Judul: Desain Primer dan Identifikasi SNP 5’UTR Gen Calpastatin pada Sapi Bali.
Abstrak: Tujuan penelitian ini adalah mendapatkan primer spesifik 5’UTR gen calpastatin (CAST) pada sapi bali dan mengidentifikasi keragaman (SNP) 5’UTR gen CAST pada sapi bali (Bos javanicus) menggunakan teknik partial sekuensing. Sebanyak 25 ekor sapi bali dianalisis berasal dari Balai Pembibitan Ternak Unggul dan Hijauan Pakan Ternak Denpasar (BPTU-HPT Denpasar). Primer dirancang menggunakan program Primer 3, Multiple Primer Analyzer dan Primer Stat. Data sekuensing dianalisis menggunakan program BLAST, FinchTV, dan MEGA7. Primer forward dan reverse dirancang berdasarkan GenBank: AH014526.2 adalah 5’-AGG GTG TGA GTT GCA AAC AG-3’ dan 5’-GAA GGC CAG GAA GGC TAA C-3’. Ada 2 mutasi transversi yang ditemukan yakni g.921C>T dan g.922T>G. Fragmen 5’UTR gen CAST (158 pb) tidak memiliki variasi pada daerah ini, sehingga nilai heterosigositas dan keseimbangan Hardy-Weinberg tidak dapat dihitung. SNP g.921C>T dan SNP g.922T>G dapat dijadikan sebagai kandidat marker assisted selection (MAS) untuk sifat kualitas daging pada sapi bali.
Keyword: 5’UTR, calpastatin, desain primer, sapi bali, SNP

Judul: Identifikasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Daerah 5'UTR Gen Kalpain (CAPN1) pada Sapi Bali
Abstrak: empukan daging yang memproduksi enzim kalpain sehingga berdampak pada kualitas daging. Tujuan dari penelitian ini adalah mengidentifikasi SNP 5’UTR gen CAPN1 pada sapi bali. Sampel DNA yang digunakan sebanyak 25 sampel sapi bali yang berasal dari BPTU-HPT sapi bali di Provinsi Bali. Analisis polymerase chain reaction (PCR) dan sequencing dilakukan untuk mendeteksi adanya SNP di daerah 5’UTR gen CAPN1. Data hasil sekuensing dianalisis menggunakan program Bio Edit, Finch TV dan MEGA7. Keragaman SNP dihitung mengunakan frekuensi alel dan genotipe, sedangkan keseimbangan Hardy-Weinberg dianalisis menggunakan uji χ2. Hasil menunjukkan bahwa ditemukan 1 SNP pada g.232 G>T di 5’UTR gen CAPN1 sapi bali. Berdasarkan hasil analisis frekuensi alel, ditemukan bahwa alel G memiliki frekuensi sebesar 0.6875 dan alel T sebesar 0.3125 dan dalam keadaan keseimbangan Hardy-Weinberg (P>0.05). Berdasarkan hasil yang diperoleh, SNP pada posisi g.232 G>T berpotensi dijadikan sebagai penanda genetik untuk kualitas daging. Perhitungan komposisi basa nukleotida menunjukkan basa G+C memiliki nilai lebih besar dibandingkan basa A+T.
Keyword: gen CAPN1, sapi bali, 5'UTR, SNP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: