Judul: Sugarcane streak mosaic virus pada Tebu di Lampung dan Sulawesi Selatan: Insidensi Penyakit, Karakterisasi Gen Protein Selubung dan Pengembangan Metode Deteksinya.
Abstrak: Tebu (Saccharum officinarum L.) merupakan tanaman komersial yang penting dan kontribusinya besar untuk produksi gula di dunia, termasuk di Indonesia. Produksi gula dalam negeri yang masih rendah, menyebabkan pemerintah melakukan impor gula untuk memenuhi kebutuhan dalam negeri. Pemerintah berusaha mengurangi nilai impor gula dengan melakukan peningkatan luas lahan, produktivitas dan rendemen. Peningkatan luas lahan secara ekstensifikasi dilakukan dengan mengembangkan perkebunan tebu ke luar wilayah sentra produksi dan secara intensifikasi dengan penggunaan varietas unggul dan benih bermutu. Produktivitas tanaman tebu terutama ditentukan oleh kondisi agroklimat dimana tanaman tumbuh dan gangguan hama dan penyakit, termasuk yang disebabkan oleh infeksi virus. Virus utama yang dilaporkan menginfeksi tanaman tebu adalah Sugarcane mosaic virus (SCMV), Sugarcane streak mosaic virus (SCSMV), dan Sugarcane yellow leaf virus (SCYLV). Informasi mengenai status sebaran ketiga virus utama tersebut di luar Pulau Jawa belum ada yang melaporkannya. Data mengenai status sebaran tersebut diperlukan, terkait dengan program pemerintah untuk mengembangkan daerah sentra produksi tebu baru di luar Pulau Jawa. Salah satu konsekuensi dari pembukaan lahan sebagai sentra produksi tebu baru adalah harus dijamin ketersediaan bibit tebu berkualitas dan sehat dalam jumlah besar. Kegiatan indeksing dan pemantauan kesehatan bibit tebu harus didukung oleh metode deteksi dengan tingkat sensitivitas dan spesifisitas yang baik, serta memungkinkan digunakan untuk mendeteksi sampel dalam jumlah besar. Penelitian telah dilakukan dengan tujuan: (1) Mengetahui daerah sebar SCSMV dan virus penyebab penyakit mosaik tebu yang lain di Lampung dan Sulawesi Selatan; (2) Melakukan karakterisasi molekuler berbasis asam nukleat dan protein terhadap gen selubung protein (CP) isolat SCSMV asal Lampung dan Sulawesi Selatan, serta hubungan filogenetiknya dengan isolat dari negara lain; dan (3) Mendapatkan metode deteksi cepat SCSMV sebagai metode untuk melakukan indeksing dan pemantauan kesehatan bibit tebu. Kegiatan penelitian yang dilakukan meliputi tiga topik penelitian, yaitu (1) Survei distribusi dan insidensi SCSMV, SCMV, dan SCYLV di perkebunan tebu di Lampung dan Sulawesi Selatan; (2) Karakterisasi molekuler asam nukleat dan protein gen CP beberapa isolat SCSMV; dan (3) Pengembangan metode serologi (dot immunobinding assay/DIBA dan enzyme-linked immunosorbent assay/ELISA) dan molekuler (reverse transcription polymerase chain reaction/RT-PCR, hibridisasi asam nukleat dan immunocapture (IC)-RT-PCR) sebagai metode deteksi SCSMV. Hasil survei lapangan dan deteksi di laboratorium mengonfirmasi bahwa infeksi SCSMV, SCMV dan SCYLV pada tebu secara tunggal maupun ganda telah ditemukan di Lampung Tengah, Bone, Gowa dan Takalar. SCSMV sudah menginfeksi beberapa klon tebu komersial yang ditanam di dalam maupun luar Pulau Jawa. Insidensi dan keparahan penyakit pada penyakit mosaik bergaris dipengaruhi oleh kondisi agroklimat, terutama curah hujan di daerah perkebunan tebu. Semakin tinggi curah hujan, nilai insidensi dan keparahan penyakit semakin tinggi. Berkaitan dengan kegiatan survei dan pemantauan penyakit di lapangan dapat direkomendasikan untuk mengambil daun tebu urutan -2 sebagai sampel lapangan, karena daun tersebut mengandung konsentrasi SCSMV yang tinggi (2.037 ng.μL-1) berdasarkan hasil uji PCR kuantitatif. Deteksi dengan metode konvensional PCR menggunakan pasangan primer SCSMV 547F/AP3 berhasil mengamplifikasi bagian dari gen protein selubung (CP) SCSMV dari sampel tebu hasil survei. Satu klon gen CP SCSMV yang mewakili masing-masing SCSMV isolat Bone, Gowa, Takalar dan Lampung Tengah dipilih untuk digunakan dalam analisis runutan gen CP SCSMV. Homologi runutan nukleotida maupun asam amino 4 klon tersebut
Keyword: bibit tebu sehat, distribusi penyakit, gen selubung protein, metode indeksing, sensitivitas

Judul: Intensity of Main Disease in Several Superior Clones at Krebet Baru Sugar Factory, Malang
Abstrak: Tebu (Saccharum officinarum L.) merupakan tanaman perkebunan penting di Indonesia sebagai penghasil gula utama. Pada tahun 2018 produksi gula tebu mengalami penurunan sebesar 19,25 ribu ton dibandingkan tahun 2017, yaitu 2,17 juta ton. Penurunan tersebut tidak sejalan dengan konsumsi gula tebu yang kian meningkat dari tahun ke tahun. Penelitian banyak dilakukan untuk mendapatkan varietas-varietas tebu unggul yang diharapkan memiliki produksi tinggi dan tahan terhadap faktor-faktor gangguan yang dapat menurunkan produksi tanaman. Varietas-varietas tebu unggul tersebut perlu dievaluasi untuk mengetahui responnya terhadap penyakit-penyakit utama tebu yang dapat menurunkan rendemen tebu, yaitu penyakit mosaik bergaris (Sugarcane streak mosaic virus/SCSMV), pokahbung (Fusarium moniliforme Sheldon), dan luka api (Sporisorium scitamineum Sydow). Pengamatan intensitas penyakit dilakukan di Pabrik Gula Krebet Baru, Malang pada 14 klon tebu unggul setiap 2 minggu selama 3 bulan. Sampel tanaman yang menunjukkan gejala penyakit dibawa ke laboratorium untuk deteksi penyebab penyakitnya. Gejala penyakit mosaik bergaris yang ditemukan berupa garis-garis mosaik sejajar dengan tulang daun yang tidak beraturan, penyakit pokahbung berupa klorosis pada daun muda, dan luka api berupa anakan yang menyerupai rumput serta cambuk api. Penyakit mosaik bergaris terjadi pada tiga klon tebu, yaitu klon 1, 3, dan 14, dengan intensitas berturut-turut 8,33%, 33,33%, dan 63,89%. Intensitas penyakit pokahbung berkisar antara 2,78% sampai 22,22%. Intensitas penyakit luka api berkisar antara 11,11% sampai 25%. Konfirmasi keberadaan patogen mosaik bergaris dengan metode polymerase chain reaction berhasil mengamplifikasi pita DNA SCSMV berukuran ~500 pb. Keberadaan patogen pokahbung terkonfirmasi dengan tumbuhnya cendawan F. moniliforme melalui proses isolasi dan patogen luka api terkonfirmasi dengan terlihatnya hifa S. scitamineum pada jaringan meristem tebu. Klon 8 dan 12 menunjukkan respons toleran hingga tahan terhadap ketiga penyakit tersebut dan dapat direkomendasikan sebagai klon potensial dalam mengendalikan penyakit utama tebu pada penanaman selanjutnya., Sugarcane (Saccharum officinarum L.) is an important plantation crop in Indonesia as the major source of sugar production. Cane sugar production decreased significantly in recent years and it is not in line with the demand of cane sugar which is increasing from year to year. Many studies have been carried out to obtain sugarcane varieties which are expected to have high production and are resistant or tolerant to factors constraining crop production. Therefore, research was conducted to evaluate the response of 14 potential sugarcane varieties to the main sugarcane diseases, i.e. sugarcane streak mosaic (Sugarcane streak mosaic virus/SCSMV), pokkah boeng (Fusarium moniliforme Sheldon), and sugarcane smut (Sporisorium scitamineum Sydow). Observations of disease intensity were carried out at the Krebet Baru Sugar Factory, Malang every 2 weeks for 3 months. Samples of diseased plants were taken to the laboratory for further confirmation of the target pathogens. Spesific symptoms of sugarcane streak mosaic, pokkah boeng and sugarcane smut diseases were observed in the field involving mosaic, chlorosis on young leaves and smut, respectively. Mosaic symptom was found only on 3 clones with disease intensity ranging from 8.33% to 68.89%; whereas chlorosis and smut symptom was found on 11 and 14 clones with disease intensity ranging from 2.78% to 22.22% and 11.11% to 25%, respectively. Laboratory examinations confirmed SCSMV infection by polymerase chain reaction method, pokkah boeng disease by the growth
Keyword: Fusarium, Luka api, Mosaik bergaris, PCR, Pokahbung, SCSMV, Sporisorium scitamineum

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: