Judul: Analisis Metagenom untuk Pencirian Komunitas Bakteri dan Fungi pada Tempe
Abstrak: Sebagai makanan fungsional tradisional Indonesia, tempe dikonsumsi dalam jumlah yang relatif tinggi dan dapat ditemukan dalam berbagai variasi jenis dan cara pengolahan. Variasi ini perlu dijaga karena menjadi ciri khas makanan Indonesia yang dapat dikembangkan dalam menghadapi program perdagangan bebas ASEAN. Walau demikian, database mikroorganisme yang terlibat dalam proses fermentasi tempe belum pernah dibuat dan ditelaah peluang adanya hubungan antara rasa tempe yang berbeda pada daerah sentra produksi terhadap komposisi mikroorganisme dan jaminan keamanan pangannya Dalam proses pengolahannya, fermentasi tempe tidak hanya melibatkan cendawan tetapi juga melibatkan bakteri. Upaya mempelajari total komunitas mikroorganisme yang terlibat, dapat dilakukan dengan menggunakan metode deteksi yang cukup sensitif dalam memberi gambaran secara menyeluruh. Teknik tidak terkultur merupakan teknik yang dapat memberi gambaran tentang komposisi mikroorganisme terkultur maupun tidak terkultur dari suatu lingkungan ekologi. Kendala yang dihadapi dalam menggunakan teknik ini adalah pada metode ekstraksi DNA sebagai tahapan awal yang penting. Rendemen dan kualitas DNA yang rendah dapat mengurangi profil keragaman yang dapat diperoleh dari suatu lingkungan ekologi. Permasalahan ini dapat diatasi dengan melakukan pemilihan dan optimasi metode analisa yang dapat memberikan hasil yang reprodusibel. Pada penelitian ini telah dilakukan optimasi metode ekstraksi DNA dari sampel tempe sehingga diperoleh suatu metode standar yang dapat digunakan untuk mempelajari total komunitas mikroorganisme pada tempe. Optimasi dilakukan dengan membandingkan kemampuan dua kit komersil (Fermentas DNA Purification Kit-FDEK dan PowerFood Microbian DNA Isolation Kit-PFMDIK) untuk melakukan analisis metagenom mikroorganisme yang ada di tempe. Berdasarkan hasil dari beberapa parameter yang diamati, metode PFMDIK sangat baik digunakan untuk menganalisis keragaman mikroorganisme di tempe secara metagenomik. Metode ini memberikan rendemen dan kualitas DNA tinggi sehingga dapat diperoleh hasil PCR yang reprodusibel dan ragam mikroorganisme yang lebih tinggi daripada metode FDEK. Parameter yang dipakai sebagai data penunjang hasil ini adalah pengukuran konsentrasi..dst
Keyword: Tempe microbial community, ARISA, barcoding system

Judul: Analisis Mikrobiologi dan Metagenomik Tepung Tempe
Abstrak: Tempe merupakan pangan fungsional asal Indonesia yang dibuat melalui proses fermentasi dan mempunyai banyak manfaat bagi kesehatan manusia. Kandungan oligosakarida dan mikroba yang masih hidup atau yang sudah mati pada tempe dapat berfungsi sebagai prebiotik, probiotik maupun paraprobiotik. Pembuatan tepung tempe bertujuan untuk memperpanjang masa simpannya. Tempe dibuat melalui proses fermentasi dan besar kemungkinan mikroba tersebut terbawa ke dalam produk tepung tempe. Keberadaan bakteri sebagai probiotik maupun paraprobiotik pada tepung tempe akan sangat bagus untuk kesehatan pencernaan manusia. Oleh karena itu diperoleh tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengetahui komposisi jumlah bakteri hidup dan mati dari kelompok bakteri asam laktat (BAL) dan Enterobacteriaceae sebagai kandidat probiotik dan paraprobiotik pada tepung tempe melalui analisis mikrobiologi dan metagenomik. Sampel tepung tempe dianalisis berdasarkan proses pengeringan yaitu dijemur dan dioven. Bakteri yang dapat dikultur dan tidak dapat dikultur pada tepung tempe secara berturutturut dikuantifikasi menggunakan standar plate count dan qPCR, sedangkan sel bakteri yang rusak akibat proses pengeringan dikuantifikasi menggunakan Propidium Monoazide-Quantitative Polymerase Chain Reaction (PMA-qPCR). Tepung tempe mengandung bakteri hidup sebanyak 4-5 log CFU/g dan bakteri mati dengan sel utuh sebanyak 9 log CFU/g. Jumlah bakteri hanya berbeda sedikit antara kedua proses pengeringan. Berdasarkan analisis qPCR, jumlah bakteri asam laktat (BAL) lebih tinggi dibandingkan jumlah Enterobacteriaceae pada kedua sampel tepung tempe. Populasi bakteri BAL dan Enterobacteriaceae yang diestimasi dengan qPCR lebih tinggi dibandingkan dengan analisis kultur. Komposisi jenis bakteri yang diisolasi dari tepung tempe sebagian besar juga terdapat pada tempe. Hasil ini menunjukkan bahwa tepung tempe kering matahari atau kering oven mempunyai potensi sebagai pangan fungsional karena mengandung bakteri hidup dan mati sebagai kandidat probiotik dan paraprobiotik dengan jumlah tinggi berdasarkan analisis PMA-qPCR.
Keyword: qPCR, PMA-qPCR, probiotics, paraprobiotics, tempeh flour

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: