Judul: Keragaman Gen Myostatin dan Asosiasinya dengan Sifat Pertumbuhan pada Sapi Bali
Abstrak: Sapi bali (Bos javanicus) adalah sapi pedaging asli Indonesia yang merupakan hasil domestikasi banteng (Bibos banteng). Sapi bali memiliki keunggulan jika dibandingkan dengan sapi lokal lainnya karena pruduktivitas dan reproduksinya yang lebih tinggi dan dapat beradaptasi pada lingkungan marjinal. Gen Myostatin (MSTN) atau yang dikenal dengan Growth Differentiation Factor-8 (GDF-8) merupakan anggota dari TGF-β yang memegang peran penting dalam mengatur pertumbuhan otot serta kualitas daging. Pada sapi gen MSTN terletak di kromosom 2, memiliki 3 ekson dan 2 intron dengan panjang total 6 646 pb serta memiliki 375 asam amino. Apabila terjadi mutasi maka akan menyebabkan tidak berperannya gen MSTN di dalam sel yang akan menyebabkan terjadinya hipertrofi dan hiperplasia. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi dan menganalisis keragaman Single Nucleotide Polymorphism (SNP) gen MSTN di daerah coding (ekson 1, ekson 2 dan ekson 3) dan mengasosiasikannya dengan sifat pertumbuhan. Sampel darah diambil dari 52 ekor sapi bali jantan yang berasal dari BPTUHPT Denpasar, Provinsi Bali dan 10 ekor sapi limosin yang berasal dari BPTUHPT Padang Mangatas, Provinsi Sumatera Barat sebagai pembanding. Analisis DNA dilakukan secara bertahap yaitu mulai dari mengekstraksi DNA, mengamplifikasi gen MSTN dengan metode PCR dan melakukan sekuensing. Data hasil sekuensing selanjutnya dianalisis dengan menggunakan FinchTV, BioEdit dan MEGA7. Asosiasi keragaman gen MSTN terhadap sifat pertumbuhan meliputi bobot lahir, bobot 205 hari, bobot 365 hari, bobot 730 hari dan pertambahan berat badan dilakukan dengan menggunakan uji-t menggunakan SAS 9.4. Amplifikasi gen MSTN di daerah coding (ekson 1, ekson 2 dan ekson 3) pada sapi bali dan sapi limosin berhasil dilakukan pada suhu 55 oC, 56 oC dan 60 oC dengan panjang produk 608 pb, 622 pb dan 451 pb. Dalam penelitian ini ditemukan 18 SNP pada sapi bali dan 12 SNP pada sapi limosin. Frekuensi alel SNP yang ditemukan pada sapi bali berada dalam keadaan equilibrium, sedangkan 12 SNP yang ditemukan pada sapi limosin secara umum juga dalam keseimbangan Hardy- Weinberg kecuali pada SNP c.2411 C>T. Terdapat 3 SNP yaitu c.4900 T>G, c.4905 C>G dan c.4907 C>G yang berpengaruh nyata (P<0.05) terhadap bobot lahir pada sapi bali. Hasil penelitian yang mengungkap hubungan antara beberapa SNP gen MSTN yang berasosiasi dengan bobot lahir diharapkan dapat dijadikan sebagai kandidat penanda genetik bobot lahir sapi bali.
Keyword: gen MSTN, sapi bali, sifat pertumbuhan, SNP

Judul: Kajian Keragaman Gen Myf5 Dan Mstn Serta Asosiasinya Terhadap Sifat Pertumbuhan Dan Perdagingan Pada Sapi Bali
Abstrak: Sapi bali (Bos javanicus) adalah sapi asli Indonesia yang merupakan hasil domestikasi dari banteng (Bibos banteng). Sapi bali memiliki keunggulan dalam sifat produksi, reproduksi dan dapat berkembang pada lingkungan marginal. Gen Myogenic Factor 5 (Myf5) dan gen Myostatin (MSTN) memiliki peranan penting dalam perkembangan myogenesis dan diketahui berhubungan dengan sifat pertumbuhan dan perdagingan. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis polimorfisme dan distribusi alel berbasis SNP (Single Nucleotide Polymorphism) pada gen Myf5 dan MSTN di sapi bali. Selain itu, tujuan penelitian ini juga mengetahui hubungan gen-gen tersebut terhadap sifat pertumbuhan dan perdagingan pada sapi bali. Sapi bali yang digunakan sebanyak 48 ekor terdiri atas 24 ekor jantan dan 24 ekor betina yang berumur 12-15 bulan yang dipelihara pada kondisi lingkingan yang sama di pusat pembibitan BPTU-HMT sapi bali Provinsi Bali. Identifikasi SNP pada gen Myf5 dan MSTN dilakukan menggunakan metode direct-sequencing. Polimorfisme kedua gen tersebut dianalisis berdasarkan frekuensi genotipe, frekuensi alel dan heterozigositas. Keseimbangan genotipe dalam populasi dideteksi dengan uji keseimbangan Hardy-Weinberg (χ2). Asosiasi SNP gen Myf5 dan MSTN dengan sifat pertumbuhan (bobot lahir, bobot 205 hari, bobot 365 hari, tinggi pundak, panjang badan dan lebar dada) dan sifat perdagingan yang diukur dengan USG (tebal otot longissimus dorsi, tebal lemak punggung, tebal rump, tebal lemak rump, marbling score dan persentase lemak intramuskuler) pada sapi bali dilakukan dengan uji ANOVA GLM dan dilanjutkan dengan uji Duncan Multiple Range Test (DMRT). Amplifikasi gen Myf5 dan gen MSTN dihasilkan panjang produk PCR yaitu masing-masing 285 bp dan 535 bp. Hasil identifikasi SNP pada kedua gen tersebut diperoleh 2 SNP polimorfik (c.1172T>A dan c.1205G>A) dan 20 SNP polimorfik (g.-8350C>T, g.-8310A>C, g.-8299G>A, g.-8283A>G, g.-8216G>A, g.-8205A>G, g.-8168A>G, g.-8109T>G, g.-8078C>T, g.-8077G>A, g.-8029T>C, g.-7799T>C, g.-7996G>C, g.-7953C>T, g.-7941C>T, g.-7930A>G, g.-7905T>C dan g.-7942C>G) pada sapi bali. SNP gen Myf5 memiliki nilai heterozigositas <0.5 dan ditemukan dalam keadaan seimbang. Adapun SNP gen MSTN memiliki nilai heterozigositas <0.5 dan ditemukan 17 SNP (g.-8350C>T, g.-8310A>C, g.-8299G>A, g.-8283A>G, g.-8216G>A, g.-8205A>G, g.-8168A>G, g.-8109T>G, g.-8077G>A, g.-8029T>C, g.-7799T>C, g.-7953C>T, g.-7941C>T, g.-7905T>C dan g.-7942C>G) dalam keadaan tidak seimbang, sedangkan tiga SNP berada dalam keadaan keseimbangan (g.-8078C>T, g.-7996G>C and g.-7930A>G). Asosiasi SNP gen Myf5 dengan sifat pertumbuhan dan perdagingan pada sapi bali tidak nyata. Adapun SNP gen MSTN tidak berasosiasi nyata dengan sifat pertumbuhan, namun berasosiasi nyata (P≤0.05) dengan persentase lemak intramuskuler yaitu SNP g.-7799T>C dan g.-7941C>T. Kedua SNP pada gen MSTN tersebut dapat dijadikan sebagai kandidat marka genetik sifat perdagingan pada sapi bali.
Keyword: gen Myf5, gen Myostatin, sapi bali, SNP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: