Judul: Identification and Sequencing of Salmonella spp. Isolate from Chicken Carcass with Invasion Gene Marker
Abstrak: Daging ayam merupakan sumber protein hewani yang paling banyak dikonsumsi di Indonesia. Salah satu cemaran patogen yang sering ditemukan pada karkas ayam adalah Salmonella spp. Jenis Salmonella berpengaruh pada kemampuan adaptasi, jenis inang, penyakit yang ditimbulkan pada inang, serta ketahanan terhadap antibiotik. Identifikasi jenis Salmonella yang terdapat pada isolat uji dari karkas ayam ras dan ayam kampung dapat dilakukan dengan sekuensing DNA dari isolat uji tersebut. InvA merupakan gen yang umum digunakan untuk mengidentifikasi Salmonella. Ketersediaan primer dengan target gen invA dengan amplikon panjang dan spesifikasi yang sesuai dengan ketentuan desain primer sulit ditemukan. Penelitian bertujuan mendesain primer untuk gen invA pada Salmonella spp., mengidentifikasi serovar isolat Salmonella spp. asal karkas ayam ras dan ayam kampung berdasarkan gen invA, mengidentifikasi kekerabatan genetik isolat Salmonella spp. tersebut dengan pohon filogenetik, dan mengevaluasi conserved region gen invA Salmonella. Sampel yang digunakan adalah masing-masing enam karkas ayam ras dan karkas ayam kampung. Karkas ayam tersebut didapatkan dari pedagang ayam yang sama (dari satu pedagang ayam, diambil satu karkas ayam ras dan satu karkas ayam kampung). Sebanyak 1-5 isolat diambil dari setiap karkas ayam hingga didapat masing-masing 25 isolat Salmonella spp. dari setiap jenis ayam. DNA isolat uji Salmonella spp. diekstraksi, diamplifikasi menggunakan PCR dengan primer yang dirancang dalam penelitian ini (ukuran amplikon 1486 bp), dan disekuensing. Hasil sekuensing diedit, diidentifikasi, disejajarkan, dianalisis conserved region pada DNA dan asam aminonya, serta dibuat pohon filogenetiknya. Salmonella Weltevreden paling banyak terdapat pada isolat uji dari karkas ayam kampung (13 dari 25 isolat uji), sedangkan Salmonella Typhimurium paling banyak terdapat pada isolat uji dari karkas ayam ras (5 dari 25 isolat uji). Salmonella Weltevreden, Typhimurium, Newport, Schwarzegrund, Kentucky, dan Chester ditemukan pada kedua jenis karkas ayam tersebut. Salmonella Enteritidis, Hadar, dan Albany hanya ditemukan pada karkas ayam ras. Perbedaan basa nukleotida terdapat pada gen invA dengan nomor akses OL581595 (berasal dari isolat uji Salmonella pada karkas ayam ras) dan OL581596 (berasal dari isolat uji Salmonella pada karkas ayam kampung) jika dibandingkan dengan gen invA pada Salmonella Newport lainnya. Mutasi ini tidak menyebabkan perubahan pada asam amino yang terbentuk (synonymous mutation). Hasil pohon filogenetik menunjukkan tidak ada perbedaan jenis antara Salmonella yang terdapat pada karkas ayam kampung dengan Salmonella yang terdapat pada karkas ayam ras. Pada penelitian ini dirancang primer baru yang dapat mendeteksi invA dengan amplikon yang panjang, spesifikasi yang sesuai dengan ketentuan desain primer, dan spesifik. Penelitian ini merupakan penelitian pertama yang melaporkan perbandingan serovar dan gen Salmonella dari ayam ras dan ayam kampung. Hasil identifikasi Salmonella dapat digunakan untuk mengetahui langkah pencegahan dan penanganan Salmonella pada karkas ayam., Chicken meat is the most widely consumed source of animal protein in Indonesia. One of the most common pathogenic contaminants in chicken carcasses is Salmonella spp. The type of Salmonella affects the adaptability, type of host, the disease caused to the host, and its resistance to antibiotics. Identifying the type of Salmonella found carcasses of broilers and kampung chickens can be done by sequencing DNA from the test isolates. InvA is a gene commonly used to identify Salmonella. Availability of primers targeting the invA gene with long amplicons and
Keyword: broiler chicken, kampung chicken, invA, Salmonella spp.

Judul: Whole Genome Sequencing of Antibiotic-resistant Salmonella Isolates from Kampung Chicken and Broiler Carcasses
Abstrak: Daging ayam yang merupakan komoditi dengan tingkat konsumsi tertinggi di Indonesia namun mengandung potensi bahaya kontaminasi Salmonella penyebab Salmonelosis yang berkaitan erat dengan higienitas penanganan dan pengolahan karkas ayam. Konsumsi daging ayam di Indonesia cenderung terus meningkat akan tetapi beberapa tahun terakhir kecenderungan resistansi terhadap beberapa jenis antibiotik (multiresistan) pada Salmonella spp. yang diisolasi dari bahan pangan semakin meningkat. Hal ini diduga akibat penggunaan antibiotik yang tidak tepat dan berulang sehingga berdampak pada pengobatan infeksi yang semakin sulit. Saat ini, data yang berkaitan dengan tingkat resistansi antibiotik di Indonesia masih minim, terutama data terhadap isolat lokal. Keberadaan informasi mengenai tingkat resistansi antibiotik ini dapat menjadi dasar penting dalam penentuan kebijakan. Penelitian bertujuan mengidentifikasi profil resistansi antibiotik isolat Salmonella spp. asal karkas ayam kampung dan asal karkas ayam broiler secara fenotipik, menganalisis sekuensing genom total isolat Salmonella spp. asal karkas ayam yang memiliki karakteristik resistansi tertentu dan mengidentifikasi hasil sekuensing genom total isolat Salmonella spp. terhadap profil genotipe penyandi resistansi antimikroba, faktor virulensi, gen plasmid terkait serta identifikasi Salmonella pathogenicity island. Penelitian dilakukan dengan menguji sifat resistansi antibiotik 25 isolat Salmonella spp. menggunakan metode KirbyBauer Disc Diffusion Test terhadap 8 jenis antibiotik. Sebanyak 3 isolat dengan karakter paling multiresistan kemudian diisolasi DNAnya dan disekuensing genom total menggunakan GridION (Teknologi Oxford Nanopore). Assembly genom total isolat hingga analisis genom total dilakukan pada platform Galaxy. Sebanyak 52% isolat Salmonella spp. asal karkas ayam (2/8 asal ayam kampung dan 11/17 asal karkas ayam broiler) memiliki sifat resistansi terhadap minimal 1 jenis antibiotik uji. Isolat BCID6.4 asal karkas ayam broiler memiliki sifat resistansi terhadap antibiotik uji tertinggi dibandingkan semua isolat uji dengan pola resistansi TE-OT-AMP-NA-CIP-E. Sekuensing genom total dilakukan pada isolat BCID6.2, BCID6.4 dan KCID6.5 menghasilkan genom lengkap dengan ukuran sekitar 4,80Mbp. Sebanyak 33 gen penyandi resistansi antibiotik, 104 faktor virulensi dan 8 jenis Salmonella Pathogenicity Island ditemukan pada genom total ketiga isolat uji. Plasmid kecil ditemukan pada sekuen genom isolat BCID6.4 tetapi tidak ditemukan gen penyandi resistansi antimikroba dan faktor virulensi. Hasil serotyping secara in silico menunjukkan ketiga isolat merupakan Salmonella enterica serovar Kentucky., Chicken meat is a commodity with the highest consumption level in Indonesia but contains a potential danger of Salmonella contamination which causes salmonellosis that might be closely related to the hygiene of handling and processing of the chicken carcasses. Consumption of chicken meat in Indonesia tends to increase every year, but in recent years there has been an increase in resistant Salmonella spp. isolated from food that also tends to be resistant to several types of antibiotics (multi-resistant). This is thought to be due to the inappropriate and repeated use of antibiotics thus could increase the difficulty of the infection treatment. Currently, data relating to the level of antibiotic resistance in Indonesia's predominantly local-based data is minimal. Whereas, information on the level of antibiotic resistance could be an important basis in determining related policy. The study aimed to determine the antibiotic resistance profiles of Salmonella spp. isolates from Kampung chicken carcasses and broiler carcasses phenotypically, analyze the total genome sequencing of Salmonella spp. isolates. from chicken carcasses that have certain resistance characteristics
Keyword: antibiotik resistansi, basis data, isolat lokal, Salmonella, sekuensing nanopore

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: