Judul: Identifikasi dan Karakterisasi Fragmen DNA Genom yang Terlibat dalam Biosintesis Antifungi pada Bacillus sp
Abstrak: Bacillus merupakan salah satu genus bakteri yang dikenal sebagai penghasil antifungi. Empat isolat Bacillus asal tanah yaitu Cr 24, Cr 64, Cr 66, dan Cr 68 yang digunakan dalam penelitian ini memiliki karakter pemacu pertumbuhan tanaman dan mampu menghambat pertumbuhan fungi patogen Fusarium oxysporum dan/atau Rhizoctonia solani. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dan mengkarakterisasi gen penyandi antifungi zwittermicin A, bacilysocin, surfactin, dan iturin A pada Bacillus sp. dengan polymerase chain reaction (PCR). Primer yang digunakan telah dilaporkan sebelumnya dapat mengamplifikasi bagian gen-gen antifungi. Bagian gen resistensi antifungi zwittermicin A (zmaR) berukuran 951 pb dengan kandungan GC sebesar 34,78% berhasil diidentifikasi pada genom Cr 64. Fragmen genom Cr 64 tersebut memiliki homologi dengan gen zmaR (1128 pb) pada Bacillus cereus UW85 dengan tingkat kesamaan 98%. Gen zmaR merupakan bagian dari kelompok gen biosintesis zwittermicin A, sehingga diduga isolat Cr 64 berpotensi memiliki keseluruhan kelompok gen yang menyandikan antifungi zwittermicin A. Fragmen gen penyandi antifungi bacilysocin, surfactin, dan iturin A belum dapat diperoleh dari keempat isolat dengan pasangan primer yang digunakan dalam penelitian ini. Genom isolat Bacillus yang telah dilaporkan memiliki gen antifungi perlu digunakan sebagai kontrol untuk memastikan ketepatan kondisi PCR.
Keyword: 

Judul: Karakterisasi Fragmen Dna Dari Bakteri Antagonis Yang Terlibat Dalam Aktivitas Antifungi Ganoderma Boninense
Abstrak: Kelapa sawit (Elaeis guineensis jacq) merupakan salah satu tanaman komoditi yang telah digunakan secara luas dalam industri makanan, farmasi dan kosmetik. Indonesia merupakan negara yang telah dianugrahi dengan iklim, kondisi lingkungan yang cocok untuk pertumbuhan kelapa sawit dan luas areal yang menyebabkan Indonesia menjadi negara dengan perkebunan kelapa sawit terbesar di dunia. Namun demikian, budidaya kelapa sawit menghadapi beberapa ancaman yang dapat mengurangi tingkat produksi. Busuk pangkal batang (BPB) oleh Ganoderma boninense merupakan ancaman serius pada perkebunan kelapa sawit. Pengendalian penyakit tersebut hingga saat ini telah banyak dilakukan, namun belum menunjukkan hasil yang memuaskan. Pengembangan ketersediaan agen pengendali hayati merupakan solusi yang sangat baik dalam menekan infeksi BPB. Lebih lanjut lagi bahwa pendekatan berbasis bioteknologi molekuler atau penemuan baru senyawa antifungi diperlukan untuk strategi pengendalian yang lebih baik. Pada penelitian ini, 198 isolat bakteri berhasil diisolasi dari tiga jenis sumber isolasi yang berbeda. Empat puluh satu isolat menunjukkan efek penghambatan yang berbeda-beda terhadap miselium G. boninense. Enam belas isolat dipilih untuk diuji lebih lanjut berdasarkan kemampuan percentage inhibiton of radial growth (PIRG) lebih dari 50%. Perbedaan yang signifikan ditunjukkan pada uji kultur ganda (Dual culture assay) pada p>0.05, dimana isolat G.1.22 menunjukkan aktivitas penghambatan tertinggi yaitu 87.86%. Hasil uji filtrat menunjukkan bahwa isolat G.1.22 tahan terhadap pemanasan. Sebaliknya isolat K.3.2 sensitif terhadap pemanasan dan penambahan proteinase K sehingga diasumsikan memiliki senyawa antifungi berupa protein. Hasil identifikasi gen penyandi 16S rRNA menunjukan bahwa isolat G.1.22 dan K.3.2 memiliki tingkat kemiripan 100% dengan Pseudomonas aeruginosa strain B13 (accession number KM588370) dan Bacillus amyloliquefaciens strain SCDB1439 (accession number KM922581). Metode shotgun cloning digunakan untuk kloning sejumlah fargmen DNA kromosom Bacillus amyloliquefaciens JR02. Berdasarkan uji antagonis keseluruhan E. coli T0P 10 rekombinan dengan suspensi G. boninense belum menunjukkan adanya ekspresi gen antifungi. Disamping itu, karakterisasi DNA pengapit mutan transposon mini-Tn5KmR (BglK226) dengan teknik genome walking berhasil dilakukan. Berdasarkan hasil analisis pengurutan DNA dan blasting diperoleh bahwa DNA pengapit memiliki tingkat kemiripan 99% dengan sebagian gen beta-ketoacyl shyntase asal Bukholderia gladioli BSR3.
Keyword: bakteri antagonis, busuk pangkal batang, Ganoderma boninense, genome walking, shotgun cloning

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: