Judul: Molecular Characterization of Begomovirus Infecting Yard Long Bean (Vigna unguiculata subsp. sesquipedalis L.) and Construction of Its Specific Primers
Abstrak: Begomovirus merupakan salah satu patogen penting yang menginfeksi beberapa komoditas hortikultura utama di negara tropis dan sub-tropis. Kerugian ekonomi akibat infeksi Begomovirus di beberapa negara dilaporkan mencapai jutaan dolar. Infeksi Begomovirus di Indonesia pada tanaman hortikultura pertama kali dilaporkan tahun 1999 pada tanaman cabai dengan kejadian penyakit 30 – 100%. Tanaman cabai yang terinfeksi Begomovirus mempunyai gejala yang khas, yaitu daunnya mengeriting dan menguning. Gejala mosaik kuning juga mulai ditemukan di sejumlah pertanaman kacang panjang pada tahun 2008 dan kejadian penyakit semakin meningkat terutama di beberapa daerah di Jawa. Gejala yang sama juga dilaporkan pada tanaman Leguminosae di India, Bangladesh, Pakistan, dan Nepal. Penyakit mosaik kuning di kawasan Asia Selatan ini disebabkan oleh infeksi Begomovirus. Penyakit mosaik kuning di Jawa diduga juga disebabkan oleh Begomovirus. Begomovirus merupakan salah satu genus terbesar dari famili Geminiviridae. Begomovirus mempunyai karakter molekuler yang unik dengan partikel kembar (bipartit) atau tunggal (monopartit). Partikel bipartit Begomovirus terdiri dari DNA-A dan DNA-B, masing-masing berukuran 2.6 – 2.7 kb dengan fungsi yang berbeda. Partikel monopartit mempunyai fungsi gabungan dari DNA-A dan DNA-B. Identitas setiap spesies Begomovirus ditemukan pada bagian common region (CR). Setiap CR Begomovirus mempunyai tiga komponen unik, yaitu sekuen berulang (iteron), sekuen TATA box, dan struktur hair pin loop. Penularan Begomovirus di lapangan sebagian besar melalui vektornya Bemisia tabaci Gen. (Hemiptera: Aleyrodidae) secara persisten sirkulatif. Begomovirus tidak dapat ditularkan baik secara mekanis maupun benih. Kisaran inang yang luas dan penyebaran melalui vektor membuat kejadian penyakit Begomovirus tinggi dan sulit dikendalikan. Deteksi Begomovirus umumnya dilakukan dengan metode Polymerase chain reaction (PCR). Metode PCR merupakan salah satu teknik deteksi yang sensitif dan cepat. Primer merupakan salah satu komponen utama dalam proses PCR. PAL1v1978/ PAR1c715 dan AV494/ AC1048 merupakan primer universal yang banyak digunakan untuk mendeteksi Begomovirus. Primer PAL1v1978/ PAR1c715 dilaporkan dapat mendeteksi Begomovirus yang menginfeksi beberapa tanaman dari famili Solanaceae, Leguminosae, Euphorbiaceae, dan Malvaceae. Pasangan primer PAL1v1978/ PAR1c715 mengamplifikasi bagian CR, sedangkan primer AV494/ AC1048 mengamplifikasi pada bagian protein selubung. Penelitian ini bertujuan untuk melaporkan pentingnya infeksi Begomovirus pada tanaman kacang panjang, mengidentifikasi spesies Begomovirus pada tanaman kacang panjang, menganalisis karakter molekuler dan membuat primer spesifik untuk mendeteksi spesies Begomovirus yang menginfeksi tanaman kacang panjang. Penelitian ini dilakukan dengan beberapa tahapan, yaitu: (i) survei penyakit di beberapa lokasi pertanaman kacang panjang di provinsi Jawa Tengah (Tegal, Magelang, dan Klaten), D.I. Yogyakarta (Sleman dan Kalasan), serta Jawa Barat (Bogor dan Subang); (ii) deteksi beberapa virus yang menginfeksi tanaman kacang panjang menggunakan I-ELISA serta deteksi Begomovirus menggunakan PCR, cloning, dan sekuensing; (iii) analisis karakter molekuler Begomovirus menggunakan perangkat lunak BioEdit v.7.0.5, CLC Sequence Viewer, dan MEGA 6.06; (iv) membuat primer spesifik menggunakan perangkat lunak Oligonucleotide Calculator dan PrimerBLAST; serta (v) uji postulat Koch menggunakan penularan kutukebul dan inokulum dari lapangan untuk membuktikan agen penyebab gejala mosaik kuning. Gejala mosaik kuning ditemukan hampir di semua lokasi survei. Berdasarkan hasil deteksi menggunakan I-ELISA dan PCR ditemukan adanya infeksi Potyvirus tunggal, Begomovirus tunggal, serta campuran antara Begomovirus dan Potyvirus. Hasil deteksi seluruh sampel menunjukkan dominasi infeksi Begomovirus di beberapa lokasi. Hasil deteksi menggunakan primer universal PAL1v1978/ PAR1c715 dan PBL1v2040/ PCR1c membuktikan bahwa Begomovirus yang menginfeksi
Keyword: Common Region, ELISA, MYMIV, PCR, Sekuensing DNA

Judul: Identifikasi dan Variasi Sekuen Nukleotida Begomovirus Penyebab Penyakit Mosaik Kuning pada Beberapa Tanaman
Abstrak: Begomovirus is one of genera in the family Geminiviridae that has been reported globally to cause significant yield losses on crops production. Its infection causess typical symptoms, such as curling, yellow mosaic, and yellowing on the leaf. In Indonesia, yellow mosaic diseases associated with various Begomoviruses have been reported on chili pepper, yard long bean, cucumber and eggplant. Therefore, the aims of this study are (i) to detect Begomoviruses infecting chili pepper, yard long bean, cucumber, and eggplant and (ii) to analyze their genetic variation to determine the dynamics of Begomovirus development in Indonesia in the last ten years. Leaf samples were collected from infected plants (chili pepper, yard long bean, cucumber, and eggplant) in Bogor (West Java) and Brebes (Central Java). In addition, Begomovirus nucleic acid from the collection of Plant Virology Laboratory were used as comparison. These samples were isolated ten years ago from Bogor (West Java) and Magelang, Klaten, and Brebes (Central Java). Begomovirus detection was carried out by polymerase chain reaction (PCR) method using a universal primer pair (SPG1/SPG2) followed by nucleotide sequence analysis. DNA samples were successfully amplified from both field and laboratory samples. Three Begomovirus species were identified, i.e., Pepper yellow leaf curl Indonesia virus (PYLCIV) on chili pepper, Mungbean yellow mosaic India virus (MYMIV) on yard long bean and Tomato leaf curl New Delhi virus (ToLCNDV) on cucumber and eggplant. Phylogenetic tree analysis showed that all samples from the field and laboratory were grouped in one cluster. However, nucleotide base differences were found in each Begomovirus species. This finding indicates a change in the nucleotide sequence of the virus over a period of time., Begomovirus adalah salah satu genera dalam famili Geminiviridae yang telah dilaporkan secara global dapat menyebabkan kehilangan hasil yang nyata pada produksi tanaman. Gejala infeksi Begomovirus umumnya menimbulkan gejala khas, seperti keriting, mosaik kuning, dan daun menguning. Di Indonesia, penyakit mosaik kuning yang diasosiasikan dengan berbagai Begomovirus telah dilaporkan terjadi pada tanaman cabai, kacang panjang, mentimun, dan terung. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk (i) mendeteksi Begomovirus yang menginfeksi tanaman cabai, kacang panjang, mentimun, dan terung, dan (ii) menganalisis variasi genetiknya untuk mengetahui dinamika perkembangan Begomovirus di Indonesia dalam sepuluh tahun terakhir. Sampel daun dikumpulkan dari tanaman yang terinfeksi (cabai, kacang panjang, mentimun, dan terung) di Bogor (Jawa Barat) dan Brebes (Jawa Tengah). Selain itu, sampel asam nukleat Begomovirus dari koleksi Laboratorium Virologi Tumbuhan digunakan sebagai pembanding. Sampel tersebut diisolasi sepuluh tahun yang lalu dari tanaman cabai, kacang panjang, mentimun, dan terung dari beberapa lokasi. Deteksi Begomovirus dilakukan dengan metode polymerase chain reaction (PCR) menggunakan pasangan primer universal (SPG1/SPG2) yang dilanjutkan dengan analisis sekuen nukleotida. Sampel DNA berhasil diamplifikasi dari sampel lapangan dan laboratorium. Tiga spesies Begomovirus berhasil diidentifikasi, yaitu Pepper yellow leaf curl Indonesia virus (PYLCIV) pada cabai, Mungbean yellow mosaic India virus (MYMIV) pada kacang panjang, dan Tomato leaf curl New Delhi virus (ToLCNDV) pada mentimun dan terung. Analisis pohon filogenetik menunjukkan bahwa semua sampel dari lapangan dan laboratorium mengelompok dalam satu klaster. Namun, perbedaan basa nukleotida ditemukan pada setiap spesies Begomovirus. Temuan ini mengindikasikan adanya perubahan sikuen nukleotida
Keyword: Geminiviridae, genetic diversity, PCR, phylogenetic analysis, universal  primer

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: