Judul: Development of The Ongole Cattle Breeding Program Based on The Grading System to Support Digital-Based Selection in The SL-SPR IPB
Abstrak: Pengembangan sapi potong di Indonesia telah berkembang dibeberapa daerah dengan menerapkan teknologi dan inovasi peternakan melalui Stasiun Lapang Sekolah Peternakan Rakyat (SL-SPR). Penelitian ini bertujuan untuk meningkatkan kualitas genetik sapi peranakan ongole (PO) melalui seleksi menggunakan sistem grading untuk pengembangan sapi lokal dan memantau perkembangannya dengan program berbasis digital. Penelitian ini dilakukan melalui pengumpulan data kuantitatif dan kualitatif dengan pengambilan sampel langsung, observasi dan pengukuran di lapangan serta sistem wawancara kepada peternak menggunakan kuesioner. Parameter penelitian meliputi data fenotipik sifat produksi, estimasi parameter genetik heritabilitas, nilai pemuliaan, tren genetik (2008-2019) dan pengaruh non genetik (jenis kawin, jenis kelamin, paritas, tahun lahir, dan musim kawin) terhadap sifat reproduksi umur beranak pertama, interval beranak dan masa kosong. Analisis data menggunakan analisis deskriptif dengan melihat kondisi stasiun lapang dan menggunakan software komputer dengan model matematis yang digunakan adalah General Linear Model (GLM) menggunakan aplikasi SAS 9.4 berdasarkan rumus SAS 2000 untuk mendapatkan nilai penilaian berdasarkan parameter sifat produksi dan reproduksi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa klasifikasi berdasarkan lingkar dada tertinggi terdapat di Dusun Jarkulon 163 ± 2.48 cm. Data sifat reproduksi berdasarkan periode 2008-2019 diperoleh AFC, CI dan DO masing-masing 39.62 bulan, 393.81 hari, 84.29 hari. Hasil analisis pengaruh non genetik terhadap sifat reproduksi AFC, CI dan DO menunjukkan hasil yang signifikan yang dipengaruhi oleh satu parameter non genetik pada masing-masing sifat. Estimasi heritabilitas sifat reproduksi menunjukkan AFC, CI dan DO, yaitu 0.28, 0.46 dan 0.21. Nilai pemuliaan tertinggi terdapat pada grade A yakni 5.70 sebanyak 6 ekor indukkan sedangkan nilai pemuliaan terendah pada grade A yakni 0.10 dengan jumlah 2 ekor indukkan. Tren genetik sifat reproduksi antara tahun 2008-2019 dihasilkan sifat AFC, CI dan DO mengalami peningkatan antara tahun 2008-2013 dan terjadi fluktuasi pada tahun 2014-2019. Data lengkap yang telah terkoreksi diperoleh data grading sapi berdasarkan sifat fenotipik dan genetik sifat reproduksi age at first calving (AFC) sebagai dasar program pemuliaan berbasis digital. Berdasarkan grade fenotipe, grade A, B dan C masing-masing yaitu 58%, 37% dan 5%. Sedangkan grade berdasarkan genetik sifat reproduksi AFC untuk grade A, B dan C masing-masing adalah 34%, 39% dan 27%. Hasil penelitian menunjukkan bahwa SL-SPR IPB Desa Sekaran memiliki potensi yang cukup baik melihat dari hasil data grade A dengan berdasarkan parameter genetik dan fenotipik. Kata kunci: Nilai pemuliaan, sapi PO, sistem grading, seleksi, SPR, The development of beef cattle in Indonesia has developed in several areas by applying livestock technology and innovation through the Stasiun Lapang Sekolah Peternakan Rakyat (SL-SPR). This study aims to improve the genetic quality of Peranakan Ongole (PO) cattle through selection using a grading system for local cattle development and cattle development systems with digital-based programs. The research was conducted through quantitative and qualitative data surveys with direct sampling, on-site observation and measurement and a system of interviewing farmers using a questionnaire. The research parameters included phenotypic data on production traits, genetic parameters of heritability, breeding value, genetic trends (2008-2019) and non-genetic effects (type of mating, sex, parity, year of birth, and mating season) on the traits of age at first calving (AFC), calving interval (CI) and days open (DO). The data analysis used
Keyword: grading system, PO cattle, selection, SPR

Judul: Perbaikan Mutu Genetik Sapi Peranakan Ongole (Bos Indicus) Melalui Pendekatan Fenotipik Dan Pemetaan Total Genom
Abstrak: Perbaikan mutu genetik sapi Peranakan Ongole melalui pendekatan fenotipik dan pemetaan total genom sampai saat ini belum pernah dilakukan di Indonesia. Selama ini kegiatan seleksi untuk menghasilkan bibit unggul lebih banyak dilakukan secara konvensional yang difokuskan hanya pada performan kuantitatif seperti bobot badan dan ukuran dimensi tubuh sehingga belum memberikan hasil yang optimal pada perbaikan genetik sapi PO. Dengan kemajuan teknologi molekuler memungkinkan untuk dilakukan seleksi dengan menggunakan penanda DNA guna mendukung kegiatan pemuliaan konvensional. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi parameter genetik sapi PO yang ada di Loka Penelitian Sapi Potong berdasarkan tampilan fenotipik, menganalisis keragaman (polimorfisme) total genom pada sapi PO jantan dan mengkaji lokus-lokus yang berasosiasi dengan sifat bobot badan pada sapi PO dengan pendekatan GWAS serta mengkaji asal usul geografis sapi PO berdasarkan analisis keturunan genetik. Penelitian ini dilakukan dalam tiga tahap dengan rincian tahapan penelitian sebagai berikut : (1) Evaluasi parameter genetik sapi PO (Bos indicus) melalui pendekatan fenotipik, meliputi : evaluasi pengaruh genetik dan non genetik, seleksi calon pejantan sapi PO dan respon seleksi (2) Analisis total genom sapi PO menggunakan Bovine SNP50 Beadchip, meliputi : analisis asosiasi dan eksplorasi kandidat gen, (3) Penentuan asal usul sapi PO menggunakan data total genom Bovine SNP50 Beadchip, meliputi : keragaman total genom, filogenetik dan analisis admixture. Penelitian ini diharapkan dapat dijadikan sebagai acuan dalam kegiatan seleksi guna mendukung program pemuliaan dan pelestarian plasma nutfah sapi PO. Evaluasi parameter genetik sapi PO menunjukkan bahwa nilai heritabilitas yang diperoleh termasuk kategori sedang dan tinggi dengan estimasi untuk bobot lahir, bobot sapih dan bobot setahun masing-masing sebesar 0.28 + 0.12, 0.47 + 0.15 dan 0.63 + 0.17, sedangkan hasil analisis korelasi genetik tertinggi diperoleh antara bobot sapih dengan bobot setahun yaitu sebesar 0.78 dan korelasi genetik terendah diperoleh pada bobot lahir dengan bobot setahun yaitu 0.27 sedangkan korelasi antara bobot lahir dengan bobot sapih sebesar 0.33. Pengaruh non genetik signifikan pada jenis kelamin dan tahun kelahiran pada ketiga bobot badan sapi PO. Hasil seleksi berdasarkan nilai pemuliaan diperoleh sebanyak 24 ekor calon pejantan sapi PO yang memenuhi kriteria bobot lahir, bobot sapih dan bobot setahun dengan respon seleksi untuk bobot lahir sapi PO diperoleh sebesar 0.22 kg/generasi, sedangkan bobot sapih dan bobot setahun memiliki respon seleksi sebesar 5.01 kg/generasi dan 11.4 kg/generasi. Hasil analisis GWAS menunjukkan bahwa terdapat asosiasi yang signifikan pada bobot lahir sapi PO dan ditemukan 19 SNP yang polimorfik pada kromosom 14. Pemetaan lokus telah dilakukan pada kromosom 14 ini dan ditemukan 14 gen yang yang paling signifikan pada bobot lahir yaitu LYN (TyrosineproteinkinaseLyn), PLAG1 (Pleiomorphic adenoma gene 1), MOS (VmosMoloneymurine sarcoma viral), RPS20 (40S ribosomalprotein S20), U1 (U1 spliceosomal RNA) snoU54 (Small nucleolar RNA U54), CHCHD7 (Coiled-coilhelix- coiled-coil-helix domaincontaining protein 7), SDR16C5 (RDHE2/Epidermal retinol dehydrogenase 2), PENK (Proenkephalin-A), XKR4, TMEM68, TGS1, ENSBTAG000000321 (SDR16C6) dan Unknown (ENSBTA000000321). Kandidat gen ini sebagian besar berperan pada sifat reproduksi, seperti fertilitas, kemudahan beranak, umur pubertas, postpartum anestrus, pertumbuhan janin, bobot lahir dan pertumbuhan. SNP-SNP yang polimorfik sangat potensial untuk digunakan sebagai marker assisted selection (MAS). Hasil analisis keragaman total genom menunjukkan bahwa sapi PO memiliki nilai heterozigositas sebesar 30.9 %, sedangkan sapi
Keyword: perbaikan mutu genetik, sapi PO, seleksi fenotipik, pemetaan total genom

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: