Judul: Identifikasi keragaman SNP PLAG1(Pleomorphic Adenoma Gene1) tiga bangsa sapi di daerah exon 1
Abstrak: Sumber daya genetik (SDG) sapi potong di Indonesia meliputi sapi bali, PO, dan limousine memiliki potensi untuk dikembangkan dan ditingkatkan produktivitasnya melalui kajian molekuler berdasarkan pendekatan gen-gen pertumbuhan salah satunya adalah gen PLAG1(Pleomorphic adenoma gene 1). PLAG1 (Pleomorphic adenoma gene1) merupakan salah satu gen bertanggung jawab mengontrol pertumbuhan dan ukuran tubuh sapi. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi keragaman SNP (Single Nucleotide Polymorphism) di daerah exon 1 gen PLAG1(Pleomorphic adenoma gene 1) pada sapi bali, sapi peranakan ongol (PO) dan sapi limousine. Sampel yang digunakan terdiri dari 30 ekor sapi bali, 10 ekor sapi PO, dan 8 ekor sapi limousine. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pada gen PLAG1 di daerah exon1 sapi bali diperoleh SNP di posisi c.283 G>A, c.366 G>A, dan c.368 G>A sedangkan pada sapi PO dan limousine di posisi c.366 G>A. SNP yang ditemukan ini bersifat polimorfik, dan berpotensi untuk dijadikan kandidat marker assited selection pada sapi bali, PO, dan limousine.
Keyword: exon1, PLAG1, sapi, sekuencing, SNP

Judul: Identifikasi Keragaman Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Ekson 2.1 Gen PLAG1 pada Sapi Pedaging
Abstrak: Gen Pleomorphic Adenoma Gene 1 (PLAG1) adalah salah satu gen yang mengendalikan sifat-sifat pertumbuhan pada sapi. Penelitian ini dilakukan untuk menganalisis keragaman Single-Nucleotide Polymorphism (SNP) daerah ekson 2.1 gen Pleomorphic Adenoma Gene 1 (PLAG1) pada sapi bali, sapi peranakan ongol (PO) dan sapi limosin dengan metode direct-sequencing. Sampel darah yang digunakan yaitu 46 sampel yang terdiri atas 29 sampel sapi bali, 9 sampel sapi PO dan 8 sampel sapi limosin. Analisis data yang dilakukan yaitu perhitungan frekuensi genotipe dan alel, nilai heterosigositas, dan keseimbangan Hardy-Weinberg (uji chi-square). SNP c.1186 C>T dan c.1420 G>A pada sapi PO dan semua SNP pada sapi bali bersifat polimorfik dengan keragaman yang rendah sedangkan SNP c.1033 C>G, c.1036 A>G, c.1067 G>A dan c.1492 A>G sapi PO dan semua SNP sapi limosin yang diteliti bersifat monomorfik. SNP yang ditemukan dalam penelitian ini mengubah susunan asam amino SNP c.1033 C>G his>gln dan SNP c.1067 G>A glu>lys. Keseimbangan Hardy-Weinberg gen PLAG1 dalam kadaan seimbang pada SNP c.1420 G>A sapi bali dan PO serta SNP c.1033 C>G dan c.1067 G>A pada sapi bali. SNP c.1186 C>T sapi bali dan sapi PO serta SNP c.1036 A>G, c.1186 C>T dan c.1492 A>G pada sapi bali tidak dalam keseimbangan Hardy-Weinberg.
Keyword: gen PLAG1, keragaman, sapi pedaging, SNP, teknik sekuensing

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: