Judul: In Silico Potency of Active Compound in Mahony Bark as RBD Spike and Nucleocapsid SARS-CoV-2 Inhibitor from Indonesian Patient
Abstrak: RBD spike dan nukleokapsid merupakan bagian protein struktural SARS-CoV-2 yang masing-masing berperan utama mengikat reseptor spesifik dalam sel inang (ACE2) serta mengikat genom RNA virus dan mengemasnya ke dalam struktur ribonukleoprotein. Senyawa aktif kulit kayu mahoni termasuk golongan flavanol yang memiliki aktivitas antioksidan dan antimikroba. Penelitian ini bertujuan menganalisis interaksi molekuler senyawa aktif kulit kayu mahoni terhadap RBD spike dan nukleokapsid dari SARS-CoV-2 EPI_ISL_467376 asal pasien Indonesia. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah penambatan molekuler menggunakan perangkat lunak YASARA Structure. Hasil penelitian menunjukkan bahwa katekin berpotensi terbaik sebagai inhibitor interaksi RBD spike dengan ACE2 (energi ikatan -3,911 kkal/mol dan Kd 0,135×104 μM). Katekin juga berpotensi terbaik sebagai inhibitor interaksi nukleokapsid dengan genom RNA virus dalam pembentukan kompleks ribonukleopreotein (energi ikatan -2,027 kkal/mol dan Kd 3,267×104 μM)., RBD spike and nucleocapsid are parts of SARS-CoV-2 structural proteins that each play a major role in binding to a specific receptor in the host cell (ACE2) and binding to the viral RNA genome and packaging it into a ribonucleoprotein structure. The active compounds of mahogany bark belongs to the flavanol group which have antioxidant and antimicrobial activity. This study aims to analyze the molecular interactions of active compounds from mahogany bark on the RBD spike and nucleocapsid of SARS-CoV-2 EPI_ISL_467376 from an Indonesia patient. The method used in this research is molecular docking using YASARA Structure software. The results show that catechin has the best potential as inhibitor of the interaction of the RBD spike with ACE2 (binding energy of -3.911 kcal/mol and Kd 0.135×104 μM). Catechin also has the best potential as inhibitor of nucleocapsid interaction with viral RNA genomes in the formation of ribonucleoprotein complexes (binding energy of -2.027 kcal/mol and Kd 3.267×104 μM).
Keyword: kulit kayu mahoni, katekin, nukleokapsid, RBD spike, SARS-CoV-2

Judul: Potensi Senyawa Aktif Kulit Kayu Gmelina (Gmelina arborea) sebagai Inhibitor Spike SARS-CoV-2 Asal Indonesia Melalui Uji In Silico
Abstrak: Jati putih (Gmelina arborea) merupakan tanaman yang memiliki aktivitas antioksidan dari famili Verbenaceae. Tanaman ini biasanya dijadikan obat antidiabetes, memiliki aktivitas antioksidan, dapat meregenerasi sel serta aktivitas insektisida pada tanaman. Protein spike terdiri dari dua subunit, yaitu S1 dan S2. Subunit 1 memiliki domain pengikatan reseptor (Receptor Binding Domain/RBD) sedangkan Subunit S2 untuk proses fusi virus dengan membran. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis senyawa aktif dari kulit kayu Gmelina (Gmelina arborea) sebagai inhibitor dalam interaksi Spike SARS-CoV-2 asal Indonesia dengan reseptor ACE2. Senyawa aktif yang digunakan yaitu gmelinol;4- (2hydroxyethyl) phenol[2(4 hydroxyphenyl)ethanol] ;(+) balanophonin ;2,6 dimethoxy-p-benzoquinone; 3,4,5- trimethoxyphenol, serta ligan pembanding yaitu emodin dan luteolin. Parameter yang menjadi acuan yaitu energi afinitas (ΔG), konstanta inhibisi (Ki), serta jenis interaksinya (kompetitif). Balanophonin memiliki potensi yang paling tinggi di antara ligan uji lainnya karena memiliki nilai energi afinitas ikatan yang paling tinggi yaitu -5,6 kcal/mol, serta berbanding lurus dengan KI sebesar 78,10 μM., White teak (Gmelina arborea) is a plant from Verbenaceae family that has antioxidant activities. This plant is usually used as antidiabetic medicine, antioxidant activities, cell regeneration and insecticidal activity for plants. The spike protein consists of the two subunits: S1 and S2. Subunit 1 has the receptor binding domain (RBD), while Subunit 2 is used as viral fusion process with the membrane. The aim for this research was to analyze active compounds from Gmelina arborea teak bark as the inhibitor in the interaction of Spike SARS-CoV- 2 from Indonesia with ACE2 receptor. The active compounds that were being analyzed were Gmelinol;4-(2-hydroxyethyl)-phenol [2-(4-hydroxyphenyl)-ethanol] ; (+)Balanophonin ; 2,6dimethoxy-p-benzoquinone ; 3,4,5-trimethoxyphenol, with Emodin and Luteolin as the ligands comparison. The parameters for the references were Affinity energy (ΔG), inhibition constant (Ki), and the interaction type (competitive). Balanophonin has the highest potential among other ligands since it has the highest binding affinity energy of -5,6 kcal / mol, and it is directly proportional to the KI value of 78,10 μM.
Keyword: Active compounds, balanophonin, Gmelina arborea, In Silico, spike protein

Judul: Konstruksi Persamaan Friedmann Alam Semesta Friedmann-Lemaitre-Robertson-Walker Termodifikasi Materi Gelap Superfluida
Abstrak: Kosmologi merupakan salah satu objek kajian dari teori relativitas umum. Salah satu model dalam kosmologi adalah model kosmologi Friedmann. Model kosmologi Friedmann dibangun berdasarkan asumsi bahwa materi dan energi terdistribusi secara homogen dan isotropik di alam semesta. Teori relativitas umum dapat dimodifikasi melalui pendekatan teori materi gelap superfluida (MGS). Persamaan medan Einstein untuk teori MGS dapat dirumuskan melalui prinsip aksi dengan memodifikasi Lagrangian pada aksi teori MGS. Selanjutnya dengan memilih metrik Friedmann-Lemaitre-Robertson-Walker (FLRW) datar dengan indeks kurvatur sama dengan nol, dapat dibangun suatu bentuk persamaan Friedmann yang dimodifikasi teori MGS.
Keyword: kosmologi, teori materi gelap superfluida, persamaan medan Einstein, metrik FLRW, persamaan Friedmann.