Judul: Genotypes Response and Resistance Induction of Phalaenopsis against Soft-Rot Pathogen (Dickeya dadantii)
Abstrak: Phalaenopsis merupakan salah satu genus anggrek yang terkenal dengan keragaman warna, bentuk, dan ukuran bunga yang tinggi. Hibridisasi Phalaenopsis telah dikembangkan secara intensif, menghasilkan > 100.000 varietas secara global. Tanaman dari genus ini digunakan sebagai tanaman hias pot karena keragaman varietas dan umur bunga yang panjang. Salah satu masalah paling kritis dalam budidaya Phalaenopsis adalah penyakit busuk lunak (SRD). Infeksi SRD muncul pada daun berupa bercak kecoklatan, busuk, dan tembus cahaya. SRD mungkin disebabkan oleh patogen dari genus Enterobacter. Identifikasi spesies yang dapat menjadi sumber ketahanan terhadap SRD dan pemahaman mekanisme yang terlibat merupakan langkah penting untuk efisiensi dalam pemuliaan Phalaenopsis. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies Phalaenopsis yang mungkin menunjukkan ketahanan terhadap patogen SRD dan mekanisme ketahanannya. Spesies yang tahan dapat digunakan lebih lanjut untuk tetua dalam persilangan Phalaenopsis. Pemahaman tentang mekanisme ketahanan di tingkat biokimia dan molekuler akan memberikan informasi dasar dalam pengembangan ketahanan tanaman terhadap SRD. Penelitian ini terdiri dari dua bagian. Pertama, karakterisasi molekuler patogen SRD dengan sekuensing gen marker 16S rRNA, karakterisasi fisik dan anatomi beberapa karakter daun spesies Phalaenopsis, dan pengujian respon ketahanan delapan spesies Phalaenopsis terhadap patogen busuk lunak. Isolat bakteri yang digunakan dalam percobaan ini dipastikan adalah Dickeya dadantii dengan 98.37% identitasnya sesuai dengan Erwinia spp. di NCBI. Hasil pengamatan karakteristik daun menunjukan ketebalan daun dan kadar air tidak berbeda, tetapi kerapatan stomata berbeda nyata diantara spesies yang diuji. P. bellina menunjukkan kepadatan stomata tertinggi di antara spesies yang diamati. Pengujian respon ketahanan spesies Phalaenopsis terhadap D. dadantii menggunakan metode detached leaf. Diameter gejala busuk lunak diamati pada jam 6, 12, dan 18 jam pasca inokulasi (JSI). Keparahan penyakit (KP) dan progres perkembangan penyakit (AUDPC) dihitung dari diameter gejala SRD. Populasi bakteri (CFU) dihitung menggunakan sampel daun di sekitar gejala busuk lunak pada 18 JSI. Hasil penelitian menunjukkan bahwa spesies yang paling tahan adalah P. amboinensis pada 18 JSI dengan KP sebesar 28% dibandingkan spesies lain yang menunjukkan KP ≥50%. Jenis yang paling rentan adalah P. amabilis, P. fimbriata, dan P. cornu-cervi. Jumlah CFU dan AUPDC pada P. amboinensis lebih rendah (5x104 CFUmg-1) dibandingkan pada spesies lain (≥3x105 CFUmg-1). Aktifitas pathogen-related enzymes meliputi Fenilalanin amonia-lyase (PAL) dan peroksidase (PRX) diamati pada dua waktu yang berbeda. Pengamatan pada 12 JSI menunjukkan bahwa P. pantherina dan P. amboinensis memiliki PAL (masing-masing 0.95 dan 1.20 u min-1mg protein-1 x 104) dan PRX (masing-masing 0.77 dan 0.21 u min-1mg protein-1 x 104). Aktivitas PAL (masing-masing 13.75 dan 13.41 u min-1mg protein-1 x 104) dan PRX (masing-masing 7.25 dan 8.73 u min-1mg protein-1 x 104) lebih rendah pada P. schilleriana dan P. amabilis. Tren serupa juga ditemukan pada 16 JSI. Analisis asam salisilat (SA) menunjukkan akumulasi SA yang lebih rendah pada spesies yang paling tahan (P. amboinensis) dibandingkan dengan spesies yang paling rentan (P. amabilis). Hasil saat ini menunjukkan bahwa mekanisme ketahanan P. amboinensis mungkin tidak bergantung pada jalur PAL, PRX dan SA. Namun, penelitian lebih lanjut diperlukan untuk mengkonfirmasi temuan ini. Bagian kedua penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi respon ketahanan genotipe Phalaenopsis terhadap D. dadantii setelah perlakuan SA sebagai penginduksi ketahanan potensial. Bagian ini terdiri dari tiga percobaan.
Keyword: colony-forming unit, disease severity, peroxidase, phenylalanine ammonia-lyase, salicylic acid

Judul: Keragaman dan Respon Ketahanan Phalaenopsis amabilis (L.) Blume Hasil Iradiasi Protocorm terhadap Dickeya dadantii
Abstrak: Phalaenopsis amabilis (L.) Blume merupakan salah satu anggrek asli Indonesia. Anggrek spesies ini merupakan tetua penting dalam kegiatan pemuliaan, karena memiliki sepal dan petal yang berwarna putih. Warna tersebut dimanfaatkan pemulia sebagai sumber warna putih untuk warna bunga anggrek hibrida yang diinginkan oleh pemulia. Karakter yang tidak diinginkan pada anggrek spesies ini adalah rentan terhadap penyakit busuk lunak. Penyakit ini dapat mematikan tanaman secara cepat, sehingga menjadi kendala dalam budidaya tanaman. Kerugian ekonomi juga merupakan dampak dari penyakit tersebut, karena anggrek Phalaenopsis memiliki nilai ekonomi yang tinggi dalam komoditas anggrek. Peningkatan keragaman genetik untuk memperbaiki karakter tersebut sangat penting dilakukan. Penelitian ini melakukan induksi mutasi menggunakan iradiasi sinar gamma untuk memperoleh karakter tanaman yang tahan terhadap penyakit busuk lunak. Penelitian ini terbagi menjadi dua percobaan, yaitu: (1) keragaman morfologi, stomata dan molekuler antar individu planlet Phalaenopsis amabilis (L.) Blume hasil iradiasi protocorm dan (2) evaluasi metode inokulasi dan respon ketahanan antar individu planlet Phalaenopsis amabilis (L.) Blume hasil iradiasi protocorm terhadap Dickeya dadantii. Keragaman yang dihasilkan dari perlakuan iradiasi perlu dilakukan analisis keragaman yang terdapat pada anggrek Phal. amabilis. Iradiasi mutasi dilakukan pada fase protocorm dan ditumbuhkan menjadi planlet. Terdapat lima populasi planlet yang dievaluasi, yakni planlet tanpa iradiasi protocorm dan planlet hasil iradisi protocorm sebesar 5, 10, 15 dan 20 Gy. Identifikasi keragaman dilakukan berdasarkan karakter morfologi daun, stomata dan molekuler. Keragaman terdapat pada semua karakter yang dievaluasi. Semua karakter morfologi daun yang dievaluasi menunjukkan keragaman, kecuali tebal daun dan tekstur permukaan daun. Keragaman juga terjadi pada karakter stomata, dimana beberapa individu planlet memiliki kerapatan stomata yang rendah, ukuran stomata besar dan jumlah kloroplas tinggi yang diindikasi merupakan tanaman poliploid. Keragaman yang tinggi dihasilkan dari planlet hasil iradiasi protocorm baik pada keragaman morfologi daun maupun stomata. Hasil tersebut menunjukkan iradiasi sinar gamma melalui protocorm berhasil meningkatkan keragaman genetik anggrek Phal. amabilis. Keragaman dikonfirmasi secara genetik melalui analisis molekur menggunakan marka SNAP berbasis gen ketahanan yaitu Pto. Analisis molekuler berdasarkan 11 lokus Pto menunjukkan terjadi keragaman pada planlet kontrol maupun iradiasi. Keragaman terindikasi dengan adanya perubahan alel pada bebrapa planlet di lokus-lokus tertentu. Keragaman diindikasi berasal dari variasi somaklonal dan iradiasi sinar gamma. Keragaman akibat variasi somaklonal terlihat dengan adanya kontrol yang memiliki perubahan alel pada lokus tertentu. Keragaman akibat iradiasi juga ditemukan pada tanaman hasil iradiasi yang juga mengalami perubahan alel pada lokus yang tertentu. Berdasarkan pohon filogenetik dari 11 lokus Pto yang dievaluasi, planlet terbagi menjadi tiga kelompok besar, dimana tanaman wild type sebagai outgroup. Sebagian besar individu planlet berada pada kelompok IIIb. Hasil ini dapat dimanfaatkan sebagai dasar pengelompokan individu berdasarkan kriteria ketahanan planlet yang dievaluasi terhadap penyakit busuk lunak akibat infeksi bakteri Dickeya dadantii. Metode inokulasi dan uji ketahanan tanaman terhadap Dickeya dadantii berhasil dilakukan dengan metode leaf disk assay. Berdasarkan evaluasi metode inokulasi menunjukkan pelukaan jaringan merupakan cara bakteri dalam menginfeksikan penyakit busuk lunak. Densitas bakteri yang dapat menginfeksikan gejala busuk lunak adala OD600=0.2. Hasil densitasis tersebut dijadikan acuan untuk menginfeksikan daun planlet hasil iradiasi yang dievaluasi. Terdapat empat kriteria ketahanan tanaman yaitu tahan, agak rentan, rentan dan sangat rentan. Terdapat empat tanaman yang tahan, dimana ketiga
Keyword: Dickeya dadantii, gen Pto, iradiasi, marka SNAP, penyakit busuk lunak, Phalaenopsis amabilis

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: