Judul: Pendugaan Parameter Genetik Progeny Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.)
Abstrak: Penelitian ini diIakukan untuk mengetahui nilai heritabilitas beberapa karakter kuantitatif progeny-progeny kelapa sawit DxP, mengetahui nilai korelasi antar karakter kelapa sawit, serta mengetahui pengaruh langsung dan tidak langsung antara komponen hasil dengan hasil kelapa sawit. Penelitian dilaksanakan pada bulan Februari sampai dengan September 2007 di kebun kelapa sawit Surya Adi Research Station, PT. Binasawit Makmur, Sallipoema Agro, Sumatera SeIatan. Percobaan menggunakan rancangan alpha design. Perlakuan yang Digunakan adalah 440 progeny kelapa sawit DxP dengan tiga ulangan. Ulangan 1 dan 2 terdiri dari 423 progeny yang sama, sedangkan ulangan 3 terdiri dari 405 progeny yang sama dengan yang berada di ulangan 1 dan 2 serta 18 progeny lainnya yang hanya ada di ulangan 3. Setiap ulangan dibagi ke dalam 47 blok dengan setiap blok terdiri dari Sembilan progeny yang berada pada kelas tanah yang sama, dengan masing-masing progeny terdiri dari 16 pokok. Peubah yang diamati yaitu pertambahan pelepah, pertambahan tinggi, luas permukaan daun, rasio luas daun,jumlah tandan, rataan bobot tandan. tandan buah segar, rasio mesokarp terhadap buah, rasio minyak terhadap mesokarp segar, rasio mioyak terhadap tandan, dan produksi minyak. Hasil analisis ragam menunjukan bahwa diantara progeny yang diamati terdapat perbedaan yang sangat nyata pada semua karakter. Ini menunjuk:lam bahwa penampilan 440 progeny yang digunakan adalah berbeda dalam hal peubab-peubah yang diamati tersebut.
Keyword: 

Judul: Keragaman, Struktur Populasi, Pemetaan Asosiasi dan Pendugaan Parameter Genetik Populasi Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.) dari Kamerun
Abstrak: Kelapa Sawit merupakan tanaman penghasil minyak nabati paling penting di dunia. Pada tanaman tahunan seperti Kelapa Sawit, ketersediaan keragaman genetik, serta seleksi dengan bantuan marka DNA (Marker-Assisted Selection) berbasis genom akan berperan penting dalam pengembangan varietas berdaya hasil tinggi dengan karakter penting lain terkait dengan produksi dan mutu hasil minyaknya. Penelitian ini terdiri dari lima bagian yang terkait dengan analisis keragaman dan struktur genetik plasma nutfah kelapa sawit di Kamerun dengan pendekatan whole genome sequencing dan analisis keragaan populasi persilangan tetua terpilih terkait dengan karakter morfologi dan produksi. Pada bagian pertama dipelajari keragaman genetik genom, struktur populasi dan Admixture dari populasi plasma nutfah kelapa sawit Kamerun dengan menggunakan NextRAD technology. Genotipe yang dianalisis sekuennya terdiri dari 169 aksesi liar, 25 progeni F1, 9 tetua terpilih dan satu aksesi Elaeis oleifera sebagai outgrup. Data sekuens yang diperoleh menunjukkan terdapat 21,302 basa yang polimorfik yang terdiri dari 20,959 substitusi basa tunggal atau Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) dan 343 insertions/deletions (INDEL). Hal ini menunjukkan besarnya tingkat keberagaman genetik dari genom aksesi yang di analisis. Jumlah kejadian transisi mutasi titik (transition point mutation events) lebih banyak dibandingkan jumlah tranvesi dengan nisbah transversi/transisi sebesar 9.65. Analisis lebih lanjut terhadap struktur populasi genetik menunjukkan adanya tiga sub-populasi utama, dan sebagain besar individu yang digunakan pada penelitian ini merupakan admixed. Pada bagian kedua dilakukan kajian untuk mendeteksi beberapa bagian genom yang diduga memiliki peran penting dalam mengendalikan karakter vegetatif, kandungan minyak dan komponen hasil buah pada kelapa sawit berdasarkan genom sumberdaya genetik yang dianalisis. Pada sebagian karakter vegetatif, frekuensi alel dan genotipe mengikuti hukum keseimbangan Hardy-Weinberg (P<0.01), jadi sudah ada destruksi “genetic flow” di populasi tersebut. Pada keseluruhan genom diketahui adanya sejumlah SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) berasosiasi dengan karakter vegetatif, kandungan minyak dan komponen hasil buah. Hal ini menunjukkan adanya bagian genom mengandung gen-gen yang mengendalikan berberapa karakter fenotipik penting yang berguna untuk seleksi pada pemuliaan kelapa sawit. Selanjutnya adanya keterpautan antar SNP yang berasosiasi dengan karakter penting, menunjukkan segregasi pautan-pautan yang tersebar antar kromosom pada genom kelapa sawit. Pada bagian ketiga dilakukan analisis daya gabung dan aksi gene beberapa karakter kuantitatif penting dengan menggunakan metode North Carolina II mating design. Sebanyak empat famili betina Dura (DA2356D, DA787D, DA507D, and LM7899D), tiga famili jantan Tenera (LM9175T, LM9287T, and LM9927T) dan progeni hasil persilangannya ditanam di Specialized Centre for Oil Palm Research of Cameroon. Hasil percobaan menunjukkan bahwa terdapat perbedaan yang nyata antara famili betina dan famili jantan pada sebagian besar karakter yang diamati. Dua famili betina diidentifikasi sebagai tetua yang memiliki daya gabung umum (DGU) yang baik uktuk karakter hasil dan komponen hasil, sehingga keduanya dapat digunakan dalam perakitan varietas kelapa sawit karena memiliki potensi yang baik dalam aksi gen aditif. Dua famili jantan menunjukkan daya gabung umum (DGU) yang baik untuk sebagian besar sifat yang diamati. Beberapa persilangan menunjukkan daya gabung khusus (DGK) yang baik untuk komponen hasil, komponen kualitas hasil dan pertambahan tinggi pohon. Nisbah σ²gca/σ²sca, [σ²D/σ²A]1/2 yang beragam, dengan pendugaan heritabilitas arti sempit yang rendah menunjukkan peran aksi gen non aditif yang lebih tinggi. Interaksi famili jantan Tenera menunjukkan kontribusi yang besar dalam keragaan karakter yang
Keyword: GWAS, NGS, single nucleotide polymorphism, North Carolina II, kelapa sawit, North Carolina II, kelapa sawit Remove, GCA, SCA, aksi gene, keragaman genetik, progeni introgresi, heritabilitas, kemajuan seleksi, fenotipik, Kamerun

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: