Judul: Seleksi dan Evaluasi Bakteri Endofit yang Berpotensi Sebagai Agens Pengendali Penyakit Karat Daun (Hemileia vastatrix) pada Tanaman Kopi.
Abstrak: Kopi merupakan salah satu hasil komoditas perkebunan yang memiliki nilai ekonomis yang tinggi dan berperan penting sebagai penghasil devisa negara. Salah satu kendala yang menurunkan produktivitas kopi adalah penyakit karat daun yang disebabkan oleh cendawan Hemileia vastatrix. Pengendalian penyakit ini lebih banyak menggantungkan pada penggunaan fungisida kimiawi. Alternatif pengendalian yang lebih ramah lingkungan perlu dikembangkan antara lain melalui aplikasi bakteri endofit sebagai agens biokontrol. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi bakteri endofit dari tanaman kopi yang berpotensi sebagai agens biokontrol yang berpotensi menekan penyakit karat daun kopi. Sebanyak 100 isolat bakteri endofit telah berhasil diisolasi dari daun. Bakteri selanjutnya dilakukan uji reaksi hipersensitivitas pada tanaman tembakau dan diperoleh 37 isolat yang menunjukkan reaksi negatif. Selanjutnya seluruh isolat tersebut dilakukan uji hemolisis pada media agar darah dan diperoleh 24 isolat yang menunjukkan reaksi negatif, yang berarti bahwa isolat tersebut tidak berpotensi patogenik bagi tumbuhan dan mamalia. Bakteri yang terpilih dievaluasi kemampuannya dalam menghambat germinasi uredospora Hemileia vastatrix. Sembilan isolat bakteri efektif menekan germinasi uredospora pada kisaran penekanan antara 80% hingga 90%. Tiga isolat menunjukkan kemampuan menghambat germinasi uredospora lebih dari 90%, yaitu: Co25, Co28, dan Co29 yang selanjutnya digunakan pada uji in planta di perkebunan kopi di Cibulao. Hasil uji in planta menunjukkan bahwa isolat Co25 dan Co29 mampu menekan secara nyata pertumbuhan diameter bercak, ditandai dengan pengurangan diameter pada 1 HSP dan perubahan warna bercak pada 7 HSP setelah penyemprotan. Identifikasi melalu analisis sekuen nukleotida gen 16S rRNA hasil sekuensing produk PCR dengan primer 63F dan 1387R menunjukkan bahwa bakteri endofit isolat Co28 memiliki derajat kemiripan sebanyak 95% dengan Stenotrophomonas maltophilia dan isolat Co29 memiliki derajat kemiripan sebanyak 99% dengan Bacillus altitudinis.
Keyword: Bacillus altitudinis, bakteri agens hayati, germinasi spora, kopi arabika, Stenotrophomonas maltophilia

Judul: Study of The Potential of Endophytic Bacteria to Control  Pratylenchus coffeae in Arabica and Robusta Coffee Plants
Abstrak: Kopi merupakan salah satu komoditas penting dalam perekonomian Indonesia. Tren meminum kopi di Indonesia meningkat 46% dalam 13 tahun terakhir sehingga produksi kopi perlu ditingkatkan. Salah satu faktor yang memengaruhi produksi kopi yaitu gangguan penyakit, khususnya nematoda. Nematoda parasit utama yang sering menyerang tanaman kopi Arabika dan Robusta adalah nematoda luka akar atau P. coffeae. Salah satu upaya pengendalian yang dapat dikembangkan yaitu pemanfataan bakteri endofit. Penelitian ini bertujuan menghimpun dan membandingkan informasi terkait penggunaan bakteri endofit dalam menekan P. coffeae pada tanaman kopi Arabika dan Robusta, terutama pengaruhnya terhadap mortalitas J2 P. coffeae, penekanan populasi P. coffeae di rumah kaca, serta peningkatan pertumbuhan tanaman kopi. Kajian pustaka dilakukan menggunakan data sekunder. Berdasarkan hasil kajian, isolat tunggal bakteri endofit lebih baik dibandingkan isolat kombinasi dalam menekan populasi J2 P. coffeae secara in vitro maupun menekan populasi P. coffeae pada tanaman kopi Arabika dan Robusta. Penggunaan isolat tunggal dapat memacu pertumbuhan tanaman kopi lebih baik dibandingkan dengan isolat kombinasi. Kata kunci: bakteri endofit, kombinasi, mortalitas, nematoda luka akar, tunggal.
Keyword: combination, endophytic bacteria, mortality, root lesion nematode, single

Judul: The Construction of Greedy SVP LLL Algorithm
Abstrak: A lattice is a set of all integer linear combination of a set of linearly independent vectors in ℝ𝑛���. The independent vectors are called bases of lattice. Any lattice can be generated from many bases, and these bases have the same cardinality. In the lattice, the most fundamental and renowned problem is the Shortest Vector Problem (SVP). SVP is a tracking problem of the shortest nonzero vector in a lattice with equivalent bases. In two dimensions, SVP problem has resolved exactly by Gauss’ algorithm. When the lattice dimension is higher than two, A.K. Lenstra, H.W. Lenstra and L. Lovasz gave a LLL algorithm to compute approximation of nonzero shortest vector in the lattice. Reduced bases solution obtained from LLL algorithm still be an approximation and has polynomial running time of arbitrary dimension which large enough. In 1994, Schnoor and Euchner modified this LLL algorithm as a new variant which later was named deep insertion LLL algorithm. This algorithm is a modified version of the LLL algorithm to the terms of the exchange step to improve the accuracy of output of LLL reduced bases and applying it to the subset sum problem. The purpose of this research are: (1) Reconstruct the LLL algorithm and deep insertion LLL algorithm using a geometric approach. (2) Construct a greedy SVP LLL algorithm. (3) Implement the three algorithms in a symbolic programming language, and evaluate them experimentally. A bases ℬ=[𝐛���1,𝐛���2,…,𝐛���𝑛���] in ℝ𝑚��� is called reduced LLL with parameter 𝛿��� if satisfies: (a) |𝜇���𝑗���𝑖���|≤12, for every integer 𝑖���,𝑗��� with 1≤𝑖���<𝑗���<𝑛���. (b)𝛿���‖𝜋���𝑗���(𝐛���𝑗���)‖2≤‖𝜋���𝑗���(𝐛���𝑗���+1)‖2, for 𝑗���=1,2,…,𝑛���−1,where 𝛿��� is a reduced parameter of real numbers with 14<𝛿���<1. The first requirement is the reduced basis 𝛿��� must “nearly orthogonal” and in its computation case, this requirement can be reached out by using the Gram-Schmidt’s orthogonalization. While the second requirement is called exchange step, or used to called as Lovasz condition. By using both of these requirements, then they establish the LLL algorithm. Then, Schnoor and Euchner modify the LLL algorithm based on the requirements of the exchange step called the deep insertion LLL algorithm, where the exchange step is based on the comparison of the projected vector in orthogonal complement [𝐛���1,𝐛���2,…,𝐛���𝑘���−1]⊥ after j-th reduction. To construct greedy SVP LLL algorithm, the requirements of the exchange step is based on purely by comparing norm of lattice 𝐛���𝑗��� with norm lattice 𝐛���𝑖��� for 𝑖���=1,2,3…,𝑗���−1. The process of insertion reduced vector after the exchange step also has done greedily. Then, we calculate the number of arithmetic operation in greedy SVP LLL algorithm for further analysis. The result of our exprimentation for three algorithms on the certain matrix size shows that the running time of the three algorithms increases propotional to the size of the matrix. The result also shows that by using 𝛿���=34 for the LLL algorithm and the deep insertion LLL algorithm, and the greedy SVP LLL algorithm which is a new variant made by using no parameter of 𝛿���, outperform of the other of two previous algorithm in terms of speed with the same output.
Keyword: LLL algorithm, LLL deep insertion algorithm, greedy SVP LLL algorithm