Judul: Development of Seismic Oceanography Method to Study the Temperature Stratification in the Northern Maluku Sea
Abstrak: Seismik laut merupakan metode akustik frekuensi rendah untuk memetakan bawah permukaan dasar laut yang bertujuan untuk eksplorasi sumber daya hidrokarbon, gas hidrat, serta keperluan geologi lainnya. Seismik laut berkembang dengan ditemukannya teknik seismik oseanografi yaitu suatu teknik menggunakan seismik refleksi untuk mempelajari oseanografi fisika suatu perairan. Seismik oseanografi banyak dimanfaatkan untuk mempelajari karakteristik massa air, batas antar-muka dua massa air (front), gelombang internal, percampuran turbulen, sirkulasi pusaran (eddy), dan sebagainya. Seismik oseanografi juga berkembang untuk mendapatkan informasi kuantitatif parameter fisika oseanografi seperti suhu dan salinitas melalui metode inversi. Namun penelitian seismik oseanografi dan pemanfaatan suhu hasil inversi dari data seismik oseanografi masih sangat terbatas dilakukan di perairan Indonesia. Sehingga penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan teknologi inversi seismik oseanografi untuk menentukan stratifikasi suhu di Laut Maluku bagian utara. Penelitian ini menggunakan data mentah (raw data) seismik bertipe seg-d yang diakuisisi oleh Pusat Penelitian dan Pengembangan Geologi Kelautan (P3GL) diakuisisi pada 7 Mei 2016 di Laut Maluku bagian utara dengan panjang lintasan 239 km. Data seismik diolah untuk mendapatkan citra refleksi kolom perairan sebagai representasi dari struktur halus termohalin (thermohaline fine structure). Data seismik bersama dengan data Conductivity-Temperature-Depth (CTD) dan data CTD arsip serta data suhu dan salinitas dari World Ocean Atlas (WOA) diproses untuk mendapatkan nilai suhu menggunakan metode inversi seismik. Akurasi suhu hasil inversi diuji terhadap data observasi menggunakan kriteria galat mutlak rata-rata. Hasil inversi digunakan untuk menentukan stratifikasi kolom perairan berdasarkan gradien suhu (laju perubahan suhu terhadap kedalaman) lebih dari 0.05 °C/m sebagai batas atas lapisan termoklin. Hasil penelitian menunjukkan bahwa metode seismik oseanografi bisa menggambarkan struktur halus termohalin (thermohaline fine structure) seperti perundakan termohalin (thermohaline staircase) serta medan temu (front) massa air. Refleksi di kolom perairan disebabkan oleh kontras suhu dan salinitas antar lapisan di kolom perairan. Gradient suhu berkisar antara 0.03 °C/m hingga >0.20 °C/m bisa menyebabkan refleksi seismik di kolom perairan. Hasil inversi kecepatan suara dan suhu menunjukkan akurasi yang bagus terhadap data arsip. Nilai galat mutlak rata-rata (MAE) berkisar antara 0.69-2.6 m/s dan 0.68-0.91 °C berturut-turut untuk kecepatan suara dan suhu. Nilai rata-rata dan simpangan baku suhu hasil inversi 30.38 °C dan 0.08 °C di lapisan tercampur, 19.78 °C dan 0.397 °C di lapisan termoklin, serta 7.64 °C dan 0.25 °C di bawah lapisan termoklin hingga kedalaman 1000 m. Batas bawah kedalaman lapisan tercampur mencapai 40 m sedangkan batas bawah kedalaman lapisan termoklin pada 240-374 m dengan ketebalan berkisar antara 226-410 m. Kedalaman lapisan tercampur di sisi timur lebih dangkal dibandingkan di sisi tengah dan barat, tetapi batas bawah lapisan termoklin di sisi timur jauh lebih dalam dari yang diamati di sisi barat. Perbedaan stratifikasi suhu ini menunjukkan bahwa Laut Maluku bagian utara berperan penting dalam dinamika lautan seperti lokasi pembangkitan dan perambatan gelombang internal, serta resirkulasi Arus Lintas Indonesia ke Pasifik ekuator bagian barat.
Keyword: ocean acoustics, seismic inversion, seismic oceanography, stratification

Judul: Stratification of Water Mass and Current  Structure on Lifamatola-Banggai Transect, Maluku Sea
Abstrak: Perairan Selatan Laut Maluku merupakan salah satu jalur masuk Arus Lintas Indonesia (Arlindo) dan merupakan lokasi upwelling musiman yang memberikan produktivitas laut yang tinggi, dan menjadi potensi daerah penangkapan ikan. Penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan stratifikasi massa air serta struktur arus di bagian selatan Laut Maluku. Hasil dari cruise BUDEE 2022 diperoleh 6 cast data CTD dan 1 Transek SADCP di Selatan Maluku menggunakan Kapal Riset Baruna Jaya VIII. Hasil menunjukan kedalaman lapisan tercampur yang bervariasi antara 43-112 dbar dengan rerata suhu 25,82 (± 0,88) ºC. Ketebalan lapisan termoklin bervariasi antara 97-178 dbar. Sisi barat transek memiliki lapisan termoklin yang lebih dalam dan tebal. Teridentifikasi Massa Air dari NPSW pada lapisan termoklin, NPIW dan SPSLTW di bawah lapisan termoklin. Kecepatan arus meridional di Selat Bote lebih kuat di permukaan dengan kecepatan 0,5 m/s. Sementara itu, wilayah Lifamatola memiliki kecepatan arus zonal yang lebih kuat mengarah ke timur laut. Intrusi dari Selat Bote membawa transpor volume sebesar 0,531 Sv. Upwelling teridentifikasi pada sisi barat transek dicirikan dengan distributi isopiknal, isohalin, dan isotermal yang bergerak naik. Kedalaman klorofil maksimum di sisi barat lebih dangkal pada 24 dbar dan memiliki kadar oksigen terlarut tertinggi di permukaan sebesar 205 μmol/kg memperkuat indikasi fenomena upwelling., The Southern waters of the Maluku Sea are one of the entrances to the Indonesian Throughflow (ITF) and a location for seasonal upwelling, providing high marine productivity and potential fishing grounds. The aim of this study was to describe water mass stratification and current structures in the southern part of the Maluku Sea. Data from 6 CTD casts and 1 SADCP transect were obtained during the BUDEE 2022 cruise in South Maluku using Baruna Jaya VIII Research Vessel. Results showed mixed layer depths ranging from 43-112 dbar with an average temperature of 25.82 (± 0.88) ºC. Thermocline thickness varied between 97-178 dbar. The western transect exhibiting a deeper and thicker thermocline. Water masses including NPSW, NPIW, and SPSLTW were identified in Maluku Sea. Meridional current velocity in Bote Strait was stronger near the surface at 0.5 m/s. Meanwhile, Lifamatola region had stronger zonal currents northeastward. Intrusion from the Bote Strait transported a volume of 0.531 Sv. Upwelling was identified on the western transect characterized by rising isopycnal, isohalin, and isothermal distributions. The maximum chlorophyll depth on the western side was shallower at 24 dbar, with the highest dissolved oxygen concentration at the surface of 205 μmol/kg, reinforcing indications of upwelling.
Keyword: Upwelling, Banggai, Circulation, Stratification, Water mass

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA