Judul: Pemetaan QTL untuk Karakter Terkait Hasil Tinggi dan Kualitas Beras Yang Berasal Dari Populasi Silangbalik Ciherang-Sub1 (INPARI 30).
Abstrak: Peningkatan produktivitas dan kualitas beras merupakan tujuan penting dalam pemuliaan padi. Pencarian lokus pengendali karakter kuantitatif (Quantitative Trait Loci / QTL) untuk beberapa karakter penting merupakan salah satu metode efektif untuk mendukung tujuan tersebut. Varietas Ciherang merupakan varietas padi yang paling banyak ditanam di Indonesia sejak lama, karena mempunyai potensi hasil tinggi, daya adaptasi luas, serta kualitas beras yang dapat diterima konsumen pada umumnya. Tujuan penelitian ini ialah untuk mengidentifikasi QTL terkait hasil-tinggi dan kualitas, terutama yang berasal dari INPARI 30. Populasi BC1F1 yang berasal dari persilangan INPARI 30*2/IRRI148 dijadikan materi utama untuk analisis QTL, berdasarkan kisaran data dan jumlah genotipe transegregan. Populasi terpilih ditapis untuk meyakinkan terdapatnya gen Sub1 dan qDTY12.1 dalam genom. Delapan karakter utama terkait hasil tinggi untuk data fenotipe diketahui mempunyai nilai heritabilitas sedang sampai dengan tinggi, serta korelasi genetik yang kuat dengan hasil. Dari 104 marka SNP dan SSR diperoleh 17 QTL karakter terkait hasil tinggi. Satu di antaranya teridentifikasi pada dua musim tanam, yaitu untuk karakter tinggi tanaman (qPH1.1). Enam QTL terkonfirmasi berdasarkan data gabungan dua musim, yaitu: tiga QTL untuk umur 50% berbunga (qHd1c, qDTF3.1, dan qDTF11.1), dua QTL untuk bobot gabah (qGW3.1 dan qGW11.1), dan 1 QTL untuk hasil (qY1.1). Satu QTL hasil (qgy10.1) teridentifikasi berdasarkan data gabungan, sedangkan 9 lainnya teridentifikasi dari data satu musim, yaitu: 3 QTL umur 50% berbunga (qDTF1.1, qHD-6, dan qDTF11.2), 1 QTL tinggi tanaman (qPH6.1), 2 QTL jumlah gabah hampa (qUFG3.1 dan qUFG9.1), 2 QTL bobot gabah (qGW2.1 dan qGW3.2), dan 1 QTL hasil (qY4.1). PVE, atau persentase keragaman fenotipik yang dapat dijelaskan oleh QTL, berada di kisaran 4.1% sampai 59.5%. Lima QTL pada penelitian ini merupakan QTL yang baru teridentifikasi, yaitu: 1 QTL umur 50% berbunga (qDTF11.2), 2 QTL jumlah gabah hampa (qUFG3.1 dan qUFG9.1), 1 QTL bobot gabah (qGW11.1), dan 1 QTL hasil (qY4.1). Semua alel QTL yang terdeteksi berasal dari kedua tetua. QTL hasil yang berasal dari donor merupakan bagian yang menarik, karena produktivitas donor lebih rendah dibanding INPARI 30. Delapan QTL untuk karakter terkait kualitas teridentifikasi sebagai QTL baru, yaitu: 2 QTL berasal dari karakter panjang beras (qSL2.1 dan qSL8.1), 1 QTL dari lebar beras (qSWd1.1), 3 QTL dari persentase beras pecah kulit (qBrP1.1, qBrP3.1, dan qBrP9.1), 1 QTL dari persentase beras giling (qMP2.1), dan 1 QTL dari suhu gelatinisasi (qGT6.2). Empat QTL teridentifikasi menempati lokus yang sama dengan hasil penelitian sebelumnya, yaitu: 2 QTL dari panjang beras (qSL3.1 dan qSL3.2), 1 QTL dari rasio ukuran beras (qLWR3.1), dan 1 QTL dari suhu gelatinisasi (asv6b). Selain QTL, terseleksi 32 famili yang mempunyai kualitas v beras setara INPARI 30, dan 8 di antara mempunyai jarak kekerabatan yang erat, yaitu: G103, G87, G25, G140, G149, G146, G136, G53, dan G75. QTL yang teridentifikasi pada penelitian ini dapat digunakan untuk pengembangan pemuliaan molekuler pada masa yang akan datang. Bagian yang paling penting, penelitian ini memanfaatkan seleksi berdasarkan marka dalam pembentukan populasi pemetaan, yang mendemonstrasikan penggabungan metode konvensional dan molekuler secara sinergis.
Keyword: NPARI 30, hasil tinggi, heritabilitas, kualitas, QTL, segregasi transgresif, seleksi

Judul: Identifikasi Qtl Komponen Hasil Di Kromosom 12 Pada Populasi Galur Introgresi Turunan Dari Persilangan Padi Varietas Ciherang Dan Padi Tipe Baru
Abstrak: Dibutuhkan peningkatan produksi padi sebagai dampak peningkatan jumlah penduduk yang tinggi. Salah satu solusi yang dapat mengatasi permasalahan ini adalah perakitan varietas unggul melalui peningkatan potensi hasil. Populasi galur introgresi adalah populasi yang terdiri dari galur-galur yang masing-masing membawa segmen kromosom tertentu dengan latar belakang genetik yang sama. Pengembangan populasi galur introgresi berbasis Ciherang dengan donor padi tipe baru (PTB) berpotensi menambah keunggulan padi Ciherang. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi daerah QTL komponen hasil padi pada kromosom 12 dan mendapatkan penanda-penanda SSR yang bisa digunakan untuk seleksi komponen hasil padi. Bahan yang digunakan pada penelitian ini adalah galur terpilih dari populasi BC3F1 turunan Ciherang х PTB B11143D yang memiliki introgresi segmen kromosom 12 dari tetua donor B11143D. Populasi pemetaan yang terdiri dari 200 individu BC3F2 dikembangkan dengan penyerbukan sendiri BC3F1 terpilih. Pengamatan morfologi yang dilakukan meliputi umur berbunga, tinggi tanaman, panjang daun bendera, jumlah malai, panjang malai, jumlah gabah isi per malai, bobot 1000 butir, dan bobot gabah per rumpun. Jumlah anakan, jumlah gabah per malai, dan ukuran gabah atau bobot gabah merupakan tiga komponen hasil utama yang menentukan produksi hasil padi. Analisis molekuler pada populasi ini dilakukan dengan memanfaatkan pola segregasi pada kromosom 12 dengan bantuan beberapa penanda SSR yaitu RM3472, RM28048, RM28195, dan RM1986. Analisis molekuler ini dilakukan dengan tahapan isolasi DNA, amplifikasi DNA, elektroforesis gel, visualisasi hasil, dan skoring. Statistika deskriptif dari data morfologi dilakukan menggunakan perangkat lunak STAR Ver. 2.1. Keterkaitan antara fenotipe dan genotipe SSR dihitung dengan analisis Regresi Penanda Tunggal (Single Marker Regression) menggunakan perangkat lunak Qgene Ver. 4.3.8. Hasil analisis menunjukkan bahwa belum ditemukan adanya daerah QTL terkait karakter jumlah malai produktif, panjang malai, panjang daun bendera, jumlah gabah isi per malai, dan bobot total. Akan tetapi dari hasil analisis ini ditemukan adanya daerah QTL terkait bobot 1000 butir pada tiga penanda SSR yang digunakan (RM28048, RM28195, RM1986) yang memiliki nilai LOD yang tinggi yaitu sekitar 12 dengan nilai R2 lebih dari 25% . Hal ini menjadi dasar yang kuat bahwa daerah QTL bobot 1000 butir berada pada ketiga penanda tersebut. Jarak antara RM28048 dengan RM1986 sekitar 19.4 cM, yang masih terlalu luas untuk dilakukan pencarian gen terkait bobot 1000 butir, sehingga daerah tersebut perlu dipersempit untuk identifikasi QTL bobot 1000 butir lebih lanjut pada populasi BC3F3. Peta komposisi genotipe pada 12 kromosom dari 200 individu BC3F2 dihasilkan dengan perangkat lunak grapichal genotypes 2.0 (GGT) untuk pemetaan QTL lanjutan. Seleksi dilakukan dengan memilih individu-individu iii yang masih dalam keadaan heterozigot (kelompok H) untuk daerah penanda yang terindikasi adanya QTL komponen hasil tertentu (seleksi foreground), namun memiliki genotipe sama dengan Ciherang (kelompok A) untuk daerah penanda yang tidak teridentifikasi adanya QTL terkait sifat komponen hasil tertentu (seleksi background). Terdapat 7 individu terpilih dari hasil seleksi foreground ini yaitu individu tanaman no. 190, 193, 224, 238, 255, 281, dan 302. Tujuh individu ini diseleksi background dan menghasilkan dua individu terpilih yaitu individu no. 193 (BIOR1-85-193) dan individu no. 302 (BIOR1-85-302). Populasi pemetaan lanjutan terdiri dari 1200 individu BC3F3 yang dikembangkan dari penyerbukan sendiri galur BIOR1-85-193 dan BIOR1-85-302. Kegiatan seleksi foreground pada populasi BC3F3 dilakukan 2 tahap. Pertama,
Keyword: B11143D, penanda SSR, bobot 1000 butir.

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: