Judul: Kloning Dan Ekspresi Gen Penyandi Fragmen Protein Intimin Dari Enterohemorraghic Escherichia Coli O157:H7
Abstrak: Bakteri Enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC) O157:H7 adalah salah satu serotipe utama yang paling virulen diantara bakteri patogen EHEC. Bakteri ini merupakan penyebab yang paling umum penularan diare berdarah dan gagal ginjal akut pada anak-anak yang mengalami hemolytic uremic syndrome (HUS). Bakteri ini telah dilaporkan sebagai yang paling sering terkait dengan insiden wabah penyakit infeksi EHEC di seluruh dunia. Hewan perantara utama bakteri ini adalah ruminansia, terutama sapi. Dosis infeksi yang sangat rendah dan karakteristik transmisi yang cepat tersebar, membuat paparan minimalpun terhadap bakteri ini dapat menyebabkan penyakit infeksi EHEC tersebut. Oleh karena itu, strategi kontrol yang tepat diperlukan dalam rangka mencegah dan mengurangi kolonisasi dan transmisi bakteri tersebut. Strategi tersebut termasuk pengembangan protein antigen rekombinan untuk sistem vaksin dan diagnostik. Intimin adalah kandidat antigen yang menarik dan potensial karena Intimin merupakan salah satu faktor virulensi kunci dari bakteri ini. Intimin adalah adhesin utama yang diperlukan untuk kolonisasi bakteri terus-menerus ke sel inang eukariotik. Aktivitas pengikatan reseptor Intimin terlokalisasi pada 282 asam amino C-terminal (Intimin282). Oleh karena itu, Intimin282 atraktif sebagai kandidat antigen yang dapat bermanfaat dalam sistem tersebut di atas. Penelitian sebelumnya telah melaporkan ekspresi Intimin pada sitoplasma E. coli menggunakan sistem ekspresi prokariotik yang umum digunakan, seperti pLac dan T7 polimerase. Namun, hal tersebut biasanya menghadapi beberapa kendala, yaitu tingkat ekspresi yang rendah, kebocoran ekspresi, pembentukan badan inklusi, dan protein terpotong. Vektor pRHA, yang dikontrol secara ketat oleh L-rhamnosa dan Dglukosa, telah dilaporkan merupakan sistem ekspresi E. coli alternatif yang layak untuk kloning dan ekspresi protein rekombinan fungsional yang stabil. Selain itu, periplasma E. coli telah dilaporkan dapat menjaga fungsionalitas dan stabilitas protein dengan lebih efisien dibandingkan sitoplasma. Namun, hingga saat ini belum ada penelitian tentang ekspresi Intimin menggunakan sistem ekspresi pRHA dan/atau pada periplasma E. coli. Oleh karena itu, kami mengkonstruksi sebuah vektor pRHA rekombinan untuk meneliti ekspresi fragmen Intimin imunogenik dari EHEC O157:H7 pada periplasma E. coli. Intimin282 dengan tag His6 (Int282) bersama dengan sekuen sinyal pelB diklon ke dalam vektor pRHA, kemudian diekspresikan pada E. coli JM109, dan dipurifikasi. Hasil tersebut menunjukkan bahwa pelB-Int282 telah berhasil dikloning ke dalam vektor pRHA dengan ukuran gen target sekitar 984 bp yang sesuai dengan ukuran gen target teoritis. Lebih lanjut, Int282 juga telah berhasil diekspresikan pada periplasma E. coli dengan ukuran protein sekitar 32 kDa yang sesuai dengan ukuran protein yang diprediksi berdasarkan sekuen asam aminonya.
Keyword: EHEC O157:H7, Intimin282, pRHA, L-rhamnosa, periplasma E. coli

Judul: Telaah pengklonan gen protease dari Bacillus stearo thermophilus ke dalam Escherichia coli
Abstrak: Fragmen-fragmen genom dari Bacillus stearothermophilus, yang dipotong secara parsial dengan Eco RI atau HindIII, telah diklon dalam Escherichia coli dengan teknik shot gun cloning menggunakan plasmid pRK415 sebagai vektornya untuk gen protease. Media agar MacConkey (Jennings dan Beacham, 1989) dengan sedikit modifikasi dipakai untuk deteksi koloni pembawa plasmid rekombinan atau plasmid nonrekombinan. Media tersebut terdiri dari 10 g tripton, 5 g ekstrak kha­ mir, 10 g laktose, 0.075 g neutral red, 15 g agar dalam 1 L dH20, pH diatur pada 7 .4. Untuk deteksi ekspresi gen protease, media tersebut ditambahkan 2 % susu skim. Media ini dinamakan SMMCA (skim milk modified MacConkey agar). Penghilangan kristal violet, garam empedu dan garam memberikan hasil yang baik untuk deteksi koloni-koloni tersebut. Sel koinpeten untuk keperluan pengklonan disiapkan dengan metode miniprep, sesuai prosedur Lederberg dan Cohen (1974) dengan sedikit modifikasi, dilakukan dengan cara mensentrifusi 1.5 mL kultur fase log dalam tabung mikro setelah sebe­lumnya diinkubasikan selama 30 menit pada 0°C. Pelet sel dicuci dengan 1 mL 0.1 M CaC12 dingin, kemudian sel disuspensikan dalam 0.5 mL 0.1 M CaC12 dingin dan diinkubasikan pada 0°C selama 20 menit, sentrifusi terakhir dilakukan dan pelet sel disuspensikan dalam 0.2 mL 0.1 M CaC12 dingin, pada kondisi ini sel siap digu­ nakan untuk transformasi. Isolasi DNA kromosom dengan metode Marmur (1961) mendapatkan DNA dengan kualitas yang cukup baik, dan dapat dipakai untuk keperluan kloning, walauiv pun dilakukan tidak sampai pada tahap pemurnian lanjutan seperti penghilangan RNA dan pemekatan. Dari 500 mL kultur fase log diperoleh lebih kurang 2 mg DNA kromosom. ...
Keyword: Escherichiacoli, Proteinase

Judul: Wavy Sycamore Maple: Relationships Between Anatomical, Physical, Mechanical, And Vibrational Properties
Abstrak: Sycamore maple (Acer pseudoplatanus L.) is a wood species particularly known for its wavy grain figures and its high-value utilization among luthiers and craftsmen for musical instruments or furniture making. Although past separate studies had determined its properties, little had been done in order to quantify the waviness characteristics of its unique patterns and the correlations between its properties which include the anatomical, physical, mechanical, and vibrational or acoustical characteristics. Backed by its high degree of valuation and utilization, this research was conducted in order to study the characteristics of sycamore maple and how they correlate with each other. The specimens taken for the measurements were procured from different trees with various surface figures. Vibrational and mechanical measurements were conducted using Vybris, a semi-automated device developed by Gifu and Kyoto University, Japan and manufactured in LMGC (Laboratoire de Mécanique et Génie Civil) in Montpellier, France by taking into account the radial and longitudinal directions and its local variations. Waviness’ characteristics were quantified by measuring the wood blocks which were splitted parallel to the grain, while anatomical properties such as microfibril angle and rays’ dimensions were measured using light microscopy. Results from this study provide a dataset regarding the properties of wavy sycamore maple. Through statistical analysis, it can be concluded that there are significant correlations between the measured parameters, particularly between waviness, microfibril angle, the specific modulus elasticity, and damping coefficient by internal friction of the wood in longitudinal direction. The anisotropy properties were found to be very low but was not satisfactorily explained by the anatomical features studied. Future studies using similar methods should be conducted with larger number of speciments and refined statistical analysis models. Analysis regarding the mechanical model of wavy-grain wood, which may include variables such as MFA, grain angle, and waviness, should be conducted.
Keyword: anisotropy, damping, microfibril angle, modulus of elasticity, rays, wavy grain