Judul: Klasifikasi Fragmen Metagenom menggunakan Fitur Spaced N-Mers dan K-Nearest Neighbour
Abstrak: Metagenome is a study of total DNA from some environmental sources that are directly isolated. The study is conducted by reading the entire DNA of a complete ecosystem (not just one organism). Metagenome refers to the genomic content of complete microbial ecosystems. Since the samples taken from the ecosystems may contain a variety of organisms, it requires a binning process to classify. In this research, k-nearest neighbour (KNN) algorithm was used to classify metagenome fragments and spaced n-mers was used for feature extraction. The research was conducted on two groups of datasets, namely the training organisms and testing organisms with fragment length of 500 bp, 1 kbp, 5 kbp, and 10 kbp. The best accuracy obtained from the training organism dataset reached 99.75% on the fragment test with a length of 10 kbp and k = 3. The highest value of its sensitivity and specificity was also obtained from the same organism dataset, 99.71% and 99.85% respectively.
Keyword: specificity., spaced n-mers, sensitivity, oligonucleotide frequency, metagenome, k-nearest neighbour, DNA

Judul: Klasifikasi Fragmen Metagenom menggunakan Principal Component Analysis dan K-Nearest Neighbor
Abstrak: Metagenomika adalah ilmu yang mempelajari tentang analisis metagenom yang materi genetiknya diperoleh langsung dari sampel lingkungan. Ketika meng-sekuens sampel metagenom ini maka akan dihasilkan fragmen-fragmen. Pada saat fragmen-fragmen tersebut dirakit akan dihasilkan chimeric contigs atau gabungan fragmen dari berbagai organisme. Selanjutnya diperlukan proses binning yang bertujuan untuk mengklasifikasikan fragmen-fragmen tersebut ke dalam tingkat taksonomi tertentu. Pada penelitian ini peneliti melakukan klasifikasi fragmen metagenom yang diekstrasi menggunakan n-mers kemudian direduksi dimensinya menggunakan principal component analysis dan diklasifikasi menggunakan k-nearest neighbor. Nilai k yang terbaik pada KNN adalah 7. Nilai n tertinggi pada n-mers adalah 4. Akurasi pada organisme dikenal dari fold terbaik dengan menggunakan PCA 95% untuk panjang fragmen 0.5 Kbp sampai 10 Kbp berkisar antara 91.6% sampai 99,9%. Untuk organisme tidak dikenal dengan PCA 95% tingkat akurasi berkisar antara 89.64% sampai 99.32%.
Keyword: Fragmen metagenom,n-mers, PCA, KNN

Judul: Analisis waterbalance waduk bili-bili Kab. Gowa, Sulawesi Selatan
Abstrak: Seiring dengan menigkatnya peradaban manusia, air kini memenpati posisi yang sangat strategis dalam kehidupan manusia. Kebutuhan akan air terus meningkat baik dari segi kualitas maupun kuantitas. Membangun waduk pada DAS ( Daerah Aliran Sungai) adalah salah satu upaya yang ditempuh untuk memenuhi kebutuhan manusia akan air. Waduk memberikan banyak manfaat dalam berbagai bidang kehidupan manusia. Namun , acap-kali pembangunan waduk yang begitu banyak memakan biaya tidak diiringi dengan pengoperasian waduk yang optimal. Waduk Bili-bili yang berada di kabupaten Gowa, Provinsi Sulawesi Selatan salah sati dari banyaknya waduk serbaguna yang dibangun untuk memenuhi kebutuhan air untuk RIK ( Rumah, Industri,Kantor), Irigasi, dan pembangkit tenaga listrik. Oleh karena itu Waduk Bili-Bili sangat penting dalam pemenuhuan kebutuhan air untuk warga Sulawesi-Selatan meskipun hanya sebagian saja yang dapat merasakannya. Karena peran yang kompleks tersebut maka dari segi kuantitas dan kualitas air sangat penting untuk dijaga. Pada tahun 2004 telah terjadi longosoran pada kaki Gunung Bawakaraeng yang juga menjadi aliran dari DAS dari Waduk Bili-Bili, pada awal pembangunan umur waduk diperkirakan untuk 50 tahun namun, akibat kejadian longsoran tersebut perkiraan tersebut menjadi 30 tahun. Mengingat peran waduk yang sangat sentral berbagai upaya telah dilakukan untuk tetap menjaga kemampuan dari waduk untuk memenuhi kebutuhan air untuk warga.
Keyword: