Judul: Populasi, Identifikasi dan Deteksi Fragmen Gen Penghasil Aflatoksin Aspergillus flavus pada Kacang Tanah dan Produk Olahannya
Abstrak: Aspergillus flavus merupakan spesies cendawan utama yang menghasilkan aflatoksin. Keberadaan cendawan ini dan aflatoksinnya pada bahan pangan menjadi masalah utama pada keamanan pangan. Penelitian ini bertujuan untuk menghitung populasi dan mengidentifikasi A. flavus dari biji kacang tanah dan produk olahannya, mendeteksi empat macam gen biosintesis aflatoksin dan produksi aflatoksinnya secara kualitatif, dan analisis filogenetik berdasarkan sekuen omt-1. Metode isolasi terlebih dahulu distandarisasi menggunakan kultur standar A. flavus 747 pada biji kacang tanah dengan parameter penghitungan nilai presisi, akurasi, limit deteksi dan limit kuantitasi. Sampel biji kacang tanah, kacang atom, kacang garing dan bumbu pecel diambil dari pasar tradisional di daerah Bogor, Depok dan Jakarta. Isolasi cendawan dilakukan menggunakan medium spesifik Aspergillus flavus parasiticus Agar. Identifikasi cendawan dilakukan berdasarkan morfologi dan molekuler menggunakan primer spesifik spesies, yaitu FVAVIQ1/FLAQ2 dan AFLA-F/AFLA-R. Deteksi bagian dari gen yang terlibat dalam biosintesis aflatoksin menggunakan 4 pasang primer, yaitu apa-2, nor-1, ver-1 dan omt-1. Produksi aflatoksin dideteksi dengan menumbuhkan isolat di media Coconut Agar Medium pada umur kultur 5 hari yang dipaparkan sinar UV dengan panjang gelombang 365 nm. Analisis pohon filogenetik dilakukan terhadap 3 perwakilan isolat menggunakan software Mega 5 dengan metode Neighbor Joining dan model Kimura 2-paramater serta bootsrap 1000 kali. Hasil uji standarisasi metode isolasi A. flavus menunjukkan bahwa metode yang digunakan memenuhi persyaratan. Populasi A. flavus 747 pada semua ampul yang diuji homogen dan stabil, dengan nilai akurasi 97.04-100%, presisi 1.1- 1.9%, limit deteksi 50 cfu/mL dan limit kuantitasi 120 cfu/mL. Hasil isolasi menunjukkan bahwa pada 36 sampel yang diuji, cendawan kelompok A. flavus hanya ditemukan pada biji kacang tanah dengan populasi sebanyak 0.01-5.52 x 104 cfu/g, dan tidak ditemukan pada produk olahannya. Sebanyak 18 isolat yang diperoleh diidentifikasi sebagai spesies A. flavus berdasarkan karakteristik morfologi dan molekuler dengan primer spesifik spesies menghasilkan amplikon berukuran sekitar 100 dan 413 bp. Hasil deteksi dengan 4 primer dari gen biosintesis aflatoksin menunjukkan bahwa semua isolat dapat teramplifikasi oleh primer apa-2 dan nor-1, 15 isolat teramplifikasi oleh primer omt-1 dan 13 isolat teramplifikasi oleh primer ver-1 yang secara berturut-turut menghasilkan ukuran amplikon sekitar 1032, 400, 895 dan 1024 bp. Sebanyak 3 dari 18 isolat yang tidak menghasilkan amplikon omt-1 tidak menghasilkan aflatoksin karena tidak berpendar di bawah paparan sinar UV. Hasil analisis pohon filogenetik menunjukkan bahwa isolat A. flavus B1 dan B2 yang toksigenik asal Bogor berada pada cabang yang terpisah dengan isolat A. flavus D1 asal Depok yang juga toksigenik
Keyword: Aspergillus flavus, gen biosintesis aflatoksin, kacang tanah, primer spesifik, sekuen omt-1

Judul: Karakterisasi Toksigenisitas Aspergillus flavus Asal Komoditas Pertanian di Indonesia
Abstrak: Serangan Aspergillus flavus toksigenik pada komoditas pertanian dapat memicu produksi aflatoksin. Salah satu aflatoksin yang dihasilkan Aspergillus flavus toksigenik adalah aflatoksin B1 yang bersifat genotoksik karsinogenik bagi manusia dan hewan ternak. Tujuan penelitian ini adalah memperoleh strain toksigenik dan atoksigenik dari koleksi isolat A. flavus, karakteristik toksigenisitas A. flavus menggunakan empat pasang gen biosintesis aflatoksin, serta potensi produksi aflatoksin secara kuantitatif. Total 50 strain A. flavus koleksi Laboratorium Fitopatologi, SEAMEO BIOTROP, yang diisolasi dari pala, jagung, kakao, lada putih, biji kopi, kacang tanah, dan tanah pertanian kacang tanah digunakan dalam penelitian ini. Strain A. flavus toksigenik BIO 33747 digunakan sebagai kontrol positif, sementara A. tamarii digunakan sebagai kontrol negatif untuk menguji spesifisitas antar spesies. Penelitian terdiri dari tiga tahapan, yaitu pertama penapisan strain A. flavus toksigenik dan atoksigenik dengan media 10% coconut agar medium (CAM), toksigenisitas strain dibedakan dari fluorensi yang dihasilkan di bawah penyinaran lampu UV. Tahap kedua karakterisasi potensi toksigenisitas A. flavus secara molekuler dengan multipleks polymerase chain reaction (PCR) menggunakan empat pasang gen biosintesis aflatoksin aflR, aflD, aflM dan aflP, untuk mendapatkan profil amplifikasi dari strain toksigenik dan atoksigenik. Pada tahap ini juga dilakukan optimasi variasi konsentasi primer dan DNA yang digunakan. Tahap ketiga pengukuran potensi produksi aflatoksin sebagai aflatoksin B1, B2, G1, dan G2 dengan high performance liquid chromatography (HPLC). Hasil penapisan terhadap 50 strain A. flavus menggunakan CAM menunjukkan 10 strain (20%) bersifat toksigenik, sementara 80% lainnya atoksigenik. Strain toksigenik berasal dari biji pala (5 strain), kacang tanah (3 strain), biji kakao (1 strain), dan lahan pertanian kacang tanah (1 strain). Karakterisasi toksigenisitas dan pengukuran potensi produksi aflatoksin dilakukan terhadap kesepuluh strain toksigenik dan 6 perwakilan strain atoksigenik. Hasil optimasi metode multipleks PCR menunjukkan konsentrasi 75 ng template DNA, dan 0,2 uM primer (untuk tiap pasangan primer) merupakan konsentrasi yang optimum. Profil amplifikasi multipleks PCR dengan menggunakan 4 pasang primer menunjukkan amplikon yang lengkap pada kontrol positif (BIO 747). Keempat amplikon aflP, aflR, aflM, aflD tervisualisasi berturut-turut pada ukuran 1235, 1100, 895, dan 400 pb. Sebanyak 6 (60%) strain toksigenik memiliki keempat amplikon yang mengindikasikan keberadaan gen aflP, aflR, aflM, aflD pada DNA genom strain tersebut. Sementara terdapat variasi delesi amplikon pada 40% strain toksigenik dan 100% strain atoksigenik yang diuji. Variasi pola delesi mengelompok dalam lima tipe. Tipe I, II, dan III merupakan variasi pola dengan delesi pada satu amplikon, berturut-turut pada aflP (BIO 3334), aflR (BIO 33211, BIO 3383), dan aflM (BIO 3376, BIO 3345, BIO 3381). Sementara variasi pola delesi dua amplikon aflR dan aflM terdapat pada tipe III (BIO 3315), dan tipe IV (BIO 3342, BIO 3382, BIO 33184) dengan delesi pada aflP dan aflM. Tidak terdapat delesi aflD pada semua A. flavus. Keempat primer menunjukkan spesifitas yang baik dengan tidak dihasilkannya satupun amplikon pada A. tamarii. Adanya variasi delesi amplikon pada beberapa strain toksigenik pada karakterisasi secara multipleks PCR, menunjukkan keempat pasangan primer aflP, aflR, aflM, aflD belum mampu membedakan strain toksigenik dengan atoksigenik dari A. flavus yang berasal dari Indonesia. Aflatoksin ditetapkan sebagai AFB1, AFB2, AFG1, dan AFG2 dengan metode HPLC. Hasil pengukuran kandungan aflatoksin menunjukkan kesepuluh strain toksigenik mampu memproduksi
Keyword: Aspergillus flavus, multipleks PCR, aflatoksin, toksigenik, HPLC

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: