Judul: Keragaman Bakteri yang Berasosiasi dengan Penyakit Kanker
Jeruk dan Tingkat Ketahanan Beberapa Jenis Inangnya
Abstrak: Kanker jeruk merupakan salah satu penyakit penting pada tanamaan jeruk setelah Citrus Vein Phloem Degeneration (CVPD) atau huanglongbing dan Citrus Tristeza Virus (CTV). Kanker jeruk disebabkan oleh bakteri Xanthomonas citri subsp.citri (Sinonim: Xanthomonas axonopodis pv. citri) yang dapat menginfeksi bagian daun, buah, batang, ranting dan pucuk tanaman jeruk. Gejala penyakit biasanya diawali dengan bintik-bintik kecil, bulat, berwarna kuning yang kemudian membesar membentuk lesi berwarna kecoklatan yang dikelilingi halo. Lesi memiliki permukaan dan tekstur kasar dengan bagian tengah bergabus. Daun yang berlesi dapat menjadi berlobang dan mengalami defoliasi, ranting dan pucuk mongering dan mati, pohon yang terserang mengalami penurunan produksi buah. Kanker jeruk sangat merugikan dan dapat menimbulkan kehilangan hasil hingga 30-40%. X. citri subsp. citri mampu menginfeksi hampir seluruh jenis jeruk, antara lain jeruk manis siam (Citrus sinensis), nipis (C. aurantifolia), purut (C. hystrix), lemon (C. limon), jeruk bali (C. maxima), dan jeruk keprok (C. reticulata). Bakteri patogen tersebut keragaman strain tergantung dari wilayah geografis dan jenis tanaman inangnya. Setiap jenis tanaman jeruk memiliki ketahanan yang berbeda-beda terhadap penyakit kanker jeruk. Ketahanan berbagai jenis tanaman jeruk terhadap berbagai strain patogen kanker di Indonesia menjadi informs yang baru. Penelitian ini adalah tentang identifikasi dan karakterisasi patogen penyebab kanker pada berbagai jenis jeruk dan dilanjutkan dengan pengujian patogenisitas dan virulensi patogen terhadap berbagai jenis jeruk untuk mengetahui tinggat kerentanan jenis jeruk terhadap patogen. Hasil penelitian ini memberikan informasi tentang keragaman bakteri patogen kanker jeruk dan jenis tanaman jeruk yang tahan terhadap penyakit kanker. Sampel daun jeruk diperoleh di perkebunan jeruk Gunuang Omeh Kabupaten Lima Puluh Kota Sumatra Barat dan di tempat penjualan bibit di Kota Bogor. Sampel-sampel daun bergejala kanker diambil dari jeruk jenis siam, nipis , lemon dan purut. Identifikasi dan karakterisasi patogen penyebab kanker dilakukan secara morfologi, fisiologi, biokimia dan molekuler. Analisis molekuler dilakukan dengan PCR menggunakan primer universal gen 16S rRNA dan primer spesifik XACF/XACR dan dilanjutkan dengan sekuensing urutan nukleotida. Pengujian patogenisitas dilakukan pada masing-masing tanaman inang asal. Virulensi patogen diujikan pada beberapa jenis tanaman jeruk menggunakan rancangan acak lengkap faktorial dengan lima kali ulangan. Data dianalisis menggunakan sidik ragam, apabila berbeda nyata dilanjutkan dengan uji Tukey pada taraf 5%. Berdasarkan hasil isolasi patogen diperoleh sebanyak 16 isolat bakteri patogen yang terdiri atas 9 isolat dari Bogor dan 7 isolat dari Padang yang terdiri atas 7 isolat dari jeruk lemon (C. limon), 4 isolat dari jeruk nipis (C. aurantifolia), 3 isolat dari jeruk purut (C. hystrix), 1 isolat dari jeruk siam (C. sinensis) dan 1 isolat dari Fortunella. Karakter morfologi semua isolat yaitu berbentuk bulat dengan tepian rata, ketinggian cembung, permukaan koloni halus mengkilat dan tidak tembus cahaya. Beberapa karakter lain seperti ukuran, pigmentasi dan tekstur beberapa isolat berbeda dengan isolat lainnya. Ukuran isolat terdiri atas kecil (kurang dari 2 mm), sedang (2-3 mm) dan besar (lebih dari 3 mm). Pigmentasi isolat terdiri atas kuning, kuning cerah, krem dan krem kekuningan, sedangkan untuk tekstur bakteri terdiri atas berlendir dan seperti mentega. Karakter fisiologi dan biokimia isolat bakteri menunjukkan keragaman. Semua isolat bersifat positif katalase, hidrolisis gelatin dan Tween-80, mampu tumbuh pada medium TTC 0,02% dan bersifat reduksi pada uji litmus
Keyword: AUDPC, Citrus spp., host resistance, pathogenicity, virulence, Xanthomonas citri subsp. citri

Judul: Keanekaragaman Spesies Cendawan pada Buah Jeruk dan Pengembangan Metode Deteksi Dini Berbasis Citra Fluoresens
Abstrak: RINGKASAN NURHOLIS. Keanekaragaman Spesies Cendawan pada Buah Jeruk dan Pengembangan Metode Deteksi Dini Berbasis Citra Fluoresens. Dibimbing oleh WIDODO, SRI HENDRASTUTI HIDAYAT, KIKIN HAMZAH MUTAQIN dan SLAMET WIDODO. Jeruk termasuk salah satu buah-buahan yang paling banyak dikonsumsi di Indonesia. Pemenuhan kebutuhan buah jeruk Indonesia berasal dari produksi dalam negeri dan diimpor dari negara lain. Produksi buah jeruk dalam negeri menghadapi kendala serangan patogen. Cendawan adalah patogen yang paling dominan pada buah jeruk. Keberadaan cendawan patogen harus segera dikendalikan agar tanaman jeruk dapat berproduksi secara maksimal. Deteksi dan identifikasi cendawan patogen yang akurat adalah kunci keberhasilan dalam pengendalian penyakit pada buah jeruk. Oleh karena itu, penelitian untuk mendeteksi dan mengidentifikasi cendawan patogen pada buah jeruk lokal yang akurat penting dilakukan. Importasi buah jeruk berpotensi membawa cendawan patogen eksotik dari negara lain. Cendawan eksotik juga dapat menyebabkan penurunan produksi buah jeruk dalam negeri. Sehingga, keberadaan cendawan patogen pada buah jeruk impor juga sangat penting untuk dideteksi dan diidentifikasi. Tujuan penelitian ini adalah memperoleh data keanekaragaman spesies dan patogenisitas cendawan pada buah jeruk lokal dan impor serta memperoleh metode untuk mendeteksi dini keberadaan cendawan patogen pada buah jeruk impor. Cendawan pada buah jeruk lokal dan impor dideteksi menggunakan metode pembekuan semalaman dengan membekukan buah jeruk pada suhu -20 ºC selama 15 jam. Cendawan yang tumbuh pada permukaan buah jeruk diisolasi dan dibuat biakan murni. Biakan murni cendawan digunakan dalam proses identifikasi secara morfologi dan molekuler. Identifikasi morfologi dilakukan secara makroskopik dan mikroskopik melalui pengamatan miselia dan konidia. Identifikasi molekuler dilakukan dengan teknik PCR menggunakan multilokus DNA. Patogenisitas cendawan ditentukan melalui penyuntikkan suspensi konida sebanyak 100 µl dengan kerapatan 1×105 konidia ml-1 ke dalam buah jeruk. Deteksi dini cendawan patogen dilakukan dengan menyinari buah jeruk menggunakan lampu UV dengan panjang gelombang 352 nm yang didasarkan pada nilai panjang gelombang eksitasi dan emisi fluoresensi senyawa metabolit masing-masing cendawan. Buah jeruk akan berfluoresens bila mengandung cendawan patogen. Bagian yang berfluoresens adalah senyawa metabolit cendawan yang disekresikan oleh cendawan patogen selama proses patogenesis. Hasil penelitian menunjukkan bahwa cendawan dari perkebunan buah jeruk di Kabupaten Banyuwangi dan Malang berhasil dideteksi dan diidentifikasi. Empat spesies cendawan pada buah jeruk asal Kabupaten Banyuwangi diidentifikasi sebagai C. gloeosporioides, F. lateritium, F. equiseti, dan F. verticillioides. Tujuh spesies cendawan pada buah jeruk asal Kabupaten Malang diidentifikasi sebagai L. theobromae, C. gloeosporioides, F. equiseti, F. oxysporum, F. lateritium, C. lunata, dan F. solani. Uji patogenisitas membuktikan semua cendawan dari buah jeruk asal Kabupaten Banyuwangi berperan sebagai patogen. Cendawan dari buah jeruk asal Kabupaten Malang juga berperan sebagai patogen, kecuali C. lunata yang berperan sebagai cendawan non patogen. Masing-masing cendawan memiliki perbedaan virulensi yang dibuktikan dengan nilai keparahan penyakit yang berbeda-beda. Nilai keparahan penyakit tertinggi disebabkan oleh F. oxysporum sebesar 91,11% dan nilai keparahan penyakit terendah sebesar 75,56% disebabkan oleh F. verticillioides. Cendawan terbawa buah jeruk impor juga berhasil dideteksi dan diidentifikasi secara morfologi dan molekuler sebagai A. citri, A. alternata, F. equiseti, F. lateritium, F. oxysporum, C. gloeosporioides, dan P. oxalicum. Uji patogenisitas menunjukkan semua cendawan berperan sebagai patogen yang dibuktikan dengan nilai kejadian penyakit sebesar 100% pada buah jeruk impor dan lokal. Nilai keparahan
Keyword: Identifikasi, molekuler, morfologi, panjang gelombang, pembekuan semalaman

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: