Judul: Identifikasi Protein-Protein Signifikan Yang Berasosiasi Dengan Diabetes Mellitus (Dm) Tipe 2 Menggunakan Analisis Topologi Jejaring Protein-Protein Interaction
Abstrak: Identifikasi protein-protein signifikan yang berasosiasi dengan suatu penyakit merupakan proses awal yang dilakukan dalam penemuan obat baru menggunakan metode network pharmacology. Pendekatan yang digunakan dalam mengidentifikasi protein-protein signifikan tersebut adalah pendekatan komputasional. Pendekatan ini merupakan solusi dari dua kendala utama metode eksperimental yaitu waktu yang panjang dan biaya yang besar. Pendekatan ini mungkin dilakukan karena tersedianya data protein dan interaksi antar protein dalam jumlah yang banyak. Proses identifikasi protein-protein signifikan yang berasosiasi dengan DM tipe 2 dimulai dengan mengumpulkan data kandidat protein-protein signifikan menggunakan basis data OMIM, selanjutnya kandidat protein-protein signifikan tersebut dijadikan sebagai data masukan pada basis data STRING untuk memperoleh data protein-protein interaction (PPI). Data PPI dikonstruksi menjadi jejaring PPI dan sebuah subnetwork dikonstruksi dari semua lintasan terpendek pasangan kandidat protein-protein signifikan yang memiliki total nilai degree terbesar dari seluruh node-nya yang ada pada jejaring PPI. Analisis topologi pada subnetwork dilakukan untuk memperoleh nilai Connectivity degree (k), betweenness centrality (BC) dan closeness centrality (CC). Ketiga nilai tersebut kemudian digunakan untuk menentukan protein-protein signifikan yang berasosiasi dengan DM tipe 2. Pengujian terhadap konsistensi protein-protein signifikan dilakukan dengan mengkonstruksi jejaring penyangga dari protein-protein signifikan yang ada pada subnetwork. Akurasi jejaring penyangga dihitung terhadap tiap jejaring uji yang diciptakan dan dihitung nilai akurasi rata-ratanya. Nilai akurasi rata-rata inilah yang menunjukkan kekokohan jejaring penyangga atau konsistensi dari protein-protein signifikan yang ada pada jejaring penyangga. Penelitian ini berhasil mengidentifikasi 21 protein signifikan yang berasosiasi dengan DM dengan menempatkan Insulin (INS) sebagai protein paling penting dan juga sebagai node pusat pada jejaring PPI. Terdapat 8 protein sebagai tetangga lagsung dari INS yaitu AKT1, TCF7L2, KCNJ11, PPARG, GCG, INSR, IAPP dan SOCS3. Hal yang menarik pada penelitian ini adalah dari 63 protein signifikan berasosiasi dengan DM yang diperoleh dari basis data OMIM, hanya 9 dari 21 protein yang berfungsi sebagai protein penting, 12 protein lainya merupakan protein yang diperoleh dari data PPI.
Keyword: protein-protein interaction, protein-protein Signifikan, jejaring PPI, network pharmacology, jejaring penyangga

Judul: Analisis Topologi Interaksi Protein-Protein untuk Identifikasi Protein Signifikan Terkait dengan Diabetes Mellitus.
Abstrak: Pendekatan komputasi merupakan salah satu solusi untuk mengatasi masalah efisiensi pada proses penemuan obat. Pada penelitian ini, studi kasus dilakukan pada penyakit diabetes mellitus. Identifikasi protein signifikan dilakukan dengan membangun jaringan protein-protein interaction (PPI) dengan menganalisis bentuk topologinya. Hasil pengukuran menggunakan overall centrality menghasilkan suatu protein signifikan yang mempertimbangkan karakteristik pada semua pengukuran centrality dengan kombinasi linear yang optimal. Hasil dari analisis topologi terhadap PPI menunjukkan bahwa dari 83 kandidat protein penyakit diabetes mellitus, insulin (INS) adalah pusat network protein dengan nilai overall centrality tertinggi. Adapun protein lainnya yang memiliki nilai centrality tinggi memiliki hubungan dekat dengan INS adalah AKT1, INSR, KCNJ11, PPARG, TCF7L2, FOXO1, SOCS3, dan IRS1. Berdasarkan evaluasi uji ketahanan dengan 145 test network yang terdiri atas 9 protein tersebut menunjukkan bahwa INS menjadi pusat netwok dengan akurasi sebesar 60.26%.
Keyword: diabetes mellitus, protein-protein interaction (PPI) network, protein signifikan

Judul: Populasi dan Habitat Kakatua-Kecil Jambul-Kuning di Bentang Alam Mbeliling Bagian Barat, Kabupaten Manggarai Barat, Nusa Tenggara Timur
Abstrak: Cacatua sulphurea parvula or yellow-crested cockatoo were spread distributed at Sunda Kecil Archipelago, Nusa Tenggara, except at Sumba Island. This species amount in the nature is very small, caused by the illegal hunting and trading. The purpose of this research is to get the information about population and habitat of the cockatoo in Flores, especially at the western part of Mbeliling Landscape. Cocatoo census was conducted by look-down method at vantage points when cockatoo flew passed by. Habitat analysis was carried out with vegetation analysis. The census showed that there were two groups of cockatoo, consisted of 69 cockatoos in Tao hill and 15 cockatoos in Nggoer River. Flight pattern of each group ranged 0-100 meters above the sea level and crossed mangrove forest, savanna, monsoon forest and cultivation plant vegetation. The vegetation analysis resulted Ceiba petandra or silk-cotton tree as the tree that most used by cockatoo and had the highest TIV (Tree Importance Value), 47,48%. Cockatoo’s foods which observed were crown flower (Calotropis gigantea), and Moringa olifera. The population of Cockatoo which observed at western part of Mbeliling Landscape was estimated came from Rinca Island, Komodo National Park. It can be concluded that the location might be only used by rhe cockatoo came from Rinca Island as their daily exploration area for foraging.
Keyword: habitat., ecology, population, Flores, Cacatua sulphurea parvula