Judul: Karakterisasi Ahl-Laktonase Bacillus Thuringiensis Sgt3g Dan Uji Anti Quorum Sensing Terhadap Patogenisitas Dickeya Dadantii Pada Phalaenopsis
Abstrak: Dickeya dadantii merupakan salah satu bakteri fitopatogen tanaman penyebab penyakit busuk lunak pada anggrek. Bakteri tersebut menggunakan proses quorum sensing dalam mengaktifkan faktor virulensinya. D. dadantii menggunakan N-acyl homoserine lactone (AHL) sebagai sinyal dalam mengkordinasikan ekspresi enzim pektinolitik yang digunakan untuk mendegradasi dinding sel tanaman. Akumulasi sinyal AHL dapat dicegah oleh AHL-laktonase sehingga faktor virulensi tidak dapat diekspresikan. Tujuan dari penelitian ini adalah mengetahui karakteristik enzim AHL-laktonase Bacillus thuringiensis SGT3g serta untuk menguji aktivitas penghambatan virulensi fitopatogen D. dadantii pada anggrek Phalaenopsis ekanagasaki. B. thuringiensis SGT3g menghasilkan enzim AHL-laktonase ekstraseluler dan intraseluler yang mampu menghidrolisis AHL. Aktivitas AHL-laktonase ekstraseluler dan intraseluler ditunjukkan dengan terbentuknya zona quorum quenching terhadap Chromobacterium violaceum sebesar 7.25 mm dan 10 mm berturut-turut untuk enzim ekstraseluler dan intraseluler. Enzim ekstraseluler berhasil mengendap pada penambahan amonium sulfat dengan konsentrasi 70% (b/v). Aktivitas AHL-laktonase hasil dialisis meningkat 1.45 kali dibandingkan dengan presipitatnya. Konsentrasi protein enzim AHL-laktonase hasil dialisis sebesar 0.683 mg/mL sedangkan presipitat sebesar 0.916 mg/mL. Presipitat enzim ekstraseluler dikarakterisasi berdasarkan pH dan suhu. AHL-laktonase B. thuringiensis SGT3g memiliki kisaran pH dan suhu yang luas. Aktivitas optimum presipitat AHL-laktonase berada pada pH 5-8. Aktivitas optimum AHLlaktonase dicapai pada suhu 30 ºC. AHL-laktonase masih aktif pada suhu 40- 90 °C setelah diinkubasi selama 30 menit. Gejala busuk lunak pada daun anggrek hibrida Phalaenopsis yang diinokulasikan dengan B. thuringiensis SGT3g sebelum diinfeksi dengan D. dadantii mengalami penurunan gejala sebesar 50% setelah 24 jam inkubasi. Sebaliknya daun anggrek yang hanya diinfeksi dengan D. dadantii mengalami gejala busuk lunak yang lebih parah (100%). Penghambatan proses quorum sensing D. dadantii pada daun Phalaenopsis tersebut dikonfirmasikan dari hasil perhitungan populasi sel D. dadantii pada kontrol positif dan perlakuan B. thurungiensis SGT3g+D. dadantii yaitu berturut-turut sebanyak 1.01 x 109 dan 3.96 x 108. Hal tersebut mengindikasikan bahwa proses penghambatan munculnya gejala busuk lunak yang terjadi pada daun anggrek tersebut bukan mekanisme antibiosis melainkan proses quorum quenching. Penelitian ini memberikan informasi potensi aplikasi B. thuringiensis tidak hanya dapat dimanfaatkan sebagai agen bioinsektisida tetapi juga sebagai agen pengendali penyakit tanaman berbasis anti quorum sensing.
Keyword: Bacillus thuringiensis, Degradasi AHL, Dickeya dadantii, Quorum sensing

Judul: Potensi Bakteri Penghasil AHL Laktonase sebagai Pengendali Busuk Lunak Kentang oleh Dickeya dadantii.
Abstrak: Dickeya dadantii adalah bakteri fitopatogen yang memproduksi enzim Plant Cell-Wall Degrading Enzyme (PCWDE) sebagai faktor virulensinya. Ekspresi gen yang berkaitan dengan produksi PCWDE diregulasi melalui mekanisme quorum sensing (QS). QS merupakan mekanisme komunikasi antara sel bakteri untuk meregulasi ekspresi-ekspresi gen yang berkaitan dengan pertahanan diri seperti gen yang berkaitan dengan virulensi bakteri, pembentukan enzim ekstraseluler, pembentukkan biofilm dan motilitas bakteri. Proses komunikasi bakteri hanya dapat terjadi ketika bakteri dalam jumlah quorum dan konsentrasi senyawa autoinduser yang dikeluarkan bakteri mencapai ambang batas. Senyawa autoinduser tersebut akan berikatan dengan protein regulator sehingga mengaktifkan ekspresi gen tertentu. Asil homoserin lakton (AHL) merupakan senyawa autoinduser universal pada bakteri Gram Negatif. Enzim AHL laktonase merupakan enzim yang dapat mendegradasi ikatan ester pada senyawa AHL sehingga mekanisme quorum sensing (QS) terganggu. AHL laktonase disandikan oleh gen aiiA. Gangguan pada mekanisme QS mengakibatkan inaktivasi gen-gen yang berkaitan dengan produksi PCWDE pada D. dadantii. Gangguan dalam mekanisme QS tidak akan menyebabkan bakteri fitopatogen mati akan tetapi hanya mempengaruhi ekspresi gen sehingga dapat menekan resistensi. Aplikasi bakteri AHL laktonase dapat dikembangkan menjadi salah satu strategi pengendalian bakteri fitopatogen. Eksplorasi bakteri penghasil AHL laktonase perlu dilakukan untuk mendapatkan bakteri penghasil AHL laktonase dengan aktivitas yang tinggi dalam menghambat gejala busuk lunak pada umbi kentang oleh D.dadantii A3. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi gen aiiA penyandi AHL laktonase dan menguji kemampuan degradasi AHL 20 isolat yang berasal dari Tambak Udang di Lampung dan Hutan Cangkuang, Sukabumi. Selain itu, penelitian ini juga bertujuan untuk menguji kemampuan bakteri penghasil AHL laktonase dalam mereduksi pembentukan pigmen Chromobacterium violaceum serta gejala busuk lunak Dickeya dadantii pada kentang. Aktivitas degradasi AHL dapat dilihat dari penghambatan pembentukan pigmen violacein pada C. violaceum. Deteksi gen aiiA pada bakteri uji dilakukan menggunakan primer aiiAF dan aiiAR. Seluruh bakteri uji yang memiliki gen aiiA diidentifikasi secara molekuler dan diuji kemampuannya dalam mereduksi gejala busuk lunak D. dadantii A3 pada umbi kentang. Hasil penelitian menunjukkan sebanyak 9 dari 20 isolat bakteri yaitu B4, B10, B11, B13, B14, B16, B17, B18, and B19 memiliki aktivitas degradasi AHL dengan indeks degradasi AHL tertinggi oleh isolat B16. Analisis asam amino penyusun protein AiiA menunjukkan AHL laktonase dari kesembilan bakteri memiliki kesamaan tinggi dengan protein AiiA dengan multispesies Bacillus sp. Sembialan bakteri uji tidak menyebabkan reaksi hipersensitif pada tanaman tembakau. Identifikasi bakteri berdasarkan gen 16S rRNA menunjukkan 9 bakteri merupakan kelompok Bacillus sp. yaitu B. cereus untuk B4, B10, B11, B16; B. thuringiensis untuk B13 and B14; B.toyonensis untuk B17; B.subtilis untuk B18; and B. mycoides untuk B19. Supernatan dari kesembilan isolat dapat mereduksi produksi violacein C.violaceum. Sembilan bakteri uji mampu menurunkan gelaja busuk lunak oleh D.dadantii A3. Berdasarkan seluruh hasil, sembilan isolat bakteri uji dapat dikembangkan menjadi agen quorum quencher untuk memutuskan quorum sensing bakteri sehingga gen yang berkaitan dengan patogenisitas bakteri patogen tidak terekspresi.
Keyword: AHL-laktonase, Bacillus spp., Dickeya dadantii A3

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: