Judul: Studi Penambatan Molekul Mutan Glukosa Oksidase IPBCC.08.610 untuk Meningkatkan Produksi Asam Glukonat
Abstrak: Glukosa oksidase (GOD) merupakan enzim oksidoreduktase yang mengkatalisis reaksi oksidasi glukosa menjadi β-D-glukono-1,5-lakton dan hidrogen peroksida. Kemudian, β-D-glukono-1,5-lakton akan terhidrolisis menjadi asam glukonat. Penerapan yang luas dari asam glukonat dalam berbagai industri menyebabkan meningkatnya permintaan produksi. Namun, konsentrasi glukosa yang lebih tinggi dari 40% (b/b) menghambat konversi glukosa menjadi asam glukonat karena penurunan konsentrasi kelarutan oksigen. Oleh karena itu, penurunan nilai Km diharapkan dapat menurunkan kejenuhan serta meningkatkan produksi asam glukonat. Penelitian ini bertujuan menganalisis interaksi antara mutan glukosa oksidase IPBCC.08.610 dengan β-D-Glukosa dalam meningkatkan produksi asam glukonat dengan menurunkan nilai Km. Mutasi dilakukan secara in silico dengan Chimera lalu dilakukan penambatan dengan AutoDockTools. Mutasi menyebabkan perbedaan pose ligan pada binding pocket, perbedaan konformasi -OH pada ligan, perbedaan indeks hidrofobisitas mutan T554M/D578P, serta penurunan nilai ΔG serta nilai Km pada mutan H559D, D578P serta T554M/D578P. Penurunan tersebut dapat meningkatkan kekuatan interaksi ligan-reseptor sehingga dapat meningkatkan produksi asam glukonat. H559D menjadi mutan terbaik yang dapat meningkatkan produksi tersebut berdasarkan nilai ΔG, nilai Km serta peningkatan kestabilan akibat penambahan ikatan hidrogen. Kata kunci: asam glukonat, glukosa oksidase, mutasi, penambatan molekul
Keyword: Glukosa Oksidase IPBCC.08.610, Asam glukonat, Penambatan molekul, Mutasi, Molecular Docking

Judul: Kestabilan Enzim Glukosa Oksidase Aspergillus niger Menggunakan Metode Constant pH Molecular Dynamic
Abstrak: Glukosa oksidase (GOD) dari Aspergillus niger (β-D-glukosa: oksigen 1- oksidoreduktase, EC 1.1.3.4, kode PDB : 1GAL) mengkatalisis oksidasi β-Dglukosa oleh molekul oksigen menjadi δ-gluconolactone, kemudian terhidrolisis secara spontan menjadi asam glukonat, dan hidrogen peroksida. Atas dasar kemampuan tersebut, GOD banyak digunakan dalam aplikasi bidang farmasi, di antaranya sebagai biosensor untuk penentuan kadar glukosa dalam darah. Parameter-parameter yang dapat mempengaruhi perubahan struktur dan fungsi protein dalam larutan adalah suhu, tekanan, dan pH. Pengaruh yang paling besar terhadap perubahan struktur dan fungsi protein tersebut adalah pH. Hal ini terjadi karena residu asam amino mengalami perubahan muatan akibat pengaruh protonasi dari larutan yang mempunyai pH rendah. Dinamika molekuler merupakan suatu metode simulasi dengan media komputer yang memungkinkan untuk merepresentasikan interaksi molekulmolekul atom dalam jangka waktu tertentu. Teknik ini berdasarkan pada persamaan hukum Newton dan hukum Mekanika. Simulasi dinamika molekul dapat mengetahui dinamika dan perubahan konformasi struktur protein pada tingkat atom. Selanjutnya, pemodelan lingkungan pH dalam simulasi ini dilakukan dengan cara memprotonasi residu asam amino yang bermuatan menggunakan metode simulasi Constant pH Molecular Dynamic (CPHMD). Tujuan dari penelitian ini adalah mencari dan menganalisis residu yang bertanggung jawab terhadap stabilitas konformasi enzim GOD Aspergillus niger akibat pengaruh dari pH. Selanjutnya untuk mencapai tujuan ini dilakukan analisis stabilitas konformasi enzim GOD tersebut dengan melakukan protonasi terhadap residu asam amino yang bermuatan pada pH 4, 5, 6 dan 7 dalam skala atomik. Analisis yang digunakan adalah analisis root mean square deviation (RMSD), struktur sekunder, root mean square fluctuation (RMSF), nilai derajat ionisasi asam amino (pKa) dan kurva protonasi. Berdasarkan analisis RMSD dan struktur sekunder, enzim 1GAL pada pH 4, 5, 6 dan 7 memiliki struktur yang masih stabil. Selain itu, berdasarkan data protonasi, Enzim 1GAL paling stabil pada pH 5, sedangkan residu penstabil enzim 1GAL pada simulasi pH 4, 5, 6 dan 7 adalah residu Glu82, Glu192, Asp206, Asp220, His270 dan His445.
Keyword: 1GAL, Constant pH Molecular Dynamic, Kestabilan enzim

Judul: Etno-ornitologi Burung Kancilan Flores (Pachycephala nudigula nudigula Hartert 1897) pada Masyarakat Lio di Taman Nasional Kelimutu
Abstrak: Bare-throathed whistler is one of several wild birds in Kelimutu National Park (TNKL) that is believed to have correlation with Lio Community‟s belief. The estimation of Bare-throated whistler‟s population in Kelimutu National Park was about 186.41-1668.07 individual by the density about 0.0389-0.3481 ind/ha with the sex ratio 6.2:1 that spreaded on area with height of 1100 – 1600 masl. The characteristic of Bare-throated whistler‟s habitat is a natural forest with various canopy level, high plant species diversity and high density. The habitat characteristics related to the availability of food in the form of insects, cover, safety and a nesting site. Generally the most of Lio community knew the existence of Bare-throated whistler directly or from their parents‟ stories. The perceptions of Lio Community to the Bare-throated whistler‟s existence is generally support the conservation efforts. The perceptions construct the Lio Community‟s atitude that tend to be conservative to the existence of Bare-throated whistler. The attitude shown by their behavior that not cathing the Bare-throated whistler from the TNKL‟s area or the outside. The attitude have an important role to the existence of Bare-throated whistler in Kelimutu National Park‟s area.
Keyword: