Judul: Identification of Polymorphisms in Exon 3 of Myglobin (MB) Gene in Ayam Cemani and IPB-D1 Chicken
Abstrak: Ayam cemani merupakan ayam asli Indonesia asal Temanggung, Jawa Tengah yang memiliki keseluruhan fenotipik berwarna hitam. Daging ayam cemani memiliki potensi sebagai pangan fungsional berkadar Fe tinggi bagi penderita anemia. Kandungan Myoglobin (MB) memiliki korelasi positif terhadap kadar Fe dalam daging. Hal tersebut digunakan sebagai landasan untuk menjadikan Gen MB sebagai gen kandidat yang diduga memiliki pengaruh terhadap kadar Fe dalam daging. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi keragaman ekson 3 gen MB pada ayam cemani yang berasal dari PT Sumber Unggas Indonesia (SUI), Balai Penelitian Ternak (Balitnak), serta ayam IPB-D1 sebagai pembanding. Sebanyak 45 sampel berhasil dilakukan sekuensing DNA menggunakan jasa Macrogen (Seoul, Korea Selatan). Hasil penelitian menunjukkan bahwa pada daerah ekson 3 gen MB terdapat 1 SNP yaitu di posisi basa g.3385T>C. SNP yang diperoleh bersifat polimorfik dan konsisten ditemukan pada ketiga populasi, sehingga SNP tersebut dapat digunakan untuk analisis lanjutan menuju proses seleksi. Sebanyak enam mutasi lainnya juga ditemukan pada daerah 3’UTR yaitu di posisi basa g.3497C>T, g.3549C>T, g.3583G>A, g.3749C>T, g.3800G>A, dan g.3814G>A., Ayam cemani is an Indonesian native chicken from Temanggung, Central Java which has a black phenotypic color. Ayam Cemani has the potential as a functional food with high Fe content for anemia sufferers. The existence of myoglobin has a positive correlation with Fe content in meat. This was used to make the MB gene as a candidate gene that has a role in Fe content in meat. This study aimed to identify the polymorphisms in exon 3 of MB gene in ayam cemani from PT Sumber Unggas Indonesia (SUI), Balai Penelitian Ternak (Balitnak), as well as IPB-D1 chickens as a comparison. A total of 45 samples were successfully DNA-sequenced using Macrogen services (Seoul, South Korea). The results showed that in exon 3 of MB genes there was 1 SNP at position g.3385T>C. The SNP obtained were polymorphic and consistently found in three populations so that the SNP could be used for further analysis towards the selection process. Other six mutations were also found in the 3'UTR region, i.e: g.3497C>T, g.3549C>T, g.3583G>A, g.3749C>T, g.3800G>A, and g.3814G>A.
Keyword: Cemani, MB gene, DNA sequencing

Judul: Polymorphisms of Myoglobin Gene and Its Association with Mineral Content in Cemani Chicken and IPB-D Chicken Meats
Abstrak: Gen mioglobin (MB) adalah gen yang mengkodekan protein mioglobin. Protein mioglobin bekerja pada jaringan otot yang berperan sebagai tempat penyimpanan oksigen dan memfasilitasi difusi oksigen. Mineral mikronutrien seperti Fe, Zn, Mn, dan Se yang memiliki peran dalam metabolisme oksigen dan antioksidan pada tubuh. Daging ayam yang konsumsinya terus meningkat tiap tahunnya dapat dijadikan potensi untuk mengembangkan pangan alternatif yang mengandung mineral esensial karena harga daging ayam yang lebih terjangkau dibandingkan dengan harga daging merah. Penelitian bertujuan meganalisis keragaman gen MB pada ayam cemani dan ayam IPB-D serta asosiasinya dengan kandungan mineral Fe, Zn, Mn, dan Se pada daging ayam. Sebanyak 104 sampel yang berasal dari 6 populasi: ayam cemani Balitnak (16), ayam cemani SUI (17), ayam IPB-D1 (5), ayam IPB-D2 (25), ayam IPB-D3 (38), dan ayam broiler (3) digunakan dalam penelitian ini. Keragaman gen MB dianalisis menggunakan metode direct-sequensing. Analisis kandungan mineral menggunakan metode AAS. Daging ayam yang dianalisis mineralnya menggunakan daging ayam bagian paha atas dan paha bawah. Informasi keragaman yang digunakan adalah frekuensi alel, frekuensi genotipe, heterozigositas dan keseimbangan Hardy-Weinberg. General Linear Model digunakan dalam menganalisis asosiasi kandungan mineral dengan keragaman gen MB. Hasil penelitian ditemukan 2 SNP gen MB yaitu g.17 G>T dan g.25 T>C. SNP g.17 G>T bersifat monomorfik kecuali pada sampel ayam IPB-D yang bersifat polimorfik. SNP g.25 C>T bersifat polimorfik pada ayam IPB-D dan ayam SUI, sedangkan ayam cemani Balitnak dan broiler bersifat monomorfik. Kandungan mineral tertinggi untuk Fe terdapat pada sampel ayam cemani Balitnak, sedangkan kandungan tertinggi mineral Zn terdapat pada ayam IPB-D1, dan kandungan mineral Mn serta Se paling tinggi terdapat di ayam cemani SUI. Kandungan mineral Fe berasosiasi dengan keragaman ayam IPB-D2 SNP g.17 G>T, dan mineral Mn, Zn, dan Se berasosiasi dengan keragaman pada ayam IPB-D3 SNP g.17 G>T dan SNP g.25 T>C.
Keyword: Ayam cemani, ayam IPB, kandungan mineral, mioglobin, sekuensing

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: