Judul: Eksplorasi Bakteri Dan Cendawan Endofit Sebagai Agens Pengendali Penyakit Blas (Pyricularia Oryzae) Pada Padi Sawah
Abstrak: Penyakit blas awalnya merupakan masalah utama pada pertanaman padi gogo di Indonesia namun saat ini juga telah menjadi masalah pada pertanaman padi sawah. Informasi terkait penggunaan bakteri dan cendawan endofit sebagai pengendali penyakit blas pada padi khususnya padi sawah masih sangat terbatas. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan bakteri dan cendawan endofit sebagai pengendali penyakit blas. Penelitian ini terdiri atas 5 tahapan, yaitu 1) eksplorasi bakteri dan cendawan endofit dari tanaman padi, 2) seleksi bakteri dan cendawan endofit, 3) uji penghambatan bakteri dan cendawan endofit terhadap pertumbuhan P. oryzae, 4) uji penghambatan pertumbuhan P. oryzae di rumah kaca, 5) identifikasi bakteri dan cendawan endofit. Isolasi bakteri dan cendawan endofit menggunakan sterilisasi permukaan bertingkat dengan alkohol 70 % selama 0.5 menit kemudian dilanjutkan merendam sampel pada NaOCl 1 % selama 1 menit. Isolasi bakteri endofit dilanjutkan dengan menghancurkan bagian tanaman tersebut dengan mortar steril sampai halus dengan penambahan air 1:10. Sebanyak 0.1 ml diambil dari masing-masing suspensi daun, akar dan batang tersebut kemudian ratakan pada media tryptic soy agar (TSA) 20 %. Isolasi cendawan endofit dilakukan dengan meletakkan sampel pada media malt extract agar (MEA) 10% tanpa digerus dan diinkubasi selama 7 hari. Seleksi bakteri endofit dilakukan melalui 3 tahap yaitu pengujian reaksi hipersensitif (HR/hypersensitive reaction) terhadap tanaman tembakau, pengujian terhadap pertumbuhan benih padi (DPM/direct planting method) dan pengujian aktivitas hemolisis bakteri. Seleksi cendawan endofit dilakukan dengan pengujian cendawan endofit terhadap perkecambahan dan perkembangan benih padi. Uji penghambatan bakteri dan cendawan endofit terhadap pertumbuhan P. oryzae secara in vitro di lakukan untuk melihat kemampuan antibiosis pada bakteri dan cendawan endofit. Empat isolat bakteri dan cendawan endofit terbaik diambil untuk dilakukan uji penghambatan pertumbuhan P. oryzae di rumah kaca. Masing-masing isolat yang digunakan di rumah kaca diidentifikasi lebih lanjut. Bakteri dan cendawan endofit yang berhasil diisolasi sebanyak 162 isolat terdiri atas 115 isolat bakteri endofit dan 47 isolat cendawan endofit. Berdasarkan hasil uji patogenesitas dan potensinya sebagai plant growth promoting rhizobacteria (PGPR) dan plant growth promoting fungi (PGPF) masing-masing 19 bakteri endofit dan 14 cendawan endofit terpilih digunakan pada uji in vitro. Empat isolat bakteri endofit dan 4 isolat cendawan endofit yang memiliki aktivitas antibiosis tertinggi dilanjutkan pada uji penghambatan P. oryzae pada padi sawah varietas Kencana Bali. Bakteri dan cendawan endofit yang diuji mempunyai mekanisme antibiosis ditunjukkan dengan adanya zona bening antara pertemuan patogen dan endofit. Pengujian secara in vivo menunjukkan aplikasi mikroba endofit terbukti mampu menekan keparahan penyakit blas pada tanaman padi dengan tingkat penekanan penyakit sebesar 30 sampai 70%. Penekanan penyakit paling stabil mulai dari awal pengamatan sampai pada akhir pengamatan ditunjukkan oleh isolat EB9 dan CEA5. Hasil perlakuan inokulasi bakteri dan cendawan endofit pada tanaman padi di rumah kaca menunjukkan adanya hubungan yang sesuai mulai dari hasil uji in vitro, in vivo sampai hasil pengamatan pada pertumbuhan tanaman padi. Selain dapat menekan pertumbuhan penyakit blas di rumah kaca, perlakuan isolat EB9 dan CEA5 menunjukkan adanya pengaruh positif terhadap semua parameter pertumbuhan (tinggi tajuk, panjang akar, dan bobot biomassa) dibandingkan kontrol. Isolat bakteri endofit yang telah diuji memiliki homologi tertinggi dengan Burkholderia sp. Hu35C, Burkholderia sp. WP1, B. gladioli strain IHB B
Keyword: pengendalian hayati, mikroba endofit, uji antagonis

Judul: Bakteri Filosfer Penghasil Senyawa Bioaktif sebagai Pengendali Penyakit Blas pada Padi.
Abstrak: Beras merupakan makanan pokok bagi hampir 50% penduduk dunia dan 90% penduduk Indonesia. Permintaan beras semakin meningkat seiring meningkatnya jumlah penduduk dunia. Indonesia sebagai produsen beras nomor 3 di dunia mengalami berbagai kendala produksi diantaranya adanya serangan patogen Pyricularia oryzae Cav., penyebab penyakit blas pada padi. P. oryzae telah menyerang tanaman padi hampir di semua wilayah di Indonesia dan beberapa negara lain di dunia. Penyakit blas dapat berkembang dengan cepat dan menyebabkan kehilangan hasil sampai 90% pada kondisi lingkungan yang sesuai. Manajemen pengendalian penyakit blas biasanya dilakukan dengan penyemprotan fungisida kimia yang berbahaya bagi lingkungan, manusia, hewan dan produk pertanian. Eksplorasi dan pengembangan agens biokontrol seperti bakteri filosfer padi perlu dilakukan untuk mengurangi penggunaan fungisida kimia. Bakteri filosfer padi diketahui memiliki kemampuan untuk menghasilkan senyawa bioaktif antifungi yang efektif melawan patogen tanaman seperti padi, jagung, kedelai, dsb. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi bakteri filosfer padi dengan aktivitas antifungi terhadap P. oryzae serta menganalisis mekanisme antifungi dari bakteri filosfer potensial. Sampel tanaman padi varietas Ciherang diambil dari tiga daerah endemik penyakit blas di Jawa Barat yaitu Cikembar, Sukabumi, serta Situgede dan Jasinga, Bogor Barat. Daun padi tersebut selanjutnya dijadikan sumber isolat bakteri filosfer untuk penapisan aktivitas antifungi terhadap P. oryzae. Isolat bakteri filosfer potensial dan nonpatogenik selanjutnya diidentifikasi berdasarkan gen 16S rRNA dan dideteksi keberadaan gen nonribosomal peptide syntethases (NRPS) dan polyketide synthases (PKS). Kemampuan bakteri filosfer padi dalam memproduksi senyawa bioaktif dilakukan dengan pengujian aktivitas antifungi dari ekstrak kasar dan deteksi gen penyandi antifungi. Pengujian bakteri filosfer sebagai agens biokontrol penyakit blas juga perlu dilakukan dalam skala rumah kaca. Senyawa antifungi dari isolat terbaik dengan aktivitas antifungi yang konstan secara in vitro dan in planta diidentifikasi menggunakan instrumen Liquid Chromatographic-Mass Spectrometry/Mass Spectrometry (LC-MS/MS). Pengaruh senyawa antifungi terhadap morfologi miselium P. oryzae juga diamati dengan Scanning Electron Microscope (SEM) dan mikroskop cahaya. Sebanyak 7 isolat bakteri dengan aktivitas antifungi terhadap P. oryzae dan nonpatogenik berhasil diisolasi dari lingkungan filosfer padi varietas Ciherang. Tujuh isolat tersebut adalah isolat STGG 3, STGG 7, STGG 8, STGG 14, SKBV 1, SKBG 78 dan STGV 8. Aktivitas antifungi dari 7 isolat tersebut berkisar antara 25.45% sampai 61.5% dimana aktivitas terendah ditunjukkan oleh isolat STGV 8 dan tertinggi oleh isolat STGG 14. Isolat-isolat tersebut teridentifikasi sebagai Bacillus sp. STGG 3, B. subtilis STGG 7, B. amyloliquefaciens STGG 8, B. subtilis subsp. subtilis STGG 14, B. subtilis SKBV 1, Enterobacter cloacae STGV 8 dan Brachybacterium paraconglomeratum SKBG 78. Sementara itu, isolat STGG 3, STGG 7 dan STGG 14 diketahui memiliki domain adenylation (A) dan domain ketide synthase (KS) dari NRPS dan PKS, sedangkan isolat SKBV 1 hanya memiliki domain A dari NRPS. Pengujian rumah kaca membuktikan bahwa 7 isolat bakteri filosfer padi mampu menghambat perkembangan penyakit blas dengan nilai penghambatan relatif yang beragam. Isolat STGG 14 menghasilkan persentase penghambatan tertinggi yaitu 70.83%, sedangkan isolat STGV 8 menghasilkan persentase penghambatan terendah yaitu 48.35%. Hasil pengujian rumah kaca linier dengan aktivitas antifungi secara in vitro. Intensitas penyakit blas tanaman padi dengan perlakuan bakteri filosfer maupun fungisida kimia secara signifikan berbeda nyata dengan kontrol patogen P. oryzae. Sementara itu,
Keyword: Padi, Pyricularia oryzae, Bakteri filosfer, Senyawa bioaktif

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: