Judul: Efek Faktor Transkripsi Myb Selama Pertumbuhan Nodul Pada Lotus Japonicus
Abstrak: Dalam beberapa tahun terakhir, beberapa capaian untuk memahami tahap dalamproses perkembangan nodul telah banyak dilakukan dengan pendekatan studi molekuler. Beberapa gen telah diidentifikasi memainkan peran sangat penting baik dalam proses awal nodulasi atau pun nodul organogenesis. Penelitian sebelumnya menemukan bahwa 76 jenis gen teregulasi selama infeksi Mesorhizobium loti ke tanaman Lotus japonicus . Salah satu gen teregulasi adalah faktor transkripsi MYB, molekul yang mengikat pada situs AACG /TG pada DNA. Karena fungsi yang tepat dari faktor transkripsi MYB dalam proses nodulasi masih kurang diketahui, maka fungsi faktor transkripsi MYB selama proses nodulasi penting untuk diteliti. Untuk mengetahui pengaruh faktor transkripsi MYB dalam proses nodulasi Lotus japonicus, kami selanjutnya membuat akar transgenik dari dari Lotus japonicus dengan MYB over ekspresi (MYB OX) dan MYB tersupresi oleh RNAi (MYB RNAi). Kami mengukur jumlah nodul, diameter nodul dan panjang akar sebagai ekspresi fenotip. Untuk mengetahui aktifitas mereduksi Asetilen dari nodul menggunakan analisis kromatografi gas untuk mengetahui aktivitas fiksasi nitrogen. Untuk mengetahui ekspresi gen yang terkait nodulasi, kami mengukur ekspresi gen enod40, gen nin, dan gen sistein protease menggunakan QRT-PCR. Hasil penelitian menunjukkan bahwa MYB yang dieskpresikan berlebih secara signifikan meningkatkan jumlah nodul dari Lotus japonicus di awal minggu pasca inokulasi dan peningkatan aktivitas fiksasi nitrogen (N2) pada nodul. Pada penekanan dari MYB secara signifikan menurunkan jumlah nodul dan aktivitas fiksasi N2 serta menginduksi nodul senesens lebih awal. Kami juga menemukan bahwa MYB tidak memberi efek pada diameter nodul dan panjang akar pada Lotus japonicus. Data pada QRT-PCR menunjukkan bahwa tingkat ekspresi enod40 memungkingkan MYB mengikat pada enod40. Sebaliknya, tingkat ekspresi nin menunjukkan bahwa MYB mungkin tidak mengendalikan ekspresi gen nin tapi kami memprediksi MYB memiliki fungsi paralel dengan gen nin dalam proses nodulasi. Kami mengusulkan bahwa faktor transkripsi MYB mengikat pada gen enod40 dan diaktifkan selama masa awal nodulasi.
Keyword: MYB, faktor Transkripsi, Nodul, Lotus japonicus

Judul: Analisis Fungsi Gen OsNAC6 yang Berasal dari Padi (Oryza sativa L.) Kultivar Batutegi untuk Meningkatkan Ketahanan terhadap Kekeringan
Abstrak: Beras merupakan salah satu bahan pokok untuk kebutuhan pangan bagi masyarakat pada umumnya. Produksi beras perlu terus ditingkatkan untuk mengimbangi laju pertumbuhan penduduk. Produktivitas padi seringkali mengalami kegagalan karena adanya kendala faktor biotik dan abiotik. Tuntutan produksi yang besar tidak lepas dari berbagai permasalahan yang seringkali menyebabkan turunnya produktivitas padi secara nasional, salah satu kendala dalam produksi padi adalah semakin sempitnya luas lahan pertanian produktif dan kondisi iklim yang sulit diprediksi. Kekeringan merupakan bencana alam yang berpengaruh langsung pada produksi hasil pertanian. Kemajuan teknologi memungkinkan pendekatan molekuler untuk meningkatkan ketahanan tanaman terhadap cekaman biotik dan abiotik dengan memperbaiki ekspresi gen-gen terkait ketahanan terhadap cekaman lingkungan. Faktor transkripsi mempunyai peranan penting dalam regulasi selular dan perubahan fisik sebagai respon terhadap cekaman lingkungan pada tanaman. C-repeat binding factor/dehydration responsive element binding factor (CBF/DREB), faktor transkripsi NAM, ATAF, dan CUC, zinc finger protein dan faktor transkripsi lainnya merupakan regulator yang penting pada respon tanaman terhadap cekaman lingkungan. Faktor transkripsi OsNAC6 merupakan salah satu gen yang berperan dalam cekaman kekeringan dengan cara mempengaruhi ekspresi beberapa gen pengkode protein yang berperan dalam kondisi cekaman. Serangkaian penelitian telah dilakukan dengan tujuan untuk mengkarakterisasi faktor transkripsi OsNAC6 yang berasal dari kultivar Rojolele, Batutegi dan Nipponbare serta mempelajari mekanisme fungsi faktor transkripsi OsNAC6 terhadap cekaman kekeringan dan salinitas. Karakterisasi faktor transkripsi OsNAC6 yang berasal dari ketiga kultivar dibandingkan dengan aksesi yang terdeposit dalam pangkalan data GenBank menggunakan BLASTn dan BLASTp. Translasi runutan DNA menjadi asam amino menggunakan perangkat lunak Geneious Pro 5.6.6 (Biomatters, USA) dan ClustalW2. Hasil analisis BLASTn dan BLASTp faktor transkripsi OsNAC6 asal tiga kultivar Rojolele, Batutegi, Nipponbare menunjukan kesamaan identitas yang tinggi dengan faktor transkripsi OsNAC6 aksesi AB028185 yang terdeposit pada pangkalan data GenBank, mempunyai motif EVQSQPK pada daerah TAR, sehingga dapat disimpulkan bahwa fragmen gen tersebut adalah OsNAC6 dan termasuk dalam subfamili ATAF. Introduksi faktor transkripsi OsNAC6 ke kultivar Ciherang dilakukan dengan metode transformasi menggunakan Agrobacterium. Perlakuan cekaman PEG, NaCl dan ABA dilakukan selama 21 hari dan ekspresi OsNAC6 diukur pada 0 dan 24 jam setelah perlakuan, sedangkan perlakuan kekeringan dilakukan selama 7 hari pada umur tanaman 4 minggu. Ekspresi OsNAC6 dianalisis menggunakan kuantitatif Real Time PCR (Eco Illumina real time PCR System). Pembentukan kalus embriogenik yang rendah dan pencoklatan jaringan adalah masalah utama pada transformasi padi kultivar Ciherang. Rendahnya efisiensi transformasi diduga karena kultivar ini rekalsitran untuk kegiatan transformasi. Jumlah plantlet putatif transforman yang dihasilkan 39 plantlet, hasil analisis PCR menunjukkan 21 tanaman positif hpt. Keberadaan gen hpt dalam genom dapat menjadi indikasi keberadaan gen target OsNAC6. Analisis jumlah salinan transgen dengan Southern blot menunjukkan tanaman transgenik memiliki jumlah salinan antara 1 - 3. Ekspresi OsNAC6 di bawah kondisi perlakuan ABA, PEG dan NaCl memperlihatkan peningkatan, baik pada tanaman kontrol maupun tanaman transgenik. Pada tanaman kontrol peningkatan ekspresi lebih rendah dibanding pada tanaman transgenik. Ekspresi OsNAC6 pada tanaman transgenik dengan perlakuan PEG dan salinitas pada 0 jam maupun 24 jam tidak menunjukkan adanya perbedaan. Hal ini diduga disebabkan oleh penggunaan promoter konstitutif CAMV 35S yang berekspresi terus menerus baik ada maupun tidak ada cekaman. Hasil evaluasi terhadap tanaman transgenik selain meningkatkan ekspresi OsNAC6 juga meningkatkan
Keyword: Oryza sativa L, faktor transkripsi, OsNAC6, cekaman abiotik

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: