Judul: Pemetaan Distribusi Spasial Ikan Demersal di Perairan Teluk Pelabuhan Ratu Berdasarkan Acoustic volume Backscattering Strength
Abstrak: Tujuan penelitian ini adalah mempetakan distribusi spasial sumberdaya ikan demersal di Teluk Pelabuhan Ratu berdasarkan sebaran nilai volume back-scattering strength (Sv dB). Data yang digunakan merupakan data hasil survei akustik pada tanggal 23-24 Agustus dan 23-24 September 2004 di perairan Teluk Pelabuhan Ratu dengan letak koordinat 106°15'4" BT-106°31'49" BT dan 6°59'24" LS-7°2'45" LS. Data oseanografi diambil pada tanggal 2 Juli 2004 dan tanggal 6 Januari 2005. Data akustik yang diolah merupakan data output Simrad EY 500 38 kHz Split Beam yang telah diolah menjadi data threshold (DT), kemudian analisis dengan bantuan software EP 500 untuk memperoleh nilai Sv (dB). Dalam penelitian ini daerah sebaran distribusi nilai Sv (dB) dibagi menjadi tiga daerah yaitu: daerah mulut teluk, melintang dari teluk (inner 1), dan mengikuti kontur kedalaman (inner 2). Hasil penelitian menunjukkan bahwa daerah mulut teluk di dominasi oleh kisaran nilai Sv (dB) antara 80 sampai 89,9 juga antara 90 sampai 99.9 dengan persentasenya berturut-turut 44.58 % dan 53,01 %. Daerah melintang dari teluk (inner 1) di dominasi nilai Sv (dB) 80 sampai 89,9 dengan persentase 49,05 %. Di daerah mengikuti kontur kedalaman (inner 3) lebih didominasi oleh sebaran nilai Sv (dB) dari 90 sampai 99,9 dengan persentase 48,96 %. Kondisi oseanografis di daerah penelitian menunjukkan bahwa rata-rata suhu perairan sewaktu survei dilakukan pada lapisan dekat dasar daerah penelitian berkisar 12-13 °C. Pada daerah penelitian sebaran suhu mempunyai kecenderungan yang sama sedangkan dari pola distribusi nilai Sv (dB) terlihat kecenderungan ikan-ikan demersal tidak merata sehingga diduga faktor suhu tidak terlalu berpengaruh dalam penyebaran ikan-ikan demersal di daerah penelitian kemungkinan sebaran nilai Sv dipengaruhi oleh kontur dasar perairan. Secara umum perairan teluk Pelabuhan Ratu memiliki salinitas yang berkisar 34 psu, dan ini mengindikasikan bahwa perubahan salinitas memiliki degradasi yang relatif sempit. Dari kondisi tersebut diduga faktor salinitas kurang berpengaruh terhadap sebaran ikan demersal di Teluk Pelabuhan Ratu.
Keyword: 

Judul: Interpretasi sebaran nilai target strength (TS) dan densitas ikan demersal dengan metode hidroakustik di Teluk Pelabuhan Ratu
Abstrak: Metode hidroakustik adalah metode yang menggunakan gelombang (pulsa) suara dan perambatannya untuk mendeteksi obyek dalam medium air. Faktor terpenting yang harus diietahui khusus dalam pendugaan stok ikan dengan metode hidroakustik adalah target strength. Pengambilan data hidroakustik dilakukan pada tanggal 13 dan 14 Agustus 2005 di Teluk Pelabuhan Ratu dengan letak koordinat 7" 23,07' LS - 7' 18,65' LS dan 106" 18,24' BT - 106" 24,99' BT. Lokasi penelitian dibatasi pada kedalaman 20-550 meter dibawah permukaan laut. Pengambilan data hidroakustik menggunakan split beam SIMRAD EK60 scientific echo sounder system dengan singleffequency yaitu sebesar 38 KHz. Data yang diperoleh ditampilkan dan direkam menggunakan software SIMRAD ER60 dalam b e n d echogram dengan format RAW data. Data echogram yang telah diperoleh kemudian diolah dan analisis menggunakan echoview 3.20, kemudian hasilnya ditabulasikan kedalaman Microsoft Excel. Integrasi data dilakukan pada kedalanlan 5 meter dari dasar perairan untuk melibat sebaran nilai target strength dan densitas ikan demersal.
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA