Judul: Genetic Diversity of Indonesian Coconut (Cocos nucifera L.) by Whole Genome based Simple Sequence Repeat Molecular Markers
Abstrak: Kelapa (Cocos nucifera L.) merupakan tanaman yang penting di Indonesia karena memiliki banyak kegunaan. Tanaman kelapa tersebar luas di seluruh wilayah Indonesia sehingga menyebabkan keragaman kelapa di Indonesia sangat tinggi. Pemahaman tentang keragaman genetik pada tanaman kelapa akan membantu proses pemuliaan tanaman kelapa. Identifikasi keragaman genetik menggunakan marka molekuler memiliki ketepatan yang tinggi dibandingkan marka morfologi. Marka molekuler Simple Sequence Repeat (SSR) telah banyak digunakan dalam identifikasi keragaman genetik pada tanaman. Tujuan penelitian ini adalah untuk memperoleh persentase coverage genom kelapa Indonesia dengan kelapa kultivar Hainan Tall serta identifikasi lokus SSR genom kelapa Indonesia, memperoleh data in-silico dan identifikasi lokus SSR genom kelapa kultivar Hainan Tall, memperoleh pasangan primer SSR dan primer SSR tervalidasi berbasis genom kelapa kultivar Hainan Tall, serta mendapatkan data keragaman kelapa Indonesia yang diidentifikasi menggunakan marka SSR tervalidasi. Penelitian ini terdiri dari tiga percobaan yaitu analisis in-silico genom dan identifikasi lokus SSR kelapa, pengembangan marka SSR berdasarkan data whole-genome kelapa, dan identifikasi keragaman kelapa Indonesia menggunakan marka SSR whole-genome tervalidasi. Percobaan pertama melaporkan hasil analisis in-silico pada dua data genom kelapa Indonesia, yaitu DMT (Dalam Mapanget) dan GKH (Genjah Kopyor Hijau). Terdapat sebanyak 5.797.081 dan 4.500.078 scaffold dengan ukuran scaffold terpanjang 100 dan 180kb masing-masing untuk kelapa DMT dan GKH. Hasil analisis genom DMT dan GKH dengan kelapa Hainan Tall memiliki persentase coverage masing-masing sebesar 94,47% dan 92,21%. Identifikasi lokus SSR pada genom kelapa Indonesia menunjukkan motif dinukleotida paling sering muncul, dengan motif yang paling sering muncul yaitu AG, disusul AT, AC dan CG. Percobaan kedua menunjukkan 9.521.002 lokus SSR teridentifikasi dari panjang total genom kelapa Hainan Tall yaitu 2.202.455.121bp. Lokus dengan motif dinukleotida hingga heksanukleotida diidentifikasi. Motif dinukleotida yang paling sering muncul yaitu AG, AT, AC dan CG. 906 pasang primer SSR berhasil didesain dari 16 kromosom kelapa Hainan Tall. 20 pasang primer dilakukan amplifikasi pada sampel kelapa Indonesia. 18 primer dapat mengamplifikasi, sedangkan 2 pasang primer tidak dapat mengamplifikasi. Percobaan ketiga menunjukkan keragaman genetik 25 aksesi kelapa Indonesia koleksi BALITPALMA pada 15 lokus SSR polimorfik. Pohon filogenetik yang dihasilkan dari metode neighbour joining membagi 25 aksesi kelapa Indonesia dalam 3 kelompok besar. Kelompok pertama didominasi aksesi tipe Hibrida, kelompok kedua didominasi aksesi tipe Genjah dan Hibrida, serta kelompok ketiga didominasi aksesi tipe Dalam.
Keyword: kelapa Indonesia, data genom, SSR, keragaman genetik

Judul: Keragaman Genetik Plasma Nutfah Kelapa Indonesia Dan Penentuan Identitas Kelapa Hibrida Berdasarkan Marka Molekuler
Abstrak: Keragaman genetik plasma nutfah kelapa yang ada di Indonesia sangat tinggi, sebagian besar populasi tersebut telah dikoleksi oleh Balai Penelitian Palma, Manado. Namun, kajian genetik untuk semua aksesi kelapa kurang lengkap. Informasi keragaman dan hubungan genetik tanaman kelapa menjadi penting dalam strategi pemuliaan tanaman kelapa. Kelapa hasil persilangan terkontrol perlu diidentifikasi secara genetik untuk memastikan kebenaran tetuanya, karena kontaminasi serbuk sari dapat berpotensi menjadi masalah. Penggunaan marka molekuler mampu mendeteksi keragaman genetik aksesi dan menduga kebenaran tetuanya untuk efisiensi waktu yang diperlukan dalam proses seleksi. Rangkaian penelitian dilakukan bertujuan untuk 1) mengembangkan marka SNAP berbasis gen WRKY dengan reaksi multiplex PCR; 2) mengevaluasi keragaman genetik dan struktur populasi kelapa Indonesia dengan marka SNAP berbasis gen WRKY, SUS, SACPD dan ABI; 3) mengevaluasi keragaman genetik dan struktur populasi kelapa Indonesia dengan marka SSR; 4) menganalisis hubungan genetik antara tetua GKN dan DTA dengan hibrida KHINA-1 menggunakan marka SSR; 5) mengidentifikasi marka SSR yang berasosiasi dengan karakter jumlah buah dan komponen buah; dan 6) mengidentifikasi hibrida kelapa kopyor di Pati dan Lampung berdasarkan marka SNAP dan SSR. Penelitian diawali dengan pengembangan marka SNAP berbasis gen WRKY yang divalidasi menggunakan kelapa kopyor. Disain primer SNAP menggunakan tiga puluh lima sekuen bank data NCBI dari gen WRKY2, WRKY6, WRKY7, WRKY19 dan WRKY21. Delapan pasang primer SNAP berhasil didisain. Amplifikasi DNA menggunakan primer SNAP dilakukan dengan metode multiplex PCR. Selanjutnya delapan pasang primer SNAP gen WRKY digunakan untuk analisis keragaman genetik kelapa. Analisis keragaman genetik kelapa Indonesia menggunakan marka bi-alel SNAP berbasis gen WRKY, SUS, SACPD dan ABI3 dilakukan untuk 28 aksesi kelapa Dalam dan 13 aksesi kelapa Genjah. Hasil analisis berdasarkan metode Neighbour Joining menunjukkan ada tiga kelompok utama yang terbagi ke dalam subkelompok berbeda. Umumnya aksesi kelapa Dalam menyebar dengan aksesi yang lain, hanya 2 aksesi yang mengelompok yaitu DBI dan DTE. Hal yang sama juga terjadi pada kelapa Genjah hanya 2 aksesi yang mengelompok (GKN dan GSK). Struktur populasi berdasarkan 16 marka SNAP menunjukkan bahwa populasi kelapa terbagi atas dua subgrup dengan pencampuran alel yang beragam. Keragaman genetik kelapa juga dilakukan dengan marka molekuler multialel yaitu SSR untuk populasi yang sama. Hasil analisis keragaman genetik kelapa Indonesia menggunakan 20 marka SSR menunjukkan bahwa terdapat keragaman genetik yang sangat tinggi pada populasi uji. Analisis filogenetik berdasarkan metode Neighbour Joining menghasilkan sembilan kelompok yang terdiri atas subkelompok yang berbeda. Pengelompokkan kelapa Dalam dan Genjah lebih banyak bercampur dengan aksesi yang lain dalam satu kelompok. Hal ini diduga sebagai akibat telah terjadi persilangan alami antar individu. Keragaman genetik kelapa Dalam lebih tinggi dibandingkan kelapa Genjah karena sistem penyerbukan kelapa Dalam menyerbuk silang, sedangkan kelapa Genjah menyerbuk sendiri. Struktur populasi berdasarkan marka SSR membagi populasi kelapa menjadi dua subgrup. Percobaan analisis hubungan genetik tetua dengan hibrida KHINA-1 menggunakan 19 marka SSR. Hubungan kekerabatan antar populasi kelapa GKN dan DTA yang sangat jauh dan tingkat heterogenitas yang tinggi antar individu kelapa DTA memberikan harapan bahwa populasi hibrida hasil persilangan antar keduanya dapat menghasilkan hibrida yang sangat heterogen sehingga diharapkan lebih baik dibandingkan kedua tetuanya sebagai akibat terjadinya heterosis. Pengelompokkan populasi tetua dan KHINA-1 dengan metode Neighbour Joining menghasilkan lima
Keyword: kelapa dalam, kelapa genjah, kelapa kopyor, single nucleotide amplified polymorphisms, simple sequence repeat, analisis marka tunggal

Judul: Dynamic New Keynesian Model for Unemployment and Inflation Rate.
Abstrak: This paper deals with a scientific analysis of the equilibrium level of hiring, employment and unemployment. The basic model being used is a standard new Keynesian model, which states that utility function depends on consumptions and working hours. Utility maximization refers to a standard labour supply equation, with the marginal cost’s dynamics on new Keynesian model simply reflects movements in real wages and productivity. Furthermore, trade-off between output and inflation stabilization can be considered using the new Keynesian Phillips curve. Dynamic general equilibrium model is a model that can be used to study interactions between market imperfections and nominal rigidities, which is capable of overcoming the main shortcoming of the standard new Keynesian model. In the general equilibrium model there are three groups of the economy agents, namely households, firms and monetary authority. The results of this research science that bargaining processes between firms and workers will yield optimal wage. Increase in labour will cause wages to fall, but the unemployment rate can be reduced. An increase in the firm’s monopoly power will shift the labour demand curve downward, which will reduce the number of workers that firm is willing to hire for any given bargained wage.
Keyword: