Judul: Hubungan habitat dengan volume backscattering strength ikan demersal di perairan sumur Banten menggunakan instrumen hidroakustik Simead Ey 60
Abstrak: Penelitian dengan topik hubungan habitat dengan volume backscattering strength ikan demersal di perairan Sumur Banten menggunakan instrumen hidroakustik SIMRAD EY 60, dilaksanakan pada tanggal 6 dan 7 September 2007 di perairan daerah Kecamatan Sumur, Kabupaten Pandeglang, Propinsi Banten dengan koordinat 6021’ LS – 7010’ LS dan 104048’ BT – 1060 BT. Pengolahan dan analisis data mulai dilakukan pada bulan Juni 2009 dan berakhir hingga bulan September 2009. Penelitian ini bertujuan untuk menduga sebaran volume backscattering strength ikan demersal menggunakan metode hidroakustik dan menganalisa hubungan tipe subatrat dengan volume backscattering strength ikan demersal. Analisis data akustik menggunakan software Echoview 3.5 untuk mendapatkan nilai SV, kedalaman dan posisi. Data substrat sudah diperoleh dalam bentuk excel dari peneliti sebelumnya yang melakukan penelitian mengenai klasifikasi habitat dasar perairan. Untuk melihat hubungan antara tipe substrat dengan SV ikan digunakan analisis regresi berganda pada software SPSS 11.5 dengan taraf signifikan 5%. Nilai SV ikan yang diperoleh pada lokasi penelitian berkisar antara -60,96 dB sampai -40,04 dB dengan rata-rata sebesar -50,81 dB. Jenis-jenis ikan yang didaratkan pada daerah penelitian antara lain: ikan Manyung (Arius thalassinus), Kurisi (Nemipterus sp.), Kuwe (Karangidae), Kakap Merah (Lutjanus sp.), Pepetek (Leiognathidae). Berdasarkan hasil yang diperoleh dapat dilihat bahwa ikan-ikan pada daerah penelitian umumnya berukuran kecil berkisar antara 4 – 20 cm. Secara vertikal semakin bertambahnya kedalaman nilai SV ikan menurun. Hubungan SV ikan dengan parameter tipe substrat pada lokasi penelitian sangat baik dengan nilai koefisien determinasi sebesar 0,957.
Keyword: Bogor Agricultural University, Institut Pertanian Bogor, IPB

Judul: Hubungan nilai Volume Backscattering Strength (SV) dasar perairan dengan kandungan makrozoobenthos di Selat Malaka dan gugus Pulau Pari
Abstrak: Substrat dasar perairan memiliki peranan yang sangat penting yaitu sebagai habitat bagi bermacam-macam biota, salah satunya adalah makrozoobenthos. Penelitian tentang habitat dasar perairan telah dilakukan menggunakan sidescan sonar, video bawah air, dan citra satelit oleh Kendrick et al. (2005) dalam Ryan et al. (2006). Penelitian tersebut mengandung penilaian kualitatif yang luas tentang distribusi habitat, tetapi kurang detail dalam penilaian kualitatif tetang komposisi substrat dasar perairan berdasarkan sampling fisik. Oleh karena itu penulis mencoba melakukan penelitian untuk dapat menganalisis tipe substrat dasar perairan dan habitat bentik berdasarkan sampling fisik (grab) dan secara akustik dengan mengunakan SIMRAD EY-60 dan SIMRAD EK-60. Tujuan penelitian ini adalah melihat hubungan kandungan makrozoobenthos pada dasar perairan dengan nilai volume backscattering strength (SV) dasar perairan dari berbagai tipe substrat. Penelitian ini menggunakan dua data dari Balai Riset Perikanan Laut (BRPL). Data yang pertama merupakan hasil survei pada bulan Juni 2008 di Selat Malaka. Data kedua diambil langsung di Perairan Gugus Pulau Pari dengan instrumen echosounder split beam SIMRAD EY-60. Pengolahan data dilakukan dengan menggunakan Echoview 4.0. Klasifikasi dasar perairan dilakukan berdasarkan nilai SV. Analisis contoh sedimen di Perairan Gugus Pulau Pari dilakukan dengan menggunakan metode ayakan sedimen bertingkat dengan menggunakan tujuh fraksi (0,053 μm-1 mm) kemudian contoh makroozoobenthos diidentifikasi, sedangkan analisis contoh sedimen dan makrozoobenthos di Selat Malaka dilakukan oleh BRPL…
Keyword: Bogor Agricultural University, Institut Pertanian Bogor, IPB

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA