Judul: Variabilitas Intra-Musiman Arus Dekat-Dasar Di Laut Halmahera.
Abstrak: Gerbang kedua masuknya arus lintas Indonesia (ARLINDO) dari Samudera Pasifik melalui Laut Halamahera, namun demikian masih sedikit penelitian yang dilakukan di kawasan tersebut. Hal ini memotivasi Program Internal Tides and Mixing in The Indonesian Throughflow (INDOMIX) untuk melakukan pengukuran langsung agar dapat menelaah transpor, percampuran dan variabilitas arus. Tujuan penelitian ini adalah menganalisis variabilitas intra-musiman (20–60 hari) dari arus dekat-dasar di Laut Halmahera (129° BT, 0° LS), serta hubungannya dengan variabilitas angin zonal permukaan dan tinggi muka laut di ekuator Samudera Pasifik. Sumber data yang digunakan dalam penelitian ini meliputi data arus dekat-dasar hasil mooring Acoustic Doppler Current Profiler (ADCP) 75 kHz di kedalaman ± 724 m yang diperoleh dari kegiatan pelayaran INDOMIX selama rentang waktu ± 2,5 tahun dari Juli 2010 - Desember 2012, data angin dari European Center for Medium Range Forecast (ECMWF) dan data SSHA (sea surface height anomaly) dari Archiving, Validation and Interpretation of Satellite Oceanographic data (AVISO). Analisis bandpass filter digunakan untuk menyaring sinyal pada rentang periode intra-musiman (20 - 60 hari). Analisis spektrum densitas energi digunakan untuk mengetahui periode fluktuasi yang energinya signifikan dari data arus dekat-dasar dan data angin permukaan. Analisis transformasi wavelet kontinyu digunakan untuk merepresentasikan sinyal pada rentang waktu skala intra-musiman. Analisis korelasi silang digunakan untuk mengkaji korelasi antara arus-dalam, angin permukaan dan tinggi muka laut. Penggolahan data dilakukan dengan bantuan perangkat lunak Matlab 2010b dan Ferret versi 6.0. Hasil penelitian menunjukkan bahwa rerata arus dekat-dasar (724 m) mengalir ke arah barat laut dengan kecepatan mencapai 40 cm/s. Arah arus yang mengalir menuju barat laut disebabkan oleh posisi mooring yang ditambatkan berdekatan dengan lereng di perairan Halmahera, sehingga arah arus cenderung menyusuri lereng ke arah barat laut. Pola sebaran arus yang dominan mengarah ke arah barat laut diduga masih dipengaruhi oleh arus New Guinea Coastal Under Current (NGCUC) dan arus South Equatorial Current (SEC) yang mengalir ke arah barat laut sepanjang tahun. Dalam skala intra-musiman, spektral densitas energi yang signifikan dari arus dekat-dasar terjadi pada puncak energi pada periode 14 hari, 21 hari. 23 hari dan 27 hari. Energi yang signifikan dari arus dekat-dasar pada periode intra-musiman diduga dipengaruhi oleh adanya pengaruh pasang surut dengan komponen pasut yang paling dominan adalah lunar monthly (MM) & diurnal fortnightly (MF). Selain itu periode 27 hari diduga digerakkan oleh angin zonal ekuator dari jauh (remote forcing) melalui perambatan gelombang Rossby dari Samudera Pasifik. Korelasi silang antara arus dekat-dasar dan angin zonal permukaan memperlihatkan bahwa variabilitas arus pada periode ini memiliki koherensi signifikan dengan angin zonal ekuator Pasifik di sekitar 180o BT dan 160o BB. Hal ini konsisten dengan propagasi gelombang Rossby ke arah barat dari data tinggi muka laut, oleh karenanya variabilitas intra-musiman arus dekat-dasar di Laut Halmahera diduga dipengaruhi oleh periode pasang surut dengan komponen yang dominan adalah MM dan MF, serta diduga digerakkan oleh angin zonal ekuator secara jarak jauh (remote forcing) yang diduga melalui perambatan gelombang Rossby.
Keyword: Pengukuran arus mooring, angin zonal ekuator, analisis densitas spektrum silang, Laut Halmahera

Judul: Struktur Vertikal Arus dan Variabilitas Volume Transpor Massa Air di Busur Luar Laut Banda
Abstrak: Gelombang ekuator Pasifik diperkirakan dapat masuk ke Perairan Indonesia dan mempengaruhi Arus Lintas Indonesia (Arlindo) di jalur Timur, khususnya di sepanjang Busur Luar Laut Banda. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menganalisis struktur vertikal arus dan variabilitas transpor volume Arlindo serta kaitannya dengan perambatan gelombang Rossby Pasifik di Busur Luar Laut Banda pada kanal Laut Seram, Laut Aru, dan Laut Timor, dengan menggunakan hasil model INDESO dari Januari 2008 sampai Desember 2014 (7 tahun). Hasil penelitian menunjukkan struktur vertikal aliran Arlindo di Busur Luar Laut Banda dari komponen arus zonal (Seram-Timor) dan meridional (Aru) memiliki pola pergerakkan searah jarum jam. Volume transpor di Laut Seram sebesar +1.04 Sv (± 1.54) Sv ke arah Timur, di Laut Aru arah transpor ke arah Selatan dengan besar transpor sebesar -0.61 (± 0.79) Sv, dan di Laut Timor ke arah Barat dengan volume transpor sebesar -8.42 (± 2.05) Sv. Struktur vertikal memperlihatkan bahwa arus dominan lebih kuat pada kedalaman di atas 300 m. Analisis Power Spectral Density pada selang kepercayaan 95% menunjukkan periodisitas energi signifikan terjadi pada periode tahunan, semi-tahunan dan intra-musiman, dimana variabilitas transpor di Laut Seram dan Laut Aru didominasi oleh skala-waktu tahunan dan intra-musiman, namun di Laut Timor dominan oleh variabilitas dalam skala-waktu intra-musiman dan semi-tahunan. Hasil koherensi tertinggi antara Laut Seram-Laut Aru, Laut Aru-Laut Timor, dan Laut Seram-Laut Aru memperlihatkan bahwa koherensi yang signifikan (0.9689) terjadi pada periode 341 hari dengan beda fase 26.5 hari, hal ini menunjukkan bahwa adanya perambatan gelombang ekuator Pasifik yang merambat di sepanjang Busur Luar Laut Banda. Analisis diagram Hovmoller memperlihatkan propagasi sinyal dari energi kinetik ditemukan di sepanjang Busur Luar Laut Banda pada kedalaman 5 m dan 155.9 m dengan nilai rerata kecepatan fase masing-masing kedalaman ialah 8.7 cm s-1 dan 11.1 cm s-1, dimana fase kecepatannya mirip dengan fase kecepatan golombang Rossby yang terperangkap. Analisis normal mode memperlihatkan Laut Seram, Laut Aru, dan Laut Timor memiliki pola osilasi arus yang hampir mirip karena berdasarkan profil densitas potensial dan frekuensi Brunt-Vaisalla. Koherensi antara angin Zonal Indo-Pasifik dan volume transpor di Laut Aru menunjukkan koherensi tertinggi ditemukan di Pasifik Utara Subtropis dan Ekuatorial, dengan fluktuasi arus terjadi pada variabilitas skala-waktu tahunan, semi-tahunan, dan intra-musiman. Hasil penelitian memperlihatkan bahwa angin zonal di sepanjang Laut Pasifik ekuator berperan sebagai remote forcing yang menghasilkan respon gelombang Rossby.
Keyword: Arus Lintas Indonesia (Arlindo), INDESO, Busur Luar Laut Banda, variabilitas volume transpor Arlindo, gelombang Rossby Pasifik

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA