Judul: Variasi Genetika Pepper yellow leaf curl virus Yang Menginfeksi Tanaman Cabai di Provinsi Bali dan Pengaruh Silika Terhadap Keparahan Penyakit.
Abstrak: Penyakit daun keriting kuning merupakan salah satu penyakit penting pada tanaman cabai di Jawa dan Sumatera karena dapat menyebabkan kehilangan hasil yang tinggi. Agens penyebab penyakit daun keriting kuning pada cabai telah diidentifikasi sebagai Pepper yellow leaf curl virus (PYLCV), anggota genus Begomovirus. Penularan secara alami Begomovirus hanya terjadi melalui peran serangga vektor, Bemisia tabaci secara persisten sirkulatif. Gejala penyakit daun keriting kuning pada cabai di Bali pertama kali ditemukan pada tahun 2012 tetapi hingga sekarang identitas virus penyebabnya belum diteliti. Seiring dengan peningkatan keparahan dan luas penyakit daun keriting kuning, produksi cabai di daerah ini menurun secara nyata. Berdasarkan beberapa penelitian sebelumnya, diketahui bahwa tingkat keparahan penyakit daun keriting kuning dipengaruhi oleh respons varietas cabai dan virulensi strain virus. Oleh karena itu perlu dilakukan penelitian untuk mengonfirmasi infeksi PYLCV pada tanaman cabai di Bali yang menunjukkan gejala daun keriting kuning. Pengendalian PYLCV perlu diupayakan untuk mengurangi tingkat keparahan penyakit dan kerugian yang diakibatkannya. Berbagai upaya telah dilakukan untuk mengendalikan penyakit daun keriting kuning pada cabai diantaranya memodifikasi lingkungan pertumbuhan tanaman dengan beberapa teknik budidaya dan penggunaan insektisida sintetik, meskipun belum memberikan hasil yang memuaskan. Kutukebul dapat menjadi target dalam strategi pengendalian penyakit daun keriting kuning karena infeksi PYLCV hanya dapat terjadi melalui aktivitas makan serangga vektor. Salah satu alternatif untuk meningkatkan ketahanan tanaman terhadap hama dan virus adalah melalui aplikasi silika. Aplikasi silika perlu dievaluasi karena penelitian sebelumnya melaporkan bahwa perlakuan silika dapat meningkatkan ketahanan tanaman terhadap serangga hama. Penelitian dilakukan dengan tujuan mengetahui keragaman strain PYLCV yang menginfeksi tanaman cabai di Provinsi Bali dan mengidentifikasi efek aplikasi silika pada tingkat keparahan penyakit daun keriting kuning cabai. Kegiatan penelitian dimulai dengan mengumpulkan sampel lapangan dari beberapa daerah penanaman cabai di Bali (Karangasem, Bangli, Tabanan, dan Gianyar). Identifikasi Begomovirus dari sampel lapangan dilakukan dengan polymerase chain reaction menggunakan primer universal untuk Begomovirus (SPG1/SPG2) dilanjutkan dengan analisis sikuensing. Hasil penelitian menunjukkan insidensi penyakit daun keriting kuning di semua lokasi mencapai 100% dengan tingkat keparahan penyakit berkisar antara 18% sampai 87%. Tanaman yang terinfeksi mudah dikenali di lapangan karena memiliki gejala yang unik, yaitu mosaik kuning, belang, keriting, mosaik hijau, daun melengkung ke atas dan/atau ke bawah, serta tanaman kerdil. Fragmen DNA spesifik berukuran 912 pb telah berhasil diamplifikasi dari semua sampel lapangan. Dua puluh empat dari 120 sampel lapangan yang mewakili dua belas lokasi survei yang berbeda di Bali kemudian dianalisis melalui sikuensing. Sembilan belas sikuen telah diperoleh dan analisis lebih lanjut menunjukkan homologi tertinggi (> 98%) dengan beberapa isolat Pepper yellow leaf curl Indonesia virus (PYLCIV) (DQ083765); sedangkan homologi terendah (65% sampai 70%) dengan PYLCV dari Thailand (KX943290) dan India (JN663870). Percobaan di rumah kaca dilakukan pada dua kultivar cabai (cv Pelita 8 dan cv Seret) secara terpisah menggunakan rancangan acak kelompok faktorial dengan 2 faktor, yaitu strain PYLCV (Bali dan Jawa) dan silika (dengan dan tanpa). Data yang diamati diantaranya gejala penyakit, periode inkubasi, insidensi dan keparahan penyakit, jumlah sillika total dan anatomi sel tumbuhan. Gejala yang muncul pada cabai cv Pelita 8 berupa daun keriting, menguning, dan tanaman kerdil; sementara cabai cv Seret menunjukkan gejala daun yang menguning dan keriting.
Keyword: analisis filogenetika, keparahan penyakit, periode inkubasi, serangga vektor

Judul: Insidensi Penyakit Daun Keriting Kuning Cabai di Bengkulu dan Penularannya Melalui Biji
Abstrak: Penyakit daun keriting kuning merupakan salah satu penyakit penting pada cabai di Indonesia yang disebabkan oleh Pepper yellow leaf curl virus (PYLCV) yang tergolong dalam genus Begomovirus dari famili Geminiviridae. Penularan dan penyebaran PYLCV di lapangan terjadi melalui vektor serangga kutukebul Bemisia tabaci. Potensi penularan benih PYLCV telah pernah dibahas. Penelitian dilakukan untuk mengetahui insidensi penyakit keriting kuning pada cabai di Kabupaten Kepahiang, Provinsi Bengkulu dan untuk memastikan virus tidak terbawa biji cabai. Pengamatan insidensi penyakit dilakukan di Desa Sumber Sari dan Desa Tangsi Duren. Sampel daun dan buah cabai dari lapangan dibawa ke laboratorium untuk penelitian lebih lanjut. Deteksi PYLCV dari sampel daun dilakukan dengan metode polymerase chain reaction (PCR) menggunakan primer universal Begomovirus SPG 1/2 dilanjutkan dengan sekuensing DNA. Biji cabai diekstraksi dari buah yang dikumpulkan dari lapangan, kemudian ditanam di rumah kaca. Pengamatan gejala penyakit dilakukan pada masing-masing tanaman dilanjutkan dengan deteksi PCR untuk memastikan adanya infeksi PYLCV. Insidensi penyakit di lapangan sangat tinggi, berkisar antara 62,69 sampai 100%. Gejala penyakitnya bermacam-macam, dari daun menguning, daun melengkung, hingga kerdil pada seluruh tanaman. Hasil deteksi PCR menunjukkan 8 dari 12 sampel positif terinfeksi Begomovirus. Berdasarkan analisis sekuens, isolat Begomovirus asal Kepahiang memiliki homologi 89,34-98,99% terhadap Pepper yellow leaf curl Indonesia virus. Sifat penyebaran penyakit keriting kuning cabai pada benih varietas cabai di Kepahiang perlu dikonfirmasi lebih lanjut., Yellow leaf curl disease is one of the most important diseases on chili pepper in Indonesia caused by Pepper yellow leaf curl virus (PYLCV), which belongs to the genus Begomovirus of the family Geminiviridae. Transmission and distribution of PYLCV in the field occurs through the insect vector, whitefly Bemisia tabaci. The potential for seed transmission of PYLCV has been discussed previously. Research was conducted to determine the incidence of yellow leaf curl disease of chili pepper in Kepahiang Regency, Bengkulu Province and to ensure that the virus is not seed transmitted. Observation of disease incidence was carried out in Sumber Sari and Tangsi Duren villages. Leaf and chili fruit samples from the field were taken to the laboratory for further studies. PYLCV detection from leaf samples was carried out by polymerase chain reaction (PCR) method using Begomovirus SPG1/2 universal primer followed by DNA sequencing. Chili seeds were extracted from fruit collected from the field, then grown in a greenhouse. Observation of disease symptoms was carried out on each plant followed by PCR detection to confirm PYLCV infection. Disease incidence in the field was very high, ranging from 62.69 to 100%. Disease symptoms varies, from leaf yellowing, leaf curling, to stunting of the whole plant. The result of PCR detection showed that 8 out of 12 samples were positively infected with Begomovirus. Based on sequence analysis, the Begomovirus isolates from Kepahiang has 89.34 to 98.99% homology to Pepper yellow leaf curl Indonesia virus. The seedborne nature of pepper yellow leaf curl disease on chili pepper varieties in Kepahiang needs further confirmation.
Keyword: disease incidence, disease symptom, Pepper yellow leaf curl Indonesia virus, polymerase chain reaction, whitefly

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: