Judul: Isolasi Dan Karakterisasi Fag Litik Staphylococcus Aureus Resisten Antibiotik
Abstrak: Bakteri Staphylococcus aureus merupakan salah satu bakteri patogen yang menyebabkan bakteremia dan infeksi kronis. Pengobatan menggunakan antibiotik tidak cukup efektif mengontrol S. aureus. Bakteri S. aureus telah resisten terhadap antibiotik ampicillin, tetracycline, dan chloramphenicol. Aplikasi fag litik merupakan salah satu terapi untuk mengontrol bakteri patogen resisten antibiotik. Fag litik merupakan virus yang hanya menginfeksi sel bakteri serta melisiskannya. Fag litik telah banyak dilaporkan mampu untuk mengontrol infeksi S. aureus resisten antibiotik, namun belum pernah dilaporkan di Indonesia. Penelitian ini diharapkan memperoleh karakteristik isolat fag yang spesifik dan efektif untuk mengurangi populasi S. aureus resisten antibiotik. Fag berhasil diisolasi dari limbah cair kotoran sapi di sentra peternakan sapi perah Pondok Ranggon Jakarta Timur menggunakan teknik agar dua lapis. Tiga isolat fag (FSb, FSs, dan FSk) dipilih berdasarkan perbedaan karakteristik morfologi plak. Ketiga isolat fag dideterminasi berdasarkan kemampuannya untuk melisiskan sel bakteri inang dengan pembentukan plak, spesifisitas sel bakteri, morfologi, dan efektivitas bakteriolitik. Ketiga isolat fag mampu menginfeksi dan melisiskan sel bakteri S. aureus dengan pembentukan plak jernih yang mengindikasikan fag bersifat litik. Plak FSb berbentuk ireguler dengan diameter 2-3 mm, plak FSs berbentuk reguler dengan diameter 1-2 mm, dan plak FSk berbentuk reguler dengan diameter <1 mm. Ketiga isolat fag spesifik menginfeksi dan melisiskan S. aureus, namun tidak melisiskan sel Bacillus., E. coli., K. pneumoniae., P. aeruginosa., Salmonella serta mikrobiota normal pada mulut dan kulit manusia seperti S. hominis., S. epidermidis., dan S. mutans. Pengamatan morfologi menggunakan mikroskop elektron transmisi menunjukkan FSb dan FSk termasuk famili Myoviridae, sedangkan FSs termasuk famili Siphoviridae. FSb diketahui memiliki bentuk kapsid ikosahedral dengan diameter 85.71 nm., panjang ekor 126.67 nm., dan diameter ekor 20.00 nm. FSs memiliki bentuk kapsid ikosahedral dengan diameter 53.33 nm., panjang ekor 106.67 nm., dan diameter ekor 13.33 nm. FSk memiliki bentuk kapsid ikosahedral dengan diameter 66.67 nm., panjang ekor 120.00 nm., dan diameter ekor 16.67 nm. Penelitian ini juga mengamati efektivitas bakteriolitik setiap isolat fag. Efektivitas bakteriolitik oleh fag ditunjukkan berdasarkan persentase penurunan jumlah sel bakteri oleh infeksi fag terhadap jumlah sel bakteri kontrol. Fag FSs memiliki efektivitas bakteriolitik tertinggi terhadap S. aureus, kemudian diikuti oleh fag FSb dan fag FSk. Fag FSs mampu melisiskan 50.66% populasi bakteri S. aureus. Fag FSb dan FSk masing-masing mampu melisiskan 47.88% dan 42.23% populasi bakteri S. aureus setelah 8 jam. Berdasarkan spesifisitas dan efektivitas bakteriolitik, maka ketiga isolat fag prospektif diteliti lebih lanjut dan dikembangkan sebagai biokontrol dan terapi infeksi S. aureus.
Keyword: Fag litik, karakterisasi, Staphylococcus aureus

Judul: Kajian Pemanfaatan Fag Litik untuk Pengendalian Uropathogenic Escherichia coli Penginfeksi Saluran Kemih
Abstrak: Uropathogenic Escherichia coli (UPEC) adalah bakteri patogen utama penginfeksi saluran kemih. Bakteri UPEC telah banyak dilaporkan memiliki sifat resistensi terhadap berbagai antibiotik. Penderita infeksi saluran kemih (ISK) yang terinfeksi bakteri UPEC dapat mengalami penyakit komplikasi serius seperti pielonefritis akut, bakterimia dan kerusakan jaringan ginjal jika tidak segera diberikan penanganan medis yang tepat. Salah satu solusi yang dapat diaplikasikan sebagai agen terapi untuk mengontrol pertumbuhan bakteri UPEC penginfeksi saluran kemih adalah dengan memanfaatkan fag litik. Fag litik merupakan virus yang hanya dapat menginfeksi dan melisiskan sel bakteri sebagai inangnya dan dapat diisolasi dari alam. Ada delapan tahapan kerja dalam penelitian ini. Tahap pertama diawali dengan peremajaan dan verifikasi isolat UPEC sebagai bakteri inang pengisolasian fag. Verifikasi UPEC dilakukan secara konvensional yaitu dengan menumbuhkan pada media selektif diferensial Eosin Methylene Blue Agar, melakukan uji kemampuan bakteri dalam produksi indol dan menggunakan sitrat sebagai sumber karbon, melakukan fermentasi asam campuran dan asam butanadiol, uji produksi toksin hemolisin pada agar darah dan uji sensitivitas antibiotik. Sampel fag dikoleksi dari air sungai Cisadane, Bogor, Indonesia. Fag diisolasi, dipurifikasi, dikuantifikasi dan dideterminasi kisaran inangnya menggunakan metode double layer agar. Morfologi fag diamati menggunakan transmission electron microscope (TEM) sedangkan berat molekul protein fag dianalisis menggunakan metode Sodium Dedocyle Sulphate- Polyacrilamide Gel Electrophoresis (SDS-PAGE). Tahapan terakhir mengamati efektivitas fag FU3 dalam menurunkan populasi bakteri UPEC inang secara in vitro. Hasil verifikasi bakteri UPEC asal penderita ISK yang dikoleksi oleh Laboratorium Mikrobiologi, Universitas Hasanuddin Makassar memiliki sifat identik dengan karakteristik Escherichia coli. Bakteri UPEC inang merupakan bakteri yang mampu menghasilkan toksin β-hemolisin yang ditandai dengan terbentuknya zona bening pelisisan sel darah merah di sekitar koloni pada media agar darah. Bakteri UPEC inang memiliki pola resistensi terhadap antibiotik ampicilin, chlomphenicol, ciprofloxacin, clindamycine dan cotrimoxazole sedangkan bersifat intermediate terhadap doxycycline. Plak yang terbentuk dari hasil pengisolasian fag dipilih sebanyak dua plak berdasarkan perbedaan ukuran diameter plak yang tampak pada agar dua lapis dan selanjutnya disebut sebagai fag FU1 dan FU3. Fag FU1 dan FU3 membentuk zona bening (plak) pada agar dua lapis yang mengindikasikan fag bersifat litik. Plak FU1 dan FU3 berbentuk bulat dengan diameter masing-masing <1 mm dan 1,5 mm. Kedua fag memiliki kisaran inang yang sangat sempit karena hanya mampu menginfeksi bakteri UPEC inangnya saja bahkan tidak mampu menginfeksi 8 bakteri uji penginfeksi saluran kemih lainnya. Pengamatan morfologi fag menggunakan TEM JEOL JEM-1010 menunjukkan bahwa fag FU1 dan FU3 memiliki kemiripan dengan anggota famili Podoviridae dengan karakteristik kapsid berbentuk ikosahedral yaitu masing-masing Ø kapsid berukuran 47,2 nm dan 40 nm dengan ekor yang sangat pendek (< 40 nm). Kisaran berat molekul protein yang dimiliki fag litik FU1 yaitu 10 - 76 kDa sedangkan ukuran berat molekul protein fag FU3 yaitu berkisar 8 - 120 kDa. Efektivitas bakteriolitik fag FU3 (1,6 x 107 PFU/mL) mampu menurunkan populasi UPEC (1,7 x 107 CFU/mL) sebesar 96,16% pada jam ke-5 inkubasi dan mampu menurunkan populasi UPEC menjadi di bawah ambang nilai infeksi (< 105 CFU/mL) dalam waktu 25 jam. Hasil ini menunjukkan bahwa fag litik FU3 sangat efektif dalam menurunkan populasi UPEC penginfeksi saluran kemih. Kesimpulan yang dapat diperoleh dari penelitian ini adalah sebanyak dua
Keyword: Biokontrol, fag litik, ISK, UPEC

Judul: Query Expansion based on Bilingual Dictionary Using Conditional Probability
Abstrak: Query expansion is a technique that can be used to bridge vocabulary gaps between queries and documents in the collection. With query expansion, user will be helped to formulate queries well so that user will optimize the search result. In this study, the expansion term was resulted from the translation of bilingual dictionary. Subsequently, several terms of expansion were elected based on the closeness of its relationship with the original query. This research showed that conditional probability can be used to select expansion term in bilingual translation method query expansion. The result of 1000 documents was more than 97% relevan document can be retrieved by this system. The more expansion term used, the larger number relevan document was retrieved.
Keyword: