Judul: Eliminasi Onion Yellow Dwarf Virus Dan Garlic Common Latent Virus Pada Bawang Putih Melalui Elektroterapi Dan Termoterapi Secara In Vitro
Abstrak: Bawang putih (Allium sativum) merupakan salah satu komoditas hortikultura yang digunakan sebagai bumbu di sebagian besar masakan Indonesia. Bawang putih diperbanyak secara vegetatif sehingga diduga tidak ada klon atau benih yang bebas dari penyakit. Beberapa jenis patogen diketahui dapat menular antar tanaman melalui perbanyakan vegetatif termasuk virus. Tanaman bawang putih dapat terinfeksi oleh virus dari 5 kelompok genus yaitu Allexivirus (Garlic virus-A, GarV-A; Garlic virus-B, GarV-B; Garlic virus-C, GarV-C; Garlic virus-D, GarV-D; Garlic virus-E, GarV-E; Garlic virus-X, GarV-X; Shallot virus X, ShVX; dan Garlic mite-borne filamentous virus, GarMbFV), Potyvirus (Onion yellow dwarf virus, OYDV; dan Leek yellow stripe virus, LYSV), Carlavirus (Garlic common latent virus, GarCLV atau GCLV; dan Shallot latent virus, SLV), Tospovirus (Irish yellow spot virus, IYSV), dan Fijivirus (Garlic dwarf virus, GDV). Beberapa jenis virus yang menginfeksi bawang putih tersebut dilaporkan dapat menyebabkan kehilangan hasil. Oleh karena itu, perlu upaya preventif untuk mengurangi insidensi penyakit virus melalui penggunaan benih bebas virus. Tujuan penelitian adalah untuk mendapatkan metode eliminasi OYDV dan GarCLV pada bahan perbanyakan bibit bawang putih melalui aplikasi kombinasi elektroterapi dan termoterapi secara in vitro. Penelitian dilaksanakan mulai Desember 2015 sampai September 2016 di Laboratorium Virologi Tumbuhan Departemen Proteksi Tanaman dan Laboratorium Kultur Jaringan 3 Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor. Sampel benih bawang putih lokal diperoleh dari penangkar umbi bawang putih; terdiri atas 4 kultivar yaitu cv. Lumbu Kuning dan cv. Lumbu Hijau dari Jawa Timur, cv. Tawangmangu Baru dari Jawa Tengah, dan cv. Sangga Sembalun dari Nusa Tenggara Barat, sedangkan bawang putih konsumsi impor diperoleh dari supermarket. Kegiatan penelitian diawali dengan deteksi virus pada sampel bawang putih menggunakan metode dot immunobinding assay (DIBA) dengan antibodi OYDV, GarCLV, dan SLV. Deteksi benih bawang putih lokal dilakukan dengan memilih secara acak 50 umbi pada masing-masing kultivar, sedangkan umbi bawang putih impor dipilih secara acak 10 umbi dan ditumbuhkan selama 3 minggu di laboratorium. Daun dikoleksi dan dijadikan sampel untuk deteksi virus. Dua kultivar dengan insidensi virus tertinggi digunakan sebagai bahan tanam dalam perlakuan eliminasi. Tunas adventif diberi perlakuan arus elektroterapi pada lima taraf perlakuan, yaitu 0 mA, 5 mA, 10 mA, 15 mA dan 20 mA masing-masing diberi aliran arus listrik selama 10 menit. Ujung tunas dipotong sekitar 2 mm yang digunakan sebagai eksplan. Eksplan dikulturkan pada media MS (Murashige-skoog) dan diinkubasi pada ruang kultur kemudian diberikan termoterapi berdasarkan masing-masing suhu selama 4 minggu. Perlakuan termoterapi menggunakan 4 taraf perlakuan suhu, yaitu 23 °C, 28 °C, 33 °C, dan 38 °C. Setelah 4 minggu, tunas dipindahkan ke media inisiasi akar selama 2 minggu. Planlet yang terbentuk siap diaklimatisasi menggunakan media arang sekam steril selama 2 minggu di laboratorium. Deteksi virus dilakukan pada tanaman bawang putih hasil aklimatisasi menggunakan metode reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). Deteksi virus dari sampel bawang putih lokal menunjukkan hasil yang beragam antar sampel bawang putih. Total insidensi virus sangat tinggi, yaitu 100% pada cv. Sangga Sembalun, 98% pada cv. Lumbu Hijau, 96% pada cv. Tawangmangu Baru, dan 92% pada cv. Lumbu Kuning, sedangkan pada bawang putih konsumsi impor insidensi virus 100%. Lebih dari satu jenis virus ditemukan pada satu tanaman
Keyword: DIBA, planlet bebas virus, RT-PCR

Judul: Deteksi Dan Eliminasi Virus Pada Umbi Bawang Merah
Abstrak: Salah satu penyebab rendahnya produksi bawang merah secara nasional adalah ketersediaan benih yang berkualitas tinggi. Kualitas benih bawang merah ditentukan antara lain oleh status kesehatan benih. Benih yang berkualitas adalah benih yang bebas patogen termasuk bebas dari infeksi virus. Oleh karena itu sangat diperlukan upaya untuk menyediakan benih bawang merah yang bebas virus. Tanaman bawang merah dapat terinfeksi oleh virus dari kelompok Potyvirus (OYDV/Onion Yellow Dwarf Virus, SYSV/Shallot Yellow Stripe Virus, dan LYSV/Leek Yellow Stripe Virus), Carlavirus (SLV/Shallot Latent Virus dan GCLV/Garlic Common Latent Virus), dan Alexivirus (MbLV/Shallot Mite borne Latent Virus, Gar-V-B, Gar-V-C, Gar-V-D dan GMV/Garlic Mosaic Virus). Penyakit yang disebabkan oleh virus bersifat sistemik dan apabila sudah ada dalam jaringan benih, akan sulit untuk dieliminasi dan dapat menyebabkan degenerasi. Infeksi virus pada tanaman bawang merah di lapangan maupun umbi di tempat penyimpanan belum banyak diketahui di Indonesia. Tujuan penelitian adalah mendeteksi virus dari umbi bawang merah, mempelajari potensi perlakuan air panas dalam mengeliminasi infeksi virus pada umbi bawang merah dan mempelajari potensi perlakuan air panas yang dikombinasi dengan teknik kultur jaringan dalam mengeliminasi infeksi virus pada umbi bawang merah. Penelitian dilaksanakan mulai Agustus 2013 hingga Juli 2015, bertempat di Laboratorium dan Rumah kaca Virologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, serta Laboratorium Kultur Jaringan, Pusat Kajian Hortikultura Tropika (PKHT), Institut Pertanian Bogor (IPB). Umbi benih bawang merah diambil dari daerah Jawa Barat dan Jawa Tengah. Pengambilan sampel dilakukan dengan metode purpossive sampling, yaitu sampel yang diambil mewakili 2 elemen pelaku usahatani bawang merah (petani dan pedagang) dari 5 daerah penghasil bawang merah (Brebes, Cirebon, Kuningan, Majalengka dan Bandung). Diperoleh 10 kultivar bawang merah yaitu Bima Brebes, Nganjuk, Timur Carwan, Ilokos, Bima Curut, Sumenep, Jawa, Batu Merah, Batu Putih dan Jalaksana. Kegiatan penelitian diawali dengan identifikasi virus menggunakan metode DIBA (Dot blot immunobinding assay) dengan antibodi OYDV, SLV, dan GCLV. Sampel uji terdiri atas umbi, dan daun hasil penanaman umbi (metode growing on test), masing-masing sebanyak 15 sampel/kultivar/daerah. Sampel uji yang positif terinfeksi virus digunakan sebagai bahan perlakuan pemanasan. Pengamatan morfologi umbi bawang merah pada kultivar Bima Curut, Sumenep, Batu Merah dan Jalaksana meliputi karakter diameter, jumlah lapisan dan kekerasan umbi, menggunakan 10 umbi untuk masing-masing karakter. Sampel umbi kultivar Bima Curut, Sumenep, Batu Merah dan Jalaksana yang terinfeksi virus diberi perlakuan air panas pada suhu 40 C, 45 C, 50 C dan 55 C selama 15 dan 30 menit. Umbi bawang merah yang telah diberi perlakuan air panas kemudian ditanam pada media tanah dan pupuk kandang steril. Satu bulan setelah penanaman umbi dilakukan pengujian keberadaan virus dengan metode DIBA. Perlakuan air panas yang paling baik yaitu 45 C dan 50 C selama 15 dan 30 menit dikombinasikan dengan kultur jaringan pada media MS, 2ip 2 mg L-1 dan GA3 0.3 mg L-1. Keberadaan virus pada planlet hasil kultur jaringan dideteksi menggunakan metode RT-PCR. Berdasarkan deteksi virus dengan metode DIBA, sampel bawang merah positif terinfeksi OYDV, SLV dan GCLV dengan rata-rata persentase infeksi virus pada jenis sampel umbi bawang merah berkisar antara 0% sampai 100%, sedangkan pada sampel daun bawang merah jumlah sampel yang terinfeksi virus berkisar antara 53.33% sampai 100%.
Keyword: Dot immuno binding assay, Garlic common latent virus, Shallot latent virus, Onion yellow dwarf virus, RT-PCR

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: