Judul: Reduksi Dimensi Fitur dengan Two Dimensional Principal Component Analysis (2D-PCA) untuk Klasifikasi Metagenom
Abstrak: Metagenom merupakan kumpulan mikrob yang sampelnya dapat diperoleh langsung dari lingkungan alaminya. Kumpulan mikrob tersebut sangat sulit diklasifikasikan karena organismenya masih saling tercampur, sehingga proses binning perlu dilakukan. Proses binning dengan pendekatan komposisi dilakukan dengan mengelompokkan hasil ekstraksi fitur fragmen metagenom. Besarnya parameter n pada metode ekstraksi fitur n-mers mengakibatkan dimensi yang besar. Penelitian ini bertujuan menerapkan metode two dimensional principal component analysis (2D-PCA) untuk mereduksi fitur hasil ekstraksi n-mers fragmen metagenom dan mengklasifikasikan dengan algoritme KNN. Hasil evaluasi terbaik dalam penelitian ini diperoleh saat klasifikasi 3-NN. Nilai akurasi tertinggi mencapai 99.51%, sensitivitas tertinggi mencapai 93.75%, dan spesifisitas tertinggi mencapai 99.89%. Ketiganya diperoleh pada skenario 7-mers dengan nilai PC 98%. Adapun penurunan waktu eksekusi pada proses klasifikasi skenario tersebut mencapai 304.7 detik terhadap keseluruhan data uji yang digunakan.
Keyword: 2D-PCA, feature extraction, KNN classifier, metagenome, n-mers

Judul: Klasifikasi Fragmen Metagenom menggunakan Principal Component Analysis dan K-Nearest Neighbor
Abstrak: Metagenomika adalah ilmu yang mempelajari tentang analisis metagenom yang materi genetiknya diperoleh langsung dari sampel lingkungan. Ketika meng-sekuens sampel metagenom ini maka akan dihasilkan fragmen-fragmen. Pada saat fragmen-fragmen tersebut dirakit akan dihasilkan chimeric contigs atau gabungan fragmen dari berbagai organisme. Selanjutnya diperlukan proses binning yang bertujuan untuk mengklasifikasikan fragmen-fragmen tersebut ke dalam tingkat taksonomi tertentu. Pada penelitian ini peneliti melakukan klasifikasi fragmen metagenom yang diekstrasi menggunakan n-mers kemudian direduksi dimensinya menggunakan principal component analysis dan diklasifikasi menggunakan k-nearest neighbor. Nilai k yang terbaik pada KNN adalah 7. Nilai n tertinggi pada n-mers adalah 4. Akurasi pada organisme dikenal dari fold terbaik dengan menggunakan PCA 95% untuk panjang fragmen 0.5 Kbp sampai 10 Kbp berkisar antara 91.6% sampai 99,9%. Untuk organisme tidak dikenal dengan PCA 95% tingkat akurasi berkisar antara 89.64% sampai 99.32%.
Keyword: Fragmen metagenom,n-mers, PCA, KNN

Judul: Budidaya dan pelestarian buaya air tawar irian (Crocodylus novaeguineae)
Abstrak: Di Indonesia terdapat beberapa spesies buaya diantaranya adalah Crocodylus porosus, Crocodylus novaeguineae, Tomistoma schlegelii dan Crocodylus siamenesis. Crocodylus novaeguineae baru ditemukan tahun 1928 di lrian Jaya dan Papua New Guinea oleh Schmidt. Dengan adanya perdagangan kulit buaya maka masyarakat mulai memburu buaya-buaya alam untuk dijual tanpa memperhatikan kelangsungan hidup spesies tersebut. Tempat hidup buaya-buaya inipun semakin sempit karena diubah jadi perladangan, lalu lintas air dan daerah pemukiman sehingga terjadi penurunan jumlah buaya secara cepat.
Keyword: Crocodylus porosus, Crocodylus novaeguineae, Tomistoma schlegelii, Crocodylus siamenesis