Judul: Identifikasi DNA Bakteri Menggunakan Metode Ekstraksi Ciri Rantai Markov dengan Probabilistic Neural Network Sebagai Classifier
Abstrak: Genetic differences among organisms motivate many research in DNA identification system. DNA identification system has two main parts: Feature Extraction Method and Classification Method. This study aims to identify the DNA with feature extraction using first order and second order Markov chain combined with Probabilistic Neural Network (PNN) classification method. DNA sequence is derived from the genus Bacillus, Clostridium, Lactobacillus, Mycobacterium, and Staphylococcus with sequence lengths of 100 bp, 200 bp, 400 bp, 800 bp, and 1000 bp. These data were obtained from the National Center for Biotechnology Information (NCBI). The results of this research show that the best sensitivity value is 0.7136 and the best specificity value is 0.9284. These results were obtained when the length of the sequence is 1000 bp and the feature extraction method used is second order Markov Chain. The greater the length of the sequence, the greater the sensitivity and specificity values.
Keyword: sequence DNA, Probabilistic Neural Network, markov chain, identification

Judul: Klasifikasi Fragmen Metagenom Menggunakan Ekstraksi Spaced N mers dan Probabilistic Neural Network sebagai Classifier
Abstrak: Metagenomika merupakan cabang genetika yang secara khusus ditujukan untuk mempelajari materi genetik yang diambil langsung dari sampel lingkungan, diikuti dengan menganalisis informasi genetika tersebut. Proses sekuensing dari sampel lingkungan menghasilkan fragmen-fragmen pendek yang berasal dari beberapa mikroorganisme yang terdapat pada sampel tersebut. Kondisi seperti ini menyebabkan proses perakitan fragmen menjadi tidak akurat, yaitu dengan dimungkinkannya terbentuknya cymeric contigs. Keberadaan cymeric contigs ini dapat diminimalkan dengan melakukan binning. Proses binning dapat dilakukan dengan pengklusteran atau pengklasifikasian. Penelitian ini dilakukan menggunakan metode probabilistic neural network untuk proses klasifikasi dan spaced n-mers untuk ekstraksi fiturnya karena sudah terbukti akurat dan menghasilkan akurasi yang baik. Data yang dipakai mempunyai panjang fragmen 500 bp, 1000 bp, 5000 bp, dan nilai n-mers yang dipakai adalah 3. Akurasi yang terbaik dihasilkan dengan menggunakan nilai smoothing parameter 11 untuk pengujian organisme dikenal. Selanjutnya pengujian dengan organisme tidak dikenal menghasilkan akurasi sebesar 64.40% untuk panjang fragmen 500 bp, 68.60% untuk panjang fragmen 1000 bp, 69.62% untuk panjang fragmen 5000 bp.
Keyword: binning, classification, metagenome, probabilistic neural network

Judul: Pelaksanaan Pembangunan Taman Surya, Kotamadya Surabaya
Abstrak: Kegiatan magang telah elilaksanakan eli Dinas Pertamanan Daerah Kotamadya Tingkat II Surabaya dari bulan Februari 1999 sampai dengan Juni 1999. Kegiatan magalJg dilakukan dengan partisipasi aktif untuk pekeIjaan perencanaan, redesain dan peng<j.wasan, dan melakukan kunjungan lapang untuk kegiatan pelaksanaan dan pemeliharaan. Kegiatan yang elilaksanakan eli lokasi magang adalah pengawasan dan pengamatan kegiatan pembangunan Taman Surya yang berada eli bawah pengawasan Dinas Pertamanan Daerah Kotamadya Tingkat II Surabaya, redesain elemen taman pada pelaksanaan pembangunan Taman Surya serta perencanaan kebun pembibitan. Pelaksanaan pembangunan Taman Surya elimulai dengan pelaksanaan administratif tanggal 27 Oktober 1998 sampai 5 Desember 1998. Proses pelelangan yang dilakukan adalah pelelangan terbatas dan sistem kontrak yang digunakan adalah Fixed Unit Price dan total biaya pelaksanaan Rp. 726,000,000.00. Pelelangan ulang elilaksanakan karena pada pelelangan pertarna harga penawaran terendah berada eli atas harga owner estimate. Pemenang pelelangan adalah Cv. Tunas. Pelaksanaan fisik pekerjaan elimulai tanggal 5 Desember 1998 sampai 25 April 1999 oleh CV Hidayat. PenYrlesaian pekeIjaan mengalami keterlambatan selama 5 minggu. Pengawasan pelaksanaan pekeIjaan elilakukan oleh pihak kontraktor bekeIja sarna dengan pengawas lapang dari Dinas Pertamanan Daerah. Pengawasan dilakukan terhadap jadwal kerja, mutu dan volume pekerjaan. Pada pelaksanaan terdapat beberapa tambahan volume maupunjenis pekerjaan dan pengurangan pekerjaan Pengawasan yang dilakukan dilaporkan dalam laporan mingguan yang dibuat untuk menggambarkan tingkat penyelesaian pekerjaan dan menunjukkan apakah peker,j aan yang dilaksanakan mengalami keterlambatan atau tidak. Laporan mingguan yang ,dibuat oleh kontraktor harns disetujui oleh pengawas lapangan dari Dinas Pertamanan Daerah dan disahkan oleh BPP. Dalam pelaksanaan setiap proyek mempunyai tujuan untuk mencapai suatu pekerjaan yang efisien yaitu pekerjaan dapat diselesaikan dalam waktu yang telah diten1pkan dan hasil pekerjaan mempunyai kualitas sesuai kualifikasi. Faktor-faktor yang mempengaruhi efisiensi dalam pelaksanaan adalah keterampilan tenaga kerja, kelen,gkapan dan ketersediaan alat dan bahan serta sistem dalam manajemen pelaksanaan. Pengaturan tenaga kerja pada pelaksanaan pembangunan Taman Surya didasarkan pada spesifikasi atau keahlian di bidang yang diperlukan. Beberapa pekerjaan menggunakan tenaga kerja dari sub kontraktor sehingga didapatkan tenaga kerja ,yang memang trampil di bidangnya. Kapasitas kerja dipengaruhi oleh cuaca dan keterampilan pekerja. Pada siang hari dengan suhu 32 - 35°C kapasitas kerja dari pekerja akan lebih rendah dari pagi hari, selain itu hujan yang turun juga mempengaruhi produktivitas pekerja. Proses penyediaan beberapa jenis bahan mengalami keterjambatan, karena masalah harga. Penyediaan alat dan bahan dilakukan oleh kontraktor. Beberapa penyebab keterlarnbatan penyelesaian pekeIjaan dapat memberikan tarnba,han waktu bagi pihak kontraktor untuk menyelesaikan pekeIjaan seperti perubahan material, perubahan volume, tidak stabilnya harga, perubahan disain dan pengaruh cuaca. Keterlarnbatan penyelesaian karena hal di atas dapat menimbulkan biaya langsung, perpanjangan waktu dan biaya dampak. Untuk menutupi kekurangan biaya maka diajukan adendum dengan total nilai sebesar Rp. 35,868,000.00. Pergantian pimpinan proyek yang bedangsung sarnpai tiga kali menyebabkan pengawasan yang dilakukan tidak efisien dan komunikasi antara pihak kontraktor dan perencana tentang perubahan kondisi lapang tidak lancar.
Keyword: