Judul: Genetic Structure of Gallus varius in Lombok, Sumbawa, Java, and Madura Based On mtDNA Control Region Middle-Lower Section
Abstrak: Ayam hutan hijau (Gallus varius Shaw 1798) adalah salah satu spesies burung terestrial yang diklasifikasi ke dalam ordo Galliformes, famili Phasianidae dan bergenus Gallus. Gallus varius merupakan spesies ayam hutan endemic Indonesia yang persebaran alaminya terdapat di pulau Jawa, Madura, Bawean, Kangean, Bali dan di Kepulauan Sunda Kecil. Spesies ini tercatat memiliki nilai keragaman genetik yang tinggi, berdasarkan informasi genetik dari mtDNA. Informasi genetik dari mtDNA yang banyak digunakan untuk mendeskripsikan keragaman genetik dari G. varius adalah bagian ujung 5’ dari control region. Bagian-bagian lain dari mtDNA masih terbatas penggunaannya untuk mendeskripsikan keragaman genetik dari spesies ini. Sehingga, penggambaran keragaman genetik G. varius masih terbatas, padahal spesies ini mempunyai endemisitas yang unik yang terletak pada daerah persebarannya yang tidak terbatas di satu area (pulau). Naiknya popularitas dari G. varius di mata masyarakat sebagai hewan peliharaan dan sebagai salah satu indukan untuk pembentukan breed ayam lokal, menyebabkan meningkatnya perburuan terhadap spesies ini di alam liar sehingga sumberdaya genetik dari G. varius di setiap daerah persebarannya menjadi terancam. Oleh karena hal tersebut, penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan variasi dan struktur genetik dari G. varius di Lombok, Sumbawa, Jawa dan Madura berdasarka sekuen DNA control region bagian middle-lower. DNA genom diekstraksi dari ujung calamus bulu G. varius menggunakan kit ekstraksi DNA untuk jaringan, kemudian sekuen DNA control region bagian middle-lower diamplifikasi dan disekuensing menggunakan dua pasang primer yang didisain dari G. varius (NC_007238.1). Tiga belas pasang basa (pb) variasi nukleotida ditemukan dengan nilai keragaman nukleotida 0,0021. Terbentuk tujuh haplotipe antara G. varius sampel dan referensi, dengan nilai keragaman haplotipe 0,7692 dan terdeteksi 5 haplotipe spesifik dan 2 haplotipe bersama (shared haplotype). Keanekaragaman haplotipe yang tinggi, dapat terjadi karena berbagai faktor, seperti ukuran populasi, waktu generasi, dan keragaman genetik nenek moyang (ancestor) atau generasi sebelumnya. Terdapatnya kemungkinan G. varius terdiri dari lebih dari 1 subspesies berdasarkan jarak genetik yang ada, dan juga adanya differensiasi populasi pada G. varius berdasarkan hasil konstruksi network haplotipe.
Keyword: control region, Gallus varius, keragaman haplotipe, middle-lower

Judul: Keragaman Genetik Ayam Asli Indonesia Yang Langka Berdasarkan Analisis Sekuen Komplit Daerah D-Loop Mitokondria Dan Gen Myxovyrus (Mx) Resistance
Abstrak: Ayam bekisar (BkSr), bekikuk (BKK), leher gundul (GUN), sumatera (SUM) dan walik (WLK) merupakan ayam asli Indonesia yang langka. Karakter molekuler merupakan salah satu kriteria standar teknis utama dalam penetapan rumpun (breed) dan galur ayam di Indonesia yang sampai saat ini masih terbatas datanya. Wabah penyakit viral seperti AI dan ND juga diperkirakan menjadi salah satu penyebab kelangkaan dan hilangnya breed ayam sehingga karakteristik gen yang terkait dengan tingkat kekebalan tubuh ayam terhadap serangan penyakit akan menentukan keberlangsungan hidup ayam. Tujuan penelitian ini adalah untuk menyediakan pangkalan data struktur populasi dan diferensiasi breed dan menduga asal-usul ayam asli Indonesia berdasarkan karakteristik mtDNA d-loop dan gen Mx. Penelitian ini terdiri dari 2 tahapan penelitian yaitu (1). Determinasi breed ayam asli Indonesia yang langka dan ayam Indonesia yang lain berdasarkan analisis sekuen komplit daerah d-loop mitokondria (mtdna d-loop), dan (2). variasi dan evolusi gen Mx ayam berdasarkan sejarah program seleksi dan pembentukan breed ayam. Penelitian ini menggunakan 23 breed ayam Indonesia (mewakili 35% jumlah total breed ayam yang ada di Indonesia), berdasarkan Sartika dan Iskandar (2007). Tiga set data digunakan pada penelitian tahap 1. Data pertama digunakan untuk menentukan haplogroup mtDNA d-loop ayam asli Indonesia dan hubungannya dengan ayam-ayam dari negara-negara lain dengan menggunakan analisis unrooted neighbor-joining (NJ). Data pertama ini terdiri dari 679 sekuen mtDNA d-loop (1227 bp) dari 6 breed ayam asli Indonesia yang langka (BkSr, Bkk, BRG, GUN, SUM dari populasi Indonesia dan Amerika Utara dan WLK), 17 breed ayam Indonesia yang lain (arab golden red ARGj dan ARGb, arab silver ARGs, bangkok BgK, black java (BJ, dari populasi Amerika Utara), cemani CMN, gaga’ GAG, kampung (KPGb, KPGb, KPGg, KPGbd, KPGs dan KPGsl), kate KT, kapas KPS, kedu hitam KDh, kedu lurik KDl, kedu putih KDp, kukuak balenggek AKB, pelung PLg, nunukan NNK, sentul STL, dan serama SRM, 2 ayam ras komersial (broiler BRO, dan layer L), 5 subspesies ayam hutan hijau (dari Bali AHHb, Jawa AHHj, dan Madura AHHm) dan 2 ayam hutan merah (dari Jawa AHMj, dan Sumatera AHMs) dan 154 sekuen perwakilan haplotype mtDNA d-loop ayam di dunia (A-I dan W-Y) (Mioa et al. 2013). Seratus sembilan puluh delapan (198) sekuen mtDNA D-loop ayam asli Indonesia dan ayam hutan telah disimpan di Genbank NCBI dengan no aksesi KR535995-KR536177 dan KT853000-KT853016. Data kedua terdiri dari 524 sekuen mtDNA D-loop (1227 bp) ayam Indonesia dan ayam hutan digunakan untuk memperkirakan struktur populasi dan determinasi spesies, subspecies, breed dan galur ayam. Keragaman haplotype (H) dan keragaman genetik (π) mtDNA d-loop dari 481 individu ayam Indonesia dan ayam ras komersial dihitung dengan menggunakan program DNA Sequence Polymorphism (DnaSP) versi 5.10.01. Struktur populasi dan determinasi breed ayam dianalisis dengan menggunakan program Mr. Bayes versi 3.0. Data ketiga mencakup 616 sekuen mtDNA D-loop ayam (ayam Indonesia=490; ayam dari luar negeri=126) yang digunakan untuk menganalisis aliran genetik dan penyebaran ayam yang dianalisis dengan menggunakan Median Joining Network (MJ) dalam program NETWORK versi 5.0.0.0. Penyebaran ayam berdasarkan 7 wilayah regional State of the World’s Animal Genetic Resources for Food and Agriculture (SoW-AnGR) yang ditetapkan FAO (2007) digunakan untuk menentukan pengelompokan breed ayam: (1). lokal (breed yang
Keyword: Ayam Indonesia, aliran genetik, diferensiasi breed, gen Mx, mtDNA d-loop, struktur populasi

Judul: Elektrodeposisi Film Tipis Semikonduktor Cu2ZnSnS4 (CZTS) pada Substrat Kaca ITO
Abstrak: Semiconductor Cu2ZnSnS4 (CZTS) thin film that can be used as absorber layers on solar cell module was made via electrodeposition method. CZTS thin film was electrodeposited on the surface of a silicate glass coated with a thin layer of indium tin oxide (ITO). Deposition process was done using potentiostatic mode at room temperature with a potential of 1.05 V for 30, 45, and 60 minutes, followed with annealing the film at 2 different temperatures, 500 ºC using furnace and 180 ºC using hot plate, both treatments for 45 minutes in N2/H2S atmosphere. The X-ray difractograms were analyzed using Match 2 program and showed that the CZTS thin films had kesterit crystalline structure, with a low percentage of CZTS phase. The thin film also contained secondary phases such as Cu2S, ZnS, and SnS. The obtained CZTS thin films had a thickness between 1.039 and 1.676 μm. Absorption study showed that the band gap energy of CZTS thin films which was annealed using furnace ranged from 1.50 to 1.52 eV, whereas that annealed using the hot plate was not observed. The band gap energy value showed that CZTS thin films can be used as sunlight absorber layers on solar cell. The formation of CZTS crystal film on this investigation was effectively performed using furnace annealing process at a temperature of 500 ºC with deposition time of 45 minutes.
Keyword: Thin film, Electrodeposition, Cu2ZnSnS4