Judul: Analysis of Target Strength and Density Distribution of Fish using Scientific Echosounder in Malang Rapat Seawater Bintan Island Kepulauan Riau
Abstrak: Perairan Malang Rapat merupakan bagian dari wilayah laut Pulau Bintan di bagian timur Kepulauan Riau. Daerah ini termasuk dalam Wilayah Pengelolaan Perikanan Republik Indonesia (WPP RI) 711. Sektor perikanan merupakan mata pencaharian utama bagi sebagian besar masyarakat pesisir Bintan. Besarnya penduduk yang bermata pencaharian dibidang perikanan tangkap ini membutuhkan informasi akurat untuk ketersediaan (stock), karakteristik perikanan, serta penyebaran dari sumberdaya ikan sehingga diperlukan kajian yang lebih lanjut disektor perikanan menggunakan metode hidroakustik. Teknologi hidroakustik menggunakan gelombang suara dan perambatannya pada medium air kemudian menerima dan menganalisis karakteristik dari pantulan suara yang dikenainya. Instrumen hidroakustik yang digunakan dalam penelitian ini yaitu Simrad EK15 merupakan salah satu alat scientific echosounder yang menggunakan single beam transducer untuk mengetahui distribusi ikan dari suatu perairan menggunakan frekuensi 200 kHz. Penelitian bertujuan untuk menentukan nilai Target Strength dan densitas ikan secara spasial dan temporal di Perairan Malang Rapat, dan mengetahui pola tingkah laku sebaran ikan baik secara spasial maupun temporal di Perairan Malang Rapat Pulau Bintan Kepulauan Riau. Penelitian ini bekerja sama dengan Fakultas Kelautan dan Ilmu Perikanan Universitas Maritim Raja Ali Haji (UMRAH) Tanjung Pinang. Pengambilan data siang dilakukan pada tanggal 24 September 2016 pukul 09.30-14.30 WIB dan malam hari pada tanggal 25 September 2016 pukul 18.00-22.30 WIB menggunakan kapal 6 GT. Pengolahan dan analisis hasil survei akustik menggunakan perangkat lunak Sonar4, Matlab, MS. Excel, dan Arcmap. Hasil penelitian menunjukkan bahwa nilai hambur balik akustik (Target Strength) ikan yaitu -60 dB sampai -42 dB. Nilai Target Strength tersebut dapat menduga ukuran panjang ikan yaitu 3 cm sampai 31 cm menggunakan formula empiris. Target Strength rata-rata tertinggi pada siang hari yaitu -48 dB di kedalaman 10 m, sedangkan pada malam hari yaitu -52 dB di kedalaman 3 meter. Sebaran volume densitas ikan tertinggi secara spasial dan temporal terjadi pada saat malam hari pada koordinat 1°3'00''LU dan 104°39'00''BT sampai 1°8'60''LU dan 104°40'30''BT mencapai 500 ind/1000m3.
Keyword: densitas volume, hidroakustik, ikan, Malang Rapat, Target Strength

Judul: Analisis nilai target strength ikan di perairan Selat Makassar dan sekitarnya (Dengan menggunakan sistem akustik BIM ganda)
Abstrak: Metode akustik yang banyak digunakan sekarang ini ada!ah integrasi echo. Keluaran dari integrasi echo adalah densitas relatif dan pengukuran nilai target strength. Target strength adalah kekuatan dari suatu target untuk memantulkan suara dari sebagian energi akustik yang diserap kembali ke transducer. Pengukuran target strength banyak dilakukan dengan menggunakan intensitas target strength. Syarat da!am pengukuran in situ target strength ada!ah bahwa ikan-ikan yang disurvei berada dalam keadaan terpisah satu sama lain. Keadaan demikian dapat dideteksi dengan amplitudo threshold criteria danpulse duration criteria. Tulisan ini bertujuan untuk menganalisis dugaan nilai rata-rata target strength ikan dan distribusinya secara vertikal dan horisontal pada siang dan malam hari dengan menggunakan sistem akustik bim ganda serta untuk memperoleh perbandingan nilai target strength yang diperoleh dengan data oseanografi berdasarkan pustaka. Penelitian dilakukan di sepanjang Paparan Balikpapan sampai Semarang dengan menggunakan Kapal Latih Perikanan Bawal Putih I beserta seperangkat sistem akustik bim ganda pada tanggal 8 Februari sampai 16 Februari I 995. Sebelum survei akustik dilaksanakan, terlebih dahulu dilakukan kalibrasi sistem atau alat melalui Echo Signal Processor (ESP) berdasarkan program Windows 95 (3.11). Analisis penyebaran secara ve1iikal dibuat berdasarkan selang kedalaman 12,37 meter, mulai dari kedalaman 1,3 meter sampai 125 meter di bawah permukaan transducer, dibagi dalam IO strata kedalaman.
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA