Judul: Studi Taksonomi Rhizopodopsis dari Indonesia berdasarkan Ciri Morfologinya.
Abstrak: Rhizopodopsis javensis merupakan salah satu spesies cendawan indigenos Indonesia yang dibangun oleh Boedijn pada tahun 1958 berdasarkan spesimen tunggal pada buah Elaeagnus latifolia. Dalam publikasinya, Boedijn tidak menunjuk satu spesimenpun sebagai holotipe, namun di Herbarium Bogoriense tersimpan satu spesimen dari Cibodas, Jawa (1450 mdpl) berupa herbarium kering buah Elaeagnus latifolia yang dikolonisasi oleh miselium dengan label Herb BO 12681. Spesimen ini diduga adalah holotipe. Ketika diamati, spesimen holotipe ini dalam keadaan rapuh dan tidak dapat dipergunakan sebagai sumber extipe. Kondisi ini mendorong pencarian kembali spesimen untuk menyediakan extipe. R. javensis juga perlu dievaluasi status taksonominya berdasarkan banyak spesimen, agar R. javensis dapat dikategorikan sebagai takson yang kuat. Sampel berupa buah busuk selain buah Elaeagnus, serasah dan tanah di luar area kebun Raya Cibodas dikoleksi untuk mendapatkan isolat-isolat Rhizopodopsis. Eksplorasi dilakukan pada musim buah Elaeagnus selama bulan Juli-Agustus 2015 dan 2016 di provinsi Banten, Jawa Barat dan Bali. Sampel diletakkan dalam wadah yang lembap dan diinkubasi sampai buah terkolonisasi oleh miselium mirip miselium Mucorales dengan ciri morfologi struktur lainnya mirip dengan ciri dalam deskripsi Rhizopodopsis versi Boedijn. Ketika sampel tidak menunjukkan adanya pertumbuhan miselium, pada sampel diletakkan umpan berupa potongan buah kiwi dan pisang. Sedikit hifa yang tumbuh diisolasi dengan metode pengambilan ujung hifa dan ditanam pada media agar-agar kentang dekstrosa (PDA). Biakan ini dimurnikan dengan cara isolasi hifa dari spora tunggal dan dipelihara pada PDA. Kultur berumur 2 hari dijadikan sumber inokulum untuk pengamatan morfologi dan karakter lainnya. Ciri-ciri sporangium, sporangiofor, embelan, rizoid, hingga zigospora pada kultur berumur 2 hari dicatat. Selain itu suhu minimum-maksimum dan suhu pertumbuhan koloni optimumnya ditetapkan. Semua data kemudian dikonversi menjadi data biner sebelum diolah menggunakan metode UPGMA SAHN pada NTSys. Evaluasi status taksonomi Rhizopodopsis melibatkan semua genus dalam Rhizopodaceae Voight & Kirk serta genus-genus yang mewakili famili dalam Mucorinae (anggota Mucoromycotina) serta kerabat Mucoromycotina seperti Kickxellomycotina dan Mortierellomycotina. Sebanyak 25 strain Rhizopodopsis berhasil dikoleksi. Satu isolat (IPBCC 17.1375) asal buah E.latifolia yang jatuh di permukaan tanah di bawah pohon di area tipenya akan diusulkan sebagai ex-tipe ketika sekuen daerah ITSnya sudah tersedia. Dari penelitian ini diperoleh informasi baru tentang substrat alami Rhizopodopsis dan persebarannya. Rhizopodopsis dapat mengkolonisasi 12 jenis buah yaitu Artocarpus heterophyllus, A. integra, Biscopia javanica, Canarium sp., Durio sp., Ficus variegata, Ficus sp., Persea americana, Platea latifolia, Pittosporum heterophyllum, Zea mays dan buah pakan owa (tidak diidentifikasi), selain E. latifolia. Persebarannya tidak terbatas di daerah Cibodas, melainkan daerah yang lebih luas mencakup Gunung Honje (Taman Nasional Ujung Kulon, 600 m dpl), Kebun Raya Bogor dan area lainnya di Bogor (+ 300 m dpl), Taman Nasional Tangkuban Perahu (+1550 m dpl), Taman Nasional Gunung Ciremai (+1400 m dpl), dan Kebun Raya Eka Karya, Bali (+ 1400 m dpl). Rhizopodopsis adalah kapang mesofilik, dapat tumbuh baik pada suhu 9-31 C dengan suhu optimum 24-26 C. Berdasarkan kisaran suhu minimum-maksimumnya dan dikombinasikan dengan suhu optimumnya, strain-strain R. Javensis dapat dibagi dalam 7 kelompok. Pengelompokan ini tidak didukung oleh pengelompokan berdasarkan analisis data morfologinya, sehingga analis status taksonomi hanya berdasarkan data morfologi. Analisis data biner 40 karakter morfologi dari semua strain Rhizopodopsis, 3 spesies Rhizopus (Rh. microsporus, Rh.
Keyword: ex-tipe, Rhizopodaceae, R. javensis, taksonomi numerik, varietas

Judul: Identitas Berbasis Molekuler Galur-Galur Rhizopus Asal Tempe Segar dari Berbagai Daerah di Indonesia
Abstrak: Rhizopus Ehrenb. (Zygomycetes, Zygomycota) merupakan cendawan yang bernilai ekonomi penting karena kontribusinya pada berbagai aspek kehidupan manusia, seperti sumber suplemen makanan, enzim, dan agens bioteknologi industri. Oleh sebab itu, identitas dari galur-galur Rhizopus menjadi penting. Dalam 30 tahun terakhir, taksonomi dan identifikasi Rhizopus berubah dari pendekatan morfologi dan fisiologi ke pendekatan molekuler. Dengan pendekatan morfologi, Rhizopus dibagi dalam tiga grup, yaitu grup R. microsporus, grup R. oryzae, dan grup R. stolonifer. Pada tahun 2007, berdasarkan kombinasi morfologi, fisiologi, kompatibilitas sistem kawin, dan data molekuler, Zheng et al. mengenal 10 spesies Rhizopus dengan 7 varietas, yaitu R. americanus, R. arrhizus var. arrhizus, var. delemar, dan var. tonkinensis, R. caespitosus, R. homothallicus; R. microsporus var. microsporus, var. azygosporus, var. chinensis, var. oligosporus, var. tuberosus dan var. rhizopodiformis, R. niveus, R. reflexus, R. schipperae, R. stolonifer, dan R. sexualis. Pada tahun 2010, Abe et al. menerima delapan spesies Rhizopus versi Zheng et al. (2007) dengan menempatkan R. niveus sebagai sinonim R. delemar, R. sexualis dan R. americanus sebagai sinonim R. stolonifer, dan mempertahankan R. oryzae dengan melibatkan sekuen gen internal transcribed spacer (ITS) rDNA, gen aktin, dan gen translation elongation factor 1α (EF-1α). Kemudian pada tahun 2013, Dolatabadi et al. menggunakan konsep Genealogy Concordance Phylogenetic Species Recognition (GCPSR) dari gen ITS, aktin, dan EF-1α, sifat fisiologi termasuk suhu pertumbuhan maksimum, morfologi spora, uji tipe kawin, profil yang dihasilkan MALDI-ToF, dan ekologi, untuk mengevaluasi takson infraspesifik Rhizopus microsporus. Mereka menegaskan bahwa R. microsporus tidak dapat dibagi ke takson infraspesifik. Perubahan terbaru dalam sistematika Rhizopus ini mempengaruhi status taksonomi Rhizopus, termasuk Rhizopus dari tempe segar Indonesia. Dahulu Rhizopus di Indonesia diidentifikasi terutama dengan pendekatan morfologi dan sidik jari DNA. Pada tahun 1970, Dwijoseputro dan Frederick mengidentifikasi 4 spesies Rhizopus, yaitu R. oligosporus, R. oryzae, R. arrhizus, dan R. stolonifer pada tempe dan ragi tempe yang berasal dari Jakarta, Surakarta, dan Malang. R. oligosporus banyak dinyatakan sebagai inokulan tempe dari berbagai daerah di Indonesia pada tahun 2000-an, meskipun Schipper dan Stalpers pada tahun 1984 menempatkan oligosporus sebagai varietas dari R. microsporus. Pada sistem terkini, cara ini yang belum dapat mengidentifikasi Rhizopus secara tepat. Re-identifikasi Rhizopus asal tempe ini diperlukan untuk menunjang upaya standardisasi mutu tempe yang memerlukan inokulan dengan identitas yang tepat. Hasil penelitian ini diharapkan dapat menjadi informasi terkini, tentang taksonomi Rhizopus pada tempe segar di Indonesia. Sebanyak 36 galur Rhizopus spp. asal tempe segar yang berasal dari 26 lokasi di Indonesia diidentifikasi berdasarkan kombinasi dari ciri morfologi, fisiologi, dan analisis molekuler filogenetik berdasarkan sekuen gen ITS pada DNA ribosom dan gen EF-1α. Kultur murni diperoleh dengan cara mengambil hifa secara aseptik dan menginokulasinya pada medium potato dextrose agar (PDA), lalu diinkubasi pada suhu ruang. Kultur dimurnikan dan diperbanyak untuk kultur kerja, dan kultur stok. Kultur stok disimpan dalam medium trehalosa-gliserol pada suhu -80 oC. Galur Rhizopus hasil koleksi ini disimpan di Institut Pertanian Bogor Culture Collection (IPBCC), Departemen Biologi, FMIPA, IPB. Analisis molekuler dimulai dengan ekstraksi DNA dari massa miselium yang ditumbuhkan pada medium miring PDA selama 3 hari. Ekstraksi DNA dilakukan menggunakan DNA PhytopureTM Kit Extraction (GE Healthcare, Inggris) sesuai dengan protokol pabrik. Amplifikasi Polymerase
Keyword: elongation factor- 1α, Indonesia, internal transcribed spacer, Rhizopus, taksonomi, tempe

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: