Judul: Identifikasi Keragaman D-loop DNA Mitokondria pada Sapi Potong Di Indonesia.
Abstrak: Sapi Bali merupakan salah satu sumber daya genetik asli Indonesia, sumber daya genetik lain yang dimiliki oleh Indonesia pada ternak sapi yaitu hasil silangan sapi asli dan sapi luar yang masuk ke Indonesia yang telah menjadi sapi lokal seperti sapi Madura, Pesisir, Aceh, dan PO. Persilangan/perkembangan jenis sapi tersebut menyebabkan muncul keragaman genetik dan keterkaitan/hubungan kekerabatan (filogenetik) pada sapi asli dan sapi lokal Indonesia, termasuk keragaman di DNA mitokondria (mtDNA) di daerah D-loop. Keragaman pada mtDNA penting untuk diketahui, yaitu sebagai informasi dasar tentang mtDNA khususnya di daerah D-loop (data base) pada sapi-sapi Indonesia, mengingat sapi-sapi tersebut sudah diakui oleh dunia. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan sekuen mtDNA daerah D-loop pada sapi dan mengetahui keragaman daerah D-loop mtDNA pada sapi Bali, Madura, Pesisir, Aceh dan PO di Indonesia. Tujuan lain yaitu untuk mengetahui hubungan genetik (filogenetik) antara sapi Bali, Madura, Pesisir, Aceh, dan PO. Sampel darah sapi yang digunakan sebanyak 18 sampel yaitu dua sampel dari sapi Bali yang berasal dari BIB dan empat sampel dari BPTU sapi Bali pulau Bali, masing-masing dua sampel sapi Madura yang berasal dari Sapudi dan Kabupaten Sampang, dua sampel sapi Pesisir dari Kabupaten Pesisir Selatan, dua sampel sapi Aceh dari Kabupaten Aceh Besar, dan masing-masing dua sampel sapi PO yang berasal dari Kab. Kebumen dan kandang A Fakultas Peternakan IPB. Sampel darah tersebut diamplifikasi dengan PCR (Polymerase Chain Reaction) dan dilanjutkan dengan sekuen. Data sekuen D-loop disejajarkan berganda dengan sekuen acuan Bos indicus dari GenBank (kode akses AY126697) menggunakan program Clustal W yang terdapat dalam program MEGA 5.0. Hitungan jarak genetik antara sapi penelitian menggunakan perhitungan pairwise distance dan analisis filogeni dengan menggunakan metode bootstrapped Neighboor-Joining (NJ) dengan 1000 kali pengulangan.
Keyword: 

Judul: Keragaman Haplotipe dan Filogenetik Menggunakan Penanda Gen 12S rRNA Mitokondria pada Sapi Bali
Abstrak: Sapi bali merupakan salah satu sumber daya genetik ternak asli Indonesia yang harus dikembangkan dan dilestarikan. Gen 12S rRNA dapat digunakan sebagai marker keragaman genetik pada sapi dan saat ini belum diteliti secara intensif pada sapi bali. Penelitian ini bertujuan menganalisis gen 12S rRNA mtDNA untuk menentukan keragaman haplotipe dan filogenetik pada sapi Bali di kawasan timur Indonesia yang diwakili oleh 3 provinsi sebagai sumber kantong penghasil sapi Bali paling besar, selain itu digunakan sapi lokal Indonesia lainnya sebagai pembanding dalam penelitian ini. Sebanyak 95 sampel darah sudah dikoleksi di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor dari 3 bangsa sapi, yaitu sapi bali dari BPTU-HPT Pulukan Denpasar Bali, sapi bali dari Village Breeding Centre (VBC) Kabupaten Baru Sulawesi Selatan, sapi bali dari BPTU-HPT Serading Nusa Tenggara Barat, sapi madura dari VBC Kabupaten Pamekasan Jawa Timur dan sapi PO dari VBC Kabupaten Kebumen Jawa Tengah. Sampel dianalisa keragaman haplotipe menggunakan metode PCR dan sekuensing. Data dilakukan validitas data dengan Bio Edit dan FinchTV. Analisis data dengan metode clustal W untuk mengestimasi jarak genetik dihitung dengan p distance pada program MEGA versi 10, dan dihitung keanekaragaman nukleotida yang dinyatakan sebagai jumlah situs polimorfik (S), perbedaan nukleotida (K), keragaman haplotipe (Hd), dan keragaman nukleotida (π) dihitung menggunakan program DNAsp versi 6.12.01. Median-joining network dianalisis menggunakan program Network versi 10.2. Pohon Filogenetik direkonstruksi menggunakan metode bootstrapped Maximum Likehood 1000 kali pengulangan, gamma distribution (+G) dengan menggunakan lima rate kategori. Hasilnya panjang sekuen gen 12S rRNA yang dapat dianalisis 909 bp. Nilai jarak genetik berkisar 0,00200-0,01508. Keragaman haplotipe berkisar 0,66000-0,91111. Nilai keragaman nukleotida berkisar 0,00174-0,01673. Berhasil ditemukan sebanyak 16 haplotipe. Nilai Gst 0,00803, nilai Nst 0,07550, nilai Fst 0,07622. Berdasarkan hasil analisa keragaman marka gen 12S rRNA terdapat haplotipe spesifik yang membedakan tiga lokasi sapi bali di kawasan timur Indonesia yaitu haplotipe H16 (asal Denpasar), H18 (asal Sulawesi Selatan), dan H19 (asal Nusa Tenggara Barat). Perbedaaan haplotipe spesifik juga ditemukan antar bangsa sapi yaitu haplotipe H6, H7, H8 (Sapi PO) dan H9, H10, H11, H13 (Sapi madura). Analisis jarak genetik dan filogenetik menunjukkan bahwa sapi bali terdapat perbedaan di berbagai wilayah. Penelitian ini meskipun keragamannya rendah pada sapi bali, gen 12S rRNA dapat dijadikan sebagai kandidat marka genetik untuk studi keragaman sapi pedaging khususnya pada sapi bali.
Keyword: Gen 12S rRNA, keragaman genetik, pohon filogenetik, sapi bali

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: