Judul: Karakterisasi Keragaman Morfologi dan Genetik Sapi  Kuantan di Provinsi Riau serta Strategi Pengembangannya
Abstrak: Sapi kuantan merupakan salah satu rumpun sapi lokal Indonesia, yang berasal dari Provinsi Riau. Wilayah sebaran sapi ini berada di dua kabupaten yaitu Kuantan Singingi dan Indragiri Hulu. Tujuan umum penelitian ini adalah melakukan karakterisasi terhadap morfologi dan genetik berdasarkan DNA inti dan DNA mitokondria pada sapi kuantan di Provinsi Riau. Tujuan khusus penelitian yaitu :1) mengidentifikasi dan menganalisis keragaman morfologi berdasarkan ukuran-ukuran tubuh sapi kuantan, 2) mengidentifikasi keragaman genetik menggunakan penanda DNA inti (mikrosatelit) dan DNA mitokondria (gen cytochrome b (Cyt b) dan gen 16S rRNA). Manfaat dari penelitian ini adalah menghasilkan 1) dokumentasi data morfologi dan genetik sapi kuantan di Provinsi Riau 2) sebagai acuan bagi pemerintah dan pemangku kepentingan dalam merumuskan kebijakan program pemuliaan sapi kuantan di Provinsi Riau. Keragaman morfologi sapi kuantan dianalisis berdasarkan data ukuran ukuran tubuh sapi kuantan. Jumlah sampel yang digunakan sebanyak 213 ekor, terdiri atas 44 jantan dan 169 betina umur 2-3 tahun. Penelitian dilaksanakan di tiga lokasi yaitu di Cerenti, Inuman, dan Kuantan Hilir. Variabel ukuran-ukuran tubuh yang diukur meliputi Panjang Badan (PB), Tinggi Pundak (TPu), Tinggi Pinggul (TPi), Lingkar Dada (LD), dan Dalam Dada (DD). Data ukuran-ukuran tubuh dianalisis secara deskriptif, uji-t antar sub populasi, Analisis Komponen Utama (AKU), Hierarchichal Clustering Analysis (HCA) menggunakan program XLSTAT. Secara umum ukuran tubuh sapi kuantan pada populasi Cerenti lebih rendah dibandingkan dengan Kuantan Hilir dan Inuman. AKU menunjukkan bahwa pengaruh ukuran (AKU-1) memberikan kontribusi varian sebesar 32,77%, dan pengaruh bentuk tubuh (AKU-2) memberikan kontribusi varian sebesar 25,83%. Lingkar dada dan panjang badan merupakan parameter penciri ukuran dan bentuk sapi kuantan. HCA menunjukkan bahwa terdapat tiga cluster sapi kuantan pada penelitian ini. Keragaman DNA inti sapi kuantan dianalisis menggunakan penanda DNA mikrosatelit. Jumlah sampel yang digunakan sebanyak 40 sampel DNA, yang berasal dari tiga rumpun, yaitu kuantan 30 sampel, pesisir 5 sampel, dan madura 5 sampel. Polymerase Chain Reaction (PCR) dilakukan dengan menggunakan empat pasang primer mikrosatelit berlabel yaitu INRA035, ILSTS06, HEL9 dan ETH225. Penentuan alel dilakukan dengan menggunakan metode the labelled fragment fluorescently. Data dianalisis menggunakan software GenAlEx 6.41, Cervus 3.0 dan MEGA. Rataan jumlah alel tertinggi pada penelitian ini ditemukan pada sapi kuantan yaitu 6,500±1,258. Alel 112 dan 118 pada lokus INRA035 merupakan alel spesifik untuk sapi kuantan. Rataan nilai heterozigositas harapan (He) pada sapi kuantan (0,639) lebih tinggi dibandingkan dengan sapi pesisir (0,631), tetapi lebih rendah dari sapi madura (0,719). Nilai Polymorphic Information Centre (PIC) tertinggi ditemukan pada lokus HEL9. Dendrogram menunjukkan bahwa sapi kuantan berada pada cluster yang berbeda dengan sapi pesisir dan madura. Keragaman DNA mitokondria dianalisis menggunakan penanda gen Cyt b. Total sampel yang digunakan sebanyak 40 sampel DNA, yang berasal dari empat rumpun, yaitu kuantan 30 sampel, pesisir 5 sampel, madura 3 sampel dan bali 2 sampel. PCR dilakukan menggunakan dua pasang primer. Keragaman gen Cyt b dianalisis menggunakan metode direct sequencing. Data sekuen gen Cyt b meliputi jumlah situs polimorfik (S), perbedaan nukleotida (K), keragaman haplotipe (Hd), dan keragaman nukleotida (π) dihitung menggunakan program DNAsp. Median joining network haplotipe dianalisis menggunakan program PopART. Jarak genetik dihitung menggunakan p distance pada program MEGA. Pohon filogenetik direkonstruksi menggunakan metode bootstrapped
Keyword: 

Judul: Keragaman Haplotipe dan Filogenetik Menggunakan Penanda Gen 12S rRNA Mitokondria pada Sapi Bali
Abstrak: Sapi bali merupakan salah satu sumber daya genetik ternak asli Indonesia yang harus dikembangkan dan dilestarikan. Gen 12S rRNA dapat digunakan sebagai marker keragaman genetik pada sapi dan saat ini belum diteliti secara intensif pada sapi bali. Penelitian ini bertujuan menganalisis gen 12S rRNA mtDNA untuk menentukan keragaman haplotipe dan filogenetik pada sapi Bali di kawasan timea Indonesia yang diwakili oleh 3 provinsi sebagai sumber kantong penghasil sapi Bali paling besar, selain itu digunakan sapi lokal Indonesia lainnya sebagai pembanding dalam penelitian ini. Sebanyak 95 sampel darah sudah dikoleksi di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor dari 3 bangsa sapi, yaitu sapi bali dari BPTU-HPT Pulukan Denpasar Bali, sapi bali dari Village Breeding Centre (VBC) Kabupaten Baru Sulawesi Selatan, sapi bali dari BPTU-HPT Serading Nusa Tenggara Barat, sapi madura dari VBC Kabupaten Pamekasan Jawa Timur dan sapi PO dari VBC Kabupaten Kebumen Jawa Tengah. Sampel dianalisa keragaman haplotipe menggunakan metode PCR dan sekuensing. Data dilakukan validitas data dengan Bio Edit dan FinchTV. Analisis data dengan metode elustal W untuk mengestimasi jarak genetik dihitung dengan p distance pada program MEGA versi 10, dan dihitung keanekaragaman nukleotida yang dinyatakan sebagai jumlah situs polimorfik (S), perbedaan nukleotida (K), keragaman haplotipe (Hd), dan keragaman nukleotida (x) dihitung menggunakan program DNAsp versi 6.12.01. Median-joining network dianalisis menggunakan program Network versi 10.2. Pohon Filogenetik direkonstruksi menggunakan metode bootstrapped Maximum Likehood 1000 kali pengulangan, gamma distribution (+G) dengan menggunakan lima rate kategori. Hasilnya panjang sekuen gen 12S rRNA yang dapat dianalisis 909 bp. Nilai jarak genetik berkisar 0,00200-0,01508. Keragaman haplotipe berkisar 0,66000-0,91111. Nilai keragaman nukleotida berkisar 0,00174-0,01673. Berhasil ditemukan sebanyak 16 haplotipe. Nilai Gst 0,00803, nilai Nst 0,07550, nilai Fst 0,07622. Berdasarkan hasil analisa keragaman marka gen 12S rRNA terdapat haplotipe spesifik yang membedakan tiga lokasi sapi bali di kawasan timur Indonesia yaitu haplotipe H16 (asal Denpasar), H18 (asal Sulawesi Selatan), dan H19 (asal Nusa Tenggara Barat). Perbedaaan haplotipe spesifik juga ditemukan antar bangsa sapi yaitu haplotipe H6, 1H7, H8 (Sapi PO) dan H9, H10, H11, H13 (Sapi madura). Analisis jarak genetik dan filogenetik menunjukkan bahwa sapi bali terdapat perbedaan di berbagai wilayah. Penelitian ini meskipun keragamannya rendah pada sapi bali, gen 125 RNA dapat dijadikan sebagai kandidat marka genetik untuk studi keragaman sapi pedaging khususnya pada sapi bali
Keyword: 125 RNA gene, hali cattle, genetic diversity, phylogenetic tree

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: