Judul: Molecular Docking of the Active compound of Hibiscus (Hibiscus rosa-sinensis Linn.) on Antitoxin NAD+ Glycohydrolase Streptococcus pyogenes (IFS)
Abstrak: Streptococcus pyogenes merupakan bakteri penyebab faringitis dan memiliki mekanisme imunitas antitoksin NAD+ glikohidrolase (IFS), untuk pertahanan diri dari aktivitas NAD+ glikohidrolase (SPN) yang diproduksinya. Dalam penelitian ini IFS dijadikan target reseptor baru sebagai alternatif dalam memecahkan masalah resistensi antibiotik. Pendekatan yang dilakukan dalam penelitian ini adalah menambatkan senyawa-senyawa aktif dari bunga kembang sepatu dan daunnya pada permukaan IFS yang potensial untuk mencegah interaksi antara IFS dan SPN. Penelitian ini menggunakan metode in silico melalui penambatan multi ligan menggunakan program Autodock vina dan Autodock4. Hasil penelitian menunjukkan bahwa tarakserol asetat, stigmasterol, β-sitosterol dan peonidin-3-O- glucoside merupakan senyawa terbaik dengan nilai afinitas -7.5, -7.0, -6.9, dan -6.3 kkal/mol. Keempat senyawa berinteraksi dengan residu Tyr43, Met44, dan His137, dimana ketiganya juga berinteraksi dengan SPN ketika IFS terikat pada ligan alaminya ini. Diharapkan interaksi tersebut dapat mencegah pengikatan IFS terhadap SPN sehingga SPN menjadi toksin aktif yang dapat membunuh sel patogen S. pyogenes., Streptococcus pyogenes is a bacterium that causes pharyngitis and bacterium has an antitoxin NAD+ glycohydrolase (IFS) immunity mechanism, for self-defence from the NAD+ glycohydrolase (SPN) activity it produces. In this study, IFS was used as a new receptor target as an alternative in solving the problem of antibiotic resistance. The approach used in this study was to bonding the active compounds from hibiscus flowers and leaves to surface of potential IFS to prevent interactions between IFS and SPN. This study uses in silico method through computational multi-ligand with the Autodock Vina dan Autodock4 programs. The result showed taraxerol acetate, stigmasterol, sitosterol, and peonidin-3-O-glucoside were the best compounds with an affinity equal to -7.5, -7.0, -6.9 and -6.3 kcal/mol. The four compounds interact with three residues, Tyr43, Met44, and His137, where all three also interact with the SPN when IFS binds to this natural ligand. It is expected that the interaction can prevent the IFS binding of SPN so that SPN becomes an active toxin that can kill pathogenic S. pyogenes.
Keyword: Antibacterial, IFS, Hibiscus, Molecular docking

Judul: Analisis Potensi Daun Torbangun (Plectranthus amboinicus) sebagai Antibakteri terhadap Klebsiella pneumoniae secara in silico
Abstrak: Resistensi antibiotik adalah masalah global. Bakteri Klebsiella pneumoniae merupakan bakteri prioritas untuk ditemukan antibiotiknya karena adanya enzim extended spectrum beta-lactamase (ESBL) yang menyebabkan bakteri ini mudah mengalami resistensi. Daun torbangun diketahui memiliki banyak sekali kandungan flavonoid yang sering diteliti sebagai antibakteri. Penelitian ini bertujuan menganalisis potensi daun torbangun (Plectranthus amboinicus) sebagai antibakteri terhadap Klebsiella pneumoniae dengan metode in silico. Penelitian dilakukan dengan melakukan penambatan molekuler menggunakan aplikasi AutoDock Vina terhadap enzim dari bakteri Klebsiella pneumonia yaitu SHV (Sulfhydryl variable) dengan senyawa kimia yang diambil dari tanaman daun torbangun. Parameter yang digunakan adalah energi bebas ikatan, konstanta inhibisi, serta visualisasi ligan secara 3D dan 2D. Hasil yang diperoleh menunjukkan ligan alami memiliki energi bebas ikatan sebesar -6,7 kcal/mol dan konstanta inhibisi 12,11 µM. Nilai energi bebas ikatan dan konstanta inhibisi dari luteolin 3’Oglucuronide, apigenin 7-glucuronide, dan asam rosmarinat menunjukkan hasil yang lebih baik dibandingkan dengan ligan alami dari SHV-1 (1,4-thiazepine)., Antibiotic-resistant is a global issue. Klebsiella pneumoniae has high priority to find its antibiotic because it has extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) enzyme that makes the bacteria easy to resist the antibiotic. Indian borage is one of the empirical medicinal plants that contain flavonoids being used for treating the disease. This research had the purpose of analyzing Indian borage potential as an antibacterial for Klebsiella pneumoniae in silico. Docking is the method for this research by using AutoDock Vina, an application to attach enzyme ESBL from Klebsiella pneumoniae which mention as SHV (Sulfhydryl variable) and metabolite seconders from the plant. The analyzed parameter was binding free energy, inhibition constant, and visualization in 3D and 2D. Binding free energy and inhibition constant of a native ligand is -6.7 kcal/mol and 12.11 µM. Binding free energy value of apigenin 7-glucuronide and rosmarinic acid perform higher potency than the native ligand of SHV-1 (1,4-thiazepine).
Keyword: Daun torbangun, Klebsiella pneumoniae, Resistensi antibiotik, Penambatan molekuler

Judul: Pemanenan Energi Listrik dari Kincir Angin Vertikal
Abstrak: Usaha pemanenan energi angin di Indonesia masih sedikit. Sampai Tahun 2016 hanya 3.54 MW alat pemanenan energi angin yang sudah terpasang. Kendala utamanya ialah dibutuhkan investasi yang besar untuk membuatnya. Pembuatan kincir angin dengan ukuran yang lebih kecil dengan bahan yang dapat dibeli di pasar lokal menjadi solusi agar pembuatan kincir angin lebih ekonomis. Pembuatan kincir vertikal tipe Savonius dapat menjadi solusinya. Kincir vertikal Savonius dapat beroperasi pada kecepatan < 3 m/s dan ketinggian < 50 m. Kincir angin ini terdiri dari tiga sistem, yaitu generator, rotor kincir dan transmisi pulley-belt. Generator dibuat dari modifikasi motor AC dan magnet neodymium. Rotor kincir dibuat dari pipa PVC 4”, pipa alumunium ¾”, dan papan polikarbonat. Transmisi pulley-belt dibuat dari plastik dan karet. Kincir ini membutuhkan gaya minimal 3 N untuk dapat berputar atau torsi minimalnya 0.75 Nm. Kecepatan angin yang dibutuhkan untuk merotasikannya sebesar 1.9 m/s. Daya maksimal yang dapat dihasilkan ialah 5.76 watt berupa tegangan sebesar 36 volt dan arus 160 mA.
Keyword: energi terbarukan, generator, motor AC, sudu Savonius