Judul: Kloning DNA Dari Tebu (Saccharum officinarum L.) Sebagai Penanda Molekuler
Abstrak: Keragaman genetik tetua tebu yang dewasa ini digunakan dalam persilangan cenderung semakin menyempit karena digunakannya varietas tebu komersial. Saccharum officinarum merupakan salah satu tetua untuk pembentukan varietas-varietas tebu komersial. Sejauh ini evaluasi keragaman terhadap species Saccharum officinarum masih terbatas pada pengamatan sifat-sifat morfologis dan sitologisnya. Sifat-sifat morfologis diketahui selain dikendalikan secara genetik, juga sangat dipengaruhi oleh lingkungan. Pemanfaatan teknik-teknik biologi molekuler untuk mempelajari keragaman genetik tebu masih jarang dilakukan dibanding penggunaan teknik ini untuk tanaman budidaya yang lain. Dalam penelitian ini, vektor yang digunakan adalah plasmid pUC 19. Bahan tanaman tebu untuk isolasi DNA genom didapatkan dari Pusat Penelitian Perkebunan Gula Indonesia (P3GI) Pasuruan Jawa Timur. Disamping itu, DNA genom tebu diisolasi dari klon POJ 2878 oleh P3GI Pasuruan dan klon BB 939 oleh Balitbio Cimanggu Bogor. Empat macam pustaka DNA dibuat dengan enzim yang berbeda, yaitu: (a). Pustaka 1 dengan enzim PstI, karena umumnya enzim PstI menghasilkan DNA kopi tunggal, (b). Pustaka 2 dengan enzim EcoRI, karena pada banyak tanaman enzim tersebut menghasilkan DNA kopi berulang, (c). Pustaka 3 dengan dua macam enzim (PstI dan EcoRI) dan dengan mengekstrak DNA dari gel agarose (elution) yang ber- ukuran 0.5-4.4 kb sebagai potongan yang akan diklon, dan (d). Pustaka 4 dengan enzim EcoRI dan dengan mengambil pita DNA yang menyolok diantara potongan DNA hasil elektroforesis gel agarose sebagai potogan yang akan diklon…dst
Keyword: Taksonomi Tanaman Tebu, Sitogenetika Tanaman Tebu, Kloning DNA, Penanda Molekuler, DNA Kopi Tunggal

Judul: Konstruksi Tebu (Saccharum Officinarum L.) Rendemen Tinggi Melalui Pembungkaman Gen Cell Wall Invertase (cwinv9)
Abstrak: Indonesia merupakan negara importir gula terbesar di dunia dalam 5 tahun terakhir. Tuntutan pemenuhan kebutuhan gula nasional semakin meningkat seiring dengan pertumbuhan penduduk dan pertumbuhan ekonomi nasional. Meskipun upaya peningkatan produksi gula nasional telah dilakukan melalui program ekstensifikasi lahan tebu dan revitalisasi pabrik gula, kurangnya ketersediaan bibit tebu unggul masih menjadi kendala yang perlu diatasi. Pengembangan bibit unggul melalui program pemuliaan tanaman telah dilakukan, namun belum cukup memenuhi kebutuhan bibit tebu unggul rendemen tinggi yang sesuai dengan berbagai kondisi lahan di Indonesia. Upaya pengembangan varietas tebu unggul melalui pendekatan modifikasi gen dapat menjadi alternatif untuk mempercepat pengembangan berbagai varietas unggul baru di Indonesia. Gen cwinv9 merupakan gen penyandi protein cell wall invertase yang berperan dalam hidrolisis sukrosa menjadi heksosa, serta salah satu gen invertase gene family yang meregulasi akumulasi sukrosa pada batang tebu. Pemecahan sukrosa menjadi heksosa akan menghambat laju akumulasi sukrosa pada batang tebu sehingga menurunkan produktivitas tebu. Upaya pengendalian reaksi hidrolisis sukrosa melalui penghambatan gen cwinv9 dilakukan dengan asumsi penurunan laju hidrolisis sukrosa pada batang. Tujuan umum dari penelitian ini adalah untuk mendapatkan bibit klonal tanaman tebu yang memiliki peningkatan akumulasi sukrosa pada batang, mendapatkan metode perakitannya dengan teknologi hpRNAi, dan mendapatkan metode optimum regenerasinya. Adapun tujuan khusus yang ingin dicapai dan dianggap penting dalam penelitian ini antara lain: untuk mendapatkan formulasi media optimum untuk tahap induksi embriogenesis somatik untuk metode perbiakan bibit klonal tebu, untuk mengkonstruksi vektor RNAi untuk penghambatan gen cwinv9 dan melakukan transformasinya ke dalam tebu, untuk mempelajari pengaruh penghambatan (knockdown) dari ekspresi gen cwinv9 pada tebu secara in vitro pada berbagai kondisi lingkungan, untuk mempelajari pengaruh penghambatan produksi cell wall invertase (CWINV9) terhadap performa pertumbuhan tanaman tebu dalam kondisi cekaman kekeringan, dan untuk mempelajari pengaruh penghambatan produksi enzim cell wall invertase (CWINV9) tanaman tebu terhadap kondisi lingkungan perakaran (rhizosfer). Penghambatan gen cwinv9 dilakukan dengan teknologi hpRNAi yang didesain berbasis informasi gen cwinv9 dari tebu PSJT941 dan PS881, dan disisipkan ke dalam kedua varietas tersebut sehingga menghasilkan tebu cisgenik. Adapun tahapan yang dilaksanakan pada penelitian ini meliputi: 1) embriogenesis somatik tanaman tebu (S. officinarum L.) menggunakan kombinasi perlakuan hormon 2,4-dichlorophenoxyacetic (2,4-D) dan kinetin untuk tujuh varietas tebu meliputi PSJT941, PSJT9460, PS881, PS882, PS864, Kidang Kencana (KK), dan Bululawang (BL), 2) pendewasaan embrio somatik tanaman tebu (S. officinarum L.) dengan kombinasi hormon kinetin dan 1-Naphtalenaacetic acid (NAA), 3) konstruksi vektor RNAi untuk penghambatan ekspresi gen cwinv9 dan transformasinya pada tanaman tebu, 4) uji efisiensi RNAi dalam penghambatan ekspresi gen cwinv9 pada klon tebu secara in vitro dalam berbagai kondisi lingkungan, 5) uji pengaruh penghambatan produksi enzim cell wall invertase (CWINV9) terhadap performa pertumbuhan dan akumulasi sukrosa, dan 6) pengaruh penghambatan produksi enzim cell wall invertase (CWINV9) terhadap kondisi lingkungan dan komunitas bakteri pada daerah perakaran. Pengembangan metode regenerasi PS881, BL, KK, PS882, PSJT941, PSJT9640 dan PS 864 menunjukan adanya 3 klusterisasi medium optimum pada tahap induksi kalus embriogenik, dimana PSJT941 dan PS881 memiliki media optimum induksi kalus embriogenik medium MS ditambah 1 mg/L 2,4 D, 3 mg/l kinetin, 100 mg/L glutamin, dan 500 mg/L kasein hidrolisat; varietas Bululawang (BL), Kidang Kencana (KK), dan PS862 memiliki media optimum induksi
Keyword: akumulasi sukrosa, embriogenesis somatik, metagenomik, pembungkaman gen, rhizosfer

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: