Judul: Isolation and Characterization of Bacteriophages as Biocontrol of Agrobacterium tumefaciens
Abstrak: Agrobacterium tumefaciens adalah bakteri penyebab crown gall disease pada tumbuhan namun berguna sebagai vehicle cloning dalam transformasi genetik tanaman. Akan tetapi, transformasi menggunakan Agrobacterium tumefaciens sering menyebabkan overgrowth yang berujung pada kematian kalus. Bakteriofag dapat menjadi agen biokontrol terhadap infeksi dan pengontrol Agrobacterium tumefaciens karena spesifisitasnya yang tinggi. Penelitian ini bertujuan mengisolasi dan mengarakterisasi bakteriofag litik spesifik Agrobacterium tumefaciens dari sampel limbah perairan. Isolasi dilakukan dengan pengambilan dan perbanyakan bakteriofag spesifik dari sampel limbah cair, diikuti dengan teknik double layer menggunakan Luria Agar hingga terdeteksi munculnya plak (28 °C, 72 jam). Karakterisasi bakteriofag meliputi pengamatan morfologi plak, penentuan nilai multiplicity of infection (MOI), uji kisaran inang, uji laju adsorpsi, uji stabilitas suhu dan pH, isolasi genom, digestion, serta analisis Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Dua isolat bakteriofag litik (ΦWB dan ΦSBM) berhasil diisolasi dan spesifik terhadap Agrobacterium tumefaciens strain AGLI WT dan EHA105. Rasio MOI untuk kedua isolat adalah 10-5 dan 10-3. Isolat ΦWB memiliki stabilitas suhu yang lebih baik, dan stabilitas pH yang sama dengan ΦSBM pada rentang 5-11. Kedua isolat memiliki laju adsorpsi optimal yang berbeda. Kedua bakteriofag memiliki materi genetik dsDNA dan berbeda secara genetik berdasarkan analisis RAPD. Isolat ΦWB berpotensi sebagai agen biokontrol Agrobacterium tumefaciens., Agrobacterium tumefaciens is a bacterium that causes crown gall disease and become a serious problem for agricultural plants. Bacteriophages can be potential biocontrol agents against Agrobacterium infection because of their high specificity and efficiency. This study aimed to isolate and characterize lytic bacteriophages specific to Agrobacterium tumefaciens from wastewater samples. Isolation processes involved samples enrichment, followed by double layer to detect the presence of bacteriophage plaques. Bacteriophage characterization included plaque morphology, multiplicity of infection (MOI), host range test, adsorption rate, temperature, and pH stability. Molecular characterization included genome isolation, digestion, and Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) analysis. Two bacteriophages (ΦWB and ΦSBM) were classified as lytic bacteriophages based on their transparent plaque morphology. Both isolates specific to Agrobacterium tumefaciens strains AGLI WT and EHA105. Both isolates had MOI ratios of 10-5 and 10-3. Our results showed that both bacteriophages had temperature and pH stability in the range of 28-30 °C and pH 5-11. ΦWB and ΦSBM isolates demonstrated optimal adsorption rate at 18 and 27 minutes respectively. Genome characterization showed that both bacteriophages possessed dsDNA as genetic material and RAPD analysis showed that both bacteriophages were genetically different. ΦWB was found promising as biocontrol agent of Agrobacterium tumefaciens.
Keyword: Agrobacterium, Biocontrol, Phages

Judul: Bacteriophage isolasion of Escherichia coli strain C15
Abstrak: Infeksi saluran kemih (ISK) merupakan infeksi dengan prevalensi terbesar kedua setelah infeksi pernapasan. Infeksi tersebut sebagian besar ditangani menggunakan antibiotik, sehingga diperlukan penanganan alternatif, salah satunya adalah bakteriofag. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi bakteriofag spesifik E. coli strain C15. Bakteri inang dilakukan reidentifikasi dan diukur waktu pertumbuhannya. Sampel sumber bakteriofag dikoleksi dari tiga tempat, yaitu TPA IPB, salah satu pembuangan sampah di IPB dan tanah kandang kuda IPB. Hasil isolasi bakteriofag kemudian dipurifikasi dan dikuantifikasi menggunakan metode double layer. Bakteriofag hanya berhasil diisolasi pada sampel tanah kandang kuda IPB, karena kondisi dua tempat yang lain tidak mendukung kehidupan bakteri inang. Plak bakteriofag yang diperoleh memiliki ukuran yang berbeda-beda, sehingga menunjukkan terdapat beberapa jenis bakteriofag yang berhasil diisolasi. Ukuran yang berbeda tersebut dipengaruhi oleh tingkat difusi, tingkat adsorpsi, panjang periode laten, serta banyaknya bakteriofag yang keluar dari sel. Kuantifikasi menunjukkan bahwa bakteriofag yang diisolasi sebanyak 3,42 x 107 PFU/mL., Urinary tract infection (UTI) is an infection with the second biggest prevalence in the world after a respiratory infection. Alternative precaution is needed to avoid the overuse of antibiotics, and one of them is the utilization of bacteriophage. This study aims to isolate bacteriophage specific E. coli strain C15. Reidentification was done to the host bacteria, as well as growth measurement. The soil sampled at three locations namely TPA IPB, one of garbage disposals at IPB, and horse stable of IPB were used as bacteriophage source. Isolated bacteriophage then was purified and quantified using the double-layer method. Bacteriophage was managed to get isolated only from the soil of horse stable of IPB, due to the environmental condition of the two former sources that were less supportive to the life of the host bacteria. Bacteriophage’s plaques appeared to be distinctive in size from each other, indicated that there are different kinds of bacteriophages. Those differences in the size of plaques apparently are affected by diffusivity, adsorption rate, latent period, and burst size of bacteriophage. Quantification showed that isolated bacteriophage is 3,42 x 107 PFU/mL.
Keyword: antibiotic, Escherichia coli, double layer, ISK, resistance

Judul: Studi kasus migran pedagang kaki lima di pasar Senen, Jakarta Pusat
Abstrak: Sejak Jakarta menjadi ibukota negara RI, Jakarta tidak pernah sepi dari arus migrasi penduduk. Masuknya para migran ke Jakarta disebabkan karena pertumbuhan fisik yang nyata, yaitu dari pembangunan gedung perkantoran, fasilitas hiburan dan lainnya, memberi daya tarik bagi orang bukan penduduk Jakarta. Termasuk di antara migran adalah kaum golongan kecil yang berasal dari kalangan sirkuit bawah desa. Alasan utama migrasi di sirkuit bawah, yaitu khususnya yang akhirnya bekerja sebagai pedagang kaki lima di Pasar Senen ini pindah ke Jakarta, adalahJakarta menawarkan kesempatan kerja bagi siapa saja yang mau bekerja. Karena di desa tak ada pekerjaan yang dapat menampung golongan muda, kaum migran meninggalkan desa menuju Jakarta. Pola migrasi masuk ke Jakarta tidak dipengaruhi oleh kemungkinan golongan muda mampir di kota-kota kecil sebelum tiba di Jakarta. Keberanian dan tekad bulat meninggalkan desa asal didorong pula oleh sumber cerita tentang Jakarta (saudara/kenalan) yang juga mengalami bahwa setiba di Jakarta mereka akan langsung bekerja. Pendidikan rendah, tidak memiliki ketrampilan, orang petani/buruh tani, merupakan bagian kecil latar tua belakang sosial migran pedagang kaki lima. Memperoleh pekerjaan apa saja asal halal pada mulanya, tempat tinggal dimana saja, modal kecil dan pendapatan harian yang rendah juga mewarnai hidup para migran pedagang kaki lima di Jakarta. Namun sekalipun demikian mereka tetap hidup, bahkan dapat mengirim uang ke desa asal, pulang ke desa minimum setahun sekali dan sedikit-sedikit mampumenabung. Bekerja sebagai pedagang kaki lima sudah ditekuni selama lebih dari lima tahun bahkan ada yang lebih dari tujuh tahun. Inipun dimulai setelah minimum selama dua tahun migran mengerjakan apa saja di Pasar Senen: yang penting dapat uang dan bisa hidup di Jakarta. Bahkan modal membuka usaha kaki lima diperoleh dari selama bekerja mula-mula itu. untuk pengumpulan upah Sekalipun terdapat kenaikan tingkat kehidupan sosial di kota dibandingkan dari desa, kaum migran pedagang lima di Pasar Senen ini tetap berada bawah kota. di kaki bawah sirkuit Ikatan-ikatan baru di kota hampir tidak terjadi kecuali ikatan-ikatan kedaerahan yang terus dipertahankan.
Keyword: