Judul: Kepekaan Komunitas Zooplankton terhadap Ketersediaan Bahan Organik dan Kelimpahan Fitoplankton di Tambak Bersubstrat Pasir
Abstrak: Penelitian ini bertujuan ntuk memperoleh informasi tentang kualitas air, perubahan struktur komunitas zooplankton dan tingkat kepekaan komunitas zooplankton terhadap keberadaan bahan organik dan kelimpahan fitoplankton di tambak bersubtrat pasir. Penelitian ini merupakan suatu kajian fenomena alami, dilakukan pada bulan Pebruari sampai Maret 1996, di tambak bersubstrat pasir milik PT. Triasta-Citarate Sukabumi. Pengambilan contoh untuk analisa kualitas air dan untuk identifikasi plankton dilakukan secara komposit pada dua titik dalam satu petak tambak. Data hasil identifikasi plankton dihitung kelimpahannya, sedangkan struktur komunitas plankton dianalisis melalui perhitungan indeks keanekaragaman, keseragaman dan dominasi. Untuk mencari parameter penentu kelimpahan zooplankton, dilakukan telaah hubungan fungsional antara kelimpahan beberapa kelompok zooplankton dengan parameter TOM dan kelimpahan fitoplankton, dengan melihat keeratan hubungannya dalam model regresi berganda. Kepekaan dihitung dengan rumus turunan pertama dari persamaan regresi berganda tersebut yang mempunyai hubungan nyata dengan kelimpahan fitoplankton. dst ...
Keyword: 

Judul: Plankton Community Structure in Intensive Pond
Abstrak: Tambak merupakan suatu ekosistem perairan tertutup yang memiliki kondisi lingkungan berubah-ubah. Manajemen kualitas air menjadi hal yang penting untuk dilakukan karena berdampak pada komunitas plankton. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis kondisi struktur komunitas plankton di tambak udang yang dikelola secara intensif. Penelitian dilakukan di Tambak Sarjo, Sulawesi Barat dan di Laboratorium Biologi Mikro 1, Institut Pertanian Bogor. Data yang digunakan yaitu data primer (sampel plankton) dan sekunder (data kualitas air). Pengambilan sampel plankton dilakukan pada dua petak tambak berdasarkan kesamaan umur awal tebar dari benih udang selama tiga bulan. Data kualitas air diperoleh dari laboran tambak Sarjo. Analisis data yang digunakan adalah indeks diversitas meliputi indeks keanekaragaman, keseragaman, dan dominansi serta analisis komponen utama dan regresi linier berganda. Komunitas plankton yang ditemukan terdiri dari lima jenis fitoplankton dan empat jenis zooplankton dengan total 14 genus fitoplankton dan 9 genus zooplankton. Kelimpahan plankton yang ditemukan berfluktuasi. Kelas Dinophyceae dan Protozoa hampir ditemukan pada setiap kelompok waktu pengamatan. Struktur komunitas plankton selama pengamatan memiliki keanekaragaman rendah, keseragaman rendah hingga sedang, dan dominansi yang cenderung rendah hingga sedang untuk fitoplankton dan rendah dengan kecenderungan tinggi untuk zooplankton. Perubahan kelimpahan plankton berkorelasi kuat dengan parameter kualitas air yang ada., Ponds are closed aquatic ecosystems that have changing environmental conditions. Water quality management is an important thing to do because it impacts the plankton community. This research aims to analyze the condition of plankton community structure in intensively managed shrimp ponds. The research was conducted in Tambak Sarjo, West Sulawesi, and at Micro Biology Laboratory 1, Bogor Agricultural Institute. The data used are primary (plankton samples) and secondary (water quality data). Plankton sampling was carried out in two pond plots based on the similarity in the initial stocking age of the shrimp seeds for three months. Water quality data was obtained from the Sarjo Pond laboratory. The data analysis used is a diversity index including indices of diversity, evennes, and dominance, principal component analysis, and multiple linear regression. The plankton community consisted of five types of phytoplankton and four types of zooplankton with 14 phytoplankton genera and 9 zooplankton genera. The abundance of plankton found fluctuates. The Dinophyceae and Protozoa classes were almost found in every observation time group. The plankton community structure during observations had low diversity, low to moderate uniformity, and dominance that tended to be low to moderate for phytoplankton and low with a tendency to be high for zooplankton. Changes in plankton abundance are strongly correlated with existing water quality parameters.
Keyword: phytoplankton, ponds, water quality, zooplankton

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA