Judul: Determination of FREM2 Gene Diversity and Association with Meat Quality in Balinese Cattle Using Ultrasonography Image.
Abstrak: Sapi Bali adalah salah satu plasma nutfah yang berasal dari pulau Bali dan diakui oleh FAO sebagai bangsa sapi Indonesia melalui Keputusan Menteri Pertanian Nomor: 325/Kpts/OT.140/1/2010 dengan penyebaran populasi di seluruh wilayah Indonesia. Sapi Bali merupakan salah satu sapi pedaging asli Indonesia yang memiliki keanekaragaman tinggi dan sebagai sumber daya genetik ternak asli Indonesia. Gen FREM2 adalah salah satu gen yang bertanggung jawab mengontrol kualitas daging pada sapi. Tujuan dari penelitian ini adalah menentukan keragaman gen FREM2 dan asosiasi terhadap kualitas daging pada sapi Bali menggunakan citra ultrasonografi. Total ternak yang digunakan sebanyak 93 ekor, 55 ekor berasal dari RPH Banjarmasin, Kalimantan Selatan, Indonesia, 28 ekor bearsal dari Pusat Pembibitan Sapi Bali di Provinsi Bali dan 10 ekor berasal dari UPTD Kabupaten Kupang, NTT Indonesia. Identifikasi SNP gen FREM2 dilakukan dengan teknik sekuensing, kemudian dilanjutkan dengan teknik PCR-RFLP untuk mendapatkan keragaman. Keragaman gen FREM2 dianalisis dengan program Bioedit dan PopGen 1.32 Asosiasi SNP gen FREM2 dengan karakteristik karkas dan daging dianalisis menggunakan metode General Linier Model (GLM) menggunakan program SPSS software versi 22. Karakteristik karkas (longissimus dorsi; tebal lemak punggung) dan daging (lemak intramuskular; skor marbling) diidentifikasi secara non-invasif dengan menggunakan citra ultrasonografi, selanjutnya dianalisis dengan software Image-J NIH. Hasil penelitian menunjukkan bahwa ditemukan SNP g.89327G>A di ekson 6 gen FREM2 dan tidak merubah asam amino (proline→proline) pada sapi Bali. Hasil genotiping dengan teknik PCR-RFLP SNP g.89327G>A gen FREM2|BccI memiliki keragaman tinggi yaitu alel A dan G masing-masing 0.747 dan 0.253. Keragaman SNP g.89327G>A berasosiasi nyata (P<0.05) dengan tebal longissimus dorsi (LDT), sedangkan tebal lemak punggung (BFT), lemak intramuskular (IMF) dan skor marling (MS) tidak berbeda. Dengan demikian, SNP g.89327G>A di ekson 6 gen FREM2 dapat dijadikan sebagai kandidat marka genetik kualitas karkas pada sapi Bali
Keyword: Gen FREM2, kualitas karkas dan daging, sapi Bali, SNP

Judul: Identifikasi Keragaman Gen Dgat1 Dan Scd Serta Asosiasinya Terhadap Kualitas Karkas Pada Sapi Bali
Abstrak: Sapi Bali merupakan ternak asli Indonesia yang telah diakui oleh FAO sebagai salah satu bangsa sapi di dunia. Sapi bali memiliki potensi yang belum dimanfaatkan dengan baik khususnya ke arah kualitas karkas yang baik. Perlu dilakukan upaya perbaikan secara genetik kearah kuaitas karkas dengan menggunakan pendekatan molekuler atau Marker Assisted Selection (MAS). Gen yang dapat digunakan sebagai marker sifat kualitas karkas adalah gen Diacylglycerol Acyltransferase 1 (DGAT) dan Stearoyl-CoA desaturase (SCD). Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi keragaman gen DGAT1 dan SCD pada sapi bali di Balai Pembibitan Ternak Unggul Sapi Bali dengan menggunakan metode sekuensing, menentukan SNP pada fragmen target gen DGAT1 dan SCD dan menganalisis asosiasi antara SNP (genotipe) yang didapatkan dengan data sifat-sifat kualitas karkas. Jumlah sampel sapi bali adalah 48 ekor terdiri atas jantan 24 ekor dan betina 24 ekor berasal dari BPTU-HMT Sapi Bali di provinsi Bali. Amplifikasi gen DGAT1 menggunakan primer forward 5’- CACCATCCTCTTCCTCAAG-3’ dan reverse 5’- GGAAGCGCTTTCGGATG-3’, SCD menggunakan primer forward 5’-ACCTGGTGTCCTGTTGTTGTGCTTC-3’ dan reverse 5’-GATGACCCTACTCTTCTATTTATGC-3’. Keragaman gen DGAT1 dan SCD diidentifikasi dengan metode direct sequencing. Sifat kualitas daging yaitu tebal longissimus dorsi (TLD), tebal lemak punggung (TLP), tebal lemak rump (TLR), tebal rump (TR), marbling score (MS), dan persentase lemak intramuskular (PLIM) di koleksi menggunakan Veterinary Ultrasound Scanner. Frekuensi alel dan genotipe dihitung dengan GENEPOP (V3.2) untuk mengetahui apakah polmorfisme gen DGAT1 dan SCD dalam keseimbangan Hardy-Weinberg. Asosasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP) gen SCD terhadap kualitas daging dianalisis dengan pendekatan General Linier Model (GLM). Hasil analisis ditemukan gen DGAT1 pada SNP c.10433G>A dan c.10434C>A disapi bali bersifat monomorfik. 8 SNP yaitu 5 SNP monomorfik (c.10153A>G, c.10318C>A, c.10329C>T, g.10394G>A, g.10486A>C) dan 3 polimorfik (g.10360G>A, g.10428C>T, g.10487G>A) berada dalam keseimbangan H-W. Gen SCD Ditemukan berasosiasi nyata (P<0.05) pada SNP g.10428C>T terhadap sifat marbling score dan persentase lemak intramuskular. Berdasarkan hasil tersebut SNP g.10428C>T dapat dijadikan sebagai kandidat marker assisted selection (MAS).
Keyword: Sapi Bali, Gen DGAT1, Gen SCD, SNP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: