Judul: Karakterisasi Biokimia Dan Mekanisme Selular Plantarisin Dari Lactobacillus Plantarum U10 Sebagai Inhibitor Pertumbuhan Salmonella Typhi.
Abstrak: Demam tifoid merupakan infeksi sistemik yang disebabkan oleh Salmonella enterica serotipe typhi (S. typhi). Demam tifoid merupakan masalah yang serius untuk negara berkembang. Indonesia menempati urutan ketiga sebagai negara dengan kasus demam tifoid terbanyak setelah India dan Pakistan dengan banyak kasus 180 untuk setiap 100.000 penduduk pertahun. Selama ini pengobatan yang umum dilakukan adalah dengan menggunakan antibiotik. Namun, telah dilaporkan adanya resistensi S. typhi terhadap antibiotik dan berbagai obat (multidrug resistance), sehingga diperlukan alternatif pengobatan lain yang tidak menginduksi resistensi pada S. typhi. Salah satu alternatif yang dapat digunakan adalah peptida antimikroba. Plantarisin memiliki potensi sebagai alternatif pengobatan demam tifoid. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mengoptimasi produksi plantarisin, pemurnian, mengkarakterisasi serta mengetahui mekanisme aksi plantarisin yang dihasilkan oleh L. plantarum U10 sebagai inhibitor pertumbuhan bakteri S. typhi. Pemurnian plantarisin U10 menggunakan presipitasi amonium sulfat 80% dilanjutkan dengan filtrasi gel kromatografi dan penentuan bobot molekul menggunakan SDS-PAGE 16% serta pengukuran aktivitas antibakteri terhadap S. typhi menggunakan metode difusi agar. Karakterisasi plantarisin terhadap suhu dilakukan dengan pemanasan hingga 121 ºC. Karakterisasi plantarisin terhadap kondisi asam dan basa dilakukan dengan mengkondisikan pada pH 2-12 yang diinkubasi selama 2 jam. Karakterisasi terhadap enzim proteolitik dengan menambahkan 1 mg/ml enzim proteinase-K, katalase, pepsin dan lisozim. Karakterisasi surfktan dengan menambahkan 1% (v/v) SDS, urea, triton X-100, PMSF, dan EDTA lalu diinkubasi 37 ºC selama 2 jam. Mekanisme aksi penghambatan plantarisin terhadap S. typhi ditentukan dengan menghitung jumlah koloni yang tumbuh setelah diberikan plantarisin. Perubahan morfologi sel bakteri S. typhi setelah diberi perlakuan plantarisin diamati melalui mikroskop elektron dengan pembesaran 10.000 kali. Deteksi gen penyandi plantarisin dilakukan dengan teknik PCR menggunakan primer spesifik. Plantarisin U10 yang dihasilkan bersifat stabil pada rentang pH yang lebar (2.0-12.0), tahan terhadap pemanasan sampai 121 ºC selama 15 menit, stabil terhadap surfaktan dan dapat didegradasi oleh enzim proteolitik. Produksi maksimum plantarisin U10 didapatkan setelah inkubasi selama 20 jam dengan yield 33.25% dan aktivitas maksimum 800 AU/mL. Pemurnian plantarisin menghasilkan dua pita dengan bobot molekul berkisar 4.5 dan 9.8 kDa. Analisis morfologi sel menggunakan SEM (Scanning Electron Microscopy)menunjukkan adanya perbedaan morfologi permukaan sel antara yang diberi perlakuan plantarisin dengan tanpa perlakuan. Plantarisin U10 diketahui memiliki empat gen penyandi plantarisin yaitu plnA, plnJK, plnF, dan plnW.
Keyword: karakterisasi, pemurnian, plantarisin, mekanisme aksi

Judul: Optimasi Ekspresi Plantarisin W Rekombinan Sebagai Inhibitor Salmonella Typhi.
Abstrak: Demam tifoid merupakan infeksi sistemik yang disebabkan oleh Salmonella typhi. Diperkirakan terdapat 21.6 juta kasus demam tifoid di dunia dan 216 500 orang di antaranya meninggal pada tahun 2000. Indonesia menempati urutan ketiga terbanyak kejadian tifoid, dengan 180.3 kasus/100 000/tahun. Pengobatan yang banyak dilakukan adalah dengan antibiotik. Namun, dilaporkan 37.5% strain S. typhi di Indonesia mengalami multidrug resistance, sehingga diperlukan alternatif pengobatan lain. Salah satu alternatifnya adalah peptida antimikroba kelas I (lantibiotik) yang dihasilkan oleh Lactobacillus plantarum, yaitu plantarisin W. Plantarisin W berpotensi sebagai alternatif pengobatan demam tifoid. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan mengoptimasi ekspresi plantarisin W rekombinan di Escherichia coli, memurnikan, dan mengevaluasi aktivitas inhibisi plantarisin W rekombinan terhadap S. typhi. Plantarisin W rekombinan diekspresikan sebagai protein fusi menggunakan vektor pET-32a dalam inang Escherichia coli BL21 (DE3) (pLysS). Metode ekspresi diawali dengan optimasi induksi ekspresi, suhu induksi, lisis sel, dan solubilisasi. Setelah didapatkan kondisi optimum ekspresi plantarisin W rekombinan, dilakukan pemurnian plantarisin W rekombinan menggunakan kromatografi afinitas logam untuk fraksi terlarut dan elektroelusi untuk fraksi tidak larut. Setiap tahapan optimasi ekspresi plantarisin W rekombinan dievaluasi menggunakan SDS-PAGE, dilanjutkan dengan konfirmasi ekspresi menggunakan western blot. Metode difusi agar dan uji mikrodilusi digunakan untuk uji aktivitas antibakteri. Selain itu, konsentrasi protein murni ditentukan dengan metode BCA. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa metode ekspresi plantarisin W rekombinan optimum dengan penambahan 0.5 mM IPTG, suhu induksi pada 22 oC, menggunakan metode lisis beku–cair dan sonikasi serta solubilisasi dengan bufer Tris pH 12.5 dan 2 M urea. Plantarisin W rekombinan diketahui terdapat dalam sitoplasma dan membentuk badan inklusi (fraksi tidak larut). Berdasarkan hasil SDS-PAGE dan western blot, plantarisin W berhasil diekspresikan di E. coli dengan ukuran ± 33 kDa. Hasil uji aktivitas antibakteri dengan metode difusi agar menunjukkan bahwa plantarisin W rekombinan yang dimurnikan dari fraksi terlarut memiliki aktivitas terhadap S. typhi dan S. aureus yang ditunjukkan dengan adanya zona bening. Sedangkan plantarisin W rekombinan yang dimurnikan dari fraksi tidak larut menghasilkan 8 mg/L kultur dengan rendemen 16.96%, dengan nilai aktivitas spesifik terhadap penghambatan S. typhi dan S. aureus masing-masing sebesar 0.34 %/μg protein dan 0.66 %/μg protein berdasarkan metode uji mikrodilusi. Plantarisin W rekombinan dapat diekspresikan di Escherichia coli dan berpotensi sebagai antibakteri terhadap S. typhi. Akan tetapi, untuk diaplikasikan dalam bidang medis, diperlukan inang ekpresi yang lebih aman, seperti bakteri asam laktat.
Keyword: badan inklusi, plantarisin W, ekspresi protein, Salmonella typhi, solubilisasi

Judul: Perbandingan Knowledge Graph dan Conceptual Graph sebagai Metode Representasi Teks
Abstrak: To capture the knowledge or information of a writing, it is easier from images or graphics than it is from texts or tables. Texts are represented by Knowledge Graph (KG) and Conceptual Graph (CG) in mathematical methods. This paper compares KG and CG in representing text based on aspects of the processes, the graph structures, and the long term goals. Based on the aspects of the processes, KG is more simple and objective than CG because KG has limited relationships. Based on the graph structures, CG is more easily to be understood than KG because CG’s relationships can taken from word of the sentence. Based on the long terms, KG method is believed to be a potential method for developing automatic text abstraction systems.
Keyword: