Judul: Inbreeding Depression of Four Generations Close-Pollinated of Mapanget Tall Coconut Trees No.32 based on morphological characters and microsatellite markers.
Abstrak: Indonesia memiliki keanekaragaman kelapa yang sangat tinggi, dengan luas pertanaman tertinggi di dunia, tetapi rata-rata produksi kelapa per hektar per tahun masih sangat rendah. Pengetahuan tentang karakter-karakter yang bernilai ekonomi tinggi serta identifikasi dini pohon-pohon yang berpotensi produksi tinggi sangat penting, mengingat umur mulai berbuah kelapa yang lama. Penelitian untuk mendapatkan karakter-karakter yang homozigot telah dilakukan menggunakan serbuksari campuran dari pohon-pohon terpilih dari setiap ge nerasi kelapa DMT-32 sampai pada generasi keempat. Penyerbukan antar pohon-pohon tertentu dalam generasi yang sama ini mengakibatkan terjadinya depresi penangkarandalam, dan karena serbuksari yang digunakan adalah campuran dari pohon-pohon terpilih sehingga identitas dari masing-masing pohon pada setiap generasi tidak jelas. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui depresi penangkarandalam berdasarkan sifat morfologi dan molekular (SSR), melacak tetua dari DMT-32 generasi ketiga dan keempat, serta mengidentifikasi fragmen DNA spesifik yang berkaitan dengan karakter kemampuan berbuah pada tanaman kelapa Dalam Mapanget No.32 (DMT-32). Pengamatan morfologi dilakukan sesuai STANTECH COGENT, dan analisis molekular menggunakan penanda mikrosatelit (SSR). Hasil penelitian menunjukkan terjadinya depresi penangkarandalam baik pada beberapa penanda morfologi yaitu pada beberapa karakter vegetatif, generatif, dan komponen buah maupun penanda molekular. Karakter vegetatif pohon kelapa Dalam Mapanget No.32 (DMT-32) hasil penyerbukan tertutup menggunakan campuran serbuksari beberapa pohon terpilih ini memperlihatkan kecenderungan depresi penangkarandalam karakter morfologi dari generasi ke generasi berikutnya semakin banyak. Pada generasi kedua hasil penyerbukan tertutup DMT-32 S2 mengalami depresi penangkarandalam pada dua karakter vegetatif, lingkar batang 150 cm di atas permukaan tanah dan lebar anak daun. Pada generasi DMT-32 S3 karakter yang mengalami depresi penangkarandalam menjadi empat: lingkar batang 20 cm dan 150 cm di atas permukaan tanah, tinggi 11 bekas daun, dan lebar anak daun. Pada DMT-32 S4 ditemukan lima karakter vegetatif dengan persentase depresi penangkarandalam meningkat artinya karakter-karakter tersebut mengalami penurunan kekekaran dibandingkan dengan karakter-karakter pohon kelapa DMT pada populasi menyerbuk terbukanya. Karakter-karakter tersebut adalah lingkar batang 20 cm dan 150 cm di atas permukaan tanah, tinggi 11 bekas daun, lebar anak daun, dan jumlah daun. Depresi penangkarandalam pada karakter generatif memiliki kecenderungan yang sama dengan karakter vegetatif yaitu semakin banyak karakter yang mengalami depresi penangkarandalam dengan persentase semakin meningkat dari generasi ke generasi hasil penyerbukan tertutup pohon kelapa menggunakan campuran polen dari pohon kelapa generasi yang sama. Pada generasi DMT-32 S2 ada 3 karakter yang tidak mengalami depresi penangkarandalam, sedangkan pada DMT-32 S3 tinggal 2 yang tidak mengalami depresi penangkarandalam. Pada DMT-32 S4 semua karakter generatif telah mengalami depresi penangkarandalam yang persentasenya semakin meningkat. Pada sifat komponen buah, penyerbukan tertutup tidak selalu menyebabkan depresi penangkarandalam pada generasi kedua, ketiga, dan keempat hasil penyerbukan tertutup kelapa DMT-32. Pada generasi kedua hanya satu komponen buah yang tidak mengalami depresi yaitu sabut buah. Sedangkan pada generasi ketiga air kelapa dan tempurung kelapa bertambah berat. Pada generasi keempat semua komponen buah mengalami depresi penangkarandalam. Hasil penelitian ini juga memperlihatkan bahwa persentase depresi penangkarandalam untuk komponen buah pada DMT-32 S3 lebih rendah kecuali pada berat sabut dibandingkan dengan DMT-32 S2 dan meningkat lagi pada DMT-32 S4. Secara umum depresi penangkarandalam meningkat persentasenya dari DMT-32 S2 ke DMT-32 S4. Analisis hubungan tetua dengan zuriatnya dilakukan menggunakan program komputer CERVUS 2.0. Jumlah primer SSR
Keyword: 

Judul: Association Simple Sequence Repeat and Single Nucleotide Amplified Polymorphism Marker with Trunk Height Increment Character in Indonesian Coconut Population
Abstrak: Kelapa (Cocos nucifera L.) di Indonesia secara umum dibedakan menjadi dua tipe yaitu kelapa Dalam dan kelapa Genjah. Pemuliaan terhadap tanaman kelapa Indonesia telah dilakukan dengan menyilangkan kelapa Dalam dan Genjah yang menghasilkan kelapa Hibrida dengan sifat yang intermediate terhadap tetuanya. Validitas keberhasilan dalam persilangan dibuktikan secara morfologis. Salah satu ciri morfologis yang umum dilihat adalah pertambahan tinggi tahunan kelapa melalui sebelas bekas daun kelapa. Salah satu kelemahan dalam pemuliaan konvensional kelapa yaitu memerlukan waktu yang lama untuk mengamati karakter morfologis pada hasil persilangan. Marka molekuler dapat digunakan pada awal fase pertumbuhan kelapa, sehingga tidak perlu menunggu hingga karakter morfologis tertentu dapat diamati. Pemuliaan tanaman pendekatan bioteknologi berbasis marka molekuler merupakan terobosan untuk mempercepat proses pemuliaan dengan tingkat keakuratan yang tinggi. Marka molekuler yang dikembangkan dibedakan menjadi dua yaitu marka dominan dan marka kodominan. Marka dominan memiliki kelemahan tidak membedakan alel heterozigot, sedangkan tanaman kelapa dapat menyerbuk silang yang berarti tingkat heterozigotnya tinggi. Oleh sebab itu, dalam penelitian ini digunakan marka kodominan. Marka kodominan yang digunakan dalam penelitian ini yaitu marka Single Nucleotide Amplified Polymorphism (SNAP) dan marka Simple Sequence Repeat (SSR). Marka SNAP didesain menggunakan dasar gen (gene-based marker). Sedangkan marka SSR dalam penelitian ini menggunakan dasar genom (genome-based marker). Tujuan penelitian ini adalah untuk mendapatkan informasi keragaman genetik populasi plasma nutfah kelapa Indonesia berdasarkan marka SSE berbasis whole genome kelapa; mendapatkan informasi marka SSR berbasis whole genome kelapa yang berasosiasi dengan karakter pertambahan tinggi tahunan tanaman kelapa Indonesia; mendapatkan informasi keragaman nukleotida genom kelapa, informasi keragaman beberapa genotipe kelapa berdasarkan situs SNP, dan pengembangan marka SNAP berbasis gen pertambahan tinggi kelapa (gen CYP P450 87A3, DET2, dan FBP SNE). Percobaan pertama menginformasikan 16 kromosom kelapa memiliki masing-masing tandem pengulangan. Pengulangan motif nukleotida berhasil didesain primer SSR. Dari 20 primer yang diuji, 18 pasang primer menunjukkan hasil positif sedangkan 2 pasang primer menunjukkan hasil negatif. Dari 18 pasang primer, terdapat 2 lokus yang menghasilkan pita monomorfik yaitu lokus Cn-1-1 (primer 20) dan Cn-4-2 (primer 16). Terdapat 1 lokus mikrosatelit, yaitu lokus Cn-5-1 (primer 15) tidak menghasilkan pita pada sekuenser vertikal. Percobaan kedua menginformasikan 14 lokus SSR menunjukkan polimorfisme, masing-masing terdapat 2 hingga 4 pita, dengan alel yang bervariasi antara homozigot dan heterozigot tiap akssesinya. Rata-rata nilai jumlah alel yang teramati secara aktual (Na), heterozigositas (Ho dan He) dan Polymorphic Information Content (PIC) berturut-turut adalah 2.92, 0.95, 0.59 dan 0.67. Analisis keragaman genetik pada 25 varietas kelapa Indonesia menggunakan 14 lokus SSR polimorfik menunjukkan hasil klustering menjadi tiga kluster. Kluster pertama didominasi oleh tipe genjah dan hibrida, kluster kedua didominasi oleh tipe dalam dan hibrida, serta kluster ketiga didominasi oleh tipe hibrida. Sebanyak 4 lokus berhasil diasosiasikan dengan karakter pertambahan tinggi tanaman, yaitu Cn-16-1, Cn-10-1, Cn-8-1, Cn-7-1. Percobaan ketiga menghasilkan informasi 9 SNP pada CYP P450 87A3 dan penanda SNAP dikembangkan berdasarkan situs SNP tersebut. Analisis lokus tunggal pada lokus SNAP CYP2_SNP1 menunjukkan asosiasi dengan pertambahan tinggi batang kelapa. Genotipe homozigot CC untuk lokus SNAP CYP2_SNP1 memiliki asosiasi dengan karakter pertambahan tinggi batang lambat. Alel T dan C pada lokus CYP2_SNP1 memilki aksi aditif, dimana genotipe TC merupakan aditif dari genotipe CC
Keyword: Indonesian coconut population, SNAP, SSR, yearly trunk height  increment

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: