Judul: Marka Molekuler untuk Gen Ketahanan Penyakit Blas (Piz dan Piz-t) pada Beberapa Varietas Padi Gogo
Abstrak: Salah satu kendala utama dalam peningkatan produksi padi gogo adalah penyakit blas yang diinfeksi oleh cendawan Pyricularia oryzae, penyebab biji hampa. Peningkatan sifat ketahanan terhadap blas dilakukan melalui persilangan antara padi gogo varietas Way Rarem dengan varietas padi gogo asal Kolombia, Oryzica Llanos-5 yang diduga memiliki beberapa gen Pi sebagai gen tahan blas. Penelitian ini bertujuan memperoleh marka molekuler yang spesifik untuk mendeteksi gen Piz dan Piz-t pada tetua Way Rarem dan Oryzica Llanos-5. Hasil isolasi tujuh tanaman sampel dan kontrol rentan dari beberapa varietas padi gogo diamplifikasi menggunakan primer z56592, zt5659, AP5659-1, AP5659-3 dan AP5659-5 melalui teknik PCR, kemudian dielektroforesis dengan metode silver staining. Elektroforegram menunjukkan pola pita DNA yang tidak sesuai untuk primer z56592, zt5659, AP5659-1, dan AP5659-5 sementara primer AP5659-3 menjadi primer yang spesifik karena memberikan pola pita DNA yang polimorfis. Hasil deteksi dengan primer AP5659-3 menunjukkan bahwa Oryzica Llanos-5 dan Way Rarem mengandung gen Piz-t yang berada pada ukuran alel sekitar 200 bp, sedangkan Kencana Bali, Cirata, dan Situ Bagendit merupakan tanaman rentan yang tidak mengandung gen Piz maupun Piz-t. Dengan demikian, dapat disimpulkan bahwa primer AP5659-3 merupakan marka molekuler yang dapat mendeteksi gen Piz dan Piz-t.
Keyword: Piz gene, Piz-t gene, Upland rice, Molecular marker, Silver staining, Pyricularia oryzae

Judul: Aplikasi Marka Molekuler untuk Seleksi Ketahanan Blas pada Populasi Padi Haploid Ganda
Abstrak: Penyakit blas, disebabkan oleh cendawan Pyricularia grisea Sacc., merupakan salah satu penyakit yang merusak pada padi. Penggunaan varietas tahan blas adalah salah satu cara paling efisien untuk melindungi padi dari penyakit ini. Varietas tahan blas dapat diproduksi melalui program pemuliaan. Penggunaan marker-assisted selection (MAS) tersedia untuk membantu seleksi galur tahan berdasarkan gen ketahanan. Program pemuliaan varietas tahan blas dapat dikombinasikan dengan pendekatan kultur antera untuk memproduksi galur haploid ganda terfiksasi agar lebih efisien. Ketahanan terhadap penyakit blas terjadi berdasarkan interaksi gene-to-gene antara gen ketahanan pada tanaman inang dan gen avirulen pada patogen blas. International Rice Research Institute (IRRI) telah mengembangkan set varietas padi diferensial, di mana setiap varietas memiliki gen ketahanan tunggal yang teridentifikasi. Penggunaan set varietas diferensial memungkinkan kita untuk membandingkan respons ketahanan terhadap patogen blas tertentu dan untuk mengidentifikasi gen ketahanan yang bertanggung jawab melindungi tanaman dari patogen blas berdasarkan teori gene-to-gene. Tujuan penelitian ini yaitu: (1) membandingkan respons ketahanan galur haploid ganda dari persilangan ganda IR54/Parekaligolara//Bio110/Markuti dengan sistem diferensial standar terhadap tiga ras blas dari kawasan Indonesia terseleksi; (2) mengidentifikasi gen ketahanan blas pada populasi haploid ganda yang diuji menggunakan marka molekuler untuk gen Pi1, Pi2, Pi9, Pi33, Pib, Pir4, dan Pir7; serta (3) mengidentifikasi potensi gen-gen yang memiliki kontribusi membentuk ketahanan blas berdasarkan analisis asosiasi antara data fenotipe respons ketahanan dan data genotipe menggunakan marka molekuler. Empat puluh sembilan galur haploid ganda dari persilangan ganda IR54/Parekaligolara//Bio110/Markuti diseleksi menggunakan marka gen Pib, Pi1, Pi2, Pi9, Pi33, Pir4, dan Pir7. Untuk membandingkan seleksi fenotipe digunakan varietas diferensial yang terdiri atas 10 galur monogenik dengan background genetik LTH. Semua tanaman diinokulasi dengan 3 isolat dari genotipe PH14. Hasil menunjukkan ras 173 memiliki virulensi paling luas terhadap set varietas diferensial. Berdasarkan sistem penentuan respons ketahanan menurut Hayashi et al. (2009), gen Pish, Pi5, Pi1, Piz, dan Pita bertanggung jawab melindungi tanaman dari ras 123. Gen Pia, Pish, Pi5, Pikm, Pi1, Pita, dan Pita2 bertanggung jawab melindungi tanaman dari ras 133. Gen Pia, Piz, dan Pita2 bertanggung jawab melindungi tanaman dari ras 173. Respons ketahanan yang hampir sama juga ditunjukkan berdasarkan IRRI (1996) kecuali respons terhadap ras 133, varietas diferensial yang memiliki gen Pia rentan terhadap ras ini. Hasil ini mengindikasikan bahwa gen Pia tidak berkontribusi melindungi tanaman dari ras 133. Galur monogenik LTH dikelompokkan dalam 5 kelompok patotipe berdasarkan respons patotipe terhadap isolat blas diferensial Jepang. Pada pengelompokan tersebut, galur-galur dari kelompok patotipe yang sama memiliki respons patotipe yang sama terhadap isolat blas diferensial Jepang, namun hasil menunjukkan gen-gen ketahanan dari varietas diferensial pada kelompok patotipe yang sama belum tentu memiliki respons patotipe yang sama terhadap ketiga isolat. Hal ini mengindikasikan galur monogenik LTH tidak dapat digunakan sebagai pembanding respons ketahanan tanaman terhadap isolat blas di Indonesia. Berdasarkan evaluasi fenotipe terhadap 49 galur haploid ganda, 2 galur tahan terhadap ras 123; 38 galur medium tahan, dan 9 galur bersifat rentan. Dua puluh satu galur tahan terhadap ras 133, 17 galur medium tahan, dan 11 galur bersifat rentan. Dua galur tahan terhadap ras 173, 21 galur medium tahan, dan 26 galur bersifat rentan. Hasil reaksi PCR menunjukkan 8 primer mampu mengamplifikasi fragmen DNA
Keyword: marka molekuler, penyakit blas, populasi haploid ganda, Pyricularia grisea

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: