Judul: Diversity, anti Candida albicans potency and bioactive compound of Coffea canephora associated fungi
Abstrak: Tanaman kopi merupakan tanaman tropis yang menjadi komoditas unggulan dalam sub sektor perkebunan di Indonesia. Keberhasilan pertumbuhan dan produksi tanaman kopi ialah adanya interaksinya dengan cendawan endofit yang tumbuh pada semua jaringan tanaman dan cendawan saprob yang tumbuh pada serasah dan rizosfir tanaman. Cendawan endofit dan saprob dilaporkan menghasilkan berbagai senyawa metabolit sekunder yang diantaranya bersifat antimikrob yang menekan pertumbuhan cendawan patogen Candida albicans, penyebab penyakit kandidiasis pada manusia. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari keanekaragaman cendawan endofit dan saprob pada tanaman kopi robusta (C.canephora), menganalisis potensinya sebagai anti C.albicans, serta menentukan dugaan senyawa aktif yang dapat mengendalikan cendawan patogen tersebut. Sebanyak 30 isolat cendawan yang memiliki karakter morfologi koloni berbeda yaitu tiga isolat dari daun, sembilan isolat dari serasah dan 18 isolat dari rizosfer. Warna koloni yang teramati bagian atas yaitu merah muda, putih, putih keabu-abuan, putih kekuningan, putih kehijauan, hijau muda dan hijau zaitun. Tekstur permukaan koloni beragam yaitu bertekstur halus, menggulung, seperti kapas, dan bergranulla. Hifa cendawan septat dan hanya membentuk spora aseksual. Kecepatan pertumbuhan koloni cepat sampai lambat. Hasil identifikasi berdasarkan karakter morfologi menunjukkan di peroleh tujuh genus yaitu Fusarium, Humicola, Neocosmopora, Rigidosporus, Talaromyces, Tricoderma, dan Xylaria. Sebanyak 17 isolat mempunyai aktivitas anti C.albicans dengan kisaran zona bening antara 2.50 mm – 15.53 mm, dua isolat tergolong dalam penghambat kuat, sembilan isolat tergolong sedang, dan enam tergolong lemah. Penghambatan tertinggi di peroleh dari cendawan Trichoderma TN- 103-1 dari rizosfer. Hasil identifikasi molekuler, 17 isolat positif anti Candida terdiri dari 11 spesies yaitu F.equiseti, F. graminearum, F. oxysporum. F. sinensis, F. solani, H. fuscoatra, R. microporus, T. macrosporus, T. hamatum, T. ovalisporum dan X. curta. Filtrat kultur cendawan dengan anti C.albicans terbaik yaitu T. hamatum TN-103-1 memiliki nilai penghambatan mirip dengan nilai penghambatan pada uji kultur yaitu sebesar 14.40 mm. Hal ini menunjukkan komponen aktif kultur terdapat pada filtrat (ekstraseluler). Filtrat diekstraksi menggunakan pelarut etil asetat dan n-heksana. Ekstrak etil asetat menghasilkan rendemen lebih kecil yaitu sebesar 0.80% dibandingkan ekstrak n-heksana (0.94%). Ekstrak etil asetat T.hamatum TN- 103-1 memiliki nilai konsentrasi hambat minimum 0.5% yang lebih aktif dibandingkan dengan ekstrak n-heksana dengan konsentrasi hambat minimun sebesar 15%, bahkan lebih baik dibandingkan kontrol positif menggunakan nistatin (100.000 U/ml) dengan konsentrasi hambat minimum yang lebih besar yaitu 1.0%. Dugaan senyawa aktif pada ekstrak etil asetat adalah 9-octadecenoic acid., Coffee is a tropical plantation plant that is an essential commodity in Indonesia. The growth and production of the coffee plant are a result of interaction between the coffee plant and endophytic fungi that grow in all plant tissues and saprobes on plant litter and in the rhizosphere. Endophytic and saprophytic fungi are reported to produce various secondary metabolites, including antimicrobials that suppress the growth of the fungal pathogen Candida albicans, the cause of candidiasis in humans. This study aims to study the diversity of endophytic fungi and saprobes on robusta coffee plants (C. canephora), analyze their potential as anti-C. albicans, and determine the suspected active compounds that can control these fungal pathogens. The total of 30 fungal isolates that had different colony morphology characters were obtained. Three isolates were isolated from the leaves,
Keyword: cendawan endofit, cendawan saprob, filtrat ekstrak, ITS rDNA, zona bening

Judul: Seleksi dan Evaluasi Bakteri Endofit yang Berpotensi Sebagai Agens Pengendali Penyakit Karat Daun (Hemileia vastatrix) pada Tanaman Kopi.
Abstrak: Kopi merupakan salah satu hasil komoditas perkebunan yang memiliki nilai ekonomis yang tinggi dan berperan penting sebagai penghasil devisa negara. Salah satu kendala yang menurunkan produktivitas kopi adalah penyakit karat daun yang disebabkan oleh cendawan Hemileia vastatrix. Pengendalian penyakit ini lebih banyak menggantungkan pada penggunaan fungisida kimiawi. Alternatif pengendalian yang lebih ramah lingkungan perlu dikembangkan antara lain melalui aplikasi bakteri endofit sebagai agens biokontrol. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi bakteri endofit dari tanaman kopi yang berpotensi sebagai agens biokontrol yang berpotensi menekan penyakit karat daun kopi. Sebanyak 100 isolat bakteri endofit telah berhasil diisolasi dari daun. Bakteri selanjutnya dilakukan uji reaksi hipersensitivitas pada tanaman tembakau dan diperoleh 37 isolat yang menunjukkan reaksi negatif. Selanjutnya seluruh isolat tersebut dilakukan uji hemolisis pada media agar darah dan diperoleh 24 isolat yang menunjukkan reaksi negatif, yang berarti bahwa isolat tersebut tidak berpotensi patogenik bagi tumbuhan dan mamalia. Bakteri yang terpilih dievaluasi kemampuannya dalam menghambat germinasi uredospora Hemileia vastatrix. Sembilan isolat bakteri efektif menekan germinasi uredospora pada kisaran penekanan antara 80% hingga 90%. Tiga isolat menunjukkan kemampuan menghambat germinasi uredospora lebih dari 90%, yaitu: Co25, Co28, dan Co29 yang selanjutnya digunakan pada uji in planta di perkebunan kopi di Cibulao. Hasil uji in planta menunjukkan bahwa isolat Co25 dan Co29 mampu menekan secara nyata pertumbuhan diameter bercak, ditandai dengan pengurangan diameter pada 1 HSP dan perubahan warna bercak pada 7 HSP setelah penyemprotan. Identifikasi melalu analisis sekuen nukleotida gen 16S rRNA hasil sekuensing produk PCR dengan primer 63F dan 1387R menunjukkan bahwa bakteri endofit isolat Co28 memiliki derajat kemiripan sebanyak 95% dengan Stenotrophomonas maltophilia dan isolat Co29 memiliki derajat kemiripan sebanyak 99% dengan Bacillus altitudinis.
Keyword: Bacillus altitudinis, bakteri agens hayati, germinasi spora, kopi arabika, Stenotrophomonas maltophilia

Judul: The Construction of Greedy SVP LLL Algorithm
Abstrak: A lattice is a set of all integer linear combination of a set of linearly independent vectors in ℝ𝑛���. The independent vectors are called bases of lattice. Any lattice can be generated from many bases, and these bases have the same cardinality. In the lattice, the most fundamental and renowned problem is the Shortest Vector Problem (SVP). SVP is a tracking problem of the shortest nonzero vector in a lattice with equivalent bases. In two dimensions, SVP problem has resolved exactly by Gauss’ algorithm. When the lattice dimension is higher than two, A.K. Lenstra, H.W. Lenstra and L. Lovasz gave a LLL algorithm to compute approximation of nonzero shortest vector in the lattice. Reduced bases solution obtained from LLL algorithm still be an approximation and has polynomial running time of arbitrary dimension which large enough. In 1994, Schnoor and Euchner modified this LLL algorithm as a new variant which later was named deep insertion LLL algorithm. This algorithm is a modified version of the LLL algorithm to the terms of the exchange step to improve the accuracy of output of LLL reduced bases and applying it to the subset sum problem. The purpose of this research are: (1) Reconstruct the LLL algorithm and deep insertion LLL algorithm using a geometric approach. (2) Construct a greedy SVP LLL algorithm. (3) Implement the three algorithms in a symbolic programming language, and evaluate them experimentally. A bases ℬ=[𝐛���1,𝐛���2,…,𝐛���𝑛���] in ℝ𝑚��� is called reduced LLL with parameter 𝛿��� if satisfies: (a) |𝜇���𝑗���𝑖���|≤12, for every integer 𝑖���,𝑗��� with 1≤𝑖���<𝑗���<𝑛���. (b)𝛿���‖𝜋���𝑗���(𝐛���𝑗���)‖2≤‖𝜋���𝑗���(𝐛���𝑗���+1)‖2, for 𝑗���=1,2,…,𝑛���−1,where 𝛿��� is a reduced parameter of real numbers with 14<𝛿���<1. The first requirement is the reduced basis 𝛿��� must “nearly orthogonal” and in its computation case, this requirement can be reached out by using the Gram-Schmidt’s orthogonalization. While the second requirement is called exchange step, or used to called as Lovasz condition. By using both of these requirements, then they establish the LLL algorithm. Then, Schnoor and Euchner modify the LLL algorithm based on the requirements of the exchange step called the deep insertion LLL algorithm, where the exchange step is based on the comparison of the projected vector in orthogonal complement [𝐛���1,𝐛���2,…,𝐛���𝑘���−1]⊥ after j-th reduction. To construct greedy SVP LLL algorithm, the requirements of the exchange step is based on purely by comparing norm of lattice 𝐛���𝑗��� with norm lattice 𝐛���𝑖��� for 𝑖���=1,2,3…,𝑗���−1. The process of insertion reduced vector after the exchange step also has done greedily. Then, we calculate the number of arithmetic operation in greedy SVP LLL algorithm for further analysis. The result of our exprimentation for three algorithms on the certain matrix size shows that the running time of the three algorithms increases propotional to the size of the matrix. The result also shows that by using 𝛿���=34 for the LLL algorithm and the deep insertion LLL algorithm, and the greedy SVP LLL algorithm which is a new variant made by using no parameter of 𝛿���, outperform of the other of two previous algorithm in terms of speed with the same output.
Keyword: LLL algorithm, LLL deep insertion algorithm, greedy SVP LLL algorithm