Judul: Pencirian Gen Serupa Subtilisin Pada Sejumlah Isolat Lokal Bakteri Proteolitik
Abstrak: Pencarian jenis mikroba asal Indonesia sebagai sumber protease serin serupa sub- tilisin, dilakukan dengan melacak keberadaan gen penyandi enzim serupa subtilisin melalui hibridisasi Southern dan pengujian aktivitas protease dengan penghambat spesifik serin, fenilmetilsulfonil fluorida (PMSF). Sebagai pelacak adalah fragmen DNA penyandi gen subtilisin BPN yang terdapat dalam plasmid pPT30, pada situs EcoRI, berukuran 3.0 kilo pasang basa (Kb). Konsentrasi PMSF yang digunakan dalam pengujian penghambatan aktivitas protease adalah 1 mM dan 5 mM. Pada penelitian ini digunakan 25 isolat bakteri, yang terdiri dari 21 isolat Bacillus sp. dan 4 isolat Vibrio harveyi. Semua isolat bakteri diisolasi dari berbagai tempat di Indonesia. Isolat-isolat tersebut mengeluarkan enzim protease yang ditandai dengan terbentuknya areal bening (halo) di sekitar koloni pada media skim milk agar (SMA) dan aktivitas optimum protease pada pH 8.0. Protease dari keempat isolat Vibrio harveyi tidak menunjukkan penghambatan de- ngan penambahan 1 mM PMSF dan 5 mM PMSF. Penambahan 1 mM PMSF mengakibatkan penghambatan aktivitas protease B. licheniformis MD15 sebesar 49.89% dan protease B. pumilus Y1 mengalami penghambatan sebesar 43.96% (B. subtilis kontrol mengalami penghambatan aktivitas sebesar 40%). Penambahan 5 mM PMSF mengakibatkan peng- hambatan aktivitas lebih dari 40% untuk protease dari B. pumilus (BK1, M, MD13p, $1, Y1 dan Y3), B. brevis (BK2, MD21.2), B. stearothermophilus JD, B. licheniformis (MD13k, MD15, R1), B. subtilis N dan B. sphaericus S3. Protease B. pumilus Y1 mengalami penghambatan aktivitas terbesar dibandingkan dengan protease yang dihasilkan oleh isolat lainnya dengan penambahan 5 mM PMSF. Aktivitas tersisa dari protease B. pumilus Yl dengan penambahan 5 mM PMSF sebesar 27.2% (B. subtilis kontrol memberikan aktivitas tersisa sebesar 4.10%)….dst
Keyword: Protease Serin, Penghambatan Protease, Plasmid, Hibridisasi Sauthern

Judul: engklonan Gen Protease Serupa Subtilisin dari Bacillus pumilus YI ke dalam Escherichia coli DH5a,
Abstrak: Studi pelacakan dengan menggunakan gen kimotripsin dari fragmen BamHl plasmid pJB, diperoleh hasil bahwa tidak satupun Bacillus sp. yang diisolasi dari Indonesia, termasuk Bacillus pumilus YI, memiliki gen penyandi serupa kimotripsin. Ristiarini (1996) telah melokalisir gen penyandi enzim protease serupa subtilisin pada Bacillus pumilus YI dengan menggunakan metode hibridisasi southern. Gen serupa subtilisin tersebut terdapat pada fragmen DNA genom hasil digesti EcoRI yang berukuran 3 kb. Pada penelitian ini dilakukan pengklonan gen penyandi enzim serupa subtilisin ke dalam Escherichia coli DH5a dengan menggunakan vektor pUC 19. Dari hasil pengklonan diperoleh beberapa koloni putih., yang setelah direplika pada media yang mengandung skim (skim milk agar ) diperoleh empat koloni putih yang menghasilkan halo yang tipis setelah diinkubasi selama 4 hari pada suhu 37°C. Hasil verifikasi plasmid diperoleh adanya beberapa DNA sisipan (insert) dengan ukuran yang berbeda, yaitu 0.3 kb, 0,9 kb, 1,5 kb, 2.4 kb, 2,6 kb, 2, 7 kb, dan 3,0 kb. Plasmid-plasmid rekombinan ini dilµbridisasi dengan menggunakan pelacak gen subtilisin dari fragmen .&oRI plasmid pPT30. Dua dari plasmid rekombinan ini menghasilkan signal positif dengan ukuran 2.4 kb, 2.6 kb, dan dua plasmid rekombinan lainnya berukuran hampir sama yaitu 3 kb. Dengan demikian gen penyandi enzim protease serupa subtilisin dari Bacillus pumi/us YI telah terklon dan plasmid rekombinannya berturut-turut disebut : pBNI, pBN2, pBN3, dan pBN4. Selama pertumbuhan pada Luria broth pada suhu 37°C, E. coli rekombinan rnenghasilkan aktivitas protease tertinggi yaitu 0.2307 U/ml setelah 15 jam fermentasi, dan secara umum protease yang dihasilkan bersifat sensitif terhadap PMSF.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: