Judul: Characterization of Pigmented Actinobacteria through Several Polyphasic Taxonomic Approaches
Abstrak: Aktinobakteri berpotensi menghasilkan komponen metabolit sekunder salah satunya pigmen. Karakterisasi aktinobakteri berpigmen dapat dilakukan melalui pendekatan taksonomi polifasik. Aktinobakteri berpigmen yang dimiliki Laboratorium Mikrobiologi, Departemen Biologi FMIPA IPB diketahui dapat menghasilkan metabolit sekunder pigmen berkhasiat antioksidan. Namun, karakter dari isolat tersebut belum diketahui secara keseluruhan. Penelitian ini bertujuan mengkarakterisasi aktinobakteri berpigmen koleksi Laboratorium Mikrobiologi, Departemen Biologi FMIPA IPB melalui beberapa pendekatan taksonomi polifasik. Tahapan penelitian meliputi purifikasi, pertumbuhan dan karakterisasi morfologi koloni aktinobakteri pada berbagai media, kemampuan tumbuh pada berbagai sumber karbon, identifikasi gen 16S rRNA serta analisis bioinformatika. Lima isolat mampu tumbuh optimal pada media ISP 2. Morfologi koloni kelima isolat berbeda pada setiap media. Empat isolat termasuk genus Streptomyces, sedangkan satu isolat lainnya termasuk rare-actinobacteria non Streptomyces. Setiap isolat memiliki kemampuan tumbuh pada sumber karbon yang berbeda-beda. Hasil identifikasi molekuler gen 16S rRNA isolat HVB menunjukkan ukuran amplikon ~1465 pb yang memiliki kemiripan sebesar 91.62% dengan spesies Rhodococcus wratislaviensis strain G119. Kata kunci: aktinobakteri, molekuler, pigmen, rare-actinobacteria, taksonomi polifasik, Actinobacteria have the potential to produce secondary metabolite components such as pigment. Characterization of pigmented actinobacteria can be carried out using a polyphasic taxonomic approach. Pigmented actinobacteria belonging to the Microbiology Laboratory, Department of Biology FMIPA IPB are known to produce pigment secondary metabolites with antioxidant properties. However, the character of this isolate is not fully known. This research aims to characterize pigmented actinobacteria from the collection of the Microbiology Laboratory, Department of Biology FMIPA IPB through several polyphasic taxonomic approaches. The research stages include purification, growth and morphological characterization of actinobacterial colonies on various media, ability to grow on various carbon sources, identification of the 16S rRNA gene and bioinformatics analysis. Five isolates were able to grow optimally on ISP 2 media. The colony morphology of the five isolates was different on each medium. Four isolates belonged to the genus Streptomyces, while the other one belonged to rare-actinobacteria non-Streptomyces. Each isolate has the ability to grow on different carbon sources. The results of molecular identification of the 16S rRNA gene of HVB isolates showed an amplicon size of ~1465 bp which had a similarity of 91.62% to the species Rhodococcus wratislaviensis strain G119. Key words: actinobacteria, molecular, pigment, polyphasic taxonomy, rare actinobacteria
Keyword: actinobacteria, Molecular, pigment, polyfasic taxonomy, rare actinobacteria

Judul: Karakterisasi dan Aktivitas Antioksidan Ekstrak Pigmen Aktinobakteri.
Abstrak: Aktinobakteri adalah bakteri Gram-positif yang berasal dalam filum Actinobacteria. Aktinobakteri adalah sumber metabolit sekunder yang menjanjikan. Salah satu metabolit sekunder yang dihasilkan aktinobakteri adalah pigmen. Berbagai aktinobakteri mampu menghasilkan beragam jenis pigmen, diantaranya yaitu pigmen berwarna kuning hingga oranye. Pigmen memiliki berbagai aktivitas farmakologi seperti antioksidan. Antioksidan adalah molekul yang menghambat atau menunda kerusakan sel dengan menyumbangkan elektron ke radikal bebas dan menstabilkannya. Pigmen yang dihasilkan oleh bakteri memiliki kapasitas antioksidan dan melindungi bakteri dari kerusakan oksidatif. Penelitian aktivitas antioksidan aktinobakteri berpigmen di Indonesia belum banyak dilaporkan, sehingga penelitian aktivitas antioksidan aktinobakteri berpigmen perlu dilakukan. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi aktinobakteri berpigmen kuning hingga oranye, menguji aktivitas antioksidan dari ekstrak pigmen antinobakteri,serta menganalisissenyawa dari ekstrak pigmen yang memiliki aktivitas antioksidan tertinggi. Isolat aktinobakteri diisolasi dari rizosfer mangrove di Pantai Cengkrong Trenggalek,sampel tanah merah di kebun area kampusIPB, dan isolat aktinobakteri endofit dari kulit manggis yang telah diidentifikasi oleh peneliti sebelumnya. Isolat aktinobakteri terpilih diidentifikasi menggunakan gen 16S rRNA. Pigmen aktinobakteri diekstraksi sampai memdapat esktrak kasar pigmen. Aktivitas antioksidan ekstrak kasar pigmen diukur menggunakan metode DPPH (1,1- diphenyl-2-picrylhydrazil). Hasil pengukuran aktivitas antioksidan dihitung dalam persen inhibisi lalu digambarkan melalui nilai IC50 (inhibitory capacity). Ekstrak kasar pigmen yang menghasilkan aktivitas antioksidan tertinggi selanjutnya dianalisis menggunakan Liquid Chromatography Mass Spectrophotometer (LCMS) untuk mengidentifikasi profil kimia yang terdapat di dalam ekstrak pigmen dan berpotensi menghasilkan antioksidan. Berdasarkan hasil penelitian diperoleh lima isolat aktinobakteri berpigmen yaitu HRA, HVA, HVB, AGM2.2 dan AGM2.3. Identifikasi berdasarkan gen 16S rRNA menunjukkan bahwa isolat HRA memiliki nilai kemiripan 99,91% dengan Streptomyces gramineus JR-43, isolat HVA memiliki nilai kemiripan 99,22% dengan S. tendae ATCC 19812 dan isolat HVB memiliki nilai kemiripan 81,18% dengan Rhodococcus ruber DSM 43338. Isolat AGM2.2 dan AGM2.3 memiliki kemiripan dengan S. xanthophaeus NRRL B-5414 dengan nilai kemiripan masing masing sebesar 98,95% dan 99,82%. Spektrum UV-Vis ekstrak kasar pigmen isolat HRA adalah 411 nm, isolat HVA 663 nm, isolat HVB 459 nm, isolat AGM2.2 663 nm, dan isolat AGM2.3 664 nm. Konsentrasi hambat (IC50) pigmen ekstrak kasar aktinobakteri berkisar dari 53,38 µg/mL hingga 184,38 µg/mL. Isolat HVB memiliki aktivitas antioksidan paling tinggi. Ekstrak kasar pigmen isolat HVB mengandung senyawa luteolin dan berpotensi sebagai penghasil antioksidan.
Keyword: DPPH, inhibitory concentration, metabolite, luteolin

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: