Judul: Deteksi Ikan Tenggiri (Scomberomorus Sp.) Dan Produk Olahannya Menggunakan Dna Barcoding
Abstrak: Ikan tenggiri merupakan salah satu jenis ikan yang sering digunakan sebagai bahan baku produk perikanan seperti pempek, bakso, otak-otak, kerupuk, dan lain-lain. Ketersediaan bahan baku yang terbatas serta keuntungan secara ekonomi sering dijadikan alasan terjadinya pemalsuan produk (mislabeling). Deteksi pemalsuan produk dapat dilakukan dengan penelusuran informasi secara morfologi, protein, dan DNA. Identifikasi secara morfologi dan analisis protein dapat dilakukan untuk ikan segar sedangkan untuk produk olahan perikanan tidak dapat dilakukan karena telah terjadi perubahan bentuk, ukuran, serta denaturasi protein selama proses produksi. DNA barcoding merupakan teknik identifikasi spesies yang dapat digunakan baik untuk sampel ikan segar maupun sampel produk olahan. Tujuan dari penelitian ini adalah menentukan keaslian produk olahan ikan tenggiri (Scomberomorus sp.) melalui pendekatan DNA barcoding menggunakan dua gen mitokondria yaitu cytochrome oxidase sub unit I (COI) dan cytochrome b (cyt b). Penelitian ini dibagi menjadi dua tahap. Tahap pertama meliputi pengukuran fisik (morfometrik dan rendemen) serta pengukuran kimia (proksimat). Penelitian tahap dua yaitu tahap molekuler (DNA barcoding) dimulai dari isolasi DNA, desain primer, uji kuantitatif DNA, amplifikasi DNA, elektroforesis, dan konstruksi pohon filogenetik. Sampel terdiri dari ikan segar (6 sampel), tenggiri giling (3), pempek (4), bakso (6), otak-otak (5), dan kerupuk (6). Sampel dikoleksi dari beberapa tempat yaitu Jakarta, Bogor, Banten, Bandung, Makasar, dan Palembang. Ciri morfometrik menunjukkan bahwa sampel ikan segar (6 sampel) terbagi menjadi dua kelompok spesies yaitu tenggiri papan (Scomberomorus commerson) dan tenggiri totol (Scomberomorus guttatus). Ciri khas ikan tenggiri totol adalah terdapat corak bulat yang tersebar tidak teratur di atas linea lateralis (LL) sedangkan tenggiri papan memiliki corak garis vertikal. Ikan tenggiri papan dan tenggiri totol memiliki bagian daging putih yang lebih besar dibandingkan daging merah yaitu 46,67% dan 48,38%. Hasil SDS-PAGE menunjukkan bahwa pada ikan segar dan sampel ikan giling terdapat pita protein yang jelas, sedangkan pada sampel produk olahan pita proteinnya tidak tergambarkan secara jelas. Hasil analisis DNA barcoding menunjukkan terdapat 9 dari 30 (30%) sampel tidak mengandung ikan tenggiri seperti yang tercantum pada labelnya yaitu pempek (2 sampel), bakso (2), dan kerupuk (5). Nilai homologi spesies yang teridentifikasi sebagai tenggiri papan (S. commerson) dan tenggiri totol (S. guttatus) berkisar antara 97%-99%.
Keyword: tenggiri, DNA barcoding, cytochrome b, cytochrome c subunit I

Judul: Deteksi Bahan Baku Ikan pada Produk Olahan Melalui Gen Penanda COI.
Abstrak: Bahan baku ikan yang terbatas dan tingginya harga bahan baku seringkali menjadi alasan terjadinya pemalsuan produk. Deteksi bahan baku ikan dapat dilakukan menggunakan metode DNA barcoding. Tujuan penelitian ini yaitu menentukan bahan baku ikan yang terkandung dalam suatu produk olahan perikanan berdasarkan urutan sekuen DNA. Isolasi DNA dilakukan sesuai protokol kit Qiagen, amplifikasi DNA menggunakan metode PCR kemudian dilakukan sekuensing. Hasil analisis profil protein sampel produk olahan menunjukan bahwa pada sampel terdapat protein Myosin Heavy Chain (MHC). Isolat DNA memiliki konsentrasi berkisar dari 2,6-106,55 ng/μg, dengan kemurnian yang berkisar 1,22-2,00. Elektroferogram menunjukan 6 dari 7 sampel produk olahan teramplifikasi pada DNA target sebesar 655 bp. Analisis BLAST menunjukkan sampel terdeteksi sebagai Thunnus albacares, Upeneus sp., Nemipterus mesoprion, dan Himantura gerrardi. Spesies Himantura gerradi termasuk spesies yang memiliki resiko kepunahan. Komposisi nukleotida yang diperoleh memiliki perbandingan basa pirimidin yang lebih besar dibanding dengan basa purin. Analisis filogeni menunjukkan sampel memiliki kekerabatan dengan spesies tersebut berdasarkan cabang pohon yang terbentuk.
Keyword: DNA barcoding, PCR, pohon filogeni

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: