Judul: Asosiasi Keragaman Genotipe Gen NRAMP-1 dengan Ketahanan Tubuh Ayam Kampung terhadap Salmonella pullorum
Abstrak: Natural Protein Resistance-Associated Makrofag 1 (NRAMP-1) merupakan salah satu gen yang berperan dalam mengontrol ketahanan tubuh terhadap penyakit . Ayam kampung adalah salah satu ayam lokal yang memiliki keragaman dan produktifitas tinggi. Program pemuliaan untuk meningkatkan ketahanan penyakit melalui seleksi molekuler merupakan salah satu upaya yang telah berkembang untuk meningkatkan produktivitas ayam. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari hubungan keragaman NRAMP-1 dengan penyakit resistensi pada ayam Kampung. Metode PCR RFLP diterapkan untuk menganalisis hubungan antara polimorfisme NRAMP-1 dengan ketahanan infeksi terhadap Salmonella pullorum. Penelitian dilakukan pada bulan Juli 2016 sampai Januari 2017 dengan 3 tahap yaitu tahap pertama pemeliharaan ayam kampung, tahap kedua identifikasi keragaman gen NRAMP-1 dan tahap ketiga asosiasi genotip gen NRAMP-1 dengan ketahanan terhadap penyakit pada ayam kampung. DNA ayam kampung yang digunakan pada penelitian berjumlah 162, 44 berasal dari populasi ayam sukabumi peternakan rakyat, 49 sampel DNA dari ayam kampung populasi sukabumi peternakan industri, dan 69 sampel koleksi DNA Laboratorium Genetika Molekuler Ternak berasal dari ayam Ciawi. Identifikasi keragaman gen NRAMP-1 menggunakan metode PCR-RFLP. Analisa data yang dilakukan yaitu frekuensi genotipe, frekuensi alel, heterozigositas, dan keseimbangan Hardy- Weinberg. Ketahanan tubuh ayam dilakukan pada ayam kampung sukabumi dari peternakan rakyat. Analisis data secara deskriptif untuk pengujian profil leukosit (konsentrasi leukosit dan diferensiasinya, heterofil, monosit dan limfosit). Pengujian aktivitas fagosistosis dan uji clearance dianalisa ragam. Hasil penelitian menunjukkan bahwa 3 genotipe diidentifikasi gen NRAMP-1 pada ayam Kampung, yaitu TT, TC dan CC. Gen NRAMP-1 bersifat polimorfik pada ayam kampung sukabumi peternakan rakyat. Nilai chi-kuadrat ayam Kampung peternakan rakyat menyimpang dari rasio harapan. Peternakan industri dan Ciawi berada pada kesetimbangan Hardy-Weinberg. Konsentrasi leukosit genotipe CC lebih keci dari kisaran normal. Persentase heterofil, monosit dan limfosit berada pada kisaran normal. Nilai H/L genotipe CC paling rendah.. Aktivitas fagositosis dicerminkan pada aktivitas dan kapasitas makrofag. genotipe ketiga gen NRAMP-1 pada ayam kampung memiliki aspek ketahanan terutama terhadap Salmonella pullorum yang tidak berbeda secara invitro. Kesimpulan, genotipe gen NRAMP-1 bersifat polimorfik dan dapat digunakan sebagai kandidat gen ketahanan terhadap penyakit.
Keyword: gen NRAMP-1, ayam kampung, ketahanan, Salmonella pullorum

Judul: Identifikasi Gen NRAMP-1, iNOS dan TGF-β2 serta Asosiasinya dengan Sifat Ketahanan Infeksi pada Ayam Sentul
Abstrak: Indonesia merupakan negara yang memiliki banyak jenis ayam. Berdasarkan penampilan fenotipik terdapat 27 rumpun ayam asli dan 14 rumpun ayam lokal yang dipelihara dengan sistem tradisional, semi intensif dan intensif. Ayam sentul merupakan salah satu rumpun ayam asli di Indonesia, yang awalnya dipelihara oleh penduduk desa di Kabupaten Ciamis, Jawa Barat. Program pemuliaan untuk sifat ketahanan infeksi dapat menjadi pendekatan yang efektif untuk mengendalikan agen infeksi pada ayam. Pendekatan genetik terhadap ketahanan infeksi pada ayam sangat penting, terutama untuk sistem produksi di negara-negara berkembang, karena umumnya sistem pemeliharaan masih tradisional atau semi intensif dan dengan skala kecil, dimana vaksinasi dan pengobatan sulit dilakukan dan mahal. Pendekatan kandidat gen merupakan metode yang bermanfaat untuk menyelidiki gen yang terlibat dalam ketahanan genetik. Pendekatan kandidat gen telah berhasil digunakan untuk mendeteksi gen yang penting untuk ketahanan infeksi pada ayam, termasuk gen natural resistance-associated macrophage protein 1 (NRAMP-1), inducible nitric oxide synthase (iNOS) dan transforming growth factor-beta 2 (TGF-β2). Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi keragaman gen NRAMP-1, iNOS dan TGF-β2 pada ayam Indonesia dan untuk menganalisis asosiasi genotipe gen NRAMP-1, iNOS dan TGF-β2 dengan sifat ketahanan infeksi dan ekspresi gen NRAMP-1 dan iNOS pada ayam sentul. Penelitian ini terdiri dari tiga tahap. Tahap pertama adalah mengidentifikasi keragaman gen NRAMP-1, iNOS dan TGF-β2 pada rumpun ayam Indonesia dengan menggunakan metode PCR-RFLP. Tahap kedua adalah menganalisis asosiasi genotipe gen NRAMP-1, iNOS dan TGF-β2 dengan sifat ketahanan infeksi, seperti konsentrasi leukosit dan diferensiasinya (heterofil, limfosit dan monosit), aktivitas dan kapasitas makrofag dan clearance test. Tahap ketiga adalah menganalisis ekspresi gen NRAMP1 dan iNOS dengan menggunakan metode RT-PCR. Enzim restriksi SacI digunakan untuk memotong produk PCR pada NRAMP-1-SNP (g.3768T> C). Pemotongan dengan SacI menghasilkan tiga fragmen yang terdiri dari 421 bp, 258 bp dan 163 bp untuk genotipe TC; dua fragmen yang terdiri dari 258 dan 163 bp untuk genotipe CC; dan satu fragmen yang terdiri dari 421 bp untuk genotipe TT. Frekuensi genotipe CC lebih tinggi dari pada genotipe TT dan TC pada semua populasi ayam dalam penelitian ini. Konsentrasi leukosit dan diferensiasinya (heterofil, limfosit dan monosit) pada genotipe TT, TC, dan CC gen NRAMP-1 berada dalam kisaran normal pada ayam sentul. Analisis asosiasi menunjukkan keragaman gen NRAMP-1 secara signifikan berasosiasi dengan sifat ketahanan infeksi pada ayam sentul. Genotipe CC berasosiasi signifikan (P<0,05) dengan aktivitas makrofag (90.78±1.31%) dibandingkan genotipe TT (76.00±2.40%) dan TC (79.14±1.57%) pada ayam sentul. Genotipe TT, TC dan CC tidak berasosiasi signifikan dengan kapasitas makrofag (masing-masing, 22.49±6.13, 21.85±4.01, 21.76±3.36). Analisis asosiasi menunjukkan keragaman gen NRAMP-1 secara signifikan berasosiasi (P <0,05) dengan clearance test. Ayam sentul dengan genotipe CC memiliki clearance yang lebih tinggi (P <0,05) daripada ayam sentul dengan genotipe TT dan TC. Ekspresi gen genotipe CC pada gen NRAMP-1 lebih tinggi pada hati dan usus daripada genotipe TT dan TC. Analisis genotyping gen iNOS (g.15056T>C) dilakukan menggunakan enzim restriksi AluI. Hasil genotyping ini teridentifikasi dua alel (T dan C) dan tiga genotipe (TT, TC, dan CC). Alel C ditunjukkan oleh 310 dan 139 bp (restricted), sedangkan alel T ditunjukkan oleh 449 bp (unrestricted). Frekuensi genotipe CC dan alel C gen iNOS (g.15056T>C) paling
Keyword: gen NRAMP-1, gen iNOS, gen TGF-β2, ayam sentul, ketahanan infeksi

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: