Judul: Deteksi dan Identifikasi Tobacco mosaic virus pada Tanaman Pare, Oyong, dan Semangka di Jawa
Abstrak: Gejala infeksi virus yang bervariasi ditemukan pada pertanaman cucurbitaceae dengan penyebab yang belum diketahui. Oleh karena banyak virus yang menginfeksi cucurbitaceae, maka tujuan penelitian ini untuk mendeteksi dan mengidentifikasi TMV pada tanaman pare, oyong, dan semangka dengan pendekatan molekuler. Sampel bergejala diambil dari Nganjuk, Jawa Timur; Brebes dan Klaten, Jawa Tengah; serta Bogor dan Subang, Jawa Barat. Frekuensi virus ditentukan secara serologi dengan metode Dot Blot Immunobinding Assay (DIBA) menggunakan 6 antiserum. Deteksi asam nukleat dilakukan dengan teknik Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR/PCR) menggunakan primer universal Tobamovirus, perunutan dan analisis DNA virus. Hasil DIBA menunjukkan frekuensi virus yang terdeteksi yaitu TMV berkisar 5.88-89.58%, PRSV berkisar 11.76-87.50%, CABYV berkisar 23.83-83.33%, CMV berkisar 8.72-88.89%, SqMV berkisar 5.88-39.69%, dan ZYMV berkisar 8.33-61.11%. RT-PCR berhasil mengamplifikasi DNA dari sampel pare asal Bogor, oyong asal Klaten, dan semangka asal Nganjuk. Homologi nukleotida dan asam amino gen Coat Protein (CP) dan parsial gen movement protein (MP) antar isolat TMV sebesar 100%. Ketiga isolat menunjukkan homologi nukleotida dan asam amino gen CP dan MP tertinggi terhadap isolat mentimun dari Brebes, isolat tomat dari Jerman, isolat tembakau dari Korea dan Amerika Serikat, isolat terong dari Afrika serta isolat kedelai dari India. Hal ini menunjukkan keberadaan TMV pada cucurbitaceae selain mentimun di Jawa.
Keyword: Labu-labuan, Indonesia, TMV, Tobamovirus

Judul: Distribusi dan Identifikasi Virus Utama pada Mentimun di Jawa
Abstrak: Mentimun merupakan tanaman sayuran penting, termasuk di Indonesia. Produksi mentimun berfluktuasi setiap tahunnya. Banyak faktor yang memengaruhi produksi mentimun dan penyakit oleh virus menjadi salah satu penyebabnya. Diagnosis penyakit virus berdasarkan gejala luar sulit untuk mengetahui virus penyebabnya. Informasi mengenai identitas virus yang menginfeksi mentimun dan distribusinya di Jawa sangat terbatas, oleh karena itu tujuan dari penelitian ini adalah mendeteksi dan mengidentifikasi virus yang menginfeksi mentimun di Jawa. Sampel telah dikoleksi dengan metode purposive sampling yaitu 50 sampel yang bergejala diambil dari masing-masing lokasi. Sampel diambil dari beberapa pertanaman mentimun di Jawa Barat (Bogor, Subang, Indramayu), Jawa Tengah (Brebes, Klaten), Yogyakarta (Kulon Progo), dan Jawa Timur (Nganjuk, Kediri, Tulungagung). Umur tanaman, varietas, sumber benih, dan kondisi lingkungan digunakan sebagai data pendukung. Frekuensi penyakit virus diperoleh menggunakan metode dot blot immunobinding assay (DBIA) dengan 9 antiserum, yaitu Cucumber aphid borne yellows virus (CABYV), Cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV), Cucumber mosaic virus (CMV), Papaya ringspot virus (PRSV), Squash mosaic virus (SqMV), Squash leaf curl virus (SLCV), Tomato leaf curl New Delhi virus (ToLCNDV), Watermelon mosaic virus (WMV), dan Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV). Identifikasi virus baru dan virus yang dominan dilakukan dengan polymerase chain reaction (PCR) atau reverse transcription (RT)-PCR menggunakan primer spesifik atau universal, TA-kloning pada vektor pTZ57R/T, perunutan plasmid DNA dan analisis DNA. Hasil DBIA menunjukkan bahwa dari total 543 sampel yang diuji, 541 sampel positif CABYV, 485 sampel positif PRSV, dan 469 sampel positif ToLCNDV. Virus yang dominan ditemukan pada semua lokasi survei yaitu CABYV, CMV, CGMMV, PRSV, SLCV, dan ToLCNDV. Infeksi campuran antara beberapa virus terjadi antara CMV, CABYV, SLCV, ToLCNDV, PRSV, ZYMV, SqMV, WMV, dan CGMMV pada tanaman mentimun. Kesembilan virus telah terdeteksi menginfeksi tanaman mentimun pada semua lokasi. Namun, CGMMV tidak terdeteksi di Kulon Progo, Yogyakarta. CMV dan CABYV menginfeksi tanaman mentimun di Jawa dengan frekuensi penyakit mencapai 100% dan kedua virus selalu terdeteksi dalam infeksi campuran bersama virus lainnya. Infeksi campuran kesembilan virus paling dominan terdeteksi pada sampel dari Jawa Timur. DNA virus berukuran ± 489 pb dan ± 470 pb berhasil diamplifikasi dengan RT-PCR pada sampel mentimun dari semua lokasi menggunakan primer spesifik, yaitu berturut-turut CP CABYV-489-F/POL-G-R dan CP PRSV326F/PRSV800. CGMMV tidak berhasil diamplifikasi menggunakan primer spesifik, namun dari sampel yang sama berhasil diamplifikasi Tobamovirus menggunakan primer universal Tobamovirus. Analisis sikuen nukleotida pada sampel yang menunjukkan reaksi positif dengan antiserum CGMMV telah teridentifikasi sebagai Tobacco mosaic virus (TMV). Sampel yang menunjukkan reaksi positif dengan antiserum SLCV atau ToLCNDV telah teridentifikasi sebagai ToLCNDV. Keragaman gen coat protein (CP) pada 4 isolat CABYV, 4 isolat PRSV strain P (PRSV-P), 4 isolat TMV, dan 5 isolat ToLCNDV telah berhasil diidentifikasi. Analisis nukleotida dan asam amino menunjukkan bahwa homologi semua isolat CABYV, PRSV-P, TMV, ToLCNDV berkisar berturut-turut berkisar 92.4-99.5% dan 92.7-100%, 92.3-99.7% dan 96.0-100%, 86.5-97.7% dan 91.1- 99.4%, 88.9-99.2% dan 93.4-100% terhadap isolat virus yang sama dari negara lain di dunia. Homologi nukleotida paling tinggi gen CP CABYV dengan isolat Timor Leste (KY617826), PRSV-P dengan isolat Bali, Indonesia (LC223115), TMV dengan isolat Cina (HE818421), dan ToLCNDV dengan isolat Indonesia (AB613825). Analisis pohon filogeni menunjukkan bahwa semua isolat CABYV, PRSVP,
Keyword: Analisis filogeni, homologi, selubung protein, sikuen nukleotida

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: