Judul: The study of the Molecular Docking of Escherichia coli K-12 Elements as a Biosensor Application for Detecting the Explosive 2,4,6-Trinitrotoluene
Abstrak: Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan mekanisme interaksi protein dari E. coli yaitu yadG dan aspC dengan senyawa TNT dan senyawa lainnya yang dapat diaplikasikan untuk mengembangkan sebuah biosensor. TNT adalah senyawa yang sangat berbahaya dan sering digunakan sebagai bahan peledak. Deteksi TNT dengan cepat dan akurat penting untuk keamanan publik dan lingkungan. Penelitian ini menggunakan metode penambatan molekul untuk memprediksi interaksi antara senyawa TNT dengan reseptor yadG dan aspC. Analisis binding energy menunjukkan bahwa interaksi antara reseptor yadG dan ligan TNT memiliki afinitas yang tinggi dan stabil. Hal ini menandakan potensi yang baik untuk penggunaan sebagai elemen promotor dalam pembuatan biosensor dengan sensitivitas tinggi terhadap TNT. Dibandingkan dengan reseptor aspC, yadG memiliki kinerja yang lebih baik dalam mendeteksi TNT., This research aims to elucidate the protein interaction mechanisms of E. coli, namely yadG and aspC, with TNT and other compounds, which can be applied to develop a biosensor. TNT is a highly hazardous compound often used as an explosive material. Rapid and accurate detection of TNT is crucial for public safety and environmental protection. This research utilized molecular docking method to predict the interaction between TNT compound and yadG and aspC receptors. Analysis of binding energy indicated that the interaction between yadG receptor and TNT ligand exhibited high and stable affinity. This signifies its potential for utilization as a promoter element in biosensor development with high sensitivity towards TNT. In comparison to the aspC receptor, yadG demonstrated superior performance in TNT detection.
Keyword: TNT, Molecular Docking, Escherichia coli

Judul: Biosensor Elektrokimia berbasis Biofilm Pseudomonas sp. menggunakan Screen-Printed Carbon Electrode untuk Deteksi Senyawa Benzena
Abstrak: Benzena dikenal sebagai salah satu senyawa berbahaya yang tidak hanya mengganggu kesehatan tetapi juga dapat mencemari lingkungan. Pada umumnya deteksi benzena di lingkungan masih membutuhkan waktu analisis yang lama dan biaya yang mahal. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan mengkaji kualitas sensor berbasis komponen biologis dari Indonesia untuk mendeteksi senyawa benzena dalam air. Benzena dioksigenase yang disekresi dari Pseudomonas sp. merupakan komponen biologis yang diimobilisasi pada Screen-Printed Carbon Electrode (SPCE) hingga membentuk biofilm. Enzim yang dihasilkan oleh bakteri akan mengoksidasi benzena. Optimasi dilakukan dengan melihat kinerja biosensor melalui variasi kerapatan bakteri, pH larutan, dan konsentrasi benzena. Data yang diperoleh diolah menggunakan software Minitab dengan response surface methode. Kondisi optimasi biosensor yaitu konsentrasi benzena 3 mM, kerapatan bakteri 1.4×1011 sel/mL, dan pH larutan 7.5. Data hasil optimasi selanjutnya digunakan untuk mengevaluasi kinerja analitik biosensor. Parameter kinerja biosensor yang dievaluasi meliputi nilai linearitas rentang pengukuran 1-6 mM dengan persamaan y=21.593x+101.81dengan R2 = 0.9976. Limit deteksi dan limit kuantitas berturut-turut 0.2875 mM dan 0.9583 mM dengan sensitivitas metode 21.593 μA/mM. Evalusi kinerja biosensor terhadap senyawa garam penggangguberturut-turut adalah NaCl > CaCl2 > KCl > NH4Cl > MgSO4.7H2O = CaCO3. Nilai presisi menunjukkan bahwa metode biosensor secara elektrokimia dengan biofilm SPCE memiliki ketelitian sedang dengan nilai %SBR di bawah 5%, namun stabilitas biosensor bertahan hingga 35 hari. Hal ini menunjukkan imobilisasi sel Pseudomonas sp. berbasis biofilm pada SPCE berpotensi sebagai metode alternatif dalam pendeteksian benzena yang praktis, murah, dan dapat dikembangkan sebagai prototipe.
Keyword: benzene, biofilm, biosensor, dioksigenase, Pseudomonas sp., SPCE

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: