Judul: Streptomyces Spp Penghasil Microbial Transglutaminase Dan Pengklonan Dna Penyandinya Melalui Konstruksi Pustaka Genom
Abstrak: Enzim transglutaminase (TGase, E.C. 2.3.2.13) merupakan enzim yang mengkatalisis reaksi perpindahan gugus asil antara residu glutamin (Gln) yang berfungsi sebagai donor asil dan residu lisin (Lys) sebagai aseptor yang membentuk ikatan silang (crosslinking) ε-(γ-glutamyl) lisin isopeptida yang menghasilkan ikatan kovalen inter atau intramolekuler yang berikatan silang dengan protein makanan. Produksi enzim Microbial Transglutaminase (MTGase) dari strain liar mempunyai beberapa kelemahan yaitu selain pertumbuhan selnya lambat, produk yang dihasilkan sedikit dan protein yang dihasilkan juga bercampur dengan protein lainnya. Selain itu proses pemurnian cukup sulit karena memerlukan beberapa tahap pemurnian. Pendekatan teknologi rekayasa genetika sangat diperlukan untuk mendapatkan hasil yang lebih baik sehingga dapat dikembangkan dalam skala industri. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan bakteri yang menghasilkan MTGase dan mengklon fragmen DNA penyandinya. Untuk itu, penelitian ini dilakukan melalui beberapa tahapan yaitu, penapisan bakteri Streptomyces spp penghasil MTGase, identifikasi isolat penghasil MTGase dan pembuatan pustaka genom dengan mengkloning fragmen DNA 40 kb yang mengandung gen penyandi MTGase. Hasil penelitian menunjukkan bahwa penapisan terhadap bakteri Streptomyces spp penghasil MTGase yang diisolasi dari berbagai jenis tanah di Indonesia, mendapatkan satu isolat yang potensial yaitu TTA 02 SDS 14. Analisis molekuler dengan PCR membuktikan bahwa isolat tersebut mengandung gen MTGase. Sekuen parsial gen MTGase dari isolat tersebut memiliki homologi 93 % dengan MTGase dari Streptomyces cinnamoneus. Berdasarkan sekuen gen 16S rRNA, isolat TTA 02 SDS 14 memiliki kekerabatan terdekat dengan Streptomyces thioleteus dengan homologi 99%. Pustaka genom dengan sisipan fragmen ~40 Kb yang membawa gen MTGase telah berhasil dikonstruksi dengan menggunakan fosmid pCC1FOSTM di dalam E.coli EPI300-TIR.
Keyword: MTGase gene, Streptomyces spp, Pustaka Genom

Judul: Screening of Microbial Transglutaminase (MTGase) Enzymes from Actinomycetes Isolates of Makassar Strait
Abstrak: Enzim transglutaminase (TGase) merupakan enzim transferase dengan nama sistematik protein-glutamin-?-glutamiltransferase. Enzim TGase telah dilaporakan diproduksi oleh mikrob dan disebut Microbial Transglutaminase (MTGase). Actinomycetes merupakan mikrob penghasil senyawa aktif dalam jumlah yang sangat besar. Salah satu senyawa aktif yang dihasilkan Actinomycetes adalah enzim MTGase. Penelitian ini bertujuan menyeleksi Actinomycetes laut penghasil transglutaminase secara kualitatif serta memastikan keberadaan gen melalui amplifikasi dengan PCR. Metode penelitian meliputi seleksi isolat Actinomycetes menggunakan Filter Paper Disc, isolasi DNA, kuantifikasi DNA dan amplifikasi menggunakan PCR. Hasil penelitian menunjukkan 7 dari 46 isolat positif memiliki aktivitas transglutaminase dengan konsentrasi DNA tertinggi sebesar 125,45 ng/µl. Nilai kemurnian yang dibaca pada rasio A260/280 berada pada kisaran 1,83 – 1,92 dengan nilai rata-rata 1,88. Amplifikasi gen menggunakan primer PTgase-4 dan PTgase-5 menghasilkan pita berukuran 400 bp. Isolat Actinomycetes menunjukkan adanya aktivitas transglutaminase dan pemeriksaan amplifikasi diperoleh pita penyandi transgulaminase., Transglutaminase enzyme (TGase) is a transferase enzyme with the systematic name protein-glutamine-?-glutamyltransferase. TGase enzymes could be produced by microbes and it called Microbial Transglutaminase (MTGase). Actinomycetes is a microbe that produces a very large number of active compounds. One of the active compounds produced by Actinomycetes is the MTGase enzyme. This study aimed to qualitatively select marine Actinomycetes producing transglutaminase and ensure the presence of genes through amplification by PCR. The research method included selection of Actinomycetes isolates using Paper Disc Filter, DNA extraction, DNA quantification and amplification using PCR. The results showed that 7 out of 46 positive isolates had transglutaminase activity with the highest DNA concentration of 125.45 ng/µl. Purity values read on the A260/280 ratio were in the range of 1.83 - 1.92 with an average value of 1.88. Gene amplification using PTgase-4 and PTgase-5 primers produced a 400 bp band. Actinomycetes isolates showed transglutaminase activity and amplification examination obtained transgulaminase encoding band.
Keyword: amplifikasi, DNA, PCR, senyawa aktif, gen

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: