Judul: Deteksi Salmonella spp., S. Typhimurium dan S. Enteritidis Menggunakan Multiplex Real-Time Polymerase Chain Reaction (PCR).
Abstrak: Salmonella merupakan salah satu bakteri patogen yang banyak ditemui di pangan khususnya serotipe S. Typhimurium dan S. Enteritidis. Pangan yang paling rentan terkontaminasi Salmonella adalah daging unggas terutama karkas ayam. Metode untuk mendeteksi keberadaan Salmonella dengan multiplex real-time Polymerase Chain Reaction (rt-PCR) dibutuhkan agar deteksi lebih cepat dan efisien. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan metode deteksi dan serotyping cepat Salmonella spp. dengan menggunakan multiplex rt-PCR. Tahapan penelitian yaitu ekstraksi DNA, optimasi konsentrasi primer, uji spesifisitas dan limit deteksi, pembuatan kurva standar, dan uji coba pada karkas ayam. Ekstraksi DNA dilakukan dengan menggunakan metode lisis sel. Kemurnian hasil ekstraksi DNA Salmonella yaitu 1.84-1.93 (371.30-985.00 ng/μL). Primer yang digunakan yaitu InvA119 untuk mendeteksi Salmonella spp., STM523 untuk mendeteksi S. Typhimurium, dan Prot6E untuk mendeteksi S. Enteritidis. Konsentrasi primer optimum yaitu 0.3 μM untuk InvA119, 0.6 μM untuk STM523, dan 0.1 μM untuk Prot6E. Limit deteksi untuk setiap target gen secara berturut-turut yaitu 0.00288, 0.02200, dan 0.00218 ng/μL dengan jumlah sel 1.9x102, 4.1x103, dan 2.1x102 sel. Jika dilakukan secara multiplex maka konsentrasi limit deteksi sebesar 0.00727 ng/μL akan tetapi tidak dapat diketahui konsentrasi dari masing-masing serovar Salmonella sehingga jumlah sel terendah tidak dapat dihitung. Nilai R2 dari kurva standar yang dihasilkan dari pengujian secara multiplex rt-PCR berkisar antara 0.7-0.8 sehingga tidak valid jika digunakan untuk kuantifikasi.
Keyword: multiplex, rt-PCR, Salmonella spp., S. Enteritidis, S. Typhimurium

Judul: Mendeteksi Serotyping Salmonella Hadar, S. Typhimurium, dan S. Enteritidis menggunakan Real Time Polymerase Chain Reaction.
Abstrak: Kontaminasi Salmonella pada produk pangan seperti karkas ayam perlu diwaspadai, sehingga diperlukan metode cepat dan akurat deteksi Salmonella untuk memonitornya. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh konsentrasi primer dan kondisi optimum PCR, mengevaluasi spesifisitas primer, menentukan limit deteksi untuk mendeteksi Salmonella pada karkas ayam menggunakan real time polymerase chain reaction (rt-PCR). Tahapan penelitian yaitu ekstraksi DNA, optimasi kondisi rt-PCR, konfirmasi spesifisitas dan limit deteksi, serta uji coba pada sampel. Pengujian dengan rt-PCR diawali dengan denaturasi awal pada 95 oC selama 1 menit diikuti dengan 35 siklus yang terdiri dari 15 detik denaturasi pada 95 oC, 30 detik annealing pada 52 oC, 35 detik ekstensi pada 72 oC dan ekstensi akhir pada 72 oC selama 5 menit. Kemudian dilanjutkan dengan tahap melting dengan transisi suhu 60-90 oC dengan laju 0.5 oC/detik. Primer yang digunakan untuk mendeteksi keberadaan Salmonella spp. adalah InvA119 yang spesifik sampai siklus ke-30, untuk S. Typhimurium adalah STM311 yang spesifik sampai siklus ke-25, dan untuk S. Enteritidis adalah Prot6E yang spesifik sampai siklus ke-22. Limit deteksi dengan konsentrasi primer 0.5 μM berdasarkan konsentrasi DNA untuk ketiga target gen tersebut berturut-turut sebesar 0.0002, 0.022, dan 0.218 ng atau setara dengan 3.8 x 101, 4.1 x 103, dan 2.6 x 104 sel per mL.
Keyword: karkas ayam, rt-PCR, Salmonella, S. Enteritidis, S. Typhimurium

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: