Judul: Asal-Usul dan Hubungan Kekerabatan Sapi Galekan Berdasarkan Genom D-loop DNA Mitokondria
Abstrak: Sapi Galekan merupakan salah satu hewan ternak lokal Indonesia. Sapi lokal Indonesia sebagai sumber daya genetik yang berasal dari persilangan antara sapi asli Indonesia dengan sapi yang berasal dari luar yang telah masuk ke Indonesia dan telah ditetapkan sebagai sapi lokal Indonesia. Sapi Galekan diperkirakan berasal dari persilangan antara Bos indicus dan Bos javanicus CERZA. Pernyataan lain diperkirakan merupakan hasil persilangan antara Peranakan ongole (PO) dengan sapi Bali. Informasi genetik mengenai sapi Galekan belum tercatat dengan baik dan masih terdapat perbedaan data penelitian. Penelusuran sejarah asal-usul dan hubungan kekerabatan sapi dapat dilakukan dengan menganalisis daerah d-loop DNA mitokondria (mtDNA). Setiap individu yang memiliki indukan yang sama akan memiliki tipe mtDNA yang sama. Hal ini disebabkan mtDNA diturunkan melalui garis maternal. Sapi lokal merupakan salah satu hewan ternak yang memiliki peran penting terhadap kehidupan manusia dan industri ternak Indonesia. Persilangan dan pengembangan sapi lokal Indonesia menyebabkan terbentuknya keragaman genetik dan keterkaitan atau hubungan kekerabatan diantaranya. Penelitian ini diharapkan dapat membantu peningkatan program pemuliaan dan pelestarian sapi Galekan. Data molekuler telah menghasilkan informasi mengenai sejarah dan nenek moyang rumpun sapi. Untuk memahami tentang pewarisan induk atau secara maternal pada sapi Galekan, kami mengalisis urutan nukleotida daerah d-loop serta menganalisis hubungan kekerabatan (filogenetik) antara sapi Galekan dengan sapi Pasundan dan sapi Donggala. Sampel darah sapi yang digunakan sebanyak 30 sampel yaitu 16 sampel dari sapi Galekan yang diambil melalui vena jugularis sapi Galekan dari Unit Pelaksana Teknis Daerah (UPTD) Pusat Pembibitan Ternak dan RPH Dinas Pertanian dan Pangan Kabupaten Trenggalek, Provinsi Jawa Timur, Indonesia. 11 sampel DNA sapi Pasundan berasal dari Pusat Penelitian untuk Bioteknologi, Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN) dan 3 sampel sapi Donggala berasal dari koleksi sampel Prof. Dr. Jakaria, S. Pt., M.Si. Fakultas Peternakan, IPB. Sampel darah tersebut diamplifikasi dengan metode PCR (Polymerase Chain Reaction). Amplifikasi daerah d-loop dilakukan menggunakan sepasang primer AF22 dan AF23 yang mengapit ujung 3’ gen cyt b hingga ujung 3’ daerah d-loop. Data sekuen d-loop diedit dan disejajarkan dengan sekuen referensi dari Genbank menggunakan CrustalW dalam program MEGA 7.0. Perhitungan jarak genetik menggunakan perhitungan pairwise distance dan rekonstruksi pohon filogenetik dianalisis menggunakan metode Neighbor-Joining (NJ) berdasarkan model Kimura-2- parameter (K2P). Hasil sekuensing didapatkan runutan sekuen d-loop DNA dengan panjang bervariasi yang disebabkan oleh insersi maupun delesi. Terdapat ruas berulang (tandem repeat) dengan panjang 22 nt ditemukan dalam runutan basa nukleotida 11 sampel sapi Galekan dengan motif GTACATAATATTA dan ATGTAATAA. Hasil analisis filogenetik di daerah d-loop menunjukkan dua clade (kelompok); Bos indicus dan Bos javanicus CERZA. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa sapi Galekan berasal dari dua garis keturunan maternal seperti sapi lokal Indonesia lainnya. Sapi Galekan memiliki hubungan kekerabatan yang dekat dengan spesies pembanding dari sapi Pasundan dan sapi Donggala.
Keyword: local cattle, maternal, Bos indicus, Bos javanicus CERZA

Judul: Asal Usul Sapi Pesisir Berdasarkan Penanda DNA Mitokondria pada Daerah D-loop
Abstrak: Sapi adalah salah satu ternak hasil domestikasi. Domestikasi ternak dimulai 8.000-10.000 tahun yang lalu. Itu berasal dari keturunan auroch (Bos primigenius) dari Afrika dan didistribusikan ke Eropa-Asia. Ada dua jenis sapi modern yang berasal dari B. primigenius; mereka adalah sapi tak berpunuk (Bos taurus) dan sapi berpunuk (Bos indicus). Selain itu, ada juga Bos javanicus, yang merupakan keturunan Bibos banteng. Bos javanicus adalah salah satu sapi asli Indonesia, yang berbeda dari B. taurus dan B. indicus. Ada juga beberapa jenis sapi domestik di Indonesia, seperti Sapi Aceh, Sapi Madura, dan Sapi Pesisir. Sapi Pesisir adalah salah satu lokal Indonesia yang merupakan keturunan Bos indicus yang memiliki karakteristik tubuh kecil. Diasumsikan karena persilangan antara sapi Pesisir dan sapi lainnya. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mempelajari asal-usul sapi Pesisir berdasarkan mtDNA D-loop dan untuk mengetahui hubungan filogenetik antara sapi Pesisir dan sapi lainnya. Sampel darah sapi diambil di dua lokasi, Way Krui dan Tanah Rekah. Amplifikasi gen mitokondria menggunakan sepasang primer koleksi Achmad Farajallah, yaitu AF22 (forward) 5'-GCGTACGCAATCTTACGATCA-3' dan AF23 (revers) 5'ATGCAGTTAAGTCCAGCTAC-3'. Penelitian ini berfokus pada daerah d-loop. Hasil sequensing nukleotida diedit menggunakan program Bio Edit versi 7.2.5. Urutan DNA yang diedit diselaraskan menggunakan Clustal W yang termasuk dalam program MEGA versi 6.0. Semua sekuens DNA diparalelkan dengan melibatkan beberapa referensi DNA homolog dalam data publik (NCBI). Rekonstruksi pohon filogenetik dianalisis menggunakan metode Neighbor-Joining berdasarkan Parameter Kimura 2. Hasil analisis mtDNA di wilayah d-loop menunjukkan bahwa ada dua induk pada sapi Pesisir, yaitu Bos indicus dan Bos javanicus. Ruas d-loop sapi pesisir memiliki panjang berfariasi karena adanya proses delesi dan insersi. Sapi pesisir WK, ditemukan basa nukleotida (nt) dengan panjang 22 nt yang mengalami pengulangan secara berurutan (tandem repeat). Motif berulang yang muncul adalah GTACATAATATTA dan ATGTAATAA. Ruas berulang ditemukan pada spesies B. javanicus dan sampel Lampung WK 01 dan sampel WK 13. Kedekatan antara spesies ini adalah karena jarak geografis yang dekat antara Bos indicus yang berasal dari Way Krui, Lampung dan Bos javanicus dari Jawa.
Keyword: Bos indicus, DNA, D-Loop, mitokondria, Sapi pesisir

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: