Judul: Isolasi dan Uji Ekspresi Gen Proteinase Inhibitor (PIN) dari Buah Kakao (Theobroma cacao L.).
Abstrak: Kakao (Theobroma cacao L.) merupakan salah satu tanaman perkebunan yang mempunyai nilai ekonomi tinggi sebagai komoditi ekspor. Adanya serangan hama utama kakao, yaitu Penggerek Buah Kakao (PBK), Conopomorpha cramerella Snellen menyebabkan kehilangan produksi kakao hingga 80% dan biji kakao yang terserang, mutunya menurun bahkan tidak laku dijual. Gen proteinase inhibitor (PIN) merupakan gen yang dapat menghasilkan senyawa antinutrisi yang dapat menghambat kerja enzim proteolitik di dalam perut serangga. PIN terdapat pada biji kakao dan berukuran 21 kDa dengan homologi yang cocok dengan inhibitor tripsin pada kedelai. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi gen PIN dari biji kakao dan melakukan uji ekspresi untuk mengetahui tingkat ekspresi gen PIN dari jaringan kulit buah kakao yang tahan (klon Ary 2) dan tidak tahan (klon Bal 209) terhadap hama PBK. Fragmen gen PIN dari biji kakao berhasil diisolasi dengan pasangan primer spesifik gen PIN, yaitu F21 dan R11. Hasil sekuensing menunjukkan bahwa fragmen tersebut berukuran 580 bp dan analisis BLASTN membuktikan bahwa fragmen gen PIN yang berhasil diisolasi merupakan gen PIN yang mempunyai homologi dengan gen PIN penyandi protein berukuran 21 kDa pada biji kakao. Ekspresi gen PIN dari kedua klon pada buah yang memilki panjang 12 cm lebih kuat dibanding buah yang memiliki panjang 9 cm. Secara umum ekspresi gen PIN dari jaringan kulit kakao pada klon Ary lebih kuat dibanding klon Bal, dengan kata lain klon kakao yang tahan terhadap hama PBK, mengekspresikan gen PIN yang lebih kuat dibanding klon yang tidak tahan tehadap hama PBK. Berdasarkan perbedaaan ekspresi dari kedua klon, diduga gen PIN berpengaruh terhadap ketahanan buah kakao yang tahan terhadap PBK.
Keyword: 

Judul: Pengembangan Marka Single Nucleotide Amplified Polymorphism (SNAP) terkait Ketahanan Kakao terhadap Penyakit Busuk Buah Kakao (BBK).
Abstrak: Perkebunan kakao di Indonesia mayoritas dikelola oleh petani dengan sentra produksi di Sulawesi. Masalah utama kakao di Indonesia yaitu serangan jamur Phytophthora palmivora yang menyebabkan penyakit Busuk Buah Kakao (BBK). Penyakit ini dapat menyebabkan penurunan produksi mencapai 50%. Pengendalian BBK terus dilakukan dengan merakit varietas unggul baru kakao tahan BBK. Perakitan tanaman unggul membutuhkan plasma nutfah yang telah teridentifikasi ketahanannya terhadap BBK. Identifikasi dapat dilakukan dengan pengamatan langsung terhadap infeksi jamur P. palmivora dan dengan berbantuan marka molekuler. Pada penelitian ini identifikasi ketahananan tanaman kakao terhadap BBK dilakukan dengan menggunakan metode cakram daun dan marka Single Nucleotide Amplified Polymorphism (SNAP). Marka SNAP dikembangkan berdasarkan hasil analisa metode cakram daun. Hasil pengujian cakram daun mengelompokkan klon Sca 6 ke dalam kelas sangat tahan, Sul 1 dan Sul 2 (tahan), MCC 02 (agak tahan), DRC 16 (rentan) dan DR 1 (sangat rentan). Klon Sca 6 merupakan klon yang paling tahan BBK, tetapi masih terdapat titik penetrasi dengan skor resistensi 0.1. Bercak infeksi jamur pada kedua klon ini tidak mengalami peluasan. Hal ini diduga karena mekanisme ketahanan pascapenetrasi yang menghambat perkecambahan jamur. Empat gen (Cat 1, Cat 2, Pto dan HbPR-1) telah dilaporkan terkait dengan mekanisme ketahanan terhadap infeksi P. Palmivora. Gen Catalase 1, 2 berhubungan dengan Pathogenesis Related Protein (PR protein) 9, gen Pto berfungsi menghasilkan PR-2 dan 5, sedangkan gen HbPR-1 mensintesis PR-1. PR protein adalah protein yang disandikan dari suatu gen untuk membatasi pertumbuhan, perkembangan dan perbanyakan patogen dalam tanaman. Isolasi gen Cat 1, Cat 2 dan Pto dari tanaman kakao dilakukan dengan menggunakan primer spesifik sedangkan gen HbPR-1 menggunakan degenerate primer. Berdasarkan penjajaran sekuen dari isolasi gen diperoleh sepuluh situs SNP yang membedakan klon kakao sangat tahan BBK dengan kelas lainnya. Situs SNP yang teridentifikasi di desain menjadi marka molekuler SNAP. Berdasarkan validasi marka SNAP, primer Cat1-71 memvisualisasikan tingkat ketahanan kakao sama dengan uji cakram daun. Primer ini memiliki situs SNP dengan varian nukleotida (C/T) pada nomor urut basa 71 dengan mentranslasikan asam amino leusina menjadi fenilalanina. Aplikasi Primer Cat1-71 pada 16 genotipe kakao hibrida berhasil mengelompokkan kakao kedalam kelas tahan, moderat dan tidak tahan busuk buah.
Keyword: cakram daun, Phytophthora palmivora, primer spesifik

Judul: Numerical modeling of the hydrodynamics of standing wave and scouring in front of impermeable breakwater with different steepnesses
Abstrak: The aim of this paper is to numerically study the effects of breakwater steepness on the hydrodynamics of standing wave and scouring process in front of impermeable breakwaters. A two-dimensional hydrodynamics model based on the Reynolds Averaged Navier–Stokes (RANS) equations and the Volume of Fluid (VOF) method was developed and then combined with an empirical sediment transport model. Comparisons with an analytical solution and experimental data showed the present model is very accurate in predicting the near bottom velocity and capable of simulating the scour/deposition patterns consistent with experimental data. It was found that the additional terms of bottom shear stress in the momentum equations are necessary to produce a physical scouring pattern. Different breakwater steepnesses produce different characteristics of standing wave, the steady streaming system, and scouring pattern in front of the breakwaters, which also affects the correlations between them. An additional analysis of the turbulence field parameters and the sediment transport rate was also performed. All these important information will be presented in details in this paper and can be worthwhile for designing the breakwater in coastal areas.
Keyword: The RANS–VOF model Standingwave Steadystreamingsystem Scouring pattern Breakwatersteepness