Judul: Aktivitas Antimikroba Sekresi Kulit Katak Merah (Leptophryne cruentata) dan Katak Pohon Jawa (Rhacophorus javanus).
Abstrak: Eksplorasi senyawa bioaktif amfibi terutama untuk spesies-spesies yang ada di Indonesia masih jarang dilakukan. Identifikasi jenis senyawa bioaktif yang dapat menghambat pertumbuhan jamur Batrachochytrium dendrobatidis (Bd) bahkan beberapa mikroba, dapat menjadi dasar untuk pengembangan senyawa bioaktif untuk tujuan konservasi, menyediakan informasi mengenai senyawa bioaktif yang dapat digunakan untuk mekanisme pertahanan alami terhadap mikoorganisme dan juga untuk tujuan medis yang berguna bagi manusia. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui aktifitas senyawa bioaktif hasil sekresi kulit dua jenis katak endemik yaitu katak merah (Leptophryne cruentata) dan katak pohon Jawa (Rhacophorus javanus Penelitian dilakukan dari bulan Juni 2011 sampai dengan November 2011. Pengambilan sampel dilakukan di Taman Nasional Gede Pangrango, analisis laboratorium dilakukan di Departeman Biokimia Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Institut Pertanian Bogor, Laboratorium Mikologi dan Laboratorium Bakteri Balai Besar Penelitian Veteriner Bogor. Metode yang digunakan untuk uji antimikroba menggunakan metode difusi sumur agar. Zona hambat diamati pada cawan petri setelah diberikan perlakuan yang merepresentasikan aktivitas antimikroba. Diameter zona bening di sekitar sumur yang berisi sampel sekresi diukur dan dibandingkan dengan diameter zona bening di sekitar sumur yang berisi kontrol positif dan kontrol pelarut. Diameter zona bening sampel sekresi lebih kecil dibandingkan diameter zona bening kontrol positif sehingga direkomendasikan konsentrasi sampel sekresi yang lebih tinggi untuk menghasilkan daya hambat seefektif kontrol positif. Penggunaan kontrol pelarut bertujuan untuk memastikan bahwa diameter zona hambat sampel sekresi yang dihasilkan bukan pengaruh dari pelarut, tetapi murni dari senyawa aktif dalam sampel sekresi tersebut. Pengukuran zona bening yang terbentuk di sekitar sumur menunjukkan bahwa kemampuan sekresi kulit katak Rhacophorus javanus lebih besar dibandingkan sekresi kulit katak Leptophryne cruentata untuk menghambat aktivitas bakteri Escherichia coli dan aktivitas bakteri Staphylococcus aureus. Hal ini berbeda dengan zona bening yang terbentuk di sekitar sumur pada media jamur Trichophyton mentagrophytes dimana kemampuan sekresi kulit katak Rhacophorus javanus lebih kecil dibandingkan sekresi kulit katak Leptophryne cruentata untuk menghambat aktivitas jamur Trichophyton mentagrophytes. Analisis senyawa yang terdapat dalam sampel, menggunakan alat GC-MS (Gas Chromatogaphy - Spektrometer Massa). Pemilihan sampel untuk analisis GC-MS berdasarkan kemampuan sampel dalam menghambat pertumbuhan mikroba yang diamati pada diameter zona bening terbesar untuk masing-masing katak. Senyawa sekresi kulit katak Rhacophorus javanus yang terdeteksi dengan instrumen ini antara lain amina, asam lemak, asam organik, steroid, alkana, vitamin E, alkohol, dan keton. Senyawa-senyawa yang terdeteksi pada sekresi kulit katak Leptophryne cruentata terdiri atas asam lemak, asam organik, amina, amida, alkana, alkohol, steroid, dan asam benzoat. Keberadaan amina pada kedua jenis...dst
Keyword: aktivitas antimikroba, sekresi kulit, Leptophryne cruentata

Judul: Keragaman Morfologi Aktinomiset Endofit Rhododendron spp. dan Penghambatannya Terhadap Bacillus cereus dan Candida albicans
Abstrak: Pengembangan potensi senyawa bioaktif baru dari metabolit sekunder yang dihasilkan mikrob termasuk aktinomiset endofit tumbuhan semakin berkembang, diantaranya dimanfaatkan sebagai senyawa antimikrob. Mikrob endofit termasuk aktinomiset diketahui dapat menghasilkan senyawa bioaktif yang sama dengan tanaman inangnya. Sebanyak 17 aktinomiset endofit Rhododendron telah berhasil diisolasi dari batang dan daun, serta dikoleksi di Laboratorium Mikrobiologi IPB. Penelitian ini bertujuan mengkaji keragaman morfologi aktinomiset endofit Rhododendron spp. dan kemampuan penghambatannya terhadap Bacillus cereus dan Candida albicans serta mengidentifikasi aktinomiset endofit terpilih berdasarkan gen 16S rRNA. Metode yang digunakan yaitu peremajaan dan karakterisasi isolat aktinomiset endofit, penapisan aktivitas antimikrob menggunakan Bacillus cereus dan Candida albicans, Aktinomiset endofit terpilih berdasarkan aktivitas antimikrob, diidentifikasi dengan cara mengisolasi dan mengamplifikasi gen 16S rRNA menggunakan primer 27F dan 16Sact1114R, serta menganalisis kekerabatannya dengan membandingkan sekuen gen yang sama dari galur-galur bakteri yang tersimpan di GenBank. Semua isolat aktinomiset endofit Rhododendron spp. menunjukkan keragaman morfologi miselia aerial dan penataan rantai spora dengan tipe yang beragam. Berdasarkan keragaman morfologi isolat aktinomiset endofit Rhododendron spp. memiliki karakter genus Streptomyces. Penapisan uji antimikrob terhadap B. cereus dan C. albicans sebanyak 17 isolat mampu menghambat pertumbuhan B. cereus, dan hanya 3 isolat yang dapat menghambat pertumbuhan C. albicans. Satu isolat menghasilkan daya hambat terhadap B. cereus dan C. albicans tertinggi yaitu isolat RJHB 2. Isolat RJHB 2 memiliki homologi sebesar 85% dengan Streptomyces fradiae NBRC 3439 berdasarkan identifikasi gen 16S rRNA.
Keyword: aktinomiset, antimikrob, Rhododendron spp., senyawa bioaktif

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: