Judul: Polymorphisms of Myoglobin Gene and Its Association with Mineral Content in Cemani Chicken and IPB-D Chicken Meats
Abstrak: Gen mioglobin (MB) adalah gen yang mengkodekan protein mioglobin. Protein mioglobin bekerja pada jaringan otot yang berperan sebagai tempat penyimpanan oksigen dan memfasilitasi difusi oksigen. Mineral mikronutrien seperti Fe, Zn, Mn, dan Se yang memiliki peran dalam metabolisme oksigen dan antioksidan pada tubuh. Daging ayam yang konsumsinya terus meningkat tiap tahunnya dapat dijadikan potensi untuk mengembangkan pangan alternatif yang mengandung mineral esensial karena harga daging ayam yang lebih terjangkau dibandingkan dengan harga daging merah. Penelitian bertujuan meganalisis keragaman gen MB pada ayam cemani dan ayam IPB-D serta asosiasinya dengan kandungan mineral Fe, Zn, Mn, dan Se pada daging ayam. Sebanyak 104 sampel yang berasal dari 6 populasi: ayam cemani Balitnak (16), ayam cemani SUI (17), ayam IPB-D1 (5), ayam IPB-D2 (25), ayam IPB-D3 (38), dan ayam broiler (3) digunakan dalam penelitian ini. Keragaman gen MB dianalisis menggunakan metode direct-sequensing. Analisis kandungan mineral menggunakan metode AAS. Daging ayam yang dianalisis mineralnya menggunakan daging ayam bagian paha atas dan paha bawah. Informasi keragaman yang digunakan adalah frekuensi alel, frekuensi genotipe, heterozigositas dan keseimbangan Hardy-Weinberg. General Linear Model digunakan dalam menganalisis asosiasi kandungan mineral dengan keragaman gen MB. Hasil penelitian ditemukan 2 SNP gen MB yaitu g.17 G>T dan g.25 T>C. SNP g.17 G>T bersifat monomorfik kecuali pada sampel ayam IPB-D yang bersifat polimorfik. SNP g.25 C>T bersifat polimorfik pada ayam IPB-D dan ayam SUI, sedangkan ayam cemani Balitnak dan broiler bersifat monomorfik. Kandungan mineral tertinggi untuk Fe terdapat pada sampel ayam cemani Balitnak, sedangkan kandungan tertinggi mineral Zn terdapat pada ayam IPB-D1, dan kandungan mineral Mn serta Se paling tinggi terdapat di ayam cemani SUI. Kandungan mineral Fe berasosiasi dengan keragaman ayam IPB-D2 SNP g.17 G>T, dan mineral Mn, Zn, dan Se berasosiasi dengan keragaman pada ayam IPB-D3 SNP g.17 G>T dan SNP g.25 T>C.
Keyword: Ayam cemani, ayam IPB, kandungan mineral, mioglobin, sekuensing

Judul: Asosiasi Genetik dan Ekspresi Gen Mioglobin Terkait Kadar Mineral pada Ayam IPB-D2
Abstrak: Gen mioglobin (MB) mengkode protein mioglobin, protein yang ditemukan dalam jaringan otot, berfungsi untuk mengikat dan menyimpan oksigen. Mioglobin tidak hanya diekspresikan pada otot rangka dan jantung, tetapi juga diekspresikan pada sel endotel dan jaringan lain seperti otak dan hati. Mineral secara umumnya bertanggung jawab atas berbagai reaksi biokimia dan fungsi fisiologis dalam tubuh. Mineral mendorong pertumbuhan, reproduksi, dan produksi ternak secara optimal. Mineral yang dianalisis pada penelitian ini adalah Fe, Se, Zn, dan Mn. Mineralmineral ini memiliki fungsi antioksidan. Ayam IPB-D1 merupakan ayam pedaging lokal ras komposit yang dikembangkan oleh Fakultas Peternakan Institut Pertanian Bogor. Keunggulan ayam persilangan baru ini adalah pertumbuhannya yang cepat, kualitas daging yang tinggi, serta ketahanan terhadap penyakit khususnya Newcastle Disease (ND) dan Salmonella sp. Ayam IPB-D2 merupakan hasil seleksi ayam IPB-D1 generasi ke-9 yang diseleksi dengan kadar IgY di atas 10 mg mL -1 dalam serum darahnya. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis polimorfisme gen MB pada ayam, mengkaji asosiasinya dengan kandungan mineral daging, dan menganalisis ekspresinya pada jaringan otot hati dan paha ayam IPB-D2. Sebanyak 55 ekor ayam jantan IPB-D2 berusia 10-12 minggu digunakan dalam penelitian ini. Identifikasi polimorfisme gen, kuantifikasi kandungan mineral, dan ekspresi gen dilakukan masing-masing menggunakan metode direct sequencing, metode Atomic Absorption Spectroscopy (AAS), dan qRT-PCR. Jaringan otot paha dan hati digunakan sebagai sumber mRNA dalam penelitian ini. Metode analisis statistik yang digunakan adalah uji chi-square untuk menguji kesetimbangan HardyWeinberg, dan uji T untuk analisis asosiasi mineral dan analisis ekspresi gen. Daging paha ayam IPB-D2 rata-rata mengandung mineral Fe, Se, Zn, dan Mn sebesar 17,81; 0,22; 16,50; 0,34 mg kg-1 . Dari hasil sequensing ditemukan dua SNP pada 5'UTR gen MB ayam IPB-D2, yaitu SNP g.17 G>T dan SNP g.25 T>C. Genotipe TT (g.17 G>T) dan genotipe CC (g.25 T>C) berasosiasi nyata (P<0,05) dengan kandungan Fe tinggi pada ayam IPB-D2. Analisis ekspresi gen menunjukkan bahwa ekspresi gen MB di hati tidak berbeda secara statistik antara kombinasi genotipe GG/TT, GT/TC, dan TT/CC. Sedangkan pada otot paha, ekspresi gen MB pada kombinasi genotipe TT/CC lebih tinggi signifikan (P<0,05) dibandingkan kombinasi genotipe GG/TT dan GT/TC. Hasil ini menunjukkan bahwa polimorfisme yang teridentifikasi pada gen MB IPB-D2 dapat menjadi referensi untuk menyelidiki gen serupa pada rasa ayam lain, khususnya terkait kandungan mineral Fe, Se, Zn, dan Mn.
Keyword: IPB-D2 chicken, myoglobin, MB expression, mineral content, MB polymorphism

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: