Judul: Kajian Bioinformatika Menggunakan Aplikasi Blast Dan Mega Untuk Analisis Spesifisitas Primer Salmonella spp
Abstrak: Salmonella spp merupakan suatu genus bakteri penyebab foodborne disease terbesar di Indonesia. Untuk mendeteksi cemaran Salmonella spp, digunakan aplikasi bioinformatika melalui Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan primer spesifik. Tujuan dari penelitian adalah untuk menyusun dan menguji spesifisitas primer amplikon pendek dan amplikon panjang gen 16S rRNA Salmonella spp. Metode penelitian untuk amplikon pendek dimulai dari seleksi pustaka primer spesifik target gen 16S rRNA Salmonella spp, kemudian dilanjutkan analisis spesifisitas menggunakan aplikasi BLAST dan dilanjutkan oleh analisis dengan aplikasi MEGA untuk mencocokan urutan DNA secara manual melalui fungsi alignment. Untuk amplikon panjang dimulai dari pemilihan gen 16S rRNA Salmonella spp dari genbank yang kemudian dilanjutkan dengan desain primer menggunakan aplikasi Primer-3 pada Primer-BLAST dan dianalisis spesifisitasnya. Hasil penelitian memperoleh rekomendasi primer untuk dua panjang amplikon yang berbeda. Pada amplikon pendek, diperoleh primer MINf dan MINr dengan coverage dan spesifisitas yang spesifik terhadap Salmonella spp serta panjang primer 402 bp. Pada amplikon panjang, diperoleh dua primer hasil primer desain yaitu Primer Pair 3 dan Primer Pair 8 dengan kelebihan dan kekurangannya masing-masing. Primer Pair 3 memiliki sifat dan karakteristik primer yang lebih sesuai dengan kriteria primer ideal oleh Sanger, namun Primer Pair 8 memliki spesifisitas yang lebih baik terhadap Salmonella spp. Kata
Keyword: Primer, Salmonella, 16S rRNA, Spesifisitas, BLAST, MEGA

Judul: Study of Genetics Tools on NCBI Website and The Applications for Moleculer Research
Abstrak: Website NCBI (National Center for Biotechnology Information) memiliki program tools analyze yang berisi subtools yang dapat digunakan dalam berbagai analisis molekuler. Tujuan penelitian ini adalah menyediakan informasi aplikasi 2 tools analyze NCBI pada penelitian molekuler dan menyediakan informasi aplikasi BLAST NCBI pada penelitian molekuler bakteri Salmonella spp. Tahapan penelitian dilakukan dengan dua tahapan, tahapan 1 melakukan ulasan sistematik aplikasi tool analyze genome pada penelitian molekuler dan tahapan 2 melakukan ulasan sistematik aplikasi BLAST pada penelitian molekuler bakteri Salmonella spp. Pada tahapan 1 dilakukan seleksi tools analyze genome untuk diulas berdasarkan jumlah terbanyak pencarian publikasi pada mesin pencarian jurnal PubMed dan Google Scholar, kemudian diperoleh dua tool dengan publikasi terbanyak berdasarkan keywords yang ditentukan yaitu Genome Data Viewer dan BLAST. Pada tahap 1 dan tahap 2 ulasan sistematik dilakukan dengan menggunakan metode PSALSAR (The Protocol, Search, Appraisal, Synthesis, Analysis and Reporting) framework yaitu (1) pencarian artikel dilakukan pada mesin pencari jurnal (PubMed dan Google Scholar) dengan penentuan kriteria artikel menggunakan metode PICO (Problem/population, Intervention, Comparation, Outcome), dan penyeleksian artikel dengan menggunakan metode PRISMA (Preferred Reporting Items for Systematic Review and Meta-analysis), kemudian dilakukan ekstraksi data yang relevan pada artikel terpilih untuk mendapatkan informasi yang dibutuhkan, setelah itu dilakukan evaluasi terhadap data yang diekstraksi untuk kemudian didapatkan informasi dan menjawab permasalahan, serta memberikan saran terkait penelitian selanjutnya. Pada tahapan 1 didapatkan fungsi Genome Data Viewer yaitu menyajikan informasi detail dari assembly eukariot seperti lokasi gen, nama assembly, link pencarian genom dengan BLAST genomes, RefSeq accession, GenBank accession. GDV yang dapat digunakan pada penelitian molekuler pangan adalah untuk membantu mengidentifikasi dan mengamati letak conserved domain pada eukariot seperti yeast dan mold dengan mengidentifikasi letak gen yang berdekatan (adjacent genes) pada berbagai eukariot. Pada tahapan 2 hasil penelitian terseleksi 30 artikel yang masuk dalam kriteria. Fungsi BLAST diaplikasikan pada 4 fungsi yaitu: (1) mengidentifikasi sekuen, (2) menemukan DNA target dengan efisien, (3) menyimpulkan fungsi gen dan menduga domain architecture dari struktur proteinnya, serta (4) merancang primer. BLAST NCBI yang digunakan adalah blastn, blastp serta Primer-BLAST. Aplikasi tersebut dapat digunakan dengan memperhatikan parameter penting pada empat fungsi tersebut
Keyword: BLAST, Blastn, Blastp, Genome Data Viewer, NCBI, Primer-BLAST, Salmonella

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: