Judul: Kondisi oseanografi perairan selat sunda ditinjau dari variasi muka laut dan angin (Tahun 2008)
Abstrak: Karakteristik oseanografi perairan Selat Sunda seperti topografi dasar, pola pergerakan arus, pasang surut, tinggi muka laut dan arah angin di bawah pengaruh Laut Jawa dan Samudera Hindia. Tujuan dari penelitian ini adalah menggambarkan kondisi oseanografi ditinjau dari variasi muka laut perairan Selat Sunda pada tahun 2008 dan faktor angin yang mempengaruhinya, serta menganalisis pola arus perairan Selat Sunda dari variasi muka laut yang direkam menggunakan alat pengukur pasang surut (Tide Gauge) melalui pendekatan geostrofik. Variasi muka laut, angin permukaan, dan arus laut di setiap stasiun yang dikaji dianalisis menggunakan metode Wavelet 1 D tipe Daubechius 1 level 5. Untuk melihat fluktuasi muka laut dan angin permukaan berdasarkan periode dilakukan analisis spektrum densitas energi, sedangkan untuk mengetahui hubungan antara muka laut antar stasiun dan muka laut dengan angin ditunjukkan dengan analisis spektrum korelasi silang. Nilai arus geostrofik dan arus pasut dari data beda tinggi muka laut (residu dan pasut) di antara dua stasiun diperoleh melalui pendekatan geostrofik dan ditampilkan melalui distribusi arus secara 2 D. Secara umum variasi muka laut di perairan Selat Sunda pada tahun 2008 menunjukkan adanya fenomena musiman, intra musiman dan pasut dua mingguan. Fenomena musiman dapat terlihat pada periode panjang (3.8 – 5.7 bulan) di masing-masing stasiun, dimana terjadi perubahan tinggi muka laut yang mencapai dua kali tinggi maksimum pada Musim Peralihan I (April) dan Musim Peralihan II (November), serta dua kali tinggi minimum pada Musim Barat (Januari) dan Musim Timur (Juli). Fenomena musiman ini diduga berhubungan dengan adanya pengaruh Angin Muson. Selain itu, ditemukan pula fenomena intra musiman pada periode sedang (1-3 bulan) seperti adanya pengaruh gelombang Kelvin dan Dipole Mode dari Samudera Hindia, serta fenomena dua mingguan pada periode (13.7-16.8 hari) yang menunjukkan adanya pengaruh rambatan pasut yang masuk ke Laut Jawa dari Samudera Hindia melalui Selat Sunda...
Keyword: Condition oceanograph, Stick plot, World tides

Judul: Analisis Dinamika dan Sirkulasi Laut di Kawasan Selat Sunda serta Peranannya terhadap Perairan Sekitarnya
Abstrak: Selat Sunda menghubungkan Laut Jawa dan Samudera Hindia yang membentang dalam orientasi timur laut - barat daya. Pergerakan massa air di Selat Sunda yang dipengaruhi oleh pergerakan massa air dari Laut Jawa dan dari Samudera Hindia secara musiman, mempengaruhi kelimpahan dan produktivitas perairan di Selat Sunda. Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji sirkulasi tahunan di wilayah perairan Selat Sunda dan sekitarnya, serta mengetahui peranan dari Selat Sunda terhadap perairan sekitarnya. Eksperimen penutupan Selat Sunda dilakuakn untuk mengetahui peranan selat. Penelitian ini akan menggunakan simulasi dengan model CROCO (Coastal and Regional Ocean Community) di kawasan Selat Sunda pada koordinat 4oLS-9oLS dan 102oBT-110oBT dengan rentang waktu dari tahun 2009-2018. Hasil simulasi mengahasilkan informasi bahwa sirklusi tahunan arus menunjukkan pola sirkulasi arus pada musim barat (Desember-Januari-Februari(DJF)) di perairan Selat Sunda menuju Laut Jawa walaupun terlihat agak lemah dengan kecepatan maksimalnya 0,29 m/s yakni arus yang berada di pintu masuk menuju Laut Jawa. Kecepatan arus yang berada disekitar pintu keluar dekat Laut Jawa memiliki kcepatan sebesar 0,02m/s. Musim timur (Juni-Juli-Agustus(JJA)) arus kuat masuk dari Laut Jawa menuju Selat Sunda dan keluar menuju Samudera Hindia dengan kecepatan arus maksimal berkisar antara 0,24 – 0,85 m/s. Volume transport arus zonal didominasi dengan pergerakkan massa air ke arah barat dengan nilai berkisar antara -0,49 sv hingga 0,82 sv, serta massa air juga dominan bergerak menuju selatan dengan nilai sekitar antara -0,47 sv hingga 0,42 sv. Analisis Empirical Orthogonal Functin (EOF) suhu dan salinitas menunjukkan bahwa variabilitas di perairan Sunda didominasi oleh siklus tahunan. Eksperimen penutupan Selat Sunda memperlihatkan adanya perubahan kondisi fisik perairan seperti arus suhu dan salinitas. Penelitian ini diharapkan dapat memberikan kontribusi penting dalam memahami dinamika oseanografi Selat Sunda dan kaitannya dengan aspek lain seperti ekosistem, pemodelan, manajemen umber daya laut dan perubahan iklim
Keyword: Selat Sunda, CROCO, Sirkulasi

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA