Judul: Transformation of the CRISPR/Cas9-gRNA-CSCc Gene in Citrus Plant for Increased Resistance to Huanglongbing Disease
Abstrak: Produksi jeruk di Indonesia masih belum bisa mengatasi serangan penyakit Huanglongbing (HLB), hingga kini belum ditemukan cara efektif untuk menghilangkan dampaknya. Penelitian ini dilakukan untuk merakit tanaman jeruk tahan penyakit HLB dengan transformasi gen menggunakan gen CRISPR/Cas-9-gRNA-CsCS melalui vektor Agrobacterium tumefaciens untuk mengedit genom jeruk. Eksplan berupa embrio zigotik dan nuselar jeruk. Embrio didapatkan dari buah jeruk yang telah berumur 11-15 minggu setelah antesis pada jeruk hibrida somatik, hibrida zigotik, kultur endosperma, dan batang bawah JC (Japance citroen). Transformasi dilakukan menggunakan vektor Agrobacterium tumefaciens EHA 105 yang telah disisipi gen CRISPR/Cas-9-gRNA-CsCS dan dibuat suspensi dengan densitas 0.2. Perlakuan waktu inokulasi yang digunakan adalah 15, 20, 25, dan 30 menit. Masa kokultivasi dilakukan selama 2-3 hari pada kondisi gelap dengan suhu ruang sampai terbentuknya “halo” di sekitar eksplan. Seleksi embrio putatif transforman dilakukan pada media dengan higromisin 100 mg/L. Percepatan pertumbuhan dilakukan dengan shoot tip grafting (STG) pada batang bawah JC yang telah berumur 5 bulan. Hasil seleksi transformasi telah dikonfirmasi dengan PCR menggunakan primer gen penanda higromisin pada populasi tanaman yang telah dilakukan STG. Hasil seleksi transformasi menunjukkan 52.86% embrio mampu hidup pada media seleksi higromisin, dan 24 tanaman hasil STG telah dikonfirmasi pada PCR mengandung gen penanda higromisin. Nilai efisiensi transformasi tertinggi embrio nuselar adalah 13.8% dengan waktu inokulasi 20 menit, dan nilai efisiensi regenerasi 32.53%. Setelah dilakukan STG di rumah kaca, tunas dari embrio nuselar memiliki rata–rata jumlah tunas dan jumlah daun yang lebih tinggi jika dibandingkan dengan tunas dari embrio zigotik. Hasil transformasi didapatkan tanaman transforman jeruk JC yang tidak menunjukkan gejala serangan HLB sebesar 55.56% setelah diinokulasi buatan secara in vivo umur 10 BSI.
Keyword: transformasi gen, pengeditan genom, jeruk, embrio jeruk, tanaman berkayu

Judul: Intoduksi Gen CRISPR/Cas9 gRNAcsCS pada Tanaman Jeruk JC (Japanche Citroen) Menggunakan Agrobacterium tumefasciens
Abstrak: Jeruk JC (Japanche Citroen) merupakan salah satu varietas yang banyak digunakan sebagai batang bawah jeruk yang memiliki daya adaptasi dan kompatibilitas dengan batang atas yang tinggi akan tetapi tidak tahan terhadap penyakit Huanglongbing. Penyakit Huanglongbing disebabkan oleh bakteri genus Liberobacter yang menyerang jaringan floem tanaman dan menyebabkan kerugian besar di petani. Penggunaan varietas tahan merupakan salah satu cara pengendalian penyakit ini yang dapat dilakukan dengan metode transformasi. Penelitian ini bertujuan menentukan teknik perkecambahan embrio nuselar dan efisiensi transformasi untuk mengintroduksikan CRISPR/Cas9 dengan gen penuntun gRNAcsCS pada embrio nuselar tanaman jeruk JC-Japanche Citroen. Percobaan perkecambahan embrio nuselar menggunakan satu faktor yaitu komposisi media (MS + GA3 0.0; 1.0; 3.0; dan 5.0 mg l-1 serta VMW + GA3 0.0; 1.0; 3.0; dan 5.0 mg l-1). Percobaan transformasi menggunakan dua faktor yaitu waktu inokulasi A. tumefasciens (5 dan 15 menit) dan komposisi media (GA3 0.0 mg l-1 dan GA3 3.0 mg l-1). Hasil penelitian menunjukkan media VMW + GA3 3.0 mg l-1 merupakan media optimal untuk perkecambahan jeruk JC dan waktu inokulasi selama 5 menit berbeda nyata lebih tinggi dibandingkan waktu inokulasi selama 15 menit terhadap persentase eksplan hijau pada media yang ditambahkan cefotaksim (tanpa penyeleksi higromisin). Introduksi gen CRISPR/Cas9 gRNAcsCS berhasil dilakukan dan menghasilkan total 17 eksplan hijau dengan 10 eksplan hijau yang berkecambah. Efisiensi transformasi dan regenerasi tertinggi diperoleh dengan perendaman dalam bakteri selama 15 menit menggunakan embrio besar (3-5 mm) yaitu 17.78% dan 6.67%. Planlet putatif transgenik tersebut diharapkan memiliki ketahanan terhadap penyakit Huanglongbing.
Keyword: Huanglongbing, efisiensi transformasi, pengeditan genom, perkecambahan embrio nuselar, transformasi genetik

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: