Judul: Analisis  Filogenetik, Sifat Fisikokimia, dan Struktur Enzim Fitase Sepuluh Spesies Aspergillus In Silico
Abstrak: Asam fitat merupakan senyawa kimia yang terdiri atas inositol dan asam fosfat serta merupakan senyawa antinutrien yang selalu terdapat pada bahan pakan unggas monogastrik berbahan tanaman serealia. Fitase (myo-inositol heksakisfosfat fosfohidrolase) adalah enzim yang dapat menghidrolisis ikatan fosfoester pada asam fitat, menghasilkan fosfat anorganik dan ester fosfat. Aspergillus merupakan genus kapang yang dapat menghasilkan enzim fitase dan telah banyak digunakan dalam produksi enzim fitase karena mudah dikulturkan. Penelitian ini bertujuan melakukan perbandingan struktur, karakteristik fisikokimia dan hubungan kekerabatan filogenetik enzim fitase dari beberapa spesies Aspergillus sp. secara in silico sebagai langkah penapisan awal dalam memperoleh enzim fitase yang paling cocok diaplikasikan pada pakan unggas. Hasil penelitian menunjukkan fitase 1QFX asal A. niger, P34755 asal A. awamori dan D5HQ11 asal A. ficuum memiliki kekerabatan yang sangat tinggi ditinjau dari filogenetik, urutan sekuen asam amino, sifat fisikokimia, serta struktur kristalnya. Ketiga sekuen asam amino enzim tersebut memiliki titik isoelektrik pada kisaran 4 sehingga merupakan enzim acid phytase. Nilai hidrofobisitas maksimum ketiga sekuen lebih besar dari 3 sehingga termostabilitasnya cukup tinggi. Simpulan dari penelitian ini adalah fitase 1QFX asal A. niger, P34755 asal A. awamori dan D5HQ11 asal A. ficuum merupakan fitase yang paling cocok untuk diaplikasikan pada pakan unggas.
Keyword: Aspergillus, Enzyme, Phytase, Phytic acid

Judul: In Silico and In Vitro Characterization and Production Optimization of Phytase Enzyme from Aspergillus niger IPB CC 93 0265
Abstrak: Asam fitat merupakan senyawa kimia yang terdiri dari inositol dan asam fosfat dan merupakan senyawa antinutrien yang terdapat pada bahan pakan unggas monogastrik yang terbuat dari tanaman serealia. Fitase merupakan enzim yang dapat menghidrolisis ikatan fosfoester pada asam fitat sehingga menghasilkan fosfat anorganik dan ester fosfat. Aspergillus merupakan salah satu genus kapang yang dapat menghasilkan fitase dan telah banyak digunakan dalam produksi fitase karena mudah dibudidayakan. A. niger, A. awamori dan A. ficuum merupakan tiga spesies Aspergillus yang menghasilkan fitase dengan struktur dan sifat fisikokimia yang paling sesuai untuk diaplikasikan pada pakan unggas serta memiliki tingkat homologi yang cukup tinggi. Penelitian terdahulu telah membuktikan bahwa kapang A. niger, A. ficuum dan A. awamori merupakan tiga spesies Aspergillus yang menghasilkan fitase dengan karakteristik fisikokimia serta struktur yang homolog dan cocok untuk diaplikasikan pada pakan secara in silico. Namun, belum dilakukan penelitian mengenai perbandingan penambatan molekuler enzim fitase dari ketiga kapang untuk menentukan spesies Aspergillus yang paling cocok. Tujuan dari penelitian ini adalah melakukan simulasi penambatan molekuler pada enzim fitase dari tiga spesies Aspergillus dengan kemiripan tertinggi serta mengoptimalkan kondisi produksi dan karakterisasi sederhana enzim fitase dari spesies Aspergillus yang mempunyai karakteristik terbaik hasil dari molekuler docking sebagai langkah pertama dalam produksi enzim fitase skala besar untuk diterapkan pada pakan unggas. Metode yang digunakan adalah pemodelan struktur dan penambatan molekuler in silico yang dikombinasikan dengan optimasi kondisi produksi secara in vitro meliputi pH, waktu inkubasi dan konsentrasi penginduksi fitase A. niger IPB CC 93 0265. Hasil docking ketiga struktur fitase menggunakan YASARA menunjukkan bahwa fitase 1QFX memiliki skor ΔG paling negatif dan skor Kd terkecil yang menunjukkan afinitas tertinggi terhadap substrat asam fitat. Fitase A. niger IPB CC 93 0265 mempunyai aktivitas spesifik tertinggi setelah produksi 4 hari dengan medium pH 7 dan induser fitat 0,5%. Kemurnian tertinggi diraih dari fraksi dialisis dengan aktivitas spesifik sebesar 0.18 U/µg, persentase yield sebesar 49.61% dan kemurnian meningkat sebesar 4.01 kali lipat dibandingkan ekstrak kasar. Nilai Km terukur 6.583 µmol serta vmaks sebesar 0.139 µmol/menit. Fitase A. niger IPB CC 93 0265 memiliki bobot molekul di rentang 25 – 37 KDa. Kesimpulan dari penelitian ini adalah diantara 3 struktur fitase yang telah dibandingkan dan di-docking dengan asam fitat, fitase 1QFX dari A. niger merupakan fitase yang paling sesuai untuk diaplikasikan pada pakan unggas setelah 4 hari produksi enzim dalam medium pH 7 dan konsentrasi fitat 0,5%., Phytic acid is a chemical compound consisting of inositol and phosphoric acid and is an antinutrient compound found in monogastric poultry feed ingredients made from cereal crops. Phytase is an enzyme that can hydrolyze phosphoester bonds in phytic acid, resulting in inorganic phosphate and phosphate esters. Aspergillus is a genus of mold that can produce phytase and has been widely used in the production of phytase because it is easily cultured. A. niger, A. awamori and A. ficuum are three Aspergillus species that produce phytase with the most suitable structure and physicochemical properties for application in poultry feed and have a fairly high level of homology. Previous research has proven that A. niger, A. ficuum and A. awamori are three Aspergillus
Keyword: Enzyme Activity, Fractionation, Hydrolysis, Phytic acid

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: