Judul: Keragaman Genetik Bawang Merah (Allium Cepa L.) Berdasarkan Marka Morfologi Dan Issr
Abstrak: Bawang merah (Allium cepa L.) merupakan salah satu spesies dari marga Allium dengan karakteristik morfologi umbi berlapis, memiliki aroma dan rasa yang unik. Bawang merah sangat populer dalam dunia kuliner yaitu sebagai bumbu masakan, saat ini bawang merah sedang dikembangkan sebagai obat tradisional. Pengembangan varietas bawang merah membutuhkan variasi genetik dari plasma nutfah bawang merah. Namun, informasi tentang keragaman genetik bawang merah lokal Indonesia masih terbatas. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman genetik dari 34 genotipe bawang merah koleksi Pusat Kajian Hortikultura Tropika Institut Pertanian Bogor (PKHT-IPB) berdasarkan marka morfologi dan ISSR. Hasil penelitian ini diharapkan dapat dijadikan informasi dasar dalam pengelolaan sumber daya genetik dan pemuliaan bibit unggul bawang merah di Indonesia. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Oktober 2014 sampai dengan September 2015. Sebanyak 34 genotipe bawang merah yang berupa umbi dikoleksi dari beberapa daerah di Indonesia. Sejumlah 24 karakter morfologi dan agronomi diamati dalam penelitian ini. Marka Inter Simple Sequences Repeat (ISSR) juga digunakan untuk menganalisis keragaman genetik bawang merah. DNA total diisolasi menggunakan metode CTAB. Amplifikasi PCR menggunakan GoTaq® Green PCR Mix dengan 13 primer ISSR. Hasil PCR dielektroforesis dalam gel agarosa 1.2%, divisualilasikan dengan sinar ultraviolet dan didokumentasikan menggunakan kamera digital. Karakter morfologi diskoring menjadi data multistate dan pita polimorfik diskoring menjadi data biner. Hasil skoring data morfologi dan molekuler ditabulasi dalam matriks, kemudian dianalisis menggunakan program NTSys. Dendrogram dikonstruksi menggunakan metode UPGMA dengan koefisien kemiripan simple matching (SM). Principal component analysis (PCA) dikonstruksi menggunakan metode SIMINT dengan koefisien correlation. Analisis struktur genetika populasi menggunakan program GenAlex. Pengamatan morfologi menghasilkan 19 karakter polimorfik dari 24 karakter yang diamati. Karakter informatif untuk menganalisis keragaman morfologi bawang merah antara lain: tingkat kepatahan daun, jumlah siung umbi dan morfologi pada umbi. Bobot basah umbi tertinggi dimiliki oleh varietas Bangkok (57.56 g/rumpun) dan terendah dimiliki oleh varietas Kuning (2.33 g/rumpun). Hampir semua genotipe bawang merah yang diamati pada penelitian ini termasuk dalam kategori mutu I yang disenangi oleh konsumen dan petani. Rata-rata diameter umbi yang diamati lebih dari 1.7 cm (mutu I), yaitu berkisar antara 1.51 cm (genotipe Solo 7) sampai 7.54 cm (varietas Bangkok). Dendrogram menunjukkan bahwa 34 genotipe bawang merah terbagi menjadi dua kelompok utama (kelompok I dan II) dengan koefisien kemiripan berkisar antara 0.68 sampai 0.95. Marka ISSR menghasilkan 103 pita DNA polimorfik dengan persentase polimorfik total sebesar 89.57%. Dendrogram menunjukkan bahwa 34 genotipe bawang merah berkelompok menjadi dua kelompok (kelompok I dan II) dengan nilai koefisien kemiripan genetik berkisar antara 0.62 sampai 0.89. Primer informatif untuk menganalisis keragaman genetik bawang merah antara lain: primer ISSRred 4, ISSRred 9 dan ISSRred 20. Keseluruhan genotipe, baik berdasarkan marka morfologi maupun marka ISSR menghasilkan dua kelompok utama, namun pengelompokkan tidak berhubungan dengan asal geografi genotipe tersebut. Pengelompokan diduga karena proses budidaya dalam waktu yang lama dan juga dipengaruhi oleh distribusi perdagangan bawang merah. Berdasarkan nilai struktur genetika populasi dari populasi bawang merah yang diamati, populasi asal Solo memiliki keragaman genetik tertinggi (I= 0.44, h= 0.31 dan PLP= 77.39%) dan populasi asal Solok memiliki keragaman genetik terendah (I= 0.37, h= 0.24 dan PLP= 67.83%). Genotipe bawang merah yang dikategorikan unggul diantaranya genotipe
Keyword: karakter morfologi, marka ISSR, shallot

Judul: Keragaman Genetik Bawang Merah (Allium cepa var. aggregatum) di Indonesia Berdasarkan Marka Morfologi, Metabolomik dan Molekuler.
Abstrak: Bawang merah (Allium cepa var aggregatum) di Indonesia termasuk salah satu tanaman Allium yang penting dan telah lama diusahakan oleh petani di Indonesia secara intensif. Penggunaan bawang merah telah banyak diketahui sebagai perasa dalam makanan ataupun digunakan sebagai bahan obat-obat herbal. Permintaan bawang merah terus meningkat setiap tahunnya seiring dengan pertambahan penduduk. Sehingga komoditi bawang merah terus dikembangkan di Indonesia. Bawang merah yang ditemukan di Indonesia memiliki bentuk morfologi yang beragam. Disetiap daerah memiliki genotipe lokal, genotipe tersebut berkembang mengikuti keinginan dari selera konsumen. Keragaman bentuk bawang merah yang ada di Indonesia dapat diidentifikasi berdasarkan marka morfologi, metabolomik dan marka molekuler. Pengetahuan keragaman genetik sangat penting dalam program pemuliaan, karena hal ini merupakan dasar dalam pengembangan tanaman selanjutnya. Eksplorasi dan identifikasi merupakan kegiatan utama dalam program pemuliaan dengan cara mengumpulkan dan mengoleksi semua sumber keragaman genetik yang tersedia. Kegiatan dilanjutkan dengan karakterisasi semua sifat yang dimiliki pada sumber keragaman genetik yang dapat dijadikan sebagai informasi dasar untuk melanjutkan program pemuliaan. Empat puluh genotipe bawang merah yang dikoleksi oleh Pusat Kajian Hortikultura Tropika (PKHT) dari berbagai daerah di Indonesia merupakan materi genetik yang digunakan dalam penelitian ini. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisa beberapa genotipe bawang merah (Allium cepa var. aggregatum) berdasarkan penanda morfologi, kandungan senyawa metabolit dan penanda molekuler RAPD. Keragaman karakter morfologi pada tanaman terlihat dari perbedaan fenotipe tajuk dan umbi. Analisis keragaman morfologi bawang merah berdasarkan 21 karakter morfologi menunjukkan koefisien ketidakmiripan sebesar 0.59 sehingga membagi 40 genotipe bawang merah menjadi 2 kelompok utama. Subkelompok Ia terdiri dari BM72 dan BM14. Subkelompok Ib terdiri BM07, BM09, BM63, BM18, BM68, BM06, BM12, BM28, BM77, BM21, BM62, BM76, BM58, BM25, BM59, BM45, BM24, BM22B, BM67, BM56, BM75, BM65, BM60, BM29, BM20, BM74, BM64, BM03. Subkelompok Ic terdiri dari BM19, BM10, BM05, BM57, BM47, BM26, BM66, BM02. Kelompok II terdiri genotipe BM78 dan BM01. Analisis morfologi berdasarkan 14 karakter morfologi umbi menunjukkan koefisien ketidakmiripan sebesar 0.48 dan membagi 40 genotipe bawang merah kedalam 2 kelompok utama. Subkelompok Ia terdiri dari BM07, BM72, BM14, BM09, BM58, BM66, BM18, BM68, BM63, BM06. Subkelompok Ib terdiri dari BM77, BM28, BM59, BM10, BM75, BM67, BM57, BM47, BM26, BM05, BM22B, BM62, BM56, BM21, BM25, BM60, BM29, BM45, BM24, BM20, BM76, BM65, BM03, BM74, BM64, BM02 dan kelompok II terdiri dari BM19, BM12, BM78, BM01. Tiga belas karakter yang dapat dijadikan karakter penciri pada 40 genotipe bawang merah yaitu melunaknya tajuk, kelengkungan tajuk, jumlah daun batang semu, diameter daun, ukuran umbi, tingkat membelah bagian umbi, diameter umbi, posisi umbi pada diameter terluas, lebar leher umbi, bentuk umbi membujur, bentuk umbi pada ujung batang, warna dasar kulit umbi kering dan intensitas warna kulit umbi kering. Senyawa dari turunan sulfur yang dihasilkan sejumlah genotipe berbeda-beda seperti farnesyl acetate (BM07), methylsulfanyl-4,5,6,7-tetrahydrobenzo[ c]thiophene (BM26), nonadecane (BM29), allyl-dimethylcyclopropane (BM45), lanosterol (BM47), stearic acid (BM60), propyl alcohol (BM21), palmitic acid dihasilkan oleh sebagian besar genotipe. Senyawa lain yang juga ditemukan pada 40 genotipe bawang merah triterpenoid, karotenoid, volatile, senyawa aromatik, gliserida, alkane, vitamin D3. Keragaman genetik ditunjukkan pita amplifikasi polimorfik sebesar 100% dari 229 total pita yang dihasilkan. Analisis kluster yang ditampilkan pada dendrogram menunjukkan koefisien
Keyword: Allium, koefisien ketidakmiripan, RAPD, sulfur

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: