Judul: Phylogenetic Studies and Their Relation to Oseltamivir and Zanamivir Resistance in Indonesian H1N1 Influenza Virus Isolates between 2009-2020
Abstrak: Pandemi virus H1N1 pada tahun 2009 menyerang hampir seluruh negara di dunia, termasuk Indonesia. Mutasi genetik menyebabkan munculnya strain virus baru yang memiliki kemampuan menyebar dengan cepat dan menyebabkan beberapa kelainan kesehatan pada penderita. Penelitian ini bertujuan melakukan studi filogenetik virus H1N1 isolat Indonesia pada tahun 2009-2020 untuk melihat asal penyebarannya serta kaitannya dengan resistensi terhadap obat antivirus oseltamivir dan zanamivir. Metode terdiri atas pengolahan data gen HA dan gen NA virus H1N1 isolat Indonesia, konstruksi pohon filogenetik, visualisasi pohon filogenetik, dilanjutkan dengan pensejajaran 25 sekuen protein NA dan HA. Hasil penelitian menunjukkan virus H1N1 yang ada di Indonesia memiliki kekerabatan paling dekat dengan isolat dari California dan Guangdong. Analisis pensejajaran sekuen protein menunjukkan adanya masing-masing satu mutasi pada H275Y, S247N, dan G249R. Mutasi pada H275Y dan S247N mengakibatkan virus mengalami resistensi terhadap antiviral oseltamivir, sedangkan mutasi pada G249R mengakibatkan virus mengalami resistensi terhadap zanamivir., The H1N1 virus pandemic in 2009 attacked almost all countries in the world, including Indonesia. Genetic mutations cause the emergence of new viral strains that have the ability to spread quickly and cause several health disorders in sufferers. This study aims to conduct a phylogenetic study of the H1N1 virus isolates from Indonesia in 2009- 2020 to see the origin of its spread and its relationship to resistance to the antiviral drugs oseltamivir and zanamivir. The method consisted of processing data on the HA and NA genes of the Indonesian H1N1 virus, construction of a phylogenetic tree, visualization of the phylogenetic tree, followed by the alignment of 25 NA and HA protein sequences. The results showed that the H1N1 virus in Indonesia had the closest kinship with isolates from California and Guangdong. Alignment protein analysis showed the presence of one mutation each in H275Y, S247N, and G249R. Mutations in H275Y and S247N caused the virus to develop resistance to the antiviral oseltamivir, while mutations in G249R caused the virus to develop resistance to zanamivir.
Keyword: phylogenetics, H1N1, hemagglutinin, mutation, neuraminidase, phylogenetics

Judul: Identifikasi Subtipe, Patogenitas, Dan Filogenetik Virus Avian Influenza Isolat 2012–2013.
Abstrak: Penyakit Avian Influenza (AI) merupakan penyakit infeksius yang sangat penting pada unggas yang disebabkan oleh virus Avian Influenza. Penyakit ini pertama kali masuk ke Indonesia pada tahun 2003 dan telah menyebar secara luas menyebabkan kerugian ekonomi yang besar dan kematian yang tinggi pada peternakan-peternakan unggas. Dewasa ini wabah penyakit AI masih sering terjadi secara sporadis meskipun pada peternakan yang telah rutin divaksin AI. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menentukan subtipe dan patogenitas virus AI serta melakukan analisis filogenetik dan jarak kekerabatan gen hemaglutinin dari virus-virus AI yang diisolasi pada tahun 2012–2013 di daerah Jawa Barat, Jawa Tengah, dan Medan. Sampel diperoleh dari peternakan unggas yang mengalami wabah penyakit AI dan diinokulasikan serta dipropagasi dalam Telur Ayam Berembrio (TAB) specific pathogen free (SPF) berumur 10 hari.Cairan alantois yang dipanen 5 hari setelah inokulasi diuji hemaglutinasi (HA). Cairan alantois dengan HA positif diuji lebih lanjut untuk menentukan subtipe hemaglutinin dan neuraminidase menggunakan real-time reverse transcription polymerase chain reaction (RRT-PCR) dan dipersiapkan untuk proses pengurutan oligonukleotida menggunakan reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). Hasil proses pengurutan oligonukleotida dari gen hemaglutinin digunakan dalam analisis pola asam amino daerah pemotongan gen hemaglutinin dan hubungan kekerabatan antar virus-virus yang diisolasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa semua isolat tergolong ke dalam HPAI H5N1 dengan pola asam amino daerah pemotongan PQRESRRKKR/GLF dan PQRERRRKR/GLF. Isolat-isolat tersebut terbagi ke dalam klaster 2.1 dan klaster 2.3 dan masih memiliki hubungan kekerabatan yang dekat dengan jarak genetik kurang dari 0.3 antara virus yang satu dengan yang lainnya dan juga terhadap beberapa isolat virus AI yang menyebabkan wabah-wabah sebelumnya di Indonesia. Di masa mendatang isolat-isolat yang digunakan dalam penelitian ini dapat dimanfaatkan sebagai alternatif strain virus untuk produksi vaksin AI yang diharapkan dapat melindungi peternakan-peternakan unggas terhadap ancaman wabah AI.
Keyword: Avian Influenza, daerah pemotongan, hemaglutinin, patogenitas, filogenetik

Judul: Metrik Einstein (Anti-) Self-Dual Berdimensi Empat dengan Metode Cartan
Abstrak: Gravitational field equation can be formulated in differential forms (differential geometry), which describes gravity as a manifestation of the curvature of space-time. Curvature of space-time is characterized by a metric that satisfies the gravitational field equation. With differential forms it can be formulated the (anti-) self-dual Einstein equation, which is a modification of the Cartan structure in (anti-) self-dual basis. Calculation of (anti-) self-dual metric with (anti-) self-dual Einstein equation is simpler than the calculation using Christoffel symbols.
Keyword: