Judul: Optimasi Proses Kloning Genomik dan Identifikasi Gen Delta- Guaiene Sebagai Pembentuk Aroma Gaharu Pada Tanaman Aquilaria malaccensis Lamk
Abstrak: Aroma wangi pada gaharu terbentuk oleh beberapa interaksi metabolisme sekunder, salah satunya guaiene [C15H24]. Tujuan penelitian ini adalah untuk optimasi proses kloning genomik dan identifikasi gen δ-guaiene sebagai pembentuk aroma gaharu pada tanaman A. malaccensis Lamk. Kloning dilakukan dengan metode shotgun sedangkan indentifikasi gen delta (δ)-guaiene dilakukan dengan teknik PCR menggunakan primer spesifik. Optimasi proses kloning dimulai dengan isolasi DNA genom, lalu dipotong dengan enzim restriksi EcoR1, purifikasi fragmen DNA berukuran besar, yang kemudian direkatkan pada vektor pGemTEasy, dan akhirnya ditransformasikan ke sel bakteri. Hasil transformasi berupa koloni biru-putih, namun hasil PCR koloni menunjukkan bahwa koloni putih yang ada tidak mengandung klon DNA insert, sehingga masih perlu modifikasi dan optimasi lebih lanjut. PCR dengan primer spesifik gen δ-guaiene berhasil mendapatkan fragmen dengan panjang basa 1449 bp. Nukleotida hasil sekuens yang diperoleh mirip dengan sekuens gen δ-guaiene dari A. crassna, namun agak berbeda dengan sekuens gen serupa dari A. malaccensis di pusat data NCBI.
Keyword: A. malaccensis, kloning, δ-guaiene

Judul: Deteksi Gen Penyandi Gaharu δ-Guaiene pada Tanaman Aquilaria malaccensis Lamk dan Gyrinops versteegii Domke.
Abstrak: Produktivitas gaharu sebagai salah satu hasil hutan bukan kayu (HHBK) yang memiliki prospek tinggi untuk dikembangkan di Indonesia semakin menurun. Untuk itu diperlukan bibit gaharu unggul yang dipastikan dapat menghasilkan gaharu dengan kualitas tinggi. Salah satu komponen dominan yang menyebabkan bau khas pada gaharu adalah guaiene. Tujuan penelitian ini adalah mendeteksi gen guaiene dengan beberapa primer spesifik serta optimasi tahapan PCR untuk ekspresi gen guaiene pada dua jenis tanaman yaitu A. malaccensis dan G. versteegii. Metode deteksi gen guaiene meliputi, isolasi DNA dan RNA, perancangan primer spesifik gen guaine, sitensis cDNA, serta PCR dengan primer spesifik tersebut dilanjutkan dengan sekuensing produk PCR. Sekuen gen spesifik guaiene berhasil dideteksi pada DNA dengan ukuran 135 bp pada G. versteegii dan 133 bp pada A. malaccensis yang memiliki kesamaan tertinggi dengan Aquilaria sinensis. Sekuen gen spesifik guaiene berhasil dideteksi pada cDNA dengan ukuran 133bp yang memiliki kesamaan tertinggi dengan A. crassna. Primer yang dapat mendeteksi gen guaiene adalah Am3-δG dengan suhu annealing optimum 56.5 dan 57˚C.
Keyword: Aquilaria malaccensis, δ -guaiene, Gyrinops versteegii

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: