Judul: Isolasi dan Karakterisasi Biologik Virus Newcastle Disease (NDV)
Abstrak: Newcastle disease (ND) merupakan salah satu penyakit unggas yang sangat penting di industri peternakan. Distribusi ND sudah terjadi di seluruh dunia antara lain Asia, Afrika dan Amerika. Newcastle disease juga merupakan penyakit unggas yang sangat merugikan secara ekonomi karena infeksi yang diakibatkan dapat menyebabkan kematian mencapai 100%. Salah satu cara pengendalian ND adalah vaksinasi, yang telah diaplikasikan selama beberapa dekade pada industri peternakan di seluruh dunia. Di Indonesia, Newcastle disease merupakan penyakit unggas endemik. Upaya pengendaian terutama dilakukan dengan vaksinasi menggunakan berbagai ragam sediaan vaksin ND yang beredar di pasaran. Kasus ND masih dilaporkan terjadi di lapangan walaupun vaksinasi telah diterapkan secara ketat di peternakan ayam komersial. Kemungkinan terjadinya hal tersebut antara lain disebabkan oleh ketidaksesuaian vaksin yang diberikan dengan virus yang bersirkulasi di lapangan. Apalagi diketahui virus Newcastle disease (NDV) merupakan virus RNA yang sangat mudah bermutasi. Banyaknya kasus ND yang terjadi di lapangan tidak dibarengi dengan cukupnya informasi dan publikasi tentang NDV asal Indonesia. Secara umum penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan informasi tentang infeksi NDV pada ayam komersial maupun kampung melalui deteksi genom, isolasi dan identifikasi, serta karakterisasi biologik isolat lapang. Sejumlah 529 sampel usap kloaka dikoleksi dari pasar-pasar tradisional dan peternakan rakyat di daerah Bogor dan Tangerang. Keberadaan NDV ditentukan dengan mendeteksi gen matriks menggunakan teknik real-time reverse transcriptase-PCR (rRT-PCR); 20 sampel dideteksi positif gen matriks . Upaya isolasi virus dari 20 sampel positif PCR pada telur ayam berembrio (TAB) specific pathogen free (SPF) umur 9-11 hari berhasil menumbuhkan 11 isolat yang memperlihatkan aktifitas hemaglutinasi(haemagglutination, HA). Identifikasi menggunakan uji hambatan hemaglutinasi (haemagglutination inhibition, HI) dan rRT-PCR meneguhkan bahwa 11 isolat tersebut adalah NDV. Empat isolat representasi lokasi dipilih untuk karakterisasi patogenisitas dengan metode mean death time (MDT) pada TAB SPF, dan karakterisasi antigenisitas menggunakan metode haemagglutination inhibition (HI) dan virus netralisasi (VN) untuk melihat keragaman antar isolat virus. Uji MDT memperlihatkan dua isolat (APMV-1/Chicken/Tangerang/IISERnc/2012) dan APMV-1/Chicken/Tangerang/ XIIIBSDnc/2012) adalah mesogenik, satu isolat (APMV-1/Chicken/ Tangerang/VIIIBSDbr/2012) termasuk lentogenik, dan satu isolat (APMV-1/Chicken/Tangerang/ TWPRnc/2012) bersifat velogenik. Tiga dari empat isolat menunjukkan hubungan antigenik dengan strain Komarov dan G7 tetapi tidak dengan strain referensi LaSota, sementara isolat velogenik APMV-1/Chicken/Tangerang/ TWPRnc/2012 yang berasal dari ayam kampung menunjukkan reaksi silang tinggi dengan antiserum terhadap tiga strain referensi diatas. Sampel-sampel yang diambil di lapang, baik yang berasal dari pasar dan peternakan rakyat, baik dengan atau tanpa gejala sakit dapat diisolasi virus Newcastle disease dengan karakteristik yang beragam. Perlu dilakukan penelitian lebih lanjut untuk melihat keragamanan genetik dan pathotyping isolat yang diperoleh sehingga dapat memberikan informasi yang lebih mendalam dan bermakna tentang penyakit
Keyword: Newcastle disease, Newcastle disease in Indonesia, mean death time (MDT), real time reverse transcriptation (rRT-PCR)

Judul: Isolasi Dan Determinasi Patotipe Molekuler Virus Newcastle Disease : Kajian Lapang Di Wilayah Jawa Timur
Abstrak: Newcastle disease adalah penyakit yang disebabkan oleh virus dan dapat menyebabkan infeksi sistemik hingga kematian pada unggas. Isolasi virus berhasil diperoleh di berbagai wilayah di Indonesia dan menjadi endemik di berbagai negara berkembang. Virus ini dilaporkan menyebabkan 14 000 kasus unggas terinfeksi di Jawa Timur pada tahun 2011. Tujuan penelitian ini adalah mengkaji keberadaan dan determinasi patotipe secara molekuler virus Newcastle disease di wilayah Jawa Timur. Sampel usapan kloaka sebanyak 289 diambil dari unggas (ayam dan bebek) pekarangan, peternakan, pengepul, dan pasar unggas di Probolinggo, Situbondo, dan Bondowoso. Sampel dipool dengan setiap pool terdiri dari 5-7 individu berdasarkan jenis unggas dan lokasi pengambilan sampel sehingga didapatkan total pool sebanyak 56 pool. Sampel pool diinokulasi pada telur ayam berembrio SPF dan dilanjutkan dengan Real Time Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (rRT-PCR) matrix (M). Sampel positif, kemudian diuji kembali secara individu dengan diinokulasi kembali pada telur ayam berembrio SPF. Karakterisasi patotipe isolat dilakukan dengan rRT-PCR Fusion (F), uji hemagglutination inhibition (HI), uji waktu elusi, dan sekuensing gen F untuk melihat motif cleavage site. Hasil menunjukkan 6 dari 56 pool terdeteksi positif VND. Enam pool positif terdiri dari 5 pool dari ayam kampung dan 1 pool dari bebek. Isolasi VND dari individu sampel asal pool positif diperoleh 8 isolat. Semua isolat berasal dari pasar unggas di Probolinggo dan Bondowoso. Delapan isolat individu yang terdeteksi positif VND dengan primer matrix (M). Hasil titer HI dengan menggunakan Komarov berkisar antara 3 – 4 log2, berbeda dengan antiserum B1 menunjukkan variasi lebih rendah yaitu berkisar antara 2 – 4 Log2, sehingga semua isolat memiliki afinitas lebih tinggi terhadap Komarov dan bereaksi positif pada uji rRT-PCR F. Uji waktu elusi menunjukkan bahwa 7 isolat termasuk ke dalam velogenik dan 1 isolat termasuk mesogenik. Sebagai peneguhan dari ketiga uji diatas, analisis sekuen nukleotida menunjukkan motif asam amino multibasic pada cleavage site protein F; tujuh isolat memiliki motif 112RRQKRF117 dan satu isolat 112RRRKRF117. Kedelapan isolat memiliki kesamaan secara karakteristik, akan tetapi isolat IDNSMP-4A memiliki keragaman karakteristik berbeda dilihat dari motif cleavage site pada protein F. Semua isolat diperoleh dari pasar unggas dan tidak menunjukkan gejala secara klinis, sehingga dapat diindikasikan bahwa virus mampu menyebar dengan cepat di area pasar. Hasil penelitian bisa sebagai informasi akurat menjelaskan bahwa perlu ada pengawasan lalu lintas sebagai pencegahan dan pengendalian penyebaran penyakit infeksi VND di pasar unggas.
Keyword: Newcastle disease, patotipe molekuler, motif cleavage site, pasar unggas

Judul: Penggunaan Teorema Homeomorphy 2-Manifold dan Teorema Euler Poincare pada Torus 𝑇�� dan Simplicial Complex 𝐾��
Abstrak: Two dimensional topological spaces are said to be homeomorphic if they have the same topological invariant, where one of topological invariant used is an Euler characteristic. Homeomorphy 2-Manifold’s Theorem and Euler Poincare’s Theorem are used to distinguish two topological spaces. Homeomorphy 2-Manifold’s Theorem uses Euler characteristic to identify two dimensional topological spaces. Euler Poincare’s Theorem is an alternative way to find Euler characteristic with Betti number, which is topological invariant as well. The objective of this paper is to investigate the homeomorphism of torus 𝑇����� and simplicial complex 𝐾�����. Topological space torus and simplicial complex 𝐾����� have the same Euler characteristic, which is two. Based on Homeomorphy 2-Manifold’s Theorem topological space torus 𝑇����� and simplicial complex 𝐾����� is homeomorphic.
Keyword: simplicial, torus, Euler, homeomorphism, topology