Judul: Potential Active Compounds of Fresh Young Cashew Leaf Against RNA-Dependent RNA-Polymerase (RdRp) of SARS-CoV-2: In silico Perspective
Abstrak: Coronavirus diseases-19 (COVID-19) disebabkan oleh virus SARS-CoV-2 masih menjadi wabah di seluruh dunia hingga saat ini. Penelitian terkait penanganan yang tepat untuk menghambat virus seperti obat-obatan dan vaksin juga masih terus dilakukan. Tumbuhan alam telah banyak terbukti efektif dalam menghambat virus dan bakteri, serta penyakit termasuk juga daun jambu mete. Daun jambu mete yang sering dikonsumsi dan dimanfaatkan dalam bentuk segar adalah daun yang masih muda. Daun muda jambu mete memiliki kandungan senyawa-senyawa aktif yang terbukti menghambat berbagai macam virus sehingga diduga berpotensi dalam menghambat virus SARS-CoV-2. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan senyawa terbaik yang terkandung dalam daun jambu mete berdasarkan nilai energi pengikatan (∆G) dan konstanta inhibisi terendah, profil drug-likeness dan ADMET (Adsorption, Distribution, Metabolism, Excretion, Toxicity), serta simulasi dinamika molekul setelah ditambatkan pada RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) dari virus SARS-CoV-2 secara in silico. RdRp memliki peran inti dalam proses replikasi dan transkripsi untuk siklus hidup virus. Penelitian ini menggunakan struktur kristal kompleks protein RdRp yang berasal dari protein data bank (PDB) dengan PDB ID adalah 7BV2 dan resolusi 2,5 Å, serta struktur senyawa aktif diambil dari Pubchem ID. Selanjutnya dilakukan simulasi molecular docking untuk mendapatkan energi ikat dan interaksi-interaksi senyawa ketika telah berada di daerah pusat aktif protein RdRp. Struktur kristal dipisahkan menjadi reseptor RdRp dan ligan ko-kristal remdesivir triposfat (RTP) sebagai kontrol. Re-docking dilakukan untuk validasi pada struktur kristal dan ligan ko-kristal menggunakan Autodock Vina (Vina) dengan nilai ∆G sebesar -7,4 kkal/mol. Simulasi molecular docking berbasis virtual screening dilakukan menggunakan Vina terhadap tiga puluh senyawa yang terkandung dalam daun jambu mete berdasarkan hasil dari kajian pustaka pada tahap pertama dengan nilai ∆G berkisar antara -3,7 hingga -10,5 kkal/mol. Selain itu, nilai konstanta inhibisi terprediksi (pKi) yang mengambarkan prediksi dosis senyawa yang diperlukan dalam menghambat RdRp berkisar antara 2170 hingga -0,032 M. Sepuluh senyawa dengan nilai ∆G dan pKi terendah di validasi menggunakan Autodock 4.2.6 (AD4) dengan nilai ∆G berkisar antara -4,37 hingga -7,43 kkal/mol. Lima senyawa aktif dengan prediksi penghambatan RdRp terbaik berdasarkan virtual screening adalah agathisflavone, amentoflavone, quercetin-3-xyloside, epicatechin-3-gallate, dan peonidin. Tahap kedua adalah analisis drug-likeness, bioaktivitas, dan sifat ADMET dilakukan pada lima senyawa terbaik berdasarkan hasil virtual screening. Hasil analisis drug-likeness berdasarkan Aturan Lima Lipinski dan Veber terhadap lima senyawa terbaik adalah peonidin merupakan senyawa yang diprediksi dapat dikembangkan sebagai obat oral. Pengujian sifat enzim inhibitor (EI) dilakukan untuk menggambarkan sifat bioaktivitas senyawa terbaik dimana empat senyawa selain peonidin memiliki sifat sebagai EI aktif (EI >0), sedangkan peonidin bersifat cukup aktif karena nilai EI sebesar -0,04 (moderately active = EI -5,0 – 0). Selanjutnya, sifat ADMET diprediksi dengan menganalisis Blood-Brain Barrier (BBB), Human Intestinal Absorption (HIA), AMES toxicity, dan LD50. Kelima senyawa inhibitor terbaik memiliki nilai penetrasi ke BBB yang baik dan berada dalam batas normal untuk LD50. Namun, quercetin-3-xyloside terprediksi kurang baik untuk terserap oleh usus manusia karena memiliki nilai HIA yang kurang dari batas minimum (HIA >0,30). Berdasarkan kriteria AMES toxicity, epicatechin-3-gallate bersifat positif toksik karena termasuk dalam kategori 0 (kategori 0 = positif, kategori 1 = negatif) sehingga tidak direkomendasikan sebagai senyawa yang berpotensi sebagai inhibitor RdRp. Simulasi dinamika molekuler (MD) dilakukan untuk melihat
Keyword: SARS-CoV-2, daun jambu mete, molecular docking, drug-likenss, simulasi dinamika molekul

Judul: Active Compounds of Natural Products as Covid-19 Antivirus Candidates Using Molecular Docking and Dynamics Studies
Abstrak: Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) adalah virus penyebab Coronavirus 2019 (COVID-19) yang menjadi pusat perhatian global pada tahun 2020. Hingga saat ini, belum ada obat yang terbukti efektif untuk pengobatan atau pencegahan COVID-19. Kajian pengembangan inhibitor virus dilakukan dengan metode virtual screening dan simulasi molecular docking. Enam protein esensial yang berperan dalam perkembangan virus, seperti protein 3CL-Pro, PL-Pro, Helikase, Protein N, E, dan M digunakan sebagai protein target. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendapatkan model interaksi ligan senyawa alam aktif terhadap protein reseptor yang dikode oleh genom SARS-CoV-2 dan energi ikat bebasnya sehingga dapat mengusulkan senyawa aktif dari produk alam yang berpotensi sebagai obat untuk COVID-19. Autodock Vina, Autodock 4.2, PSOVina, dan Amber20 digunakan dalam penelitian ini. Berdasarkan nilai energi ikat bebas dan interaksi protein-ligan, diperoleh kandidat senyawa dengan nilai terbaik untuk setiap protein target. Korilagin (-14,42 kkal/mol), Skutelarein 7-rutinosida (-13,2 kkal/mol), Genistein 7-O-glukuronida (- 10,52 kkal/mol), Basa Biflavonoid-flavon + 3O dan basa flavanon + 2O + 1MeO (- 11 ,88 dan -9,61 kkal/mol), dan Enoksolon (-6,96 kkal/mol) memiliki nilai energi bebas terbaik pada setiap protein target yang menunjukkan bahwa senyawa tersebut berpotensi sebagai inhibitor protein virus untuk diteliti lebih lanjut. Penelitian ini terbatas pada simulasi komputer, dimana hasil yang diperoleh masih berupa prediksi. Diperlukan penelitian lebih lanjut untuk menguji aktivitas ligan terpilih yang memiliki nilai energi bebas terendah dari keenam protein target. Pada uji stabilitas dengan simulasi dinamika molekul, kompleks 3CL-Pro – Korilagin merupakan kompleks yang paling stabil dibandingkan kompleks lainnya, sehingga korilagin merupakan senyawa yang paling direkomendasikan untuk diteliti lebih lanjut., Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is the virus that causes Coronavirus 2019 (COVID-19) which has become the center of global attention in 2020. To date, there has been no proven effective drug for the treatment or prevention of COVID-19. A study on the development of inhibitors for this virus is carried out using virtual screening and molecular docking simulation methods. Six essential proteins that play a role in virus development, such as 3CL-Pro, PL-Pro, Helicase, N, E, and M protein were used as protein targets. The purpose of this study was to obtain a model of ligands interactions of active natural compounds against the receptor protein encoded by the SARS-CoV- 2 genome and their free binding energy so that it can propose active compounds from natural products that have potential as a drug for COVID-19.Autodock Vina, Autodock 4.2, PSOVina, and Amber20 were used in this study. Based on the value of free binding energy and protein-ligand interactions, the candidate compounds with the best value are obtained for each target protein. Corilagin (-14,42 kcal/mol), Scutellarein 7-rutinoside (-13,2 kcal/mol), Genistein 7-O-glucuronide (-10,52 kcal/mol), Biflavonoid-flavone base + 3O and flavanone base + 2O + 1MeO (-11,88 and -9,61 kcal/mol), and Enoxolone (-6,96 kcal/mol) has the best free energy value at each protein target indicating that the compound has the potential as a viral protein inhibitor for further investigation. This research is limited to computer simulations, where the results obtained are still a prediction. Further research is needed to test the selected ligand activity, which has the lowest
Keyword: covid-19, molecular docking, molecular dynamic, natural compound, sars-cov-2, virtual screening

Judul: Etno-ornitologi Burung Kancilan Flores (Pachycephala nudigula nudigula Hartert 1897) pada Masyarakat Lio di Taman Nasional Kelimutu
Abstrak: Bare-throathed whistler is one of several wild birds in Kelimutu National Park (TNKL) that is believed to have correlation with Lio Community‟s belief. The estimation of Bare-throated whistler‟s population in Kelimutu National Park was about 186.41-1668.07 individual by the density about 0.0389-0.3481 ind/ha with the sex ratio 6.2:1 that spreaded on area with height of 1100 – 1600 masl. The characteristic of Bare-throated whistler‟s habitat is a natural forest with various canopy level, high plant species diversity and high density. The habitat characteristics related to the availability of food in the form of insects, cover, safety and a nesting site. Generally the most of Lio community knew the existence of Bare-throated whistler directly or from their parents‟ stories. The perceptions of Lio Community to the Bare-throated whistler‟s existence is generally support the conservation efforts. The perceptions construct the Lio Community‟s atitude that tend to be conservative to the existence of Bare-throated whistler. The attitude shown by their behavior that not cathing the Bare-throated whistler from the TNKL‟s area or the outside. The attitude have an important role to the existence of Bare-throated whistler in Kelimutu National Park‟s area.
Keyword: