Judul: Identifikasi Spesies Begomovirus Penyebab Penyakit Daun Kuning pada Tanaman Mentimun melalui Analisis Sekuen Nukleotida
Abstrak: Yellow vein mosaic disease on Cucurbitaceae is known to be associated with infection of Tomato leaf curl NewDelhi virus (ToLCNDV) or Squash leaf curl China virus (SLCCNV). Last year, a yellowing disease with typical vein banding without any leaf malformation on cucumber (Cucumis sativus) in Bali was found to be induced by SLCCNV. This year, cucumber cultivation in West Java was affected by severe incidence of a disease resemble with that occurred in Bali. This research aimed to elucidate if the disease on cucumber plants emerged in West Java is also caused by SLCCNV. Total nucleic acid extractions of cucumber leaves collected from three villages in Bogor (Cikarawang, Petir, and Sindangbarang) were made separately and used for PCR amplifications using a pair of primers (SPG1: 5'-CCCCKGTGCGWRAATCCAT-3' and SPG2: 5'- ATCCVAAYWTYCAGGGAGCTAA-3') designed to match the sequences of the DNA-A of Begomovirus. PCR from all three samples yielded amplified DNA fragments of the expected sizes of 912 bp, indicated the association of the virus with the disease. The DNA sequence of the PCR products shared more than 95% sequence identity with ToLCNDV isolates available in the GenBank and clustered with them in the phylogenetic analysis. This finding confirmed that SLCCNV was not spread yet (from Bali) to West Java
Keyword: Polimerase chain reaction, Tomato leaf curl NewDelhi virus, yellowing disease

Judul: Karakterisasi Begomovirus Penyebab Penyakit Daun Keriting pada Mentimun (Cucumis sativus L.)
Abstrak: Mentimun (Cucumis sativus L.) merupakan salah satu sayuran utama yang dibudidayakan oleh petani di Indonesia. Produktivitas mentimun sangat dipengaruhi oleh budidaya yang kurang intensif dan efisien, serta adanya gangguan hama dan penyakit. Salah satu kendala produksi adalah penyakit yang disebabkan oleh infeksi Begomovirus penyebab penyakit daun keriting. Penyakit daun keriting yang disebabkan oleh Begomovirus pada beberapa jenis pertanaman di Indonesia dilaporkan menyebabkan kehilangan hasil sehingga menimbulkan kerugian yang cukup besar. Pertanaman tembakau di Jawa Timur dilaporkan mengalami kerusakan hingga 30% karena infeksi Tobacco leaf curl begomovirus pada tahun 1984. Sejak awal tahun 2000 pertanaman cabai di daerah Jawa Barat dan Jawa Tengah dilaporkan terinfeksi Begomovirus dan sampai sekarang penyakit kuning yang disebabkan oleh Pepper yellow leaf curl begomovirus belum dapat dikendalikan. Tomato yellow leaf curl begomovirus yang menyebabkan epidemi penyakit daun keriting juga menjadi kendala utama dalam meningkatkan produksi tanaman tomat di Jawa Barat dan Jawa Tengah. Akhir-akhir ini penyakit daun keriting yang disebabkan oleh Begomovirus ditemukan pada tanaman mentimun di Kabupaten Klaten, Jawa Tengah. Penyakit yang sama dilaporkan di Thailand sejak tahun 1996, dan virus penyebab penyakit tersebut memiliki kemiripan sikuen nukleotida yang tinggi dengan isolat Tomato leaf curl New Delhi begomovirus (TLCV-New Delhi). Infeksi Begomovirus pada tanaman Cucurbitaceae telah lama menjadi masalah di beberapa negara, diantaranya Squash leaf curl begomovirus menyebabkan penyakit daun keriting pada labu (Cucurbita maxima) dan Watermelon curly mottle begomovirus menyebabkan penyakit daun menguning dan kerdil pada melon (C. melo) di Amerika Serikat. Identifikasi dan karakterisasi Begomovirus penyebab penyakit daun keriting mentimun di Jawa belum dilakukan secara khusus. Begomovirus hanya dapat ditularkan melalui serangga vektor kutukebul (Bemisia tabaci) dan serangga ini dapat mengolonisasi berbagai spesies tanaman. Hal tersebut sangat berbahaya karena akan mendukung terjadinya ledakan penyakit daun keriting. Oleh karena itu, perlu dilakukan penelitian untuk mengetahui sifat-sifat Begomovirus agar dapat menyusun rekomendasi strategi pengendalian penyakit yang tepat untuk mencegah kerugian oleh infeksi Begomovirus. Penelitian dilakukan dengan tujuan untuk mendeteksi virus-virus yang menginfeksi tanaman mentimun, mengidentifikasi Begomovirus yang menginfeksi mentimun, mempelajari efisiensi penularan Begomovirus melalui serangga vektor B. tabaci dan mengetahui beberapa jenis tanaman inang dari Begomovirus yang menginfeksi mentimun. Penelitian meliputi empat kegiatan pokok yaitu pengumpulan sampel tanaman mentimun dan deteksi beberapa virus pada sampel daun mentimun dari lapangan, identifikasi Begomovirus dengan metode molekular, pengujian efisiensi penularan Begomovirus melalui kutukebul, dan pengujian kisaran inang. Pengamatan gejala dan pengambilan sampel tanaman yang terinfeksi Begomovirus dilakukan di daerah Jawa Barat (Bogor, Subang), Jawa Tengah (Tegal, Sukoharjo), dan Daerah Istimewa Yogyakarta (Sleman). Daun mentimun yang dikumpulkan sebagai sampel adalah daun yang menunjukkan gejala daun keriting, mosaik, melepuh, dan menguning. Gejala yang umum terlihat pada pertanaman mentimun meliputi gejala mosaik kuning cerah, mengeriting, melepuh, penebalan tulang daun, dan reduksi ukuran daun. Infeksi Begomovirus, SqMV, ZyMV, dan CMV berhasil dideteksi pada hampir semua sampel daun, namun infeksi TRSV dan WMV tidak terdeteksi pada semua sampel. Infeksi oleh lebih dari satu jenis virus ditemukan pada beberapa sampel daun dari beberapa lokasi. Sampel asal Bogor dan Sleman (Kalasan dan Ngemplak) yang terinfeksi oleh 4 virus (Begomovirus, SqMV, ZyMV, dan CMV) secara bersamaan menunjukkan gejala yang lebih parah dibandingkan sampel lainnya yaitu berupa daun keriting,
Keyword: Analisis keragaman genetik, efisiensi penularan, Geminivirus, kisaran inang, serangga vektor

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: