Judul: Perakitan Tanaman Kentang Atlantik Transgenik yang Mengandung CRISPR/Cas9-gRNAepsps untuk Pengeditan Gen 5-enolpyruvylshikimate 3-phosphate synthase
Abstrak: Gulma dapat menyebabkan penurunan hasil produksi tanaman kentang yang berkisar 19-81%. Gulma menjadi kompetitor tanaman dan dapat menjadi inang bagi serangga dan patogen yang dapat menular pada tanaman budidaya. Penggunaan herbisida merupakan salah satu cara yang sangat efektif, efisien dan ekonomis dalam pengendalian gulma. Herbisida yang mengandung bahan aktif glifosat banyak digunakan oleh petani. Glifosat menghambat enzim 5- enolpyruvylshikimate 3-phosphate synthase (EPSPS) yang berperan dalam sintesis asam amino aromatik yaitu fenilalanin, tirosin dan triptopan. Tanaman yang mengandung EPSPS mutan menjadi resisten terhadap glifosat karena EPSPS mutan tidak dikenali oleh glifosat. Pengeditan gen melalui sistem CRISPR/Cas9 dapat digunakan untuk melakukan mutasi secara terarah pada gen epsps. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengkonstruksi vektor ekspresi yang mengandung CRISPR/Cas9-gRNAepsps dan merakit tanaman kentang kultivar Atlantik transgenik yang mengandung transgen CRISPR/Cas9-gRNAepsps. Sekuen gRNA dirancang berdasarkan cDNA gen epsps Solanum tuberosum (Acc: LOC102600915). Sekuen gRNA yang sudah ditambah dengan situs AarI pada kedua ujung 5’ diligasikan dengan vektor pDIRECT_21A untuk membentuk vektor rekombinan pDIRECT_21A-gRNAepsps. Vektor pDIRECT_21A gRNAepsps diintroduksikan ke dalam A. tumefaciens strain EHA 105. A. tumefaciens yang mengandung pDIRECT_21A-gRNAepsps digunakan untuk menginokulasi potongan daun kentang atlantik untuk menghasilkan tanaman transgenik putatif. Tanaman transgenik putatif selanjutnya dianalisis secara molekuler dengan PCR untuk mengetahui integrasi transgen Cas9-gRNAepsps di tanaman kentang transgenik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gRNA dari gen epsps telah berhasil dirancang dan ditambah dengan situs AarI, serta disisipkan di daerah T-DNA dari plasmid pDIRECT_21A, menghasilkan pDIRECT_21A-gRNAepsps. Inokulasi tanaman kentang kultivar Atlantik dengan A. tumefaciens EHA105 yang mengandung pDIRECT_21A-gRNAepsps menghasilkan 13 tanaman kentang transgenik putatif yang resisten terhadap higromisin dengan efisiensi transformasi dan regenerasi masing-masing 2,8% dan 76,4%. Analisis PCR tanaman kentang transgenik putatif menunjukkan bahwa 10 dari 13 galur adalah kentang transgenik yang mengandung gen Cas9 dan 6 klon diantaranya mengandung Cas9-gRNAepsps.
Keyword: potato, epsps gene, CRISPR/Cas9, glyphosate resistance

Judul: Development of Transgenic Potato Plants containing the CRISPR/Cas9-Vinv gene for editing of the Vinv gene encoding Vacuolar Invertase
Abstrak: Cold-induceed sweetening (CIS) merupakan faktor penting yang menyebabkan kentang olahan bertekstur gelap dan pembentukan akrilamid yang tinggi. Fenomena ini melibatkan gen vacuolar invertase (Vinv) dalam mengakumulasikan gula pereduksi pada umbi dalam kondisi dingin. Aktivitas Vinv berperan penting dalam proses CIS dan perkembangan tanaman. Tujuan dari penelitian ini adalah (1) mengkonstruksi kaset CRISPR/Cas9-Vinv yang membawa gRNA-Vinv; (2) mendapatkan tanaman kentang kultivar Atlantik transgenik yang mengandung CRISPR/Cas9-gRNA-Vinv untuk memanipulasi gen Vinv penyandi Vacuolar invertase; (3) verifikasi tanaman transgenik secara molekuler yang membawa yang diperoleh pada penelitian ini. Plasmid rekombinan yang mengandung gen CRISPR/Cas9-gRNA-Vinv berhasil dikonstruksi dan diintroduksikan kedalam genom kentang melalui Agrobacterium tumefaciens. Transformasi genetik tanaman kentang Atlantik lebih efisien menggunakan eksplan daun yang memberikan nilai efisiensi transformasi dan regenerasi lebih besar yaitu 8,8% dan 53,6% dibandingkan ruas batang dengan efisiensi transformasi dan regenerasi yaitu 1,3% dan 0%. Dari 12 galur transforman, terdapat tiga galur yang mengandung gen Cas9. Analisis sekuensing pada gen Vinv yang diperoleh dari tanaman transgenik T0 tidak ditemukan adanya mutasi pada daerah gen Vinv. Penelitian lebih lanjut perlu dilakukan perbanyakan tanaman transforman untuk menghasilkan mutagenesis pada gen Vinv.
Keyword: CRISPR/Cas9, kentang, transgenik, Vacuolar invertase

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: