Judul: Application High Resolution Melting (HRM)-qPCR Method for Identification of Silky Shark in Fisheries Products
Abstrak: Penggunaan ikan hiu sebagai bahan baku produk olahan perikanan di Indonesia mengancam eksistensi hiu salah satunya spesies hiu lanjaman (C. falciformis). Metode deteksi cepat berbasis molekuler dengan sensitivitas tinggi dan terjangkau diperlukan untuk identifikasi ikan pada produk perikanan. Aplikasi metode HRM-qPCR dapat digunakan sebagai solusi. Penelitian ini bertujuan mendapatkan primer spesies spesifik secara in silico untuk identifikasi spesies C. falciformis dari berbagai lokasi pendaratan ikan. Prosedur penelitian meliputi desain primer, isolasi DNA sampel, pengujian kualitas dan kuantitas DNA, dan optimalisasi HRM-qPCR. Desain primer menggunakan aplikasi Mega-X dan Bioedit pada marka gen mtDNA berhasil dilakukan. Isolat DNA dan primer NADH2 digunakan dalam analisis HRM-qPCR. Spesies target dan non target dapat dibedakan dengan sebaran garis pada kurva leleh dan nilai Tm. Nilai Tm Sampel C. falciformis dari daerah Aceh sebesar 72,85-73,2°C, sedangkan sampel dari NTB berkisar 73,15-73,3°C. Primer-primer dengan marka gen selain NADH2 pada penelitian ini dapat digunakan dalam penelitian selanjutnya. Pengujian menggunakan pewarna Sensi-fast HRM dari Bioline memiliki nilai Tm yang lebih tinggi dengan tingkat kenaikkan suhu kecil sehingga hasilnya lebih baik daripada menggunakan pewarna Evagreen dari Biotium., The use of sharks as raw material for processed fisheries products in Indonesia threatens the existence of sharks, one of them is silky shark (C. falciformis). Molecular-based identification methods with high sensitivity and reliability are needed for fish identification in fishery products. The application of the HRM-qPCR method can be used as a solution. The aim of this research was to design in silico species-specific primers for identification of C. falciformis from various fish landing sites. The research procedures included designing specific primers, isolation of DNA samples, testing the quality and quantity of DNA samples, and optimization of HRM-qPCR. The primary design using Mega-X and Bioedit applications on mtDNA gene markers was successfully made. DNA isolates and NADH2 primers were used in HRM-qPCR analysis. The target and non target species can be distinguished by the distribution of lines on the melting curve and the Tm value. The Tm value of C. falciformis from Aceh was 72,85-73,2°C, while the samples from NTB was 73,15-73,3°C. The other primers with gene markers than NADH2 in this study can be used in future studies. The tests using sensi-fast HRM dye from Bioline has a higher Tm value with small temperature increase so that the results are better than using Evagreen dye from Biotium.
Keyword: Hiu, Primer spesifik, C. falciformis, HRM, Suhu

Judul: Authentication of the Utilization of Alopias pelagicus and Alopias superciliosus Species in Processed Fish Products with High Resolution Melting (HRM)-qPCR Method
Abstrak: Hiu dan pari dimanfaatkan sebagai bahan baku produk olahan hasil perikanan dapat menyebabkan berkurangnya populasi hiu yang kini rentan terhadap kepunahan. Saat ini hiu yang diperdagangkan berupa sirip, daging ikan asin dan rebus, olahan ikan hiu, minyak ikan dan sebagai pengganti pakan ternak yang sulit diidentifikasi dan autentikasi secara morfologi apakah boleh diperdagangkan atau tidak, sehingga perlu menggunakan metode molekuler yaitu DNA barcoding. Autentikasi spesies pada produk hiu dengan pendekatan molekuler perlu dilakukan untuk menelusuri pemanfaatan spesies yang terancam punah dalam produk hiu, baik segar maupun olahan untuk membantu menegakkan kebijakan yang telah dibuat dan ditetapkan. Salah satu metode DNA barcoding yang saat ini sedang dikembangkan adalah metode kombinasi High Resolution Melting (HRM)qPCR. Metode kombinasi High Resolution Melting (HRM)-qPCR dapat meningkatkan spesifisitas dengan biaya yang lebih rendah karena tidak ada analisis tambahan setelah proses PCR seperti elektroforesis gel. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengautentikasi spesies Alopias pelagicus dan Alopias superciliosus pada produk olahan sate ikan asap dan hiu dengan primer spesifik spesies yang telah dirancang untuk berbagai lokasi menggunakan metode kombinasi HRM-qPCR. Metode penelitian terdiri dari pengambilan sampel, desain primer, isolasi DNA, amplifikasi PCR, dan Real-time PCR HRM dengan marka molekuler NADH2, 12S rRNA dan COI. Spesies target dan non target dapat dibedakan dengan sebaran garis pada kurva leleh dan nilai Tm. Nilai Tm Sampel Alopias pelagicus dari daerah Aceh dengan marka NADH2 berkisar 77,286,3°C dan NADH2 untuk spesies Alopias superciliosus berkisar 80,5-98,2°C. Nilai Tm Alopias pelagicus dengan marka 12S rRNA berkisar 77,10−86,2 °C dan marka COI untuk Alopias superciliosus berkisar 60,22−73,21°C. Perbedaan nilai Tm disebabkan oleh adanya perbedaan susunan basa nukleotida pada setiap spesies. Primer spesifik Alopias pelagicus dan Alopias superciliosus diperoleh secara in silico dan memberikan akurasi serta dapat diterapkan untuk mengautentikasi produk olahan hiu secara cepat, tepat dan akurat. Hasil aplikasi HRM-qPCR pada produk olahan sate ikan asap dan hiu adalah bukan jenis Alopias pelagicus dan Alopias superciliosus., Sharks as raw material for processed fishery products can lead to a reduction in shark populations that are vulnerable to extinction. Sharks traded in the form of fins, salted and boiled fish meat, processed shark fish, fish oil and as a substitute for animal feed is difficult to identify and morphologically authenticate to trade or not, so it is necessary to use a molecular method, namely DNA barcoding. Species authentication in shark products with a molecular approach needs to be done to trace the use of endangered species in shark products, both fresh and processed to help enforce policies that have been made and established. One of the DNA barcoding methods currently being developed is the High Resolution Melting (HRM)-qPCR combination method. The combination method of HRMqPCR can increase the specificity at a lower cost because there is no additional analysis after the PCR process such as gel electrophoresis. The purpose of this study was to authenticate the species Alopias pelagicus and Alopias superciliosus in processed products of smoked fish and shark satay with species-specific primers that have been designed for various locations using the HRM-qPCR combination method. The research method consisted of sample collection, primer design, DNA isolation, PCR
Keyword: Alopias pelagicus, Alopias superciliosus, autentikasi, hiu, HRM

Judul: Pengaruh Konsep Lanskap Keraton Ngayogyakarta Hadinigrat terhadap Lanskap Kota Yogyakarta
Abstrak: Kota Yogyakarta merupakan kota yang menjadi pusat kebudayaan Jawa dengan adanya Keraton Yogyakarta dan bekas Kerajaan Mataram Islam. Sebagai sebuah kota dengan latar historis kerajaan yang kuat dan legilimasi keraton yang sampai saat ini masih cukup kuat, maka kehidupan keraton mempengaruhi pula kehidupan rakyat Kota Yogyakarta. Keraton dan kawasan kerajaan dibangun berdasarkan konsep-konsep filosofis yang menghasilkan wujud fisik penuh makna dan merupakan cikaI bakaI Kota Yogyakarta. Namun dalam perkembangannya, dengan adanya pengaruh pendatang dan globalisasi, malta banyak terjadi pergeseran nilai dan kebudayaan serta filosofi yang melingkupinya Hal. ini dikhawatirkan akan semakin mengaburkan identitas Kota Yogyakarta.
Keyword: