arulpm/tripletsmall huggingface dataset:
Judul: Penjajaran Global Sekuen DNA Menggunakan Algoritme Needleman-Wunsch
Abstrak: Global alignment of DNA sequence aims to determine similarity between two DNA sequences by measuring the matching region which involves the overall nucleotides of two DNA sequences. This research implements the global alignment using Needleman-Wunsch algorithm on the sequence of Ancylostoma duodenale mitochondrion, complete genome (NC_003415.1) and the sequence of Necator americanus mitochondrion, complete genome (NC_003416.2). The result shows that the similarity of these sequences is 83.7% with 6.5% gaps . The second experiment is performed using the sequence of Human papillomavirus type 134, complete genome (NC_014956.1 ) and the sequence of Human papillomavirus type 132, complete genome (NC_014955.1). The result shows that the similarity is 62.9% and gaps of 23.5%. Both results conclude that the Needleman-Wunsch could obtain higher similarity than those of GSA tree and super pairwise alignment
Keyword: 

Judul: Penjajaran Lokal Sekuen DNA Menggunakan Algoritme Smith-Waterman
Abstrak: The Local Alignment of DNA sequence objective is to determine similarity between two DNA sequences. This research implements the local alignment using Smith–Waterman algorithm. The first data of Sequences from Ancylostoma duodenale (NC_003415.1) and Necator americanus (NC_003416.2), the result shows that the similarity is 84%, with 3% gaps, Second data of DNA sequence from Human papillomavirus type 134 (NC_014956.1) and Human papillomavirus type 132 (NC_014955.1), the result shows that the similarity is 62.1%, with 15.9% gaps. Third data of DNA sequence from Chaetoceros lorenzianus DNA virus (NC_015211.1) and Chaetoceros tenuissimus DNA virus (NC_014748.1), the result shows that the similarity is 53.2%, with 26.2% gaps. Last data DNA sequence from Thermoproteus tenax spherical virus 1 (NC_006556.1) and Vesicular stomatitis indiana virus (NC_001560.1), the result shows that similarity is 40.8%, with 47.6% gaps. These result shows that alignment using Smith–Waterman can result in various similarity values, depending on the length and form of sequences. The complexity of Smith-Waterman is O(mn).
Keyword: local alignment, sequence alignment, Smith - Waterman

Judul: Analisis mutu produksi mebel di PT. Cahaya Sakti Furintraco, Bogor (studi kasus)
Abstrak: Selama produksi, dari pengamatan terlihat ada mebel kayu yang jumlah permintaannya melebihi kapasitas produksi yaitu produksi mebel kayu meja tamu. Tahun 1996-1997 (November 1996 - November 1997), jumlah permintaan mebel kayu meja tamu sebesar 1575 buah, atau rata-rata sebanyak 130 buah setiap bulannya, sedangkan total produksi per bulannya hanya mencapai 120 buah, dengan produk yang direject rata-rata 20 buah setiap bulan. Dari perbandingan kekurangan jumlah permintaan dengan kapasistas produksi serta ditambah dengan cukup banyaknya produk yang ditolak, mengharuskan manajemen perusahaan, khususnya bagian produksi untuk melakukan perbaikan-perbaikan dan penanganan yang dianggap perlu untuk meningkatkan kembali jumlah produksi dan mengurangi produk yang ditolak.
Keyword:
Judul: Studi Pertumbuhan Ikan Lundu Macrones gulio di Perairan Ujung Pangkah, Jawa Timur
Abstrak: Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui umur dan pertumbuhan ikan lundu Macrones gulio di perairan Ujung Pangkah, Jawa Timur berdasarkan data sebaran panjang. hasil penelitian ini diharapkan menjadi salah satu acuan pengelolaan sumberdaya perikanan lundu diperairan Ujung Pangkah, Jawa Timur.
Keyword: 

Judul: Studi Kebiasaan Makanan Ikan Lundu Macrones gulio di Perairan Ujung Pangkah, Jawa Timur
Abstrak: Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kebiasaan makanan ikan lundu, yang hasilnya diharapkan dapat menjadi acuan bagi pengelolaan sumberdaya perikanan, terutama di perairan Ujung Pangkah, Jawa Timur. Penelitian ini dilaksanakan di perairan Ujung Pangkah, Jawa Timur dari bulan Maret 1999 sampai bulan Februari 2000. Pengambilan contoh ikan dilakukan setiap bulan dengan menggunakan alat tangkap gill net dengan ukuran mata jaring 4 cm dan pancing. Analisis makanan dilakukan di laboratorium Hidrobiologi, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, IPB. Analisis data meliputi kebiasaan makan, komposisi makanan. indek similaritas, luas relung dan tumpang tindih relung makanan.
Keyword: 

Judul: Photosensor producing based on ferroelectric material of Ba0,5Sr0,5TiO3 doped by Ferrium Oxide (Fe2O3) on a P-Type Silicon Substate Si (100) applied as a digital camera with a single pixel image sensor
Abstrak: Thin film Ba0,5Sr0,5TiO3 (BST) doped with Fe2O3 was grown on p-type silicon substrate (100) using chemical solution deposition (CSD). It used the solvent 2-methoxyethanol with annealing temperature of 850°C and the doping treatment Fe2O3 of 2.5, 5, 7.5, 10 % of the mass formed BST. Pure BST had the highest absorption of 600 nm of light wavelength. Additions Fe2O3 moves highest absorption in the range of 560 nm. Fe2O3 addition was strengthening thin film sensitivity to the effects of light. In general, doping Fe2O3 10% was result the best absorbance and current-voltage of BST thin film. Electrical properties of thin films BST include dielectric, photoconductivity, and dissipation energy. Based on the current-voltage (I-V) analysis, pure BST and doped BST showed photodiode properties. Dielectric values obtained in the range from 23.32 to 243. Based on electrical conductivity data and energy dissipation, BST thin films have shown photodiode characteristics and are therefore suitable as light sensors. The image sensor in a digital camera is also a light sensor. This BST thin film has been scientifically proven to be a light sensor and also it can be applied as an image sensor. This is a novelty image sensor based on thin film Ba0.5Sr0.5TiO3.
Keyword: barium strontium titanate, thin film, photodiode, image sensor, digital camera
Judul: Efektivitas Suplementasi Kromium-Ragi (Cr3+) Untuk Meningkatkan Ketahanan Tubuh Ikan Mas Terhadap Virus Herpes Pada Suhu Rentan KHV
Abstrak: Penelitian ini dilakukan untuk mengkaji efektivitas suplementasi kromium-ragi (Cr3+) untuk meningkatkan ketahanan tubuh ikan mas terhadap koi herpes virus (KHV), pada berbagai suhu media pemeliharaan. Penelitian dilakukan dalam dua tahap. Penelitian tahap pertama untuk mengkaji pengaruh suhu terhadap status kesehatan ikan yang dianalisis berdasarkan gambaran darah, dan keterkaitannya dengan kejadian infeksi KHV. Penelitian tahap dua dilakukan untuk menguji efektifitas suplementasi kromium-ragi (Cr3+) sebagai bahanimmunostimulan untuk meningkatkan respon imunitas selular non spesifik ikan mas dalam menghadapi serangan KHV.
Keyword: Immune Response, Common Carp, Rancangan Acak Lengkap (RAL)

Judul: Efektivitas vaksin DNA anti-KHV pada benih ikan mas Cyprinus carpio melalui metode perendaman dan perlakuan hiperosmotik
Abstrak: Common carp production has decreased since the mass deaths caused by disease of koi herpesvirus (KHV). Therefore, safe technique is needed and can be applied in bulk with cost efficient. The purpose of this research was verified influence of DNA vaccine anti-KHV with dose of 1,3 x 108 cfu / mL was performed through immersion in different duration after hyperosmotic treatment for 2 minutes treatment to produced the resistence common carp. There were six treatments with three replications, A: vaccination for 60 minutes immersion, B: 90 minutes, C: 120 minutes, positive control: fish were not vaccinated and infected with KHV, negative control: fish not vaccinated and were not infected with KHV, control bacteria: fishes that soaked with bacteria did not containing vaccine. The results showed that vaccination for 60 minutes giving highest relative survival (93.55%). Thus, vaccination by immersion and hyperosmotic treatment effectively improve the survival and relative percent survival of fish, and this method can be an alternative in the early control of KHV infection in common carp and koi.
Keyword: 

Judul: Manajemen dan Pengembangan Perusahaan Leasing di PT. Tamsan Dharma
Abstrak: PT. Tamsan Dharma pada awalnya adalah anak perusahaan Koperasi Dharma yaitu Koperasi yang didirikan oleh Serikat Pekerja Karyawan Bank BNI Kantor Wilayah 10. Perusahaan ini bergerak dalam bisnis otomotif yang terbagi dalam 4 (empat ) bidang kegiatan yaitu transportasi, trading, rental dan finance. Kegiatan yang dominan saat ini adalah bidang pembiayaan (finance) otomotif PT. Tamsan Dharma adalah perusahaan yang memberikan jasa pembiayaan dengan sistem sewa beli, dimana perusahaan menahan BPKB dan akan dikembalikan apabila konsumen melunasi hutangnya secara mengangsur tiap bulannya.
Keyword:
Judul: Analisis finansial usaha rumput laut kering tawar di Pulau Pari, Kelurahnn Pulau Pari, Kecamatan Kepulauan Seribu Selatan, Kabupaten Administratif Kepulauan Seribu
Abstrak: Pulau Pari merupakan salah satu pusat perkembangan penelitian dan pertanian budidaya rumput laut. Saat ini produk rumput laut hasil budidaya di Pulau Pari telah diproduksi sebagai produk olahan setengah jadi yaitu dalam bentuk kering tawar. Dalam rangka mengembangkan dan mempertahankan eksistensi usaha rumput laut kering tawar di Pulau Pari, maka perlu dilakukan pengkajian mengenai analisis usaha dan analisis kelayakan usaha rumput laut kering tawar di Pulau Pari.
Keyword: 

Judul: Kajian Ekologi Ekonomi Pengembangan Budidaya Rumput Laut di Kepulauan Seribu (Studi Kasus di Gugusan P. Pari)
Abstrak: Penelitian ini bertujuan untuk: (1) menganalisis kesesuain lahan budidaya rumput laut di P.Pari. (2) mengalisis karakteristik sosial ekonomi budaya masyarakat pembudidaya rumput laut dan keterkaitannya dengan biofisik lahan budidaya rumput laut di P.Pari. (3) menganalisis secara bioekonomi untuk mendapatkan efisiensi ekanomi budidaya rumput laut, (4) menganalisis strategi untuk pengembangan budidaya rumput laut di P.Pari Kepulauan Seribu.
Keyword: 

Judul: Construction of Strongly Optimal Binary Linear Code with Minimum Distance 9 and 11
Abstrak: A binary linear code of length n over q F is a subspace of n q F . A code has three parameters that attached to it, namely length, dimension, and minimum distance. A code with length n, dimension k and minimum distance d is often called [n, k, d ]-code. Usually, when two parameters are given, then we want to find a code that has the best value for the last parameter. Based on Gilbert- Varshamov bound, if a [n, k, d ]-code exists and can not be expanded, we call it a strongly optimal code. In this paper, we construct strongly optimal code with minimum distance 9 and 11. In constructing the code, we created a theorem and algorithm based on Gilbert-Varshamov bound before we implement the algorithm to MAPLE programming language. Because of computational limitations, the program can only construct up to k = 10 for d = 9 and k = 12 for d = 11.
Keyword:
Judul: Model fungsi permintaan komoditi teh
Abstrak: Tujuan penelitian ini adalah untuk mencari model fungsi permintaan yang sesuai untuk komoditi teh dan juga mengidentifikasi peubah-peubah apa saja yang menentukan fungsi permintaan. Dalam penelitian ini negara konsumen teh di dunia dikelompokkan menjadi lima kelompok berdasarkan pendapatan per kapita. Pendugaan model fungsi permintaan teh didekati dengan metode regresi linier berganda. Pemeriksaan asumsi regresi linier berganda, ada tidaknya pencilan serta selang kepercayaan bagi ß dilakukan pada lima persamaan regresi tersebut. Hasil pemeriksaan selang kepercayaan dan grafik rata-rata konsumsi teh menunjukkan bahwa ada dua kelompok negara yang digabungkan sehingga dapat diungkapkan empat model dugaan permintaan teh. Hasil analisis menunjukkan bahwa peubah harga teh tidak berbeda nyata baik pada taraf a = 5% maupun pada taraf a = 10% dan hanya peubah Stok yang berbeda nyata pada taraf a = 5%. Dari empat persamaan regresi yang terbentuk hanya kelompok negara OECD yang memiliki nilai R² yang relatif kecil, sehingga ada kecenderungan untuk kelompok negara tersebut, ada faktor lain ..dst
Keyword: 

Judul: Penawaran dan Permintaan Teh dan Teh Olahan di Pasar Domestik
Abstrak: Penelitian bertujuan mengkaji : ( I) faktor-faktor yang mempengaruhi penawaran dan permintaan teh dan teh olahan di pasar domestik, dan (2) dampak perubahan faktur ekonomi terhadap perubahan kesejahteraan produsen dan konsumen teh dan teh olahan serta penerimaan devisa, Studi menggmakan pendekatan penawaran dan permintaan yang dirumuskan dalam model persamaan simultan dan diduga dengan metoda pangkat dua terkecil dua tahap (Two Stage Leusa Squares = 2SLS) yang menggunakan data time series aahun 1970 - 1998.
Keyword: 

Judul: Embriogenesis ikan buta (Astyanax fasciatus)
Abstrak: Ikan buta Astyanax fasciatus adalah spesies ikan unik dari famili Characidae yang menempati perairan dalam gua di Wilayah La Cueva Chica-San Luis Potasi-Mexico. Ikan ini memiliki mata yang tereduksi (Blind Cavefish) dan warna kulit merah muda, pucat serta mengkilap.
Keyword:
Judul: Rendemen dan Kualitas Minyak Kayu Putih pada Teknik Rimbas Habis dan Rimbas Sisa Cabang di RPH Kepek, KPH Yogyakarta.
Abstrak: Pemanfaatan sumberdaya hutan tidak hanya berfokus pada hasil kayu, namun juga hasil bukan kayu. Memanfaatkan hasil hutan dengan benar dan efektif dapat membuat hasil hutan dimanfaatkan secara berkelanjutan. Salah satu hasil hutan bukan kayu adalah minyak kayu putih (Melaleuca leucadendron Linn.) yang memiliki banyak manfaat. Permintaan yang tinggi tetapi tidak berbanding lurus dengan produksi di lapangan menjadi tujuan dari penelitian ini untuk melihat teknik pemanenan daun kayu putih yang paling optimum sehingga dapat menghasilkan rendemen yang lebih tinggi dan dapat meningkatkan kualitas minyak kayu putih, khususnya di KPH Yogyakarta. Teknik yang digunakan adalah rimbas habis dan rimbas disisakan cabang. Rata-rata rendemen tertinggi adalah teknik rimbas sisa cabang yang memiliki rendemen 0.594%. Kualitas minyak kayu putih terbaik yang diuji berdasarkan parameter SNI meliputi warna, bau, berat jenis 20˚, Indeks Bias 20˚ Kelarutan dalam Alkohol 80%, dan Putaran Optik adalah dengan menggunakan teknik rimbas cabang 4.
Keyword: HHBK, Kayu putih, Kualitas, Rendemen, Sumberdaya

Judul: Berat Daun Kayu Putih (Melaleuca leucadendron) pada Teknik Pangkas dan Teknik Rimbas di KPH Yogyakarta
Abstrak: Tanaman kayu putih (Melaleuca leucadendron) merupakan tanaman asli dari Indonesia yang memiliki banyak manfaat untuk kesehatan. Permintaan minyak kayu putih meningkat sehingga diperlukan upaya agar bahan baku berupa daun kayu putih selalu berkesinambungan sepanjang waktu. Terdapat beberapa teknik pemangkasan di Resort Pengelolaan Hutan (RPH) Kepek. Penelitian ini bertujuan menghitung dan membandingkan berat daun kayu putih pada berbagai teknik pangkas dan teknik rimbas di RPH Kepek. Penggunaan teknik pangkas miring menghasilkan berat daun kayu putih lebih tinggi dibandingkan teknik pangkas datar yaitu 2.29 kg per pohon dan pada teknik pangkas datar yaitu 1.87 kg per pohon. Penggunaan berbagai teknik pangkas terdapat perbedaan signifikan pada rata-rata berat DKP antar perlakuan teknik pangkas. Berat daun kayu putih tertinggi pada teknik rimbas dihasilkan oleh tegakan dengan menggunakan teknik rimbas sisa cabang 4 sebesar 4.71 kg per pohon. Penggunaan berbagai teknik rimbas tidak terdapat perbedaan signifikan pada rata-rata berat DKP antar perlakuan rimbas.
Keyword: berat daun kayu putih, pangkas, rimbas, teknik

Judul: Penyakit transmissible gastroenteritas oleh virus corona pada babi
Abstrak: Trasnmissible Gastroenteritis pada babi oleh virus merupakan penyakit infeksius yang ditemukan pertama kali oleh Doyle dan Hutchings tahun 1946 di Indiana USA. Sehubungan dengan tingginya mortalitas akibat pe- nyakit TGE pada anak-anak babi serta kerugian yang beru- pa penurunan berat badan secara drastis pada babi yang dewasa, maka perlu kiranya penyakit ini diperhitungkan bagi suatu usaha peternakan. Walaupun di Indonesia be- lum dilaporkan kejadian penyakit tersebut, tetapi kita perlu waspada terhadap kemungkinan masuknya penyakit bersama dengan babi-babi import yang banyak dijumpai di- peternakan besar di Indonesia. ...
Keyword:
Judul: Identifikasi DNA Bakteri Menggunakan Metode Ekstraksi Ciri Spaced K-Mers dengan Jaringan Syaraf Tiruan sebagai Classifier
Abstrak: Feature extraction is the process of taking an object identifiers that describes it’s characteristics. In this study, spaced k-mers feature extraction method was employed. This method was used to retrieve the data identifier of DNA sequence of the three genus, namely Bacillus, Burkholderia, and Pseudomonas. Artificial neural network was used to analyze molecular biology data from the three genus. The feature extraction methods uses the following setup: w = 3, and d = 0, 1, 2 and fragment length 100 bp, 400 bp, 800 bp, and 1 Kbp. The best sensitivity and the best specificity were achieved for known organisms at 1 Kbp fragment length with value 0.9716 and 0.9854, respectively
Keyword: 

Judul: Perbandingan Ekstraksi Ciri K-Mers dan Spaced K-Mers pada Klasifikasi Fragmen Metagenome dengan Naïve Bayes Classifier
Abstrak: Metagenome is a genetic material obtained from a simple which is taken directly from the environment such as soil, marine, or human entrails. These metagenome fragments contain a variety of organism , so that a binning process required to classify them before conducting genome assembly. This research employs naïve Bayes classifier (NBC) and spaced k-mers as a feature extraction to classify these fragments into genus level. The results will be compared to those of method which uses NBC and k-mers feature extraction. K-mers feature is a common feature in the DNA fragments classification problem. The comparison results show that the accuracy of classifier using NBC and spaced k-mers is higher than that of classifier using NBC and k-mers.
Keyword: 

Judul: Impact Of water policy on poverty reduction and women roles in water management In Zimbabwe
Abstrak: Water management is a key factor in the battle to remove the scourge of extreme poverty and to build secure and prosperous lives for people in the developing world. The water sector in Zimbabwe is complicated by the large number of actors; it is interwoven within various ministries. The research used secondary data and review of literature to evaluate how the current water policy has contributed towards marginalising women and the poor. It looked at how actors can also marginalise or put other actors at risk thereby undermining their role through prioritisation of certain projects, stakeholder participation and usage policy. From a descriptive analysis it is found that women are further relegated and marginalised. The poor are further impoverished through marginalisation and vulnerability. The policy environment favours business and state interests against those of grassroots actors and women. It recommends the establishment of home grown pro- poor water management strategies.
Keyword:
Judul: Pengaruh Varietas Kedelai (Glycine Max Merr.) dan Jenis Koagulan pada Rendemen dan Kualitas Tahu
Abstrak: Kedelai sebagai salah satu sumber protein telah banyak digunakan untuk berbagai produk olahan, diantaranya tahu. Di Indonesia banyak terdapat varietas kedelai, baik varietas lokal maupun varietas impor. Namun demikian hanya beberapa varietas saja yang digunakan dalam industri pengolahan kedelai, khususnya industri tahu. Kedelai yang sering digunakan oleh industri tahu di Indonesia pada umumnya adalah varietas Amerika. Tetapi, hal ini tidak menutup kemungkinan bahwa penggunaan varietas yang lain akan menghasilkan produk tahu dengan kualitas tahu yang lebih baik dan lebih ekonomis bagi pengusaha tahu sendiri.
Keyword: 

Judul: Pengaruh Rasio Globulin 7S dan 11S Isolat Protein Kedelai terhadap Tekstur Tahu
Abstrak: Pembuatan tahu sebagai produk dari kedelai, memerlukan varietas kedelai tertentu, agar diperoleh tekstur yang diinginkan. Sampai saat ini belum ada informasi ilmiah yang dapat menjelaskan mengapa hanya varietas tertentu yang dapat menghasilkan tahu dengan sifat tekstur khas. Penelitian ini dilakukan untuk memperoleh informasi dasar tentang pengaruh rasio globulin 7s dan 11s dari protein kedelai terhadap tekstur tahu. Dengan mengetahui pengaruh ini, pemilihan varietas kedelai untuk membuat tahu akan lebih mudah. Selain itu pencampuran varietas kedelai dapat dilakukan untuk memperoleh tekstur tahu yang diinginkan. Kedelai yang diteliti dalam penelitian ini sebanyak empat belas varietas. Globulin 7s dan 11s masing-masing varietas diisolasi, kemudian dihitung rasionya dengan metode gravimetri. Tahu yang dibuat dari varietas tersebut diukur teksturnya dengan Steven Texturometer.
Keyword: 

Judul: Dynamical System of Hepatitis B in Three Groups with Vaccination
Abstrak: The aim of this study is to modify the hepatitis B transmission model in three age groups involving vaccination from the model conducted by Zhoe and Zhang.The method used is to analyze the stability of the fixed point and its basic reproduction number (R_0). Performed stability analysis and numerical simulation to see population dynamics. Next, a sensitivity analysis of the parameters was carried out to see its effect on R_0. From the analysis obtained two fixed points, namely non-endemic and endemic fixed points. Non-endemic fixed points are locally asymptotically stable if R_0 <1 Meanwhile, the endemic fixed point is locally asymptotically stable if R_0 > 1. Hepatitis vaccination affects the number of susceptible population, because the more successful the vaccination, the smaller the number of susceptible populations so that the smaller the population will be infected.
Keyword: Dynamic, Hepatitis B, Vaccine, Mathematical model