Judul: Diversity, anti Candida albicans potency and bioactive compound of Coffea canephora associated fungi
Abstrak: Tanaman kopi merupakan tanaman tropis yang menjadi komoditas unggulan dalam sub sektor perkebunan di Indonesia. Keberhasilan pertumbuhan dan produksi tanaman kopi ialah adanya interaksinya dengan cendawan endofit yang tumbuh pada semua jaringan tanaman dan cendawan saprob yang tumbuh pada serasah dan rizosfir tanaman. Cendawan endofit dan saprob dilaporkan menghasilkan berbagai senyawa metabolit sekunder yang diantaranya bersifat antimikrob yang menekan pertumbuhan cendawan patogen Candida albicans, penyebab penyakit kandidiasis pada manusia. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari keanekaragaman cendawan endofit dan saprob pada tanaman kopi robusta (C.canephora), menganalisis potensinya sebagai anti C.albicans, serta menentukan dugaan senyawa aktif yang dapat mengendalikan cendawan patogen tersebut. Sebanyak 30 isolat cendawan yang memiliki karakter morfologi koloni berbeda yaitu tiga isolat dari daun, sembilan isolat dari serasah dan 18 isolat dari rizosfer. Warna koloni yang teramati bagian atas yaitu merah muda, putih, putih keabu-abuan, putih kekuningan, putih kehijauan, hijau muda dan hijau zaitun. Tekstur permukaan koloni beragam yaitu bertekstur halus, menggulung, seperti kapas, dan bergranulla. Hifa cendawan septat dan hanya membentuk spora aseksual. Kecepatan pertumbuhan koloni cepat sampai lambat. Hasil identifikasi berdasarkan karakter morfologi menunjukkan di peroleh tujuh genus yaitu Fusarium, Humicola, Neocosmopora, Rigidosporus, Talaromyces, Tricoderma, dan Xylaria. Sebanyak 17 isolat mempunyai aktivitas anti C.albicans dengan kisaran zona bening antara 2.50 mm – 15.53 mm, dua isolat tergolong dalam penghambat kuat, sembilan isolat tergolong sedang, dan enam tergolong lemah. Penghambatan tertinggi di peroleh dari cendawan Trichoderma TN- 103-1 dari rizosfer. Hasil identifikasi molekuler, 17 isolat positif anti Candida terdiri dari 11 spesies yaitu F.equiseti, F. graminearum, F. oxysporum. F. sinensis, F. solani, H. fuscoatra, R. microporus, T. macrosporus, T. hamatum, T. ovalisporum dan X. curta. Filtrat kultur cendawan dengan anti C.albicans terbaik yaitu T. hamatum TN-103-1 memiliki nilai penghambatan mirip dengan nilai penghambatan pada uji kultur yaitu sebesar 14.40 mm. Hal ini menunjukkan komponen aktif kultur terdapat pada filtrat (ekstraseluler). Filtrat diekstraksi menggunakan pelarut etil asetat dan n-heksana. Ekstrak etil asetat menghasilkan rendemen lebih kecil yaitu sebesar 0.80% dibandingkan ekstrak n-heksana (0.94%). Ekstrak etil asetat T.hamatum TN- 103-1 memiliki nilai konsentrasi hambat minimum 0.5% yang lebih aktif dibandingkan dengan ekstrak n-heksana dengan konsentrasi hambat minimun sebesar 15%, bahkan lebih baik dibandingkan kontrol positif menggunakan nistatin (100.000 U/ml) dengan konsentrasi hambat minimum yang lebih besar yaitu 1.0%. Dugaan senyawa aktif pada ekstrak etil asetat adalah 9-octadecenoic acid., Coffee is a tropical plantation plant that is an essential commodity in Indonesia. The growth and production of the coffee plant are a result of interaction between the coffee plant and endophytic fungi that grow in all plant tissues and saprobes on plant litter and in the rhizosphere. Endophytic and saprophytic fungi are reported to produce various secondary metabolites, including antimicrobials that suppress the growth of the fungal pathogen Candida albicans, the cause of candidiasis in humans. This study aims to study the diversity of endophytic fungi and saprobes on robusta coffee plants (C. canephora), analyze their potential as anti-C. albicans, and determine the suspected active compounds that can control these fungal pathogens. The total of 30 fungal isolates that had different colony morphology characters were obtained. Three isolates were isolated from the leaves,
Keyword: cendawan endofit, cendawan saprob, filtrat ekstrak, ITS rDNA, zona bening

Judul: Potensi Bakteri Endofit Asal Tanaman Kopi Untuk Pengendalian Nematoda Luka Akar Pratylenchus Coffeae (Zimmermann) Filipjev & Schuurmans Stekhoven Dan Pemacu Pertumbuhan Tanaman
Abstrak: Kopi merupakan tanaman perkebunan yang memiliki potensi ekspor yang cukup tinggi. Sebelum abad 19, Indonesia merupakan negara penghasil kopi terbesar di dunia setelah Brazil, namun saat ini produksi terus menurun dan telah tergeser oleh negara lain. Salah satu faktor penyebabnya adalah serangan nematoda luka akar Pratylenchus coffeae. Penurunan produksi akibat nematoda tersebut mencapai 28.7-78.4% pada kopi Robusta dan pada kopi Arabika, tanaman hanya dapat bertahan selama dua tahun. Upaya pengendalian terhadap P. coffeae telah dilakukan di antaranya secara kultur teknis, penggunaan bahan tanam tahan, kimiawi dan pengendalian biologis. Salah satu teknik pengendalian biologi adalah dengan pemanfaatan bakteri endofit. Penelitian mengenai eksplorasi dan penggunaan bakteri endofit pada tanaman kopi sebagai agens pengendali nematoda P. coffeae belum banyak dilakukan. Penelitian bertujuan memperoleh isolat tunggal maupun konsorsium bakteri endofit asal tanaman kopi yang efektif untuk mengendalikan nematoda luka akar P. coffeae dan memacu pertumbuhan tanaman. Ruang lingkup penelitian meliputi: 1) isolasi bakteri endofit dari bagian akar, batang dan daun sehat tanaman kopi untuk memperoleh isolat tunggal dan konsorsium; 2) penapisan bakteri endofit melalui uji hipersensitif dan hemolisis; 3) pengelompokan isolat tunggal bakteri endofit menurut golongan pseudomonad fluoresen, Bacillus, Aktinomiset dan bukan ketiganya; 4) penyiapan inokulum P. coffeae; 5) uji in vitro bakteri endofit terhadap mortalitas P. coffeae dan pemacuan pertumbuhan tanaman; 6) karakterisasi bakteri endofit mencakup pengujian aktivitas hidrolisis (kitinolitik, proteolitik, dan lipolitik), produksi HCN, kemampuan pelarutan fosfat (P), penambatan nitrogen (N2); 7) uji potensi bakteri endofit dalam menekan populasi P. coffeae dan memacu pertumbuhan tanaman di rumah kaca; dan 8) identifikasi secara molekuler dengan sekuensing gen 16S rRNA terhadap 2 isolat tunggal terbaik di rumah kaca. Hasil isolasi diperoleh 264 isolat tunggal dan 27 konsorsium bakteri endofit. Hasil seleksi melalui uji hipersensitif dan hemolisis, diperoleh 78 isolat tunggal dan 9 konsorsium bakteri endofit yang tidak bersifat patogen terhadap tumbuhan dan mammalia. Pengujian in vitro menunjukkan bahwa sebanyak 77 dari 78 isolat tunggal dan 9 konsorsium dapat menekan nematoda P. coffeae dengan persentase mortalitas nematoda antara 6.7-100%, dan 16.7-65.8%. Hasil uji pemacuan pertumbuhan diperoleh sebanyak 16 isolat tunggal (19.5%) yang memacu pertumbuhan batang dan 13 isolat tunggal (16.9%) mampu memacu pertumbuhan akar. Konsorsium bakteri endofit yang dapat memacu pertumbuhan batang sebanyak 6 konsorsium (60%) dan memacu pertumbuhan akar sebanyak satu konsorsium (10%). Berdasarkan seleksi awal tersebut dipilih 23 isolat tunggal dan 4 konsorsium bakteri endofit untuk karakterisasi fisiologis. Dua puluh tiga isolat tersebut terdiri atas 9 isolat yang mampu menekan P. coffeae saja, 10 isolat memacu pertumbuhan batang dan/atau akar, dan 4 isolat dapat menekan P. coffeae serta memacu pertumbuhan tanaman. Bakteri endofit konsorsium terseleksi sebanyak 4 konsorsium, terdiri atas satu konsorsium yang mampu menekan populasi P. coffeae saja, satu konsorsium dapat memacu pertumbuhan saja, serta 2 konsorsium yang mampu menekan P. coffeae dan memacu pertumbuhan tanaman. Berdasarkan karakterisasi fisiologis, diperoleh: 1) isolat tunggal bakteri endofit C939A31 memiliki kemampuan aktivitas proteolitik, kitinolitik, lipolitik, dan fiksasi N2, serta kemampuan menekan P. coffeae 66.7%; C939A32 memiliki kemampuan aktivitas lipolitik, pelarutan P dan fiksasi N2, serta kemampuan menekan P. coffeae 100%; I308A32 memiliki kemampuan aktivitas proteolitik, lipolitik, pelarutan P dan fiksasi N2, serta kemampuan menekan P. coffeae 77.9%;
Keyword: isolat tunggal, konsorsium, karakterisasi fisiologis, mortalitas

Judul: The Construction of Greedy SVP LLL Algorithm
Abstrak: A lattice is a set of all integer linear combination of a set of linearly independent vectors in ℝ𝑛���. The independent vectors are called bases of lattice. Any lattice can be generated from many bases, and these bases have the same cardinality. In the lattice, the most fundamental and renowned problem is the Shortest Vector Problem (SVP). SVP is a tracking problem of the shortest nonzero vector in a lattice with equivalent bases. In two dimensions, SVP problem has resolved exactly by Gauss’ algorithm. When the lattice dimension is higher than two, A.K. Lenstra, H.W. Lenstra and L. Lovasz gave a LLL algorithm to compute approximation of nonzero shortest vector in the lattice. Reduced bases solution obtained from LLL algorithm still be an approximation and has polynomial running time of arbitrary dimension which large enough. In 1994, Schnoor and Euchner modified this LLL algorithm as a new variant which later was named deep insertion LLL algorithm. This algorithm is a modified version of the LLL algorithm to the terms of the exchange step to improve the accuracy of output of LLL reduced bases and applying it to the subset sum problem. The purpose of this research are: (1) Reconstruct the LLL algorithm and deep insertion LLL algorithm using a geometric approach. (2) Construct a greedy SVP LLL algorithm. (3) Implement the three algorithms in a symbolic programming language, and evaluate them experimentally. A bases ℬ=[𝐛���1,𝐛���2,…,𝐛���𝑛���] in ℝ𝑚��� is called reduced LLL with parameter 𝛿��� if satisfies: (a) |𝜇���𝑗���𝑖���|≤12, for every integer 𝑖���,𝑗��� with 1≤𝑖���<𝑗���<𝑛���. (b)𝛿���‖𝜋���𝑗���(𝐛���𝑗���)‖2≤‖𝜋���𝑗���(𝐛���𝑗���+1)‖2, for 𝑗���=1,2,…,𝑛���−1,where 𝛿��� is a reduced parameter of real numbers with 14<𝛿���<1. The first requirement is the reduced basis 𝛿��� must “nearly orthogonal” and in its computation case, this requirement can be reached out by using the Gram-Schmidt’s orthogonalization. While the second requirement is called exchange step, or used to called as Lovasz condition. By using both of these requirements, then they establish the LLL algorithm. Then, Schnoor and Euchner modify the LLL algorithm based on the requirements of the exchange step called the deep insertion LLL algorithm, where the exchange step is based on the comparison of the projected vector in orthogonal complement [𝐛���1,𝐛���2,…,𝐛���𝑘���−1]⊥ after j-th reduction. To construct greedy SVP LLL algorithm, the requirements of the exchange step is based on purely by comparing norm of lattice 𝐛���𝑗��� with norm lattice 𝐛���𝑖��� for 𝑖���=1,2,3…,𝑗���−1. The process of insertion reduced vector after the exchange step also has done greedily. Then, we calculate the number of arithmetic operation in greedy SVP LLL algorithm for further analysis. The result of our exprimentation for three algorithms on the certain matrix size shows that the running time of the three algorithms increases propotional to the size of the matrix. The result also shows that by using 𝛿���=34 for the LLL algorithm and the deep insertion LLL algorithm, and the greedy SVP LLL algorithm which is a new variant made by using no parameter of 𝛿���, outperform of the other of two previous algorithm in terms of speed with the same output.
Keyword: LLL algorithm, LLL deep insertion algorithm, greedy SVP LLL algorithm