Judul: Identifikasi Spesies Ruminansia Dengan Metode Pcr-Rflp Pada Gen Sitokrom B Mitokondria.
Abstrak: Tujuan dari penelitian ini adalah untuk melakukan identifikasi spesies ruminansia dengan metode PCR-RFLP pada gen sitokrom b dari DNA mitokondria. Sampel jaringan sapi, domba, kambing, dan kerbau diperoleh dari pasar di sekitar Bogor; sampel rusa, anoa, dan banteng dari koleksi Laboratorium Embriologi; serta sampel kijang dan kancil dari koleksi Laboratorium Anatomi. DNA diisolasi dengan menggunakan metode presipitasi amonium asetat. PCRRFLP menggunakan primer universal sitokrom b dengan panjang fragmen 359 bp dan amplikon dipotong dengan enzim restriksi Hinf I dan Alu I. Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa DNA dari sampel sapi, domba, kambing, kerbau, dan anoa dapat diamplifikasi. DNA dari sampel rusa, kijang, kancil, dan banteng tidak dapat diamplifikasi. Enzim Hinf I dapat memotong amplikon sapi, domba, kambing, dan anoa tetapi tidak untuk kerbau. Enzim Alu I dapat memotong amplikon sapi, kerbau, dan anoa tetapi tidak untuk kambing dan domba. Penelitian ini dapat membedakan antara sampel anoa dengan sampel ruminansia domestik lainnya. Hasil dari penelitian ini diharapkan dapat digunakan sebagai informasi dasar untuk identifikasi spesies ruminansia, terutama untuk anoa.
Keyword: Alu I, DNA, Hinf I, PCR-RFLP, ruminansia, sitokrom b

Judul: Restriction fragment length polymorphism (RFLP) daerah sitokrom b DNA mitokondria dari tujuh spesies mamalia
Abstrak: Indonesia adalah negara yang kaya dengan biodiversitas dan menempati ranking nomor dua setelah negara Brazil. Di Indonesia, satwa liar banyak diburu walaupun dilindungi undang-undang. Selain diburu untuk dipelihara, beberapa satwa liar juga diburu untuk dikonsumsi karena dipercaya sebagai obat untuk beberapa penyakit. Beberapa tahun belakangan ini marak tejadi pemalsuan daging, salah satunya adalah daging sapi dengan daging celeng (babi liar, babi hutan). Daging hewan yang telah dipotong-potong dan dijual di pasar maupun dari hasil penyelundupan terkadang sulit diidentifikasi dari spesies apa daging tersebut berasal jika ciri-ciri morfologinya sudah hilang. Salah satu metode yang dapat digunakan untuk mengetahui data molekuler dan mendeteksi dari spesies apa daging tersebut berasal adalah dengan metode PCR-RFLP berdasarkan daerah sitokrom b dari DNA mitokondria. Metode ini sudah secara luas digunakan untuk identifikasi mamalia, burung, dan reptil. Walaupun sudah digunakan secara luas untuk mengetahui data molekuler hewan, namun identifikasi data molekuler hewan lokal yang ada di Indonesia baru sedikit yang dilakukan, antara lain ayam dan itik. Metode yang digunakan dalam penelitian ini dibagi menjadi pengumpulan sampel, ekstraksi DNA genom, amplifikasi fragmen DNA mitokondria, pemotongan DNA hasil PCR menggunakan enzim Hinf I dan Rsa I, pembacaan hasil menggunakan elektroforesis, dan penghitungan ukuran fragmen DNA. Pengumpulan sampel ketujuh spesies mamalia dilakukan di sekitar Bogor kemudian di dalam larutan DMSO 25 % dan NaCl 4,5 M. Ekstraksi DNA genom dengan metode presipitasi amonium asetat. Selanjutnya dilakukan amplifikasi daerah sitokrom b dengan teknik PCR. Reaksi PCR terdiri dari air milique steril (ddH2O) 16,5 μl, buffer 10X 2,5 μl, MgCl 2 μl, dNTP 2 mM, primer sitokrom b1 L14841 (5’CCATCCAACATCTCAGCATGATGAAA3’) 1 μg, primer sitokrom b2 H15149 (5’CCCCTCAGAATGATATTTGTCCTCA3’) 1 μg, taq polymerase 2,5 unit, dan DNA template ± 100ng sehingga diperoleh volume total 25μl. PCR mix tersebut dimasukkan ke dalam mesin PCR dan dilakukan amplifikasi sebanyak 35 siklus. DNA hasil amplifikasi atau amplikon kemudian dipotong dengan menggunakan enzim restriksi Hinf I (2,5 U) dan Rsa I (20 U). Bahan dan reagen yang dimasukkan dan dicampurkan dalam pemotongan DNA hasil PCR (amplikon) dengan enzim restriksi HinfI secara berurutan adalah 10 μl amplikon ditambahkan air milique steril (ddH2O) 12,25 μl, buffer 10 X 2,5 μl, dan enzim restriksi Hinf I 2,5 U, sehingga volume total menjadi 25 μl, sedangkan bahan dan reagen yang dimasukkan dan dicampurkan dalam pemotongan amplikon dengan enzim restriksi RsaI secara berurutan adalah 10 μl amplikon ditambahkan air milique steril (ddH2O) 10,5μl, buffer 10X 2,5μl, dan enzim restriksi RsaI 20 U sehingga volume total menjadi 25 μl. Amplikon yang dipotong dengan kedua enzim restriksi tersebut kemudian diinkubasi pada suhu 37 °C selama 2 jam untuk pemotongan dengan enzim restriksi Hinf I dan selama 6 jam untuk pemotongan dengan enzim restriksi Rsa I dengan mesin PCR. Penghitungan ukuran amplikon dan fragmen hasil pemotongan enzim atau fragment restriksi dilakukan dengan mengukur jarak antara migrasi DNA sampel dengan migrasi marka DNA dengan gel agarose masing-masing 1,5 % dan 2 % di atas sinar UV transluminator (260nm). Amplifikasi daerah sitokrom b dengan menggunakan primer L14841/H15149 memakai metode PCR menghasilkan amplikon yang sama pada setiap spesies yaitu sebesar 359 pb. Amplikon sitokrom b DNA mitokondria ketujuh spesies mamalia dipotong
Keyword: Species identification, Mammals, Cytochrome b, Mitochondrial DNA, PCR-RFLP

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: