Judul: Kajian Novel Gen KCTD2 dan Asosiasi Karakteristik Karkas, Kualitas Daging dan Kandungan Gizi Daging Domba Indonesia
Abstrak: Gen Potassium Channel Tetramerization Domain Containing 2 (KCTD2) merupakan salah satu gen potensial yang diduga berkolerasi positif dengan kandungan gizi daging domba. Penelitian ini bertujuan mengkaji keragaman dan asosiasi novel gen KCTD2 terhadap karakteristik karkas, kualitas daging dan kandungan gizi daging domba. DNA domba yang digunakan berasal dari otot longissimus dorsi (LD) yang diambil dari bagian pinggang domba jantan umur 10-12 bulan, bobot hidup domba yang dipotong berkisar antara 20-35 kg, kemudian gen KCTD2 pada titik mutasi g. 55318263 T>C diidentifikasi menggunakan PCR-RFLP. Sampel sebanyak 188 ekor, beberapa ekor mewakili genotipe domba yang berbeda untuk diasosiasikan dan dianalisis dengan menggunakan General Linier Model (GLM). Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen KCTD2 berasosiasi secara signifikan dengan lima parameter yaitu karakteristik karkas, kualitas daging, kandungan mineral, kandungan kolestrol dan kandungan asam lemak yaitu asam lemak jenuh di antaranya asam pentadekonoat (C15:0), asam stearat (C18:0), asam trikosanoat (C23:0); asam lemak tak jenuh tunggal (MUFA) di antaranya asam palmitoleat (C16:1), dan asam oleat (C18:1n9c); asam lemak tak jenuh ganda (PUFA) di antaranya asam linolenat (C18:3n3), asam eikosapentanoat (C20:5n3), dan asam dokosaheksanoat (C22:6n3). Genotipe CC memiliki kriteria gizi yang baik, dengan karakteristik karkas yang tinggi, sifat keempukan tinggi, kandungan kolestrol yang rendah, serta kaya akan mineral kalium dan asam lemak tak jenuh tinggi. Gen KCTD2 berpotensi untuk dikembangkan sebagai kandidat marka genetik dalam seleksi domba premium, khususnya terkait dengan kandungan gizi daging yang baik untuk kesehatan.
Keyword: gene, PCR-RFLP, polymorphisme, sheep

Judul: Functional Study of Candidate Genetic  Markers Determining The Lamb Quality of Indonesian Sheep
Abstrak: Upaya peningkatan produksi daging domba baik secara kuantitas maupun kualitas perlu dilakukan untuk membantu pemenuhan kebutuhan protein asal hewani khususnya bersumber dari daging. Salah satu langkah yang dapat dilakukan melalui program seleksi berbasis molekuler dengan marka genetik penentu kualitas daging domba. Hasil RNA sequencing yang dilakukan sebelumnya diperoleh beberapa kandidat marka genetik diantaranya gen dopa decarboxylase (DDC) dan cytochrome P450 family 2 subfamily E member 1 (CYP2E1) yang diduga memiliki peranan dalam kualitas daging domba. Penelitian ini bertujuan mengkaji secara fungsional kandidat marka genetik gen DDC dan CYP2E1 dari segi aspek genomik, transkriptomik, dan proteomik dalam peranannya terkait mekanisme kualitas daging domba Indonesia. Kajian fungsional meliputi identifikasi keragaman gen DDC dan CYP2E1, asosiasi keragaman gen DDC dan CYP2E1 dengan kualitas karkas dan daging, analisis ekspresi gen DDC dan CYP2E1, dan analisis protein CYP2E1. Identifikasi keragaman gen DDC dan CYP2E1 dilakukan pada 200 ekor domba Indonesia dari beberapa rumpun diantaranya domba ekor tipis (DET), domba ekor gemuk (DEG), domba Garut (DG), domba Jonggol (DJ), domba compass agrinak (DCA), domba barbados cross (DBC), dan domba komposit Garut agrinak (DKG). Keragaman gen DDC dan CYP2E1 diidentifikasi dengan metode Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP). Hasil keragaman gen DDC dan CYP2E1 diasosiasikan dengan kualitas daging domba dengan analisis uji T. Tingkat ekspresi gen DDC dan CYP2E1 dari masing–masing genotipe dianalisis menggunakan metode quantitative Real Time-PCR (qRT-PCR). Analisis protein CYP2E1 dilakukan dengan pewarnaan imunohistokimia (IHK) dan hematoxylin-eosin (HE) menggunakan masing-masing tiga sampel kelompok tinggi dan rendah berdasarkan nilai pH daging. Hasil penelitian menunjukkan bahwa SNP g. 5377439 G>A gen DDC dan SNP g. 50658168 T>C gen CYP2E1 bersifat polimorfik (beragam) pada populasi domba yang diamati dengan ditandai munculnya tiga genotipe berbeda pada masing-masing gen, yaitu GG, AG, dan AA pada gen DDC serta TT, CT, dan CC pada gen CYP2E1. Gen DDC memiliki pengaruh yang signifikan (P<0,05) pada sebagian besar sifat kualitas karkas domba, diantaranya karakteristik karkas meliputi bobot hidup, persentase karkas, panjang karkas, karkas hangat, dan karkas dingin, dan seluruh potongan komersil karkas kecuali shank dan neck. Selain itu gen DDC juga memiliki pengaruh yang nyata (P<0,05) pada kualitas daging meliputi nilai pH, keempukan, dan daya mengikat air. Keragaman gen DDC juga memiliki pengaruh yang nyata (P<0,05) dengan komposisi asam lemak meliputi konten lemak; asam lemak jenuh termasuk asam oktanoat (C8:0), asam kaprat (C10:0), asam palmitat (C16:0), asam heptadekanoat (C17:0), asam stearat (C18:0), asam arakidat (C20:0), dan asam henekosanoat (C21:0), asam behenat (C22:0), asam trikosanoat (C23:0), dan asam tetrakosanoat (C24:0). Selain itu, gen DDC juga berhubungan secara nyata (P<0,05) dengan asam lemak tak jenuh tunggal termasuk asam palmitoleat (C16:1), asam oleat (C18:1n9c), asam elaidik (C18:1n9t), dan asam nervonat (C24:1); serta asam tak jenuh ganda termasuk asam linolenat (C18:3n3), asam eikosidoneat (C20:2), asam homo y-linolenat (C20:3n6), dan asam arakidonat (C20:4n6). Akan tetapi, gen DDC tidak memiliki pengaruh yang signifikan (P>0,05) pada kandungan mineral daging. Secara umum genotipe AG pada gen DDC menunjukkan nilai kualitas daging yang paling tinggi dibandingkan genotipe AA dan GG. Tingkat ekspresi gen DDC secara signifikan berbeda nyata (P<0,05) dalam mempengaruhi kualitas daging. Hasil asosiasi gen CYP2E1 dengan parameter kualitas karkas menunjukkan adanya
Keyword: domba, gen DDC, gen CYP2E1, kualitas daging, protein

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: