Judul: Keragaman Genetik dan Ketahanan terhadap Penyakit Layu Fusarium (Fusarium oxysporum f.sp cepae) Bawang Merah (Allium cepa L. var. aggregatum) Indonesia
Abstrak: Bawang merah (Allium cepa L. var. aggregatum) merupakan komoditas strategis yang bernilai ekonomi tinggi. Bawang merah memiliki fungsi penting bagi masyarakat Indonesia karena sebagai komponen utama hampir semua bumbu masakan, sehingga selalu dibutuhkan baik oleh kalangan rumah tangga maupun industri masakan. Komoditas bawang merah juga memiliki nilai ekspor yang cukup tinggi sehingga berperan dalam peningkatan ekonomi nasional. Oleh sebab itu, untuk memenuhi permintaan konsumen baik dalam maupun luar negeri, maka peningkatan produksi harus terus dilakukan, salah satunya dengan perakitan varietas unggul berproduktivitas tinggi. Penyakit layu fusarium yang disebabkan oleh cendawan Fusarium oxysporum f.sp cepae merupakan salah satu penyakit penting yang mempengaruhi produksi bawang merah, sehingga penting untuk menyertakan karakter ketahanan terhadap penyakit layu fusarium dalam perakitan varietas unggul bawang merah. Pengumpulan plasma nutfah dari berbagai wilayah di Indonesia, telah dilakukan oleh Pusat Kajian Hortikultura Tropika (PKHT) IPB sebagai langkah awal dalam pemuliaan tanaman bawang merah. Plasma nutfah yang terkumpul sebanyak 19 genotipe diantaranya genotipe Batu Ijo, Bauji, Bentanis, Bima Brebes, Bima Curut, Biru Lancor, Katumi, Kramat 1, Lembah Palu, Maja Cipanas, Manjung, Mentes, Palasa, Pancasona, Pikatan, Rubaru, Super Philip, Tajuk, and Trisula. Tahapan kedua dalam pemuliaan tanaman adalah identifikasi keragaman genetik dan karakter-karakter yang diinginkan dalam plasma nutfah yang berhasil terkumpul. Penelitian ini dilakukan dengan tujuan mengidentifikasi keragaman genetik berdasarkan marka morfologi dan molekuler, dan ketahanan terhadap penyakit layu fusarium dari 19 genotipe bawang merah. Hasil analisis marka morfologi menunjukkan terdapat keragaman pada 19 genotipe bawang merah. Keragaman tersebut terlihat pada fenotipe tanaman diantaranya pada karakter jumlah daun, panjang daun, intensitas warna hijau daun, diameter daun, bentuk umbi secara membujur, warna dasar kulit luar umbi kering, intensitas warna dasar kulit umbi kering, ukuran umbi, tinggi umbi, diameter umbi, rasio tinggi/diameter umbi, posisi diameter terluas umbi, lebar leher umbi, bentuk ujung batang, dan bentuk ujung akar. Keragaman juga terlihat pada hasil dendrogram yaitu terpisahnya genotipe kedalam empat kelompok pada koefisien ketidakmiripan 0.38. Kelompok 1 terdiri dari genotipe Batu Ijo; Kelompok II terdiri dari genotipe Bentanis; kelompok III terdiri dari genotipe Bauji, Manjung, Mentes, Katumi, Kramat 1, Maja Cipanas, Bima Curut, Super Philip, Pikatan, Bima Brebes, Tajuk, Trisula, Pancasona, dan Biru Lancor; kelompok IV terdiri dari genotipe Lembah Palu, Palasa, dan Rubaru. Karakterkarakter penting dalam pengamatan morfologi bawang merah, berdasarkan PC1, PC2, dan PC3 dalam analisis komponen utama adalah ukuran umbi, tinggi umbi, diameter umbi, lebar leher umbi, bentuk ujung akar, panjang daun, intensitas warna hijau daun, diameter daun, jumlah daun, bentuk umbi, rasio panjang/diameter umbi, intensitas warna umbi, dan jumlah daun. Hasil analisis marka molekuler juga menunjukkan adanya keragaman yang terlihat pada hasil pita polimorfik sebesar 92.11% dari total pita yang dihasilkan dan terpisahnya genotipe kedalam lima kelompok pada koefisien ketidakmiripan 0.38. Kelompok I terdiri dari genotipe Bima Brebes dan Manjung; kelompok II terdiri dari genotipe Mentes, Pancasona, Kramat 1, Katumi, Maja Cipanas, Pikatan, Super Philip, dan Biru Lancor; kelompok III terdiri genotipe Tajuk, Bauji, dan Trisula; kelompok IV terdiri dari genotipe Bentanis, Batu Ijo, dan Bima Curut. Kelompok V terdiri dari genotipe Lembah Palu, Palasa, dan Rubaru. Hasil analisis ketahanan terhadap penyakit layu fusarium menunjukkan adanya keragaman tingkat ketahanan terhadap penyakit layu
Keyword: alliceae, ascalonicum, moler, pembiakan vegetatif, umbi lapis

Judul: Keragaman Genetik Bawang Merah (Allium cepa var. aggregatum) di Indonesia Berdasarkan Marka Morfologi, Metabolomik dan Molekuler.
Abstrak: Bawang merah (Allium cepa var aggregatum) di Indonesia termasuk salah satu tanaman Allium yang penting dan telah lama diusahakan oleh petani di Indonesia secara intensif. Penggunaan bawang merah telah banyak diketahui sebagai perasa dalam makanan ataupun digunakan sebagai bahan obat-obat herbal. Permintaan bawang merah terus meningkat setiap tahunnya seiring dengan pertambahan penduduk. Sehingga komoditi bawang merah terus dikembangkan di Indonesia. Bawang merah yang ditemukan di Indonesia memiliki bentuk morfologi yang beragam. Disetiap daerah memiliki genotipe lokal, genotipe tersebut berkembang mengikuti keinginan dari selera konsumen. Keragaman bentuk bawang merah yang ada di Indonesia dapat diidentifikasi berdasarkan marka morfologi, metabolomik dan marka molekuler. Pengetahuan keragaman genetik sangat penting dalam program pemuliaan, karena hal ini merupakan dasar dalam pengembangan tanaman selanjutnya. Eksplorasi dan identifikasi merupakan kegiatan utama dalam program pemuliaan dengan cara mengumpulkan dan mengoleksi semua sumber keragaman genetik yang tersedia. Kegiatan dilanjutkan dengan karakterisasi semua sifat yang dimiliki pada sumber keragaman genetik yang dapat dijadikan sebagai informasi dasar untuk melanjutkan program pemuliaan. Empat puluh genotipe bawang merah yang dikoleksi oleh Pusat Kajian Hortikultura Tropika (PKHT) dari berbagai daerah di Indonesia merupakan materi genetik yang digunakan dalam penelitian ini. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisa beberapa genotipe bawang merah (Allium cepa var. aggregatum) berdasarkan penanda morfologi, kandungan senyawa metabolit dan penanda molekuler RAPD. Keragaman karakter morfologi pada tanaman terlihat dari perbedaan fenotipe tajuk dan umbi. Analisis keragaman morfologi bawang merah berdasarkan 21 karakter morfologi menunjukkan koefisien ketidakmiripan sebesar 0.59 sehingga membagi 40 genotipe bawang merah menjadi 2 kelompok utama. Subkelompok Ia terdiri dari BM72 dan BM14. Subkelompok Ib terdiri BM07, BM09, BM63, BM18, BM68, BM06, BM12, BM28, BM77, BM21, BM62, BM76, BM58, BM25, BM59, BM45, BM24, BM22B, BM67, BM56, BM75, BM65, BM60, BM29, BM20, BM74, BM64, BM03. Subkelompok Ic terdiri dari BM19, BM10, BM05, BM57, BM47, BM26, BM66, BM02. Kelompok II terdiri genotipe BM78 dan BM01. Analisis morfologi berdasarkan 14 karakter morfologi umbi menunjukkan koefisien ketidakmiripan sebesar 0.48 dan membagi 40 genotipe bawang merah kedalam 2 kelompok utama. Subkelompok Ia terdiri dari BM07, BM72, BM14, BM09, BM58, BM66, BM18, BM68, BM63, BM06. Subkelompok Ib terdiri dari BM77, BM28, BM59, BM10, BM75, BM67, BM57, BM47, BM26, BM05, BM22B, BM62, BM56, BM21, BM25, BM60, BM29, BM45, BM24, BM20, BM76, BM65, BM03, BM74, BM64, BM02 dan kelompok II terdiri dari BM19, BM12, BM78, BM01. Tiga belas karakter yang dapat dijadikan karakter penciri pada 40 genotipe bawang merah yaitu melunaknya tajuk, kelengkungan tajuk, jumlah daun batang semu, diameter daun, ukuran umbi, tingkat membelah bagian umbi, diameter umbi, posisi umbi pada diameter terluas, lebar leher umbi, bentuk umbi membujur, bentuk umbi pada ujung batang, warna dasar kulit umbi kering dan intensitas warna kulit umbi kering. Senyawa dari turunan sulfur yang dihasilkan sejumlah genotipe berbeda-beda seperti farnesyl acetate (BM07), methylsulfanyl-4,5,6,7-tetrahydrobenzo[ c]thiophene (BM26), nonadecane (BM29), allyl-dimethylcyclopropane (BM45), lanosterol (BM47), stearic acid (BM60), propyl alcohol (BM21), palmitic acid dihasilkan oleh sebagian besar genotipe. Senyawa lain yang juga ditemukan pada 40 genotipe bawang merah triterpenoid, karotenoid, volatile, senyawa aromatik, gliserida, alkane, vitamin D3. Keragaman genetik ditunjukkan pita amplifikasi polimorfik sebesar 100% dari 229 total pita yang dihasilkan. Analisis kluster yang ditampilkan pada dendrogram menunjukkan koefisien
Keyword: Allium, koefisien ketidakmiripan, RAPD, sulfur

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: