Judul: Analisis Keragaman Genetik Kedelai Transgenik Turunan Keempat (T4) dan Varietas Unggul Nasional Berbasis Marka SSR
Abstrak: Tanaman kedelai transgenik dapat menambah koleksi plasma nutfah tanaman kedelai dan meningkatkan keberagaman kedelai. Keberagaman pada kedelai membutuhkan karakterisasi secara molekuler untuk mengetahui jarak kekerabatan antar varietas kedelai. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasijarak kekerabatan genetik kedelai transgenik turunan keempat (T4) dan beberapa kedelai varietas unggul nasional menggunakan marka SSR. Tahapan analisis keragaman genetik tersebut diawali dengan isolasi sampel DNA kedelai menggunakan metode Doyle dan Doyle termodifikasi, amplifikasi DNA menggunakan PCR dan selanjutnya analisis polimorfisme dan filogeni.Lima belas sampel DNA kedelai yang diukur memiliki konsentrasi DNA yang berkisar dari 6.4 – 516.4 ng/μl. Hasil amplifikasi sampel DNA kedelai menunjukkan ukuran produk hasil amplifikasi berkisar pada 100-200 pasang basa (bp). Rerata nilai PIC (Polymorphic Information Content) yang diperoleh sebesar 0,36. Hasil dendogram mengelompokkan 15 sampel tanaman kedelai menjadi 2 kelompok utama pada koefisien kemiripan 0,47. Kedelai dengan jarak genetik tertinggi dapat digunakan sebagai tetua dalam persilangan.
Keyword: kedelai transgenik, keragaman genetik, SSR, polimorfik, PIC

Judul: Analisis Keragaman Genetik 22 Genotipe Kedelai (Glycine max (L.) Merr.) Menggunakan 20 Marka SSR untuk Pemilihan Tetua Persilangan
Abstrak: Analisis keragaman genetik dengan marka molekuler merupakan langkah awal yang penting dalam program pemuliaan kedelai, terutama pada pemilihan tetua persilangan. Tujuan penelitian ini adalah menganalisis keragaman genetik dan jarak genetik 22 genotipe kedelai menggunakan 20 marka SSR untuk pemilihan tetua persilangan, serta analisis tingkat polimorfisme marka SSR yang digunakan. Uji keragaman genetik menunjukkan bahwa 20 marka SSR mampu membagi 22 genotipe kedelai menjadi 3 klaster utama pada koefisien 0.77. Empat aksesi introduksi (PI 159925, PI 471938, PI564718, dan PI 548631) dan sembilan varietas lokal (Grobogan, Anjasmoro, Tanggamus, Biosoy 11, Dega-1, Dena, Dering, Malabar dan Tambora) berpotensi menjadi tetua persilangan karena memiliki jarak genetik yang jauh. Seluruh marka SSR yang digunakan bersifat polimorfik dan sangat informatif dengan rentang nilai Polymorphisme Information Content (PIC) 0.87 – 0.96. Marka Satt131, Satt409, dan Satt100 merupakan marka yang paling baik digunakan untuk analisis.
Keyword: Jarak genetik, kedelai, keragaman genetik, pemilihan tetua, marka SSR

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: