Judul: Kepekaan Komunitas Zooplankton terhadap Ketersediaan Bahan Organik dan Kelimpahan Fitoplankton di Tambak Bersubstrat Pasir
Abstrak: Penelitian ini bertujuan ntuk memperoleh informasi tentang kualitas air, perubahan struktur komunitas zooplankton dan tingkat kepekaan komunitas zooplankton terhadap keberadaan bahan organik dan kelimpahan fitoplankton di tambak bersubtrat pasir. Penelitian ini merupakan suatu kajian fenomena alami, dilakukan pada bulan Pebruari sampai Maret 1996, di tambak bersubstrat pasir milik PT. Triasta-Citarate Sukabumi. Pengambilan contoh untuk analisa kualitas air dan untuk identifikasi plankton dilakukan secara komposit pada dua titik dalam satu petak tambak. Data hasil identifikasi plankton dihitung kelimpahannya, sedangkan struktur komunitas plankton dianalisis melalui perhitungan indeks keanekaragaman, keseragaman dan dominasi. Untuk mencari parameter penentu kelimpahan zooplankton, dilakukan telaah hubungan fungsional antara kelimpahan beberapa kelompok zooplankton dengan parameter TOM dan kelimpahan fitoplankton, dengan melihat keeratan hubungannya dalam model regresi berganda. Kepekaan dihitung dengan rumus turunan pertama dari persamaan regresi berganda tersebut yang mempunyai hubungan nyata dengan kelimpahan fitoplankton. dst ...
Keyword: 

Judul: Tingkat kesuburan Situ Perikanan dalam menunjang komunitas fitoplankton
Abstrak: Penelitian ini bertujuan: (1) menelaah parameter fisik dan kimia perairan yang menunjang kesuburan perairan, (2) keterkaitan antara faktor fisik-kimia perairan dengan kondisi komunitas fitoplankton. Penelitian ini dimulai pada tanggal 2 Juni 1995 sampai dengan 17 Juli 1995 di Situ Perikanan, Kampus IPB Darmaga, Bogor. Pengamatan dilakukan sebanyak enam kali pada empat stasiun. Pengambilan sampel parameter fisik-kimia perairan yang diukur meliputi suhu perairan, kecerahan, kekeruhan, TSS, DHL, PH, DO, CO2, COD, NH3-N, NO₂-N, NO3-N, Ortofospat, dan Silikat, serta fitoplankton sebagai parameter biologi. Analisa data biologi adalah dengan menghitung kelimpahan fitoplankton, indeks keanekaragaman, indeks keseragaman, indeks dominansi, serta pendekatan dengan model grafik Frontier. Untuk menentukan kesamaan antar stasiun digunakan indeks Bray-Curtis dan indeks Canberra. Keterkaitan antara parameter fisika-kimia air dan kelimpahan fitoplankton dianalisis dengan inenggunakan analisis regresi berganda. Untuk menentukan tingkat kesuburan dilakukan pendekatan dengan beberapa kriteria pustaka, terhadap beberapa parameter fisika-kimia dan biologi. Selama penelitian kecerahan perairan berkisar antara 0,56 - 2,85 meter. Kekeruhan berkisar antara 2,540,0 NTU, TSS: 4340 mg/l, DHL: 4572 umhos/cm, pH: 5,006,55. Secara umum nilai-nilai tersebut lebih besar di Stasiun 1 (inlet) dan 4 (outlet). Karbon dioksida berkisar antara 6,39 27,96 mg/l. Secara umum kandu- ngan karbon dioksida lebih besar di Stasiun 2 dan 3. ...
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA