Judul: Studi Molecular Docking Ekstrak Kurkuminoid Asal Wonogiri Sebagai Inhibitor Enzim Dna Topoisomerase Ii.
Abstrak: Kurkuminoid adalah senyawa fitokimia yang terkandung dalam ekstrak kasar fraksi etanol dari temulawak. Penelitian ini menggunakan temulawak asal Wonogiri yang memiliki kadar kurkuminoid tertinggi dari empat sampel temulawak yang diambil dari daerah Balitro, Ciemas dan Sukabumi. Ekstrak kasar kurkuminoid asal Wonogiri diketahui memiliki efek anti-inflamasi dan anti-kanker. Inflamasi yang bersifat kronis berkaitan erat dengan pembentukan sel kanker. Senyawa kurkumin dilaporkan memiliki aktivitas anti-kanker. Modifikasi struktur kurkumin bertujuan untuk menghasilkan senyawa analog kurkumin yang memiliki aktifitas yang lebih spesifik terhadap target penyebab kanker. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari potensi ekstrak kurkuminoid asal wonogiri sebagai kandidat agen inhibitor enzim DNA topoisomerase II melalui metode penambatan molekular dengan mengamati nilai energi bebas Gibbs (ΔG) dan interaksi kimia yang terjadi seperti ikatan Pi, ikatan hidrogen, interaksi hidrofobik, interaksi elektrostatik dan gugus samping obat yang berinteraksi. Simulasi penambatan molekular dilakukan dengan aplikasi AutoDockVina. Ligan yang digunakan adalah kurkumin, bisdemetoksikurkumin, demetoksikurkumin dan ligan pembanding etoposida sedangkan reseptor yang digunakan adalah enzim DNA topoisomerase II berkode 3qx3. Aplikasi LigPlot 4.5.3, ADT 1.5.1 (Autodock Tools) dan VMD 1.9.2 (Virtual Molecular Dinamic) digunakan untuk persiapan ligan dan reseptor. Struktur 3D reseptor hasil kristalisasi cukup stabil, 98% (1327/1365) data asam amino yang berada pada daerah paling disukai (favorable), daerah yang diizinkan (allowed) sebesar 99.9% (1363/1365) dan daerah terlarang (disallowed region) kurang dari 1%. Berdasarkan hasil penambatan molekular dapat disimpulkan bahwa residu Asp479, Arg503, Gly478, Gln778, DA12 (Adenin), DG13 (Guanin), DT9 (Timin), DC8 (Sitosin) dan Met782 berperan penting dalam pembentukan ikatan Pi (π), ikatan hidrogen dan interaksi elektrostatik terhadap enzim DNA topoisomerase II. Ikatan Pi dibentuk oleh cincin benzena A dari senyawa kurkuminoid terhadap basa DNA (DA12, DG13, DT9, DC8) dengan mode interkalasi, ikatan hidrogen (gugus OH2 dan OH3 dari senyawa kurkuminoid), interaksi hidrofobik (Met782) dan interaksi elektrostatik (Asp479, Arg503, Gln778, Glu477). Ekstrak kurkuminoid yang terdiri dari kurkumin, demetoksi kurkumin dan bisdemetoksi kurkumin memiliki nilai energi bebas Gibbs (ΔGbinding) sebesar -10.1 kkal/mol, -9 kkal/mol, -8.9 sehingga berpotensi sebagai agen inhibitor enzim DNA topoisomerase II.
Keyword: Energi bebas Gibbs, enzim DNA topoisomerase II, kurkuminoid, penambatan molekuler, reseptor

Judul: Penambatan Molekuler Senyawa Kurkuminoid, Xanthorizol, β-Elemenon, Zedoaron terhadap Aktivitas Inhibisi Enzim Dipeptidil Peptidase IV.
Abstrak: Kasus diabetes mellitus (DM) terus meningkat setiap tahunnya, terutama diabetes mellitus tipe II yang disebabkan oleh adanya resistensi insulin oleh sel tubuh. Salah satu pengobatan penyakit DM tipe II yang sedang berkembang saat ini adalah inhibitor enzim dipeptidil peptidase IV (DPP IV). Tumbuhan Curcuma yang banyak dimanfaatkan sebagai obat herbal, mengandung senyawa kurkuminoid yang memiliki aktivitas antidiabetes sehingga berpotensi sebagai inhibitor DPP IV. Penelitian ini bertujuan memprediksi potensi inhibisi kurkuminoid dan beberapa senyawa aktif tumbuhan Curcuma lainnya terhadap aktivitas enzim DPP IV secara in silico melalui simulasi penambatan molekuler. Gosogliptin digunakan sebagai ligan kontrol dan sitagliptin sebagai pembanding. Ligan-ligan uji dengan potensi inhibisi tertinggi hingga terendah antara lain bismemetoksikurkumin, demetoksikurkumin, kurkumin, zedoaron, β-elemenon, dan xanthorizol. Senyawa bisdemetoksikurkumin merupakan ligan uji terbaik sebagai inhibitor DPP IV dengan binding site similarity sebesar 70% dan energi afinitas -6.5 kkal/mol. Kurkuminoid, xanthorizol, β-elemenon, dan zedoaron dapat menjadi alternatif pengobatan bagi pasien DM tipe II.
Keyword: Curcuma, diabetes, DPP IV, penambatan molekuler

Judul: Sistem Pengklasifikasian Entitas pada Pesan Twitter Menggunakan Ekspresi Regular dan Naïve Bayes
Abstrak: The widespread use of social networks like Twitter encourages some institutions to find out the entities that are discussed and the sentiment toward the entities. This research aims to build a system that can extract entities in tweets and classify the sentiment from the tweets. Entity extraction process is done using regular expressions. Writing regular expressions can capture the diverse entities. Sentiment classification is performed using naïve Bayes classification with Multinomial and Bernoulli models. Sentiment in this research consists of three classes, namely positive, negative, and neutral. Before entering the classification, tweets are normalized by replacing the non-standard words with the standard ones. The test results show that regular expression is quite effective for the entity extraction process. As for the results of the classification, naïve Bayes method produces high accuracy (96.75% for Multinomial and 96.33% for Bernoulli). However, the accuracy obtained depends on the neutral class which amounts to 97.88% for Multinomial and 99.95% for Bernoulli, while the positive class are 85.66% and 33.13% and negative class are 33.67% and 0%.
Keyword: