Judul: Isolasi Konstruksi dan Rekombinasi Gen Pengkode Reverse Transcriptase asal Simian Retrovirus-2 (SRV-2)
Abstrak: The availability of reverse transcriptase enzym as a valuable component for Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) technique has been providing by foreign companies. Therefore, it needs more cost and time to provide it. This study is an early step to produce in house reverse transcriptase rekombinant enzym from SRV-2. The purpose of this study was isolated, constructed, and rekombined SRV-2 reverse transcriptase gene to entry clone and destination vector. Isolation was done by PCR amplification technique using three pairs of primers, which are RT I (3282-3683), RTII (3261-3900), and RTIII (3169-4133). Construction and recombination in this study used Gateway method from Invitrogen. SRV-2 reverse transcriptase gene was isolated in this study with A-549 cell inoculated SRV-2 as source of virus. This gene amplify by PCR technique and resulted specific band for RTI 401 bp, RTII 639 bp, and RTIII 964 bp. Analysis of pENTR/SD/TOPO and pDEST17 indicated SRV-2 reverse transcriptase gene code has already inserted to this plasmid. This result indicated SRV-2 reverse transcriptase gene have isolated, constructed, and recombined to entry clone and destination vector.
Keyword: 

Judul: Isolasi dan Karakterisasi Gen pol Simian Retrovirus (SRV) asal Macaca fascicularis dan Macaca nemestrina Isolat Indonesia.
Abstrak: Jumlah penderita HIV AIDS di Indonesia meningkat dari tahun ke tahun. Penelitian pengembangan obat antiviral mutlak diperlukan. Untuk itu, perlu dikembangkan model virus yang memiliki karakteristik mirip dengan HIV mengingat penggunaan virus HIV sebagai virus model memiliki resiko keamanan yang lebih tinggi. Penelitian ini merupakan langkah awal untuk pengembangan virus model HIV dari Simian retrovirus (SRV) isolat Indonesia berdasarkan karakter-karakter spesifiknya. Tujuan penelitian ini adalah melakukan isolasi dan identifikasi gen pol Simian Retrovirus (SRV) isolat Indonesia asal Macaca fascicularis dan Macaca nemestrina yang selanjutnya dapat dikarakterisasi urutan nukleotidanya, dianalisis kekerabatannya, urutan asam aminonya, conserve domainnya, dan pemodelan struktur tiga dimensinya menggunakan analisis bioinformatika. Isolasi dilakukan dengan teknik PCR menggunakan sepasang primer 3284U dan 4925L. Amplifikasi gen pol dengan teknik PCR menghasilkan pita spesifik yang masing-masing berukuran sekitar 1600 bp. Hasil analisis sekuens DNA menunjukkan bahwa virus yang terdapat di dalam sampel Macaca fascicularis adalah SRV 2 sedangkan virus yang terdapat di dalam sampel Macaca nemestrina adalah Simian endogenous retrovirus. Oleh karena itu, virus SRV asal Macaca nemestrina tidak bisa dilakukan pemodelan struktur tiga dimensinya. Hasil isolasi dan permodelan struktur protein gen penyandi reverse transkriptase dan RNase-H SRV 2 asal Macaca fascicularis Indonesia telah berhasil dilakukan. Sisi aktif dari kedua enzim tersebut juga telah berhasil diidentifikasi dan ditentukan urutan asam aminonya. Sisi aktif dari RNase-H terdiri atas tiga asam amino dan reverse transkriptase terdiri atas 27 asam amino. Hubungan kekerabatan enzim dari SRV-2 isolat Indonesia menunjukkan bahwa enzim reverse transkriptase dan RNase-H isolat Indonesia dapat digunakan sebagai model untuk mempelajari enzim dari retrovirus lainnya.
Keyword: 

Judul: Keawetan Alami Kayu Mangium (Acacia mangium Willd.) Umur 5, 6, dan 7 Tahun
Abstrak: Penelitian ini bertujuan untuk melakukan pengujian keawetan alami kayu berupa uji kubur kayu mangium pada umur 5, 6, dan 7 tahun serta berbagai posisi kayu. Metode yang diterapkan adalah uji kubur mengacu kepada ASTM D 1758- 06. Hasil penelitian menunjukkan kehilangan berat terhadap umur kayu tertinggi pada umur 5 tahun sebesar 34.13% dan terendah pada umur 7 tahun sebesar 14.02%. Kehilangan berat terhadap posisi kayu terendah terdapat pada bagian pangkal kayu sebesar 11.16%, sedangkan kehilangan berat tertinggi terdapat pada bagian ujung kayu sebesar 29.00%. Analisis statistik menyimpulkan bahwa umur kayu, posisi kayu di pohon, serta interaksi antara umur dan posisi kayu di pohon terhadap kehilangan berat berbeda nyata. Umur 7 tahun posisi pangkal memiliki kehilangan berat yang paling kecil, sedangkan umur 5 tahun posisi ujung memiliki kehilangan berat yang paling besar. Kelas mutu kayu mangium yang mengacu kepada ASTM D1758-06 pada umur 5 tahun yaitu kelas mutu 4, kelas mutu 7 pada umur 6 tahun, dan kelas mutu 6 pada umur 7 tahun. Posisi kayu pangkal dan tengah memiliki kelas mutu 6 sedangkan posisi kayu ujung memiliki kelas mutu 4. Pengujian kondisi lingkungan menunjukkan suhu lingkungan, suhu dalam tanah, serta kelembapan sebesar 28.10 oC, 25.10 oC, dan 78.10 %.
Keyword: keawetan alami, mangium, posisi kayu, umur