Judul: Isolation and Characterization cDNA Fragment of Gene Encoding Citrate Synthase in Melastoma malabathricum
Abstrak: Melastoma malabathricum is one of tropical plant origin from South East Asia, and grows well in the acid soil with high Aluminum (Al) solubility. Plant chelating Al ion forms complex to deal with high Al solubility. Organic acid could chelate soluble Al. In plant these organic acids usually are found as: citric acid, oxalic acid, and malic acid. The objective of this research is to isolate and to characterize cDNA of the gene encoding for Citrate Synthase in M. malabathricum. We have successfully isolated total RNA from the root tips of M. malabathricum. Total cDNA had been synthesized by reverse transcription by using total RNA as template. By using specific primer designed based on conserve region from Nicotiana tabacum, Beta vulgaris, Populus hybrid and Daucus carota. We had successfully isolated the fragment of cDNA of the gene encoding of Citrate Synthase (MmFCS) containing 885 nucleotides, deducing 295 amino acids. Local aligment analysis based on nucleotide showed that this fragment is 80% identical to part of Citrate Synthase in Populus trichocarpa (XM_002330859.1) and Populus hybrid (X84227.1), 79% to Vitis vinifera (XM_002271415.1), Citrus sinensis (G03728 80.1), Citrus junos (AY428532.1) and Arabidopsis lyrata (XM_002880061.1). Based on amino acid sequence, the amino acid sequence deduced from the cDNA fragment is 99% identical to part of Citrate Synthase of: Populus trichocarpa (XP_002330895.1), Citrus sinensis (ACU42176.1), Citrus junos (AAR88248.1), Vitis vinifera (XP_002271451.1), Arabidopsis thaliana (AAM62868.1), Populus hybrid (CAA59009.1), Prunus persica (AAL11504.1), Beta vulgaris (CAA590 10.1), Sorghum bicolor (XP_002453470.1), Nicotiana tabacum (CAA59008.1) and Oryza sativa (AAG28777.1).
Keyword: 

Judul: Isolasi, pengklonan, dan konstruksi RNAi Gen Penyandi H+- ATPase membran plasma dari Melastoma malabathricum L.
Abstrak: Melastoma malabathricum L. adalah suatu tanaman akumulator Al yang tumbuh pada tanah asam dengan tingkat kelarutan aluminium tinggi di daerah tropis. Salah satu enzim penting dalam detoksifikasi Al adalah H+-ATPase membran plasma, suatu protein yang paling melimpah pada membran plasma, yang disandikan oleh gen pma. Tujuan penelitian ini adalah mengisolasi dan mengkarakterisasi gen yang menyandikan H+-ATPase membran plasma dari Melastoma malabathricum L. (Mmpma) dan mempelajari peranan gen Mmpma melalui konstruksi RNAi dengan menggunakan fragmen 3’UTR Mmpma. cDNA total telah berhasil disintesis dengan menggunakan transkripsi balik dengan RNA total sebagai cetakan. cDNA Mmpma utuh telah berhasil diisolasi melalui isolasi gen secara bertahap. Bagian ujung 5’ dan tengah gen Mmpma telah diisolasi dengan PCR (polymerase chain reaction) menggunakan cDNA total sebagai cetakan dan primer pma yang didesain dari beberapa tanaman, sedangkan bagian ujung 3’gen Mmpma telah diisolasi dengan 3’ RACE. Bagian-bagian gen tersebut telah berhasil digabung menggunakan PCR dan telah disisipkan ke dalam pGEMT Easy. Plasmid rekombinan tersebut telah berhasil diintroduksikan ke dalam E. coli DH5a. Analisis sekuen nukleotida menunjukkan bahwa panjang sekuen penyandi (CDS) Mmpma adalah 2871 pb yang menyandikan 956 asam amino dengan prediksi berat molekul 105.29 kDa dan prediksi nilai pI sekitar 6.84. MmPMA mempunyai 10 domain transmembran, 4 loop sitoplasma, 6 domain fungsional dan 3 domain autoregulator. Pada loop sitoplasma kedua (C2) terdapat sekuen terkonservasi TGES (domain aktivitas fosfatase); pada C3 terdapat sekuen DKTGTLT (domain fosforilasi dan transduksi), KGAP (domain pengikatan ATP dan/atau aktivitas kinase), DPPR (domain pengikatan ATP), MITGD (domain pengikatan ATP) dan GDGVNDAPALK (domain pengikatan ATP); pada C4 terdapat 3 domain autoregulator yang masing-masing mempunyai sekuen: QKDFGKEQRELQWAHAQRTLHGL, NHIAEEAKRRAEIARL, dan YTV. Analisis kesejajaran lokal berdasarkan nukleotida mRNA menunjukkan bahwa Mmpma mempunyai kemiripan 82% dengan pma Vitis vinifera; 81% dengan pma Juglans regia, pma Populus tricocarpa, pma Sesbania rostrata, dan pma Prunus persica dan 80% dengan pma Lycopersicon esculentum. Berdasarkan deduksi sekuen asam amino, MmPMA mempunyai kemiripan 94% dengan PMA Vitis vinifera dan PMA Juglans regia; 93% dengan PMA Populus trichocarpa; 92% dengan PMA Vicia faba, Lycopersicon esculentum, Solanum tuberosum, dan Arabidopsis thaliana.
Keyword: Melastoma malabathricum L., PMA Vitis vinifera, PMA Populus trichocarpa, Lycopersicon esculentum, Solanum tuberosum, Arabidopsis thaliana

Judul: Persamaan Geodesik Black Hole dengan Metrik Kerr 4+1 Dimensi dalam Koordinat Waktu Kosmik
Abstrak: Persamaan geodesik black hole dengan metrik Kerr 4+1 dimensi dalam koordinat waktu kosmik merupakan interpretasi lain dari persamaan geodesik black hole dengan metrik Kerr 4+1 dimensi, dimana acuan waktu yang digunakan diubah dari koordinat waktu wajar (proper time) ke dalam koordinat waktu kosmik (cosmic time). Waktu kosmik merupakan koordinat waktu yang dimana pengamat bergerak mengikuti ekspansi dari alam semesta. Penelitian ini merekonstruksi persamaan geodesik black hole dengan metrik Kerr 4+1 dimensi yang telah ditemukan pada penelitian sebelumnya menjadi persamaan geodesik yang memiliki fungsi terhadap dimensi waktu (t). Hasil akhir dari transformasi persamaan dapat digunakan sebagai bahan studi pustaka untuk penelitian lebih lanjut mengenai persamaan geodesik black hole dalam koordinat waktu kosmik.
Keyword: Dimensi ekstra, Metrik Kerr, Persamaan geodesik, Waktu kosmik