Judul: Variasi Nukleotida pada Gen Insulin-Like Growth Factor 1 (IGF-1) pada Sapi Karapan dan Pedaging.
Abstrak: Sapi madura merupakan sapi lokal indonesia yang berasal dari persilangan antara Bos indicus (zebu) dan Bos javanicus (banteng). Sapi madura dipelihara untuk berbagai tujuan seperti karapan (balapan sapi), sonok (lomba kecantikan), dan pedaging. Gen insulin-like growth factor 1 (IGF-1) esensial untuk pertumbuhan, perkembangan, dan metabolisme hewan. Hal ini menjadikan IGF-1 sebagai kandidat gen yang penting untuk sifat ekonomis dari peternakan sapi. Tujuan penelitian ini adalah untuk menentukan variasi nukelotida pada sapi karapan dan pedaging. Sebanyak masing-masing 10 sampel DNA sapi kerapan dan pedaging dilakukan amplifikasi dengan Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer AF553 dan AF554. Amplikon kemudian di-pool berdasarkan kategori jenis sapi untuk dilakukan sekuensing. Hasil amplifikasi diperoleh sebagian dari intron 3, ekson 4, dan intron 4 sepanjang 762 pb. Data hasil sekuensing dilakukan pensejajaran menggunakan aplikasi MEGA 7 dengan menggunakan Bos indicus (NC032654) sebagai referensi sekuen untuk mengamati adanya variasi nukleotida. Hasil pensejajaran sekuen menunjukkan tidak ada variasi nukleotida pada intron 3 dan ekson 4. Satu variasi nukleotida berupa mutasi transisi G491A ditemukan di intron 4.
Keyword: IGF-1, intron 4, sapi madura

Judul: Variasi nukleotida pada ekson dan intron 7 Gen Pengkode Subunit E1β Branched-chain α-keto Acid Dehydrogenase (BCKDHB) pada Sapi Madura
Abstrak: Sapi Madura merupakan salah satu bangsa sapi asli Indonesia hasil persilangan dari Bos indicus dan Bos javanicus. Sapi Madura dapat dikelompokkan menjadi 3 peruntukan, yaitu sapi karapan (balapan), sapi sonok (pajangan), dan sapi sayur (pedaging). Kompleks Branched-Chain α-Keto Acid Dehydrogenase (BCKDH) merupakan kompleks multi enzim yang memiliki peran penting dalam regulasi katabolisme asam amino bercabang (branched-chain amino acids, BCAA) yang mengkatalisis proses degenerasi asam α-keto bercabang (branched-chain α-ketoacids, BCKA). Mutasi yang terjadi pada daerah pengkode gen BCKDHB menyebabkan defisiensi pada fungsi enzim sehingga mengakibatkan akumulasi asam α-keto di dalam tubuh. Data mutasi pada daerah ekson dan intron dapat berpotensi sebagai dasar pemuliaan ternak berdasarkan analisis fungsional gen BCKDHB. Penelitian ini bertujuan menganalisis variasi nukleotida pada ruas ekson 7 dan intron 7 gen pengkode Branched-Chain α-Keto Acid Dehydrogenase Complex E1β (BCKDHB) pada sapi Madura. Sampel yang digunakan sebanyak 4 sampel darah utuh Sapi Karapan. Metode yang digunakan dalam penelitian ini yaitu Polymerase Chain Reaction (PCR), sekuensing, dan analisis runutan nukleotida dengan aplikasi MEGA 7.0. Variasi pada daerah ekson 7 gen BCKDHB hanya ditemukan satu varian berupa subtitusi dan tidak berpengaruh terhadap translasi asam amino. Variasi pada daerah intron 7 merupakan subtitusi dapat berupa transversi maupun transisi. Selain itu, ditemukan juga kejadian indel pada daerah intron 7 pada posisi basa ke-341.
Keyword: Daerah pengkode., daerah non-pengkode, mutasi, Sapi Karapan, variasi asam amino

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: