Judul: Preservasi Jaringan Tanaman, Deteksi Dan Identifikasi Fitoplasma Pada Kacang Tanah Bergejala Sapu Dengan Teknik Nested-Pcr
Abstrak: Fitoplasma adalah bakteri tanpa dinding sel yang menginfeksi jaringan floem tanaman. Penyakit sapu tanaman kacang tanah yang disebabkan oleh fitoplasma umum ditemukan di Indonesia. Deteksi fitoplasma pada tanaman masih cukup sulit dilakukan dengan pendekatan konvensional karena patogen ini bersifat obligat dan seringkali terdapat dalam konsentrasi yang sangat rendah. Teknik molekuler telah banyak digunakan dalam penelitian fitoplasma untuk mengatasi beberapa kendala ketika menggunakan metode konvensional. Polymerase chain reaction (PCR) adalah metode yang handal untuk mendeteksi fitoplasma pada tanaman inang. Namun berbagai faktor dapat mempengaruhi deteksi fitoplasma dengan metode PCR, termasuk penyediaan tanaman segar. Pengiriman contoh tanaman dalam waktu lama di perjalanan maupun penyimpanan yang tidak tepat di laboratorium dapat mengakibatkan munculnya senyawa-senyawa yang dapat menghambat amplifikasi DNA target. Penelitian ini bertujuan menentukan aspek lama, suhu, dan media penyimpanan yang optimal untuk jaringan tanaman kacang tanah terinfeksi fitoplasma, mengevaluasi amplifikasi DNA yang optimal dalam deteksi fitoplasma menggunakan nested- PCR, dan identifikasi fitoplasma berdasarkan analisis nukleotida gen 16S rRNA. Penyimpanan contoh tanaman kacang tanah bergejala sapu pada suhu dan media berbeda dalam periode waktu 4 minggu menunjukkan hasil yang bervariasi. Penyimpanan contoh selama 4 minggu pada suhu -20 ºC dan suhu 4 ºC hingga minggu ke-3 tidak mengalami perubahan bentuk dan sedikit terjadi perubahan warna contoh jaringan tanaman. Penyimpanan contoh pada suhu 25 ºC dalam bufer CTAB selama 4 minggu tidak mengalami perubahan bentuk maupun warna. Contoh yang tetap segar sebagai bahan untuk ekstraksi DNA total menggunakan metode CTAB menghasilkan DNA pada kualitas dan kuantitas DNA yang memadai berdasarkan pengukuran absorbansi dengan nanodrop spektrofotometer. Sementara itu, jaringan yang disimpan menggunakan FTA-card menghasilkan DNA dengan konsentrasi yang sangat tinggi dibandingkan hasil metode ekstraksi tersebut, namun dengan kualitas kemurnian yang rendah. DNA total hasil ekstraksi dari penyimpanan jaringan pada berbagai kondisi dan DNA dari penyimpanan dengan FTA-card ketika dijadikan template dalam PCR standar menggunakan pasangan primer P1/P7 menunjukkan bahwa tidak semua DNA fitoplasma terdeteksi positif. Namun, pengujian selanjutnya amplikon-amplikon PCR dengan primer P1/P7 tersebut sebagai template untuk nested-PCR menggunakan fU5/rU3 mampu meningkatkan detektabilitas fitoplasma yang berasal dari penyimpanan contoh pada berbagai kondisi dengan memberikan hasil positif dari contoh yang negatif pada PCR standar. Analisis nukleotida parsial gen 16S rRNA fitoplasma produk PCR standar berukuran sekitar ±850 pb dengan menggunakan PCR standar menunjukkan homologi dengan persentase tertinggi senilai 96% dengan beberapa strain yang data nukleotidanya tersimpan di GenBank NCBI. Beberapa strain fitoplasma yang terdekat adalah Sweet potato little leaf dan Peanut witches' broom phytoplasma. Cara penyimpanan jaringan tanaman yang terinfeksi fitoplasma yang optimum untuk mempertahankan kuantitas dan kualitas asam nukleat yang diekstraksi dapat dimanfaatkan dalam kegiatan penelitian dan maupun terapan yang melibatkan metode deteksi dan identifikasi menggunakan metode molekuler untuk patogen tumbuhan lain.
Keyword: 16S rRNA, DNA total, FTA-card, CTAB, suhu penyimpanan

Judul: Penularan Fitoplasma pada Tanaman Kacang Tanah oleh Serangga Vektor Orosius argentatus dan Deteksi Molekuler dengan Teknik PCR.
Abstrak: Tanaman kacang tanah (Arachis hypogea L.) merupakan tanaman pangan yang menjadi sumber protein bagi masyarakat Indonesia. Tanaman ini memiliki nilai ekonomi yang tinggi sehingga banyak dibudidayakan. Permasalahan yang muncul dalam kegiatan budidaya kacang tanah salah satunya adalah serangan patogen. Fitoplasma penyebab penyakit sapu merupakan salah satu patogen yang memiliki potensi untuk menyebabkan kehilangan hasil yang tinggi pada pertanaman kacang tanah. Agens penular fitoplasma yang paling utama di lapangan adalah serangga vektor. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui sifat penularan fitoplasma pada kacang tanah oleh serangga vektor (wereng daun Orosius argentatus) dan serangga pembanding (wereng daun Empoasca sp.) menggunakan teknik uji hayati, pakan artifisial, dan Polymerase Chain Reaction (PCR). Metode yang digunakan dalam penelitian ini meliputi uji hayati penularan fitoplasma masing-masing oleh wereng daun O. argentatus dan Empoasca sp. dalam jumlah berbeda dari tanaman kacang tanah sakit bergejala sapu ke tanaman sehat, uji inokulasi serangga-serangga viruliferous tersebut ke pakan artifisial berupa medium makan larutan Sukrosa-TE dalam kantong parafilm (feeding sachet), dan deteksi fitoplasma dengan teknik PCR terhadap sampel tanaman uji, tubuh wereng daun uji, dan air liur wereng daun uji dalam pakan artifisial. Hasil yang diperoleh dari uji penularan fitoplasma dengan wereng daun menunjukkan bahwa O. argentatus merupakan serangga vektor yang efektif dalam menularkan fitoplasma penyebab penyakit sapu, sedangkan serangga pembanding Empoasca sp. bukan merupakan vektor. O. argentatus memiliki kemampuan mentransmisikan fitoplasma ke dalam jaringan tanaman kacang tanah dengan jumlah minimum satu ekor per tanaman. Namun, jumlah O. argentatus yang dapat menularkan fitoplasma dan menyebabkan gejala yang berat adalah 7 ekor per tanaman dibandingkan jumlah 1, 3 dan 5 ekor per tanaman. Masa inkubasi fitoplasma pada tanaman inang semakin pendek dengan semakin banyaknya jumlah O. argentatus yang diberikan. Infeksi fitoplasma yang berat pada tanaman kacang tanah menyebabkan peningkatan jumlah daun dan cabang secara drastis, menurunkan kuantitas dan kualitas hasil panen, dan memperpanjang umur tanaman dari kondisi normal. Fitoplasma berhasil terdeteksi dengan teknik PCR menggunakan pasangan primer P1 dan P7 pada tanaman kacang tanah yang menimbulkan gejala penyakit sapu dan pada tubuh wereng yang menularkannya, namun tidak terdeteksi pada medium makan artifisial sukrosa-TE.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: