Judul: Konstruksi dan karakterisasi mutan protease Xanthomonas campestris pv. Glycines 8ra hasil mutagenesis transposon
Abstrak: Tujuan pada penelitian ini adalah (1) Mengkonstruksi mutan protease negatif X: campestris pv. glycines Sra dengan menggunakan mutagenesis transposon. Dalam hal ini transposon yang digunakan adalah Omegon-Km (Fellay et al., 1989); (2) Mengetahui jcnis protease yang dimiliki oleh X campestris pv. glyci11e.1· Sra; dan (3) Mengklon bagian gen protease yang dapat digunakan untuk mengklon gen struktural galur-galur X cam­pestris pv. glyci11e.1·. Mutagenesis dengan transposon dilakukan dengan konjugasi dua tetua antara X: campes/ris pv. glycines Sra dan E. coli S17-1 (pJFF350). Nilai frekuensi transkonjugasi yang diperoleh adalah I. 9 X 10·7 transkonjugan per resipien. Dari hasil mutagenesis tersebut diperoleh satu mutan protease negatif yaitu X: campestris pv. glyci11es RSSA. Hasil analisis skizotipe dengan Pulsedjield gel electrophoresis (PFGE) menggunakan enzim restriksi Ase I dan SpeI dapat membedakan dengan jelas galur RSSA dengan galur Sra. Plasmid rekombinan pLRD.6 yang diperoleh dari penelitian ini merupakan plasmid yang dikonstruksi dari X campestris pv. g!yci11es RSSA. Pada plasmid tersebut terdapat bagian gen protease yang dapat digunakan sebagai pelacak. Pelacak yang dimaksud adalah fragmen DNA yang berukuran 6.2 kb ketika pLRD.6 dipotong dengan enzim restriksi Asel. Pada penelitian ini pengklonan gen protease dengan pelacak tersebut menghasilkan tiga transforman dengan DNA insert berukuran sekitar 6.2 kb, akan tetapi i11serl tersebut bukan rnerupakan fragrnen DNA yang diinginkan. dst ...
Keyword: Xanthomonas campestries pv. glycines

Judul: Analisis gen penyandi protein terikat membran, impX, yang terlibat dalam patogenisitas pada Xanthomonas axonopodis pv. glycines
Abstrak: Xanthomonas axonopodis pv glycines (Xag) adalah bakteri penyebab penyakit pustul pada tanaman kedelai. Mutan non patogenik (Xag M715) telah dikonstruksi melalui mutagenesis transposon untuk mengetahui gen yang terlibat patogenisitas. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk 1) mengisolasi gen/gen-gen yang terlibat patogenisitas pada Xag YR32, (2) mengkarakterisasi gen/gen-gen yang terlibat patogenisitas pada Xag YR32, (3) mempelajari struktur dan fungsi gen yang terlibat patogenisitas pada Xag YR32, (4) menentukan posisi penyisipan transposon pada Xag M715. DNA sekitar penyisipan Tn5 dari Xag YR32 diisolasi melalui inverse Polymerase Chain Reaction (IPCR). Analisis BLASTN dari urutan DNA memperlihatkan similaritas pada nukleotida yang terlibat patogenisitas pada Xanthomonas axonopodis pv citri (GenBank accession No. NC003919) dengan identity 99%. BLASTX menunjukkan bahwa urutan nukleotida menyandikan inner membrane protein (imp) dan cystein protease (cp) (identity 90% dan 99%). Analisis Open Reading Frame (ORF) finder menunjukkan dua arah transkripsi yang berlawanan dari gen impX dan cp. Putative promoter, ribosom binding site (RBS), kodon awal dan akhir ditemukan pada gen impX. Putative promoter, RBS, kodon awal dan akhir ditemukan pada gen cp. Analisis ini menunjukkan bahwa transposon menyisip pada C-terminal impX. Analisis fungsi protein menunjukkan sebagai putative ABC-ATPase, suatu protein transmembran, famili ABC transporter, termasuk kelompok ABC-A1 yang mengekspor molekul. Analisis menunjukkan bahwa transposon menyisip pada ATP-ase dari ABC-ATPase. Analisis transkrip pada Xag YR32 menunjukkan bahwa gen ditranskrip tetapi hanya terdeteksi sangat tipis pada Xag M715. Analisis hibridisasi Northern memperlihatkan bahwa gen impX bersifat monosistronik dengan ukuran sekitar 546 bp. Introduksi impX ke dalam Xag M715 dapat mengembalikan sifat patogen pada bioesai kotiledon kedelai. Xag M715 menjadi patogen kembali. Sepuluh hari setelah infeksi, kotiledon yang terinfeksi oleh Xag YR32 menjadi coklat, sedangkan Xag M715 (pRP06) mencoklat pada 14 hari setelah infeksi. Analisis statistik menunjukkan bahwa fenotip Xag M715 berbeda dengan Xag M715 (pRP06) dan fenotip Xag YR32 sama dengan Xag M715 (pRP06). Analisis awal ekspresi protein menunjukkan bahwa gen impX diekspresikan pada E. coli BL21(DE3)pLysS. Fenotip non-patogenik dari Xag M715 disebabkan oleh penyisipan transposon pada ATP-ase dari ABC-ATPase transporter.
Keyword: Pustul bakteri, ABC transporter, Galur-galur bakteri dan plasmid, Isolasi DNA, Inverse Polymerase Chain Reaction, Glycine max L. Merr.

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: