Judul: Pengukuran dan Analisis Sinyal Sub-Bottom Profiler untuk Ekstraksi Nilai Koefisien Refleksi Sedimen Selat Lembeh
Abstrak: Pemetaan dasar laut yang akurat sangat dibutuhkan terkait dengan peningkatan aktivitas di bidang kelautan, seperti pengerukan, eksplorasi migas, dan penelitian geologi serta morfologi kelautan. Metode pemetaan dasar laut terdiri dari 2 metode, yaitu metode langsung (direct) dan metode tidak langsung (indirect). Metode langsung terdiri dari pengukuran lapang dan pengukuran di laboratorium. Faktor efisiensi yang rendah dan biaya yang tinggi menyebabkan metode langsung tidak efektif digunakan untuk memetakan dasar laut pada wilayah perairan yang luas. Pemrosesan sinyal dibutuhkan dalam menganalisis data akustik karena raw data akustik akan tercampur dengan noise atau derau dari lingkungan maupun dari instrumen akustik itu sendiri. Pemrosesan sinyal ditujukan untuk menghilangkan noise tersebut sehingga hanya sinyal utama yang dianalisis dan hasil klasifikasi tipe dasar perairan yang didapatkan juga akan jauh lebih akurat. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan menganalisis sinyal akustik (penapisan, dekonvolusi, penguatan sinyal) dari sub-bottom profiler untuk menggambarkan penampang melintang dari lapisan sedimen permukaan dasar laut, serta memperoleh nilai koefisien refleksi dari dasar perairan. Penelitian mengambil data di perairan Selat Lembeh, Sulawesi Utara. Nilai tersebut kemudian digunakan untuk mengklasifikasi lapisan sedimen permukaan dasar laut. Pengambilan data sub-bottom profiler (SBP) dilakukan di perairan Selat Lembeh pada bulan April 2016. Track pengambilan data dilakukan secara zigzag untuk mencakup seluruh wilayah selat. Data SBP diakuisisi menggunakan SBP tipe Syqwest Stratabox yang dipasang pada bagian badan kapal. Sampel sedimen diambil menggunakan grab sampler pada lintasan ke-37. Setelah data diakusisi, dilakukan pemrosesan data yang meliputi analisis spektrum dan filtering, serta tahapan dekonvolusi spike dan automatic gain control (AGC). Analisis fast fourier transform (FFT) dan band pass filter diaplikasikan pada penelitian ini untuk menghilangkan derau pada sinyal akustik. Nilai koefisien refleksi yang didapatkan dari lokasi pengambilan sampel pada trace ke-780 berkisar antara 0.1168 hingga 0.7938. Nilai maksimum koefisien refleksi di daerah ini disebabkan karena jenis sedimen yang dikandung pada wilayah tersebut lebih banyak mengandung besi pada sedimen pasir sehingga menyebabkan impedansi sedimen pun bertambah, sehingga nilai koefisien refleksi pada wilayah tersebut pun akan semakin besar.
Keyword: bandpass filter, FFT, Selat Lembeh, sub-bottom profiler

Judul: Komputasi Dan Analisis Multi-Processing Data Sub-Bottom Profiler Untuk Karakterisasi Sedimen Permukaan Dasar Laut.
Abstrak: Peningkatan aktivitas manusia di bidang kelautan seperti operasi pengerukan (dredging), eksplorasi minyak dan gas, penambangan pasir mineral, dan berbagai penelitian kelautan telah mengakibatkan permintaan yang mendesak terhadap peta dasar laut yang akurat. Sub-bottom Profiler (SBP) adalah sistem akustik yang digunakan untuk menggambarkan lapisan sedimen dan batuan di bawah dasar laut, serta memberikan informasi tentang ketebalan sedimen dan stratigrafinya. Oleh karena itu, penelitian ini memiliki tiga tujuan utama yaitu sebagai berikut: (1) untuk menentukan profil (2D) dari lapisan sedimen permukaan dasar laut menggunakan pemrosesan sinyal digital; (2) untuk memperoleh nilai koefisien refleksi dari lapisan sedimen permukaan dasar laut dengan pemodelan dan teknik analitis; dan (3) untuk menganalisis lapisan sedimen berdasarkan pada nilai envelope. Proses akuisisi data dilakukan menggunakan SBP jenis sparker single channel oleh BPPT, yaitu survei pemeliharaan pipa migas dan kabel listrik Pertamina tahun 2010 yang berada di sebelah timur pantai Balongan, Indramayu. Pengambilan sampel sedimen dasar laut menggunakan gravity corer. Hasil dari pengolahan data mentah SBP dengan Matlab di dekat lokasi B19 diperoleh profil 2D dari lapisan sedimen. Dimana terlihat jelas dasar laut dan reflektornya serta memiliki nilai koefisien refleksi dari sedimen permukaan berkisar 0.1079 hingga 0.2894. Selain itu, teknik analitis untuk estimasi parameter sedimen dari data laboratorium ditunjukkan sebagai pembanding. Hasil sedimennya berupa silt/lanau dengan nilai koefisien refleksi adalah 0.2807. Hasil analisis dari lapisan sedimen pemukaan dasar laut di dekat lokasi B19 diperoleh nilai rata-rata evelope adalah -18,5825 dB. Principal Component Analysis diterapkan untuk membentuk pendekatan data seismik trace dan diperoleh berupa trace seismik dengan pengurangan noise yang signifikan.
Keyword: SBP, pemrosesan sinyal, 2 dimensi, koefisien refleksi, lapisan sedimen

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA