Judul: Morfologi Caenorhabditis sp. Indonesia yang Dibiakkan dari Kompos dan Identifikasi Spesiesnya melalui Amplifikasi Gen mtCOI
Abstrak: Hewan uji yang umum digunakan dalam pengujian senyawa di laboratorium berasal dari kelompok hewan rodensia seperti mencit. Penggunaan mencit sebagai hewan uji membutuhkan biaya perawatan yang tinggi serta masa adaptasi dan perlakuan yang cukup lama. Caenorhabditis elegans merupakan spesies nematoda tanah yang berpotensi sebagai alternatif baru hewan uji dalam pengujian senyawa di laboratorium. Penelitian ini bertujuan mengembangbiakkan C. elegans yang bersumber dari pupuk kompos di Indonesia serta membandingkan karakteristik morfologi dan genetiknya dengan C. elegans tipe liar. Nematoda berproliferasi secara optimal pada media pertumbuhan nematoda (NGM) selama 60 jam. Nematoda ini memiliki karakteristik morfologi genus Caenorhabditis sp. Nematoda tampak transparan dan pipih, bergerak dengan meliuk-liukkan tubuhnya, serta memiliki ekor yang runcing. Hasil penjajaran spesifik gen mtCOI nematoda kompos terhadap sekuens C. elegans (NC_001328.1) menghasilkan nilai homologi sebesar 41.89%. Penentuan spesies nematoda secara genetik tidak dapat ditentukan sebab hasil sekuensing dan penjajaran sekuens yang kurang baik.
Keyword: Caenorhabditis elegans, hewan uji, kompos, morfologi, mtCOI

Judul: Identifikasi Nematoda Puru Akar (Meloidogyne spp) dengan DNA Barcode
Abstrak: Identifikasi Nematoda Puru Akar (NPA) di Indonesia saat ini hanya didasarkan pada karakter morfologis. Identifikasi nematoda berdasarkan karakter morfologis membutuhkan akurasi tinggi dan perlu didukung oleh hasil identifikasi molekuler menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Oleh karena itu perlu dikembangkan metode identifikasi menggunakan karakter molekuler yang berasal dari gen sitokrom oksidase 1 (CO1). Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi NPA yang terkait dengan tanaman bit berdasarkan gen CO1 Meloidogyne. Sampel bit diperoleh dari lahan pertanian yang terletak di Kecamatan Cipanas, Kabupaten Cianjur. Pengambilan sampel dilakukan dengan metode purposive sampling. Identifikasi molekuler dengan PCR termasuk ekstraksi, amplifikasi, elektroforesis DNA, dan analisis sekuens nukleotida dan asam amino. Analisis sekuensing dilakukan dengan BLAST, ClustalW, DNA baser assembler dan Mega v.7.0. Amplifikasi DNA dilakukan dengan menggunakan primer spesifik CO1SIF (5-'GCCTGCATTTGGTTAG-3 ') dan CO1SIR (5’-TCAAACCAGTCCT-3’), CO1SAF (5’-GGGTACTGGATGAACA TTA-3’) dan CO1SAR (5’-ACTTCAGGATGACCAAA-3’). Amplifikasi DNA menghasilkan fragmen M. arenaria 360 bp dan fragmen M.incognita 326 bp. Homologi nukleotida dan asam amino M. arenaria Indonesia menunjukkan 100% dengan isolat AS, Jerman, Vietnam dan 73,4% dengan outgroup H.glycines (homologi nukleotida), 75,3% (homologi asam amino). Homologi nukleotida dan asam amino M. incognita Indonesia menunjukkan 100% dengan Jerman, Inggris, Afrika Selatan, dan, Vietnam. Homologi 99,8% dengan isolat AS. Homologi asam amino menunjukkan 99% dengan Jerman, Inggris, Afrika Selatan, Vietnam, dan AS, dengan outgroup H.glycines (homologi nukleotida 74%, asam amino 73,9%).
Keyword: Gen CO1, M. arenaria, M. incognita, bit gula

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: