Judul: Identifikasi Molekuler Nematoda Aphelenchoides besseyi Christie melalui Perunutan Nukleotida dan Asam Amino Gen Mitochondrial Cytochrome Oxidase I (Mt-CO1).
Abstrak: Aphelenchoides besseyi merupakan nematoda parasit bersifat tular benih penyebab penyakit pucuk putih pada tanaman padi. Identifikasi A. besseyi berdasarkan perunutan nukleotida dan asam amino belum pernah dilaporkan di Indonesia. Penelitian ini bertujuan mendeteksi dan mengidentifikasi A. besseyi pada lima varietas benih padi dengan perunutan nukleotida dan asam amino gen Mt-CO1. Metode penelitian, yaitu ekstraksi nematoda, perancangan primer, ekstraksi DNA nematoda, Polymerase Chain Reaction (PCR), Perunutan nukleotida dan asam amino. Analisis filogenetika dengan program BLAST, Clustal W, Bioedit v.7.0.5.3, MEGA v.6.06. Deteksi lima varietas padi (Pertiwi 1, Inpari 6, IPB 3S, Ciherang, dan Mekongga) melalui PCR dengan pasangan primer forward (5’-GATATGGGTGCAGGAACA-3’) dan reverse (5’-CTTCAGGGT GACCAAAGA-3’) berhasil mengamplifikasi fragmen DNA Mt-CO1 sekitar 400 pb. Hasil perunutan nukleotida diperoleh berukuran 370 nukleotida, yang ditranslasikan menjadi 109 asam amino. Homologi isolat A. besseyi Indonesia sebesar 100% dengan isolat asal Costa Rica, Jepang, Taiwan, dan homologi sebesar 99.7% nukleotida dan 99% asam amino dengan isolat asal Turki, Italia, Brazil, dan Spanyol. Homologi isolat Cina sebesar 97.8% nukleotida dan 94.4% asam amino. Perbandingan homologi dengan outgrup, isolat A. ritzemabosi asal Inggris sebesar 85.6% nukleotida dan 56.4% asam amino serta dengan isolat Bursaphelenchus sexdentati asal Yunani sebesar 84.3% nukleotida dan 57.4% asam amino. Perbedaan runutan nukleotida antar isolat terletak pada posisi nukleotida ke 8, 17, 20, 25, 65 dan 110, perbedaan runutan asam amino terletak pada posisi 3, 6, 7, 9, 21 dan 76. Hal ini menunjukkan bahwa isolat asal Indonesia memiliki kesamaan identik tinggi dan berkerabat sangat dekat dengan isolat asal Costa Rica, Jepang, dan Taiwan.
Keyword: analisis penyejajaran, homologi, PCR, perancangan primer, runutan

Judul: Karakterisasi Internal Transcribed Spacer (ITS) rDNA Nematoda Pucuk Putih (Aphelenchoides besseyi Christie).
Abstrak: dan dapat menyebabkan kehilangan hasil hingga 54%. Informasi mengenai nematoda A. besseyi di Indonesia masih sangat terbatas. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi A. besseyi berdasarkan daerah ITS dan menganalisis runutan nukleotida dari daerah ITS. Nematoda A. besseyi diekstraksi dari 6 g benih dari tujuh varietas padi, yaitu Ciherang, Gondo Roso, Hibrida Prima, Inpari Sidenuk, Pertiwi, Pandan Wangi, dan Sintanur. Ekstraksi nematoda dilakukan dengan metode Corong Baermann yang telah dimodifikasi. Identifikasi molekuler dengan PCR terdiri dari beberapa tahap, yaitu ekstraksi, amplifikasi, elektroforesis DNA, serta analisis perunutan nukleotida. Analisis perunutan dilakukan dengan program BLAST, ClustalW, Bioedit v.7.2.6, MEGA v.7.0. Amplifikasi DNA menggunakan pasangan primer spesifik forward (5’-ACA ATC GAG TTG GGA GTG-3’) dan reverse (5’-GGT CAG TGT CAT CAA TCG-3’). Hasil amplifikasi DNA A. besseyi diperoleh fragmen berukuran sekitar 750 bp. Hasil analisis penyejajaran diperoleh 555 nukleotida. Isolat A. besseyi asal Indonesia varietas Inpari Sidenuk, Ciherang, Hibrida Prima, dan Pandan Wangi menunjukkan homologi nukleotida 100% dengan isolat asal Cina dan Rusia, serta varietas Sintanur, Pertiwi, dan Gondo Roso memiliki homologi 100% dengan isolat asal India. Perbandingan homologi isolat asal Indonesia dengan outgroup isolat A. primadentus asal Iran menunjukkan kemiripan nukleotida 74.4%. Perbedaan runutan nukleotida antar isolat terletak pada posisi 216, 376, dan 448. Hal tersebut menunjukkan isolat asal Indonesia memiliki tingkat kesamaan yang tinggi dan berkerabat sangat dekat dengan isolat asal Cina, Rusia, dan India.
Keyword: analisis filogenetika, analisis penyejajaran, homologi, nukl

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: