Judul: Identifikasi Aktinomiset Endofit Asal Tanaman Obat Berdasarkan 16S rRNA
Abstrak: Indigenous actinomycetes are known to have high biodiversity and chance to acquire a novel species. Various plants bioactive compounds with many functions may also be produced by endophytic microbes including actinomycetes. Many actinomycetes have been isolated from various medicinal plants. The research aimed to identify selected endophytic actinomycets from Curcuma xanthorrhiza (CX 10.1), Guazuma ulmifolia Lamk (AJB 4(1)), and Centella asiatica (AEP-2) based on 16S rRNA. Selected isolates of endophytic actinomycetes were grown in Yeast Starch Agar (YSA). DNA genome was isolated from CX 10.1, AJB 4(1), and AEP-2 isolates respectively, using Genomic DNA Mini Kit followed by amplification of 16S rRNA with PCR. PCR product was sequenced and analyzed by bio-informatics software to construct phylogenetic tree. The morphology colony of CX 10.1 did not produce aerial mycelium and spore chain type. Based on 16S rRNA gene sequence, CX 10.1 isolate was closed related with Micromonospora aurantiaca strain DSM 43813, Micromonospora coxensis strain 2-30-b(28) and Micromonospora krabiensis strain MA-2 with maximum identity 97%, 96% and 96% respectively. Meanwhile, morphology colony of AJB 4(1) and AEP-2 produced brown grey and white aerial mycelium, respectively and both of isolates produced Spiral spore chain type. The 16S rRNA sequence of AJB 4(1) showed to have the close relationship with Streptomyces misionensis strain NRRL B- 3230, Streptomyces africanus strain CPJVR-H, and Streptomyces eurythermus strain ATCC 14975, with maximum identity 98%, 97% and 97% respectively. The 16S rRNA sequence of AEP-2 showed close related with Streptomyces galilaeus strain JCM 4757,with 96% of maximum identity, while the close relatedness with both Streptomyces flavogriseus strain CBS 101.34, and S. polyantibioticus strain SPR; DSM 44925 was 95%. The maximum identity of AEP-2 was less then 97% and with further identification approaches may indicate a novel species.
Keyword: 

Judul: Analisis Komunitas Aktinobakteri Endofit Pegagan (Centella Asiatica L. Urban) Berdasarkan Gen 16s Rrna Dan Potensinya Sebagai Antidiabetes
Abstrak: Aktinobakteri endofit tanaman obat memiliki potensi sebagai sumber beragam senyawa bioaktif termasuk antidiabetes. Pengetahuan tentang keragaman genetik aktinobakteri endofit Centella asiatica penting sebagai dasar untuk mengeksplorasi aktinobakteri endofit potensial dari tanaman tersebut. Analisis keragaman melalui pendekatan metagenomik (culture-independent) dengan teknik PCR-DGGE (Polymerase Chain Reaction - Denaturing Gradient Gel Electrophoresis), merupakan langkah yang efisien dalam mempelajari komunitas aktinobakteri endofit. Penelitian ini bertujuan mengkaji keragaman aktinobakteri tanah rizosfer dan endofit C. asiatica melalui pendekatan metagenomik dengan PCR-DGGE berdasarkan gen 16S rRNA dan gen inhibitor α-glukosidase. DNA genom total tanah rizosfer dan jaringan tanaman diekstraksi menggunakan Soil DNA Isolation Kit dan Genomic DNA Mini Kit (Plant). Gen 16S rRNA aktinobakteri diamplifikasi menggunakan teknik nested-PCR (27F, 16Sact1114R dan P338F-GC, P518R). Keragaman aktinobakteri berdasarkan gen 16S rRNA dianalisis dengan DGGE pada gel poliakrilamida. Produk PCR hasil pemotongan pita DNA pada gel poliakrilamida disekuensing dan dianalisis menggunakan software bioinformatika untuk konstruksi pohon filogenetik. Gen penyandi inhibitor α-glukosidase di amplifikasi menggunakan primer vldA-F dan vldA-R. Isolat Streptomyces sp. BWA 65 digunakan sebagai kontrol positif. Hasil separasi produk gen 16S rRNA pada gel DGGE diperoleh 16 pita dominan dari tanah rizosfer dan jaringan tanaman C. asiatica. Pola distribusi pita menunjukkan bahwa komunitas aktinobakteri pada jaringan tanaman lebih beragam dibandingkan dengan tanah rizosfer meskipun tidak berbeda secara signifikan berdasarkan analisis Shannon-Wiener (2.176-2.57). Analisis BLAST.N menunjukkan 7 pita berkerabat dengan famili Streptomycetaceae (83-100%), 5 pita adalah famili Micromonosporaceae (99-100%), 1 pita adalah famili Gordoniaceae (99%), dan 3 pita lainnya masih dinyatakan sebagai unculturable (87-99%). Dari famili tersebut diperoleh 6 genus, yaitu genus Streptomyces, Micromonospora, Verrucosispora, Actinoplanes, Couchioplanes, dan Gordonia. Persentase kemiripan terhadap strain pembanding dalam database menunjukkan bahwa sebanyak 6, 5, 1, dan 4 spesies masing-masing sebesar 100, 99, 98, dan < 97%. Kemiripan < 97%, menarik untuk diungkap sebagai spesies aktinobakteri endofit baru dari C. asiatica. Amplifikasi PCR gen inhibitor α-glukosidase menunjukkan hasil positif pada sampel tanah rizosfer, akar dan daun C. asiatica. Hasil penelitian menunjukkan bahwa beragam aktinobakteri endofit dapat ditemukan berasosiasi dengan C. asiatica dan dapat dipelajari lebih lanjut terkait fungsinya dalam bidang kesehatan.
Keyword: 16S rRNA, aktinobakteri endofit, Centella asiatica, inhibitor α-glukosidase, metagenomik, PCR-DGGE.

Judul: Pengaruh panjang deret waktu data terhadap perhitungan debit banjir rencana
Abstrak: Dalam perencanaan bangunan air, harus ditunjang oleh data yang lengkap. Pada kenyataannya data yang lengkap dewasa ini sulit diperoleh. Selain itu pengambilan data ini memerlukan waktu, ketepatan, ketelitian serta biaya yang cukup besar. Tujuan dari penelitian ini adalah mempelajari pengaruh panjang data terhadap perhitungan banjir rencana, menentukan besarnya banjir maksimum yang akan terjadi untuk periode waktu yang berbeda, serta menentukan distribusi banjir teoritis yang paling sesuai pada daerah yang diteliti. Menurut Chow (1964), di dalam analisa hidrologi digunakan asumsi bahwa kejadian-kejadian selama pengamatan cukup mewakili dan hasil pengamatan tersebut dapat dipercaya. Kepercayaan semakin meningkat dengan bertambah lamanya pencatatan data. Dalam kenyataannya, lama pencatatan data yang dilakukan tergantung dari periode ulang yang akan digunakan dalam mendesain suatu bangunan. Menduga suatu kejadian dengan periode ulang yang lebih besar daripada periode pencatatan menyebabkan hasil pendugaan tidak dapat dipercaya....
Keyword: