Judul: Karakteristik oseanografi fisik di perairan samudera hindia timur pada saat fenomena indian ocean dipole (iod) fase positif tahun 1994/1995, 1997/1998 dan 2006/2007
Abstrak: Terdapat fenomena antar-tahunan di Samudera Hindia yang terjadi karena adanya interaksi antara atmosfer dan laut yang dikenal dengan nama Indian Ocean Dipole (IOD). Fenomena IOD merupakan struktur dua kutub yang ditandai dengan adanya perbedaan suhu muka laut terhadap normalnya. Anomali dari SPL selama peristiwa IOD mempunyai hubungan yang erat sekali dengan peristiwa anomali angin permukaan di pusat ekuator Samudera Hindia. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakter oseanografi fisik di perairan Samudera Hindia Timur pada saat fase pembentukan, fase pematangan dan fase peluruhan dari fenomena IOD positif. Tujuan yang kedua ialah untuk mengetahui perbandingan karakter oseanografi fisik di perairan Samudera Hindia Timur antara fenomena IOD positif pada tahun yang berbeda. Data yang digunakan dalam penelitian ini merupakan data rata-rata bulanan pada tahun terjadinya IOD positif tahun 1994, 1995, 1997, 1998, 2006 dan 2007. Parameter yang digunakan yaitu angin yang diperoleh dari ECMWF, arus yang diperoleh dari GFDL–NOAA, dan suhu yang diperoleh dari TAO – NOAA. Lokasi penelitian berada di 10o LU – 15o LS dan 90o BT – 125o BT. Pengolahan data untuk melihat sebaran spasial angin dan arus dengan menggunakan perangkat lunak Surfer 9, sedangkan ODV 4 digunakan untuk sebaran spasial dan vertical suhu. Analisis Empirical Orthogonal Function (EOF) dilakukan dengan menggunakan parameter suhu dan perangkat lunak MATLAB R2010a. Menguatnya Arus Khatulistiwa Selatan (AKS) pada musim peralihan I (Maret – Mei) diikuti dengan mulai mendinginnya SPL yang merupakan indikasi dari pembentukan fenomena IOD. Pada saat Angin Muson Tenggara (Juni – Agustus) dan permulaan musim peralihan II, di daerah selatan Jawa terlihat adanya upwelling yang kemudian semakin meluas hingga pada puncaknya yaitu bulan September (fase pematangan) dan mulai menghilang dibulan Oktober dengan memanasnya SPL di Samudera Hindia Timur pada bulan November (fase peluruhan). Berdasarkan analisis EOF dengan menggunakan 3 mode dimana mode 1 menjelaskan fenomena tahunan (IOD) dan mode 2 menjelaskan fenomena antartahunan sedangkan mode 3 menjelaskan fenomena semi-tahunan. Pada mode 1 variabilitas tertinggi berada pada wilayah selatan Jawa yang menandakan tingginya fluktuasi SPL di daerah tersebut. Fenomena IOD positif dengan amplitudo tertinggi terjadi pada tahun 1994 yang menandakan fenomena IOD terkuat. Mode 1 hingga mode 2 berturut-turut memiliki nilai eigen 52.2 %, 29.9 % dan 8.0 % dari total Variance of Sea Surface Temperature. Pada analisis lebih lanjut menggambarkan bahwa angin (terutama komponen u) memiliki pengaruh terhadap pola distribusi dari SST.
Keyword: 

Judul: Variabilitas arus, suhu dan angin di Perairan Barat Sumatera dan inter-relasinya dengan Indian Ocean Dipole Mode (IODM) dan El Nino Southern Oscillation (ENSO)
Abstrak: Di Samudera Hindia terbentuk sistem osilasi yang dikenal dengan Indian Ocean Dipole Mode (IODM). IODM merupakan fenomena yang disebabkan karena terbentuknya dua kutub anomali SPL (suhu permukaan laut) di perairan timur Samudera Hindia dan perairan barat Samudera Hindia (Saji et al., 1999). Di Samudera Pasifik juga terbentuk sistem osilasi yang dikenal dengan El Nino Southern Oscillation (ENSO). Adanya kedua fenomena ini mempengaruhi fluktuasi arus, suhu air laut dan angin di perairan barat Sumatera. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis variabilitas arus dan suhu di perairan barat Sumatera pada kedalaman 5, 25, 55, 75, 125, 155, 175, 250, 446, dan 617 meter pada periode Januari 1979 hingga Desember 2007. Menganalisis variabilitas angin permukaan di perairan barat Sumatera pada periode Januari 1979 hingga Desember 2007. Serta mengkaji hubungan antara variabilitas arus, suhu dan angin permukaan di perairan barat Sumatera dengan IODM dan ENSO. Data yang digunakan dalam penelitian ini merupakan data bulanan ratarata dengan jangka waktu antara Januari 1979 hingga Desember 2007. Data arus dan suhu diperoleh dari GFDL-NOAA (http://www.gfdl.noaa.gov). Data angin dari ESRL-NOAA (http://www.esrl.noaa.gov). Data Dipole Mode Index (DMI) diperoleh dari JAMSTEC (www.jamstec.go.jp) dan data Southern Oscillation Index (SOI) dari BOM (http://www.bom.gov.au). Stasiun data arus dan angin terletak pada koordinat 5°LS dan 100°BT, sedangkan data suhu terletak pada koordinat 5,26°LS dan 100,5°BT.
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA