Judul: Identifikasi Keragaman Gen Signal Transducer And Activator Of Transcription 5a (Stat5a) Promoter Pada Sapi Bali
Abstrak: Gen signal transducer and activator of transcription 5A (STAT5A) merupakan gen yang mengontrol sifat reproduksi sapi dan memiliki hubungan signifikan terhadap fertilitas dan perkembangan embrio. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman genetik gen STAT5A promoter pada sapi bali yang berasal dari BPTU Pulukan Bali, BPT-HMT Serading, dan VBC Kabupaten Barru. Sapi bali yang diidentifikasi sebanyak 42 sampel dengan menggunakan metode PCR-sekuensing. Amplifikasi gen STAT5A promoter menghasilkan fragmen dengan panjang 603 bp. Hasil sekuens gen STAT5A promoter ditemukan 11 SNPs. SNP yang teridentifikasi pada daerah CpG island I yaitu g.-1448C>A, g.-1409C>A, g.-1405C>A, g.-1401C>A, g.-1450G>A, g.-1361G>A, g.- 1384A>G, dan g.-1350G>T. SNP yang ditemukan pada daerah CpG island II yaitu g.-1167C>T, g.-1128G>A, dan g.-1093G>A. Selain itu, analisis SNP menunjukkan mutasi di gen STAT5A daerah promoter dapat menjadi kandidat awal marker seleksi potensial untuk sifat reproduksi. Studi validasi lebih lanjut diperlukan untuk membuktikan peran gen STAT5A untuk digunakan dalam seleksi genom.
Keyword: CpG island, gen STAT5A, sapi bali, sekuensing, SNP

Judul: Kajian Keragaman Gen Myf5 Dan Mstn Serta Asosiasinya Terhadap Sifat Pertumbuhan Dan Perdagingan Pada Sapi Bali
Abstrak: Sapi bali (Bos javanicus) adalah sapi asli Indonesia yang merupakan hasil domestikasi dari banteng (Bibos banteng). Sapi bali memiliki keunggulan dalam sifat produksi, reproduksi dan dapat berkembang pada lingkungan marginal. Gen Myogenic Factor 5 (Myf5) dan gen Myostatin (MSTN) memiliki peranan penting dalam perkembangan myogenesis dan diketahui berhubungan dengan sifat pertumbuhan dan perdagingan. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis polimorfisme dan distribusi alel berbasis SNP (Single Nucleotide Polymorphism) pada gen Myf5 dan MSTN di sapi bali. Selain itu, tujuan penelitian ini juga mengetahui hubungan gen-gen tersebut terhadap sifat pertumbuhan dan perdagingan pada sapi bali. Sapi bali yang digunakan sebanyak 48 ekor terdiri atas 24 ekor jantan dan 24 ekor betina yang berumur 12-15 bulan yang dipelihara pada kondisi lingkingan yang sama di pusat pembibitan BPTU-HMT sapi bali Provinsi Bali. Identifikasi SNP pada gen Myf5 dan MSTN dilakukan menggunakan metode direct-sequencing. Polimorfisme kedua gen tersebut dianalisis berdasarkan frekuensi genotipe, frekuensi alel dan heterozigositas. Keseimbangan genotipe dalam populasi dideteksi dengan uji keseimbangan Hardy-Weinberg (χ2). Asosiasi SNP gen Myf5 dan MSTN dengan sifat pertumbuhan (bobot lahir, bobot 205 hari, bobot 365 hari, tinggi pundak, panjang badan dan lebar dada) dan sifat perdagingan yang diukur dengan USG (tebal otot longissimus dorsi, tebal lemak punggung, tebal rump, tebal lemak rump, marbling score dan persentase lemak intramuskuler) pada sapi bali dilakukan dengan uji ANOVA GLM dan dilanjutkan dengan uji Duncan Multiple Range Test (DMRT). Amplifikasi gen Myf5 dan gen MSTN dihasilkan panjang produk PCR yaitu masing-masing 285 bp dan 535 bp. Hasil identifikasi SNP pada kedua gen tersebut diperoleh 2 SNP polimorfik (c.1172T>A dan c.1205G>A) dan 20 SNP polimorfik (g.-8350C>T, g.-8310A>C, g.-8299G>A, g.-8283A>G, g.-8216G>A, g.-8205A>G, g.-8168A>G, g.-8109T>G, g.-8078C>T, g.-8077G>A, g.-8029T>C, g.-7799T>C, g.-7996G>C, g.-7953C>T, g.-7941C>T, g.-7930A>G, g.-7905T>C dan g.-7942C>G) pada sapi bali. SNP gen Myf5 memiliki nilai heterozigositas <0.5 dan ditemukan dalam keadaan seimbang. Adapun SNP gen MSTN memiliki nilai heterozigositas <0.5 dan ditemukan 17 SNP (g.-8350C>T, g.-8310A>C, g.-8299G>A, g.-8283A>G, g.-8216G>A, g.-8205A>G, g.-8168A>G, g.-8109T>G, g.-8077G>A, g.-8029T>C, g.-7799T>C, g.-7953C>T, g.-7941C>T, g.-7905T>C dan g.-7942C>G) dalam keadaan tidak seimbang, sedangkan tiga SNP berada dalam keadaan keseimbangan (g.-8078C>T, g.-7996G>C and g.-7930A>G). Asosiasi SNP gen Myf5 dengan sifat pertumbuhan dan perdagingan pada sapi bali tidak nyata. Adapun SNP gen MSTN tidak berasosiasi nyata dengan sifat pertumbuhan, namun berasosiasi nyata (P≤0.05) dengan persentase lemak intramuskuler yaitu SNP g.-7799T>C dan g.-7941C>T. Kedua SNP pada gen MSTN tersebut dapat dijadikan sebagai kandidat marka genetik sifat perdagingan pada sapi bali.
Keyword: gen Myf5, gen Myostatin, sapi bali, SNP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: