Judul: IPB (Bogor Agricultural University)
Abstrak: Salmonelosis merupakan salah satu penyakit infeksius yang menyebar luas di dunia dan mengakibatkan tingginya kejadian keracunan makanan yang mengakibatkan gangguan gastrointestinal. Salmonella enterica serotipe Enteritidis (S. Enteritidis) merupakan serotipe yang paling sering menjadi penyebab salmonelosis pada manusia. Wabah S. Enteritidis pada manusia seringkali disebabkan karena mengonsumsi makanan yang berasal dari daging ayam atau telur yang mentah atau setengah matang. Peningkatan infeksi S. Enteritidis tidak hanya terjadi di negara-negara berkembang namun juga pada negara-negara maju seperti Canada, Amerika, dan negara-negara Eropa. Keberadaan patogen ini pada pangan sangat membahayakan kesehatan manusia meskipun hanya dalam jumlah yang sedikit. Deteksi cepat S. Enteritidis pada pangan sangat penting untuk keamanan pangan dan sebagai peringatan dini terhadap terjadinya wabah. Surveilans keberadaan S. Enteritidis pada pangan menjadi tindakan rutin di seluruh dunia untuk memastikan keamanan pangan, untuk mengurangi kejadian infeksi melalui makanan, dan pada akhirnya untuk memastikan kesehatan masyarakat. Metode kultur merupakan metode standar untuk mendeteksi Salmonella, namun metode konvensional ini membutuhkan serangkaian tahapan kultur, konfirmasi biokimiawi dan serologis, membutuhkan waktu yang lama, menggunakan peralatan laboratoium yang intensif, dan membutuhkan banyak keterampilan teknis. Saat ini, beberapa metode telah dieksplorasi dan dikembangkan untuk uji cepat S. Enteritidis. Secara umum, uji cepat tersebut dikelompokkan menjadi miniatur uji biokimiawi, berbasis asam nukleat, berbasis biosensor, berbasis imunologis, dan modifikasi pada uji konvensional untuk mempercepat analisis. Namun, uji cepat ini memiliki beberapa kelemahan antara lain dibutuhkannya persyaratan khusus terhadap laboratorium, tenaga yang terlatih, banyak peralatan yang digunakan dan reagen uji yang mahal. Oleh karena itu, uji yang cepat, sederhana, murah, spesifik dan sensitif dalam mendeteksi S. Enteritidis sangat diperlukan. Tujuan penelitian ini adalah untuk membuat prototipe uji cepat untuk mendeteksi S. Enteritidis pada pangan menggunakan teknik koaglutinasi tidak langsung dengan menggunakan S. aureus Cowan I sebagai carier matriks. Sensitivitas, spesifitas, limit deteksi, dan waktu pengujian dalam penggunaan prototipe kit juga ditentukan pada penelitian ini. Metode dalam penelitian ini meliputi karakterisasi S. aureus Cowan I, karakterisasi S. Enteritidis BCC B2691, pembuatan serum monospesifik terhadap S. Enteritidis, konstruksi matriks prototipe kit, dan menentukan sensitivitas, spesifitas, limit deteksi, dan waktu pengujian dalam penggunaan prototipe kit. Karakterisasi S. aureus Cowan I dilakukan dengan serangkaian uji biokimiawi dan uji serum soft agar. Karakterisasi S. Enteritidis BCC B2691 dilakukan dengan serangkaian uji biokimiawi dan multiplex polymerase chain reaction (mPCR). Pembuatan antiserum dilakukan pada ayam dengan menyuntikkan antigen S. Enteritidis BCC B2691. Serum monospesifik dibuat dengan melakukan absorbsi terhadap serum yang belum spesifik menggunakan bakteri S. Pullorum, S. Typhimurium, S. Typhi. Prototipe kit dibuat dengan menggunakan tiga komponen utama yaitu S. aureus protein A (S. aureus Cowan I) sebagai carier matriks, antibodi sekunder sebagai penghubung antara S. aureus protein A dengan antibodi primer, dan antibodi primer sebagai detektor terhadap keberadaan S. Enteritidis pada sampel. Reagen prototipe kit dibuat dengan mengikatkan S. aureus Cowan I dengan IgG kelinci anti Fc IgY dan antiserum monospesifik terhadap S. Enteritidis. Prototipe kit dibandingkan dengan mPCR untuk menentukan sensitivitas dan spesifitas kit. Sampel pangan yang diinokulasi secara buatan digunakan untuk mengetahui limit deteksi kit pada pagan. S. aureus Cowan I yang digunakan pada penelitian ini memiliki kemampuan memproduksi protein A pada dinding selnya. Salmonella BCC B2691
Keyword: koaglutinasi tidak langsung, pangan, Salmonella Enteritidis, uji cepat

Judul: Deteksi Salmonella spp., S. Typhimurium dan S. Enteritidis Menggunakan Multiplex Real-Time Polymerase Chain Reaction (PCR).
Abstrak: Salmonella merupakan salah satu bakteri patogen yang banyak ditemui di pangan khususnya serotipe S. Typhimurium dan S. Enteritidis. Pangan yang paling rentan terkontaminasi Salmonella adalah daging unggas terutama karkas ayam. Metode untuk mendeteksi keberadaan Salmonella dengan multiplex real-time Polymerase Chain Reaction (rt-PCR) dibutuhkan agar deteksi lebih cepat dan efisien. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan metode deteksi dan serotyping cepat Salmonella spp. dengan menggunakan multiplex rt-PCR. Tahapan penelitian yaitu ekstraksi DNA, optimasi konsentrasi primer, uji spesifisitas dan limit deteksi, pembuatan kurva standar, dan uji coba pada karkas ayam. Ekstraksi DNA dilakukan dengan menggunakan metode lisis sel. Kemurnian hasil ekstraksi DNA Salmonella yaitu 1.84-1.93 (371.30-985.00 ng/μL). Primer yang digunakan yaitu InvA119 untuk mendeteksi Salmonella spp., STM523 untuk mendeteksi S. Typhimurium, dan Prot6E untuk mendeteksi S. Enteritidis. Konsentrasi primer optimum yaitu 0.3 μM untuk InvA119, 0.6 μM untuk STM523, dan 0.1 μM untuk Prot6E. Limit deteksi untuk setiap target gen secara berturut-turut yaitu 0.00288, 0.02200, dan 0.00218 ng/μL dengan jumlah sel 1.9x102, 4.1x103, dan 2.1x102 sel. Jika dilakukan secara multiplex maka konsentrasi limit deteksi sebesar 0.00727 ng/μL akan tetapi tidak dapat diketahui konsentrasi dari masing-masing serovar Salmonella sehingga jumlah sel terendah tidak dapat dihitung. Nilai R2 dari kurva standar yang dihasilkan dari pengujian secara multiplex rt-PCR berkisar antara 0.7-0.8 sehingga tidak valid jika digunakan untuk kuantifikasi.
Keyword: multiplex, rt-PCR, Salmonella spp., S. Enteritidis, S. Typhimurium

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: