Judul: Isolasi dan Identifikasi Gen Penyandi Hormon Insulin-like Growth Factor-1 (IGF-1) Secara Parsial pada Ikan Cupang Betta imbellis.
Abstrak: Betta imbellis merupakan salah satu spesies ikan cupang alam yang tengah dikembangkan di Balai Riset Budidaya Ikan Hias Depok. Hormon insulin-like growth factor-1 (IGF-1) merupakan salah satu hormon yang berperan dalam pertumbuhan ikan. Hormon IGF-1 berfungsi sebagai mediator kerja dari hormon pertumbuhan (GH) dalam mengatur pertumbuhan. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengisolasi dan mengidentifikasi gen penyandi hormon IGF-1 secara parsial pada ikan cupang B. imbellis. cDNA disintesis dari RNA total yang diisolasi dari organ hati. Amplifikasi gen dilakukan dengan menggunakan metode polymerase chain reaction (PCR) dengan primer F-IGF-1 dan R-IGF-1 yang didesain dengan menyejajarkan sekuen gen IGF-1 dari Ictalurus punctatus, Clarias batrachus, Oreochromis niloticus, Tachysurus fulvidraco, dan Danio rerio. Hasil amplifikasi PCR menunjukkan adanya pita DNA yang berukuran 280 bp dan 361 bp. Analisis nukleotida menunjukkan bahwa kedua cDNA masing-masing menyandikan 92 dan 119 residu asam amino, dan merupakan varian IGF-1 berdasarkan sekuen domain E. Sekuen cDNA tersebut memiliki bagian yang merupakan domain khas IGF-1 dan domain khas ini memiliki tingkat homologi yang tinggi terhadap gen IGF-1 ikan gurami. Analisis pohon filogenetik menunjukkan bahwa gen IGF-1 B. imbellis berada dalam grup IGF-1 ikan yang ada di pangkalan data Genbank.
Keyword: Betta imbellis, domain khas, insulin-like growth factor-1, isolasi, primer, varian

Judul: Introduksi Gen Penyandi Hormon Pertumbuhan untuk Menghasilkan Ikan Cupang, Betta imbellis Ladiges (1975) Generasi Pertama Berukuran Giant.
Abstrak: Ikan cupang Betta imbellis Ladiges (1975) merupakan salah satu spesies ikan hias air tawar endemik yang memiliki nilai ekonomis tinggi dan merupakan ekspor di Indonesia. Dalam kontes internasional, ikan cupang berukuran giant berharga sangat tinggi sehingga para breeder berlomba-lomba untuk memproduksinya. Upaya produksi ikan cupang giant telah dilakukan dengan teknologi seleksi. Sebuah metode terkini yang dikenal dengan istilah transgenesis dapat mengatasi kelemahan metode sebelumnya. Penggunaan teknologi transgenesis terbukti mampu meningkatkan pertumbuhan spesies ikan budidaya sampai beberapa kali lipat. Pada penelitian ini, transgenesis digunakan untuk meningkatkan pertumbuhan ikan cupang alam. Penelitian dilakukan melalui tiga tahapan, yaitu (1) optimalisasi konsentrasi transfektan dan DNA dan uji aktivitas promoter β-aktin ikan mas, (2) transfer gen pCcBA-PhGH dengan menggunakan metode transfeksi pada embrio dan deteksi keberhasilan transfer gen PhGH dan analisis ekspresi mRNA PhGH dan bobot ikan F0, serta (3) analisis transmisi dan ekspresi transgen pada ikan cupang generasi pertama (F1). Sebagai tahap awal produksi ikan cupang transgenik berukuran giant, penelitian ini dilakukan untuk mendapatkan konsentrasi DNA plasmid yang memberikan penetasan dan sintasan tinggi serta menghasilkan ikan cupang transgenik F0. Vektor ekspresi pCcBA-PhGH yang digunakan mengandung gen GH ikan patin (PhGH) dan dikontrol oleh promoter β-aktin ikan mas (CcBA). Induk ikan Betta imbellis dipijahkan secara alami, dan embrio dikoleksi 1-2 menit setelah memijah. Sebanyak 100 embrio direndam dalam dua mililiter larutan transfektan X-treme gene mengandung plasmid pCcBA-PhGH (50 μg/mL) pada suhu ruang selama 30 menit. Perlakuan dalam penelitian ini adalah rasio transfektan : DNA plasmid berbeda, yakni: A (0,75 μL : 0,25 μL); B (0,75 μL : 0,50 μL); C (0,75 μL : 0,75 μL); D sebagai kontrol-1 (tanpa transfektan, 0,25 μL DNA); E sebagai kontrol-2 (0,75 μL transfektan, tanpa DNA); dan perlakuan F sebagai kontrol-3 (tanpa transfektan dan tanpa DNA). Setiap perlakuan dibuat tiga ulangan. Embrio hasil transfeksi ditetaskan dalam wadah bervolume sekitar satu liter air. Hasil penelitian menunjukkan bahwa daya tetas telur dan sintasan larva (umur empat hari pascatetas) perlakuan A adalah sama dengan kontrol, tetapi lebih tinggi daripada perlakuan B dan C. Analisis PCR dan RT-PCR masing-masing menunjukkan bahwa gen PhGH dan ekspresi dapat dideteksi pada embrio dan larva perlakuan A, B dan C. Dengan demikian, ikan cupang transgenik F0 dapat dibuat menggunakan metode transfeksi dengan transfektan 0,75 μL dan DNA 0,25 μL. Hasil terbaik pada penelitian pertama selanjutnya digunakan untuk tahap berikutnya. Ikan F0 yang positif membawa transgen PhGH di sirip ekor dibesarkan lebih lanjut hingga matang gonad, kemudian dipijahkan dengan non- transgenik untuk menentukan ikan F0 yang membawa transgen di gametnya. Analisis PCR dilakukan dengan templat DNA yang diekstraksi dari 30-50 embrio pooled sample hasil persilangan induk transgenik dan nontransgenik menunjukkan adanya beberapa induk F0 yang membawa transgen PhGH di gamet, sedangkan untuk kontrol (non-transgenik) tidak terdeteksi. Sebagian embrio digunakan untuk ekstraksi RNA total untuk analisis ekspresi mRNA PhGH. Berdasarkan analisis ekspresi gen pada embrio juga menunjukkan adanya ekspresi gen PhGH pada semua perlakuan dibandingkan dengan kontrol (embrio hasil persilangan nontransgenik × nontransgenik). Larva dari induk F0 yang membawa transgen PhGH di gamet, selanjutnya dipelihara lebih lanjut hingga dapat dilakukan analisis PCR untuk identifikasi ikan transgenik F1. Hasil analisis PCR menunjukkan bahwa
Keyword: transfer gen, gen penyandi hormon pertumbuhan, B. imbellis, transmisi, ekspresi

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: