Judul: Karakterisasi parsial gen penyandi putresina N-metiltransferase: enzim kunci dalam biosintesis nikotin pada tanaman tembakau (Nicotiana tabacum)
Abstrak: Penggunaan teknologi marka DNA dalam mendukung program pemuliaan tanaman memungkinkan seleksi pada tingkat DNA dan dilakukan pada stadia awal pertumbuhan tanaman. Marka DNA berbasis SNP (Single Nucleotide Polimorphisms) mulai banyak digunakan pada studi-studi genetika karena ketersediaannya yang melimpah dalam genom tanaman. SNAP (Single Nucleotide Amplification Polimorphisms) adalah salah satu dari teknologi marka DNA untuk mendeteksi putatif SNP menggunakan primer alel spesifik. Pengembangan marka DNA berbasis SNP sebagai alat bantu seleksi pada populasi tembakau lokal, membutuhkan informasi keragaman runutan basa dan situs-situs SNP dari sekuen gen PMT penyandi enzim putresina N-metiltransferase yang terkait dengan biosintesis nikotin. Amplifikasi fragmen gen PMT asal tembakau lokal Indonesia adalah tahapan awal dari isolasi gen PMT. Hasil penelitian memperlihatkan bahwa tiga pasang kombinasi primer degenerate menghasilkan reaksi PCR positif, tetapi hanya satu pasang primer yang menghasilkan fragmen tunggal, yaitu PMt-7 (F & R). Sekuen fragmen gen PMT asal DNA genom yang meliputi ekson2-ekson8 memiliki ukuran 1418 pb (pasang basa) dengan panjang daerah ekson 767 pb dan menyandikan 256 aa (asam amino) residu. Sekuen gen PMT asal DNA genom varietas Sindoro1 mempunyai tingkat kesamaan yang tinggi (95%) dengan gen PMT asal DNA genom tembakau lainnya yang ada di pangkalan data GenBank NCBI. Sekuen parsial gen PMT ini telah terdaftar pada GenBank dan dipublikasikan dengan nomor aksesi JQ438825. Untuk mengkonfirmasi ekspresi dari gen PMT asal tembakau lokal yang telah diidentifikasi, amplifikasi PCR dilakukan menggunakan cetakan cDNA. Hasil konfirmasi memperlihatkan bahwa sekuen kandidat gen Ntpmt_Sindoro1 yang meliputi ekson1-ekson8 tersusun atas 1124 pb dan menyandikan protein yang dibangun oleh 374 aa. Protein Ntpmt-Sindoro1 bersifat terlarut dan memiliki berat molekul 40.95 kD. Sekuen protein dari Ntpmt-Sindoro1 memiliki tingkat kesamaan 90% dengan sekuen protein dari gen-gen PMT lainnya yang berasal dari N. tabacum. Runutan asam amino dari Ntpmt-Sindoro1 juga memiliki ciri-ciri..dst
Keyword: Evolusi molekuler, kandidat gen, keragaman sekuen, mutasi enomik

Judul: Rekayasa Genetik Nicotiana Tabacum Sr1 Dengan Gen Glutathione S-Transferase 12 (Gst12)
Abstrak: Glutathione S-transferase (GST) merupakan enzim antioksidan yang berperan dalam pertahanan tanaman terhadap cekaman biotik dan abiotik. Gen GST12 adalah salah satu anggota dari gen GST. Gen GST12 terlibat dalam pertahanan tanaman terhadap cekaman aluminium dan pH rendah. cDNA gen GST12 dari kedelai kultivar Slamet telah berhasil diisolasi dengan ukuran 722 pb. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendapatkan vektor ekspresi gen glutathione S-transferase 12 (GST12) dan tanaman Nicotiana tabacum SR1 transgenik. Vektor ekspresi gen GST12 telah berhasil dikonstruksi menggunakan metode gateway cloning. cDNA GST12 telah berhasil diisolasi dari plasmid pGEM-GST12. Hasil isolasi cDNA GST12 telah berhasil disisipkan ke dalam vektor pENTRTM/D-TOPO® menggunakan teknik directional TOPO cloning. Vektor rekombinan pENTR-GST12 telah berhasil direkombinasikan dengan vektor ekspresi pGWB502 sehingga gen GST12 tersisip ke dalam vektor ekspresi pGWB502 menjadi vektor ekspresi rekombinan pGWB502-GST12. Verifikasi vektor ekspresi rekombinan pGWB502-GST12 dengan PCR menggunakan primer GST12-F dan NosT-R, serta pemotongan dengan enzim restriksi HindIII dan EcoR1 mengkonfirmasi bahwa plasmid pGWB502-GST12 yang dihasilkan telah mengandung gen GST12. Vektor ekspresi rekombinan pGWB502-GST12 di dalam bakteri E. coli DH5α telah berhasil diintroduksikan ke dalam bakteri A. tumefaciens LBA4404 menggunakan metode triparental mating. A. tumefaciens LBA4404 yang mengandung pGWB502-GST12 telah dikonfirmasi dengan PCR koloni menggunakan primer GST12-F dan NosT-R. Transformasi genetik tanaman Nicotiana tabacum SR1 melalui perantara A. tumefaciens LBA4404 rekombinan yang dilakukan dengan metode ko-kultivasi menggunakan potongan daun sebagai eksplan telah menghasilkan beberapa tanaman Nicotiana tabacum SR1 transgenik. Analisis molekuler dengan PCR menggunakan primer hpt-F and hpt-R telah mengkonfirmasi bahwa tanaman Nicotiana tabacum SR1 transgenik mengandung gen hpt. Gen hpt terpaut dekat dengan gen GST12. Oleh karena itu, tanaman Nicotiana tabacum SR1 transgenik yang mengandung gen hpt juga mengandung gen GST12. Analisis PCR menunjukkan bahwa gen GST12 yang terintegrasi di dalam genom tanaman Nicotiana tabacum SR1 transgenik mengalami delesi.
Keyword: Agrobacterium tumefaciens, gen glutathione S-transferase 12 (GST12), Nicotiana tabacum (tembakau) SR1, pGWB502, transformasi genetik

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: