Judul: Biofilm Inhibition Activity of Aptamer on Bacteria from Diarrhea Patients
Abstrak: Diare adalah kondisi di mana feses yang dikeluarkan berupa tinja encer serta berair dan merupakan penyebab kematian nomor dua pada anak di bawah lima tahun. Penyakit ini banyak disebabkan oleh bakteri, dan telah banyak diidentifikasi bahwa beberapa strain bakteri memiliki resistensi antibiotik yang dapat mempersulit proses pengobatan. Biofilm adalah salah satu faktor utama resistensi bakteri terhadap antibiotik sehingga diperlukan suatu kandidat obat yang lebih efisien. Aptamer adalah oligonukleotida untai tunggal sintetik pendek yang memiliki target molekul secara spesifik dan dikembangkan untuk menangani penyakit ini, baik dalam proses diagnosis maupun penyembuhan dengan fungsi potensial sebagai antibiofilm. Penelitian ini bertujuan menganalisis aktivitas penghambatan tujuh jenis aptamer (SELEX 10 koloni 1, 2, 5, 6, 7, 8, dan 15) terhadap biofilm isolat bakteri dari pasien diare. Ketujuh aptamer diteliti aktivitasnya dengan ditambahkan ke dalam kultur bakteri dan dilanjutkan dengan uji kristal violet. Aptamer SELEX 10 Koloni 7 adalah kandidat aptamer yang paling berpengaruh dalam menghambat pembentukan biofilm. Aptamer ini menurunkan kadar warna violet paling signifikan dan memiliki persentase inhibisi tertinggi sebesar 26,89%.
Keyword: aptamer, antibiotic resistance, bacterial diarrhea, molecular identification

Judul: Efektivitas Penghambatan Aptamer Terhadap Biofilm EPEC K1.1 Isolat Dari Pasien Diare
Abstrak: Enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) merupakan bakteri penyebab diare yang dapat membentuk biofilm. Resistensi EPEC terhadap berbagai antibiotik saat ini menjadi prioritas utama dalam mencari inhibitor alternatif yang lebih efektif. Aptamer merupakan asam nukleat yang telah dilaporkan memiliki kemampuan untuk membunuh bakteri patogen melalui mekanisme penghambatan formasi biofilm. Aptamer diisolasi dari pustaka DNA dengan metode SELEX (Sytematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment) yang spesifik dan memiliki afinitas tinggi terhadap molekul target misalnya bakteri EPEC K1.1. Sekuen aptamer dapat diperbanyak dengan oligo synthetizer. Tujuan penelitian ini adalah menganalisis efektivitas penghambatan aptamer terhadap biofilm EPEC K1.1 isolat dari pasien diare. Beberapa faktor lingkungan seperti suhu dan pH yang berperan dalam pembentukan biofilm EPEC K1.1, serta aktivitas aptamer dalam menghambat pembentukan biofilm dianalisis menggunakan crystal violet assay pada OD570. Motility assay untuk mengetahui pengaruh aptamer terhadap motilitas bakteri dan mekanisme kerja aptamer dalam inhibisi biofilm dianalisis melalui qPCR dengan pengamatan ekspresi gen pada level transkripsi. Pada penelitian ini, enam jenis aptamer dianalisis aktivitas penghambatannya terhadap EPEC K1.1, yaitu aptamer SELEX 8 Koloni 1, 4, 7, SELEX 9 Koloni 3, SELEX 10 Koloni 5 dan 10. Sekuens aptamer tersusun atas basa nitrogen yang membentuk struktur sekunder karena adanya ikatan hidrogen yang terbentuk antara basa tersebut. Enam jenis aptamer yang digunakan memiliki susunan basa yang berbeda. Hasil prediksi struktur sekunder aptamer menggunakan aplikasi mFold menunjukkan struktur stem dan loop yang berbedabeda antara enam jenis aptamer yang digunakan. Hal ini menunjukkan bahwa keragaman susunan basa pada sekuen aptamer menyebabkan perbedaan struktur sekunder aptamer. Hasil analisis aktivitas penghambatan aptamer menunjukkan bahwa pada nilai cut off 0.399, aptamer SELEX 10 Koloni 5 dapat menghambat pembentukan biofilm EPEC K1.1 paling baik dengan nilai absorbansi 0.126. Hasil analisis pada uji motilitas juga menunjukkan bahwa aptamer ini dapat mengurangi diameter motilitas EPEC K1.1. Efek penghambatan terhadap motilitas EPEC K1.1 ditunjukkan dengan qPCR pada ekspresi gen motB, csgA and lsrAI yang menurun secara signifikan dibandingkan dengan kontrol. Aptamer SELEX 10 Koloni 5 dapat menghambat pembentukan biofilm dengan cara mengubah kemampuan motilitas EPEC K1.1, dan juga menekan ekspresi gen-gen yang terlibat pada pembentukan biofilm. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa aptamer dapat menjadi antibiofilm EPEC K1.1 yang efektif serta dapat menjadi alternatif untuk penanganan diare.
Keyword: Aptamer, Biofilm, Diarrhea, Enteropathogenic Escherichia coli K1.1

Judul: Budidaya Tanaman Coklat (Theobroma cacao L.) Di Kebun Ngrangkah Pawon Cs PT Perkebunan XXIII Kediri Jawa Timur
Abstrak: Tanaman coklat (Theobroma cacao L.) merupakan tanaman tahunan yang termasuk didalam genus Theobroma, suatu genus yang termasuk Famili Sterculiaceae didalam Ordo Malvales (Cheesman, 1960). Tanaman coklat berasal dari daerah Amazon Basin di Amerika Selatan. Biji-biji coklat yang dihasilkan oleh Theobroma са cao L. terdiri dari 2 jenis, yaitu tipe Criollo dan tipe Forastero. Criollo merupakan tipe coklat bermutu tinggi (edel cacao) yang hampir seluruhnya berbiji putin dan waktu fermentasinya lebih cepat. Sedangkan Forastero me rupakan tipe coklat yang mutunya rendah (bulk cacao), biji-bijinya gepeng dan selalu berwarna ungu serta produksinya lebih tinggi dari tipe Criollo. - Menurut Soenaryo dan Sangap Situmorang (1978), Theo broma cacao L. dapat dilukiskan sebagai pohon yang tingginya 4-15 m tergantung dari tipe dan kondisi tumbuhnya. Sifat pertumbuhannya dimorphous artinya mempunyai 2 bentuk cabang yaitu cabang yang tumbuh selamanya horizontal disebut cabang-cabang plagiotrop dan cabang-cabang yang tumbuhnya vertikal disebut cabang orthotrop. Cabang- cabang plagiotrop mempunyai susunan daun berselang seling terletak dalam satu bidang yang mempunyai rumus kedudukan daun 1/2 dan cabang orthotrop rumus kedudukan daunnya adalah 3/8.
Keyword: