Judul: Pengelompokan Fragmen Metagenom Menggunakan Self-Organizing Map (SOM)
Abstrak: Metgenomics adalah cabang dari bioinformatika yang mempelajari tentang metagenom, sekelompok mikroorganisme yang diambil langsung dari lingkungan tanpa proses kultur. Fragmen-fragmen yang diperoleh dari metagenom mengandung berbagai organisme dan melakukan proses perakitan secara langsung dapat menghasilkan chimeris contigs. Dengan demikian, metode untuk mengurangi kesalahan dalam proses perakitan diperlukan binning. Binning adalah metode pengelompokan fragmen berdasarkan taksonomi. Dalam penelitian ini, binning yang digunakan berdasarkan pendekatan komposisi. Dalam pendekatan ini menggunakan SOM (self-organizing map). SOM adalah metode jaringan saraf tiruan yang telah berhasil dipetakan dalam dimensi yang lebih tinggi. SOM memiliki dua metode pelatihan yaitu sequential training dan batch training. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk membandingkan dua metode pelatihan SOM dalam pengelompokan fragmen metagenom. Penelitian ini juga menggunakan k-mers sebagai metode ekstrasi fitur. Kmer menggunakan jumlah kombinasi K (kombinasi pasangan basa (ATCG)). K yang digunakan adalah K = 4 berarti membentuk 44 = 256 kombinasi pasangan basa dan K = 5 berarti membentuk 45 = 1024 kombinasi pasangan basa. Penelitian ini juga menggunakan proses normalisasi dengan tujuan untuk menghilangkan nila-nilai yang rangkap hasil ekstrasi fitur. Metode normalisasi yang digunakan adalah normalisasi min-max. Penelitian ini membandingkan kedua metode pelatihan yaitu sequential training dan batch training untuk menemukan teknik pengelompokan terbaik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa batch training dapat mencapai 3.64% dari map size [15 15]. Nilai kesalahan ini lebih kecil dari sequential training yang mendapatkan nilai kesalahan 7.06% dari map size [10 10]. Hasil ANOVA dalam penelitian in pada dua metode pelatihan SOM. Sequential training kombinasi pentanukleotida dan tetranukleotida perhitungan quantization error dan persentase galat memiliki hasil yang signifikan untuk pengelompokan fragmen metagenom. Perhitungan topographic error menghasilkan nilai yang tidak signifikan terhadap pengelompokan fragmen metagenom. Pehitungan ANOVA yang dilakukan dalam batch training, bahwa perhitungan quantization error, topographic error dan persentase galat dengan kombinasi tetranukleotida dan pentanukleotida memiliki nilai yang signifikan terhadap pengelompokan fragmen metagenom
Keyword: ANOVA, Batch Training, Metagenome, Sequential Training, SOM

Judul: Clustering Fragmen Metagenome Menggunakan Som Dengan Ekstraksi Fitur Gray Level Co-Occurrence Matrix (Glcm) Pada Variasi Panjang Fragmen
Abstrak: Penelitian di bidang bioinformatika berkembang semakin pesat, terutama penelitian mengenai metagenome. Namun, pada penelitian metagenome masih terdapat kelemahan, yaitu proses sequencing secara langsung akan memungkinkan bercampurnya fragmen sehingga dapat mempengaruhi perakitan fragmen. Oleh sebab itu, penelitian ini menggunakan teknik clustering untuk mengantisipasi kesalahan perakitan tersebut. Data yang digunakan dalam penelitian ini adalah data metagenome yang diunduh dari situs National Center for Biotechnology Information (NCBI) sebanyak 100 organisme dari 10 genus. Terdapat 4 variasi panjang fragmen yang digunakan, yaitu 200 bp, 1 Kbp, 3 Kbp, dan 10 Kbp. Clustering pada fragmen dilakukan dengan menggunakan metode Self Organizing Maps (SOM) dan pada tahap ekstraksi fitur menggunakan metode Gray Level Co-occurrence Matrix (GLCM). Proses clustering yang telah dilakukan mencapai akurasi 92% - 93.6%. Nilai spesifisitas berada pada rentang 85.9% - 87.4%, sedangkan nilai sensitivitas berada pada rentang 61% - 65%. Dari penelitian yang telah dilakukan, tidak terlihat adanya pengaruh panjang fragmen terhadap hasil akurasi clustering.
Keyword: clustering, fragmen, GLCM, metagenome, SOM

Judul: Budidaya dan pelestarian buaya air tawar irian (Crocodylus novaeguineae)
Abstrak: Di Indonesia terdapat beberapa spesies buaya diantaranya adalah Crocodylus porosus, Crocodylus novaeguineae, Tomistoma schlegelii dan Crocodylus siamenesis. Crocodylus novaeguineae baru ditemukan tahun 1928 di lrian Jaya dan Papua New Guinea oleh Schmidt. Dengan adanya perdagangan kulit buaya maka masyarakat mulai memburu buaya-buaya alam untuk dijual tanpa memperhatikan kelangsungan hidup spesies tersebut. Tempat hidup buaya-buaya inipun semakin sempit karena diubah jadi perladangan, lalu lintas air dan daerah pemukiman sehingga terjadi penurunan jumlah buaya secara cepat.
Keyword: Crocodylus porosus, Crocodylus novaeguineae, Tomistoma schlegelii, Crocodylus siamenesis