Judul: Pola Spasial dan Variasi Temporal dari Front Arlindo di Transek 115˚BT Selatan Bali - Australia
Abstrak: Massa air Arlindo yang keluar dari Selat Utama (Lombok, Ombai, dan Timor) ke Samudera Hindia dicirikan oleh suhu yang lebih dingin dan salinitas lebih tawar yang membentuk lapisan homocline dan homohaline di lapisan termoklin dan intermediate, sehingga membentuk batas yang tegas (front) dengan massa air Samudera Hindia. Variabilitas dari front Arlindo antara Selatan Bali dan Australia ini masih belum banyak dikaji. Penelitian ini bertujuan mendeskripsikan front Arlindo yang mencakup struktur vertikal, pola spasial, dan variasi temporal di transek 115˚BT. Data deret waktu suhu dan salinitas bersumber dari data bulanan gridded CTD Argo float selama 15 tahun (2004 – 2018). Analisis Emphirical Orthogonal Function (EOF) dan analisis Power Spectral Density (PSD) diterapkan di dalam analisis data deret waktu. Struktur massa air Arlindo dari hasil diagram TS di wilayah perairan Selatan Bali – Australia dicirikan dengan salinitas rendah di sisi utara pada lapisan permukaan hingga kedalaman 400 m, sedangkan massa air Subtropical South Indian Water (STW) dicirikan dengan salinitas maksimum diatas 34 psu pada lapisan termoklin di sekitar 220 m. Pola spasial front Arlindo diterangkan dari suhu dan salinitas pada 5 mode terbesar EOF dengan persentase total variance sebesar 88.6% (suhu) dan 80.7% (salinitas). Pola spasial mode pertama suhu memiliki persentase explained variance sebesar 67.9% menunjukkan lapisan permukaan hingga 100 m didominasi koefisien negatif, dan memiliki perbedaan fase pada lapisan atas (upper layer) dengan lapisan termoklin. Intrusi massa air Samudera Hindia terlihat dari EOF salinitas mode pertama dengan explained variance sebesar 54.6% di kedalaman 200 m – 300 m. Variabilitas temporal suhu dan salinitas dari mode yang bersesuaian memiliki nilai periodisitas dominan skala semi-tahunan, tahunan, dan antar-tahunan. Hasil analisis Hovmoller menunjukkan respon suhu dan salinitas di kedalaman 50 m dan 150 m pada saat terjadi fenomena El Nino kuat dan IOD positif pada tahun 2015 dan La Nina kuat pada tahun 2011.
Keyword: Analisis EOF, argo float, front Arlindo, gridded CTD data, variabilitas temporal

Judul: Variabilitas dan karakteristik arus lintas Indonesia hubungannya dengan fluktuasi lapisan termoklin di Perairan Selat Makassar
Abstrak: Broecker (1997) menyebutkan bahwa perairan Indonesia adalah satu-satunya penghubung massa air dari Samudera Pasifik menuju Samudera India. Akibat terbentuknya gradien tekanan antara barat Pasifik dengan timur laut Samudera India massa air mengalir melalui perairan timur Indonesia yang kemudian dikenal dengan Arus Lintas Indonesia (Indonesian Throughflow) atau disingkat Arlindo. Sepanjang tahun aliran selalu mengarah ke selatan dan tenggara. Namun demikian, karena dinamika internal, regional dan global aliran ini mengalami beberapa fluktuasi harian, musiman, antar musiman maupun tahunan. Setiap tahun aliran ini mentransfer bahang dan garam dari Samudera Pasifik menuju Samudera India oleh karena itu Arlindo dianggap sebagai komponen kunci dalam sistem iklim global. Penelitian ini bertujuan untuk mengakaji dan menganalisa variabilitas dan Karakteristik Arlindo, Menghitung volume transpor melalui pengkuran arus maupun pendekatan geostropik serta mengkaji fluktuasi lapisan termoklin akibat dari menguat dan melemahnya aliran pada periode musim yang berbeda. Data yang digunakan dalam penelitian ini meliputi data arus yang diperoleh dari Mooring Aanderaa pada 2 stasiun di Selat Makassar (dari BPPT Jakarta), Data CTD diakses melalui website Lamont-Doherty Earth Observatory (LDEO) Columbia University, USA www.ldeo.edu. dan data Southern Oscillation Index (SOI) dari tahun 1992 - 1999 yang diperoleh dari http://www.bom.gov.au, 2005). Data dianalisa dengan menggunakan Time Series Analysis untuk melihat variabilitas pra-musiman, musiman dan tahunan dengan menggunakan software Matlab versi 6.0 dan Statistica release 6 sedangkan untuk melihat kekuatan dan arah arus digunakan software Visual Basic versi 6.0. Data CTD diolah dengan menggunakan software Ocean Data View versi 5.7 untuk melihat sebaran melintang suhu sepanjang transek dimana dilakukan analisis termoklin. Data Southern Oscillation Index (SOI) selanjutnya digambarkan dalam grafik untuk melihat periode terjadinya fase El-Nino dan La-Nina. Hasil analisa terhadap karakteristik arus memperlihatkan kecepatan arus menguat pada musim timur dan melamah pada musim barat meskipun terdapat anomali sebagai akibat dari kejadian El-Nino dan La-Nina. Aliran arus konsisten mengarah ke tenggara dan selatan sepanjang tahun meski terjadi pembelokan ke utara yang diduga akibat dari propagasi Gelombang Kelvin dan gerakan kompensasi terhadap kontinyutas. Variabilitas Arus di Selat Makassar memiliki beberapa periode dominan yang merupakan signal periode pergantian musim, Gelombang Kelvin serta adanya signal tahunan yang merepresentasikan kekuatan musim. Transpor Arlindo juga mengalami pelemahan pada musim barat dan sebaliknya menguat pada musim timur sebagaiamana halnya dengan hasil perhitungan kecepatan arus. Hasil perhitungan geostropik memperlihatkan fluktuasi yang cukup tinggi jika dibandingkan dengan arus hasil pengukuran. Selain itu juga kecepatan dan volume transpor geostropik tidak terlalu memperlihatkan karakter Arlindo yang sebenarnya. Lapisan termoklin berada lebih dangkal pada musim barat dan tertekan lebih dalam pada musim timur, namun demikian fluktuasi ini masih dipengaruhi kuat oleh kejadian ENSO dan La-Nina.
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA