Judul: Perbaikan Mutu Genetik Sapi Peranakan Ongole (Bos Indicus) Melalui Pendekatan Fenotipik Dan Pemetaan Total Genom
Abstrak: Perbaikan mutu genetik sapi Peranakan Ongole melalui pendekatan fenotipik dan pemetaan total genom sampai saat ini belum pernah dilakukan di Indonesia. Selama ini kegiatan seleksi untuk menghasilkan bibit unggul lebih banyak dilakukan secara konvensional yang difokuskan hanya pada performan kuantitatif seperti bobot badan dan ukuran dimensi tubuh sehingga belum memberikan hasil yang optimal pada perbaikan genetik sapi PO. Dengan kemajuan teknologi molekuler memungkinkan untuk dilakukan seleksi dengan menggunakan penanda DNA guna mendukung kegiatan pemuliaan konvensional. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi parameter genetik sapi PO yang ada di Loka Penelitian Sapi Potong berdasarkan tampilan fenotipik, menganalisis keragaman (polimorfisme) total genom pada sapi PO jantan dan mengkaji lokus-lokus yang berasosiasi dengan sifat bobot badan pada sapi PO dengan pendekatan GWAS serta mengkaji asal usul geografis sapi PO berdasarkan analisis keturunan genetik. Penelitian ini dilakukan dalam tiga tahap dengan rincian tahapan penelitian sebagai berikut : (1) Evaluasi parameter genetik sapi PO (Bos indicus) melalui pendekatan fenotipik, meliputi : evaluasi pengaruh genetik dan non genetik, seleksi calon pejantan sapi PO dan respon seleksi (2) Analisis total genom sapi PO menggunakan Bovine SNP50 Beadchip, meliputi : analisis asosiasi dan eksplorasi kandidat gen, (3) Penentuan asal usul sapi PO menggunakan data total genom Bovine SNP50 Beadchip, meliputi : keragaman total genom, filogenetik dan analisis admixture. Penelitian ini diharapkan dapat dijadikan sebagai acuan dalam kegiatan seleksi guna mendukung program pemuliaan dan pelestarian plasma nutfah sapi PO. Evaluasi parameter genetik sapi PO menunjukkan bahwa nilai heritabilitas yang diperoleh termasuk kategori sedang dan tinggi dengan estimasi untuk bobot lahir, bobot sapih dan bobot setahun masing-masing sebesar 0.28 + 0.12, 0.47 + 0.15 dan 0.63 + 0.17, sedangkan hasil analisis korelasi genetik tertinggi diperoleh antara bobot sapih dengan bobot setahun yaitu sebesar 0.78 dan korelasi genetik terendah diperoleh pada bobot lahir dengan bobot setahun yaitu 0.27 sedangkan korelasi antara bobot lahir dengan bobot sapih sebesar 0.33. Pengaruh non genetik signifikan pada jenis kelamin dan tahun kelahiran pada ketiga bobot badan sapi PO. Hasil seleksi berdasarkan nilai pemuliaan diperoleh sebanyak 24 ekor calon pejantan sapi PO yang memenuhi kriteria bobot lahir, bobot sapih dan bobot setahun dengan respon seleksi untuk bobot lahir sapi PO diperoleh sebesar 0.22 kg/generasi, sedangkan bobot sapih dan bobot setahun memiliki respon seleksi sebesar 5.01 kg/generasi dan 11.4 kg/generasi. Hasil analisis GWAS menunjukkan bahwa terdapat asosiasi yang signifikan pada bobot lahir sapi PO dan ditemukan 19 SNP yang polimorfik pada kromosom 14. Pemetaan lokus telah dilakukan pada kromosom 14 ini dan ditemukan 14 gen yang yang paling signifikan pada bobot lahir yaitu LYN (TyrosineproteinkinaseLyn), PLAG1 (Pleiomorphic adenoma gene 1), MOS (VmosMoloneymurine sarcoma viral), RPS20 (40S ribosomalprotein S20), U1 (U1 spliceosomal RNA) snoU54 (Small nucleolar RNA U54), CHCHD7 (Coiled-coilhelix- coiled-coil-helix domaincontaining protein 7), SDR16C5 (RDHE2/Epidermal retinol dehydrogenase 2), PENK (Proenkephalin-A), XKR4, TMEM68, TGS1, ENSBTAG000000321 (SDR16C6) dan Unknown (ENSBTA000000321). Kandidat gen ini sebagian besar berperan pada sifat reproduksi, seperti fertilitas, kemudahan beranak, umur pubertas, postpartum anestrus, pertumbuhan janin, bobot lahir dan pertumbuhan. SNP-SNP yang polimorfik sangat potensial untuk digunakan sebagai marker assisted selection (MAS). Hasil analisis keragaman total genom menunjukkan bahwa sapi PO memiliki nilai heterozigositas sebesar 30.9 %, sedangkan sapi
Keyword: perbaikan mutu genetik, sapi PO, seleksi fenotipik, pemetaan total genom

Judul: Keragaman Gen Myostatin (MSTN) pada Sapi Peranakan Ongole dan Asosiasinya dengan Bobot Badan
Abstrak: Sapi Peranakan Ongole (PO) merupakan salah satu sumber daya genetik ternak lokal sebagai penghasil daging. Sapi PO berpotensi untuk dikembangkan di Indonesia karena telah beradaptasi pada kondisi iklim marginal di Indonesia sejak tahun 1930. Kemampuan adaptasi yang baik pada kondisi iklim marginal mendukung kemampuan sapi PO tumbuh secara efisien. Salah satu faktor yang mengontrol pertumbuhan otot yaitu protein atau gen myostatin (MSTN). Gen MSTN berperan dalam kontrol negatif terhadap pertumbuhan otot. Defisiensi atau mutasi gen MSTN akan membawa dampak terhadap pertumbuhan otot, salah satunya adalah hipertropi atau pertumbuhan otot secara berlebih. Berdasarkan hasil sequencing telah ditemukan mutasi atau SNP gen MSTN pada sapi PO ekson 1, yakni SNPc.111G>C (rs523392653) dan SNPc.267G>A (rs383271508). Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman gen MSTN dengan metode PCR-RFLP dan melihat asosiasinya dengan bobot lahir, bobot sapih, dan pertumbuhan pada sapi PO. Sebanyak 77 sampel darah sapi PO yang terdiri atas 38 betina dan 39 jantan berasal dari BPPIB-TSP Ciamis. Sampel darah diekstraksi menggunakan kit dari Geneaid sehingga menghasilkan isolasi DNA sapi PO yang murni. Keragaman gen MSTN dianalisis dengan metode PCR-RFLP menggunakan dua enzim restriksi, yakni HaeIII (GGCC) dan AluI (AGCT). Hasil analisis seperti frekuensi genotipe, frekuensi alel, nilai heterozigositas, dan keseimbangan Hardy-Weinberg dihitung dengan program Popgen32. Hasil keragaman SNPc.111G>C dan SNPc.267G>A pada gen MSTN diasosiasikan dengan bobot lahir, bobot sapih, dan laju pertumbuhan menggunakan metode uji-t dengan bantuan program SAS. Amplifikasi sekuens gen MSTN melalui PCR menghasilkan panjang produk sebesar 608 bp. Hasil pemotongan dengan enzim HaeIII pada SNPc.111G>C menghasilkan dua alel (G dan C) dengan tiga genotipe CC, CG, dan GG. Hasil pemotongan sekuen gen MSTN dengan enzim AluI terhadap SNPc267G>A menghasilkan dua alel (A dan C) dengan tiga genotipe AA, AG, dan GG. Frekuensi alel SNPc.267G>A dan SNPc.111G>C tidak berada dalam keseimbangan Hardy-Weinberg. Keragaman SNPc.267G>A pada sapi PO betina dan jantan tidak berasosiasi dengan bobot lahir, bobot sapih, dan laju pertumbuhan. SNPc.111G>C pada sapi PO betina tidak berasosiasi dengan ketiga sifat yang diamati, akan tetapi pada sapi PO jantan SNP ini berasosiasi nyata (P<0,05) dengan bobot sapih dan laju pertumbuhan. Genotipe GG berpeluang sebagai kandidat marka genetik seleksi calon pejantan sapi PO.
Keyword: body weight, myostatin gene, PO cattle

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: