Judul: Expression of Synthetic Gene Encoding for Nucleocapsid in Escherichia coli
Abstrak: SARS-CoV-2 adalah virus yang menyebabkan pneumonia akut pada manusia yang dikenal sebagai penyakit COVID-19. Salah satu upaya dalam penanganan COVID-19 adalah dengan menyediakan bahan uji diagnostik berupa uji serologis. Pemeriksaan ini penting untuk mengidentifikasi yang dapat digunakan untuk uji serologis adalah protein N sebagai protein struktural virus SARS-CoV-2. Salah satu komponen utama yang dapat digunakan untuk uji serologis tersebut diantaranya antigen asal protein N sebagai protein struktural virus SARS-CoV-2. Penelitian ini bertujuan untuk membuat protein rekombinan N SARS-CoV- 2 menggunakan sistem ekspresi Escherichia coli. Sebanyak 1089 nukleotida yang mengkode 362 asam amino N SARS-CoV-2 dioptimasi kodonnya, disintesis, dan diklon ke vektor pET-14b. Plasmid tersebut kemudian diekspresikan dalam E.coli BL21DE3 dan diinduksi dengan 1.0 mM Isopropyl-d-1-thiogalactopyranoside (IPTG). Sel diperoleh dilisis menggunakan bufer denaturasi yang mengandung 7 M urea karena terindikasi adanya pembentukan badan inklusi pada protein target. Protein rekombinan yang diperoleh selanjutnya didialisis untuk menghilangkan pengotor dan dipekatkan menggunakan PEG-6000 yang menghasilkan rendelmen 0.992 mg/mL. Analisis protein rekombinan N SARS-CoV-2 dilakukan menggunakan teknik SDS-PAGE yang menghasilkan protein target berupa protein spesifik 37 kDA. Aplikasi protein rekombinan N SARS-CoV-2 pada teknik ELISA terhadap sampel serum darah manusia menunjukan terjadinya reaksinya antigen-antibodi dengan hasil rata-rata densitas optik yaitu ada 0.603 pada orang yang divaksinasi dan 0.135 pada orang yang tidak divaksinasi. Penelitian ini mengungkapkan bahwa produksi protein rekombinan N SARS-COV-2 dapat dilakukan dalam sistem ekspresi E.coli dalam kondisi terdenaturasi, sehingga metode tersebut lebih efektif dalam memproduksi protein sebagai bahan dasar dalam pengujian imunodiagnostik.
Keyword: Codon-optimized, Escherichia coli BL21DE3, Recombinant protein, Synthetic gene SARS-CoV-2 Nucleocapsid

Judul: Development and Optimization of Immunoassay for Detection of Antibodies to SARS-CoV-2 with In-House Recombinant Receptor Binding Domain (RBD) and Nucleocapsid (N) Protein
Abstrak: Pandemi COVID-19 yang disebabkan oleh SARS-CoV-2 telah menjadi ancaman serius bagi masyarakat global, terutama di Indonesia. Upaya pencegahan penyebaran penyakit ini juga telah dilakukan, antara lain dengan pelaksanaan program vaksinasi. Efektivitas pembentukan antibodi pasca vaksinasi ini dapat dideteksi oleh teknik immunoassay seperti indirect Enzyme- linked Immunosorbent Assay (ELISA). Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan, mengoptimasi, dan mengevaluasi kit deteksi antibodi SARS-CoV-2 berbasis teknik indirect ELISA dengan kit komersial dalam mendeteksi antibodi yang terbentuk setelah vaksinasi. Protein antigen yang digunakan untuk coating plate merupakan protein rekombinan in-house RBD dan N dari SARS-CoV-2. Optimasi kit deteksi melingkupi konsentrasi antigen (5 and 10 ng/mL), konsentrasi blocking agent (2.5% dan 5%), dan pengenceran konjugat (1:1000 dan 1:5000). Kit ELISA komersial yang digunakan sebagai pembanding merupakan kit ELISA MyBioSource Cat No. MBS2614310 (RBD) dan MBS3809906 (N) juga kit ELISA Immunodiagnostics Cat No. 41A235 (RBD) dan 41A225 (N). Kondisi optimal dari kit ELISA in-house untuk kedua protein rekombinan RBD danN adalah konsentrasi antigen 10 ng/mL, kosentrasi blocking agent 5%, dan pengenceran konjugat 1:1000. Kedua kit ELISA in-house protein rekombinan dalam menunjukkan kemampuan yang setara dengan kit komersial Immunodiagnostics dalam mendeteksi antibodi terhadap SARS-CoV-2 sehingga dapat digunakan untuk evaluasi keberhasilan pasca vaksinasi., COVID-19 caused by SARS-CoV-2 poses a major threat to the global community, particularly in Indonesia. Countermeasures to prevent the spread of this disease have also been implemented, including the implementation of a vaccination program. An immunoassay technique that can be used to analyze antibodies that might develop following vaccination is the indirect enzyme-linked immunosorbentassay (ELISA). The goal of this study is to develop, optimize, and evaluate a SARS-CoV-2 antibodydetection kit based on the indirect ELISA technique to a commercial kit for detecting antibodies formed after vaccination. The antigen protein used for plate coating is an in-house recombinant protein RBD (Letko et. al. 2020) and N (Liu et. al. 2020) from SARS-CoV-2. The optimization comprised adjusted concentrations of spike recombinant protein (5 and 10 ng/mL), blocking agent (2.5% and 5%), andconjugate (1:1000 and 1:5000).The commercials ELISA kits used as a comparison were the MyBioSource ELISAkit Cat No. MBS2614310 (RBD) and MBS3809906 (N) and also Immunodiagnostics ELISA kits Cat No. 41A235 (RBD) and 41A225 (N). The best conditions for the in-house ELISA kit for RBD dan N recombinant proteinswere antigen concentration of 10 ng/mL, blocking agent concentration of 5%, and conjugate dilution of 1:1000. The two recombinant protein in-house ELISA kits detected antibodies to SARS-CoV-2 at levels comparable to the Immunodiagnostics commercial kit, indicating that they can be used to evaluate post-vaccination efficacy.
Keyword: SARS-CoV-2, ELISA, Protein, Receptor Binding Domain, Nukleokapsid, Immunoassay

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: