Judul: Penggunaan Alel Cyca-DAB1*05 Sebagai Penanda Ikan mas  Tahan Penyakit Koi herpesvirus
Abstrak: Ikan mas (Cyprinus carpio L.) adalah salah satu spesies penting untuk usaha budidaya ikan air tawar. Produksi ikan mas telah mengalami penurunan setelah adanya serangan virus Koi herpesvirus (KHV) yang menyerang hampir seluruh dunia. Di Indonesia, KHV menyerang ikan mas dan koi pertama kali di Blitar pada bulan Maret 2002, terus menyebar ke Jawa Barat pada bulan April, Jawa Tengah dan Bali. Akibat wabah ini, kegiatan budidaya ikan mas mengalami penurunan hingga sekarang. Upaya pengobatan terhadap infeksi serangan virus KHV belum ada yang maksimal, namun usaha untuk membangkitkan kembali usaha budidaya ini telah dilakukan diantaranya dengan jalan memelihara ikan-ikan mas yang telah sehat atau lolos dari serangan KHV. Ikan yang lolos dari serangan KHV tersebut diduga memiliki daya tahan terhadap KHV secara genetik. Penggunaan metode PCR dengan primer spesifik dapat digunakan untuk menentukan perbedaan individu ikan secara genotipe. Alel Cyca-DAB1*05 pada gen MHC II telah dilaporkan berhubungan dengan daya tahan ikan mas Eropa terhadap serangan KHV. Alel tersebut diduga juga terdapat pada ikan mas di Indonesia, khususnya ikan mas majalaya yang lolos dari serangan KHV. Penelitian ini dilakukan untuk menemukan ikan mas majalaya yang tahan terhadap serangan virus KHV dengan menggunakan alel Cyca-DAB1*05 sebagai marka dan menguji daya tahan benih ikan hasil dari persilangan induk ikan mas majalaya yang mempunyai dan yang tidak mempunyai alel Cyca-DAB1*05 terhadap virus KHV. Analisis DNA menggunakan PCR dengan primer spesifik Cyca-DAB1*05 dilakukan pada 26 ekor induk ikan mas majalaya yang berasal dari satu generasi. Individu ikan mas yang memiliki pita DNA produk PCR ukuran sekitar 300 bp dikategorikan sebagai ikan mas yang mempunyai alel Cyca-DAB1*05. Induk ikan mas yang mempunyai (P) dan yang tidak (N) mempunyai alel Cyca-DAB1*05 dipilih masing-masing 2 ekor ikan jantan dan betina yang matang gonad. Pemijahan dilakukan dengan rangsangan hormonal dan pembuahan telur oleh sperma dilakukan secara buatan. Empat kombinasi perkawinan pada induk yang membawa alel, 4 kombinasi perkawinan yang tidak mempunyai alel dan 2 kombinasi antara yang mempunyai dan yang tidak mempunyai dibuat dengan 3 kali ulangan. Penetasan telur dalam akuarium berukuran 60x40x40 cm secara terpisah untuk setiap kombinasi pemijahan. Larva umur 5 hari dipanen dari akuarium dan dipindahkan ke hapa ukuran 2x2x1 m yang dipasang dalam kolam berukuran 300 m2. Jumlah hapa yang digunakan sebanyak 30 buah, dengan kepadatan larva 300 ekor per hapa. Larva ikan mas dipelihara selama 60 hari dan diberi pakan buatan secara ad libitum. Sebanyak 10 ekor benih ikan mas umur 45 hari dari setiap hapa diambil secara acak dan selanjutnya DNA genom diekstraksi dari sirip ekor untuk analisis PCR untuk menghitung persentase individu yang mempunyai alel Cyca–DAB1*05. Bobot ikan mas diukur setiap 15 hari sebanyak 30 ekor ikan mas per hapa dan kelangsungan hidup dihitung pada akhir penelitian. Uji tantang dengan virus KHV pada benih ikan mas (berat 8-15 g/ekor) dilakukan setelah umur 60 hari. Sebanyak 30 ekor benih ikan mas diambil setiap hapa..dst
Keyword: MHC, Cyprinus carpio, Fish diseases

Judul: Penggunaan Marka Molekuler dalam Pemuliaan Ikan Mas Tumbuh Cepat dan Tahan Terhadap Infeksi Virus Koiherpes
Abstrak: Ikan mas (Cyprinus carpio L) merupakan salah satu jenis ikan yang tertua yang dibudidayakan di dunia dan merupakan salah satu komoditas ikan pangan strategis, pemasok protein hewani bagi jutaan rakyat Indonesia, baik di pedesaan maupun di perkotaan. Beberapa hal yang mempengaruhi produksi ikan mas di Indonesia di antaranya adalah serangan koi herpesvirus (KHV), hingga saat ini belum ada varietas ikan mas yang tahan terhadap serangan infeksi virus tersebut. Hal lain yang juga sangat mempengaruhi produksi ikan mas adalah adanya indikasi penurunan kualitas genetik ikan mas yang mengakibatkan laju pertumbuhan semakin menurun. Kualitas induk yang baik atau unggul dapat memberikan turunan yang berdampak positif pada peningkatan produksi dan daya tahan terhadap penyakit. Hingga saat ini ikan mas yang memiliki dua karakter yaitu unggul dalam pertumbuhan dan tahan terhadap serangan KHV belum tersedia. Ikan mas yang dapat tumbuh dengan cepat dan tahan terhadap serangan KHV diharapkan dapat menjadi salah satu solusi untuk meningkatkan produksi ikan mas Penggunaan metode seleksi dan hibridisasi untuk meningkatkan pertumbuhan membutuhkan waktu yang cukup lama. Program seleksi dengan menggunakan seleksi individu atau seleksi famili mampu meningkatkan pertumbuhan sekitar 11-15% per generasi (Gjedrem dan Thodesen, 2005). Dengan demikian jika perbaikan kualitas genetik (genetic gain) yang dapat dicapai dari setiap generasi hasil seleksi sekitar 15%, dan jika untuk mendapatkan satu generasi ikan mas membutuhkan waktu dua tahun, maka baru setelah 12 tahun diperoleh efek perbaikan kualitas yang nyata. Selain itu seleksi untuk mendapatkan dua karakter unggul yang berbeda dalam satu individu pada waktu yang bersamaan umumnya sulit dilakukan. Berkembangnya metode seleksi dengan bantuan marka molekuler (marker assisted selection/MAS) merupakan salah satu solusi untuk mempercepat proses seleksi mendapatkan individu dengan karakter yang diinginkan dalam waktu yang singkat. Pada penelitian ini dengan menggunakan MAS dilakukan pemilihan dua karakter unggul yaitu tumbuh cepat dan tahan terhadap KHV pada individu ikan mas. Karakter tumbuh cepat dapat dicirikan dengan keberadaan marka Cca-08. Penetapan penggunaan marka Cca-08 untuk penciri tumbuh cepat berdasarkan hasil penelitian Maskur (2010) yang menindaklanjuti penelitian Aliah (2000). Analisis keberadaan Cca-08 dilakukan dengan menggunakan mikrosatelit. Berdasarkan Alimuddin et al. (2011) diketahui bahwa keberadaan marka Cyca-DAB1*05 (termasuk kelompok major histocompatibility complex / MHC II) dapat menjadi penanda ikan mas yang tahan terhadap serangan KHV dan analisisnya menggunakan PCR dengan primer spesifik. Penelitian ini terdiri atas empat tahap. Penelitian tahap pertama bertujuan untuk mendapatkan induk yang membawa marka pertumbuhan dan ketahanan terhadap penyakit. Stok induk ikan mas yang dianalisis keberadaan markanya berasal dari Balai Pengembangan Benih Ikan Air Tawar (BPBIAT) Wanayasa dan Balai Besar Pengembangan Budidaya Air Tawar (BBPBAT) Sukabumi. Stok induk dari BPBIAT Wanayasa adalah induk-induk yang berasal dari populasi ikan mas hasil seleksi individu di balai tersebut dengan target perbaikan pertumbuhan, sedangkan ikan mas dari BBPBAT Sukabumi merupakan hasil seleksi dengan target tahan terhadap serangan KHV. Ikan mas dari BPBIAT Wanayasa yang dianalisis berjumlah 53 ekor, dan ikan mas dari BBPBAT Sukabumi sebanyak 18 ekor. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sebagian besar (92.4%) induk dari BPBIAT Wanayasa membawa marka Cca-08, dan 9.4% yang membawa marka Cyca-DAB1*05. Pada induk BBPBAT Sukabumi, 38.8% membawa Cca-08 dan sebanyak 94.4% induknya membawa marka Cyca-DAB1*05. Penelitian kedua dilakukan untuk mengevaluasi keberadaan
Keyword: 

Judul: Utilization of terra/MODIS L1B data for analysis of horizontal wind profile in the troposphere
Abstrak: This study was concerned with horizontal wind derived from data collected with the Moderate-resolution Imaging Spectroradiometer (MODIS) on board the NASA’s Earth Observation System (EOS)-Terra satellite. The aim of this study is to develop a method for the estimation of horizontal wind movement in the troposphere based on Navier-Stokes equation. The method was applied to a calibrated and geolocated Terra/MODIS L1B 1 km data set. The data inputs to estimate surface temperature are retrieved from TIR (Thermal Infrared) bands 31 (10.780 μm to 11.280 μm) and 32 (11.770 μm to 12.270 μm). The obtained surface temperatures were later used to approximate geopotential height on a constant-pressure surface by using the modified Poisson equation. The main assumptions used are the hydrostatic equilibrium, ideal gas law, constant lapse rate and constant acceleration of gravity. Based on the distribution of geopotential height, the pressure gradient force is measured by the gradient of geopotential on an isobaric coordinate to present the horizontal wind profile. For certain topographic areas especially in the mountain ranges, there was a disadvantage of using pressure as a vertical coordinate which lead to inaccuracy. In spite of that, Terra/MODIS L1B data with 1 km spatial resolution can be used to estimate the horizontal wind movement in the troposphere.
Keyword: