Judul: Insidensi dan Deteksi Citrus tristeza virus  yang Menginfeksi Tanaman Jeruk di Jawa Barat
Abstrak: Citrus is one of the economically important horticultural commodities in Indonesia, but its national production is still not optimal. Tristeza disease caused by Citrus tristeza virus (genus Closterovirus family Closteroviridae) is an important disease in citrus plants and has the potential to cause significant yield losses. This study was conducted to identify and determine the spread of tristeza disease in several citrus-growing areas in West Java Province. The study began with field surveys to citrus farms in four regencies, i.e. Bogor, Bandung, West Bandung, and Garut. Chlorosis symptoms on the farm were observed to determine disease intensity. Samples were then collected from symptomatic and asymptomatic leaves for serological detection by double antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assay (DAS-ELISA) method. Further confirmation through molecular detection was carried out by one-step reverse transcription polymerase chain reaction (one-step RT-PCR) method using CTV-specific primers, i.e. RBP 23-F/RBP 23-R. Field observations showed the variations in citrus cropping conditions and varieties at each observation site. Specific symptoms of CTV infection found involved vein clearing and chlorotic spot, leaf cupping, vein corking, and chlorosis. Disease intensity in the field was classified as moderate to very severe. DAS-ELISA and RT-PCR detection confirmed the distribution of the virus in citrus growing centers in West Java except at KJ Dayat Farm in Bandung. Nucleotide sequence analysis showed that CTV isolates from West Java consist of four virus variants, namely T68, VT, HA16-5, and T30. Further research is needed to determine the distribution area of each variant in Indonesia., Jeruk merupakan komoditas hortikultura penting secara ekonomi di Indonesia, namun produksi nasional masih belum optimal. Penyakit tristeza yang disebabkan oleh Citrus tristeza virus (genus Closterovirus famili Closteroviridae) merupakan salah satu penyakit penting pada tanaman jeruk dan berpotensi menyebabkan kehilangan hasil yang besar. Penelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi dan mengetahui penyebaran penyakit tristeza di beberapa daerah penanaman jeruk di Provinsi Jawa Barat. Penelitian diawali dengan survei pengambilan sampel tanaman jeruk di empat kabupaten, yaitu Bogor, Bandung, Bandung Barat, dan Garut. Gejala klorosis di lapangan diamati untuk menentukan intensitas penyakit. Sampel kemudian dikumpulkan dari daun yang bergejala dan tidak bergejala untuk deteksi virus secara serologi menggunakan metode double antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assay (DAS-ELISA). Konfirmasi lebih lanjut menggunakan deteksi molekuler dengan metode one-step reverse transcription polymerase chain reaction (one-step RT-PCR) menggunakan primer spesifik CTV, yaitu RBP 23-F/RBP 23-R. Pengamatan di lapangan menunjukkan adanya variasi kondisi pertanaman dan varietas jeruk. Gejala spesifik infeksi CTV menunjukkan vein clearing dan chlorotic spot, leaf cupping, vein corking dan klorosis. Intensitas penyakit di lapangan tergolong sedang hingga sangat berat. Deteksi dengan DAS-ELISA dan RT-PCR menunjukkan terdapat infeksi CTV di seluruh lokasi pengamatan kecuali di Kebun KJ Dayat asal Bandung. Analisis sekuen nukleotida menunjukkan bahwa isolat CTV asal Jawa Barat memiliki empat varian virus yaitu T68, VT, HA16-5, dan T30. Perlu penelitian lebih lanjut untuk mengetahui daerah sebar masing-masing varian di Indonesia.
Keyword: RT-PCR, DAS-ELISA, sequence analysis, specific primers, virus variant, analisis sekuens, primer spesifik, varian virus

Judul: Incidence and Molecular-based Identification of
Papaya ringspot virus Infecting Papaya in Java
Abstrak: Papaya ringspot virus (PRSV), anggota genus Potyvirus, merupakan salah satu faktor pembatas utama dalam produksi pepaya di berbagai negara termasuk di Indonesia. Penyakit bercak bercincin pada pepaya yang disebabkan oleh PRSV pertama kali dilaporkan di Indonesia pada tahun 2012 di Nanggroe Aceh Darussalam. Distribusi PRSV di Indonesia saat ini telah mencakup beberapa sentra pertanaman pepaya di Jawa, Sumatera, Bali dan Nusa Tenggara Barat. Infeksi PRSV menyebabkan kehilangan hasil secara langsung karena gejala bercak bercincin pada buah yang mengurangi kualitas dan mutu buah. Beberapa daerah di Pulau Jawa merupakan sentra pertanaman pepaya yang berkontribusi lebih dari 50% terhadap produksi nasional. Insidensi penyakit bercak bercincin dilaporkan mulai meluas akhir-akhir ini dan berpotensi menyebabkan kehilangan hasil. Oleh karena itu penelitian dilakukan untuk mengetahui penyebaran dan status penyakit bercak bercincin di beberapa daerah penanaman pepaya di Jawa serta mempelajari identitas molekuler PRSV yang berasosiasi dengan penyakit tersebut. Penelitian diawali dengan survei dan pengambilan sampel tanaman pepaya di empat kabupaten, yaitu Bogor (Jawa Barat), Purworejo dan Kebumen (Jawa Tengah), dan Bantul (DI Yogyakarta). Gejala penyakit di lapangan diamati untuk menentukan nilai insidensi dan keparahan penyakit. Sampel tanaman dari lapangan kemudian dibawa ke laboratorium untuk tahap deteksi secara serologi dengan metode DAS-ELISA (double antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assay) menggunakan antiserum spesifik PRSV. Selanjutnya dilakukan konfirmasi secara molekuler dengan metode RT-PCR (reverse transcription polymerase chain reaction) menggunakan primer universal Potyvirus (MJ-1/MJ-2) dan primer spesifik PRSV (PRSV-326/PRSV-800). Fragmen DNA hasil amplifikasi digunakan untuk perunutan nukleotida (sequencing) dan dilanjutkan dengan analisis filogenetika. Kondisi pertanaman pepaya berbeda-beda antar lokasi pengamatan. Budidaya dilakukan secara monokultur atau tumpangsari. Umur tanaman pada saat pengamatan berkisar antara 6 – 18 bulan, yaitu berada pada fase generatif. Jenis varietas pepaya yang ditanam petani di lapangan tidak beragam, karena jenis pepaya yang paling banyak ditanam adalah pepaya tipe California. Gejala infeksi PRSV yang ditemukan di Bogor, Purworejo, Kebumen, dan Bantul terdiri atas mosaik hijau muda pada daun, daun melepuh (blistering), daun berbentuk tali sepatu (shoestring), mosaik bergaris pada tangkai daun, dan bercak bercincin pada kulit buah. Berdasarkan pengamatan gejala diperoleh nilai insidensi penyakit yang bervariasi dengan insidensi penyakit terendah (27,3%) ditemukan di lokasi Grabag 2, Purworejo; sedangkan insidensi penyakit tertinggi (100%) ditemukan di lokasi Dramaga 1, Bogor. Keparahan penyakit berkisar antara 5,5% sampai 72,5% dan nilai ini tidak selalu berkorelasi positif dengan nilai insidensi penyakit. Lebih lanjut, konfirmasi infeksi PRSV melalui DAS-ELISA menunjukkan bahwa nilai insidensi penyakit berkisar antara 25% – 100%. Secara umum nilai insidensi penyakit berdasarkan deteksi DAS-ELISA berbeda dengan nilai insidensi penyakit berdasarkan gejala. Hal ini dapat terjadi karena tidak semua gejala yang tampak selalu berasosiasi dengan infeksi PRSV. Sebanyak 48 sampel yang bereaksi positif dengan DAS-ELISA dipilih untuk tahap konfirmasi secara RT-PCR. Amplifikasi menggunakan primer universal Potyvirus dan primer spesifik PRSV menghasilkan amplikon berukuran berturut-turut ± 320 pb dan ± 475 pb. Fragmen DNA yang diamplifikasi oleh dua pasang primer ini merupakan bagian dari gen selubung protein (coat protein/CP). Analisis sekuen nukleotida dari 6 isolat lapangan yang berhasil diamplifikasi menggunakan primer universal Potyvirus menunjukkan homologi tertinggi dengan isolat PRSV asal Indonesia (Nganjuk dan Bali), Thailand dan Jepang. Lebih lanjut, analisis filogenetika mengonfirmasi kedekatan hubungan
Keyword: analisis filogenetik, DAS-ELISA, insidensi penyakit, reverse transcription-polymerase chain reaction, sampel lapangan

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: