Judul: Dispersion Model 3D of Salinity in the Eastern part of Jakarta Bay
Abstrak: Perairan sisi timur Teluk Jakarta merupakan perairan dangkal yang memperoleh masukan air tawar dari beberapa sungai, dua diantaranya merupakan sungai dengan debit rata-rata tertinggi di Teluk Jakarta. Proses pencampuran massa air tawar dengan massa air laut di wilayah pesisir dapat mengakibatkan perubahan nilai salinitas. Analisis sebaran salinitas dapat digunakan sebagai indikator proses dinamika massa air di suatu perairan. Dinamika air yang terjadi di perairan sisi timur Teluk Jakarta sangat dipengaruhi oleh Angin Muson dan pasang surut (pasut). Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis pola sebaran salinitas di perairan sisi timur Teluk Jakarta pada 4 musim melalui model hidrodinamika 3 dimensi yang didasarkan pada hipotesa bahwa sebaran salinitas dipengaruhi oleh masukan air tawar, pasang surut dan angin. Model numerik 3 dimensi DHI MIKE 3 Flow Model FM digunakan untuk mengkaji sebaran salinitas di perairan sisi timur Teluk Jakarta. Simulasi model salinitas dilakukan pada empat musim, yaitu Musim Barat, Musim Peralihan I, Musim Timur dan Musim Peralihan II. Model tersebut diverifikasi menggunakan data observasi berupa arus, pasut, suhu dan salinitas. Hasil verifikasi model menunjukkan kesesuaian dengan data hasil pengukuran di sisi timur Teluk Jakarta. Pola arus di sisi timur Teluk Jakarta berdasarkan hasil model hidrodinamika bergerak ke arah utara (Musim Barat dan Musim Peralihan II) dan barat (Musim Peralihan I dan Musim Timur) mengikuti pola pergantian musim, dengan kecepatan berkisar antara <0,01 sampai 0,26 m/s. Kecepatan arus akan semakin kuat pada saat arah angin bersesuaian dengan kondisi muka laut, yaitu pada saat pasang di Musim Timur (kecepatan rata-rata 0.05 m/s) dan pada saat surut di Musim Peralihan II (kecepatan rata-rata 0.10 m/s). Hasil simulasi model salinitas menunjukkan bahwa variasi kecepatan angin, pasut, debit sungai dan curah hujan setiap musimnya merupakan faktor penting dalam mengontrol sebaran salinitas di sisi timur Teluk Jakarta. Pada saat debit sungai dan curah hujan meningkat disertai tingginya kecepatan angin (Musim Barat), pola sebaran massa air bersalinitas rendah (isohaline 28 psu) menyebar luas ke arah laut hingga jarak 4.8 km dari garis pantai pada lapisan permukaan. Sementara itu, pada Musim Timur saat debit sungai dan curah hujan menurun, serta rendahnya kecepatan angin, jarak sebaran massa air bersalinitas rendah di lapisan permukaan berkurang (3.0 km dari garis pantai). Sebaran massa air bersalinitas rendah ini dapat menyebar lebih luas ke arah laut pada saat kondisi surut. Hal ini dikarenakan dorongan energi pasut dari laut melemah, sedangkan aliran air tawar dominan. Masukan air tawar dan pencampuran yang disebabkan oleh angin dan pasut juga memainkan peranan penting terhadap struktur vertikal salinitas di sisi timur Teluk Jakarta. Stratifikasi massa air akan meningkat dengan meningkatnya masukan air tawar, kuatnya angin serta melemahnya energi pasut (surut), dan sebaliknya. Stratifikasi massa air (isohaline 1–28 psu) di Musim Barat dan Musim Peralihan I terbentuk pada lapisan permukaan hingga kolom perairan (stratifikasi tinggi) baik pada kondisi pasang maupun surut, masing-masing mencapai ketebalan 4.4 m (pasang) dan 6.2 m (surut) pada Musim Barat serta 2.2 m (pasang) dan 4.2 m (surut) pada Musim Peralihan I. Sementara itu, stratifikasi massa air (isohaline 1–28 psu) di Musim Timur dan Musim Peralihan II pada saat surut terbentuk pada lapisan permukaan hingga kolom perairan (masing-masing mencapai ketebalan
Keyword: massa air bersalinitas rendah, massa air bersalinitas tinggi, model 3D, sebaran salinitas, Teluk Jakarta, high salinity water, Jakarta Bay, low salinity water, model 3D, salinity dispersion model

Judul: Model Hidrodinamika dan Transpor Sedimen Kohesif pada Sistem Pesisir Teluk Jakarta
Abstrak: Pesisir merupakan wilayah yang dinamis karena berpotensi mengalami perubahan secara terus menerus akibat faktor alami seperti angin, arus dan gelombang, serta aktivitas antropogenik seperti pembangunan pada wilayah pesisir. Sebagai contoh adalah wilayah pesisir Teluk Jakarta. Proses hidrodinamika di perairan Teluk Jakarta dipengaruhi oleh rezim musim Laut Jawa, yaitu musim barat (Desember – Februari) dan musim timur (Juni – Agustus), yang berpengaruh terhadap perubahan variabilitas curah hujan dan debit aliran sungai. Teluk Jakarta, tempat bermuaranya sungai-sungai besar seperti Cisadane, Citarum, Ciliwung, Angke, Cakung, berpotensi mengalami masukan material dari sungai seperti partikel sedimen atau suspesi (TSS). Partikel halus atau biasa disebut sedimen kohesif, lebih mudah terbawa dan tersebar di perairan. Hal tersebut sering dikaitkan dengan penurunan estetika lingkungan, kualitas air, serta proses pendangkalan pelabuhan dan jalur navigasi terutama di muara dan pesisir. Penelitian ini bertujuan: 1) Mendeskripsikan karakteristik pasang surut, angin, gelombang, debit sungai, dan konsentrasi TSS berdasarkan perbedaan musim barat dan timur; 2) Memetakan pola arus permukaan pada bulan Maret (musim barat) dan bulan Agustus (musim timur) di perairan Teluk Jakarta; serta 3) Memetakan pola sebaran sedimen kohesif yang masuk dari berbagai muara sungai ke perairan Teluk Jakarta pada musim barat dan musim timur. Perubahan pola arus dan sebaran sedimen pada dua musim yang berbeda dapat dianalisis menggunakan pendekatan model hidrodinamika dan sediment transport. Pemodelan ini dilakukan menggunakan perangkat lunak OpenFlows dengan solusi volume hingga (finite volume), menghasilkan data time series, pola sebaran arus spasial, dan sebaran sedimen kohesif. Parameter yang terlibat antara lain pasang surut, batimetri, angin, gelombang, debit sungai, ukuran butir sedimen dasar dan kosentrasi Total Suspended Solid (TSS). Validasi hasil dilakukan menggunakan data observasi pada dua parameter utama hidrodinamika yaitu arus dan pasang surut, serta dilakukan pada dua musim yang berbeda yaitu bulan Maret mewakili musim barat dan bulan Agustus mewakili musim timur. Karakteristik angin, gelombang, curah hujan, dan debit sungai menunjukkan pola yang berbeda pada musim barat dan musim timur, yang membuktikan kuatnya pengaruh rezim musim dari Laut Jawa ke Teluk Jakarta. Perbedaan tersebut juga ditunjukkan oleh pola arus hasil model yang menunjukkan perbedaan arah dan kecepatan pada kedua musim. Selanjutnya pola sebaran TSS menunjukkan perbedaan luas sebaran dan konsentrasi pada musim barat dan timur. Pemodelan hidrodinamika dan sebaran sedimen sangat penting dilakukan sebagai langkah untuk mengetahui dampak yang ditimbulkan dari suatu fenomena alami (seperti perubahan musim), serta kegiatan antropogenik (seperti penambahan bangunan atau daratan) terhadap kondisi lingkungan perairan.
Keyword: Hydrodynamic, seasons, cohesive sediment, Jakarta Bay

Judul: Penyusunan Overlap Graph menggunakan Suffix Tree pada DNA Sequence
Abstrak: The DNA sequence assembly is very important in genome analysis. This step aims to reconstruct contigous DNA fragment (contigs) from short fragment by concatenating fragments based on the overlap region among them. This method employs overlap graph for solving the problems. In this graph, nodes represent fragments and edges represent overlap. This research developed a software for constructing overlap graph using suffix tree. The evaluation was conducted by measuring the number of nodes, number of edges, and the execution time in many values of minimum overlap. The minimum overlap is defined as the minimum length of substring which is considered as the overlap region between two fragments. The evaluation results showed that the number of nodes, the number of edges, and the execution time were increased with the decreasing of the minimum overlap value.
Keyword: