Judul: Penelusuran Keaslian Ikan Tuna (Thunnus Sp.) Dan Produk Olahannya Melalui Teknik Molekuler Dna Barcoding
Abstrak: Kasus mislabeling atau ketidaksesuaian dengan label pada produk perikanan telah banyak dilaporkan di beberapa negara, namun di Indonesia belum banyak dilaporkan. Pengujian keaslian ikan atau autentikasi diperlukan untuk meyakinkan konsumen tentang keakuratan pelabelan. DNA barcoding merupakan urutan pendek DNA dari wilayah standar pada genom yang digunakan untuk identifikasi spesies. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi keaslian ikan tuna dan olahannya melalui teknik molekuler DNA barcoding menggunakan DNA mitokondria cyt b dan COI (cytochrome c oxidase subunit I) sehingga dapat digunakan untuk mencegah adanya pemalsuan/ketidaksesuaian label dan economic fraud. Tahapan penelitian terdiri atas identifikasi morfologi, pengukuran proporsi tuna segar utuh, pengukuran komposisi proksimat, identifikasi berbasis protein, dan identifikasi molekuler. Sampel terdiri atas 5 sampel tuna segar utuh dan 22 sampel olahan tuna berupa tuna steak, sushi tuna, bakso tuna, abon tuna dan tuna kaleng. Identifikasi secara morfologi menunjukkan ke lima sampel tuna segar utuh teridentifikasi sebagai tuna sirip kuning (Thunnus albacares). Komposisi rendemen daging merah ikan tuna 15,88%, daging putih 32,90%, sedangkan rendemen jeroan, kepala, tulang dan kulit masing-masing berkisar 8,19%; 22,87%; 16,03%; dan 4,14%. Komposisi protein tuna segar utuh 25,57%, tuna steak 22,37% dan tuna kaleng dalam minyak 14,91%. Identifikasi berbasis protein menunjukkan profil pola protein tuna segar utuh dan tuna steak terlihat lebih tebal dan jelas, untuk sushi tuna walaupun tidak tebal, namun pola proteinnya sama dengan tuna segar utuh dan tuna steak, sedangkan pola protein olahan bakso tuna, abon tuna dan tuna kaleng terlihat namun tipis. Hasil desain primer dengan gen cyt b menghasilkan urutan basa nukleotida untuk foward 5’GGAATAGGGAGAAGTAGAGGACG3’ dan reverse 5’CTYCTATCCGCAGTCCCATATGTYGG3’ dengan panjang fragmen 620 bp, sedangkan menggunakan gen COI dihasilkan primer dengan urutan basa nukleotida untuk foward dan reverse masing-masing 5’GTGCATGAGCTGGAATAGTTG3’ dan 5’CAGGGTCGAAGAAGGTTG3’ dengan panjang fragmen 583 bp. Hasil isolasi DNA diukur konsentrasi dan kemurnian DNA. Konsentrasi DNA berkisar antara 2 ng/μL sampai 444 ng/μL, kecuali untuk olahan tuna kaleng (Ka1, Ka2 dan Ka4), bola tuna (BoTu) dan sushi tourch tuna (SuTm) konsentrasi DNA yang diperoleh rendah. Kemurnian DNA berkisar antara 0,77 sampai 3,72. Hasil elektroforegram PCR dengan primer cyt b dan COI menunjukkan bahwa semua sampel tuna segar utuh, tuna steak, sushi tuna, bakso tuna, abon tuna dan tuna kaleng berhasil teramplifikasi pada rentang antara 500 bp sampai 750 bp, hal ini sesuai dengan DNA target yaitu 620 bp untuk cyt b dan 583 bp untuk COI, kecuali untuk sampel tuna kaleng dalam minyak (Ka3) tidak teramplifikasi yang ditandai dengan tidak adanya pita target, hal ini diduga bahwa sampel tuna kaleng dalam minyak (Ka3) tidak berisi ikan tuna. Identifikasi spesies berdasarkan analisis BLAST menunjukkan bahwa tuna segar (Ts1) baik menggunakan primer cyt b dan COI teridentifikasi sebagai tuna mata besar (Thunnus obesus) dengan tingkat homologi sebesar 99%, namun secara morfologi teridentifikasi sebagai T. albacares, hal ini disebabkan oleh ukuran yang masih kecil, yaitu panjang cagak (fork length) antara Ts1 dan Ts2 kurang dari 40 cm, sehingga sering terjadi kesalahan identifikasi. Semua olahan tuna baik menggunakan gen cyt b maupun COI teridentifikasi sebagai T. albacares dengan homologi berkisar 98-100%, kecuali untuk tuna steak (St5) teridentifikasi sebagai T. obesus dengan homologi 99%. Konstruksi pohon filogenetik dengan primer cyt b menunjukkan
Keyword: COI, cyt b, desain primer, DNA barcoding, pohon filogenetik tuna

Judul: Autentikasi Ikan tuna (Thunnus sp) dengan metode berbasis PCR-sequencing
Abstrak: Ikan tuna merupakan salah satu komoditas perikanan yang rawan pemalsuan berupa substitusi dengan daging ikan dari spesies yang mirip namun memiliki harga yang lebih rendah. Konsumen sebagai pembeli akan mengalami kerugian (economical fraud) dari pemalsuan sehingga diperlukan suatu cara untuk mengatasi permasalahan tersebut. Autentikasi dengan metode berbasis DNA dapat menjadi salah satu cara mengatasi permasalahan pemalsuan bahan baku daging ikan tuna. Metode berbasis DNA memiliki kelebihan dibandingkan dengan metode berbasis protein diantaranya dapat mendeteksi keaslian suatu produk walaupun telah mengalami proses pengolahan berupa panas dan spesifik untuk setiap organisme. Penelitian ini bertujuan untuk (1) Ekstraksi DNA ikan tuna yang diperoleh dari perusahaan eksportir tuna dan pasar modern (2) Identifikasi spesies berbasis DNA dengan primer spesifik dengan gen target cyt b (3) Karakterisasi DNA ikan tuna hasil autentikasi. Penelitian ini terdiri dari beberapa tahapan yang diawali dengan karakterisasi ikan tuna, ekstraksi DNA menggunakan metode CTAB dan kit vivantis, Proses amplifikasi dengan PCR, elektroforesis, dan penentuan urutan nukleotida. Sampel yang diuji berhasil diekstraksi dan teramplifikasi dengan ukuran yang sesuai yaitu 750 pasang basa. Hasil PCR sequencing menggunakan gen target cyt b berhasil mengidentifikasi bahan baku ikan tuna. Urutan nukleotida hasil PCR sequencing yang telah dicocokkan ke bank data menunjukkan tidak ada pemalsuan berupa subsitusi dengan speises lain. Tingkat homologi merupakan persentase kesamaan spesies yang diuji dengan data yang tersedia di bank data. Spesies yellow fin (Thunnus albacores), albacore (Thunnus alalunga), big eye (Thunnus obesus), dan blue fin (Thunnus macoyyi) memiliki tingkat homologi berturut-turut adalah 99%, 99%, 99%, 100%.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: