Judul: Comparative Analysis of the Total Genome Sequence from Bacillus cereus DCN1 and Detection of Gene Clusters for Secondary Metabolite Synthesis
Abstrak: Bakteri endofit Bacillus cereus DCN1 asal tanaman cengkeh (Syzygium aromaticum L.), memiliki potensi menghasilkan berbagai senyawa metabolit sekunder, termasuk antioksidan. Pengetahuan genomik B. cereus DCN1 membantu dalam analisis sintesis antioksidan. Penelitian ini bertujuan mendeteksi klaster ortolog melalui analisis komparatif dan klaster gen sintesis metabolit sekunder dari sekuen genom total B. cereus DCN1. Sekuen genom total isolat DCN1 diperoleh melalui teknik Whole Genome Sequencing (WGS) menggunakan platform MGI DNBSEQ-G400. Hasil WGS menunjukkan kualitas yang baik dengan depth of coverage sebesar 30x, number of contigs sebanyak 774, dan nilai N50 sebesar 24 kb. Nilai Q20 sebesar 97,55% dan Q30 sebesar 92,75% menunjukkan tingkat kesalahan rendah dan kualitas sekuen yang tinggi. Analisis data menggunakan Orthovenn3 mengidentifikasi 2003 klaster ortolog diantara lima spesies bakteri endofit genus Bacillus, serta mendeteksi adanya perubahan materi genetik akibat simbiosis dengan tanaman inang. B. cereus DCN1 ditemukan memiliki 8 klaster gen biosintesis metabolit sekunder, yaitu Nonribosomal Peptide Synthetases (NRPS), Linear Azo(line) Containing Peptides (LAP), NI-siderophore, NRP-metallophore, batalactone, 2 Ribosomally Synthesized and Posttranslationally Modified Peptides (RiPP), dan terpene yang berpotensi menghasilkan senyawa bioaktif.
Keyword: Bacillus cereus DCN1, biosintesis, cengkeh, Whole Genome Sequencing

Judul: Long read sequence analysis and  biosynthesis gene clusters in Cinnamomum burmanni and Magnolia alba.
Abstrak: Indonesia merupakan negara tropis dengan keanekaragaman hayati yang tinggi. Keanekaragaman hayati ini merupakan peluang untuk meningkatkan kesejahteraan manusia, karena memiliki nilai ekologi dan ekonomi yang tinggi. Namun, tingkat eksploitasi yang tinggi telah mengancam potensi-potensi ini di masa depan kecuali jika informasi genetik tersedia untuk program pemuliaan dan bioprospeksi. Oleh karena itu, penelitian tentang sumber daya genetik di Indonesia menjadi sangat penting. Khususnya untuk C. burmanni dan M. alba, yang merupakan spesies yang bernilai ekonomis dan penting bagi sektor farmasi. Melihat potensi sekuensing generasi ke-3 (MinION Oxford Nanopore Technology) sebagai metode terbaru dalam analisis molekuler pada tingkat genom, maka kita perlu menggunakan teknologi tersebut untuk analisis genom yang lebih baik. Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis sekuen DNA pada tanaman dengan cara yang lebih kuat dan terjangkau. Rancangan genom C. burmanni dan M. alba dibuat dengan menggunakan kumpulan data sekuen panjang yang dihasilkan ONT. Teknologi MinION Oxford Nanopore berhasil membaca 195.717 dan 59.589 bp DNA C. burmanni dan M. alba. Pengurutan seluruh genom 160.128 bp (123 gen penyusun kloroplas) dan 152.765 bp (173 gen penyusun kloroplas) berhasil diperoleh dari M. alba dan C. burmanni. Struktur empat bagian dengan sepasang pengulangan terbalik ditemukan pada genom kloroplas C. burmanni dan M. alba. Pendeknya hasil assembly tidak dapat menghasilkan klusterisasi gen C. burmanni dan M. alba. Hasil annotation functional menghasilkan empat kelompok protein yang terlibat dalam enzim untuk biosintesis minyak atsiri antara lain Cytochrome C assembly protein, ATP synthase alpha/beta family, Carboxyl transferase domain, dan Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I.
Keyword: Biosynthesis, Cinnamomum burmanni, Draft genome, Long read, Magnolia alba, Sequencing

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: