Judul: CRISPR/Cas9 Vector Construction for ROC5 gene editing in Rice cv. Hawara Bunar
Abstrak: Peningkatan produksi padi (Oryza sativa L.) dengan mengoptimalkan pemanfaatan lahan kering masam memerlukan upaya pemuliaan untuk meningkatkan efektifitas toleransi tanaman terhadap cekaman kekeringan. Padi kultivar Hawara Bunar merupakan varietas toleran asam yang perlu ditingkatkan kemampuan toleransinya terhadap cekaman kekeringan dengan mengatur tingkat penggulungan daun. Gen ROC5 adalah gen yang terlibat dalam penggulungan daun. Pengeditan gen ROC5 dengan teknologi CRISPR/Cas9 diharapkan dapat menghasilkan tanaman mutan yang lebih toleran kekeringan dengan respon penggulungan daun yang moderat dalam kondisi cekaman kekeringan. Penelitian ini bertujuan mengkonstruksi vektor rekombinan yang membawa sgRNA untuk gen ROC5 dari tanaman padi kultivar Hawara Bunar. Plasmid pRGEB32 yang mengandung gen Cas9 digunakan untuk mengklon sgRNA ROC5 dengan metode kloning Golden Gate dan transformasi heat shock. Konfirmasi sgRNA-ROC5 dilakukan dengan PCR koloni, lalu plasmid diisolasi dan dilanjutkan verifikasi menggunakan metode PCR dengan primer spesifik dan primer sekuensing untuk vektor pRGEB32. Hasilnya menunjukkan bahwa hanya bakteri transforman pRGEB32_ROC5-cr1 yang tumbuh pada media seleksi. Hal ini mengindikasikan bahwa sgRNA ROC5 berhasil disisipkan pada plasmid. Konfirmasi dengan PCR koloni dan PCR plasmid menggunakan primer spesifik membuktikan terdapat amplikon berukuran 425 bp. Data sekuensing juga menunjukkan terdapat sekuen sgRNA ROC5 pada lokasi yang sesuai.
Keyword: sgRNA, cekaman kekeringan, penggulungan daun, pengeditan gen

Judul: Transformasi Kalus Padi dengan Konstruksi CRISPR-Cas9 untuk Menyunting Gen Terkait Hasil Produksi
Abstrak: High yield improvement of rice (Oryza sativa L.) is the main goal in rice breeding and could be achieved by gene editing through CRISPR-Cas9 technique as a revolution technique in genome editing. Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR)-associated (Cas9) has shown a precise and efficient genome editing tool by inducing random mutation in the cleavage region to knock out genes. The objective of this research is to transform sgRNA-CRISPR-Cas9 constructs to Jao Hom Nin (JHN) rice calli to knock out DL, Gn1a, Roc5, and Tad1 genes, which are the yield-related genes. The sgRNA-CRISPR-Cas9 constructs in pRGEB32 plasmid, were transformed into rice callus through Agrobacterium tumefaciens EHA105. Afterwards, the callus genome was verified using PCR technique to identify the sgRNA insert in the rice genome. Also, transformant calli was tested by T7 Endonuclease I (T7EI) assay to detect the mismatches existence shown by digested bands. Mismatches occur when the DNA repairs itself after Cas9 successfully cuts the target gene’s region and causes insertion and deletion (indels) mutation. The result showed that each callus was successfully transformed by the transformant Agrobacterium tumefaciens with sgRNA-CRISPR-Cas9 construction vector and the sgRNA was successfully inserted to the rice genome. When they are tested using PCR, we obtained amplified edited bands of Tad1, DL, and Roc5 genes, except for Gn1a gene target. T7EI assay had been done successfully, but no mismatched fragments were found., Peningkatan hasil produksi tanaman padi (Oryza sativa L.) merupakan tujuan utama dari pemuliaan tanaman padi dan dapat dicapai dengan peyuntingan gen melalui teknik CRISPR/Cas9 sebagai sebuah teknik revolusi dalam penyuntingan genom. Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR)berasosiasi dengan gen Cas9 telah menjadi sebuah alat penyuntingan genom yang akurat dan efisien dengan menginduksi mutasi acak pada wilayah pemotongan untuk mengubah gen target. Tujuan dari penelitian ini adalah melakukan transformasi kalus padi varietas Jao Hom Nin (JHN) dengan konstruksi sgRNACRISPR-Cas9 untuk mengubah gen Tad1, DL, Roc5, dan Gn1a yang merupakan gen-gen terkait hasil produksi pada tanaman padi. Konstruksi sgRNA-CRISPRCas9 dalam plasmid pRGEB32 diintroduksikan ke dalam kalus padi melalui Agrobacterium tumefaciens EHA105. Selanjutnya, genom kalus tersebut diverifikasi dengan teknik PCR untuk mendeteksi keberhasilan sisipan sgRNA pada genom padi. Selain itu keberadaan mutasi pada gen target diuji dengan uji T7 Endonuclease I (T7EI) untuk mendeteksi keberadaan mismatches yang ditujukkan oleh pita-pita DNA terpotong. Mismatches terjadi ketika DNA memperbaiki dirinya setelah Cas9 berhasil memotong wilayah gen target dan menyebabkan mutasi insersi-delesi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa setiap kalus berhasil ditransformasi oleh Agrobacterium tumefaciens dengan pRGEB32 yang membawa konstruksi sgRNA-CRISPR-Cas9 yang ditunjukkan oleh amplikon daerah target gen Tad1, DL, dan Roc5, kecuali Gn1a. Ketika gen target diverifikasi dengan uji T7EI diperoleh amplikon yang sama dengan gen target yang mengindikasikan tidak ditemukan adanya mismatches pada target gen Tad1, DL, dan Roc5.
Keyword: DL, gene editing, Gn1a, Roc5, Tad1

Judul: Tinjauan Matematis pada Model Makroskopik dan Mikroskopik Arus Lalu-lintas
Abstrak: Traffic flow phenomenon can be described through mathematical model such as continuous dynamic model with an ordinary differential equation so that it can be solved with integral factors. In this paper three simple models of traffic flow are discussed, i.e, two macroscopic and one microscopic models. Macroscopic model formulates dynamics of the traffic flow that occurs on a large number of vehicles on a road. While the microscopic model explains drivers’ behavior in their interaction with other vehicles ahead, i.e, car-following model. This paper shows the existence of ordinary differential equation found in the traffic flow model and indicates some different representations in the context of the same model. It also reviews a simple model of traffic flow along a single link, which leads to some unexpected results, i.e, it can express the solution model in term of link outflows as well as trip time. In the microscopic model, simulation is done to illustrate the behavior of the drivers with a sensitivity coefficient as a benchmark parameter.
Keyword: