Judul: Deteksi dan Identi:fikasi Gen Kitinase pada Trichoderma harzianum DT038
Abstrak: T harzianum telah dikenal sebagai agen biokontrol potensial yang mengeluarkan sejumlah enzim kitiiiolitik, seperti kitinase. Enzim kitinase berperan penting dalam pengendalian cendawan patogen tanaman. Tujuan dari studi ini adalah untuk mendeteksi dan mengidentifikasi gen kitinase pada T. harzianum DT038. Deteksi gen kitinase pada T. harzianum DT038 dilakukan dengan PCR menggunakan primer spesifik ChilF 5'GCAATTCACCATGTTGAGC3' dan ChilR 5'GCGCCTGAAATTAGGCAG3'. Primer tersebut dirancang berdasarkan sekuen gen endokitinase Chil pada T harzianum. Analisis PCR menghasilkan pita amplifikasi yang berukuran sekitar 1,4 kb. Kloning produk PCR pada sel inang Escherichia coli dilakukan dengan menggunakan vektor pGEM-T Easy. Skrining berdasarkan metode biru putih menghasilkan 30 koloni putatif rekombinan. Diantara koloni-koloni tersebut hanya 5 koloni yang memberikan basil positif pada analisis PCR menggunakan primer ChilF dan ChilR. Sekuensing produk dan klon PCR dilakukan secara bertahap menggunakan 7 buah primer, 2 primer universal (T7 dan SP6) serta 5 primer spesifik (ChilF, ChiFa, ChiFe, ChiR.f, ChilR). Primer tersebut dirancang berdasarkan sekuen gen endokitinase Chil dan sekuen T. harzianum DT03. Sek.'l.lensing terhadap sekuen T. harzianum DT038 menghasilkan susunan nukleotida yang terdiri atas 1485 pb. Analisis kemiripan dengan menggunakan program BLAST menunjukkan bahwa sekuen T. harzianum DT038 memiliki nilai kemiripan yang tinggi dengan gen endokitinase dari Trichoderma spp lain di GenBank. Nilai kemiripan tertinggi diperoleh pada penjajaran antara sekuen T. harzianum DT038 dengan gen endokitinase Chi-Harl dari T. harzianum (skor bits 2813; E value 0,0; 99%), gen endokitinase Chi-Virl dari T. viridae (skor bits 2789; E value 0,0; 99%), gen endokitinase Chil dari T. harzianum (skor bits 1955; E value 0,0; 98%) dan gen endokitinase Chit42 dari T. harzianum (skor bits 1891; E-Value 0,0; 98%). Multiple alignment diantara sekuen-sekuen tersebut menunjukkan adanya 3 intron. Pada sekuen T. harzianum DT038 letak intron berada pada posisi nukletida no. 158 - 212, 311 - 379, dan 426 - 484. Posisi kodon awal dan kodon akhir berada pada nukleotida no. 12 dan 1464. Sekuen ini menyandikan pembentukan 424 asam amino.
Keyword: Kitinase, Trichoderma harzianum DT03 8, PCR, kemiripan, sekuensing

Judul: Overekspresi Gen Kitinase pada Trichoderma harzianum Lokal
Abstrak: Kemampuan Trichoderma harzianum untuk menghambat pertumbuhan cendawan lain memungkinkannya efektif sebagai agen biokontrol cendawan patogen pada tanaman. Ganoderma sp., yang menyebabkan busuk pangkal batang pada tanaman kelapa sawit merupakan salah satu patogen target penting yang perlu dikendalikan. Ekspresi gen kitinase pada Trichoderma diketahui memegang peranan penting selama periode kontak awal pada proses mikoparasitik. Gen penyandi kitinase pada T. harzianum juga diketahui sebagai gen dengan kopi tunggal. Tujuan penelitian ini adalah melakukan transformasi gen kitinase yang diklon dari T. harzianum isolat lokal DT41 ke T. harzianum DT38 dan ekspresi gen kitinase pada transformannya. Konstruk gen kitinase disisipkan ke dalam Agrobacterium tumefaciens dengan membuat vektor biner pPK2trpChi yang membawa gen higromisin B phosphotransferase dari bakteri sebagai marker seleksi dan dikendalikan oleh promoter Aspergillus nidulans trpC. Vektor ini kemudian ditransformasikan ke dalam T. harzianum DT38 menghasilkan beberapa transforman. Uji dengan PCR mengkonfirmasi keberadaan kaset gen di dalam genom transforman, tetapi uji Southern blotting tidak berhasil mengkonfirmasi. Semua transforman yang diuji stabil secara mitotis, menunjukkan ketahanan terhadap hygromycin B setelah beberapa generasi. Namun demikian, hanya satu transforman yang memperlihatkan peningkatan aktifitas kitinasenya (9.6 uM pNP/mg protein/jam jika dibandingkan dengan 3.2 uM pNP/mg protein/jam pada tipe liarnya).
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: