Judul: Keragaman Alel Spesifik Fibromelanosis (Fm) dan Asosiasinya dengan Mineral Daging pada Ayam Lokal
Abstrak: Ayam cemani adalah sumber daya genetik ternak asli Indonesia yang seluruh tubuh dan organ dalamnya berwarna hitam. Mutasi warna hitam pada ayam disebut Fibromelanosis. Fibromelanosis disebabkan dua region pada kromosom 20 mengalami duplikasi dan salah satunya mengandung gen EDN3. Gen EDN3 berfungsi dalam pembentukan melanosit yang berlebih. Mutasi alel spesifik fibromelanosis yang tidak seimbang menyebabkan perbedaan derajat kehitaman. Warna hitam pada ayam cemani dipercaya masyarakat sebagai obat tradisional karena memiliki kandungan antioksidan yang tinggi. Antioksidan berfungsi untuk mencegah pembentukan radikal bebas. Mineral besi (Fe), seng (Zn), mangan (Mn), dan selenium (Se) merupakan mineral mikro yang berperan sebagai antioksidan. Penelitian ini bertujuan menganalisis keragaman alel spesifik di daerah Fibromelanosis pada kromosom 20 dan asosiasinya dengan mineral daging pada ayam lokal. Sampel ayam yang digunakan sebanyak 150 sampel terdiri atas 50 ekor ayam cemani dari Balai Penelitian Ternak (Balitnak), Ciawi-Bogor, 50 ekor ayam cemani dari PT. Sumber Unggas Indonesia (SUI), Parung-Bogor, 47 ekor ayam IPB-D dari IPB University, Dramaga-Bogor dan 3 ekor ayam broiler dari supermarket, Dramaga-Bogor. Ayam IPB-D dan ayam broiler digunakan sebagai pembanding. Metode Polymorphism Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) digunakan untuk menganalisis keragaman alel spesifik Fibromelanosis. Enzim restriksi yang digunakan untuk pemotongan adalah MluI. Metode Atomic Absorption Spectrophotometer (AAS) menganalisis kandungan mineral pada paha ayam. PopGene 32 digunakan untuk menganalisis frekuensi genotipe dan alel, heterosigositas, dan keseimbangan Hardy-Weinberg. Uji T digunakan untuk menganalisis asosiasi alel spesifik Fibromelanosis dengan kandungan mineral Fe, Zn, Mn, dan Se. Amplifikasi alel spesifik Fm menghasilkan 4 fragmen (664 bp, 588 bp, 400 bp, dan 264 bp) dan 3 alel (Fm, fmcut dan fmuncut). Genotipe alel spesifik Fm yang teridentifikasi terdiri atas empat genotipe yaitu, Fm/Fm (664 bp dan 588 bp), Fm/fm+ (664 bp, 588 bp, 400 bp, dan 264 bp), fmcut/fmcut (400 bp dan 264 bp), fmcut/fmuncut (664 bp, 400 bp, dan 264 bp). Keragaman alel spesifik Fm pada ayam Cemani SUI dan ayam IPB-D bersifat polimorfik, sedangkan pada ayam Cemani Balitnak dan ayam Broiler bersifat monomorfik. Kandungan mineral Fe berasosiasi pada genotipe Fm/Fm ayam cemani Balitnak dan berasosiasi rendah pada genotipe ayam lokal lainnya. Kandungan mineral Zn, Se, dan Mn berasosiasi rendah pada semua genotipe ayam lokal. Kandungan mineral pada ayam IPB-D memiliki nilai Fe, Zn, Se, dan Mn yang tinggi dan berpotensi untuk dikembangkan sebagai pangan fungsional.
Keyword: cemani chicken, fibromelanosis, mineral content, PCR-RFLP

Judul: Polymorphisms of Myoglobin Gene and Its Association with Mineral Content in Cemani Chicken and IPB-D Chicken Meats
Abstrak: Gen mioglobin (MB) adalah gen yang mengkodekan protein mioglobin. Protein mioglobin bekerja pada jaringan otot yang berperan sebagai tempat penyimpanan oksigen dan memfasilitasi difusi oksigen. Mineral mikronutrien seperti Fe, Zn, Mn, dan Se yang memiliki peran dalam metabolisme oksigen dan antioksidan pada tubuh. Daging ayam yang konsumsinya terus meningkat tiap tahunnya dapat dijadikan potensi untuk mengembangkan pangan alternatif yang mengandung mineral esensial karena harga daging ayam yang lebih terjangkau dibandingkan dengan harga daging merah. Penelitian bertujuan meganalisis keragaman gen MB pada ayam cemani dan ayam IPB-D serta asosiasinya dengan kandungan mineral Fe, Zn, Mn, dan Se pada daging ayam. Sebanyak 104 sampel yang berasal dari 6 populasi: ayam cemani Balitnak (16), ayam cemani SUI (17), ayam IPB-D1 (5), ayam IPB-D2 (25), ayam IPB-D3 (38), dan ayam broiler (3) digunakan dalam penelitian ini. Keragaman gen MB dianalisis menggunakan metode direct-sequensing. Analisis kandungan mineral menggunakan metode AAS. Daging ayam yang dianalisis mineralnya menggunakan daging ayam bagian paha atas dan paha bawah. Informasi keragaman yang digunakan adalah frekuensi alel, frekuensi genotipe, heterozigositas dan keseimbangan Hardy-Weinberg. General Linear Model digunakan dalam menganalisis asosiasi kandungan mineral dengan keragaman gen MB. Hasil penelitian ditemukan 2 SNP gen MB yaitu g.17 G>T dan g.25 T>C. SNP g.17 G>T bersifat monomorfik kecuali pada sampel ayam IPB-D yang bersifat polimorfik. SNP g.25 C>T bersifat polimorfik pada ayam IPB-D dan ayam SUI, sedangkan ayam cemani Balitnak dan broiler bersifat monomorfik. Kandungan mineral tertinggi untuk Fe terdapat pada sampel ayam cemani Balitnak, sedangkan kandungan tertinggi mineral Zn terdapat pada ayam IPB-D1, dan kandungan mineral Mn serta Se paling tinggi terdapat di ayam cemani SUI. Kandungan mineral Fe berasosiasi dengan keragaman ayam IPB-D2 SNP g.17 G>T, dan mineral Mn, Zn, dan Se berasosiasi dengan keragaman pada ayam IPB-D3 SNP g.17 G>T dan SNP g.25 T>C.
Keyword: Ayam cemani, ayam IPB, kandungan mineral, mioglobin, sekuensing

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: