Judul: Analisis keterpautan marka RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) dengan ketahanan penyakit layu fusarium pada semangka
Abstrak: Penelitian ini dilakukan untuk memperoleh penanda DNA yang bisa membedakan tanaman semangka yang tahan dengan tanaman semangka yang rentan terhadap penyakit layu Fusarium. Penelitian ini dilakukan dengan menggunakan anilisis Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Penelitian berlangsung di Laboratorium RGCI (Research Group for Crop Improvement) pada bulan Desember 2006 Mei 2007. Pengamatan dilakukan dengan melihat husi elektroforesis DNA yang divisualisasikan dengan UV illuminator dan didokumentasikan menggunakan kamera digital. Genotipe semangka yang diuji dalam penelitian adalah empat genotipe yang rentan terhadap panyakit layu fusarium yaitu Charleston Gray dengan persentase kejadian penyakit layu fusarium sebesar 83.3%, Long Dragon AG-13 66.6%, New Long ET-03 66.6%, dan Sugar Baby 66.6%; serta genotipe yang tahan terhadap penyakit layu fusarium yaitu Dragon Giant 145, Kaisar, Lokal Kupang yang ketiganya memiliki persentase kejadian penyakit yang rendah yaitu 16,6% Sebanyak 3 primer 10-mer acak yang mengandung 60% Guanin-Cytosine (GC) digunakan untuk reaksi amplifikasi sifat ketahanan populasi semangka yang terdiri dari 4 genotipe semangka rentan dan 3 genotipe semangka tahan penyakit layu fusarium. Primer tersebut yaitu P01 (GTA GCA CTCC), 109 (TGG AGA GCAG), dan G10 (AGG GCC GTCT) dengan temperature anneling yang berbeda-beda yaitu: P01-16,01°C; 105 21,57 °C; G10 26,92 °C. Hasil amplifikasi dari ketiga primer yang digunakan pada gel agarose 1.5% yang dilihat di UV illuminator memperlihatkan marker P01-700 terkait dengan sifat ketahanan terhadap penyakit layu fusarium pada populasi semangka yang digunakan dan secara spesifik dapat membedakan semangka tahan dan rentan. Marker P01700 dilaporkan terkait (1.6 CM) terhadap gen resisten ras 1 penyakit layu fusarium pada semangka. Pada 700bp muncul pita pada ketiga DNA semangka tahan penyakit layu fusarium sedangkan pada keempat DNA semangka rentan fusarium tidak muncul. Sedangkan 109500 dan G10sso kurang spesifik dalam membedakan kedua kelompok genotipe tersebut. Sehingga berdasarkan hasil analisis RAPD dengan menggunakan marka P01700. genotipe Charleston Gray, Long Dragon AG-13, New Long Et-03 dan Sugar Baby 2 tidak memiliki gen ketahanan terhadap penyakit layu fusarium. Sedangkan genotipe Select Dragon, Lokal Kupang dan Kaisar merupakan genotipe yang memiliki gen ketahanan layu fusarium.
Keyword: 

Judul: Uji ketahanan 25 genotipe semangka. Citrullus lanatus (Thunb) Matsum & Nakai terhadap Fusarium oxysporium f.sp.niveum
Abstrak: Penelitian bertujuan untuk mengevaluasi ketahanan 25 genotipe semangka terhadap penyakit layu fusarium. Penelitian ini dilaksanakan di Rumah Kaca dan Laboratorium Mikologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor, Penelitian dilaksanakan mulai bulan April 2005 sampai bulan Desember 2005. Uji patogenisitas isolat Fusarium oxysporum f. sp. niveum (Fon) pada benih semangka menunjukkan bahwa isolat tersebut mampu menginfeksi benih semangka. Isolat dibiakkan dalam media jerami padi, kemudian dilakukan inokulasi pada 25 genotipe semangka dengan kepadatan inokulum 2,5 x 105 konidia/g jerami. Dari 25 genotipe semangka, 18 genotipe introduksi dan 7 genotipe lokal. Faktor-faktor yang diamati antara lain jumlah benih yang mengalami pre-emergence damping off dan post-emergence damping off, persentase kejadian penyakit dan masa inkubasi Fon. Jumlah benih yang mengalami pre-emergence damping off 22% dan Jumlah benih yang mengalami post-emergence damping off 21,3%. Persentase kejadian penyakit tertinggi pada genotipe Charleston-Gray, Sunflower, Long Dragon AG-13, New Long ET-03, Select Dragon 117-S dan Sugar Baby-2 sebesar 83,3%, sedangkan yang terendah terdapat pada genotipe Dragon Giant 145, Kaisar, TM-Lion dan Lokal Kupang sebesar 16,6%. Masa inkubasi paling cepat pada genotipe TM-Lion yaitu 21 Hari setelah tanam (HST). Genotipe yang tidak terinfeksi Fon post-emergence damping off antara lain: Lokal Kuansing Panjang, Super King, 144 (6372), Dragon Giant 145, Offen 230 Tawiwu, Sugar Baby-2, TM-Dragon dan Sea Dragon. Pada umumnya, gejala penyakit yang muncul pada genotipe semangka yang diuji sama. Gejala diawali dengan pertumbuhan tanaman yang kerdil, kotiledon bibit yang terserang tampak seperti kekurangan air, mengering, berwarna coklat dan kemudian tanaman mati. Bagian pangkal batang yang terserang mengalami pemucatan, menggenting, kering, berwarna coklat kemudian tanaman rebah dan mati. Berdasarkan kriteria ketahanan, genotipe Charleston-Gray, Sunflower, Long Dragon AG-13, New Long ET-03, Select Dragon 117-S dan Sugar Baby-2 termasuk rentan. Genotipe New Champion CC-702, Banyuwangi, Honky Star 288, Offen 230, Tawiwu, Kiara 362 dan TM-Dragon merupakan kriteria yang agak tahan. Genotipe Sea Dragon, Round Dragon (311), Super New Dragon, Super King, 144 (6372), Diana Bangkok Dragon, Lokal Bone, Lokal Jombang dan Lokal Kuansing Panjang memiliki kriteria tahan dan genotipe Dragon Giant 145, Kaisar, TM-Lion dan Lokal Kupang memiliki kriteria sangat tahan.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: