Judul: Pengaruh Mutasi terhadap Kestabilan Termal Protein 1GB1
Abstrak: Kestabilan termal struktur asli dan mutan dari protein G domain B1 telah dipelajari menggunakan simulasi dinamika molekuler dan simulasi perturbasi energi bebas. Protein G domain B1 telah menjadi model untuk mempelajari pelipatan dan pembukaan lipatan struktur sekunder protein dalam banyak penelitian karena strukturnya yang unik dan suhu denaturasi yang ekstrim. Berbagai penelitian dilakukan baik secara eksperimental menggunakan NMR (Nuclear Magnetic Resonance) maupun secara komputasional menggunakan simulasi dinamika molekuler dilakukan untuk menjelaskan kedua proses tersebut. Interaksi hidropobik dan interaksi non-ikatan telah disebutkan sebelumnya oleh beberapa peneliti sebagai interaksi yang menjaga kestabilan fragmen C-terminal β-hairpin dari protein G domain B1. Penelitian ini ditujukan untuk menguji residu atau interaksi yang berperan penting dalam kestabilan termal keseluruhan protein G domain B1 dengan metode mutasi titik. Struktur asli disimulasikan dengan berbagai variasi suhu akhir yaitu 400 K, 425 K, 450 K, 475 K dan 500 K. Berdasarkan hasil analisis, struktur asli protein mengalami unfolding pada suhu 500 K di 704 ps. Residu yang dimutasi dipilih berdasarkan perubahan beberapa parameter analisis. Kemudian setelah residu yang dimutasi ditentukan (K4, E27, K28, A23, A24, D40, E56, E15, dan K10) dipilih residu calon pengganti. Proses seleksi residu yang menggantikan residu di struktur asli dilakukan dengan menghitung perubahan energi bebas solvasi. Penggantian sederhana dari residu bermuatan positif di β-sheet (K4S) menurunkan kestabilan (unfolding pada 452 ps), namun ketika penggantian residu bermuatan negatif di α-helix (E27G) meningkatkan kestabilan (unfolding pada 846 ps). Mutan yang menarik lainnya adalah penggantian K4A yang menghancurkan α-helix dan semua β-sheet menjadi coil dan turn. Hasil ini membuktikan bahwa interaksi non-ikatan memiliki peran utama dalam kestabilan termal protein 1GB1 dan struktur β-sheet merupakan struktur yang penting (mutasi pada struktur tersebut akan mengganggu struktur lain juga).
Keyword: Protein 1GB1, Kestabilan termal, Mutasi titik, Simulasi dinamika molekuler, Perubahan energi bebas solvasi

Judul: Pengaruh Mutasi Titik K4S terhadap Trayektori Unfolding dan Refolding Protein 1GB1
Abstrak: Pelipatan protein merupakan hal yang sangat penting untuk memahami berbagai proses biologi. Salah satunya adalah proses unfolding dan refolding protein 1GB1 yang telah termutasi pada salah satu residunya. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari dan membadingkan pengaruh temperatur terhadap perubahan trayektori serta dinamika proses unfolding dan refolding protein 1GB1 sebelum dan setelah dimutasi pada residu K4S. Penelitian ini dilakukan menggunakan metode simulasi dinamika molekul yang terdiri dari beberapa tahapan diantaranya mutasi protein, preparasi, minimisasi, pemanasan, ekuilibrasi, dan production run. Simulasi unfolding dilakukan pada temperatur 500 K selama 16 ns dan refolding pada stemperatur 225 K selama 20 ns. Mutan protein 1GB1 unfolding pada temperatur 500 K dalam waktu 14.5 ns dengan tingkat kemiripan urutan asam amino sebesar 30.36 %. Mutan protein yang telah rusak ini kemudian kembali ke struktur awal melalui proses refolding pada suhu 225 K selama 20 ns dengan tingkat kemiripan urutan asam amino sebesar 48.21%. Mutasi titik yang dilakukan mengakibatkan meningkatnya kestabilan termal protein seperti yang ditunjukkan oleh lamanya waktu protein terdenaturasi. Hasil tersebut juga menunjukkan bahwa unfolding dan refolding protein memiliki trayektori yang berbeda.
Keyword: mutasi titik, protein 1GB1, refolding, simulasi dinamika molekul, unfolding

Judul: Etno-ornitologi Burung Kancilan Flores (Pachycephala nudigula nudigula Hartert 1897) pada Masyarakat Lio di Taman Nasional Kelimutu
Abstrak: Bare-throathed whistler is one of several wild birds in Kelimutu National Park (TNKL) that is believed to have correlation with Lio Community‟s belief. The estimation of Bare-throated whistler‟s population in Kelimutu National Park was about 186.41-1668.07 individual by the density about 0.0389-0.3481 ind/ha with the sex ratio 6.2:1 that spreaded on area with height of 1100 – 1600 masl. The characteristic of Bare-throated whistler‟s habitat is a natural forest with various canopy level, high plant species diversity and high density. The habitat characteristics related to the availability of food in the form of insects, cover, safety and a nesting site. Generally the most of Lio community knew the existence of Bare-throated whistler directly or from their parents‟ stories. The perceptions of Lio Community to the Bare-throated whistler‟s existence is generally support the conservation efforts. The perceptions construct the Lio Community‟s atitude that tend to be conservative to the existence of Bare-throated whistler. The attitude shown by their behavior that not cathing the Bare-throated whistler from the TNKL‟s area or the outside. The attitude have an important role to the existence of Bare-throated whistler in Kelimutu National Park‟s area.
Keyword: