Judul: Penguraian Mekanisme Kerja Jamu Berdasarkan Jejaring Bahan Aktif-Ptotein Target-Gene Ontology(Studi Kasus : Diabetes Tipe 2)
Abstrak: Jamu merupakan obat tradisional Indonesia. Pada dasarnya obat herbal yang dibuat dari bahan-bahan alami yang diambil dari beberapa bagian dari tanaman obat yang mengandung beberapa zat dan senyawa yang penting dan bermanfaat bagi tubuh. Khasiat untuk beberapa jenis jamu secara empiris telah terbukti. Peneitian ini bermaksud untuk menguraikan mekanisme kerja jamu menggunakan pendekatan komputasi. Penelitian ini berfokus pada ramuan jamu diabetes tipe 2 yang terdiri atas empat tanaman, diantaranya adalah: jahe, bratawali, sembung, dan pare. Kerangka analisis awal membentuk 3 komponen jejaring yang terdiri atas: (1) bahan aktif tanaman (diperoleh dari Knapsack : 58), (2) protein target (diperoleh dari database pubchem : 416), dan ( 3) gen ontology atau GO (diperoleh dari database DAVID : 3104). Selanjutnya, dilakukan analisis gerombol dengan menggunakan konsep graf tri-partite. Graf tri- partite digunakan untuk mengelompokkan komponen-komponen penyusun jejaring dari empat tanaman tersebut, sehingga diperoleh sistem bagian-bagian penyusun ramuan jamu. Hal ini dilakukan untuk mengungkapkan mekanisme kerja jamu. Menggunakan metode penggerombolanfuzzy pada data jejaring, diperoleh 15 senyawa aktif yang diduga potensial sebagai antidiabetes berada dalam kelompok berbeda. 15 senyawa aktif memiliki nilai peluang cukup tinggi terbagi dalam kelompok yang berbeda.Setiap kelompok terdiri atas pasangan bahan aktif yang memiliki efek sinergis tinggi. Berdasarkan koneksi antara gerombol protein dan GO, diperoleh informasi protein-protein yang menyebabkan diabetes tipe 2 dan mekanisme proses biologis yang terkait. Diabetes tipe 2 bukan hanya disebabkan oleh protein kelainan sekresi insulin (insulin-merendahkan enzim isoform 1) saja, tetapi juga disebabkan oleh protein lain yang terlibat dalam penghambatan insulin di pankreas. Hasil penggerombolan fuzzy pada GO diperoleh proses biologi yang terlibat dalam peningkatan dan penurunan regulasi. Hasil yang lebih dominan menunjukkan gen-gen yang terlibat dalam proses biologi penurunan regulasi diabetes tipe 2. Secara medispenurunan regulasi yang signifikan menyebabkan fungsi organ menurun dan mengalami resistensi insulin, sehingga mengakibatkan timbulnya penyakit diabetes tipe 2. Kata
Keyword: Jamu, Diabetes Tipe 2, Jejaring Farmakologi, Graf Tri-Partite, Fuzzy Clustering.

Judul: Penguraian Mekanisme Kerja Jamu dengan Menggunakan Analisis Graf Tripartit pada Jejaring Senyawa-Protein-Penyakit
Abstrak: Jamu adalah obat tradisional di Indonesia. Berbeda dengan konsep one drug-one target dalam obat kimia, jamu memiliki konsep multi component-network target. Hal ini disebabkan oleh keterlibatan senyawa aktif pada beberapa tanaman dalam jamu yang menargetkan beberapa protein dalam tubuh manusia. Jejaring yang menghubungkan antara senyawa aktif dengan protein, dan ditambah dengan jejaring penyakit yang berhubungan dengan protein, memberikan dasar yang kuat dalam menjelaskan mekanisme kerja jamu secara komputasi. Jamu yang digunakan terdiri dari 4 tanaman, yaitu: pare (Momordica charantia), sembung (Blumea balsamifera), bratawali (Tinospora crispa), dan jahe (Zingiber officinale). Setiap tanaman memiliki senyawa aktif dan protein yang ditargetkan. Ada 47 senyawa aktif yang diperoleh dari jahe, 4 senyawa aktif dari sembung, 4 senyawa aktif dari pare, dan 3 senyawa aktif dari bratawali. Total terdapat 58 senyawa aktif yang diperoleh dari keempat tanaman. Pada database PubChem diidentifikasi terdapat 3.059 koneksi antara senyawa aktif dengan sasaran proteinnya, dari 3059 koneksi tersebut tereduksi menjadi 396 protein yang unik. Selanjutnya, dengan menggunakan database disgenet, PharmGKB, dan Theurapetic Target Database diperoleh 118 sasaran penyakit yang memiliki koneksi terhadap 396 protein yang unik tersebut. Jejaring senyawa - protein - penyakit aktif telah dianalisis dengan menggunakan analisis graf tripartit menunjukkan bahwa 396 protein yang terdapat pada tanaman jamu memiliki keterkaitan dengan beberapa penyakit. Beberapa di antaranya yaitu penyakit metabolik, kardiovaskular, penyakit mata, neoplasma, stomatognatik, penyakit sistem saraf , dan penyakit saluran pernapasan.
Keyword: farmakologi, graf tripartit, diabetes tipe 2, fuzzy kluster

Judul: Methane Consumption (CH4) on Upland Rice Cultivation Under Micro Climate Cobdition With N Fertilizer Levels
Abstrak: Methane (CH4) is one of radiatively active trace gases or greenhouse gas, having strong absorbsivity to the infrared outgoing radiation emitted by the earth's surface, hence causing the warming of the atmosphere. Methane concentration in the atmosphere increases with a rate of about 12+1 ppbv/yr, or 36 Tg/yr. The increase of methane was predicted to have a significant impact on the earth's climate. The presence of 1.3 ppmv of methane in the atmosphere causes the globally average surface temperature 1.30C higher than it would be with no methane.
Keyword: