Judul: Ornamental Tree Health Evaluation in City of Bogor Using Visual Observation and Ultrasonic Wave Based Technique
Abstrak: Pohon ornamental dalam ekosistem perkotaan (urban trees) tidak saja memiliki fungsi ekologis, tetapi juga memiliki fungsi sosial dan ekonomis yang sangat penting. Oleh karena itu keberadaan dan kondisi kesehatannya selayaknya mendapat perhatian yang memadai. Cara paling sederhana untuk mengetahui kesehatan pohon adalah dengan pengamatan visual terhadap kondisi fisik pohon tersebut. Akan tetapi dengan metode ini tidak dimungkinkan mengetahui kondisi bagian dalam batang pohon, seperti adanya busuk hati dan kerusakan dalam batang lainnya. Sementara itu sejak beberapa tahun yang lalu telah berkembang teknik evaluasi kesehatan pohon dengan menggunakan gelombang suara, khususnya gelombang ultrasonik. Teknik ini termasuk ke dalam kategori tanpa merusak (non destructive testing/evaluation). Suatu penelitian telah dilakukan untuk mengetahui kesehatan pohon ornamental di sepanjang Jalan Raya Pajajaran Kota Bogor, Jawa Barat, baik secara visual maupun dengan memanfaatkan rambatan gelombang ultrasonik yang dihasilkan dari alat Sylvatest Duo® (frekuensi 22 KHz). Pengamatan secara visual dilakukan terhadap ada tidaknya gejala deteriorasi pada pohon sasaran, dari pangkal batang hingga tajuk pohon. Sedangkan penilaian kesehatan pohon dengan alat Sylvatest Duo® didasarkan atas kecepatan rambatan gelombang.
Keyword: 

Judul: Evaluasi Kesehatan Pohon Peneduh Jenis Angsana (Pterocarpus indicus Willd.) secara Sonic Tomography di Kota Surabaya
Abstrak: Shade trees in urban areas have very important roles for social, economic, ecological and aesthetics benefits. The health of shade trees could be detected by visual assessment as well as by non-destructive method. The internal condition of trunk is assessed by Sonic Tomography which is based on sound waves propagation in the wood. The objective of this research was to understand the health of shade trees in median street of Surabaya city. Ten street samples were chosen by purposive sampling according to the median paths. The result of this research shows that angsana (Pterocarpus indicus Willd.) was the dominant species found in Surabaya city. The results of sonic tomograph found that 75 trees were healthy trees with more than 75% of solid wood with sound wave propagation above 900 m / sec. Meanwhile there were four trees which suffered severe damage below 50% of solid wood.Visual observation showed that 44% healthy trees and 56% unhealthy conditions
Keyword: visual assessment, sound wave, shade trees, non-destructive test

Judul: Free Energy from COM Pulling for Membrane Fusion of Human Immunodeficiency Virus Type 1 (HIV-1)
Abstrak: HIV-1 menginfeksi sel target melalui fusi membran dan memediasi sel dengan glikoprotein. Protein gp41 yang sudah terintegrasi dengan membran target akan melipat kembali membentuk 6 bundel heliks bersama protein gp120. Pelipatan kembali struktur protein dapat dicegah menggunakan inhibitor sehingga proses 6 bundel heliks tidak terbentuk. Inhibitor masih bersaing dengan protein dalam hal pelipatan struktur, sehingga perlu dicari besaran energi yang mewakili pelipatan protein. Energi bebas diperoleh dari tarikan COM mewakili kerja yang dilakukan protein untuk melipat kembali. Energi bebas hasil simulasi bernilai -82.4 kJ mol-1 dan energi bebas varian covNHR memiliki nilai sebesar -75 kJ mol-1 dan -45 kJ mol-1. Karakteristik termodinamika dan spektrum UV pada varian covNHR-VQ memiliki afinitas pengikatan yang tinggi serta interaksi yang kuat terhadap peptida protein gp41, sedangkan covNHR-ER memiliki basis pengikatan dan interaksi lebih lemah dibanding covNHR-VQ. Varian covNHR-VQ memiliki nilai energi bebas mendekati energi bebas tarikan COM, sehingga varian memiliki interaksi yang kuat ketika energinya mendekati energi bebas tarikan. Aktivitas inhibitor mencegah protein terlipat kembali sehingga performa pencegahan yang baik yaitu saat energinya bernilai sama atau lebih dari energi saat protein tersebut terlipat. Energi bebas dapat didekatkan sebagai parameter dalam menganalisis interaksi antara inhibitor dengan protein gp41., HIV-1 infects cell through membrane fusion and mediates cell with glycoproteins. The gp41 protein has been integrated with target membrane will be refolding form. Protein folding structure can be prevented using inhibitors. Inhibitor competes with protein in folding structure, so have to find the energy that represents protein folding. Free energy obtained from COM pulling represents the work that protein does refold back. Free energy of simulation results is -82.4 kJ mol-1 and free energy of covNHR variant has a value of -75 kJ mol-1 and -45 kJ mol-1. The thermodynamics and UV spectrum characteristics of covNHR-VQ have a high binding affinity and strong interaction than covNHR-ER. covNHR-VQ has free energy close to free energy from COM puling, and variant has strong interaction when the energy apporaches free energy pulling.
Keyword: COM Pulling, Free Energy, gp41 Protein, HIV-1