Judul: Analisis Propagasi Akustik Bawah Air di Selat Sunda
Abstrak: Selat Sunda terletak di antara Pulau Jawa dan Sumatera yang menjadi salah satu Alur Laut Kepulauan Indonesia (ALKI 1). Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis propagasi akustik bawah air di perairan Selat Sunda bagian selatan pada Musim Peralihan 1 tahun 2020. Data diakses dari laman marine.copernicus.eu berupa data arus, suhu, salinitas, dan kedalaman di 4 stasiun yang berbeda dan diproses menjadi data lingkungan. Kecepatan suara akan diproses menggunakan formula Mackenzie menggunakan data suhu, salinitas, dan kedalaman. Model bellhop merupakan suatu metode beam tracing yang ditransmisikan melalui medium air laut menggunakan data lingkungan. Hasil simulasi menunjukkan adanya bermacam-macam propagasi suara yang terjadi pada setiap stasiun yang diamati akibat adanya faktor kedalaman transduser dan kedalaman perairan. Sudut half bim 5° dan 10° lebih merambat di dasar perairan karena gradien kecepatan suara negatif sedangkan pada pancaran half bim 15° menunjukkan adanya pancaran di permukaan dan dasar perairan. Semakin besar sudut beam maka jarak pancaran suara akan semakin menjauh, begitu juga sebaliknya., Sunda Strait located between Java and Sumatera and being one Indonesian Archipelagic Sea Lanes part. This study aimed to analyzing underwater acoustic propagation in the southern Sunda Strait waters during Transition Season 1 of 2020. Data was taken from marine.copernicus.eu website which were sea current, temperature, salinity, and depth in 4 different stations which will be processed into environment data. Speed of sound will be processed with MacKenzie formula using temperature, salinity, and depth data. Bellhop modelling is a beam tracing method which transmitted through sea water medium using environment data. At the study area found the presence of thermocline, halocline, and mixed layer. The simulation shows that there are various kinds of sound propagation occurred at each observed stations due to the transducer’s depth and water depth factor. At 5° and 10° half beam angle propagates more at the bottom because of negative speed of sound gradien whereas at 15° shows there is a propagation at the bottom and surface of waters. Greater the beam angle, the distance of the sound propagation will be further away and vice versa.
Keyword: bim, kecepatan suara, kedalaman, suhu, salinitas

Judul: Underwater Acoustics Propagation Using The Ray Tracing And Monterey-Miami Parabolic Equation Method In Shallow Waters Of Kayeli Bay Buru Regency
Abstrak: Posisi geografis Indonesia menjadi suatu keunggulan dibandingkan dengan negara-negara lain, baik dari segi geoekonomi, geopolitik, maupun geostrategi. Laut Indonesia tidak hanya penting bagi Indonesia, tetapi juga bagi dunia internasional. Perairan Indonesia terletak di perbatasan dengan negara lain dan sering dilalui lalu lintas laut dari negara lain. Dalam posisi seperti ini, Indonesia sangat rentan akan ancaman keamanan maritim karena meningkatnya jumlah arus pelayaran yang melintasi perairan Indonesia. Sementara itu, patroli yang dilakukan TNI AL masih berfokus pada pengamanan di daerah permukaan laut, sementara dengan kemajuan teknologi saat ini banyak kapal selam asing yang memanfaatkan daerah bawah air untuk melakukan operasi laut (Bada et al. 2017), disisi lain kedaulatan wilayah Indonesia perlu dijaga. Akustik bawah air kini secara rutin digunakan untuk memperkirakan kondisi akustik, merencanakan eksperimen maritim, perancangan sistem sonar yang optimal, dan memprediksi kinerja sonar di laut. Pemodelan memberikan cara yang efisien untuk memvalidasi kinerja desain sonar virtual secara parametrik dalam kondisi lingkungan yang berbeda dan memperkirakan kinerja sistem sonar yang ada di wilayah laut dan musim yang berbeda. Kajian mengenai propagasi perambatan suara dalam air perlu dilakukan untuk mengetahui karakteristik kecepatan dan pola perambatan suara di bawah air berdasarkan data salinitas, temperatur, kecepatan suara, dan kedalaman yang disimulasikan ke dalam pemrograman. Penelitian ini dimaksudkan untuk memberikan gambaran secara analitis maupun visual grafis dengan tujuan agar dapat digunakan untuk diaplikasikan ke berbagai macam keperluan baik dibidang riset, militer, dan di bidang kelautan lainnya. Penelitian ini dilakukan dengan membandingkan dua metode pemodelan propagasi akustik yaitu ray tracing model dan Monterey- Miami Parabolic Equation (MMPE). Pada metode MMPE digunakan tiga frekuensi dan empat tipe sedimen yang berbeda, frekuensi yang digunakan yaitu 1 kHz, 10 kHz dan 100 kHz dan tipe sedimen yang digunakan adalah clay, silt, pasir halus dan pasir kasar. Penelitian ini menggunakan data CTD (conductivity, temperature and depth) Teluk Kayeli yang merupakan perairan yang terdapat di Kabupaten Buru Provinsi Maluku dan terletak antara 3° 15’ 55’’– 3° 22’ 50”S dan 127° 01’35”– 127° 01’ 35” T. Nilai transmission loss (TL) dari hasil pemodelan menunjukkan kemampuan propagasi yang dimiliki gelombang akustik. Rentang nilai TL untuk model dengan frekuensi 1 kHz dengan tipe sedimen clay pada medium air berkisar antara 10 dB – 90 dB, pada lapisan sedimen clay berkisar antara 10 dB – 90 dB, dan pada lapisan batuan berkisar antara 20 dB – 110 dB. Untuk tipe sedimen silt, pada medium air berkisar antara 10 dB – 90 dB, pada lapisan sedimen silt berkisar antara 10 dB – 90 dB, dan pada lapisan batuan berkisar antara 20 dB – 110 dB. Untuk tipe sedimen pasir halus, pada medium air berkisar antara 10 dB – 100 dB, pada lapisan sedimen pasir halus berkisar antara 10 dB – 110 dB, dan pada lapisan batuan berkisar antara 20 dB – 110 dB. Untuk tipe sedimen pasir kasar, pada medium air berkisar antara 10 dB – 100 dB, pada lapisan sedimen pasir kasar berkisar antara 10 dB – 110 dB, dan pada lapisan batuan berkisar antara 20 dB – 110 dB. Rentang nilai TL untuk model dengan frekuensi 10 kHz dengan tipe sedimen clay pada medium air
Keyword: Acoustics propagation, Monterey-miami parabolic equation, Ray tracing, Perairan dangkal

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA