Judul: Uji Serologi Tomato infectious chlorosis virus (TICV) pada Tanaman Tomat
Abstrak: Penyebaran Tomato infectious chlorosis virus (TICV) yang terbatas pada jaringan floem ini menyebabkan TICV sangat sukar dipurifikasi untuk mendapatkan virus murni dalam jumlah yang memadai sebagai antigen. Mungkin karena alasan ini maka belum ada antiserum komersial yang tersedia untuk mendeteksi TICV sehingga sampai saat ini deteksi TICV dilakukan hanya melalui reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR). Kemajuan teknologi di bidang biologi molekuler telah menyediakan metode untuk mengekspresikan suatu gen tertentu, dengan menyisipkannya dalam vektor ekspresi (plasmid) pada Escherichia coli. Antiserum poliklonal disiapkan untuk selubung protein (coat protein) (TICV) yang diekspresikan dalam Eschericia coli yang dievaluasi berdasarkan reaksinya terhadap keberadaan partikel virus dalam jaringan tanaman tomat. Evaluasi berdasarkan kekhususan reaksi antiserum dan tingkat titer antiserum dengan menggunakan 3 macam uji serologi yang berbeda, yaitu agarose gel precipitation test (AGPT), dot blot immunobinding assay (DIBA), dan indirect enzyme-linked immunosorbent assay (I-ELISA). Antiserum memberikan sinyal positif yang jelas pada semua uji serologi yang menggunakan cairan perasan tanaman tomat yang terinfeksi TICV, tetapi tidak ada sinyal positif yang terdapat dalam uji reaksi antiserum dan cairan perasan tanaman tomat sehat. Hal ini yang menunjukkan kekhususan dari antiserum tersebut. Antiserum yang digunakan mempunyai titer yang cukup memadai yaitu 1/4 pada AGPT, 1/200 pada DIBA, dan 1/500 pada I-ELISA sehingga potensial digunakan sebagai alat deteksi TICV.
Keyword: 

Judul: Deteksi diferensial Tomato chlorosis virus (ToCV) dan Tomato infectious chlorosis virus (TICV) dengan reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR)
Abstrak: Tanaman tomat (Lycopersicon esculentum Mill.) merupakan salah satu komoditas hortikultura yang sangat potensial untuk dikembangkan. Namun, upaya peningkatan produksi dan mutu tomat untuk memenuhi kebutuhan nasional dan ekspor menghadapi banyak kendala, salah satunya adalah gangguan organisme pengganggu tumbuhan (OPT). Beberapa tahun terakhir ini terdapat penyakit baru yang menyerang tanaman tomat yang disebabkan oleh Tomato chlorosis virus (ToCV) dan Tomato infectious chlorosis virus (TICV). Penyakit yang diinduksi oleh ToCV maupun TICV tidak dapat dibedakan gejalanya. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan metode deteksi diferensial TICV dan ToCV melalui reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). Sampel tanaman tomat yang positif terinfeksi tunggal oleh ToCV maupun TICV, dan yang positif terinfeksi ganda oleh TICV dan ToCV diperoleh dari hasil penelitian terdahulu. Untuk menguji penerapan metode RT-PCR terhadap sampel dari lapangan, beberapa sampel juga diperoleh dari sentra produksi tomat di beberapa daerah seperti Cianjur, Cipanas, Lembang, dan Garut. Sampel daun yang diambil dari lapangan di ekstraksi dan dideteksi dengan metode RT-PCR dan PCR, kemudian hasil PCR dielektroforesis. Untuk dapat membedakan virus ToCV dan TICV yang menginfeksi tanaman tomat, deteksi dilakukan dengan menggunakan primer khusus, yaitu ToCV-CF (5’GTGTCAGGCCATTGTAAACCAAG-3’) ToCV-CR (5’CACAAAGCGTTTCTTTTCATAAGCAGG-3’), TICV-CF (5’AATCGGTAG TGACACGAGTAGCATC-3’) dan TICV-CR (5’-CTTCAAACATCCTCCATCT GCC-3’) yang dapat mengamplifikasi virus secara terpisah. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa pasangan primer ToCV dan TICV benar-benar spesifik hanya mendeteksi virusnya masing-masing. Panjang pita produk RT-PCR untuk ToCV diperoleh 360 bp, sedangkan untuk TICV adalah 417 bp. Kedua pasang primer untuk ToCV dan TICV yang dicampur dapat digunakan untuk mendeteksi kedua virus ini, baik yang menginfeksi tunggal maupun bersama-sama dalam jaringan tanaman tomat. Selain utuk mendeteksi virus, metode RT-PCR dengan kedua pasang primer ini juga dapat diterapkan untuk diagnosis.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: