Judul: Deteksi Salmonella Hadar, Salmonella Typhimurium, dan Salmonella Enteritidis Menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR)
Abstrak: Sebagai upaya penanganan kasus keracunan pangan, metode deteksi Salmonella dalam waktu yang singkat dan akurat perlu dikembangkan. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan verifikasi metode polymerase chain reaction (PCR) untuk mendeteksi Salmonella spp., S. Enteritidis dan S. Typhimurium pada karkas ayam. Tahapan uji adalah konfirmasi kultur Salmonella, ekstraksi DNA, optimasi suhu annealing primer, uji spesifisitas primer, penentuan limit deteksi PCR, dan uji coba pada sampel. Berdasarkan hasil penelitian, kemurnian DNA hasil ekstraksi berada dalam rentang standar (1.8 – 2.0). Primer yang digunakan untuk mendeteksi keberadaan 3 serovar tersebut adalah InvAc, STM4497c, dan Prot6E. Suhu annealing yang digunakan untuk ketiga primer adalah 52 °C dan limit deteksi PCR dengan konsentrasi primer 0.5 μM untuk ketiga target gen, masing-masing sebesar 1.9 x 104 sel (InvA), 4.0 x 104 sel (STM4497), 2.0 x 103 sel (Prot6E). Pengujian pada sampel masih perlu dikembangkan karena batas limit deteksi yang masih rendah, yaitu sebesar 4.0 x 104 sel.
Keyword: karkas ayam, PCR, Salmonella spp., S. Enteritidis, S. Typhimurium

Judul: Deteksi Kualitatif Salmonella spp., S. Typhimurium dan S. Enteritidis Menggunakan Multiplex Polymerase Chain Reaction.
Abstrak: Pengembangan metode PCR perlu dilakukan untuk mendeteksi beberapa jenis bakteri, yaitu secara multiplex. Tujuan penelitian ini adalah memperoleh kondisi optimum metode multiplex-PCR untuk mendeteksi Salmonella spp., S. Typhimurium dan S. Enteritidis pada karkas ayam. Penelitian ini dilakukan dalam 3 tahap, yaitu pengujian primer, penentuan limit deteksi metode multiplex-PCR dan uji coba deteksi Salmonella spp. pada karkas ayam. Hasil penelitian menunjukkan konsentrasi ekstrak DNA sebesar 553.2 – 1011.4 ng/μL dan kemurnian 1.80 – 1.96. Suhu annealing optimum untuk 3 primer yang digunakan adalah 58 oC dengan konsentrasi primer untuk target gen invA sebesar 0.400 μM, STM4497 sebesar 0.120 μM dan Prot6E sebasar 0.145 μM yang mampu membedakan serovar Typhimurium dan Enteritidis. Limit deteksi metode multiplex-PCR ini untuk Salmonella spp. sebesar 4.7 × 104 sel, S. Typhimurium sebesar 3.5 × 104 sel dan S. Enteritidis sebesar 1.5 × 105 sel. Hasil tersebut menunjukkan bahwa metode multiplex-PCR dengan 3 pasang primer dapat digunakan untuk membedakan Salmonella serovar Typhimurium dan Enteritidis pada karkas ayam.
Keyword: karkas ayam, multiplex-PCR, Salmonella spp., S. Enteritidis, S. Typhimurium

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: