Judul: Paralelisasi Penjajaran Sekuens Protein Menggunakan CUDA untuk Prediksi Drug-Target Interaction (DTI).
Abstrak: Sampai dengan saat ini, riset mengenai drug discovery masih menghadapi tantangan berupa biaya yang tinggi dan proses yang dianggap belum efisien. Prediksi interaksi drug-target merupakan langkah awal dalam proses drug discovery. Salah satu teknik dalam mempercepat proses tersebut adalah dengan memastikan bahwa suatu drug dapat menyasar suatu target protein tertentu. Oleh karenanya, eksperimen secara in silico mengenai prediksi interaksi drug-target marak dilakukan oleh peneliti. Bipartite Local Model Neighbor-based Interaction-profile Inferring (BLMNII) merupakan salah satu model machine learning yang digunakan untuk melakukan prediksi drug-target. Untuk mendapatkan hasil, BLM-NII memerlukan beberapa skor matriks, antara lain matriks skor kemiripan protein yang digunakan untuk target-target similarity matrix. Untuk mendapatkan skor tersebut, terdapat sebuah dataset publik yang dapat digunakan, misalnya dataset Yamanishi. Akan tetapi, untuk beberapa kasus di mana protein yang hendak dihitung skor kemiripannya tidak terdapat dalam dataset tersebut, seperti protein yang digunakan dalam Ijah Analytics, maka perlu dilakukan perhitungan kembali dengan algoritme penjajaran lokal Smith-Waterman. Sampai dengan saat ini, algoritme ini masih diakui yang paling optimal dalam menghitung skor kemiripan protein. Sayangnya, algoritme ini memiliki kompleksitas kuadratik, sehingga ketika digunakan untuk menghitung skor kemiripan protein dengan jumlah yang banyak memerlukan waktu yang lama. Untuk mempercepat proses komputasi, diperlukan pemrosesan secara paralel. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengimplementasikan algoritme Smith- Waterman secara paralel menggunakan CUDA dengan Graphical Processing Unit (GPU) sebagai platform komputasi. Teknik komputasi yang digunakan adalah multiple pairwise alignment di mana penjajaran berpasangan dilakukan berulang kali untuk kombinasi pasangan yang berbeda. Penjajaran setiap residu asam amino dalam tiap pasang sekuens dikerjakan oleh sebuah thread dalam satu blok secara paralel. Setiap pasang sekuens dikerjakan oleh masing-masing blok secara paralel. Uji kinerja dilakukan dengan menghitung speed up, yaitu waktu komputasi paralel dibagi waktu komputasi sekuensial. Proses paralel dilakukan setelah proses awal dilakukan, yaitu: pembuatan list kombinasi pasangan, pembacaan sekuens, perhitungan panjang tiap sekuens, penandaan awal sekuens, dan penggabungan sekuens. Proses paralel dalam implementasi GPU terdapat pada dua tempat, yaitu pada saat penjajaran residu asam amino tiap pasang sekuens protein, dan pada saat penjajaran pasangan sekuens protein. Setiap blok telah memanfaatkan shared memory untuk menyimpan peubah, sehingga proses read dan write bisa lebih cepat. Hasil eksperimen menggunakan mesin 1 berupa laptop menunjukkan nilai speed up hingga 20-an kali, sedangkan mesin 2 yang berupa sebuah server node HPC menunjukkan nilai speed up hingga ratusan kali.
Keyword: GPU, komputasi, paralel, penjajaran lokal, protein, smith-waterman

Judul: Komputasi Paralel Berbasis CUDA GPU untuk Pengukuran Kemiripan Protein pada Ijah Webserver dengan Algoritme Smith Waterman
Abstrak: Penjajaran sekuens merupakan salah satu topik dalam bioinformatika yang digunakan untuk mencari kemiripan dari dua atau lebih sekuens DNA atau protein. Penjajaran sekuens dilakukan secara lokal dengan algoritme Smith Waterman dan secara global dengan algoritme Needleman-Wunsch. Kedua algoritme tersebut memiliki kompleksitas O(mn). Adapun pada penelitian ini dilakukan penjajaran sekuens menggunakan algoritme Smith Waterman dan dijalankan secara paralel menggunakan CUDA GPU dengan model inter-task parallelization. CUDA adalah pemrograman paralel yang dikeluarkan oleh NVIDIA untuk menyesuaikan perhitungan dari CPU ke GPU. Tujuan dari komputasi paralel algoritme Smith Waterman ini adalah untuk meningkatkan speed up pada proses komputasi dengan memanfaatkan resources pada GPU. Penelitian ini menggunakan GPU dengan ukuran memory sebesar 2GB dan 640 cores GPU. Penelitian ini menghasilkan speed up maksimal sebesar 2.895 dengan 30 data sekuens, namun untuk pemrosesan data yang kecil akan mengalami penurunan speed up karena biaya yang diperlukan lebih tinggi.
Keyword: CUDA, GPU, inter task paralel, komputasi paralel, Smith Waterman

Judul: Etno-ornitologi Burung Kancilan Flores (Pachycephala nudigula nudigula Hartert 1897) pada Masyarakat Lio di Taman Nasional Kelimutu
Abstrak: Bare-throathed whistler is one of several wild birds in Kelimutu National Park (TNKL) that is believed to have correlation with Lio Community‟s belief. The estimation of Bare-throated whistler‟s population in Kelimutu National Park was about 186.41-1668.07 individual by the density about 0.0389-0.3481 ind/ha with the sex ratio 6.2:1 that spreaded on area with height of 1100 – 1600 masl. The characteristic of Bare-throated whistler‟s habitat is a natural forest with various canopy level, high plant species diversity and high density. The habitat characteristics related to the availability of food in the form of insects, cover, safety and a nesting site. Generally the most of Lio community knew the existence of Bare-throated whistler directly or from their parents‟ stories. The perceptions of Lio Community to the Bare-throated whistler‟s existence is generally support the conservation efforts. The perceptions construct the Lio Community‟s atitude that tend to be conservative to the existence of Bare-throated whistler. The attitude shown by their behavior that not cathing the Bare-throated whistler from the TNKL‟s area or the outside. The attitude have an important role to the existence of Bare-throated whistler in Kelimutu National Park‟s area.
Keyword: