Judul: Transformasi Gen Gusa Dan Hptii Ke Dalam Kalus Embriogenik Kelapa Sawit (Elaeis Guineensis Jacq.) Dengan Elektroporasi
Abstrak: Tanaman kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.) adalah tanaman penting yang merupakan salah satu komoditi perkebunan terbesar di Indonesia. Pengembangan tanaman kelapa sawit telah dilakukan melalui program pemuliaan dan bioteknologi hingga saat ini. Akan tetapi, siklus pemuliaan tanaman kelapa sawit yang panjang serta keterbatasan sifat-sifat unggul yang ada pada tanaman kelapa sawit menjadi hambatan yang perlu diatasi. Rekayasa genetika dapat digunakan untuk introduksi karakter-karakter baru ke varietas-varietas kelapa sawit yang sudah ada dan dapat mempersingkat waktu yang dibutuhkan untuk meningkatkan potensi genetik kelapa sawit. Metode transformasi yang umum digunakan, seperti biolistic dan transformasi menggunakan bakteri Agrobacterium tumefaciens, masih memiliki efisiensi yang rendah untuk kelapa sawit. Pengujian terhadap teknik transformasi lain seperti elektroporasi perlu untuk dilakukan sebagai metode transformasi alternatif yang mungkin memiliki efisiensi lebih baik. Tujuan dari penelitian ini adalah mendapatkan protokol elektroporasi yang optimal untuk memasukkan gen spesifik ke dalam kalus kelapa sawit. Sebelum proses elektroporasi, pengujian dosis letal antibiotik hygromycin dilakukan pada konsentrasi 5-35 ppm untuk mendapatkan konsentrasi yang tepat untuk seleksi. Clump kalus embriogenik kelapa sawit dengan ukuran 1-2 mm digunakan untuk elektroporasi. Kalus dimasukkan ke dalam buffer elektroporasi yang mengandung plasmid pCAMBIA 1303 lalu dielektroporasi dengan kekuatan medan listrik sebesar 250, 500, 750, 1,000, dan 1,250 V/cm. Kalus mulai diseleksi satu bulan setelah elektroporasi. Seleksi dilakukan secara bertahap dari konsentrasi hygromycin 15 hingga 25 ppm. Pengamatan dilakukan terhadap daya proliferasi dan persentase kalus hidup 4 bulan setelah perlakuan. Analisis molekuler dilakukan pada kalus-kalus yang dapat bertahan hidup. Konsentrasi letal antibiotik hygromycin (LD100) terhadap kalus embriogenik sesuai dengan analisis regresi adalah 36.8 ppm. Uji transien gen gusA tidak dapat digunakan pada kalus kelapa sawit karena terdapat ekspresi gen endogenus dengan aktivitas mirip gen gusA. Analisis dengan nested PCR dan sekuensing pada kalus secara komposit menunjukkan bahwa gen hptII dapat ditemukan pada seluruh kalus hasil perlakuan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa metode elektroporasi dapat digunakan untuk memasukkan gen spesifik ke dalam kalus embriogenik kelapa sawit dan kekuatan medan listrik paling optimal adalah 250 V/cm. Metode elektroporasi dengan menggunakan bakteri A. tumefaciens tidak berhasil dilakukan dikarenakan kalus mati setelah elektroporasi. Metode elektroporasi merupakan metode transformasi yang mudah dilakukan dan relatif lebih ekonomis serta dapat dikembangkan lebih lanjut lagi untuk mendapatkan protokol yang lebih baik
Keyword: Elektroporasi, GUS, hygromycin phosphotransferase, kelapa sawit, nested PCR

Judul: Seleksi In Vitro Kalus Embriogenik Kelapa Sawit (Elaeis Guineensis Jacq.) Moderat Tahan Terhadap Ganoderma Boninense Pat.
Abstrak: Variasi somaklonal pada kultur jaringan kelapa sawit berpotensi sebagai sumber keragaman genetik baru ketahanan terhadap penyakit busuk pangkal batang (BPB) yang disebabkan oleh Ganoderma boninense Pat melalui teknik seleksi in vitro. Tujuan umum penelitian ini yaitu mengembangkan prosedur teknik seleksi in vitro ketahanan kultur kalus kelapa sawit terhadap G. boninsense Pat. penyebab penyakit Busuk Pangkal Batang pada tanaman kelapa sawit. Tujuan khusus penelitian yaitu (i) Mendapatkan isolat G. boninense. yang memiliki tingkat virulensi tertinggi berdasarkan karakter fisiologisnya, (ii) Menetapkan kondisi optimal teknik seleksi ketahanan kultur kalus kelapa sawit terhadap Ganoderma boninense Pat., (iii) Menetapkan senyawa aktif dalam kultur filtrat Ganoderma boninense Pat. penyebab nekrosis sel kalus kelapa sawit. Sepuluh isolat G. boninense digunakan untuk evaluasi isolat virulen melalui media 2% malt ekstrak agar (MEA) dan penambahan asam Tanik 5%, 1 mM 2,2-azino-bis (3-etilbenzotiazolin-6-sulfonat) sebagai media kromogenik melalui sebelas peubah. Kalus embriogenik remah kelapa sawit Tenera sebanyak 0.1 g digunakan untuk seleksi dan isolat patogen G. boninense dipilih yang paling virulen. Panen filtrat dilakukan setiap tiga hari selama 30 hari untuk penentuan waktu panen filtrat optimal. Konsentrasi letal filtrat ditentukan dari sembilan belas media uji toksisitas, ditambahkan dari 0 sampai 50% (v/v). Seleksi dilakukan selama 3 bulan yang diulang empat kali pada konsentrasi filtrat 20%, 24%, 28%, 32%, dan 36% (v/v). Visualisasi area nekrosis dilakukan dengan pewarnaan jaringan dengan teknik mikrotom. Analisis kimia filtrat G. boninense dilakukan pada asam organik, ergosterol, protein dan polisakarida. Kebocoran elektrolit digunakan untuk mengetahui peran senyawa dalam filtrat melalui analisis lintas. Isolat G. boninense dengan virulensi tertinggi adalah strain G3-11-U5. Kultur filtrat G. boninense dengan filtrasi pada waktu panen 15 hari setelah inokulasi digunakan sebagai sumber agen seleksi. Konsentrasi letal filtrat adalah 40% (v/v). Konsentrasi subletal filtrat optimal adalah 32% (v/v). Periode seleksi terbaik dilakukan selama 3 bulan per siklus selama empat siklus. Aktivitas enzim peroksidase dan enzim fenilalanina amonia liase dapat digunakan sebagai indikator peubah ketahanan kalus. Gejala nekrosis teramati pada irisan mikrotome dipengaruhi konsentrasi dan waktu pemaparan filtrat. Asam oksalat dan kelompok protein merupakan senyawa fitotoksin terhadap kalus kelapa sawit berdasarkan analisis lintas. Hasil seleksi in vitro diperoleh enam tunas in vitro putatif moderat tahan terhadap G. boninense.
Keyword: Asam oksalat, Busuk pangkal batang, Fenilalanina amonia liase, Kebocoran elektrolit, Media kromogenik, Peroksidase

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: