Judul: Diversity of Pathogenic Phytophthora sp. Originated from Chili and Host Resistance Selection
Abstrak: Salah satu faktor utama yang menghambat produksi cabai adalah penyakit yang disebabkan oleh Phytophthora. Patogen ini menjadi kendala pada tanaman cabai di seluruh dunia termasuk Indonesia. Studi identifikasi Phytophthora yang menyebabkan infeksi pada cabai dan seleksi ketahanan inang perlu dilakukan untuk menentukan strategi pengendalian yang efektif dan efisien. Penelitian dilakukan dalam tiga bagian, yaitu: (1) identifikasi Phytophthora dari beberapa lokasi tanaman cabai di Jawa, (2) uji virulensi P. capsici asal tanaman cabai di Jawa, dan (3) uji ketahanan dan karakterisasi molekuler genotipe cabai Capsicum annuum. Penelitian ke-1 melakukan eksplorasi, isolasi, dan karakterisasi Phytophthora dari beberapa daerah sentra produksi cabai di Jawa. Isolasi dilakukan dengan menggunakan media CMA yang diperkaya dengan antibiotik ampicilin, rifampicin dan fungisida benomil. Karakterisasi secara morfologi dilakukan terhadap bentuk koloni, kecepatan tumbuh, bentuk sporangium, panjang dan lebar sporangium, sporangiofor, papila, serta tipe kawin. Karakterisasi secara molekuler dilakukan dengan menggunakan primer ITS dan EF-1. Data hasil perunutan basa dianalisis menggunakan BLASTn, restriksi in silico, filogeni, dan analisis diversitas haplotipe. Pada penelitian ke-2 dilakukan uji virulensi menggunakan empat cabai diferensial dan 23 isolat P. capsici. Persiapan sumber inokulum dan cara inokulasi mengikuti metode Bosland dan Lindsey yang dimodifikasi. Penentuan virulensi berdasarkan insidensi penyakit dan keparahan penyakit. Aktivitas pektinase dilakukan secara kualitatif dengan mengukur zona bening yang terbentuk pada media JG. Penelitian ke-3 adalah uji ketahanan dan karakterisasi dengan marka molekuler menggunakan genotipe C. annuum koleksi Departemen Agronomi dan Hortikultura IPB dan varietas komersial. P. capsici yang digunakan terdiri atas empat isolat yang telah diketahui virulensinya. Persiapan inokulum dan cara inokulasi sama seperti pada tahap penelitian sebelumnya. Karakterisasi molekuler menggunakan marka SCAR dilakukan dengan primer OpD04.717-F/OpD04.717-R. Keragaman genetik genotipe cabai dilakukan dengan menggunakan 11 marka simple sequence repeat (SSR). Hasil identifikasi menunjukkan bahwa meskipun secara morfologi terlihat beragam, namun secara molekuler 29 isolat koleksi menunjukkan satu spesies yang sama yaitu P. capsici. Isolat P. capsici yang dikoleksi dari berbagai lokasi pertanaman cabai di Jawa mempunyai keragaman genetik pada daerah ITS dan EF-1-nya. Isolat P. capsici asal cabai di Jawa memiliki virulensi yang beragam. Virulensi isolat bersifat spesifik genotipe, dimana tiap isolat menunjukkan virulensi yang berbeda terhadap empat genotipe cabai yang diuji. Selain itu, hasil penelitian ini juga menunjukkan bahwa virulensi berhubungan dengan aktivitas pektinase yang dihasilkan oleh P. capsici. Hasil pengujian menunjukkan bahwa 41 genotipe cabai yang diuji memiliki ketahanan yang beragam terhadap empat isolat P. capsici. Ketahanan genotipe cabai tersebut bersifat spesifik yang ditunjukkan dengan adanya interaksi genotipe dengan isolat. Hal ini berarti bahwa genotipe cabai hanya tahan terhadap P. capsici dari isolat tertentu. Berdasarkan hasil pengujian diketahui ada enam genotipe yang tahan terhadap isolat CpnsCK1, dua genotipe tahan terhadap KdrRM3, dan satu genotipe tahan terhadap WnsbCK1. Sementara terhadap isolat WnsbCK2 tidak satupun genotipe yang bereaksi tahan. Marka SCAR tidak berasosiasi dengan karakter ketahanan genotipe cabai terhadap isolat P. capsici asal Jawa di rumah kaca. Marka SSR yang digunakan dapat mengidentifikasi antar genotipe cabai. Sebelas marka SSR sangat aplikatif dan efektif dalam membedakan genotipe dalam spesies yang sama, C. annuum. Estimasi diversitas genetik yang dihasilkan oleh marka SSR pada penelitian ini dapat digunakan sebagai panduan bagi pemulia cabai untuk memilih tetua
Keyword: genetic, genotype, isolate, marker, virulence

Judul: Analisis genetik pewarisan sifat ketahanan cabai (Capsicum annum L.) terhadap Phytophthora capsici leonian
Abstrak: Hawar phytophthora yang disebabkan Phytophthora capsici Leonian a . la salah satu faktor pembatas dalam produksi cabai di seluruh dunia, te asuk Indonesia. Salah satu cara terbaik untuk melindungi tanaman cabai dari e·ae ik P. capsici adalah dengan merakit varietas cabai resisten melalui p-r ram pemuliaan tanaman. Salah satu hal penting yang diperlukan untuk m entukan strategi pemuliaan yang efektif adalah informasi tentang tetua donor da k'.endali genetik pewarisan ketahanan. Penelitian ini mencakup tiga kegiatan yaitu (1) Ketahanan plasma nutfah c ai (Capsicum spp.) terhadap P. capsici Leonian dan keragaman genetiknya, (2) Pewarisan ketahanan cabai (C. annuum L.) terhadap P. capsici Leonian, (3) Pend gaan parameter genetik ketahanan cabai (C. annuum L.) terhadap P. capsici Leonian menggunakan analisis silang dialel. Kegiatan pertama bertujuan mendapatkan tetua untuk studi pewarisan dan mendapatkan karakter yang baik untuk seleksi ketahanan. Pada percobaan ini telah diskrining 22 genotipe cabai koleksi Bagian Genetika dan Pemuliaan Tanaman IPB dengan isolat P. capsici TGOl dari Tega!. Respon ketahanan geno ipe cabai dapat dikelompokkan menjadi tahan (IPB C13 dan IPB C4), agak tahan (IPB C2, IPB C3, IPB C5, IPB C8, IPB ClO, IPB Cl5, dan IPB C20), rentan (IPB C7, IPB C9, IPB Cl 7, IPB C19, IPB C21, dan IPB C27), dan sangat rentan (IPB Cl, IPB Cl4, IPB C18, IPB C28, IPB C48, IPB C64 clan IPB C65). Peubah yang paling baik digunakan untuk seleksi ketahanan terhadap P. capsici adalah kejadian penyakit. Kegiatan kedua dan ketiga bertujuan untuk mempelajari pewarisan ketahanan cabai. Pada kegiatan kedua digunakan populasi enam generasi basil persilangan IPB CI dengan IPB C4), dengan peubah ketahanan indeks penyakit dan, anjang nekrosis. Pada kegiatan ketiga digunakan populasi dialel penub enam genotipe cabai (IPB C2, IPB C4, IPB C8, IPB C9, IPB CIO, dan IPB Cl5), dengan peubab ketahanan kejadian penyakit. Berdasarkan basil percobaan diperoleh informasi tidak ada efek maternal. Ketananan dikendalikan oleh gen inti sederhana. Paling sedikit terdapat satu kelompok gen yang berperan dalam pewarisan ketahanan, untuk indeks penyakit ketati!anan dikendalikan oleh 2 gen inti dengan interaksi duplikat resesif epistasis. DeraJat dominansi pada indeks penyakit dan panjang nekrosis dikategorikan dominan tak sempuma, dan pada kejadian penyakit overdominan. Tetua yang mem11iki daya gabung umum tertinggi adalab IPB C4. Kombinasi persilangan IPB C4 dan IPB C9 adalab hibrida terbaik untuk ketahanan terbadap P. capsici. Nilai heritabilitas arti sempit maupun arti luas untuk kedua peubab tergolong tinggi, sebingga seleksi untuk perakitan cabai unggul tahan P. capsici dapat dilakukan pada generasi awal. Metode yang disarankan adalab backcross, pedigree atau pembentukan hibrida.
Keyword: Analisis dialel, Parameter genetik, Pewarisan ketahanan

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: