Judul: Isolation and Identification of Fungi Found on Sengon Gall Rust Disease
Abstrak: Sengon (Falcataria moluccana Miq.) merupakan tanaman kehutanan yang dalam pengelolaannya mengalami serangan patogen, diantaranya karat tumor. Pengendalian karat tumor menggunakan fungisida terbentur masalah pencemaran lingkungan dan resistensi terhadap fungisida. Karena itu perlu dilakukan pengendalian terpadu, salah satunya dengan mikoparasit. Penelitian ini bertujuan mengisolasi dan mengidentifikasi cendawan yang terdapat pada karat tumor sengon secara morfologi dan molekuler. Terdapat 12 isolat cendawan yang berhasil diisolasi dari isolat karat tumor dengan bercak hitam atau hijau keabuan di permukaannya. Isolat kemudian diidentifikasi secara makroskopis dan mikroskopis untuk melihat morfologi dan struktur cendawan. Identifikasi molekuler dilakukan dengan metode DNA barcode. Hasil identifikasi menunjukkan 12 isolat terdiri dari 9 jenis cendawan yaitu Fusarium oxysporum, F. semitectum, F. solani, F. clamydosporum, F. circinatum, F. incarnatum, F. verticilioides, Lasiodiplodia theobromae, dan Pestalotiopsis palmarum. DNA barcoding dapat mengatasi keterbatasan identifikasi morfologi sehingga identifikasi molekuler menjadi sangat mendukung identifikasi morfologi. Kata kunci: DNA barcoding, Falcataria moluccana, karat tumor, mikoparasit, Sengon (Falcataria moluccana Miq.) plantation often severely attacked by diseases, particularly gall rust. Controlling tumor rust using fungicides could pose problems of environmental pollution and resistance to fungicides. Therefore, integrated control is required, one of which using mycoparasites. The aim of this study was to isolate and identify the fungi found on the sengon gall rust morphologically and molecularly. Fungi were isolated from the gall rust samples with black or gray-green patches on the surface, resulting in 12 isolates. The isolates were then identified macroscopically and microscopically to see the morphology and structure of the fungus. DNA barcodes were used identify the fungi species. DNA barcode identification showed 12 isolates consisted of 9 species of fungi, namely Fusarium oxysporum, F. semitectum, F. solani, F. clamydosporum, F. circinatum, F. incarnatum, F. verticilioides, Lasiodiplodia theobromae, and Pestalotiopsis palmarum. DNA barcodes has proven its ability to overcome difficulty in species identification using morphology that it’s utilization is highly recommended. Keywords: DNA barcoding, Falcataria moluccana, gall rust, mycoparasites
Keyword: DNA barcoding, Falcataria moluccana, gall rust, mycoparasites

Judul: Ecological Genomics Approach for Resistant Sengon (Falcataria moluccana) Improvement against Gall-Rust (Uromycladium falcatariae).
Abstrak: Sengon (Falcataria moluccana) merupakan spesies favorit untuk pengembangan hutan rakyat karena sifatnya yang cepat tumbuh dan serapan pasar yang tinggi. Salah satu kendala pengembangan hutan tanaman sengon yaitu serangan penyakit karat tumor yang disebabkan oleh cendawan Uromycladium falcatariae yang menyebabkan kerusakan batang bahkan kematian. Sementara itu, metode pengendalian yang telah dilakukan beberapa di antaranya kurang efektif. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis faktor lingkungan yang berpengaruh terhadap serangan penyakit karat tumor, menganalisis keragaman genetik dan mengkonfirmasi jenis sengon yang terserang dan tidak terserang karat tumor, serta menganalisis ekspresi gen dari sengon yang terserang karat tumor dan tidak terserang karat tumor. Analisis faktor lingkungan dilakukan dengan mensensus pohon dari 32 plot dengan ukuran 50 x 50 m2 di Bogor dan Ciamis. Meskipun kedua lokasi penelitian memiliki klasifikasi iklim yang sama, rata-rata keparahan serangan penyakit karat tumor di Ciamis (25.53%) lebih tinggi dibanding di Bogor (8.22%). Intensitas serangan penyakit maksimum dapat mencapai 53.63% di Bogor dan 91.67% di Ciamis. Analisis komponen utama (PCA) menunjukkan faktor iklim (curah hujan, suhu, kelembaban relatif, dan kecepatan angin), elevasi, kerapatan tegakan, jumlah tanaman muda (<2 tahun), tutupan tajuk, serta tingginya unsur Fe dan Cu dalam tanah berpengaruh kuat terhadap intensitas dan keparahan serangan penyakit karat tumor. Pada tanaman dengan umur lebih dari dua tahun, rata-rata diameter tanaman yang terserang lebih besar daripada tanaman yang tidak terserang karat tumor, baik di Bogor maupun Ciamis, kemungkinan karena adanya trade-off energi antara pertumbuhan dengan ketahanan terhadap penyakit. Keragaman genetik antar populasi sengon terserang dan tidak terserang yang diambil dari plot di Bogor dan Ciamis dengan metode pairing tergolong rendah (Φ-stat 0.036-0.104) dan memiliki jarak genetik yang kecil (<0.1) baik menggunakan penanda RAPD, AFLP, maupun gabungan keduanya. Sementara itu, nilai keragaman genetik (He) dalam populasi cenderung rendah hingga menengah (0.145-0.234) yang menunjukkan populasi-populasi tersebut mengalami bottleneck. Penanda RAPD mampu membedakan struktur genetik populasi sengon yang terserang dan tidak terserang karat tumor dengan 2 spektrum genetik (K). Gabungan penanda RAPD dan AFLP mampu memisahkan kedua tipe aksesi berdasarkan hasil Principal Coordinate Analysis (PCoA). Berdasarkan daerah psbA-trnH intergenic spacer pada DNA kloroplas, sengon yang terserang dan tidak terserang karat tumor terkonfirmasi merupakan satu spesies yang sama (F. moluccana) dengan nilai keragaman InDel 0.031. Selain itu, meskipun memiliki kemiripan morfologi dengan spesies sengon merah (Albizia chinensis), kedua spesies tersebut memiliki perbedaan pada 29 situs dengan jarak genetik 0.017. Hasil analisis transkriptom sengon yang terserang dan tidak terserang karat tumor yang disekuens menggunakan metode Next-generation sequencing (NGS) menunjukkan terdapat 5 944 gen yang diekspresikan secara up-regulated dan 8 075 gen yang diekspresikan secara down-regulated. Beberapa kandidat gen yang ditemukan telah dikonfirmasi memiliki keterkaitan dengan ketahanan seperti Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 13, dan Transcription Factor CPC, serta terkait kerentanan yaitu NADH-ubiquinone oxidoreductase (NUOR). Analisis transkriptom karat tumor yang terdapat pada batang dan daun menunjukkan adanya respon seluler yang terjadi terhadap stimulus dengan skor gen ontologi 1078.41. Analisis DEG tumor batang vs daun menunjukkan terdapat 4 883 gen yang terekspresi secara up-regulated, dan 3 609 gen yang terekspresi secara down-regulated. Pada tumor batang, gen Patatin-like protein yang memiliki fungsi utama penyimpanan metabolit terekspresi lebih besar dibanding pada tumor daun, sedangkan
Keyword: ecological resistance, genetic variation, Next-generation sequencing (NGS), resistant, sengon (Falcataria moluccana), gall-rust (Uromycladium falcatariae), gene expressions

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: