Judul: Perbandingan DNA Genorn Bakteri Asarn Laktat Bentuk Kokus Asal Rurnen Domba dengan Elektroforesis Gel Medan Berpulsa (Pulsed-Field Gel Electrophoresis)
Abstrak: Penelitian ini bertujuan untuk mernbandingkan pola restriksi DNA genorn beberapa bakteri asarn laktat (BAL) bentuk kokus yang diisolasi dari rurnen domba dengan menggunakan teknik elektroforesis gel medan berpulsa (PFGE), serta mernperkirakan ukuran DNA genorn dan hubungan filogenetik dari isolat tersebut. Sidik jail DNA dilakukan terhadap 26 isolat BAL kokus asal rurnen dornba dan satu isolat referensi (Streptococcus bovis) dengan menggunakan enzirn restriksi endonuklease Nod, Nhel , Sfil, dan Srnal. DNA penanda yang digunakan PFGE marker I1 Saccharomyces cerevisiae YPH 755. Kondisi elektroforesis pada tegangan 6 Vlcrn, suhu 14°C selama 17 jam. Dilakukan dengan tiga waktu pulsa yang berbeda yaitu 40-80, 1-20, dan 1-5 detik sehingga dapat memisahkan potongan DNA berukuran masing-masing 200- 800 kpb, 50-240 kpb, dan 8-100 kpb.
Keyword: 

Judul: Analisis profil DNA genom beberapa galur Bacillus thuringiensis dengan elektroforensis gel medan berpulsa (PFGE)
Abstrak: Bacillus thuringiensis subspesies kurstaki HD-1 merupakan galur Bacillus thuringiensis yang telah banyak digunakan sebagai pestisida alami dan dapat diperoleh secara komersial untuk memberantas hama berupa larva dari jenis Lepidoptera (kupu-kupu) yang menyerang tanaman sayur-sayuran. Laboratorium Biologi Molekuler Mikroba, Puslitbang Bioteknologi, LIPI, Cibinong memiliki beberapa koleksi bakteri Bacillus thuringiensis yang memiliki fenotipe serta sasaran yang sama dengan Bacillus thuringiensis subspesies kurstaki HD-1, yang direncanakan akan digunakan untuk memproduksi pestisida alami baru. Untuk mengetahui bahwa koleksi bakteri tersebut tidak termasuk dalam galur Bacillus thuringiensis subspesies kurstaki HD-1 tetapi memiliki fenotipe serta sasaran yang sama maka dilakukan uji genotipe dengan menggunakan Elektroforesis Gel Medan Berpulsa (PFGE). Berdasarkan jumlah dan ukuran pita-pita DNA yang telah diperoleh dari hasil pemotongan oleh enzim restriksi Sma I pada analisis profil DNA genom dengan menggunakan PFGE, maka dapat diketahui jumlah pita-pita DNA berkisar antara 9-11 pita dan ukuran genom dari kesepuluh galur Bacillus thuringiensis dan satu galur Bacillus thuringiensis subspesies kurstaki HD-1 berkisar antara 4585-6730 Kb. Hasil analisis kekerabatan berdasarkan Schizotyping menunjukkan bahwa galur Bacillus thuringiensis 25F, 10S, 25S3, 50S15, 25S3, 50S 10, dan 50S, dapat dikatakan sebagai organisma yang memiliki spesies sama dengan Bacillus thuringiensis subspesies kurstaki HD-1 karena berkerabat dekat, sedangkan galur Bacillus thuringiensis 2EMs, 2EM2, dan 50S, merupakan organisma yang memiliki spesies yang berbeda dengan Bacillus thuringiensis subspesies kurstaki HD-1 karena tidak memiliki hubungan kekerabatan.
Keyword: DNA

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: