Judul: Identifikasi dan Perunutan DNA mtCOI Kutukebul Subfamili Aleurodicinae yang Dikoleksi dari Ancol, Cipanas, dan Pameungpeuk
Abstrak: Tiga spesies kutukebul Aleurodicus dispersus, Aleurodicus dugesii dan Paraleyrodes minei (Hemiptera: Aleyrodidae) termasuk subfamili Aleurodicinae yang ditemukan menyerang berbagai komoditas pertanian di Indonesia. Berdasarkan data genetika yang tersedia di situs GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/), data molekuler ke tiga spesies kutukebul tersebut belum ada, khususnya yang berasal dari wilayah Indonesia. Penelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi dan mengetahui runutan nukleotida fragmen DNA mtCOI A. dispersus, A. dugesii dan P. minei yang dikoleksi dari Ancol (Jakarta), Cipanas (Cianjur) dan Pameungpeuk (Garut). DNA didapatkan dari ekstraksi imago kutukebul A. dispersus, A. dugesii dan P. minei. Amplifikasi DNA dilakukan dengan menggunakan PCR. Perunutan fragmen DNA mtCOI dilakukan dengan mengirim sampel hasil PCR ke PT Genetica Science Indonesia. Primer PCR yang digunakan ialah forward primer 5’-TTGATTTTTTGGTCATCCAGAAGT-3’ dan reverse primer 5’-TCCAATGCACTAATCTGCCATATTA-3’. Runutan nukleotida fragmen DNA mtCOI dianalisis dengan program Bioedit V 7.1.7. dan CLC Sequence Viewer V 6.7.1, disejajarkan dengan runutan nukleotida fragmen DNA mtCOI spesies kutukebul lain menggunakan program BLAST di situs Genbank. Runutan nukleotida fragmen DNA mtCOI A. dispersus Ancol memiliki nilai homologi sebesar 99.7% dengan A. dispersus India (JQ995239.1) dan China (JX566506.1). Runutan nukleotida fragmen DNA mtCOI A. dugesii Cipanas memiliki nilai homologi 99.5% dengan A. dugesii USA (AY521251.1). Di situs GenBank belum terdapat informasi runutan DNA kutukebul P. minei. Perunutan fragmen DNA mtCOI dengan menggunakan primer yang sama didapatkan runutan fragmen DNA mtCOI yang berbeda, yaitu A. dispersus 891 pb, A. dugesii 885 pb, dan P. minei 876 pb. Komposisi basa nukleotida A dan T masing-masing sampel tinggi, yaitu A. dispersus 76.09%, A. dugesii 78.19%, dan P. minei 72.95%.
Keyword: Aleurodicus, Paraleyrodes, mtCOI, Jawa

Judul: Variasi Haplotipe Gen Cytochrome c Oxidase I dan II pada Wereng Hijau Nephotettix virescens (Distant) (Hemiptera: Cicadellidae) Populasi Indonesia.
Abstrak: Wereng hijau, Nephotettix virescens (Hemiptera: Cicadellidae) merupakan serangga vektor virus tungro padi yang menginfeksi tanaman padi di Indonesia. Gejala tanaman yang terinfeksi virus tungro menjadi kerdil, warna daun menguning, daun muda menggulung, anakan padi berkurang, dan gabah hampa, sehingga menyebabkan pertumbuhan tanaman terganggu yang berakibat menurunnya produktivitas. Populasi N. virescens memiliki variasi yang berbeda pada karakter morfologi eksternal (kepala, torak, sayap, abdomen, dan tungkai) dan karakter genitalia jantan (aedeagus, jumlah spines (duri) pada aedeagus, dan pygofer) di beberapa wilayah Indonesia. Variasi yang terjadi pada populasi N. virescens kemungkinan dipengaruhi oleh kondisi lingkungan lokal sehingga tidak mengungkapkan pola pengelompokkan berdasarkan geografik. Oleh karena itu, diperlukan identifikasi serangga vektor yang lebih akurat untuk membedakan populasi N. virescens dari berbagai daerah. Pendekatan molekular dengan mempelajari variasi genetik diharapkan dapat mengungkapkan pola pengelompokkan berdasarkan geografik, sehingga dapat digunakan untuk Pemantauan persebaran populasi N. virescens di setiap daerah. Oleh karena itu, database molekular N. virescens sangat diperlukan untuk mengembangkan strategi pengendalian vektor. Informasi variasi genetik dapat digunakan untuk mempelajari asal-usul serangga vektor ketika terjadi dominansi N. virescens di suatu daerah. Marka DNA mitokondria (DNAmt) dapat digunakan untuk mempelajari identifikasi spesies, variasi genetik intra spesies dan hubungan kekerabatan antar spesies. Gen pada DNAmt yang banyak digunakan dalam studi molekular untuk mempelajari variasi genetik dan struktur populasi adalah gen cytochrome c oxidase (COI dan COII). Daerah gen COI dan COII memiliki variabilitas yang rendah, bersifat konservatif, tidak ada insersi dan delesi. Data DNAmt untuk N. virescens di Indonesia belum ada. Oleh karena itu, analisis variasi gen COI dan COII N.virescens di Indonesia perlu dilakukan untuk mendapatkan database serangga tersebut. Penelitian ini bertujuan mempelajari variasi haplotipe gen COI dan COII N. virescens yang dikoleksi dari delapan lokasi di enam provinsi di Indonesia, yaitu Aceh, Jawa Barat, Jawa Tengah, Jawa Timur, Bali, dan Sulawesi Selatan. Tahapan analisis molekular meliputi ekstraksi DNA fase dewasa N. virescens, amplifikasi DNA, perunutan dan alignment DNA. Primer gen COI dan COII N. virescens dirancang berdasarkan complete genome DNAmt N. cincticeps (GenBank no. aksesi KP749836). Analisis bioinformatik dilakukan berdasarkan homologi runutan basa dan asam amino, analisis jarak genetik dan konstruksi pohon filogeni untuk kekerabatan antar populasi. Analisis molekular lain meliputi diversitas haplotipe dan basa, dan analisis struktur genetik populasi. Sebanyak 128 urutan basa gen COI dan COII telah berhasil diperoleh dari 64 individu N. virescens. Hasil alignment dari delapan populasi diperoleh panjang basa gen COI dan COII parsial masing-masing sebesar 735 dan 612 pb. Penelitian ini menemukan 14 dan 10 haplotipe baru dari alignment runutan basa berturutturut untuk COI dan COII. Haplotipe baru hasil penelitian ini telah didaftar ke DNA Data Bank of Japan (DDBJ) dengan nomer aksesi: LC330970 - LC330983 untuk gen COI dan LC330984 – LC330993 untuk gen COII. Variasi basa yang terjadi pada 14 haplotipe gen COI dan ke-10 haplotipe gen COII adalah berupa substitusi yang tidak selalu menyebabkan perubahan asam amino. Hasil penelitian menemukan gen COI terdiri atas satu haplotipe umum dan 13 haplotipe spesifik, sedangkan gen COII ditemukan dua haplotipe umum dan delapan haplotipe spesifik. Haplotipe umum ditentukan berdasarkan runutan basa yang ditemukan disemua lokasi sampel yang diteliti, yaitu haplotipe 1 (HT1)
Keyword: gen COI, gen COII, Nephotettix virescens, variasi haplotipe, wereng hijau

Judul: Karakteristik lompatan hidrolik terhadap pelimpah terjunan pada saluran segi empat
Abstrak: Aliran dengan kecepatan tinggi dalam kondisi superkritis yang melintasi bangunan pelimpah, sebelum bergerak lebih jauh ke arah hilir saluran dimana bilangan Froude (F) lebih besar dari satu harus diubah menjadi aliran subkritis dimana bilangan Froudenya lebih kecil dari satu. Aliran yang meninggalkan kaki pelimpah merupakan aliran yang memiliki kandungan energi yang amat berarti sehingga dapat menimbulkan pengikisan yang besar. Pengubahan bilangan Froude dari kondisi superkritis ke subkritis dimaksudkan agar terjadi perubahan kandungan energi, sehingga aliran menjadi non erosive. Agar daya erosive aliran dapat berkurang, maka biasanya pada bagian hilir dari bangunan pelimpah dibuatkan suatu bangunan peredam energi. Erosi yang terjadi di hilir bangunan pelimpah dapat disebabkan dari keberadaan bangunan pelimpah itu sendiri, maupun bangunan peredam energi yang kurang tepat. Hal ini terutama menyangkut beberapa kejadian lompatan hidrolik yang timbul pada bangunan peredam energi tersebut.. Suatu metode yang efektif untuk menjamin bahwa lompatan hidrolik selalu terjadi pada daerah yang dilindungi, adalah dengan menggunakan bangunan peredam energi yang terdiri dari beberapa tipe dengan..dst
Keyword: