Judul: Application of Lytic Bacteriophage as Control Agent Agrobacterium tumefaciens Post-Transformation
Abstrak: Transformasi tanaman yang dimediasi oleh Agrobacterium tumefaciens adalah metode perakitan rekayasa genetik tanaman yang paling banyak digunakan saat ini. Bakteri A. tumefaciens dipilih karena memiliki T-DNA dan gen virulensi yang dapat mengintegrasikan gen asing ke dalam kromosom tanaman. Namun, bakteri ini perlu dihilangkan selama proses transformasi setelah ko-kultivasi. Bakteri yang tidak tereliminasi dapat mengalami overgrowth yang menyebabkan respon hipersensitif berlebihan pada kalus. Reaksi ini menyebabkan kalus mengalami nekrosis, browning, bahkan kematian. Upaya untuk mengendalikan overgrowth telah banyak dikembangkan namun belum mampu mengeliminasi total A. tumefaciens dari jaringan kalus. Solusi alternatif dapat menggunakan bakteriofag, yang merupakan predator alami bakteri di lingkungan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kemampuan bakteriofag litik dalam mengendalikan overgrowth A. tumefaciens pada jaringan kalus padi Nipponbare. Selain itu, untuk menentukan karakterisasi morfologi dan genom dari bakteriofag yang digunakan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa keseluruhan perlakuan menunjukkan perbedaan yang signifikan dibandingkan dengan kontrol melalui uji lanjut Tukey's HSD (p<0,05). Nilai penghambatan masing-masing perlakuan adalah sebagai berikut: kontrol (20,83%); ϕK2+antibiotik (8,33%); ϕK4+antibiotik (5,00%), koktail+antibiotik (0,00%); koktail-antibiotik (10,83%). Karakterisasi morfologi plaque menunjukkan bahwa bakteriofag ϕK2 dan ϕK4 memiliki ukuran diameter yang berbeda. Profil genom menunjukkan perbedaan pola profil Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP). Marka RAPD juga menunjukkan bahwa ϕK2 dan ϕK4 memiliki jumlah pola fragmen yang berbeda. Hasil karakterisasi morfologi dan genomik menunjukkan bahwa ϕK2 dan ϕK4 merupakan bakteriofag yang berbeda, namun kedua isolat tersebut tergolang dalam tipe asam nukleat double-stranded DNA (dsDNA).
Keyword: Agrobacterium tumefaciens, lytic bacteriophage, overgrowth

Judul: Pengembangan Agrobacterium tumefaciens AGL1 Auksotrof dengan Transposon Tn5 untuk Transformasi Tanaman Padi (Oryza sativa L.).
Abstrak: Kontaminasi eksplan akibat pertumbuhan berlebih (overgrowth) Agrobacterium setelah tahap ko-kultivasi menjadi masalah yang umum dalam transformasi genetika tanaman berbasis Agrobacterium. Untuk mengatasi hal ini, aplikasi satu atau kombinasi beberapa antibiotik menjadi langkah preventif yang dapat dilakukan. Namun penggunaan beberapa antibiotik dapat mengganggu pertumbuhan dari tanaman. Sehingga dalam penelitian ini, dilakukan pendekatan lain untuk mengontrol overgrowth yakni dengan membuat bakteri auksotrof terhadap asam amino tertentu. Metode yang digunakan dalam membuat bakteri auksotrof adalah dengan teknik mutagenesis transposon. Pendekatan dengan menggunakan transposon sebelumnya telah dilaporkan pada Agrobacterium galur EHA105. Meski demikian, pengujian masih dilakukan pada kultur cair Nicotiana benthamiana, disamping itu belum adanya laporan konstruksi mutan auksotrof menggunakan galur Agrobacterium lain. Penelitian ini bertujuan untuk mengkonstruksi mutan A. tumefaciens AGL1 yang auksotrof terhadap satu jenis asam amino dan menguji efektivitasnya dalam mentrasnfer T-DNA serta kemampuannya dalam menekan overgrowth Agrobacterium di medium seleksi pasca ko-kultivasi. Sebanyak 3315 mutan AGL1 berhasil dikonstruksi dengan memanfaatkan mini transposon Tn5 yang membawa gen resistensi antibiotik spectinomycin (spcR). Hasil penapisan dari 20 mutan putatif auksotrof menunjukkan adanya tiga mutan yang membawa sifat auksotrof terhadap satu jenis asam amino. Ketiga mutan ini adalah AP5-2-51 auksotrof treonina, AP5-5-2 auksotrof sisteina, dan AP5-7-27 auksotrof triptofan. Posisi insersi transposon Tn5 pada genom Agrobacterium dilakukan dengan menggunakan TAIL-PCR. Hasil analisis BLAST menunjukkan posisi insersi terdapat di gen thrB (AAK86584.1; locus tag At1D132_04580) untuk mutan AP5-2-51, sedangkan untuk kedua mutan yang lain tidak berhasil diidentifikasi dengan teknik ini. Uji efektivitas ketiga mutan dalam mentrasnfer T-DNA (pC1300-eGFP-hpt) dilakukan pada eksplan kalus biji padi Nipponbare dengan AGL1 sebagai kontrol. Hasil uji menunjukkan efisiensi transformasi dari ketiga mutan sama dengan AGL1 (Tukey HSD, α= 0.05) dan tidak terganggu dengan keberadaan insersi transposon Tn5. Selain itu, dilakukan pengamatan persentase overgrowth Agrobacterium dari kontrol dan ketiga mutan. Meskipun pertumbuhan Agrobacterium masih terjadi pada keempat kelompok pengujian, tetapi mutan AP5-2-51 menunjukkan perbedaan siginfikan dalam menekan persentase overgrowth (Tuckey's HSD, p <0.05) jika dibandingkan dengan ketiga kelompok pengujian yang lain termasuk galur prototrofnya. Persentase overgrowth antara kontrol dan mutan yakni: 26.25% untuk kontrol (AGL1), 15.56% (AP5-5-2), 12.22 % (AP5-7-27) dan 1.11% (AP5-2-51).
Keyword: A. tumefaciens AGL1, auksotrof, mutagenesis, overgrowth, transposon Tn5

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: