Judul: Identification and Characterization of Coxiella burnetii, Causative Agent of Q Fever Zoonotic Disease in Beef Cattle in West Java
Abstrak: Infeksi bakteri Coxiella burnetii (C. burnetii) menyebabkan penyakit Q fever yang tersebar luas di seluruh dunia. Hewan ternak seperti sapi, kambing, dan domba menjadi sumber penularan utama dari penyakit ini. Infeksi C. burnetii pada hewan ternak dapat menimbulkan kerugian ekonomi karena menyebabkan terjadinya abortus dan berpotensi menimbulkan ancaman kesehatan masyarakat karena bersifat zoonosis. Saat ini, studi tentang bakteri C. burnetii pada hewan di Indonesia sangat terbatas. Tujuan dari penelitian ini adalah mengidentifikasi dan melakukan karakterisasi molekuler gen 16S rRNA bakteri C. burnetii pada sapi di Jawa Barat, Indonesia. Penelitian ini juga bertujuan untuk mengetahui patogenesis dan perubahan patologi pada jaringan akibat infeksi C. burnetii Sample jaringan organ diambil dari sapi yang dipotong di rumah potong hewan wilayah Bogor, Depok, dan Bandung Jawa Barat. Identifikasi bakteri C. burnetii dilakukan dengan nested PCR (nPCR) menggunakan primer OMP (screening). Sampel positif terpiih dari hasil screening diuji kembali dengan nPCR menggunakan primer Cox16S dan disekuensing pada gen 16S rRNA. Sampel positif hasil nPCR juga dipilih kembali secara acak untuk dilakukan analisis patologi. Pewarnaan rutin haematoxylin-eosin (HE) dan imunohistokimia (IHK) dilakukan untuk mengetahui lesio dan mengidentifikasi C. burnetii di jaringan. Pewarnaan IHK juga dilakukan untuk mendeteksi bakteri C. burnetii di dalam sel makrofag dan hubungan infeksi C. burnetii dengan sel-sel apoptosis. Terdapat tiga sample teridentifikasi positif C. burnetii pada masing-masing daerah Bogor, Depok, dan Bandung. Hasil sekeunsing terhadap gen 16S rRNA menunjukkan kemiripan 99.9% dengan strain Heizberg, 1843, 2574, 701CbB1, dan 14160-001. Berdasarkan hasil nPCR, materi genetik (DNA) C. burnetii di berbagai organ, terutama pada organ jantung dan limpa. Secara umum tidak terjadi perubahan signifikan pada jaringan melalui pewarnaan HE. Bakteri C. burnetii ditemukan pada jarimgan paru-paru (interalveolar) dan limpa (pulpa putih) dengan menggunakan antibodi anti C. burnetii. Co-localization antara C. burnetii dan makrofag ditemukan pada situs potongan yang sama melalui visualisasi mirror image. Hal ini mengkonfirmasi bahwa sel target dari infeksi C. burnetii adalah sel-sel mononuklear, seperti monosit atau makrofag. Sel-sel apoptosis pada pulpa putih terdeteksi imunoreaktif lebih rendah dibandingkan pulpa merah limpa. Infeksi C. burnetii pada penelitian ini kemungkinan menghambat terjadinya apoptosis di pulpa putih. Kata kunci: Coxiella burnetii, Indonesia, 16S rRNA, IHK, Coxiella burnetii (C. burnetii) bacterial infection cause Q fever disease which is widespread all over the world. Livestock such as cattle, goat, and sheep are the main source of infection for this disease. Coxiella. burnetii infection in livestock animal can result in economic loss as it can cause abortion and potentially become public health hazard for being zoonotic. Today, there are still very limited studies on C. burnetii bacterial in animals in Indonesia. The objective of this research is to identify and characterize the molecular genetic of 16S rRNA gene of C. burnetii bacteria in cattle in West Java, Indonesia. The purpose of this study was also to review the pathogenesis and pathological changes in tissue because of C. burnetii infection Organ tissue samples were collected from cattle culled in slaughterhouses around Bogor, Depok, and Bandung, West Java. Identification of C. burnetii bacteria was performed by nested PCR (nPCR) using OMP primer (screening). Positive samples obtained from screening were retested by nPCR
Keyword: Coxiella burnetii, Indonesia, 16S rRNA, IHK

Judul: Molecular Detection of Zoonosis Q fever in Ruminants in East Java
Abstrak: Q fever merupakan salah satu penyakit zoonotik strategis di Indonesia yang keberadaannya masih diabaikan. Persebaran penyakit zoonotik Q fever mencakup hampir seluruh negara di dunia, kecuali New Zealand, Norwegia, Islandia, dan French Polynesia. Pemerintah Indonesia melalui Keputusan Menteri Pertanian Republik Indonesia (Kepmentan) no.237/KPTS/PK.400/M/3/2019 menetapkan Q fever sebagai salah satu Zoonosis Prioritas yang perlu mendapatkan prioritas baik dalam pencegahan, pengendalian maupun penanggulangannya. Penyakit ini disebabkan oleh bakteri Gram negatif Coxiella burnetii yang bersifat parasit obligat intraseluler. Bakteri ini diklasifikasikan oleh Center of Diseases Control and Prevention ke dalam kelompok agen infeksius yang berpotensi digunakan untuk senjata biologis. Data surveillance Q fever pada hewan di dunia masih terbatas dan menyebabkan distribusi penyakit ini sulit dideteksi. Kesulitan dalam deteksi dini penyakit ini terutama disebabkan oleh gejala klinis yang tidak khas bahkan sering terjadi infeksi subklinis. Maka dari itu Q fever sering diabaikan dalam diferensial diagnosa, sehingga penyakit ini tetap berada pada kelompok ternak dan menimbulkan kerugian ekonomi dalam jangka panjang. Temuan kasus Q fever di Indonesia terutama dilaporkan terdapat pada ruminansia pada rentang tahun 2006 – 2019 dengan cakupan wilayah meliputi Jakarta, Jawa Barat, Yogyakarta, Bali, dan Sumatera Utara. Keberadaan penyakit ini di Jawa Timur belum dikaji ulang sejak penelitian terakhir di tahun 1976. Jawa Timur dikenal sebagai salah satu propinsi yang memiliki kontribusi besar dalam penyediaan pangan asal hewan di Indonesia. Identifikasi dan deteksi penyakit Q fever penting untuk dilakukan, terutama sebagai upaya penyusunan langkah pengendalian terjadinya wabah di manusia. Penelitian ini dilakukan untuk mendeteksi secara molekuler keberadaan bakteri penyebab zoonosis Q fever pada ternak ruminansia di Propinsi Jawa Timur. Penelitian ini dilakukan sejak bulan September 2015 hingga September 2020 yang terdiri dari dua tahap. Tahap pertama merupakan tahapan optimasi metode imunohistokimia untuk mendeteksi keberadaan bakteri C.burnetii di Kabupaten Bogor yang pernah dinyatakan sebagai wilayah endemis penyakit Q fever. Penelitian ini mengambil sampel organ dari sapi dan domba kurban dari wilayah Kabupaten Bogor pada tahun 2015 dan 2016 yang kemudian dideteksi dengan imunohistokimia menggunakan antibodi poliklonal Rabbit anti-C.burnetii, diperoleh dari FKH IPB dan diamati perubahan gambaran histopatologinya dengan pewarnaan Haematoxyline-Eosin (HE). Tahap kedua penelitian adalah penelitian utama dengan tujuan mendeteksi secara molekuler keberadaan bakteri C.burnetii pada ruminansia di Jawa Timur. Sampel penelitian tahap kedua berupa organ hati, limpa, ginjal, paru-paru, dan jantung ruminansia yang diambil dari rumah potong hewan di Surabaya, Malang, dan Madura. Sampel organ yang didapatkan dideteksi secara molekuler dengan metode nested polymerase chain reaction (nested PCR) menggunakan primer dari gen Outer Membrane Protein (OMP) dan gen 16S rRNA kemudian dikonfirmasi dengan imunohistokimia dan diamati perubahan histopatologi dengan pewarnaan HE. Bakteri C.burnetii terdeteksi positif pada organ paru-paru dan limpa sapi kurban di Kabupaten Bogor dengan metode imunohistokimia yang telah dimodifikasi dan dioptimasi. Hasil pemeriksaan imunohistokimia menunjukkan adanya imunoreaksi positif terhadap antibodi C.burnetii pada 4 dari 19 sampel (21%) sapi kurban tahun 2015 dan 3 dari 10 sampel (30%) sapi kurban tahun 2016. Perubahan gambaran histopatologi yang tampak pada sampel positif meliputi kongesti, infiltrasi sel radang, akumulasi mukus, hingga adanya fibrosis pada paru-paru. Pada organ yang positif uji imunohistokimia terhadap bakteri C.burnetii tidak didapatkan lesi patologis yang konsisten. Hal ini diduga berkaitan dengan
Keyword: Coxiella burnetii, Indonesia, kambing lokal, Q fever, zoonosis

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: