Judul: Identifikasi Single Nucleotide Polymorphism pada Gen FATA Penyandi Acyl-ACP Thioesterase TIPE A dari Tanaman Kelapa Sawit.
Abstrak: Komposisi asam lemak jenuh dan tak jenuh pada varietas kelapa sawit komersial yang ada saat ini hampir seimbang. Asam oleat merupakan asam lemak tak jenuh omega-9, yang memiliki 18 atom karbon dengan posisi ikatan rangkap pada karbon ke 9. Asam lemak ini dapat menurunkan tekanan darah, dan menurunkan jumlah konsentrasi LDL (Low Density Lipoprotein) yang bertanggung jawab memicu resiko penyakit jantung. Elaeis guineensis mempunyai produktivitas yang tinggi tetapi mengandung asam oleat yang rendah, sebaliknya E. oleifera mempunyai produktivitas yang rendah tetapi mengandung asam oleat yang tinggi. Acyl-ACP thioesterase Tipe A (FATA) adalah salah satu enzim yang terlibat dalam sintesis asam oleat. Identifikasi SNP (Single Nucleotide Polymorphism) pada gen FATA dari beberapa genotype yang mengandung asam oleat yang berbeda sangat penting. Tujuan penelitian ini adalah untuk menidentifikasi SNP pada gen FATA dari kelapa sawit yang dikembangkan menjadi markah SNAP (Single Nucleotide Amplified Polymorphism). Urutan gen FATA dari National Center for Biotechnology Institute (NCBI) digunakan sebagai acuan untuk desain primer. Sebanyak 11 pasang primer telah dirancang untuk mengamplifikasi semua exon dari gen FATA, terdiri dari 6 pasang primer untuk kromosom 7 dan 5 pasang untuk kromosom 8. Semua primer digunakan untuk mengamplifikasi 13 DNA tanaman kelapa sawit yang terdiri dari 5 sampel DNA E. guineensis sebagai representasi tanaman dengan kandungan asam oleat rendah, 5 tanaman hibrida Eo x Eg sebagai representasi kandungan asam oleat moderat dan 3 tanaman E. oleifera sebagai representasi tanaman dengan kandungan asam oleat tinggi. Berdasarkan analisis penyejajaran, diperoleh sebanyak 114 situs SNP yang tersebar pada 11 fragmen gen FATA pada kromosom 7 dan 8. Pada setiap fragmen dipilih satu situs SNP yang menjadi kandidat pengembangan primer SNAP. Pemilihan satu situs pada tiap fragmen gen untuk pengembangan SNAP akan menghasilkan beberapa kandidat primer yang masih harus diuji konsistensinya, primer yang tidak layak atau konsisten tidak akan dipilih untuk amplifikasi SNAP. Sebanyak 10 SNP terpilih terdiri dari 9 nonsynonymous dan 1 synonymous. Satu primer yaitu P10 yang berasal dari kromosom 7 memiliki SNP, namun tidak dapat digunakan sebagai target amplifikasi karena SNP yang ada pada situs tersebut tidak memenuhi kriteria yang dapat membedakan masing-masing kelompok sampel acuan. Seluruh SNP terpilih kemudian dianalisis menggunakan program Web SNAPER untuk memperoleh kandidat primer SNAP. Kandidat primer SNAP yang diperoleh diuji konsistensinya dalam kemampuan membedakan satu basa yang pada sampel acuan. Empat (44.4%) dari sembilan SNAP secara konsisten dapat membedakan antara E. oleifera dan E. guineensis. Empat primer SNAP terpilih digunakan untuk amplifikasi 60 sampel tanaman kelapa sawit dari berbagai progeni diantaranya Ghana, Tanzania, Ekona, Nigeria, Compact, Deli Dura, Tenera terseleksi dan hibrida Eo x Eg. Data dianalisis menggunakan software GenAlex 6.5, DarWin versi 6 dan Cervus versi 3.0.7. Nilai PIC primer SNAP bervariasi mulai dari 0.414 hingga 0.482. Shannon Index memiliki nilai yang tinggi dan menunjukkan kemerataan alel pada populasi yang baik, selain itu nilai F Null menunjukkan nilai positif yang menunjukkan alel yang fungsional dan informatif karena tidak ditemukan adanya alel nol. Analisis dendogram mampu membedakan tanaman menjadi 3 kelompok.
Keyword: Asam oleat, Kelapa Sawit, Lemak tidak jenuh, Single Nucleotide Amplified Polymorphism (SNAP)

Judul: Identifikasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP) pada Gen Terkait Pertambahan Tinggi Batang Kelapa Sawit.
Abstrak: Karakter pertambahan tinggi lambat merupakan salah satu tujuan program pemuliaan kelapa sawit untuk meningkatkan umur ekonomis tanaman sehingga dapat mengurangi siklus replanting dan memudahkan dalam proses pemanenan. Karakter ini sangat erat kaitannya dengan gen kekerdilan (dwarf gene). Gen kekerdilan banyak ditemukan berasosiasi dengan regulator pertumbuhan dan perkembangan seperti Giberelin (GA), Brasinosteroid (BR) dan Poliamin. Sebanyak 12 aksesi kelapa sawit yang merepresentasikan karakter pertambahan tinggi yang berbeda yaitu lima genotipe E. guineensis sebagai pertambahan tinggi normal, tiga genotipe E. oleifera sebagai pertambahan tinggi lambat dan lima genotipe hibrida (E.o x E.g) sebagai karakter intermediet, digunakan untuk percobaan identifikasi dan karakterisasi gen-gen terkait biosintesis hormon regulator tanaman. Selanjutnya sebanyak 69 individu terbagi dalam 7 populasi yang berbeda digunakan untuk mengembangkan marka berbasis Single Nucleotide Polymorphism (SNP) untuk mengkaji keragaman genetik dan mengestimasi asosiasi marka Single Nucleotide Amplified Polymorphism (SNAP) dengan karakter pertambahan tinggi. Analisis data menggunakan perangkat lunak Geneious, MEGA6, DnaSP, Cervus, DARwin, dan STAR. Gen Le, Rht-1, GID1 BRI1, DET2, SMT1 dan ACL5 mempunyai ukuran yang bervariasi mulai dari 792 pb sampai dengan 3362 pasang basa (pb). Jumlah situs SNP yang diperoleh pada tiap gen Le, Rht-1, GID1, BRI1, DET2, SMT1 dan ACL2 adalah 11, 16, 12, 26, 8, 3 dan 5 situs SNP berturut-turut. Analisis pohon filogenetik berdasarkan sekuens asam amino tujuh gen target tersebut menunjukkan bahwa 12 aksesi mengelompok dalam satu kelompok yang terbagi dalam sub-sub kelompok sesuai dengan masing-masing aksesi yang merepresentasikan karakter pertambahan tinggi. Pengelompokkan sesuai dengan hasil pensejajaran asam amino yang menunjukkan bahwa terdapat keragaman sekuens ketujuh gen target dengan homolognya pada spesies lain. Domain terkonservasi teridentifikasi dari tujuh gen target direpresentasikan dengan pensejajaran asam amino tiga genotipe kelapa sawit yaitu E. guineensis, E. oleifera dan hibrida (E.o x E.g). Sebanyak 15 marka SNAP terpilih diuji pada 69 aksesi memiliki tingkat polimorfisme yang rendah sampai moderate (cukup informatif). Sebanyak 15 lokus yang digunakan dalam penelitian ini, 6 lokus cukup informatif didalam mendeteksi polimorfisme DNA terhadap populasi yang diuji. Pengelompokkan filogenetik berdasarkan 15 marka SNAP membagi tiga kelompok populasi. Hasil analisis asosiasi marka single-locus diperoleh satu lokus yang berasosiasi dengan karakter pertambahan tinggi tanaman, yaitu marka berbasis situs SNP ke 1008 pada gen Le.
Keyword: biosintesis fitohormon, karakter pertambahan tinggi, kelapa sawit, SNP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: