Judul: Identifikasi Keragaman Gen Myostatin (MSTN) serta Asosiasinya dengan Kualitas Daging pada Ayam Kampung dan Ras Pedaging
Abstrak: Ayam kampung merupakan salah satu ayam asli Indonesia yang memiliki daya adaptasi terhadap lingkungan yang tinggi, tetapi daya produktivitasnya masih rendah. Padahal, ayam kampung memiliki potensi sebagai salah satu sumber protein di Indonesia, dan permintaan terhadap daging ayam kampung juga tinggi. Dalam meningkatkan kualitas dan kuantitas ayam kampung dapat dilakukan melalui seleksi secara genetik. Gen myostatin (MSTN) atau Growth Differentiations Factor 8 (GDF8) adalah gen utama dan penentu dalam pengontrol sifat pertumbuhan dan produksi daging yang berperan sebagai regulator negatif dari pertumbuhan otot skeletal. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman gen myostatin pada ayam kampung dan ras pedaging strain Cobb serta asosiasinya terhadap bobot potong, kualitas sifat fisik, dan kimia daging. Penelitian terdiri atas dua tahap yaitu analisis keragaman gen MSTN dan asosiasi keragaman gen MSTN dengan bobot karkas, sifat fisik (pH, susut masak, keempukan, daya mengikat air) dan sifat kimia (air, protein, lemak) daging pada ayam kampung dan ayam ras pedaging. Total sampel yang digunakan untuk analisis keragaman adalah 138 ekor yang terdiri atas 67 sampel DNA ayam kampung dan 71 sampel DNA ayam ras pedaging. Total sampel yang digunakan untuk asosiasi sifat fisik adalah 30 sampel ayam kampung dan 65 sampel daging dada ayam ras pedaging. Total sampel untuk asosiasi sifat fisik terdiri atas 9 sampel ayam kampung dan 9 sampel ayam ras pedaging yang merupakan perwakilan dari setiap genotipe. Kedua jenis ayam memiliki umur 12 minggu Titik mutasi gen MSTN yang digunakan yaitu c.234G>A pada ekson 1. Genotyping dilakukan menggunakan metode PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism). Analisis data secara deskriptif untuk frekuensi genotipe, frekuensi alel, heterosigositas, keseimbangan Hardy-Weinberg. Asosiasi data genotipe dengan fenotipe dianalisis ragam. Hasil menunjukkan gen MSTN pada populasi ayam kampung dan ayam ras pedaging bersifat polimorfik. Frekuensi genotipe AA lebih tinggi dibandingkan dengan frekuensi genotipe GA dan GG. Gen MSTN c.234G>A berasosiasi dengan bobot potong, karkas, dada, paha atas (thighs), paha bawah (drumsticks), sayap, daging dada, daging paha atas (thighs), daging paha bawah (drumsticks) pada ayam kampung dan bobot sayap pada ayam ras pedaging. Sifat fisik tidak memiliki asosiasi dengan nilai pH, susut masak, keempukan, daya mengikat air pada kedua populasi ayam. Pada sifat kimia, kadar protein pada ayam ras pedaging memiliki asosiasi dengan keragaman gen MSTN. Kesimpulannya, gen MSTN c.234G>A pada ekson 1 dapat digunakan sebagai kandidat untuk marka genetik sifat karkas pada ayam kampung dan ayam ras pedaging.
Keyword: ayam kampung, ayam ras pedaging, gen MSTN, bobot potong, kualitas daging

Judul: Kajian Keragaman Gen-gen Pertumbuhan dan Myostatin sebagai Penciri Karakteristik Karkas Ayam
Abstrak: Ayam asli tidak hanya berkontribusi terhadap konservasi sumber genetik unggas, tetapi juga memainkan peran penting dalam ekonomi di masyarakat. Ayam kampung merupakan ayam asli Indonesia, yang dapat ditemukan dengan mudah di daerah pedesaan. Peningkatan performa ayam kampung dapat dilakukan dengan seleksi dan persilangan, atau dengan pemanfaatan keduanya. Untuk meningkatkan performa pertumbuhan dan karkas ayam kampung, persilangan menghasilkan F2 antara kampung dan ayam ras pedaging strain Cobb dirancang dan kemudian diikuti seleksi berdasarkan gen-gen pengontrol karakteristik karkas. Gen growth hormone (GH), growth hormone receptor (GHR), ghrelin receptor (GHSR), dan myostatin (MSTN) memainkan peran penting dalam pertumbuhan dan perkembangan otot. Penelitian ini bertujuan untuk memberikan informasi keragaman genetik ayam silangan F2 kampung dan ayam ras pedaging berdasarkan gen pengontrol karakteristik karkas, yaitu GH, GHR, GHSR, dan myostatin. Penelitian ini terdiri atas dua (2) tahap: (1) Polimorfisme gen GH, GHR, GHSR, dan myostatin pada ayam kampung dan ayam pedaging, dan (2) Ekspresi dan sekuen utuh gen myostatin pada ayam bobot tinggi dan rendah. Sebanyak 215 ekor ayam terdiri atas 4 populasi ayam (kampung, ras pedaging strain Cobb, silangan F1 dan silangan F2 kampung dan ras pedaging) digunakan untuk penelitian tahap 1. Identifikasi polimorfisme dilakukan dengan teknik PCR-RFLP dengan enzim restriksi EcoRV, Eco72I, Hin6I, dan BsrI masing-masing untuk gen GH, GHR, GHSR, dan myostatin. Komponen karkas pada umur 26 minggu di kampung F2 dan ayam pedaging (42 ekor ayam) digunakan untuk analisis asosiasi. Semua gen yang dianalisis bersifat polimorfik pada semua populasi ayam. Asosiasi signifikan ditemukan antara g.565G>A polimorfisme GHR dengan bobot hidup, bobot karkas, bobot dada, bobot paha atas, bobot otot dada, dan bobot otot paha. Polimorfisme GHSR g.1857T>C berasoasasi secara signifikan dengan bobot hidup, bobot karkas, bobot dada, bobot paha atas, bobot paha bawah, bobot sayap, bobot otot dada, bobot otot paha atas, dan bobot otot paha bawah. Polimorfisme g.4842T>G myostatin berasosiasi dengan bobot hidup, bobot karkas, bobot komponen karkas, bobot otot, dan air bebas pada daging. Efek dari g.4842T>G myostatin ini juga telah dikonfirmasi pada jenis ayam yang berbeda. Dengan demikian, g.4842T>G myostatin merupakan kandidat penting untuk pertumbuhan ayam dan peningkatan massa otot. Penelitian tahap 2 adalah studi validasi untuk membuktikan peran myostatin pada karakteristik karkas. Dua kelompok ayam berdasarkan berat badan umur 12 minggu digunakan dalam penelitian ini. Kelompok ayam ini diperoleh dari populasi silangan F2 kampung dan ayam pedaging. Sekuen lengkap gen myostatin ayam dibatasi menjadi 24 sekuen parsial. Sebanyak 170 mutasi ditemukan di sepanjang gen myostatin termasuk 148 mutasi titik dan 22 indel. Di antara mutasi tersebut, 161 mutasi ditemukan sebagai mutasi novel. Mutasi spesifik ditemukan pada ayam dengan bobot badan rendah dan tinggi, diantaranya adalah 5 mutasi pada ayam dengan bobot badan tinggi dan 25 mutasi pada ayam dengan bobot badan rendah. Dua belas haplotipe ditemukan dalam sekuen coding region gen myostatin, termasuk dua haplotipe spesifik pada ayam dengan bobot badan tinggi dan lima haplotipe pada ayam dengan bobot badan rendah. Tidak ada perbedaan asam amino antara sekuen coding region gen myostatin ayam dengan bobot badan tinggi dan rendah. Ekspresi relatif digunakan untuk menghitung cycles treshold (CT) gen myostatin pada jaringan otot antara ayam dengan bobot badan tinggi dan
Keyword: gen GH, gen GHR, gen GHSR, gen myostatin, keragaman genetik, karkas ayam

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: