Judul: In Silico Study of the Active Compound of Spirulina platensis as a Candidate for COVID-19 Drugs by targeting the ACE2 and TMPRSS2 Proteins
Abstrak: PUTU KRISTIANI KALONTONG. Kajian In Silico Senyawa Aktif Spirulina platensis sebagai Kandidat Obat COVID-19 dengan Menargetkan Protein ACE2 dan TMPRSS2. Dibimbing oleh MEGA SAFITHRI dan KUSTIYARIYAH TARMAN. COVID-19 merupakan penyakit menular yang disebabkan oleh SARS-CoV-2. Penyakit ini memiliki gejala umum seperti demam, batuk kering, dan rasa lelah, tetapi sakit lebih serius bahkan tingkat mortalitas yang tinggi terjadi pada orang-orang dengan penyakit penyerta seperti diabetes mellitus. SARS-CoV-2 menggunakan protein sel inang, Angiotensin Converting Enzyme 2 (ACE2) dan Transmembrane Serine Protease 2 (TMPRSS2), untuk menginfeksi sel. Spirulina platensis dilaporkan memiliki aktivitas sebagai antivirus untuk banyak jenis virus dan antioksidan serta antidiabetes mellitus. Dengan demikian, alga ini dapat menjadi sumber potensial untuk pencarian kandidat antivirus COVID-19. Penelitian ini bertujuan menganalisis potensi senyawa aktif S. platensis sebagai kandidat obat COVID-19 dengan menargetkan protein ACE2 dan TMPRSS2 menggunakan studi penambatan molekuler. Penelitian dilakukan menggunakan perangkat personal computer dan beberapa program aplikasi untuk keperluan penambatan molekuler serta laman web untuk analisis toksisitas ligan. Struktur 3D reseptor ACE2 (PDB:1R42) dan TMPRSS2 (PDB: 7MEQ) diunduh dari laman NCBI online database. Remdesevir digunakan sebagai ligan pembanding untuk ACE2, nafamostat sebagai ligan pembanding untuk TMPRSS2 dan asam 4-karbamimidamidobenzoat sebagai ligan alami atau kontrol untuk TMPRSS2. Ligan uji terdiri atas 113 senyawa aktif S. platensis yang diperoleh dari data sekunder (hasil penelitian terdahulu). Hasil penambatan molekuler diperoleh 51 senyawa uji dapat ditambatkan ke reseptor ACE2 maupun TMPRSS2 dan diperoleh 49 senyawa uji dapat berinteraksi dengan kedua reseptor dengan nilai ΔG ikatan berkisar -4,45 sampai -7,35 kkal/mol untuk reseptor ACE2 dan -3,93 sampai -7,40 kkal/mol untuk reseptor TMPRSS2. Kuersitrin dan katekin menghasilkan energi bebas Gibs (ΔG) ikatan dan konstanta inhibisi (Ki) mendekati ligan pembanding pada reseptor ACE2 dan lebih baik dari ligan alami untuk reseptor TMPRSS2. Hasil analisis interaksi, pada reseptor ACE2, kuersitrin juga dapat berikatan hidrogen dengan His34 dan Arg393, katekin dapat berikatan hidrogen dan hidrofobik dengan Arg393. Pada reseptor TMPRSS2, kuersitrin dan katekin keduanya dapat berikatan hidrogen dengan His296 dan hidrofobik dengan Ser441 pada sisi aktif TMPRSS2. Berdasarkan KNApSAcK Core System, terdapat tiga senyawa uji hasil penambatan yang hanya dijumpai pada spesies tertentu termasuk pada S. platensis seperti alfa-ionene pada spesies Acca sellowiana, 5-Isopropil-6-metil-hepta-3,5-dien-2-ol dan asam 6,9,12-Oktadekatrionat pada spesies Pinus sibirica. Simpulan penelitan ini yaitu kuersitrin dan katekin menunjukkan senyawa terbaik sebagai obat COVID-19 secara in silico dengan menargetkan protein target SAR-CoV-2 yaitu ACE2 dan TMPRSS2., PUTU KRISTIANI KALONTONG. In Silico Study of the Active Compound of Spirulina platensis as a Candidate for COVID-19 Drugs by targeting the ACE2 and TMPRSS2 Proteins. Supervised by MEGA SAFITHRI and KUSTIYARIYAH TARMAN. COVID-19 is an infectious disease caused by SARS-CoV-2. This disease has common symptoms such as fever, dry cough, and fatigue, but more serious illness and even high mortality rates occur in people with comorbidities such as diabetes mellitus. SARS-CoV-2 uses host cell proteins, Angiotensin Converting Enzyme 2 (ACE2) and Transmembrane Serine Protease 2 (TMPRSS2), to infect cells. Spirulina platensis is reported to have antiviral activity for many types of viruses and antioxidants as well as antidiabetic mellitus. Thus, this algae can be a potential source for the search for COVID-19 antiviral candidates. This
Keyword: ACE2, penambatan molekuler, Spirulina platensis, SARS-CoV-2, TMPRSS2

Judul: In Silico Screening of COVID-19 Drug Candidate Compounds against SARS-CoV-2 Spike Proteins through ACE2 and TMPRSS2 Approaches
Abstrak: SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2) menginfeksi manusia melalui ikatan spike protein virus dengan dua reseptor pada sel inang, yaitu ACE2 (Angiotensin Converting enzyme 2) dan TMPRSS2 (Transmembrane Serine Protease 2). Penelitian ini bertujuan menemukan senyawa kandidat obat COVID-19 (Coronavirus disease) berdasarkan perubahan energi bebas Gibbs dengan pendekatan simulasi molekuler. Penambatan senyawa kandidat dilakukan terhadap tiga tapak aktif pada spike protein virus, yaitu tapak aktif yang berikatan dengan ACE2, bagian satu TMPRSS2, dan bagian dua TMPRSS2. Penambatan 115 ligan dikelompokkan menjadi lima kelompok, yaitu kelompok fitokimia, kelompok minyak atsiri, kelompok penghambat protease, kelompok organisme laut, dan kelompok obat sintesis dari hasil peneltian Elvira (2020). Hasil penambatan senyawa kandidat pada tapak aktif dengan ACE2 didapatkan senyawa asparagosida-F dengan nilai ΔG terendah, yaitu -9,8 kkal/mol. Hasil penambatan senyawa kandidat pada tapak aktif dengan bagian satu TMPRSS2 didapatkan senyawa shatavarin-X dengan nilai ΔG terendah, yaitu -13,3 kkal/mol. Hasil penambatan senyawa kandidat pada tapak aktif dengan bagian dua TMPRSS2 didapatkan senyawa shatavarosida-B dengan nilai ΔG terendah, yaitu -9,1 kkal/mol. Hal tersebut menunjukan penambatan oleh ketiga senyawa kandidat akan berjalan spontan. Namun, hasil analisis toksistas Lipinski dan Toxtree menunjukkan bahwa ketiga senyawa tersebut tidak dapat diberikan secara oral.
Keyword: ACE2, drug, molecular docking, spike protein, TMPRSS

Judul: Transisi Fasa Materi Hadronik ke Materi Kuark pada Inti Bintang Neutron.
Abstrak: Bintang neutron terdiri dari beberapa lapisan yang disusun oleh materi nuklir yang berbeda dengan kerapatan yang semakin tinggi ketika mendekati pusat bintang. Inti luar bintang neutron disusun oleh materi hadronik (nukleon, lepton, dan hyperon), sedangkan inti dalam bintang neutron disusun oleh kuark-kuark bebas (up, down, strange) yang saling berinteraksi. Tujuan penelitian ini adalah mempelajari bagaimana transisi dari inti luar ke inti dalam bintang neutron dengan menggunakan pendekatan RMF (Relativistic Mean Field) untuk materi hadronik dan CIDDM (Confined Isospin Density Dependent Mass) untuk materi kuark. Tekanan transisi diperoleh ketika potensial kimia barion materi hadronik dan materi kuark bernilai sama. Nilai tekanan transisi dengan parameter SU6-TM1 sekitar 87 MeV/fm3 dan diperoleh massa maksimum bintang neutron yaitu 1.92M dengan jari-jari sekitar 8.62 km. Nilai tekanan transisi dengan parameter SU6-G2 sekitar 53 MeV/fm3 dan massa maksimum bintang neutron yaitu 1.88M dengan jari-jari sekitar 8.16 km. Jenis transisi fasa adalah orde satu ditandai dengan diskontinuitas dalam kerapatan energi (adanya mixed phase). Parameter-parameter pada model nuklir yang digunakan menyebabkan perbedaan kekakuan persamaan keadaan (EOS) dari materi hadronik dan materi kuark sehingga nilai tekanan transisi dari fasa hadronik ke fasa kuark juga berbeda.
Keyword: bintang neutron, persamaan keadaan, transisi fasa