Judul: Analisis kinerja de novo genome assembler berbasis de bruijn graph pada sistem shared memory
Abstrak: De novo assembly merupakan teknik yang digunakan untuk merangkai fragmen (read) hasil dari mesin next generation sequencing (NGS) menjadi genom utuh agar dapat dianalisis. Aplikasi yang digunakan untuk melakukan de novo assembly (assembler) berbasis de Bruijn graph telah banyak dikembangkan. Uji kinerja aplikasi tersebut diperlukan untuk mengetahui performa assembler. Penelitian ini melakukan uji kinerja assembler yang populer digunakan, yaitu Velvet, SOAPdenovo2, dan ABySS yang diimplementasikan pada sistem dengan arsitektur shared memory. Pengujian meliputi hasil assembly (N50, panjang contig maksimum, dan jumlah contig), penggunaan sumber daya memori, dan efek penggunaan multi-core CPU. Hasilnya, ketiga assembler tersebut berhasil digunakan untuk melakukan assembly fragmen genom yang berukuran kecil maupun besar. Panjang k-mer (k) memberikan pengaruh terhadap hasil assembly sesuai dengan coverage depth arsip sequence. Hasil assembly yang optimal memerlukan coverage depth yang cukup, yaitu minimal 50×. Penggunaan multi-core CPU memberikan efek superlinear speedup pada SOAPdenovo dan sublinear speedup pada Velvet dan ABySS.
Keyword: de novo assembly, DNA sequencing, shared memory system

Judul: Pengkonstruksian Bidirected Overlap Graph Untuk DNA Sequence Assembly
Abstrak: DNA sequencing technologies dapat digunakan untuk memecah gen bakteri menjadi jutaan potongan kecil yang disebut reads. Namun demikian, reads tersebut perlu disambung menjadi contigs agar dapat digunakan. Terdapat 2 metode untuk menyambungkan reads. Yang pertama dengan menggunakan overlap layout consensus (OLC) dan yang lainnya dengan menggunakan de Bruijn graph. Hal penting dalam metode OLC adalah bagian overlap dari masing-masing reads. Pada penelitian ini dikembangkan sebuah sistem untuk membuat bidirected overlap graph yang nantinya akan menghitung berapa jumlah reads yang saling overlap satu sama lain. Suffix array digunakan untuk menentukan fase/bagian overlap dari setiap reads dengan mengindeks setiap suffix dari reads. Waktu adalah parameter penting dalam DNA assembly karena DNA assembly membutuhkan banyak waktu. Untuk mengurangi waktu dilakukan perubahan dari masing-masing suffix dan prefix menjadi suatu nilai tertentu yang bersifat tunggal dan mencari overlap dengan membandingkan setiap reads. Cara ini memberikan dampak positif daripada perbandingan dengan menggunakan string. Perbandingan waktu yang diperlukan antara perbandingan angka dan perbandingan string cukup signifikan. Untuk 2000 dan 5000 reads, sistem dapat memberikan hasil 100% akurat untuk jumlah node dan edge
Keyword: bidirected overlap graph, DNA assembly, overlap layout consensus

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: