Judul: Identifikasi Keragaman Genetik Jarak Pagar (Jatropha curcas L.) Berdasarkan Karakter Bunga dan DNA Menggunakan Teknik Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP)
Abstrak: Keanekaragaman hayati di Indonesia sangat tinggi, yang merupakan keunggulan bagi pengembangan bahan bakar yang berasal dari tumbuhan. Salah satu kelompok tanaman non pangan yang direkomendasikan adalah tanaman jarak pagar (Jatropha curcas L.) karena bijinya menghasilkan minyak nabati yang dapat diolah menjadi bahan bakar minyak (biodiesel). Keragaman genetik dapat dipelajari menggunakan penanda morfologi dan molekular (protein dan DNA). Jarak pagar adalah tanaman monoecius, memiliki bunga betina dan jantan terpisah tetapi masih di dalam satu infloresen. Jarak pagar mempunyai jumlah bunga jantan yang lebih tinggi dibandingkan dengan jumlah bunga betina. Penanda DNA yang tergolong mutakhir adalah Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP). Penanda AFLP dapat digunakan untuk mengenali hubungan kekerabatan yang sangat dekat antar genotip, perbedaan antar klon dalam satu kultivar, keragaman yang disebabkan terjadinya mutasi yang sangat sedikit atau adanya perbedaan genetik yang sangat kecil. Penelitian tentang variasi genetik jarak pagar melalui penggunaan marka molekular masih sangat terbatas. Oleh karena itu dalam upaya mendapatkan informasi genetik yang akurat untuk menunjang program pemuliaan tanaman jarak pagar, maka penggunaan penanda molekular DNA untuk analisis keragaman tanaman jarak pagar perlu dilakukan. Bahan tanaman yang digunakan berupa 10 aksesi jarak pagar yaitu aksesi Madiun, Dompu, Bengkulu, Lampung, Bangka, Ponorogo, Kediri, Jember, Subang dan Sukabumi. Isolasi DNA menggunakan metode CTAB menurut Doyle dan Doyle yang dimodifikasi yaitu dengan penambahan PVP (Polyvinyl Pyrrolidon). Karakter bunga yang diamati yaitu rasio bunga jantan dan betina. Analisis AFLP menggunakan enzim restriksi Pst I dan Mse I. Tahap preamplifikasi menggunakan primer Pst I (P00) dan Mse I (M02), sedangkan untuk amplifikasi selektif menggunakan primer Pst I berlabel IRD 700 dan primer Mse I yang tidak dilabel. Sembilan puluh satu karakter hasil AFLP pada 10 aksesi jarak pagar dan dua karakter bunga dengan 91 lokus hasil AFLP pada lima aksesi jarak pagar digunakan untuk menganalisis keragaman genetik. Analisis keragaman menggunakan program NTSYS-pc 2.02 dan Minitabs 14.
Keyword: 

Judul: Analisis Keragaman Genetik Jarak Pagar (Jatropha curcas L.) berdasarkan Karakter Morfologi, Agronomi dan Marka RAPD
Abstrak: Jarak pagar (Jatropha curcas L.) merupakan salah satu tanaman prioritas penghasil bahan baku bioenergi yang dikembangkan di Indonesia maupun dunia. Salah satu kebijakan pengembangan penyediaan tanaman jarak pagar yang ditempuh oleh pemerintah adalah penyediaan bahan tanam jarak pagar unggul yang telah teruji adaptabilitasnya, didukung dengan paket teknologi yang tepat guna. Dalam usaha penyediaan bahan tanam jarak unggul diperlukan kegiatan perbaikan genetik melalui pemuliaan tanaman untuk mendapatkan varietas unggul. Sejak tahun 2007, Pusat Penelitian Surfaktan dan Bioenergi (SBRC)-LPPM-IPB telah melakukan eksplorasi jarak pagar dari beberapa daerah di Indonesia dan mengintroduksi jarak pagar dari luar negeri. Koleksi plasma nutfah harus dievaluasi secara tepat untuk mengetahui tingkat keragaman genetik dan potensinya untuk dikembangkan lebih lanjut. Karakter yang dievaluasi dapat berupa karakter anatomi, morfologi, kimia, biokimia, fisiologi ataupun molekuler. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari keragaman genetik dan tingkat kemiripan antar genotipe jarak pagar dan mendapatkan kriteria seleksi jarak pagar berdaya hasil tinggi pada jarak pagar koleksi SBRC LPPM-IPB. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Agustus 2009 - Juli 2010. Penelitian dilaksanakan di Kebun Percobaan IPB Leuwikopo, Bogor dan Kebun Jarak Pagar PT Indocement Tunggal Prakarsa, Tbk., Citeureup, Laboratorium Proses SBRC-LPPM-IPB dan Laboratorium Marka Molekuler dan Spectophotometry UV-Vis Departemen Agronomi dan Hortikultura, IPB Darmaga. Penelitian analisis keragaman berdasarkan karakter morfologi dan agronomi di lapangan disusun dalam Rancangan Kelompok Lengkap Teracak (RKLT) satu faktor. Faktor yang digunakan yaitu genotipe jarak pagar yang terdiri dari 13 genotipe. Percobaan diulang sebanyak 3 kali sehingga terdapat 39 satuan percobaan. Pengamatan karakter morfologi dan agronomi tanaman jarak pagar meliputi karakter batang, daun, bunga, buah dan biji jarak pagar. Penelitian analisis keragaman menggunakan marka RAPD dilakukan dengan 11 primer dari OPERON, yaitu E3, E7, E19, E20, M2, M5, M6, M8, H14, H16, dan H19. Sampel daun berasal dari 13 genotipe jarak pagar yang ada di lapangan. Metode yang digunakan untuk mengisolasi DNA adalah metode ekstraksi menggunakan Kit SIGMA yang dimodifikasi. Amplifikasi DNA dilakukan dengan PCR reagent dari Vivantis dengan modifikasi konsentrasi taq DNA polymerase 1,5 kali konsentrasi anjuran. Data dianalisis menggunakan program SAS 9, SPSS 15 dan NTSYS.....dst
Keyword: Jatropha, genetic variability analysis, heritability, correlation, selection characters, RAPD

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: