Judul: Isolation and Characterization cDNA Fragment of Gene Encoding Citrate Synthase in Melastoma malabathricum
Abstrak: Melastoma malabathricum is one of tropical plant origin from South East Asia, and grows well in the acid soil with high Aluminum (Al) solubility. Plant chelating Al ion forms complex to deal with high Al solubility. Organic acid could chelate soluble Al. In plant these organic acids usually are found as: citric acid, oxalic acid, and malic acid. The objective of this research is to isolate and to characterize cDNA of the gene encoding for Citrate Synthase in M. malabathricum. We have successfully isolated total RNA from the root tips of M. malabathricum. Total cDNA had been synthesized by reverse transcription by using total RNA as template. By using specific primer designed based on conserve region from Nicotiana tabacum, Beta vulgaris, Populus hybrid and Daucus carota. We had successfully isolated the fragment of cDNA of the gene encoding of Citrate Synthase (MmFCS) containing 885 nucleotides, deducing 295 amino acids. Local aligment analysis based on nucleotide showed that this fragment is 80% identical to part of Citrate Synthase in Populus trichocarpa (XM_002330859.1) and Populus hybrid (X84227.1), 79% to Vitis vinifera (XM_002271415.1), Citrus sinensis (G03728 80.1), Citrus junos (AY428532.1) and Arabidopsis lyrata (XM_002880061.1). Based on amino acid sequence, the amino acid sequence deduced from the cDNA fragment is 99% identical to part of Citrate Synthase of: Populus trichocarpa (XP_002330895.1), Citrus sinensis (ACU42176.1), Citrus junos (AAR88248.1), Vitis vinifera (XP_002271451.1), Arabidopsis thaliana (AAM62868.1), Populus hybrid (CAA59009.1), Prunus persica (AAL11504.1), Beta vulgaris (CAA590 10.1), Sorghum bicolor (XP_002453470.1), Nicotiana tabacum (CAA59008.1) and Oryza sativa (AAG28777.1).
Keyword: 

Judul: Isolasi, pengklonan, dan analisis ekspresi gen penyandi copper/zinc superoxide dismutase (CuZn-SOD) dari Melastoma malabathricum
Abstrak: Melastoma malabathricum L. merupakan tanaman asli Asia Tenggara yang toleran terhadap cekaman aluminium (Al) pada tanah asam. Gen-gen yang ekspresinya diinduksi oleh Al diduga terlibat dalam sistem toleransi terhadap Al. Gen superoxside dismutase (SOD) merupakan salah satu gen yang ekspresinya diinduksi Al. SOD diduga memiliki peran dalam ketahanan M. malabathricum. Untuk mempelajari ekspresi gen secara kuantitatif pada M. malabathricum L, informasi housekeeping gene dari tumbuhan tersebut juga sangat dibutuhkan sebagai kontrol internal. Salah satu housekeeping gene yang populer dijadikan sebagai internal kontrol adalah gen aktin. Penelitian ini bertujuan mengisolasi dan mengklon fragmen gen penyandi aktin dari M. malabathricum L, selanjutnya melakukan isolasi, pengklonan, dan analisis ekspresi gen penyandi copper/zinc superoxide dismutase (CuZn-SOD) dari M. malabathricum L, dan mempelajari ekspresi gen MmCuZn-SOD melalui konstruksi ekspresi berlebih (overekspresi) di tanaman model Nicotiana benthamiana dan Nicotiana tabacum, dan pembungkaman gen MmCuZn-SOD melalui RNAi di M. malabathricum L. RNA total telah berhasil diisolasi dan dijadikan sebagai cetakan untuk sintesis cDNA total melalui transkripsi balik. Empat fragment cDNA yang menyandi aktin dari M. malabathricum telah berhasil diisolasi dan disisipkan ke dalam plasmid pGEM-T Easy. Keempat fragmen ini selanjutnya dinamakan fragmen MmACT1, MmACT2, MmACT3, dan MmACT4. Analisis urutan nukleotida menunjukkan bahwa fragmen MmACT1 dan MmACT2 berukuran 617 pb, dan fragmen MmACT3 dan MmACT4 berukuran 735 pb. Antar keempat fragmen cDNA MmACT ini memiliki kemiripan nukleotida sekitar 78%-99%, dan kemiripan asam amino sekitar 98% - 100%. Analisis hubungan filogenetik berdasarkan urutan asam amino menunjukkan bahwa pada ketidakmiripan 1% MmACT1, MmACT2, MmACT3 mengelompok dengan ACT5 Populus trichocarpha, sementara MmACT4 mengelompok dengan ACT9 P. trichocarpa dan ACT1 Gossypium hirsutum, dan kedua kelompok ini terpisah dengan aktin dari tumbuhan monokotil. Keempat fragmen MmACT ini telah didaftarkan di bank data GenBank/EMBL/DDBJ dengan nomor aksesi AB500686, AB500687, AB500688, and AB500689. Selanjutnya fragmen cDNA yang menyandi CuZn-SOD dari M. malabathricum juga telah berhasil diisolasi. Gen utuh MmCuZn-SOD yang berhasil diisolasi dengan metode RACE berukuran 824 pb, terdiri dari 459 pb open reading frame (ORF) yang menyandi 152 asam amino dengan prediksi nilai pI 5.77. Analisis filogenetik berdasarkan urutan asam amino menunjukkan bahwa MmCuZn-SOD memiliki kemiripan yang tinggi dengan CuZn-SOD sitosol tanaman tingkat tinggi. Berdasarkan analisis semi-kuantitatif RT-PCR menunjukkan bahwa MmCuZn-SOD terekspresi pada jaringan daun, batang dan akar. Perlakuan Al menginduksi ekspresi MmCuZn-SOD baik dalam jaringan daun maupun akar
Keyword: 

Judul: Persamaan Geodesik Black Hole dengan Metrik Kerr 4+1 Dimensi dalam Koordinat Waktu Kosmik
Abstrak: Persamaan geodesik black hole dengan metrik Kerr 4+1 dimensi dalam koordinat waktu kosmik merupakan interpretasi lain dari persamaan geodesik black hole dengan metrik Kerr 4+1 dimensi, dimana acuan waktu yang digunakan diubah dari koordinat waktu wajar (proper time) ke dalam koordinat waktu kosmik (cosmic time). Waktu kosmik merupakan koordinat waktu yang dimana pengamat bergerak mengikuti ekspansi dari alam semesta. Penelitian ini merekonstruksi persamaan geodesik black hole dengan metrik Kerr 4+1 dimensi yang telah ditemukan pada penelitian sebelumnya menjadi persamaan geodesik yang memiliki fungsi terhadap dimensi waktu (t). Hasil akhir dari transformasi persamaan dapat digunakan sebagai bahan studi pustaka untuk penelitian lebih lanjut mengenai persamaan geodesik black hole dalam koordinat waktu kosmik.
Keyword: Dimensi ekstra, Metrik Kerr, Persamaan geodesik, Waktu kosmik