Judul: Banana bunchy top virus : Penyebaran di Kotamadya Bogor dan karakterisasi molekuler
Abstrak: Penyakit bunchy top merupakan penyakit paling penting yang disebabkan oleh Virus pada tanaman pisang. Penyakit ini disebabkan oleh patogen banana bunchy top virus (BBTV). BBTV dapat ditularkan dari tanaman sakit ke tanaman sehat melalui kutu datin Pentalonia nigronervosa Coquerel (Hemiptera: Aphididae) secara persisten dan sirisulatif serta melalui tunas tanaman terinfeksi. Penyebaran dan karakterisasi molekuler virus ini di Indonesia belum banyak dilaporkan. Penelitian ini bertujuan untuk riengetahui penyebaran BBTV di Kotamadya Bogor dan mempelajari beberapa karakter molekuler virus tersebut. Penelitian dilaksanakan mulai bulan Januari sampai dengan bulan Oktober 2001. Survei dilaksanakan di Kotamadya Bogor, di 6 kecamatan yang terdiri atas 19 desa. ELISA dan karakterisasi molekuler dilakukan di Lab. Virologi Tumbuhan Jurusan HPT-IPB. Analisis kuantitatif hasil ELISA dilakukan di Lab. Pemuliaan Tanaman, Jurusan BDF-IPB. Survei dilakukan dengan melakukan pengamatan pada tanaman pisang yang menampakkan gejala bunchy top seperti yang dideskripsikan oleh Graham (1971) dalam Semangun (2000). Untuk memperkuat dugaan bahwa tanaman tersebut terinfeksi BBTV, dilakukan pengambilan sampel di beberapa desa. Sampel ini dibedakan atas letak wilayah pengambilan serta kultivarnya. Pengamatan juga dilakukan terhadap keberadaan vektor BBTV yaitu kutu daun P. nigronervosa baik pada tanaman pisang sakit maupun pada tanaman talas disekitar tanaman pisang sakit. Deteksi BBTV terhadap sampel yang diambil pada saat survei menggunakan ELISA yang dilakukan dengan metode direct DAS-ELISA sesuai dengan petunjuk dari Agdia. Karakterisasi molekuler terdiri dari ekstraksi asam nukleat, pendugaan jenis asam nukleat, dan pendugaan ukuran asam nukleat. Ekstraksi asam nukleat dilakukan dengan menggunakan metode guanidin yang dimodifikasi, pendugaan jenis asam nukleat dengan menambahkan RNAse A pada asam nukleat hasil ekstraksi, dan pendugaan ukuran asam nukleat melalui perbandingan antara marker dengan DNA hasil ekstraksi yang dielektroforesis dalam 1% agarose gel, diwarnai dengan etidium bromida dan divisualisasi dengan sinar ultra violet. Hasil survei menunjukkan bahwa BBTV telah menyebar di hampir seluruh wilayah Kotamadya Bogor kecuali Desa Rancamaya dan Desa Bojongkerta. Vektor P. nigronervosa tidak ditemukan kecuali di Desa Sindangbarang yaitu pada tanaman pisang sakit. BBTV menginfeksi semua kultivar pisang yang ditemukan. Kerentanan kultivar pisang terhadap BBTV bervariasi, kultivar Nangka mempunyai tingkat Emas dan Oli mempunyai tingkat kerentanan yang relatif tinggi. kerentanan yang relatif rendah sedangkan kultivar Kepok, Papan, Ambon, Barangan, Dari analisis molekuler diketahui bahwa asam nukleat BBTV adalah DNA yang berukuran 1,0-1,1 kb.
Keyword: 

Judul: Disease Incidence and Molecular Analysis of Banana Bunchy Top Virus in Bogor, West Java
Abstrak: Pisang merupakan salah satu komoditas hortikultura bernilai ekonomi tinggi dan dibudidayakan pada berbagai jenis sistem budi daya pertanian tropika. Banana bunchy top virus (BBTV) yang menyebabkan penyakit kerdil pisang dianggap sebagai virus paling penting yang menginfeksi pertanaman pisang di Asia, Afrika, Australia dan Pasifik Selatan. Penelitian sebelumnya melaporkan bahwa pusat keragaman BBTV dunia terletak dan berasal dari Asia Tenggara, termasuk Indonesia. Namun demikian, insidensi penyakit dan karakter molekuler dari BBTV di Indonesia masih sangat sedikit dimengerti. Tujuan penelitian ini adalah mengarakterisasi variasi gejala, insidensi penyakit, dan karakter molekuler dari BBTV di pertanaman pisang di Bogor, Indonesia. Insidensi penyakit BBTV ditinjau berdasarkan gejala di lapangan. Daun-daun yang menunjukkan gejala dikonfirmasi menggunakan metode immunocapture-polymearse chain reaction (IC-PCR). Karakterisasi molekuler kemudian dilakukan berdasarkan analisis nukleotida dari sikuen virus yang diamplifikasi. Hasil pengamatan menunjukan bahwa insidensi penyakit kerdil pisang di Kabupaten Bogor berkisar dari 3.3% hingga 28.4%. Gejala penyakit yang paling umum dijumpai di lapangan antara lain daun tegak, klorosis dan bergelombang pada tepian daun, serta pengurangan panjang dan jarak petiol dan lebar lamina. Serangga vektor, Pentalonia nigronervosa, ditemukan pada beberapa tanaman di lapangan dan BBTV berhasil dideteksi dari sampel kutu daun tersebut. Karakterisasi molekuler dari DNA-R dan DNA-S pada sampel BBTV mengonfirmasi bahwa isolat-isolat BBTV dari Bogor merupakan bagian dari Asian group, dan jelas terpisah dari South Pacific group. Variasi genetika diantara isolat-isolat BBTV Bogor tidak begitu tinggi, dengan homologi sikuen berkisar dari 97.2% hingga 99.3% dan 96.6% hingga 100% untuk DNA-S dan DNA-R, secara berturut-turut
Keyword: gejala lapangan, immunocapture-polymerase chain reaction, variasi genetika

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: