Judul: Kondisi oseanografi perairan selat sunda ditinjau dari variasi muka laut dan angin (Tahun 2008)
Abstrak: Karakteristik oseanografi perairan Selat Sunda seperti topografi dasar, pola pergerakan arus, pasang surut, tinggi muka laut dan arah angin di bawah pengaruh Laut Jawa dan Samudera Hindia. Tujuan dari penelitian ini adalah menggambarkan kondisi oseanografi ditinjau dari variasi muka laut perairan Selat Sunda pada tahun 2008 dan faktor angin yang mempengaruhinya, serta menganalisis pola arus perairan Selat Sunda dari variasi muka laut yang direkam menggunakan alat pengukur pasang surut (Tide Gauge) melalui pendekatan geostrofik. Variasi muka laut, angin permukaan, dan arus laut di setiap stasiun yang dikaji dianalisis menggunakan metode Wavelet 1 D tipe Daubechius 1 level 5. Untuk melihat fluktuasi muka laut dan angin permukaan berdasarkan periode dilakukan analisis spektrum densitas energi, sedangkan untuk mengetahui hubungan antara muka laut antar stasiun dan muka laut dengan angin ditunjukkan dengan analisis spektrum korelasi silang. Nilai arus geostrofik dan arus pasut dari data beda tinggi muka laut (residu dan pasut) di antara dua stasiun diperoleh melalui pendekatan geostrofik dan ditampilkan melalui distribusi arus secara 2 D. Secara umum variasi muka laut di perairan Selat Sunda pada tahun 2008 menunjukkan adanya fenomena musiman, intra musiman dan pasut dua mingguan. Fenomena musiman dapat terlihat pada periode panjang (3.8 – 5.7 bulan) di masing-masing stasiun, dimana terjadi perubahan tinggi muka laut yang mencapai dua kali tinggi maksimum pada Musim Peralihan I (April) dan Musim Peralihan II (November), serta dua kali tinggi minimum pada Musim Barat (Januari) dan Musim Timur (Juli). Fenomena musiman ini diduga berhubungan dengan adanya pengaruh Angin Muson. Selain itu, ditemukan pula fenomena intra musiman pada periode sedang (1-3 bulan) seperti adanya pengaruh gelombang Kelvin dan Dipole Mode dari Samudera Hindia, serta fenomena dua mingguan pada periode (13.7-16.8 hari) yang menunjukkan adanya pengaruh rambatan pasut yang masuk ke Laut Jawa dari Samudera Hindia melalui Selat Sunda...
Keyword: Condition oceanograph, Stick plot, World tides

Judul: Karakter Fisik Oseanografi di Perairan Barat Sumatera dan Selatan Jawa-Sumbawa dari Data Satelit Multi Sensor
Abstrak: Penyediaan data satelit menjadi salah satu alternatif untuk mengkaji karakter oseanografi di suatu wilayah. Dari data tersebut dapat dikaji fenomenafenomena oseanografi seperti upwelling dan front. Pemilihan wilayah perairan barat Sumatera dan selatan Jawa-Sumbawa dipengaruhi oleh sistem angin muson (Wyrtki, 1961; Purba et al., 1997), serta dipengaruhi oleh Arus Lintas Indonesia (ARLINDO) dan perubahan iklim global seperti El Nino dan Indian Ocean Dipole Mode (Meyers, 1996; Saji et al., 1999; Shinoda, 2004). Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji variasi karakter oseanografis yaitu suhu permukaan laut (SPL) dan tinggi paras laut secara spasial dan temporal serta menganalisis angin sebagai parameter yang dapat mempengaruhi variasi karakter oseanografi. Data yang digunakan adalah data angin harian dari ECMWF (European Center for Medium Range Weather Forecast), data suhu permukaan laut (SPL) mingguan dari NCEP (National Climate and Environment Prediction) dan data anomali tinggi paras laut (TPL) mingguan dari AVISO. Seluruh data memiliki periode dari tahun 1993-2002. Untuk melihat variasi spasial angin, SPL dan anomali TPL dilakukan analisis distribusi horizontal. Untuk melihat fluktuasi setiap parameter maka dicari densitas energi spektrumnya. Hubungan antara angin dengan SPL dan anomali TPL dicari dengan metode spektrum silang untuk memperoleh nilai koherensi dan beda fase. Secara urnum kondisi angin yang terjadi di perairan barat Sumatera dan selatan Jawa dipengaruhi oleh Sistim Muson dimana terjadi pergantian pola perubahan kecepatan angin tinggi dan rendah dalam satu tahun. Distribusi horizontal suhu bulanan menunjukkan bahwa SPL mencapai nilai terendah di Musim Timur di wilayah perairan Selatan Jawa-Sumbawa. Hal tersebut disebabkan oleh terjadinya upwelling yang intensif akibat bertiupnya Angin Muson Tenggara di perairan selatan Jawa, melebarnya poros AKS dan hilangnya Arus Pantai Jawa. SPL mencapai 25° C-27,5° C pada Musim Timur di Selatan Jawa. Pada Musim Tirnur saat bertiup kuat Angin Muson Timur, kemungkinan terjadi Transpor Ekman yang membawa serta air permukaan menjauhi Pantai Selatan Jawa, maka akan terjadi kekosongan (anomali TPL-nya rendah) yang berakibat naiknya air dari bawah menuju ke permukaan (upwelling). Hal ini konsisten dengan terjadinya SPL yang rendah pada periode dan daerah yang sama sehingga dapat disimpulkan bahwa upwelling yang intensif terjadi pada Musim timur di wilayah perairan Selatan Jawa. Pada periode EI Nino dan IODM tahun 1994 dan 1997 upwelling yang terjadi lebih intensif daripada tahun-tahun lainnya. Auto Spectral Analysis (ASPEC) menghasilkan adanya spektrum energi angin berkisar pada periode periode 51,6 minggu (tahunan) dan 25,8 minggu (semi tahunan) yang merupakan representasi perubahan pola musim yang berhubungan dengan pergerakan sistem angin muson. SPL di wilayah perairan selatan Jawa hingga Sumbawa (JAW1-SMB) memperlihatkan sinyal yang nyata pada periode 25,8 minggu dan 51,6 minggu. Hal ini berarti periodisitas SPL yang terjadi di wilayah JAW 1 hingga SMB tersebut mengikuti periode tengah tahunan (intra musiman) dan periode tahunan. Sedangkan di wilayah perairan barat Sumatera (SMT1 dan SMT2), SPL hanya memperlihatkan periodisitas dominan pada periode 51,6 minggu atau periodisitasnya mengikuti periode tahunan. Anomali TPL di wilayah JAW2 hingga SMB menunjukkan sinyal yang nyata pada periode 25,8 minggu, 51,6 minggu dan 129 minggu, sedangkan wilayah JAW1 menunjukkan sinyal yang nyata pada periode 25,8 minggu, 51,6 minggu, 86 minggu, dan 129 minggu. Sedangkan di perairan barat Sumatera (SMT1-SMT2) sinyal yang nyata terjadi pada
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA