Judul: Whole-Genome Analysis and Characteristics of Pediococcus acidilactici WSP-AZM23 as a Probiotic Candidate
Abstrak: Probiotik merupakan kelompok mikroorganisme yang dikonsumsi dalam jumlah cukup akan memberikan manfaat kesehatan. Efek menguntungkan dari bakteri asam laktat sebagai probiotik telah diketahui bermanfaat bagi kesehatan inangnya. Mayoritas strain dari genus Pediococcus dalam industri makanan digunakan sebagai starter kultur probiotik. Pediococcus acidilactici merupakan salah satu spesies dari genus Pediococcus, memiliki beberapa sifat menarik yang berkaitan dengan kemampuannya sebagai probiotik. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keseluruhan genom dan mengevaluasi karakteristik P. acidilactici WSP-AZM23 yang diisolasi dari susu kambing etawa sebagai kandidat probiotik. Metode yang digunakan adalah dengan mengidentifikasi isolat secara morfologi dan identifikasi 16s rRNA. Assembly dan annotation genom dari hasil sekuensing menggunakan MinION Nanopore sequencer meliputi quality control menggunakan Quast, assembly flye, polishing MEDAKA, serta annotation terkait probiotik menggunakan beberapa webserver. Selanjutnya, karakteristik sifat probiotik secara in vitro seperti kemampuan terhadap pH rendah (1,5; 3; 5; dan 7), garam empedu (konsentrasi 0,15%; 0,3%; dan 0,45%), salinitas tinggi (konsentrasi 1-7%), kepekaan terhadap antibiotik, auto-aggregation, kemampuan menghasilkan enzim protease, evaluasi sifat hemolisis, serta beberapa bioaktivitas seperti antioksidan, anntiinflamasi, dan antibiofilm terhadap bakteri patogen Staphylococcus aureus ATCC 25923 dan Escherichia coli ATCC 25922. Hasil penelitian menunjukan bahwa P. acidilactici WSP-AZM23 memiliki kesamaan genetik berdasarkan 16S rRNA dengan P. acidilactici NGRI 0510Q. Potensi P. acidilactici WSP-AZM23 sebagai kandidat probiotik dikaitkan dengan kehadiran gen dan karakteristik in vitro. Genom P. acidilactici WSP-AZM23 berukuran sekitar 2.009.249 bp (~2 Mbp) dengan 2.324 CDS, mengandung kluster gen penyandi senyawa antimikrob mutacin dan colicin V, terdapat small multidrug resistance antibiotic efflux pump dan vanT (cluster gen vanG, glycopeptide resistenace gen) namun tidak terikat dengan faktor virulensi dan patogenisitas dengan skor prediksi sebesar 0,036. P. acidilactici WSP-AZM23 memiliki gen CRISPR/Cas class II (csn2, cas1, cas2, cas9). Selain itu, P. acidilactici WSP-AZM23 toleran terhadap pH rendah berturut-turut sebesar 20%, 130%, 220%, dan 110%, ketahanan garam empedu 195%, 98%, dan 92%, mampu hidup pada salinitas tinggi, rentan terhadap antibiotik (tetracycline, amoxicillin, penicillin G, dan chloramphenicol), tidak menunjukkan aktivitas hemolisis, memiliki kemampuan auto-aggregation, menghasilkan enzim protease, memiliki potensi antioksidan dengan nilai penghambatan DPPH sebesar 79,64%, anti inflamasi 50,95% ± 1,50 serta antibiofilm terhadap bakteri patogen S. aureus ATCC 25923 17,47% ± 0,004 dan E. coli ATCC 25922 11,99% ± 0,066.
Keyword: antibiotic resistance, antioxidants, etawa milk bacteria, Pediococcus genome

Judul: Evaluasi potensi probiotik isolat klinis Lactobacillus sp secara in vitro dan in vivo
Abstrak: Lactobacillus sp. Merupakan genus terbesar kelompok bakteri asam laktat (BAL) dan beberapa galur dilaporkan dapat menghambat bakteri patogen sehingga bakteri ini mempunyai potensi sebagai probiotik. Probiotik atau produk probiotik adalah makanan, minuman, atau suplemen yang mengandung mikroba hidup yang memiliki pengaruh menguntungkan bagi yang mengkonsumsinya dengan cara meningkatkan keseimbangan mukosa usus. Beberapa penelitian menunjukkan pentingnya kemampuan penempelan pada mukosa usus untuk bakteri probiotik karena kemampuan menempel pada mukosa usus dapat meningkatkan sistem imun, berkompetisi dengan patogen, serta mencegah penempelan dan pembentukan koloni oleh patogen (Ouwehand et al., 1999). Evanikastri dan Dewanti-Hariyadi (2001, belum dipublikasikan) telah mengisolasi 17 isolat klinis BAL yang berasal dari feses bayi yang berumur 30 hari. Sebagian besar dari hasil isolasi tersebut berasal dari genus Lactobacillus sp yang mampu menghambat Staphylococcus aureus dan Salmonella typhimurium.Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi potensi isolat-isolat klinis Lactobacillus tersebut sebagai probiotik. Isolat yang digunakan adalah Lactobacillus K, Lactobacillus N, Lactobacillus G3, dan Lactobacillus G4. Evaluasi probiotik in vitro yang dilakukan meliputi uji ketahanan isolat Lactobacillus terhadap pH rendah, garam empedu (bile), dan pengujian penempelan pada permukaan Stainless Steel (SS). Dua isolat yang memiliki sifat-sifat probiotik unggul dipilih untuk dievaluasi kemampuan sebagai probiotik secara in vivo dengan tikus percobaan dengan pengujian mikroflora pada feses setelah diberi ransum yang mengandung kultur kering beku Lactobacillus. Selain itu dilakukan juga uji keamanan isolat dengan melihat ada / tidaknya invasi pada organ. Hasil uji ketahanan isolat terhadap pH rendah menunjukkan bahwa terjadi penurunan log antara 0.04 sampai 0.27 log CFU/g, dimana isolat yang paling tahan terhadap pH rendah adalah Lactobacillus G3 dan yang paling tidak tahan adalah Lactobacillus N. Pada uji ketahanan terhadap bile penurunan log berkisar dari 2.96 hingga di atas 3.19 log CFU/g, dimana isolat yang paling tahan terhadap garam empedu adalah Lactobacillus G3 dan yang paling tidak tahan adalah Lactobacillus N. Hasil uji penempelan menunjukkan bahwa isolat yang mempunyai kemampuan menempel paling baik adalah Lactobacillus G3 dengan rata-rata penempelan 4.21 log CFU/cm², n², diikuti dengan Lactobacillus N, K, dan G4 berturut- turut 4.19, 3.84, 3.76 log CFU/cm²
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: