Judul: Identification and Antibiotic Resistance Pattern of Non ESBL Producing Escherichia coli from Organic Dairy Farms in Cijeruk Bogor
Abstrak: Peternakan organik tidak menggunakan obat-obatan kimia dalam pemeliharaan ternaknya. E. coli dapat memproduksi enzim Extended Spectrum Beta Lactamase (ESBL) yang resistan antibiotik. Penelitian bertujuan mengisolasi E. coli ESBL dari peternakan kambing perah organik di Kecamatan Cijeruk Bogor serta mengidentifikasi sifat resistansi antibiotiknya. Sampel berupa air, swab tangan pemerah, swab puting kambing, dan susu. Identifikasi E. coli menggunakan uji biokimia Indole, Methyl red, Voges-Proskauer, Citrate dan pewarnaan Gram. Konfirmasi E. coli ESBL dan uji resistansi antibiotik menggunakan metode difusi cakram Kirby-Bauer dan interpretasi hasil berdasarkan Clinical and Laboratory Standards Institute 2022. Hasil dari penelitian ini tidak ditemukan isolat E. coli penghasil ESBL. Isolat E. coli non ESBL ditemukan pada air, swab puting, dan swab tangan pemerah dari satu peternakan. Isolat E. coli telah resistan terhadap tetrasiklin, seftazidim, dan eritromisin. Ditemukan isolat E. coli yang resistan terhadap tetrasiklin dan seftazidim secara bersamaan. Keberadaan E. coli resistan antibiotik menjadi ancaman kesehatan masyarakat veteriner melalui penyebaran gen resistan serta mengurangi keefektifan pengobatan kasus infeksi.
Keyword: antibiotic resistance, dairy goat, Escherichia coli ESBL, organic farming

Judul: Phenotype and Genotype Analysis of Extended Spectrum Beta Lactamase Producing Escherichia coli from Chicken Slaughtering Effluent in Bogor City
Abstrak: Escherichia coli merupakan bakteri Gram negatif yang terdapat di saluran pencernaan hewan dan manusia (komensal). Escherichia coli mudah resistan terhadap antibiotik karena memiliki kemampuan menghasilkam enzim resistansi antibiotik, salah satunya yaitu extended spectrum beta lactamase (ESBL). Escherichia coli resistan antibiotik dapat menyebar melalui lingkungan, salah satunya melalui cemaran efluen proses pemotonga ayam dari rumah potong hewan unggas (RPH-U) dan tempat pemotongan ayam (TPA). Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi dan menganalisis sifat resistansi antibiotik E. coli penghasil ESBL secara fenotipe dan genotipe yang diisolasi dari sampel limbah cair (efluen) RPH-U dan TPA di Kota Bogor. Desain penelitian ini adalah eksploratif, dengan metode pengambilan sampel secara purposif. Sebanyak 12 sampel efluen digunakan dalam penelitian ini, dengan rincian masing-masing 4 sampel dari 3 RPH-U/TPA yang memiliki kapasitas pemotongan lebih dari 1.000 ekor/hari. Analisis laboratorium terdiri dari analisis fenotipe dan genotipe. Metode yang digunakan untuk analisis fenotipe adalah metode ESBL Ec Tricycle yang terdiri dari metode pengujian presumtif atau praduga dan konfirmasi E. coli penghasil ESBL. Metode pengujian presumtif atau praduga dilakukan dengan kultur sampel pada agar tryptone bile x-glucuronide (TBX) dan MacConkey agar (MCA) yang ditambahkan antibiotik cefotaxim 4µg/ml untuk praduga E. coli penghasil ESBL. Hasil positif pada pengujian sebelumnya dikonfirmasi dengan uji biokimia indol pada agar sulfite indole motility (SIM) dan double disk diffusion test pada Mueller Hinton agar (MHA) untuk mengidentifikasi E. coli penghasil ESBL. Analisis genotipe dilakukan dengan pengujian molekuler menggunakan alat Oxford Nanopore Technologies (ONT) MinION dan analisis bioinformatika menggunakan NanoARG. Analisis genotipe dilakukan untuk mendapatkan sifat resistansi berupa data genotipe dari E. coli penghasil ESBL yang terkonfirmasi pada analisis fenotipe. Escherichia coli penghasil ESBL teridentifikasi dari semua sampel yang berasal dari ketiga RPH-U/TPA di Kota Bogor. Persentase E. coli penghasil ESBL terendah 10,45% dan tertinggi 39,52% dengan rata-rata 17,76%. Gen resistan antibiotika blaCTX-M ditemukan pada semua sampel (100%) diikuti gen blaTEM sebesar 58,3%, yang menunjukkan adanya resistansi terhadap antibiotik cephalosporin generasi ke-3 terutama cefotaksim pada semua sampel. E. coli penghasil ESBL yang menyebar melalui cemaran efluen dapat menjadi ancaman kesehatan terutama terhadap masyarakat yang berada di sepanjang aliran sungai dan menggunakan air sungai sebagai sumber kehidupan sehari-hari. Penerapan higiene dan sanitasi perlu dilakukan perbaikan di RPH-U dan TPA. Sarana dan prasarana IPAL sangat penting dalam mencegah penyebaran bakteri E. coli penghasil ESBL ke lingkungan, sehingga perlu adanya penambahan sarana IPAL di TPA dan perbaikan IPAL di RPH-U. Instansi terkait khususnya dinas yang membidangi kesehatan dan otoritas veteriner di Kota Bogor perlu melakukan kontrol dan pengawasan antibiotik cephalosporin generasi ke-3. Penelitian lebih lanjut tentang kejadian resistansi antibiotik dapat dikembangkan dengan konsep one health pada ternak dan masyarakat di sepanjang aliran sungai di Kota Bogor dan wilayah lain di Indonesia.
Keyword: Antibiotic resistance, Bogor, efluent , extended spectrum beta lactamase, Escherichia coli, Antibiotic resistance, Bogor, efluent, extended spectrum beta lactamase, Escherichia coli

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: