Judul: Utilization of molecular marker in plant breeding to support the provision of new high yielding cultivar of physic nut (Jatropha curcas L.)
Abstrak: Hambatan utama dalam budidaya dan komersialisasi jarak pagar (Jatropha curcas L.) sebagai tanaman penghasil bahan bakar nabati adalah belum tersedianya kultivar unggul yang berdaya hasil dan berkadar minyak tinggi. Modal utama untuk perbaikan genetik adalah tersedianya keragaman genetik dari spesies yang bersangkutan. Informasi keragaman genetik jarak pagar belum memadai karena sebagian besar masih berdasar pengamatan secara morfologis. Penelitian ini dimaksudkan untuk mengembangkan dan memanfaatkan marka molekuler untuk mendukung pemuliaan jarak pagar. Primer SSR telah dikembangkan berdasarkan informasi sekuen DNA yang tersedia pada basis data Genbank. Dua puluh delapan pasang primer spesifik SSR telah berhasil didesain menggunakan aksesi DNA asal jarak pagar yang ada di GenBank DNA database. Ekstraksi DNA pada penelitian ini menggunakan protokol standar CTAB yang dimodifikasi. Separasi dan visualisasi hasil amplifikasi menggunakan marka SSR dilakukan dengan polyacrilamide gel electrophoresis (PAGE) dan pewarnaan perak. Separasi dan visualisasi hasil amlifikasi menggunakan marka RAPD, ISSR dan SCAR dilakukan dengan elektroforesis gel agarosa dan ethidium bromida.
Keyword: 

Judul: Identifikasi Keragaman Genetik Jarak Pagar (Jatropha curcas L.) Berdasarkan Karakter Bunga dan DNA Menggunakan Teknik Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP)
Abstrak: Keanekaragaman hayati di Indonesia sangat tinggi, yang merupakan keunggulan bagi pengembangan bahan bakar yang berasal dari tumbuhan. Salah satu kelompok tanaman non pangan yang direkomendasikan adalah tanaman jarak pagar (Jatropha curcas L.) karena bijinya menghasilkan minyak nabati yang dapat diolah menjadi bahan bakar minyak (biodiesel). Keragaman genetik dapat dipelajari menggunakan penanda morfologi dan molekular (protein dan DNA). Jarak pagar adalah tanaman monoecius, memiliki bunga betina dan jantan terpisah tetapi masih di dalam satu infloresen. Jarak pagar mempunyai jumlah bunga jantan yang lebih tinggi dibandingkan dengan jumlah bunga betina. Penanda DNA yang tergolong mutakhir adalah Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP). Penanda AFLP dapat digunakan untuk mengenali hubungan kekerabatan yang sangat dekat antar genotip, perbedaan antar klon dalam satu kultivar, keragaman yang disebabkan terjadinya mutasi yang sangat sedikit atau adanya perbedaan genetik yang sangat kecil. Penelitian tentang variasi genetik jarak pagar melalui penggunaan marka molekular masih sangat terbatas. Oleh karena itu dalam upaya mendapatkan informasi genetik yang akurat untuk menunjang program pemuliaan tanaman jarak pagar, maka penggunaan penanda molekular DNA untuk analisis keragaman tanaman jarak pagar perlu dilakukan. Bahan tanaman yang digunakan berupa 10 aksesi jarak pagar yaitu aksesi Madiun, Dompu, Bengkulu, Lampung, Bangka, Ponorogo, Kediri, Jember, Subang dan Sukabumi. Isolasi DNA menggunakan metode CTAB menurut Doyle dan Doyle yang dimodifikasi yaitu dengan penambahan PVP (Polyvinyl Pyrrolidon). Karakter bunga yang diamati yaitu rasio bunga jantan dan betina. Analisis AFLP menggunakan enzim restriksi Pst I dan Mse I. Tahap preamplifikasi menggunakan primer Pst I (P00) dan Mse I (M02), sedangkan untuk amplifikasi selektif menggunakan primer Pst I berlabel IRD 700 dan primer Mse I yang tidak dilabel. Sembilan puluh satu karakter hasil AFLP pada 10 aksesi jarak pagar dan dua karakter bunga dengan 91 lokus hasil AFLP pada lima aksesi jarak pagar digunakan untuk menganalisis keragaman genetik. Analisis keragaman menggunakan program NTSYS-pc 2.02 dan Minitabs 14.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: