Judul: Optimasi Proses Kloning Genomik dan Identifikasi Gen Delta- Guaiene Sebagai Pembentuk Aroma Gaharu Pada Tanaman Aquilaria malaccensis Lamk
Abstrak: Aroma wangi pada gaharu terbentuk oleh beberapa interaksi metabolisme sekunder, salah satunya guaiene [C15H24]. Tujuan penelitian ini adalah untuk optimasi proses kloning genomik dan identifikasi gen δ-guaiene sebagai pembentuk aroma gaharu pada tanaman A. malaccensis Lamk. Kloning dilakukan dengan metode shotgun sedangkan indentifikasi gen delta (δ)-guaiene dilakukan dengan teknik PCR menggunakan primer spesifik. Optimasi proses kloning dimulai dengan isolasi DNA genom, lalu dipotong dengan enzim restriksi EcoR1, purifikasi fragmen DNA berukuran besar, yang kemudian direkatkan pada vektor pGemTEasy, dan akhirnya ditransformasikan ke sel bakteri. Hasil transformasi berupa koloni biru-putih, namun hasil PCR koloni menunjukkan bahwa koloni putih yang ada tidak mengandung klon DNA insert, sehingga masih perlu modifikasi dan optimasi lebih lanjut. PCR dengan primer spesifik gen δ-guaiene berhasil mendapatkan fragmen dengan panjang basa 1449 bp. Nukleotida hasil sekuens yang diperoleh mirip dengan sekuens gen δ-guaiene dari A. crassna, namun agak berbeda dengan sekuens gen serupa dari A. malaccensis di pusat data NCBI.
Keyword: A. malaccensis, kloning, δ-guaiene

Judul: Deteksi Gen Penyandi Gaharu δ-Guaiene pada Tanaman Aquilaria malaccensis Lamk dan Gyrinops versteegii Domke.
Abstrak: Produktivitas gaharu sebagai salah satu hasil hutan bukan kayu (HHBK) yang memiliki prospek tinggi untuk dikembangkan di Indonesia semakin menurun. Untuk itu diperlukan bibit gaharu unggul yang dipastikan dapat menghasilkan gaharu dengan kualitas tinggi. Salah satu komponen dominan yang menyebabkan bau khas pada gaharu adalah guaiene. Tujuan penelitian ini adalah mendeteksi gen guaiene dengan beberapa primer spesifik serta optimasi tahapan PCR untuk ekspresi gen guaiene pada dua jenis tanaman yaitu A. malaccensis dan G. versteegii. Metode deteksi gen guaiene meliputi, isolasi DNA dan RNA, perancangan primer spesifik gen guaine, sitensis cDNA, serta PCR dengan primer spesifik tersebut dilanjutkan dengan sekuensing produk PCR. Sekuen gen spesifik guaiene berhasil dideteksi pada DNA dengan ukuran 135 bp pada G. versteegii dan 133 bp pada A. malaccensis yang memiliki kesamaan tertinggi dengan Aquilaria sinensis. Sekuen gen spesifik guaiene berhasil dideteksi pada cDNA dengan ukuran 133bp yang memiliki kesamaan tertinggi dengan A. crassna. Primer yang dapat mendeteksi gen guaiene adalah Am3-δG dengan suhu annealing optimum 56.5 dan 57˚C.
Keyword: Aquilaria malaccensis, δ -guaiene, Gyrinops versteegii

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: