Judul: Over ekpresi myrosinase-Associated protein pada E.coli
Abstrak: Tumbuhan memiliki sistem pertahanan alami dalam menanggulangi kondisi stres lingkungan seperti kondisi kekeringan dan serangan hama patogen. Sistem mirosinase glukosinolat adalah salah satu sistem pertahanan alami tumbuhan. Mirosinase menghidrolisis glukosinolat, suatu metabolit sekunder yang mengandung sulfur, dari jaringan tumbuhan yang rusak menjadi senyawa-senyawa yang bersifat toksik terhadap herbivora. Beberapa tipe mirosinase dengan protein non-mirosinase lainnya membentuk kompleks dengan berat molekul tinggi. Dua diantara protein non-mirosinase tersebut adalah myrosinase-associated protein (MyAP) yang merupakan protein terglukosilasi berukuran 40 kD dan myrosinase binding protein (MBPs) yang berukuran 50 dan 52 kD. Karakterisasi lebih jauh terhadap mirosinase dan kedua asesorinya, MyAP dan MBP, dapat meningkatkan pengertian akan sistem mirosinase - glukosinolat dan regulasinya dalam respon pertahanan tumbuhan. MyAP dan MBP ekspresinya terinduksi oleh pelukaan mekanis, fitohormon asam jasmonat, metil jasmonat dan asam absisik, dan semua induser tersebut diantagonis oleh fitohormon asam salisilat. MyAP dan MBP diduga berperan sebagai kofaktor mirosinase yang bersifat substrat spesifik. Berdasarkan persamaan sekuennya terhadap protein lain, MBP diduga memiliki fungsi sebagai lektin, sedangkan fungsi MyAP sebagai esterase belum dapat dibuktikan. Struktur molekul, lokasi situs katalitik, dan sifat imunokimia protein menjadi data yang mutlak diketahui untuk mengetahui peranan protein tersebut dalam sistem reaksi biologis, dan untuk keperluan penelitian tersebut diperlukan protein tersebut dalam jumlah yang cukup dalam fraksi solubel. Pada penelitian ini dilakukan kloning dan over ekspresi cDNA induced MyAP9 (iMyAP9) pada E. coli.
Keyword: protein

Judul: engklonan Gen Protease Serupa Subtilisin dari Bacillus pumilus YI ke dalam Escherichia coli DH5a,
Abstrak: Studi pelacakan dengan menggunakan gen kimotripsin dari fragmen BamHl plasmid pJB, diperoleh hasil bahwa tidak satupun Bacillus sp. yang diisolasi dari Indonesia, termasuk Bacillus pumilus YI, memiliki gen penyandi serupa kimotripsin. Ristiarini (1996) telah melokalisir gen penyandi enzim protease serupa subtilisin pada Bacillus pumilus YI dengan menggunakan metode hibridisasi southern. Gen serupa subtilisin tersebut terdapat pada fragmen DNA genom hasil digesti EcoRI yang berukuran 3 kb. Pada penelitian ini dilakukan pengklonan gen penyandi enzim serupa subtilisin ke dalam Escherichia coli DH5a dengan menggunakan vektor pUC 19. Dari hasil pengklonan diperoleh beberapa koloni putih., yang setelah direplika pada media yang mengandung skim (skim milk agar ) diperoleh empat koloni putih yang menghasilkan halo yang tipis setelah diinkubasi selama 4 hari pada suhu 37°C. Hasil verifikasi plasmid diperoleh adanya beberapa DNA sisipan (insert) dengan ukuran yang berbeda, yaitu 0.3 kb, 0,9 kb, 1,5 kb, 2.4 kb, 2,6 kb, 2, 7 kb, dan 3,0 kb. Plasmid-plasmid rekombinan ini dilµbridisasi dengan menggunakan pelacak gen subtilisin dari fragmen .&oRI plasmid pPT30. Dua dari plasmid rekombinan ini menghasilkan signal positif dengan ukuran 2.4 kb, 2.6 kb, dan dua plasmid rekombinan lainnya berukuran hampir sama yaitu 3 kb. Dengan demikian gen penyandi enzim protease serupa subtilisin dari Bacillus pumi/us YI telah terklon dan plasmid rekombinannya berturut-turut disebut : pBNI, pBN2, pBN3, dan pBN4. Selama pertumbuhan pada Luria broth pada suhu 37°C, E. coli rekombinan rnenghasilkan aktivitas protease tertinggi yaitu 0.2307 U/ml setelah 15 jam fermentasi, dan secara umum protease yang dihasilkan bersifat sensitif terhadap PMSF.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: