Judul: Isolasi dan Karakterisasi Bakteri Epifit Penghasil Kitinase dan Penginduksi Ketahanan Sistemik Asal Tanaman Kakao
Abstrak: Kakao merupakan salah satu komoditas andalan perkebunan yang peranannya cukup penting bagi perekonomian nasional. Pengembangan dan produktivitas tanaman kakao masih dibatasi oleh kondisi lahan dan iklim yang tidak sesuai, serta tingginya gangguan infeksi patogen. Penggunaan bakteri agens hayati sebagai penghasil mekanisme antibiosis, kompetisi, dan induksi resistensi pada tanaman diharapkan mampu menjadi alternatif pengendalian penyakit pada tanaman. Bakteri epifit yang berada pada permukaan tanaman memiliki potensi sebagai agens hayati, dengan menghasilkan senyawa yang bersifat antibiosis dan kemampuan menginduksi ketahanan tanaman. Namun penelitian bakteri epifit sebagai agens hayati yang dapat menghasilkan enzim kitinase dan memicu sistem ketahanan kakao belum banyak berkembang. Penelitian ini bertujuan mendapatkan isolat bakteri epifit dari tanaman kakao yang dapat menghasilkan enzim kitinase, menginduksi sistem ketahanan tanaman dan memicu pertumbuhan, sehingga dapat dimanfaatkan sebagai agens hayati. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Bakteriologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, dan Rumah Kaca Cikabayan, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor (IPB). Penelitian berlangsung mulai bulan Juni 2016 sampai Mei 2017. Bakteri epifit diisolasi dari tanaman kakao sehat di antara hamparan tanaman kakao yang terserang luas penyakit vascular streak dieback di tiga lokasi yang berbeda, yaitu Sumatera Barat (Kab. Solok), Sulawesi Tenggara (Kab. Konawe), dan Jawa Barat (Kab. Cianjur). Isolat bakteri epifit selanjutnya diseleksi secara in vitro (uji reaksi hipersensitif, uji hemolisis pada media agar darah, dan uji kitinolitik). Bakteri hasil seleksi in vitro diseleksi lebih lanjut secara in planta (uji daya kecambah benih kakao, pengamatan pertumbuhan kakao, dan pengukuran produksi senyawa fitoaleksin). Karakterisasi bakteri epifit sebagai calon agens hayati dengan pengujian produksi enzim fosfatase, produksi hormon IAA, dan pewarnaan Gram. Selanjutnya bakteri epifit yang potensial sebagai penghasil enzim kitinase dan induksi ketahanan tanaman kakao diidentifikasi menggunakan teknik molekuler berdasarkan sekuen gen 16S rRNA. Bakteri epifit yang berhasil diisolasi berjumlah 235 isolat. Isolat bakteri epifit dari bagian ranting sebanyak 65 isolat (28%), daun 78 isolat (33%), dan pucuk 92 isolat (39%). Hasil seleksi menunjukkan bahwa 42 isolat memproduksi enzim kitinase dan tidak menunjukkan reaksi nekrosis pada uji reaksi hipersensitif serta menunjukkan hasil yang negatif pada uji hemolisis pada media agar darah. Selanjutnya enam isolat (CPNA 5, SRWA 6, PDWA 8, CDWA 12, CDWA 13, dan PPWA 9) dari 42 isolat memiliki kemampuan menginduksi ketahanan tanaman kakao pada pengujian rumah kaca. Hal ini terlihat dari produksi senyawa fitoaleksin (cyclohexene, 2-methoxy-guaiacol, dan 2,3-dihidrobenzofuran) pada enam isolat tersebut. Konsentrasi relatif senyawa cyclohexene secara nyata terlihat meningkat pada isolat CPNA 5, SRWA 6, dan PDWA 8, sedangkan nilai konsentrasi relatif senyawa 2-methoxy-guaiacol dan 2,3-dihidrobenzofuran tidak konstan pada keenam isolat. Isolat CPNA 5, dan CDWA 12 mampu memicu peningkatan tinggi pertumbuhan kakao. Identifikasi bakteri menggunakan teknik molekuler pada tiga isolat terpilih CPNA 5, PDWA 8, dan SRWA 6, teridentifikasi berturut-turut sebagai Stenotrophomonas maltophilia, Bacillus cereus, dan Pseudomonas sp.. Penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi terkait bakteri epifit yang berpotensi sebagai agens hayati dan pemicu sistem ketahanan pada tanaman kakao.
Keyword: agens hayati, bakteri pemicu pertumbuhan, fitoaleksin, induksi ketahanan.

Judul: Isolasi dan Uji Ekspresi Gen Proteinase Inhibitor (PIN) dari Buah Kakao (Theobroma cacao L.).
Abstrak: Kakao (Theobroma cacao L.) merupakan salah satu tanaman perkebunan yang mempunyai nilai ekonomi tinggi sebagai komoditi ekspor. Adanya serangan hama utama kakao, yaitu Penggerek Buah Kakao (PBK), Conopomorpha cramerella Snellen menyebabkan kehilangan produksi kakao hingga 80% dan biji kakao yang terserang, mutunya menurun bahkan tidak laku dijual. Gen proteinase inhibitor (PIN) merupakan gen yang dapat menghasilkan senyawa antinutrisi yang dapat menghambat kerja enzim proteolitik di dalam perut serangga. PIN terdapat pada biji kakao dan berukuran 21 kDa dengan homologi yang cocok dengan inhibitor tripsin pada kedelai. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi gen PIN dari biji kakao dan melakukan uji ekspresi untuk mengetahui tingkat ekspresi gen PIN dari jaringan kulit buah kakao yang tahan (klon Ary 2) dan tidak tahan (klon Bal 209) terhadap hama PBK. Fragmen gen PIN dari biji kakao berhasil diisolasi dengan pasangan primer spesifik gen PIN, yaitu F21 dan R11. Hasil sekuensing menunjukkan bahwa fragmen tersebut berukuran 580 bp dan analisis BLASTN membuktikan bahwa fragmen gen PIN yang berhasil diisolasi merupakan gen PIN yang mempunyai homologi dengan gen PIN penyandi protein berukuran 21 kDa pada biji kakao. Ekspresi gen PIN dari kedua klon pada buah yang memilki panjang 12 cm lebih kuat dibanding buah yang memiliki panjang 9 cm. Secara umum ekspresi gen PIN dari jaringan kulit kakao pada klon Ary lebih kuat dibanding klon Bal, dengan kata lain klon kakao yang tahan terhadap hama PBK, mengekspresikan gen PIN yang lebih kuat dibanding klon yang tidak tahan tehadap hama PBK. Berdasarkan perbedaaan ekspresi dari kedua klon, diduga gen PIN berpengaruh terhadap ketahanan buah kakao yang tahan terhadap PBK.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: