Judul: Karakteristik Molekuler LAsparaginase Bacillus subtilis str. ITBCC1 Asal Indonesia Melalui Pendalaman Bioinformatika
Abstrak: Enzim L-asparaginase digunakan untuk mereduksi asam amino Lasparagin, prekursor akrilamida, sehingga menurunkan jumlah akrilamida yang dihasilkan pada berbagai produk olahan. Akrilamida dikelompokkan sebagai senyawa kanker kategori 2A dan menjadi perhatian publik karena ditemukan secara luas pada makanan yang diproses menggunakan suhu tinggi. Perlakuan dengan menggunakan L-asparaginase hanya mereduksi akrilamida sebesar 10% (Dria et al. 2004) hingga 25% (Lynglev dan Schoesler 2014) pada produk olahan berbasis biji kopi mentah. Nilai ini jauh lebih kecil dibanding dengan reduksi akrilamida pada produk olahan berbasis karbohidrat sebesar 97 %. Hal ini menjadikan pemanfaatan enzim L-asparaginase pada industri pengolahan berbasis kopi menjadi tidak layak secara finansial. Hipotesis penelitian ini adalah terdapat setidaknya satu atau lebih senyawa aktif pada biji kopi yang mempunyai nilai energi afinitas penambatan (energi bebas Gibbs/ ΔG) yang lebih rendah dibandingkan nilai ΔG substrat asli dari enzim L-asparaginase Bacillus subtilis str. ITBCC1 pada daerah sisi aktif, sehingga menjadikan senyawa tersebut berpotensi sebagai inhibitor kompetitif. Metode penambatan dengan menggunakan Autodock Vina dilakukan untuk menguji hipotesis. Enzim L-asparaginase Bacillus subtilis str. ITBCC1 asal Indonesia digunakan sebagai protein model yang dianalisis dalam penelitian ini karena potensi lokal yang perlu dieksplorasi. Hasil penambatan menunjukkan bahwa ligan uji asam 5- kafeoilkuinat, sianidanol katekin, serta epikatekin galat sangat berpotensi sebagai inhibitor pada sisi aktif enzim. Dampak inhibisi asam 5- kafeoilkuinat ditemukan secara konsisten pada hampir semua situs uji Lasparaginase dari D. Chrysanthemi, E. coli, H. Pylori, serta Cavia porcellus.
Keyword: asparaginase, Bacillus, kopi, bioinformatika

Judul: Karakterisasi Enzim Alginat Liase Dari Isolasi Bakteri Bacillus Megaterium Asal Indonesia
Abstrak: Produktivitas rumput laut coklat di Indonesia mencapai 300 ton/tahun, namun pemanfaatan rumput laut coklat di Indonesia sejauh ini hanya dikeringkan dan diekspor dengan harga yang sangat rendah yaitu Rp 2000,00/kg. Rumput laut coklat berpotensi menghasilkan 40% alginat dari berat kering. Alginat adalah polisakarida alam yang banyak ditemukan pada beberapa jenis rumput laut yang secara kimia tersusun oleh dua jenis asam uronat. Unit monomer alginat terdiri atas asam guluronic (G) dan manuronic (M). Aplikasi alginat liase adalah untuk preparasi alginat oligosakarida bioaktif, meningkatkan efektivitas pemakaian antibiotik, dan berpotensi menghasilkan monosakarida turunan untuk produksi biofuel. Enzim alginat liase dapat diproduksi oleh bakteri tanah, bakteri laut, dan moluska. Tujuan dari penelitian ini adalah memproduksi enzim alginat liase dari isolat bakteri Bacillus megaterium yang diisolasi dari Sargassum sp dan karakterisasi suhu, pH , dan jenis substrat optimum untuk enzim alginat liase. Analisis enzim yang dilakukan menggunakan metode DNS (3,5 dinitro salicilic acid). Pada penelitian ini, media cair yang digunakan untuk menumbuhkan kultur isolat yaitu Luria Bertani Broth pH 7 dengan penambahan alginat sebanyak 5 mg/mL. Uji kadar protein dilakukan menggunakan metode Bradford. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kadar protein enzim alginat liase setelah pemekatan menggunakan ammonium sulfat lebih tinggi daripada sebelum pemekatan (655.15 mg/mL menjadi 1176.26 mg/mL). Kondisi aktivitas optimum enzim alginat liase pada suhu 45 0C dengan aktivitas enzim sebesar 9.00 U/menit/mL dan pH netral yaitu 7 dengan aktivitas enzim sebesar 8.72 Unit/menit/mL. Substrat manuronat memiliki nilai Km dan Vmak sebesar 79.8 mg/mL dan 200 Unit/menit/mL, sedangkan jenis substrat guluronat memiliki nilai Km dan Vmak sebesar 13.17 mg/mL dan 27.78 Unit/menit/mL, sehingga enzim alginat liase dari isolat bakteri Bacillus megaterium spesifik terhadap dua substrat yaitu manuronat dan guluronat.
Keyword: alginat, alginat liase, Bacillus megaterium, bradford, DNS

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: