Judul: Over ekpresi myrosinase-Associated protein pada E.coli
Abstrak: Tumbuhan memiliki sistem pertahanan alami dalam menanggulangi kondisi stres lingkungan seperti kondisi kekeringan dan serangan hama patogen. Sistem mirosinase glukosinolat adalah salah satu sistem pertahanan alami tumbuhan. Mirosinase menghidrolisis glukosinolat, suatu metabolit sekunder yang mengandung sulfur, dari jaringan tumbuhan yang rusak menjadi senyawa-senyawa yang bersifat toksik terhadap herbivora. Beberapa tipe mirosinase dengan protein non-mirosinase lainnya membentuk kompleks dengan berat molekul tinggi. Dua diantara protein non-mirosinase tersebut adalah myrosinase-associated protein (MyAP) yang merupakan protein terglukosilasi berukuran 40 kD dan myrosinase binding protein (MBPs) yang berukuran 50 dan 52 kD. Karakterisasi lebih jauh terhadap mirosinase dan kedua asesorinya, MyAP dan MBP, dapat meningkatkan pengertian akan sistem mirosinase - glukosinolat dan regulasinya dalam respon pertahanan tumbuhan. MyAP dan MBP ekspresinya terinduksi oleh pelukaan mekanis, fitohormon asam jasmonat, metil jasmonat dan asam absisik, dan semua induser tersebut diantagonis oleh fitohormon asam salisilat. MyAP dan MBP diduga berperan sebagai kofaktor mirosinase yang bersifat substrat spesifik. Berdasarkan persamaan sekuennya terhadap protein lain, MBP diduga memiliki fungsi sebagai lektin, sedangkan fungsi MyAP sebagai esterase belum dapat dibuktikan. Struktur molekul, lokasi situs katalitik, dan sifat imunokimia protein menjadi data yang mutlak diketahui untuk mengetahui peranan protein tersebut dalam sistem reaksi biologis, dan untuk keperluan penelitian tersebut diperlukan protein tersebut dalam jumlah yang cukup dalam fraksi solubel. Pada penelitian ini dilakukan kloning dan over ekspresi cDNA induced MyAP9 (iMyAP9) pada E. coli.
Keyword: protein

Judul: Antibakteri Berbasis Glukosa Oksidase IPBCC.08.610 terhadap Enzim MurA dan Elongation Factor G secara In Silico
Abstrak: Antibakteri berbasis enzim merupakan antibakteri alami yang dapat digunakan sebagai pengganti antibakteri sintetis. Penelitian ini bertujuan mempelajari potensi antibakteri glukosa oksidase IPBCC.08.610 dengan melakukan interaksi produk enzim glukosa oksidase IPBCC.08.610 yaitu dengan enzim MurA dan EFG secara in silico. Pendekatan penelitian yang digunakan yaitu homologi dan analisis sisi aktif gen glukosa oksidase IPBCC.08.610 dan penambatan molekuler produk glukosa oksidase IPBCC.08.610 pada enzim MurA dan EFG menggunakan AutoDock Vina dengan parameter keberhasilan berupa nilai %BSS, energi bebas, serta konstanta inhibisi. Hasil penelitian ini, memastikan bahwa urutan gen pada penelitian sebelumnya mengkodekan glukosa oksidase IPBCC.08.610. Glukonolakton dan asam glukonat dapat berinteraksi dengan Cys115 dan Asp305 pada MurA dengan %BSS berturut-turut sebesar 87.5% dan 100%, energi bebas sebesar -5.8 kKal/mol dan -5.4 kKal/mol dengan nilai Ki sebesar 55.443 μM dan 108.988 μM. Glukonolakton berhasil berinteraksi dengan Thr84 dan asam glukonat tidak dapat berinteraksi dengan residu target pada EFG dengan %BSS sebesar 40% dan 20%, energi bebas sebesar -5.3 kKal/mol dan -4.6 kKal/mol dengan nilai Ki sebesar 129.051 μM dan 421.146 μM. Glukosa Oksidase IPBCC.08.610 dapat digunakan sebagai antibakteri dengan menghambat MurA.
Keyword: Antibakteri, EFG, Glukosa oksidase, In silico, MurA

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: