Judul: Komputasi Paralel Berbasis CUDA GPU untuk Pengukuran Kemiripan Protein pada Ijah Webserver dengan Algoritme Smith Waterman
Abstrak: Penjajaran sekuens merupakan salah satu topik dalam bioinformatika yang digunakan untuk mencari kemiripan dari dua atau lebih sekuens DNA atau protein. Penjajaran sekuens dilakukan secara lokal dengan algoritme Smith Waterman dan secara global dengan algoritme Needleman-Wunsch. Kedua algoritme tersebut memiliki kompleksitas O(mn). Adapun pada penelitian ini dilakukan penjajaran sekuens menggunakan algoritme Smith Waterman dan dijalankan secara paralel menggunakan CUDA GPU dengan model inter-task parallelization. CUDA adalah pemrograman paralel yang dikeluarkan oleh NVIDIA untuk menyesuaikan perhitungan dari CPU ke GPU. Tujuan dari komputasi paralel algoritme Smith Waterman ini adalah untuk meningkatkan speed up pada proses komputasi dengan memanfaatkan resources pada GPU. Penelitian ini menggunakan GPU dengan ukuran memory sebesar 2GB dan 640 cores GPU. Penelitian ini menghasilkan speed up maksimal sebesar 2.895 dengan 30 data sekuens, namun untuk pemrosesan data yang kecil akan mengalami penurunan speed up karena biaya yang diperlukan lebih tinggi.
Keyword: CUDA, GPU, inter task paralel, komputasi paralel, Smith Waterman

Judul: Implementasi Algoritme Dynamic Time Warping Paralel untuk Menghitung Similaritas Protein Menggunakan CUDA.
Abstrak: Perhitungan similaritas protein menjadi salah satu hal penting dalam melakukan penelitian genom. Dengan berkembangnya data sekuens protein secara eksponensial, waktu komputasi menjadi salah satu faktor penting dalam proses pengolahan data. Riset pada ranah Bioinformatika menjadi salah satu bidang yang aktif dalam penggunaan Graphical Processing Unit (GPU) untuk pemrosesan secara paralel. Adapun pada penelitian kali ini akan dilakukan implementasi paralel dari algoritme Dynamic Time Warping (DTW) dengan menggunakan CUDA. Tujuan dari implementasi paralel terhadap algoritme DTW adalah untuk mereduksi waktu eksekusi yang dihasilkan dari proses perhitungan similaritas antar protein, karena algoritme DTW memiliki kompleksitas yang sangat tinggi yaitu O(N * M). Nilai speed-up menjadi metrik evaluasi untuk membandingkan performa GPU jika dibandingkan dengan CPU (sekuensial). Penelitian ini menghasilkan speed-up 13 kali jika dibandingkan dengan CPU. Penggunaan dual GPU menambahkan speedup sebesar 20 kali lebih cepat jika dibandingkan dengan menggunakan CPU.
Keyword: CUDA, DFT, DTW, paralel, similaritas protein

Judul: Kebijakan Pengelolaan Kebakaran Rutan dan Lahan di Provinsi Riau
Abstrak: Forest and land fires in the province of Riau caused land use activIties by ~panies and farmers. Factors is causing forest fires and land on farmers is the ~it of burning on the land preparation; the community does not feel the direct itpact of forest and land fires, and the assumption that burning the land can ~rtilize the soil. Whereas the factors causing forest and land fires on the company i not applied to the policies and rules prohibiting burning by these companies. In ~dition to the factors that have not been optimal coordination between working ® its of local government and the institutions of the central government ~thorities to conduct surveillance as well as a program for tackling forest fires ~d land which is not effective causing forest and land fires continue to occur in i.e Riau Province. t-he property rights of natural resources (farmers and plantation companies and fi;>restry company) is not one of the root problems cause forest and land fires in the lfiau Province. On the other hand the existence of externalities are internalized i ctors is difficult, as the smoke became one of the root problems cause forest and i nd fires. The root of the problem is the weakness of the institutional response to fOrest and land fires, as well as yet of any policy or regulations at the national mvel, provincial and district, which makes the user able to manage natural (0 m... sources . rmplementation of incentives need to be done to improve the management forest and land fires in Riau Province. For companies, the guarantee mechanism rewards the performance of environmental management or other economic incentives such as tax reductions carried out by government agencies which have strong legitimacy. While for the society, the award can be a form of venture capital for the management of its land, or technical assistance in operational management of activities here. The sanction given is assertiveness the Government to punish violations by the company or society that burns the land through the lifting of the freeze or permit the company and social sanctions for the community rife importance of research to get the giving of incentives or disincentives Cfchnique based on social and cultural conditions of local communities, especially (f!1 the Riau Province. In addition to that of the technical side needs to researched Q)::curate early warning systems associated with the behavior of the culture of local ~mmunities in the Riau Province.
Keyword: