Judul: Analysis of Morphological and Moleculer Diversity of Simple Sequence Repeats (SSR) to Support Breeding in Subtribe Aeridinae Orchids
Abstrak: Anggrek subsuku Aeridinae merupakan salah satu komoditas florikultura yang bernilai ekspor dan menunjang perekonomian Indonesia. Anggrek yang beredar di pasaran sebagian besar adalah anggrek hasil persilangan interspesifik dan intergenerik. Kegiatan persilangan ini sulit dilakukan namun menghasilkan hibrida yang berkualitas. Pemahaman tentang kekerabatan dari populasi tetua akan bermanfaat untuk kegiatan pemuliaan anggrek subsuku Aeridinae dalam menghasilkan hibrida berkualitas yang diminati pasar. Keragaman genetik secara konvensional pada anggrek subsuku Aeridinae membutuhkan waktu lama yaitu pada saat tanaman sudah memasuki fase generatif. Penanda molekuler dapat menjadi solusi untuk mempercepat analisis keragaman genetik, kekerabatan dan illegitimate pada tanaman anggrek subsuku Aeridinae. Keragaman genetik menggunakan penanda molekuler memiliki akurasi yang tinggi. Penanda molekuler Simple Sequence Repeat (SSR) telah banyak digunakan dalam identifikasi keragaman genetik pada anggrek, namun pada subsuku Aeridinae masih terbatas. Penelitian ini terdiri dari tiga percobaan dengan masing-masing percobaan bertujuan untuk (1) Menganalisa keragaman genetik berdasarkan penanda morfologi pada 30 tetua anggrek subsuku Aeridinae koleksi sumber daya genetik Balithi, (2) Menganalisa keragaman genetik berdasarkan penanda molekuler SSR pada 30 tetua anggrek subsuku Aeridinae koleksi sumber daya genetik Balithi, (3) Menganalisa keragaman genetik berdasarkan penanda molekuler SSR dan mendeteksi adanya illegitimasi pada populasi hasil persilangan interspecific hybrid antara Vanda tricolor x [(Vanda Patao x Vanda Jennie Hashimoto) x Ascocenda Peggy Foo] No Klon 21} x Vanda Golamco's Blue Magic. Percobaan pertama adalah keragaman morfologi aksesi anggrek subsuku Aeridinae koleksi sumber daya genetik Balithi. Percobaan dilakukan dari bulan Mei 2020 sampai Febuari 2021 yang dilaksanakan di Kebun Percobaan Balai Penelitian Tanaman Hias dengan menggunakan 30 aksesi tetua anggrek subsuku Aeridinae. Metode penelitian mencakup metode observasi terhadap 52 karakter kualitatif dan data yang diperoleh dianalisis menggunakan perangkat lunak DARwin. Hasil percobaan menunjukkan bahwa populasi tetua memiliki keragaman yang tinggi dengan nilai disimilaritasnya berkisar antara 0,36 hingga 0,91. Nilai dissimilarity tertinggi (0,91) antara Vanda limbata (Vl) dan Aranthera James Storie (AJS). Nilai dissimilarity terkecil (0,36) antara Vanda tricolor x [(Vanda Patao x Vanda Jennie Hashimoto) x Ascocenda Peggy Foo] No 21 (VtAPF21) dan Vanda insignis (Vi), Ascocentrum miniata (Am) dan Vascostylis Pine Rivers (VPR), Vanda Pachara Delight (VPD) dan Vanda Golamco's Blue Magic (VGBM). Populasi tetua berdasarkan analisis pilogenetika dibagi ke dalam tiga klaster besar. Tiga klaster besar tersebut dapat direkomendasikan untuk perakitan hibrida berdasarkan warna bunga, aroma bunga dan ketahanan terhadap paparan sinar matahari langsung. Percobaan kedua adalah keragaman genetik berdasarkan penanda SSR pada 30 aksesi anggrek subsuku Aeridinae koleksi sumber daya genetik Balithi. Percobaan dilakukan dari bulan Febuari 2021 sampai Mei 2021 yang dilaksanakan di Laboratorium Pemuliaan Terpadu Balai Penelitian Tanaman Hias dengan menggunakan 30 aksesi tetua anggrek subsuku Aeridinae. Metode penelitian mencakup metode observasi menggunakan mesin QIAxcel Advanced dan data yang diperoleh dianalisis menggunakan perangkat lunak GenAlEX, PowerMarker dan DARwin. Hasil percobaan menunjukkan bahwa karakterisasi molekuler menggunakan 17 primer polimorfik hasil studi literatur menghasilkan 8 primer yang memiliki tingkat polimorfisme informatif yaitu C32, C208, C268, C359, MOK26, MOK29, VMJ05, dan VMJ09. Populasi tetua memiliki keragaman yang tinggi dengan nilai disimilaritasnya berkisar antara 0.45 hingga 0.98. Nilai disimilaritas tertinggi (0,98) antara Armodurum sulingii (As) dan Vanda sanderiana (Vs). Nilai disimilaritas terkecil (0,45) antara Aranthera James Storii (AJS)
Keyword: Aeridinae, anggrek, illegitimate, interspecific hybrid, SSR, pilogenetik, Vanda

Judul: Analisis Keragaman Morfologi dan Biokimia pada Anggrek Phalaenopsis serta Analisis Keragaman Genetik dengan Marka SNAP
Abstrak: Pengembangan komoditas anggrek Phalaenopsis di Indonesia masih menghadapi beberapa kendala diantaranya; (1) kurangnya pemahaman terkait karakter atau sifat penting dan identitas calon tetua yang akan digunakan dalam persilangan, (2) kendala perbanyakan klonal dalam penyediaan bibit unggu, dan (3) kegiatan pemuliaan dalam merakit hibrida unggul baru yang belum sepenuhnya memenuhi kaidah pemuliaan tanaman. Serangkaian kegiatan penelitian dilakukan untuk mempelajari hubungan kekerabatan antar genotipe anggrek Phalaenopsis, mengetahui kandungan utama pigmen dan korelasi terhadap beberapa organ tanaman, analisis keragaman genetik dan pengembangan marka SNAP berbasis sekuen gen CHS. Percobaan pertama adalah melakukan karakterisasi terhadap 10 genotipe anggrek Phalaenopsis untuk mempelajari hubungan kekerabatan antar genotipe. Hasil analisis menunjukkan hubungan kekerabatan antar 10 genotipe berasarkan analisis kluster terbagi menjadi dua kelompok dengan koefisien kemiripan 55%. Berdasarkan karakter kuantitatif Phal. amabilis memiliki tipe bunga besar yang ditunjukkan oleh panjang dan lebar bunga, lebar sepal dorsal, panjang dan lebar petal. Phal. amabilisberpotensi digunakan dalam persilangan untuk memperoleh karakter bunga standar putih besar. Percobaan kedua adalah melakukan uji kandungan pigmen klorofil, antosianin, dan karoten terhadap organ daun, akar dan bungapada 10 genotipe anggrek Phalaenopsis. Hasil pengujian menunjukkan pada genotipe dengan warna dasar bunga pink atau ungu memiliki kandungan antosianin yang tinggi, sedangkan genotipe dengan warna dasar bunga kuning memiliki kandungan karoten yang tinggi. Korelasi positif yang nyata diperoleh pada kandungan pigmen antosianin pada daun atau akar dengan bunga yang terdapat pada genotipe Phal. hibrida PH37 dan Phal. hibrida kode „P1ROU1‟. Percobaan ketiga yaitu isolasi dan karakterisasi frgamen gen CHS pada 10 genotipe anggrek Phalaenopsis. Hasil percobaan menunjukkan diperoleh 20 sekuen fragmen gen CHS dari 10 genotipe anggrek Phalaenopsis dengan kisaran basa ~ 700 pb. Mutasi delesi dijumpai pada sekuen gen CHS hasil dari penelitian dengan dua tipe mutan yaitu alel mutan I dan alel mutan II. Alel mutan I terjadi mutasi delesi pada basa ke 686, sedangkan alel mutan II terjadi delesi pada basa ke 686 dan 696. Mutasi satu basa ditemukan sebanyak 13 posisi dan diperoleh empat haplotipe. Hasil analisis filogenetik runutan basa menunjukkan bahwa 20 sekuen terbagi menjadi dua kelompok. Hasil analisis filogenetik prediksi asam amino menunjukkan lima tipe sekuen unik yang diperoleh dari penelitian ini mengelompok pada satu klaster. Analisis prediksi runutan asam amino menunjukkan motif terkonservasi berdasarkan analisis pensejajaran terhadap beberapa sekuen aksesi lain dari data GeneBank. Percobaan keempat adalah analisis keagaman genetik dengan marka SNAP. Percobaan ini dilakukan dengan menggunakan 12 genotipe dan hibrida ii TSW 1102 anggrek Phalaenopisis dengan tiga pasang primer SNP. Hasil analisis pensejajaran diperoleh tiga situs SNP non-synonimous yang selanjutnya digunakan sebagai marka. Hasil percobaan menunjukkan marka SNAP dapat mengelompokkan 12 genotipe berdasarkan warna bunga dan pada populasi hibrida TSW 1102 mengelompok menjadi tiga kelompok berdasarkan kemiripan terhadap tetua betina, tetua jantan, dan rekombinasi atau hibrida dari kedua tetua. Uji khi-khuadrat dilakukan untuk menguji kesesuaian frekuensi alel dengan nisbah Mendel yang dilakukan pada populasi hibrida TSW 1102. Pada lokus SNP1_CHS menunjukkan frekuensi alel tidak memenuhi nisbah Mendel, sedangkan pada lokus SNP3_CHS memenuhi nisbah Mendel dengan nisbah 1:1.
Keyword: antosianin, chalcone synthase, karoten, kemiripan, SNP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: