Judul: Analisis Keragaman Bakteri Filosfer Padi dengan Metode T-RFLP
Abstrak: Lingkungan filosfer merupakan daerah di bagian tanaman yang berada di atas tanah dan dihuni oleh berbagai mikrob seperti bakteri, cendawan, khamir, dan sebagian kecil protozoa. Bakteri merupakan mikrob paling dominan yang menghuni lingkungan filosfer dan biasanya bersifat komensal bagi tanaman inang. Keberadaan bakteri filosfer diduga berperan dalam pertumbuhan dan ketahanan tanaman terhadap serangan patogen. Seperti spesies tanaman lain, padi yang merupakan makanan pokok penduduk dunia terutama Indonesia selama fase hidupnya juga dihuni oleh berbagai mikrob. Lingkungan filosfer tanaman padi dihuni oleh berbagai mikrob yang berperan dalam pertumbuhan dan ketahanan tanaman terhadap patogen seperti Pyricularia oryzae dan Xanthomonas oryzae pv. oryzae. Peran penting bakteri filosfer padi tersebut mendorong eksplorasi agens biokontrol dari lingkungan filosfer padi untuk mengendalikan patogen penting pada padi. Beberapa tahun terakhir, penelitian tentang bakteri filosfer terbatas pada bakteri yang bisa dikulturkan dengan potensi sebagai agens biokontrol dan bakteri patogen yang menyerang bagian daun tanaman. Pengetahuan terkait keragaman bakteri filosfer khususnya di Indonesia masih sangat terbatas, sehingga pada penelitian ini dilakukan analisis keragaman bakteri filosfer dari tanaman padi yang diambil dari daerah Sukabumi, Jasinga dan Situgede, Bogor, Jawa Barat. Analisis keragaman dilakukan dengan metode T-RFLP dengan menggunakan 2 enzim restriksi untuk mengetahui keefektivan masing-masing enzim tersebut. Penelitian ini diawali dengan pengambilan sampel tanaman padi varietas Ciherang yang dibudidayakan di desa Cikembar, Sukabumi, desa Jasinga dan Situgede, Bogor yang merupakan daerah endemik penyakit blas. Tanaman padi sehat diambil di antara tanaman padi yang terserang penyakit blas. Isolasi bakteri filosfer dari sampel daun padi dilakukan untuk memperoleh genom bakteri dengan pendekatan pengkulturan, sedangkan untuk pendekatan metagenomik, genom bakteri filosfer diisolasi secara langsung dari sampel daun padi. Genom bakteri diekstraksi dengan Power Soil DNA Extraction Kit (Mo Bio Laboratories, Inc.). Gen 16S rRNA selanjutnya diamplifikasi dari genom bakteri menggunakan primer universal yaitu 27F berlabel fluoresens (6-FAM) dan 1429R tanpa label fluoresens. Amplikon gen 16S rRNA dipurifikasi dengan Gel/PCR DNA Fragments Kit (Geneaid Biotech Ltd.) dan hasil purifikasi dipotong dengan enzim restriksi MspI dan BstUI (New England, BioLab). Fragmen hasil pemotongan dianalisis dengan Applied Biosystems Genetic Analyzer dan diinterpretasi menggunakan software analisis GeneMapper® v4.0. Program virtual digest (IsPar) pada webtool MiCA III digunakan untuk mencari afiliasi setiap fragmen dengan data yang ada di Ribosomal Database Project (RDP) (R10 U27) 700,829 Good Qulity (> 1200 Bacteria). Hasil isolasi dan enumerasi bakteri filosfer padi menunjukkan bahwa kelimpahan bakteri filosfer padi berkisar antara 105 sampai 107 cfu/gram daun padi. Pada analisis keragaman bakteri dengan T-RFLP, pemotongan dengan enzim MspI menghasilkan lebih banyak TRF dibandingkan enzim BstUI baik pada pendekatan metagenomik maupun pengkulturan. Analisis afiliasi fragmen pada webtool MiCA III menghasilkan 15 kelompok bakteri dari 29 TRF hasil pemotongan dengan enzim MspI. Diantara 15 kelompok bakteri, Betaproteobacteria dan Pseudomonadales ditemukan di semua sampel tanaman padi baik pada fase vegetatif maupun generatif dengan kelimpahan relatif yang berbeda. Selain dua kelompok bakteri tersebut, juga ditemukan beberapa kelompok bakteri lain dengan kelimpahan relatif yang rendah seperti kelompok bakteri Chloroflexales, Sphingobacteriia, Enterobacteriales dan Epsilonproteobacteria. Setiap sampel memiliki komposisi komunitas bakteri filosfer yang berbeda-beda dengan kelimpahan relatif yang berbeda. Hasil analisis pengelompokan (clustering) diperoleh 2 kluster yang terdiri dari sampel padi Sukabumi (kluster 1)
Keyword: bakteri, filosfer, padi, T-RFLP

Judul: Keragaman Bakteri Dan Bakteri Penghasil Lipase Dalam Hutan Dan Perkebunan Sawit Di Sarolangun Jambi Indonesia
Abstrak: Deforestasi untuk pembukaan lahan perkebunan sawit paling masif terjadi di Asia Tenggara. Hal ini berdampak negatif pada keragaman hayati dan lingkungan. Tanah dan sedimen pada penelitian ini diperoleh dari lapisan atas tanah hutan dataran rendah dan perkebunan sawit, serta perairan yang disekitar situs tersebut. Hutan tersebut berlokasi di Taman Nasional Bukit Duabelas, dan perkebunan sawit sekitar hutan di Sarolangun Jambi Indonesia. Keragaman komunitas bakteri dari tanah dan sedimen perairan area hutan dan kebun sawit Sumatra dipelajari menggunakan pyrosequencing gen 16S rRNA dan indeks keragaman umumnya. Pendekatan filogenetik digunakan untuk mengungkap perubahan komunitas filotipe bakteri dan genusnya di kedua area. Pendekatan ekologis menggunakan nilai pH, kandungan Karbon (C) total, Nitrogen (N) total, Fosfor (P) tersedia dan keragaman bakteri menggunakan indeks Shannon dan Simpson, dan kelimpahan bakteri dengan indeks Chao1-ACE dan OTUs. Keragaman dan kelimpahan bakteri tanah di hutan dan kebun sawit tidak berbeda sebagaimana pH, C total, dan N total, sebagai faktor substrat yang tidak berbeda nyata. Tetapi, indeks kelimpahan bakteri di sedimen perairan area hutan justru lebih tinggi dari area kebun sawit. Mayoritas sekuen berturut-turut Acidobacteria (56.33%), Proteobacteria (27.43%), Actinobacteria (7.11%), dan Cyanobacteria (5.55%) berasal dari tanah hutan, sementara Acidobacteria (50.11%), Proteobacteria (31.63%), Actinobacteria (7.58%), Chloroflexi (2.60%), dan Gemmatimonadetes (2.71%) dari tanah kebun sawit. Acidobacteria menjadi filotipe paling dominan di kedua habitat, karena pH tanah kedua areal tersebut sangat asam (3.77 – 4.80). Genera dari Alpha proteobacteria mendominasi di tanah hutan dan kebun sawit. Genus terbanyak di pohon filogenetik adalah Burkholderia dari Betaproteobacteria. Berbeda dari tanah, dalam sedimen perairan, mayoritas sekuen berturut-turut Proteobacteria (34.85%), Acidobacteria (32.67%), Nitrospirae (6.86%), Chloroflexi (4.31%), dan Actinobacteria (4.02%) dari area hutan, sementara dari area kebun sawit berturut-turut Acidobacteria (46.10%), Proteobacteria (25.86%), Nitrospirae (9.20%), Chloroflexi (4.99%), dan Actinobacteria (2.34%). Acidobacteria masih menjadi filotipe dominan di habitat sedimen perairan areal kebun sawit. Genera Alphaproteobacteria dan Betaproteobacteria mendominasi pada kedua pohon filogenetik gen16S rRNA baik di areal hutan maupun kebun sawit. Genus yang terdeteksi dominan pada pohon filogenetik bakteri asal tanah maupun sedimen area hutan dan kebun sawit adalah Burkholderia. Perubahan komunitas bakteri terjadi dalam transformasi hutan, meskipun lebih banyak ditemukan genus di pohon filogenetik bakteri tanah asal kebun sawit. Sebaliknya, komunitas di sedimen perairan transformasi hutan, sebagaimana sedimen perairan area hutan menunjukkan indeks keragaman, kelimpahan, filotipe dan genera yang lebih tinggi daripada yang ditunjukkan parameter tersebut dari area sawit. Bakteri spesial di hutan dan lahan sawit adalah bakteri lipolitik. Enzim bakteri tersebut telah diaplikasikan di industri agroakuakultur, pangan, deterjen, farmasi, susu, maupun biodiesel-biokerosin. Informasi keragaman bakteri lipolitik asal tanah dan sedimen perairan di areal hutan dan perkebunan kelapa sawit, dan komposisi asam lemaknya diperlukan. Sebanyak 22 isolat terpilih dari tiga puluh dua isolat bakteri lipolitik yang tumbuh pada media selektif lipolitik, terdiri atas 11 isolat dari tanah lapisan atas dan 11 isolat dari sedimen air di hutan dan daerah perkebunan. Isolat-isolat bakteri diidentifikasi berdasarkan analisis gen 16S rRNA. Hasil identifikasi menunjukkan isolat-isolat tersebut terdiri atas lima genera yaitu Burkholderia, Cupriavidus, Serratia, Acinetobacter, dan Kurthia. Pada pohon filogenetik yang dibangun menggunakan metode maximum likelihood, isolat-isolat tersebut terdistribusi ke dalam tiga grup, yaitu grup Burkholderia-Cupriavidus, grup Serratia-Acinetobacter, dan grup Kurthia. Hasil
Keyword: komunitas bakteri, bakteri lipolitik, hutan hujan dataran rendah, perkebunan sawit, Sumatra-Indonesia

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: