Judul: Identifikasi Kandidat Gen Nucleotide Binding Site (NBS) dari Pisang Musa acuminata Colla var.malaccensis (Ridl.) Nasution dan Musa, AAA, sub-kelompok Cavendish
Abstrak: Indonesia merupakan negara yang kaya akan keragaman pisang, baik pisang budidaya maupun pisang liar. Namun, adanya penyakit layu fusarium oleh cendawan Fusarium oxysporum f.sp.cubense menyebabkan penurunan produksi pisang Indonesia. Pengembangan varietas pisang yang tahan penyakit, secara konvensional dihambat oleh waktu generasi yang panjang, partenokarpi, poliploidi dan sterilitas dari kebanyakan kultivar.yang dapat dimakan seperti pisang Cavendish. M. acuminata var. malaccensis merupakan pisang liar yang berbiji dan diploid dan mempunyai resistensi yang tinggi terhadap penyakit layu fusarium.Sehingga, pisang ini dapat dijadikan sebagai sumber gen untuk ketahanan penyakit. Salah satu kelas gen resistensi (R) yang paling besar yang telah dikarakterisasi adalah Nucleotide Binding Site (NBS). Motif asam amino yang conserved pada daerah NBS mencakup motif p-loop/kinase-1, kinase-2, GLPL/kinase-3 dan RNBS A,B,C dan D. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi kandidat gen Nucleotide Binding Site (NBS) pada aksesi pisang liar M. acuminate var. malaccensis dan Musa, AAA, subkelompok Cavendish serta uji tantang terhadap Fusarium oxysporum f.sp. cubense TR4 pada M. acuminate var. malacensis dan Musa, AAA, sub-kelompok Cavendish Aksesi M. acuminate var. malaccensis (II.17B#5/LIPI010) dan Musa, AAA, sub-kelompok Cavendish (II.13B#3/LIPI090) yang digunakan dalam penelitian ini berasal dari Kebun Plasma Nutfah Pisang, Cibinong Science Center, Pusat Penelitian Biologi-LIPI. Metode CTAB digunakan dalam ekstraksi DNA dari daun. Tiga pasang primer degenerate digunakan dalam amplifikasi DNA. Fragmen yang diperoleh dilanjutkan dengan kloning dan sekuensing. Analisis BLASTp digunakan untuk menentukan homologi urutan basa nukleotida dan asam amino pada Genbank dan Musa Genome. Program CHROMAS PRO digunakan untuk analisis contig. Program MEGA5 dengan metode MUSCLE digunakan dalam pensejajaran asam amino dan kontruksi pohon filogenetik. Metode double tray digunakan dalam uji tantang terhadap Fusarium oxysporum f.sp. cubense ras 4 pada M. acuminata var. malaccensis dan Musa, AAA, subkelompok Cavendish. Dari tiga pasang primer degenerate, diperoleh 11 fragmen analog gen ketahanan yang berhasil diisolasi dari DNA pisang M. acuminate var. malaccensis dan Musa, AAA, sub-kelompok Cavendish dengan produk berukuran antara 300-1000 pb. Dari 11 sampel produk PCR yang telah dikloning, semua mengandung insersi fragmen berukuran antara 323-1114 pb. Berdasarkan hasil analisis nukleotida dan deduksi asam amino dengan menggunakan analisis BLASTp yang terdapat di Genbank, ditemukan 3 sekuen yaitu P5-8, P5-10 dan P5-11 dengan ukuran berturut-turut 770, 1114 dan 791 bp.Sekuen P5-8 dan P5-10 berasal dari Musa acuminata var. malaccensis. Sekuen P5-11 berasal dari Musa, AAA, sub-kelompok Cavendish. Sekuen P5-8 mempunyai kesamaan identitas 97% dengan disease resistance protein RPS2 pada M. acuminata var. malaccensis dengan aksesi XM009418398. Sedangkan sekuen P5-10 dan P5-11 mempunyai kesamaan identitas berturut-turut 99% dan 100% dengan disease resistance protein RPM1 pada M. acuminata var. malaccensis dengan aksesi XM009419073. BLAST pada Musa Genome, hasilnya menunjukkan ketiga sekuen memiliki coverage > 90% dan terdapat pada kromosom nomor 9. Ketiga sekuen ini telah dideposit ke Genbank dengan nomor akses KP691062-KP691064. Hasil pensejajaran prediksi asam amino dari ketiga fragmen dengan protein NBS-LRR tanaman pisang serta gen-R tanaman lain yang telah dideposit di Genbank menunjukkan terdapat empat struktur konservatif NBS. Keempat struktur konservatif asam amino yaitu motif P-loop/kinase-1a (GGVGKTT), kinase-2 (LVLDDIW), RNBS-B/kinase-3a (CKVLFTTRS) dan asam amino hidrofobik (hydrophobic domain) (GLPL). Hasil analisis filogenetik sekuen prediksi asam amino menunjukkan bahwa protein R dan protein
Keyword: Pisang, Nucleotide Binding Site, daerah konservatif, Musa acuminata var. malaccensis, Musa, AAA, sub-kelompok Cavendish

Judul: Diversity Analysis of Banana (Musa spp.) Based on RAPD and ISSR Molecular Markers
Abstrak: Persilangan kedua tetua pisang, Musa acuminata (AA) dan Musa balbisiana (BB), menghasilkan keragaman tingkat ploidi yang menghasilkan variasi sifat pada setiap kultivar pisang. Analisis keragaman pisang dengan pendekatan morfologi cenderung lebih mudah untuk dilakukan tetapi dapat karakter tersebut dipengaruhi oleh lingkungan. Oleh karena itu, pada penelitian ini perlu dilakukan analisis keragaman pisang menggunakan marka molekular RAPD dan ISSR untuk mendeteksi perbedaan pada tingkat DNA. Metode yang dilakukan yaitu pengamatan morfologi, isolasi DNA kultivar pisang, amplifikasi DNA menggunakan primer RAPD dan ISSR, dan pengolahan data hasil PCR dengan scoring dan software PAST 4. Analisis keragaman genetik menggunakan marka RAPD dan ISSR pada delapan kultivar pisang menghasilkan 164 pita DNA dengan rata-rata persentase pita polimorfik 78.9%. Jarak kekerabatan terjauh dari seluruh kultivar pisang yang dipelajari terdapat pada pisang Lampung yang merupakan satu-satunya sampel bergenom diploid., Crossing the two parental bananas, Musa acuminata (AA) and Musa balbisiana (BB), results in a diversity of ploidy levels that produce variations in traits in each banana cultivar. Analysis of banana diversity with a morphological approach tends to be easier to do, but the environment can influence the character. Therefore, in this study, it is necessary to analyze banana diversity using RAPD and ISSR molecular markers to detect differences at the DNA level. The methods used were Morphological observation, Isolation of banana cultivar DNA, DNA amplification using RAPD and ISSR primers, and data processing of PCR results with scoring and PAST 4 software. Analysis of genetic diversity using RAPD and ISSR markers on eight banana cultivars produced 164 DNA bands with an average percentage of polymorphic bands of 78.9%. The farthest relationship distance of all studied banana cultivars was found in the Lampung banana, the only diploid genome sample.
Keyword: morfologi, PCR, kekerabatan, marka molekuler, polimorfisme

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: