Judul: Kloning Gen Xilanase Termozim Dari Streptomyces costaricanus 45I-3
Abstrak: Biopolymer xylan has a great potential to produce useful end product such as xylose. Xylanases is a group of enzyme that has ability to hydrolyse xylan or polymer of xyloses and xylooligosaccharides. Complete hydrolysis of xylans involves the synergistic action of a xylanolytic enzymes, including ß-xylanase, ß-xylosidase, -glucuronidase, -L-arabinofuranosidase, and acetyl xylan esterase. The aims of this research were to isolate xylanase gene from Streptomyces costaricanus 45I-3 and to clone this gene into competence Escherichia coli DH5 . Genomic DNA was obtained from S. costaricanus 45I-3 that have known has ability to produce thermostabile extracellular xylanase. Genomic DNA was partially digested with restriction enzyme Sau3A1. Genomic DNA fragments of size 4-10 kb were inserted at BamHI site in pBluescript II KS (+) vector and transformed into E. coli DH5 . Based on blue-white selection approximately 12000 recombinant colonies were obtained. The presence of xylanase gene was identified by screening employing congored plate clearance assay. One positive clone containing the xylanase gene was confirmed and was designated as pHS11. Preliminary characterization of pHS11 using EcoRI showed that it contained a 6,0 kb DNA insert. Xylanase were produced has xylanase spesific activity 6,393 U/mg, -xylosidase activity 0,208 U/ml, arabinofuranosidase activity 0,079 U/ml and acetyl xylan esterase activity 0,063 U/ml as well.
Keyword: 

Judul: Isolasi Fragmen Gen Penyandi Endoxilanase Streptomyces costaricanus 45I-3 melalui pendekatan PCR
Abstrak: Xilan merupakan polisakarida kedua terbesar di alam setelah selulosa dan mempunyai potensi ekonomi tersendiri terlebih bila telah diuraikan menjadi bahan yang bermanfaat. Penguraian xilan membutuhkan kerja dari kombinasi beberapa enzim dengan endoxilanase (endo-1,4-β-D-xilanase, EC 3.2.1.8) sebagai pendahulu dalam mendegradasi xilan menjadi xilooligosakarida. Salah satu bakteri yang mampu menghasilkan endoxilanase adalah Streptomyces costaricanus 45I-3 koleksi Dr. Ir. Yulin Lestari, Bagian Mikrobiologi Departemen Biologi IPB yang diisolasi dari tanah gambut di Kalimantan. Namun produksi xilanase S. costaricanus 45I-3 secara komersial kurang efisien dan ekonomis disebabkan pertumbuhannya yang lambat bila dibandingkan dengan bakteri pada umumnya. Pendekatan molekuler memungkinkan gen penyandi endoxilanase S. costaricanus 45I-3 diisolasi dan dieskpresikan ke dalam inang yang sesuai untuk mempercepat pertumbuhan dan produksi enzim. Beberapa metode isolasi gen penyandi endoxilanase dari bakteri telah dilaporkan. Salah satu metode isolasi gen penyandi endoxilanase yang tercepat adalah dengan PCR. Penelitian ini bertujuan melakukan isolasi fragmen gen penyandi endoxilanase dari S. costaricanus 45I-3 menggunakan pendekatan PCR yang dilanjutkan dengan penentuan dan analisis urutan DNA. Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Bioteknologi Hewan dan Biomedis dan Laboratorium BIORIN (Biotechnology Research Indonesian-The Netherlands), Pusat Penelitian Sumberdaya Hayati dan Bioteknologi (PPSHB) Institut Pertanian Bogor dari bulan Agustus 2008 sampai dengan Mei 2010. Tahapan penelitian yaitu peremajaan isolat S. costaricanus 45I-3, isolasi DNA kromosom, perancangan primer, PCR, ligasi dengan pGEM-T Easy, introduksi ke E. coli DH5α kompeten, isolasi dan verifikasi plasmid rekombinan, pengurutan DNA dan analisis sekuen. Perancangan primer untuk mengamplifikasi gen endoxilanase S. costaricanus 45I- 3 dilakukan berdasarkan data urutan nukleotida gen endoxilanase dari genus Streptomyces yang diperoleh di Gen Bank (http://www.ebi.ac.uk/embl/). Wilayah konservatif dalam gen penyandi endoxilanase Streptomyces dicari melalui penjajaran urutan asam amino maupun nukleotida menggunakan program Clustal W. Primer dirancang menggunakan program Primer3 (http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3.cgi). Hasil perancangan diperiksa kualitasnya dengan program IDT (http://www.idtdna.com/ SciTools/SciTools.aspx). Rancangan primer diuji spesifitasnya dengan program BLASTn (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/)....dst
Keyword: Streptomyces costaricanus 45I-3 isolation of endoxylanase gene, design of PCR primer

Judul: Analisa deret waktu curah hujan di Daerah Khusus Ibukota Jakarta
Abstrak: Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui model deret Fourier yang dominan pada harmonik tertentu, guna menjelas- kan gambaran tentang musim untuk keperiodikan curah hujan bulanan setiap tahun, disamping itu ingin diketahui juga pengaruh korelasi diri dari setiap curah hujan bulanan dan rata-rata bergeraknya sebagai usaha untuk mengetahui ke- teraturan periodik atau menghilangkan keadaan yang eratik dari curah hujan bulanan. Bahan penelitian berupa data curah hujan bulanan yang dihimpun menjadi curah hujan tahunan, dari tahun 1953 sampai tahun 1977 atau selama 25 tahun. Dalam penelitian ini diambil data dari lima stasiun penakar hujan yang data- nya paling lengkap, masing-masing stasiun Jakarta Pusat, Kemayoran, Manggarai, Ragunan dan Jatipadang. Data diperoleh dari Badan Meteorologi dan Geofisika Jakarta. Hasil penelitian menunjukkan bahwa model yang dominan sebagai gambaran musim untuk keperiodikan curah hujan bulan- an setiap tahun adalah model deret Fourier untuk harmonik pertama, dari model diperoleh sari antaranya, diperkirakan bulan Februari akan terjadi curah hujan tertinggi dan bulan Agustus sebagai bulan dimana curah hujan terendah setiap tahun. Di stasiun penakar Jakarta Pusat, Kemayoran dan Manggarai terjadi tiga bulan kering secara berturut-turut pada bulan Juli, Agustus dan September. Sedangkan bulan basah mulai bulan Januari sampai Mei dan bulan Oktober sampai bulan Desember, kecuali di stasiun penakar Kemayoran pada bulan November dan Desember. Di stasiun Ragunan dan Jatipadang diharapkan tidak akan terjadi bulan kering, sedangkan bulan basah terjadi mulai bulan Januari sampai Juni dan bulan Oktober sampai Desember. Perbedaan antara musim hujan dan kemarau lebih jelas nampak untuk daerah-daerah bagian selatan kota atau di- Ragunan dan Jatipadang, kemudian semakin berkurang untuk daerah-daerah Manggarai dan Jakarta Pusat, sedangkan di- Kemayoran perbedaan antara kedua musim paling kecil. Curah hujan pada suatu bulan tertentu ada hubungannya dengan curah hujan pada bulan berikutnya, hubungan ini semakin berkurang dengan curah hujan pada bulan berikutnya lagi, kemudian dengan curah hujan pada bulan ketiga hubungannya sudah tidak ada. Gambaran fluktuasi curah hujan bulanan memperlihatkan pola yang teratur setelah dilakukan perataan (pemulusan) terhadap rata-rata bergerak curah hujan bulanan pada periode tiga bulan.
Keyword: Rainfall, model deret Fourier, Meteorologi, Geofisika