Judul: . Keragaman Genetik Dan Rekonstruksi Filogeni Ikan Kerapu Genus Epinephelus Dari Beberapa Perairan Indonesia
Abstrak: Ikan kerapu dari genus Epinephelus merupakan jenis ikan demersal yang sebagian hidupnya di daerah terumbu karang pada perairan tropis dan subtropis. Namun beberapa jenis pada fase juvenil dan larva ditemukan di daerah hutan mangrove dan padang lamun. Jumlah jenis ikan kerapu banyak ditemukan di perairan Indonesia, tercatat ada sekitar 110 spesies yang hidup di perairan Indo-Pasifik. Para nelayan telah melakukan penangkapan ikan kerapu meliputi hampir semua perairan karang yang ada di Indonesia. Hal ini disebabkan karena keuntungan yang diperoleh dalam perdagangan kerapu hidup sangat besar. Eksploitasi yang tinggi dan kurangnya upaya konservasi dapat menyebabkan berkurangnya stok ikan kerapu pada beberapa perairan di Indonesia. Upaya konservasi yang dapat dilakukan adalah dengan menjaga sumberdaya genetik, jenis dan ekosistem ikan tersebut. Sumber daya genetik merupakan tahapan dasar dalam upaya melindungi sumber daya ikan kerapu, melalui teknik DNA barcoding dan studi filogeni. Metode ini akan memudahkan dalam identifikasi bahkan hingga pada tingkatan spesies jika dibandingkan dengan hanya menggunakan metode identifikasi berdasarkan karakter morfologi. Penelitian ini menggunakan sampel ikan kerapu genus Epinephelus sebanyak 39 individu yang diambil dari perairan Lombok 12 individu, Karimunjawa 11 individu, Lampung 4 individu, Kendari, Madura, Numfor dan Tanakeke masing-masing 3 individu. Sampel dipreservasi kemudian dilanjutkan dengan proses ekstraksi, amplifikasi PCR (Polymerase Chain Reaction) dan elektroforesis di Laboratorium Biodiversitas dan Biosistematika Kelautan, Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan, IPB. Tahapan sekuensing selanjutnya dikirim ke Berkeley Sequencing Facility, USA dengan metode Sanger, didapatkan panjang sekuen semua sampel sebesar 526bp. Analisis data menggunakan program MEGA 6.0.5 dengan metode filogenetik Neighbor Joining (NJ) dan Maksimum Likelihood (ML), model evolusi Kimura 2-parameter dan replikasi bootstraps 1000x. Dari pohon filogeni terbentuk sebanyak tujuh clade. yaitu Epinephelus areolatus, Epinephelus merra, Epinephelus fasciatus, Epinephelus longispinis, Epinephelus coioides, Epinephelus ongus dan Epinephelus coeruleopunctatus. Selain itu, jarak genetik terdekat didapatkan adalah Epinephelus ongus dan Epinephelus coeruleopncstatus dengan jarak genetik 0.091 (9%) dan jarak genetik terjauh antara Epinephelus ongus dan Epinephelus merra dengan jarak genetik 0.178 (18%).
Keyword: Keragaman Genetik, Filogeni, Epinephelus, Perairan Indonesia

Judul: Analisis Filogenetik Beberapa Kerapu Subfamili Epinephelinae (Serranidae) Indo-Pasifik Barat Dari Perairan Indonesia.
Abstrak: Kelompok ikan serranid dari subfamili Epinephelinae terdiri atas sekitar 159 spesies yang termasuk dalam 15 genera, umumnya dikenal sebagai ikan kerapu, rockcods, hinds, dan seabasses. Ikan komersial penting ini merupakan ikan penghuni dasar perairan yang dapat ditemukan di daerah perairan tropis maupun subtropis. Sebagian besar spesies ikan ini menghuni habitat terumbu karang, sedangkan sebagian lainnya hidup di muara atau karang berbatu. Kerapu memiliki nilai ekonomi tinggi, namun kalsifikasi dan hubungan evolusi mereka seringkali terkendala oleh jumlah spesies yang luar biasa banyak, distribusi yang luas, serta kurangnya keahlian dalam identifikasi morfologi. Hal ini menyebabkan apapun jenis ikan yang tertangkap di lapangan dari anggota subfamili Epinephelinae seluruhnya disebut sebagai kerapu. Wilayah Indo-Pasifik memiliki jenis ikan kerapu yang paling beragam daripada daerah lain seperti di Atlantik Barat, Atlantik Timur, dan Pasifik Timur. Oleh karena itu perairan Indo-Pasifik menjadi wilayah yang sangat menarik untuk memahami hubungan filogenetik ikan kerapu khususnya di wilayah perairan Indonesia. Dalam penelitian ini, digunakan ruas gen sitokrom oksidase c subunit 1 (CO1) sebagai penanda molekuler untuk menganalisis hubungan antara beberapa jenis kerapu dari wilayah perairan Indonesia. Spesimen diperoleh dari berbagai macam sumber termasuk hasil pancing tradisional, pasar ikan, dan tempat pelelangan ikan dari beberapa titik sampling yaitu Banda Aceh (Sumatera), Luwuk (Sulawesi), Kupang (East Nusa Tenggara), Pangandaran (West Java), Raja Ampat (Papua), Sinjai, and Selayar Island (South Sulawesi). Jaringan yang digunakan sebagai sumber DNA berasal dari otot dorsal, insang, serta sirip. Seluruh sampel jaringan untuk keperluan analisis molekuler disimpan dalam alkohol 95%. Sebanyak 26 urutan sekuen DNA dari 14 spesies kerapu dari wilayah perairan Indonesia yang termasuk ke dalam 5 genera (Anyperodon, Cephalopholis, Epinephelus, Plectropomus, dan Variola) berhasil diperoleh dan dipelajari hubungan kekerabatannya dalam penelitian ini. Beberapa sekuen juga telah didepositkan ke GenBank. Sebuah pohon filogeni yang dibangun menggunakan metode Neighbor-Joining (NJ) (Kimura 2-parameter) berhasil diperoleh berdasarkan runutan parsial gen CO1 dengan menggunakan Haemulon scuderii sebagai outgroup. Kemunculan Anyperodon dalam kelompok Epinephelus menyebabkan kelompok ini menjadi tidak monofiletik. Genus Cephalopholis lebih primitif dibandingkan genus Epinephelus. Plectropomus dan Variola menempati posisi basal dalam pohon filogeni, hal ini memungkinkan keduanya merupakan kelompok yang yang primitif diantara kelompok subfamili Epinephelinae yang lain. Hingga saat ini identifikasi fenotipik terhadap kelompok ikan serranid dilakukan berdasarkan perbedaan pola warna dan beberapa karakter morfologi, seperti jumlah jari-jari keras dan lunak, serta bentuk sirip ekor. Namun identifikasi berdasarkan pola warna dan beberapa karakter morfologi tersebut seringkali terkendala oleh adanya variasi intraspesifik serta perbedaan morfologi yang sangat mencolok pada satu spesies yang sama antara individu yang masih juvenil dengan individu yang telah dewasa sehingga menimbulkan kebingungan dalam penentuan spesies kelompok ikan serranid. Berkaitan dengan hal tersebut, salah satu contoh kasus yang diungkap dalam penelitian ini adalah penentuan spesies dari individu yang masih juvenile pada genus Epinephelus (Epinephelus erythtrurus). Analisis dilakukan dengan mengombinasikan identifikasi secara morfologi dan secara molekuler (CO1). Hasil penelitian ini diharapkan dapat berguna untuk dunia taksonomi dalam memahami analisis hubungan filogenetik antara beberapa jenis kerapu Indo Pasifik Barat di perairan Indonesia.
Keyword: CO1, Epinephelinae, Filogenetik, Indo Pasifik Barat, Kerapu

Judul: Enhancement of photon absorbtion on BaxSr1-xTiO3 thin films semiconductor using photonic crystals.
Abstrak: In this research, has been conducted BaxSr1-xTiO3 (BST) thin films manufacturing for mole fraction x = 0.25, 0.35, 0.45, and 0.55; and concentration of 1 molar using chemical solution depositon (CSD) method. The materials, which are used in this research, are barium acetate [Ba(CH3COO)2, 99%], strontium acetate [Sr(CH3COO)2, 99%], titanium isopropoxide [Ti(C12O4H28), 97.999%], gallium trioxide [Ga2O3], 2-methoxyethanol [H3COOCH2CH2OH, 99%] and 1 x 1 cm of transparent conductive oxide (TCO) glass as substrate. Two BST thin films are made that for BST thin films which are doped by 10% galium (BGST) as p-type layer and pure BST solution as n-type. BST solution is made by reacting barium acetate [Ba(CH3COO)2, 99%], strontium acetate [Sr(CH3COO)2, 99%] and titanium isopropoxide [Ti(C12O4H28)] into 2-methoxyethanol solvent [H3COOCH2CH2OH, 99%] in accordance with mass gram for each x value. While, BGST solution is made in the same way as BST solution, plus adding gallium at 10% of the mass of BST. Once all materials are reacted, then vibrated using ultrasonic for 90 minutes, and followed by coating BGST / BST on the TCO substrate. Once the layer is formed, then annealed for 15 hours at temperature of 500 °C with increasing rate of 1.67 oC/minute. Characterizations of BST thin films with or without photonic crystals include the absorbance and transmittance in the visible light spectrum, as well as the electrical photoconductivity characterizations. From BST thin films without photonic crystals indicate that our thin films have light absorption area on almost the entire range of the visible light spectrum even to the infrared range with absorption value over than 67.6%, in addition, it can be seen that the maximum absorbance of BST thin films for all mole fractions lie in blue to green light spectrum region, 457 nm ≤ λ ≤ 570 nm and the minimum in yellow to red light spectrum region, 570 nm ≤ λ ≤ 678 nm. The largest absorbance is found at x = 0.25 with average absorbance value of 92.04% and maximum and minimum absorbance peaks at wavelength of 500.89 and 657.72 nm, respectively. At x = 0.35, average absorbance value decreased to 83.55% with maximum and minimum peaks at 505.73 and 613.68 nm, respectively. Then increased to 91.16% at x = 0.45 with maximum and minimum peaks at 506.04 and 618.56 nm, respectively. At x = 0.55, average absorbance value decreased to 80.12% with maximum and minimum peaks at 507.85 and 608.79 nm, respectively. Moreover, it can be seen that the addition of barium mole fraction leads to wider maximum absorbance or minimum transmittance peaks and narrower minimum absorbance or maximum transmittance peaks in the same range of the green and blue & red light spectrums, respectively. BST thin films with photonic crystals show increasing in absorption for all x values in the range of 3.04 into 13.33%. At x = 0.25, average absorbance percentage increased 3.96% from 92.4 into 95.68%, for x = 0.35 average percentage increased 7.07% into 89.45 from 83.55%. Furthermore, average absorbance of BST thin films at x = 0.45 increased 3.04% from 91.16 into 93.93% and x = 0.55 has
Keyword: