Judul: Karakterisasi Genetik Berdasarkan DNA Mitokondria D-loop dan Gen TSPY pada Siamang Kerdil (Hylobates klossii) Kepulauan Mentawai.
Abstrak: Siamang kerdil (Hylobates klossii) merupakan satwa primata endemik kepulauan Mentawai dengan nama lokal bilou. Hylobates klossii tersebar di pulau-pulau besar di Mentawai seperti Siberut, Sipora, Pagai Utara, dan Pagai Selatan. Populasi siamang kerdil terancamkarena deforestasi dan perburuan. Siamang kerdil masuk dalam kategori genting (Endangered) berdasarkan IUCN (International Union for Conservation of Nature and Natural Resources) tahun 2008. Hylobates klossii terdaftar di CITES (Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora) Apendiks I/Tahun 2001 dan dilindungi berdasarkan Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan Republik Indonesia Nomor P.106Menlhk/Setjen/Kum.1/6/2018. Salah satu cara untuk menanggulangi kerusakan habitat dan penurunan populasi dapat dilakukan melalui usaha konservasi. Tujuan dari penelitian yaitu menganalisis garis keturunan secara maternal berdasarkan DNA Mitokondria D-loop (D-loop mtDNA) dan garis keturunan secara paternal berdasarkan gen TSPY (testis specific protein in Y-chromosome) serta mengkarakterisasi struktur gen penyandi protein TSPY pada siamang kerdil (Hylobates klossii) Kepulauan Mentawai. Sampel dikoleksi dari dua tempat, yaitu penangkaran TSI (Taman Safari Indonesia) dan Pulau Siberut, Kepulauan Mentawai. Sampel yang digunakan adalah sampel darah dan feses dari lima individu, yaitu Nam-nam, April, Lestari, Gou-gou yang diperoleh dari TSI dan sampel feses dari satu individu, yaitu Bilou diperoleh dari Kepulauan Mentawai. Amplifikasi PCR dilakukan pada sampel DNA dan cDNA menggunakan primer spesifik untuk D-loop dan TSPY. Amplikon dirunutkan menggunakan primer dua arah dan dianalisis dengan metode bioinformatik berupa BioEdit, Clustal W, dan MEGA 7. Model struktur tiga dimensi protein TSPY diprediksi menggunakan I-TASSER dan divisualisasikan dengan program PyMol. Berdasarkan analisis DNA Mitokondria D-loop, H. klossii terdiri atas empat haplotipe, yaitu 1) Nam-nam dan April, 2) Bilou, 3) Lestari, dan 4) Gou-gou dengan rentang jarak genetik 0.00-0.047. Analisis berdasarkan gen TSPY dari dua jantan H. klossii menunjukkan bahwa April memiliki nilai jarak genetik yang lebih dekat dengan H. muelleri, yaitu 0.005 dibandingkan dengan H. klossii, yaitu 0.008. Analisis pohon filogeni menggunakan metode neighbor joining juga menunjukkan individu April mengelompok dengan H. muelleri (identitas 99.56%) sementara Gou-gou dengan H. klossii (identitas 100%). Karakterisasi gen parsial TSPY (990 bp) antara Gou-gou dan April menunjukkan bahwa ada lima mutasi nukleotida yang menyebabkan empat mutasi asam amino, yaitu Pro100Ala, Asn133Asp, Gly277Glu, dan Thre281Ser. Mutasi ini menyebabkan pergeseran posisi struktur asam amino berdasarkan model struktur protein TSPY antara individu Gou-gou dan April. Hasil analisis mengasumsikan individu April adalah perkawinan silang antara betina H. klossii dan jantan H. muelleri. Karakterisasi genetik diharapkan dapat mendukung upaya konservasi melalui rekomendasi untuk pengelolaan pelestarian H. klossii yang baik. Hal ini dapat dilakukan dengan mencegah perkawinan sedarah dan kawinnya indvidu hibrida dengan spesies lain di penangkaran.
Keyword: DNA Mitokondria D-loop, hibrida, H. klossii, I-TASSER, TSPY

Judul: Pendugaan kesesuaian habitat orangutan kalimantan (Pongo pygmaeus pygmaeus) dan karakteristik genetiknya di Kabupaten Kapuas Hulu Kalimantan Barat
Abstrak: Orangutan merupakan salah satu jenis kera besar yang ada di Indonesia, yang sebarannya terbatas hanya di Sumatera bagian utara dan Kalimantan. Orangutan telah dibedakan menjadi dua jenis yang berbeda yaitu Pongo abelii untuk orangutan Sumatera dan Pongo pygmaeus untuk orangutan Kalimantan. Berdasarkan konsep phylogenetik (Phylogenetic Species Concept) orangutan Kalimantan telah dibedakan menjadi tiga anak jenis yang berbeda yaitu P.p. pygmaeus, P. p. wurmbii dan P. p. morio. Anak jenis di Kalimantan Barat terdiri atas P. p. pygmaeus dan P. p. wurmbii. Studi ini dilakukan untuk memahami dampak dari kebijakan tata guna lahan terhadap sebaran orangutan, karena sampai saat ini banyak terjadi alih fungsi lahan pada kawasan yang menjadi habitat orangutan. Hal ini mengakibatkan terjadinya fragmentasi habitat orangutan. Sebagai akibatnya adalah saat ini sebaran orangutan terbatas hanya di beberapa lokasi yang terpisah-pisah. Wilayah yang masih aman sebagai habitat orangutan adalah di dalam kawasan taman nasional. Orangutan memerlukan habitat yang spesifik, tidak semua kawasan taman nasional cocok sebagai habitat bagi orangutan. Faktor yang penting sebagai habitat bagi orangutan adalah ketersediaan pakan berupa buah, kondisi tutupan lahan yang memiliki tajuk saling bersambungan untuk mengakomodasi pergerakanannya, tingkat gangguan dari aktivitas manusia yang sedikit, serta kelerengan yang landai dan ketinggian tertentu. Hilangnya habitat menyebabkan banyak orangutan memasuki kawasan yang dihuni masyarakat sehingga ditangkap untuk berbagai tujuan dan pada akhirnya disita oleh pihak berwenang dan ditempatkan di tempat-tempat rehabilitasi. Asal usul yang tidak jelas menimbulkan masalah pelepasliaran kembali orangutan di habitat aslinya, untuk itu diperlukan penanda genetik handal dalam memverifikasi keaslian orangutan tersebut. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menganalisis sebaran spasial serta kesesuaian habitat orangutan anak jenis P. p. pygmaeus di kawasan TNBK, TNDS dan kawasan koridor yang menghubungkan kedua kawasan taman nasional tersebut, mengungkapkan dan menganalisis keanekaragaman genetik antara populasi orangutan anak jenis P. p. pygmaeus dengan menggunakan sampel yang diambil secara invasive dan non invasive, dan mengungkapkan sebaran spasial berdasarkan keanekaragaman genetik orangutan serta kesesuaian habitatnya. Penelitian ini dilakukan menggunakan teknologi penginderaan jarak jauh untuk memetakan sebaran dan kesesuaian habitat orangutan di Taman Nasional Betung Kerihun, Taman Nasional Danau Sentarum dan koridor yang menghubungkan kedua taman nasional ini, serta menggunakan teknologi biology molekuler untuk menganalisis DNA mitokondria dan DNA inti (terutama khromosom Y) yang dimiliki oleh orangutan. iv Pengambilan data dilakukan dengan memetakan temuan jejak/sarang orangutan di lokasi penelitian dengan menggunakan GPS, dan analisis spasial dilakukan dengan menggunakan software Arcgis 9.3, Erdas Imagine 9.1 dan Excel 2007. Pada sebaran spasial digunakan tujuh parameter yaitu pemukiman (desa dan dusun), sungai besar, sungai kecil, jalan, kemiringan lereng (slope), ketinggian (elevasi) dan NDVI (Normalization Difference Vegetation Index). Untuk analisis DNA didasarkan pada sampel orangutan secara non invasive berupa rambut dari sarang yang telah ditinggalkan oleh orangutan, selain itu dilengkapi pula sampel DNA dari pusat rehabilitasi (“pusat rehabilitasi Kobus” di Kabupaten Sintang dan International Animal Resque (IAR) di Kabupaten Ketapang) yang berada di Kalimantan Barat berupa darah dan rambut (invasive dan non invasive). Analisis berikutnya digunakan metode ekstraksi dan purifikasi DNA, PCR memakai marker DNA mitokondria Dloop dan DNA inti berupa gen sexing (gen SRY), dan sequencing dari sampel tersebut. Hasil akhir dari sequencing selanjutnya diolah dengan menggunakan software
Keyword: DNA mitokondria, Dloop, gen SRY, kesesuaian habitat, orangutan

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: