Judul: Potential of Bioactive Compounds in Fig (Ficus carica L.) as Selective Estrogen Receptor Modulator (SERMs) In Silico
Abstrak: Kasus kanker payudara terbanyak didominasi jenis positif hormon reseptor, yang terkait pada keberadaan reseptor estrogen-α (ERα). Selective estrogen receptor modulator (SERMs) mampu mengikat ERα agar proliferasi terhambat. Tanaman tin memiliki aktivitas antikanker payudara positif estrogen, namun belum diketahui interaksi antagonisnya terhadap ERα. Penelitian ini bertujuan menentukan senyawa aktif yang berpotensi berperan sebagai antagonis terhadap reseptor ERα pada tanaman tin. Penambatan molekuler menggunakan AutoDock Vina. Jenis interaksi molekuler ligan-reseptor ditentukan melalui parameter energi afinitas (ΔG), konstanta inhibisi (Ki), dan binding site similarity (BSS). Hasil penambatan mendapatkan 13 ligan uji yang bersifat antagonis terhadap ERα. Potensi pengikatan antagonis terbaik terdapat pada ligan epikatekin (ΔG -8,4 kkal/mol dengan Ki 0,696 μM) dan apigenin (ΔG -8,1 kkal/mol dengan Ki 1,154 μM). Hasil penelitian menunjukkan bahwa epikatekin merupakan ligan dengan potensi terbaik dalam berikatan antagonis terhadap ERα berdasarkan energi afinitas, konstanta inhibisi, serta interaksi residu asam amino., Most of breast cancer cases is hormone receptor positive type of breast cancer. Selective estrogen receptor modulator (SERMs) can binding an estrogen receptor α (ERα) and inhibit proliferation. Fig has anticancer breast activity, but their antagonist’s interaction with the ERα still unknown. This study aims to determine the bioactive compounds on figs that potentially block the ERα as an antagonist. Molecular docking using AutoDock Vina. The type of ligand-receptor molecular interaction is determined by the parameters such as affinity energy (ΔG), inhibition constant (Ki), and binding site similarity (BSS). The result of molecular docking is 13 ligands from leaves, fruit, and latex fig that can block the ERα. Epicatechin (ΔG -8,4 kcal/mol with Ki 0,696 μM) and apigenin (ΔG -8,1 kcal/mol with Ki 1,154 μM) are compounds that have the best potential antagonist activities to ERα. The results showed that epicatechin is the test ligands with the best potential antagonist compound to the ERα based on affinity energy, inhibitory constant, and amino acid residues’s interaction.
Keyword: Estrogen receptor α, Fig, Molecular docking, SERMs

Judul: Potensi Senyawa Golongan Flavonoid Sebagai Antagonis Reseptor Estrogen Alfa (3ERT) In Silico
Abstrak: Regulasi pensinyalan reseptor estrogen-α menjadi kunci pengendalian kanker payudara dominan yang merupakan tipe positif hormon reseptor dengan menggunakan peran antagonis reseptor estrogen. Penelitian ini bertujuan mengetahui potensi senyawa golongan flavonoid subkelas flavan-3-ol dan flavon yang diprediksi memiliki peran antagonis terhadap reseptor estrogen-α. Penambatan molekuler dilakukan menggunakan Yasara Structure dengan hasil docking yang divisualisasikan melalui Discovery Studio. Jenis interaksi molekuler ligan-reseptor ditentukan melalui analisis energi bebas ikatan, konstanta disosiasi dan ikatan kimia residu asam amino. Hasil penambatan molekuler ligan uji mendapatkan 3 ligan dari subkelas flavan-3-ol yaitu katekin, epikatekin, gallokatekin dan 3 ligan dari subkelas flavon yaitu apigenin,krisin, luteolin memiliki potensi antagonis terhadap reseptor estrogen α. Namun potensi yang didapatkan dari seluruh ligan uji tidak lebih baik dari ligan alaminya yaiu 4-hidroksitamoksifen (∆G -10.0620 Kkal/mol, Kd 42116.8828) dan ligan pembanding raloksifen (∆G -10.4480 Kkal/mol, Kd 21954.0410) yang juga memiliki interaksi asam amino residu penting (Arg394, Glu353, His524). Simpulan penelitian ini menyatakan ligan dengan potensi terbaik sebagai antagonis reseptor estrogen-α dimiliki oleh epikatekin (∆G -7.9120 Kkal/mol, Kd 1586452.62 pm) dari subkelas flavan-3-ol dengan interaksi kimianya terhadap residu penting Glu353 dan His524.
Keyword: Estrogen Receptors, Flavan-3-ols, Flavones, SERMs

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: