Judul: Expression of Candidate Genes Encoding Pectin Degradation Enzymes in Ripening Process of Pepper Fruits (Capsicum annuum L.)
Abstrak: Buah cabai matang rentan terhadap pelunakan ketika pascapanen. Pelunakan buah terjadi secara alami karena proses pematangan yang melibatkan degradasi berbagai komponen dinding sel, khususnya pektin, oleh banyak enzim. Berbagai penelitian telah melaporkan kandidat gen yang diduga berperan dalam proses pematangan buah pada beberapa varietas cabai yaitu polygalacturonase (PG), pectinesterase2 (PE2), polygalacturonase inhibiting protein (PIP), betagalactosidase (BG), ripening inhibitor (RIN), dan expansin1 (EXP1). Hal tersebut menunjukkan bahwa kompleks multigen mengatur mekanisme pematangan dan pelunakan buah cabai. Penelitian sebelumnya menunjukan bahwa cabai SSP memiliki kemampuan daya simpan yang lebih baik dibandingkan cabai varietas lokal lainnya yaitu Princess dan Kopay. Hal ini dibuktikan dengan tingkat persentase susut bobot buah yang rendah pada buah cabai SSP dibandingkan varietas uji lainnya. Sebagai varietas dengan sifat ketahanan daya simpan yang tinggi, cabai SSP dapat digunakan sebagai objek untuk mengungkap informasi mengenai regulasi molekuler terkait degradasi pektin, sebagai upaya untuk memahami proses pematangan buah cabai secara molekuler. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengetahui profil ekspresi dari kandidat gen penyandi enzim yang terlibat dalam metabolisme pektin dan mengukur konsentrasi pektin pada buah cabai hijau dan merah. Preparasi sampel dilakukan dengan pemanenan buah matang hijau dan buah merah dari tiga varietas cabai Indonesia, yaitu Kopay dengan Laris (cabai tidak tahan simpan), dan SSP (cabai tahan simpan). Masing-masing buah dipanen pada waktu 35 dan 55 hari setelah antesis. Metode penelitian ini terdiri dari tiga bagian: (1) analisis bioinformatik untuk memperoleh informasi sekuen gen target dan housekeeping gene dengan database Sol Genomics Network. Sekuen yang dipilih, dilanjutkan ketahap perancangan primer dengan aplikasi Primer3. (2) analisis ekspresi gen. Sampel buah segar diekstraksi untuk memperoleh RNA total. Sepuluh kandidat gen: pectinesterase1 (PE1), pectinesterase2 (PE2), pectate lyase (PL), pepper beta-galactosidase1 (PBG1), beta-galactosidase (BG), polygalacturonase (PG), pepper polygalacturonase1 (PPG1), polygalacturonase inhibiting protein (PIP), ripening inhibitor (RIN), dan expansin (EXP1) dianalisis ekspresinya dengan menggunakan quantitative Real-Time PCR (qRT-PCR). Tiga housekeeping gene (HKG) yaitu GAPDH (glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase), UB (ubiquitin), dan TUB (alpha-tubulin) diseleksi untuk memperoleh HKG ideal yang kemudian digunakan sebagai gen penormalisasi dalam analisis ekspresi gen. (3) analisis kandungan pektin. Buah cabai beku diekstraksi dan dikering bekukan. Ekstrak pektin kering beku diukur menggunakan kit pectin identification assay dari Megazyme. Pada penelitian sebelumnya, SSP menunjukkan keterlambatan pelunakan buah pascapanen. Tingkat persentase susut bobot buah cabai pascapanen adalah indikator yang menunjukan perbedaan antara buah cabai tahan simpan dengan viii buah cabai tidak tahan simpan pascapanen. Berdasarkan hasil pengamatan persentase susut bobot buah mengungkapkan bahwa cabai SSP memiliki tingkat ketahanan daya simpan yang lebih baik dibandingkan dengan cabai varietas pembanding lainnya, yaitu Kopay (78,97%) dan Laris (76,87%) dengan ditandai persentase susut bobot buah yang signifikan lebih tinggi dibandingkan SSP (49,57%). HKG GAPDH digunakan untuk menormalisasi nilai ekspresi dari kandidat gen. Berdasarkan hasil penelitian ini menunjukkan bahwa gen PG, PPG1, PE2, PIP, EXP1, RIN, BG, dan PBG1 mengalami peningkatan ekspresi pada pematangan buah merah diketiga varietas yang diuji. Terdapat empat gen yang memiliki regulasi ekspresi yang membedakan antara kelompok cabai tahan simpan (SSP) dan kelompok cabai tidak tahan simpan (Kopay dan Laris) yaitu PG, PE2, PIP, dan BG. Analisis pektin menunjukan bahwa kandungan pektin tetap pada tingkat yang sama
Keyword: fruit softening, gene expression, pectin analysis, pectin degrading enzymes, pepper fruits

Judul: Analisis genetik pewarisan sifat ketahanan cabai (Capsicum annum L.) terhadap Phytophthora capsici leonian
Abstrak: Hawar phytophthora yang disebabkan Phytophthora capsici Leonian a . la salah satu faktor pembatas dalam produksi cabai di seluruh dunia, te asuk Indonesia. Salah satu cara terbaik untuk melindungi tanaman cabai dari e·ae ik P. capsici adalah dengan merakit varietas cabai resisten melalui p-r ram pemuliaan tanaman. Salah satu hal penting yang diperlukan untuk m entukan strategi pemuliaan yang efektif adalah informasi tentang tetua donor da k'.endali genetik pewarisan ketahanan. Penelitian ini mencakup tiga kegiatan yaitu (1) Ketahanan plasma nutfah c ai (Capsicum spp.) terhadap P. capsici Leonian dan keragaman genetiknya, (2) Pewarisan ketahanan cabai (C. annuum L.) terhadap P. capsici Leonian, (3) Pend gaan parameter genetik ketahanan cabai (C. annuum L.) terhadap P. capsici Leonian menggunakan analisis silang dialel. Kegiatan pertama bertujuan mendapatkan tetua untuk studi pewarisan dan mendapatkan karakter yang baik untuk seleksi ketahanan. Pada percobaan ini telah diskrining 22 genotipe cabai koleksi Bagian Genetika dan Pemuliaan Tanaman IPB dengan isolat P. capsici TGOl dari Tega!. Respon ketahanan geno ipe cabai dapat dikelompokkan menjadi tahan (IPB C13 dan IPB C4), agak tahan (IPB C2, IPB C3, IPB C5, IPB C8, IPB ClO, IPB Cl5, dan IPB C20), rentan (IPB C7, IPB C9, IPB Cl 7, IPB C19, IPB C21, dan IPB C27), dan sangat rentan (IPB Cl, IPB Cl4, IPB C18, IPB C28, IPB C48, IPB C64 clan IPB C65). Peubah yang paling baik digunakan untuk seleksi ketahanan terhadap P. capsici adalah kejadian penyakit. Kegiatan kedua dan ketiga bertujuan untuk mempelajari pewarisan ketahanan cabai. Pada kegiatan kedua digunakan populasi enam generasi basil persilangan IPB CI dengan IPB C4), dengan peubah ketahanan indeks penyakit dan, anjang nekrosis. Pada kegiatan ketiga digunakan populasi dialel penub enam genotipe cabai (IPB C2, IPB C4, IPB C8, IPB C9, IPB CIO, dan IPB Cl5), dengan peubab ketahanan kejadian penyakit. Berdasarkan basil percobaan diperoleh informasi tidak ada efek maternal. Ketananan dikendalikan oleh gen inti sederhana. Paling sedikit terdapat satu kelompok gen yang berperan dalam pewarisan ketahanan, untuk indeks penyakit ketati!anan dikendalikan oleh 2 gen inti dengan interaksi duplikat resesif epistasis. DeraJat dominansi pada indeks penyakit dan panjang nekrosis dikategorikan dominan tak sempuma, dan pada kejadian penyakit overdominan. Tetua yang mem11iki daya gabung umum tertinggi adalab IPB C4. Kombinasi persilangan IPB C4 dan IPB C9 adalab hibrida terbaik untuk ketahanan terbadap P. capsici. Nilai heritabilitas arti sempit maupun arti luas untuk kedua peubab tergolong tinggi, sebingga seleksi untuk perakitan cabai unggul tahan P. capsici dapat dilakukan pada generasi awal. Metode yang disarankan adalab backcross, pedigree atau pembentukan hibrida.
Keyword: Analisis dialel, Parameter genetik, Pewarisan ketahanan

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: