Judul: Selenoprotein W1 (SEPW1) Gene Polymorphism and Association with Mineral Content in Lamb
Abstrak: Selenoprotein W1 (SEPW1) adalah protein yang mengandung selenium yang memiliki peran penting dalam pertumbuhan dan perkembangan otot melalui perlindungan myoblast dari stres oksidatif. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman gen SEPW1 dan hubungannya dengan kandungan mineral pada domba. Sampel yang digunakan sebanyak 40 ekor domba yang terdiri dari 10 domba ekor tipis (DET), 10 domba compass agrinak (DCA), 10 domba garut (DG), dan 10 domba jonggol (DJ). Kandungan mineral yang terpilih ditentukan dengan menggunakan metode IK LP-04.10-LT-1.0. Identifikasi polimorfisme gen SEPW1 dilakukan menggunakan Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP). Ukuran produk amplifikasi adalah 455 bp. Uji chi kuadrat menunjukkan populasi yang diamati berada dalam keseimbangan Hardy Weinberg. Keragaman gen SEPW1 ditemukan pada setiap rumpun domba. Hasil analisis menunjukkan SNP g.53617063 A>G gen SEPW1 berasosiasi secara signifikan (P<0.05) dengan kandungan mineral selenium. Gen SEPW1 berpotensi digunakan sebagai penanda seleksi terhadap kandungan mineral pada domba, Selenoprotein W1 (SEPW1) is a protein containing selenium that has an important role in muscle growth and development through protecting myoblasts from oxidative stress. This study was aim to identify polymorphism of the SEPW1 gene and its association with mineral content in sheep. The samples used were 40 sheep consisting 10 samples of javanese thin tailed sheep (JTT), 10 samples of compass agrinak sheep (CAS), 10 samples garut sheep (GS), and 10 samples of jonggol sheep (JS). Selected mineral contents were determined using the IK LP 04.10-LT-1.0 method. Identification of SEPW1 gene polymorphism were conducted using Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP). The size of the amplification product were 455 bp. Chi-square analys showed that the population was in Hardy-Weinberg equilibrium. Polymorphism of SEPW1 gene were found in each breed of sheep. A SNP g.53617063 A>G of the SEPW1 gene were significantly associated (P<0.005) with selenium mineral content. The SEPW1 gene was potential to be used as a selection marker for mineral content in lamb.
Keyword: Mineral Content, PCR-RFLP, SEPW1 Gene, Sheep

Judul: Karakterisasi Gen SEPW1 dan JAML dengan Sifat Odor dan Flavor pada Daging Domba
Abstrak: Rendahnya konsumsi daging domba dibeberapa negara di Asia karena konsumen sering komplain terkaitodor dan flavor pada daging domba yang mempengaruhi penerimaan konsumen. Hal ini disebabkan karena dua senyawa yaituasam lemakrantai bercabang (BCFAs) seperti 4-methyloctanoic (MOA), 4-methylnonanoic (MNA) dan 4-ethyloctanoic (EOA) yang bertanggungjawab terhadap odorpadadaging domba,senyawalain 3-methylindole atau skatole yang juga terlibat pada sifat off-odor pada babi berkaitan juga dengan pastoral flavor daging domba. Perkembangan teknologi baru sekarang ini dengan menggunakan Next Generation Sequencing memberikan peluang untuk menghasilkan output maksimum dan komprehensif seperti anotasi genom, ekspresi gen fungsional genom, mendeteksi profil transkripomik, dan penemuan ncRNA. RNA-Seq juga memberikan hasil yang positif untuk mengidentifikasikan kejadian splicing, transkrip golongan isoforms yang berbeda juga polimorfisme yang berbeda. RNA-Seq telah banyak digunakan untuk mendeteksi single nucleotide polymorphism (SNP), alternative splicing (AS) peristiwa differential express gene (DEGs) antara dua gen yang berekspresi beda serta insersi dan delesi (InDels). Selain itu, RNA-seq membantu untuk menggambarkan kesulitan yang sebelumnya tidak dapat dideteksi dengan analisis transkriptomik sebelumnya, seperti isoforms, ekspresi alel-spesifik, dan penemuan promotor baru. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasiSNP pada sifat odor dan flavor pada daging domba menggunakan RNA-Seq. Hasil karakterisasi dan validasi SNP dilanjutkan dengan identifikasi dua potensial kandidat gen yaitu Selenoprotein W1 (SEPW1) dan junction adhesion molecule like (JAML)yang terexpresi berbeda pada level odor dan flavor daging domba yang berbeda. Penelitian ini dilakukan pada bulan Mei 2016 sampai November 2017. Penelitian ini dimulai dengan pengambilan sampel domba bagian hati dan loin. Total sampel DNA sebanyak 50 ekor diambil untuk digunakan dalam identifikasi keragaman, serta sebanyak 20 sampel domba diambil secara acak untuk analisis asosiasi gen yang terkait dengan sifat odor dan flavor. Hasil analisis deteksi SNP telah ditemukan sebanyak 142 SNP dari 36 gen pada sampel daging domba dan sebagian besar berkaitan dengan sifat odor dan flavor yang berbeda (tinggi dan rendah) pada daging domba, sebanyak 90.4% gen memiliki beberapa polimorfisme. Sebanyak 12 gen terdeteksi sebagai kandidat gen yang terkait dengan sifat odor dan flavor pada daging domba (JAML, ANGPTL8, LOC101103463, SEPW1, SCN5A, LOC101113036, DOCK6, GTSE1, KIF12, KCTD17, KANK2 dan CYP2A6). Hasil identifikasi keragaman menunjukkan bahwa gen SEPW1 bersifat polimorfik dengan enzim restriksi BanI memiliki tiga genotipe (AA, AG dan GG), sedangkan gen JAML bersifat monomorfik dengan enzim restriksi HhaI dengan satu genotipe (GG). Hasil analisis heterozigositas (Ho) gen SEPW1 menunjukkan bahwa domba di Indonesia memiliki nilai Ho tinggi (0.5). Populasi domba beradadalam keseimbangan Hardy-Weinberg. Frekuensi Alel A dan alel Gpada domba berturut-turut sebesar 51% dan 49%. Genotipe heterozigot AG adalah genotype yang paling tinggi. Hasil analisis asosiasi dengan komponen BCFAs dan komponen skatole menunjukkan bahwa gen SEPW1 berasosiasi dengan sifat odor dan flavor pada daging domba yaitu kandungan MNA, sementara MOA, EOA, MP, dan MI tidak berasosiasi. Selain itu analisis fungsional dilakukan dengan menganalisis ekspresi mRNA gen SEPW1 di jaringan hati. Sebanyak 9 dombayang mewakili genotipe yang berbeda (3 genotipe AA, AG, dan GG) berdasarkan kandungan MNA dipilih untuk kajian ekspresi gen. Gen SEPW1 terdeteksi di jaringan hati dengan sifat odor dan flavor yang rendah. Namun, ekspresi mRNA ditemukan tidak signifikan antara genotipe AA, AG, dan GG (P>0.05). Hasil asosiasi dan ekspresi mRNA menunjukkan bahwa gen SEPW1
Keyword: assosiasi, ekspresi, odor dan flavor, gen SEPW1 dan JAML, domba

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: