Judul: Genetic Diversity of Lansium spp. Accession Based on Vegetative Morphological Characters and Simple Sequence Repeat Markers
Abstrak: Karakter morfologi dan informasi marka molekuler SSR (Simple Sequence Repeat) digabungkan untuk mempelajari keragaman genetik Lansium spp. Data sekuen genom yang telah ada digunakan untuk pengembangan marka SSR untuk mendeteksi keragaman pada tingkat molekuler secara lebih cepat dan efisien. Tujuan penelitian ini adalah mempelajari keragaman genetik aksesi Lansium spp. (duku, langsat, kokosan) berdasarkan karakter morfologi dan marka SSR. Penelitian dilakukan pada Juli 2019 hingga Januari 2021 di Kebun Raya Bogor, Taman Buah Mekarsari, Cagar Buah Condet, Laboratorium Pasca Panen dan Laboratorium Riset Unggulan, IPB. Sampel yang digunakan berjumlah 20 aksesi. Karakterisasi morfologi dilakukan dengan pengamatan langsung. Analisis molekuler menggunakan marka SSR yang dikarakterisasi berdasarkan data hasil sekuensing. Sampel DNA diisolasi menggunakan metode Genomic DNA mini kit for plant (Geneaid). Analisis fragmen DNA didasarkan pada protokol Type-it Microsatellite PCR kit. Data dianalisis menggunakan Cervus 3.07, POPGENE 3.2 dan PBSTAT-CL. Karakter morfologi vegetatif bervariasi berdasarkan hasil pengamatan pada kanopi, batang, dan daun. Aksesi membentuk empat grup pada jarak cophenetic 0,45. Duku condet terdapat pada grup satu. Grup dua diidentifikasi sebagai grup kokosan-langsat sedangkan grup lainnya belum dapat diidentifikasi. Urutan dan karakteristik marka SSR pada Lansium domesticum mayoritas memiliki motif AAT. Motif utama kaya akan T, TA, AAT, TTAA, TTTCT, AAAAAT dan motif minor sebagian besar kaya akan G/C. Desain primer untuk analisis molekuler dapat dilakukan berdasarkan informasi tersebut. Analisis gerombol berdasarkan marka SSR menghasilkan dua grup utama pada jarak cophenetic 0,35. Grup pertama mayoritas terdiri dari aksesi dengan nama lokal duku dan langsat sedangkan grup dua mayoritas terdiri dari aksesi dengan nama lokal kokosan. Primer P1, P4, P5, dan P8 merupakan primer yang paling baik dalam membedakan kedua grup ini. Marka SSR yang digunakan bersifat informatif dan mampu mendeteksi keragaman genetik antar aksesi. Dendrogram hasil analisis data gabungan membentuk dua grup pada jarak cophenetic 0,35. Grup pertama terdiri dari CON 3, CON 2, CON 1, KRB 8, MKS 2, MKS 3, MKS 1, MKS 8, MKS 10, KRB 2, KRB 6, MKS 8, MKS 9, KRB 6, dan KRB 2 yang diidentifikasi sebagai duku dan duku-langsat. Grup kedua terdiri dari KRB 9, KRB 7, KRB 5, MKS 7, KRB 3, MKS 4, MKS 6, dan KRB 1 diidentifikasi sebagai kokosan. Keragaman genetik aksesi yang diamati tergolong tinggi baik berdasarkan karakter morfologi maupun molekuler. Sebaiknya dilakukan karakterisasi pada karakter generatif dan melibatkan aksesi yang lebih banyak sehingga informasi pengelompokan yang didapatkan dapat lebih akurat.
Keyword: DNA, genetic, information, molecular, primer, genetic

Judul: Analisis DNA Barcode Potensial Durian (Durio spp.) dan Langsat (Lansium spp.) pada Lahan Agroforestri di Berau, Kalimantan Timur.
Abstrak: Sumberdaya alam hayati tumbuhan yang ada di Berau, Kalimantan Timur, dapat dimanfaatkan secara berkelanjutan, diantaranya yang penting adalah pohon penghasil buah seperti durian dan langsat. Informasi jenis tumbuhan tersebut yang memegang penting secara ekonomi dan ekologis perlu diketahui guna mendukung upaya konservasi dan pemanfaatannya. Secara tradisional pengenalan jenis dilakukan berdasarkan identifikasi karakter morfologi yang sering menimbulkan kebingungan kepastian jenis, sehingga diperlukan upaya pendukung untuk mengidentifikasi jenis-jenis tersebut dengan tepat dan akurat yaitu salah satunya dengan metode DNA barcode. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi jenis berdasarkan analisis morfologi daun, dan analisis DNA barcode potensial menggunakan region matK, rbcL, dan ITS. Metode yang dilakukan, yaitu pengambilan sampel daun, karakteristik morfologi daun, ekstraksi DNA (CTAB), PCR, serta sekuensing DNA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa variabel panjang lamina (PL), lebar daun (LD), panjang lebar daun terlebar (LP), jumlah tulang daun (JT), luas daun (LS) dan keliling daun (KL) dapat dijadikan penciri dari kedua jenis Lansium spp., sedangkan pada Durio spp. masing-masing variabel mencirikan kelima jenis Durio spp. tersebut. Lokus rbcL dan matK berhasil diamplifikasi dan disekuensing mencapai 100%, sedangkan ITS hanya mampu diamplifikasi 86% dan disekuensing 43%. Lokus matK memiliki rata-rata sekuen terpanjang, baik Durio spp. maupun Lansium spp. Ketiga lokus memiliki nilai jarak intra lebih kecil dibandingkan nilai interspesifik, namun pada distribusi Kimura 2-Parameter (K2P) belum mampu memperlihatkan adanya barcoding gap. Berdasarkan pohon filogeni lokus matK mampu mengelompokkan sampel penelitian, data pembanding (NCBI) dan data out group (OG).
Keyword: DNA barcode, Durio spp., Lansium spp., lokus, morfologi daun

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: