Judul: Studi Fluktuasi Arus Permukaan Frekuensi (Low Frequency) Di Perairan Utara Papua Pada Bulan Oktober 2001 - Agustus 2002
Abstrak: Wilayah perairan di sebelah utara provinsi Papua yang termasuk kedalam Samudera Pasifik Tropis wilayah barat (Wesf Tropical Pacfic Ocean) merupakan wilayah perairan dengan kondisi meteorologi dan oseanografi yang sering beffluktuasi dan terjadi perubahan secara ekstrim. Samudera Pasifik sebagai salah satu pendorong arus lintas Indonesia (ARLINDO) menjadikannya sangat menarik untuk diteliti karena perubahan yang terjadi ikut rnernpengaruhi pertukaran massa air antara Samudera Pasifik dengan Samudera Hindia. Penelitian ini bertujuan untuk : (1). Mendeskripsikan karakteristik fluktuasi angin dan arus permukaan laut pada frekuensi rendah (low frequency); (2). Menganalisis hubungan antara angin dan arus permukaan pada fiekuensi rendah lewat analisis hasil korelasi silang (crosscorrelation) dan spektrum silang (cross-spekfraf). Penelitian ini memanfaatkan data buoy TRITON*sehagai hasil prggran Trapical Afmszp:;ere Ocszn (TAD) cli sainudsta Fasifik oleh Japan Marine Science and Technology Centre (JAMSTEC). Data yang dipakai adalah data angin dan arus pada buoy 10 (7'39'36" LU, 136°41'24"BT). 11 (4°51'36"LU, 137°16'12"BT), dan 12 (2°00'00LU, 138°06'36"BT) selama selang waktu 1 Oktober 2001 sampai 27 Agustus 2002 dengan selang waktu perekaman data satu jam. Namun data arus yang tersedia tidak sepenuhnya kontinu yang menyebabkan data terbagi kedalam beberapa selang data. Data pada buoy 10 terbagi menjadi tiga yaitu 1 Oktober - 14 Desember 2001, 23 Desember 2001 - 7 Juni 2002, dan 16 Juni - 27 Agustus 2002. Hal serupa terjadi pada data buoy 12 sehingga selang data yang ada menjadi 1 Oktober - 14 Desember 2001,28 desember 2001 - 16 Juni 2002, dan 23 Juni - 27 Agsutus 2002. Sedangkan pada buoy 11 data arus terbagi menjadi 2 bagian yaitu 1 Oktober - 15 November 2001 dan 4 Juli - 27 Agustus 2002.
Keyword: 

Judul: Variabilitas suhu dan salinitas di perairan utara Papua (5 derajat lintang utara dan 137 derajat bujur timur) dari Buoy Triton
Abstrak: Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui dan melihat Variabilitas suhu dan salinitas di Perairan Utara Papua (5°LU dan 137°BT) hubungannya dengan angin dan El Nino Southern Oscillation Index (ENSO). Data suhu, salinitas, dan angin merupakan data harian periode Juli 2004-Mei 2009 direkam oleh pengamat Buoy Triton pada koordinat 5°LU dan 137°BT, selain itu juga digunakan data Indeks Osilasi Selatan yang merupakan data bulanan periode Juli 2004-Mei 2009 yang di peroleh dari situs Badan Meteorologi Australia (http ://www.bom.gov.au). Sebaran temporal suhu dan salinitas ditampilkan dengan menggunakan perangkat lunak ODV mp (Alfred Wegener Institut for Polar and Marine Research), sebaran temporal SOI ditampilkan menggunakan perangkat lunak MATLAB 7.01 (Mathworks, Inc), dan sebaran temporal angin ditampilkan dengan menggunakan perangkat lunak surfer 8.0 (Golden Software, Inc). Sebaran temporal digunakan untuk menganalisis hubungan antara suhu dan salinitas dengan angin dan SOI. Spektrum densitas energi digunakan untuk melihat periode fluktuasi signifikan dari parameter suhu, salinitas, angin, dan SOI. Spektrum densitas energi dihitung dengan metode Fast Fourier Transform (FFT) menggunakan perangkat lunak Statistica 8.0 (Statsoft, Inc). Hubungan antar suhu, salinitas, angin, dan SOI digunakan Cross Spectral Analysis dengan menggunakan perangkat lunak Statistica 8.0. Hasil sebaran temporal suhu dan salinitas menunjukkan bahwa suhu dan salinitas di Perairan Utara Papua memiliki stratifikasi yang kuat dan jelas sesuai musim. Pada Musim Timur, suhu dan salinitas relatif tinggi serta lapisan salinitas maksimum lebih tebal, hal ini diduga karena Arus Bawah Khatulistiwa (Equatorial Undercurrent) yang merupakan refleksi dari Arus Bawah Pantai Papua (New Guinea Coastal Undercurrent) dan Arus Sakal Khatulistiwa Utara (North Equatorial Counter Current) yang menguat pada Musim Timur. Pada Musim Barat suhu dan salinitas relatif rendah serta lapisan salinitas masimum tidak terlihat, hal ini diduga karena angin Passat Timur Laut, kondisi angin ini membawa pengaruh pada curah hujan, dimana angin tersebut membawa hujan, sehingga terjadi penurunan suhu air laut. Pada Musim Peralihan I dan II suhu dan salinitas relatif tinggi, hal ini diduga karena masukan massa air dari Pasifik Selatan yang lebih hangat dan asin…
Keyword: Salinitas; Variabilitas; Suhu, Variabilitas, Suhu, Bogor Agricultural University, Institut Pertanian Bogor, IPB

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA