Judul: IN VITRO AND IN SILICO STUDY OF  ETHANOL EXTRACT OF RED BETEl (Piper crocatum var. Ruiz & Pav) FROM  VARIOUS REGIONS IN INDONESIA AS A TYROSINASE INHIBITOR
Abstrak: Hiperpigmentasi adalah suatu kondisi dimana produksi melanin yang berlebihan terjadi karena faktor-faktor seperti sinar UV, yang merangsang enzim tirosinase melalui pembentukan radikal bebas. Piper crocatum diakui signifikansi medisnya dalam mengatasi masalah ini. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui aktivitas penghambatan tirosinase dan kandungan total flavonoid tujuh aksesi, serta melihat korelasi Pearson dan clustering PCA (principle component analysis) dan menentukan P. crocatum yang berpotensi berinteraksi secara molekuler dengan tirosinase. enzim menggunakan metode penambatan molekuler dan mengamati stabilitasnya melalui simulasi dinamika molekuler. Metode yang digunakan untuk in vitro adalah analisis kadar air, pengukuran hasil ekstraksi, analisis total flavonoid, dan inhibisi tirosinase in vitro, sedangkan in sillico menggunakan molecular docking dan simulasi dinamika molekul menggunakan Yasara Structure. Berdasarkan hasil penelitian, P. crocatum asal Kendari memiliki rendemen terbaik dan kandungan total flavonoid 24,07% dan 5,10 mg QE g-1 , sedangkan P. crocatum asal Bogor memiliki kadar air terendah dengan nilai 6,21% dan terbaik dalam penghambatan tirosinase 13,77. Korelasi antara kandungan flavonoid total dan persen inhibisi menunjukkan korelasi yang sangat lemah. Hal ini terbukti di beberapa penelitian dan hasil penelitian in sillico menunjukkan senyawa alkaloid lebih banyak dibandingkan flavonoid dalam menghambat enzim tirosinase. Hasil klaster membentuk empat kluster dari tujuh aksesi berdasarkan total flavonoid dan persen inhibisi. Kluster tersebut dibagi menjadi Malang (506 mDPL) dan Jayapura (287 mdpl), Banda Aceh (0.80 mdpl) dan Bandung (670 mdpl), Samarinda (8 mdpl) dan Bogor (190 mdpl), dan Kendari (14 mdpl). Hasil docking menunjukkan bahwa dari 188 ligan terdapat 147 ligan yang memiliki nilai ∆G lebih baik dari asam kojat, namun hanya 2 ligan dan asam kojat yang akan dilanjutkan ke Molecular Dynamics (MD) berdasarkan nilai ∆G. Hasil RMSD (Root Mean Square Deviation), RMSF (Root Mean Square Fluctuation), radius gyration, dan MM-PBSA dari simulasi molekul dinamis selama 50 ns menunjukkan stabilitas yang baik dari ketiga kompleks tersebut. Kesimpulannya, korelasi antara kadar flavonoid total dan persen inhibisi sangat lemah dan keragaman regional berpengaruh nyata terhadap flavonoid total dan persen inhibisi. Secara keseluruhan, dua ligan ligan lainnya lebih baik dari asam kojic. Sebagai kesimpulan, rhoifolin dan 1-Deoksi-1-[4-({(1R)-1-[(7S)-4-hidroksi-2-imino-7-metil-1278-tetrahidro-6- pteridinil] etil} amino ) fenil]-D-ribitol menunjukkan potensi besar sebagai enzim anti-tirosinase.
Keyword: Anti-melanogenesis, Melanin, MM-PBSA, RMSD, RMSF

Judul: In silico and in vitro studies of red betel leaves extract and fraction (Piper crocatum) as a tyrosinase inhibitor
Abstrak: Melasma adalah kelainan kulit yang ditandai dengan hiperpigmentasi pada area kulit yang terpapar sinar matahari, terutama wajah. Melasma termasuk dalam kategori kelainan kulit yang dialami di beberapa negara. Enzim yang berperan dalam hiperpigmentasi adalah tirosinase. Enzim tirosinase merupakan metaloenzim yang mengikat atom Cu dan berperan merubah tirosin menjadi L-DOPA yang akhirnya menjadi melanin. Pencegahan sintesis melanin yang berlebihan dapat dilakukan dengan cara meregulasi tirosinase. Pencegahan melasma banyak dilakukan melalui penggunaan kosmetik yang ditambahkan dengan inhibitor tirosinase. Senyawa yang biasa digunakan sebagai inhibitor tirosinase adalah asam kojat, merkuri, arbutin, dan asam askorbat, akan tetapi senyawa-senyawa tersebut karsinogen. Berdasarkan hal itu, maka dibutuhkan eksplorasi bahan alam yang digunakan sebagai inhibitor enzim tirosinase, salah satunya adalah daun sirih merah (Piper crocatum). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui interaksi antara tirosinase dengan senyawa aktif daun sirih merah (Piper crocatum) sebagai agen penghambat tirosinase melalui pendekatan in silico dan in vitro. Penelitian ini menggunakan dua pendekatan, yaitu melalui in silico (komputasi) dan in vitro. Penelitian in silico menggunakan personal computer dengan beberapa piranti lunak seperti MarvinView 6.0.0, BIOVIA Discovery Studio Visualizer, AutoDock Vina, AutoDock Tools, LigPlot+ dan PyMOL. Reseptor yang digunakan dalam penelitian ini adalah enzim tirosinase dengan ID 5M8O yang diunduh dari laman https://www.rcsb.org/. Ligan-ligan (senyawa kandidat inhibitor tirosinase) merupakan senyawa-senyawa hasil ekstraksi dan fraksinasi dari penelitian-penelitian sebelumnya. Ligan-ligan diunduh melalui laman http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/. Penelitian secara in vitro dilakukan dengan cara menguji ekstrak etanol, fraksi etil asetat, fraksi n-heksana dan fraksi air daun sirih merah dalam menghambat aktivitas enzim tirosinase. Sampel didapatkan dari penelitian sebelumnya. Enzim tirosinase yang digunakan adalah Tyrosinase Activity Assay Kit (colorimetri) Ab252899. Penelitian ini menggunakan reseptor tirosinase dengan kode PDB 5M8O dengan tropolon sebagai ligan alami dan asam kojat sebagai ligan pembanding. Simpulan dari penelitian in silico ini didapatkan bahwa senyawa katekin, N1-(5-metilisoxazol-3-yl) etana diamida dan 1-Amino-3-(aminooxy)-2-propanyl N-(4,6-diamino-1,3,5-triazin-2-yl)glisinat dihidroklorida yang memiliki energi bebas (ΔG) terendah secara berturut-turut yaitu -6.7 kkal/mol, -6.6 kkal/mol dan -6.3 kkal/mol. Energi afinitas tersebut lebih rendah dibandingkan dengan energi afinitas tropolon dan asam kojat yang memiliki energi yang sama yaitu -5.4 kkal/mol. Hasil uji in vitro didapatkan fraksi air pada konsentrasi 10000 ppm memiliki aktivitas penghambatan tirosinase tertinggi, yaitu sebesar 84.84%., Melasma is a skin disorder characterized by hyperpigmentation in areas of skin exposed to sunlight, especially the face. Melasma is included in the category of skin disorders experienced in several countries. The enzyme that plays a role in hyperpigmentation is tyrosinase. Tyrosinase enzyme is a metalloenzyme that binds Cu atoms and plays a role in converting tyrosine into L-DOPA which eventually becomes melanin. Prevention of excessive melanin synthesis can be done by regulating tyrosinase. Melasma prevention is mostly done through the use of cosmetics added with tyrosinase inhibitors. Compounds commonly used as tyrosinase inhibitors are kojic acid, mercury, arbutin, and ascorbic acid, but these compounds are carcinogens. Based on this, it is necessary to explore the bioactive natural ingredients used as tyrosinase enzyme inhibitors, one of which is red betel leaf (Piper crocatum). Aimed of this study was to determine the interaction between tyrosinase and active compound of red betel leaves (Piper crocatum) as tyrosinase inhibitory agents through in
Keyword: Hiperpigmentasi,, in silico, in vitro, sirih merah, tirosinase

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: