Judul: Tingkah laku ikan kepe-kepe Chelmon rostratus terhadap variasi spektrum cahaya
Abstrak: Reaksi ikan terhadap cahaya secara teoritis dikemukakan berbeda-beda, seperti fototaxis positif, preferensi untuk intensitas cahaya optimum, investigatory reflex, untuk mengelompok dan makan di bawah cahaya, serta disorientasi sebagai akibat kondisi buatan dari gradient intensitas cahaya di bawah air. Sifat dari jenis ikan karang adalah soliter dengan memanfaatkan habitat karang untuk berlindung. mengakibatkan cara-cara penangkapan yang dilakukan sering berakibat pada kerusakan ekosistem habitatnya. Untuk itu perlu diupayakan cara-cara penangkapan yang tidak merusak perairan karang. Penggunaan cahaya untuk beberapa jenis ikan telah menjadi salah satu metoda yang paling berhasil dan maju untuk mengontrol ikan pada proses penangkapan. Penelitian ini telah dilaksanakan sejak Agustus 2005 sampai Oktober 2005. Untuk menentukan respon tingkah laku ikan kepe-kepe sumpit lorek/monyong (Chelmon rostratus) terhadap variasi spektrum cahaya dalam penelitian ini ditentukan respon ikan terhadap spektrum cahaya merah, kuning, hijau, biru dan putih dengan iluminasasi cahaya 50 luks dan dengan lama waktu pencahayaan 5, 15, 30, 60 menit. Aspek pertama meliputi tingkah laku ikan dan aspek ke dua tingkat adaptasi retina ikan terhadap variasi spektrum cahaya. Respon tingkah laku ikan kepe-kepe terhadap variasi spektrum cahaya dan lama waktu penyinaran, melalui analisis deskriptif terhadap respon tingkah laku ikan seperti ketertarikan ikan dengan variasi spektrum cahaya (merah, kuning. hijau, biru dan putih) dan lama waktu penyinaran selama 60 menit, menunjukkan bahwa ikan kepe-kepe lebih tertarik pada spektrum cahaya putih, kemudian biru dan hijau tetapi kurang menyukai spektrum cahaya merah. Adaptasi retina ikan kepe-kepe melalui analisis histologi dan analisis persentase indeks kone terhadap variasi spektrum cahaya (kuning, hijau, biru dan putih) dengan lama waktu penyinaran 5, 15, 30 dan 60 menit menunjukkan bahwa rata-rata indeks kone beradaptasi penuh > 90%, pada penyinaran 60 menit. Semakin lama waktu penyinaran maka semakin meningkat persentase indeks kone. Pada spektrum cahaya merah terjadi peningkatan indeks kone yang lambat dan hanya mencapai 61,90% setelah penyinaran selama 60 menit. Ikan kepe-kepe (Chelmon rostratus) lebih menyukai spektrum warna putih dan menghindari spektrum warna merah. Rata-rata tingkat adaptasi retina ikan telah mencapai tingkat full adapted pada menit ke 60 pada spektrum putih, biru, kuning dan hijau.
Keyword: Light spectrum, Coral reef

Judul: Respons Rajungan (Portunus pelagicus, Linnaeus 1758) Terhadap Warna Cahaya yang Berbeda
Abstrak: Portunus pelagicus Linnaeus 1758 merupakan salah satu spesies dari kelas krustase, masyarakat biasanya menyebut rajungan. Nelayan dapat menangkap rajungan dengan menggunakan bubu (trap) atau jaring rajungan (bottom gillnet). Kelemahan dari bubu adalah performa umpan yang semakin menurun seiring dengan lamanya perendaman, sedangkan kelemahan pada jaring rajungan adalah masih dioperasikan secara trasidional oleh nelayan atau belum terdapat sentuhan teknologi alat bantu pada alat tangkap tersebut. Penggunaan teknologi lampu berkembang bukan hanya untuk spesies pelagis, juga turut menyebar pada spesies demersal, seperti krustasea. Penelitian respons rajungan terhadap cahaya berbeda belum pernah dilakukan di Indonesia. Pendekatan penelitian yang dilakukan secara tingkah laku dan histologi yang didalamnya membahas mengenai pola dan laju respons merupakan bagian dari tingkah laku sebagai dasar dalam pengembangan penangkapan rajungan. Tujuan penelitian ini adalah menentukan pola respons rajungan terhadap cahaya berbeda, menentukan laju respons rajungan terhadap warna LED berbeda dan menganalisis struktur mata rajungan terhadap warna LED berbeda diantaranya warna ungu, biru, hijau, oranye, merah dan putih serta menganalisis mata rajungan berdasar histologi mata. Pengamatan pola dan laju respons serta adaptasi fisiologis mata rajungan dilakukan di laboratorium. Adaptasi fisiologis retina mata rajungan ditentukan berdasarkan perpindahan screening pigment dari hasil histologi mata. Software surfer analysis digunakan untuk menentukan sebaran cahaya pada bak perlakuan, pola dan laju diketahui dari garis bantu pengamatan yang dibuat di dasar bak dengan ukuran 10x10 cm serta CCTV sebagai alat perekam uji. Pola rajungan terhadap cahaya berbeda terbagi menjadi dua kategori, yaitu menuju cahaya secara langsung dan tidak secara langsung. Laju rajungan tercepat mendekat menuju lampu pada warna biru sebesar 0.081 m/s dan terlama pada warna merah 0.026 m/s. Laju tercepat dapat disarankan sebagai alat bantu bottom gillnet dan pada laju terlama dapat digunakan pada alat tangkap bubu. Meskipun demikian, lampu warna merah juga dapat juga digunakan pada bottom gillnet sebagai upaya peningkatan hasil tangkapan.
Keyword: Portunus pelagicus, respons, sensitivitas spektral

Judul: Penyusunan Overlap Graph menggunakan Suffix Tree pada DNA Sequence
Abstrak: The DNA sequence assembly is very important in genome analysis. This step aims to reconstruct contigous DNA fragment (contigs) from short fragment by concatenating fragments based on the overlap region among them. This method employs overlap graph for solving the problems. In this graph, nodes represent fragments and edges represent overlap. This research developed a software for constructing overlap graph using suffix tree. The evaluation was conducted by measuring the number of nodes, number of edges, and the execution time in many values of minimum overlap. The minimum overlap is defined as the minimum length of substring which is considered as the overlap region between two fragments. The evaluation results showed that the number of nodes, the number of edges, and the execution time were increased with the decreasing of the minimum overlap value.
Keyword: