Judul: Aktivitas Oksidasi Metan dan Akumulasi Ammonium serta Karakterisasi Gen nifH dan nifD Bakteri Metanotrof asal Sawah
Abstrak: Bakteri metanotrof merupakan bakteri yang mampu menggunakan metan sebagai sumber karbon dan energi untuk pertumbuhannya. Metan tersebut akan dioksidasi menjadi metanol atau dioksidasi lebih lanjut menjadi CO2. Enzim yang berperan dalam oksidasi metan adalah metan monooksigenase (MMO). Selain itu metanotrof tipe II dan tipe X diketahui mampu memfiksasi nitrogen menjadi ammonium, sehingga bakteri metanotrof pemfiksasi nitrogen tersebut juga berperan penting sebagai penyedia sumber nitrogen di lahan sawah. Fiksasi nitrogen dikatalisis oleh kompleks enzim nitrogenase. Enzim tersebut tersusun oleh protein Fe (dinitrogenase reduktase) yang disandikan oleh gen nifH dan protein FeMo (dinitrogenase) yang dikodekan oleh gen nifDK. Gen nifH dan nifD mempunyai sekuen yang conserved terutama gen nifH, sehingga menjadikannya alat molekuler yang ideal untuk mempelajari kemampuan fiksasi nitrogen, distribusi, maupun filogeni bakteri diazotrof. Tiga isolat metanotrof yaitu BGM1, BGM3, dan BGM 9 digunakan sebagai isolat uji untuk mempelajari aktivitas oksidasi metan dan akumulasi ammoniumnya. Aktivitas oksidasi metan dilakukan dengan menghitung konsentrasi gas metan yang ada di headspace menggunakan kromatografi gas setiap dua hari sekali. Sedangkan untuk menghitung konsentrasi ammonium yang terakumulasi di dalam media kultur digunakan spektofotometer pada panjang gelombang 640 nm. Ketiga isolat tersebut mampu mengoksidasi metan selama pertumbuhannya, dan oksidasi metan tertinggi adalah isolat BGM3 sebesar 376.79 μmol/mL/hari. Ketiga isolat tersebut juga mampu memfiksasi nitrogen yang ditunjukkan dengan peningkatan konsentrasi ammonium yang terakumulasi di dalam media. Laju akumulasi ammonium tertinggi pada isolat BGM1 sebesar 2.77 ± 0.75 μmol/mL/hari. Gen nifH dan nifD dari ketiga isolat tersebut dan enam isolat lain (SS1, SS3, SS10, ST18, SP3, dan INP4) kemudian dikarakterisasi. Analisis sekuen gen nifH menggunakan blastX menunjukkan bahwa isolat BGM3, BGM9, dan INP4 berkerabat dekat dengan nifH dari bakteri pemfiksasi nitrogen yang belum bisa dikulturkan, sedangkan isolat SS1, SS3, SS10, dan ST18 berkerabat dekat dengan nifH dari genus Beijerinckia yaitu B. mobilis dan B. indica subsp. indica ATCC 9039. Berdasarkan analisis sekuen gen nifD, isolat BGM3, BGM9, dan INP4 berkerabat dekat dengan nifD dari Xanthobacter autotrophicus Py2, sedangkan isolat SS1, SS3, SS10, dan ST18 berkerabat dekat dengan nifD dari B. indica subsp. indica ATCC 9039. Isolat BGM1, BGM3, dan BGM9 berpotensi untuk diaplikasikan di sawah sebagai pereduksi metan dan juga penyedia sumber nitrogen.
Keyword: 

Judul: Karakterisasi gen nifD bakteri metanotrof asal sawah
Abstrak: Methanotrophic bacteria are methane oxidizing bacteria. Some methanotrophs able of fix nitrogen using nitrogenase enzyme. Nitrogenase is composed of two multisubunit metallo protein. Component I contains the active site to nitrogen reduction, encoded by the nifD and nifK genes. Methanotrophic isolates of BGM 3 and BGM 9 had high ammonium accumulation cultured in Nitrate Mineral Salts (NMS) free nitrogen medium. nifD gene fragmens from BGM 3 and BGM 9 were amplified and sequenced. Sequences analyzed using bioinformatics tools such as Blast-N, Blast-X, Expasy Translate Tools, Conserved Domain (CDD) and Scan PROSITE. Phylogenetic construction made using MEGA 4 software. Sequence analysis showed that the nifD sequences of BGM 3 and BGM 9 most closely related to nifD fragmen of Xanthobacter autotropicus PY2. The Identity values of nifD sequences was 92% and 91% respectively. nifD genes from these isolates encode FeMo protein, which was 4Fe4S and 2Fe2S clusters. The nifD gene of BGM 3 and BGM 9 suspected to have same ancestor with the nifD gene of Xanthobacter autotropicus PY2 and Bradyhizobium japonicum USDA 110.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: