Judul: Model Prediksi Adverse Drug Reactions (ADRs) Menggunakan Metode Multilabel Learning dengan Algoritme Deep Neural Network (DNN)
Abstrak: Obat merupakan paduan bahan yang digunakan untuk mempengaruhi keadaan patologi manusia. Selain memberikan manfaat, obat-obatan juga dapat memberikan efek samping atau adverse drug reactions (ADRs) lebih dari satu macam yang dapat merugikan penggunanya. Penelitian ini bertujuan membangun model prediksi ADRs menggunakan metode multi-label learning dengan algoritme deep neural network (DNN). Data diunduh dari repositori PubChem untuk mendapatkan data terkait suatu obat dan data terkait efek samping suatu obat diunduh dari basis data SIDER 4.1. Tahap praproses dilakukan dengan pemetaan data obat yang telah diunduh, mengekstraksi fitur fingerprint, dan pembentukan label dari setiap obat menggunakan data asosiasi obat-ADRs. Pembagunan model DNN menggunakan metode multi-label learning serta hyperparameter yang telah dioptimasi dengan bayesian optimization dan k-fold cross validation dengan nilai k=5 menghasilkan nilai akurasi tertinggi sebesar 0.878834, nilai AUC-ROC tertinggi sebesar 0.614282, nilai hamming loss terendah sebesar 0.121166, dan nilai F1-score tertinggi sebesar 0.361056.
Keyword: adverse drug reactions, bayesian optimization, deep neural network, fingerprint, multi-label learning

Judul: Model Prediksi Interaksi Senyawa dan Protein untuk Drug Repositioning Menggunakan Deep Belief Network dan Stacked Auto Encoder
Abstrak: Pengembangan industri farmasi memiliki tantangan besar di mana permintaan terhadap obat-obatan baru yang inovatif melonjak seiring munculnya berbagai penyakit mematikan seperti kanker, diabetes, dan lainnya. Adapun untuk menemukan obat baru setidaknya dibutuhkan waktu 12-15 tahun dan biaya sebesar satu juta USD. Untuk menangani hal tersebut para peneliti mulai mencari alternatif penemuan obat baru dengan biaya yang lebih murah, salah satunya adalah drug repurposing atau repositioning. Drug repositioning adalah penggunaan senyawa obat yang sudah lolos uji sebelumnya untuk mengatasi penyakit baru selain penyakit awal obat tersebut ditujukan. Penelitian mengenai drug repositioning dapat dilakukan dengan mengamati interaksi senyawa obat dengan protein penyakit yang bereaksi positif. Prediksi interaksi senyawa dan protein dapat dilakukan dengan memanfaatkan informasi fitur senyawa obat dan protein penyakit seperti struktur kimia senyawa, informasi genetik, sekuens genom, efek samping, dan lainnya sebagai input pada model klasifikasi. Permasalahan utama dalam prediksi interaksi senyawa dan protein adalah jumlah pasangan senyawa dan protein yang diketahui memiliki interaksi sangat sedikit dan belum ada informasi yang valid mengenai pasangan senyawa dan protein yang tidak memiliki interaksi. Data interaksi yang tidak seimbang ini menyebabkan klasifikasi sulit dilakukan karena memiliki performa yang bias. Deep semi-supervised learning dapat menjadi alternatif untuk menangani model prediksi dengan data yang tidak seimbang. Proses pre-training berbasis unsupervised learning pada deep semi-supervised learning dapat merepresentasikan input dari unlabeled data (data mayoritas) dengan baik dan mengoptimasi inisialisasi bobot pada model klasifikasi. Pre-training dapat berperan sebagai optimizer dan regulizer untuk meningkatkan performa model klasifikasi meskipun data bersifat tidak seimbang. Penelitian ini membangun model deep semi-supervised learning untuk prediksi interaksi senyawa dan protein. Terdapat dua metode yang diujikan, yaitu model klasifikasi Deep Neural Network (DNN) dengan pre-training Deep Belief Network (DBN) dan model DNN dengan pre-training Stacked Auto Encoder (SAE). Penelitian ini membandingkan kedua metode tersebut untuk mendapatkan model pre-training yang terbaik untuk mengatasi masalah prediksi interaksi senyawa dan protein. Data yang digunakan pada penelitian ini adalah dataset ion channel, GPCR, dan nuclear receptor yang bersumber dari KEGG BRITE, BRENDA, SuperTarget, dan DrugBank database. Hasil penelitian ini menunjukkan pada dataset tersebut, pre-training menggunakan DBN untuk ekstraksi fitur memberikan efek optimasi yang lebih baik dari SAE dilihat dari peningkatan performa model DNN pada akurasi (3-4.5%), AUC (4.5%), precision (5.9-6%), dan F-measure (3.8%).
Keyword: data tidak seimbang, deep belief network, deep semi-supervised learning, drug repositioning, stacked auto encoder

Judul: Kajian Beberapa Karakteristik Siklon Tropis
Abstrak: Tropical cyclone is a cyclone that originates over tropical oceans and is driven principally by heat transfer from the ocean. Tropical region is an area that receives more intensive solar radiation and solar radiation received twice the perpendicular, so that sea surface temperature is relatively high then a low pressure center is formed which can lead to tropical cyclone that begins with a tropical disturbance and tropical depression, tropical storms and then tropical cyclones. When a small vertical wind shear that occurs in the ocean which the potential for the occurence of tropical cyclones. Tropical cyclone are analogues to carnot heat engines. The size of the energy can be expressed as the total entropy s per unit of air mass. Carnot cycle is a closed process. The air can spin through the tropical cyclone. During the cycle entropy is produce near sea level where the sea surface temperature is warm and it will be loss near the top of the clouds where the temperature is cold. Carnot cycle in tropical cyclones can produce mechanical energy. Tropical cyclone of Choiwan and Nida produce mechanical energy of 14790.72 J/kg and 13297.28 J/kg, respectively.
Keyword: