Judul: Optimalisasi hasil ekstraksi dna dari darah segar sapi menggunakan high salt method dengan perbandingan darah dan lisis buffer pada kecepatan sentrifugasi berbeda
Abstrak: Deoxyribonucleic acid is genetic materials that inherited from one generation to next generation. DNA can be obtained from all body parts of animal, such as tissue and blood. Blood is one of DNA sources that is usually used because of its simple collection. There are several methods to extract DNA, one of which is a high salt method that used in this experiment. The aim of this experiment was to determine the optimal combination of whole blood and buffer lysis ratio at different centrifugation speed (rpm) to obtain optimal DNA products with high quality. Fresh whole blood of Friesian Holstein (FH) dairy cattle was collected by using a vacuum tube containing 15% EDTA with a 18G needle to suck the blood from tail vena with amount of ± 9 ml per head. The whole blood was collected from four FH cows. A 3x2 factorial completely random design was used in this experiment. The first factor was three combinations of whole blood and buffer lysis volume (ml), which was 1:2, 1:1, and 2:1. The second factor was centrifugation speed, i.e. 2,500 rpm and 3,500 rpm. Therefore, there were six combination treatments with four replications of each combination treatment. Data of DNA concentration and purity was observed from Genequant DNA calculator at 260 Å and 280 Å wave length. The quality of DNA was obtained from running DNA through electrophorosis of 0.8% gel agarose and electricity flow of 100 voltages for an hour. The DNA concentration and purity were analyzed by ANOVA. The differences among treatments were tested by Tukey test at = 0.05. The result showed that there was no significant effect of whole blood and buffer lysis combination on DNA concentration and purity. Centrifugation speed had a significant effect on DNA concentration (P<0.05) but did not affect their purity. DNA quality was good because it had a single band. Keywords: blood, DNA, centrifugation speed, lysis buffer, high salt method, cow
Keyword: 

Judul: . Penentuan Konsentrasi Low Melting Point Agarose Dan Lysis Solution Untuk Mendeteksi Kerusakan Dna Spermatozoa Ternak Sapi, Domba, Kambing
Abstrak: Deoxyribose-nucleic acid (DNA) merupakan suatu polimer heliks ganda yang terdiri dari nukleotida. Setiap nukleotida terdiri dari tiga komponen; satu basa nitrogen, satu gula pentosa yang disebut deoxyribosa dan satu gugus fosfat. Basa nitrogennya bisa adenin (A), timin (T), guanin (G), atau sitosin (S). Adenin dan guanin adalah purin, basa nitrogen dengan dua cincin organik. Sitosin dan timin adalah anggota famili basa nitrogen yang dikenal sebagai pirimidin yang mempunyai satu cincin tunggal. DNA dapat mengalami kerusakan karena perubahan polimer DNA dan secara terus menerus terpapar pada lingkungan fisik dan kimia yang sangat bervariasi yang berpotensi mengubah struktur alamiah DNA tersebut. Perubahan ini akan memengaruhi proses replikasi dan transkripsi DNA yang mengarah pada kerusakan DNA. Bentuk kerusakan yang lain adalah terputusnya struktur polimer DNA. Pemanasan yang melebihi 37ºC akan menyebabkan terputusnya ikatan glikosida yang menghubungkan basa nitrogen dan struktur gula fosfat sehingga basa nitrogen akan hilang. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan kit deteksi kerusakan DNA spermatozoa ternak yang saat ini masih impor dengan harga yang mahal. Penelitian dilakukan di Laboratorium Bioteknologi Pusat Satwa Primata (PSSP) Institut Pertanian Bogor (IPB) dan Laboratorium Unit Rehabilitasi Reproduksi (URR), Departemen Klinik Reproduksi dan patologi, Fakultas Kedokteran Hewan (FKH) IPB. Semen dikoleksi menggunakan vagina buatan sebanyak dua kali dalam seminggu yang diperoleh dari tiga ekor kambing jantan, tiga ekor domba jantan dan satu ekor sapi FH jantan. Penelitian terdiri dari tiga tahap. Tahap I penentuan konsentrasi low melting point-agarose (LMP-agarose), tahap II penentuan lysis solution (LS), dan tahap III pengujian pewarnaan kromatin DNA spermatozoa. Konsentrasi LMP-agarose yang digunakan adalah 0.6%, 0.7% dan 0.8%. Spermatozoa dan konsentrasi LMPagarose terbaik selanjutnya dilisiskan menggunakan tiga jenis LS. LS I (0.4M Tris, 0.8M DTT, 1% SDS), jenis LS II (0.4M Tris, 2M NaCl, 1% SDS), dan jenis LS III (0.4M Tris-HCl, 2M NaCl, 1% SDS, 0.05M EDTA) pengujian pewarnaan kromatin DNA menggunakan tiga pewarnaan yaitu eosin yellow methylene blue. Kesimpulan penelitian ini adalah konsentrasi 0.6% LMP-agarose merupakan konsentrasi yang dapat digunakan untuk menjebak spermatozoa domba dan kambing bila dibandingkan dengan kedua konsentrasi yang diujikan, sedangkan pada spermatozoa sapi ketiga konsentrasi yang diujikan tidak dapat digunakan. Pada penelitian tahap kedua, lysis solution (LS) yang dapat digunakan untuk melisiskan membran spermatozoa ternak adalah LS III (0.4M Tris-HCl, 2M NaCl, 1% SDS, 0.05M EDTA, pH 7.5), Pewarnaan terbaik menggunakan pewarnaan eosin Yellow dan methylene blue dengan perbandingan 2:1.
Keyword: Chromatin, DNA, spermatozoa, LMP-agarose, lysis solution, staining

Judul: Closed Knight’s Tour pada Papan Catur Berbentuk Persegi Panjang dengan Ukuran Maksimal 8 × 8
Abstrak: Closed Knight’s Tour merupakan langkah kuda yang mengunjungi setiap kotak pada papan catur tepat satu kali dengan langkah kuda berawal dan berakhir pada kotak yang sama. Graf yang terbentuk dari closed knight’s tour dinotasikan sebagai graf G(m,n), dengan m adalah banyaknya baris dan n adalah banyaknya kolom. Graf tersebut memuat Hamiltonian cycle. Sebuah graf terhubung G adalah graf bipartite jika dan hanya jika graf tersebut tidak memiliki cycle dengan panjang ganjil. Papan catur yang memenuhi syarat cukup untuk memiliki closed knight’s tour adalah papan catur berukuran 5 × 6, 5 × 8, 6 × 6, 6 × 7, 6 × 8, 7 × 8, dan 8 × 8.
Keyword: bipartite, closed knight’s tour, hamiltonian cycle, knight’s tour, teori graf