Judul: Karakteristik oseanografi fisik di perairan samudera hindia timur pada saat fenomena indian ocean dipole (iod) fase positif tahun 1994/1995, 1997/1998 dan 2006/2007
Abstrak: Terdapat fenomena antar-tahunan di Samudera Hindia yang terjadi karena adanya interaksi antara atmosfer dan laut yang dikenal dengan nama Indian Ocean Dipole (IOD). Fenomena IOD merupakan struktur dua kutub yang ditandai dengan adanya perbedaan suhu muka laut terhadap normalnya. Anomali dari SPL selama peristiwa IOD mempunyai hubungan yang erat sekali dengan peristiwa anomali angin permukaan di pusat ekuator Samudera Hindia. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakter oseanografi fisik di perairan Samudera Hindia Timur pada saat fase pembentukan, fase pematangan dan fase peluruhan dari fenomena IOD positif. Tujuan yang kedua ialah untuk mengetahui perbandingan karakter oseanografi fisik di perairan Samudera Hindia Timur antara fenomena IOD positif pada tahun yang berbeda. Data yang digunakan dalam penelitian ini merupakan data rata-rata bulanan pada tahun terjadinya IOD positif tahun 1994, 1995, 1997, 1998, 2006 dan 2007. Parameter yang digunakan yaitu angin yang diperoleh dari ECMWF, arus yang diperoleh dari GFDL–NOAA, dan suhu yang diperoleh dari TAO – NOAA. Lokasi penelitian berada di 10o LU – 15o LS dan 90o BT – 125o BT. Pengolahan data untuk melihat sebaran spasial angin dan arus dengan menggunakan perangkat lunak Surfer 9, sedangkan ODV 4 digunakan untuk sebaran spasial dan vertical suhu. Analisis Empirical Orthogonal Function (EOF) dilakukan dengan menggunakan parameter suhu dan perangkat lunak MATLAB R2010a. Menguatnya Arus Khatulistiwa Selatan (AKS) pada musim peralihan I (Maret – Mei) diikuti dengan mulai mendinginnya SPL yang merupakan indikasi dari pembentukan fenomena IOD. Pada saat Angin Muson Tenggara (Juni – Agustus) dan permulaan musim peralihan II, di daerah selatan Jawa terlihat adanya upwelling yang kemudian semakin meluas hingga pada puncaknya yaitu bulan September (fase pematangan) dan mulai menghilang dibulan Oktober dengan memanasnya SPL di Samudera Hindia Timur pada bulan November (fase peluruhan). Berdasarkan analisis EOF dengan menggunakan 3 mode dimana mode 1 menjelaskan fenomena tahunan (IOD) dan mode 2 menjelaskan fenomena antartahunan sedangkan mode 3 menjelaskan fenomena semi-tahunan. Pada mode 1 variabilitas tertinggi berada pada wilayah selatan Jawa yang menandakan tingginya fluktuasi SPL di daerah tersebut. Fenomena IOD positif dengan amplitudo tertinggi terjadi pada tahun 1994 yang menandakan fenomena IOD terkuat. Mode 1 hingga mode 2 berturut-turut memiliki nilai eigen 52.2 %, 29.9 % dan 8.0 % dari total Variance of Sea Surface Temperature. Pada analisis lebih lanjut menggambarkan bahwa angin (terutama komponen u) memiliki pengaruh terhadap pola distribusi dari SST.
Keyword: 

Judul: Kajian kesuburan perairan pada tiga kondisi moda dwikutub samudera hindia (indian ocean dipole mode) hubungannya dengan hasil tangkapan ikan pelagis di Perairan Barat Sumatera
Abstrak: The Indian Ocean Dipole Mode (IOD/IODM) is an oscillation of the interaction between atmosphere and ocean system. IODM comprises of bipolar structure that characterized by the difference of sea surface temperature to normal. This phenomenon provides important influence to the several parameters of oceanographyc. While the positive event of IODM, during southeast munsoon (June to October), southeasterly wind from Australia generates upwelling, bringing cooler waters and increased nutrients to the surface along the southern coast of Java and Sumatera and its condition has been increasing chlorophyll-a concentration. The objectives of this study is to know the variability of chlorophyll-a along the southern coast of Java and Sumatera on positive IODM event. The sea surface temperature (SST) images taken from thermal sensor of Advanced Very High Resolution Radiometer-National Oceanic and Atmospheric Administration (AVHRR-NOAA) has been used to detect the cooler water as upwelling indicator. We investigated the spasial and temporal variability of chlorophyll-a along the south coasts of West Java and Sumatera from September 1997 to December 2009, by using the data of the Sea-viewing Wide-field of view sensor (SeaWiFS) of Sea Star satellite. The results shown that formation phase of IODM in transitional season I (May), while the strengthening of the South Equatorial Current followed by early cooling of the SST. The maturation phase in the southeast monsoon (June to August) and decay phase in November was followed by warming of the SST. At the Southeast monsoon (June to August), there is a visible presence of upwelling in the south of Java and western coast of Sumatera. Upwelling with highly intensity was founded in the southern coast of Java and western part of Sumatera on strong positive IODM event assosiated with intermediate of El Niño event, 1994. Higer chlorophyll-a concentration corresponds very well with monsoon-generated upwelling during the Southeast monsoon cycle. During the peak of anomalous easterly winds on strong positive IODM event (1997 and 2006) were induced strong upwelling. This event produced higher chlorophyll-a concentration that extended further northwest-ward along the Sumatera coast. The impact of upwelling while the IODM positive event on pelagic fish catch, likely follow the temporal variability in chlorophyll.
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA