Judul: Perakitan Tanaman Kentang Kultivar Medians yang Membawa Gen Penyandi AHL Laktonase untuk Meningkatkan Ketahanan terhadap Penyakit Busuk Lunak
Abstrak: Dickeya dadantii adalah bakteri fitopatogen penyebab penyakit busuk lunak pada beberapa tanaman seperti kentang, anggrek, dan wortel. Bakteri ini dapat memproduksi enzim pektinolitik yang mampu menghidrolisis dinding sel tanaman sehingga jaringan tersebut melunak dan membusuk. Produksi enzim pektinolitik pada D. dadantii diregulasi oleh mekanisme quorum sensing (QS) dengan senyawa asil homoserin lakton (AHL) berupa 3-oxo-C6-HSL sebagai senyawa autoinduser. Mekanisme QS merupakan mekanisme komunikasi pada bakteri patogen Gram negatif untuk meregulasi beberapa ekspresi gen seperti bioluminensi pada Vibrio fisheri, pembentukkan biofilm pada Pseudomonas aeuroginosa, dan produksi pigmen violacein pada C.violaceum. Penghambatan mekanisme QS melalui mekanisme quorum quenching (QQ) menggunakan enzim AHL laktonase dapat digunakan sebagai salah satu alternatif dalam pengendalian bakteri D. dadantii. Enzim tersebut dapat mendegradasi cincin lakton pada 3-oxo- C6-HSL sehingga gen penyandi enzim pektinolitik pada D. dadantii tidak terekspresi. Bacillus cereus B10 asal Hutan cangkuang, Sukabumi pada penelitian sebelumnya telah dilaporkan memiliki aktivitas AHL laktonase yang tinggi dalam mereduksi gejala busuk lunak pada umbi kentang karena infeksi D. dadantii. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi dan menganalisis gen aiiA penyandi AHL laktonase dari B. cereus B10, mengekspresikan gen aiiA tersebut pada Escherichia coli BL21 (DE3) pLysS, mengkonstruksi vektor biner pembawa gen aiiA (pCAB10) serta mengekspresikan gen aiiA pada genom kentang kultivar Medians. Penelitian ini dibagi menjadi 2 tahap. Tahap pertama adalah karakterisasi gen aiiA dari B. cereus B10dan ekspresi gen tersebut pada E. coli BL21 (DE3) pLysS. Proses karakterisasi gen aiiA dilakukan dengan mengkloning gen aiiA mengandung situs restriksi NdeI dan BamH1 dari B. cereus B10 pada vektor pGEM-T-Easy. Gen aiiA yang telah disubkloning tersebut kemudian digunakan untuk mengonstruksi vektor ekspresi pET15b yang membawa gen aiiA. Plasmid pET15b-aiiA tersebut selanjutnya ditransformasikan ke dalam sel E. coli BL21 (DE3) pLysS. Gen aiiA tersebut diekspresikan pada E. coli BL21 (DE3) pLysS dengan menambahkan IPTG dengan beberapa konsentrasi 0.1 mM, 0.5 mM, dan 1 mM sebagai senyawa induksi. Protein AiiA selanjutnya disejajarkan dengan bakteri penghasil AHL laktonase yang lain serta kelompok enzim metallo-β- laktamase (glioxalase dan beta laktamase). Struktur 3D dari protein AiiA tersebut dianalisis melalui progam swissmodel.org dan pyMOL. Tahap kedua adalah ekspresi gen aiiA pada tanaman kultivar Medians. Gen aiiA dengan situs restriksi NcoI dan BglI1 disubkloning pada vektor pGEM-T-Easy. Gen aiiA dikonstruksi pada vektor pCAMBIA2300 menjadi pCAB10. Plasmid tersebut kemudian ditransformasi ke dalam E. coli DH5α melalui teknik elektroporasi. Transformasi pCAB10 ke dalam Agrobacterium tumefaciens LBA 4404 dilakukan melalui teknik Triparental mating (TPM). A. tumefaciens LBA 4404 pembawa pCAB10 digunakan sebagai perantara untuk mentransformasikan gen aiiA ke dalam genom tanaman kentang kultivar Medians. Proses transformasi gen aiiA pada pCAB10 dilakukan melalui metode kokultivasi. Eksplan-eksplan yang berupa ruas batang (internode) yang telah dikokultivasi kemudian dipindahkan ke media induksi kalus tanpa kanamisin sebagai agen seleksi. Kalus yang tumbuh kemudian diseleksi pada media yang mengandung 50 mg L-1 kanamisin. Tunas yang tumbuh dari kalus pada media seleksi dinyatakan sebagai tanaman putatif transgenik. Tanaman tersebut kemudian diperbanyak dan diseleksi ketahanannya terhadap penyakit busuk lunak D. dadantii. Analisis ekspresi gen aiiA dilakukan dengan mendeteksi keberadaan gen aiiA dari cDNA tanaman putatif transgenik melalui teknik PCR. Hasil karakterisasi gen aiiA B. cereus B10 menunjukkan bahwa gen aiiA
Keyword: Gen aiiA, AHL Laktonase, Kentang kultivar Medians, Transformasi genetik

Judul: Perakitan Tanaman Kentang Kultivar Medians yang Membawa Gen Penyandi AHL Laktonase untuk Meningkatkan Ketahanan terhadap Penyakit Busuk Lunak
Abstrak: Dickeya dadantii adalah bakteri fitopatogen penyebab penyakit busuk lunak pada beberapa tanaman seperti kentang, anggrek, dan wortel. Bakteri ini dapat memproduksi enzim pektinolitik yang mampu menghidrolisis dinding sel tanaman sehingga jaringan tersebut melunak dan membusuk. Produksi enzim pektinolitik pada D. dadantii diregulasi oleh mekanisme quorum sensing (QS) dengan senyawa asil homoserin lakton (AHL) berupa 3-oxo-C6-HSL sebagai senyawa autoinduser. Mekanisme QS merupakan mekanisme komunikasi pada bakteri patogen Gram negatif untuk meregulasi beberapa ekspresi gen seperti bioluminensi pada Vibrio fisheri, pembentukkan biofilm pada Pseudomonas aeuroginosa, dan produksi pigmen violacein pada C.violaceum. Penghambatan mekanisme QS melalui mekanisme quorum quenching (QQ) menggunakan enzim AHL laktonase dapat digunakan sebagai salah satu alternatif dalam pengendalian bakteri D. dadantii. Enzim tersebut dapat mendegradasi cincin lakton pada 3-oxo- C6-HSL sehingga gen penyandi enzim pektinolitik pada D. dadantii tidak terekspresi. Bacillus cereus B10 asal Hutan cangkuang, Sukabumi pada penelitian sebelumnya telah dilaporkan memiliki aktivitas AHL laktonase yang tinggi dalam mereduksi gejala busuk lunak pada umbi kentang karena infeksi D. dadantii. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi dan menganalisis gen aiiA penyandi AHL laktonase dari B. cereus B10, mengekspresikan gen aiiA tersebut pada Escherichia coli BL21 (DE3) pLysS, mengkonstruksi vektor biner pembawa gen aiiA (pCAB10) serta mengekspresikan gen aiiA pada genom kentang kultivar Medians. Penelitian ini dibagi menjadi 2 tahap. Tahap pertama adalah karakterisasi gen aiiA dari B. cereus B10dan ekspresi gen tersebut pada E. coli BL21 (DE3) pLysS. Proses karakterisasi gen aiiA dilakukan dengan mengkloning gen aiiA mengandung situs restriksi NdeI dan BamH1 dari B. cereus B10 pada vektor pGEM-T-Easy. Gen aiiA yang telah disubkloning tersebut kemudian digunakan untuk mengonstruksi vektor ekspresi pET15b yang membawa gen aiiA. Plasmid pET15b-aiiA tersebut selanjutnya ditransformasikan ke dalam sel E. coli BL21 (DE3) pLysS. Gen aiiA tersebut diekspresikan pada E. coli BL21 (DE3) pLysS dengan menambahkan IPTG dengan beberapa konsentrasi 0.1 mM, 0.5 mM, dan 1 mM sebagai senyawa induksi. Protein AiiA selanjutnya disejajarkan dengan bakteri penghasil AHL laktonase yang lain serta kelompok enzim metallo-β- laktamase (glioxalase dan beta laktamase). Struktur 3D dari protein AiiA tersebut dianalisis melalui progam swissmodel.org dan pyMOL. Tahap kedua adalah ekspresi gen aiiA pada tanaman kultivar Medians. Gen aiiA dengan situs restriksi NcoI dan BglI1 disubkloning pada vektor pGEM-T-Easy. Gen aiiA dikonstruksi pada vektor pCAMBIA2300 menjadi pCAB10. Plasmid tersebut kemudian ditransformasi ke dalam E. coli DH5α melalui teknik elektroporasi. Transformasi pCAB10 ke dalam Agrobacterium tumefaciens LBA 4404 dilakukan melalui teknik Triparental mating (TPM). A. tumefaciens LBA 4404 pembawa pCAB10 digunakan sebagai perantara untuk mentransformasikan gen aiiA ke dalam genom tanaman kentang kultivar Medians. Proses transformasi gen aiiA pada pCAB10 dilakukan melalui metode kokultivasi. Eksplan-eksplan yang berupa ruas batang (internode) yang telah dikokultivasi kemudian dipindahkan ke media induksi kalus tanpa kanamisin sebagai agen seleksi. Kalus yang tumbuh kemudian diseleksi pada media yang mengandung 50 mg L-1 kanamisin. Tunas yang tumbuh dari kalus pada media seleksi dinyatakan sebagai tanaman putatif transgenik. Tanaman tersebut kemudian diperbanyak dan diseleksi ketahanannya terhadap penyakit busuk lunak D. dadantii. Analisis ekspresi gen aiiA dilakukan dengan mendeteksi keberadaan gen aiiA dari cDNA tanaman putatif transgenik melalui teknik PCR. Hasil karakterisasi gen aiiA B. cereus B10 menunjukkan bahwa gen aiiA
Keyword: Gen aiiA, AHL Laktonase, Kentang kultivar Medians, Transformasi genetik

Judul: Kekonsistenan Hamiltonian pada Gerak Gelombang Interfacial
Abstrak: The interfacial wave is an internal wave that occurs at boundary of two layers fluid. It appears because there is difference of mass density between the two layers. The objective of this thesis is to formulate the motion of internal wave with flat base and flat as well as free upper bound surface. The motion equation obtained is a Hamiltonian system. The Hamiltonian in this system is expressed by variable of wave deviation and horizontal component of potential velocity. Under assumption that interfacial wave moves only in one direction, it can be shown that the Hamiltonian depends on the solution of the wave motion equation. The coefficients of the equation depend on the physical characteristics of the two layers of fluid, i.e. thickness and mass density. The numerical results show that Hamiltonian in the system is constant. It is consistent with Hamiltonian characteristic, which does not depend on time.
Keyword: