Judul: Isolasi dan Karakterisasi Fragmen cDNA Dari Gen Penyandi metallothionein Tipe 2 Dari Kedelai Kultivar Slamet
Abstrak: Metallothionein merupakan protein yang mengandung banyak asam amino sistein, memiliki berat molekul yang rendah serta memiliki kemampuan dalam mengikat dan mengkoordinasi atom-atom logam. Oleh karena itu, MT mempunyai peranan yang penting dalam mendetoksifikasi ion logam, termasuk aluminium (Al). MT telah ditemukan pada berbagai macam organisme termasuk tanaman, mamalia, cendawan dan beberapa spesies dari prokariot. Penelitian ini tujuan untuk mengisolasi dan mengkarakterisasi fragmen cDNA dari gen yang menyandikan MT tipe 2 dari kedelai kultivar Slamet (GmMt2). Isolasi fragmen cDNA Mt2 Glycine max L. (GmMt2), diawali dengan isolasi RNA total. Dengan transkripsi balik, cDNA total berhasil disintesis dari RNA total sebagai cetakan. cDNA total hasil sintesis diuji kemurniannya dari kontaminasi genom dengan PCR menggunakan primer spesifik untuk cDNA ekson1-ekson2 dari aktin. Dengan PCR, fragmen cDNA GmMt2 telah berhasil diisolasi dengan menggunakan cDNA total sebagai cetakan dan primer spesifik Mt2 yaitu MF dan M7R yang dirancang dari Arabidopsis thaliana (AtMt2) (nomor akses EM_PL:AY037263). Fragmen GmMt2 berhasil disisipkan ke dalam plasmid pGEM-T Easy, kemudian plasmid rekombinan ini diintroduksikan ke dalam Escherichia coli DH5α. Analisis cDNA sisipan didalam plasmid rekombinan dilakukan melalui pemotongan dengan EcoRI.
Keyword: 

Judul: Isolasi dan Karakterisasi cDNA Gen Penyandi Metallothionein Tipe 2 dari Melastoma malabatrhicum L.
Abstrak: Melastoma malabatrichum merupakan tanaman akumulator aluminium (Al) yang mampu tumbuh baik pada tanah asam dengan kelarutan Al tinggi. M. malabatrichum (Mm) diduga memiliki mekanisme detoksifikasi Al dalam pertahanannya terhadap cekaman Al. Salah satu gen yang berperan dalam detoksifikasi logam berat ialah metallothionein (Mt). Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mengkarakterisasi cDNA gen penyandi metallothionein tipe 2 dari M. malabatrichum. RNA total telah diisolasi dari daun M. malabatrichum. cDNA telah disintesis menggunakan RNA total sebagai cetakan dengan transkripsi balik. Melalui teknik PCR, cDNA MmMt2 berhasil diisolasi dengan menggunakan primer spesifik untuk gen Mt2 yang didesain dari Arabidopsis thaliana (AtMt2) (Nomor aksesi: AY037263). cDNA MmMt2 telah berhasil disisipkan ke dalam pGEM®-T Easy dan plasmid rekombinan telah berhasil diintroduksikan ke dalan Eschericia coli galur DH5 . Pengurutan sekuen cDNA MmMt2 menghasilkan 246 pb yang menyandikan 81 asam amino. Analisis situs enzim restriksi menunjukkan cDNA MmMt2 tidak mengandung situs enzim restriksi EcoR1. Analisis kesejajaran lokal nukleotida dan asam amino menggunakan program BLAST menunjukkan bahwa cDNA MmMt2 sama dengan cDNA AtMt2A dari A. thaliana (Nomor aksesi: NM_111773).
Keyword: 

Judul: Numerical modeling of the hydrodynamics of standing wave and scouring in front of impermeable breakwater with different steepnesses
Abstrak: The aim of this paper is to numerically study the effects of breakwater steepness on the hydrodynamics of standing wave and scouring process in front of impermeable breakwaters. A two-dimensional hydrodynamics model based on the Reynolds Averaged Navier–Stokes (RANS) equations and the Volume of Fluid (VOF) method was developed and then combined with an empirical sediment transport model. Comparisons with an analytical solution and experimental data showed the present model is very accurate in predicting the near bottom velocity and capable of simulating the scour/deposition patterns consistent with experimental data. It was found that the additional terms of bottom shear stress in the momentum equations are necessary to produce a physical scouring pattern. Different breakwater steepnesses produce different characteristics of standing wave, the steady streaming system, and scouring pattern in front of the breakwaters, which also affects the correlations between them. An additional analysis of the turbulence field parameters and the sediment transport rate was also performed. All these important information will be presented in details in this paper and can be worthwhile for designing the breakwater in coastal areas.
Keyword: The RANS–VOF model Standingwave Steadystreamingsystem Scouring pattern Breakwatersteepness