Judul: Reverse Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification Primer Design for SARS-CoV-2 Detection Applications
Abstrak: Reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) merupakan metode deteksi baru yang dapat menangani pelacakan kasus Covid-19 secara cepat, sederhana, murah, dan akurat. Tujuan penelitian ini adalah mendesain primer RT-LAMP menggunakan sekuen genom SARS-CoV-2 yang berasal dari Indonesia dan beberapa negara lain yang mewakili lima benua di dunia, serta mewakili lima variant of concern. Metode yang digunakan adalah preparasi sekuen, uji homologi, identifikasi daerah target, desain primer, identifikasi primer, dan uji spesifitas primer secara in silico. Hasil penelitian diperoleh set primer T1_9 dengan urutan basa F3: CACTGAGACTCATTGATGCTATG, B3: CCAACCGTCTCTAAGAAACTCT, F2: GTTCACATCTGATTTGGCTACT, F1c: GAAGTCAACTGAACAACACCACCT, B2: CCTTCCTTAAACTTCTCTTCAAGC, B1c: GTGGCTAACTAACATCTTTGGCACT, LB: TGAAAAACTCAAACCCGTCCTTG memenuhi parameter ideal dan memiliki spesifitas terbaik sehingga dapat digunakan untuk uji lanjutan secara in vitro menggunakan metode RT-LAMP.
Keyword: 

Judul: Peningkatan Performansi Metode Phenol Red RT-LAMP Colorimetry Untuk Deteksi Virus SARS-CoV-2 Berkapasitas Buffer Tinggi
Abstrak: RT-LAMP Kolorimetri merupakan metode diagnostik yang telah menarik banyak perhatian peneliti karena kecepatan, kesederhanaan, dan sensitivitasnya dibandingkan dengan metode diagnosis penyakit lainnya. Namun, meskipun memiliki banyak kelebihan, uji RT-LAMP kolorimetri masih memiliki kekurangan, terutama untuk kit yang menggunakan indikator fenol merah. Kerugian ini berasal dari sampel input yang mengandung tingkat buffer yang tinggi, yang tidak menyebabkan terjadinya perubahan warna dan menghasilkan hasil analisis yang bersifat negatif palsu. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan dan mengoptimasi uji kolorimetri RT-LAMP pada sampel dengan kapasitas buffer yang tinggi. Berdasarkan hasil penelitian, suhu 69 C selama 50 menit dengan penambahan post-treatment berupa pemanasan pada suhu 80 C selama 10 menit merupakan kondisi optimum untuk reaksi RT-LAMP kolorimetri dengan indikator fenol merah pada sampel SARS-CoV-2 berkapasitas buffer tinggi. Kondisi ini terbukti efektif dalam mengubah warna hasil dari merah (negatif) menjadi kuning untuk sampel yang positif. Penelitian ini juga berhasil mengklasifikasikan hasil analisis berdasarkan tingkat paparan virus SARS-CoV-2 yang diwakili dengan nilai cycle threshold (Ct) real-time PCR dan dikorelasikan terhadap nilai optical density (OD) spektrofotometer pada panjang gelombang 415 nm dengan nilai korelasi -0,9084. Pada hasil klasifikasi, warna kuning menunjukkan nilai Ct di bawah 20, warna kuning-orange menunjukkan nilai Ct antara 20 dan 30, warna orange menunjukkan nilai Ct antara 30 dan 40, dan warna merah menunjukkan nilai Ct lebih dari 40 (negatif). Secara keseluruhan, penelitian ini berhasil mengoptimalkan dan mengembangkan reaksi RT-LAMP kolorimetri fenol merah pada sampel SARS-CoV-2 dengan kapasitas buffer tinggi.
Keyword: Kolorimetri, Buffer Tinggi, Optimasi, Fenol Merah, RT-LAMP, SARS-CoV-2

Judul: Growth, Concentration Chlorophyll-a, and Structure of Macroalgae Gracilaria edulis in the Culture Media Containing Copper
Abstrak: The physiological responses (specific growth rate, concentration of chlorophyll-a, morphological and anatomical structure of the vegetative cells) of the marine macroalga Gracilaria edulis at the different concentrations of copper (0.01 as control, 0.04, 0.06 and 0,5 ppm) delivered continuously for 28 days under controlled laboratory conditions were investigated. Result showed that the degree of copper toxicity depends on both factor the concentration and exposure time. Copper concentration and day of exposure decreased significantly the specific growth rate (SGR) of the Gracilaria edulis but only 0,5 ppm Cu decreased the chlorophyll-a content when compared to control. Of the various physiological end points measured, growth proved to be the most sensitive response than chlorophyll-a with reductions in specific growth rate (SGR). The reason for this could be related to a greater sensitivity of the enzymes involved in growth than those related to chlorophyll-a or a greater energy needs to maintain cellular integrity and metabolic processes under sublethal Cu stress. In all cases, the main effect on vegetative cells were structure changes in cortex and subcortex cells, compared to control, macroalgae exposed to copper showed depigmentation and blending in the lateral branches, heavy staining of the cell wall and severe damage of cell membrane, while the mucilage and the cell walls was densely fibrillar, thick and heavily stained, the cortex cell was clearly vacuolated, the presence of endophytic on the cell wall and endophytic spores in the mucilage. The presence vacuoles should be related to a metal immobilization mechanism, minimizing the Cu toxicity for cells. The epiphytic bacteria can act as a biofilter diminishing the availability of Cu for macroalgae accumulation.
Keyword: