Judul: Deteksi Dan Identifikasi Spesies Nematoda Puru Akar Meloidogyne Penyebab Umbi Berbintil Pada Kentang
Abstrak: Kentang (Solanum tuberosum L.) adalah tanaman dari famili Solanaceae yang merupakan tanaman pangan keempat utama dunia sesudah gandum, jagung dan padi. Indonesia merupakan salah satu produsen kentang di Asia Tenggara dengan sentra produksi utama di Pulau Jawa, yaitu di provinsi Jawa Barat, Jawa Tengah, dan Jawa Timur. Produksi kentang mengalami penurunan yang disebabkan oleh beberapa faktor salah satunya adalah gangguan hama dan penyakit. Nematoda puru akar/NPA (Meloidogyne spp.) adalah salah satu patogen pada kentang yang berdampak nyata dalam mengurangi kualitas dan kuantitas umbi kentang. Penelitian untuk mendeteksi dan mengidentifikasi spesies Meloidogyne pada kentang di pulau Jawa dilaksanakan di Laboratorium Nematologi Departemen Proteksi Tanaman IPB, Laboratorium Karantina Tumbuhan Tanjung Priok Wilker Pos Bogor, dan Laboratorium Karantina Tumbuhan BBKP Soekarno-Hatta. Contoh umbi kentang yang sakit yaitu umbi berbintil diambil dari Pangalengan (Jawa Barat), Banjarnegara (Jawa Tengah), dan Kota Batu (Jawa Timur). Penelitian dilaksanakan dari bulan Oktober 2014 hingga Maret 2015. Identifikasi secara morfologi dilakukan terhadap pola perineal (sidik pantat) nematoda betina. Identifikasi secara molekuler menggunakan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) dilanjutkan dengan sikuensing fragmen DNA dan analisis filogenetik. DNA nematoda berasal dari ekstraksi nematoda betina dan diamplifikasi dengan PCR menggunakan primer spesifik untuk Meloidogyne incognita (MI-F dan MI-R), M. arenaria (Far dan Rar), dan M. javanica (Fjav dan Rjav). Primer multipleks, yaitu JMV1, JMV2, dan JMV-hapla digunakan untuk mendeteksi M. hapla, M. falax, dan M. chitwoodi. Gejala penyakit oleh NPA di lapangan ditemukan bervariasi, antara lain permukaan umbi tidak rata, bergelombang, tidak normal, dan berbintil dan terkadang disertai dengan adanya infeksi dari patogen lain sehingga umumnya umbi cepat busuk. Pada bagian dalam umbi terdapat bercak-bercak berwarna krem kekuningan (nekrosis) yang terdiri atas nematoda betina dan massa telur. Hasil identifikasi berdasarkan karakter morfologi diikuti (konfirmasi) identifikasi secara molekuler dengan PCR menunjukkan bahwa spesies yang berasosiasi dengan umbi berbintil pada kentang di tiga sentra produksi kentang di Pulau Jawa adalah M. arenaria, M. javanica, dan M. incognita. M. incognita dan M. javanica terdeteksi di Pangalengan, Banjarnegara, dan Kota Batu sedangkan M. arenaria hanya terdeteksi di Pangalengan dan Banjarnegara. Produk PCR kemudian digunakan untuk sikeunsing untuk menunjukkan adanya hubungan filogenetik dan homologi dengan isolat dari negara lain. Isolat M. javanica asal Pangalengan berkerabat sangat dekat dengan isolat M. javanica asal Cina dan Malaysia dengan tingkat homologi yang tinggi yaitu berturut-turut sebesar 95.7% dan 95.4%. Isolat M. incognita asal Pangalengan memiliki hubungan kekerabatan yang sangat dekat dengan isolat asal Cina, India, dan 5 Malaysia dan memiliki nilai homologi yang tinggi dengan M. incognita asal Cina, India, dan Malaysia berturut-turut sebesar 99.8%, 99.6%, dan 99.2%.
Keyword: filogenetik, M. arenaria, M. javanica, M. incognita, pola perineal

Judul: Meloidogyne Species, the Pimple-like Knot Pathogen of Potato Tuber in Three Production Centres in Sumatera
Abstrak: Meloidogyne atau yang dikenal dengan nematoda puru akar (NPA) adalah salah satu patogen penting pada tanaman kentang karena memiliki distribusi yang luas dan dapat menginfeksi berbagai jenis tanaman. Spesies Meloidogyne terpenting yang menyerang tanaman kentang di Indonesia yaitu M. arenaria, M. hapla, M. incognita dan M. javanica. Di Indonesia, beberapa sentra produksi kentang berada di Sumatera, diantaranya Provinsi Sumatera Utara, Sumatera Barat, dan Jambi yang menyumbang sekitar 23% terhadap produksi kentang nasional. Meloidogyne merupakan penyebab umbi berbintil yang mengakibatkan penurunan kualitas dan kuantitas produksi kentang di wilayah Sumatera. Informasi mengenai spesies Meloidogyne yang menginfeksi tanaman kentang di wilayah Sumatera masih sangat sedikit. Identifikasi spesies Meloidogyne diperlukan dalam merancang strategi pengendaliannya yang efektif. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi spesies Meloidogyne penyebab umbi kentang berbintil berdasarkan karakter morfologi, morfometri dan molekuler pada tiga sentra produksi di Sumatera. Sampel umbi kentang bergejala bintil dikumpulkan dari 3 sentra produksi kentang di wilayah Sumatera yaitu Berastagi, Kab. Karo (Sumatera Utara); Danau Kembar, Kab. Solok (Sumatera Barat); dan Kayu Aro, Kab. Kerinci (Jambi). Ekstraksi nematoda dilakukan dengan teknik pembedahan jaringan umbi berbintil. Identifikasi NPA dilakukan berdasarkan karakter morfologi, morfometri dan molekuler. Identifikasi morfologi dilakukan berdasarkan pola perineal nematoda betina. Identifikasi morfometri dilakukan dengan pengukuran juvenil 2 (J2) berdasarkan formula de Man. Identifikasi molekuler dilakukan dengan teknik polymerase chain reaction (PCR) dengan daerah amplifikasi gen cytochrome oksidase subunit 1 (CO1) dilanjutkan dengan perunutan nukleotida dan analisis filogenetik. DNA nematoda berasal dari ekstraksi nematoda betina dan diamplifikasi dengan menggunakan primer spesifik untuk M. arenaria (CO1SA-F dan CO1SA-R), M. chitwoodi (ITSSC-F dan ITSSC-R), M. fallax (CO1SF-F dan CO1SF-R), M. hapla (CO1SH-F dan CO1SH-R), M. incognita (CO1SI-F dan CO1SI-R), dan M. javanica (CO1SJ-F dan CO1SJ-R). Gejala penyakit akibat infeksi Meloidogyne pada tajuk antara lain tanaman cepat layu pada siang hari, kerdil serta klorosis. Gejala pada umbi kentang meliputi malformasi bentuk umbi, umbi berbintil, dan permukaan umbi bergelombang. Bila kulit umbi dikupas, bagian dalam umbi yang terinfeksi terdapat nekrosis berwarna putih kecoklatan yang terdiri atas nematoda betina dan paket telur. Sebanyak tiga spesies Meloidogyne berhasil diidentifikasi secara morfologi, morfometri, dan dikonfirmasi dengan identifikasi secara molekuler menunjukkan bahwa spesies yang berasosiasi dengan tanaman kentang pada tiga sentra produksi kentang di Sumatera adalah M. arenaria, M. incognita dan M. javanica. Sampel asal Karo ditemukan M. arenaria dan M. incognita, sampel asal Solok ditemukan M. incognita dan M. javanica, serta sampel asal Kerinci ditemukan M. incognita dan M. javanica. 1 Secara umum, juvenil 2 (J2) Meloidogyne memiliki bentuk tubuh yang relatif lurus. Tipe bibir tidak set-off dengan tipe stomato stylet. Stilet dan knob terbentuk dengan baik dan terlihat jelas. Median bulb berbentuk oval serta anulasi halus. Kelenjar esofagus menjorok pada usus bagian ventral. Karakter kunci juvenil 2 Meloidogyne berupa ujung ekor bertekstur seperti ada geriginya serta hialin yang terlihat jelas. Pengamatan pola perineal nematoda betina dewasa menunjukkan M. arenaria memiliki ciri lengkung dorsal yang rendah dan membulat, tidak terdapat garis pada bidang lateral. M. incognita memiliki lengkung dorsal yang tinggi, bagian paling luar sedikit melebar dan agak mendatar membentuk sudut 90°, tidak memiliki garis lateral serta bagian stria terlihat jelas. M. javanica memiliki ciri
Keyword: analisis filogenetik, gen COI, morfologi, morfometri, pola perineal

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: