Judul: Identifikasi DNA Bakteri Menggunakan Metode Ekstraksi Ciri Rantai Markov dengan Probabilistic Neural Network Sebagai Classifier
Abstrak: Genetic differences among organisms motivate many research in DNA identification system. DNA identification system has two main parts: Feature Extraction Method and Classification Method. This study aims to identify the DNA with feature extraction using first order and second order Markov chain combined with Probabilistic Neural Network (PNN) classification method. DNA sequence is derived from the genus Bacillus, Clostridium, Lactobacillus, Mycobacterium, and Staphylococcus with sequence lengths of 100 bp, 200 bp, 400 bp, 800 bp, and 1000 bp. These data were obtained from the National Center for Biotechnology Information (NCBI). The results of this research show that the best sensitivity value is 0.7136 and the best specificity value is 0.9284. These results were obtained when the length of the sequence is 1000 bp and the feature extraction method used is second order Markov Chain. The greater the length of the sequence, the greater the sensitivity and specificity values.
Keyword: sequence DNA, Probabilistic Neural Network, markov chain, identification

Judul: Klasifikasi Fragmen Metagenom Menggunakan Ekstraksi Spaced N mers dan Probabilistic Neural Network sebagai Classifier
Abstrak: Metagenomika merupakan cabang genetika yang secara khusus ditujukan untuk mempelajari materi genetik yang diambil langsung dari sampel lingkungan, diikuti dengan menganalisis informasi genetika tersebut. Proses sekuensing dari sampel lingkungan menghasilkan fragmen-fragmen pendek yang berasal dari beberapa mikroorganisme yang terdapat pada sampel tersebut. Kondisi seperti ini menyebabkan proses perakitan fragmen menjadi tidak akurat, yaitu dengan dimungkinkannya terbentuknya cymeric contigs. Keberadaan cymeric contigs ini dapat diminimalkan dengan melakukan binning. Proses binning dapat dilakukan dengan pengklusteran atau pengklasifikasian. Penelitian ini dilakukan menggunakan metode probabilistic neural network untuk proses klasifikasi dan spaced n-mers untuk ekstraksi fiturnya karena sudah terbukti akurat dan menghasilkan akurasi yang baik. Data yang dipakai mempunyai panjang fragmen 500 bp, 1000 bp, 5000 bp, dan nilai n-mers yang dipakai adalah 3. Akurasi yang terbaik dihasilkan dengan menggunakan nilai smoothing parameter 11 untuk pengujian organisme dikenal. Selanjutnya pengujian dengan organisme tidak dikenal menghasilkan akurasi sebesar 64.40% untuk panjang fragmen 500 bp, 68.60% untuk panjang fragmen 1000 bp, 69.62% untuk panjang fragmen 5000 bp.
Keyword: binning, classification, metagenome, probabilistic neural network

Judul: Management of Spatial Use of Small Islands in the Tiworo Archypelago, West Muna Regency, Southeast Sulawesi
Abstrak: Kepulauan Tiworo merupakan salah satu gugus pulau-pulau kecil yang berada di Selat Tiworo, Kabupaten Muna Barat, Provinsi Sulawesi Tenggara. Beberapa persoalan mendasar terkait dengan pemanfaatan ruang di Kepulauan Tiworo yang menjadikan penelitian ini penting dilakukan antara lain adalah: (1) perairan Selat Tiworo merupakan area fishing ground bagi nelayan lokal penangkap ikan telah mengalami over eksploitasi dan dapat mengakibatkan pendapatan menurun. Untuk meningkatkan kegiatan perikanan dalam rangka meningkatkan pendapatan nelayan lokal, Pemerintah Kabupaten Muna Barat berupaya memanfaatkan perairan dengan mengembangkan usaha budidaya laut sebagaimana yang dimuat dalam RPJMD tahun 2017-2022. Dalam perspektif ruang, kebijakan tersebut memiliki implikasi terhadap rencana alokasi pemanfaatan ruang karena harus memetakan kawasan yang sesuai untuk budidaya dan kawasan peruntukan lain; (2) pemukiman penduduk di pulau-pulau yang telah berlangsung sejak puluhan tahun silam dikhawatirkan memberikan tekanan yang lebih besar terhadap perubahan fungsi lahan dan mutu perairan; (3) pengaruh daerah mainland berupa material padatan tersuspensi yang masuk melalui daerah aliran sungai juga menjadi ancaman terhadap kelestarian sumberdaya di pulau-pulau kecil. Untuk mengatasi berbagai persoalan tersebut tentunya tidak cukup hanya dengan melakukan penataan ruang (zonasi) sebagai satu-satunya pendekatan dalam mengelola pemanfaatan ruang, tetapi dibutuhkan kebijakan pengelolaan berdasarkan kajian yang lebih komprehensif sebagai dasar pengambilan keputusan. Berdasarkan uraian ringkas tersebut, penelitian ini dilakukan dengan maksud menghasilkan kebijakan pengelolaan pemanfaatan ruang pulau-pulau kecil di Kepulauan Tiworo. Untuk mencapai tujuan tersebut dilakukan beberapa kajian, yakni: (1) memetakan perairan pulau-pulau kecil yang sesuai untuk pengembangan budidaya laut. (2) menghitung daya dukung pulau-pulau kecil untuk pemukiman penduduk. (3) menilai keberlanjutan pemanfaatan ruang pulau kecil berdasarkan dimensi ekologi, ekonomi, sosial, dan hukum dan kelembagaan. (4) menentukan atribut pengungkit skala prioritas dan penunjang dalam merumuskan kebijakan pengelolaan. Hasil penelitian yang dilakukan menunjukan bahwa pengembangan budidaya laut sangat potensial dilakukan di Kepulauan Tiworo, khususnya budidaya rumput laut, budidaya KJA, dan KJT. Total luas perairan yang sesuai untuk budidaya sebesar 24.109.9 ha. Total luasan tersebut terdiri dari lahan untuk budidaya rumput laut sebesar 17.461 ha, lahan untuk budiaya ikan di keramba jaring apung (KJA) sebesar 6 528 ha, dan lahan untuk keramba jaring apung (KJT) sebesar 115.9 ha. Berdasarkan analisis rasio baku mutu (RBM) menunjukan bahwa penduduk Kepulauan Tiworo berpengaruh secara nyata terhadap ion amonia di perairan. Setiap penduduk pulau kecil berkontribusi meningkatkan nilai RBM amonia v sebesar 4.2 x 10-5. Daya dukung perairan setiap pulau-pulau kecil berdasarkan nilai RBM berkisar antara 25.850 - 29.929. Daya dukung lahan pemukiman penduduk di pulau-pulau kecil bervariasi mulai dari 695 - 20 519 jiwa. Pulau Balu memiliki daya dukung terbesar yakni sebesar 20 519 jiwa, sedangkan pulau yang memiliki daya dukung terkecil adalah Pulau Tasipi, sebesar 695 jiwa. Keberlanjutan pemanfaatan ruang Kepulauan Tiworo berada pada kategori kurang berkelanjutan dan kategori cukup berkelanjutan. Kategori kurang berlanjut berada di Pulau Tasipi, sedangkan lima pulau lainnya tergolong cukup berlanjut. Beberapa variabel yang menyebabkan Pulau Tasipi kurang berkelanjutan adalah tingkat pemanfaatan lahan yang telah mencapai 100%, jumlah penduduk yang melebihi daya dukung lahan, dan daya dukung lahan yang relatif kecil. Berdasarkan dimensi ekologis keberlanjutan pemanfaatan ruang Kepulauan Tiworo tergolong cukup berlanjut, kecuali di Pulau Tasipi yang tergolong kurang berlanjut. Berdasarkan dimensi sosial tergolong baik, sedangkan berdasarkan dimensi ekonomi
Keyword: space utilization, quality standard ratio, land carrying capacity, small islands sustainability