Judul: The study of the Molecular Docking of Escherichia coli K-12 Elements as a Biosensor Application for Detecting the Explosive 2,4,6-Trinitrotoluene
Abstrak: Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan mekanisme interaksi protein dari E. coli yaitu yadG dan aspC dengan senyawa TNT dan senyawa lainnya yang dapat diaplikasikan untuk mengembangkan sebuah biosensor. TNT adalah senyawa yang sangat berbahaya dan sering digunakan sebagai bahan peledak. Deteksi TNT dengan cepat dan akurat penting untuk keamanan publik dan lingkungan. Penelitian ini menggunakan metode penambatan molekul untuk memprediksi interaksi antara senyawa TNT dengan reseptor yadG dan aspC. Analisis binding energy menunjukkan bahwa interaksi antara reseptor yadG dan ligan TNT memiliki afinitas yang tinggi dan stabil. Hal ini menandakan potensi yang baik untuk penggunaan sebagai elemen promotor dalam pembuatan biosensor dengan sensitivitas tinggi terhadap TNT. Dibandingkan dengan reseptor aspC, yadG memiliki kinerja yang lebih baik dalam mendeteksi TNT., This research aims to elucidate the protein interaction mechanisms of E. coli, namely yadG and aspC, with TNT and other compounds, which can be applied to develop a biosensor. TNT is a highly hazardous compound often used as an explosive material. Rapid and accurate detection of TNT is crucial for public safety and environmental protection. This research utilized molecular docking method to predict the interaction between TNT compound and yadG and aspC receptors. Analysis of binding energy indicated that the interaction between yadG receptor and TNT ligand exhibited high and stable affinity. This signifies its potential for utilization as a promoter element in biosensor development with high sensitivity towards TNT. In comparison to the aspC receptor, yadG demonstrated superior performance in TNT detection.
Keyword: TNT, Molecular Docking, Escherichia coli

Judul: Penapisan Mikrob sebagai Bioreseptor Biosensor Senyawa Polycyclic Aromatic Hydrocarbons Cemaran Minyak Ekosistem Hutan Mangrove.
Abstrak: Pencemaran minyak pada ekosistem hutan mangrove berpotensi mematikan tanaman mangrove melalui mekanisme gangguan ekskresi garam-garam. Matinya individu tanaman mangrove ini dapat mendegradasi kualitas dan kuantitas ekosistem hutan mangrove dalam jangka panjang. Pada tingkat pencemaran berat, keberadaan minyak dapat lebih mudah diketahui. Namun, pada tingkat pencemaran subletal, cemaran minyak ini tidak mudah teramati. Proses identifikasi pencemaran senyawaan hidrokarbon ini dapat dilakukan dengan metode konvensional. Namun, proses analisis ini membutuhkan waktu yang lebih lama, penggunaan solven organik yang signifikan, dan pengukuran secara ex situ. Perkembangan teknik deteksi yang mengakomodasi konsep-konsep green analytical chemistry (GAC) telah banyak dikembangkan. Dalam konsep ini, pengukuran analit tersebut diupayakan agar hemat energi maupun minimalisasi penggunaan solven. Salah satu teknik yang berpotensi dikembangkan adalah biosensor. Oleh sebab itu, dalam penelitian ini akan dikembangkan model teknik pengukuran biosensor yang mampu mendeteksi kontaminan hidrokarbon secara in situ dengan sel-sel bakteri sebagai bioreseptor. Dalam penelitian ini, dikhususkan untuk menapis bakteri yang mampu merespons senyawaan hidrokarbon BTX, naftalena, dan antrasena khususnya; serta pendekatan pengukuran secara elektrokimia. Dari hasil penelitian yang telah dilakukan, telah ditemukan spesies bakteri yang berpotensi sebagai agen bioreseptor PAHs (Polycyclic aromatic hydrocarbons) dan BTX (benzene-toluene-xylene). Spesies bakteri tersebut adalah Pseudomonas aeruginosa dan Streptococcus sciuri, yang diisolasi dari cemaran minyak. Kedua isolat tersebut secara positif mampu membentuk biofilm, dan mendegradasi senyawa naftalena dan antrasena. Kedua isolat bakteri tersebut juga memiliki respon elektrokimia yang kuat untuk sampel benzena, toluena, xilena, dan premium berupa arus puncak (50-100 μA) pada tegangan 0.30-0.40 V. Sementara itu, naftalena-benzena dan antrasena-benzena memberikan arus yang lebih rendah (5-15 μA) pada tegangan (0.05-0.10 V). Dari hasil profil elektrokimia tersebut maka, mikrob tersebut berpotensi digunakan sebagai bioreseptor untuk pengukuran senyawaan hidrofobik secara elektrokimia. Kajian penguatan sistem imobilisasi, bioreseptor multi-spesies, dan validasi diperlukan untuk meningkatkan kinerja biosensor ini.
Keyword: elektrokimia, senyawa hidrokarbon, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus sciuri

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: