Judul: Identifikasi Keragaman D-loop DNA Mitokondria pada Sapi Potong Di Indonesia.
Abstrak: Sapi Bali merupakan salah satu sumber daya genetik asli Indonesia, sumber daya genetik lain yang dimiliki oleh Indonesia pada ternak sapi yaitu hasil silangan sapi asli dan sapi luar yang masuk ke Indonesia yang telah menjadi sapi lokal seperti sapi Madura, Pesisir, Aceh, dan PO. Persilangan/perkembangan jenis sapi tersebut menyebabkan muncul keragaman genetik dan keterkaitan/hubungan kekerabatan (filogenetik) pada sapi asli dan sapi lokal Indonesia, termasuk keragaman di DNA mitokondria (mtDNA) di daerah D-loop. Keragaman pada mtDNA penting untuk diketahui, yaitu sebagai informasi dasar tentang mtDNA khususnya di daerah D-loop (data base) pada sapi-sapi Indonesia, mengingat sapi-sapi tersebut sudah diakui oleh dunia. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan sekuen mtDNA daerah D-loop pada sapi dan mengetahui keragaman daerah D-loop mtDNA pada sapi Bali, Madura, Pesisir, Aceh dan PO di Indonesia. Tujuan lain yaitu untuk mengetahui hubungan genetik (filogenetik) antara sapi Bali, Madura, Pesisir, Aceh, dan PO. Sampel darah sapi yang digunakan sebanyak 18 sampel yaitu dua sampel dari sapi Bali yang berasal dari BIB dan empat sampel dari BPTU sapi Bali pulau Bali, masing-masing dua sampel sapi Madura yang berasal dari Sapudi dan Kabupaten Sampang, dua sampel sapi Pesisir dari Kabupaten Pesisir Selatan, dua sampel sapi Aceh dari Kabupaten Aceh Besar, dan masing-masing dua sampel sapi PO yang berasal dari Kab. Kebumen dan kandang A Fakultas Peternakan IPB. Sampel darah tersebut diamplifikasi dengan PCR (Polymerase Chain Reaction) dan dilanjutkan dengan sekuen. Data sekuen D-loop disejajarkan berganda dengan sekuen acuan Bos indicus dari GenBank (kode akses AY126697) menggunakan program Clustal W yang terdapat dalam program MEGA 5.0. Hitungan jarak genetik antara sapi penelitian menggunakan perhitungan pairwise distance dan analisis filogeni dengan menggunakan metode bootstrapped Neighboor-Joining (NJ) dengan 1000 kali pengulangan.
Keyword: 

Judul: Identifikasi Keragaman Genetik Sapi Wagyu Melalui Penciri D-loop DNA Mitokondria.
Abstrak: Sapi wagyu telah dikembangkan di Indonesia untuk menghasilkan daging dengan intensitas marbling atau lemak intramuskular yang tinggi. Keaslian dari identitas sapi wagyu kerap dipertanyakan, sehingga penelitian untuk menggali informasi genetik sapi wagyu perlu dilakukan. Sifat-sifat D-loop mtDNA dapat digunakan untuk mengungkap identitas keaslian individu atau spesies. Oleh karena itu, tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengidentifikasi keragaman genetik sapi wagyu menggunakan penciri D-loop mtDNA dan mengetahui keaslian bangsa sapi wagyu serta menentukan kekerabatan dengan sapi-sapi lokal Indonesia. Sampel yang digunakan yaitu 3 ekor sapi wagyu, 5 ekor sapi SO, 1 ekor sapi PO, dan 1 ekor sapi bali. Sampel diamplifikasi dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dan dilanjutkan dengan sequencing. Sekuen utuh daerah D-loop mtDNA sapi wagyu telah didapatkan sepanjang 1 145 bp dari acuan Bos indicus (kode akses AY126697), kemudian dicari kedekatannya dengan Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) yang terdapat di NCBI. Sekuen D-loop parsial sepanjang 512 bp dianalisis jarak genetik, komposisi basa nukleotida dan pohon filogenetik dengan aplikasi MEGA versi 6. Berdasarkan hasil yang didapat, susunan basa nukleotida daerah D-loop DNA mitokondria sapi wagyu yang diamati mempunyai perbedaan satu sama lainya dan terbagi ke dalam 3 klaster pada pohon filogenetik. Sapi wagyu 1 memiliki kedekatan genetik dengan moyangnya, sedangkan sapi wagyu 2 dan 3 tidak memiliki kedekatan genetik dengan moyangnya dan sudah berhibridasi dengan sapi-sapi lokal di Indonesia.
Keyword: D-loop, DNA mitokondria, keragaman genetik, sapi wagyu

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: