Judul: Identifikasi Grup Filogenetik dan Gen Virulen, serta Resistansi Antibiotik Karbapenem pada isolat Escherichia coli Resistan Kolistin di Bogor, Jawa Barat.
Abstrak: Kontaminasi Escherichia coli patogen di sepanjang rantai suplai ayam pedaging telah menjadi perhatian serius bagi kesehatan masyarakat. Infeksi E. coli patogen yang bersifat multiresistan terhadap antibiotik dapat menyebabkan kegagalan pengobatan. Beberapa studi telah membuktikan bahwa avian pathogenic E. coli (APEC) dan extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC) pada manusia menunjukkan adanya kemiripan genetik, terutama pada gen virulennya. Tujuan penelitian ini adalah melakukan identifikasi grup filogenetik dan gen virulen, serta menguji resistansi antibiotik karbapenem pada isolat arsip E. coli resistan kolistin yang berasal dari rantai suplai ayam pedaging di Bogor, Jawa Barat. Limapuluh delapan isolat dikarakterisasi menggunakan metode polymerase chain reaction (PCR) untuk menentukan grup filogenetiknya (A, B1, B2, atau D) dan mendeteksi profil gen virulennya menggunakan marker genetik APEC (iutA, hlyF, iss, iroN, dan ompT). Pengujian resistansi terhadap antibiotik karbapenem dilakukan dengan metode disk diffusion. Deteksi karbapenemase dilakukan dengan metode modified carbapenem inactivation method (mCIM) dan EDTA carbapenem inactivation method (eCIM), selanjutnya deteksi gen penyandi resistansi blaNDM dan blaKPC menggunakan metode PCR. Hasil penelitian menunjukkan bahwa isolat E. coli arsip yang termasuk dalam grup filogenetik A adalah 34.48%, D 34.48%, B1 17.24% dan B2 13.79%. Deteksi gen virulen menunjukkan adanya ekspresi gen iutA (36%), hlyF (21%), ompT (21%), iroN (10%) dan iss (9%). Grup filogenetik B2 menunjukkan adanya kombinasi gen virulen lebih banyak. Gen virulen iroN, hlyF dan ompT mempunyai asosiasi positif dengan grup filogenetik B2 (P ≤ 0.05). Pengujian resistansi terhadap antibiotik golongan karbapenem menunjukkan 10.34% (6/58) isolat resistan dan 22.41% (13/58) intermediate terhadap imipenem, serta keseluruhan isolat sensitif terhadap meropenem. Hasil deteksi karbapenemase menunjukkan isolat resistan dan intermediate terhadap antibiotik imipenem termasuk dalam serin karbapenemase. Tidak ditemukan adanya ekspresi gen penyandi karbapenemase blaKPC dan blaNDM pada isolat resistan dan intermediate tersebut. Keberadaan isolat E. coli patogen yang memiliki gen virulen marka APEC yang berada dalam plasmidnya, membuktikan bahwa rantai suplai daging ayam berpotensi sebagai reservoir gen virulen ExPEC pada manusia. Ditemukannya isolat yang resistan terhadap kolistin dan imipenem merupakan alarm yang penting bagi kesehatan masyarakat dan hewan.
Keyword: Escherichia coli, gen virulen, grup filogenetik, karbapenem, kolistin

Judul: Kajian Resistensi Antibiotik dan Gen Penyandinya pada Escherichia coli Asal Peternakan di Bandung dan Purwakarta
Abstrak: Kasus infeksi oleh bakteri yang resisten terhadap antibiotika, menjadi masalah serius di dunia kesehatan, penggunaan antibiotika tidak dapat dilakukan untuk pengobatan penyakit. Penggunaan antibiotika di industri peternakan untuk terapi, penggunaan dosis sub terapi, dan growth promotor secara rutin tanpa memperhatikan aturan pemakaian berperan dalam perkembangan resistensi bakteri komensal dan patogen terhadap antibiotika. Tahun 2050, beberapa ahli memperkirakan infeksi akibat bakteri resisten terhadap antibiotika menyebabkan kematian hingga 10 juta jiwa per tahun dan biaya penanganan mencapai US$ 100 triliun. Sebagian besar kematian tersebut diakibatkan infeksi E. coli, Mycobacterium tuberculosis yang telah resisten terhadap antibiotika, dan malaria. Tujuan penelitian ini adalah mengisolasi dan mengidentifikasi E. coli, menguji resistensi antibiotika, dan mendeteksi gen penyandi resistensi bakteri E. coli asal peternakan ayam di Bandung dan Purwakarta. Sebanyak 57 sampel swab kloaka, litter, dan air minum dikoleksi secara acak dari 4 peternakan ayam layer dan breeder di Bandung dan Purwakarta. Penelitian dilakukan selama bulan Juni 2018 sampai Februari 2019. Isolasi dan identifikasi bakteri E. coli dengan menumbuhkan isolat E. coli ke media eosin metylen blue agar (EMBA), dilanjutkan dengan pewarnaan Gram, dan uji IMVIC, dan dikonfirmasi dengan identifikasi E. coli menggunakan polymerase chain reaction (PCR). Delapan belas biakan murni bakteri E. coli yang positif diuji sensitivitasnya menggunakan media agar Mueller-Hinton, metode disk diffusion menurut Kirby- Bouer. Disk antibiotika ampisilin, oksitetrasiklin, tetrasiklin, asam nalidiksid, gentamisin, dan kloramfenikol diposisikan di permukaan kultur bakteri, diinkubasi selama 24 jam pada suhu 35°C. Diameter zona terang disekeliling disk antibiotika yang terbentuk, diukur dalam satuan millimeter dan diinterpretasikan berdasarkan Clinical and Laboratory standards Institute guidelines (CLSI 2018). Isolat yang dikategorikan resisten dan intermediate terhadap antibiotika tersebut selanjutnya dideteksi gen penyandi resistensinya menggunakan polymerase chain reaction (PCR). Sebanyak 57 sampel yang diuji menunjukkan hasil positif 18 isolat E. coli. Hasil uji kepekaan antibiotik 18 isolat E. coli menunjukkan resistensi total 100% terhadap ampisilin, dan tingkat resistensi yang tingggi terhadap asam nalidiksit (94.4%), oksitetrasiklin (88.9%), tetrasiklin (88.9%), sedangkan resistensi terhadap gentamisin dan kloramfenikol masing-masing (22.2%), dan (11.1%). Sebagin besar isolat resisten terhadap 3-4 antibiotika dan hanya satu isolat resisten terhadap satu antibiotika. Frekuensi empat gen resisten pada penelitian ini diantaranya qnr(B) (94.4%), tet(A) (94.4%), ampC (77.8%), dan tet(B) (55.6%). Semua isolat E. coli mengandung 2-4 gen resistensi. Penelitian ini melaporkan resistensi antibiotik yang signifikan pada E. coli dari peternakan ayam di Bandung dan Purwakarta. Penelitian ini menggaris bawahi pentingnya pemantauan penggunaan antibiotik dan pengawasan ruitn resistensi antibiotik.
Keyword: antibiotika, ayam, E. coli, gen, multidrug resiste

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: