Judul: Keragaman Genetik Dan Asal Penyu Belimbing (Dermochelys Coriacea) Di Sumatera
Abstrak: Penyu belimbing (Dermochelys coriacea) adalah salah satu dari tujuh spesies penyu di dunia. Distribusi spesies ini tersebar di perairan tropis dan sub-tropis. Habitat mencari makan dan bersarang spesies ini dapat ditemukan di beberapa tempat di Indonesia, mulai dari Sumatera sampai Papua. Sebagai salah satu habitat penyu belimbing, studi penyu belimbing di Sumatera perlu dilakukan. Hal ini dilakukan untuk memperoleh berbagai data sebagai pendukung pengelolaan perlindungan spesies ini. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman genetic dan pola konektivitas penyu belimbing dari Sumatra menggunakan penanda genetik mitokondria dan mikrosatelit. Sampel penyu belimbing dikumpulkan dari daerah peneluran penyu belimbing di Panga (Aceh Jaya) dan Lhoknga (Aceh Besar), Sumatera. Jaringan penyu belimbing yang diambil dari bagian flipper. Isolasi DNA dilakukan dengan menggunakan metode fenol/kloroform. Amplifikasi DNA ruas control region mitokondria dilakukan dengan menggunakan polymerase chain reaction (PCR). Primer yang digunakan untuk mikrosatelit adalah lokus B103, C102, L142, L143 dan L145. Berdasarkan hasil dari 763 bp control region, kami memperoleh 4 haplotipe dari 22 variasi. Haplotipe yang ditemukan menunjukkan bahwa pola konektivitas penyu belimbing Sumatera memiliki jalur migrasi ke Samudera Hindia dan Laut Cina Selatan. Haplotipe yang ditemukan di Sumatera yang sama dengan haplotipe yang ditemukan di Papua. Populasi di Sumatera memiliki keragaman genetik yang tinggi dibandingkan dengan Papua, namun perbedaan genetic antar populasi di Sumatera kecil. Hasil dari 5 lokus mikrosatelit menunjukkan konektivitas antara populasi penyu belimbing di Sumatera. Oleh karena itu, daerah yang menjadi lokasi penghubung spesies ini perlu diperhatikan dengan lebih baik. Kesimpulan dari penelitian ini adalah populasi penyu belimbing di Sumatera memiliki keragaman genetik yang tinggi. Populasi penyu belimbing di Sumatera memiliki perbedaan genetik yang kecil. Pola konektivitas menunjukkan bahwa penyu belimbing Sumatera memiliki jalur ke Samudera Hindia dan Laut Cina Selatan. Lima lokus mikrosatelit (B103, C102, L142, L143 dan L145) polimorfik pada populasi penyu belimbing di Sumatera.
Keyword: genetik, keragaman, Dermochelys coriacea, Sumatera, DNA, mikrosatelit

Judul: Genetic Characteristic of Giant Featherback (Chitala lopis) from Sumatra and Borneo using COI Gene
Abstrak: Ikan belida (Chitala lopis) merupakan salah satu jenis ikan air tawar yang memiliki nilai ekonomis tinggi di Indonesia. Ikan belida merupakan ikan konsumsi dan ikan hias karena tampilannya unik. Adanya aktivitas penangkapan (overfishing) dan perubahan lingkungan maupun kerusakan lingkungan perairan, dapat menyebabkan kelestarian ikan ini terancam punah. Salah satu upaya untuk menjaga kelestrian, yaitu dengan upaya konservasi genetik berdasarkan analisis gen mtDNA. Salah satu gen mtDNA yang sering digunakan yaitu gen Cytochrome Oxidase subunit I (COI), karena banyak digunakan sebagai DNA barcoding, identifikasi spesies, karakterisasi, pengelompokan spesies dari berbagai taksa dan menentukan sebaran populasi hewan. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengkaji karakteristik genetik ikan Belida (Chitala lopis) dari sebaran pulau Sumatra dan Kalimantan berdasarkan gen COI DNA Mitokondria. Sebanyak 10 individu ikan belida (Lampung 3, Riau 1, Kalimantan Barat 3, Kalimantan Selatan 3) digunakan dalam penelitian ini serta tambahan 3 sekuens pembanding (ingroup dan outgroup) dari GenBank. Analisis yang digunakan meliputi perhitungan jarak genetik, variasi nukleotida, polimorfisme, dan rekonstruksi pohon filogenetik menggunakan software MEGA 7.0. Hasil produk PCR dari 10 sampel ikan belida diperoleh sekuens dengan Panjang 707 pb. Hasil BLAST-n menunjukan percent identity 97.60% – 99.15% dengan nilai query cover sebesar 100% untuk semua sampel. Karakter gen COI ikan belida menunjukan hasil situs konservatif sebesar 687 pb (97.17%), situs variasi 20 pb (2.83%), situs parsimoni 17 pb (2.40%), dan singleton 2 pb (0.28%). Ditemukannya 13 situs polimorfisme bervariasi atau Single Nucleotide Polymorphism (SNP) pada populasi Sumatra dan Kalimantan. Sampel Kalimantan memiliki dua situs nukleotida spesifik geografik yang membedakan dengan sampel Sumatra. Kalimantan Barat memiliki dua situs nukleotida spesifik. Pada sampel Kalimantan Selatan menunjukan nukleotida spesifik yang lebih bervariasi dengan 9 situs nukleotida spesifik. Berdasarkan jarak genetik, perbedaan terbesar terletak pada sampel Kalimantan Selatan (1.63%) dibandingkan dengan semua sampel. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik menunjukan bahwa sampel Kalimantan Selatan berada pada group yang berbeda. Sampel Kalimantan Barat menunjukan kekerabatan lebih dekat dengan group Sumatra.
Keyword: Belida, COI, DNA Barcode, SNP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: