Judul: Application of SSR Markers for Segregation Identification of  VSD Disease Resistance Traits in F1 Populations from Crosses of Cocoa MCC 02  X SUL 1 Clones.
Abstrak: Tanaman kakao (Theobrema cacao L.) merupakan salah satu komoditas perkebunan yang memiliki peranan penting bagi perekonomian di Indonesia. Indonesia menempati posisi ketiga sebagai negara produsen kakao di dunia setelah Pantai Gading dan Ghana. Varietas dan klon kakao unggul yang tersedia saat ini terdiri dari varietas mulia dan lindak. Penyakit utama yang menyerang tanaman kakao yaitu Busuk Buah Kakao (BBK), Kanker batang dan penyakit Vascular Streak Dieback (VSD). Penyakit VSD dapat menyebabkan kematian pada klon rentan lebih dari 59%. Penyaki VSD merupakan penyakit yang disebabkan oleh cendawan Ceratobasidium theobromae yang menyerang bagian pembuluh xilem dan mengakibatkan nekrosis daun, absisi hingga tanaman menjadi mati. Perakitan varietas dan klona kakao dapat dilakukan melalui pendekatan konvensional dan inkonvensional. Pemuliaan kakao secara konvensional yang dilakukan melalui metode persilangan dengan waktu yang lama. Sedangkan Pendekatan non-konvensional merupakan pemanfaatan teknik molekuler yang dapat mempersingkat daur seleksi tanaman. Salah satu perbaikan genetik yang sangat penting untuk memberikan perlindungan penyakit utama pada tanaman kakao yaitu dengan satu gen adalah Single Nucleotide Polymorphism (SNP). Selanjutnya untuk mengetahui tanaman resisten dan rentan dapat dilakukan dengan menggunakan penanda marka SSR. Percobaan pertama bertujuan evaluasi keragaman respons ketahanan klon kakao MCC 02 dan Klon kakao Sulawesi 1 terhadap infeksi VSD. Pengujian dilakukan dengan metode Rancangan Acak Kelompok (RAK) dengan 4 ulangan. Dengan metode infeksi bibit kakao secara alami dibawah pohon kakao dewasa yang terserang penyakit VSD. Setiap perlakukan terdiri 2 tanaman klon kakao MCC 02 dan 2 tanaman klon kakao Sulawesi 1 yang di ulang 4 kali, sehingga total 16 tanaman dalam satuan percobaan. Karakter yang diamati adalah klorosis pada ujung daun dengan ciri-ciri (memiliki bintik-bintik berwarna hijau pada satu daun atau tiga daun), nekrosis pada ujung daun atau lembaran daun (lamina) dengan kondisi daun masih menempel pada ranting, ranting gundul (karena sebagian daun gugur), bekas dudukan tangkai daun terlihat tiga titik (noktah) berwarna coklat kehitaman dan jaringan xilem saat dibelah berwarna kehitaman. Hasil penelitian MCC 02 dan SUL 1 cocok untuk membandingkan gen yang terkait dengan respon infeksi penyakit VSD antara kultivar kakao tahan (MCC 02) dan rentan (SUL 1). Percobaan kedua bertujuan untuk isolasi dan karakterisasi keragaman nukleotida gen Chitinase 2 dan PR1 dari kedua tetua MCC 02 dan Sulawesi 1. Prosedur percobaan yaitu melakukan isolasi DNA, penentuan kualitas dan kuantitas, desain primer untuk Amplifikasi PCR, amplifikasi PCR gen Chitinase 2 dan PR1 dan sekuensing fragmen DNA, analisis sekuen berganda, identifikasi SNP, dan analisis filogenetik. Hasil primer spesifik gen berhasil dirancang menggunakan referensi dua gen yang responsif terhadap penyakit, Kitinase (Chi) dan Protein Terkait Patogenesis 1 (PR1), dan digunakan untuk menghasilkan amplikon dari kakao cv. MCC 02 (tahan terhadap VSD) dan Sul 1 (rentan terhadap VSD). Urutan amplikon Chi diduga terpanjang 858 bp, dan hasil analisis BLAST mengkonfirmasiKitinase parsial, mulai dari nomor nukleotida 55 hingga 912 dari urutan kode Chi. Penyelarasan beberapa urutan tujuh aksesi Chi dari kakao cv. MCC02 dan SUL1 mengidentifikasi keberadaan 4 SNP non-sinonim dan dua SNP sinonim di wilayah pengkodean Chi. Terakhir, konstruksi pohon filogenetik pada aksesi Chi dari tanaman kakao cv. MCC 02, SUL 1, dan 21 aksesi dari jenis tanaman terpilih menunjukkan bahwa Chi dari kakao lebih
Keyword: Kata kunci : resistensi, keragaman, validasi

Judul: Ketahanan Klon Kakao (Theobroma cacao Linn.) Pilihan terhadap Penyakit Busuk Buah, Kanker Batang, dan Vascular Streak Dieback
Abstrak: Cocoa production has decreased due to disease infections caused by Phytophthora palmivora and vascular streak dieback (VSD) caused by Ceratobasidium theobromae. One of the way to control it is to plant resistant clones. This study aims to evaluate and determine the resistance of selected cocoa clones (BB01, ICCRI09, MCC01, MCC02, S1 and S2) to pod rot, stem canker and VSD. The research was conducted at MCRS Pangkep, South Sulawesi. Resistance to pod rot was evaluated following artificial infection of detached pods in the laboratory and attached pods in the field, and natural infection in the field. Resistance to stem canker was evaluated following artificial infection and natural infection of stem in the field. Resistance tests to VSD were conducted by calculating disease incidence and severity in the field using scoring 0 - 6. Resistance tests against pod rot by artificial infection on attached pods and natural infection proved that MCC02 was the most resistant clone, while artificial infection on detached pods showed that S1 was the most resistant clone. Stem resistance tests with artificial and natural infection proved that MCC02 was the most resistant clone. Resistance tests against VSD showed that ICCRI09 was the most resistant clone., Produksi kakao mengalami penurunan akibat infeksi penyakit oleh Phytophthora palmivora dan pembuluh kayu oleh Ceratobasidium theobromae. Salah satu cara mengendalikan penyakit ini adalah menanam klon tahan. Penelitian ini bertujuan mengetahui dan mengevaluasi ketahanan klon kakao terpilih (BB01, ICCRI09, MCC01, MCC02, S1, dan S2) terhadap penyakit busuk buah, kanker batang, dan pembuluh kayu. Penelitian dilakukan di MCRS Pangkep, Sulawesi Selatan. Uji ketahanan klon terhadap busuk buah dilakukan dengan infeksi buatan pada buah dipetik di laboratorium, buah di lapang, dan infeksi alami di lapang. Uji ketahanan terhadap kanker batang menggunakan infeksi buatan dan infeksi alami pada batang di lapang. Uji ketahanan klon terhadap pembuluh kayu dilakukan dengan menghitung insidensi dan keparahan penyakit dengan skoring 0 - 6. Uji ketahanan terhadap busuk buah dengan infeksi buatan dan infeksi alami pada buah di lapangan membuktikan bahwa MCC02 adalah klon yang paling tahan, sedangkan infeksi buatan pada buah di laboratorium menunjukkan bahwa S1 merupakan klon yang paling tahan. Uji ketahanan klon dengan infeksi buatan dan infeksi alami pada batang membuktikan bahwa MCC02 merupakan klon yang paling tahan. Uji ketahanan terhadap penyakit VSD menunjukkan bahwa ICCRI09 merupakan klon yang paling tahan.
Keyword: Phytophthora palmivora, artificial inoculation, Ceratobasidium theobromae, resistance test, natural infection

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: