Judul: Molecular Interaction Analysis of Quercetin and Eugenol Compounds on Aging Regulator Proteins , Sir2
Abstrak: Proses penuaan dapat dipengaruhi oleh beberapa faktor, seperti peningkatan cekaman oksidatif dan inflamasi. Senyawa antioksidan dilaporkan dapat menjadi salah satu kandidat dalam mengatasi proses penuaan karena secara efektif dapat melawan cekaman oksidatif dan inflamasi. Contoh senyawa tersebut adalah kuersetin dan eugenol. Kuersetin dan eugenol merupakan senyawa antioksidan yang dapat ditemukan di alam. Melalui penelurusan literatur, diketahui bahwa senyawa kuersetin dan eugenol memiliki aktivitas antioksidan pada sel khamir maupun sel mamalia. Namun, mekanisme kedua senyawa ini dalam meregulasi penuaan di level molekuler belum tersedia. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk mengetahui interaksi senyawa kuersetin dan eugenol pada protein Sir2 Saccharomyces cerevisiae yang memiliki peran sebagai regulator sistem penuaan. Penelitian menggunakan studi penambatan molekular dengan senyawa kuersetin dan eugenol sebagai ligan uji, sedangkan reseptornya menggunakan Sir2 Saccharomyces cerevisiae dengan kode PDB, 2HJH. Hasil penelitian menunjukkan bahwa senyawa kuersetin dan eugenol dapat berikatan secara molekuler dengan protein Sir2. Parameter afinitas ikatan (ΔG) dilihat dengan nilai negatif yang tinggi. Senyawa kuersetin memiliki afinitas ikatan (ΔG) sebesar -8.5 kkal/mol, sedangkan pada senyawa eugenol memiliki afinitas ikatan (ΔG) sebesar -6.5 kkal/mol. Selain itu, adanya ikatan kimia dan residu asam amino menunjukkan bahwa senyawa ligan uji memiliki potensi untuk bersaing dengan ligan alami. Namun, penelitian lebih lanjut diperlukan untuk menentukan efek ligan uji terhadap lintasan penuaan, in vivo., The aging process may be affected by many factors, such as increased oxidative stress and inflammation. According to reports, antioxidant compounds are one of the drug candidates to overcome the aging process because they can effectively combat oxidative stress and inflammation. Examples of compound that can act as antioxidants are quercetin and eugenol wich can be found in nature. Through literature search, it is known that quercetin and eugenol compounds have antioxidant activity in yeast cells and mammalian cells. However, the mechanisms by which these two compounds regulate aging at the molecular level are still unclear. Therefore, the purpose of this study was to understand the interaction of quercetin and eugenol compounds on the protein Sir2 of Saccharomyces cerevisiae, which acts as a regulator of the aging pathway. In this study, quercetin and eugenol were used as test ligands for molecular docking studies. On the other hand, the receptor used was Sir2 with the PDB code of 2HJH. The results show that quercetin and eugenol compounds could bind to Sir2 protein molecules. The binding affinity parameter was considered a high negative value. The binding affinity of the quercetin compound is -8.5 kcal/mol, and the binding affinity of the eugenol compound is -6.5 kcal/mol. In addition, the presence of chemical bonds and amino acid residues indicates that the tested ligand compounds have the potential to compete with natural ligands. However, further study is required to determine the effect of these ligand in regulating aging, in vivo.
Keyword: antioxidants, in silico, ligand-receptor, yeast

Judul: Effect of Eugenol on the Yeast  Transcriptome of Schizosaccharomyces pombe and its Cell Cycle.
Abstrak: Radikal bebas yang terakumulasi di dalam sel dapat menyebabkan terjadinya cekaman oksidatif yang pada tahap lanjut dapat memicu proses penuaan (aging) di level seluler. Eugenol telah dilaporkan memiliki aktivitas antiaging di level seluler. Namun, belum diketahui mekanisme senyawa ini dalam mempengaruhi umur sel. Kajian transkriptomik menjadi salah satu strategi yang dapat digunakan dalam mengungkap potensi senyawa eugenol sebagai agen antipenuaan. Penelitian ini bertujuan mengetahui pengaruh pemberian eugenol terhadap khamir S.pombe melalui analisis transkriptomik. Metode penelitian meliputi analisis data transkriptomik berbasis ontologi gen dan Principal Component Analysis (PCA) serta uji siklus sel pada S. pombe dengan perlakuan eugenol. Analisis data transkriptomik dan ontologi gen menunjukkan terdapat perubahan ekspresi gen pada komponen biological process, cellular component dan molecular function akibat perlakuan eugenol. Hasil analisis siklus sel memperlihatkan terjadi perlambatan (cell cycle arrest) fase G1 menuju fase S yang menjadi salah satu ciri pemanjangan umur sel. Hal ini didukung oleh analisis PCA yang menunjukkan perlakuan eugenol dapat meregulasi gen-gen terkait siklus sel diantaranya gen cdc18, orc6, res1, res2, dan hsk1 yang diduga berdampak pada cell cycle arrest.
Keyword: Antioxidants, Free radicals, Principal Analysis Component

Judul: Distribusi Massa Air Laut Jawa dari Data Hidrografi MAJAFLOX Cruise 2015.
Abstrak: Laut Jawa merupakan perairan dangkal yang dipengaruhi oleh Angin Muson dan Arlindo Selat Makassar. Pemahaman tentang stratifikasi dan distribusi massa air Laut Jawa dapat dilakukan dengan adanya data hidrografi dari MAJAFLOX Cruise pada bulan Agustus 2015. Data hidrografi didapatkan dari penurunan CTD di 14 stasiun pengamatan. Hasil penelitan menunjukkan bahwa stratifikasi vertikal massa air dicirikan oleh lapisan homogen yang kuat dari permukaan hingga dasar perairan. Hal tersebut terjadi akibat percampuran massa air yang kuat oleh aksi gelombang yang dibangkitkan Angin Muson Tenggara. Selain itu, ditemukan variasi spasial dalam arah utara-selatan, dimana karakteristik massa air di tepi selatan dan utara cukup berbeda dengan massa air di tengahnya. Massa air Laut Jawa pada puncak musim timur (Agustus) dicirikan dengan massa air yang hangat (27,18 °C – 28,11 °C), bersalinitas rendah (33,58 psu – 34,2 psu), dan ringan (21,33 kg/m3 – 22,06 kg/m3), kecuali pada stasiun 1 dan stasiun 5 yang cenderung lebih hangat dan lebih tawar dari stasiun lainnya. Pola sirkulasi permukaan menunjukkan salinitas yang relatif tinggi di bagian tengah Laut Jawa dan diduga berhubungan dengan suplai massa air Arlindo Selat Makassar. Variasi tahunan dari analisis keluaran model INDESO menunjukkan adanya stratifikasi massa air yang kuat pada musim peralihan.
Keyword: angin muson, keluaran model INDESO, MAJAFLOX Cruise 2015, pengukuran CTD, stratifikasi massa air