Judul: Perakitan Tanaman Kentang Kultivar Medians yang Membawa Gen Penyandi AHL Laktonase untuk Meningkatkan Ketahanan terhadap Penyakit Busuk Lunak
Abstrak: Dickeya dadantii adalah bakteri fitopatogen penyebab penyakit busuk lunak pada beberapa tanaman seperti kentang, anggrek, dan wortel. Bakteri ini dapat memproduksi enzim pektinolitik yang mampu menghidrolisis dinding sel tanaman sehingga jaringan tersebut melunak dan membusuk. Produksi enzim pektinolitik pada D. dadantii diregulasi oleh mekanisme quorum sensing (QS) dengan senyawa asil homoserin lakton (AHL) berupa 3-oxo-C6-HSL sebagai senyawa autoinduser. Mekanisme QS merupakan mekanisme komunikasi pada bakteri patogen Gram negatif untuk meregulasi beberapa ekspresi gen seperti bioluminensi pada Vibrio fisheri, pembentukkan biofilm pada Pseudomonas aeuroginosa, dan produksi pigmen violacein pada C.violaceum. Penghambatan mekanisme QS melalui mekanisme quorum quenching (QQ) menggunakan enzim AHL laktonase dapat digunakan sebagai salah satu alternatif dalam pengendalian bakteri D. dadantii. Enzim tersebut dapat mendegradasi cincin lakton pada 3-oxo- C6-HSL sehingga gen penyandi enzim pektinolitik pada D. dadantii tidak terekspresi. Bacillus cereus B10 asal Hutan cangkuang, Sukabumi pada penelitian sebelumnya telah dilaporkan memiliki aktivitas AHL laktonase yang tinggi dalam mereduksi gejala busuk lunak pada umbi kentang karena infeksi D. dadantii. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi dan menganalisis gen aiiA penyandi AHL laktonase dari B. cereus B10, mengekspresikan gen aiiA tersebut pada Escherichia coli BL21 (DE3) pLysS, mengkonstruksi vektor biner pembawa gen aiiA (pCAB10) serta mengekspresikan gen aiiA pada genom kentang kultivar Medians. Penelitian ini dibagi menjadi 2 tahap. Tahap pertama adalah karakterisasi gen aiiA dari B. cereus B10dan ekspresi gen tersebut pada E. coli BL21 (DE3) pLysS. Proses karakterisasi gen aiiA dilakukan dengan mengkloning gen aiiA mengandung situs restriksi NdeI dan BamH1 dari B. cereus B10 pada vektor pGEM-T-Easy. Gen aiiA yang telah disubkloning tersebut kemudian digunakan untuk mengonstruksi vektor ekspresi pET15b yang membawa gen aiiA. Plasmid pET15b-aiiA tersebut selanjutnya ditransformasikan ke dalam sel E. coli BL21 (DE3) pLysS. Gen aiiA tersebut diekspresikan pada E. coli BL21 (DE3) pLysS dengan menambahkan IPTG dengan beberapa konsentrasi 0.1 mM, 0.5 mM, dan 1 mM sebagai senyawa induksi. Protein AiiA selanjutnya disejajarkan dengan bakteri penghasil AHL laktonase yang lain serta kelompok enzim metallo-β- laktamase (glioxalase dan beta laktamase). Struktur 3D dari protein AiiA tersebut dianalisis melalui progam swissmodel.org dan pyMOL. Tahap kedua adalah ekspresi gen aiiA pada tanaman kultivar Medians. Gen aiiA dengan situs restriksi NcoI dan BglI1 disubkloning pada vektor pGEM-T-Easy. Gen aiiA dikonstruksi pada vektor pCAMBIA2300 menjadi pCAB10. Plasmid tersebut kemudian ditransformasi ke dalam E. coli DH5α melalui teknik elektroporasi. Transformasi pCAB10 ke dalam Agrobacterium tumefaciens LBA 4404 dilakukan melalui teknik Triparental mating (TPM). A. tumefaciens LBA 4404 pembawa pCAB10 digunakan sebagai perantara untuk mentransformasikan gen aiiA ke dalam genom tanaman kentang kultivar Medians. Proses transformasi gen aiiA pada pCAB10 dilakukan melalui metode kokultivasi. Eksplan-eksplan yang berupa ruas batang (internode) yang telah dikokultivasi kemudian dipindahkan ke media induksi kalus tanpa kanamisin sebagai agen seleksi. Kalus yang tumbuh kemudian diseleksi pada media yang mengandung 50 mg L-1 kanamisin. Tunas yang tumbuh dari kalus pada media seleksi dinyatakan sebagai tanaman putatif transgenik. Tanaman tersebut kemudian diperbanyak dan diseleksi ketahanannya terhadap penyakit busuk lunak D. dadantii. Analisis ekspresi gen aiiA dilakukan dengan mendeteksi keberadaan gen aiiA dari cDNA tanaman putatif transgenik melalui teknik PCR. Hasil karakterisasi gen aiiA B. cereus B10 menunjukkan bahwa gen aiiA
Keyword: Gen aiiA, AHL Laktonase, Kentang kultivar Medians, Transformasi genetik

Judul: Perakitan Tanaman Kentang Kultivar Medians yang Membawa Gen Penyandi AHL Laktonase untuk Meningkatkan Ketahanan terhadap Penyakit Busuk Lunak
Abstrak: Dickeya dadantii adalah bakteri fitopatogen penyebab penyakit busuk lunak pada beberapa tanaman seperti kentang, anggrek, dan wortel. Bakteri ini dapat memproduksi enzim pektinolitik yang mampu menghidrolisis dinding sel tanaman sehingga jaringan tersebut melunak dan membusuk. Produksi enzim pektinolitik pada D. dadantii diregulasi oleh mekanisme quorum sensing (QS) dengan senyawa asil homoserin lakton (AHL) berupa 3-oxo-C6-HSL sebagai senyawa autoinduser. Mekanisme QS merupakan mekanisme komunikasi pada bakteri patogen Gram negatif untuk meregulasi beberapa ekspresi gen seperti bioluminensi pada Vibrio fisheri, pembentukkan biofilm pada Pseudomonas aeuroginosa, dan produksi pigmen violacein pada C.violaceum. Penghambatan mekanisme QS melalui mekanisme quorum quenching (QQ) menggunakan enzim AHL laktonase dapat digunakan sebagai salah satu alternatif dalam pengendalian bakteri D. dadantii. Enzim tersebut dapat mendegradasi cincin lakton pada 3-oxo- C6-HSL sehingga gen penyandi enzim pektinolitik pada D. dadantii tidak terekspresi. Bacillus cereus B10 asal Hutan cangkuang, Sukabumi pada penelitian sebelumnya telah dilaporkan memiliki aktivitas AHL laktonase yang tinggi dalam mereduksi gejala busuk lunak pada umbi kentang karena infeksi D. dadantii. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi dan menganalisis gen aiiA penyandi AHL laktonase dari B. cereus B10, mengekspresikan gen aiiA tersebut pada Escherichia coli BL21 (DE3) pLysS, mengkonstruksi vektor biner pembawa gen aiiA (pCAB10) serta mengekspresikan gen aiiA pada genom kentang kultivar Medians. Penelitian ini dibagi menjadi 2 tahap. Tahap pertama adalah karakterisasi gen aiiA dari B. cereus B10dan ekspresi gen tersebut pada E. coli BL21 (DE3) pLysS. Proses karakterisasi gen aiiA dilakukan dengan mengkloning gen aiiA mengandung situs restriksi NdeI dan BamH1 dari B. cereus B10 pada vektor pGEM-T-Easy. Gen aiiA yang telah disubkloning tersebut kemudian digunakan untuk mengonstruksi vektor ekspresi pET15b yang membawa gen aiiA. Plasmid pET15b-aiiA tersebut selanjutnya ditransformasikan ke dalam sel E. coli BL21 (DE3) pLysS. Gen aiiA tersebut diekspresikan pada E. coli BL21 (DE3) pLysS dengan menambahkan IPTG dengan beberapa konsentrasi 0.1 mM, 0.5 mM, dan 1 mM sebagai senyawa induksi. Protein AiiA selanjutnya disejajarkan dengan bakteri penghasil AHL laktonase yang lain serta kelompok enzim metallo-β- laktamase (glioxalase dan beta laktamase). Struktur 3D dari protein AiiA tersebut dianalisis melalui progam swissmodel.org dan pyMOL. Tahap kedua adalah ekspresi gen aiiA pada tanaman kultivar Medians. Gen aiiA dengan situs restriksi NcoI dan BglI1 disubkloning pada vektor pGEM-T-Easy. Gen aiiA dikonstruksi pada vektor pCAMBIA2300 menjadi pCAB10. Plasmid tersebut kemudian ditransformasi ke dalam E. coli DH5α melalui teknik elektroporasi. Transformasi pCAB10 ke dalam Agrobacterium tumefaciens LBA 4404 dilakukan melalui teknik Triparental mating (TPM). A. tumefaciens LBA 4404 pembawa pCAB10 digunakan sebagai perantara untuk mentransformasikan gen aiiA ke dalam genom tanaman kentang kultivar Medians. Proses transformasi gen aiiA pada pCAB10 dilakukan melalui metode kokultivasi. Eksplan-eksplan yang berupa ruas batang (internode) yang telah dikokultivasi kemudian dipindahkan ke media induksi kalus tanpa kanamisin sebagai agen seleksi. Kalus yang tumbuh kemudian diseleksi pada media yang mengandung 50 mg L-1 kanamisin. Tunas yang tumbuh dari kalus pada media seleksi dinyatakan sebagai tanaman putatif transgenik. Tanaman tersebut kemudian diperbanyak dan diseleksi ketahanannya terhadap penyakit busuk lunak D. dadantii. Analisis ekspresi gen aiiA dilakukan dengan mendeteksi keberadaan gen aiiA dari cDNA tanaman putatif transgenik melalui teknik PCR. Hasil karakterisasi gen aiiA B. cereus B10 menunjukkan bahwa gen aiiA
Keyword: Gen aiiA, AHL Laktonase, Kentang kultivar Medians, Transformasi genetik

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: