Judul: Morphological, Growth and DNA Barcoding Studies for the Identification of the Genus Scindapsus
Abstrak: Scindapsus merupakan genera dari keluarga Araceae dan banyak ditemukan di hutan-hutan Indonesia. Scindapsus merupakan tanaman hias popular dan beberapa spesiesnya dapat dimanfaatkan sebagai tanaman obat, namun pemahaman tentang morfologi dan pertumbuhannya masih terbatas. Teknologi barcode DNA belum banyak dimanfaatkan dalam identifikasi spesies Scindapsus. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi berbagai spesies Scindapsus berdasarkan karakteristik morfologi dan pola pertumbuhan, serta memanfaatkan analisis Penanda DNA untuk identifikasi. Berdasarkan morfologi daun Scindapsus dapat dikategorikan menjadi tiga kelompok: S. pictus, S. treubii, Scindapsus sp. Pertumbuhan tunas menunjukkan waktu yang dibutuhkan tanaman untuk menghasilkan lima daun terbuka penuh berkisar antara 16 hingga 20 minggu setelah tanam. Karakteristik pertumbuhan tunas baru menunjukkan bahwa S. pictus 1, 4, dan 5 ditutupi oleh cataphylls, tunas S. pictus 3 ditutupi oleh daun-daun belum terbuka sempurna, dan tunas S. pictus 2, S. treubii 1, dan 2 tidak tertutupi. Isolasi delapan sampel DNA Scindapsus menghasilkan konsentrasi lebih dari 100 ng/µL dengan nilai kemurnian mulai dari 1,9 hingga 2,2. Penanda rbcL dan trnH-psbA digunakan pada kedelapan sampel Scindapsus yang mampu mengamplifikasi dengan baik dan menghasilkan urutan DNA dengan panjang berkisar antara 748 – 756 bp dan 426 – 476 bp. Penanda matK digunakan pada kedelapan sampel Scindapsus, tetapi hanya tiga sampel yang disekuensing, hasil ukuran panjang basanya yaitu 944 bp untuk sampel S. pictus 3, 953 bp untuk sampel S. pictus 4 dan 940 bp untuk S. treubii 1. Penanda ITS pada sampel Scindapsus tidak berhasil mengamplifikasi DNA, sehingga tidak dapat diproses ke tahap sekuensing. Analisis data DNA barcoding diantaranya analisis kecocokan tingkat homologi menunjukkan berkerabat dekat antara sekuen tanaman Scindapsus dengan sekuen Epipremnum amplissimum untuk penggunaan penanda rbcL, sekuen Scindapsus dengan sekuen Monstera deliciosa untuk penggunaan penanda trnHpsbA, sekuen Scindapsus dengan sekuen Scindapsus rupestris untuk penggunaan penanda matK. Perubahan basa pada masing-masing sekuen DNA Scindapsus mencakup mutasi transisi dan transversi. Analisis filogenetik spesies Scindapsus yang diuji mengelompok dalam cabang yang sama dan membedakan dengan outgroup genus Scindapsus., Scindapsus is genera of the Araceae family and is widely found Scindapsus is a popular ornamental plant and some of its species can be utilised as medicinal plants. However, understanding of its morphology and growth is still limited. DNA barcode technology has not been widely utilised in the identification of Scindapsus species. The aim of this study was to identify various Scindapsus species based on morphological characteristics and growth patterns, and utilise DNA analysis for identification. Morphological based of the leaves of Scindapsus was categorised into three groups: S. pictus, S. treubii, Scindapsus sp. Shoot growth showed that the time required for plants to produce five fully opened leaves ranged from 16 to 20 weeks after planting. Growth characteristics of new shoots showed that S. pictus 1, 4, and 5 were covered by cataphylls, S. pictus 3 shoots were covered by incompletely opened leaves, and S. pictus 2, S. treubii 1, and 2 shoots were not covered. Isolation of Scindapsus DNA eight samples resulted in concentrations of more than 100 ng/µL with purity values ranging from 1.9 to 2.2. markers rbcL and trnHpsbA used on all eight Scindapsus samples amplified well and produced DNA sequences with
Keyword: Jawa Barat, Kalimantan Barat, penanda daerah kloroplas, penanda daerah inti sel, setek

Judul: Pemanfaatan Marka DNA Barcode Untuk Identifikasi Jenis Dari Genus Terpilih pada Famili Myrtaceae
Abstrak: Tumbuhan dari famili Myrtaceae adalah tumbuhan yang keberadaannya berlimpah di daerah tropis dan sub tropis. Menurunnya areal luas hutan Indonesia menyebabkan keanekaragaman dari famili Myrtaceae ikut menurun, akibatnya beberapa jenis tumbuhan dari famili Myrtaceae sudah masuk ke dalam status extinct dan banyak jenis lainnya yang telah masuk ke dalam kategori critically endangred. Maka dari itu, upaya konservasi perlu dilakukan untuk menyelamatkan keberadaan dan keragaman jenis tumbuhan dari famili Myrtaceae. Mengingat famili Myrtaceae terdiri dari jenis yang sangat beragam dan penyebarannya yang luas, seringkali jenis tumbuhan dari famili Myrtaceae sulit untuk diidentifikasi secara tepat jika hanya berdasarkan karakteristik morfologis. Kesalahan identifikasi jenis yang cukup sering terjadi dapat berakibat kurang baik jika dikaitkan dengan kegiatan konservasi. Pendekatan baru untuk identifikasi tumbuhan yang lebih akurat sangat diperlukan dalam upaya mengurangi kesalahan identifikasi, dan salah satu pendekatan yang telah terbukti cepat dan akurat dalam mengidentifikasi jenis, khususnya tumbuhan adalah DNA barcoding. Penggunaan penanda DNA matK dan rbcL telah direkomendasikan sebagai barcode standar untuk tumbuhan. Oleh karena itu, pada penelitian ini penanda matK dan rbcL digunakan untuk melihat efektifitasnya dalam mengidentifikasi tumbuhan dari famili Myrtaceae, khususnya pada 42 genus besar dari famili ini. Berdasarkan analisis kecocokan morfologi dan molekuler, dapat disimpulkan bahwa ketiga penanda yang digunakan sudah cukup baik dalam mengidentifikasi tumbuhan setidaknya sampai pada tingkat genus. Penanda yang direkomenadasikan untuk menjadi DNA barcode pada Myrtaceae adalah penanda dengan kemampuan diskriminasi yang tinggi, matK memiliki kemampuan diskriminasi yang tinggi dan secara signifikan meningkat pada penanda gabungan (matK+rbcL) dibanding rbcL yang meskipun baik dalam mengamplifikasi namun memiliki tingkat diskriminasi yang paling lemah. Pohon filogenetik dibangun untuk melihat kekerbatan yang terbentuk antar spesies, dengan membanding penenda-penanda yang digunakan, dan dengan dua pendekatan berbeda yaitu Maximum Likelihood (ML) dan Bayesian Inference (BI). Pohon filogenetik dari tiga penanda berbeda mampu memberikan taksonomi yang cukup jelas, dan penanda gabungan merupakan penanda yang menghasilkan pohon terbaik dengan penempatan topologi yang sesuai serta nilai dukungan statistik yang valid pada beberapa clade. Sedangkan metode terbaik yang mampu menggambarkan kekerabatan dalam famili Myrtaceae adalah BI dengan resolusi tertinggi pada tingkat genus maupun spesies jika dibandingkan dengan ML.
Keyword: DNA Barcode, Filogenetik, matK, Myrtaceae, rbcL

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: