Judul: Gene Pyramiding Controlling Trait of High Yield and Bacterial Leaf Blight Resistance in Rice
Abstrak: Padi (Oryza sativa L.) merupakan bahan pokok utama sebagai pemenuhan setengah populasi dunia, khususnya di Tiongkok, India, Jepang dan Asia Tenggara. Akan tetapi, berbagai cekaman biotik dan abiotik menjadi faktor penghambat dalam budi daya padi yang secara signifikan dapat menyebabkan penurunan produksi. Hawar daun bakteri (HDB) yang disebabkan oleh bakteri Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) merupakan faktor biotik yang menyebabkan terjadinya penurunan produksi yang cukup besar pada pertanaman padi. Patogen penyebab penyakit HDB dapat menghasilkan droplet bakteri hawar daun, yang menjadi penyebab awal penurunan hasil gabah tanaman padi, oleh sebab itu perbaikan terhadap karakter ketahanan HDB dan daya hasil pada tanaman padi perlu terus diupayakan dalam rangka memenuhi kebutuhan beras nasional. Tersedianya sumber daya genetik yang membawa karakter ketahanan HDB dan daya hasil tinggi serta marka molekuler yang berasosiasi dengan kedua karakter tersebut membuka peluang baru bagi pemulia padi untuk melakukan piramidisasi gen dalam satu genotipe padi. Piramida gen digunakan untuk memperoleh ketahanan dengan menggabungkan beberapa gen dalam satu tanaman. Perakitan galur elit dan varietas melalui strategi piramida gen dapat mengatasi patahnya ketahanan suatu varietas yang dibudidayakan dalam skala luas dan kurun waktu panjang serta plasma nutfah dengan ketahanan yang bersifat lama (durable) dapat dirakit. Piramida gen berbasis pendekatan metode pemuliaan konvensional sangat sulit untuk dilakukan dikarenakan adanya efek dominasi dan epistasis gen yang mengatur ketahanan terhadap suatu penyakit. Tersedianya marka molekuler yang terkait erat dengan gen target dapat membantu pemulia dalam menyeleksi secara tepat individu tanaman yang membawa gen target dalam suatu populasi. Selain itu, penggunaan marka molekuler dapat mengonfirmasi kesuksesan kombinasi gen secara tepat dan mempercepat siklus pemuliaan tanaman dalam kegiatan perbaikan karakter penting pada tanaman, termasuk karakter ketahanan terhadap penyakit dan daya hasil tinggi. Beberapa varietas padi nasional dengan keunggulannya masing-masing sudah tersedia bagi masyarakat. Akan tetapi, Ciherang merupakan varietas padi yang paling populer dan ditanam secara luas oleh petani dengan luas area tanam mencapai 52% dari area tanaman padi di Indonesia. Mengingat preferensi konsumen terhadap varietas Ciherang lebih baik dibandingkan dengan varietas padi lainnya, maka perbaikan sifat-sifat tertentu terhadap varietas tersebut terus diupayakan, contohnya Inpari 32 yang merupakan salah satu varietas unggul nasional yang memiliki latar belakang genetik Ciherang. Selain itu, tersedianya galur-galur harapan padi yang membawa lokus terkait karakter hasil tinggi, yaitu galur Code-qTSN4 yang dirakit oleh peneliti BB Biogen, dapat menjadi dasar dalam upaya perbaikan karakter hasil pada varietas Inpari 32. Dasar pertimbangan penggunaan Inpari 32 dan galur Code-qTSN4 dalam perakitan piramidisasi gen pengendali HDB dan daya hasil tinggi yang dilakukan pada penelitian ini adalah bahwa varietas Code yang menjadi latar belakang genetik dari galur Code-qTSN4 diketahui memiliki beberapa gen ketahanan HDB, yaitu Xa4, dan Xa7. Sementara itu, Inpari 32 telah menjadi varietas padi populer pengganti Ciherang. Penelitian ini terdiri atas dua percobaan, yaitu 1) konfirmasi keberadaan gen target pada genotipe tetua dan keberhasilan persilangan dua tetua berbasis marka molekuler, dan 2) seleksi galur padi populasi F2 yang membawa lokus qTSN4 dan beberapa gen Xa menggunakan marka molekuler. Tujuan dari percobaan pertama adalah mengonfirmasi keberadaan gen target pada genotipe tetua menggunakan penanda molekuler dan mengonfirmasi keberhasilan hibrida pada tanaman F1 yang dihasilkan dari tiga kombinasi persilangan
Keyword: differential selection, hybrid confirmation, weighted index selection

Judul: MULTILOCATION YIELD TRIAL OF DOUBLED HAPLOID RICE LINES AND THEIR RESISTANCE TO BACTERIAL LEAF BLIGHT (Xanthomonas oryzae pv. oryzae)
Abstrak: Padi (Oryza sativa L.) merupakan komoditas pangan penting di Indonesia. Salah satu upaya meningkatkan produksi padi yaitu perakitan varietas unggul padi. Pada penelitian sebelumnya diperoleh 12 galur dihaploid padi hasil kultur antera dengan potensi hasil tinggi setelah di evaluasi pada uji daya hasil pendahuluan (UDHP) dan uji daya hasil lanjutan (UDHL). Selanjutnya uji multilokasi (UML) dan ketahanan terhadap Organisme Pengganggu Tanaman (OPT) utama perlu dilakukan pada galur-galur tersebut sebagai salah satu syarat pelepasan varietas. Penyakit hawar daun bakteri (HDB) disebabkan oleh bakteri Xanthomonas oryzae pv. oryzae merupakan salah satu penyakit utama pada tanaman padi. Penelitian ini bertujuan 1) mendapatkan informasi keragaan agronomi baik, daya hasil, dan stabilitas galur-galur dihaploid padi pada uji multilokasi, 2) mendapatkan galur-galur dihaploid padi dengan ketahanan terhadap penyakit HDB, dan 3) mendapatkan galur-galur dihaploid padi dengan karakter agronomi yang baik, berdaya hasil tinggi, stabil dari pengujian di enam lokasi serta tahan terhadap penyakit HDB. Uji multiloasi dilaksanakan di enam lingkungan meliputi Bogor I, Bogor II, Karawang, Indramayu, Malang dan Blitar, sedangkan evaluasi HDB dilakukan di Rumah Kaca Balai Besar Penelitian dan Pengembangan dan Sumberdaya Genetik Pertanian (BB Biogen). Varietas komersial pembanding yang digunakan dalam UML adalah Inpari 18 dan Inpari 34, sedangkan untuk evaluasi HDB ditambahkan pembanding Conde (tahan) dan TN-1 (rentan). Parameter analisis stabilitas dilakukan berdasarkan Francis dan Kannenberg, Finlay dan Wilkinson, Eberhart Russell, Kang, Additive Main Effect and Multiplicative Interaction (AMMI) dan Genotype + Genotype by Environment (GGE). Evaluasi ketahanan HDB berdasarkan keparahan penyakit dan intensitas penyakit terhadap patotipe III, IV dan VIII dari Xoo diamati sesuai Standard Evaluation System for Rice dari IRRI. Perbedaan nilai karakter agronomi dan komponen hasil genotipe uji nyata dipengaruhi oleh genotipe (G), lingkungan (E), dan interaksi genotipe dan lingkungan (G×E). Keragaan galur DH padi yang diuji pada percobaan ini termasuk baik dengan nilai rata-rata produktivitas di enam lingkungan antara lain tinggi tanaman sedang (103,3-116,8 cm), umur panen genjah (113,6-117,7 HSS), jumlah anakan produktif (16,9-19,4 anakan per rumpun), panjang malai (26,7-29,8 cm), persentase gabah bernas (71,5%-81,7%), dan bobot 1000 butir (27,2-29,5 g). Produktivitas rata-rata galur uji berkisar 6,38 hingga 7,07 t ha-1, sejumlah 9 galur DH memiliki produktivitas nyata lebih tinggi dari Inpari 18 dan Inpari 34, sedangkan 3 galur lainnya, yaitu RK3, RK5 dan RK6 setara dengan Inpari 18. Analisis korelasi Spearman menunjukkan bahwa parameter stabilitas Kang memiliki korelasi yang kuat dengan hasil. Keterulangan dan hubungan antara parameter hasil dan stabilitas didapatkan pada galur RK12, RK11, RK7, dan RK10 yang merupakan genotipe yang stabil dan produktivitasnya berada di atas rata-rata umum genotipe di enam lingkungan. Galur RK10 dan RK11 juga dikategorikan stabil dengan hasil tinggi berdasarkan plot AMMI II, sedangkan galur RK12, RK7 dan RK10 merupakan genotipe ideal berdasar GGE. Tingkat keparahan dan intensitas penyakit HDB secara signifikan dipengaruhi oleh patotipe, genotipe, dan interaksi antara patotipe dan genotipe, serta ketahanannya relatif lebih baik pada fase generatif. Skrining dengan HDB patotipe III menghasilkan 10 galur yang mempunyai ketahanan dengan komposisi 3 galur DH (RK1, RK2 dan RK5) dengan kriteria tahan (T) pada kedua fase pertumbuhan, sedangkan sisanya (RK3, RK4, RK6, RK7, RK8, RK 9 dan RK10) agak tahan (AT) di fase
Keyword: galur dihaploid padi, hawar daun bakteri, ketahanan, stabilitas

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: