Judul: Morphology, physiology and genetics of self- pruning in lime (Citrus x aurantiifolia (Christm.) Swingle)
Abstrak: Self-pruning adalah mekanisme cell death pada cabang yang ternaungi atau sakit, yang berpotensi menguras sumber daya pohon. Hal ini biasa juga terjadi di alam pada saat pohon berada dalam tegakan yang lebat, dan tangkai bawahnya tidak menerima cukup sinar matahari untuk bertahan hidup sehingga pohon tersebut melepaskan bagian cabang tersebut. Mekanisme self-pruning ini dapat dimanfaatkan untuk mengefisiensikan biaya pemangkasan pada tanaman budidaya seperti jeruk. Hal ini disebabkan pemangkasan yang dilakukan pada budidaya tanaman jeruk nipis (Citrus x aurantiifolia (Christm.) Swingle) membutuhkan tenaga, waktu dan biaya. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui mekanisme yang terjadi saat tanaman mengalami self-pruning dengan pendekatan secara morfologi, fisiologi dan genetik pada tanaman jeruk nipis (Citrus x aurantiifolia (Christm.) Swingle)). Tahap penelitian meliputi percobaan asesmen kejadian self-pruning pada 7 jenis tanaman buah, pengaruh pemupukan anorganik serta zat pengatur tumbuh terhadap self-pruning, identifikasi gen yang terlibat pada kejadian self-pruning melalui tanskriptomik, pengaruh genangan terhadap kejadian self-pruning pada tanaman jeruk nipis. Data dianalisis menggunakan Duncan Multiple Range Test pada taraf kepercayaan 95%. Hasil penelitian menunjukkan bahwa : 1) secara morfologi cabang yang mengalami kejadian self-pruning baik secara alami, melalui induksi pemupukan dan zat pengatur tumbuh serta melalui penyiraman adalah cabang-cabang dengan ukuran panjang kurang dari 10 cm dan diameter yang kurang dari 2 mm, 2) tanaman yang telah mengalami self-pruning memiliki proses fisiologi seperti laju fotosintesis, konduktansi stomata dan transpirasi berjalan secara maksimal pada percobaan pengaruh pemupukan anorganik dan zat pengatur tumbuh sedangkan pada percobaan penyiraman selama aplikasi perlakuan proses fisiologi yang rendah menyebabkan tanaman mengalami kejadian self-pruning, 3) konsentrasi etilen, asam absisat serta prolin mengalami peningkatan saat perlakuan diaplikasikan sehingga kejadian self-pruning dapat terjadi, 4) RNA-seq terhadap tanaman jeruk nipis menghasilkan base clean reads 153.511.047 dimana total transkripnya sebanyak 5.914 dan diduga terdapat gen-gen yang berbeparan pada proses self-pruning seperti 1 aminocyclopropane-1-carboxylate oxydase sebagai prekusor etilen; Zeaxanthin epoxidase, cloroplastic untuk menginduksi asam absisat; Polygalacturonase berperan dalam degradasi dinding sel., Self-pruning is a self-death mechanism on shady or diseased branches, which can potentially deplete tree resources. This is also common in nature when the tree is in a dense stand are not receiving enough sunlight to survive so the tree sheds part of the branch. This self-pruning mechanism can be used to streamline pruning production costs on cultivated plants such as oranges. This is due to the pruning carried out on the cultivation of lime (Citrus x aurantiifolia (Christm.) Swingle) plants that require energy, time and money. So that one way is to abort the leaves and branches by itself or self pruning.Self-pruning occurs due to gene expression as well as induction in the form of induction of drought, inundation, fertilization and growth regulators. The purpose of this study was to determine the mechanism that occurs when plants undergo self pruning with a transcriptomic, morphological, physiological and metabolomic approach to lime (Citrus x aurantiifolia (Christm.) Swingle) plants. In addition, to apply the self-pruning mechanism to the practice of horticultural cultivation. The research phase included an experiment to assess the occurrence of self-pruning in several types of tropical fruit plants, the effect of inorganic fertilizers and growth regulators on self-pruning,
Keyword: ABA, etilen, genangan, next generation sequencing, kekeringan

Judul: Morphological and Metabolites Diversity, and Canopy Manipulations on Indonesian Citrus
Abstrak: Peningkatan produksi tanaman jeruk dapat dicapai, melalui berbagai strategi seperti penggunaan bibit berkualitas, pencarian nilai tambah komoditas dan peningkatan pembungaan pada varietas tertentu yang menjadi fokus pengembangan. Penelitian ini bertujuan untuk (i) mengidentifikasi perbedaan morfologi tajuk bibit jeruk berbagai genotipe, (ii) mengidentifikasi komposisi metabolit daun dan potensinya sebagai bahan pangan fungsional, dan (iii) meningkatkan pembungaan tanaman jeruk keprok diluar musim. Penelitian ini telah dilaksanakan pada bulan Oktober 2016 sampai Juli 2017. Deskripsi varietas jeruk di Indonesia umumnya didominasi oleh karakter bunga, buah dan pohon, sehingga mempersulit identifikasi jeruk pada fase bibit. Evaluasi 50 ciri morfologi tajuk dilakukan pada 21 genotipe bibit jeruk asal sambung. Hasil analisis kluster dengan metode complete linkage agglomerative menunjukan ketidakmiripan pada tingkatan antar-spesies yang lebih besar dibandingkan intra-spesies. Semua bibit jeruk menunjukan persamaan karakter habitus, kelenjar minyak, susunan dan pertulangan daun. Sedangkan karakter seperti sayap tangkai daun, duri, warna, rambut dan aroma daun dapat digunakan untuk membedakan 21 genotipe bibit jeruk tersebut. Budidaya jeruk di Indonesia masih terfokus pada pengembangan buah, sehingga bagian daun jarang menjadi perhatian. Pendekatan metabolomik dengan metode untargeted GCMS digunakan untuk mengidentifikasi 199 metabolit daun dari 21 genotipe bibit jeruk. Ekstrak daun jeruk didominasi oleh vitamin E, neophytadiene, squalene, palmitate, linolenic acid, phytol isomer, alpha amyrin dan beta amyrin. Selain itu, ada beberapa metabolit yang ditemukan spesifik pada satu genotipe, contoh cyclolaudenol, citronellal, prangenin dan geranyl geraniol pada C. hystrix, isopimpinellin pada C. x aurantifolia, gamma eudesmol pada C. x microcarpa varigata, bergapten pada C. x limonia, citronellyl formate pada C. x jambhiri, sabinene pada C. x shiranui dan citronellyl butyrate pada C. amblycarpa. Tanaman jeruk varietas keprok sejatinya berdaya saing tinggi, namun bersifat musiman, sehingga memerlukan teknologi pembungaan diluar musim. Manipulasi tajuk berupa pelengkungan cabang terbukti berhasil memperbaiki respon pembungaan tanaman jeruk keprok Borneo Prima berumur 4 tahun selama ketiadaan cekaman kekeringan, sehingga berdampak pada pergeseran musim panen ke periode off season.
Keyword: citrus diversity, seedling, GCMS, bending, off season

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: