Judul: Identifikasi Keragaman Gen Dgat1 Dan Scd Serta Asosiasinya Terhadap Kualitas Karkas Pada Sapi Bali
Abstrak: Sapi Bali merupakan ternak asli Indonesia yang telah diakui oleh FAO sebagai salah satu bangsa sapi di dunia. Sapi bali memiliki potensi yang belum dimanfaatkan dengan baik khususnya ke arah kualitas karkas yang baik. Perlu dilakukan upaya perbaikan secara genetik kearah kuaitas karkas dengan menggunakan pendekatan molekuler atau Marker Assisted Selection (MAS). Gen yang dapat digunakan sebagai marker sifat kualitas karkas adalah gen Diacylglycerol Acyltransferase 1 (DGAT) dan Stearoyl-CoA desaturase (SCD). Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi keragaman gen DGAT1 dan SCD pada sapi bali di Balai Pembibitan Ternak Unggul Sapi Bali dengan menggunakan metode sekuensing, menentukan SNP pada fragmen target gen DGAT1 dan SCD dan menganalisis asosiasi antara SNP (genotipe) yang didapatkan dengan data sifat-sifat kualitas karkas. Jumlah sampel sapi bali adalah 48 ekor terdiri atas jantan 24 ekor dan betina 24 ekor berasal dari BPTU-HMT Sapi Bali di provinsi Bali. Amplifikasi gen DGAT1 menggunakan primer forward 5’- CACCATCCTCTTCCTCAAG-3’ dan reverse 5’- GGAAGCGCTTTCGGATG-3’, SCD menggunakan primer forward 5’-ACCTGGTGTCCTGTTGTTGTGCTTC-3’ dan reverse 5’-GATGACCCTACTCTTCTATTTATGC-3’. Keragaman gen DGAT1 dan SCD diidentifikasi dengan metode direct sequencing. Sifat kualitas daging yaitu tebal longissimus dorsi (TLD), tebal lemak punggung (TLP), tebal lemak rump (TLR), tebal rump (TR), marbling score (MS), dan persentase lemak intramuskular (PLIM) di koleksi menggunakan Veterinary Ultrasound Scanner. Frekuensi alel dan genotipe dihitung dengan GENEPOP (V3.2) untuk mengetahui apakah polmorfisme gen DGAT1 dan SCD dalam keseimbangan Hardy-Weinberg. Asosasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP) gen SCD terhadap kualitas daging dianalisis dengan pendekatan General Linier Model (GLM). Hasil analisis ditemukan gen DGAT1 pada SNP c.10433G>A dan c.10434C>A disapi bali bersifat monomorfik. 8 SNP yaitu 5 SNP monomorfik (c.10153A>G, c.10318C>A, c.10329C>T, g.10394G>A, g.10486A>C) dan 3 polimorfik (g.10360G>A, g.10428C>T, g.10487G>A) berada dalam keseimbangan H-W. Gen SCD Ditemukan berasosiasi nyata (P<0.05) pada SNP g.10428C>T terhadap sifat marbling score dan persentase lemak intramuskular. Berdasarkan hasil tersebut SNP g.10428C>T dapat dijadikan sebagai kandidat marker assisted selection (MAS).
Keyword: Sapi Bali, Gen DGAT1, Gen SCD, SNP

Judul: Keragaman Single Nucleotide Polymorphism (SNP) g.10360 G>A Gen Stearoyl Co-A Desaturase (SCD|AjiI) pada Sapi bali.
Abstrak: Gen Stearoyl Co-A desaturase (SCD) adalah salah satu gen yang mengendalikan sifat-sifat komposisi asam lemak dalam daging. Penelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi keragaman gen SCD pada sapi bali dengan menggunakan metode Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Lenght Polymorpohism (PCR-RFLP). Sampel DNA diperoleh dari BPTU-HPT, Denpasar Bali sebanyak 95 sampel DNA sapi bali yang terdiri atas 49 ekor jantan dan 46 ekor betina. Data genotipe di hitung menggunakan frekuensi genotipe dan alel, nilai heterosigositas, dan keseimbangan Hardy-Weinberg. Gen diamplifikasi pada posisi g.10360 G>A dengan panjang sekuen 569 bp dan dipotong menggunakan enzim AjiI yang memiliki situs potong CAC|GTC. Genotipe yang dihasilkan adalah GG, (317 bp dan 252 bp), AA (569 bp) dan GA (569, 317, dan 252 bp). Frekuensi alel tertinggi ditemukan pada alel A. Hasil identifikasi gen SCD|AjiI ini menunjukkan bahwa sapi bali di BPTU-HPT, Denpasar Bali bersifat polimorfik (beragam).
Keyword: heterosigositas, keragaman, PCR-RFLP, SCD

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: