Judul: Identification of Sponge Species Based on Morphology and Genetics in Raja Ampat, West Papua
Abstrak: Invertebrata laut termasuk kelompok hewan tidak bertulang belakang yang berperan dalam menjaga kestabilan ekosistem laut. Banyak spesies invertebrata laut yang belum teridentifikasi, salah satunya biota spons. Keberadaan spons tidak banyak diapresiasi, dipelajari dan diteliti dengan baik dibandingkan dengan biota laut lainnya. Beberapa penelitian terkait spons paling banyak dilakukan di wilayah Jawa dan Sulawesi. Penelitian terkait genetik dan tipe spikula tidak banyak dilakukan di Perairan Indonesia. Kesulitan identifikasi morfologi dan taksonomi menjadi salah satu faktor minimnya informasi terkait data spons. Tujuan penelitian ini yaitu mengetahui jenis-jenis spons yang ada di perairan Raja Ampat berdasarkan tipe spikula dan genetik. Identifikasi spesies berdasarkan genetik dilakukan dengan BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) pada Genbank di NCBI (National Centre For Biotechnology Information) menggunakan data sekuen yang diperoleh dari sampel setelah melalui tahapan ekstraksi, PCR, elektroforesis, dan sekuensing. Rekonstruksi pohon filogeni dibuat menggunakan model Kimura 2-parameter dengan metode Neighbour Joining dan Maximum Parsimony. Identifikasi bentuk spikula spons dilakukan dengan pengamatan preparat menggunakan mikroskop majemuk. Berdasarkan analisis laboratorium dari 22 sampel ditemukan 5 sampel terdeteksi sebagai spesies spons Halichondria sp., Stylissa carteri, Xestospongia deweerdtae, dan Theonella sp. Rekonstruksi pohon filogeni menghasilkan empat clade besar. Bentuk tipe spikula yang teramati terdiri dari spikula monoaxon dan tetraxon., Marine invertebrates are a group of invertebrate animals that play a role in maintaining the stability of marine ecosystems. Many marine invertebrate species have not been identified, one of which is the sponge. The existence of sponges is not much appreciated, studied and well researched compared to other marine biota. Most research related to sponges has been carried out in Java and Sulawesi. Research related to genetics and spicule types is not much carried out in Indonesian. The difficulty of identifying morphology and taxonomy is one of the reasons for the lack of information related to sponge data. The purpose of this study was to determine the types of sponges in Raja Ampat based on the type of spicules and genetics. Genetic identification of species was carried out using BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) on Genbank at NCBI (National Center For Biotechnology Information) using sequence data obtained from samples after going through the stages of extraction, PCR, electrophoresis and sequencing. Phylogenetic tree reconstruction was made using the Kimura-2 parameter model with the Neighbor Joining and Maximum Parsimony methods. Identification of the shape of sponge spicules was carried out by observing the preparations using a compound microscope. Based on laboratory analysis of 22 samples, it was found that 5 samples were detected as Halichondria sp., Stylissa carteri, Xestospongia deweerdtae, and Theonella sp. Phylogenetic tree reconstruction resulted in four large clades. The types of spicules observed consisted of monoaxon and tetraxon spicules.
Keyword: DNA barcoding, genetic, spicule, sponge

Judul: The Application of DNA Barcoding and DNA Metabarcoding for Marine Sponges Identification in Dampier Strait
Abstrak: Identifikasi spesies dapat dilakukan dengan berbagai metode diantaranya adalah dengan pengamatan morfologi dan pendekatan molekuler. Sifat plastisitas dari morfologi spons menyebabkan biota ini menantang untuk diidentifikasi. Upaya identifikasi dengan pendekatan molekuler dapat menjadi salah satu alternatif dalam kajian spons. Penelitian ini berujuan untuk mengidentifikasi spons dari sampel yang tidak utuh dengan pendekatan DNA barcoding dan DNA metabarcoding. Sampel spons yang diambil adalah sampel dengan tampak morfologi luar yang berbeda. Identifikasi dengan pendekatan molekuler dimulai dari ekstraksi DNA spons dan dilanjutkan dengan amplifikasi DNA. Analisis DNA barcoding menggunakan primer LCO 1490 dan HCO 2198, sedangkan analisis DNA metabarcoding menggunakan primer mlCOIlintf dan dgHCO2198 yang menargetkan gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI). Produk PCR kemudian dielektroforesis dan kualitas pita DNA yang baik akan dilanjutkan pada tahap sekuensing. Analisis genetik dengan metode DNA barcoding mendeteksi 4 jenis yaitu Halichondria sp., Stylissa carteri, Xestospongia deweerdtae, dan Theonella sp. dari 5 sampel yang teramplifikasi. Analisis DNA metabarcoding mendeteksi sebanyak 138 Operational Taxonomic Units (OTUs) dan 65.884 reads atau sekuen yang terdiri dari tiga kelompok yakni kelompok eukariot, kelompok bakteri, dan kelompok yang tidak teridentifikasi secara taksonomi (unassigned). Sampel spons pada penelitian ini dapat diidentifikasi dengan pendekatan DNA barcoding dan DNA metabarcoding. Penggunaan primer yang berbeda menyebabkan adanya perbedaan biota yang terdeteksi. Identifikasi spons dengan metode DNA barcoding menghasilkan taksonomi hingga tingkat spesies. Penggunaan metode DNA metabarcoding dapat mendeteksi tujuh genus spons serta memungkinkan deteksi spons jenis lain yang tidak terdeteksi dengan DNA barcoding. Genus spons yang terdeteksi pada analisis ini menggunakan metode molekuler diantaranya genus Agelas, Paratetilla, Pseudoceratina, Haliclona, Theonella, Halichondria, Xestospongia dan dua spesies diantaranya Xestospongia deweerdtae dan Stylissa carteri. Penerapan kedua metode ini juga sama-sama mendeteksi DNA non-target atau DNA selain spons. Rekomendasi untuk penelitian selanjutnya yakni preservasi yang lebih baik, dan penggunaan primer yang lebih spesifik.
Keyword: DNA Barcoding, DNA Metabarcoding, Porifera

Judul: Kinerja model pengering bangunan tembus cahaya dari plastik tahan UV untuk pengeringan buah kopi
Abstrak: Kopi merupakan komoditas ekspor yang memerlukan pengeringan sebelum dikonsumsi, sehingga kemampuannya dapat disimpan dalam waktu lama sangat menentukan mutu dan nilai ekonominya. Penyediaan sarana pengeringan yang memadai sangat dibutuhkan untuk mencapai tujuan tersebut. Sebuah model bangunan tembus cahaya untuk pengeringan kopi skala 1.5 ton sudah dirancang dan diuji coba. Bangunan tersebut berukuran 6 m x3 m, tinggi 2.46 m terbagi menjadi dua. yaitu atap 0.56 m dengan sudut kemiringan 32.4" dan dinding 1.9 m membentuk sudut kemiringan 85.6" terhadap lantai. Plastik tahan UV menutupi atap dan dindingnya. Penelitian ini bertujuan menguji kinerja model pengering bangunan tembus cahaya pada kapasitas maksimum. Percobaan dilakukan dengan mengeringkan kopi pada ketebalan 30 cm dan 40 cm (kapasitas penuh) dibantu blower 0.5 11P, 220 volt untuk mengalirkan udara pengering di dalam bangunan tembus cahaya dan mengeluarkan uap air bahan yang telah diuapkan dari bangunan tersebut. Hasil percobaan memperlihatkan bahwa penutup transparan mampu memanfaatkan 70% radiasi matahari yang jatuh di permukaannya. Pada kondisi radiasi termanfaatkan rata-rata sebesar 435.1 W/m². laju aliran udara sebesar 2520...
Keyword: