Judul: Pengklonan Dan Ekspresi Gen Penyandi Partikulat Metan Monooksigenase Domain Cupredoxin (Spmob) Pada Escherichia Coli.
Abstrak: Metan merupakan gas yang berkontribusi terhadap pemanasan global dan menyerap radiasi inframerah yang lebih tinggi dibandingkan CO2. Gas metan dapat digunakan sebagai sumber karbon oleh bakteri metanotrof. Jalur metabolisme awal pada bakteri metanotrof adalah reaksi konversi metan menjadi metanol yang dikatalisis oleh enzim metan monoksigenase (MMO). Terdapat dua tipe MMO yaitu soluble MMO (sMMO) dan partikulat MMO (pMMO). Enzim pMMO adalah enzim yang dominan dalam mengoksidasi metan di alam. Enzim pMMO adalah protein integral membran yang terdiri dari tiga subunit yaitu subunit pmoC, pmoA, dan pmoB yang disandikan oleh operon pmoCAB. Bakteri metanotrof memiliki laju pertumbuhan yang lambat, sehingga dilakukan pendekatan lain yaitu dengan mengekspresikan operon penyandi pMMO pada Escherichia coli. Namun demikian, ekspresi seluruh gen penyandi pMMO di E. coli sulit dilakukan sehingga menimbulkan dugaan bahwa protein integral ini bersifat toksis bagi bakteri ini. Oleh karena itu, pada penelitian ini dilakukan pendekatan lain yaitu dengan mengekspresikan hanya sisi aktif dari enzim pMMO; subunit pmoB domain cupredoxin yang disandikan oleh gen spmoB di E. coli, Gen spmoB yang digunakan adalah gen dari bakteri Methylococcus capsulatus (Bath). Urutan nukleotida gen ini diperoleh dari situs National Center for Biotechnology Information (NCBI) untuk proses pembuatan gen sintetik. Beberapa modifikasi dilakukan sehingga gen ini diekspresikan di sitoplasma. Gen spmoB diekspresikan di E. coli BL21 (DE3) menggunakan promotor T7 yang terdapat di dalam vektor ekspresi, yaitu pET15b. Analisis ekspresi dilakukan dengan SDS-PAGE dan pengujian aktivitas oksidasi metan oleh protein spmoB dilakukan dengan mengukur akumulasi metanol yang dihasilkan. Ukuran gen penyandi domain cupredoxin adalah 891 pb. Gen ini berhasil diekspresikan di E. coli BL21 (DE3) dibawah promotor T7. Analisis ekspresi gen dengan SDS-PAGE menunjukan bahwa ekspresi berlebih dapat dilakukan dengan induksi isopropyl β-D-thiogalactoside (IPTG) konsentrasi 0.1, 0,5, dan 1.0 mM. Suhu 27 oC dan 37 oC dapat digunakan sebagai suhu inkubasi. protein spmoB menghasilkan protein rekombinan berukuran sekitar 38.9 kDa. Pengujian aktivitas protein spmoB menunjukan jumlah metanol yang terakumulasi selama oksidasi metan oleh bakteri rekombinan adalah sebesar 0.114 mmol mL kultur-1 jam-1. Protein rekombinan ini tidak menimbulkan toksisitas bagi E. coli sehingga memungkinkan untuk analisis lebih lanjut terhadap potensi aplikasi protein dan gen penyandi spmoB.
Keyword: metanotrof, pMMO, spmoB, Eschericia coli rekombinan

Judul: Analisis gen soluble metan monooksigenase (sMMO) bakteri metanotrof asal sawah dengan primer 534f dan 1393r
Abstrak: Bakteri metanotrof merupakan bakteri Gram negatif, bersifat aerob, dan menggunakan metan sebagai sumber karbon untuk menghasilkan energinya. Karakteristik penting dari metanotrof ini ialah memiliki enzim metan monooksigenase (MMO) yang dapat mengkatalisis metan menjadi metanol. Enzim MMO terbagi ke dalam dua tipe, yaitu particulate MMO (pMMO) dan soluble MMO (sMMO). Semua bakteri metanotrof mampu mengekspresikan enzim pMMO, namun sMMO hanya dimiliki beberapa bakteri metanotrof saja. Isolat-isolat bakteri metanotrof (BGM 1, BGM 5, BGM 9,dan SKM 14) yang berasal dari sawah Bogor dan Sukabumi, hanya isolat BGM 9 yang menunjukkan adanya aktivitas enzim sMMO dengan metode Cholorimetric Plate Assay. Fragmen amplikon dari BGM 9 diamplifikasi dan disekuensing. Sekuen yang diperoleh dianalisis dengan menggunakan perangkat bioinformatik seperti BLAST-N dan BLAST-X. Analisis sekuen amplikon menggunakan program BLAST-N dan BLAST-X berturut-turut menunjukkan kemiripan dengan sekuen pada genom Azorhizobium caulinodans ORS 571 (92%) dan gen protein S3 pada ribosom 30S Xanthobacter autotrophicus Py2 (90%). Ketidaksesuaian hasil analisis tersebut dengan gen target diduga disebabkan oleh primer yang kurang spesifik dan keterbatasan informasi database di genetik tentang mikroba dari daerah tropis.
Keyword: Bakteri metanotrof, Enzim metan monooksigenase(MMO), Soluble metan monooksigenase

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: