Judul: Karakter Agronomi Dan Marka Ssr Sebagai Karakter Seleksi Generasi Awal Untuk Toleransi Suhu Tinggi Pada Padi
Abstrak: Penelitian ini bertujuan untuk (1) memperoleh informasi tentang aksi gen dan pewarisan sifat karakter agronomi padi terhadap cekaman suhu tinggi di rumah kaca; (2) memperoleh marka simple sequence repeat (SSR) terpaut toleransi cekaman suhu tinggi melalui metode bulk segregrant analisis dan single marker analysis. Penelitian pertama bertujuan untuk mencari kriteria karakter seleksi dan memilih segregan terbaik di generasi awal berdasarkan beberapa karakter agronomi untuk adaptasi padi terhadap cekaman suhu tinggi. Penelitian dilaksanakan dari bulan September 2014 sampai bulan Januari 2015. Materi genetik yang digunakan adalah 213 individu segregant F2 yang berasal dari persilangan IPB 4S dan Situ Patenggang, 20 individu tetua IPB 4S, 20 individu tetua Situ Patenggang. Semua materi genetik ditanam dalam kondisi tercekam suhu tinggi di rumah kaca Institut Pertanian Bogor. Rata-rata suhu minimum dan maksimum pada penelitian ini adalah 24 °C dan 42.09 °C. Hasil penelitian menunjukkan bahwa karakter: jumlah anakan produktif dan total, jumlah gabah bernas, dan bobot gabah bernas memiliki nilai heritabilitas yang tinggi, aksi gen aditif, dan koefisien keragaman genetik yang tinggi. Karakter-karakter tersebut dapat dijadikan kriteria seleksi pada generasi awal untuk adaptasi padi terhadap cekaman suhu tinggi. Karakter seleksi dapat dilakukan baik dengan satu karakter atau beberapa kriteria karakter. Penelitian kedua bertujuan untuk memperoleh primer SSR terpaut toleran terhadap suhu tinggi dengan menggunakan bulked segregant analysis (BSA) dan dilanjutkan dengan single marker analysis (SMA). Penelitian dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler Tanaman, Departemen Agronomi dan Hortikultura, Institut Pertanian Bogor (IPB). Bahan genetik yang digunakan DNA tetua IPB 4S, Situ Patenggang, DNA genotipe F2, 12 Primer SSR. Hasil penelitian menunjukkan primer SSR RM 337 mengikuti segregasi hukum Mendel, kemudian berdasarkan single marker analysis dengan menggunakan karakter bobot gabah bernas menunjukkan primer SSR RM 337 terpaut toleran terhadap suhu tinggi dengan nilai peluang yang sangat nyata. Genotipe F2 yang memiliki pola pita DNA seperti Situ Patenggang (Tetua toleran) dan daya hasil tinggi di dapatkan 54 genotipe F2. Diferensial seleksi berdasarkan genotyping dengan menggunakan primer RM 337 menghasilkan kenaikan bobot gabah bernas sebesar 37.96%.
Keyword: aksi gen, cekaman suhu tinggi, heritabilitas, karakter seleksi, marka molekuler, SSR

Judul: Pendugaan Komponen Ragam Karakter Agronomi Gandum (Triticum aestivum L.) dan Identifikasi Marka Simple Sequence Repeat (SSR) Terpaut Suhu Tinggi Menggunakan Bulk Segregant Analysis (BSA).
Abstrak: Gandum (Triticum aestivum L.) memiliki peran penting dalam ketahanan pangan dunia karena secara global, spesies ini paling banyak dibudidayakan di dunia. Kebutuhan konsumsi gandum di dunia tahun 2009 sampai tahun 2012 terus meningkat. Sampai saat ini, Indonesia masih sangat tergantung dengan impor gandum. Pengembangan Gandum di Indonesia menghadapi masalah karena adanya perbedaan kondisi agroklimat seperti suhu tinggi dan curah hujan. Dengan demikian, perlu dilakukan pengembangan varietas gandum yang toleran terhadap suhu tinggi baik melalui pemuliaan konvensional atau bioteknologi seperti penanda molekuler. Penelitian ini bertujuan untuk (1) memperoleh informasi mengenai keragaman genetik gandum generasi F3 di dataran tinggi dan generasi F4 di dataran menengah berdasarkan karakter agronomi; (2) memperoleh informasi aksi gen yang mengendalikan karakter agronomi di dua generasi gandum hasil persilangan Oasis x HP1744 menggunakan metode shuttle breeding; (3) memperoleh informasi mengenai hubungan antara karakter-karakter agronomi dan kriteria seleksi pada generasi F4 di dataran menengah; (4) mengidentifikasi dan memperoleh genotipe F4 (Oasis x HP1744) yang beradaptasi dengan stres suhu tinggi; (5) memperoleh marka Simple Sequence Repeat (SSR) yang mampu mengidentifikasi genotipe yang toleransi terhadap suhu tinggi menggunakan bulk segregant analysis; (6) mengetahui hubungan genetik dan tingkat keragaman genetik gandum hasil persilangan antara Oasis x HP1744 di dataran menengah menggunakan marka Simple Sequence Repeat (SSR); (7) mengelompokkan genotipe F4 gandum di dataran menengah berdasarkan kekerabatan. Percobaan untuk mengetahui keragaman genetik dan seleksi dari generasi F3 dilakukan di Kebun Percobaan Pusat Penelitian Tanaman Hias, Cipanas, Bogor dengan ketinggian 1100 m di atas permukaan laut dari bulan April sampai Agustus 2012 dengan menggunakan rancangan perbesaran (Augmented Design). Studi mengenai kendali genetik karakter agronomi gandum menggunakan metode Shuttle Breeding dilakukan di dua lokasi, di Kebun Percobaan Pusat Penelitian Tanaman Hias, Cipanas Bogor pada bulan April 2012 sampai Agustus 2012 dan di dataran menengah di lahan pertanian di Cisarua, Bogor dengan ketinggian 600 m di atas permukaan laut pada bulan Februari sampai Mei 2013. Rancangan penelitian yang digunakan adalah rancangan Augmented. Percobaan untuk keragaman genetik dari generasi F4 dilakukan di dataran menengah di Cisarua, Bogor dengan ketinggian ± 600 m di atas permukaan laut pada bulan Februari sampai Mei 2013. Karakter agronomi dianalisis menggunakan sidik lintas dan seleksi dilakukan untuk genotipe toleran terhadap suhu tinggi. Seleksi marka SSR terpaut suhu tinggi menggunakan bulk segregant analysis dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler, Departemen Agronomi dan Hortikultura, Institut Pertanian Bogor (IPB) dan di Laboratorium Biologi Molekuler, Balai Penelitian Tanaman Serealia, Maros, Sulawesi Selatan pada bulan Juli 2013 sampai Maret 2014. Hasil penelitian untuk generasi F3 menunjukkan bahwa 6 karakter agronomi yang memiliki keragaman genetik yang tinggi adalah karakter kehijauan daun bendera, jumlah anakan total, persentase floret hampa per malai, jumlah biji malai utama, bobot biji malai utama, jumlah biji per malai, bobot biji per malai, jumlah biji per tanaman dan bobot biji per tanaman. Generasi F3 yang terpilih adalah O/HP 21, O/HP 93, O/HP 82, O/HP 6, O/HP 93, O/HP 104, O/HP 22, O/HP 37, O/HP 115, dan O/HP 30, yang digunakan untuk pemilihan pada generasi F4 di lingkungan cekaman suhu tinggi. Karakter agronomi dari generasi F3 yang dikendalikan oleh banyak gen (poligenik), yaitu karakter jumlah anakan total dan jumlah
Keyword: analisis lintas, bulk segregant analysis, diferensial seleksi, index seleksi, jarak genetik, kemiripan genetik, kendali genetik, keragaman genetik, seleksi langsung, seleksi tidak langsung

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: