Judul: Diversitas Aktinobakteri yang Berasosiasi dengan Spons dan Potensinya dalam Meningkatkan Pertumbuhan Tanaman Padi pada Lahan Pasang Surut.
Abstrak: Beras merupakan makanan pokok bagi hampir 90 % penduduk Indonesia. Semakin meningkatnya jumlah penduduk Indonesia, berdampak pada peningkatan permintaan beras. Banyaknya konversi lahan pertanian menjadi pemukiman yang terjadi saat ini, menyebabkan penurunan lahan pertanian yang tersedia. Penggunaan lahan-lahan marjinal seperti lahan pasang surut dapat menjadi alternatif yang dapat digunakan sebagai lahan pertanian. Terdapat beberapa masalah pada lahan pasang surut yaitu kondisi lahan yang asam, salinitas tinggi, kandungan logam berat berupa besi (Fe) dan alumunium (Al) yang dapat mengganggu pertumbuhan tanaman termasuk padi. Penggunaan plant growth promoting bacteria (PGPB) merupakan salah satu strategi yang dapat digunakan untuk meningkatkan pertumbuhan tanaman. Aktinobakteri adalah salah satu bakteri yang memiliki kemampuan sebagai PGPB dengan menghasilkan berbagai senyawa bioaktif pemacu tumbuh tanaman. Aktinobakteri yang berasosiasi dengan spons telah diketahui dapat memproduksi indole acetic acid (IAA), siderofor, hydrogen cyanide (HCN), menambat N2, melarutkan fosfat, anticendawan dan antibakteri. Berdasarkan hal tersebut, maka aplikasi aktinobakteri yang berasosiasi dengan spons dan kemampuannya sebagai PGPB diduga dapat meningkatkan pertumbuhan tanaman padi pada lahan pasang surut. Aktinobakteri yang berasosiasi dengan spons juga diketahui memiliki keragaman yang unik. Callyspongia sp. telah diketahui sebagai spons dengan asosiasi aktinobakteri terbanyak yang teramati dengan menggunakan teknik kultivasi. Keragaman aktinobakteri pada spons tersebut belum diketahui, melalui pendekatan metagenomik dengan menggunakan high throughput sequencing diharapkan dapat mengungkap keragaman aktinobakteri yang berasosiasi dengan spons secara menyeluruh. Penelitian ini meliputi tiga tahap yakni karakterisasi fisiologis isolat aktinobakteri yang berasosiasi dengan spons untuk tumbuh dan menghasilkan senyawa bioaktif pemacu tumbuh pada kondisi cekaman, percobaan efektivitas konsorsium aktinobakteri yang berasosiasi dengan spons di lapangan dan analisis metagenomik aktinobakteri yang berasosiasi dengan spons. Sepuluh isolat aktinobakteri yang berasosiasi dengan spons diketahui memiliki kemampuan tumbuh pada berbagai kondisi cekaman lingkungan berupa pH, salinitas, logam berat Fe dan Al. Lima isolat aktinobakteri dengan kemampuan tumbuh terbaik dipilih yaitu Cal24h, Cal31t, Crc32t, Dbi28t, dan Car21t. Kelima isolat ini juga diketahui memiliki kemampuan dalam memproduksi IAA, amonium, dan siderofor. Hasil pengujian hipersensitivitas, hemolitik dan kompatibilitas menunjukkan bahwa kelima isolat tersebut merupakan kelompok bakteri nonpatogenik, sehingga aman digunakan sebagai konsorsium untuk pengujian di lapangan. Kelima isolat aktinobakteri potensial tersebut teridentifikasi sebagai Streptomyces sp. dengan tingkat kesamaan tertinggi sebesar 99.81 %. Dua isolat yaitu Cal31t dan Cal24h mengelompok secara terpisah dengan ketiga isolat lainnya. Dua isolat tersebut memiliki accesion number MK499453 dan MK499454 pada GenBank. Sementara itu, tiga isolat lainnya memiliki nilai similaritas yang rendah yaitu dibawah 97 %, sehingga kemungkinan memiliki novelty sebagai spesies baru. Perlu dilakukan pengujian lebih lanjut seperti uji biokimiawi, fisiologis, komposisi dinding sel, dan lainnya untuk memastikan kebaruan dari ketiga isolat tersebut. Konsorsium dari aktinobakteri potensial diketahui memiliki kemampuan dalam memproduksi IAA, amonium, dan siderofor yang lebih tinggi pada keadaan cekaman dibandingkan keadaan normal. Menariknya kemampuan konsorsium dalam menghasilkan IAA dan siderofor lebih besar jika dibandingkan dengan isolat aktinobakteri asal tanah pasang surut. Konsorsium dari aktinobakteri potensial tersebut telah terbukti mampu meningkatkan perkecambahan tanaman padi melalui peningkatan panjang akar, panjang tajuk dan jumlah akar dari tanaman padi sebesar 9.86 %, 9.44 %, dan 13.93 % untuk masing-masingnya. Hasil ini sejalan dengan hasil pengujian di lapangan, inokulasi konsorsium aktinobakteri pada dua varietas padi yaitu IR 64
Keyword: Aktinobakteri yang berasosiasi dengan spons, Lahan pasang surut, Pemacu tumbuh tanaman

Judul: Kemampuan Aktinomiset yang Berasosiasi dengan Spons dalam Mengendalikan Bakteri Patogen
Abstrak: Spons adalah hewan invertebrata dari filum Porifera yang diketahui sebagai salah satu hewan laut yang memiliki potensi besar dalam menghasilkan senyawa bioaktif baru. Aktinomiset merupakan kelompok bakteri Gram positif yang diketahui mampu menghasilkan senyawa bioaktif yang dapat berfungsi sebagai antifungi, antibakteri, antitumor, antikanker, antivirus, herbisida, antidiabetes, antihelmintik, dan antiprotozoa. Spons merupakan salah satu hewan laut yang berasosiasi dengan aktinomiset. Aktinomiset yang berasosiasi dengan spons ini diduga sebagai penghasil senyawa bioaktif yang dominan. Di Indonesia penyakit infeksi bakteri sering menyerang masyarakat, contohnya diare yang pada tahun 2014 dilaporkan terjadi lebih dari 8 juta kasus. Penyakit infeksi bakteri merupakan salah satu penyebab utama kematian yang banyak terjadi di negara tropis seperti Indonesia dengan jumlah penderita yang tinggi. Indonesia merupakan negara kepulauan yang kaya akan keanekaragaman hewan dan tumbuhan laut, salah satunya yaitu spons. Namun, hingga saat ini masih sedikit informasi yang tersedia tentang aktinomiset yang berasosiasi dengan spons. Berdasarkan deskripsi tersebut maka kajian potensi aktinomiset yang berasosiasi dengan spons dalam mengendalikan bakteri patogen perlu dilakukan. Aktinomiset diisolasi menggunakan tiga media berbeda yaitu Humic Acid Vitamin (HV) Agar, HV dengan air laut, dan Sea Water Agar (M5-S), dan dipurifikasi pada media Yeast Starch Agar (YSA). Isolat yang diperoleh diamati karakter morfologinya meliputi warna miselium aerial dan miselium substrat, pigmentasi, serta permukaan koloni. Aktinomiset diuji kemampuan penghambatanya terhadap 4 isolat uji. Sebanyak dua isolat uji berasal dari gram Gram negatif yaitu Enterophatogenic Escherichia coli EPEC K1-1 dan Shigella dysenteriae, dan dua isolat dari Gram positif yaitu Staphylococcus aureus dan meticillint resistant S. aureus (MRSA). Isolat aktinomiset terpilih diidentifikasi secara molekuler berdasarkan gen 16S rRNA. Sebanyak 62 aktinomiset yang berasosiasi dengan spons berhasil diisolasi. Beragam variasi karakter morfologi diperoleh baik pada warna miselium aerial dan miselium substrat, pigmentasi, serta permukaan koloni. Hasil uji antagonis menunjukkan bahwa sebagian besar aktinomiset yang diperoleh mampu menghambat setidaknya satu bakteri patogen. Aktivitas tertinggi ditunjukkan oleh isolat NOHa.2 yang mampu menunjukkan aktivitas tertinggi terhadap bakteri patogen S. dysenteriae, dan isolat HRHa.5 yang menunjukkan aktivitas terhadap tiga bakteri patogen. Identifikasi gen 16S rRNA menunjukkan bahwa isolat HRHa.5 memiliki kemiripan dengan Streptomyces sampsonii galur NRRL B12325 sebesar 94%, S. champavati galur B-5682 sebesar 94%, dan S. albidoflavus galur DSM 40455 sebesar 93%.
Keyword: Aktinomiset, antimikrob, karakter morfologi, gen 16S rRNA, spons

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: