Judul: Rhizopodopsis javensis from Cibodas Botanical Garden: Verification of Its Taxonomic Position and Its Infraspesific Variation
Abstrak: Dahulu koleksi Rhizopodopsis hanya berupa herbarium dan kulturnya tidak tersedia. Upaya mengisolasi Rhizopodopsis pada substrat asalnya, buah Elaeagnus latifolia, dan buah lainnya yaitu Ficus variegata telah berhasil. Identifikasi kultur tersebut secara morfologi, dan molekuler menggunakan sekuens LSU dan EF-1α telah memastikan bahwa Rhizopodopsis berada dalam Rhizopodaceae (Mucorales). Namun, evaluasi kekerabatan Rhizopodaceae sering kali menggunakan ACT, selain LSU dan EF-1α serta kombinasinya. Oleh sebab itu, penelitian ini bertujuan menginventarisasi Rhizopodopsis asal buah di Kebun Raya Cibodas, memverifikasi kedudukannya dalam kelompok Rhizopus stolonifer dan menganalisis variasi infraspesiesnya berdasarkan karakter morfologi, dan molekuler. Kultur Mucorales hasil eksplorasi buah F. fistulosa, F. variegata, dan Lithocarpus indutus diidentifikasi secara morfologi. Hasil identifikasi menunjukkan bahwa tiga dari lima kultur Mucorales yang diperoleh adalah R. javensis, sedangkan dua kultur lainnya adalah Rh. stolonifer. Hasil identifikasi morfologi didukung oleh hasil analisis filogenetik sekuens ACT, LSU, dan EF-1α menggunakan algoritme RAxML. Marka tunggal maupun kombinasinya menguatkan posisi Rhizopodopsis dalam kelompok Rh. stolonifer. Penggunaan marka ACT memberikan resolusi lebih baik daripada marka tunggal LSU dan EF-1α. Pada semua pohon, R. javensis terbagi dalam 2 sub-kelompok dengan nilai bootstrap yang tinggi. Dua karakter morfologi mendukung pengelompokan tersebut. Namun, untuk pengusulan varietas perlu dievaluasi dengan melibatkan lebih banyak spesimen.
Keyword: morphology, phylogeny, Rhizopodaceae, taxonomic status

Judul: Identitas Berbasis Molekuler Galur-Galur Rhizopus Asal Tempe Segar dari Berbagai Daerah di Indonesia
Abstrak: Rhizopus Ehrenb. (Zygomycetes, Zygomycota) merupakan cendawan yang bernilai ekonomi penting karena kontribusinya pada berbagai aspek kehidupan manusia, seperti sumber suplemen makanan, enzim, dan agens bioteknologi industri. Oleh sebab itu, identitas dari galur-galur Rhizopus menjadi penting. Dalam 30 tahun terakhir, taksonomi dan identifikasi Rhizopus berubah dari pendekatan morfologi dan fisiologi ke pendekatan molekuler. Dengan pendekatan morfologi, Rhizopus dibagi dalam tiga grup, yaitu grup R. microsporus, grup R. oryzae, dan grup R. stolonifer. Pada tahun 2007, berdasarkan kombinasi morfologi, fisiologi, kompatibilitas sistem kawin, dan data molekuler, Zheng et al. mengenal 10 spesies Rhizopus dengan 7 varietas, yaitu R. americanus, R. arrhizus var. arrhizus, var. delemar, dan var. tonkinensis, R. caespitosus, R. homothallicus; R. microsporus var. microsporus, var. azygosporus, var. chinensis, var. oligosporus, var. tuberosus dan var. rhizopodiformis, R. niveus, R. reflexus, R. schipperae, R. stolonifer, dan R. sexualis. Pada tahun 2010, Abe et al. menerima delapan spesies Rhizopus versi Zheng et al. (2007) dengan menempatkan R. niveus sebagai sinonim R. delemar, R. sexualis dan R. americanus sebagai sinonim R. stolonifer, dan mempertahankan R. oryzae dengan melibatkan sekuen gen internal transcribed spacer (ITS) rDNA, gen aktin, dan gen translation elongation factor 1α (EF-1α). Kemudian pada tahun 2013, Dolatabadi et al. menggunakan konsep Genealogy Concordance Phylogenetic Species Recognition (GCPSR) dari gen ITS, aktin, dan EF-1α, sifat fisiologi termasuk suhu pertumbuhan maksimum, morfologi spora, uji tipe kawin, profil yang dihasilkan MALDI-ToF, dan ekologi, untuk mengevaluasi takson infraspesifik Rhizopus microsporus. Mereka menegaskan bahwa R. microsporus tidak dapat dibagi ke takson infraspesifik. Perubahan terbaru dalam sistematika Rhizopus ini mempengaruhi status taksonomi Rhizopus, termasuk Rhizopus dari tempe segar Indonesia. Dahulu Rhizopus di Indonesia diidentifikasi terutama dengan pendekatan morfologi dan sidik jari DNA. Pada tahun 1970, Dwijoseputro dan Frederick mengidentifikasi 4 spesies Rhizopus, yaitu R. oligosporus, R. oryzae, R. arrhizus, dan R. stolonifer pada tempe dan ragi tempe yang berasal dari Jakarta, Surakarta, dan Malang. R. oligosporus banyak dinyatakan sebagai inokulan tempe dari berbagai daerah di Indonesia pada tahun 2000-an, meskipun Schipper dan Stalpers pada tahun 1984 menempatkan oligosporus sebagai varietas dari R. microsporus. Pada sistem terkini, cara ini yang belum dapat mengidentifikasi Rhizopus secara tepat. Re-identifikasi Rhizopus asal tempe ini diperlukan untuk menunjang upaya standardisasi mutu tempe yang memerlukan inokulan dengan identitas yang tepat. Hasil penelitian ini diharapkan dapat menjadi informasi terkini, tentang taksonomi Rhizopus pada tempe segar di Indonesia. Sebanyak 36 galur Rhizopus spp. asal tempe segar yang berasal dari 26 lokasi di Indonesia diidentifikasi berdasarkan kombinasi dari ciri morfologi, fisiologi, dan analisis molekuler filogenetik berdasarkan sekuen gen ITS pada DNA ribosom dan gen EF-1α. Kultur murni diperoleh dengan cara mengambil hifa secara aseptik dan menginokulasinya pada medium potato dextrose agar (PDA), lalu diinkubasi pada suhu ruang. Kultur dimurnikan dan diperbanyak untuk kultur kerja, dan kultur stok. Kultur stok disimpan dalam medium trehalosa-gliserol pada suhu -80 oC. Galur Rhizopus hasil koleksi ini disimpan di Institut Pertanian Bogor Culture Collection (IPBCC), Departemen Biologi, FMIPA, IPB. Analisis molekuler dimulai dengan ekstraksi DNA dari massa miselium yang ditumbuhkan pada medium miring PDA selama 3 hari. Ekstraksi DNA dilakukan menggunakan DNA PhytopureTM Kit Extraction (GE Healthcare, Inggris) sesuai dengan protokol pabrik. Amplifikasi Polymerase
Keyword: elongation factor- 1α, Indonesia, internal transcribed spacer, Rhizopus, taksonomi, tempe

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: