Judul: Keragaman Genetik Plasma Nutfah Kelapa Indonesia Dan Penentuan Identitas Kelapa Hibrida Berdasarkan Marka Molekuler
Abstrak: Keragaman genetik plasma nutfah kelapa yang ada di Indonesia sangat tinggi, sebagian besar populasi tersebut telah dikoleksi oleh Balai Penelitian Palma, Manado. Namun, kajian genetik untuk semua aksesi kelapa kurang lengkap. Informasi keragaman dan hubungan genetik tanaman kelapa menjadi penting dalam strategi pemuliaan tanaman kelapa. Kelapa hasil persilangan terkontrol perlu diidentifikasi secara genetik untuk memastikan kebenaran tetuanya, karena kontaminasi serbuk sari dapat berpotensi menjadi masalah. Penggunaan marka molekuler mampu mendeteksi keragaman genetik aksesi dan menduga kebenaran tetuanya untuk efisiensi waktu yang diperlukan dalam proses seleksi. Rangkaian penelitian dilakukan bertujuan untuk 1) mengembangkan marka SNAP berbasis gen WRKY dengan reaksi multiplex PCR; 2) mengevaluasi keragaman genetik dan struktur populasi kelapa Indonesia dengan marka SNAP berbasis gen WRKY, SUS, SACPD dan ABI; 3) mengevaluasi keragaman genetik dan struktur populasi kelapa Indonesia dengan marka SSR; 4) menganalisis hubungan genetik antara tetua GKN dan DTA dengan hibrida KHINA-1 menggunakan marka SSR; 5) mengidentifikasi marka SSR yang berasosiasi dengan karakter jumlah buah dan komponen buah; dan 6) mengidentifikasi hibrida kelapa kopyor di Pati dan Lampung berdasarkan marka SNAP dan SSR. Penelitian diawali dengan pengembangan marka SNAP berbasis gen WRKY yang divalidasi menggunakan kelapa kopyor. Disain primer SNAP menggunakan tiga puluh lima sekuen bank data NCBI dari gen WRKY2, WRKY6, WRKY7, WRKY19 dan WRKY21. Delapan pasang primer SNAP berhasil didisain. Amplifikasi DNA menggunakan primer SNAP dilakukan dengan metode multiplex PCR. Selanjutnya delapan pasang primer SNAP gen WRKY digunakan untuk analisis keragaman genetik kelapa. Analisis keragaman genetik kelapa Indonesia menggunakan marka bi-alel SNAP berbasis gen WRKY, SUS, SACPD dan ABI3 dilakukan untuk 28 aksesi kelapa Dalam dan 13 aksesi kelapa Genjah. Hasil analisis berdasarkan metode Neighbour Joining menunjukkan ada tiga kelompok utama yang terbagi ke dalam subkelompok berbeda. Umumnya aksesi kelapa Dalam menyebar dengan aksesi yang lain, hanya 2 aksesi yang mengelompok yaitu DBI dan DTE. Hal yang sama juga terjadi pada kelapa Genjah hanya 2 aksesi yang mengelompok (GKN dan GSK). Struktur populasi berdasarkan 16 marka SNAP menunjukkan bahwa populasi kelapa terbagi atas dua subgrup dengan pencampuran alel yang beragam. Keragaman genetik kelapa juga dilakukan dengan marka molekuler multialel yaitu SSR untuk populasi yang sama. Hasil analisis keragaman genetik kelapa Indonesia menggunakan 20 marka SSR menunjukkan bahwa terdapat keragaman genetik yang sangat tinggi pada populasi uji. Analisis filogenetik berdasarkan metode Neighbour Joining menghasilkan sembilan kelompok yang terdiri atas subkelompok yang berbeda. Pengelompokkan kelapa Dalam dan Genjah lebih banyak bercampur dengan aksesi yang lain dalam satu kelompok. Hal ini diduga sebagai akibat telah terjadi persilangan alami antar individu. Keragaman genetik kelapa Dalam lebih tinggi dibandingkan kelapa Genjah karena sistem penyerbukan kelapa Dalam menyerbuk silang, sedangkan kelapa Genjah menyerbuk sendiri. Struktur populasi berdasarkan marka SSR membagi populasi kelapa menjadi dua subgrup. Percobaan analisis hubungan genetik tetua dengan hibrida KHINA-1 menggunakan 19 marka SSR. Hubungan kekerabatan antar populasi kelapa GKN dan DTA yang sangat jauh dan tingkat heterogenitas yang tinggi antar individu kelapa DTA memberikan harapan bahwa populasi hibrida hasil persilangan antar keduanya dapat menghasilkan hibrida yang sangat heterogen sehingga diharapkan lebih baik dibandingkan kedua tetuanya sebagai akibat terjadinya heterosis. Pengelompokkan populasi tetua dan KHINA-1 dengan metode Neighbour Joining menghasilkan lima
Keyword: kelapa dalam, kelapa genjah, kelapa kopyor, single nucleotide amplified polymorphisms, simple sequence repeat, analisis marka tunggal

Judul: Keragaman Genetik Kelapa Bido Morotai dan Kelapa Unggul Indonesia Berdasarkan Penanda Molekuler SNAP (Single Nucleotide Amplified Polymorphisms).
Abstrak: Kelapa (Cocos nucifera L.) merupakan tanaman tahunan yang dikenal dengan sebutan “tree of life” karena seluruh bagian kelapa memberikan manfaat untuk manusia memenuhi memenuhi kebutuhan ekonomi, sosial, dan budaya seperti sebagai sumber makanan, minuman, kerajinan, bahan bangunan dan obat-obatan. Secara historis, pada tahun 1940 secara tidak sengaja seorang petani Bosu Labaka menemukan kelapa yang mengapung di laut dan ditanam di halaman rumah tepatnya di Desa Bido Pulau Morotai, kemudian benih Kelapa Bido dibudidayakan. Pada tahun 2017 Kelapa Bido dilepas oleh Balit Palma sebagai varietas unggul baru (VUB). Keunggulan Kelapa Bido dari pada kelapa lokal lainnya antara lain berbatang pendek seperti jenis kelapa genjah yaitu 1 meter pada usia 2-3 tahun, sudah berbuah dan 9 meter dengan usia 60 tahun, produksi buah tinggi seperti kelapa dalam yaitu sekitar 133 butir/pohon atau 16.395 butir/ha/tahun, potensi kopra lebih dari 4 ton/ha/tahun dan kadar minyak 58,34%. Keunikan dari Kelapa Bido ini adalah memiliki mahkota daun berbentuk roset dan memiliki jarak berkas daun lebih pendek dari kelapa genjah yaitu sekitar 4-5 cm. Pada kenyataannya, kelapa tersebut memiliki karakter secara morfologi yang berbeda dengan kelapa lokal pada umumnya (jenis genjah dan dalam). Dalam kegiatan pemuliaan tanaman, identitas suatu sumber genetik penting untuk diketahui. Tanaman kelapa membutuhkan waktu yang lama untuk mengkarakterisasi secara morfologi yang dapat digunakan dalam kegiatan seleksi dan evaluasi hasil persilangan. Pendekatan bioteknologi melalui pengembangan marka molekuler diperlukan untuk membantu mempercepat program pemuliaan salah satu caranya adalah dengan marka molekuler. Marka molekuler yang dapat digunakan salah satunya adalah dengan menggunakan marka SNAP berbasis gen inti WRKY, SUS, SACPD, α-D Galactosidase dan genom kloroplas. Penelitian ini terdiri dari dua percobaan. Pada percobaan pertama memiliki tujuan untuk menganalisa keragaman genetik Kelapa Bido, Kelapa Lokal Morotai dan Kelapa Unggul Indonesia menggunakan lokus WRKY, SUS, SACPD dan α-D Galactosidase. Hasil analisis menggunakan cervus lokus SNAP tersebut menyatakan bahwa rata-rata jumlah alel (Na), heterozigositas pengamatan, heterozigositas harapan dan nilai PIC berturut-turut adalah 2, 0.65, 0.47 dan 0.37. Hasil analisis polimorfisme menyatakan bahwa ada sebelas lokus yang dapat digunakan karena cukup informatif. Aksesi-aksesi Kelapa Bido, Kelapa Lokal Morotai dan Kelapa Unggul Indonesia terbagi menjadi tiga grup menggunakan metode Neighbour Joining dengan piranti lunak DARwin. Sejalan dengan hal tersebut, pada struktur genetik populasi menggunakan piranti lunak STRUCTURE juga membagi semua aksesi kelapa dalam 3 populasi yang mana ad hoc maksimum ΔK diperoleh pada K=3. Percobaan selanjutnya adalah pengembangan marka berdasarkan genom kloroplas. Genom kloroplas merupakan penanda yang efisien untuk mempelajari evolusi dan sejarah populasi tanaman melalui filogenetik karena bersifat sangat konservatif, diwariskan secara maternal, memiliki ukuran yang lebih kecil dibandingkan dengan genom inti tujuan dari penelitian ini adalah pengembangan primer berdasarkan genom kloroplas berbasis situ SNP dan indels. Berdasarkan sembilan sekuens genom kloroplas pada tanaman palma, telah berhasil didisain 10 primer berdasarkan situs SNP dan 5 primer berdasarkan situs insersi delesi. Hasil validasi primer tersebut menggunakan DNA kelapa Indonesia didapatkan hasil bahwa 10 primer SNP berhasil teramplifikasi sedangkan indels hanya 2 primer berbasis PCR.
Keyword: dalam, genjah, filogenetik, marka molekuler

Judul: Zero-inflated negative binomial models in small area estimation.
Abstrak: The problem of over-dispersion in Poisson data is usually solved by introducing prior distributions which lead to negative binomial models. Poisson data sometime is also suffered by excess zero problems, a condition when data contains too many zero or exceeds the distribution's expectation. Zero Inflated Negative Binomial (ZINB) method can be utilized to solve such problems. This paper demonstrates the adaption of ZINB methods in Small Area Estimation with excess zero data. It is shown that the excess zero problem has substantially influenced the Empirical Bayes (EB) estimates, and the adaption of ZINB methods has improved the precision and reliability of the estimates. Key Words: Small Area Estimation, Zero-Inflation, Poisson-Gamma, Negative Binomial Regression, Empirical Bayes
Keyword: