Judul: Penerapan Algoritme Floyd Warshall untuk mencari Shortest Path pada Directed Overlap Graph
Abstrak: Teknologi sequencing telah berkembang sejak tahun 1970. Teknologi sequencing menggunakan teknik shotgun untuk memotong genom menjadi banyak fragmen. Potongan-potongan fragmen akan disusun menjadi genom yang utuh dengan teknik assembly. Penelitian sebelumnya melakukan teknik assembly dengan pendekatan overlap-layout-consensus (OLC) sehingga didapatkan graf overlap. Hasil dari graf overlap akan dicari jalur terpendek untuk menemukan contigs (kumpulan reads). Teknik pencarian jalur terpendek dilakukan dengan menggunakan algoritme Floyd Warshall. Dari percobaan diperoleh kumpulan contigs dari beberapa nilai overlap yaitu 10, 15, 20, 25, dan 30 yang diuji dengan BLAST. Hasil uji BLAST berhasil mengidentifikasi data contigs sebagai neuclotide dari organisme Acidiphilium multivorum AIU301 plasmid pACMV4. Selain itu diperoleh data waktu eksekusi program berbanding terbalik dengan rata-rata dari setiap nilai overlap yang dimasukkan.
Keyword: algoritme Floyd Warshall, graf overlap, shortest path

Judul: Pengkonstruksian Bidirected Overlap Graph Untuk DNA Sequence Assembly
Abstrak: DNA sequencing technologies dapat digunakan untuk memecah gen bakteri menjadi jutaan potongan kecil yang disebut reads. Namun demikian, reads tersebut perlu disambung menjadi contigs agar dapat digunakan. Terdapat 2 metode untuk menyambungkan reads. Yang pertama dengan menggunakan overlap layout consensus (OLC) dan yang lainnya dengan menggunakan de Bruijn graph. Hal penting dalam metode OLC adalah bagian overlap dari masing-masing reads. Pada penelitian ini dikembangkan sebuah sistem untuk membuat bidirected overlap graph yang nantinya akan menghitung berapa jumlah reads yang saling overlap satu sama lain. Suffix array digunakan untuk menentukan fase/bagian overlap dari setiap reads dengan mengindeks setiap suffix dari reads. Waktu adalah parameter penting dalam DNA assembly karena DNA assembly membutuhkan banyak waktu. Untuk mengurangi waktu dilakukan perubahan dari masing-masing suffix dan prefix menjadi suatu nilai tertentu yang bersifat tunggal dan mencari overlap dengan membandingkan setiap reads. Cara ini memberikan dampak positif daripada perbandingan dengan menggunakan string. Perbandingan waktu yang diperlukan antara perbandingan angka dan perbandingan string cukup signifikan. Untuk 2000 dan 5000 reads, sistem dapat memberikan hasil 100% akurat untuk jumlah node dan edge
Keyword: bidirected overlap graph, DNA assembly, overlap layout consensus

Judul: Enrichment of organic selenium, inorganic selenium and  vitamin E in quail products through its supplementation in the diet and its potency  of quail eggs as an ingredient in selenium-rich egg juice
Abstrak: This study was aimed to achieve an optimum level of combine organic selenium, inorganic selenium and vitamin E in obtaining the best production and reproduction as well as the highest level of selenium in quail eggs. This study was conducted from January to August 2008. Numbers of observed quails were 720 (360 females and 360 males). The treatments were applied when the quails were six weeks old. Nine treatment diets were: To (commercial diet), T1(0.46 ppm inorganic Se + 43.50 ppm vitamin E), T2 (0.46 ppm inorganic Se + 87.00 ppm vitamin E), T3 (0.92 ppm inorganic Se + 43.50 ppm vitamin E), T4 (0.92 ppm inorganic Se +87.00 ppm vitamin E), T5 (0.46 ppm organic Se + 43.50 ppm vitamin E), T6 (0.46 ppm organic Se + 87.00 ppm vitamin E), T7(0.92 ppm organic Se + 43.50 vitamin E) and T8(0.92 ppm organic Se + 87.00 ppm vitamin E).
Keyword: egg yolk, glutathione peroxidase ( GSH-Px), hedonic test, rank test