Judul: Free Energy from COM Pulling for Membrane Fusion of Human Immunodeficiency Virus Type 1 (HIV-1)
Abstrak: HIV-1 menginfeksi sel target melalui fusi membran dan memediasi sel dengan glikoprotein. Protein gp41 yang sudah terintegrasi dengan membran target akan melipat kembali membentuk 6 bundel heliks bersama protein gp120. Pelipatan kembali struktur protein dapat dicegah menggunakan inhibitor sehingga proses 6 bundel heliks tidak terbentuk. Inhibitor masih bersaing dengan protein dalam hal pelipatan struktur, sehingga perlu dicari besaran energi yang mewakili pelipatan protein. Energi bebas diperoleh dari tarikan COM mewakili kerja yang dilakukan protein untuk melipat kembali. Energi bebas hasil simulasi bernilai -82.4 kJ mol-1 dan energi bebas varian covNHR memiliki nilai sebesar -75 kJ mol-1 dan -45 kJ mol-1. Karakteristik termodinamika dan spektrum UV pada varian covNHR-VQ memiliki afinitas pengikatan yang tinggi serta interaksi yang kuat terhadap peptida protein gp41, sedangkan covNHR-ER memiliki basis pengikatan dan interaksi lebih lemah dibanding covNHR-VQ. Varian covNHR-VQ memiliki nilai energi bebas mendekati energi bebas tarikan COM, sehingga varian memiliki interaksi yang kuat ketika energinya mendekati energi bebas tarikan. Aktivitas inhibitor mencegah protein terlipat kembali sehingga performa pencegahan yang baik yaitu saat energinya bernilai sama atau lebih dari energi saat protein tersebut terlipat. Energi bebas dapat didekatkan sebagai parameter dalam menganalisis interaksi antara inhibitor dengan protein gp41., HIV-1 infects cell through membrane fusion and mediates cell with glycoproteins. The gp41 protein has been integrated with target membrane will be refolding form. Protein folding structure can be prevented using inhibitors. Inhibitor competes with protein in folding structure, so have to find the energy that represents protein folding. Free energy obtained from COM pulling represents the work that protein does refold back. Free energy of simulation results is -82.4 kJ mol-1 and free energy of covNHR variant has a value of -75 kJ mol-1 and -45 kJ mol-1. The thermodynamics and UV spectrum characteristics of covNHR-VQ have a high binding affinity and strong interaction than covNHR-ER. covNHR-VQ has free energy close to free energy from COM puling, and variant has strong interaction when the energy apporaches free energy pulling.
Keyword: COM Pulling, Free Energy, gp41 Protein, HIV-1

Judul: In Vitro Infectivity Analysis of Simian-Human Immunodeficiency Virus (SHIV) on Peripheral Blood Mononuclear Cell (PBMC) Macaca fascicularis and M. nemestrina
Abstrak: Keterbatasan utama dalam upaya pengembangan vaksin dan pengobatan anti-retroviral terhadap infeksi human immunodeficiency virus type-1 (HIV-1) antara lain adalah ketiadaan model hewan yang dapat menunjukkan semua gejala menonjol infeksi HIV-1 seperti pada manusia. SHIV dikonstruksi untuk mengatasi keterbatasan model SIVmac dan telah dimanfaatkan pada banyak penelitian menggunakan satwa primata untuk mempelajari virus yang memiliki kedekatan dengan HIV-1 pada manusia. Satwa primata Macaca fascicularis dan M. nemestrina digunakan sebagai hewan coba penelitian HIV/AIDS dengan memanfaatkan virus kimera SHIV yang dihasilkan melalui penggantian susunan nukleotida bagian cyclophilin A binding region, gen viral infectivity factor (vif) dan gen negative factor (nef) HIV-1 dengan bagian cyclophilin A binding region, gen vif dan gen nef Simian Immunodeficiency Virus (SIV). Penelitian bertujuan untuk mengkaji model HIV/AIDS pada PBMC satwa primata secara in vitro menggunakan SHIV. Secara khusus, penelitian ini bertujuan untuk menganalisis kemampuan atau daya replikasi SHIV pada kultur sel PBMC asal M. fascicularis dan M. nemestrina secara in vitro. Penelitian dilakukan secara in vitro dengan menggunakan PBMC M. fascicularis dan M. nemestrina. Karakteristik M. fascicularis dan M. nemestrina yang digunakan dalam penelitian ini, yaitu jantan, dewasa dengan umur empat sampai enam tahun. SHIV merupakan hasil kontruksi Budiman Bela dan Silvia Triwidyaningtyas dari Pusat Riset Virologi dan Kanker Patobiologi (PRVKP) FKUI-RSCM. Isolasi PBMC dilakukan dengan metode densitas gradien sentrifugasi. Aktivasi PBMC dilakukan dengan menggunakan agen mitogenik, yaitu phytohaemagglutinin (PHA). PBMC terstimulasi PHA dihitung dengan hemositometer. PBMC terstimulasi PHA diinfeksi dengan supernatan sel transfektan yang mengandung SHIV dengan pengenceran 1:10. PBMC terstimulasi PHA juga diinfeksi dengan supernatan yang mengandung HIV dengan pengenceran 1:10 sebagai pembanding. Kultur PBMC terstimulasi PHA dilakukan selama 21 hari. Pemeliharaan kultur PBMC terstimulasi PHA dilakukan dengan pemberian nutrisi setiap minggu sekali. Supernatan PBMC terstimulasi PHA dikoleksi setiap hari. Pengamatan cytopathic effect (CPE) dilakukan menggunakan mikroskop cahaya. Konfirmasi CPE dilakukan dengan pemeriksaan imunofluoresen terhadap protein p24. Analisis CPE dilakukan secara kualitatif deskriptif dan ekspresi protein p24 dianalisis secara semi kuantitatif. Penggantian cyclophilin A binding region, gen vif dan gen nef HIV-1 dengan cyclophilin A binding region, gen vif dan gen nef SIV dapat meningkatkan kemampuan SHIV dalam menginfeksi PBMC M. fascicularis dan M. nemestrina. Infeksi SHIV pada kultur PBMC terstimulasi PHA M. fascicularis dan M. nemestrina ditandai dengan pembentukan CPE berupa multinucleated giant cell (MGCs). CPE pada kultur PBMC terstimulasi PHA M. fascicularis dan M. nemestrina mengekspresikan protein p24 dengan nilai masing-masing + (<10% sel terwarnai) dan ++ (10%-50% sel terwarnai). Penggantian susunan nukleotida cyclophilin A binding region meningkatkan pengikatan cyclophilin A (CypA) dengan gag SIV. Gen vif berperan sebagai pertahanan balik terhadap apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 3G (APOBEC3G) yang dapat menghambat replikasi retrovirus. Gen nef berperan dalam perkembangan AIDS dan antagonis terhadap tetherin. CPE dan ekspresi protein p24 pada kultur PHA-stimulated PBMC M. nemestrina lebih banyak dibandingkan pada kultur PHA-stimulated PBMC M. fascicularis. Perbedaan ini disebabkan adanya protein tripartite motif containing 5 (TRIM5) yang dapat membatasi replikasi virus. M. nemestrina mengekspresikan protein TRIMCyp yang tidak membatasi replikasi virus. Sementara itu, M. fascicularis mengekspresikan TRIM5α dan TRIMCyp yang dapat membatasi replikasi HIV-1 atau HIV-2. M. nemestrina memberikan hasil yang lebih baik sebagai model
Keyword: CPE, expression of p24 protein, M. fascicularis, M. nemestrina, SHIV

Judul: Budidaya lisianthus [Eustoma grandiflorum (Raf.) Shinn.] di Bali Rose, PT. Mid Duta International, Mayungan, Bali
Abstrak: Lisianthus termasuk salah satu jenis bunga potong yang cukup populer. Lisianthus memiliki penampilan bunga yang menarik, namun tanaman ini masih sedikit dibudidayakan di Indonesia. Hal ini menarik minat penulis untuk melaksanakan magang di Kebun Bali Rose. Magang mulai dilaksanakan pada tanggal 11 Februari 2009 hingga 27 Juni 2009 di Bali Rose, PT. Mid Duta International di Banjar Mayungan, Desa Antapan, Kecamatan Baturiti, Kabupaten Tabanan, Bali. Tujuan dari magang ini adalah mempelajari teknik budidaya tanaman Lisianthus yang dikembangkan di Bali Rose, serta meningkatkan pengetahuan dan keterampilan penulis dalam kegiatan budidaya serta manajemen kebun.
Keyword: