Judul: Analisis Ekspresi Gen CYP Ganoderma boninense yang Diinfeksikan pada Tanaman Kelapa Sawit In Vitro
Abstrak: Kelapa sawit merupakan salah satu komoditas perkebunan yang sangat penting di Indonesia, namun komoditas ini sering kali menghadapi penyakit busuk pangkal batang (BPB). Penyakit ini biasanya disebabkan oleh Ganoderma boninense. Salah satu pendekatan yang potensial untuk mempelajari terkait infeksi penyakit ini adalah melalui identifikasi gen cyclophilins (CYP) yang diketahui sebagai faktor virulensi Ganoderma boninense. Tujuan penelitian ini adalah menganalisis ekspresi gen cyclophilins (CYP) Ganoderma boninense yang diinfeksikan pada tanaman kelapa sawit secara in vitro (metode qPCR). Fragmen gen target diperoleh dengan mengamplifikasi cDNA Ganoderma boninense menggunakan primer GbCYP203 dan GbCYP205. Ekspresi gen target dianalisis menggunakan qPCR, dengan gen α-tubulin sebagai gen referensi dan kontrol negatif sebagai kalibrator. Gen target telah berhasil terekspresi pada semua isolat Ganoderma boninense yang digunakan. Gen GbCYP203 berperan pada tahap awal infeksi yaitu pada waktu 2 dan 4 minggu, sedangkan gen GbCYP205 berperan pada tahap akhir infeksi yaitu pada waktu 6 dan 8 minggu.
Keyword: cyclophilins (CYP), Ganoderma boninense, penyakit busuk pangkal batang, qPCR, tanaman kelapa sawit.

Judul: Potensi Bakteri Endofit Sebagai Agens Biokontrol Penyakit Busuk Pangkal Batang (Ganoderma boninense) pada Tanaman Kelapa Sawit
Abstrak: Kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.) merupakan salah satu komoditas penting di Indonesia. Salah satu penyakit serius dan merugikan pada perkebunan kelapa sawit adalah penyakit busuk pangkal batang (BPB) yang disebabkan oleh cendawan G. boninense. Mekanisme pengendalian yang biasa dilakukan adalah penggunaan bibit yang toleran, pembuatan parit isolasi, sanitasi batang dan akar yang telah terinfeksi serta penggunaan agens biokontrol seperti Trichoderma. Teknik pengendalian biologis menggunakan bakteri, khususnya bakteri endofit masih belum banyak dilaporkan. Tujuan penelitian ini adalah untuk memperoleh dan mengevaluasi isolat bakteri endofit yang potensial sebagai agens biokontrol penyakit busuk pangkal batang (G. boninense). Penelitian dilakukan sejak bulan Oktober 2018 sampai Juni 2019. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Nematologi Tumbuhan Departemen Proteksi Tanaman IPB dan Laboratorium Bioteknologi PT SMART Tbk, Sentul, Bogor. Penelitian terdiri atas beberapa tahap yaitu: (1) eksplorasi dan seleksi bakteri endofit dari akar kelapa sawit dan akar pinang; (2) evaluasi potensi bakteri endofit terhadap G. boninense secara in-vitro dan rumah kaca; (3) karakterisasi fisiologis dan respons tanaman terkait ketahanan dengan analisis enzim peroksidase dan total protein; (4) identifikasi bakteri endofit secara molekuler. Sebanyak 45 isolat berhasil diisolasi dari akar kelapa sawit dan 43 isolat dari akar pinang. Tujuh isolat lolos dalam uji keamanan hayati yang meliputi uji hipersensitivitas dan hemolisis. Uji antibiosis in-vitro terhadap G. boninense juga digunakan 8 isolat koleksi bakteri endofit Departemen Proteksi Tanaman, total isolat yang diuji dalam uji antibiosis yaitu 15 isolat. Isolat dengan penghambatan tertinggi adalah EG26, EG113, AC112, APE35, dan BAT27 dengan persentase penghambatan masing-masing 56.80%, 56.51%, 56.11%, 53.62%, dan 41.28%. Isolat bakteri endofit mampu menekan kejadian dan keparahan penyakit busuk pangkal batang pada bibit kelapa sawit, dengan persentase penekanan kejadian penyakit berkisar antara 50-100% dan penekanan keparahan penyakit sebesar 60- 100%. Karakterisasi fisiologis menunjukkan isolat BAT27 mampu mendegradasi kitin, isolat APE35 mampu melarutkan fosfat, dan ke 5 isolat mampu memproduksi siderofor. Hasil analisis aktivitas peroksidase menunjukkan bahwa tanaman yang diinokulasi bakteri endofit memiliki nilai unit aktivitas enzim peroksidase yang lebih tinggi dibandingkan dengan kontrol, begitu juga dengan analisis kandungan total protein. Hasil identifikasi molekuler menggunakan sikuens gen 16S rDNA menunjukkan bahwa isolat EG26 identik dengan Bacillus subtilis, EG113 identik dengan B. velezensis, AC112 identik dengan B. toyonensis, APE35 identik dengan B. siamensis, BAT27 identik dengan B. toyonensis. Hasil penelitian menunjukkan bahwa bakteri endofit mampu dimanfaatkan dalam pengelolaan penyakit busuk pangkal batang (G. boninense) pada tanaman kelapa sawit.
Keyword: Bacillus, biokontrol, pemacu pertumbuhan, enzim peroksidase

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: