Judul: Analisis Ekspresi Gen c-lisozim dan Ketahanan Kentang Kultivar Jala Ipam Transgenik terhadap Ralstonia solanacearum Penyebab Penyakit Layu Bakteri.
Abstrak: Salah satu penyebab penurunan produksi kentang di dunia adalah bakteri Ralstonia solanacearum yang menyebabkan penyakit layu bakteri. Penyakit ini masuk ke dalam lima penyakit utama yang menyerang perkebunan kentang di Indonesia. Kehilangan produksi yang ditimbulkannya mencapai 33% - 90%. Upaya perbaikan teknik budidaya dan pengendalian penyakit layu bakteri menggunakan biokontrol, fusi protoplas dan persilangan konvensional belum berhasil mengatasi masalah ini. Oleh karena itu, pendekatan rekayasa genetik dengan menyisipkan gen c-lisozim ke dalam genom tanaman kentang dapat digunakan untuk mengatasi masalah tersebut. Lisozim merupakan enzim yang memiliki kemampuan untuk mendegradasi dinding sel bakteri sehingga bakteri mengalami lisis. Enzim ini dapat menghidrolisis ikatan β-1,4 glycoside di antara N-acetylmuramic dan N-acetylglucosamin pada peptidoglikan. Kemampuan ini dapat digunakan untuk menanggulangi penyakit yang disebabkan oleh bakteri. Gen c-lisozim telah berhasil diintroduksikan ke genom tanaman kentang kultivar Jala Ipam. Uji in vitro menunjukkan bahwa kentang transgenik yang mengandung gen c-lisozim resisten terhadap R. solanacearum. Akan tetapi, analisis ekspresi gen c-lisozim dan ketahanan tanaman transgenik di lapangan secara langsung belum dilakukan, sehingga penelitian ini bertujuan untuk melakukan analisis ekspresi gen c-lisozim di tanaman kentang transgenik dan resistensi tanaman kentang transgenik terhadap penyakit layu bakteri. Penelitian ini menggunakan dua tanaman transgenik yaitu JCL2 dan JCL3 dan tanaman non-transgenik (NT), sebagai kontrol. Bahan tanaman yang digunakan adalah umbi generasi G0. Uji ketahanan terhadap penyakit layu bakteri menggunakan bakteri Ralstonia solanacearum Ras 3. Semua kentang kultivar Jala Ipam transgenik lebih tahan terhadap R. solanacearum dari pada kentang non-transgenik. Klon JCL2 merupakan klon yang paling tahan dengan frekuensi penyakitnya hanya sebesar 8.33 %. Kentang Jala Ipam transgenik memiliki produktivitas umbi yang lebih tinggi dibandingkan klon non-transgenik. Analisis stabilitas menunjukkan bahwa gen c-lisozim tetap ditemukan pada tanaman generasi G1. Ekspresi gen c-lisozim di antara klon berbeda-beda. Kentang non-transgenik tidak mempunyai ekspresi gen c-lisozim. JCL2 merupakan klon dengan ekspresi c-lisozim tertinggi dibandingkan klon yang lainnya. Ekspresinya 4.83 kali terhadap NT dan 2.34 kali terhadap JCL 3. Klon JCL 3 memiliki ekspresi 2.06 kali terhadap NT. Semakin tinggi ekspresi gen c-lisozim pada kentang cv. Jala Ipam maka ketahanan terhadap penyakit layu bakteri semakin tinggi, dan produksi umbinya semakin tinggi pula. Tanaman transgenik yang mengandung gen c-lisozim pada penelitian sangat potensial digunakan dalam pertanian untuk mengurangi serangan R. solanacearum.
Keyword: c-lisozim, ekspresi gen, layu bakteri, R. solanacearum

Judul: Ekspresi Gen c-lisozim dan Ketahanan Kentang Transgenik (cv. Atlantic) terhadap Bakteri Ralstonia solanacearum dan Pectobacterium carotovorum
Abstrak: Kentang (Solanum tuberosum L.) merupakan salah satu tanaman sumber karbohidrat yang cukup penting dan merupakan pangan alternatif pengganti makanan pokok. Produktivitas kentang di Indonesia sangat berfluktuatif yang disebabkan oleh penyakit pada tanaman kentang. Penyakit utama pada tanaman kentang yang disebabkan oleh bakteri adalah layu bakteri (Ralstonia solanacearum) dan busuk umbi (Erwinia carotovora) atau yang sekarang disebut Pectobacterium carotovorum subsp. Carotovorum yang menyebabkan gejala blackleg. Salah satu upaya penanggulangan penyakit ini adalah penggunaan kultivar unggul yang tahan terhadap patogen penyebab penyakit. Salah satu upaya yang dapat dilakukan adalah rekayasa genetika dengan menggunakan gen ketahanan. C-lisozim adalah salah satu gen ketahanan yang telah banyak diketahui dan dimanfaatkan untuk merakit suatu tanaman yang tahan terhadap serangan penyakit yang disebabkan oleh bakteri. Gen c-lisozim telah diintegrasikan dengan tanaman kentang kultivar Atlantic. Analisis ekspresi gen tersebut dilakukan dengan quantitative PCR dan ketahanannya diuji dengan bakteri Ralstonia solanacearum dan Pectobacterium carotovorum subsp. Carotovorum baik secara in vitro dan rumah kaca. Secara in vitro seluruh klon tanaman transgenik (100%) terlihat tahan terhadap kedua bakteri tersebut. Sedangkan di rumah kaca, 6 klon transgenik tahan terhadap R. solanacearum dan P. carotovorum, sedangkan satu klon lainnya tergolong agak tahan. Tanaman transgenik mempunyai bobot basah tajuk, bobot umbi dan jumlah umbi yang lebih tinggi dibandingkan dengan tanaman kentang non-transgenik. Analisis ekspresi gen c-lisozim dengan Real Time Quantitative PCR dengan gen aktin sebagai standar menunjukkan bahwa keenam klon tanaman transgenik mengekspresikan gen c-lisozim jauh lebih tinggi daripada tanaman non-transgenik, yaitu berkisar 12-44 kali. Tingkat ekspresi gen c-lisozim berhubungan erat dengan tingkat resistensi tanaman kentang transgenik terhadap penyakit layu bakteri dan busuk lunak. Klon ATT1 mempunyai resistensi terhadap penyakit layu bakteri dan busuk lunak paling tinggi dan mempunyai ekspresi gen c-lisozim paling tinggi.
Keyword: busuk umbi, kentang, layu bakteri, lisozim, resistensi, transgenik

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: