Judul: Design of Primers Specific to Alopias superciliosus Species for Colorimetric LAMP Identification Method
Abstrak: Tingginya permintaan dunia terhadap ikan hiu paitan (Alopias superciliosus) membuat spesies tersebut mengalami eksploitasi berlebihan dan saat ini masuk kategori vulnerable dan Appendix II CITES. Identifikasi molekuler untuk mendeteksi jenis ikan hiu penting dilakukan untuk memastikan bahwa hiu yang diperdagangkan bukan termasuk jenis hiu yang dilindungi. Deteksi cepat spesies Alopias superciliosus dapat dilakukan dengan LAMP kolorimetri. Penelitian bertujuan mengidentifikasi primer spesifik spesies Alopias superciliosus menggunakan marka gen COI dan NADH2 serta optimasi waktu dan suhu yang digunakan dengan metode LAMP kolorimetri. Penelitian diawali dengan merancang primer DNA mitokondria COI dan NADH2 secara in silico. Selanjutnya primer diuji secara in vitro bersama isolat DNA hasil isolasi. Penelitian secara in silico menghasilkan set primer COI dan NADH2 yang terdiri dariprimer F3, B3, FIP, BIP, dan tambahan primer loop LB. Set primer LB gen COI dapat mendeteksi sampel target pada suhu 65°C selama 30 menit dengan tingkat spesifisitas hingga konsentrasi paling rendah 0,01 pg/µL. Set primer LB gen NADH2 dapat mendeteksi sampel pada suhu 70°C selama 27 menit., The high global demand for Paitan Shark (Alopias superciliosus) has led to overexploitation and the species is currently categorized as vulnerable and Appendix II of CITES. Molecular identification to detect the type of shark is important to ensure that the shark being traded is not a protected species. Rapid detection of Alopias superciliosus species can be done by colorimetric LAMP. This study aims to identify Alopias superciliosus species-specific primers using COI and NADH2 gene markers and optimize the time and temperature used with colorimetric LAMP method. The research began by designing COI and NADH2 mitochondrial DNA primers in silico. Furthermore, the primers were tested in vitro with isolated DNA isolates. In silico research produced COI and NADH2 primer sets consisting of F3, B3, FIP, BIP, and additional LB loop primers. The COI gene LB primer set can detect target samples at 65°C for 30 minutes with specificity up to a concentration of at least 0.01 pg/µL. The NADH2 gene LB primer set can detect samples at 70°C for 27 minutes.
Keyword: Alopias superciliosus, COI, Colorimetric LAMP, NADH2

Judul: Authentication of the Utilization of Alopias pelagicus and Alopias superciliosus Species in Processed Fish Products with High Resolution Melting (HRM)-qPCR Method
Abstrak: Hiu dan pari dimanfaatkan sebagai bahan baku produk olahan hasil perikanan dapat menyebabkan berkurangnya populasi hiu yang kini rentan terhadap kepunahan. Saat ini hiu yang diperdagangkan berupa sirip, daging ikan asin dan rebus, olahan ikan hiu, minyak ikan dan sebagai pengganti pakan ternak yang sulit diidentifikasi dan autentikasi secara morfologi apakah boleh diperdagangkan atau tidak, sehingga perlu menggunakan metode molekuler yaitu DNA barcoding. Autentikasi spesies pada produk hiu dengan pendekatan molekuler perlu dilakukan untuk menelusuri pemanfaatan spesies yang terancam punah dalam produk hiu, baik segar maupun olahan untuk membantu menegakkan kebijakan yang telah dibuat dan ditetapkan. Salah satu metode DNA barcoding yang saat ini sedang dikembangkan adalah metode kombinasi High Resolution Melting (HRM)qPCR. Metode kombinasi High Resolution Melting (HRM)-qPCR dapat meningkatkan spesifisitas dengan biaya yang lebih rendah karena tidak ada analisis tambahan setelah proses PCR seperti elektroforesis gel. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengautentikasi spesies Alopias pelagicus dan Alopias superciliosus pada produk olahan sate ikan asap dan hiu dengan primer spesifik spesies yang telah dirancang untuk berbagai lokasi menggunakan metode kombinasi HRM-qPCR. Metode penelitian terdiri dari pengambilan sampel, desain primer, isolasi DNA, amplifikasi PCR, dan Real-time PCR HRM dengan marka molekuler NADH2, 12S rRNA dan COI. Spesies target dan non target dapat dibedakan dengan sebaran garis pada kurva leleh dan nilai Tm. Nilai Tm Sampel Alopias pelagicus dari daerah Aceh dengan marka NADH2 berkisar 77,286,3°C dan NADH2 untuk spesies Alopias superciliosus berkisar 80,5-98,2°C. Nilai Tm Alopias pelagicus dengan marka 12S rRNA berkisar 77,10−86,2 °C dan marka COI untuk Alopias superciliosus berkisar 60,22−73,21°C. Perbedaan nilai Tm disebabkan oleh adanya perbedaan susunan basa nukleotida pada setiap spesies. Primer spesifik Alopias pelagicus dan Alopias superciliosus diperoleh secara in silico dan memberikan akurasi serta dapat diterapkan untuk mengautentikasi produk olahan hiu secara cepat, tepat dan akurat. Hasil aplikasi HRM-qPCR pada produk olahan sate ikan asap dan hiu adalah bukan jenis Alopias pelagicus dan Alopias superciliosus., Sharks as raw material for processed fishery products can lead to a reduction in shark populations that are vulnerable to extinction. Sharks traded in the form of fins, salted and boiled fish meat, processed shark fish, fish oil and as a substitute for animal feed is difficult to identify and morphologically authenticate to trade or not, so it is necessary to use a molecular method, namely DNA barcoding. Species authentication in shark products with a molecular approach needs to be done to trace the use of endangered species in shark products, both fresh and processed to help enforce policies that have been made and established. One of the DNA barcoding methods currently being developed is the High Resolution Melting (HRM)-qPCR combination method. The combination method of HRMqPCR can increase the specificity at a lower cost because there is no additional analysis after the PCR process such as gel electrophoresis. The purpose of this study was to authenticate the species Alopias pelagicus and Alopias superciliosus in processed products of smoked fish and shark satay with species-specific primers that have been designed for various locations using the HRM-qPCR combination method. The research method consisted of sample collection, primer design, DNA isolation, PCR
Keyword: Alopias pelagicus, Alopias superciliosus, autentikasi, hiu, HRM

Judul: Dynamics Model for Rural and Urban Economic Growth
Abstrak: Lewis theory of structural change has focused on mechanisms that allow countries to transform their domestic economic structure to a more modern economy. The proposed model deals with the mechanism of interaction between rural and urban Economic. This model is concerned with the process of labor transfer from rural to urban areas. This study aims to model the dynamics of economic growth in rural and urban areas, including determining the equilibrium solution and to carry out simulation of the model. The simulation results show that the transfer of labor from rural to urban areas will increase the rate of change of capital so that structural changes can be realized. In addition, increased propensity to save in rural areas will also accelerate structural change
Keyword: