Judul: Validasi Spesies Dengan Marka Molekuler Cytochrome Oxidase Subunit I (Coi) Dan Potensi Protein Albumin Dari Beberapa Spesies Ikan
Abstrak: Metode berbasis molekuler telah banyak digunakan untuk menentukan spesies. Identifikasi molekuler dengan menggunakan marka COI dapat memberikan informasi kekerabatan antar spesies yang kemudian dapat digunakan untuk mengkonstruksi pohon filogeni. Albumin merupakan protein sarkoplasma yang larut air. Albumin memiliki fungsi penting bagi kesehatan sehingga dimanfaatkan sebagai produk farmasi. Fungsi penting albumin ini mendorong eksplorasi untuk menemukan sumber albumin lain selain HSA yang saat ini sudah dimanfaatkan di dunia medis. Albumin yang saat ini banyak dikembangkan adalah albumin dari ikan, salah satunya ikan gabus. Metode yang digunakan untuk mengetahui data molekuler spesies adalah dengan Polymerase Chain Reaction berdasarkan marka gen Cytochrome c oxidase I (COI) DNA Mitokondria. Pada tahap analisis protein digunakan tiga metode, yakni metode Bradford, Bromocresol Green (BCG), dan SDS - PAGE. Metode Bradford untuk menghitung total protein; Bromocresol green (BCG) untuk menghitung kadar albumin; SDS-PAGE untuk mengetahui profil protein. Hasil pengukuran morfometrik menunjukkan hasil yang bervariasi antar spesies. Identifikasi molekuler menunjukkan bahwa ikan dapat teridentifikasi dengan baik dengan nilai identiti 98-100% menggunakan referensi spesies dari GenBank dengan jarak genetik kurang dari 3%. Hasil penghitungan situs spesifik menunjukkan jumlah situs terbanyak pada ikan mas, patin, dan lele masing-masing 9, 9 dan 7 situs. Hasil tersebut diduga berkaitan dengan kandungan protein dan albumin pada sampel. Kadar protein semua sampel berada pada rentang 15,54±1,61 sampai 23,28±1,19 dengan kadar tertinggi pada ikan patin. Kadar albumin berada pada rentang 10,07±1,62 sampai 22±1 dengan kadar albumin tertinggi ditemukan pada ikan patin. Profil protein albumin menunjukkan nilai berat molekul antara 55-66 kDa. Hasil penelitian menunjukkan bahwa berat molekul toman, kakap dan baronang hampir sama dengan berat molekul Human Serum Albumin (HSA). Berdasarkan hasil tersebut ikan patin dapat digunakan sebagai alternatif bahan baku untuk produk albumin.
Keyword: albumin, ikan, molekuler, protein

Judul: Analisis DNA Mitokondria dan Profil Protein Beberapa Ikan Air Tawar Indonesia
Abstrak: Analisis DNA mitokondria (COI) dilakukan untuk mengetahui kekerabatan pada ikan gabus, toman, betutu, baung, dan tor soro yang belum dilaporkan potensinya. Analisis DNA mitokondria (COI) dilakukan dengan tahap desain primer, isolasi DNA, PCR, elektroforesis, dan analisis bioinformatika. Profil protein diidentifikasi menggunakan metode SDS-PAGE, kadar protein albumin diukur menggunakan metode BCG, dan menganalisis keterkaitan gen COI dan protein. Primer yang didesain secara spesisifik teramplifikasi dengan baik pada 500-600 pb. Sekuens ikan gabus yang diperoleh dalam penelitian ini telah didepositkan pada GenBank dengan nomor akses KU204858. Profil protein kelima sampel ikan menunjukkan kesamaan dengan jumlah pita hasil elektroforesis sebanyak 15-18 pada 6,89-156,25 kDa. Kadar protein albumin ikan gabus, toman, betutu, baung, dan tor soro tidak berbeda nyata, namun elektroforegram protein menunjukkan ikan toman dan tor soro memiliki luas area protein albumin yang lebih besar dibandingkan ikan gabus, betutu, dan baung. Analisis DNA Mitokondria dapat diaplikasikan, sehingga menjadi alternatif penentuan sumber albumin.
Keyword: albumin, BCG, COI, DNA, SDS-PAGE

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: