Judul: Deteksi dan Identifikasi Molekuler Bakteri Burkholderia glumae dalam Benih Padi Varietas Unggul, Lokal, dan Hibrida
Abstrak: Bakteri Burkholderia glumae adalah patogen terbawa benih yang menyebabkan penyakit busuk bulir padi. Bakteri ini menjadi penyebab dari penyakit yang baru meningkat kembali statusnya di beberapa negara penanam padi, termasuk Indonesia. Bakteri ini merupakan patogen yang terbawa benih padi, sehingga ketika benih terinfeksi ditanam, tanaman padi yang tumbuh telah mulai terinfeksi sejak masih sangat dini. Deteksi dan identifikasi B. glumae diperlukan dalam pengambilan keputusan untuk strategi pengendalian lebih awal dan tepat. Deteksi dan identifikasi secara molekuler perlu diaplikasikan untuk B. glumae dalam benih padi mengingat tingkat sensitifitas, akurasi dan efisiensinya yang tinggi. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan deteksi dan identifikasi B. glumae secara molekuler dalam benih padi berbagai varietas baik unggul, lokal, dan hibrida yang diperoleh dari Pulau Jawa. Isolasi bakteri dari 25 varietas benih padi dilakukan pada media selektif untuk B. glumae, sucrose phosphate glutamate (S-PG). Sebanyak 15 isolat bakteri terduga B. glumae dari 15 varietas padi menunjukkan kemiripan morfologi dengan karakter spesifik koloni tipe A dari B. glumae pada media S-PG. Deteksi PCR dilakukan dengan primer 1418S dan 1418A yang spesifik mengamplifikasi wilayah sikuen insersi IS1418 dari B. glumae. Hasil PCR menunjukkan bahwa dari 15 isolat bakteri dengan ciri koloni spesifik B. glumae tipe A, 13 isolat terdeteksi positif sebagai bakteri B. glumae dengan terbentuknya ukuran pita DNA berukuran 572 pb. Analisis nukleotida gen 16S rRNA hasil sekuensing dari produk PCR menggunakan pasangan primer 27F dan 1429R dilakukan terhadap isolat-isolat positif B. glumae yaitu BCI11 asal varietas Pandan Wangi Cianjur, BKL14 asal varietas IR-64 Klaten, dan BGE24 asal varietas Hibrida 2 Gresik. Isolat BCI11, BKL14 dan BGE24 menunjukkan homologi berturut-turut sebesar 97%, 85%, dan 65% dengan isolat B. glumae yang tersedia dalam pangkalan data GenBank berdasarkan uji BLAST sikuen nukleotida gen 16S rRNA. Secara filogenetika, isolat BCI11 dan BKL11 berada di dalam kelompok yang sama dengan isolat B.glumae dari negara lain yaitu Thailand, Jepang, Cina, Timor Timur, Korea Selatan, India, Amerika Selatan, dan Panama.
Keyword: Analisis nukleotida, busuk bulir, filogenetika, patogen terbawa benih, PCR-sekuensing

Judul: Penyakit Busuk Bulir Bakteri (Burkholderia glumae) Terbawa Benih Padi Berbagai Varietas dan Konfirmasinya dengan PCR
Abstrak: Penyakit busuk bulir bakteri (Burkholderia glumae) statusnya menjadi penting dalam beberapa tahun terakhir di berbagai negara termasuk Indonesia. Peningkatan intensitas penyakit diduga akibat perubahan ketahanan tanaman dan ras patogen yang berkaitan dengan perubahan iklim global dan peningkatan aktivitas importasi benih padi. Informasi mengenai penyakit ini di Indonesia masih terbatas. Penelitian ini bertujuan mempelajari gejala dan infeksi B. glumae pada benih padi berbagai varietas dari Pulau Jawa dan konfirmasi dengan polymerase chain reaction (PCR). Sampel benih padi terdiri atas 25 varietas baik unggul, lokal, maupun hibrida impor diperoleh dari berbagai lokasi di Pulau Jawa. Sampel benih acak diambil untuk menentukan insidensi penyakit dan terpilih berdasarkan adanya gejala pada permukaan bulir. Umur benih, tingkat perkecambahan biji, dan insidensi penyakit berdasarkan gejala pada permukaan benih dari masing-masing varietas cukup bervariasi. Penurunan tingkat perkecambahan benih tidak dipengaruhi oleh tingginya insidensi penyakit maupun usia benih saat pengujian. B. glumae positif terdeteksi pada sebagian besar sampel benih padi varietas unggul dan lokal dengan PCR, tetapi tidak terdeteksi pada benih padi hibrida. Jenis-jenis gejala busuk pada permukaan bulir bervariasi dari ringan hingga berat. Hampir semua jenis gejala pada permukaan benih juga berasosiasi positif dengan B. glumae melalui konfirmasi PCR. Patogen juga terdeteksi dalam biji padi tanpa gejala dengan PCR. Biji bergejala busuk menyebabkan penurunan daya kecambah berkisar 1-55%, penurunan pertumbuhan bibit 3-41%, dan penghambatan panjang akar berkisar 5-63%. Benih tanpa gejala dapat menghasilkan tanaman bergejala dan tanpa gejala. Benih dan bibit tanpa gejala dan bergejala juga terbukti berasosiasi dengan B. glumae melalui konfirmasi PCR.
Keyword: Benih tidak bergejala, deteksi molekuler, padi hibrida impor, terbawa benih, varietas lokal, varietas unggul

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: