Judul: Simulasi Refolding Protein 2PTL Menggunakan Not Just Another Molecular Dynamics Program (NAMD)
Abstrak: Memahami bagaimana proses unfolding dan refolding protein masih menjadi tantangan utama dalam ilmu kehidupan. Salah satu protein yang dapat diamati yaitu protein 2PTL. Protein 2PTL membantu Peptostreptococcus magnus menghindari pertahanan inang melalui sifat pengikatan protein melalui interaksi rantai ringan kappa. Pada penelitian ini dilakukan simulasi dinamika molekul untuk protein 2PTL pada temperatur 500K selama 15 ns untuk simulasi unfolding dan temperatur 200K selama 30 ns untuk simulasi refolding. Dari penelitian ini diperoleh proses unfolding terjadi pada waktu 6.5 ns. Secara geometri, hasil analisis RMSD pada 500K meningkat hingga 7.059Å dan pada 200K mengalami penurunan sebesar 2.683Å. Tingkat kemiripan asam amino proses unfolding dengan struktur native sebesar 36.78%. Setelah dilakukan proses refolding pada 200K dilakukan juga pengecekan tingkat kemiripan asam amino dengan struktur native sebesar 62.264%.
Keyword: NAMD, protein 2PTL, refolding, simulasi dinamika molekul, unfolding

Judul: Pengaruh Mutasi Titik Terhadap Trayektori Unfolding Dan Refolding Protein 1gb1
Abstrak: Mekanisme pelipatan protein merupakan hal yang sangat penting untuk memahami berbagai proses biologi. Salah satunya adalah proses unfolding dan refolding protein 1GB1 yang telah termutasi pada salah satu residunya. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari pengaruh mutasi titik terhadap dinamika proses unfolding dan refolding protein 1GB1 serta membandingkan trayektori unfolding dan refolding protein 1GB1 yang telah dimutasi dan tidak dimutasi. Penelitian ini dilakukan menggunakan metode simulasi dinamika molekul yang terdiri dari beberapa tahapan diantaranya preparasi dan mutasi protein, minimisasi, pemanasan atau pendinginan, ekuilibrasi, dan production run. Simulasi unfolding dilakukan pada suhu 500 K selama 2 ns dan refolding pada suhu 200 K selama 20 ns. Mutasi titik yang dilakukan mengakibatkan meningkatnya kestabilan termal protein sehingga protein mutan membutuhkan waktu lebih lama baik untuk denaturasi maupun kembali ke native state. Proses unfolding dan refolding protein memiliki trayektori yang berbeda, simulasi refolding membutuhkan waktu yang jauh lebih panjang daripada simulasi unfolding agar struktur protein dapat kembali ke keadaan awal (native state).
Keyword: mutasi titik, protein 1GB1, refolding, simulasi dinamika molekul, unfolding

Judul: Bird Trade Via E-commerce in Indonesia
Abstrak: Kemajuan teknologi mempermudah perdagangan satwa liar, termasuk burung. Penelitian ini mengidentifikasi jenis burung yang diperdagangkan, mengkategorikan produk yang dijual, kota dan kabupaten di Indonesia yang paling banyak menjual, serta menduga nilai ekonomi burung yang diperdagangkan secara daring melalui e-commerce. Pengumpulan data dilakukan selama 4 bulan melalui web scraping dengan mengumpulkan informasi seperti nama toko, barang yang dijual (perlengkapan, obat, awetan satwa, aksesoris, dan replika burung), asal, dan barang yang terjual. Berdasarkan hasil penelitian terdapat 411 jenis burung yang dijual dengan pembagian 211 jenis burung Indonesia dan 161 jenis burung asing di 32 daerah di Indonesia. Ordo Passeriformes menjadi jenis burung dominan dengan total penjualan 152 jenis burung endemik dan 69 jenis burung asing. Hasil analisis menunjukkan terdapat 47 jenis burung dilindungi oleh permen LHK No. 106 Tahun 2018, 32 jenis burung masuk kategori IUCN (8 VU, 16 EN, dan 8 CR), serta 66 jenis burung masuk status konservasi CITES (12 App. I, 49 App. II, dan 5 App. III). Total ekonomi yang didapatkan adalah Rp2.079.824.611 dari tahun 2015 hingga 2023., Technological advances make it easier to trade wild animals, including birds. This research identifies the types of birds traded, categorizes the products sold, the cities and districts in Indonesia that sell the most, and estimates the economic value of birds traded online through e-commerce. Data collection was carried out for 4 months via web scraping by collecting information such as shop name, goods sold (equipment, medicine, preserved animals, accessories, and bird replicas), origin, and goods sold. Based on the research results, there are 411 types of birds for sale, divided into 211 types of Indonesian birds and 161 types of foreign birds in 32 regions of Indonesia. The Passeriformes order is the dominant bird species, with total sales of 152 endemic bird species and 69 foreign bird species. The analysis results show that there are 47 bird species protected by LHK regulation no. 106 of 2018, 32 bird species are included in the IUCN category (8 VU, 16 EN, and 8 CR), and 66 bird species are included in CITES conservation status (12 App. I, 49 App. II, and 5 App. III). The total economic gain is IDR 2.079.824.611 from 2015 to 2023.
Keyword: burung, nilai ekonomi, perdagangan