Judul: Karakterisasi Genetik Gen spi1 Virus Infectious Bronchitis yang diisolasi pada Peternakan Unggas di Wilayah Jawa Barat
Abstrak: Strain virus Infectious Bronchitis (VIB) dapat ditentukan melalui karakterisasi genetik gen spi1 secara molekuler. Informasi tentang strain VIB yang beredar di Indonesia masih terbatas, oleh sebab itu dilakukan penelitian yang bertujuan untuk menentukan karakterisasi gen spi1 dari VIB yang diisolasi dari unggas di Jawa Barat. Empat puluh tujuh sampel isolat VIB digunakan didalam penelitian ini, sampel virus diisolasi dari peternakan layer dan broiler di Jawa Barat selama bulan Agustus 2017 hingga Januari 2018. Enam vaksin aktif IB yaitu: H120, H52, 4/91, CR88, 233A dan 1-96 digunakan sebagai kontrol positif. Dua puluh enam sampel menunjukkan hasil positif terhadap gen spi1 pada reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) menggunakan primer XCE2+ dan XCE2-. Seluruh sampel positif diisolasi dari tiga peternakan yang berbeda di Jawa Barat, dan dipilih satu sampel positif dari setiap peternakan yang akan di sekuen urutan nukleotida pada gen spi1. Ketiga isolat ini adalah Indonesia/K4A9/17 dan Indonesia/P3/17 yang diisolasi di Sukabumi, dan Indonesia/K233A31/18 yang diisolasi di Bogor. Urutan nukleotida dari 352 gen nukleotida parsial spi1 menunjukkan bahwa isolat Indonesia/K4A9/17 dan Indonesia/K233A31/18 memiliki 100% homologi dengan strain virus vaksin IB strain 4/91, sedangkan isolat Indonesia/P3/17 memiliki 100% homologi dengan virus vaksin IB strain 233A. Berdasarkan pohon filogenetik, ketiga isolat ini relatif dekat dengan VIB yang berasal dari Inggris, Israel dan Amerika Serikat.
Keyword: Virus Infectious Bronchitis, karakterisasi genetik, gen spi1, unggas, Jawa Barat

Judul: IPB (Bogor Agricultural University)
Abstrak: Sumber penularan virus avian influenza (VAI) subtipe H5N1 pada unggas dan manusia di Indonesia belum diketahui secara jelas. Penelitian ini bertujuan untuk (1) mengisolasi VAI subtipe H5N1 dari unggas air (itik, entok, angsa) di peternakan skala rumah tangga (backyard) di Jawa Barat terutama di Kabupaten Sukabumi dan Bogor; (2) menentukan patotipe virus-virus tersebut berdasarkan marka molekuler gen penyandi sekuen asam amino daerah pemotongan (cleavage site) fragmen gen hemaglutinin (HA); (3) menganalisis domain-domain penting gen penyandi HA virus AI subtipe H5N1 isolat unggas air; (4) menganalisis filogenetik fragmen HA1 dari gen HA virus AI subtipe H5N1 yang diisolasi dari unggas air dengan representasi virus asal hewan dan manusia Indonesia dan beberapa negara Asia; (5) mengetahui reaksi silang virus tersebut dengan strain virus standar Indonesia.
Keyword: specific pathogen free (SPF), ClustalW of MEGA 3.1 program, genetic distance, phylogenetic tree construction

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: