Judul: Identification of Active Compounds in Black Tea and Turmeric to Increasing Activity of Superoxide Dismutase Enzymes Using In Silico Method
Abstrak: Superoksida dismutase (SOD) merupakan antioksidan penting dalam melindungi sel terhadap kerusakan yang timbul akibat stres oksidatif. Berbagai bahan alternatif telah terbukti meningkatkan aktivitas SOD sebagai agen antioksidan termasuk teh hitam dan kunyit, namun belum diketahui senyawa aktif yang berperan dalam meningkatkan aktivitas enzim SOD. Penelitian ini bertujuan menentukan senyawa aktif teh hitam dan kunyit yang berperan dalam meningkatkan aktivitas enzim superoksida dismutase dengan metode penapisan virtual dan penambatan molekuler terhadap reseptor Cu/Zn SOD (PDB ID: 1CB4). Penelitian dilakukan dengan analisis bioavaibilitas dan toksisitas 20 senyawa aktif teh hitam serta 29 senyawa aktif kunyit, dilanjutkan penapisan virtual dan penambatan molekuler. Hasil penambatan molekuler dianalisis melalui parameter energi bebas Gibbs (∆G) dan kesamaan situs ikat (BSS). Epicatechin gallate (teh hitam) dan curcumin (kunyit) memiliki potensi terbaik dalam meningkatkan aktivitas enzim Cu/Zn SOD dengan nilai energi afinitas masing-masing sebesar -9,5 dan -7,4 Kkal/mol serta nilai BSS yang sama besar yaitu 81,8% terhadap beta amyrin sebagai ligan pembanding. Epicatechin gallate dan curcumin diprediksi dapat diserap dengan baik oleh tubuh karena memenuhi aturan Lipinski dan aman dikonsumsi karena tidak bersifat toksik., Superoxide dismutase (SOD) a re regarded as important antioxidants for protecting cells against damage arising from oxidative stress. Various alternative materials have been shown to increase the activity of SOD as an antioxidant agent, including black tea and turmeric, but the active compounds that increasing the activity of the SOD enzyme is still unknwon. This study aims to determine the active compounds of black tea and turmeric that play a role in increasing the activity of the SOD enzyme by virtual screening methods and molecular docking of the Cu/Zn SOD receptor (ID: 1CB4). The study analyzes the bioavailability and toxicity of 20 active compounds of black tea and 29 active compounds of turmeric followed by virtual screening and molecular docking. The results were analyzed by Gibbs free energy (∆G) and binding site similarity (BSS) parameters. Epicatechin gallate (black tea) and curcumin (turmeric) are best potential compound to increase the activity of Cu/Zn SOD enzymes with ∆G values of -9.5 and -7.4 Kcal/mol and same BSS value that is 81.8% against beta amyrin as control ligand. Epicatechin gallate and curcumin can be well absorbed because comply with Lipinski’s rule and safe for consumption because they are not toxic.
Keyword: Antioksidan, Kunyit, Penambatan molekuler, Superoksida dismutase, Teh hitam, Antioxidants, Black tea, Molecular docking, Superoxide dismutase, Turm

Judul: In Silico Study of Cu/Zn-SOD Enzyme Activator and In Vitro Antioxidant Activity of Red Betel (Piper crocatum Ruiz & Pav) From Various Regions in Indonesia
Abstrak: Penyakit degeneratif seperti jantung koroner, kanker, dan stroke merupakan penyakit yang menjadi masalah serius di Indonesia yang diakibatkan oleh radikal bebas dan dapat dicegah dengan senyawa antioksidan. Senyawa antioksidan alami terdiri atas dua jenis yaitu antioksidan enzimatik dan non enzimatik. Superoksida dismutase merupakan antioksidan enzimatik yang mengkatalisis pemutusan dua molekul anion superoksida (O2-) menjadi hidrogen peroksida (H2O2) dan molekul oksigen (O2). Penelitian sebelumnya berhasil mengisolasi senyawa bioaktif yang terkandung di dalam sirih merah, mengandung senyawa flavonoid, alkaloid dan tanin, serta senyawa sirih merah guanidine tartratre dapat meningkatkan enzim glutation peroksidase yang merupakan enzim antioksidan. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari senyawa aktif sirih merah yang berperan aktif dalam meningkatkan enzim Cu/Zn superoksida dismutase secara in silico serta mengukur kadar total fenolik dan aktivitas antioksidan ekstrak etanol sirih merah dari daerah Banda aceh, Bogor, Bandung, Jogja, Samarinda, Jayapura, Kendari, dan Malang secara in vitro. Penambatan molekuler 69 senyawa aktif sirih merah dan dua ligan pembanding (Trehalosa dan β-amyrin) dilakukan dengan menggunakan YASARA Structure diperoleh senyawa Amino-2-(3-aminopropylamino)-9-(cyclohexylmethyl)- 2,3,4,5,6,7-hexahydro-1H-purin-8-one yang dapat berperan dan meningkatkan enzim Cu/Zn superoksida dismutase dengan nilai energi afinitas -9.1490 kkal/mol, konstanta disosiasi 1.967 µM dan membentuk ikatan hidrogen pada Val7(B), Val146(B), Val146(A), Val5(A), dan Gly49(B). Sedangkan interaksi hidrofobik terjadi pada residu asam amino Asn51(A), Gly145(B), Cys6(A), Val7(A), Asn51(B), Gly54(B), Lys9(B), dan Lys9(A). Hasil in vitro ekstrak etanol 70% sirih merah menunjukkan kadar total fenolik tertinggi diperoleh dari daerah Malang dengan nilai 12.570 mg GAE/g dan nilai peredam DPPH terbaik diperoleh dari daerah Bogor dengan nilai 55.096 µg/mL.
Keyword: Antioksidan, Cu/Zn Superoksida Dismutase, DPPH, Sirih merah, Total Fenolik

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: