Judul: In Silico LAMP Primer Design for Pig Gene Detection Applications in Processed Meat Products
Abstrak: Kasus pencemaran daging babi pada produk olahan daging meningkatkan isu pentingnya identifikasi kehalalan pangan. Salah satu metode identifikasi yang dapat digunakan yaitu loop-mediated isothermal amplification (LAMP). Tujuan penelitian ini adalah mendesain primer LAMP menggunakan DNA mitokondria babi pada gen 12S rRNA, 16S rRNA, dan sitokrom b secara in silico. Metode yang digunakan adalah preparasi sekuen, penentuan dan identifikasi daerah target desain primer, desain primer menggunakan Primer Explorer V5, identifikasi primer, dan uji spesifitas primer secara in silico. Hasil penelitian diperoleh set primer gen sitokrom b dengan urutan basa F3: CCACCCCATATTAAACCAGAA, B3: GGTTGTCCTCCA-ATTCATGTT, F2: CTACGCTATCTACGTTCAATTCC, F1c: AGGATGG-AGGCTACTAGGGCTAAC, B2: AGGTCTGCTACTAGTATTCAGA, B1c: TGCCCATACTACACACATCCAAACA, LB: ATTTCGACCACTAAGTC-AATGCCT memenuhi parameter ideal dan memiliki spesifitas terbaik sehingga dapat digunakan untuk uji lanjutan secara in vitro menggunakan metode LAMP., The cases of pork contamination in processed meat products raises the issue of the importance of identifying halal food. One of the identification methods that can be used is loop-mediated isothermal amplification (LAMP). The purpose of this study was to design a LAMP primer using pig mitochondrial DNA in the 12S rRNA, 16S rRNA, and cytochrome b genes in silico. The research steps consisted of sequence preparation, determination and identification of target region primer design, primer design using Primer Explorer V5, identification of primer and in silico primer specificity test. The results of the study obtained a primary set of cytochrome b genes with the order of bases F3 CCACCATATTAAACCAGAA, B3: GGTTGTCCTCCA-ATTCATGTT, F2: CTACGCTATCTACGTTCAATTCC, F1c: AGGATG-GAGGCTACTAGGGCTAAC, B2: AGGTCTGCTACTAGTATTCAGA, B1c: TGCCCATACTACACACATCCAAACA, LB: ATTTCGACCACTAA-GTCAATGCCT meets ideal parameters and has the best specificity so it can be used for advanced testing in vitro using the LAMP method.
Keyword: 12S rRNA, 16S rRNA, cytochrome b, LAMP, processed meat  products

Judul: Validasi Metode Analisis DNA Babi pada Produk Pangan dengan Primer Terseleksi dan Exogenous Internal Positive Control pada Real-Time PCR
Abstrak: Pengujian DNA babi menggunakan real-time PCR banyak diaplikasikan dalam proses sertifikasi halal maupun pengawasan produk pangan. Namun belum adanya standar metode pengujian ini perlu dilakukan validasi. Penelitian ini ditujukan untuk melakukan validasi metode amplifikasi DNA babi pada real-time PCR dengan menggunakan primer terseleksi dan exogenous internal positive control (IPC) sebagai alternatif metode yang digunakan pada Laboratorium LPPOM MUI. Adapun validasi metode ekstraksi tidak menjadi cakupan pada tesis ini karena menggunakan metode ekstraksi eksisting yang sudah tervalidasi pada Laboratorium LPPOM MUI, yaitu dengan metode solid-phase extraction menggunakan spin column. Tahapan penelitian dimulai dari seleksi pustaka untuk mendapatkan primer terseleksi dan dilanjutkan dengan ekstraksi sampel, uji efisiensi dan uji validasi metode. Sebelum validasi metode amplifikasi DNA, dilakukan uji efisiensi konsentrasi IPC terendah dan konsentrasi DNA sampel maksimum yang dapat diamplifikasi. Hasil uji efisiensi menunjukkan penggunaan IPC pada konsentrasi setengah dari konsentrasi awal, yaitu Exo IPC Mix 5X dan Exo IPC DNA 25X masih memberikan performa yang baik dengan mengamplifikasi DNA IPC pada Ct 27.57 ± 0.28 dan RFU pada 205.5 ± 14.85. Selain itu, diperoleh konsentrasi maksimum isolat DNA yang dapat diamplifikasi dengan baik tanpa ada inhibisi sebesar 100 ng/μl. Validasi metode amplifikasi DNA babi dilakukan pada lingkup uji spesifisitas, sensitifitas, linearitas, efisiensi amplifikasi dan uji robustness. Sebanyak 23 sampel positif dan 23 sampel negatif dievaluasi pada uji spesifitas. Dua sampel positif (kolagen babi dan kolagen peptida babi) menghasilkan hasil false negative dan maksimum nilai Ct untuk hasil true positive adalah 35.69 ± 0.95 pada sampel kapsul gelatin babi. Metode yang digunakan sudah sesuai untuk semua sampel yang diujikan, kecuali kolagen dan kolagen peptida. Di sisi lain, tiga sampel negatif menghasilkan hasil false positive dan terdeteksi di atas Ct 42.26. Oleh karena itu, dari sejumlah sampel yang diujikan, batasan Ct maksimum pada metode ini yang memberikan hasil true positive atau tidak memberikan hasil false positive adalah 35.69 ± 0.95. Nilai LOD yang memenuhi nilai keberterimaan berada pada konsentrasi 0.01 ng/μl pada Ct 33.29 ± 0.92 yang diperoleh dari hasil uji sensitivitas, linearitas (r2 = 0.996) dan efesiensi PCR (ɛ = 96.32). Metode ini teruji robust terhadap beberapa perubahan kecil seperti jenis master mix, volume master mix, konsentrasi primer, konsentrasi probe dan suhu annealing, yaitu DNA babi pada titik LOD yang masih teramplifikasi pada rentang 33.29 ± 0.92. Tidak hanya robust terhadap beberapa perubahan kecil yang mungkin terjadi secara tidak sengaja pada saat pengujian, metode ini juga tahan terhadap keberadaan beberapa inhibitor seperti alginat, selulosa, EDTA, ion kalsium, kolagen peptida dan polisakarida pada konsentrasi 1 μg/μl. Berdasarkan hasil validasi ini, metode amplifikasi DNA babi dengan menggunakan primer terseleksi dan exogenous IPC dapat digunakan sebagai metode alternatif pengujian DNA babi.
Keyword: Method Validation, Porcine DNA, Primer, Internal Positive Control, Real-Time PCR

Judul: Analisa deret waktu curah hujan di Daerah Khusus Ibukota Jakarta
Abstrak: Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui model deret Fourier yang dominan pada harmonik tertentu, guna menjelas- kan gambaran tentang musim untuk keperiodikan curah hujan bulanan setiap tahun, disamping itu ingin diketahui juga pengaruh korelasi diri dari setiap curah hujan bulanan dan rata-rata bergeraknya sebagai usaha untuk mengetahui ke- teraturan periodik atau menghilangkan keadaan yang eratik dari curah hujan bulanan. Bahan penelitian berupa data curah hujan bulanan yang dihimpun menjadi curah hujan tahunan, dari tahun 1953 sampai tahun 1977 atau selama 25 tahun. Dalam penelitian ini diambil data dari lima stasiun penakar hujan yang data- nya paling lengkap, masing-masing stasiun Jakarta Pusat, Kemayoran, Manggarai, Ragunan dan Jatipadang. Data diperoleh dari Badan Meteorologi dan Geofisika Jakarta. Hasil penelitian menunjukkan bahwa model yang dominan sebagai gambaran musim untuk keperiodikan curah hujan bulan- an setiap tahun adalah model deret Fourier untuk harmonik pertama, dari model diperoleh sari antaranya, diperkirakan bulan Februari akan terjadi curah hujan tertinggi dan bulan Agustus sebagai bulan dimana curah hujan terendah setiap tahun. Di stasiun penakar Jakarta Pusat, Kemayoran dan Manggarai terjadi tiga bulan kering secara berturut-turut pada bulan Juli, Agustus dan September. Sedangkan bulan basah mulai bulan Januari sampai Mei dan bulan Oktober sampai bulan Desember, kecuali di stasiun penakar Kemayoran pada bulan November dan Desember. Di stasiun Ragunan dan Jatipadang diharapkan tidak akan terjadi bulan kering, sedangkan bulan basah terjadi mulai bulan Januari sampai Juni dan bulan Oktober sampai Desember. Perbedaan antara musim hujan dan kemarau lebih jelas nampak untuk daerah-daerah bagian selatan kota atau di- Ragunan dan Jatipadang, kemudian semakin berkurang untuk daerah-daerah Manggarai dan Jakarta Pusat, sedangkan di- Kemayoran perbedaan antara kedua musim paling kecil. Curah hujan pada suatu bulan tertentu ada hubungannya dengan curah hujan pada bulan berikutnya, hubungan ini semakin berkurang dengan curah hujan pada bulan berikutnya lagi, kemudian dengan curah hujan pada bulan ketiga hubungannya sudah tidak ada. Gambaran fluktuasi curah hujan bulanan memperlihatkan pola yang teratur setelah dilakukan perataan (pemulusan) terhadap rata-rata bergerak curah hujan bulanan pada periode tiga bulan.
Keyword: Rainfall, model deret Fourier, Meteorologi, Geofisika