Judul: Penetapan Serotipe-H Dan Kandungan Gen CRY Sejumlah Isolat Bacillus Thuringiensis Asal Indonesia Serta Pengujian Toksisitasnya Terhadap Hyposidra Talaca
Abstrak: B. thuringiensis telah lama dikenal sebagai bakteri yang mempunyai sifat insektisidal spesifik, hingga dalam bidang pertanian bakteri ini banyak dipakai untuk pengendalian hama secara hayati untuk jenis serangga tertentu. Selain itu bakteri ini pun banyak terdapat di alam. Namun demikian di Indonesia masalah ini khususnya di sektor perkebunan belum banyak diungkap. Maksud penelitian ini ialah untuk mempelajari kandungan serotipe-H dan gen cry B. thuringiensis serta toksisitasnya terhadap ulat kilan (H. talaca), ulat yang menjadi hama pada tanaman kakao. Dari 92 contoh bahan pemeriksaan yang terdiri atas 55 contoh tanah, 35 contoh daun, dan dua contoh bangkai ulat yang berasal dari berbagai tempat di Indonesia, berturut-turut empat contoh daun, dan satu bangkai ulat mengandung bakteri pembentuk kristal protein (pkp) dan dari contoh-contoh tersebut dapat diisolasi 32 isolat B. thuringiensis dengan perincian 75% berasal dari contoh tanah, 15.6% dari contoh daun dan 9.4% dari bangkai ulat. Ke 32 isolat bakteri pkp tersebut tergolong ke dalam 11 serotipe-H yang berbeda. Berturut-turut adalah serotipe-H 34 dan 35 (masing-masing delapan isolat), serotipe-H 18 (lima isolat), serotipe-H 8, 10, dan 11 (dua isolat), serta serotipe-H 1,3, 30, 31, dan 42 (satu isolat). Selain itu, distribusi serotipe-H 35 adalah yang paling luas dibandingkan dengan yang lainnya. Serotipe-H 34. 35, 30, 31, dan 42 yang sejauh ini dikenal hanya terdiri dari satu subspesies, dalam penelitian ini ditunjukkan bahwa kemungkinan serotipe-serotipe tersebut terdiri dari lebih dari satu subspesies. Semua isolat, dalam sel vegetatifnya, mempunyai satu kristal berbentuk bulat, kecuali satu isolat mempunyai dua kristal dalam satu sel berbentuk bulat dan bipiramida. Selain itu, dilihat dari letak kristal setelah sel vegetatif lisis, dijumpai satu isolat yang kristalnya tetap lengket dengan endospora dan isolat ini termasuk dalam serotipe-H 8. Dengan pewarnaan untuk kristal terlihat bahwa kristal ini adalah kristal protein…dst
Keyword: Ulat kilan, Hyposidratalaca, Serotipe-H, Gen Cry, Interaksi

Judul: Analisis molekuler gen Cry dari galur-galur mutan Bacillus thuringiensis subsp. kurstaki HD-1 dengan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction)
Abstrak: Pestisida yang biasa digunakan untuk mengendalikan serangga perusak tanaman (hama) adalah) bahan kimia beracun. Bahan kimia tersebut biasanya mempunyai spektrum daya bunuh yang luas, karena sifatnya ini dapat menimbulkan dampak negatif diantaranya membunuh organisme nontarget, berdampak terhadap kesehatan manusia, dan menyebabkan kerusakan lingkungan serta resistensi hama. Mengingat bahaya dari pestisida tersebut maka dicari alternatif yang lebih aman yaitu penanggulangan secara alami atau hayati yang disebut dengan biocontrol. Salah satunya adalah penggunaan bakteri sebagai biocontrol. Bacillus thuringiensis merupakan bakteri yang memiliki protein toksik yang dapat membunuh serangga perusak tanaman. Salah satu B. thuringiensis yang sudah dimanfaatkan adalah Bacillus thuringiensis subspesies kurstaki HD-1 yang mampu membunuh larva Lepidoptera. Dalam usaha meningkatkan potensi bakteri tersebut sebagai insektisida telah dilakukan mutasi (modifikasi genetik) dengan menggunakan sinar UV, etilmetansulfonat, dan metil-nitro-nitroso- guanidin (Jusuf 1987). Pada penelitian ini dilakukan analisis molekuler untuk mendeteksi perubahan yang terjadi pada gen cry akibat mutasi pada untaian basanya. Teknik analisis molekuler yang dilakukan adalah reaksi rantai polimerase (Polymerase Chain Reaction, PCR). Gen penyandi protein toksik (gen cry) untuk B. thuringiensis subsp. kurstaki HD-1 terdapat pada plasmid. Metode isolasi plasmid yang dipilih adalah metode Allen (Cork & khalil 1996), yaitu isolasi plasmid berdasarkan pada denaturasi alkali. Analisis DNA dari galur-galur mutan B. thuringiensis subsp. kurstaki HD-1 dengan menggunakan teknik PCR menunjukkan bahwa mutasi pada untaian DNA dapat menyebabkan terjadinya perubahan gen cry dari asalnya atau adanya penambahan jenis gen cry baru, seperti pada galur 25S7, 50S1, dan 2EM1 mempunyai gen cry tambahan selain gen cry yang terdapat pada galur liar [cry IA (b)] yaitu gen cry IA, ID, dan IIIA.
Keyword: molecular systems

Judul: Numerical modeling of the hydrodynamics of standing wave and scouring in front of impermeable breakwater with different steepnesses
Abstrak: The aim of this paper is to numerically study the effects of breakwater steepness on the hydrodynamics of standing wave and scouring process in front of impermeable breakwaters. A two-dimensional hydrodynamics model based on the Reynolds Averaged Navier–Stokes (RANS) equations and the Volume of Fluid (VOF) method was developed and then combined with an empirical sediment transport model. Comparisons with an analytical solution and experimental data showed the present model is very accurate in predicting the near bottom velocity and capable of simulating the scour/deposition patterns consistent with experimental data. It was found that the additional terms of bottom shear stress in the momentum equations are necessary to produce a physical scouring pattern. Different breakwater steepnesses produce different characteristics of standing wave, the steady streaming system, and scouring pattern in front of the breakwaters, which also affects the correlations between them. An additional analysis of the turbulence field parameters and the sediment transport rate was also performed. All these important information will be presented in details in this paper and can be worthwhile for designing the breakwater in coastal areas.
Keyword: The RANS–VOF model Standingwave Steadystreamingsystem Scouring pattern Breakwatersteepness