Judul: Deteksi Kerusakan Dna Spermatozoa Sapi Menggunakan Pewarnaan Toluidine Blue Dan Kit Halomax® Yang Dimodifikasi
Abstrak: Keutuhan deoxyribonucleic acid (DNA) spermatozoa sangat penting dalam keberhasilan fertilisasi dan perkembangan embrio. Tingginya jumlah DNA spermatozoa yang rusak akan menurunkan angka kebuntingan. Terdapat beberapa faktor yang dapat menjadi penyebab rusaknya DNA spermatozoa, seperti kurangnya protamin pada saat spermatogenesis, umur, infeksi, ketidakseimbangan hormonal, paparan zat kimia beracun, obat-obatan, hipertermia testis, apoptosis dan tingginya kadar reactive oxygen species (ROS) pada proses pembekuan dan thawing. Beberapa cara dapat digunakan untuk mendeteksi kerusakan DNA pada spermatozoa, seperti metode sederhana dengan prinsip Cytochemical Assays (pewarnaan Aniline Blue and Toluidine blue) yang dievaluasi menggunakan mikroskop cahaya dan Flow Cytomatic-Based Sperm Chromatin Structure Assay menggunakan mikroskop fluorescent. Saat ini, tersedia Kit Halomax® (Halotech DNA® SL Madrid, Spanyol) yang dapat mendeteksi kerusakan DNA spermatozoa. Metode ini bekerja berdasarkan sebaran dari kromatin spermatozoa yang dapat dibedakan dalam dua bentuk morfologi spermatozoa, yaitu dari terbentuk atau tidaknya “halo” yang berkorelasi terhadap tingkat sebaran kromatinnya. Penelitian ini bertujuan untuk menguji beberapa parameter kualitas semen segar dan semen beku, dibandingkan dengan kerusakan DNA spermatozoa yang di evaluasi menggunakan Toluidine Blue dan Kit Halomax® yang telah dimodifikasi. Penelitian dilakukan di Balai Inseminasi Buatan (BIB) Lembang dan di laboratorium Unit Rehabilitasi Reproduksi (URR), Fakultas Kedokteran Hewan, IPB. Semen dikoleksi menggunakan vagina buatan sebanyak 2 kali dalam seminggu, yang diperoleh dari 8 ekor sapi pejantan unggul (2 Brahman, 2 Ongole, 2 Simental dan 2 Limousin) kemudian dievaluasi secara makroskopis dan mikroskopis (motilitas, viabilitas, konsentrasi, abnormalitas, membran plasma utuh (MPU), tudung akrosom utuh (TAU), dan keutuhan DNA spermatozoa). Kualitas semen yang digunakan dalam penelitian ini harus menunjukkan motilitas >70%, konsentrasi spermatozoa >1000x106 dan abnormalitas spermatozoa <20%. Setelah dikoleksi semen diolah menggunakan pengencer skim kuning telur, selanjutnya dikemas dalam mini straw, diekuilibrasi dan dibekukan dengan N2 cair, dan disimpan dalam kontainer N2 cair untuk pengujian lebih lanjut. Hasil penelitian menunjukkan bahwa semen segar yang digunakan dalam penelitian ini memiliki kualitas yang baik dan dapat diproses menjadi semen beku. Kualitas semen setelah pembekuan dan thawing mengalami penurunan secara signifikan (P<0.05) pada motilitas, viabilitas, MPU dan TAU spermatozoa dibandingkan dengan semen segar. Penurunan kualitas semen tertinggi ditunjukkan oleh motilitas (28.3%), diikuti viabilitas (21.6%), MPU (14.1%) dan TAU (11.8%). Tidak terdapat perbedaan yang signifikan (P >0.05) pada keutuhan DNA spermatozoa dari semen segar 93.91±4.77% dibandingkan dengan semen beku 92.06±2.41%. Persentase penurunan kerusakan DNA spermatozoa hanya 1.84%. Perbandingan persentase keutuhan DNA spermatozoa setelah thawing, menggunakan Toluidine Blue dan Kit Halomax® menunjukkan bahwa Kit Halomax® (85.44 ±7.52%) lebih rendah (P <0.05) dibandingkan dengan Toluidine Blue (92.06 ±2.41%). Kesimpulan yang diperoleh dalam penelitian ini adalah semen segar dan semen beku sapi yang terdapat BIB Lembang mempunyai kualitas yang baik. Kit Halomax® lebih akurat dibandingkan dengan Toluidine Blue untuk mendeteksi kerusakan DNA serta tidak terdapat hubungan antara parameter kualitas semen segar dan semen beku yang diuji kecuali pada motilitas dan viabilitas spermatozoa. Kerusakan DNA spermatozoa pada sapi pejantan yang digunakan dalam penelitian ini sangat kecil (3-5%). Hasil ini dapat digunakan sebagai standar kualitas kerusakan DNA spermatozoa untuk dibandingkan dengan sapi pejantan lain, terutama sapi pejantan dengan masalah reproduksi.
Keyword: Kerusakan DNA, Toluidine Blue, Kit Halomax®, spermatozoa sapi

Judul: . Penentuan Konsentrasi Low Melting Point Agarose Dan Lysis Solution Untuk Mendeteksi Kerusakan Dna Spermatozoa Ternak Sapi, Domba, Kambing
Abstrak: Deoxyribose-nucleic acid (DNA) merupakan suatu polimer heliks ganda yang terdiri dari nukleotida. Setiap nukleotida terdiri dari tiga komponen; satu basa nitrogen, satu gula pentosa yang disebut deoxyribosa dan satu gugus fosfat. Basa nitrogennya bisa adenin (A), timin (T), guanin (G), atau sitosin (S). Adenin dan guanin adalah purin, basa nitrogen dengan dua cincin organik. Sitosin dan timin adalah anggota famili basa nitrogen yang dikenal sebagai pirimidin yang mempunyai satu cincin tunggal. DNA dapat mengalami kerusakan karena perubahan polimer DNA dan secara terus menerus terpapar pada lingkungan fisik dan kimia yang sangat bervariasi yang berpotensi mengubah struktur alamiah DNA tersebut. Perubahan ini akan memengaruhi proses replikasi dan transkripsi DNA yang mengarah pada kerusakan DNA. Bentuk kerusakan yang lain adalah terputusnya struktur polimer DNA. Pemanasan yang melebihi 37ºC akan menyebabkan terputusnya ikatan glikosida yang menghubungkan basa nitrogen dan struktur gula fosfat sehingga basa nitrogen akan hilang. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan kit deteksi kerusakan DNA spermatozoa ternak yang saat ini masih impor dengan harga yang mahal. Penelitian dilakukan di Laboratorium Bioteknologi Pusat Satwa Primata (PSSP) Institut Pertanian Bogor (IPB) dan Laboratorium Unit Rehabilitasi Reproduksi (URR), Departemen Klinik Reproduksi dan patologi, Fakultas Kedokteran Hewan (FKH) IPB. Semen dikoleksi menggunakan vagina buatan sebanyak dua kali dalam seminggu yang diperoleh dari tiga ekor kambing jantan, tiga ekor domba jantan dan satu ekor sapi FH jantan. Penelitian terdiri dari tiga tahap. Tahap I penentuan konsentrasi low melting point-agarose (LMP-agarose), tahap II penentuan lysis solution (LS), dan tahap III pengujian pewarnaan kromatin DNA spermatozoa. Konsentrasi LMP-agarose yang digunakan adalah 0.6%, 0.7% dan 0.8%. Spermatozoa dan konsentrasi LMPagarose terbaik selanjutnya dilisiskan menggunakan tiga jenis LS. LS I (0.4M Tris, 0.8M DTT, 1% SDS), jenis LS II (0.4M Tris, 2M NaCl, 1% SDS), dan jenis LS III (0.4M Tris-HCl, 2M NaCl, 1% SDS, 0.05M EDTA) pengujian pewarnaan kromatin DNA menggunakan tiga pewarnaan yaitu eosin yellow methylene blue. Kesimpulan penelitian ini adalah konsentrasi 0.6% LMP-agarose merupakan konsentrasi yang dapat digunakan untuk menjebak spermatozoa domba dan kambing bila dibandingkan dengan kedua konsentrasi yang diujikan, sedangkan pada spermatozoa sapi ketiga konsentrasi yang diujikan tidak dapat digunakan. Pada penelitian tahap kedua, lysis solution (LS) yang dapat digunakan untuk melisiskan membran spermatozoa ternak adalah LS III (0.4M Tris-HCl, 2M NaCl, 1% SDS, 0.05M EDTA, pH 7.5), Pewarnaan terbaik menggunakan pewarnaan eosin Yellow dan methylene blue dengan perbandingan 2:1.
Keyword: Chromatin, DNA, spermatozoa, LMP-agarose, lysis solution, staining

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: