Judul: Pencirian Genom Rice Tungro Bacilliform Badnavirus Isolat Bogor dengan Analisis Restriksi
Abstrak: Tungro sebagai salah salah satu penyakit penting pada tanaman padi yang ditularkan oleh Iima vektor dari ordo Homoptera dan vektor yang paling efektif menularkan adalah Nephotelfix virescens. Tungro disebabkan oleh virus yang mempunyai dua macam partikel, yaitu RTSV (rice tungro spherical waikavirus) berbentuk bulat dan RTBV (rice twzgro bacil/iform badnavirus) berbentuk seperti basil. Penelitian bertujuan untuk mengetahui ciri genom RTBV isolat Bogor menggunakan enzim restriksi dan penelitian ini diharapkan dapat bermanfaat sebagai tambahan informasi mengenai pencirian genom RTBV isolat-isolat Indonesia. Penelitian dilaksanakan di Rwnah Kaea Cikabayan dan Laboratorium Virologi Tumbuhan lPB yang dilaksanakan dari bulan Juni sampai Oktober 2004. Metode penelitian meliputi perbanyakan tanaman maupun serangga vektor yaitu wereng hijau N virescens, perbanyakan inokulum virus tungro, purifikasi virus, ekstraksi DNA RTBV, pemotongan DNA RTBV dengan enzim restriksi serta elektroforesis DNA hasil restriksi. Pemotongan DNA RTBV isolat Bogor dengan analisis restriksi menggunakan enzim EcoRI, EcoRV, dan PstI diperoleh pola pemotongan yang berbeda, berturut-turut menghasilkan dua fragmen, satu fragrnen, dan dua fragrnen.
Keyword: 

Judul: Keragaman gen protein selubung rice tungro bacilliform badnavirus isolat Sidrap, Mamuju dan Bogor
Abstrak: Tungro merupakan penyakit padi yang disebabkan oleh infeksi kompleks dua virus, rice tungro bacilliform badnavirus (RTBV) dan rice tungro spherical waikavirus (RTSV). Beberapa isolat virus tungro dilaporkan memiliki keragaman genetika pada gen protein selubung RTBV. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari keragaman gen protein selubung RTBV isolat Sidrap, Mamuju dan Bogor, dengan metode PCR-RFLP. Isolat virus tungro diperoleh dari dua daerah endemik tungro di Indonesia yaitu varietas TN 1 dari Sidrap (Sulawesi Selatan), varietas Ciherang dari Mamuju (Sulawesi Barat), serta Galur Harapan (GH) dari Bogor (Jawa Barat). Isolat RTBV Sulawesi diperoleh dari koleksi Loka Penelitian Penyakit Tungro, Lanrang, Sidrap, Sulawesi Selatan. Isolat RTBV Bogor diperoleh dari pertanaman padi milik petani di Ciputih, Kecamatan Darmaga, Kabupaten Bogor, Jawa Barat. Semua isolat dipelihara pada tanaman padi varietas rentan IR64 di rumah kaca dengan ditularkan menggunakan vektor Nephotettix virescens Distant (Hemiptera: Cicadellidae). Tanaman padi yang menunjukkan gejala penyakit tungro dipanen pada 10-15 hari setelah inokulasi. DNA total tanaman padi terinfeksi virus tungro diekstraksi dan gen protein selubung RTBV diamplifikasi menggunakan sepasang primer spesifik RTBV-2L dan RTBV-2R. Hasil amplifikasi dipotong dengan 4 enzim restriksi yaitu EcoRV, NsiI, PstI dan BclI. Pemotongan amplikon hasil PCR menggunakan enzim restriksi pada isolat Bogor tidak menunjukkan adanya keragaman gen protein selubung RTBV karena tidak terpotong oleh keempat enzim tersebut. Sedangkan isolat Sidrap dan Mamuju mempunyai pola fragmen DNA gen protein selubung RTBV yang mirip karena semua isolat tidak terpotong oleh enzim BclI dan terpotong oleh enzim EcoRV, Nsi1, dan PstI.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: