Judul: Analisis molekul DNA berukuran besar pada kedelai (Glycine max (L) Merrill) dengan pulsed field gel elektroforesis (PFGE)
Abstrak: Perbaikan tanaman kedelai melalui teknik DNA rekombinan merupakan salah satu langkah yang dapat digunakan untuk membantu perakitan varietas secara konvensional. Di Indonesia hal ini belum banyak digunakan, oleh karena itu perlu dikembangkan. Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) merupakan salah satu alat bantu yang dapat digunakan pada pemetaan genom yang berukuran besar. PFGE telah banyak dimanfaatkan bagi pemetaan genom eukariot tingkat rendah seperti khamir, sedangkan pada tanaman pemanfaatannya baru dimulai sekitar tahun 1990. Atas dasar masalah te rsebut, maka penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk: a) mendapatkan metode standar untuk mendapatkan isolasi DNA genom utuh, b) pemisahan DNA dengan bantuan PFGE dan c) teknik hibridisasi Southern untuk DNA berukuran besar. Isolasi DNA genom kedelai dengan ca ra menjerap protoplas ke dalam matrik agar dapat menghasilkan DNA yang kurang lebih utuh berukuran lebih besar dari 5 Mpb Protoplas diisolasi dari kotiledon polong muda yang berumur 18 -38 HSP (hari sesudah penyerbukan) dengan menggunakan larutan osmolitikum CPW (Dhir et al., l99li yang mengandung sukrosa 14 % (b/v) serta enzim selulase Onosuka RIO 1.5 % (b/v) dan maserozim 0.7 % (b/v). Larutan osmolitikum memiliki nilai potensial osmotik sebesar -1.37 Mpa serta dengan penambahan EDTA sebesar 0.01 M mampu menghasilkan DNA yang berukuran besar dan baik. Evaluasi pemisahan DNA genom dengan menggunakan enzim restriksi NotI, SmaI dan SfiI menghasilkan potongan DNA yang berukuran sedikitnya 1410 Kpb (tanpa transformasi statistik) dan 1610 Kpb (dengan transformasi statistik) untuk enzim restriksi NotI dan SfiI. Dari hasil pemetaan dengan menggunakan pelacak pSRS 0.8 dari gen ribulosa bisfosfat karboksilase/oksigenase belum memperlihatkan sinyal hibridisasi dengan baik. Walaupun demikian pada analisis homologi DNA pelacak dengan DNA genom kedelai menggunakan mini gel elektroforesis memperlihatkan adanya sinyal hibridisasi. Hal ini memberi suatu peluang bahwa pelacak pSRS0. 8 dapat digunakan pada pemetaan genom kedelai.
Keyword: DNA molekuls

Judul: Isolasi DNA kedelai (Glycine Max (L.) Merrill) varietas orba dan pemotongannya dengan enzim restriksi
Abstrak: Usaha perbaikan genetik kedelai (Glycine Bax (L.) Merrill) sangat diperlukan guna memenuhi kebutuhan akan kedelai yang selalu meningkat. Salah satu langkah yang dapat digunakan untuk membantu perbaikan tanaman adalah teknik DNA rekombinan. Pada penelitian ini dilakukan isolasi DNA dari dua sunber jaringan yang berbeda yaitu daun dan biji kedelai varietas Orba, yang bertujuan untuk mempelajari teknik isolasi DNA yang cepat dan membandingkan hasilnya, serta mempelajari kondisi pemotongan DNA dengan enzin restriksi, yang merupakan bagian dari satu penelitian jangka panjang dalam usaha perbaikan gebetik kedelai melalui pembentukan DNA rekombinan. Penelitian ini dilaksanakan mulai bulan Juni sampai Desember 1991, bertempat di Laboratorium Genetika Terapan PAU Bioteknologi IPB, Darmaga, Bogor. Hasil penelitian menunjukkan bahwa DNA yang diperoleh dari daun kedelai memberikan hasil yang lebih murni di- bandingkan dengan hasil yang diperoleh DNA dari biji kedelai, sehingga untuk mengisolasi DNA dari biji diper- lukan langkah-langkah pemurnian lebih lanjut. Hal ini disebabkan tingginya kandungan protein dan pati pada biji yang dapat terekstrak bersama-sama dengan DNA. Hasil elektroforesis DNA dengan gel agarosa menunjuk- kan posisi pita yang sama pada bagian atas gel yang ber- arti memiliki jumlah pasangan basa yang tinggi. Pemotongan DNA genom kedelai dengan enzin restriksi baik dari daun maupun dari biji, menghasilkan pita kontinu yang pada gel tampak nengoles ("smear"), karena pemotongan pada DNA genom menghasilkan ratusan ribu fragmen yang berbeda yang masing-masing tidak mungkin tampak sebagai pita-pita pada gel…
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: