Judul: Perancangan Primer untuk Mengamplifikasi Gen Cytochrome Oxydase Subunit 1 (CO1) Nematoda Puru Akar Meloidogyne arenaria dan Meloidogyne incognita.
Abstrak: Nematoda Puru Akar (Meloidogyne spp.) merupakan nematoda parasit yang menyerang akar maupun umbi, salah satunya pada umbi kentang. Identifikasi Meloidogyne spp. dengan perunutan nukleotida dan asam amino gen CO1 di Indonesia masih belum dilakukan. Penelitian ini bertujuan mendesain dan menguji primer spesifik CO1 M. arenaria dan M. incognita dengan teknik PCR, serta melakukan perunutan nukleotida dan asam amino asal Banjarnegara, Jawa Tengah. Metode penelitian, yaitu penentuan lokasi pengambilan sampel dan pengamatan tanaman bergejala, isolasi nematoda Meloidogyne asal umbi kentang, ekstraksi DNA nematoda, perancangan primer, amplifikasi DNA, elektroforesis DNA nematoda, analisis perunutan nukleotida, asam amino, dan filogeneika. Analisis perunutan nukleotida, asam amino, dan filogeneika menggunakan program BLAST, Bioedit versi 7.0.5 dan MEGA versi 7.0. Perancangan primer spesifik dilakukan untuk dua spesies Meloidogyne spp., yaitu M. incognita dan M. arenaria. Deteksi dilakukan pada sampel nematoda yang berasal dari tiga desa yaitu Desa Wanayasa, Desa Batur, dan Desa Wanayasa. Meloidogyne spp. dengan target gen CO1 berhasil diamplifikasi dengan pasangan primer spesifik M. arenaria forward (5’-GGG TAC TGG ATG AAC ATT A-3’) dan reverse (5’-ACT TCA GGA TGA CCA AA-3’). M. incognita dengan pasangan forward (5’-GCC TGC ATT TGG TTT AG-3’) dan reverse (5’-TCA AAC CAG AAA GTC CT-3’). M. arenaria diamplifikasi dengan ukuran fragmen sekitar ± 360 bp dan M. incognita ± 326 bp. Hasil analisis perunutan M. arenaria dengan ukuran 241 basa nukleotida, dan diterjemahkan menjadi 79 asam amino. Selanjutnya, M. incognita dengan ukuran 234 basa nukleotida dan 68 asam amino. Hasil analisis bahwa isolat asal Indonesia memiliki homologi M. arenaria 99.5% nukleotida dan 100% asam amino dengan negara Amerika Serikat, Belgia, dan Argentina. M. incognita nukleotida dan asam amino 100% dengan negara Amerika Serikat, Afrika Selatan, Belgia, dan Cina.
Keyword: gen CO1, homologi, PCR, primer, runutan

Judul: Identifikasi Nematoda Puru Akar (Meloidogyne spp) dengan DNA Barcode
Abstrak: Identifikasi Nematoda Puru Akar (NPA) di Indonesia saat ini hanya didasarkan pada karakter morfologis. Identifikasi nematoda berdasarkan karakter morfologis membutuhkan akurasi tinggi dan perlu didukung oleh hasil identifikasi molekuler menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Oleh karena itu perlu dikembangkan metode identifikasi menggunakan karakter molekuler yang berasal dari gen sitokrom oksidase 1 (CO1). Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi NPA yang terkait dengan tanaman bit berdasarkan gen CO1 Meloidogyne. Sampel bit diperoleh dari lahan pertanian yang terletak di Kecamatan Cipanas, Kabupaten Cianjur. Pengambilan sampel dilakukan dengan metode purposive sampling. Identifikasi molekuler dengan PCR termasuk ekstraksi, amplifikasi, elektroforesis DNA, dan analisis sekuens nukleotida dan asam amino. Analisis sekuensing dilakukan dengan BLAST, ClustalW, DNA baser assembler dan Mega v.7.0. Amplifikasi DNA dilakukan dengan menggunakan primer spesifik CO1SIF (5-'GCCTGCATTTGGTTAG-3 ') dan CO1SIR (5’-TCAAACCAGTCCT-3’), CO1SAF (5’-GGGTACTGGATGAACA TTA-3’) dan CO1SAR (5’-ACTTCAGGATGACCAAA-3’). Amplifikasi DNA menghasilkan fragmen M. arenaria 360 bp dan fragmen M.incognita 326 bp. Homologi nukleotida dan asam amino M. arenaria Indonesia menunjukkan 100% dengan isolat AS, Jerman, Vietnam dan 73,4% dengan outgroup H.glycines (homologi nukleotida), 75,3% (homologi asam amino). Homologi nukleotida dan asam amino M. incognita Indonesia menunjukkan 100% dengan Jerman, Inggris, Afrika Selatan, dan, Vietnam. Homologi 99,8% dengan isolat AS. Homologi asam amino menunjukkan 99% dengan Jerman, Inggris, Afrika Selatan, Vietnam, dan AS, dengan outgroup H.glycines (homologi nukleotida 74%, asam amino 73,9%).
Keyword: Gen CO1, M. arenaria, M. incognita, bit gula

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: