Judul: Long read sequence analysis and  biosynthesis gene clusters in Cinnamomum burmanni and Magnolia alba.
Abstrak: Indonesia merupakan negara tropis dengan keanekaragaman hayati yang tinggi. Keanekaragaman hayati ini merupakan peluang untuk meningkatkan kesejahteraan manusia, karena memiliki nilai ekologi dan ekonomi yang tinggi. Namun, tingkat eksploitasi yang tinggi telah mengancam potensi-potensi ini di masa depan kecuali jika informasi genetik tersedia untuk program pemuliaan dan bioprospeksi. Oleh karena itu, penelitian tentang sumber daya genetik di Indonesia menjadi sangat penting. Khususnya untuk C. burmanni dan M. alba, yang merupakan spesies yang bernilai ekonomis dan penting bagi sektor farmasi. Melihat potensi sekuensing generasi ke-3 (MinION Oxford Nanopore Technology) sebagai metode terbaru dalam analisis molekuler pada tingkat genom, maka kita perlu menggunakan teknologi tersebut untuk analisis genom yang lebih baik. Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis sekuen DNA pada tanaman dengan cara yang lebih kuat dan terjangkau. Rancangan genom C. burmanni dan M. alba dibuat dengan menggunakan kumpulan data sekuen panjang yang dihasilkan ONT. Teknologi MinION Oxford Nanopore berhasil membaca 195.717 dan 59.589 bp DNA C. burmanni dan M. alba. Pengurutan seluruh genom 160.128 bp (123 gen penyusun kloroplas) dan 152.765 bp (173 gen penyusun kloroplas) berhasil diperoleh dari M. alba dan C. burmanni. Struktur empat bagian dengan sepasang pengulangan terbalik ditemukan pada genom kloroplas C. burmanni dan M. alba. Pendeknya hasil assembly tidak dapat menghasilkan klusterisasi gen C. burmanni dan M. alba. Hasil annotation functional menghasilkan empat kelompok protein yang terlibat dalam enzim untuk biosintesis minyak atsiri antara lain Cytochrome C assembly protein, ATP synthase alpha/beta family, Carboxyl transferase domain, dan Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I.
Keyword: Biosynthesis, Cinnamomum burmanni, Draft genome, Long read, Magnolia alba, Sequencing

Judul: Analysis of Long-Read Sequences of Chloroplast Genome on Calliandra and Nyamplung with MinION Oxford Nanopore Technology
Abstrak: Kaliandra dan nyamplung merupakan jenis tanaman hutan yang memiliki manfaat penting pada penyediaan energi terbarukan tetapi informasi data genetik spesies tanaman bioenergi ini masih belum banyak tersedia. Penelitian ini bertujuan untuk merakit draft data sekuens genom kloroplas dan menganalisis hubungan kekerabatan kaliandra (C. calothyrsus Meisn. ) dan nyamplung (C. inophyllum L.). Penelitian terdiri dari beberapa tahapan, yaitu ekstraksi dan isolasi DNA dengan metode CTAB, uji kualitas dan kuantitas DNA, sekuensing DNA dengan MinION Oxford Nanopore Technology, dan analisis filogenetik menggunakan marka DNA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sekuensing DNA kaliandra dan nyamplung menghasilkan partial genome chloroplast sebesar 59.699 bp dan 114.708 bp. Analisis filogenetik kaliandra dengan marka rbcL menunjukkan bahwa kaliandra berada pada satu clade dengan spesies kaliandra lain dan akasia. Analisis filogenetik nyamplung dengan marka accD menunjukkan bahwa nyamplung asal Jawa memiliki kekerabatan yang dekat dengan nyamplung asal Tahiti Avera, Pasifik Selatan., Calliandra and nyamplung are forest tree species that have important benefits in providing renewable energy. However, genetic information of these bioenergy tree species is still not widely available. This study was aimed i) to assemble chloroplast genome sequences and ii) to analyze the relationship between calliandra (C. calothyrsus Meisn.) and nyamplung (C. inophyllum L.). The study consisted of several steps, namely DNA extraction and isolation using the CTAB method, DNA quality and quantity testing, DNA sequencing was done using MinION Oxford Nanopore Technology (ONT), and phylogenetic analysis based on selected DNA markers. The results showed that calliandra and nyamplung DNA sequencing resulted in partial genome chloroplasts of 59.699 bp and 114.708 bp in size, respectively. The phylogenetic analysis of calliandra with rbcL marker showed that calliandra is grouped in the same clade as other calliandra species and acacia. The phylogenetic analysis of nyamplung with accD marker showed that nyamplung from Java were closely related to nyamplung from Tahiti Avera, South Pacific.
Keyword: accD, chloroplast genome, long-read sequences, matK, rbcL

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: