Judul: Studi Penyebaran Makrozoobenthos Berdasarkan Karakteristik Substrataya Di Muara Cimandiri, Pelabuhan Ratu, Sukabumi
Abstrak: Hewan yang lebih besar yang hidup di dasar perairan disebut dengan makrofauna dan bisa dipisahkan dari substrat dengan mengayak sedimen melalui saringan yang tidak dapat dilewati oleh hewan tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui penyebaran dari struktur komunitas makrozoobenthos di Muara Cimandiri melalui pendekatan dari kepadatan, komposisi jenis, kekayaan jenis dan tipe substrat makrozoobenthos. Penelitian ini dilaksanakan di Muara Cimandiri, Pelabuhan Ratu, Sukabumi pada Bulan Agustus dan Bulan Desember 2002. Pengambilan contoh dilakukan satu kali dalam sebulan selama Bulan Agustus dan Bulan Desember 2002. Kepadatan dapat bernilai lebih rendah meskipun jumlah taksanya lebih banyak tetapi jumlah individunya sedikit yaitu pada zona laut dan sebaliknya juga kepadatan dapat bernilai lebih tinggi meskipun jumlah taksanya lebih sedikit tetapi jumlah individunya lebih banyak yaitu pada zona sungai. Komposisi jenis makrozoobenthos yang terdapat di muara Cimandiri terdiri dari tiga kelas yaitu Gastropoda, Bivalva dan Polychaeta. Bulan Agustus pada zona sungai, muara dan laut ditemukan satu, enam dan sebelas taksa sedangkan Desember pada zona sungai, muara dan laut ditemukan satu, sepuluh dan tiga taksa. Salinitas di zona I termasuk kategori stratifikasi sedang dominan air tawar sedangkan zona II dan III kategori stratifikasi sedang dominan air laut. Pada setiap zona terdapat degradasi DO mulai dari lapisan atas. tengah dan bawah perairan. Sebaran vertikal suhu yang relatif homogen dikarenakan lapisan suhu masih berada pada lapisan permukaan perairan (surface layer). Kecepatan arus pada bulan Agustus memiliki nilai yang lebih rendah daripada bulan Desember. Nilai kecerahan pada bulan Agustus lebih tinggi daripada bulan Desember. Kisaran nilai pH di perairan Muara Cimandiri tersebut termasuk dalam kategori yang diperbolehkan yaitu berdasarkan Keputusan Menteri Negara Lingkungan Ilidup no. 51 tahun 2004 tentang baku mutu air laut untuk biota laut, perairan dengan kisaran pll antara 7 sampai 8,5 termasuk perairan yang memenuhi syarat bagi kehidupan biota laut.
Keyword: 

Judul: Karakteristik kualitas air di muara sungai Cimandiri, Pelabuhan Ratu Sukabumi Jawa Barat
Abstrak: Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengetahui karakteristik perairan muara Sungai Cimandiri yang meliputi distribusi spasial dan temporal parameter kualitas air tertentu bagi kelayakan kualitas air dan kesuburan perairan. Penelitian ini dilaksanakan setiap bulan sekali mulai dari bulan Agustus sampai Desember 2002, dengan desain sampel atas dasar tipologi perairan. Wilayah penelitian dibedakan atas tiga zonasi, dimana setiap zona ditentukan tiga lokasi pengambilan contoh air atau pengukuran parameter kualitas air. Pengukuran suhu, salinitas, pH, DO, dan BOD, dilakukan secara terpisah mulai dari lapisan permukaan, tengah, dan dekat dasar. Peneraan unsur nitrogen (NH-N, NO2-N, NO,-N), ortofosfat, silikat, kekeruhan dan TSS dilakukan secara terpadu atau gabungan dari contoh air di lapisan permukaan dan tengah. Analisa sidik ragam dua arah dan regresi digunakan untuk megetahui tingkat perbedaan dan keeratan keberadaan dari parameter yang dikaji, kemudian untuk melihat hubungan antar masing- masing parameter fisika-kimia digunakan Principal Component Analysis (PCA). Karakteristik perairan muara Sungai Cimandiri mencirikan perairan estuari dengan stratifikasi salinitas sedang. Distribusi salinitas antar zona dan waktu berbeda nyata, kecuali antar waktu di lapisan bawah tidak berbeda nyata. Rataan salinitas masing-masing di lapisan permukaan, tengah dan bawah di zona I berturut-turut adalah 0,07 ppt, 2,20 ppt dan 7,8 ppt, sedangkan di zona II dan III adalah 26,4 ppt, 31,7 ppt dan 32,2 ppt. Berdasarkan parameter suhu, salinitas, pH dan DO, kualitas air di muara Sungai Cimandiri masih dalam rentang yang layak bagi kehidupan biota akuatik (udang dan ikan). Distribusi suhu antar zona dan waktu tidak berbeda nyata, kecuali dilapisan bawah. Rataan suhu di lapisan permukaan, tengah dan bawah secara berturut-turut adalah 27,90°C, 27,80°C, dan 27,60°C, sedangkan di lapisan bawah, rataan suhu antar waktu berbeda nyata dengan kisaran 27,20°C-28,20°C. Keberadaan salinitas di zona I sangat cocok untuk kehidupan juwana udang galah. Sedangkan keberadaan salinitas di zona II dan III cukup layak bagi kehidupan post larva sampai juvenil atau calon induk, udang windu. Distribusi pH antar zona dan waktu berbeda nyata, kecuali di lapisan tengah tidak berbeda nyata. Rataan pH di lapisan permukaan dan bawah di zona I nilainya sama yaitu 7,3, sedangkan di zona II dan III juga sama yaitu 7,7. Rataan pH di lapisan tengah antar zona adalah 7,6. Distribusi DO antar zona dan waktu tidak berbeda nyata, kecuali distribusi antar waktu di lapisan permukaan dan tengah berbeda nyata.
Keyword: spatial distribution, temporal distribution, water quality parameters

Judul: Penyusunan Overlap Graph menggunakan Suffix Tree pada DNA Sequence
Abstrak: The DNA sequence assembly is very important in genome analysis. This step aims to reconstruct contigous DNA fragment (contigs) from short fragment by concatenating fragments based on the overlap region among them. This method employs overlap graph for solving the problems. In this graph, nodes represent fragments and edges represent overlap. This research developed a software for constructing overlap graph using suffix tree. The evaluation was conducted by measuring the number of nodes, number of edges, and the execution time in many values of minimum overlap. The minimum overlap is defined as the minimum length of substring which is considered as the overlap region between two fragments. The evaluation results showed that the number of nodes, the number of edges, and the execution time were increased with the decreasing of the minimum overlap value.
Keyword: