Judul: Studi Poliandri Pada Penyu Hijau (Chelonia mydas) Melalui Analisis DNA Mikrosatelit (STRs)
Abstrak: Penyu adalah nama umum untuk anggota ordo Testudines (Reptilia) yang hidup di laut. Penyu mempunyai kemampuan untuk menyimpan sperma, bahkan sperma musim kawin sebelumnya masih bisa membuahi telur yang baru. Dengan kata lain, proses mounting atau deposisi sperma oleh penyu jantan tidak segera diikuti dengan fertilisasi. Untuk mencapai daerah perkawinan dan peneluran, penyu seringkali harus menempuh perjalanan sejauh 3000 km. Ada peluang penyu melakukan perkawinan dengan lebih dari 1 jantan. Untuk mempelajari pola perkawinan pada induk, dapat dilakukan dengan menganalisis DNA mikrosatelit atau ruas DNA pendek berulang. Alel-alel dalam setiap lokus mikrosatelit bersifat polimorfik dan kodominan. Pola pewarisan alel DNA mikrosatelit mengikuti hukum pewarisan Mendel. Dengan begitu analisis terhadap jenis-jenis alel DNA mikrosatelit bisa digunakan untuk mempelajari berbagai fenomena perkawinan penyu. Tujuan penelitian ini adalah mempelajari pola reproduksi pada induk Chelonia mydas dan kompensasi telur (pejantan) dari tukik/populasi penyu yang menetas di Kawasan Konservasi Penyu Taman Pesisir Pangumbahan Kabupaten Sukabumi Provinsi Jawa Barat. Hasil penelitian ini diharapkan bisa menjadi salah satu sumber informasi tentang poliandri dan genetik mikrosatelit pada penyu. Bahan yang digunakan adalah 120 sampel jaringan tukik yang baru keluar dari sarang sebanyak 10 sarang dan masing-masing diambil 12 sampel per sarang. Pengambilan sampel dilakukan di kawasan Konservasi Penyu Taman Pesisir Pangumbahan Kabupaten Sukabumi Provinsi Jawa Barat. Ekstraksi dan isolasi DNA dari sampel jaringan tukik menggunakan metode fenol mengikuti metode standar Sambrook et al. (1989). Amplifikasi dilakukan menggunakan metode PCR. Visualisasi produk PCR DNA Mikrosatelit dilakukan menggunakan metode polyacrilamide gel electrophoresis (PAGE) 8% yang dilanjutkan dengan pewarnaan sensitif perak. Pita-pita DNA yang muncul di atas gel poliakrilamida kemudian diskors sebagai alel. Pita DNA yang bermigrasi paling cepat pada suatu lokus disebut alel a, kemudian berturut-turut alel b, c, dan seterusnya. Semua sampel yang berhasil diamplifikasi bersifat polimorfik. Lokus D108 memiliki keragaman genotip dan alel tertinggi, yaitu 37 genotip dan 11 alel, kemudian diikuti lokus B103 dan C102 masing-masing 21 dan 27 genotip, dan masing-masing 9 alel. Komposisi alel antar sarang menunjukkan adanya alel sharing. Untuk lokus D108 sebanyak 100% merupakan alel sharing diantara sepuluh sarang, alel a merupakan alel sharing antar sarang 2 dan 6, alel b antar sarang 1, 2 dan 5, alel c antar sarang 1, 5, 6 dan 7, alel d antar sarang 1, 5, 7 dan 8, alel e dan f antar sarang 2, 3, 4, 5, 6, 7, dan 8, alel g antar sarang 3, 4 dan 5, alel h antar sarang 1, 5, 9 dan 10, alel i dan j antar sarang 1, 2, dan 5, sedangkan alel k antar sarang 1, 3, 9 dan 10. Selanjutnya untuk lokus B103 sebanyak 77.77%, alel a merupakan alel sharing antar sarang 2 dan 10, alel b antar sarang 2 dan 9, alel c antar sarang 4, 5..dst
Keyword: Polyandry, Taman Pesisir Pangumbahan, Genotipe

Judul: Pengaruh Suhu Inkubasi Pada Bioreproduksi Dan Diferensiasi Seks, Serta Analisis Strategi Reproduksi Penyu Lekang (Lepidochelys Olivacea) Berdasarkan Marka Molekuler Mikrosatelit
Abstrak: Kawasan Pantai Bena merupakan salah satu daerah penyebaran penyu lekang (Lepidochelys olivacea) di Laut Timor sehingga didirikan Taman Buru Bena (TBB). Pendirian TBB merupakan salah satu upaya konservasi terhadap keberadaan penyu tersebut. Penyu lekang tergolong reptil yang dilindungi dengan kategori Appendix I CITES (Convention on International Trade in Endangered Species) sehingga segala bentuk pemanfaatan dan peredarannya harus mendapat perhatian secara serius. Penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi potensi biologi dan reproduksi penyu lekang sebagai upaya konservasi populasi penyu lekang. Penelitian ini terdiri atas empat bagian. Penelitian pertama menganalisis pengaruh suhu inkubasi feminin (30-33ºC) pada kuantitas level mRNA aromatase pada penyu hijau (Chelonia mydas) yang berasal dari dua jaringan, yaitu otak dan kompleks Adrenal-Kidney-Gonad (AKG). Penelitian pertama ini merupakan studi pendahuluan untuk menentukan jaringan mana yang digunakan untuk analisis ekspresi gen determinasi seks pada penyu lekang. Penelitian kedua dirancang untuk mengkaji aspek bioreproduksi, morfometrik, dan performa lokomotori penyu lekang yang diinkubasi pada suhu feminin (30-33ºC) dan suhu maskulin (26-27ºC). Penelitian ketiga dirancang untuk mengukur profil ekspresi gen aromatase, Rspond 1, dan steroidogenik faktor-1(SF-1), yang terlibat dalam determinasi seks selama perkembangan embrional penyu lekang yang diinduksi pada suhu feminin (30-33ºC) dan suhu maskulin (26-27ºC). Pengukuran nilai cycle threshold (CT) dilakukan pada tahap perkembangan embrio selama Thermosensitive period (TSP), yaitu stadia perkembangan embrio 23-25 dan setelah TSP, yaitu stadia perkembangan embrio 26-27. Penelitian keempat dirancang untuk mempelajari pola perkawinan penyu lekang betina dan aliran gen dalam populasi alam menggunakan marka mikrosatelit sebagai marka molekuler. Hasil penelitian pertama menunjukkan bahwa gen aromatase yang berasal dari jaringan otak terekspresi dengan nilai rataan cycle threshold (CT) sebesar 30.59 yang tidak berbeda nyata (p˃0.01) dari nilai rataan CT dari jaringan kompleks AKG (31.33). Hal ini berarti bahwa untuk keperluan pengukuran profil ekspresi mRNA gen aromatase pada tukik C. mydas dapat menggunakan jaringan yang berasal dari otak melalui analisis real time-PCR. Berdasarkan hasil penelitian di atas, maka untuk keperluan penelitian ketiga, RNA dari jaringan otak embrio penyu lekang digunakan untuk mengukur profil ekspresi tiga gen determinasi seks, yaitu gen aromatase, SF-1, dan Rspond 1. Hasil penelitian kedua menunjukkan bahwa telur yang diinkubasi pada suhu feminin (30-33ºC) secara berturut-turut mempunyai periode inkubasi lebih singkat (48-52 hari), daya tetas lebih tinggi (88.33%), dan pertumbuhan embrio yang lebih tinggi. Berkaitan dengan pengukuran morfometrik dan kualitas tukik pascapenetasan menunjukkan bahwa tukik yang diinkubasi pada suhu feminin v memiliki karapas yang lebar, plastron yang panjang dan lebar, flipper dan lengan belakang yang panjang, leher yang panjang, frekuensi ayunan flipper yang lebih banyak, ukuran panjang leher relatif, panjang flipper relatif, dan postur tubuh yang lebih besar dibandingkan dengan tukik yang ditetaskan pada suhu maskulin. Dengan demikian, dapat disimpulkan bahwa induksi dengan suhu feminin memengaruhi bioreproduksi, morfometrik tukik, dan performa lokomotori penyu lekang. Hasil penelitian ketiga menunjukkan bahwa level ekspresi gen aromatase dan Rspond 1 setelah TSP pada embrio yang diinkubasi pada suhu feminin lebih tinggi dan berbeda dari yang diinkubasi pada suhu maskulin. Sebaliknya, pengukuran ekspresi gen SF-1 pada penyu lekang menunjukkan bahwa tidak berbeda nyata di antara kedua suhu inkubasi pada semua stadia perkembangan embrio penyu lekang. Meskipun demikian, data empiris menunjukkan bahwa level ekspresi SF-1
Keyword: suhu inkubasi, fenotipe, gen determinasi seks, real time-PCR, mikrosatelit, paternitas majemuk, konservasi, Lepidochelys olivacea

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: