Judul: Kajian Keragaman Gen-gen Pertumbuhan dan Myostatin sebagai Penciri Karakteristik Karkas Ayam
Abstrak: Ayam asli tidak hanya berkontribusi terhadap konservasi sumber genetik unggas, tetapi juga memainkan peran penting dalam ekonomi di masyarakat. Ayam kampung merupakan ayam asli Indonesia, yang dapat ditemukan dengan mudah di daerah pedesaan. Peningkatan performa ayam kampung dapat dilakukan dengan seleksi dan persilangan, atau dengan pemanfaatan keduanya. Untuk meningkatkan performa pertumbuhan dan karkas ayam kampung, persilangan menghasilkan F2 antara kampung dan ayam ras pedaging strain Cobb dirancang dan kemudian diikuti seleksi berdasarkan gen-gen pengontrol karakteristik karkas. Gen growth hormone (GH), growth hormone receptor (GHR), ghrelin receptor (GHSR), dan myostatin (MSTN) memainkan peran penting dalam pertumbuhan dan perkembangan otot. Penelitian ini bertujuan untuk memberikan informasi keragaman genetik ayam silangan F2 kampung dan ayam ras pedaging berdasarkan gen pengontrol karakteristik karkas, yaitu GH, GHR, GHSR, dan myostatin. Penelitian ini terdiri atas dua (2) tahap: (1) Polimorfisme gen GH, GHR, GHSR, dan myostatin pada ayam kampung dan ayam pedaging, dan (2) Ekspresi dan sekuen utuh gen myostatin pada ayam bobot tinggi dan rendah. Sebanyak 215 ekor ayam terdiri atas 4 populasi ayam (kampung, ras pedaging strain Cobb, silangan F1 dan silangan F2 kampung dan ras pedaging) digunakan untuk penelitian tahap 1. Identifikasi polimorfisme dilakukan dengan teknik PCR-RFLP dengan enzim restriksi EcoRV, Eco72I, Hin6I, dan BsrI masing-masing untuk gen GH, GHR, GHSR, dan myostatin. Komponen karkas pada umur 26 minggu di kampung F2 dan ayam pedaging (42 ekor ayam) digunakan untuk analisis asosiasi. Semua gen yang dianalisis bersifat polimorfik pada semua populasi ayam. Asosiasi signifikan ditemukan antara g.565G>A polimorfisme GHR dengan bobot hidup, bobot karkas, bobot dada, bobot paha atas, bobot otot dada, dan bobot otot paha. Polimorfisme GHSR g.1857T>C berasoasasi secara signifikan dengan bobot hidup, bobot karkas, bobot dada, bobot paha atas, bobot paha bawah, bobot sayap, bobot otot dada, bobot otot paha atas, dan bobot otot paha bawah. Polimorfisme g.4842T>G myostatin berasosiasi dengan bobot hidup, bobot karkas, bobot komponen karkas, bobot otot, dan air bebas pada daging. Efek dari g.4842T>G myostatin ini juga telah dikonfirmasi pada jenis ayam yang berbeda. Dengan demikian, g.4842T>G myostatin merupakan kandidat penting untuk pertumbuhan ayam dan peningkatan massa otot. Penelitian tahap 2 adalah studi validasi untuk membuktikan peran myostatin pada karakteristik karkas. Dua kelompok ayam berdasarkan berat badan umur 12 minggu digunakan dalam penelitian ini. Kelompok ayam ini diperoleh dari populasi silangan F2 kampung dan ayam pedaging. Sekuen lengkap gen myostatin ayam dibatasi menjadi 24 sekuen parsial. Sebanyak 170 mutasi ditemukan di sepanjang gen myostatin termasuk 148 mutasi titik dan 22 indel. Di antara mutasi tersebut, 161 mutasi ditemukan sebagai mutasi novel. Mutasi spesifik ditemukan pada ayam dengan bobot badan rendah dan tinggi, diantaranya adalah 5 mutasi pada ayam dengan bobot badan tinggi dan 25 mutasi pada ayam dengan bobot badan rendah. Dua belas haplotipe ditemukan dalam sekuen coding region gen myostatin, termasuk dua haplotipe spesifik pada ayam dengan bobot badan tinggi dan lima haplotipe pada ayam dengan bobot badan rendah. Tidak ada perbedaan asam amino antara sekuen coding region gen myostatin ayam dengan bobot badan tinggi dan rendah. Ekspresi relatif digunakan untuk menghitung cycles treshold (CT) gen myostatin pada jaringan otot antara ayam dengan bobot badan tinggi dan
Keyword: gen GH, gen GHR, gen GHSR, gen myostatin, keragaman genetik, karkas ayam

Judul: Keragaman Gen Igf2 Dan Gen Fmo3 Serta Asosiasinya Terhadap Bobot Potong Dan Sifat Fisik Daging Pada Ayam Kampung
Abstrak: Ayam kampung merupakan ayam asli Indonesia yang masih memiliki produktivitas rendah dibandingkan dengan ayam ras. Ayam kampung memiliki keunggulan pada tingkat adaptasi, ketahanan terhadap panas, dan ketahanan terhadap penyakit yang tinggi. Rendahnya produktivitas ayam kampung berbanding terbalik dengan permintaan konsumsi daging ayam kampung di masyarakat. Sehingga perlu dilakukan peningkatan produktivitas ayam kampung melalui seleksi. Gen IGF2 (Insuline-like Growth Factor 2) dan FMO3 (Flavincontaining monooxygenases 3) sebagai gen pengontrol pertumbuhan dan kualitas karkas dapat digunakan sebagai gen potensial dalam seleksi berbasis marka genetik untuk meningkatkan produktivitas ayam kampung. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman gen IGF2 dan FMO3 pada populasi ayam kampung dan memahami hubungan keragaman gen-gen tersebut dengan bobot karkas dan sifat fisik karkas pada ayam kampung. Penelitian terdiri atas dua tahap yaitu analisis keragaman gen IGF2 dan FMO3 pada dua populasi ayam kampung serta beberapa ayam lokal sebagai pembanding. Asosiasi keragaman kedua gen diidentifikasi pada bobot karkas dan sifat fisik karkas pada ayam kampung. Sampel yang digunakan sebanyak 118 sampel ayam kampung untuk gen IGF2 yang terdiri atas kampung populasi 12 minggu, dan kampung populasi 26 minggu. Sebanyak 129 sampel darah ayam kampung yang digunakan untuk gen FMO3 terdiri atas 6 populasi yaitu broiler, kampung, sentul, merawang, pelung, dan nunukan. Ayam kampung yang digunakan untuk asosiasi sebanyak 118 ekor untuk bobot karkas dan potongan komersial serta 56 ekor untuk sifat fisik karkas. Genotyping dilakukan menggunakan metode PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism). Analisis data yang dilakukan yaitu frekuensi genotipe, frekuensi alel, heterozigositas, keseimbangan Hardy-Weinberg dan asosiasi data genotipe dengan fenotipe menggunakan GLM (General Linear Model). Hasil menunjukkan gen IGF2 pada dua populasi ayam kampung bersifat polimorfik dan gen FMO3 pada semua populasi bersifat monomorfik. Gen IGF2 pada populasi ayam kampung 12 minggu memiliki keragaman yang rendah dan pada populasi 26 minggu memiliki keragaman yang tinggi sedangkan pada gen FMO3 tidak ditemukan keragaman. Ditemukan asosiasi secara suggestive ( P < 0.1) gen IGF2 dengan bobot paha bawah pada ayam kampung 26 minggu. Tidak ditemukan asosiasi antara keragaman gen IGF2 dan FMO3 terhadap bobot potong dan sifat fisik karkas pada ayam kampung.
Keyword: ayam kampung, bobot potong, gen FMO3, gen IGF2, sifat fisik karkas

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: