Judul: Analisis profil DNA genom sejumlah isolat Xanthomonas campestris pv. glycines dengan menggunakan elektrophoresis gel Medan berpulsa (pulsed-field gel electrophoresis)
Abstrak: Penyakit bisul bakteri merupakan salah satu dari tiga penyakit bakterial pada tanaman kedelai di Indonesia yang belum dapat ditanggulangi dengan baik, sehingga menjadi salah satu sebab utama rendahnya produksi kedelai di Indonesia. Schizotyping merupakan salah satu metode analisis profil DNA dengan menggunakan Pulsed-Field Gel Electrophoresis. Analisis profil DNA genom Xanthomonas campestris pv. glycines merupakan langkah awal untuk memahami mekanisme patogenesis secara molekuler, dan untuk studi epidemiologi penyakit bisul bakteri pada kedelai. Penelitian ini dilakukan dengan tujuan: (i) mengisolasi dan mengkoleksi Xanthomonas campestris pv. glycines dari berbagai daerah pertanaman kedelai di pulau Jawa, (ii) menelaah schizotipe masing-masing isolat, dan (iii) melakukan analisis hubungan kekerabatan dan filogenetik dari isolat-isolat yang terkumpul...dst
Keyword: Molecular biology, Soybean, Xanthomonas campestris, Schirotyping, Pulsed-field gel electrophoresis

Judul: Keragaman genetik dan pengembangan metode deteksi cepat penyebab pustul bakteri (Xanthomonas axonopodis pv.glycines) pada kedelai
Abstrak: Penyakit pustul bakteri yang disebabkan oleh Xanthomonas axonopodis pv. glycines merupakan salah satu penyakit bakterial penting pada tanaman kedelai yang belum tertangani dengan baik. Oleh karena itu, pemahaman tentang virulensi clan keragaman genetik dari patogen ini serta pengembangan metode deteksi yang cepat dan akurat sangat diperluk.an dalam pengembangan strategi pengendalian penyakit terse but. Penelitian ini bertujuan untuk : (I) menelaah virulensi dan keragaman genetik X axonopodis pv. glycines Xag asal edamame menggunakan teknik PCR-RFLP basil amplifikasi gen 16S-rRNA (ARDRA), teknik ISR 16S-23S-rRNA dan teknik MFLP/PFGE, (2) mengembangkan metode deteksi cepat dan akurat untuk mendeteksi penyakit pustul bakteri pada daun dan benih kedelai secara serologi clan molekular Telah terkoleksi sebanyak 29 isolat X axonopodis pv. glycines dari berbagai pertanaman edamame di )ember, Cipanas, Ciawi dan Bogar. Hasil penelitian menunjuk.kan bahwa isolat-isolat tersebut memiliki tingkat virulensi yang berbeda. Virulensi semua isolat lebih tinggi jika diinokulasi pada tanaman edamame dibanding Wilis atau Orba. Berdasarkan hasil keragaman genetik menggunakan teknik ARDRA, ISR dan MFLP secara berturut-turut diperoleh 6 profil, 7 profit dan 13 profit DNA yang berbeda. Oleh karena itu diperoleh minimal 13 strain X axonopodis pv. glycines yang menginf eksi edamame. lso lat CPI dan JA4 dari Cipanas dan Jember merupakan isolat yang memiliki profil DNA spesifik karena hubungan kekerabatan genetiknya yang cukup jauh dari isolat-isolat lainnya. ..dst
Keyword: ARDRA, lntergenic Spacer Region, patogen, teknik serologi, teknik molekuler

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: