Judul: Analisis Keragaman Genetik Klon-klon Tetua Persilangan Kakao Mulia menggunakan Gen Maturase K (matK) dan Penentuan Kriteria Seleksi Berdasarkan Warna Flush.
Abstrak: Secara ekonomi produk biji kakao dibedakan menjadi dua yaitu kakao mulia dan kakao lindak. Perbedaan dari kedua jenis kakao tersebut terletak pada karakteristik warna biji segarnya yaitu kakao mulia berwarna biji putih dan kakao lindak berwarna biji ungu. Tantangan dalam perakitan bahan tanam kakao mulia adalah waktu yang cukup lama untuk melakukan seleksi karena harus menunggu tanaman sampai menghasilkan buah. Analisis latar belakang genetik dilakukan berdasarkan gen maturase K (matK) untuk memastikan identitas genotipe-genotipe calon tetua yang akan digunakan dalam persilangan kakao mulia. Gen matK adalah salah satu gen kloroplas yang dapat digunakan untuk mempelajari silsilah tetua betina dari suatu hasil persilangan karena pewarisannya bersifat maternal. Penentuan kriteria seleksi melalui parameter lain selain warna biji diperlukan dalam upaya mempercepat pelaksanaan seleksi karena seleksi kakao mulia baru dapat dilakukan pada saat tanaman sudah menghasilkan biji. Perbedaan karakteristik warna flush diharapkan dapat digunakan sebagai salah satu indikator seleksi pada kakao mulia. Penelitian bertujuan untuk mempelajari (1) latar belakang genetik klon-klon calon tetua persilangan kakao mulia berdasarkan gen maturase K (matK) dalam rangka memastikan bahwa identitas dari genotipe yang akan digunakan dalam persilangan memiliki moyang Criollo, (2) potensi warna flush sebagai salah satu kriteria seleksi kakao mulia Dua primer yaitu Mac 02 dan Mac 09 dapat digunakan untuk amplifikasi gen maturase K (matK) pada kakao dengan tingkat homologi 99-100%. Hasil analisis filogenetik menunjukkan bahwa latar belakang genetik beberapa genotipe kakao calon tetua persilangan yaitu DR 2, ICCRI 02, DRC 16, PNT 16, MCC 01, MCC 02, Sulawesi 1, KW 617 dan HJ 2 cenderung memiliki moyang tetua betina Criollo. Hasil analisis menggunakan munsell color chart menunjukkan bahwa flush kakao mulia memiliki kecenderungan berwarna kuning (Y=yellow) sedangkan kakao lindak cenderung berwarna merah (R=red). Nilai kisaran rerata kandungan antosianin pada flush kakao mulia (3.82-5.72 μmol/L) lebih rendah dibanding dengan kakao lindak (6.01-11.88 μmol/L). Sebaliknya, kakao mulia memiliki rerata kandungan klorofil pada flush (2376.47-3692.35 μmol/L) lebih tinggi dibanding dengan kakao lindak (1567.33-2627.91 μmol/L ). Hasil analisis kontras ortogonal menunjukkan bahwa kandungan antosianin dan klorofil pada flush kakao mulia berbeda nyata dengan kakao non mulia. Kandungan klorofil pada flush antar genotipe kakao mulia dan antar genotipe kakao lindak tidak menunjukkan perbedaan nyata, namun terjadi variasi yang nyata kandungan antosianin antar genotipe kakao lindak. Tingkat warna atau kepucatan flush dapat digunakan sebagai indikator awal dalam seleksi kakao mulia selanjutnya kandungan klorofil pada flush dapat digunakan sebagai indikator seleksi secara kuantitatif pada hasil persilangan kakao mulia.
Keyword: antosianin, flush, klorofil, marka seleksi, maturase K, kakao mulia, keragaman genetik, tetua persilangan

Judul: Studi Karakter Seleksi Kakao Mulia (Theobroma cacao L) Penghasil Produk Java Fine Flavor Cocoa di Indonesia
Abstrak: Dalam perdagangan internasional dikenal kakao mulia sebagai produk spesialti dan kakao lindak yang merupakan kakao pada umumnya. Indonesia memiliki kakao mulia Java fine flavor cocoa berbiji putih yang terkenal selama hampir satu abad. Karakter agronomis kakao ini cenderung lemah sehingga perlu dilakukan pemuliaan untuk menghasilkan kakao mulia Java fine flavor cocoa berkualitas tinggi dengan karakter agronomis lebih baik. Sebagai tanaman tahunan, pencapaian target pemuliaan kakao mulia Java fine flavor cocoa memerlukan waktu lama yaitu sekitar 15-20 tahun sehinggaperlu dilakukan pengembangan program pemuliaan yang mampu meningkatkan efisiensi dan akurasi dalam proses seleksi. Saat ini kriteria seleksi kakao mulia Java fine flavor cocoa adalah persentase biji putih/buah ≥ 80%, tetapi kriteria ini baru dapat dicapai pada fase reproduktif sehingga perlu dicari marka seleksi dini pada fase pembibitan yang mampu menggambarkan karakter tersebut. Tujuan umum penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi karakter morfologi, biokimia dan genomik pembeda kakao mulia Java fine flavor cocoa dan lindak Indonesia serta mengembangkan metode seleksi spesifik kakao mulia Java fine flavor cocoa dalam upaya meningkatkan efisiensi dan akurasi pemuliaan kakao mulia penghasil Java fine flavor cocoa sebagai produk kakao spesialti bercita rasa khas kebanggaan bangsa. Tujuan khusus penelitian ini adalah untuk: (1) mengidentifikasi karakteristik sensori spesifik yang dapat membedakan produk kakao mulia Java fine flavor cocoa dan produk kakao lindak, (2) mengidentifikasi profil biokimia penciri kakao mulia Java fine flavor cocoa, (3) mengidentifikasi keragaman genetik, karakteristik, dan pengembangan marka fenotipik penciri kakao mulia Java fine flavor cocoa dan (4) mengembangkan marka molekuler penciri kakao mulia Java fine flavor cocoa berbasis gen MYB. Materi genetik koleksi Pusat Penelitian Kopi dan Kakao Indonesia (Puslitkoka) yang digunakan adalah 8 klon kakao mulia Java fine flavor cocoa (DR2, DRC16, DR38, PNT16, PNT17, PNT33B, ICCRI 01 dan ICCRI 02) dan 11 klon kakao lindak (MCC01, MCC02, Sulawesi 01, KW733, KW617, PA191, ICCRI 03, ICCRI 04, KW516, KEE2 dan Scavina 6). Dari 19 klon kakao tersebut yang digunakan pada kajian sensori, biokimia dan morfologi adalah 4 klon kakao mulia (DR2, DRC16, PNT16, PNT17) dan 5 klon kakao lindak (KW516, KW617, MCC02, Sulawesi 01, PA191). Pada kajian sensori digunakan juga referensi klon kakao lindak Ghana. Hasil kajian sensori menunjukkan kakao mulia cenderung kuat pada atribut floral, sedangkan kakao lindak pada atribut cocoa. Kakao mulia DR2 dan DRC16 memiliki ciri khas floral dan spicy, sedangkan kakao mulia PNT16 memiliki ciri khas browned fruit (fruity). Kakao mulia PNT17 memiliki kemiripan cita rasa dengan kakao lindak namun memiliki nilai atribut floral lebih tinggi daripada seluruh kakao lindak yang diujikan. Terdapat kakao lindak dengan cita rasa khas yaitu KW617. Kajian biokimia untargeted metabolomics menggunakan Gas Chromatography-Mass Spectrometry telah mengidentifikasi 23 metabolit putatif. Principal component analysis mampu menerangkan 82.5% keragaman yang ada antara kedua tipe kakao. Kakao lindak memiliki kadar asam lemak tinggi (asam palmitat, asam stearat, asam oleat) dan kakao mulia memiliki kadar kafein tinggi. Kajian biokimia metabolit primer menunjukkan hanya peubah kadar lemak total yang mampu membedakan kedua tipe kakao tersebut. Berdasarkan kajian sensori dan biokimia dapat disimpulkan bahwa kakao mulia cenderung memiliki cita rasa khas disebabkan oleh kandungan senyawa metabolit sekunder penyusun aroma dan rasa yang lebih tinggi daripada kakao
Keyword: antosianin, flush, Java fine flavor cocoa, marka seleksi, seleksi dini

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: