Judul: Isolasi, Kloning, dan Ekspresi Gen dpe dari Agrobacterium tumefasiens sebagai Gen Penyandi Enzim D-Psicose 3-Epimerase (DPEase).
Abstrak: Gula langka atau yang disebut sebagai rare sugar, contohnya D-psikosa, merupakan gula yang jumlahnya sangat terbatas di alam. D-psikosa memiliki manfaat dibidang farmasi yaitu untuk menyembuhkan diabetes tipe2. Untuk itu, D-psikosa memiliki potensi untuk dikembangkan di Indonesia dalam upaya pengentasan diabetes tipe2. Terbatasnya jumlah D-psikosa menjadi faktor pembatas dalam pemanfaatannya. Oleh karena itu, dibutuhkan upaya dalam pengembangan produk D-psikosa. D-psikosa dapat diperoleh secara enzimatik dengan menggunakan Dpsikosa 3-epimerase (DPEase), yang berfungsi mengubah D-fruktosa menjadi Dpsikosa. Studi literasi menunjukkan bahwa enzim DPEase yang disandikan oleh gen dpe dari Agrobacterium tumefaciens memiliki daya konfersi tertinggi untuk spesifik produk D-psikosa, sehingga enzim DPEase memiliki karakter yang sesuai untuk diproduksi di Indonesia, sebagai upaya dalam mendukung pengembangan D-psikosa. Penelitian ini bertujuan untuk memproduksi enzim DPEase rekombinan dengan cara kloning dan ekspresi gen dpe dari A. tumefaciens asal Indonesia. Tahapan penelitian dimulai dari amplifikasi gen dpe dengan teknik Polymerase chain rection (PCR), dilanjutkan dengan ligasi ke dalam vektor pGEM®-T Easy dan transformasi ke Escherichia coli DH5α. Koloni positif dikonfirmasi dengan teknik PCR, pemotongan plasmid dengan enzim restriksi dan sekuensing. Gen dpe kemudian disubklon ke plasmid pET 21b dan ditransformasi ke bakteri E. coli BL21 (DE3) untuk proses ekspresi gen. Ekspresi gen dilakukan dengan induksi 1 mM isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) dan dianalisis dengan SDS-PAGE. Produk PCR gen dpe berukuran 870 bp telah berhasil diperoleh. Hasil analisa sekuen asam amino dari gen dpe yang diperoleh memiliki tingkat identities sebesar 96,6% dan similarities sebesar 97,9% dengan asam amino penyusun enzim DPEase dari A. tumefaciens yang telah dilaporkan. Hasil analisis kesejajaran meggunakan perangkat lunak bioedit, menunjukkan adanya delapan perbedaan asam amino yang berada pada posisi basa ke Val50 (valine), Qly53 (Glysin), Thr94 (Therionine), His134 (Histidin), Leu194 (Leusin), Glu196 (Glutamic acid), Val242 (Valin), dan Leu269 (Leucine). Gen dpe telah berhasil di ekspresikan dan menghasilkan enzim DPEase rekombinan yang berukuran 32 kDa.
Keyword: Agrobacterium tumefaciens, kloning, D-psikosa, D-psikosa 3- epimerase, ekspresi, isolasi, rekombinan Escherichia coli

Judul: Isolasi kloning dan sekuensing gen putatif enzim PQQ glukosa dehidrogenase sari Agrobacterium tumefaciens
Abstrak: Enzim pirolokuinolin kuinon glukosa dehidrogenase tipe B (PQQGDH-B) merupakan enzim potensial untuk keperluan biosensor glukosa dan sampai saat ini hanya ditemukan dalam satu spesies bakteri, yaitu Acinetobacter calcoaceticus. Terdapat beberapa penelitian yang telah melaporkan peningkatan kestabilan dan aktivitas dari enzim PQQGDH-B, tetapi belum ada studi intensif yang telah dilaporkan untuk mencari PQQGDH-B dari spesies baru. Hasil analisis bioinformatika berbasis struktur telah mengidentifikasi 23 gen kandidat gen dari berbagai sumber genom bakteri yang berpotensi sebagai enzim PQQGDH-B karena homolog secara sekuens dan struktur, termasuk gen putatif PQQGDH-B dari genom Agrobacterium tumefaciens yang mempunyai nilai homologi sebesar 25%. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mengkloning gen putatif PQQGDH-B dari A. tumefaciens ke Escherichia coli DH5a dengan menggunakan 2 galur A. tumefaciens yaitu LBA 4404 dan EHA 101. Isolasi genom dengan metode CTAB telah berhasil mengisolasi DNA genom dari kedua galur dengan kadar dan kemurnian yang tinggi. Teknik PCR yang dilakukan berhasil mengisolasi gen putatif PQQGDH-B berukuran 1002 pb dari kedua galur dengan menggunakan primer ATPGDH-F dan ATPGDH- R yang dirancang dari genom A. tumefaciens C58 yang telah dipublikasikan walaupun dengan pola pita yang berbeda. Diasumsikan perbedaan ini disebabkan oleh perbedaan sekuens genom galur LBA 4404 dengan EHA 101, sehingga ada kemungkinan terdapat variasi pada sekuens gen putatif PQQGDH-B yang dimiliki. Dari hasil kloning diperoleh 7 koloni E.coli-pGEM-ATPGDH rekombinan yang mempunyai gen insert putatif PQQGDH-B, tiga koloni dari gen yang berasal dari galur LBA 4404, dan sisanya dari EHA 101. Hasil sekuensing koloni 37 dari LBA 4404 menunjukkan sekuens yang identik dengan gen putatif PQQGDH-B dari A. tumefaciens yang berada di GeneBank. Gen rekombinan ini nantinya akan diekspresikan untuk mendapatkan enzim putatif PQQGDH-B.
Keyword: 

Judul: Characteristic of Overshooting Top (OT) Based on  Himawari  8  Satellite  as  a  Convective  Cloud  Feature  that  Generates  Extreme Weather in the Java Island Region
Abstrak: Overshooting Top (OT) is a feature at the top of a convective cloud that is associated with extreme weather. Research on OT in tropical Indonesia is still very limited. The existence of geostationary satellites with wide area coverage and fast frequency observations is useful for observing the fast dynamics of the OT life cycle. Therefore, this study intends to analyze the relationship between OT and extreme weather, updraft and thermodynamic conditions of OT when extreme weather occurs, the best objective method for detecting OT in the day time and night time, and the spatiotemporal distribution of OT in the tropical region of Java Island during the 2018-2021 period. Based on visual analysis using visible channel and Himawari 8 sandwich products, 87% of extreme weather events in Java were accompanied by the appearance of OT. It indicates that the presence of the OT pattern is a convection cloud pattern or feature that is closely related to extreme weather events for the Java Island region. The existence of a time lag between the appearance of OT and extreme weather events on Java Island indicates that the OT of convection cloud can be used as a precursor or nowcasting for the appearance of extreme weather. Most of the convective cloud OT features during extreme weather events on Java Island have altitude that were only able to exceed the altitude of the equilibrium level and few were able to exceed the tropopause level of 9 km – 16 km. The difference in atmospheric conditions during extreme weather events on Java Island, which is in the tropics and subtropics, is a strong and unstable convective energy condition characterized by a larger CAPE, as well as unstable KI, LI, SI and TTI values. It is offset by kinematic factors in the form of a weak vertical wind shear (bulk wind shear 0-6 km) and a higher freezing point height. The difference between extreme weather events in the Java Island region and other tropical regions compared to subtropical regions is the strong updraft speed of convection clouds. The IRW Texture COMB algorithm based on the IRW-Texture Gradient modification and the COMB algorithm shows a significant increase in quality for detecting OT and non-OT pixels in Java. Rainy days with rainfall > 50 mm/day are very common in areas with an altitude of > 500 m. On the other hand, the level of convection activity which is indicated by the presence of OT and lightning is significantly reduced in this area. OT of convective clouds appear more frequently during the DJF season and less frequently during the JJA season. OT often appears during the day time and rarely at night time. Most OTs appear in the central part, away from the south and north coasts of Java Island during the day, while OTs that appear near the south and north coasts of Java Island can appear in the morning or afternoon.
Keyword: convective clouds, extreme weather, Overshooting Tops, Himawari 8 Satellite