Judul: Analisis Kestabilan Genetik Ramet Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.) Hasil Embriogenesis Somatik Menggunakan SSR
Abstrak: Perbanyakan klonal kelapa sawit secara in vitro dikembangkan dengan metode embriogenesis tidak langsung melalui pembentukan kalus dan proliferasi embrioid. Proliferasi embrioid diinduksi melalui subkultur berulang. Proses ini berpotensi menimbulkan terjadinya variasi somaklonal pada ramet-ramet yang dihasilkan yang menyebabkan ramet tidak identik secara genetik, sehingga fenotipe beragam dan berpengaruh terhadap produktivitas. Oleh sebab itu, perlu adanya jaminan bahwa ramet-ramet yang dihasilkan identik dengan ortetnya. Variasi somaklonal dapat dideteksi lebih awal melalui analisis kemiripan genetik menggunakan marka Simple Sequence Repeat (SSR). Sampel DNA dari delapan ortet dengan 60 ramet per ortet diekstraksi menggunakan metode Kit Nucleospin Plant IITM. Enam puluh ramet dipilih secara acak untuk mewakili setiap ortet, yang terdiri dari 20 ramet dari setiap periode subkultur embrioid yang dianalisis (subkultur ke-8, ke-11 dan ke-14). Amplifikasi DNA dilakukan menggunakan 16 pasang primer SSR melalui 35 siklus reaksi PCR (Polymerase Chain Reaction). Hasil amplifikasi diseparasi menggunakan QIAxcel system. Pita-pita DNA hasil separasi kemudian diubah menjadi data kodominan maupun data biner sesuai format perangkat lunak yang digunakan (PowerMarker dan NTSys), untuk menganalisis polimorfisme setiap perimer dan kemiripan genetik ramet-ramet dengan ortetnya. Proliferasi embrioid berhasil diinduksi melalui subkultur berulang sebanyak 18 kali, pada media yang sesuai dengan protokol produksi. Frekuensi proliferasi embrioid selama 18 kali subkultur mengikuti kurva perumbuhan sigmoid yang terdiri dari lima fase, yaitu fase lag (subkultur 1-2), fase exponential (subkultur 2-5), fase linear (subkultur 5-8), fase deceleration (subkultur 8-11) dan fase stationary (subkultur 12- 18). Frekuensi proliferasi embrioid tertinggi diperoleh pada akhir fase deceleration atau awal fase stationary (subkultur ke-11). Analisis polimorfisme menunjukkan sembilan dari 16 primer SSR bersifat polimorfik dan informatif, yaitu mEgCIR0059, mEgCIR3869, mEgCIR2387, mEgCIR2414, mEgCIR3639, mEgCIR0192, mEgCIR2569, mEgCIR3683 dan mEgCIR2224. Primer mEgCIR2569 mempunyai nilai PIC tertinggi (0.8), sehingga lokus SSR dari primer ini dapat dijadikan kandidat marka terbaik dalam mendeteksi variasi genetik pada populasi ramet yang diuji. Penelitian ini menunjukkan bahwa kestabilan genetik ramet dipengaruhi oleh genotipe ortet. Analisis kemiripan genetik menunjukkan bahwa ortet 399 dan 412 menghasilkan sebanyak 100 % ramet yang bersifat identik dengan ortetnya hingga subkultur ke-14. Ortet 398 dan 367 menghasilkan sebanyak 90-100 % ramet yang bersifat identik dengan ortetnya dari setiap periode subkultur. Seluruh ramet dari ortet 398 dan 367 yang tidak bersifat identik mempunyai kemiripan genetik 71-78 % dengan ortetnya masing-masing. Ortet 340 menghasilkan ramet yang bersifat identik dengan ortetnya sebanyak 95 % ramet dari subkultur ke-8 dan ke-14, dan 0 (nol) % dari subkultur ke-11. Seluruh ramet dari ortet 340 yang tidak bersifat identik mempunyai kemiripan genetik 91 % dengan ortetnya. Ortet 356, 369 dan 395 ii menghasilkan sebanyak 15-100 % ramet yang bersifat identik dengan ortetnya dari setiap periode subkultur. Seluruh ramet dari ortet 356, 369 dan 395 yang tidak bersifat identik mempunyai kemiripan genetik 69-97 % dengan ortetnya masingmasing. Frekuensi subkultur embrioid memiliki pengaruh yang besar terhadap frekuensi variasi somaklonal pada ramet-ramet dari ortet 356, 369 dan 395, dengan nilai korelasi sebesar 0.69 (p-value: 0.039). Semakin banyak frekuensi subkultur maka semakin bertambah frekuensi variasi somaklonal pada ramet-rametnya yang dihasilkan. Frekuensi variasi somaklonal yang meningkat diduga berhubungan dengan meningkatnya tingkat proliferasi embrioid, yaitu mulai dari fase exponential sampai fase deceleration (subkultur 2-11). Semakin
Keyword: kestabilan genetik, proliferasi embrioid, subkultur embrioid, variasi somaklonal

Judul: Analisis Kestabilan Genetik Ortet Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.) dan Klon-klon Turunannya Menggunakan Penanda Mikrosatelit
Abstrak: Propagation of oil palm by tissue culture techniques was capable of producing uniform clones. However, clones indicated the existence of genetic variability. The aims of this study were to determine the genetic similarity between ortets, ortet and clones, and to analyze correlation between period to get embryoid and allele stability of clones. This studies were used 90 samples consisting of 9 ortets, 27 plantlets from embryoid I (E1), 27 plantlets from embryoid II (E2), and 27 plantlets from embryoid III (E3). Leave from samples were collected and used for DNA isolation, amplification using 14 microsatellite markers, visualized using QIAxcel system, and transformed the allele data into binary data. Data analysis was performed using Distance Method (DM) in Phylogenetic Analysis Using Parsimony (PAUP) ver. 4b.10. The result showed that the genetic stability of ortets as explants in the propagation of oil palm using tissue culture techniques were different based on 14 microsatellite markers. Ortet 10, 16, 36, 51, and 120 have a high degree of genetic stability, and ortet 228 have clones with variation of allele changes. Correlation between period to get embryoid and allele stability of clones showed a very low value (0,11), so allele stability of clones wasn’t affected by period to get embryoid but was influenced by genotype of ortet.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: