Judul: Aplikasi Uji Multiplex PCR Untuk Deteksi dan Diferensiasi Subspesies Campylobacter fetus Pada Sampel Bilasan Preputium Sapi.
Abstrak: Bovine genital campylobacteriosis (BGC) yang disebabkan oleh Campylobacter fetus subsp. venerealis (Cfv) adalah penyakit genital menular yang mengakibatkan turunnya performa reproduksi ternak. Subspecies lain dari C. fetus yaitu C. fetus subsp. fetus (Cff) dapat menyebabkan abortus sporadik pada ternak. Berbeda dengan Cfv, Cff tidak dikaitkan dengan infertilitas ternak. Untuk menghindari kesalahan diagnosa, diperlukan metode untuk membedakan Cfv dan Cff. Metode isolasi dengan kultur memerlukan waktu yang lama dan sulit dalam membedakan Cff dan Cfv karena memiliki fenotip yang hampir sama. Diperlukan pengujian secara molekuler dengan multiplex Polymerase Chain Reaction (mPCR) untuk membedakan kedua subspesies secara simultan dengan waktu yang lebih cepat. Evaluasi dilakukan terhadap sampel bilasan preputium yang di-spike dengan isolat bakteri menggunakan 2 metode ekstraksi (perebusan dan kit komersial), dengan dan tanpa tahapan pengayaan dalam Transport Enrichment Media (TEM). Hasil evaluasi untuk sampel keseluruhan dan yang dikelompokkan adalah metode ekstraksi rebus tanpa TEM dengan sensitivitas/spesifisitas tertinggi sebesar 83.3%/100%. Hasil ini diperkuat dengan analisis regresi Poisson yang menunjukkan perbandingan metode dengan dan tanpa TEM mendapatkan nilai Incidence Rate Ratio (IRR) 1,3 yang artinya tanpa TEM memiliki hasil yang lebih baik sebanyak 30% dibandingkan metode dengan TEM. Perbandingan metode ekstraksi kit dan rebus tidak berbeda nyata karena rasio yang didapat mendekati 1 (IRR 1.029). Dapat disimpulkan bahwa metode ekstraksi yang paling akurat, cepat dan ekonomis adalah perebusan tanpa TEM karena memiliki sensitivitas dan spesifisitas yang tinggi, hanya membutuhkan waktu pengujian kurang dari 24 jam serta tidak membutuhkan kit komersial. Metode ini perlu divalidasi dan diverifikasi dengan sampel lapangan untuk membuktikan bahwa metode sesuai dengan tujuan penggunaannya dan dapat diterapkan di laboratorium. Real time PCR untuk deteksi dan diferensiasi subspesies C. fetus juga perlu dikembangkan dan diteliti lebih lanjut untuk mendapatkan metode yang lebih cepat dan akurat
Keyword: BGC, C. fetus subsp. venerealis, C. fetus subsp. fetus, Cfv, Cff, multiplex PCR

Judul: Pemeriksaan Parasit Darah pada Sapi Berdasarkan Analisis Duplek PCR
Abstrak: Penyakit parasit darah terutama yang disebabkan disebabkan oleh Babesia spp., Theileria spp., dan Trypanosoma spp. merupakan masalah yang serius pada hewan ternak terutama sapi karena sulit dideteksi dan menyebabkan kerugian ekonomi. Penyakit parasit darah tersebut umumnya disebarkan melalui vektor mekanik atau biologis. Caplak dari genus Boophilus, Hyalomma dan Amblyomma dilaporkan sebagai vektor yang efektif untuk parasit darah Babesia spp., dan Theileria spp., sedangkan lalat genus Haematophagus, Tabanus dan Stomoxys merupakan vektor utama dari parasit Trypanosoma spp. Keberadaan vektor ini menyebabkan penyebaran penyakit parasit tersebar luas dengan cepat. Beragam metode diagnosa telah dilakukan untuk mendeteksi keberadaan parasit darah, namun yang umum digunakan adalah metode pemeriksaan ulas darah yang diambil dari pembuluh darah perifer dengan perwarnaan Giemsa. Metode ini memiliki kelemahan, yaitu terjadinya negatif palsu pada sampel-sampel dengan tingkat parasitemia yang rendah. Secara molekular, identifikasi parasit darah dapat dilakukan dengan Polimerase Chain Reaction (PCR) dengan berbagai macam penanda molekular yang spesifik. Selama ini, tehnik PCR yang banyak dilakukan masih bersifat konvensional, yaitu satu reaksi PCR untuk mendeteksi satu jenis penyakit. Namun, kondisi di lapang menunjukkan bahwa beberapa ternak berpotensi untuk terinfeksi oleh lebih dari satu jenis parasit darah. Oleh karena itu, perlu dikembangkan modifikasi teknik PCR untuk mendeteksi lebih dari satu jenis penyakit dengan mengkombinasikan lebih dari satu jenis penanda molekular, misalnya melalui teknik duplex PCR. Teknik ini relatif lebih murah dan cepat dibandingkan dengan PCR konvensional. Sejauh belum pernah dilakukan penelitian apakah teknik duplex PCR dapat digunakan untuk mendiagnosa penyakit yang disebabkan oleh parasit darah terutama Babesia spp., Theileria spp., dan Trypanosoma spp. pada ternak di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi parasit darah pada sapi (Babesia spp., Theileria spp., dan Trypanosoma spp.) secara molekular berdasarkan metode duplex PCR. Tahapan metode yang dilakukan pada penelitian ini adalah dilakukan pengambilan darah sapi Friesian Holstain sebanyak 100 sampel berumur 1-7 tahun di Kawasan Usaha Peternakan (KUNAK) kecamatan Cibungbulang, Kabupaten Bogor, Jawa Barat. Selanjutnya dilakukan pemeriksan ulas darah dan perhitungan tingkat parasitemia. Sebanyak tiga puluh dari seratus sampel diseleksi untuk analisis PCR single berdasarkan jenis parasit dan tingkat parasitemia yang terdiri dari 5 sampel positif Babesia spp, 15 sampel positif Theileria spp. dan 10 sampel negatif parasit darah untuk dilanjutkan pada tahap PCR single. Optimasi PCR single dilakukan menggunakan tiga primer spesifik untuk B. bovis (Bover2A), T. annulata (Cytob 1) dan T. evansi (ITS 1). Hasil optimasi PCR single menunjukan bahwa suhu anneling 56 °C merupakan suhu optimal untuk deteksi Babesia bovis dan T. evansi sedangkan T. annulata tidak menunjukan hasil positif pada kondisi tersebut. Hasil analisis PCR single menunjukan 28 sampel positif B. bovis, 1 sampel positif T. evansi, 1 sampel negatif semua parasit darah dan 0 sampel positif T. annulata sehingga hanya B. bovis dan T. evansi yang dilanjutkan ke tahap analisis duplex PCR duplex. Teknik duplex PCR berhasil dioptimasi dengan dilakukannya modifikasi penambahan MgCl2 (25 μM) sebanyak 0.5 L/tube sehingga dapat diaplikasikan untuk mendeteksi parasit darah B. bovis dan T. evansi pada sampel di lapang.
Keyword: B. bovis, T. annulata, T. evansi, metode ulas darah, PCR single, PCR duplex

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: