Judul: Identifikasi Kandidat Gen Nucleotide Binding Site (NBS) dari Pisang Musa acuminata Colla var.malaccensis (Ridl.) Nasution dan Musa, AAA, sub-kelompok Cavendish
Abstrak: Indonesia merupakan negara yang kaya akan keragaman pisang, baik pisang budidaya maupun pisang liar. Namun, adanya penyakit layu fusarium oleh cendawan Fusarium oxysporum f.sp.cubense menyebabkan penurunan produksi pisang Indonesia. Pengembangan varietas pisang yang tahan penyakit, secara konvensional dihambat oleh waktu generasi yang panjang, partenokarpi, poliploidi dan sterilitas dari kebanyakan kultivar.yang dapat dimakan seperti pisang Cavendish. M. acuminata var. malaccensis merupakan pisang liar yang berbiji dan diploid dan mempunyai resistensi yang tinggi terhadap penyakit layu fusarium.Sehingga, pisang ini dapat dijadikan sebagai sumber gen untuk ketahanan penyakit. Salah satu kelas gen resistensi (R) yang paling besar yang telah dikarakterisasi adalah Nucleotide Binding Site (NBS). Motif asam amino yang conserved pada daerah NBS mencakup motif p-loop/kinase-1, kinase-2, GLPL/kinase-3 dan RNBS A,B,C dan D. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi kandidat gen Nucleotide Binding Site (NBS) pada aksesi pisang liar M. acuminate var. malaccensis dan Musa, AAA, subkelompok Cavendish serta uji tantang terhadap Fusarium oxysporum f.sp. cubense TR4 pada M. acuminate var. malacensis dan Musa, AAA, sub-kelompok Cavendish Aksesi M. acuminate var. malaccensis (II.17B#5/LIPI010) dan Musa, AAA, sub-kelompok Cavendish (II.13B#3/LIPI090) yang digunakan dalam penelitian ini berasal dari Kebun Plasma Nutfah Pisang, Cibinong Science Center, Pusat Penelitian Biologi-LIPI. Metode CTAB digunakan dalam ekstraksi DNA dari daun. Tiga pasang primer degenerate digunakan dalam amplifikasi DNA. Fragmen yang diperoleh dilanjutkan dengan kloning dan sekuensing. Analisis BLASTp digunakan untuk menentukan homologi urutan basa nukleotida dan asam amino pada Genbank dan Musa Genome. Program CHROMAS PRO digunakan untuk analisis contig. Program MEGA5 dengan metode MUSCLE digunakan dalam pensejajaran asam amino dan kontruksi pohon filogenetik. Metode double tray digunakan dalam uji tantang terhadap Fusarium oxysporum f.sp. cubense ras 4 pada M. acuminata var. malaccensis dan Musa, AAA, subkelompok Cavendish. Dari tiga pasang primer degenerate, diperoleh 11 fragmen analog gen ketahanan yang berhasil diisolasi dari DNA pisang M. acuminate var. malaccensis dan Musa, AAA, sub-kelompok Cavendish dengan produk berukuran antara 300-1000 pb. Dari 11 sampel produk PCR yang telah dikloning, semua mengandung insersi fragmen berukuran antara 323-1114 pb. Berdasarkan hasil analisis nukleotida dan deduksi asam amino dengan menggunakan analisis BLASTp yang terdapat di Genbank, ditemukan 3 sekuen yaitu P5-8, P5-10 dan P5-11 dengan ukuran berturut-turut 770, 1114 dan 791 bp.Sekuen P5-8 dan P5-10 berasal dari Musa acuminata var. malaccensis. Sekuen P5-11 berasal dari Musa, AAA, sub-kelompok Cavendish. Sekuen P5-8 mempunyai kesamaan identitas 97% dengan disease resistance protein RPS2 pada M. acuminata var. malaccensis dengan aksesi XM009418398. Sedangkan sekuen P5-10 dan P5-11 mempunyai kesamaan identitas berturut-turut 99% dan 100% dengan disease resistance protein RPM1 pada M. acuminata var. malaccensis dengan aksesi XM009419073. BLAST pada Musa Genome, hasilnya menunjukkan ketiga sekuen memiliki coverage > 90% dan terdapat pada kromosom nomor 9. Ketiga sekuen ini telah dideposit ke Genbank dengan nomor akses KP691062-KP691064. Hasil pensejajaran prediksi asam amino dari ketiga fragmen dengan protein NBS-LRR tanaman pisang serta gen-R tanaman lain yang telah dideposit di Genbank menunjukkan terdapat empat struktur konservatif NBS. Keempat struktur konservatif asam amino yaitu motif P-loop/kinase-1a (GGVGKTT), kinase-2 (LVLDDIW), RNBS-B/kinase-3a (CKVLFTTRS) dan asam amino hidrofobik (hydrophobic domain) (GLPL). Hasil analisis filogenetik sekuen prediksi asam amino menunjukkan bahwa protein R dan protein
Keyword: Pisang, Nucleotide Binding Site, daerah konservatif, Musa acuminata var. malaccensis, Musa, AAA, sub-kelompok Cavendish

Judul: Resistensi Pisang Ampyang (Musa acuminata, AAA, subgrup non-Cavendish) terhadap Fusarium oxysporum f.sp. cubense hasil Mutasi Induksi dan Seleksi In vitro.
Abstrak: Pisang dan plantain (Musa spp) merupakan komoditas utama untuk ketahanan pangan, walaupun dalam kondisi lingkungan yang buruk tanaman pisang dapat berperan sebagai tanaman pangan yang bermanfaat. Pisang terdiri dari banyak species dan kultivar, diantaranya pisang cv. Ampyang (Musa acuminata, AAA, subgrup non-Cavendish). Pisang cv. Ampyang merupakan pisang meja (dessert banana) yang sudah sulit dijumpai di pasar tradisional maupun modern, diduga pisang ini sudah jarang dibudayakan oleh petani lokal. Keberadaan pisang cv. Ampyang yang sulit dijumpai ini diduga karena pisang cv. Ampyang rentan terhadap penyakit layu Fusarium yang disebabkan oleh cendawan Fusarium oxysporum f.sp. cubense (Foc). Tujuan umum penelitian ini adalah untuk (1) meningkatkan keragaman tanaman pisang (Musa acuminata, AAA) cv. Ampyang melalui teknik mutasi induksi dengan iradiasi gamma secara in vitro; (2) mendapatkan klon-klon dari kultivar pisang (Musa acuminata, AAA) cv. Ampyang yang resistensi terhadap layu Fusarium yang disebabkan oleh cendawan Fusarium oxysporum f.sp. cubense. Percobaan tahap awal dilakukan untuk menentukan radiosensitivitas tunas pisang cv Ampyang (Musa acuminata, AAA) terhadap perlakuan iradiasi gamma yang ditentukan berdasarkan dosis yang mereduksi pertumbuhan tanaman sebesar 20-50% (LD20-50), dan LD20-50 berada dikisaran 51.07-64.54 Gy dengan dosis optimum untuk pertumbuhan tunas pisang aseptis berada pada dosis 30 Gy. Secara fenotipik tunas yang diradiasi cenderung menghasilkan plantlet dengan keragaman karakter kuantitatif (jumlah akar, tinggi plantlet, bobot segar plantlet) yang lebih rendah, dan bentuk daun yang lebih panjang dari tanaman kontrol. Evaluasi di rumah kaca menunjukkan, tanaman yang diradiasi dengan dosis iradiasi yang lebih tinggi, menghasilkan rataan tinggi tanaman dan panjang daun yang makin rendah,. Tanaman yang diradiasi memiliki bentuk daun yang cenderung lebih lebar dari tanaman kontrol. Tanaman yang diradiasi dengan dosis diatas 30, 40, 45 dan 50 Gy) menghasilkan jenis varian karakter kualitatif yang lebih banyak dibandingkan dengan dosis yang lebih rendah. Evaluasi keragaman terhadap densitas stomata memperlihatkan bahwa tanaman kontrol dan tanaman hasil iradiasi 45 Gy memiliki densitas stomata yang nyata lebih tinggi dari tanaman 20, 25 dan 30 Gy.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: