Judul: Keragaman Genetik Tarum (Indigofera Tinctoria L.) Di Pulau Jawa Dan Madura Sebagai Pewarna Alami Batik Berdasarkan Marka Inter-Simpe Sequence Repeats
Abstrak: Tarum (Indigofera tinctoria L.) merupakan anggota dari suku Fabaceae, yang dimanfaatkan sebagai pewarna indigo alami. Saat ini, tarum telah banyak dimanfaatkan kembali sebagai bahan pewarna alami, baik untuk tekstil maupun kosmetik. Penelitian mengenai marga Indigofera di Indonesia masih terbatas pada eksplorasi jenis dan pemanfaatannya untuk peningkatan produksi pakan ternak maupun kualitas warna pada tekstil. Akan tetapi, penelitian mengenai kajian keragaman genetik marga Indigofera, khususnya jenis I. tinctoria L. belum pernah dilakukan. Penelitian ini dilakukan untuk mempelajari keragaman genetik I. tinctoria L. di pulau Jawa dan Madura sebagai pewarna alami batik berdasarkan marka Inter-Simple Sequence Repeats. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan April 2014-April 2015. Pengambilan sampel dilakukan di 6 lokasi yang tersebar di pulau Jawa (Cirebon, Serang, Bantul, Gunung Kidul, Kulonprogo, dan Tuban) dan 4 lokasi di pulau Madura (Bangkalan, Sampang, Pamekasan, dan Sumenep). Bahan tumbuhan yang digunakan adalah daun segar dan sehat yang dimasukkan ke dalam plastik berisi silika gel. DNA diisolasi berdasarkan metode CTAB, kemudian diamplifikasi menggunakan GoTaq® Green PCR Mix dengan 15 primer ISSR. Produk hasil PCR dielektroforesis dan difoto menggunakan GelDoc. Pita polimorfik diskor sebagai data biner. Data disusun dalam matriks dan digunakan untuk menghitung koefisien kemiripan simple matching, mengontruksi PCA, dan dendrogram dengan metode UPGMA menggunakan NTSys-PC versi 2.1.1a. Analisis struktur populasi diakukan menggunakan GenAlex versi 6.501. Kelima belas primer yang digunakan menghasilkan 123 pita dan 84 pita diantaranya bersifat polimorfik. Panjang pita yang dihasilkan berkisar 250-2500 pasang basa dan persentase polimorfisme pita berkisar 50-90% dengan rata-rata 68.3%. Pola pita yang dihasilkan bersifat unik sehingga dapat digunakan untuk pembeda antar aksesi. Analisis gugus mengelompokkan 50 aksesi tarum ke dalam empat kelompok berdasarkan 84 pita polimorfik yakni Kelompok I (Bangkalan, Sampang, Pamekasan, dan Sumenep), II (Tuban), III (Bantul, Gunung Kidul, dan Kulonprogo), dan IV (Cirebon dan Serang). Keragaman genetik tarum di pulau Jawa dan Madura tergolong dalam kategori yang tinggi (68.3%), tetapi variasi molekuler di dalam populasi (37%) lebih kecil dari antar populasi (63%). Nilai keragaman (I) paling tinggi dimiliki oleh populasi yang berasal dari Bantul dan Tuban (I=0.35) sedangkan paling rendah dimiliki oleh populasi yang berasal dari Serang (I=0.06). Berdasarkan hasil yang diperoleh, primer ISSR tidak hanya dapat digunakan untuk mempelajari keragaman genetik, tetapi juga dapat digunakan untuk membedakan setiap aksesi tarum (I. tinctoria L.) di pulau Jawa dan Madura.
Keyword: Indigofera tinctoria, Jawa dan Madura, keragaman genetik, marka ISSR

Judul: Biosistematika Jenis-Jenis Indigofera Indonesia Penghasil Pewarna
Abstrak: Marga Indigofera merupakan salah satu sumber pewarna biru alami untuk batik dan tenun. Jumlah jenis marga ini mencapai 750–780 di dunia. Jenis yang sering dimanfaatkan sebagai sumber pewarna biru oleh pembatik dan penenun di Indonesia, yaitu I. tinctoria. Warna biru yang dihasilkan daun Indigofera berasal dari senyawa glukosida yang disebut indikan. Namun, keberadaan indikan dalam daun hingga kini belum dapat dikenali dari ciri morfologi. Ciri Indigofera perlu digali untuk keperluan praktis mengenali Indigofera yang mengandung indikan dalam jumlah tinggi. Penelitian ini bertujuan untuk memutahirkan data keberagaman jenis Indigofera, memetakan persebaran Indigofera pewarna di Indonesia, menganalisis kuantitas dan kualitas indikan dan indigo dari Indigofera penghasil pewarna, dan menganalisis keberagaman berdasar ciri morfologi dan marka molekuler pada I. tinctoria. Indigofera dieksplorasi dari lima pulau yaitu P. Samosir, P Jawa, P. Madura, P. Lombok dan P. Flores. Pengamatan morfologi dilakukan terhadap 216 individu yang dikoleksi dari lima pulau tersebut dan 630 lembar spesimen herbarium koleksi di Herbarium Bogoriense dengan menggunakan ciri morfologi. Keberadaan indikan pada 9 jenis Indigofera diuji dengan percobaan perendaman, kualitas warna diuji dengan ketahanan luntur warna. Plastisitas ciri dianalisis dengan percobaan penanaman di lahan percobaan di Magelang dan Cikabayan IPB. Kuantitas indikan diukur dengan HPLC. Sebaran Indigofera pewarna dipetakan dengan ArcGIS 10.1 Korelasi ciri morfologi dengan kandungan indikan dianalisis dengan SPSS. Keberagaman genetik I. tinctoria dianalisis berdasarkan ciri morfologi dan molekular dengan marka simple sequence repeat (SSR). Berdasarkan revisi terakhir pada tahun 1984 tercatat 39 jenis dan lima anakjenis Indigofera dijumpai di Asia Tenggara, 17 jenis dan satu anakjenis di Indonesia, dan 16 jenis dan satu anakjenis di P. Jawa. Eksplorasi Indigofera Indonesia akhir akhir ini (2015) berhasil menemukan kembali dan mengoleksi 9 jenis, termasuk I. longeracemosa yang tercatat dalam Flora of Java (1963) tetapi tidak tercantum dalam revisi Indigofera Asia Tenggara. Laporan dan koleksi I. longeracemosa dari P. Jawa ini menambahkan satu jenis Indigofera menjadi 17 di P. Jawa, 18 di Indonesia, dan 40 jenis di Asia Tenggara. Analisis kualitatif terhadap sembilan jenis Indigofera dari koleksi lapangan berhasil mengidentifikasi empat jenis penghasil warna biru yaitu I. arrecta, I. longiracemosa, I. suffruticosa, and I. tinctoria. Indikator keberadaan indikan pada daun ditandai dengan berubahnya warna air rendaman daun menjadi hijau tua, permukaan atas rendaman berbuih dan berbau tajam setelah percobaan perendaman. Uji kualitas indigo terhadap empat jenis tersebut menunjukkan keempat jenis menghasilkan warna biru dengan kualitas baik yang memenuhi syarat kualitas warna sesuai SNI ditandai nilai 4–5 pada 4 kualitas yang diuji, yaitu ketahanan luntur warna terhadap pencucian 40 0C, keringat asam dan basa, sinar terang dan penekanan panas. Secara morfologi, empat jenis Indigofera pewarna akan mudah diidentifikasi dari ciri permukaan atas maupun bawah daun kering yang berwarna keabu-abuan sampai abu-abu gelap. Indigofera pewarna tumbuh pada dataran rendah sampai dataran tinggi dengan ketinggian 0–2400 m dpl dengan kondisi tanah subur sampai tanah kering, pH asam sampai basa 6.24–8.9, suhu udara 18 0C sampai 310C, kelembapan rendah sampai tinggi 64–95%, intensitas cahaya tinggi 125–1371Lux dan curah hujan 0–109.4 mm. Jenis yang mampu dan bertahan pada ketinggian 2400 m dpl adalah I. arrecta, sedangkan tiga jenis lainnya lebih mudah dijumpai pada dataran rendah dan mendekati
Keyword: indikan, indigo, SSR, keberagaman genetik, kategori infrajenis

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: