Judul: Analisis In Silico Senyawa Aktif Tumbuhan Kayu Manis (Cinnamomum burmannii) sebagai Inhibitor 3C-Like Protease (3CLpro) SARS-CoV-2 di Indonesia
Abstrak: Coronavirus disease 2019 (COVID-19) merupakan penyakit yang disebabkan virus SARS-CoV-2. Senyawa aktivitas antivirus berpotensi dapat menghambat enzim 3CLpro yang berperan dalam proses replikasi SARS-CoV-2. Kayu manis memiliki senyawa aktif antivirus, namun potensinya sebagai inhibitor 3CLpro belum diketahui. Penelitian ini bertujuan menganalisis potensi senyawa aktif kayu manis sebagai inhibitor 3CLpro (EPI_ISL_576383) secara in silico. Penambatan molekuler dengan autodock vina dilakukan terhadap 40 ligan uji menunjukkan sembilan ligan uji memiliki afinitas pengikatan lebih baik dibandingkan dengan JRY1 berdasarkan energi bebas Gibbs, konstanta inhibisi, dan interaksi terhadap residu penting, yaitu benzyl benzoate, caffeic acid, 3- phenylacetate, bornyl acetate, hydrocinnamic acid, eugenol, linalool, α-terpineol, dan 3-phenyl-2-propen-1-ol. Benzyl benzoate merupakan senyawa aktif dengan energi bebas Gibbs dan konstanta inhibisi terendah (-4,5 kkal/mol dan 0,498 µM) yang berinteraksi dengan 10 residu penting di sisi aktif 3CLpro. Linalool dan eugenol merupakan senyawa penciri kayu manis yang memiliki energi bebas Gibbs dan kontanta inhibisi (-3,6 kkal/mol dan 2,281 µM) berinteraksi dengan residu sisi aktif 3CLpro., Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is a disease caused by the SARSCoV-2 virus. Compounds with antiviral activity have the potential to inhibit the 3CLpro enzyme which plays a role in the SARS-CoV-2 replication process. Cinnamomun burmannii has antiviral active compounds but its potential as 3CLpro inhibitor is still unknown. This study aimed to analyze the potency of the active compound of cinnamon as an inhibitor 3CLpro (EPI_ISL_576383) by in silico method. Molecular docking with Autodock vina performed on 40 test ligands showed that nine test ligands had better binding affinity than JRY1 based on Gibbs free energy, inhibition constants, and interactions with important residues, namely benzyl benzoate, caffeic acid, 3-phenylacetate, bornyl acetate, hydrocinnamic acid, eugenol, linalool, α-terpineol, and 3-phenyl-2-propen-1-ol. Benzyl benzoate is the active compound with Gibbs free energy and lowest inhibition constant (-4.5 kcal/mol and 0.498 µM) which interacts with 10 important residues on the active site of 3CLpro. Linalool and eugenol are characteristic compounds of Cinnamomum burmannii which have Gibbs free energy and inhibition constants (-3.6 kcal/mol and 2.281 µM) that interact with the residue of active site 3CLpro
Keyword: 3CLpro, Cinnamomum burmannii, In silico, SARS-CoV-2

Judul: Analysis of Active Compounds in Phyllanthus niruri L. as  potential inhibitors to SARS-CoV-2 3CLpro EPI_ISL_576383 with Molecular  Docking
Abstrak: Coronavirus disease 2019 (COVID- 19) merupakan penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus corona SARS-CoV-2. Enzim 3-Chymotrypsin-Like Protease (3CLpro) berperan dalam siklus hidup SARS-CoV-2 sebagai enzim kunci dalam replikasi dan transkripsi virus. Penelitian ini bertujuan menganalisis interaksi molekuler senyawa aktif meniran terhadap reseptor 3CLpro dari SARS-CoV-2 asal Indonesia EPI_ISL_576383 dan menentukan senyawa aktif meniran sebagai inhibitor enzim 3CLpro SARS-CoV-2. Metode yang digunakan dalam penelitian ini yaitu penambatan molekuler menggunakan aplikasi YASARA Structure. Hasil penelitian menunjukkan dari 49 senyawa aktif meniran terdapat tujuh senyawa aktif yang memiliki afinitas pengikatan terhadap 3CLpro antara lain ellagic acid, lupeol, hinokinin, hypophyllanthin, methyl brevifolincarboxylate, quercetin dan niranthin. Senyawa aktif ellagic acid menjadi ligan terbaik dengan energi bebas ikatan (∆G) -4.296 kkal/mol yang berinteraksi dengan 13 residu asam amino. Hasil penelitian dapat digunakan sebagai acauan dalam studi in vitro dan in vivo terhadap enzim 3- Chymotrypsin-Like Protease (3CLpro) SARS-CoV-2., Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is a disease caused by infection of coronavirus, SARS-CoV-2. The 3-Chymotrypsin-Like Protease (3CLpro) acts as a key enzyme in the replication and transcription of SARS-CoV-2 virus life cycle. This study aims to analyze the molecular interaction and determine the best ligand from the active compounds in Phyllanthus niruri L. against the 3CLpro receptor from Indonesian EPI_ISL_576383 in SARS-CoV-2 coronavirus. Molecular docking was conducted using YASARA Structure application. The results from 49 active compounds showed seven active compounds that exhibit affinity binding to 3CLpro, such as ellagic acid, lupeol, hinokinin, hypophyllanthin, methyl brevifolincarboxylate, quercetin and niranthin. Ellagic acid is determined as the best ligand out of all the active compounds with free energies of binding (∆G) - 4,296 kcal/mol and shown interaction with 13 amino acid residues. These results can be further used as a reference for in vitro and in vivo studies of SARS-CoV-2 3-Chymotrypsin-Like Protease (3CLpro).
Keyword: 3CLpro inhibitor, molecular docking, Phyllanthus niruri L

Judul: Massa Graviton Berdasarkan Teori De Rham- Gabadadze-Tolley Dalam Model Alam Semesta Datar Friedmann-Lemaitre- Roberson-Walker
Abstrak: Teori Relativitas Umum memprediksi ekspansi alam semesta diperlambat, sedangkan hasil observasi supernova tipe Ia mendapati ekspansi alam semesta dipercepat. Teori Relativitas Umum dimodifikasi melalui pendekatan teori gravitasi bermassa nonlinier oleh de Rham-Gabadadze-Tolley (dRGT). Massa graviton dimunculkan untuk dinamika skala sangat besar. Persamaan medan Einstein teori dRGT dapat dirumuskan dari prinsip variasi. Selanjutnya dengan memilih metrik datar Friedmann-Lemaitre-Roberson-Walker dapat diformulasikan bentuk persamaan Friedmann yang relevan dengan model ekspansi dipercepat. Hasil akhirnya, dengan membandingkan massa graviton dari metode Extremely Low Energy (ELE) dapat dihitung massa kritis graviton yaitu sekitar - . .
Keyword: massa graviton, teori dRGT, persamaan medan Einstein, persamaan Friedmann, ekspansi alam semesta dipercepat