Judul: Potential of Endophytic Actinomycete of Liliaceae as Biocontrol Agents of Basal Plate Rot Disease (Fusarium oxysporum f.sp. cepae) on Shallots
Abstrak: RINGKASAN LISA MARIANAH. Potensi Aktinomiset Endofit Tanaman Liliaceae sebagai Agens Pengendali Penyakit Busuk Pangkal Umbi (Fusarium oxysporum f.sp. cepae) pada Bawang Merah. Dibimbing oleh ABDJAD ASIH NAWANGSIH, ABDUL MUNIF, GIYANTO dan EFI TODING TONDOK. Indonesia merupakan salah satu negara penghasil bawang merah dan sudah mengekspor ke beberapa negara seperti Malaysia, Thailand dan Singapura. Produktivitas bawang merah di Indonesia masih rendah dan masih dapat ditingkatkan. Faktor penyebab rendahnya produksi bawang merah nasional di antaranya adalah serangan patogen penyebab busuk pangkal umbi yaitu Fusarium spp. spesies kompleks. Penyakit busuk pangkal umbi termasuk penyakit merugikan pada tanaman bawang merah di Indonesia maupun di dunia, karena menyebabkan kerusakan di lapangan dan juga di penyimpanan. Patogen penyebab penyakit ini di Indonesia juga belum teridentifikasi secara pasti, apakah hanya disebabkan oleh satu spesies atau lebih. Upaya pengendalian di tingkat petani saat ini masih mengandalkan fungisida kimia sintetik. Aplikasi fungisida kimia yang bersifat sistemik dapat menyebabkan berkurangnya populasi mikroba bermanfaat, termasuk aktinomiset endofi pada tanaman. Berkurangnya kelimpahan mikroba bermanfaat pada tanaman menyebabkan tanaman lebih rentan terhadap patogen. Alternatif pengendalian yang diharapkan dapat mengurangi aplikasi fungisida dan aman bagi lingkungan adalah dengan pemanfaatan agens hayati. Beberapa agens hayati yang sudah diteliti mampu menekan perkembangan penyakit busuk pangkal umbi antara lain adalah bakteri Bacillus velezensis, Trichoderma sp., Fusarium non-patogen dan aktinomiset rizosfer. Saat ini di Indonesia belum ada penelitian yang mengungkapkan potensi aktinomiset endofit tanaman Liliaceae untuk menekan perkembangan penyakit penyakit busuk pangkal umbi pada tanaman bawang merah. Aktinomiset endofit merupakan kelompok bakteri yang dilaporkan berpotensi sebagai agens biokontrol. Aktinomiset endofit juga penghasil metabolit sekunder terbesar yang mengandung antibiotik, memproduksi senyawa bioaktif yang bersifat antifungi, menginduksi ketahanan dan memacu pertumbuhan tanaman. Kemampuan dalam menghambat patogen secara langsung dan sebagai penginduksi ketahanan tanaman merupakan keunggulan aktinomiset endofit dibandingkan dengan agens biokontrol lainnya. Aktinomiset endofit hidup di dalam jaringan tanaman, sehingga memberi keuntungan berkurangnya faktor-faktor pengganggu dari luar. Tingginya intensitas aplikasi pestisida pada budi daya bawang merah dikhawatirkan menyebabkan berkurangnya kelimpahan mikroba bermanfaat, sehingga dibutuhkan tanaman lain kelompok famili Liliaceae sebagai sumber isolat aktinomiset endofit. Penelitian ini bertujuan: 1) mengidentifikasi dan mempelajari morfologi cendawan Fusarium spp. spesies kompleks yang menyebabkan penyakit busuk pangkal umbi pada bawang merah di Jawa; 2) mempelajari gejala-gejala penyakit busuk pangkal umbi pada bawang merah akibat infeksi cendawan patogen Fusarium spp.; 3) mendapatkan isolat aktinomiset endofit potensial dalam menekan pertumbuhan cendawan F. oxysporum f.sp. cepae; 4) mengevaluasi mekanisme penghambatan aktinomiset endofit terhadap F. oxysporum f.sp. cepae. Penelitian terdiri 4 tahapan yaitu: 1) isolasi cendawan Fusarium spp. dan aktinomiset endofit tanaman Liliaceae; 2) uji potensi aktinomiset endofit sebagai agens biokontrol; 3) uji keefektifan isolat aktinomiset terhadap F. oxysporum f.sp. cepae; 4) uji kolonisasi dan identifikasi isolat aktinomiset endofit secara molekuler. Cendawan F. oxysporum f.sp. cepae diisolasi dari tanaman bawang merah bergejala penyakit busuk pangkal umbi dari Brebes. Isolat murni diamati morfologinya, dilakukan uji patogenisitas pada umbi dan tanaman bawang merah, lalu diidentifikasi secara molekuler menggunakan primer universal dan primer spesifik (SIX3, C5 dan CRX1). Aktinomiset endofit diisolasi dari tanaman famili Liliaceae menggunakan media pertumbuhan WYA, CSA, dan YEMA. Isolat dipastikan benar-benar aktinomiset dengan pengamatan morfologi dan dimurnikan pada media ISP2.
Keyword: Brebes, Fusarium, molecular identification, resistance induction, specific primers, Streptomyces

Judul: Seleksi dan Karakterisasi Bakteri Endofit serta Senyawa Bioaktif yang dihasilkan sebagai Pengendali Pertumbuhan Fusarium proliferatum.
Abstrak: Bawang merah (Allium cepa L.) merupakan tanaman hortikultura yang memiliki nilai ekonomis tinggi. Faktor penurunan produksi bawang merah salah satunya penyakit layu yang disebabkan oleh serangan F. proliferatum. Serangan F. proliferatum menyebabkan bawang merah mengalami kematian hingga 62.2%. Fusarium proliferatum menyerang pada fase pertumbuhan tanaman yang ditandai warna akar menjadi coklat kekuningan, terbentuk nekrotik, lembab, mudah hancur dan membuat umbi busuk sehingga menyebabkan penurunan hasil panen. Upaya pengendalian F. proliferatum umumnya menggunakan pestisida sintetis, namun keberadaannya di lingkungan dapat merugikan, berbahaya bagi manusia akibat residu yang tertinggal pada tumbuhan dan resistensi patogen. Pengendalian secara hayati F. proliferatum yaitu menggunakan agens biologi misalnya bakteri endofit. Bakteri endofit diketahui memiliki kemampuan untuk menghasilkan senyawa bioaktif anticendawan yang efektif melawan patogen tanaman seperti bawang merah, jagung, padi, dsb. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk menyeleksi dan melakukan karakterisasi bakteri endofit penghasil senyawa bioaktif yang dapat menghambat pertumbuhan F. proliferatum. Isolat bakteri endofit dan cendawan patogen F. proliferatum menggunakan isolat hasil penelitian sebelumnya dengan kode ABP5.2, BBP5.2, DBP4.1, dan DBP4.2. Metode yang digunakan mencakup 1) uji hambatan bakteri endofit terhadap F. proliferatum, 2) uji hipersensitivitas, patogenisitas, dan hemolisis, 3) identifikasi isolat terpilih berdasarkan gen 16S rRNA, 4) ekstraksi senyawa bioaktif dari bakteri endofit, 5) uji aktivitas anticendawan ekstrak kasar, 6) fraksinasi senyawa antimikrob dari bakteri endofit potensial, 7) uji bioautografi senyawa antimikrob, serta 8) identifikasi senyawa antimikrob dengan GC-MS. Isolat bakteri endofit asal tanaman bawang merah ABP5.2, BBP5.2, dan DBP4.1 memiliki aktivitas penghambatan terhadap F. proliferatum serta tidak bersifat patogen bagi manusia dan tanaman. Isolat ABP5.2 terindentifikasi memiliki kemiripan dengan Pseudomonas aeruginosa, sedangkan isolat BBP5.2 dan DBP4.1 memiliki kemiripan dengan Myroides profundi. Isolat BBP5.2 mampu menekan pertumbuhan cendawan patogen tertinggi yaitu sebesar 68.15% melalui mekanisme antibiosis secara langsung yaitu produksi senyawa anticendawan. Berdasarkan analisis Gas Chromathography Mass Spectrophotometry, senyawa yang dihasilkan ekstrak kasar dari isolat BBP5.2 antara lain Hexadecanoic acid, 9- octadecenoic acid, linoleic acid dan piperine.
Keyword: Allium cepa, antifungal compounds, Myroides profundi, 16S rRNA

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: