Judul: Analisis keragaman genetik gen 16R-rRNA dan karakterisasi fisiologis bakteri asal usus udang vaname Litopenaeus vannamei  dari berbagai umur
Abstrak: Populasi mikroba usus sangat berperan dalam memelihara dan mempertahankan status kesehatan organisme dan secara keseluruhan memegang peran penting dalam produktivitas budidaya. Dalam penelitian ini dilakukan isolasi bakteri mikroflora normal asal usus udang vaname yang dipelihara di tambak perairan payau. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi keragaman genetik maupun fisiologis dari isolat-isolat yang terkumpul. Untuk pendekatan molekuler digunakan amplifikasi PCR terhadap gen target 16S-rRNA dengan teknik ARDRA (Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis), sedangkan karakterisasi fisiologis dilakukan dengan melakukan uji-uji biokimia dan morfologi sel. Sebanyak 45 isolat terseleksi dan 2 isolat referens yaitu bakteri V. harveyi digunakan dalam penelitian ini. Gen 16S-rRNA diamplifikasi dengan 3 pasang primer terpilih (yang paling sesuai untuk masing-masing isolat), yaitu primer 0008F berpasangan dengan 1524R , 63F berpasangan dengan 1387R, dan 0008F berpasangan dengan 1492RH. Hasil amplifikasi dipotong dengan enzim restriksi Sau3AI (5’-↓GATC). Pola ARDRA pada gel elektroforesis digunakan sebagai sumber data dan dilakukan input data matriks biner untuk kontruksi pohon filogenetika. Pohon filogenetika ini digunakan untuk mempelajari hubungan kekerabatan antar jenis bakteri yang diisolasi. Berdasarkan analisis filogeninya, diketahui keragaman bakteri pada usus udang terdiri dari 30 OTU (Organism Taxonomy Unit) yang berbeda. Berdasarkan hasil karakterisasi fisiologisnya, secara umum bakteri usus udang umur 1 bulan, 2 bulan, dan 3 bulan termasuk dalam genus Bacillus dan Kurthia. Kata kunci: Vaname, L. Vannamei, mikroflora usus, bakteri, ARDRA, analisis filogeni, karakterisasi fisiologis.
Keyword: 

Judul: Struktur Komunitas Mikrobiota Usus Udang Vaname Penaeus vannamei dan Media Pemeliharaan selama Wabah White Feces Disease
Abstrak: Mikrobiota usus diketahui berkontribusi untuk meningkatkan kesehatan inang. Mikroba pada usus dapat menimbulkan penyakit pada inang. White Feces Disease (WFD) merupakan penyakit yang akhir-akhir ini muncul pada produksi udang vaname (Penaeus vannamei). Beberapa penelitian telah dilakukan untuk menganalisa perbedaan mikrobiota usus antara udang yang sehat dan yang sakit, terutama dalam kasus WFD. Namun, proses ekologi yang mendukung dan mengendalikan komunitas mikrobiota usus udang saat mereka terpapar WFD saat ini belum diketahui. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan keragaman dan kelimpahan relatif komunitas mikroba usus dan air pemeliharaan, histopatologi organ usus, serta kinerja produksi udang terhadap munculnya penyakit WFD. Penelitian dilakukan dengan memonitor penyakit WFD dalam kegiatan budidaya udang. Prosedur kegiatan budidaya udang mengikuti standard operational procedure (SOP) yang diterapkan di Tambak Pinang Gading. Lampung. Di awal pemeliharaan dilakukan pengamatan pada 6 petak tambak dengan luas 2,500 m2 petak-1 yang dijadikan sebagai petak pengamatan. Penentuan petak normal dan WFD dilakukan setelah adanya gejala WFD, yang ditandai dengan munculnya kotoran putih di permukaan air tambak dan penurunan nafsu makan udang yang dilihat melalui anco. Sampel udang dan sampel air dikoleksi dari petakan tambak udang. Sampel udang terdiri dari udang input sebelum terjadi outbreak WFD (iSI), udang normal (nSI), dan udang WFD (wiSI). Pengambilan sampel iSI dan nSI ditambak normal dilakukan secara random sampling sedangkan sampel wiSI dilakukan secara purposive sampling pada petak yang terindikasi WFD. Sampel udang diambil sebanyak 10‒15 ekor udang per petak. Mikrobiota usus dan air pemeliharaan udang vaname pada tahap sebelum dan saat outbreak WFD diselidiki menggunakan sekuensing high throughput / next generation sequencing (NGS). Preparasi sequencing meliputi : ekstraksi DNA genom usus dan sampel air; amplifikasi PCR; kuantifikasi produk PCR dan mixing; purifikasi produk PCR; serta library preparation. Variabel pengamatan meliputi analisis bioinformatik yang terdiri dari: anotasi dan analisis Operational Taxonomy Unit (OTU), analisis komposisi komunitas mikroba, indeks keragaman alfa dan beta, serta analisis cluster. Parameter lain yang diukur yaitu, total vibrio count (TVC), histopatologi usus, rasio konversi pakan (RKP), serta tingkat kelangsungan hidup (TKH). Mempelajari komposisi komunitas mikroba di setiap sampel, diawali dengan mengelompokkan Tag Efektif semua sampel ke dalam OTU dengan kemiripan 97%. Dari masing-masing sampel air dan usus udang diperoleh rata-rata jumlah total tag efektif dari seluruh sample adalah 123,022 sekuens, sehingga OTU yang dapat dibentuk dari semua sampel tersebut berkisar antara 781 hingga 1,189 OTU. Selanjutnya hasil anotasi taksonomi tersebut dianalisis untuk mendapatkan struktur komunitas mikroba yang diperoleh. Kelimpahan relatif terbesar di antara sepuluh sampel filum pada semua saluran usus udang (iSI, nSI dan wiSI) adalah filum Proteobakteria (34.5‒67.9%). Filum Verrucomicrobial pada sampel wiSI menunjukkan jumlah tertinggi kedua (34%) setelah filum Proteobakteria. Actinobacteria memiliki jumlah terbesar dan mendominasi di antara sepuluh filum teratas pada sampel air iW dan nW (74.9 dan 52.5%) sedangkan pada sampel wiW filum Actinobacteria tidak menunjukkan jumlah yang besar dan berada di posisi ke tiga dibawah filum Proteobakteria dan Firmicutes (45.4% dan 31.2%). Plot terner menunjukkan adanya dominasi dari genus Vibrio (34.4%) dan Rubritalae (32.9%) pada sampel wiSI sedangkan pada sampel wiW menunjukkan adanya dominasi genus Vibrio (22.3%), Escherichia-Shigella (11.6%), dan Staphylococcus (24.1%). Keragaman alfa diwakilkan oleh indeks keragaman dan estimator kekayaan bakteri.
Keyword: Histopathology, Intestinal bacteria, Next Generation Sequencing, Penaeus vannamei, White Feces Disease

Judul: Pembuatan Film Tipis Cu2ZnSnS4 sebagai Lapisan Penyerap Cahaya pada Sel Surya Menggunakan Metode Elektrodeposisi
Abstrak: Thin film of Cu2ZnSnS4 (CZTS) is an alternative semiconductor used as light absorber layer on solar cell. CZTS can replace silicon that commonly used as commercial semiconductor. The advantage of using CZTS as absorber layer is due to the abundance of its chemical composer on earth, and its high value of absorption coefficient. The absorber layer was made by using electrodeposition method on ITO glass substrates. The films were deposited at room temperature using potentiostatic mode with a potential of –1.05 V for 30, 45, and 60 minutes. After that, the films were annealed at two different temperatures, 180 ºC and 500 °C, for 45 minutes in N2/H2S atmosphere. Based on X-ray diffraction analysis, the polycrystalline thin film obtained fall into kesterite crystal phase. This type of crystal was obtained when the CZTS was annealed at 500 °C in H2S/N2 atmosphere. The value of optical band gap energy for the CZTS thin film was 2.2 eV with the film thickness about 1.228–6.366 μm. The sample of CZTS with electrodeposition time of 45 minutes and annealing temperature of 500 °C showed the best result and in conformity with absorber layers criteria for solar cells.
Keyword: semiconductor, ITO glass, CZTS thin film, electrodeposition