Judul: Keragaman Gen Monoamine  Oxidase A (MAOA) pada Sapi Pedaging
Abstrak: One of the essential traits in the management of raising meat livestock is the aggressive nature of cattle, which affects livestock handling and productivity. Several genes control aggressive traits, and one that plays an important role is the monoamine oxidase A (MAOA) gene. The MAOA gene encodes the enzyme monoamine oxidase A, which plays a role in the catabolism of neurotransmitters, including dopamine, norepinephrine, and serotonin. Mutations in the MAOA gene can increase the tendency of cows to behave aggressively, which can affect neurotransmitter regulation. Studies on MAOA gene diversity in Indonesian beef cattle have yet to be carried out. Therefore, this research was conducted to identify and analyze SNP determination and MAOA gene diversity in beef cattle in Indonesia. One hundred twenty-seven blood samples from beef cattle were from Bali, Limousin, Wagyu, PO, Madura, and Balinese Wagyu crosses. Blood samples were extracted using the GeneAid kit, isolating pure DNA from beef cattle. MAOA gene diversity was analyzed using the PCR-RFLP method. Analysis results such as genotype frequencies, allele frequencies, heterozygosity values, and Hardy-Weinberg balance were calculated using Popgen32. Amplification of the MAOA gene sequence in the promoter fragment and exon 1 via PCR was successfully carried out at 57 ºC, resulting in product lengths of 548 bp and 341 bp, respectively. The results showed that the MAOA gene located in the promoter region has six SNPs that are specific to Bali cattle, namely SNP g.98 A > C, SNP g.145 G > T, SNP g.216 A > C, SNP g.340 T > G, SNP g.349 A > C, and SNP g.385 G > A. Meanwhile, the MAOA gene located in exon 1 is monomorphic. The PCR-RFLP method was used to investigate the SNP g.385 G > A MAOA gene polymorphism using the RSaI restriction enzyme. The MAOA SNP g.385 G > A gene obtained two alleles (G and A) and three genotypes: GG, GA, and AA. SNP g.385 G > A is polymorphic in Bali, PO, Madura, and Wagyu-Bali cross (F1) cattle while monomorphic in Limousin and Wagyu cattle. The allele frequency of the SNP g.385 G > A MAOA gene in Bali, PO, Madurese cattle, and Wagyu-Bali crosses (F1) is in Hardy-Weinberg equilibrium. SNP g.385 G > A of the MAOA gene can be used as a candidate aggressive genetic marker., Salah satu sifat yang penting dalam manajemen pemeliharaan ternak daging adalah sifat agresif pada sapi yang berpengaruh pada penanganan ternak dan produktivitas. Sifat agresif dikendalikan oleh beberapa gen dan salah satu yang berperan penting adalah gen MAOA. Gen MAOA mengkodekan enzim monoamine oksidase A yang berperan dalam katabolisme neurotransmiter, termasuk dopamin, norepinefrin, dan serotonin. Mutasi pada gen MAOA dapat meningkatkan kecenderungan sapi untuk berperilaku agresif yang dapat mempengaruhi regulasi neurotransmitter. Studi keragaman gen MAOA pada sapi pedaging Indonesia belum dilakukan. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi dan menganalisis penetuan SNP dan keragaman gen MAOA pada sapi pedaging di Indonesia. Sebanyak 127 sampel darah sapi pedaging yang terdiri dari sampel darah sapi Bali, Limousin, Wagyu, PO, Madura, dan silangan Wagyu Bali. Sampel darah diekstraksi menggunakan kit GeneAid dan
Keyword: beef cattle, MAOA gene, SNP

Judul: Kajian Keragaman Gen MSTN, ADIPOQ, FTO dan EDG1 sebagai Marka Genetik Kualitas Daging pada Sapi Pedaging Indonesia
Abstrak: Indonesia memiliki Sumber Daya Genetik Ternak (SDGT) yang melimpah, dimana terdapat empat bangsa sapi yaitu: sapi Bali (Bos javanicus), Zebu (Bos indicus), Taurine (Bos taurus), dan sapi silangan. Bangsa sapi tersebut dibudidayakan sebagai penghasil daging, susu, kulit, dan sebagai ternak kerja. Sapi Bali adalah sapi asli Indonesia yang telah didomestikasi dari banteng liar (Bibos banteng) di Jawa dan Bali selama ratusan tahun. Zebu diperkenalkan oleh orang India pada awal abad pertama. Beberapa sapi Bos taurus diimpor pada awal abad ke-18 untuk digunakan sebagai sapi perah. Indonesia telah menetapkan 9 bangsa sapi pedaging antara lain: sapi Bali, Madura, Aceh, Sumbawa, Pesisir, Peranakan Ongole (PO), Jabres, dan Sumba Ongole (SO), dan Brahman. Kekayaan SDGT ini perlu dilestarikan, dikembangkan dan dimanfaatkan secara berkelanjutan demi meningkatkan pendapatan dan kesejahteraan peternak serta memperkuat ketahanan pangan nasional. Kebijakan pengelolaan SDGT yang berkelanjutan merujuk kepada tiga pendekatan, yaitu: Pemurnian dan konservasi ternak, persilangan ternak dan pengembangan bangsa baru. Sapi pedaging Indonesia berpotensi untuk dikembangkan menjadi sapi pedaging unggul melalui proses seleksi dan persilangan. Dewasa ini telah berkembang seleksi berdasarkan marka genetik atau disebut marker assisted selection (MAS) yang hasilnya lebih akurat, efektif dan efisien. Proses seleksi dapat dilakukan pada kandidat gen-gen yang berasosiasi dengan sifat pertumbuhan dan kualitas daging. Beberapa gen yang potensial untuk diseleksi antara lain: gen myostatin (MSTN), gen adiponectin (ADIPOQ), gen fat mass and obesity associated (FTO), dan gen endothelial differentiation sphingolipid G-proteincoupled receptor 1 (EDG1) yang telah banyak dilaporkan pada bangsa sapi Bos taurus maupun Bos indicus. Tujuan penelitian ini adalah: 1) Mengidentifikasi keragaman SNP gen MSTN, ADIPOQ, FTO dan EDG1 pada sapi pedaging Indonesia. 2) Memvalidasi keragaman SNP baru yang ditemukan pada sapi pedaging Indonesia. 3) Mengasosiasikan keragaman SNP baru yang polimorfik dengan peubah pertumbuhan dan kualitas daging pada sapi pedaging Indonesia. Penelitian ini terdiri dari dua tahap. Tahap pertama yaitu mengidentifikasi keragaman gen MSTN, ADIPOQ, FTO dan EDG1 pada bangsa sapi pedaging Indonesia. Penelitian tahap pertama dilakukan dengan metode polymerase chain reaction-resticted fragment length polymorphism (PCR-RFLP) dan direct sequencing. Tahap kedua yaitu memvalidasi dan mengasosiasikan gen-gen yang polimorfik dengan sifat pertumbuhan dan kualitas daging pada sapi Bali. Data sifat pertumbuhan diperoleh dari hasil recording dan pengukuran langsung. Data kualitas daging diperoleh dengan metode estimasi menggunakan alat ultrasonografi. Hasil penelitian tahap pertama menunjukkan bahwa keragaman SNP g.- 371T>A gen MSTN di bagian promotor bersifat polimorfik pada sapi Katingan, sapi Sumba Ongole (SO) dan sapi Simmental dengan ditemukan tiga genotipe (TT, TA, AA) dan dua alel T dan A. Sedangkan pada sapi Pasundan, sapi Madura, sapi Pesisir, sapi Peranakan Ongole (PO), sapi Brahman, sapi Limousin dan sapi Bali bersifat monomorfik hanya bergenotipe TT dan alel T. Keragaman SNP indel g.81 966 364D>I gen ADIPOQ di bagian promotor bersifat monomorfik pada semua bangsa sapi pedaging Indonesia, hanya ditemukan satu genotipe DD dan satu alel D. Keragaman SNP g.125 550A>T di ekson 3 gen FTO bersifat polimorfik pada sapi Madura, Pesisir, Katingan, PO, Pasundan, SO, Brahman, Simmental dan Limousin dengan ditemukan tiga genotipe (AA, AT, TT) dan dua alel (A dan T). Sedangkan pada sapi Bali bersifat monomorfik bergenotipe AA dan alel A. Keragaman SNP c.-312A>G gen
Keyword: Sapi Bali, kualitas daging, lemak intramuskular, SNP c.-273C>G gen EDG1

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: