Judul: White Teak (Gmelina arborea Roxb.) Phenolic Compound Analysis as an Inhibitor for Papain-Like Protease SARS-CoV-2 In Silico
Abstrak: Pandemi COVID-19 adalah sebuah krisis global yang terjadi di seluruh dunia. Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) yang menjadi penyebab COVID-19 diketahui menyandikan Papain-Like Protease (PLpro), sebuah enzim esensial untuk memproses poliprotein virus. Jati putih (Gmelina arborea Roxb.) adalah sebuah tanaman dari famili Verbenaceae. Kulit kayu jati putih diharapkan berpotensi dalam menghambat PLpro SARS-CoV-2. Penelitian ini bertujuan menganalisis interaksi dan mekanisme penghambatan senyawa fenolik kulit kayu jati putih terhadap PLpro SARS-CoV-2 dengan melakukan docking pada YASARA dan visualisasi menggunakan PyMol dan Discovery studio. Parameter yang digunakan berupa energi bebas Gibbs (ΔG), konstanta disosiasi (KD), dan ikatan yang terbentuk antara kompleks reseptor-ligan. Ligan dengan potensi terbaik adalah balanophonin dan gmelinol dikarenakan ikatan yang terbentuk serta nilai energi ΔG yang dimiliki yaitu sebesar -6.999 Kkal/mol dan -6.243 Kkal/mol., The COVID-19 pandemic is a global crisis happening all over the world. Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2), which causes COVID-19, encodes Papain-Like Protease (PLpro), an enzyme essential for processing viral polyproteins. White teak (Gmelina arborea Roxb.) is a plant from the Verbenaceae family. White teak bark is expected to have the potential to inhibit PLpro SARS-CoV-2. This study aimed to analyze the interaction and the inhibition mechanism of phenolic compounds from white teak bark against PLpro SARS-CoV-2 by molecular docking using YASARA and visualization using PyMol and Discovery studio. The parameters used are Gibbs free energy (ΔG), dissociation constant (KD), and the bond formed between the receptor-ligand complex. The best potential ligands are balanophonin and gmelinol based on the bonds formed and the ΔG energies, which are -6.999 Kcal/mol dan -6.243 Kcal/mol.
Keyword: COVID-19, Jati Putih, Papain-Like Protease, Penambatan Molekular

Judul: Potential Active Compound Of White Turmeric (Curcuma  Zedoaria) as PLpro SARS-Cov-2’s Inhibitor by In Silico
Abstrak: SARS-CoV-2 yang menjadi penyebab COVID-19 diketahui mengkode dua protease, yaitu 3CL-Pro (protease utama) dan PLpro (Papain Like protease). PLpro berperan dalam proses pematangan replikasi virus dan dapat menghambat respon imun sel inang melalui penghilangan ubiquitin atau deubiquitinasi (DUBs). Hal ini menjadikan PLpro sebagai target obat yang baik. Kunyit putih (Curcuma zedoaria) merupakan tanaman herbal yang diketahui memiliki berbagai jenis bioaktivitas seperti antikanker dan antimikroba. Namun, belum pernah dilakukan penelitian terkait potensinya sebagai antivirus. Penelitian ini bertujuan menguji potensi senyawa tanaman kunyit putih dalam menghambat aktivitas proteolitik PLpro SARS-CoV-2 yang dimulai dengan analisis bioavaibilitas ligan, validasi dan penambatan molekuler terarah menggunakan YASARA Structure, analisis interaksi ligan-reseptor menggunakan Discovery Studio, dan visualisasi binding pose menggunakan PyMol. Seluruh ligan uji merupakan inhibitor kompetitif. Epicurzerenone merupakan ligan dengan potensi inhibisi terbaik berdasarkan energi ikatan sebesar -4.734 kkal/mol, interaksi, dan sisi aktif pengikatan. Kata kunci : kunyit putih, Papain Like Protease (PLpro), penambatan molekuler, SARS CoV-2., SARS-CoV-2, which causes COVID-19, is known to encode two proteases, namely 3CL-Pro (main protease) and PLpro (Papain Like protease). PLpro plays a role in the maturation process of viral replication and can inhibit host cell immune responses through ubiquitin removal or deubiquitination (DUBs). This makes PLpro a good drug target. White turmeric (Curcuma zedoaria) is an herbal plant that is known to have various types of bioactivity such as anticancer and antimicrobial. However, no research has been conducted regarding its potential as an antiviral. This study aimed to examine the potential of white turmeric plant compounds in inhibiting the proteolytic activity of PLpro SARS-CoV-2 starting with analysis of ligand bioavailability, validation and directed molecular anchoring using YASARA Structure, analysis of ligand-receptor interactions using Discovery Studio, and visualization of binding poses using PyMol. All test ligands were competitive inhibitors. Epicurzerenone is the ligand with the best inhibitory potential based on the binding energy of -4.734 kcal/mol, interactions, and the active binding site. Keywords : molecular docking, Papain-like protease (PLpro), SARS CoV-2, white turmeric.
Keyword: kunyit putih, Papain Like Protease (PLpro), penambatan molekuler, SARS-CoV-2, molecular docking, white  turmeric

Judul: Solusi Geometri Schwarzschild untuk Dimensi 4+1 dengan Invarian Rotasi Isotropik.
Abstrak: Metrik Schwarzschild merupakan solusi eksak pertama dari persamaan medan Einstein dengan mangasumsikan metrik statik dan simetris. Metrik Schwarzschild yang ditemukan oleh Karl Schwarzschild masih dalam dimensi 3+1, namun seiring dengan teori-teori terbaru yang menunjukkan bahwa alam semesta tidak hanya di dimensi 3+1. Maka melalui penambahan dimensi, tujuan penelitian ini memperoleh solusi pada geometri Schwarzschild untuk dimensi 4+1 dengan memodifikasi koordinat bola yang invarian rotasi isotropik dan melalui penurunan rumus seperti koordinat bola, simbol Christoffel, dan tensor Ricci. Selain mendapatkan solusi ini, metrik Schwarzschild dimensi 4+1 dapat digunakan sebagai metrik dasar untuk memperoleh solusi blackhole dan wormhole pada dimensi 4+1. Hasil akhirnya, dengan memanfaatkan modifikasi koordinat bola, metrik Schwarzschild dapat dibentuk sehingga diperoleh solusi geometri Schwarzschild untuk dimensi 4+1.
Keyword: metrik Schwarzschild, persamaan medan Einstein, modifikasi koordinat bola, penambahan dimensi, invarian rotasi isotropik