Judul: Extracellular Vesicle Kinematics Model Simulation for Early Cancer Detection
Abstrak: Vesikel ekstraseluler (Extracellular Vesicles (EV)) adalah partikel yang dikeluarkan secara alami dari sel dan tidak dapat bereplikasi seperti halnya sel tersebut. EV membawa muatan protein, asam nukleat, lipid, metabolit, dan bahkan organel dari sel induknya. Pada bidang kedokteran, EV yang bersirkulasi biasa digunakan untuk liquid biopsy. Hal ini dikarenakan EV dalam cairan tubuh membawa sejumlah miRNA dan protein yang berpotensi sebagai suatu biomarker kanker. EV dipandang sebagai partikel sehingga gerak kinematika EV dapat dinyatakan dalam persamaan kelajuan. Dengan memodelkan pertumbuhan tumor terhadap peningkatan biomarker EV (bEV) yang bersirkulasi pada model tikus secara praklinis, hubungan antara ukuran tumor dengan bEV yang bersirkulasi serta tumor EV (tEV) yang dihasilkan sel tumor pada manusia dapat diprediksi. Model diperoleh dalam bentuk persamaan diferensial biasa orde pertama yang terkopel sehingga penyelesaian numeriknya dapat dihitung dengan menggunakan metode Euler. Berdasarkan model produksi, diperoleh tingkat tEV yang dihasilkan setiap 1 mm3 volume tumor berkisar antara 20 – 1900 tEV mL-1 darah. Sebagian besar jumlah tEV diambil oleh organ yang berpenetrasi seperti hati, dengan akumulasi yang cepat sebesar 30% dari dosis. Selain itu, ditemukan pula beberapa dosis pada rute eliminasi melalui urin dan feses., Extracellular vesicles (EV) are naturally expelled particles and cannot replicate in the same way that cells do. EVs carry a cargo of proteins, nucleic acids, lipids, metabolites, and organelles from their host cells. In medicine, circulating EVs are commonly used for liquid biopsies. This is because EVs in body fluids carry several miRNAs and proteins that have the potential as cancer biomarkers. EV is seen as a particle so that the kinematic motion of EV can be expressed in terms of the velocity equation. By modeling tumor growth against elevated circulating biomarker EV (bEV) in a preclinical mouse model, the relationship between tumor size and circulating bEV and tumor cell-generated EV (tEV) in humans was predictable. The model is obtained as a coupled first-order ordinary differential equation so that its numerical solution can be calculated using the Euler method. Based on the production model, the tEV level produced per 1 mm3 of tumor volume ranged from 20 – 1900 tEV mL-1 of blood. Most of the amount of tEV is taken up by penetrating organs such as the liver, with a rapid accumulation of up to 30% of the dose. In addition, several doses were found in the route of elimination through urine and feces.
Keyword: cancer detection, differential equations, extracellular vesicles

Judul: Penentuan Parameter Model Kinematika Vesikel Ekstraseluler Untuk Deteksi Dini Kanker Menggunakan Algoritma Particle Swarm Optimization (PSO)
Abstrak: Vesikel Ekstraseluler (EV) dihasilkan oleh hampir semua sel dalam tubuh. Selain dihasilkan oleh sel normal, EV juga dirilis oleh sel kanker. Pada bidang kedokteran, EV yang berasal dari sel tumor mewakili biomarker untuk deteksi dan pemantauan perkembangan kanker. EV dianggap sebagai sebuah partikel yang bergerak, persamaan gerak EV tersebut secara kinematika dapat dinyatakan dalam persamaan kelajuan. Simulasi perkembangan tumor dapat dijelaskan oleh model produksi, distribusi dan eliminasi dari EV, sehingga hubungan antara ukuran tumor dan tingkat sirkulasi EV total (bEV) serta EV tumor (tEV) dalam darah dapat diprediksi. Model digambarkan dalam bentuk persamaan diferensial orde satu terkopel. Solusi numerik dari model tersebut dihitung menggunakan metode Runge-Kutta dari fungsi ODE45, kemudian dioptimasi menggunakan algoritma Particle Swarm Optimization (PSO). PSO dapat meningkatkan keakuratan model produksi, distribusi dan eliminasi dari EV dengan menghasilkan model terbaik mendekati dengan data eksperimen. Berdasarkan nilai R2, PSO meningkatkan keakurasian model produksi, distribusi dan eliminasi pada darah, hati, urin dan liver menjadi sebesar 99,99%, 96,36%, 63,08%, dan 80,05%. Berdasarkan model produksi, diperoleh tingkat tEV yang dihasilkan setiap 1 mm3 volume tumor meningkatkan tEV berkisar antara 20 – 1900 tEV mL−1 darah. Sebagian besar jumlah tEV diambil oleh organ yang berfenestrasi seperti hati, dengan akumulasi penyerapan yang cepat sebesar 30% dari dosis. Beberapa dosis juga ditemukan pada rute eliminasi melalui urin dan feses., Extracellular Vesicles (EVs) are produced by almost all cells in the body. Besides being produced by normal cells, EVs are also released by cancer cells. In the field of medicine, EVs derived from tumor cells represent biomarkers for the detection and monitoring of cancer progression. EVs are considered as a moving particle, the equation of motion of EVs can be expressed kinematically as a velocity equation. The simulation of tumor progression can be described by the production, distribution and elimination model of EVs, so that the relationship between tumor size and the circulation rate of total EVs (bEV) as well as tumor EVs (tEV) in blood can be predicted. The model is described in the form of coupled first-order differential equations. The numerical solution of the model is calculated using the Runge-Kutta method of the ODE45 function, then optimized using the Particle Swarm Optimization (PSO) algorithm. PSO can improve the accuracy of the production, distribution and elimination models of EVs by producing the best model close to the experimental data. Based on the R2 value, PSO increased the accuracy of the production, distribution and elimination models in blood, liver, urine and liver to 99.99%, 96.36%, 63.08%, and 80.05%. Based on the production model, the level of tEV produced per 1 mm3 tumor volume increased tEV ranged from 20 - 1900 tEV mL−1 blood. Most of the tEV amount was taken up by the penetrating organs such as the liver, with rapid accumulation of absorption at 30% of the dose. Some dose is also found in the elimination routes via urine and feces.
Keyword: biomarker, deteksi dini kanker, ODE, PSO, vesikel ekstraseluler (EV)

Judul: Perencanan Lanskap Sunda Kalapa, Jakarta Utara Sebagai Kawasan W isata Sejarah
Abstrak: Perkembangan kota Jakarta dari waktu ke waktu sangatlah cepat, sehingga menyebabkan kota-kota tua banyak yang tergusur untuk dijadikan daerah baru yang lebih modern. Apabila hal tersebut tidak ditanggulangi secara dini maka keberadaan Kota Lama Jakarta akan hilang. Hal inilah yang melatar belakang untuk dilakukan tindakan perlindungan dan revitalisasi kawasan bersejarah Sunda Kalapa.
Keyword: