Judul: Pengembangan Metode Multipleks real-time PCR untuk Deteksi Escherichia coli Patogenik pada Es Batu
Abstrak: Escherichia coli (E. coli) patogenik diketahui sebagai bakteri penyebab sakit yang dapat menimbulkan infeksi, termasuk infeksi saluran kemih, diare, dan penyakit-penyakit lainnya. Empat patotipe E. coli dikenal sebagai bakteri penyebab diare (diarrheagenic E. coli/DEC) yang berasosiasi dengan pangan (foodborne illness), yaitu enterotoksigenik E. coli (ETEC) yang mengandung virulensi toksin labil dan stabil (lt dan st), enteropatogenik E. coli (EPEC) dengan virulensi intimin (eae), enterohemoragik E. coli (EHEC) yang mengandung toksin shiga (stx1 dan stx2), dan enteroinvasif E. coli (EIEC) yang mengandung plasmid invasi (inv). Salah satu metode yang telah secara luas dan sering digunakan sebagai metode diagnostik E. coli adalah polymerase chain reaction (PCR). Proses identifikasi lebih dari satu jenis bakteri dengan teknik PCR perlu dikembangkan. Pengembangan teknik PCR tersebut adalah dengan menerapkan metode multipleks PCR. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan metode multipleks rt-PCR dengan menggunakan SYBR Green sebagai label fluoresen untuk mendeteksi 4 patotipe E. coli, yaitu ETEC, EPEC, EHEC, dan EIEC pada es batu. Penelitian dilakukan melalui empat tahap, yaitu tahap persiapan, tahap ekstraksi DNA, tahap pengujian primer, dan tahap aplikasi metode multipleks rt- PCR. Ekstraksi DNA dilakukan dengan metode kombinasi chelex100-microwave. Pengujian primer dilakukan pada empat konsentrasi berbeda, yaitu 0.125, 0.250, 0.375, dan 0.500 μM. Masing-masing konsentrasi diujikan secara simpleks rt- PCR pada setiap target gen. Hasil konsentrasi terbaik selanjutnya dipilih untuk analisis secara multipleks rt-PCR. Selanjutnya spesifisitas dan sensitivitas metode multipleks rt-PCR ditentukan. Kemurnian DNA hasil ekstraksi menunjukkan nilai yang baik, yaitu antara 1.80-1.94. Konsentrasi primer optimum untuk aplikasi metode multipleks adalah 0.25 uM untuk primer lt, dan 0.125 uM untuk primer st, eae, stx1, stx2, dan inv dengan suhu annealing hasil optimasi sebesar 55 oC. Dua set pengujian multipleks rt-PCR memungkinkan proses deteksi E. coli patogenik. Pembagian set multipleks dilakukan berdasarkan selisih nilai suhu pelelehan diatas 2 oC. Set multipleks rt- PCR pertama terdiri dari target gen lt-st-eae (78.5-75.0-81.6 oC) untuk deteksi E. coli jenis ETEC dan EPEC. Set multipleks kedua terdiri dari target gen stx1-stx2- inv (79.8-82.7-77.1 oC) untuk deteksi E. coli jenis EHEC dan EIEC dengan nilai sensitivitas sebesar 0.1 ng DNA E. coli untuk setiap target gen.
Keyword: E. coli patogenik, chelex100-microwave, multipleks rt-PCR, spesifisitas dan sensitivitas

Judul: Deteksi Salmonella spp., S. Typhimurium dan S. Enteritidis Menggunakan Multiplex Real-Time Polymerase Chain Reaction (PCR).
Abstrak: Salmonella merupakan salah satu bakteri patogen yang banyak ditemui di pangan khususnya serotipe S. Typhimurium dan S. Enteritidis. Pangan yang paling rentan terkontaminasi Salmonella adalah daging unggas terutama karkas ayam. Metode untuk mendeteksi keberadaan Salmonella dengan multiplex real-time Polymerase Chain Reaction (rt-PCR) dibutuhkan agar deteksi lebih cepat dan efisien. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan metode deteksi dan serotyping cepat Salmonella spp. dengan menggunakan multiplex rt-PCR. Tahapan penelitian yaitu ekstraksi DNA, optimasi konsentrasi primer, uji spesifisitas dan limit deteksi, pembuatan kurva standar, dan uji coba pada karkas ayam. Ekstraksi DNA dilakukan dengan menggunakan metode lisis sel. Kemurnian hasil ekstraksi DNA Salmonella yaitu 1.84-1.93 (371.30-985.00 ng/μL). Primer yang digunakan yaitu InvA119 untuk mendeteksi Salmonella spp., STM523 untuk mendeteksi S. Typhimurium, dan Prot6E untuk mendeteksi S. Enteritidis. Konsentrasi primer optimum yaitu 0.3 μM untuk InvA119, 0.6 μM untuk STM523, dan 0.1 μM untuk Prot6E. Limit deteksi untuk setiap target gen secara berturut-turut yaitu 0.00288, 0.02200, dan 0.00218 ng/μL dengan jumlah sel 1.9x102, 4.1x103, dan 2.1x102 sel. Jika dilakukan secara multiplex maka konsentrasi limit deteksi sebesar 0.00727 ng/μL akan tetapi tidak dapat diketahui konsentrasi dari masing-masing serovar Salmonella sehingga jumlah sel terendah tidak dapat dihitung. Nilai R2 dari kurva standar yang dihasilkan dari pengujian secara multiplex rt-PCR berkisar antara 0.7-0.8 sehingga tidak valid jika digunakan untuk kuantifikasi.
Keyword: multiplex, rt-PCR, Salmonella spp., S. Enteritidis, S. Typhimurium

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: