Judul: Similarity Search Approach and Molecular  Docking of Butyrolactone III to α-Glucosidase Enzymes as an Inhibitor
Abstrak: Obat-obat komersil yang tersedia dengan mekanisme penghambatan enzim α-glukosidase memiliki efek samping. Oleh karena itu, proses penelitian masih melakukan pencarian dan pengembangan senyawa baru dengan potensi inhibisi kuat dan efek samping lebih kecil. Kandidat inhibitor, butyrolactone III, mampu menghambat aktivitas enzim α-glukosidase secara in vitro. Penelitian ini bertujuan mencari kandidat baru inhibitor α-glukosidase menggunakan pendekatan similarity search terhadap butyrolactone III. Langkah penelitian antara lain, preparasi struktur protein, pencarian ligan-ligan uji berbasis similarity search, validasi gridbox, penapisan virtual, identifikasi interaksi kompleks enzim-ligan, dan prediksi toksisitasnya. Hasilnya diperoleh struktur kristal dengan PDB ID 3L4U dan 46 ligan uji. Terdapat tujuh ligan yang lolos penapisan virtual, namun tiga diantaranya tidak lolos uji prediksi toksisitas. Ligan terbaik yang diperoleh adalah asperjinone, ligan dari A. terreus, dengan nilai energi bebas Gibbs dan Kd terendah. Seluruh interaksi kompleks asperjinone-enzim berada pada situs pengikatan substrat enzim.
Keyword: butyrolactone III, diabetes melitus, penambatan molekul, similarity search

Judul: Karakterisasi Enzim β-Glukanase dari Bacillus subtilis Menggunakan Metode in Vitro dan in Silico
Abstrak: Enzim β-glukanase merupakan protein enzim yang dapat menghidrolisis β-glukan, salah satu komponen utama penyusun dinding sel jamur dan menjadi target pengendalian hayati jamur fitopatogenik Protein enzim ini dihasilkan oleh beberapa bakteri salah satunya adalah Bacillus subtilis. Penelitian ini bertujuan melakukan karakterisasi enzim β-glukanase dan aktivitas antagonisnya terhadap Fusarium oxysporum penyebab layu tanaman, serta memahami sifat dan fungsi protein enzim β-glukanase dengan melihat struktur 3D nya. Penelitian ini menganalisis secara in vitro pengaruh faktor-faktor eksternal terhadap aktivitas enzim β-glukanase, penentuan laju reaksi enzim serta analisis in silico dengan pemodelan struktur dan analisis docking. Hasil penelitian menunjukkan bahwa aktivitas enzim β-glukanase setelah proses pengendapan dengan ammonium sulfat 60% menjadi lebih tinggi dibandingkan dengan ekstrak kasar. Tingkat kemurnian yang diperoleh sebesar 1.43 kali dengan yield sebesar 37.29%. Hasil selanjutnya, enzim β-glukanase dikarakterisasi menggunakan beberapa parameter seperti logam, inhibitor dan laju reaksi. Enzim β-glukanase dari isolat B.subtilis W3.15 mengalami peningkatan aktivitas saat ditambahkan ion logam Ca2+, sehingga ion logam tersebut dapat dikatakan sebagai kofaktor. Saat penambahan ion logam lainnya, aktivitas enzim mengalami penurunan, begitu pula ketika ditambahkan EDTA. Perhitungan laju reaksi enzim β-glukanase menghasilkan nilai kecepatan maksimum (Vmax) sebesar 0.017 µmol/L.jam dan nilai Km yaitu 0.99 µmol/L. Isolat B. subtilis W3.15 kemudian diisolasi DNAnya untuk mendapatkan sekuen DNA yang menyandi protein enzim β-glukanase. Sekuen DNA tersebut diubah menjadi sekuen asam amino kemudian dilakukan pemodelan struktur 3D menggunakan bantuan webserver SWISS-MODEL dengan metode homology modeling. Pemodelan enzim β-glukanase berdasarkan template dari model protein enzim β-glukanase dengan kode PDB 3o5s. Hasil pensejajaran sekuen dan visualisasi model cukup baik yang ditunjukkan dengan model memiliki nilai Ramachandran Plot pada daerah favoured sebesar 91,10%, skor MolProbity sebesar 0.95 dan nilai QMEAN 0.90±0.06. Model enzim β-glukanase di-docking menggunakan program PLANTS1.1 dengan ligan native ligand B3P, 1,4- β-D-Glucan, D-glucose, β-D-Glucan from oat, dan N-Acetil glucosamine. Hasil analisis docking menunjukkan bahwa ligan β-glukan (β-D-Glukan dari oat) yang digunakan sebagai substrat dalam kultivasi isolat B. subtilis W3.15 memiliki skor PLANTSCHEMPLP dan nilai prediksi afinitas enzim paling rendah yaitu -97.8514 dan 0.85 residu asam amino yang berikatan dengan ligan, yaitu GLU133, GLU137, ASN149, GLN147, GLU159, dan TRP220. Berdasarkan pada penelitian ini, maka ligan β-D-Glucan from oat yang diuji secara in silico dan in vitro merupakan substrat yang memiliki hasil aktivitas enzim β-glukanse B. subtilis W3.15 yang terbaik dibandingkan substrat lainnya
Keyword: β-D-Glucan from oat, docking, PLANTS 1.1, Km, Vmax

Judul: Pola Pewarisan Karakter Suara Kicauan Pada Burung Perkutut
Abstrak: Turtledove (Geopelia striata) is a singing birds that has a better melodious voice. The inheritance of this character has not been determined, so that research on the voice inheritance is important. This study was aimed to characterize the voice patterns turtledove. Materials consisted of 12 pairs of parents and their progenies. Twelve of their turtledove was ranked based on their sound quality. The parameters observed included voice patterns, the presence of elements of sound, the type of sound, harmonious sound (frequency and level of sound intensity) and duration of the total sound. Voice analysis was done by using computer software Cool Edit Pro version 2.1. Sound visualization was displayed in waveform shape. Sound intensity level was determined using the formula TI = 10 log I/I0, with the value I0 at 10-12 W/m2. Based on the inheritance analysis sire voices is a better chance in herediting of the voice and the number of beats sound of the middle voice. Dam plays an role in giving voice rhythm modification and sound tip inheritance. Based on the sound analysis, sound quality the voice rank from the highest to the lowest were: ♂AK, ♂ FQ, ♂HHa, ♂ ISS, ♂HRR, ♂ BL, ♂CM, ♂ EQ, ♂GQ, ♂DO, ♂DN, and ♂DP. The frequency value and the highest intensity level displayed by AK turtledove were 929.49 Hz and 91.5 dB, whereas the lowest value displayed by ♂DP were 633.59 Hz, and 67.83 dB. The best rhythm of the turtledove indicated by high frequency with a stable pattern, harmonious the intonation, as well as clear basic voice.
Keyword: