Judul: Deteksi Dan Eliminasi Virus Pada Umbi Bawang Merah
Abstrak: Salah satu penyebab rendahnya produksi bawang merah secara nasional adalah ketersediaan benih yang berkualitas tinggi. Kualitas benih bawang merah ditentukan antara lain oleh status kesehatan benih. Benih yang berkualitas adalah benih yang bebas patogen termasuk bebas dari infeksi virus. Oleh karena itu sangat diperlukan upaya untuk menyediakan benih bawang merah yang bebas virus. Tanaman bawang merah dapat terinfeksi oleh virus dari kelompok Potyvirus (OYDV/Onion Yellow Dwarf Virus, SYSV/Shallot Yellow Stripe Virus, dan LYSV/Leek Yellow Stripe Virus), Carlavirus (SLV/Shallot Latent Virus dan GCLV/Garlic Common Latent Virus), dan Alexivirus (MbLV/Shallot Mite borne Latent Virus, Gar-V-B, Gar-V-C, Gar-V-D dan GMV/Garlic Mosaic Virus). Penyakit yang disebabkan oleh virus bersifat sistemik dan apabila sudah ada dalam jaringan benih, akan sulit untuk dieliminasi dan dapat menyebabkan degenerasi. Infeksi virus pada tanaman bawang merah di lapangan maupun umbi di tempat penyimpanan belum banyak diketahui di Indonesia. Tujuan penelitian adalah mendeteksi virus dari umbi bawang merah, mempelajari potensi perlakuan air panas dalam mengeliminasi infeksi virus pada umbi bawang merah dan mempelajari potensi perlakuan air panas yang dikombinasi dengan teknik kultur jaringan dalam mengeliminasi infeksi virus pada umbi bawang merah. Penelitian dilaksanakan mulai Agustus 2013 hingga Juli 2015, bertempat di Laboratorium dan Rumah kaca Virologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, serta Laboratorium Kultur Jaringan, Pusat Kajian Hortikultura Tropika (PKHT), Institut Pertanian Bogor (IPB). Umbi benih bawang merah diambil dari daerah Jawa Barat dan Jawa Tengah. Pengambilan sampel dilakukan dengan metode purpossive sampling, yaitu sampel yang diambil mewakili 2 elemen pelaku usahatani bawang merah (petani dan pedagang) dari 5 daerah penghasil bawang merah (Brebes, Cirebon, Kuningan, Majalengka dan Bandung). Diperoleh 10 kultivar bawang merah yaitu Bima Brebes, Nganjuk, Timur Carwan, Ilokos, Bima Curut, Sumenep, Jawa, Batu Merah, Batu Putih dan Jalaksana. Kegiatan penelitian diawali dengan identifikasi virus menggunakan metode DIBA (Dot blot immunobinding assay) dengan antibodi OYDV, SLV, dan GCLV. Sampel uji terdiri atas umbi, dan daun hasil penanaman umbi (metode growing on test), masing-masing sebanyak 15 sampel/kultivar/daerah. Sampel uji yang positif terinfeksi virus digunakan sebagai bahan perlakuan pemanasan. Pengamatan morfologi umbi bawang merah pada kultivar Bima Curut, Sumenep, Batu Merah dan Jalaksana meliputi karakter diameter, jumlah lapisan dan kekerasan umbi, menggunakan 10 umbi untuk masing-masing karakter. Sampel umbi kultivar Bima Curut, Sumenep, Batu Merah dan Jalaksana yang terinfeksi virus diberi perlakuan air panas pada suhu 40 C, 45 C, 50 C dan 55 C selama 15 dan 30 menit. Umbi bawang merah yang telah diberi perlakuan air panas kemudian ditanam pada media tanah dan pupuk kandang steril. Satu bulan setelah penanaman umbi dilakukan pengujian keberadaan virus dengan metode DIBA. Perlakuan air panas yang paling baik yaitu 45 C dan 50 C selama 15 dan 30 menit dikombinasikan dengan kultur jaringan pada media MS, 2ip 2 mg L-1 dan GA3 0.3 mg L-1. Keberadaan virus pada planlet hasil kultur jaringan dideteksi menggunakan metode RT-PCR. Berdasarkan deteksi virus dengan metode DIBA, sampel bawang merah positif terinfeksi OYDV, SLV dan GCLV dengan rata-rata persentase infeksi virus pada jenis sampel umbi bawang merah berkisar antara 0% sampai 100%, sedangkan pada sampel daun bawang merah jumlah sampel yang terinfeksi virus berkisar antara 53.33% sampai 100%.
Keyword: Dot immuno binding assay, Garlic common latent virus, Shallot latent virus, Onion yellow dwarf virus, RT-PCR

Judul: Eliminasi Virus Pada Bawang Merah (Allium Cepa Var. Aggregatum) Secara In Vitro Menggunakan Termoterapi Dan Kemoterapi
Abstrak: Bawang merah merupakan salah satu komoditas hortikultura yang penting di Indonesia. Sentra produksi bawang merah di Indonesia terutama di darah Jawa Tengah, Jawa Timur, Jawa Barat, dan Nusa Tenggara Barat. Sebagian besar petani di Indonesia menggunakan umbi sebagai bahan perbanyakan vegetatif. Infeksi virus sangat mudah ditularkan melalui satu generasi ke generasi selanjutnya dan dari satu daerah ke daerah lainnya sehingga dikhawatirkan menurunkan kualitas dan hasil produksi. Infeksi virus pada umbi bawang merah di Indonesia telah dilaporkan, walaupun informasinya masih sangat terbatas. Penelitian ini bertujuan mengembangkan metode eliminasi virus pada bawang merah menggunakan kombinasi termoterapi dan kemoterapi dengan beberapa ukuran eksplan kultur ujung tunas. Penelitian dilaksanakan mulai Januari 2015 sampai dengan Juni 2016, bertempat di Laboratorium Virologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman dan Laboratorium Kultur Jaringan 3, Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor. Umbi benih bawang merah terdiri atas dua kultivar, yaitu „Bima Curut‟ dan „Bima Brebes‟, diperoleh dari penangkar benih di desa Tenguli, Brebes, Jawa Tengah. Eksplan berupa ujung tunas diisolasi menjadi tiga ukuran yang berbeda (1 mm, 2 mm, dan 3 mm). Masing-masing eksplan diberi perlakuan suhu (30 oC, 37 oC, dan 25 oC sebagai kontrol) dan diinkubasi selama 4 minggu. Termoterapi dilakukan pada kondisi homogen dan heterogen. Plantlet hasil termoterapi yang masih terinfeksi virus kemudian digunakan sebagai sumber eksplan untuk kemoterapi. Ujung tunas berukuran 2 mm digunakan sebagai eksplan dan ditumbuhkan pada media yang mengandung ribavirin (10 mg L-1, 25 mg L-1, dan kontrol 0 mg L-1), selanjutnya diinkubasi pada suhu 30 oC. Deteksi virus setelah perlakuan menggunakan RT-PCR dengan primer spesifik Carlavirus, Poyvirus, dan Al lexivirus. Benih umbi bawang merah yang diperoleh dari penangkar benih diseleksi lebih dahulu melalui deteksi virus dengan metode dot immunobinding assay (DIBA) menggunakan antibodi OYDV, SLV, dan GCLV. Sebanyak 100 sampel umbi diambil secara acak pada masing-masing kultivar dan ditanam pada styrofoam yang telah diberi air di bawahnya. Setelah 7 hari diambil secara acak 50 sampel daun yang tumbuh dari masing-masing kultivar. Hasil deteksi awal umbi benih bawang merah menunjukkan bahwa kedua kultivar 100 % positif terinfeksi OYDV. Sampel „Bima Curut‟ yang bereaksi positif terhadap antibodi SLV dan GCLV berturut- turut sebanyak 100% dan 90%, sedangkan sampel „Bima Brebes‟ berturut- berturut sebanyak 96% dan 96%. Infeksi OYDV dominan dibandingkan dengan SLV dan GCLV. Hasil deteksi ini mengindikasikan bahwa infeksi virus pada pertanaman bawang merah di Indonesia sangat tinggi. Perlakuan termoterapi pada berbagai tingkatan suhu dan ukuran eksplan menunjukkan bahwa suhu mempengaruhi secara nyata pertumbuhan eksplan sedangkan ukuran eksplan tidak berpengaruh nyata. Pada kultivar Bima Curut, kombinasi perlakuan termoterapi terbaik terhadap pertumbuhan eksplan adalah ukuran eksplan 1 mm dengan kondisi heterogen, sedangkan pada kultivar Bima Brebes adalah kombinasi ukuran eksplan 2 mm dengan suhu heterogen. Konfirmasi melalui RT-PCR pada plantlet hasil termoterapi menunjukkan bahwa semakin kecil ukuran maka tingkat keberhasilan eliminasi semakin tinggi. Seluruh plantlet (100%) yang berasal dari ukuran eksplan 1 mm bebas virus pada semua perlakuan. Tingkat eliminasi pada kultivar Bima Curut dengan ukuran eksplan 2 mm dan 3 mm pada suhu 30 °C terhadap Potyvirus adalah 67%, sedangkan terhadap Carlavirus berturut-turut adalah 33% dan 67%. Tingkat eliminasi pada kultivar Bima
Keyword: Carlavirus, kultur ujung tunas, plantlet bebas virus, Potyvirus, umbi bebas virus

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: