Judul: Identifikasi Colletotrichum Spp. Asal Berbagai Bagian Tanaman Pepaya (Carica Papaya L.).
Abstrak: Pepaya merupakan tanaman penting di Indonesia dengan tingkat konsumsi sebanyak 705 600 ton setiap tahun. Colletotrichum spp. merupakan salah satu faktor pembatas produksi pepaya yang dapat menyebabkan antraknosa. Cendawan antraknosa sebelumnya dikenal sebagai penyebab antraknosa pada pepaya dalam masa penyimpanan, namun telah ditemukan laporan bahwa patogen ini dapat menginfeksi buah, tangkai dan batang pepaya di lapangan. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi Colletotrichum spp. dari berbagai bagian tanaman dari pepaya (Carica papaya L.). Tahapan dari penelitian ini dimulai dengan isolasi buah, batang dan tangkai yang memiliki gejala khusus seperti lesi yang membentuk cekungan dan bercak antraknosa berwarna oranye sampai kecoklatan pada permukaan jaringan yang berasal dari Jawa Barat dan Jawa Tengah. Karakter morfologi dilakukan dengan mengamati warna koloni dan bentuk konidia. Identifikasi molekuler dilakukan dengan amplifikasi DNA menggunakan pasangan primer umum ITS 1/ITS 4 dilanjutkan dengan sekuensing produk amplifikasi, dan analisis hasil sekuensing menggunakan Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) berdasarkan basis data pada National Center for Biotechnology Information (NCBI) serta respon pertumbuhan cendawan pada berbagai suhu. Sebanyak dua puluh isolat Colletotrichum spp. yang berhasil diidentifikasi berdasarkan karakter morfologi. Penelitian ini menghasilkan 12 spesies C. gloeosporioides dengan koloni tampak atas dan bawah berwarna abu-abu sampai hijau tua dengan bentuk konidia silindris dan kedua ujung membulat. Sebanyak 4 spesies C. magnum ditandai dengan koloni atas berwarna abu-abu dan tampak bawah berwarna abu kehitaman dengan bentuk konidia silindris dan kedua ujung membulat. Sebanyak 4 spesies C. truncatum ditandai dengan koloni tampak atas berwarna putih susu dan tampak bawah berwarna cokelat dengan membentuk cincin konsentris, bentuk konidia melengkung dengan kedua ujung meruncing. Identifikasi molekuler menunjukkan bahwa 4 isolat yang memiliki kekerabatan dengan C. truncatum asal Malaysia dan 1 isolat C. magnum asal Brazil, sedangkan 12 isolat berhasil diidentifikasi secara morfologi sebagai C. gloeosporioides dan 3 isolat sebagai C. magnum. Pertumbuhan isolat pada beberapa suhu menunjukkan bahwa suhu pertumbuhan optimum C. gloeosporioides dan C. magnum yaitu pada 24 °C asal Bogor dan Kebumen sedangkan 32 °C pada C. truncatum asal Kebumen. Berbagai isolat Colletotrichum asal buah, tangkai dan batang mampu menginfeksi pada bagian tanaman yang berbeda dari asal bagian tanamannya. Pada penelitian ini seluruh data identifikasi, pertumbuhan koloni pada berbagai suhu dan patogenisitas cendawan dapat dimanfaatkan untuk strategi pengendalian antraknosa di lapangan.
Keyword: Colletotrichum spp., molekuler, morfologi, patogenisitas, temperatur

Judul: Identifikasi Molekuler Cendawan Patogen Penyakit Busuk Buah Cabai, Terung, Tomat, Jambu dan Pepaya
Abstrak: Tanaman hortikultura merupakan komoditas penting di Indonesia. Produktivitas dan produksi komoditas ini seringkali terkendala faktor abiotik maupun biotik, termasuk masalah penyakit busuk pada buah yang dipanen yang disebabkan berbagai jenis penyebab. Penyakit busuk buah oleh cendawan patogen memiliki gejala serupa yaitu dimulai dengan bercak kecil berwarna coklat, berlanjut dengan pembusukan yang meluas dan disertai tanda patogen berupa miselium atau struktur lainnya. Identifikasi cendawan tertentu berdasarkan gejala maupun morfologi seringkali kurang memadai untuk membedakan spesies. Metode molekuler dapat menjadi pelengkap identifikasi cendawan karena memiliki efisiensi dan akurasi yang tinggi. Contoh buah cabai, tomat, terong, pepaya, dan jambu yang sakit dari lapangan diisolasi untuk mendapatkan biakan murni. Koloni biakan murni diamati dan dilakukan ekstraksi DNA genomik. Identifikasi cendawan dengan PCR menggunakan primer universal ITS5/ITS4 untuk menghasilkan amplikon yang kemudian dilakukan sikuensing. Runutan nukleotida hasil sikuensing tersebut yang dianalisis dengan BLAST menunjukkan tingkat homologi tertinggi dengan cendawan yang tersimpan data nukleotidanya dalam GenBank sebagai berikut: isolat AW1 cabai dengan Colletotrichum acutatum (Korea) sebesar 99.15%, isolat AW2 tomat dengan Fusarium lichenicola (China) sebesar 99.28% , isolat AW3 terung dengan Fusarium falciforme (Belanda) sebesar 99.64%, isolat AW4 pepaya dengan Lasiodiplodia theobromae (Taiwan) sebesar 100%, dan isolat AW5 jambu Fusarium verticillioides (China) sebesar 100%. Pohon filogenetika menggunakan MEGA X juga menunjukkan bahwa isolat AW2, AW3 dan AW5 yang berafiliasi dengan Fusarium membentuk kekerabatan yang berdekatan dan terpisah dari AW1 dan AW4. Isolat AW1 (Colletotrichum) juga terpisah cluster dari AW4 (Lasiodiplodia).
Keyword: Colletotrichum, Fusarium, internal transcribe spacer (ITS), Lasiodiplodia, nucleotide analysis, polymerase chain reaction (PCR)

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: