Judul: Analisis  Filogenetik, Sifat Fisikokimia, dan Struktur Enzim Fitase Sepuluh Spesies Aspergillus In Silico
Abstrak: Asam fitat merupakan senyawa kimia yang terdiri atas inositol dan asam fosfat serta merupakan senyawa antinutrien yang selalu terdapat pada bahan pakan unggas monogastrik berbahan tanaman serealia. Fitase (myo-inositol heksakisfosfat fosfohidrolase) adalah enzim yang dapat menghidrolisis ikatan fosfoester pada asam fitat, menghasilkan fosfat anorganik dan ester fosfat. Aspergillus merupakan genus kapang yang dapat menghasilkan enzim fitase dan telah banyak digunakan dalam produksi enzim fitase karena mudah dikulturkan. Penelitian ini bertujuan melakukan perbandingan struktur, karakteristik fisikokimia dan hubungan kekerabatan filogenetik enzim fitase dari beberapa spesies Aspergillus sp. secara in silico sebagai langkah penapisan awal dalam memperoleh enzim fitase yang paling cocok diaplikasikan pada pakan unggas. Hasil penelitian menunjukkan fitase 1QFX asal A. niger, P34755 asal A. awamori dan D5HQ11 asal A. ficuum memiliki kekerabatan yang sangat tinggi ditinjau dari filogenetik, urutan sekuen asam amino, sifat fisikokimia, serta struktur kristalnya. Ketiga sekuen asam amino enzim tersebut memiliki titik isoelektrik pada kisaran 4 sehingga merupakan enzim acid phytase. Nilai hidrofobisitas maksimum ketiga sekuen lebih besar dari 3 sehingga termostabilitasnya cukup tinggi. Simpulan dari penelitian ini adalah fitase 1QFX asal A. niger, P34755 asal A. awamori dan D5HQ11 asal A. ficuum merupakan fitase yang paling cocok untuk diaplikasikan pada pakan unggas.
Keyword: Aspergillus, Enzyme, Phytase, Phytic acid

Judul: In Silico Phylogenetic, Physicochemical Properties, and Structure Analysis of Phytase from Pseudomonas spp.
Abstrak: Pseudomonas sp. diketahui dapat menghasilkan tiga jenis enzim fitase berbeda yang jarang ditemukan pada bakteri lain. Fitase Pseudomonas sp. memiliki kelebihan dalam meningkatkan aktivitas katalitiknya serta mempertahankan aktivitasnya pada suhu rendah. Namun, fitase Pseudomonas belum banyak diteliti dan belum banyak dimanfaatkan dalam industri. Penelitian ini bertujuan menganalisis enzim fitase berdasarkan kekerabatan filogenetik, sifat fisikokimia, dan struktur setiap jenis enzim fitase pada berbagai spesies Pseudomonas serta mencari fitase Pseudomonas yang berpotensi untuk dikembangkan lebih lanjut. Penelitian ini menggunakan 20 fitase dari 17 spesies Pseudomonas yang didapat dari Uniport dan NCBI dengan metode berupa Neighbor Joining (NJ), Protparam, dan AlphaFold. Hasil penelitian menunjukkan bahwa ke-20 fitase ini terbagi menjadi 3 kelompok, yaitu kelompok Beta Propeller Phytase (BPP), Histidine Acid Phytase (HAP), dan 1 fitase yang belum dapat ditentukan jenisnya. Fitase-fitase tersebut juga menghasilkan struktur, sisi aktif, dan sifat fisikokimia yang berbeda-beda. Perbedaan jenis fitase didukung oleh pohon filogenetiknya, yaitu fitase HAP terletak pada cabang yang berbeda dengan fitase BPP serta jarak kekerabatan yang jauh. Kata kunci: Enzim, filogenetik, fisikokimia, fitase, Pseudomona, Pseudomonas sp. is known to produce three different types of phytase that are rarely found in other bacteria. Pseudomonas sp. phytase has the advantage of increasing its catalytic activity and maintaining its activity at low temperatures, but has not been widely studied and used in industry. This research aims to analyze phytase based on phylogenetic, physicochemical properties and structure of each type of phytase in various species of Pseudomonas and to search for Pseudomonas phytases that have the potential for further development. This research used 20 phytases from 17 Pseudomonas species obtained from Uniport and NCBI using methods such as Neighbor Joining (NJ), Protparam, and AlphaFold. The results showed that 20 phytases were divided into 3 groups. Beta Propeller Phytase (BPP), Histidine Acid Phytase (HAP), and 1 phytase that could not be determined. Phytases produce different structures, active sites and physicochemical properties. Phylogenetic tree also shows the differences of phytase. HAP phytase is located on a different branch from the BPP phytase and has a far distance of genetic relationship Keywords: Enzyme, phylogenetic, physicochemical, phytase, Pseudomonas
Keyword: Enzyme, Phylogenetic, Physicochemical, Phytase, Pseudomonas

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: