Judul: Keragaman Genetik Dan Asal Penyu Belimbing (Dermochelys Coriacea) Di Sumatera
Abstrak: Penyu belimbing (Dermochelys coriacea) adalah salah satu dari tujuh spesies penyu di dunia. Distribusi spesies ini tersebar di perairan tropis dan sub-tropis. Habitat mencari makan dan bersarang spesies ini dapat ditemukan di beberapa tempat di Indonesia, mulai dari Sumatera sampai Papua. Sebagai salah satu habitat penyu belimbing, studi penyu belimbing di Sumatera perlu dilakukan. Hal ini dilakukan untuk memperoleh berbagai data sebagai pendukung pengelolaan perlindungan spesies ini. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman genetic dan pola konektivitas penyu belimbing dari Sumatra menggunakan penanda genetik mitokondria dan mikrosatelit. Sampel penyu belimbing dikumpulkan dari daerah peneluran penyu belimbing di Panga (Aceh Jaya) dan Lhoknga (Aceh Besar), Sumatera. Jaringan penyu belimbing yang diambil dari bagian flipper. Isolasi DNA dilakukan dengan menggunakan metode fenol/kloroform. Amplifikasi DNA ruas control region mitokondria dilakukan dengan menggunakan polymerase chain reaction (PCR). Primer yang digunakan untuk mikrosatelit adalah lokus B103, C102, L142, L143 dan L145. Berdasarkan hasil dari 763 bp control region, kami memperoleh 4 haplotipe dari 22 variasi. Haplotipe yang ditemukan menunjukkan bahwa pola konektivitas penyu belimbing Sumatera memiliki jalur migrasi ke Samudera Hindia dan Laut Cina Selatan. Haplotipe yang ditemukan di Sumatera yang sama dengan haplotipe yang ditemukan di Papua. Populasi di Sumatera memiliki keragaman genetik yang tinggi dibandingkan dengan Papua, namun perbedaan genetic antar populasi di Sumatera kecil. Hasil dari 5 lokus mikrosatelit menunjukkan konektivitas antara populasi penyu belimbing di Sumatera. Oleh karena itu, daerah yang menjadi lokasi penghubung spesies ini perlu diperhatikan dengan lebih baik. Kesimpulan dari penelitian ini adalah populasi penyu belimbing di Sumatera memiliki keragaman genetik yang tinggi. Populasi penyu belimbing di Sumatera memiliki perbedaan genetik yang kecil. Pola konektivitas menunjukkan bahwa penyu belimbing Sumatera memiliki jalur ke Samudera Hindia dan Laut Cina Selatan. Lima lokus mikrosatelit (B103, C102, L142, L143 dan L145) polimorfik pada populasi penyu belimbing di Sumatera.
Keyword: genetik, keragaman, Dermochelys coriacea, Sumatera, DNA, mikrosatelit

Judul: Variation of the cox1, cox2 Genes,  and igs of Mitochondrial DNA in Apis cerana from Sumatra
Abstrak: Distribusi lebah madu Apis cerana sangat luas di Asia dan memiliki adaptasi yang tinggi pada setiap lokasi. Apis cerana di Indonesia dikelompokkan dalam Indo-Malayan yang merupakan morfoklaster VI dengan distribusi di Sumatra, Kalimantan, dan Jawa (Paparan Sunda) hingga ke Timor. Belum ada data dan penelitian molekuler A. cerana asal Sumatra berdasarkan gen cytochrome c oxidase subunits 1 dan 2 (cox1 dan cox2) dan zona intergenic spacer (igs) dari DNA mitokondria (DNAmt). Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan menganalisis variasi haplotipe, distribusi, dan stuktur genetik populasi A. cerana asal Sumatra menggunakan tiga marka DNAmt tersebut. Selain itu juga penelitian ini menganalisis kekerabatan A. cerana asal Sumatra dengan A. cerana asal Borneo dan Jawa berdasarkan data DNA di GenBank menggunakan gen cox1, cox2, dan igs dari DNAmt. Koleksi sampel lebah kasta pekerja A. cerana asal Sumatra dilaksanakan oleh tim peneliti dari lima universitas dan BRIN di Sumatra. Koleksi lebah dilakukan di enam provinsi Sumatra di 17 lokasi kecamatan yaitu delapan lokasi lowland (<300 m dpl), tiga lokasi midland (301–1.000 m dpl), dan enam lokasi highland (>1.000 m dpl). Ekstraksi dan amplifikasi DNA A. cerana asal Sumatra dilakukan berturut-turut dengan DNA Mini Kit GenAid dan Polymerase Chains Reaction (PCR). Amplikon DNA A. cerana asal Sumatra dilakukan pengurutan DNA di perusahaan 1st BASE, Selangor, Malaysia. Urutan DNA A. cerana asal Sumatra dilakukan pensejajaran dengan DNA dari GenBank menggunakan BLASTN. Analisis bioinformatika data DNA dilakukan dengan program ClustalX 2.0, MEGAX, DnaSP 5.10, dan Network 10.2.0.0. Analisis multivariat dilakukan menggunakan Canocical Correspondence Analysis (CCA) dengan program Past4.03. Amplikon hasil pengurutan DNA A. cerana asal Sumatra berdasarkan gen cox1 dan cox2 berturut-turut adalah 593 dan 464 pasang basa (pb), sedangkan amplikon igs berkisar antara 84–88 pb. Urutan DNA A. cerana asal Sumatra gen cox1 dan igs-cox2 telah diunggah ke GenBank dengan accession number berturut-turut LC728498–LC728558 dan LC739435–LC739501. Analisis BLASTN menunjukkan bahwa A. cerana asal Sumatra gen cox1 dan igs-cox2 homolog berturut-turut 96,35–99,27% dan 95,45–99,51% dengan A. cerana asal Sabah, Borneo dengan accession number AP018149.1. Penelitian ini menemukan 33 haplotipe A. cerana asal Sumatra berdasarkan gen cox1, cox2, dan igs. Semua haplotipe gen cox1 (12 haplotipe), sembilan dari 12 haplotipe gen cox2, dan delapan dari sembilan haplotipe igs merupakan haplotipe baru dan spesifik pada A. cerana asal Sumatra. Variasi nukleotida ditemukan pada gen cox1, cox2, dan igs A. cerana asal Sumatra berturut-turut sebesar 22/593 pb (3,7%), 28/464 pb (6%), dan 11/88 pb (12,5%). Variasi nukleotida gen cox1 tidak mengubah asam amino putatif. Variasi nukleotida gen cox2 A. cerana asal Sumatra menunjukkan adanya missense mutations pada posisi 289 dan 291. Kedua posisi ini mengubah asam amino Valin menjadi Isoleusin pada haplotipe Sumatra4 cox2 dan posisi 451 mengubah asam amino Isoleusin menjadi Valin pada haplotipe Sumatra9 gen cox2. Perubahan asam amino gen cox2 A. cerana asal Sumatra masih dalam kelompok asam amino nonpolar alifatik. Haplotipe umum (Sumatra1) tertinggi dari A. cerana asal Sumatra adalah berdasarkan igs (66%), cox1 (59%), dan terendah cox2 (37%). Provinsi Sumatra Utara, Lampung, dan Sumatra Selatan menunjukkan variasi haplotipe tertinggi, berdasarkan tiga marka DNAmt. Variasi pada A. cerana asal Sumatra disebabkan oleh ketinggian tempat dan jarak antar apiari
Keyword: DNA barcode, haplotype markers, Pleistocene, Sumatra, Sundaland

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: