Judul: Variasi Nukleotida pada Gen Insulin-Like Growth Factor 1 (IGF-1) pada Sapi Karapan dan Pedaging.
Abstrak: Sapi madura merupakan sapi lokal indonesia yang berasal dari persilangan antara Bos indicus (zebu) dan Bos javanicus (banteng). Sapi madura dipelihara untuk berbagai tujuan seperti karapan (balapan sapi), sonok (lomba kecantikan), dan pedaging. Gen insulin-like growth factor 1 (IGF-1) esensial untuk pertumbuhan, perkembangan, dan metabolisme hewan. Hal ini menjadikan IGF-1 sebagai kandidat gen yang penting untuk sifat ekonomis dari peternakan sapi. Tujuan penelitian ini adalah untuk menentukan variasi nukelotida pada sapi karapan dan pedaging. Sebanyak masing-masing 10 sampel DNA sapi kerapan dan pedaging dilakukan amplifikasi dengan Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer AF553 dan AF554. Amplikon kemudian di-pool berdasarkan kategori jenis sapi untuk dilakukan sekuensing. Hasil amplifikasi diperoleh sebagian dari intron 3, ekson 4, dan intron 4 sepanjang 762 pb. Data hasil sekuensing dilakukan pensejajaran menggunakan aplikasi MEGA 7 dengan menggunakan Bos indicus (NC032654) sebagai referensi sekuen untuk mengamati adanya variasi nukleotida. Hasil pensejajaran sekuen menunjukkan tidak ada variasi nukleotida pada intron 3 dan ekson 4. Satu variasi nukleotida berupa mutasi transisi G491A ditemukan di intron 4.
Keyword: IGF-1, intron 4, sapi madura

Judul: Polimorfisme Genetik serta Diferensiasi Sapi Madura Karapan dan Sapi Madura Pedaging Menggunakan DNA Mitokondria D-loop
Abstrak: Sapi Madura merupakan salah satu sapi potong asli Indonesia yang berkembang baik di agroekosistem kering. Sapi Madura merupakan persilangan antara banteng (Bos javanicus) dan sapi zebu (Bos indicus). Sapi madura dimanfaatkan oleh masyarakat Madura sebagai sapi pedaging, sapi karapan (sapi balapan), dan sapi sonok (sapi kontes kecantikan). Adanya seleksi ini diduga dapat membuat karakter morfologi dan genotipe antara sapi karapan dan sonok menjadi berbeda dari sapi madura pedaging. Penggunaan mitokondria DNA D-loop sudah banyak dilakukan untuk mempelajari kekerabatan sapi Madura dengan B. indicus dan B. javanicus, tetapi belum spesifik membedakan antara sapi karapan dan sapi pedaging. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisa perbedaan karakter morfologi dan polimorfisme genetik serta mempelajari diferensiasi sapi Madura karapan dan sapi Madura pedaging menggunakan DNA mitokondria D-loop. Sampel darah sapi Madura diamplifikasi dengan primer AF22 (forward) 5'GCGTACGCAATCTTACGATCA3' dan AF23 (reverse) 5'ATGCAGTTAAGTCCAGCTAC3'. Hasil sekuens dianalisis dan dibuat rekonstruksi pohon filogeni berdasarkan ruas mtDNA D-loop menggunakan metode Neighbour Joining (NJ) dengan boostrap 1000 kali. Sapi Madura pedaging memiliki ruas berulang (tandem repeat) dengan runutan GTACATAATATTAAT dan GTAATAA. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik berdasarkan ruas D-loop menunjukkan bahwa sapi Madura terbagi menjadi dua kelompok yaitu kelompok B. indicus dan kelompok B. javanicus CERZA. Sampel sapi karapan mengelompok dengan B. indicus sedangkan sampel sapi pedaging mengelompok dengan B. javanicus.
Keyword: Bos indicus, Bos javanicus, DNA Mitokondria D-loop, Karapan, Ruas Berulan

Judul: Numerical modeling of the hydrodynamics of standing wave and scouring in front of impermeable breakwater with different steepnesses
Abstrak: The aim of this paper is to numerically study the effects of breakwater steepness on the hydrodynamics of standing wave and scouring process in front of impermeable breakwaters. A two-dimensional hydrodynamics model based on the Reynolds Averaged Navier–Stokes (RANS) equations and the Volume of Fluid (VOF) method was developed and then combined with an empirical sediment transport model. Comparisons with an analytical solution and experimental data showed the present model is very accurate in predicting the near bottom velocity and capable of simulating the scour/deposition patterns consistent with experimental data. It was found that the additional terms of bottom shear stress in the momentum equations are necessary to produce a physical scouring pattern. Different breakwater steepnesses produce different characteristics of standing wave, the steady streaming system, and scouring pattern in front of the breakwaters, which also affects the correlations between them. An additional analysis of the turbulence field parameters and the sediment transport rate was also performed. All these important information will be presented in details in this paper and can be worthwhile for designing the breakwater in coastal areas.
Keyword: The RANS–VOF model Standingwave Steadystreamingsystem Scouring pattern Breakwatersteepness