Judul: Pola Spasial dan Variasi Temporal dari Front Arlindo di Transek 115˚BT Selatan Bali - Australia
Abstrak: Massa air Arlindo yang keluar dari Selat Utama (Lombok, Ombai, dan Timor) ke Samudera Hindia dicirikan oleh suhu yang lebih dingin dan salinitas lebih tawar yang membentuk lapisan homocline dan homohaline di lapisan termoklin dan intermediate, sehingga membentuk batas yang tegas (front) dengan massa air Samudera Hindia. Variabilitas dari front Arlindo antara Selatan Bali dan Australia ini masih belum banyak dikaji. Penelitian ini bertujuan mendeskripsikan front Arlindo yang mencakup struktur vertikal, pola spasial, dan variasi temporal di transek 115˚BT. Data deret waktu suhu dan salinitas bersumber dari data bulanan gridded CTD Argo float selama 15 tahun (2004 – 2018). Analisis Emphirical Orthogonal Function (EOF) dan analisis Power Spectral Density (PSD) diterapkan di dalam analisis data deret waktu. Struktur massa air Arlindo dari hasil diagram TS di wilayah perairan Selatan Bali – Australia dicirikan dengan salinitas rendah di sisi utara pada lapisan permukaan hingga kedalaman 400 m, sedangkan massa air Subtropical South Indian Water (STW) dicirikan dengan salinitas maksimum diatas 34 psu pada lapisan termoklin di sekitar 220 m. Pola spasial front Arlindo diterangkan dari suhu dan salinitas pada 5 mode terbesar EOF dengan persentase total variance sebesar 88.6% (suhu) dan 80.7% (salinitas). Pola spasial mode pertama suhu memiliki persentase explained variance sebesar 67.9% menunjukkan lapisan permukaan hingga 100 m didominasi koefisien negatif, dan memiliki perbedaan fase pada lapisan atas (upper layer) dengan lapisan termoklin. Intrusi massa air Samudera Hindia terlihat dari EOF salinitas mode pertama dengan explained variance sebesar 54.6% di kedalaman 200 m – 300 m. Variabilitas temporal suhu dan salinitas dari mode yang bersesuaian memiliki nilai periodisitas dominan skala semi-tahunan, tahunan, dan antar-tahunan. Hasil analisis Hovmoller menunjukkan respon suhu dan salinitas di kedalaman 50 m dan 150 m pada saat terjadi fenomena El Nino kuat dan IOD positif pada tahun 2015 dan La Nina kuat pada tahun 2011.
Keyword: Analisis EOF, argo float, front Arlindo, gridded CTD data, variabilitas temporal

Judul: Struktur Dan Variabilitas Arus Lintas Indonesia Di Selat Makassar
Abstrak: Selat Makassar (SM) yang merupakan pintu masuk utama Arus Lintas Indonesia (Arlindo) diketahui membawa transpor Arlindo sekitar 75% dari total 15 Sv (Sv= ). Kontur Selat yang berupa kanal dengan keragaman kedalaman sangat mempengaruhi karakteristik massa air yang bergerak di dalamnya sehingga diperlukan penelitian mencakup seluruh kawasan SM. Analisis deret waktu dari arus di SM dengan menggunakan mooring arus telah dilakukan sejak tahun 1996 hingga sekarang namun demikian pengukuran hidrografi yang mencakup seluruh kawasan SM masih jarang dilakukan. Selain itu telah dibuat pemodelan untuk mengetahui variabilitas pada seluruh kawasan SM oleh beberapa peneliti. Namun analisis deret waktu pada setiap kedalaman yang dilewati Arlindo masih jarang dilakukan. Tujuan dari penelitian ini adalah mengkaji struktur dan variabilitas Arlindo di kawasan SM. Data hidrografi merupakan data hasil Ekspedisi Widya Nusantara (EWIN) pada Juni 2013. Data terdiri dari 29 stasiun CTD dan data arus dari SADCP (Shipboard Acoustic Doppler Current Profilers) sepanjang lintasan survei. Untuk analisis deret waktu digunakan data hasil model INDESO (Infrastructure Development for Space Oceanography) selama tahun 2007-2013 pada kedalaman 25, 92 dan 318 m dengan penerapan analisis EOF (Empirical Orthogonal Function) menggunakan 3 mode terbesar serta analisis trajektori partikel massa air. Hasil penelitian menunjukkan Arlindo SM dicirikan oleh arus jet kuat pada kedalaman termoklin (75-125 m), dimana aliran masuk menuju barat daya. Mendekati 1°LS, arah aliran berubah ke tenggara menyusuri lereng dangkalan Kalimantan yang mengarah ke Kanal Labani. Arus jet berubah arah menuju selatan pada Kanal Labani dan menjadi semakin kuat. Aliran mengalami resirkulasi membentuk pusaran arus searah jarum jam pada tepi barat laut SM. Massa air Arlindo SM didominasi oleh massa air Pasifik Utara, yaitu North Pacific Subtropical Water (NPSW) di kedalaman termoklin dan North Pacific Intermediate Water (NPIW) di kedalaman bawah termoklin. Terdapat variasi spasial dari massa air NPSW dan NPIW, dimana semakin ke arah selatan karakteristik massa air mengalami transformasi. Ketebalan lapisan termoklin di sisi timur pintu masuk selat lebih besar sehingga distribusi massa air Pasifik Utara tersebut berasal dari sisi timur dan mengalir dengan arah menuju barat daya. Sehingga ditemukan intensifikasi Arlindo pada tepi barat dengan posisi sekitar 1-2˚LS. Hasil model INDESO menunjukan eksistensi 4 eddy besar pada tepi SM dengan pusaran searah dan berlawan jarum jam. Energi kinetik serta aliran pada eddy lebih tinggi selama musim timur. Di selatan SM, ditemukan 3 percabangan Arlindo dengan aliran cenderung melalui cabang timur dan tengah ditemukan di selatan SM. Aliran Arlindo pada cabang barat melemah selama musim barat di kedalaman permukaan yang diduga akibat pengaruh pergerakan massa air permukaan ke arah utara selama musim tersebut. Sedangkan pada kedalaman iii termoklin aliran lebih kuat pada cabang barat selama musim barat yang disebabkan oleh melemahnya eddy yang terbentuk pada wilayah barat di selatan SM. Analisis temporal dengan menggunakan metode EOF untuk menemukan variabilitas dominan yang terjadi pada wilayah SM menunjukan variabilitas yang berbeda pada setiap kedalaman. Explained variance 79.1 % pada EOF Mode 1 di kedalaman permukaan menunjukan pengaruh periode antar tahunan (512 harian) yang kuat yang diduga dipengaruhi oleh siklus ENSO. Variabilitas antar tahunan ditemukan bersamaan dengan variabilitas intra musiman dengan periode 33,57 dan 73 harian namun dengan energi densitas yang
Keyword: Arus Lintas Indonesia, EWIN 2013, INDESO, Selat Makassar, Variabilitas Arlindo

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA