian ketahanan terhadap penyakit blas ini dilakukan dengan metode inokulasi buatan. Rancangan percobaan yang digunakan adalah rancangan petak terbagi dua faktor dengan isolat blas sebagai petak utama dan galur-galur padi gogo sebagai anak petak. Percobaan ini diulang sebanyak tiga kali. Hasil pengamatan terhadap intensitas serangan menunjukkan bahwa terdapat 13 galur bersifat tahan terhadap inokulasi ras 033 dan terdapat 35 galur galur bersifat tahan terhadap inokulasi ras 173 serta terdapat 12 galur yang tahan terhadap kedua ras yaitu galur PMT 07-J-8-4, PMT 12-J-09-01, PMT 01-J-15-8, PMT 07-J-18-3, PMT 7-J-12-6, PMT 12-J-12-10. PMT 10-J-03-8, PMT 16-J-10- 7, PMT 14-J-15-4, PMT 12-J-09-07, PMT 16-J02-10 dan PMT 08-J-07-10. Uji korelasi pada karakter ketahanan menunjukkan nilai koefisien korelasi yang nyata diantara semua karakter yang diamati. Hal ini menunjukkan bahwa karakter-karakter ketahanan yang diamati dapat dijadikan sebagai karakter sekunder untuk seleksi secara tidak langsung. Karakter jumlah daun terserang adalah karakter paling efektif yang dapat dijadikan karakter sekunder untuk seleksi tidak langsung karena mempunyai nilai korelasi paling besar dan lebih mudah untuk diamati. ...
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: