Judul: Isolasi Pregnancy Associated Glycoprotein dari Plasenta Sapi Peranakan Ongole
Abstrak: Pregnancy associated glycoprotein (PAG) merupakan protein penanda kebuntingan anggota superfamili aspartat proteinase (AP) yang diekspresikan oleh sel-sel binukleat pada lapisan trophoblast plasenta mamalia terutama pada hewan ruminansia. Protein tersebut digunakan sebagai indikator kebuntingan ternak sapi mulai hari ke-26 pasca perkawinan. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh karakter dan isolat PAG dari plasenta sapi potong peranakan ongole (PO) sebagai substansi spesifik penanda kebuntingan. Jaringan plasenta sapi PO diperoleh dari rumah potong hewan lokal kemudian dilakukan proses pembersihan menggunakan NaCl 0.9% dan pengambilan placentom, selanjutnya disimpan pada suhu -85⁰C. Jaringan placentom dilakukan proses pembuatan sediaan histologi untuk identifikasi sel-sel penghasil PAG dan ekstraksi dengan perlakuan sentrifugasi serta presipitasi asam untuk memperoleh ekstrak placentom. Selanjutnya ekstrak dilakukan pemisahan protein menggunakan metode kolom terbuka Sephadex gel G-75 dan fraksi yang diperoleh dikarakterisasi dengan elektroforesis protein SDS PAGE. Fraksi kolom kemudian dianalisis menggunakan HPLC dan puncak protein yang terbentuk diisolasi serta diukur konsentrasinya menggunakan metode Lowry. Isolat protein yang diperoleh selanjutnya dilakukan konfirmasi menggunakan anti-bPAG-1 dengan metode ELISA. Hasil elektroforesis protein monogel SDS PAGE diperoleh pita protein dengan berat molekul 63.17-65.78 kDa yang tidak berbeda jauh dengan profil bPAG-1 pada berat molekul 48.69-70.03 kDa. Hasil kromatogram HPLC diperoleh 5 puncak protein dengan satu diantaranya (P2) mempunyai profil yang identik dengan bPAG-1 yaitu pada waktu retensi 6.464 menit. Hasil isolasi dari masing-masing puncak dan pengukuran total protein diperoleh protein dengan konsentrasi tertinggi yaitu pada puncak ke-2 (P2) 19.75±4.60 μg/ml serta puncak ke-3 (P3) 27.5±0.00 μg/ml. Induksi reaksi silang terhadap anti-bPAG-1 menunjukkan hasil positif untuk P2 dan P3, hal tersebut mengindikasikan bahwa isolat protein dari placentom sapi PO tersebut merupakan variasi dari PAG-1 karena memiliki kedekatan karakteristik dengan bPAG-1 sehingga berpotensi untuk digunakan sebagai substansi spesifik penanda kebuntingan untuk sapi PO.
Keyword: Pregnancy Associated Glycoprotein, sapi PO, indikator kebuntingan, substansi spesifik, substansi spesifik

Judul: Identifikasi Single Nucleotide Polymorphism Ekson 2.2 Gen PLAG1 pada Sapi Bali, Peranakan Ongole dan Limousin
Abstrak: PLAG1 merupakan gen yang berada di kromosom 14 pada sapi yang diduga memiliki hubungan dengan sifat pertumbuhan dan penambahan bobot badan. Tujuan dari penelitian ini adalah mengidentifikasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP) ekson 2.2 Gen Pleomorphic Adenoma 1 (PLAG1) pada Sapi bali, PO, dan limousin. Penelitian ini menggunakan teknik direct sequencing pada 15 sampel darah sapi bali jantan, 15 sampel darah sapi bali betina, 8 sampel darah sapi PO, dan 8 sampel darah sapi limousin. Hasil sequencing kemudian dianalisis menggunakan program BLAST dari NCBI, Finch TV, BioEdit dan Popgene. Identifikasi keragaman SNP dianalisis dengan menggunakan pendekatan ClustalW menggunakan program MEGA10. Hasil amplifikasi ekson 2.2 gen PLAG1 pada 3 bangsa sapi berbeda diperoleh 11 SNP bersifat polimorfik dan frekuensi alelnya memenuhi kriteria keseimbangan Hardy-Weinberg. SNP yang ditemukan pada sapi bali berjumlah 6 yaitu c.1654 A>C, c.1660 G>A, c.1720 C>T, c.1753 A>G, c.1759 G>A dan c.1870 G>A, pada sapi PO ditemukan 2 SNP c.1822 A>T dan c.2050 A>G, dan pada sapi limousin ditemukan 3 SNP c.1779 T>C, c.1792 C>T dan c.1818 C>G.
Keyword: gen PLAG1, sapi, sequencing, SNP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: