Judul: Antibakteri Berbasis Glukosa Oksidase IPBCC.08.610 terhadap Enzim MurA dan Elongation Factor G secara In Silico
Abstrak: Antibakteri berbasis enzim merupakan antibakteri alami yang dapat digunakan sebagai pengganti antibakteri sintetis. Penelitian ini bertujuan mempelajari potensi antibakteri glukosa oksidase IPBCC.08.610 dengan melakukan interaksi produk enzim glukosa oksidase IPBCC.08.610 yaitu dengan enzim MurA dan EFG secara in silico. Pendekatan penelitian yang digunakan yaitu homologi dan analisis sisi aktif gen glukosa oksidase IPBCC.08.610 dan penambatan molekuler produk glukosa oksidase IPBCC.08.610 pada enzim MurA dan EFG menggunakan AutoDock Vina dengan parameter keberhasilan berupa nilai %BSS, energi bebas, serta konstanta inhibisi. Hasil penelitian ini, memastikan bahwa urutan gen pada penelitian sebelumnya mengkodekan glukosa oksidase IPBCC.08.610. Glukonolakton dan asam glukonat dapat berinteraksi dengan Cys115 dan Asp305 pada MurA dengan %BSS berturut-turut sebesar 87.5% dan 100%, energi bebas sebesar -5.8 kKal/mol dan -5.4 kKal/mol dengan nilai Ki sebesar 55.443 μM dan 108.988 μM. Glukonolakton berhasil berinteraksi dengan Thr84 dan asam glukonat tidak dapat berinteraksi dengan residu target pada EFG dengan %BSS sebesar 40% dan 20%, energi bebas sebesar -5.3 kKal/mol dan -4.6 kKal/mol dengan nilai Ki sebesar 129.051 μM dan 421.146 μM. Glukosa Oksidase IPBCC.08.610 dapat digunakan sebagai antibakteri dengan menghambat MurA.
Keyword: Antibakteri, EFG, Glukosa oksidase, In silico, MurA

Judul: Transglikosilasi Enzimatik Dan Uji Aktivitas Polifenol-A-Glukosida Sebagai Senyawa Antibakteri
Abstrak: Senyawa fenol dan turunannya telah diketahui mempunyai aktivitas antibakteri. Namun senyawa ini belurn ditnanfaatkan secara optimum, karena sifatnya yang kurang larut air dan tidak stabil terhadap pengaruh oksidasi, cahaya, dan perubahan kimia. Salah satu cara untuk meningkatkan kelarutan dan kestabilamya adalali dengan nie~~ibentuske nyawa glikosida, melalui reaksi trar.sglikosilasi baik secara kimiawi maupun enzimatik dengan bantua~ie nzim transferase. Pada penelitian ini, senyawa polifenol-a-glukosida disintesis secara enzimatik menggunakan siklodekstrin glukanotransferase (CGTase) dari Bacilltrs rnegnterittrn, B. coagulans, B. polymixa, dan Coiidirln rtrgosa. Aktivitas transglikosilasi CGTase diuji pada empat akseptor polifenol (hidrokuinon, resorsinol, pirokatekol, dan katekin) dengan pati sebagai donor ygus glukosil, bertujuan untuk menentukan polifenol-a-glukosida yang akan disintesis dalam skala besar. Produk yang dihasilkan diidentifikasi menggunakan teknik kromatografi lapis tipis (KLT), dengan lal-utan propanol 85% (v/v) sebagai larutan pengembang. Kemudian prodr~k transfer yang dihasilkan dipisahkan dari komponen lain sampai homogen dengan kromatografi kololn (matriks ODS dan eluen metannl), dan diuji aktivilasnya sebagai senyawa antibakteri padn Bacillris szrbtilis, B. cercra, dan Escherichio coli,. Analisis KLT menunjukkan bahwa keempat mikrob dapat menghasilkan enzim CGTase. Enzini CGTase dari C. rngosa dan 5. rnegateri~rm dapat mentransfer gugus glukosil pada semua akseptor polifenol, sedangkan CGTase dari B. coag~rlansd an B. pnlyrr~ixah anya dapat mentransfer gugus glukosil ke Iiidrokuinon, resorsinol, dan katekin. Resorsinol-a-glukosida dipilih untul. disintesis dalam skala besar ~iienggunakan enzim CGTase dari B. coag~rlans. Kemampuan resorsinol-a-glukosida dalam menghambat pertnmbuhan bakteri uji dibandingkan dengan resorsinol dan arbutin. Dari ketiga bakteri uji, resorsinol-a-glukosida menunjukkan daya hambat terhadap pertumbuhan B. strbtilis dan E, coli, sedangkan arbutiu dan resorsinol tidak mempunyai kemampuan dalam mengliambat perturnbullan ketiga bakteri tersebut. Konsentrasi resorsinol-a-glukosida yang semakin meningkat menghasilkan daya hambat yang seniakin besar, sedangkan lamanya waktu inkubasi menyebabkan daya hambatnya semakin mentuun.
Keyword: 

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: