Judul: Variabilitas suhu di perairan selatan Jawa Barat dan hubungannya dengan angin muson, Indian Ocean Dipole Mode dan El Nino Southern Ascillation
Abstrak: Perairan Indonesia merupakan perairan penghubung antara S. Hindia dan S. Pasifik sehingga sangat dipengaruhi oleh variabilitas iklim muson, Indian Ocean Dipole Mode (IODM) dan El Nino Southern Oscillation (ENSO). Tujuan penelitian ini adalah mengkaji variabilitas suhu pada kedalaman 0-600 meter di perairan selatan Jawa Barat dan hubungannya dengan Angin Muson, IODM dan ENSO dengan menggunakan analisis deret waktu Data yang digunakan adalah data suhu mingguan hasil pengukuran XBT yang dilakukan oleh CSIRO Australia di perairan selatan Jawa Barat Januari 1997 Desember 2001, data angin harian dari ECMWF, Dipole Mode Index (DMI) mingguan dan Southern Oscillation Index (SOI) bulanan. Data suhu ditampilkan dalam bentuk sebaran temporal dan kemudian dianalisis dengan metode analisis deret waktu yang terdiri dari spektrum densitas energi dan korelasi silang. Sebaran temporal suhu menunjukkan stratifikasi termal yang sangat jelas. Secara umum lapisan tercampur diwakili oleh isoterm lebih dari 27°C, lapisan termoklin digambarkan oleh isoterm isoterm 14°C - 27°C, sedangkan lapisan dalam diwakili oleh kontur isoterm kurang dari 9°C -13°C. Suhu pada kedalaman 0-200 meter menunjukkan fluktuasi dengan periode tahunan. Pada musim Barat, suhu permukaan laut (SPL) relatif tinggi, lapisan tercampur lebih tebal (75 - 100 meter), dan lapisan termoklin ditemukan pada kedalaman 100-175 meter. Kondisi ini disebabkan oleh Arus Pantai Jawa (APJ) yang didorong oleh Angin Muson Barat Laut. Pada musim Timur, lapisan termoklin bergeser mendekati permukaan sehingga lapisan tercampur menjadi lebih tipis (sekitar 50 meter) dan SPL relatif dingin. Hal ini merupakan indikasi terjadinya penaikan massa air yang disebabkan oleh Angin Muson Tenggara. Intensitas penaikan massa air tersebut tidak sama dari tahun ke tahun. Pada musim Timur 1997, lapisan termoklin ditemukan sangat dangkal dan bahkan hampir mencapai permukaan. Perbedaan intensitas penaikan massa air tersebut mengindikasikan adanya fluktuasi antar-tahunan yang diduga berkaitan dengan peristiwa IODM. Pada tahun 1997, IODM terjadi bersamaan dengan El Nino sehingga fluktuasi antar-tahunan tersebut dapat juga disebabkan oleh ENSO. Selain itu, ditemukan pula fluktuasi setengah-tahunan yang diduga berkaitan dengan Gelombang Kelvin. Fluktuasi setengah-tahunan tersebut terlihat lebih jelas pada kedalaman lebih dari 200 meter. Hasil analisis spektrum antara angin dengan suhu menunjukkan bahwa fluktuasi setengah-tahunan di permukaan memiliki korelasi yang cukup erat dengan angin zonal (0,78) dan meridional (0,61). Fluktuasi tahunan di permukaan juga menunjukkan korelasi yang cukup erat dengan angin zonal (0,58) dan meridional (0,72). Pada kedalaman 100 meter, fluktuasi tahunan menunjukkan korelasi yang sangat erat dengan angin zonal (0,84) dan meridional (0,83). Fluktuasi antar tahunan ditemukan antara SOI dengan SPL. Kedua fluktuasi menunjukkan korelasi yang cukup erat (0,6) dengan periode 30 bulan.
Keyword: 

Judul: Variabilitas Suhu dan Salinitas di Perairan Barat Sumatera dan Hubungannya dengan Angin Musn dan IODM (Indian Ocean Dipole Mode).
Abstrak: Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji variabilitas suhu dan salinitas dan hubungan keduanya dengan Angin Muson dan IODM (Indian Ocean Dipole Mode) di perairan barat Sumatera. Data suhu dan salinitas direkam oleh pelampung pengamat Triton yang terletak pada koordinat 5 oLS dan 95 oBT pada periode 9 Juli 2004 – 11 Februari 2008. Selain itu juga menggunakan data angin yang diperoleh diperoleh dari program NCEP/NCAR Reanalysis 1, badan riset NOAA-CDC, dan data DMI (Dipole Mode Index) diperoleh dari JAMSTEC dengan periode yang sama. Sebaran temporal suhu dan salinitas ditampilkan menggunakan perangkat lunak ODV mp dan MATLAB 6.01, sebaran temporal DMI ditampilkan menggunakan perangkat lunak MATLAB 6.01, dan sebaran temporal angin ditampilkan menggunakan perangkat lunak Surfer 8.0. Sebaran temporal dipergunakan untuk menganalisis hubungan antara suhu dan salinitas dengan Angin Muson dan IODM secara kualitatif. Spektrum densitas energi dipergunakan untuk melihat periode fluktuasi signifikan dari parameter suhu, salinitas, angin, dan DMI. Spektrum densitas energi dihitung dengan menggunakan metode FFT (Fast Fourier Transform) dan ditampilkan menggunkan perangkat lunak Statistica 6.0. Untuk menganalisis secara kuantitatif hubungan antara suhu dan salinitas dengan Angin Muson dan IODM, maka digunakan Cross Spectral Analysis dengan bantuan perangkat lunak Statistica 6.0. Hasil sebaran temporal suhu dan salinitas menunjukkan bahwa suhu dan salinitas di perairan barat Sumatera memiliki stratifikasi yang jelas sesuai musim. Pada Muson Barat-Laut, suhu dan salinitas relatif tinggi serta lapisan salinitas maksimum lebih tebal. Hal ini diduga karena mendapat masukan massa air yang hangat dan bersalinitas relatif tinggi yang dibawa oleh ASH (Arus Sakal Samudera Hindia) dari barat. Pada Muson Tenggara, suhu dan salinitas relatif rendah serta lapisan salinitas maksimum tidak terlihat karena diperkirakan mendapat masukan massa air yang dingin dan bersalinitas relatif rendah yang berasal dari massa air di daerah terjadinya upwelling (selatan Jawa dan barat Sumatera) yang dibawa oleh AKS (Arus Khatulistiwa Selatan) dan massa air AKS sendiri berasal dari utara Australia. Pada musim-musim peralihan, suhu relatif hangat dan salinitas relatif tinggi serta terlihat lapisan salinitas maksimum (walau tidak sekuat pada Muson Barat-Laut) diduga karena pengaruh Jet Wyrtki yang berkembang pada musim-musim peralihan. Pada September-November 2006, suhu dan salinitas turun dengan drastis dan stratifikasi salinitas melemah. Pada saat bersamaan DMI menunjukkan nilai ekstrim positif dan angin dari arah tenggara bertiup dengan kencang dan intensif sehingga kondisi ini diperkirakan akibat dari terjadinya fenomena IODM positif. Spektrum densitas energi suhu menunjukkan adanya fluktuasi setengah-tahunan (semi-annual), tahunan (annual ), dan antar-tahunan (inter-annual). Spektrum densitas energi salinitas menunjukkan adanya fluktuasi setengah-tahunan (semi-annual) dan tahunan (annual). Spektrum densitas Angin Muson menunjukkan adanya fluktuasi tahunan. Fluktuasi antar-tahunan IODM tidak signifikan diduga karena panjang data kurang mencukupi. Spektrum densitas energi juga menunjukkan bahwa energi variabilitas suhu terbesar terdapat pada lapisan termoklin (kedalaman 125 m). Berdasarkan hasil korelasi silang, terlihat bahwa fluktuasi setengah tahunan suhu lapisan tercampur dipengaruhi oleh fluktuasi angin zonal dengan koherensi sebesar 0,63 dan angin meridional dengan koherensi sebesar 0,91, fluktuasi suhu pada lapisan termoklin (kedalaman 125 m) dipengaruhi oleh angin zonal dengan koherensi sebesar 0,69, sedangkan fluktuasi suhu pada lapisan dalam bukan karena pengaruh Angin Muson. Fluktuasi tahunan suhu pada lapisan termoklin (kedalaman 75 m) karena pengaruh angin zonal dengan koherensi sebesar
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA