Judul: Isolasi Dan Karakterisasi Bakteri Endofit Pada Tanaman Acacia Decurrens (J.C.Wendl.) Willd.
Abstrak: Acacia decurrens merupakan tanaman dengan kemampuan tumbuh cepat dan termasuk kedalam famili Leguminosae. Jenis tanaman ini dapat dijumpai di kawasan taman nasional gunung Merapi (Selo dan Cangkringan) dan kawasan taman nasional gunung Merbabu, Indonesia. Tanaman ini terkenal di Indonesia selain karena kemampuan tumbuh cepatnya, juga karena kemampuan daya adaptasi tinggi yang terkadang mampu menginvasi suatu kawasan. Kemampuan tersebut diduga dipengaruhi kuat oleh keberadaan mikroorganisme khusunya bakteri endofit pada jaringan tanaman tersebut. Tujuan dari penelitian ini yaitu: (1) untuk mendapatkan bakteri endofit dengan cara mengisolasi, mengkarakterisasi, menyeleksi dan mengidentifikasi bakteri endofit dari tanaman A. decurrens, (2) mempelajari peran bakteri endofit dalam meningkatkan pertumbuhan tanaman padi. Lokasi pengambilan sampel terletak pada kawasan taman nasional gunung Merapi dan Merbabu. Proses isolasi, seleksi, karakterisasi dan identifikasi bakteri endofit dari sampel yang berupa bagian akar, batang dan daun tanaman A. decurrens dilakukan di Laboratorium Bioteknologi Lingkungan Indonesian Center for Biodiversity and Biotechnology (ICBB) Bogor. Sebanyak 48 isolat bakteri endofit telah diisolasi dari jaringan pada akar, batang dan daun A. decurrens. Keseluruhan isolat kemudian diseleksi melalui uji patogenitas (reaksi hemolisis pada media agar darah dan hypersensitif respon menggunakan tanaman tembakau) dan dalam meningkatkan daya kecambah dan daya tumbuh benih padi. Berdasarkan hasil seleksi, diperoleh sepuluh isolat yang akan diuji lebih lanjut. Selanjutnya, kesepuluh isolat terpilih diuji dalam menambat N2, memproduksi IAA, melarutkan fosfat, melarutkan kalium, menghambat pertumbuhan bakteri (Xanthomonas oryzae pv. oryzae) dan cendawan (Rhizoctonia solani) penyebab penyakit pada tanaman. Dari hasil uji lanjut yang telah dilakukan, keseluruhan isolat terbukti mampu menambat N2 dan memproduksi IAA, enam diataranya sebagai pelarut fosfat, satu isolat dengan kemamampuan menghambat pertumbuhan X. oryzae dan satu isolat terhadap R. solani. Isolat-isolat tersebut kemudian diuji dalam meningkatkan pertumbuhan vegetatif tanaman padi. Percobaan ini menggunakan rancangan acak lengkap yang terdiri dari 12 perlakuan dan 5 ulangan. Perlakuan tersebut yaitu (perlakuan 1-10) bakteri endofit ditambah ½ dosis rekomendasi N, P, K dan (perlakuan 11 dan 12) sebagai kontrol yaitu ½ dan 1 dosis rekomendasi pupuk N, P dan K. Diantara 10 isolat yang diujikan, isolat Bb4, Ca9 dan Bd3 merupkan isolat-isolat dengan hasil terbaik yang mampu menutupi separuh dari penggunaan pupuk N, P dan K dengan dosis rekomendasi. Ketiga isolat tersebut dilanjutkan pada tahap identifikasi. Berdasarkan gene 16S rRNA, isolat Bb4 memiliki kemiripan 96.4% dengan spesies padanan Enterobacter sp., Ca9 memeliki kemiripan 96.2% dengan Pseudomonas sp. dan Bd3 memiliki kemiripan 96.1% dengan Enterobacter cloacae. Keseluruh isolat tersebut telah terdaftar dan memiliki nomor aksesi dari European Molecular Biology Laboratory (EMBL) Nucleotide Sequence Database. Berdasarkan pada hasil sequensing gene 16S rRNA dan karakter morfologi dan biokimia, ketiga isolat tersebut kemungkinan besar merupakan genus baru dari kelas -proteobacteria.
Keyword: Acacia decurrens, Merapi, Merbabu, bakteri endofit, bakteri pemacu pertumbuhan tanaman, gen 16S rRNA.

Judul: Isolasi, Seleksi, Dan Identifikasi Bakteri Endofit Sebagai Agens Penginduksi Ketahanan Tanaman Padi Terhadap Penyakit Hawar Daun Bakteri
Abstrak: Hawar daun bakteri (HDB) yang disebabkan Xanthomonas oryzae pv. oryzae menjadi salah satu masalah besar dalam produksi padi di Indonesia. Salah satu upaya pengendalian yang dapat dilakukan yaitu dengan pemanfaatan agens hayati seperti bakteri endofit. Bakteri endofit merupakan bakteri yang dapat mengolonisasi jaringan internal tanaman tanpa menyebabkan kerusakan pada inangnya. Bakteri ini memiliki mekanisme induksi ketahanan tanaman atau dikenal dengan induced systemic resistance (ISR) dalam pengendalian penyakit. Namun potensinya sebagai agens penginduksi ketahanan tanaman terhadap penyakit hawar daun bakteri serta pengaruhnya terhadap pertumbuhan dan hasil panen padi sejauh ini belum banyak diketahui. Penelitian ini bertujuan mengisolasi, menyeleksi, dan menguji kemampuan bakteri endofit asal tanaman padi sebagai agens penginduksi ketahanan tanaman serta mengetahui pengaruhnya terhadap pertumbuhan dan hasil panen padi. Selain itu untuk mengidentifikasi bakteri endofit yang potensial sebagai agens penginduksi ketahanan tanaman padi terhadap penyakit HDB. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Bakteriologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, dan Rumah Kaca Cikabayan, IPB mulai bulan Juni 2013 sampai Desember 2014. Bakteri endofit yang digunakan merupakan hasil isolasi dari tanaman padi sehat yang berada diantara tanaman sakit akibat HDB. Isolat bakteri endofit hasil isolasi diseleksi berdasarkan viabilitas dan morfologi koloni, pengaruhnya terhadap induksi ketahanan dan pertumbuhan padi di pembibitan, serta uji reaksi hipersensitif pada tanaman tembakau. Bakteri endofit hasil seleksi selanjutnya diuji pada percobaan rumah kaca. Parameter yang digunakan meliputi ekspresi gen PR1 dan PBZ1, aktivitas enzim peroksidase, periode inkubasi, dan perkembangan penyakit HDB. Selain itu juga diamati pengaruhnya terhadap pertumbuhan dan hasil panen padi dengan parameter daya berkecambah, indeks vigor benih, pertambahan tinggi tanaman, jumlah anakan maksimum, jumlah anakan produktif, bobot kering, dan kadar air gabah. Perlakuan bakteri endofit di rumah kaca terdiri dari W1 (aplikasi bakteri endofit pada benih saja), W2 (aplikasi bakteri endofit pada benih dan 4 MST), dan W3 (aplikasi bakteri endofit pada benih, 4, dan 6 MST). Bakteri endofit yang potensial sebagai agens penginduksi ketahanan tanaman padi dan berpengaruh baik terhadap pertumbuhan dan hasil panen padi selanjutnya diidentifikasi menggunakan teknik molekuler berdasarkan sekuen 16S rRNA. Hasil isolasi diperoleh 549 isolat bakteri endofit. Isolat bakteri endofit dari bagian akar sebanyak 225 isolat (38%), dari bagian batang sebanyak 236 isolat (40%), dan dari bagian daun sebanyak 133 isolat (22%). Hasil seleksi menunjukkan bahwa 370 isolat dari 549 isolat bakteri endofit hasil isolasi memiliki viabilitas yang baik dan morfologi koloni yang berbeda. Selanjutnya 14 dari 370 isolat menunjukkan kemampuan menginduksi ketahanan atau memacu pertumbuhan padi di pembibitan, namun hanya 7 isolat diantaranya yang tidak ii menyebabkan reaksi hipersensitif pada tanaman tembakau. Tujuh isolat bakteri endofit tersebut adalah EA2 154, EB3 307, EB4 451, EB4 452, EB6 748, ED1 63, dan ED4 467. Hasil pengujian di rumah kaca menunjukkan bahwa ketujuh isolat yang diujikan mampu menginduksi ekspresi gen PR1 dan PBZ1, dan 4 diantaranya mampu meningkatkan aktivitas enzim peroksidase (EB4 451, EB4 452, EB6 748, dan ED4 467). Selain itu 4 isolat mampu memperpanjang periode inkubasi (EA2 154, EB4 451, EB6 748, dan ED4 467) dan 2 isolat mampu menghambat perkembangan penyakit HDB (EB4 451 dan ED1 63). Secara umum perlakuan bakteri endofit tidak berpengaruh nyata terhadap pertumbuhan dan hasil panen padi, kecuali terhadap daya
Keyword: bakteri endofit, gen PR1 dan PBZ1, padi, ISR

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: