Judul: Variasi Nukleotida pada Gen Insulin-Like Growth Factor 1 (IGF-1) pada Sapi Karapan dan Pedaging.
Abstrak: Sapi madura merupakan sapi lokal indonesia yang berasal dari persilangan antara Bos indicus (zebu) dan Bos javanicus (banteng). Sapi madura dipelihara untuk berbagai tujuan seperti karapan (balapan sapi), sonok (lomba kecantikan), dan pedaging. Gen insulin-like growth factor 1 (IGF-1) esensial untuk pertumbuhan, perkembangan, dan metabolisme hewan. Hal ini menjadikan IGF-1 sebagai kandidat gen yang penting untuk sifat ekonomis dari peternakan sapi. Tujuan penelitian ini adalah untuk menentukan variasi nukelotida pada sapi karapan dan pedaging. Sebanyak masing-masing 10 sampel DNA sapi kerapan dan pedaging dilakukan amplifikasi dengan Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer AF553 dan AF554. Amplikon kemudian di-pool berdasarkan kategori jenis sapi untuk dilakukan sekuensing. Hasil amplifikasi diperoleh sebagian dari intron 3, ekson 4, dan intron 4 sepanjang 762 pb. Data hasil sekuensing dilakukan pensejajaran menggunakan aplikasi MEGA 7 dengan menggunakan Bos indicus (NC032654) sebagai referensi sekuen untuk mengamati adanya variasi nukleotida. Hasil pensejajaran sekuen menunjukkan tidak ada variasi nukleotida pada intron 3 dan ekson 4. Satu variasi nukleotida berupa mutasi transisi G491A ditemukan di intron 4.
Keyword: IGF-1, intron 4, sapi madura

Judul: Variasi nukleotida pada ekson dan intron 7 Gen Pengkode Subunit E1β Branched-chain α-keto Acid Dehydrogenase (BCKDHB) pada Sapi Madura
Abstrak: Sapi Madura merupakan salah satu bangsa sapi asli Indonesia hasil persilangan dari Bos indicus dan Bos javanicus. Sapi Madura dapat dikelompokkan menjadi 3 peruntukan, yaitu sapi karapan (balapan), sapi sonok (pajangan), dan sapi sayur (pedaging). Kompleks Branched-Chain α-Keto Acid Dehydrogenase (BCKDH) merupakan kompleks multi enzim yang memiliki peran penting dalam regulasi katabolisme asam amino bercabang (branched-chain amino acids, BCAA) yang mengkatalisis proses degenerasi asam α-keto bercabang (branched-chain α-ketoacids, BCKA). Mutasi yang terjadi pada daerah pengkode gen BCKDHB menyebabkan defisiensi pada fungsi enzim sehingga mengakibatkan akumulasi asam α-keto di dalam tubuh. Data mutasi pada daerah ekson dan intron dapat berpotensi sebagai dasar pemuliaan ternak berdasarkan analisis fungsional gen BCKDHB. Penelitian ini bertujuan menganalisis variasi nukleotida pada ruas ekson 7 dan intron 7 gen pengkode Branched-Chain α-Keto Acid Dehydrogenase Complex E1β (BCKDHB) pada sapi Madura. Sampel yang digunakan sebanyak 4 sampel darah utuh Sapi Karapan. Metode yang digunakan dalam penelitian ini yaitu Polymerase Chain Reaction (PCR), sekuensing, dan analisis runutan nukleotida dengan aplikasi MEGA 7.0. Variasi pada daerah ekson 7 gen BCKDHB hanya ditemukan satu varian berupa subtitusi dan tidak berpengaruh terhadap translasi asam amino. Variasi pada daerah intron 7 merupakan subtitusi dapat berupa transversi maupun transisi. Selain itu, ditemukan juga kejadian indel pada daerah intron 7 pada posisi basa ke-341.
Keyword: Daerah pengkode., daerah non-pengkode, mutasi, Sapi Karapan, variasi asam amino

Judul: Numerical modeling of the hydrodynamics of standing wave and scouring in front of impermeable breakwater with different steepnesses
Abstrak: The aim of this paper is to numerically study the effects of breakwater steepness on the hydrodynamics of standing wave and scouring process in front of impermeable breakwaters. A two-dimensional hydrodynamics model based on the Reynolds Averaged Navier–Stokes (RANS) equations and the Volume of Fluid (VOF) method was developed and then combined with an empirical sediment transport model. Comparisons with an analytical solution and experimental data showed the present model is very accurate in predicting the near bottom velocity and capable of simulating the scour/deposition patterns consistent with experimental data. It was found that the additional terms of bottom shear stress in the momentum equations are necessary to produce a physical scouring pattern. Different breakwater steepnesses produce different characteristics of standing wave, the steady streaming system, and scouring pattern in front of the breakwaters, which also affects the correlations between them. An additional analysis of the turbulence field parameters and the sediment transport rate was also performed. All these important information will be presented in details in this paper and can be worthwhile for designing the breakwater in coastal areas.
Keyword: The RANS–VOF model Standingwave Steadystreamingsystem Scouring pattern Breakwatersteepness