Judul: Aktinobakteri Endofit Rhododendron spp. yang Berkhasiat sebagai Antibakteri.
Abstrak: Aktinobakteri dikenal sebagai penghasil senyawa antibiotik terbesar, dan populasi Aktinobakteri beragam baik di tanah maupun yang bersifat endofit pada tanaman. Rhododendron merupakan tanaman obat yang diketahui dapat mengobati berbagai macam penyakit termasuk penyakit infeksi seperti diare yang merupakan salah satu penyebab kematian pada bayi dan balita. Pengobatan yang paling umum adalah dengan pemberian antibiotik, namun, yang menjadi masalah adalah meningkatnya resistensi bakteri patogen terhadap antibiotik. Masalah resistensi bakteri patogen menjadikan penemuan antibiotik baru sangat penting dan aktinobakteri endofit Rhododendron belum banyak dikaji potensinya sebagai penghasil senyawa antibakteri. Pada penelitian ini diperoleh 23 isolat aktinobakteri endofit dari tujuh spesies Rhododendron, dengan isolat terbanyak diperoleh berasal dari Rhododendron zoeleri asal Papua. Pengelompokan aktinobakteri ke dalam kelompok Streptomyces dan non-Streptomyces dilakukan berdasarkan morfologi mikroskopis dari biakan di dalam media agar ISP2 umur 14 hari. Penapisan aktivitas antibakteri dilakukan dengan menggunakan metode agar plug dan adanya aktivitas antibakteri ditandai dengan terbentuknya zona bening di sekitar isolat aktinobakteri setelah diinkubasi selama 24 jam pada suhu 36±1 oC. Diperoleh dua Isolat aktinobakteri yang memiliki zona penghambatan tertinggi yaitu RJkb1 dan RJkb3. Tingkat penghambatan yang dihasilkan oleh isolat RJkb1 terhadap EPEC K1-1 dan RJkb3 terhadap Bacillus pumilus termasuk dalam kategori sedang. Isolat terpilih selanjutnya dilakukan karakterisasi pola aktivitas antibakteri. Karakterisasi pola aktivitas antibakteri dilakukan dengan menumbuhkan isolat aktinobakteri dalam media ISP2 cair selama 20 hari pada suhu 28 oC. Setiap 5 hari, dari kultur cair diambil untuk dilakukan uji aktivitas antibakteri terhadap EPEC K1-1 dan B. pumilus dengan metode Kirby Bauer. Waktu optimum isolat aktinobakteri dalam menghasilkan senyawa antibakteri diperoleh pada hari ke 15 baik terhadap EPEC K1.1 maupun terhadap B. pumilus. Penentuan konsentrasi hambat minimum menggunakan supernatan RJkb1 dan RJkb3 dengan berbagai konsentrasi. Hasil yang diperoleh adalah pada pengujian terhadap EPEC K1-1, tidak menunjukkan adanya aktivitas antibakteri pada konsentrasi 250 μg/mL hingga 1750 μg/mL baik pada RJkb1 maupun pada RJkb3. Pada pengujian terhadap B. pumilus, menunjukkan adanya aktivitas antibakteri dengan konsentrasi hambat minimum pada konsentrasi 1250 μg/mL baik pada RJkb1 maupun pada RJkb3. Pengamatan morfologi sel dilakukan pada B. pumilus, menunjukkan bahwa sel yang diberi perlakuan mengalami penurunan populasi sel dan sel mengalami elongasi. Penambahan senyawa antibakteri dari aktinobakteri endofit Rhododendron terpilih tidak merusak dinding sel bakteri target.
Keyword: Aktinobakteri, antibakteri, endofit, Rhododendron spp

Judul: Keragaman Morfologi Aktinomiset Endofit Rhododendron spp. dan Penghambatannya Terhadap Bacillus cereus dan Candida albicans
Abstrak: Pengembangan potensi senyawa bioaktif baru dari metabolit sekunder yang dihasilkan mikrob termasuk aktinomiset endofit tumbuhan semakin berkembang, diantaranya dimanfaatkan sebagai senyawa antimikrob. Mikrob endofit termasuk aktinomiset diketahui dapat menghasilkan senyawa bioaktif yang sama dengan tanaman inangnya. Sebanyak 17 aktinomiset endofit Rhododendron telah berhasil diisolasi dari batang dan daun, serta dikoleksi di Laboratorium Mikrobiologi IPB. Penelitian ini bertujuan mengkaji keragaman morfologi aktinomiset endofit Rhododendron spp. dan kemampuan penghambatannya terhadap Bacillus cereus dan Candida albicans serta mengidentifikasi aktinomiset endofit terpilih berdasarkan gen 16S rRNA. Metode yang digunakan yaitu peremajaan dan karakterisasi isolat aktinomiset endofit, penapisan aktivitas antimikrob menggunakan Bacillus cereus dan Candida albicans, Aktinomiset endofit terpilih berdasarkan aktivitas antimikrob, diidentifikasi dengan cara mengisolasi dan mengamplifikasi gen 16S rRNA menggunakan primer 27F dan 16Sact1114R, serta menganalisis kekerabatannya dengan membandingkan sekuen gen yang sama dari galur-galur bakteri yang tersimpan di GenBank. Semua isolat aktinomiset endofit Rhododendron spp. menunjukkan keragaman morfologi miselia aerial dan penataan rantai spora dengan tipe yang beragam. Berdasarkan keragaman morfologi isolat aktinomiset endofit Rhododendron spp. memiliki karakter genus Streptomyces. Penapisan uji antimikrob terhadap B. cereus dan C. albicans sebanyak 17 isolat mampu menghambat pertumbuhan B. cereus, dan hanya 3 isolat yang dapat menghambat pertumbuhan C. albicans. Satu isolat menghasilkan daya hambat terhadap B. cereus dan C. albicans tertinggi yaitu isolat RJHB 2. Isolat RJHB 2 memiliki homologi sebesar 85% dengan Streptomyces fradiae NBRC 3439 berdasarkan identifikasi gen 16S rRNA.
Keyword: aktinomiset, antimikrob, Rhododendron spp., senyawa bioaktif

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: