Judul: Infektifitas Fage Litik dari Limbah Cair Rumah Tangga  terhadap Enteropathogenic Escherichia coli Resisten  Antibiotik
Abstrak: Penyakit diare merupakan salah satu food borne disease dan water borne disease yang banyak menimbulkan masalah di Indonesia dan bisa menyebabkan kematian apabila tidak ditangani dengan baik. Salah satu bakteri penyebab diare yang umum ditemukan dalam tanah dan air dan dapat mencemari makanan ialah bakteri Escherichia coli Enteropatogenik (EPEC). Telah ditemukan bakteri EPEC K1.1 yang diisolasi dari anak-anak penderita diare di Depok diketahui resisten terhadap tetrasiklin dan ampisilin. Bakteri yang resisten terhadap antibiotik bila mencemari sumber air minum dan makanan dan menyebabkan diare akan menyulitkan pengobatan, sehingga diperlukan bakteriofage (fage) yang dapat melisisnya. Penelitian ini bertujuan mengetahui adanya fage litik yang mampu melisis bakteri EPEC K1.1. Hasil penelitian ini diharapkan dapat diaplikasikan sebagai biokontrol pencemaran air dan makanan.
Keyword: 

Judul: Efektivitas Campuran Fag Litik Spesifik pada EPEC K1.1 dan Salmonella P38 sebagai Biokontrol terhadap Penyakit Diare
Abstrak: Enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) merupakan salah satu bakteri penyebab diare di negara berkembang terutama banyak menyerang bayi dan balita. Bakteri EPEC umumnya ditemukan dalam tanah dan air yang menjadi salah satu penyebab dari foodborne disease dan waterborne disease. Mekanisme penyebaran foodborne disease dan waterborne disease terjadi akibat cemaran patogen penyebab penyakit berada dalam makanan dan air sehingga dapat menyebabkan penyakit infeksi bila dikonsumsi oleh manusia atau hewan. Selain bakteri EPEC, diare pun dapat disebabkan oleh beberapa bakteri patogen lainnya, salah satunya adalah Salmonella. Salmonella dapat menyebabkan penyakit pada manusia dengan sindrom gastroenteritis. Bakteri EPEC dan Salmonella merupakan bakteri penyebab gastroenteritis yang banyak ditemukan di Indonesia mencemari makanan atau minuman. Beberapa studi melaporkan bahwa galur Salmonella enteritidis yang diisolasi dari penderita diare di Indonesia resisten terhadap antibiotik ciproflosaksin dan norflosaksin, S. Typhi resisten terhadap kloramfenikol, streptomisin, dan tertrasiklin. Dilaporkan bakteri EPEC K1.1 yang diisolasi dari penderita diare di Depok resisten terhadap antibiotik tetrasiklin dan ampisilin. Adanya bakteri yang resisten terhadap antibiotik jika mencemari makanan dan minuman akan menyebabkan penyakit diare dan mempersulit pengobatan, sehingga diperlukan biokontrol alami yang ramah lingkungan dan dapat mengatasi bakteri patogen tersebut. Biokontrol alami yang dimaksud adalah fag litik yang dapat melisiskan sel bakteri. Hasil penelitian ini diharapkan dapat diaplikasikan sebagai biokontrol pencemaran air dan makanan sehingga dapat mencegah penyakit diare akibat infeksi EPEC dan Salmonella. Fag litik EPEC diisolasi dari limbah cair rumah tangga di daerah Babakan Raya, Darmaga Bogor. Isolat fag litik yang diperoleh dimurnikan dan dibiakkan, selanjutnya diamati morfologinya, dilakukan kuantifikasi fag litik, ditentukan kisaran inangnya, diuji aktivitas campuran fag litik dalam melisis sel EPEC K1.1 dan Salmonella P38, diuji kestabilan penyimpanannya dalam bufer dengan kondisi suhu yang berbeda, dan dilakukan karakterisasi protein fag litik. Pada penelitian ini, diperoleh empat isolat fag litik yaitu: FBd1, FBd2, FBd3 dan FBd4 yang didapat dari titik pengambilan sampel yang berbeda. Konsentrasi fag litik kemudian diukur dengan cara menghitung plak yang terbentuk (Plaque Forming Unit (PFU)). Fag litik FBd3 memiliki konsentrasi tertinggi, yaitu 3.4 x 106 PFU/mL. Kuantifikasi plak menunjukkan bahwa FBd3 memiliki kemampuan infeksi terkuat terhadap bakteri EPEC K1.1, sehingga lebih efektif dalam menginfeksi sel EPEC K1.1 dibandingkan ketiga isolat lainnya. Hal ini memungkinkan peluang FBd3 untuk dapat diaplikasikan sebagai biokontrol terhadap penyakit diare. Uji kisaran inang bertujuan untuk mengetahui spesifisitas fag dalam melisis sel bakteri yang menjadi inangnya. Hasil penelitian menunjukkan bahwa fag litik FBd3 bersifat spesifik terhadap bakteri EPEC K1.1. Spesifisitas inang FBd3 menunjukkan dugaan bahwa di permukaan sel bakteri EPEC K1.1 memiliki reseptor-reseptor yang spesifik terhadap fag litik FBd3 yang tidak dimiliki oleh bakteri lainnya. Berdasarkan pengamatan morfologi fag litik pada Transmission Electron Microscope (TEM), FBd3 termasuk kedalam famili Phodoviridae. Morfologi kepala ikosahedral berdiameter 57.14 nm, ekor pendek non kontraktil berdiameter 12.5 nm dan panjang ekor 33.3 nm. FR38 termasuk kedalam famili Siphoviridae dengan kepala berbentuk heksagonal ikosahedral berdiameter 72.7 nm, ekor non kontraktil dengan panjang 100 nm dan berdiameter sebesar 18.2 nm. Kepala dan ekor fag terdiri dari protein. Protein penyusunnya bervariasi dan memiliki fungsi yang berbeda. Fungsi tersebut meliputi perlindungan fag terhadap ketahanannya di lingkungan dan berperan pada proses replikasi sampai menyebabkan lisis pada
Keyword: Lytic phage, cocktail phage, Salmonella, EPEC

Judul: The Construction of Greedy SVP LLL Algorithm
Abstrak: A lattice is a set of all integer linear combination of a set of linearly independent vectors in ℝ𝑛���. The independent vectors are called bases of lattice. Any lattice can be generated from many bases, and these bases have the same cardinality. In the lattice, the most fundamental and renowned problem is the Shortest Vector Problem (SVP). SVP is a tracking problem of the shortest nonzero vector in a lattice with equivalent bases. In two dimensions, SVP problem has resolved exactly by Gauss’ algorithm. When the lattice dimension is higher than two, A.K. Lenstra, H.W. Lenstra and L. Lovasz gave a LLL algorithm to compute approximation of nonzero shortest vector in the lattice. Reduced bases solution obtained from LLL algorithm still be an approximation and has polynomial running time of arbitrary dimension which large enough. In 1994, Schnoor and Euchner modified this LLL algorithm as a new variant which later was named deep insertion LLL algorithm. This algorithm is a modified version of the LLL algorithm to the terms of the exchange step to improve the accuracy of output of LLL reduced bases and applying it to the subset sum problem. The purpose of this research are: (1) Reconstruct the LLL algorithm and deep insertion LLL algorithm using a geometric approach. (2) Construct a greedy SVP LLL algorithm. (3) Implement the three algorithms in a symbolic programming language, and evaluate them experimentally. A bases ℬ=[𝐛���1,𝐛���2,…,𝐛���𝑛���] in ℝ𝑚��� is called reduced LLL with parameter 𝛿��� if satisfies: (a) |𝜇���𝑗���𝑖���|≤12, for every integer 𝑖���,𝑗��� with 1≤𝑖���<𝑗���<𝑛���. (b)𝛿���‖𝜋���𝑗���(𝐛���𝑗���)‖2≤‖𝜋���𝑗���(𝐛���𝑗���+1)‖2, for 𝑗���=1,2,…,𝑛���−1,where 𝛿��� is a reduced parameter of real numbers with 14<𝛿���<1. The first requirement is the reduced basis 𝛿��� must “nearly orthogonal” and in its computation case, this requirement can be reached out by using the Gram-Schmidt’s orthogonalization. While the second requirement is called exchange step, or used to called as Lovasz condition. By using both of these requirements, then they establish the LLL algorithm. Then, Schnoor and Euchner modify the LLL algorithm based on the requirements of the exchange step called the deep insertion LLL algorithm, where the exchange step is based on the comparison of the projected vector in orthogonal complement [𝐛���1,𝐛���2,…,𝐛���𝑘���−1]⊥ after j-th reduction. To construct greedy SVP LLL algorithm, the requirements of the exchange step is based on purely by comparing norm of lattice 𝐛���𝑗��� with norm lattice 𝐛���𝑖��� for 𝑖���=1,2,3…,𝑗���−1. The process of insertion reduced vector after the exchange step also has done greedily. Then, we calculate the number of arithmetic operation in greedy SVP LLL algorithm for further analysis. The result of our exprimentation for three algorithms on the certain matrix size shows that the running time of the three algorithms increases propotional to the size of the matrix. The result also shows that by using 𝛿���=34 for the LLL algorithm and the deep insertion LLL algorithm, and the greedy SVP LLL algorithm which is a new variant made by using no parameter of 𝛿���, outperform of the other of two previous algorithm in terms of speed with the same output.
Keyword: LLL algorithm, LLL deep insertion algorithm, greedy SVP LLL algorithm