Judul: Deteksi Pergerakan Ikan Berdasarkan Perubahan Fase pada Metode Hidroakustik
Abstrak: Tingkah laku ikan seperti halnya gerakan ikan penting diketahui dalam metode penangkapan ikan dengan menggunakan alat tangkap tertentu. Metode yang efektif dan efisien untuk mendapatkan informasi mengenai sumberdaya ikan di suatu perairan adalah metode hidroakustik. Teknologi akustik dengan menggunakan perubahan fase adalah menentukan waktu tunda (delay) yang terjadi pada objek yang bergerak fluktuatif. Jika suatu gelombang merambat pada suatu media (air) dan dipantulkan oleh gerakan renang kawanan ikan (struktur gerombolan ikan tetap untuk satu jenis tertentu), maka gelombang yang dipantulkan tersebut akan mengalami perubahan fase pada setiap satuan waktu sesuai dengan bentuk atau struktur permukaan (morfologi ikan) dan kecepatan gerakan kawanan ikan yang dipantulkan tersebut Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui pergerakan suatu kawanan ikan pelagis dari jenis Thunnus albacares dan Katsuwonus pelamis dengan mendeteksi fase gelombang pantul akustik. Pengolahan data data dilakukan dengan menggunakan program Wavelab 5.0; Microsoft Excel; Statistica 8; dan Surfer 8.0. Analisis data yang digunakan adalah analisis domain waktu dan analisis Fast Fourier Transform (FFT) Gerakan ikan dapat diketahui secara baik dengan menggunakan alat pendeteksi perubahan fase (shift phase detector) yaitu dengan menentukan jarak waktu yang diakibatkan oleh kecepatan atau laju renang ikan yang ditimbulkan oleh kecepatan sentakan ekor (tail beat rate), sehingga dapat membedakan kawanan ikan yang bergerak cepat dan kawanan ikan yang bergerak lambat Pergerakan ikan tidak terdeteksi secara baik atau alat pendeteksi perubahan fase sulit untuk membedakan pergerakan kawanan ikan yang tidak teratur atau pergerakan ikan yang berbeda arah pada masing-masing kelompoknya atau individu ikan itu sendiri, dan jika pergerakan kawanan ikan berada diluar beam yang dipancarkan transducer.
Keyword: 

Judul: Pendekatan Akustik dalam Studi Tingkah Laku Ikan pada Proses Penangkapan dengan Alat Bantu Cahaya
Abstrak: Dewasa ini penerapan metode akustik melalui peralatan sonar atau echosounder yang dapat digunakan untuk studi tingkah laku ikan (migrasi vertikal dan horizontal), kecepatan renang, respon ikan terhadap stimuli dan lain-lain. Tujuan dari penelitian ini adalah mengetahui pola tingkah laku ikan hubungannya dengan pengoperasian alat tangkap yang menggunakan cahaya lampu. Secara khusus penelitian ini bertujuan : (1) Menganalisis pola distribusi ikan di sekitar pencahayaan sebelum dan setelah proses penangkapan, (2) Menganalisis pola kedatangan ikan di sekitar pencahayaan, (3) Menganalisis tingkah laku pergerakan ikan di sekitar sumber cahaya. Penelitian dilakukan di perairan Kabupaten Barru – Selat Makassar, Sulawesi Selatan. Lokasi pengamatan terletak pada posisi 4°19’19,9” LS- 119°16’201” BT, dan bagan rambo dioperasikan pada kedalaman 70 m dengan jarak dari pantai Barru 20 mil laut. Pengamatan lapang dilakukan selama 12 trip mulai dari bulan April sampai Mei 2005. Pendekatan akustik untuk mengamati tingkah laku ikan dilakukan dengan menggunakan side scan sonar colour. Hasil pengamatan dengan menggunakan side scan sonar colour memperlihatkan bahwa kawanan ikan mendatangi sumber cahaya dari kedalamanan yang berbeda, yaitu pada kisaran kedalaman 20-30 m dan pada kisaran kedalam 5 - 10 m. Pola kedatangan ikan hubungannya dengan arah memperlihatkan bahwa ikan cenderung mendatangi sumber pencahayaan dari arah kiri dan kanan bagan. Penyebaran ikan pada saat lampu luar bagan telah dimatikan, terlihat kawanan ikan semakin mendekati daerah tangkapan (cathcable area). Pada saat ini pola pergerakan kawanan ikan cenderung membentuk pola pergerakan memutar mengitari sumber pencahayaan dan kadang-kadang bergerak agak menjauhi sumber pencahayaan kemudian mendekati lagi. Pada saat hauling dimana hanya lampu fokus yang menyala, pola penyebaran kawanan ikan di perairan sudah memiliki pola yang teratur. Pola penyebaran kawanan ikan berada di sekitar waring bagan dan tepat berada di bawah rangka bagan. Pola penyebaran seperti ini diindikasikan adalah pola penyebaran kawanan ikan teri yang berada di bawah rangka bagan, ikan kembung dan tembang yang berada di sekitar bingkai bagan. Pola distribusi ikan ini membentuk pola spherical (bola). Pola pergerakan kawanan ikan yang berada sedikit di luar daerah pencahayaan membentuk pola kawanan yang tersusun secara vertikal seperti pita (ribbon). Pola pergerakan kawanan ikan yang mendekati bagan mempunyai kecepatan yang berbeda pada saat akan mendekati bagan dan pada saat berada di sekitar bagan. Ikan-ikan yang mempunyai kawanan yang kecil cenderung mempunyai pergerakan yang cepat, sehingga kecepatan pergerakan kawanan ikan akan menurun di sekitar pencahayaan akibat dari semakin padatnya kawanan ikan dan aktivitas makan. Pergerakan kawanan ikan selama penelitian berkisar 0,57 m/detik pada saat mendekati lokasi pencahayaan dan kecepatan pergerakan kawanan ikan sekitar 0,21 m/detik di sekitar pencahayaan
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA