Judul: Cytochrome oxidase subunit 1 (COI) gene variations in mitochondrial DNA of Apis koschevnikovi in South Kalimantan
Abstrak: Deforestasi di hutan Kalimantan yang berupa pembalakan dan konversi hutan menjadi perkebunan kelapa sawit menghancurkan habitat organisme dan ekosistem. Kondisi ini merupakan ancaman yang serius terhadap spesies asli yang berasal dari Kalimantan, termasuk Apis koschevnikovi (Hymenoptera; Apidae). Penelitian-penelitian sebelumnya menunjukkan kecendrungan populasi A. koschevnikovi yang terus menurun. Memelihara integritas ekologi A. koschevnikovi sangat diperlukan, termasuk database molekulernya. Sitokrom Oksidase subunit I (COI) di DNA mitokondria (DNAmt) dapat membantu dengan menyediakan penanda molekuler dengan teknologi berbasis DNA barcoding. Saat ini, telah ditemukan sebanyak 15 jenis haplotipe gen COI dari A. koschevnikovi yang telah dipublikasikan di Genbank. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui variasi genetik dari A. koschevnikovi Kalimantan Selatan berdasarkan gen COI dengan menggunakan metode sekuensing DNA. Contoh yang digunakan dalam penelitian ini berasal dari 5 kabupaten di Kalimantan Selatan; Hulu Sungai Selatan (HSS), Hulu Sungai Tengah (HST), Kotabaru (KB), Tanah Bumbu (TB), and Balangan (BL). Pengurutan nukleotida dari contoh yang digunakan menghasilkan panjang nukleotida sebanyak 738 bp, dan sebanyak 5 haplotipe dari nukleotida telah ditemukan. Haplotipe umum ditemukan dari contoh yang berasal dari Kabupaten HST dan TB. Hasil pengurutan dari contoh ini tidak menunjukkan kesamaan dengan 15 haplotipe dari Genebank, sehingga 5 haplotipe yang ditemukan dalam penelitian ini dapat disimpulkan sebagai haplotipe baru
Keyword: 

Judul: Variasi Gen Cytochrome C Oxidase 1 (COX1), Cytochrome C Oxidase 2 (COX2) dan Intergenic Spacer (IGS COX1/COX2) DNA Mitokondria Apis cerana asal Jawa dan Sumatra
Abstrak: Apis cerana (Hymenoptera: Apidae) merupakan spesies lebah madu yang distribusinya luas di Asia dan memiliki diversitas yang tinggi. DNA mitokondria (mtDNA) dapat digunakan untuk menganalisis variasi pada A. cerana karena memiliki laju mutasi yang tinggi. Penelitian mengenai variasi genetik A. cerana di Indonesia yang telah dilakukan adalah pada intergenic spacer (IGS) gen cytochrome c oxidase subunit 1 (COX1)/ cytochrome c oxidase subunit 2 (COX2), COX1 dan COX2. Dengan demikian, tujuan dari penelitian ini adalah menganalisis variasi genetik A. cerana asal Jawa dan Sumatra menggunakan gen COX1, gen COX2, dan IGS COX1/COX2. Ekstraksi, amplifikasi, dan DNA sequencing A. cerana dilakukan untuk 5 koloni lebah Sumatra (Jambi, Belitung) dan Jawa (Banten, Bogor, Sukabumi) yang dilanjutkan dengan analisis bioinformatik dan filogenetik. Hasil penelitian menunjukkan ketiga gen memiliki rata-rata nukleotida Adenin dan Timin sebesar 82%. Tiga haplotipe baru asal Indonesia ditemukan pada penelitian ini masing-masing berdasarkan COX1, IGS COX1/COX2 dan COX2. Gen COX1 dan COX2 mampu menunjukkan variasi nukleotida yang membedakan COX1 berdasarkan lokasi lebah. Variasi nukleotida ini didukung dengan analisis filogeni yang menunjukkan gen COX1 dan gen COX2 dapat memperlihatkan pola distribusi lokasi A. cerana di pulau yang berbeda, sedangkan IGS COX1/ COX2 tidak dapat menunjukkan pengelompokkan berdasarkan lokasi.
Keyword: Apis cerana, DNA mitokondria, filogeni, haplotipe, variasi genetik

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: