Judul: Identifikasi Grup Filogenetik dan Gen Virulen, serta Resistansi Antibiotik Karbapenem pada isolat Escherichia coli Resistan Kolistin di Bogor, Jawa Barat.
Abstrak: Kontaminasi Escherichia coli patogen di sepanjang rantai suplai ayam pedaging telah menjadi perhatian serius bagi kesehatan masyarakat. Infeksi E. coli patogen yang bersifat multiresistan terhadap antibiotik dapat menyebabkan kegagalan pengobatan. Beberapa studi telah membuktikan bahwa avian pathogenic E. coli (APEC) dan extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC) pada manusia menunjukkan adanya kemiripan genetik, terutama pada gen virulennya. Tujuan penelitian ini adalah melakukan identifikasi grup filogenetik dan gen virulen, serta menguji resistansi antibiotik karbapenem pada isolat arsip E. coli resistan kolistin yang berasal dari rantai suplai ayam pedaging di Bogor, Jawa Barat. Limapuluh delapan isolat dikarakterisasi menggunakan metode polymerase chain reaction (PCR) untuk menentukan grup filogenetiknya (A, B1, B2, atau D) dan mendeteksi profil gen virulennya menggunakan marker genetik APEC (iutA, hlyF, iss, iroN, dan ompT). Pengujian resistansi terhadap antibiotik karbapenem dilakukan dengan metode disk diffusion. Deteksi karbapenemase dilakukan dengan metode modified carbapenem inactivation method (mCIM) dan EDTA carbapenem inactivation method (eCIM), selanjutnya deteksi gen penyandi resistansi blaNDM dan blaKPC menggunakan metode PCR. Hasil penelitian menunjukkan bahwa isolat E. coli arsip yang termasuk dalam grup filogenetik A adalah 34.48%, D 34.48%, B1 17.24% dan B2 13.79%. Deteksi gen virulen menunjukkan adanya ekspresi gen iutA (36%), hlyF (21%), ompT (21%), iroN (10%) dan iss (9%). Grup filogenetik B2 menunjukkan adanya kombinasi gen virulen lebih banyak. Gen virulen iroN, hlyF dan ompT mempunyai asosiasi positif dengan grup filogenetik B2 (P ≤ 0.05). Pengujian resistansi terhadap antibiotik golongan karbapenem menunjukkan 10.34% (6/58) isolat resistan dan 22.41% (13/58) intermediate terhadap imipenem, serta keseluruhan isolat sensitif terhadap meropenem. Hasil deteksi karbapenemase menunjukkan isolat resistan dan intermediate terhadap antibiotik imipenem termasuk dalam serin karbapenemase. Tidak ditemukan adanya ekspresi gen penyandi karbapenemase blaKPC dan blaNDM pada isolat resistan dan intermediate tersebut. Keberadaan isolat E. coli patogen yang memiliki gen virulen marka APEC yang berada dalam plasmidnya, membuktikan bahwa rantai suplai daging ayam berpotensi sebagai reservoir gen virulen ExPEC pada manusia. Ditemukannya isolat yang resistan terhadap kolistin dan imipenem merupakan alarm yang penting bagi kesehatan masyarakat dan hewan.
Keyword: Escherichia coli, gen virulen, grup filogenetik, karbapenem, kolistin

Judul: Phenotype and Genotype Analysis of Extended Spectrum Beta Lactamase Producing Escherichia coli from Chicken Slaughtering Effluent in Bogor City
Abstrak: Escherichia coli merupakan bakteri Gram negatif yang terdapat di saluran pencernaan hewan dan manusia (komensal). Escherichia coli mudah resistan terhadap antibiotik karena memiliki kemampuan menghasilkam enzim resistansi antibiotik, salah satunya yaitu extended spectrum beta lactamase (ESBL). Escherichia coli resistan antibiotik dapat menyebar melalui lingkungan, salah satunya melalui cemaran efluen proses pemotonga ayam dari rumah potong hewan unggas (RPH-U) dan tempat pemotongan ayam (TPA). Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi dan menganalisis sifat resistansi antibiotik E. coli penghasil ESBL secara fenotipe dan genotipe yang diisolasi dari sampel limbah cair (efluen) RPH-U dan TPA di Kota Bogor. Desain penelitian ini adalah eksploratif, dengan metode pengambilan sampel secara purposif. Sebanyak 12 sampel efluen digunakan dalam penelitian ini, dengan rincian masing-masing 4 sampel dari 3 RPH-U/TPA yang memiliki kapasitas pemotongan lebih dari 1.000 ekor/hari. Analisis laboratorium terdiri dari analisis fenotipe dan genotipe. Metode yang digunakan untuk analisis fenotipe adalah metode ESBL Ec Tricycle yang terdiri dari metode pengujian presumtif atau praduga dan konfirmasi E. coli penghasil ESBL. Metode pengujian presumtif atau praduga dilakukan dengan kultur sampel pada agar tryptone bile x-glucuronide (TBX) dan MacConkey agar (MCA) yang ditambahkan antibiotik cefotaxim 4µg/ml untuk praduga E. coli penghasil ESBL. Hasil positif pada pengujian sebelumnya dikonfirmasi dengan uji biokimia indol pada agar sulfite indole motility (SIM) dan double disk diffusion test pada Mueller Hinton agar (MHA) untuk mengidentifikasi E. coli penghasil ESBL. Analisis genotipe dilakukan dengan pengujian molekuler menggunakan alat Oxford Nanopore Technologies (ONT) MinION dan analisis bioinformatika menggunakan NanoARG. Analisis genotipe dilakukan untuk mendapatkan sifat resistansi berupa data genotipe dari E. coli penghasil ESBL yang terkonfirmasi pada analisis fenotipe. Escherichia coli penghasil ESBL teridentifikasi dari semua sampel yang berasal dari ketiga RPH-U/TPA di Kota Bogor. Persentase E. coli penghasil ESBL terendah 10,45% dan tertinggi 39,52% dengan rata-rata 17,76%. Gen resistan antibiotika blaCTX-M ditemukan pada semua sampel (100%) diikuti gen blaTEM sebesar 58,3%, yang menunjukkan adanya resistansi terhadap antibiotik cephalosporin generasi ke-3 terutama cefotaksim pada semua sampel. E. coli penghasil ESBL yang menyebar melalui cemaran efluen dapat menjadi ancaman kesehatan terutama terhadap masyarakat yang berada di sepanjang aliran sungai dan menggunakan air sungai sebagai sumber kehidupan sehari-hari. Penerapan higiene dan sanitasi perlu dilakukan perbaikan di RPH-U dan TPA. Sarana dan prasarana IPAL sangat penting dalam mencegah penyebaran bakteri E. coli penghasil ESBL ke lingkungan, sehingga perlu adanya penambahan sarana IPAL di TPA dan perbaikan IPAL di RPH-U. Instansi terkait khususnya dinas yang membidangi kesehatan dan otoritas veteriner di Kota Bogor perlu melakukan kontrol dan pengawasan antibiotik cephalosporin generasi ke-3. Penelitian lebih lanjut tentang kejadian resistansi antibiotik dapat dikembangkan dengan konsep one health pada ternak dan masyarakat di sepanjang aliran sungai di Kota Bogor dan wilayah lain di Indonesia.
Keyword: Antibiotic resistance, Bogor, efluent , extended spectrum beta lactamase, Escherichia coli, Antibiotic resistance, Bogor, efluent, extended spectrum beta lactamase, Escherichia coli

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: