Judul: Identification of Specific DNA Markers for the Three Varieties  of Indonesian Shallot (Allium cepa var. aggregatum)
Abstrak: Bawang merah (Allium cepa var. aggregatum) merupakan tanaman yang secara alami menyerbuk silang, akan tetapi umunya diperbanyak secara vegetatif dengan umbi dalam proses penanamannya diberbagai agroekologi Indonesia yang beragam. Sistem penyerbukan silang dan seleksi alami secara berkelanjutan menyebabkan adanya keragaman genetik dalam populasi satu varietas. Analisis penciri varietas secara morfologi sulit dilakukan, sehingga diperlukan pembeda varietas genetik yang spesifik untuk penciri varietas. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman genetik pada populasi varietas Bima Brebes, SS Sakato dan Tajuk yang banyak beredar di Indonesia serta mendapatkan penanda DNA spesifik. Amplifikasi DNA tiga varietas bawang dengan sepuluh primer Random Amplified Polymorphism DNA (RAPD). Pita diskor secara binner kemudian dianalisis menggunakan PBSTAT-CL, dan PowerMarker 3.25. Marka RAPD yang digunakan berhasil mengamplifikasi 137 total pita DNA, dan 109 pita DNA diantaranya bersifat polimorfik dengan persentase total polimorfik yaitu 80,14%. Primer yang menghasilkan persentase pita polimorfik paling tinggi yaitu OPE7 dengan persentase 100%, sedangkan primer yang persentase polimorfiknya rendah yaitu SBN2 dengan 0% pita polimorfik. Nilai PIC (polymorphic information content) menunjukan bahwa dari sepuluh primer yang digunakan terdapat sembilan primer paling informatif yaitu OPE7, OPE11, OPJ4, OPJ11,OPN6, SBH9, SBH12, SBH20 dan SBN9, sedangkan primer yang dikategorikan kurang informatif yaitu SBN2. Analisis dengan penanda RAPD pada varietas yang diuji beragam untuk setiap populasi, terlihat pada analisis gerombol yang menunjukan koefisien ketidakmiripan sebesar 0.35 untuk Bima Brebes, untuk varietas SS Sakato nilai koefisien ketidakmiripan 0.5 sedangkan pada varietas Tajuk membentuk nilai koefisien ketidakmiripan sebesar 0.35. Analisis gerombol menunjukan bahwa varietas SS Sakato keragamannya cukup tinggi, sedangkan varietas Bima Brebes dan Tajuk menghasilkan nilai keragaman genetik yang rendah. Analisis penciri varietas Bima Brebes spesifik ukuran 600 pb pada OPJ11, SS Sakato spesifik primer SBH9 ukuran 300 pb, sedangkan untuk varietas Tajuk spesifik ukuran 600 pb pada primer OPE11.
Keyword: Cluster analysis, RAPD, variety-specific band

Judul: Keragaman Genetik Bawang Merah (Allium cepa var. aggregatum) di Indonesia Berdasarkan Marka Morfologi, Metabolomik dan Molekuler.
Abstrak: Bawang merah (Allium cepa var aggregatum) di Indonesia termasuk salah satu tanaman Allium yang penting dan telah lama diusahakan oleh petani di Indonesia secara intensif. Penggunaan bawang merah telah banyak diketahui sebagai perasa dalam makanan ataupun digunakan sebagai bahan obat-obat herbal. Permintaan bawang merah terus meningkat setiap tahunnya seiring dengan pertambahan penduduk. Sehingga komoditi bawang merah terus dikembangkan di Indonesia. Bawang merah yang ditemukan di Indonesia memiliki bentuk morfologi yang beragam. Disetiap daerah memiliki genotipe lokal, genotipe tersebut berkembang mengikuti keinginan dari selera konsumen. Keragaman bentuk bawang merah yang ada di Indonesia dapat diidentifikasi berdasarkan marka morfologi, metabolomik dan marka molekuler. Pengetahuan keragaman genetik sangat penting dalam program pemuliaan, karena hal ini merupakan dasar dalam pengembangan tanaman selanjutnya. Eksplorasi dan identifikasi merupakan kegiatan utama dalam program pemuliaan dengan cara mengumpulkan dan mengoleksi semua sumber keragaman genetik yang tersedia. Kegiatan dilanjutkan dengan karakterisasi semua sifat yang dimiliki pada sumber keragaman genetik yang dapat dijadikan sebagai informasi dasar untuk melanjutkan program pemuliaan. Empat puluh genotipe bawang merah yang dikoleksi oleh Pusat Kajian Hortikultura Tropika (PKHT) dari berbagai daerah di Indonesia merupakan materi genetik yang digunakan dalam penelitian ini. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisa beberapa genotipe bawang merah (Allium cepa var. aggregatum) berdasarkan penanda morfologi, kandungan senyawa metabolit dan penanda molekuler RAPD. Keragaman karakter morfologi pada tanaman terlihat dari perbedaan fenotipe tajuk dan umbi. Analisis keragaman morfologi bawang merah berdasarkan 21 karakter morfologi menunjukkan koefisien ketidakmiripan sebesar 0.59 sehingga membagi 40 genotipe bawang merah menjadi 2 kelompok utama. Subkelompok Ia terdiri dari BM72 dan BM14. Subkelompok Ib terdiri BM07, BM09, BM63, BM18, BM68, BM06, BM12, BM28, BM77, BM21, BM62, BM76, BM58, BM25, BM59, BM45, BM24, BM22B, BM67, BM56, BM75, BM65, BM60, BM29, BM20, BM74, BM64, BM03. Subkelompok Ic terdiri dari BM19, BM10, BM05, BM57, BM47, BM26, BM66, BM02. Kelompok II terdiri genotipe BM78 dan BM01. Analisis morfologi berdasarkan 14 karakter morfologi umbi menunjukkan koefisien ketidakmiripan sebesar 0.48 dan membagi 40 genotipe bawang merah kedalam 2 kelompok utama. Subkelompok Ia terdiri dari BM07, BM72, BM14, BM09, BM58, BM66, BM18, BM68, BM63, BM06. Subkelompok Ib terdiri dari BM77, BM28, BM59, BM10, BM75, BM67, BM57, BM47, BM26, BM05, BM22B, BM62, BM56, BM21, BM25, BM60, BM29, BM45, BM24, BM20, BM76, BM65, BM03, BM74, BM64, BM02 dan kelompok II terdiri dari BM19, BM12, BM78, BM01. Tiga belas karakter yang dapat dijadikan karakter penciri pada 40 genotipe bawang merah yaitu melunaknya tajuk, kelengkungan tajuk, jumlah daun batang semu, diameter daun, ukuran umbi, tingkat membelah bagian umbi, diameter umbi, posisi umbi pada diameter terluas, lebar leher umbi, bentuk umbi membujur, bentuk umbi pada ujung batang, warna dasar kulit umbi kering dan intensitas warna kulit umbi kering. Senyawa dari turunan sulfur yang dihasilkan sejumlah genotipe berbeda-beda seperti farnesyl acetate (BM07), methylsulfanyl-4,5,6,7-tetrahydrobenzo[ c]thiophene (BM26), nonadecane (BM29), allyl-dimethylcyclopropane (BM45), lanosterol (BM47), stearic acid (BM60), propyl alcohol (BM21), palmitic acid dihasilkan oleh sebagian besar genotipe. Senyawa lain yang juga ditemukan pada 40 genotipe bawang merah triterpenoid, karotenoid, volatile, senyawa aromatik, gliserida, alkane, vitamin D3. Keragaman genetik ditunjukkan pita amplifikasi polimorfik sebesar 100% dari 229 total pita yang dihasilkan. Analisis kluster yang ditampilkan pada dendrogram menunjukkan koefisien
Keyword: Allium, koefisien ketidakmiripan, RAPD, sulfur

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: