Judul: Variability of INHA_MYCTU Protein Molecular Structure Benchmark in Molecular Docking Ensemble
Abstrak: Rafli Rahmat Kurnia. Variasi Benchmark Struktur Protein Inha Myctu Pada Penambatan Ensemble Molekul. Dibimbing oleh Dr. Setyanto Tri Wahyudi, S.Si., M.Si. dan Dr. Agus Kartono, S.Si., M.Si. Asam mikolat dalam bakteri tuberkulosis membuat bakteri tahan dengan kondisi luar lingkungan dan obat. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui nilai afinitas ligan yang berikatan dengan struktur target obat, ligan terbaik yang berikatan dengan target obat, serta pengaruh variasi benchmark pada energi bebas dari struktur protein inha myctu yang telah dilakukan benchmarking dengan struktur 5G0T, 5OIF, 2H9I, 6SQ7. Dalam penelitian ini dilakukan penambatan ensemble molekul dengan mengacu kepada 4 struktur berbeda sebagai acuan sehingga diketahui energi afinitas dari setiap benchmark. Hasil yang didapatkan berdasarkan analisis ialah ligan-ligan co-crystal dengan nilai afinitas paling negatif, sehingga dapat beikatan baik dengan struktur Inha Myctu yang diantaranya ialah ligan dengan kode 53K, XT0, 4PI, TCU, 9CV, I4I, ZID, XT, EAD, dan VMY dengan rasio kesamaaan 92,5 persen pada semua benchmark, perbedaan benchmark tidak mempengaruhi nilai energi afinitas yang dihasilkan pada proses penambatan molekul., Rafli Rahmat Kurnia. Inha Myctu Protein Structure Benchmark Variations in Molecular Ensemble Docking. Supervised by Dr. Setyanto Tri Wahyudi, S.Si., M.Sc. and Dr. Agus Kartono, S.Si., M.Sc. Mycolic acid in tuberculosis bacteria makes the bacteria resistant to external environmental conditions and drugs. This research aims to determine the affinity value of the ligand that binds to the drug target structure, the best ligand that binds to the drug target, as well as the effect of benchmark variations on the free energy of the inha myctu protein structure which has been benchmarked with the 5G0T, 5OIF, 2H9I, 6SQ7 structures. In this research, molecular ensemble docking was carried out by referring to 4 different structures as references so that the affinity energy of each benchmark was known. The results obtained based on the analysis are co-crystal ligands with the most negative affinity values, so they can bond well with the Inha Myctu structure, including ligands with codes 53K, XT0, 4PI, TCU, 9CV, I4I, ZID, XT, EAD, and VMY with a similarity ratio of 92.5 percent in all benchmarks, differences in benchmarks do not affect the affinity energy value produced in the molecular docking process.
Keyword: Afinitas, Benchmark, Penambatan, Affinity, Docking

Judul: Docking And Virtual Screening of Active Compounds of Medical Plants as Tuberculosis Inhibitors
Abstrak: Tuberkulosis menjadi masalah kesehatan global saat ini. Mutasi pada protein enoyl-acyl carrier protein reductase (InhA) pada bakteri mycobacterium tuberculosis, menyebabkan resistensi terhadap obat yaitu isoniazid. Dalam penelitian ini, struktur tiga dimensi dari InhA sebanyak 10 protein wild-type dan 7 mutan dilakukan proses re-docking dan cross-docking terhadap ligan co-crystal. Dari proses tersebut, struktur PDB 4OIM, 5MTR, 4D0S, 2X23, 4TRJ, 3FNE, 4BQP, dan 4OXK untuk wild-type dan 5COQ, 5CP8, DAN 5OIF untuk protein mutan merupakan struktur yang memiliki nilai afinitas pengikatan terbaik dan RMSD <2,0 Å. Hasil cross-docking menghasilkan kode ligan XTO merupakan ligan stabil ketika berikatan dengan struktur wild-type dan mutan. Virtual screening menghasilkan ligan yang berasal dari senyawa aktif p-coumaroyltyramine, alpha- tocopherol atau vitamin e, apigenin 7-glucuronide dan cinnamamide memiliki potensi sebagai anti tuberkulosis berdasarkan hasil docking dan uji toksisitas., Tuberculosis is a global health problem today. Mutations in the enoyl-acyl carrier protein reductase (InhA) protein in mycobacterium tuberculosis bacteria cause resistance to the drug, namely isoniazid. In this study, the three-dimensional structures of InhA for 10 wild-type proteins and 7 mutants were carried out by re-docking and cross-docking processes against co-crystal ligands. From this process, the PDB structures 4OIM, 5MTR, 4D0S, 2X23, 4TRJ, 3FNE, 4BQP, and 4OXK for the wild-type and 5COQ, 5CP8, AND 5OIF for the mutant protein are the structures that have the best binding affinity values and RMSD <2,0 Å. The results of cross-docking show that XTO is a stable ligand when bound to wild-type and mutant structures. Virtual screening produces ligands derived from the active compounds p-coumaroyltyramine, alpha-tocopherol or vitamin e, apigenin 7-glucuronide, and cinnamamide which have potential as anti tuberculosis based on the results of docking and toxicity tests.
Keyword: autodock vina, docking, inha, virtual screening

Judul: Ornithonyssus Bursa (Berlese, 1888) Famili Macronyssidae yang Menyerang Unggas Dan Penaggulangannnya
Abstrak: Ornithonyssus bursa adalah tungau penghisap darah pada unggas di daerah tropis dan subtropis. Tungau ini relatif kecil, dengan panjang tubuh antara 700-1000 mikron dan lebarnya 250-490 mikron. Tubuhnya bulat berwarna coklat kekuningan sebelum menghisap darh dan berwarna merah setelah menghisap darah dari induk semangnya.
Keyword: