Judul: Pola penyebaran zooplankton serta hubungannya dengan parameter fisika dan kimia perairan teluk Jakarta
Abstrak: Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Oktober sampai Desember 1996 di Perairan Teluk Jakarta bersamaan dengan pelaksanaan Studi Potensi Kawasan Perairan Teluk Jakarta kerjasama Kantor Pengkajian Perkotaan dan Lingkungan Daerah Khusus Ibukota Jakarta dengan Pusat Penelitian Lingkungan Hidup Lembaga Penelitian Institut Pertanian Bogor. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pola penyebaran dan struktur komunitas zooplankton serta hubungannya dengan kondisi beberapa parameter fisika dan kirnia Perairan Teluk Jakarta sebagai indikator kondisi perairan. Data yang diolah dan dianalisa adalah data primer yang diperoleh dari hasil pengamatan langsung pada 13 stasiun pengamatan. Struktur kornunitas zooplankton dianalisa dengan cara menghitung kelimpahan, keragarnan (Indeks Keragarnan Shannon­ Wiener), keseragaman, dan dominansi jenis. Sebaran mendatar zooplankton dan parameter fisika dan kirnia dianalisa dengan berdasarkan pada bentuk topografi sebaran kelimpahan zooplankton dan masing-masing parameter. Pola sebaran masing­ masingjenis zooplankton dianalisa dengan menghitung nilai Indeks Dispersi Morisita Adapun pengelompokan habitat berdasarkan parameter fisika-kirnia ditentukan dengan menggunakan Indeks Canberra, sedangkan berdasarkan parameter biologi (zooplankton) ditentukan dengan menggunakan Indeks Bray-Curtis. Hubungan antara parameter fisika dan kirnia perairan dengan keberadaan zooplankton dianalisa dengan menggunakan regresi linear berganda antara nilai rnasing-masing parameter dengan kelimpahan zooplankton.
Keyword: 

Judul: Kajian Terhadap Struktur Komunitas dan Sebaran Fitoplankton di Perairan Teluk Jakarta
Abstrak: Teluk Jakarta terletak dibagian utara Kota Jakarta dan merupakan daerah yang sangat penting karena berbagai fungsinya antara lain : 1. Pelabuhan barang dan penumpang ; 2. Daerah penangkapan ikan ; 3. Tempat rekreasi ; 4. 'Tempat pembuangan sampah dan limbah'. Padatnya aktivitas tersebut akan mempengaruhi komponen biotik dan abiotik yaitu fitoplankton dan parameter fisika-kimia perairan. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui eksistensi komunitas fitoplankton dengan tujuan melihat distribusi spasial dan perkembangan bulanan ( Juli, September dan Nopember Tahun 2001 ) serta keterkaitannya dengan parameter fisika-kimia di perairan Teluk Jakarta. Penelitian ini dilaksanakan antara bulan Juli sampai Nopember 2001 yang berlokasi di perairan Teluk Jakarta dengan 14 stasiun. Pengambilan contoh dilakukan sebanyak tiga kali dalam selang waktu dua bulan sekali. Parameter fisika-kimia perairan yang dianalisis meliputi salinitas, pH, kekeruhan, DO, suhu, kecerahan. Nilai-nilai parameter nitrat, nitrit, ammonia, fosfat, silika merupakan data sekunder hasil penelitian Damar (2001). Sampel fitoplankton dianalisis dengan metode sedimentasi yang merupakan modifikasi dari metode Utermohl. Analisis data yang dilakukan meliputi kelimpahan, indeks keanekaragaman, keseragaman, dominansi, kesamaan antar stasiun berdasarkan kelimpahan dan nilai parameter fisika-kimia. Untuk melihat hubungan kelimpahan dengan parameter fisika-kimia digunakan analisis regresi berganda.
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA