Judul: Perbedaan Ketebalan Integrasi Dasar Perairan dengan Instrumen Hidroakustik Simrad EY-60 Di Perairan Kepulauan Pari.
Abstrak: Kegunaan data akustik salah satunya untuk menyediakan informasi mengenai dasar perairan. Backscatter merupakan suara yang diterima oleh transmitter yang berasal dari sedimen-permukaan perairan ataupun dari lapisan sedimen. Tujuan dari penelitian ini adalah menganalisis perbedaan ketebalan integrasi dasar perairan sebesar 0,20 meter dan 0,40 meter dengan menggunakan instrumen hidroakustik SIMRAD EY-60 berdasarkan nilai acoustic backscattering volume (SV) dasar perairan. Pengambilan data akustik dilakukan pada tanggal 18 dan 19 Nopember 2008 di perairan Kepulauan Pari. Letak geografis lokasi penelitian berada pada 05° 50′ LS hingga 05° 53′ LS dan 106° 34′ BT sampai 106° 38’ BT. Lokasi berada pada perairan yang relatif dangkal yaitu dengan kedalaman berkisar 10-90 meter. Pengolahan dan analisis data mulai dilakukan pada bulan Desember 2008 dan berakhir hingga bulan April 2009. Pengambilan data akustik menggunakan perangkat SIMRAD EY-60 scientific echosounder system, dengan frekuensi operasi 120 kHz. Pengolahan data Perairan Kepulauan Pari dilakukan dengan menggunakan Echoview4.0. Klasifikasi dasar perairan pada 6 stasiun grab dilakukan berdasarkan nilai backscattering volume (E1 dan E2) dari dasar perairan. Gambaran umum dari seluruh perairan menggunakan nilai E1 (karena banyak file yang tidak memiliki pantulan E2). Analisis data substrat dengan menggunakan metode ayakan sedimen bertingkat dengan menggunakan tujuh fraksi (0,053 μm- 1mm). Berdasarkan hasil analisis sedimen dari 6 stasiun pengamatan diketahui bahwa 1 stasiun bersubstrat pasir berlumpur dan 5 stasiun lainnya bersubstrat pasir sangat halus. Nilai SV pada ketebalan integrasi 0,2 meter memiliki nilai maksimum sebesar -10,36 dB, nilai minimum sebesar -43,33 dB, dan rata-rata sebesar -13,64 dB. Nilai SV pada saat ketebalan integrasi 0,4 meter memiliki nilai maksimum sebesar -10,34 dB, nilai minimum sebesar -43,33 dB, dan ratarata sebesar -11,69 dB. Nilai SV-E1 dasar perairan baik pada ketebalan integrasi 0,40 m memberikan nilai yang lebih besar bila dibandingkan dengan nilai SV-E1 pada ketebalan integrasi 0,20 m. Hal ini menandakan bahwa sedimen yang terkandung pada setiap ketebalan memiliki sifat yang berbeda. Perbedaan nilai integrasi ini diduga dengan ketebalan 0,20 m umumnya sedimen lebih bersifat unconsolidated dibandingkan ketebalan 0,40 m.
Keyword: 

Judul: Identifikasi dan Klasifikasi Dasar Perairan Menggunakan Single Beam Echosounder.
Abstrak: Dasar perairan sangat penting untuk dipelajari dalam bidang kelautan dan perikanan karena merupakan habitat, tempat mencari makan, berlindung dari predator dan memijah untuk berbagai jenis organisme akuatik. Penelitian habitat dasar perairan biasanya menggunakan corer atau van veen grab, tetapi memiliki beberapa kelemahan seperti membutuhkan waktu yang lebih lama, jangkauan yang relatif sempit, dan lokasi yang terbatas. Metode yang dikembangkan saat ini untuk mempermudah penelitian dasar perairan adalah menggunakan teknologi hidroakustik yaitu suatu teknologi yang memanfaatkan perambatan gelombang suara untuk mendeteksi objek bawah air. Sistem identifikasi dan klasifikasi dasar perairan dengan menggunakan teknologi hidroakustik bertipe single beam echosounder dalam memperkirakan tipe substrat dan sifat geologikal dari jarak jauh di perairan Kepulauan Seribu belum banyak digunakan padahal memiliki harga yang lebih murah, mampu mengamati dan memetakan habitat dasar perairan. Simrad EK15 merupakan salah satu instrumen hidroakustik bertipe single beam echosounder yang didesain dengan frekuensi 200 kHz dan lebar beam 26° untuk berbagai macam keperluan baik untuk survei yang bersifat pergerakan maupun yang bersifat menetap pada aspek lingkungan perairan. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi, mengklasifikasi, menganalisis dan menghitung nilai hambur balik akustik dasar perairan dari rekaman transduser single beam echosounder menggunakan Echoview 4.00 yang diharapkan dapat melengkapi database nilai hambur balik akustik dasar perairan di Kepulauan Seribu dengan menggunakan Simrad EK15 serta dapat memberikan informasi terkait dengan solusi dalam mengetahui kondisi substrat dasar perairan secara mudah dan cepat. Pengambilan data dilakukan pada tanggal 4 – 7 Februari 2017 yang berlokasi di sekitar perairan Pulau Pramuka dan Panggang, Kabupaten Kepulauan Seribu – Jakarta Utara. Pengambilan data akustik dasar perairan dilakukan pada setiap stasiun pengamatan (10 stasiun) menggunakan Simrad EK15 yang dioperasikan secara stasioner selama 5 menit meggunakan frekuensi 200 kHz, transmitted power 46.08 W, ping rate 1000 dan pulse length yang digunakan adalah 0.08 ms. Selain itu, digunakan bantuan seperangkat laptop untuk menyimpan data secara real time, GPS (Global Positioning System) untuk mengetahui posisi lintang dan bujur, kapal nelayan sebagai wahan apung pemasangan alat survei akustik dan transek sebagai wahana penempatan transducer. Pengambilan contoh dasar perairan (sedimen) dilakukan pada 10 stasiun pengamatan di bawah transduser yang memiliki data akustik. Pengambilan contoh sedimen dilakukan setelah mengambil data akustik pada setiap stasiun pengamatan yang dilakukan dengan cara menyelam menggunakan scuba diving dan pipa paralon berdiameter 7.62 cm dengan panjang 30 cm yang ditancapkan ke dalam dasar perairan. Contoh sedimen yang diambil selanjutnya dibawa di laboratorium Pusat Penelitian Oseanografi Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (P2O LIPI), Jakarta Utara untuk dianalisis besar butir (grain size) sedimen melalui proses fraksinasi sedimen. Pengolahan data akustik dasar perairan dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak Echoview 4.00 pada ketebalan integrasi 6.00 cm di bawah permukaan dasar perairan tiap 20 ping. Nilai threshold yang digunakan untuk mengintegrasi nilai volume backscattering strength (SV) pada hambur balik pertama yang menggambarkan kekasaran (E1) dan hambur balik kedua yang menggambarkan kekerasan dasar perairan (E2) adalah dengan nilai minimum -40.00 dB dan nilai maksimum -20.00 dB. Nilai SV yang diperoleh dapat digunakan untuk mendapatkan nilai surface backscattering strength (SS). Selain itu, parameter sedimen dan nilai hambur balik akustik dasar perairan dianalisis menggunakan analisis komponen utama dan analisis pengelompokan. Hasil penelitian ini menunjukkan
Keyword: dasar perairan, echosounder, identifikasi, klasifikasi substrat, SS

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA