Judul: Deteksi Salmonella Typhimurium Menggunakan Real-Time Polymerase Chain Reaction dengan Fluoresens-probe
Abstrak: Salmonella enterica serovar Typhimurium (S. Typhimurium) merupakan salah satu bakteri patogenik yang mengontaminasi karkas ayam. Deteksi S. Typhimurium pada karkas ayam dapat dilakukan menggunakan polymerase chain reaction (PCR) standar maupun real-time PCR (rt-PCR). Namun demikian, penggunaan PCR standar membutuhkan tahap pengayaan dan data yang diperoleh bersifat kualitatif. Perhitungan jumlah sel bakteri dapat dilakukan menggunakan rt-PCR. Penggunaan SYBR Green sebagai fluoresens pada rt-PCR memiliki nilai sensitivitas sedikit lebih tinggi dari PCR standar tanpa pengayaan. Fluoresens-probe dapat digunakan untuk meningkatkan spesifisitas dan sensitivitas rt-PCR. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi spesifisitas primer dan fluoresens-probe, mengevaluasi limit deteksi, efisiensi, dan membuat kurva standar, serta uji coba aplikasi metode deteksi S. Typhimurium pada karkas ayam menggunakan rt-PCR yang merupakan bagian dari validasi metode. Penelitian ini terdiri dari tiga tahapan uji yaitu evaluasi spesifisitas primer secara in silico dan in vitro menggunakan fluoresens-probe dan SYBR Green, evaluasi limit deteksi, serta aplikasi metode pada sampel karkas ayam. Penggunaan primer dengan fluoresens-probe bersifat spesifik terhadap deteksi S. Typhimurium dan tidak menunjukan terjadinya amplifikasi DNA pada Escherichia coli, Shigella dysenteriae, Salmonella Hadar, dan Salmonella Enteritidis. Deteksi S. Typhimurium dapat dilakukan pada konsentrasi DNA terendah yaitu 0.0022 ng atau setara dengan 102 sel. Deteksi Salmonella pada sampel karkas ayam dari pasar swalayan menunjukan bahwa 5 dari 10 sampel terkontaminasi S. Typhimurium sejumlah 102–103 sel dan 6 dari 10 sampel terdeteksi Salmonella spp. sejumlah 102–103 sel. Adapun 10 dari 10 sampel karkas ayam dari pasar tradisional tidak terkontaminasi S. Typhimurium, namun 3 dari 10 sampel terkontaminasi Salmonella spp. sejumlah 103 sel.
Keyword: karkas ayam, fluoresens-probe, real-time PCR, Salmonella Typhimurium

Judul: Mendeteksi Serotyping Salmonella Hadar, S. Typhimurium, dan S. Enteritidis menggunakan Real Time Polymerase Chain Reaction.
Abstrak: Kontaminasi Salmonella pada produk pangan seperti karkas ayam perlu diwaspadai, sehingga diperlukan metode cepat dan akurat deteksi Salmonella untuk memonitornya. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh konsentrasi primer dan kondisi optimum PCR, mengevaluasi spesifisitas primer, menentukan limit deteksi untuk mendeteksi Salmonella pada karkas ayam menggunakan real time polymerase chain reaction (rt-PCR). Tahapan penelitian yaitu ekstraksi DNA, optimasi kondisi rt-PCR, konfirmasi spesifisitas dan limit deteksi, serta uji coba pada sampel. Pengujian dengan rt-PCR diawali dengan denaturasi awal pada 95 oC selama 1 menit diikuti dengan 35 siklus yang terdiri dari 15 detik denaturasi pada 95 oC, 30 detik annealing pada 52 oC, 35 detik ekstensi pada 72 oC dan ekstensi akhir pada 72 oC selama 5 menit. Kemudian dilanjutkan dengan tahap melting dengan transisi suhu 60-90 oC dengan laju 0.5 oC/detik. Primer yang digunakan untuk mendeteksi keberadaan Salmonella spp. adalah InvA119 yang spesifik sampai siklus ke-30, untuk S. Typhimurium adalah STM311 yang spesifik sampai siklus ke-25, dan untuk S. Enteritidis adalah Prot6E yang spesifik sampai siklus ke-22. Limit deteksi dengan konsentrasi primer 0.5 μM berdasarkan konsentrasi DNA untuk ketiga target gen tersebut berturut-turut sebesar 0.0002, 0.022, dan 0.218 ng atau setara dengan 3.8 x 101, 4.1 x 103, dan 2.6 x 104 sel per mL.
Keyword: karkas ayam, rt-PCR, Salmonella, S. Enteritidis, S. Typhimurium

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: