Judul: Polimorfisme Gen Luteinizing Hormone Receptor dan Evaluasi Sifat Reproduksi pada Sapi Pasundan
Abstrak: Sapi Pasundan hidup tersebar di sepanjang Pantai Selatan Jawa Barat dan area buffer zone hutan lindung di wilayah Priangan Utara (Arifin et al. 2015). Pada 2013, populasi sapi Pasundan mencapai sekitar 50.000 ekor (Dwitresnadi et al. 2015). Pada tahun 2015, populasi mengalami penurunan 20.96% yang paling umum terjadi di area buffer zone yang disebabkan oleh harga jual yang tinggi dan alih fungsi lahan. Dampak penurunan populasi secara tidak langsung dapat mengakibatkan degradasi genetik seperti penurunan kualitas genetik, populasi efektif, peningkatan inbreeding, dan degradasi kemurnian (BP3IPTEK 2016). Konservasi sapi Pasundan penting dilakukan untuk mengatasi ancaman kepunahannya yang disebabkan oleh pembatasan daerah basis populasinya (Arifin et al. 2015). Sifat reproduksi berperan penting dalam meningkatkan populasi ternak. Potensi reproduksi sapi Pasundan perlu dikaji lebih mendalam melalui pendekatan molekuler yang merupakan metode modern dalam memilih bibit unggul. Menurut Huhtaniemi (2002) salah satu pendekatan dalam meningkatkan informasi genetik adalah dengan mengidentifikasi marka genetik yang memiliki efek langsung pada aspek tertentu dari fertilitas seperti luteinizing hormone receptor (LH). Gen ini mempengaruhi sistem endokrin yang memainkan peran utama dalam mengontrol fungsi reproduksi yang diatur melalui hipotalamus hipofisis-gonad. Mutasi pada gen LHR, mempengaruhi regulasi hormon gonadotropin yang berpotensi terkait dengan fenotipe reproduksi seperti pubertas dini dan calving interval (Milazzotto et al. 2008). Tiga puluh tujuh ekor sapi Pasundan yang memiliki catatan IB digunakan dalam penelitian ini. Gen LHR pada ekson 11 berhasil diamplifikasi dan kemudian dianalisis dengan metode sekuensing. Hasil sekuensing menghasilkan sekuens dengan panjang 303 bp dan bersifat polimorfik. Keragaman berada pada SNP g.1337C>T dan ditemukan tiga genotipe CC, CT, dan TT. Frekuensi alel T (0.527) menunjukkan lebih tinggi dari alel C (0.473). Uji chi square menunjukkan bahwa sapi Pasundan berada dalam keseimbangan Hardy-Weinberg (HWE). Nilai heterozigositas Ho (0.513) menunjukkan bahwa nilai heterozigositas gen LHR tinggi. Catatan reproduksi menunjukkan bahwa service per conception adalah 1.39±0.73, days open adalah 155.54±80.35 hari, calving interval adalah 455.35±75.11 hari, dan lama kebuntingan 284.66±7.08 hari. Disimpulkan bahwa keragaman genetik populasi sapi Pasundan memiliki variasi yang tinggi dan berada dalam keseimbangan HWE. Dan hasil penelitian ini dapat digunakan sebagai acuan awal dalam melanjutkan program seleksi untuk peningkatan kualitas genetik pada sifat reproduksi sapi Pasundan.
Keyword: sapi pasundan, luteinizing hormone receptor, reproduksi

Judul: Study of Genetic Markers, Performance, Testosterone Hormone Profile and Semen Quality of Pasundan Bulls
Abstrak: Sapi pasundan salah satu plasma nutfah sapi lokal Indonesia yang perlu dikembangkan dan dilestarikan. Sapi pasundan merupakan hasil persilangan antara Bos javanicus (sapi bali) dan Bos indicus (sapi ongole dan sapi madura). Perbaikan mutu genetik sapi pasundan diupayakan oleh pemerintah melalui program inseminasi buatan (IB) menggunakan semen beku. Pemilihan pejantan unggul melalui breeding soundness examination (BSE) mensyaratkan kualitas semen baik. Kualitas semen ditentukan oleh usia ketika hewan tersebut telah mencapai pubertas. Prediksi fertilitas pejantan belum cukup akurat berdasarkan penilaian kualitas semen menggunakan parameter konvensional. Pengujian secara molekuler menjadi salah satu upaya dalam mendeteksi kualitas sperma. Teknik seleksi secara genomik terhadap kualitas semen yang cepat, tepat, dan akurat belum dikembangkan. Gen yang diekspresikan terkait dengan kualitas semen belum banyak dilaporkan dan perlu dilakukan konfirmasi, khususnya sapi pasundan belum pernah dilaporkan. Penelitian ini dilakukan untuk mengembangkan metode deteksi molekular dalam penilaian kualitas semen sapi pejantan. Penelitian terdiri atas 4 bagian. Penelitian bagian pertama bertujuan untuk melakukan kajian terhadap morfometrik tubuh serta korelasinya dengan konsentrasi testosteron pada kelompok sapi jantan prepubertas berumur <6 bulan (I), peri-pubertas berumur 6-12 bulan (II), post-pubertas (III) dan pejantan (IV) sapi pasundan berumur >12 bulan. Hasil penelitian menunjukkan lebar dada, tinggi panggul, panjang kepala, dan lebar kepala berbeda (P<0,05) antara kelompok I dengan II. Parameter morfomotrik seluruhnya berbeda nyata (P<0,05) pada kelompok III dan IV. Persentase peningkatan rerata morfometrik tubuh sebesar 59,05% (fase prepubertas ke peri-pubertas) dan 71,38% (fase peri-pubertas ke post-pubertas). Indeks morfometrik height slope, length index (2), depth index, dan foreleg length berbeda (P<0,05) antara III dengan IV. Rerata konsentrasi hormon testosteron berbeda (P<0,05) antara kelompok I (3,25±0,76 ng ml-1), II (9,13±0,85 ng ml-1) dan III (12,16±0,40 ng ml-1). Umur berkorelasi (P<0,05) dengan lingkar skrotum pada fase prepubertas (R² = 0,9973) dan post-pubertas (R² = 0,4150), tetapi tidak dapat dijadikan sebagai penentu kadar testosteron. Penelitian bagian kedua bertujuan untuk mengevaluasi karakteristik tubuh, libido, dan konsentrasi testosteron serta korelasinya antar parameter pada sapi jantan pasundan. Sapi pasundan dikelompokkan berdasarkan motilitas sperma semen segar ke dalam kelompok A (70-79%) dan B (80-89%). Hasil penelitian menunjukkan fenotipik dan umur tidak berbeda (P>0,05) antara kelompok A dan B. Perbedaan morfometrik (P<0,05) dijumpai pada lebar kepala (A: 23,04±0,24 cm dan B: 21,60±0,60 cm). Rerata konsentrasi testosteron sebesar 13,38±0,21 ng ml-1. Waktu consummation kelompok A (108,20±20,16 sa) lebih cepat (P<0,05) dibandingkan dengan kelompok B (184,60±26,66 sa). Panjang badan berkorelasi dengan waktu courtship sebesar (R2=0,9596) dan consummation (R2=0,9487) pada kelompok A. Disimpulkan bahwa konsentrasi testosteron, umur, dan lingkar skrotum tidak dapat digunakan untuk menduga motilitas sperma. Penelitian ketiga bertujuan untuk mengevaluasi karakteristik semen dan potensi produksi semen beku pejantan sapi pasundan. Hasil penelitian menunjukkan pH semen segar kelompok B lebih rendah (P<0,05) dibandingkan dengan kelompok A. Konsentrasi sperma per ejakulat pada kedua kelompok tidak berbeda (P>0,05) dengan kisaran 4312,36x106 - 6303,52 x106 sperma. Abnormalitas, viabilitas dan keutuhan DNA sperma semen segar tidak berbeda (P>0,05) antara kelompok A (9,41±1,21%; 84,41±0,99%; 91,19±0,79%) dan kelompok B (10,22±0,66%; 86,35±2,16%; 92,58±0,35%). Keutuhan DNA sperma semen beku kelompok B (89,81±1,18%) lebih tinggi (P<0,05) dibandingkan dengan kelompok A (86,83±0,60%). Motilitas sperma semen beku kelompok A (<40%) lebih rendah dibandingkan dengan kelompok B.
Keyword: Pasundan bulls, gene expression, body morphometrics, sperm characteristics

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: