Judul: Pengembangan metode deteksi molekuler Chrysanthemum stunt viroid (CSVd) penyebab penyakit kerdil pada tanaman krisan (Dendranthema grandiflora Kitam)
Abstrak: Krisan (Dendranthema grandiflora Kitam.) merupakan tanaman bunga potong yang sudah menjadi komoditas dunia. Menurut Direktorat Jenderal Hortikultura (2008), produksi krisan dalam negeri meningkat dari 1,7 juta bibit pada tahun 2005 menjadi 5,9 juta bibit di tahun 2006 dan 6,5 juta bibit di tahun 2007. Walaupun te rjadi peningkatan produksi bibit krisan di dalam negeri, impor bibit juga mengalami peningkatan yang cukup tinggi pada tahun yang sama.
Keyword: 

Judul: Deteksi Chrysanthemum B carlavirus dari Stek Krisan
Abstrak: Krisan merupakan salah satu tanaman hias yang memiliki nilai ekonomi yang cukup tinggi karena memiliki daya tarik warna, bentuk, dan ukuran yang beranekaragam sehingga diminati masyarakat. Tanaman induk (mother plant) banyak diimpor dari negara Jepang dan Belanda, sedangkan stek hibrid banyak diekspor ke negara Jepang, Belanda, Hong Kong, dan Taiwan. Kendala utama dalam budidaya krisan adalah infeksi Chrysanthemum B carlavirus (CVB) yang dapat menyebabkan penurunan kualitas bunga. Oleh karena itu sangat penting mendapatkan metode yang baik untuk mendeteksi CVB dari bahan propagasi seperti stek, khususnya sebelum stek tersebut ditanam. Penelitian bertujuan untuk mendeteksi virus pada stek krisan impor dengan metode indirect ELISA, serta mengevaluasi empat metode ekstraksi RNA total untuk mendeteksi CVB dari stek krisan menggunakan metode RT-PCR. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Virologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor (IPB) dari bulan Desember 2011 sampai dengan April 2012. Sampel yang digunakan adalah stek krisan impor, ekspor, dan asal petani. Deteksi dengan indirect ELISA menggunakan antibodi CVB, Cucumber mosaic cucumovirus (CMV), Potato virus Y (PVY), dan Tomato spotted wilt tospovirus (TSWV). Inokulum CVB diperbanyak pada krisan sehat dengan penularan mekanis, kemudian tiga bagian stek yang berbeda (batang, tangkai daun, dan daun) dari krisan hasil inokulasi tersebut diekstraksi dengan empat metode ekstrasi RNA total yaitu metode Wylie, Simple Direct Tube (SDT), Simple Extraction Method (SEM), dan kit komersial RNeasy plant mini kit. RNA total hasil ekstraksi diukur kemurnian dan konsentrasinya menggunakan spektrofotometer pada panjang gelombang 260 dan 280 nm. RNA total digunakan untuk deteksi CVB dengan RT-PCR menggunakan sepasang primer spesifik gen protein selubung yaitu CVB5 (5’-CAAAGAGGTGATCATCCGTCTAG-3’) (forward) dan CVB3 (5’-CTCGGTTAC TTTATCGCACCTAG3’) (reverse) dan sepasang primer kontrol internal RubiscoL yaitu RBCL-F535 (5’-CTTTCCAAGGCCCGCCTCA-3’) (forward) dan RBCL-R705 (5’-CATCATCTTTGGTAAAATCAAGTCCA-3’) (reverse). DNA CVB hasil amplifikasi RT-PCR berukuran 739 bp dan DNA kontrol internal RubiscoL berukuran 171 bp. Berdasarkan hasil indirect ELISA CVB, CMV, PVY, dan TSWV tidak terdeteksi pada stek impor, ekspor, sampel asal petani di Ciawi (Bogor) dan Cugenang (Cianjur). Sampel asal Cipanas (Cianjur) dan Sukaraja (Sukabumi) menunjukkan reaksi positif terhadap antibodi CVB dengan insidensi berturut-turut sebesar 25% dan 1% namun bereaksi negatif terhadap tiga antibodi lainnya. Hasil RT-PCR menunjukkan bahwa pita DNA CVB berhasil diamplifikasi dengan baik dari RNA template asal batang, tangkai daun, dan daun menggunakan metode Wylie; metode SEM dan kit komersial berhasil mengamplifikasi CVB dari sampel tangkai daun, dan daun; metode SDT tidak berhasil mengamplifikasi CVB dari semua bagian stek. Kualitas RNA total hasil ekstraksi dengan SEM memiliki kemurnian dan konsentrasi yang lebih baik dibandingkan kit komersial. Walaupun demikian pita DNA CVB berhasil teramplifikasi pada RT-PCR menggunakan RNA total hasil ekstraksi dengan kit komersial yaitu pada volume...dst
Keyword: Chrysanthemum B carlavirus, ekstraksi RNA, RT-PCR, Rubiscol, ELISA

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: