Judul: Produksi Antiserum Poliklonal Sugarcane Streak Mosaic Virus Menggunakan Antigen Protein Selubung Rekombinan Hasil Ekspresi Gen Pada Escherichia Coli
Abstrak: Sugarcane streak mosaic virus (SCSMV) adalah salah satu virus penting penyebab gejala mosaik bergaris pada tanaman tebu di Indonesia saat ini. Penyakit SCSMV dapat menyebar dengan cepat karena dapat menular secara mekanis melalui pisau potong saat penyiapan atau pemanenan bagal dan bersifat tular bagal. Antiserum komersial untuk mendeteksi dan memonitor perkembangan SCSMV di lapangan belum tersedia. Usaha penyediaan antiserum akan sangat bermanfaat dalam mendeteksi SCSMV secara serologi khususnya untuk penyediaan bagal tebu bebas virus. Penelitian ini bertujuan memproduksi antiserum poliklonal menggunakan antigen protein selubung SCSMV (CP-SCSMV) hasil ekspresi gen pada bakteri Escherichia coli. Gen CP-SCSMV diamplifikasi dengan RT-PCR menggunakan primer spesifik gen CP yang memiliki ujung situs enzim restriksi BamHI dan HindIII, kemudian amplikon dikloning pada vektor kloning pTZ57R/T dan dikonfirmasi melalui koloni PCR, isolasi plasmid, dan perunutan DNA. CP-SCSMV selanjutnya disubkloning ke vektor ekspresi pET-28a pada situs enzim restriksi BamHI dan HindIII membentuk rekombinan pET-SCSMV dan ditransformasi pada 2 strain bakteri ekspresi yaitu E. coli BL21(DE3) dan Rosetta-gami(DE3)pLysS. Optimasi ekspresi protein dilakukan terhadap konsentrasi IPTG (0.25, 0.50, 0.75, dan 1.0 mM), suhu inkubasi (25, 30, dan 37 ºC), dan waktu panen setelah diinduksi IPTG (3, 6, 9, 12, dan 18 jam). Protein hasil ekspresi selanjutnya dipurifikasi dan digunakan sebagai antigen untuk produksi antiserum poliklonal SCSMV pada kelinci strain New Zealand. Antiserum yang dihasilkan selanjutnya diuji sensitivitas dan selektivitasnya dalam mendeteksi SCSMV dengan 3 metode deteksi serologi yaitu AGPT, I-ELISA, dan DBIA. Gen CP-SCSMV berhasil diamplifikasi dengan primer spesifik CP-SCSMV. Gen CP-SCSMV berukuran 855 pb dan mengode 285 asam amino. Homologi nukleotida dan asam amino diantara 3 klon CP-SCSMV masing-masing mencapai 99.7% dan 100%. CP-SCSMV memiliki homologi sikuen nukleotida dan asam amino tertinggi masing-masing dengan isolat Indonesia (97.3%) dan Cina (98.9%). CP-SCSMV berhasil disubkloning pada vektor ekspresi dan terekspresi pada fraksi pelet (insoluble) bakteri E. coli BL21(DE3) dan Rosetta-gami(DE3)pLysS. Analisis SDS-PAGE menunjukkan pita protein yang berhasil terekspresi berukuran ±35.4 kDa yang merupakan fusi antara protein vektor ekspresi dan CP-SCSMV. Ekspresi gen CP-SCSMV optimal didapatkan pada suhu inkubasi 25 oC dengan konsentrasi IPTG 0.25 mM dan dipanen 9 jam setelah induksi IPTG pada E. coli BL21(DE3) sedangkan pada E. coli Rosetta-gami(DE3)pLysS, ekspresi gen CP-SCSMV optimal didapatkan pada suhu inkubasi 30 oC dengan konsentrasi IPTG 0.25 mM IPTG, dan dipanen 9 jam setelah induksi IPTG. Ekspresi gen protein rekombinan CP-SCSMV pada E. coli BL21(DE3) dan Rosetta-gami(DE3)pLysS dipengaruhi oleh faktor suhu dan waktu inkubasi. Peningkatan konsentrasi IPTG dan waktu vi inkubasi tidak selalu berbanding lurus dengan peningkatan ekspresi gen CP-SCSMV. Antiserum yang dihasilkan dari 2 ekor kelinci adalah ±72.5 mL. Antiserum SCSMV tidak dapat mendeteksi SCSMV dengan metode AGPT. Sensitivitas antiserum pada metode I-ELISA mencapai pengenceran antiserum 1:1000 dan pengenceran antigen 1:100. Uji serologi dengan metode DBIA lebih sensitif dibandingkan dengan deteksi I-ELISA yang ditunjukkan dengan sensitivitas antiserum yang mencapai 1:10 000. Antiserum poliklonal SCSMV yang diproduksi juga menunjukkan selektivitas yang cukup baik yang ditandai dengan tidak terdeteksinya SCMV pada metode I-ELISA. Antiserum SCSMV hasil penelitian ini dapat dimanfaatkan untuk deteksi SCSMV secara serologi untuk memonitor perkembangan SCSMV di lapangan. Antiserum SCSMV ini juga dapat digunakan untuk deteksi awal SCSMV, khususnya pada kebun induk tebu
Keyword: deteksi serologi, imunogen, kloning, Potyviridae, tebu

Judul: Produksi Antibodi Poliklonal Geminivirus, Penyebab Penyakit Daun Keriting Kuning Cabai, dan Kajian Serologinya.
Abstrak: Penyakit daun keriting kuning cabai, yang disebabkan oleh geminivirus telah dilaporkan menyebabkan kerusakan yang sangat berat pada areal pertanaman cabai di Indonesia, terutama di Pulau Jawa. Usaha untuk mengelola penyakit yang disebabkan oleh geminivirus melibatkan pendekatan secara kultur teknis seperti rotasi tanaman, tanaman tumpang gilir, tanaman tahan, tanaman penghalang, dan dengan pendekatan secara kimiawi dan hayati untuk mengendalikan serangga vektor, Bemisia tabaci. Salah satu komponen penting di dalam pengendalian penyakit yang disebabkan oleh geminivirus adalah mendeteksi infeksi sedini mungkin. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan untuk mengembangkan metodologi untuk mendeteksi infeksi geminivirus. Sasaran dari penelitian ini adalah menghasilkan antibodi poliklonal geminivirus dan menggunakannya di dalam teknik serologi untuk mendeteksi geminivirus. Pemumian geminivirus dilakukan dengan menggunakan gradien sesium sulfat (Cs2S04). Kualitas dari preparasi geminivirus mumi ditetapkan menggunakan spektrofotometer (A26of A2so). Preparasi geminivirus mumi ini kemudian digunakan untuk imunisasi pada kelinci untuk menghasilkan antibodi poliklonal geminivirus. Antibodi dipanen sepuluh hari setelah imunisasi terakhir. Dua metode serologi yaitu, gel double-diffasion test, dan modifikasi indirect-enzyme linked immunosorbent assay (I-ELISA) digunakan untuk menentukan titer antibodi. Reaksi positif masih diperoleh pada pengenceran sampai 1/4 dan 1/16384, menggunakan gel double-diffasion test, dan modifikasi I-ELISA, berturut-turut. Reaksi antibodi yang sama ditemukan antar isolat geminivirus dari berbagai lokasi yang berbeda (Bogor dan Segunung, Jawa Barat; Kaliurang dan Kulonprogo, Jogjakarta) dengan metode dot immunobinding assay (DIBA). Menggunakan metode I-ELISA, antobodi poliklonal geminivirus tidak menunjukkan reaksi silang terhadap Cucumber mosaic cucumovirus (CMV), Tobacco mosaic tobamovirus (TMV), dan Chili veinal mottle potyvirus (ChiVMV).
Keyword: Geminivirus, pemurnian, antibodi poliklonal, gel double-diffusion test, I-ELISA, DIBA

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: