Judul: Karakter Biometrik Dan Genetik Abalon Haliotis Asinina (Linnaeus, 1758) Di Perairan Wilayah Barat Dan Timur Indonesia
Abstrak: Haliotis adalah genus abalon, termasuk famili Haliotidae, kelas Gastropoda. Kelompok abalon memiliki persamaan bentuk morfologi dan kadang tidak mudah untuk dibedakan menggunakan metode konvensional, karena kelompok abalon dipisahkan berdasarkan karakter fenotip yang dikontrol faktor lingkungan. Oleh karena itu, sangat penting mendapatkan karakter spesifik tanpa dipengaruhi faktor lingkungan, untuk membedakan kelompok abalon dan mendapatkan identifikasi yang tepat yang dapat digunakan selanjutnya. Sampai dengan saat ini, analisis biometrik dan molekuler pada abalon masih terbatas. Tujuan dari penelitian ini adalah (1) untuk mendapatkan karakter biometrik spesifik spesies Haliotis asinina dengan spesies pembanding H. squamata menggunakan truss morfometrik berdasarkan 12 karakter morfologi, (2) mendapatkan variasi fenotip populasi H. asinina menggunakan analisis diskriminan dan (3) menentukan identitas spesies Haliotis secara akurat menggunakan analisis genetik (DNA barcoding, jarak genetik, hubungan kekerabatan, haplotipe, penanda genetik antar populasi H. asinina di kepulauan Seribu, pulau Raas Madura, pulau Lombok dan pulau Raja ampat, menggunakan metode PCR. Pengumpulan sampel dilakukan di beberapa lokasi berbeda di perairan Indonesia meliputi Pulau Seribu (S 05°39’140"; E 106°34’67.1"), pulau Raas Madura (S 07°08’041"; E 114°35’22.0"), pulau Naeng Sulawesi (S 01°45’24.35"; E 124°48’48.26"), pulau Raja Ampat (S 0°16’12"; E 130°30’36"), Banten (S 06°49’87.4"; E 105°53’360"), Alas purwo (S 08°40’20.4"; E 114°22’6.24") dan Bali (S 08°09’18"; E 144°42’54"). Identifikasi spesies, pengukuran karakter biometrik dan analisis molekuler dilakukan di laboratorium Biologi Molekuler, Lembaga Penelitian dan Pengabdian Masyarakat (LPPM) IPB. Perunutan DNA dilakukan di 1st BASE Malaysia. Analisis biometrik dilakukan menggunakan komponen utama dan diskriminan. Analisis karakter genetik, penanda genetik, jarak genetik, dan kontruksi ulang pohon filogenetik dilakukan menggunakan program MEGA 6. Keragaman haplotipe dianalisis menggunakan program DNAsp dan network untuk mengetahui gambaran dari tipe haplotipe dari masing-masing populasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Analisis morfometrik menggunakan komponen utama dapat membedakan karakter cangkang antara spesies H. asinina dengan spesies pembandingnya H. squamata. Karakter spesifik yang dimiliki H. asinina adalah rataan proporsi lebar cangkang 54.12 ± 3.51% dan tinggi cangkang 19.12 ± 2.16% dari panjang standar serta jumlah lubang terbuka sebanyak lima sampai tujuh. Analisis diskriminan populasi H. asinina menunjukkan adanya variasi morfologis cangkang antar lokasi. Karakter yang membedakan antar lokasi dari populasi H. asinina ditemukan pada karakter - karakter BC (sisi atas) dan CD (sisi kanan) meskipun tidak signifikan. Identifikasi berdasarkan BLAST dari 10 runutan gen COI parsial sepanjang 580 pb menunjukan persentase identity spesies sebesar 99% dan Query cover berkisar 96 – 98% dengan spesies H. asinina yang ada di GenBank. Hal ini menunjukan bahwa spesimen yang diperoleh identik iii dengan spesies H. asinina yang ada di GenBank. Rata - rata jarak genetik intraspesies 1.17% yang berarti masih dalam populasi H. asinina. Konstruksi ulang pohon filogenetik dan Network ditemukan empat haplotipe H.asinina di perairan Indonesia, yang terdiri atas dua haplotipe asal perairan Indonesia bagian barat (pulau Kelapa kepulauan Seribu dan pulau Bira kepulauan Seribu) dan dua haplotipe asal perairan Indonesia bagian timur (pulau Raas Madura dan pulau Naeng Sulawesi). Terdapat enam Single Nucleotide Polymorphisme (SNP) penanda lokasi populasi H. asinina dan enam situs (54, 416, 438, 473, 486, 504) penanda genetik pembeda populasi H. asinina perairan Indonesia bagian barat dan perairan Indonesia bagian timur. Diharapkan dengan adanya karakter biometrik spesifik
Keyword: Biometrik, Gen COI, Haliotis asinina, genetik, morfologi

Judul: Kajian Karakter Fenotipe dan Genetika Molekuler (Gen COI dan Cyt b) pada Abalon Haliotis squamata Reeve 1846 Asal Perairan Selatan Jawa dan Bali sebagai Dasar untuk Pengembangan Budidaya
Abstrak: Abalon termasuk kelas Gastropoda dari famili Haliotidae dan hanya terdiri dari satu genus yaitu Haliotis. Karakteristik abalon seperti siput pada umumnya yang memiliki tubuh lunak yang dibungkus oleh satu cangkang. Jenis Gastropoda laut ini mempunyai nilai eksotis dan ekonomis tinggi untuk negara-negara seperti Jepang, China, Taiwan, Korea, HongKong dan juga Indonesia. Produksi abalon di Indonesia umumnya berasal dari perairan Jawa dan Bali yang diperoleh dari hasil tangkapan di alam, dan sebagian dari hasil budidaya. Salah satu jenis abalon yang ditemukan di perairan laut selatan Jawa dan Bali adalah Haliotis squamata. Perairan selatan Jawa dan Bali merupakan perairan yang memiliki energi gelombang kuat karena swell yang datang dari Samudera Hindia. Kondisi ini menyebabkan H. squamata harus beradaptasi, sehingga diduga menyebabkan terjadinya perubahanperubahan morfologi, fisiologi dan genetik. Karakter morfologi seperti bentuk dan ukuran cangkang diduga kuat merespon kondisi perairan selatan Jawa dan Bali. Selain itu, pola warna dan tekstur cangkang dipengaruhi oleh makroalga yang di komsumsi. Karakter cangkang abalon memiliki daya respon yang baik terhadap lingkungan. Hal ini jika pengamatan hanya berdasarkan morfologi saja maka akan sulit untuk membedakan spesies yang mirip. Sejauh ini identifikasi abalon di Indonesia masih melalui pendekatan karakter morfologi dalam membedakan spesies. Oleh karena itu, dibutuhkan standar pengukuran dalam identifikasi abalon melalui pengukuran morfologi cangkang. Metode truss morfometrik merupakan salah satu metode yang dapat membantu menggambarkan karakter (pola) secara tepat dengan membandingkan ukuran bagian morfologi antara spesies/populasi. Analisis genetika molekuler juga dilakukan untuk mendukung identifikasi spesies dan populasi H. squamata di perairan selatan Jawa dan Bali. Beberapa penelitian sebelumnya mengungkapkan bahwa spesies H. squamata asal Indonesia secara morfologi mirip dengan spesies H. diversicolor asal China, bahkan pada situs online World Register of Marine Species (WoRMS) spesies asal Indonesia ini masih dituliskan H. diversicolor squamata Reeve, 1846. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan dengan tujuan: (1) menganalisis karakter morfologis spesies H. squamata asal sebaran geografik berbeda di Indonesia (2) mendesain serta menentukan karakter truss morfometrik untuk dijadikan sebagai acuan standar pengukuran abalon sesama H. squamata di Indonesia (3) mengkaji keragaman genetik abalon H. squamata yang ada di Indonesia berdasarkan DNA Mitokondria dengan penanda Cytochrome Oxidase I (COI) dan Cytochrome b (Cyt b) sebagai “DNA Barcoding” dan (4) menganalisis tingkat kematangan gonad berdasarkan histologi dan ukuran cangkang H. squamata. Tahapan metode truss morfometrik dilakukan dengan mengsketsa (mendesain) cangkang dalam bentuk pola karakter garis yang saling berhubungan. Selanjutnya karakter morfometrik tersebut dianalisis untuk menghasilkan suatu karakter penciri yang dapat membedakan interpopulasi dari empat lokasi. Kemudian dilakukan isolasi DNA total dari epipodium abalon menggunakan kit Dneasy® Blood and Tissue dan diamplifikasi menggunakan primer spesifik gen parsial COI dan Cyt b yang didesain secara khusus. Jarak genetik ditentukan berdasarkan Kimura 2-parameter, pohon filogenetik dibentuk berdasarkan Neighbor-Joining dengan menggunakan program MEGA 7. Spesies diverifikasi menggunakan BLAST-n di NCBI. Analisis PCA pada 16 karakter morfometrik menghasilkan kombinasi PCIII dan PCIV yang mampu memisahkan populasi H. squamata asal Jawa dan Bali berdasarkan nilai koefisien faktor. Karakter penciri yang memisahkan populasi H. squamata asal Jawa dan Bali adalah kombinasi karakter BF (0.535) dan karakter CH (0.522). Hasil ini juga didukung dengan nilai persentase sharing component yang terendah adalah 0%
Keyword: Abalon, COI, Cyt b, Haliotis, Morfometrik, Indonesia

Judul: Query Expansion based on Bilingual Dictionary Using Conditional Probability
Abstrak: Query expansion is a technique that can be used to bridge vocabulary gaps between queries and documents in the collection. With query expansion, user will be helped to formulate queries well so that user will optimize the search result. In this study, the expansion term was resulted from the translation of bilingual dictionary. Subsequently, several terms of expansion were elected based on the closeness of its relationship with the original query. This research showed that conditional probability can be used to select expansion term in bilingual translation method query expansion. The result of 1000 documents was more than 97% relevan document can be retrieved by this system. The more expansion term used, the larger number relevan document was retrieved.
Keyword: