Judul: EKSPRESI GEN rpoS, ompA, DAN hfq Cronobacter sakazakii SELAMA KONDISI STRES DAN VIABLE BUT NONCULTURABLE (VBNC).
Abstrak: Cronobacter spp. adalah bakteri Gram negatif yang ditemukan pada pangan kering, termasuk susu formula bayi. Keberadaan Cronobacter spp. pada susu formula bayi secara etiologis dikaitkan dengan kasus meningitis dan enterokolitis nekrotikan (EKN) pada kelompok bayi tertentu. Khususnya Cronobacter sakazakii yang dikaitkan secara langsung dengan kasus kematian pada bayi baru lahir. Bakteri ini dapat bertahan pada pangan kering jauh lebih lama dibandingkan bakteri lainnya. Pada kondisi yang kaya nutrisi, bakteri yang mengalami stres karena rendahnya nilai Aw, dapat kembali tumbuh dan memperbanyak diri. Suatu kondisi akibat paparan stres dalam jangka waktu panjang dapat menyebabkan bakteri mengalami kondisi dorman, yang disebut sebagai kondisi viable but nonculturable (VBNC). Kondisi tersebut menyebabkan bakteri tidak dapat tumbuh pada medium uji, meskipun aktivitas metabolik bakteri masih dapat diamati. Kondisi VBNC pada C. sakazakii hingga saat ini masih belum banyak dilaporkan. Kemampuan virulensi C. sakazakii ketika telah memasuki kondisi VBNC juga belum pernah dilaporkan sebelumnya. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui apakah C. sakazakii dapat memasuki kondisi VBNC setelah diinduksi kekeringan, sekaligus mempelajari ekspresi gen yang berkaitan dengan kondisi stres (rpoS) dan kemampuan virulensinya (hfq dan ompA). Penelitian ini dilakukan terhadap dua strain C. sakazakii, strain E2 dan Yrt2a. Tahapan penelitian ini antara lain; tahap deteksi gen target, tahap induksi stres kekeringan, tahap pengamatan viabilitas dan kulturabilitas sel serta tahapan ekspresi gen target. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa C. sakazakii strain E2 dan Yrt2a memiliki karakter yang berbeda. Kedua strain masing-masing tidak dapat dikulturkan setelah induksi kekeringan selama 34 dan 24 hari, tetapi 78% dan 59% dari jumlah populasi sel awal masih hidup berdasarkan pengamatan mikroskopis. Ekspresi gen terkait stres (rpoS) dan gen virulensi (hfq dan ompA) diregulasikan meningkat selama kondisi stres, hal ini menandakan Cronobacter merespons kondisi stres dengan mempertahankan jumlah sel. Pada kondisi VBNC ekspresi gen rpoS, ompA, dan hfq masih menunjukkan adanya peningkatan dibandingkan kondisi normal.
Keyword: Cronobacter sakazakii, rpoS, ompA, hfq, stres, VBNC

Judul: Skrining Keberadaan Gen Terkait Stres pada Isolat Lokal Cronobacter sakazakii.
Abstrak: Cronobacter spp. adalah bakteri patogen bawaan pangan emerging penyebab necrotizing enterocolitis, bacteremia, septicemia dan meningitis pada kelompok bayi tertentu yang telah dihubungkan dengan konsumsi susu formula bubuk. Bakteri tersebut dilaporkan mampu menyintas beberapa kondisi stres lingkungan seperti stres kekeringan, stres osmotik, suhu tinggi serta pH rendah. Isolat lokal C. sakazakii strain Yrt2a dan strain E2 telah ditemukan dapat memasuki kondisi VBNC (viable but non culturable) karena stres kekeringan. Gen rpoS diketahui sebagai gen regulator stres sedangkan hfq adalah gen stres yang juga berperan pada virulensi. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi keberadaan gen terkait stres yakni hfq, rpoS, dan grxB pada sepuluh isolat lokal C. sakazakii. Tahapan penelitian meliputi persiapan kultur isolat lokal C. sakazakii, verifikasi metode ekstraksi DNA dengan phenol-chloroform-isoamylalcohol dan chelex100, analisis konsentrasi dan kemurnian DNA hasil ekstraksi, optimasi suhu annealing primer dan deteksi gen target dengan Polymerase Chain Reaction (PCR), serta visualisasi produk PCR dengan elektroforesis gel agarosa. Hasil penelitian menunjukkan bahwa metode ekstraksi chelex100 lebih efektif menghasilkan DNA dengan kemurnian 1.8 – 2.0. Suhu annealing optimal adalah 55oC untuk hfq dengan konsentrasi primer 0.5 μM, 52oC untuk rpoS dengan konsentrasi primer 0.5 μM, dan 57oC untuk grxB dengan konsentrasi primer 0.5 μM dan 0.1 μM. Seluruh (n=10) isolat lokal C. sakazakii memiliki target gen hfq, rpoS, dan grxB. Hal ini mengindikasikan bahwa bakteri tersebut memiliki potensi untuk menyintas kondisi stres.
Keyword: Cronobacter sakazakii, grxB, hfq, rpoS, stres

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: