Judul: Deteksi Salmonella Typhimurium Menggunakan Real-Time Polymerase Chain Reaction dengan Fluoresens-probe
Abstrak: Salmonella enterica serovar Typhimurium (S. Typhimurium) merupakan salah satu bakteri patogenik yang mengontaminasi karkas ayam. Deteksi S. Typhimurium pada karkas ayam dapat dilakukan menggunakan polymerase chain reaction (PCR) standar maupun real-time PCR (rt-PCR). Namun demikian, penggunaan PCR standar membutuhkan tahap pengayaan dan data yang diperoleh bersifat kualitatif. Perhitungan jumlah sel bakteri dapat dilakukan menggunakan rt-PCR. Penggunaan SYBR Green sebagai fluoresens pada rt-PCR memiliki nilai sensitivitas sedikit lebih tinggi dari PCR standar tanpa pengayaan. Fluoresens-probe dapat digunakan untuk meningkatkan spesifisitas dan sensitivitas rt-PCR. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi spesifisitas primer dan fluoresens-probe, mengevaluasi limit deteksi, efisiensi, dan membuat kurva standar, serta uji coba aplikasi metode deteksi S. Typhimurium pada karkas ayam menggunakan rt-PCR yang merupakan bagian dari validasi metode. Penelitian ini terdiri dari tiga tahapan uji yaitu evaluasi spesifisitas primer secara in silico dan in vitro menggunakan fluoresens-probe dan SYBR Green, evaluasi limit deteksi, serta aplikasi metode pada sampel karkas ayam. Penggunaan primer dengan fluoresens-probe bersifat spesifik terhadap deteksi S. Typhimurium dan tidak menunjukan terjadinya amplifikasi DNA pada Escherichia coli, Shigella dysenteriae, Salmonella Hadar, dan Salmonella Enteritidis. Deteksi S. Typhimurium dapat dilakukan pada konsentrasi DNA terendah yaitu 0.0022 ng atau setara dengan 102 sel. Deteksi Salmonella pada sampel karkas ayam dari pasar swalayan menunjukan bahwa 5 dari 10 sampel terkontaminasi S. Typhimurium sejumlah 102–103 sel dan 6 dari 10 sampel terdeteksi Salmonella spp. sejumlah 102–103 sel. Adapun 10 dari 10 sampel karkas ayam dari pasar tradisional tidak terkontaminasi S. Typhimurium, namun 3 dari 10 sampel terkontaminasi Salmonella spp. sejumlah 103 sel.
Keyword: karkas ayam, fluoresens-probe, real-time PCR, Salmonella Typhimurium

Judul: Deteksi Salmonella Enteritidis menggunakan Real-Time Polymerase Chain Reaction dengan Label Fluoresens Probe
Abstrak: Pengembangan metode serotyping untuk deteksi S. Enteritidis secara molekular menggunakan real-time polymerase chain reaction (rt-PCR) diperlukan untuk acuan data yang digunakan pada identifikasi dan karakterisasi risiko pada serovar spesifik Salmonella di Indonesia, Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi spesifisitas primer dan probe yang digunakan, menentukan sensitivitas berupa evaluasi limit deteksi dan efisiensi metode, serta uji coba metode untuk deteksi S. Enteritidis pada sampel karkas ayam. Tahapan penelitian diawali dengan uji spesifisitas primer dan probe secara in silico dan in vitro, setelah itu dilanjutkan dengan uji sensitivitas limit deteksi menggunakan kultur murni S. Enteritidis dan uji coba metode pada sampel karkas ayam. Uji spesifisitas menunjukan bahwa penggunaan probe sebagai label fluoresen lebih spesifik daripada penggunaan SYBR Green. Metode ini dapat mendeteksi DNA bakteri sampai 0.00022 ng/μL atau setara dengan 3.8 × 101 sel/mL, jauh lebih sensitif daripada metode deteksi menggunakan SYBR Green yang menghasilkan limit deteksi 2.6 × 104 sel/mL. Uji coba metode pada sampel menggunakan metode ini menghasilkan 1 sampel positif dari 10 sampel karkas ayam dari pasar swalayan dan 3 sampel positif dari 10 sampel karkas ayam dari pasar tradisional di Bogor. Metode ini dapat mendeteksi S. Enteritidis dengan cepat dan akurat serta memungkinkan deteksi kuantitatif S. Enteritidis pada karkas ayam secara spesifik dan sensitif.
Keyword: karkas ayam, probe, rt-PCR, salmonellosis, S. Enteritidis

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: