Judul: Fullerenes C20, C28, C60, C78, C84 Molecular Docking Study with Spike Glycoprotein SARS-CoV-2
Abstrak: Spike glycoprotein pada SARS-CoV-2 berperan penting dalam proses infeksi virus. Carbon based nanomaterials memiliki banyak alotrop seperti graphene, carbon dots, dan fullerene yang memiliki peran dan interaksi tertentu pada spike glycoprotein. Penelitian ini menggunakan fullerene sebagai ligan dan spike glycoprotein SARS-CoV-2 sebagai reseptor dan mempelajarinya dengan metode molecular docking. Hasil docking didapatkan nilai energi ikat paling negatif dari semua ligan yaitu fullerene C84 dengan nilai -15,9 kcal/mol. Jenis interaksi yang didapatkan yaitu interaksi hidrofobik. Variasi ukuran fullerene mempengaruhi interaksi dan potensi fullerene dalam menginhibisi spike glycoprotein. Berdasarkan targeted docking presentase moda pengikatan sisi aktif reseptor pada fullerene C20 dan C28 sebesar 0%, fullerene C60 sebesar 85%, fullerene C78 dan C84 sebesar 100%. Semakin besar ukuran fullerene maka semakin kuat ikatannya dan potensinya dalam memblok sisi aktif pengikatan ACE2., The spike glycoprotein in SARS-CoV-2 plays an important role in the viral infection process. Carbon based nanomaterials have many allotropes such as graphene, carbon dots, and fullerenes that have specific roles and interactions in spike glycoproteins. This research used fullerenes as ligands and spike glycoprotein SARS-CoV-2 as receptors and studied them by molecular docking method. The docking results obtained the most negative binding energy value of all ligands, namely fullerene C84 with a value of -15,9 kcal/mol. The type of interaction obtained is a hydrophobic interaction. Variations in the size of fullerenes affected the interaction and potential of fullerenes in inhibiting spike glycoproteins. Based on targeted docking, the percentage of the active site binding mode of the receptor on C20 and C28 fullerenes are 0%, C60 fullerenes are 85%, C78 and C84 fullerenes are 100%. The larger the size of the fullerene, the stronger the bond and its potential to block the active site of ACE2 binding.
Keyword: fullerene, molecular docking, SARS-CoV-2, spike glycoprotein

Judul: In Silico Screening of COVID-19 Drug Candidate Compounds against SARS-CoV-2 Spike Proteins through ACE2 and TMPRSS2 Approaches
Abstrak: SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2) menginfeksi manusia melalui ikatan spike protein virus dengan dua reseptor pada sel inang, yaitu ACE2 (Angiotensin Converting enzyme 2) dan TMPRSS2 (Transmembrane Serine Protease 2). Penelitian ini bertujuan menemukan senyawa kandidat obat COVID-19 (Coronavirus disease) berdasarkan perubahan energi bebas Gibbs dengan pendekatan simulasi molekuler. Penambatan senyawa kandidat dilakukan terhadap tiga tapak aktif pada spike protein virus, yaitu tapak aktif yang berikatan dengan ACE2, bagian satu TMPRSS2, dan bagian dua TMPRSS2. Penambatan 115 ligan dikelompokkan menjadi lima kelompok, yaitu kelompok fitokimia, kelompok minyak atsiri, kelompok penghambat protease, kelompok organisme laut, dan kelompok obat sintesis dari hasil peneltian Elvira (2020). Hasil penambatan senyawa kandidat pada tapak aktif dengan ACE2 didapatkan senyawa asparagosida-F dengan nilai ΔG terendah, yaitu -9,8 kkal/mol. Hasil penambatan senyawa kandidat pada tapak aktif dengan bagian satu TMPRSS2 didapatkan senyawa shatavarin-X dengan nilai ΔG terendah, yaitu -13,3 kkal/mol. Hasil penambatan senyawa kandidat pada tapak aktif dengan bagian dua TMPRSS2 didapatkan senyawa shatavarosida-B dengan nilai ΔG terendah, yaitu -9,1 kkal/mol. Hal tersebut menunjukan penambatan oleh ketiga senyawa kandidat akan berjalan spontan. Namun, hasil analisis toksistas Lipinski dan Toxtree menunjukkan bahwa ketiga senyawa tersebut tidak dapat diberikan secara oral.
Keyword: ACE2, drug, molecular docking, spike protein, TMPRSS

Judul: Pola reproduksi harimau ( Panthera tigris Linnaeus, 1758 )
Abstrak: nilik Tujuan penulisan skripsi ini adalah untuk mengetahui pola reproduksi harimau dengan tujuan menjaga hewan ini dari kepunahan sehingga tetap lestari. Di dunia terdapat delapan sub spesies harimau dan tiga diantaranya terdapat di Indonesia yaitu: - Harimau Sumatera (Panthera tigris sumatrae, Pocock 1929) daerah penyebarannya di Pulau Sumatera - Harimau Jawa (Panthera tigris sundaica, Temminck 1845) daerah penyebarannya di Pulau Jawa - Harimau Bali (Panthera tigris balica, Schwarz 1912) daerah penyebarannya di Pulau Bali Populasi hewan ini relatif sedikit. Harimau Sumatera hanya tinggal beberapa ratus ekor, harimau Jawa tinggal lima ekor berada di Hutan Suaka Margasatwa Meru Betiri tetapi beberapa ahli berpendapat hewan ini sudah punah. Sedangkan harimau Bali sudah lama punah. Pubertas pada harimau dicapai pada umur sekitar 3-6 tahun. Lamanya berahi 5,3 0,2 hari, sedangkan siklus berahi sekitar 25 hari. Perkawinan (kopulasi) berlangsung dengan posisi latero dorsal dan berlangsung sekitar 0,5-3 menit dan paling sering pagi dan lewat tengah hari. Dalam sehari dapat terjadi 3-23 kali kopulasi. Lama kebuntingan 93-114 hari, anak harimau dilahirkan interval 20-30 menit dan proses kelahiran berlangsung 1-2 jam. Jumlah anak seperindukan sekitar 2-4 ekor. Di alam asli dua adalah jumlah yang paling sering sedangkan dikandang tiga ekor. Angka sexratio antar jantan dan betina belum diketahui dengan pasti. Inseminasi buatan dapat dilakukan untuk menggantikan perkawinan secara alam atau untuk meningkatkan mutu genetik. Peningkatan daya hidup spermatozoa dilakukan dengan cara memisahkan sperma dari cairan seminal….
Keyword: