Judul: Verifikasi Uji Cepat KomersialEscherichia coli pada Contoh Rutin Laboratorium Karantina Hewan Tanjung Priok
Abstrak: Laboratorium Karantina Hewan Tanjung Priok memerlukan alat diagnostik yang cepat, akurat dan dapat diandalkan untuk meningkatkan layanan laboratorium dan mempertahankan jaminan kualitas hasil pengujian. Penelitian ini bertujuan untuk menilai kinerja uji cepat komersial dibandingkan dengan uji konvensional melalui proses verifikasi. Penelitian ini menggunakan daging sapi beku dan daging ayam beku dari contoh rutin laboratorium(kelompok alami) dan kelompok inokulasi bakteri. Kelompok inokulasi bakteri dibagi menjadi kelompok bakteri rendah, kelompok bakteri sedang, kelompok bakteri tinggi dan kelompok kontrol.Keseluruhan contohakan diuji E. coli dengan metode isolasi dan identifikasi konvensional dan metode uji cepat komersialdengansembilan kali ulangan. Hasil uji E. coli dari kedua metode dihitung dengan beberapa kriteria unjuk kerja yaitu; akurasi (persentase rekoveri dan rekoveri relatif), presisi (standar deviasi relatif), sensitivitas, spesifisitas, negatif palsu, dan positif palsu. Hasil penelitian menunjukkan bahwa uji cepat komersial memiliki akurasi yang baik, terutama pada kelompok bakteri rendah dengan rekoveri danrekoveri relatif sebesar 86.64% dan86.47%. Hasil perhitungan rata-rata standar deviasi relatif sebesar 0.075 menunjukkan presisi yang baik. Sensitivitas, spesifisitas, negatif palsu dan positif palsu adalah 93.06%, 100%, 6.94% dan 0% menunjukkan uji cepat komersial memiliki kinerja yang setara dengan metode standar. Uji cepat komersial ini dapat dipertimbangkan untuk diterapkan secara rutin di laboratorium Karantina Hewan Tanjung Priok setelah diuji coba dengan menggunakan berbagai macam contoh rutin yang lebih banyak dan bervariasi.
Keyword: akurasi, uji cepat komersial E. coli, presisi, verifikasi

Judul: IPB (Bogor Agricultural University)
Abstrak: Kasus infeksi di berbagai negara akibat mengonsumsi pangan yang tercemar E. coli O157:H7 menjadi masalah global. Untuk mengatasi permasalahan tersebut, dibutuhkan sebuah uji cepat. Dalam beberapa tahun terakhir, manfaat protein A Staphylococcus aureus semakin disadari berpotensi sebagai alat diagnostik. Penelitian ini didesain untuk mengembangkan sebuah kit diagnostik yang cepat, sederhana dan praktis untuk mendeteksi E. coli O157:H7 dalam pangan. Penelitian ini dilakukan mulai dari Januari 2014 sampai April 2017. Penelitian ini menggunakan prinsip dari protein A yang mampu berinteriaksi dengan bagian Fc IgG dalam uji koaglutinasi. Kandidat isolat S. aureus yang memiliki banyak protein A diidentifikasi menggunakan teknik serum soft agar dan digunakan sebagai carrier matrix antibodi spesifik dalam uji koaglutinasi. Antibodi yang spesifik terhadap E. coli O157:H7 diproduksi di kelinci. Spesifisitas antibodi ditentukan dengan teknik absorpsi dan reaksi silang dengan Enterobactericeae lainnya. Sensifisitas dan spesifisitas uji koaglutinasi ditentukan dengan membandingan hasil uji koaglutinasi dengan gold standard. Pada penelitian ini, kristal violet digunakan untuk mewarnai sel S. aureus yang memiliki banyak protein A. Pewarnaan ini berfungsi sebagai reagen detektor dalam pengujian ini. Antibodi yang diimobilisasi dengan protein A S. aureus menggunakan metode kombinasi formaldehid dan pemanasan. Antigen dideteksi secara visual dengan munculnya warna ungu pada slide. Pengujian ini terbukti spesifik terhadap E. coli O157:H7 ketika dibandingkan dengan Enterobactericeae lainnya. Efikasi metode ini dievaluasi dengan membandingkan uji ini dengan uji lainnya seperti kultur di media media sorbitol MacConkey agar (SMAC), lateral flow immunoassay (RapidCheck® O157) dan uji genotyping (multiplex PCR) untuk mendeteksi E. coli O157:H7 dalam daging sapi giling. Daging sapi giling (25g) diinokulasikan dengan E. coli O157:H7 pada estimasi 1, 10 dan 100 sel/g dan sampel langsung diberi perlakuan enrichment. Setelah enrichment, kultur diuji dengan koaglutinasi baru secara langsung dan secara paralel ditanam ke media SMAC. Isolat dari kultur kemudian diuji dengan RapidCheck® O157 lateral flow immunoassay dan multiplex PCR assay dengan target gen E. coli O157:H7 yaitu gen rfbE, stx1, stx2 dan fliCH7. Setelah dibandingan dengan gold standard, uji baru memiliki sensitivitas yang tinggi dan uji tersebut lebih spesifik dibandingkan dengan SMAC dan RapidCheck® O157 dengan nilai spesifisitas masing-masing adalah 100% (CoAO157:H7), 72.3% (SMAC) and 81.2% (RapidCheck® O157). Penelitian ini menjanjikan sebuah uji cepat, sensitif dan spesifik untuk mendeteksi E. coli O157:H7 dalam pangan.
Keyword: Escherichia coli O157:H7, koaglutinasi, poliklonal, Staphylococcus aureus

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: