Judul: Keragaman Genetik Kedelai (Glycine max L.) Introduksi dan Aksesi Lokal Berdasarkan Marka SSR.
Abstrak: Kedelai (Glycine max L.) merupakan salah satu tanaman yang mempuyai nilai ekonomi tinggi. Peningkatan kebutuhan kedelai nasional menjadi tantangan bagi pemulia kedelai. Ketersediaan sumber keragaman genetika merupakan prasyarat keberhasilan program pemuliaan suatu varietas. Penelitian ini bertujuan menganalisis keragaman genetika 50 aksesi kedelai introduksi dan 46 kedelai aksesi lokal menggunakan 14 marka Simple Sequence Repeats (SSR). Tahapan penelitian dimulai dengan isolasi DNA, PCR, skoring, dan analisis data dengan perangkat lunak NTSYS dan PowerMarker. Hasil penelitian menunjukkan 14 marka SSR yang digunakan bersifat polimorfik. Sebanyak 276 alel berukuran 85- 328 bp dengan kisaran 4-27 alel per lokus berhasil dideteksi. Nilai rerata Polymorphic Information Content (PIC) yang didapat sebesar 0.96 (PIC>0.5), sehingga marka dapat digunakan untuk mendeteksi keragaman genetik kedelai. Nilai rerata diversitas gen sebesar 0.96 menunjukkan keragaman yang cukup tinggi. Analisis klaster menunjukkan 96 aksesi kedelai mengelompok menjadi dua klaster utama pada nilai koefisien kesamaan genetik 0.84. Kelompok pertama terdiri atas 95 aksesi, sedangkan kelompok kedua hanya terdapat satu aksesi (Huang Mao Bai Shui Dou). Hasil analisis keragaman ini digunakan sebagai dasar awal penentuan tetua persilangan program pemuliaan kedelai di Indonsesia.
Keyword: Kedelai (Glycine max L.), keragaman genetik, SSR

Judul: Analisis Keragaman Genetik Kedelai Transgenik Turunan Keempat (T4) dan Varietas Unggul Nasional Berbasis Marka SSR
Abstrak: Tanaman kedelai transgenik dapat menambah koleksi plasma nutfah tanaman kedelai dan meningkatkan keberagaman kedelai. Keberagaman pada kedelai membutuhkan karakterisasi secara molekuler untuk mengetahui jarak kekerabatan antar varietas kedelai. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasijarak kekerabatan genetik kedelai transgenik turunan keempat (T4) dan beberapa kedelai varietas unggul nasional menggunakan marka SSR. Tahapan analisis keragaman genetik tersebut diawali dengan isolasi sampel DNA kedelai menggunakan metode Doyle dan Doyle termodifikasi, amplifikasi DNA menggunakan PCR dan selanjutnya analisis polimorfisme dan filogeni.Lima belas sampel DNA kedelai yang diukur memiliki konsentrasi DNA yang berkisar dari 6.4 – 516.4 ng/μl. Hasil amplifikasi sampel DNA kedelai menunjukkan ukuran produk hasil amplifikasi berkisar pada 100-200 pasang basa (bp). Rerata nilai PIC (Polymorphic Information Content) yang diperoleh sebesar 0,36. Hasil dendogram mengelompokkan 15 sampel tanaman kedelai menjadi 2 kelompok utama pada koefisien kemiripan 0,47. Kedelai dengan jarak genetik tertinggi dapat digunakan sebagai tetua dalam persilangan.
Keyword: kedelai transgenik, keragaman genetik, SSR, polimorfik, PIC

Judul: Numerical modeling of the hydrodynamics of standing wave and scouring in front of impermeable breakwater with different steepnesses
Abstrak: The aim of this paper is to numerically study the effects of breakwater steepness on the hydrodynamics of standing wave and scouring process in front of impermeable breakwaters. A two-dimensional hydrodynamics model based on the Reynolds Averaged Navier–Stokes (RANS) equations and the Volume of Fluid (VOF) method was developed and then combined with an empirical sediment transport model. Comparisons with an analytical solution and experimental data showed the present model is very accurate in predicting the near bottom velocity and capable of simulating the scour/deposition patterns consistent with experimental data. It was found that the additional terms of bottom shear stress in the momentum equations are necessary to produce a physical scouring pattern. Different breakwater steepnesses produce different characteristics of standing wave, the steady streaming system, and scouring pattern in front of the breakwaters, which also affects the correlations between them. An additional analysis of the turbulence field parameters and the sediment transport rate was also performed. All these important information will be presented in details in this paper and can be worthwhile for designing the breakwater in coastal areas.
Keyword: The RANS–VOF model Standingwave Steadystreamingsystem Scouring pattern Breakwatersteepness