Judul: Keragaman Aktinobakteri Endofit Rhododendron zoelleri Melalui Pendekatan Kultivasi dan DGGE Gen 16S rRNA
Abstrak: Rhododendron zoelleri merupakan spesies dari subgenus vireya dan dikelompokkan dalam famili Ericacea. Rhododendron dimanfaatkan sebagai tanaman hias dan sebagai tanaman obat tradisional. Rhododendron diketahui mampu menghasilkan senyawa bioaktif flavonoid dan terpenoid. Senyawa bioaktif dari Rhododendron diduga diproduksi oleh mikrob endofit yang terdapat dalam jaringan tanaman. Mikrob endofit dari kelompok aktinobakteri dikenal sebagai penghasil beragam senyawa bioaktif yang memiliki berbagai macam aktivitas biologis, sehingga informasi mengenai keragaman aktinobakteri sangat perlu dilakukan. Keragaman aktinobakteri culturable dapat diperoleh dengan kultivasi pada media tertentu dalam kondisi laboratorium. Namun 99% mikrob di alam tidak dapat dikulturkan sehingga diperlukan pendekatan metagenomik untuk mendapatkan informasi mengenai komunitas dan keragaman aktinobakteri endofit. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mengkaji keragaman aktinobakteri endofit culturable asal R. zoelleri melalui kultivasi, dan total komunitas aktinobakteria endofit R. zoelleri unculturable melalui pendekatan metagenomik dengan PCR-DGGE berdasarkan gen 16S rRNA. Aktinobakteri endofit R. zoelleri berhasil diisolasi menggunakan media Humic Acid Vitamin Agar (HV) berjumlah 6 isolat, tiga isolat diisolasi dari daun dan tiga isolat diisolasi dari batang, purifikasi dilakukan pada media ISP 2 (International Streptomyses Project 2). Keenam isolat tersebut (RZP 1.3, RZP 1.1, RZP 2.2, RZPB 1.1, RZPB 7.1, RZPB 4.1) berdasarkan karakteristik morfologi (warna miselia substrat, miselia aerial, pigmentasi media, dan tipe penataan spora) merupakan kelompok Streptomyces yang memiliki ciri umum membentuk miselia aerial dan miselia substrat. Identifikasi molekuler dilakukan dengan ekstraksi DNA genom 6 isolat aktinobakteri endofit culturable asal R. zoelleri menggunakan Geneaid Genomic DNA Mini kit, dan dilanjutkan dengan amplifikasi gen 16S rRNA. Total komunitas aktinobakteri unculturable dianalisis dengan mengekstraksi DNA genom dari jaringan R. zoelleri menggunakan Geneaid Genomic DNA Mini Kit, Plant. Gen 16S rRNA diamplifikasi dengan nested PCR menggunakan primer spesifik aktinobakteri yang berukuran ±1087 bp dan primer universal yang berukuran ±180 bp. Analisis komunitas aktinobakteri unculturable dilakukan menggunakan teknik Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE). Komunitas aktinobakteri yang ditemukan dianalisis kekerabatannya berdasarkan gen 16S rRNA menggunakan software bioinformatika MEGA 6. Analisis pohon filogenetik berdasarkan sekuen gen 16S rRNA menunjukkan bahwa enam isolat (RZP 1.3, RZP 1.1, RZP 2.2, RZPB 1.1, RZPB 7.1, RZPB 4.1) berkerabat dekat dengan S. djakartensis strain NBRC 15409T, S. tritolerans strain DAS 165T, S. coelicoflavus strain NBRC 15399T dengan kemiripan 99%. Keenam isolat memiliki kemiripan yang tinggi dengan strain pembandingnya berdasarkan gen 16S rRNA, tetapi terdapat perbedaan morfologi antara isolat yang ditemukan dengan strain pembandingnya, sehingga besar kemungkinan ditemukan novel spesies melalui identifikasi dengan pendekatan polifasik taksonomi. iii Profil komunitas aktinobakteri endofit R. zoelleri berdasarkan gen 16S rRNA diwakili 13 pita DGGE yang berhasil diisolasi melalui pemotongan gel. Hasil separasi pita gen 16S rRNA dipotong dan dilakukan Re-PCR menggunakan primer non GC clamps untuk dilanjutkan ke tahap sekuensing. Pensejajaran basa nukleotida aktinobakteri endofit unculturable asal R. zoelleri terhadap galur pembandingnya dari database GenBank menunjukkan hubungan kekerabatan 13 pita dengan genus Streptomyces dan Non-Streptomyces yang dikenal dengan rareaktinobakteri yaitu genus Agromyces, Gordonia, Microbacterium, Micromonospora, Propionibacterium, Saccharomonospora, Streptomyces yang memiliki kemiripan berkisar 93.18%-100%. Komunitas aktinobakteri culturable yang diperoleh dengan teknik kultivasi menemukan isolat dari satu genus yaitu Streptomyces. Sedangkan dengan pendekatan metagenomik dengan teknik DGGE berhasil mengidentifikasi keduanya dari kelompok genus Streptomyces dan Non-Streptomyces yang dikenal
Keyword: actinobacteria, cultivation, metagenome, R. zoelleri, 16S rRNA gene, Ericacea, Mikrob Endofit, Vireya; Metagenomik

Judul: . Keragaman Aktinomiset Culturable Dan Unculturable Yang Berasosiasi Dengan Spons Neofibularia Sp. Asal Pulau Bira, Indonesia.
Abstrak: Neofibularia sp. merupakan salah satu spons laut yang berpotensi menghasilkan senyawa toksik yang tinggi. Senyawa toksik spons laut diproduksi oleh komunitas mikrob yang berasosiasi, diantaranya aktinomiset. Aktinomiset yang berasosiasi dengan Neofibularia sp. memiliki keragaman yang tinggi, sehingga berpotensi mendapatkan spesies indigenous novel. Aktinomiset laut diketahui merupakan penghasil senyawa bioaktif yang berpotensi sebagai antibakteri, antifungi, antitumor, antikanker, inhibitor enzim dan beragam manfaat lain. Selama ini komunitas aktinomiset yang dikaji terbatas pada aktinomiset yang dapat dikulturkan (culturable), sedangkan aktinomiset unculturable yang berasosiasi dengan spons laut belum diketahui. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman aktinomiset culturable dan unculturable yang berasosiasi dengan spons Neofibularia sp. asal Pulau Bira, Indonesia. Aktinomiset culturable diisolasi menggunakan media Humic Acid Vitamin Agar (HVA) dan dipurifikasi menggunakan media Yeast Starch Agar (YSA). Isolat yang diperoleh diidentifikasi secara morfologi berdasarkan warna hifa aerial, bentuk koloni, tipe spora, dan pigmentasi pada media padat. Identifikasi molekuler dilakukan dengan mengekstrak DNA genom 5 isolat terpilih menggunakan Geneaid Genomic DNA Mini Kit, dan diamplifikasi gen 16S rRNA. Aktinomiset unculturable dianalisis dengan mengekstrak total DNA genom spons menggunakan MoBio Power Soil DNA Isolation Kit. Gen 16S rRNA diamplifikasi dengan nested PCR menggunakan primer spesifik aktinomiset dan menghasilkan produk berukuran 1087 pb dan 180 pb. Analisis komunitas aktinomiset unculturable dilakukan menggunakan denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE). Gen 16S rRNA aktinomiset culturable dan unculturable yang diperoleh, diurutkan basa nukleotidanya dan dianalisis kekerabatannya menggunakan software bioinformatika MEGA 6. Analisis sekuen gen 16S rRNA menunjukkan bahwa lima isolat terpilih (NOAq 1.1, NRSw 4.1, NOAq 1.3, NOAq 2.1, dan NOAq 1.4) berkerabat dekat dengan Streptomyces sampsonii, Streptomyces albus, Streptomyces resistomicificus, Streptomyces erringtonii, dan Streptomyces gougeroti dengan identitas maksimum 97-99%. Kelima isolat memiliki kemiripan sekuen gen 16S rRNA yang tinggi dengan galur pembandingnya, akan tetapi secara morfologi memiliki perbedaan. Koloni Streptomyces sampsonii berwarna putih tipis kekuningan dengan permukaan koloni yang halus dan tipe spora rectiflexibiles, sedangkan tiga dari lima isolat aktinomiset yang diperoleh memiliki warna koloni yang berbeda yaitu putih kemerahan, coklat keabuan, dan krem, dengan permukaan koloni yang tidak halus. Hal ini mengindikasikan bahwa isolat aktinomiset culturable yang diperoleh merupakan isolat yang berpotensi sebagai spesies novel. Profil DGGE gen 16S rRNA menunjukkan keragaman komunitas aktinomiset unculturable yang diwakili oleh 13 pita DGGE. Hasil separasi pita gen 16S rRNA dipotong dan di re-PCR menggunakan primer non GC clamps untuk sequencing. Hasil pensejajaran basa nukleotida pita DGGE terhadap galur pembanding dari database GenBank menunjukkan hubungan kekerabatan 13 pita dengan identitas maksimum berkisar 87-100% terhadap 5 genus rare-aktinomiset yaitu Ferrithrix, Thermobispora, Aciditerrimonas, Lamia, Propionibacterium, dan unculture bacterium clone. Delapan pita DGGE memiliki kekerabatan tertinggi sebesar 94% dengan Ferrithrix thermotolerans. Nilai identitas maksimum <97.5% merupakan indikator suatu isolat berbeda dengan galur pembandingnya dan terindikasi spesies novel. Konstruksi pohon filogenetik antara aktinomiset culturable dan unculturable menunjukkan hasil yang berbeda. Komunitas aktinomiset culturable didominasi oleh Streptomyces spp. sedangkan komunitas aktinomiset culturable dan unculturable didominasi oleh kelompok non-Streptomyces spp. Hal ini dipengaruhi oleh rendahnya kelimpahan Streptomyces spp. pada spons Neofibularia sp., sehingga tidak teramplifikasi dan tidak ditemukan pada konstruksi filogenetik aktinomiset culturable dan unculturable. Komunitas aktinomiset unculturable tidak ditemukan pada konstruksi filogenetik aktinomiset culturable dipengaruhi oleh
Keyword: aktinomiset, DGGE, keragaman, Neofibularia sp, 16S rRNA

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: