Judul: Optimasi Transformasi Genetik Talas Satoimo Menggunakan Gen Oshox4 Berdasarkan Ragam Waktu Ko-Kultivasi dan Optical Density Agrobacterium tumefaciens
Abstrak: Satoimo (Colocasia esculenta var. antiquorum) memiliki kandungan gizi yang baik seperti protein, amilosa, tepung dengan sifat lambat untuk dicerna, tiamin, riboflavin, fosfor, magnesium dan besi. Tanaman ini dapat dijadikan sebagai alternatif pangan untuk mendukung penganekaragaman pangan. Tanah marginal yang merupakan jenis tanah dengan kandungan air terbatas diproyeksikan untuk budidaya tanaman ini, sehingga dibutuhkan tanaman yang tahan terhadap cekaman kekeringan. Salah satu gen yang berperan dalam toleransi terhadap cekaman kekeringan adalah gen Oshox4. Oshox4 merupakan gen yang termasuk ke dalam kelompok HD-ZIP 1 (homeodomain-leucine zipper), gen ini memiliki fungsi pengaturan respon tanaman terhadap cekaman kekeringan. Pengintegrasian gen Oshox4 ke dalam genom talas Satoimo melalui transformasi yang dimediasi oleh Agrobacterium tumefaciens diharapkan dapat meningkatkan ketahanan hidup tanaman tersebut pada lingkungan dengan ketersediaan air yang terbatas. Transformasi genetik menggunakan Agrobacterium tumefaciens adalah salah satu metode yang dapat digunakan untuk menghasilkan tanaman unggul dengan sifat tersebut. Tujuan dari penelitian ini adalah mendapatkan kondisi optimal untuk transformasi genetik talas Satoimo yang dimediasi oleh Agrobacterium tumefaciens. Transformasi genetik dilakukan dengan menggunakan vektor biner yang mengandung gen Oshox4 dan gen hpt. Bahan tanaman yang digunakan dalam penelitian ini adalah meristem, akar, daun, tangkai daun dan pangkal batang talas Satoimo. Transformasi dilakukan dengan menggunakan tiga waktu ko-kultivasi yaitu 1, 2, dan 3 hari serta dua optical density A. tumefaciens yaitu 0.5 dan 0.7. Tanaman putatif transgenik diseleksi menggunakan media MS yang mengandung higromisin 10 mg/l. Integrasi gen target dianalisis berdasarkan keberadaan gen Oshox4 dan gen hpt pada genom tanaman putatif transgenik menggunakan teknik PCR. Hasil penelitian menunjukkan bahwa tanaman putatif-transgenik yang berasal dari pangkal batang dapat bertahan hidup pada media seleksi yang mengandung higromisin dan beberapa di antaranya mengandung gen hpt dan Oshox4. Hal ini menunjukkan bahwa gen Oshox4 telah berhasil di integrasikan ke dalam genom talas Satoimo.
Keyword: cekaman kekeringan, Colocasia esculenta var. antiquorum, gen hpt, talas

Judul: Transformasi Genetik Padi (Oryza sativa L.) dengan Gen PaCS Penyandi Sitrat Sintase Menggunakan Perantara Agrobacterium tumefaciens
Abstrak: Peningkatan produksi padi (Oryza sativa L.) dapat dilakukan dengan menerapkan intensifikasi dan ekstensifikasi pertanian. Penerapan ekstensifikasi pertanian terkendala oleh berkurangnya lahan pertanian akibat konversi lahan pertanian menjadi lahan perindustrian, perumahan, dan perkantoran. Pemanfaatan lahan marginal terutama tanah jenis ultisol dapat menjadi alternatif untuk menerapkan ekstensifikasi pertanian. Tetapi, tanah ultisol bersifat masam dan berpotensi mengandung Al yang dapat menghambat pertumbuhan tanaman. Perakitan tanaman padi yang toleran cekaman aluminium dapat dilakukan dengan mengintroduksi gen yang berkaitan dengan aktifitas toleransi terhadap cekaman aluminum. Sitrat sintase (CS) terlibat dalam biosintesis asam sitrat. Sitrat memiliki kemampuan mengkelat Al paling kuat diantara asam organik lain. Pada beberapa tanaman, ekspresi gen CS meningkatkan toleransinya terhadap cekaman Al. Penelitian ini bertujuan untuk mentransformasi genetik padi dengan gen penyandi sitrat sintase menggunakan perantara Agrobacterium tumefaciens. Transformasi genetik dilakukan dengan perendaman selama 10 menit kalus embriogenik umur 3 minggu yang berasal dari embrio biji padi kultivar Kasalath dan Nipponbare dalam suspensi Agrobacterium tumefaciens strain LBA4404 yang mengandung plasmid pMSH1-PaCS dengan gen penanda seleksi higromisin. Kokultivasi dilakukan selama tiga hari pada kondisi gelap. Seleksi kalus transgenik menggunakan media yang mengandung higromisin 20 mg/L. Kalus yang resisten higromisin diregenerasikan di media 2N6R yang mengandung 5 mg/L kinetin. Subkultur dilakukan setiap 2 minggu sekali pada media yang sama. Eksplan kalus yang digunakan untuk transfomasi pada padi kultivar Kasalath sebanyak 135 kalus dan Nipponbare sebanyak 240 kalus. Kalus kultivar Kasalath dan Nipponbare yang tahan higromisin sebanyak 2 % dan 35,8% dari jumlah eksplan kalus yang ditransformasi. Terdapat 13 kalus dari kultivar Nipponbare yang beregenerasi menghasilkan tunas dan masing-masing kalus menghasilkan tanaman padi transgenik putatif, sedangkan kalus padi kultivar Kasalath yang diregenerasikan tidak ada yang menghasilkan tunas. Penambahan antibiotik cefotaksim sebanyak 200 mg/L pada media regenerasi dapat menurunkan daya regenerasi dari kedua kultivar. Konfirmasi gen penanda seleksi higromisin dengan primer 35S-F dan hpt-R pada sepuluh nomor kultivar Nipponbare transgenik putatif menghasilkan amplikon dengan ukuran 1100 pb. Konfirmasi gen PaCS dengan menggunakan primer forward 35S-F dan PaCS-R menghasilkan amplikon dengan ukuran 1630 pb untuk padi kultivar Nipponbare transgenik nomor 10, sedangkan untuk padi kultivar Nipponbare transgenik nomor 1 sampai 9 menghasilkan amplikon 900 pb.
Keyword: Agrobacterium tumefacien, Oryza sativa L., sitrat sintase, transformasi genetik

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: