Judul: Analisis Keragaman Genetik Menggunakan Marka Molekuler SSR dan Karakterisasi Komponen Hasil Klon Kakao Koleksi Balittri.
Abstrak: Analisis keragamanan genetik koleksi plasma nutfah kakao mempunyai peranan penting dalam program perakitan klon unggul baru. Ketersediaan klon hasil eksplorasi dan introduksi meningkatkan peluang keberhasilan perakitan klon unggul baru sehingga analisis keragaman genetik materi tersebut perlu dilakukan. Penggunaan marka molekuler dalam analisis keragaman genetik memiliki keuntungan, antara lain tidak dipengaruhi faktor lingkungan dan dapat digunakan untuk menentukan tetua yang akan digunakan dalam persilangan berdasarkan pada nilai jarak genetiknya. Tujuan dari penelitian ini adalah menganalisis keragaman genetik klon lokal, klon komersil dan klon introduksi koleksi Balai Penelitian Tanaman Industri dan Penyegar (Balittri) berdasarkan marka molekuler SSR yang berguna untuk pemilihan tetua kakao dalam rangka mendapatkan keturunan dengan sifat yang lebih unggul dari tetuanya. Penelitian ini terdiri dari 2 percobaan, yaitu analisis keragaman genetik berdasarkan marka SSR klon kakao lokal koleksi Balittri dan analisis keragaman genetik berdasarkan marka SSR dan karakterisasi komponen hasil klon kakao koleksi Balittri. Hasil penelitian menunjukkan bahwa marka SSR dapat digunakan untuk menganalisis keragaman genetik plasma nutfah kakao koleksi Balittri. Semua primer bersifat polimorfik dengan tingkat keragaman genetik cukup tinggi yang ditunjukkan dengan rataan PIC (Polymorphism Information Content) sebesar 57%. Pohon filogenetik untuk analisis klon lokal terbagi menjadi 3 kelompok besar yang menempatkan klon unggul lokal dan klon komersial muncul dalam tiap-tiap kelompok. Hasil dari pohon filogenetik menunjukkan beberapa klon kakao berpotensi menjadi tetua karena mempunyai jarak genetik yang cukup jauh. Klon unggul lokal yang diuji mempunyai perbedaan secara genetik dengan klon komersial sehingga ada harapan untuk dilepas sebagai klon unggul baru apabila mempunyai keunggulan dibandingkan dengan klon komersil. Sedangkan pada analisis kedua, pohon filogenetik terbagi menjadi 3 kelompok besar dimana klon introduksi agak terpisah dari klon yang lain. Diduga beberapa klon introduksi mempunyai jarak genetik yang jauh dengan klon-klon yang sudah dibudidayakan di Indonesia. Hal ini juga didukung dengan hasil analisis struktur populasi yang menggambarkan bahwa populasi terbagi menjadi dua dimana kelompok pertama didominasi oleh klon introduksi sedangkan kelompok kedua gabungan dari klon unggul lokal dan klon komersil. Berdasarkan hasil analisis molekuler dan data komponen hasil, dapat dipilih calon tetua persilangan terbaik. Pada karakter daya hasil, prioritas persilangan adalah MCC 02 x Sulawesi 2. Karakter bobot per biji kering, dapat menggunakan persilangan antara ICCRI 3 atau MCC 01 dengan MCC 02 atau IAARD 9. Tetua yang mempunyai jarak genetik yang jauh untuk karakter kadar lemak adalah klon Sulawesi 2 atau ICCRI 3 disilangkan dengan Sca 6. Pada klon introduksi, terdapat 2 klon yang mempunyai prekositas tinggi dan jumlah buah tertinggi yaitu E 13 dan E 23. Klon Ekuador masih harus diamati lebih lanjut daya hasil, mutu biji dan ketahanannya supaya diketahui aspek mana yang perlu diperbaiki.
Keyword: keragaman genetik, kakao, marka SSR, klon lokal, klon introduksi

Judul: Studi Penyebaran Serbuk Sari pada Tanaman Kakao (Theobroma cacao L.) dalam Mendukung Program Pemuliaan Tanaman
Abstrak: Peningkatan produktivitas dan mutu biji kakao memerlukan ketersediaan bahan tanaman kakao yang unggul dan bermutu. Ketersediaan bahan tanaman kakao dapat diperbanyak secara vegetatif dan generatif. Tanaman kakao umumnya merupakan tanaman menyerbuk silang, namun ada beberapa genotipe yang kompatibel menyerbuk sendiri, kompatibel menyerbuk sendiri sebagian dan tidak kompatibel menyerbuk sendiri. Sifat kompatibilitas antarklon pada proses penyerbukan pada tanaman kakao merupakan salah satu informasi penting untuk memilih tetua dalam pembuatan benih hibrida. Pendekatan lain untuk mengetahui sistem perkawinan pada suatu tanaman dapat diketahui melalui analisis pola penyebaran serbuk sari. Studi evaluasi penyebaran serbuk sari pada tanaman kakao dengan menggunakan marka molekuler diharapkan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi hibrida yang dihasilkan dari persilangan terbuka. Penelitian ini terdiri atas dua percobaan yaitu analisis penyebaran serbuk sari dan evaluasi keseragaman genetik dalam klon kakao pada populasi yang digunakan. Penelitian pertama bertujuan untuk mengidentifikasi tetua jantan progeni kakao hasil persilangan alami, serta menentukan tetua jantan dan tetua betina yang paling kompatibel sehingga diperoleh informasi mengenai klon-klon yang dapat dimanfaatkan sebagai komposisi tetua pengisi kebun induk benih kakao. Penelitian yang kedua bertujuan untuk mengetahui keseragaman genetik di dalam klon kakao. Percobaan kedua ini sebagai informasi penunjang untuk memvalidasi hasil dari percobaan pertama. Sampel penelitian diambil dari populasi tanaman kakao yang ditanam secara poliklonal di kebun percobaan Kalitelepak Genteng Banyuwangi Jawa Timur. Populasi tanaman kakao tersebut terdiri atas 12 klon kakao yaitu : DRC 16, GC 7, ICS 13, ICS 60, NIC 7, NW 6261, PA 300, PA 303, SD 6225, TSH 858, TSH 908, dan UIT. Percobaan pertama menggunakan bahan tanam 12 klon kakao dipilih satu pohon secara acak sebagai tetua betina dan kandidat tetua jantan. Selanjutnya 12 pohon tersebut diberi nomor dan diamati posisi koordinatnya menggunakan GPS Garmin GPSmap 78s. 12 sampel pohon tersebut diambil daun muda untuk dijadikan sebagai kandidat tetua jantan, enam pohon (6 klon) diantaranya sekaligus dijadikan sebagai kandidat tetua betina. Pohon kakao yang dijadikan sebagai tetua betina dipanen buahnya, kemudian benih tersebut dikecambahkan di rumah kaca hingga muncul daun muda dan di ambil untuk isolasi DNA. Total progeni yang digunakan dalam penelitian ini adalah 128, terdiri atas 24 progeni klon ICS 13, 24 progeni klon PA 303, 12 progeni klon NIC 7, 24 progeni klon SD 6225, 20 progeni TSH 858, dan 24 progeni klon TSH 908. Percobaan kedua menggunakan bahan tanam enam klon kakao, yaitu klon ICS 13, GC 7, PA 300, TSH 858, TSH 908, dan UIT. Masing-masing klon diambil sebanyak 10 tanaman secara acak. Setiap sampel tanaman diambil daun mudanya untuk isolasi DNA. Isolasi DNA pada percobaan satu dan dua menggunakan metode CTAB yang dimodifikasi dan amplikasi DNA menggunakan 12 marka SSR. Analisis parental menggunakan program Cervus berdasarkan data genotipe, dan analisis keseragaman genetik menggunakan program Darwin. Hasil penelitian menunjukkan marka SSR yang digunakan mampu menerangkan keragaman genetik pada populasi yang diuji baik pada percobaan studi penyebaran serbuk sari maupun pada percobaan evalusi keseragaman genetik dalam klon. Berdasarkan hasil analisis parental diperoleh informasi bahwa progeni yang teridentifikasi tetua jantan sebanyak 69 (54%) dari 128 progeni yang dianalisis (analisis simulasi dengan 6 lokus), sedangkan 59 progeni (46.09%) tidak teridentifikasi tetua jantannya. Hasil analisis
Keyword: analisis parental, kakao, kompatibilitas, marka SSR, serbuk sari

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: