Judul: Detection of Methicillin- Resistant Staphylococcus aureus Isolated from Animals, Humans, and The Environment at IPB Educational Animal Hospital: The Concept of One Health
Abstrak: Staphylococcus aureus merupakan salah satu bakteri penyebab infeksi yang paling umum di dunia. S. aureus merupakan flora normal pada kulit, saluran pernafasan, dan saluran pencernaan pada manusia serta hewan dan dapat juga ditemukan di udara dan lingkungan. Penggunaan antibiotik yang meluas menyebabkan munculnya Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) yaitu S. aureus yang resistan terhadap antibiotik methicillin. Penelitian ini bertujuan mendeteksi keberadaan bakteri Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus pada hewan, manusia, dan lingkungan di Rumah Sakit Hewan Pendidikan Institut Pertanian Bogor dengan konsep one health. Sampel diambil dari usap kulit manusia berjumlah 15, usap kulit hewan berjumlah 15 dan permukaan benda berjumlah 15. Metode yang digunakan untuk mengidentifikasi adalah isolasi bakteri pada media selektif, pewarnaan Gram dan uji biokimiawi yang terdiri dari uji katalase dan uji fermentasi glukosa. Uji resistansi antibiotik dilakukan dengan metode Kirby-Bauer dengan antibiotik berupa cefoxitin. Hasil uji resistansi dibandingkan dengan standar kepekaan antibiotik dari Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Berdasarkan hasil identifikasi, terdapat MRSA sebanyak 20% dari total sampel yang diambil di RSHP IPB., Staphylococcus aureus is one of the most common infection-causing bacteria in the world. S. aureus is normal flora of the skin, respiratory tract, and gastrointestinal tract in humans and animals and can also be detected in the air and environment. The widespread use of antibiotics has led to the emergence of Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus (MRSA), which is S. aureus resistant to methicillin antibiotics. This study aims to detect the presence of Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus bacteria in animals, humans, and the environment at the IPB University Teaching Animal Hospital with the concept of one health. Samples were taken from 15 human skin swabs, 15 animal skin swabs and 15 object surfaces. The methods used to identify are bacterial isolation on selective media, Gram staining and biochemical tests consisting of catalase test and glucose fermentation test. Antibiotic resistance test were conducted by Kirby-Bauer method with antibiotic in the form of cefoxitin. The results of the resistance test were compared with the antibiotic sensitivity standards of the Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Based on the identification results, there were MRSA as much as 20% of the total samples taken at RSHPIPB.
Keyword: identifikasi bakteri, resistansi, Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus, one health

Judul: One Health Approach: Study of Antibiotic Resistance of Staphylococcus aureus Isolated in Dairy Cattle Farms in South Sulawesi.
Abstrak: Staphylococcus aureus (S. aureus) merupakan bakteri yang dapat menyebabkan penyakit menular dan mengganggu kesehatan manusia dan hewan. Staphylococcus aureus menghasilkan beragam faktor virulensi yang berkontribusi pada jenis dan tingkat keparahan infeksi. Pengobatan S. aureus dengan antibiotik secara terus menerus dan tidak sesuai aturan penggunaan dapat menyebabkan resistansi antibiotik. Perkembangan resistansi antibiotik dipicu oleh penggunaan terapi antibiotik yang ekstensif atau penggunaannya sebagai pemacu pertumbuhan dalam produksi pakan ternak dan penyalahgunaan antibiotik di sektor manusia, hewan, dan lingkungan. Mengingat pentingnya masalah resistansi antibiotik dan keterkaitan antara manusia, hewan, dan lingkungan, oleh karena itu diperlukan pendekatan one health untuk menangani masalah resistansi antibiotik ini. Tujuan umum penelitian adalah mengidentifikasi, mengkarakterisasi, dan membuat pemodelan data spasial resistansi antibiotik isolat S. aureus dari peternakan sapi perah di Provinsi Sulawesi Selatan. Terdapat empat rangkaian penelitian yang dilakukan untuk mencapai tujuan tersebut. Penelitian pertama bertujuan untuk mengidentifikasi S. aureus secara fenotipik dan genotipik serta mengetahui hubungan genetik diantara isolat S. aureus berdasarkan gen nuc. Jumlah sampel sebanyak 142 sampel. Identifikasi S. aureus secara fenotipik meliputi metode kultur, dilanjutkan dengan pewarnaan Gram, uji katalase, dan uji koagulase. Metode genotipik meliputi Polymerase Chain Reaction (PCR) konvensional dan sekuensing. Metode fenotipik menunjukkan bahwa 56/142 (39,4%) sampel yang berasal dari hewan, manusia, dan dangke tumbuh pada media baired-parker agar (BPA). Metode genotipik menunjukkan 32/56 (57,1%) sampel memiliki gen nuc. Analisis filogenetik dari 12 isolat S. aureus menunjukkan hubungan kekerabatan yang dekat dan berada dalam clades yang sama. Hal ini menunjukkan bahwa kemungkinan besar isolat S. aureus dari hewan (SQ1) merupakan galur yang sama dengan isolat asal manusia (MA1, MH1, MD1, MF1). Penularan S. aureus dari manusia ke hewan diperkirakan akibat oleh proses adaptasi setelah hubungan jangka panjang dengan manusia. Kontak dekat antara manusia dan hewan dapat memfasilitasi terjadinya perpindahan inang. Kemampuan beberapa patogen untuk berpindah dari satu spesies inang ke spesies inang lainnya menimbulkan bahaya yang signifikan bagi kesehatan masyarakat dan keamanan pangan. Penelitian kedua bertujuan untuk mengetahui profil resistansi antibiotik, gen penyandi resistansi antibiotik, dan integron kelas 1 dari isolat S. aureus. Sebanyak 32 isolat S. aureus diuji sensitivitasnya terhadap 9 jenis antibiotik dengan metode difusi cakram Kirby-Bauer. Deteksi gen penyandi resistansi antibiotik menggunakan metode PCR konvensional, sedangkan deteksi gen integron kelas 1 menggunakan metode multiplex PCR. Hasil penelitian menunjukkan isolat asal manusia menunjukkan resistansi antibiotik penisilin G, ampisilin, oxacillin, cefoxitin, tetrasiklin, dan siprofloksasin. Isolat asal hewan menunjukkan resistansi antibiotik penisilin G, ampisilin, tetrasiklin dan eritromisin, sedangkan isolat asal dangke menunjukkan resistansi antibiotik penisilin G dan ampisilin. Gen penyandi resistansi antibiotik yang terdeteksi dari isolat asal manusia adalah blaTEM, tetA, dan mecA, untuk isolat asal hewan yaitu blaTEM dan tetA, sedangkan untuk isolat asal dangke yaitu blaTEM. Keberadaan gen integron kelas 1 sebesar 30% (3/10) pada isolat asal hewan dan 16,7% (1/6) pada isolat asal manusia. Penggunaan secara tidak tepat dan penyalahgunaan antibiotik, kontaminasi bakteri resistan dari hewan dan lingkungan berkontribusi terhadap kejadian resistansi antibiotik pada manusia, hewan, dan lingkungan. Penelitian ketiga bertujuan untuk mengetahui faktor virulensi dan mengetahui hubungan antara faktor virulensi dan resistansi antibiotik dari isolat S. aureus. Sebanyak 20 isolat S. aureus termasuk dalam kelompok resistan terhadap antibiotik dideteksi
Keyword: Faktor virulensi, One health, resistansi antibiotik, Staphylococcus aureus, sistem informasi geografis

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: