Judul: Analisis Keragaman Daerah 3’UTR Gen PLAG1 (Pleomorphic Adenoma Gene 1) pada sapi Bali, PO, dan Limousin.
Abstrak: Gen PLAG1 adalah salah satu gen yang berpengaruh terhadap pertumbuhan yang terletak di kromosom 14 pada sapi. Tujuan penelitian ini adalah mengidentifikasi dan menganalisis daerah 3'UTR gen PLAG1 pada sapi bali, sapi PO dan limousin. Jumlah sampel yang digunakan sebanyak 48 sampel terdiri atas 30 sampel sapi bali, 10 sampel sapi PO, dan delapan sampel sapi limousin. Keragaman gen PLAG1 dianalisis dengan beberapa tahapan yaitu isolasi DNA, amplifikasi gen fragmen 3’UTR gen PLAG1 menggunakan PCR thermocycler dan selanjutnya produk PCR dilakukan analisis sekuensing. Data sekuen dianalisis menggunakan program MEGA10 untuk mendapatkan data SNP dan komposisi nukleotida. Hasil penelitian menunjukan bahwa ditemukan empat SNP yaitu SNP pada posisi g.5454C>T, g.5464T>-, g.5505G>C dan g.5516G>- dan ditemukan satu SNP g.5505G>C sebagai SNP spesifik untuk sapi yang termasuk Bos taurus dan Bos javanicus. Komposisi nukleotida fragmen 3’UTR gen PLAG1 pada sapi bali, PO dan limousin yaitu basa nukleotida A+T (59.5%) lebih tinggi dibandingkan G+C (40.5%). Berdasarkan hasil yang diperoleh, dapat disimpulkan bahwa SNP g.5505G>C sebagai SNP spesifik yang menjadi pembeda pada tiga bangsa sapi.
Keyword: Daerah 3’UTR gen PLAG1, sapi pedaging, SNP

Judul: Identifikasi Single Nucleotide Polymorphism Ekson 2.2 Gen PLAG1 pada Sapi Bali, Peranakan Ongole dan Limousin
Abstrak: PLAG1 merupakan gen yang berada di kromosom 14 pada sapi yang diduga memiliki hubungan dengan sifat pertumbuhan dan penambahan bobot badan. Tujuan dari penelitian ini adalah mengidentifikasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP) ekson 2.2 Gen Pleomorphic Adenoma 1 (PLAG1) pada Sapi bali, PO, dan limousin. Penelitian ini menggunakan teknik direct sequencing pada 15 sampel darah sapi bali jantan, 15 sampel darah sapi bali betina, 8 sampel darah sapi PO, dan 8 sampel darah sapi limousin. Hasil sequencing kemudian dianalisis menggunakan program BLAST dari NCBI, Finch TV, BioEdit dan Popgene. Identifikasi keragaman SNP dianalisis dengan menggunakan pendekatan ClustalW menggunakan program MEGA10. Hasil amplifikasi ekson 2.2 gen PLAG1 pada 3 bangsa sapi berbeda diperoleh 11 SNP bersifat polimorfik dan frekuensi alelnya memenuhi kriteria keseimbangan Hardy-Weinberg. SNP yang ditemukan pada sapi bali berjumlah 6 yaitu c.1654 A>C, c.1660 G>A, c.1720 C>T, c.1753 A>G, c.1759 G>A dan c.1870 G>A, pada sapi PO ditemukan 2 SNP c.1822 A>T dan c.2050 A>G, dan pada sapi limousin ditemukan 3 SNP c.1779 T>C, c.1792 C>T dan c.1818 C>G.
Keyword: gen PLAG1, sapi, sequencing, SNP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: