Judul: Identifikasi Keragaman Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Ekson 2.1 Gen PLAG1 pada Sapi Pedaging
Abstrak: Gen Pleomorphic Adenoma Gene 1 (PLAG1) adalah salah satu gen yang mengendalikan sifat-sifat pertumbuhan pada sapi. Penelitian ini dilakukan untuk menganalisis keragaman Single-Nucleotide Polymorphism (SNP) daerah ekson 2.1 gen Pleomorphic Adenoma Gene 1 (PLAG1) pada sapi bali, sapi peranakan ongol (PO) dan sapi limosin dengan metode direct-sequencing. Sampel darah yang digunakan yaitu 46 sampel yang terdiri atas 29 sampel sapi bali, 9 sampel sapi PO dan 8 sampel sapi limosin. Analisis data yang dilakukan yaitu perhitungan frekuensi genotipe dan alel, nilai heterosigositas, dan keseimbangan Hardy-Weinberg (uji chi-square). SNP c.1186 C>T dan c.1420 G>A pada sapi PO dan semua SNP pada sapi bali bersifat polimorfik dengan keragaman yang rendah sedangkan SNP c.1033 C>G, c.1036 A>G, c.1067 G>A dan c.1492 A>G sapi PO dan semua SNP sapi limosin yang diteliti bersifat monomorfik. SNP yang ditemukan dalam penelitian ini mengubah susunan asam amino SNP c.1033 C>G his>gln dan SNP c.1067 G>A glu>lys. Keseimbangan Hardy-Weinberg gen PLAG1 dalam kadaan seimbang pada SNP c.1420 G>A sapi bali dan PO serta SNP c.1033 C>G dan c.1067 G>A pada sapi bali. SNP c.1186 C>T sapi bali dan sapi PO serta SNP c.1036 A>G, c.1186 C>T dan c.1492 A>G pada sapi bali tidak dalam keseimbangan Hardy-Weinberg.
Keyword: gen PLAG1, keragaman, sapi pedaging, SNP, teknik sekuensing

Judul: Identifikasi Single Nucleotide Polymorphism Ekson 2.2 Gen PLAG1 pada Sapi Bali, Peranakan Ongole dan Limousin
Abstrak: PLAG1 merupakan gen yang berada di kromosom 14 pada sapi yang diduga memiliki hubungan dengan sifat pertumbuhan dan penambahan bobot badan. Tujuan dari penelitian ini adalah mengidentifikasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP) ekson 2.2 Gen Pleomorphic Adenoma 1 (PLAG1) pada Sapi bali, PO, dan limousin. Penelitian ini menggunakan teknik direct sequencing pada 15 sampel darah sapi bali jantan, 15 sampel darah sapi bali betina, 8 sampel darah sapi PO, dan 8 sampel darah sapi limousin. Hasil sequencing kemudian dianalisis menggunakan program BLAST dari NCBI, Finch TV, BioEdit dan Popgene. Identifikasi keragaman SNP dianalisis dengan menggunakan pendekatan ClustalW menggunakan program MEGA10. Hasil amplifikasi ekson 2.2 gen PLAG1 pada 3 bangsa sapi berbeda diperoleh 11 SNP bersifat polimorfik dan frekuensi alelnya memenuhi kriteria keseimbangan Hardy-Weinberg. SNP yang ditemukan pada sapi bali berjumlah 6 yaitu c.1654 A>C, c.1660 G>A, c.1720 C>T, c.1753 A>G, c.1759 G>A dan c.1870 G>A, pada sapi PO ditemukan 2 SNP c.1822 A>T dan c.2050 A>G, dan pada sapi limousin ditemukan 3 SNP c.1779 T>C, c.1792 C>T dan c.1818 C>G.
Keyword: gen PLAG1, sapi, sequencing, SNP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: