Judul: Keragaman Dan Pemetaan Penyebab Bulai Jagung Di 13 Provinsi Indonesia.
Abstrak: Penyakit bulai pada jagung di Indonesia merupakan kendala utama penurunan produksi karena dapat menyebabkan kehilangan hasil hingga 100%. Penggunaan kultivar tahan bulai yang intensif di tahun 1970-an mampu menurunkan tingkat kejadian penyakit bulai. Namun kejadian penyakit bulai dilaporkan kembali pada tahun 1990-an ketika ada temuan bahwa telah terjadi pematahan ketahanan beberapa kultivar hibrida yang pada mulanya dilaporkan tahan bulai, mulai terinfeksi oleh penyebab bulai. Data penurunan hasil hingga puso, kejadian ketahanan bulai terhadap fungisida, patahnya ketahanan kultivar tahan bulai, serta kejadian penyakit yang selalu ada sepanjang tahun, memicu upaya pengendalian bulai terus dilakukan. Langkah pengendalian yang tepat perlu didukung oleh diagnosis penyebab penyakit yang memadai. Namun hingga kini, identifikasi pseudo fungi penyebab bulai yang tergolong dalam kelas Oomycetes masih sulit dilakukan. Identifikasi secara molekuler terkendala ketiadaan primer spesifik spesies di Indonesia. Langkah pengendalian juga terkendala oleh terbatasnya informasi tentang fisiologi dan ekologi, serta keragaman yang tinggi diantara pseudo fungi penyebab bulai di Indonesia. Oleh karena itu, dilakukan penelitian yang bertujuan mempelajari karakter morfologi, molekuler, fisiologi, dan lingkungan abiotik spesies pseudo fungi penyebab penyakit bulai pada jagung di Indonesia. Penelitian tersebut telah menambah pengetahuan tentang keragaman morfologi, molekuler, gejala dan perubahan fisiologi yang terjadi, serta faktor lingkungan abiotik yang mempengaruhi perkembangan penyakit. Pengetahuan tersebut digunakan dalam penyusunan peta sebar penyakit bulai berbasis morfologi, molekuler dan peta preferensi penyakit berbasis faktor abiotik yang berpengaruh terhadap kejadian penyakit bulai di Indonesia. Pengamatan terhadap jagung bergejala bulai di-13 provinsi di Indonesia menunjukkan adanya tiga kelompok morfologi pseudo fungi penyebab bulai. Kelompok pertama mempunyai konidia dengan bentuk bulat dan agak bulat (spherical dan subspherical) berukuran 12-23 x 25-44 μm dan berdinding tipis, konidiofor bercabang 3 sampai 4 kali berukuran 111-410 μm dilengkapi dengan sterigmata diidentifikasi sebagai P. maydis. Konidia kelompok ke-2 berbentuk spherical berlapis tebal dengan ukuran ketebalan 1-2 μm, berdiameter 9-10 x 10-11 μm, dengan konidiofor membentuk percabangan sebanyak 2 kali teridentifikasi sebagai P. sorghi. Konidia kelompok ke-3 berdinding tipis, berbentuk oval, berdiameter 11-15 x 15-40 μm dengan konidiofor bercabang 3 kali, berukuran 150-300 μm diidentifikasi sebagai P. philippinensis. Spesimen Peronosclerospora sp. aff. P. sorghi asal NTT berbeda dengan spesimen asal Bogor dan Malang, sehingga spesimen P. sorghi asal NTT, berpeluang diusulkan sebagai kandidat jenis baru. Uji konfirmasi secara molekuler menggunakan empat pasang primer spesifik yaitu PmUF/PmUR, PsUF/PsUR, PsrUF/PsrUR, dan PpUF/PpUR direkomendasikan sebagai metode identifikasi pseudo fungi penyebab bulai pada jagung di Indonesia berbasis PCR. Empat pasang primer spesifik tersebut dirancang di area lestari gen penyandi cytochrome oxidase 1, cytochrome oxidase 2, dan area ITS (internal transcribed spacer). Spesimen Peronosclerospora yang ditemukan menunjukkan tingkat keragaman genetik yang tinggi. Analisis sikuen DNA dan asam amino menunjukkan bahwa terjadi variasi yang tinggi antar spesimen pseudo fungi penyebab bulai jagung di Indonesia. Pengamatan terhadap faktor lingkungan abiotik di-5 provinsi di Jawa menunjukkan bahwa spesies pseudo fungi P. maydis lebih banyak dijumpai pada dataran rendah (400 mdpl) dan sedang (400-700 mdpl) bersuhu sekitar 25-30 °C, kelembapan relatif 80-100%, curah hujan 1000-4000 mm/tahun, dan tipe tanah aluvial. Namun kejadian penyakit di-13 provinsi di Indonesia menunjukkan preferensi terhadap curah hujan rerata tahunan yang beragam sesuai dengan spesies penyebab penyakit. Spesies P. maydis
Keyword: ekologi, morfologi, fisiologi, primer spesifik

Judul: Keberadaan dan Keragaman Burkholderia glumae serta Pengaruhnya Terhadap Kehilangan Hasil pada Beberapa Varietas Padi di Jawa Barat
Abstrak: Penyakit busuk bulir padi oleh bakteri Burkholderia glumae yang menunjukkan insidensi dan keparahan penyakit yang terus meningkat beberapa tahun terkahir, perlu diwaspadai termasuk di Jawa Barat sebagai salah satu sentra produksi padi nasional. Penyakit ini dikategorikan sebagai emerging infectious disease (EID) yang memiliki karakteristik meningkatnya insidensi, sebaran geografis, dan berubahnya patogenisitas dalam waktu singkat. Bioekologi B. glumae sebagai patogen penting untuk dikaji lebih lanjut, salah satunya sebagai dasar pengambilan keputusan dalam pengelolaan penyakit. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui insidensi, keparahan penyakit, kelimpahan bakteri, identitas, keragaman bakteri B. glumae di Provinsi Jawa Barat dan pengaruhnya terhadap kehilangan hasil pada beberapa varietas padi. Pengamatan dan pengambilan sampel dilakukan di 9 kabupaten penghasil padi di Jawa Barat yang dikelompokkan berdasarkan 3 kategori ketinggian tempat yaitu kategori 1 (0 – 200 m dpl) meliputi Karawang, Subang, Indramayu, dan Majalengka; kategori 2 (201 – 500 m dpl) meliputi Kota Bogor, Cianjur, dan Purwakarta; kategori 3 (˃ 500 m dpl) meliputi Purwakarta, Sumedang, dan Sukabumi. Data insidensi dan keparahan penyakit diperoleh dari hasil pengamatan 30 rumpun tanaman padi per varietas per lokasi. Bakteri diisolasi dari bulir padi yang bergejala busuk bulir, kemudian dihitung kelimpahannya, dan dilakukan uji biokimia dan fisiologi yang meliputi uji Gram serta uji pertumbuhan pada pH 4, 8, dan NaCl 2%. Primer spesifik JLBgF/JLBgR dan primer universal 16S rRNA, yaitu 27F/1492R dalam PCR digunakan untuk menentukan identitas bakteri secara molekuler. Variasi fenotipik diamati dari warna koloni pada media S-PG, produksi toksoflavin, respons hipersensitivitas pada daun tembakau, dan uji patogenisitas pada tanaman padi. Keragaman genotip dianalisis dari keberadaan plasmid, keragaman sikuen nukleotida gen 16S rRNA menggunakan program Mega-X dengan metode neighbour joining tree, dan situs pemotongan enzim AluI, DdeI, RsaI secara in silico dengan program pDraw 32 dilanjutkan pengelompokan bakteri menggunakan metode nearest neighbor dengan program Multivariate Statistical Package (MVSP). Hasil penelitian menunjukkan insidensi penyakit di lapangan berkisar antara 0 – 73.3%, sedangkan keparahan penyakit berkisar 0 – 15.33%. Kelimpahan bakteri pada bulir padi yang bergejala berkisar antara 3.9 x 104 – 6.8 x 107 cfu/g benih. Insidensi dan keparahan penyakit tertinggi di Kecamatan Dawuan (Karawang) pada Varietas Mekongga. Berdasarkan hasil uji biokimia, fisiologi, dan molekuler diperoleh 29 isolat yang terkonfirmasi sebagai B. glumae. Hasil pengamatan fenotipik menunjukkan adanya keragaman 29 isolat bakteri. Berdasarkan pengamatan tipe koloni, sebanyak 10 isolat tergolong koloni tipe A, 19 isolat tipe B; Hasil uji produksi toksoflavin, 25 isolat menghasilkan toksoflavin, 4 isolat tidak menghasilkan toksoflavin; Pengujian respons hipersensitifitas terhadap daun tembakau menunjukkan bahwa 29 isolat mampu menimbulkan hasil positif pada daun tembakau, sedangkan dari uji patogenisitas terhadap tanaman padi, 29 isolat menimbulkan gejala hawar pada bibit tanaman padi. Berdasarkan analisis keragaman genotip 29 isolat tersebut, 27 isolat memiliki 1 plasmid dan 2 isolat memiliki 2 plasmid. Analisis keragaman dengan metode neihgbour joining tree menunjukkan bahwa isolat-isolat dari Jawa Barat tersebut memiliki kedekatan secara genetis. Mayoritas isolat-isolat tersebut mengelompok berdekatan dan hanya isolat KRCH-2 asal Karawang dan INCH-6 asal Indramayu yang memiliki kedekatan dengan B. glumae asal China dan Amerika. Hal ini menjadi salah satu bukti bahwa bakteri B. glumae yang ada di Jawa Barat sebagian besar merupakan bakteri asli Indonesia.
Keyword: busuk bulir, hawar malai, Pseudomonas glumae, toksoflavin

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: