Judul: Identifikasi Dan Desain Primer Diferensial Dua Begomovirus Pada Mentimun Di Jawa Barat Dan Bali
Abstrak: Mentimun (Cucumis sativus L.; Cucurbitaceae) merupakan salah satu jenis sayuran penting di Indonesia. Salah satu pembatas produksinya adalah infeksi Begomovirus. Beberapa Begomovirus yang menyebabkan penyakit penting secara ekonomis di Indonesia, diantaranya Pepper yellow leaf curl Indonesia virus (PYLCIV) pada cabai, Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) pada tomat, dan Mungbean yellow mosaic India virus (MYMIV) pada kacang panjang, dan pada mentimun disebabkan oleh Tomato leaf curl New Delhi virus (ToLCNDV) di Klaten (Jawa Tengah) dan Squash leaf curl China virus (SLCCNV) di Tabanan (Bali). Kedua Begomovirus pada mentimun ini dapat menginfeksi secara tunggal maupun ganda di lapangan dengan gejala yang hampir sama, sehingga diagnosis virus berdasarkan gejala sulit menentukan virus penyebabnya. Oleh karena belum diketahui insidensi dan penyebaran kedua virus pada mentimun khususnya di Jawa Barat dan Bali maka perlu dilakukan penelitian terkait deteksi dan identifikasi Begomovirus pada mentimun dan penyediaan primer diferensial yang dapat membedakan kedua virus dengan cepat dalam PCR tunggal. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan insidensi penyakit kuning oleh Begomovirus pada tanaman mentimun di provinsi Jawa Barat dan Bali, dan mendesain serta menguji primer diferensial yang mampu mendeteksi dan membedakan dua spesies Begomovirus pada tanaman mentimun. Penelitian meliputi pengumpulan sampel tanaman mentimun, penentuan insidensi dua Begomovirus secara serologi dengan DIBA, identifikasi Begomovirus dengan PCR dan perunutan DNA, desain primer diferensial ToLCNDV dan SLCCNV, dan evaluasi primer diferensial melalui PCR unipleks maupun dupleks. Pengamatan gejala dan koleksi sampel terinfeksi Begomovirus diambil dari daerah Jawa Barat (Sumedang, Sukabumi, Karawang) dan Bali (Tabanan, Klungkung, Gianyar). Gejala yang umum ditemukan di lahan antara lain daun klorosis, mosaik kuning kehijauan, melepuh, daun menguning disertai penebalan tulang daun (vein banding), tepian daun menggulung kearah atas, dan kerdil. Hasil deteksi serologi menunjukkan bahwa gejala tersebut disebabkan oleh infeksi ToLCNDV dan Squash leaf curl virus (SLCV). Seluruh lahan pengambilan sampel didominasi oleh infeksi ToLCNDV, dengan insidensi penyakit berkisar 28% sampai dengan 100%. SLCV terdeteksi pada pertanaman mentimun di Bali dengan insidensi penyakit berkisar 42% sampai dengan 80% dan di Jawa Barat yaitu di Karawang sebesar 56% dan Sumedang sebesar 30%. Infeksi ganda antara ToLCNDV dan SLCV terdeteksi pada 7 dari 11 pertanaman mentimun yang diamati. Deteksi molekuler berhasil dilakukan terhadap enam isolat Begomovirus menggunakan pasangan primer universal pAV2048/pAC494 yang mengamplifikasi gen protein selubung dengan amplikon berukuran ±550 pb. Analisis runutan nukleotida gen protein selubung menunjukkan terdapat tiga spesies Begomovirus yang menginfeksi pertanaman mentimun di Jawa Barat dan Bali yaitu ToLCNDV, SLCCNV, dan Ageratum yellows vein virus (AYVV). Isolat Klungkung, Karawang, Sukabumi, dan Sumedang memiliki homologi nukleotida tertinggi dengan isolat ToLCNDV asal Klaten, Indonesia (AB613825), dengan homologi sebesar 97.3%, 97.0%, 96.3%, dan 97.2%. Keempat isolat ToLCNDV ini termasuk ke dalam ToLCNDV strain “Indonesia”. Isolat Tabanan, Bali memiliki homologi nukleotida tertinggi sebesar 94.5% dengan isolat SLCCNV asal Malaysia (EF197940) dan termasuk ke dalam SLCCNV strain “Cina”. Analisis nukleotida menunjukkan bahwa isolat Gianyar, Bali memiliki homologi nukleotida tertinggi sebesar 92.1% dengan AYVV asal Indonesia (AB100305) yang menginfeksi tanaman Nicotiana benthamiana. Primer diferensial untuk membedakan dua Begomovirus pada tanaman mentimun berhasil dibuat menggunakan metode semi-manual OligoCalc: Oligonucleotide Properties Calculator. Pasangan primer T-2F/TS-2R digunakan untuk mengamplifikasi common region (CR) ToLCNDV dengan amplikon
Keyword: AYVV, primer diferensial, SLCCNV, ToLCNDV

Judul: Distribusi dan Identifikasi Virus Utama pada Mentimun di Jawa
Abstrak: Mentimun merupakan tanaman sayuran penting, termasuk di Indonesia. Produksi mentimun berfluktuasi setiap tahunnya. Banyak faktor yang memengaruhi produksi mentimun dan penyakit oleh virus menjadi salah satu penyebabnya. Diagnosis penyakit virus berdasarkan gejala luar sulit untuk mengetahui virus penyebabnya. Informasi mengenai identitas virus yang menginfeksi mentimun dan distribusinya di Jawa sangat terbatas, oleh karena itu tujuan dari penelitian ini adalah mendeteksi dan mengidentifikasi virus yang menginfeksi mentimun di Jawa. Sampel telah dikoleksi dengan metode purposive sampling yaitu 50 sampel yang bergejala diambil dari masing-masing lokasi. Sampel diambil dari beberapa pertanaman mentimun di Jawa Barat (Bogor, Subang, Indramayu), Jawa Tengah (Brebes, Klaten), Yogyakarta (Kulon Progo), dan Jawa Timur (Nganjuk, Kediri, Tulungagung). Umur tanaman, varietas, sumber benih, dan kondisi lingkungan digunakan sebagai data pendukung. Frekuensi penyakit virus diperoleh menggunakan metode dot blot immunobinding assay (DBIA) dengan 9 antiserum, yaitu Cucumber aphid borne yellows virus (CABYV), Cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV), Cucumber mosaic virus (CMV), Papaya ringspot virus (PRSV), Squash mosaic virus (SqMV), Squash leaf curl virus (SLCV), Tomato leaf curl New Delhi virus (ToLCNDV), Watermelon mosaic virus (WMV), dan Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV). Identifikasi virus baru dan virus yang dominan dilakukan dengan polymerase chain reaction (PCR) atau reverse transcription (RT)-PCR menggunakan primer spesifik atau universal, TA-kloning pada vektor pTZ57R/T, perunutan plasmid DNA dan analisis DNA. Hasil DBIA menunjukkan bahwa dari total 543 sampel yang diuji, 541 sampel positif CABYV, 485 sampel positif PRSV, dan 469 sampel positif ToLCNDV. Virus yang dominan ditemukan pada semua lokasi survei yaitu CABYV, CMV, CGMMV, PRSV, SLCV, dan ToLCNDV. Infeksi campuran antara beberapa virus terjadi antara CMV, CABYV, SLCV, ToLCNDV, PRSV, ZYMV, SqMV, WMV, dan CGMMV pada tanaman mentimun. Kesembilan virus telah terdeteksi menginfeksi tanaman mentimun pada semua lokasi. Namun, CGMMV tidak terdeteksi di Kulon Progo, Yogyakarta. CMV dan CABYV menginfeksi tanaman mentimun di Jawa dengan frekuensi penyakit mencapai 100% dan kedua virus selalu terdeteksi dalam infeksi campuran bersama virus lainnya. Infeksi campuran kesembilan virus paling dominan terdeteksi pada sampel dari Jawa Timur. DNA virus berukuran ± 489 pb dan ± 470 pb berhasil diamplifikasi dengan RT-PCR pada sampel mentimun dari semua lokasi menggunakan primer spesifik, yaitu berturut-turut CP CABYV-489-F/POL-G-R dan CP PRSV326F/PRSV800. CGMMV tidak berhasil diamplifikasi menggunakan primer spesifik, namun dari sampel yang sama berhasil diamplifikasi Tobamovirus menggunakan primer universal Tobamovirus. Analisis sikuen nukleotida pada sampel yang menunjukkan reaksi positif dengan antiserum CGMMV telah teridentifikasi sebagai Tobacco mosaic virus (TMV). Sampel yang menunjukkan reaksi positif dengan antiserum SLCV atau ToLCNDV telah teridentifikasi sebagai ToLCNDV. Keragaman gen coat protein (CP) pada 4 isolat CABYV, 4 isolat PRSV strain P (PRSV-P), 4 isolat TMV, dan 5 isolat ToLCNDV telah berhasil diidentifikasi. Analisis nukleotida dan asam amino menunjukkan bahwa homologi semua isolat CABYV, PRSV-P, TMV, ToLCNDV berkisar berturut-turut berkisar 92.4-99.5% dan 92.7-100%, 92.3-99.7% dan 96.0-100%, 86.5-97.7% dan 91.1- 99.4%, 88.9-99.2% dan 93.4-100% terhadap isolat virus yang sama dari negara lain di dunia. Homologi nukleotida paling tinggi gen CP CABYV dengan isolat Timor Leste (KY617826), PRSV-P dengan isolat Bali, Indonesia (LC223115), TMV dengan isolat Cina (HE818421), dan ToLCNDV dengan isolat Indonesia (AB613825). Analisis pohon filogeni menunjukkan bahwa semua isolat CABYV, PRSVP,
Keyword: Analisis filogeni, homologi, selubung protein, sikuen nukleotida

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: