Judul: Pengaruh Mutasi Titik K4S terhadap Trayektori Unfolding dan Refolding Protein 1GB1
Abstrak: Pelipatan protein merupakan hal yang sangat penting untuk memahami berbagai proses biologi. Salah satunya adalah proses unfolding dan refolding protein 1GB1 yang telah termutasi pada salah satu residunya. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari dan membadingkan pengaruh temperatur terhadap perubahan trayektori serta dinamika proses unfolding dan refolding protein 1GB1 sebelum dan setelah dimutasi pada residu K4S. Penelitian ini dilakukan menggunakan metode simulasi dinamika molekul yang terdiri dari beberapa tahapan diantaranya mutasi protein, preparasi, minimisasi, pemanasan, ekuilibrasi, dan production run. Simulasi unfolding dilakukan pada temperatur 500 K selama 16 ns dan refolding pada stemperatur 225 K selama 20 ns. Mutan protein 1GB1 unfolding pada temperatur 500 K dalam waktu 14.5 ns dengan tingkat kemiripan urutan asam amino sebesar 30.36 %. Mutan protein yang telah rusak ini kemudian kembali ke struktur awal melalui proses refolding pada suhu 225 K selama 20 ns dengan tingkat kemiripan urutan asam amino sebesar 48.21%. Mutasi titik yang dilakukan mengakibatkan meningkatnya kestabilan termal protein seperti yang ditunjukkan oleh lamanya waktu protein terdenaturasi. Hasil tersebut juga menunjukkan bahwa unfolding dan refolding protein memiliki trayektori yang berbeda.
Keyword: mutasi titik, protein 1GB1, refolding, simulasi dinamika molekul, unfolding

Judul: Pengaruh Variasi Temperatur Unfolding Terhadap Trayektori Refolding Protein 1gb1.
Abstrak: Protein 1GB1 adalah jenis protein immunoglobulin dari Streptococcus kelompok G yang berfungsi membantu organisme menghindari pertahanan inang. Proses unfolding dan refolding protein penting untuk dipelajari. Penelitian ini bertujuan mempelajari dan membandingkan trayektori proses unfolding dan refolding protein 1GB1 akibat pengaruh suhu. Proses unfolding dilakukan pada suhu 500 K dan 525 K selama 2 ns. Koordinat dari unfolding dijadikan masukan awal simulasi refolding selama 20 ns pada suhu 200 K. Metode simulasi dinamika molekul dimulai dengan preparasi, minimisasi, pemanasan atau pendinginan, ekuilibrasi dan production run. Protein 1GB1 dapat terdenaturasi dengan cepat pada suhu yang lebih tinggi yaitu 525 K dalam waktu 162 ps. Protein native yang telah terdenaturasi dapat kembali ke struktur awalnya melalui proses refolding, menghasilkan bentuk konformasi dan kesesuaian urutan residu antara struktur protein native dengan hasil simulasi yang berbeda, untuk suhu 500 K memiliki kesesuaian sebesar 85.71 %, sedangkan untuk suhu 525 K sebesar 73.21 %. Proses unfolding dan refolding protein 1GB1 memiliki trayektori yang berbeda.
Keyword: simulasi dinamika molekul, protein 1GB1, refolding, unfolding

Judul: Lejeuneaceae Subfamily Ptychanthoideae (Hepaticae) in  West Java
Abstrak: Subfamily Ptychanthoideae of the family Lejeuneaceae (Hepaticae) in West Java is still poorly known. Publications on this subfamily are out of dated and written in the 19th or early of 20th century. The last taxonomic treatment of Ptychanthoideae of West Java was in 1933, many species names have changed since then. Studies on Ptychanthoideae of West Java are urgently needed. Studies on the Ptychanthoideae were based on the specimens collected from West Java. A total number of 361 of specimens deposited in the Herbarium Bogoriense (BO), Herbarium Biotrop (BIOT), Gottingen Herbarium (GOET) and Bangi Herbarium (UKMB) were examined, those are old and several recent specimens collected in West Java. Recent collections were made from Telaga Warna, Ciater, Gunung Halimun Salak National Park, Cibodas Botanical Garden, Bodogol Education Center and Conservation (Gunung Gede Pangrango National Park), University of Indonesia Campus Depok, including several collections from Banten Province. Twenty four species of Lejeuneaceae subfamily Ptychanthoideae are known from West Java, belonging to 8 genera namely Acrolejeunea (Spruce) Schiffn. (2 species), Archilejeunea (Spruce) Schiffn. (1 species), Lopholejeunea (Spruce) Schiffn. (10 species), Mastigolejeunea (Spruce) Schiffn. (3 species), Ptychanthus Nees (1 species), Schiffneriolejeunea Verd. (1 species), Spruceanthus Verd. (2 species) and Thysananthus Lindenb. (4 species). Two new records of Ptychanthoideae: Mastigolejeunea indica Steph. and Thysananthus minor Verdoorn are reported for Java. A determination key to the species is presented including their descriptions and illustrations.
Keyword: