Judul: Identifikasi Molekuler Cendawan Patogen Penyakit Busuk Buah Cabai, Terung, Tomat, Jambu dan Pepaya
Abstrak: Tanaman hortikultura merupakan komoditas penting di Indonesia. Produktivitas dan produksi komoditas ini seringkali terkendala faktor abiotik maupun biotik, termasuk masalah penyakit busuk pada buah yang dipanen yang disebabkan berbagai jenis penyebab. Penyakit busuk buah oleh cendawan patogen memiliki gejala serupa yaitu dimulai dengan bercak kecil berwarna coklat, berlanjut dengan pembusukan yang meluas dan disertai tanda patogen berupa miselium atau struktur lainnya. Identifikasi cendawan tertentu berdasarkan gejala maupun morfologi seringkali kurang memadai untuk membedakan spesies. Metode molekuler dapat menjadi pelengkap identifikasi cendawan karena memiliki efisiensi dan akurasi yang tinggi. Contoh buah cabai, tomat, terong, pepaya, dan jambu yang sakit dari lapangan diisolasi untuk mendapatkan biakan murni. Koloni biakan murni diamati dan dilakukan ekstraksi DNA genomik. Identifikasi cendawan dengan PCR menggunakan primer universal ITS5/ITS4 untuk menghasilkan amplikon yang kemudian dilakukan sikuensing. Runutan nukleotida hasil sikuensing tersebut yang dianalisis dengan BLAST menunjukkan tingkat homologi tertinggi dengan cendawan yang tersimpan data nukleotidanya dalam GenBank sebagai berikut: isolat AW1 cabai dengan Colletotrichum acutatum (Korea) sebesar 99.15%, isolat AW2 tomat dengan Fusarium lichenicola (China) sebesar 99.28% , isolat AW3 terung dengan Fusarium falciforme (Belanda) sebesar 99.64%, isolat AW4 pepaya dengan Lasiodiplodia theobromae (Taiwan) sebesar 100%, dan isolat AW5 jambu Fusarium verticillioides (China) sebesar 100%. Pohon filogenetika menggunakan MEGA X juga menunjukkan bahwa isolat AW2, AW3 dan AW5 yang berafiliasi dengan Fusarium membentuk kekerabatan yang berdekatan dan terpisah dari AW1 dan AW4. Isolat AW1 (Colletotrichum) juga terpisah cluster dari AW4 (Lasiodiplodia).
Keyword: Colletotrichum, Fusarium, internal transcribe spacer (ITS), Lasiodiplodia, nucleotide analysis, polymerase chain reaction (PCR)

Judul: Keragaman Morfologi, Genetika, Dan Patogenisitas Colletotrichum Acutatum Penyebab Antraknosa Cabai Dari Berbagai Daerah Di Jawa Dan Sumatera
Abstrak: Penyakit antraknosa merupakan salah satu penyakit penting pada tanaman cabai karena dapat menyebabkan kehilangan hasil yang nyata. Diantara beberapa spesies Colletotrichum, Colletotrichum acutatum merupakan penyebab utama penyakit antraknosa pada tanaman cabai di Indonesia. Pengetahuan tentang keragaman genetika diperlukan untuk mengembangkan varietas tanaman cabai yang tahan terhadap penyakit antraknosa. Akan tetapi informasi tentang keragaman genetika C. acutatum sangat terbatas. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari keragaman genetika C. acutatum berdasarkan karakter morfologi dan molekuler serta mengevaluasi patogenisitas beberapa isolat C. acutatum yang diperoleh dari beberapa daerah di pulau Jawa dan Sumatera. Masing-masing isolat dikulturkan dengan metode spora tunggal. Pengamatan terhadap karakter morfologi membedakan warna dan diameter masing-masing koloni, serta bentuk dan ukuran konidia. Identifikasi secara molekuler menggunakan metode PCR dengan primer spesifik untuk C. acutatum yaitu CaInt2/ ITS4, dilanjutkan dengan sikuensing produk amplifikasi, dan hasil sikuensing dianalisis dengan menggunakan basic local alignment search tool (BLAST) berdasarkan basis data pada National Center for Biotechnology Information (NCBI). Uji patogenisitas masing-masing isolat terhadap dua spesies cabai (C. annuum dan C. frutescens) dilakukan di laboratorium menggunakan buah cabai. Hasil penelitian menunjukkan keragaman morfologi diamati dari 40 isolat C. acutatum. Sebagian besar isolat tersebut memiliki koloni putih/krem dengan bentuk konidia fusiform dengan rata-rata panjang 6.11-9.73 μm dan lebar 2.24-2.73 μm. Uji patogenisitas 3 isolat C. acutatum menunjukkan variasi dari sedang sampai tinggi berdasarkan ukuran lesio pada cabai, dan isolat asal BRB 07 menunjukkan tingkat virulensi tertinggi. Berdasarkan perunutan DNA 8 isolat C. acutatum dari Jawa dan Sumatera memiliki homologi yang tinggi. Pengetahuan awal tentang perbedaan karakter morfologi, genetika, dan tingkat patogenisitas cendawan C. acutatum dapat dimanfaatkan sabagai upaya untuk menyusun strategi pengendalian dalam melakukan program pemuliaan tanaman secara berkelanjutan, sehingga mampu menghasilkan varietas cabai yang tahan terhadap penyakit antraknosa.
Keyword: amplifikasi DNA, analisis sikuensing, diameter koloni, konidia fusiform

Judul: Numerical modeling of the hydrodynamics of standing wave and scouring in front of impermeable breakwater with different steepnesses
Abstrak: The aim of this paper is to numerically study the effects of breakwater steepness on the hydrodynamics of standing wave and scouring process in front of impermeable breakwaters. A two-dimensional hydrodynamics model based on the Reynolds Averaged Navier–Stokes (RANS) equations and the Volume of Fluid (VOF) method was developed and then combined with an empirical sediment transport model. Comparisons with an analytical solution and experimental data showed the present model is very accurate in predicting the near bottom velocity and capable of simulating the scour/deposition patterns consistent with experimental data. It was found that the additional terms of bottom shear stress in the momentum equations are necessary to produce a physical scouring pattern. Different breakwater steepnesses produce different characteristics of standing wave, the steady streaming system, and scouring pattern in front of the breakwaters, which also affects the correlations between them. An additional analysis of the turbulence field parameters and the sediment transport rate was also performed. All these important information will be presented in details in this paper and can be worthwhile for designing the breakwater in coastal areas.
Keyword: The RANS–VOF model Standingwave Steadystreamingsystem Scouring pattern Breakwatersteepness