Judul: Komunitas Aktinobakteri di Tanah Perkebunan Kelapa Sawit PTPN VI Jambi Berdasarkan Sekuens Amplikon Gen 16S rRNA.
Abstrak: Peningkatan produksi kelapa sawit di Indonesia mendorong adanya perluasan lahan untuk perkebunan kelapa sawit. Sebagian besar lahan hutan dataran rendah di Pulau Sumatra telah diubah menjadi lahan perkebunan kelapa sawit (monokultur Elaeis guineensis). Hal tersebut berdampak pada komposisi komunitas dan keragaman serta perubahan aktivitas mikrob di tanah. Selain itu, dalam sistem perkebunan kelapa sawit di PT Perkebunan Nusantara (PTPN) VI Jambi Sumatra tidak terlepas dari penggunaan pupuk Nitrogen, Fosfor, Kalium (NPK) dan herbisida glifosat, yang diduga turut berpengaruh terhadap aktivitas mikrob tanah termasuk aktinobakteri. Penelitian ini dilakukan untuk menganalisis dan mengeksplorasi keragaman dan komunitas aktinobakteri asal tanah PTPN VI Jambi Sumatra serta kaitannya dengan pengaruh pupuk dan herbisida yang digunakan dalam sistem perkebunan, berdasarkan gen 16S rRNA (ribosomal Ribose Nucleic Acid) menggunakan analisis metagenomik dengan teknik amplicon sequencing. Sekuensing daerah hypervariable V3 dan V4 dari gen 16S rRNA dilakukan dengan menggunakan next-generation sequencing (NGS). Penggunaan primer 16S rRNA spesifik aktinobakteri telah berhasil mengamplifikasi gen 16S rRNA aktinobakteri yang terdapat pada sampel tanah. Keragaman aktinobakteri pada 80 sampel tanah yang terbagi menjadi 4 macam sampel tanah (terdapat 4 macam perlakuan yang berbeda, masing-masing diambil sebanyak 5 ulangan dari 4 coreplots yang berbeda) tidak berbeda signifikan. Struktur komunitas aktinobakteri pada 4 macam sampel tanah memiliki pola yang sama. Struktur komunitas aktinobakteri pada 4 macam sampel tanah didominasi oleh ordo Frankiales. Kelimpahan ordo Micromonosporales, IMCC26256, Microtrichales, Micrococcales, Corynebacteriales, OTU-97-2, Streptomycetales, Propionibacteriales, dan Kineosporiales pada 4 macam sampel tanah juga menunjukkan pola yang sama. Struktur komunitas dan keragaman aktinobakteri tanah tidak dipengaruhi secara signifikan oleh interaksi antara penggunaan pupuk NPK dan perbedaan teknik penyiangan. Selain itu, penggunaan pupuk NPK mempengaruhi kelimpahan ordo Kineosporiales secara signifikan. Kelimpahan Kineosporiales berbanding lurus terhadap konsentrasi pupuk NPK yang diaplikasikan dalam sistem perkebunan kelapa sawit. Interaksi antara penggunaan pupuk NPK dan teknik penyiangan dengan herbisida glifosat dalam sistem perkebunan kelapa sawit tidak berdampak terhadap struktur komunitas maupun keragaman aktinobakteri tanah.
Keyword: Actinobacteria, glifosat, keragaman bakteri tanah, next-generation sequencing, pupuk NPK, Sumatra

Judul: Keragaman Bakteri Dan Bakteri Penghasil Lipase Dalam Hutan Dan Perkebunan Sawit Di Sarolangun Jambi Indonesia
Abstrak: Deforestasi untuk pembukaan lahan perkebunan sawit paling masif terjadi di Asia Tenggara. Hal ini berdampak negatif pada keragaman hayati dan lingkungan. Tanah dan sedimen pada penelitian ini diperoleh dari lapisan atas tanah hutan dataran rendah dan perkebunan sawit, serta perairan yang disekitar situs tersebut. Hutan tersebut berlokasi di Taman Nasional Bukit Duabelas, dan perkebunan sawit sekitar hutan di Sarolangun Jambi Indonesia. Keragaman komunitas bakteri dari tanah dan sedimen perairan area hutan dan kebun sawit Sumatra dipelajari menggunakan pyrosequencing gen 16S rRNA dan indeks keragaman umumnya. Pendekatan filogenetik digunakan untuk mengungkap perubahan komunitas filotipe bakteri dan genusnya di kedua area. Pendekatan ekologis menggunakan nilai pH, kandungan Karbon (C) total, Nitrogen (N) total, Fosfor (P) tersedia dan keragaman bakteri menggunakan indeks Shannon dan Simpson, dan kelimpahan bakteri dengan indeks Chao1-ACE dan OTUs. Keragaman dan kelimpahan bakteri tanah di hutan dan kebun sawit tidak berbeda sebagaimana pH, C total, dan N total, sebagai faktor substrat yang tidak berbeda nyata. Tetapi, indeks kelimpahan bakteri di sedimen perairan area hutan justru lebih tinggi dari area kebun sawit. Mayoritas sekuen berturut-turut Acidobacteria (56.33%), Proteobacteria (27.43%), Actinobacteria (7.11%), dan Cyanobacteria (5.55%) berasal dari tanah hutan, sementara Acidobacteria (50.11%), Proteobacteria (31.63%), Actinobacteria (7.58%), Chloroflexi (2.60%), dan Gemmatimonadetes (2.71%) dari tanah kebun sawit. Acidobacteria menjadi filotipe paling dominan di kedua habitat, karena pH tanah kedua areal tersebut sangat asam (3.77 – 4.80). Genera dari Alpha proteobacteria mendominasi di tanah hutan dan kebun sawit. Genus terbanyak di pohon filogenetik adalah Burkholderia dari Betaproteobacteria. Berbeda dari tanah, dalam sedimen perairan, mayoritas sekuen berturut-turut Proteobacteria (34.85%), Acidobacteria (32.67%), Nitrospirae (6.86%), Chloroflexi (4.31%), dan Actinobacteria (4.02%) dari area hutan, sementara dari area kebun sawit berturut-turut Acidobacteria (46.10%), Proteobacteria (25.86%), Nitrospirae (9.20%), Chloroflexi (4.99%), dan Actinobacteria (2.34%). Acidobacteria masih menjadi filotipe dominan di habitat sedimen perairan areal kebun sawit. Genera Alphaproteobacteria dan Betaproteobacteria mendominasi pada kedua pohon filogenetik gen16S rRNA baik di areal hutan maupun kebun sawit. Genus yang terdeteksi dominan pada pohon filogenetik bakteri asal tanah maupun sedimen area hutan dan kebun sawit adalah Burkholderia. Perubahan komunitas bakteri terjadi dalam transformasi hutan, meskipun lebih banyak ditemukan genus di pohon filogenetik bakteri tanah asal kebun sawit. Sebaliknya, komunitas di sedimen perairan transformasi hutan, sebagaimana sedimen perairan area hutan menunjukkan indeks keragaman, kelimpahan, filotipe dan genera yang lebih tinggi daripada yang ditunjukkan parameter tersebut dari area sawit. Bakteri spesial di hutan dan lahan sawit adalah bakteri lipolitik. Enzim bakteri tersebut telah diaplikasikan di industri agroakuakultur, pangan, deterjen, farmasi, susu, maupun biodiesel-biokerosin. Informasi keragaman bakteri lipolitik asal tanah dan sedimen perairan di areal hutan dan perkebunan kelapa sawit, dan komposisi asam lemaknya diperlukan. Sebanyak 22 isolat terpilih dari tiga puluh dua isolat bakteri lipolitik yang tumbuh pada media selektif lipolitik, terdiri atas 11 isolat dari tanah lapisan atas dan 11 isolat dari sedimen air di hutan dan daerah perkebunan. Isolat-isolat bakteri diidentifikasi berdasarkan analisis gen 16S rRNA. Hasil identifikasi menunjukkan isolat-isolat tersebut terdiri atas lima genera yaitu Burkholderia, Cupriavidus, Serratia, Acinetobacter, dan Kurthia. Pada pohon filogenetik yang dibangun menggunakan metode maximum likelihood, isolat-isolat tersebut terdistribusi ke dalam tiga grup, yaitu grup Burkholderia-Cupriavidus, grup Serratia-Acinetobacter, dan grup Kurthia. Hasil
Keyword: komunitas bakteri, bakteri lipolitik, hutan hujan dataran rendah, perkebunan sawit, Sumatra-Indonesia

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: