Judul: Analisis dan Implementasi Model Paralel Hybrid dengan MPI dan OpenMP pada Metode Conjugate Gradient
Abstrak: Conjugate Gradient method is one of the iterative methods to solve linear equation system. The method consumes much time to get the solution. Therefore to reduce its execution time, parallel processing is implemented on this method. There was a research related to this topic by Hoefler et al (2007). On their research, they were optimizing a pure MPI implementation by modifying collective functions into a non-blocking collective communication. This research used parallel hybrid model by combining MPI and OpenMP. The aim of this research is to analyze and implement the complexity and the performance of sequential, MPI and hybrid conjugate gradient algorithm. The analysis performed in this research includes the analysis of performance metrics and the experimental results of every implementation. This research uses 8 computers for running MPI processes and for hybrid experiment added 4 threads for running OpenMP on every computer. There are five matrices uses in this research obtained from matrices collection of University of Florida. The results of this research show that the execution time of all implementation for matrices with greater sizes give longer time. For example, on sequential implementation a matrice size of 2548 x 2548 takes 28.94 seconds and a matrice size of 4884 x 4884 takes 48.24 seconds. The execution time of MPI conjugate gradient is less than its sequential implementation, and the execution time of hybrid conjugate gradient is less than its MPI conjugate gradient. The speedup of MPI and hybrid conjugate gradient grows but not proportionally with the increasing size of matrices used. The overall result of hybrid implementation is quite good when the number of thread used is the same as the number of processor available on the computer.
Keyword: 

Judul: Development of Low Cost Parallel Computing Practicum Laboratory with Open MPI and NFS
Abstrak: High performance computing (HPC) merupakan salah satu bidang penelitian paling aktif di bidang ilmu komputer dan rekayasa (engineering). HPC dikembangkan untuk memecahkan sejumlah masalah yang kompleks dalam ilmu komputasi, seperti permodelan, analisis data dan desain produk. Saat ini pembelajaran kuliah dan praktikum Mata Kuliah Komputasi Paralel (KOM 613) masih menggunakan komputer tunggal untuk mempelajari pemrograman HPC tersebut, Padahal untuk pemrograman HPC yang bersifat distributed memory idealnya menggunakan komputer klaster. Penelitian ini bertujuan untuk membuat Laboratorium Komputer yang dapat mendukung pembelajaran pemrograman HPC. Laboratorium Komputer menggunakan beberapa komputer (multicomputer). Setiap komputer terbagi dalam beberapa peran, yaitu head node, file server dan compute node. Head node sebagai kontrol utama, compute node menjalankan program yang dibagikan, dan file server menjadi penyimpan file. Seluruh komputer disambungkan secara fisik melalui local area network. Metode penelitian yang dilakukan meliputi analisis, perancangan, implementasi dan evaluasi. Pengukuran kinerja komputasi dan komunikasi dilakukan terhadap komputer klaster dengan menggunakan perangkat lunak benchmark High Performance Linpack dan mpiBench, dan menghasilkan kinerja sebesar 21 GFLOPS dan 473 ms. Berdasarkan hasil benchmark, kemampuan komputer klaster dapat ditingkatkan dengan menggunakan komputer dan perangkat keras jaringan yang lebih baik dan sebaiknya juga digunakan job scheduler untuk memudahkan pengguna dalam menggunakan komputer klaster., High performance computing (HPC) is one of the most active research areas in computer science and engineering. HPC was developed to solve a number of complex problems in computational science, such as modeling, data analysis and product design. Currently lectures and practicum courses for Parallel Computing Course (KOM 613) still use a single computer to learn the HPC programming, whereas for HPC programming which is distributed memory in nature it is ideal to use a cluster computer. This study aims to create a Computer Laboratory that can support HPC programming learning. Computer Laboratory uses several computers (multicomputer). Each computer is divided into several roles, namely head node, file server and compute node. The head node is the main control, the compute node is running the shared program, and the file server is the file repository. All computers are physically connected via a local area network. The research method used includes analysis, design, implementation and evaluation. Computing and communication performance measurements were performed on cluster computers using the High Performance Linpack and mpiBench benchmark software, and resulted in a performance of 21 GFLOPS and 473 ms. Based on the benchmark results, the ability of cluster computers can be improved by using better computers and network hardware and a job scheduler should also be used to make it easier for users to use cluster computers.
Keyword: Benchmark, High Performance Computer, Cluster Computer, Computer Labs, Open MPI

Judul: Psittacosis Sebagai Zoonosis Penting Yang Berasal Dari Burung
Abstrak: Psittacosis atau ornithosis adalah penyakit menular dari burung kepada manusia. Agens penyebab psittacosis termasuk ke dalam virus psittacosis-lymphogranuloma venereum group yang disebut Chlamydia psittaci. C. psittaci hanya dapat berkembang biak di dalam jaringan hidup tetapi peka terhadap antibiotik. Penyebaran penyakit ini sangat luas, terdapat hampir di seluruh dunia. Di Indonesia penyakit ini belum pernah di diagnosa, tetapi mengingat terdapat demikian banyaknya jenis burung maka diperkirakan psittacosis ini sudah ada. Kasus pada manusia pertamakali ditemukan oleh Ritter pada tahun 1879, di Eropa. Waktu itu dikenal sebagai pneumotyphus. Chlamydia psittaci tidak hanya sebagai penyebab infeksi pada burung, juga bisa menyebabkan infeksi pada mamalia diantaranya sapi, kerbau, kambing, domba, babi dan kucing. Pada kucing dikenal sebagai feline pneumonitis. Pada domba atau kambing mengakibatkan enzootic abortion. Pada burung, kalkun merupakan unggas paling rentan diikuti oleh burung psittacine dan burung lain di luar famili psittacidae. Virulensinyapun berbeda-beda. Yang berasal dari kalkun bervirulensi tinggi, sedangkan yang berasal dari burung merpati bisa bervirulensi tinggi bisa juga bervirulensi rendah. Penularan terjadi melalui kontak langsung maupun ti- dak langsung. Penularan melalui telur tidak terjadi. Umumnya penyakit ini memperlihatkan gejala klinis berupa deman, lesu, lemah, anorexia, kurus, diarrhea ber- warna kekuningan, discharge dari mata dan hidung, conjunc- tivitis. Gejala khas pada kalkun adalah istirahat dengan sternum sebagai dasarnya, karena adanya tekanan dari bagian perut yang sakit. Sedangkan pada manusia memperlihatkan adanya demam, kadang-kadang merasa dingin, lesu, sakit kepala yang hebat, sakit pada bagian belakang badan dan photophobia…dst
Keyword: