Judul: Karakterisasi Enzim dan Ekspresi Heterolog Endo-β-1,4-xilanase dari Streptomyces sp. 45I-3 pada Escherichia coli
Abstrak: Endo-ß-1,4-xilanase (xilanase) merupakan enzim utama yang terlibat dalam hidrolisis xilan dengan cara mendepolimerisasi xilan melalui hidrolisis acak ikatan tulang punggung ß-1,4 menjadi xilooligosakarida dan xilosa. Berbagai mikrob dilaporkan mampu menghasilkan enzim xilanase. Eksplorasi enzim xilanase yang berasal dari bakteri semakin meningkat seiring dengan tingginya permintaan enzim ini dalam dunia industri. Bakteri dari genus Bacillus, cendawan dari genus Trichoderma dan Aspergillus, dan aktinobakteria dari genus Streptomyces diketahui merupakan mikrob potensial penghasil enzim xilanase. Analisis gen 16 sRNA isolat 45I-3 xilanolitik yang diisolasi dari sampel tanah rawa gambut di Kalimantan menunjukkan kedekatan terhadap Streptomyces costaricanus strain NBRC 100773 dengan kesamaan sebesar 99%. Isolat 45I-3 menunjukkan karakteristik morfologi koloni berbentuk hifa bulat, dengan tepian yang tidak rata dan permukaan yang bertepung, miselia substrat berwarna kuning sedangkan miselia aerial berwarna putih kekuningan dengan pigmentasi yang kuning terang pada media xilan beechwood, sedangkan pada media YMA, YSA, NA, PDA dan ISP4 miselia aerial berwarna coklat dan miselia substrat berwarna putih kekuningan sampai abu kecoklatan. Gambar mikroskopis dan foto Scanning Electron Microscope (SEM) menunjukkan karakter hifa fleoxous dengan morfologi spora tipe smooth. Optimasi produksi enzim xilanase ekstrak kasar dengan penambahan variasi jenis substrat, sumber karbon, nitrogen, dan fosfat menunjukkan bahwa penggunaan substrat xilan tongkol jagung mampu menghasilkan indeks enzimatik tertinggi (3.60) dibandingkan dengan substrat xilan beechwood (2.87), birchwood (2.8), oat spelt (2.77), dan xilan tembakau (2.08). Penambahan konsentrasi xilan beechwood 0-1.0% menunjukkan peningkatan aktivitas enzim xilanase seiring dengan penambahan konsentrasi xilan yang ditambahkan pada media produksi. Waktu produksi enzim xilanase terbaik diperoleh pada hari ke 8 dengan aktivitas sebesar 2.29 U/mL. Penggunaan variasi sumber fosfat menunjukkan bahwa, penggunaan natrium dihidrogen fosfat (NaH2PO4) merupakan sumber fosfat terbaik dengan aktivitas tertinggi (2.37 U/mL). Penggunaan variasi sumber nitrogen berbeda menunjukkan bahwa ammonium sulfat ((NH4)2S2O4) dan ekstrak khamir menghasilkan aktivitas yang lebih besar (2.36 U/mL) dibandingkan sumber nitrogen pepton (2.06 U/mL), ekstrak malt (1.87 U/mL), tripton (1.67 U/mL), dan ammonium persulfat (NH4)2S2O8 (0.2 U/mL). Penambahan surfaktan berpengaruh terhadap aktivitas xilanase yang dihasilkan. Penambahan SDS (0.146 U/mL) dan Tween 80 (0.428 U/mL) menunjukkan respon negatif berupa penurunan aktivitas enzim xilanase, sedangkan pada surfaktan Dimetilsulfoksida (DMSO) tidak menunjukkan penurunan aktivitas xilanase (2.457 U/mL) dibandingkan dengan perlakuan kontrol. Gen penyandi enzim xilanase dari Streptomyces sp. 45I-3 berhasil diamplifikasi menggunakan sepasang primer yang didesain berdasarkan hasil penelitian sebelumnya. Amplifikasi menggunakan mesin polymerase chains reaction (PCR) mendapatkan amplikon dengan panjang berkisar 1029 pb. Analisis ORF menujukkan bahwa ORF ini termasuk pada glikosil hidrolase famili 11 (GH11). Panjang gen xilanase 1029 pb menyandikan 342 asam amino termasuk 43 asam amino putative sinyal peptida. CDS xilanase (XynSc11) berhasil disubkloning pada plasmid pGEM-T Easy, dikloning pada plasmid pET15b(+), dan diekspresikan pada Escherichia coli BL21 (DE3). Ekspresi XynSc11 pada E.coli ditunjukkan dengan pita protein berukuran ~33.8 kDa. Induksi E. coli rekombinan menggunakan isopropil β-D-1- thiogalakto-piranosida (IPTG) pada berbagai kondisi suhu dan waktu inkubasi menunjukkan pengaruh pada peningkatan konsentrasi protein rekombinan. Konfirmasi pita protein dilakukan menggunakan analisis zimogram. Hasil zimogram menunjukkan bahwa pita protein rekombinan memiliki aktivitas dalam mendegradasi substrat xilan beechwood, ditandai dengan adanya zona bening disekeliling pita protein rekombinan. Sekuen asam amino penyusun enzim endo-β-1,4-xilanase putatif dari Streptomyces sp. 45I-3
Keyword: Ekspresi Gen, endo-β-1,4-xilanase, karakterisasi enzim, Streptomyces sp. 45I-3

Judul: Amobilisasi xilanase ekstraseluler dari Streptomyces sp. 45I-3
Abstrak: Xilanase mengkatalisis hidrolisis ikatan β-1,4 glikosidik pada xilan menjadi oligomer dan xilosa. Pemecahan sempurna xilan memerlukan aktivitas sinergis dari endo-1,4-β-D-xilanase, 1,4-β-D-xilosidase, Ekso-1,4-β-D-xilosidase, α-D-glukuronidase, α-L-arabinofuranosidase, asetil xilan esterase, ferulil serta kumaroil esterase. Enzim xilanolitik memiliki potensi yang besar untuk diaplikasikan pada berbagai proses industri. Amobilisasi enzim memiliki kelebihan dibandingkan dengan enzim bebas yaitu dapat meningkatkan stabilitas enzim, mengurangi biaya pemakaian enzim, memudahkan pemisahan enzim dari produk dan larutan reaksi sehingga dapat menghentikan reaksi dengan cepat (atau vice versa), mengurangi masalah effluen, dapat digunakan berulang, dapat digunakan dalam proses sinambung, serta dapat digunakan dalam pengembangan sistem reaksi multienzim. Tujuan penelitian ini adalah untuk amobilisasi dan karakterisasi xilanase amobil yang dihasilkan oleh Streptomyces sp. 45I-3 asal Kalimantan. Amobilisasi xilanase dilakukan dengan menggunakan matriks larutan EudragitTM S100 1 % (b/v) dengan rasio volume antara xilanase dan EudragitTM S100 1 % (b/v) adalah 5:1. Karakterisasi xilanase amobil dilakukan dengan menentukan pH optimum pada kisaran 3.0–7.0 dan suhu optimum pada kisaran 30–70 oC, mengukur stabilitas termal pada suhu 30–70 oC selama 1 jam, mengukur stabilitas pada xilan birchwood dan xilan tongkol jagung selama 7 jam, mengukur stabilitas pada suhu 40 oC dan pH 5.0, hidrolisis xilan birchwood dan xilan tongkol jagung, serta penggunaan berulang xilanase amobil. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa xilanase amobil mengalami penurunan aktivitas menjadi 23.97%, memiliki pH dan suhu optimum pada 6.0 dan 40 oC, memiliki stabilitas pada suhu 30–40 oC, pH 6.0 selama 1 jam, stabil pada xilan birchwood dan xilan tongkol jagung selama 6 jam pada pH 6.0 dan suhu 40 oC, serta lebih stabil pada xilan birchwood dibandingkan xilan tongkol jagung. Xilanase amobil stabil selama 5 jam pada suhu 40 oC dan pH 5.0. Spesifitas xilanase amobil terhadap xilan birchwood menghasilkan DP antara 37 – 7, dan pada xilan tongkol jagung antara 122 – 26. Xilanase amobil dapat digunakan berulang, namun terjadi penurunan aktivitas menjadi 52.38% setelah 3 kali penggunaan. Xilanase amobil memiliki potensi untuk diaplikasikan pada pembuatan beragam xilooligosakarida.
Keyword: 

Judul: Implementation of Spatio-Temporal Change Query in Relational Database.
Abstrak: Geographic object changes in various views. Object changes are recorded using a model of static storage. No historical connection between old version data and new version data has been built. For that, a storage model of spatio-temporal queries that can analyze spatio-temporal changes has been developed. The object changes the geometry are grouped according to the taxonomy of Spatio-Temporal Pattern Change. This research has been able to apply the query patterns change including born, expand, merge, contract, split, normal and die. This query based on geometric (area) changes. The implementation of spatio-temporal change queries represents an object changes continuously with easy, change detection is done by comparing two versions of data. Keyword: spatio-temporal change query, spatio-temporal change pattern.
Keyword: