Judul: Keragaman Bakteri Penginfeksi Saluran Kemih Pada Anak Berdasarkan Gen 16S rRNA.
Abstrak: Infeksi Saluran Kemih (ISK) adalah infeksi yang terjadi akibat invasi mikroorganisme pada saluran kemih bagian bawah maupun atas. Infeksi ini sering menyerang anak laki-laki maupun perempuan. Bakteri penyebab ISK diketahui merupakan kelompok mikrobiota yang sewaktu-waktu dapat bersifat patogen dan mampu menghasilkan senyawa toksik. Selama ini komunitas bakteri yang dikaji terbatas pada bakteri yang dapat dikulturkan (culturable), sedangkan bakteri penginfeksi saluran kemih yang tidak dapat dikulturkan (unculturable) dari sampel urin belum diketahui. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman bakteri penginfeksi saluran kemih baik yang culturable maupun unculturable dari sampel urin anak yang didiagnosa menderita infeksi saluran kemih (ISK). Bakteri culturable diisolasi dan dipurifikasi menggunakan media Eosin Methylen Blue Agar (EMBA). Dalam penelitian ini, sebanyak 13 sampel urin anak-anak berusia 6-17 tahun dianalisis. Isolat yang diperoleh diidentifikasi secara morfologi, fisiologi dan patogenitasnya. Selain itu, identifikasi secara molekuler juga dilakukan dengan mengekstrak DNA genom delapan isolat terpilih (SBU1, SBU2, SBU3, SBU4, SBU5, SBU6, SBU7 dan SBU8) menggunakan Presto Mini gDNA Bacteria Kit, dan diamplifikasi gen 16S rRNA. Bakteri unculturable dianalisis dengan mengekstrak total DNA genom langsung dari sampel urin. Gen 16S rRNA diamplifikasi dengan nested PCR menggunakan primer 16S rRNA+GC clamp menghasilkan produk 180 pb. Analisis komunitas bakteri unculturable dilakukan menggunakan Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE). Gen 16S rRNA bakteri culturable dan unculturable yang diperoleh, diurutkan basa nukleotidanya dan dianalisis kekerabatannya menggunakan software bioinformatika MEGA 7. Analisis sekuen gen 16S rRNA menunjukkan bahwa tujuh isolat terpilih berkerabat dekat dengan kelompok Enterobacteriaceae dan satu isolat berkerabat dekat dengan kelompok Moraxellaceae. Hasil analisis DGGE pada 10 sampel urin menghasilkan pita DGGE yang cukup beragam. Berdasarkan analisis pengelompokan (clustering analysis) menggunakan gen 16S rRNA secara umum terdapat 2 cluster yaitu SU1, SU5, SU8, SU9, SU10 dan SU2, SU3, SU4, SU6, SU7. Terpisahnya 2 cluster tersebut disebabkan adanya perbedaan keragaman bakteri penginfeksi saluran kemih yang disebabkan oleh karakteristik urin serta tingkat keparahan penyakit yang terjadi. Analisis indeks Shannon-Wienner (H’) digunakan untuk mengestimasi keragaman mikrob pada setiap sampel. Indeks keragaman (H’) berdasarkan gen 16S rRNA pada 10 sampel berkisar 0.692-2.066. Indeks kemerataan (e’) dari gen 16S rRNA berkisar antara 0.6235-0.9995. Profil DGGE gen 16S rRNA menunjukkan keragaman komunitas bakteri unculturable yang diwakili oleh 9 sembilan pita DGGE. Hasil separasi pita gen 16S rRNA dipotong dan di re-PCR menggunakan primer non GC clamp untuk sekuensing. Analisis filogenetik berdasarkan BLAST-N menunjukkan mayoritas bakteri penginfeksi saluran kemih yang didapatkan berkerabat dekat dengan uncultured bacterium. Namun terdapat tiga pita yang terdeteksi sebagai aggota filum Proteobacteria dan satu pita sebagai Firmicutes. Konstruksi pohon filogenetik antara bakteri culturable dan unculturable menunjukkan hasil yang sedikit berbeda. Komunitas bakteri culturable didominasi oleh kelompok Enterobacteriaceae yang masih termasuk anggota filum Proteobacteria, sedangkan komunitas bakteri unculturable didominasi oleh filum Proteobacteria serta Firmicutes. Komunitas bakteri unculturable tidak ditemukan pada konstruksi filogenetik bakteri culturable dipengaruhi oleh media isolasi dan kondisi inkubasi yang belum sesuai untuk bakteri tersebut tumbuh. Kombinasi metode kultivasi dan metagenomik memberikan cara yang tepat dalam menentukan keragaman bakteri pada anak-anak yang didiagnosis ISK. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa komunitas bakteri culturable dan unculturable pada anak-anak yang didiagnosa ISK, menunjukkan hasil yang relatif berbeda. Filum Firmicutes hanya
Keyword: Bakteri penginfeksi saluran kemih, DGGE, Gen 16S rRNA, Keragaman

Judul: Studi Perbandingan Struktur Komunitas Bakteri Endofit Pada Empat Kultivar Padi Asal Indonesia Berdasarkan Sekuen 16s Rrna
Abstrak: Mikrob endofit telah banyak dilaporkan memiliki pengaruh yang positif bagi tanaman inangnya, misalnya dengan mendukung pertumbuhan tanaman, memperkuat pertahanan melawan bakteri patogen, dan meningkatkan asupan nutrisi. Namun, studi tentang diversitas mikrob endofit khususnya pada kultivar padi asal Indonesia dengan agro-ekosistem yang berbeda masih terbatas disebabkan banyaknya penggunaan metode kultur biasa. Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) merupakan salah satu pendekatan metagenomik berdasarkan pada pemisahan fragmen-fragmen DNA dengan ukuran yang sama namun memiliki sekuen basa yang berbeda. Metode ini dapat mengungkapkan diversitas mikrob yang sulit untuk dikulturkan dalam media buatan. Berdasarkan latar belakang di atas, penelitian ini bertujuan untuk menganalisis dan membandingkan struktur komunitas bakteri endofit dan spesifik takson pada bakteri yaitu aktinomiset, menggunakan gen 16S rRNA pada empat kultivar padi asal Indonesia dengan metode PCR-DGGE. Bagian tanaman (akar, batang, dan daun) yang sehat diambil dari 4 kultivar padi asal Indonesia yaitu Ciherang, IR64, Inpara 2, dan Situ Patenggang, DNA total diekstraksi menggunakan Genomic DNA Mini Kit Plant. Amplifikasi PCR untuk komunitas bakteri dilakukan pada sampel akar, batang, dan daun tanaman padi yang menghasilkan panjang fragmen sekitar ±600 bp. Sementara itu, amplifikasi PCR untuk komunitas aktinomiset dilakukan pada sampel batang dan daun menggunakan strategi PCR 2 tahap yang menghasilkan fragmen dengan ukuran sekitar ±1087 bp (PCR pertama) dan ±195 bp (PCR kedua). Analisis diversitas untuk komunitas bakteri dan aktinomiset endofit dilakukan dengan metode DGGE pada gel poliakrilamid. Pita target dipotong dan kemudian diamplifikasi kembali dengan menggunakan primer tanpa GC clamp. Sekuensing pada produk PCR dari pita DGGE dilakukan sesuai dengan standar protocol menggunakan ABI PRISM sequencer. Analisis hubungan antar DNA yang disekuensing dilakukan berdasarkan pohon filogeni menggunakan metode neighbor-joining pada perangkat lunak MEGA 5.0. Analisis Shannon-Wiener dan profil DGGE menunjukkan diversitas bakteri endofit pada padi kultivar Ciherang dan IR64 lebih tinggi dibandingkan dengan Inpara 2 dan Situ Patenggang. Analisis dice similarity coefficient menunjukkan bahwa struktur komunitas pada masing-masing sampel relative cukup mirip, sedangkan analisis kluster menunjukkan tingginya kesamaan struktur antara Ciherang dan IR64 dan antara Inpara 2 dan Situ Patenggang. Distribusi anggota-anggota bakteri pada takson filogeni bervariasi antara kultivar padi dimana sekuen yang didapatkan dekat kekerabatannya dengan Gammaproteobacteria, Bacilli, Flavobacteria, β-Proteobacteria, dan α-Proteobacteria. Kelas Gammaproteobacteria memiliki beberapa afiliasi spesies seperti Cellvibrio japonicus strain UEDA 107, Pseudomonas putida strain ZJUTBX04, Escherichia fergusonii strain NBRC, Pseudomonas poae RE*1-1-14 strain RE*1-1-14, Cellvibrio mixtus strain J3-8, Cellvibrio mixtus strain ACM 2601, and Pseudomonas brassicacearum subsp. brassicacearum NFM421 strain NFM421 dengan identitas kesamaan berkisar antara 90-97%. Kelas β-Proteobacteria memiliki afiliasi spesies seperti Burkholderia cepacia strain 106 dengan identitas kesamaan 93%. Kelas α-Proteobacteria memiliki afiliasi spesies yaitu Brevundimonas olei strain DUCC3718 dengan identitas maksimum 92%. Kelas Bacilli memiliki afiliasi spesies seperti Sporosarcina koreensis strain F73 dan Brevibacillus brevis DZBY12 dengan identitas kesamaan masing-masing 97% dan 99%. Kelas Flavobacteria memiliki afiliasi spesies seperti Myroides odoratus dan Flavobacterium ceti strain 454 dengan identitas kesamaan 91-99%. Sementara itu, satu pita teridentifikasi sebagai archaea. Hasil analisis Shannon-wiener dan profil DGGE pada spesifik takson bakteri, aktinomiset, menunjukkan nilai diversitas dari komunitas ini tidak terlalu berbeda antar sampel yang dibandingkan. Analisis dice similarity coefficient dan analisis kluster menunjukkan adanya kesamaan struktur komunitas yang tinggi antara padi
Keyword: 16S rRNA, aktinomiset, bakteri, DGGE, komunitas endofit, tanaman padi

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: