Judul: Penapisan dan Identifikasi Daerah Ds pada Padi Mutan Pembawa Activation-Tag untuk Mengungkap Gen Toleran Terhadap Cekaman Salinitas
Abstrak: Peningkatan produksi padi pada masa mendatang, akan banyak menghadapi tantangan yang semakin komplek, berkaitan dengan cekaman abiotik dan biotik akibat dampak perubahan iklim. Pengembangan varietas unggul untuk menghadapi cekaman kini menjadi sangat penting. Mutasi insersi merupakan salah satu metode dalam analisis functional genomics atau analisis fungsi genom. Penggunaan elemen transposon Ac/Ds yang mampu bertransposisi dalam berbagai tanaman termasuk padi, memungkinkan untuk menemukan gen fungsional seperti pengkode toleransi terhadap cekaman abiotik pada padi. Pendekatan ini diharapkan dapat mengungkap potensi sumber gen bermanfaat, atau faktor dan elemen bermanfaat yang mengontrol sifat terkait cekaman abiotik, khususnya cekaman salinitas pada padi. Selanjutnya informasi yang diperoleh dapat dimanfaatkan untuk merakit padi atau bahkan varietas tanaman lainnya yang lebih toleran salinitas. Tujuan dari penelitian ini adalah melakukan penapisan padi mutan pembawa activation-tag untuk toleransi terhadap cekaman salinitas, mengurutkan daerah pengapit Ds, dan mengidentifikasi situs penyisipan gen yang diduga bertanggung jawab atas fenotip. Sebanyak 75 galur padi mutan dipilih dari 1000 benih hasil penapisan massal digunakan untuk mengidentifikasi mutan yang responsif terhadap cekaman salinitas. Mutan divalidasi toleransi salinitasnya dalam tiga percobaan, dilakukan pada perkecambahan umur 17 hari dalam larutan Yoshida yang mengandung 200 mM NaCl. Pendekatan yang digunakan untuk mengevaluasi toleransi terhadap salinitas, yaitu dengan menghitung nilai Vigour Index dan persentase reduksi. Analisis sekuen pengapit daerah insersi pada genom padi dilakukan menggunakan metoda TAIL-PCR. Sedangkan identifikasi daerah insersi dilakukan melalui analisis bioinformatika. Analisis dilakukan dengan menggunakan beberapa database yang bersifat public open-source. Sebanyak 10 mutan potensial toleran salinitas diperoleh dari hasil penapisan, dengan nilai indeks vigour tertinggi yaitu 3,54 hingga 7,45. Analisis insersi menggunakan PCR terhadap galur mutan 170-10 menghasilkan pita berukuran 400pb, menunjukkan bahwa elemen Ds telah bertransposisi. Sebuah amplikon dari galur mutan 170-10 berhasil diisolasi dengan teknik TAIL- PCR menggunakan primer random (degenerate primer) AD2 dan primer spesifik Ds3. Analisis bioinformatika menunjukkan insersi terletak di daerah coding sequence sebagai Os11g0686500 pada kromosom 11.
Keyword: Padi(Oryza sativa L.), activation-tag, cekaman salinitas

Judul: Pengembangan Padi Toleran Salinitas Melalui Mutasi Dan Seleksi In Vitro : Mekanisme Fisiologi Toleransi
Abstrak: Untuk memenuhi kebutuhan beras di Indonesia, perlu dilakukan peningkatan produktivitas tanaman padi melalui perluasan areal tanam dengan pemanfaatan lahan marginal seperti tanah salin. Masalah yang dihadapi adalah ketersediaan varietas yang adaptif sangat terbatas. Penggunaan varietas toleran salinitas lebih menguntungkan karena akan menurunkan biaya produksi. Untuk itu diperlukan varietas baru yang beradaptasi di tanah salin. Tujuan utama dari penelitian ini adalah untuk mendapatkan nomor-nomor mutan somaklon padi toleran salinitas. Penelitian ini terdiri atas enam percobaan utama. Percobaan pertama adalah studi regenerasi tunas adventif dari kalus beberapa varietas padi. Percobaan kedua adalah pengaruh iradiasi sinar gamma terhadap pertumbuhan kalus dan regenerasinya padi var. Ciherang, Inpari 13 dan Inpara 3. Percobaan ketiga adalah penentuan nilai LC50 NaCl pada kalus beberapa varietas padi. Hasil dari percobaan tersebut digunakan sebagai dasar untuk melaksanakan percobaan keempat adalah pembentukan genotipe padi toleran salinitas dari varietas Ciherang, Inpari 13 dan Inpara 3. Nomor-nomor putatif mutan somaklon yang dihasilkan selanjutnya digunakan sebagai bahan tanaman untuk percobaan studi mekanisme toleransi salinitas padi pada kondisi in vitro dan rumah kaca dan seleksi putatif mutan somaklon pada kondisi in vitro dan rumah kaca. Percobaan studi regenerasi tunas adventif dari menggunakan kalus 5 varietas padi. Penelitian ini terdiri dari 4 kegiatan yaitu induksi kalus embriogenik, regenerasi tunas adventif, multiplikasi tunas, induksi akar. Perlakuan untuk induksi kalus embriogenik adalah MS + 2,4-D (0, 1, 3,5 dan 7 mg/l) + Casein hidrolisat 3 g/l. Perlakuan untuk regenerasi tunas adalah perlakuan MS + BA (0, 1 dan 5 mg/l) + Zeatin (0, 01 dan 0,3 mg/l) prolin 100 mg/l. Perlakuan untuk multiplikasi tunas adalah MS + Thidiazuron (0, 0,1 dan 0,3 mg/l) dan perlakuan untuk perakaran adalah MS + IBA (0, 1, 2 dan 3 mg/l). Hasil penelitian adalah formulasi media induksi kalus embriogenik dari embrio zigotik varietas Ciherang, Inpari 13 dan Pokkali adalah MS + 2,4-D 3mg/l + Chasein Hidrolisat 3 g/l, untuk varietas Inpara 3 dan IR 29 adalah MS + 2,4-D 5 mg/l Chasein Hidrolisat 3 g/l. Media regenerasi tunas adventif pada padi varietas Ciherang, Inpari 13 dan Pokkali adalah MS + BA 3 mg/l + Zeatin 0,3 mg/l + prolin 100 mg/l, dan untuk varietas Inpari 3 dan IR 29 adalah MS + BA 3 mg/l + Zeatin 0,1 mg/l. Media multiplikasi dan perakaran pada semua varietas berturut turut adalah MS + Thidiazuron 0,3 mg/l, MS +IBA 2 dan 3 mg/l. Percobaan pengaruh iradiasi sinar gamma terhadap pertumbuhan kalus dan regenerasinya padi var. Ciherang, Inpari 13 dan Inpara 3 bertujuan untuk menentuan nilai LD50. Perlakuan pada percobaan ini adalah iradiasi sinar gamma pada dosis 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70 , 80, 90 dan 100 Gy. Hasil yang diperoleh pada percobaan ini adalah nilai LD50 untuk kalus varietas Ciherang adalah 22,468 Gy, untuk varietas Inpari 13 adalah 23,124 Gy dan Inpara 3 adalah 21.0305 Gy. Pada percobaan penentuan nilai LC50 NaCl pada kalus beberapa varietas padi bertujuan untuk mengetahui nilai LC50 NaCl. Perlakuannya yang diberikan yaitu konsentrasi NaCl (0, 50, 100, 150 dan 200 mM). Hasil yang peroleh adalah nilai LC50 NaCl dari kalus Ciherang adalah 85,79 mM, Inpari 13 adalah 90,91 mM,
Keyword: Oryza sativa, NaCl, regenerasi kalus, LD50, LC50 NaCl, stomata

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: