Judul: Genotiping Gen Acaca Dan Hubungannya Dengan Asam Lemak Susu Sapi Perah Friesian Holstein Menggunakan Taqman Real-Time Pcr
Abstrak: Kandungan asam lemak susu sangat besar dipengaruhi oleh faktor genetik. Gen ACACA merupakan gen penting dalam regulasi dan metabolisme asam lemak susu pada sapi Friesian Holstein (FH). Pengaruh keragaman gen ACACA terhadap asam lemak susu pada sapi FH dalam negeri belum banyak dilakukan. Penelitian bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman gen ACACA pada sapi FH dan analisis hubungan kergaman gen ACACA terhadap kandungan asam lemak susu. Sampel DNA sapi FH yang digunakan berasal dari lima lokasi sebanyak 277 sampel yang terdiri atas sapi betina laktasi sebanyak 113 ekor dari Balai Penelitian Ternak (Balitnak) Ciawi, 42 ekor berasal dari BPPT-SP Cikole, 76 ekor berasal dari BBPTU Baturraden, serta sapi pejantan sebanyak 17 ekor dari BIB Lembang dan 29 ekor dari BBIB Singosari. Sampel susu sebanyak 42 dikoleksi dari BPTU Baturaden berdasarkan uji satu hari dengan menjumlahkan produksi pagi dan sore dari bulan laktasi 1-4. Sampel susu dianalisis menggunakan Gas Chromatography Mass Spectromtery (GCMS). Ampilfikasi gen ACACA menggunakan TaqMan real-time PCR (polymerase chain reaction) dengan kondisi suhu thermal cycler yaitu suhu denaturasi, annealing dan ekstensi masing-masing 95 oC selama 20 detik, 60 oC selama 1 menit dan 95 oC selama 3 detik yang diulang sebanyak 40 siklus. Penentuan genotipe gen ACACA pada setap individu dan kelompok sampel ditunjukkan dalam bentuk kurva dan klaster fluoresensi genotipe. Genotipe GG ditunjukkan dengan kurva fluoresensi FAM berwarna biru, genotipe GT ditunjukkan oleh kurva fluoresensi berwarna FAM-VIC kombinasi warna biru dan merah jambu (pink) atau hijau, sedangkan genotipe TT ditunjukkan oleh kurva fluoresensi VIC. Data genotipe dianalisis menggunakan frekuensi genotipe, frekuensi alel, derajat heterozigositas, indeks deferensiasi genetik (FST) dan tingkat keragaman alel dihitung menggunakan nilai PIC (polymorphic informative content). Analisis hubungan keragaman genotipe ACACA dengan kandungan asam lemak susu menggunakan GLM (general linier model) SAS versi 9.2. Hasil amplifikasi gen ACACA pada sapi FH diperoleh dua genotipe yaitu GG dan GT. Genotipe GG ditunjukkan oleh fluoresensi FAM berwarna biru, sedangkan genotipe GT ditunjukkan oleh kombinasi fluoresensi FAM dan VIC. Nilai frekuensi genotipe GG secara umum lebih tinggi dibandingkan genotipe GT dengan rataan masing-masing 0.885 dan 0.115. Frekuensi alel G juga menunjukkan lebih tinggi dibandingkan dengan frekuensi alel T masing-masing 0.942 dan 0.058. Nilai heterozigositas termasuk kategori rendah (Ho=0.027-0.176 dan He=0.026-0.161). Rerata nilai FST sebesar 0.100 dan nilai PIC termasuk kategori rendah (<0.25). Analisis keragaman gen ACACA terhadap asam lemak susu, secara umum tidak berbeda nyata kecuali pada asam lemak laurat (C12:0) dan dodecanoat (C12:1). Genotipe GG memiliki kandungan asam laurat lebih tinggi (5.99±0.09) dibandingkan dengan genotipe GT (5.55±0.18), sedangkan genotipe GT memiliki kandungan asam lemak dodecanoat lebih tinggi (0.29±0.06) dibanding genotipe GG (0.14±0.06). Disimpulkan bahwa gen ACACA pada sapi FH yang diamati bersifat polimorfik. Keragaman gen ACACA berpengaruh nyata terhadap asam lemak laurat (C12:0) dan dodecanoat (C12:1). Keragaman gen ACACA berpotensi menjadi marka genetik yaitu genotipe GG untuk meningkatkan asam lemak laurat dan genotipe GT untuk meningkatkan asam lemak dodecanoat.
Keyword: asam lemak susu, Friesian Holstein, gen ACACA, real-time PCR

Judul: Kajian genomik dari gen-gen kasein susu untuk seleksi sapi perah Friesian Holstein berkadar protein susu tinggi
Abstrak: Tujuan dari penelitan ini adalah (a) menganalisis sifat-sifat fenotipik kualitas susu sapi perah pada berbagai periode laktasi. (b) mengidentifikasi keragaman Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) gen kasein susu (CSN1S1, CSN2, CSN1S2) pada sapi perah laktasi. (c) menganalisis hubungan keragaman gen-gen kasein susu (CSN1S1, CSN2, CSN1S2, dan CSN3) terhadap sifat protein susu. (d) merekomendasikan desain perkawinan untuk menghasilkan sapi FH bibit pembawa kadar protein susu tinggi. Penelitian ini dilakukan dalam 3 tahapan, yaitu : 1) Phenotyping, yaitu koleksi data sifat kualitas susu (protein) melalui pengukuran langsung di stasiun percobaan Balitnak untuk mendapatkan data fenotipe ternak percobaan (phenotypic database), 2) SNPs genotyping dengan menggunakan teknik Real-Time PCR (RT-PCR) untuk mendapatan data genotype (genotypic database) masing-masing individu sapi FH 3) Pengujian hubungan gen-gen kasein terhadap sifat kualitas susu. Penelitian ini dilaksanakan di stasiun percobaan Balai Penelitan Ternak, Penelitian laboratorium dilakukan di laboratorium Genetika Molekuler Ternak (LGMT) Balai Penelitian Ternak. Ternak yang digunakan dalam studi polimorfisme gen CSN1S1, CSN2, CSN1S2 dan CSN3 dan asosiasi keragaman genetik gen protein CSN1S1, CSN2, CSN1S2 dan CSN3 terhadap kadar protein susu dan komponen susu lainnya adalah sapi perah Friesian Holstein (FH) dari 98 ekor induk laktasi di stasiun percobaan Balai Penelitian Ternak (Balitnak) Ciawi Bogor. Hasil studi Phenotyping, atau pengujian sifat protein susu dalam berbagai periode laktasi menunjukkan bahwa kisaran rataan protein susu pada laktasi ke-1 adalah 3,11-3,45%, sementara untuk laktasi ke-2 adalah 2,73-3,17%, dan untuk laktasi ke-3 adalah 2.83-3.16%. Rataan protein susu pada berbagai periode laktasi tersebut telah memenuhi persyaratan SNI 3141.1:2011 yaitu 2,8%. Kisaran rataan lemak susu pada laktasi ke-1 adalah 3,50-3,97%, sementara untuk laktasi ke-2 adalah 3,36-3,81% dan untuk laktasi ke-3 adalah 3,45-3,64%. Rataan lemak susu pada berbagai periode laktasi tersebut telah memenuhi persyaratan SNI 3141.1:2011 yaitu 3%. Rataan SNF susu pada laktasi ke-1 adalah 7,45-7,98%, sementara untuk laktasi ke-2 adalah 6.74-7.28%, dan untuk laktasi ke 3 adalah 6,40-6,90%. Kandungan SNF tersebut berada di bawah dan di atas dari kadar SNF susu dengan kualitas baik yang disyaratkan oleh Standar Nasional Indonesia, dimana kadar SNF 8% menjadi standar susu berkualitas baik. rataan laktosa susu pada laktasi ke-1 adalah 4,94-5.31%, sementara untuk laktasi ke-2 adalah 4.37-4.94%, dan untuk laktasi ke-3 adalah 3.75-4.92%. Sementara itu, kandungan laktosa tersebut berada di bawah dan di atas dari kadar laktosa susu dengan kualitas baik yang disyaratkan oleh SNI, dimana kadar laktosa susu 4.20 % menjadi standar susu berkualitas baik. Hasil studi SNP genotyping telah teridentifikasi bahwa untuk gen c.192G>A gen CSN1S1 diperoleh 3 genotipe, yaitu AA, AG, dan GG. Pada SNP g.6334A>G gen CSN2 diperoleh genotipe AA, AG, dan GG. Pada SNP c.67A>C gen CSN2 diperoleh genotipe AA, AC, dan CC. Pada SNP g.13231A>T gen CSN1S2 diperoleh genotipe TT, TA, dan AA, SNP g.13975G>T gen CSN3 adalah GG, GT, dan TT. Pada SNP g.14618T>C gen CSN1S1 diperoleh genotipe CC, CT, dan TT. Hasil pengujian hubungan gen-gen kasein terhadap sifat kualitas susu diketahui bahwa terjadi hubungan antara varian genetik gen kasein susu dengan sifat protein susu sapi dan komponen susu lainnya pada sapi Friesian Holstein. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kandungan protein susu dipengaruhi oleh varian genetik gen c.192G>A gen CSN1S1 dan c.67A>C gen CSN2. Kadar
Keyword: Casein gene, Friesian Holstein, dairy cows, high milk protein

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: