Judul: Pengembangan teknik deteksi E545A gen PIK3CA dengan teknik Tm shift SYBR green I qPCR
Abstrak: Mutasi onkogen E545A ditemukan dalam frekuensi yang tinggi pada pasien kanker payudara di Singapura (13,8%). Mutasi E545A meningkatkan aktivitas kinase dari PI3K, serta memacu proliferasi, diferensiasi, dan kelangsungan hidup sel. Berdasarkan kedekatan geografis, Indonesia berpotensi memiliki posisi mutasi yang sama dengan Singapura. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan teknik deteksi E545A gen PIK3CA dengan pendekatan Tm shift SYBR green I qPCR. Pengembangan teknik dilakukan menggunakan plasmid rekombinan ekson 9 dan E545A sebagai sampel, serta dua primer spesifik alel dan satu primer reverse. Untuk mendapatkan kondisi optimum dari teknik Tm shift, dilakukan optimasi kondisi PCR dan rasio konsentrasi primer. Hasil optimasi menunjukkan kondisi PCR dengan suhu aneling 66,2 ° tanpa fase ekstensi, serta rasio primer long yang lebih tinggi berhasil mendiskriminasi ekson 9 dari E545A. Hasil real time PCR menunjukkan CT dan Tm yang berbeda pada ekson 9 dan E545A. Nilai CT dari ekson 9 adalah 13,41±0,23 dan E545A adalah 9,73±0,75. Tidak hanya pada kedua amplikon di atas, CT muncul pada ntc sebesar 29,79±1,28. Tm ekson 9 adalah 78,1±0,1 ° dan E545A adalah 80,20 °. Terdapat pergeseran suhu melting ±2 ° dari ekson 9 ke E545A. Uji presisi dari kondisi optimum pendekatan Tm shift SYBR green I qPCR menunjukkan konsisten yang tinggi, dengan nilai variasi intra dan inter assay kurang dari 10% dan 15%. Metode yang dikembangkan juga memiliki sensitivitas yang tinggi dan kualitas yang bagus. Teknik yang dikembangkan masih mampu mengenali E545A bahkan pada konsentrasi mutan yang rendah (1%). Kualitas pengujian yang baik ditunjukkan oleh nilai koefisien determinasi (R2) yang mendekati 1 dan % efisiensi 105%. Dengan demikian kita telah berhasil mengembangkan teknik Tm shift SYBR green I qPCR yang murah, sensitif, dan presisi / konsisten.
Keyword: E545A, ekson 9, Tm shift SYBR green I qPCR

Judul: Konstruksi DNA Struktur Tandem untuk Kontrol Positif Sistem Deteksi PIK3CA Wild-Type dan H1047R Berbasis Tm Shift qPCR
Abstrak: Kanker payudara adalah jenis kanker yang paling umum diderita oleh wanita di seluruh dunia dan merupakan salah satu penyebab kematian utama akibat kanker pada wanita di seluruh dunia, termasuk di Indonesia. Mutasi pada gen PIK3CA sering ditemukan dalam kasus-kasus penyakit kanker payudara. PIK3CA adalah gen pengode subunit katalitik p110-α pada protein PI3K yang memiliki banyak peranan penting dalam aktivitas selular. Terdapat tiga hostpots pada gen PIK3CA, salah satunya adalah mutasi PIK3CA H1047R yang memiliki frekuensi lebih tinggi dibanding jenis mutasi lainnya. Deteksi pada titik ini dapat diaplikasikan sebagai faktor prognosis dan prediktif untuk terapi trastuzumab. Deteksi mutasi menggunakan teknik qPCR merupakan salah satu teknik yang banyak digunakan karena pelaksanaannya yang relatif sederhana dan hasilnya yang kuat. Pengadaan kontrol positif untuk deteksi PIK3CA wild-type dan H1047R berbasis Tm Shift qPCR akan mendukung analisis data secara efisien dan mencegah munculnya hasil negatif semu. Pada penelitian ini, plasmid rekombinan berstruktur tandem (dinamakan pGEM-tandPIK3CA) dikonstruksi untuk menjadi positif kontrol pada sistem deteksi PIK3CA H1047R berbasis Tm shift qPCR. Plasmid rekombinan pGEM-tandPIK3CA dikonstruksi dengan cara meligasi fragmen PIK3CA wild-type dan PIK3CA H1047R secara tandem ke dalam plasmid vektor pGEM®-T Easy. Keberhasilan pengonstruksian plasmid tandem dikonfirmasi dengan restriksi BamHI, pengurutan DNA dan qPCR. Analisis statistik dilakukan untuk mengetahui reprodusibilitas dan repeatabilitas plasmid. Hasil yang diperoleh menunjukkan pGEM-tandPIK3CA berhasil dikonstruksi dan keberhasilan pembuatannya dikonfirmasi secara akurat dengan restriksi BamHI, pengurutan DNA dan qPCR. Analisis statistik menunjukkan reprodusibilitas dan repeatabilitas yang tinggi dengan %CV inter-assay dan intra-assay yang keduanya memiliki nilai kurang dari 25%. Hasil ini menunjukkan bahwa kontrol positif yang dikonstruksi dapat diaplikasikan untuk deteksi PIK3CA wild-type dan H1047R secara simultan dengan tingkat presisi yang baik. Kontrol positif ini memiliki beberapa kelebihan, di antaranya mudah untuk dikonstruksi dan ekonomis.
Keyword: kanker payudara, kontrol positif, PIK3CA H1047R, qPCR

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: