Judul: Molecular Characterization of Begomovirus Infecting Yard Long Bean (Vigna unguiculata subsp. sesquipedalis L.) and Construction of Its Specific Primers
Abstrak: Begomovirus merupakan salah satu patogen penting yang menginfeksi beberapa komoditas hortikultura utama di negara tropis dan sub-tropis. Kerugian ekonomi akibat infeksi Begomovirus di beberapa negara dilaporkan mencapai jutaan dolar. Infeksi Begomovirus di Indonesia pada tanaman hortikultura pertama kali dilaporkan tahun 1999 pada tanaman cabai dengan kejadian penyakit 30 – 100%. Tanaman cabai yang terinfeksi Begomovirus mempunyai gejala yang khas, yaitu daunnya mengeriting dan menguning. Gejala mosaik kuning juga mulai ditemukan di sejumlah pertanaman kacang panjang pada tahun 2008 dan kejadian penyakit semakin meningkat terutama di beberapa daerah di Jawa. Gejala yang sama juga dilaporkan pada tanaman Leguminosae di India, Bangladesh, Pakistan, dan Nepal. Penyakit mosaik kuning di kawasan Asia Selatan ini disebabkan oleh infeksi Begomovirus. Penyakit mosaik kuning di Jawa diduga juga disebabkan oleh Begomovirus. Begomovirus merupakan salah satu genus terbesar dari famili Geminiviridae. Begomovirus mempunyai karakter molekuler yang unik dengan partikel kembar (bipartit) atau tunggal (monopartit). Partikel bipartit Begomovirus terdiri dari DNA-A dan DNA-B, masing-masing berukuran 2.6 – 2.7 kb dengan fungsi yang berbeda. Partikel monopartit mempunyai fungsi gabungan dari DNA-A dan DNA-B. Identitas setiap spesies Begomovirus ditemukan pada bagian common region (CR). Setiap CR Begomovirus mempunyai tiga komponen unik, yaitu sekuen berulang (iteron), sekuen TATA box, dan struktur hair pin loop. Penularan Begomovirus di lapangan sebagian besar melalui vektornya Bemisia tabaci Gen. (Hemiptera: Aleyrodidae) secara persisten sirkulatif. Begomovirus tidak dapat ditularkan baik secara mekanis maupun benih. Kisaran inang yang luas dan penyebaran melalui vektor membuat kejadian penyakit Begomovirus tinggi dan sulit dikendalikan. Deteksi Begomovirus umumnya dilakukan dengan metode Polymerase chain reaction (PCR). Metode PCR merupakan salah satu teknik deteksi yang sensitif dan cepat. Primer merupakan salah satu komponen utama dalam proses PCR. PAL1v1978/ PAR1c715 dan AV494/ AC1048 merupakan primer universal yang banyak digunakan untuk mendeteksi Begomovirus. Primer PAL1v1978/ PAR1c715 dilaporkan dapat mendeteksi Begomovirus yang menginfeksi beberapa tanaman dari famili Solanaceae, Leguminosae, Euphorbiaceae, dan Malvaceae. Pasangan primer PAL1v1978/ PAR1c715 mengamplifikasi bagian CR, sedangkan primer AV494/ AC1048 mengamplifikasi pada bagian protein selubung. Penelitian ini bertujuan untuk melaporkan pentingnya infeksi Begomovirus pada tanaman kacang panjang, mengidentifikasi spesies Begomovirus pada tanaman kacang panjang, menganalisis karakter molekuler dan membuat primer spesifik untuk mendeteksi spesies Begomovirus yang menginfeksi tanaman kacang panjang. Penelitian ini dilakukan dengan beberapa tahapan, yaitu: (i) survei penyakit di beberapa lokasi pertanaman kacang panjang di provinsi Jawa Tengah (Tegal, Magelang, dan Klaten), D.I. Yogyakarta (Sleman dan Kalasan), serta Jawa Barat (Bogor dan Subang); (ii) deteksi beberapa virus yang menginfeksi tanaman kacang panjang menggunakan I-ELISA serta deteksi Begomovirus menggunakan PCR, cloning, dan sekuensing; (iii) analisis karakter molekuler Begomovirus menggunakan perangkat lunak BioEdit v.7.0.5, CLC Sequence Viewer, dan MEGA 6.06; (iv) membuat primer spesifik menggunakan perangkat lunak Oligonucleotide Calculator dan PrimerBLAST; serta (v) uji postulat Koch menggunakan penularan kutukebul dan inokulum dari lapangan untuk membuktikan agen penyebab gejala mosaik kuning. Gejala mosaik kuning ditemukan hampir di semua lokasi survei. Berdasarkan hasil deteksi menggunakan I-ELISA dan PCR ditemukan adanya infeksi Potyvirus tunggal, Begomovirus tunggal, serta campuran antara Begomovirus dan Potyvirus. Hasil deteksi seluruh sampel menunjukkan dominasi infeksi Begomovirus di beberapa lokasi. Hasil deteksi menggunakan primer universal PAL1v1978/ PAR1c715 dan PBL1v2040/ PCR1c membuktikan bahwa Begomovirus yang menginfeksi
Keyword: Common Region, ELISA, MYMIV, PCR, Sekuensing DNA

Judul: Identification of Begomovirus Infecting Several Host Plants, Biotype of Whitefly Bemisia tabaci and Endosymbiont Bacteria Associated with The Whitefly
Abstrak: Penyakit tanaman yang disebabkan oleh Begomovirus telah banyak dilaporkan iterjadi pada tanaman tomat (Tomato yellow leaf curl virus/TYLCV), cabai (Pepper yellow leaf curl virus/PYLCV), terung (Tomato yellow leaf curl/TYLC–Kanchanaburi virus), kacang panjang (Mungbean yellow mosaic/MYM-India virus), tembakau (Tobacco leaf curl virus/TLCV) dan juga pada gulma babadotan (Ageratum yellow vein virus/AYVV). Penyakit daun keriting kuning cabai yang disebabkan oleh Pepper yellow leaf curl Indonesia virus (PYLCIV) dilaporkan menyebabkan kehilangan hasil hingga 100% di Pulau Jawa pada tahun 2000. PYLCIV telah dilaporkan menginfeksi tanaman pada berbagai sentra produksi cabai di Aceh, Sumatera Barat, Lampung, Pulau Jawa, Bali, Nusa Tenggara Barat dan Sulawesi. Kisaran inang yang luas dan penyebaran Begomovirus yang begitu cepat berkaitan erat dengan serangga vektor kutukebul Bemisia tabaci. Kutukebul merupakan satu-satunya vektor Begomovirus yang bersifat persisten sirkulatif non propagatif dalam menularkan Begomovirus. Efisiensi penularan Begomovirus oleh kutukebul antara lain bergantung pada biotipe kutukebul dan bakteri endosimbion yang berasosiasi dengannya. Kutukebul biotipe B dan Q merupakan biotipe invasif yang menjadi vektor efektif Begomovirus. Penelitian lain membedakan spesies kutukebul menjadi 43 spesies kriptik berdasarkan sikuen mtCOI. Spesies kriptik kutukebul di Indonesia dikelompokkan dalam spesies Asia I, Asia II5, Asia II 7, Asia II 12 dan Australia/Indonesia. Lebih lanjut, bakteri endosimbion yang berasosiasi dengan kutukebul bersifat khas untuk setiap biotipe dan kemungkinan berhubungan dengan kemampuan kutukebul menularkan virus. Bakteri endosimbion yang diketahui berasosiasi dengan kutukebul adalah Portiera sebagai endosimbion primer; Hamiltonella, Arsenophonus, Cardinium, Wolbachia dan Rickettsia sebagai endosimbion sekunder. Penelitian untuk mengendalikan laju infeksi Begomovirus telah banyak dilakukan, namun upaya mencari strategi pengendalian penyakit yang disebabkan oleh Begomovirus harus didasari oleh pengetahuan tentang patosistem yang menyeluruh. Oleh karena itu faktor-faktor penting dalam patosistem penyakit yang disebabkan oleh Begomovirus perlu dipelajari. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies Begomovirus yang berasosiasi dengan tanaman sayuran di beberapa lokasi di Pulau Jawa terkait karakterisasi sifat genom dan molekul DNA satelit PYLCIV, serta mengidentifikasi biotipe dan endosimbion kutukebul B. tabaci yang berasosiasi dengan penyakit kuning pada tanaman sayuran. Sampel tumbuhan dan kutukebul diambil dari beberapa daerah endemis Begomovirus di Kabupaten Bantul, Sleman, Kulon Progo, Magelang, Bogor dan Cianjur. Fragmen DNA spesifik Begomovirus diamplifikasi dari sampel daun menggunakan primer universal SPG1/2 diikuti dengan sikuensing dan analisis sikuen. Pendekatan serupa dilakukan, yaitu menggunakan primer mtCOI untuk mengidentifikasi kutukebul dan beberapa primer spesifik untuk bakteri endosimbion Hamiltonella, Arsenophonus, Cardinium, Wolbachia, Rickettsia. Keberadaan 5 spesies Begomovirus yaitu PYLCIV, ToLCNDV, LUYVVV, dan TYLCKaV berhasil dideteksi dari tanaman cabai, terung, mentimun, tembakau dan gulma. PYLCIV adalah spesies yang dominan dan ditemukan menginfeksi secara tunggal atau dalam kombinasi dengan spesies Begomovirus lainnya. Lebih lanjut dikonfirmasi bahwa PYLCIV memiliki genom bipartit. Populasi B. tabaci yang ditemukan di daerah endemik Begomovirus termasuk spesies kriptik asli Asia dan berkerabat dekat dengan kutu kebul Asia I asal Indonesia dan asal India. Asosiasi endosimbion primer, Portiera, dikonfirmasi dari semua sampel kutu kebul; sedangkan endosimbion sekunder, Arsenophonus, Wolbachia dan Rickettsia, memiliki frekuensi distribusi yang bervariasi dalam populasi kutukebul. Informasi keragaman Begomovirus, vektor kutukebul dan endosimbion yang berasosiasi dapat bermanfaat dalam kajian lebih lanjut untuk mempelajari epidemi penyakit dan pengambilan keputusan dalam pengendalian penyakit yang sesuai.
Keyword: Cryptic species, disease pathosystem, pepper yellow leaf curl disease, Pepper yellow leaf curl Indonesia virus, sequence analysis

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: