Judul: Identifikasi Nematoda Puru Akar Pada Tanaman Padi Di Jawa Barat Dan Pengendaliannya Dengan Bakteri Endofit.
Abstrak: Nematoda puru akar (NPA), Meloidogyne sp. adalah salah satu patogen penting pada tanaman padi di beberapa wilayah di dunia. Informasi mengenai NPA pada tanaman padi di Indonesia, khususnya di Jawa Barat sangat penting mengingat posisinya sebagai salah satu sentra produksi padi nasional. Tujuan dari penelitian ini adalah mengidentifikasi nematoda puru akar pada tanaman padi di beberapa daerah di Jawa Barat secara morfologi dan molekuler dan menguji peranan bakteri endofit dalam mengendalikan NPA pada tanaman padi. Identifikasi Meloidogyne sp. terdiri atas pengamatan dan pengambilan sampel di lapangan, identifikasi morfologi mencakup pengukuran morfometrik dan pengamatan pola perineal, dan identifikasi molekuler mencakup analisis runutan untuk menentukan kesamaan susunan nukleotida dan pembuatan pohon filogenetik. Pengujian pengaruh bakteri endofit meliputi uji kultur filtrat bakteri endofit terhadap mortalitas larva instar 2 Meloidogyne secara in vitro dan efikasi bakteri endofit untuk mengendalikan puru akar pada tanaman padi di rumah kaca. Gejala penyakit yang disebabkan oleh Meloidogyne sp. pada tanaman padi terlihat pada bagian akar terbentuk puru dan bagian permukaan atas tanah pertumbuhan tanaman terhambat. Hasil pengamatan di lapangan menunjukkan bahwa NPA ditemukan menginfeksi tanaman padi di beberapa daerah di wilayah Jawa Barat yaitu di Bogor, Cirebon dan Sukabumi. Hasil pewarnaan nematoda membuktikan bahwa semua stadia perkembangan NPA yang meliputi telur, larva instar 2, 3, 4, betina dewasa dan jantan dewasa ditemukan pada jaringan akar padi yang terinfeksi. Hasil pengukuran morfometrik terhadap panjang tubuh, panjang stilet, lebar badan maksimum, dan panjang ekor larva instar 2 maupun identifikasi morfologi terhadap pola perineal betina dewasa, maka disimpulkan bahwa Meloidogyne sp. yang ditemukan pada tanaman padi di tiga daerah tersebut adalah M. graminicola. Metode PCR dengan menggunakan primer rDNA2 dan rDNA1.58s berhasil mengamplifikasi DNA nematoda puru akar asal Bogor, Cirebon, Sukabumi, dan Yogyakarta. Sampel NPA asal Yogyakarta digunakan sebagai konfirmasi ulang adanya M. graminicola pada padi yang pertama kali dilaporkan di Indonesia pada tahun 1993. Fragmen DNA hasil amplifikasi berukuran ±450 pb yang kemudian dilakukan analisis sekuens DNA. Hasil identifikasi molekuler menunjukkan bahwa NPA asal Jawa Barat dan Yogyakarta merupakan spesies M. graminicola. Tingkat kesamaan M. graminicola asal Jawa Barat dan Yogyakarta mencapai 99.5 sampai 100% dengan spesies M. graminicola asal Cina, India, Nepal, Bangladesh, dan Vietnam. Berdasarkan pohon filogenetik M. graminicola asal Cirebon, Sukabumi, dan Yogyakarta berada dalam satu kelompok dengan Cina, India, Nepal, Bangladesh, dan Vietnam, sedangkan M. graminicola asal Bogor berada di luar kelompok tetapi masih dekat kekerabatannya. Setelah dilakukan pensejajaran, perbedaan runutan nukleotida M. graminicola asal Bogor dengan yang lainnya terletak pada urutan basa 81 yaitu guanina dan yang lainnya adalah timina. vi Lima isolat bakteri endofit asal tanaman padi, yaitu isolat Si33, Si2, Sp24, GH1, dan G053 diuji untuk melihat pengaruhnya terhadap NPA pada tanaman padi. Uji in vitro kultur filtrat bakteri endofit terbukti efektif meningkatkan persentase mortalitas larva instar 2 M. graminicola mencapai 99.35 hingga 100 %. Isolat bakteri endofit juga mampu menekan jumlah puru akar pada tanaman padi dengan kisaran 42.75-49.25% pada percobaan di rumah kaca. Hasil penelitian ini mengindikasikan bahwa isolat bakteri endofit yang digunakan dalam penelitian ini mempunyai potensi sebagai agens biokontrol untuk mengendalikan M. graminicola pada tanaman padi.
Keyword: Morfologi, molekuler, filogenetik, in vitro, rumah kaca

Judul: Nematoda Puru Akar Pada Ubi Jalar (Ipomoea Batatas L.) Dan Potensi Bakteri Probiotik Tanaman Sebagai Agens Biokontrol : Studi Kasus Di Papua Barat
Abstrak: Ubi jalar merupakan salah satu komoditas unggulan di Provinsi Papua Barat. Komoditas ini menjadi makanan pokok bagi sebagian besar penduduk asli Papua Barat. Survei awal yang dilakukan antara April-September 2014 mengamati penurunan kualitas dan kuantitas ubi jalar. Berdasarkan gejala di lapangan, penurunan kualitas hasil disebabkan oleh infeksi nematoda puru akar. Nematoda puru akar (Meloidogyne spp.) dikenal sebagai patogen tanaman penting termasuk ubi jalar. Nematoda puru akar pada ubi jalar belum dilaporkan di Indonesia, khususnya Papua dan Papua Barat. Oleh karena itu, penelitian tentang nematoda puru akar yang berasosiasi dengan ubi jalar penting untuk pengelolaan penyakit ini dengan benar di lapangan. Identifikasi nematoda yang tidak tepat menyebabkan metode pengendalian yang tidak sesuai misalnya aplikasi pestisida sintetis. Pendekatan yang berbeda dalam pengelolaan nematoda puru akar telah dikembangkan di lapangan untuk memfasilitasi penggunaan berbagai mikroorganisme sebagai agens biokontrol yang ramah lingkungan. Bakteri probiotik memiliki potensi yang menjanjikan sebagai agens biokontrol yang dapat dikembangkan. Penelitian lebih lanjut termasuk eksplorasi dan pengujian karakteristik fisiologi bakteri probiotik diperlukan untuk menentukan mekanisme bakteri probiotik mengendalikan nematoda puru akar. Penelitian ini bertujuan untuk mengindentifikasi nematoda puru akar pada ubi jalar di Papua Barat, mendapatkan bakteri probiotik dari ubi jalar yang memiliki potensi tinggi sebagai agens biokontrol dan menganalisis mekanisme pengendalian bakteri probiotik terhadap nematoda puru akar. Tanaman terinfeksi nematoda puru akar menunjukkan berbagai gejala antara lain ubi tidak sepenuhnya berkembang atau berubah menjadi akar yang keras, dan tumbuh akar di permukaan ubi. Pembedahan akar dan teknik pewarnaan dengan asam fuchsin ditemukan betina dewasa dan kelompok telur Meloidogyne spp. di dalam akar terinfeksi. Identifikasi morfologi berdasarkan karakteristik pola perineal betina ditemukan dua spesies Meloidogyne yaitu M. incognita dan M. javanica. Analisis molekuler menggunakan primer spesifik M. incognita dan M. javanica menunjukkan bahwa Meloidogyne asal Papua Barat memiliki homologi yang tinggi dengan spesies serupa dari Malino (Indonesia), India, Malaysia dan Cina. Sebanyak 204 isolat bakteri probiotik berhasil diisolasi dari tanaman ubi jalar dari Papua Barat, yang terdiri dari 81 isolat bakteri endofit dan 123 bakteri rizosfer. Berdasarkan uji respon reaksi hipersensitif , 75 isolat bakteri rizosfer dan 28 isolat bakteri endofit berpotensi patogenik tanaman. Selain itu 46 isolat berpotensi patogenik terhadap mamalia berdasarkan uji pada media Agar darah. Oleh karena itu ada 46 isolat yang memenuhi kriteria untuk menjadi agens biokontrol dan digunakan pada penelitian lebih lanjut. Uji antagonisme 46 isolat terpilih terhadap juvenil 2 Meloidogyne spp. menunjukkan 25 isolat bakteri menyebabkan kematian nematoda 81.25 sampai 100%. Karakterisasi morfologi, pewarnaan gram dan karakterisasi fisiologi dilakukan terhadap 25 isolat bakteri potensial. Semua sel bakteri berbentuk batang, 19 isolat Gram negatif dan 6 isolat Gram positif. Kemampuan bakteri untuk membunuh nematoda dievaluasi berdasarkan kemampuan menghasilkan hidrogen sianida (HCN) serta enzim lipase, kitinase, dan protease. Tidak ada isolat bakteri yang menghasilkan HCN, 22 isolat menghasilkan lipase, 21 isolat menghasilkan protease, dan 3 isolat menghasilkan kitinase. Karakterisasi fisiologi selanjutnya untuk mengevaluasi potensi bakteri dalam memacu pertumbuhan tanaman, termasuk kemampuan untuk menfiksasi nitrogen, menghasilkan hormon pertumbuhan IAA dan melarutkan fosfat. Semua isolat bakteri mampu menfiksasi nitrogen dan menghasilkan IAA dan 19 isolat dapat melarutkan fosfat. Identifikasi molekuler terhadap 25 isolat bakteri menggunakan primer universal 63-F/1387-R diperoleh bakteri
Keyword: Endofit, fitohormon, Meloidogyne sp., rizosfer.

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: