Judul: Electrotherapy of Cactus Cutting with Witches’  Broom Symptoms and Molecular Identification of Phytoplasma
Abstrak: Kaktus (Opuntia sp.) merupakan tanaman sukulen berduri yang digemari masyarakat di berbagai negara sebagai tanaman hias. Penyakit sapu pada kaktus diketahui disebabkan oleh fitoplasma. Saat ini, deteksi dan identifikasi fitoplasma mengandalkan teknik polymerase chain reaction (PCR) dan PCR amplicon nucleotide sequencing. Deteksi fitoplasma yang lebih sensitif seringkali perlu dilakukan dengan menggunakan teknik nested-PCR, PCR yang berurutan menggunakan dua pasangan primer yang berbeda tetapi pada daerah amplifikasi yang sama. Teknik elektroterapi menggunakan arus listrik belum banyak dilaporkan apakah dapat menekan patogen pada organ perbanyakan tanaman, baik benih maupun bibit, atau mempengaruhi pertumbuhannya. Perlakuan elektroterapi pada pertumbuhan kaktus seperti tinggi tanaman, lebar tanaman, dan jumlah tunas menunjukkan hasil yang positif. Pengaruh elektroterapi pada duri kaktus tidak menunjukkan pengaruh yang besar karena adanya duri dipengaruhi oleh gejala penyakit sapu itu sendiri. Rasio batang kaktus terhadap penyimpan cadangan air paling baik ada pada tanaman kaktus yang sehat dibandingkan dengan tanaman kaktus yang bergejala. Eliminasi fitoplasma dengan teknik elektroterapi pada tanaman kaktus bergejala memiliki batang dan pucuk yang lebih hijau dibandingkan dengan tanaman kaktus bergejala tanpa elektroterapi. Deteksi fitoplasma dari pemotongan kaktus yang sakit menggunakan PCR dengan primer P1/P7 hanya memberikan beberapa hasil yang positif. Reamplifikasi dengan nested-PCR dengan primer R16F2n/R16R2 meningkatkan jumlah sampel positif dengan pita DNA yang lebih baik. Fitoplasma dari kaktus asal Indonesia berkerabat dekat dengan fitoplasma-fitoplasma asal kaktus negara lain dan diidentifikasi sebagai fitoplasma grup 16SrII (Peanut witches' broom) berdasarkan analisis nukleotida gen 16S rRNA. Kata Kunci: 16S rRNA, arus listrik DC, pohon filogenetik, fitoplasma grup 16SrII, nested-PCR, Cactus (Opuntia sp.) is a thorny succulent plant that is favored by people in various countries as an ornamental plant. Cactus witches’ broom is known to be caused by phytoplasma. Currently, phytoplasma detection and identification rely on polymerase chain reaction (PCR) techniques and PCR amplicon nucleotide sequencing. Detection of more sensitive phytoplasmas often needs to be done by using the nested-PCR technique, successive PCR using two different primer pairs but from the same amplification region. Electrotherapy technique using electric currents has not been widely reported on whether they can suppress pathogens in plant propagation organs, both seeds, and seedlings, or affect their growth. Electrotherapy treatment on cactus growth such as plant height, plant width, and number of shoots showed positive results. The effect of electrotherapy on cactus thorns did not show a large effect because the presence of thorns was influenced by the symptoms of the broom disease itself. The ratio of cactus stems to the storage of water reserves is best for healthy cactus plants compared to symptomatic cactus plants. Elimination of phytoplasma by electrotherapy technique on symptomatic cactus plants had greener stems and shoots compared to symptomatic cactus plants without electrotherapy. Detection of phytoplasma from diseased cactus cutting using PCR with primers P1/P7 only yielded a few positive results. Reamplification by nested-PCR with R16F2n/R16R2 primers increased the number of positive samples with better DNA bands. Cactus phytoplasma from Indonesia are closely related to phytoplasmas from cactus from other countries and were identified as phytoplasma group 16SrII (Peanut witches' broom) based on nucleotide analysis of the 16S rRNA gene.
Keyword: 16S rRNA, arus listrik DC, Pohon filogenetik, fitoplasma grup 16SrII, nested-PCR

Judul: Preservasi Jaringan Tanaman, Deteksi Dan Identifikasi Fitoplasma Pada Kacang Tanah Bergejala Sapu Dengan Teknik Nested-Pcr
Abstrak: Fitoplasma adalah bakteri tanpa dinding sel yang menginfeksi jaringan floem tanaman. Penyakit sapu tanaman kacang tanah yang disebabkan oleh fitoplasma umum ditemukan di Indonesia. Deteksi fitoplasma pada tanaman masih cukup sulit dilakukan dengan pendekatan konvensional karena patogen ini bersifat obligat dan seringkali terdapat dalam konsentrasi yang sangat rendah. Teknik molekuler telah banyak digunakan dalam penelitian fitoplasma untuk mengatasi beberapa kendala ketika menggunakan metode konvensional. Polymerase chain reaction (PCR) adalah metode yang handal untuk mendeteksi fitoplasma pada tanaman inang. Namun berbagai faktor dapat mempengaruhi deteksi fitoplasma dengan metode PCR, termasuk penyediaan tanaman segar. Pengiriman contoh tanaman dalam waktu lama di perjalanan maupun penyimpanan yang tidak tepat di laboratorium dapat mengakibatkan munculnya senyawa-senyawa yang dapat menghambat amplifikasi DNA target. Penelitian ini bertujuan menentukan aspek lama, suhu, dan media penyimpanan yang optimal untuk jaringan tanaman kacang tanah terinfeksi fitoplasma, mengevaluasi amplifikasi DNA yang optimal dalam deteksi fitoplasma menggunakan nested- PCR, dan identifikasi fitoplasma berdasarkan analisis nukleotida gen 16S rRNA. Penyimpanan contoh tanaman kacang tanah bergejala sapu pada suhu dan media berbeda dalam periode waktu 4 minggu menunjukkan hasil yang bervariasi. Penyimpanan contoh selama 4 minggu pada suhu -20 ºC dan suhu 4 ºC hingga minggu ke-3 tidak mengalami perubahan bentuk dan sedikit terjadi perubahan warna contoh jaringan tanaman. Penyimpanan contoh pada suhu 25 ºC dalam bufer CTAB selama 4 minggu tidak mengalami perubahan bentuk maupun warna. Contoh yang tetap segar sebagai bahan untuk ekstraksi DNA total menggunakan metode CTAB menghasilkan DNA pada kualitas dan kuantitas DNA yang memadai berdasarkan pengukuran absorbansi dengan nanodrop spektrofotometer. Sementara itu, jaringan yang disimpan menggunakan FTA-card menghasilkan DNA dengan konsentrasi yang sangat tinggi dibandingkan hasil metode ekstraksi tersebut, namun dengan kualitas kemurnian yang rendah. DNA total hasil ekstraksi dari penyimpanan jaringan pada berbagai kondisi dan DNA dari penyimpanan dengan FTA-card ketika dijadikan template dalam PCR standar menggunakan pasangan primer P1/P7 menunjukkan bahwa tidak semua DNA fitoplasma terdeteksi positif. Namun, pengujian selanjutnya amplikon-amplikon PCR dengan primer P1/P7 tersebut sebagai template untuk nested-PCR menggunakan fU5/rU3 mampu meningkatkan detektabilitas fitoplasma yang berasal dari penyimpanan contoh pada berbagai kondisi dengan memberikan hasil positif dari contoh yang negatif pada PCR standar. Analisis nukleotida parsial gen 16S rRNA fitoplasma produk PCR standar berukuran sekitar ±850 pb dengan menggunakan PCR standar menunjukkan homologi dengan persentase tertinggi senilai 96% dengan beberapa strain yang data nukleotidanya tersimpan di GenBank NCBI. Beberapa strain fitoplasma yang terdekat adalah Sweet potato little leaf dan Peanut witches' broom phytoplasma. Cara penyimpanan jaringan tanaman yang terinfeksi fitoplasma yang optimum untuk mempertahankan kuantitas dan kualitas asam nukleat yang diekstraksi dapat dimanfaatkan dalam kegiatan penelitian dan maupun terapan yang melibatkan metode deteksi dan identifikasi menggunakan metode molekuler untuk patogen tumbuhan lain.
Keyword: 16S rRNA, DNA total, FTA-card, CTAB, suhu penyimpanan

Judul: Approximation of the Median of Poisson Distribution Using the Relation of Poisson-Gamma Distribution
Abstrak: A major drawback of median is that median cannot usually be defined in closed form, even in the cases where their distribution functions are known. This study gives an approximation of the closed form for the median of the Poisson distribution by using the relation of Poisson-Gamma distribution. The approximation uses elementary techniques based on the monotonicity of certain sequences involving tail probabilities of the Poisson distribution and the Central Limit Theorem. Furthermore, a closed form expression for the mean absolute deviation 􀜧|􀜰􀰒 􀵆 􀜯􀝁􀝀􁈺􀜰􀰒􁈻| is also studied. The median is relevant because of the fact that it minimizes the mean absolute deviation of a Poisson random variable (􀜰􀰒􁈻 by considering median as central tendency.
Keyword: