Judul: Integration of database and single nucleotide polymorphism pipeline for soybean breeding
Abstrak: Upaya penemuan varietas unggul dengan cara pemuliaan tanaman secara konvensional membutuhkan waktu yang lama dan biaya yang besar. Kendala tersebut dapat diatasi dengan memanfaatkan informasi yang diperoleh dari analisis genom, yaitu berupa markah single nucleotide polymorphism (SNP) beserta asosiasi dengan fenotipenya. Selama ini identifikasi SNP dapat dilakukan menggunakan beberapa program komputer. Informasi SNP disimpan dalam fail berformat variant call format (VCF). Fail dengan format tersebut sulit dimengerti dan diolah oleh peneliti pemuliaan. Penelitian ini bertujuan mengintegrasikan perangkat lunak pipeline yang dihasilkan oleh penelitian sebelumnya dan basis data yang menyimpan informasi berupa SNP dan informasi pendukung lainnya yang terkait dengan identifikasi SNP, antara lain flanking area dan ID kandidat SNP yang terintegrasi dengan data referensi SNP kedelai dari NCBI. Selain itu, sistem ini juga dilengkapi fitur pencarian yang berbasis web untuk memudahkan peneliti pemuliaan menemukembalikan informasi kandidat SNP yang relevan., Plant breeding using conventional approaches is high cost and time consuming. Researchers started elaborating the oportunities of plant breeding based on genome analysis in order to obtain an efficient process. This approach used single nucleotide polymorphism (SNP) marker and their association with phenotypes. The SNP identification process actually can be conducted using application software. SNP information is stored in a VCF file. However this file format is not easy to be undertood and managed by breeding researchers. This research aims to integrate software pipeline yielded by previous research and database for storing SNP candidates and their supporting information such as flanking area and the SNP’s ID which is automatically integrated to Soybean SNP reference from NCBI. Moreover, the system also provides a web based searching feature for helping researchers retrieving relevant SNP candidate information. Keywords: database, pipeline, plant breeding, SNP, soybean
Keyword: basis data, kedelai, pemuliaan tanaman, pipeline, SNP

Judul: Pengembangan Pipeline Identifikasi Single Nucleotide Polymorphism dan Konstruksi Pohon Filogenetik
Abstrak: Proses identifikasi SNP (single nucleotide polymorphism) melalui laboratorium memerlukan banyak biaya dan menyita waktu, sehingga digunakanlah bantuan program komputer. Informasi SNP dapat diperoleh melalui beberapa tahapan yang perlu dikerjakan. Masing-masing tahapan tersebut dieksekusi oleh satu program komputer berupa tools tertentu. Pada penelitian ini, tahapan-tahapan dan tools yang digunakan untuk memperoleh informasi SNP adalah penjajaran sekuens dengan Bowtie 2, praproses hasil penjajaran sekuens dengan GATK, identifikasi dan filtrasi SNP dengan SAMtools/BCFtools, dan prediksi efek SNP dengan SnpEff. Oleh karena identifikasi SNP memerlukan serangkaian tahapan yang cukup banyak, sehingga penelitian ini memanfaatkan pipeline untuk mengatur urutan eksekusi setiap task identifikasi SNP dan memproses keluaran setiap tahapan untuk diteruskan ke tahapan berikutnya. Penelitian ini juga menggunakan informasi SNP untuk mengonstruksi pohon filogenetik. Pipeline SNP yang dikembangkan berhasil mengidentifikasi SNP dari sekuens reads (unpaired atau paired) dan dapat menampilkan informasi detail SNP yang teridentifikasi. Pohon filogenetik berhasil dikonstruksi dari empat varietas kedelai menggunakan metode UPGMA atau Neighbor-Joining dengan tools VCF-kit.
Keyword: identifikasi SNP, pipeline, pohon filogenetik

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: