Judul: Application of Lytic Bacteriophage as Control Agent Agrobacterium tumefaciens Post-Transformation
Abstrak: Transformasi tanaman yang dimediasi oleh Agrobacterium tumefaciens adalah metode perakitan rekayasa genetik tanaman yang paling banyak digunakan saat ini. Bakteri A. tumefaciens dipilih karena memiliki T-DNA dan gen virulensi yang dapat mengintegrasikan gen asing ke dalam kromosom tanaman. Namun, bakteri ini perlu dihilangkan selama proses transformasi setelah ko-kultivasi. Bakteri yang tidak tereliminasi dapat mengalami overgrowth yang menyebabkan respon hipersensitif berlebihan pada kalus. Reaksi ini menyebabkan kalus mengalami nekrosis, browning, bahkan kematian. Upaya untuk mengendalikan overgrowth telah banyak dikembangkan namun belum mampu mengeliminasi total A. tumefaciens dari jaringan kalus. Solusi alternatif dapat menggunakan bakteriofag, yang merupakan predator alami bakteri di lingkungan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kemampuan bakteriofag litik dalam mengendalikan overgrowth A. tumefaciens pada jaringan kalus padi Nipponbare. Selain itu, untuk menentukan karakterisasi morfologi dan genom dari bakteriofag yang digunakan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa keseluruhan perlakuan menunjukkan perbedaan yang signifikan dibandingkan dengan kontrol melalui uji lanjut Tukey's HSD (p<0,05). Nilai penghambatan masing-masing perlakuan adalah sebagai berikut: kontrol (20,83%); ϕK2+antibiotik (8,33%); ϕK4+antibiotik (5,00%), koktail+antibiotik (0,00%); koktail-antibiotik (10,83%). Karakterisasi morfologi plaque menunjukkan bahwa bakteriofag ϕK2 dan ϕK4 memiliki ukuran diameter yang berbeda. Profil genom menunjukkan perbedaan pola profil Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP). Marka RAPD juga menunjukkan bahwa ϕK2 dan ϕK4 memiliki jumlah pola fragmen yang berbeda. Hasil karakterisasi morfologi dan genomik menunjukkan bahwa ϕK2 dan ϕK4 merupakan bakteriofag yang berbeda, namun kedua isolat tersebut tergolang dalam tipe asam nukleat double-stranded DNA (dsDNA).
Keyword: Agrobacterium tumefaciens, lytic bacteriophage, overgrowth

Judul: Isolation and Characterization of Bacteriophages as Biocontrol of Agrobacterium tumefaciens
Abstrak: Agrobacterium tumefaciens adalah bakteri penyebab crown gall disease pada tumbuhan namun berguna sebagai vehicle cloning dalam transformasi genetik tanaman. Akan tetapi, transformasi menggunakan Agrobacterium tumefaciens sering menyebabkan overgrowth yang berujung pada kematian kalus. Bakteriofag dapat menjadi agen biokontrol terhadap infeksi dan pengontrol Agrobacterium tumefaciens karena spesifisitasnya yang tinggi. Penelitian ini bertujuan mengisolasi dan mengarakterisasi bakteriofag litik spesifik Agrobacterium tumefaciens dari sampel limbah perairan. Isolasi dilakukan dengan pengambilan dan perbanyakan bakteriofag spesifik dari sampel limbah cair, diikuti dengan teknik double layer menggunakan Luria Agar hingga terdeteksi munculnya plak (28 °C, 72 jam). Karakterisasi bakteriofag meliputi pengamatan morfologi plak, penentuan nilai multiplicity of infection (MOI), uji kisaran inang, uji laju adsorpsi, uji stabilitas suhu dan pH, isolasi genom, digestion, serta analisis Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Dua isolat bakteriofag litik (ΦWB dan ΦSBM) berhasil diisolasi dan spesifik terhadap Agrobacterium tumefaciens strain AGLI WT dan EHA105. Rasio MOI untuk kedua isolat adalah 10-5 dan 10-3. Isolat ΦWB memiliki stabilitas suhu yang lebih baik, dan stabilitas pH yang sama dengan ΦSBM pada rentang 5-11. Kedua isolat memiliki laju adsorpsi optimal yang berbeda. Kedua bakteriofag memiliki materi genetik dsDNA dan berbeda secara genetik berdasarkan analisis RAPD. Isolat ΦWB berpotensi sebagai agen biokontrol Agrobacterium tumefaciens., Agrobacterium tumefaciens is a bacterium that causes crown gall disease and become a serious problem for agricultural plants. Bacteriophages can be potential biocontrol agents against Agrobacterium infection because of their high specificity and efficiency. This study aimed to isolate and characterize lytic bacteriophages specific to Agrobacterium tumefaciens from wastewater samples. Isolation processes involved samples enrichment, followed by double layer to detect the presence of bacteriophage plaques. Bacteriophage characterization included plaque morphology, multiplicity of infection (MOI), host range test, adsorption rate, temperature, and pH stability. Molecular characterization included genome isolation, digestion, and Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) analysis. Two bacteriophages (ΦWB and ΦSBM) were classified as lytic bacteriophages based on their transparent plaque morphology. Both isolates specific to Agrobacterium tumefaciens strains AGLI WT and EHA105. Both isolates had MOI ratios of 10-5 and 10-3. Our results showed that both bacteriophages had temperature and pH stability in the range of 28-30 °C and pH 5-11. ΦWB and ΦSBM isolates demonstrated optimal adsorption rate at 18 and 27 minutes respectively. Genome characterization showed that both bacteriophages possessed dsDNA as genetic material and RAPD analysis showed that both bacteriophages were genetically different. ΦWB was found promising as biocontrol agent of Agrobacterium tumefaciens.
Keyword: Agrobacterium, Biocontrol, Phages

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: