Judul: The Potential of Bacterial Biopigment as an Antioxidant at Cellular Level
Abstrak: Antioksidan memiliki peran penting dalam menghambat radikal bebas sehingga manusia dapat terhindar dari berbagai infeksi penyakit. Beberapa antioksidan dapat memberikan perlindungan terhadap kerusakan yang diakibatkan cekaman oksidatif. Cekaman oksidatif dalam sistem biologi merupakan proses kompleks yang ditandai oleh ketidakseimbangan antara produksi radikal bebas dan kemampuan tubuh untuk mengeliminasi molekul reaktif tersebut. Reactive Oxygen dapat memicu berbagai penyakit seperti kanker. Respon sel terhadap konsentrasi ROS yang tinggi adalah memproduksi antioksidan endogen seperti katalase, superoksida dismutase, dan thioredoxin. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis aktivitas pigmen yang dihasilkan oleh kultur bakteri P4.15, BFF62, dan P1.Z39 secara in vitro dan pada tingkat seluler pada Saccharomyces cerevisiae. Penelitian ini dilakukan melalui beberapa tahap yaitu peremajaan bakteri, optimasi medium, produksi pigmen hingga didapatkan ekstrak kasar pigmen. Ekstrak kasar pigmen kemudian difraksinasi dengan metode KLT sehingga didapatkan fraksi aktifnya. Aktivitas antioksidan dari ekstrak kasar pigmen dan fraksi aktif kemudian diuji menggunakan metode DPPH, dan ditinjau pada tingkat seluler melalui S. cerevisiae. Optimasi medium menunjukan medium terbaik untuk menumbuhkan kultur P4.15 dan BFF62 adalah LB, dan medium SWC untuk kultur P1.Z39. Hasil rendemen ekstrak kasar pigmen yang didapatkan dari kultur P4.15 sebesar 1,188%, kultur BFF62 sebesar 1,196%, kultur P1.Z39 sebesar 0,940%. Pengujian antioksidan ekstrak kasar pigmen pada ketiga kultur bakteri menunjukan nilai IC50 yang tinggi pada kultur P4.15 sebesar 78,689 µg/mL, kultur P1.Z39 sebesar 105,074 µg/mL, dan kultur BFF62 376,759 µg/mL. Masing-masing ekstrak kasar pigmen difraksinasi dengan metode KLT menunjukkan kombinasi eluen terbaik pada ekstrak kasar pigmen P4.15 adalah kloroform: etil asetat (1:9)(v/v), BFF62 adalah kloroform: etil asetat (4:6)(v/v), dan P1.Z39 (2:8)(v/v). Hasil bioautografi antioksidan menggunakan perbandingan eluen terbaik adalah ketiga ekstrak kasar pigmen tersebut memiliki fraksi aktif. Pengujian cekaman oksidatif menunjukkan bahwa ekstrak kasar pigmen dapat meningkatkan toleransi dari S. cerevisiae pada cekaman H2O2,ekstrak kasar pigmen P4.15 dan fraksi aktif memberi efek yang lebih baik apabila dibandingkan dengan ekstrak kasar pigmen BFF62 dan P1.Z39. Analisis ekspresi gen menunjukkan bahwa perlakuan dengan ekstrak kasar pigmen P4.15 dan fraksi aktif mampu meningkatkan ekspresi dari gen ctt1, sod1, dan trx2. Hasil deteksi senyawa aktif pada fraksi aktif P4.15 menggunakan LCMS menunjukkan bahwa L-glutamin dan asam risinoleat yang diduga berperan sebagai antioksidan. Berdasarkan hasil identifikasi 16S rRNA kultur potensial P4.15 memiliki kemiripan dengan genus Kocuria., Antioxidants have an essential role in inhibiting free radicals so humans can avoid various infectious diseases. Some antioxidants can protect against damage caused by oxidative stress. Oxidative stress in biological systems is a complex process characterized by an imbalance between the production of free radicals and the body's ability to eliminate these reactive molecules. Reactive Oxygen can trigger various diseases such as cancer. Cell response to high concentrations of ROS is to produce endogenous antioxidants such as catalase, superoxide dismutase, and thioredoxin. This study aims to analyze the activity of pigments produced by bacterial cultures P4.15, BFF62, and P1.Z39 in vitro and at cellular level in Saccharomyces cerevisiae. This research was carried out through several stages, namely, the rejuvenation of bacteria, optimization of the medium, and production of pigments to obtain crude extracts of pigments. The pigment crude extract was then fractionated using the TLC method to obtain
Keyword: cekaman H2O2, ctt1, sod1, trx2, Saccharomyces cerevisiae

Judul: Potency of Bacterial Yellow Pigment Extract as a Source of Natural Antioxidants
Abstrak: Keanekaragaman yang dimiliki oleh mikrob dapat menghasilkan berbagai senyawa metabolit sekunder yang unik dan menunjukkan perannya dalam bidang industri dan farmakologi. Penggunaan metabolit sekunder seperti pigmen bakteri saat ini menarik perhatian untuk diteliti, karena pigmen bakteri memiliki banyak keunggulan baik dalam produksi maupun aktivitasnya. Bakteri penghasil pigmen dapat ditemukan di berbagai habitat mulai dari laut hingga tanah rizosfer. Pigmen yang disintesis oleh bakteri pada habitat tertentu merupakan bentuk mekanisme adaptasi sel bakteri untuk kelangsungan hidup di dalam habitatnya. Bakteri dapat memproduksi berbagai jenis pigmen seperti melanin, prodigiosin, pyocyanin, violacein, karotenoid, dan lain-lain. Pigmen bakteri telah banyak dilaporkan memiliki aktivitas biologis termasuk antioksidan, antimikroba, antikanker, dan sun protection. Penelitian sebelumnya telah berhasil mengisolasi bakteri penghasil pigmen kuning yang berasal dari tanah rizosfer dan bakteri yang berasosiasi dengan spons. Pigmen dari beberapa bakteri tersebut diduga memiliki potensi sebagai antioksidan. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan menentukan aktivitas antioksidan secara in vitro dari ekstrak pigmen kuning bakteri dan dilanjutkan pada khamir Schizosaccharomyces pombe ARC039 yang digunakan sebagai organisme model. Penelitian ini diawali dengan meremajakan dan mengekstraksi pigmen kuning dari 14 isolat bakteri menggunakan pelarut metanol. Ekstrak yang diperoleh kemudian ditentukan aktivitas antioksidannya menggunakan radikal DPPH. Dua isolat yang memiliki aktivitas antioksidan terbaik diidentifikasi berdasarkan gen 16S rRNA dan kemudian dipilih untuk dianalisis lebih lanjut terkait aktivitas antioksidannya berdasarkan pelarut ekstraksi dan radikal yang berbeda. Ekstrak dari pelarut yang memiliki aktivitas antioksidan terbaik dipilih untuk dilakukan fraksinasi dengan menggunakan metode Kromatografi Lapis Tipis (KLT) dan dilanjutkan bioautografi antioksidan. Fraksi aktif yang diperoleh dari uji bioautografi antioksidan kemudian diisolasi menggunakan metode KLT preparatif. Fraksi aktif tersebut kemudian ditentukan aktivitas antioksidannya terhadap radikal DPPH dan ABTS. Ekstrak kasar pigmen dan fraksi aktif terpilih kemudian diuji pada level seluler menggunakan organisme model S. pombe ARC039 untuk mengetahui respon toleransi khamir terhadap cekaman oksidatif (H2O2) dan aktivitas mitokondrianya. Selanjutnya, senyawa metabolit yang terkandung dalam fraksi aktif terpilih dianalisis menggunakan liquid chromatography massspectrophotometry (LC-MS/MS). Analisis aktivitas antioksidan dari 14 isolat bakteri penghasil pigmen kuning menunjukkan bahwa isolat SAB E-3 dan SAB E-6 memiliki aktivitas antioksidan terbaik dalam meredam radikal DPPH. Hasil identifikasi berdasarkan gen 16S rRNA menunjukkan bahwa SAB E-3 memiliki kemiripan dengan Pseudomonas oryzihabitans IAM 1568 (99,37%) dan SAB E-6 memiliki kemiripan dengan Micrococcus aloeverae AE-6 (98,18%). Kedua isolat tersebut kemudian diekstraksi menggunakan beberapa pelarut organik untuk mengetahui pengaruh pelarut ekstraksi terhadap aktivitas antioksidan. Ekstrak kasar pigmen dari kedua isolat yang diekstraksi menggunakan metanol mengandung senyawa fenolik dan flavonoid tertinggi yang mungkin berkontribusi terhadap aktivitas antioksidan. Selain itu, berdasarkan analisis UV-Vis, kedua ekstrak kasar pigmen yang dihasilkan oleh masing-masing bakteri diduga sebagai karotenoid. Ekstrak kasar pigmen dari P. oryzihabitans SAB E-3 dan M. aloeverae SAB E-6 yang diekstraksi menggunakan metanol memiliki aktivitas antioksidan terbaik dalam meredam radikal DPPH dengan nilai IC50 masing-masing sebesar 190,73 µg/mL dan 248,14 µg/mL, sedangkan aktivitas antioksidan terhadap radikal ABTS memiliki nilai IC50 masing-masing sebesar 187,71 µg/mL dan 983,79 µg/mL. Oleh sebab itu, kedua ekstrak ini dipilih untuk dilakukan fraksinasi dan dilanjutkan uji bioautografi. Hasil analisis bioautografi menunjukkan bahwa ekstrak P. oryzihabitans SAB E-3 memiliki lima fraksi aktif dan M. aloeverae SAB E-6 memiliki tiga fraksi
Keyword: Antioksidan, LC-MS/MS, ekstrak pigmen kuning, KLT, S. pombe

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: