Judul: Karakterisasi gen Dopamine Receptor D4 (DRD4) pada ayam pesuara (crowing chicken) Indonesia.
Abstrak: Gen dopamine receptor D4 (DRD4) merupakan gen yang berperan penting dalam menentukan sifat rasa takut (fearness) pada ayam. Fearness merupakan salah satu yang berperan dalam menentukan kualitas suara karena apabila ayam tersebut memiliki rasa takut yang tinggi maka ayam tersebut tidak berani mengeluarkan suaranya. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan karakterisasi gen DRD4 (promotor) dan menentukan situs mutasi pada ayam pesuara (ayam pelung dan bekisar) dan non pesuara (ayam kampung, sentul, dan broiler). Ayam dikelompokan menjadi 3 kelompok yaitu (1). tingkat ketakutan tinggi (ayam bekisar, n=3), (2). tingkat ketakutan rendah (ayam pelung, n=10) dan (3). Unclassified (ayam kampung n=3, sentul n=3, dan broiler n=3). Sebanyak 22 sampel individu ayam berhasil teramplifikasi dan menghasilkan fragmen gen DRD4 sepanjang 708 bp. Hasil sekuensing gen DRD4 ayam (sekuen forward) dianalisis menggunakan program MEGA 6. Gen DRD4 ayam pesuara dan non pesuara Indonesia mempunyai nilai kesamaan 97% dengan referensi sekuen gen DRD4 ayam FJ217173.1. Mutasi pada fragmen gen DRD4 ditemukan sebanyak 11 situs dengan tipe mutasi transisi, transversi, dan delesi. Mutasi basa nukleotida gen DRD4 pada kelompok ayam yang memiliki tingkat fearness tinggi (ayam bekisar) lebih tinggi (8) jika dibandingkan dengan ayam lainnya.
Keyword: ayam pesuara, gen DRD4, rasa takut

Judul: Keragaman gen Toll-Like Receptor4 pada ayam lokal dan persilangan kampung - broiler
Abstrak: Ayam kampung merupakan salah satu ayam lokal Indonesia yang telah terkenal dengan kelezatan dan ketahanannya terhadap penyakit, terutama tahan terhadap Salmonella. Salah satu penciri genetik ketahanan ayam pada bakteri ini adalah gen Toll-like Receptor 4 (TLR4). TLR4 (toll-like receptor 4) merupakan gen pengkode protein TLR4 yang mengontrol sinyal imun non spesifik sebagai pertahanan pertama terhadap serangan bakteri S. entiritidis. Tujuan penelitian ini adalah mengidentifikasi keragaman gen TLR4 pada ayam lokal Indonesia dan persilangannya (kampung, broiler, KB, KBKB, BK, kapas, sentul, dan merawang). Gen TLR4 berhasil digenotyping pada 214 ayam dengan teknik PIRA-PCR. Genotyping dilakukan pada exon 2 dengan panjang produk 220 bp. Enzim restriksi MscI memotong produk PCR dengan panjang fragmen 196 bp dan 24 bp, diperoleh dua alel (G dan A), dan tiga genotipe (GG, AG, dan AA). Hasil penelitian menunjukkan bahwa ayam KBKB, KB, kampung, merawang, dan sentul bersifat polimorfik (0.05-0.33). Ayam broiler, BK, dan kapas bersifat monomorfik. Keragaman tertinggi ditunjukkan oleh rumpun ayam lokal yaitu kampung, merawang, dan sentul. Nilai PIC tertinggi berada pada ayam lokal (ayam kampung) dengan kategori sedang (0.40). Kata kunci : ayam lokal, genotyping, keragaman, TLR4
Keyword: Genotyping, Local chicken, Polymorphism, TLR4, Salmonella e., Protein coding gene, Immue system, Monomerphics, Heterozygosity

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: