Judul: Infeksi Virus dan Cendawan pada Umbi dan Biji Bawang Merah serta Pengaruhnya terhadap Insidensi Penyakit dan Produktivitas Tanaman.
Abstrak: Bawang merah merupakan salah satu tanaman sayuran komersial yang paling penting di Indonesia. Salah satu permasalahan dalam sistem budidaya bawang merah yang dapat berpengaruh terhadap penurunan produktivitas adalah penggunaan sumber bibit. Petani bawang merah di Indonesia umumnya menggunakan umbi bibit dari hasil panen sebelumnya sebagai sumber bahan tanam, padahal umbi bawang merah memiliki potensi dalam membawa patogen tular umbi seperti virus dan cendawan. Beberapa kelompok virus yang dilaporkan dapat menginfeksi bawang merah yaitu Potyvirus (OYDV/Onion yellow dwarf virus, dan SYSV/Shallot yellow stripe), Carlavirus (SLV/Shallot latent virus dan GCLV/Garlic common latent virus) dan Allexivirus (SMbLV/Shallot mite borne latent virus dan GMV/Garlic mosaic virus); sedangkan beberapa kelompok cendawan yang dapat menginfeksi bawang merah yaitu Alternaria porri penyebab penyakit bercak ungu, Colletotrichum gloeosporioides penyebab penyakit antraknosa, Peronospora destructor penyebab penyakit embun bulu, dan Fusarium oxysporum penyebab penyakit busuk pangkal batang. Sistem budidaya alternatif menggunakan true shallot seed (TSS) sebagai bahan tanam telah direkomendasikan untuk meningkatkan produktivitas bawang merah di Indonesia, karena TSS lebih sedikit membawa penyakit tular benih. Tetapi, pada kenyataannya hingga saat ini petani bawang merah di Indonesia masih tetap memilih menggunakan umbi bibit sebagai bahan tanam, karena TSS memiliki waktu panen yang lebih lama dibandingkan umbi bibit dan petani juga belum meyakini kelayakan ekonomis dari teknologi TSS terhadap hasil produksi bawang merah. Penelitian dilakukan dengan tujuan untuk mendeteksi virus dan cendawan pada bahan tanam awal (TSS dan umbi bibit) dan umbi yang dipanen; dan untuk membandingkan pertumbuhan dan produktivitas tanaman hasil TSS dan umbi bibit. Penelitian dilaksanakan mulai Januari 2017 hingga Januari 2018, bertempat di Desa Kersana, Kecamatan Kersana, Kabupaten Brebes, Laboratorium Virologi Tumbuhan dan Laboratorium Mikologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor. Bahan tanam yang digunakan yaitu umbi bibit bawang merah dan TSS kultivar Bima, Bauji, Thailand, dan Tuk-Tuk yang diperoleh dari petani di Brebes, Nganjuk, dan toko pertanian di Bogor. Penelitian diawali dengan deteksi virus dan cendawan dari beberapa jenis sumber benih bawang merah. Deteksi virus dilakukan dengan metode DIBA (Dot immunobinding assay) menggunakan antibodi OYDV, SLV, SYSV, dan GCLV. Deteksi dan identifikasi cendawan dilakukan berdasarkan karakter morfologi (metode blotter test) dan molekuler (polymerase chain reaction/PCR). Jumlah sampel yang digunakan yaitu 50 sampel/kultivar untuk umbi bibit, dan 400 benih/kultivar untuk TSS. Hasil pengujian kesehatan benih untuk virus pada empat kultivar TSS menujukkan hasil negatif. Hasil negatif pada pengujian ini mengindikasikan bahwa bahan tanam yang berasal dari TSS bebas dari infestasi virus. Sebaliknya, deteksi virus pada umbi bibit bawang merah menunjukkan bahwa keempat varietas yang diuji positif terinfeksi OYDV, GCLV, SYSV, dan SLV dengan persentase infeksi berkisar antara 66% - 100%. Empat jenis cendawan yang terdeteksi pada TSS dan umbi bibit, yaitu Aspergillus niger, A.flavus, F. solani, dan Rhizopus sp.; sedangkan F.oxysporum hanya ditemukan pada umbi bibit. F. oxysporum yang berhasil dikoleksi berjumlah 4 isolat dan keempat isolat menunjukkan sifat patogenik yang ditandai dengan adanya gejala nekrosis pada bagian basal plate umbi dengan persentase infeksi penyakit mencapai 55%. Sumber benih yang sama digunakan untuk percobaan lapangan untuk mengetahui insidensi penyakit di lapangan dan membandingkan pertumbuhan vegetatif dan produktivitas dari masing-masing bahan tanam. Percobaan lapangan disusun menggunakan rancangan acak kelompok,
Keyword: Allium cepa, busuk pangkal batang, dot immunobinding assay, Fusarium oxysporum, pengujian kesehatan benih

Judul: Deteksi Dan Eliminasi Virus Pada Umbi Bawang Merah
Abstrak: Salah satu penyebab rendahnya produksi bawang merah secara nasional adalah ketersediaan benih yang berkualitas tinggi. Kualitas benih bawang merah ditentukan antara lain oleh status kesehatan benih. Benih yang berkualitas adalah benih yang bebas patogen termasuk bebas dari infeksi virus. Oleh karena itu sangat diperlukan upaya untuk menyediakan benih bawang merah yang bebas virus. Tanaman bawang merah dapat terinfeksi oleh virus dari kelompok Potyvirus (OYDV/Onion Yellow Dwarf Virus, SYSV/Shallot Yellow Stripe Virus, dan LYSV/Leek Yellow Stripe Virus), Carlavirus (SLV/Shallot Latent Virus dan GCLV/Garlic Common Latent Virus), dan Alexivirus (MbLV/Shallot Mite borne Latent Virus, Gar-V-B, Gar-V-C, Gar-V-D dan GMV/Garlic Mosaic Virus). Penyakit yang disebabkan oleh virus bersifat sistemik dan apabila sudah ada dalam jaringan benih, akan sulit untuk dieliminasi dan dapat menyebabkan degenerasi. Infeksi virus pada tanaman bawang merah di lapangan maupun umbi di tempat penyimpanan belum banyak diketahui di Indonesia. Tujuan penelitian adalah mendeteksi virus dari umbi bawang merah, mempelajari potensi perlakuan air panas dalam mengeliminasi infeksi virus pada umbi bawang merah dan mempelajari potensi perlakuan air panas yang dikombinasi dengan teknik kultur jaringan dalam mengeliminasi infeksi virus pada umbi bawang merah. Penelitian dilaksanakan mulai Agustus 2013 hingga Juli 2015, bertempat di Laboratorium dan Rumah kaca Virologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, serta Laboratorium Kultur Jaringan, Pusat Kajian Hortikultura Tropika (PKHT), Institut Pertanian Bogor (IPB). Umbi benih bawang merah diambil dari daerah Jawa Barat dan Jawa Tengah. Pengambilan sampel dilakukan dengan metode purpossive sampling, yaitu sampel yang diambil mewakili 2 elemen pelaku usahatani bawang merah (petani dan pedagang) dari 5 daerah penghasil bawang merah (Brebes, Cirebon, Kuningan, Majalengka dan Bandung). Diperoleh 10 kultivar bawang merah yaitu Bima Brebes, Nganjuk, Timur Carwan, Ilokos, Bima Curut, Sumenep, Jawa, Batu Merah, Batu Putih dan Jalaksana. Kegiatan penelitian diawali dengan identifikasi virus menggunakan metode DIBA (Dot blot immunobinding assay) dengan antibodi OYDV, SLV, dan GCLV. Sampel uji terdiri atas umbi, dan daun hasil penanaman umbi (metode growing on test), masing-masing sebanyak 15 sampel/kultivar/daerah. Sampel uji yang positif terinfeksi virus digunakan sebagai bahan perlakuan pemanasan. Pengamatan morfologi umbi bawang merah pada kultivar Bima Curut, Sumenep, Batu Merah dan Jalaksana meliputi karakter diameter, jumlah lapisan dan kekerasan umbi, menggunakan 10 umbi untuk masing-masing karakter. Sampel umbi kultivar Bima Curut, Sumenep, Batu Merah dan Jalaksana yang terinfeksi virus diberi perlakuan air panas pada suhu 40 C, 45 C, 50 C dan 55 C selama 15 dan 30 menit. Umbi bawang merah yang telah diberi perlakuan air panas kemudian ditanam pada media tanah dan pupuk kandang steril. Satu bulan setelah penanaman umbi dilakukan pengujian keberadaan virus dengan metode DIBA. Perlakuan air panas yang paling baik yaitu 45 C dan 50 C selama 15 dan 30 menit dikombinasikan dengan kultur jaringan pada media MS, 2ip 2 mg L-1 dan GA3 0.3 mg L-1. Keberadaan virus pada planlet hasil kultur jaringan dideteksi menggunakan metode RT-PCR. Berdasarkan deteksi virus dengan metode DIBA, sampel bawang merah positif terinfeksi OYDV, SLV dan GCLV dengan rata-rata persentase infeksi virus pada jenis sampel umbi bawang merah berkisar antara 0% sampai 100%, sedangkan pada sampel daun bawang merah jumlah sampel yang terinfeksi virus berkisar antara 53.33% sampai 100%.
Keyword: Dot immuno binding assay, Garlic common latent virus, Shallot latent virus, Onion yellow dwarf virus, RT-PCR

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: