Judul: Virus pada Kedelai dan Upaya Pengelolaannya di Kabupaten Bima, Nusa Tenggara Barat
Abstrak: Kedelai merupakan salah satu komoditas unggulan di Indonesia. Produksi kedelai selalu mengalami fluktuasi setiap tahunnya. Banyak faktor yang memengaruhi fluktuasi produksi kedelai di Indonesia, salah satunya disebabkan oleh infeksi virus. Informasi mengenai identitas virus yang menginfeksi tanaman kedelai dan upaya pengelolaannya di lapangan masih sangat terbatas di Nusa Tenggara Barat. Oleh karena itu, tujuan dari penelitian ini adalah mendeteksi dan mengidentifikasi virus yang menginfeksi tanaman kedelai di Bima Nusa Tenggara Barat serta upaya pengelolaannya di lapangan. Sampel tanaman bergejala telah dikoleksi dengan metode purposive sampling yaitu sebanyak 50 sampel daun dari masing-masing lokasi. Wawancara terhadap 40 petani menggunakan kuisioner terstruktur telah dilakukan untuk mendapatkan informasi hubungan teknik budi daya dengan insidensi penyakit pada kedelai di lapangan. Sampel diambil dari beberapa pertanaman kedelai di tiga kecamatan yaitu Palibelo, Bolo, dan Madapangga. Identifikasi virus baru dan virus yang dominan dilakukan dengan polymerase chain reaction (PCR) atau reverse transcription (RT)-PCR menggunakan primer universal CP-Potyvirus, CI-Potyvirus, Begomovirus, dan Polerovirus dan perunutan serta analisis DNA. Perlakuan pengendalian virus pada kedelai di lapangan terdiri atas kontrol (A1), kitosan (A2), ekstrak daun bogenvil (A3), kitosan+ekstrak daun bogenvil (A4), dan perlakuan pembanding insektisida (A5) yang ditanam dalam petak dengan dan tanpa tanaman pembatas. Insidensi dan keparahan penyakit serta populasi kutudaun serta AUDPC intensitas diamati dan diukur. Virus yang menginfeksi tanaman uji dideteksi dengan metode dot immunobinding assay (DIBA). Hasil analisis data wawancara petani menunjukkan bahwa varietas kedelai, asal benih, penggunaan insektisida, dan frekuensi penggunaan pestisida berpengaruh nyata terhadap insidensi penyakit pada kedelai di lapangan. Berdasarkan hasil deteksi dan identifikasi, ada 5 virus yang menginfeksi tanaman kedelai di Bima Nusa Tenggara Barat yaitu Uraria mosaic virus (UMV), Bean common mosaic virus strain Peanut stripe (BCMV-PSt), BCMV, Pepper yellow leaf curl virus (PepYLCV), dan Soybean chlorotic leafroll virus (SbCLRV). Analisis nukleotida menunjukkan bahwa similaritas isolat PepYLCV, SbCLRV, BCMV, UMV, dan BCMV-PSt berturut-turut berkisar 99,1-99,6%, 96,0- 97,1%, 90-91%, 75,4%, dan 96,0-99,4% terhadap isolat virus yang sama dari negara lain. Similaritas nukleotida paling tinggi PepYLCV dengan isolat PepYLCAV (LC387328) asal Indonesia, SbCLRV dengan isolat Cina (OM507197), BCMV dengan isolat Meksiko (AF328751), UMV dengan isolat Jepang (LC477217), dan BCMV-PSt dengan isolat Turki (MZ442684). Analisis pohon filogeni menunjukkan bahwa hampir semua virus yang teridentifikasi di Bima berada dalam satu kluster dan terpisah dengan kelompok isolat negara lain, kecuali UMV dan BCMV-PSt. Virus dari Bima tidak sedikit memiliki kelompok yang dekat dengan isolat Indonesia. Penelitian ini merupakan laporan pertama PepYLCV menginfeksi tanaman kedelai di NTB, serta laporan pertama SbCLRV dan UMV menginfeksi tanaman kedelai di Indonesia. Efektivitas perlakuan pada petak dengan tanaman pembatas mampu menurunkan populasi kutudaun, insidensi dan keparahan penyakit lebih tinggi dibandingkan dengan perlakuan yang sama pada petak tanpa tanaman pembatas. Hasil pengujian perlakuan pengendalian terhadap populasi kutudaun di lapangan menunjukkan sangat efektif jika dilakukan kombinasi pengelolaan terpadu seperti penggunaan kitosan, ekstrak daun bogenvil, dan kitosan+ekstrak daun bogenvil yang dikombinasikan dengan penggunaan tanaman pembatas jagung. Perlakuan pengendalian yang dikombinasikan dengan penggunaan tanaman pembatas tersebut juga terbukti mampu mengurangi intensitas penyakit mosaik pada kedelai di lapangan, selain itu perlakuan kitosan+ekstrak daun bogenvil dengan tanaman pembatas mampu meningkatkan produksi kedelai melebihi perlakuan pembanding (insektisida). Efektivitas perlakuan kitosan,
Keyword: barrier crops, IPM, NTB, soybean, virus identity

Judul: Cowpea mild mottle virus; Keragaman Genetik, Kisaran Inang, Potensi Tular Benih pada Kedelai, dan Epidemi Penyakit.
Abstrak: Kedelai merupakan salah satu komoditas pangan utama di Indonesia setelah padi dan jagung. Produktivitas kedelai saat ini masih di bawah target pemerintah untuk mencapai swasembada kedelai. Oleh karena itu sejak tahun 2015 pemerintah melalui Kementerian Pertanian mengupayakan swasembada kedelai melalui program Upaya Khusus Padi Jagung Kedelai (Upsus Pajale). Program tersebut dilaksanakan dengan perluasan lahan tanam serta peningkatan produktivitas di sentra-sentra budidaya tanaman pangan. Berbagai faktor yang dapat meningkatkan daya hasil tanaman kedelai perlu untuk diperhatikan dan diterapkan. Penelitian dilakukan dengan tujuan utama mempelajari sifat-sifat CPMMV dan status tular benihnya pada kedelai di Indonesia. Salah satu kendala dalam budidaya kedelai adalah infeksi virus yang dapat menyebabkan penyakit penting dan menurunkan produktivitas tanaman kedelai. Cowpea mild mottle virus (CPMMV) merupakan salah satu virus yang dilaporkan menjadi penyakit endemik di pertanaman kedelai di Jawa dan Sumatera. Survei telah dilakukan untuk memperbaharui status daerah sebar CPMMV pada kedelai di Indonesia. Selain itu dilakukan juga penelitian untuk mendapatkan karakter molekuler, serta variasi genetik CPMMV dari beberapa daerah budidaya kedelai di Indonesia. Hasil survei tahun 2014-2015 mengonfirmasi CPMMV sebagai virus yang paling banyak dideteksi dari sampel tanaman kedelai asal Jawa Barat (Cirebon, Cianjur, Bogor), Daerah Istimewa Yogyakarta (Bantul), Jawa Timur (Ngawi), Sumatera Selatan (Musi Banyuasin), Bengkulu (Sungai Hitam), Jambi (Kota Baru), dan Sulawesi Tenggara (Kendari). Selain CPMMV, juga berhasil dideteksi Cucumber mosaic virus (CMV), Soybean mosaic virus (SMV), dan Mungbean yellow mosaic India virus (MYMIV) pada sampel hasil survei. Lima klon DNA coat protein CPMMV asal Bantul, Musi Banyuasin, Cirebon, Kendari dan Cianjur berhasil diperoleh dan sudah dilakukan sikuensing. Homologi sikuen diantara CPMMV isolat Indonesia berkisar antara 88.2-99.8%; sedangkan homologinya dengan CPMMV isolat Taiwan dan China berkisar 88.2-98.6%. Berdasarkan analisis filogenetik diketahui bahwa CPMMV isolat Bantul, Cirebon, Musi Banyuasin (Palembang) membentuk satu kelompok dengan CPMMV isolat Taiwan (nomor aksesi JX020701); sedangkan CPMMV isolat Cianjur lebih dekat dengan isolat China (nomor aksesi KX534092); dan CPMMV isolat Kendari lebih dekat dengan isolat Puerto Rico (nomor aksesi GU191840), Brazil (nomor aksesi KC884247), dan USA (nomor aksesi KC774020). Perbedaan kisaran inang, dan keragaman gejala infeksi CPMMV telah banyak dilaporkan. Namun, CPMMV belum pernah dilaporkan menyebabkan infeksi alami pada tanaman lain selain kedelai di Indonesia. Pengujian kisaran inang telah dilakukan pada beberapa tanaman Leguminoceae (Vigna unguiculata subsp. sesquipedalis, V. radiata, Phaseolus vulgaris, Arachis hypogaea, dan Glycine max), Solanaceae (Lycopersicum esculentum, Solanum melongena, Nicotiana tabacum, dan N. benthamiana), Amaranthaceae (Gomphrena globosa), dan Chenopodiaceae (Chenopodium amaranticolor) menggunakan dua isolat CPMMV, yaitu isolat CR16 (asal Cirebon) dan KN10 (asal Kendari). Selain itu juga diuji respons 10 varietas kedelai terhadap infeksi CPMMV. Metode inokulasi CPMMV pada tanaman uji adalah secara mekanis. Infeksi CPMMV pada tanaman uji dikonfirmasi dengan metode dot immunobinding assay (DIBA) menggunakan antiserum spesifik CPMMV. Hasil pengujian kisaran inang menunjukkan bahwa diantara 11 tanaman uji, gejala lokal hanya muncul pada C. amaranticolor dan G.globosa; sedangkan gejala sistemik ditemukan pada 9 tanaman uji lainnya. Semua tanaman uji yang menunjukkan gejala sistemik dapat menimbulkan infeksi CPMMV saat diinokulasi kembali pada tanaman kedelai. Hal ini menunjukkan potensi tanaman Leguminoceae dan Solanaceae sebagai sumber inokulum CPMMV pada tanaman kedelai. Varietas ‘Argomulyo’, dan ‘Grobogan’ tahan CPMMV isolat CR16; namun, tidak
Keyword: insidensi penyakit, kehilangan hasil, penyakit belang, survei

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: