Judul: Analisis kinerja de novo genome assembler berbasis de bruijn graph pada sistem shared memory
Abstrak: De novo assembly merupakan teknik yang digunakan untuk merangkai fragmen (read) hasil dari mesin next generation sequencing (NGS) menjadi genom utuh agar dapat dianalisis. Aplikasi yang digunakan untuk melakukan de novo assembly (assembler) berbasis de Bruijn graph telah banyak dikembangkan. Uji kinerja aplikasi tersebut diperlukan untuk mengetahui performa assembler. Penelitian ini melakukan uji kinerja assembler yang populer digunakan, yaitu Velvet, SOAPdenovo2, dan ABySS yang diimplementasikan pada sistem dengan arsitektur shared memory. Pengujian meliputi hasil assembly (N50, panjang contig maksimum, dan jumlah contig), penggunaan sumber daya memori, dan efek penggunaan multi-core CPU. Hasilnya, ketiga assembler tersebut berhasil digunakan untuk melakukan assembly fragmen genom yang berukuran kecil maupun besar. Panjang k-mer (k) memberikan pengaruh terhadap hasil assembly sesuai dengan coverage depth arsip sequence. Hasil assembly yang optimal memerlukan coverage depth yang cukup, yaitu minimal 50×. Penggunaan multi-core CPU memberikan efek superlinear speedup pada SOAPdenovo dan sublinear speedup pada Velvet dan ABySS.
Keyword: de novo assembly, DNA sequencing, shared memory system

Judul: Paralelisasi proses short reads alignment dengan algoritme burrows-wheeler transform menggunakan CUDA
Abstrak: Teknologi DNA sequencing dan DNA sequence assembly memiliki peran penting dalam bidang ilmu biologi molekuler, khususnya genomika. Teknologi ini berfungsi untuk membentuk fragmen DNA yang lebih panjang (contigs) dari penggabungan fragmen-fragmen pendek (reads). Salah satu metode untuk melakukan DNA sequencing adalah next-gen sequencing (NGS), yang menghasilkan reads pendek untuk kemudian dijajarkan kembali pada sebuah genom rujukan. Penelitian ini bertujuan untuk mengimplementasikan algoritme Burrows-Wheeler transform (BWT) untuk melakukan proses short reads alignment hasil NGS dan paralelisasi program sehingga dapat dieksekusi menggunakan graphic processing unit (GPU) dengan memanfaatkan library CUDA. Genom rujukan yang digunakan adalah kromosom 11 kacang kedelai (Glycine max) dan sampel reads yang digunakan memiliki variasi jumlah 1 000, 2 000, 5 000, 10 000, dan 20 000 reads. Besar speedup rata-rata yang dihasilkan adalah 1.335 dan nilai speedup tertinggi pada sampel berjumlah 20 000 read dengan nilai 1.393. Paralelisasi program menggunakan CUDA menghasilkan waktu eksekusi lebih baik dibandingkan dengan program sekuensial.
Keyword: Burrows-Wheeler transform, CUDA, next-gen sequencing, short reads

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: