Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA

Judul: Transformasi Kalus Padi dengan Konstruksi CRISPR-Cas9 untuk Menyunting Gen Terkait Hasil Produksi
Abstrak: High yield improvement of rice (Oryza sativa L.) is the main goal in rice breeding and could be achieved by gene editing through CRISPR-Cas9 technique as a revolution technique in genome editing. Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR)-associated (Cas9) has shown a precise and efficient genome editing tool by inducing random mutation in the cleavage region to knock out genes. The objective of this research is to transform sgRNA-CRISPR-Cas9 constructs to Jao Hom Nin (JHN) rice calli to knock out DL, Gn1a, Roc5, and Tad1 genes, which are the yield-related genes. The sgRNA-CRISPR-Cas9 constructs in pRGEB32 plasmid, were transformed into rice callus through Agrobacterium tumefaciens EHA105. Afterwards, the callus genome was verified using PCR technique to identify the sgRNA insert in the rice genome. Also, transformant calli was tested by T7 Endonuclease I (T7EI) assay to detect the mismatches existence shown by digested bands. Mismatches occur when the DNA repairs itself after Cas9 successfully cuts the target gene’s region and causes insertion and deletion (indels) mutation. The result showed that each callus was successfully transformed by the transformant Agrobacterium tumefaciens with sgRNA-CRISPR-Cas9 construction vector and the sgRNA was successfully inserted to the rice genome. When they are tested using PCR, we obtained amplified edited bands of Tad1, DL, and Roc5 genes, except for Gn1a gene target. T7EI assay had been done successfully, but no mismatched fragments were found., Peningkatan hasil produksi tanaman padi (Oryza sativa L.) merupakan tujuan utama dari pemuliaan tanaman padi dan dapat dicapai dengan peyuntingan gen melalui teknik CRISPR/Cas9 sebagai sebuah teknik revolusi dalam penyuntingan genom. Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR)berasosiasi dengan gen Cas9 telah menjadi sebuah alat penyuntingan genom yang akurat dan efisien dengan menginduksi mutasi acak pada wilayah pemotongan untuk mengubah gen target. Tujuan dari penelitian ini adalah melakukan transformasi kalus padi varietas Jao Hom Nin (JHN) dengan konstruksi sgRNACRISPR-Cas9 untuk mengubah gen Tad1, DL, Roc5, dan Gn1a yang merupakan gen-gen terkait hasil produksi pada tanaman padi. Konstruksi sgRNA-CRISPRCas9 dalam plasmid pRGEB32 diintroduksikan ke dalam kalus padi melalui Agrobacterium tumefaciens EHA105. Selanjutnya, genom kalus tersebut diverifikasi dengan teknik PCR untuk mendeteksi keberhasilan sisipan sgRNA pada genom padi. Selain itu keberadaan mutasi pada gen target diuji dengan uji T7 Endonuclease I (T7EI) untuk mendeteksi keberadaan mismatches yang ditujukkan oleh pita-pita DNA terpotong. Mismatches terjadi ketika DNA memperbaiki dirinya setelah Cas9 berhasil memotong wilayah gen target dan menyebabkan mutasi insersi-delesi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa setiap kalus berhasil ditransformasi oleh Agrobacterium tumefaciens dengan pRGEB32 yang membawa konstruksi sgRNA-CRISPR-Cas9 yang ditunjukkan oleh amplikon daerah target gen Tad1, DL, dan Roc5, kecuali Gn1a. Ketika gen target diverifikasi dengan uji T7EI diperoleh amplikon yang sama dengan gen target yang mengindikasikan tidak ditemukan adanya mismatches pada target gen Tad1, DL, dan Roc5.
Keyword: DL, gene editing, Gn1a, Roc5, Tad1

Judul: Teknik penentuan posisi bintang berdasarkan pelat foto overlapping
Abstrak: Bintang adalah salah satu objek langit yang menarik untuk diamati. Untuk itu, pengetahuan tentang posisi bintang sangat diperlukan. Posisi bintang di langit dapat dihitung melalui foto bintang. Fotografi astronomi atau astrometri merupakan ilmu yang mempelajari metode untuk menentukan posisi bendabenda langit seperti bintang berdasarkan pelat foto (Kamp, 1967). Sebuah pelat foto berisi citra bintang-bintang yang sudah diketahui posisinya berdasarkan katalog dan citra bintang-bintang yang belum diketahui posisinya. Posisi bintang yang ada di katalog dinyatakan dengan (a,3). Bintang yang belum diketahui posisinya lebih banyak jumlahnya daripada bintang yang sudah diketahui posisinya. Citra bintang pada pelat foto berupa sebuah titik dalam bentuk tetap. Posisinya pada pelat merupakan hasil pengukuran pada bidang kartesius dan dinyatakan dengan (1;,fl). Hasil pengukuran tersebut kemudian direduksi menjadi koordinat terukur (x,y). Hubungan antara (a,3) dan (x,y) didekati dengan sebuah deret dengan konstanta-konsranta deret merupakan konstanta pelat. Nilai konstanta pelat diperoleh dengan menggabungkan hasil pengukuran posisi bintang pada masing-masing pelat menjadi sebuah persamaan normal (Jefferys, 1963). Hasil akhir dari gugus persamaan normal tersebut dijabarkan dalam bentuk nOlasi matriks partisi dan berupa sebuah sistem persamaan linier Ax = b di mana A adalah matriks jarang, dan x merupakan konstanta pelar yang akan dicari nilainya. Untuk menyelesaikan sistem persamaan linier terse but digunakan metode transformasi given. Konstanta pelat yang sudah diperoleh dengan menyelesaikan sistem persamaan linier di atas, kemudian disubtitusi ke sebuah persamaan untuk memperoleh posisi bintang yang tidak tercantum dalam katalog. .
Keyword: