Judul: Pendeteksian keragaman DNA mikrosatelit sapi Pesisir Sumatera Barat dengan menggunakan primer INRA 037, BM 2113 serta ILSTS 006
Abstrak: Sapi Pesisir Sumatera Barat merupakan salah satu ternak lokal Indonesia. Sapi Pesisir biasa dimanfaatkan oleh masyarakat setempat sebagai ternak potong. Keberadaannya kurang mendapat perhatian dari pemerintah maupun masyarakat, yang menimbulkan kekhawatiran sapi ini akan mengalami kepunahan. Sapi Pesisir sebagai ternak lokal memiliki beberapa keunggulan, antara lain tahan terhadap penyakit, mampu beradaptasi dengan lingkungan yang kurang mendukung, respon terhadap pakan berkualitas rendah dan sistem pemeliharaannya relatif lebih mudah. Keberadaan sapi Pesisir harus terus dipertahankan kelestariannya dengan segera melakukan program pelestarian dan perbaikan mutu genetik. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi keragaman mikrosatelit sapi Pesisir Sumatera Barat dengan menggunakan primer INRA 037, BM 2113 serta ILSTS 006. Pendeteksian dilakukan melalui teknik PCR (Polymerase Chain Reaction), yaitu teknik perbanyakan DNA dengan menggunakan enzim Polimerase, melalui siklus perubahan suhu. Sampel darah diambil dari 169 ekor sapi Pesisir yang berasal dari dua lokasi, yaitu 100 sampel darah dari Desa Sungai Liku, Kabupaten Pesisir Selatan dan 69 sampel darah dari Desa Ulakan, Kabupaten Padang Pariaman. Kedua lokasi tersebut dipilih karena memiliki lingkungan dan sistem pemeliharaan yang sama sehingga diasumsikan kondisi ternak juga sama. Sampel kemudian diisolasi dan diamplifikasi dengan ketiga primer di atas. Hasil amplifikasi dengan primer INRA 037 menghasilkan 10 alel, primer BM 2113 menghasilkan 11 alel, sedangkan primer ILSTS 006 menghasilkan 6 alel. Frekuensi alel yang dihasilkan beragam dari 0-50%. Perbandingan genotip antar lokasi pada ketiga primer di atas menunjukkan bahwa sapi Pesisir Sumatera Barat yang diambil dari Desa Ulakan, Kabupaten Padang Pariaman lebih beragam dibandingkan dengan Desa Sungai Liku, Kabupaten Pesisir Selatan. Nilai heterozigositas dari ketiga primer cukup tinggi. Primer INRA 037 mempunyai nilai heterozigositas sebesar 77%, primer BM 2113 nilai heterozigositasnya sebesar 75% sedangkan primer ILSTS 006 memiliki nilai heterozigositas sebesar 73%. Tingginya nilai heterozigositas menunjukkan bahwa sapi Pesisir mempunyai keragaman genetik yang tinggi. Keragaman genetik tersebut kemungkinan disebabkan jauhnya hubungan kekerabatan diantara mereka. Hal ini sangat menguntungkan karena makin jauh hubungan kekerabatan maka kemungkinan terjadinya inbreeding makin kecil, sehingga kemunculan alel resesif youg dapat membawa kematian dan cacat juga makin rendah.
Keyword: sapi pesisir, DNA Mikrosatelit, PCR (Polymerase Chain Reaction), amplifikasi DNA, nilai heterozigositas, keragaman genetik

Judul: Asal Usul Sapi Pesisir Berdasarkan Penanda DNA Mitokondria pada Daerah D-loop
Abstrak: Sapi adalah salah satu ternak hasil domestikasi. Domestikasi ternak dimulai 8.000-10.000 tahun yang lalu. Itu berasal dari keturunan auroch (Bos primigenius) dari Afrika dan didistribusikan ke Eropa-Asia. Ada dua jenis sapi modern yang berasal dari B. primigenius; mereka adalah sapi tak berpunuk (Bos taurus) dan sapi berpunuk (Bos indicus). Selain itu, ada juga Bos javanicus, yang merupakan keturunan Bibos banteng. Bos javanicus adalah salah satu sapi asli Indonesia, yang berbeda dari B. taurus dan B. indicus. Ada juga beberapa jenis sapi domestik di Indonesia, seperti Sapi Aceh, Sapi Madura, dan Sapi Pesisir. Sapi Pesisir adalah salah satu lokal Indonesia yang merupakan keturunan Bos indicus yang memiliki karakteristik tubuh kecil. Diasumsikan karena persilangan antara sapi Pesisir dan sapi lainnya. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mempelajari asal-usul sapi Pesisir berdasarkan mtDNA D-loop dan untuk mengetahui hubungan filogenetik antara sapi Pesisir dan sapi lainnya. Sampel darah sapi diambil di dua lokasi, Way Krui dan Tanah Rekah. Amplifikasi gen mitokondria menggunakan sepasang primer koleksi Achmad Farajallah, yaitu AF22 (forward) 5'-GCGTACGCAATCTTACGATCA-3' dan AF23 (revers) 5'ATGCAGTTAAGTCCAGCTAC-3'. Penelitian ini berfokus pada daerah d-loop. Hasil sequensing nukleotida diedit menggunakan program Bio Edit versi 7.2.5. Urutan DNA yang diedit diselaraskan menggunakan Clustal W yang termasuk dalam program MEGA versi 6.0. Semua sekuens DNA diparalelkan dengan melibatkan beberapa referensi DNA homolog dalam data publik (NCBI). Rekonstruksi pohon filogenetik dianalisis menggunakan metode Neighbor-Joining berdasarkan Parameter Kimura 2. Hasil analisis mtDNA di wilayah d-loop menunjukkan bahwa ada dua induk pada sapi Pesisir, yaitu Bos indicus dan Bos javanicus. Ruas d-loop sapi pesisir memiliki panjang berfariasi karena adanya proses delesi dan insersi. Sapi pesisir WK, ditemukan basa nukleotida (nt) dengan panjang 22 nt yang mengalami pengulangan secara berurutan (tandem repeat). Motif berulang yang muncul adalah GTACATAATATTA dan ATGTAATAA. Ruas berulang ditemukan pada spesies B. javanicus dan sampel Lampung WK 01 dan sampel WK 13. Kedekatan antara spesies ini adalah karena jarak geografis yang dekat antara Bos indicus yang berasal dari Way Krui, Lampung dan Bos javanicus dari Jawa.
Keyword: Bos indicus, DNA, D-Loop, mitokondria, Sapi pesisir

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: