Judul: Over ekpresi myrosinase-Associated protein pada E.coli
Abstrak: Tumbuhan memiliki sistem pertahanan alami dalam menanggulangi kondisi stres lingkungan seperti kondisi kekeringan dan serangan hama patogen. Sistem mirosinase glukosinolat adalah salah satu sistem pertahanan alami tumbuhan. Mirosinase menghidrolisis glukosinolat, suatu metabolit sekunder yang mengandung sulfur, dari jaringan tumbuhan yang rusak menjadi senyawa-senyawa yang bersifat toksik terhadap herbivora. Beberapa tipe mirosinase dengan protein non-mirosinase lainnya membentuk kompleks dengan berat molekul tinggi. Dua diantara protein non-mirosinase tersebut adalah myrosinase-associated protein (MyAP) yang merupakan protein terglukosilasi berukuran 40 kD dan myrosinase binding protein (MBPs) yang berukuran 50 dan 52 kD. Karakterisasi lebih jauh terhadap mirosinase dan kedua asesorinya, MyAP dan MBP, dapat meningkatkan pengertian akan sistem mirosinase - glukosinolat dan regulasinya dalam respon pertahanan tumbuhan. MyAP dan MBP ekspresinya terinduksi oleh pelukaan mekanis, fitohormon asam jasmonat, metil jasmonat dan asam absisik, dan semua induser tersebut diantagonis oleh fitohormon asam salisilat. MyAP dan MBP diduga berperan sebagai kofaktor mirosinase yang bersifat substrat spesifik. Berdasarkan persamaan sekuennya terhadap protein lain, MBP diduga memiliki fungsi sebagai lektin, sedangkan fungsi MyAP sebagai esterase belum dapat dibuktikan. Struktur molekul, lokasi situs katalitik, dan sifat imunokimia protein menjadi data yang mutlak diketahui untuk mengetahui peranan protein tersebut dalam sistem reaksi biologis, dan untuk keperluan penelitian tersebut diperlukan protein tersebut dalam jumlah yang cukup dalam fraksi solubel. Pada penelitian ini dilakukan kloning dan over ekspresi cDNA induced MyAP9 (iMyAP9) pada E. coli.
Keyword: protein

Judul: Antibakteri Berbasis Glukosa Oksidase IPBCC.08.610 terhadap Enzim MurA dan Elongation Factor G secara In Silico
Abstrak: Antibakteri berbasis enzim merupakan antibakteri alami yang dapat digunakan sebagai pengganti antibakteri sintetis. Penelitian ini bertujuan mempelajari potensi antibakteri glukosa oksidase IPBCC.08.610 dengan melakukan interaksi produk enzim glukosa oksidase IPBCC.08.610 yaitu dengan enzim MurA dan EFG secara in silico. Pendekatan penelitian yang digunakan yaitu homologi dan analisis sisi aktif gen glukosa oksidase IPBCC.08.610 dan penambatan molekuler produk glukosa oksidase IPBCC.08.610 pada enzim MurA dan EFG menggunakan AutoDock Vina dengan parameter keberhasilan berupa nilai %BSS, energi bebas, serta konstanta inhibisi. Hasil penelitian ini, memastikan bahwa urutan gen pada penelitian sebelumnya mengkodekan glukosa oksidase IPBCC.08.610. Glukonolakton dan asam glukonat dapat berinteraksi dengan Cys115 dan Asp305 pada MurA dengan %BSS berturut-turut sebesar 87.5% dan 100%, energi bebas sebesar -5.8 kKal/mol dan -5.4 kKal/mol dengan nilai Ki sebesar 55.443 μM dan 108.988 μM. Glukonolakton berhasil berinteraksi dengan Thr84 dan asam glukonat tidak dapat berinteraksi dengan residu target pada EFG dengan %BSS sebesar 40% dan 20%, energi bebas sebesar -5.3 kKal/mol dan -4.6 kKal/mol dengan nilai Ki sebesar 129.051 μM dan 421.146 μM. Glukosa Oksidase IPBCC.08.610 dapat digunakan sebagai antibakteri dengan menghambat MurA.
Keyword: Antibakteri, EFG, Glukosa oksidase, In silico, MurA

Judul: Design and Performance Test of Drifter Buoy
Abstrak: The modern drifter buoy is a high-tech version of the "message in a bottle". It consists of a surface buoy and a subsurface drogue, attached by a long, thin tether. The buoy measures temperature and other sea/air properties, and has a transmitter to send the data to passing satellites. Drifters buoy for oceanographic research in the field had long been developed, but the design and construction of this instrument is still on going process. The major goal of the drifter intended by the designers of the drifter are cheap, lightweight and stable on several conditions. This study attempted to produce a drifter system capable of measuring position, speed and direction of surface current using a microcontroller, GPS and GSM technology as the data transmitter and receiver. There are 3 main parts of the drifter. They are the electronic systems, software and vehicles. Electronic systems are built from the microcontroller ATmega32, storage SD / MMC cards, transmission using GSM modem, GPS as a sensor position and velocity, and DALLAS DS18B20 as temperature sensors. The software is divided into 2 parts: software that is embedded into vehicle and software to control and receiving data in ground segment. Vehicle is divided into 2 main parts, first is float to house electronics system and drogue to maintain a position of drifter from the influence of surface wind. GPS used has a precision of 10 m, therefore the determination of position requires a certain time interval, this interval is very dependent on the speed of surface currents in the area. The results of performance test systems in the field showed that the design is able to record 95% -99% of the data successfully at 64 bps transfer speed. Field trial results also showed 85% and 93% successful data transmission using the GSM network with the power used in these systems totaling approximately 541-544 mW. The value of drag area ratio is 53.38, greater than 40 indicates that the drifter is produced has a pretty good ability to follow the movement of the water. In Pelabuhan Ratu, a different current direction at the center and edge of the bay. In the middle of the bay, when the water toward to lowest ebb the current direction towards to west and then silently at the lowest ebb. Finally, when water level increase the curent direction toward to the north. On the eastern edge of the bay, when the water toward to the lowest ebb, the direction of ocean surface current sheading out the bay.
Keyword: