Judul: Pendugaan nilai dan sebaran densitas ikan pelagis dengan sistem akustik BIM terbagi di perairan selatan Banten, Jawa Barat
Abstrak: Penelitian ini bertujuan untuk menduga densitas ikan pelagis beserta sebarannya (vertikal dan horizontal) dengan menggunakan sistem akustik bim terbagi dan mengetahui hubungan densitas ikan dengan faktor oseanografi (suhu dan salinitas). Penelitian ini dilaksanakan di Perairan Selatan Banten - Jawa Barat pada bulan Oktober 2001. Desain Survei yang digunakan berbentuk parallel continues. Penelitian ini dilaksanakan tepatnya pada posisi 105,487°BT 108,819°BT dan 7,085°LS-8,912°LS. Dalam penelitian ini digunakan Kapal Riset Baruna Jaya VII milik Pusat Penelitian Oseanologi Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (P2O-LIPI) untuk pengambilan data akustik maupun osenografi. Pengumpulan data akustik dilakukan dengan menggunakan instrumen akustik berupa Scientific Echo Sounder Simrad EK 500 sedangkan pengumpulan data oseanografi menggunakan Conductifity Temperature Depth (CTD) dengan tipe SBE 9 SEABIRD. Pemrosesan data akustik menggunakan program EP 500 dengan menu analize pelagic layer dan dilanjutkan dengan menggunakan software postprosessing Excel dan ditampilkan menggunakan program surfer versi 7.0. Sebaran densitas secara vertikal memperlihatkan kecendrungan tingginya densitas ikan di permukaan, hal ini berhubungan dengan ketersediaannya makanan pada lapisan tersebut. Nilai densitas mengalami penurunan sejalan dengan bertambahnya kedalaman. Densitas rata-rata tertinggi terdapat di permukaan yaitu pada strata kedalaman 1 (5-25 m) sebesar 37,49 ikan/1000 m³ selanjutnya strata kedalaman 2 (25-50 m) sebesar 17,45 ikan/1000 m³, strata kedalaman 3 (50-75 m) sebesar 7,40 ikan/1000 m³, strata kedalaman 4 (75-100 m) sebesar 4,22 ikan/1000 m³, strata kedalaman 5 (100-125 m) sebesar 3,07 ikan/1000 m³, strata kedalaman 6 (125-150 m) sebesar 2,45 ikan/1000 m³, strata kedalaman 7 (150-175 m) sebesar 0,15 ikan/1000 m³, strata kedalaman 8 (175-200 m) sebesar 0,09 ikan/1000 m³, strata kedalaman 9 (200-225 m) sebesar 0,07 ikan/1000 m³.
Keyword: 

Judul: Analisis sebaran nilai terget strength dan densitas ikan pelagis dengan menggunakan metode akustik di perairan Selat Bali
Abstrak: Penelitian ini merupakan bagian dari kegiatan proyek "Riset Peningkatan Informasi Peta Fishing Ground Melalui Validasi dan Verifikasi Data Inderaja Kelautan dengan Teknologi Bioakustik" yang dilaksanakan oleh Badan Riset Kelautan dan Perikanan (BRKP), Departemen Kelautan dan Perikanan (DKP) di Perairan Selat Bali, pada tanggal 27 September sampai 2 Oktober 2004, dengan letak koordinat 8°10' LS-8°50' LS dan 114°20' BT-115°10' BT. Survei dilaksanakan dengan menggunakan KM. Trevally 40 GT dengan didukung perangkat akustik (Portable Scientific Echosounder SIMRAD EY 500 dengan split beam transduser untuk menghitung dan mendeteksi target (ikan) terutama individu dan kelompok ikan), perangkat oseanografi (CTD Multiparameter 606+), dan perangkat pendukung berupa GPS (untuk menentukan posisi berdasarkan letak koordinat lintang dan bujur) dan piranti pengolahan data (komputer yang dilengkapi software EP 500 echo processing system, SURFER 7.0, Ocean Data View 2.0 dan Microsoft Excel). Tujuan dari penelitian ini adalah untuk memetakan sebaran frekuensi target strength dan densitas ikan pelagis di Perairan Selat Bali secara akustik dan menganalisis hubungan antara suhu dan salinitas terhadap penyebaran frekuensi target strength dan densitas ikan pelagis di Perairan Selat Bali. Berdasarkan sebaran frekuensi target strength dan nilai densitas terlihat bahwa jumlah dan densitas ikan-ikan pelagis yang terdeteksi semakin meningkat dengan bertambahnya kedalaman, namun didominasi oleh ikan-ikan yang berukuran kecil. Berdasarkan sebaran tersebut didapatkan bahwa total target tunggal pada keseluruhan strata kedalaman (sampai kedalaman 150 meter) yang terdeteksi adalah sebanyak 45.477 ekor ikan dengan nilai densitas total sebesar 9,58 ikan/1000m³. Total target tunggal pada strata kedalaman 1 (5-40 meter), yaitu sebesar 587 ekor ikan dengan nilai densitas total sebesar 0,65 ikan/1000m³ dengan kisaran suhu antara 22-26,3°C dan salinitas antara 30,7-34,7 psu. Pada strata kedalaman 2 (40-50 meter) total target tunggal yaitu sebesar 1.052 ekor ikan dengan nilai densitas total sebesar 2,39 ikan/1000m³, pada kisaran suhu antara 20,5-20°C dan salinitas antara 33,8-34,6 psu. Pada strata kedalaman 3 (50-80 meter) total target tunggal yaitu sebesar 8.944 ekor ikan dengan nilai densitas total yang ditemukan paling besar yaitu sebesar 3,64 ikan/1000m³, pada kisaran suhu antara 16-20,5°C dan salinitas antara 33,8-34,6 psu, yang merupakan kisaran yang optimal bagi kehidupan ikan pelagis. Pada strata kedalaman 4 (80-150 meter) total target tunggal yaitu sebesar 34.894 ekor ikan dengan nilai densitas total sebesar 2,90 ikan/1000m³, pada kisaran suhu antara 11,3-16°C dan salinitas antara 33,8- 34,7 psu. Sebaran target strength memperlihatkan kecenderungan ditemukannya nilai TS yang kecil pada lapisan permukaan sedangkan nilai TS yang relatif lebih besar cenderung ditemukan pada lapisan perairan yang lebih dalam. Secara keseluruhan, pola penyebaran frekuensi target strength dan densitas ikan pelagis di Perairan Selat Bali mengikuti penyebaran parameter oseanografi seperti suhu dan salinitas.
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA