Judul: sgRNA Design for ROC5 Gene Editing with CRISPR/Cas9 and in silico Mutation Prediction in Rice cv. Hawara Bunar
Abstrak: Produktivitas padi (Oryza sativa L.) perlu ditingkatkan salah satunya dengan ekstensifikasi penanaman pada lahan suboptimal. Hawara Bunar merupakan kultivar padi toleran cekaman kekeringan dan tanah masam yang berpotensi ditanam di lahan suboptimal. Untuk mengoptimalkan hasil panen pada kondisi lahan tersebut, diperlukan pemuliaan untuk menghasilkan padi kultivar Hawara Bunar yang menunjukkan penggulungan daun secara moderat ketika tercekam kekeringan melalui pengeditan gen ROC5 menggunakan sistem CRISPR/Cas9. Langkah awal dalam pengeditan gen ini adalah desain sgRNA dan prediksi mutasi yang akan dihasilkan baik pada sekuen gen maupun protein dari ROC5. Penelitian ini bertujuan mendesain sgRNA dengan efisiensi yang tinggi dan memprediksi mutasi secara in silico dalam pengeditan gen ROC5 pada padi kultivar Hawara Bunar menggunakan sistem CRISPR/Cas9. Penelitian ini dilakukan melalui analisis in silico. Hasil penelitian ini adalah desain sgRNA untuk pengeditan gen ROC5 padi kultivar Hawara Bunar menggunakan sistem CRIPR/Cas9 yaitu 5’-GGAGGCTCTCCCTCGATGCG-3’ dengan PAM 5’-CGG-3’ dan 5’-CTGAGG CGGAGAACGACAGC-3’ dengan PAM 5’-CGG-3’. Kedua sgRNA tersebut masing-masing diprediksi akan memandu mutasi pada ekson ketiga (posisi genomik ke-27493819) dan kedua (posisi genomik ke-27494141) untuk menyebabkan mutasi delesi 5 pb dan insersi 1 pb dan menghasilkan protein ROC5 mutan yang tidak fungsional. Oligodupleks berdasarkan kedua sgRNA tersebut juga telah didesain., The productivity of rice (Oryza sativa L.) needs to be increased. One of efforts is by extensification of rice cultivation on suboptimal land. Hawara Bunar is a rice cultivar that is tolerant to drought stress and acid soil which has the potential to be cultivated on suboptimal land. To optimize yields in such conditions, it is necessary to develop rice cv. Hawara Bunar that show moderate leaf curling when grown under drought stress through editing the ROC5 gene using the CRISPR/Cas9 system. The initial step of this gene editing are the design of sgRNA and prediction of mutations that will be generated in the gene and protein sequences of ROC5 gene. This study aims to design a high efficiency sgRNA for CRISPR/Cas9 based gene editing and predict mutations that will occur in the edited ROC5 gene in rice cv. Hawara Bunar. The research was conducted through in silico analysis. The result of the study was the sgRNA for ROC5 gene editing in rice cv. Hawara Bunar using the CRIPR/Cas9 system has been developed with the sequence of 5'-GGAGGCT CTCCCTCGATGCG-3' with PAM 5'-CGG-3' and 5'-CTGAGGCGGAGAACG ACAGC-3' with PAM 5'-CGG-3'. These two sgRNAs were predicted to guide mutations in the third (at 27493819 genomic position) and second (at 27494141 genomic position) exons of the ROC5 gene to generate a 5 bp deletion and 1 pb insertion, respectively, and produce a non-functional mutant ROC5 protein. Oligoduplex based on both sgRNAs also has been designed.
Keyword: gene editing, leaf rolling, local cultivar, rice productivity, suboptimal land

Judul: CRISPR/Cas9 Vector Construction for ROC5 gene editing in Rice cv. Hawara Bunar
Abstrak: Peningkatan produksi padi (Oryza sativa L.) dengan mengoptimalkan pemanfaatan lahan kering masam memerlukan upaya pemuliaan untuk meningkatkan efektifitas toleransi tanaman terhadap cekaman kekeringan. Padi kultivar Hawara Bunar merupakan varietas toleran asam yang perlu ditingkatkan kemampuan toleransinya terhadap cekaman kekeringan dengan mengatur tingkat penggulungan daun. Gen ROC5 adalah gen yang terlibat dalam penggulungan daun. Pengeditan gen ROC5 dengan teknologi CRISPR/Cas9 diharapkan dapat menghasilkan tanaman mutan yang lebih toleran kekeringan dengan respon penggulungan daun yang moderat dalam kondisi cekaman kekeringan. Penelitian ini bertujuan mengkonstruksi vektor rekombinan yang membawa sgRNA untuk gen ROC5 dari tanaman padi kultivar Hawara Bunar. Plasmid pRGEB32 yang mengandung gen Cas9 digunakan untuk mengklon sgRNA ROC5 dengan metode kloning Golden Gate dan transformasi heat shock. Konfirmasi sgRNA-ROC5 dilakukan dengan PCR koloni, lalu plasmid diisolasi dan dilanjutkan verifikasi menggunakan metode PCR dengan primer spesifik dan primer sekuensing untuk vektor pRGEB32. Hasilnya menunjukkan bahwa hanya bakteri transforman pRGEB32_ROC5-cr1 yang tumbuh pada media seleksi. Hal ini mengindikasikan bahwa sgRNA ROC5 berhasil disisipkan pada plasmid. Konfirmasi dengan PCR koloni dan PCR plasmid menggunakan primer spesifik membuktikan terdapat amplikon berukuran 425 bp. Data sekuensing juga menunjukkan terdapat sekuen sgRNA ROC5 pada lokasi yang sesuai.
Keyword: sgRNA, cekaman kekeringan, penggulungan daun, pengeditan gen

Judul: Asymptotic Distribution of Estimator for the Intensity Function of a Doubly Periodic Poisson Process
Abstrak: In this manuscript, estimation of the intensity function of a doubly periodic Poisson process is discussed. It is assumed that only a single realization of the Poisson process is observed in a bounded window [0,n]. It is also assumed that the period of the intensity function is known. The rate of consistency and asymptotic normality of the estimator are formulated. Finally, a confidence interval for the local intensity function is also formulated.
Keyword: