Judul: Analisis Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) Aksesi Sengon (Falcataria moluccana) Resistan dan Rentan Terhadap Penyakit Karat Puru
Abstrak: Sengon banyak ditanam dan dimanfaatkan karena memiliki banyak keunggulan, yaitu bernilai ekonomi tinggi, cepat panen, mudah tumbuh dan dipelihara. Namun, sengon yang ditanam monokultur rentan terkena penyakit karat puru yang disebabkan oleh jamur Uromycladium falcatariae. Tujuan penelitian ini adalah mengevaluasi pertumbuhan uji keturunan sengon di Kediri serta aplikasi markah SNPs pada aksesi progeni sengon yang resistan dan rentan terhadap karat puru. Informasi ini diperlukan sebagai dasar pemuliaan pohon sengon yang resistan. Sampel yang diuji berjumlah total 40 progeni dari masing-masing famili resistan (R02, R08, R09, R12, dan R13) serta rentan (S26, S27, S28, S29, dan S30) dengan ulangan 4 progeni tiap famili. Setiap sampel diuji menggunakan 6 primer SNPs dengan metode High-resolution Melting (HRM) dan data dianalisis menggunakan Khi-Kuadrat dan Principal Component Analysis (PCA). Nilai intensitas dan keparahan serangan pada famili resistan dan rentan tidak berbeda nyata. Hasil analisis SNPs menunjukkan bahwa gen berasosiasi dengan sifat resistansi sengon. Analisis PCA menunjukkan 6 primer mampu memisahkan aksesi resistan dan rentan, sehingga markah SNP dapat digunakan untuk seleksi pohon resistan karat puru.
Keyword: gen, high resolution melting, mutasi, Uromycladium falcatariae

Judul: Uji Progeni Falcataria moluccana serta Identifikasi Single Nucleotide Polymorphisms untuk Ketahanan Terhadap Boktor dan Karat Puru
Abstrak: Sengon (Falcataria moluccana (Miq.) Barneby & J.W. Grimes) merupakan tanaman cepat tumbuh yang banyak dibudidayakan pada hutan tanaman maupun hutan rakyat di Indonesia. Kayu Sengon menjadi bahan utama industri kayu ringan di Indonesia dan kebutuhannya selalu meningkat setiap tahun. Meluasnya budidaya sengon diikuti oleh serangan hama dan penyakit. Hama dan penyakit yang paling sering menyerang tanaman sengon adalah penggerek batang boktor. Tahun 2020 dilakukan pembangunan plot uji keturunan di Perum Perhutani KPH Kediri dengan menggunakan 50 famili resisten dan 50 famili rentan terhadap hama penggerek boktor dan penyakit karat puru guna memperoleh sumber benih yang dibentuk dari uji coba genetik untuk ketahanan terhadap hama dan penyakit. Selain melalui pembangunan uji keturunan, seleksi dapat pula dilakukan dengan seleksi secara non-konvensional yakni dengan bantuan marka genetik. Penanda genetik yang bersifat spesifik seperti SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) dapat dikembangkan untuk melakukan analisis. SNPs merupakan perubahan satu basa tunggal pada susunan rantai DNA yang kelimpahannya dalam genom sangat banyak. Tujuan dari penelitian ini yaitu: (1) menganalisis pola pewarisan resistensi pada pertumbuhan awal uji keturunan sengon, 2) mengidentifikasi situs SNPs yang terpaut pada gen-gen resistensi. Pembagunan uji progeni dilakukan dengan 100 famili yang dikelompokkan menjadi dua kategori, 50 famili untuk kelompok resisten dan 50 famili untuk kelompok rentan. Penanaman bibit menggunakan jarak tanam 3 m x 2 m dengan 25 tree square plot. Namun, pengamatan hanya dilakukan pada 9 individu pohon bagian tengah. Sifat pertumbuhan yang diukur adalah tinggi, diameter, serta skoring serangan hama dan penyakit. Identifikasi SNPs dilakukan menggunakan sekuens hasil analisis transkriptomik. SNPs yang telah teridentifikasi kemudian diseleksi dan dikembangkan menjadi primer spesifik berdasarkan gen-gen yang terkait resistensi. Pertumbuhan sengon 0 BST dan 9 BST pada famili tanaman resisten dan rentan menunjukkan perbedaan yang signifikan. Nilai heritabilitas tergolong dalam kategori sedang. Sifat resistensi diturunkan dari pohon induk ke progeni, ditunjukkan dengan intensitas dan keparahan serangan karat puru pada famili resisten yang lebih rendah dibandingkan famili rentan. Informasi ini dapat digunakan untuk seleksi bertahap dengan mempertimbangkan intensitas yang sesuai. Penjajaran 8 reads pada sekuens referensi hasil transkriptomik mengidentifikassi perubahan basa nukleotida sebanyak 496.194 SNPs. Hasil identifikasi SNPs menemukan 119 SNPs yang kemungkinan berhubungan dengan 7 gen terkait resistensi terhadap hama dan penyakit. Sebanyak 13 primer SNPs berhasil didesain dengan 10 primer yang teramplifikasi. Analisis HRM berhasil mengkonfirmasi adanya asosiasi SNPs pada gen-gen terkait resistensi.
Keyword: heritability, progeny test, resistance, sengon, single nucleotide  polymorphisms

Judul: Kekonsistenan Hamiltonian pada Gerak Gelombang Interfacial
Abstrak: The interfacial wave is an internal wave that occurs at boundary of two layers fluid. It appears because there is difference of mass density between the two layers. The objective of this thesis is to formulate the motion of internal wave with flat base and flat as well as free upper bound surface. The motion equation obtained is a Hamiltonian system. The Hamiltonian in this system is expressed by variable of wave deviation and horizontal component of potential velocity. Under assumption that interfacial wave moves only in one direction, it can be shown that the Hamiltonian depends on the solution of the wave motion equation. The coefficients of the equation depend on the physical characteristics of the two layers of fluid, i.e. thickness and mass density. The numerical results show that Hamiltonian in the system is constant. It is consistent with Hamiltonian characteristic, which does not depend on time.
Keyword: