Judul: Pencegahan Penyakit Motile Aeromonad Septicemia pada Benih Ikan Nila (Oreochromis niloticus) Umur 5, 10, dan 15 Hari Melalui Vaksinasi Induk Menggunakan Lipopolisakarida Aeromonas hydrophila
Abstrak: Penyakit Motile Aeromonad Septicemia (MAS) merupakan penyakit yang disebabkan oleh bakteri Aeromonas hydrophila. Bakteri A hydrophila adalah bakteri yang menyerang ikan mulai dari stadia benih hingga dewasa. Penelitian ini bertujuan untuk menguji efikasi vaksin lipopolisakarida (LPS) A. hydrophila yang diberikan ke induk terhadap parameter imun dan ketahanan benih umur 5, 10, dan 15 hari yang dihasilkan terhadap infeksi patogen A. hydrophila. Bobot induk nila yang digunakan 177±13,00 gram dengan panjang induk 20±0,58 cm. Vaksinasi dilakukan dengan metode injeksi intraperitoneal (IP) dengan dosis 0,1 mL LPS A. hydrophila dan 0,1 mL PBS untuk perlakuan kontrol. Uji tantang dilakukan pada benih berumur 5, 10, dan 15 hari setelah menetas dari induk yang divaksin dan tidak divaksin. Pemberian vaksin LPS A. hydrophila pada induk mampu memproteksi benih ikan nila dari penyakit MAS, ditunjukkan pada nilai titer antibodi dan aktivitas lisozim antara perlakuan induk yang divaksin dan tidak divaksin (P<0,05), dengan nilai RPS sebesar 86% dan 71% masing-masing pada benih umur 5 dan 10 hari.
Keyword: Aeromonas hydrophila, imun, lipopolisakarida, nila, vaksin

Judul: Durasi Proteksi Vaksin Koktail Untuk Pencegahan Penyakit Motile Aeromonads Septicemia Dan Streptococcosis Pada Ikan Nila (Oreochromis Niloticus).
Abstrak: Ko-infeksi bakteri Aeromonas hydrophila dan Streptococcus agalactiae rentan terjadi pada budidaya nila, sehingga pencegahan menggunakan vaksin koktail yang mengandung kedua bakterin tersebut merupakan langkah yang tepat untuk pengendaliannya. Vaksinasi ikan bertujuan untuk menginduksi respons imun spesifik yang ditunjukkan oleh peningkatan produksi antibodi pada ikan yang divaksinasi. Evaluasi vaksin yang berhubungan dengan kekebalan protektif akan menjadi alternatif yang dapat dilakukan untuk pengujian. Metode konvensional seperti aglutinasi serum hanya dapat dilakukan ketika tingkat antibodi yang dihasilkan relatif tinggi. Untuk mendeteksi respons antibodi dengan konsentrasi yang kurang atau sangat kecil, metode yang lebih sensitif akan lebih membantu memberikan hasil yang optimal. Penelitian dilakukan dalam dua tahap yaitu pengembangan metode ELISA untuk mendeteksi respons imun spesifik dan menganalisis durasi proteksi vaksin koktail untuk pencegahan penyakit motile aeromonads septicemia (MAS) dan streptococcosis pada ikan nila (O. niloticus). Penelitian tahap pertama dilakukan untuk pengembangan metode ELISA melalui penentuan konsentrasi optimum antigen kemudian menganalisis respons imun spesifik (antibodi) ikan nila yang divaksinasi dengan menggunakan konsentrasi optimum antigen yang diperoleh. Berdasarkan penghitungan kepadatan sel dan konsentrasi protein antigen diperoleh hasil A. hydrophila lebih tinggi sebesar 1,84 x 1011 CFU/mL dan 3.54 mg/mL dibandingkan dengan S. agalactiae 0,74 x 109 CFU/mL dan 0.05 mg/mL. Konsentrasi optimum antigen A. hydrophila dan S. agalactiae untuk penentuan antibodi ikan nila menggunakan indirect - ELISA masing-masing sama yaitu sebesar 10 μg/mL. Konsentrasi tersebut dapat digunakan untuk mendeteksi antibodi spesifik terhadap A. hydrophila dan S. agalactiae pada ikan nila yang divaksinasi. Penelitian tahap kedua dilakukan untuk menganalisis durasi imunitas protektif terhadap A. hydrophila dan S. agalactiae pada ikan nila (O. niloticus) yang divaksin dan korelasinya terhadap tingkat mortalitas setelah uji tantang. Uji tantang dilakukan untuk tiga periode, yaitu pada hari ke-22, 50 dan 78 pascavaksinasi ikan dengan infeksi tunggal A. hydrophila 108 CFU/mL, S. agalactiae 104 CFU/mL dan ko-infeksi dari kedua jenis bakteri tersebut. Tingkat mortalitas ikan yang divaksinasi setelah uji tantang berbeda nyata dengan kontrol (P<0,05) dengan persentase mortalitas paling rendah diperoleh setelah uji tantang hari ke-50. Mortalitas yang diperoleh adalah 10%, 20% dan 20% masing-masing diuji tantang dengan A. hydrophila, S. agalactiae dan ko-infeksi, sedangkan mortalitas kontrol diperoleh 83,3%, 73,3%, dan 83,3%. Konsentrasi antibodi spesifik pada ikan yang divaksin lebih tinggi dibandingkan kontrol, dan terdapat korelasi antara antibodi yang dihasilkan dengan tingkat mortalitas ikan setelah diuji tantang.
Keyword: vaksin, Aeromonas hydrophila, Streptococcus agalactiae, antibodi, indirect-ELISA

Judul: Penyusunan Overlap Graph menggunakan Suffix Tree pada DNA Sequence
Abstrak: The DNA sequence assembly is very important in genome analysis. This step aims to reconstruct contigous DNA fragment (contigs) from short fragment by concatenating fragments based on the overlap region among them. This method employs overlap graph for solving the problems. In this graph, nodes represent fragments and edges represent overlap. This research developed a software for constructing overlap graph using suffix tree. The evaluation was conducted by measuring the number of nodes, number of edges, and the execution time in many values of minimum overlap. The minimum overlap is defined as the minimum length of substring which is considered as the overlap region between two fragments. The evaluation results showed that the number of nodes, the number of edges, and the execution time were increased with the decreasing of the minimum overlap value.
Keyword: