Judul: Analisis Sekuen Exon 2 Gen Penyandi Lisozim Putih Telur Ayam Kampung (Gallus gallus domesticus).
Abstrak: Lisozim putih telur (EWL) ayam kampung memiliki potensi untuk dikembangkan melalui teknologi rekombinan karena sifat fungsionalnya sebagai antibakteri dan pemberi rasa manis. Teknologi rekombinan ini dapat dilakukan dengan terlebih dahulu mengetahui gen penyandinya. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi sekuen gen penyandi lisozim ayam kampung pada ekson 2 serta menganalisis hasil sekuen parsial ekson 2 berupa pengurutan sekuen, penentuan exon-intron, homologi, phylogenetic tree, dan translasi asam amino berupa pembandingan asam amino serta analisis struktur protein. Penelitian ini berfokus pada ekson 2 karena keterbatasaan waktu yang dimiliki. DNA genom kampung digunakan sebagai template pada ekson 2 untuk proses amplifikasi dengan menggunakan primer yang dirancang berdasarkan urutan gen EWL pada GenBank. Gen LYZ ayam kampung IPB-D1 telah berhasil diidentifikasi dan menghasilkan 840bp, tetapi ada beberapa basa dalam sekuen yang tidak terbaca serta mengalami mutasi. Meskipun demikian, sebagian besar basa lainnya masih dirasa cukup untuk bisa memastikan bahwa gen tersebut adalah lisozim dengan homologi tertinggi dengan gen LYZ Gallus gallus clone-18 dan LYZ Gallus gallus clone-111 dengan kesamaan sebesar 84.31% berdasarkan BLAST-N. Hal ini dibuktikan pula dengan letak percabangan pada pohon filogeni. Sekuen exon 2 mencakup wilayah sisi aktif lisozim Glu35 dan Asp52 sebagai anti bakteri dan sisi aktif pemanis Arg73 sehingga wilayah ini berkaitan dengan aktifitas antibakteri dan rasa manis.
Keyword: asam amino, ayam kampung, ekson, lisozim, sekuen

Judul: Analisis Sekuen Exon 3-4 Gen Penyandi Lisozim Putih Telur Ayam Kampung (Gallus gallus domesticus).
Abstrak: Lisozim putih telur (EWL) ayam kampung memiliki sifat fungsional berupa antibakteri dan pemberi rasa manis yang sangat potensial untuk dikembangkan menggunakan teknologi rekombinan dengan terlebih dahulu melakukan isolasi gen penyandinya. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi sekuen gen penyandi lisozim ayam kampung dan menganalisis sekuens berupa pengurutan sekuen, penentuan ekson-intron, homologi, pohon filogeni dan translasi asam amino berupa pembandingan asam amino serta analisis struktur protein. Penelitian ini difokuskan pada ekson 3-4 gen EWL ayam kampung. DNA genom ayam kampung IPB-D1 digunakan sebagai cetakan pada ekson 3-4 untuk tahapan amplifikasi gen EWL. Primer untuk amplifikasi didesain berdasarkan urutan sekuen EWL dari Genebank, menghasilkan amplikon dengan ukuran 1071bp yang meliputi ekson 3-4 dan beberapa intron di sekitarnya. Meskipun hasil urutan sekuen terdapat beberapa titik yang tidak terbaca, analisis BLAST-N pada urutan yang dapat dibaca telah dikonfirmasi. Berdasarkan BLAST-N, fragmen yang sesuai dengan gen parsial EWL ayam kampung pada ekson 3-4 adalah gen lisozim Gallus gallus haplotype LA dan Gallus gallus haplotype LB, dengan kesamaan sebesar 91.38%. Variasi asam amino pada ekson 3-4 lisozim ayam kampung diyakini tidak berpengaruh pada sifat antibakteri, karena lokasi struktural yang relatif berbeda pada ekson 3-4 terhadap residu asam amino yang terlibat dalam sifat katalitik, selain itu salah satu asam amino yang bertanggung jawab terhadap rasa manis yang terdapat di wilayah ekson 3 juga tidak terjadi mutasi.
Keyword: asam amino, ayam kampung, ekson, lisozim, sekuen

Judul: Numerical modeling of the hydrodynamics of standing wave and scouring in front of impermeable breakwater with different steepnesses
Abstrak: The aim of this paper is to numerically study the effects of breakwater steepness on the hydrodynamics of standing wave and scouring process in front of impermeable breakwaters. A two-dimensional hydrodynamics model based on the Reynolds Averaged Navier–Stokes (RANS) equations and the Volume of Fluid (VOF) method was developed and then combined with an empirical sediment transport model. Comparisons with an analytical solution and experimental data showed the present model is very accurate in predicting the near bottom velocity and capable of simulating the scour/deposition patterns consistent with experimental data. It was found that the additional terms of bottom shear stress in the momentum equations are necessary to produce a physical scouring pattern. Different breakwater steepnesses produce different characteristics of standing wave, the steady streaming system, and scouring pattern in front of the breakwaters, which also affects the correlations between them. An additional analysis of the turbulence field parameters and the sediment transport rate was also performed. All these important information will be presented in details in this paper and can be worthwhile for designing the breakwater in coastal areas.
Keyword: The RANS–VOF model Standingwave Steadystreamingsystem Scouring pattern Breakwatersteepness