Judul: Identifikasi cendawan endofit asal daun Pegagan (Centella asiatica) berdasarkan morfologi dan penanda molekuler daerah ITS (Internal Transcribed Spacer)
Abstrak: Tanaman Pegagan (Centella asiatica) ialah tanaman tropis yang banyak terdapat di Indonesia dan dimanfaatkan sebagai tanaman obat karena khasiat dari kandungan bioaktifnya. Dalam hidupnya pegagan berasosiasi dengan cendawan endofit, yang bersifat simbiosis mutualistik atau netral. Senyawa bioaktif yang dikandung pegagan dapat dihasilkan oleh cendawan endofit atau hasil dari interaksi antara tanaman pegagan dengan cendawan endofit yang bersimbiosis. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman cendawan endofit asal daun tanaman pegagan secara morfologi dan molekuler menggunakan daerah ITS. Tujuh Isolat cendawan yang berasal dari penelitian sebelumnya kemudian diidentifikasi pada penelitian ini. Identifikasi morfologi meliputi pengamatan koloni, struktur mikroskopis dari hifa dan spora. Identifikasi molekular dilakukan dengan terlebih dahulu mengisolasi DNA genom dengan menggunakan metode CTAB (Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide) yang telah dimodifikasi. DNA hasil isolasi kemudian diamplifikasi pada daerah ITS 1 dan ITS 2 termasuk juga daerah 5.8 dengan ITSI dan ITS 4 sebagai pasangan primer. Hasil amplifikasi kemudian diurutkan susunan basanya, dan dianalisis dengan menggunakan program BLASTN. Berdasarkan hasil identifikasi secara morfologi diketahui bahwa ketujuh isolat tersebut teridentifikasi kedalam 5 genus yaitu Aspergilus, Colletotrichum, Fusarium, Mycoleptodiscus, dan Phoma. Berdasarkan hasil identifikasi molekuler menunjukkan bahwa kesemua isolat cendawan termasuk filum Ascomycota dan mempunyai nilai homologi kemiripan dengan data yang ada pada Gene Bank berkisar antara 81% sampai 99%. Ke 7 cendawan tersebut ialah Aspergillus sydowii, Colletotrichum gloeosporiorides, dua isolat Fusarium solani, dua isolat Mycoleptodiscus indicus dan Phoma sp.
Keyword: Molecular identification, Endophytic Fungi, Pegagan (Centella asiatica), ITS region

Judul: Identifikasi Molekuler Cendawan Patogen Penyakit Busuk Buah Cabai, Terung, Tomat, Jambu dan Pepaya
Abstrak: Tanaman hortikultura merupakan komoditas penting di Indonesia. Produktivitas dan produksi komoditas ini seringkali terkendala faktor abiotik maupun biotik, termasuk masalah penyakit busuk pada buah yang dipanen yang disebabkan berbagai jenis penyebab. Penyakit busuk buah oleh cendawan patogen memiliki gejala serupa yaitu dimulai dengan bercak kecil berwarna coklat, berlanjut dengan pembusukan yang meluas dan disertai tanda patogen berupa miselium atau struktur lainnya. Identifikasi cendawan tertentu berdasarkan gejala maupun morfologi seringkali kurang memadai untuk membedakan spesies. Metode molekuler dapat menjadi pelengkap identifikasi cendawan karena memiliki efisiensi dan akurasi yang tinggi. Contoh buah cabai, tomat, terong, pepaya, dan jambu yang sakit dari lapangan diisolasi untuk mendapatkan biakan murni. Koloni biakan murni diamati dan dilakukan ekstraksi DNA genomik. Identifikasi cendawan dengan PCR menggunakan primer universal ITS5/ITS4 untuk menghasilkan amplikon yang kemudian dilakukan sikuensing. Runutan nukleotida hasil sikuensing tersebut yang dianalisis dengan BLAST menunjukkan tingkat homologi tertinggi dengan cendawan yang tersimpan data nukleotidanya dalam GenBank sebagai berikut: isolat AW1 cabai dengan Colletotrichum acutatum (Korea) sebesar 99.15%, isolat AW2 tomat dengan Fusarium lichenicola (China) sebesar 99.28% , isolat AW3 terung dengan Fusarium falciforme (Belanda) sebesar 99.64%, isolat AW4 pepaya dengan Lasiodiplodia theobromae (Taiwan) sebesar 100%, dan isolat AW5 jambu Fusarium verticillioides (China) sebesar 100%. Pohon filogenetika menggunakan MEGA X juga menunjukkan bahwa isolat AW2, AW3 dan AW5 yang berafiliasi dengan Fusarium membentuk kekerabatan yang berdekatan dan terpisah dari AW1 dan AW4. Isolat AW1 (Colletotrichum) juga terpisah cluster dari AW4 (Lasiodiplodia).
Keyword: Colletotrichum, Fusarium, internal transcribe spacer (ITS), Lasiodiplodia, nucleotide analysis, polymerase chain reaction (PCR)

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: