Judul: Bioprospecting of endophytic bacteria as biopriming agent and early protection of porang seedling against soft rot disease
Abstrak: Penyakit busuk lunak yang disebabkan oleh Pectobacterium carotovorum (nama sebelumnya: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum) merupakan penyakit penting tanaman porang (Amorphophallus muelleri Blume) pada tahap budidaya maupun pasca panen. Penyakit ini dapat menurunkan produktivitas dan kualitas umbi porang. Pemanfaatan bakteri endofit sebagai agen biopriming merupakan salah satu strategi pengendalian alternatif yang dapat diterapkan untuk menekan kejadian penyakit busuk lunak. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mengidentifikasi bakteri penyebab busuk lunak umbi porang, menyeleksi bakteri endofit sebagai kandidat agen biopriming, dan menguji kemampuannya dalam meningkatkan pertumbuhan dan menurunkan insidensi penyakit busuk lunak. Tahapan penelitian meliputi isolasi bakteri busuk lunak dari umbi porang, isolasi bakteri endofit dari jaringan akar porang, seleksi isolat fitopatogen dengan uji pembusukan pada katak porang dan umbi kentang, seleksi isolat endofit melalui uji keamanan hayati, uji antagonisme, uji anti-Quorum Sensing, uji aktivitas enzim ekstraselular, uji kemampuan biopriming isolat endofit terpilih pada planlet (in vitro) dan bibit porang, serta identifikasi isolat-isolat terpilih. Sebanyak 43 isolat bakteri patogen diisolasi dari umbi porang bergejala busuk lunak yang diperoleh dari Kabupaten Malang dan Kabupaten Bogor. Tiga isolat bakteri fitopatogen (B4, B7, BLUB15) menyebabkan respon hipersensitif pada daun tembakau serta gejala busuk lunak pada katak porang dan umbi kentang. Hasil uji aktivitas enzim ekstraselular menunjukkan isolat-isolat bakteri fitopatogen tersebut memiliki aktivitas amilolitik, pektinolitik, proteolitik, dan mannanolitik. Terbentuknya DNA amplikon berukuran 550 bp dari hasil deteksi menggunakan primer ExpccR/ExpccF pada isolat dengan kemampuan pembusukan tertinggi (B4) mengindikasikan bahwa isolat tersebut adalah Pectobacterium carotovorum (Pc). Analisis homologi sekuens 16S rRNA 3 isolat bakteri fitopatogen tersebut menunjukkan kemiripan berturut-turut dengan Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum stain Pec1 (95,7%), Empedobacter falsenii strain CH-27 (98,8%), dan Pseudomonas sp. strain AY2 (97,3%). Ini merupakan laporan pertama tentang penemuan E. falsenii sebagai agen penyebab busuk lunak. Tiga dari 117 bakteri endofit yang diseleksi (Bacillus velezensis EG113, isolat EAP10, dan isolat EAP17) menunjukkan antagonisme terhadap P. carotovorum B4 dan aktivitas anti-Quorum Sensing (AQS). Karakterisasi fisiologis ketiga isolat endofit terpilih tersebut menunjukkan kemampuannya dalam memproduksi katalase, selulase, protease, IAA, serta melarutkan fosfat. Berdasarkan sekuen 16S rRNA-nya isolat EAP10 dan EAP17 berturut-turut diidentifikasi sebagai Acinetobacter radioresistens (100%) dan Priestia aryabhattai (nama sebelumnya: B. aryabhattai (99%)). Diantara ketiga endofit tersebut, B. velezensis EG113 menunjukkan kemampuan terbaik dalam menurunkan angka kejadian penyakit hingga 50% pada bibit porang yang diinfeksi secara artifisial dan meningkatkan pertumbuhan bibit porang. Berdasarkan hasil-hasil tersebut dapat disimpulkan bahwa B. velezensis EG113 berpotensi untuk dikembangkan sebagai agen biopriming untuk perlindungan dini bibit porang terhadap penyakit busuk lunak., Soft rot caused by Pectobacterium carotovorum (former name: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum) is the important disesase of porang (Amorphophallus muelleri Blume) during cultivation and post-harvest. The disease can reduce the productivity and quality of porang tubers. Biopriming using endophytic bacteria is one of the alternative strategy to control the disease. This study aimed to isolate and identify soft rot bacteria that infect porang tubers, to screen and identify potential endophytic bacteria as biopriming agent candidates, and examining their ability to promote the plant growth and reduce the soft rot disease of porang seedlings. The research stages included isolation of soft rot bacteria from porang tuber, isolation of endophytic bacteria
Keyword: Acinetobacter radioresistens, Amorphophallus muelleri, Bacillus velezensis, Biopriming, Priestia aryabhattai

Judul: The Potency of Endophytic Bacteria to Enhance The Resistance of Black Pepper (Piper nigrum L.) againts Phytophthora capsici Leon, the Causal Agent of  Basal Stem Rot Disease (BSR).
Abstrak: Penyakit Busuk Pangkal Batang (BPB) yang disebabkan oleh cendawan P. capsici merupakan penyakit paling penting pada tanaman lada. Penyakit tersebut sudah menyebar di berbagai daerah penanaman lada di Indonesia. Kerugian hasil yang ditimbulkan oleh adanya penyakit BPB pada tanaman lada dapat mencapai 40% setiap tahun. Sampai saat ini belum ada cara efektif untuk mengendalikan penyakit BPB. Indonesia memiliki keanekaragaman mikroba yang sangat tinggi dan banyak diantaranya berpotensi sebagai agens pengendali hayati salah satunya adalah kelompok bakteri endofit. Penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi dan mengidentifikasi bakteri endofit dari beberapa varietas tanaman lada yang mampu menekan perkembangan penyakit BPB serta menguji daya penekanan bakteri endofit terhadap penyakit BPB secara in vitro dan in vivo pada bibit tanaman lada. Eksplorasi bakteri endofit diisolasi dari tanaman lada yang diambil dari tiga jenis varietas yaitu varietas Natar, Petaling, dan Jambi. Isolat cendawan P. capsici yang digunakan dalam penelitian ini berasal dari koleksi Laboratorium Balai Penelitian Tanaman Obat dan Aromatik Bogor. Isolat yang diperoleh diseleksi potensi antagonismenya terhadap cendawan P. capsici dengan metode biakan ganda pada media PDA. Bakteri endofit terpilih dibiakkan pada media cair Luria Berthani (LB) kemudian diinkubasi bergoyang dengan kecepatan 150 rpm pada suhu ruang selama 72 jam. Perlakuan yang digunakan pada pengujian ini meliputi: aplikasi bakteri endofit secara tunggal, kombinasi antar isolat, aplikasi fungisida, dan kontrol tanpa aplikasi bakteri dan fungisida dengan 4 ulangan dan 5 sub unit bibit tanaman lada pada setiap ulangan. Pengamatan dilakukan terhadap masa inkubasi, kejadian penyakit, penekanan penyakit, keparahan penyakit, dan perkembangan penyakit. Isolat bakteri endofit terpilih diidentifikasi secara molekuler berdasarkan gen 16S rRNA. Ekstraksi DNA bakteri dilakukan menggunakan kit GeneadTM. Amplikasi gen 16 rRNA menggunakan primer universal 27(F5’-AGAG TT TGATCCTGGCTCAG-3’) dan 1492R (5’-GGTTACCTTGTT ACGA CTT-3’). Isolat bakteri terpilih dilakukan karakterisasi secara morfologi bakteri endofit, uji Gram menggunakan KOH 3%, penambat nitrogen, dan reaksi hipersensitif pada tanaman tembakau., Phytophthora capsici as causal agent of basal stem rot (BSR) disease on pepper plants (Piper nigrum L) is a major pathogen of this plant. The objective of this research was to get some endophytic bacteria were able to suppress the growth of Phytophthora capsici by two methods: (1) explored and identified endophytic bacteria from several varieties of pepper plants were able to suppress the progression of the disease, (2) endophytic bacterial antagonism were tested toward Phytophthora capsici by in vitro and in vivo. The results showed that 134 endophytic bacteria from leaves and roots of black pepper have been successfully isolated and produced three isolates selected. The three endophytic bacteria were DJ4, AN21, and DJ8. The incubation period of endophytic bacteria treatment was longer than control treatment, 12-15 days after inoculation (dai) and 10 dai, respectively. The application of endophytic bacteria in suppressing disease progression ranged 51.95% to 95.63% in black pepper seed. Severity of illness ranged from 0%-29.35%. Molecular characterization based on the sequence partial of 16S rRNA showed that three isolates of endophytic bacteria (DJ4, AN21, and DJ8) identified as Agrococcus jenensis, Delfitia tsuruhatensis, and Bacillus licheniformis, three endophytic bacteria were not phytopathogenic.
Keyword: Black pepper, Endophytic bacteria, Phytophthora capsici, Sequencing

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: