Judul: Identifikasi tommato infectious chlorosis virus dan tommato chlorosis virus melalui reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) dan sikuen nukleotida
Abstrak: Tomato Infectious Chlorosis Virus (TICV) dan Tomato Chlorosis Virus (ToCV) beberapa tahun ini dilaporkan mulai masuk dan menyerang sejumlah pertanaman tomat di Indonesia. TICV dan ToCV merupakan patogen yang berasal dari genus Crinivirus dan famili Closteroviridae. Penyakit yang ditimbulkan oleh TICV dan ToCV ini mempunyai gejala yang hampir sama di lapangan, yaitu menguning pada bagian interveinal daun, bintik-bintik nekrotik kecil, mengeriting, dan gejala lanjutan akan menyebabkan daun tampak berwarna merah kecoklatan. TICV dapat ditularkan oleh Trialeurodes vaporariorum sedangkan ToCV dapat ditularkan oleh Bemisia tabaci biotipe A dan B, Trialeurodes abutilonea, dan T. vaporarium. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi virus-virus yang berasosiasi dengan penyakit klorosis pada tanaman tomat di Indonesia melalui RT-PCR dan sikuen nukleotida. Metode penelitian ini meliputi ekstraksi RNA virus, sintesis cDNA, amplifikasi DNA, visualisasi hasil RT-PCR, sikuen nukleotida dan analisis filogenetika dengan menggunakan program Bioedit V7.0.5, ClustalW, dan Genetyx versi 7. Berdasarkan hasil RT-PCR menggunakan primer spesifik menunjukkan bahwa amplifikasi TICV menghasilkan panjang pita DNA sebesar 417 bp dan ToCV sebesar 360 bp. Sikuen nukleotida produk RT-PCR tersebut memastikan bahwa penyakit klorosis pada tanaman tomat di Indonesia berasosiasi dengan infeksi TICV dan ToCV. Analisis homologi sikuen nukleotida dan filogenetika menunjukkan bahwa isolat TICV asal Indonesia tergabung dalam satu subsub kelompok dengan isolat TICV asal Jepang dan Spanyol. Adapun untuk isolat ToCV asal Indonesia
Keyword: 

Judul: Uji Serologi Diferensial dan Simultan untuk Tomato chlorosis virus (ToCV) dan Tomato infectious chlorosis virus (TICV) pada Tanaman Tomat
Abstrak: Tomato clorosis virus (ToCV) dan Tomato infectious chlorosis virus (TICV) merupakan Criniviruses yang mengakibatkan gejala yang sama berupa klorosis pada tomat. Penyakit ini ditandai dengan klorosis pada jaringan antar tulang daun, daun menjadi lebih tebal dan rapuh, beberapa daun mengalami nekrotik, dan bagian daun berubah menjadi merah keunguan (bronzing). Kedua virus ini menyebabkan penurunan kuantitas dan kualitas produksi buah, sehingga menjadi masalah yang serius pada pertanaman tomat di Indonesia. Antiserum poliklonal yang diproduksi menggunakan protein selubung masing-masing virus yang diekspresikan pada Escherichia coli telah tersedia sebelumnya. Penelitian ini bertujuan menggunakan antiserum tersebut untuk menganalisa hubungan serologis kedua virus dan untuk pengembangan metode deteksi diferensial dan simultan. Tanaman tomat yang terinfeksi tunggal maupun ganda oleh ToCV dan TICV, yang telah dianalisis terlebih dahulu dengan diferensial reverse transcription-polymerase chain reaction, digunakan sebagai sumber virus. Analisis menggunakan gel agarose presipitation test (AGPT) dan dot immunobinding assay (DIBA), ditemukan bahwa tidak ada reaksi silang yang diamati antara antiserum ToCV dan TICV. Hal ini menunjukkan bahwa kedua virus tersebut tidak memiliki hubungan serologi. Sehingga berimplikasi bahwa kedua antiserum tersebut dapat digunakan dalam metode deteksi serologi diferensial untuk ToCV dan TICV. Selanjutnya, campuran antiserum ToCV dan TICV dalam AGPT dan DIBA dapat mendeteksi kedua virus dalam jaringan tanaman tomat yang terinfeksi ganda. Deteksi kedua virus secara simultan dalam uji serologi tunggal dapat menghemat waktu dan biaya. Metode serologi yang dikembangkan pada penelitian ini diharapkan menjadi cara terbaik untuk diagnosis kedua virus ini.
Keyword: agarose gel presipitation test, antiserum, Crinivirus, dot immunobinding assay

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: