Judul: Seleksi Primer RAPD-PCR untuk Menampilkan Pola Pita DNA Meniran (Phyllanthus sp.) dan Kapulaga Lokal (Amomum cardamomum).
Abstrak: Phyllanthus sp. (meniran) and Amomum cardamomum (local cardamom) are widely used as herbal medicinal plant in Indonesia. Exploration of genetic information of these plants is needed for developing prime seeds for herbal medicinal plant. The objective of this research was selecting some RAPD random primers to generate amplicons that can show DNA bands pattern of some meniran and local cardamom samples. Optimization of RAPD-PCR was performed on samples of meniran indicating the absence of DNA amplified using universal primers OPE-19 and OPH-5, while for the optimized sample cardamom (cardamom red) showed the amplified DNA. RAPD primer used about 20 of OPA-OPD series 11-15. Results showed that 15 primers were successful in amplifying the local cardamom DNA detected by agarose gel 1.5%.
Keyword: RAPD-PCR, Phyllanthus sp., local cardamom

Judul: Analisis Polimorfisme DNA Tanaman Kunyit (Curcuma longa L.) dan Temulawak (Curcuma xanthorrhiza Roxb) Lokal Menggunakan Marka RAPD
Abstrak: Tanaman kunyit (Curcuma longa L.) dan temulawak (Curcuma xanthorrhiza Roxb) lokal Indonesia yang tersebar dan mudah ditemukan di wilayah Indonesia banyak digunakan sebagai obat tradisional. Kandungan kurkumin pada kedua tanaman tersebut memiliki banyak khasiat kesehatan, yaitu sebagai obat antiproliferatif dan antiinflamasi. Adanya polimorfisme DNA pada kedua tanaman tersebut di beberapa lokasi Pulau Jawa belum diidentifikasi. Oleh karena itu, perlu dilakukan analisis genetik untuk menentukan keragaman kedua tanaman tersebut. Salah satu teknik yang biasa digunakan untuk analisis keragaman genetik adalah PCR RAPD. Tujuan penelitian ini mengisolasi DNA tanaman kunyit dan temulawak dan menentukan pola genetik tanaman tersebut dengan PCR RAPD. PCR dilakukan dengan menggunakan 20 primer acak OPA, OPB, OPC, dan OPD (1-5). Ekstraksi DNA menggunakan metode modifikasi Zheng et al. 1995 pada 13 sampel daun temulawak dan kunyit. Hasil menunjukkan bahwa primer yang dapat mengamplifikasi DNA sampel, yaitu: primer OPA-1, OPA-3, OPA-4, OPC-1, OPC-2, OPC-4, dan OPD-4. Selain itu, hanya tiga sampel yang dapat teramplifikasi, yaitu: temulawak Wonogiri, temulawak Karang Anyar, dan kunyit Wonogiri. Sampel yang teramplifikasi memiliki pola genetik yang berbeda yang dihasilkan oleh setiap primer acak sehingga kedua puluh primer acak dapat digunakan sebagai marka untuk analisis fingerprint.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: