Judul: Identifikasi Sifat Ketahanan Penyakit Viral Menggunakan Gen Mx sebagai Marka Genetik pada Ayam Tolaki
Abstrak: Gen Mx (Myxovirus) memiliki peran penting dalam mengatur dan mengendalikan respon kekebalan tubuh ternak terhadap serangan penyakit viral. Gen Mx pada ayam bersifat native antiviral yang mampu merespon infeksi virus influenza seperti avian influenza. Gen Mx mengkode protein Mx dengan aktivitas antiviral. Polimorfisme nukleotida G/A pada posisi 2.032 gen Mx menghasilkan perubahan pada asam amino 631 dari protein Mx. Substitusi Serin menjadi Asparagin mengindikasikan ayam memiliki kekebalan terhadap penyakit viral. Ayam Tolaki merupakan ayam lokal Indonesia yang berasal dari Sulawesi Tenggara. Postur dan ukuran tubuhnya lebih kecil dibandingkan dengan ayam Kampung, namun memiliki ketahanan terhadap penyakit yang cukup tinggi. Ketahanan terhadap penyakit viral ini diduga kuat dikendalikan oleh gen Mx. Berdasarkan hal tersebut penelitian ini dirancang untuk membuat genotipe ayam Tolaki berbasis gen Mx, melakukan karakterisasi genetik gen Mx dan selanjutnya mengasosiasikan genotipe ayam Tolaki dengan sifat ketahanan penyakit viral dan produksinya. Hasil akhir penelitian ini diharapkan dapat diperoleh informasi efektivitas gen Mx sebagai kandidat gen penciri dan dihasilkan populasi ayam Tolaki yang tahan terhadap Newcastle Disease (ND) sebagai populasi dasar untuk keperluan seleksi lebih lanjut. Materi penelitian ini terdiri atas : 1) 150 sampel ayam Tolaki, dengan rincian 47 ekor generasi tetua dan 103 ekor generasi anak; 2) Petak berukuran 60x60x40 cm3 yang diletakkan dalam kandang berukuran 5 x 15 m2; 3) DNA sampel berupa DNA gen Mx lokus Hpy81; 4) Primer foward (5’-GCA CTG TCA CCT CTT AAT AGA-3’) dan reverse (5’-GTA TTG GTA GGC TTT GTT GA-3’); 5) Enzim retriksi Hpy81; 6) Gel elektroforesis berupa gel agarose 2% (0.5 g/25 ml 0.5x TBE dan gel dokumentasi visualisasi (gel Alpha Imager); 7) Kit ektraksi Phire Animal Tissue Direct PCR Kit (Thermo Fisher Scientific Inc.), dan 8) Mesin PCR (Polymerase Chain Reaction). Metode penelitian yang digunakan terdiri atas: 1) Metode ekstraksi DNA dari sampel bulu dilakukan menggunakan kit ekstraksi dan ekstraksi DNA sampel darah menggunakan metode phenol-chloroform; 2) Metode amplifikasi DNA dengan PCR; 3) Metode PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction-restriction fragment length polymorphism) untuk mengidentifikasi keragaman genetik gen Mx; 4) Uji Hemaglutinasi (HA) dan uji Hemaglutinasi Inhibition (HI) untuk deteksi antibodi anti ND pada ayam; 5) Uji tantang dengan virus ND gen VII secara tetes mata pada dosis 104 CLD50 /0.5 ml/ekor, dan 6) Metode fenotyping untuk mendapatkan koleksi data sifat produksi melalui pengukuran dan pencatatan. Penelitian ini dilakukan dalam 3 tahap. Tahap pertama adalah karakterisasi genotipik pada ayam Tolaki berdasarkan gen Mx. Tahap ini melakukan genotyping dengan teknik PCR-RFLP pada exon 13 situs 2032 cDNA gen Mx. Tahap kedua adalah asosiasi genotipe ayam Tolaki berbasis gen Mx dengan sifat produksi dan ketahanannya terhadap infeksi virus ND secara alami. Tahap ketiga adalah asosiasi genotipe ayam Tolaki berbasis gen Mx dengan sifat produksi dan ketahanannya melalui uji tantang virus ND. Studi asosiasi antara genotipe ayam Tolaki berbasis gen Mx dengan sifat yang diamati dianalisis menggunakan prosedur ANOVA. Penelitian tahap pertama menunjukkan bahwa genotyping dengan PCRRFLP diperoleh fragmen gen Mx polimorfik berukuran 299 pb. Pada situs 2032 cDNA exon 13 gen Mx terdeteksi adanya mutasi basa transisi dari Guanin menjadi Adenin, menyebabkan perubahan asam amino Serin (G) menjadi Asparagin (A). Pemotongan dengan enzim Hpy81
Keyword: ayam Tolaki, gen Mx, antiviral, Newcastle Disease

Judul: Identifikasi Keragaman Gen Mx (Myxovirus|Hpy8i) Pada Ayam Lokal Indonesia dan Persilangannya
Abstrak: Ayam lokal memiliki keunggulan, salah satunya adalah resistensi terhadap penyakit. Seleksi merupakan upaya dalam meningkatkan mutu genetic ternak, Program seleksi yang dapat dilakukan diantaranya melalui pendekatan molekuler melalui identifikasi gen – gen pengontrol terhadap resistensi virus atau ketahanan penyakit. salah satu gen yang berperan terhadap resitensi virus adalah gen Mx. Gen Mx bekerja mentranskripsi protein Mx yang berfungsi sebagai promotor ketahanan terhadap infeksi virus. Adanya mutasi basa yang terjadi adalah pasangan basa AT menjadi GC, menyebabkan perubahan asam amino Asn (asparagin) menjadi (serin). Penelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi keragaman gen Mx pada ayam lokal dan persilangannya. Sampel yang digunakan 136 ekor ayam lokal dan persilangan yang terdiri dari Ayam merawang generasi 0, Ayam merawang generasi 1, kapas, sentul, dan kbkb (kampung broiler x kampung broiler). Hasil akhir penelitian menunjukan bahwa frekuensi alel G memiliki nilai tertinggi yaitu pada ayam kbkb sebesar 0.706 dan terendah dimiliki oleh alel A yaitu pada ayam merawang generasi 0 sebesar 0.294. Populasi kampung broiler x kampung broiler, merawang generasi 0 dan 1, dan sentul bersifat polimorfik, Sedangkan pada ayam kapas bersifat monomorfik. Keragaman tertinggi ditunjukkan oleh rumpun ayam sentul, Merawang generasi 1, dan kampung broiler x kampung broiler. Hasil uji chi-square pada 4 populasi ayam lokal terseleksi dan persilangan diperoleh nilai (0.037-0.38) (tidak berbeda nyata) yang berarti berada pada keseimbangan Hardy-Weinberg.
Keyword: Antiviral, Aavian influenza, Llocal chicken, Mx gene, Newcastle disease, LOcal chicken, Genetic quality, Base mutation, Base pairs, Viral infection, Gene diversity, Monomorfik

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: