Judul: Analisis kinerja de novo genome assembler berbasis de bruijn graph pada sistem shared memory
Abstrak: De novo assembly merupakan teknik yang digunakan untuk merangkai fragmen (read) hasil dari mesin next generation sequencing (NGS) menjadi genom utuh agar dapat dianalisis. Aplikasi yang digunakan untuk melakukan de novo assembly (assembler) berbasis de Bruijn graph telah banyak dikembangkan. Uji kinerja aplikasi tersebut diperlukan untuk mengetahui performa assembler. Penelitian ini melakukan uji kinerja assembler yang populer digunakan, yaitu Velvet, SOAPdenovo2, dan ABySS yang diimplementasikan pada sistem dengan arsitektur shared memory. Pengujian meliputi hasil assembly (N50, panjang contig maksimum, dan jumlah contig), penggunaan sumber daya memori, dan efek penggunaan multi-core CPU. Hasilnya, ketiga assembler tersebut berhasil digunakan untuk melakukan assembly fragmen genom yang berukuran kecil maupun besar. Panjang k-mer (k) memberikan pengaruh terhadap hasil assembly sesuai dengan coverage depth arsip sequence. Hasil assembly yang optimal memerlukan coverage depth yang cukup, yaitu minimal 50×. Penggunaan multi-core CPU memberikan efek superlinear speedup pada SOAPdenovo dan sublinear speedup pada Velvet dan ABySS.
Keyword: de novo assembly, DNA sequencing, shared memory system

Judul: Paralelisasi proses short reads alignment dengan algoritme burrows-wheeler transform menggunakan CUDA
Abstrak: Teknologi DNA sequencing dan DNA sequence assembly memiliki peran penting dalam bidang ilmu biologi molekuler, khususnya genomika. Teknologi ini berfungsi untuk membentuk fragmen DNA yang lebih panjang (contigs) dari penggabungan fragmen-fragmen pendek (reads). Salah satu metode untuk melakukan DNA sequencing adalah next-gen sequencing (NGS), yang menghasilkan reads pendek untuk kemudian dijajarkan kembali pada sebuah genom rujukan. Penelitian ini bertujuan untuk mengimplementasikan algoritme Burrows-Wheeler transform (BWT) untuk melakukan proses short reads alignment hasil NGS dan paralelisasi program sehingga dapat dieksekusi menggunakan graphic processing unit (GPU) dengan memanfaatkan library CUDA. Genom rujukan yang digunakan adalah kromosom 11 kacang kedelai (Glycine max) dan sampel reads yang digunakan memiliki variasi jumlah 1 000, 2 000, 5 000, 10 000, dan 20 000 reads. Besar speedup rata-rata yang dihasilkan adalah 1.335 dan nilai speedup tertinggi pada sampel berjumlah 20 000 read dengan nilai 1.393. Paralelisasi program menggunakan CUDA menghasilkan waktu eksekusi lebih baik dibandingkan dengan program sekuensial.
Keyword: Burrows-Wheeler transform, CUDA, next-gen sequencing, short reads

Judul: Prevalence of Bird Lice on Rock Pigeon (Columba livia) in 99Wonderland Park, Selangor, Malaysia
Abstrak: Rock Pigeon (Columba livia) have coexisted with humans for thousands of years and are used for various purposes such as food and in sports. Rock pigeons may have the potential to be infested with a wide range of ectoparasites, which can have a significant impact on their life cycle. This study aims to measure the prevalence of Columba livia with bird lice in 99Wonderland Park, Selangor, Malaysia in the year 2020 and to ascertain the impact of bird lice on the health of these infested birds. Data were collected from clinical records for the month of January to December in the year 2020 from 99Wonderland Park, Selangor, Malaysia. Lice were identified in 42 of the 80 Rock pigeons examined so, the overall prevalence of lice infestations was 52.5%. The prevalence of ectoparasites was found to be higher in young Rock pigeons (60.4%) as compared to adult Rock pigeons (37.4%). Columbicola columbae (wing lice) and Colpocephalum turbinatum (body lice) are two species of lice that have been detected. Body lice were more prevalent in young Columba livia birds at 47.6% whereas wing lice were more prevalent in adult Columba livia birds at 16.7%. Most of the lice were found in the thorax and abdomen area followed by the head and neck area., Merpati Batu (Columba livia) telah hidup berdampingan dengan manusia selama ribuan tahun dan digunakan untuk berbagai keperluan seperti makanan dan olahraga. Merpati batu dapat terinfestasi dengan berbagai ektoparasit, yang dapat berdampak signifikan pada siklus hidup mereka. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui prevalensi Columba livia dengan kutu burung di 99 Wonderland Park, Selangor, Malaysia pada tahun 2020 dan untuk memastikan dampaknya terhadap kesehatan burung yang terinfestasi. Data dikumpulkan dari catatan klinis dari bulan Januari hingga Desember tahun 2020 dari 99Wonderland Park, Selangor, Malaysia. Kutu diidentifikasi pada 42 dari 80 merpati batu yang diperiksa sehingga, prevalensi keseluruhan infestasi kutu adalah 52,5%. Prevalensi ektoparasit ditemukan lebih tinggi pada merpati batu muda (60,4%) dibandingkan dengan merpati batu dewasa (37,4%). Columbicola columbae (kutu sayap) dan Colpocephalum turbinatum (kutu badan) adalah dua spesies kutu yang telah ditemukan. Kutu badan lebih banyak ditemukan pada burung Columba livia muda sebesar 47,6% sedangkan kutu sayap lebih banyak ditemukan pada burung Columba livia dewasa sebesar 16,7%. Sebagian besar kutu ditemukan di daerah dada dan abdomen diikuti daerah kepala dan leher.
Keyword: Columba livia, prevalence, ectoparasite, wing lice, body lice, Columba livia, prevalensi, ektoparasit, kutu sayap, kutu badan