Judul: Pengembangan Marka Single Nucleotide Amplified Polymorphism (SNAP) terkait Ketahanan Kakao terhadap Penyakit Busuk Buah Kakao (BBK).
Abstrak: Perkebunan kakao di Indonesia mayoritas dikelola oleh petani dengan sentra produksi di Sulawesi. Masalah utama kakao di Indonesia yaitu serangan jamur Phytophthora palmivora yang menyebabkan penyakit Busuk Buah Kakao (BBK). Penyakit ini dapat menyebabkan penurunan produksi mencapai 50%. Pengendalian BBK terus dilakukan dengan merakit varietas unggul baru kakao tahan BBK. Perakitan tanaman unggul membutuhkan plasma nutfah yang telah teridentifikasi ketahanannya terhadap BBK. Identifikasi dapat dilakukan dengan pengamatan langsung terhadap infeksi jamur P. palmivora dan dengan berbantuan marka molekuler. Pada penelitian ini identifikasi ketahananan tanaman kakao terhadap BBK dilakukan dengan menggunakan metode cakram daun dan marka Single Nucleotide Amplified Polymorphism (SNAP). Marka SNAP dikembangkan berdasarkan hasil analisa metode cakram daun. Hasil pengujian cakram daun mengelompokkan klon Sca 6 ke dalam kelas sangat tahan, Sul 1 dan Sul 2 (tahan), MCC 02 (agak tahan), DRC 16 (rentan) dan DR 1 (sangat rentan). Klon Sca 6 merupakan klon yang paling tahan BBK, tetapi masih terdapat titik penetrasi dengan skor resistensi 0.1. Bercak infeksi jamur pada kedua klon ini tidak mengalami peluasan. Hal ini diduga karena mekanisme ketahanan pascapenetrasi yang menghambat perkecambahan jamur. Empat gen (Cat 1, Cat 2, Pto dan HbPR-1) telah dilaporkan terkait dengan mekanisme ketahanan terhadap infeksi P. Palmivora. Gen Catalase 1, 2 berhubungan dengan Pathogenesis Related Protein (PR protein) 9, gen Pto berfungsi menghasilkan PR-2 dan 5, sedangkan gen HbPR-1 mensintesis PR-1. PR protein adalah protein yang disandikan dari suatu gen untuk membatasi pertumbuhan, perkembangan dan perbanyakan patogen dalam tanaman. Isolasi gen Cat 1, Cat 2 dan Pto dari tanaman kakao dilakukan dengan menggunakan primer spesifik sedangkan gen HbPR-1 menggunakan degenerate primer. Berdasarkan penjajaran sekuen dari isolasi gen diperoleh sepuluh situs SNP yang membedakan klon kakao sangat tahan BBK dengan kelas lainnya. Situs SNP yang teridentifikasi di desain menjadi marka molekuler SNAP. Berdasarkan validasi marka SNAP, primer Cat1-71 memvisualisasikan tingkat ketahanan kakao sama dengan uji cakram daun. Primer ini memiliki situs SNP dengan varian nukleotida (C/T) pada nomor urut basa 71 dengan mentranslasikan asam amino leusina menjadi fenilalanina. Aplikasi Primer Cat1-71 pada 16 genotipe kakao hibrida berhasil mengelompokkan kakao kedalam kelas tahan, moderat dan tidak tahan busuk buah.
Keyword: cakram daun, Phytophthora palmivora, primer spesifik

Judul: Ekspresi gen Proteinase Inhibitor (PIN) buah Kakao (Theobroma cacao L) dari klon tahan, intermediet, dan tidak tahan penggerek buah kakao
Abstrak: Kuantitas dan kualitas produksi buah Kakao (Thebroma Cacao L) pertumbuhannya dipengaruhi oleh adanya hama Penggerek Buah Kakao (PBK). Kerugian yang disebabkan oleh serangan penggerek buah kakao (PBK) diantaranya penurunan berat biji, peningkatan persentase biji kualitas rendah, kehilangan hasil dan meningkatnya biaya panen diakibatkan sulitnya memisahkan biji yang terserang dari kulit buah. Pengendalian hama PBK ini dilakukan dengan menghambat pertumbuhan hama PBK dengan menggunakan gen pertahanan alami dari tanaman buah Kakao yakni gen Proteinase Inhibitor. Pengetahuan mengenai pola ekspresi gen Proteinase Inhibitor (PIN) perlu dilakukan lebih awal untuk mengidentifikasi bagian dari buah Kako yang memiliki tingkat ketahanan terhadap PBK. Penelitian ini membandingkan pola ekspresi gen PIN tanaman Kakao klon Tahan (KW 514), Intermediet (KW 162), dan Tidak Tahan (ICS 60) pada bagian OPW, IPW, Pulp, Biji dan Daun buah Kakao. Perlakuan ini dilakukan dengan cara isolasi RNA melalui teknik RT-PCR dan Elektroforesis Gel. Gen PIN berfungsi sebagai protein storage dan gen pertahanan alami. Gen PIN dapat berfungsi sebagai storage protein pada bagian biji, daging buah, dan daun sedangkan fungsi gen PIN sebagai gen pertahanan alami terdapat pada bagian terluar kulit buah Kakao. Tingkat ekspresi tertinggi gen PIN terjadi pada kulit buah yakni IPW dan OPW klon tahan PBK.
Keyword: Melting temperature, Crosslinked, Immuno-blotting

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: