Judul: IPB (Bogor Agricultural University)
Abstrak: Kasus infeksi di berbagai negara akibat mengonsumsi pangan yang tercemar E. coli O157:H7 menjadi masalah global. Untuk mengatasi permasalahan tersebut, dibutuhkan sebuah uji cepat. Dalam beberapa tahun terakhir, manfaat protein A Staphylococcus aureus semakin disadari berpotensi sebagai alat diagnostik. Penelitian ini didesain untuk mengembangkan sebuah kit diagnostik yang cepat, sederhana dan praktis untuk mendeteksi E. coli O157:H7 dalam pangan. Penelitian ini dilakukan mulai dari Januari 2014 sampai April 2017. Penelitian ini menggunakan prinsip dari protein A yang mampu berinteriaksi dengan bagian Fc IgG dalam uji koaglutinasi. Kandidat isolat S. aureus yang memiliki banyak protein A diidentifikasi menggunakan teknik serum soft agar dan digunakan sebagai carrier matrix antibodi spesifik dalam uji koaglutinasi. Antibodi yang spesifik terhadap E. coli O157:H7 diproduksi di kelinci. Spesifisitas antibodi ditentukan dengan teknik absorpsi dan reaksi silang dengan Enterobactericeae lainnya. Sensifisitas dan spesifisitas uji koaglutinasi ditentukan dengan membandingan hasil uji koaglutinasi dengan gold standard. Pada penelitian ini, kristal violet digunakan untuk mewarnai sel S. aureus yang memiliki banyak protein A. Pewarnaan ini berfungsi sebagai reagen detektor dalam pengujian ini. Antibodi yang diimobilisasi dengan protein A S. aureus menggunakan metode kombinasi formaldehid dan pemanasan. Antigen dideteksi secara visual dengan munculnya warna ungu pada slide. Pengujian ini terbukti spesifik terhadap E. coli O157:H7 ketika dibandingkan dengan Enterobactericeae lainnya. Efikasi metode ini dievaluasi dengan membandingkan uji ini dengan uji lainnya seperti kultur di media media sorbitol MacConkey agar (SMAC), lateral flow immunoassay (RapidCheck® O157) dan uji genotyping (multiplex PCR) untuk mendeteksi E. coli O157:H7 dalam daging sapi giling. Daging sapi giling (25g) diinokulasikan dengan E. coli O157:H7 pada estimasi 1, 10 dan 100 sel/g dan sampel langsung diberi perlakuan enrichment. Setelah enrichment, kultur diuji dengan koaglutinasi baru secara langsung dan secara paralel ditanam ke media SMAC. Isolat dari kultur kemudian diuji dengan RapidCheck® O157 lateral flow immunoassay dan multiplex PCR assay dengan target gen E. coli O157:H7 yaitu gen rfbE, stx1, stx2 dan fliCH7. Setelah dibandingan dengan gold standard, uji baru memiliki sensitivitas yang tinggi dan uji tersebut lebih spesifik dibandingkan dengan SMAC dan RapidCheck® O157 dengan nilai spesifisitas masing-masing adalah 100% (CoAO157:H7), 72.3% (SMAC) and 81.2% (RapidCheck® O157). Penelitian ini menjanjikan sebuah uji cepat, sensitif dan spesifik untuk mendeteksi E. coli O157:H7 dalam pangan.
Keyword: Escherichia coli O157:H7, koaglutinasi, poliklonal, Staphylococcus aureus

Judul: IPB (Bogor Agricultural University)
Abstrak: Salmonelosis merupakan salah satu penyakit infeksius yang menyebar luas di dunia dan mengakibatkan tingginya kejadian keracunan makanan yang mengakibatkan gangguan gastrointestinal. Salmonella enterica serotipe Enteritidis (S. Enteritidis) merupakan serotipe yang paling sering menjadi penyebab salmonelosis pada manusia. Wabah S. Enteritidis pada manusia seringkali disebabkan karena mengonsumsi makanan yang berasal dari daging ayam atau telur yang mentah atau setengah matang. Peningkatan infeksi S. Enteritidis tidak hanya terjadi di negara-negara berkembang namun juga pada negara-negara maju seperti Canada, Amerika, dan negara-negara Eropa. Keberadaan patogen ini pada pangan sangat membahayakan kesehatan manusia meskipun hanya dalam jumlah yang sedikit. Deteksi cepat S. Enteritidis pada pangan sangat penting untuk keamanan pangan dan sebagai peringatan dini terhadap terjadinya wabah. Surveilans keberadaan S. Enteritidis pada pangan menjadi tindakan rutin di seluruh dunia untuk memastikan keamanan pangan, untuk mengurangi kejadian infeksi melalui makanan, dan pada akhirnya untuk memastikan kesehatan masyarakat. Metode kultur merupakan metode standar untuk mendeteksi Salmonella, namun metode konvensional ini membutuhkan serangkaian tahapan kultur, konfirmasi biokimiawi dan serologis, membutuhkan waktu yang lama, menggunakan peralatan laboratoium yang intensif, dan membutuhkan banyak keterampilan teknis. Saat ini, beberapa metode telah dieksplorasi dan dikembangkan untuk uji cepat S. Enteritidis. Secara umum, uji cepat tersebut dikelompokkan menjadi miniatur uji biokimiawi, berbasis asam nukleat, berbasis biosensor, berbasis imunologis, dan modifikasi pada uji konvensional untuk mempercepat analisis. Namun, uji cepat ini memiliki beberapa kelemahan antara lain dibutuhkannya persyaratan khusus terhadap laboratorium, tenaga yang terlatih, banyak peralatan yang digunakan dan reagen uji yang mahal. Oleh karena itu, uji yang cepat, sederhana, murah, spesifik dan sensitif dalam mendeteksi S. Enteritidis sangat diperlukan. Tujuan penelitian ini adalah untuk membuat prototipe uji cepat untuk mendeteksi S. Enteritidis pada pangan menggunakan teknik koaglutinasi tidak langsung dengan menggunakan S. aureus Cowan I sebagai carier matriks. Sensitivitas, spesifitas, limit deteksi, dan waktu pengujian dalam penggunaan prototipe kit juga ditentukan pada penelitian ini. Metode dalam penelitian ini meliputi karakterisasi S. aureus Cowan I, karakterisasi S. Enteritidis BCC B2691, pembuatan serum monospesifik terhadap S. Enteritidis, konstruksi matriks prototipe kit, dan menentukan sensitivitas, spesifitas, limit deteksi, dan waktu pengujian dalam penggunaan prototipe kit. Karakterisasi S. aureus Cowan I dilakukan dengan serangkaian uji biokimiawi dan uji serum soft agar. Karakterisasi S. Enteritidis BCC B2691 dilakukan dengan serangkaian uji biokimiawi dan multiplex polymerase chain reaction (mPCR). Pembuatan antiserum dilakukan pada ayam dengan menyuntikkan antigen S. Enteritidis BCC B2691. Serum monospesifik dibuat dengan melakukan absorbsi terhadap serum yang belum spesifik menggunakan bakteri S. Pullorum, S. Typhimurium, S. Typhi. Prototipe kit dibuat dengan menggunakan tiga komponen utama yaitu S. aureus protein A (S. aureus Cowan I) sebagai carier matriks, antibodi sekunder sebagai penghubung antara S. aureus protein A dengan antibodi primer, dan antibodi primer sebagai detektor terhadap keberadaan S. Enteritidis pada sampel. Reagen prototipe kit dibuat dengan mengikatkan S. aureus Cowan I dengan IgG kelinci anti Fc IgY dan antiserum monospesifik terhadap S. Enteritidis. Prototipe kit dibandingkan dengan mPCR untuk menentukan sensitivitas dan spesifitas kit. Sampel pangan yang diinokulasi secara buatan digunakan untuk mengetahui limit deteksi kit pada pagan. S. aureus Cowan I yang digunakan pada penelitian ini memiliki kemampuan memproduksi protein A pada dinding selnya. Salmonella BCC B2691
Keyword: koaglutinasi tidak langsung, pangan, Salmonella Enteritidis, uji cepat

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: