Judul: Ukuran Kemiripan Anotasi Gene Ontology Berbasis Information-Based Similarity Menggunakan SOLR.
Abstrak: Indonesia kaya akan keanekaragaman hayati. Informasi-informasi biodiversitas yang disediakan sangat banyak dengan format yang berbeda-beda. Mengingat ukuran datanya yang besar dan banyak, dibutuhkan sebuah mesin pencari yang baik, namun seringkali dokumen yang dikembalikan tidak relevan. Untuk meningkatkan hasil kerja mesin pencari adalah dengan menggunakan algoritme kemiripan yang baik, salah satunya adalah information-based similarity. Dokumen yang digunakan dalam penelitian ini adalah Gene Ontology. Dalam penelitian ini dilakukan perbandingan kinerja antara metode information-based similarity dan metode pengukuran kemiripan default yang digunakan SOLR. Hasil evaluasi MAP yang diperoleh untuk metode information-based similarity lebih tinggi, yaitu 0.894154, sedangkan nilai R-precision yang didapatkan untuk kedua metode adalah sama. Hasil perbandingan menunjukkan bahwa metode informationbased similarity sedikit lebih unggul karena mampu menampilkan semua dokumen relevan pada urutan atas.
Keyword: biodiversitas, Gene Ontology, information-based similarity, mesin pencari

Judul: Ukuran kemiripan Jelinek Mercer dalam temu kembali anotasi Gene Ontology menggunakan SOLR
Abstrak: Saat ini web telah menjadi sumber utama untuk pencarian informasi, termasuk di bidang biodiversitas sehingga mesin pencari yang baik dibutuhkan untuk mencari informasi yang relevan. Pada saat pencarian seringkali pengguna menggunakan kueri panjang dengan kata-kata yang kurang informatif. Jika pengukuran kemiripan hanya memperhitungkan frekuensi kata di dokumen tertentu maka kebanyakan dokumen yang dikembalikan tidak relevan. Salah satu cara menangani hal ini adalah dengan menggunakan metode pengukuran kemiripan Jelinek Mercer. Metode ini mempertimbangkan sebaran kata di seluruh dokumen. Dokumen yang digunakan dalam penelitian ini adalah anotasi dalam Gene Ontology. Hasil dari penelitian ini menunjukkan nilai R-precision yang sama untuk metode tersebut dengan metode pengukuran kemiripan default yang ada pada SOLR yang merupakan pengembangan dari TF-IDF dan cosine similarity, yaitu 0.65 untuk kueri yang pendek. Nilai R-precision yang lebih tinggi didapatkan ketika menggunakan metode Jelinek Mercer pada kueri yang panjang, yaitu 0.59 untuk λ sebesar 0.7 dan 0.423 untuk λ sebesar 0.1. Sedangkan R-precision untuk metode baku dalam SOLR hanya bernilai 0.194.
Keyword: biodiversity data, Gene Ontology, Jelinek Mercer, similarity, search Engine

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: