Judul: Isolasi dan Identifikasi Sekuen Parsial Gen Penyandi Enzim Histone Acetyltransferase-like pada Ikan Gurami Osphronemus goramy
Abstrak: Ikan gurami merupakan salah satu komoditas budidaya air tawar di Indonesia. Ikan gurami berpotensi untuk dijadikan ikan model pada studi mengenai dampak rekayasa budidaya terhadap perkembangan benih dan larva. Gen penyandi enzim histone acetyltransferase (HATs) berperan dalam proses regulasi ekspresi gen. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengisolasi dan mengidentifikasi sekuen parsial gen penyandi enzim histone acetyltransferase-like pada ikan gurami. RNA total diekstraksi dari organ hati ikan gurami. Primer degenerate oligonukleotida diperoleh dengan menyejajarkan sekuen gen ikan takifugu Takifugu rubripes, ikan sebelah Paralichthys olivaceus dan ikan salmon Atlantik Salmo salar menggunakan perangkat lunak Bioedit v7.2. Dari analisis sekuensing diperoleh susunan nukleotida berukuran 537 bp yang menyandikan 132 residu asam amino. Analisis sekuen dengan BLAST® menunjukkan sekuen gen yang berhasil diisolasi memiliki kesamaan dengan gen penyandi enzim HATs-like kakap putih Lates calcarifer, ikan nila Oreochromis niloticus dan ikan salmon silver Oncorhynchus kisutch dengan persentase kesamaan berkisar antara 91‒99%. Analisis pohon filogenetik menunjukkan bahwa sekuen gen parsial yang diisolasi tersebut berada dalam kelompok teleost dengan nilai bootstrap 64%, terpisah dengan kelompok mamalia dengan nilai bootstrap 100%. Hasil ini membuktikan bahwa gen yang diisolasi merupakan gen penyandi enzim HAT-like.
Keyword: Histone acetyltransferase, isolasi gen, Osphronemus goramy

Judul: Isolasi dan Identifikasi Sekuen Parsial Gen Monokarboksilat Transporter-like pada Ikan Gurami Osphronemus goramy
Abstrak: Ikan gurami merupakan salah satu spesies ikan budidaya air tawar di Indonesia. Ikan gurami berpotensi untuk dijadikan ikan model untuk studi metabolisme karbohidrat dan respons terhadap cekaman lingkungan. Gen monokarboksilat transporter (MKT) diduga bertanggung jawab dalam metabolisme karbohidrat dan saat oksigen terlarut rendah di perairan. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengisolasi dan mengidentifikasi sekuen parsial gen monokarboksilat transporter-like pada ikan gurami. RNA total diekstraksi dari organ hati ikan gurami. Primer oligonukleotida diperoleh dengan menyejajarkan sekuen gen ikan koki Carassius auratus, “grass carp” Ctenopharyngodon idella, “sheepshead minnow” Cyprinodon variegatus, ikan mas Cyprinus carpio, ikan nila Oreochromis niloticus, ikan gapi Poecilia reticulata, dan ikan “rainbow trout” Oncorhynchus mykiss menggunakan perangkat lunak Bioedit v7.2. Dari analisis sekuensing diperoleh susunan nukleotida berukuran 922 bp yang menyandikan 299 asam amino residu. Analisis sekuen dengan BLAST® menunjukkan sekuen gen yang berhasil diisolasi memiliki kesamaan dengan gen MKT ikan kuwe batu Seriola dumerili, kakap putih Lates calcarifer, dan Larimichthys croacea dengan persentase kesamaan berkisar antara 81 86%. Pada sekuen asam amino residu tersebut ditemukan domain protein major facilitator superfamily (MFS) famili 1, 11, dan 13. Analisis pohon filogenetik menunjukkan bahwa sekuen gen parsial yang diisolasi tersebut berada dalam kelompok teleost dengan nilai bootstrap 56%, terpisah dengan kelompok mamalia dengan nilai bootstrap 100%. Hasil ini membuktikan bahwa gen yang diisolasi merupakan gen MKT.
Keyword: Isolasi gen, monokarboksilat transporter, Osphronemus goramy

Judul: Tinjauan Matematis pada Model Makroskopik dan Mikroskopik Arus Lalu-lintas
Abstrak: Traffic flow phenomenon can be described through mathematical model such as continuous dynamic model with an ordinary differential equation so that it can be solved with integral factors. In this paper three simple models of traffic flow are discussed, i.e, two macroscopic and one microscopic models. Macroscopic model formulates dynamics of the traffic flow that occurs on a large number of vehicles on a road. While the microscopic model explains drivers’ behavior in their interaction with other vehicles ahead, i.e, car-following model. This paper shows the existence of ordinary differential equation found in the traffic flow model and indicates some different representations in the context of the same model. It also reviews a simple model of traffic flow along a single link, which leads to some unexpected results, i.e, it can express the solution model in term of link outflows as well as trip time. In the microscopic model, simulation is done to illustrate the behavior of the drivers with a sensitivity coefficient as a benchmark parameter.
Keyword: