Judul: Antitoxin Activity of Ethanol Extract of Clove (Syzygium aromaticum)
Abstrak: Senyawa toksin dapat menginduksi terbentuknya radikal bebas (reactive oxygen species, ROS) yang dapat memicu kerusakan dan penurunan viabilitas sel. Cengkeh (Syzygium aromaticum) merupakan salah satu tanaman Indonesia yang mengandung senyawa fenolik sehingga memiliki aktivitas antioksidan yang dapat menurunkan toksisitas ROS. Namun, pengetahuan aktivitas antitoksin ekstrak cengkeh masih belum tersedia. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan mengetahui pengaruh ekstrak cengkeh sebagai agen antitoksin dengan menggunakan khamir Saccharomyces cerevisiae sebagai model. Senyawa toksin yang diujikan adalah mutagen malachite green. S. cerevisiae banyak digunakan sebagai organisme model untuk mengeksplorasi mekanisme seluler organisme tingkat tinggi karena homologi genetik dan fisiologinya. Ekstrak cengkeh diperoleh dari bunga dan daun dengan metode maserasi. Kandungan fenolik dalam ekstrak cengkeh dianalisis dengan metode Folin-ciocalteu. Metode yang digunakan untuk menganalisis kemampuan ekstrak cengkeh sebagai agen antitoksin adalah uji dekolorisasi dan uji viabilitas sel. Kandungan fenolik ekstrak daun dan bunga cengkeh masing-masing adalah 441,28 dan 394,73 mg GAE g-1 ekstrak. Penambahan ekstrak mengurangi kemampuan S. cerevisiae mendekolorisasi malachite green tetapi meningkatkan viabilitas sel. Menariknya, koloni petite khamir ditemukan pada S. cerevisiae yang diberi konsentrasi tinggi ekstrak cengkeh. Hal ini mengindikasikan potensi ekstrak cengkeh dalam meregulasi aktivitas mitokondria. Penelitian lebih lanjut di level molekuler diperlukan untuk mengetahui mekanisme ekstrak cengkeh sebagai agen antitoksin., Toxic compounds can induce the formation of free radicals (reactive oxygen species, ROS) which can trigger damage and decrease cell viability. Clove (Syzygium aromaticum) is one of the Indonesian plants that contain phenolic compounds that are useful as antioxidants which can reduce ROS toxicity. However, little is known about the antitoxin activity of clove extract. Therefore, this study aimed to determine the effect of clove extract as an antitoxin agent using the yeast Saccharomyces cerevisiae as a model. The toxin compound tested is malachite green mutagen. S. cerevisiae is widely used as a model organism to explore the cellular mechanisms of higher organisms due to its genetic and physiological homology. Clove extract was obtained from bud and leaves using the maceration method. The compounds contained in cloves were analyzed by phenol quantitation using the folin-ciocalteu method. The methods used to analyzed the ability of clove extract as anti-mutagenic were decolorization test and cell viability test. The phenol content of leaves and bud extract were 441.28 and 394.73 mg GAE g-1 extract, respectively. The addition of extract reduced the ability of S. cerevisiae to decolorize malachite green but increased cell viability. Interestingly, number of petite colony of yeast was found in S. cerevisiae treated with high clove extract. This indicates the potential of clove extract in regulating mitochondrial activity. Further research at the molecular level is needed to determine the mechanism of clove extract as an antitoxin agent.
Keyword: Antitoxin, Clove, Phenolic, ROS, S. cerevisiae

Judul: The Effect of Ethanol Derived Fraction of Clove Leaves  and Eugenol as Source of Antioxidants in Delaying Aging on Cellular and  Molecular Level
Abstrak: Cengkeh (Syzygium aromaticum) adalah anggota famili Myrtaceae yang dikenal memiliki aktivitas antioksidan dan antivirus yang tinggi. Antioksidan dibutuhkan oleh sel untuk mencegah adanya akumulasi oksigen reaktif (ROS) di dalam sel. Aktivitas antioksidan ekstrak cengkeh diduga berkorelasi dengan perpanjangan masa hidup seluler (aktivitas antipenuaan). Ekstrak kasar daun cengkeh telah dilaporkan memperpanjang masa hidup sel khamir, namun masih kurangnya informasi yang tersedia mengenai aktivitas antipenuaan dari fraksi etanol daun cengkeh dan eugenol. Dengan demikian, tujuan dari penelitian ini adalah untuk menganalisis cara kerja fraksi etanol daun cengkeh (konsentrasi 25, 50,75,100 μg.mL-1 ) dan eugenol (konsentrasi 10, 20, 30 dan 40 μg.mL-1 ) pada tingkat seluler dan molekuler dalam memperpanjang masa hidup organisme model khamir Schizosaccharomyces pombe. Analisis yang di lakukan pada penelitian ini adalah analisis seluler dan analisis molekuler. Analisis seluler yang digunakan dalam penelitian ini terdiri atas analisis viabilitas sel dan uji toleransi khamir terhadap cekaman oksidatif dengan metode spot test assay, analisis CLS (Chronological life span) dengan teknik TPC (total plate count), dan uji aktivitas mitokondria. Analisis molekuler yang dilakukan adalah protein docking dan analisis transkriptomik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa fraksi etanol daun cengkeh dan senyawa eugenol dapat memperpanjang umur khamir pada konsentrasi terendah, yakni masing-masing 25 ppm dan 10 ppm. Hasil pengujian juga menunjukkan bahwa fraksi etanol daun cengkeh dan senyawa eugenol dapat menginduksi toleransi khamir terhadap stres oksidatif (1mM, 2mM, dan 3mM H2O2). Analisis penambatan molekul yang telah dilaksanakan mengungkapkan bahwa senyawa eugenol dapat mengikat protein regulator respon sel terhadap stres oksidatif, diantaranya protein sty1 dan ctt1, tetapi tidak pada sisi aktif. Hasil transkriptomik menunjukkan penurunan ekspresi gen mip1 yang menyandikan Mip1 subunit protein TORC1, serta meningkatkan regulasi scr1 yang terlibat dalam aktivitas mitokondria. Penghambatan aktivitas TORC1 serta peningkatan aktivitas mitokondria diketahui meningkatkan usia kronologis khamir. Secara keseluruhan, penelitian ini menunjukkan adanya potensi aktivitas antipenuaan senyawa eugenol dan cara kerjanya pada tingkat molekuler, Clove (Syzygium aromaticum) belongs to Myrtaceae family which is known to have high antioxidant and antiviral activity. Antioxidants are needed by cells to prevent the accumulation of reactive oxygen species (ROS). The antioxidant activity of clove extract presumably correlates with the extension of cellular life span (antiaging activity). Crude extract of clove leaves has been reported to prolong the life span of yeast cells, however lack of information available regarding antiaging activity of its corresponding ethanol fraction and eugenol. Thus, the aim of this study was to analyze the mode of action of ethanol fraction of clove leaves (concentration 25, 50, 75 and 100 μg.mL-1 ) and eugenol (with concentration 10, 20, 30, and 40 μg.mL-1 ) at the cellular and molecular levels in prolonging life span of the yeast model organism Schizosaccharomyces pombe. The analysis carried out in this research were cellular analysis and molecular analysis. Cellular analysis conducted in this study consisted of cell viability analysis and yeast tolerance test against oxidative stress by spot test assay method, CLS (Chronological life span) analysis with TPC (total plate count) technique, and mitochondrial activity test. Molecular analysis carried out were protein docking and transcriptomic analysis. The results showed that the ethanol fraction of clove leaves and eugenol
Keyword: antiaging, TORC1, transcriptomic, Schizosaccharomyces pombe

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: