Judul: Evaluasi Ekspresi Gen Penyandi Δ6-Desaturase dengan Promoter yang Berbeda pada Ikan Lele Clarias gariepinus
Abstrak: Asam eikosapentanoat (EPA; 20:5n-3) dan asam dokosaheksanoat (DHA; 22:6n-3) merupakan nutrien asam lemak yang sangat penting bagi ikan. Salah satu upaya dalam meningkatkan sintesis endogen EPA dan DHA pada tubuh ikan adalah melalui transfer gen penyandi enzim metabolik asam lemak. Proses transgenesis menggunakan konstruksi gen penyandi enzim metabolik asam lemak tersebut dapat meningkatkan sintesis endogen n-3 HUFA pada ikan. Di sisi lain, pada proses transgenesis, pemilihan promoter menjadi salah satu pertimbangan penting karena promoter berperan dalam mengatur tempat, waktu, dan tingkat ekspresi suatu gen yang berhubungan dengan karakter tertentu. Penelitian ini bertujuan membandingkan aktivitas dua jenis promoter yang terkonstruksi pada gen penyandi enzim metabolik asam lemak Δ6-desaturase ikan salmon masu (Oncorhynchus masou), yaitu promoter β-aktin ikan medaka (pMba-OmΔ6fad) dan promoter apolipoproteiikan nibe n (pApo-OmΔ6fad). Transgenesis pada penelitian ini dilakukan pada ikan lele (Clarias gariepinus) melalui metode elektroporasi sperma yaitu menggunakan kejut listrik arus pendek untuk memasukkan gen tersebut dalam bentuk DNA plasmid ke dalam sel sperma. Ikan lele (C. gariepinus) dikenal sebagai salah satu spesies budidaya air tawar di Indonesia. Pertumbuhan ikan lele relatif cepat dan teknologi budidaya telah dikuasai sehingga banyak dibudidayakan. Sampel semen yang digunakan berasal dari dua ekor ikan lele jantan yang diinduksi menggunakan hormon sintetik (Ovaprim®) dengan dosis 0.1 mL kg-1 bobot ikan untuk mempercepat dan menyeragamkan tingkat kematangan gonadnya. Semen yang digunakan dalam proses elektroporasi diencerkan dengan larutan fisiologis (NaCl 0.9%) dengan perbandingan 1:1. Elektroporasi sperma dilakukan dengan menggunakan mesin Gene Pulser Xcell (Biorad®, USA). Semen yang diencerkan kemudian dicampur dengan masing-masing DNA plasmid (pMba-OmΔ6fad dan pApo-OmΔ6fad). Sperma tanpa DNA plasmid tetapi dielektroporasi dan sperma asal (tanpa perlakuan) diamati sebagai kontrol. Sperma hasil elektroporasi digunakan untuk membuahi sel telur. Kualitas sperma setelah proses elektroporasi diukur dengan skor motilitas sperma, persentase pembuahan dan penetasan telur, serta persentase kelangsungan hidup dan performa larva. Keberhasilan DNA plasmid masuk ke dalam sel sperma dikonfirmasi melalui analisis PCR. Identifikasi individu ikan yang membawa transgen dan mengukur level ekspresi gen dari kedua promoter yang digunakan juga dilakukan dengan analisis PCR. Selanjutnya, masing-masing kelompok benih ikan lele yang membawa transgen diberi pakan dengan formulasi kandungan asam α-linolenat (LNA) dan asam linoleat (LA) sebagai substrat. Hal ini dilakukan untuk mengidentifikasi aktivitas Δ6-desaturase melalui analisis asam lemak dengan metode gas kromatografi. Selain itu, ikan yang positif membawa transgen dipelihara selama sebelas bulan hingga menjadi induk dan dipijahkan dengan induk lele non-transgenik untuk menentukan persentase transmisi gen. Hasil penelitian menujukkan bahwa motilitas sperma pada masing-masing perlakuan tidak berbeda signifikan yaitu sebanyak 75% jumlah sperma bergerak setelah dielektroporasi. Persentase pembuahan dan penetasan telur, persentase kelangsungan hidup, panjang, serta bobot larva berumur 14 hari juga tidak berbeda signifikan antar perlakuan. Hasil ini menandakan bahwa proses elektroporasi tidak memengaruhi kualitas sperma. Persentase ikan yang membawa transgen pada perlakuan pMba-OmΔ6fad dan pApo-OmΔ6fad yaitu masing-masing 26.32% (70/266) dan 25.11% (55/219). Transgen mulai terekspresi pada telur 10 jam setelah fertilisasi yaitu pada fase mid blastula transition (MBT) pada kedua perlakuan. Ekspresi gen perlakuan pMba-OmΔ6fad tidak terdeteksi pada larva berumur 1 hari. Kondisi ini dapat terjadi karena larva yang berumur 1 hari yang diuji tidak membawa gen pMba-OmΔ6fad. Ekspresi tidak lagi terdeteksi pada larva
Keyword: Δ6-desaturase, Clarias gariepinus, DHA, ekspresi gen, elektroporasi, EPA, transmisi gen

Judul: Introduksi Gen Penyandi Δ6-Desaturase-Like Pada Ikan Lele (Clarias gariepinus)
Abstrak: Asam lemak ekosapentanoat (EPA) dan dokosaheksanoat (DHA) paling banyak terdapat pada ikan laut. Namun demikian, harga ikan laut yang relatif mahal dan kemampuan untuk memperolehnya yang tidak mudah, menjadi permasalahan dalam pemenuhan EPA dan DHA. Teknologi transgenesis merupakan rekayasa genetik yang memungkinkan diperolehnya ikan dengan kualitas lebih baik melalui introduksi gen. Salah satu metode transgenesis yang dapat digunakan adalah elektroporasi. Elektroporasi merupakan metode transgenesis yang mudah dilakukan, dan dapat diterapkan pada gamet khususnya sperma. Keberhasilan teknologi transgenesis telah dilaporkan menggunakan gen penyandi enzim metabolik Δ6-desaturase-like ikan salmon masu (Oncorhynchus masou) (OmΔ6FAD) pada ikan zebra (Danio rerio). Over-ekspresi gen tersebut menyebabkan kenaikan kandungan EPA pada ikan zebra generasi kedua (F2) sekitar 44% dibandingkan kontrol, sementara kandungan DHA sekitar 111% dibandingkan dengan kontrol. Persentase keberhasilan transfer gen yang tinggi juga diharapkan dapat dicapai pada ikan lele. Sebagai tahap awal, penelitian ini dilakukan untuk menentukan konsentrasi DNA yang menghasilkan viabilitas tinggi dan sperma yang membawa vektor ekspresi OmΔFAD. Hasil penelitian tahap pertama digunakan untuk membuat ikan lele transgenik keturunan awal (F0). Induksi ovulasi dilakukan menggunakan ovaprim dengan dosis 0,1 mL kgˉ¹ bobot tubuh pada induk jantan dan 0,3 mL kgˉ¹ bobot tubuh pada induk betina. Pemijahan dilakukan dengan metode semibuatan. Elektroporasi dilakukan menggunakan Gene pulser II (Biorad, USA) dengan tipe kejutan square wave. Terdapat tiga konsentrasi DNA yang diuji yaitu : 25, 50, dan 100 mg mLˉ¹. Program elektroporasi berdasarkan metode Gusrina (2011) dilakukan pada ikan lele dengan kuat tegangan 125 Volt cmˉ¹, lama kejutan 30 milidetik, jumlah kejutan 5 kali, jeda waktu antar kejutan 0,1 detik dengan ukuran kuvet 0.2 cm. DNA yang ditransfer adalah dalam bentuk plasmid pmBA-OmΔ6FAD. Ekspresi gen OmΔFAD pada konstruksi ini dikendalikan oleh promoter β-aktin ikan medaka (mBA). Indeks motilitas sperma diamati sebelum dan setelah perlakuan elektroporasi, penilaian motilitas didasarkan pada kriteria banyaknya sperma yang bergerak maju (progresif) dengan skoring berdasarkan Guest et al. (1976). Viabilitas sperma diamati sebelum dan setelah perlakuan elektroporasi diamati melalui pewarnaan Giemsa (de la Cueva, 1997). Motilitas terbaik diperoleh pada konsentrasi DNA 100 mg mLˉ¹, sedangkan viabilitasnya sama dengan perlakuan kontrol tanpa elektroporasi. Derajat pembuahan, derajat penetasan telur dan kelangsungan hidup larva umur 14 hari juga relatif sama dengan perlakuan kontrol. Dengan demikian, konsentrasi DNA berbeda berpengaruh terhadap motilitas sperma pascaelektroporasi, tetapi tidak mempengaruhi viabilitas, derajat pembuahan, derajat penetasan, dan kelangsungan hidup larva umur 14 hari. Untuk memastikan sperma yang dielektroporasi adalah mengandung gen Δ6-desaturase-like, maka dilakukan analisis PCR. Hasil menunjukkan terdapat produk PCR (529 bp) hasil elektroporasi pada perlakuan konsentrasi 100 mg mLˉ¹, sedangkan pada konsentrasi 25 dan 50 mg mLˉ¹ serta kontrol tidak terdapat produk PCR. Hal ini menunjukkan bahwa konsentrasi DNA terbaik untuk program elektroporasi untuk ikan lele adalah 100 mg mLˉ¹. Sperma hasil elektroporasi digunakan untuk membuahi telur ikan lele. Setelah ikan berumur 4 minggu, dilakukan identifikasi ikan transgenik yang membawa gen OmΔFAD pada sirip ikan lele. Persentase ikan lele yang membawa gen OmΔFAD adalah 53,84%. Profil asam lemak dianalisis menggunakan gas kromotografi. Hasil analisis menunjukkan bahwa tidak terdapat perbedaan signifikan kandungan asam lemak antara ikan transgenik F0 dan ikan non-transgenik. Dengan demikian, belum terdeteksi adanya aktivitas enzim OmΔFAD pada ikan
Keyword: Clarias gariepinus, Δ6-desaturase-like, transgenik, asam lemak

Judul: Sistem informasi geografis fasilitas kota Bogor berbasis web menggunakan Alov Map
Abstrak: Peta kota Bogor yang tersedia sampai bulan Oktober 2008 terbatas sampai menampilkan informasi lokasi geografis berupa tabel atau peta statis (citra dengan format JPEG atau TIFF). Peta yang ditampilkan pun tidak mencakup semua Kota Bogor atau tidak utuh. Informasi yang diberikan tidak informatif, misalnya belum dapat menunjukkan lokasi fasilitas dalam bentuk point pada wilayah geografi Kota Bogor.
Keyword: