Judul: Simulasi Pembentangan Protein L Secara Mekanik Menggunakan Metode Steered Molecular Dynamics
Abstrak: Protein L merupakan protein multidomain dari kelompok L yang berasal dari bakteri anaerob spesies Peptostreptococcus magnus. Setiap protein memiliki ikatan antarmolekul untuk mempertahankan keadaan awalnya. Pada penelitian ini dilakukan simulasi dinamika molekul dengan teknik Stereed Molecular Dynamics untuk mempelajari karakteristik mekanik pada protein L. Metode Steered Molecular Dynamics yang digunakan yaitu Constant Velocity Pulling (CVP) dan Constant Force Pulling (CFP) dengan mendefinisikan fixed atom pada atom Cα di N-terminal dan SMD atom pada atom Cα di C-terminal. Variasi kecepatan yang dilakukan pada CPV yaitu 0.005 Ǻ/ps, 0.01 Ǻ/ps, 0.05 Ǻ/ps, 0.1 Ǻ/ps, 0.2 Ǻ/ps, 0.3 Ǻ/ps selama 500 ps. Variasi gaya yang dilakukan saat menggunakan metode CPF sebesar 3000 pN, 5000 pN, 6000 pN dan 7000 pN selama 500 ps. Protein mengalami unfolding sempurna pada kecepatan 0.3 Ǻ/ps dengan menggunakan metode CVP. Hasil yang diperoleh jarak antara fixed atom dan SMD atom menjadi 180.05 Ǻ dan pada metode CFP protein mengalami unfolding sempurna pada gaya 7000 pN dengan nilai jarak antara fixed atom dan SMD atom menjadi 27.48 Ǻ. Bendasarkan hasil analisis dinamika molekul menunjukan perbedaan mekanisme pembentangan protein antara metode CVP dan CFP.
Keyword: Constant Velocity Pulling, Constant Force Pulling, gaya, kecepatan, Protein L, Steered Molecular Dynamics, unfolding

Judul: Simulasi Refolding Protein 2PTL Menggunakan Not Just Another Molecular Dynamics Program (NAMD)
Abstrak: Memahami bagaimana proses unfolding dan refolding protein masih menjadi tantangan utama dalam ilmu kehidupan. Salah satu protein yang dapat diamati yaitu protein 2PTL. Protein 2PTL membantu Peptostreptococcus magnus menghindari pertahanan inang melalui sifat pengikatan protein melalui interaksi rantai ringan kappa. Pada penelitian ini dilakukan simulasi dinamika molekul untuk protein 2PTL pada temperatur 500K selama 15 ns untuk simulasi unfolding dan temperatur 200K selama 30 ns untuk simulasi refolding. Dari penelitian ini diperoleh proses unfolding terjadi pada waktu 6.5 ns. Secara geometri, hasil analisis RMSD pada 500K meningkat hingga 7.059Å dan pada 200K mengalami penurunan sebesar 2.683Å. Tingkat kemiripan asam amino proses unfolding dengan struktur native sebesar 36.78%. Setelah dilakukan proses refolding pada 200K dilakukan juga pengecekan tingkat kemiripan asam amino dengan struktur native sebesar 62.264%.
Keyword: NAMD, protein 2PTL, refolding, simulasi dinamika molekul, unfolding

Judul: Kearifan Tradisional Perlindungan dan Pemanfaatan Sumberdaya Hutan oleh Suku Kanume di Taman Nasional Wasur
Abstrak: Wasur National Park (TN Wasur), is located in Merauke, Papua. The Kanume tribe is one of indigenous communities who have long been living in TN Wasur, which has the region's largest in TN Wasur, about 305.312 ha (73,78%). This study was conducted to analyze the pattern of protection and use of forest resources by the tribe Kanume in the Wasur National Park. The results showed that the people of clans in the ethnic of Kanume has a custom rules and wisdom in terms of protection and utilization of forest resources. Clans in the tribe of Kanume has ownership rights at the ulayat land to protect and exploit resources that there can be found sacred places, the old village, the well nature, hamlet of sago, and places the ancestral journey. In traditional wisdom and resource utilization, the tribe of Kanume have a culture that supports the management of the forest resource. This can be seen by the existence of the division of conception space based on the area of ulayat customs, the system of mastery and ownership of land, Sasi system and the belief of Totem(Totemism).
Keyword: traditional wisdom, Taman Nasional Wasur, Suku Kanume