Judul: Pre-Treatment of Enzymatic Hydrolysis on Collagen Detection by qPCR and ATR-FTIR
Abstrak: Kolagen memiliki peran penting dalam industri makanan, kosmetik, dan farmasi. Kemungkinan terjadinya kontaminasi dan pencampuran kolagen dari sumber non-halal (seperti kolagen babi) merupakan masalah utama bagi konsumen muslim, sehingga perlu dilakukan pengujian laboratorium. Quantitative PCR (qPCR) dapat digunakan sebagai salah satu metode pengujian DNA yang sensitif dan spesifik dalam mendeteksi sumber bahan sampel, tetapi metode ini memiliki kelemahan dalam mendeteksi kolagen karena adanya aktivitas inhibisi yang menghambat proses amplifikasi. Inhibitor tersebut berupa asam amino Gly- Pro-Hyp (glisin-prolin-hidroksiprolin) dengan struktur triple helix. Aktivitas inhibisi tersebut dapat dihilangkan, salah satunya dengan hidrolisis enzimatik menggunakan kolagenase dan papain. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi kolagen babi dengan metode qPCR. Tujuan khususnya, yaitu (1) mengevaluasi metode pra-perlakuan dengan hidrolisis enzimatik sehingga hidrolisat kolagen tersebut dapat dianalisis dengan menggunakan qPCR, (2) membandingkan profil gugus fungsional kolagen sebelum dan setelah hidrolisis dengan analisis ATR- FTIR. Secara umum, penelitian ini terdiri dari 3 tahap yaitu (1) hidrolisis dengan enzim sebagai pra-perlakuan (2) identifikasi DNA hidrolisat kolagen dengan metode qPCR secara duplo, (3) deteksi gugus fungsi kolagen sebelum dan setelah hidrolisis menggunakan ATR-FTIR. Terdapat tiga jenis sampel pada penelitian ini, yaitu kolagen babi sebelum hidrolisis, sampel kolagen babi hidrolisis papain dan asam format, serta sampel kolagen babi hidrolisis kolagenase. Tahap hidrolisis sebagai pra-perlakuan dilakukan dengan beberapa konsentrasi enzim, proses hidrolisis papain pada konsentrasi 60 IU dan 100 IU selama 8 jam, sedangkan proses hidrolisis kolagenase pada konsentrasi 50 IU, 100 IU, 300 IU, dan 500 IU selama 18 jam. Sampel kolagen yang berhasil dihidrolisis dan terdeteksi DNA babi, selanjutnya dideteksi menggunakan ATR-FTIR untuk melihat perbedaan gugus fungsi sebelum dan setelah hidrolisis. Analisis data hasil qPCR menggunakan metode deskriptif kuantitatif, sedangkan data hasil FTIR menggunakan metode deskriptif kualitatif. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pra-perlakuan hidrolisis kolagenase mulai konsentrasi 300 IU dapat mendeteksi DNA babi pada kolagen dengan nilai Ct FAM (babi) 35,16 dan 34,99 serta IPC sebesar 27,55 dan 27,04. Namun, pra- perlakuan hidrolisis papain pada beberapa konsentrasi belum mampu menghidrolisis kolagen babi dengan baik, sehingga DNA tersebut tidak dapat terdeteksi menggunakan qPCR. Hal ini diduga pada kolagen babi hidrolisis papain masih terdapat inhibitor. Analisis gugus fungsi kolagen babi menggunakan ATR- FTIR menunjukkan bahwa semua sampel (sebelum dan sesudah hidrolisis) mengandung gugus fungsi alkohol, fenol, alkana, dan 1-amina. Daerah serapan Amida A, Amida B, Amida I, Amida II, dan Amida III yang merupakan wilayah khas serapan kolagen, terdeteksi pada sampel sebelum hidrolisis. Sampel kolagen babi setelah hidrolisis papain tidak ditemukan gugus fungsi pada daerah serapan Amida B, sedangkan sampel setelah hidrolisis kolagenase tidak ditemukan gugus fungsi pada daerah serapan Amida B dan Amida III. Hal tersebut mengindikasikan bahwa inhibitor pada kolagen telah terhidrolisis oleh kolagenase, karena asam amino Gly-Pro-Hyp banyak tersusun dengan adanya atom C-N yang banyak ditemukan pada daerah serapan Amida III.
Keyword: ATR-FTIR, hidrolisis kolagen, kolagenase, kolagen babi, qPCR

Judul: Identification of Pork DNA Fragments in Gelatin Samples Using Real Time Polymerase Chain Reaction (qPCR) methods
Abstrak: Gelatin merupakan suatu jenis protein yang diperoleh melalui hidrolisis parsial kolagen dari kulit dan tulang hewan yang memiliki banyak fungsi untuk keperluan berbagai industri. Kebutuhan gelatin dalam negeri umumnya dipenuhi secara impor. Gelatin yang berasal dari kulit babi adalah yang tertinggi dari total produksi gelatin di dunia. Produk babi dan turunannya termasuk gelatin babi dilarang untuk dikonsumsi oleh Muslim, sehingga diperlukan adanya pengujian untuk mengetahui sumber gelatin. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi fragmen DNA babi pada sampel gelatin dengan menggunakan metode real time Polymerase Chain Reaction (qPCR) dengan primer dan probe sudah termasuk ke dalam master mix mericon Pig Kit. Sebanyak 53 sampel gelatin diekstraksi sesuai dengan prosedur standar dari DNeasy mericon Food Manual Book. Hasil ekstraksi sampel gelatin dikuantifikasi menggunakan nanodrop spectrofotometer 2000c dan diperiksa menggunakan kit komersial. Proses amplifikasi dilakukan sesuai dengan prosedur standar dari DNeasy mericon Pig Kit Handbook. Hasil uji qPCR mampu mengidentifikasi adanya fragmen DNA babi pada sampel gelatin yang ditunjukkan dengan nilai Ct<45. Sebanyak 4 sampel gelatin dari 53 sampel positif mengandung DNA babi, sedangkan 49 sampel gelatin menunjukkan hasil negatif. Uji qPCR dapat dijadikan sebagai metode pengujian untuk mengidentifikasi adanya fragmen DNA babi pada sampel gelatin., Gelatin is a protein obtained by hydrolysis of collagen from animal skin and bone that has great importance in many industry. Domestic gelatin is generally obtained by import. The raw materials used in gelatin production are highly from porcine sources. Porcine gelatin is forbidden for Muslim. For this reason, analytical methods to detect gelatin are needed to make sure the source of gelatin. The aim of this research was to identify the presence of pork DNA fragments in gelatin by real time PCR (qPCR) methods. The primer and probes of qPCR were included in mericon Pig Kit master mix. The samples consisted of 53 gelatins. They were extrated according to the procedure of DNeasy mericon Food Manual Book. The result of extracted gelatins was quantified by nanodrop spectrofotometer 2000c and examined by a commercial kit. The amplification process of gelatins was carried out according to the procedure of DNeasy mericon Pig Kit Handbook. The result showed that gelatins with pork DNA can be identified by Ct value<45. There were 4 samples positive contained pork DNA, while 49 samples were negatives. The qPCR methods can be used to identify the presence of pork DNA fragments in gelatin samples.
Keyword: DNA, gelatin, pork, qPCR

Judul: Utilization of terra/MODIS L1B data for analysis of horizontal wind profile in the troposphere
Abstrak: This study was concerned with horizontal wind derived from data collected with the Moderate-resolution Imaging Spectroradiometer (MODIS) on board the NASA’s Earth Observation System (EOS)-Terra satellite. The aim of this study is to develop a method for the estimation of horizontal wind movement in the troposphere based on Navier-Stokes equation. The method was applied to a calibrated and geolocated Terra/MODIS L1B 1 km data set. The data inputs to estimate surface temperature are retrieved from TIR (Thermal Infrared) bands 31 (10.780 μm to 11.280 μm) and 32 (11.770 μm to 12.270 μm). The obtained surface temperatures were later used to approximate geopotential height on a constant-pressure surface by using the modified Poisson equation. The main assumptions used are the hydrostatic equilibrium, ideal gas law, constant lapse rate and constant acceleration of gravity. Based on the distribution of geopotential height, the pressure gradient force is measured by the gradient of geopotential on an isobaric coordinate to present the horizontal wind profile. For certain topographic areas especially in the mountain ranges, there was a disadvantage of using pressure as a vertical coordinate which lead to inaccuracy. In spite of that, Terra/MODIS L1B data with 1 km spatial resolution can be used to estimate the horizontal wind movement in the troposphere.
Keyword: