Judul: Model Prediksi Interaksi Senyawa Protein Menggunakan Fungsi Kemiripan dan Fingerprint Klekota-Roth
Abstrak: Network Pharmacology sesuai untuk diterapkan pada tanaman obat Indonesia (jamu). Dengan pendekatan network pharmacology, keterkaitan antara senyawa obat dengan protein yang bersesuaian dengan penyakit dapat diketahui melalui prediksi. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan sebuah metode untuk memprediksi interaksi antara senyawa kimia yang terkandung dalam tanaman obat dengan protein yang berhubungan dengan penyakit tertentu. Dalam proses pengembangan metode prediksi, digunakan fingerprint Klekota- Roth sebagai representasi senyawa, dan dibandingkan tiga fungsi kemiripan: Tanimoto, Cosine, dan Dice. Selain itu, dicari juga nilai threshold optimal dengan menggunakan sensitivitas, spesifisitas, dan indeks Youden. Algoritme dari metode prediksi yang dikembangkan terinspirasi dari algoritme binary local models, dengan bagian kemiripan proteinnya tidak digunakan. Data yang digunakan untuk mengevaluasi metode prediksi ini bersumber dari beberapa webserver, seperti PubChem dan UniProt. Hasil penelitian menunjukkan bahwa fungsi kemiripan Tanimoto menghasilkan nilai akurasi dan luas di bawah grafik ROC yang lebih tinggi daripada hasil dari dua fungsi kemiripan lainnya. Lebih lanjut, nilai threshold optimal yang didapat adalah 0.65. Nilai akurasi evaluasi rata-rata dari metode yang dikembangkan adalah sebesar 50,5%. Nilai akurasi yang tidak terlalu tinggi ini diduga disebabkan oleh metode prediksi yang hanya menggunakan kemiripan senyawa saja, tanpa menyertakan kemiripan protein.
Keyword: Fingerprint Klekota-Roth, Fungsi Kemiripan Cosine, Jamu, Network Pharmacology

Judul: Prediction of Interactions in Bipartite Compounds and Proteins on Imbalanced Data
Abstrak: Identifikasi interaksi senyawa-protein merupakan salah satu komponen penting pada Drug-Target Analysis dalam pengembangan obat-obatan. BleakleyYamanishi menemukan algoritme Bipartite Local Model (BLM) yang memiliki hasil performa prediksi interaksi senyawa-protein dengan sangat baik. Selanjutnya, Kurnia menerapkan algoritme Bipartite Local Model - Neighbor Interaction-profile Inferring (BLM-NII) untuk memprediksi interaksi senyawa-protein pada Indonesia jamu herbs (Ijah) analytics. Penerapan konsep Network–based Interaction–profile Infering (NII) memungkinkan BLM untuk melakukan prediksi pada kondisi senyawa atau protein yang tidak memiliki data interaksi. Hasil prediksi interaksi senyawa-protein pada penelitian Bleakley-Yamanishi dan Kurnia ditemukan bahwa jumlah data yang tidak berinteraksi jauh lebih banyak daripada jumlah data senyawa-protein yang memiliki interaksi (imbalanced class). Permasalahan tersebut menyebabkan prediksi interaksi senyawa-protein yang dihasilkan bias menuju kelas mayoritas (tidak berinteraksi). Selain itu tidak banyak penelitian tentang prediksi interaksi senyawa-protein yang membandingkan beberapa teknik sampling data untuk menangani permasalahan imbalanced class. Oleh karena itu, penelitian ini membandingkan performa prediksi interaksi senyawa-protein dengan beberapa teknik sampling data, yaitu Random Oversampling (ROS), Random Under-sampling (RUS), Combination of Over-undersampling (COUS), Synthetic Minority Oversampling Technique (SMOTE), dan Tomek Link (T-Link). Teknik tersebut diimplementasikan pada jaringan interaksi senyawa-protein yang telah diketahui dengan dataset Nuclear Receptor dan Gprotein-coupled Receptor (GPCR), serta pada jaringan interaksi yang belum diketahui dengan dataset Ijah. Performa prediksi setiap teknik sampling data dievaluasi menggunakan nilai Area Under Curve (AUC) dan kurva Receiver Operating Characteristic (Kurva ROC). Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa prediksi interaksi senyawa protein dengan teknik sampling data SMOTE memiliki nilai AUC dan kurva ROC yang paling optimal pada ketiga dataset yang digunakan. Peningkatan nilai AUC pada data imbalanced yaitu sebesar 7.19% pada dataset Nuclear Receptor, 21.37% pada dataset GPCR, dan sebanyak 7.96% pada dataset Ijah.
Keyword: 

Judul: Biology and ecology of the buffalo fly, haematobia exigua de meijere (diptera:muscidae)
Abstrak: The life history of the buffalo fly was observed at room temperature of 27°-29.5°C and at a relative humidity of 48-68 percent. The eggs hatched after 17-22 hours, with an average of 18 hours. First instar larvae measured 1.25 + 0.16 mm long and 0.27 + 0.037 mm wide. reach the second larval stage. It took 6-12 hours to the second instar larvae measured 2.676 +0.187 mm long and 0.353 +0.028 mm wide. The second instar took about 12-24 hours to reach the third larval stage. The third instar measured 6.833 + 0.189 mm long and 0.919 + 0.051 mm wide. It took about 2-3 days for the third instar to become pupae. Duration of the pupal stage was about 5-7 days before the adults emerged. Under laboratory condition, the buffalo fly completed its life cycle in 9.5 to 10.5 days, whereas under field condition it took 9-14 days with an average of 10.5 days. The growth ratio which was based on the measurements of the cephalo-pharyngeal skeleton of each instar was 1.797. The preoviposition period was 8-12 days and mating usually occurred on the 6th or 7th day. The longevity of the male was 29 days, whereas it was 32 days in the female. The range of egg production under laboratory condition was between 20-139 per female fly. The belly and hind legs of the carabao were the most preferred habitat either during cloudy and cool dry or shiny and warm day. When the weather was clear and the carabao was in the shade, the flies tended to be more distributed particularly on the shoulder, dewlap, back and horns. The carabaos had relatively fewer Musca sp. and Stomoxys calcitrans than cattle; never the less carabaos had a higher infestation of buffalo fly than cattle. Oviposition occured either during the day or night but the buffalo flies were more active during the night than in the day time. The effect of various lengths of exposure time of manure in relation to the oviposition was profound. observed, the maximum number of the buffalo flies was occurred when the dung was exposed for 30 minutes. With increasing time of exposure the number and variety of insects also increase. It was evident that Sepsidae and psychodidae were the most dominant insects emerging from the dung. The number of buffalo flies also increased with increasing
Keyword: