Judul: Rekayasa Genetik Nicotiana Tabacum Sr1 Dengan Gen Glutathione S-Transferase 12 (Gst12)
Abstrak: Glutathione S-transferase (GST) merupakan enzim antioksidan yang berperan dalam pertahanan tanaman terhadap cekaman biotik dan abiotik. Gen GST12 adalah salah satu anggota dari gen GST. Gen GST12 terlibat dalam pertahanan tanaman terhadap cekaman aluminium dan pH rendah. cDNA gen GST12 dari kedelai kultivar Slamet telah berhasil diisolasi dengan ukuran 722 pb. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendapatkan vektor ekspresi gen glutathione S-transferase 12 (GST12) dan tanaman Nicotiana tabacum SR1 transgenik. Vektor ekspresi gen GST12 telah berhasil dikonstruksi menggunakan metode gateway cloning. cDNA GST12 telah berhasil diisolasi dari plasmid pGEM-GST12. Hasil isolasi cDNA GST12 telah berhasil disisipkan ke dalam vektor pENTRTM/D-TOPO® menggunakan teknik directional TOPO cloning. Vektor rekombinan pENTR-GST12 telah berhasil direkombinasikan dengan vektor ekspresi pGWB502 sehingga gen GST12 tersisip ke dalam vektor ekspresi pGWB502 menjadi vektor ekspresi rekombinan pGWB502-GST12. Verifikasi vektor ekspresi rekombinan pGWB502-GST12 dengan PCR menggunakan primer GST12-F dan NosT-R, serta pemotongan dengan enzim restriksi HindIII dan EcoR1 mengkonfirmasi bahwa plasmid pGWB502-GST12 yang dihasilkan telah mengandung gen GST12. Vektor ekspresi rekombinan pGWB502-GST12 di dalam bakteri E. coli DH5α telah berhasil diintroduksikan ke dalam bakteri A. tumefaciens LBA4404 menggunakan metode triparental mating. A. tumefaciens LBA4404 yang mengandung pGWB502-GST12 telah dikonfirmasi dengan PCR koloni menggunakan primer GST12-F dan NosT-R. Transformasi genetik tanaman Nicotiana tabacum SR1 melalui perantara A. tumefaciens LBA4404 rekombinan yang dilakukan dengan metode ko-kultivasi menggunakan potongan daun sebagai eksplan telah menghasilkan beberapa tanaman Nicotiana tabacum SR1 transgenik. Analisis molekuler dengan PCR menggunakan primer hpt-F and hpt-R telah mengkonfirmasi bahwa tanaman Nicotiana tabacum SR1 transgenik mengandung gen hpt. Gen hpt terpaut dekat dengan gen GST12. Oleh karena itu, tanaman Nicotiana tabacum SR1 transgenik yang mengandung gen hpt juga mengandung gen GST12. Analisis PCR menunjukkan bahwa gen GST12 yang terintegrasi di dalam genom tanaman Nicotiana tabacum SR1 transgenik mengalami delesi.
Keyword: Agrobacterium tumefaciens, gen glutathione S-transferase 12 (GST12), Nicotiana tabacum (tembakau) SR1, pGWB502, transformasi genetik

Judul: Rekayasa Genetik Nicotiana tabacum Kultivar SR1 dengan Gen Peroksidase (PerL) dari Kedelai Kultivar Lumut
Abstrak: Peroksidase merupakan enzim golongan oksidoreduktase yang mengkatalis reaksi oksidasi reduksi. cDNA gen peroksidase (PerL) dari kedelai kultivar Lumut telah berhasil diisolasi dengan panjang 1100 pb. Kedelai kultivar Lumut menunjukkan ekspresi gen peroksidase ketika diberi cekaman pH 4+Al 1,6 mM. Peroksidase merubah H2O2, menjadi air dan oksigen ketika mengoksidasi sejumlah substrat. Tujuan dari penelitian ini adalah merakit vektor ekspresi gen PerL dan mengintroduksikannya ke dalam genom Nicotiana tabacum kultivar SR1 menggunakan Agrobacterium tumefaciens. cDNA gen PerL telah berhasil disisipkan dalam plasmid entry clone pENTRTM/D-TOPO®. cDNA gen PerL yang dibawa oleh plasmid pENTR-PerL telah berhasil disisipkan ke dalam vektor ekspresi pGWB502 dengan sistem gateway cloning. Verifikasi keberhasilan konstruksi plasmid overekspresi pGWB502-PerL dilakukan menggunakan PCR dengan primer 35S-F dan AtprxCb-R menghasilkan pita berukuran 1500 bp. Plasmid pGWB502-PerL telah berhasil diintroduksikan ke dalam A.tumefaciens LBA4404 menggunakan metode triparental mating (TPM) dengan bantuan plasmid penolong pRK2013. Keberhasilan introduksi plasmid pGWB502-PerL ke dalam A. tumefaciens dikonfirmasi menggunakan PCR dengan primer 35S-F dan AtprxCb-R menghasilkan pita berukuran 1500 bp. Transformasi genetik ke Nicotiana tabacum kultivar SR1 telah berhasil dilakukan dengan bantuan bakteri A. tumefaciens LBA4404 yang membawa plasmid rekombinan pGWB502-PerL. Transformasi genetik Nicotiana tabacum kultivar SR1 dilakukan menggunakan eksplan daun dengan teknik ko-kultivasi dan diseleksi pada media yang mengandung 30 mg/L higromisin. Integrasi gen PerL di dalam genom tumbuhan Nocotiana tabacum kultivar SR1 transgenik telah berhasil dikonfirmasi menggunakan PCR dengan primer spesifik 35SF dan AtprxCb-R menghasilkan pita berukuran 1500 bp.
Keyword: Agrobacterium tumefaciens, gen Peroxidase (PerL), Nicotiana tabacum kultivar SR1, pGWB502, pENTRTM/D-TOPO®

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: