Judul: Pengujian Kemurnian Benih Padi dari Tiga Isolasi jarak Melalui Analisis Citra dengan Pemindaian Bidang Datar, Grow Out Test, dan Mikrosatelit.
Abstrak: Pengujian kemurnian benih padi pada umumnya dilakukan secara visual dengan tingkat subjektivitas yang tinggi. Analisis citra digital dengan pemindaian bidang datar atau Image Analysis-Flatbed Scanning (IA-FS) telah dimanfaatkan untuk mengidentifikasi ciri benih suatu varietas. Penelitian ini bertujuan untuk: (1) mengidentifikasi tipe simpang benih padi berdasarkan karakter morfologi bentuk dan warna melalui metode IA-FS yang dikonfirmasi dengan grow out test (GOT); (2) mendapatkan informasi proporsi tipe simpang dari isolasi jarak yang berbeda melalui metode IA-FS, dan (3) mengkonfirmasi tipe simpang dari isolasi jarak yang berbeda melalui metode IA-FS dengan uji GOT dan mikrosatelit. Penelitian dilaksanakan dalam 2 percobaan. Percobaan pertama adalah pengembangan IA-FS sebagai teknik untuk pengujian kemurnian genetik benih. Sebanyak 1200 butir benih masing-masing dari varietas Aek Sibundong dan Sintanur dipindai dengan IA-FS. Benih dievaluasi tingkat kemurnian berdasarkan 5 parameter bentuk (circularity, feret, min feret, AR dan round) dan 3 parameter warna (red, green dan blue). Kemudian benih tersebut ditanam untuk pengujian kemurnian dengan GOT dan diamati ciri-ciri morfologi tanaman di lapangan. Pada percobaan kedua dilakukan pengujian kemurnian benih padi pada tiga isolasi jarak berdasarkan GOT, IA-FS dan mikrosatelit. Benih Aek Sibundong dan Sintanur ditanam berdampingan dengan isolasi jarak 1, 2, dan 3 m. Masingmasing varietas pada tiap isolasi jarak ditanam sebanyak 400 rumpun (4 baris tanaman) dengan jarak tanam 25 x 40 cm. Pengujian kemurnian benih secara GOT per varietas per isolasi jarak. Setelah pengujian GOT selesai, benih dipanen pada malai batang utama pada masing-masing rumpun. Benih dibagi menjadi 2 yaitu benih untuk pengujian IA-FS dan sebagai bahan tanam untuk pengujian mikrosatelit. Untuk IA-FS sampel benih diambil 1 butir benih per malai (100 butir per baris atau tergantung dari jumlah tanaman yang bisa dipanen sebagai benih). Benih dengan jumlah yang sama digunakan untuk pengujian kemurnian berdasarkan mikrosatelit, namun ditanam secara bulk pada masing-masing baris yang sama. Pengujian mikrosatelit menggunakan 3 primer yaitu RM224, RC12 dan Afrag. Hasil penelitian percobaan pertama menunjukkan bahwa metode IA-FS dapat mengkuantifikasi karakter bentuk dan warna benih serta menguji kebenaran varietas Aek Sibundong dan Sintanur. Tingkat akurasi identifikasi kebenaran varietas menggunakan IA-FS yaitu 99.7% pada saat mengkombinasikan parameter bentuk dan warna, 99.2% berdasarkan bentuk dan 93.6% untuk parameter warna saja. Hasil pengujian kemurnian benih berdasarkan IA-FS tidak berbeda nyata dengan pengujian kemurnian dengan GOT di lapangan. Hasil penelitian percobaan kedua menunjukkan bahwa pada isolasi jarak 1, 2, dan 3 m masih ditemukan tipe simpang yang diduga berasal dari penyerbukan yang tidak dikehendaki pada pertanaman Aek Sibundong dan Sintanur. Kemurnian benih berdasarkan IA-FS relatif sama dengan metode GOT pada ketiga isolasi jarak kecuali kemurnian benih pada pertanaman Sintanur dari isolasi jarak 2, 3, dan 3.4 m . Pengujian kemurnian dengan IA-FS relatif stabil untuk pengujian kemurnian berdasarkan bentuk dan warna. Kemurnian benih secara GOT mencapai 100% hanya terjadi pada pertanaman Sintanur dengan isolasi jarak 3-3.4 m. Namun rendahnya tipe simpang yang ditemukan bukan karena isolasi jarak yang semakin jauh sebagaimana ditunjukkan adanya tipe simpang yang lebih tinggi (6.82-7.14%) pada isolasi jarak 3.8-4.2 m. Tipe simpang lain pada Sintanur ditemukan sebanyak > 10% pada isolasi jarak 1-2.2 m, dan 0-16.67% pada isolasi jarak > 2.4 m. Pada pertanaman Aek
Keyword: Aek Sibundong, kemurnian genetik, morfologi, Sintanur, tipe simpang

Judul: Identifikasi dan Evaluasi Kemurnian Genetik Benih Padi Hibrida Menggunakan Marka Mikrosatelit
Abstrak: Benih dikatakan mempunyai mutu genetik yang baik apabila benih tersebut asli (true to type), sesuai dengan varietas yang dimaksud. Uji kemurnian benih merupakan tahapan yang harus dilakukan untuk mengendalikan mutu genetik dari suatu lot benih. Kemurnian genetik benih F1 merupakan hal yang sangat penting pada produksi benih padi hibrida. Adanya campuran pada benih padi hibrida dapat menyebabkan penurunan produksi dan buruknya pertanaman di lapang. Di Indonesia, uji kemurnian benih menggunakan SSR belum banyak dilakukan pada padi khususnya padi hibrida. Marka SSR akan sangat bermanfat untuk mengetahui apakah benih padi hibrida betul hasil persilangan antar dua galur tetua pembentuknya. Oleh karena itu identifikasi marka-marka polimorfis dari galur-galur tetua perlu dilakukan Penelitian ini bertujuan untuk: 1) Mendapatkan marka SSR spesifik yang dapat digunakan untuk mengidentifikasi galur tetua beberapa varietas padi hibrida, serta melihat tingkat polimorfisme dari marka tersebut; 2) Mempelajari sterilitas malai beberapa galur mandul jantan; 3) Membandingkan uji kemurnian benih dengan SSR dan grow out test; 4) Mendapatkan karakter kualitatif dan kuantitatif dari dua varietas padi hibrida (Hipa 6 dan Hipa 7) untuk melengkapi deskripsi varietas. Penelitian dibagi menjadi dua kegiatan utama, yang pertama adalah identifikasi marka molekuler polimorfis dan yang kedua adalah uji kemurnia benih hibrida dan karakterisasi morfologi tanaman. Selain itu untuk mengetahui persentase tingkat sterilitas galur mandul jantan yang digunakan, maka dilakukan uji sterilitas galur mandul jantan. Galur tetua dari lima varietas hibrida (Hipa 6, Hipa 7, Hipa 8, Hipa 9 dan Hipa 10) digunakan untuk identifikasi marka SSR, sedangkan untuk uji kemurnian benih digunakan dua varietas hibrida yaitu Hipa 6 dan Hipa 7. Identifikasi marka molekuler polimorfis menggunakan 16 marka SSR yang dipilih dari linkage map (http://www.gramene.org). Penanaman F1 hibrida di lapang dirancang sesuai dengan panduan pengujian individual (PPI) kebaruan, keunikan, keseragaman dan kestabilan tanaman padi. Empat puluh individu tanaman ditentukan secara acak sebagai tanaman contoh untuk masing-masing hibrida (Hipa 6 dan Hipa 7). Setiap individu tanaman contoh tersebut diambil sampel daunnya untuk dilakukan uji kemurnian genetik secara molekuler. Pengamatan morfologi untuk pengujian kemurnian benih di lapang juga dilakukan pada tanaman contoh yang sama. Penentuan tingkat kemurnian di lapang dilakukan berdasarkan karakter morfologi dari setiap individu tanaman pada berbagai tahap pertumbuhan tanaman. Pengamatan meliputi : 1) kemurnian (campuran varietas lain), 2) karakter kualitatif, 3) karakter kuantitatif tanaman. Pengamatan karakter tanaman dilakukan untuk mengindentifikasi adanya varietas campuran dan melengkapi deskripsi varietas yang sudah ada. Uji sterilitas galur mandul jantan menggunakan IR62829A, IR58025A, dan IR68897A. Berdasarkan hasil penelitian diperoleh tujuh marka SSR polimorfis dari 16 marka SSR yang digunakan. Enam marka diantaranya yaitu RM206, RM263, RM276, RM346, RM335 dan RM570 dapat membedakan antar tetua padi hibrida yang diuji. Satu marka RM164 walaupun polimorfis tetapi tidak dapat ..dst
Keyword: hybrid rice seed, hybrid rice seed, SSR, genetic purity, morphologycal characteristic

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: