Judul: Hematological Status, Meat Quality and The Potensial Polymorphism for Gene DGAT1 of Garut Sheep which Produced According to The Principles of Organic Farming
Abstrak: Domba Garut terutama tipe tangkas terkenal dengan harganya yang relatif tinggi, karena selain gagah, juga memiliki performa perdagingan yang baik. Namun demikian, harga yang mahal pada saat ternak hidup, tidak selalu diiringi harga daging yang tinggi. Setelah dikonversi menjadi daging, harga daging domba tangkas sama saja dengan harga daging domba pada umumnya. Salah satu upaya terobosan meningkatkan nilai jual adalah melalui sertifikasi organik. Menurut SNI 01-6729-2016, prinsip umum yang digunakan pada produk peternakan organik, adalah hewan ternak yang dipelihara untuk produksi organik harus menjadi bagian integral dari unit usaha tani organik dan dikelola sesuai dengan kaidah-kaidah serta syarat dan ketentuan produk organik. Selain itu pengelolaannya harus berdasarkan prinsip kesejahteraan ternak. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi status hematologi serta produk daging yang dihasilkan ternak yang dipelihara menurut prinsip pertanian organik. Selain itu, penelitian juga ditujukan untuk mengidentifikasi keragaman genetik kandidat marker DGAT1 terhadap karakteristik karkas dan daging domba. Tahapan penelitian I mencakup evaluasi status hematologi dan metabolit darah. Sedangkan tahap II adalah mengevaluasi kualitas produk yang dihasilkan terutama pada kualitas fisik daging serta potongan komersial karkas. Selanjutnya hasil produk dibandingkan dengan berbagai macam rumpun domba yang ada di Indonesia. Pendekatan ekspresi gen yang terkait dengan kualitas daging dan karkas diwakili oleh gen DGAT1. Pengaruh pemberian akses ruang terbuka pada ternak dalam prinsip pertanian organik tidak secara menyeluruh menjamin kesejahteraan ternak. Faktor dominasi serta faktor “x” lainnya perlu ditelaah lebih lanjut. Demikian juga mengenai pakan organik yang diberikan, perlu perbaikan dalam hal kuantitas maupun kualitas. Status Hematologik menunjukkan perbedaan yang nyata, namun semua perlakuan berada di kisaran bawah batas normal. Rasio N/L telah menunjukkan gejala stress. Metabolit darah menunjukkan Nilai trigliserida pada perlakuan exercise nyata lebih rendah dibanding perlakuan non exercise, sedangkan nilai kolesterol, HDL, LDL belum menunjukkan beda nyata. Produk daging yang dihasilkan tidak berbeda nyata antar perlakuan, baik keempukan, susut masak, daya menahan, warna daging dan warna lemak dengan pH ultimat daging mencapai 5.8. Hasil organoleptik menunjukkan daging yang dihasilkan lebih disukai konsumen terutama dalam hal rasa dan warna. Jika dibandingkan dengan rumpun lain, domba garut yang dipelihara dalam sistem organik ini juga menunjukkan hasil yang positif. Gen DGAT1 berasosiasi dengan bobot badan, bobot karkas dan potongan komersial, termasuk terhadap potongan dada, bagian tulang dan lemak subkutan. Genotipe CC dominan pada populasi domba Garut, domba ekor tipis dan domba ekor gemuk. Genotipe tipe TT tidak ditemukan dalam penelitian ini. Genotipe tipe CC ini yang memiliki pengaruh lebih tinggi dibanding Genotipe CT., performa
Keyword: Domba Garut, perdagingan, performa

Judul: Functional Study of Candidate Genetic  Markers Determining The Lamb Quality of Indonesian Sheep
Abstrak: Upaya peningkatan produksi daging domba baik secara kuantitas maupun kualitas perlu dilakukan untuk membantu pemenuhan kebutuhan protein asal hewani khususnya bersumber dari daging. Salah satu langkah yang dapat dilakukan melalui program seleksi berbasis molekuler dengan marka genetik penentu kualitas daging domba. Hasil RNA sequencing yang dilakukan sebelumnya diperoleh beberapa kandidat marka genetik diantaranya gen dopa decarboxylase (DDC) dan cytochrome P450 family 2 subfamily E member 1 (CYP2E1) yang diduga memiliki peranan dalam kualitas daging domba. Penelitian ini bertujuan mengkaji secara fungsional kandidat marka genetik gen DDC dan CYP2E1 dari segi aspek genomik, transkriptomik, dan proteomik dalam peranannya terkait mekanisme kualitas daging domba Indonesia. Kajian fungsional meliputi identifikasi keragaman gen DDC dan CYP2E1, asosiasi keragaman gen DDC dan CYP2E1 dengan kualitas karkas dan daging, analisis ekspresi gen DDC dan CYP2E1, dan analisis protein CYP2E1. Identifikasi keragaman gen DDC dan CYP2E1 dilakukan pada 200 ekor domba Indonesia dari beberapa rumpun diantaranya domba ekor tipis (DET), domba ekor gemuk (DEG), domba Garut (DG), domba Jonggol (DJ), domba compass agrinak (DCA), domba barbados cross (DBC), dan domba komposit Garut agrinak (DKG). Keragaman gen DDC dan CYP2E1 diidentifikasi dengan metode Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP). Hasil keragaman gen DDC dan CYP2E1 diasosiasikan dengan kualitas daging domba dengan analisis uji T. Tingkat ekspresi gen DDC dan CYP2E1 dari masing–masing genotipe dianalisis menggunakan metode quantitative Real Time-PCR (qRT-PCR). Analisis protein CYP2E1 dilakukan dengan pewarnaan imunohistokimia (IHK) dan hematoxylin-eosin (HE) menggunakan masing-masing tiga sampel kelompok tinggi dan rendah berdasarkan nilai pH daging. Hasil penelitian menunjukkan bahwa SNP g. 5377439 G>A gen DDC dan SNP g. 50658168 T>C gen CYP2E1 bersifat polimorfik (beragam) pada populasi domba yang diamati dengan ditandai munculnya tiga genotipe berbeda pada masing-masing gen, yaitu GG, AG, dan AA pada gen DDC serta TT, CT, dan CC pada gen CYP2E1. Gen DDC memiliki pengaruh yang signifikan (P<0,05) pada sebagian besar sifat kualitas karkas domba, diantaranya karakteristik karkas meliputi bobot hidup, persentase karkas, panjang karkas, karkas hangat, dan karkas dingin, dan seluruh potongan komersil karkas kecuali shank dan neck. Selain itu gen DDC juga memiliki pengaruh yang nyata (P<0,05) pada kualitas daging meliputi nilai pH, keempukan, dan daya mengikat air. Keragaman gen DDC juga memiliki pengaruh yang nyata (P<0,05) dengan komposisi asam lemak meliputi konten lemak; asam lemak jenuh termasuk asam oktanoat (C8:0), asam kaprat (C10:0), asam palmitat (C16:0), asam heptadekanoat (C17:0), asam stearat (C18:0), asam arakidat (C20:0), dan asam henekosanoat (C21:0), asam behenat (C22:0), asam trikosanoat (C23:0), dan asam tetrakosanoat (C24:0). Selain itu, gen DDC juga berhubungan secara nyata (P<0,05) dengan asam lemak tak jenuh tunggal termasuk asam palmitoleat (C16:1), asam oleat (C18:1n9c), asam elaidik (C18:1n9t), dan asam nervonat (C24:1); serta asam tak jenuh ganda termasuk asam linolenat (C18:3n3), asam eikosidoneat (C20:2), asam homo y-linolenat (C20:3n6), dan asam arakidonat (C20:4n6). Akan tetapi, gen DDC tidak memiliki pengaruh yang signifikan (P>0,05) pada kandungan mineral daging. Secara umum genotipe AG pada gen DDC menunjukkan nilai kualitas daging yang paling tinggi dibandingkan genotipe AA dan GG. Tingkat ekspresi gen DDC secara signifikan berbeda nyata (P<0,05) dalam mempengaruhi kualitas daging. Hasil asosiasi gen CYP2E1 dengan parameter kualitas karkas menunjukkan adanya
Keyword: domba, gen DDC, gen CYP2E1, kualitas daging, protein

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: