Judul: Keragaman fragmen DNA mitokondria daeha D-loop rusa timor cervus timorensis asal Sulawesi Tenggara, dan Nusa Tenggara Timur
Abstrak: Analisis keragaman genetik dilakukan pada 14 sampel rusa timor (Cervus timorensis) yang berasal dari Sulawesi Tenggara, dan Nusa Tenggara Timur dengan menggunakan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction). Metode penelitian meliputi: (1) Isolasi DNA total, (2) Evaluasi kualitas DNA, (3) Amplifikasi daerah D-Loop genom DNA Mitokondria, (4) Pemotongan dengan enzim restriksi, (5) Analisis hasil PCR dan pemotongannya, dan (6) Analisis data. Amplifikasi daerah D-loop DNA mitokondria rusa dilakukan dengan menggunakan sepasang primer, yaitu primer CTDF (5'-TAA TAT ACT GGT CTT GTA AAC C-3') yang menempel pada tRNA threonin dan primer CTDR (5'-GGC TGG CAC GAG ATT TAC CAA CCC-3') yang menempel pada daerah 12S rRNA. Amplifikasi pada semua sampel rusa menghasilkan fragmen berukuran 1340 bp. Berdasarkan data sekuen acuan, fragmen yang didapat berukuran 1437 bp. Terjadi perbedaan sebanyak 97 bp yang disebabkan karena sekuen acuan menggunakan tRNA Thr, tRNA Pro, tRNA dan sebagian 12SrRNA berasal dari spesies lain, yaitu Muntiacus reevesi (Gene-Bank, kode akses NC_004069) dan bukan dari rusa timor, karena data dasar fragmen tersebut tidak tersedia. Hasil amplifikasi selanjutnya dipotong dengan menggunakan enam macam enzim restriksi, yakni enzim pemotong empat basa, yaitu: HaelII (GG CC), Hapll (C/CGG), Alul (AG-CT), dan Rsal (GT-AC), dan enzim pemotong enam basa BamHI (G-GATCC) dan EcoRI (GAATTC). Semua sampel memberikan hasil pemotongan yang seragam (monomorfik), dengan kata lain tidak terdeteksi adanya variasi pada daerah D-Loop rusa timor.
Keyword: 

Judul: Analisis daerah D-loop DNA mitokondria rusa timor (Cervus timorensis)
Abstrak: Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui karakteristik daerah D-loop DNA mitokondria Cervus timorensis sebagai informasi dasar bagi pengelolaan populasi rusa timor. Di Indonesia rusa timor termasuk hewan yang dilindungi tetapi studi mengenai keragaman genetiknya masih sedikit. Dalam studi konservasi, peran genetika populasi sangat penting. Salah satu penanda yang telah sering digunakan untuk studi pada berbagai spesies adalah D-loop. Daerah D-loop berada di antara tRNA Prolin dan tRNA Phenilalanin pada DNA mitokondria. Ukurannya yang kecil (sekitar 1000 bp) serta letaknya yang khas merupakan keunggulan D-loop. DNA dipurifikasi dari darah rusa timor yang berasal dari Kebun Binatang Ragunan dan Taman Nasional Rawaaopa. Daerah D-loop diamplifikasi dengan menggunakan primer CST-2 dan CST-39. Selanjutnya dilakukan pemotongan dengan enzim restriksi Hpall, Haelll, Alul, dan Rsal. Hasil pemotongan dihomologikan dengan sekuen D-loop dari Bos taurus dan Cervus elaphus. Dari sepuluh sampel yang dipakai, satu sampel dari Ragunan (R1) memiliki ukuran D-loop yang berbeda dengan lainnya. Hasil pemotongan R1 juga menunjukkan perbedaan dengan sampel lainnya. Tetapi homologi dengan sekuen pembanding menunjukkan bahwa perbedaan ini kemungkinan besar karena lokasi penempelan CST-39 yang berbeda pada R1.
Keyword: DNA

Judul: Kekonsistenan Hamiltonian pada Gerak Gelombang Interfacial
Abstrak: The interfacial wave is an internal wave that occurs at boundary of two layers fluid. It appears because there is difference of mass density between the two layers. The objective of this thesis is to formulate the motion of internal wave with flat base and flat as well as free upper bound surface. The motion equation obtained is a Hamiltonian system. The Hamiltonian in this system is expressed by variable of wave deviation and horizontal component of potential velocity. Under assumption that interfacial wave moves only in one direction, it can be shown that the Hamiltonian depends on the solution of the wave motion equation. The coefficients of the equation depend on the physical characteristics of the two layers of fluid, i.e. thickness and mass density. The numerical results show that Hamiltonian in the system is constant. It is consistent with Hamiltonian characteristic, which does not depend on time.
Keyword: