Judul: Distribusi Spasial Fitoplankton di Perairan Selat Bali
Abstrak: Selat Bali merupakan perairan yang memisahkan antara pulau Jawa dan pulau Bali. Perairan Selat Bali memiliki kesuburan yang tinggi. Salah satu indikasinya adalah keberadaan fitoplankton yang melimpah. Fitoplankton memiliki peran sebagai produser primer pada ekosistem akuatik. Keberadaan fitoplankton di suatu perairan, ditentukan oleh interaksinya dengan faktor fisika dan kimia perairan. Fitoplankton terdistribusi di semua perairan, baik secara vertikal maupun horizontal. Distribusi fitoplankton secara horizontal banyak dipengaruhi oleh faktor fisik dan kimia. Faktor fisik dan kimia itulah yang menyebabkan kelimpahan fitoplankton berbeda dan distribusi horizontal yang tidak merata. Penelitian mengenai distribusi fitoplankton di perairan Selat Bali belum banyak diketahui. Penelitian fitoplankton di Selat Bali selama ini hanya melihat distribusi vertikal tanpa melihat distribusi horizontalnya. Karenanya penelitian ini berfokus pada distribusi spasial fitoplankton secara horizontal. Pada penelitian ini distribusi horizontal tersebut dilihat berdasarkan perbedaan karakteristik fitoplankton (kelimpahan dan jumlah jenis) di perairan bagian nearshore (perairan dekat pantai) dan perairan offshore (perairan laut terbuka). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pola distribusi spasial secara horizontal fitoplankton di perairan Selat Bali dan melihat perbedaan antara perairan nearshore dan offshore berdasarkan komposisi jenis dan kelimpahan fitoplanktonnya. Hasil penelitian ini diharapkan dapat bermanfaat sebagai informasi dasar mengenai potensi kesuburan perairan di Selat Bali. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Februari sampai Maret 2011 di perairan Selat Bali yang dibagi menjadi dua wilayah yaitu perairan dekat pantai (nearshore) dan perairan laut terbuka (offshore). Metode pengumpulan data yang dilakukan pada penelitian ini yaitu sample survey method, yaitu pengumpulan data dari sejumlah individu dalam waktu yang sama yang akan menghasilkan keadaan umum atau generalisasi bagi lingkungan yang diteliti. Analisis data yang dilakukan ialah pola distribusi fitoplankton yang diketahui dengan menggunakan Indeks Dispersi Morisita (Iδ) dan pengelompokan stasiun berdasarkan kelimpahan fitoplankton menggunakan Indeks Bray-Kurtis. Kedua analisis tersebut menggunakan software Minitab versi 15.0. Berdasarkan hasil pengamatan, fitoplankton di perairan Selat Bali secara umum terdiri dari tiga kelas, yaitu kelas Bacillariophyceae, kelas Dinophyceae, dan kelas Cyanophyceae, dengan komposisi dan kelimpahan fitoplankton tertinggi dari kelas Bacillariophyceae. Kelimpahan tertinggi berada pada stasiun offshore-1 dengan 1.566.766 sel/m3 dan yang terendah pada stasiun nearshore-3 dengan 123.308 sel/m3. Pola distribusi fitoplankton di perairan Selat Bali berdasarkan Indeks Morisita adalah berkelompok. Pengelompokan stasiun berdasakan kelimpahan fitoplankton di peraian bagian offshore membentuk 3 kelompok, sedangkan untuk perairan nearshore membentuk 2 kelompok. Sebaran fitoplankton berdasarkan komposisi jenis dan kelimpahan fitoplankton antarstasiun tidak sama walaupun letak stasiun berdekatan. Jumlah jenis dari fitoplankton di bagian offshore lebih tinggi dibanding bagian nearshore, tetapi untuk kelimpahan, fitoplankton di perairan bagian nearshore secara umum lebih tinggi dan seragam.
Keyword: 

Judul: Komposisi jenis, kelimpahan dan penyebaran fitoplankton laut di Teluk Pelabuhan Ratu, Jawa Barat
Abstrak: Penelitian ini dilaksanakan di perairan Teluk Pelabuhan Ratu, Jawa Barat sejak Bulan April sampai dengan Bulan Juni 1994. Stasiun pengamatan terdiri dari 10 stasiun. Letak stasiun diurut dari arah pantai pada isodepth 20 m, antara isodepth 20 m dan 200 m, isodepth 200 m dan perpotongan garis pada titik dengan kedalaman 620 m. Pengambilan contoh fitoplankton dan contoh air untuk pengukuran parameter fisika-kimia dilakukan setiap selang waktu dua minggu sebanyak 4 kali dengan waktu pengambilan contoh pukul 08.00 14.00 WIB. Pengambilan air contoh dilakukan pada kedalaman yang berbeda, yaitu 010 m, 10-20 m, dan 20-30 m. Fitoplankton yang dianalisis adalah jenis fitoplankton yang tersaring dengan plankton net no. 25 berukuran mata jaring 53,5 µm. Komposisi fitoplankton di daerah penelitian terdiri atas 4 kelas, yaitu kelas Bacillariophyceae 20 genera, kelas Cyanophyceae 2 genera, kelas Chlorophyceae 1 genus, dan kelas Dinophyceae terdiri atas 9 genera. Komposisi kelimpahan fitoplankton relatif lebih besar pada daerah isodepth 20 m yaitu kelas Bacillariophyceae. Sedangkan komposisi kelimpahan fitoplankton yang lebih besar terdapat pada bagian permukaan dan tengah perairan yaitu kelas Dinophyceae, dan bagian dalam perairan yaitu kelas Bacillariophyceae. Keadaan ini diduga berkaitan dengan adanya pengaruh sungai, daerah isodepth dan unsur hara yang tersedia. Kelimpahan fitoplankton secara umum cukup merata. Kelimpahan selama pengamatan yang didapat berkisar antara 826 ind/l 12550 ind/l, sedangkan kelimpahan rata-rata berkisar antara 1194 ind/l 5835 ind/l. Namun demikian kelimpahan selama pengamatan dan kelimpahan rata-rata relatif tinggi didapat pada daerah isodepth antara 20200 m daerah pertengahan (10-20 m) yaitu 3201 12550 ind/l, 4405 5835 ind/l. Uji statistik regresi berganda menunjukkan kelimpahan dan komposisi fitoplankton dipengaruhi oleh kekeruhan dan silikat. Indeks keragaman dan indeks keragaman rata rata fitoplankton relatif rendah (0,553,94 dan 2,063,22), cenderung meningkat semakin jauh dari pantai dan indeks keragaman daerah permukaan relatif lebih besar dari daerah tengah dan dalam perairan. Indeks keseragaman dan indeks keseragaman rata-rata fitoplankton cukup tinggi (0,17-0,99 dan 0,55-0,84), cenderung meningkat semakin jauh dari pantai dan indeks keseragaman pada daerah dalam relatif lebih besar dari daerah pertengahan maupun permukaan. ...
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA