Judul: Grouping of Plant Oil Palm (Elaeis guineensis Jacq) Origin of West Java by Simple Sequence Repeats (SSR) Markers
Abstrak: Permasalahan utama yang dihadapi di perkebunan kelapa sawit Indonesia adalah masih rendahnya produktivitas dan kualitas kelapa sawit. Adanya populasi kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq) yang belum diketahui identitasnya dan masih bertahan sejak zaman penjajahan Belanda diduga memiliki ketahanan terhadap serangan Ganoderma sp sehingga dapat digunakan sebagai indukan baru dalam pemuliaan tanaman untuk peningkatan produktivitas. Seleksi kelapa sawit melalui perakitan varietas unggul secara konvensional memerlukan waktu yang sangat lama. Teknik molekuler merupakan solusi yang tepat, cepat, dan akurat. Simple Sequence Repeat (SSR) marker digunakan untuk memperoleh informasi genetik pada penelitian yang bertujuan untuk mengelompokkan 58 pohon kelapa sawit yang belum teridentifikasi sebagai informasi awal untuk mencari indukan baru yang berkualitas. Tahapan penelitian dimulai dari isolasi DNA, uji kuantitatif dan kualitatif DNA, penentuan suhu annealing, amplifikasi DNA, hingga konstruksi pohon filogenetik menggunakan metode UPGMA (Unweighted Pair Group Method Arithmatic mean) dengan software NTSYS. DNA hasil isolasi berukuran 12000 bp dengan kualitas pita yang jelas dan terang. Amplifikasi DNA menghasilkan 859 alel dari 6 lokus. Keseluruhan alel menunjukkan polimorfisme yang cukup tinggi yaitu 93% dengan alel heterozigot lebih mendominasi daripada alel homozigot. Antara individu dalam populasi mempunyai nilai koefisien kemiripan bervariasi antara 42%-98%. Seluruh individu dalam populasi kelapa sawit dapat dikelompokkan menjadi dua kelompok besar pada nilai koefisien kemiripan sebesar 65%. Semakin tinggi nilai koefisien kemiripannya maka semakin spesifik pengelompokkan yang terjadi.
Keyword: 

Judul: Analisis filogenetik kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq) menggunakan marka simple sequence repeat
Abstrak: Produktivitas kelapa sawit dapat ditingkatkan dengan pemuliaan tanaman. Studi kekerabatan dengan marka SSR membantu dalam pemilihan tetua untuk program pemuliaan. Persilangan kelapa sawit dengan jarak genetik jauh dapat menghasilkan keturunan superior berpotensi menjadi kandidat varietas unggul kelapa sawit. Penelitian ini bertujuan menganalisis kekerabatan beberapa aksesi kelapa sawit dan mendapatkan primer SSR dengan tingkat polimorfisme tinggi sehingga dapat digunakan untuk analisis filogenetik. Empat puluh sembilan aksesi kelapa sawit dianalisis menggunakan 20 marka SSR. Marka SSR dipilih berdasarkan tingkat polimorfime dan penyebarannya pada tiap 16 kromosom kelapa sawit. Dendogram dibuat berdasarkan metode Unweighted Pair Group Method Arithmetic (UPGMA) dengan menggunakan software NTSYS-pc (Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System) versi 2.1. Tiga puluh sembilan pasang primer memiliki tingkat polimorfisme pada kisaran 32%-92%. Tingkat kekerabatan dari 49 aksesi kelapa sawit yang dianalisis dengan 20 marka SSR berada pada kisaran 55.28%-87.50%. Nilai koefisien kemiripan genetik sebesar 55.28% dapat membagi populasi kelapa sawit menjadi tujuh kelompok masing-masing terdiri atas 9, 28, 4, 2, 1, 2, dan 3 aksesi. Berdasarkan nilai koefisien kemiripan genetik, dapat dilakukan pemilihan calon tetua untuk pemuliaan kelapa sawit. Kata kunci: keragaman genetik, marka SSR, kelapa sawit.
Keyword: Genetic diversity, SSR markers, Oil palm

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: