Judul: Deteksi dan Distribusi Virus Bawang Putih pada Umbi Benih dan Konsumsi
Abstrak: Garlic is a horticultural commodity with high economic value. High consumption of garlic and low production of local garlic resulted in a lot of imported garlic in domestic market. One constraint in garlic production is virus infection which can be carried through vegetative propagation material (bulbs). The research was conducted to detect Garlic common latent virus (GCLV), Shallot latent virus (SLV), Onion yellow dwarf virus (OYDV), and Leek yellow stripe virus (LYSV) in local garlic bulbs used as seed bulbs and imported garlic bulbs used for consumption. Samples of local seed bulbs were collected from seed breeders in several garlic growing areas in Indonesia; while imported bulbs were collected from several local markets in Bogor. Morphological observations of each garlic bulb include skin color, neck hardness, and diameter size. The bulb samples were then grown in the laboratory, and the leaves were collected to be used as virus-detection material. Virus detection was conducted by RT-PCR (reverse transcription polymerase chain reaction) method using specific primers for each virus, namely GCLV-F/GCLV-R, GS-RT1/GS-RT2, OG-RT1/OG-RT2, and P-RT3/P-RT4, respectively for GCLV, SLV, OYDV, and LYSV. Seed and consumption bulbs have differences in their morphological characteristics, especially in the type of neck hardness and size of bulb diameter. OYDV and LYSV infections were successfully detected in seed and consumption bulbs; while SLV was only found in consumption bulbs and GCLV was only found in seed bulbs. Nucleotide sequence analysis showed that SLV from consumption bulbs formed one group, GCLV from seed bulbs formed one group, while OYDV and LYSV from seed and consumption bulbs were in different groups, indicating that the viruses came from different strains. Further research is needed to anticipate the spread of new garlic virus strains in Indonesia., Bawang putih merupakan komoditas hortikultura bernilai ekonomi tinggi. Konsumsi bawang putih yang tinggi dan rendahnya produksi bawang putih lokal mengakibatkan banyak bawang putih impor yang beredar di pasaran. Salah satu faktor kendala dalam produksi bawang putih adalah infeksi virus yang terbawa melalui bahan perbanyakan vegetatif (benih umbi). Penelitian dilakukan untuk mendeteksi Garlic common latent virus (GCLV), Shallot latent virus (SLV), Onion yellow dwarf virus (OYDV), dan Leek yellow stripe virus (LYSV) pada umbi bawang putih lokal yang digunakan sebagai umbi benih serta umbi bawang putih impor yang digunakan untuk konsumsi. Sampel umbi benih lokal dikumpulkan dari penangkar benih di beberapa sentra penanaman bawang putih di Indonesia; sementara umbi impor dikumpulkan dari beberapa pasar lokal di Bogor. Pengamatan morfologi dari masing-masing umbi bawang putih meliputi warna kulit umbi, kekerasan leher, dan ukuran diameter umbi. Sampel umbi kemudian ditumbuhkan di laboratorium, daun dikumpulkan untuk digunakan sebagai bahan deteksi virus. Deteksi virus dengan metode RT-PCR (reverse transcription polymerase chain reaction) menggunakan primer spesifik masing-masing virus, yaitu GCLV-F/GCLV-R, GS-RT1/GS-RT2, OG-RT1/OG-RT2 dan P-RT3/P-RT4, berturut-turut untuk GCLV, SLV, OYDV dan LYSV. Umbi benih dan umbi konsumsi memiliki perbedaan pada karakteristik morfologinya, terutama pada jenis kekerasan leher dan ukuran diamater umbi. Infeksi OYDV dan LYSV berhasil dideteksi dari umbi benih dan umbi konsumsi; sedangkan SLV hanya ditemukan pada umbi konsumsi dan GCLV hanya ditemukan pada umbi benih. Analisis sekuen nukleotida menunjukkan SLV dari umbi
Keyword: morphological characteristics, RT-PCR, sequence analysis, specific primers

Judul: Eliminasi Onion Yellow Dwarf Virus Dan Garlic Common Latent Virus Pada Bawang Putih Melalui Elektroterapi Dan Termoterapi Secara In Vitro
Abstrak: Bawang putih (Allium sativum) merupakan salah satu komoditas hortikultura yang digunakan sebagai bumbu di sebagian besar masakan Indonesia. Bawang putih diperbanyak secara vegetatif sehingga diduga tidak ada klon atau benih yang bebas dari penyakit. Beberapa jenis patogen diketahui dapat menular antar tanaman melalui perbanyakan vegetatif termasuk virus. Tanaman bawang putih dapat terinfeksi oleh virus dari 5 kelompok genus yaitu Allexivirus (Garlic virus-A, GarV-A; Garlic virus-B, GarV-B; Garlic virus-C, GarV-C; Garlic virus-D, GarV-D; Garlic virus-E, GarV-E; Garlic virus-X, GarV-X; Shallot virus X, ShVX; dan Garlic mite-borne filamentous virus, GarMbFV), Potyvirus (Onion yellow dwarf virus, OYDV; dan Leek yellow stripe virus, LYSV), Carlavirus (Garlic common latent virus, GarCLV atau GCLV; dan Shallot latent virus, SLV), Tospovirus (Irish yellow spot virus, IYSV), dan Fijivirus (Garlic dwarf virus, GDV). Beberapa jenis virus yang menginfeksi bawang putih tersebut dilaporkan dapat menyebabkan kehilangan hasil. Oleh karena itu, perlu upaya preventif untuk mengurangi insidensi penyakit virus melalui penggunaan benih bebas virus. Tujuan penelitian adalah untuk mendapatkan metode eliminasi OYDV dan GarCLV pada bahan perbanyakan bibit bawang putih melalui aplikasi kombinasi elektroterapi dan termoterapi secara in vitro. Penelitian dilaksanakan mulai Desember 2015 sampai September 2016 di Laboratorium Virologi Tumbuhan Departemen Proteksi Tanaman dan Laboratorium Kultur Jaringan 3 Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor. Sampel benih bawang putih lokal diperoleh dari penangkar umbi bawang putih; terdiri atas 4 kultivar yaitu cv. Lumbu Kuning dan cv. Lumbu Hijau dari Jawa Timur, cv. Tawangmangu Baru dari Jawa Tengah, dan cv. Sangga Sembalun dari Nusa Tenggara Barat, sedangkan bawang putih konsumsi impor diperoleh dari supermarket. Kegiatan penelitian diawali dengan deteksi virus pada sampel bawang putih menggunakan metode dot immunobinding assay (DIBA) dengan antibodi OYDV, GarCLV, dan SLV. Deteksi benih bawang putih lokal dilakukan dengan memilih secara acak 50 umbi pada masing-masing kultivar, sedangkan umbi bawang putih impor dipilih secara acak 10 umbi dan ditumbuhkan selama 3 minggu di laboratorium. Daun dikoleksi dan dijadikan sampel untuk deteksi virus. Dua kultivar dengan insidensi virus tertinggi digunakan sebagai bahan tanam dalam perlakuan eliminasi. Tunas adventif diberi perlakuan arus elektroterapi pada lima taraf perlakuan, yaitu 0 mA, 5 mA, 10 mA, 15 mA dan 20 mA masing-masing diberi aliran arus listrik selama 10 menit. Ujung tunas dipotong sekitar 2 mm yang digunakan sebagai eksplan. Eksplan dikulturkan pada media MS (Murashige-skoog) dan diinkubasi pada ruang kultur kemudian diberikan termoterapi berdasarkan masing-masing suhu selama 4 minggu. Perlakuan termoterapi menggunakan 4 taraf perlakuan suhu, yaitu 23 °C, 28 °C, 33 °C, dan 38 °C. Setelah 4 minggu, tunas dipindahkan ke media inisiasi akar selama 2 minggu. Planlet yang terbentuk siap diaklimatisasi menggunakan media arang sekam steril selama 2 minggu di laboratorium. Deteksi virus dilakukan pada tanaman bawang putih hasil aklimatisasi menggunakan metode reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). Deteksi virus dari sampel bawang putih lokal menunjukkan hasil yang beragam antar sampel bawang putih. Total insidensi virus sangat tinggi, yaitu 100% pada cv. Sangga Sembalun, 98% pada cv. Lumbu Hijau, 96% pada cv. Tawangmangu Baru, dan 92% pada cv. Lumbu Kuning, sedangkan pada bawang putih konsumsi impor insidensi virus 100%. Lebih dari satu jenis virus ditemukan pada satu tanaman
Keyword: DIBA, planlet bebas virus, RT-PCR

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: