Judul: Binding Site Prediction of Light Subunit Mushroom Tyrosynase (LSMT): Molecular Docking Simulation
Abstrak: Light Subunit Mushroom Tyrosinase (LSMT) merupakan protein pada jamur kancing (Agaricus bisporus). LSMT disebut sebagai lectin-like protein. Protein lektin diketahui dapat digunakan sebagai carrier untuk menargetkan obat secara spesifik ke sel dan jaringan yang berbeda. Oleh karena itu, LSMT berpeluang sebagai drug carrier. Namun situs pengikatan LSMT belum diketahui secara jelas. Tujuan penelitian ini melakukan prediksi situs pengikatan (binding site) antara LSMT dengan ligan dan menentukan ligan yang memiliki energi ikat y. Prediksi situs pengikatan merupakan langkah kunci dalam drug design. Prediksi situs ini menggunakan metode komputasi dengan menggunakan program Autoligan pada Autodock Tools. Penambatan molekul dilakukan pada situs pengikatan yang telah diperoleh dan diperoleh 4 situs pengikatan yang memiliki kekuatan ikatan cukup baik dengan ligan yang digunakan. Ligan yang digunakan yaitu gula jenis fructose, glucose, sugar alcohol, galactose, dan mannose sebagai ligan uji, serta acetyllactosediamine, fucose, galactose, N-acetyl-glucosamine, N-acetyl-galactosamine, L-3,4-dihydroxyphenylalanine, N-acetyl-neuraminic acid, dan ꞵ-Carotene sebagai ligan pembanding., Light Subunit Mushroom Tyrosinase (LSMT) is a protein that is found in button mushroom (Agaricus bisporus). LSMT has been categorization as a lectin-like protein. Lectin proteins are known can use as a drug carrier, opening the possibility of LMST to be used in the same way. Binding site prediction is one of the key steps in drug design, underlining the importance of investigating the still unknown binding sites of LMST. The objective of this research is to predict the binding sites between LMST and ligands and to determine ligands with a high binding energy. The binding site prediction was done computationally using the Autoligand program in Autodock Tools. The binding sites predicted by the program were then used as locations for docking simulations with these ligands: fructose, glucose, sugar alcohol, galactose, and mannose as a test ligand, and acetyllactosediamine, fucose, galactose, N-acetyl-glucosamine, N-acetyl-galactosamine, L-3,4-dihydroxyphenylalanine, N-acetyl-neuraminic acid and as a comparison ligand. Four of the binding sites were found to have good bond strength with the ligands used in the simulations.
Keyword: binding site, docking, lectin-like

Judul: Protein L (2PTL) Denaturation by Curcuminoid Ligands Using Molecular Docking and Molecular Dynamics Simulation
Abstrak: Perubahan iklim yang mengakibatkan naiknya suhu permukaan bumi mempengaruhi semua makhluk hidup di bumi salah satunya adalah terhadap bakteri. Terdapat hubungan timbal balik antara perubahan iklim dan bakteri sebagai prokariota dalam siklus karbon. Bakteri Peptostreptococcus magnus tergolong sebagai bakteri anaerob dan gram positif yang merupakan salah satu bakteri yang mudah menginfeksi tubuh manusia. Peptostreptococcus magnus mempunyai protein yang berperan dalam pertahanan bakteri terhadap inangnya yaitu Protein L. Penghambatan fungsi bakteri Peptostreptococcus magnus melalui protein L dilakukan dengan penambatan (docking) senyawa aktif yang mempunyai manfaat sebagai anti bakteri dan anti inflamasi. Senyawa aktif yang digunakan adalah Kurkuminoid yang terdapat pada kunyit, temulawak, jahe dan komoditi tradisional Indonesia lainnya. Senyawa Kurkuminoid ini mempunyai peran aktif sebagai anti inflamasi, anti bakteri, anti kanker dan lain-lain. Perannya sebagai anti bakteri dan anti inflamasi ini yang diharapkan dapat melemahkan protein L sebagai pertahanan inang bakteri Peptostreptococcus magnus. Penelitian ini dilakukan secara insilico sebagai langkah awal untuk memprediksi efek penambatan molekul ligan Kurkuminoid, dalam hal ini yang digunakan adalah Demetoksikurkumin dan Bisdemetoksikurkumin pada protein L sebagai reseptornya. Simulasi komputer menggunakan metode dinamika molekul memiliki keluaran hasil simulasi berupa trajektori yang memberikan informasi perubahan posisi, kecepatan, sifat karakteristik sistem serta beberapa aspek mikroskopis lainnya. Simulasi docking menggunakan software AutoDock Vina dan simulasi dinamika molekul menggunakan AMBER18. Analisis dilakukan pada beberapa parameter struktur dan parameter energi ikatan antara protein L dengan molekul ligan Demetoksikurkumin dan Bisdemetoksikurkumin setelah disimulasikan selama 50 ns dengan varisi suhu yang diberikan 300K, 325K, 350K, 375K, dawn 400K. Berdasarkan analisis parameter struktur menunjukkan bahwa penambatan molekul ligan Kurkuminoid terhadap protein L memberikan efek terhadap ketidakstabilan protein L. Protein L mengalami gangguan kestabilan setelah ditambatkan ligan Kurkuminoid dan variasi suhu mempercepat proses denaturasi protein L. Sedangkan untuk analisis parameter energi menunjukkan ligan Bisdemetoksikurkumin memberikan efek ketidakstabilan pada protein L lebih baik.
Keyword: curcuminoid, docking, insilico, molecular dynamics, protein L

Judul: Kekerasan Terhadap Perempuan Dalam Surat Kabar (Analisis Isi terhadap Berita Perkosaan dalam Surat Kabar Pikiran Rakyat dan Galamedia Periode (April - September 2004)
Abstrak: Kasus kekerasan terhadap perempuan di Indonesia, dalam hal ini perkosaan, menurut data dari Komite Nasional Perempuan menunjukkan peningkatan. Pada tahun 2002 tercatat sekitar 5.163 kasus kekerasan terhadap perempuan, setahun kemudian kasus tersebut meningkat menjadi 5.934 (Pikiran Rakyat, 11 Februari 2004). Kasus yang tercatat ternyata jauh lebih kecil dibandingkan dengan kenyataan yang ada dalam masyarakat karena seringkali kasus tersebut disembunyikan (Pikiran Rakyat, 20 Juni 2004). Hal ini disebabkan karena diancam oleh pelaku dan juga adanya anggapan bahwa peristiwa perkosaan merupakan peristiwa yang memalukan sehingga membuat korban maupun keluarganya jarang melaporkan ke pihak yang berwajib. Padahal, dengan melaporkan peristiwa perkosaan berarti memberi kesempatan kepada surat kabar untuk membuka peristiwa tersebut kepada khalayak lebih luas agar peristiwa itu mendapat perhatian dan dijadikan pelajaran bagi pembacanya untuk dapat mengurangi terjadinya peristiwa itu (Abrar, 1997). Ha ilik IPBU Namun, pada kenyataannya, surat kabar justru memberitakan berita perkosaan dengan tidak adil, dalam arti membuat posisi korban menjadi semakin terpojok, misalnya, dengan mendeskripsikan fisik korban yang akan membuat peristiwa itu seolah-olah disebabkan oleh perempuan itu sendiri (Eriyanto, 1998). Pemberitaan seperti itu dapat membentuk opini dalam masyarakat, yaitu masyarakat akan menganggap bahwa peristiwa perkosaan merupakan peristiwa yang wajar yang terjadi karena perempuan itu sendiri. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui signifikansi berita perkosaan dalam surat kabar dan pembahasan teks berita perkosaan yang dilakukan surat kabar Pikiran ..dst
Keyword: