Judul: In Silico LAMP Primer Design for Pig Gene Detection Applications in Processed Meat Products
Abstrak: Kasus pencemaran daging babi pada produk olahan daging meningkatkan isu pentingnya identifikasi kehalalan pangan. Salah satu metode identifikasi yang dapat digunakan yaitu loop-mediated isothermal amplification (LAMP). Tujuan penelitian ini adalah mendesain primer LAMP menggunakan DNA mitokondria babi pada gen 12S rRNA, 16S rRNA, dan sitokrom b secara in silico. Metode yang digunakan adalah preparasi sekuen, penentuan dan identifikasi daerah target desain primer, desain primer menggunakan Primer Explorer V5, identifikasi primer, dan uji spesifitas primer secara in silico. Hasil penelitian diperoleh set primer gen sitokrom b dengan urutan basa F3: CCACCCCATATTAAACCAGAA, B3: GGTTGTCCTCCA-ATTCATGTT, F2: CTACGCTATCTACGTTCAATTCC, F1c: AGGATGG-AGGCTACTAGGGCTAAC, B2: AGGTCTGCTACTAGTATTCAGA, B1c: TGCCCATACTACACACATCCAAACA, LB: ATTTCGACCACTAAGTC-AATGCCT memenuhi parameter ideal dan memiliki spesifitas terbaik sehingga dapat digunakan untuk uji lanjutan secara in vitro menggunakan metode LAMP., The cases of pork contamination in processed meat products raises the issue of the importance of identifying halal food. One of the identification methods that can be used is loop-mediated isothermal amplification (LAMP). The purpose of this study was to design a LAMP primer using pig mitochondrial DNA in the 12S rRNA, 16S rRNA, and cytochrome b genes in silico. The research steps consisted of sequence preparation, determination and identification of target region primer design, primer design using Primer Explorer V5, identification of primer and in silico primer specificity test. The results of the study obtained a primary set of cytochrome b genes with the order of bases F3 CCACCATATTAAACCAGAA, B3: GGTTGTCCTCCA-ATTCATGTT, F2: CTACGCTATCTACGTTCAATTCC, F1c: AGGATG-GAGGCTACTAGGGCTAAC, B2: AGGTCTGCTACTAGTATTCAGA, B1c: TGCCCATACTACACACATCCAAACA, LB: ATTTCGACCACTAA-GTCAATGCCT meets ideal parameters and has the best specificity so it can be used for advanced testing in vitro using the LAMP method.
Keyword: 12S rRNA, 16S rRNA, cytochrome b, LAMP, processed meat  products

Judul: Optimasi Metode Loop-mediated Isothermal Amplifcation (LAMP) untuk Uji Kehalalan Daging Segar.
Abstrak: Metode loop-mediated isothermal amplification (LAMP) merupakan alternatif dari metode PCR dengan tingkat sensitifitas yang sama namun menggunakan peralatan yang lebih sederhana. Hal ini penting untuk infrastruktur pengujian halal di berbagai daerah yang mungkin memiliki keterbatasan sumber daya pengujian, khususnya dalam menyongsong kewajiban sertifikasi halal. Penelitian ini bertujuan memperoleh kondisi optimal pengujian LAMP sebagai metode deteksi babi yang sensitif dan sederhana untuk uji kehalalan pangan. Gen sitokrom B dan gen troponin I babi diamplifikasi mengunakan komposisi reagen, proses amplifikasi serta metode deteksi yang bervariasi. Hasil pengujian menunjukkan bahwa reaksi dapat berlangsung dengan tambahan 2 primer loop (loopF dan loopB) dan optimum pada suhu 65 oC selama 45 menit, dilanjutkan suhu 80 oC selama 5 menit. Kedua gen target dapat diamplifikasi dan tidak bereaksi silang dengan spesies lain. Sejauh ini, hanya elektroforesis yang memberikan hasil berbeda antara kontrol positif dan negatif. Meskipun menunjukkan hasil positif, reaksi LAMP memerlukan optimasi lebih lanjut sehingga lebih sensitif dan DNA hasil amplifikasi mampu divisualisasi dengan metode yang lebih sederhana.
Keyword: babi, DNA, halal, LAMP, sitokrom B, troponin I

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: