Judul: Proses Fisik Musiman Di Zona ROFI (Region of Freshwater Influence) Muara Sungai Cimandiri Teluk Pelabuhan Ratu.
Abstrak: Perairan pesisir memiliki berbagai fenomena oseanografi masih banyak yang belum terungkap. Salah satu fenomena tersebut adalah bagaimana pengaruh air tawar terhadap dinamika masa air di perairan pesisir. Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji dinamika masa air dan menghitung anomali salinitas serta fraksi air tawar di sekitar muara Sungai Cimandiri, Teluk Pelabuhan Ratu, Jawa Barat. Lokasi yang paling dekat dengan mulut sungai mencerminkan fenomena yang sangat menarik karena adanya pengaruh air tawar dan air samudera diantaranya adalah ROFI. ROFI merupakan wilayah antara paparan laut dan muara di mana input lokal daya apung air tawar dari sumber pesisir sebanding dengan, atau melebihi masukan musiman daya apung sebagai heat yang terjadi di seluruh paparan laut. Parameter suhu, salinitas dan densitas diukur dengan menggunakan sensor CTD (conductivity, temperature, depth). Parameter fisik lainnya seperti batimetri, arus, pasang surut, kekeruhan dan kecerahan juga diukur. Pengukuran terhadap parameter fisik air laut tersebut dilakukan pada dua musim yang berbeda, yaitu bulan Januari (mewakili musim barat) dan bulan Agustus (mewakili musim timur) tahun 2016. Hasil analisis pola dan kecepatan arus pada musim barat yang terwakili pada bulan Januari didapatkan kecepatan rata-rata arus dari penjumlahan komponen u dan v adalah 0.21 m/s dengan kecepatan maksimum sebesar 0.42 m/s. Kecepatan arus cenderung menuju arah barat daya dan barat laut pada musim barat. Pada musim timur yang terwakili pada bulan Agustus kecepatan rata-rata arus dari penjumlahan komponen u dan v adalah 0.09 m/s dengan kecepatan maksimum sebesar 0.16 m/s cenderung bergerak menuju arah timur laut dan tenggara. Hasil pengukuran nilai kecerahan air pada musim barat berkisar antara 1.1 – 6.5 m dengan nilai rata-rata 2.2 m. Kecerahan air di pesisir muara Cimandiri berdasarkan hasil pengukuran pada musim timur memiliki sebaran kecerahan yang berkisar antara 0.3 – 5.3 m dengan rata-rata 2.0 m. Hasil pengukuran kekeruhan yang diukur dengan metode Nephelometric adalah NTU (Nephelometric Turbidity Unit) di perairan pesisir muara Cimandiri pada musim barat berkisar antara 0.6 – 23.5 NTU dengan rata-rata 7.7 NTU. Musim timur yang berkisar antara 0.7 – 10.5 NTU dengan rata-rata 3.8 NTU. Hasil analisis terhadap anomali salinitas menggambarkan bahwa masukan air tawar ke teluk tersebut mempengaruhi nilai salinitas pada dua musim. Nilai tertinggi terjadi pada musim barat dan terendah pada musim timur. Musim barat memiliki nilai anomali salinitas adalah berkisar dari 23.70 sampai -1.40 dan rata-ratanya adalah -2.50, sedangkan musim timur berkisar -9.97 sampai -0.88 dan rata-ratanya adalah -1.50. Hasil analisis fraksi air tawar memperlihatkan bahwa musim barat memiliki pengaruh yang lebih besar terhadap fraksi air dari pada musim timur dengan nilai berkisar dari 0.04 % - 0.70 % dengan jumlah 18.07 %, sementara musim timur mempunyai nilai 0.02 % - 0.28 % dengan jumlah adalah 7.30 %. iii Transpor volume air tawar pada musim barat adalah sebesar 1.429.244 m3s-1 sedangkan pada musim timur adalah sebesar 1.066 m3s-1. Stabilitas massa air di kolom perairan lokasi penelitian memiliki stabilitas statis dengan nilai rata-rata N2 sebesar 0.008 Cycl/S dan 0.7 x 103 Cycl/S berturut-turut untuk musim barat dan musim timur.
Keyword: Massa air, ROFI, Muara Sungai Cimandiri, Teluk Pelabuhan Ratu

Judul: Karakteristik kualitas air di muara sungai Cimandiri, Pelabuhan Ratu Sukabumi Jawa Barat
Abstrak: Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengetahui karakteristik perairan muara Sungai Cimandiri yang meliputi distribusi spasial dan temporal parameter kualitas air tertentu bagi kelayakan kualitas air dan kesuburan perairan. Penelitian ini dilaksanakan setiap bulan sekali mulai dari bulan Agustus sampai Desember 2002, dengan desain sampel atas dasar tipologi perairan. Wilayah penelitian dibedakan atas tiga zonasi, dimana setiap zona ditentukan tiga lokasi pengambilan contoh air atau pengukuran parameter kualitas air. Pengukuran suhu, salinitas, pH, DO, dan BOD, dilakukan secara terpisah mulai dari lapisan permukaan, tengah, dan dekat dasar. Peneraan unsur nitrogen (NH-N, NO2-N, NO,-N), ortofosfat, silikat, kekeruhan dan TSS dilakukan secara terpadu atau gabungan dari contoh air di lapisan permukaan dan tengah. Analisa sidik ragam dua arah dan regresi digunakan untuk megetahui tingkat perbedaan dan keeratan keberadaan dari parameter yang dikaji, kemudian untuk melihat hubungan antar masing- masing parameter fisika-kimia digunakan Principal Component Analysis (PCA). Karakteristik perairan muara Sungai Cimandiri mencirikan perairan estuari dengan stratifikasi salinitas sedang. Distribusi salinitas antar zona dan waktu berbeda nyata, kecuali antar waktu di lapisan bawah tidak berbeda nyata. Rataan salinitas masing-masing di lapisan permukaan, tengah dan bawah di zona I berturut-turut adalah 0,07 ppt, 2,20 ppt dan 7,8 ppt, sedangkan di zona II dan III adalah 26,4 ppt, 31,7 ppt dan 32,2 ppt. Berdasarkan parameter suhu, salinitas, pH dan DO, kualitas air di muara Sungai Cimandiri masih dalam rentang yang layak bagi kehidupan biota akuatik (udang dan ikan). Distribusi suhu antar zona dan waktu tidak berbeda nyata, kecuali dilapisan bawah. Rataan suhu di lapisan permukaan, tengah dan bawah secara berturut-turut adalah 27,90°C, 27,80°C, dan 27,60°C, sedangkan di lapisan bawah, rataan suhu antar waktu berbeda nyata dengan kisaran 27,20°C-28,20°C. Keberadaan salinitas di zona I sangat cocok untuk kehidupan juwana udang galah. Sedangkan keberadaan salinitas di zona II dan III cukup layak bagi kehidupan post larva sampai juvenil atau calon induk, udang windu. Distribusi pH antar zona dan waktu berbeda nyata, kecuali di lapisan tengah tidak berbeda nyata. Rataan pH di lapisan permukaan dan bawah di zona I nilainya sama yaitu 7,3, sedangkan di zona II dan III juga sama yaitu 7,7. Rataan pH di lapisan tengah antar zona adalah 7,6. Distribusi DO antar zona dan waktu tidak berbeda nyata, kecuali distribusi antar waktu di lapisan permukaan dan tengah berbeda nyata.
Keyword: spatial distribution, temporal distribution, water quality parameters

Judul: Penyusunan Overlap Graph menggunakan Suffix Tree pada DNA Sequence
Abstrak: The DNA sequence assembly is very important in genome analysis. This step aims to reconstruct contigous DNA fragment (contigs) from short fragment by concatenating fragments based on the overlap region among them. This method employs overlap graph for solving the problems. In this graph, nodes represent fragments and edges represent overlap. This research developed a software for constructing overlap graph using suffix tree. The evaluation was conducted by measuring the number of nodes, number of edges, and the execution time in many values of minimum overlap. The minimum overlap is defined as the minimum length of substring which is considered as the overlap region between two fragments. The evaluation results showed that the number of nodes, the number of edges, and the execution time were increased with the decreasing of the minimum overlap value.
Keyword: