Judul: Identifikasi Keragaman Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) DNA Mitokondria pada Ayam Lokal Indonesia
Abstrak: Penentuan rumpun ayam lokal merupakan hal yang sangat penting untuk pengesahan ayam lokal di Indonesia. Diperlukan penelitian lebih lanjut untuk menentukan perbedaan dari rumpun ayam lokal Indonesia. Penelitian ini menggunakan gen COI DNA mitokondria sebagai DNA barcoding untuk menentukan taksonomi ayam lokal Indonesia. DNA hasil ekstraksi dilanjutkan pada proses amplifikasi dan sekuens DNA pada gen COI. Hasil dari sekuensing dianalisis menggunakan MEGA5. Setelah diurutkan didapatkan sekuens sepanjang 653 pb dan didapatkan 5 kelompok. Kelompok 1 yaitu bangkok, walik, arab golden, arab silver, hutan merah, kampung, pelung, gaga, kate, ayam pedaging strain Cobb 1 dan 2. Kelompok 2 yaitu ayam petelur strain Lohman brown. Kelompk 3 yaitu ayam pedaging strain Cobb, kelompok 4 ayam leher gundul 4 dan kelompok 5 ayam serama. Hasil analisis menunjukan bahwa pada parsial 653 pb gen COI merupakan daerah yang conserved sehingga tidak dapat membedakan antar ayam lokal. Diperlukan penelitian lanjutan untuk menganalisis sekuen komplit COI (1 550 pb).
Keyword: 

Judul: Filogeni berdasarkan sekuens dna mitokondria gen Cytochrome oxidase I (Gen Coi) pada beberapa bangsa sapi lokal Indonesia
Abstrak: Perkembangan jenis sapi di Indonesia berasal dari sapi asli seperti sapi bali dan juga sapi hasil silangan yang telah menjadi sapi lokal seperti sapi pesisir, sapi madura, sapi aceh, dan sapi Peranakan Ongole (PO). Sapi lokal Indonesia memiliki keanekaragaman tinggi seperti warna kulit maupun ukuran tubuh. Pendekatan penanda molekuler mampu membedakan bangsa sapi lokal Indonesia secara baik. Penelitian ini dilakukan untuk merekonstruksi pohon filogenetik beberapa bangsa sapi lokal Indonesia berdasarkan sekuens DNA mitokondria gen Cytochrome Oxidase I (COI). Sampel yang digunakan adalah sampel sapi bali, madura, aceh, pesisir, dan PO. Amplifikasi secara in vitro dilakukan dengan teknik Polymerase Chain reaction (PCR). 10 sampel berhasil diamplifikasi dan menghasilkan produk amplifikasi sebesar 710 pb, namun hanya delapan sampel yang berhasil dirunutkan dan dianalisis. Analisis hubungan kekerabatan pada sapi lokal Indonesia menunjukkan bahwa, sapi bali terpisah dari pengelompokan keempat bangsa sapi lainnya. Sapi aceh, pesisir, PO, dan madura terletak dalam kelompok yang sama dengan Bos indicus. Dari kedua pengelompokan tersebut menunjukkan bahwa sapi bali mempunyai asal-usul tersendiri sedangkan keempat sapi lainnya berasal dari kelompok sapi zebu.
Keyword: 

Judul: Numerical modeling of the hydrodynamics of standing wave and scouring in front of impermeable breakwater with different steepnesses
Abstrak: The aim of this paper is to numerically study the effects of breakwater steepness on the hydrodynamics of standing wave and scouring process in front of impermeable breakwaters. A two-dimensional hydrodynamics model based on the Reynolds Averaged Navier–Stokes (RANS) equations and the Volume of Fluid (VOF) method was developed and then combined with an empirical sediment transport model. Comparisons with an analytical solution and experimental data showed the present model is very accurate in predicting the near bottom velocity and capable of simulating the scour/deposition patterns consistent with experimental data. It was found that the additional terms of bottom shear stress in the momentum equations are necessary to produce a physical scouring pattern. Different breakwater steepnesses produce different characteristics of standing wave, the steady streaming system, and scouring pattern in front of the breakwaters, which also affects the correlations between them. An additional analysis of the turbulence field parameters and the sediment transport rate was also performed. All these important information will be presented in details in this paper and can be worthwhile for designing the breakwater in coastal areas.
Keyword: The RANS–VOF model Standingwave Steadystreamingsystem Scouring pattern Breakwatersteepness