Judul: Potensi Kitinolik Bacillus Amyloliquefaciens Saha 12.07 Dan Serratia Marcescens Kahn 15.12 Sebagai Agens Biokontrol Ganoderma Boninense.
Abstrak: Kitin merupakan komponen utama dinding sel filum Basidiomycota terutama Ganoderma. Kitin pada cendawan berfungsi sebagai penyusun dinding sel yang terdapat dalam miselium dan spora. Ganoderma boninense merupakan patogen utama penyebab penyakit busuk pangkal batang kelapa sawit yang menyebabkan penurunan produktifitas kelapa sawit di Indonesia dan Malaysia. Kitin pada cendawan dapat didegradasi secara enzimatik oleh kitinase yang berfungsi sebagai antifungi. Kitinase adalah enzim hidrolitik yang berfungsi untuk mendegradasi kitin menjadi monomer N-asetilglukosamin. Kitinase banyak diproduksi oleh bakteri. Kitinase yang dihasilkan bakteri kitinolitik asal tanah kelapa sawit di Taman Nasional Bukit Dua Belas, Jambi berpotensi sebagai biokontrol yang mampu menghambat pertumbuhan Curvularia affinis dan Colletotrichum gloeosporioides penyebab penyakit hawar kelapa sawit. Namun demikian masih belum ada laporan penghambatan kitinase yang dihasilkan oleh bakteri terhadap G. boninense. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk menyeleksi dan mengidentifikasi bakteri kitinolitik asal tanah kelapa sawit TNBDB yang memiliki kemampuan menghambat pertumbuhan G. boninense dan mengkarakterisasi aktivitas kitinase dalam mendegradasi kitin pada G. boninense. Isolat SAHA 12.07 dan KAHN 15.12 mampu menghambat pertumbuhan G. boninense dengan persentase penghambatan masing-masing 68.19 dan 40.29%. Isolat SAHA 12.07 dan KAHN 15.12 teridentifikasi sebagai Bacillus amyloliquefaciens and Serratia marcescens dengan kemiripan 99% berdasarkan 16S rRNA. Isolat SAHA 12.07 memproduksi kitinase optimum pada jam ke-48 inkubasi dan KAHA 15.12 pada jam ke-54 inkubasi dengan aktivitas spesifik masing-masing sebesar 63.35 U/mg dan 143.51 U/mg. Kitinase ekstrak kasar dari SAHA 12.07 dan KAHN 15.12 dapat diendapkan menggunakan aseton masing-masing dengan konsentrasi 60 dan 20%, dengan aktivitas spesifik meningkat masing-masing sebesar 33.372 U/mg dan 1029.2 U/mg. Aktivitas kitinase ekstrak kasar dan hasil pengendapan pada B. amyloliquefaciens SAHA 12.07 dan S. marcescens KAHN 15.12 aktif pada kisaran pH luas antara 4-10 dan juga memiliki spektrum suhu yang luas antara 20-80 °C. Enzim hasil pengendapan pada B. amyloliquefaciens SAHA 12.07 dan S. marcescens KAHN 15.12 memiliki persentase penghambatan lebih tinggi terhadap pertumbuhan miselium G. boninense yaitu masing-masing 54.92 dan 40.84% dibandingkan kitinase ekstrak kasar yaitu masing-masing 11.97 dan 8.45%. Kitinase S. marcescens KAHN 15.12 melepaskan NAG lebih tinggi dibandingkan B. amyloliquefaciens SAHA 12.07.
Keyword: Ganoderma boninense, bakteri kitinolitik, aktivitas kitinase

Judul: Keragaman Bakteri Kitinolitik Asal Hutan Tropis dan Perkebunan Kelapa Sawit Jambi dan Potensi Enzim Pendegradasi Kitin Ganoderma boninense
Abstrak: Keragaman bakteri kitinolitik dapat dipelajari melalui metode kultur dan nonkultur. Metode nonkultur yang menggunakan teknik molekuler atau metagenomik, mampu memberikan informasi yang lebih lengkap mengenai keragaman bakteri tanah tanpa harus menumbuhkan sel terlebih dahulu. Metagenomik menjadi pilihan untuk pendeskripsi keragaman mikrob dalam wilayah yang spesifik termasuk area hutan dan perkebunan. Salah satu teknik analisis keragaman komunitas bakteri ialah dengan metode DGGE (Denaturing Gel Gradient Electrophoresis). Pendekatan dengan metode kulturasi bakteri asal hutan dapat digunakan untuk mencari bakteri galur unggul dalam memproduksi enzim kitinolitik yang spesifik dan unik. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman bakteri kitinolitik melalui metode kultur dan non kultur dari Taman Nasional Bukit Dua Belas (TNBD) dan perkebunan kelapa sawit, memurnikan secara parsial dan melakukan karakterisasi kitinase ekstraseluler dari isolat potensial dan menguji potensinya sebagai agens biokontrol cendawan Ganoderma boninense. Komposisi komunitas bakteri tanah yang terdapat pada dua sistem tanah yang berbeda dari hutan tropis TB dan daerah perkebunan kelapa sawit SW diuji dan dibandingkan dengan menggunakan metode DGGE untuk menganalisis sekuen gen 16S rRNA dan gen ChiA. Sekuen gen 16S rRNA dan ChiA dipengaruhi oleh komposisi kimia sampel dari dua tipe tanah yang berbeda seperti pH tanah, karbon total (TC), nitrogen total (TN), ketersediaan fosfat (AP), dan rasio C/N. Kandungan bahan-bahan organik pada perkebunan kelapa sawit cenderung lebih tinggi jika dibandingkan dengan kandungan bahan organik pada Taman Nasional Bukit Dua Belas. Secara umum penggunaan DGGE dapat memisahkan banyak pita DNA gen 16S rRNA dan ChiA. Masing-masing pita yang terpisah menunjukkan perbedaan spesies bakteri tanah. Analisis DGGE gen 16S rRNA dan ChiA pada 4 sampel tanah menghasilkan pita DGGE yang cukup beragam. Analisis indeks keragaman Shannon-Wienner (H’) digunakan untuk mengestimasi keragaman mikrob pada tiap lokasi. Indeks keragaman (H’) berdasarkan gen 16S rRNA pada empat lokasi berkisar dari 1.90-3.04 dan untuk gen ChiA berkisar antara 1.094- 1.705. Indeks kemerataan (e’) dari gen 16S rRNA berkisar antara 0.914-0.939 dn untuk gen ChiA berkisar antara 0.611-0.740. Isolasi bakteri kitinolitik pada media agar-agar kitin dari Taman Nasional Bukit Dua Belas dan perkebunan kelapa sawit di Provinsi Jambi menghasilkan 63 isolat bakteri kitinolitik dan hanya 10 isolat yang berpotensi menghambat pertumbuhan hifa Ganoderma boninense setelah diuji antagonis dan tidak menimbulkan respon hipersensitif / hypersensitive Response (HR) terhadap tanaman tembakau. Indeks kitinolitik yang dihasilkan dari 10 isolat kitinolitik berkisar antara 0.2 sampai 4, sedangkan aktivitas spesifik kitinase berkisar antara 4.27-6.30 Umg-1 protein. Analisis sekuen gen penyandi 16S rRNA menunjukkan bahwa 7 isolat kitinolitik memiliki kedekatan dengan kelompok Bacillus dan 3 isolat lainnya memiliki kedekatan dengan kelompok Pseudomonas. Isolat B. cereus TB04-05 dipilih untuk dikarakterisasi dan diuji kemampuan enzimnya terhadap pertumbuhan hifa G. boninense secara In vitro berdasarkan indeks kitinolitik dan aktivitas spesifik tertinggi yang dihasilkan isolat ini. Isolat B. cereus TB04-05 memiliki pertumbuhan yang meningkat mulai dari jam ke 0-12 jam inkubasi dan kemudian pertumbuhan relatif stabil sampai mencapai jam ke-42 inkubasi kemudian menurun setelah jam ke-48 inkubasi. Kitinase diproduksi dan relatif meningkat sampai jam ke-9 inkubasi dan setelah jam ke 48 inkubasi aktivitas menurun secara drastis. Pengendapan protein dengan menggunakan amonium sulfat menunjukkan konsentrasi garam ammonium sulfat 50% mampu menghasilkan aktivitas spesifik maksimum sebesar 8.420
Keyword: bakteri kitinolitik, DGGE, gen ChiA, keragaman bakteri, 16S rRNA

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: