Judul: Keragaman Alel Spesifik Fibromelanosis (Fm) dan Asosiasinya dengan Mineral Daging pada Ayam Lokal
Abstrak: Ayam cemani adalah sumber daya genetik ternak asli Indonesia yang seluruh tubuh dan organ dalamnya berwarna hitam. Mutasi warna hitam pada ayam disebut Fibromelanosis. Fibromelanosis disebabkan dua region pada kromosom 20 mengalami duplikasi dan salah satunya mengandung gen EDN3. Gen EDN3 berfungsi dalam pembentukan melanosit yang berlebih. Mutasi alel spesifik fibromelanosis yang tidak seimbang menyebabkan perbedaan derajat kehitaman. Warna hitam pada ayam cemani dipercaya masyarakat sebagai obat tradisional karena memiliki kandungan antioksidan yang tinggi. Antioksidan berfungsi untuk mencegah pembentukan radikal bebas. Mineral besi (Fe), seng (Zn), mangan (Mn), dan selenium (Se) merupakan mineral mikro yang berperan sebagai antioksidan. Penelitian ini bertujuan menganalisis keragaman alel spesifik di daerah Fibromelanosis pada kromosom 20 dan asosiasinya dengan mineral daging pada ayam lokal. Sampel ayam yang digunakan sebanyak 150 sampel terdiri atas 50 ekor ayam cemani dari Balai Penelitian Ternak (Balitnak), Ciawi-Bogor, 50 ekor ayam cemani dari PT. Sumber Unggas Indonesia (SUI), Parung-Bogor, 47 ekor ayam IPB-D dari IPB University, Dramaga-Bogor dan 3 ekor ayam broiler dari supermarket, Dramaga-Bogor. Ayam IPB-D dan ayam broiler digunakan sebagai pembanding. Metode Polymorphism Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) digunakan untuk menganalisis keragaman alel spesifik Fibromelanosis. Enzim restriksi yang digunakan untuk pemotongan adalah MluI. Metode Atomic Absorption Spectrophotometer (AAS) menganalisis kandungan mineral pada paha ayam. PopGene 32 digunakan untuk menganalisis frekuensi genotipe dan alel, heterosigositas, dan keseimbangan Hardy-Weinberg. Uji T digunakan untuk menganalisis asosiasi alel spesifik Fibromelanosis dengan kandungan mineral Fe, Zn, Mn, dan Se. Amplifikasi alel spesifik Fm menghasilkan 4 fragmen (664 bp, 588 bp, 400 bp, dan 264 bp) dan 3 alel (Fm, fmcut dan fmuncut). Genotipe alel spesifik Fm yang teridentifikasi terdiri atas empat genotipe yaitu, Fm/Fm (664 bp dan 588 bp), Fm/fm+ (664 bp, 588 bp, 400 bp, dan 264 bp), fmcut/fmcut (400 bp dan 264 bp), fmcut/fmuncut (664 bp, 400 bp, dan 264 bp). Keragaman alel spesifik Fm pada ayam Cemani SUI dan ayam IPB-D bersifat polimorfik, sedangkan pada ayam Cemani Balitnak dan ayam Broiler bersifat monomorfik. Kandungan mineral Fe berasosiasi pada genotipe Fm/Fm ayam cemani Balitnak dan berasosiasi rendah pada genotipe ayam lokal lainnya. Kandungan mineral Zn, Se, dan Mn berasosiasi rendah pada semua genotipe ayam lokal. Kandungan mineral pada ayam IPB-D memiliki nilai Fe, Zn, Se, dan Mn yang tinggi dan berpotensi untuk dikembangkan sebagai pangan fungsional.
Keyword: cemani chicken, fibromelanosis, mineral content, PCR-RFLP

Judul: Analysis of Fibromelanosis Gene for Detection of Cemani Chicken Purity
Abstrak: Ayam cemani merupakan salah satu jenis ayam kedu hitam yang memiliki warna hitam diseluruh tubuhnya akibat mutasi gen fibromelanosis. Fibromelanosis ini disebabkan adanya duplikasi yang tidak seimbang pada kromosom 20 dan salah satu daerah duplikat mengandung gen EDN3. Penelitian ini bertujuan menganalisis variasi batas duplikasi pada daerah fibromelanosis pada kromosom 20 untuk mengetahui kemurnian ayam cemani. Penelitian ini menggunakan metode Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) pada 76 ekor ayam terdiri dari 32 ekor ayam cemani PT. Sumber Unggas Indonesia, 40 ekor ayam cemani Balai Penelitian Peternakan, dan 4 ekor ayam IPB-D1 sebagai pembanding. Hasil penelitian menyatakan ayam cemani memiliki alel ganda yaitu alel Fm, fm+, dan fm-. Ayam cemani (homogisot) memiliki genotipe Fm/Fm dengan dua pita pada 664 bp dan 588 bp. Ayam cemani heterosigot memiliki genotipe Fm/fm+ dengan empat pita pada 664 bp, 588 bp, 400 bp, dan 264 bp. Ayam cemani wildtype memiliki genotipe fm-/fm- dengan satu pita pada 664 bp. Ayam IPB-D1 (wildtype) memiliki dua genotipe yaitu fm+/fm- (pita 664bp,400 bp, dan 264 bp) dan fm+/fm+ (pita 400 bp dan 264 bp). Keragaman ayam cemani rendah dan besifat polimorfik. Ayam cemani SUI berada dalam keseimbangan Hardy-Weinberg kecuali pada ayam cemani Balitnak., Cemani chicken is a type of black kedu chicken that has black color all over its body due to fibromelanosis gene mutation. Fibromelanosis is caused by an unbalanced duplication of chromosome 20 and one of the duplicated regions contains the EDN3 gene. This study aimed to analyze the variation of the duplication limit in the fibromelanosis region on chromosome 20 to determine the purity of cemani chicken. This study used the Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) method on 76 chickens consisting of 32 cemani chickens PT. Source of Indonesian Poultry, 40 cemani chickens from the Animal Husbandry Research Institute, and 4 IPB-D1 chickens for comparison. The results showed that cemani chickens had multiple alleles, namely Fm, fm+, and fm- alleles. Chicken cemani (homogizot) has a genotype of Fm/Fm with two bands at 664 bp and 588 bp. Heterozygous cemani chickens had Fm/fm+ genotype with four bands at 664 bp, 588 bp, 400 bp, and 264 bp. The wildtype cemani chicken had a genotype of fm-/fm- with one band at 664 bp. IPB-D1 (wildtype) chickens have two genotypes, namely fm+/fm- (bands 664bp, 400 bp, and 264 bp) and fm+/fm+ (bands 400 bp and 264 bp). The diversity of cemani chickens is low and polymorphic. Cemani SUI chickens were in Hardy-Weinberg equilibrium except for cemani Balitnak chickens.
Keyword: cemani chickens, EDN3, fibromelanosis, PCR-RFLF

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: