Judul: Variasi Nukleotida pada Gen Insulin-Like Growth Factor 1 (IGF-1) pada Sapi Karapan dan Pedaging.
Abstrak: Sapi madura merupakan sapi lokal indonesia yang berasal dari persilangan antara Bos indicus (zebu) dan Bos javanicus (banteng). Sapi madura dipelihara untuk berbagai tujuan seperti karapan (balapan sapi), sonok (lomba kecantikan), dan pedaging. Gen insulin-like growth factor 1 (IGF-1) esensial untuk pertumbuhan, perkembangan, dan metabolisme hewan. Hal ini menjadikan IGF-1 sebagai kandidat gen yang penting untuk sifat ekonomis dari peternakan sapi. Tujuan penelitian ini adalah untuk menentukan variasi nukelotida pada sapi karapan dan pedaging. Sebanyak masing-masing 10 sampel DNA sapi kerapan dan pedaging dilakukan amplifikasi dengan Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer AF553 dan AF554. Amplikon kemudian di-pool berdasarkan kategori jenis sapi untuk dilakukan sekuensing. Hasil amplifikasi diperoleh sebagian dari intron 3, ekson 4, dan intron 4 sepanjang 762 pb. Data hasil sekuensing dilakukan pensejajaran menggunakan aplikasi MEGA 7 dengan menggunakan Bos indicus (NC032654) sebagai referensi sekuen untuk mengamati adanya variasi nukleotida. Hasil pensejajaran sekuen menunjukkan tidak ada variasi nukleotida pada intron 3 dan ekson 4. Satu variasi nukleotida berupa mutasi transisi G491A ditemukan di intron 4.
Keyword: IGF-1, intron 4, sapi madura

Judul: Polimorfisme Genetik serta Diferensiasi Sapi Madura Karapan dan Sapi Madura Pedaging Menggunakan DNA Mitokondria D-loop
Abstrak: Sapi Madura merupakan salah satu sapi potong asli Indonesia yang berkembang baik di agroekosistem kering. Sapi Madura merupakan persilangan antara banteng (Bos javanicus) dan sapi zebu (Bos indicus). Sapi madura dimanfaatkan oleh masyarakat Madura sebagai sapi pedaging, sapi karapan (sapi balapan), dan sapi sonok (sapi kontes kecantikan). Adanya seleksi ini diduga dapat membuat karakter morfologi dan genotipe antara sapi karapan dan sonok menjadi berbeda dari sapi madura pedaging. Penggunaan mitokondria DNA D-loop sudah banyak dilakukan untuk mempelajari kekerabatan sapi Madura dengan B. indicus dan B. javanicus, tetapi belum spesifik membedakan antara sapi karapan dan sapi pedaging. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisa perbedaan karakter morfologi dan polimorfisme genetik serta mempelajari diferensiasi sapi Madura karapan dan sapi Madura pedaging menggunakan DNA mitokondria D-loop. Sampel darah sapi Madura diamplifikasi dengan primer AF22 (forward) 5'GCGTACGCAATCTTACGATCA3' dan AF23 (reverse) 5'ATGCAGTTAAGTCCAGCTAC3'. Hasil sekuens dianalisis dan dibuat rekonstruksi pohon filogeni berdasarkan ruas mtDNA D-loop menggunakan metode Neighbour Joining (NJ) dengan boostrap 1000 kali. Sapi Madura pedaging memiliki ruas berulang (tandem repeat) dengan runutan GTACATAATATTAAT dan GTAATAA. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik berdasarkan ruas D-loop menunjukkan bahwa sapi Madura terbagi menjadi dua kelompok yaitu kelompok B. indicus dan kelompok B. javanicus CERZA. Sampel sapi karapan mengelompok dengan B. indicus sedangkan sampel sapi pedaging mengelompok dengan B. javanicus.
Keyword: Bos indicus, Bos javanicus, DNA Mitokondria D-loop, Karapan, Ruas Berulan

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: