Judul: AHPND Vibrio parahaemolyticus  Virulence Inhibition through Bacillus spp. Anti Quorum Sensing Mechanism
Abstrak: Acute hepatopancreatic necrosis disease (AHPND) merupakan penyakit pada udang vaname (Penaeus vannamei) yang dapat disebabkan oleh Vibrio parahaemolyticus. Molekul N-acyl homoserine lactone berperan dalam ekspresi toksin penyebab AHPND. Anti quorum sensing (AQS) dapat dijadikan sebagai metode terapi alternatif pengobatan AHPND. Beberapa jenis Bacillus diketahui memiliki kemampuan mendegradasi AHL melalui enzim AQS berupa AHL laktonase. Penelitian ini bertujuan menganalisis penghambatan virulensi AHPND Vibrio parahaemolyticus melalui mekanisme AQS Bacillus spp. Metode penelitian terdiri atas persiapan sampel, uji antagonisme dengan V.parahaemolyticus, uji hemolysis, uji patogenitas pada larva udang vaname, uji penghambatan virulensi secara in vivo. Hasil uji antagonisme Bacillus spp. dengan V. parahaemolyticus mengindikasikan B4 bekerja dengan mekanisme AQS dalam penghambatan patogenitas V. parahaemolyticus, sedangkan pada B1 diduga berjalan dua proses yang bersamaan yaitu antimikrob dan AQS. Berdasarkan pengujian hemolisis, diketahui pada bakteri B4 terjadi beta hemolisis, sedangkan pada bakteri B1 tidak terjadi hemolisis. Uji patogenitas pada udang larva udang vaname menunjukkan nilai survival rate yang tidak berbeda signifikan dengan kontrol negatif. Berdasarkan uji penghambatan virulensi in vivo, kedua isolat Bacillus tidak cukup dapat menghambat virulensi V. parahaemolyticus., Acute hepatopancreatic necrosis disease (AHPND) affects vannamei shrimp (Penaeus vannamei). This disease can cause by the Vibrio parahaemolyticus bacterium. The expression of the AHPND toxin is influenced by N-acyl homoserine lactone (AHL). Anti-quorum sensing (AQS) may be a potential alternative treatment for AHPND. Several Bacillus bacteria are known to be able to degrade AHL through the AQS enzyme, AHL-lactonase. This study aims to analyze the virulence inhibition of AHPND Vibrio parahaemolyticus through the AQS mechanism of Bacillus spp. The methods used in this study are sample preparation, antagonism test with V. parahaemolyticus, hemolysis test, pathogenicity test on vannamei shrimp larvae, and in vivo virulence inhibition test. Antagonism testing indicated that Bacillus B4 possesses an AQS mechanism that restrains the pathogenicity of V. parahaemolyticus. Meanwhile, Bacillus B1 exhibits both antimicrobial and AQS activity. B4 bacterium displays beta hemolysis activity. In contrast, the B1 bacterium lacks hemolytic activity. Pathogenicity testing revealed no significant difference in survival rate values compared to the negative control. However, the in vivo virulence inhibition test indicated that the two Bacillus isolates are not sufficiently capable of inhibiting the virulence of AHPND V. parahaemolyticus.
Keyword: AHL, AHL lactonase, Bacillus spp., survival rate, Vibrio parahaemolyticus

Judul: Karakteristik dan Kemampuan Bacillus spp. Anti Quorum Sensing Penghambat Patogenitas Vibrio Parahaemolyticus pada Udang Vaname
Abstrak: Vibriosis yang disebabkan oleh Vibrio parahaemolyticus masih menjadi masalah pada budidaya udang vaname di Indonesia. Vibriosis dapat dicegah dan dikendalikan dengan mekanisme anti quorum sensing (AQS). Quorum sensing (QS) pada bakteri adalah komunikasi antar sel yang terkait proses regulasi gen dalam merespon perubahan kepadatan populasi sel dengan mensintesis, melepaskan dan mendeteksi molekul sinyal yang disebut autoinduser (AI) (Defoirdt et al. 2004). Ekspresi faktor virulen pada V. parahaemolyticus dipengaruhi oleh sistem quorum sensing. Salah satu strategi anti quorum sensing yaitu dengan mendegradasi molekul sinyal komunikasi sel bakteri (autoinduser). Molekul sinyal QS yang dihasilkan V. parahaemolyticus adalah acyl homoserin lactones (AHL) berupa 3-oxo-C6-HSL. Pendegradasi autoinduser yang umum berperan dalam AQS terhadap bakteri patogen Gram negatif adalah laktonase. Penelitian ini bertujuan untuk menseleksi dan mengkarakterisasi bakteri penghasil AHL laktonase yang berpotensi mampu menghambat patogenitas V. parahaemolyticus pada udang vaname. Penelitian ini meliputi isolasi, seleksi, identifikasi dan karakterisasi bakteri AQS sebagai kandidat agen biokontrol penghambat V. parahaemolyticus. Isolasi bakteri dilakukan dari sampel saluran pencernaan udang vaname, air dan sedimen tambak. Seleksi bakteri AQS meliputi 1). Bioessai bakteri AQS terhadap C. violaceum, parameter yang diamati adalah indeks degradasi AHL; 2). Produksi violacein pada kultur C. violaceum, parameter yang diamati adalah unit violacein; 3). Patogenitas bakteri uji AQS secara in vitro, parameter yang diamati zona bening di sekitar biakan bakteri pada agar darah; 4). Patogenitas bakteri uji AQS secara in vivo, parameter yang diamati adalah kelangsungan hidup PL vaname; 5). Penghambatan bakteri AQS terhadap patogenitas V. parahaemolyticus secara in vitro, parameter yang diamati adalah zona bening disekitar biakan bakteri AQS pada media SWC yang mengandung V. parahaemolyticus; 6). Deteksi keberadaan gen aiiA penyandi AHL laktonase dengan PCR dan sekuensing. Identifikasi bakteri AQS berdasarkan sifat biokimia serta molekuler gen 16S rRNA mengunakan PCR dan sekuensing. Kemampuan bakteri AQS menghambat patogenitas V. parahemolyticus secara in vivo diamati berdasarkan persentase kelangsungan hidup PL vaname yang diberi perlakuan bakteri AQS. Sebanyak 18 dari 111 isolat yang diisolasi menunjukan adanya aktivitas AQS terhadap bioindikator Chromobacterium violaceum. Aktifitas AQS yang dihasilkan dari supernatan kedelapan belas isolat tersebut merupakan hasil inkubasi selama 72 jam pada suhu 30 ºC sebagai masa inkubasi optimum. Sebanyak 11 isolat diduga menggunakan mekanisme AQS dalam menghambat produksi violacein berdasarkan pengukuran unit violacein pada kultur yang diberi supernatan bakteri AQS. Selanjutnya didapat 3 isolat bakteri AQS yang tidak menunjukan aktivitas hemolisis pada agar darah yaitu B5, K4 dan S12. Begitupula dengan uji patogenitas ketiga isolat terhadap larva vaname secara in vivo, menunjukan persentase kelangsungan hidup tergolong tinggi antara 91.67% - 100%, sehingga ketiga isolat tersebut aman untuk digunakan pada uji in vivo. Konfirmasi dan analisis gen aiiA menggunakan Blast-X, isolat B5 dan S12 memiliki kesamaan dengan AHL laktonase pada Bacillus cereus dengan nilai homologi masing-masing adalah 98.75% dan 99.17%, sedangkan K4 memiliki similaritas 99.55% dengan AHL laktonase pada multispesies Bacillus sp. Ketiga isolat tersebut teridentifikasi sebagai Bacillus siamensis (B5), Bacillus cereus (K4) dan Bacillus amyloliquefaciens (S12) dengan nilai homologi berturut-turut adalah 99.93%, 99.25% dan 99.93% berdasarkan gen 16S rRNA. Isolat K4 diduga bekerja hanya mekanisme AQS sedangkan pada isolat B5 dan S12 terjadi dua mekanisme bersama (antibiosis dan AQS) berdasarkan uji
Keyword: anti quorum sensing, AHL laktonase, Vibrio parahaemolyticus

Judul: Kajian frieze groups untuk klasifikasi dan konstruksi desain berdasarkan simetri pada pola
Abstrak: Frieze groups adalah konsep matematika untuk mengklasifikasikan desain pada dua dimensi permukaan yang berulang-ulang dalam satu arah berdasarkan simetri pada pola. Frieze groups merupakan grup yang mempertahankan bentuk pola. Pergerakan bentuk pola terdiri dari translasi, refleksi dan rotasi 180o. Tujuan dari karya ilmiah ini adalah mengkaji sifat Frieze group, mengkaji penggunaan Frieze group dalam mengklasifikasikan simetri pada pola dan mengkonstruksi pola dengan menggunakan software tesselmania. Hasil yang telah diperoleh, bahwa jenis Frieze groups merupakan subgroup dari grup pergerakan pola. Selain itu dapat dilihat dari sifat isomorfik berbagai jenis Frieze groups. Untuk mengkonstruksi sebuah bentuk pola dapat menggunakan salah satu software untuk membentuk sebuah pola bidang datar (dua dimensi) yaitu tesselmania.
Keyword: Frieze groups, Simetri, Pola