Judul: Detection of Biogenic Amine Producing Bacteria in Scombridae Fish based on Multiplex PCR the Coding Genes and Specific Primers
Abstrak: Amina biogenik merupakan komponen basa nitrogen yang terbentuk oleh dekarboksilasi asam amino. Amina biogenik yang sering terdeteksi pada produk perikanan di antaranya histamin, tiramin dan kadaverin yang dihasilkan oleh bakteri. Deteksi bakteri dapat dilakukan melalui gen penyandi yang dihasilkan bakteri pembentuk amina biogenik serta deteksi melalui spesifik bakteri pembentuknya. Gen pengkode dekarboksilasi asam amino tersebut yaitu histidine decarboxylase (hdc), tyrosine decarboxylase (tdc) serta lysine decarboxylase (ldc). Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi gen hdc, tdc dan ldc menggunakan multiplex PCR dan mengidentifikasi bakteri pembentuk amina biogenik pada ikan scombridae. Sampel yang digunakan yaitu ikan tuna beku, tongkol beku, cakalang beku, tuna loin, pindang potong dan pindang bumbu kuning. Ikan tuna yang disimpan pada suhu ruang selama 3 hari sebagai kontrol positif, kontrol negatif berupa ddH 2 O dan media enrichment. Penelitian terdiri dari enrichment bakteri pada media lactose broth dan marine broth, isolasi DNA sampel daging ikan dan hasil enrichment, uji kemurnian dan konsentrasi isolat, amplifikasi gen target hdc, tdc, ldc menggunakan multiplex PCR, sekuensing, analisis bioinformatika bakteri pembentuk amina biogenik, desain primer dan amplifikasi spesifik bakteri Morganella morganii dan Carnobacterium divergens sebagai pembentuk amina biogenik menggunakan multiplex PCR. Hasil yang diperoleh yaitu isolat DNA bakteri dengan rasio kemurnian (A260/280) yaitu 1,49-2,17 serta konsentrasi isolat 15,75-461,75 ng/µL. Marine broth merupakan media enrichment terpilih yang dapat mengamplifikasi 3 gen target hdc, tdc dan ldc menggunakan multiplex PCR. Gen tdc, hdc dan ldc teramplifikasi menggunakan multiplex PCR pada sampel tuna beku, pindang potong dan pindnag bumbu kuning. Bakteri pembentuk amina biogenik histamin (gen hdc) yang teridentifikasi pada sampel tuna beku dan pindang potong yaitu Acinetobacter baumannii sedangkan pada pindang bumbu kuning yaitu Morganella morganii. Bakteri pembentuk tiramin (gen tdc) pada tuna beku, pindang potong dan pindang bumbu kuning yaitu Enterobacter cloacae. Bakteri pembentuk kadaverin (gen ldc) pada tuna beku dan pindang bumbu kuning teridentifikasi Enterobacter cloacae sedangkan pada pindang potong yaitu Enterobacter hormaechei. Primer spesifik bakteri M. morganii dan C. divergens sebagai pembentuk amina biogenik ditemukan pada seluruh sampel ditandai dengan teramplifikasi menggunakan multiplex PCR., Biogenic amines are nitrogenous base components formed by amino acid decarboxylation. Biogenic amines that are often detected in fishery products are histamine, tyramine and cadaverine which are produced by bacteria. Bacterial detection can be carried out by coding genes and specific forming bacteria. The amino acid decarboxylation coding genes are histidine decarboxylase (hdc), tyrosine decarboxylase (tdc) and lysine decarboxylase (ldc). The purpose of this study aims to detection hdc, tdc and ldc gene using multiplex PCR and identification of biogenic amine producing bacteria in scombridae fish. The specimens used were frozen tuna, little tuna, skipjack and loin tuna. In addition, Indonesian traditional tuna such as pindang potong, pindang bumbu were observed. Tuna stored at room temperature for 3 days as positive control, ddH2O, medium pre-enrichment as control negative. The study consisted of the preenrichment stage of bacteria on lactose broth and marine broth medias, DNA isolation (sample with and non pre-enrichment), purity test and isolate concentration of target gene of hdc, tdc, ldc using multiplex PCR, sequencing, bioinformatics analysis of biogenic amine forming bacteria, desain and detection Morganella morganii and
Keyword: Carnobacterium divergens, hdc, Morganella morganii, ldc, tdc

Judul: Deteksi Bakteri Penghasil Histamin melalui Gen Histidine Decarboxylase (hdc) pada Ikan Tuna, Tongkol, dan Cakalang
Abstrak: Bakteri penghasil histamin dapat diidentifikasi dengan mendeteksi gen histidin dekarboksilase (hdc). Tujuan penelitian ini yaitu menentukan kadar histamin pada daging ikan tuna, tongkol, dan cakalang, mengidentifikasi jenis bakteri pembentuk histamin dan menganalisis bioinformatika melalui konstruksi pohon filogeni. Kadar histamin diuji menggunakan spektrofluorometer, sedangkan analisis DNA bakteri penghasil enzim hdc menggunakan PCR. Kadar histamin yang terdeteksi dari ikan tuna, tongkol, dan cakalang yaitu sebesar 2.96±0.22 ppm, 2.14±0.23 ppm, dan 1.02±0.97 ppm. Jenis bakteri pembentuk histamin yang berhasil diidentififikasi baik menggunakan primer spesifik hdc maupun primer universal 16S rRNA yaitu Morganella morganii, Enterobacter hormaechei, Klebsiella aerogenes dan Enterobacter bugandensis. Konstruksi pohon filogeni menunjukkan bahwa bakteri M. morganii dan E. hormaechei berkerabat dekat pada satu cabang, serta bakteri Klebsiella aerogenes, Enterobacter bugandensis, dan Escherichia fergusonii juga berkerabat dekat, namun ketiganya tidak berkerabat dengan bakteri Peptoniphilus stercorisuis dan Vagococcus carniphilus.
Keyword: 16S rRNA, PCR, pohon filogeni

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: