Judul: Analisis Kestabilan Interaksi Hormon Inkretin GLP-1 (Glucagon Like Peptide 1) dan Mutannya dengan Reseptor GLP-1R.
Abstrak: Pemahaman mengenai kestabilan interaksi antara 2 protein (ligan-reseptor) sangat penting dilakukan sebagai dasar modifikasi protein khususnya pada bidang protein engineering dan drug design. Protein GLP-1 (Glucagon Like Peptide 1) merupakan hormon inkretin alami yang sangat potensial untuk dikembangkan sebagai salah satu agen alternatif pengobatan diabetes mellitus tipe 2 (DM tipe 2). Interaksi antara GLP-1 dengan GLP-1R dapat menstimulasi sekresi insulin di dalam tubuh. Exenatide dan liraglutide merupakan jenis analog GLP-1 sintetik yang telah berhasil digunakan sebagai agen penyembuhan DM tipe 2. Penelitian ini dilakukan untuk memahami interaksi yang terbentuk antara protein GLP-1 dengan GLP-1R melalui simulasi komputasi dinamika molekuler. Interaksi jembatan garam meliputi interaksi elektrostatik dan ikatan hidrogen yang terbentuk antara protein ligan dengan reseptor merupakan faktor penting yang mempengaruhi kestabilan interaksi protein. Analisis jembatan garam memberikan peluang untuk mengidentifikasi residu-residu yang berpotensi untuk dilakukan mutasi dalam rangka meningkatkan kestabilan interaksi protein. Perhitungan energi bebas solvasi dilakukan untuk memprediksi calon mutan terbaik menggunakan pendekatan perturbasi energi bebas dengan paradigma dual topologi (vacuum dan aqua). Perhitungan energi ikat (binding energy) antara ligan dengan reseptor dilakukan menggunakan metode MMPB/GBSA. Hasil simulasi menunjukkan bahwa terdapat 2 jembatan garam penting yang terbentuk antara protein GLP-1 dengan reseptor GLP-1R. Analisis energi elektrostatik dan ikatan hidrogen (okupansi) pada jembatan garam menunjukkan bahwa salah satu jembatan garam berpotensi untuk dilakukan mutasi. Pemilihan calon mutan dilakukan berdasarkan jenis kelompok residu asam amino. Prediksi perhitungan energi bebas solvasi sesuai dengan simulasi dinamika molekuler yang menunjukkan bahwa salah satu mutan memiliki kestabilan interaksi yang lebih baik dari wild type GLP-1. Hal ini ditunjukkan oleh analisis parameter konformasi (RMSD, RMSF , dan jari-jari girasi), SASA, dan energi ikat mutan yang cukup baik jika dibandingkan dengan protein wild type dan analog GLP-1.
Keyword: Dinamika molekuler, DM tipe 2, GLP-1, GLP-1R, kestabilan interaksi, mutasi, penambatan protein-protein

Judul: Dinamika Protein Hormon Glp-1 Dan Analognya (Exenatide Dan Liraglutide) Terhadap Protein Membran Glp-1r.
Abstrak: Penelitian pengobatan penyakit diabetes melitus tipe II ditujukan untuk mengembangkan analog dari hormon GLP-1 yang berfungsi untuk mengatur sekresi insulin. Exenatide dan liraglutide adalah analog GLP-1 yang sudah teruji secara klinis dan diproduksi secara komersil. Tujuan utama dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi asam amino yang berperan dalam interaksi antara GLP-1, exenatide, dan liraglutide dengan protein membran GLP-1R, serta menganalisa kestabilan interaksi masing-masing pasangan. Hasil dari penelitian ini dapat digunakan untuk mengembangkan analog GLP-1 yang lebih baik. Penelitian dilakukan dalam dua tahap. Pada tahap pertama, molekul GLP-1, exenatide dan liraglutide ditambatkankan dengan N-terminal domain dari GLP-1R. Setiap proses penambatan menghasilkan 10 formasi penambatan dalam bentuk file .pdb. Kesepuluh hasil penambatan ini kemudian dianalisa untuk mengidentifikasi binding site dan asam amino yang aktif berinteraksi. Analisa ini digunakan untuk memilih satu formasi penambatan yang memiliki pasangan asam amino aktif terbanyak. Formasi penambatan yang terpilih kemudian diproses dalam simulasi dinamika molekul selama 20 ns pada suhu fisiologis 310 K. Setelah simulasi dinamika molekul selama 20 ns, diidentifikasi bahwa binding site GLP-1R berada pada struktur beta-sheet yang terlatak pada asam amino F80 sampai asam amino E125. Formasi penambatan GLP-1 dengan GLP-1R relatif stabil, sementara pasangan penambatan GLP-1R dan exenatide serta GLP-1R dan liraglutide terbelah selama trajectory. Analisa terhadap energi interaksi non ikatan dari masing-masing pasangan menunjukkan bahwa interaksi antara exenatide dan GLP-1R adalah yang terkuat dibandingkan pasangan lainnya. Evaluasi lebih lanjut terhadap energi interaksi non-ikatan dari pasangan asam amino menunjukkan bahwa interaksi polar antara S39 and K113 menjadi penguat interaksi protein hormon dan reseptornya. Kata
Keyword: DM tipe II, GLP-1, GLP-1R, interaksi non-ikatan, penambatan protein

Judul: Etno-ornitologi Burung Kancilan Flores (Pachycephala nudigula nudigula Hartert 1897) pada Masyarakat Lio di Taman Nasional Kelimutu
Abstrak: Bare-throathed whistler is one of several wild birds in Kelimutu National Park (TNKL) that is believed to have correlation with Lio Community‟s belief. The estimation of Bare-throated whistler‟s population in Kelimutu National Park was about 186.41-1668.07 individual by the density about 0.0389-0.3481 ind/ha with the sex ratio 6.2:1 that spreaded on area with height of 1100 – 1600 masl. The characteristic of Bare-throated whistler‟s habitat is a natural forest with various canopy level, high plant species diversity and high density. The habitat characteristics related to the availability of food in the form of insects, cover, safety and a nesting site. Generally the most of Lio community knew the existence of Bare-throated whistler directly or from their parents‟ stories. The perceptions of Lio Community to the Bare-throated whistler‟s existence is generally support the conservation efforts. The perceptions construct the Lio Community‟s atitude that tend to be conservative to the existence of Bare-throated whistler. The attitude shown by their behavior that not cathing the Bare-throated whistler from the TNKL‟s area or the outside. The attitude have an important role to the existence of Bare-throated whistler in Kelimutu National Park‟s area.
Keyword: