Judul: DNA Barcode of Trigona terminata, T. moorei, T. drescheri and T. thoracica based on Cytochrome oxidase 1 (CO1) gene
Abstrak: Lebah Trigona (Apidae: Meliponinae) yang termasuk ke dalam stingless bees memiliki keanekaragaman yang tinggi di daerah tropis. DNA Barcode adalah teknik identifikasi molekuler yang mendukung identifikasi morfologi berdasarkan sekuen DNA yang telah distandarisasi, pada hewan menggunakan gen cytochrome oxidase 1 (CO1) dari genom mitokondria (mtDNA). Sedikitnya database DNA Barcode Trigona membuat penelitian ini sangat penting untuk dilakukan. Penelitian ini bertujuan menganalisis sekuen gen CO1 Trigona terminata, T. drescheri, T. moorei dan T. thoracica. Empat spesies Trigona yang digunakan dalam penelitian ini berasal dari hutan karet dan desa Batu kucing, Jambi. Sekuen gen CO1 yang telah didapat dilakukan analisis bioinformatik serta konstruksi pohon filogeni menggunakan metode Maximum Parsimony. Penelitian ini menghasilkan parsial sekuen gen CO1 dari empat spesies Trigona dengan panjang sekuen berkisar antara 740-761 bp. Hasil analisis bioinformatik terhadap keempat sekuen tersebut menunjukan nilai homologi dan query cover mencapai 100 % serta e-value yang rendah. Pohon filogeni menunjukkan bahwa T. drescheri, T. laeviceps, T. terminata, T. moorei, dan T. thoracica tergabung ke dalam satu kelompok dengan nilai bootstrap 98 %. Selain itu, berdasarkan gen CO1 diketahui bahwa T. drescheri merupakan spesies terdekat dari T. laeviceps yang mendukung data morfologi yaitu kedua spesies Trigona tersebut berada dalam satu subgenus Tetragonula.
Keyword: stingless bee, Meliponinae, identifikasi molekuler, DNA Barcode, gen CO1, T. thoracica

Judul: Karakterisasi Spesies Stingless Bee asal Bogor, Lebak, dan Luwu Utara Berdasarkan Gen Cytochrome C Oxidase 1
Abstrak: Stingless bee merupakan serangga polinator dengan keanekaragaman yang sangat tinggi. Berdasarkan morfologi, terdapat stingless bee yang bersifat cryptic sehingga perlu diidentifikasi secara molekuler dengan menggunakan DNA barcode berdasarkan gen Cytochrome C Oxidase 1 (COX1). Penelitian ini bertujuan mengkarakterisasi spesies stingless bee asal Bogor (Jawa Barat), Lebak (Banten), dan Luwu Utara (Sulawesi Selatan) menggunakan DNA barcode berdasarkan gen Cytochrome C Oxidase 1 (COX1). Identifikasi morfologi stingless bee berdasarkan karakteristik tubuh, kepala, propodeum, mesoscutum, mesoscutellum, sayap, dan tungkai. Analisis molekuler stingless bee meliputi ekstraksi DNA, amplifikasi gen COX1, sequencing, analisis haplotipe dan analisis bioinformatik. Berdasarkan identifikasi morfologi stingless bee asal Bogor dan Lebak merupakan Tetragonula laeviceps sedangkan stingless bee asal Luwu Utara merupakan T. aff. biroi. Alignment runutan gen COX1 T. laeviceps hasil penelitian ini membentuk enam haplotipe (H1–H6) dengan variasi sebanyak 20–21 nukleotida antara H1 dengan haplotipe lainnya dan jarak genetik antara H1 dengan haplotipe lainnya adalah 0.036–0.038. Tingginya variasi nukleotida dan jarak genetik pada T. laeviceps membentuk dua kelompok pada pohon filogeni T. laeviceps berdasarkan gen COX1 dengan bootstraps masing-masing sebesar 100% dan 99%. Tingginya variasi pada H1 dan membentuk kelompok terpisah dengan H2–H6 memungkinkan adanya proses cryptic spesies pada T. laeviceps
Keyword: DNA barcode, gen COXI, identifikasi morfologi, Tetragonula aff. biroi, Tetragonula laeviceps

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: