Judul: Relationship between Symbiodiniaceae and Coral Reef Characteristics Based on Environmental DNA in Lombok Island Waters
Abstrak: Symbiodiniaceae merupakan biota asosiasi karang penting dan berkontribusi dalam kesehatan ekosistem terumbu karang. Sebagai endosimbion karang, Symbiodiniaceae menyediakan energi, menyerap sisa metabolit, dan membantu pertumbuhan karang. Hingga saat ini, dikenali 11 genera resmi dalam famili Symbiodiniaceae dan masih terdapat lima klade mewakili genera yang belum terdeskripsi secara formal. Karena itu, memahami keragaman Symbiodiniaceae dalam ekosistem karang menjadi penting dan diduga, Symbiodinaiaceae dapat menjadi indikator kondisi terumbu karang. Namun, informasi Keragaman Symbiodiniaceae di Indonesia masih sedikit. Lagipula, identifikasi Symbiodiniaceae tidak mudah, terlebih bila memerlukan pengambilan dan pengisolasian dari banyak lokasi dan inang. DNA lingkungan (eDNA) adalah materi genetika yang terlepas ke lingkungan, dapat digunakan untuk menilai potensi keragaman Symbiodiniaceae secara non destruktif, cepat, relatif luas, efisien, dan efektif. Melalui pendekatan survei eDNA, penelitian mengkaji keragaman hayati dan karakteristik komunitas Symbiodiniaceae, menelaah hubungan antara keragaman Symbiodiniaceae dan karakteristik terumbu karang dan menganalisa nilai indikator dan preferensi komunitas Symbiodiniaceae pada pengelompokan karateristik terumbu karang lokasi tertentu di Perairan Lombok. Pengambilan sampel eDNA dan pengamatan kondisi bentik karang dilakukan di zona inti, di luar zona inti, dan luar kawasan konservasi Perairan Lombok Barat, Utara, dan Timur. Materi eDNA dalam sampel air laut dan sedimen yang tersaring di kertas saring pada fraksi ukuran pori-pori 12 µm (fraksi >12 µm) dan 0,4 µm (fraksi 0,4-12 µm), diekstraksi dan diamplifikasi DNA-nya dengan primer gen V9-SSU 18S rRNA, kemudian disekuensing melalui platform MiSeq-Ilumina. Analisis bioinformatika melalui platform Qiime2 dilakukan untuk memperoleh amplicon sequence variants (ASV), identifikasi Symbiodiniaceae setelah mengindentifikasi eukaryota laut terlebih dahulu, dan analisis filogenetika. Pengamatan kondisi bentik karang dilakukan dengan metode point intercept transect (PIT) untuk menentukan kondisi tutupan kategori bentik, tingkat rugositas karang, tingkat tutupan bentuk karang hidup, indeks kematian karang (IKK), genera karang, dan keterwakilan genera karang. Dilakukan analisis statistik untuk analisis perbandingan sebaran dan komposisi kelimpahan, keragaman alfa dan beta, kluster, indikator dan preferensi komunitas Symbiodiniaceae terhadap kondisi terumbu karang di Perairan Lombok. Penelitian memperoleh 2.737.734 sekuens yang terdiri atas 20.478 ASV sebagai wakil individu. Identifikasi eukaryota laut mengungkap lima kingdom dengan komposisi Chromista (35%), Animalia (32%), Fungi (3%), Plantae (2%), dan Protozoa (2%), dengan 43,34 % total ASV tidak terindentifikasi sama sekali. Keragaman alfa (Shannon H’) eukaryota berkisar {minimum-maksimum (median)} antara 4,90-9,59 (7,63). Faktor alam terkait media habitat lebih mempengaruhi keragaman alfa eukaryota daripada faktor geografi skala lokal dan zonasi konservasi perairan. Aspek teknis terkait media sumber dan pembagian fraksi sampel menentukan perolehan eDNA eukaryota. Keragaman beta (Bray-Curtis) komunitas eukaryota berkisar {minimum-maksimum (median)} antara 0,72-0,99 (0,92). Terdapat perbedaan signifikans antar lokasi, media dan fraksi namun faktor manajemen terkait penetapan zonasi konservasi tidak mempengaruhi variasi heterogenitas komunitas eukaryota. Penelitian berhasil mendeteksi dan mengidentifikasi 16 wakil individu Symbiodiniaceae yang terdiri atas enam genera (subklade): Symbiodinium (A.sym21), Breviolum (B.sym18), Cladocopium (C.sym1, C.sym5, C.sym7, C.sym8, C.sym10, C.sym15, C.sym16, and C.sym17), Durusdinium (D1.sym2, D1.sym6, D1.sym19, and D1.sym22), Klade G Foraminifera (G2.sym4), dan Halluxium (H.Sym12). Komposisi dominan pada Cladocopium (71%), disusul Durusdinium (18,2%), dan Klade G Foraminifera (8,4%). Komunitas Symbiodiniaceae mencirikan keragaman alfa rendah dan keragaman beta tinggi, namun tidak memperlihatkan perbedaan secara nyata antar lokasi, zona, media, maupun fraksi. Sejauh diketahui, studi eDNA Symbiodiniaceae belum pernah dilakukan di kawasan
Keyword: Bioindikator, DNA lingkungan, Ekosistem terumbu karang, Keragaman hayati laut, Symbiodiniaceae, Endosimbion, Eukaryota, Filogenetika, Metabarkoding

Judul: Struktur Komunitas Ikan Terumbu Karang pada Kolom Air dan Sedimen di Perairan Lombok Berdasarkan Sampel DNA Lingkungan
Abstrak: Ikan terumbu karang merupakan organisme yang terkait penting untuk fungsi ekosistem. Ikan terumbu karang juga berfungsi sebagai sumber makanan utama dan bertindak sebagai indikator tekanan dan ketahanan ekosistem. Underwater Visual Census (UVC) adalah metode yang sering digunakan untuk memantau kekayaan dan kelimpahan ikan karang, yang mana pada kondisi ini masih kurangnya pencatatan yang tepat untuk nilai keanekaragaman karena kemampuan terbatas pada proses identifikasi dan pemantauan. DNA lingkungan (eDNA) adalah metode pembaruan untuk memperkirakan kekayaan dan kelimpahan komunitas ikan serta organisme lainnya yang masih sulit teridentifikasi dan terdeteksi dari kolom air dan sedimen. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan untuk mengkaji struktur komunitas ikan terumbu karang dengan membandingkan kolom air dan sedimen menggunakan metode metabarcoding DNA Lingkungan pada tiga daerah perlindungan laut yang berbeda di sekitar Lombok. Penelitian ini dilakukan pada bulan Agustus 2018 pada tiga kawasan perlindungan laut dengan 14 titik pengamatan secara total. Sampel DNA lingkungan diambil dari kolom air dan sedimen menggunakan botol sampel dengan volume 4 L, kemudian dipompa menggunakan alat peristaltik MASTERFLEX nomor 13-310-662 untuk disaring menggunakan kertas saring 0,4 μm. Metabarcoding DNA lingkungan merupakan metode yang digunakan untuk pengidentifikasian serta perhitungan komposisi maupun kelimpahan spesies ikan terumbu karang. Analisis data secara statistik berupa perhitungan indeks Shannon-Wiener (H’), Simpson (D), ANOSIM dan juga PERMANOVA untuk melihat signifikansi antar data analisis. Hasil penelitian menggambarkan struktur komunitas ikan terumbu karang pada komposisi, kekayaan, dan keragaman yang teridentifikasi dari penerapan metode DNA lingkungan. Sebanyak 58 spesies teridentifikasi dari semua kawasan perlindungan. Indeks Shannon-Wiener (H ') menunjukkan bahwa spesies Zona Inti memiliki nilai keanekaragaman yang lebih tinggi dibandingkan dengan dua zona lainnya. Indeks Simpson (D) menunjukkan semua zona memiliki nilai dominansi yang bervariasi. Sedangkan hasil analisis non-metric multidimensional scaling (NMDS) dengan uji Bray-Curtis didapatkan hasil yang berbeda nyata antara kolom air dan sedimen dengan hasil PERMANOVA Adonis Pr (> F) = 0,001 dengan nilai kurang dari 0,05. Hasil ini dapat menjadi acuan dalam penggunaan DNA lingkungan sebagai alternatif pemantauan hayati dan penilaian keanekaragaman karena pengambilan sampel DNA lingkungan memiliki banyak keuntungan karena pengambilan sampel tidak dipengaruhi oleh perubahan kondisi lapangan, visibilitas, atau kurangnya keahlian taksonomi., Coral reef fishes are diverse associated organisms that are essential for ecosystem functioning, carrying out a range of vital ecosystem services, while also serving as a primary source of food and acting as indicators of ecosystem stress and resilience. Underwater Visual Census (UVC) is an often method used in monitoring richness and abundance of reef fish above the coral reef substratum, which many cases the biodiversity is underestimated. The frontier method for estimating the richness and abundance of the fish community and other organisms is environmental DNA (eDNA) which can resolve rare taxa detected from mid-column water and sediment. Therefore, this study was conducted to assess the community structure of coral reef fishes by comparing the mid-column water and sediment of eDNA metabarcoding from three different marine protected reefs surrounding Lombok. This research was conducted in August 2018 in three marine protected areas with 14 sites in total. Environmental DNA sample was taken from mid-column water and sediments using a 4 L bottle, then pumped using peristaltic
Keyword: organic, preservation, integrated system, sustainable

Judul: Formulasi TSP (Traveling Salesman Problem) menggunakan ILP (Integer Linear Programming)
Abstrak: TSP is a journey of salesman f?om his origin town (place) to visit n-cities (places) only at once, then return to his origin town (place) with a minimum total distance. Its purpose is to minimize the operating expense that is released by the company. Vehicle route at TSP in the form of a Hamiltonian cycle, that is closed path containing all nodes at the graph which representing a network walk. Its problem is to determine a journey route which is feasible (possibly can be passed by) in such a way the vehicle travelled distance passed the route is minimum.
Keyword: