Judul: Keragaman Ubi Kayu (Manihot esculenta Crantz) Hasil Perbanyakan In Vitro Berdasarkan Karakter Morfologi dan ISSR
Abstrak: Ubi kayu (Manihot esculenta Crantz) merupakan bahan makanan pokok nomor tiga setelah padi dan jagung. Bagian tanaman ubi kayu yang dimanfaatkan sebagai bahan makanan adalah umbinya. Umbi ubi kayu memiliki nilai nutrisi berupa karbohidrat, protein, lemak, Fe, Zn, natrium, kalium, dan beta karoten. Hasil deskripsi, karakterisasi, dan pengelompokan genotipe dapat digunakan sebagai data dasar untuk membantu pengembangan koleksi inti dan plasma nutfah yang selanjutnya akan membantu program pengembangan varietas dan perakitan varietas baru berdasarkan sifat unggul yang ditentukan. Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis keragaman morfologi dan keragaman genetik pada 13 genotipe ubi kayu yang diperbanyak dengan stek biasa dan hasil perbanyakan secara in vitro berdasarkan penanda morfologi dan penanda molekuler Inter Simple Sequence Repeats (ISSR). Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler dan Modifikasi Jalur Biosintesis Tanaman, Pusat Penelitian (Puslit) Bioteknologi LIPI dan Laboratorium Fisiologi dan Biologi Molekuler Tumbuhan, Departemen Biologi IPB. Sebanyak 13 genotipe ubi kayu koleksi kebun plasma nutfah, Cibinong Science Center-Botanical Garden (CSC-BG) Puslit Bioteknologi yang berasal dari beberapa daerah di Indonesia digunakan dalam penelitian ini. Sebanyak 11 karakter morfologi dan penanda ISSR digunakan untuk menganalisis keragaman morfologi dan genetik ubi kayu. DNA total diisolasi dari daun ubi kayu dengan menggunakan metode CTAB. Amplifikasi PCR menggunakan ThermoScientific DreamTaq Green PCR Master Mix (2X) dengan tujuh primer ISSR. Hasil PCR dielektroforesis dalam gel agarosa 1% dalam larutan penyangga Tris Base EDTA 1x (TBE 1x), divisualilasikan dan didokumentasikan dengan uv transluminator (Wisedoc Germany). Karakter morfologi diskor dalam bentuk data multistate dan pita polimorfik diskor dalam data biner. Hasil skoring data morfologi dan molekuler dianalisis menggunakan program NTSys-PC ver 2.11a. Analisis morfologi pada 13 genotipe ubi kayu berdasarkan 11 karakter morfologi memiliki nilai koefisien similaritas yang berkisar antara 36-100%. Dendrogram menunjukkan empat kelompok utama pada nilai koefisen similaritas 45.60%. Hasil analisis komponen utama (PCA) membagi 13 genotipe ubi kayu menjadi empat kelompok dengan nilai PC 1 dan PC 2 berturut-turt sebesar 26.82% dan 16.22%. Hasil penelitian ini menunjukkan tingkat keragaman morfologi yang cukup tinggi di antara genotipe ubi kayu. Analisis molekuler pada 13 genotipe ubi kayu berdasarkan tujuh penanda ISSR memiliki nilai koefisien similaritas yang berkisar antara 55-100%. Dendrogram menunjukkan tiga kelompok utama pada nilai koefisen similaritas 66%. Hasil analisis PCA juga membagi 13 genotipe ke dalam tiga kelompok dengan nilai PC1 dan PC 2 berturut-turut sebesar 19.93% dan 7.97%. Keragaman genetik 13 genotipe ubi kayu lebih kecil dari keragaman morfologinya. Keragaman ubi kayu hasil perbanyakan secara in vitro lebih tinggi dibanding keragaman ubi kayu hasil perbanyakan dengan stek batang. Hal ini dikarenakan adanya perbedaan karakter morfologi dan pola pita ISSR pada genotipe ubi kayu yang diperbanyak secara in vitro dengan tanaman asalnya. Tidak mengelompoknya genotipe ubi kayu hasil perbanyakan secara in vitro dengan tanaman asalnya menunjukkan bahwa genotipe tersebut telah memiliki karakter yang berbeda baik secara morfologi ataupun molekuler dengan tanaman asalnya.
Keyword: Inter Simple Sequence Repeats, PCR, penanda molekuler, stek batang

Judul: Karakterisasi Ubi Kayu (Manihot esculenta Crantz) Genotipe Gajah Hasil Iradiasi Sinar Gamma pada Generasi M1V2 dan M1V3
Abstrak: Ubi kayu (Manihot esculenta Crantz.) merupakan salah satu sumber pangan utama penghasil karbohidrat, sehingga varietas unggul dengan produktivitas tinggi sangat diperlukan. Pemuliaan mutasi, salah satunya dengan iradiasi sinar gamma, merupakan salah satu strategi untuk menghasilkan varietas unggul pada tanaman membiak vegetatif seperti ubi kayu. Genotipe ‘Gajah’ yang merupakan genotipe ubi kayu lokal asal Kalimantan telah diiradiasi dengan sinar gamma dan generasi M1V1 dievaluasi pada tahun 2014. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi karakter kualitatif dan kuantitatif umbi, mengevaluasi daya simpan beberapa varian ubi kayu generasi M1V2 serta untuk mengidentifikasi karakter kualitatif dan kuantitatif peubah pertumbuhan vegetatif beberapa varian ubi kayu generasi M1V3. Penelitian dilaksanakan di kebun percobaan Cikabayan, Dramaga pada bulan Februari hingga Juni 2015 dan disusun berdasarkan rancangan kelompok lengkap teracak (RKLT) dengan satu faktor, yaitu genotipe ubi kayu, dan tiga ulangan. Genotipe ubi kayu yang digunakan yaitu satu genotipe asal (genotipe ‘Gajah’) dan 12 genotipe hasil mutasi sinar gamma generasi M1V2 yang dipanen pada umur 12 BST. Berdasarkan karakterisasi yang mengacu pada IITA, beberapa genotipe mutan memiliki karakter yang lebih baik dibandingkan genotipe asal. Karakter yang menunjukkan perubahan lebih baik meliputi bobot umbi (U1-15-2), jumlah umbi per tanaman (U3-15-1) dan jumlah umbi ekonomi (U3-15-5). Umbi varian ubi kayu dievaluasi lebih lanjut untuk mengetahui umur simpan umbi. Umbi yang telah dipanen disimpan di laboratorium pasca panen, Departemen Agronomi dan Hortikultura, IPB dan disusun berdasarkan rancangan acak lengkap (RAL). Hasil penelitian menunjukkan bahwa selama masa penyimpanan, bobot umbi mengalami penurunan. Secara visual warna dan aroma umbi terus mengalami perubahan. Serangan cendawan mulai muncul pada permukaan umbi pada 7 hari setelah penyimpanan. Hasil penelitian pertumbuhan vegetatif generasi M1V3 hingga 3 BST, mutan (putatif) (U3–15–3) memiliki jumlah daun yang lebih banyak dibandingkan dengan genotipe asalnya. Berdasarkan karakter kualitatif, adanya keragaman hanya ditemukan pada karakter lobus. Persen off type menunjukkan bahwa terdapat individu tanaman yang menunjukkan perbedaan karakter dari suatu populasi
Keyword: genotipe lokal, pemuliaan mutasi, pasca panen, pangan

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: