Judul: Metode Spectral Alignment Berbasis Fuzzy Untuk Pengoreksian Sequence Dna Dari Next Generation Sequencer
Abstrak: sequencing menjadi Next Generation Sequencing (NGS). Teknologi ini menghasilkan short read dalam jumlah yang banyak dan membutuhkan waktu yang relatif singkat dalam sekali menjalankan program. Teknologi yang digunakan saat ini masih menghasilkan kesalahan atau error dalam proses pembacaan urutan sekuen DNA. Kesalahan pembacaan urutan sekuen DNA dapat mengakibatkan akurasi data yang rendah dan menambah waktu pada saat proses DNA sequence assembly. Permasalahan ini dapat diatasi dengan melakukan pendeteksian dan pengoreksian DNA sequencing error. Metode untuk mendeteksi dan mengoreksi DNA sequencing error menggunakan metode spectral alignment. Metode tersebut hanya menggunakan aspek frekuensi kemunculan tuple (multiplicity). Penelitian lain untuk mendeteksi dan mengoreksi DNA sequencing error menggunakan model statistika dengan melihat aspek kualitas basa. Dalam penelitian ini akan menggabungkan aspek multiplicity dan kualitas basa. Kemudian muncul permasalahan bagaimana menentukan batas multiplicity dan kualitas tuple yang tidak mengandung error. Fuzzy inference system (FIS) dipilih karena dapat mengatasi permasalahan ini. FIS digunakan untuk mengklasifikasikan sebuah tuple masuk ke dalam solid atau weak tuples. Metode spectral alignment berbasis fuzzy diimplementasikan sebagai tahap preprocessing sebelum proses DNA sequence assembly. Keberhasilan proses pendeteksian dan pengoreksian DNA sequencing error dilihat dari aspek perhitungan jumlah nodes. Perhitungan jumlah nodes dihasilkan oleh Velvet assembler. Untuk memastikan akurasi data set yang telah dikoreksi maka akan dilakukan proses evaluasi. Evaluasi dilakukan dengan melihat kualitas contigs dan perhitungan similarity antara data set yang telah dikoreksi dengan data reference. Data reference diperoleh dari National Center for Biotechnology Information (NCBI). Tool yang digunakan untuk menghitung similarity menggunakan Basic Local Alignment Search (BLAST). Penelitian ini berhasil mendapatkan model fuzzy inference system (FIS) yang sesuai untuk mengklasifikasikan tuple ke dalam solid atau weak tuple yang menjadi inputan untuk metode spectral alignment sebagai tahapan preprocessing. Data set yang dikoreksi menggunakan metode spectral alignment berbasis fuzzy menghasilkan jumlah nodes yang lebih sedikit dibandingkan dengan data set yang belum dikoreksi (uncorrected read) dan data set yang hanya dikoreksi menggunakan metode spectral alignment dengan mempertahankan akurasi data dan kualitas contigs. Ini menunjukkan bahwa pendeteksian dan pengoreksian DNA sequencing error menggunakan menggunakan metode spectral alignment berbasis fuzzy dapat menyederhanakan graf dibandingkan dengan hanya menggunakan metode spectral alignment.
Keyword: DNA sequencing error, fuzzy inference system, next generation sequencing, metode spectral alignment, velvet

Judul: Modifikasi Pembentukan Spectrum pada Metode Spectral Alignment untuk Pengoreksian DNA Sequencing Error
Abstrak: Graph based DNA sequence assembly is actually used to generate contigs form reads produced by second generation sequencer. However, graph based DNA sequence assembly is very sensitive against sequencing error. The existence of sequencing errors will increase the complexity of graph. Meanwhile, every process of sequencing always produce sequencing errors. This research aims to improve the performance of DNA sequencing error correction based on the spectral alignment by implementing a statistical approach. This approach generate the spectrum of solid tuple by choosing tuples that belong to the highest 75% of the tuple occurencies distribution. Reads containing sequencing errors are corrected using tuple references that belong to the solid tuple spectrum. Evaluation is conducted using Velvet, a DNA assembly software. The results show that our approach can reduce the complexity of graph produced by the previous approach up to 45%.
Keyword: Bogor Agricultural University (IPB), statistical approach, DNA sequence assembly, spectral alignment, DNA sequencing error

Judul: Analisis Tapak Air Konsumsi Kopi di Indonesia tahun 2014 (Studi kasus: 33 Provinsi).
Abstrak: Konsumsi kopi erat kaitannya dengan penggunaan sumber daya air baik secara langsung maupun tidak langsung. Air tersebut diperlukan dalam jumlah yang besar untuk pertumbuhan, produksi hasil, dan proses pengolahan selanjutnya. Penelitian ini bertujuan untuk menduga jumlah air maya kopi dan menganalisis tapak air konsumsi kopi penduduk Indonesia per provinsi. Air maya kopi adalah total volume air yang digunakan untuk memproduksi kopi per satuan berat. Tapak air konsumsi kopi merupakan total volume air yang digunakan secara tidak langsung oleh penduduk suatu wilayah untuk mengonsumsi kopi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa nilai air maya kopi berkisar antara 7 – 143 m3/kg, dengan nilai rata-rata sebesar 20 m3/kg. Provinsi Banten memiliki tapak air konsumsi kopi per kapita tertinggi sebesar 12.85 m3/kapita/tahun dengan tingkat konsumsi 0.63 kg/kapita/tahun. Provinsi Maluku memiliki tapak air konsumsi kopi per kapita terrendah sebesar 3.96 m3/kapita/tahun dengan tingkat konsumsi 0.19 kg/kapita/tahun. Jawa Timur memiliki tapak air konsumsi kopi provinsi tertinggi sebesar 323 juta m3/tahun dengan jumlah penduduk 39 juta jiwa. Papua Barat memiliki tapak air konsumsi kopi provinsi terrendah sebesar 5 juta m3/tahun dengan jumlah penduduk 1 juta jiwa.
Keyword: air irigasi, air lingkungan, air maya, air tercemar, kopi, tapak air