Judul: Optimasi Metode Loop-mediated Isothermal Amplifcation (LAMP) untuk Uji Kehalalan Daging Segar.
Abstrak: Metode loop-mediated isothermal amplification (LAMP) merupakan alternatif dari metode PCR dengan tingkat sensitifitas yang sama namun menggunakan peralatan yang lebih sederhana. Hal ini penting untuk infrastruktur pengujian halal di berbagai daerah yang mungkin memiliki keterbatasan sumber daya pengujian, khususnya dalam menyongsong kewajiban sertifikasi halal. Penelitian ini bertujuan memperoleh kondisi optimal pengujian LAMP sebagai metode deteksi babi yang sensitif dan sederhana untuk uji kehalalan pangan. Gen sitokrom B dan gen troponin I babi diamplifikasi mengunakan komposisi reagen, proses amplifikasi serta metode deteksi yang bervariasi. Hasil pengujian menunjukkan bahwa reaksi dapat berlangsung dengan tambahan 2 primer loop (loopF dan loopB) dan optimum pada suhu 65 oC selama 45 menit, dilanjutkan suhu 80 oC selama 5 menit. Kedua gen target dapat diamplifikasi dan tidak bereaksi silang dengan spesies lain. Sejauh ini, hanya elektroforesis yang memberikan hasil berbeda antara kontrol positif dan negatif. Meskipun menunjukkan hasil positif, reaksi LAMP memerlukan optimasi lebih lanjut sehingga lebih sensitif dan DNA hasil amplifikasi mampu divisualisasi dengan metode yang lebih sederhana.
Keyword: babi, DNA, halal, LAMP, sitokrom B, troponin I

Judul: Validasi Metode Analisis DNA Babi pada Produk Pangan dengan Primer Terseleksi dan Exogenous Internal Positive Control pada Real-Time PCR
Abstrak: Pengujian DNA babi menggunakan real-time PCR banyak diaplikasikan dalam proses sertifikasi halal maupun pengawasan produk pangan. Namun belum adanya standar metode pengujian ini perlu dilakukan validasi. Penelitian ini ditujukan untuk melakukan validasi metode amplifikasi DNA babi pada real-time PCR dengan menggunakan primer terseleksi dan exogenous internal positive control (IPC) sebagai alternatif metode yang digunakan pada Laboratorium LPPOM MUI. Adapun validasi metode ekstraksi tidak menjadi cakupan pada tesis ini karena menggunakan metode ekstraksi eksisting yang sudah tervalidasi pada Laboratorium LPPOM MUI, yaitu dengan metode solid-phase extraction menggunakan spin column. Tahapan penelitian dimulai dari seleksi pustaka untuk mendapatkan primer terseleksi dan dilanjutkan dengan ekstraksi sampel, uji efisiensi dan uji validasi metode. Sebelum validasi metode amplifikasi DNA, dilakukan uji efisiensi konsentrasi IPC terendah dan konsentrasi DNA sampel maksimum yang dapat diamplifikasi. Hasil uji efisiensi menunjukkan penggunaan IPC pada konsentrasi setengah dari konsentrasi awal, yaitu Exo IPC Mix 5X dan Exo IPC DNA 25X masih memberikan performa yang baik dengan mengamplifikasi DNA IPC pada Ct 27.57 ± 0.28 dan RFU pada 205.5 ± 14.85. Selain itu, diperoleh konsentrasi maksimum isolat DNA yang dapat diamplifikasi dengan baik tanpa ada inhibisi sebesar 100 ng/μl. Validasi metode amplifikasi DNA babi dilakukan pada lingkup uji spesifisitas, sensitifitas, linearitas, efisiensi amplifikasi dan uji robustness. Sebanyak 23 sampel positif dan 23 sampel negatif dievaluasi pada uji spesifitas. Dua sampel positif (kolagen babi dan kolagen peptida babi) menghasilkan hasil false negative dan maksimum nilai Ct untuk hasil true positive adalah 35.69 ± 0.95 pada sampel kapsul gelatin babi. Metode yang digunakan sudah sesuai untuk semua sampel yang diujikan, kecuali kolagen dan kolagen peptida. Di sisi lain, tiga sampel negatif menghasilkan hasil false positive dan terdeteksi di atas Ct 42.26. Oleh karena itu, dari sejumlah sampel yang diujikan, batasan Ct maksimum pada metode ini yang memberikan hasil true positive atau tidak memberikan hasil false positive adalah 35.69 ± 0.95. Nilai LOD yang memenuhi nilai keberterimaan berada pada konsentrasi 0.01 ng/μl pada Ct 33.29 ± 0.92 yang diperoleh dari hasil uji sensitivitas, linearitas (r2 = 0.996) dan efesiensi PCR (ɛ = 96.32). Metode ini teruji robust terhadap beberapa perubahan kecil seperti jenis master mix, volume master mix, konsentrasi primer, konsentrasi probe dan suhu annealing, yaitu DNA babi pada titik LOD yang masih teramplifikasi pada rentang 33.29 ± 0.92. Tidak hanya robust terhadap beberapa perubahan kecil yang mungkin terjadi secara tidak sengaja pada saat pengujian, metode ini juga tahan terhadap keberadaan beberapa inhibitor seperti alginat, selulosa, EDTA, ion kalsium, kolagen peptida dan polisakarida pada konsentrasi 1 μg/μl. Berdasarkan hasil validasi ini, metode amplifikasi DNA babi dengan menggunakan primer terseleksi dan exogenous IPC dapat digunakan sebagai metode alternatif pengujian DNA babi.
Keyword: Method Validation, Porcine DNA, Primer, Internal Positive Control, Real-Time PCR

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: