Judul: Identifikasi Keragaman Genetik, Tingkat Outcrossing, dan Korelasi Genotipe Kulit Buah terhadap Genotipe Progeni pada Kopi Arabika
Abstrak: Kabupaten Garut, provinsi Jawa Barat merupakan salah satu daerah penghasil kopi Arabika di Indonesia. Salah satu varietas kopi Arabika yang mulai banyak dibudidayakan oleh petani di kabupaten Garut adalah Ahernt GRT KN. Kopi Arabika Ahernt GRT KN memiliki keunikan kulit buah berwarna kuning ketika masak, berbeda dengan kebanyakan kopi lain yang berwarna merah ketika masak. Kopi Arabika var. Ahernt GRT KN memiliki citarasa spesialty dan biji buah besar (31,55 gram/100 biji) sehingga memiliki harga tinggi. Petani di Garut menanam kopi Arabika var. Ahernt GRT KN bersama dengan kopi Arabika varietas lain yang memiliki kulit buah merah di lahan yang sama. Petani kemudian mengambil biji kopi Arabika var. Ahernt GRT KN dari lahan campuran tersebut untuk ditanam kembali atau dijual ke petani lain untuk dijadikan benih. Penanaman dari biji memungkinkan terjadinya pengambilan benih dengan kualitas berbeda-beda sehingga adanya kemungkinan keragaman genetik antar sesama kopi var. Ahernt GRT KN. Selain itu, petani menganggap bahwa kopi dengan kulit buah kuning akan menghasilkan progeni yang true to type ke induknya meskipun berasal dari lahan campuran. Padahal, ada kemungkinan persilangan dengan kopi varietas lain yang dapat merubah genetik progeni kopi Arabika var. Ahernt GRT KN, akan tetapi tidak disadari petani. Selama ini tidak ada kopi Arabika var. Ahernt GRT KN yang memiliki kulit buah kuning ketika ditanam di lahan campuran, yang mengindikasikan persilangan tidak merubah fenotipe dan genotipe kulit buah. Tujuan dari penelitian ini antara lain : 1) mengetahui keragaman genetik kopi Arabika dalam populasi, 2) mengetahui tingkat outcrossing kopi Arabika var. Ahernt GRT KN di lahan campuran, 3) mengetahui pengaruh persilangan terhadap genetik dan fenotipe kulit buah kopi Arabika. Percobaan pertama mempelajari keragaman genetik 95 kopi Arabika yang terdiri dari 39 kopi Arabika var. Ahernt GRT KN, 47 kopi Arabika var. Sigararutang, dan 9 kopi Arabika var. S795. Analisis keragaman dilakukan menggunakan 6 pasang primer SSR yang berasal dari hasil seleksi 20 pasang primer SSR. Analisis ringkasan statistik dilakukan menggunakan perangkat lunak PowerMaker 3.25. Analisis klaster dilakukan menggunakan perangkat lunak Darwin 6.0.21 dengan metode pengklasteran Sattah dan Tversky. Hasil analisis statistik menunjukkan bahwa nilai heterozigositas harapan (He) jauh lebih tinggi dibandingkan dengan nilai heterozigositas teramati (Ho). Nilai He yaitu 0,43, sedangkan nilai Ho yaitu 0,07. Hal tersebut mengindikasikan populasi yang diuji mengalami inbreeding dan memiliki tingkat kawin silang yang rendah. Analisis keragaman genetik masing-masing varietas menunjukkan bahwa kopi Arabika var. Ahernt GRT KN dan var. Sigararutang memiliki keragaman genetik di dua primer, yaitu primer M24 dan Ca052. Sebaliknya, kopi Arabika var. S795 memiliki keragaman genetik di seluruh primer, meskipun dengan tingkat yang berbeda-beda. Analisis Ho masing-masing primer menunjukkan kopi Arabika var. Ahernt GRT KN memiliki residu heterozigositas di dua primer, sedangkan kopi Arabika var. Sigararutang dan S795 sudah cenderung homozigot. Analisis klaster menunjukkan bahwa masing-masing varietas kopi Arabika mengelompok berdasarkan varietas. Kopi Arabika var. Sigararutang dan Ahernt GRT KN membentuk empat tipe, sedangkan kopi Arabika var. S795 membentuk enam tipe. Hal tersebut mengindikasikan bahwa keragaman genetik kopi Arabika var. Sigararutang dan Ahernt GRT KN relatif rendah, sedangkan keragaman genetik kopi Arabika var. S795 relatif tinggi. Percobaan kedua yaitu mempelajari tingkat outcrossing kopi Arabika di lahan campuran
Keyword: heterozigositas, keragaman genetik, kopi Arabika, tingkat persilangan

Judul: Identification of Various Accessions of Arabica Coffee (Coffea arabica) Based on Morphological Characters in Small Holder’s Garden, Cikajang District, Garut Regency
Abstrak: Kopi (Coffea sp.) merupakan komoditas perkebunan yang berperan penting dalam kegiatan perekonomian di Indonesia. Umumnya buah kopi Arabika berwarna merah saat matang, namun salah satu kopi yang tumbuh di lahan petani Garut berbuah kuning dan diduga berasal dari tetua kopi berbuah merah, tetapi identitas tetuanya tidak diketahui. Penelitian bertujuan mengidentifikasi berbagai aksesi tanaman kopi Arabika dan menganalisis kekerabatan kopi Arabika berbuah kuning dan berbuah merah melalui karakter morfologi di Kebun Rakyat, Kecamatan Cikajang, Kabupaten Garut. Penelitian dilakukan pada bulan Januari hingga Juli 2022. Lokasi penelitian bertempat di tiga blok Kebun Rakyat, Desa Margamulya, Kecamatan Cikajang. Percobaan dilakukan dengan cara mengidentifikasi karakter morfologi setiap aksesi menggunakan descriptor list IPGRI untuk tanaman kopi yang dimodifikasi. Data kuantitatif dianalisis menggunakan uji ANOVA dan uji lanjut DMRT pada taraf 5%. Data kualitatif dan sebagian data kuantitatif dianalisis menggunakan analisis cluster untuk melihat kekerabatan antar aksesi menggunakan program NTSYS 2.11a. Berdasarkan hasil identifikasi, terdapat delapan aksesi kopi Arabika dengan tiga warna buah yang berbeda yaitu kopi berbuah kuning (A1), berbuah merah (A2, A3, A4, A5, A6, A7) dan berbuah oranye (A8). Hasil dendogram menunjukkan terdapat kekerabatan antara A1 yang berbuah kuning dengan A2 yang berbuah merah pada tingkat kemiripan 75% berdasarkan karakter morfologi yang dimilikinya, Coffee (Coffea sp.) is a plantation commodity that plays an important role in economic activities in Indonesia. Generally, Arabica coffee cherries are red when ripe, but one of the coffees that grows on Garut farmer's land bears yellow fruit and is thought to have come from a red fruit coffee parent, but the identity of the parent is unknown. The aims of this study were to identify various accessions of Arabica coffee plants and to analyze the kinship of Arabica coffee with yellow fruit and red fruit through morphological characters in the Small Holder's Garden, Cikajang District, Garut Regency. The research was conducted from January to July 2022. The research location was located in three blocks of the People's Garden, Margamulya Village, Cikajang District. The experiment was carried out by identifying the morphological characters of each accession using the IPGRI descriptor list for the modified coffee plants. Quantitative data were analyzed using the ANOVA test and the DMRT follow-up test at the 5% level. Qualitative data and part of the quantitative data were analyzed using cluster analysis to see the kinship between accessions using the NTSYS 2.11a program. Based on the identification results, there are eight accessions of Arabica coffee with three different fruit colors, namely coffee with yellow fruit (A1), red fruit (A2, A3, A4, A5, A6, A7) and orange fruit (A8). The dendogram results showed that there was a kinship between A1 with yellow fruit and A2 with red fruit at a 75% similarity level based on their morphological characters
Keyword: Accession, characterization, cluster, diversity, identification

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: