Judul: Incidence and Molecular-based Identification of
Papaya ringspot virus Infecting Papaya in Java
Abstrak: Papaya ringspot virus (PRSV), anggota genus Potyvirus, merupakan salah satu faktor pembatas utama dalam produksi pepaya di berbagai negara termasuk di Indonesia. Penyakit bercak bercincin pada pepaya yang disebabkan oleh PRSV pertama kali dilaporkan di Indonesia pada tahun 2012 di Nanggroe Aceh Darussalam. Distribusi PRSV di Indonesia saat ini telah mencakup beberapa sentra pertanaman pepaya di Jawa, Sumatera, Bali dan Nusa Tenggara Barat. Infeksi PRSV menyebabkan kehilangan hasil secara langsung karena gejala bercak bercincin pada buah yang mengurangi kualitas dan mutu buah. Beberapa daerah di Pulau Jawa merupakan sentra pertanaman pepaya yang berkontribusi lebih dari 50% terhadap produksi nasional. Insidensi penyakit bercak bercincin dilaporkan mulai meluas akhir-akhir ini dan berpotensi menyebabkan kehilangan hasil. Oleh karena itu penelitian dilakukan untuk mengetahui penyebaran dan status penyakit bercak bercincin di beberapa daerah penanaman pepaya di Jawa serta mempelajari identitas molekuler PRSV yang berasosiasi dengan penyakit tersebut. Penelitian diawali dengan survei dan pengambilan sampel tanaman pepaya di empat kabupaten, yaitu Bogor (Jawa Barat), Purworejo dan Kebumen (Jawa Tengah), dan Bantul (DI Yogyakarta). Gejala penyakit di lapangan diamati untuk menentukan nilai insidensi dan keparahan penyakit. Sampel tanaman dari lapangan kemudian dibawa ke laboratorium untuk tahap deteksi secara serologi dengan metode DAS-ELISA (double antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assay) menggunakan antiserum spesifik PRSV. Selanjutnya dilakukan konfirmasi secara molekuler dengan metode RT-PCR (reverse transcription polymerase chain reaction) menggunakan primer universal Potyvirus (MJ-1/MJ-2) dan primer spesifik PRSV (PRSV-326/PRSV-800). Fragmen DNA hasil amplifikasi digunakan untuk perunutan nukleotida (sequencing) dan dilanjutkan dengan analisis filogenetika. Kondisi pertanaman pepaya berbeda-beda antar lokasi pengamatan. Budidaya dilakukan secara monokultur atau tumpangsari. Umur tanaman pada saat pengamatan berkisar antara 6 – 18 bulan, yaitu berada pada fase generatif. Jenis varietas pepaya yang ditanam petani di lapangan tidak beragam, karena jenis pepaya yang paling banyak ditanam adalah pepaya tipe California. Gejala infeksi PRSV yang ditemukan di Bogor, Purworejo, Kebumen, dan Bantul terdiri atas mosaik hijau muda pada daun, daun melepuh (blistering), daun berbentuk tali sepatu (shoestring), mosaik bergaris pada tangkai daun, dan bercak bercincin pada kulit buah. Berdasarkan pengamatan gejala diperoleh nilai insidensi penyakit yang bervariasi dengan insidensi penyakit terendah (27,3%) ditemukan di lokasi Grabag 2, Purworejo; sedangkan insidensi penyakit tertinggi (100%) ditemukan di lokasi Dramaga 1, Bogor. Keparahan penyakit berkisar antara 5,5% sampai 72,5% dan nilai ini tidak selalu berkorelasi positif dengan nilai insidensi penyakit. Lebih lanjut, konfirmasi infeksi PRSV melalui DAS-ELISA menunjukkan bahwa nilai insidensi penyakit berkisar antara 25% – 100%. Secara umum nilai insidensi penyakit berdasarkan deteksi DAS-ELISA berbeda dengan nilai insidensi penyakit berdasarkan gejala. Hal ini dapat terjadi karena tidak semua gejala yang tampak selalu berasosiasi dengan infeksi PRSV. Sebanyak 48 sampel yang bereaksi positif dengan DAS-ELISA dipilih untuk tahap konfirmasi secara RT-PCR. Amplifikasi menggunakan primer universal Potyvirus dan primer spesifik PRSV menghasilkan amplikon berukuran berturut-turut ± 320 pb dan ± 475 pb. Fragmen DNA yang diamplifikasi oleh dua pasang primer ini merupakan bagian dari gen selubung protein (coat protein/CP). Analisis sekuen nukleotida dari 6 isolat lapangan yang berhasil diamplifikasi menggunakan primer universal Potyvirus menunjukkan homologi tertinggi dengan isolat PRSV asal Indonesia (Nganjuk dan Bali), Thailand dan Jepang. Lebih lanjut, analisis filogenetika mengonfirmasi kedekatan hubungan
Keyword: analisis filogenetik, DAS-ELISA, insidensi penyakit, reverse transcription-polymerase chain reaction, sampel lapangan

Judul: Survey and Detection of Ringspot Disease on Papaya Plants in North Sumatra
Abstrak: Penyakit bercak bercincin merupakan salah satu penyakit penting pada pepaya yang disebabkan oleh Papaya ringspot virus (PRSV). Insidensi penyakit yang disebabkan infeksi PRSV pertama kali dilaporkan di Indonesia pada tahun 2012 di Nanggroe Aceh Darussalam dan sejak saat itu diketahui telah menyebar ke beberapa daerah di Sumatera, Jawa, Bali, dan Nusa Tenggara Barat. Penelitian ini bertujuan mengetahui insidensi penyakit bercak bercincin dan mengidentifikasi strain PRSV penyebab penyakit bercak bercincin tersebut. Pengamatan lapangan, wawancara petani, dan pengambilan sampel dilakukan di 2 lokasi, yaitu di Desa Namorih, Kabupaten Deli Serdang dan Kelurahan Bhakti Karya, Kota Binjai. Sampel daun, tangkai daun, dan buah yang diambil dari tanaman sakit di lapangan dibawa ke laboratorium untuk deteksi PRSV menggunakan metode DAS-ELISA dan RT-PCR yang dilanjutkan dengan analisis sekuens nukleotida. Variasi gejala yang teramati di lapangan berupa mosaik dan malformasi pada daun, mosaik bergaris pada tangkai daun, dan bercak bercincin pada buah. Insidensi penyakit mencapai 51,82% hingga 73,49%. Indikasi infeksi PRSV pertama kali ditunjukkan dengan reaksi positif sampel terhadap antibodi PRSV. Selanjutnya, infeksi PRSV terkonfirmasi melalui teramplifikasinya fragmen DNA spesifik PRSV. Analisis sekuens nukleotida juga menunjukkan bahwa isolat-isolat asal Sumatera Utara memiliki homologi yang tinggi (92,5-98,9%) terhadap isolat PRSV-P asal Genbank., Ringspot disease is one of the important diseases in papaya caused by Papaya ringspot virus (PRSV). Incidence of PRSV infection was first reported in Indonesia in 2012 in Nanggroe Aceh Darussalam and since then it has spread out to several regions in Sumatera, Java, Bali, and West Nusa Tenggara. This study aimed to determine the incidence of ringspot disease and identify the PRSV strain that caused the ringspot disease. Field observations, farmers interview, and samples collection was carried out in 2 locations, i.e. Namorih Village, Deli Serdang Regency and Bhakti Karya Village, Binjai City. Field samples of leaves, petioles, and fruit taken from diseased plants were brought to the laboratory for PRSV detection using DAS-ELISA and RT-PCR methods followed by DNA sequencing. Symptom variation was observed in the field involving mosaic and malformation of the leaves, striped mosaic on the petioles, and ringspot on the fruits. Disease incidence reached 51.82% to 73.49%. Infection of PRSV was first indicated by positive reaction of the samples to PRSV antibody. Furthermore, amplification of specific DNA fragment confirmed PRSV infection. Sequence analysis showed that the isolates from North Sumatra has high homology (92.5- 98.9%) to PRSV-P isolates from Genbank accession.
Keyword: DAS-ELISA, disease incidence, homology, RT-PCR, sequencing

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: