Judul: Acoustic Wave Raypath in West and East Monsoon in North Natuna Sea
Abstrak: Perairan Natuna Utara merupakan bagian dari wilayah Indonesia yang dipengaruhi oleh angin muson Australia-Asia yang menyebabkan perbedaan musim yaitu Musim Barat dan Musim Timur. Tujuan penelitian ini adalah membandingkan pola propagasi suara bawah air atau acoustic ray path pada kedua musim tersebut. Data yang digunakan diunduh dari laman marine.copernicus.eu terdiri atas data suhu, salinitas, kedalaman, dan kecepatan arus di dua stasiun yaitu Stasiun 1 (perairan dalam) dan Stasiun 2 (perairan dangkal). Data suhu, salinitas, dan kedalaman dikonversi menjadi data kecepatan suara yang kemudian digunakan menjadi data lingkungan pada metode bellhop menghasilkan ray path gelombang akustik pada Musim Barat dan Musim Timur. Pada Musim Barat pantulan acoustic ray path lebih rapat dibandingkan Musim Timur dan jangkauan acoustic ray path pada Musim Timur lebih jauh dibandingkan Musim Barat untuk setiap stasiun dan sudut half beam yang digunakan sebesar 5°, 15°, dan 30° untuk Stasiun 1, sedangkan Stasiun 2 sebesar 0,5°, 1°, dan 1,5°. Semakin kecil nilai sudut half beam yang digunakan, pancaran acoustic ray path semakin rapat dan sebaliknya untuk jangkauan acoustic ray path., North Natuna waters are part of the territory of Indonesia which is influenced by the Australia-Asia monsoon which causes different seasons, namely the West Season and the East Season. The purpose of this study was comparing the underwater sound propagation pattern or acoustic ray path in the two seasons. The data used was downloaded from the marine.coperniccus.eu page consisting of data on temperature, salinity, depth and current velocity at two stations, namely Stastion 1 (deep waters) and Stastion 2 (shallow waters). Temperature, salinity, and depth data are converted into sound speed data which is the used as environmental data in the bellhop methode to produce acoustic wave ray paths in the West and East Seasons. In the West Seasons the reflection of the acoustic ray path is denser than the East Seasons and the range of the acoustic ray path in the East Season is further than the West Season for each station and the half beam angles used are 5°, 15°, and 30° for Station 1, while Station 2 is 0,5°, 1°, and 1,5°. The smaller the value of the half beam angle used, the denser the acoustic ray path beam and vice versa for the acoustic ray path range.
Keyword: kecepatan suara, kedalaman, pola propagasi suara, salinitas, suhu, depth, salinity, sound propagation pattern (acoustic ray path), sound velocity, temperature

Judul: Pengaruh muson terhadap perubahan paras laut di perairanBarat Sumatera
Abstrak: Kepulauan Indonesia adalah kawasan yang ideal untuk terjadinya muson (monsoon). Secara harafiah muson adalah angin yang berganti arah setiap musim. Pergantian arah ini disebabkan oleh perbedaan atau perpindahan palung tekanan yang mengikuti pergerakan semu matahari. Perairan sebelah barat pulau Sumatera adalah bagian dari Samudera Hindia yang berbatasan langsung dengan wilayah Indonesia yang termasuk dalam sistem muson Asia-Australia. Pengamatan di daerah ini akan mengungkap seberapa jauh wilayah ini merespon sistem muson Asia-Australia. Penelitian terdahulu yang dilakukan di wilayah ini dilakukan oleh Pariwono (1993) mengenai Keragaman Paras Laut Sepanjang Tepi-Luar Pantai Kepulauan Sunda Besar. Studi ini bertujuan untuk mengetahui respon paras laut terhadap angin muson di perairan barat Sumatra berdasarkan data dari sensor satelit. Daerah yang diamati dalam penelitian ini adalah antara 14 °LU-14 °LS, 89°BT 103°BT. Daerah ini diamati dan direkam oleh sensor satelit selama kurun waktu tahun 1999-2001 untuk data angin serta 1998-2002 untuk data permukaan laut. Data- data yang digunakan adalah data hasil perekaman pola angin oleh SeaWinds on Quick Scatterometer (QuikSCAT) Level 3 serta data hasil perekaman tinggi paras laut oleh Altimeter TOPEX/Poseidon dan ERS-2. Data pola angin diperoleh dari JPL/NASA (Jet Propulsion Laboratory/NASA) melalui Laboratorium Teknologi Inventarisasi Sumberdaya Alam Laut, BPP Teknologi, Jakarta sedangkan data paras laut diperoleh dari CCAR (Colorado Center for Astrodynamics Research), University of Colorado at Boulder. Data SeaWinds on QuikSCAT Level 3 dalam format HDF (Hierarchical Data Format) terdiri dari nilai-nilai ter-grid dari kecepatan skalar angin (scalar wind speed), komponen kecepatan angin zonal dan meridional (u dan v), kuadrat kecepatan angin setiap hari. Data yang digunakan untuk analisis adalah data terlengkap yang bisa diperoleh, yaitu data tahun 2000 saja. Data TOPEX/Poseidon terutama terdiri dari data range altimeter (altimeter ranges), yang diukur dalam interval sepuluh harian. Data sepuluh harian ini kemudian dikombinasikan (blended) dengan data dari ERS-2 yang diolah di CCAR sehingga menjadi sebuah data set dengan periode tiga harian. Analisis yang dilakukan untuk komponen angin u dan v serta paras laut adalah analisis distribusi horisontal, analisis cross section antara waktu (hari) dan lintang untuk melihat variasi musiman tiap parameter (time-latitude plot). Analisis dilakukan dengan bantuan perangkat lunak Ocean Data View (ODV) versi 5.2. Karena terdapat perbedaan jumlah hari pada kedua set data, maka dilakukan penyesuaian jumlah hari yaitu dengan mengeliminasi hari pada data harian QuikSCAT agar sesuai dengan hari yang ada pada set data TOPEX/ERS-2. Kemudian dilakukan interpolasi agar ada kesesuaian grid antara data QuikSCAT dengan data TOPEX/ERS-2. Untuk melihat apakah anomali paras laut serta komponen-komponen angin memiliki sifat musiman, digunakan metode autokorelasi, sedangkan untuk mengetahui respon anomali paras laut terhadap komponen-komponen angin u dan v digunakan metode korelasi silang. Masing-masing pasangan data akan menghasilkan satu nilai koefisien korelasi, kemudian dibuat korelogram yang menghubungkan korelasi tersebut. Nilai korelasi yang signifikan terhadap selang kepercayaan 95% berarti komponen angin berpengaruh terhadap anomali tinggi paras laut. Penghitungan dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak Statistica for Windows versi 6.0. Untuk mengetahui berapa besar tekanan angin dan curl terhadap permukaan laut dilakukan analisis Vortisitas Relatif untuk komponen angin, dimana & adalah vortisitas relatif yang terukur pada bidang datar suatu wilayah (xy), setara dengan tekanan angin atau konvergensi dan divergensi pada permukaan
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA