Judul: Isolasi dan Karakterisasi Biologik Virus Newcastle Disease (NDV)
Abstrak: Newcastle disease (ND) merupakan salah satu penyakit unggas yang sangat penting di industri peternakan. Distribusi ND sudah terjadi di seluruh dunia antara lain Asia, Afrika dan Amerika. Newcastle disease juga merupakan penyakit unggas yang sangat merugikan secara ekonomi karena infeksi yang diakibatkan dapat menyebabkan kematian mencapai 100%. Salah satu cara pengendalian ND adalah vaksinasi, yang telah diaplikasikan selama beberapa dekade pada industri peternakan di seluruh dunia. Di Indonesia, Newcastle disease merupakan penyakit unggas endemik. Upaya pengendaian terutama dilakukan dengan vaksinasi menggunakan berbagai ragam sediaan vaksin ND yang beredar di pasaran. Kasus ND masih dilaporkan terjadi di lapangan walaupun vaksinasi telah diterapkan secara ketat di peternakan ayam komersial. Kemungkinan terjadinya hal tersebut antara lain disebabkan oleh ketidaksesuaian vaksin yang diberikan dengan virus yang bersirkulasi di lapangan. Apalagi diketahui virus Newcastle disease (NDV) merupakan virus RNA yang sangat mudah bermutasi. Banyaknya kasus ND yang terjadi di lapangan tidak dibarengi dengan cukupnya informasi dan publikasi tentang NDV asal Indonesia. Secara umum penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan informasi tentang infeksi NDV pada ayam komersial maupun kampung melalui deteksi genom, isolasi dan identifikasi, serta karakterisasi biologik isolat lapang. Sejumlah 529 sampel usap kloaka dikoleksi dari pasar-pasar tradisional dan peternakan rakyat di daerah Bogor dan Tangerang. Keberadaan NDV ditentukan dengan mendeteksi gen matriks menggunakan teknik real-time reverse transcriptase-PCR (rRT-PCR); 20 sampel dideteksi positif gen matriks . Upaya isolasi virus dari 20 sampel positif PCR pada telur ayam berembrio (TAB) specific pathogen free (SPF) umur 9-11 hari berhasil menumbuhkan 11 isolat yang memperlihatkan aktifitas hemaglutinasi(haemagglutination, HA). Identifikasi menggunakan uji hambatan hemaglutinasi (haemagglutination inhibition, HI) dan rRT-PCR meneguhkan bahwa 11 isolat tersebut adalah NDV. Empat isolat representasi lokasi dipilih untuk karakterisasi patogenisitas dengan metode mean death time (MDT) pada TAB SPF, dan karakterisasi antigenisitas menggunakan metode haemagglutination inhibition (HI) dan virus netralisasi (VN) untuk melihat keragaman antar isolat virus. Uji MDT memperlihatkan dua isolat (APMV-1/Chicken/Tangerang/IISERnc/2012) dan APMV-1/Chicken/Tangerang/ XIIIBSDnc/2012) adalah mesogenik, satu isolat (APMV-1/Chicken/ Tangerang/VIIIBSDbr/2012) termasuk lentogenik, dan satu isolat (APMV-1/Chicken/Tangerang/ TWPRnc/2012) bersifat velogenik. Tiga dari empat isolat menunjukkan hubungan antigenik dengan strain Komarov dan G7 tetapi tidak dengan strain referensi LaSota, sementara isolat velogenik APMV-1/Chicken/Tangerang/ TWPRnc/2012 yang berasal dari ayam kampung menunjukkan reaksi silang tinggi dengan antiserum terhadap tiga strain referensi diatas. Sampel-sampel yang diambil di lapang, baik yang berasal dari pasar dan peternakan rakyat, baik dengan atau tanpa gejala sakit dapat diisolasi virus Newcastle disease dengan karakteristik yang beragam. Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut untuk melihat keragamanan genetik dan pathotyping isolat yang diperoleh sehingga dapat memberikan informasi yang lebih mendalam dan bermakna tentang penyakit
Keyword: Newcastle disease, Newcastle disease in Indonesia, mean death time (MDT), real time reverse transcriptation (rRT-PCR)

Judul: Deteksi dan Keragaman Molekuler Virus Newcastle Disease yang Bersirkulasi di Beberapa Wilayah Aceh
Abstrak: Newcastle Disease (ND) adalah penyakit menular yang sangat merugikan bagi industri peternakan unggas. Penyakit ND masih endemik di Indonesia termasuk Aceh. Diagnosis ND di Aceh umumnya masih berdasarkan gejala klinik, patologik maupun secara serologik. Kajian virologik yang dilakukan pada penelitian terdahulu membuktikan tingginya prevalensi infeksi virus ND pada ayam kampung di Aceh sedangkan kajian infeksi ND pada unggas lain masih belum dilakukan. Tujuan penelitian ini adalah 1) melihat keragaman isolat virus, 2) mendeteksi dan mengisolasi virus pada ayam buras dan unggas air, 3) mengidentifikasi dan mengkarakterisasi virus secara serologi dan molekuler. Pengambilan sampel dilakukan di penampungan maupun pasar unggas yang tersebar di 12 kecamatan dalam wilayah Kabupaten Aceh Besar dan Kota Banda Aceh. Sampel usap orofaring dan kloaka dikoleksi dari 35 ekor bebek dan 106 ekor ayam peternakan (broiler, layer dan ayam Arab). Real-time Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (rRT-PCR) dengan target gen matrix dari virus ND digunakan untuk uji skrining terhadap sampel pool yang terdiri dari 5-6 sampel. Sampel-sampel individu yang terpilih berdasarkan jenis unggas, sampel dan lokasi di inokulasi pada telur ayam embrio (SPF) untuk isolasi virus. Keanekaragaman genetik isolat-isolat virus ND di uji dengan menggunakan real-time dan konvensional gel-elektroforesis RT-PCR terhadap gen fusion; 69 isolat VND asal ayam kampung yang diperoleh dari hasil penelitian terdahulu dalam waktu dan area studi yang sama juga dikutsertakan dalam analisis ini. Infeksi virus ND dideteksi pada 15 (54%) pool sampel usap orofaring dan 21 usap kloaka sebanyak 15 pool (54%) dan swab kloaka sebanyak 21 pool (75%). Hasil inokulasi masing-masing sampel individu dari pool positif menghasilkan 15 isolat VND. Sebelas dari 15 isolat tersebut digolongkan sebagai virus virulen dan empat virus avirulent berdasarkan identifikasi dengan rRT-PCR gen fusion. Seekor bebek yang nampak sehat mampu mekskresikan virus ND virulen melalui orofaring dan kloaka, sementara sebagian besar ayam umumnya mengeluarkan virus virulen melalui orofaring. RT-PCR konvensional dengan target gen fusion berhasil mengamplifikasi ke 15 isolat tersebut. Penentuan patotipe menggunakan rRT-PCR terhadap 69 isolat VND ayam kampung menggolongkan 57 isolat sebagai VND virulen dan 12 isolat avirulent. VND. Enam isolat dari masing-masing patotipe VND tersebut tidak bisa dideteksi oleh RT-PCR konvensional. Hal ini menunjukkan adanya keragaman genetik dari VND yang bersirkulasi pada ayam kampung. Penelitian ini secara umum mengkonfirmasi adanya infeksi VND pada bebek dan beberapa ayam ras di beberapa wilayah Aceh dan infeksinya bisa bersifat subklinik. Metode RT-PCR konvensional maupun realtime dapat digunakan untuk tujuan deteksi dan identifikasi virus ND; tetapi, adanya keragaman genom VND bisa mengakibatkan perlunya pengembangan uji diagnostik berbasis PCR yang lain. Virus ND yang bersirkulasi pada ayam kampung pada umumnya lebih beragam secara genetik dari pada virus ND yang diisolasi dari jenis unggas lain. Penelitian lebih lanjut diperlukan untuk membuktikan keanekaragaman VND yang bersirkulasi di Aceh.
Keyword: Newcastle disease, RT-PCR, rRT-PCR, virulensi, keragaman antigenik.

Judul: Penggunaan Teorema Homeomorphy 2-Manifold dan Teorema Euler Poincare pada Torus 𝑇�� dan Simplicial Complex 𝐾��
Abstrak: Two dimensional topological spaces are said to be homeomorphic if they have the same topological invariant, where one of topological invariant used is an Euler characteristic. Homeomorphy 2-Manifold’s Theorem and Euler Poincare’s Theorem are used to distinguish two topological spaces. Homeomorphy 2-Manifold’s Theorem uses Euler characteristic to identify two dimensional topological spaces. Euler Poincare’s Theorem is an alternative way to find Euler characteristic with Betti number, which is topological invariant as well. The objective of this paper is to investigate the homeomorphism of torus 𝑇����� and simplicial complex 𝐾�����. Topological space torus and simplicial complex 𝐾����� have the same Euler characteristic, which is two. Based on Homeomorphy 2-Manifold’s Theorem topological space torus 𝑇����� and simplicial complex 𝐾����� is homeomorphic.
Keyword: simplicial, torus, Euler, homeomorphism, topology