Judul: Identifikasi Marka SNP untuk Gen Crustacean Hyperglycemic Hormone Terkait Pertumbuhan Somatik pada Udang Galah (Macrobrachium rosenbergii)
Abstrak: Udang galah (Macrobrachium rosenbergii) termasuk salah satu spesies udang air tawar bernilai ekonomis penting yang sudah banyak dibudi dayakan di berbagai negara baik tropis maupun subtropis. Peluang pasar udang galah baik domestik maupun mancanegara masih sangat menjanjikan terutama untuk tujuan ekspor ke negara Uni Eropa, USA dan Jepang. Namun demikian, produktivitas budi daya udang galah masih jauh tertinggal dibandingkan dengan udang vaname maupun penaeid. Salah satu penyebab rendahnya produktivitas budidaya udang galah adalah adanya variasi ukuran individu yang sangat tinggi pada saat panen. Upaya yang dapat dilakukan untuk meningkatkan produksi antara lain dengan menghasilkan udang galah unggul melalui kegiatan pemuliaan. Kegiatan pemuliaan melalui seleksi konvensional saat ini masih terus digunakan dan terbukti berhasil meningkatkan produksi. Akan tetapi seleksi konvensional dinilai memiliki keterbatasan terutama dalam hal waktu yang diperlukan relatif lama untuk memunculkan gen-gen yang diinginkan. Saat ini, telah banyak informasi mengenai kegiatan seleksi berbasis teknologi molekuler. Salah satu marka DNA yang dapat diaplikasikan untuk program pemuliaan adalah single nucleotide polymorphism (SNP) karena SNP dianggap sebagai marka yang dapat digunakan untuk mempelajari bagaimana variasi nukleotida dapat mempengaruhi regulasi gen dengan mengidentifikasi lokasi gen dalam genom. Berdasarkan informasi tersebut, maka dilakukan penelitian identifikasi marka terkait pertumbuhan dengan tujuan untuk mengidentifikasi keberadaan marka SNP pada gen crustacean hyperglycemic hormone (CHH) dan mengevaluasi primer spesifik terkait pertumbuhan terhadap udang galah tumbuh cepat dan tumbuh lambat. Hewan uji yang digunakan adalah udang galah GI Macro-2 generasi ke-5 (G5) dan ke-6 (G6). Sebanyak 10 sampel DNA genom udang galah G5 yang terdiri atas 5 sampel populasi tumbuh cepat (TC) dan 5 sampel tumbuh lambat (TL) diisolasi dan diamplifikasi menggunakan primer Thanh et al. (2010) yaitu primer CH3 yang digunakan untuk mengidentifikasi keberadaan SNP pada gen CHH. Sementara itu, untuk mengevaluasi primer spesifik dilakukan pada 201 DNA genom udang galah G6 yang terdiri atas 129 tumbuh cepat dan 72 tumbuh lambat. Hasil percobaan diperoleh 10 sekuen fragmen gen CHH dengan kisaran panjang produk PCR sebesar 608 bp. Hasil analisis sekuen menunjukkan produk PCR tersebut memiliki tingkat kesamaan 99-100% dengan gen CHH M. rosenbergii. SNP yang berhasil diidentifikasi pada sekuen udang galah adalah sebanyak 6 situs, yaitu 48, 147, 158, 257, 324, dan 402. Variasi nukleotida yang terjadi pada fragmen gen CHH adalah termasuk tipe substitusi transisi dan tidak ditemukan adanya substitusi tipe transversi. Hasil analisis juga menunjukkan adanya delesi basa T pada fragmen gen CHH, yaitu terjadi pada 1 basa dan terdapat pada awal dari fragmen tepatnya pada posisi basa 48. Sekuen DNA dari fragmen gen CHH pada penelitian ini diketahui bahwa terdapat 1 SNP terletak pada daerah ekson (coding region) dan 5 SNP lainnya ditemukan terletak di luar dari gen fungsional atau intron (non-coding region). Primer spesifik didesain berdasarkan hasil identifikasi SNP pada fragmen gen CHH yang berhasil diamplifikasi dengan menggunakan primer Thanh (CH3) pada 10 sampel udang galah G5. Amplifikasi PCR menggunakan satu pasang primer (forward dan reverse) menghasilkan ukuran pita amplikon dengan ukuran sekitar 280 bp. Evaluasi efektivitas primer spesifik menggunakan pendekatan teknik PCR pada 72 sampel udang galah G6 populasi tumbuh lambat menghasilkan 31% menunjukkan adanya pita (positif) dan 69% tidak menunjukkan adanya pita (negatif).
Keyword: udang galah, SNP, CHH, tumbuh cepat, tumbuh lambat, DNA, basa

Judul: Studi keragaman genetika populasi udang galah, Macrobrachiumm rosenbergii berdasarkan Polimorfisme Mitokondria DNA
Abstrak: Indonesia dikenal sebagai pusat keberadaan spesies asli udang galah karena masih terdapat 19 spesies asli Indonesia. Udang galah Macrobrachium rosenbergii merupakan salah satu jenis udang Palaemonid air tawar yang umum dibudidayakan di Indonesia. Di alam bebas udang galah sering ditangkap di sekitar sungai, danau, dan rawa - rawa. Di Indonesia udang galah banyak terdapat di wilayah Pulau Sumatra, Pulau Kalimantan, sedangkan di Pulau Jawa, Sulawesi, dan Papua hanya sedikit ditemukan. Keragaman populasi genetik sangat penting untuk menjaga populasi, yang akan memberikan respon paralel terhadap perubahan parameter-parameter lingkungan. Pengamatan variasi atau keragaman genetik dapat dilakukan dengan dua cara yaitu melalui keragaman ale! (allelic diversity) dan heterozigositas. Estimasi keragaman genetik dapat dilakukan dengan menggunakan penanda­penanda molekuler. Salah satu penanda molekuler yang umum digunakan dalam bidang manajemen dan budidaya perikanan adalah penanda DNA mitokondria (mtDNA). Sekuens mtDNA CO-I udang galah yang diperoleh dari hasil amplifikasi memiliki panjang susunan basa antara 700-1500 bp. Dari tujuh enzim restriksi yang digunakan untuk memotong sekuens tersebut (Hae III, Rsa I, Mbo I, Taq I, Alu I, Sac I, dan Hin6 I), hanya terdapat empat enzim yang memberikan situs pemotongan pada sekuens mtDNA CO-I. Lokasi pengambilan koleksi udang galah akan mempengaruhi tingkat variasi haplotype dari tipe restriksi sekuens mtDNA CO-I udang galah.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: