Judul: Modifikasi Pembentukan Spectrum pada Metode Spectral Alignment untuk Pengoreksian DNA Sequencing Error
Abstrak: Graph based DNA sequence assembly is actually used to generate contigs form reads produced by second generation sequencer. However, graph based DNA sequence assembly is very sensitive against sequencing error. The existence of sequencing errors will increase the complexity of graph. Meanwhile, every process of sequencing always produce sequencing errors. This research aims to improve the performance of DNA sequencing error correction based on the spectral alignment by implementing a statistical approach. This approach generate the spectrum of solid tuple by choosing tuples that belong to the highest 75% of the tuple occurencies distribution. Reads containing sequencing errors are corrected using tuple references that belong to the solid tuple spectrum. Evaluation is conducted using Velvet, a DNA assembly software. The results show that our approach can reduce the complexity of graph produced by the previous approach up to 45%.
Keyword: Bogor Agricultural University (IPB), statistical approach, DNA sequence assembly, spectral alignment, DNA sequencing error

Judul: Metode Spectral Alignment Berbasis Fuzzy Untuk Pengoreksian Sequence Dna Dari Next Generation Sequencer
Abstrak: sequencing menjadi Next Generation Sequencing (NGS). Teknologi ini menghasilkan short read dalam jumlah yang banyak dan membutuhkan waktu yang relatif singkat dalam sekali menjalankan program. Teknologi yang digunakan saat ini masih menghasilkan kesalahan atau error dalam proses pembacaan urutan sekuen DNA. Kesalahan pembacaan urutan sekuen DNA dapat mengakibatkan akurasi data yang rendah dan menambah waktu pada saat proses DNA sequence assembly. Permasalahan ini dapat diatasi dengan melakukan pendeteksian dan pengoreksian DNA sequencing error. Metode untuk mendeteksi dan mengoreksi DNA sequencing error menggunakan metode spectral alignment. Metode tersebut hanya menggunakan aspek frekuensi kemunculan tuple (multiplicity). Penelitian lain untuk mendeteksi dan mengoreksi DNA sequencing error menggunakan model statistika dengan melihat aspek kualitas basa. Dalam penelitian ini akan menggabungkan aspek multiplicity dan kualitas basa. Kemudian muncul permasalahan bagaimana menentukan batas multiplicity dan kualitas tuple yang tidak mengandung error. Fuzzy inference system (FIS) dipilih karena dapat mengatasi permasalahan ini. FIS digunakan untuk mengklasifikasikan sebuah tuple masuk ke dalam solid atau weak tuples. Metode spectral alignment berbasis fuzzy diimplementasikan sebagai tahap preprocessing sebelum proses DNA sequence assembly. Keberhasilan proses pendeteksian dan pengoreksian DNA sequencing error dilihat dari aspek perhitungan jumlah nodes. Perhitungan jumlah nodes dihasilkan oleh Velvet assembler. Untuk memastikan akurasi data set yang telah dikoreksi maka akan dilakukan proses evaluasi. Evaluasi dilakukan dengan melihat kualitas contigs dan perhitungan similarity antara data set yang telah dikoreksi dengan data reference. Data reference diperoleh dari National Center for Biotechnology Information (NCBI). Tool yang digunakan untuk menghitung similarity menggunakan Basic Local Alignment Search (BLAST). Penelitian ini berhasil mendapatkan model fuzzy inference system (FIS) yang sesuai untuk mengklasifikasikan tuple ke dalam solid atau weak tuple yang menjadi inputan untuk metode spectral alignment sebagai tahapan preprocessing. Data set yang dikoreksi menggunakan metode spectral alignment berbasis fuzzy menghasilkan jumlah nodes yang lebih sedikit dibandingkan dengan data set yang belum dikoreksi (uncorrected read) dan data set yang hanya dikoreksi menggunakan metode spectral alignment dengan mempertahankan akurasi data dan kualitas contigs. Ini menunjukkan bahwa pendeteksian dan pengoreksian DNA sequencing error menggunakan menggunakan metode spectral alignment berbasis fuzzy dapat menyederhanakan graf dibandingkan dengan hanya menggunakan metode spectral alignment.
Keyword: DNA sequencing error, fuzzy inference system, next generation sequencing, metode spectral alignment, velvet

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: