Judul: Struktur Vertikal Arus dan Variabilitas Volume Transpor Massa Air di Busur Luar Laut Banda
Abstrak: Gelombang ekuator Pasifik diperkirakan dapat masuk ke Perairan Indonesia dan mempengaruhi Arus Lintas Indonesia (Arlindo) di jalur Timur, khususnya di sepanjang Busur Luar Laut Banda. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menganalisis struktur vertikal arus dan variabilitas transpor volume Arlindo serta kaitannya dengan perambatan gelombang Rossby Pasifik di Busur Luar Laut Banda pada kanal Laut Seram, Laut Aru, dan Laut Timor, dengan menggunakan hasil model INDESO dari Januari 2008 sampai Desember 2014 (7 tahun). Hasil penelitian menunjukkan struktur vertikal aliran Arlindo di Busur Luar Laut Banda dari komponen arus zonal (Seram-Timor) dan meridional (Aru) memiliki pola pergerakkan searah jarum jam. Volume transpor di Laut Seram sebesar +1.04 Sv (± 1.54) Sv ke arah Timur, di Laut Aru arah transpor ke arah Selatan dengan besar transpor sebesar -0.61 (± 0.79) Sv, dan di Laut Timor ke arah Barat dengan volume transpor sebesar -8.42 (± 2.05) Sv. Struktur vertikal memperlihatkan bahwa arus dominan lebih kuat pada kedalaman di atas 300 m. Analisis Power Spectral Density pada selang kepercayaan 95% menunjukkan periodisitas energi signifikan terjadi pada periode tahunan, semi-tahunan dan intra-musiman, dimana variabilitas transpor di Laut Seram dan Laut Aru didominasi oleh skala-waktu tahunan dan intra-musiman, namun di Laut Timor dominan oleh variabilitas dalam skala-waktu intra-musiman dan semi-tahunan. Hasil koherensi tertinggi antara Laut Seram-Laut Aru, Laut Aru-Laut Timor, dan Laut Seram-Laut Aru memperlihatkan bahwa koherensi yang signifikan (0.9689) terjadi pada periode 341 hari dengan beda fase 26.5 hari, hal ini menunjukkan bahwa adanya perambatan gelombang ekuator Pasifik yang merambat di sepanjang Busur Luar Laut Banda. Analisis diagram Hovmoller memperlihatkan propagasi sinyal dari energi kinetik ditemukan di sepanjang Busur Luar Laut Banda pada kedalaman 5 m dan 155.9 m dengan nilai rerata kecepatan fase masing-masing kedalaman ialah 8.7 cm s-1 dan 11.1 cm s-1, dimana fase kecepatannya mirip dengan fase kecepatan golombang Rossby yang terperangkap. Analisis normal mode memperlihatkan Laut Seram, Laut Aru, dan Laut Timor memiliki pola osilasi arus yang hampir mirip karena berdasarkan profil densitas potensial dan frekuensi Brunt-Vaisalla. Koherensi antara angin Zonal Indo-Pasifik dan volume transpor di Laut Aru menunjukkan koherensi tertinggi ditemukan di Pasifik Utara Subtropis dan Ekuatorial, dengan fluktuasi arus terjadi pada variabilitas skala-waktu tahunan, semi-tahunan, dan intra-musiman. Hasil penelitian memperlihatkan bahwa angin zonal di sepanjang Laut Pasifik ekuator berperan sebagai remote forcing yang menghasilkan respon gelombang Rossby.
Keyword: Arus Lintas Indonesia (Arlindo), INDESO, Busur Luar Laut Banda, variabilitas volume transpor Arlindo, gelombang Rossby Pasifik

Judul: Pola dan Variabilitas Arus di Wilayah Laut Bali-Laut Flores dari Hasil Model INDESO Tahun 2008-2014
Abstrak: Dinamika laut di wilayah Laut Bali dan Laut Flores dipengaruhi baik oleh dinamika Arus Muson dan Arlindo Makassar, maupun intrusi gelombang Kelvin dari ekuator Samudera Hindia via Selat Lombok. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengkaji pola dan variabilitas arus, struktur menegak arus, serta koherensi arus di Laut Bali-Laut Flores dari hasil model INDESO tahun 2008-2014. Pola arus di wilayah studi dicirikan oleh arus laut yang kuat mengalir ke arah selatan (Arlindo Makassar), serta pusaran arus di Laut Bali. Percabangan Arlindo terjadi di utara Lombok, dimana sebagian Arlindo masuk Selat Lombok dan sebagian lagi berbelok ke timur menyusuri Laut Flores. Variasi musiman sirkulasi laut ditandai dengan menguatnya Arlindo pada musim timur, serta terbentuknya pusaran arus dan kelokan arus muson yang mengalir ke arah timur pada periode musim barat. Struktur Arlindo di lintang geografis 8 °S, dicirikan oleh inti Arlindo yang lebih dalam (220 m) dan lebih luas dengan kecepatan arus yang lebih kuat dalam musim timur dibandingkan dengan musim barat. Estimasi transpor volume dari Arlindo di lintang ini adalah sekitar 2 Sv (musim barat) dan 4.7 Sv (musim timur). Variabilitas arus berfluktuasi pada rentang periode dari intra-musiman sampai tahunan. Koherensi arus yang tinggi pada periode 1 hingga 2 bulanan dengan beda fase positif dari Samudera Hindia menuju Selat Lombok bagian utara menunjukkan bahwa adanya pembelokan arus di Selat Lombok akibat perambatan Gelombang Kelvin.
Keyword: Analisis koherensi, Arlindo Makassar, Gelombang Kelvin, INDESO, pola arus, variabilitas arus

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA