Judul: Analisis profil DNA genom beberapa galur Bacillus thuringiensis dengan elektroforensis gel medan berpulsa (PFGE)
Abstrak: Bacillus thuringiensis subspesies kurstaki HD-1 merupakan galur Bacillus thuringiensis yang telah banyak digunakan sebagai pestisida alami dan dapat diperoleh secara komersial untuk memberantas hama berupa larva dari jenis Lepidoptera (kupu-kupu) yang menyerang tanaman sayur-sayuran. Laboratorium Biologi Molekuler Mikroba, Puslitbang Bioteknologi, LIPI, Cibinong memiliki beberapa koleksi bakteri Bacillus thuringiensis yang memiliki fenotipe serta sasaran yang sama dengan Bacillus thuringiensis subspesies kurstaki HD-1, yang direncanakan akan digunakan untuk memproduksi pestisida alami baru. Untuk mengetahui bahwa koleksi bakteri tersebut tidak termasuk dalam galur Bacillus thuringiensis subspesies kurstaki HD-1 tetapi memiliki fenotipe serta sasaran yang sama maka dilakukan uji genotipe dengan menggunakan Elektroforesis Gel Medan Berpulsa (PFGE). Berdasarkan jumlah dan ukuran pita-pita DNA yang telah diperoleh dari hasil pemotongan oleh enzim restriksi Sma I pada analisis profil DNA genom dengan menggunakan PFGE, maka dapat diketahui jumlah pita-pita DNA berkisar antara 9-11 pita dan ukuran genom dari kesepuluh galur Bacillus thuringiensis dan satu galur Bacillus thuringiensis subspesies kurstaki HD-1 berkisar antara 4585-6730 Kb. Hasil analisis kekerabatan berdasarkan Schizotyping menunjukkan bahwa galur Bacillus thuringiensis 25F, 10S, 25S3, 50S15, 25S3, 50S 10, dan 50S, dapat dikatakan sebagai organisma yang memiliki spesies sama dengan Bacillus thuringiensis subspesies kurstaki HD-1 karena berkerabat dekat, sedangkan galur Bacillus thuringiensis 2EMs, 2EM2, dan 50S, merupakan organisma yang memiliki spesies yang berbeda dengan Bacillus thuringiensis subspesies kurstaki HD-1 karena tidak memiliki hubungan kekerabatan.
Keyword: DNA

Judul: Analisis molekuler gen Cry dari galur-galur mutan Bacillus thuringiensis subsp. kurstaki HD-1 dengan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction)
Abstrak: Pestisida yang biasa digunakan untuk mengendalikan serangga perusak tanaman (hama) adalah) bahan kimia beracun. Bahan kimia tersebut biasanya mempunyai spektrum daya bunuh yang luas, karena sifatnya ini dapat menimbulkan dampak negatif diantaranya membunuh organisme nontarget, berdampak terhadap kesehatan manusia, dan menyebabkan kerusakan lingkungan serta resistensi hama. Mengingat bahaya dari pestisida tersebut maka dicari alternatif yang lebih aman yaitu penanggulangan secara alami atau hayati yang disebut dengan biocontrol. Salah satunya adalah penggunaan bakteri sebagai biocontrol. Bacillus thuringiensis merupakan bakteri yang memiliki protein toksik yang dapat membunuh serangga perusak tanaman. Salah satu B. thuringiensis yang sudah dimanfaatkan adalah Bacillus thuringiensis subspesies kurstaki HD-1 yang mampu membunuh larva Lepidoptera. Dalam usaha meningkatkan potensi bakteri tersebut sebagai insektisida telah dilakukan mutasi (modifikasi genetik) dengan menggunakan sinar UV, etilmetansulfonat, dan metil-nitro-nitroso- guanidin (Jusuf 1987). Pada penelitian ini dilakukan analisis molekuler untuk mendeteksi perubahan yang terjadi pada gen cry akibat mutasi pada untaian basanya. Teknik analisis molekuler yang dilakukan adalah reaksi rantai polimerase (Polymerase Chain Reaction, PCR). Gen penyandi protein toksik (gen cry) untuk B. thuringiensis subsp. kurstaki HD-1 terdapat pada plasmid. Metode isolasi plasmid yang dipilih adalah metode Allen (Cork & khalil 1996), yaitu isolasi plasmid berdasarkan pada denaturasi alkali. Analisis DNA dari galur-galur mutan B. thuringiensis subsp. kurstaki HD-1 dengan menggunakan teknik PCR menunjukkan bahwa mutasi pada untaian DNA dapat menyebabkan terjadinya perubahan gen cry dari asalnya atau adanya penambahan jenis gen cry baru, seperti pada galur 25S7, 50S1, dan 2EM1 mempunyai gen cry tambahan selain gen cry yang terdapat pada galur liar [cry IA (b)] yaitu gen cry IA, ID, dan IIIA.
Keyword: molecular systems

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: