Judul: Keragaman Patotipe Xanthomonas Oryzae Pv. Oryzae Pada Tanaman Padi Di Beberapa Kabupaten Di Sulawesi Selatan.
Abstrak: Sulawesi Selatan (Sulsel) adalah salah satu provinsi di wilayah timur Indonesia yang menjadi sentra produksi padi dalam mencukupi kebutuhan pangan nasional termasuk Sulawesi, Maluku dan Papua. Salah satu kendala dalam produksi padi adalah adanya faktor biotik yang mempengaruhi pertumbuhan tanaman diantaranya infeksi bakteri patogen Xanthomonas oryzae pv. oryzae yang menyebabkan penyakit hawar daun atau kresek. Tingginya kehilangan hasil panen yang disebabkan oleh bakteri ini mendorong diupayakannya cara pengendalian yang tepat. Berbagai strategi pengendalian yang telah diupayakan untuk menekan penyakit ini namun sejauh ini penggunaan varietas tahan masih dianggap lebih efisien dan relatif lebih mudah. Informasi tentang perkembangan penyakit dan distribusi patotipe X. oryzae pv. oryzae dapat membantu dalam pengambilan keputusan tindakan pengendalian yang tepat, khususnya dalam penentuan varietas yang tahan terhadap bakteri tersebut untuk digunakan dalam pola tanam. Bakteri ini dilaporkan memiliki keragaman patotipe yang didasarkan pada kemampuan berbeda dalam menginfeksi tanaman padi pada berbagai varietas. Bakteri ini dilaporkan memiliki sifat yang mudah berubah dalam membentuk patotipe baru. Oleh karena itu pemantauan atau monitoring komposisi dan dominansi patotipe patogen perlu dilakukan secara teratur. Suatu varietas yang tahan terhadap bakteri X. oryzae pv. oryzae seringkali dijadikan komponen utama dalam pengendalian dan ditanam terus menerus yang dapat menjadi salah satu faktor memicu munculnya patotipe baru. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengevaluasi sebaran dan keragaman patotipe X. oryzae pv. oryzae yang berada di area penanaman padi sawah dibeberapa kabupaten di Sulawesi Selatan. Penelitian ini dilakukan dalam beberapa tahap yang meliputi pengambilan sampel tanaman sakit di lapangan yang meliputi Kabupaten Bantaeng, Barru, Jeneponto, Maros, Pangkep, Bone dan Takalar, isolasi dan pemurnian bakteri, identifikasi dan deteksi bakteri X. oryzae pv. oryzae hingga pengelompokan patotipe bakteri yang dilakukan dengan metode Kozaka yang menggunakan lima varietas tanaman padi diferensial yaitu Tetep, Kogyoku, Waseaikoku, Java14, dan Kinmase, masing-masing tanaman tersebut akan menunjukkan respon gejala yang berbeda jika diinokulasi X. oryzae pv. oryzae patotipe berbeda. Deteksi dan identifikasi dengan teknik polymerase chain reaction (PCR) menggunakan pasangan primer spesifik XOR-F(5'GCATGACGTCATCGTCCTGT-3') dan XOR-R2 (5'-CTCGGAGCTATATGCCGTGC-3') yang mengamplifikasi wilayah intergenik gen 16S-23S rDNA dengan ukuran DNA sasaran ± 470 pb. Amplikon DNA hasil PCR dilakukan perunutan dan dianalisis homologinya dengan bakteri lain yang tersimpan pada data GenBank melalui program BLAST dan dilakukan analisis kekerabatan menggunakan metode analisis filogenetika. Dalam penelitian ini diperoleh 29 isolat bakteri yang positif sebagai X. oryzaepv. oryzae yang terdiri dari patotipe III (6 isolat), patotipe IV (21 isolat), patotipe XII (2 isolat). Hasil analisis sekuen nukleotida isolat Xo126, Xo129, Xo118, Xo132, Xo135, Xo131, Xo130, Xo111, Xo137, Xo136, Xo114 dan Xo127 dengan program BLAST menunjukkan isolat bakteri X. oryzae pv. oryzae asal Sulawesi Selatan-Indonesia memiliki kekerabatan yang dekat terhadap isolat dari negara lain seperti Cina, Korea, India, Jepang, dan Amerika dengan tingkat homologi berkisar 99.5-100%. Patotipe XII merupakan patotipe yang selama ini belum pernah dilaporkan di Sulawesi Selatan, dalam penelitian ini telah ditemukan di Kabupaten Pangkep dan Takalar. Informasi terkini tentang distribusi dan komposisi patotipe X. oryzae pv. oryzae di wilayah penanaman padi di Sulawesi Selatan ini dapat dimanfaatkan sebagai dasar pertimbangan menentukan tindakan pengendalian yang akan digunakan. Penentuan tindakan pengendalian yang tepat dan efisien dapat menurunkan resiko kerusakan tanaman padi akibat
Keyword: PCR, Patotipe, Tanaman diferensial, Sulawesi Selatan, Xanthomonas oryzae pv. oryzae

Judul: Identifikasi Xanthomonas oryzae pv. oryzae dengan Teknik Biomolekuler dan Karakter Patogenitas terhadap Padi Galur Isogenik.
Abstrak: Increased production of paddy can face obstacle because the biotic stresses like bacterial leaf blight (BLB). The aim of this research to identification BLB caused by Xanthomonas oryzae pv oryzae (Xoo) by biomolecular technique using three primers specific Xoo through PCR colony, and to know virulence of Xoo isolates from West Java, West Sumatera, West Borneo by clip method for character of pathogenicity analysis using near-Isogenic lines and popular varieties. The purifying result were obtained 72 isolates namely 20 isolates from West Java, 30 isolates from West Sumatera, 22 isolates from West Borneo. Most of isolates were identified Xoo positive, except isolate Xoo11-023 from West Sumatera were identified Xoo negative. The character of pathogenicity showed that Code which contain resistant gene Xa4-Xa7 and IRBB5 which contain resistant gene xa5 were resistant to Xoo from all three areas. The average disease intensity on Code and IRBB5 of isolates from West Java was 1.62 % and 3.55%, West Sumatera was 2.10 % and 2.97 %, West Borneo was 2.17 % and 4.45 %. Isolate Xoo11-042 from West Sumatera was the one having highest virulence with average disease intensity on Code 3.29 % and IRBB5 6.90 % which classified as moderate resistant.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: