Judul: Desain Marka Sgrna-Knockout CRISPR/Cas9 In Silico Gen Laktat Dehidrogenase Clostridium thermocellum Untuk Meningkatkan Produksi Biohidrogen
Abstrak: Fermentasi gelap merupakan metode yang dapat digunakan untuk memproduksi hidrogen dari limbah biomassa menggunakan mikroba anaerobik. Selama proses fermentasi dihasilkan beberapa produk samping salah satunya yaitu asam laktat. Asam laktat merupakan asam organik yang pembentukannya dikatalis oleh L – laktat dehidrogenase (LDH). LDH pada tingkat gen diekspresikan oleh ldh. Keberadaan asam laktat dalam konsentrasi tinggi diduga dapat menghambat proses fermentasi dan mengurangi jumlah produksi hidrogen. Penelitian ini bertujuan mendesain RNA pemandu (sgRNA) untuk menghambat pembentukan asam laktat dengan melumpuhan gen ldh melalui rekayasa genom CRISPR/Cas9. Metode ini diawali dengan mendesain sgRNA berdasarkan coding sequence (CDS) menggunakan alat desain Geneious serta dievaluasi efiseinsinya. Selanjutnya, sgRNA dikontruksi ke plasmid menggunakan Benchling. sgRNA hasil desain yang diperoleh yaitu 5'AAGATAACGGAACCTGGCTG3' (20nt) dengan PAM 5’TGTCCAAA3’ (8nt). Sekuen sgRNA memiliki nilai off – target MIT dan CFD 100,jumlah GC 50% dan membentuk kodon stop pada sekeun target., Dark fermentation is a method that can use to produce hydrogen from waste biomass using anaerobic microbes. During the fermentation, several byproducts are produced, lactic acid is one of which. Lactic acid is an organic acid whose formation is catalyzed by L – lactic dehydrogenase (LDH). LDH on gene-level expressed by ldh. A high concentration of lactic acid is thought to inhibit fermentation and reduce the amount of hydrogen. This study aims to design a guide RNA (sgRNA) to inhibit the formation of lactic acid by inactivating ldh through CRISPR/Cas9. This method begins with designing the sgRNA using the Geneious design tool and evaluating its efficiency. Next, sgRNA constructs to plasmid using Benchling. The design sgRNA obtained is 5'AAGATAACGGAACCTGGCTG3' (20nt) with PAM 5'TGTCCAAA3' (8nt). The sgRNA sequence has an off-target value of MIT and CFD of 100, the number of GC is 50%, and forms a stop codon on the target sequence.
Keyword: CRISPR/Cas9, design tool, L-lactate dehydrogenase, sgRNA

Judul: Genome Shuffling Lactobacillus rhamnosus dan Lactobacillus pentosus sebagai Fusant Penghasil L-Lactic Acid
Abstrak: Asam laktat terutama isomer L-lactic acid merupakan salah satu bahan tambahan pangan yang cukup luas penggunaannya, yakni sebagai perisa, pengatur keasaman dan penyusun plastik polylactic acid. Asam laktat umumnya diproduksi secara fermentasi menggunakan bakteri asam laktat. Limbah industri pangan yang mengandung hemiselulosa masih cukup melimpah sementara pemanfaatannya belum optimal. Salah satu gula hasil hidrolisis hemiselulosa adalah gula xilosa. Xilosa dapat dimanfaatkan bakteri asam laktat (BAL) seperti Lactobacillus pentosus untuk menghasilkan asam laktat. Kelemahan bakteri ini adalah asam laktat yang dihasilkan masih berupa campuran L- dan D-lactic acid. Oleh karena itu diperlukan perbaikan sifat genetik supaya asam laktat yang dihasilkan hanya L-lactic acid yakni dengan cara genome shuffling Lactobacillus pentosus dengan Lactobacillus rhamnosus. Hasil yang diharapkan dari penggabungan keduanya adalah strain baru yang mampu menggunakan xilosa sebagai subtrat dan menghasilkan produk utama berupa Llactic acid. Keunggulan genome shuffling dibandingkan rekayasa genetika secara konvensional adalah pengerjaan lebih sederhana, waktu yang dibutuhkan relatif lebih singkat serta tidak memerlukan peta genetik bakteri secara lengkap. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh waktu inkubasi optimal pembentukan protoplas Lactobacillus rhamnosus dan Lactobacillus pentosus serta memperoleh strain bakteri asam laktat (fusant antara Lactobacillus rhamnosus dan Lactobacillus pentosus) yang mampu menggunakan xilosa sebagai substrat dan mampu memproduksi L-lactic acid dengan menggunakan teknik genome shuffling. Penelitian terdiri dari penentuan waktu optimal pembentukan protoplas dan genome shuffling. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kondisi optimal pembentukan protoplas L. rhamnosus adalah dengan menggunakan konsentrasi lisozim 10 mg/ml ( 200 000 U/ml) waktu inkubasi selama 2 jam sedangkan untuk L. pentosus dengan konsentrasi lisozim > 5 mg/ml (100 000 U/ml) dan waktu inkubasi 2 jam. Pada penelitian ini telah berhasil diperoleh 16 fusant yang mampu menggunakan xilosa untuk dikonversi menjadi L-lactic acid.
Keyword: 

Judul: Kondisi Meteo-Oseanografi di Perairan Teluk Bintuni pada Januari-April dan Oktober-Desember 2000
Abstrak: Perilaku meteo-oseanografi berfluktuasi seiring dengan perkembangan musim dan efek lokal. Penelitian ini mempelajari perilaku meteo-oseanografi, yakni suhu udara, angin, suhu-laut, salinitas, densitas serta arus dan tinggi paras laut (pasut) selama dua periode
Keyword: