Judul: Polymorphisms of calpastatin (CAST) gene and it’s association with growth trait and carcass quality in local sheep
Abstrak: Domba lokal adalah salah satu sumber daya genetik yang sangat potensial untuk dikembangkan. Hal ini disebabkan domba lokal memiliki beberapa kelebihan yakni bersifat prolifik, daya adaptasi terhadap lingkungan dan penyakit yang lebih tinggi, siklus produksi relatif lebih singkat serta relatif sedikit membutuhkan modal. Selain itu, di beberapa daerah yang padat penduduknya seperti pulau Jawa, daging domba mampu mensubstitusi sebagian daging sapi yang masih harus diimpor setiap tahun. Nilai karkas domba sangat dipengaruhi oleh total produksi daging, distribusi dan proporsi daging pada karkas. Gen kalpastatin (CAST) diketahui memiliki hubungan dengan sifat kualitas karkas dan daging pada ternak. Kalpastatin terlibat dalam beragam proses fisiologi dalam tubuh ternak seperti pengaturan turn over protein, pertumbuhan, fusi dan migrasi mioblast. Diduga keragaman gen CAST mempunyai hubungan dengan pertumbuhan dan potensial digunakan sebagai marka gen untuk sifat pertumbuhan pada ternak. Kalpastatin berperan dalam menghambat fungsi enzim kalpain yang terlibat dalam mengatur turn over protein dan pertumbuhan. Penelitian ini terbagi dalam tiga tahapan yaitu 1). Identifikasi keragaman gen CAST pada populasi domba lokal, 2). Hubungan keragaman gen CAST dengan sifat pertumbuhan pada domba lokal, 3). Hubungan keragaman gen CAST dengan kualitas daging dan karkas domba lokal. Metode PCR-SSCP digunakan pada penelitian tahap pertama untuk mengidentifikasi variasi pada gen CAST. Sebanyak 401 ekor domba lokal dari 8 sub populasi digunakan dalam penelitian ini, tiga group merupakan Domba Ekor Tipis (DET) dari Sukabumi, UP3J Jonggol dan Kissar, sedangkan sisanya antara lain domba Priangan dari Margawati dan Wanaraja serta Domba Ekor Gemuk (DEG) dari Donggala, Sumbawa dan pulau Rote. Pada tahap kedua, sebanyak 157 ekor DET yang dikelompokkan berdasarkan genotipe gen CAST dipelihara selama tiga bulan dan diukur parameter pertumbuhannya seperti bobot badan, PBB harian serta ukuran morfometriknya. Pada tahap ketiga sebanyak 33 ekor DET yang mewakili tiga genotipe CAST-11, CAST-12 dan CAST-22 diidentifikasi kualitas karkas dan dagingnya.
Keyword: 

Judul: Anatomis Dan Produktivitas Serta Kualitas Karkas Domba Ekor Tipis Jantan Dengan Genotipe Calpastatin (Cast-1) Yang Berbeda
Abstrak: Domba ekor tipis merupakan salah satu domba lokal yang potensial untuk dikembangkan sebagai ternak pedaging. Meskipun bobot badan dewasa hewan ini relatif lebih kecil dibandingkan dengan domba ekor gemuk, tetapi domba ekor tipis memiliki kemampuan adaptasi yang baik dengan ketersediaan pakan yang terbatas dan suhu yang cukup tinggi. Selain itu, domba ekor tipis memiliki tingkat kematian anak yang relatif rendah serta daya tahan tubuh terhadap penyakit yang tinggi. Kemajuan dalam bidang biologi molekuler memungkinkan upaya seleksi dapat dilakukan pada tingkat DNA, yaitu dengan cara mencari keragaman gen yang mengontrol produktivitas ternak yang memberikan nilai ekonomis, seperti perdagingan dan keempukan daging. Salah satu marka gen yang berhubungan dengan bobot badan pada domba lokal yaitu gen yang mengatur sintesis calpastatin. Calpastatin merupakan enzim yang berfungsi untuk menghambat degradasi protein sel-sel otot oleh enzim -calpain, m-calpain. Peningkatan aktivitas calpastatin menyebabkan terjadinya pertambahan massa otot (hypertrophy) disertai dengan penurunan keempukan daging. Keragaman gen calpastatin diduga akan mempengaruhi sifat pertumbuhan domba lokal, sehingga dengan adanya variasi gen calpastatin pada ternak akan memberikan pengaruh tidak hanya pada laju keempukan daging postmortem tetapi juga diharapkan akan memberikan pengaruh pada pertumbuhan otot. Tujuan penelitian ini adalah mempelajari komparasi performa anatomis dan produktivitas serta kualitas karkas antara DET pada variasi gen calpastatin yang berbeda. Data tersebut diharapkan dapat menjadi data dasar dalam pengembangan performa dan produktivitas bangsa DET berdasarkan variasi gen CAST. Data ini juga dapat dijadikan acuan dalam pengembangan bangsa domba lokal Indonesia lainnya sehingga dapat dilakukan perbaikan produktivitasnya. Penelitian ini menggunakan sampel domba yang diperoleh dari Unit Pengembangan Pendidikan dan Penelitian Jonggol (UP3J). Berdasarkan hasil penelitian pendahuluan untuk mendeteksi keragaman gen calpain dan calpastatin diperoleh variasi gen calpastatin yang seharusnya terdapat 3 variasi genotipe yaitu MM, MN dan NN, hanya diperoleh 2 variasi genotipee yaitu MM dan MN, dan tidak ditemukan variasi gen NN. M menunjukkan alel calpastatin normal, sedangkan N menunjukkan alel calpastatin yang telah mengalami mutasi. Sampel diambil dari domba yang memiliki genotipe calpastatin MM dan MN dengan genotipe calpain yang sama yaitu TT. Domba dengan genotipe calpastatin MM diperoleh sampel sebanyak 5 ekor, sedangkan untuk domba dengan genotipe MN diperoleh sampel sebanyak 4 ekor. Domba yang dipilih adalah domba ekor tipis jantan dengan umur siap potong yaitu dalam kisaran 1-1,5 tahun (I1), dengan kisaran bobot badan 17-20 kg, sampel kemudian akan dianalisa morfometrik ternak hidup, komponen karkas dan non karkas, komposisi karkas, distribusi otot, potongan komersial serta sifat fisik dan mikroanatomi ototnya. Domba ekor tipis dengan genotipe calpastatin MM memiliki panjang badan, dalam dada, lingkar dada dan lebar pinggul, persentase bagian neck, persentase kelompok otot sekitar tulang belakang dan persentase kelompok otot abdomen yang lebih besar dibandingkan dengan yang bergenotipe MN. Namun domba ekor tipis yang bergenotipe MN memiliki persentase bagian shoulder, persentase kelompok otot proksimal kaki belakang, distal kaki belakang, persentase daging terhadap karkas, luas penampang serabut otot, jumlah otot per fasikulus dan luasan fasikulus yang lebih besar dibandingkan dengan yang bergenotipe MM. Respon fenotipik berdasarkan seleksi genotipe calpastatin pada domba ekor tipis dapat memberikan kontribusi secara ekonomis dalam budidaya ternak karena meningkatkan persentase expensive muscle groups dan kualitas daging.
Keyword: calpastatin, domba ekor tipis, performa morfometrik, komposisi karkas, distribusi otot, kualitas daging, mikroanatomi

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: