Judul: Karakterisasi Gen Opsin Sensitif Ultraviolet (UVop) pada Lebah Apis cerana
Abstrak: Lebah memiliki penglihatan trikromatik karena mempunyai tiga fotoreseptor dengan puncak sensitivitas 540 nm (sensitif hijau), 435 nm (sensitif biru) dan 335 nm (sensitif UV). Pada Apis mellifera, gen opsin sensitif UV (UVop) terdiri atas delapan ekson dan tujuh intron. Pada A. cerana belum ada data tentang gen UVop. Dengan demikian, penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi gen UVop pada Apis cerana. Primer nukleotida disusun berdasarkan urutan DNA UVop lebah A. mellifera. Penelitian ini berhasil mengkarakterisasi lima ekson dan lima intron dengan ukuran 959 pasang basa. Gen UVop A. cerana terletak pada ekson tiga sampai dengan tujuh berdasarkan cDNA UVop A. mellifera. Analisis homologi ekson tiga sampai dengan lima menunjukkan kesamaan sebesar 96% dan ekson enam sampai dengan tujuh sebesar 97% antara UVop kedua spesies lebah. Pada ekson UVop A. cerana terdapat 21 perbedaan nukleotida yang didominasi oleh transisi basa. Empat perbedaan nukleotida pada ekson menyebabkan perubahan asam amino sedangkan perbedaan nukleotida yang lain merupakan silent mutation. Semua intron UVop A. cerana terletak pada posisi yang sama dengan intron pada UVop A. mellifera. Seluruh intron didominasi oleh basa AT (63.01%) dan diawali dengan basa GT dan diakhiri dengan basa AG.
Keyword: 

Judul: Karakterisasi Ekson dan Intron Gen Defensin 1 pada Apis cerana dan A. dorsata.
Abstrak: Gen defensin lebah menyandikan peptida defensin yang berfungsi untuk mempertahankan tubuh dari bakteri Gram positif dan terdapat dua gen defensin, yaitu gen defensin 1 dan 2. Penelitian ini bertujuan mengkarakterisasi gen defensin 1 yang terdiri dari ekson 2, intron dan ekson 3 pada A. cerana dan A. dorsata asal Indonesia. DNA gen defensin 1 sampel A. cerana dan A. dorsata diamplifikasi menggunakan primer yang didisain berdasarkan GenBank A. mellifera. Sekuen DNA dan asam amino deduksi dianalisis secara bioinformatika. Panjang sekuen DNA gen defensin 1 sampel A. cerana dan A. dorsata yang didapat berturut-turut sebesar 479 dan 458 pb dan panjang asam amino deduktif kedua sampel berturut-turut sebesar 66 dan 65 dengan 6 asam amino sistein yang diduga menyebabkan terbentuknya ikatan α dan β pada peptide sehingga memungkinkan melisis membran sel bakteri melalui pembentukan pori. Variasi nukleotida di antara spesies A. cerana asal Indonesia dan Korea hanya terdapat pada intron 2 sedangkan antara A. dorsata Indonesia dan Malaysia terdapat pada intron 2 dan ekson 3. Topologi pohon filogeni lebah hasil kontruksi berdasarkan gen defensin 1 mendukung penelitian sebelumnya yaitu A. cerana dan A. dorsata berkerabat lebih dekat dengan A. mellifera dibandingkan dengan A. florea.
Keyword: gen defensin 1, pertahanan koloni lebah, filogeni lebah Apis, variasi intron

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: