Judul: Deteksi dan Identifikasi Cucurbit aphid-borne yellows polerovirus (CABYV) pada Cucurbitaceae di Jawa
Abstrak: Cucurbitaceae merupakan salah satu komoditas penting di berbagai dunia. Namun, banyak faktor yang membatasi produksinya, seperti infeksi virus. Tujuan penelitian ini adalah mendeteksi dan mengidentifikasi Cucurbit aphid-borne yellows polerovirus (CABYV) pada Cucurbitaceae di Jawa. Gejala yang mengindikasikan adanya infeksi Polerovirus berupa daun menguning dibatasi pertulangan daun yang berwarna hijau dan ukuran daun tua tidak berubah. Total daun bergejala sekitar 600 sampel dikoleksi dari Jawa Barat (Subang dan Bogor), Jawa Tengah (Brebes, Purworejo, dan Kulonprogo), dan Jawa Timur (Nganjuk, Kediri, dan Tulungagung). Frekuensi infeksi virus-virus yang terdapat pada sampel bergejala ditentukan melalui metode Dot immunobinding assay (DIBA) dengan menggunakan 6 antiserum spesifik. Deteksi asam nukleat menggunakan metode Reverse-Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) dan perunutan DNA menggunakan primer spesifik CABYV. Hasil DIBA menunjukkan sampel yang diuji memberikan hasil positif terhadap Cucurbit aphid-borne yellows virus (CABYV) dengan frekuensi berkisar 22.67-83.33%, Cucumber mosaic virus (CMV) berkisar 2-88.89%, Papaya ringspot virus (PRSV) berkisar 0-87.5%, Tobacco mosaic virus (TMV) berkisar 0-89.6%, Squash mosaic virus (SqMV) berkisar 0-39.7%, dan Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) berkisar 3.9-61.11%. RT-PCR berhasil mengamplifikasi DNA berukuran ± 489 pb dan terkonfirmasi sebagai CABYV pada melon asal Nganjuk dan peria asal Bogor. CABYV isolat melon memiliki homologi tertinggi sebesar 100% dengan isolat mentimun asal Tulungagung, sedangkan isolat peria memiliki homologi tertinggi sebesar 96% dengan isolat melon asal Perancis dan labu asal Spanyol. Tulisan ini merupakan laporan pertama mengenai infeksi CABYV pada melon dan peria di Jawa.
Keyword: CABYV, Cucurbitaceae, Indonesia, Polerovirus

Judul: Deteksi Virus Pada Pertanaman Mentimun (Cucumis Sativus L.) Di Tiga Kabupaten Bogor, Karawang, Dan Subang, Jawa Barat
Abstrak: Penyakit virus banyak ditemukan pada pertanaman mentimun di Jawa Barat. Namun sulit membedakan spesies virus penyebab penyakit berdasarkan pengamatan gejala. Penelitian ini bertujuan untuk memperbaharui informasi data virus yang menginfeksi tanaman mentimun di Kabupaten Bogor, Karawang, dan Subang, provinsi Jawa Barat. Sampel daun mentimun diambil dari tanaman bergejala sebanyak 50 sampel tiap lokasi. Insidensi penyakit virus ditentukan secara serologi dengan metode dot blot immunobinding assay (DIBA) menggunakan antiserum Cucurbit aphid yellow borne virus (CABYV), Cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV), Cucumber mosaic virus (CMV), Papaya ringspot virus (PRSV), Squash mosaic virus (SqMV), Watermelon mosaic virus (WMV), dan Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV). Deteksi asam nukleat dengan reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR/PCR) dilakukan terhadap virus baru yang dominan ditemukan dan yang tidak terdeteksi serologi. Gejala yang ditemukan pada daun mentimun berupa mosaik, klorosis, keriting, dan penebalan tulang daun. Hasil deteksi menunjukkan insidensi penyakit oleh CABYV, CGMMV, CMV, PRSV, SqMV, WMV, dan ZYMV di Bogor berturut-turut adalah 100%, 86%, 98%, 0%, 8%, 32%, dan 6%, di Karawang 100%, 98%, 100%, 14%, 72%, 68%, dan 64%, dan di Subang 100%, 88%, 86%, 2%, 8%, 60%, dan 46%. CABYV, CGMMV, dan CMV merupakan virus yang dominan terdeteksi di tiga kabupaten dan PRSV hanya terdeteksi pada sampel asal Karawang dan Subang. RT-PCR menggunakan primer spesifik PRSV, primer universal Polerovirus dan Begomovirus berhasil mengamplifikasi gen protein selubung PRSV asal Karawang berukuran ~ 470 pb dan Polerovirus asal Subang berukuran ~ 450 pb, dan Begomovirus berukuran ~ 900 pb. WMV dan CGMMV perlu deteksi lebih lanjut menggunakan primer spesifik untuk konfirmasi hasil deteksi serologi. Polerovirus dan CGMMV merupakan virus yang baru ditemukan pada mentimun di Jawa Barat.
Keyword: Begomovirus, CGMMV, mentimun, Polerovirus, PRSV

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: