Judul: Analisis Keragaman Morfologi dan Biokimia pada Anggrek Phalaenopsis serta Analisis Keragaman Genetik dengan Marka SNAP
Abstrak: Pengembangan komoditas anggrek Phalaenopsis di Indonesia masih menghadapi beberapa kendala diantaranya; (1) kurangnya pemahaman terkait karakter atau sifat penting dan identitas calon tetua yang akan digunakan dalam persilangan, (2) kendala perbanyakan klonal dalam penyediaan bibit unggu, dan (3) kegiatan pemuliaan dalam merakit hibrida unggul baru yang belum sepenuhnya memenuhi kaidah pemuliaan tanaman. Serangkaian kegiatan penelitian dilakukan untuk mempelajari hubungan kekerabatan antar genotipe anggrek Phalaenopsis, mengetahui kandungan utama pigmen dan korelasi terhadap beberapa organ tanaman, analisis keragaman genetik dan pengembangan marka SNAP berbasis sekuen gen CHS. Percobaan pertama adalah melakukan karakterisasi terhadap 10 genotipe anggrek Phalaenopsis untuk mempelajari hubungan kekerabatan antar genotipe. Hasil analisis menunjukkan hubungan kekerabatan antar 10 genotipe berasarkan analisis kluster terbagi menjadi dua kelompok dengan koefisien kemiripan 55%. Berdasarkan karakter kuantitatif Phal. amabilis memiliki tipe bunga besar yang ditunjukkan oleh panjang dan lebar bunga, lebar sepal dorsal, panjang dan lebar petal. Phal. amabilisberpotensi digunakan dalam persilangan untuk memperoleh karakter bunga standar putih besar. Percobaan kedua adalah melakukan uji kandungan pigmen klorofil, antosianin, dan karoten terhadap organ daun, akar dan bungapada 10 genotipe anggrek Phalaenopsis. Hasil pengujian menunjukkan pada genotipe dengan warna dasar bunga pink atau ungu memiliki kandungan antosianin yang tinggi, sedangkan genotipe dengan warna dasar bunga kuning memiliki kandungan karoten yang tinggi. Korelasi positif yang nyata diperoleh pada kandungan pigmen antosianin pada daun atau akar dengan bunga yang terdapat pada genotipe Phal. hibrida PH37 dan Phal. hibrida kode „P1ROU1‟. Percobaan ketiga yaitu isolasi dan karakterisasi frgamen gen CHS pada 10 genotipe anggrek Phalaenopsis. Hasil percobaan menunjukkan diperoleh 20 sekuen fragmen gen CHS dari 10 genotipe anggrek Phalaenopsis dengan kisaran basa ~ 700 pb. Mutasi delesi dijumpai pada sekuen gen CHS hasil dari penelitian dengan dua tipe mutan yaitu alel mutan I dan alel mutan II. Alel mutan I terjadi mutasi delesi pada basa ke 686, sedangkan alel mutan II terjadi delesi pada basa ke 686 dan 696. Mutasi satu basa ditemukan sebanyak 13 posisi dan diperoleh empat haplotipe. Hasil analisis filogenetik runutan basa menunjukkan bahwa 20 sekuen terbagi menjadi dua kelompok. Hasil analisis filogenetik prediksi asam amino menunjukkan lima tipe sekuen unik yang diperoleh dari penelitian ini mengelompok pada satu klaster. Analisis prediksi runutan asam amino menunjukkan motif terkonservasi berdasarkan analisis pensejajaran terhadap beberapa sekuen aksesi lain dari data GeneBank. Percobaan keempat adalah analisis keagaman genetik dengan marka SNAP. Percobaan ini dilakukan dengan menggunakan 12 genotipe dan hibrida ii TSW 1102 anggrek Phalaenopisis dengan tiga pasang primer SNP. Hasil analisis pensejajaran diperoleh tiga situs SNP non-synonimous yang selanjutnya digunakan sebagai marka. Hasil percobaan menunjukkan marka SNAP dapat mengelompokkan 12 genotipe berdasarkan warna bunga dan pada populasi hibrida TSW 1102 mengelompok menjadi tiga kelompok berdasarkan kemiripan terhadap tetua betina, tetua jantan, dan rekombinasi atau hibrida dari kedua tetua. Uji khi-khuadrat dilakukan untuk menguji kesesuaian frekuensi alel dengan nisbah Mendel yang dilakukan pada populasi hibrida TSW 1102. Pada lokus SNP1_CHS menunjukkan frekuensi alel tidak memenuhi nisbah Mendel, sedangkan pada lokus SNP3_CHS memenuhi nisbah Mendel dengan nisbah 1:1.
Keyword: antosianin, chalcone synthase, karoten, kemiripan, SNP

Judul: Karakterisasi Morfologi Tanaman Anggrek Hasil Persilangan Phalaenopsis 'Salu Spot' x Phalaenopsis Bellina (Rchb.f) Christenson
Abstrak: Sumber keragaman genetik anggrek di Indonesia cukup tinggi dan dapat digunakan oleh pemulia untuk membuat persilangan baru. Karakterisasi morfologi merupakan salah satu cara untuk menganalisis anggrek yang berkarakter unggul. Penelitian ini dilakukan di Kecamatan Cipanas pada bulan Februari sampai April 2016 yang bertujuan menganalisis keragaman morfologi dari tanaman hasil persilangan anggrek Phalaenopsis ‘Salu Spot’ x Phalaenopsis bellina (Rchb.f.) Christenson, menganalisis keterkaitan antar parameter kuantitatif yang diamati dan menentukan tanaman yang potensial untuk dikembangkan menjadi varietas baru. Hasil analisis gerombol pada fase vegetatif seluruh tanaman, menunjukkan pembagian delapan kelompok tanaman dengan nilai koefisien korelasi kofenetik (r) sebesar 0,774 yang tergambar dalam bentuk dendrogram. Keragaman terbesar pada fase ini terletak pada jumlah daun dengan koefisien keragaman 44,40%. Pada fase generatif, bunga hasil persilangan terbagi menjadi dua kelompok dengan nilai ‘r’ sebesar 0,918. Berdasarkan analisis ragam pada tanaman berbunga, keragaman terbesar ditunjukkan oleh perbedaan jumlah kuntum bunga dengan tingkat keragaman 65,82%. Karakter yang memiliki hubungan kuat terletak pada panjang bunga dengan lebar bibir dan tebal daun. Selain itu, karakter lebar bunga juga menunjukkan hubungan yang kuat dengan lebar petal dan tebal daun.
Keyword: analisis gerombol, persilangan, Phalaenopsis

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: