Judul: Respon tanaman cabai terhadap infeksi Xanthomonas campestris pv. vesicatoria penyebab penyakit bercak bakteri
Abstrak: Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui efektivitas metode infeksi X. campestris pv. vesicatoria terhadap kotiledon dan bibit cabai, dan mengetahui respon genotipe cabai terhadap X. campestris pv. vesicatoria isolat Indonesia yaitu X. campestris pv. vesicatoria ras 2 dan mencari genotipe yang membawa gen ketahanan terhadap X. campestris pv. vesicatoria tersebut, serta mengetahui tingkat virulensi tiga isolat X. campestris pv. vesicatoria (ras 1, 2, dan 3) terhadap berbagai genotipe cabai koleksi yang dilaksanakan di rumah plastik Kebun Percobaan Baranangsiang dan Laboratorium Biologi Molekuler Tanaman, Jurusan Budi Daya Tanaman IPB pada bulan Desember 2001 hingga Maret 2002. Media yang digunakan untuk kultur bakteri X. campestris pv. vesicatoria adalah GNA (Glucose Nutrient Agar). Tanaman yang akan diinokulasi terlebih dahulu didisinfestan dengan fungisida, akarisida, dan insektisida kemudian tanaman tersebut disemprot air steril. Bagian tanaman yang diinokulasi adalah daun dengan cara menusuk tulang daun dengan tusuk gigi steril. Tusuk gigi steril sebelum ditusukkan ke tulang daun terlebih dahulu ditusukkan ke biakan bakteri X. campestris pv. vesicatoria sehingga diharapkan di ujung tusuk gigi steril terdapat bakteri yang digunakan untuk menginfeksi daun. Tanaman yang telah diinokulasi disungkup dengan kantong plastik transparan kemudian dimasukkan ke dalam bak plastik yang berisi air untuk menciptakan kondisi yang sesuai untuk perkembangan patogen X. campestris pv. vesicatoria. Tanaman diinkubasi selama 18 hari. Kotiledon yang diinokulasi adalah kotiledon yang daun kotiledonnya sudah membuka sempurna dan sudah terlepas dari kulit biji. Inokulasi kotiledon dilakukan dengan cara menusuk tulang kotiledon dengan jarum yang selanjutnya diperlakukan sama seperti bibit. Metode infeksi X. campestris pv. vesicatoria terhadap daun bibit cabai lebih efektif daripada kotiledon karena gejala penyakit bercak bakteri pada kotiledon hanya pada genotipe tertentu dan jumlah yang terinfeksi sangat sedikit sedangkan dengan infeksi pada daun jelas terlihat gejala penyakit dan ukurannya, serta kriteria respon terhadap X. campestris pv. vesicatoria. Patogen X. campestris pv. vesicatoria ras 2 merupakan patogen yang sangat merusak tanaman cabai. Genotipe yang mempunyai gen ketahanan terhadap X. campestris pv. vesicatoria ras 2 sebanyak 6 genotipe dengan kriteria respon sangat tahan yaitu C 1024, С 10240P, C 1031, C 1058, C 1064, dan C 1079. Dilihat dari tingkat kemampuan patogen menimbulkan penyakit maka X. campestris pv. vesicatoria ras 2 merupakan patogen penyakit bercak bakteri yang paling virulen karena menyerang banyak genotipe (24 ..dst
Keyword: 

Judul: Character Diversity of Black Rot Bacterial Strains (Xanthomonas campestris pv. campestris) on Cabbage to Mixture of Active Inggredients Azoxystrobin and Difenokonazole
Abstrak: Salah satu penyakit pada kubis yang ditemukan pada daun yaitu penyakit busuk hitam (black rot) yang disebabkan oleh bakteri Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc). Gejala khas penyakit black rot pada kubis yaitu adanya lesio kuning yang berbentuk V. Gejala ini dimulai dari tepi daun yang berwarna kuning kemudian klorosis menuju vena tengah daun dan akhirnya menghitam tulang daunnya. Bakteri Xcc dapat menginfeksi kubis pada masa persemaian dengan gejala awal berupa lesio nekrotik dengan titik-titik berwarna hitam pada tepi daun. Pengendalian penyakit busuk hitam di lapangan oleh petani sering menggunakan fungisida yang memiliki spektrum sebagai bakterisida. Fungisida yang spektrum kerjanya tidak spesifik dapat memberikan pengaruh terhadap populasi dari mikroorganisme sekitarnya. Salah satu bahan aktif fungisida yang sering aplikasikan pada tanaman sayuran di daerah Cipanas yaitu campuran azoksistrobin dan difenokonazol. Azoksistrobin telah dilaporkan dapat menghambat pertumbuhan bakteri organotrofik, Actinomycetes, dan cendawan. Penelitian terkait dampak penggunaan campuran bahan aktif azoksistrobin dan difenokonazol terhadap mikroorganisme lain terutama bakteri X. campestris pv. campestris pada kubis belum ada yang melaporkan. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan mendapatkan data keanekaragaman secara genetik isolat bakteri X. campestris pv. campestris, mendapatkan data keanekaragaman secara fenotipik isolat bakteri X. campestris pv. campestris, dan mendapatkan data respon resistensi isolat bakteri X. campestris pv. campestris terhadap campuran bahan aktif azoksistrobin dan difenokonazol. Penelitian ini terdiri 5 tahap yaitu pengambilan sampel daun bergejala, isolasi dan seleksi isolat bakteri X. campestris pv. campestris, identifikasi secara molekuler menggunakan primer spesifik dan universal, pengujian isolat bakteri X. campestris pv. campestris dengan campuran bahan aktif azoksistrobin dan difenokonazol, dan uji produksi senyawa eksopolisakarida. Sampel kubis diambil dari lahan di daerah Cianjur, Jawa Barat. Isolat yang berhasil diisolasi kemudian diuji sifat Gram, hipersensitivitas, patogenesitas, dan hidrolisis pati. Identifikasi molekuker dilakukan menggunakan primer spesifik BE1 & BE2 dan primer universal 16S rRNA. Hasil sekuensing kemudian dianalisis keanekaragaman secara genetik menggunakan 5 enzim restriksi secara in silico. Pengujian dilakukan pada bahan aktif azoksistrobin dan difenokonazol. Konsentrasi bahan aktif yang digunakan yaitu 1/4X, 1/2X, 3/4X, X (konsentrasi anjuran), 3/2X, dan 2X. Hasil isolasi bakteri Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc) didapatkan sebanyak 70 isolat. Hasil isolasi tersebut terdiri dari isolat CHR sebanyak 8 isolat, isolat CLT sebanyak 9 isolat, isolat CDA sebanyak 17 isolat, dan isolat SDA sebanyak 36 isolat. Hasil seleksi isolat dilakukan berdasarkan uji Starch hydrolysis, uji hipersensitivitas, dan uji patogenesitas menunjukkan ada 15 isolat bakteri yang bersifat positif. Hasil analisis PCR menunjukkan terdapat 5 isolat bakteri yaitu CLT01, CDA08, SDA02, SDA22, dan SDA26 X. campestris pv. campestris. Isolat bakteri X.campestris pv. campestris bersifat Gram negatif, patogen terhadap tanaman, dan hidrolisis positif pada media yang mengandung pati. Bakteri X. campestris pv. campestris pada media YDCA memiliki koloni berwarna kuning, mengkilap, elevasi cembung, mucoid (berlendir), dan tepian licin. Hasil sekuensing menggunakan primer universal 16S rRNA dihasilkan bahwa kelima isolat terkonfirmasi sebagai X. campestris pv. campestris dengan kemiripan berkisar 98-100%. Analisis keanekaragaman menggunakan teknik RFLP in silico menunjukkan bahwa kelima isolat bakteri X. campestris pv. campestris memiliki keanekaragaman secara genetik. Pada pengujian dengan bahan aktif, dihasilkan nilai IC50 paling tinggi adalah isolat SDA22, sedangkan nilai paling rendah adalah isolat CDA08. Rata-rata berat eksopolisakarida yang
Keyword: eksopolisakarida, enzim restriksi, RFLP in silico, exopolisacaride, RFLP in silico, restriction enzymes

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: