Judul: Analisis Keragaman Genetik Klon-klon Tetua Persilangan Kakao Mulia menggunakan Gen Maturase K (matK) dan Penentuan Kriteria Seleksi Berdasarkan Warna Flush.
Abstrak: Secara ekonomi produk biji kakao dibedakan menjadi dua yaitu kakao mulia dan kakao lindak. Perbedaan dari kedua jenis kakao tersebut terletak pada karakteristik warna biji segarnya yaitu kakao mulia berwarna biji putih dan kakao lindak berwarna biji ungu. Tantangan dalam perakitan bahan tanam kakao mulia adalah waktu yang cukup lama untuk melakukan seleksi karena harus menunggu tanaman sampai menghasilkan buah. Analisis latar belakang genetik dilakukan berdasarkan gen maturase K (matK) untuk memastikan identitas genotipe-genotipe calon tetua yang akan digunakan dalam persilangan kakao mulia. Gen matK adalah salah satu gen kloroplas yang dapat digunakan untuk mempelajari silsilah tetua betina dari suatu hasil persilangan karena pewarisannya bersifat maternal. Penentuan kriteria seleksi melalui parameter lain selain warna biji diperlukan dalam upaya mempercepat pelaksanaan seleksi karena seleksi kakao mulia baru dapat dilakukan pada saat tanaman sudah menghasilkan biji. Perbedaan karakteristik warna flush diharapkan dapat digunakan sebagai salah satu indikator seleksi pada kakao mulia. Penelitian bertujuan untuk mempelajari (1) latar belakang genetik klon-klon calon tetua persilangan kakao mulia berdasarkan gen maturase K (matK) dalam rangka memastikan bahwa identitas dari genotipe yang akan digunakan dalam persilangan memiliki moyang Criollo, (2) potensi warna flush sebagai salah satu kriteria seleksi kakao mulia Dua primer yaitu Mac 02 dan Mac 09 dapat digunakan untuk amplifikasi gen maturase K (matK) pada kakao dengan tingkat homologi 99-100%. Hasil analisis filogenetik menunjukkan bahwa latar belakang genetik beberapa genotipe kakao calon tetua persilangan yaitu DR 2, ICCRI 02, DRC 16, PNT 16, MCC 01, MCC 02, Sulawesi 1, KW 617 dan HJ 2 cenderung memiliki moyang tetua betina Criollo. Hasil analisis menggunakan munsell color chart menunjukkan bahwa flush kakao mulia memiliki kecenderungan berwarna kuning (Y=yellow) sedangkan kakao lindak cenderung berwarna merah (R=red). Nilai kisaran rerata kandungan antosianin pada flush kakao mulia (3.82-5.72 μmol/L) lebih rendah dibanding dengan kakao lindak (6.01-11.88 μmol/L). Sebaliknya, kakao mulia memiliki rerata kandungan klorofil pada flush (2376.47-3692.35 μmol/L) lebih tinggi dibanding dengan kakao lindak (1567.33-2627.91 μmol/L ). Hasil analisis kontras ortogonal menunjukkan bahwa kandungan antosianin dan klorofil pada flush kakao mulia berbeda nyata dengan kakao non mulia. Kandungan klorofil pada flush antar genotipe kakao mulia dan antar genotipe kakao lindak tidak menunjukkan perbedaan nyata, namun terjadi variasi yang nyata kandungan antosianin antar genotipe kakao lindak. Tingkat warna atau kepucatan flush dapat digunakan sebagai indikator awal dalam seleksi kakao mulia selanjutnya kandungan klorofil pada flush dapat digunakan sebagai indikator seleksi secara kuantitatif pada hasil persilangan kakao mulia.
Keyword: antosianin, flush, klorofil, marka seleksi, maturase K, kakao mulia, keragaman genetik, tetua persilangan

Judul: Analisis Keragaman Genetik Menggunakan Marka Molekuler SSR dan Karakterisasi Komponen Hasil Klon Kakao Koleksi Balittri.
Abstrak: Analisis keragamanan genetik koleksi plasma nutfah kakao mempunyai peranan penting dalam program perakitan klon unggul baru. Ketersediaan klon hasil eksplorasi dan introduksi meningkatkan peluang keberhasilan perakitan klon unggul baru sehingga analisis keragaman genetik materi tersebut perlu dilakukan. Penggunaan marka molekuler dalam analisis keragaman genetik memiliki keuntungan, antara lain tidak dipengaruhi faktor lingkungan dan dapat digunakan untuk menentukan tetua yang akan digunakan dalam persilangan berdasarkan pada nilai jarak genetiknya. Tujuan dari penelitian ini adalah menganalisis keragaman genetik klon lokal, klon komersil dan klon introduksi koleksi Balai Penelitian Tanaman Industri dan Penyegar (Balittri) berdasarkan marka molekuler SSR yang berguna untuk pemilihan tetua kakao dalam rangka mendapatkan keturunan dengan sifat yang lebih unggul dari tetuanya. Penelitian ini terdiri dari 2 percobaan, yaitu analisis keragaman genetik berdasarkan marka SSR klon kakao lokal koleksi Balittri dan analisis keragaman genetik berdasarkan marka SSR dan karakterisasi komponen hasil klon kakao koleksi Balittri. Hasil penelitian menunjukkan bahwa marka SSR dapat digunakan untuk menganalisis keragaman genetik plasma nutfah kakao koleksi Balittri. Semua primer bersifat polimorfik dengan tingkat keragaman genetik cukup tinggi yang ditunjukkan dengan rataan PIC (Polymorphism Information Content) sebesar 57%. Pohon filogenetik untuk analisis klon lokal terbagi menjadi 3 kelompok besar yang menempatkan klon unggul lokal dan klon komersial muncul dalam tiap-tiap kelompok. Hasil dari pohon filogenetik menunjukkan beberapa klon kakao berpotensi menjadi tetua karena mempunyai jarak genetik yang cukup jauh. Klon unggul lokal yang diuji mempunyai perbedaan secara genetik dengan klon komersial sehingga ada harapan untuk dilepas sebagai klon unggul baru apabila mempunyai keunggulan dibandingkan dengan klon komersil. Sedangkan pada analisis kedua, pohon filogenetik terbagi menjadi 3 kelompok besar dimana klon introduksi agak terpisah dari klon yang lain. Diduga beberapa klon introduksi mempunyai jarak genetik yang jauh dengan klon-klon yang sudah dibudidayakan di Indonesia. Hal ini juga didukung dengan hasil analisis struktur populasi yang menggambarkan bahwa populasi terbagi menjadi dua dimana kelompok pertama didominasi oleh klon introduksi sedangkan kelompok kedua gabungan dari klon unggul lokal dan klon komersil. Berdasarkan hasil analisis molekuler dan data komponen hasil, dapat dipilih calon tetua persilangan terbaik. Pada karakter daya hasil, prioritas persilangan adalah MCC 02 x Sulawesi 2. Karakter bobot per biji kering, dapat menggunakan persilangan antara ICCRI 3 atau MCC 01 dengan MCC 02 atau IAARD 9. Tetua yang mempunyai jarak genetik yang jauh untuk karakter kadar lemak adalah klon Sulawesi 2 atau ICCRI 3 disilangkan dengan Sca 6. Pada klon introduksi, terdapat 2 klon yang mempunyai prekositas tinggi dan jumlah buah tertinggi yaitu E 13 dan E 23. Klon Ekuador masih harus diamati lebih lanjut daya hasil, mutu biji dan ketahanannya supaya diketahui aspek mana yang perlu diperbaiki.
Keyword: keragaman genetik, kakao, marka SSR, klon lokal, klon introduksi

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: