Judul: Mitochondrial genome characterization of soft-shelled turtle Amyda cartilaginea (Boddaert 1770) and genetic differentiation of Sumatran and Java population
Abstrak: Labi-labi atau bulus merupakan kura-kura famili Trionychidae dan termasuk salah satu anggota dari ordo Testudines (bangsa kura-kura) dan kelas Reptilia. Kura-kura jenis ini berbeda dari kura-kura biasa pada umumnya yang memiliki cangkang/ tempurung yang keras, akan tetapi kura-kura ini memiliki cangkang/tempurung yang sebagian besar terdiri dari tulang rawan sehingga disebut sebagai kura-kura cangkang lunak. Amyda cartilaginea merupakan salah satu anggota dari kura-kura cangkang lunak (Trionychidae) yang banyak tersebar di beberapa negara Asia termasuk Indonesia, sehingga spesies ini juga disebut sebagai Asiatic soft-shell turtle (kura-kura cangkang lunak Asia). Di Indonesia A. cartilaginea tersebar di Pulau Sumatera, Jawa, dan Kalimantan. A. cartilaginea hidup di perairan tawar seperti sungai, danau maupun kolam yang terhubung dengan sungai dan hidupnya akuatik atau lebih banyak menghabiskan hidupnya di dalam air daripada di daratan. Kura-kura cangkang lunak spesies A. cartilaginea juga termasuk kedalam komoditas perikanan dan banyak dimanfaatkan oleh masyarakat untuk dikonsmsi, dijadikan sebagai bahan pengobatan tradisional, juga sebagai hewan peliharaan. Karena pemanfaatannya tersebut kura-kura jenis ini banyak diperdagangkan baik di pasar domestik maupun pasar internasional, sehingga menyebabkan terjadinya penangkapan berlebihan di alam yang pada akhirnya juga menyebabkan penurunan populasi di alam. Terjadinya penurunan populasi di alam ini menjadi perhatian penting untuk terus dilakukannya pemantauan dan penelitian dari berbagai aspek guna menunjang konservasi dan manajemen populasi untuk mencegah penurunan populasi yang terus menerus dan menjaga kestabilan populasi yang masih tersissa di alam. Penetian terhadap spesies ini belum banyak dilakukan terutama pada penelitian berbasis molekuler, untuk itu tujuan dari penelitian ini yaitu mengkarakterisasi genom mitokondria serta melihat variasi genetik dari A. cartilaginea populasi Sumatera dan Jawa berdasarkan penanda d-loop. Sampel A. cartilaginea untuk karakterisasi genom berasal dari Sungai Batanghari Kabupaten Dharmasraya Sumatera Barat dan sampel A. cartilaginea untuk analisis variasi genetik berasal dari dua populasi berbeda yaitu Sumatera (Jambi dan Palembang) dan Jawa. Ekstraksi DNA menggunakan kit ekstraksi. Amplifikasi gen mitokondria untuk karakterisasi genom menggunakan beberapa primer yang di desain mengikuti organisasi gen pada labi-labi spesies Dogania subplana (accession number AF66350), sedangkan amplifikasi untuk variasi genetik menggunakan sepasang primer d-loop fragmen tengah AF574 (5’–TCACG AGAGATAAGCAACC –3’) dan AF575 (5’– GTCAAACCCCAAAATCCGAG – 3’). Sekuens basa nukleotida hasil sekuensing diedit menggunakan program Bioedit. Urutan DNA yang telah diedit, disejajarkan menggunakan Clustal W pada program MEGA 7.0. Rekonstruksi pohon filogeni menggunakan metode Neighbor-joining dengan nilai bootstrap 1000 kali. Analisis variasi genetik dan haplotipe menggunakan program dnaSP dan mambuat haplogrup dengan Median joining pada program Network. Hasil analisis telah berhasil mengkarakterisasi genom mitokondria pada A. cartilaginea dengan ukuran 7757 pb dari total perkiraan panjang genom mitokondria 17.000 bp. Penelitian ini telah mendapatkan data sebanyak 48% dari keseluruhan (whole) genom mitokondria pada A. cartilaginea. Hasil penelitian ini telah mampu mengkarakterisasi 2 gen yang menyandikan rRNA (ribosomal RNA), 5 gen yang menyandikan tRNA (transfer RNA), dan 8 gen yang menyandikan protein. Susunan organisasi gen pada A. cartilaginea ditemukan identik dengan labi-labi spesies D. subplana dan P. cantorii. Hasil analisis filogenetik menempatkan spesies A. cartilaginea bersama dengan spesies kura-kura cangkang lunak lain dengan spesies D. subplana sebagai kerabat paling dekat dibanding spesies lain. Hasil analisis variasi genetik A. cartilaginea populasi Sumatera dan Jawa berdasarkan fragmen tengah d-loop
Keyword: Asiatic soft-shell turtle, d-loop, polymorphic sites, haplotype

Judul: Genetic Differentiation and Labi-Labi  Distribution Amyda cartilaginea in Populations in Northern Kalimantan
Abstrak: Labi-labi is a freshwater turtle with a soft shell and is widespread in some Asian countries. Indonesia has a species of labi-labi that is spread naturally, one of which is Amyda cartilaginea. The research was conducted using mitochondrial d loop DNA as a genetic marker. The study aims to study the genetic variation and the phylogeographic relationship of A. cartilaginea in the Kalimantan population. Peripheral samples of carapace and liver labi-labi A. cartilaginea are collected in the laboratory as a source of DNA molecules. DNA amplification is performed using the primary pairs AF574 (forward) and AF575 (reverse). The sequencing results had a length of 377 bp and all samples were confirmed as species A. cartilaginea. The genetic variation of A. cartilaginea populations in Northern Kalimantan contains 27 polymorphic sites that form six haplotipes with a haplotype diversity of 0.8444 and a nucleotide variety of 0.02107. The resulting genetic distance ranges from 0.000–0.061 with the phylogeographic tree A. cartilaginea Northern Kalimantan forming a single cluster compared to the distance., Labi-labi merupakan kura-kura air tawar dengan cangkang yang lunak dan tersebar luas di beberapa negara Asia. Indonesia memiliki spesies labi labi yang tersebar secara alami, salah satunya Amyda cartilaginea. Penelitian dilakukan dengan memanfaatkan ruas d-loop DNA mitokondria sebagai penanda genetik. Penelitian ini bertujuan mempelajari variasi genetik serta hubungan filogeografi A. cartilaginea pada populasi Kalimantan. Sampel perifer karapas dan hati labi-labi A. cartilaginea koleksi laboratorium sebagai sumber molekul DNA. Amplifikasi DNA dilakukan menggunakan pasangan primer AF574 (forward) dan AF575 (reverse). Hasil sekuensing memiliki panjang 377 bp dan semua sampel terkonfirmasi sebagai spesies A. cartilaginea. Variasi genetik A. cartilaginea populasi Kalimantan Utara terdapat 27 situs polimorfik yang membentuk enam haplotipe dengan keragaman haplotipe sebesar 0,8444 dan keragaman nukleotida sebesar 0,02107. Jarak genetik yang dihasilkan berkisar 0,000–0,061 dengan pohon filogeografi A. cartilaginea Kalimantan Utara membentuk satu klaster yang dibandingkan dengan jarak.
Keyword: filogeografi, molekuler, mtDNA, PCR, phylogeography, molecular

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: