Judul: Keragaman 5’UTR Gen CAPN1 dan Asosiasinya dengan Sifat Pertumbuhan pada Sapi Bali
Abstrak: Sapi bali (Bos javanicus) merupakan sapi pedaging hasil domestikasi dari banteng. Populasi sapi bali berkisar 32.31% dari total populasi sapi nasional. Menurut laporan publikasi, telah terjadi penurunan populasi dan kualitas genetik sapi bali karena adanya seleksi negatif pada ternak sapi bali. Salah satu cara untuk mengatasi hal tersebut yaitu melakukan seleksi pada ternak sapi bali, salah satu metode seleksi yang dapat digunakan adalah seleksi berbasis molekuler. Seleksi berbasis molekuler dapat dilakukan melalui pendekatan identifikasi kromosom, gen, serta melihat pola pewarisannya. Seleksi molekuler dapat dipusatkan pada sifatsifat tertentu, salah satunya adalah sifat pertumbuhan. Gen CAPN1 memiliki 5’untranslated region (5’UTR) yang telah dikenal untuk mengontrol proses inisiasi translasi, proses post translasi, dan regulasi ekspresi gen. Beberapa penelitian pada fragmen 5’UTR telah dilaporkan pada ternak, namun belum ada penelitian yang dilakukan pada sapi bali. Penelitian ini bertujuan mengetahui keragaman 5’UTR gen CAPN1 dan asosiasinya terhadap sifat pertumbuhan pada sapi bali. Sampel darah dikoleksi dari 80 ekor sapi bali dari BPTU-HPT Denpasar dan 16 ekor sapi limousin sebagai pembanding. Sifat-sifat pertumbuhan yang diamati adalah bobot lahir (kg), bobot hidup (kg), penambahan bobot badan (kg), panjang badan (cm), dalam dada (cm), tinggi pundak (cm), tinggi punggung (cm), dan lingkar dada (cm). Primer yang digunakan untuk mengamplifikasi 5’UTR gen CAPN1 adalah primer forward: 5’- CCC TTC CCA CCC AGA TAG G -‘3 dan primer reverse 5’- CCT GGA GAC CGT GAG GAA C -‘3. Mutasi ditemukan di 5’UTR gen CAPN1 di g.232G>T melalui teknik sekuensing. Enzim restriksi BglII digunakan untuk melihat keragaman dengan teknik PCR-RFLP. Asosiasi keragaman gen CAPN1 dengan sifat pertumbuhan dilakukan dengan menggunakan General Liniear Model (GLM). Amplifikasi 5’UTR gen CAPN1 pada sapi bali dan sapi limousin menghasilkan produk 478 pasangan basa (pb). Keragaman 5’UTR gen CAPN1 berdasarkan SNP g.232G>T pada sapi bali adalah polimorfik, namun monomorfik/seragam pada sapi limousin. Genotipe GG (478 pb), GT (478 pb, 354 pb, dan 124 pb), dan TT (354 pb dan 124 pb) ditemukan di sapi bali. Genotipe GG (478 pb) ditemukan di sapi limousin. Mutasi g.232G>T tidak berdampak signifikan (P>0.05) terhadap sifat pertumbuhan pada sapi bali. SNP ini tidak dapat digunakan sebagai MAS untuk sifat pertumbuhan.
Keyword: 5’UTR, CAPN1, sapi bali, SNP g.232 G>T

Judul: Identifikasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Daerah 5'UTR Gen Kalpain (CAPN1) pada Sapi Bali
Abstrak: empukan daging yang memproduksi enzim kalpain sehingga berdampak pada kualitas daging. Tujuan dari penelitian ini adalah mengidentifikasi SNP 5’UTR gen CAPN1 pada sapi bali. Sampel DNA yang digunakan sebanyak 25 sampel sapi bali yang berasal dari BPTU-HPT sapi bali di Provinsi Bali. Analisis polymerase chain reaction (PCR) dan sequencing dilakukan untuk mendeteksi adanya SNP di daerah 5’UTR gen CAPN1. Data hasil sekuensing dianalisis menggunakan program Bio Edit, Finch TV dan MEGA7. Keragaman SNP dihitung mengunakan frekuensi alel dan genotipe, sedangkan keseimbangan Hardy-Weinberg dianalisis menggunakan uji χ2. Hasil menunjukkan bahwa ditemukan 1 SNP pada g.232 G>T di 5’UTR gen CAPN1 sapi bali. Berdasarkan hasil analisis frekuensi alel, ditemukan bahwa alel G memiliki frekuensi sebesar 0.6875 dan alel T sebesar 0.3125 dan dalam keadaan keseimbangan Hardy-Weinberg (P>0.05). Berdasarkan hasil yang diperoleh, SNP pada posisi g.232 G>T berpotensi dijadikan sebagai penanda genetik untuk kualitas daging. Perhitungan komposisi basa nukleotida menunjukkan basa G+C memiliki nilai lebih besar dibandingkan basa A+T.
Keyword: gen CAPN1, sapi bali, 5'UTR, SNP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: