Judul: Isolasi dan Karakterisasi Gen Plantaricin EF dan JK dari Lactobacillus plantarum S34
Abstrak: Lactobacillus plantarum S34 menghasilkan bakteri osinse lama proses fermentasi asam laktat berlangsung. Bakteriosin yang dihasilkan oleh L.plantarum disebut plantaricin. Plantaricin disandikan oleh gen penyandinya masing-masing, seperti plantaricin EF disandikan oleh gen plantaricin EF danplantaricin JK disandikan oleh gen plantaricin JK. Tujuan penelitian ini adalah melakukan isolasi dan karakterisasi gen plantaricin EF dan JK dariL. plantarumS34. Gen plantaricin EF dan JK diamplifikasi dari DNA genomL. plantarum S34 dengan primer spesifik menggunakan Teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). Hasil analisis menggunakan BLAST menunjukkan gen plantaricinEF dan JK hasil isolasidariL. plantarum S34 masing-masing tersusun atas 285 bpdan 267 bpnukleotida. Produk PCR diurutkan untuk mengetahui urutan basanu kleotida gen plantaricin EF dan JK. Hasil analisis urutan nukleotida menunjukkan gen plantaricin EF dan JK memiliki Ribosome Binding Site (RBS), start codon, danstop codon (TAG pada gen plantaricin EF dan TAA pada gen plantaricin JK). Hasil analisis urutan nukleotida juga menunjukkan plantaricin yang disandikan oleh gen plantaricin EF dan JK secara berturut-turut tersusun atas 52 dan 56 asam amino, serta memiliki motif GG (double glycine) padaleader peptide (padaplantaricin EF terjadi mutase pada salah satu penyusun motif GG menjadi serin) dan motif Gxxx G pada mature peptide seperti halnya plantaricin lain yang termasuk kedalam bakteri osin kelas IIb. Jumlah motif GxxxG yang dimiliki oleh plantaricin EF sebanyak satu motif, yaitu GFIHG sedangkan jumlah motif GxxxG yang dimiliki oleh plantaricin JK sebanyak dua motif, yaitu GYAIG dan GYAFG.
Keyword: bacteriocin, lactic acid fermentation process, BLAST analysis, the genomic DNA

Judul: Gene Marker Construction of Plantaricin F Lactobacillus plantarum.
Abstrak: Lactobacillus plantarum merupakan bakteri yang dapat berperan sebagai probiotik. Bakteri ini memiliki plantaricin F yang berguna menghambat pertumbuhan bakteri Gram positif dan negatif. Penelitian ini menggunakan sepuluh isolat L. plantarum (Mar A5, Bst 1, Mar C7, TB(N), Mg Tm 1, Mg PSM B3, TB(S), MKw 9, Bst 5, Mar B4) yang berasal dari buah-buahan tropis (mangga kweni, manggis, markisa, dan terong belanda). Penelitian ini dilakukan untuk konstruksi marka gen pln F dan menganalisis ekspresi relatif gen pln F serta uji aktivitas antibakteri. Pengujian gen pln F menggunakan RT-PCR menghasilkan pita DNA berukuran 70 pb. Hasil pengujian ini selanjutnya dipakai untuk menentukan nilai ekspresi relatif gen pln F menggunakan software CS Analyzer. Nilai ekspresi relatif gen tertinggi didapat dari isolat TB (S) dengan nilai 28.13 Au. Uji aktivitas antibakteri dilakukan untuk melihat hubungan antara gen pln F dengan aktivitas penghambatan isolat terhadap bakteri uji. Uji aktivitas antibakteri dilakukan terhadap lima bakteri antara lain Salmonella typhimurium, Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Bacillus cureus, dan Pseudomonas flouresense. Penghambatan tertinggi terhadap S. aureus terdapat pada isolat Mg PSM B3 dengan diameter penghambatan 2.50 cm. Isolat Mar A5 memiliki penghambatan tertinggi terhadap bakteri S. typhimurium, E. coli, dan P. flouresense dengan diameter penghambatan masing-masing 1.33 cm, 1.83 cm, dan 1.16 cm. Isolat Mar B4 dan Bst 5 memiliki penghambatan tertinggi terhadap bakteri B. cureus dengan diameter sekitar 0.50 cm.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: