Judul: Ekspansi KueriAnotasiGene Ontology Menggunakan Pseudo Relevance Feedbackdan Concept Embeddings
Abstrak: Dengan berkembangnyapenelitian padaBiodiversity infomaticsdan beberapa upaya penelitian untuk mengakses dan menganalisa sumber informasi terkait molecular biology khususnya analisis gen pada format digital, diperlukan alat untuk mencari informasi yang relevan sesuai dengan kebutuhan infomasi pengguna.Gene ontologymerupakansalah satu sumber representasi pengetahuan menggunakan taksonomi dan relasi untuk analisis gen dalam domain biologi molekular. Penelitian ini mengembangkan mesin pencari pada domain gen tumbuhan yang dapat mengembalikan hasil infomasi yang relevan dari anotasi gen. Mesin pencari ini menggunakan metode kueri ekspansi berbasis konsep semantik untuk mencari anotasi yang mengandung konsep yang mirip dengan masukan pengguna. Dokumen yang dikembalikan adalah urutan berdasarkan bobot hasil indeks Apache Solr dan metode concept embeddings. Kinerja dari metode ini menghasilkan MAP sebesar 0.913 dari sepuluh teratas hasil pencarian anotasi.
Keyword: biodiversity informatics, concept-based query expansion, ekspansi kueri, Gene ontology, pseudo relevance feedback

Judul: Ukuran Kemiripan Anotasi Gene Ontology Berbasis Information-Based Similarity Menggunakan SOLR.
Abstrak: Indonesia kaya akan keanekaragaman hayati. Informasi-informasi biodiversitas yang disediakan sangat banyak dengan format yang berbeda-beda. Mengingat ukuran datanya yang besar dan banyak, dibutuhkan sebuah mesin pencari yang baik, namun seringkali dokumen yang dikembalikan tidak relevan. Untuk meningkatkan hasil kerja mesin pencari adalah dengan menggunakan algoritme kemiripan yang baik, salah satunya adalah information-based similarity. Dokumen yang digunakan dalam penelitian ini adalah Gene Ontology. Dalam penelitian ini dilakukan perbandingan kinerja antara metode information-based similarity dan metode pengukuran kemiripan default yang digunakan SOLR. Hasil evaluasi MAP yang diperoleh untuk metode information-based similarity lebih tinggi, yaitu 0.894154, sedangkan nilai R-precision yang didapatkan untuk kedua metode adalah sama. Hasil perbandingan menunjukkan bahwa metode informationbased similarity sedikit lebih unggul karena mampu menampilkan semua dokumen relevan pada urutan atas.
Keyword: biodiversitas, Gene Ontology, information-based similarity, mesin pencari

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: