Judul: Skrining Gen Target untuk Pengembangan Metode Deteksi Cronobacter spp. dalam Susu Formula Menggunakan PCR Real Time
Abstrak: Bakteri patogen oportunistik Cronobacter spp. diketahui menyebabkan penyakit seperti necrotizing enterocolitis (NEC) dan meningitis pada kelompok bayi tertentu. Cronobacter spp. telah diisolasi dari berbagai macam makanan kering asal Indonesia. Cronobacter spp. yang terdapat pada makanan kering diduga berada dalam kondisi stres bahkan VBNC. Bakteri pada kondisi tersebut tidak dapat terdeteksi dengan metode plate count. Teknik PCR real time atau quantitative PCR (qPCR) dapat menjadi alternatif untuk bakteri tersebut. Cronobacter spp. dapat bertahan dalam makanan kering karena memiliki gen yang berperan dalam merespon kondisi stres yaitu gen rpoS dan grxB. Gen lain dari gen virulen yang mengalami upregulation saat kondisi stres yaitu gen hfq dan ompA. Sepuluh isolat lokal C. sakazakii diketahui memiliki gen rpoS, grxB, hfq, dan ompA. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan gen target untuk deteksi Cronobacter spp., merancang primer gen target terpilih untuk deteksi Cronobacter spp., dan aplikasi primer terpilih untuk deteksi cepat bakteri Cronobacter spp. pada susu formula menggunakan PCR real time. Gen target dipilih berdasarkan analisis sekuen, primer spesifik dirancang melalui pendekatan in silico, inklusivitas uji PCR real time dilakukan untuk deteksi Cronobacter spp., dan sensitifitas uji PCR real time dinyatakan dengan kurva standar. Berdasarkan hasil analisis sekuen didapatkan hasil bahwa gen grxB ditentukan sebagai gen target untuk deteksi Cronobacter spp. menggunakan PCR real time. Primer gen target dirancang berdasarkan wilayah konservasi C. sakazakii yang tidak dapat mengamplifikasi non Cronobacter spp. Primer yang dipilih adalah GBCF yaitu urutan sekuen gen grxB isolat lokal C. sakazakii pada posisi 62-81 dan GBCR pada posisi 141-160. Primer tersebut mampu mendeteksi 24 Cronobacter spp., serta dapat diaplikasikan untuk deteksi cepat Cronobacter spp. pada susu formula dengan konsentrasi DNA terendah 1 x 10-4 (ng/μL) atau setara dengan jumlah bakteri sebanyak 1.01 x 101 sel. Temuan ini dapat berkontribusi untuk pengembangan deteksi cepat Cronobacter spp. menggunakan PCR real time.
Keyword: Cronobacter spp, metode deteksi, grxB, desain primer, PCR real time

Judul: Deteksi Kualitatif Cronobacter spp. Menggunakan PCR Simpleks.
Abstrak: Cronobacter spp adalah patogen bawaan pangan oportunistik yang telah dikaitkan dengan kasus meningitis, necrotizing enterocolitis dan bacteremia pada bayi kelompok tertentu melalui susu formula yang tercemar. Keberadaan Cronobacter spp dalam pangan umumnya dideteksi secara kultur konvensional dan uji biokimia. Deteksi tersebut memerlukan waktu lama dan media khusus yang relatif mahal, oleh karena itu, metode deteksi yang lebih cepat banyak dikembangkan. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) simpleks untuk mendeteksi Cronobacter spp. dengan target gen yang diharapkan cukup spesifik yaitu hfq, ompA dan grxB. DNA C. sakazakii diisolasi dengan metode Chelex 100, diamplifikasi dengan satu dari tiga primer untuk target gen hfq, ompA dan grxB yang berturut-turut menghasilkan amplikon dengan ukuran 309 bp, 1099 bp dan 378 bp. Spesifisitas yang baik dihasilkan oleh primer HFQ yang mengamplifikasi gen hfq dan primer CGB untuk target gen grxB. Primer HFQ dan CGB hanya mengamplifikasi DNA dari Cronobacter sakazakii dan tidak mengamplifikasi non-Cronobacter. Optimasi kondisi running PCR dilakukan dengan memvariasikan suhu annealing pada 50 °C dan 52 °C untuk HFQ; 52 °C, 55 °C dan 57 °C untuk CGB dan konsentrasi primer 0.5 μM, 0.3 μM dan 0.1 μM. Kondisi yang dipilih yaitu suhu annealing 52 °C dan konsentrasi primer 0.1 μM. Metode deteksi PCR simpleks dilakukan dengan kondisi denaturasi pada suhu 95 °C selama satu menit, annealing pada suhu 52 °C selama satu menit dan ekstensi pada suhu 72 °C selama satu menit. Limit deteksi PCR menggunakan primer HFQ dan CGB adalah DNA dengan konsentrasi 0.1 ng/μL.
Keyword: Cronobacter spp., grxB, hfq, PCR, simpleks

Judul: Kekuatan Tiga Tipe Sambungan Kayu Merbau pada Lunas Luar Kapal Ikan
Abstrak: Kapal kayu terdiri dari bagian-bagian yang merupakan satu kesatuan utuh. Bagian-bagian tersebut tidak dapat dipisahkan karena antara satu bagian dengan bagian yang lainnya saling menunjang. Diantara bagian-bagian tersebut, terdapat safu bagian yang merupakan dasar penunjang dari bagian-bagian yang lain pada kapal~ yaitu lunas. Lunas merupakan bagian dilsar pada kap~ awal dari pembangunan sebuah kapal yang juga berperan sebagai tulang punggung kapal. Lunas merupakan tempat menempelnya kerangka lambung atau gading-gading. Lunas juga berfungsi sebagai penyangga badan kapal dan mnatan yang berada di dalam kapal~ Beban yang disangga oleh lunas tergantung dilri besar kapal dan berat muatan yang dibawa oleli kapaL OIeh karena itu, material lunas harus terbnat dari kayu yang kuat, agar pada saat muatan kapal penuh, lUnas mampu menyangga beban dan kapaI tidak mengalami kerusakan. Menurut BKI (1989) kayu material lunas harus termasuk dalam kelompok kayu kelas kuat satu atan di.Ja. Lunas dipasang secara horizontaI searah panjang kap~ oleh karena itu, seIain kuat, lunas juga hams terbuat dari kayu yang panjang. Saat ini terdapat kesulitan untuk mencari kayu yang panjang karena semakin berkurangnya pohon-pohon tinggi di liutan. Siilitnya mencari kayu yang panjang menyebabkan funas kapal tidak seIalu terdiri dari satu batang kayu utuli yang panjang, tetapi juga terdiri diIri dua batang kayu sejenis yang disambung dengan sambungan. Sambungan yang digunakan pada lUnas kapaI harusIah sambungan yang kuat, agar lunas tetap mampu menyangga beban kapal dan muatan kapal.
Keyword: