Judul: Variabilitas Antar Tahunan Laut-Atmosfer terhadap El Nino Southern Oscillation (ENSO) dan Indian Ocean Dipole Mode (IODM) di Perairan Hindia-Indo-Pasifik Tropis
Abstrak: Anomali antar tahunan laut-atmosfer dari El Nino Southern Oscillation (ENSO) dan Indian Ocean Dipole Mode (IODM) di Hindia-Indo-Pasifik Tropis yang memberikan dampak pada ekosistem, perairan dan variabilitas iklim. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi kejadian ENSO dan IODM dan menginvestigasi pola variabilitas spasial dan temporal parameter laut-atmosefer terkait ENSO dan IODM di Hindia-Indo-Pasifik tropis. Data laut-atmosfer berupa suhu permukaan laut (SPL), Klorofil-a permukaan (CHL), Radiasi Gelombang Panjang (OLR), Suhu Udara (T2M), Angin Zonal (U10), Meridonal (V10), Southern Oscillation Index (SOI), dan Dipole Mode Index (DMI). Panjang data dari tahun 1980-2017, kecuali CHL 2002-2016, dengan resolusi 1º perbulan. Data dianalisis menggunakan metode empirical orthogonal function (EOF). Kejadian ENSO dan DM antara Januari 1980 hingga Mei 2017 tercatat 19 kejadian ENSO dan 11 kejadian DM. Hasil EOF menunjukkan nilai tiga besar pertama dari parameter laut-atmosfer menjelaskan di atas 75% dari total variansi kecuali OLR. Hasil EOF mode-1 hanya parameter SPL dan suhu udara dengan ragam dominan sebesar 56% dan 50% yang menunjukkan pola dan variabilitas antar-tahunan yang disebabkan oleh ENSO pada fase normal, sedangkan EOF mode-1 parameter laut-atmosfer lainnya menunjukkan variabilitas tahunan. Hasil EOF mode-2 semua parameter laut-atmosfer kecuali CHL dapat diinterpretasikan sebagai pola pada tahun El Nino dengan fase negatif yang kuat mendominasi wilayah Pasifik ekuator dan hilangnya pola upwelling Peru. Pola SST mode-2 di wilayah Samudra Hindia tropis dicirikan dengan fase positif kuat di tepi barat dan fase negatif di tepi timur Hindia. Kejadian ENSO dan IODM terlihat jelas dari amplitudo komponen utama untuk mode-2 ini. Hasil EOF mode-3 parameter lautatmosfer kecuali SPL dan suhu udara menunjukkan pengaruh variabilitas antar-tahunan, sedangkan SPL dan suhu udara dominan dipengaruhi oleh variabilitas dekadal. Kondisi pada mode-3 diduga ragam yang terjadi pada SPL dan suhu udara telah lebih dahulu dipengaruhi variabilitas dekadal, dan parameter lainnya masih mengalami delay karena efek variabilitas antar-tahunan baik ENSO maupun IODM.
Keyword: Laut-atmosfer, Hindia-Indo-Pasifik tropis, Analisis EOF, variabilitas antar tahunan, ENSO dan IODM

Judul: Variabilitas arus, suhu dan angin di Perairan Barat Sumatera dan inter-relasinya dengan Indian Ocean Dipole Mode (IODM) dan El Nino Southern Oscillation (ENSO)
Abstrak: Di Samudera Hindia terbentuk sistem osilasi yang dikenal dengan Indian Ocean Dipole Mode (IODM). IODM merupakan fenomena yang disebabkan karena terbentuknya dua kutub anomali SPL (suhu permukaan laut) di perairan timur Samudera Hindia dan perairan barat Samudera Hindia (Saji et al., 1999). Di Samudera Pasifik juga terbentuk sistem osilasi yang dikenal dengan El Nino Southern Oscillation (ENSO). Adanya kedua fenomena ini mempengaruhi fluktuasi arus, suhu air laut dan angin di perairan barat Sumatera. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis variabilitas arus dan suhu di perairan barat Sumatera pada kedalaman 5, 25, 55, 75, 125, 155, 175, 250, 446, dan 617 meter pada periode Januari 1979 hingga Desember 2007. Menganalisis variabilitas angin permukaan di perairan barat Sumatera pada periode Januari 1979 hingga Desember 2007. Serta mengkaji hubungan antara variabilitas arus, suhu dan angin permukaan di perairan barat Sumatera dengan IODM dan ENSO. Data yang digunakan dalam penelitian ini merupakan data bulanan ratarata dengan jangka waktu antara Januari 1979 hingga Desember 2007. Data arus dan suhu diperoleh dari GFDL-NOAA (http://www.gfdl.noaa.gov). Data angin dari ESRL-NOAA (http://www.esrl.noaa.gov). Data Dipole Mode Index (DMI) diperoleh dari JAMSTEC (www.jamstec.go.jp) dan data Southern Oscillation Index (SOI) dari BOM (http://www.bom.gov.au). Stasiun data arus dan angin terletak pada koordinat 5°LS dan 100°BT, sedangkan data suhu terletak pada koordinat 5,26°LS dan 100,5°BT.
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA