Judul: Selection of Subang Simadu Pineapple Rhizosphere Bacteria for the Accumulation of Indole-3-acetic Acid at Medium Without Trypophan Addition
Abstrak: Akumulasi asam indol-3-asetat atau indole-3-acetic acid (IAA) oleh kultur bakteri umumnya memerlukan penambahan triptofan pada media kultur sehingga biaya produksi menjadi lebih tinggi. Kemampuan bakteri dalam memproduksi IAA pada media kultur tanpa penambahan triptofan (jalur triptofan independen) perlu diseleksi. Potensi bakteri tersebut didasarkan pada ukuran dan berat buah tanaman nanas Simadu Subang yang lebih besar dibandingkan tanaman nanas Subang lainnya dikarenakan adanya peran bakteri tersebut dalam menyediakan IAA. Penelitian ini bertujuan untuk menyeleksi isolat bakteri rizosfer nanas Simadu Subang yang mampu memproduksi IAA di media kultur pada jalur triptofan independen dan meningkatkan akumulasinya dengan variasi pH media dan suhu. Penelitian dimulai dengan melakukan uji hemolisis pada sepuluh isolat bakteri rizosfer nanas Simadu Subang. Bakteri yang tidak bersifat patogen dikultivasi pada media LB tanpa penambahan L-triptofan untuk menyeleksi kemampuan akumulasi IAA. Satu isolat bakteri dengan akumulasi IAA terbaik dibuat kurva tumbuh. Identifikasi keseluruhan genom (whole genome sequencing) dilakukan untuk melihat gen yang terlibat dalam biosintesis IAA. Keberadaan klaster gen yang terlibat jalur triptofan independen dikonfirmasi dengan menganalisis metabolit yang terdeteksi pada LC-MS/MS. Perbandingan akumulasi IAA dikedua jalur dilihat dengan mengkultivasi kultur bakteri di media LB pada berbagai tingkat konsentrasi L-triptofan. Peningkatan akumulasi IAA pada biosintesis jalur triptofan independen dilakukan dengan merekayasa metabolisme bakteri dengan faktor pH media dan suhu kultur. Isolat M7 merupakan bakteri yang tidak bersifat patogen dan mampu menghasilkan konsentrasi IAA tertinggi pada media tanpa penambahan L-triptofan. Keseluruhan genom bakteri ini telah diidentifikasi dan memiliki setidaknya lima gen yang terlibat dalam biosintesis IAA melalui jalur yang tidak dipengaruhi keberadaan L-triptofan atau jalur triptofan independen. Keberadaan gen tersebut dikonfirmasi oleh akumulasi metabolit yang dihasilkan gen dalam biosintesis IAA melalui jalur triptofan independen. Akumulasi IAA tertinggi pada kultur ini adalah 98 µg/mL pada medium LB tanpa penambahan L-triptofan setelah 48 jam kultivasi pada suhu 30°C dan pH 7,0. Akumulasi IAA ini lebih besar dibandingkan pada kultur dengan penambahan 600 µg/mL L-triptofan. Produksi IAA oleh kultur bakteri ini dapat lebih dominan melalui jalur triptofan independen dibandingkan dengan jalur melalui triptofan dependen sehingga dapat disimpulkan bahwa kultur sel M7 dapat menghasilkan IAA tanpa adanya penambahan L-triptofan., The accumulation of indole-3-acetic acid (IAA) by bacterial cultures generally requires the addition of tryptophan to the culture media so that production costs are higher. The ability of bacteria to produce IAA in culture media without the addition of tryptophan (tryptophan-independent pathway) needs to be selected. The potential of these bacteria is based on the size and weight of the fruit of the Simadu Subang pineapple plant which is greater than other Subang pineapple plants due to the role of these bacteria in providing IAA. This research aims to select isolates of Simadu Subang pineapple rhizosphere bacteria that are capable of producing IAA in culture media using a tryptophan-independent pathway and increasing its accumulation by varying media pH and temperature. The research began by conducting hemolysis tests on ten isolates of Simadu Subang pineapple rhizosphere bacteria. Non-pathogenic bacteria were cultivated in LB media without the addition of L-tryptophan to select the ability to accumulate IAA. One bacterial isolate with the best IAA accumulation was made into a growth curve.
Keyword: asam indol-3-asetat, bakteri rizosfer, jalur triptofan independen, nanas Simadu Subang, indole-3-acetic acid, rhizospheric bacteria, tryptophan-independent pathway, Subang Simadu pineapple

Judul: Isolasi Dan Karakterisasi Bacillus sp. Indigenus Penghasil Asam Indol Asetat Asal Tanah Rizosfer
Abstrak: Genus Bacillus yang dikelompokkan sebagai plant growth-promoting bacteria (PGPB) diisolasi dari tanah rizosfer yang berasal dari sebelas daerah di Pulau Jawa. Hasil karakterisasi parsial menunjukkan sel Bacillus berbentuk batang, bersifat Gram positif, memiliki struktur endospora, dan katalase positif, kecuali isolat HI-9, SI-2 dan PI-8 bersifat katalase negatif. Isolatisolat tersebut dianalisis kemampuannya dalam memproduksi asam indol asetat (AIA) berdasarkan metode kolorimetri menggunakan reagen Salkowski. Hasil analisis AIA menunjukkan dari 63 isolat yang berhasil diisolasi, sebanyak 61 isolat mampu mensintesis AIA dengan konsentrasi tertinggi dihasilkan isolat HI-2 dan TG-1 sebesar 67.2 ppm pada media dengan penambahan Ltriptofan 0.5 mM. Pada media tanpa penambahan L-triptofan sebesar 47.6 ppm dan 38.9 ppm, masing-masing untuk isolat HI-2 dan TG-1. Kurva pertumbuhan dan penentuan sintesis AIA dibuat dengan menggunakan isolat HI-2 sebagai model. Dari kurva tersebut dapat diketahui bahwa produksi AIA sejalan dengan pertumbuhan sel bakteri. Konsentrasi AIA pada media yang ditambahkan L-triptofan lebih tinggi dibandingkan konsentrasi AIA pada media tanpa penambahan L-triptofan. AIA mulai dihasilkan pada jam ke-8, yaitu pada akhir fase logaritma dan terus meningkat pada fase stasioner. Hal ini mengindikasikan bahwa AIA termasuk senyawa metabolit sekunder pada bakteri. Dua belas isolat yang menghasilkan AIA tertinggi diuji kemampuannya dalam melarutkan fosfat anorganik dengan cara menumbuhkannya pada media Pikovskaya. Kemampuan melarutkan P terbesar dihasilkan oleh isolat DM-4 dengan indeks pelarutan P sebesar 55.6. Isolat HI-2 dan BY-1 diuji kemampuannya dalam memacu pertumbuhan kecambah biji kedelai. Hasil uji pemacuan perkecambahan biji memperlihatkan bahwa pengaruh perlakuan bakteri tidak berbeda nyata terhadap pemanjangan batang kecambah, tetapi memberikan pengaruh nyata terhadap pemanjangan akar primer dan percabangan akar lateral. Jumlah cabang akar lateral kecambah yang diberi perlakuan lebih banyak dibanding kontrol. Sebaliknya, inokulasi bakteri menghambat pemanjangan akar primer.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: