Judul: Microbial Community Composition of Coral Acropora pulchra at Reef Flat in North Coast of Madura
Abstrak: Terumbu karang merupakan ekosistem dengan keanekaragaman paling tinggi di lautan dan memiliki peranan penting karena menyediakan layanan dan jasa bagi ekosistem. Struktur terumbu karang yang masif dan kompleks dibangun oleh anggota karang keras ordo Scleractinian berupa kumpulan hewan kecil yang disebut polip. Hewan karang ini berinteraksi dengan alga endosimbion dari genus Symbiodinium dan himpunan lain mikroorganisme termasuk bakteri, archaea, fungi, protista, dan virus yang kemudian disebut microbiome. Interaksi biologis antara hewan karang dan himpunan mikroorganismenya telah dipelajari atas peranannya dalam mendukung kesejahteraan karang. Komunitas mikroba memainkan peranan penting dalam menjaga kesehatan karang dan berpartisipasi dalam berbagai fungsi fisiologis misalnya, siklus hara, proteksi terhadap patogen dan membersihkan racun, serta memberi respon adaptasi perubahan iklim. Zona rataan terumbu merupakan daerah perairan dangkal dari bagian ekosistem terumbu. Karang keras yang mendiami zona ini akan terekspos pada kondisi lingkungan yang fluktuatif seperti intensitas cahaya, suhu, pH, dan ketersediaan unsur hara. Dalam kondisi ini karang akan beradaptasi untuk bertahan hidup dengan membentuk komunitas mikroba yang unik dibandingkan komunitas mikroba air laut yang hidup planktonik di sekitar karang. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan untuk mengetahui bagaimana komposisi mikroba karang dan perairan di rataan terumbu yang cenderung mengalami paparan kondisi lingkungan yang fluktuatif. Penelitian ini dilakukan pada bulan November 2020 di pesisir utara Pulau Madura. Suhu dan intensitas cahaya direkam menggunakan Hobo pendant MX2202 selama sepekan. Sampel terdiri dari sampel Terendam, yaitu sampel dari jaringan karang Acropora pulchra yang selalu berada di dalam kolom perairan, sampel Permukaan, yaitu sampel dari jaringan karang A. pulchra yang muncul ke permukaan saat waktu surut, dan sampel Air Laut dari perairan sekitar terumbu karang. Sampel jaringan karang dan membran filtrasi air laut diekstraksi menggunakan DNeasy Blood and Tissue Kit dan urutan 16S rRNA daerah V4 dianalisis dalam mesin Illumina HiSeq2500. Analisis data dilakukan menggunakan software QIIME2 dan divisualisasikan menggunakan software R. Analisis statistik dilakukan menggunakan perhitungan kekayaan Chao1 dan ACE (Abundance-based Coverage Estimator), perhitungan keanekaragaman Shannon-Wiener (H’) dan Simpson (D), dan plot PCoA dengan uji PERMANOVA. Dari penelitian ini diperoleh pengukuran suhu dan intensitas cahaya perairan rataan terumbu selama sepekan dan keanekaragaman alfa-beta komunitas mikroba karang dan perairan sekitarnya. Suhu air laut pemanasan di siang hari dengan rentang perbedaan sebesar ~2°C sedangkan pendinginan di malam hari dengan rentang perbedaan sebesar ~1,5°C. Suhu tertinggi yang terekam adalah 33,64°C dan terendah adalah 26,16°C. Analisis data hasil sekuensing diperoleh sebanyak 9.309 OTU (Operational Taxonomic Unit). Hasil uji signifikansi Wilcoxon secara berpasangan pada indeks kekayaan Chao1 dan ACE, indeks keanekaragaman Shannon-Wiener (H’) dan Simpson (D) menunjukkan tidak adanya perbedaan signifikan pada ketiganya. Diagram batang tingkat famili menunjukkan kelimpahan relatif dari kelompok mikroba yang berbeda. Famili Pseudomonadaceae, Moraxellaceae, dan Burkholderiaceae dominan pada sampel karang sedangkan Nitrososphaeraceae dan Rhodobacteraceae dominan pada sampel perairan. Sedangkan, hasil plot PCoA dengan jarak Bray-Curtis menunjukkan pengelompokan antara sampel karang dan perairan sekitar dalam plot ordinat dengan hasil uji signifikansi PERMANOVA p<0,05. Kelimpahan genus mikroba ditampilkan dalam cluster heatmap yang menunjukkan genus dari filum Proteobacteria mendominasi sampel karang sedangkan genus pada sampel air laut lebih beragam dari filum Proteobacteria, Actinobacteria dan Acidobacteria. Endozoicomonas, Herbaspirillum, Stenotropomonas, Pseudomonas dan Ralstonia adalah genera yang lebih melimpah
Keyword: coral bacteria, intertidal reef, diversity of coral microbes, nextgeneration sequencing

Judul: Struktur Komunitas Ikan Terumbu Karang pada Kolom Air dan Sedimen di Perairan Lombok Berdasarkan Sampel DNA Lingkungan
Abstrak: Ikan terumbu karang merupakan organisme yang terkait penting untuk fungsi ekosistem. Ikan terumbu karang juga berfungsi sebagai sumber makanan utama dan bertindak sebagai indikator tekanan dan ketahanan ekosistem. Underwater Visual Census (UVC) adalah metode yang sering digunakan untuk memantau kekayaan dan kelimpahan ikan karang, yang mana pada kondisi ini masih kurangnya pencatatan yang tepat untuk nilai keanekaragaman karena kemampuan terbatas pada proses identifikasi dan pemantauan. DNA lingkungan (eDNA) adalah metode pembaruan untuk memperkirakan kekayaan dan kelimpahan komunitas ikan serta organisme lainnya yang masih sulit teridentifikasi dan terdeteksi dari kolom air dan sedimen. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan untuk mengkaji struktur komunitas ikan terumbu karang dengan membandingkan kolom air dan sedimen menggunakan metode metabarcoding DNA Lingkungan pada tiga daerah perlindungan laut yang berbeda di sekitar Lombok. Penelitian ini dilakukan pada bulan Agustus 2018 pada tiga kawasan perlindungan laut dengan 14 titik pengamatan secara total. Sampel DNA lingkungan diambil dari kolom air dan sedimen menggunakan botol sampel dengan volume 4 L, kemudian dipompa menggunakan alat peristaltik MASTERFLEX nomor 13-310-662 untuk disaring menggunakan kertas saring 0,4 μm. Metabarcoding DNA lingkungan merupakan metode yang digunakan untuk pengidentifikasian serta perhitungan komposisi maupun kelimpahan spesies ikan terumbu karang. Analisis data secara statistik berupa perhitungan indeks Shannon-Wiener (H’), Simpson (D), ANOSIM dan juga PERMANOVA untuk melihat signifikansi antar data analisis. Hasil penelitian menggambarkan struktur komunitas ikan terumbu karang pada komposisi, kekayaan, dan keragaman yang teridentifikasi dari penerapan metode DNA lingkungan. Sebanyak 58 spesies teridentifikasi dari semua kawasan perlindungan. Indeks Shannon-Wiener (H ') menunjukkan bahwa spesies Zona Inti memiliki nilai keanekaragaman yang lebih tinggi dibandingkan dengan dua zona lainnya. Indeks Simpson (D) menunjukkan semua zona memiliki nilai dominansi yang bervariasi. Sedangkan hasil analisis non-metric multidimensional scaling (NMDS) dengan uji Bray-Curtis didapatkan hasil yang berbeda nyata antara kolom air dan sedimen dengan hasil PERMANOVA Adonis Pr (> F) = 0,001 dengan nilai kurang dari 0,05. Hasil ini dapat menjadi acuan dalam penggunaan DNA lingkungan sebagai alternatif pemantauan hayati dan penilaian keanekaragaman karena pengambilan sampel DNA lingkungan memiliki banyak keuntungan karena pengambilan sampel tidak dipengaruhi oleh perubahan kondisi lapangan, visibilitas, atau kurangnya keahlian taksonomi., Coral reef fishes are diverse associated organisms that are essential for ecosystem functioning, carrying out a range of vital ecosystem services, while also serving as a primary source of food and acting as indicators of ecosystem stress and resilience. Underwater Visual Census (UVC) is an often method used in monitoring richness and abundance of reef fish above the coral reef substratum, which many cases the biodiversity is underestimated. The frontier method for estimating the richness and abundance of the fish community and other organisms is environmental DNA (eDNA) which can resolve rare taxa detected from mid-column water and sediment. Therefore, this study was conducted to assess the community structure of coral reef fishes by comparing the mid-column water and sediment of eDNA metabarcoding from three different marine protected reefs surrounding Lombok. This research was conducted in August 2018 in three marine protected areas with 14 sites in total. Environmental DNA sample was taken from mid-column water and sediments using a 4 L bottle, then pumped using peristaltic
Keyword: organic, preservation, integrated system, sustainable

Judul: Formulasi TSP (Traveling Salesman Problem) menggunakan ILP (Integer Linear Programming)
Abstrak: TSP is a journey of salesman f?om his origin town (place) to visit n-cities (places) only at once, then return to his origin town (place) with a minimum total distance. Its purpose is to minimize the operating expense that is released by the company. Vehicle route at TSP in the form of a Hamiltonian cycle, that is closed path containing all nodes at the graph which representing a network walk. Its problem is to determine a journey route which is feasible (possibly can be passed by) in such a way the vehicle travelled distance passed the route is minimum.
Keyword: