Judul: Analisis Fungsional dan Genetik Klon Pustaka Metagenom Asal Tanaman Kakao (Theobroma cacao) sebagai Penginduksi Resistensi Tanaman
Abstrak: Indonesia merupakan pemasok ketiga biji kakao dunia setelah Pantai Gading dan Ghana. Hama dan Penyakit tanaman merupakan faktor penting yang menyebabkan hilangnya hasil produksi kakao di Indonesia. Salah satu teknik untuk mengendalikan penyakit tanaman kakao adalah penggunaan bakteri agens hayati yang mempunyai mekanisme antibiosis, kompetisi, dan menginduksi ketahanan tanaman. Penggunaan pendekatan teknik metagenomika dapat dimanfaatkan untuk mengendalikan patogen tanaman. Penelitian ini dilakukan untuk mendapatkan informasi fungsional dan genetika klon pustaka metagenom asal tanaman kakao yang memiliki aktivitas dalam memicu pertumbuhan tanaman dan induksi ketahanan tanaman terhadap cendawan patogen. Konfirmasi klon pustaka metagenom dengan metode seleksi biru putih menunjukkan 24 klon yang mengandung sisipan DNA yang ditandai dengan koloni putih. Analisis lebih lanjut pada uji pertumbuhan tanaman menunjukkan bahwa 7 klon mampu menginduksi resistansi tanaman melalui peningkatan senyawa metabolit sekunder (Cycloheksen, 2-methoxy-guaiacol, 2,3 dihidrobenzofuran). Isolasi plasmid dan amplifikasi DNA sisipan dari 7 klon diperoleh 3 klon yang secara konsisten mengandung sisipan DNA di dalam plasmid. Klon tersebut adalah PMC4, PMC10, dan PMS9 yang mengandung sisipan DNA dengan panjang ± 2 100 bp, ± 300 bp, dan ± 1 400 bp. Analisis urutan nukleotida pada DNA sisipan klon PMC4 dan PMC10 memiliki kesamaan 83% dengan strain Pseudomonas vancouverensis BS3656 dan 99% dengan strain Pseudomonas versuta L10.10. Klon PMS9 tidak memiliki kemiripan dengan nukleotida lain pada GenBank database. Analisis kemiripan hypotetical protein menunjukkan bahwa klon PMC4 dan PMS9 memiliki kemiripan 59% dan 33% dengan kelas LLM flavin dependent oxidoreductase, dan klon PMC10 memiliki kesamaan 84% dengan serine/threonine protein kinase.
Keyword: agens hayati, metabolit sekunder, mikroba tidak dapat dikulturkan

Judul: Utilization of molecular marker to support high yield culltivar construction of cocoa (Theobroma cacao L.)
Abstrak: Kakao (Theobroma cacao L.) merupakan salah satu tanaman perkebunan penting yang berasal dari wilayah Amerika Selatan. Biji tanaman ini merupakan bahan dasar untuk pembuatan coklat. Permintaan yang terus meningkat membuka peluang untuk terus meningkatkan produksi tanaman ini. Akan tetapi budi daya tanaman ini menemui berbagai kendala. Salah satu kendala yang cukup berarti adalah serangan penyakit busuk buah yang disebabkab oleh Phytophthora palmivora. Salah satu upaya peningkatan produksi kakao adalah dengan mengembangkan kultivar unggul kakao yang berdaya hasil tinggi dan resisten terhadap penyakit busuk buah yang disebabkan oleh P. palmivora. Kultivar tersebut dapat diperoleh dengan cara pengembangan hibrida F1 yang berasal dari tetua donor yang mempunyai sifat resisten dan tetua penerima yang mempunyai daya hasil tinggi. Keberhasilan penyilangan kakao ditentukan oleh pemilihan tetua yang tepat sehingga diperoleh hibrida yang sesuai dengan yang diharapkan. Untuk itu diperlukan informasi yang akurat tentang keragaman genetik plasma nutfah kakao yang akan dipilih sebagai tetua. Analisis keragaman terhadap plasma nutfah kakao perlu dilakukan untuk mencari klon-klon yang memiliki potensi sebagai tetua dalam upaya perakitan klon-klon kakao yang berdaya hasil tinggi sekaligus tahan terhadap penyakit busuk buah yang disebabkan P. palmivora. Pada kegiatan pertama dilakukan analisis keragaman plasma nutfah kakao berdasarkan karakter morfologi dan marka SSR. Hasil analisis keragaman morfologi dengan menggunakan descriptor list terhadap 22 klon kakao koleksi Puslit Kopi dan Kakao Indonesia, menunjukkan terdapat keragaman yang cukup tinggi. Dua puluh empat lokus SSR yang digunakan mampu mengamplifikasi DNA genom 29 klon kakao dan menghasilkan pita polimorfik. Hasil analisis menunjukkan rataan jumlah alel per lokus sebanyak 5.50. Hasil analisis data yang dilakukan juga menunjukkan nilai PIC untuk marka SSR yang digunakan sebesar 0.665. Untuk populasi klon kakao yang dievaluasi, diperoleh nilai rataan heterosigositas pengamatan (Ho) sebesar 0.651, dan rataan diversitas gen (He) sebesar 0.720. Nilai PIC, Ho dan He yang didapat tergolong tinggi.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: