Judul: Ekspansi KueriAnotasiGene Ontology Menggunakan Pseudo Relevance Feedbackdan Concept Embeddings
Abstrak: Dengan berkembangnyapenelitian padaBiodiversity infomaticsdan beberapa upaya penelitian untuk mengakses dan menganalisa sumber informasi terkait molecular biology khususnya analisis gen pada format digital, diperlukan alat untuk mencari informasi yang relevan sesuai dengan kebutuhan infomasi pengguna.Gene ontologymerupakansalah satu sumber representasi pengetahuan menggunakan taksonomi dan relasi untuk analisis gen dalam domain biologi molekular. Penelitian ini mengembangkan mesin pencari pada domain gen tumbuhan yang dapat mengembalikan hasil infomasi yang relevan dari anotasi gen. Mesin pencari ini menggunakan metode kueri ekspansi berbasis konsep semantik untuk mencari anotasi yang mengandung konsep yang mirip dengan masukan pengguna. Dokumen yang dikembalikan adalah urutan berdasarkan bobot hasil indeks Apache Solr dan metode concept embeddings. Kinerja dari metode ini menghasilkan MAP sebesar 0.913 dari sepuluh teratas hasil pencarian anotasi.
Keyword: biodiversity informatics, concept-based query expansion, ekspansi kueri, Gene ontology, pseudo relevance feedback

Judul: Ukuran Kemiripan Gene Ontology Annotation Berbasis Language Model Dirichlet Similarity Menggunakan Solr
Abstrak: Informasi mengenai keanekaragaman hayati khususnya gen tumbuhan banyak ditemukan dari buku-buku terkait ataupun dari internet. Tetapi informasi ini sangatlah besar dan memiliki format yang berbeda-beda. Biodiversity Informatics dapat menutupi kekurangan ini dengan menggunakan struktur ontologi sebagai representasi pengetahuannya. Gene Ontology (GO) merupakan ontologi yang menyediakan informasi mengenai gen. Dalam penelitian ini digunakan sebuah mesin pencari Apache Solr untuk mencari data dengan skala besar seperti GO. Urutan ranking dokumen yang dikembalikan ditentukan dengan melihat kemiripan language model dengan dokumen yang telah dilakukan smoothing dengan metode Dirichlet Smoothing. Pengaruh salah satu parameter Dirichlet, panjang dokumen, terhadap estimasi peluang tidak terlalu besar. Tingkat relevansi sistem berdasarkan nilai MAP dan R-precision sudah cukup relevan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa semakin besar panjang dokumennya maka akan semakin kecil pengaruh Dirichlet prior terhadap estimasi peluang.
Keyword: biodiversity informatics, gen tumbuhan, ontologi, temu kembali informasi

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: