Judul: Construction and Subcloning of the GOx-Xho Gene Encoding Glucose Oksidase Enzyme into the Plasmid pPICZα
Abstrak: Glukosa oksidase (GOx; EC 1.1.3.4) adalah enzim yang mengoksidasi Dglukosa menjadi D-glukono-d-lakton dan menghasilkan hidrogen peroksida. Aktivitas enzim tersebut pada organisme asalnya, yaitu Aspergillus niger IPBCC 08.610, diketahui lebih tinggi secara intraseluler dibanding ektraselular sehingga upaya memproduksi GOx secara masif kurang efisien. Salah satu solusi dari permasalahan tersebut adalah dengan metode alternatif, yaitu produksi enzim GOx secara rekombinan. Penelitian ini bertujuan mengonstruksi ulang fragmen gen GOx dengan menambah situs restriksi XhoI menjadi GOx-Xho, mensubkloning gen tersebut ke dalam plasmid pPICZα, dan mentransformasi plasmid rekombinan ke dalam sel Escherichia coli DH5α. Konstruksi gen GOx dilakukan menggunakan metode PCR dalam dua tahap. Ligasi gen GOx dengan plasmid pPICZα dilakukan dengan dua perlakuan, yaitu dengan rasio 1:1 dan 1:3 antara plasmid dan gen. Hasil penelitian menunjukkan perbandingan plasmid dan gen yang optimal dalam subkloning adalah 1:3. Hasil subkloning berhasil ditransformasi ke dalam sel E. coli DH5α dan sel pembawa plasmid rekombinan pPICZα-GOx-Xho berhasil diperoleh.
Keyword: glucose oxidase enzyme, recombinant plasmid, reconstruction gene, subcloning gene

Judul: Construction of Glucose Oxidase Gene Without Sequence That Encodes Spacer Peptide and Subcloning into pPICZα Plasmid
Abstrak: Glukosa oksidase (GOx) (EC 1.1.3.4) berfungsi mengkatalisis reaksi oksidasi dari β-D-glukosa menjadi D-glukono-δ-lakton dan hidrogen peroksida (H2O2). Enzim ini diketahui dihasilkan oleh beberapa jenis kapang. Aspergillus niger diketahui memproduksi enzim GOx yang lebih stabil dan digunakan sebagai sumber enzim GOx yang tersedia secara komersial. Isolat lokal A. niger IPBCC 08.610 yang digunakan pada penelitian ini diketahui menghasilkan kadar enzim GOx intraseluler yang lebih tinggi dibandingkan ekstraselulernya. Hal ini menjadi suatu kendala karena ekstraksi enzim intraseluler membutuhkan proses hilir yang lebih rumit. Produksi enzim GOx secara ekstraseluler pada Pichia pastoris dapat mengatasi masalah ini dan secara bersamaan dapat meningkatkan hasil produksi GOx rekombinan. Penelitian ini bertujuan mendapatkan gen penyandi GOx tanpa sinyal peptida aslinya yang akan disubklon ke dalam plasmid pPICZα pada sisi restriksi enzim XhoI dan XbaI agar terfusi secara in frame dengan sinyal sekresi α-mating factor (α-MF) tanpa menyertakan sekuen penyandi spacer peptida EAEA pada ujung-5’. Gen GOx diamplifikasi melalui dua tahapan reaksi PCR dari plasmid pGEM®-T Easy‒GOx. Amplikon gen GOx yang diperoleh berukuran 1775 pb yang terdiri atas situs restriksi XhoI (ujung-5’), sekuen penyandi gen GOx, dan situs restriksi XbaI (ujung-3’). Subkloning amplikon ini ke dalam plasmid pPICZα diharapkan akan menghasilkan plasmid rekombinan dengan ukuran 5269 pb., Glucose oxidase (GOx) (EC 1.1.3.4) catalyzes the oxidation of β-D-glucose to form D-glucono-δ-lactone and hydrogen peroxide (H2O2). The enzyme is well known to be produced from several species of fungis. Aspergillus niger is known to produced a more stable GOx and used as source of commercially available GOx. A local isolate of A. niger IPBCC 08.610 used in this study produced higher level of intracellular GOx enzyme than its extracellular. This fact presents a problem because intracellular enzyme extraction will need a more complicated downstream processing. Production of extracellular GOx in Pichia pastoris would overcome this problem and concomitanly could increase the yield of recombinant GOx production. This study aims to obtain the GOx gene without the original signal peptide to be subcloned into the pPICZα plasmid, fused in frame with the secretion signal α-mating factor (α-MF) without the sequences that encodes spacer peptide EAEA at its 5’-end. The GOx gene construction was carried out using a two steps PCR amplification method from pGEM®-T Easy‒GOx plasmid. The GOx amplicon is 1775 bps in length consisting of the XhoI restriction site (5’-end), the GOx gene encoding sequence, and the XbaI restriction site (3’-end). Subcloning this amplicon into the pPICZα plasmid is expected to produce a recombinant plasmid that have a length of 5269 bps.
Keyword: Amplification, Aspergillus niger, glucose oxidase, pPICZα, spacer peptide

Judul: Pengaruh Garis Pantai Berbentuk Teluk Terhadap Peningkatan Curah Hujan Pesisir di Benua Maritim Indonesia
Abstrak: Benua Maritim Indonesia (BMI) memiliki panjang garis pantai terpanjang kedua di dunia setelah Kanada, namun karakteristik curah hujan pesisir dan pengaruh bentuk garis pantai terhadap distribusi curah hujan pesisir hingga saat ini belum dipahami dengan jelas. Sebagai daerah dengan luas wilayah delapan puluh persen berupa lautan, pengetahuan tentang curah hujan di pesisir sangat penting untuk aktivitas perekonomian masyarakat pesisir khususnya perikanan dan keselamatan transportasi laut. Terdapat 816 pelabuhan dengan jumlah tangkapan ikan sekitar 30 juta ton per tahun yang selalu membutuhkan informasi cuaca kelautan setiap harinya. Ketidakakuratan informasi cuaca kelautan akan berdampak terhadap ketidaknyamanan, efisiensi dan bahkan keselamatan aktivitas pelayaran pada umumnya dan nelayan tradisional yang berjuang mencari ikan di tengah laut pada khususnya. Ada tiga cara yang dapat digunakan untuk meningkatkan akurasi prakiraan cuaca yang dapat dilakukan oleh prakirawan. Pertama, dengan meningkatkan jumlah stasiun pengamatan sehingga data yang tersedia mampu menangkap fenomena cuaca sesuai dengan skala cuaca yang dibutuhkan. Kedua, dengan mengembangkan model numerik yang lebih akurat, baik model analisis maupun model prakiraan yang sesuai dengan kebutuhan (WRF dengan resolusi tinggi). Ketiga, meningkatkan pemahaman prakirawan terhadap fenomena cuaca yang pada umumnya terbentuk di wilayah tersebut. Meningkatkan jumlah pengamatan cuaca di laut mempunyai keterbatasan dan kesulitan yang lebih jika dibandingkan dengan pengamatan cuaca yang dilakukan di darat. Ketersediaan lahan, sumber energi listrik, dan ketahanan alat menjadi kesulitan yang utama. Dalam penelitian ini, penulis ingin berkontribusi dengan memberikan pemahaman tentang karakteristik cuaca pesisir khususnya di wilayah teluk yang disajikan dalam skematik pembentukan curah hujan pesisir. Skematik tersebut diharapkan dapat dimanfaatkan prakirawan khususnya dibidang maritim sebagai salah satu panduan dalam membuat prakiraan cuaca kelautan khususnya wilayah teluk. Curah hujan pesisir dicirikan sebagai curah hujan intensitas lebat di sekitar pesisir dengan pergerakan curah hujan yang dominan baik dari pesisir ke tengah darat maupun dari pesisir ke tengah laut. Hasil analisis klimatologi curah hujan berdasarkan data TRMM 3B42 selama 1998 – 2015 menunjukan bahwa distribusi curah hujan pesisir sangat tergantung terhadap bentuk garis pantai. Intensitas curah hujan akan meningkat di sekitar wilayah dengan garis pantai berbentuk teluk (Teluk Manado, Teluk Tomini, Teluk Tolo, Teluk Bone, Teluk Berau dan Teluk Cendrawasih) dan selat (Selat Malaka (Fujita et al. 2012)). Teluk Cendrawasih merupakan teluk dengan intensitas curah hujan paling besar (16,5 mm per hari) dibandingkan dengan daerah teluk lainnya. Adanya pegunungan di sekitar Teluk Cendrawasih yang lebih tinggi dari teluk–teluk lainnya diindikasikan sebagai penyebab terbentuknya curah hujan yang cukup lebat di wilayah Teluk Cendrawasih (Pegunungan Weyland 3750 m). Topografi yang tinggi dapat membentuk curah hujan orografi yang cukup besar di sekitar pegunungan. Pada malam hari, awan konvektif tersebut bergerak ke tengah teluk dan berkontribusi terhadap peningkatan intensitas curah hujan di tengah teluk dengan adanya merger cumulus. Pegunungan yang relatif tinggi juga dapat meningkatkan intensitas angin darat sehingga konvergensi angin darat di tengah teluk menjadi lebih besar. Arah hadap teluk mempunyai pengaruh yang signifikan terhadap pembentukan variasi curah hujan bulanan. Pada teluk yang menghadap utara (Teluk Cendrawasih), puncak curah hujan terjadi pada periode angin monsun asia sedangkan pada teluk yang menghadap ke arah timur (Teluk Tolo dan Teluk Tomini), puncak curah hujan bulanan terjadi pada periode angin monsun australia.
Keyword: curah hujan pesisir, garis pantai, teluk, Benua Maritim Indonesia