Judul: Analisis karakter pseudomonas sp. sebagai agen pemacu pertumbuhan tanaman dan biokontrol fungi patogen
Abstrak: Beberapa galur bakteri rhizosfer dari kelompok Pseudomonas sp. telah cukup banyak diteliti belakangan ini. Hal ini terutama disebabkan kemampuan kelompok bakteri tersebut dalam meningkatkan pertumbuhan tanaman. Oleh karena itu, dalam penelitian ini diisolasi bakteri Pseudomonas sp. dari rhizosfer tanaman kedelai yang berasal dari Plumbon, Cirebon. Sebanyak 50 isolat Pseudomonas sp. berhasil diisolasi dengan menggunakan media semi selektif King’s B. 48 isolat mampu memproduksi asam indol asetat pada medium King’s B yang ditambah triptofan 0.5 mM. Sebanyak 9 isolat diantaranya secara signifikan dapat meningkatkan panjang akar primer, panjang batang dan/atau jumlah akar lateral dari kecambah kedelai. 33 isolat diketahui dapat memproduksi siderofor secara kualitatif pada medium CAS dan 13 isolat diketahui dapat memproduksi enzim kitinase. Untuk mengetahui aktivitas biokontrol dari isolat Pseudomonas sp., maka dilakukan uji penghambatan pertumbuhan fungi patogen tanaman yakni Sclerotium rolfsii, Rhizoctonia solani dan Fusarium oxysporum. Sebanyak 10 isolat berhasil menghambat F. oxysporum, 9 isolat dapat menghambat S. rolfsii dan 27 isolat menghambat R. solani. Berdasarkan karakter pemacuan pertumbuhan dan biokontrol kemudian terpilih empat isolat potensial yakni Crb-3, 16, 17 dan 44. Selain itu, ke-empat isolat potensial ini memperlihatkan hasil negatif pada uji hipersensitivitas yang mengindikasikan karakter non-patogenik. Berdasarkan analisis gen 16S-rRNA, Crb-3 memiliki homologi terbesar dengan P. monteilii, Crb-16 memiliki homologi terbesar dengan Pseudomonas sp. M41, Crb-17 dan Crb 44 berturut-turut memiliki homologi yang besar dengan P. plecoglossicida dan P. beteli. Deteksi gen yang terlibat dalam biosintesis senyawa antibiosis 2,4- diacetyl phloroglucinol dilakukan dengan teknik PCR dan hanya isolat Crb-16 yang terbukti positif memiliki gen penyandi DAPG dibuktikan dengan kemunculan amplikon sebesar ~745 pb.
Keyword: 

Judul: Karakterisasi Fisiologi Dan Genetik Pseudomonas Sp. Sebagai Biokontrol Penyakit Cendawan Tular Tanah Pada Tanaman Kedelai
Abstrak: Proteksi tanaman modern sangat bergantung pada penggunaan bahan kimia untuk mengatasi hama dan penyakit. Akan tetapi, meningkatnya perhatian terhadap kesehatan dan kerusakan lingkungan yang disebabkan oleh penggunaan bahan kimia untuk pertanian menyebabkan peningkatan tuntutan yang lebih besar terhadap pertanian yang berkelanjutan. Pada tanah yang menekan penyakit dan kompos, penekanan penyakit diperoleh tanpa penggunaan bahan kimia. Penekanan penyakit selalu berhubungan dengan keberadaan bakteri antagonis yang jumlahnya semakin meningkat di dalam tanah. Bakteri rizosfer antagonis yang bermanfaat ini dapat dikembangkan sebagai agen pengendali biologi untuk mengurangi penggunaan bahan kimia di bidang pertanian. Di Indonesia, bakteri antagonis asli rizosfer tanaman kedelai belum banyak dilaporkan dan potensinya sebagai agen biokontrol perlu diteliti lebih lanjut. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendapatkan kandidat agen biokontrol terhadap cendawan patogen tular tanah Sclerotium rolfsii, Fusarium oxysporum atau Rhizoctonia solani untuk tanaman kedelai. Delapan puluh satu isolat bakteri rizosfer tanaman kedelai digunakan dalam penelitian ini. Cendawan patogen tular tanah S. rolfsii, F. oxysporum diperoleh dari Departemen Proteksi Tanaman, IPB. dan R. solani diperoleh dari Balai Penelitian Tanah Bogor. Bakteri Pseudomonas chlororaphis DF190 dan DF202 (Prof. Dr. Dilantha Fernando, University of Manitoba, Kanada); Pseudomonas aureofaciens 30-84, Pseudomonas fluorescens Q2-87, Q8-R1 dan Pseudomonas fluorescens Pf-5 (Dr. Linda Thomashow, Agricultural Research Service - United States Department of Agriculture (ARS-USDA), Washington State University, Amerika Serikat) disertakan dalam penelitian ini sebagai bakteri kontrol positif deteksi gen-gen anticendawan. Uji antagonisme dilakukan dengan menggunakan metode kultur ganda. Besarnya persentase penghambatan pertumbuhan radial cendawan oleh bakteri dihitung menggunakan rumus 1-(a/b) x 100%, dengan a menunjukkan jarak antara titik pusat cendawan ke arah isolat bakteri, b menunjukkan jarak antara titik pusat cendawan ke sisi yang berlawanan tanpa bakteri. Produksi siderofor oleh isolat-isolat dideteksi dengan menggunakan media agar-agar Chrome Azurol S (CAS). Produksi kitinase ditentukan dengan menggunakan medium sintetik yang mengandung koloid kitin. Produksi hidrogen sianida diketahui dengan menggunakan indikator alkali pikrat. Keragaman genetik berdasarkan amplified rDNA restriction analysis (ARDRA) dilakukan dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer hulu 63f dan primer hilir 1387r. Primer ini mengamplifikasi sekitar 1.300 bp konsensus gen 16S rRNA yang bersifat umum untuk domain bakteri. Produk amplifikasi 16S rDNA yang telah dipurifikasi dipotong dengan enzim restriksi endonuklease HaeIII, RsaI dan AluI (Fermentas Life Science, Uni Eropa). Pemotongan oleh enzim restriksi dilakukan pada suhu 37ºC semalam. Dendrogram filogenetik dibuat dengan menggunakan metode neighbour-joining dalam software TREECON for Windows 1.3b. Identifikasi molekuler dan analisis keragaman genetik berdasarkan sekuen gen 16S rRNA dilakukan dengan pencarian kemiripan sekuen menggunakan program Basic Local Alignment Search Tool for Nucleotide (BLASTN) yang terdapat di National Center for Biotechnology Information (NCBI), http://www.ncbi.nlm.gov/BLAST. Untuk pembuatan pohon filogenetik, sekuen gen 16S rRNA disejajarkan dengan menggunakan clustalW, dan dianalisis berdasarkan metode neighbour-joining menurut Jukes dan Cantor dalam program MEGA versi 4. Deteksi gen yang mengkode sintesis senyawa anticendawan dilakukan dengan metode PCR. Tujuh pasang primer digunakan untuk mengamplifikasi gen diacetylphloroglucinol (DAPG), fenazin, pioluteorin dan pirolnitrin. Amplifikasi dengan PCR (Veriti Thermal Cycler, Applied Biosystems, Amerika Serikat) dilakukan dalam 25μl campuran reaksi. Selanjutnya, produk amplifikasi dielektroforesis dengan gel agarosa 1% dalam 1x bufer Tris Boric acid EDTA (TBE) selama 30 menit 100 V, diwarnai dengan ethidium bromida, dan
Keyword: Pseudomonas sp., biocontrol, soybean

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: