Judul: Senyawa Bioaktif dari Bakteri yang Berasosiasi dengan Spons: Aktivitas Antikanker dan Ekspresi Gen NRPS-PKS pada Sumber Karbon yang Berbeda.
Abstrak: Kanker merupakan salah satu masalah utama kesehatan di seluruh dunia. penyakit ini disebabkan oleh akumulasi mutasi genetik yang menyebabkan pertumbuhan sel secara terus-menerus dan dapat menyebar ke seluruh tubuh. Penapisan senyawa alami diharapkan dapat diperoleh senyawa bioaktif yang memiliki aktivitas antikanker tinggi dengan efek samping yang rendah. Disisi lain, laut Indonesia dapat dijadikan sebagai sumber senyawa bioaktif penting yang dapat digunakan di bidang medis. Pada penelitian sebelumnya, eksplorasi senyawa boaktif dari 23 isolat bakteri yang berasosiasi dengan spons telah berhasil dilakukan. Bakteri-bakteri tersebut telah terdeteksi memiliki gen penyandi senyawa bioaktif, nonribosomal peptide synthetase (NRPS) and polyketide synthase (PKS). Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis aktivitas antikanker dari senyawa bioaktif bakteri asal spons terhadap beberapa sel kanker darah, sel karsinoma dan sel normal manusia, serta mekanisme regulasinya. Seluruh isolat bakteri yang digunakan dalam penelitian ini merupakan strain yang berbeda yang diidentifikasi menggunakan API strip dan ERIC-PCR. Ekstraksi metabolit bakteri menggunakan pelarut etil asetat menghasilkan rendemen berkisar antara 0.003 hingga 0.046% (b/v). Uji toksisitas terhadap ekstrak bakteri menunjukkan bahwa ekstrak tersebut memiliki toksisitas yang bervariasi dengan nilai LC50 berkisar antara 30.94 hingga 943.08 μg/mL. Enam ekstrak potensial menunjukkan aktivitas sitotoksisitasnya terhadap beberapa sel kanker darah dengan nilai IC50 berkisar antara 27.24 hingga 533.73 μg/mL, dan sel karsinoma dengan nilai IC50 163.26 hingga 683.42 μg/mL yang diuji dengan menggunakan MTT. Analisis apoptosis yang dilakukan menggunakan annexin V-FITC menunjukkan bahwa apoptosis sel telah diinduksi oleh ekstrak bakteri setelah 6 jam perlakuan, khususnya pada sel MOLT4 (sel leukemia limfoblas akut). Analisis siklus sel menggunakan propidium iodida menunjukkan bahwa ekstrak HAA 01 menghambat siklus sel, karena telah terdeteksi adanya akumulasi populasi sel pada Sub-G1 sebanyak 38.5% setelah 24 jam perlakuan, G1 15.2 %, S 4.49%, G2-M 1.34%, dan lebih dari 40% sel telah mati setelah perlakuan. Menariknya, isolat bakteri HAA 01 yang dikulturkan pada medium dengan sumber karbon yang berbeda ternyata memiliki aktivitas antikanker yang berbeda pula. Gliserol, laktosa, dan amilum merupakan sumber karbon yang lebih disukai untuk memproduksi senyawa antikanker dibandingkan dengan glukosa, yang diindikasikan oleh nilai IC50-nya. Aktivitas antikanker dari ekstrak HAA 01 berkorelasi positif dengan ekspresi gen NRPS-PKS yang diduga diregulasi oleh tipe sumber karbon.
Keyword: Aktivitas antikanker activity, bacteri asosiasi spons, nonribosomal peptide synthetase (NRPS), polyketide synthase (PKS), ekspresi gen, sumber karbon

Judul: Aktivitas Antibakteri dan Antikanker Ekstrak Kasar Metabolit Bakteri yang Berasosiasi dengan Spons dan Deteksi Gen Penyandi NRPS
Abstrak: Spons laut dikenal mampu menghasilkan berbagai senyawa bioaktifyang memilikiberbagai aktivitas biologis seperti antibakteri, antifungi dan antikanker. Pengembangan senyawa bioaktif dari spons mengalami kendala keterbatasan biomassa spons. Mikroorganisme yang berasosiasi dengan spons lautmenjadi alternatif untuk memecahkan masalah tersebut. Mikroba yang bersimbiosis dengan spons dapat mencapai 40% dari volume jaringan spons dengan densitas mencapai 109 sel bakteri per mm3 jaringan spons. Potensi ini memungkinkan bakteri simbion pada spons mampu memproduksi senyawa bioaktif dan menggantikan spons sebagai penghasil senyawa bioaktif. Eksplorasi senyawa bioaktif bakteri asal spons dari perairan Indonesia telah dilakukan. Tiga isolat bakteri diberi kode HAL-74, HAA-01 dan HAL-13 berhasil diisolasi dari spons Haliclona sp. dariPulau Waigeo, Kabupaten Raja Ampat, Papua Barat. Isolat HAL-74, HAA-01 dan HAL-13 memiliki aktivitas antimikrob berspektrum luas terhadap bakteri patogen maupun cendawan patogen, namun sampai saat ini belum ditentukan nilai Konsentrasi Hambat Minimum (KHM) dan potensinya sebagai antikanker. Keberadaan kluster gen penyandi domain Adenilasi (A) dari kompleks enzim Nonribosomal Peptida Sintetase (NRPS) juga belum diketahui sehingga perlu dilakukan analisis secara genetik untuk memastikan bahwa isolat-isolat bakteri asal spons laut memiliki kemampuan mensintesis senyawa bioaktif. Ekstrak kasar metabolit isolat HAL-74, HAA-01 dan HAL-13 memiliki aktivitas antibakteri berspektrum luas terhadap bakteri Gram positif dan Gram negatif dengan nilai KHM berkisar 0.1 sampai 1 mg/mL. Aktivitas antibakteri ekstrak kasar metabolit HAL-74 dan HAA-01 termasuk sedang (moderat) sedangkan aktivitas antibakteri ekstrak kasar metabolit HAL-13 termasuk lemah. Uji kandungan senyawa kimia terhadap ekstrak kasar metabolit bakteri yang berasosiasi dengan spons menunjukkan ekstrak kasar metabolit HAL-13 dan HAA-01 mengandung steroid dan HAL-74 mengandung flavonoid. Ekstrak kasar metabolit HAL-74, HAA-01 dan HAL-13 bersifat toksik terhadap larva Artemia salina dengan nilai LC50 berturut-turut sebesar124.35 μg/mL, 463.85 μg/mL dan 448.43 μg/mL. Ekstrak kasar metabolit HAL-74, HAA-01 dan HAL-13 mampu menghambat sel kanker HeLa. Ekstrak kasar metabolit HAL-74 memiliki aktivitas antikanker terbaik dengan nilai IC50 sebesar 134.9 μg/mL. Isolat HAL-74 dan HAA-01 terdeteksi memiliki DNA penyandi domain A dengan ukuran 1000 pasang basa (pb). Sekuen domain A dari isolat HAL-74 memiliki homologi dengan Comamonas sp. POUXsebesar 96% dan HAA-01 memiliki homologi dengan B. subtilis sebesar 99%.
Keyword: antibakteri, antikanker, bakteri yang berasosiasi dengan spons, konsentrasi hambat minimum (KHM), nonribosomal peptida sintetase (NRPS)

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: