Judul: Karakterisasi Dna Barcode Pada Lima Jenis Pohon Langka Di Pt. Restorasi Ekosistem Indonesia (Jambi)
Abstrak: Deforestasi dan degradasi hutan telah mengakibatkan berkurangnya populasi tumbuhan dan hewan yang mengarah ke status terancam punah dari beberapa spesies penting. Restorasi ekosistem hutan merupakan salah satu strategi yang dipilih untuk meningkatkan ukuran populasi dengan cara re-introduksi spesies penting. Re-introduksi spesies masih menghadapi tantangan dalam hal identifikasi spesies yang benar, pengadaan bibit berkualitas. Pengembangan alat baru untuk melengkapi identifikasi tradisional yaitu menggunakan barcode DNA. Identifikasi spesies masih sangat bergantung pada pengetahuan dan pengalaman pengenal pohon yang terlatih atau para-ahli taksonomi. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menguji aplikasi barcode DNA untuk identifikasi lima jenis pohon yang terancam punah dengan membandingkan pemeriksaan langsung di lapangan, verifikasi herbarium, database kesamaan barcode DNA. ITS2, matK dan rbcL digunakan sebagai calon barcode menunjukkan amplifikasi dan urutan hasil yang baik. Hasil perbandingan metode identifikasi spesies menegaskan bahwa akurasi tinggi ditemukan pada tingkat genus, sementara pada tingkat spesies masih menunjukkan akurasi yang sangat rendah karena pada kelima jenis belum tersedia data sekuen secara lengkap pada pangkalan data GenBank maupun pada BOLD System sebagai referensi. Nilai rata-rata jarak interspesifik lebih besar daripada jarak intraspesifik pada kelima jenis berdasarkan model K2P. Rekonstruksi pohon filogeni dengan menggunakan metode Neighbor Joining (NJ) bootstrap 100X menunjukkan penanda yang akurat dalam mendeskriminasi spesies adalah matK dan rbcL. ITS2 belum menunjukkan penanda yang akurat dalam mendiskriminasi spesies karena spesies yang berbeda masih dikelompokkan dalam satu clade.
Keyword: barcode DNA, ITS2, jenis terancam punah, matK, rbcL

Judul: Aplikasi Dna Barcode Untuk Identifikasi Jenis Meranti Dan Rotan
Abstrak: Meranti dan rotan merupakan jenis tanaman hutan yang memiliki nilai ekonomi dan ekologi yang tinggi. Keberadaan kedua spesies ini semakin terancam karena over-eksploitasi dan perusakan habitat. Upaya yang saat ini dilakukan untuk melestarikan sumber daya genetik meranti dan rotan sering mengalami kesulitan terkait dengan identifikasi spesies berdasarkan penanda morfologi. Oleh karena itu, kesalahan dalam mengidentifikasi spesies akan mempengaruhi pengadaan bibit berkualitas dalam program pemuliaan. Penanda molekuler, seperti DNA barcode dapat digunakan sebagai alat pelengkap untuk mengidentifikasi spesies secara akurat. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengkarakterisasi calon barcode, yaitu matK, rbcL, trnH - psbA, ITS1 dan kombinasi mereka untuk mengidentifikasi spesies meranti dan rotan dengan benar. Tiga kriteria yang digunakan untuk diskriminasi spesies, yaitu: i) perbandingan antara hasil identifikasi morfologi dan molekuler, ii) jarak intra dan interspesifik untuk mendeteksi barcoding gap, dan iii) pembentukan pohon filogeni. Lokus rbcL dan ITS1 memiliki tingkat keberhasilan tertinggi untuk amplifikasi dan sekuensing, diikuti oleh trnH-psbA dan matK. Penelitian ini mengungkapkan bahwa setiap kandidat barcode menunjukkan perbedaan dalam mengidentifikasi jenis. Pada tanaman rotan berhasil diidentifikasi pada level genus dan famili, sedangkan pada meranti pada level genus dan spesies. Lokus ITS1 dan kombinasi dari matK + rbcL pada tanaman rotan mampu memisahkan jarak intra dan interspesifik, akan tetapi tidak membentuk gap. Pada tanaman meranti trnH – psbA mampu memisahkan jarak intra dan interspesifik akan tetapi tidak membentuk gap. Selanjutnya, pohon filogeni juga menunjukkan bahwa setiap calon barcode mampu mendiskriminasikan data sampel penelitian, data dari GenBank dan out group, kecuali rbcL. ITS1 adalah kandidat barcode terbaik dalam mengidentifikasi rotan serta trnH – psbA merupakan kandidat barcode terbaik dalam mengidentifikasi meranti.
Keyword: DNA Barcode, ITS 1, Meranti, Rotan, trnH-psbA

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: