Judul: Karakterisasi Internal Transcribed Spacer (ITS) rDNA Nematoda Pucuk Putih (Aphelenchoides besseyi Christie).
Abstrak: dan dapat menyebabkan kehilangan hasil hingga 54%. Informasi mengenai nematoda A. besseyi di Indonesia masih sangat terbatas. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi A. besseyi berdasarkan daerah ITS dan menganalisis runutan nukleotida dari daerah ITS. Nematoda A. besseyi diekstraksi dari 6 g benih dari tujuh varietas padi, yaitu Ciherang, Gondo Roso, Hibrida Prima, Inpari Sidenuk, Pertiwi, Pandan Wangi, dan Sintanur. Ekstraksi nematoda dilakukan dengan metode Corong Baermann yang telah dimodifikasi. Identifikasi molekuler dengan PCR terdiri dari beberapa tahap, yaitu ekstraksi, amplifikasi, elektroforesis DNA, serta analisis perunutan nukleotida. Analisis perunutan dilakukan dengan program BLAST, ClustalW, Bioedit v.7.2.6, MEGA v.7.0. Amplifikasi DNA menggunakan pasangan primer spesifik forward (5’-ACA ATC GAG TTG GGA GTG-3’) dan reverse (5’-GGT CAG TGT CAT CAA TCG-3’). Hasil amplifikasi DNA A. besseyi diperoleh fragmen berukuran sekitar 750 bp. Hasil analisis penyejajaran diperoleh 555 nukleotida. Isolat A. besseyi asal Indonesia varietas Inpari Sidenuk, Ciherang, Hibrida Prima, dan Pandan Wangi menunjukkan homologi nukleotida 100% dengan isolat asal Cina dan Rusia, serta varietas Sintanur, Pertiwi, dan Gondo Roso memiliki homologi 100% dengan isolat asal India. Perbandingan homologi isolat asal Indonesia dengan outgroup isolat A. primadentus asal Iran menunjukkan kemiripan nukleotida 74.4%. Perbedaan runutan nukleotida antar isolat terletak pada posisi 216, 376, dan 448. Hal tersebut menunjukkan isolat asal Indonesia memiliki tingkat kesamaan yang tinggi dan berkerabat sangat dekat dengan isolat asal Cina, Rusia, dan India.
Keyword: analisis filogenetika, analisis penyejajaran, homologi, nukl

Judul: Deteksi dan Identifikasi Aphelenchoides besseyi Christie pada Lima Varietas Padi dengan Polymerase Chain Reaction (PCR)
Abstrak: Aphelenchoides besseyi Christie merupakan nematoda parasit tumbuhan penting pada padi dan menyebabkan kehilangan hasil hingga 54%. A. besseyi dapat bertahan selama delapan bulan hingga tiga tahun setelah panen dan dapat ditularkan melalui benih. Informasi mengenai nematoda A. besseyi di Indonesia masih sangat terbatas. Penelitian ini bertujuan mengetahui tingkat infeksi nematoda A. besseyi pada benih padi dari lima varietas, yaitu Pak Tiwi 1, IR64, Ciherang, IPB 3S, dan SL 8 SHS dan mengidentifikasi A. besseyi secara morfologi dan molekuler dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). Lima gram benih dari setiap varietas diekstraksi dengan menggunakan metode Baermann yang telah dimodifikasi. Identifikasi secara morfologi dilakukan dengan pengamatan preparat semipermanen nematoda dewasa. Identifikasi molekuler dengan PCR terdiri dari beberapa tahap, yaitu ekstraksi, amplifikasi, dan elektroforesis DNA. Amplifikasi DNA menggunakan pasangan primer spesifik untuk mengamplifikasi ITS 1 dan 2. Hasil pengamatan menunjukkan bahwa A. besseyi didapatkan pada lima varietas dengan jumlah individu nematoda yang berbeda-beda. Jumlah nematoda tertinggi didapatkan pada varietas Pak Tiwi 1 dan jumlah terendah didapatkan pada IR64. A. besseyi memiliki ciri khas yang dapat dibedakan dengan nematoda lain, seperti mukro. Amplifikasi DNA nematoda menunjukkan hasil positif dengan ukuran fragmen DNA sekitar 830 bp. Hasil tersebut membuktikan bahwa nematoda yang didapatkan pada kelima varietas adalah A. besseyi.
Keyword: amplifikasi, DNA, ekstraksi, elektroforesis, morfologi

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: