Judul: Pendugaan upwelling di Perairan Laut Banda pada musim timur
Abstrak: Sifat Perairan Indonesia sangat dipengaruhi oleh iklim Muson. Salah satu akibat yang ditimbulkan oleh iklim Muson adalah angin Muson yang menyebabkan penaikan massa air (upwelling) di beberapa wilayah perairan. Upwelling adalah proses penaikan massa air dari lapisan bawah ke permukaan. Peristiwa ini merupakan salah satu mekanisme pemupukan perairan secara besar-besaran yang berlangsung secara alami, sebab gerakan naik ini membawa serta air dengan suhu rendah, salinitas tinggi, kandungan oksigen terlarut rendah dan kandungan zat hara tinggi ke permukaan. Perairan Laut Banda dipengaruhi oleh Samudera Hindia, Samudera Pasifik dan Laut Cina Selatan. Berdasarkan sirkulasi massa air permukaan dan pola angin yang bertiup memungkinkan untuk terjadinya penaikan massa air (upwelling) di perairan ini. Upwelling di perairan Laut Banda terjadi pada musim timur yang dicirikan dengan menurunnya suhu, meningkatnya nilai salinitas, meningkatnya kandungan zat hara serta menurunnya kandungan oksigen terlarut dibandingkan daerah-daerah sekitarnya. Tujuan penelitian ini adalah mempelajari karakteristik fisika dan kimia perairan untuk menduga terjadinya upwelling di perairan Laut Banda dan untuk mengetahui apakah upwelling selalu terjadi setiap tahun di Laut Banda berdasarkan perbandingan data beberapa tahun berturut-turut. Penelitian dilakukan mulai 1 April 1998 sampai 17 Mei 1998, meliputi pengolahan dan analisa data. Penelitian dilakukan di lnstitut Pertanian Begor dan mengambil lokasi di perairan Laut Banda pada 4°LS-8°LS dan 126°BT -131°BT. Data yang digunakan berupa data sekunder yang diperoleh dari NODC (National Ocenographic Data Center). Data untuk pendugaan penaikan massa air di Laut Banda dipilah berdasarkan : berada pada posisi 4°LS - s0LS dan 126°BT - 131°BT, data diambil mulai bulan Juli - November, serta memiliki parameter kedalaman, suhu, salinitas, oksigen terlarut, fosfat dan silikat. Data yang telah dipilah dibagi ke dalam tiga kelompok berdasarkan nilai profil suhu permukaan . Kelompok 1 merupakan data bulan Juli - November dimana profil suhu permukaan untuk masing-masing bulan < 27°C dan diasumsikan terjadi upwelling. Kelompok 2 merupakan data bulan Juli - November dimana profil suhu permukaan untuk masing-masing bulan ≥ 27°C dan diasumsikan tidak terjadi upwelling. Kelompok 3 merupakan data bulan Agustus - Oktober empat tahun berturut-turut yang mewakili musim timur saat terjadinya upwelling. Pendugaan penaikan massa air dianalisis berdasarkan grafik dan kontur dari masing-masing parameter. Berdasarkan data NODC tahun 1928 - 1985 , ternyata profil suhu permukaan rata-rata dapat dikelompokkan dalam dua kelompok, yaitu kelompok profil suhu permukaan rata-rata tinggi (≥: 27 °C) dan kelompok profil suhu pemukaan rata-rata rendah (< 27 °C). Perbedaan ini terutama terjadi pada buIan Agustus - Oktober. Hal ini tidak terjadi pada bulan-bulan lainnya seperti bulan Juli dan November dimana profil suhu permukaan rata-rata relatif tinggi (≥ 27 °C).
Keyword: 

Judul: Studi penaikan massa air di Perairan Selatan Jawa Tengah pada bulan Agustus 1990 (Musim Timur)
Abstrak: Penaikan massa air (Upwelling) adalah proses naiknya massa air dari lapisan yang lebih dalam ke lapisan yang lebih atas atau menuju permukaan. Gerakan naik massa air ini dapat mencapai permukaan dan meliputi daerah yang cukup luas (Sverdrup et al., 1942; Birowo, 1975). Fenomena ini dapat memberikan dampak positif terhadap kesuburan perairan, terutama naiknya zat hara ke lapisan permukaan yang terbawa oleh pergerakan massa air dari kedalaman tertentu. Penimbunan zat hara ini dapat menyebabkan meningkatnya produktivitas perairan, sehingga pada daerah perairan tersebut kaya akan jenis-jenis ikan terutama jenis ikan pelagis. Potensi perikanan di lokasi terjadinya penaikan massa air sangat tinggi, sehingga operasi penangkapan di daerah terjadinya penaikan massa air menghasilkan jumlah tangkapan ikan yang lebih besar dari perairan lainnya (Ryther, 1971). Tujuan penelitian ini adalah mengidentifikasi penaikan massa air dengan melihat indikasi terjadinya penaikan massa air dari sifat-sifat fisika, kimia dan biologi Perairan Selatan Jawa Tengah melalui sebaran menegak dan melintang dan dengan mengamati variasi dan pola sebaran suhu permukaan laut dari data citra satelit NOAA 11- AVHRR/2. Selain itu, juga digunakan data klimatologi yaitu arah dan kecepatan angin untuk mendukung indikasi penaikan massa air tersebut. Penelitian ini menggunakan data citra satelit NOAA 11-AVHRR/2 (bulan April - September 1990), data parameter fisika, kimia dan biologi pada bulan Maret 1990 (musim barat) dan Agustus 1990 (musim timur) yang terdiri dari; suhu, salinitas, sigma-t, fosfat, nitrat, silikat, oksigen terlarut dan klorofil-a serta data klimatologi yang meliputi; arah dan kecepatan angin, curah hujan dan intensitas penyinaran matahari bulanan yang diamati di Stasiun Meteorologi Cilacap tahun 1990 yaitu dari Januari - Desember 1990 dan data arah dan kecepatan angin yang diambil pada saat pengukuran dan pengambilan contoh air laut di Perairan Selatan Jawa Tengah pada bulan Maret dan Agustus 1990. Data citra satelit di peroleh dari Pusfatja-LAPAN, Pekayon, Jakarta Timur, data oseanografi diperoleh dari Puslitbang Oseanologi - LIPI Jakarta dan data klimatologi didapatkan dari BMG Jakarta dan Puslitbang Oseanologi - LIPI Jakarta. ....
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA