Judul: Analisis Variasi Muka Laut di Perairan Sabang, Sibolga, Padang, Cilacap dan Benoa Menggunakan Metode Wavelet.
Abstrak: Adanya data muka laut dari hasil pengukuran stasiun pasang-surut yang terdapat di Sabang, Sibolga, Padang, Cilacap dan Benoa merupakan suatu modal yang sangat mendukung untuk mengetahui mengenai perubahan kondisi laut di daerah tersebut. Kemudian dilakukan analisis dan pengkajian dari data yang telah ada tersebut. Tujuan dari penelitian ini adalah menganalisis pola variasi muka laut di stasiun yang dikaji untuk mengetahui pola rambatannya dan menganalisis periode fluktuasi muka laut pada tiap stasiun melalui spektrum densitas energi untuk mengetahui fenomena-fenomena yang terjadi serta menunjukkan hubungan fluktuasi muka laut antar stasiun melalui spektrum korelasi silang. Pola variasi muka laut yang terjadi di tiap stasiun ditampilkan dalam bentuk grafik dengan menggunakan metode wavelet І dimensi pada perangkat lunak matlab 7.1. Untuk menganalisis variasi muka laut berdasarkan periode dilakukan analisis spektrum densitas energi, sedangkan untuk mengetahui hubungan antara muka laut antar stasiun ditunjukkan dengan analisis spektrum korelasi silang. Penghitungan ini menggunakan perangkat lunak statistica 6. Secara umum tinggi muka laut di stasiun yang dikaji memperlihatkan adanya periode tengah tahunan (semi annual), tinggi muka laut mengalami dua kali maksimum dan dua kali minimum dalam setahun. Terjadinya tinggi maksimum pada periode bulan April hingga bulan Mei (musim peralihan 1) dan pada bulan November ( musim peralihan 2) di stasiun yang dikaji diperkirakan disebabkan oleh adanya gelombang Kelvin yang terbentuk di Samudera Hindia. Periode fluktuasi spektrum densitas energi muka laut yang ditemukan di tiap stasiun mengindikasikan adanya beberapa fenomena seperti fenomena musiman (seasonal), intra musiman (intraseasonal) dan dua mingguan (fortnightly). Hubungan yang erat fluktuasi muka laut terdapat pada korelasi silang antara stasiun Sabang dan Sibolga, Sabang dan Padang, Sibolga dan Padang, Padang dan Cilacap, Cilacap dan Benoa yang mengindikasikan bahwa adanya saling keterkaitan mengenai perubahan muka laut yang terjadi. Hubungan fluktuasi muka laut antara di Padang dan Sibolga sangat erat pada periode 4-6 bulan yang ditunjukkan dengan nilai koherensi sebesar 0,98 untuk periode 4 bulan dan 0,97 untuk periode 6 bulan. Nilai beda fase bernilai negatif yang berarti bahwa fluktuasi muka laut terjadi terlebih dahulu di Padang kemudian diikuti fluktuasi muka laut di Sibolga setelah 12 jam untuk periode 4 bulan dan 2 hari untuk periode 6 bulan. Secara fisik ini berarti bahwa perubahan muka laut berupa perambatan gelombang bermula dari Padang menuju ke Sibolga.
Keyword: 

Judul: Kondisi oseanografi perairan selat sunda ditinjau dari variasi muka laut dan angin (Tahun 2008)
Abstrak: Karakteristik oseanografi perairan Selat Sunda seperti topografi dasar, pola pergerakan arus, pasang surut, tinggi muka laut dan arah angin di bawah pengaruh Laut Jawa dan Samudera Hindia. Tujuan dari penelitian ini adalah menggambarkan kondisi oseanografi ditinjau dari variasi muka laut perairan Selat Sunda pada tahun 2008 dan faktor angin yang mempengaruhinya, serta menganalisis pola arus perairan Selat Sunda dari variasi muka laut yang direkam menggunakan alat pengukur pasang surut (Tide Gauge) melalui pendekatan geostrofik. Variasi muka laut, angin permukaan, dan arus laut di setiap stasiun yang dikaji dianalisis menggunakan metode Wavelet 1 D tipe Daubechius 1 level 5. Untuk melihat fluktuasi muka laut dan angin permukaan berdasarkan periode dilakukan analisis spektrum densitas energi, sedangkan untuk mengetahui hubungan antara muka laut antar stasiun dan muka laut dengan angin ditunjukkan dengan analisis spektrum korelasi silang. Nilai arus geostrofik dan arus pasut dari data beda tinggi muka laut (residu dan pasut) di antara dua stasiun diperoleh melalui pendekatan geostrofik dan ditampilkan melalui distribusi arus secara 2 D. Secara umum variasi muka laut di perairan Selat Sunda pada tahun 2008 menunjukkan adanya fenomena musiman, intra musiman dan pasut dua mingguan. Fenomena musiman dapat terlihat pada periode panjang (3.8 – 5.7 bulan) di masing-masing stasiun, dimana terjadi perubahan tinggi muka laut yang mencapai dua kali tinggi maksimum pada Musim Peralihan I (April) dan Musim Peralihan II (November), serta dua kali tinggi minimum pada Musim Barat (Januari) dan Musim Timur (Juli). Fenomena musiman ini diduga berhubungan dengan adanya pengaruh Angin Muson. Selain itu, ditemukan pula fenomena intra musiman pada periode sedang (1-3 bulan) seperti adanya pengaruh gelombang Kelvin dan Dipole Mode dari Samudera Hindia, serta fenomena dua mingguan pada periode (13.7-16.8 hari) yang menunjukkan adanya pengaruh rambatan pasut yang masuk ke Laut Jawa dari Samudera Hindia melalui Selat Sunda...
Keyword: Condition oceanograph, Stick plot, World tides

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA