Judul: Keragaman Bakteri Endofit Tanaman Kunyit Putih (Curcuma zedoaria) dan Toksisitasnya terhadap Embrio Ikan Zebra
Abstrak: Kunyit putih merupakan tanaman herbal yang secara tradisional banyak digunakan untuk pengobatan penyakit yang berhubungan dengan kanker. Keragaman dan potensi bakteri endofit dalam tanaman kunyit putih perlu dikaji. Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji keragaman bakteri endofit yang berasosiasi dengan tanaman kunyit putih (Curcuma zedoaria) dan toksisitasnya terhadap embrio ikan zebra. Tanaman kunyit putih diambil dari tiga lokasi yang berbeda di Bogor, Jawa Barat, Indonesia. Isolasi bakteri endofit dilakukan menggunakan empat media yang berbeda (Nutrient Agar (NA), NA yang mengandung ekstrak kunyit putih (NAT), Water Yeast Extract Agar (WYEA), WYEA yang mengandung ekstrak kunyit putih), dan dua metode isolasi yaitu metode spread plate dan plant piece. Populasi bakteri endofit dihitung dengan menumbuhkan bakteri pada 4 jenis media yang berbeda dan identifikasi isolat terseleksi menggunakan analisis molekuler berdasarkan 16S rDNA. Uji aktivitas antimikrob pada bakteri terseleksi dilakukan terhadap enam mikrob uji yaitu Staphylococcus aureus, Bacillus subtilis, Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli, Candida albicans, dan Sacharomyces cerevisiae. Empat bakteri endofit penghasil senyawa antimikrob selanjutnya dilihat potensinya dalam menghasilkan senyawa toksik melalui uji toksisitas terhadap embrio ikan zebra. Sebanyak 207 isolat bakteri endofit telah berhasil diisolasi dari bagian akar, batang dan daun tanaman kunyit putih, dan 73 isolat yang berbeda diperoleh berdasarkan perbedaan karakteristik morfologi. Tiga puluh dua persen isolat diperoleh dari kebun Bojong Gede, 22% isolat dari kebun percobaan Pusat Penelitian Biologi LIPI Cibinong dan 46% isolat berasal dari kebun koleksi tanaman obat Pusat Penelitian Biofarmaka IPB Dramaga. Bakteri endofit didominasi oleh bakteri dari rimpang yaitu sebanyak 38%, dari batang sebanyak 32%, dan dari daun sebanyak 30%. Berdasarkan hasil analisis sekuen 16S rDNA, bakteri yang diperoleh termasuk dalam kluster Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Firmicutes, dan Actinobacteria, dengan 23 genus yang berbeda yaitu Stenothropomonas, Pseudomonas, Enterobacter, Providencia, Klebsiella, Dickeya, Pantoea, Bacillus, Acinetobacter, Citobacter, Mycobacterium, Cellulomonas, Microbacterium, Methylobacterium, Penylobacterium, Roseomonas, Agrobacterium, Bosea, Xanthobacter, Rhizobium, Burkholderia, Ralstonia, and Alcaligenes. Bakteri dari kluster Gammaproteobacteria mendominasi semua sampel kunyit putih dan bakteri genus Pseudomonas, Klebsiella, Bacillus, Enterobacter, Microbacterium ditemukan dari semua bagian tanaman sampel. Berdasarkan hasil uji antimikrob, enam belas isolat dari 73 bakteri endofit terseleksi menunjukkan aktivitas setidaknya terhadap satu mikrob uji. Empat isolat terpilih (Citrobacter freundii (BI.S.3), Bacillus subtilis (RB.P.1), Pseudomonas otitidis (BL.S.1), and Burkholderia cenocepacia (RI.P.1) memiliki diameter penghambatan yang besar dan mampu menghambat lebih dari satu mikrob uji. Hasil uji toksisitas fase ekstrak etil asetat terhadap embrio ikan zebra dari C. freundii (BI.S.3), B. subtilis (RB.P.1), P. otitidis (BL.S.1), dan B. cenocepacia (RI.P.1) memiliki nilai LC50 berturut-turut 63.5 ppm, 24.7 ppm, 13.4 ppm, dan 12.6 ppm, sedangkan nilai LC50 fase air adalah 109.9 ppm, 252.3 ppm, 132.4 ppm, 120.8 ppm. Hasil uji toksisitas ini merupakan langkah awal untuk penapisan senyawa yang berpotensi menghasilkan senyawa antikanker. Hasil menunjukkan bahwa aktivitas tertinggi diperoleh pada ekstrak bakteri endofit B. cenocepacia (RI.P.1) diikuti P. otitidis (BL.S.1), B. subtilis (RB.P.1), dan C. freundii (BI.S.3).
Keyword: antimikrob, bakteri endofit, Curcuma zedoaria, keragaman, uji toksisitas, 16S rDNA

Judul: Toksisitas Aktinobakteri Endofit Artemisia vulgaris Terhadap Perkembangan Embrio Ikan Zebra (Danio rerio).
Abstrak: Aktinobakteri dikenal sebagai mikrob penghasil senyawa bioaktif terbesar dan memiliki keragaman tinggi. Aktinobakteri dapat ditemukan hidup di tanah, air maupun sebagai endofit. Aktinobakteri endofit pada tanaman obat memiliki peranan dalam menghasilkan senyawa bioaktif. Artemisia vulgaris dengan nama lokal “baru cina” telah banyak digunakan dalam mengatasi penyakit, diantaranya antimalaria, antibakteri, antioksidan, antidiabetes dan antikanker. Senyawa bioaktif dari A. vulgaris diduga dapat terkait dengan asosiasi aktinobakteri endofit yang terdapat di dalam jaringan tanaman. Senyawa bioaktif yang dihasilkan aktinobakteri endofit diketahui memiliki beragam aktivitas biologis seperti yang dihasilkan tanaman inangnya. Namun demikian, informasi mengenai potensi senyawa bioaktif aktinobakteri endofit A. vulgaris belum banyak dikaji. Penelitian ini bertujuan mempelajari toksisitas ekstrak aktinobakteri endofit A. vulgaris dalam menghambat perkembangan organ ikan zebra (D. rerio) dan mengidentifikasi isolat terpilih menggunakan pendekatan molekuler. Embryo ikan zebra digunakan sebagai model dalam uji in vivo untuk mengetahui toksisitas senyawa bioaktif dari aktinobakteri endofit A. vulgaris. Sebanyak 13 isolat aktinobakteri endofit telah berhasil diisolasi dari tanaman A. vulgaris dan dilakukan skrining aktivitas supernatan aktinobakteri endofit dalam menghambat perkembangan embrio ikan zebra. Supernatan dari lima isolat menyebabkan kematian embrio ikan zebra dengan persentase berkisar 91-100%. Selanjutnya, supernatant lima isolat aktinobakteri tersebut diekstraksi dengan etil asetat dan dianalisis toksisitasnya berdasarkan nilai LC50. Hasil uji menunjukkan bahwa nilai LC50 terendah yaitu sebesar 74.3 ppm dihasilkan oleh isolat AvIl-19. Ekstrak yang terakumulasi pada membran korion embrio ikan zebra akan memberikan efek malformasi pada perkembangan organ. Malformasi pada ekor, sumbu tubuh, jantung, kantung kuning telur, mata, notokorda dan sirkulasi darah teramati pada embrio yang terpapar ekstrak. Berdasarkan karakterisasi morfologi dan mikroskopis, tiga isolat yaitu AvIr-13, AvIcr-15, dan AvIr-17 memiliki kedekatan dengan genus Streptomyces, sedangkan dua isolat lainnya yaitu Avlcrs-18 dan AvIl-19 berkerabat dengan non-Streptomyces. Hal ini diperkuat dengan hasil sekuen gen 16S rRNA, yang menunjukkan bahwa tiga isolat (AvIr-13, AvIcr-15, AvIr-17) berkerabat dekat dengan Streptomyces hygroscopicus subsp. ossamyceticus sedangkan isolat Avlcrs-18 berkerabat dengan Micromonospora chersina dan AvIl-19 berkerabat dengan Microbacterium thalassium.
Keyword: Aktinobakteri endofit, Artemisia vulgaris, embrio ikan zebra, LC50, malformasi

Judul: Sistem Informasi Geografis untuk Pola Aktivitas Manusia dengan Pemodelan Data Spatio-Temporal
Abstrak: The human activity in a given time period will shape its pattern. This research develops a spatiotemporal data model to support the prediction of human existence based on activity-pattern and also visualizes the activity locations in a GIS environment. This so-called mobility oriented spatiotemporal data model conceptualizes the spatial and temporal interaction of activity behaviour using the concept of mobility. In other words, activity patterns are conceptualized as a sequence of staying at or traveling between activity locations. The model can support the analysis and queries of activities from different perspectives, i.e. queries can be time-oriented, person-oriented, activity-oriented, and location-oriented. A prototype system based on the activity data modelling is implemented in MySQL 5.0.27 as DBMS with using PhpMyAdmin 2.9.1.1 software. Spatial database is developed with using software QuantumGIS and ArcView. The system could be accessed online through a web browser with MySQL as its database storage and Pmapper framework as the tools used in visualizing the activity locations.The information were provided in the form of activity attribute-data as the user requested and graphical-data (map) which contains information about its activity locations.
Keyword: