Judul: Keragaman Dan Laju Kinetika Aktivitas Isolat Nitrifikasi Asal Perkebunan Karet Dan Kelapa Sawit Jambi
Abstrak: Nitrifikasi merupakan salah satu proses penting dalam siklus nitrogen. Nitrifikasi dilakukan oleh dua kelompok bakteri yaitu bakteri pengoksidasi amonium (nitritasi) dan bakteri pengoksidasi nitrit (nitratasi). Bakteri nitritasi mengoksidasi amonium menjadi nitrit sedangkan bakteri nitratasi mengoksidasi nitrit menjadi nitrat. Perubahan penggunaan lahan hutan menjadi perkebunan kelapa sawit dan perkebunan karet akan mempengaruhi komunitas bakteri. Tujuan penelitian ini ialah untuk mengetahui keragaman bakteri nitritasi pada sampel tanah kelapa sawit dan perkebunan karet dan untuk mengukur kinetika aktivitas isolate bakteri nitrifikasi. Penelitian ini diawali dengan pengambilan sampel tanah secara vertical pada dua strata kedalaman tanah asal perkebunan kelapa sawit dan karet yaitu kedalam 0-5 cm dan 5-10 cm. Selanjutnya tanah tersebut diisiolasi menggunakan metode pengenceran bertingkat dan dilakukan penanaman pada media nitritasi dan nitratasi menggunakan metode sebar. Isolat yang diperoleh dari hasil isolasi kemudian dihitung jumlah koloni tiap sampel tanah dan penampakan morfologi bakteri yang berbeda kemudian dimurnikan menggunakan metode kuadran. Isolat murni yang diperoleh kemudian dilakukan pengecekan morfologi koloni dan morfologi sel dilihat menggunakan pewarnaan Gram. Selanjutnya isolat tersebut diuji aktivitas oksidasi amonium untuk bakteri nitritasi dan nitrit untuk bakteri nitratasi. Isolat yang memiliki kemampuan aktivitas oksidasi tertinggi selanjutnya dilakukan aktivitas kinetika enzim, identifikasi biokimia dengan menggunakan API Kit 20NE, dan dilakukan pula identifikasi molekular 16S rRNA. Hasil penelitian menunjukkan kelimpahan bakteri nitritasi dan nitratasi tertinggi terdapat pada sampel tanah asal perkebunan kelapa sawit. Sebanyak 74 bakteri nitritasi dan 72 nitratasi diisolasi dari tanah perkebunan karet dan kelapa sawit. Dari 74 bakteri nitritasi, satu isolat dengan kode C4.7 memiliki kemampuan aktivitas oksidasi amonium tertinggi, sebesar 230.7 μM.hari-1. Sedangkan dari 72 bakteri nitratasi, satu isolat C14.14 memiliki aktivitas oksidasi nitrit tertinggi, sebesar 42.2 μM.hari-1. Laju kinetika aktivitas nitrifikasi pada penelitian ini dihitung dengan menggunakan plot Lineweaver-Burk. Kecepatan oksidasi maksimum (Vmax) amonium isolat C4.7 sebesar 24.3 μM.mL-1.h-1 dengan Km adalah 161.8 μM. The Vmax dari axidation nitrit dari isolat C14.14 adalah 5.1 μM.mL-1.h-1 dengan Km adalah 100 μM. Hasil identifikasi biokimia menggunakan API Kit 20 NE untuk isolat C4.7 diperoleh isolat Pseudomonas fluorescens 97% sedangkan untuk isolat C14.14 diperoleh Rhizobium radiobacter 95%. Hasil identifikasi molekular 16S rRNA untuk isolat C4.7 diperoleh Acinetobacter radioresistens dengan kemiripan 99% sedangkan untuk isolat C14.14 diperoleh Frateuria sp. dengan kemiripan 98%.
Keyword: Nitrifikasi, perkebunan kelapa sawit dan karet, bakteri nitritasi, bakteri nitratasi

Judul: Keragaman dan Kelimpahan Bakteri yang Berperan dalam Siklus Nitrogen di Kawasan Hutan Hujan Tropis dan Perkebunan Kelapa Sawit Jambi
Abstrak: Perubahan tata guna lahan menjadi perkebunan sawit dapat mengubah dominasi dan aktivitas bakteri tanah. Perubahan komunitas bakteri tanah secara langsung dapat mempengaruhi fungsi ekosistem tanah, terutama siklus karbon dan nitrogen. Nitrogen dapat menjadi pembatas nutrisi dan ketersediaan nitrogen di lingkungan tanah menjadi faktor utama dalam mengendalikan produksi biomassa. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari kelimpahan dan keragaman dari komunitas bakteri penambat N2, pengoksidasi nitrogen, pereduksi nitrogen, dan amonifikasi berdasarkan gen fungsional di hutan hujan tropis Taman Nasional Bukit Duabelas (TNBD) dan hutan transformasi yaitu lahan perkebunan sawit di Sarolangun Jambi. Pengambilan sampel tanah dilakukan secara random pada tiga titik yang mewakili setiap lahan hutan hujan tropis TNBD dan hutan transformasi perkebunan kelapa sawit yang telah berumur 7-8 tahun. Sampel tanah diambil menggunakan soil sample core pada ke dalaman 0-15 cm dengan ke dalaman 0-5 cm, 5- 10 cm dan 10- 15 cm. Komposit dilakukan terhadap sampel dari masingmasing titik sesuai dengan tingkatan ke dalamannya. Sampel tanah disimpan pada suhu -20 oC sebelum pengujian. Kelimpahan bakteri tanah diukur dengan menggunakan metode Most Probable Number (MPN). Keragaman bakteri dianalisis dengan metode polimerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis (PCR-DGGE). Kelimpahan bakteri penambat N2 tertinggi terdapat pada perkebunan sawit ke dalaman 10-15 cm (6.08 Log sel g-1) dan kelimpahan terendah terdapat pada hutan hujan tropis ke dalaman 0-5 cm (3.04 Log sel g-1). Bakteri nitrifikasi dengan kelimpahan tertinggi terdapat pada hutan hujan tropis ke dalaman 0-5cm (7.56 Log sel g-1). Kelimpahan terendah terdapat pada hutan hujan tropis ke dalaman 10-15 cm (3.18 Log sel g-1). Bakteri denitrifikasi memiliki kelimpahan yang semakin meningkat dengan bertambahnya ke dalaman tanah. Kelimpahan tertinggi terdapat pada perkebunan kelapa sawit ke dalaman 10-15 cm (7.66 Log sel g-1) dan kelimpahan terendah terdapat pada ke dalaman 0-5 cm (4.43 Log sel g-1). Bakteri pereduksi NO3 - menjadi NH4 + (DNRA) dapat ditemukan dengan kelimpahan yang semakin meningkat dengan bertambahnya ke dalaman. Kelimpahan tertinggi terdapat pada perkebunan kelapa sawit ke dalaman 10-15 cm (7.66 Log sel g-1) dan kelimpahan terendah ke dalaman 0-5 cm (6.04 Log sel g-1). Kelompok bakteri amonifikasi kelimpahan tertinggi terdapat pada perkebunan kelapa sawit ke dalaman 5-10 cm (5.56 Log sel g-1) dan kelimpahan terendah terdapat pada ke dalaman 0-5 cm (4.18 Log sel g-1). Kelimpahan bakteri tanah yang berperan dalam metabolisme nitrogen di lahan perkebunan sawit di Jambi tertinggi ditemukannya bakteri pereduksi nitrogen, pengoksidasi nitrogen, penambat nitrogen, dan amonifikasi. Keragaman bakteri tanah penambat N2 berdasarkan PCR-DGGE diperoleh 17 pita gen nifH yang berhasil diamplifikasi. Pita tersebut memiliki kesamaan dengan Pelomonas saccharophila yang termasuk ke dalam β proteobacteria, Rhodopseudomonas yang termasuk ke dalam kelompok α proteobacteria, dan uncultured bacteria. Keragaman gen nifH di lahan perkebunan sawit tidak berbeda nyata dengan hutan hujan tropis TNBD. Keragaman tertinggi terdapat di lahan perkebunan sawit. Struktur komunitas bakteri ammonifikasi di sampel tanah hutan hujan tropis lebih bervariasi dibandingkan dengan perkebunan kelapa sawit. Pita yang berhasil diamplifikasi ulang sebanyak 12 pita yang memiliki kesamaan dengan uncultured soil bacteria. Keragaman gen nosZ antara hutan hujan tropis dan perkebunan kelapa sawit tidak berbeda nyata. Sebanyak 5 pita DNA yang berhasil diamplifikasi ulang menunjukkan memiliki sekuen dengan Azospirillum sp,
Keyword: amoA, nifH, nosZ, siklus nitrogen, ureC

Judul: Query Expansion based on Bilingual Dictionary Using Conditional Probability
Abstrak: Query expansion is a technique that can be used to bridge vocabulary gaps between queries and documents in the collection. With query expansion, user will be helped to formulate queries well so that user will optimize the search result. In this study, the expansion term was resulted from the translation of bilingual dictionary. Subsequently, several terms of expansion were elected based on the closeness of its relationship with the original query. This research showed that conditional probability can be used to select expansion term in bilingual translation method query expansion. The result of 1000 documents was more than 97% relevan document can be retrieved by this system. The more expansion term used, the larger number relevan document was retrieved.
Keyword: