Judul: Evaluasi dan Optimalisasi Program PCR dalam Determinasi Kelamin Ikan Barbir Emas Puntius conchonius secara Molekular
Abstrak: Pembedaan antara ikan jantan/ betina hasil sex reversal dengan ikan jantan/ betina normal, yang biasanya dilakukan melalui metode pengujian progeny, diperlukan dalam upaya produksi populasi monoseks. Akan tetapi, pengujian progeny memiliki kendala yaitu membutuhkan banyak waktu, biaya, fasilitas, pekerjaan, dan pendataan pada pelaksanaannya. Penanda molekular kelamin juga dapat digunakan untuk keperluan tersebut, serta dapat mengatasi kendala metode pengujian progeny. Kirankumar et al. (2003) telah berhasil menerapkan metode analisa DNA menggunakan PCR dalam menentukan jenis kelamin secara molekular pada ikan barbir emas Puntius conchonius. Tujuan dilakukannya penelitian adalah untuk mengaplikasikan metode PCR dalam identifikasi kelamin ikan barbir emas yang terdapat di Indonesia. Penelitian pendahuluan yang dilakukan menunjukkan bahwa penerapan metode tersebut terhadap ikan barbir emas uji menghasilkan pola pita DNA yang berbeda dengan hasil yang diperoleh Kirankumar et al. (2003), serta belum dapat menunjukan perbedaan yang jelas antara kelamin jantan dengan betina. Optimalisasi terhadap prosedur PCR yang diterapkan diharapkan dapat memperjelas perbedaan pola pita DNA antara ikan barbir emas jantan dan betina. Optimalisasi tersebut dilakukan melalui pengaturan suhu annealing dan durasi waktu ekstensi.
Keyword: 

Judul: Identification of Sex Linked Molecular Markers in Giant Freshwater Prawn Macrobrachium rosenbergii.
Abstrak: Udang galah jantan lebih cepat tumbuh dibandingkan dengan betinanya, karenanya budidaya udang galah monoseks jantan menjadi salah satu solusi untuk meningkatkan produksi budidaya. Budidaya monoseks jantan dapat menghasilkan produksi yang lebih baik sekitar 63,13 % dibandingkan dengan populasi campuran. Hal tersebut terjadi karena energi yang digunakan hanya difokuskan untuk pertumbuhan somatik. Populasi monoseks jantan udang galah dapat dihasilkan dengan mengawinkan neofemales (sex-reversed males) dengan jantan normal. Uji progeni biasa dilakukan dalam proses produksi monoseks jantan, akan tetapi identifikasi kelamin dilakukan setelah udang dapat dibedakan secara visual dan udang matang gonad, sehingga membutuhkan waktu yang lama. Identifikasi dan verifikasi kelamin dapat dilakukan lebih dini dengan metode PCR dengan marka DNA terkait kelamin. Sistem kromosom pada udang galah berbeda dengan ikan, di mana individu betina bersifat heterogametik (WZ) dan jantan homogametik (ZZ). Namun dalam perkembangannya terdapat kendala dalam menentukan individu neofemale yang memiliki kromosom ZZ. Berdasarkan pendekatan sistem kromosom tersebut, maka dapat dijadikan acuan untuk membuat marka molekuler terkait kelamin udang galah. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi marka molekuler terkait jenis kelamin pada udang galah. Penelitian ini diharapkan juga dapat digunakan dalam mengidentifikasi kelamin udang galah secara dini serta dapat diterapkan pada tahap seleksi individu hasil sex reversal sehingga dapat meminimalkan waktu seleksi. Hewan uji yang digunakan adalah populasi udang galah jantan dan betina yang berasal dari tangkapan alam Aceh dan Solo, serta udang galah jantan dan betina SIRATU hasil (seleksi individu di Instalasi Balai Besar Perikanan Air Tawar Pelabuhan Ratu). Sebanyak masing-masing 30 ekor udang galah baik jantan maupun betina dari 3 kelompok dikumpulkan untuk dilakukan koleksi genom DNA. Ekstraksi DNA dilakukan dengan menggunakan kaki renang sebagai sampel. Pembuatan preparat kromosom berasal dari individu jantan dan betina udang galah asal Aceh. Dalam proses amplifikasi PCR untuk genom DNA udang galah digunakan primer spesifik betina yaitu primer MrMK Forward 5′-GATGAGTCCTGAGTAACAA-3′ (19 pb). Sedangkan Reverse yang digunakan adalah 5′-GCACTTAACCATGCGTCAG-3′ (19 pb). Sebagai kontrol internal loading DNA digunakan primer β-aktin Forward 5’-GTGCGTGACATCAAGGAA-3’ dan Reverse 5’- TAAGTGGTCTCGTGAATGC-3’. Berdasarkan hasil amplifikasi PCR dengan Primer MrMK belum dapat membedakan secara spesifik antara individu jantan dan betina oleh karena itu, produk PCR dari udang galah betina dan jantan dipurifikasi, dan kemudian disekuensing untuk mendapatkan bagian yang dapat dipilih sebagai target primer baru yang spesifik. Dari hasil penyejajaran sekuens udang galah jantan dan betina diperoleh daerah yang berbeda untuk dijadikan primer spesifik. Satu set kandidat primer spesifik MrMKn telah didesain sebgai berikut: Forward 5’-CAGTATTTCGGAWTGGTATTGCTCGGG-3’ Reverse 5’- CCGATAACTCTGCGAATGAGC-3’. Primer MrMKn bersifat spesifik pada betina dengan ukuran pita DNA sekitar 390 bp. Berdasarkan analisis PCR, kelompok udang galah betina dari Aceh, Sukabumi (SIRATU) dan Solo semuanya menghasilkan pita DNA. Pada kelompok udang galah jantan, diharapkan pita DNA tidak muncul pada semua individu, tetapi pita DNA ini muncul di kelompok udang galah jantan asal Aceh dan Sukabumi, masing-masing 5 dan 3 sampel atau 10 % dan 16 %. Ini berarti efektivitas MrMKn untuk membedakan jantan dan betina pada populasi udang asal Solo, SIRATU dan Aceh, masing-masing adalah 100 %, 90 % dan 84 %. Hal ini menunjukkan bahwa primer MrMKn belum dapat membedakan udang galah jantan dari semua populasi. Selain itu, dapat dikatakan bahwa
Keyword: giant freshwater prawn, karyotype, neofemale, sex markers.

Judul: Utilization of terra/MODIS L1B data for analysis of horizontal wind profile in the troposphere
Abstrak: This study was concerned with horizontal wind derived from data collected with the Moderate-resolution Imaging Spectroradiometer (MODIS) on board the NASA’s Earth Observation System (EOS)-Terra satellite. The aim of this study is to develop a method for the estimation of horizontal wind movement in the troposphere based on Navier-Stokes equation. The method was applied to a calibrated and geolocated Terra/MODIS L1B 1 km data set. The data inputs to estimate surface temperature are retrieved from TIR (Thermal Infrared) bands 31 (10.780 μm to 11.280 μm) and 32 (11.770 μm to 12.270 μm). The obtained surface temperatures were later used to approximate geopotential height on a constant-pressure surface by using the modified Poisson equation. The main assumptions used are the hydrostatic equilibrium, ideal gas law, constant lapse rate and constant acceleration of gravity. Based on the distribution of geopotential height, the pressure gradient force is measured by the gradient of geopotential on an isobaric coordinate to present the horizontal wind profile. For certain topographic areas especially in the mountain ranges, there was a disadvantage of using pressure as a vertical coordinate which lead to inaccuracy. In spite of that, Terra/MODIS L1B data with 1 km spatial resolution can be used to estimate the horizontal wind movement in the troposphere.
Keyword: