Judul: Paralelisasi Algoritme Pairwise Alignment dan Neighbor Joining pada Progressive Multiple Sequence Alignment
Abstrak: Multiple sequence alignment (MSA) adalah permasalahan dasar dalam Bioinformatika yang bertujuan menjajarkan lebih dari dua sekuens biologi untuk menemukan kemiripan pada masing-masing sekuens. MSA digunakan dalam analisis phylogenetic, identifikasi motif pada keluarga protein dan pemodelan homologi tiga dimensi. Tantangan yang dihadapi dalam melakukan implementasi MSA adalah kompleksitas algoritme dan ukuran data sekuens yang besar. Progressive MSA ClustalW merupakan metode heuristic yang banyak digunakan untuk menyelesaikan masalah kompleksitas algoritme MSA. Beberapa penelitian membuktikan bahwa paralelisasi progressive MSA dapat meningkatkan kinerja dalam menghadapi ukuran data sekuens yang besar. Penelitian ini bertujuan melakukan paralelisasi algoritme pairwise alignment dan neighbor joining pada progressive MSA ClustalW menggunakan model pemrograman message passing, shared memory, dan gabungan keduanya. Perancangan program paralel dilakukan dengan empat tahap yaitu partitioning, communication, agglomeration dan mapping. Perancangan program paralel tersebut menghasilkan lima skenario implementasi untuk algoritme pairwise alignment dan satu skenario untuk algortime neighbor joining. Skenario tersebut antara lain pureMPI, pureOpenMP, ompInner, mpiOmpInner, dan mpiOmpOuter pada algoritme pairwise alignment serta skenario pureOpenMP pada algoritme neighbor joining. Skenario pureOpenMP menjadi skenario terbaik pada algoritme pairwise alignment dengan speedup hingga 12.20 kali menggunakan 20 prosesor. Skenario pureOpenMP pada algoritme neighbor joining menghasilkan speedup hingga 6.11 kali menggunakan 20 prosesor. Algoritme pairwise alignment dan neighbor joining memperoleh speedup terbaik menggunakan skenario pureOpenMP yang merupakan implementasi model pemrograman shared memory. Penggunaan skenario tersebut pada gabungan kedua algoritme diperoleh speedup hingga 12 kali menggunakan 20 prosesor. Paralelisasi kedua algoritme tersebut menggunakan skenario pureOpenMP berkontribusi untuk menjaga algoritme gabungan tetap kokoh pada data yang memiliki sekuens yang panjang dan jumlah sekuens yang banyak.
Keyword: message passing, multiple sequence alignment, neighbor joining, pairwise alignment, shared memory

Judul: Komputasi Paralel Multiple Sequence Alignment menggunakan Message Passing Interface
Abstrak: Multiple sequence alignment (MSA) adalah teknik untuk menemukan kesamaan dalam banyak sekuen. Teknik ini sangat penting untuk mendukung banyak tugas bioinformatika seperti mengidentifikasi single nucleotide polymorphism (SNP), membuat phylogenetic tree, dan metagenome fragments binning. Algoritma sederhana untuk MSA adalah Algoritma Star. Algoritma ini terdiri atas tiga tahap, yaitu menjajarkan semua kemungkinan pasangan sekuen, menentukan sekuen star yang dipilih dari sekuen yang memiliki nilai penjajaran maksimum, dan menjajarkan semua sekuen terhadap sekuen star. Setiap pasangan sekuen dijajarkan dengan menggunakan teknik pemrograman dinamis. Kompleksitas penjajaran sekuen DNA menggunakan teknik pemrograman dinamis mengikuti fungsi eksponensial. Waktu komputasi meningkat secara eksponensial seiring dengan meningkatnya jumlah dan panjang sekuen DNA. Penelitian ini bertujuan untuk mempercepat perhitungan MSA menggunakan message passing interface (MPI). Evaluasi kinerja dari metode yang diusulkan dilakukan dengan menghitung speedup. Percobaan dilakukan dengan menggunakan data Glycine max-kromosom-9-BBI dengan jumlah 64 sekuen yang memiliki panjang seragam, yaitu 800 base pair (bp). Sekuens ini dihasilkan dengan cara memotong secara acak sekuen referensi dari Glycine max-kromosom-9-BBI yang bersumber dari national center for biotechnology information (NCBI). Hasil penelitian menunjukkan bahwa teknik yang diusulkan mampu menghasilkan speedup sebesar tiga kali, dengan menggunakan lima komputer. Selain itu, dapat ditarik kesimpulan bahwa peningkatan jumlah komputer akan meningkatkan speedup. Kata kunci : multiple sequence alignment, message passing interfaces, komputasi paralel, DNA.
Keyword: multiple sequence alignment, message passing interfaces, komputasi paralel, DNA

Judul: Elektrodeposisi Film Tipis Semikonduktor Cu2ZnSnS4 (CZTS) pada Substrat Kaca ITO
Abstrak: Semiconductor Cu2ZnSnS4 (CZTS) thin film that can be used as absorber layers on solar cell module was made via electrodeposition method. CZTS thin film was electrodeposited on the surface of a silicate glass coated with a thin layer of indium tin oxide (ITO). Deposition process was done using potentiostatic mode at room temperature with a potential of 1.05 V for 30, 45, and 60 minutes, followed with annealing the film at 2 different temperatures, 500 ºC using furnace and 180 ºC using hot plate, both treatments for 45 minutes in N2/H2S atmosphere. The X-ray difractograms were analyzed using Match 2 program and showed that the CZTS thin films had kesterit crystalline structure, with a low percentage of CZTS phase. The thin film also contained secondary phases such as Cu2S, ZnS, and SnS. The obtained CZTS thin films had a thickness between 1.039 and 1.676 μm. Absorption study showed that the band gap energy of CZTS thin films which was annealed using furnace ranged from 1.50 to 1.52 eV, whereas that annealed using the hot plate was not observed. The band gap energy value showed that CZTS thin films can be used as sunlight absorber layers on solar cell. The formation of CZTS crystal film on this investigation was effectively performed using furnace annealing process at a temperature of 500 ºC with deposition time of 45 minutes.
Keyword: Thin film, Electrodeposition, Cu2ZnSnS4