Judul: Identifikasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP) pada Gen Terkait Pertambahan Tinggi Batang Kelapa Sawit.
Abstrak: Karakter pertambahan tinggi lambat merupakan salah satu tujuan program pemuliaan kelapa sawit untuk meningkatkan umur ekonomis tanaman sehingga dapat mengurangi siklus replanting dan memudahkan dalam proses pemanenan. Karakter ini sangat erat kaitannya dengan gen kekerdilan (dwarf gene). Gen kekerdilan banyak ditemukan berasosiasi dengan regulator pertumbuhan dan perkembangan seperti Giberelin (GA), Brasinosteroid (BR) dan Poliamin. Sebanyak 12 aksesi kelapa sawit yang merepresentasikan karakter pertambahan tinggi yang berbeda yaitu lima genotipe E. guineensis sebagai pertambahan tinggi normal, tiga genotipe E. oleifera sebagai pertambahan tinggi lambat dan lima genotipe hibrida (E.o x E.g) sebagai karakter intermediet, digunakan untuk percobaan identifikasi dan karakterisasi gen-gen terkait biosintesis hormon regulator tanaman. Selanjutnya sebanyak 69 individu terbagi dalam 7 populasi yang berbeda digunakan untuk mengembangkan marka berbasis Single Nucleotide Polymorphism (SNP) untuk mengkaji keragaman genetik dan mengestimasi asosiasi marka Single Nucleotide Amplified Polymorphism (SNAP) dengan karakter pertambahan tinggi. Analisis data menggunakan perangkat lunak Geneious, MEGA6, DnaSP, Cervus, DARwin, dan STAR. Gen Le, Rht-1, GID1 BRI1, DET2, SMT1 dan ACL5 mempunyai ukuran yang bervariasi mulai dari 792 pb sampai dengan 3362 pasang basa (pb). Jumlah situs SNP yang diperoleh pada tiap gen Le, Rht-1, GID1, BRI1, DET2, SMT1 dan ACL2 adalah 11, 16, 12, 26, 8, 3 dan 5 situs SNP berturut-turut. Analisis pohon filogenetik berdasarkan sekuens asam amino tujuh gen target tersebut menunjukkan bahwa 12 aksesi mengelompok dalam satu kelompok yang terbagi dalam sub-sub kelompok sesuai dengan masing-masing aksesi yang merepresentasikan karakter pertambahan tinggi. Pengelompokkan sesuai dengan hasil pensejajaran asam amino yang menunjukkan bahwa terdapat keragaman sekuens ketujuh gen target dengan homolognya pada spesies lain. Domain terkonservasi teridentifikasi dari tujuh gen target direpresentasikan dengan pensejajaran asam amino tiga genotipe kelapa sawit yaitu E. guineensis, E. oleifera dan hibrida (E.o x E.g). Sebanyak 15 marka SNAP terpilih diuji pada 69 aksesi memiliki tingkat polimorfisme yang rendah sampai moderate (cukup informatif). Sebanyak 15 lokus yang digunakan dalam penelitian ini, 6 lokus cukup informatif didalam mendeteksi polimorfisme DNA terhadap populasi yang diuji. Pengelompokkan filogenetik berdasarkan 15 marka SNAP membagi tiga kelompok populasi. Hasil analisis asosiasi marka single-locus diperoleh satu lokus yang berasosiasi dengan karakter pertambahan tinggi tanaman, yaitu marka berbasis situs SNP ke 1008 pada gen Le.
Keyword: biosintesis fitohormon, karakter pertambahan tinggi, kelapa sawit, SNP

Judul: Association Simple Sequence Repeat and Single Nucleotide Amplified Polymorphism Marker with Trunk Height Increment Character in Indonesian Coconut Population
Abstrak: Kelapa (Cocos nucifera L.) di Indonesia secara umum dibedakan menjadi dua tipe yaitu kelapa Dalam dan kelapa Genjah. Pemuliaan terhadap tanaman kelapa Indonesia telah dilakukan dengan menyilangkan kelapa Dalam dan Genjah yang menghasilkan kelapa Hibrida dengan sifat yang intermediate terhadap tetuanya. Validitas keberhasilan dalam persilangan dibuktikan secara morfologis. Salah satu ciri morfologis yang umum dilihat adalah pertambahan tinggi tahunan kelapa melalui sebelas bekas daun kelapa. Salah satu kelemahan dalam pemuliaan konvensional kelapa yaitu memerlukan waktu yang lama untuk mengamati karakter morfologis pada hasil persilangan. Marka molekuler dapat digunakan pada awal fase pertumbuhan kelapa, sehingga tidak perlu menunggu hingga karakter morfologis tertentu dapat diamati. Pemuliaan tanaman pendekatan bioteknologi berbasis marka molekuler merupakan terobosan untuk mempercepat proses pemuliaan dengan tingkat keakuratan yang tinggi. Marka molekuler yang dikembangkan dibedakan menjadi dua yaitu marka dominan dan marka kodominan. Marka dominan memiliki kelemahan tidak membedakan alel heterozigot, sedangkan tanaman kelapa dapat menyerbuk silang yang berarti tingkat heterozigotnya tinggi. Oleh sebab itu, dalam penelitian ini digunakan marka kodominan. Marka kodominan yang digunakan dalam penelitian ini yaitu marka Single Nucleotide Amplified Polymorphism (SNAP) dan marka Simple Sequence Repeat (SSR). Marka SNAP didesain menggunakan dasar gen (gene-based marker). Sedangkan marka SSR dalam penelitian ini menggunakan dasar genom (genome-based marker). Tujuan penelitian ini adalah untuk mendapatkan informasi keragaman genetik populasi plasma nutfah kelapa Indonesia berdasarkan marka SSE berbasis whole genome kelapa; mendapatkan informasi marka SSR berbasis whole genome kelapa yang berasosiasi dengan karakter pertambahan tinggi tahunan tanaman kelapa Indonesia; mendapatkan informasi keragaman nukleotida genom kelapa, informasi keragaman beberapa genotipe kelapa berdasarkan situs SNP, dan pengembangan marka SNAP berbasis gen pertambahan tinggi kelapa (gen CYP P450 87A3, DET2, dan FBP SNE). Percobaan pertama menginformasikan 16 kromosom kelapa memiliki masing-masing tandem pengulangan. Pengulangan motif nukleotida berhasil didesain primer SSR. Dari 20 primer yang diuji, 18 pasang primer menunjukkan hasil positif sedangkan 2 pasang primer menunjukkan hasil negatif. Dari 18 pasang primer, terdapat 2 lokus yang menghasilkan pita monomorfik yaitu lokus Cn-1-1 (primer 20) dan Cn-4-2 (primer 16). Terdapat 1 lokus mikrosatelit, yaitu lokus Cn-5-1 (primer 15) tidak menghasilkan pita pada sekuenser vertikal. Percobaan kedua menginformasikan 14 lokus SSR menunjukkan polimorfisme, masing-masing terdapat 2 hingga 4 pita, dengan alel yang bervariasi antara homozigot dan heterozigot tiap akssesinya. Rata-rata nilai jumlah alel yang teramati secara aktual (Na), heterozigositas (Ho dan He) dan Polymorphic Information Content (PIC) berturut-turut adalah 2.92, 0.95, 0.59 dan 0.67. Analisis keragaman genetik pada 25 varietas kelapa Indonesia menggunakan 14 lokus SSR polimorfik menunjukkan hasil klustering menjadi tiga kluster. Kluster pertama didominasi oleh tipe genjah dan hibrida, kluster kedua didominasi oleh tipe dalam dan hibrida, serta kluster ketiga didominasi oleh tipe hibrida. Sebanyak 4 lokus berhasil diasosiasikan dengan karakter pertambahan tinggi tanaman, yaitu Cn-16-1, Cn-10-1, Cn-8-1, Cn-7-1. Percobaan ketiga menghasilkan informasi 9 SNP pada CYP P450 87A3 dan penanda SNAP dikembangkan berdasarkan situs SNP tersebut. Analisis lokus tunggal pada lokus SNAP CYP2_SNP1 menunjukkan asosiasi dengan pertambahan tinggi batang kelapa. Genotipe homozigot CC untuk lokus SNAP CYP2_SNP1 memiliki asosiasi dengan karakter pertambahan tinggi batang lambat. Alel T dan C pada lokus CYP2_SNP1 memilki aksi aditif, dimana genotipe TC merupakan aditif dari genotipe CC
Keyword: Indonesian coconut population, SNAP, SSR, yearly trunk height  increment

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: