Judul: Hubungan Penyakit Diabetes Melitus dengan Cellular Component menggunakan Fuzzy K-Partite
Abstrak: Diabetes Melitus merupakan penyakit yang kompleks dengan berbagai tingkat komplikasi sistemik. Interaksi protein dapat memberikan lebih banyak informasi jika dilengkapi dengan interaksi protein terhadap Gen Ontologi (GO). Clustering PPI merupakan salah satu metode komputasi yang ditawarkan untuk mengidentifikasi protein-protein yang berpengaruh terhadap Diabetes Melitus tipe 2. Selain itu, teknik clustering merupakan salah satu metode yang dapat digunakan dalam menemukan protein pelengkap sehingga menemukan obat menjadi lebih mudah. Salah satu algoritme fuzzy clustering berbasis graf ialah fuzzy k-partite clustering. Algoritme ini dibangun untuk menyelesaikan masalah data jaringan biologis yang memiliki lebih dari satu fungsi dan terdapat pada lebih dari satu cluster. Penelitian sebelumnya mengidentifikasi protein-protein signifikan yang berasosiasi dengan penyakit Diabetes Melitus tipe 2 menggunakan analisis topologi jaringan interaksi protein yang hasilnya menunjukkan bahwa terdapat 21 protein signifikan yang berasosiasi dengan Diabetes Melitus (DM) tipe 2. Penelitian lainnya mengurai mekanisme jamu menggunakan metode fuzzy k-partite graph clustering pada jejaring senyawa-protein-penyakit, ditemukan senyawa utama dari bratawali dan jahe memiliki aktivitas berbeda pada mekanisme kerja jamu diabetes tipe 2 dan terdapat tiga gerombol protein yang memiliki peran yang sama dalam mengatasi penyakit DM tipe 2. Hasil penelitian ini mengungkapkan bahwa metode fuzzy k-partite clustering mampu menyelesaikan masalah data jaringan biologi. Hal ini menunjukkan bahwa pendekatan dengan fuzzy k-partite mampu diterapkan pada data jaringan biologi yang diketahui lebih dari satu cluster dan saling overlapping. Data interaksi protein DM tipe 2 dengan cellular component memiliki hubungan satu sama lain. Jumlah interaksi kurang memberikan informasi untuk penelitian lanjutan dalam pencarian obat multitarget dan prediksi akan kemungkinan munculnya penyakit baru. Oleh karena itu, diperlukan pembentukan jaringan yang memuat hubungannya dalam skala yang lebih kompleks menggunakan Fuzzy K-Partite Clustering. Jaringan ini disebut sebagai jaringan backbone karena memuat protein/gen yang memiliki interaksi signifikan dengan banyak pasangan protein/gen lainnya. Tujuan dari penelitian ini adalah mendeteksi keberadaan hubungan protein penyakit DM tipe 2 dengan GO cellular component yang direpresentasikan dalam bentuk jaringan backbone protein DM tipe 2 dengan GO cellular component. Penelitian ini telah dilakukan dengan beberapa tahapan yaitu data protein DM tipe 2, pencarian protein signifikan clustering MCL yang menghasilkan data protein kompleks DM tipe 2, penambangan cellular component di web database Uniprot, konstruksi adjacency matrix, pembentukan jaringan bipartite dengan Fuzzy k-Partite Clustering, dan analisis cluster. Penerapan algoritme Fuzzy K-Partite pada clustering data PPI penyakit dan cellular component dapat digunakan untuk mendapatkan jaringan backbone yang merepresentasikan jaringan inti pada penyakit DM tipe 2 terhadap cellular component-nya. Jaringan backbone yang dihasilkan memuat protein signifikan yang berasosiasi dengan penyakit DM tipe 2. Hal ini merepresentasikan bahwa hasil output penggunaan algoritme adalah jaringan yang dapat memberikan informasi proses biologi pada penyakit DM tipe 2. Jika bobot keterhubungan antar-cluster bernilai tinggi, maka bisa dipastikan nilai derajat keanggotaan pada cluster bernilai rendah dan anggota cluster berjumlah sedikit. Sebaliknya, jika bobot keterhubungan antar-cluster bernilai rendah maka derajat keanggotaan cluster bernilai tinggi dan anggota cluster berjumlah banyak. Dengan kata lain, nilai derajat keanggotaan pada hasil penerapan algoritme ini berbanding terbalik dengan nilai keterhubungan antar-cluster.
Keyword: clustering, fuzzy k-partite, graf protein, gen ontologi, PPI

Judul: Clustering Interaksi Protein dan Penyakit yang Terkait dengan Diabetes Mellitus Tipe 2 Menggunakan Fuzzy K-Partite
Abstrak: Diabetes Mellitus (DM) Tipe 2 adalah salah satu penyakit yang disebabkan oleh gangguan fungsional protein. Interaksi protein di dalam tubuh membentuk jejaring yang dapat mengungkap fungsional protein, gen penyakit, dan hubungan antar penyakit. Penelitian ini melakukan clustering interaksi protein dan penyakit yang direpresentasikan dalam bentuk graf. Algoritme fuzzy k-partite clustering digunakan untuk mengelompokkan data protein dan data penyakit masing-masing ke dalam beberapa kelompok. Data interaksi protein direduksi menggunakan algoritme MCL untuk mendapatkan kelompok protein dengan tingkat keterhubungan paling besar. Implementasi clustering dengan algoritme fuzzy kpartite clustering menghasilkan 19 cluster protein dan 43 cluster penyakit. Anggota cluster protein dan cluster penyakit dengan nilai keterhubungan yang tinggi tidak menunjukkan adanya hubungan dengan DM Tipe 2. Adapun anggota cluster protein 3, 5, 6, 7, 10, dan 12 dengan nilai keterhubungan yang rendah menunjukkan adanya hubungan dengan DM Tipe 2. Pada penelitian ini ditemukan adanya anggota cluster penyakit yang memiliki hubungan dengan DM Tipe 2 seperti obesitas, hipoglikemia, hiperglikemia, jantung koroner, pembuluh darah perifer, dan arteri koroner.
Keyword: diabetes mellitus, fuzzy k-partite clustering, interaksi protein

Judul: Amfibi sebagai satwa peliharaan: Ekspor, Impor dan Perdagangan Domestik
Abstrak: Indonesia has exported amphibian as frozen frog legs (listed since 1969 under fishery product) for consumption and live amphibian (listed since 1983 under reptilian class in forestry product) for pets. There are also live amphibian trading in local level i.e in markets and malls. This research aims to identify amphibian species exported and imported by investigating document from related administration and to identify amphibian species traded in domestic market by observation at Jakarta. Research is primarily conducted by processing quota data taken from Department of Forestry Republic of Indonesia database in Jakarta. Market observation was carried out in 18 locations (3 markets and 15 malls) in Jakarta. I carried out interview with trader and export business, which related to net trading live amphibians for pets. Respondent was choosen using snowball sampling manner. Name of species is written according to Iskandar & Coljin (2000). If there is no such record in the checklist (for example species are from outside Indonesia), then the species name is written according to Frost (2004). There are 56 species from eight families of wild amphibians that have pets quota between 1998-2008. Nineteen species was traded since 1983. The highest export quota is Litoria caerulea (21,37%). Allocation of highest catching quota is for BKSDA Jayapura (20,40%) and BKSDA Papua Barat (18,96%). Four species are included in IUCN Red List categories as vulnerable, among others are Limnonectes macrodon, Meristogenys jerboa, Nyctixalus margaritifer and Rhacophorus margaritifer. The number of amphibians that have export realization are 39 species. Two species of amphibian, Leptobrachium hasseltii and Rhacophorus margaritifer are amphibian species whose been known infected by chytrid fungus in the wild. The biggest species exported is Litoria caerulea (54,34%). Between 1983-1991, the biggest import amphibian for pets from Indonesia (66,13%) is Netherlands. Number of quota was relative stable in the last eight years, where as the number of export realization is more fluctuates. Amphibian species imported and re-exported between 1983-2008 come from Africa, South Asia, Malaysian, Archipelago Oceania, North America, Central America and South America. The number of pet amphibian species traded at domestic market is less than exported. Data showed that Indonesia imports 15 amphibian species between 1983-2008, However I found different species in the market that was unrecorded in the Ministry of Forestry data, which is the Fire Belly Salamander.
Keyword: