Judul: Keragaman Gen iNOS (inducible Nitric Oxide Synthase) dan Asosiasinya terhadap Sifat Ketahanan Tubuh pada Ayam Kampung
Abstrak: Ayam kampung merupakan ayam lokal Indonesia yang memiliki keragaman genetik yang tinggi. Ayam kampung memiliki berbagai keunggulan, salah satunya adalah dari sifat ketahanan yang tinggi terhadap penyakit dan mudah beradaptasi dengan lingkungan tropis. Seleksi secara konvensional untuk sifat ketahanan tubuh terhadap penyakit sulit untuk dilakukan sehingga pendekatan seleksi berbasis molekuler diharapkan lebih efektif diaplikasikan. Seleksi berbasis molekuler dapat dilakukan melalui identifikasi gen pengontrol sifat ketahanan terhadap penyakit pada ayam kampung. Salah satu gen pengontrol sifat ketahanan pada ayam kampung yaitu gen iNOS. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman genotipe gen iNOS sebagai pengontrol ketahanan penyakit pada ayam kampung dan untuk menguji asosiasinya dengan sifat ketahanan penyakit yang disebabkan oleh bakteri S. pullorum. Penelitian dilakukan dalam tiga tahap yaitu tahap pertama pemeliharaan ternak. Tahap kedua yaitu identifikasi keragaman gen iNOS pada tiga populasi ayam kampung. Tahap ketiga yaitu asosiasi genotipe gen iNOS terhadap profil leukosit, aktifitas fagositosis dan kemampuan membunuh bakteri Salmonella pullorum. Total sampel yang digunakan berjumlah 162 sampel DNA ayam kampung yang terdiri dari 44 sampel darah yang berasal dari pemeliharaan ayam kampung Sukabumi peternakan rakyat kecamatan Jampang Tengah, 49 sampel DNA ayam kampung Sukabumi peternakan industri Warso dan 69 sampel DNA ayam kampung koleksi LGMT Ciawi. Jumlah sampel yang digunakan pada tahap ketiga yaitu masing-masing 10 sampai 13 ekor ayam kampung untuk analisa ketahanan terhadap penyakit yang meliputi profil leukosit dan diferesiensinya, uji aktivitas fagositosis dan uji kemampuan membunuh bakteri S. pullorum. Jumlah ini mewakili masing-masing genotipe pada populasi ayam kampung Sukabumi peternakan rakyat. Identifikasi keragaman gen iNOS menggunakan metode Polymerase Chain Reaction - Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP). Data yang dianalisis terdiri dari frekuensi alel, frekuensi genotipe, heterozigositas dan keseimbangan Hardy–Weinberg. Kemudian untuk asosiasi dianalisis dengan Analysis of variance (ANOVA). Hasil penelitian ditemukan bahwa gen iNOS|AluI untuk ketiga populasi ayam kampung bersifat polimorfik dan ditemukan dua alel (T dan C) dan tiga genotipe (TT, TC dan CC). Gen iNOS untuk ketiga populasi memiliki keragaman yang rendah dan menyimpang dari keseimbangan Hardy–Weinberg. Profil leukosit ayam kampung secara umum ditemukan berada pada kisaran normal. Konsentrasi leukosit ditemukan bahwa untuk genotipe TT (9.9 103 sel mm3) berada dibawah kisaran normal dan untuk genotipe TC (12.1 103 sel mm3) dan CC (12.3 103 sel mm3) berada pada kisaran nomal. Nilai heterofil, monosit dan limfosit ketiga genotipe gen iNOS ayam kampung berada pada kisaran normal masing-masing berkisar antara 35.0 sampai 48.5%, 3.5 sampai 4.6 dan 48% sampai 60.3%. Rasio H/L ditemukan bahwa genotipe TT (0.58) paling tahan terhadap stres karena lingkungan panas. Genotipe gen iNOS tidak berasosiasi dengan aktivitas fagositosis. Jumlah aktifitas makrofag untuk ketiga genotipe yaitu berkisar antara 81.0% sampai 83.7% dan kapasitas makrofag yaitu 35.2 sampai 52.7 bakteri makrofag-1 dan total bakteri yang ditelan yaitu antara 2180.3 sampai 2235.0. Tingkat kematian bakteri S. pullorum pada genotipe gen iNOS masing-masing adalah geotipe TT (98.91%), TC (99.83%) dan CC (99.52%). Jumlah bakteri yang mati yaitu genotipe TT (6.73 x 1010 cfu mL-1), TC (6.77 x 1010 cfu mL-1) dan CC (6.75 x 1010 cfu mL-1). Hasil penelitian menunjukkan bahwa ketiga genotipe gen iNOS memiliki ketahanan terhadap penyakit yang hampir sama pada ayam kampung. Dapat
Keyword: ayam kampung, gen iNOS, makrofag, S. pullorum, profil darah

Judul: Identifikasi Gen NRAMP-1, iNOS dan TGF-β2 serta Asosiasinya dengan Sifat Ketahanan Infeksi pada Ayam Sentul
Abstrak: Indonesia merupakan negara yang memiliki banyak jenis ayam. Berdasarkan penampilan fenotipik terdapat 27 rumpun ayam asli dan 14 rumpun ayam lokal yang dipelihara dengan sistem tradisional, semi intensif dan intensif. Ayam sentul merupakan salah satu rumpun ayam asli di Indonesia, yang awalnya dipelihara oleh penduduk desa di Kabupaten Ciamis, Jawa Barat. Program pemuliaan untuk sifat ketahanan infeksi dapat menjadi pendekatan yang efektif untuk mengendalikan agen infeksi pada ayam. Pendekatan genetik terhadap ketahanan infeksi pada ayam sangat penting, terutama untuk sistem produksi di negara-negara berkembang, karena umumnya sistem pemeliharaan masih tradisional atau semi intensif dan dengan skala kecil, dimana vaksinasi dan pengobatan sulit dilakukan dan mahal. Pendekatan kandidat gen merupakan metode yang bermanfaat untuk menyelidiki gen yang terlibat dalam ketahanan genetik. Pendekatan kandidat gen telah berhasil digunakan untuk mendeteksi gen yang penting untuk ketahanan infeksi pada ayam, termasuk gen natural resistance-associated macrophage protein 1 (NRAMP-1), inducible nitric oxide synthase (iNOS) dan transforming growth factor-beta 2 (TGF-β2). Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi keragaman gen NRAMP-1, iNOS dan TGF-β2 pada ayam Indonesia dan untuk menganalisis asosiasi genotipe gen NRAMP-1, iNOS dan TGF-β2 dengan sifat ketahanan infeksi dan ekspresi gen NRAMP-1 dan iNOS pada ayam sentul. Penelitian ini terdiri dari tiga tahap. Tahap pertama adalah mengidentifikasi keragaman gen NRAMP-1, iNOS dan TGF-β2 pada rumpun ayam Indonesia dengan menggunakan metode PCR-RFLP. Tahap kedua adalah menganalisis asosiasi genotipe gen NRAMP-1, iNOS dan TGF-β2 dengan sifat ketahanan infeksi, seperti konsentrasi leukosit dan diferensiasinya (heterofil, limfosit dan monosit), aktivitas dan kapasitas makrofag dan clearance test. Tahap ketiga adalah menganalisis ekspresi gen NRAMP1 dan iNOS dengan menggunakan metode RT-PCR. Enzim restriksi SacI digunakan untuk memotong produk PCR pada NRAMP-1-SNP (g.3768T> C). Pemotongan dengan SacI menghasilkan tiga fragmen yang terdiri dari 421 bp, 258 bp dan 163 bp untuk genotipe TC; dua fragmen yang terdiri dari 258 dan 163 bp untuk genotipe CC; dan satu fragmen yang terdiri dari 421 bp untuk genotipe TT. Frekuensi genotipe CC lebih tinggi dari pada genotipe TT dan TC pada semua populasi ayam dalam penelitian ini. Konsentrasi leukosit dan diferensiasinya (heterofil, limfosit dan monosit) pada genotipe TT, TC, dan CC gen NRAMP-1 berada dalam kisaran normal pada ayam sentul. Analisis asosiasi menunjukkan keragaman gen NRAMP-1 secara signifikan berasosiasi dengan sifat ketahanan infeksi pada ayam sentul. Genotipe CC berasosiasi signifikan (P<0,05) dengan aktivitas makrofag (90.78±1.31%) dibandingkan genotipe TT (76.00±2.40%) dan TC (79.14±1.57%) pada ayam sentul. Genotipe TT, TC dan CC tidak berasosiasi signifikan dengan kapasitas makrofag (masing-masing, 22.49±6.13, 21.85±4.01, 21.76±3.36). Analisis asosiasi menunjukkan keragaman gen NRAMP-1 secara signifikan berasosiasi (P <0,05) dengan clearance test. Ayam sentul dengan genotipe CC memiliki clearance yang lebih tinggi (P <0,05) daripada ayam sentul dengan genotipe TT dan TC. Ekspresi gen genotipe CC pada gen NRAMP-1 lebih tinggi pada hati dan usus daripada genotipe TT dan TC. Analisis genotyping gen iNOS (g.15056T>C) dilakukan menggunakan enzim restriksi AluI. Hasil genotyping ini teridentifikasi dua alel (T dan C) dan tiga genotipe (TT, TC, dan CC). Alel C ditunjukkan oleh 310 dan 139 bp (restricted), sedangkan alel T ditunjukkan oleh 449 bp (unrestricted). Frekuensi genotipe CC dan alel C gen iNOS (g.15056T>C) paling
Keyword: gen NRAMP-1, gen iNOS, gen TGF-β2, ayam sentul, ketahanan infeksi

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: