Judul: Uji aktivitas promoter melalui injeksi secara intramuskular pada ikan mas Cyprinus carpio
Abstrak: Ikan mas Cyprinus carpio merupakan jenis ikan konsumsi air tawar yang sangat populer di Indonesia, khususnya Jawa Barat. Terjadinya wabah koi herpesvirus (KHV) pada budidaya ikan mas dan koi di Indonesia telah mengakibatkan kematian massal. Salah satu langkah pencegahan yang bisa dilakukan adalah dengan vaksinasi menggunakan vaksin DNA. Vaksin DNA adalah vaksin yang berbentuk plasmid DNA yang mengandung sisipan gen imunogenik, misalnya glikoprotein, yang diapit oleh sebuah promoter dan terminator/poliadenilasi. Promoter adalah bagian dari DNA yang merupakan tempat RNA polimerase menempel dan menginisiasi transkripsi, menentukan waktu, tingkat dan tempat ekspresi gen. Dengan demikian, tingkat ekspresi gen imunogenik yang digunakan sebagai vaksin sangat ditentukan oleh promoter yang mengendalikannya. Pada penelitian ini, sebagai langkah awal pengembangan vaksin DNA, dilakukan pengujian aktivitas promoter heat shock, keratin dan β- aktin pada ikan mas yang diinjeksi dengan plasmid yang mengandung gen GFP. Aktivitas promoter tersebut diketahui dengan menganalisis ekspresi gen GFP menggunakan metode PCR dengan cDNA cetakan yang telah disintesis dari mRNA hasil ekstraksi dari beberapa organ dan dengan menggunakan mikroskop fluoresensi. Hasil PCR dengan cetakan cDNA setelah 24 jam dan 1 minggu injeksi menunjukkan bahwa gen GFP terekspresi pada jaringan ginjal, insang, limpa, dan otot yang diperlihatkan dengan keberadaan pita DNA yang sejajar dengan pita DNA kontrol positif. Tingkat ekspresi gen GFP berbeda antara 24 jam dan 1 minggu pasca injeksi (p.i). Pada 24 jam p.i, gen GFP diekspresikan pada semua jaringan dengan menggunakan heat shock-GFP, keratin-GFP, dan β-aktin-GFP, yang ditandai dengan adanya pita DNA produk PCR. Ekspresi gen GFP yang lebih tinggi terdapat pada jaringan otot dibandingkan jaringan lainnya untuk perlakuan keratin-GFP dan β-aktin-GFP. Pada 1 minggu p.i, ekspresi gen GFP menurun yang ditandai dengan intensitas/ketebalan pita DNA produk PCR menurun pada beberapa jaringan. Dengan menggunakan mikroskop fluoresensi, ekspresi gen GFP mulai muncul 8 jam p.i. Ekspresi GFP terdapat pada jaringan ginjal, insang, limpa, dan otot hasil injeksi dengan ketiga konstruksi yang diuji. Tingkat ekspresi GFP setelah 24 jam injeksi mengalami peningkatan bila dibandingkan setelah 8 jam injeksi. Ekspresi GFP mulai melemah ketika 1 minggu p.i. Pengamatan GFP menggunakan mikroskop fluoresensi dilakukan hingga 2 bulan dan diperoleh hasil bahwa ekspresi pada beberapa jaringan semakin melemah, tetapi masih ditemukan pendaran kurang terang pada jaringan otot untuk semua promoter yang diuji. Promoter heat shock, keratin, dan β-aktin bersifat aktif pada ikan mas Cyprinus carpio. Berdasarkan tingkat dan lama waktu ekspresi gen, diduga bahwa promoter keratin lebih baik dalam mengendalikan gen imunogenik dalam pencegahan infeksi virus KHV pada ikan mas.
Keyword: 

Judul: Efektivitas Vaksin DNA dalam Meningkatkan Kelangsungan Hidup Ikan Mas yang Terinfeksi Koi Herpesvirus (KHV).
Abstrak: Ikan mas Cyprinus carpio adalah spesies ikan air tawar yang bernilai ekonomis penting yang sudah tersebar luas di Indonesia dan merupakan salah satu dari 12 jenis komoditas andalan perikanan budidaya di Indonesia. Koi Herpesvirus sampai saat ini masih menjadi masalah dalam budidaya ikan mas. Penyakit ini sangat ganas dan dapat menyebabkan kematian massal (80-100%). Pengendalian virus yang utama sebenarnya pada manajemen budidaya yang baik. Pengendalian ini dapat dilakukan melalui karantina terhadap pemasukan ikan-ikan baru. Namun, bagaimanapun baiknya sistem karantina, sulit menjamin ikan tersebut bebas dari virus, hal ini disebabkan metode yang ada untuk mendeteksi virus masih terbatas dan virus dapat hadir dalam tubuh inang tanpa menunjukkan gejala klinis. Vaksinasi merupakan salah satu usaha pengendalian penyakit. Dalam perkembangannya, terdapat empat jenis vaksin diantaranya vaksin yang dimatikan (killed vaccine), vaksin yang dilemahkan (attenuated vaccine), vaksin protein rekombinan dan vaksin DNA. Vaksin DNA dipercaya menjadi vaksin di masa yang akan datang. Hal ini disebabkan beberapa keunggulan dari vaksin DNA diantaranya proses produksi yang relatif murah, kemudahan penyimpanan karena plasmid DNA memiliki stabilitas kimia yang tinggi, modifikasi yang cepat dari vaksin DNA untuk melawan patogen mutan, tidak membutuhkan adjuvant dan boosting untuk memperoleh kekebalan dan efektif dalam memacu sistem imun humoral dan cell mediated immunity serta aman digunakan bagi ikan. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan November 2008 sampai Maret 2009, bertempat di Laboratorium Genetika Ikan, Budidaya Perairan, Institut Pertanian Bogor, dan di Laboratorium Karantina, Balai Besar Pengembangan Budidaya Air Tawar (BBPBAT), Sukabumi, Jawa Barat. Ikan yang digunakan adalah mas strain wildan yang tidak terinfeksi KHV setelah diperiksa dengan metode PCR dengan ukuran rata-rata 15-20 gram berjumlah 120 ekor. Ikan sebanyak 120 ekor dibagi menjadi 4 kelompok perlakuan masing-masing berjumlah 30 ekor. Perlakuan A (vaksin DNA dengan dosis 2.5 μg/100 μl), B (vaksin DNA dengan dosis 7.5 μg/100 μl), C ( vaksin DNA dengan dosis 12.5 μg/100 μl ), dan K (kontrol, tanpa vaksin). Virus yang digunakan memiliki konsentrasi 10-3 sebanyak 0.1 ml. Masa vaksinasi selama 42 hari dan uji tantang selama 29 hari. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat gejala klinis seperti pada gejala klinis ikan yang terserang KHV. Hasil PCR membuktikan bahwa ikan yang mati positif KHV. Perlakuan A memiliki mortalitas 100% pada hari ke-15, B pada hari ke-20, C pada hari ke-35 dan K pada hari ke-17. Ikan A mengalami kematian total paling cepat yaitu pada hari ke-15 setelah uji tantang bahkan lebih cepat dari kontrol. Ikan C dapat hidup paling lama yaitu 29 hari setelah uji tantang. Dari penelitian yang telah dilakukan dapat disimpulkan bahwa pemberian vaksin DNA dengan dosis 12.5 μg/100 μl dapat mempertahankan kelangsungan hidup paling lama yaitu sebesar 96.67% selama 29 hari setelah uji tantang.
Keyword: 

Judul: Kajian Atmosfer Bawah Wilayah Tropis dan Subtropis
Abstrak: Planetary Boundary Layer is the lowest part of the atmosphere directly affected by the earth’s surface and responds to surface forcings within a time period of hourly to daily. The thickness of boundary layer varies over space and time, ranging from hundreds of meters to a few kilometers. The objective of this study consist of the analysis of Boundary Layer based on diurnal and nocturnal vertical profiles of meteorological properties and identification of characteristics pertaining to tropical atmosphere (represented by Soekarno-Hatta (6.110S, 106.650E), Polonia (3.560N, 98.680E), and Da Nang (16.030N, 108.200E) stations) and subtropical atmosphere (represented by Perth (31.930S, 115.960E), Nanjing (32.000N, 118.800E), and Hakasskaja (43.780N, 87.620E) stations). Virtual potential temperature, specific humidity, wind speed and direction, atmospheric stability, and Bulk-Richardson number are used to estimate the boundary layer thickness. Vertical profile of the virtual potential temperature and specific humidity are used to determine the Mixed Layer heights during the day and Residual Layer heights during the night. On the other hand, the mean value of Turbulent Flow Thickness is derived from the vertical profile of the Bulk-Richardson number (RiB). Analytical results of this study revealed that Mixed Layer height in the tropical atmosphere varies in a range from 260 m to 1410 m, Residual Layer height varies in a range from 267 m to 925 m, whereas the Turbulent Flow Thickness variation is confined between 0 m to 335 m. In subtropical atmosphere Mixed Layer height varies in a range from 101 m to 1483 m, Residual Layer height varies in a range from 121 m to 1276 m, whereas the Turbulent Flow Thickness variation is confined between 0 m to 769 m. This study also revealed that, except during summer, Mixed Layer Heights in the tropics are normally higher than in the subtropics.
Keyword: