Judul: Ekspresi Gen Regulator Stres Dan Virulensi Cronobacter sakazakii sebagai Respon terhadap Stres Asam
Abstrak: Cronobacter spp. sebelumnya dikenal sebagai Enterobacter sakazakii telah diisolasi dari berbagai sampel pangan kering seperti susu formula, makanan pendamping Air Susu Ibu (MP-ASI), pati jagung, coklat dan rempah bubuk. Cronobacter spp. dilaporkan menyebabkan sepsis atau meningitis parah pada bayi (umur < 2 bulan), bakteri ini juga dilaporkan dapat menyebabkan nekrosis enterokolitis akibat konsumsi susu tercemar. Cronobacter sakazakii dilaporkan mampu merespon stres lingkungan seperti kekeringan, keterbatasan nutrisi dan pH rendah. Bakteri ini bahkan diketahui masih dapat bertahan pada pH yang sangat rendah (pH 3 - 4), tetapi tidak mampu bertahan pada pH 2.5. Kemampuan C. sakazakii bertahan pada pH rendah berkaitan dengan resistensinya pada pangan ber-pH rendah serta kondisi asam pada lambung bayi. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi respon C. sakazakii dalam kondisi asam serta mengevaluasi ekspresi gen regulator stes (rpoS dan grxB) dan virulensi (ompA, cpa dan hfq). Penelitian ini menggunakan 2 galur isolat C. sakazakii, yaitu C. sakazakii Yrt2a dan C. sakazakii E2 yang sebelumnya telah diisolasi dari susu formula dan MP-ASI. Tahapan yang dilakukan dalam penelitian ini, meliputi deteksi gen target, induksi stress asam dan pengamatan pertumbuhan bakteri, ekstraksi RNA, sintesis cDNA, amplifikasi cDNA dengan qPCR dan kuantifikasi ekspresi gen relatif. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa C. sakazakii Yrt2a dan E2 memasuki kondisi unculturable sangat cepat, yaitu secara berurutan 90 dan 105 menit setelah paparan asam dengan jumlah penurunan sel mencapai ± 7 log. Paparan stres asam memicu terinduksinya ekspresi gen virulensi pada C. sakazakii, sehingga gen diekspresikan menjadi upregulated selama stres asam. Ekspresi gen hfq pada kedua galur mengalami downregulation, sementara pada C. sakazakii E2, gen rpoS dan cpa juga diekspresikan downregulated saat sel memasuki kondisi unculturable. Hasil penelitian ini mengindikasikan bahwa dalam kondisi stres asam, sel C. sakazakii diduga menjadi lebih virulen, namun menurun ketika bakteri memasuki kondisi unculturable.
Keyword: Cronobacter sakazakii, gen virulensi, gen regulator stres, stres asam, unculturable

Judul: Perilaku Cronobacter sakazakii Yrt2a Selama Stres Asam dan Resusitabilitasnya
Abstrak: Cronobacter spp. merupakan patogen bawaan pangan emerging yang dapat menimbulkan infeksi enterokolitis, bacteremia, dan meningitis pada kelompok bayi tertentu. Di Indonesia, Cronobacter spp. telah diisolasi dari berbagai produk pangan kering seperti produk susu bubuk, produk sereal, produk tepung tapioka, rempah, sayuran, dan buah-buahan. Cronobacter spp. dilaporkan memiliki mekanisme pertahanan diri dalam lingkungan ekstrim seperti kekeringan, tekanan osmotic tinggi, dan asam. Paparan terhadap kekeringan pada Cronobacter sakazakii Yrt2a telah dilaporkan dapat menyebabkan bakteri mengalami stres dan memasuki tahap VBNC (viable but non culturable), dimana bakteri masih bermetabolisme aktif namun tidak dapat membentuk koloni pada media agar. Penelitian ini bertujuan untuk mengamati perilaku C. sakazakii Yrt2a dalam kondisi stres asam dan kemampuannya beresusitasi. Penelitian dilakukan melalui beberapa tahap yang dimulai persiapan kultur isolat lokal C. sakazakii Yrt2a dari stok kering-beku yang kemudian diuji dengan menggunakan pewarnaan Gram dan media selektif. Paparan asam terhadap C. sakazakii dilakukan dalam media TSB yang ditambah HCl sehingga memiliki pH 3.09 ± 0.02. Kulturabilitas bakteri dianalisis dengan metode hitungan cawan (Plate Count Method) pada menit ke-0, 30, 60, 90, dan 120. Kemampuan C. sakazakii yang mengalami stres untuk beresusitasi diamati dengan menumbuhkannya pada media yang mengandung piruvat dan katalase. Hasil penelitian menunjukkan bahwa C. sakazakii yang telah terpapar stes asam memasuki fase tidak terkulturkan setelah 60 menit. C.sakazakii yang mengalami stres masih dapat diresusitasi menggunakan media umum, tetapi sel yang tidak dapat dikulturkan hanya dapat diresusitasi dengan bantuan suplemen piruvat atau katalase. Semakin panjang waktu C.sakazakii terpapar kondisi stres asam, semakin sulit C. sakazakii beresusitasi meskipun dengan suplementasi piruvat maupun katalase hingga akhirnya sel stres yang telah terpapar stres asam selama 120 menit tidak dapat diresusitasi.
Keyword: Cronobacter sakazakii, katalase, piruvat, stres asam

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: