Judul: Simulasi Refolding Protein 2PTL menggunakan Not Just Another Molecular Dynamics Program (Namd).
Abstrak: Memahami bagaimana proses unfolding dan refolding protein masih menjadi tantangan utama dalam ilmu kehidupan. Salah satu protein yang dapat diamati yaitu protein 2PTL. Protein 2PTL membantu Peptostreptococcus magnus menghindari pertahanan inang melalui sifat pengikatan protein melalui interaksi rantai ringan kappa. Pada penelitian ini dilakukan simulasi dinamika molekul untuk protein 2PTL pada temperatur 500K selama 15 ns untuk simulasi unfolding dan temperatur 200K selama 30 ns untuk simulasi refolding. Dari penelitian ini diperoleh proses unfolding terjadi pada waktu 6.5 ns. Secara geometri, hasil analisis RMSD pada 500K meningkat hingga 7.059Å dan pada 200K mengalami penurunan sebesar 2.683Å. Tingkat kemiripan asam amino proses unfolding dengan struktur native sebesar 36.78%. Setelah dilakukan proses refolding pada 200K dilakukan juga pengecekan tingkat kemiripan asam amino dengan struktur native sebesar 62.264%.
Keyword: NAMD, protein 2PTL, refolding, simulasi dinamika molekul, unfolding

Judul: Pengaruh Mutasi Titik Terhadap Trayektori Unfolding Dan Refolding Protein 1gb1
Abstrak: Mekanisme pelipatan protein merupakan hal yang sangat penting untuk memahami berbagai proses biologi. Salah satunya adalah proses unfolding dan refolding protein 1GB1 yang telah termutasi pada salah satu residunya. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari pengaruh mutasi titik terhadap dinamika proses unfolding dan refolding protein 1GB1 serta membandingkan trayektori unfolding dan refolding protein 1GB1 yang telah dimutasi dan tidak dimutasi. Penelitian ini dilakukan menggunakan metode simulasi dinamika molekul yang terdiri dari beberapa tahapan diantaranya preparasi dan mutasi protein, minimisasi, pemanasan atau pendinginan, ekuilibrasi, dan production run. Simulasi unfolding dilakukan pada suhu 500 K selama 2 ns dan refolding pada suhu 200 K selama 20 ns. Mutasi titik yang dilakukan mengakibatkan meningkatnya kestabilan termal protein sehingga protein mutan membutuhkan waktu lebih lama baik untuk denaturasi maupun kembali ke native state. Proses unfolding dan refolding protein memiliki trayektori yang berbeda, simulasi refolding membutuhkan waktu yang jauh lebih panjang daripada simulasi unfolding agar struktur protein dapat kembali ke keadaan awal (native state).
Keyword: mutasi titik, protein 1GB1, refolding, simulasi dinamika molekul, unfolding

Judul: Economic Valuation of the Great Yellow-crested White Cockatoo (Cacatua galerita)
Abstrak: Kakatua putih besar jambul kuning (Cacatua galerita) merupakan primadona dalam perdagangan satwa liar. Penelitian ini bertujuan untuk menghitung valuasi ekonomi Cacatua galerita dengan pendekatan harga pasar, willingness to pay (kesediaan membayar), dan biaya pemeliharaan, serta membandingkan ketiga metode tersebut. Penelitian dilakukan dengan studi literatur dan pemantauan sosial media dalam pendekatan harga pasar, pendekatan kesediaan membayar dilakukan wawancara kepada 100 pengunjung Taman Margasatwa Ragunan (TMR) secara accidental sampling, dan pendekatan biaya pemeliharaan dilakukan wawancara kepada pengelola TMR dan penangkaran Mega Bird and Orchid Farm (MBOF). Hasil penelitian menunjukkan valuasi ekonomi Cacatua galerita dengan pendekatan harga pasar, kesediaan membayar, dan biaya pemeliharaan berturut-turut sebesar Rp35.547.204/ekor, Rp3.656.900/ekor, dan Rp7.119.001/ekor. Metode pendekatan terbaik untuk menghitung valuasi ekonomi Cacatua galerita yaitu pendekatan harga pasar yang ditinjau dari valuasi ekonomi yang dihasilkan, efektivitas, serta efisiensi biaya yang relatif murah dalam pengambilan dan analisis data., The great yellow-crested white cockatoo (Cacatua galerita) is a favorite in the wildlife trade. This research aims to calculate the economic value of Cacatua galerita using the market price approach, willingness to pay, and maintenance costs, as well as comparing the three methods. The research was carried out using literature studies and social media monitoring using the market price approach, the willingness to pay approach carried out interviews with 100 visitors to the Ragunan Wildlife Park (TMR) using accidental sampling, and the maintenance cost approach carried out interviews with TMR managers and the Mega Bird and Orchid Farm (MBOF). The research results show that the economic valuation of Cacatua galerita using the market price approach, willingness to pay, and maintenance costs is Rp. 35,547,204/head, Rp. 3,656,900/head, and Rp. 7,119,001/head. The best approach method for calculating the economic valuation of Cacatua galerita is the market price approach in terms of the resulting economic value, effectiveness and relatively lowcost efficiency in data collection and analysis.
Keyword: biaya pemeliharaan, harga pasar, kakatua putih besar jambul kuning, kesediaan membayar, valuasi ekonomi