Judul: Polimorfisme Genetik serta Diferensiasi Sapi Madura Karapan dan Sapi Madura Pedaging Menggunakan DNA Mitokondria D-loop
Abstrak: Sapi Madura merupakan salah satu sapi potong asli Indonesia yang berkembang baik di agroekosistem kering. Sapi Madura merupakan persilangan antara banteng (Bos javanicus) dan sapi zebu (Bos indicus). Sapi madura dimanfaatkan oleh masyarakat Madura sebagai sapi pedaging, sapi karapan (sapi balapan), dan sapi sonok (sapi kontes kecantikan). Adanya seleksi ini diduga dapat membuat karakter morfologi dan genotipe antara sapi karapan dan sonok menjadi berbeda dari sapi madura pedaging. Penggunaan mitokondria DNA D-loop sudah banyak dilakukan untuk mempelajari kekerabatan sapi Madura dengan B. indicus dan B. javanicus, tetapi belum spesifik membedakan antara sapi karapan dan sapi pedaging. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisa perbedaan karakter morfologi dan polimorfisme genetik serta mempelajari diferensiasi sapi Madura karapan dan sapi Madura pedaging menggunakan DNA mitokondria D-loop. Sampel darah sapi Madura diamplifikasi dengan primer AF22 (forward) 5'GCGTACGCAATCTTACGATCA3' dan AF23 (reverse) 5'ATGCAGTTAAGTCCAGCTAC3'. Hasil sekuens dianalisis dan dibuat rekonstruksi pohon filogeni berdasarkan ruas mtDNA D-loop menggunakan metode Neighbour Joining (NJ) dengan boostrap 1000 kali. Sapi Madura pedaging memiliki ruas berulang (tandem repeat) dengan runutan GTACATAATATTAAT dan GTAATAA. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik berdasarkan ruas D-loop menunjukkan bahwa sapi Madura terbagi menjadi dua kelompok yaitu kelompok B. indicus dan kelompok B. javanicus CERZA. Sampel sapi karapan mengelompok dengan B. indicus sedangkan sampel sapi pedaging mengelompok dengan B. javanicus.
Keyword: Bos indicus, Bos javanicus, DNA Mitokondria D-loop, Karapan, Ruas Berulan

Judul: Differensiasi Tipe Sapi Madura berdasarkan Karakter Morfologi dan Variasi Nukleotida pada Gen DRD1
Abstrak: Sapi madura berdasarkan kebudayaan masyarakat Madura dibedakan menjadi tiga tipe, yaitu sapi karapan (sapi turnamen balap), sapi sonok (kontes kecantikan), dan sapi pedaging. Ketiga tipe sapi tersebut belum bisa dibedakan secara langsung berdasarkan karakter morfologinya. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan kedua tipe sapi tersebut berdasarkan kecenderungan karakter morfologi dan menganalisis variasi nukleotida gen Dopamine receptor D1 (DRD1) pada sapi karapan, sapi sonok, dan sapi pedaging. Perubahan pada urutan nukleotida dari coding sequence (CDS) dapat menyebabkan gangguan dalam mengatur ekspresi gen DRD1 yang mempengaruhi agresivitas atau kejinakan. Wawancara dan studi literatur digunakan untuk menentukan karakteristik yang akan diamati. Delapan belas karakter diamati pada 154 ekor sapi karapan dan 136 ekor sapi pedaging. Data karakter morfologi diubah ke dalam data biner yang digunakan sebagai input dalam principal component analysis (PCA) menggunakan R 3.3.3. Hasil analisis menunjukkan bahwa seluruh sampel yang diamati mengelompok menjadi dua kelompok. Pengelompokan ini dipengaruhi oleh nilai varian dari dua komponen utama, yaitu karakter intensitas rambut di daun telinga dan warna rambut yang dominan. Sepuluh sampel darah sapi karapan, tiga sampel saliva sapi sonok, dan sepuluh sampel darah sapi pedaging digunakan dalam analisis variasi nukleotida pada ruas CDS gen DRD1. Sampel dengan tipe sapi yang sama digabungkan (pooled) dan disekuensing secara bersamaan. Hasil analisis menunjukkan bahwa sapi karapan memiliki variasi nukleotida pada G357A, T832C, T867C, dan A931C, sapi sonok memiliki variasi nukleotida pada C865T dan C867T, serta sapi pedaging pada A67C. Hal ini menunjukkan bahwa variasi nukleotida pada CDS gen DRD1 dapat dijadikan pembeda antara ketiga tipe sapi madura.
Keyword: CDS, gen DRD1, karakter morfologi, karapan, sapi madura

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: