Judul: Pengembangan hidden semi markov model dengan distribusi durasi state empiris untuk prediksi struktur sekunder protein
Abstrak: This research aimed to develop Hidden Semi Markov Model (HSMM) with longduration distribution of state empirically and theoretically to predict protein secondary structure. Data used in this study are subset data taken from database of secondary protein structure in DSSP program with three secondary protein structures of alpha-helix (H), betha-sheet (B), and coil (C). Accuracy of the predicted protein structure with HSMM is compared with Hidden Markov Model (HMM) standard. The results showed that the HSMM generally provides a prediction accuracy 72. 1% , 35.3% and 63,1% for H, B and C respectively. The accuracy of standard HMM is 98.4% for (B), 1% for (B) and 6.4% for (C). The use of empirical state duration distribution gives better accuracy on average compared a theoretical state duration distribution. Use of the empirical state duration distribution provides accuracy 71.2% for (H), 37.1% for (B) and 64.0% for (C). Use of theoretical state duration distribution provides accuracy 75% for (H), 30.2 % for (B) and 60.6% for (C). Less accuracy in betha-sheet prediction with HSMM was caused by high of the dispute between distribution in training data and testing data.
Keyword: 

Judul: Prediksi Struktur Sekunder Protein dengan Metode Support Vector Machine
Abstrak: Protein merupakan salah satu dari biomolekul raksasa yang berperan sebagai elemen penyusun utama makhluk hidup yang dibentuk dari asam amino. Secara hierarki, protein terbagi menjadi empat tingkat: struktur primer, struktur sekunder, struktur tersier, dan struktur kuartener. Struktur sekunder protein adalah struktur yang dibentuk oleh rangkaian asam amino yang akan membentuk struktur tiga dimensi serta memiliki informasi mengenai struktur tersier dan fungsi protein. Penelitian ini menggunakan data yang berjumlah 277 389 residu protein dari data kategori enzim. Ekstraksi ciri yang digunakan yaitu position specific scoring matrix (PSSM) profile dan fitur kimiafisik. Penelitian ini melakukan prediksi struktur sekunder protein menggunakan metode support vector machine melalui pengenalan pola sekuens asam amino. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Q3 score terbaik diperoleh sebesar 93.16% oleh dataset yang memiliki 260 fitur dengan kernel radial. Penambahan fitur kimiafisik tidak memberikan pengaruh yang signifikan terhadap akurasi prediksi model.
Keyword: protein, prediksi, struktur sekunder, support vector machine

Judul: Prevalence of Bird Lice on Rock Pigeon (Columba livia) in 99Wonderland Park, Selangor, Malaysia
Abstrak: Rock Pigeon (Columba livia) have coexisted with humans for thousands of years and are used for various purposes such as food and in sports. Rock pigeons may have the potential to be infested with a wide range of ectoparasites, which can have a significant impact on their life cycle. This study aims to measure the prevalence of Columba livia with bird lice in 99Wonderland Park, Selangor, Malaysia in the year 2020 and to ascertain the impact of bird lice on the health of these infested birds. Data were collected from clinical records for the month of January to December in the year 2020 from 99Wonderland Park, Selangor, Malaysia. Lice were identified in 42 of the 80 Rock pigeons examined so, the overall prevalence of lice infestations was 52.5%. The prevalence of ectoparasites was found to be higher in young Rock pigeons (60.4%) as compared to adult Rock pigeons (37.4%). Columbicola columbae (wing lice) and Colpocephalum turbinatum (body lice) are two species of lice that have been detected. Body lice were more prevalent in young Columba livia birds at 47.6% whereas wing lice were more prevalent in adult Columba livia birds at 16.7%. Most of the lice were found in the thorax and abdomen area followed by the head and neck area., Merpati Batu (Columba livia) telah hidup berdampingan dengan manusia selama ribuan tahun dan digunakan untuk berbagai keperluan seperti makanan dan olahraga. Merpati batu dapat terinfestasi dengan berbagai ektoparasit, yang dapat berdampak signifikan pada siklus hidup mereka. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui prevalensi Columba livia dengan kutu burung di 99 Wonderland Park, Selangor, Malaysia pada tahun 2020 dan untuk memastikan dampaknya terhadap kesehatan burung yang terinfestasi. Data dikumpulkan dari catatan klinis dari bulan Januari hingga Desember tahun 2020 dari 99Wonderland Park, Selangor, Malaysia. Kutu diidentifikasi pada 42 dari 80 merpati batu yang diperiksa sehingga, prevalensi keseluruhan infestasi kutu adalah 52,5%. Prevalensi ektoparasit ditemukan lebih tinggi pada merpati batu muda (60,4%) dibandingkan dengan merpati batu dewasa (37,4%). Columbicola columbae (kutu sayap) dan Colpocephalum turbinatum (kutu badan) adalah dua spesies kutu yang telah ditemukan. Kutu badan lebih banyak ditemukan pada burung Columba livia muda sebesar 47,6% sedangkan kutu sayap lebih banyak ditemukan pada burung Columba livia dewasa sebesar 16,7%. Sebagian besar kutu ditemukan di daerah dada dan abdomen diikuti daerah kepala dan leher.
Keyword: Columba livia, prevalence, ectoparasite, wing lice, body lice, Columba livia, prevalensi, ektoparasit, kutu sayap, kutu badan