Judul: Deteksi Avibacterium paragallinarum Menggunakan Metode multiplex PCR
Abstrak: Infeksi koriza merupakan infeksi saluran pernafasan bagian atas pada ayam yang disebabkan Avibacterium paragallinarum. Infeksi Av. paragallinarum dapat terjadi pada semua ayam yang sedang dalam masa pertumbuhan, baik pada ayam pedaging atau ayam petelur. Gejala klinis yang terlihat yaitu keluarnya eksudat atau lendir dari sinus hidung dan mulut, kepala bagian depan bengkak, nafsu makan menurun (anorexia) dan diare. Produksi telur menurun antara 10 – 40 % sehingga penyakit ini dapat mengakibatkan kerugian ekonomi pada industri perunggasan (Droual et al. 1990). Bakteri Av. paragallinarum memiliki beberapa serotipe diantaranya A, B dan C yang memiliki perbedaan pada sifat antigenesitas dan imunogenesitasnya. Varian baru Av. paragallinarum baik serotipe B dan C muncul di negara-negara di wilayah Amerika Latin dan Afrika Selatan. Kehadiran varian baru tersebut menyebabkan penurunan efektifitas vaksin Av. paragallinarum yang umumnya dibuat dari serotipe klasik A, B dan C. Infeksi koriza dapat dicegah dengan pemberian vaksin inaktif pada ayam petelur fase grower dan menjelang produksi telur. Sehubungan dengan kenyataan bahwa vaksin infeksi koriza hanya memberikan kekebalan silang yang minimal diantara berbagai serotipe Av. paragallinarum, maka vaksin yang terbaik seharusnya bersifat otogenus atau homolog dengan bakteri penyebab infeksi koriza yang terdapat dilapangan. Dalam hal ini menggunakan vaksin koriza yang mempunyai serotipe yang sama atau serotipe yang dapat mengadakan reaksi silang dengan serotipe Av. paragallinarum yang berada di lapangan. Pengecekan serotipe Av. paragallinarum dilaboratorium masih jarang dilakukan sehingga penelitian ini bertujuan untuk menentukan serotipe dari beberapa isolat Av. paragallinarum asal ayam petelur yang menunjukkan gejala klinis koriza menggunakan metode multiplex PCR (mPCR) agar bisa mengevaluasi vaksin yang ada di lapangan. Lima belas sampel usapan sinus asal ayam petelur komersil di daerah Jawa Tengah yang di isolat pada tahun 2013 – 2014, digunakan di dalam penelitian ini. Hasil mPCR menunjukkan bahwa enam isolat merupakan Av. paragallinarum serotipe A, tujuh isolat merupakan serotipe C-4 serta dua isolat merupakan gabungan serotipe A dan C-4. Hasil penelitian ini mengindikasikan bahwa serotipe Av. paragallinarum yang menyebabkan infeksi koriza pada ayam petelur di Jawa Tengah adalah serotipe A dan C-4. Pada penelitian ini tidak melakukan teknik isolasi dan identifikasi menggunakan media agar maupun uji serologis dalam menentukan serotipe Av. paragallinarum yang merupakan gold standar untuk serotyping Av. paragallinarum sehingga tidak bisa mengevaluasi hasil deteksi dengan single (sPCR) serta hasil serotyping dengan teknik multiplex (mPCR). Namun untuk kebutuhan diagnosa cepat penyebab koriza, teknik molekuler seperti sPCR dan mPCR dapat direkomendasikan karena teknik ini mendeteksi gen spesifik dari Av. paragallinarum.
Keyword: Avibacterium paragallinarum, koriza, mPCR, serotype

Judul: Penggunaan Antigen Mycoplasma gallisepticum Freeze-Thawing dalam Teknik Enzyme-Linked Immunosorbent Assay
Abstrak: Chronic Respiratory Disease (CRD) merupakan infeksi bakterial pada ayam yang disebabkan oleh Mycoplasma gallisepticum (M. gallisepticum). CRD dapat mengakibatkan kerugian ekonomi yang cukup besar bagi industri peternakan ayam, karena dapat menurunkan produksi telur, efisiensi pakan, meningkatnya biaya pengobatan, turunnya nilai karkas dan kualitas telur. Penyakit ini bersifat endemik, dan hewan yang terinfeksi bersifat karier sehingga penyakit ini sulit dihilangkan. Monitoring terhadap CRD sangat penting dilakukan di peternakanpeternakan. Monitoring yang umum dilakukan adalah dengan uji serologi Rapid Serum Agglutination (RSA), Haemagglutination Inhibition (HI) atau Enzyme- Linked Immunosorbent Assay (ELISA). Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan kit Enzyme-Linked Immunosorbent Assay (ELISA) untuk mendeteksi antibodi terhadap M. gallisepticum dengan menggunakan antigen yang dipreparasi dengan freeze-thawing. Nilai cut-off ditentukan jika S/N>2 adalah positif. Serum ayam yang diuji RSA, kit ELISA yang dikembangkan dan kit ELISA komersial dalam penelitian ini adalah antiserum yang diproduksi menggunakan antigen utuh M. gallisepticum, lived dan killed vaccine. Serum dikoleksi pada minggu pertama sampai minggu keenam setelah penyuntikan dan vaksinasi. Optimasi kit ELISA yang dikembangkan (MyGELISA) adalah konsentrasi protein antigen 10 μg/ml, pengenceran serum 1:800 dan pengenceran konjugat 1:10000. Sampel serum ayam yang digunakan untuk validasi ELISA sebanyak 116 sampel. Hasil validasi dianalisa dengan ROC curve menggunakan MedCalc statistical software diperoleh hasil nilai sensitivitas 100%, spesifisitas 86.21% dengan selang kepercayaan 95%. Hasil pengujian dengan MyGELISA pada antiserum yang diproduksi dengan antigen utuh adalah seluruhnya positif (4/4). Hasil pengujian antiserum yang diproduksi dengan lived vaccine ts-11 adalah seluruhnya negatif (0/10). Secara umum ts-11 memproduksi respon serologi yang lemah. Hasil pengujian antiserum ayam yang diproduksi dengan killed vaccine 6/85 adalah 2 sampel positif (2/10) pada minggu keenam setelah vaksinasi. Pengujian antiserum yang diproduksi dengan antigen utuh menggunakan kit ELISA komersial diperoleh hasil seluruhnya positif kecuali pada minggu pertama setelah penyuntikan antigen utuh 2 sampel diperoleh hasil negatif. Pengujian antiserum yang diproduksi dengan lived vaccine dan killed vaccine diperoleh hasil hampir seluruhnya positif. Kit ELISA yang dikembangkan dalam penelitian ini (MyGELISA) menggunakan antigen coating yang dipreparasi dengan frezee-thawing sebagai soluble antigen dapat digunakan untuk pengujian antibodi terhadap M. gallisepticum. Adapun untuk evaluasi serum ayam yang divaksin dengan lived maupun killed vaccine M. gallisepticum sebagian besar hasil yang diperoleh negatif.
Keyword: CRD, ELISA, freeze-thawing, M. gallisepticum, MyGELISA

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: