Judul: Deteksi Avibacterium paragallinarum Menggunakan Metode multiplex PCR
Abstrak: Infeksi koriza merupakan infeksi saluran pernafasan bagian atas pada ayam yang disebabkan Avibacterium paragallinarum. Infeksi Av. paragallinarum dapat terjadi pada semua ayam yang sedang dalam masa pertumbuhan, baik pada ayam pedaging atau ayam petelur. Gejala klinis yang terlihat yaitu keluarnya eksudat atau lendir dari sinus hidung dan mulut, kepala bagian depan bengkak, nafsu makan menurun (anorexia) dan diare. Produksi telur menurun antara 10 – 40 % sehingga penyakit ini dapat mengakibatkan kerugian ekonomi pada industri perunggasan (Droual et al. 1990). Bakteri Av. paragallinarum memiliki beberapa serotipe diantaranya A, B dan C yang memiliki perbedaan pada sifat antigenesitas dan imunogenesitasnya. Varian baru Av. paragallinarum baik serotipe B dan C muncul di negara-negara di wilayah Amerika Latin dan Afrika Selatan. Kehadiran varian baru tersebut menyebabkan penurunan efektifitas vaksin Av. paragallinarum yang umumnya dibuat dari serotipe klasik A, B dan C. Infeksi koriza dapat dicegah dengan pemberian vaksin inaktif pada ayam petelur fase grower dan menjelang produksi telur. Sehubungan dengan kenyataan bahwa vaksin infeksi koriza hanya memberikan kekebalan silang yang minimal diantara berbagai serotipe Av. paragallinarum, maka vaksin yang terbaik seharusnya bersifat otogenus atau homolog dengan bakteri penyebab infeksi koriza yang terdapat dilapangan. Dalam hal ini menggunakan vaksin koriza yang mempunyai serotipe yang sama atau serotipe yang dapat mengadakan reaksi silang dengan serotipe Av. paragallinarum yang berada di lapangan. Pengecekan serotipe Av. paragallinarum dilaboratorium masih jarang dilakukan sehingga penelitian ini bertujuan untuk menentukan serotipe dari beberapa isolat Av. paragallinarum asal ayam petelur yang menunjukkan gejala klinis koriza menggunakan metode multiplex PCR (mPCR) agar bisa mengevaluasi vaksin yang ada di lapangan. Lima belas sampel usapan sinus asal ayam petelur komersil di daerah Jawa Tengah yang di isolat pada tahun 2013 – 2014, digunakan di dalam penelitian ini. Hasil mPCR menunjukkan bahwa enam isolat merupakan Av. paragallinarum serotipe A, tujuh isolat merupakan serotipe C-4 serta dua isolat merupakan gabungan serotipe A dan C-4. Hasil penelitian ini mengindikasikan bahwa serotipe Av. paragallinarum yang menyebabkan infeksi koriza pada ayam petelur di Jawa Tengah adalah serotipe A dan C-4. Pada penelitian ini tidak melakukan teknik isolasi dan identifikasi menggunakan media agar maupun uji serologis dalam menentukan serotipe Av. paragallinarum yang merupakan gold standar untuk serotyping Av. paragallinarum sehingga tidak bisa mengevaluasi hasil deteksi dengan single (sPCR) serta hasil serotyping dengan teknik multiplex (mPCR). Namun untuk kebutuhan diagnosa cepat penyebab koriza, teknik molekuler seperti sPCR dan mPCR dapat direkomendasikan karena teknik ini mendeteksi gen spesifik dari Av. paragallinarum.
Keyword: Avibacterium paragallinarum, koriza, mPCR, serotype

Judul: IPB (Bogor Agricultural University)
Abstrak: Paratuberkulosis atau Johne’s disease (JD) merupakan penyakit enteritis ganulomatosa kronik pada hewan ruminansia yang disebabkan oleh Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis (MAP). Bakteri ini berbentuk batang kecil, bersifat tahan asam, Gram positif, tumbuhnya lama, dan termasuk dalam kelompok Mycobacterium avium complex (MAC). Gejala klinis yang terlihat, adalah diare profus, penurunan produksi susu, penurunan berat badan, dan kekurusan yang disertai dengan pengeluaran bakteri MAP melalui feses. Paratuberkulosis pada peternakan sapi dapat menyebabkan kerugian ekonomi yang signifikan, karena terjadi penurunan produksi susu, gangguan reproduksi, peningkatan calving interval, pengafkiran dini, penurunan kualitas dan kuantitas daging. Penyakit ini bersifat zoonosis potensial, karena bakteri MAP dilaporkan dapat menginfeksi manusia dan lebih dikenal dengan sebutan Crohn’s disease (CD). Berdasarkan hasil studi dan data-data yang ada, sumber infeksi MAP ke manusia dicurigai dan diyakini berasal dari susu dan produk olahannya, karena MAP dilaporkan tahan terhadap pasteurisasi. Metode uji yang sering digunakan untuk diagnosis paratuberkulosis adalah kultur, polymerase chain reaction (PCR), dan enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). Isolasi dan identifikasi MAP dari sampel feses atau jaringan merupakan uji gold standard. Media padat yang umum dan paling banyak digunakan untuk kultur MAP adalah Herrold’s egg yolk medium (HEYM) dan Lӧ wenstein Jensen (LJ). Herrold’s egg yolk medium merupakan media padat standar untuk isolasi MAP dan secara komersial sudah tersedia, tetapi media ini merupakan produk impor dengan harga yang cukup mahal dengan masa simpan yang cukup pendek (4-6 bulan). Enzyme-linked immonosorbent assay merupakan metode uji serologi yang banyak digunakan untuk diagnosis paratuberkulosis, karena lebih sensitif dibandingkan dengan uji serologi lain, lebih murah, dan lebih cepat. Kit ELISA yang digunakan untuk uji serologi paratuberkulosis di Indonesia merupakan produk impor dengan menggunakan antigen lipoarabinomannan (LAM) atau antigen protoplasmik (PPA). Kit ELISA komersial harganya cukup mahal dengan sensitivitas dan spesifitasnya yang bervariasi. Kejadian ini kemungkinan dipengaruhi oleh perbedaan antigen ataupun isolat yang digunakan. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan dan mengevaluasi kemampuan media RIVS-M dan memodifikasi media Ogawa untuk kultivasi Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis (MAP) yang lebih sederhana dan ekonomis, mengidentifikasi protein protoplasmik MAP isolat lapang B2788 dan B2789 yang bersifat antigenik, dan mengembangkan enzyme-liked immunosorbent assay (ELISA) paratuberkulosis dengan menggunakan antigen protoplasmik MAP isolat lapang. Metode dalam penelitian ini meliputi pengujian media RIVS-M dan media Ogawa dimodifikasi dengan menumbuhkan suspensi bakteri MAP dalam phosphat buffer saline (PBS) dan feses pada kedua media tersebut. Suspensi bakteri MAP tersebut juga ditumbuhkan pada Herrold’s egg yolk medium (HEYM) komersial. Analisa hasil dilakukan dengan menggunakan metode GraphPad Prims 6 Sofware. Identifikasi dan analisa antigen protoplasmik MAP isolat lapang B2788 dan B2789 dilakukan dengan sodium dodecyl sulphate polyacrilamide gel (SDS-PAGE) dan immunoblotting. Pengembangan uji ELISA paratuberkulosis dengan menggunakan antigen protoplasmik MAP isolat lapang (ELISA PPA-L) dilakukan dengan metode indirect untuk menguji 322 sampel serum (300 negatif dan 22 positif paratuberkulosis). Untuk mengevaluasi metode ELISA PPA-L, serum yang sama juga diuji dengan menggunakan kit ELISA IDEXX paratuberculosis screening antibody test (IDEXX Laboratories, USA). Hasil penelitian menunjukkan bahwa media RIVS-M dan media Ogawa dimodifikasi mempunyai kemampuan dan sensitivitas yang baik untuk menumbuhkan MAP, tetapi kemampuan media HEYM komersial lebih baik dibandingkan kedua media tersebut. Namun demikian, media RIVS-M dan media Ogawa dimodifikasi lebih ekonomis
Keyword: media kultur, antigen protoplasmik, Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis, diagnosis, paratuberkulosis

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: