Judul: Polymorphism of SNP g.1117G>A of HSP70 Gene and Its Association with Birth Weight in Bali Cattle (Bos javanicus)
Abstrak: Indonesia memiliki sumber daya genetik ternak (SDGT) yang melimpah, termasuk sapi, khususnya sapi bali. Ternak indigenous merupakan ternak yang telah lama berkembang dan beradaptasi dengan lingkungan tropis Indonesia, dan pada umumnya jenis ternak ini cocok dengan lingkungan tropis basah Indonesia karena efisien low input feed, bereproduksi tinggi, dan tahan dengan iklim tropis basah. Sapi bali (Bos javanicus) sebagai ternak asli Indonesia memiliki keunggulan resistensi tinggi terhadap sebagian besar penyakit, mampu efisien tumbuh dengan pakan yang berkualitas rendah dan memiliki tingkat kesuburan yang tinggi. Peningkatan suhu lingkungan memberi dampak yang merugikan bagi ternak, seperti penurunan metabolisme, reproduksi, dan kinerja. Respon ternak terhadap cekaman panas dapat ditunjukkan dengan ekspresi gen HSP70. HSP70 bekerja untuk meningkatkan ambang cekaman panas yang berakibat pada panjangnya jarak translasi protein sehingga menurunkan pengaruh cekaman panas pada mekanisme pelipatan protein dan mengurangi intensitas kerusakan protein akibat unfolding atau misfolding. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman gen SNP g.1117G>A HSP70 (HSP70|BanI) menggunakan metode PCR-RFLP. Jumlah sampel yang digunakan sebanyak 104 sampel yang terdiri atas 66 ekor sapi bali dari BPTU-HPT Denpasar, Bali dan 38 ekor sapi bali dari BPT-HMT Serading, NTB. Pendekatan PCR-RFLP digunakan untuk menganalisis keragaman gen HSP70. Enzim yang digunakan untuk pemotongan adalah enzim restriksi BanI. Popgen32 digunakan untuk menganalisis frekuensi genotipe dan alel, heterozigositas, dan keseimbangan Hardy-Weinberg. General Linear Model digunakan untuk menganalisis hubungan gen g.1117G>A HSP70 dengan bobot lahir pada sapi bali. Amplifikasi gen HSP70 menghasilkan fragmen sepanjang 539 bp dan 2 alel (A dan G). Gen HSP70 terdiri atas tiga genotipe yaitu, AA (475 bp dan 64 bp), AG (475 bp, 369 bp, 148 bp, dan 106 bp), dan GG (369 bp, 148 bp, dan 106 bp). Frekuensi alel pada BPTU-HPT Denpasar dan BPT-HMT Serading berada pada keseimbangan Hardy-Weinberg. Genotipe dari SNP g.1117G>A berasosiasi dengan bobot lahir pada sapi bali. Alel G merupakan penentu berat badan lahir rendah pada sapi bali dimana genotipe AG memiliki bobot lahir terendah diikuti oleh genotipe GG., Indonesia has abundant livestock genetic resources, including cattle, especially Bali cattle. Indigenous livestock are livestock that have long developed and adapted to the tropical environment of Indonesia, and in general this type of livestock is suitable for the wet tropical environment of Indonesia because of its efficient low input feed, high reproduction, and resistance to the wet tropical climate. Bali cattle (Bos javanicus) as native Indonesian cattle have the advantage of high resistance to most diseases, able to efficiently grow with low quality feed and have a high fertility rate. Temperature increases have detrimental impacts on livestock, such as decreased metabolism, reproduction, and performance. The response of livestock to heat stress can be shown by the expression of HSP70 gene. HSP70 works to increase the heat stress threshold which results in a long protein translation distance, thereby reducing the effect of heat stress on the protein folding mechanism and reducing the intensity of protein damage due to unfolding or misfolding. This study aims to identify the SNP g.1117G>A HSP70 gene polymorphism (HSP70|BanI) using the PCR-RFLP method. The total sample used was 104 samples consisting of 66 bali cattle from BPTU-HPT Denpasar, Bali province and
Keyword: Bali cattle, genetic polymorphism, HSP70, PCR-RFLP

Judul: Identifikasi Keragaman SNP g.1117G>A Gen HSP70 pada Sapi Pedaging menggunakan Teknik PCR-RFLP
Abstrak: Indonesia memiliki sumber daya genetik ternak (SDGT) yang melimpah, termasuk ternak sapi. Sapi lokal mempunyai potensi produksi yang baik pada kondisi lingkungan yang minimal dan mampu memanfaatkan pakan berkualitas rendah serta mempunyai daya reproduksi yang baik. Daerah tropis sering mengalami perubahan suhu di atas zona nyaman yang mengakibatkan tenak mengalami stres dan dapat berdampak pada produksi dan reproduksi. Salah satu kandidat gen yang mempengaruhi toleransi terhadap heat stres adalah gen Heat Shock Protein 70 (HSP70). Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi polimorfisme SNP g.1117G>A gen HSP70 (HSP70|BanI) menggunakan metode PCR-RFLP. Penelitian ini menggunakan 65 sampel DNA 4 bangsa sapi yang terdiri dari 20 ekor sapi PO, 20 ekor sapi Madura, 12 ekor sapi kuantan dan 13 ekor sapi pesisir yang telah dikoleksi oleh Laboratorium Genetika Molekuler Ternak Fakultas Peternakan IPB. Analisa keragaman gen HSP70 dengan metode PCR-RFLP. Enzim yang digunakan untuk pemotongan adalah BanI primer forward 5'-GAAAGGAAAAAAGAGACAGA-3' dan primer reverse 5'-AATACGCAGGAGTAGGTGGT-3'. Keragaman genetik dari gen HSP70 dianalisis menggunakan frekuensi alel, frekuensi genotipe, derajat heterozigositas. Keseimbangan Hardy-Weinberg diuji dengan uji Chi Kuadrat menggunakan aplikasi PopGen 32. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Amplifikasi gen HSP70 terletak di 5’UTR dengan suhu annealing 61 ⁰ C selama 15 detik dengan panjang produk 539 pb. Keragaman gen HSP70 pada bangsa sapi pedaging lokal bersifat polimorfik dengan frekuensi alel G sebesar (0,565) lebih tinggi dibanding frekuensi alel A (0,435)., Indonesia has abundant livestock genetic resources, including cattle. Local cattle have good production potential in minimal environmental conditions and are able to utilize low-quality feed and have good reproductive. The tropics often experience changes in temperature above the comfort zone which causes livestock to experience stress and will have an impact on production and reproduction. One candidate gene that affects tolerance to heat stress is the Heat Shock Protein 70 (HSP70) gene. This study aims to identify the SNP g.1117G>A HSP70 gene polymorphism (HSP70|BanI) using the PCR-RFLP method. This study used 65 DNA samples from 4 breeds of cattle consisting of 20 heads of PO cattle, 20 heads of Madura cattle, 12 heads of Kuantan cattle and 13 heads of Pesisir cattle that have been collected by the Laboratory of Animal Molecular Genetics, Faculty of Animal Science IPB. Analysis of the HSP70 gene diversity was done by using the PCR- RFLP method. The enzyme used for cutting was BanI with forward primer 5'-GAAAGGAAAAAAGAGACAGA-3 'and reverse primers 5'-AATACGCAGGAGTAGGTGGT-3'. The variation of the HSP gene was analyzed using allele frequency, genotype frequency, and degree of heterozygosity. Hardy-Weinberg equilibrium was tested by Chi-Square test using PopGen 32 application. The results showed that the HSP70 gene amplification was located at 5’UTR with an annealing temperature of 61 ⁰ C for 15 seconds with a product length of 539 bp. The HSP70 gene in local beef cattle was polymorphic with the allele frequency G (0,565) higher than the A allele frequency (0,435).
Keyword: HSP70, genetic polymorphism, PCR-RFLP, local beef cattle

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: