Judul: In Silico and In Vitro Study of Antimicrobial Peptide on Growth Performance of Broiler Chickens and Piglets
Abstrak: Industri peternakan ayam broiler dan babi merupakan sektor peternakan yang strategis. Berkembangnya industri ini menyebabkan kebutuhan antibiotik imbuhan pakan meningkat. Antibiotik imbuhan pakan dibutuhkan oleh industri tersebut untuk mengurangi kerugian akibat penyakit diare dan dampak negatif lainnya. Akan tetapi, antibiotik imbuhan pakan mulai dilarang penggunaannya dikarenakan ditemukannya kasus alergi, kanker, resistensi terhadap bakteri patogen, dan dampak merugikan lainnya. Oleh karena itu, diperlukan alternatif baru yang tidak menimbulkan dampak negatif serupa. Salah satu alternatif adalah penggunaan peptida antimikroba (PAM). Peptida antimikroba merupakan peptida aktif yang memiliki aktivitas antimikroba, antifungi, dan antiviral. Keunggulan peptida antimikroba adalah peptida ini mudah didegradasi, tahan suhu tinggi, memiliki spektrum luas melawan bakteri patogen, dan tidak menimbulkan efek resistensi. Mekanisme peptida antimikroba yaitu peptida ini mengenali bakteri patogen melalui pengenalan sinyal dari dinding bakteri berupa lipopolisakarida. Bakteri yang teridentifikasi kemudian diikat oleh peptida ini dan dirusak dinding selnya dan/atau menghambat proses sintesis protein melalui pembentukan oksida reaktif. Kajian eksperimen terkait peptida antimikroba sudah mulai banyak dilakukan. Akan tetapi, penjabaran efek positifnya masih saling tumpang tindih, sehingga terjadi bias diantara penelitian. Metode pendekatan yang digunakan untuk menyelesaikan permasalahan tersebut adalah kajian in silico menggunakan analisis komponen utama dan meta-analisis. Selain itu, di dalam penelitian ini juga dilakukan sintesis peptida antimikroba asal maggot (Hermetia illucens) yaitu cecropin like-peptide 1 (CLP1). Selain itu juga, uji antikanker ekstrak akuades dan etanol maggot terhadap sel kanker leukemia (yaitu MOLT4 dan K562). Kajian in silico menggunakan data yang bersumber dari perpustakaan digital, literatur yang dipergunakan adalah jurnal yang relevan terkait topik penelitian. Kemudian, jurnal tersebut dipilih menggunakan protokol seleksi data dan dibangun model matematika yang merepresentasikan data. In vitro, cecropin asal maggot disintesis menggunakan sistem IVT (In Vitro Translation). Komplemen DNA cecropin ditumpang tindihkan pada fragmen T7-IRES-Kozak dan selanjutnya ditranslasikan menggunakan lisat sel epitelium. Produk peptida CLP1 diidentifikasi menggunakan SDS-PAGE, dot blot, dan mikroskop fluoresen. Ekstrak etanol dan akuades maggot diuji sitotoksiksitasnya pada sel MOLT4 dan K562 kemudian IC50 ditentukan menggunakan regresi linier. Temuan dari pemodelan in silico menggunakan analisis komponen utama, bahwa peptida antimikroba asal serangga yang dikelompokkan menjadi empat kelompok utama yaitu peptida α-heliks, peptida kaya sistein, polipeptida kaya glisin, dan peptida kaya prolin. Peptida kaya sistein memiliki aktivitas penghambatan terhadap tiga jenis mikroba yaitu bakteri gram-negatif, fungi, dan khamir. Peptida ini memiliki asam amino sistein yang membentuk jembatan disulfida sehingga struktur tersiernya menjadi stabil. Peptida lain seperti cecropin (α-heliks) asal maggot memiliki sifat antibakteri dan antikanker. Cecropin like-peptide 1 yang disintesis secara in vitro tidak mampu dideteksi menggunakan SDS-PAGE, dot blot, dan mikroskop fluoresen. Ekstrak akuades dan etanol maggot memiliki IC50 sebesar 123; 114; 204; dan 246 μg mL -1 masing-masing untuk akuades MOLT4, akuades K562, etanol MOLT4, dan etanol K562 secara berurutan. Kajian in silico menggunakan meta-analisis pada ayam broiler dan anak babi menghasilkan temuan sebagai berikut. Pertambahan bobot badan broiler kuadratik nyata (P<0,05) meningkat dengan level maksimum PAM sebesar 346 dan 360 mg kg -1 secara berurutan untuk fase starter dan finisher. Selain itu, populasi E. coli, koliform, dan bakteri aerobik nyata (P<0,05) turun di illeum. Performa pertumbuhan anak babi seperti pertambahan bobot badan signifikan (P<0,05) meningkat. Bobot badan anak
Keyword: antimicrobial peptides, cecropin, Hermetia illucens, meta-analysis, MOLT4

Judul: In Silico Study: The Potential of Kaffir lime leaves  (Citrus hystrix) as an Alternative to Antibiotic Growth Promoter (AGP) in Broiler  Chickens
Abstrak: Ayam broiler merupakan ternak yang rentan terinfeksi mikroorganisme pa togen, sehingga banyak peternak menggunakan Antibiotic Growth Promoter (AGP). AGP merupakan imbuhan pakan yang diberikan untuk memacu pertum buhan dan memperbaiki saluran pencernaan, namun kini sudah dilarang penggunaannya. Pelarangan AGP menyebabkan peralihan penggunaan imbuhan pakan seperti imbuhan pakan fitogenik. Daun jeruk purut (Citrus hystrix) mem iliki senyawa aktif metabolit sekunder sehingga berpotensi untuk dijadikan im buhan pakan fitogenik. Penelitian ini bertujuan menganalisis potensi senyawa ak tif daun jeruk purut dengan melihat berbagai aktivitas biologi dan kemampuan dalam menghambat bakteri E. coli dan S. aureus menggunakan metode in silico. In silico merupakan metode komputasi yang digunakan untuk memprediksi kiner ja senyawa aktif suatu bahan. Senyawa aktif yang diperoleh berasal dari jurnal terindeks scopus, kemudian dilakukan pencarian kode SMILES, nilai probable activity (Pa), dan prediksi interaksi antara senyawa aktif dengan protein bakteri E.coli dan S.aureus. Hasil yang didapatkan yaitu 143 senyawa aktif memiliki kode SMILES dan 96 dari 143 senyawa aktif memiliki nilai Pa 0,300 pada ak tivitas antibakteri, antioksidan, penghambat glikosiltransferase peptidoglikan, antiinfeksi, imunomodulator, dan antiinflamasi sehingga berpotensi sebagai alter natif AGP. Daun jeruk purut juga mampu menghambat bakteri E. coli dan S. aureus secara in silico., Broiler chickens are livestock that are susceptible to infection with pathogenic microorganisms, so many farmers use Antibiotic Growth Promoter (AGP). AGP is a feed additive given to stimulate growth and improve the digestive tract, but its use is now prohibited. The prohibition of AGP has led to a shift in the use of feed additives such as phytogenic feed additives. Kaffir lime leaves (Citrus hystrix) have active secondary metabolite compounds that have the potential to be used as phytogenic feed additives. This study aims to analyzing the potential of the active compounds and the activity kaffir lime leaves by looking at various biological activities and abilited E. coli and S. aureus bacteria using the in silico method. In silico is a computational method used to predict the performance of the active compound of a material. The active compounds were obtained from scopus indexed journals, then searched for the SMILES code, probable activity (Pa) values, and predicted interactions between the active compounds and the proteins of E.coli and S.aureus bacteria. The results obtained were 143 active compounds had SMILES code and 96 of 143 active compounds had a Pa 0,300 value for antibacterial, antioxidant, peptidoglycan glycosyltransferase inhibitor, anti-infective, immunomodulatory, and anti-inflammatory so that it has the potential to be used as an alternative to AGP. Kaffir lime leaves are also able to inhibit E. coli and S. aureus bacteria in silico.
Keyword: antibiotik growth promoter, in silico

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: