Judul: Identifikasi dan Perunutan DNA mtCOI Kutukebul Subfamili Aleurodicinae yang Dikoleksi dari Ancol, Cipanas, dan Pameungpeuk
Abstrak: Tiga spesies kutukebul Aleurodicus dispersus, Aleurodicus dugesii dan Paraleyrodes minei (Hemiptera: Aleyrodidae) termasuk subfamili Aleurodicinae yang ditemukan menyerang berbagai komoditas pertanian di Indonesia. Berdasarkan data genetika yang tersedia di situs GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/), data molekuler ke tiga spesies kutukebul tersebut belum ada, khususnya yang berasal dari wilayah Indonesia. Penelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi dan mengetahui runutan nukleotida fragmen DNA mtCOI A. dispersus, A. dugesii dan P. minei yang dikoleksi dari Ancol (Jakarta), Cipanas (Cianjur) dan Pameungpeuk (Garut). DNA didapatkan dari ekstraksi imago kutukebul A. dispersus, A. dugesii dan P. minei. Amplifikasi DNA dilakukan dengan menggunakan PCR. Perunutan fragmen DNA mtCOI dilakukan dengan mengirim sampel hasil PCR ke PT Genetica Science Indonesia. Primer PCR yang digunakan ialah forward primer 5’-TTGATTTTTTGGTCATCCAGAAGT-3’ dan reverse primer 5’-TCCAATGCACTAATCTGCCATATTA-3’. Runutan nukleotida fragmen DNA mtCOI dianalisis dengan program Bioedit V 7.1.7. dan CLC Sequence Viewer V 6.7.1, disejajarkan dengan runutan nukleotida fragmen DNA mtCOI spesies kutukebul lain menggunakan program BLAST di situs Genbank. Runutan nukleotida fragmen DNA mtCOI A. dispersus Ancol memiliki nilai homologi sebesar 99.7% dengan A. dispersus India (JQ995239.1) dan China (JX566506.1). Runutan nukleotida fragmen DNA mtCOI A. dugesii Cipanas memiliki nilai homologi 99.5% dengan A. dugesii USA (AY521251.1). Di situs GenBank belum terdapat informasi runutan DNA kutukebul P. minei. Perunutan fragmen DNA mtCOI dengan menggunakan primer yang sama didapatkan runutan fragmen DNA mtCOI yang berbeda, yaitu A. dispersus 891 pb, A. dugesii 885 pb, dan P. minei 876 pb. Komposisi basa nukleotida A dan T masing-masing sampel tinggi, yaitu A. dispersus 76.09%, A. dugesii 78.19%, dan P. minei 72.95%.
Keyword: Aleurodicus, Paraleyrodes, mtCOI, Jawa

Judul: Identifikasi Nematoda Puru Akar (Meloidogyne spp) dengan DNA Barcode
Abstrak: Identifikasi Nematoda Puru Akar (NPA) di Indonesia saat ini hanya didasarkan pada karakter morfologis. Identifikasi nematoda berdasarkan karakter morfologis membutuhkan akurasi tinggi dan perlu didukung oleh hasil identifikasi molekuler menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Oleh karena itu perlu dikembangkan metode identifikasi menggunakan karakter molekuler yang berasal dari gen sitokrom oksidase 1 (CO1). Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi NPA yang terkait dengan tanaman bit berdasarkan gen CO1 Meloidogyne. Sampel bit diperoleh dari lahan pertanian yang terletak di Kecamatan Cipanas, Kabupaten Cianjur. Pengambilan sampel dilakukan dengan metode purposive sampling. Identifikasi molekuler dengan PCR termasuk ekstraksi, amplifikasi, elektroforesis DNA, dan analisis sekuens nukleotida dan asam amino. Analisis sekuensing dilakukan dengan BLAST, ClustalW, DNA baser assembler dan Mega v.7.0. Amplifikasi DNA dilakukan dengan menggunakan primer spesifik CO1SIF (5-'GCCTGCATTTGGTTAG-3 ') dan CO1SIR (5’-TCAAACCAGTCCT-3’), CO1SAF (5’-GGGTACTGGATGAACA TTA-3’) dan CO1SAR (5’-ACTTCAGGATGACCAAA-3’). Amplifikasi DNA menghasilkan fragmen M. arenaria 360 bp dan fragmen M.incognita 326 bp. Homologi nukleotida dan asam amino M. arenaria Indonesia menunjukkan 100% dengan isolat AS, Jerman, Vietnam dan 73,4% dengan outgroup H.glycines (homologi nukleotida), 75,3% (homologi asam amino). Homologi nukleotida dan asam amino M. incognita Indonesia menunjukkan 100% dengan Jerman, Inggris, Afrika Selatan, dan, Vietnam. Homologi 99,8% dengan isolat AS. Homologi asam amino menunjukkan 99% dengan Jerman, Inggris, Afrika Selatan, Vietnam, dan AS, dengan outgroup H.glycines (homologi nukleotida 74%, asam amino 73,9%).
Keyword: Gen CO1, M. arenaria, M. arenaria, M. incognita, bit gula

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: