Judul: Eksplorasi Khamir dan Bakteri Sebagai Kandidat Agens Antagonis Penyebab Penyakit Busuk Pangkal Batang Jeruk (Botryodiplodia theobromae Pat.)
Abstrak: Jeruk merupakan salah satu tanaman buah tahunan yang banyak diminati oleh masyarakat Indonesia, namun produksi jeruk terus mengalami fluktuasi dari tahun ke tahun. Salah satu penyakit utama yang menyerang pertanaman jeruk di Indonesia adalah penyakit busuk pangkal batang jeruk yang disebabkan oleh cendawan Botryodiplodia theobromae yang telah ditemukan di 11 sentra pertanaman jeruk. Penggunaan batang bawah yang resisten sudah tidak efektif karena perkembangan ras patogen yang cepat di lapangan. Oleh sebab itu, tujuan dari penelitian ini adalah mengisolasi khamir dan bakteri dari kulit batang, akar, dan daun tanaman jeruk sehat dan mengetahui potensinya sebagai agens antagonis B. theobromae in vitro. Penelitian ini dilaksanakan mulai April sampai Agustus 2016. Hasil isolasi didapatkan enam isolat khamir dan sebelas isolat bakteri. Semua isolat khamir dan sembilan isolat bakteri bukan patogen terhadap tanaman dan mamalia. Hasil pengujian in vitro yaitu khamir isolat MAFL001 dan MCFG003 mampu menekan pertumbuhan B. theobromae secara langsung dan memiliki afinitas hiperparasitisme yang tinggi. Isolat MAFL001 juga mampu memproduksi senyawa volatil toksik sementara isolat MCFG003 mampu memproduksi enzim kitinase. Berdasarkan identifikasi morfologi isolat MAFL001 termasuk anggota genus Candida, sementara isolat MCFG003 termasuk anggota genus Rhodotorula. Isolat bakteri TBFG007 dan TBFG008 mampu menghambat pertumbuhan B. theobromae secara langsung dan mampu memproduksi senyawa volatil toksik. Selain itu, isolat TBFG008 juga mampu memproduksi enzim kitinase. Empat isolat ini menunjukkan potensi terbaik sebagai agens antagonis B. theobromae in vitro.
Keyword: bakteri antagonis, Botryodiplodia theobromae, khamir antagonis, penyakit busuk pangkal batang jeruk

Judul: Taktik Pengendalian Busuk Batang Jeruk (Botryodiplodia Theobromae Pat.) Oleh Khamir, Fungi Mikoriza Arbuskular, Dan Kitosan
Abstrak: Penyakit busuk batang (Botryodiplodia theobromae (Pat.)) merupakan salah satu masalah dalam produksi jeruk di Indonesia. Pemanfaatan agens hayati dan kitosan menjadi prioritas dalam komponen pengendalian karena potensinya dalam pengendalian penyakit tanaman telah banyak dilaporkan. Agens hayati seperti khamir dan fungi mikoriza arbuskular (FMA) memiliki berbagai mekanisme dalam menekan perkembangan penyakit tanaman. Khamir telah banyak dimanfaatkan dalam pengendalian penyakit pascapanen dan memperpanjang daya simpan buah dan benih namun laporan tentang pemanfaatan khamir dalam pengendalian penyakit di lapangan belum banyak dilaporkan. Selain memanfaatkan FMA secara langsung, juga dilakukan isolasi bakteri-bakteri simbiotik dari FMA yang diduga berperan sebagai helper bacteria. Kitosan juga diketahui mampu menekan perkembangan penyakit tanaman dengan konsentrasi optimum tertentu yang bergantung pada jenis patogen dan jenis tanamannya. Namun, penelitian tentang potensi khamir, FMA serta bakteri simbiotiknya, kitosan dalam pengendalian penyakit busuk batang jeruk dan mekanismenya belum banyak dilaporkan. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi potensi khamir, FMA, bakteri simbiotik FMA, dan kitosan baik secara tunggal maupun kombinasi untuk memperoleh taktik dalam mengendalikan penyakit busuk batang jeruk. Mekanisme-mekanisme pengendalian langsung dan tidak langsung dari agens hayati dan kitosan juga dievaluasi pada penelitian ini. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Mikologi Tumbuhan dan Laboratorium Bakteriologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, Rumah Kaca Cikabayan IPB, dan Laboratorium Pusat Studi Biofarmaka LPPM IPB pada bulan Januari sampai Agustus 2016. Khamir yang digunakan adalah isolat YP koleksi Klinik Tanaman IPB, FMA yang digunakan merupakan formulasi granul komersial, bakteri simbiotik diisolasi dan diseleksi dari FMA, dan kitosan yang digunakan diperoleh dari Departemen Teknologi Hasil Perairan IPB dalam bentuk serbuk yang diseleksi konsentrasi optimumnya. Pengujian-pengujian in vitro yang dilakukan adalah potensi produksi senyawa volatil, produksi enzim kitinase, antibiosis, dan hiperparasitisme dari khamir dan isolat-isolat bakteri hasil isolasi dari FMA, dan penentuan konsentrasi kitosan melalui pengujian penghambatan pertumbuhan radial B. theobromae dan kompatibilitasnya dengan khamir. Hasil pengujian in vitro adalah khamir memiliki mekanisme hiperparasitisme dengan afinitas 26 sel khamir per hifa B. theobromae, produksi senyawa volatil dengan tingkat hambatan relatif (THR) 29.1%, dan produksi enzim kitinase. Isolat bakteri simbiotik terbaik hasil isolasi dari FMA bersifat non-patogenik, Gram positif, memiliki mekanisme produksi senyawa volatil dengan THR 26.7%, antibiosis dengan THR 42.9%, produksi enzim kitinase, dan memiliki homologi 97% dengan B. subtilis asal Vietnam. 2 Kitosan konsentrasi 0.7% terpilih untuk digunakan pada uji in planta karena menekan pertumbuhan radial B. theobromae dengan THR 48.2% dan kompatibel dengan khamir. Pengujian dilanjutkan pada percobaan di rumah kaca dengan perlakuan: (1) Khamir, (2) FMA, (3) B. subtilis, (4) Kitosan, (5) Khamir+FMA, (6) Kitosan+FMA, (7) Khamir+Kitosan, (8) Khamir+FMA+Kitosan, dan (9) Kontrol dengan 3 ulangan dan 5 unit tanaman untuk masing-masing ulangan. Peubahpeubah yang diamati adalah periode laten, insidensi penyakit, keparahan penyakit, laju infeksi, dan nilai area under disease progress curve (AUDPC). Selain mempelajari aplikasi agens hayati dan kitosan dalam penekanan penyakit busuk batang jeruk, kesembilan perlakuan tersebut juga diberikan pada blok pertanaman tanpa inokulasi B. theobromae untuk melihat ada atau tidaknya pengaruh fitotoksisitas dari aplikasi agens hayati dan kitosan. Peubah lain yang diukur dari aplikasi agens hayati dan kitosan pada tanaman yang diinokulasi dan tidak diinokulasi B. theobromae adalah tingkat asosiasi FMA dan kandungan fenol total. Perlakuan Khamir+FMA+Kitosan menunjukkan periode
Keyword: antibiosis, hiperparasitisme, kitinase, senyawa fenol dan volatil

Judul: The Construction of Greedy SVP LLL Algorithm
Abstrak: A lattice is a set of all integer linear combination of a set of linearly independent vectors in ℝ𝑛���. The independent vectors are called bases of lattice. Any lattice can be generated from many bases, and these bases have the same cardinality. In the lattice, the most fundamental and renowned problem is the Shortest Vector Problem (SVP). SVP is a tracking problem of the shortest nonzero vector in a lattice with equivalent bases. In two dimensions, SVP problem has resolved exactly by Gauss’ algorithm. When the lattice dimension is higher than two, A.K. Lenstra, H.W. Lenstra and L. Lovasz gave a LLL algorithm to compute approximation of nonzero shortest vector in the lattice. Reduced bases solution obtained from LLL algorithm still be an approximation and has polynomial running time of arbitrary dimension which large enough. In 1994, Schnoor and Euchner modified this LLL algorithm as a new variant which later was named deep insertion LLL algorithm. This algorithm is a modified version of the LLL algorithm to the terms of the exchange step to improve the accuracy of output of LLL reduced bases and applying it to the subset sum problem. The purpose of this research are: (1) Reconstruct the LLL algorithm and deep insertion LLL algorithm using a geometric approach. (2) Construct a greedy SVP LLL algorithm. (3) Implement the three algorithms in a symbolic programming language, and evaluate them experimentally. A bases ℬ=[𝐛���1,𝐛���2,…,𝐛���𝑛���] in ℝ𝑚��� is called reduced LLL with parameter 𝛿��� if satisfies: (a) |𝜇���𝑗���𝑖���|≤12, for every integer 𝑖���,𝑗��� with 1≤𝑖���<𝑗���<𝑛���. (b)𝛿���‖𝜋���𝑗���(𝐛���𝑗���)‖2≤‖𝜋���𝑗���(𝐛���𝑗���+1)‖2, for 𝑗���=1,2,…,𝑛���−1,where 𝛿��� is a reduced parameter of real numbers with 14<𝛿���<1. The first requirement is the reduced basis 𝛿��� must “nearly orthogonal” and in its computation case, this requirement can be reached out by using the Gram-Schmidt’s orthogonalization. While the second requirement is called exchange step, or used to called as Lovasz condition. By using both of these requirements, then they establish the LLL algorithm. Then, Schnoor and Euchner modify the LLL algorithm based on the requirements of the exchange step called the deep insertion LLL algorithm, where the exchange step is based on the comparison of the projected vector in orthogonal complement [𝐛���1,𝐛���2,…,𝐛���𝑘���−1]⊥ after j-th reduction. To construct greedy SVP LLL algorithm, the requirements of the exchange step is based on purely by comparing norm of lattice 𝐛���𝑗��� with norm lattice 𝐛���𝑖��� for 𝑖���=1,2,3…,𝑗���−1. The process of insertion reduced vector after the exchange step also has done greedily. Then, we calculate the number of arithmetic operation in greedy SVP LLL algorithm for further analysis. The result of our exprimentation for three algorithms on the certain matrix size shows that the running time of the three algorithms increases propotional to the size of the matrix. The result also shows that by using 𝛿���=34 for the LLL algorithm and the deep insertion LLL algorithm, and the greedy SVP LLL algorithm which is a new variant made by using no parameter of 𝛿���, outperform of the other of two previous algorithm in terms of speed with the same output.
Keyword: LLL algorithm, LLL deep insertion algorithm, greedy SVP LLL algorithm