Judul: Cephalosporins, in silico, molecular docking, molecular dynamics, mutations
Abstrak: Sefalosporin merupakan antibiotik β-laktam semisintetik yang dapat digunakan untuk mengatasi penyakit infeksi yang disebabkan oleh bakteri grampositif dan gram-negatif. Semisintetik sefalosporin disintesis dari 7-aminocephalosporanic acid (7-ACA), yang didapatkan dari pemutusan gugus asil secara kimiawi atau reaksi enzimatis dari sefalosporin C (CPC). Konversi CPC menggunakan reaksi enzimatis satu langkah membutuhkan sefalosporin C asilase (CPC asilase), tetapi CPC asilase alami memiliki aktifitas yang rendah terhadap substrat CPC. Rekayasa secara pendekatan in silico digunakan untuk mendapatkan mutan CPC asilase dari Pseudomonas sp. Strain SE83 yang memiliki potensi untuk meningkatkan aktivitas berdasarkan energi bebas ikatan dan stabilitasnya. Penambatan molekul oleh oleh Autodock Vina menggunakan energi bebas ikatan, ikatan hidrogen, dan kontak hidrofobik menunjukkan mutan V25βR, F55βR, L154βY, dan I176βH memiliki stabilitas yang lebih baik. Simulasi dinamika molekul oleh AMBER18 menunjukkan mutan I176βH memiliki potensi terbaik dengan energi ikat rata-rata sebesar -54,71 kkal mol-1, dan stabilitas yang baik berdasarkan RMSD, RMSF, dan okupansi ikatan hidrogen selama 50 ns., Chephalosporins are the semisynthetic β-lactam antibiotics for the treatment of infection diseases caused by gram-positive and gram-negative bacteria. Semisynthetic cephalosporins are synthesized from 7-aminocephalosporanic acid (7-ACA), which is produced by chemical deacylation or enzymatic conversion of cephalosporin C (CPC). The single-step enzymatic conversion of CPC uses cephalosporanic C acylase (CPC acylase), however known natural CPC acylase has a very low activity on the substrat CPC. In Silico engineering approach was used to discover a mutant of CPC acylase from Pseudomonas sp. Strain SE83 that had potential to increase the activity based on its free energy binding and stability. Molecular docking by Autodock Vina using binding free energy, hydrogen bonds, and hydrophobic interaction shown that mutants of V25βR, F55βR, L154βY, and I176βH had a better stability. Molecular dynamics simulations by AMBER18 shown that I176βH mutant has the best potential with an average binding free energy value of -54,71 kcal mol-1, and good stability based on the RMSD, RMSF, and hydrogen bond occupancy in the period of 50 ns.
Keyword: In Silico, Sefalosporin, Dinamika Molekul

Judul: Optimasi Media Produksi Sefalosporin Dari Kapang Acremonium Chrysogenum Cb 2/11.1.10.6 Menggunakan Metode Respon Permukaan
Abstrak: Sefalosporin merupakan antibiotik golongan β-laktam yang mempunyai efektivitas dalam melawan bakteri gram positif dan gram negatif. Antibiotik ini dihasilkan oleh kapang Acremonium chrysogenum. Media kultivasi yang optimal dapat meningkatkan produksi sefalosporin. Salah satu komposisi media kultivasi yang paling berpengaruh diantaranya adalah sumber karbon dan nitrogen. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendapatkan konsentrasi sumber karbon dan nitrogen terbaik dalam menghasilkan sefalosporin secara maksimal. Langkah pertama yaitu memilih sumber karbon dan sumber nitrogen yang disesuaikan dengan kebutuhan kapang. Molases, sukrosa, minyak kelapa sawit, malto dekstrin dan glukosa terpilih sebagai kandidat seleksi sumber karbon. Sedangkan urea, ammonium sulfat, yeast ekstrak dan corn step liquor (CSL) sebagai kandidat seleksi sumber nitrogen. Langkah selanjutnya sumber karbon dan sumber nitrogen secara masing-masing diuji dengan konsentrasi yang sama dalam media kultivasi untuk produksi sefalosporin. Hasi seleksi yang dilakukan memperlihatkan bahwa molases merupakan sumber karbon terbaik untuk produksi sefalosporin. Pengujian level konsentrasi menunjukkan molasses dengan konsentrasi 70 g L -1 merupakan konsentrasi terbaik dalam menghasilkan sefalosporin. Selain itu gabungan antara CSL, urea dan ammonium sulfat merupakan sumber nitrogen terbaik. Pengujian level konsentrasi hasil nitrogen terpilih yaitu gabungan antara CSL, urea dan ammonium sulfat dengan perbadingan 80: 1,53:6,82 g L-1 dengan kandungan nitrogen total sebesar 72% merupakan konsentrasi terbaik. Optimasi media dilakukan dengan menggunakan metode respon permukaan. Optimasi terhadap faktor yang signifikan diprediksi dengan model ordo dua melalui rancangan statistika central composite design (CCD). Untuk memperoleh komposisi media yang optimal, sebanyak 48 percobaan telah dilakukan. Molases sebagai sumber karbon, gabungan CSL, urea dan ammonium sulfat sebagai sumber nitrogen serta DL-methionin sebagai induser adalah komponen media yang menunjukkan pengaruh yang nyata terhadap produksi sefalosporin. Produksi tertinggi diprediksi oleh model kuadratik sebesar 3876 mg L-1 dengan komposisi media 68.28 g L-1 molases, 71.61 %N gabungan dari CSL, urea dan ammonium sulfat, serta 0.4 g L-1 DL-Methionin. Hasil Verifikasi komposisi media optimal yang dilakukan di laboratorium menghasilkan sefalosporin sebesar 3696 mg L-1. Konsentrasi ini mencapai 95.36% dari hasil yang diprediksi oleh model. Optimasi dengan menggunakan metode respon permukaan mampu meningkatkan produksi sefalosporin 1.48 kali dibandingkan sebelum dilakukan optimasi, hasil yang didapatkan sebelum optimasi yaitu sefalosporin dengan konsentrasi 2487 mg L-1.
Keyword: Karbon, metode respon permukaan, nitrogen, sefalosporin

Judul: Kontribusi Hutan Rakyat Terhadap Pendapatan Rumah Tangga Di Desa Gunung Bunder 2, Kecamatan Pamijahan, Bogor Jawa Barat
Abstrak: Hutan rakyat merupakan hutan yang dibangun, dikelola, dan dimanfaatkan oleh rakyat diatas tanah milik.Pengembangannya hanya ditujukan pada tanah kosong dan seringkali hanya sebagai pendukung pertanian.Tujuan penelitian ini adalah untukmengetahui pola hutan rakyat dan kontribusi hutan rakyat terhadap pendapatan rumah tangga petani di Desa Gunung Bunder 2, Kecamatan Pamijahan, Bogor Jawa Barat.Data dikumpulkan melalui wawancara dan studi pustaka, kemudian dianalisis dan disajikan secara deskriptif kuantitatif.Dari hasil analisis menunjukkan bahwa hutan rakyat di Desa Gunung Bunder 2 menggunakan pola usaha tumpangsari atau agroforestry. Kontribusi hutan rakyat terhadap pendapatan rumah tangga di Desa Gunung Bunder 2 sebesar 6.5 %.Sehingga bisa dikatakan bahwa hutan rakyat hanya sebagai usaha tani sampingan masyarakat Desa Gunung Bunder 2.
Keyword: pendapatan, kontribusi, hutan rakyat