Judul: Karakteristik Morfologi dan Molekuler Teritip Spons (Cirripedia, Archaeobalanidae) serta Spesies Spesifik antara Spons dan Teritip
Abstrak: Penelitian teritip spons yang pernah dilaksanakan sebagian besar hanya fokus pada karakter morfologi saja termasuk revisi taksonomi teritip spons Genus Acasta. Teknik molekuler dapat membantu memecahkan masalah taksonomi yang tidak dapat diselesaikan dengan morfologi. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan karakter morfolgi teritip spons, merekonstruksi filogenetik teritip spons berdasarkan karakter molekuler, dan mengkaji hubungan spesifik antara spons dan teritip. Spons dikoleksi mulai Bulan Oktober sampai Desember 2012 di tiga lokasi (Pulau Weh, Aceh, Kepulauan Seribu, DKI Jakarta, dan Kepulauan Karimunjawa, Jepara). Karakter morfologi teritip spons diamati menggunakan mikroskop stereo Olympus SZ61 di Laboratorium Bioprospeksi Kelautan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Institut Pertanian Bogor dan mikroskop elektron Hitachi TM3000 Tabletop Microscope di International Tropical Marine and Earth Sciences laboratory (ITMEL) Universitas Jenderal Soedirman. Pengamatan molekuler teritip spons dilakukan di Laboratorium Marine Biodiversity and Biosistematics Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Institut Pertanian Bogor. Filogenetik teritip spons dianalisis dengan Neighbour Joining (NJ), Maximum Parsimony (MP), dan Maximum Likelihood (ML) dengan 1000 kali bootstrap. Hubungan spesies spesifik dianalisis dengan Analisis Koresponden. Hasil penelitian didapatkan tiga spesies catatan baru yaitu Acasta cyathus Darwin, 1854, A. fenestrata Darwin, 1854, dan Euacasta dofleini (Kruger,1911). Analisis filogenetik NJ, MP, dan ML juga menghasilkan tiga kelompok teritip yaitu A. fenestrata, A. cyathus, dan E. dofleini sesuai dengan deskripsi karakter morfologi. Jarak genetika antara A. cyathus dan A. fenestrata adalah 0.146, antara A. cyathus dan E. dofleini adalah 0.137, antara A. fenestrata dan E. dofleini adalah 0.144, yang tergolong dekat karena A. fenestrata adalah sister taksa dari A. cyathus dan keduanya adalah sister taksa dari E. dofleini. Spesies spesifik diduga terjadi antara teritip E. dofleini dan spons Haliclona sp., sehingga berindikasi teritip E. dofleini mempunyai sensitivitas lebih tinggi dan juga penyebaran yang lebih sempit.
Keyword: teritip, spons, morfologi, molekuler, filogenetik

Judul: The Application of DNA Barcoding and DNA Metabarcoding for Marine Sponges Identification in Dampier Strait
Abstrak: Identifikasi spesies dapat dilakukan dengan berbagai metode diantaranya adalah dengan pengamatan morfologi dan pendekatan molekuler. Sifat plastisitas dari morfologi spons menyebabkan biota ini menantang untuk diidentifikasi. Upaya identifikasi dengan pendekatan molekuler dapat menjadi salah satu alternatif dalam kajian spons. Penelitian ini berujuan untuk mengidentifikasi spons dari sampel yang tidak utuh dengan pendekatan DNA barcoding dan DNA metabarcoding. Sampel spons yang diambil adalah sampel dengan tampak morfologi luar yang berbeda. Identifikasi dengan pendekatan molekuler dimulai dari ekstraksi DNA spons dan dilanjutkan dengan amplifikasi DNA. Analisis DNA barcoding menggunakan primer LCO 1490 dan HCO 2198, sedangkan analisis DNA metabarcoding menggunakan primer mlCOIlintf dan dgHCO2198 yang menargetkan gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI). Produk PCR kemudian dielektroforesis dan kualitas pita DNA yang baik akan dilanjutkan pada tahap sekuensing. Analisis genetik dengan metode DNA barcoding mendeteksi 4 jenis yaitu Halichondria sp., Stylissa carteri, Xestospongia deweerdtae, dan Theonella sp. dari 5 sampel yang teramplifikasi. Analisis DNA metabarcoding mendeteksi sebanyak 138 Operational Taxonomic Units (OTUs) dan 65.884 reads atau sekuen yang terdiri dari tiga kelompok yakni kelompok eukariot, kelompok bakteri, dan kelompok yang tidak teridentifikasi secara taksonomi (unassigned). Sampel spons pada penelitian ini dapat diidentifikasi dengan pendekatan DNA barcoding dan DNA metabarcoding. Penggunaan primer yang berbeda menyebabkan adanya perbedaan biota yang terdeteksi. Identifikasi spons dengan metode DNA barcoding menghasilkan taksonomi hingga tingkat spesies. Penggunaan metode DNA metabarcoding dapat mendeteksi tujuh genus spons serta memungkinkan deteksi spons jenis lain yang tidak terdeteksi dengan DNA barcoding. Genus spons yang terdeteksi pada analisis ini menggunakan metode molekuler diantaranya genus Agelas, Paratetilla, Pseudoceratina, Haliclona, Theonella, Halichondria, Xestospongia dan dua spesies diantaranya Xestospongia deweerdtae dan Stylissa carteri. Penerapan kedua metode ini juga sama-sama mendeteksi DNA non-target atau DNA selain spons. Rekomendasi untuk penelitian selanjutnya yakni preservasi yang lebih baik, dan penggunaan primer yang lebih spesifik.
Keyword: DNA Barcoding, DNA Metabarcoding, Porifera

Judul: Zero-inflated negative binomial models in small area estimation.
Abstrak: The problem of over-dispersion in Poisson data is usually solved by introducing prior distributions which lead to negative binomial models. Poisson data sometime is also suffered by excess zero problems, a condition when data contains too many zero or exceeds the distribution's expectation. Zero Inflated Negative Binomial (ZINB) method can be utilized to solve such problems. This paper demonstrates the adaption of ZINB methods in Small Area Estimation with excess zero data. It is shown that the excess zero problem has substantially influenced the Empirical Bayes (EB) estimates, and the adaption of ZINB methods has improved the precision and reliability of the estimates. Key Words: Small Area Estimation, Zero-Inflation, Poisson-Gamma, Negative Binomial Regression, Empirical Bayes
Keyword: