Judul: Identification and Sequencing of Salmonella spp. Isolate from Chicken Carcass with Invasion Gene Marker
Abstrak: Daging ayam merupakan sumber protein hewani yang paling banyak dikonsumsi di Indonesia. Salah satu cemaran patogen yang sering ditemukan pada karkas ayam adalah Salmonella spp. Jenis Salmonella berpengaruh pada kemampuan adaptasi, jenis inang, penyakit yang ditimbulkan pada inang, serta ketahanan terhadap antibiotik. Identifikasi jenis Salmonella yang terdapat pada isolat uji dari karkas ayam ras dan ayam kampung dapat dilakukan dengan sekuensing DNA dari isolat uji tersebut. InvA merupakan gen yang umum digunakan untuk mengidentifikasi Salmonella. Ketersediaan primer dengan target gen invA dengan amplikon panjang dan spesifikasi yang sesuai dengan ketentuan desain primer sulit ditemukan. Penelitian bertujuan mendesain primer untuk gen invA pada Salmonella spp., mengidentifikasi serovar isolat Salmonella spp. asal karkas ayam ras dan ayam kampung berdasarkan gen invA, mengidentifikasi kekerabatan genetik isolat Salmonella spp. tersebut dengan pohon filogenetik, dan mengevaluasi conserved region gen invA Salmonella. Sampel yang digunakan adalah masing-masing enam karkas ayam ras dan karkas ayam kampung. Karkas ayam tersebut didapatkan dari pedagang ayam yang sama (dari satu pedagang ayam, diambil satu karkas ayam ras dan satu karkas ayam kampung). Sebanyak 1-5 isolat diambil dari setiap karkas ayam hingga didapat masing-masing 25 isolat Salmonella spp. dari setiap jenis ayam. DNA isolat uji Salmonella spp. diekstraksi, diamplifikasi menggunakan PCR dengan primer yang dirancang dalam penelitian ini (ukuran amplikon 1486 bp), dan disekuensing. Hasil sekuensing diedit, diidentifikasi, disejajarkan, dianalisis conserved region pada DNA dan asam aminonya, serta dibuat pohon filogenetiknya. Salmonella Weltevreden paling banyak terdapat pada isolat uji dari karkas ayam kampung (13 dari 25 isolat uji), sedangkan Salmonella Typhimurium paling banyak terdapat pada isolat uji dari karkas ayam ras (5 dari 25 isolat uji). Salmonella Weltevreden, Typhimurium, Newport, Schwarzegrund, Kentucky, dan Chester ditemukan pada kedua jenis karkas ayam tersebut. Salmonella Enteritidis, Hadar, dan Albany hanya ditemukan pada karkas ayam ras. Perbedaan basa nukleotida terdapat pada gen invA dengan nomor akses OL581595 (berasal dari isolat uji Salmonella pada karkas ayam ras) dan OL581596 (berasal dari isolat uji Salmonella pada karkas ayam kampung) jika dibandingkan dengan gen invA pada Salmonella Newport lainnya. Mutasi ini tidak menyebabkan perubahan pada asam amino yang terbentuk (synonymous mutation). Hasil pohon filogenetik menunjukkan tidak ada perbedaan jenis antara Salmonella yang terdapat pada karkas ayam kampung dengan Salmonella yang terdapat pada karkas ayam ras. Pada penelitian ini dirancang primer baru yang dapat mendeteksi invA dengan amplikon yang panjang, spesifikasi yang sesuai dengan ketentuan desain primer, dan spesifik. Penelitian ini merupakan penelitian pertama yang melaporkan perbandingan serovar dan gen Salmonella dari ayam ras dan ayam kampung. Hasil identifikasi Salmonella dapat digunakan untuk mengetahui langkah pencegahan dan penanganan Salmonella pada karkas ayam., Chicken meat is the most widely consumed source of animal protein in Indonesia. One of the most common pathogenic contaminants in chicken carcasses is Salmonella spp. The type of Salmonella affects the adaptability, type of host, the disease caused to the host, and its resistance to antibiotics. Identifying the type of Salmonella found carcasses of broilers and kampung chickens can be done by sequencing DNA from the test isolates. InvA is a gene commonly used to identify Salmonella. Availability of primers targeting the invA gene with long amplicons and
Keyword: broiler chicken, kampung chicken, invA, Salmonella spp.

Judul: Identifikasi Sifat Resistensi Antibiotik dan Deteksi Gen Penyandinya pada Salmonella spp. Asal Karkas Ayam Kampung
Abstrak: Daging ayam kampung sudah banyak dikonsumsi di Indonesia seperti halnya ayam ras. Namun, pemeliharaan secara ekstensif memungkinkan paparan bakteri yang bersifat multidrug-resistant (MDR) pada ayam kampung, termasuk melalui transfer gen horizontal. Penelitian ini bertujuan menghubungkan sifat resisten dengan keberadaan gen penyandi resistensi antibiotik pada Salmonella spp. yang diisolasi dari karkas ayam kampung. Identifikasi sifat resisten dilakukan dengan metode difusi cakram Kirby-Bauer dan deteksi gen resistensi antibiotik pada tujuh belas isolat Salmonella spp. dilakukan dengan PCR. Semua (17 dari 17) isolat Salmonella sensitif terhadap ampisilin dan kloramfenikol. Salmonella spp. paling resisten terhadap eritromisin (82,4%; 14 dari 17), sementara penurunan sensitivitas (sifat intermediet) banyak terjadi pada oksitetrasiklin (82,4%; 14 dari 17) dan siprofloksasin (53,0%; 9 dari 17). Salmonella Typhimurium menunjukkan pola resistensi terhadap lebih banyak golongan antibiotik dibandingkan dengan S. Weltevreden dan S. Newport. Gen blaTEM, tetG, cmlA, dan gyrA terdeteksi pada semua (17 dari 17) isolat Salmonella spp. Sifat resisten dan keberadaan gen penyandi resistensi antibiotik tidak selalu berhubungan satu sama lain. Penelitian ini dapat memberikan informasi yang bermanfaat mengenai penyebaran fenotipe dan genotipe resistensi antibiotik pada Salmonella spp. dari ayam kampung., Kampung chicken meats have been widely consumed in Indonesia as well as broiler chicken. However, the extensive rearing allowed exposure of multidrug-resistant (MDR) bacteria to kampung chicken, including through horizontal gene transfer. This study aimed to correlate resistance phenotype with the presence of genes-encoding antibiotics resistance in Salmonella spp. isolated from kampung chicken carcasses. Identification of resistance phenotype was carried out by Kirby-Bauer disc diffusion method, while detection of antibiotics resistance genes in seventeen isolates of Salmonella spp. was carried out by PCR. All (17 of 17) isolates of Salmonella were susceptible to ampicillin and chloramphenicol. Salmonella spp. was most resistant to erythromycin (82.4%; 14 of 17), while the decreased susceptibility (intermediate category) most occurred in oxytetracycline (82.4%; 14 of 17) and ciprofloxacin (53.0%; 9 of 17). Salmonella Typhimurium showed a resistance pattern to more antibiotic groups than S. Weltevreden and S. Newport. The blaTEM, tetG, cmlA, and gyrA genes were present in all (17 of 17) isolates of Salmonella spp. Resistance phenotype and the presence of genes-encoding antibiotics resistance were not always related to each other. This study could provide beneficial information regarding the distribution of antibiotics resistance phenotype and genotype in Salmonella spp. from kampung chicken.
Keyword: antibiotic, kampung chicken, multidrug-resistant, PCR, Salmonella

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: