Judul: Introgresi Gen Pita-2 untuk Sifat Ketahanan Terhadap Penyakit Blas dari Padi IRBLta2-Re ke dalam Padi Varietas Ciherang Menggunakan Pendekatan Marker Assisted-Backcrossing Selection
Abstrak: Salah satu penyakit penting yang paling sering menyerang tanaman padi adalah blas, yang disebabkan oleh cendawan Pyricularia oryzae. Penyakit ini telah menyebar luas dan menyebabkan kerusakan padi sawah. Penggunaan varietas tahan merupakan cara paling efektif, ekonomis, dan praktis dalam usaha pengendalian penyakit blas. Perbaikan sifat ketahanan varietas unggul dapat dilakukan melalui introgresi gen-gen ketahanan. Kegiatan introgresi gen-gen ketahanan dapat dipercepat dengan menggunakan teknologi penanda DNA. Penanda DNA berfungsi sebagai alat seleksi yang tepat, cepat dan presisi dalam menyeleksi individu yang diinginkan sehingga mempercepat kegiatan pemuliaan. Salah satu metode pemuliaan berbasis penanda DNA adalah Marker Assited-Backcrosing Selection (MABS). Introgresi gen-gen ketahanan blas dengan menggunakan pendekatan MABS sangat sesuai diterapkan pada perbaikan sifat ketahanan blas pada padi varietas Ciherang. Tujuan penelitian ini adalah pengembangan galur-galur mirip Ciherang yang membawa gen Pita-2 dengan spektrum ketahanan luas terhadap penyakit blas. Secara garis besar penelitian dibagi menjadi empat tahap dengan tujuan spesifik, yaitu : 1) mendapatkan isolat P. oryzae standar untuk seleksi sifat ketahanan pada populasi silang balik IRBLta2-Re dan Ciherang, 2) mendapatkan marka molekuler untuk mendeteksi gen Pita-2 dari donor IRBLta2-Re dan segmen tetua penerima Ciherang, 3) introgresi gen Pita-2 dari padi IRBLta2-Re ke dalam padi varietas Ciherang dengan menggunakan pendekatan MABS, dan 4) Mendapatkan galur-galur BC2F1 dan BC3F1 dengan karakter agronomi mirip Ciherang yang membawa gen Pita-2 untuk sifat ketahanan terhadap penyakit blas. Penentuan isolat P. oryzae standar dilakukan dengan menggunakan delapan ras P. oryzae dan 10 varietas padi. Gejala penyakit blas ditentukan berdasarkan sistem evaluasi standar IRRI. Isolat P. oryzae standar ditentukan berdasarkan kerentanan padi varietas Ciherang dan ketahanan padi IRBLta2-Re. Hasil penelitian ini menunjukkan isolat ID96 memiliki virulensi rendah pada padi IRBLta2-Re dan virulensi tinggi pada varietas Ciherang dengan intensitas penyakit sebesar 3% dan 37%. Oleh sebab itu, ID96 digunakan sebagai isolat untuk seleksi sifat ketahanan blas pada populasi silang balik Ciherang dan IRBLta2-Re. Selain itu, hasil penelitian ini menunjukkan bahwa varietas Ciherang memiliki ketahanan terhadap beberapa ras P. oryzae yang diuji. Penentuan marka molekular gen Pita-2 dari donor padi IRBLta2-Re dan segmen Ciherang dilakukan dengan menggunakan 43 marka molekular, terdiri atas 25 marka gen Pita-2 dan 18 marka spesifik yang didesain dari data SNP tetua. Seleksi terhadap marka molekular tersebut menghasilkan 18 pasang marka molekular yang terdiri dari sepuluh marka terpaut dengan gen Pita-2 dan delapan marka spesifik SNP terpaut dengan segmen genom tetua. Delapan marka spesifik terdiri dari lima pasang primer yang mendeteksi segmen IRBLta2-Re dan tiga pasang primer mendeteksi segmen Ciherang. Kedelapan belas marka molekular ini selanjutnya digunakan dalam konfirmasi genotipe introgresi gen Pita-2 dari padi IRBLta2-Re ke dalam padi varietas Ciherang. Introgresi gen Pita-2 dari padi IRBLta2-Re ke dalam padi varietas Ciherang dilakukan dengan menggunakan pendekatan MABS. Pembentukan populasi F1 dilakukan dengan menyilangkan varietas Ciherang sebagai tetua betina dan padi IRBLta2-Re sebagai tetua jantan. Biji F1 yang dihasilkan semua ditanam tanpa dilakukan seleksi ketahanan blas. Populasi BC1F1 dihasilkan dari persilangan varietas Ciherang sebagai tetua betina dan tanaman F1 sebagai tetua jantan. Persilangan ini menghasilkan 3000 biji BC1F1. Seleksi ketahanan blas dilakukan pada 2074 tanaman BC1F1 menggunakan isolat ID96. Seleksi tersebut menghasilkan 148 tanaman tahan skor nol. Konfirmasi genotipe introgresi
Keyword: MAS, NIL, Pyricularia oryzae ID96, silang balik, SNP

Judul: Analisis genetik sifat ketahanan padi terhadap penyakit blas (Pyricularia oryzae Cav.)
Abstrak: Dua puluh varitas padi (lokal dan unggul) diuji ketahanannya dengan metoda inokulasi buatan memakai konidia ras 007 dengan konsentrasi 2 x 106 konidia/ml. Tanaman berumur 21 hari disemprot dengan suspensi konidia dan diinkubasi dalam ruang lembab selama 24 jam kemudian dipindahkan ke rumah plastik, Kelembaban lingkungan ditingkatkan dengan memberi kain blacu di sekeliling tanaman yang telah diinokulasi dan menyemprotnya tiap sore (dengan air) kemudian menutup bagian atas dengan kain blacu sampai pagi hari. Pengamatan ketahanan dilakukan sepuluh hari setelah inokulasi dengan menggunakan standar evaluasi dari IRRI. Empat varitas tahan dengan skor kerusakan daun kecil dari tiga yakni Sentani, Semariti, Klemas dan Pae Bongi serta dua varitas rentan dengan skor rata-rata empat atau lebih yakni Kencana dan IR 36 dipilih sebagai tetua untuk analisis genetik ketahanan. Analisis genetik dilakukan dengan membuat silang dialel dari keenam tetua diatas beserta resiproknya, dan silang balik F kepada kedua tetuanya. Sejumlah 104 tanaman tetua, 10 - 50 tanaman F1 dan silang balik, serta 208 tanaman F 2 (kecuali kombinasi Sentani/Pae Bongi ha nya 6 tanaman) diuji ketahanannya dengan prosedur yang sama dengan prosedur pengujian tetua. Di samping itu juga ditanam satu set varitas diferensial Jepang untuk konfirmasi ras yang digunakan. Analisis rata-rata skor kerusakan daun F 1 hasil persilangan varitas tahan dengan varitas rentan dengan resiproknya menunjukkan bahwa tidak ada pengaruh tetua betina dalam pewarisan sifat ketahanan padi terhadap P. oryzae ras 007. Analisis sebaran frekuensi skor kerusakan daun F 2 hasil persilangan antar varitas tahan menunjukkan kesamaan dalam hal gen ketahanan utama dan perbedaan dalam hal gen-gen ketahanan minor. Pola sebaran frekuensi skor kerusakan daun dan segregasi sifat ketahanan hasil persilangan varitas tahan dengan varitas rentan menunjukkan bahwa ketahanan terhadap blas dikendalikan oleh gen utama dominan pada satu varitas dan gen utama dominan dan resesif dengan beberapa gen minor pada tiga varitas. ...
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: