Judul: Screening Senyawa Aktif Berpotensi Anti Malaria pada Target PfTPI dengan Metode Komputasi Dinamika Molekul
Abstrak: Malaria merupakan penyakit yang disebabkan oleh parasite Plasmodium. Terdapat 5 jenis Plasmodium yang menyebabkan penyakit malaria di manusia antara lain Plasmodium falciparum, Plasmodium vivax, Plasmodium ovale, Plasmodium malariae, dan Plasmodium knowlesi. Plasmodium falciparum adalah penyebab penyakit malaria yang paling berbahaya. Tujuan penelitian ini adalah memprediksi senyawa aktif tumbuhan yang bisa digunakan untuk inhibitor protein Plasmodium falciparum. Penelitian ini melakukan penambatan molekul 50 ligan alami dan 1 ligan sintesis terhadap protein PfTPI. PfTPI adalah salah satu protein dari Plasmodium falciparum yang berfungsi pada proses pembentukan ATP. Simulasi dinamika molekul dilakukan pada ligan sintesis dan 4 ligan alami yang telah diseleksi. Hasil penelitian menunjukkan biscryptolepine dan cryptolepicarboline memiliki energi bebas Gibbs yang cukup tinggi dan kestabilan yang baik saat berikatan dengan protein PfTPI.
Keyword: penambatan molekul, Plasmodium falciparum, simulasi dinamika molekul

Judul: Penentuan Daerah Pengikatan PfSPP sebagai Kajian Studi Virtual Screening dan Dinamika Molekul
Abstrak: Plasmodium falciparum merupakan salah satu spesies nyamuk paling berbahaya yang membawa parasit protozoa penyebab malaria bernama Plasmodium. Plasmodium falciparum memiliki protein bernama Plasmodium falciparum Signal Peptide Peptidase (PfSPP) yang memiliki fungsi penting dalam sintesis protein untuk kelangsungan hidup Plasmodium di dalam tubuh manusia. Penghambatan fungsi protein PfSPP untuk menghentikan siklus Plasmodium dilakukan dengan penambatan (docking) senyawa aktif herbal maupun sintetis yang dimodelkan dengan suatu simulasi komputer sehingga selain efektif dan efisien juga dapat menghemat estimasi biaya. Simulasi komputer menggunakan metode dinamika molekul memiliki keluaran hasil simulasi berupa lintasan (trajectory) yang mengandung informasi perubahan posisi, kecepatan, sifat karakteristik sistem serta beberapa aspek mikroskopis lainnya. Tujuan penelitian ini adalah memperoleh prediksi struktur 3D beserta daerah pengikatan protein Plasmodium falciparum signal peptide peptidase (PfSPP) dan kestabilan penambatan senyawa aktif herbal dengan protein Plasmodium falciparum signal peptide peptidase (PfSPP) sehingga dapat memprediksi senyawa aktif yang mempunyai potensi sebagai obat antimalaria. Hasil evaluasi berdasarkan penilaian webserver PDBSUM dan Molprobity pada model prediksi struktur I-TASSER menunjukkan bahwa struktur model 5 yang dikonstruksi berdasarkan sekuens asam amino dengan entri Q8IKQ9_PLAF7 dipilih sebagai prediksi struktur dengan kemungkinan yang paling tinggi sesuai model yang telah ada. Hasil simulasi dinamika molekul pada model-model prediksi I-TASSER juga menunjukkan struktur model 5 memiliki kestabilan, kepadatan serta kerapatan yang tinggi sehingga tidak mengalami perubahan konformasi yang signifikan pada suhu 300 K. Prediksi daerah pengikatan pada protein PfSPP AutoLigand dari program AutoDockTools dengan 5 variasi kumpulan titik (fillpoints) untuk mendapatkan 5 daerah pengikatan dengan energi terendah sebagai letak penambatan (docking) dengan ligan herbal dan sintetis. Dari perhitungan efisiensi ligan seluruh kompleks diperoleh bahwa makromolekul kompleks protein PfSPP dengan ligan Harman, Ajoene, Emodin dan Mefloquine memiliki nilai terendah. Hasil simulasi MM/PBSA pada keempat kompleks didapatkan kompleks PfSPP-Ajoene dan PfSPP-Mefloquine memiliki energi ikat bebas paling rendah. Simulasi kestabilan diperoleh dari simulasi dinamika molekul 400ns dua pasangan kompleks PfSPP-Ajoene dan PfSPP-Mefloquine pada daerah pengikatan 5. Okupansi ikatan hidrogen juga menunjukkan bahwa pada daerah pengikatan 5 memiliki residu ikatan hidrogen yaitu Lys-389 yang memiliki okupansi tinggi dengan daerah pengikatan 5. Ikatan hidrogen Lys-389 dengan kedua ligan berperan penting dalam mempertahankan kestabilan struktur.
Keyword: daerah pengikatan, dinamika molekul, ligan herbal, malaria, Plasmodium falciparum

Judul: Quality of Eggs Based on Different Age of Chickens from Yong's Farm, Seremban, Malaysia
Abstrak: This study aimed to determine the quality of eggs from different ages of chickens from Yong’s Farm, Seremban, Malaysia. The method used was 60 eggs were collected from three of different ages of chicken; 25 (n=20 eggs), 35 (n=20 eggs) and 58 weeks old (n=20 eggs). The variables included egg weight, shell thickness, yolk color, yolk index, albumen index and Haugh unit. The results showed the highest egg weight was recorded with 58 weeks old chicken. The egg shell thickness found at week 25 week (0,455 ± 0,08 mm), 35 weeks (0,495 ± 0,08 mm) and 58 weeks (0,475 ± 0,08 mm). Yolk color was at the highest mean of.12,6 ± 0,68 (25 weeks) while on week 35 and 58 it ranges between 5,45 ± 0,51 and 5,55 ± 0,51. The yolk index was recorded on week 25 and no specific trends were observed and the yolk index was not significant between 35 and 58 weeks of age. Albumen index was highest at week 25 were (0,129 ± 0,0), week 35 (0,113 ± 0,03) and week 58 (0,088 ± 0,02). The highest HU was recorded at week 25 (94,81 ± 5,33) and decreased to (90,52 ± 6,64) at week 35 and (81,95 ± 6,24) at week 58. It can be concluded that chicken influences both exterior and interior quality, except the yolk color with the quality of eggs decreasing as the age increases.
Keyword: chicken age, external quality, internal quality, Haugh Unit