Judul: Deteksi Kelainan Genetik Sapi Bali Menggunakan Gen FXI (Factor XI) dan SLC35A3 (Solute Carrier Family 35 Member 3)
Abstrak: Kelainan genetik terjadi karena adanya perubahan susunan basa nukleotida yang menyebabkan terjadinya kerusakan gen yang mengkodekan asam amino tertentu. Defisiensi factor XI pada suatu invidu menyebabkan terjadinya gangguan pada proses pembekuan darah. Kelainan genetik factor XI deficiency (FXID) disebabkan oleh adanya insersi poliadenin yang tidak sempurna yang menyebabkan terjadinya stop kodon prematur pada gen FXI. Substitusi guanin menjadi timin pada gen SLC35A3 menyebabkan kelainan genetik complex vertebral malformation (CVM). Keberadaan kelainan genetik pada suatu populasi menyebabkan kerugian ekonomi yang besar dalam program perbibitan. Beberapa penelitian mengenai deteksi kelainan genetik pada sapi perah telah banyak dilakukan namun demikian penelitian mengenai deteksi kelainan genetik pada sapi bali belum pernah dilakukan. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi ada atau tidaknya kelainan genetik pada sapi bali yaitu CVM menggunakan gen SLC35A3 dan FXID menggunakan gen FXI. Sebanyak 325 sampel DNA yang terdiri atas 303 sampel darah yang berasal dari pusat pembibitan sapi bali (BPTU-HMT Denpasar, BPT-HMT Serading Nusa Tenggara Barat dan VBC Kabupaten Barru Sulawesi Selatan) dan BBIB Singosari serta 22 sampel semen beku dari BIBD Baturiti digunakan untuk mendeteksi FXID dan CVM. Amplifikasi gen FXI menggunakan PCR sedangkan gen SLC35A3 menggunakan PCR-RFLP menggunakan enzim restriksi PstI. Sekuens primer gen FXI sesuai dengan Marron et al. 2004 dengan primer forward : 5’-CCC ACT GGC TAG GAA TCG TT-3’ dan primer reverse : 5’-CAA GGC AAT GTC ATA TCC AC-3’, sedangkan sekuens primer untuk gen SLC35A3 sesuai dengan Kanae et al. 2005 dengan primer forward : 5’-CAC AAT TTG TAG GTC TCA CTG CA-3’ dan primer reverse : 5’-CGA TGA AAA AGG AAC CAA AAG GG-3’. Produk PCR dianalisis dengan elektroforesis gel agarose 2%. Seluruh genotipe dikonfirmasi dengan sekuensing DNA untuk memastikan adanya alel mutan. Data dianalisis secara deskriptif terhadap ada atau tidaknya kelainan genetik FXID dan CVM pada sapi bali. Hasil penelitian tidak ditemukan alel mutan (heterozigot) baik dengan gen FXI maupun SLC35A3. Hal ini menunjukkan bahwa tidak terdapat kejadian FXID dan CVM sapi bali di pusat pembibitan sapi bali dan balai inseminasi buatan.
Keyword: sapi bali, kelainan genetik, gen FXI, gen SLC35A3

Judul: Keragaman Genetik Gen Prolaktin dan Gen STAT5A pada Sapi Bali
Abstrak: Sapi bali merupakan sumberdaya genetik ternak asli Indonesia yang memiliki beberapa keunggulan, salah satunya adalah daya reproduksi yang tinggi. Gen prolaktin (PRL) dan gen signal transducer and activator of transcription 5A (STAT5A) merupakan anggota dari POU1F1 signaling pathway yang berhubungan dengan sifat reproduksi. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi ada tidaknya polimorfisme gen PRL dan STAT5A pada sapi bali di pusat pembibitan sapi bali yaitu Balai Pembibitan Ternak Unggul (BPTU) sapi bali Pulukan, Balai Inseminasi Buatan Daerah (BIBD) Baturiti, Balai Besar Inseminasi Buatan (BBIB) Singosari, Balai Pembibitan Ternak-Hijauan Makanan Ternak (BPT-HMT) Serading, dan Village Breeding Centre (VBC) Kabupaten Barru dengan menggunakan metode PCR-RFLP. Sampel sapi bali sebanyak 262 sampel dideteksi keragaman genetiknya menggunakan enzim restriksi RsaI (gen PRL) dan AvaI (gen STAT5A). Analisis data menggunakan frekuensi alel, frekuensi genotipe, heterozigositas, dan keseimbangan Hardy-Weinberg. Amplifikasi gen PRL ekson 3, gen PRL ekson 4, dan gen STAT5A ekson 7 menghasilkan fragmen dengan panjang masing-masing 156 bp, 294 bp, dan 215 bp. Penentuan genotipe gen PRL ekson 3 dan ekson 4 menghasilkan tiga genotipe pada populasi BBIB Singosari dan dua genotipe pada populasi BIBD Baturiti, BPTU sapi bali Pulukan, BPT-HMT Serading, dan VBC Kabupaten Barru. Frekuensi alel A (ekson 3) dan alel G (ekson 4) lebih tinggi dibandingkan dengan alel B (ekson 3) dan alel A (ekson 4) untuk gen PRL. Hasil analisis menunjukkan bahwa lokus STAT5A|AvaI memiliki alel monomorfik C. Nilai heterozigositas ditemukan rendah untuk gen PRL ekson 3 dan ekson 4 pada seluruh populasi. Frekuensi genotipe gen PRL ekson 3 dan ekson 4 menyimpang dari keseimbangan Hardy-Weinberg pada populasi sapi bali di BBIB Singosari. Hasil sekuens fragmen gen PRL baik pada ekson 3 maupun ekson 4 menunjukkan adanya mutasi antara basa adenin (A) dengan guanin (G), sedangkan hasil analisis sekuens pada gen STAT5A menunjukkan bahwa tidak terjadi mutasi pada situs restriksi enzim AvaI (C|CCGAG).
Keyword: gen prolaktin, gen STAT5A, keragaman genetik, PCR-RFLP, sapi bali

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: