Judul: Deteksi dan Identifikasi Cymbidium Mosaik Virus (CyMV) pada Tanaman Anggrek
Abstrak: Cymbidium Mosaik Virus (CyMV) merupakan penyebab penyakit yang sering ditemukan pada tanaman anggrek. Gejala infeksi virus pada daun berupa mosaik disertai bercak – bercak klorotik berwarna hitam yang lama – kelamaan berubah menjadi bercak nekrotik sedangkan pada bunga tanaman yang terinfeksi biasanya memperlihatkan gejala bercak-bercak coklat nekrosis pada petal dan sepalnya. Bunga biasanya berukuran lebih kecil dan mudah rontok dibandingkan dengan bunga tanaman sehat. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi CyMV pada tanaman anggrek secara serologi dan molekuler serta menguji kisaran inang dengan cara penularan mekanis pada beberapa jenis tanaman indikator. Deteksi serologi dengan teknik Direct Antibody Sandwich-Enzyme Linked Immunoabsorbent Assay (DAS-ELISA) menggunakan antiserum spesifik CyMV menunjukkan hasil positif pada tanaman anggrek Cymbidium sp. yang diambil dari kebun petani tanaman anggrek di Surabaya. Hal ini menunjukkan bahwa virus CyMV sudah ada dan penyebarannya cukup luas di Indonesia. Deteksi molekuler dilakukan dengan RT-PCR dan PCR menggunakan pasangan primer CP U dan CP D serta mikroskop elektron. Hasil deteksi molekuler menunjukkan bahwa CyMv merupakan virus yang memiliki pita DNA berukuran ±600 bp yang tampak pada gel agarose yang merupakan hasil proses amplifikasi. Hasil pengamatan dengan menggunakan mikroskop elektron menunjukkan partikel CyMV berbentuk batang lentur dengan ukuran 440-480 x 13 nm. Hal ini menunjukkan bahwa CyMV termasuk dalam kelompok virus dari genus Potexvirus. CyMV merupakan virus yang dapat ditularkan secara mekanis. Hasil penularan terhadap 5 spesies tanaman indikator dari 3 famili yang telah diinokulasikan CyMV menunjukkan bahwa Datura stramonium (Solanaceae) dan Chenopodium amaranticolor (Chenopodiaceae) menunjukkan gejala lesio lokal yaitu dengan munculnya bercak nekrotik pada bagian daun. Pada Cassia occidentalis (Leguminoceae) menunjukkan gejala sistemik yaitu dengan munculnya gejala mosaik dengan pola gradasi hijau tua-hijau muda pada daun yang diinokulasikan virus CyMV, selain itu pada daun muda yang baru tumbuh menunjukkan gejala daun menjadi kecil dan mengeriput. Sedangkan pada Nicotiana tabacum dan Physalis sp. (Solanaceae) tidak menunjukkan adanya gejala, hal ini menunjukkan bahwa tanaman ini bukan inang alternatif untuk virus CyMV. Kata kunci : Cymbidium Mosaik Virus, Anggrek
Keyword: 

Judul: Deteksi dan karakterisasi Cymbidium Mosaic Virus (CymMV) isolat anggrek
Abstrak: Observation during field survey has proved that CymMV has infected orchid in West Java. The disease on orchid plants in Gunungsindur, Segunung, and Kebun Raya Bogor Districts was characterized by mosaic or chlorotic and necrotic sunken patches on the leaves. The objective of the research is to detect and characterize the virus causing mosaic or chlorotic and necrotic on orchids in West Java. Double antibody sandwich-enzyme linked immunosorbent assay (DAS-ELISA) using antibody specific to CymMV successfully detected the virus in leaf tissues from symptomatic orchids plants. A reverse transcriptionpolymerase chain reaction (RT-PCR) assays using oligonucleotide primen specific to CymMV were also successfully amplified the regions of the coat protein (CP) gene of the virus. Analysis by using sodium dodecyl sulphatepolyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) revealed that the virus have a major structural protein with an estimated molecdar weight of 28 kDa. Flexuous filamentous particles were also observed in electron microscopy preparations from infected plants and middle layer of purified virus preparation. Aliments of partial nucleotide sequences of the CP gene displayed 86 to 92% homology to CymMV isolates fiom other countries. The CymMV has an intermediate host range including plants belong to family of Orchidaceae, Solanaceae, Chenopodiaceae, Leguminosae, and Graminae.
Keyword: Orchids, Sodium Dodecyl Sulphate-Polyacrylamide Gel Electrophoresis (SDS-PAGE), Western blotting, Elektron mikroskopi

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: