Judul: Isolasi DNA dari lingkungan dan studi transformasi, Bacillus subtilis DB104
Abstrak: Aplikasi enzim di bidang bioteknologi semakin menuntut adanya enzim- enzim yang memiliki stabilitas tinggi terhadap lingkungan ekstrim, seperti pada temperatur tinggi, pH ekstrim dan kandungan logam tinggi. Dari sekian banyak mikroba ekstrim penghasil enzim yang memiliki nilai ekonomi tinggi, terdapat keterbatasan dalam mengkulturkannya, sehingga sulit untuk memproduksi enzim. Saat ini telah berkembang teknik produksi enzim secara molekular, yaitu dengan memilah gen penyandi enzim dari DNA total asal lingkungan, mengklonkan ke inang yang sesuai dan mengekspresikannya. Isolasi langsung DNA total telah memungkinkan untuk memperoleh gen-gen penting dari berbagai mikroorganisme yang terdapat di lingkungan. Penelitian ini bertujuan (1) mengkoleksi isolat DNA dari berbagai lingkungan dengan kondisi ekstrim yang dapat digunakan untuk penelitian lanjut di bidang bioteknologi dan (2) mempelajari transformasi Bacillus subtilis DB104. Penelitian didahului dengan pengambilan sampel dari berbagai lokasi yang dinilai potensial mengandung mikroba-mikroba ekstrim. Koleksi sampel tersebut adalah Sumber Air Panas Cimanggu-Ciwidey, kawah Gunung Tangkuban Perahu, kali Sunter, sungai Ciliwung, dan tempat pembuangan sampah Jatinegara. Dari koleksi sampel ini didapatkan sepuluh situs terbaik yang dipersiapkan untuk tahapan isolasi DNA langsung.
Keyword: 

Judul: Isolasi dan pemilahan mikroba termofil penghasil enzim-enzim ekstraseluler
Abstrak: Penggunaan enzim yang dihasilkan oleh mikroorganisme yang berasal dari lingkungan yang ekstrim seperti suhu yang tinggi (termofil) dan pH yang tinggi (alkalofil) telah berhasil mengatasi keterbatasan penggunaan enzim sebagai biokatalis. Mikroorganisme yang dapat hidup pada lingkungan yang ekstrim banyak terdapat di berbagai wilayah Indonesia. Akan tetapi penelitian mengenai enzim-enzim ekstrim tersebut belum banyak dilakukan di Indonesia. Tujuan dari penelitian ini adalah melakukan isolasi dan pemilahan terhadap mikroorganisme yang diperoleh dari beberapa wilayah di Indonesia yang menghasilkan enzim-enzim ekstraseluler seperti protease, amilase, selulase pada suhu yang tinggi (termofil) dan pH yang tinggi (alkalofil), serta melakukan analisis enzim- enzim yang potensial untuk digunakan di industri. Dalam penelitian digunakan mikroba yang sudah diisolasi dari Kawah Sikidang-Dieng, tanah horison O pada kedalaman 5-15 cm dari hutan tropis Batu Ampar Kalimantan Timur (Streptomyces dan mikroba alkalofil), mikroba dari gigi biawak yang ada di tempat pembiakan di Perumahan Bintaro Jakarta, dan mikroba ekstrim halofilik dari Bledug Kuwu, Grobogan (Jawa Tengah). Selain itu juga dilakukan pengambilan sampel berupa tanah, lumut, dan air, yang berasal dari sumber air panas Pancuran Tujuh di Baturaden, Jawa Tengah. Isolasi mikroba termofil dilakukan mulai suhu 50°C, sedangkan mikroba alkalofil dilakukan pada media Luria Agar (LA) pH 10. Mikroba yang dapat hidup pada suhu 70°C atau lebih ditumbuhkan pada media Thermus. Sedangkan untuk pemilahan (uji selektif) mikroba penghasil enzim protease, selulase, dan amilase ditumbuhkan pada media LA, Yeast and Mold (YM) atau Thermus yang mengandung susu skim 2%, a-selulosa1,2%, atau soluble starch 0,3%. Analisis enzim protease dilakukan dengan metode Bergmeyer et al. (1983) dan analisis enzim amilase dilakukan dengan metode Bernfield (1955). Untuk penentuan berat molekul protein enzim protease, filtrat enzim diendapkan dengan (NH4)2SO4 sebanyak 35% (w/v) dan filtrat enzim yang mengendap dilarutkan lagi dalam buffer universal pH 8. Kemudian dilakukan dialisis dengan metode Harris (1989) menggunakan kantong dialisis ukuran 12.000 D (SIGMA). Penentuan berat molekul enzim protease dilakukan dengan SDS-PAGE dan teknik zimogram. Dari hasil isolasi dan pemilahan mikroba-mikroba termofil dan alkalofil yang menghasilkan enzim protease dan amilase ekstraseluler berdasarkan pembentukan zona bening (halo) dan kemampuan tumbuhnya, diperoleh beberapa isolat yang potensial untuk diteliti lebih lanjut. Isolat-isolat tersebut adalah isolat 40 A yang berasal dari gigi biawak, isolat A3 dan Streptomyces 961-1 yang berasal dari hutan tropis Batu Ampar Kalimantan Timur, dan isolat 2A1PT dan 2A2PT yang berasal dari sumber air panas Pancuran Tujuh Baturaden, Jawa Tengah. Sedangkan dari analisis enzim protease dan amilase terhadap isolat-isolat potensial tersebut diperoleh hasil isolat 40 A menghasilkan enzim protease dengan aktivitas proteolitik yang tinggi, termasuk protease netral, dan mempunyai kisaran suhu optimum yang cukup luas yaitu 45-60°C. Isolat A3 menghasilkan protease yang unik yaitu aktif pada kisaran pH (buffer universal + kasein) yang luas yaitu 5.9-10, dan aktivitas proteasenya sangat tinggi (12,10-18,96 U/mg protein). Isolat 2A1PT dan 2A2PT menghasilkan enzim amilase dengan aktivitas optimum pada suhu 60°C. Isolat 2A1PT menghasilkan enzim protease yang lebih tinggi aktivitasnya dibandingkan dengan isolat 2A2PT. Sedangkan isolat Streptomyces 961-1 menghasilkan enzim protease dan amilase dengan aktivitas yang jauh lebih kecil dibandingkan dengan isolat 40A, A3, dan 2A1PT. Dari hasil penentuan berat molekul enzim protease isolat A3 diperkirakan isolat A3 menghasilkan sekitar enam
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: