Judul: Penentuan Daerah Pengikatan PfSPP sebagai Kajian Studi Virtual Screening dan Dinamika Molekul
Abstrak: Plasmodium falciparum merupakan salah satu spesies nyamuk paling berbahaya yang membawa parasit protozoa penyebab malaria bernama Plasmodium. Plasmodium falciparum memiliki protein bernama Plasmodium falciparum Signal Peptide Peptidase (PfSPP) yang memiliki fungsi penting dalam sintesis protein untuk kelangsungan hidup Plasmodium di dalam tubuh manusia. Penghambatan fungsi protein PfSPP untuk menghentikan siklus Plasmodium dilakukan dengan penambatan (docking) senyawa aktif herbal maupun sintetis yang dimodelkan dengan suatu simulasi komputer sehingga selain efektif dan efisien juga dapat menghemat estimasi biaya. Simulasi komputer menggunakan metode dinamika molekul memiliki keluaran hasil simulasi berupa lintasan (trajectory) yang mengandung informasi perubahan posisi, kecepatan, sifat karakteristik sistem serta beberapa aspek mikroskopis lainnya. Tujuan penelitian ini adalah memperoleh prediksi struktur 3D beserta daerah pengikatan protein Plasmodium falciparum signal peptide peptidase (PfSPP) dan kestabilan penambatan senyawa aktif herbal dengan protein Plasmodium falciparum signal peptide peptidase (PfSPP) sehingga dapat memprediksi senyawa aktif yang mempunyai potensi sebagai obat antimalaria. Hasil evaluasi berdasarkan penilaian webserver PDBSUM dan Molprobity pada model prediksi struktur I-TASSER menunjukkan bahwa struktur model 5 yang dikonstruksi berdasarkan sekuens asam amino dengan entri Q8IKQ9_PLAF7 dipilih sebagai prediksi struktur dengan kemungkinan yang paling tinggi sesuai model yang telah ada. Hasil simulasi dinamika molekul pada model-model prediksi I-TASSER juga menunjukkan struktur model 5 memiliki kestabilan, kepadatan serta kerapatan yang tinggi sehingga tidak mengalami perubahan konformasi yang signifikan pada suhu 300 K. Prediksi daerah pengikatan pada protein PfSPP AutoLigand dari program AutoDockTools dengan 5 variasi kumpulan titik (fillpoints) untuk mendapatkan 5 daerah pengikatan dengan energi terendah sebagai letak penambatan (docking) dengan ligan herbal dan sintetis. Dari perhitungan efisiensi ligan seluruh kompleks diperoleh bahwa makromolekul kompleks protein PfSPP dengan ligan Harman, Ajoene, Emodin dan Mefloquine memiliki nilai terendah. Hasil simulasi MM/PBSA pada keempat kompleks didapatkan kompleks PfSPP-Ajoene dan PfSPP-Mefloquine memiliki energi ikat bebas paling rendah. Simulasi kestabilan diperoleh dari simulasi dinamika molekul 400ns dua pasangan kompleks PfSPP-Ajoene dan PfSPP-Mefloquine pada daerah pengikatan 5. Okupansi ikatan hidrogen juga menunjukkan bahwa pada daerah pengikatan 5 memiliki residu ikatan hidrogen yaitu Lys-389 yang memiliki okupansi tinggi dengan daerah pengikatan 5. Ikatan hidrogen Lys-389 dengan kedua ligan berperan penting dalam mempertahankan kestabilan struktur.
Keyword: daerah pengikatan, dinamika molekul, ligan herbal, malaria, Plasmodium falciparum

Judul: Potensi Senyawa Aktif Tanaman Obat Antimalaria dengan Target P. falciparum Profilin (PfPfn): Docking dan Simulasi Dinamika Molekul
Abstrak: Plasmodium falciparum Profilin (PfPfn) merupakan protein multifungsi yang berperan sebagai pengikat aktin pada tahap invasi sel darah merah, pengikat sekuen prolin, serta berinteraksi dengan polipospoinositida terkait jalur pensinyalan antara membran sel dan sitoskeleton. Simulasi docking dilakukan pada PfPfn dengan 50 senyawa aktif tanaman yang berpotensi sebagai inhibitor PfPfn melalui program Autodock Vina. Simulasi dinamika molekul dilakukan untuk mengetahui kestabilan senyawa yang diuji terhadap PfPfn dengan menggunakan program AMBER18. Hasil simulasi dinamika molekul menunjukkan senyawa strychnopentamine dan liriodenine memiliki potensi sebagai inhibitor dengan rata-rata nilai energi bebas Gibbs sebesar -42.3 kkal mol-1 dan -26 kkal mol-1 dengan kestabilan yang paling baik.
Keyword: Plasmodium falciparum, profilin, docking, simulasi dinamika molekul, energi bebas Gibbs

Judul: Kontribusi usaha ternak ayam buras terhadap pendapatan keluarga peternak di Desa Tamansari Kecamatan Tamansari Bogor
Abstrak: Almost of native chicken farmers in Bogor to be their farm as secondary income. The purpose of this research are, to know about the farmers and their farm characteristic, income from this farm, to analyze the worthiness of this native chicken farm, the farmers productivity, and the and also the contribution of this farm to the farmers household income. This research is a study case native chicken farm in Tamansari village, Bogor. The population of this research are native chickens farmers in Tanjung I dan Tanjung II group in Tamansari vilage, Bogor.
Keyword: