Judul: Kloning Gen Xilanase Termozim Dari Streptomyces costaricanus 45I-3
Abstrak: Biopolymer xylan has a great potential to produce useful end product such as xylose. Xylanases is a group of enzyme that has ability to hydrolyse xylan or polymer of xyloses and xylooligosaccharides. Complete hydrolysis of xylans involves the synergistic action of a xylanolytic enzymes, including ß-xylanase, ß-xylosidase, -glucuronidase, -L-arabinofuranosidase, and acetyl xylan esterase. The aims of this research were to isolate xylanase gene from Streptomyces costaricanus 45I-3 and to clone this gene into competence Escherichia coli DH5 . Genomic DNA was obtained from S. costaricanus 45I-3 that have known has ability to produce thermostabile extracellular xylanase. Genomic DNA was partially digested with restriction enzyme Sau3A1. Genomic DNA fragments of size 4-10 kb were inserted at BamHI site in pBluescript II KS (+) vector and transformed into E. coli DH5 . Based on blue-white selection approximately 12000 recombinant colonies were obtained. The presence of xylanase gene was identified by screening employing congored plate clearance assay. One positive clone containing the xylanase gene was confirmed and was designated as pHS11. Preliminary characterization of pHS11 using EcoRI showed that it contained a 6,0 kb DNA insert. Xylanase were produced has xylanase spesific activity 6,393 U/mg, -xylosidase activity 0,208 U/ml, arabinofuranosidase activity 0,079 U/ml and acetyl xylan esterase activity 0,063 U/ml as well.
Keyword: 

Judul: Isolasi Fragmen Gen Penyandi Endoxilanase Streptomyces costaricanus 45I-3 melalui pendekatan PCR
Abstrak: Xilan merupakan polisakarida kedua terbesar di alam setelah selulosa dan mempunyai potensi ekonomi tersendiri terlebih bila telah diuraikan menjadi bahan yang bermanfaat. Penguraian xilan membutuhkan kerja dari kombinasi beberapa enzim dengan endoxilanase (endo-1,4-β-D-xilanase, EC 3.2.1.8) sebagai pendahulu dalam mendegradasi xilan menjadi xilooligosakarida. Salah satu bakteri yang mampu menghasilkan endoxilanase adalah Streptomyces costaricanus 45I-3 koleksi Dr. Ir. Yulin Lestari, Bagian Mikrobiologi Departemen Biologi IPB yang diisolasi dari tanah gambut di Kalimantan. Namun produksi xilanase S. costaricanus 45I-3 secara komersial kurang efisien dan ekonomis disebabkan pertumbuhannya yang lambat bila dibandingkan dengan bakteri pada umumnya. Pendekatan molekuler memungkinkan gen penyandi endoxilanase S. costaricanus 45I-3 diisolasi dan dieskpresikan ke dalam inang yang sesuai untuk mempercepat pertumbuhan dan produksi enzim. Beberapa metode isolasi gen penyandi endoxilanase dari bakteri telah dilaporkan. Salah satu metode isolasi gen penyandi endoxilanase yang tercepat adalah dengan PCR. Penelitian ini bertujuan melakukan isolasi fragmen gen penyandi endoxilanase dari S. costaricanus 45I-3 menggunakan pendekatan PCR yang dilanjutkan dengan penentuan dan analisis urutan DNA. Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Bioteknologi Hewan dan Biomedis dan Laboratorium BIORIN (Biotechnology Research Indonesian-The Netherlands), Pusat Penelitian Sumberdaya Hayati dan Bioteknologi (PPSHB) Institut Pertanian Bogor dari bulan Agustus 2008 sampai dengan Mei 2010. Tahapan penelitian yaitu peremajaan isolat S. costaricanus 45I-3, isolasi DNA kromosom, perancangan primer, PCR, ligasi dengan pGEM-T Easy, introduksi ke E. coli DH5α kompeten, isolasi dan verifikasi plasmid rekombinan, pengurutan DNA dan analisis sekuen. Perancangan primer untuk mengamplifikasi gen endoxilanase S. costaricanus 45I- 3 dilakukan berdasarkan data urutan nukleotida gen endoxilanase dari genus Streptomyces yang diperoleh di Gen Bank (http://www.ebi.ac.uk/embl/). Wilayah konservatif dalam gen penyandi endoxilanase Streptomyces dicari melalui penjajaran urutan asam amino maupun nukleotida menggunakan program Clustal W. Primer dirancang menggunakan program Primer3 (http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3.cgi). Hasil perancangan diperiksa kualitasnya dengan program IDT (http://www.idtdna.com/ SciTools/SciTools.aspx). Rancangan primer diuji spesifitasnya dengan program BLASTn (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/)....dst
Keyword: Streptomyces costaricanus 45I-3 isolation of endoxylanase gene, design of PCR primer

Judul: Peramalan Curah Hujan dengan Model ARIMA (Autoregressive Integrated Moving Average) dan VECM (Vector Error Correction Model).
Abstrak: Peramalan curah hujan diperlukan untuk memprediksi curah hujan pada periode berikutnya. Penelitian ini menggunakan 2 (dua) model peramalan yaitu model ARIMA (Autoregressive Integrated Moving Average) dan VECM (Vector Error Correction Model). ARIMA merupakan model peramalan yang berdasarkan pada data deret waktu peubah amatan itu sendiri sebagai pembentuk modelnya. VECM merupakan model peramalan yang melibatkan 1 (satu) atau lebih data deret waktu peubah penjelas sebagai pembentuk modelnya. Berdasarkan model ARIMA, model yang terpilih sebagai model terbaik adalah ARIMA (1, 1, 2). Validasi model dari data pengujian pada model ARIMA (1, 1, 2) berdasarkan MAD dan RMSE sebesar 14.06 dan 17.29. Pada VECM, peubah penjelas yang digunakan yakni suhu, kelembaban, dan lama penyinaran. Berdasarkan VECM (1) yang diperoleh, terdapat dua hubungan terhadap perubahan curah hujan, yakni hubungan jangka panjang dan jangka pendek. Pada hubungan jangka panjang, perubahan curah hujan dipengaruhi oleh curah hujan dan lama penyinaran masing-masing 1 (satu) periode sebelumnya. Pada hubungan jangka pendek, perubahan curah hujan hanya dipengaruhi oleh perubahan lama penyinaran 1 (satu) periode sebelumnya. Validasi VECM (1) dari data pengujian berdasarkan MAD dan RMSE sebesar 13.46 dan 16.81. Sehingga pada penelitian ini, VECM (1) dapat lebih baik meramalkan curah hujan dibanding model ARIMA (1, 1, 2).
Keyword: curah hujan, model ARIMA, VECM