Judul: Virtual Screening Natural Polyphenol Compounds as Inhibitor of Matrix Metalloproteinase-1 for Anti Photoaging and Photocarcinogenesis
Abstrak: Matrix metalloproteinase-1 (MMP-1) menjadi enzim yang paling banyak dipicu aktivitasnya oleh sinar UV dan bertanggung jawab terhadap degradasi kolagen. Degradasi kolagen menjadi penyebab utama photoaging dan photocarcinogenesis. Berbagai senyawa aktif telah diteliti aktivitasnya sebagai inhibitor MMP-1, termasuk senyawa polifenol. Saat ini, lebih dari 8000 jenis polifenol telah diidentifikasi di berbagai tanaman dan belum semuanya diteliti. Penelitian ini bertujuan menyaring polifenol alami dari database sebagai inhibitor MMP-1 terbaik. Tahap awal penelitian yaitu dilakukan penapisan virtual 408 polifenol alami menggunakan PyRx dan prediksi bioavailabilitas serta toksisitas menggunakan pkCSM dan Protox online tool, dilanjutkan dengan penambatan molekuler menggunakan AutoDock Vina serta visualisasi 2D dengan LigPlot+ dan 3D dengan PyMol. Terdapat empat senyawa yang diprediksi potensial sebagai inhibitor MMP-1 untuk anti photoaging dan photocarcinogenesis, yaitu luteolinidin, hispidulin, demetoksikurkumin, dan kurkumin. Luteolinidin dan hispidulin menghambat dengan mengkelat Zn katalitik, sedangkan demetoksikurkumin dan kurkumin tanpa mengkelat Zn katalitik, tetapi membentuk interaksi lebih banyak pada kantong S1’. Demetoksikurkumin memiliki kemampuan menghambat terbaik dengan ΔG -10,0 kkal/mol, Ki 0,05 µM, dan BSS 66,77%., Matrix metalloproteinase-1 (MMP-1) is the enzyme that is mostly triggered by UV rays and it is responsible for collagen degradation. Degradation of collagen is the main cause of photoaging and photocarcinogenesis. Various active compounds have been studied for their activity as MMP-1 inhibitors, including polyphenol compounds. Recently, more than 8000 types of polyphenols have been identified in various plants and not all of them have been studied. The research aims to screen virtualy natural polyphenols from database as the best MMP-1 inhibitors. First step of the research is virtual screening of 408 natural polyphenols using PyRx and prediction of bioavailability also toxicity using pkCSM and Protox online tool, followed by molecular docking using AutoDock Vina and 2D visualization with LigPlot+ also 3D with PyMol. There are four compounds predicted as potential MMP-1 inhibitors for anti photoaging and photocarcinogenesis, such as luteolinidin, hispidulin, demethoxicurcumin, and curcumin. Luteolinidin and hispidulin are inhibit by chelating catalytic Zn, whereas demethoxycurcumin and curcumin do not chelate catalytic Zn, but they are form more interactions in the S1' pocket. Demethoxycurcumin has the best inhibitory ability with ΔG -10,0 kcal/mol, Ki 0,05 M, and BSS 66,77%.
Keyword: MMP-1, penapisan virtual, photoaging, photocarcinogenesis, polifenol alami

Judul: Molecular Dynamics Simulation of Demethoxycurcumin with Matrix Metalloproteinase-1 for Anti Photoaging and Photocarcinogenesis.
Abstrak: Radiasi sinar matahari (UV) menyebabkan photoaging dan photocarcinogenesis seperti melanoma melalui aktivasi Matrix metalloproteinase- 1 (MMP-1). MMP-1 adalah endopeptidase ekstraseluler yang aktivitasnya paling banyak dipicu paparan sinar UV dan bertanggung jawab dalam mendegradasi kolagen fibril tipe I dan tipe III pada kulit. Demetoksikurkumin merupakan salah satu polifenol alami kelompok kurkuminoid yang yang berpotensi secara in silico sebagai inhibitor MMP-1 melalui metode penambatan molekul untuk anti photoaging dan photocarcinogenesis. Penelitian bertujuan menguji stabilitas interaksi reseptor-ligan dan mengetahui mekanisme inhibisi senyawa demetoksikurkumin dengan MMP-1 hasil penambatan molekul menggunakan simulasi dinamika molekul. Simulasi MD yang berlangsung selama 10 ns mengindikasikan kestabilan pengikatan demetokskikurkumin pada sisi katalitik dan kantong S1’ MMP-1 dan terjadi stabilisasi struktur MMP-1 berdasarkan nilai RMSD, Rg, SASA, jumlah ikatan hidrogen, RMSF, dan energi ikat MM-PSA., Sun radiation (UV) causes photoaging and photocarcinogenesis such as melanoma through activation of Matrix metalloproteinase-1 (MMP-1). MMP-1 is an extracellular endopeptidase whose activity is most triggered by UV exposure and is responsible for degrading type I and type III fibril collagen in the skin. Demethoxycurcumin is one of the natural polyphenols of the curcuminoid group that has the potential in silico as MMP-1 inhibitor through the molecular docking method for anti photoaging and photocarcinogenesis. The study aimed to test the stability of receptor-ligand interactions and find out the inhibition mechanism of demetoxycorquine compounds with MMP-1 molecular tether results using molecular dynamics simulations. Md simulations lasting for 10 ns indicate the stability of detoxcuff binding on the catalytic side and pockets of S1' MMP-1 and stabilization of MMP-1 structures based on RMSD, Rg, SASA values, the number of hydrogen bonds, RMSF, and MM-PSA binding energy.
Keyword: Photoaging, Photocarcinogenesis, Demetoksikurkumin, Matrix metalloproteinase-1

Judul: Karakteristik Anatomi Skelet Kepala Buaya senyulong (Tomistoma schlegelii).
Abstrak: Buaya sepit atau senyulong (Tomistoma schlegelii) merupakan jenis buaya asli Indonesia yang berhabitat di sungai-sungai Sumatera, Kalimantan, dan juga pedalaman Sulawesi. Salah satu ciri khas buaya senyulong adalah bentuk moncong yang runcing dan sempit, namun hingga saat ini informasi mengenai struktur skelet kepala buaya senyulong sangat terbatas. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari karakteristik anatomi skelet kepala buaya senyulong yang dikatikan dengan fungsi dan perilakunya. Penelitian dilakukan secara eksploratif dengan melakukan pengamatan, pencatatan, dan pengambilan gambar dari skelet kepala buaya senyulong. Skelet kepala berukuran panjang 70 cm, lebar 29 cm, dan tingggi 17 cm dengan permukaan kasar pada os nasale, os frontale, os maxilla, os mandibula, os lacrimale, os jugale. Jumlah gigi pada buaya ini sebanyak 78 buah, terdiri dari 4 buah gigi premaxila, 16 buah gigi maxila, dan 19 buah gigi mandibula. Pada regio orbitalis ditemukan dua pasang fenestrae temporales yang berkembang baik. Fenestra supratemporale merupakan lubang oval yang membentang di sepanjang os parietale. Fenestra infratemporale berbentuk segitiga dan dibatasi oleh os squamosum, os postorbitale, os jugulare, dan os quadratum. Os mandibula hewan ini mempunyai symphysis mandibularis yang panjang yaitu garis yang melintang di corpus mandibulae. Secara fungsional ukuran symphysis mandibularis berkaitan dengan adaptasi hewan terhadap diet makan.
Keyword: kepala, moncong, Tomistoma schlegelii