Judul: Aktivitas antimikrob Bacillus sp. yang diisolasi dari tambak udang
Abstrak: Dalam usaha penapisan senyawa antimikrob yang dihasilkan oleh isolat Bacillus sp. hasil isolasi dari tambak udang maka dilakukan uji aktivitas dan produksi senyawa aktifnya secara in vitro. Sebanyak enam isolat Bacillus sp. yang berhasil diisolasi dari tambak udang diuji aktivitas penghambatannya terhadap bakteri indikator dengan metode double layer, 5 isolat menunjukkan adanya aktivitas antimikrob terhadap Staphylococcus aureus, 4 isolat diantaranya dapat menghambat Vibrio harveyi dan hanya 2 isolat yang dapat menghambat Escherichia coli. Isolat Bacillus sp. LTC 8 memiliki indeks penghambatan yang paling baik terhadap semua bakteri indikator dan dibuktikan kembali dengan metode cross-streak dan uji kompetisi dalam kultur campuran. Hasil ini menunjukkan bahwa isolat tersebut memiliki penghambatan yang luas karena dapat menghambat bakteri Gram positif dan Gram negatif. Hasil uji kompetisi dalam kultur campuran menunjukkan isolat tersebut memiliki penghambatan terutama terhadap S. aureus dengan persen penghambatannya mencapai 100 %. Aktivitas senyawa antimikrob yang dihasilkan oleh isolat Bacillus sp. LTC 8 terhadap S. aureus dihasilkan pada fase eksponensial pertumbuhannya.
Keyword: 

Judul: Isolasi Bacillus Sp. Penghasil Bakteriosin Dan Peningkatan Aktivitasnya Sebagai Penghambat Vibrio Harveyi
Abstrak: Udang merupakan salah satu komoditas unggulan perikanan budidaya, dengan permintaan dunia yang terus mengalami peningkatan. Tantangan terbesar bagi pembudidaya udang saat ini ialah serangan penyakit. Salah satu penyakit penyebab kegagalan panen dalam budidaya udang ialah serangan vibriosis yang disebabkan oleh bakteri Vibrio harveyi. Serangan bakteri patogen Vibrio harveyi ini dapat berakibat terhadap penurunan produksi udang dan kerugian ekonomi bagi pembudidaya udang. Aplikasi Bacillus sp. dapat digunakan sebagai alternatif solusi untuk mengontrol pertumbuhan bakteri patogen pada budidaya udang, karena bakteri Bacillus sp. dapat diaplikasikan sebagai probiotik dan biokotrol yang menghasilkan senyawa antimikrob polipeptida seperti bakteriosin yang dapat menghambat pertumbuhan bakteri patogen. Bakteriosin merupakan senyawa antimikrob polipeptida yang disintesis di ribosom. Proses sintesis bakteriosin berlangsung selama masa pertumbuhan sel dan mengikuti pola sintesis protein. Umumnya bakteriosin hanya menghambat galur-galur yang berkerabatan dekat dengan bakteri penghasil bakteriosin. Hampir seluruh patogen yang ada dibudidaya perikanan merupakan bakteri gram negatif sehingga galur Bacillus sp. penghasil bakteriosin terpilih harus mampu menghasilkan bakteriosin dengan kemampuan spektrum penghambatannya yang luas sehingga mampu menghambat bakteri Vibrio harveyi yang termasuk patogen Gram negatif. Tujuan dari penelitian ini ialah mengisolasi Bacillus sp. penghasil bakteriosin asal tambak udang, Pangandaran, Jawa Barat dan melakukan peningkatan aktivitas penghambatannya terhadap Vibrio harveyi. Metode penelitian yang dilakukan antara lain: 1) isolasi Bacillus sp. dilakukan dengan pemanasan pada suhu ± 800 C selama 15 menit untuk memberi peluang tertapisnya Bacillus sp.; 2) seleksi isolat Bacillus sp. yang mempunyai kemampuan antimikrob dilakukan dengan menggunakan metode doube layer dan uji aktivitas penghambat bakteriosin dilakukan dengan menggunakan kertas cakram pada media SWC (Sea Water Complete) padat yang berisi bakteri uji Vibrio harveyi; 3) isolat Bacillus sp. terpilih dilakukan identifikasi 16S rRNA, karakteristik morfologi sel, pewarnaan Gram dan endospora; 4) pengendapan protein dilakukan dengan menggunakan amonium sulfat bertingkat 30-80%; 5) perhitungan kadar protein dilakukan dengan menggunakan metode Bradford dan perhitungan bobot molekul dengan metode SDS PAGE; dan 6) dilakukan penguji aktivitas penghambatan bakteriosin dan uji kompetisi Bacillus sp. terhadap Vibrio harveyi pada media tumbuh SWC cair. Dari hasil isolasi sampel sedimen lumpur dan air tambak udang didapatkan 22 isolat Bacillus sp. yang memiliki aktivitas penghambatan dan dipilih lima isolat potensial dengan aktivitas penghambatan tertinggi yang diduga sebagai penghasil bakteriosin, yaitu: LTP 1, LTP 4, LTP 6, LTP 14, dan ATP 2. Lima isolat tersebut kemudian diuji aktivitas penghambatan bakteriosinnya. Isolat LTP 1 merupakan isolat dengan aktivitas antimikrob terbesar dan dipilih untuk analisis 16S rRNA, produksi bakteriosin pada media pertumbuhan, dan uji antagonis penghambatan terhadap Vibrio harveyi. Isolat Bacillus LTP 1 telah diidentifikasi sebagai Bacillus subtillis dengan tingkat kesamaaan 96%. Produksi antimikrob bakteriosin isolat LTP 1 terjadi selama fase pertumbuhan dengan aktivitas maksimal antimikrob bakteriosin terjadi pada fase stasioner dengan besar zona hambat 16 mm. Penurunan aktivitas antimikrob bakteriosin terjadi setelah dilakukan perlakuan dengan enzim proteinase K. Pengendapan bakteriosin dengan amonium sulfat 70% memiliki aktivitas penghambatan terbesar dengan indeks penghambatan 2,7 dengan aktivitas unit penghambatan 2490 mm2/ml. Isolat LTP 1 dapat digunakan sebagai penghasil bakteriosin yang potensial dan menghambat Vibrio harveyi.
Keyword: Bacillus sp., bakteriosin, antimikrob, Vibrio harveyi, udang

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: