Judul: Primer Design for Detection Dickeya spp. and Pectobacterium spp. in Potato with Multiplex PCR
Abstrak: Potato (Solanum tuberosum L.) is an important horticultural crop both on industrial need and household consumption. The high demand of potatoes is fulfilled by importation. The importation of potatoes carried out by the Indonesian government has a potential threat such as pathogens from outside that do not yet exist in Indonesia or OPTK A1. There are several OPTK A1 potatoes, Dickeya dadantii, Dickeya solani, Dickeya zeae, Pectobacterium atrosepticum and Pectobacterium wasabiae. This research aims to design multiplex PCR primers associated with OPTK A1 in Dickeya spp. and Pectobacterium spp.. The research was carried out by conducting scientific research in stages including 16S rRNA homology analysis, pelI and maeA gene homology analysis, pelI and maeA gene polymorphism analysis, primers design, and secondary primer structure analysis. Five pairs of primary candidates match to the criteria. Five pairs candidate primers were successfully designed for detection of Dickeya spp. and Pectobacterium spp. respectively: WD2F 5'-agccagttccgagtgtaagc-3' and WD2R 5'-ggtttctgcttgtcgctgtc-3' (D. dadantii); JD1F 5'-tgaacgcatcgccgtact-3' and JD1R 5'-gccaacgatggtgagggtt-3' (D. zeae); FA2F 5'-cgtcattagccgcccaaac-3' and FA2R 5'-gcagttgccgctttcacag-3' (D. solani); SA2F 5'-ggtgccctgaatgtcatcg-3' and SA2R 5'-cgtctgaacgatccgctgta-3' (P. atrosepticum); GI1F 5'-cgggttagacagtggcatca-3' and GI1R 5'-cgtcgcacagatgaaatccg-3' (P. wasabiae). Five primers candidate have primer lengths from 18 to 21 Mer, Tm values from 59.57 to 60.39 ˚C, % GC from 55% to 57% and do not have any potential secondary structure. Furthermore, each primer candidate generates 108, 445, 500, 213, and 316 bp amplicons. These candidate primers have the potential to be used in multiplex PCR detection and need further in vitro testing to prove the effectiveness., Kentang (Solanum tuberosum L.) merupakan tanaman hortikultura yang dibutuhkan baik dalam skala industri maupun skala rumah tangga, tetapi pemenuhan kebutuhan kentang nasional pemerintah Indonesia masih melakukan importasi. Importasi kentang yang dilakukan oleh pemerintah Indonesia memiliki potensi ancaman masuknya patogen dari luar yang belum ada di Indonesia atau OPTK (Organisme Penganggu Tanaman Karantina) A1 . OPTK A1 kentang diantaranya yaitu, Dickeya dadantii, Dickeya solani, Dickeya zeae, Pectobacterium atrosepticum dan Pectobacterium wasabiae. Penelitian ini bertujuan mendapatkan rancangan primer untuk mendeteksi Dickeya spp. dan Pectobacterium spp. pada kentang dengan multiplex PCR. Penelitian melalui beberapa tahapan yaitu analisis homologi 16S rRNA, analisis homologi gen pelI dan maeA, analisis polimorfisme sekuen gen pelI dan maeA, perancangan primer, dan analisis struktur sekunder. Lima pasang primer didapatkan sesuai dengan kriteria untuk digunakan dalam deteksi menggunakan teknik multiplex PCR. Lima pasang primer yang berhasil dirancang untuk deteksi Dickeya spp. dan Pectobacterium spp. diantaranya yaitu WD2F 5'-agccagttccgagtgtaagc-3' and WD2R 5'-ggtttctgcttgtcgctgtc-3' (D. dadantii); JD1F 5'-tgaacgcatcgccgtact-3' and JD1R 5'-gccaacgatggtgagggtt-3' (D. zeae); FA2F 5'-cgtcattagccgcccaaac-3' and FA2R 5'-gcagttgccgctttcacag-3' (D. solani); SA2F 5'-ggtgccctgaatgtcatcg-3' and SA2R 5'-cgtctgaacgatccgctgta-3' (P. atrosepticum); GI1F 5'-cgggttagacagtggcatca-3' and GI1R 5'-cgtcgcacagatgaaatccg-3' (P. wasabiae). Lima kandidat primer memiliki panjang primer 18 hingga 21 mer, nilai Tm berkisar 59,57-60,39 ˚C, %GC berkisar 55%-57%, dan tidak ditemukan nilai energi bebas gibs lebih dari -9 kcal/mol. Masing-masing kandidat primer menghasilkan amplikon sebesar 108, 445, 500, 213, dan 316 bp. Lima kandidat primer merupakan primer spesifik. Kandidat primer tersebut memiliki potensi untuk digunakan dalam deteksi dengan multiplex PCR dan perlu pengujian lebih lanjut secara in vitro untuk membuktikan keefektifannya.
Keyword: multiplex pcr, optk a1, potato, primer design

Judul: Analisis Molekuler Mutan dari Kentang (Solanum tuberosum L.) kultivar Atlantic
Abstrak: Kentang adalah salah satu dari lima komoditas utama sayuran semusim dengan produksi terbesar pada tahun 2017. Radiasi dengan sinar gamma telah dilakukan terhadap kentang kultivar Atlantic dan klon unggul telah diperoleh. Kultivar IPB CP1 adalah salah satu klon yang diperoleh dari induksi mutasi kentang kultivar Atlantic. RAPD digunakan sebagai penanda molekuler untuk menganalisis perbedaan antara kentang kultivar IPB CP1 dan Atlantic. Sebanyak 24 primer yang terdiri dari primer tunggal acak dan kombinasi dua primer acak digunakan untuk mengamplifikasi DNA dari genom DNA kentang kultivar IPB CP1 dan Atlantic. Primer yang digunakan dianggap sebagai lokus dan amplikon yang dihasilkan dari primer tersebut dianggap sebagai alel. Amplifikasi dengan PCR menghasilkan 2-16 amplikon tergantung dari primer yang digunakan. Kombinasi dua primer acak menghasilkan amplikon polimorfik tertinggi. Perbedaan antara kentang kultivar IPB CP1 dan Atlantic ditentukan oleh 4 lokus diantara 24 lokus RAPD, yaitu lokus OPA-02, OPA-02 + OPA-03, OPA-02 + OPA-07, dan OPA-01 + OPA-13. Lokus OPA-02 + OPA-03 mengandung perbedaan genetik tertinggi dengan 2 amplikon polimorfik (22.22 %). Perbedaan secara molekuler antara kentang kultivar Atlantic dan IPB CP1 sebagai mutannya telah berhasil dideteksi dengan penanda molekuler RAPD.
Keyword: IPB CP1, kentang kultivar Atlantic, lokus, polimorfisme, RAPD

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: