Judul: Respon Suhu dan Kedalaman Lapisan Tercampur terhadap Fase Aktif Madden Julian Oscillation (MJO) di Laut Banda
Abstrak: Pada periode intraseasonal (20 – 100 hari), fenomena MJO yang merambat ke arah timur di sepanjang wilayah ekuator berdampak signifikan terhadap dinamika laut dan atmosfer, sehingga memicu anomali suhu dan kedalaman lapisan tercampur / Mixed Layer Depth (MLD) di area yang dilewatinya, khususnya dari bagian ekuator Samudera Hindia hingga Samudera Pasifik bagian barat melewati Benua Maritim Indonesia / Indonesian Maritime Continent (IMC). Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis karakteristik propagasi MJO di wilayah IMC dan dampaknya terhadap anomali suhu spasial dan vertikal serta MLD di Laut Banda. Studi ini memanfaatkan data harian Outgoing Longwave Radiation (OLR), angin hPa, dan angin permukaan sebagai variabel atmosfer. Variabel laut yang digunakan antara lain, data anomali Sea Surface Temperature (SST) dan data observasi Argo float di Laut Banda bagian timur. Filter bandpass dengan batas periode 20 – 100 hari dilakukan pada data laut-atmosfer untuk mendapatkan sinyal yang berfluktuasi di dalam periode intraseasonal. Kemudian indeks yang digunakan untuk mengidentifikasi fase aktif MJO adalah Real-Time Multivariate MJO (RMM) pada tahun 2017 hingga 2018 dan difokuskan pada nilai amplitudo RMM tertinggi, yaitu pada musim barat bulan Desember 2017 – Februari 2018. Melalui plot Hovmöller, propagasi kuat MJO ditunjukkan melalui anomali negatif OLR dan anomali positif angin zonal 850hPa dari Samudra Hindia ke Samudra Pasifik menuju Benua Maritim. Kecepatan propagasi MJO diperoleh dari slope negatif OLR yang terbentuk dan diperoleh kecepatan propagasi berkisar 4.918 m/s. Secara spasial, propagasi fase aktif MJO juga terlihat melalui variabel atmosfer dan lautan yang dominan di bagian selatan ekuator dan melewati Laut Banda. Plot deret waktu pada fase aktif MJO secara bersamaan menunjukkan anomali negatif OLR, anomali negatif fluks bahang total, peningkatan angin zonal 850hPa dan angin permukaan, serta berdampak terhadap pendinginan suhu baik spasial ataupun vertikal. Secara spasial, nilai SST saat fase pasif MJO ditunjukkan dengan peningkatan SST berkisar 0.1°C – 1°C yang mendominasi di Laut Banda, Kondisi yang berkebalikan ditunjukkan saat fase aktif MJO berlangsung dengan penurunan berkisar 0.1°C – 0.8°C. Pada fase aktif MJO, pendinginan suhu di kolom air pada lapisan permukaan hingga termoklin (kedalaman 0 hingga 250 m) berkisar 0.1°C – 1°C dan peningkatan suhu berkisar 0.1°C – 0.8°C pada fase pasif MJO pada Januari hingga Februari 2018. Amplitudo tertinggi anomali suhu kolom air ditemukan pada lapisan termoklin. Anomali intraseasonal MLD memperlihatkan adanya fluktuasi yang kuat terjadi pada Januari hingga Maret 2018. Plot tersebut menunjukkan anomali positif MLD mencapai 24.97 m pada 8 Februari saat fase aktif MJO dan sebaliknya, pendangkalan MLD sebesar 9.22 m pada 26 Januari saat fase pasif MJO.
Keyword: Madden Julian Oscillation, intraseasonal scales, mixed layer depth, Maritim Continent, Banda Sea, multi-datasets

Judul: Respon Suhu Permukaan Laut (SPL) dan Klorofil-a terhadap Madden-Julian Oscillation (MJO) di Laut Indonesia
Abstrak: Osilasi laut-atmosfer pada periode intra-musiman yang dikenal dengan Madden-Julian Oscillation (MJO) merupakan fenomena skala besar yang terjadi di wilayah ekuatorial, khususnya di Benua Maritim Indonesia (BMI). Tujuan penelitian ini adalah mengkaji proses perambatan MJO dan hubungannya dengan suhu permukaan laut (SPL) dan klorofil-a. Variabel laut (SPL dan klorofil-a) dan variabel atmosfer (outgoing longwave radiation/OLR, angin 850 hPa, dan angin permukaan) ditapis dengan periode 20 – 100 hari. Densitas spektral dari OLR dan angin 850 hPa (2003 – 2012) menunjukkan periode dominan MJO selama 40 - 50 hari. Rata-rata kecepatan penjalaran MJO berdasarkan analisis diagram Hovmöller adalah 4.7 m/s. Korelasi silang antara variabel SPL dan OLR di Selatan Jawa dan Laut Banda menghasilkan korelasi kuat saat fase aktif MJO, dimana MJO terjadi lebih dulu kemudian diikuti respon penurunan nilai SPL di sepanjang wilayah ekuatorial. Terdapat respon peningkatan klorofil-a di beberapa area saat fase aktif MJO dengan beda fase yang singkat. Gesekan dan pengadukan pada lapisan permukaan yang disebabkan oleh angin permukaan diduga sebagai faktor utama peningkatan klorofil-a di sekitar ekuatorial.
Keyword: Madden-Julian Oscillation, OLR, Benua Maritim, suhu permukaan laut, klorofil-a permukaan

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA