Judul: Skrining Gen Virulensi pada Isolat Lokal Cronobacter sakazakii.
Abstrak: Cronobacter sakazakii merupakan bakteri patogen emerging pada pangan yang dapat menyebabkan penyakit meningitis, sepsis, dan enterokolitis nekrotikan pada kelompok bayi tertentu yang telah dihubungkan dengan konsumsi susu bubuk formula. Bakteri tersebut telah diisolasi di Indonesia, meskipun sampai saat ini belum pernah dilaporkan kasus penyakit terkait infeksi C. sakazakii. Kemampuan bakteri ini dalam menyebabkan infeksi dikaitkan dengan beberapa gen virulensi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keberadaan gen-gen virulensi ompA, hfq, dan cpa pada beberapa galur isolat lokal C. sakazakii. Penelitian ini dilakukan melalui beberapa tahap, yaitu konfirmasi dan persiapan kultur dari isolat lokal C. sakazakii, ekstraksi DNA, amplifikasi gen virulensi dengan Polymerase Chain Reaction (PCR), serta elektroforesis gel agarose dan pewarnaan DNA dengan menggunakan etidium bromida untuk visualisasi sebagai konfirmasi keberadaan gen-gen virulensi yang telah disebutkan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kesepuluh isolat lokal C. sakazakii berpotensi patogen karena memiliki gen-gen virulensi ompA dan hfq. Sementara, 9 (sembilan) dari 10 (sepuluh) isolat juga memiliki gen virulensi tambahan cpa.
Keyword: cpa, Cronobacter sakazakii, hfq, ompA, PCR, virulensi

Judul: Skrining Keberadaan Gen Terkait Stres pada Isolat Lokal Cronobacter sakazakii.
Abstrak: Cronobacter spp. adalah bakteri patogen bawaan pangan emerging penyebab necrotizing enterocolitis, bacteremia, septicemia dan meningitis pada kelompok bayi tertentu yang telah dihubungkan dengan konsumsi susu formula bubuk. Bakteri tersebut dilaporkan mampu menyintas beberapa kondisi stres lingkungan seperti stres kekeringan, stres osmotik, suhu tinggi serta pH rendah. Isolat lokal C. sakazakii strain Yrt2a dan strain E2 telah ditemukan dapat memasuki kondisi VBNC (viable but non culturable) karena stres kekeringan. Gen rpoS diketahui sebagai gen regulator stres sedangkan hfq adalah gen stres yang juga berperan pada virulensi. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi keberadaan gen terkait stres yakni hfq, rpoS, dan grxB pada sepuluh isolat lokal C. sakazakii. Tahapan penelitian meliputi persiapan kultur isolat lokal C. sakazakii, verifikasi metode ekstraksi DNA dengan phenol-chloroform-isoamylalcohol dan chelex100, analisis konsentrasi dan kemurnian DNA hasil ekstraksi, optimasi suhu annealing primer dan deteksi gen target dengan Polymerase Chain Reaction (PCR), serta visualisasi produk PCR dengan elektroforesis gel agarosa. Hasil penelitian menunjukkan bahwa metode ekstraksi chelex100 lebih efektif menghasilkan DNA dengan kemurnian 1.8 – 2.0. Suhu annealing optimal adalah 55oC untuk hfq dengan konsentrasi primer 0.5 μM, 52oC untuk rpoS dengan konsentrasi primer 0.5 μM, dan 57oC untuk grxB dengan konsentrasi primer 0.5 μM dan 0.1 μM. Seluruh (n=10) isolat lokal C. sakazakii memiliki target gen hfq, rpoS, dan grxB. Hal ini mengindikasikan bahwa bakteri tersebut memiliki potensi untuk menyintas kondisi stres.
Keyword: Cronobacter sakazakii, grxB, hfq, rpoS, stres

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: