Judul: Kloning dan ko-ekspresi gen lipase dan foldase dari Burkholderia territorii GP3 asal Gunung Papandayan
Abstrak: rRNA. Gen lipase dan foldase diisolasi sebagai satu operon menggunakan metode PCR. Kloning operon lipase dilakukan pada pGEM®-T Easy menggunakan Escherichia coli DH5α sebagai inang. Ko-ekspresi operon lipase dilakukan pada empat jenis inang menggunakan vektor pET15bY. Enzim lipase dipurifikasi menggunakan metode pengendapan amonium sulfat. SDS-PAGE dilakukan untuk mengukur berat molekul lipase dan foldase. Karakteristik lipase yang diukur meliputi suhu optimal, stabilitas suhu, pH optimal, stabilitas pH, spesifitas substrat, ketahanan terhadap pelarut organik, serta pengaruh ion logam dan surfaktan. Lima jenis isolat berhasil diisolasi, didapatkan isolat GP3 sebagai bakteri lipolitik. Isolat GP3 teridentifikasi sebagai Burkholderia territorii GP3. Gen lipase (LipBT) dan foldase (LifBT) berhasil diisolasi sebagai satu operon, menghasilkan pita berukuran 2312 pb. LipBT dan LifBT diko-ekspresikan pada berbagai inang, E. coli BL21pLysS memiliki nilai aktivitas paling tinggi. LipBT yang termurnikan dalam fraksi 20-30% pengendapan amonium sulfat memiliki aktivitas spesifik tertinggi, sehingga dipilih untuk dikarakterisasi. LipBT dan LifBT memiliki berat molekul masing-masing sebesar 37,5 kDA dan 36 kDA, berdasarkan hasil SDS-PAGE. LipBT memiliki suhu optimum di 80oC dan stabil pada rentang suhu 10-40oC. Berdasarkan parameter pH, LipBT memiliki aktivitas tertinggi pada pH 11 dan stabil pada rentang pH 5-11. LipBT memiliki preferensi yang baik pada substrat C10 (rantai panjang) dan rendah pada C4 (rantai pendek), serta stabil pada pelarut metanol dan n-heksana. Logam Ca2+, Mg2+, dan Mn2+, serta surfaktan non-ionik DMSO, Triton X-100, dan Tween-80, menjadi aktivator untuk aktivitas LipBT. Sementara itu, Zn2+, Fe2+, serta surfaktan ionik SDS, menjadi inhibitor kuat untuk LipBT.
Keyword: Burkholderia territorii GP3, E. coli BL21pLysS, foldase, lipase

Judul: Isolasi Bakteri Penghasil Lipase Termofilik Kloning Dan Ekspresi Gen Penyandi Lipase.
Abstrak: Bakteri termofil merupakan kelompok bakteri yang dapat tumbuh optimal pada suhu 70-80oC. Enzim lipase yang berasal dari bakteri ini memiliki ketahanan terhadap denaturan kimia seperti detergen, agen chaotropic (urea, guanidinium chloride), pelarut organik dan pH ekstrem, sehingga cukup menjanjikan hasil yang maksimal untuk digunakan dalam proses industri. Lipase (triacyl glycerol acylhidrolase EC 3.1.1.3) merupakan kelompok enzim kelas hidrolase yang mengkatalisis reaksi hidrolisis ikatan ester pada rantai panjang asam lemak (trigliserida) menjadi gliserol dan asam lemak bebas pada permukaan air dengan minyak. Selain itu lipase mendapat perhatian khusus karena keunikannya yaitu pada kondisi yang sedikit air (micro-aqueous) mampu mengkatalisis reaksi esterifikasi, trans-esterifikasi, aminolisis dan asidolisis. Tujuan penelitian ini ialah melakukan isolasi bakteri termofilik penghasil lipase; identifikasi dari isolat terpilih; kloning dan ekspresi gen lipase dari isolat terpilih yang berasal dari sumber air panas geiser di Cisolok, Sukabumi, Jawa Barat yang suhunya dapat mencapai 95oC. Bakteri termofil yang diisolasi dari sumber air panas geiser, Sukabumi, Jawa Barat, Indonesia yang memiliki pH 8 dan suhu mencapai 95oC menggunakan metode pengenceran bertingkat yang disebar pada media padat Luria Bertani Rhodamine B. Bakteri termofil ini memiliki kemampuan menghasilkan lipase secara ekstraseluler yang ditunjukkan dengan terjadinya pendaran orange bila diamati di bawah sinar UV dengan panjang gelombang 350 nm. Isolat yang diperoleh diukur kemampuannya dalam menghasilkan lipase dengan metode titrasi. Isolat bakteri termofilik S4-01 memiliki aktivitas tertinggi sebesar 3.91 U menit-1 yang dipilih untuk dilakukan uji selanjutnya. Identifikasi bakteri dilakukan secara molekuler dengan metode 16S rRNA, hasil sekuensing parsial gen 16S rRNA menunjukkan isolat ini berkerabat paling dekat dengan Bacillus amyloliquefaciens. Gen lipase yang berasal dari isolat S4-01 diisolasi dengan primer BamyKpnI-F dan BamyNotI-R yang didesain berdasarkan gen yang diambil dari genebank ncbi.nih.nlm.gov. Hasil isolasi menunjukkan gen lipase memiliki panjang 645 pb dan telah berhasil dikloning ke dalam vektor p-GEMT-Easy pada E. coli TOP10 dengan metode heat shock. Untuk ekspresi gen lipase dilakukan pada vektor ekspresi pET15-by dalam inang E. coli BL21(DE3) pLyss. Produksi lipase rekombinan dilakukan dengan induksi 0.5 mM IPTG pada nilai 0.5-0.6 OD600nm. Penentuan suhu optimum dilakukan dengan metode 4-para nitrofenil palmitat (pNPP) dan pH optimum menggunakan metode 4-para nitrofenil oktanoat (pNPC). Hasil uji menunjukkan lipase rekombinan ini memiliki suhu dan pH optimum pada 40oC dan pH 8. Pengujian terhadap pelarut organik dengan metode pNPP menunjukkan bahwa lipase rekombinan toleran terhadap n-heksan dan substrat nitrofenil ester dilakukan dengan metode pNPP dan pNPC yang menunjukkan lipase rekombinan lebih suka terhadap substrat C6 (heksanoat) dan C14 (miristat).
Keyword: Bakteri termofil, Bacillus amyloliquefaciens, Gen lipase, Kloning, Ekspresi

Judul: Implementasi Space Time Composite (STC) Data Model Menggunakan Model Data Relasional
Abstrak: The data model is a concept that describes the data stored in the database and the relationship between the data to the user in logic. Development of data models is very important in the design of the database as the basis of the stage of database design to be made. This study aims to apply the concept of Space Time Composite (STC) on the Model Data storage vector data types that can store enough information and describes the process of drafting objects and objects spatiotemporal evolution over time. From the results of the test queries on the data model that have been created, queries in a system are acquired that can help display the information preparation of objects from time to time and know the history of the object polygon and arc that has undergone changes in topology.
Keyword: