Judul: Karakterisasi keturunan hasil persilangan anggrek phalaenopsis berdasarkan morfologi dan pola pita izosim
Abstrak: Hampir 50% Phalaenopsis yang ada di dunia berasal dari Indonesia. Potensi yang dimiliki Phalaenopsis kurang mendapat perhatian dan belum banyak termanfaatkan di Indonesia. Aktifitas budidaya, koleksi dan pemuliaan masih dilakukan dengan cara konvensional dan sedikit pelaku. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari keragaman genetik keturunan hasil persilangan anggrek Phalaenopsis dan mempelajari kemiripan genetik keturunan hasil persilangan dan tetua yang digunakan berdasarkan karakter morfologi dan pola pita sozim. Tanaman yang diamati adalah hibrida hasil 2 macam persilangan anggrek Phalaenopsis dan tetuanya. Untuk melihat keragaman tanaman dilakukan pengamatan dan analisis keragaman 24 karakter morfologi dan 8 macam isozim. Metoda analisis sozim yang dilakukan adalah prosedur Horry (1989) dan Wendel dan Weeden (1989). Analisis keragaman tanaman menggunakan uji F, analisis komponen utama dan analisis gerombol. Berdasarkan uji F untuk membandingkan keragaman karakter morfologi antara keturunan persilangan (hibrida) R 184 dan R 152 dari 24 karakter yang diamati terdapat 7 karakter yang berbeda. Hibrida R 152 lebih beragam untuk karakter panjang dan warna ibir dibandingkan R 184, sedangkan untuk karakter panjang daun, perbandingan panjang dan lebar daun, panjang tangkai bunga (influoresens), lebar mahkota dan lebar bibir terjadi sebaliknya yaitu hibrida R 184 lebih beragam. Hal ini diduga disebabkan oleh tetua yang terlibat pada persilangan R 184 yaitu Ph. Donna Shiro yang merupakan tanaman hasil persilangan yang melibatkan banyak tetua dengan beberapa kali persilangan sehingga Ph. Donna Shiro mengandung banyak informasi genetik. Sedangkan Ph. Kenanga-pallens hanya melibatkan 3 spesies dengan dua kali persilangan. Dari 8 isozim yang dianalisis hanya 2 yang jelas yaitu malat dehidrogenase (MDH) dan peroksidase (PX). Isozim MDH mempunyai 10 pola pita sedangkan PX mempunyai 13 pola pita. Pola pita isozim PX sulit digunakan sebagai pembeda antara hibrida R 152 dan R 184 sedangkan MDH dapat digunakan dst...
Keyword: Mophology

Judul: Analisis Keragaman Morfologi dan Biokimia pada Anggrek Phalaenopsis serta Analisis Keragaman Genetik dengan Marka SNAP
Abstrak: Pengembangan komoditas anggrek Phalaenopsis di Indonesia masih menghadapi beberapa kendala diantaranya; (1) kurangnya pemahaman terkait karakter atau sifat penting dan identitas calon tetua yang akan digunakan dalam persilangan, (2) kendala perbanyakan klonal dalam penyediaan bibit unggu, dan (3) kegiatan pemuliaan dalam merakit hibrida unggul baru yang belum sepenuhnya memenuhi kaidah pemuliaan tanaman. Serangkaian kegiatan penelitian dilakukan untuk mempelajari hubungan kekerabatan antar genotipe anggrek Phalaenopsis, mengetahui kandungan utama pigmen dan korelasi terhadap beberapa organ tanaman, analisis keragaman genetik dan pengembangan marka SNAP berbasis sekuen gen CHS. Percobaan pertama adalah melakukan karakterisasi terhadap 10 genotipe anggrek Phalaenopsis untuk mempelajari hubungan kekerabatan antar genotipe. Hasil analisis menunjukkan hubungan kekerabatan antar 10 genotipe berasarkan analisis kluster terbagi menjadi dua kelompok dengan koefisien kemiripan 55%. Berdasarkan karakter kuantitatif Phal. amabilis memiliki tipe bunga besar yang ditunjukkan oleh panjang dan lebar bunga, lebar sepal dorsal, panjang dan lebar petal. Phal. amabilisberpotensi digunakan dalam persilangan untuk memperoleh karakter bunga standar putih besar. Percobaan kedua adalah melakukan uji kandungan pigmen klorofil, antosianin, dan karoten terhadap organ daun, akar dan bungapada 10 genotipe anggrek Phalaenopsis. Hasil pengujian menunjukkan pada genotipe dengan warna dasar bunga pink atau ungu memiliki kandungan antosianin yang tinggi, sedangkan genotipe dengan warna dasar bunga kuning memiliki kandungan karoten yang tinggi. Korelasi positif yang nyata diperoleh pada kandungan pigmen antosianin pada daun atau akar dengan bunga yang terdapat pada genotipe Phal. hibrida PH37 dan Phal. hibrida kode „P1ROU1‟. Percobaan ketiga yaitu isolasi dan karakterisasi frgamen gen CHS pada 10 genotipe anggrek Phalaenopsis. Hasil percobaan menunjukkan diperoleh 20 sekuen fragmen gen CHS dari 10 genotipe anggrek Phalaenopsis dengan kisaran basa ~ 700 pb. Mutasi delesi dijumpai pada sekuen gen CHS hasil dari penelitian dengan dua tipe mutan yaitu alel mutan I dan alel mutan II. Alel mutan I terjadi mutasi delesi pada basa ke 686, sedangkan alel mutan II terjadi delesi pada basa ke 686 dan 696. Mutasi satu basa ditemukan sebanyak 13 posisi dan diperoleh empat haplotipe. Hasil analisis filogenetik runutan basa menunjukkan bahwa 20 sekuen terbagi menjadi dua kelompok. Hasil analisis filogenetik prediksi asam amino menunjukkan lima tipe sekuen unik yang diperoleh dari penelitian ini mengelompok pada satu klaster. Analisis prediksi runutan asam amino menunjukkan motif terkonservasi berdasarkan analisis pensejajaran terhadap beberapa sekuen aksesi lain dari data GeneBank. Percobaan keempat adalah analisis keagaman genetik dengan marka SNAP. Percobaan ini dilakukan dengan menggunakan 12 genotipe dan hibrida ii TSW 1102 anggrek Phalaenopisis dengan tiga pasang primer SNP. Hasil analisis pensejajaran diperoleh tiga situs SNP non-synonimous yang selanjutnya digunakan sebagai marka. Hasil percobaan menunjukkan marka SNAP dapat mengelompokkan 12 genotipe berdasarkan warna bunga dan pada populasi hibrida TSW 1102 mengelompok menjadi tiga kelompok berdasarkan kemiripan terhadap tetua betina, tetua jantan, dan rekombinasi atau hibrida dari kedua tetua. Uji khi-khuadrat dilakukan untuk menguji kesesuaian frekuensi alel dengan nisbah Mendel yang dilakukan pada populasi hibrida TSW 1102. Pada lokus SNP1_CHS menunjukkan frekuensi alel tidak memenuhi nisbah Mendel, sedangkan pada lokus SNP3_CHS memenuhi nisbah Mendel dengan nisbah 1:1.
Keyword: antosianin, chalcone synthase, karoten, kemiripan, SNP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: