Judul: The isolation and molecular identification of papillomavirus in macaca fascicularis and macaca nemestrina at animal facility of primate research centre – Bogor Agricultural University.
Abstrak: Cervical cancer is still regarded as a major cause of death in women world wide, hence research on papilloma viruses, their drugs and vaccines for the prevention are still continued. Papilloma virus is a DNA virus of the family papillomaviridae. Papilloma virions have no sheath, the diameter of 55 nm, and icosahedral capsid. The virus multiplies in the cell nucleus and causes chronic latent infection. The virus genome has a circular form, 8 kbp in length with 8 open reading frames. The genome is divided into early (E) and late (L) genes. The E gen synthesizes 6 E proteins, namely E1, E2, E4, E5, E6 and E7, which are linked into the process of viral replication and oncogenes. Meanwhile, the L gene synthesizes 2 proteins, the L1 and L2, which are related to the formation of the capsid (Hakim 2010). In order to obtain the best result of the cancer research, it is highly requested to obtain appropriate animal model that reflect aspects of human disease. Non-human primates have high similarity with humans, both in terms of the evolution of the genetic, anatomical, physiological, biochemical and organ systems, as well as in cancer genes. Non-human primates of the genus Macaca is a genus with the highest distribution worldwide, from Japan to Afghanistan. So far, there are 22 species are included in the genus Macaca. Originally rhesus monkeys or M. mulatta are widely used for biomedical research, but since the Indian government imposed a ban on importing these animals, then Macaca fascicularis (Long-tailed Macaque, cynomolgus) and Macaca nemestrina (Pig-tailed Macaque), which has high population in Southeast Asia, began to be used as research animal. Various medical aspects related to both species are commonly studied by many researchers as an animal model for human diseases. This study is using the polymerase chain reaction (PCR) method and nucleotide tracking to identify papillomavirus tipes that infect the genital tract of Macaca fascicularis and Macaca nemestrina, which is kept in breeding facilities of Primate Research Center, IPB. The analysis of nucleotide sequences were performed using the Clustal W 2.1 and 5.1 Mega program. The establishment of phylogenetic tree using neighbor joining with 1000 times bootstrap repetition. The results showed that the papillomavirus that infect Macaca fascicularis was 32.7% (78/238) and Macaca nemestrina 12% (4/31). Both species were infected by Macaca fascicularis papillomavirus (MfPV) tipe 3, 4, 5, 7 and 9, belongs to the genus Alpha papillomavirus with homology of 80 - 100%. Papilloma virus that infected the pig-tailed macaque was the same tipe of papillomavirus that infected the cynomolgus with similarity between 82% - 99% based on L1 region. To further explain the tipes of papilloma viruses that infected the pig-tailed macaque, it is necessary to identify the entire genome of the virus. To determine the tipe of the virus, it requires the identification of a more complete nucleotide sequence. It is interesting because papillomavirus that infected the pigtail macaques has 76% homology with the HPV tipe 52. This is the first report on the incidence of papillomavirus infection in the pigtail macaque genome that further analysis
Keyword: Papillomavirus, cervic cancer, animal model, Macaca fascicularis, Macaca nemestrina

Judul: Identification and Molecular Characterization of Simian Endogenous Retrovirus in Macaca fascicularis and Macaca nemestrina in Captive Facilities in Bogor
Abstrak: Macaca fascicularis (monyet ekor panjang, MEP) dan M. nemestrina (beruk) merupakan satwa primata endemik Indonesia yang digunakan sebagai hewan model dalam penelitian biomedis untuk menunjang kesehatan manusia, salah satunya pada penelitian pengembangan vaksin Human immunodeficiency virus (HIV). Vaksin konvensional HIV yang telah dikembangkan saat ini tidak efektif akibat tingginya keragaman retrovirus eksogen. Studi terbaru telah dilakukan pendekatan pengembangan jenis vaksin HIV dengan memanfaatkan Human endogenous retrovirus (HERV). HERV juga diketahui menginduksi respon kekebalan, sehingga memungkinkan untuk dilakukan pengembangan terapi terhadap HERV untuk pencegahan kanker. Retrovirus endogen juga ditemukan pada satwa primata salah satunya yaitu Simian endogenous retrovirus (SERV), sehingga retrovirus endogen pada satwa primata ini diharapkan dapat mendukung dalam penelitian vaksin HIV maupun terapi anti-kanker pada manusia. Penelitian dasar berupa identifikasi dan karakterisasi molekuler terhadap retrovirus endogen pada satwa primata Indonesia yang terdeteksi pada sampel MEP dan beruk perlu dilakukan. Penelitian memanfaatkan 131 sampel darah utuh asal MEP dan 58 sampel asal beruk dikoleksi dari Fasilitas Penangkaran Wanara Satwa Loka (WSL) dan PSSP-LPPM IPB di Bogor. Amplifikasi PCR pada sampel DNA dilakukan dengan teknik real-time PCR SYBR Green menggunakan primer spesifik SRV1-5 7585U19 dan SRV1-5 7695L21. Analisis hasil amplifikasi didasarkan pada profil nilai cycle threshold (Ct) <24,0 dan nilai kurva leleh (melt curve) pada suhu kisaran 80,0-82,0ºC. Runutan nukleotida genom utuh dilakukan dengan teknik sekuensing asam nukleat menggunakan metode primer walking dan dianalisis dengan metode bioinformatik yaitu 4peaks, clustalW dan BLAST (NCBI). Pohon filogenetik dikonstruksi dengan metode neighbor-joining menggunakan program MEGA X. Berdasarkan uji tapis dengan teknik real-time PCR SYBR Green, diperoleh dua sampel yang memiliki karakeristik SERV yaitu Mn B1 dan Mn B140910 dengan nilai Tm 82,0ºC dan nilai Ct 22,37-22,54. Analisis runutan genom utuh terhadap dua sampel SERV tersebut diperoleh hasil yang identik dengan total 7991 nukelotida yang disusun atas domain LTR, gag, prt, pol, dan env. Kedua sampel ini memiliki kemiripan (identity) nukleotida 99-100% dengan isolat sampel beruk Mn 92227 asal Indonesia yang berada di Pusat Primata Nasional Universitas Washington (NaPRC UW) sejak tahun 1998 yang terkonfirmasi sebagai novel SERV. Gambaran hasil pohon filogenetik menunjukkan sampel Mn B1 dan Mn B140910 pada genom utuh nukleotida dan asam amino env mengelompok bersama SRV-2 dengan identitas nilai 82% dan 79%, sementara itu asam amino Gag, Prt, dan Pol mengelompok bersama SRV-1, -3, -4, -5, dan -8 dengan identitas 82-88%. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa kedua sampel yang diperoleh merupakan novel SERV asal beruk. Data genetik SERV pada beruk asal Indonesia ini dapat menjadi penelitian dasar dan pertimbangan penggunaan satwa primata sebagai model in vivo yang dapat menunjang perkembangan vaksin HIV dan terapi anti-kanker pada manusia., Macaca fascicularis (long-tailed macaque, MEP) and M. nemestrina (pig-tailed macaque, beruk) are non-human primates commonly used as laboratory animals in biomedical research to support the human health, among others are the in vivo testing for the development of HIV-1 vaccine. Recent studies have explored approaches to HIV vaccine by utilizing Human endogenous retrovirus (HERV) due to the hypervariability of exogenous retroviruses which causes conventional vaccines to be ineffective. HERV is also known induces an immune response, so it is possible to develop therapies against HERV for
Keyword: HIV, M. fascicularis, M. nemestrina, retrovirus, SERV

Judul: Distribusi Oksigen Terlarut secara Vertikal pada Lokasi
Abstrak: Oksigen terlarut di perairan berperan dalam aktivitas organisme akuatik. Penyediaan oksigen terlarut dapat berasal dari hasil fotosintesis fitoplankton, difusi dan oksigen bawaan dari aliran air yang masuk ke badan perairan (inflow). Bentuk aktivitas utama dalam pemanfaatan oksigen terlarut adalah respirasi dan dekomposisi yang akan mempengaruhi keseimbangan oksigen terlarut. Kegiatan budidaya KJA akan mempengaruhi ketersediaan oksigen terlarut. Hal ini dikarenakan adanya peningkatan jumlah bahan organik yang berasal dari sisa pakan dan sisa metabolisme yang akan meningkatkan aktivitas dekomposisi. Kondisi ini akan menyebabkan meningkatnya laju konsumsi oksigen di perairan hingga melebihi laju produksi oksigen sehingga dapat menyebabkan semakin menipisnya lapisan oksik di kolom perairan. Parameter fisika dan kimia seperti suhu, pH, klorofil-a dan kelimpahan fitoplankton akan sangat mempengaruhi keberadaan oksigen terlarut di perairan. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan distribusi oksigen terlarut secara vertikal dalam berbagai kedalaman selama 24 jam. Penelitian ini dilakukan di Danau Lido selama dua hari dengan kondisi alam yang relatif sama, yaitu pada tanggal 27 dan 28 Mei 2011. Kedalaman yang diamati secara vertikal adalah kedalaman 0; 0,6; 1,6; 3,15; 4,25 meter. Analisa data yang digunakan meliputi penentuan tipe distribusi vertikal oksigen terlarut, persen saturasi, laju fotosintesis dan respirasi, dugaan besarnya pasokan oksigen dari aliran air dan difusi dari udara serta pemanfaatan oksigen terlarut untuk proses ekologis, serta ketersediaan oksigen terlarut di perairan. Berdasarkan hasil pengamatan yang dilakukan diketahui bahwa secara umum konsentrasi DO di danau Lido bervariasi menurut waktu dan kedalaman. Di lapisan permukaan, konsentrasi DO pada siang hari berkisar antara 6,52-7,10 mg/l dan pada malam hari antara 6,81-7,29 mg/l, sedangkan di kedalaman 4,25 m merata antara 0,65-1,29 mg/l. Secara vertikal tipe sebaran oksigen di danau Lido adalah tipe clinograde. Keberadaan DO yang fluktuatif merupakan hasil dari proses produksi dan konsumsi oksigen selama 24 jam. Produksi oksigen yang berasal dari fotosintesis berkisar antara 1,91-4,22 mg/l/hari dan respirasi berkisar antara 1,73-3,65 mg/l/hari. Respirasi yang terukur adalah respirasi oleh mikroorganisme. Suplai oksigen di danau Lido pada siang hari didominasi oleh aktivitas fotosintesis, sedangkan pada malam hari didominasi oleh difusi dan inflow. Ketersediaan oksigen terlarut di kedalaman 4,25 m sudah mencapai nilai negatif pada hasil DO sisa, sehingga dapat dikatakan telah terjadi defisit oksigen di kedalaman tersebut dan kondisi ini diduga dapat mencapai hingga dasar perairan. Kondisi perairan sudah mendekati anoksik sehingga, dapat membahayakan bagi kehidupan ikan-ikan di dalam perairan.
Keyword: