Judul: Karakteristik kualitas air di muara sungai Cimandiri, Pelabuhan Ratu Sukabumi Jawa Barat
Abstrak: Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengetahui karakteristik perairan muara Sungai Cimandiri yang meliputi distribusi spasial dan temporal parameter kualitas air tertentu bagi kelayakan kualitas air dan kesuburan perairan. Penelitian ini dilaksanakan setiap bulan sekali mulai dari bulan Agustus sampai Desember 2002, dengan desain sampel atas dasar tipologi perairan. Wilayah penelitian dibedakan atas tiga zonasi, dimana setiap zona ditentukan tiga lokasi pengambilan contoh air atau pengukuran parameter kualitas air. Pengukuran suhu, salinitas, pH, DO, dan BOD, dilakukan secara terpisah mulai dari lapisan permukaan, tengah, dan dekat dasar. Peneraan unsur nitrogen (NH-N, NO2-N, NO,-N), ortofosfat, silikat, kekeruhan dan TSS dilakukan secara terpadu atau gabungan dari contoh air di lapisan permukaan dan tengah. Analisa sidik ragam dua arah dan regresi digunakan untuk megetahui tingkat perbedaan dan keeratan keberadaan dari parameter yang dikaji, kemudian untuk melihat hubungan antar masing- masing parameter fisika-kimia digunakan Principal Component Analysis (PCA). Karakteristik perairan muara Sungai Cimandiri mencirikan perairan estuari dengan stratifikasi salinitas sedang. Distribusi salinitas antar zona dan waktu berbeda nyata, kecuali antar waktu di lapisan bawah tidak berbeda nyata. Rataan salinitas masing-masing di lapisan permukaan, tengah dan bawah di zona I berturut-turut adalah 0,07 ppt, 2,20 ppt dan 7,8 ppt, sedangkan di zona II dan III adalah 26,4 ppt, 31,7 ppt dan 32,2 ppt. Berdasarkan parameter suhu, salinitas, pH dan DO, kualitas air di muara Sungai Cimandiri masih dalam rentang yang layak bagi kehidupan biota akuatik (udang dan ikan). Distribusi suhu antar zona dan waktu tidak berbeda nyata, kecuali dilapisan bawah. Rataan suhu di lapisan permukaan, tengah dan bawah secara berturut-turut adalah 27,90°C, 27,80°C, dan 27,60°C, sedangkan di lapisan bawah, rataan suhu antar waktu berbeda nyata dengan kisaran 27,20°C-28,20°C. Keberadaan salinitas di zona I sangat cocok untuk kehidupan juwana udang galah. Sedangkan keberadaan salinitas di zona II dan III cukup layak bagi kehidupan post larva sampai juvenil atau calon induk, udang windu. Distribusi pH antar zona dan waktu berbeda nyata, kecuali di lapisan tengah tidak berbeda nyata. Rataan pH di lapisan permukaan dan bawah di zona I nilainya sama yaitu 7,3, sedangkan di zona II dan III juga sama yaitu 7,7. Rataan pH di lapisan tengah antar zona adalah 7,6. Distribusi DO antar zona dan waktu tidak berbeda nyata, kecuali distribusi antar waktu di lapisan permukaan dan tengah berbeda nyata.
Keyword: spatial distribution, temporal distribution, water quality parameters

Judul: Karakteristik Kualitas Air di Muara Sungai Cimandiri, Pelabuhan Ratu, Sukabumi, Jawa Barat
Abstrak: Perairan muara Sungai Cimandiri merupakan habitat bagi berbagai jenis ikan dan udang, baik sebagai penghuni tetap (residen) maupun sebagai penghuni musiman (occasional). Sebagai perairan estuari,. perairan ini merupakan tempat air laut dan air tawar bertemu, kemudian bercampur yang merupakan hasil interaksi antara gaya hidrolik air sungai dengan pasang surut dari air laut Berhubung beban masukan yang diangkut oleh Sungai Cimandiri cenderung meningkat, maka karakteristik dan perairan ini telah berubah, terutama berkenaan dengan stratifikasi salinitas, kualitas air dan kesuburan perairan. Perubahan karakteristik tersebut dapat bermanfaat atau mengganggu kehidupan biota akuatik yang tumbuh dan berkembang di perairan muara Sungai Cimandiri. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengetahui karakteristik perairan muara Sungai Cimandiri yang meliputi distribusi spasial dan temporal parameter kualitas air tertentu bagi kelayakan kualitas air dan kesuburan perairan.
Keyword: 

Judul: Penyusunan Overlap Graph menggunakan Suffix Tree pada DNA Sequence
Abstrak: The DNA sequence assembly is very important in genome analysis. This step aims to reconstruct contigous DNA fragment (contigs) from short fragment by concatenating fragments based on the overlap region among them. This method employs overlap graph for solving the problems. In this graph, nodes represent fragments and edges represent overlap. This research developed a software for constructing overlap graph using suffix tree. The evaluation was conducted by measuring the number of nodes, number of edges, and the execution time in many values of minimum overlap. The minimum overlap is defined as the minimum length of substring which is considered as the overlap region between two fragments. The evaluation results showed that the number of nodes, the number of edges, and the execution time were increased with the decreasing of the minimum overlap value.
Keyword: