Judul: Docking And Virtual Screening of Active Compounds of Medical Plants as Tuberculosis Inhibitors
Abstrak: Tuberkulosis menjadi masalah kesehatan global saat ini. Mutasi pada protein enoyl-acyl carrier protein reductase (InhA) pada bakteri mycobacterium tuberculosis, menyebabkan resistensi terhadap obat yaitu isoniazid. Dalam penelitian ini, struktur tiga dimensi dari InhA sebanyak 10 protein wild-type dan 7 mutan dilakukan proses re-docking dan cross-docking terhadap ligan co-crystal. Dari proses tersebut, struktur PDB 4OIM, 5MTR, 4D0S, 2X23, 4TRJ, 3FNE, 4BQP, dan 4OXK untuk wild-type dan 5COQ, 5CP8, DAN 5OIF untuk protein mutan merupakan struktur yang memiliki nilai afinitas pengikatan terbaik dan RMSD <2,0 Å. Hasil cross-docking menghasilkan kode ligan XTO merupakan ligan stabil ketika berikatan dengan struktur wild-type dan mutan. Virtual screening menghasilkan ligan yang berasal dari senyawa aktif p-coumaroyltyramine, alpha- tocopherol atau vitamin e, apigenin 7-glucuronide dan cinnamamide memiliki potensi sebagai anti tuberkulosis berdasarkan hasil docking dan uji toksisitas., Tuberculosis is a global health problem today. Mutations in the enoyl-acyl carrier protein reductase (InhA) protein in mycobacterium tuberculosis bacteria cause resistance to the drug, namely isoniazid. In this study, the three-dimensional structures of InhA for 10 wild-type proteins and 7 mutants were carried out by re-docking and cross-docking processes against co-crystal ligands. From this process, the PDB structures 4OIM, 5MTR, 4D0S, 2X23, 4TRJ, 3FNE, 4BQP, and 4OXK for the wild-type and 5COQ, 5CP8, AND 5OIF for the mutant protein are the structures that have the best binding affinity values and RMSD <2,0 Å. The results of cross-docking show that XTO is a stable ligand when bound to wild-type and mutant structures. Virtual screening produces ligands derived from the active compounds p-coumaroyltyramine, alpha-tocopherol or vitamin e, apigenin 7-glucuronide, and cinnamamide which have potential as anti tuberculosis based on the results of docking and toxicity tests.
Keyword: autodock vina, docking, inha, virtual screening

Judul: The Effect of PfDHFR-TS 3D Protein Structure Mutations on Binding of Drug Candidates: Molecular Docking Study
Abstrak: Plasmodium falciparum adalah jenis parasit malaria yang menyerang manusia dengan infeksi paling parah. Plasmodium falciparum dihydrofolate reductase-thymidylate synthase (PfDHFR-TS) adalah pasangan enzim yang bertanggung jawab atas infeksi di dalam sel darah manusia. Mutasi double dan quadruple asam amino pada domain protein DHFR menyebabkan resistansi terhadap pyrimethamine dan cycloguanil sebagai antifolat. Penambatan molekul digunakan pada antifolat untuk mengkaji pengaruh mutasi protein PfDHFR. Penambatan molekul digunakan pula pada 137 senyawa aktif tanaman untuk memperoleh senyawa yang memiliki potensi menghambat protein yang belum termutasi (wild-type) dan telah termutasi (mutan). Penambatan molekul menggunakan parameter seperti energi bebas Gibbs, ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik untuk menentukan afinitas pengikatan senyawa aktif pada protein. Enam senyawa aktif yaitu korupensamine a, dihydrousambarensine, cryptoquindoline, lactupicrin, cryptolepicarboline dan artoindonesianin a-2 memiliki pengikatan kuat pada protein wild-type dan mutan PfDHFR., Plasmodium falciparum is a type of malaria parasite that attacks humans with the most severe infection. Plasmodium falciparum dihydrofolate reductase-thymidylate synthase (PfDHFR-TS) is an enzyme pair responsible for infection in human blood cells. Double and quadruple amino acid mutations in the DHFR protein domain cause resistance to pyrimethamine and cycloguanil as antifolates. Molecular docking was carried out on antifolates to study the effect of mutations in the PfDHFR protein. Molecular docking was also carried out on 137 plant active compounds to obtain compounds that have potential to inhibit wild-type and mutant protein. Molecular docking uses parameters such as Gibbs free energy, hydrogen bond and hydrophobic interaction to determine the binding affinity of the active compounds to the protein. Six active compounds such as korupensamine a, dihydrousambarensine, cryptoquindoline, lactupicrin, cryptolepicarboline and artoindonesianin a-2 have strong binding to wild type and mutant PfDHFR protein.
Keyword: binding affinity, molecular docking, mutation, Plasmodium falciparum

Judul: Karakteristik Suara Song Burung Kenari (Serinus canaria) Postur Besar dan Kecil.
Abstrak: Burung kenari (Serinus canaria) memiliki nyanyian yang sangat bervariasi dengan durasi yang panjang dan merupakan tipe burung bernyanyi open learners. Penelitian ini bertujuan menganalisis karakteristik suara song burung kenari (Serinus canaria). Penelitian dilakukan pada bulan April sampai Juni 2017 di Bogor, Jawa Barat. Perekaman suara song terhadap 12 ekor burung kenari jantan dilakukan dengan menggunakan mikrofon Sennheiser ME66 dan alat perekam Sony PCM-D50. Burung kenari yang digunakan merupakan burung yang pernah mengikuti kontes burung kicau dan memiliki predikat juara kontes burung. Amplitudo, durasi suara, frekuensi, dan volume suara burung dianalisis dengan menggunakan software Raven Pro 1.4. Data tersebut selanjutnya dianalisis deskriptif. Hasil analisis suara menunjukkan bahwa burung kenari memiliki banyak syllable, suara song rapat dan tidak terputus-putus, tempo yang cepat, dan adanya pengulangan suku kata pada setiap suara song. Burung kenari postur kecil memiliki rataan durasi lebih panjang dibandingkan dengan kenari postur besar, tetapi burung kenari besar memiliki rataan max amplitudo, average power, max power, min amplitudo, peak amplitudo, dan peak frekuensi.
Keyword: karakteristik suara (song), kenari, syllable