Judul: Identifikasi Molekuler Cendawan Patogen Penyakit Busuk Buah Cabai, Terung, Tomat, Jambu dan Pepaya
Abstrak: Tanaman hortikultura merupakan komoditas penting di Indonesia. Produktivitas dan produksi komoditas ini seringkali terkendala faktor abiotik maupun biotik, termasuk masalah penyakit busuk pada buah yang dipanen yang disebabkan berbagai jenis penyebab. Penyakit busuk buah oleh cendawan patogen memiliki gejala serupa yaitu dimulai dengan bercak kecil berwarna coklat, berlanjut dengan pembusukan yang meluas dan disertai tanda patogen berupa miselium atau struktur lainnya. Identifikasi cendawan tertentu berdasarkan gejala maupun morfologi seringkali kurang memadai untuk membedakan spesies. Metode molekuler dapat menjadi pelengkap identifikasi cendawan karena memiliki efisiensi dan akurasi yang tinggi. Contoh buah cabai, tomat, terong, pepaya, dan jambu yang sakit dari lapangan diisolasi untuk mendapatkan biakan murni. Koloni biakan murni diamati dan dilakukan ekstraksi DNA genomik. Identifikasi cendawan dengan PCR menggunakan primer universal ITS5/ITS4 untuk menghasilkan amplikon yang kemudian dilakukan sikuensing. Runutan nukleotida hasil sikuensing tersebut yang dianalisis dengan BLAST menunjukkan tingkat homologi tertinggi dengan cendawan yang tersimpan data nukleotidanya dalam GenBank sebagai berikut: isolat AW1 cabai dengan Colletotrichum acutatum (Korea) sebesar 99.15%, isolat AW2 tomat dengan Fusarium lichenicola (China) sebesar 99.28% , isolat AW3 terung dengan Fusarium falciforme (Belanda) sebesar 99.64%, isolat AW4 pepaya dengan Lasiodiplodia theobromae (Taiwan) sebesar 100%, dan isolat AW5 jambu Fusarium verticillioides (China) sebesar 100%. Pohon filogenetika menggunakan MEGA X juga menunjukkan bahwa isolat AW2, AW3 dan AW5 yang berafiliasi dengan Fusarium membentuk kekerabatan yang berdekatan dan terpisah dari AW1 dan AW4. Isolat AW1 (Colletotrichum) juga terpisah cluster dari AW4 (Lasiodiplodia).
Keyword: Colletotrichum, Fusarium, internal transcribe spacer (ITS), Lasiodiplodia, nucleotide analysis, polymerase chain reaction (PCR)

Judul: Identifikasi Colletotrichum Spp. Asal Berbagai Bagian Tanaman Pepaya (Carica Papaya L.).
Abstrak: Pepaya merupakan tanaman penting di Indonesia dengan tingkat konsumsi sebanyak 705 600 ton setiap tahun. Colletotrichum spp. merupakan salah satu faktor pembatas produksi pepaya yang dapat menyebabkan antraknosa. Cendawan antraknosa sebelumnya dikenal sebagai penyebab antraknosa pada pepaya dalam masa penyimpanan, namun telah ditemukan laporan bahwa patogen ini dapat menginfeksi buah, tangkai dan batang pepaya di lapangan. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi Colletotrichum spp. dari berbagai bagian tanaman dari pepaya (Carica papaya L.). Tahapan dari penelitian ini dimulai dengan isolasi buah, batang dan tangkai yang memiliki gejala khusus seperti lesi yang membentuk cekungan dan bercak antraknosa berwarna oranye sampai kecoklatan pada permukaan jaringan yang berasal dari Jawa Barat dan Jawa Tengah. Karakter morfologi dilakukan dengan mengamati warna koloni dan bentuk konidia. Identifikasi molekuler dilakukan dengan amplifikasi DNA menggunakan pasangan primer umum ITS 1/ITS 4 dilanjutkan dengan sekuensing produk amplifikasi, dan analisis hasil sekuensing menggunakan Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) berdasarkan basis data pada National Center for Biotechnology Information (NCBI) serta respon pertumbuhan cendawan pada berbagai suhu. Sebanyak dua puluh isolat Colletotrichum spp. yang berhasil diidentifikasi berdasarkan karakter morfologi. Penelitian ini menghasilkan 12 spesies C. gloeosporioides dengan koloni tampak atas dan bawah berwarna abu-abu sampai hijau tua dengan bentuk konidia silindris dan kedua ujung membulat. Sebanyak 4 spesies C. magnum ditandai dengan koloni atas berwarna abu-abu dan tampak bawah berwarna abu kehitaman dengan bentuk konidia silindris dan kedua ujung membulat. Sebanyak 4 spesies C. truncatum ditandai dengan koloni tampak atas berwarna putih susu dan tampak bawah berwarna cokelat dengan membentuk cincin konsentris, bentuk konidia melengkung dengan kedua ujung meruncing. Identifikasi molekuler menunjukkan bahwa 4 isolat yang memiliki kekerabatan dengan C. truncatum asal Malaysia dan 1 isolat C. magnum asal Brazil, sedangkan 12 isolat berhasil diidentifikasi secara morfologi sebagai C. gloeosporioides dan 3 isolat sebagai C. magnum. Pertumbuhan isolat pada beberapa suhu menunjukkan bahwa suhu pertumbuhan optimum C. gloeosporioides dan C. magnum yaitu pada 24 °C asal Bogor dan Kebumen sedangkan 32 °C pada C. truncatum asal Kebumen. Berbagai isolat Colletotrichum asal buah, tangkai dan batang mampu menginfeksi pada bagian tanaman yang berbeda dari asal bagian tanamannya. Pada penelitian ini seluruh data identifikasi, pertumbuhan koloni pada berbagai suhu dan patogenisitas cendawan dapat dimanfaatkan untuk strategi pengendalian antraknosa di lapangan.
Keyword: Colletotrichum spp., molekuler, morfologi, patogenisitas, temperatur

Judul: Numerical modeling of the hydrodynamics of standing wave and scouring in front of impermeable breakwater with different steepnesses
Abstrak: The aim of this paper is to numerically study the effects of breakwater steepness on the hydrodynamics of standing wave and scouring process in front of impermeable breakwaters. A two-dimensional hydrodynamics model based on the Reynolds Averaged Navier–Stokes (RANS) equations and the Volume of Fluid (VOF) method was developed and then combined with an empirical sediment transport model. Comparisons with an analytical solution and experimental data showed the present model is very accurate in predicting the near bottom velocity and capable of simulating the scour/deposition patterns consistent with experimental data. It was found that the additional terms of bottom shear stress in the momentum equations are necessary to produce a physical scouring pattern. Different breakwater steepnesses produce different characteristics of standing wave, the steady streaming system, and scouring pattern in front of the breakwaters, which also affects the correlations between them. An additional analysis of the turbulence field parameters and the sediment transport rate was also performed. All these important information will be presented in details in this paper and can be worthwhile for designing the breakwater in coastal areas.
Keyword: The RANS–VOF model Standingwave Steadystreamingsystem Scouring pattern Breakwatersteepness