Judul: Penapisan Aktinomiset Filosfer Padi Penghasil Senyawa Bioaktif Anti Xanthomonas oryzae pv. oryzae dan Pyricularia oryzae Penyebab Penyakit Pada Padi.
Abstrak: Padi merupakan salah satu komoditi pangan yang penting di dunia. Namun berbagai macam penyakit pada tanaman padi dapat menyebabkan penurunan produksi padi. Dua penyakit penting yang menyerang tanaman padi antara lain penyakit hawar daun bakteri (HDB) yang disebabkan oleh Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) dan penyakit blas yang disebabkan oleh cendawan Pyricularia oryzae (Po). Salah satu alternatif yang dapat digunakan untuk mengendalikan penyakit-penyakit tersebut adalah menggunakan mikroba agens pengendali hayati, diantaranya dari jenis aktinomiset. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi aktinomiset dari filosfer padi yang menghasilkan senyawa bioaktif penghambat pertumbuhan Xoo dan Po. Sebanyak 33 isolat telah diisolasi dari filosfer padi varietas Ciherang. Uji antagonisme terhadap Xoo dan Po yang dilakukan menunjukkan semua isolat yang diperoleh mempunyai potensi dalam menghambat pertumbuhan Xoo, dan 28 isolat diantaranya mempunyai potensi menghambat pertumbuhan Po. Uji hipersensitivitas pada tanaman tembakau menunjukkan 27 isolat tidak menimbulkan reaksi hipersensitif pada daun tembakau, sedangkan uji patogenisitas terhadap tanaman padi varietas IR-64 yang dilakukan dengan teknik pengguntingan dan pencelupan daun menunjukkan 18 isolat tidak mengakibatkan gejala penyakit pada tanaman padi. Sebanyak 13 isolat yang memiliki sifat antagonis terhadap kedua patogen tersebut, non patogenik terhadap padi dan tembakau, berpotensi untuk dikembangkan sebagai agens biokontrol terhadap penyakit hawar daun bakteri dan blas. Identifikasi secara molekuler terhadap 4 isolat terbaik (H1.11, H1.8, AFSG 29, dan AFSG 15) menunjukkan bahwa isolat H1.11 memiliki kemiripan dengan Streptomyces sp. (99% dari 983 nukleotida, evalue 0.0, query cover 99%), isolat H1.8 memiliki kemiripan dengan Actinomadura sp. (100% dari 100 nukleotida, e-value 0.0, query cover 100%), dan dua isolat lainnya teridentifikasi sebagai Uncultured bacterium clone.
Keyword: Actinomycetes, Bacterial leaf blight, Phylloshere bacteria, Bioactive compounds

Judul: Seleksi dan Identifikasi Aktinomiset sebagai Agens Hayati untuk Pengendalian Penyakit Kresek yang Diakibatkan oleh Xanthomonas oryzae pv. oryzae pada Padi
Abstrak: Padi merupakan tanaman yang sangat penting sebagai sumber bahan pangan utama di Indonesia. Salah satu penyakit yang sering menyerang padi adalah penyakit kresek oleh bakteri Xanthomonas oryzae pv. oryzae. Penelitian ini bertujuan mengisolasi dan mengidentifikasi isolat aktinomiset yang berpotensi untuk mengendalikan penyakit kresek pada padi oleh bakteri X. oryzae pv. oryzae. Lima belas isolat aktinomiset telah diisolasi dari tanah perakaran bambu, tanah sawah, dan tanah perakaran sawit di Bogor. Lima isolat, yaitu AB10, AB11, ATS6, ATS8 dan APS7, menunjukkan aktivitas penghambatan terhadap X. oryzae pv. oryzae. Empat isolat, yaitu AB10, AB11, ATS6, dan APS7 kembali diuji untuk perlakuan perendaman benih padi. Hasil pengujian menunjukkan bahwa perlakuan perendaman benih padi dengan aktinomiset tidak memberikan pengaruh nyata terhadap persen perkecambahan, tinggi tunas, panjang akar, dan bobot kecambah. Namun demikian, perlakuan dengan isolat ATS6 dan APS7 memberikan persen perkecambahan, tinggi tunas, panjang akar, dan bobot kecambah yang lebih baik dibandingkan perlakuan lainnya. Perlakuan perendaman benih padi dengan aktinomiset dapat mengurangi jumlah inokulum bakteri X. oryzae pv. oryzae terbawa benih. Isolat ATS6 merupakan isolat aktinomiset yang menunjukkan hasil terbaik dalam penekanan bakteri X. oryzae pv. oryzae dan pertumbuhan kecambah padi. Dua isolat yang paling berpotensi dipilih dan diidentifikasi. Berdasarkan hasil identifikasi dari sekuen parsial gen 16S rRNA, isolat ATS6 dan APS7 termasuk ke dalam genus Streptomyces. Isolat ATS6 memiliki kesamaan terdekat (98%) dengan S. katrae HQ607777.1, dan isolat APS7 memiliki kesamaan terdekat (99%) dengan Streptomyces sp. HE577953.1. Kedua isolat aktinomiset tersebut berpotensi untuk dikembangkan lebih lanjut sebagai agens hayati untuk pengendalian penyakit kresek…
Keyword: Aktinomiset, Penyakit kresek, Xanthomonas oryzae pv. oryzae, Agens hayati

Judul: Mixed effect models for high –dimensional longitudinal data with latent variables
Abstrak: A set of data that consist of repeated measurements on a large number of outcomes and covariates are known as high-dimensional longitudinal data. The high-dimensional longitudinal data may consist of several effects of interest that cannot be directly measured, known as latent factors or latent variables. During the last decade, the multivariate responses or high-dimensional in longitudinal data have been a big issue. The analysis of high-dimensional longitudinal data is complicated due to its complex correlation structures between outcomes. To understand changes over time of outcome variables, having correlations in individuals with explanatory variables is not enough. Hence, complex correlation structures between outcomes need to be considered. One approach that is commonly used to overcome high-dimensional longitudinal data is simultaneous equation modeling. A well-known simultaneous equation modeling method is the structural equation model (SEM). This approach has several appealing modeling abilities and can be used for high-dimensional longitudinal data. Under the SEM framework, the continuous time SEM is developed to avoid some issues associated with autoregressive and cross-lagged problems in SEM. Another simultaneous equation modeling method is by combining factor analysis and multivariate analysis methods to overcome high dimensional longitudinal data, namely latent factor linear mixed model (LFLMM). The factor analysis is used to reduce the high-dimensional outcomes, and the multivariate linear mixed model is used to study the longitudinal trends of several latent factors. One example of high-dimensional longitudinal data is the General Election Study. This study is carried out repeatedly to observe tendencies towards political attitudes and behavior over time in Belgium. The data contain political information, knowledge, perceptions, and preferences of a political party and the level of participation in politics. One of the most interesting things to study from the data is to analyze the change of political attitudes and behavior of respondents over time. Also, the relationship of changes in these outcomes is important to analyze. The General Election Study in Belgium was designed to include a representative sample of the target population under the Belgian electorate, so accurate estimates about the population could be made. This sampling design was created by the Institute for Social and Political Opinion (ISPO) and the Inter-university Center for Political Opinion Research (PIOP). The Belgian data set contained three subsamples, the Flemish (Dutch-speaking), the Walloon (French-speaking), and the Brussels Capital Region (Dutch and French-speaking). Several studies conducted on the Belgium data are carried out to understand the relationships between the latent variables Individualism (I), Ethnocentrism (E), and Authoritarianism (A) in Flanders. Cross-sectional or a longitudinal studies have also been carried out. In such cases, it is critical to capture the trend of the latent variables over time and, more importantly, whether there is any association or relationships between the development of nationalism (N), ethnocentrism (E), individualism (I), and authoritarianism (A) in Belgium. An empirical analysis of CT-SEM has been done to present the interdependencies among the four latent variables mentioned above on the basis of the General Election Studies for Belgium in 1991, 1995, and 1999 (Interuniversitair steunpunt politieke-opinieonderzoek, 1991, 1995, 1999). Although the four variables have been the subject of
Keyword: Belgium, CT-SEM, high-dimensional longitudinal data, LFLMM, Supplemented EM Algorithm