Judul: Profil Nutrisi dan Mikrobioma Biawak Kalimantan (Lanthanotus borneensis) menggunakan Next-Generation Sequencing
Abstrak: Biawak Kalimantan (Lanthanotus borneensis) merupakan salah satu satwa yang dilindungi oleh pemerintah Republik Indonesia. Tahun 2019, International Union for Coservation of Nature (IUCN) menetapkan L. borneensis sebagai spesies “endangered’. Penurunan populasi pada Biawak Kalimantan menjadi perhatian utama dalam upaya konservasi. Konservasi merupakan salah satu upaya dalam meningkatkan jumlah populasi Biawak Kalimantan. Upaya konservasi ini tidak hanya melibatkan pelestarian habitat alami, namun penangkaran yang efektif dan pemenuhan nutrisi hewan juga menjadi penting juga untuk dilakukan. Pakan yang diberikan kepada hewan dengan nutrisi yang tepat dapat memengaruhi performa, kesehatan dan reproduksi. Pengaruh pakan dalam meningkatkan performa seperti pertambahan bobot badan, meningkatkan kesehatan dan perkembangan satwa dapat diketahui dengan cara mengetahui diversitas komposisi mikrobiota. Mikrobiota didefinisikan sebagai kumpulan organisme yang hidup dan berinteraksi dengan tubuh inang. Sementara itu, mikrobioma mengacu pada materi genetik dari mikrobiota yang berada di lokasi tertentu dalam tubuh, termasuk bakteri, virus, jamur, eukariotik, dan arkaebakteria, yang secara kolektif membentuk mikrobioma usus di saluran pencernaan. Diversitas DNA spesies pada saluran pencernaan biawak yang tinggi membutuhkan pendekatan untuk mengamplifikasi keragaman tersebut. Belum adanya penelitian mengenai profil mikrobioma Biawak Kalimantan dengan pemberian pakan yang berbeda mendasari untuk dilakukannya penelitian ini. Tujuan dari penelitian ini untuk mengetahui profil mikrobioma dari pemberian berbagai macam pakan menggunakan NGS sehingga dapat ditemukan formulasi pakan yang sesuai sebagai upaya konservasi Biawak Kalimantan. Penelitian ini dilakukan dengan tiga jenis pakan yaitu cacing tanah, udang dan ikan. Komposisi kimia pakan dianalisis dengan metode proksimat yang meliputi kadar air, kadar abu, protein kasar, lemak kasar dan serat kasar. Periode perlakuan diawali penimbangan bobot badan awal biawak Kalimantan kemudian pakan diberikan selama 14 hari. Satu hari setelah perlakuan, dilakukan koleksi sampel feses dengan metode swab kloaka kemudian bobot badan akhir ditimbang lalu dianalisis secara statistika. Selanjutnya, DNA dari sampel feses diekstraksi, diamplifikasi PCR menggunakan primer 515F dan 806R lalu visualisasi dengan elektroforesis. gDNA disekuensing dengan menggunakan Next-Generation Sequencing (NGS) Illumina pada region V4 16S rRNA untuk melihat profil mikrobioma. Hasil menunjukkan bahwa pakan ikan dan udang memiliki komposisi protein serta lemak yang tinggi. Serat kasar dan bahan anorganik paling banyak ditemukan pada cacing. Performa pertambahan bobot badan yang signifikan ditunjukkan oleh perlakuan pakan udang dan ikan (p=0,05). Identifikasi 16S rRNA melalui (NGS) di region V4 pada tiga sampel menghasilkan taksonomi bakteri yang dibagi ke dalam 20 filum, 38 kelas, 80 ordo, 155 famili dan 225 genus. Biawak dengan perlakuan cacing dan ikan, pada tingkat filum didominasi oleh Proteobacteria dan Bakteriodota, filum Firmicutes lebih banyak ditemukan pada perlakuan udang. Komposisi paling melimpah pada tingkat famili paling banyak diisi oleh Alcaligenaceae dan Enterobacteriaceae namun pada perlakuan udang, Mycoplasmataceae lebih dominan. Proporsi jumlah bakteri dari berbagai jenis di tingkat famili pada perlakuan ikan terlihat relatif lebih seimbang dibandingkan cacing dan udang. Famili dari Weeksellaceae, Flavobacteriaceae, Synergistaceae, Pseudoamonacae, Commamonadeaceae, Vibrionaceae, Pseudoalteromonaceae, dan Bakteridaceae terdeteksi bahwa proporsi jumlahnya lebih seimbang dibandingkan pada cacing dan udang, perbandingan proporsi sekitar 2:7:2. Bakteri Weeksellaceae, Aeromonas, Pseudomonas dan Vibrio umum ditemukan pada saluran pencernaan hewan laut seperti ikan laut putih dan penyu (Burtseva et al. 2021). Pada tingkat genus, mikrobioma biawak dengan pakan cacing didominasi oleh genus Alcaligenes, sedangkan pada biawak dengan
Keyword: endangered, conservation, microbiota, metagenomic, reptile

Judul: Struktur Komunitas Mikrobiota Usus Udang Vaname Penaeus vannamei dan Media Pemeliharaan selama Wabah White Feces Disease
Abstrak: Mikrobiota usus diketahui berkontribusi untuk meningkatkan kesehatan inang. Mikroba pada usus dapat menimbulkan penyakit pada inang. White Feces Disease (WFD) merupakan penyakit yang akhir-akhir ini muncul pada produksi udang vaname (Penaeus vannamei). Beberapa penelitian telah dilakukan untuk menganalisa perbedaan mikrobiota usus antara udang yang sehat dan yang sakit, terutama dalam kasus WFD. Namun, proses ekologi yang mendukung dan mengendalikan komunitas mikrobiota usus udang saat mereka terpapar WFD saat ini belum diketahui. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan keragaman dan kelimpahan relatif komunitas mikroba usus dan air pemeliharaan, histopatologi organ usus, serta kinerja produksi udang terhadap munculnya penyakit WFD. Penelitian dilakukan dengan memonitor penyakit WFD dalam kegiatan budidaya udang. Prosedur kegiatan budidaya udang mengikuti standard operational procedure (SOP) yang diterapkan di Tambak Pinang Gading. Lampung. Di awal pemeliharaan dilakukan pengamatan pada 6 petak tambak dengan luas 2,500 m2 petak-1 yang dijadikan sebagai petak pengamatan. Penentuan petak normal dan WFD dilakukan setelah adanya gejala WFD, yang ditandai dengan munculnya kotoran putih di permukaan air tambak dan penurunan nafsu makan udang yang dilihat melalui anco. Sampel udang dan sampel air dikoleksi dari petakan tambak udang. Sampel udang terdiri dari udang input sebelum terjadi outbreak WFD (iSI), udang normal (nSI), dan udang WFD (wiSI). Pengambilan sampel iSI dan nSI ditambak normal dilakukan secara random sampling sedangkan sampel wiSI dilakukan secara purposive sampling pada petak yang terindikasi WFD. Sampel udang diambil sebanyak 10‒15 ekor udang per petak. Mikrobiota usus dan air pemeliharaan udang vaname pada tahap sebelum dan saat outbreak WFD diselidiki menggunakan sekuensing high throughput / next generation sequencing (NGS). Preparasi sequencing meliputi : ekstraksi DNA genom usus dan sampel air; amplifikasi PCR; kuantifikasi produk PCR dan mixing; purifikasi produk PCR; serta library preparation. Variabel pengamatan meliputi analisis bioinformatik yang terdiri dari: anotasi dan analisis Operational Taxonomy Unit (OTU), analisis komposisi komunitas mikroba, indeks keragaman alfa dan beta, serta analisis cluster. Parameter lain yang diukur yaitu, total vibrio count (TVC), histopatologi usus, rasio konversi pakan (RKP), serta tingkat kelangsungan hidup (TKH). Mempelajari komposisi komunitas mikroba di setiap sampel, diawali dengan mengelompokkan Tag Efektif semua sampel ke dalam OTU dengan kemiripan 97%. Dari masing-masing sampel air dan usus udang diperoleh rata-rata jumlah total tag efektif dari seluruh sample adalah 123,022 sekuens, sehingga OTU yang dapat dibentuk dari semua sampel tersebut berkisar antara 781 hingga 1,189 OTU. Selanjutnya hasil anotasi taksonomi tersebut dianalisis untuk mendapatkan struktur komunitas mikroba yang diperoleh. Kelimpahan relatif terbesar di antara sepuluh sampel filum pada semua saluran usus udang (iSI, nSI dan wiSI) adalah filum Proteobakteria (34.5‒67.9%). Filum Verrucomicrobial pada sampel wiSI menunjukkan jumlah tertinggi kedua (34%) setelah filum Proteobakteria. Actinobacteria memiliki jumlah terbesar dan mendominasi di antara sepuluh filum teratas pada sampel air iW dan nW (74.9 dan 52.5%) sedangkan pada sampel wiW filum Actinobacteria tidak menunjukkan jumlah yang besar dan berada di posisi ke tiga dibawah filum Proteobakteria dan Firmicutes (45.4% dan 31.2%). Plot terner menunjukkan adanya dominasi dari genus Vibrio (34.4%) dan Rubritalae (32.9%) pada sampel wiSI sedangkan pada sampel wiW menunjukkan adanya dominasi genus Vibrio (22.3%), Escherichia-Shigella (11.6%), dan Staphylococcus (24.1%). Keragaman alfa diwakilkan oleh indeks keragaman dan estimator kekayaan bakteri.
Keyword: Histopathology, Intestinal bacteria, Next Generation Sequencing, Penaeus vannamei, White Feces Disease

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: