Judul: Ukuran Kemiripan Anotasi Gene Ontology Berbasis Information-Based Similarity Menggunakan SOLR.
Abstrak: Indonesia kaya akan keanekaragaman hayati. Informasi-informasi biodiversitas yang disediakan sangat banyak dengan format yang berbeda-beda. Mengingat ukuran datanya yang besar dan banyak, dibutuhkan sebuah mesin pencari yang baik, namun seringkali dokumen yang dikembalikan tidak relevan. Untuk meningkatkan hasil kerja mesin pencari adalah dengan menggunakan algoritme kemiripan yang baik, salah satunya adalah information-based similarity. Dokumen yang digunakan dalam penelitian ini adalah Gene Ontology. Dalam penelitian ini dilakukan perbandingan kinerja antara metode information-based similarity dan metode pengukuran kemiripan default yang digunakan SOLR. Hasil evaluasi MAP yang diperoleh untuk metode information-based similarity lebih tinggi, yaitu 0.894154, sedangkan nilai R-precision yang didapatkan untuk kedua metode adalah sama. Hasil perbandingan menunjukkan bahwa metode informationbased similarity sedikit lebih unggul karena mampu menampilkan semua dokumen relevan pada urutan atas.
Keyword: biodiversitas, Gene Ontology, information-based similarity, mesin pencari

Judul: Ukuran Kemiripan Sweetspot Similarity Pada Temu Kembali Informasi Anotasi Gene Ontology Berbasis Solr
Abstrak: Biodiversitas Informatik adalah sebuah upaya membuat sumber informasi keanekaragaman hayati dalam format digital. Biodiversitas informatik menggunakan struktur ontologi dalam memetakan pengetahuannya. Gene Ontology (GO) adalah sebuah ontologi di bidang biologi molekular yang dikembangkan oleh Gene Ontology Consortium. Gene Ontology memiliki 3 komponen, yaitu molecular function, biological process, dan cellular component. Dibutuhkan mesin pencari yang relevan serta mampu mengolah data biodiversitas yang besar. Apache SOLR merupakan mesin pencari yang dibangun pada Apache Lucene. Uji kemiripan pada SOLR Sweetspot similarity dapat mengantisipasi masalah perbedaan panjang anotasi GO dengan melakukan normalisasi panjang dokumen. Normalisasi panjang dokumen ditentukan berdasarkan perbandingan dari beberapa parameter dan didapatkan nilai min 51, max 100, dan steepness 0.4 sebagai acuan yang terbaik. Hasil dari penelitian ini menunjukkan nilai Mean Average Precision dan RPrecision sweetspot similarity lebih baik dibandingkan dengan classic similarity.
Keyword: Apache SOLR, Biodiversitas Informatic, Gene Ontology, Mesin pencari, Sweetspot Similarity

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: