Judul: Uji Beda Ketebalan Integrasi pada Pantulan Pertama dan Kedua Hasil Deteksi Akustik
Abstrak: Bottom waters are habitat of biota and vegetation. Basic data retrieval waters using hidroakustik data retrieval in the Seribu Islands aims to analyze the differences in the thickness of the integration of the first echo (E1) and second echo (E2) based on the detection of Acoustic Backscattering Volume. The data obtained is then processed and analyzed using the program Echoview 4.0. Classification bottom waters at station 8 grabs done by Acoustic backscattering values of E1 and E2 Volumes bottom waters. Based on the data processing, in getting the results that 5 of 8 observation stations have muddy sand substrate and the other 3 in the form of sand. SV maximum value of 0,10 meters in thickness integration is -9,05 dB, the minimum value is -56,20 dB. For the integration of 0,20 meters thickness, the maximum value in the SV is equal to -8,02 dB get, with a minimum value of -54,59 dB. As for the SV maximum and minimum values on the thickness of the integration of 0,30 meters respectively are -8,02 dB and -53,32 dB.
Keyword: second echo., first echo, thickness integration, Integration, Acoustic backscattering volume

Judul: Perbedaan Ketebalan Integrasi Dasar Perairan dengan Instrumen Hidroakustik Simrad EY-60 Di Perairan Kepulauan Pari.
Abstrak: Kegunaan data akustik salah satunya untuk menyediakan informasi mengenai dasar perairan. Backscatter merupakan suara yang diterima oleh transmitter yang berasal dari sedimen-permukaan perairan ataupun dari lapisan sedimen. Tujuan dari penelitian ini adalah menganalisis perbedaan ketebalan integrasi dasar perairan sebesar 0,20 meter dan 0,40 meter dengan menggunakan instrumen hidroakustik SIMRAD EY-60 berdasarkan nilai acoustic backscattering volume (SV) dasar perairan. Pengambilan data akustik dilakukan pada tanggal 18 dan 19 Nopember 2008 di perairan Kepulauan Pari. Letak geografis lokasi penelitian berada pada 05° 50′ LS hingga 05° 53′ LS dan 106° 34′ BT sampai 106° 38’ BT. Lokasi berada pada perairan yang relatif dangkal yaitu dengan kedalaman berkisar 10-90 meter. Pengolahan dan analisis data mulai dilakukan pada bulan Desember 2008 dan berakhir hingga bulan April 2009. Pengambilan data akustik menggunakan perangkat SIMRAD EY-60 scientific echosounder system, dengan frekuensi operasi 120 kHz. Pengolahan data Perairan Kepulauan Pari dilakukan dengan menggunakan Echoview4.0. Klasifikasi dasar perairan pada 6 stasiun grab dilakukan berdasarkan nilai backscattering volume (E1 dan E2) dari dasar perairan. Gambaran umum dari seluruh perairan menggunakan nilai E1 (karena banyak file yang tidak memiliki pantulan E2). Analisis data substrat dengan menggunakan metode ayakan sedimen bertingkat dengan menggunakan tujuh fraksi (0,053 μm- 1mm). Berdasarkan hasil analisis sedimen dari 6 stasiun pengamatan diketahui bahwa 1 stasiun bersubstrat pasir berlumpur dan 5 stasiun lainnya bersubstrat pasir sangat halus. Nilai SV pada ketebalan integrasi 0,2 meter memiliki nilai maksimum sebesar -10,36 dB, nilai minimum sebesar -43,33 dB, dan rata-rata sebesar -13,64 dB. Nilai SV pada saat ketebalan integrasi 0,4 meter memiliki nilai maksimum sebesar -10,34 dB, nilai minimum sebesar -43,33 dB, dan ratarata sebesar -11,69 dB. Nilai SV-E1 dasar perairan baik pada ketebalan integrasi 0,40 m memberikan nilai yang lebih besar bila dibandingkan dengan nilai SV-E1 pada ketebalan integrasi 0,20 m. Hal ini menandakan bahwa sedimen yang terkandung pada setiap ketebalan memiliki sifat yang berbeda. Perbedaan nilai integrasi ini diduga dengan ketebalan 0,20 m umumnya sedimen lebih bersifat unconsolidated dibandingkan ketebalan 0,40 m.
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA