Judul: Simulasi Docking Senyawa Kurkumin dan Analognya sebagai Inhibitor Enzim 12-Lipoksigenase
Abstrak: Kurkumin adalah metabolit sekunder yang dihasilkan dari tanaman kunyi (Curcuma longa) dan temulawak (Curcuma xanthorrhiza) dan temulawak yang dapat dimanfaatkan sebagai terapi inflamasi. Kurkumin dapat menghambat kerja enzim lipoksigenase yang merupakan enzim pendegradasi asam arakidonat yang bertanggung jawab pada efek inflamasi Interaksi kurkumin dengan enzim 12-lipoksigenase dapat dipelajari melalui simulasi docking. Simulasi docking digunakan dalam mendesain obat secara komputasi. Dalam penelitian ini kurkumin dan analognya diinteraksikan dengan enzim lipoksigenase untuk mendapatkan interaksi yang optimum dengan parameter yang diamati adalah energi bebas Gibbs (ΔG) serta ikatan kimia yang terbentuk. Dalam penelitian ini menggunakan metode simulasi docking dengan aplikasi AutoDockVina. Ligan yang digunakan adalah kurkumin enol, kurkumin keto, bisdemetoksikurkumin, demetoksikurkumin, analog 1, dan analog 2 sedangkan reseptornya adalah enzim 12-lipoksigenase. Aplikasi lain yang digunakan adalah PyMol, LigPlot, dan VMD untuk persiapan ligan dan reseptor sertaToxTree untuk prediksi toksisitas berdasarkan QSAR. Hasil yang diperoleh adalah analog 2 memiliki kestabilan yang paling baik dengan nilai ΔG sebesar -8,8 kkal/mol. Analog 2 diprediksi bersifat toksik dan berpotensi sebagai senyawa karsinogenik. Analog 1 merupakan alternatif senyawa sintetik yang potensial sebagai inhibitor enzim 12-lipksigenase berdasarkan nilai energi bebas Gibbs (ΔG) -8,6 kkal/mol, sifat solubilitas, geometri struktur, dan prediksi toksisitas. Gugus fungsi yang berperan dalam interaksi ligan-reseptor secara umum adalah gugus fungsi OH pada struktur aromatik, dan gugus fungsi CO pada struktur rantai tengah.Berdasarkan analisis interaksi kurkumin dan analognya dapat diketahui bahwa kunyit dan temulawak dapat digunakan sebagai terapi herbal untuk mengurangi efek inflamasi.
Keyword: Simulasi docking, Kurkumin, Analog, Enzim 12- Lipoksigenase

Judul: Studi Molecular Docking Ekstrak Kurkuminoid Asal Wonogiri Sebagai Inhibitor Enzim Dna Topoisomerase Ii.
Abstrak: Kurkuminoid adalah senyawa fitokimia yang terkandung dalam ekstrak kasar fraksi etanol dari temulawak. Penelitian ini menggunakan temulawak asal Wonogiri yang memiliki kadar kurkuminoid tertinggi dari empat sampel temulawak yang diambil dari daerah Balitro, Ciemas dan Sukabumi. Ekstrak kasar kurkuminoid asal Wonogiri diketahui memiliki efek anti-inflamasi dan anti-kanker. Inflamasi yang bersifat kronis berkaitan erat dengan pembentukan sel kanker. Senyawa kurkumin dilaporkan memiliki aktivitas anti-kanker. Modifikasi struktur kurkumin bertujuan untuk menghasilkan senyawa analog kurkumin yang memiliki aktifitas yang lebih spesifik terhadap target penyebab kanker. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari potensi ekstrak kurkuminoid asal wonogiri sebagai kandidat agen inhibitor enzim DNA topoisomerase II melalui metode penambatan molekular dengan mengamati nilai energi bebas Gibbs (ΔG) dan interaksi kimia yang terjadi seperti ikatan Pi, ikatan hidrogen, interaksi hidrofobik, interaksi elektrostatik dan gugus samping obat yang berinteraksi. Simulasi penambatan molekular dilakukan dengan aplikasi AutoDockVina. Ligan yang digunakan adalah kurkumin, bisdemetoksikurkumin, demetoksikurkumin dan ligan pembanding etoposida sedangkan reseptor yang digunakan adalah enzim DNA topoisomerase II berkode 3qx3. Aplikasi LigPlot 4.5.3, ADT 1.5.1 (Autodock Tools) dan VMD 1.9.2 (Virtual Molecular Dinamic) digunakan untuk persiapan ligan dan reseptor. Struktur 3D reseptor hasil kristalisasi cukup stabil, 98% (1327/1365) data asam amino yang berada pada daerah paling disukai (favorable), daerah yang diizinkan (allowed) sebesar 99.9% (1363/1365) dan daerah terlarang (disallowed region) kurang dari 1%. Berdasarkan hasil penambatan molekular dapat disimpulkan bahwa residu Asp479, Arg503, Gly478, Gln778, DA12 (Adenin), DG13 (Guanin), DT9 (Timin), DC8 (Sitosin) dan Met782 berperan penting dalam pembentukan ikatan Pi (π), ikatan hidrogen dan interaksi elektrostatik terhadap enzim DNA topoisomerase II. Ikatan Pi dibentuk oleh cincin benzena A dari senyawa kurkuminoid terhadap basa DNA (DA12, DG13, DT9, DC8) dengan mode interkalasi, ikatan hidrogen (gugus OH2 dan OH3 dari senyawa kurkuminoid), interaksi hidrofobik (Met782) dan interaksi elektrostatik (Asp479, Arg503, Gln778, Glu477). Ekstrak kurkuminoid yang terdiri dari kurkumin, demetoksi kurkumin dan bisdemetoksi kurkumin memiliki nilai energi bebas Gibbs (ΔGbinding) sebesar -10.1 kkal/mol, -9 kkal/mol, -8.9 sehingga berpotensi sebagai agen inhibitor enzim DNA topoisomerase II.
Keyword: Energi bebas Gibbs, enzim DNA topoisomerase II, kurkuminoid, penambatan molekuler, reseptor

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: