Judul: Variation of the cox1, cox2 Genes,  and igs of Mitochondrial DNA in Apis cerana from Sumatra
Abstrak: Distribusi lebah madu Apis cerana sangat luas di Asia dan memiliki adaptasi yang tinggi pada setiap lokasi. Apis cerana di Indonesia dikelompokkan dalam Indo-Malayan yang merupakan morfoklaster VI dengan distribusi di Sumatra, Kalimantan, dan Jawa (Paparan Sunda) hingga ke Timor. Belum ada data dan penelitian molekuler A. cerana asal Sumatra berdasarkan gen cytochrome c oxidase subunits 1 dan 2 (cox1 dan cox2) dan zona intergenic spacer (igs) dari DNA mitokondria (DNAmt). Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan menganalisis variasi haplotipe, distribusi, dan stuktur genetik populasi A. cerana asal Sumatra menggunakan tiga marka DNAmt tersebut. Selain itu juga penelitian ini menganalisis kekerabatan A. cerana asal Sumatra dengan A. cerana asal Borneo dan Jawa berdasarkan data DNA di GenBank menggunakan gen cox1, cox2, dan igs dari DNAmt. Koleksi sampel lebah kasta pekerja A. cerana asal Sumatra dilaksanakan oleh tim peneliti dari lima universitas dan BRIN di Sumatra. Koleksi lebah dilakukan di enam provinsi Sumatra di 17 lokasi kecamatan yaitu delapan lokasi lowland (<300 m dpl), tiga lokasi midland (301–1.000 m dpl), dan enam lokasi highland (>1.000 m dpl). Ekstraksi dan amplifikasi DNA A. cerana asal Sumatra dilakukan berturut-turut dengan DNA Mini Kit GenAid dan Polymerase Chains Reaction (PCR). Amplikon DNA A. cerana asal Sumatra dilakukan pengurutan DNA di perusahaan 1st BASE, Selangor, Malaysia. Urutan DNA A. cerana asal Sumatra dilakukan pensejajaran dengan DNA dari GenBank menggunakan BLASTN. Analisis bioinformatika data DNA dilakukan dengan program ClustalX 2.0, MEGAX, DnaSP 5.10, dan Network 10.2.0.0. Analisis multivariat dilakukan menggunakan Canocical Correspondence Analysis (CCA) dengan program Past4.03. Amplikon hasil pengurutan DNA A. cerana asal Sumatra berdasarkan gen cox1 dan cox2 berturut-turut adalah 593 dan 464 pasang basa (pb), sedangkan amplikon igs berkisar antara 84–88 pb. Urutan DNA A. cerana asal Sumatra gen cox1 dan igs-cox2 telah diunggah ke GenBank dengan accession number berturut-turut LC728498–LC728558 dan LC739435–LC739501. Analisis BLASTN menunjukkan bahwa A. cerana asal Sumatra gen cox1 dan igs-cox2 homolog berturut-turut 96,35–99,27% dan 95,45–99,51% dengan A. cerana asal Sabah, Borneo dengan accession number AP018149.1. Penelitian ini menemukan 33 haplotipe A. cerana asal Sumatra berdasarkan gen cox1, cox2, dan igs. Semua haplotipe gen cox1 (12 haplotipe), sembilan dari 12 haplotipe gen cox2, dan delapan dari sembilan haplotipe igs merupakan haplotipe baru dan spesifik pada A. cerana asal Sumatra. Variasi nukleotida ditemukan pada gen cox1, cox2, dan igs A. cerana asal Sumatra berturut-turut sebesar 22/593 pb (3,7%), 28/464 pb (6%), dan 11/88 pb (12,5%). Variasi nukleotida gen cox1 tidak mengubah asam amino putatif. Variasi nukleotida gen cox2 A. cerana asal Sumatra menunjukkan adanya missense mutations pada posisi 289 dan 291. Kedua posisi ini mengubah asam amino Valin menjadi Isoleusin pada haplotipe Sumatra4 cox2 dan posisi 451 mengubah asam amino Isoleusin menjadi Valin pada haplotipe Sumatra9 gen cox2. Perubahan asam amino gen cox2 A. cerana asal Sumatra masih dalam kelompok asam amino nonpolar alifatik. Haplotipe umum (Sumatra1) tertinggi dari A. cerana asal Sumatra adalah berdasarkan igs (66%), cox1 (59%), dan terendah cox2 (37%). Provinsi Sumatra Utara, Lampung, dan Sumatra Selatan menunjukkan variasi haplotipe tertinggi, berdasarkan tiga marka DNAmt. Variasi pada A. cerana asal Sumatra disebabkan oleh ketinggian tempat dan jarak antar apiari
Keyword: DNA barcode, haplotype markers, Pleistocene, Sumatra, Sundaland

Judul: Variasi Gen Cytochrome C Oxidase 1 (COX1), Cytochrome C Oxidase 2 (COX2) dan Intergenic Spacer (IGS COX1/COX2) DNA Mitokondria Apis cerana asal Jawa dan Sumatra
Abstrak: Apis cerana (Hymenoptera: Apidae) merupakan spesies lebah madu yang distribusinya luas di Asia dan memiliki diversitas yang tinggi. DNA mitokondria (mtDNA) dapat digunakan untuk menganalisis variasi pada A. cerana karena memiliki laju mutasi yang tinggi. Penelitian mengenai variasi genetik A. cerana di Indonesia yang telah dilakukan adalah pada intergenic spacer (IGS) gen cytochrome c oxidase subunit 1 (COX1)/ cytochrome c oxidase subunit 2 (COX2), COX1 dan COX2. Dengan demikian, tujuan dari penelitian ini adalah menganalisis variasi genetik A. cerana asal Jawa dan Sumatra menggunakan gen COX1, gen COX2, dan IGS COX1/COX2. Ekstraksi, amplifikasi, dan DNA sequencing A. cerana dilakukan untuk 5 koloni lebah Sumatra (Jambi, Belitung) dan Jawa (Banten, Bogor, Sukabumi) yang dilanjutkan dengan analisis bioinformatik dan filogenetik. Hasil penelitian menunjukkan ketiga gen memiliki rata-rata nukleotida Adenin dan Timin sebesar 82%. Tiga haplotipe baru asal Indonesia ditemukan pada penelitian ini masing-masing berdasarkan COX1, IGS COX1/COX2 dan COX2. Gen COX1 dan COX2 mampu menunjukkan variasi nukleotida yang membedakan COX1 berdasarkan lokasi lebah. Variasi nukleotida ini didukung dengan analisis filogeni yang menunjukkan gen COX1 dan gen COX2 dapat memperlihatkan pola distribusi lokasi A. cerana di pulau yang berbeda, sedangkan IGS COX1/ COX2 tidak dapat menunjukkan pengelompokkan berdasarkan lokasi.
Keyword: Apis cerana, DNA mitokondria, filogeni, haplotipe, variasi genetik

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: