Judul: Simulasi Penambatan Molekuler Biflavonoid Genus Araucaria sebagai Inhibitor DENV NS5 RNA-Dependent RNA Polymerase
Abstrak: Demam Berdarah Dengue (DBD) merupakan penyakit menular yang disebabkan oleh infeksi virus dengue (DENV). NS5 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) merupakan salah satu protein non-struktural yang berperan penting dalam replikasi virus dengue. Balapiravir merupakan senyawa yang telah diuji secara klinis dapat menghambat aktivitas polimerase pada virus, tetapi senyawa ini memiliki permeasi yang buruk. Biflavonoid genus Araucaria telah diteliti memiliki potensi sebagai antivirus. Penelitian ini bertujuan mengidentifikan senyawa biflavonoid genus Araucaria yang berpotensi menghambat DENV NS5 RdRp secara in silico melalui penambatan molekuler. Penambatan molekuler dilakukan menggunakan aplikasi YASARA Structure. Hasil penelitian menunjukkan 4 senyawa biflavonoid genus Araucaria yang berpotensi sebagai inhibitor DENV NS5 RdRp berdasarkan energi bebas ikatan (∆G), konstanta disosiasi (Kd), dan daerah interaksi. Senyawa 7’’-O-methyl-robustaflavone merupakan senyawa terbaik yang memiliki potensi sebagai inhibitor DENV NS5 RdRp dengan nilai ∆G dan Kd sebesar -10.3540 kkal/mol dan 2,57 x 104 pM., Dengue Hemorrhagic Fever (DHF) is an infectious disease caused by infection with the dengue virus (DENV). NS5 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) is a non-structural protein that plays an important role in dengue virus replication. Balapiravir is a compound that has been clinically tested to inhibit polymerase activity in viruses, but this compound has poor permeation. Biflavonoids of the genus Araucaria have been studied for their potential as antivirals. This study aimed to identify biflavonoid compounds of the genus Araucaria that have the potential to inhibit DENV NS5 RdRp in silico through molecular docking. Molecular docking was performed using the YASARA Structure application. The results showed that 4 biflavonoid compounds of the Araucaria genus had potential as DENV NS5 RdRp inhibitors based on bond free energy (∆G), dissociation constant (Kd), and interaction site. Compound 7''-O-methyl-robustaflavone is the best compound that has potential as a DENV NS5 RdRp inhibitor with ∆G and Kd values of -10.3540 kcal/mol and 2,57 x 104 pM.
Keyword: Dengue, NS5 RdRp, Biflavonoid, Araucaria, Molecular Docking

Judul: Potential Active Compounds of Fresh Young Cashew Leaf Against RNA-Dependent RNA-Polymerase (RdRp) of SARS-CoV-2: In silico Perspective
Abstrak: Coronavirus diseases-19 (COVID-19) disebabkan oleh virus SARS-CoV-2 masih menjadi wabah di seluruh dunia hingga saat ini. Penelitian terkait penanganan yang tepat untuk menghambat virus seperti obat-obatan dan vaksin juga masih terus dilakukan. Tumbuhan alam telah banyak terbukti efektif dalam menghambat virus dan bakteri, serta penyakit termasuk juga daun jambu mete. Daun jambu mete yang sering dikonsumsi dan dimanfaatkan dalam bentuk segar adalah daun yang masih muda. Daun muda jambu mete memiliki kandungan senyawa-senyawa aktif yang terbukti menghambat berbagai macam virus sehingga diduga berpotensi dalam menghambat virus SARS-CoV-2. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan senyawa terbaik yang terkandung dalam daun jambu mete berdasarkan nilai energi pengikatan (∆G) dan konstanta inhibisi terendah, profil drug-likeness dan ADMET (Adsorption, Distribution, Metabolism, Excretion, Toxicity), serta simulasi dinamika molekul setelah ditambatkan pada RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) dari virus SARS-CoV-2 secara in silico. RdRp memliki peran inti dalam proses replikasi dan transkripsi untuk siklus hidup virus. Penelitian ini menggunakan struktur kristal kompleks protein RdRp yang berasal dari protein data bank (PDB) dengan PDB ID adalah 7BV2 dan resolusi 2,5 Å, serta struktur senyawa aktif diambil dari Pubchem ID. Selanjutnya dilakukan simulasi molecular docking untuk mendapatkan energi ikat dan interaksi-interaksi senyawa ketika telah berada di daerah pusat aktif protein RdRp. Struktur kristal dipisahkan menjadi reseptor RdRp dan ligan ko-kristal remdesivir triposfat (RTP) sebagai kontrol. Re-docking dilakukan untuk validasi pada struktur kristal dan ligan ko-kristal menggunakan Autodock Vina (Vina) dengan nilai ∆G sebesar -7,4 kkal/mol. Simulasi molecular docking berbasis virtual screening dilakukan menggunakan Vina terhadap tiga puluh senyawa yang terkandung dalam daun jambu mete berdasarkan hasil dari kajian pustaka pada tahap pertama dengan nilai ∆G berkisar antara -3,7 hingga -10,5 kkal/mol. Selain itu, nilai konstanta inhibisi terprediksi (pKi) yang mengambarkan prediksi dosis senyawa yang diperlukan dalam menghambat RdRp berkisar antara 2170 hingga -0,032 M. Sepuluh senyawa dengan nilai ∆G dan pKi terendah di validasi menggunakan Autodock 4.2.6 (AD4) dengan nilai ∆G berkisar antara -4,37 hingga -7,43 kkal/mol. Lima senyawa aktif dengan prediksi penghambatan RdRp terbaik berdasarkan virtual screening adalah agathisflavone, amentoflavone, quercetin-3-xyloside, epicatechin-3-gallate, dan peonidin. Tahap kedua adalah analisis drug-likeness, bioaktivitas, dan sifat ADMET dilakukan pada lima senyawa terbaik berdasarkan hasil virtual screening. Hasil analisis drug-likeness berdasarkan Aturan Lima Lipinski dan Veber terhadap lima senyawa terbaik adalah peonidin merupakan senyawa yang diprediksi dapat dikembangkan sebagai obat oral. Pengujian sifat enzim inhibitor (EI) dilakukan untuk menggambarkan sifat bioaktivitas senyawa terbaik dimana empat senyawa selain peonidin memiliki sifat sebagai EI aktif (EI >0), sedangkan peonidin bersifat cukup aktif karena nilai EI sebesar -0,04 (moderately active = EI -5,0 – 0). Selanjutnya, sifat ADMET diprediksi dengan menganalisis Blood-Brain Barrier (BBB), Human Intestinal Absorption (HIA), AMES toxicity, dan LD50. Kelima senyawa inhibitor terbaik memiliki nilai penetrasi ke BBB yang baik dan berada dalam batas normal untuk LD50. Namun, quercetin-3-xyloside terprediksi kurang baik untuk terserap oleh usus manusia karena memiliki nilai HIA yang kurang dari batas minimum (HIA >0,30). Berdasarkan kriteria AMES toxicity, epicatechin-3-gallate bersifat positif toksik karena termasuk dalam kategori 0 (kategori 0 = positif, kategori 1 = negatif) sehingga tidak direkomendasikan sebagai senyawa yang berpotensi sebagai inhibitor RdRp. Simulasi dinamika molekuler (MD) dilakukan untuk melihat
Keyword: SARS-CoV-2, daun jambu mete, molecular docking, drug-likenss, simulasi dinamika molekul

Judul: Penampilan Reproduksi Dan Produksi Kambing Saanen Dan Persilangan Antara Saanen Dan Peranakan Etawa
Abstrak: Seiring dengan pertumbuhan populasi masyarakat dan dalam rangka masuki persaingan era perdagangan bebas, maka akan banyak permasalahan yang harus dihadapi dalam berbagai aspek kehidupan. Diantaranya adalah untuk membangun masyarakat yang sejahtera secara ekonomi, sosial, budaya maupun kesehatan dengan tujuan memperoleh sumberdaya manusia yang berkualitas dalam menghadapi globalisasi. Salah satu cara untuk mencapai hal tersebut pada negara agraris secara umum adalah dengan membangun perekonomian di sektor pertanian khususnya di bidang peternakan. Kambing merupakan salah satu jenis ternak yang akrab dengan sistem usaha tani di pedesaan, bahkan pemeliharaan kambing kini sudah menyebar ke berbagai tempat. Semakin banyaknya peternakan kambing disebabkan oleh permintaan masyarakat akan daging dan susu kambing yang terus mengalami peningkatan, bahkan daging kambing adalah daging yang paling banyak dikonsumsi di seluruh dunia (Anonymous, 2000). Kambing sangat digemari oleh masyarakat untuk diternakkan karena ukuran tubuhnya yang tidak terlalu besar, perawatannya mudah, cepat berkembang biak, jumlah anak per kelahiran sering lebih dari satu ekor, jarak antar kelahiran yang pendek dan pertumbuhan anak yang cepat, dan juga karena produksi ternak kambing yang menguntungkan seperti daging, susu, kulit dan bahkan kotorannya (Cahyono, 1998; Sarwono, 2002). Selain itu, kambing memiliki daya adaptasi yang tinggi dengan kondisi agroekosistem suatu tempat. Di lingkungan-lingkungan yang paling buruk pun, kambing masih mampu bertahan hidup.
Keyword: