Judul: Analysis of Long-Read Sequences DNA on Merbau (Intsia bijuga), Sandalwood (Santalum album), and Moringa (Moringa oleifera)
Abstrak: Informasi genetik dapat digunakan dalam upaya konservasi dengan menduga keragaman genetik melalui penggunaan marka genetik. Sekuens DNA dapat diperoleh melalui tahap ekstraksi, isolasi, dan sekuensing. Sekuensing dapat dilakukan menggunakan mesin dengan teknologi terbaru seperti teknologi ONT, namun jarang sekali diaplikasikan pada pohon hutan. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan sekuens DNA dan melakukan analisis filogenetik beberapa jenis pohon hutan, yaitu merbau (Intsia bijuga), cendana (Santalum album), dan kelor (Moringa oleifera). Tahapan penelitian mencakup perolehan data hasil sekuensing dan basecalling, quality check, assembly, polishing, anotasi, analisis kekerabatan, serta konstruksi pohon filogenetik. Analisis kekerabatan dilakukan menggunakan DNA sekuens berupa intergenic spacer trnH-psbA, accD, dan matK. Hasil analisis kekerabatan menunjukkan bahwa pohon filogenetik jenis merbau, cendana, dan kelor memiliki nilai bootstrap yang bervariasi yaitu masing-masing sebesar 0,965 (96,5%), 0,509 (50,9%), dan 0,798 (79,8%).
Keyword: accD, analisis filogenetik, long-read sequence, matK, trnH-psbA

Judul: Long-read Sequences Analysis with MinION Oxford Nanopore Technology of Ulin, Eboni, and Gaharu
Abstrak: Ulin (Eusideroxylon zwageri T. et B.), eboni (Diospyros rumphii), dan gaharu (Aquilaria beccariana) merupakan tiga jenis asli Indonesia yang menurut Redlist IUCN ketiga jenis ini berstatus kekurangan data dan rawan. Sehingga perlu upaya untuk melakukan rintisan sekuensing genom pohon dengan MinION Oxford Nanopore Technology (ONT). Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan data sekuens whole genome atau sebagian dari E. zwageri, D. rumphii, dan A. beccariana, kemudian digunakan untuk menganalisis kekerabatan genetik E. zwageri. Prosedur penelitian mencakup tahapan isolasi DNA dan proses sekuensing hingga analisis bioinformatika. Hasil menunjukkan bahwa sekuensing DNA E. zwageri, D. rumphii, dan A. beccariana menghasilkan urutan basa DNA yang terbaca sebesar 305,5 Mb, 3,25 Gb, dan 525,1 Mb dengan genom parsial kloroplas sebesar 109.485 bp, 144.351 bp, dan 157.265 bp. Analisis kekerabatan menunjukkan E. zwageri dengan menggunakan marka intergenic spacer psbA-trnH berada pada satu clade dengan genus Eusideroxylon lainnya sedangkan dengan marka trnK, E. zwageri asal Indonesia mempunyai kedekatan dengan genus Dahlgrenodendron dan Aspidostemon asal Afrika.
Keyword: DNA-seq, Eusideroxylon zwageri, MinION, psbA-trnH, trnK

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: