Judul: Isolation and Characterization of Bacteriophages as Biocontrol of Agrobacterium tumefaciens
Abstrak: Agrobacterium tumefaciens adalah bakteri penyebab crown gall disease pada tumbuhan namun berguna sebagai vehicle cloning dalam transformasi genetik tanaman. Akan tetapi, transformasi menggunakan Agrobacterium tumefaciens sering menyebabkan overgrowth yang berujung pada kematian kalus. Bakteriofag dapat menjadi agen biokontrol terhadap infeksi dan pengontrol Agrobacterium tumefaciens karena spesifisitasnya yang tinggi. Penelitian ini bertujuan mengisolasi dan mengarakterisasi bakteriofag litik spesifik Agrobacterium tumefaciens dari sampel limbah perairan. Isolasi dilakukan dengan pengambilan dan perbanyakan bakteriofag spesifik dari sampel limbah cair, diikuti dengan teknik double layer menggunakan Luria Agar hingga terdeteksi munculnya plak (28 °C, 72 jam). Karakterisasi bakteriofag meliputi pengamatan morfologi plak, penentuan nilai multiplicity of infection (MOI), uji kisaran inang, uji laju adsorpsi, uji stabilitas suhu dan pH, isolasi genom, digestion, serta analisis Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Dua isolat bakteriofag litik (ΦWB dan ΦSBM) berhasil diisolasi dan spesifik terhadap Agrobacterium tumefaciens strain AGLI WT dan EHA105. Rasio MOI untuk kedua isolat adalah 10-5 dan 10-3. Isolat ΦWB memiliki stabilitas suhu yang lebih baik, dan stabilitas pH yang sama dengan ΦSBM pada rentang 5-11. Kedua isolat memiliki laju adsorpsi optimal yang berbeda. Kedua bakteriofag memiliki materi genetik dsDNA dan berbeda secara genetik berdasarkan analisis RAPD. Isolat ΦWB berpotensi sebagai agen biokontrol Agrobacterium tumefaciens., Agrobacterium tumefaciens is a bacterium that causes crown gall disease and become a serious problem for agricultural plants. Bacteriophages can be potential biocontrol agents against Agrobacterium infection because of their high specificity and efficiency. This study aimed to isolate and characterize lytic bacteriophages specific to Agrobacterium tumefaciens from wastewater samples. Isolation processes involved samples enrichment, followed by double layer to detect the presence of bacteriophage plaques. Bacteriophage characterization included plaque morphology, multiplicity of infection (MOI), host range test, adsorption rate, temperature, and pH stability. Molecular characterization included genome isolation, digestion, and Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) analysis. Two bacteriophages (ΦWB and ΦSBM) were classified as lytic bacteriophages based on their transparent plaque morphology. Both isolates specific to Agrobacterium tumefaciens strains AGLI WT and EHA105. Both isolates had MOI ratios of 10-5 and 10-3. Our results showed that both bacteriophages had temperature and pH stability in the range of 28-30 °C and pH 5-11. ΦWB and ΦSBM isolates demonstrated optimal adsorption rate at 18 and 27 minutes respectively. Genome characterization showed that both bacteriophages possessed dsDNA as genetic material and RAPD analysis showed that both bacteriophages were genetically different. ΦWB was found promising as biocontrol agent of Agrobacterium tumefaciens.
Keyword: Agrobacterium, Biocontrol, Phages

Judul: Application of Lytic Bacteriophage as Control Agent Agrobacterium tumefaciens Post-Transformation
Abstrak: Transformasi tanaman yang dimediasi oleh Agrobacterium tumefaciens adalah metode perakitan rekayasa genetik tanaman yang paling banyak digunakan saat ini. Bakteri A. tumefaciens dipilih karena memiliki T-DNA dan gen virulensi yang dapat mengintegrasikan gen asing ke dalam kromosom tanaman. Namun, bakteri ini perlu dihilangkan selama proses transformasi setelah ko-kultivasi. Bakteri yang tidak tereliminasi dapat mengalami overgrowth yang menyebabkan respon hipersensitif berlebihan pada kalus. Reaksi ini menyebabkan kalus mengalami nekrosis, browning, bahkan kematian. Upaya untuk mengendalikan overgrowth telah banyak dikembangkan namun belum mampu mengeliminasi total A. tumefaciens dari jaringan kalus. Solusi alternatif dapat menggunakan bakteriofag, yang merupakan predator alami bakteri di lingkungan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kemampuan bakteriofag litik dalam mengendalikan overgrowth A. tumefaciens pada jaringan kalus padi Nipponbare. Selain itu, untuk menentukan karakterisasi morfologi dan genom dari bakteriofag yang digunakan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa keseluruhan perlakuan menunjukkan perbedaan yang signifikan dibandingkan dengan kontrol melalui uji lanjut Tukey's HSD (p<0,05). Nilai penghambatan masing-masing perlakuan adalah sebagai berikut: kontrol (20,83%); ϕK2+antibiotik (8,33%); ϕK4+antibiotik (5,00%), koktail+antibiotik (0,00%); koktail-antibiotik (10,83%). Karakterisasi morfologi plaque menunjukkan bahwa bakteriofag ϕK2 dan ϕK4 memiliki ukuran diameter yang berbeda. Profil genom menunjukkan perbedaan pola profil Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP). Marka RAPD juga menunjukkan bahwa ϕK2 dan ϕK4 memiliki jumlah pola fragmen yang berbeda. Hasil karakterisasi morfologi dan genomik menunjukkan bahwa ϕK2 dan ϕK4 merupakan bakteriofag yang berbeda, namun kedua isolat tersebut tergolang dalam tipe asam nukleat double-stranded DNA (dsDNA).
Keyword: Agrobacterium tumefaciens, lytic bacteriophage, overgrowth

Judul: Studi kasus migran pedagang kaki lima di pasar Senen, Jakarta Pusat
Abstrak: Sejak Jakarta menjadi ibukota negara RI, Jakarta tidak pernah sepi dari arus migrasi penduduk. Masuknya para migran ke Jakarta disebabkan karena pertumbuhan fisik yang nyata, yaitu dari pembangunan gedung perkantoran, fasilitas hiburan dan lainnya, memberi daya tarik bagi orang bukan penduduk Jakarta. Termasuk di antara migran adalah kaum golongan kecil yang berasal dari kalangan sirkuit bawah desa. Alasan utama migrasi di sirkuit bawah, yaitu khususnya yang akhirnya bekerja sebagai pedagang kaki lima di Pasar Senen ini pindah ke Jakarta, adalahJakarta menawarkan kesempatan kerja bagi siapa saja yang mau bekerja. Karena di desa tak ada pekerjaan yang dapat menampung golongan muda, kaum migran meninggalkan desa menuju Jakarta. Pola migrasi masuk ke Jakarta tidak dipengaruhi oleh kemungkinan golongan muda mampir di kota-kota kecil sebelum tiba di Jakarta. Keberanian dan tekad bulat meninggalkan desa asal didorong pula oleh sumber cerita tentang Jakarta (saudara/kenalan) yang juga mengalami bahwa setiba di Jakarta mereka akan langsung bekerja. Pendidikan rendah, tidak memiliki ketrampilan, orang petani/buruh tani, merupakan bagian kecil latar tua belakang sosial migran pedagang kaki lima. Memperoleh pekerjaan apa saja asal halal pada mulanya, tempat tinggal dimana saja, modal kecil dan pendapatan harian yang rendah juga mewarnai hidup para migran pedagang kaki lima di Jakarta. Namun sekalipun demikian mereka tetap hidup, bahkan dapat mengirim uang ke desa asal, pulang ke desa minimum setahun sekali dan sedikit-sedikit mampumenabung. Bekerja sebagai pedagang kaki lima sudah ditekuni selama lebih dari lima tahun bahkan ada yang lebih dari tujuh tahun. Inipun dimulai setelah minimum selama dua tahun migran mengerjakan apa saja di Pasar Senen: yang penting dapat uang dan bisa hidup di Jakarta. Bahkan modal membuka usaha kaki lima diperoleh dari selama bekerja mula-mula itu. untuk pengumpulan upah Sekalipun terdapat kenaikan tingkat kehidupan sosial di kota dibandingkan dari desa, kaum migran pedagang lima di Pasar Senen ini tetap berada bawah kota. di kaki bawah sirkuit Ikatan-ikatan baru di kota hampir tidak terjadi kecuali ikatan-ikatan kedaerahan yang terus dipertahankan.
Keyword: