Judul: Optimasi Kloning dan Identifikasi Gen Penyandi Tripsin Inhibitor dan -Amilase Inhibitor pada Tanaman Sengon (Falcataria moluccana Miq.)
Abstrak: Sengon (Falcataria moluccana) adalah tanaman cepat tumbuh yang banyak digunakan terutama pada hutan rakyat. Namun, peningkatan tren penggunaan sengon menyebabkan ledakan hama, salah satunya adalah penggerek batang boktor (Xystrocera festiva). Larva boktor menghasilkan enzim -amilase dan tripsin dalam sistem pencernaannya untuk mencerna kulit dan kayu gubal sengon. Beberapa aksesi sengon resisten menunjukkan aktivitas inhibitor tehadap enzim -amilase dan tripsin yang merupakan aspek penting dari program pemuliaan pohon sengon. Pendeteksian gen ketahanan dapat dilakukan dengan pembuatan pustaka genomik melalui metode shotgun cloning dan kloning gen spesifik. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengoptimasi penyiapan bahan kloning dan metode pembuatan pustaka genom serta kloning gen tripsin inhibitor dan -amilase inhibitor pada sengon. Sekuen gen tripsin inhibitor sengon didapatkan berukuran dari 107 bp hingga 308 bp dan memiliki kesamaan dengan Tamarindus indica, Glycine max, Populus trichocarpa dan Populus nigra. Sekuens gen -amilase inhibitor didapatkan berukuran 447 bp dan memiliki kesamaan dengan Phaseolus vulgaris. Namun, sekuens TI dan AAI tersebut masih memiliki nilai E yang rendah.
Keyword: tripsin inhibitor, -amilase inhibitor, F.moluccana, X. festiva

Judul: Pengembangan Metode Kloning Gen Penyandi Trypsin Inhibitor Sengon (Falcataria moluccana Miq.)
Abstrak: Kendala utama pengembangan hutan tanaman sengon (Falcataria moluccana Miq.) adalah serangan hama boktor (Xystrocera festiva). Secara alami, sengon memiliki mekanisme pertahanan biokimia terhadap boktor, salah satunya yaitu trypsin inhibitor (TI). Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan metode untuk isolasi dan kloning DNA penyandi TI asal tanaman sengon. Percobaan meliputi tiga tahap yaitu ekstraksi DNA sengon, Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan primer penyandi TI dari tanaman lain, dan kloning hasil PCR. Ekstraksi DNA dari daun sengon dilakukan dengan metode CTAB I, CTAB II dengan modifikasi kit Purelink®, kit Purelink® Plant Total DNA purification, dan Qiagen® DNeasy plant miniprep kit yang ditambahkan PVP 26%. Hasil terbaik dari Qiagen® DNeasy plant miniprep kit dengan konsentrasi DNA 100 ng/μL. Reaksi PCR dilakukan dengan GoTaq® PCR Core Systems, PCR Supermix Invitrogen, GoTaq® DNA Polymerase, dan Platinum® Taq DNA Polymerase, dan yang berhasil memunculkan pita amplikon PCR menggunakan primer BTIw1 yaitu GoTaq® PCR Core Systems dengan konsentrasi hasil PCR 438 ng/μL. Kloning dilakukan dengan tiga metode yaitu heat shock CaCl2, heat shock Transformation buffer, dan Thermoscientific® InsTAclone PCR cloni
Keyword: cloning, method, Polymerase Chain Reaction (PCR), sengon, trypsin inhibitor

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: