Judul: Ekstraksi DNA Rongga Mulut Secara Cepat dan Mudah untuk Deferensiasi Alel fto.
Abstrak: Sel epitel rongga mulut yang diperoleh dari sampel mouthwash memiliki konsentrasi DNA yang lebih besar dibandingkan metode lainnya. Laporan ini merupakan hasil penelitian metode isolasi DNA dari sel rongga mulut yang bersifat tidak invasive dan lebih singkat. Sampel mouthwash diperoleh dari 37 orang dewasa dengan rentang usia 19-25 tahun. Dua metode berbeda yakni QIAamp DNA Blood Mini Kit dan fenol-klorofom dibandingkan kemampuannya dalam memproses sampel mouthwash. Selanjutnya hasil analisis dari sampel mouthwash dikonfirmasi dengan hasil yang berasal dari sampel darah dan keduanya memiliki hasil yang sama. Setelah disimpan selama tujuh hari, sampel masih dapat dianalisis. Sehingga metode yang digunakan dalam penelitian ini berpotensi untuk keperluan studi gen fto di masa yang akan datang dengan beberapa keuntungan yakni prosedur yang tidak invasive dan waktu pemrosesan yang lebih singkat.
Keyword: 

Judul: Efisiensi pemakaian bahan ekstraksi pada isolasi Dna Mitokondria (mtDNA) ikan Patin (Pangasius hypophthalmus)
Abstrak: DNA adalah substansi dasar pembawa informasi genetik dan sumber yang dapat dimanipulasi untuk tujuan tertentu baik mumi ilmu peng.etahuan maupun aplikasi sains dan pengobatan. Aplikasi DNA saat ini telah meliputi bidang kedokteran, pertanian, petemakan, arkeologi, farma"i dan kepoJisian (forensik) serta bidang perikanan. Di bidang perikanan, DNA banyak digunakan sebagai penanda (markel) dalam mengukur hubungan kekerabatan antara kelompok ikan dalam populasi, studi taksonomi dan genetika populasi. DNA mitokondria (mtDNA) banyak digunakan dalam analisa DNA untuk mengidentifikasi variasi genetik dan penyebaran populasi ikan. Di Indonesia analisa DNA masih belum banyak dilakukan. Hal ini disebabkan peralatan dan bahan-bahan yang masih sulit ditemukan dan mahal harganya. Salah satunya adalah bahan ekstraksi DNA. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk l1lengetahui pcmakaian bahan ekstraksi yang efisien pada proses isolasi DNA mitokondria (mtDNA) 'kan patin (Pangasi/ls hypophthalm/ls). Penelitian dilaksanakan dari bulan April-Juli 200 I, bertempat di Laboratorium Pengembangb.iakan dan Genetika Ikan, Jurusan BDl', FPIK, il'E. Penelitian terdiri dari saiu kontrol dan 4 perlakuan. Kontrol adalah ekstraksi dcngan mengikuti prosedur yang dikeluarkan oleh Amersham Phormacia dengan menggunakan GenomicPrep Ceils and Tissue DNA [solatioll Kit, yaitu 600 III lal'lltan eel! lysis, 3 III proteinase K, 3 III RNase, 400 III protein precipitation, 600 JlI isopropanol 100%, 600 III etanol dingin (4°C), 100 III DNA hydration dan 20 mg sampel hati ikan patin. Sedangkan perlakuan I - IV adalah ekstraksi dengan bahan 0,75 kali kontrol, 0,5 kali kontrol, 0,25 kali kontrol dan 0,125 kali kontrol. Ekstraksi tahap pertama dilakukan dengan menggel'lls sampel di dalam tabung mikro. Sete1ah itu tabung mikro dipindahkan ke atas es dan ditambahkan lal'lltan cell lysis serta lal'lltan proteinase K. Selanjutnya sampel diinkubasi pada suhu 55°C selama 3 jam. Lal'lltan sel hasil inkubasi ditambah dengan RNase, dibolak-balik sebanyak 25 kali kemudian diinkubasi kembali pada suhu 37°C selama 60 menit. Pengendapan protein dilakukan dengan menambahkan lal'lltan protein precipitation. Setelah divorteks selama 20 detik kemudian disentrifius pada 14000 rpm selama 3 menit. Kemudian larutan supernatan dipindahkan ke tabung mikro bal'll yang telah bedsi isopropanol 100%. Tabung dibolak-balik 50 kali, selanjutnya disentrifius pada 14000 rpm selama I menit. Larutan supernatan dibuang dan tabung mikro dibiarkan kering udara. Selanjlltnya ditambah etanol 70% dingin (4°C) dan diaduk beberapa kali. Tabung mikro disentrifius selama I menit kemudian larutan dibuang dan tabung mikro dikeringkan di atas tissue. Tahap terakhir dilakukan dengan menamb,·hkan larutan DNA /cFdratioll pada masing-l11ilsmg tabung mikro. Setelah tahap ekstraksi selesai kemudian dilakukan pengukuran konsentrasi ekstrak DNP. menggunakan mesin DNA Quantification Hagi] ekstraksi :dielektroforesis menggunakan gel agaros konsentrasi 0,8%. Seballyak 3 ~tl sampel DNA dicampur dengan 1 Ill/oading bl!ffer dan dimasukkan ke dalaIll lubang-Iubang pada gel. Marker sebanyak 3 III juga dimasukkan ke dalam gel. Isolasi dan amplifikasi DNA dilakukan dengan PCR. Seba'lyak 2,5 Ili 10 x buffer Ex Taq, 2,0 III deoxyribonucleotide tripho.17Jhate (dNTP), 0,25 III Ex Taq, 'l,o III primer forward dan reverse, I ~tl DNA dan sterile dc·.ltilat,'u' water (SDW) masing-masing 17,25 III dicampur di dalam tabung mikro. Seianjutnya dimasukkan ke dalam mes·in PCR yang telah diprogram untuk proses denaturasi pada suhll 94°C selama 20 detik, annealing pada suhu 55°C selama 30 detile dan proses extension pada suhu nOc selama 1
Keyword: 

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: