Judul: Asosiasi Single Nucleotide Polymorphism dan Fenotipe pada Penyakit Diabetes Mellitus Tipe 2 Menggunakan Algoritme Genetika dan CatBoost
Abstrak: Karakteristik biologis yang unik pada precision medicine didapat dari beberapa data omics antara lain pharmacogenomics. Data pharmacogenomics dapat membantu proses diagnosis dan pengobatan pasien yang memiliki suatu penyakit yang kompleks dengan memilih obat dan dosis yang tepat. Salah satu contoh penyakit kompleks adalah Diabetes Mellitus Tipe 2 (T2DM). Berlimpahnya ketersediaan data seperti data single nucleotide polymorphism (SNP) yang dapat digunakan sebagai biomarker untuk melakukan suatu penelitian dengan data fenotipe. Penelitian ini melakukan asosiasi SNP dan fenotipe pada penyakit T2DM menggunakan algoritme genetika dan CatBoost. Terdapat dua hasil seleksi dari tiga percobaan yang dilakukan. Salah satu hasilnya adalah pada percobaan ketiga ada sebanyak 4 SNP dengan nilai MSE 0.06335. Dari hasil seleksi tersebut terdapat kandidat protein ABCC8, AFF3, CAP2, FAF1. AFF3 dan CAP2 tidak memiliki asosiasi dengan penyakit T2DM berdasarkan informasi MGI dan studi literatur. AFF3 berasosiasi dengan T1DM dan CAP2 memiliki asosiasi dengan penyakit lain yang beresiko menyebabkan penyakit T2DM seperti kelainan pada adiposit.
Keyword: catboost, diabetes mellitus tipe 2, fenotipe, precision medicine, single nucleotide polymorphism

Judul: Asosiasi Single Nucleotide Polymorphism dan Fenotipe Penyakit Diabetes Mellitus Tipe 2 Menggunakan Gradient Boosting
Abstrak: Precision medicine adalah suatu bidang medis yang bertujuan untuk memberikan perawatan penyakit sesuai dengan profil genetik, lingkungan, dan gaya hidup seseorang. Pengembangan precision medicine berfokus kepada penyakit umum dan kompleks seperti diabetes mellitus tipe 2 (T2DM). Informasi genetik pasien T2DM dapat diperoleh dengan mencari asosiasi antara Single Nucleotide Polymorphism (SNP) dan fenotipe penyakit T2DM. Penelitian ini bertujuan mencari SNP yang dianggap berasosiasi dengan fenotipe T2DM menggunakan algoritme gradient boosting (GB). Data diambil dari situs Mouse Phenome Database sesuai dengan 98 kandidat protein T2DM. Tahap praproses dilakukan dengan menghapus fitur dan missing values, melakukan pengkodean SNP dan menggabungkan data fenotipe dan SNP. Pembangunan model GB menggunakan base-learners decision tree dan loss function kuadrat terkecil. Model GB menghasilkan rataan nilai MSE sebesar 0.061 dan MAE sebesar 0.171 serta menghasilkan 30 SNP yang berpotensial memiliki asosiasi dengan fenotipe toleransi insulin pada T2DM. Dua puluh dua dari 30 SNP terpilih terverifikasi memiliki asosiasi dengan fenotipe T2DM pada situs Mouse Genome Informatics melalui hubungan SNP-protein-fenotipe.
Keyword: diabetes mellitus tipe 2, gradient boosting, precision medicine, single nucleotide polymorphism

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: