Judul: Selection of Subang Simadu Pineapple Rhizosphere Bacteria for the Accumulation of Indole-3-acetic Acid at Medium Without Trypophan Addition
Abstrak: Akumulasi asam indol-3-asetat atau indole-3-acetic acid (IAA) oleh kultur bakteri umumnya memerlukan penambahan triptofan pada media kultur sehingga biaya produksi menjadi lebih tinggi. Kemampuan bakteri dalam memproduksi IAA pada media kultur tanpa penambahan triptofan (jalur triptofan independen) perlu diseleksi. Potensi bakteri tersebut didasarkan pada ukuran dan berat buah tanaman nanas Simadu Subang yang lebih besar dibandingkan tanaman nanas Subang lainnya dikarenakan adanya peran bakteri tersebut dalam menyediakan IAA. Penelitian ini bertujuan untuk menyeleksi isolat bakteri rizosfer nanas Simadu Subang yang mampu memproduksi IAA di media kultur pada jalur triptofan independen dan meningkatkan akumulasinya dengan variasi pH media dan suhu. Penelitian dimulai dengan melakukan uji hemolisis pada sepuluh isolat bakteri rizosfer nanas Simadu Subang. Bakteri yang tidak bersifat patogen dikultivasi pada media LB tanpa penambahan L-triptofan untuk menyeleksi kemampuan akumulasi IAA. Satu isolat bakteri dengan akumulasi IAA terbaik dibuat kurva tumbuh. Identifikasi keseluruhan genom (whole genome sequencing) dilakukan untuk melihat gen yang terlibat dalam biosintesis IAA. Keberadaan klaster gen yang terlibat jalur triptofan independen dikonfirmasi dengan menganalisis metabolit yang terdeteksi pada LC-MS/MS. Perbandingan akumulasi IAA dikedua jalur dilihat dengan mengkultivasi kultur bakteri di media LB pada berbagai tingkat konsentrasi L-triptofan. Peningkatan akumulasi IAA pada biosintesis jalur triptofan independen dilakukan dengan merekayasa metabolisme bakteri dengan faktor pH media dan suhu kultur. Isolat M7 merupakan bakteri yang tidak bersifat patogen dan mampu menghasilkan konsentrasi IAA tertinggi pada media tanpa penambahan L-triptofan. Keseluruhan genom bakteri ini telah diidentifikasi dan memiliki setidaknya lima gen yang terlibat dalam biosintesis IAA melalui jalur yang tidak dipengaruhi keberadaan L-triptofan atau jalur triptofan independen. Keberadaan gen tersebut dikonfirmasi oleh akumulasi metabolit yang dihasilkan gen dalam biosintesis IAA melalui jalur triptofan independen. Akumulasi IAA tertinggi pada kultur ini adalah 98 µg/mL pada medium LB tanpa penambahan L-triptofan setelah 48 jam kultivasi pada suhu 30°C dan pH 7,0. Akumulasi IAA ini lebih besar dibandingkan pada kultur dengan penambahan 600 µg/mL L-triptofan. Produksi IAA oleh kultur bakteri ini dapat lebih dominan melalui jalur triptofan independen dibandingkan dengan jalur melalui triptofan dependen sehingga dapat disimpulkan bahwa kultur sel M7 dapat menghasilkan IAA tanpa adanya penambahan L-triptofan., The accumulation of indole-3-acetic acid (IAA) by bacterial cultures generally requires the addition of tryptophan to the culture media so that production costs are higher. The ability of bacteria to produce IAA in culture media without the addition of tryptophan (tryptophan-independent pathway) needs to be selected. The potential of these bacteria is based on the size and weight of the fruit of the Simadu Subang pineapple plant which is greater than other Subang pineapple plants due to the role of these bacteria in providing IAA. This research aims to select isolates of Simadu Subang pineapple rhizosphere bacteria that are capable of producing IAA in culture media using a tryptophan-independent pathway and increasing its accumulation by varying media pH and temperature. The research began by conducting hemolysis tests on ten isolates of Simadu Subang pineapple rhizosphere bacteria. Non-pathogenic bacteria were cultivated in LB media without the addition of L-tryptophan to select the ability to accumulate IAA. One bacterial isolate with the best IAA accumulation was made into a growth curve.
Keyword: asam indol-3-asetat, bakteri rizosfer, jalur triptofan independen, nanas Simadu Subang, indole-3-acetic acid, rhizospheric bacteria, tryptophan-independent pathway, Subang Simadu pineapple

Judul: Isolation and selection of nitrogen-fixing and producing indole-3-acetic acid bacteria from soil samples of Jambi Indonesia
Abstrak: Mikrob yang terdapat di dalam tanah memainkan peranan penting dalam produktivitas tanaman, terutama dalam proses penambatan nitrogen bebas di alam dan menghasilkan substansi zat pemacu tumbuh seperti Indole-3-Acetic Acid (IAA) eksogen. Kedua ciri tersebut diperlukan untuk memacu pertumbuhan tanaman. Penelitian ini bertujuan mengisolasi dan menyeleksi bakteri penambat nitrogen dan penghasil IAA asal sampel tanah di Taman Nasional Bukit Dua Belas (TNBD) Jambi. Isolasi dilakukan pada 17 sampel tanah yang diambil dari daerah rhizosfer tanaman kelapa sawit. Media yang digunakan untuk isolasi ialah media semisolid Nitrogen Free Bromthymol Blue (NfB). Isolat yang dipilih merupakan isolat yang dapat membentuk pelikel berwarna putih pada permukaan media semisolid tersebut dan mampu mengubah warna media dari hijau menjadi biru karena terjadi peningkatan pH. Isolasi menghasilkan sepuluh isolat terpilih yang kemudian diidentifikasi morfologinya. Identifikasi morfologi koloni dan sel menghasilkan lima isolat. Isolat yang menunjukkan pertumbuhan yang baik yaitu isolat A13.1 yang diidentifikasi sebagai Pseudomonas luteola dengan menggunakan KIT API 20 NE. Isolat A13.1 menghasilkan IAA eksogen tertinggi pada waktu inkubasi hari ke-5 di media NfB. Konsentrasi IAA yang terukur sebesar 33,88 ppm. Kata kunci: IAA (Indole-3-Acetic Acid), mikrob, nitrogen, Nitrogen Free Bromthymol Blue (NfB), rhizosfer, Soil microbes plays an important role in crop productivity, especially in the process of nitrogen fixation in free nature and produces growth promoting hormone substances such as Indole-3-Acetic Acid (IAA) exogenous. Both of these character are needed to promote of plant growth. This study aimed to isolate and select nitrogen-fixing and producing IAA bacteria from soil samples in Taman Nasional Bukit Dua Belas (TNBD) Jambi. Isolation was performed in 17 soil samples taken from the area of oil palm plant rhizosphere. The medium used for the isolation of semisolid medium is Nitrogen Free Bromthymol Blue (NFB). Isolates were selected to form an isolated white pellicle on the surface of the semisolid media and the media is able to change color from green to blue due to increase of pH. Isolation produced ten selected isolates were then identified its morphology. Identification of colony morphology and cell produces five selected isolates. Isolate A13.1 showed the best growth and identified as Pseudomonas luteola using KIT API 20 NE. The.isolate produced maximum exogenous IAA at 5 days incubation at medium NfB. The amount of IAA was 33.88 ppm. Keywords: IAA (Indole-3-Acetic Acid), microbes, nitrogen, Nitrogen Free Bromthymol Blue (NfB), rhizosfer
Keyword: IAA (Indole-3-Acetic Acid), mikrob, nitrogen, Nitrogen Free Bromthymol Blue (NfB), rhizosfer

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: