Judul: Karakterisasi Isolat Pyricularia oryzae (Cavara) dengan Marka Mikrosatelit dan Analisis Fenotipe pada Varietas Diferensial Indonesia
Abstrak: Karakterisasi isolat Pyricularia oryzae Cavara diperlukan untuk mengetahui keragaman genetik P. oryzae, yang dilakukan dengan pengujian secara fenotipe dan genotipe. Keragaman genetik 100 isolat P. oryzae dari empat lokasi berbeda diidentifikasi melalui pengamatan infeksi serangan blas, terhadap varietas diferensial Indonesia, serta pengujian menggunakan marka molekuler. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis fenotipe keragaman ras 100 isolat P. oryzae terhadap satu set varietas diferensial Indonesia, dan mengkaji genotipe 100 isolat P. oryzae dari empat daerah berbeda (Sukabumi, Lampung, Jasinga, dan Sitiung), dengan menggunakan dua primer SSR blas (pryms 83-84 dan pryms 657-658). Sampel DNA 100 isolat P.oryzae diamplifikasi dengan menggunakan dua primer SSR blas (Pryms 83-84 dan pryms 657-658). Produk PCR diseparasi menggunakan 8 % elektroforesis gel poliakrilamid (PAGE 8 %). Semua pita DNA dengan laju migrasi yang sama diasumsikan sebagai lokus yang homolog. Profil data yang diperoleh diterjemahkan ke dalam data biner, dengan ketentuan nilai skor nol (0) untuk tidak terdapat pita DNA, dan nilai skor satu (1) untuk terdapatnya pita DNA pada satu posisi yang sama, dari beberapa isolat yang diperbandingkan. Kekerabatan genetik isolat P. oryzae dinilai dari posisi isolat pada dendogram, yang dihasilkan dari analisis data biner pada program Numerical Taxonomy System (NTSys). Melalui pengelompokan SAHN, data matrix selanjutnya dikelompokkan menurut metode UPGMA (Bustamam 2004). Hasil uji fenotipe 100 isolat terhadap satu set varietas diperoleh 19 ras berbeda, dimana ras 001 merupakan ras utama dan terdapat di empat lokasi berbeda (Lampung, Sukabumi, Jasinga, dan Sitiung), dengan frekuensi sebesar 35 % dengan jumlah isolat sebanyak 35 isolat. Diperoleh pula beberapa ras spesifik lokasi yaitu ras 021, 023, 033, dan 103 di lokasi Sitiung ; ras 153, 235, dan ras 313 di lokasi Sukabumi ; serta ras 060, 061, dan ras 101 spesifik lokasi Jasinga. Ras-ras tersebut bersifat spesifik lokasi mungkin, karena adanya perbedaan faktor lingkungan, keragaman varietas yang digunakan, dan faktor genetik cendawan blas Uji fenotipe terhadap 100 isolat blas pada satu set varietas diferensial Indonesia, diketahui varietas Asahan dan IR64 merupakan varietas paling tahan (T), karena hanya menunjukkan gejala penyakit blas terhadap 4 isolat. Krueng Aceh (12 isolat), Cisokan (23 isolat), Cisanggarung (33 isolat), Cisadane (38 isolat), dan Kencana Bali (86 isolat). Perbedaan reaksi ketahanan varietas diferensial Indonesia, menunjukkan bahwa tingkat virulensi suatu isolat sangat beragam, tergantung varietas yang diserangnya. Hal ini diduga di pengaruhi oleh kemampuan daya tahan tanaman, yang diatur oleh sifat (gen penyandi) ketahanan varietas yang berbeda-beda pula. Uji genotipe terhadap 100 isolat blas diperoleh dendogram yang tergabung menjadi dua kelompok (lineage) pada tingkat kemiripan 56 %. Setelah dilakukan..dst
Keyword: Characterization, Pyricularia oryzae, Phenotype assessment, Microsatellite, SSR

Judul: Analisis genetik sifat ketahanan padi terhadap penyakit blas (Pyricularia oryzae Cav.)
Abstrak: Dua puluh varitas padi (lokal dan unggul) diuji ketahanannya dengan metoda inokulasi buatan memakai konidia ras 007 dengan konsentrasi 2 x 106 konidia/ml. Tanaman berumur 21 hari disemprot dengan suspensi konidia dan diinkubasi dalam ruang lembab selama 24 jam kemudian dipindahkan ke rumah plastik, Kelembaban lingkungan ditingkatkan dengan memberi kain blacu di sekeliling tanaman yang telah diinokulasi dan menyemprotnya tiap sore (dengan air) kemudian menutup bagian atas dengan kain blacu sampai pagi hari. Pengamatan ketahanan dilakukan sepuluh hari setelah inokulasi dengan menggunakan standar evaluasi dari IRRI. Empat varitas tahan dengan skor kerusakan daun kecil dari tiga yakni Sentani, Semariti, Klemas dan Pae Bongi serta dua varitas rentan dengan skor rata-rata empat atau lebih yakni Kencana dan IR 36 dipilih sebagai tetua untuk analisis genetik ketahanan. Analisis genetik dilakukan dengan membuat silang dialel dari keenam tetua diatas beserta resiproknya, dan silang balik F kepada kedua tetuanya. Sejumlah 104 tanaman tetua, 10 - 50 tanaman F1 dan silang balik, serta 208 tanaman F 2 (kecuali kombinasi Sentani/Pae Bongi ha nya 6 tanaman) diuji ketahanannya dengan prosedur yang sama dengan prosedur pengujian tetua. Di samping itu juga ditanam satu set varitas diferensial Jepang untuk konfirmasi ras yang digunakan. Analisis rata-rata skor kerusakan daun F 1 hasil persilangan varitas tahan dengan varitas rentan dengan resiproknya menunjukkan bahwa tidak ada pengaruh tetua betina dalam pewarisan sifat ketahanan padi terhadap P. oryzae ras 007. Analisis sebaran frekuensi skor kerusakan daun F 2 hasil persilangan antar varitas tahan menunjukkan kesamaan dalam hal gen ketahanan utama dan perbedaan dalam hal gen-gen ketahanan minor. Pola sebaran frekuensi skor kerusakan daun dan segregasi sifat ketahanan hasil persilangan varitas tahan dengan varitas rentan menunjukkan bahwa ketahanan terhadap blas dikendalikan oleh gen utama dominan pada satu varitas dan gen utama dominan dan resesif dengan beberapa gen minor pada tiga varitas. ...
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: