Judul: Analisis Ekspresi Gen Regulator Promoter Dehydrin (DHN) Asal Tanaman Tebu (Saccharum officinarum L.) dalam Kondisi Cekaman Kekeringan.
Abstrak: Rekayasa genetik yang dapat dilakukan untuk membuat tanaman tebu toleran kekeringan adalah menyisipkan gen yang berperan dalam respon adaptasi tanaman terhadap cekaman kekeringan seperti dehydrin (DHN). Promoter DHN yang merupakan fragmen genomik dari gen DHN (Pr-1DHNSo) telah diamplifikasi dan dikonstruksikan dengan gen β-glucoronidase (GUS) dalam vektor yang akan ditransformasikan ke dalam tanaman tebu untuk mengetahui regulasinya oleh gen lain yang berperan dalam respon cekaman kekeringan. Gen yang diketahui ikut berperan dalam respon cekaman kekeringan adalah NAC dan DREB. Penelitian ini bertujuan membandingkan nilai ekspresi gen NAC, DREB, dan GUS dari tanaman tebu yang telah disisipi vektor konstruk gen Pr-1DHNSo dengan perlakuan cekaman kekeringan. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah analisis relatif kuantitatif menggunakan Real Time quantitative PCR. Hasil yang diperoleh menunjukan gen NAC dan DREB meningkat setelah diberi 72 jam cekaman. Sedangkan ekspresi gen GUS tinggi mulai dari cekaman 0 jam sampai 72 jam. Hal ini menunjukan konstruk gen Pr-1DHNSo terinduksi oleh cekaman kekeringan.
Keyword: Promoter DHN, NAC, DREB, GUS, analisis ekspresi

Judul: Identifikasi Gen Responsif Kekeringan Melalui Analisis Profil Ekspresi Gen-Gen pada Tanaman Padi.
Abstrak: pada tanaman padi diunduh dari basis data NCBI, dilakukan pra-pemrosesan untuk mendapatkan EST dengan kualitas baik, dan dikelompokkan menjadi beberapa contig untuk analisis fungsional. Analisis ontologi gen menunjukkan bahwa sebagian besar dari contig tersebut diprediksi terlibat dalam proses metabolisme dan seluler, terkait dengan fungsi katalitik dan pengikatan, dan terletak di nukleus, membran sel, dan organel endomembran. Pemetaan fisik juga menunjukkan bahwa EST responsif kekeringan terdistribusi di dalam 12 kromosom tanaman padi, baik pada utas plus maupun minus. Contig yang teranotasi responsif terhadap cekaman, kemudian dilakukan analisis in silico lebih lanjut untuk proses seleksi secara bertahap. Seleksi diawali dengan memilih beberapa contig yang teranotasi di dalam terminologi respon terhadap cekaman pada kategori proses biologis. Seleksi tahap selanjutnya dilakukan dengan mengidentifikasi posisi contig terhadap lokus gen dan melakukan analisis fungsional dengan menentukan kemiripan antara sekuen asam amino deduksi contig dengan protein di dalam basis data faktor transkripsi. Peran gen yang teridentifikasi berasosiasi dengan contig terpilih kemudian ditentukan dengan menginkorporasikan gen-gen tersebut ke dalam peta fisik QTL untuk toleransi kekeringan pada genom tanaman padi. Sepuluh kandidat gen yang berpotensi terlibat dalam regulasi toleransi cekaman kekeringan telah teridentifikasi dan terlokalisasi pada kromosom padi nomor 1, 2, 3, 4, 6, 9, dan terletak di dalam peta fisik QTL untuk sifat toleransi kekeringan. Ekspresi gen dari masing-masing lokus terpilih selanjutnya dievaluasi pada tanaman padi cv Hawara Bunar dan IR64 di bawah perlakuan cekaman kekeringan. Serangkaian proses dalam analisis in silico dan ekspresi menggunakan qRT-PCR berhasil menentukan empat kandidat gen responsif kekeringan. Gen Os03g0160100, Os03g0815100, Os06g0601000, dan Os09g0553100 diusulkan sebagai kandidat gen yang diduga berperan sebagai regulator dan responsif terhadap cekaman kekeringan pada tanaman padi.
Keyword: expressed sequence tags, (ESTs), kekeringan, padi, transkriptom

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: