Judul: Construction of Glucose Oxidase Gene Without Sequence That Encodes Spacer Peptide and Subcloning into pPICZα Plasmid
Abstrak: Glukosa oksidase (GOx) (EC 1.1.3.4) berfungsi mengkatalisis reaksi oksidasi dari β-D-glukosa menjadi D-glukono-δ-lakton dan hidrogen peroksida (H2O2). Enzim ini diketahui dihasilkan oleh beberapa jenis kapang. Aspergillus niger diketahui memproduksi enzim GOx yang lebih stabil dan digunakan sebagai sumber enzim GOx yang tersedia secara komersial. Isolat lokal A. niger IPBCC 08.610 yang digunakan pada penelitian ini diketahui menghasilkan kadar enzim GOx intraseluler yang lebih tinggi dibandingkan ekstraselulernya. Hal ini menjadi suatu kendala karena ekstraksi enzim intraseluler membutuhkan proses hilir yang lebih rumit. Produksi enzim GOx secara ekstraseluler pada Pichia pastoris dapat mengatasi masalah ini dan secara bersamaan dapat meningkatkan hasil produksi GOx rekombinan. Penelitian ini bertujuan mendapatkan gen penyandi GOx tanpa sinyal peptida aslinya yang akan disubklon ke dalam plasmid pPICZα pada sisi restriksi enzim XhoI dan XbaI agar terfusi secara in frame dengan sinyal sekresi α-mating factor (α-MF) tanpa menyertakan sekuen penyandi spacer peptida EAEA pada ujung-5’. Gen GOx diamplifikasi melalui dua tahapan reaksi PCR dari plasmid pGEM®-T Easy‒GOx. Amplikon gen GOx yang diperoleh berukuran 1775 pb yang terdiri atas situs restriksi XhoI (ujung-5’), sekuen penyandi gen GOx, dan situs restriksi XbaI (ujung-3’). Subkloning amplikon ini ke dalam plasmid pPICZα diharapkan akan menghasilkan plasmid rekombinan dengan ukuran 5269 pb., Glucose oxidase (GOx) (EC 1.1.3.4) catalyzes the oxidation of β-D-glucose to form D-glucono-δ-lactone and hydrogen peroxide (H2O2). The enzyme is well known to be produced from several species of fungis. Aspergillus niger is known to produced a more stable GOx and used as source of commercially available GOx. A local isolate of A. niger IPBCC 08.610 used in this study produced higher level of intracellular GOx enzyme than its extracellular. This fact presents a problem because intracellular enzyme extraction will need a more complicated downstream processing. Production of extracellular GOx in Pichia pastoris would overcome this problem and concomitanly could increase the yield of recombinant GOx production. This study aims to obtain the GOx gene without the original signal peptide to be subcloned into the pPICZα plasmid, fused in frame with the secretion signal α-mating factor (α-MF) without the sequences that encodes spacer peptide EAEA at its 5’-end. The GOx gene construction was carried out using a two steps PCR amplification method from pGEM®-T Easy‒GOx plasmid. The GOx amplicon is 1775 bps in length consisting of the XhoI restriction site (5’-end), the GOx gene encoding sequence, and the XbaI restriction site (3’-end). Subcloning this amplicon into the pPICZα plasmid is expected to produce a recombinant plasmid that have a length of 5269 bps.
Keyword: Amplification, Aspergillus niger, glucose oxidase, pPICZα, spacer peptide

Judul: Construction and Subcloning of the GOx-Xho Gene Encoding Glucose Oksidase Enzyme into the Plasmid pPICZα
Abstrak: Glukosa oksidase (GOx; EC 1.1.3.4) adalah enzim yang mengoksidasi Dglukosa menjadi D-glukono-d-lakton dan menghasilkan hidrogen peroksida. Aktivitas enzim tersebut pada organisme asalnya, yaitu Aspergillus niger IPBCC 08.610, diketahui lebih tinggi secara intraseluler dibanding ektraselular sehingga upaya memproduksi GOx secara masif kurang efisien. Salah satu solusi dari permasalahan tersebut adalah dengan metode alternatif, yaitu produksi enzim GOx secara rekombinan. Penelitian ini bertujuan mengonstruksi ulang fragmen gen GOx dengan menambah situs restriksi XhoI menjadi GOx-Xho, mensubkloning gen tersebut ke dalam plasmid pPICZα, dan mentransformasi plasmid rekombinan ke dalam sel Escherichia coli DH5α. Konstruksi gen GOx dilakukan menggunakan metode PCR dalam dua tahap. Ligasi gen GOx dengan plasmid pPICZα dilakukan dengan dua perlakuan, yaitu dengan rasio 1:1 dan 1:3 antara plasmid dan gen. Hasil penelitian menunjukkan perbandingan plasmid dan gen yang optimal dalam subkloning adalah 1:3. Hasil subkloning berhasil ditransformasi ke dalam sel E. coli DH5α dan sel pembawa plasmid rekombinan pPICZα-GOx-Xho berhasil diperoleh.
Keyword: glucose oxidase enzyme, recombinant plasmid, reconstruction gene, subcloning gene

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: