Judul: Marka SNAP Berbasis Fragmen Gen SAD sebagai Indikator Kandungan Asam Lemak Tidak Jenuh Kelapa Sawit
Abstrak: Kelapa sawit merupakan salah satu tanaman penghasil minyak nabati utama dengan produktifitas per hektar tertinggi dibandingkan semua tanaman penghasil minyak lainnya. Kebutuhan terhadap kualitas minyak nabati yang sehat dengan harga yang murah menjadi tren pada perkembangan industri minyak dan asam lemak secara global, diharapkan kelapa sawit dapat memenuhi kebutuhan tersebut. Oleh karena itu perlu dikembangkan materi genetik dengan produktifitas yang tinggi dan kualitas minyak yang baik, sebagai sumber bahan pangan maupun non pangan. Salah satu cara mempercepat mendapatkan tanaman unggul yang memenuhi kriteria yang diinginkan adalah dengan mengembangkan marka molekuler yang dapat mengindikasikan kualitas minyak yang dihasilkan tanaman kelapa sawit sejak dini. SNPs (Single Nucleotide Polimorphisms) merupakan salah satu teknologi marka molekuler, selain pemuliaan konvensional yang dapat dimanfaatkan untuk memperkuat dan mempercepat program pemuliaan kelapa sawit. Kualitas minyak dipengaruhi oleh kandungan asam lemak tidak jenuh pada minyak. Asam oleat merupakan salah satu komponen utama asam lemak tidak jenuh tunggal yang baik untuk kesehatan, bersifat stabil dan mampu mengurangi resiko serangan penyakit jantung. Pembentukan dan kandungan asam oleat serta asam lemak tidak jenuh pada kelapa sawit dipengaruhi oleh gen kunci stearoyl ACP desaturase (SAD). Gen ini memainkan peran penting dalam menentukan komposisi asam lemak tidak jenuh pada kelapa sawit (Elaeis sp.). Dalam penelitian ini, fragmen gen SAD diisolasi dari genom sumber keragaman kelapa sawit untuk mengidentifikasi dan meanganalisis lokus SNP yang digunakan sebagai dasar pengembangan marka SNAP (Single Nucleotide Amplified Polimorphisme). Dua pasang primer gen SAD spesifik berhasil didisain untuk mengisolasi fragmen gen SAD dari genom sumber keragaman kelapa sawit, yakni primer SAD1 dan SAD2. Fragmen gen SAD telah berhasil diisolasi dan diamplifikasi dari DNA genom 5 aksesi kelapa sawit yang terdiri atas satu aksesi spesies E.oleifera (open polinated) dan 4 aksesi dari spesies E.guineensis var tenera, Dura, Pisifera, dan Virescens. Fragmen gen SAD yang diisolasi dari berbagai sumber keragaman kelapa sawit mempunyai tingkat homologi 99% dengan gen SAD yang terdeposit di NCBI (National Center for Biotechnology Information). Primer SAD1 berhasil mengamplifikasi semua sampel dengan ukuran 1100 bp dengan satu intron ukuran 507 bp. Primer SAD2 menghasilkan urutan basa dengan ukuran 600 bp. Total ukuran exon yang teramplifikasi berkisar antara 969-1032 bp. Hasil identifikasi dan analisis sekuens SAD menghasilkan 13 lokus SNPs gen SAD, yang kemudian dikembangkan untuk mendapatkan 26 pasang marka SNAP. Diantara 13 lokus SNP yang dievaluasi, terdapat enam (6) lokus marka SNAP (2 lokus di bagian intron, 3 lokus di bagian exon, dan 1 lokus di bagian 3’UTRs), yang dapat digunakan untuk menduga variasi aktivitas biosintesis dan komposisi asam lemak tidak jenuh dalam buah kelapa sawit umumnya dan kandungan asam oleat pada khususnya. Ini adalah hasil penelitian pertama yang menunjukkan gabungan lokus SNPs pada exon, intron dan 3’UTRs dapat mengindikasikan kandungan asam lemak tidak jenuh pada tanaman penghasil minyak nabati. Hasil penelitian ini dapat dimanfaatkan oleh industri benih kelapa sawit untuk mendapatkan induk superior dengan kandungan asam oleat yang tinggi, meningkatkan efisiensi seleksi dan mengurangi jumlah generasi silang balik pada backcross E.oleifera dan E.guineesis, mengindentifikasi tanaman tenera yang mengalami mutasi alami pada gen SAD dengan komposisi kandungan asam lemak spesifik yang dapat diperbanyak dengan teknik kultur jaringan sehingga didapatkan tanaman
Keyword: Elaeis guineensis, E. oleifera, Asam oleat, SAD (Stearoyl ACP Desaturase), SNPs, SNAP

Judul: Identifikasi Single Nucleotide Polymorphism pada Gen FATA Penyandi Acyl-ACP Thioesterase TIPE A dari Tanaman Kelapa Sawit.
Abstrak: Komposisi asam lemak jenuh dan tak jenuh pada varietas kelapa sawit komersial yang ada saat ini hampir seimbang. Asam oleat merupakan asam lemak tak jenuh omega-9, yang memiliki 18 atom karbon dengan posisi ikatan rangkap pada karbon ke 9. Asam lemak ini dapat menurunkan tekanan darah, dan menurunkan jumlah konsentrasi LDL (Low Density Lipoprotein) yang bertanggung jawab memicu resiko penyakit jantung. Elaeis guineensis mempunyai produktivitas yang tinggi tetapi mengandung asam oleat yang rendah, sebaliknya E. oleifera mempunyai produktivitas yang rendah tetapi mengandung asam oleat yang tinggi. Acyl-ACP thioesterase Tipe A (FATA) adalah salah satu enzim yang terlibat dalam sintesis asam oleat. Identifikasi SNP (Single Nucleotide Polymorphism) pada gen FATA dari beberapa genotype yang mengandung asam oleat yang berbeda sangat penting. Tujuan penelitian ini adalah untuk menidentifikasi SNP pada gen FATA dari kelapa sawit yang dikembangkan menjadi markah SNAP (Single Nucleotide Amplified Polymorphism). Urutan gen FATA dari National Center for Biotechnology Institute (NCBI) digunakan sebagai acuan untuk desain primer. Sebanyak 11 pasang primer telah dirancang untuk mengamplifikasi semua exon dari gen FATA, terdiri dari 6 pasang primer untuk kromosom 7 dan 5 pasang untuk kromosom 8. Semua primer digunakan untuk mengamplifikasi 13 DNA tanaman kelapa sawit yang terdiri dari 5 sampel DNA E. guineensis sebagai representasi tanaman dengan kandungan asam oleat rendah, 5 tanaman hibrida Eo x Eg sebagai representasi kandungan asam oleat moderat dan 3 tanaman E. oleifera sebagai representasi tanaman dengan kandungan asam oleat tinggi. Berdasarkan analisis penyejajaran, diperoleh sebanyak 114 situs SNP yang tersebar pada 11 fragmen gen FATA pada kromosom 7 dan 8. Pada setiap fragmen dipilih satu situs SNP yang menjadi kandidat pengembangan primer SNAP. Pemilihan satu situs pada tiap fragmen gen untuk pengembangan SNAP akan menghasilkan beberapa kandidat primer yang masih harus diuji konsistensinya, primer yang tidak layak atau konsisten tidak akan dipilih untuk amplifikasi SNAP. Sebanyak 10 SNP terpilih terdiri dari 9 nonsynonymous dan 1 synonymous. Satu primer yaitu P10 yang berasal dari kromosom 7 memiliki SNP, namun tidak dapat digunakan sebagai target amplifikasi karena SNP yang ada pada situs tersebut tidak memenuhi kriteria yang dapat membedakan masing-masing kelompok sampel acuan. Seluruh SNP terpilih kemudian dianalisis menggunakan program Web SNAPER untuk memperoleh kandidat primer SNAP. Kandidat primer SNAP yang diperoleh diuji konsistensinya dalam kemampuan membedakan satu basa yang pada sampel acuan. Empat (44.4%) dari sembilan SNAP secara konsisten dapat membedakan antara E. oleifera dan E. guineensis. Empat primer SNAP terpilih digunakan untuk amplifikasi 60 sampel tanaman kelapa sawit dari berbagai progeni diantaranya Ghana, Tanzania, Ekona, Nigeria, Compact, Deli Dura, Tenera terseleksi dan hibrida Eo x Eg. Data dianalisis menggunakan software GenAlex 6.5, DarWin versi 6 dan Cervus versi 3.0.7. Nilai PIC primer SNAP bervariasi mulai dari 0.414 hingga 0.482. Shannon Index memiliki nilai yang tinggi dan menunjukkan kemerataan alel pada populasi yang baik, selain itu nilai F Null menunjukkan nilai positif yang menunjukkan alel yang fungsional dan informatif karena tidak ditemukan adanya alel nol. Analisis dendogram mampu membedakan tanaman menjadi 3 kelompok.
Keyword: Asam oleat, Kelapa Sawit, Lemak tidak jenuh, Single Nucleotide Amplified Polymorphism (SNAP)

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: