Judul: Pemetaan dan klasifikasi sedimen dengan instrumen side scan sonar di Perairan Balongan, Indramayu Jawa Barat
Abstrak: Side scan sonar dalam pencitraan benda-benda di dasar laut dapat menghasilkan berbagai variasi gambar digunakan untuk pencitraan objek-objek dasar laut dan memberikan informasi dalam pengembangan wilayah pantai. Penelitian ini dapat memberikan informasi kuantitatif berupa nilai amplitudo dari objek atau dasar perairan. Tujuan dari penelitian ini adalah memvisualisasikan atau memetakan dasar perairan dan mengklasifikasikan sedimen atau objek di dasar laut secara kualitatif dan kuantitatif, sehingga dapat diketahui karakter sinyal yang khas (unik) dari berbagai substrat. Daerah survei terletak di Perairan Balongan, Indramayu – Jawa Barat pada koordinat 6 ° 21' 48 "LS - 6 ° 22' 54 "LS dan 108 ° 24' 18"BT - 108 ° 25' 49"BT. Pengolahan data dilakukan di Laboratorium Akustik Kelautan, Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan, Institut Pertanian Bogor dan di Pusat Penelitian dan Pengembangan Geologi Laut (PPPGL) di Bandung. Interpretasi dan klasifikasi data akustik side scan sonar dilakukan secara kualitatif dengan menggunakan software SonarPro untuk melihat bentuk geometris dan keunikan dari suatu objek. Pemrosesan data secara kuantitatif menggunakan software sonarWiz.MAP, SonarWeb, xtfToSegy, seisSee dan Matlab dengan metode wavelet. Pengambilan contoh sedimen dilakukan pada 6 jalur transek dengan jarak antar transek 0.5 km. Setiap transek terdapat 3 buah stasiun sampel sedimen dan jumlah total adalah 18 sampel sedimen. Berdasarkan hasil pemetaan dasar laut daerah Balongan terdapat buangan sedimen, paritan dan kerukan sedimen, selain itu terdapat objek seperti box, mooring, potongan pipa, tali, pole. Setiap jenis sedimen memiliki nilai amplitudo yang berbeda yakni: pada lumpur memiliki nilai yang relatif rendah yaitu 200 mV, paritan mencapai 1900 mV pada waktu 28 ms dan buangan sedimen memiliki nilai amplitudo mencapai 800 mV. Nilai amplitudo yang paling besar dimiliki oleh objek single point mooring (SPM) mencapai 2x104 mV. Karakter sinyal yang terbentuk dari objek buatan seperti box dan potongan pipa memiliki suatu bayangan dari objek dapat terlihat dari grafik sinyal yang dihasilkan. Box memiliki nilai amplitudo yang tidak jauh berbeda dengan nilai amplitudo yang dimiliki objek potongan pipa mencapai 5000 mV. Range waktu pada objek ini adalah 19-26 ms. Hasil analisis besar butir yang dilakukan oleh PPPGL memiliki sedimen dasar laut berupa lempung lanauan yang berada di bagian tengah alur dan di bagian barat dan timur alur terdapat pasir lanauan. Klasifikasi ini berdasarkan sifat dari sedimen dapat dicirikan adanya berat fraksi antara butiran kasar dan halus.
Keyword: 

Judul: Pengukuran kedalaman dan klasifikasi dasar laut menggunakan instrumen SEA BEAM 1050 D multibeam sonar
Abstrak: Salah satu cara untuk mendapatkan informasi tentang dasar laut adalah dengan sistem akustik bawah air menggunakan instrumen multibeam sonar. Tujuan dari penelitian ini adalah melakukan pengkajian instrumen SEA BEAM 1050 D multibeam sonar untuk pengukuran kedalaman laut dan klasifikasi dasar laut. Pengambilan data dilakukan pada tanggal 6 – 7 Juli 2008 di sekitar perairan Labuhan Maringgai (Lampung) – Bojonegara (Banten). Daerah penelitian terletak pada koordinat 5°10’00’’ LS - 6°00’00’’ LS dan 105°50’00’’ BT - 106°18’48’’ BT. Data diperoleh dengan menggunakan instrumen multibeam tipe SEA BEAM 1050 D dengan menggunakan kapal riset Baruna Jaya IV milik Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT) pada saat melakukan survei keadaan pipa gas pada jalur tersebut. Pengolahan data akustik menggunakan perangkat lunak MBSystem (Multibeam System) dengan menggunakan sistem operasi linux. Klasifikasi dasar perairan dihasilkan dengan menggunakan sebaran nilai amplitudo yang dicocokkan dengan sampel coring. Setiap data sampel coring yang di peroleh memberikan informasi koordinat dan tipe substrat. Koordinat ini kemudian di overlay dengan data akustik. Hasil dari overlay nilai amplitudo ini akan diperoleh sebaran nilai dari suatu tipe substrat. Sebaran nilai inilah yang kemudian menjadi acuan untuk melakukan klasifikasi dasar perairan. Klasifikasi dasar perairan yang dilakukan meliputi 36 data akustik serta 35 data sampel coring disepanjang jalur penelitian. Hasil analisis coring dilakukan oleh pihak BPPT dimana terdapat tiga jenis tipe substrat yaitu silty clay (8 stasiun), clayey silt (17 stasiun), dan sandy silt (7 stasiun). Pengelompokan klasifikasi ini berdasarkan komposisi substrat di setiap stasiun. Berdasarkan hasil yang diperoleh dalam pendeteksian dasar perairan dapat dilihat bahwa kedalaman minimum dari perairan tersebut adalah 6,252 meter dan kedalaman maksimum adalah 68,748 meter. Ketelitian kedalaman perairan sekitar ± 0.0005 meter setiap bertambahnya kedalaman sebesar 1 meter. Kisaran nilai amplitudo untuk substrat jenis silty clay berkisar antara 311 sampai 352, substrat jenis clayey silt berkisar antara 352 sampai 399, dan substrat jenis sandy silt berkisar antara 399 sampai 428. Sepanjang jalur penelitian substrat jenis clayey silt memiliki sebaran yang cukup luas di bandingkan jenis substrat lainnya.
Keyword: Klasifikasi sedimen, Pengukuran kedalaman, Akustik kelautan, Amplitudo dasar perairan, Labuhan Maringgai, Bojonegara, Bogor Agricultural University, Institut Pertanian Bogor, IPB

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA