Judul: Teknik purifikasi DNA toral dan produk PCR-nya dengan menggunakan marker internal transcribed spacer (ITS) pada hard coral Goniopora sp.
Abstrak: Teknik purifikasi DNA karang yang baik dan efisien amat diperlukan dalam studi genetika karang. Hasil purifikasi DNA yang tervisualisasi menandakan partikel DNA yang memiliki besaran molekul yang homogen dan bersifat spesifik. Dari penelitian ini didapatkan hasil purifikasi yang lebih baik dengan adanya penambahan proteinase-K dan penginkubasi selama semalaman yang dapat memaksimalkan pelisisan sel. Kualitas DNA yang dihasilkan berturut-turut oleh G. stokesi, G. palmensis, G. planulata, G . columna, G. norfolkensis, G. tenuidens adalah 1.67 OD, 2.46 OD, 1.76 OD, 1.73 OD, 1.03 OD, dan 1.03 OD. Sedangkan kuantitas DNA pada masing-masing DNA total yang menjadi DNA cetakan untuk proses PCR pada masing-masing koloni adalah sebesar 105 μg/ml, 224 μg/ml, 1085 μg/ml, 266 μg/ml, 6713 μg/ml dan 4389 μg/ml. DNA yang mendekati murni meliputi 3 koloni yakni G. stokesi, G. planulata, dan G. columna. Pada G. norfolkensis dan G.tenuidens kemungkinan telah terkontaminasi protein dalam jumlah sedikit. Sedangkan G. palmensis diperkirakan terkontaminasi oleh RNA dalam jumlah sedikit namun masih dikategorikan memiliki kualitas yang baik. Pada DNA cetakan, sampel Goniopora yang memiliki kualitas baik untuk pengamplifikasian (di antara 1.8 hingga 2.0 OD) meliputi G. stokesi, G. palmensis, G. columna, dan G. planulata. Sedangkan pada G. norfolkensis dan G. tenuidens, kemurniannya termasuk rendah walaupun kuantitasnya besar…
Keyword: Bogor Agricultural University, Institut Pertanian Bogor, IPB, Marker internal transcribed spacer, Hard coral goniopora sp

Judul: Molecular Marker Gen Cytochrome B to Detect Species in Processed Fish Products
Abstrak: DNA barcoding dengan penanda genetik cytochrome b (cyt b) serta autentifikasi berbasis PCR digunakan untuk mengidentifikasi produk olahan perikanan serta keaslian bahan baku sehingga dapat mengurangi permasalahan keamanan pangan. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi dan melihat ketertelusuran produk olahan perikanan. Sampel berjumlah 25 terdiri dari fillet ikan beku, asin, dan produk olahan perikanan yang diisolasi serta gen diperbanyak dengan primer universal. Isolat DNA memiliki konsentrasi 1,1-3.786,96 ng/μL dengan kemurnian 0,4-2,08. Primer universal berhasil mengamplifikasi gen cyt b sebanyak 22 dari 25 produk perikanan. Hasil analisis menunjukkan sampel terdeteksi sebagai Salmo salar, Lates calcarifer, Thunnus albacares. Hasil penelitan menunjukkan; Mislabelling untuk spesies Pangasianodon sp. yang dipasarkan sebagai produk fillet ikan dori dan kemudian Psettodes erumei yang dipasarkan sebagai ikan kerapu; serta dalam sampel terdeteksi juga ikan yang terancam punah yaitu spesies Carcharhinus falciformis, Sphyrna mokarran dan Himantura chaophraya., PCR-based DNA barcoding with genetic marker cytochrome b (cyt b) can be used to identify species in processed products as well as the authenticity of raw materials. This study aims to detect and see the traceability of fishery processed products. Twenty-five samples consisting of frozen fish fillets, salted fish fillets, and processed fishery product were isolated and their gene was amplified using universal primer. The DNA isolates had a concentration of 1.1-3,786.96 ng/μl, with a purity of 0.4-2.08. The universal primer was successfully amplified the cyt b gene in 22 out of 25 fish products. Analysis showed samples detected as Salmo salar, Lates calcarifer, Thunnus albacares. The results showed; Mislabelling for Pangasionodon sp. species which is marketed as a Dori fish fillet product and then Psettodes erumei which is marketed as Grouper fish fillet; And in the sample detected also endangered fish namely the species Carcharhinus falciformis, Sphyrna mokarran, and Himantura chaophraya.
Keyword: Cytochrome b, DNA barcoding, fishery products, PCR.

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: