Judul: Potensi Bakteri Endofit Asal Tanaman Tembakau sebagai Agens Biokontrol Nematoda Puru Akar (Meloidogyne spp.).
Abstrak: Nematoda puru akar (Meloidogyne spp.) merupakan salah satu nematoda parasit penting pada berbagai jenis tanaman budi daya. Meloidogyne spp. memiliki kisaran inang yang luas, meliputi tanaman serealia, sayuran, kacang-kacangan, tanaman serat, buah-buahan, dan tanaman perkebunan, salah satunya adalah tembakau. Kehilangan hasil tembakau akibat serangan Meloidogyne spp. di dunia mencapai 6 juta US $ atau sekitar 14.7%. Berbagai teknologi pengendalian untuk menekan serangan Meloidogyne spp. telah dilakukan, seperti kultur teknis, mekanis, penggunaan varietas tahan dan senyawa kimia, seperti pestisida, namun belum mampu mengatasi sepenuhnya. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan isolat bakteri endofit dari tanaman tembakau yang berpotensi sebagai pengendali Meloidogyne spp. dan pemacu pertumbuhan tanaman, serta memelajari mekanisme kerja bakteri endofit dalam meningkatkan ketahanan tanaman. Bakteri endofit diisolasi dari akar tanaman tembakau varietas Kemloko dan Prancak 95. Isolasi bakteri endofit dilakukan dengan metode sterilisasi permukaan menggunakan NaOCl 2% dan alkohol 70% yang kemudian ditumbuhkan pada media tumbuh TSA dan NA. Bakteri endofit yang berhasil diisolasi dari tanaman tembakau sebanyak 215 isolat. Hasil seleksi pengujian hipersensitif dan hemolisis terhadap isolat bakteri endofit menunjukkan sebanyak 80 isolat (37%) tidak berpotensi sebagai patogen tanaman dan tujuh isolat (8%) tidak berpotensi patogen terhadap mamalia. Hasil pengujian menunjukkan bahwa tujuh isolat bakteri endofit mampu memacu pertumbuhan benih tanaman tembakau sebesar 13-92% dan menyebabkan mortalitas juvenil 2 Meloidogyne spp. sebesar 45.7-95.2%. Hasil pengujian di rumah kaca menunjukkan perlakuan bakteri endofit baik isolat tunggal maupun campuran mampu menekan jumlah puru akar sebesar 80-97.9%. Hasil karakterisasi fisiologi ketujuh bakteri endofit menunjukkan kemampuannya dalam memroduksi enzim protease, pelarutan fosfat, fiksasi nitrogen dan memroduksi senyawa HCN. Hasil analisis total fenol menunjukkan bahwa perlakuan bakteri endofit TPT3.10 dan TK2n8, serta kombinasi (TPT2.1, TK2T11, TPT3.10) mampu meningkatkan total fenol tanaman dibandingkan dengan perlakuan yang tidak diberi bakteri endofit. Perlakuan aplikasi bakteri endofit terhadap tanaman tembakau mampu memproduksi senyawa kimia dengan konsentrasi relatif lebih rendah dibandingkan dengan tanaman yang tidak diaplikasi bakteri endofit. Hasil identifikasi gen 16S rRNA menunjukkan bahwa isolat TPT2.1 memiliki kemiripan dengan Proteus mirabilis strain T2CR, isolat TK2T11 terhadap Myroides odoratimimus strain IHB B 1337, dan isolat TPT3.10 terhadap Providencia vermicola strain Cucc1. Isolat bakteri endofit asal tembakau ini berpotensi sebagai agens biokontrol Meloidogyne spp.
Keyword: Nicotiana tabacum, mortalitas, senyawa pertahanan, total fenol

Judul: Bakteri Endofit Asal Tanaman Jarak (Jatropha curcas L.) dan Potensinya sebagai Agens Biokontrol Meloidigyne spp. pada Terung.
Abstrak: Terung (Solanum melongena) adalah tanaman yang bertekstur lembut, tebal, dan tumbuh tegak, dan bagian daging buahnya umum dikonsumsi. Terung dibudidayakan secara komersil dalam bentuk sayuran segar, persebarannya dimulai dari India dan Cina lalu diintroduksikan ke Eropa bagian Selatan, Afrika sub-Sahara, dan daerah Mediterania oleh pedagang Arab. Tanaman ini merupakan anggota famili Solanaceae seperti kentang, tomat, dan cabai. Syarat tumbuh terung adalah musim tanam dengan suhu hangat untuk memproduksi hasil panen secara optimum dan terung sangat rentan terhadap kerusakan akibat kondisi terlalu lembab, terlalu panas, beku, kekeringan, dan angin kencang. Selain itu, terung juga rentan terhadap faktor-faktor biotik seperti mikroba patogen dan nematode parasit penyebab penyakit seperti layu verticillium, busuk akar phytophthora, bercak kuning, hawar daun, antraknosa, bercak daun cercospora. Beberapa spesies nematoda menjadi patogen pada terung. Nematoda yang paling umum dikenal sebagai patogen terung adalah nematoda puru akar (Meloidogyne spp) yang berkembang baik pada daerah dengan kandungan air yang tinggi. Spesies nematoda ini menginfeksi bagian akar terung dan menghasilkan puru dengan bentuk tidak beraturan yang dapat menurunkan kemampuan tanaman untuk menyerap air dan hara dari dalam tanah. Bakteri endofit adalah bakteri yang mengolonisasi jaringan tanaman tanpa menimbulkan penyakit pada tanaman tersebut. Bakteri endofit berasosiasi dengan tanaman dalam peningkatan pertumbuhan dan kemampuan menyerap hara, peningkatan ketahanan terhadap cekaman abiotik dan penyakit tanaman. Kajian tentang asosiasi endofit dengan tanaman Jarak pagar dan pemanfaatanya dalam pengendalian penyakit pada tanaman yang lain belum banyak dilaporkan. Penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi bakteri endofit dari tanaman jarak guna menentukan komponen-komponen biokimia dari bakteri endofit tersebut dan untuk mengevaluasi potensi dari bakteri endofit ini dalam peningkatan pertumbuhan tanaman dan pengendalian Meloidogyne spp. pada terung. Tahapan penelitian ini adalah: 1) penyiapan inokulum Meloidogyne spp.; 2) isolasi bakteri endofit dari akar, batang, buah, dan daun tanaman jarak yang sehat; 3) seleksi bakteri endofit dengan uji hipersensitif dan uji hemolysis; 4) uji kemampuan bakteri endofit dalam mengendalikan Meloidogyne spp. in vitro dan kemampuan meningkatkan pertumbuhan tanaman; 5) karakterisasi bakteri endofit dengan uji aktivitas hidrolitik (kitinolitik, proteolitik, dan lipolitik), produksi HCN, pelarutan fosfat, dan fiksasi nitrogen; 6) identifikasi tiga spesies bakteri endofit terpilih secara molekuler dengan gen target 16S r-RNA; 7) uji kemampuan bakteri endofit dalam menekan populasi Meloidogyne spp. dan meningkatkan pertumbuhan tanaman in planta di rumah kaca. Penelitian ini berhasil mengisolasi 195 isolat bakteri endofit dan 44 isolat menunjukkan hasil negatif pada uji hipersensitif dan uji hemolisis. Berdasarkan pengujian in vitro, sebanyak 9 isolat mampu memproduksi enzim protease, 3 isolat mampu memproduksi enzim kitinase, 1 isolat mampu memproduksi HCN, 12 isolat mampu melarutkan fosfat, dan 5 isolat mampu memfiksasi nitrogen. Isolat SJS54 dan RJS175 menunjukkan hasil terbaik dalam menekan populasi nematoda sebesar 97.5% dan 95.4%. Sementara itu, isolat FJS23 dan FJS24 menunjukkan hasil terbaik dalam peningkatan pertumbuhan tanaman. Berdasarkan uji mortalitas nematoda , uji pertumbuhan tanaman, dan uji-uji fisiologis, isolat RJS175, SJS54, dan FJS23 terpilih sebagai isolat terbaik yang akan diuji di rumah kaca. Hasil identifikasi molekuker pada gen target 16S-rRNA menunjukkan bahwa FJS23, RJS175, dan SJS54 secara berturut-turut adalah Pseudomonas sp., Pseudomonas sp., dan Micrococcus sp. Isolat SJS54 memiliki kemampuan tertinggi dalam meningkatkan tinggi tanaman dan menghambat pertumbuhan nematoda. Sementara
Keyword: Bio-nematisida, mortalitas nematoda, pemicu pertumbuhan, uji hemolisis, uji hipersensitif

Judul: The Construction of Greedy SVP LLL Algorithm
Abstrak: A lattice is a set of all integer linear combination of a set of linearly independent vectors in ℝ𝑛���. The independent vectors are called bases of lattice. Any lattice can be generated from many bases, and these bases have the same cardinality. In the lattice, the most fundamental and renowned problem is the Shortest Vector Problem (SVP). SVP is a tracking problem of the shortest nonzero vector in a lattice with equivalent bases. In two dimensions, SVP problem has resolved exactly by Gauss’ algorithm. When the lattice dimension is higher than two, A.K. Lenstra, H.W. Lenstra and L. Lovasz gave a LLL algorithm to compute approximation of nonzero shortest vector in the lattice. Reduced bases solution obtained from LLL algorithm still be an approximation and has polynomial running time of arbitrary dimension which large enough. In 1994, Schnoor and Euchner modified this LLL algorithm as a new variant which later was named deep insertion LLL algorithm. This algorithm is a modified version of the LLL algorithm to the terms of the exchange step to improve the accuracy of output of LLL reduced bases and applying it to the subset sum problem. The purpose of this research are: (1) Reconstruct the LLL algorithm and deep insertion LLL algorithm using a geometric approach. (2) Construct a greedy SVP LLL algorithm. (3) Implement the three algorithms in a symbolic programming language, and evaluate them experimentally. A bases ℬ=[𝐛���1,𝐛���2,…,𝐛���𝑛���] in ℝ𝑚��� is called reduced LLL with parameter 𝛿��� if satisfies: (a) |𝜇���𝑗���𝑖���|≤12, for every integer 𝑖���,𝑗��� with 1≤𝑖���<𝑗���<𝑛���. (b)𝛿���‖𝜋���𝑗���(𝐛���𝑗���)‖2≤‖𝜋���𝑗���(𝐛���𝑗���+1)‖2, for 𝑗���=1,2,…,𝑛���−1,where 𝛿��� is a reduced parameter of real numbers with 14<𝛿���<1. The first requirement is the reduced basis 𝛿��� must “nearly orthogonal” and in its computation case, this requirement can be reached out by using the Gram-Schmidt’s orthogonalization. While the second requirement is called exchange step, or used to called as Lovasz condition. By using both of these requirements, then they establish the LLL algorithm. Then, Schnoor and Euchner modify the LLL algorithm based on the requirements of the exchange step called the deep insertion LLL algorithm, where the exchange step is based on the comparison of the projected vector in orthogonal complement [𝐛���1,𝐛���2,…,𝐛���𝑘���−1]⊥ after j-th reduction. To construct greedy SVP LLL algorithm, the requirements of the exchange step is based on purely by comparing norm of lattice 𝐛���𝑗��� with norm lattice 𝐛���𝑖��� for 𝑖���=1,2,3…,𝑗���−1. The process of insertion reduced vector after the exchange step also has done greedily. Then, we calculate the number of arithmetic operation in greedy SVP LLL algorithm for further analysis. The result of our exprimentation for three algorithms on the certain matrix size shows that the running time of the three algorithms increases propotional to the size of the matrix. The result also shows that by using 𝛿���=34 for the LLL algorithm and the deep insertion LLL algorithm, and the greedy SVP LLL algorithm which is a new variant made by using no parameter of 𝛿���, outperform of the other of two previous algorithm in terms of speed with the same output.
Keyword: LLL algorithm, LLL deep insertion algorithm, greedy SVP LLL algorithm