Judul: Komputasi Dan Analisis Sinyal Akustik Multibeam Echosounder Menggunakan Anglur Range Analisis (Ara) Dan K-Means Untuk Klasifikasi Dasar Perairan.
Abstrak: Pemetaan dasar perairan menggunakan metode multibeam sonar masih terus dilakukan di seluruh dunia. Multibeam memiliki kemampuan untuk melakukan pemeruman dengan cakupan yang luas, tingkat akurasi yang tinggi dan banyak digunakan untuk mengetahui karakteristik dasar perairan. Salah satu pendekatan yang digunakan untuk mengetahui tipe dasar perairan dan hubungannya terhadap sudut datang gelombang akustik yaitu melalui Angular Range Analysis (ARA). Penelitian ini bertujuan untuk menghasilkan nilai hambur balik menggunakan ARA, menampilkan mosaik hambur balik (backscatter) data multibeam, melakukan klasifikasi dasar perairan berdasarakan nilai hambur balik, ukuran sedimen (grain size), impedansi, dan tingkat kekasaran (roughness) akustik, menentukan jenis sedimen dasar laut menggunakan metode ARA Akuisis data akustik dilakukan dengan menggunakan multibeam echosounder Kongsberg EM 120 di perairan antara Pulau Nias dan Pulau Sumatera, tepatnya pada koordinat 1039’0’’N – 1040’30’’N dan 97034’30’’E – 97039’0’’E dengan menggunakan kapal riset SONNE milik Jerman. Pengolahan data nilai hambur balik dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak CARIS HIPS and SIPS. Analisis nilai hambur balik dilakukan dengan menggunakan XLStat. Penyajian informasi secara spasial dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak ArcGIS. Pengolahan data diawali oleh penerapan koreksi data terhadap pengaruh attitude, swath, dan navigation editor. Proses selanjutnya yaitu menghasilkan mosaik backscatter melalui proses GeoBaR (Georeference Backscatter). Ekstraksi GeoBaR akan menghasilkan nilai intensitas hambur balik di lokasi penelitian dalam satuan decibel (dB). Metode yang digunakan untuk mengelompokkan atau mensegmentasi data hambur balik adalah K-means. Jumlah kelas yang digunakan dalam penelitian ini yaitu 3 kelas berdasarkan scale class yang dibuat oleh Wenworth pada tahun 1922. Berdasarkan hasil clustering, diperoleh bahwa nilai hambur balik berada pada rentang -41,214 hingga -27,000 decibel (dB). Terdapat 3 jenis utama tipe dasar perairan di lokasi penelitian, yaitu pasir, lanau, dan lempung. Nilai intensitas terbesar dihasilkan oleh sedimen pasir. Parameter yang sangat menentukan kuat lemahnya sinyal kembali adalah ukuran diameter sedimen (mm), phi (ϕ) dan kekasaran (RMS) di sepanjang area survei. Ukuran diameter sedimen pada penelitian ini berada pada rentang 0.003 mm hingga 0.123 mm. Nilai phi yang diperoleh berada pada rentang 3,030 hingga 8,546. Berdasarkan karakteristik nilai kekasaran, pasir merupakan jenis sedimen yang paling kasar dibandingkan dengan jenis lainnya.
Keyword: Angular Range Analysis (ARA), klasifikasi dasar perairan, multibeam echososunder

Judul: Kuantifikasi Hambur Balik Akustik Dasar Laut Menggunakan Instrumen Multibeam Echosounder
Abstrak: Penggunaan teknologi multibeam di Indonesia masih terkendala terhadap jumlah dan penguasaan alat (sumber daya manusia). Pemahaman serta penguasaan teknologi multibeam ini merupakan hal yang sangat penting, oleh Karena itu di masa mendatang dalam tuntutan kebutuhan survei hidrografi di Indonesia akan semakin meningkat. Melalui pemanfaatan teknologi multibeam tik-titik kedalaman yang rapat dapat diukur secara simultan, cepat dan memiliki keakuratan yang tinggi. Sehingga akan memperkecil waktu pelaksanaan survei batimetri dan biaya operasi yang lebih efisien. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi dan kuantifikasi hambur balik akustik dasar laut juga menentukan klasifikasi jenis sedimen dasar. Penelitian ini diharapkan dapat bermanfaat untuk penentuan tipe substrat sedimen dasar laut dari nilai hambur balik yang kemudian dapat juga diterapkan di lokasi perairan lain. Selain itu hasil dari penelitian ini akan memberikan peta pola sebaran sedimen dasar perairan. Pelaksanaan survei dilakukan dengan kapal riset Geomarin 1, milik Pusat Penelitian dan Pengembangan Geologi Laut (PPPGL) dengan dua tahap. Pertama dilaksanakan pada tanggal 29 April sampai 3 Mei 2008. Tahap kedua Chilaksanakan tanggal 7-10 Mei 2008. Lokasi penelitian pada perairan Selat Malaka. Secara geografis berada pada koordinat 97° 30' 0"-98° 30' 0" BT dan 4° 40' 0"-5° 40' 0" LS melintasi dua kabupaten yaitu Aceh Timur dan Aceh Utara provinsi Nanggroe Aceh Darussalam. dst ...
Keyword: Multibeam echosounder, Backscatter, Seabed sediment

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA