Judul: Analisis dan Implementasi Model Paralel Hybrid dengan MPI dan OpenMP pada Metode Conjugate Gradient
Abstrak: Conjugate Gradient method is one of the iterative methods to solve linear equation system. The method consumes much time to get the solution. Therefore to reduce its execution time, parallel processing is implemented on this method. There was a research related to this topic by Hoefler et al (2007). On their research, they were optimizing a pure MPI implementation by modifying collective functions into a non-blocking collective communication. This research used parallel hybrid model by combining MPI and OpenMP. The aim of this research is to analyze and implement the complexity and the performance of sequential, MPI and hybrid conjugate gradient algorithm. The analysis performed in this research includes the analysis of performance metrics and the experimental results of every implementation. This research uses 8 computers for running MPI processes and for hybrid experiment added 4 threads for running OpenMP on every computer. There are five matrices uses in this research obtained from matrices collection of University of Florida. The results of this research show that the execution time of all implementation for matrices with greater sizes give longer time. For example, on sequential implementation a matrice size of 2548 x 2548 takes 28.94 seconds and a matrice size of 4884 x 4884 takes 48.24 seconds. The execution time of MPI conjugate gradient is less than its sequential implementation, and the execution time of hybrid conjugate gradient is less than its MPI conjugate gradient. The speedup of MPI and hybrid conjugate gradient grows but not proportionally with the increasing size of matrices used. The overall result of hybrid implementation is quite good when the number of thread used is the same as the number of processor available on the computer.
Keyword: 

Judul: Implementasi Hybrid Parallelization pada Algoritme Global Pairwise Alignment.
Abstrak: Algoritme pairwise alignment (PA) merupakan salah satu metode yang umum digunakan dalam penjajaran sekuens. PA terbagi menjadi 2 jenis yaitu global pairwise alignment (GPA) dan local pairwise alignment. Perkembangan teknologi yang semakin pesat menyebabkan ukuran data sekuens bertambah besar sehingga pemrosesan data tersebut akan memakan waktu yang sangat lama apabila hanya dikerjakan dalam satu prosesor. Oleh karena itu, suatu metode pemrosesan paralel dibutuhkan untuk mempersingkat waktu komputasi. Penelitian ini bertujuan mempercepat algoritme GPA menggunakan skema partisi data blocked columnwise dengan menggunakan metode hybrid parallelization. Hybrid parallelization dilakukan dengan menggabungkan metode sistem memori terdistribusi dengan sistem memori bersama. Hasil penelitian menunjukkan nilai speedup pada percobaan menggunakan 2, 3, dan 4 komputer masing-masing adalah 5.3, 6.9, dan 7.77 pada ukuran data 16000 pasang basa dan nilai efisiensi berturut-turut adalah 66%, 58%, dan 49%. Kinerja terbaik dicapai menggunakan 4 komputer, sedangkan skalabilitas memori terbaik diperoleh menggunakan 2 komputer.
Keyword: hybrid parallelization, memori bersama, memori terdistribusi, pairwise alignment, pemrosesan paralel

Judul: Psittacosis Sebagai Zoonosis Penting Yang Berasal Dari Burung
Abstrak: Psittacosis atau ornithosis adalah penyakit menular dari burung kepada manusia. Agens penyebab psittacosis termasuk ke dalam virus psittacosis-lymphogranuloma venereum group yang disebut Chlamydia psittaci. C. psittaci hanya dapat berkembang biak di dalam jaringan hidup tetapi peka terhadap antibiotik. Penyebaran penyakit ini sangat luas, terdapat hampir di seluruh dunia. Di Indonesia penyakit ini belum pernah di diagnosa, tetapi mengingat terdapat demikian banyaknya jenis burung maka diperkirakan psittacosis ini sudah ada. Kasus pada manusia pertamakali ditemukan oleh Ritter pada tahun 1879, di Eropa. Waktu itu dikenal sebagai pneumotyphus. Chlamydia psittaci tidak hanya sebagai penyebab infeksi pada burung, juga bisa menyebabkan infeksi pada mamalia diantaranya sapi, kerbau, kambing, domba, babi dan kucing. Pada kucing dikenal sebagai feline pneumonitis. Pada domba atau kambing mengakibatkan enzootic abortion. Pada burung, kalkun merupakan unggas paling rentan diikuti oleh burung psittacine dan burung lain di luar famili psittacidae. Virulensinyapun berbeda-beda. Yang berasal dari kalkun bervirulensi tinggi, sedangkan yang berasal dari burung merpati bisa bervirulensi tinggi bisa juga bervirulensi rendah. Penularan terjadi melalui kontak langsung maupun ti- dak langsung. Penularan melalui telur tidak terjadi. Umumnya penyakit ini memperlihatkan gejala klinis berupa deman, lesu, lemah, anorexia, kurus, diarrhea ber- warna kekuningan, discharge dari mata dan hidung, conjunc- tivitis. Gejala khas pada kalkun adalah istirahat dengan sternum sebagai dasarnya, karena adanya tekanan dari bagian perut yang sakit. Sedangkan pada manusia memperlihatkan adanya demam, kadang-kadang merasa dingin, lesu, sakit kepala yang hebat, sakit pada bagian belakang badan dan photophobia…dst
Keyword: