Judul: Identifikasi dan Analisis Ekspresi Gen GCK serta IGF-1 pada Ikan Gurami yang Diberi Pakan Berbeda
Abstrak: Pemanfaatan karbohidrat sebagai sumber energi pada ikan memiliki banyak tantangan, khususnya terkait enzim dalam metabolisme karbohidrat. Ikan gurami Osphronemus goramy diketahui dapat memanfaatkan karbohidrat lebih baik dibandingkan ikan lainnya, namun informasi terkait gen yang terlibat dalam metabolisme karbohidrat pada ikan gurami masih terbatas. Tujuan penelitian ini adalah mengidentifikasi sekuens parsial gen glukokinase (GCK) dan mengevaluasi tingkat ekspresi gen GCK dan insulin-like growth factors-1 (IGF-1) pada ikan gurami yang diberi pakan berbeda (pakan komersial dan daun sente). Uji toleransi glukosa juga dilakukan untuk mengetahui respons gen GCK dan IGF-1 dalam homeostasis glukosa plasma. Ikan gurami diberi pakan perlakuan berupa pakan komersial (protein 31,86%, bahan ekstrak tanpa nitrogen [BETN] 46,91%) dan daun sente Alocasia macrorrhiza (protein 25,56%, BETN 39,63%). Setelah 8 minggu perlakuan pakan, ikan gurami dipuasakan selama 48 jam dan sampel berupa organ hati, usus, pankreas, otot, otak, limpa dan jantung diambil dari masing-masing perlakuan. Selanjutnya ikan dibagi menjadi empat kelompok untuk uji toleransi glukosa, yaitu kontrol 1 (satu kali injeksi 0,1 mL larutan fisiologis NaCl 0,9%), GLU (injeksi dengan glukosa 1 g kg-1 bobot tubuh), kontrol 2 (dua kali injeksi 0,1 mL larutan fisiologis NaCl 0,9%) dan INS+GLU (injeksi insulin 2 IU 100 g-1 bobot tubuh-glukosa 1 g kg-1 bobot tubuh). Identifikasi gen GCK dilakukan dengan metode polymerase chain reaction (PCR) dari jaringan hati dan dilanjutkan dengan kloning gen dan sekuensing. Kadar glukosa darah diukur pada jam ke-0 (sebelum), 6, 12, dan 24 pascapemberian pakan uji (postprandial) serta pada jam ke-0 (sebelum), 6 dan 18 pascainjeksi pada uji toleransi glukosa. Analisis ekspresi gen GCK dan IGF-1 dilakukan dengan metode real-time PCR (qPCR) dari jaringan hati pada jam ke-0 (sebelum), 6 dan 18 pascainjeksi. Sekuens parsial gen GCK ikan gurami telah berhasil diidentifikasi untuk pertama kalinya dari jaringan hati dengan ukuran 1.762 bp. Sekuens tersebut memiliki kemiripan yang tinggi dengan gen GCK ikan lainnya (homologi tertinggi 96,3% dengan Anabas testudineus). Kadar glukosa darah ikan gurami mengalami perubahan secara signifikan pada jam keenam postprandial pakan komersial, sedangkan ikan yang diberi daun sente tidak mengalami perubahan secara signifikan. Injeksi GLU hanya menyebabkan perubahan kadar glukosa darah secara signifikan pada perlakuan pakan komersial, sedangkan injeksi INS+GLU menyebabkan perubahan secara signifikan pada kedua perlakuan. Tingkat ekspresi gen GCK and IGF-1 pascaadaptasi pakan dan pascauji toleransi glukosa menunjukkan pola yang berbeda. Ekspresi gen GCK tertinggi pada ikan gurami yang diberi pakan komersial terdapat pada jaringan hati sedangkan pada ikan yang diberi pakan daun sente ekspresi tertinggi terdapat pada jaringan usus. Ekspresi gen GCK pada perlakuan pakan komersial meningkat secara signifikan 6 jam pascainjeksi GLU, namun menurun secara signifikan pascainjeksi INS+GLU pada kedua perlakuan (P<0,05). Ekspresi gen IGF-1 tertinggi ditemukan di jaringan hati dengan pola ekspresi yang sama pada kedua perlakuan. Ekspresi gen IGF-1 pascainjeksi GLU dan injeksi INS+GLU mengalami penurunan secara signifikan pada jam keenam pascainjeksi (P<0,05). Dari hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa gen GCK pada ikan gurami Osphronemus goramy telah berhasil diidentifikasi dan dikloning untuk pertama kalinya dari jaringan hati dengan tingkat kesamaan yang tinggi dengan spesies ikan lainnya. Tingkat ekspresi gen GCK dan IGF-1 pada berbagai jaringan dipengaruhi oleh jenis pakan yang diberikan (pakan komersial
Keyword: glukokinase, glukosa, insulin, karbohidrat

Judul: Isolasi dan Karakterisasi Sekuen Parsial Gen Penyandi Glucose Transporter 1 pada Ikan Gurami Osphronemus goramy
Abstrak: Ikan gurami merupakan ikan herbivora asli Indonesia dan mampu memanfaatkan karbohidrat dengan baik. Evaluasi terhadap kemampuan pencernaan karbohidrat pada ikan dapat dilakukan dengan memanfaatkan gen-gen yang berperan dalam proses metabolisme karbohidrat. Glucose transporter 1 merupakan salah satu gen yang berperan aktif dalam proses metabolisme karbohidrat pada ikan. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengisolasi dan mengkarakterisasi sekuen gen penyandi glucose transporter 1 dari ikan gurami Osphronemus goramy. Isolasi gen glucose transporter 1 dilakukan pada cDNA yang berasal dari organ hati. Hasil isolasi sekuen parsial gen glucose transporter 1 pada ikan gurami, diperoleh susunan nukleotida yang diperoleh sepanjang 434 bp. Analisis basa nukleotida dengan fasilitas BLAST® pada NCBI menunjukkan susunan nukleotida gen glucose transporter 1 ikan gurami memiliki kesamaan yang tinggi dengan gen glucose transporter 1 ikan kerapu muara Amphiprion ocellaris (91%) dan ikan mas Cyprinus carpio (85%). Pada susunan asam amino, gen glucose transporter 1 ikan gurami memiliki kesamaan yang tinggi dengan ikan kerapu muara Epinephelus coioides (95%) dan ikan zebra Danio rerio (90%). Analisis domain protein dilakukan untuk menunjukkan domain protein khas pada sekuen gen glucose transporter 1 ikan gurami. Hasil analisis menunjukkan adanya famili dari domain major facilitator superfamily (MFS) pada susunan nukleotida yang diperoleh, yaitu sugar transporter. Analisis pohon filogenetik terhadap gen glucose transporter 1 ikan gurami diperoleh bahwa jarak genetik gen glucose transporter 1 ikan gurami dari spesies ikan lainnya bernilai 0,0180.
Keyword: Glucose transporter 1, isolasi gen, Osphronemus goramy

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: