Judul: Prediksi Struktur 3D PfHT dengan Variasi Ensembel Termodinamika.
Abstrak: Malaria adalah penyakit infeksi parasit yang disebabkan oleh Plasmodium sp dengan menyerang eritrosit dan ditandai dengan ditemukannya bentuk aseksual di dalam darah. Plasmodium falciparum merupakan spesies yang mematikan karena kemampuannya yang dapat menyebabkan komplikasi selebral. PfHT mengalami reaksi struktur protein paling baik terjadi pada ensembel NVT dengan suhu 300 K. Penelitian ini dilakukan simulasi dinamika molekul menggunakan metode variasi ensembel termodinamika pada model PfHT yang dihasilkan oleh I-Tasser dengan waktu simulasi selama 50 ns. Penelitian ini memperoleh 24 pasangan jembatan garam yang muncul pada semua keadaan, 2 pasangan residu yang muncul pada keadaan NPT dan NVE, 4 pasangan residu yang muncul pada keadaan NVE dan NVT, 2 pasangan jembatan garam yang muncul dipermukaan pada keadaan NPT, 7 pasangan jembatan garam yang muncul dipermukaan pada keadaan NVE, dan 1 pasangan jembatan garam yang muncul dipermukaan pada keadaan NVT. Hasil penelitian menunjukkan bahwa PfHT bekerja optimum pada kondisi NVT dan belum mengalami kerusakan struktur (denaturasi) pada kondisi NPT dan NVE.
Keyword: ensembel termodinamika, PfHT, simulasi dinamika molekul

Judul: Penentuan Daerah Pengikatan PfSPP sebagai Kajian Studi Virtual Screening dan Dinamika Molekul
Abstrak: Plasmodium falciparum merupakan salah satu spesies nyamuk paling berbahaya yang membawa parasit protozoa penyebab malaria bernama Plasmodium. Plasmodium falciparum memiliki protein bernama Plasmodium falciparum Signal Peptide Peptidase (PfSPP) yang memiliki fungsi penting dalam sintesis protein untuk kelangsungan hidup Plasmodium di dalam tubuh manusia. Penghambatan fungsi protein PfSPP untuk menghentikan siklus Plasmodium dilakukan dengan penambatan (docking) senyawa aktif herbal maupun sintetis yang dimodelkan dengan suatu simulasi komputer sehingga selain efektif dan efisien juga dapat menghemat estimasi biaya. Simulasi komputer menggunakan metode dinamika molekul memiliki keluaran hasil simulasi berupa lintasan (trajectory) yang mengandung informasi perubahan posisi, kecepatan, sifat karakteristik sistem serta beberapa aspek mikroskopis lainnya. Tujuan penelitian ini adalah memperoleh prediksi struktur 3D beserta daerah pengikatan protein Plasmodium falciparum signal peptide peptidase (PfSPP) dan kestabilan penambatan senyawa aktif herbal dengan protein Plasmodium falciparum signal peptide peptidase (PfSPP) sehingga dapat memprediksi senyawa aktif yang mempunyai potensi sebagai obat antimalaria. Hasil evaluasi berdasarkan penilaian webserver PDBSUM dan Molprobity pada model prediksi struktur I-TASSER menunjukkan bahwa struktur model 5 yang dikonstruksi berdasarkan sekuens asam amino dengan entri Q8IKQ9_PLAF7 dipilih sebagai prediksi struktur dengan kemungkinan yang paling tinggi sesuai model yang telah ada. Hasil simulasi dinamika molekul pada model-model prediksi I-TASSER juga menunjukkan struktur model 5 memiliki kestabilan, kepadatan serta kerapatan yang tinggi sehingga tidak mengalami perubahan konformasi yang signifikan pada suhu 300 K. Prediksi daerah pengikatan pada protein PfSPP AutoLigand dari program AutoDockTools dengan 5 variasi kumpulan titik (fillpoints) untuk mendapatkan 5 daerah pengikatan dengan energi terendah sebagai letak penambatan (docking) dengan ligan herbal dan sintetis. Dari perhitungan efisiensi ligan seluruh kompleks diperoleh bahwa makromolekul kompleks protein PfSPP dengan ligan Harman, Ajoene, Emodin dan Mefloquine memiliki nilai terendah. Hasil simulasi MM/PBSA pada keempat kompleks didapatkan kompleks PfSPP-Ajoene dan PfSPP-Mefloquine memiliki energi ikat bebas paling rendah. Simulasi kestabilan diperoleh dari simulasi dinamika molekul 400ns dua pasangan kompleks PfSPP-Ajoene dan PfSPP-Mefloquine pada daerah pengikatan 5. Okupansi ikatan hidrogen juga menunjukkan bahwa pada daerah pengikatan 5 memiliki residu ikatan hidrogen yaitu Lys-389 yang memiliki okupansi tinggi dengan daerah pengikatan 5. Ikatan hidrogen Lys-389 dengan kedua ligan berperan penting dalam mempertahankan kestabilan struktur.
Keyword: daerah pengikatan, dinamika molekul, ligan herbal, malaria, Plasmodium falciparum

Judul: Economic Valuation of the Great Yellow-crested White Cockatoo (Cacatua galerita)
Abstrak: Kakatua putih besar jambul kuning (Cacatua galerita) merupakan primadona dalam perdagangan satwa liar. Penelitian ini bertujuan untuk menghitung valuasi ekonomi Cacatua galerita dengan pendekatan harga pasar, willingness to pay (kesediaan membayar), dan biaya pemeliharaan, serta membandingkan ketiga metode tersebut. Penelitian dilakukan dengan studi literatur dan pemantauan sosial media dalam pendekatan harga pasar, pendekatan kesediaan membayar dilakukan wawancara kepada 100 pengunjung Taman Margasatwa Ragunan (TMR) secara accidental sampling, dan pendekatan biaya pemeliharaan dilakukan wawancara kepada pengelola TMR dan penangkaran Mega Bird and Orchid Farm (MBOF). Hasil penelitian menunjukkan valuasi ekonomi Cacatua galerita dengan pendekatan harga pasar, kesediaan membayar, dan biaya pemeliharaan berturut-turut sebesar Rp35.547.204/ekor, Rp3.656.900/ekor, dan Rp7.119.001/ekor. Metode pendekatan terbaik untuk menghitung valuasi ekonomi Cacatua galerita yaitu pendekatan harga pasar yang ditinjau dari valuasi ekonomi yang dihasilkan, efektivitas, serta efisiensi biaya yang relatif murah dalam pengambilan dan analisis data., The great yellow-crested white cockatoo (Cacatua galerita) is a favorite in the wildlife trade. This research aims to calculate the economic value of Cacatua galerita using the market price approach, willingness to pay, and maintenance costs, as well as comparing the three methods. The research was carried out using literature studies and social media monitoring using the market price approach, the willingness to pay approach carried out interviews with 100 visitors to the Ragunan Wildlife Park (TMR) using accidental sampling, and the maintenance cost approach carried out interviews with TMR managers and the Mega Bird and Orchid Farm (MBOF). The research results show that the economic valuation of Cacatua galerita using the market price approach, willingness to pay, and maintenance costs is Rp. 35,547,204/head, Rp. 3,656,900/head, and Rp. 7,119,001/head. The best approach method for calculating the economic valuation of Cacatua galerita is the market price approach in terms of the resulting economic value, effectiveness and relatively lowcost efficiency in data collection and analysis.
Keyword: biaya pemeliharaan, harga pasar, kakatua putih besar jambul kuning, kesediaan membayar, valuasi ekonomi