Judul: Biosistematika Belimbing Merah di Kalimantan dan Pulau Natuna
Abstrak: Belimbing merah termasuk ke dalam anggota Phyllantaceae yang sangat potensial untuk dikembangkan sebagai sumber makanan dan bahan obat. Namun, informasi dasar yang terkait belimbing merah belum tersedia. Literatur yang ada hanya menguraikan manfaat dan kegunaan belimbing merah sebagai bahan obat. Penelitian ini bertujuan untuk menyediakan informasi belimbing merah yang lengkap meliputi informasi morfologi, taksonomi, keragaman genetik, filogenetik, autekologi dan memprediksi lokasi yang sesuai untuk budidaya dan konservasi belimbing merah di Kalimantan dan Pulau Natuna. Penelitian ini terdiri atas 5 bagian yaitu pengamatan variasi belimbing merah menggunakan penanda morfologi dan molekuler, analisis filogenetik menggunakan sekuen trnL-F intergenic spacer dari DNA kloroplas, profil senyawa metabolit buah belimbing merah yang diambil dari beberapa lokasi dan korelasinya dengan morfologi buah, serta pola dan peta distribusi tumbuhan belimbing merah. Selain itu, juga dijelaskan peta model kesesuaian habitat untuk menentukan lokasi yang sesuai dengan habitat alami belimbing merah yang berguna untuk budidaya dan konservasi. Belimbing merah yang ditemukan di lokasi penelitian mempunyai variasi morfologi organ vegetatif dan generatif yaitu ukuran daun, tangkai daun berambut jarang, warna ibu tangkai bunga betina merah, bentuk kepala putik mementol, warna putik merah, tidak ada daun pelindung bunga, panjang tangkai putik 3-4 mm, bentuk buah membulat pada irisan melintang dengan ujung meruncing, dan bentuk biji melonjong. Analisis fenetik menggunakan 20 ciri morfologi organ vegetatif dan generatif membagi belimbing merah menjadi 3 kelompok dengan nilai indeks keserupaan 0.53. Aksesi yang memiliki variasi morfologi organ vegetatif dan generatif tersebut membentuk kelompok tersendiri dan memisah dari belimbing merah (B. angulataMerr.). Aksesi tersebut ditandai dengan nama takson Baccaurea bentuk buah membulat pada irisan melintang. Keragaman genetik belimbing merah (B. angulata) di Kalimantan dan Pulau Natuna memiliki nilai keragaman (H) dan indeks informasi Shannon (I) berturut turut adalah 0.26 dan 0.16, keragaman genetik tersebut tergolong rendah. Namun beberapa populasi memiliki keragaman genetik yang tinggi yaitu populasi Ngabang dan Entikong. Variasi genetik di dalam populasi lebih besar (63 %) dibandingkan dengan variasi antar populasi (37 %) belimbing merah (B. angulata). Pengelompokan dengan metode UPGMA membagi 63 aksesi belimbing merah menjadi 3 kelompok dengan nilai indeks keserupaan 0.63. Informasi keragaman genetik tersebut dapat digunakan untuk program pemuliaan dan menejemen konservasi belimbing merah, dengan model konservasi yang diusulkan adalah insitu dan exsitu. Analisis fenetik belimbing merah (B. angulata Merr.) dan takson Baccaurea bentuk buah membulat pada irisan melintang menggunakan data molekuler juga memisahkan takson Baccaurea bentuk buah membulat pada irisan melintang menjadi kelompok tersendiri. Analisis struktur populasi menggunakan data molekuler yang diolah dengan program STRUCTURE juga menghasilkan pola pengelompokkan yang sama. Analisis filogenetik terhadap 15 jenis Baccaurea menggunakan sekuen trnL-F IGS dari DNA kloroplas mampu memisahkan B. angulata, B. dulcis, dan B. lanceolata pada klada yang berbeda. Penggunan ciri morfologi pada penelitian sebelumnya menunjukkan bahwa ketiga taksa tersebut bersifat politomi. Hasil analisis filogenetik juga menunjukkan bahwa belimbing merah (B.angulata) yang berasal dari Kalimantan dan Pulau Natuna adalah jenis yang sama, dengan nilai persamaa basa nukleotida mencapai 96.9 %. Kladogram yang dihasilkan menunjukkan bahwa takson Baccaurea bentuk buah membulat pada irisan melintang berada pada klada yang memisah cukup jauh dengan belimbing merah (B. angulataMerr.), dengan nilai perbedaan basa nukleotida sebesar 21.4 %.
Keyword: keragaman genetik, MaxEnt, metabolomik, morfologi, struktur populasi, trnL-F intergenic spacer (IGS)

Judul: Keragaman Genetik Bawang Merah (Allium cepa var. aggregatum) di Indonesia Berdasarkan Marka Morfologi, Metabolomik dan Molekuler.
Abstrak: Bawang merah (Allium cepa var aggregatum) di Indonesia termasuk salah satu tanaman Allium yang penting dan telah lama diusahakan oleh petani di Indonesia secara intensif. Penggunaan bawang merah telah banyak diketahui sebagai perasa dalam makanan ataupun digunakan sebagai bahan obat-obat herbal. Permintaan bawang merah terus meningkat setiap tahunnya seiring dengan pertambahan penduduk. Sehingga komoditi bawang merah terus dikembangkan di Indonesia. Bawang merah yang ditemukan di Indonesia memiliki bentuk morfologi yang beragam. Disetiap daerah memiliki genotipe lokal, genotipe tersebut berkembang mengikuti keinginan dari selera konsumen. Keragaman bentuk bawang merah yang ada di Indonesia dapat diidentifikasi berdasarkan marka morfologi, metabolomik dan marka molekuler. Pengetahuan keragaman genetik sangat penting dalam program pemuliaan, karena hal ini merupakan dasar dalam pengembangan tanaman selanjutnya. Eksplorasi dan identifikasi merupakan kegiatan utama dalam program pemuliaan dengan cara mengumpulkan dan mengoleksi semua sumber keragaman genetik yang tersedia. Kegiatan dilanjutkan dengan karakterisasi semua sifat yang dimiliki pada sumber keragaman genetik yang dapat dijadikan sebagai informasi dasar untuk melanjutkan program pemuliaan. Empat puluh genotipe bawang merah yang dikoleksi oleh Pusat Kajian Hortikultura Tropika (PKHT) dari berbagai daerah di Indonesia merupakan materi genetik yang digunakan dalam penelitian ini. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisa beberapa genotipe bawang merah (Allium cepa var. aggregatum) berdasarkan penanda morfologi, kandungan senyawa metabolit dan penanda molekuler RAPD. Keragaman karakter morfologi pada tanaman terlihat dari perbedaan fenotipe tajuk dan umbi. Analisis keragaman morfologi bawang merah berdasarkan 21 karakter morfologi menunjukkan koefisien ketidakmiripan sebesar 0.59 sehingga membagi 40 genotipe bawang merah menjadi 2 kelompok utama. Subkelompok Ia terdiri dari BM72 dan BM14. Subkelompok Ib terdiri BM07, BM09, BM63, BM18, BM68, BM06, BM12, BM28, BM77, BM21, BM62, BM76, BM58, BM25, BM59, BM45, BM24, BM22B, BM67, BM56, BM75, BM65, BM60, BM29, BM20, BM74, BM64, BM03. Subkelompok Ic terdiri dari BM19, BM10, BM05, BM57, BM47, BM26, BM66, BM02. Kelompok II terdiri genotipe BM78 dan BM01. Analisis morfologi berdasarkan 14 karakter morfologi umbi menunjukkan koefisien ketidakmiripan sebesar 0.48 dan membagi 40 genotipe bawang merah kedalam 2 kelompok utama. Subkelompok Ia terdiri dari BM07, BM72, BM14, BM09, BM58, BM66, BM18, BM68, BM63, BM06. Subkelompok Ib terdiri dari BM77, BM28, BM59, BM10, BM75, BM67, BM57, BM47, BM26, BM05, BM22B, BM62, BM56, BM21, BM25, BM60, BM29, BM45, BM24, BM20, BM76, BM65, BM03, BM74, BM64, BM02 dan kelompok II terdiri dari BM19, BM12, BM78, BM01. Tiga belas karakter yang dapat dijadikan karakter penciri pada 40 genotipe bawang merah yaitu melunaknya tajuk, kelengkungan tajuk, jumlah daun batang semu, diameter daun, ukuran umbi, tingkat membelah bagian umbi, diameter umbi, posisi umbi pada diameter terluas, lebar leher umbi, bentuk umbi membujur, bentuk umbi pada ujung batang, warna dasar kulit umbi kering dan intensitas warna kulit umbi kering. Senyawa dari turunan sulfur yang dihasilkan sejumlah genotipe berbeda-beda seperti farnesyl acetate (BM07), methylsulfanyl-4,5,6,7-tetrahydrobenzo[ c]thiophene (BM26), nonadecane (BM29), allyl-dimethylcyclopropane (BM45), lanosterol (BM47), stearic acid (BM60), propyl alcohol (BM21), palmitic acid dihasilkan oleh sebagian besar genotipe. Senyawa lain yang juga ditemukan pada 40 genotipe bawang merah triterpenoid, karotenoid, volatile, senyawa aromatik, gliserida, alkane, vitamin D3. Keragaman genetik ditunjukkan pita amplifikasi polimorfik sebesar 100% dari 229 total pita yang dihasilkan. Analisis kluster yang ditampilkan pada dendrogram menunjukkan koefisien
Keyword: Allium, koefisien ketidakmiripan, RAPD, sulfur

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: