Judul: Penjajaran Lokal Sekuens DNA Paralel dengan Skema Partisi Columnwise Menggunakan CUDA
Abstrak: Deoxyribo nucleic acid (DNA) merupakan asam nukleat yang menyimpan informasi genetika makhluk hidup. Sekuens DNA suatu makhluk hidup dapat memiliki similaritas dengan sekuens DNA makhluk hidup lainnya. Penjajaran sekuens adalah salah satu cara untuk melihat similaritas di antara sekuens DNA. Penjajaran sekuens untuk sekuens DNA yang panjang membutuhkan waktu yang lama. Penjajaran sekuens secara paralel dapat mempercepat proses penjajaran. Untuk mengimplementasikannya dibutuhkan skema partisi, salah satunya adalah columnwise. Penelitian ini menggunakan metode Smith-Waterman untuk melakukan penjajaran sekuens lokal dan GPU untuk melakukan penjajaran sekuens secara paralel. Pada penelitian ini dihasilkan speedup tertinggi sebesar 5.542 kali untuk sekuens DNA dengan panjang 22 000 bp menggunakan skip 1.
Keyword: columnwise, sequence alignment, Smith-Waterman

Judul: Global Sequence alignment of DNA using Rowwise Needleman-Wunsch Algorithm in CUDA
Abstrak: Penjajaran sekuen merupakan hal yang fundamental dalam bioinformatika. Penjajaran sekuen dapat dilakukan untuk menganalisis DNA. Penjajaran sekuen dilakukan dengan menggunakan pemograman dinamis yang memiliki kompleksitas O(mn). Penerapan paralel pada penjajaran sekuen dapat mempercepat proses penjajaran. Implementasi penerapan paralel pada penjajaran sekuen membutuhkan skema partisi seperti rowwise, colunmwise, dan antidiagonal. Tujuan dari penelitian ini adalah menerapkan algoritme global pairwise alignment (Needleman-Wunsch) paralel menggunakan graphic processing unit (GPU) dengan skema partisi rowwise. Hasil penelitian menunjukkan speedup dapat meningkat hingga 5.9 kali untuk sekuen DNA dengan panjang 22 000 bp.
Keyword: Institut Pertanian Bogor, Bogor Agricultural University, IPB, GPU, Needleman-wunsch, Sequence alignment, Rowwise, Scoring matrix, dinisialisasi matriks penskoran, Pengisian matriks, Traceback

Judul: Evaluation of Landscape Aesthetic Quality of the Cengkih Afo Ecotourism Area
Abstrak: Kota Ternate pada zaman dahulu pernah menjadi pusat perdagangan rempah- rempah khususnya cengkih dan pala. Kedua komoditas ini sangat diminati oleh orang Eropa karena harganya yang sangat tinggi. Hal ini disebabkan karena rempah-rempah banyak digunakan oleh bangsa Eropa sebagai bumbu makanan, upacara keagamaan, dan pengobatan. Oleh karena itu terjadi penjajahan di pulau Ternate atas perebutan rempah-rempah tersebut. Adapun rempah-rempah yang dihasilkan di wilayah Maluku khususnya Pulau Ternate adalah cengkih (Syzygium aromaticum) dan pala (Myristica fragrans). Berdasarkan Keputusan Menteri Pertanian No.3680/Kpts/SR.120/11/2010 tentang Pelepasan Populasi Cengkih Afo sebagai Varietas Unggul, telah memutuskan nama Afo sebagai varietas tanaman cengkih asli dari Ternate. Cengkih inilah yang menjadi bukti peninggalan sejarah sistem monopoli rempah-rempah VOC di pulau Ternate. Kini Cengkih Afo dinyatakan sebagai tanaman yang berumur ratusan tahun dan ditetapkan sebagai tanaman langka. Kawasan Cengkih Afo memiliki potensi wisata yang dapat mengedukasi wisatawan terhadap sejarah rempah-rempah nusantara. Saat ini kawasan Cengkih Afo di lereng Gunung Gamalama dijadikan sebagai tempat wisata yang menawarkan keindahan alam, budaya lokal, dan Pohon Cengkih Afo sebagai daya tarik wisatanya. Namun, sayangnya kawasan ini kurang menonjolkan nilai sejarah dari Pohon Cengkih Afo itu sendiri. Aktivitas yang terdapat pada tempat ini lebih kepada kegiatan kuliner dan foto-foto saja, tidak ada tindakan khusus pada Pohon Cengkih Afo, bahkan fasilitas yang ada di dalamnya cenderung kurang layak terutama dari segi sarana dan prasarana serta infrastruktur seperti jalan setapak yang masih perlu diperhatikan keamanannya. Maka dari itu untuk mengoptimalkan pemanfaatan objek wisata alam Cengkih Afo sebagai sebuah situs alam bersejarah yang juga kaya akan budayanya, dibutuhkan penelitian lebih dalam terkait pemanfaatan objek wisata tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi kualitas estetika lanskap kawasan ekowisata Cengkih Afo dengan mempertimbangkan budaya setempat melalui analisis potensi wisata dan kualitas estetika objek pada karakter lanskap wisata Cengkih Afo. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode kualitatif dan kuantitatif, dimana data kualitatif diperoleh melalui studi kepustakaan, wawancara, dan observasi lapangan, sedangkan data kuantitatif diperoleh melalui kuesioner dengan menggunakan metode scenic beauty estimation (SBE). Luaran dari penelitian ini adalah mengetahui titik-titik potensial mana saja yang dapat dikembangkan atau diperbaiki berdasarkan penilaian yang diperoleh dari hasil analisis SBE berupa kualitas estetika tertinggi dan terendah, dan dapat dijadikan sebagai acuan dalam mengoptimalkan kawasan ekowisata sehingga bermanfaat untuk masyarakat sekitar kawasan ekowisata khususnya dan pemerintah Kota Ternate pada umumnya dalam segi peningkatan sektor pariwisata dan juga dapat menjadi kontribusi ilmu pengetahuan tentang bagaimana cara mengevaluasi kualitas estetika sebuah lanskap kawasan wisata berbasis budaya., The city of Ternate was once the centre of the spice trade, especially cloves and nutmeg. These two commodities are in great demand by Europeans because of their very high prices. This is because spices were widely used by Europeans as food spices, religious ceremonies, and medicine. Therefore, there was colonization on the island of Ternate over the seizure of these spices. The spices produced in the Maluku region, especially Ternate Island, are cloves (Syzygium aromaticum) and nutmeg (Myristica fragrans). Based on the Decree of the Minister of Agriculture No.3680/Kpts/SR.120/11/2010 concerning the Release of Cengkih Afo Populations as Superior Varieties, it has been decided to name Afo as the original clove plant
Keyword: Landscape Character, Cengkih Afo, Ternate City, Scenic Beauty Estimation