Judul: Keragaman Genetik Sapi Peranakan Ongole (Po) Berdasarkan Uji DNA Mikrosatelit
Abstrak: Pada saat ini DNA mikrosateIit banyak digunakan sebagai marker untuk mempelajari variasi genetik. DNA mikrosateIit merupakan rangkaian molekul DNA pendek yang susunan basanya berulang dan terdapat melimpah dalam genom eukariot. Dalam penelitian ini, enam lokus mikrosateIit digunakan untuk menetapkan tingkat variabilitas genetik dalam populasi sapi PO. Nilai heterozigositas (Ii), heterozigositas rataan (fl), dan variasi genetik populasi dihitung dan dibandingkan. Penghitungan perbedaan antar subpopulasi dan jarak genetik dilakukan untuk mengetahui derajat diferensiasi dalam subpopulasi. Selanjutnya, indeks fiksasi juga dilakukan untuk mengetahui pola kawin populasi atau pola selekainya dihubungkan dengan aiel polimorfik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sapi PO mempunyai variasi genotipe dan heterozigositas yang tinggi. Heterozigositas rataan pada empat subpopulasi berkisar 0,505-0,606. DNA mikrosatelit populasi sapi PO bersifut polimorfik. Dalam populasi tersebut, terjadi diferensiasi genetik (Gsr 37,1%), karena tidak terjadi kawin silang antar subpopulasi (Fsr 0,3841) dan jarak genetik berkisar 0,242-0,767.
Keyword: 

Judul: Perbaikan Mutu Genetik Sapi Peranakan Ongole (Bos Indicus) Melalui Pendekatan Fenotipik Dan Pemetaan Total Genom
Abstrak: Perbaikan mutu genetik sapi Peranakan Ongole melalui pendekatan fenotipik dan pemetaan total genom sampai saat ini belum pernah dilakukan di Indonesia. Selama ini kegiatan seleksi untuk menghasilkan bibit unggul lebih banyak dilakukan secara konvensional yang difokuskan hanya pada performan kuantitatif seperti bobot badan dan ukuran dimensi tubuh sehingga belum memberikan hasil yang optimal pada perbaikan genetik sapi PO. Dengan kemajuan teknologi molekuler memungkinkan untuk dilakukan seleksi dengan menggunakan penanda DNA guna mendukung kegiatan pemuliaan konvensional. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi parameter genetik sapi PO yang ada di Loka Penelitian Sapi Potong berdasarkan tampilan fenotipik, menganalisis keragaman (polimorfisme) total genom pada sapi PO jantan dan mengkaji lokus-lokus yang berasosiasi dengan sifat bobot badan pada sapi PO dengan pendekatan GWAS serta mengkaji asal usul geografis sapi PO berdasarkan analisis keturunan genetik. Penelitian ini dilakukan dalam tiga tahap dengan rincian tahapan penelitian sebagai berikut : (1) Evaluasi parameter genetik sapi PO (Bos indicus) melalui pendekatan fenotipik, meliputi : evaluasi pengaruh genetik dan non genetik, seleksi calon pejantan sapi PO dan respon seleksi (2) Analisis total genom sapi PO menggunakan Bovine SNP50 Beadchip, meliputi : analisis asosiasi dan eksplorasi kandidat gen, (3) Penentuan asal usul sapi PO menggunakan data total genom Bovine SNP50 Beadchip, meliputi : keragaman total genom, filogenetik dan analisis admixture. Penelitian ini diharapkan dapat dijadikan sebagai acuan dalam kegiatan seleksi guna mendukung program pemuliaan dan pelestarian plasma nutfah sapi PO. Evaluasi parameter genetik sapi PO menunjukkan bahwa nilai heritabilitas yang diperoleh termasuk kategori sedang dan tinggi dengan estimasi untuk bobot lahir, bobot sapih dan bobot setahun masing-masing sebesar 0.28 + 0.12, 0.47 + 0.15 dan 0.63 + 0.17, sedangkan hasil analisis korelasi genetik tertinggi diperoleh antara bobot sapih dengan bobot setahun yaitu sebesar 0.78 dan korelasi genetik terendah diperoleh pada bobot lahir dengan bobot setahun yaitu 0.27 sedangkan korelasi antara bobot lahir dengan bobot sapih sebesar 0.33. Pengaruh non genetik signifikan pada jenis kelamin dan tahun kelahiran pada ketiga bobot badan sapi PO. Hasil seleksi berdasarkan nilai pemuliaan diperoleh sebanyak 24 ekor calon pejantan sapi PO yang memenuhi kriteria bobot lahir, bobot sapih dan bobot setahun dengan respon seleksi untuk bobot lahir sapi PO diperoleh sebesar 0.22 kg/generasi, sedangkan bobot sapih dan bobot setahun memiliki respon seleksi sebesar 5.01 kg/generasi dan 11.4 kg/generasi. Hasil analisis GWAS menunjukkan bahwa terdapat asosiasi yang signifikan pada bobot lahir sapi PO dan ditemukan 19 SNP yang polimorfik pada kromosom 14. Pemetaan lokus telah dilakukan pada kromosom 14 ini dan ditemukan 14 gen yang yang paling signifikan pada bobot lahir yaitu LYN (TyrosineproteinkinaseLyn), PLAG1 (Pleiomorphic adenoma gene 1), MOS (VmosMoloneymurine sarcoma viral), RPS20 (40S ribosomalprotein S20), U1 (U1 spliceosomal RNA) snoU54 (Small nucleolar RNA U54), CHCHD7 (Coiled-coilhelix- coiled-coil-helix domaincontaining protein 7), SDR16C5 (RDHE2/Epidermal retinol dehydrogenase 2), PENK (Proenkephalin-A), XKR4, TMEM68, TGS1, ENSBTAG000000321 (SDR16C6) dan Unknown (ENSBTA000000321). Kandidat gen ini sebagian besar berperan pada sifat reproduksi, seperti fertilitas, kemudahan beranak, umur pubertas, postpartum anestrus, pertumbuhan janin, bobot lahir dan pertumbuhan. SNP-SNP yang polimorfik sangat potensial untuk digunakan sebagai marker assisted selection (MAS). Hasil analisis keragaman total genom menunjukkan bahwa sapi PO memiliki nilai heterozigositas sebesar 30.9 %, sedangkan sapi
Keyword: perbaikan mutu genetik, sapi PO, seleksi fenotipik, pemetaan total genom

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: