Judul: Simulasi Pembentangan Protein L Secara Mekanik Menggunakan Metode Steered Molecular Dynamics
Abstrak: Protein L merupakan protein multidomain dari kelompok L yang berasal dari bakteri anaerob spesies Peptostreptococcus magnus. Setiap protein memiliki ikatan antarmolekul untuk mempertahankan keadaan awalnya. Pada penelitian ini dilakukan simulasi dinamika molekul dengan teknik Stereed Molecular Dynamics untuk mempelajari karakteristik mekanik pada protein L. Metode Steered Molecular Dynamics yang digunakan yaitu Constant Velocity Pulling (CVP) dan Constant Force Pulling (CFP) dengan mendefinisikan fixed atom pada atom Cα di N-terminal dan SMD atom pada atom Cα di C-terminal. Variasi kecepatan yang dilakukan pada CPV yaitu 0.005 Ǻ/ps, 0.01 Ǻ/ps, 0.05 Ǻ/ps, 0.1 Ǻ/ps, 0.2 Ǻ/ps, 0.3 Ǻ/ps selama 500 ps. Variasi gaya yang dilakukan saat menggunakan metode CPF sebesar 3000 pN, 5000 pN, 6000 pN dan 7000 pN selama 500 ps. Protein mengalami unfolding sempurna pada kecepatan 0.3 Ǻ/ps dengan menggunakan metode CVP. Hasil yang diperoleh jarak antara fixed atom dan SMD atom menjadi 180.05 Ǻ dan pada metode CFP protein mengalami unfolding sempurna pada gaya 7000 pN dengan nilai jarak antara fixed atom dan SMD atom menjadi 27.48 Ǻ. Bendasarkan hasil analisis dinamika molekul menunjukan perbedaan mekanisme pembentangan protein antara metode CVP dan CFP.
Keyword: Constant Velocity Pulling, Constant Force Pulling, gaya, kecepatan, Protein L, Steered Molecular Dynamics, unfolding

Judul: Simulasi Refolding Protein 2PTL Menggunakan Not Just Another Molecular Dynamics Program (NAMD)
Abstrak: Memahami bagaimana proses unfolding dan refolding protein masih menjadi tantangan utama dalam ilmu kehidupan. Salah satu protein yang dapat diamati yaitu protein 2PTL. Protein 2PTL membantu Peptostreptococcus magnus menghindari pertahanan inang melalui sifat pengikatan protein melalui interaksi rantai ringan kappa. Pada penelitian ini dilakukan simulasi dinamika molekul untuk protein 2PTL pada temperatur 500K selama 15 ns untuk simulasi unfolding dan temperatur 200K selama 30 ns untuk simulasi refolding. Dari penelitian ini diperoleh proses unfolding terjadi pada waktu 6.5 ns. Secara geometri, hasil analisis RMSD pada 500K meningkat hingga 7.059Å dan pada 200K mengalami penurunan sebesar 2.683Å. Tingkat kemiripan asam amino proses unfolding dengan struktur native sebesar 36.78%. Setelah dilakukan proses refolding pada 200K dilakukan juga pengecekan tingkat kemiripan asam amino dengan struktur native sebesar 62.264%.
Keyword: NAMD, protein 2PTL, refolding, simulasi dinamika molekul, unfolding

Judul: Populasi dan Habitat Kakatua-Kecil Jambul-Kuning di Bentang Alam Mbeliling Bagian Barat, Kabupaten Manggarai Barat, Nusa Tenggara Timur
Abstrak: Cacatua sulphurea parvula or yellow-crested cockatoo were spread distributed at Sunda Kecil Archipelago, Nusa Tenggara, except at Sumba Island. This species amount in the nature is very small, caused by the illegal hunting and trading. The purpose of this research is to get the information about population and habitat of the cockatoo in Flores, especially at the western part of Mbeliling Landscape. Cocatoo census was conducted by look-down method at vantage points when cockatoo flew passed by. Habitat analysis was carried out with vegetation analysis. The census showed that there were two groups of cockatoo, consisted of 69 cockatoos in Tao hill and 15 cockatoos in Nggoer River. Flight pattern of each group ranged 0-100 meters above the sea level and crossed mangrove forest, savanna, monsoon forest and cultivation plant vegetation. The vegetation analysis resulted Ceiba petandra or silk-cotton tree as the tree that most used by cockatoo and had the highest TIV (Tree Importance Value), 47,48%. Cockatoo’s foods which observed were crown flower (Calotropis gigantea), and Moringa olifera. The population of Cockatoo which observed at western part of Mbeliling Landscape was estimated came from Rinca Island, Komodo National Park. It can be concluded that the location might be only used by rhe cockatoo came from Rinca Island as their daily exploration area for foraging.
Keyword: habitat., ecology, population, Flores, Cacatua sulphurea parvula