Judul: Identifikasi Molekuler terhadap Piroplasma pada Sapi dan Kerbau di Bogor
Abstrak: Peternakan merupakan salah satu subsektor yang memegang peranan penting dalam pembangunan pertanian di Indonesia. Piroplasmosis adalah penyakit yang ditularkan melalui caplak yang disebabkan oleh parasit hemoprotozoa dari genus Theileria dan Babesia. Sejauh ini belum ada studi mengenai deteksi piroplasmosis pada sapi dan kerbau di Indonesia dengan menggunakan teknik PCR. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi parasit piroplasma yang dapat menginfeksi sapi dan kerbau dengan menggunakan teknik molekuler. Sebanyak 29 sampel darah sapi dan kerbau dikumpulkan dari berbagai peternakan di Bogor. Metode apusan darah dengan pewarnaan Giemsa digunakan dalam penelitian ini, dilanjutkan dengan metode polymerase chain reaction (PCR) dengan gen target 18s rRNA untuk identifikasi molekuler. Hasil pemeriksaan apusan darah dengan pewarnaan Giemsa menunjukkan bahwa tingkat infeksi piroplasma pada kerbau dan sapi masing-masing adalah 60% dan 87,5%, sedangkan hasil pemeriksaan nested PCR adalah 20% dan 50%. Kerbau betina memiliki tingkat infeksi yang lebih tinggi dari kerbau jantan. Temuan penelitian ini akan memberikan data awal tentang infeksi parasit darah dengan menggunakan prosedur diagnostik piroplasma yang relevan dan akurat., Animal husbandry is one of the subsectors that plays a vital role in agricultural development in Indonesia. Piroplasmosis is a tick-borne disease caused by hemoprotozoa parasites of Theileria and Babesia. So far, no report on piroplasmosis detection studies in cattle and buffalo in Indonesia using PCR technique. This study aimed to identify piroplasm parasites that can infect cattle and buffalo using molecular techniques. Twenty-nine blood samples from cattle and buffalo were collected from various farms in the Bogor area. Giemsa stained blood, followed by the polymerase chain reaction (PCR) method with 18s rRNA as target gene for molecular identification. The results of Giemsa-stained blood smear testing revealed that piroplasma infection rates in buffalo and cattle were 60% and 87,5%, respectively, while the results of nested PCR were 20% and 50%. Female buffalo has a higher rate of infection than male buffalo. The findings of this study will provide preliminary data on blood parasite infections using relevant and accurate piroplasm diagnostic procedures.
Keyword: Bogor, buffalo, cattle, PCR, piroplasma

Judul: Pemeriksaan Parasit Darah pada Sapi Berdasarkan Analisis Duplek PCR
Abstrak: Penyakit parasit darah terutama yang disebabkan disebabkan oleh Babesia spp., Theileria spp., dan Trypanosoma spp. merupakan masalah yang serius pada hewan ternak terutama sapi karena sulit dideteksi dan menyebabkan kerugian ekonomi. Penyakit parasit darah tersebut umumnya disebarkan melalui vektor mekanik atau biologis. Caplak dari genus Boophilus, Hyalomma dan Amblyomma dilaporkan sebagai vektor yang efektif untuk parasit darah Babesia spp., dan Theileria spp., sedangkan lalat genus Haematophagus, Tabanus dan Stomoxys merupakan vektor utama dari parasit Trypanosoma spp. Keberadaan vektor ini menyebabkan penyebaran penyakit parasit tersebar luas dengan cepat. Beragam metode diagnosa telah dilakukan untuk mendeteksi keberadaan parasit darah, namun yang umum digunakan adalah metode pemeriksaan ulas darah yang diambil dari pembuluh darah perifer dengan perwarnaan Giemsa. Metode ini memiliki kelemahan, yaitu terjadinya negatif palsu pada sampel-sampel dengan tingkat parasitemia yang rendah. Secara molekular, identifikasi parasit darah dapat dilakukan dengan Polimerase Chain Reaction (PCR) dengan berbagai macam penanda molekular yang spesifik. Selama ini, tehnik PCR yang banyak dilakukan masih bersifat konvensional, yaitu satu reaksi PCR untuk mendeteksi satu jenis penyakit. Namun, kondisi di lapang menunjukkan bahwa beberapa ternak berpotensi untuk terinfeksi oleh lebih dari satu jenis parasit darah. Oleh karena itu, perlu dikembangkan modifikasi teknik PCR untuk mendeteksi lebih dari satu jenis penyakit dengan mengkombinasikan lebih dari satu jenis penanda molekular, misalnya melalui teknik duplex PCR. Teknik ini relatif lebih murah dan cepat dibandingkan dengan PCR konvensional. Sejauh belum pernah dilakukan penelitian apakah teknik duplex PCR dapat digunakan untuk mendiagnosa penyakit yang disebabkan oleh parasit darah terutama Babesia spp., Theileria spp., dan Trypanosoma spp. pada ternak di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi parasit darah pada sapi (Babesia spp., Theileria spp., dan Trypanosoma spp.) secara molekular berdasarkan metode duplex PCR. Tahapan metode yang dilakukan pada penelitian ini adalah dilakukan pengambilan darah sapi Friesian Holstain sebanyak 100 sampel berumur 1-7 tahun di Kawasan Usaha Peternakan (KUNAK) kecamatan Cibungbulang, Kabupaten Bogor, Jawa Barat. Selanjutnya dilakukan pemeriksan ulas darah dan perhitungan tingkat parasitemia. Sebanyak tiga puluh dari seratus sampel diseleksi untuk analisis PCR single berdasarkan jenis parasit dan tingkat parasitemia yang terdiri dari 5 sampel positif Babesia spp, 15 sampel positif Theileria spp. dan 10 sampel negatif parasit darah untuk dilanjutkan pada tahap PCR single. Optimasi PCR single dilakukan menggunakan tiga primer spesifik untuk B. bovis (Bover2A), T. annulata (Cytob 1) dan T. evansi (ITS 1). Hasil optimasi PCR single menunjukan bahwa suhu anneling 56 °C merupakan suhu optimal untuk deteksi Babesia bovis dan T. evansi sedangkan T. annulata tidak menunjukan hasil positif pada kondisi tersebut. Hasil analisis PCR single menunjukan 28 sampel positif B. bovis, 1 sampel positif T. evansi, 1 sampel negatif semua parasit darah dan 0 sampel positif T. annulata sehingga hanya B. bovis dan T. evansi yang dilanjutkan ke tahap analisis duplex PCR duplex. Teknik duplex PCR berhasil dioptimasi dengan dilakukannya modifikasi penambahan MgCl2 (25 μM) sebanyak 0.5 L/tube sehingga dapat diaplikasikan untuk mendeteksi parasit darah B. bovis dan T. evansi pada sampel di lapang.
Keyword: B. bovis, T. annulata, T. evansi, metode ulas darah, PCR single, PCR duplex

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: