Judul: Characterization of CYP2E1 and HSD17β13 Gene as Candidate Marker for Improvement of Indonesian Lamb Quality
Abstrak: Gen CYP2E1 dan HSD17β13 merupakan salah satu kandidat gen yang diduga berperan dalam mengontrol kualitas daging domba. Penelitian ini bertujuan melakukan karakterisasi gen CYP2E1 dan HSD17β13 dengan tujuan untuk perbaikan kualitas daging tujuh jenis domba Indonesia, yaitu domba compass agrinak (DCA), domba barbados cross (DBC), domba komposit garut (DKG), domba garut (DG), domba ekor gemuk (DEG), domba ekor tipis (DET), dan domba jonggol (DJ). Karakterisasi gen dilakukan dengan tiga tahapan, yaitu melakukan identifikasi keragaman gen CYP2E1 (g 50.657.948 T>G) dan HSD17β13 (g 101.689.913 C>T) dengan menggunakan metode Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP), melakukan asosiasi gen CYP2E1 dan HSD17β13 dengan kualitas daging menggunakan uji T-test, serta menganalisis ekspresi gen CYP2E1 dan HSD17β13 dengan menggunakan Quantitative Real Time PCR (qRT-PCR). Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen CYP2E1 dan HSD17β13 bersifat polimorfik yang ditandai dengan adanya tiga macam genotipe pada gen CYP2E1 (GG, GT, dan TT) dan HSD17β13 (CC, CT, dan TT). Keragaman genotipe gen CYP2E1 dan HSD17β13 tidak berada dalam kesetimbangan Hardy-Weinberg. Hasil analisis menunjukkan bahwa gen CYP2E1 (g 50.657.948 T>G) secara nyata berasosiasi (P<0,05) dengan kualitas daging seperti pH, keempukan daging, komposisi asam lemak (asam lemak tak jenuh tunggal seperti asam elaidik (C18:1n9t) dan asam lemak tak jenuh ganda seperti asam linoleat (C18:2n6c)), serta kandungan flavor dan odor, yaitu 3-methylindole (skatole). Domba dengan genotipe GG memiliki nilai kualitas daging yang lebih baik dibandingkan genotipe GT dan TT untuk sifat fisik daging dan komposisi asam lemak. Gen HSD17β13 (g 101.689.913 C>T) berasosiasi (P<0,05) dengan komposisi asam lemak, seperti asam lemak jenuh (asam arakidat (C20:0), asam henekosanoat (C21:0)), asam lemak tak jenuh, yaitu asam lemak tak jenuh tunggal (MUFA) seperti asam lemak ginkgoleat (C17:1) dan asam lemak tak jenuh ganda (PUFA) yaitu asam eikosedienoat (C20:2). Daging domba dengan genotipe CT memiliki nilai asam lemak tak jenuh yang lebih tinggi dibandingkan genotipe lainnya. Analisis ekspresi gen CYP2E1 menunjukkan adanya perbedaan yang nyata (P<0,05) antar genotipe. Genotipe GG memiliki tingkat ekspresi tertinggi di antara genotipe lainnya. Di lain pihak gen HSD17β13 tidak menunjukkan level ekspresi yang berbeda (P>0,05) antar genotipenya. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa gen CYP2E1 dan HSD17β13 dapat dijadikan sebagai kandidat marker dalam program seleksi domba untuk memperbaiki kualitas daging., CYP2E1 and HSD17β13 genes are candidate genes that play important role in controlling the lamb quality. This study aims to characterize the CYP2E1 and HSD17β13 genes in order to improve the quality of lamb of seven Indonesian sheep, namely compass agrinak sheep (DCA), barbados cross sheep (DBC), garut composite sheep (DKG), garut sheep (DG), fat tailed sheep (DEG), thin-tailed sheep (DET), and jonggol sheep (DJ). Gene characterization was carried out in three stages, namely identifying the diversity of CYP2E1 (g 50.657.948 T>G) and HSD17β13 (g 101.689.913 C>T) genes using the Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) method, associated CYP2E1 and HSD17β13 genes with meat quality using the T-test, and analyzed the expression of CYP2E1 and HSD17β13 genes using Quantitative Real Time PCR (qRT-PCR). The results showed that the CYP2E1 and HSD17β13 genes were polymorphic which was indicated by the presence of three genotypes in the CYP2E1 (GG, GT, and TT) and HSD17β13 (CC,
Keyword: CYP2E1 gene, HSD17β13 gene, meat quality, PCR-RFLP, sheep

Judul: Investigation of the Genetic Polymorphism of the CYP2A6 and FABP4 gene on Nutritional Value, Meat Quality, and Carcass Characteristics in Sheep
Abstrak: Tingkat konsumsi daging domba di kalangan konsumen disebabkan beberapa faktor yang mempengaruhi, diantaranya nilai gizi yang terkandung dalam daging domba, kualitas daging domba, serta karakteristik karkas yang memperhatikan proporsi perdagingan domba. Diantara gen-gen potensial yang dapat digunakan sebagai penanda nilai gizi, kualitas daging, dan karakteristik karkas pada daging domba Indonesia, yaitu gen cytochrome P450, family 2, subfamily A, polypeptide 6 (CYP2A6) dan gen fatty acid binding protein 4 (FABP4). Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi polimorfisme gen CYP2A6 pada SNP g.49170107 G>T dan gen FABP4 pada SNP g.57536954 C>T, serta mengetahui hubungannya dengan nilai gizi, kualitas daging, dan karakteristik karkas pada domba Indonesia. Total sampel yang digunakan untuk keragaman sebanyak 243 ekor domba dengan sembilan jenis domba Indonesia, yaitu domba texel cross (DTC), domba Barbados cross (DBC), domba compass agrinak (DCA), domba ekor gemuk (DEG), domba ekor tipis (DET), domba garut (DG), domba komposit garut (DKG), domba lokal jambi (DLJ), dan domba jonggol (DJ). Investigasi gen dilakukan dengan identifikasi keragaman gen CYP2A6 dan FABP4 yang dianalisis menggunakan Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP), serta dilakukan asosiasi gen CYP2A6 dan gen FABP4 terhadap parameter yang diuji menggunakan General Linear Model (GLM). Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen CYP2A6 bersifat polimorfik yang ditandai dengan adanya dua macam genotipe GG dan TT, sedangan gen FABP4 bersifat monomorfik dengan genotipe TT. Keragaman ditemukan pada DEG, DET, DLJ, dan DJ. Keragaman genotipe gen CYP2A6 berada dalam keseimbangan Hardy-Weinberg. Hasil menunjukkan bahwa gen CYP2A6 secara nyata berasosiasi (P<0,05) dengan nilai gizi diantaranya kolesterol dan mineral Fe. Kualitas daging seperti pH, keempukan, susut masak, dan daya mengikat air tidak memiliki asosiasi dengan gen CYP2A6. Hasil asosiasi gen CYP2A6 secara nyata berasosiasi (P<0,05) dengan karakteristik karkas, yaitu bobot hidup, karkas hangat, persentase karkas, karkas dingin, serta potongan komersial. Berdasarkan hasil asosiasi tersebut menunjukkan bahwa gen CYP2A6 dapat dijadikan sebagai kandidat marker dalam program seleksi domba untuk memperbaiki kualitas daging domba.
Keyword: CYP2A6 gene, FABP4 gene, GLM, PCR-RFLP, sheep

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: