Judul: Stratifikasi Massa Air Laut Banda pada Bulan Februari 2016
Abstrak: Arlindo merupakan arus yang membawa massa air dari Samudera Pasifik menuju Samudera Hindia melalui perairan Indonesia. Arus ini masuk ke perairan Indonesia melalui dua jalur yaitu jalur timur dan barat yang kemudian keduanya mengalir menuju Laut Banda sebelum akhirnya keluar ke Samudera Hindia. Tujuan penelitian ini yaitu mendeskripsikan stratifikasi dan komposisi massa air perairan basin utara Laut Banda serta mendeskripsikan pola sirkulasi pada 3 level kedalaman yang mewakili lapisan tercampur, termoklin dan dalam. Data yang digunakan yaitu dari hasil pengukuran CTD dalam survei STOKAS 2016, data keluaran model INDESO dan data batimetri dari GEBCO. Data survey sebanyak 14 stasiun dibagi menjadi 3 transek secara horizontal dengan parameter suhu, salinitas, oksigen terlarut dan densitas. Hasil yang diperoleh menunjukkan massa air yang ditemukan pada lapisan tercampur pada lokasi penelitian adalah massa air Laut Jawa yang paling banyak terdeteksi pada transek 3. Diagram TS cenderung homogen tidak ada nilai salinitas ekstrim. Arah arus lapisan tercampur dan termoklin saling bertolak belakang.
Keyword: Arlindo, batimetri, laut banda, massa air

Judul: Transformasi Massa Air dari Laut Maluku sampai Laut Banda dari Data Conductivity, Temperature, Depth (CTD) Argo Float
Abstrak: Arus Lintas Indonesia (Arlindo) memiliki dua jalur masuk yang membawa massa air dari Samudera Pasifik ke Indonesia, yaitu jalur Barat dan Jalur Timur. Massa air yang mengalir melalui Arlindo dari kedua jalur tersebut mengalami transformasi karena adanya percampuran vertical di sepanjang perlintasannya. Penelitian ini bertujuan mendeskripsikan karakteristik dan stratifikasi massa air Arlindo di lintasan timur, dari selatan Laut Maluku – Laut Seram – Laut Banda, serta menghitung transformasi massa air dan persentase kontribusi dengan analisis Optimum Multi-Parameter (OMP). Data CTD Argo float di sepanjang trajektori Maluku-Seram-Banda digunakan di dalam studi ini. Stratifikasi massa air dengan membuat sebaran melintang dan identifikasi struktur massa air berdasarkan T-S diagram. Ketebalan dan kedalaman lapisan permukaan, termoklin, dan homogen masing-masing laut berbeda. Laut Banda memiliki ketebalan lapisan permukaan paling tebal, sedangkan Laut Maluku memiliki ketebalan lapisan termoklin dan lapisan dalam paling tebal. North Pacific Subtropical Water (NPSW) salinitas maksimum di lapisan termoklin, North Pacific Intermediate Water (NPIW) salinitas minimum di lapisan intermediate dan South Pacific Subtropical Lower Thermocline Water (SPSLTW) salinitas maksimum di bawah lapisan termoklin merupakan jenis massa air yang ditemukan di wilayah kajian. Terjadi transformasi massa air sepanjang Laut Maluku hingga Laut Banda, berupa perubahan suhu dan salinitas. Adanya perubahan komposisi massa air NPSW dari 86% di Laut Maluku menjadi 90% di Laut Banda, massa air NPIW dari 74% di Laut Maluku menjadi 93% di Laut Banda, dan massa air SPSLTW dari 79% di Laut Maluku menjadi 24% di Laut Banda. Analisis OMP dapat menghitung persentase kontribusi dari percampuran tiga sumber massa air di perairan Laut Maluku-Laut Seram-Laut Banda.
Keyword: Analisis Optimum Multi-Parameter, CTD Argo float, Jalur Timur, Massa Air Arlindo, Stratifikasi, dan Transformasi massa air

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA