Judul: Keanekaragaman Cendawan Terbawa Biji Kedelai Impor.
Abstrak: Kedelai yang diimpor wajib dikenakan tindakan pemeriksaan karantina yaitu pemeriksaan administratif maupun kesehatan. Percepatan dwelling time di pelabuhan menuntut percepatan pelayanan pemeriksaan karantina. Saat ini pengambilan contoh kedelai untuk pemeriksaan karantina dilakukan di dekat pintu kemas. Penelitian ini bertujuan mempelajari keanekaragaman cendawan terbawa biji kedelai di beberapa lokasi dalam peti kemas sebagai dasar pengambilan contoh. Pengambilan contoh kedelai dilakukan pada 3 lokasi di dalam 1 peti kemas yaitu bagian depan, tengah dan belakang menggunakan stick sampler. Stick sampler memiliki 3 lubang dan tiap lubang mampu menampung lebih dari 400 biji kedelai. Masing-masing 400 biji dikoleksi dari setiap lubang stick sampler untuk keperluan pemeriksaan cendawan. Contoh kedelai untuk mengetahui pengaruh lama simpan diperoleh petugas dari consignment berikutnya. Masing-masing 400 biji untuk pemeriksaan cendawan dengan lama simpan 0, 4, 8, 12 dan 16 hari pada suhu ruangan. Pemeriksaan dilakukan dengan metode blotter test. Cendawan yang ditemukan kemudian diidentifikasi. Variabel yang dianalisis setelah cendawan diidentifikasi adalah jumlah spesies cendawan, keanekaragaman spesies cendawan, tingkat infeksi cendawan, tingkat infeksi cendawan dominan, tingkat infeksi cendawan lapangan dan kemiripan komunitas cendawan. Sedangkan pengaruh lama simpan contoh terhadap keberadaan cendawan terbawa biji dianalisis menggunakan tingkat infeksi cendawan. Pemeriksaan langsung terhadap biji kedelai sebelum blotter test ditemukan cendawan Peronospora manshurica penyebab downy mildew. Menurut Permentan Nomor 51 tahun 2015, cendawan tersebut termasuk organisme pengganggu tumbuhan karantina A2. Hasil pemeriksaan cendawan terbawa biji di 3 lokasi pengambilan yaitu bagian depan, tengah dan belakang di dalam peti kemas diketahui bahwa jumlah spesies cendawan terbawa biji berbeda berturut-turut 23, 22 dan 21, sedangkan jumlah spesies cendawan lapangan berturut-turut 13, 10 dan 10. Spesies cendawan Acremonium sp., Fusarium semitectum, Fusarium. sp.2, Fusarium sp.3, Nigrospora sp. dan Verticillium sp. hanya ditemukan di lokasi depan dalam peti kemas. Spesies cendawan yang hanya ada di lokasi tengah dalam peti kemas adalah Gliocephalotrichum sp. dan Neurospora sp. sedangkan spesies cendawan Cylindrocarpon sp. hanya ditemukan di lokasi bagian belakang dalam peti kemas. Indeks keanekaragaman Shannon spesies cendawan terbawa biji di 3 lokasi berturut-turut 2.04, 1.29 dan 1.54. Spesies cendawan lapangan yang umum ditemukan di 3 lokasi yaitu: Alternaria alternata, Cladosporium sp.1, Fusarium equiseti dan Fusarium semitectum. Lebih jauh spesies cendawan dominan di 3 lokasi yaitu: Penicillium sp, Aspergillus flavus, Aspergillus sp.2 dan Rhizopus sp. Tingkat infeksi tertinggi cendawan lapangan ditemukan pada bagian depan, sedangkan cendawan penyimpanan ditemukan pada bagian belakang dalam peti kemas. Index of similarity Sorensen (IS) cendawan antara bagian depan dengan tengah dan bagian depan dengan belakang di dalam peti kemas rendah (IS < 0.75), namun antara bagian tengah dengan bagian belakang di dalam peti kemas tinggi (IS mendekati 0.75). Index of similarity (IS) cendawan antar lubang stick sampler di bagian depan dalam peti kemas rendah (IS < 0.75). Keanekaragaman cendawan terbawa biji terdapat di 3 lokasi dalam peti kemas, namun keanekaragaman tertinggi di lokasi bagian depan. Pengambilan contoh kedelai untuk mendeteksi dan identifikasi cendawan terbawa biji dapat dilakukan pada bagian depan dalam peti kemas yang berasal dari lubang stick sampler 1 dan 2. Lokasi tersebut berjarak sampai 1 m dari pintu peti kemas. Pengambilan contoh selected/targeted, merupakan metode yang valid apabila bertujuan meningkatkan kesempatan mendapatkan cendawan sebagai
Keyword: blotter test, cendawan lapangan, karantina, pengambilan contoh

Judul: Keanekaragaman Spesies Cendawan pada Buah Jeruk dan Pengembangan Metode Deteksi Dini Berbasis Citra Fluoresens
Abstrak: RINGKASAN NURHOLIS. Keanekaragaman Spesies Cendawan pada Buah Jeruk dan Pengembangan Metode Deteksi Dini Berbasis Citra Fluoresens. Dibimbing oleh WIDODO, SRI HENDRASTUTI HIDAYAT, KIKIN HAMZAH MUTAQIN dan SLAMET WIDODO. Jeruk termasuk salah satu buah-buahan yang paling banyak dikonsumsi di Indonesia. Pemenuhan kebutuhan buah jeruk Indonesia berasal dari produksi dalam negeri dan diimpor dari negara lain. Produksi buah jeruk dalam negeri menghadapi kendala serangan patogen. Cendawan adalah patogen yang paling dominan pada buah jeruk. Keberadaan cendawan patogen harus segera dikendalikan agar tanaman jeruk dapat berproduksi secara maksimal. Deteksi dan identifikasi cendawan patogen yang akurat adalah kunci keberhasilan dalam pengendalian penyakit pada buah jeruk. Oleh karena itu, penelitian untuk mendeteksi dan mengidentifikasi cendawan patogen pada buah jeruk lokal yang akurat penting dilakukan. Importasi buah jeruk berpotensi membawa cendawan patogen eksotik dari negara lain. Cendawan eksotik juga dapat menyebabkan penurunan produksi buah jeruk dalam negeri. Sehingga, keberadaan cendawan patogen pada buah jeruk impor juga sangat penting untuk dideteksi dan diidentifikasi. Tujuan penelitian ini adalah memperoleh data keanekaragaman spesies dan patogenisitas cendawan pada buah jeruk lokal dan impor serta memperoleh metode untuk mendeteksi dini keberadaan cendawan patogen pada buah jeruk impor. Cendawan pada buah jeruk lokal dan impor dideteksi menggunakan metode pembekuan semalaman dengan membekukan buah jeruk pada suhu -20 ºC selama 15 jam. Cendawan yang tumbuh pada permukaan buah jeruk diisolasi dan dibuat biakan murni. Biakan murni cendawan digunakan dalam proses identifikasi secara morfologi dan molekuler. Identifikasi morfologi dilakukan secara makroskopik dan mikroskopik melalui pengamatan miselia dan konidia. Identifikasi molekuler dilakukan dengan teknik PCR menggunakan multilokus DNA. Patogenisitas cendawan ditentukan melalui penyuntikkan suspensi konida sebanyak 100 µl dengan kerapatan 1×105 konidia ml-1 ke dalam buah jeruk. Deteksi dini cendawan patogen dilakukan dengan menyinari buah jeruk menggunakan lampu UV dengan panjang gelombang 352 nm yang didasarkan pada nilai panjang gelombang eksitasi dan emisi fluoresensi senyawa metabolit masing-masing cendawan. Buah jeruk akan berfluoresens bila mengandung cendawan patogen. Bagian yang berfluoresens adalah senyawa metabolit cendawan yang disekresikan oleh cendawan patogen selama proses patogenesis. Hasil penelitian menunjukkan bahwa cendawan dari perkebunan buah jeruk di Kabupaten Banyuwangi dan Malang berhasil dideteksi dan diidentifikasi. Empat spesies cendawan pada buah jeruk asal Kabupaten Banyuwangi diidentifikasi sebagai C. gloeosporioides, F. lateritium, F. equiseti, dan F. verticillioides. Tujuh spesies cendawan pada buah jeruk asal Kabupaten Malang diidentifikasi sebagai L. theobromae, C. gloeosporioides, F. equiseti, F. oxysporum, F. lateritium, C. lunata, dan F. solani. Uji patogenisitas membuktikan semua cendawan dari buah jeruk asal Kabupaten Banyuwangi berperan sebagai patogen. Cendawan dari buah jeruk asal Kabupaten Malang juga berperan sebagai patogen, kecuali C. lunata yang berperan sebagai cendawan non patogen. Masing-masing cendawan memiliki perbedaan virulensi yang dibuktikan dengan nilai keparahan penyakit yang berbeda-beda. Nilai keparahan penyakit tertinggi disebabkan oleh F. oxysporum sebesar 91,11% dan nilai keparahan penyakit terendah sebesar 75,56% disebabkan oleh F. verticillioides. Cendawan terbawa buah jeruk impor juga berhasil dideteksi dan diidentifikasi secara morfologi dan molekuler sebagai A. citri, A. alternata, F. equiseti, F. lateritium, F. oxysporum, C. gloeosporioides, dan P. oxalicum. Uji patogenisitas menunjukkan semua cendawan berperan sebagai patogen yang dibuktikan dengan nilai kejadian penyakit sebesar 100% pada buah jeruk impor dan lokal. Nilai keparahan
Keyword: Identifikasi, molekuler, morfologi, panjang gelombang, pembekuan semalaman

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: