Judul: Deteksi Papaya ringspot virus Asal Tanaman Pepaya (Carica papaya) Berdasarkan Teknik Reserve Transcription- Polymerase Chain Reaction
Abstrak: Papaya ringspot virus (PRSV) merupakan anggota genus Potyvirus yang dapat menyebabkan penyakit penting pada tanaman pepaya dan beberapa tanaman dari famili Cucurbitaceae. Penyebaran PRSV di Indonesia masih sangat terbatas, bahkan PRSV masih tergolong OPTK kategori A1 berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian Nomor.93/Permentan/OT.140/12/2011. Penelitian ini dilakukan untuk mendeteksi PRSV yang menyebabkan penyakit bercak cincin pada tanaman pepaya di Bogor, Jawa Barat dan untuk menyeleksi primer yang dapat mengamplifikasi DNA target secara konsisten dengan teknik RT-PCR. Penelitian diawali dengan kegiatan survei lapangan dan pengambilan contoh tanaman sakit, diikuti dengan deteksi menggunakan metode RT-PCR dan penularan secara mekanis pada tanaman pepaya sehat. Metode deteksi PRSV di laboratorium meliputi ekstraksi RNA total, sintesis cDNA, dan amplifikasi DNA menggunakan tiga jenis primer yaitu primer universal Potyvirus MJ1/MJ2 yang akan mengamplifikasi protein selubung Potyvirus dan dua pasang primer spesifik PRSV yaitu PRSV1298/PRSV1942 dan PRSV326/PRSV800 yang akan mengamplifikasi berturut-turut bagian gen Nib (nuclear inclusion protein) dan gen protein selubung PRSV. Pertanaman pepaya di lapangan menunjukkan gejala mosaik pada bagian daun, tangkai daun, batang dan buah dengan tingkat kejadian penyakit 20% hingga 100%. Semua sampel tanaman sakit dari Bogor berhasil ditularkan melalui penularan secara mekanis, walaupun hanya menunjukkan gejala mosaik ringan. Sampel tanaman sakit asal Bogor terbukti terinfeksi PRSV berdasarkan hasil deteksi dengan metode RT-PCR. Primer spesifik PRSV326/PRSV800 dapat mengamplifikasi DNA target dengan ukuran 475 bp dengan baik dan dapat disarankan sebagai primer untuk mendeteksi PRSV.
Keyword: inokulasi mekanis, organisme karantina, selubung protein, Potyvirus

Judul: Kisaran Inang Dan Penularan Papaya Ringspot Virus
Abstrak: Pepaya (Carica papaya L.) merupakan salah satu komoditas pertanian yang banyak dikonsumsi oleh masyarakat Indonesia. Produktivitas pepaya sangat dipengaruhi oleh faktor alam, termasuk gangguan hama dan penyakit tanaman. Papaya ringspot virus (PRSV) merupakan penyebab penyakit bercak cincin dan dilaporkan mengakibatkan kehilangan hasil pada tanaman pepaya dan beberapa jenis Cucurbitaceae, sehingga menimbulkan kerugian bagi petani. Berdasarkan Permentan 93/2011, PRSV masih tergolong Organisme Pengganggu Tumbuhan Karantina A1, yang artinya organisme tersebut belum ditemukan di wilayah Negara Indonesia. Namun telah ditemukan laporan yang menyatakan bahwa PRSV telah menginfeksi tanaman pepaya di daerah Aceh dan Medan dengan insidensi penyakit mencapai 100%. Berdasarkan kisaran inangnya, PRSV terdiri atas 2 strain, yaitu PRSV strain P (PRSV-P) dan PRSV strain W (PRSV-W). PRSV-P menginfeksi tanaman pepaya dan Cucurbitaceae, sedangkan PRSV-W hanya menginfeksi Cucurbitaceae. Infeksi PRSV menyebabkan gejala mosaik, pemucatan tulang daun (vein clearing), penebalan tulang daun (vein banding), mosaik bergaris pada petiol, bercak hijau pada pucuk batang, daun berbentuk seperti tali (shoestring), penebalan lamina daun (rugose), dan kerdil. Virus ini dapat ditularkan ke tanaman sehat secara mekanis dan melalui vektor, namun tidak tular benih. Penelitian dilakukan untuk mengetahui kisaran inang beberapa isolat PRSV melalui pengujian penularan secara mekanis pada 10 jenis tanaman dari 2 famili (Caricaceae dan Cucurbitaceae), efisiensi penularan PRSV melalui 2 spesies kutudaun yaitu Aphis gossypii dan Myzus persicae (Ordo: Hemiptera, Famili: Aphididae), dan membuktikan bahwa PRSV tidak dapat ditularkan melalui biji. Pengamatan dan pengambilan sampel bergejala PRSV dilakukan di Medan (Desa Namo Belin) dan Bogor (Ciomas). Sampel tanaman bergejala PRSV asal Aceh dan Bogor, diperoleh dari koleksi Laboratorium Virologi Tumbuhan (IPB), sedangkan sampel tanaman bergejala PRSV isolat Bali merupakan koleksi dari Balai Karantina Pertanian (BKP) Kelas I Denpasar. Isolat-isolat PRSV kemudian diperbanyak pada tanaman pepaya var. ‘California’ melalui inokulasi secara mekanis. Metode RT-PCR menggunakan primer spesifik CP PRSV 326/PRSv 800 berhasil mengamplifikasi DNA PRSV isolat Medan, Aceh, Bogor (Situgede dan Ciomas), serta Bali. Fragmen DNA hasil amplifikasi ±470pb selanjutnya digunakan untuk keperluan sikuensing. Analisis urutan basa nukleotida hasil sikuensing menunjukkan bahwa PRSV isolat Medan, Aceh, Bogor (Situgede dan Ciomas), serta Bali memiliki kemiripan yang tinggi satu dengan lainnya (96.5- 99.3%). Bila dibandingkan dengan isolat PRSV dari beberapa negara lainnya, maka isolat-isolat PRSV asal Indonesia tersebut memiliki homologi tertinggi dengan PRSV isolat Thailand (95.9-98.3 %) dan terendah dengan PRSV isolat Taiwan (91.3-96.1%). Uji kisaran inang dilakukan pada 5 varietas pepaya (‘California’, ‘Callina’,‘Lokal’, ‘Bangkok’, dan ‘Red Lady’) dan 5 jenis tanaman Cucurbitaceae (mentimun, mentimun jepang, kabocha, semangka, dan melon), menggunakan PRSV isolat Medan, Aceh, dan Bogor (Situgede). Inokulasi pada uji kisaran inang dilakukan secara mekanis. Tanaman pepaya yang diinokulasi secara mekanis dengan PRSV menunjukkan gejala yang khas dan jelas, yaitu mosaik, pemucatan tulang daun, penebalan tulang daun, penebalan lamina daun, daun berbentuk seperti tali, bercak hijau seperti berminyak pada batang dan tanaman menjadi kerdil. Tanaman Cucurbitaceae menunjukkan gejala yang lebih ringan. Hasil uji kisaran inang menunjukkan bahwa semua varietas pepaya dapat diinfeksi oleh PRSV isolat Medan, Aceh, dan Bogor. PRSV isolat Medan dan Aceh mampu menginfeksi tanaman mentimun, mentimun jepang, semangka, dan melon, sedangkan PRSV isolat Bogor hanya berhasil menginfeksi mentimun, mentimun jepang, dan melon. Tanaman kabocha merupakan
Keyword: insidensi penyakit, keparahan penyakit, respons tanaman, DIBA, RT-PCR

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: