Judul: Screening of Microbial Transglutaminase (MTGase) Enzymes from Actinomycetes Isolates of Makassar Strait
Abstrak: Enzim transglutaminase (TGase) merupakan enzim transferase dengan nama sistematik protein-glutamin-?-glutamiltransferase. Enzim TGase telah dilaporakan diproduksi oleh mikrob dan disebut Microbial Transglutaminase (MTGase). Actinomycetes merupakan mikrob penghasil senyawa aktif dalam jumlah yang sangat besar. Salah satu senyawa aktif yang dihasilkan Actinomycetes adalah enzim MTGase. Penelitian ini bertujuan menyeleksi Actinomycetes laut penghasil transglutaminase secara kualitatif serta memastikan keberadaan gen melalui amplifikasi dengan PCR. Metode penelitian meliputi seleksi isolat Actinomycetes menggunakan Filter Paper Disc, isolasi DNA, kuantifikasi DNA dan amplifikasi menggunakan PCR. Hasil penelitian menunjukkan 7 dari 46 isolat positif memiliki aktivitas transglutaminase dengan konsentrasi DNA tertinggi sebesar 125,45 ng/µl. Nilai kemurnian yang dibaca pada rasio A260/280 berada pada kisaran 1,83 – 1,92 dengan nilai rata-rata 1,88. Amplifikasi gen menggunakan primer PTgase-4 dan PTgase-5 menghasilkan pita berukuran 400 bp. Isolat Actinomycetes menunjukkan adanya aktivitas transglutaminase dan pemeriksaan amplifikasi diperoleh pita penyandi transgulaminase., Transglutaminase enzyme (TGase) is a transferase enzyme with the systematic name protein-glutamine-?-glutamyltransferase. TGase enzymes could be produced by microbes and it called Microbial Transglutaminase (MTGase). Actinomycetes is a microbe that produces a very large number of active compounds. One of the active compounds produced by Actinomycetes is the MTGase enzyme. This study aimed to qualitatively select marine Actinomycetes producing transglutaminase and ensure the presence of genes through amplification by PCR. The research method included selection of Actinomycetes isolates using Paper Disc Filter, DNA extraction, DNA quantification and amplification using PCR. The results showed that 7 out of 46 positive isolates had transglutaminase activity with the highest DNA concentration of 125.45 ng/µl. Purity values read on the A260/280 ratio were in the range of 1.83 - 1.92 with an average value of 1.88. Gene amplification using PTgase-4 and PTgase-5 primers produced a 400 bp band. Actinomycetes isolates showed transglutaminase activity and amplification examination obtained transgulaminase encoding band.
Keyword: amplifikasi, DNA, PCR, senyawa aktif, gen

Judul: Screening of Microbial Transglutaminase (MTGase)-producing from Marine Actinobacteria Isolates from Flores Sea
Abstrak: Mikroba transglutaminase (MTGase) merupakan enzim yang banyak dimanfaatkan dalam industri pengolahan pangan karena memiliki keunggulan dibanding transglutaminase dari sumber lain. Salah satu mikroba yang potensial menghasilkan MTGase adalah Actinobacteria. Penapisan bakteri penghasil MTGase dari isolat Actinobacteria laut asal Laut Flores dilakukan untuk memperoleh isolat yang potensial menghasilkan MTGase. Penapisan Actinobacteria penghasil MTGase berdasarkan uji filter paper disk (FPD) yang dilanjutkan dengan penapisan gen pengkode transglutaminase dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Hasil positif dari uji FPD didapat dengan mengamati perubahan warna pada paper disk menjadi kecokelatan, dimana 10 dari 110 isolat positif MTGase. Uji PCR dilakukan dengan amplikasi gen pengkode MTGase dengan menggunakan primer forward PTGase4 dan primer reverse PTGase5. Hasil positif ditunjukkan dengan munculnya pita positif gen pengkode MTGase pada ~400bp, dimana dari 9 dari 10 isolat memiliki gen pengkode MTGase. Sekuens gen parsial TGase pada salah satu isolat Actinobacteria, yaitu MAF23-24 menunjukkan adanya domain konservasi transglutaminase dan sebagian besar basa nukleotida yang lestari pada gen TGase dari genbank.
Keyword: PCR, Actinobacteria Laut, FPD, Laut Flores, MTGase

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: