Judul: Evaluasi Metode Akustik untuk Pemantauan Padang Lamun
Abstrak: Lamun merupakan salah satu indikator bagi optimalisasi fungsi wilayah pesisir. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi metode akustik untuk pemantauan padang lamun berdasarkan kemampuannya membedakan lamun dan dasar perairan serta kemampuannya membedakan daerah lamun dan daerah tanpa lamun, sehingga dapat dijadikan acuan bagi pengguna instrumen akustik untuk melakukan pemantauan ekosistem pesisir. Pengambilan data dilakukan di perairan pulau Pari, Kepulauan Seribu, Jakarta pada 16 – 18 Mei 2008, sampel sedimen di analisis di P2O-LIPI, Jakarta. Data yang diperoleh dari pengukuran di lapangan berupa data akustik (kedalaman, posisi geografis, dan parameter akustik seperti Sv dan echo time travel) dan data visual identifikasi lamun (tutupan lamun, rata-rata tinggi dan jenis lamun). Analisis data akustik dilakukan di Laboratorium Akustik dan Instrumentasi Kelautan, Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan FPIK-IPB menggunakan perangkat lunak MATLAB. Kemampuan teknologi akustik untuk klasifikasi substrat dasar dan klasifikasi vegetasi bawah air pada dasarnya adalah kemampuan untuk mengumpulkan data akustik berdasarkan kedalaman, tipe substrat, tutupan dan tinggi vegetasi, kelimpahan serta distribusi vegetasi. Evaluasi metode Akustik pada penelitian ini terdiri dari 3 (tiga) tahpan, yaitu : (1) analisis keberadaan lamun dengan karakteristik echo envelope terhadap hasil pengukuran langsung dengan penyelaman (Tegowsky et al., 2003); (2) evaluasi tinggi lamun berdasarkan nilai akustik dan pengukuran langsung di lapangan; (3) analisis trend linier scattering volume linier terhadap penutupan lamun. Hasil yang diperoleh dari penelitian ini adalah bahwa metode akustik mampu membedakan lamun dan dasar perairan serta mampu membedakan daerah lamun dan daerah tanpa lamun berdasarkan interpretasi echogram, time travel, mean scattering volume (Sv), dan echo envelope. Namun metode akustik kurang mampu secara nyata membedakan penutupan lamun dengan tingkat penutupan rendah (< 15%) berdasarkan hasil trend linier, dimana koefisien korelasi hanya 0.45. Berdasarkan hasil trend linier tersebut maka hubungan antara metode akustik (menggunakan parameter Sv) pada penelitian ini tidak mempunyai hubungan yang kuat terhadap penutupan lamun sehingga metode akustik (Sv) tidak mampu untuk mengetahui nilai yang akurat untuk penutupan lamun. Perlu dilakukan penelitian lanjutan dengan tingkat penutupan lamun yang lebih besar.
Keyword: 

Judul: Pengukuran Nilai Hambur Balik Akustik Enhalus acoroides di Pulau Pari, Kepulauan Seribu, DKI Jakarta
Abstrak: Lamun (seagrass) merupakan sumber daya alam yang berada di wilayah pesisir yang memiliki peranan penting dalam ekosistem sebagai tempat memijah, mencari makan, pembesaran serta berlindung bagi berbagai biota seperti ikan, udang, dan moluska. Peranan padang lamun secara fisik di perairan laut dangkal adalah membantu mengurangi tenaga gelombang dan arus, menyaring sedimen yang terlarut dalam air dan menstabilkan tenaga gelombang dan arus, menyaring sedimen yang terlarut dalam air yang menstabilkan dasar sedimen. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui informasi nilai hambur balik dari jenis lamun Enhalus acoroides di Pulau Pari dengan menggunakan instrumen hidroakustik. Pengambilan data dilakukan di perairan pulau Pari, Kepulauan Seribu, Jakarta pada 13 – 15 April 2012. Instrumen hidroakustik yang digunakan pada penelitian ini yaitu tipe single beam echosounder Cruzpro PcFF80. Data yang diperoleh dari pengukuran di lapangan berupa data akustik (kedalaman, posisi geografis, dan parameter akustik) dan data pengamatan lamun (kerapatan lamun, dan rata-rata tinggi lamun). Analisis data akustik dilakukan di Laboratorium Akustik dan Instrumentasi Kelautan, Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan FPIK-IPB menggunakan perangkat lunak MATLAB. Hasil yang diperoleh dari penelitian ini adalah lamun Enhalus acoroides yang berada di transek pengamatan dapat dideteksi keberadaannya melalui metode akustik. Antara substrat dasar perairan dan lamun dapat dibedakan melalui nilai hambur balik yang berbeda. Pada penelitian ini, sebaran lamun terlihat dari bentuk puncak kecil – kecil bernilai Sv antara – 60 hingga – 50 dB. Nilai hambur balik dasar lebih besar daripada lamun, hal ini disebabkan oleh tekstur dasar yang keras berupa pasir berlumpur.. Melalui metode akustik dapat pula mengetahui ketinggian lamun dari bentuk puncak – puncak gelombang. Nilai tinggi yang dihasilkan dari penyelaman langsung dan metode hidroakustik tidak berbeda jauh. Tinggi lamun rata – rata 0,4 hingga 1 meter.
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA