Judul: Analisis Genomik dan Transkriptomik Eboni (Diospyros celebica Bahk.) untuk Pengembangan Marka Genetik dan Identifikasi Karakter Adaptif
Abstrak: Eboni (Diospyros celebica Bakh.) merupakan jenis pohon endemik Sulawesi dan memiliki nilai ekonomis tinggi. Kayu ini digunakan dalam berbagai aplikasi seperti pembuatan bangunan sakral di Jepang, mebel, kerajinan tangan, dan alat musik. Namun, karena eksploitasi yang tidak berkelanjutan, illegal logging, dan perubahan penggunaan lahan, populasi eboni di alam berkurang. Meskipun belum memiliki perlindungan resmi, jenis ini dikategorikan sebagai rentan oleh IUCN. Mengingat pentingnya jenis ini, perlu dilakukan konservasi dan penanaman kembali eboni secara in-situ maupun ex-situ dengan menggunakan bibit yang memiliki latar belakang genetik yang jelas. Penggunaan teknologi Whole Genome Sequencing (WGS) dan RNA Sequencing dapat memberikan informasi genetik untuk mengetahui kualitas bibit yang digunakan, sehingga meningkatkan kesuksesan restorasi ekosistem. Penelitian terbagi menjadi dua sub-penelitian. Sub-penelitian pertama pendekatan whole genome sequencing (WGS) serta identifikasi mikrosatelit pada genom eboni. Sub-penelitian kedua berfokus pada analisis transkriptomik untuk identifikasi gen ontology dan analisis KEGG Pathway serta identifikasi mikrosatelit pada transkrip eboni. Terdapat 282,4 juta reads dengan total 42,4 miliar basa nukleotida yang telah disekuens untuk menyusun 950.081 scaffold untuk pustaka genom eboni. Hasil analisis BUSCO, terdapat 183 scaffold (12,7%) yang mengandung gen Complete and single-copy BUSCOs (S) 9 scaffold (0,6%) yang mengandung gen Complete and duplicated BUSCOs (D) 136 scaffold (9,4%) yang mengandung gen Fragmented BUSCOs (F) dan 1 112 scaffold (77,2%) dengan gen Missing BUSCOs (M). Analisis open reading frames (ORFs) yang dilakukan telah berhasil mengidentifikasi sebanyak 105.427 transkrip dari total 219.151 transkrip yang ada. Secara rinci, sebanyak 19.834 transkrip (18,81%) termasuk dalam kategori 5prime_partial, 6.040 transkrip (5,73%) yang masuk dalam kategori 3prime_partial, 5.224 transkrip (4,96%) yang tergolong dalam kategori Internal, dan 74.329 transkrip (71,50%), termasuk dalam kategori Complete. Hasil identifikasi SSR pada genom eboni terdapat 14 contig dengan motif dinukleotida, 12.090 contig dengan motif trinukleotida, 780 contig dengan motif tetranukleotida, dan 6 contig dengan motif pentanukleotida. Sedangkan pada transkrip eboni, motif mikrosatelit dinucleotide menjadi yang paling dominan, ditemukan pada persentase 73,24% (19.387) pada sampel GUS, 73,92% (19.549) pada sampel GSS, dan 74,18% (28.921) pada sampel Gabungan. Selanjutnya, 10 gen dengan p-value terkecil pada analisis ontology gen, yaitu Biological Process, Cellular Component, dan Molecular Function. Analisis KEGG pathway metabolisme juga berhasil mengidentifikasi 26 pathway pada transkrip eboni.
Keyword: Diospyros celebica, eboni, genomik, Sulawesi, transkriptomik

Judul: Metabolite profile Wood and leaf eboni (Diopyros celebica Bakh) using LC-MS/MS
Abstrak: Eboni (Diospyros celebica Bakh) merupakan salah satu tumbuhan endemik dari Sulawesi. Eboni dapat tumbuh pada tanah yang miskin hara dengan kondisi tanah berkapur, berpasir, liat, dan berbatu tetapi tidak tergenang. Umumnya tanah tersebut memiliki kandungan kalsium, fosfor, dan kalium yang sangat rendah. Kayu ini dapat ditemui di tiga provinsi yang ada di Sulawesi yaitu Sulawesi Barat, Sulawesi Selatan, dan Sulawesi Tengah. Pemanfaatan eboni secara eksklusif menyebabkan adanya potensi ancaman yang mungkin dapat membuat punahnya spesies ini. Hal ini disebabkan oleh aktivitas pembalakan liar dan manipulasi atas legalitas kayu oleh pihak-pihak yang tidak bertanggung jawab tanpa mempertimbangkan status konservasi hutan yang telah ditetapkan pemerintah di beberapa lokasi tumbuh. Mengetahui kandungan metabolit pada lokasi tumbuh yang berbeda merupakan salah satu upaya pencirian eboni, untuk mencegah terjadinya manipulasi data kayu oleh pelaku pembalakan liar. Tujuan penelitian ini adalah menyediakan profil metabolit yang berasal dari kayu dan daun eboni di Sulawesi melalui pendekatan metabolomik, menggunakan LC-MS/MS. Kebaruan dari riset ini yaitu, belum pernah dilakukan penelitian sebelumnya terkait profil metabolit eboni, juga identifikasi komponen senyawa pada bagian kayu maupun daunnya. Selain itu keunggulan yang dimiliki pada penelitian ini ialah mengambil sampel core kayu dari pohon yang masih hidup, yang dapat mewakili seluruh bagian batang, tanpa menebang pohon tersebut. Identifikasi komponen metabolit pada batang dan daun eboni, awalnya diultrasonikasi menggunakan etanol grade LC-MS, selanjutnya dilakukan pemisahan dan identifikasi senyawa metabolit menggunakan LC-MS/MS, dengan mode ion negatif dan positif. Setelah itu dilakukan evaluasi kinerja analitik, untuk mengetahui konsistensi instrumen yang digunakan. Dari hasil analisis yang diperoleh di MS2 menggunakan Compound discoverer, 59 senyawa telah teridentifikasi. 14 senyawa teridentifikasi pada batang maupun daun, 21 teridentifikasi hanya pada batang, dan 24 teridentifikasi hanya pada daun
Keyword: ebony, geographic origin, LC-MS / MS, location of growth, secondary  metabolites

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: