Judul: Ragam struktur "Immature RNA" 49 gen sapi yang akan ditranslasikan menjadi protein
Abstrak: Bioteknologi dikenal sebagai salah satu revolusi teknologi yang sangat enjanjikan. Pentingnya bioteknologi secara strategis dan potensinya untuk konstribusi dalam bidang pertanian, pangan, kesehatan, sumber daya alam dan ingkungan mulai menjadi kenyataan yang semakin berkembang. Dengan ditemukannya DNA sebagai material genetik yang berstruktur double helix oleh Watson dan Crick tahun 1953 dan enzim untuk berbagai modifikasi dan manipulasi DNA melahirkan genetika molekuler. Informasi sekuen DNA dapat diakses melalui media internet yang terhimpun di dalam NCBI database yang berpusat di USA, EMBL (Eropa) dan DDBJ di Jepang. Penelitian ini memanfaatkan informasi tersebut untuk mendeskripsikan bentuk struktur "immature RNA" pada 49 gen sapi (Bos taurus) dan ada tidaknya variasi pola bentuknya. Pencarian sekuen DNA complete dilakukan selama bulan Maret hingga April 2004 dengan menggunakan fasilitas internet. Data berupa 49 gen yang telah disekuen dengan lengkap kemudian dianalisis secara deskriptif, diidentifikasi pola atau bentuknya kemudian masing-masing dibandingkan untuk mengetahui ada tidaknya variasi bentuk struktur gen. Hasil penelitian menunjukkan terdapat 12 variasi bentuk struktur gen yaitu EC1, EC00, EC21, EC22, EC01, EC10, EC12, EC13, EC20, ECs2, ECss dan IC11. Bentuk struktur gen yang paling banyak yaitu EC11 sebesar 42,86% terdiri atas 21 gen. Posisi kedua ECoo sebesar 16,33% terdiri atas delapan gen. Posisi ketiga EC21 sebesar 14,3% dengan tujuh gen. Posisi keempat EC22 sebesar 6,12% dengan tiga gen. Posisi kelima ECoi dan EC10 sebesar 4,08% dengan dua gen. Posisi keenam EC12, EC13, EC20, ECs2, ECss dan IC₁₁ masing-masing sebesar 2,04% dengan satu gen. Adanya variasi pada struktur gen disebabkan oleh pola susunan bagian penyusun gen, penyebaran dari kodon awal (initiation codon), kodon akhir (stop codon) dan ada tidaknya UTR (untranslated regions) yang meliputi 5'UTR dan 3'UTR. Sapi merupakan organisme eukariot, pada struktur gennya terdapat bagian intron yang menyelingi ekson sehingga bentuk struktur gen minimal tersusun atas dua ekson dan satu intron.
Keyword: bioteknologi, ragam struktur "Immature RNA", gen sapi, database

Judul: Variasi nukleotida pada ekson dan intron 7 Gen Pengkode Subunit E1β Branched-chain α-keto Acid Dehydrogenase (BCKDHB) pada Sapi Madura
Abstrak: Sapi Madura merupakan salah satu bangsa sapi asli Indonesia hasil persilangan dari Bos indicus dan Bos javanicus. Sapi Madura dapat dikelompokkan menjadi 3 peruntukan, yaitu sapi karapan (balapan), sapi sonok (pajangan), dan sapi sayur (pedaging). Kompleks Branched-Chain α-Keto Acid Dehydrogenase (BCKDH) merupakan kompleks multi enzim yang memiliki peran penting dalam regulasi katabolisme asam amino bercabang (branched-chain amino acids, BCAA) yang mengkatalisis proses degenerasi asam α-keto bercabang (branched-chain α-ketoacids, BCKA). Mutasi yang terjadi pada daerah pengkode gen BCKDHB menyebabkan defisiensi pada fungsi enzim sehingga mengakibatkan akumulasi asam α-keto di dalam tubuh. Data mutasi pada daerah ekson dan intron dapat berpotensi sebagai dasar pemuliaan ternak berdasarkan analisis fungsional gen BCKDHB. Penelitian ini bertujuan menganalisis variasi nukleotida pada ruas ekson 7 dan intron 7 gen pengkode Branched-Chain α-Keto Acid Dehydrogenase Complex E1β (BCKDHB) pada sapi Madura. Sampel yang digunakan sebanyak 4 sampel darah utuh Sapi Karapan. Metode yang digunakan dalam penelitian ini yaitu Polymerase Chain Reaction (PCR), sekuensing, dan analisis runutan nukleotida dengan aplikasi MEGA 7.0. Variasi pada daerah ekson 7 gen BCKDHB hanya ditemukan satu varian berupa subtitusi dan tidak berpengaruh terhadap translasi asam amino. Variasi pada daerah intron 7 merupakan subtitusi dapat berupa transversi maupun transisi. Selain itu, ditemukan juga kejadian indel pada daerah intron 7 pada posisi basa ke-341.
Keyword: Daerah pengkode., daerah non-pengkode, mutasi, Sapi Karapan, variasi asam amino

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: