Judul: Dasar Genetik Sifat Hiper- Dan Hipo-Respons Monyet Ekor Panjang (Macaca Fascicularis) Terhadap Diet Aterogenik
Abstrak: Monyet ekor panjang (Macaca fascicularis) merupakan satu dari spesies satwa primata yang paling umum digunakan sebagai model dalam penelitian biomedis. Sensitivitas spesies ini terhadap lemak jenuh dan kolesterol diet menjadikannya sebagai model dalam mempelajari pengaruh diet terhadap profil lipid plasma dan etiologi penyakit aterosklerosis pada manusia. Walaupun secara umum bersifat sensitif (hiper-responder), namun terdapat pula individu monyet ekor panjang yang kurang atau tidak sensitif terhadap perubahan diet (hiporesponder). Selama ini seleksi monyet ekor panjang hipo- dari hiper-responder dilakukan dengan intervensi diet aterogenik selama 2 bulan. Cara ini tidak efisien karena membutuhkan volume darah hewan dalam jumlah banyak dan pengontrolan yang ketat terhadap diet. Penelitian ini dilakukan untuk mencari metode yang mampu mengidentifikasi secara cepat monyet ekor panjang hipodari hiper-responder sehingga seleksi hewan menjadi lebih efisien. Pendekatan yang digunakan adalah penanda genetik. Penelitian ini menggunakan 22 ekor monyet ekor panjang hasil penangkaran di Pusat Studi Satwa Primata Institut Petanian Bogor (PSSP IPB) dan terdiri dari tiga tahapan, meliputi (1) Intervensi diet menggunakan diet aterogenik IPB-1 yang berbahan baku lokal dan analisis variasi respons kadar kolesterol plasma. Tahap ini bertujuan menyeleksi sensitivitas hewan berdasarkan status kolesterol plasma. (2) Identifikasi variasi genetik umum, berupa polimorfisme nukleotida tunggal (single nucleotide polymorphism, SNP) pada gen reseptor liporotein densitas rendah (low density lipoprotein receptor, LDLR). Tahap ini bertujuan mengelompokkan hewan berdasarkan polimorfisme umum. (3) Analisis ekspresi gen LDLR dalam sel darah tepi berinti tunggal (peripheral blood mononuclear cell, PBMC) dan membuat pustaka cDNA individu hipo-responder. Tahap ini bertujuan menjelaskan mekanisme molekuler yang mendasari keterkaitan antara variasi genetik dan variasi respons. Analisis respons kadar kolesterol plasma setelah intervensi diet aterogenik mengelompokkan hewan dalam tiga kategori, yaitu hipo-respons, hiper-respons, dan ekstrem. Pengelompokkan individu monyet ekor panjang yang bersifat hiporespons berdasarkan status kolesterol plasma menunjukkan kesamaan dengan pengelompokkan hewan berdasarkan jenis haplotipe pada intron 5 dan ekson 6. Berdasarkan status kolesterol plasma terdapat 2 hewan dengan sifat hipo-respons, sementara berdasarkan jenis haplotipe kedua hewan tersebut memiliki jenis haplotipe yang sama, yaitu haplotipe CGGTG pada intron 5 dan haplotipe GC pada ekson 6. Kesamaan pengelompokkan berdasarkan jenis haplotipe menjadikan SNP yang diidentifikasi pada posisi IVS5−6 (dalam intron 5) dan pada posisi 825 (dalam ekson 6) berpotensi digunakan sebagai penanda genetik idenifikasi sifat respons. Alel C pada posisi IVS5−6 adalah penanda genetik bagi monyet ekor panjang hiper-responder, sementara alel G untuk hewan yang bukan hiper-responder. Alel G pada posisi 825 adalah penanda genetik bagi monyet ekor panjang ekstrem. Selain itu alel T pada posisi −416 dalam promotor adalah penanda genetik bagi monyet ekor panjang hipo-responder ekstrem dan alel C pada posisi *167 dalam 3’UTR adalah penanda genetik bagi monyet ekor panjang sangat ekstrem. Kelimpahan mRNA individu hipo-responder ekstrem yang lebih tinggi dan individu sangat ekstrem yang lebih rendah dibandingkan individu lain menunjukkan bagaimana mekanisme yang mendasari keterkaitan antara polimorfisme dan sensitivitas hewan. Penggunaan penanda genetik merupakan terobosan baru karena membuat seleksi hewan hipo- dan hiper-responder menjadi lebih cepat dan efisien.
Keyword: LDLR, Macaca fascicularis, sifat respons, SNP

Judul: Partial Characterization of ENPP1, PPARGC1A, and VEGFA in Cynomolgus Monkey (Macaca fascicularis) with Spontaneous Type 2 Diabetes Mellitus
Abstrak: Diabetes melitus tipe 2 (DM2) adalah penyakit metabolik yang ditandai dengan hiperglikemia akibat menurunnya respon terhadap insulin (resistensi insulin). Penyakit ini dapat dicetuskan karena pola hidup tidak sehat dan faktor genetik. Dalam penangkaran monyet ekor panjang (Macaca fascicularis) di Pusat Studi Satwa Primata IPB, ditemukan beberapa hewan dalam suatu koloni yang mengalami peningkatan gula darah tanpa diberi perlakuan khusus, sehingga dikategorikan sebagai DM2 spontan. Kejadian DM2 spontan dapat dikaitkan dengan faktor genetik seperti dilaporkan pada manusia, diantaranya adalah polimorfisme pada gen ENPP1, PPARGC1A, dan VEGFA. Ketiga gen ini telah dilaporkan memiliki beberapa titik mutasi yang berasosiasi dengan perkembangan penyakit DM2 pada manusia, namun belum ada informasi tentang polimorfisme ketiga gen pada monyet ekor panjang. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dan mengkarakterisasi secara parsial gen ENPP1, PPARGC1A, dan VEGFA pada monyet ekor panjang non-DM2 dan DM2 spontan sehingga dapat dijadikan sebagai penanda genetik DM2 pada monyet ekor panjang. Penelitian dilakukan dengan cara membandingkan titik-titik mutasi pada manusia dengan monyet ekor panjang. Sekuen yang mengalami mutasi pada manusia dicari dengan program dbSNP, selanjutnya digunakan BLAST untuk mengetahui posisinya pada sekuen monyet ekor panjang. Hasil BLAST dijadikan dasar untuk mendesain primer forward dan reverse. Sampel darah dari 10 ekor monyet ekor panjang jantan dewasa (non-DM2 = 5 ekor, DM2 spontan = 5 ekor) diekstraksi untuk mendapatkan DNA. Cetakan DNA diamplifikasi dengan teknik polymerase chain reaction (PCR), kemudian produk PCR diurutkan basa nukleotidanya dengan teknik sekuensing. Hasil sekuensing disejajarkan untuk menemukan titik mutasi yang membedakan antara moyet non-DM2 dan DM2 spontan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa semua titik mutasi pada manusia yang menjadi target tidak ditemukan pada monyet ekor panjang yang diteliti. Ketiga gen yang digunakan berukuran sangat besar sehingga memungkinkan adanya perbedaan titik mutasi antara manusia dengan monyet ekor panjang. Polimorfisme yang ditemukan pada penelitian ini adalah ENPP1 c.133+134(A>G) dan c.133+144(T>G) di intron 4, serta PPARGC1A c.632+57(G>A) di intron 10. Namun ketiga polimorfisme ini tidak hanya ditemukan pada salah satu kelompok hewan, sehingga tidak dapat dijadikan sebagai pembeda antara monyet non-DM2 dan DM2 spontan.
Keyword: cynomolgus monkey, genetics of DM2, single nucleotide polymorphisms

Judul: Quality improvement of paddy soil and discharged water in drainage channel at acid sulphate soil.
Abstrak: Oxidation of pyrite in acid sulphate soil reduced the quality of soil and discharged water from paddy field. Improvement of soil quality in paddy cultivation could be managed by addition of organic matter together with regulating water to maintain its reductive condition. Water quality improvement in the paddy field was conducted by addition of good quality water (pH=5,0)through utilization of high tide water in dry season and rain water during rainy season while for improvement of discharged water, a system of drainage channel was developed
Keyword: