Judul: Komposisi dan Distribusi Spesies Invasif Berdasarkan Deteksi eDNA dari Filum Porifera dan Cnidaria di sepanjang Gradien Lingkungan Perairan Teluk Jakarta
Abstrak: Indonesia merupakan negara kepulauan yang memiliki jalur laut yang khas sehingga menjadi salah satu negara sibuk dengan berbagai aktivitas pelayaran, baik domestik maupun internasional. Akan tetapi, kegiatan aktivitas tersebut berpotensi sebagai sarana transfer spesies atau introduksi (bioinvasi) melalui biofouling atau pembuangan air balas. Akibat yang ditimbulkan dari keberadaan spesies invasif telah disejajarkan dengan kerusakan yang disebabkan oleh penangkapan ikan secara berlebih, kerusakan habitat, dan perubahan kualitas air. Berbagai penelitian menyatakan bahwa telah banyak spesies introduksi dapat menjadi spesies invasif dan sampai saat ini jumlahnya masih terus meningkat. Pencegahan penyebaran spesies invasif melalui deteksi awal sebagai salah satu strategi terbaik dalam menangani spesies invasif. Penggunaan metode DNA lingkungan (eDNA) dalam mendeteksi keberadaan spesies invasif saat ini menjadi salah satu pertimbangan sebagai metode pendekatan yang lengkap dalam kajian ekologi. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan keragaman dan kelimpahan spesies introduksi dari filum Cnidaria dan Porifera, serta identifikasi status spesies invasif dan potensi keberadaanya di perairan Teluk Jakarta dengan menggunakan teknik eDNA. Sebanyak 4 sampel eDNA diambil masing-masing sebanyak 4 L dari perairan Teluk Jakarta (Luar Taman Nasional) sebanyak 2 sampel dan perairan Kepulauan Seribu (Dalam Taman Nasional) sebanyak 2 sampel, pada bulan Mei 2019. Ekstraksi DNA dilakukan dengan menggunakan kit DNeasy Blood and Tissue dan di sequencing menggunakan alat Illumina dan reagen yang digunakan Miseq v2 Kit for 300 bp. Data yang diperoleh dari Illumina sequencing dianalisis menggunakan software MBRAVE online pipeline dengan output data berupa operational taxonomic unit (OTU) Cluster. Sekuen dicocokan dengan database di Barcode of Life Data Systems BOLD dan GeneBank NCBI (kemiripan >98%) untuk menentukan komposisi taksa, sedangkan World Register of Introduced Marine Species digunakan untuk menentukan status invasifnya. Keanekaragaman alpha digunakan untuk mengidentifikasi keanekaragaman spesies berupa nilai Chao1, abundance-based coverage estimator (ACE), indeks Shannon (H’), dan indeks Simpson (D). Sebanyak 14.275 reads yang didapatkan di kedua zona, yang terbagi atas 8917 reads di DTN dan 5358 di LTN. Estimasi keanekaragaman menghasilkan nilai yang lebih tinggi di LTN yaitu berkisar antara 190 (Chao1) hingga 199 (ACE) dibandingkan dengan DTN yang berkisar antara 159 (Chao1) sampai 165 spesies (ACE). Indeks Simpson di DTN sebesar 0,94, sedangkan LTN sebesar 0,83. Indeks shannon (H’) pada kedua zona berkisar antara 2,51 (LTN) sampai 3,52 (DTN). Komposisi ordo dari filum cnidaria terdiri dari 21 ordo meliputi 98 famili dan 145 genus, dan filum porifera terdiri dari 19 ordo meliputi 31 famili dan 35 genus. Spesies yang teridentifikasi sebagai spesies introduksi mendominasi disetiap filum dan zona, dengan persentase kelimpahan lebih dari 50%. Diperoleh 3 spesies yang merupakan spesies invasif, yaitu Blackfordia virginica, Cordylophora caspia, dan Ectopleura crocea., Indonesia is an archipelagic country that has a unique sea lane so that it becomes one of the busy countries with various shipping activities, both domestic and international. However, these activities have the potential as a means of species transfer or introduction (bio-invasion) through biofouling or ballast water disposal. The effects of the presence of invasive species have been paralleled by the damage caused by overfishing, habitat destruction, and changes in water quality. Previous studies have revealed that many introduced species can become invasive species and the number is still
Keyword: eDNA, spesies invasif, keanekaragaman hayati laut, eDNA, invasive species, Marine Biodiversity

Judul: Aquatic Biodiversity Based on Environmental DNA Application and Pollution Level of the Lower Ciliwung River, DKI Jakarta
Abstrak: Keanekaragaman hayati Sungai Ciliwung dari tahun 1910-an mengalami penurunan sebesar 47,1% pada tahun 1930, kemudian menurun kembali mencapai 92,5% pada tahun 2010. Hal tersebut disebabkan oleh berbagai fenomena alam dan kegiatan antropogenik, seperti perubahan iklim, degradasi habitat, pencemaran, eksploitasi berlebihan, serta masuknya spesies asing invasif ke Sungai Ciliwung. Perkembangan teknologi mendorong munculnya pembaruan guna memudahkan kajian penelitian. DNA lingkungan atau yang disebut dengan environmental DNA (eDNA) merupakan metode terbaru yang bisa diaplikasikan. eDNA bersumber dari materi genetik yang terdegradasi di lingkungan. Penelitian ini bertujuan menganalisis komposisi dan kelimpahan makhluk hidup akuatik berdasarkan aplikasi eDNA serta menentukan status ekologis Sungai Ciliwung. Pengambilan sampel eDNA dikumpulkan pada bulan Juli 2022 dari 3 titik pengamatan, sedangkan pengamatan kualitas air Sungai Ciliwung segmen DKI Jakarta dilakukan pada bulan Maret, Mei, Agustus, dan September 2022 di 8 titik pengamatan. Data primer dikumpulkan melalui pengambilan sampel air secara langsung di lapangan hingga identifikasi molekuler sampel di laboratorium. Sampel untuk analisis molekuler diambil dari tiga stasiun dengan masing-masing tiga kali ulangan, sehingga terdapat total sembilan sampel air. Data sekunder yang digunakan bersumber dari Laporan Pemantauan Kualitas Lingkungan Air Sungai Provinsi DKI Jakarta Tahun 2022 dan data curah hujan dari Stasiun Meteorologi Kemayoran, Jakarta Pusat, tahun 2022. Sampel air sungai untuk analisis eDNA diambil pada kolom air teratas. Sampel air divakum menggunakan pompa peristaltik dan disaring dengan kertas saring berdiameter pori 0,45 µm. Kertas saring ditempatkan dalam cryotube berukuran 2 mL yang telah diisi dengan ± 1 mL cairan DNA/RNA Shield. DNA yang tertahan pada setiap kertas saring diekstraksi menggunakan kit ekstraksi DNA gSYNC (Geneaid Biotech Ltd, Taiwan) sesuai protokol pabrik. Amplifikasi DNA dilakukan menggunakan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan primer forward mlCOIintF dan primer reverse jgHCO2198. Semua produk PCR yang berkualitas baik berdasarkan tahap elektroforesis melanjutkan PCR kedua untuk pengindeksan. Analisis data yang dilakukan meliputi analisis bioinformatik, komposisi, kelimpahan relatif, perbandingan kehadiran, kontribusi, spesies penciri stasiun, indeks keanekaragaman, indeks dominansi, dan tingkat pencemaran Sungai Ciliwung segmen DKI Jakarta. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dari sampel yang diamati terbaca sebanyak 5.889 Operational Taxonomic Unit (OTU) yang terdiri dari 5.635 OTU tidak teridentifikasi dan 254 OTU teridentifikasi hingga tingkat spesies. OTU yang teridentifikasi mencakup 25.732 reads sequence, dengan 19.126 reads merupakan makhluk hidup akuatik (fitoplankton, zooplankton, bentos, serta nekton). Urutan pembacaan DNA (reads sequence) terdiri atas 10.180 reads fitoplankton, 7.315 reads zooplankton, 1.499 reads bentos, dan 132 reads nekton. Hasil penelitian ini menegaskan bahwa pengayaan basis data genetika perlu dilakukan guna mengurangi banyaknya biota yang tidak teridentifikasi. Selain itu, metode konvensional juga masih dibutuhkan untuk melengkapi hasil analisis eDNA. Komposisi fitoplankton yang teridentifikasi terdiri atas 6 filum, 9 kelas, 13 ordo, 15 famili, 16 genus, dan 22 spesies. Komposisi zooplankton terdiri atas 3 filum, 4 kelas, 7 ordo, 10 famili, 12 genus, dan 15 spesies. Komposisi bentos terdiri atas 10 filum, 13 kelas, 21 ordo, 25 famili, 27 genus, dan 27 spesies. Komposisi nekton terdiri atas 1 filum, 1 kelas, 8 ordo, 10 famili, 10 genus, dan 13 spesies. Proporsi taksa pada tingkat famili yang paling banyak ditemukan dari kelompok fitoplankton, zooplankton, bentos, dan nekton berturut-turut yaitu Thalassiosiraceae (kelas Mediophyceae), Paracalanidae
Keyword: eDNA, keanekaragaman, kolom air, pencemaran, sungai, biodiversity, eDNA, pollution, river, water column

Judul: Study on solar-assisted dryer with rotating rack for cocoa beans
Abstrak: This study discusses the engineering aspect of solar-assisted dryaing for cocoa beans using GHE type dryer with rotating rack. This dryer has a capacity of 60.5 kg/m3. Solar irradiation and charsoal combustion were esed as the thermal energy source. The main objective of this study was to develop an algorithm in designing of the scaled up solar- assisted drying for cocoa beans.
Keyword: