Judul: Protein L (2PTL) Denaturation by Curcuminoid Ligands Using Molecular Docking and Molecular Dynamics Simulation
Abstrak: Perubahan iklim yang mengakibatkan naiknya suhu permukaan bumi mempengaruhi semua makhluk hidup di bumi salah satunya adalah terhadap bakteri. Terdapat hubungan timbal balik antara perubahan iklim dan bakteri sebagai prokariota dalam siklus karbon. Bakteri Peptostreptococcus magnus tergolong sebagai bakteri anaerob dan gram positif yang merupakan salah satu bakteri yang mudah menginfeksi tubuh manusia. Peptostreptococcus magnus mempunyai protein yang berperan dalam pertahanan bakteri terhadap inangnya yaitu Protein L. Penghambatan fungsi bakteri Peptostreptococcus magnus melalui protein L dilakukan dengan penambatan (docking) senyawa aktif yang mempunyai manfaat sebagai anti bakteri dan anti inflamasi. Senyawa aktif yang digunakan adalah Kurkuminoid yang terdapat pada kunyit, temulawak, jahe dan komoditi tradisional Indonesia lainnya. Senyawa Kurkuminoid ini mempunyai peran aktif sebagai anti inflamasi, anti bakteri, anti kanker dan lain-lain. Perannya sebagai anti bakteri dan anti inflamasi ini yang diharapkan dapat melemahkan protein L sebagai pertahanan inang bakteri Peptostreptococcus magnus. Penelitian ini dilakukan secara insilico sebagai langkah awal untuk memprediksi efek penambatan molekul ligan Kurkuminoid, dalam hal ini yang digunakan adalah Demetoksikurkumin dan Bisdemetoksikurkumin pada protein L sebagai reseptornya. Simulasi komputer menggunakan metode dinamika molekul memiliki keluaran hasil simulasi berupa trajektori yang memberikan informasi perubahan posisi, kecepatan, sifat karakteristik sistem serta beberapa aspek mikroskopis lainnya. Simulasi docking menggunakan software AutoDock Vina dan simulasi dinamika molekul menggunakan AMBER18. Analisis dilakukan pada beberapa parameter struktur dan parameter energi ikatan antara protein L dengan molekul ligan Demetoksikurkumin dan Bisdemetoksikurkumin setelah disimulasikan selama 50 ns dengan varisi suhu yang diberikan 300K, 325K, 350K, 375K, dawn 400K. Berdasarkan analisis parameter struktur menunjukkan bahwa penambatan molekul ligan Kurkuminoid terhadap protein L memberikan efek terhadap ketidakstabilan protein L. Protein L mengalami gangguan kestabilan setelah ditambatkan ligan Kurkuminoid dan variasi suhu mempercepat proses denaturasi protein L. Sedangkan untuk analisis parameter energi menunjukkan ligan Bisdemetoksikurkumin memberikan efek ketidakstabilan pada protein L lebih baik.
Keyword: curcuminoid, docking, insilico, molecular dynamics, protein L

Judul: Simulasi Docking Senyawa Kurkumin dan Analognya sebagai Inhibitor Enzim 12-Lipoksigenase
Abstrak: Kurkumin adalah metabolit sekunder yang dihasilkan dari tanaman kunyi (Curcuma longa) dan temulawak (Curcuma xanthorrhiza) dan temulawak yang dapat dimanfaatkan sebagai terapi inflamasi. Kurkumin dapat menghambat kerja enzim lipoksigenase yang merupakan enzim pendegradasi asam arakidonat yang bertanggung jawab pada efek inflamasi Interaksi kurkumin dengan enzim 12-lipoksigenase dapat dipelajari melalui simulasi docking. Simulasi docking digunakan dalam mendesain obat secara komputasi. Dalam penelitian ini kurkumin dan analognya diinteraksikan dengan enzim lipoksigenase untuk mendapatkan interaksi yang optimum dengan parameter yang diamati adalah energi bebas Gibbs (ΔG) serta ikatan kimia yang terbentuk. Dalam penelitian ini menggunakan metode simulasi docking dengan aplikasi AutoDockVina. Ligan yang digunakan adalah kurkumin enol, kurkumin keto, bisdemetoksikurkumin, demetoksikurkumin, analog 1, dan analog 2 sedangkan reseptornya adalah enzim 12-lipoksigenase. Aplikasi lain yang digunakan adalah PyMol, LigPlot, dan VMD untuk persiapan ligan dan reseptor sertaToxTree untuk prediksi toksisitas berdasarkan QSAR. Hasil yang diperoleh adalah analog 2 memiliki kestabilan yang paling baik dengan nilai ΔG sebesar -8,8 kkal/mol. Analog 2 diprediksi bersifat toksik dan berpotensi sebagai senyawa karsinogenik. Analog 1 merupakan alternatif senyawa sintetik yang potensial sebagai inhibitor enzim 12-lipksigenase berdasarkan nilai energi bebas Gibbs (ΔG) -8,6 kkal/mol, sifat solubilitas, geometri struktur, dan prediksi toksisitas. Gugus fungsi yang berperan dalam interaksi ligan-reseptor secara umum adalah gugus fungsi OH pada struktur aromatik, dan gugus fungsi CO pada struktur rantai tengah.Berdasarkan analisis interaksi kurkumin dan analognya dapat diketahui bahwa kunyit dan temulawak dapat digunakan sebagai terapi herbal untuk mengurangi efek inflamasi.
Keyword: Simulasi docking, Kurkumin, Analog, Enzim 12- Lipoksigenase

Judul: Sistem Pengklasifikasian Entitas pada Pesan Twitter Menggunakan Ekspresi Regular dan Naïve Bayes
Abstrak: The widespread use of social networks like Twitter encourages some institutions to find out the entities that are discussed and the sentiment toward the entities. This research aims to build a system that can extract entities in tweets and classify the sentiment from the tweets. Entity extraction process is done using regular expressions. Writing regular expressions can capture the diverse entities. Sentiment classification is performed using naïve Bayes classification with Multinomial and Bernoulli models. Sentiment in this research consists of three classes, namely positive, negative, and neutral. Before entering the classification, tweets are normalized by replacing the non-standard words with the standard ones. The test results show that regular expression is quite effective for the entity extraction process. As for the results of the classification, naïve Bayes method produces high accuracy (96.75% for Multinomial and 96.33% for Bernoulli). However, the accuracy obtained depends on the neutral class which amounts to 97.88% for Multinomial and 99.95% for Bernoulli, while the positive class are 85.66% and 33.13% and negative class are 33.67% and 0%.
Keyword: