Judul: Keragaman Genetik Tanaman Kacang Bogor (Vigna Subterranea L. Verdc.) In Vitro Dan In Vivo Berdasarkan Marka Ssr Dan Snap
Abstrak: Kacang bogor atau bambara groundnut (Vigna subterranea (L.) Verdcourt) adalah salah satu tanaman legume yang belum terlalu banyak dibudidayakan dan dapat menjadi sumber pangan alternatif di Indonesia. Tujuan penelitian ini adalah mengembangkan metode kultur in vitro (organogenesis dan embriogenesis) kacang bogor dan mempelajari keragaman planlet hasil kultur in vitro serta keragaman tanaman di lapang yang berasal dari daerah Sukabumi dan Sumedang. Penelitian ini dilakukan di Plant Molecular Biology Laboratorium (PMB-Lab), Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor, Bogor, Indonesia. Penelitian terdiri atas tiga percobaan yang berkesinambungan yaitu 1) organogenesis dan embriogenesis somatik kacang bogor asal Sukabumi, 2) Analisis keragaman genetik tanaman in vitro dan in vivo menggunakan marka SSR, dan 3) Pengembangan marka SNAP berdasarkan sekuen gen Pto asal kacang bogor. Percobaan organogenesis terdiri atas induksi tunas dan proliferasi tunas dan akar secara in vitro. Percobaan embriogenesis terdiri atas induksi kalus, proliferasi kalus dan regenerasi kalus menjadi embrio somatik. Analisis keragaman genetik tanaman in vitro dan in vivo dilakukan dengan menggunakan marka SSR. Pengembangan marka SNAP terdiri atas identifikasi situs SNP, desain primer SNAP dan evaluasi untuk menghasilkan marka SNAP. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa induksi tunas dipengaruhi oleh interaksi antara media perlakuan dengan jenis eksplan axis yang digunakan. Media yang optimal untuk induksi perakaran secara in vitro adalah kombinasi antara 2.0 mg L-1 BAP dengan 0.1 mg L-1 NAA pada media dasar MSVitB5 dengan persentase akar yang dihasilkan sebesar 83.33%. Media yang optimal untuk induksi kalus adalah media yang mengandung 5 mg L-1 2,4-D (96.67%) dan picloram 3 mg L-1 (88.33%) dan eksplan terbaik adalah daun muda. Tingkat proliferasi kalus lebih tinggi pada media yang mengandung picloram daripada media yang mengandung 2,4-D. Media yang optimal untuk induksi embrio somatik fase globular adalah 0.1 mg L-1 picloram. Bagaimanapun, pada percobaan ini embrio somatik fase hati, fase torpedo, dan fase kotiledon belum berhasil diregenerasikan. Analisis keragaman genetik tanaman in vitro dan in vivo kacang bogor berdasarkan lima pasang primer SSR menunjukkan tingkat keragaman yang rendah (0.119). Primer BamCo80 adalah primer yang informatif, mampu menghasilkan tiga alel dengan nilai PIC tertinggi (0.453). Keragaman genetik sampel asal Sumedang lebih tinggi (0.113-0.119) dari pada sampel asal Sukabumi (0.000-0.050). Pengelompokan sampel berdasarkan jarak genetik menggunakan software DARwin membagi sampel menjadi dua kelompok utama yang sesuai dengan daerah asal sampel. Hasil ini juga sejalan dengan hasil analisis menggunakan software Structure. Hasil pengembangan marka SNAP berdasarkan sekuen gen Pto kacang bogor berhasil mengidentifikasi 22 lokus SNP dan menghasilkan enam pasang primer SNAP. Primer SNAP dievaluasi dengan menggunakan PCR pada 80 individu tetua dan 47 individu progeni. Produk amplifikasi dihailkan dari lima pasang primer SNAP sedangkan satu primer SNAP tidak menghasilkan produk amplifikasi. Hasil analisis primer SNAP menunjukkan bahwa evaluasi sampel kacang bogor memiliki kombinasi alel heterozigot untuk empat lokus SNP (SNP_78; SNP_378; SNP_481 dan SNP_510) dan satu lokus memiliki kombinasi alel homozigot (SNP_502).
Keyword: Organogenesis dan embriogenesis somatik, marka SSR dan SNAP, kacang bogor, Sukabumi, Sumedang

Judul: Keragaman Genetik, Pertumbuhan Tanaman dan Produksi Benih Kacang Bambara (Vigna subterranea (L.) Verdc.) pada Musim Tanam Berbeda
Abstrak: Bambara adalah tanaman legum yang biasa ditanam oleh petani subsisten di wilayah kering sub-Sahara Afrika. Tanaman kacang bambara hingga saat ini termasuk tanaman underultilized crop, yaitu tanaman yang kurang diperhatikan oleh pemerintah, peneliti dan perusahaan. Tidak tersedianya varietas menjadi kendala bagi peneliti untuk mengembangkan varietas unggul kacang bambara. Pemurnian galur dan karakterisasi beberapa lanras Indonesia penting dalam pengembangan kacang bambara di Indonesia. Kacang bambara memiliki banyak keragaman, baik dari warna testa, bentuk benih, bentuk polong, bentuk daun, tinggi tanaman, lebar kanopi dan lain-lain. Karakterisasi beberapa genotipe kacang bambara lanras lokal maupun luar negeri sangat penting dilakukan. Karakterisasi berdasarkan morfo-agronomi bertujuan untuk menggali informasi tentang sifat-sifat penting yang menguntungkan dan dapat dikembangkan. Analisis molekuler juga merupakan salah satu analisis penting guna memastikan bahwa terdapat perbedaan secara genetik dari setiap individu. Kacang bambara dikenal dapat beradaptasi dengan baik pada kondisi gersang. Beberapa wilayah di Indonesia memiliki curah hujan yang cukup rendah yaitu Maluku, NTT, NTB, dan Sulawesi Selatan. Sejumlah daerah di Indonesia dilaporkan memiliki tingkat kekeringan atau curah hujan yang rendah sehingga cocok untuk pengembangan kacang bambara. Kondisi kekeringan pada tanah dapat diukur dengan Normalized Difference Vegetation Index (NDVI). Pengukuran NDVI digunakan untuk mengukur kadar N pada berbagai tanaman seperti jagung dan tebu. Pengukuran NDVI diharapkan mampu memprediksi tanaman yang toleran terhadap cekaman kekeringan. Penelitian ini bertujuan untuk: (1) mengevaluasi keragaman genetik kacang bambara lanras Indonesia dan respon pertumbuhan tanaman pada dua metode budidaya, (2) mendeskripsikan karakter pertumbuhan tanaman, karakter hasil dan mutu benih kacang bambara lanras Indonesia dan galur murni koleksi CFF, (3) mengevaluasi respon pertumbuhan tanaman dan produksi benih kacang bambara lanras Indonesia pada dua musim tanam. Penelitian ini dilaksanakan di Desa Mekarmulya, Kecamatan Situraja, Kabupaten Sumedang, pada 1 Agustus hingga 29 Desember 2017. Percobaan kedua dilaksanakan di tempat yang sama pada 24 Maret hingga Juli 2018. Analisis molekuler dilaksanakan di Molecular Laboratory, Crops For the Future (CFF), Jalan Broga, Semenyih, Malaysia dari 7 Agustus hingga 22 Agustus 2019. Percobaan pertama terdiri atas dua faktor yang disusun split plot dengan faktor metode budidaya sebagai petak utama, dan faktor genotipe sebagai anak petak. Faktor metode budidaya terdiri atas dua taraf, yaitu metode budidaya petani lokal dan metode standar yang digunakan oleh CFF. Faktor genotipe terdiri atas delapan lanras lokal Indonesia yaitu Sumedang krem, Sumedang cokelat, Sumedang hitam, Gresik hitam, Gresik cokelat, Madura hitam, Tasikmalaya hitam, Sukabumi hitam. Pengamatan karakter kuantitatif dan kualitatif mengikuti deskriptor kacang bambara yang kemudian dianalisis dengan analisis cluster. Analisis cluster dilakukan berdasarkan marka morfologi, kemudian dibandingkan dengan analisis molekuler menggunakan 3 primer. Amplifikasi PCR menggunakan label M13 pada tiga primer, produk PCR selanjutnya di-running menggunakan gel agarose dan DNA fragment analysis Applied Biosystem atau dinamakan elektroforesis kapiler. Percobaan kedua terdiri atas dua faktor yang disusun split plot dengan faktor metode budidaya sebagai petak utama, dan faktor genotipe sebagai anak petak. Faktor metode budidaya terdiri atas dua taraf, yaitu metode budidaya petani lokal dan metode standar yang digunakan oleh CFF. Faktor genotipe terdiri atas 16 taraf, delapan lanras lokal (Sumedang krem, Sumedang cokelat, Sumedang hitam, Gresik hitam, Gresik cokelat gelap, Madura hitam, Tasikmalaya hitam, Sukabumi hitam) dan delapan genotipe core
Keyword: capillary electrophoresis, landrace, leaf shape, NDVI, SSR marker, testa

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: