Judul: Asosiasi Keragaman Gen NRAMP-1 dan iNOS terhadap Newcastle Disease dan Salmonella enteritidis pada Ayam Sentul Seleksi
Abstrak: Gen NRAMP-1 dan iNOS telah ditunjukkan sebagai mekanisme pertahanan terhadap infeksi bakteri dan virus. Gen-gen ini belum diselidiki pada ayam Sentul Seleksi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman dan asosiasi gen NRAMP-1 dan iNOS sebagai gen kandidat yang berperan dalam resistensi terhadap Newcastle Disease dan Salmonella enteritidis pada ayam Sentul Seleksi. Sejumlah 172 ayam yang dipilih sentul diamati untuk gen NRAMP-1 dan iNOS menggunakan PCR-RFLP. Frekuensi genotipe dan alel, Polymorphic Information Content (PIC), dan keseimbangan Hardy-Weinberg (HWE) telah dianalisis. Genotipe diasosiasikan dengan Immunoglobulin Y (IgY), antibodi spesifik Salmonella dan antibodi spesifik penyakit Newcastle Disease. Parameter ini ditentukan dengan menggunakan indirect ELISA, clearence test and haemagglutination inhibition. Karakteristik kekebalan selanjutnya dikelompokkan menjadi: kategori tinggi, sedang dan rendah. Data dianalisis menggunakan GLM (General Liniear Model) dengan software SAS 9.4, t-test dan chi-square. Keragaman dalam NRAMP-1|SacI dan iNOS|AluI semua telah diamati. Populasi dalam HWE untuk kedua gen. Frekuensi gen NRAMP-1 dan iNOS memiliki genotipe TC yang lebih tinggi secara signifikan (P <0,05) pada ayam dengan imunitas yang tinggi. Selain itu, untuk gen NRAMP-1 dan iNOS, frekuensi alel C lebih tinggi daripada alel T dalam titer IgY tinggi. NRAMP-1|SacI dan iNOS|AluI adalah penanda potensial untuk seleksi terhadap penyakit Newcastle Disease dan Salmonella enteritidis pada ayam Sentul Seleksi. Namun, penyelidikan lebih lanjut direkomendasikan untuk memperkuat rekomendasi ini.
Keyword: ayam Sentul Seleksi, iNOS, keragaman, NRAMP-1

Judul: Asosiasi Keragaman Genotipe Gen NRAMP-1 dengan Ketahanan Tubuh Ayam Kampung terhadap Salmonella pullorum
Abstrak: Natural Protein Resistance-Associated Makrofag 1 (NRAMP-1) merupakan salah satu gen yang berperan dalam mengontrol ketahanan tubuh terhadap penyakit . Ayam kampung adalah salah satu ayam lokal yang memiliki keragaman dan produktifitas tinggi. Program pemuliaan untuk meningkatkan ketahanan penyakit melalui seleksi molekuler merupakan salah satu upaya yang telah berkembang untuk meningkatkan produktivitas ayam. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari hubungan keragaman NRAMP-1 dengan penyakit resistensi pada ayam Kampung. Metode PCR RFLP diterapkan untuk menganalisis hubungan antara polimorfisme NRAMP-1 dengan ketahanan infeksi terhadap Salmonella pullorum. Penelitian dilakukan pada bulan Juli 2016 sampai Januari 2017 dengan 3 tahap yaitu tahap pertama pemeliharaan ayam kampung, tahap kedua identifikasi keragaman gen NRAMP-1 dan tahap ketiga asosiasi genotip gen NRAMP-1 dengan ketahanan terhadap penyakit pada ayam kampung. DNA ayam kampung yang digunakan pada penelitian berjumlah 162, 44 berasal dari populasi ayam sukabumi peternakan rakyat, 49 sampel DNA dari ayam kampung populasi sukabumi peternakan industri, dan 69 sampel koleksi DNA Laboratorium Genetika Molekuler Ternak berasal dari ayam Ciawi. Identifikasi keragaman gen NRAMP-1 menggunakan metode PCR-RFLP. Analisa data yang dilakukan yaitu frekuensi genotipe, frekuensi alel, heterozigositas, dan keseimbangan Hardy- Weinberg. Ketahanan tubuh ayam dilakukan pada ayam kampung sukabumi dari peternakan rakyat. Analisis data secara deskriptif untuk pengujian profil leukosit (konsentrasi leukosit dan diferensiasinya, heterofil, monosit dan limfosit). Pengujian aktivitas fagosistosis dan uji clearance dianalisa ragam. Hasil penelitian menunjukkan bahwa 3 genotipe diidentifikasi gen NRAMP-1 pada ayam Kampung, yaitu TT, TC dan CC. Gen NRAMP-1 bersifat polimorfik pada ayam kampung sukabumi peternakan rakyat. Nilai chi-kuadrat ayam Kampung peternakan rakyat menyimpang dari rasio harapan. Peternakan industri dan Ciawi berada pada kesetimbangan Hardy-Weinberg. Konsentrasi leukosit genotipe CC lebih keci dari kisaran normal. Persentase heterofil, monosit dan limfosit berada pada kisaran normal. Nilai H/L genotipe CC paling rendah.. Aktivitas fagositosis dicerminkan pada aktivitas dan kapasitas makrofag. genotipe ketiga gen NRAMP-1 pada ayam kampung memiliki aspek ketahanan terutama terhadap Salmonella pullorum yang tidak berbeda secara invitro. Kesimpulan, genotipe gen NRAMP-1 bersifat polimorfik dan dapat digunakan sebagai kandidat gen ketahanan terhadap penyakit.
Keyword: gen NRAMP-1, ayam kampung, ketahanan, Salmonella pullorum

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: