Judul: Desain Primer dan Identifikasi SNP 5’UTR Gen Calpastatin pada Sapi Bali.
Abstrak: Tujuan penelitian ini adalah mendapatkan primer spesifik 5’UTR gen calpastatin (CAST) pada sapi bali dan mengidentifikasi keragaman (SNP) 5’UTR gen CAST pada sapi bali (Bos javanicus) menggunakan teknik partial sekuensing. Sebanyak 25 ekor sapi bali dianalisis berasal dari Balai Pembibitan Ternak Unggul dan Hijauan Pakan Ternak Denpasar (BPTU-HPT Denpasar). Primer dirancang menggunakan program Primer 3, Multiple Primer Analyzer dan Primer Stat. Data sekuensing dianalisis menggunakan program BLAST, FinchTV, dan MEGA7. Primer forward dan reverse dirancang berdasarkan GenBank: AH014526.2 adalah 5’-AGG GTG TGA GTT GCA AAC AG-3’ dan 5’-GAA GGC CAG GAA GGC TAA C-3’. Ada 2 mutasi transversi yang ditemukan yakni g.921C>T dan g.922T>G. Fragmen 5’UTR gen CAST (158 pb) tidak memiliki variasi pada daerah ini, sehingga nilai heterosigositas dan keseimbangan Hardy-Weinberg tidak dapat dihitung. SNP g.921C>T dan SNP g.922T>G dapat dijadikan sebagai kandidat marker assisted selection (MAS) untuk sifat kualitas daging pada sapi bali.
Keyword: 5’UTR, calpastatin, desain primer, sapi bali, SNP

Judul: Identifikasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Daerah 5'UTR Gen Kalpain (CAPN1) pada Sapi Bali
Abstrak: empukan daging yang memproduksi enzim kalpain sehingga berdampak pada kualitas daging. Tujuan dari penelitian ini adalah mengidentifikasi SNP 5’UTR gen CAPN1 pada sapi bali. Sampel DNA yang digunakan sebanyak 25 sampel sapi bali yang berasal dari BPTU-HPT sapi bali di Provinsi Bali. Analisis polymerase chain reaction (PCR) dan sequencing dilakukan untuk mendeteksi adanya SNP di daerah 5’UTR gen CAPN1. Data hasil sekuensing dianalisis menggunakan program Bio Edit, Finch TV dan MEGA7. Keragaman SNP dihitung mengunakan frekuensi alel dan genotipe, sedangkan keseimbangan Hardy-Weinberg dianalisis menggunakan uji χ2. Hasil menunjukkan bahwa ditemukan 1 SNP pada g.232 G>T di 5’UTR gen CAPN1 sapi bali. Berdasarkan hasil analisis frekuensi alel, ditemukan bahwa alel G memiliki frekuensi sebesar 0.6875 dan alel T sebesar 0.3125 dan dalam keadaan keseimbangan Hardy-Weinberg (P>0.05). Berdasarkan hasil yang diperoleh, SNP pada posisi g.232 G>T berpotensi dijadikan sebagai penanda genetik untuk kualitas daging. Perhitungan komposisi basa nukleotida menunjukkan basa G+C memiliki nilai lebih besar dibandingkan basa A+T.
Keyword: gen CAPN1, sapi bali, 5'UTR, SNP

Judul: Tinjauan Matematis pada Model Makroskopik dan Mikroskopik Arus Lalu-lintas
Abstrak: Traffic flow phenomenon can be described through mathematical model such as continuous dynamic model with an ordinary differential equation so that it can be solved with integral factors. In this paper three simple models of traffic flow are discussed, i.e, two macroscopic and one microscopic models. Macroscopic model formulates dynamics of the traffic flow that occurs on a large number of vehicles on a road. While the microscopic model explains drivers’ behavior in their interaction with other vehicles ahead, i.e, car-following model. This paper shows the existence of ordinary differential equation found in the traffic flow model and indicates some different representations in the context of the same model. It also reviews a simple model of traffic flow along a single link, which leads to some unexpected results, i.e, it can express the solution model in term of link outflows as well as trip time. In the microscopic model, simulation is done to illustrate the behavior of the drivers with a sensitivity coefficient as a benchmark parameter.
Keyword: