Judul: Sebaran spasio-temporal volume backscattering strength (Sv) ikan demersal menggunakan metode progressive thresholding
Abstrak: Perairan Arafura adalah perairan yang sangat kaya akan sumber daya hayati lautnya dengan kedalaman yang tidak terlalu dalam. Melalui penelitian ini diharapkan kita dapat mengetahui sebaran baik secara vertikal, horisontal, maupun temporal sumberdaya ikan demersal di perairan Arafura.
Keyword: 

Judul: Pengukuran nilai dan sebaran target strength ikan pelagis dan demersal dengan menggunakan sistem akustik bim terbagi (Split Beam Acoustic System) di Laut Arafura pada bulan Oktober-Nopember 2003
Abstrak: Sumberdaya perikanan di Indonesia memiliki potensi yang cukup besar yang belum dimanfaatkan secara optimum. Pemanfaatan sumberdaya ikan dapat dilakukan secara optimal apabila data keberadaan sumberdaya ikan diketahui secara akurat, sehingga langkah-langkah kebijakan eksploitasi dapat dilakukan dengan tepat agar tidak membahayakan kelestarian sumberdaya ikan. Metode hidroakustik merupakan suatu metode untuk mendeteksi objek bawah air (ikan) dengan memanfaatkan gelombang suara. Informasi yang akurat dan tepat tentang kepadatan atau kelimpahan stok ikan di suatu perairan merupakan masukan yang sangat berguna bagi rasionalisasi dan implementasi pemanfaatan sumberdaya hayati laut. Untuk pendugaan kelimpahan ikan tersebut, pengukuran target strength (TS) secara in situ dan real time merupakan suatu keharusan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui nilai dan pola distribusi TS ikan pelagis dan demersal secara vertikal dan horizontal di Laut Arafura pada bulan Oktober - Nopember 2003 serta melihat pengaruh parameter oseanografi terhadap distribusi TS tersebut. Penelitian ini dilakukan dengan menggunakan Kapal Latih Madidihang 02 milik Sekolah Tinggi Perikanan (STP). Peralatan yang digunakan selama survei terdiri dari SIMRAD EY 500, Valeport current metter type 308 CTD, Global Positioning System (GPS) dan pelengkapan navigasi. Adapun pemrosesan data dilakukan dengan menggunakan personal computer (PC) serta software EP 500, Datalog, spread sheet Excel, Surfer 7.0, dan Ocean Data View (ODV) mp ver.1.3a. Dari 294 ESDU yang dianalisis, nilai target strength ikan pelagis yang terdeteksi menyebar pada nilai-60 dB, -57 dB dan -54 dB, dengan jumlah frekuensi yang banyak terdeteksi pada -60 dB. Pada strata 4 total frekuensi nilai target strength yang terdeteksi merupakan frekuensi tertinggi dari 4 strata kedalaman yang ada, hal ini diduga ikan-ikan pelagis yang berukuran kecil yang berada di permukaan melakukan migrasi vertikal menuju lapisan dibawahnya untuk menghindari lapisan permukaan yang semakin memanas akibat semakin banyaknya bahang yang diserap oleh air laut pada siang hari dan juga untuk menghindari cahaya bagi ikan-ikan pelagis yang bersifat fototaksis negatif. Secara umum pola distribusi vertikal target strength ikan demersal memperlihatkan suatu kecenderungan penyebaran distribusi ikan pada kelompok kedalaman 30-40 m, dengan nilai total target yang terdeteksi sebesar 26.636 ekor target. Dari sebaran TS secara vertikal terlihat adanya tiga pusat penyebaran ikan yang pusat atau zona dari penyebaran ikan tersebut terletak masing-masing secara berturut-turut zona 1 (ESDU 0-80), zona 2 (ESDU 100-180) dan zona 3 (ESDU 220-294). Pusat penyebaran ikan pada zona 1 terlihat adanya pengelompokan target pada strata kedalaman 4 (30-40 m) dan 5 (40-50 m) di ESDU 0-57 dengan nilai TS yang terdeteksi berkisar antara-60 dB sampai dengan-46,08 dB...
Keyword: Ikan Pelagis, target strength

Judul: Cloning and Structure Prediction of C-Type Lectin 19 (CTL-19) from Silkworm (Bombyx mori L.)
Abstrak: Bombyx mori L. is a highly significant insect due to its silk production affects several industries. Unfortunately, B. mori farming has recently experienced mortality issues caused by pathogenic infectious diseases. Despite the extensive study of innate immunity of B. mori, information regarding the molecular functions and mode of actions of C-type lectin 19 (CTL-19) in the innate immunity of B. mori remains limited. Therefore, this study aimed to predict the structure of the B. mori CTL-19 also clone and produce the recombinant protein to better understand its role in the silkworm's innate immunity. The open reading frame (ORF) of the CTL-19 gene (945bp) was successfully amplified and cloned to pGEM®-T Easy Vector. The mature protein consists of 294 amino acids with 2 CRDs, 9 conserved cysteine, and two specific carbohydrate binding motifs. Protein threading demonstrated to be superior in order to predict the ligand binding site in comparison to homology modelling. The predicted molecular weight is 33.26 kDa, with pI value of 5.70. Furthermore, molecular docking analysis reveal that BmCTL-19 have ability to bind to various carbohydrate residues. The BmCTL-19 gene will be sub clone into an appropriate expression vector and produce purified recombinant protein to evaluate its properties.
Keyword: Innate immunity, Carbohydrate Binding Motif, Homology modelling, Protein Threading, Molecular docking