Judul: Isolasi dan Karakterisasi Molekuler Virus Newcastle Disease dari Peternakan Ayam Petelur yang Telah Divaksinasi
Abstrak: Newcastle disease (ND) pertama kali diidentifikasi pada tahun 1926 di Bogor, Jawa, Indonesia dan menjadi satu penyakit infeksi penting di peternakan unggas di dunia. Newcastle disease disebabkan oleh Avian Paramyxovirus type-1 galur virulen dengan tingkat morbiditas dan mortalitas mencapai 100%. Vaksinasi merupakan satu usaha pencegahan terhadap infeksi virus ND (VND), namun infeksi VND masih dilaporkan pada peternakan unggas yang telah menerapkan program vaksinasi di berbagai belahan dunia. Sejak tahun 2011, laporan terkait peran VND subgenotipe VIId dengan substitusi E/G347K/R protein HN pada kasus penurunan produksi telur telah banyak dilaporkan di Cina, Taiwan, dan Korea. Selanjutnya, kasus infeksi VND pada peternakan unggas yang telah divaksinasi di Indonesia telah dilaporkan sejak tahun 2009, tetapi informasi terkait kasus infeksi VND varian HN 347K/R di Indonesia belum pernah dilaporkan. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi dan mengarakterisasi VND yang diisolasi dari kasus penurunan produksi telur pada peternakan unggas petelur yang telah menerapkan program vaksinasi terhadap VND. Sebanyak enam sampel organ yang digunakan dalam penelitian merupakan koleksi PT. IPB Shigeta Pharmaceuticals yang berasal dari dari peternakan unggas petelur yang berbeda dengan kasus penurunan produksi telur, peningkatan feed convertion ratio (FCR) dan telah menerapkan program vaksinasi VND. Propagasi virus dilakukan dengan menginokulasikan sampel ke dalam telur ayam berembrio (TAB) specific pathogen free (SPF). Identifikasi virus dilakukan dengan Real Time Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (rRT-PCR) dengan target gen matriks (M). Amplifikasi genom fusion (F) dan hemagglutinin-neuraminidase (HN) dengan metode RT-PCR dilakukan pada isolat yang menunjukkan hasil positif VND pada rRT-PCR. Karakteristik VND dianalisis berdasarkan uji waktu elusi dan sekuen partial nukleotida dan asam amino F dan HN, motif cleavage site protein F, dan pohon filogenetik dengan pembanding isolat VND Indonesia yang telah dipublikasi di Genbank. Terdapat satu isolat yang terdeteksi VND yaitu Layer/Cianjur-01/16 dan termasuk dalam galur mesogenik berdasarkan uji waktu elusi. Analisa sekuen nukleotida menunjukkan isolat Layer/Cianjur-01/16 termasuk dalam galur virulen dengan motif asam amino polybasic 112RRRKR/F117 pada cleavage site protein F. Layer/Cianjur-01/16 termasuk dalam subgenotipe VIIh dengan tingkat kemiripan 93–98% dibandingkan isolat subgenotipe VIIh asal Indonesia lainnya dan 90% dengan isolat subgenotipe VIIi asal Indonesia lainnya. Analisis asam amino menunjukkan adanya substitusi E menjadi K pada posisi 347 dari protein HN akibat mutasi G menjadi A pada nukleotida di posisi 1039 (G1039A). Asam amino 345–355 merupakan salah satu situs antigenik yang berperan dalam attachment virus pada reseptor permukaan sel inang. Substitusi asam amino pada situs antigenik dapat menyebabkan perubahan kemampuan antibodi dalam menetralisasi virus sehingga substitusi E347K diduga berpengaruh terhadap kemampuan VND dalam menginfeksi unggas yang telah divaksinasi. Hasil tersebut mengindikasikan perlunya surveilans molekuler VND yang lebih luas pada peternakan unggas yang telah divaksinasi.
Keyword: cleavage site, filogenetik, fusion, hemagglutinin-neuraminidase, substitusi.

Judul: Isolasi dan Karakterisasi Biologik Virus Newcastle Disease (NDV)
Abstrak: Newcastle disease (ND) merupakan salah satu penyakit unggas yang sangat penting di industri peternakan. Distribusi ND sudah terjadi di seluruh dunia antara lain Asia, Afrika dan Amerika. Newcastle disease juga merupakan penyakit unggas yang sangat merugikan secara ekonomi karena infeksi yang diakibatkan dapat menyebabkan kematian mencapai 100%. Salah satu cara pengendalian ND adalah vaksinasi, yang telah diaplikasikan selama beberapa dekade pada industri peternakan di seluruh dunia. Di Indonesia, Newcastle disease merupakan penyakit unggas endemik. Upaya pengendaian terutama dilakukan dengan vaksinasi menggunakan berbagai ragam sediaan vaksin ND yang beredar di pasaran. Kasus ND masih dilaporkan terjadi di lapangan walaupun vaksinasi telah diterapkan secara ketat di peternakan ayam komersial. Kemungkinan terjadinya hal tersebut antara lain disebabkan oleh ketidaksesuaian vaksin yang diberikan dengan virus yang bersirkulasi di lapangan. Apalagi diketahui virus Newcastle disease (NDV) merupakan virus RNA yang sangat mudah bermutasi. Banyaknya kasus ND yang terjadi di lapangan tidak dibarengi dengan cukupnya informasi dan publikasi tentang NDV asal Indonesia. Secara umum penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan informasi tentang infeksi NDV pada ayam komersial maupun kampung melalui deteksi genom, isolasi dan identifikasi, serta karakterisasi biologik isolat lapang. Sejumlah 529 sampel usap kloaka dikoleksi dari pasar-pasar tradisional dan peternakan rakyat di daerah Bogor dan Tangerang. Keberadaan NDV ditentukan dengan mendeteksi gen matriks menggunakan teknik real-time reverse transcriptase-PCR (rRT-PCR); 20 sampel dideteksi positif gen matriks . Upaya isolasi virus dari 20 sampel positif PCR pada telur ayam berembrio (TAB) specific pathogen free (SPF) umur 9-11 hari berhasil menumbuhkan 11 isolat yang memperlihatkan aktifitas hemaglutinasi(haemagglutination, HA). Identifikasi menggunakan uji hambatan hemaglutinasi (haemagglutination inhibition, HI) dan rRT-PCR meneguhkan bahwa 11 isolat tersebut adalah NDV. Empat isolat representasi lokasi dipilih untuk karakterisasi patogenisitas dengan metode mean death time (MDT) pada TAB SPF, dan karakterisasi antigenisitas menggunakan metode haemagglutination inhibition (HI) dan virus netralisasi (VN) untuk melihat keragaman antar isolat virus. Uji MDT memperlihatkan dua isolat (APMV-1/Chicken/Tangerang/IISERnc/2012) dan APMV-1/Chicken/Tangerang/ XIIIBSDnc/2012) adalah mesogenik, satu isolat (APMV-1/Chicken/ Tangerang/VIIIBSDbr/2012) termasuk lentogenik, dan satu isolat (APMV-1/Chicken/Tangerang/ TWPRnc/2012) bersifat velogenik. Tiga dari empat isolat menunjukkan hubungan antigenik dengan strain Komarov dan G7 tetapi tidak dengan strain referensi LaSota, sementara isolat velogenik APMV-1/Chicken/Tangerang/ TWPRnc/2012 yang berasal dari ayam kampung menunjukkan reaksi silang tinggi dengan antiserum terhadap tiga strain referensi diatas. Sampel-sampel yang diambil di lapang, baik yang berasal dari pasar dan peternakan rakyat, baik dengan atau tanpa gejala sakit dapat diisolasi virus Newcastle disease dengan karakteristik yang beragam. Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut untuk melihat keragamanan genetik dan pathotyping isolat yang diperoleh sehingga dapat memberikan informasi yang lebih mendalam dan bermakna tentang penyakit
Keyword: Newcastle disease, Newcastle disease in Indonesia, mean death time (MDT), real time reverse transcriptation (rRT-PCR)

Judul: Metode Kaczmarz untuk menyelesaikan sistem persamaan linear
Abstrak: A system of linear equations is often involved in science and engineering problems. There are many methods available for solving system of linear equations, both analytically and numerically. Kaczmarz method is one of iterative methods for solving such system. Orthogonal projections are used in this method. The sequence of approximate solutions generated by algorithm for this method is convergent for an arbitrary initial solution. A proof of the convergence is given. If the system of linear equations is consistent, then the sequence of approximate solutions converges to the exact solution. This shows that Kaczmarz method is a good method. Implementation of this method is done using MATLAB R2008b. Some systems of linear equations are generated, and then solved numerically using the program. The results show that the more iteration used in the solution approximation, the smaller norm of residual obtained.
Keyword: