Judul: Integrasi Protein-Protein Interaction (PPI) , Pathway, Module, dan Orthology untuk Menentukan Skor pada Module
Abstrak: Penelitian di bidang biologi molekuler menghasilkan data-data biologi molekuler dalam jumlah besar. Data ini umumnya disebut sebagai data omics. Data Proteomics adalah sub bagian dari omics yang berhubungan dengan protein. Protein merupakan komponen utama pada mahkluk hidup. Protein dapat berinteraksi dengan DNA, RNA, dan sesama protein. Interaksi antara protein dikenal dengan istilah protein protein interaction (PPI). PPI dapat diintegrasikan dengan objek bioinformatika lainnya. Hasil integrasi PPI memberikan pengetahuan bagaimana proses biologis bekerja. Penelitian ini mengintegrasikan PPI dengan pathway, module, dan orthology. Penelitian ini juga melakukan analisis dengan menghitung nilai skor module pada data yang telah diintegrasikan untuk menentukan module yang paling berpengaruh terhadap protein. Penelitian ini menggunakan protein insulin dan xanthine dehydrogenase sebagai studi kasus. Pada penelitian ini didapatkan module JAK-STAT dan PI3K-AKT sebagai module dengan skor tertinggi pada protein INS, serta module inosine monophospate pada protein XDH.
Keyword: Integrasi data, Pathway, Protein protein interaction, Skor

Judul: Analisis Topologi Interaksi Protein-Protein untuk Identifikasi Protein Signifikan Terkait dengan Diabetes Mellitus.
Abstrak: Pendekatan komputasi merupakan salah satu solusi untuk mengatasi masalah efisiensi pada proses penemuan obat. Pada penelitian ini, studi kasus dilakukan pada penyakit diabetes mellitus. Identifikasi protein signifikan dilakukan dengan membangun jaringan protein-protein interaction (PPI) dengan menganalisis bentuk topologinya. Hasil pengukuran menggunakan overall centrality menghasilkan suatu protein signifikan yang mempertimbangkan karakteristik pada semua pengukuran centrality dengan kombinasi linear yang optimal. Hasil dari analisis topologi terhadap PPI menunjukkan bahwa dari 83 kandidat protein penyakit diabetes mellitus, insulin (INS) adalah pusat network protein dengan nilai overall centrality tertinggi. Adapun protein lainnya yang memiliki nilai centrality tinggi memiliki hubungan dekat dengan INS adalah AKT1, INSR, KCNJ11, PPARG, TCF7L2, FOXO1, SOCS3, dan IRS1. Berdasarkan evaluasi uji ketahanan dengan 145 test network yang terdiri atas 9 protein tersebut menunjukkan bahwa INS menjadi pusat netwok dengan akurasi sebesar 60.26%.
Keyword: diabetes mellitus, protein-protein interaction (PPI) network, protein signifikan

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: