Judul: Metagenomic Analysis of Gut Microbiome in Human Infected by Soil Transmitted Helminth and its Metabolic Functional Prediction
Abstrak: Penelitian sebelumnya menemukan korelasi antara populasi mikrobioma usus manusia yang menderita infeksi penyakit Soil Transmitted Helminth (STH) pada negara-negara di Asia Tenggara yang merupakan pusat penyebaran STH dan penyakit tidak menular (PTM). Maka dari itu, diperlukan upaya dalam penanganan PTM melalui kesehatan mikrobioma usus dengan meprediksi struktur komunitas mikrobioma dan jalur fungsional metaboliknya. Penelitian ini bertujuan menganalisis struktur komunitas mikrobioma dan prediksi fungsional metaboliknya di Negara Indonesia dan Thailand yang merupakan bagian dari wilayah Asia Tenggara. Hasil penelitian menunjukkan sampel dari Indonesia didominasi Filum Firmicutes dan Thailand didominasi Filum Bacteriodetes yang keduanya bersifat antagonistik. Hasil prediksi analisis metabolik fungsional pada sampel Indonesiamenunjukkan jalur metabolik yang dominan merupakan ATP Binding Casette transporter dan senyawa homolognya yang memiliki korelasi terhadap PTM.
Keyword: Microbiome, NCD, PICRUSt2, QIIME2, STH

Judul: Komponen Bioaktif Tanaman Indigenous Indonesia sebagai Sumber Antioksidan untuk Kesehatan Usus Besar
Abstrak: Saluran pencernaan merupakan organ tubuh yang harus selalu dijaga kesehatannya karena saluran pencernaan sangat erat kaitannya dengan daya tahan tubuh. Hal ini dikarenakan 80% dari sistem kekebalan tubuh terdapat dalam saluran pencernaan. Saluran pencernaan dihuni sekitar 95% mikrobiota dan usus besar adalah tempat terbanyak ditumbuhi mikrobiota baik jumlah maupun jenisnya. Usus besar merupakan bagian akhir dari saluran cerna yang berperan sebagai tempat mengumpulnya sisa makanan padat, tempat mengabsorbsi air dan mineral tertentu serta tempat pertumbuhan bakteri. Pola makan merupakan factor utama yang mempengaruhi perkembangan mikrobiota dalam saluran pencernaan. Beberapa penelitian telah menunjukkan bahwa komponen bioaktif tanaman dapat berinteraksi dengan mikrobiota usus dalam mempromosikan keseimbangan komunitas mikrobiota usus besar (kolon) dan melindunginya terhadap bakteri patogen. Penelitian ini dilakukan dalam 4 tahap yaitu tahap 1 adalah systematic review untuk mempelajari potensi tanaman indigenous Indonesia yang biasa digunakan untuk mengatasi gangguan saluran cerna berdasarkan kandungan polifenol dan aktivitas antioksidannya; tahap 2 adalah systematic review dan meta- analisis untuk mempelajari efek polifenol terhadap mikrobiota usus dan asam lemak rantai pendek/short chain fatty acid (SCFA) dalam meningkatkan kesehatan usus besar, tahap 3 dilakukan untuk mengidentifikasi komponen aktif tanaman indigenous Indonesia terpilih dengan menggunakan pendekatan metabolomik berbasis HPLC. Tahap akhir dalam penelitian ini adalah verifikasi efek polifenol tanaman indigenous Indonesia terpilih terhadap peningkatan mikrobiota usus dan produksi SCFA pada tikus Sprague Dawley jantan. Systematic review dan meta- analisis dilakukan melalui artikel yang dipublikasikan pada jurnal ilmiah dan terindeks dalam database elektronik seperti: PubMed, Science Direct, Scopus dan Google Scholar yang difokuskan pada hubungan senyawa polifenol terhadap mikrobiota usus dan SCFA. Nilai aktivitas antioksidan dan profil kimia dianalisis untuk mengidentifikasi komponen bioaktif tanaman terpilih. Analisis mikrobiom dan SCFA dilakukan menggunakan sampel feses yang diambil dari 16 ekor tikus dari 4 kelompok (kontrol, dosis 50, 150 dan 250 mg/kg BB) dengan masing-masing kelompok terdiri dari 4 ekor tikus. Preparasi sekuensing dimulai dengan mengekstrak total DNA genom dari sampel feses; amplifikasi PCR; kuantifikasi produk PCR dan mixing, purifikasi produk PCR dan library preparation, Variabel yang diamati meliputi analisis bioinformatika yang terdiri dari anotasi dan Operational Taxonomy Unit (OTU), komposisi komunitas mikroba, indeks keragaman alfa dan beta serta dilakukan meta-statistik untuk mengetahui bakteri spesifik yang terdapat dalam sampel. Parameter lain yang diukur adalah bobot badan tikus, kadar enzim alanin aminotransferase (ALT), aspartat aminotransferase (AST), dan histopatologi usus. ...
Keyword: Polyphenols, red ginger extract, gut mikrobiota, short chain fatty acid, colon

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: