Judul: Perambatan Cahaya, Koefisien Atenuasi, dan Hubungannya dengan Remote Sensing Reflectance pada Tipe Perairan yang Berbeda
Abstrak: Intensitas cahaya yang merambat di kolom perairan melemah mengikuti kurva eksponensial dengan meningkatnya kedalaman akibat adanya proses atenuasi. Koefisien atenuasi (Kd) merupakan salah satu parameter yang mampu memberikan informasi mengenai ketersediaan cahaya di kolom perairan. Penelitian ini bertujuan mengetahui perambatan cahaya dan Kd di kolom air laut pada tipe perairan yang berbeda serta hubungannya dengan Remote Sensing Reflectance (Rrs). Data penelitian yang digunakan berupa data in situ Downwelling irradiance (Ed) dan kedalaman yang diambil menggunakan Instrument Submersible Marine Environmental Radiometer MER di bagian Timur Laut Teluk Mexico pada April 2000 dan data Rrs satelit SeaWiFS. Metode analisis data untuk perambatan cahaya menggunakan Exponential Curve Fitting, kemudian data hasil dari Exponential Curve Fitting digunakan untuk perhitungan nilai Kd. Nilai Kd 490 dari data in situ dikaitkan dengan nilai Kd 490 dari satelit SeaWiFS menggunakan regresi linear. Perhitungan nilai Kd 490 dilakukan berdasarkan beberapa metode empiris menggunakan data Rrs dan/atau nilai water leaving radiance (Lw) dari satelit SeaWiFS. Hasil penelitian menunjukkan pola perambatan cahaya secara umum berkurang seiring dengan bertambahnya kedalaman. Pengurangan intensitas cahaya terhadap kedalaman sangat tajam pada gelombang merah diikuti dengan gelombang hijau dan paling lambat pada gelombang biru-ungu. Sebaliknya, nilai Kd umumnya paling rendah pada panjang gelombang ungu-biru, semakin meningkat pada panjang gelombang hijau, dan paling tinggi pada panjang gelombang merah. Hubungan nilai Kd 490 in situ dengan satelit menghasilkan nilai R 2 tertinggisebesar 0,71 menggunakan algoritma Tiwari dan Shanmungam 2018.
Keyword: Donwelling irradiance (Ed), Remote Sensing Reflectance (Rrs), Coefficient diffuse Attenuation (Kd), One optical depth

Judul: Estimasi Nilai Koefisien Atenuasi Difusi dengan Teknologi Penginderaan Jauh dan Hubungannya dengan Kedalaman Perairan Dangkal
Abstrak: Intensitas cahaya yang masuk ke kolom air akan berkurang secara eksponensial dengan bertambahnya kedalaman akibat hamburan dan penyerapan oleh partikel dan molekul-molekul yang terdapat pada kolom air. Proses berkurangnya intensitas cahaya tersebut dinamakan proses atenuasi. Proses atenuasi ini menjadi faktor pembatas dalam pendeteksian objek di kolom dan dasar perairan menggunakan penginderaan jauh yang tergantung pada intensitas cahaya. Koefisien atenuasi (Kd) merupakan sifat optik air laut yang penting karena memberikan informasi tentang kejernihan air dan tingkat atenuasi cahaya. Penelitian ini bertujuan mengestimasi dan menganalisis nilai koefisien atenuasi dan variabilitasnya dari pengukuran in situ dan dari data Sentinel-2 level 2A dan hubungannya dengan kedalaman perairan di Karang Lebar, Pulau Panggang dan Pulau air, di Kabupaten Kepulauan Seribu. Perhitungan nilai koefisien atenuasi menggunakan data penginderaan jauh dan yaitu Citra Sentinel-2. Sebelum melakukan estimasi nilai koefisien atenuasi, dilakukan uji regresi linier hasil estimasi nilai koefisien atenuasi Citra Sentinel-2 dengan nilai pengukuran in situ menggunakan spectroradiometer. Data in situ yang diambil di lapangan untuk penelitian ini adalah data kedalaman Secchi disk. Data kedalaman secchi disk digunakan untuk menghitung nilai koefisien atenuasi dan akan dilihat hubungannya dengan nilai koefisien atenuasi hasil estimasi dari citra satelit. Estimasi nilai kedalaman perairan dangkal di lokasi penelitian dilakukan dengan metode Satellite Derived Bathymetry (SDB) menggunakan data batimetri hasil akuisisi lapangan dengan singlebeam echosounder dan data Citra Sentinel-2 menggunakan regresi non-linier Random Forest. Setelah dilakukan uji statistic ketelitian hasil estimasi kedalaman perairan dangkal, kemudian dianalisis rentang nilai koefisien atenuasi pada masing-masing rentang kedalaman. Hasil penelitian menunjukkan bahwa nilai estimasi koefisien atenuasi difusi (Kd490) data Citra Sentinel-2 berkorelasi baik dengan hasil pengukuran in situ (R2=0.59-0.74). Rentang nilai koefisien atenuasi difusi (Kd490) di wilayah penelitian adalah 0.06-0.18 m-1 dengan rentang kedalaman yang di deteksi 0-17 m. Rentang kedalaman 0 hingga 5 m merupakan rentang kedalaman yang memiliki akurasi paling tinggi ditunjukkan dengan uji akurasi R2 dan RMSE. Nilai koefisien atenuasi pada rentang kedalaman 0.5 – 5 m menunjukkan nilai 0.06-0.11 m-1. Nilai koefisien atenuasi bertambah seiring dengan bertambahnya kedalaman dan berkurangnya ketelitian pendugaan kedalaman perairan dangkal.
Keyword: Satellite Derived Bathymetry (SDB), Koefisien Atenuasi, Citra Sentinel-2

Judul: Study of Tupaia javanica Hepatocytes Culture as In Vitro Replication Media of Nonhuman Primate HBV
Abstrak: Virus hepatitis B (VHB) adalah virus DNA yang menginfeksi organ hati sebagai target utama. Infeksi ini menyebabkan hepatitis yang dapat bersifat kronis dan berlanjut menjadi sirosis, kanker hati bahkan kematian. Pengembangan model in vivo dan in vitro berkaitan dengan hepatitis B menjadi perhatian khusus bagi para peneliti. Kultur hepatosit banyak digunakan untuk mempelajari berbagai ha] terkait hepatitis B baik dari aspek virus, penyakit, pencegahan, dan pengobatan. Pengembangan hepatosit asal hewan kecil sepe1ii Tupaia sp. untuk model in vitro merupakan salah satu altematif dalam penyediaan kultur hepatosit. Tujuan penelitian ini adalah mengembangkan kultur primer dan lestari hepatosit T. javanica yang mampu mendukung replikasi VHB orangutan (OuHBV) dan VHB owa jawa (GiHBV), dan dapat menjawab kebutuhan akan model in vitro kultur hepatosit. Isolasi hepatosit T. javanica dilakukan dengan prosedur sebagai berikut: organ hati yang telah dicacah dalam cawan petri dengan larutan perfusi, diinkubasi pada 37 °C. Suspensi disentrifugasi 300-500 g sehingga didapatkan pelet sel hati. Pelet yang sudah dicuci kemudian diresuspensi dengan Hepatocyte Basal Media untuk menumbuhkan hepatosit dan selanjutnya hepatosit akan ditransformasi menggunakan perangkat Lenti-SV 40. Sodium taurocholate cotransporting polypeptide (NTCP) yang diindikasikan sebagai reseptor hepatosit untuk melekatnya VHB, nampak pada hepatosit baik pada kultur primer maupun kultur yang ditransformasi. Reseptor hepatosit spesifik ini terlihat sebagai pendaran hijau dengan uji imunofluoresensi. Kultur hepatosit primer T. javanica berhasil dikembangkan selama 14 hari untuk mencapai kepadatan 80%, dan inokulasi GiHBV dan OuHBV ke dalam kultur pada hari ke-15 menunjukkan adanya replikasi virus hingga hari ke-8 (berdasarkan hasil PCR). Kuantifikasi virus dengan real-time PCR memperlihatkan replikasi tertinggi pada hari kedua setelah inokulasi. Penjajaran sebagian protein permukaan setelah virus dinokulasikan memperlihatkan kesamaan asam amino dengan virus wild type sebesar 99.29% dan 95.71 % pada GiHBV dan OuHBV., Hepatitis B virus (HBV) is a DNA virus which infects liver as primary target organ. This i11fection causes hepatitis which could become chronic and progress to cirrhosis, liver cancer and even death. Development of in vitro and in vivo model related to hepatitis B is a concern for researchers. Hepatocyte cultures widely used to study a variety of aspects of hepatitis B such as the virus, disease, prevention and treatment. Development qf hepatocyte from small animal e.g. Tupaia sp. for the in vitro model is an alternative of hepatocyte cultures. The purpose of the study is to develop primary and immortal T. javanica hepatocytes cultures capable to replicate orangutan HBV (OuHBV) and javan gibbon HBV (GiHBV), and to answer the need for in vitro model ofhepatocytes. Isolation of hepatocytes from T. javanica was done as followed: mincedliver were transported into petri dish containing perfusion buffer solution to be incubated at 37 °C. The suspension was centrifuged at 300-500 g to obtain liver cell pellets. The washed-pellet was resuspended in Hepatocyte Basal Media to let specific hepatocytes grow and later be transformed by Lenti-SV40 kit. Sodium taurocholate cotransporting polypeptide (NTCP) has been ident(fied as hepatocyte receptor for HBV attachment, and was seen on hepatocytes from both primary and transformed cultures. This hepatocytes specific receptor was shown as green luminenscent by immunofluorescence assay. Primary T. javanica hepatocytes cultures was successfully maintained for
Keyword: Tupaia javanica, in vitro model, hepatocytes culture, hepatitis B virus, Liver cancer, Picornaviridae, Hepadanaviridae, Flaviviridae, Caliciviridae