Judul: Salah satu kendala dalam budidaya anggrek Phalaenopsis di daerah tropis adalah rendahnya ketahanan terhadap penyakit busuk lunak. Penyakit ini disebabkan oleh bakteri patogen Dickeya dadantii. Penggunaan varietas tahan atau resisten merupakan salah satu alternatif pengendalian yang dapat diandalkan dan merupakan salah satu solusi yang tepat untuk mengatasi kendala tersebut. Varietas tahan dapat diperoleh melalui evaluasi dan seleksi ketahanan tanaman dengan menginokulasikan penyakit, namun seleksi ketahanan bukan sesuatu hal yang mudah dilakukan karena terkait dengan penyebaran dan penularan penyakit serta membutuhkan waktu yang lama dalam seleksi. Cara yang digunakan untuk mengatasinya adalah penggunaan marka molekuler, yang dapat mempersingkat waktu seleksi dalam memperoleh tanaman yang resisten. Serangkaian kegiatan penelitian dilakukan untuk mengembangkan metode evaluasi respon ketahanan anggrek Phalaenopsis terhadap infeksi bakteri D. dadantii, mengevaluasi respon ketahanan genotipe anggrek Phalaenopsis terhadap infeksi D. dadantii, mengisolasi dan mengkarakterisasi gen Pto asal 20 genotipe anggrek Phalaenopsis, dan mengembangkan marka SNAP (Single Nucleotide Amplified Polymorphism) pada 32 genotipe anggrek Phalaenopsis berbasis gen Pto.
Abstrak: Salah satu kendala dalam budidaya anggrek Phalaenopsis di daerah tropis adalah rendahnya ketahanan terhadap penyakit busuk lunak. Penyakit ini disebabkan oleh bakteri patogen Dickeya dadantii. Penggunaan varietas tahan atau resisten merupakan salah satu alternatif pengendalian yang dapat diandalkan dan merupakan salah satu solusi yang tepat untuk mengatasi kendala tersebut. Varietas tahan dapat diperoleh melalui evaluasi dan seleksi ketahanan tanaman dengan menginokulasikan penyakit, namun seleksi ketahanan bukan sesuatu hal yang mudah dilakukan karena terkait dengan penyebaran dan penularan penyakit serta membutuhkan waktu yang lama dalam seleksi. Cara yang digunakan untuk mengatasinya adalah penggunaan marka molekuler, yang dapat mempersingkat waktu seleksi dalam memperoleh tanaman yang resisten. Serangkaian kegiatan penelitian dilakukan untuk mengembangkan metode evaluasi respon ketahanan anggrek Phalaenopsis terhadap infeksi bakteri D. dadantii, mengevaluasi respon ketahanan genotipe anggrek Phalaenopsis terhadap infeksi D. dadantii, mengisolasi dan mengkarakterisasi gen Pto asal 20 genotipe anggrek Phalaenopsis, dan mengembangkan marka SNAP (Single Nucleotide Amplified Polymorphism) pada 32 genotipe anggrek Phalaenopsis berbasis gen Pto., One of the obstacles in a Phalaenopsis orchid cultivation in tropical regions is the low resistance to soft rot disease. The disease is caused by pathogenic bacteria Dickeya dadantii. Using resistant varieties is one of alternative control to do and is one of the appropriate solutions to overcome these obstacles. Resistant varieties can be obtained through the evaluation and selection of plant resistance by inoculating disease, but is not an easy thing to do because it can spread and transmission the disease and requires long time in the selection. Using molecular markers could shorten the time of selection to obtain resistant plants. A series of research activities were carried out to developed evaluation method of Phalaenopsis orchid resistance response to bacterial infections D. dadantii, evaluated respons of Phalaenopsis resistance to infection D. dadantii, isolated and characterized the Pto gene from 20 genotypes Phalaenopsis, and developed SNAP markers in 32 genotypes Phalaenopsis based on Pto gene.
Keyword: Soft rot, Disease resistance, Pto gene, Molecular markers, SNAP, Plant resistance, Genetic diversity, Gene

Judul: Genotypes Response and Resistance Induction of Phalaenopsis against Soft-Rot Pathogen (Dickeya dadantii)
Abstrak: Phalaenopsis merupakan salah satu genus anggrek yang terkenal dengan keragaman warna, bentuk, dan ukuran bunga yang tinggi. Hibridisasi Phalaenopsis telah dikembangkan secara intensif, menghasilkan > 100.000 varietas secara global. Tanaman dari genus ini digunakan sebagai tanaman hias pot karena keragaman varietas dan umur bunga yang panjang. Salah satu masalah paling kritis dalam budidaya Phalaenopsis adalah penyakit busuk lunak (SRD). Infeksi SRD muncul pada daun berupa bercak kecoklatan, busuk, dan tembus cahaya. SRD mungkin disebabkan oleh patogen dari genus Enterobacter. Identifikasi spesies yang dapat menjadi sumber ketahanan terhadap SRD dan pemahaman mekanisme yang terlibat merupakan langkah penting untuk efisiensi dalam pemuliaan Phalaenopsis. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies Phalaenopsis yang mungkin menunjukkan ketahanan terhadap patogen SRD dan mekanisme ketahanannya. Spesies yang tahan dapat digunakan lebih lanjut untuk tetua dalam persilangan Phalaenopsis. Pemahaman tentang mekanisme ketahanan di tingkat biokimia dan molekuler akan memberikan informasi dasar dalam pengembangan ketahanan tanaman terhadap SRD. Penelitian ini terdiri dari dua bagian. Pertama, karakterisasi molekuler patogen SRD dengan sekuensing gen marker 16S rRNA, karakterisasi fisik dan anatomi beberapa karakter daun spesies Phalaenopsis, dan pengujian respon ketahanan delapan spesies Phalaenopsis terhadap patogen busuk lunak. Isolat bakteri yang digunakan dalam percobaan ini dipastikan adalah Dickeya dadantii dengan 98.37% identitasnya sesuai dengan Erwinia spp. di NCBI. Hasil pengamatan karakteristik daun menunjukan ketebalan daun dan kadar air tidak berbeda, tetapi kerapatan stomata berbeda nyata diantara spesies yang diuji. P. bellina menunjukkan kepadatan stomata tertinggi di antara spesies yang diamati. Pengujian respon ketahanan spesies Phalaenopsis terhadap D. dadantii menggunakan metode detached leaf. Diameter gejala busuk lunak diamati pada jam 6, 12, dan 18 jam pasca inokulasi (JSI). Keparahan penyakit (KP) dan progres perkembangan penyakit (AUDPC) dihitung dari diameter gejala SRD. Populasi bakteri (CFU) dihitung menggunakan sampel daun di sekitar gejala busuk lunak pada 18 JSI. Hasil penelitian menunjukkan bahwa spesies yang paling tahan adalah P. amboinensis pada 18 JSI dengan KP sebesar 28% dibandingkan spesies lain yang menunjukkan KP ≥50%. Jenis yang paling rentan adalah P. amabilis, P. fimbriata, dan P. cornu-cervi. Jumlah CFU dan AUPDC pada P. amboinensis lebih rendah (5x104 CFUmg-1) dibandingkan pada spesies lain (≥3x105 CFUmg-1). Aktifitas pathogen-related enzymes meliputi Fenilalanin amonia-lyase (PAL) dan peroksidase (PRX) diamati pada dua waktu yang berbeda. Pengamatan pada 12 JSI menunjukkan bahwa P. pantherina dan P. amboinensis memiliki PAL (masing-masing 0.95 dan 1.20 u min-1mg protein-1 x 104) dan PRX (masing-masing 0.77 dan 0.21 u min-1mg protein-1 x 104). Aktivitas PAL (masing-masing 13.75 dan 13.41 u min-1mg protein-1 x 104) dan PRX (masing-masing 7.25 dan 8.73 u min-1mg protein-1 x 104) lebih rendah pada P. schilleriana dan P. amabilis. Tren serupa juga ditemukan pada 16 JSI. Analisis asam salisilat (SA) menunjukkan akumulasi SA yang lebih rendah pada spesies yang paling tahan (P. amboinensis) dibandingkan dengan spesies yang paling rentan (P. amabilis). Hasil saat ini menunjukkan bahwa mekanisme ketahanan P. amboinensis mungkin tidak bergantung pada jalur PAL, PRX dan SA. Namun, penelitian lebih lanjut diperlukan untuk mengkonfirmasi temuan ini. Bagian kedua penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi respon ketahanan genotipe Phalaenopsis terhadap D. dadantii setelah perlakuan SA sebagai penginduksi ketahanan potensial. Bagian ini terdiri dari tiga percobaan.
Keyword: colony-forming unit, disease severity, peroxidase, phenylalanine ammonia-lyase, salicylic acid

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: