Judul: Pengembangan teknik deteksi E545A gen PIK3CA dengan teknik Tm shift SYBR green I qPCR
Abstrak: Mutasi onkogen E545A ditemukan dalam frekuensi yang tinggi pada pasien kanker payudara di Singapura (13,8%). Mutasi E545A meningkatkan aktivitas kinase dari PI3K, serta memacu proliferasi, diferensiasi, dan kelangsungan hidup sel. Berdasarkan kedekatan geografis, Indonesia berpotensi memiliki posisi mutasi yang sama dengan Singapura. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan teknik deteksi E545A gen PIK3CA dengan pendekatan Tm shift SYBR green I qPCR. Pengembangan teknik dilakukan menggunakan plasmid rekombinan ekson 9 dan E545A sebagai sampel, serta dua primer spesifik alel dan satu primer reverse. Untuk mendapatkan kondisi optimum dari teknik Tm shift, dilakukan optimasi kondisi PCR dan rasio konsentrasi primer. Hasil optimasi menunjukkan kondisi PCR dengan suhu aneling 66,2 ° tanpa fase ekstensi, serta rasio primer long yang lebih tinggi berhasil mendiskriminasi ekson 9 dari E545A. Hasil real time PCR menunjukkan CT dan Tm yang berbeda pada ekson 9 dan E545A. Nilai CT dari ekson 9 adalah 13,41±0,23 dan E545A adalah 9,73±0,75. Tidak hanya pada kedua amplikon di atas, CT muncul pada ntc sebesar 29,79±1,28. Tm ekson 9 adalah 78,1±0,1 ° dan E545A adalah 80,20 °. Terdapat pergeseran suhu melting ±2 ° dari ekson 9 ke E545A. Uji presisi dari kondisi optimum pendekatan Tm shift SYBR green I qPCR menunjukkan konsisten yang tinggi, dengan nilai variasi intra dan inter assay kurang dari 10% dan 15%. Metode yang dikembangkan juga memiliki sensitivitas yang tinggi dan kualitas yang bagus. Teknik yang dikembangkan masih mampu mengenali E545A bahkan pada konsentrasi mutan yang rendah (1%). Kualitas pengujian yang baik ditunjukkan oleh nilai koefisien determinasi (R2) yang mendekati 1 dan % efisiensi 105%. Dengan demikian kita telah berhasil mengembangkan teknik Tm shift SYBR green I qPCR yang murah, sensitif, dan presisi / konsisten.
Keyword: E545A, ekson 9, Tm shift SYBR green I qPCR

Judul: Analisis Mutasi Gen Epidermal Growth Factor Receptor pada Sampel Sediaan Hapusan Sitologi dan Plasma Darah Pasien Kanker Paru.
Abstrak: Pasien kanker paru dengan mutasi gen EGFR merupakan subjek primer untuk mendapatkan terapi EGFR-TKI. Saat ini, sampel-sampel seperti jaringan tumor dan sitologi banyak digunakan sebagai sumber DNA untuk mendeteksi mutasi gen EGFR. Akan tetapi, sampel-sampel tersebut memiliki kelemahan seperti sulit untuk didapatkan. Untuk mengatasi masalah tersebut, kami menguji kemampuan cell-free DNA (cfDNA) untuk digunakan sebagai sumber DNA dalam mendeteksi mutasi gen EGFR. Kami juga menganalisis limit deteksi dari metode high-resolution melting polymerase chain reaction (HRM-PCR) dan restriction fragment length polymorphism (RFLP) dalam mendeteksi mutasi gen EGFR yang dibandingkan dengan metode pengurutan DNA. Selain itu, kami juga menganalisis hubungan antara status mutasi gen EGFR dengan angka tahan hidup pasien kanker paru. Sebanyak masing-masing 116 sampel sitologi dan cfDNA darah dikumpulkan dari pasien kanker paru. DNA dari masing-masing sampel diisolasi dan dianalisis untuk mengetahui status mutasi gen EGFR pada ekson 18, 19, 20, dan 21 dari sampel tersebut menggunakan metode HRM yang dilanjutkan dengan metode pengurutan DNA (ekson 18), elektroforesis agar (ekson 19), dan RFLP (ekson 21), sedangkan mutasi gen EGFR pada ekson 20 dianalisis menggunakan metode pengurutan DNA. Berdasarkan hasil analisis yang didapatkan, uji sensitivitas metode HRM dan RFLP menunjukkan bahwa metode HRM dan RFLP dapat mendeteksi adanya mutasi gen EGFR pada sampel yang mengandung DNA mutan sebesar 6.25% (ekson 18 dan 19), 1% sampai 12.5% (ekson 21). Dari 116 sampel yang dianalisis, DNA dapat diisolasi dari seluruh sampel cfDNA (100%) dan hanya 94.8% sampel sitologi yang dapat menghasilkan DNA. Selain itu, mutasi gen EGFR terdeteksi pada 46/110 (41.8%) sampel cfDNA dan 69/110 (62.7%) sampel sitologi. Nilai sensitivitas dan spesifisitas pengujian sampel cfDNA bervariasi dari 9.1% sampai 39.4% dan 83.1% sampai 96.5%. Angka tahan hidup pasien dengan mutasi gen EGFR langka diketahui lebih pendek dibandingkan angka tahan hidup pada pasien kanker paru dengan mutasi gen EGFR umum (296 berbanding 171 hari, ρ=0.003). Sebaliknya, perbedaan angka tahan hidup pada kedua kelompok menjadi tidak signifikan berbeda ketika status mutasi T790M dimasukkan ke dalam kedua kelompok tersebut (ρ˃0.05). Metode HRM dan RFLP lebih sensitif dibandingkan dengan metode pengurutan DNA. Sementara itu, berdasarkan hasil analisis mutasi gen EGFR, cfDNA dapat digunakan sebagai alternatif bahan untuk mendeteksi mutasi, namun diperlukan analisis lanjutan menggunakan metode yang lebih sensitif karena adanya kecenderungan hasil analisis negatif palsu yang tinggi dan positif palsu yang rendah pada penelitian ini. Selain itu, berdasarkan kurva Kaplan-Meier, mutasi gen EGFR umum dan T790M memberikan prognosis yang baik pada pasien kanker paru.
Keyword: cfDNA, EGFR, Kaplan-Meier, Kanker Paru

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: