Judul: Evaluasi dan Optimalisasi Program PCR dalam Determinasi Kelamin Ikan Barbir Emas Puntius conchonius secara Molekular
Abstrak: Pembedaan antara ikan jantan/ betina hasil sex reversal dengan ikan jantan/ betina normal, yang biasanya dilakukan melalui metode pengujian progeny, diperlukan dalam upaya produksi populasi monoseks. Akan tetapi, pengujian progeny memiliki kendala yaitu membutuhkan banyak waktu, biaya, fasilitas, pekerjaan, dan pendataan pada pelaksanaannya. Penanda molekular kelamin juga dapat digunakan untuk keperluan tersebut, serta dapat mengatasi kendala metode pengujian progeny. Kirankumar et al. (2003) telah berhasil menerapkan metode analisa DNA menggunakan PCR dalam menentukan jenis kelamin secara molekular pada ikan barbir emas Puntius conchonius. Tujuan dilakukannya penelitian adalah untuk mengaplikasikan metode PCR dalam identifikasi kelamin ikan barbir emas yang terdapat di Indonesia. Penelitian pendahuluan yang dilakukan menunjukkan bahwa penerapan metode tersebut terhadap ikan barbir emas uji menghasilkan pola pita DNA yang berbeda dengan hasil yang diperoleh Kirankumar et al. (2003), serta belum dapat menunjukan perbedaan yang jelas antara kelamin jantan dengan betina. Optimalisasi terhadap prosedur PCR yang diterapkan diharapkan dapat memperjelas perbedaan pola pita DNA antara ikan barbir emas jantan dan betina. Optimalisasi tersebut dilakukan melalui pengaturan suhu annealing dan durasi waktu ekstensi.
Keyword: 

Judul: Identification of Sex Linked Molecular Markers in Giant Freshwater Prawn Macrobrachium rosenbergii.
Abstrak: Udang galah jantan lebih cepat tumbuh dibandingkan dengan betinanya, karenanya budidaya udang galah monoseks jantan menjadi salah satu solusi untuk meningkatkan produksi budidaya. Budidaya monoseks jantan dapat menghasilkan produksi yang lebih baik sekitar 63,13 % dibandingkan dengan populasi campuran. Hal tersebut terjadi karena energi yang digunakan hanya difokuskan untuk pertumbuhan somatik. Populasi monoseks jantan udang galah dapat dihasilkan dengan mengawinkan neofemales (sex-reversed males) dengan jantan normal. Uji progeni biasa dilakukan dalam proses produksi monoseks jantan, akan tetapi identifikasi kelamin dilakukan setelah udang dapat dibedakan secara visual dan udang matang gonad, sehingga membutuhkan waktu yang lama. Identifikasi dan verifikasi kelamin dapat dilakukan lebih dini dengan metode PCR dengan marka DNA terkait kelamin. Sistem kromosom pada udang galah berbeda dengan ikan, di mana individu betina bersifat heterogametik (WZ) dan jantan homogametik (ZZ). Namun dalam perkembangannya terdapat kendala dalam menentukan individu neofemale yang memiliki kromosom ZZ. Berdasarkan pendekatan sistem kromosom tersebut, maka dapat dijadikan acuan untuk membuat marka molekuler terkait kelamin udang galah. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi marka molekuler terkait jenis kelamin pada udang galah. Penelitian ini diharapkan juga dapat digunakan dalam mengidentifikasi kelamin udang galah secara dini serta dapat diterapkan pada tahap seleksi individu hasil sex reversal sehingga dapat meminimalkan waktu seleksi. Hewan uji yang digunakan adalah populasi udang galah jantan dan betina yang berasal dari tangkapan alam Aceh dan Solo, serta udang galah jantan dan betina SIRATU hasil (seleksi individu di Instalasi Balai Besar Perikanan Air Tawar Pelabuhan Ratu). Sebanyak masing-masing 30 ekor udang galah baik jantan maupun betina dari 3 kelompok dikumpulkan untuk dilakukan koleksi genom DNA. Ekstraksi DNA dilakukan dengan menggunakan kaki renang sebagai sampel. Pembuatan preparat kromosom berasal dari individu jantan dan betina udang galah asal Aceh. Dalam proses amplifikasi PCR untuk genom DNA udang galah digunakan primer spesifik betina yaitu primer MrMK Forward 5′-GATGAGTCCTGAGTAACAA-3′ (19 pb). Sedangkan Reverse yang digunakan adalah 5′-GCACTTAACCATGCGTCAG-3′ (19 pb). Sebagai kontrol internal loading DNA digunakan primer β-aktin Forward 5’-GTGCGTGACATCAAGGAA-3’ dan Reverse 5’- TAAGTGGTCTCGTGAATGC-3’. Berdasarkan hasil amplifikasi PCR dengan Primer MrMK belum dapat membedakan secara spesifik antara individu jantan dan betina oleh karena itu, produk PCR dari udang galah betina dan jantan dipurifikasi, dan kemudian disekuensing untuk mendapatkan bagian yang dapat dipilih sebagai target primer baru yang spesifik. Dari hasil penyejajaran sekuens udang galah jantan dan betina diperoleh daerah yang berbeda untuk dijadikan primer spesifik. Satu set kandidat primer spesifik MrMKn telah didesain sebgai berikut: Forward 5’-CAGTATTTCGGAWTGGTATTGCTCGGG-3’ Reverse 5’- CCGATAACTCTGCGAATGAGC-3’. Primer MrMKn bersifat spesifik pada betina dengan ukuran pita DNA sekitar 390 bp. Berdasarkan analisis PCR, kelompok udang galah betina dari Aceh, Sukabumi (SIRATU) dan Solo semuanya menghasilkan pita DNA. Pada kelompok udang galah jantan, diharapkan pita DNA tidak muncul pada semua individu, tetapi pita DNA ini muncul di kelompok udang galah jantan asal Aceh dan Sukabumi, masing-masing 5 dan 3 sampel atau 10 % dan 16 %. Ini berarti efektivitas MrMKn untuk membedakan jantan dan betina pada populasi udang asal Solo, SIRATU dan Aceh, masing-masing adalah 100 %, 90 % dan 84 %. Hal ini menunjukkan bahwa primer MrMKn belum dapat membedakan udang galah jantan dari semua populasi. Selain itu, dapat dikatakan bahwa
Keyword: giant freshwater prawn, karyotype, neofemale, sex markers.

Judul: Kajian Atmosfer Bawah Wilayah Tropis dan Subtropis
Abstrak: Planetary Boundary Layer is the lowest part of the atmosphere directly affected by the earth’s surface and responds to surface forcings within a time period of hourly to daily. The thickness of boundary layer varies over space and time, ranging from hundreds of meters to a few kilometers. The objective of this study consist of the analysis of Boundary Layer based on diurnal and nocturnal vertical profiles of meteorological properties and identification of characteristics pertaining to tropical atmosphere (represented by Soekarno-Hatta (6.110S, 106.650E), Polonia (3.560N, 98.680E), and Da Nang (16.030N, 108.200E) stations) and subtropical atmosphere (represented by Perth (31.930S, 115.960E), Nanjing (32.000N, 118.800E), and Hakasskaja (43.780N, 87.620E) stations). Virtual potential temperature, specific humidity, wind speed and direction, atmospheric stability, and Bulk-Richardson number are used to estimate the boundary layer thickness. Vertical profile of the virtual potential temperature and specific humidity are used to determine the Mixed Layer heights during the day and Residual Layer heights during the night. On the other hand, the mean value of Turbulent Flow Thickness is derived from the vertical profile of the Bulk-Richardson number (RiB). Analytical results of this study revealed that Mixed Layer height in the tropical atmosphere varies in a range from 260 m to 1410 m, Residual Layer height varies in a range from 267 m to 925 m, whereas the Turbulent Flow Thickness variation is confined between 0 m to 335 m. In subtropical atmosphere Mixed Layer height varies in a range from 101 m to 1483 m, Residual Layer height varies in a range from 121 m to 1276 m, whereas the Turbulent Flow Thickness variation is confined between 0 m to 769 m. This study also revealed that, except during summer, Mixed Layer Heights in the tropics are normally higher than in the subtropics.
Keyword: