Judul: Asosiasi Polimorfisme Gen KCNJ11 dan ABCC8 dengan Diabetes Mellitus Tipe 2 pada Populasi Masyarakat Bali
Abstrak: Diabetes mellitus Tipe 2 (DMT2) merupakan penyakit yang disebabkan oleh banyak faktor. Kombinasi faktor genetik, kurangnya aktivitas fisik dan asupan nutrisi yang berlebih merupakan penyebab utama timbulnya penyakit ini. Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) seperti SNP E23K pada gen KCNJ11 dan SNP A1369S pada gen ABCC8 diketahui dapat meningkatkan resiko DMT2. Kedua gen tersebut memiliki fungsi yang komplementer dalam membentuk KATP channel yang berperan penting dalam mekanisme sekresi insulin. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis prevalensi penyakit DMT2 di Bali dan asosiasinya dengan keberadaan SNP E23K dan A1369S. Analisis terhadap 184 sampel dari empat desa di Bali (Nusa Ceningan, Legian, Penglipuran dan Pedawa) dilakukan dengan metode potong lintang (cross sectional), kemudian sampel dipilih dengan mencocokkan jenis kelamin dan usianya (matched). Analisis asosiasi antara konsentrasi gula darah puasa (Fasting Plasma Glucose; FPG), letak geografis dan genetik telah dilakukan. Metode yang digunakan untuk mendeteksi keberadaan SNP adalah Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphisms (PCR-RFLP). Prevalensi DMT2 pada total populasi terpilih di Bali adalah 4,3%, sedangkan prevalensi hiperglikemia sedang adalah 10,9%. Berdasarkan tingginya prevalensi hiperglikemia sedang, dapat diperkirakan bahwa prevalensi DMT2 di Bali akan meningkat dua kali lipat dalam kurun waktu 10-15 tahun mendatang. Prevalensi hiperglikemia sedang berasosiasi dengan kelompok usia 51-65 tahun dengan frekuensi 25% (p=0,007). Prevalensi DMT2 tidak berasosiasi dengan jenis kelamin (p=0,607). Walaupun tidak signifikan, populasi yang terletak di daerah pesisir pantai (Nusa Ceningan dan Legian) cenderung memiliki konsentrasi FPG yang relatif lebih beragam (96,0±29,4 mg/dL) dibandingkan populasi yang terletak di dataran tinggi (Penglipuran dan Pedawa)(98,2±13,8 mg/dL). Pada penelitian ini, nilai MAF SNP E23K (26,3%) mirip dengan MAF SNP A1369S (26,9%). Polimorfisme E23K dan A1369S beserta kombinasi haplotipe yang terbentuk dari kedua SNPs tersebut tidak menunjukkan asosiasi yang signifikan dengan DMT2 pada populasi total yang dianalisis.
Keyword: 

Judul: Asosiasi Single Nucleotide Polymorphism dan Fenotipe pada Penyakit Diabetes Mellitus Tipe 2 Menggunakan Algoritme Genetika dan CatBoost
Abstrak: Karakteristik biologis yang unik pada precision medicine didapat dari beberapa data omics antara lain pharmacogenomics. Data pharmacogenomics dapat membantu proses diagnosis dan pengobatan pasien yang memiliki suatu penyakit yang kompleks dengan memilih obat dan dosis yang tepat. Salah satu contoh penyakit kompleks adalah Diabetes Mellitus Tipe 2 (T2DM). Berlimpahnya ketersediaan data seperti data single nucleotide polymorphism (SNP) yang dapat digunakan sebagai biomarker untuk melakukan suatu penelitian dengan data fenotipe. Penelitian ini melakukan asosiasi SNP dan fenotipe pada penyakit T2DM menggunakan algoritme genetika dan CatBoost. Terdapat dua hasil seleksi dari tiga percobaan yang dilakukan. Salah satu hasilnya adalah pada percobaan ketiga ada sebanyak 4 SNP dengan nilai MSE 0.06335. Dari hasil seleksi tersebut terdapat kandidat protein ABCC8, AFF3, CAP2, FAF1. AFF3 dan CAP2 tidak memiliki asosiasi dengan penyakit T2DM berdasarkan informasi MGI dan studi literatur. AFF3 berasosiasi dengan T1DM dan CAP2 memiliki asosiasi dengan penyakit lain yang beresiko menyebabkan penyakit T2DM seperti kelainan pada adiposit.
Keyword: catboost, diabetes mellitus tipe 2, fenotipe, precision medicine, single nucleotide polymorphism

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: