Judul: Isolasi dan Seleksi Bakteri Penghasil Siderofor dari Akar Nanas (Ananas comosus) Si madu, Kabupaten
Abstrak: Nanas Subang (Ananas comosus) adalah jenis varietas Smooth Cayenne yang terkenal dengan hasil produksi nanas Simadu. Disebut nanas Simadu karena rasanya yang lebih manis dari nanas biasa pada hektar lahan yang sama dengan tekstur air yang lebih banyak dan tidak masam. Satu hektar lahan yang terdiri dari 40.00 pohon nanas, hanya ditemukan 2-6 buah nanas Simadu Subang, nilai yang sangat sedikit menjadikan nanas ini tergolong langka dan memiliki nilai jual tinggi. Zat besi merupakan senyawa mikronutrien yang memiliki hubungan dengan pembentukan klorofil yang berkaitan dengan produksi glukosa pada tanaman. Kekurangan zat besi akan mengakibatkan tanaman mengalami defisiensi Fe yang menyebabkan daun menjadi berwarna kuning atau kemerahan karena tidak bisa memproduksi klorofil dan menghambat pertumbuhan tanaman. Klorofil berhubungan dengan siklus krebs, dimana alfa-ketoglutarat merupakan salah satu bahan baku awal bagi pembentukan klorofil. Siklus krebs berkaitan dengan perubahan asam sitrat menjadi isositrat yang pada tahap selanjutnya membuat senyawa alfa-ketoglutarat. Perubahan ini membutuhkan senyawa enzim akonitase yang menggunakan gugus Fe-S sebagai kofaktor yang harus segera diperbaharui. Siderofor adalah senyawa pengkhelat zat besi yang membantu tanaman memperoleh asupan Fe pada kondisi Fe-defisiensi. Bakteri mampu pemproduksi siderofor untuk mengkhelat besi dalam lingkungan yang akan diserap oleh tumbuhan. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan bakteri penghasil siderofor tinggi dari akar nanas Simadu, Kabupaten Subang Provinsi Jawa Barat. Bakteri diisolasi dengan teknik agar tuang dan dipisahkan dengan metode gores, kemudian diseleksi dengan membedakan morfologinya dan diidentifikasi sebagai penghasil siderofor dengan media CAS. Diperoleh 10 isolat bakteri (M1 sampai dengan M10) yang mampu menghasilkan siderofor. Isolat bakteri M7 memiliki kemampuan menghasilkan siderofor tertinggi. Isolat M7 teridentifikasi sebagai bakteri gram negatif. Hasil analisis pohon filogenetik berdasarkan sekuensing 16S rDNA menunjukkan isolat ini sebagai genus Providencia. Dibandingkan dengan Providencia vermicola model dari InaCC yang berasal dari akar Curcuma zedoaria, M7 menunjukkan produksi siderofor yang lebih tinggi pada media LB pada kondisi aerobik. Hasil pengujian pada planlet tanaman kentang (Solanum tuberosum L.) Granola, memberikan hasil yang paling baik pada perlakuan bakteri M7 dibandingkan dengan bakteri Providencia vermicola model dari InaCC dan kontrol. Warna batang tetap hijau segar, pucuk daun baru yang mulai tumbuh, dan tidak mengalami kematian jaringan ujung daun seburuk perlakuan bakteri Providencia vermicola model dari InaCC dan kontrol.
Keyword: siderophore-producing bacteria, pineapple root Simadu Subang, Providencia

Judul: Selection of Subang Simadu Pineapple Rhizosphere Bacteria for the Accumulation of Indole-3-acetic Acid at Medium Without Trypophan Addition
Abstrak: Akumulasi asam indol-3-asetat atau indole-3-acetic acid (IAA) oleh kultur bakteri umumnya memerlukan penambahan triptofan pada media kultur sehingga biaya produksi menjadi lebih tinggi. Kemampuan bakteri dalam memproduksi IAA pada media kultur tanpa penambahan triptofan (jalur triptofan independen) perlu diseleksi. Potensi bakteri tersebut didasarkan pada ukuran dan berat buah tanaman nanas Simadu Subang yang lebih besar dibandingkan tanaman nanas Subang lainnya dikarenakan adanya peran bakteri tersebut dalam menyediakan IAA. Penelitian ini bertujuan untuk menyeleksi isolat bakteri rizosfer nanas Simadu Subang yang mampu memproduksi IAA di media kultur pada jalur triptofan independen dan meningkatkan akumulasinya dengan variasi pH media dan suhu. Penelitian dimulai dengan melakukan uji hemolisis pada sepuluh isolat bakteri rizosfer nanas Simadu Subang. Bakteri yang tidak bersifat patogen dikultivasi pada media LB tanpa penambahan L-triptofan untuk menyeleksi kemampuan akumulasi IAA. Satu isolat bakteri dengan akumulasi IAA terbaik dibuat kurva tumbuh. Identifikasi keseluruhan genom (whole genome sequencing) dilakukan untuk melihat gen yang terlibat dalam biosintesis IAA. Keberadaan klaster gen yang terlibat jalur triptofan independen dikonfirmasi dengan menganalisis metabolit yang terdeteksi pada LC-MS/MS. Perbandingan akumulasi IAA dikedua jalur dilihat dengan mengkultivasi kultur bakteri di media LB pada berbagai tingkat konsentrasi L-triptofan. Peningkatan akumulasi IAA pada biosintesis jalur triptofan independen dilakukan dengan merekayasa metabolisme bakteri dengan faktor pH media dan suhu kultur. Isolat M7 merupakan bakteri yang tidak bersifat patogen dan mampu menghasilkan konsentrasi IAA tertinggi pada media tanpa penambahan L-triptofan. Keseluruhan genom bakteri ini telah diidentifikasi dan memiliki setidaknya lima gen yang terlibat dalam biosintesis IAA melalui jalur yang tidak dipengaruhi keberadaan L-triptofan atau jalur triptofan independen. Keberadaan gen tersebut dikonfirmasi oleh akumulasi metabolit yang dihasilkan gen dalam biosintesis IAA melalui jalur triptofan independen. Akumulasi IAA tertinggi pada kultur ini adalah 98 µg/mL pada medium LB tanpa penambahan L-triptofan setelah 48 jam kultivasi pada suhu 30°C dan pH 7,0. Akumulasi IAA ini lebih besar dibandingkan pada kultur dengan penambahan 600 µg/mL L-triptofan. Produksi IAA oleh kultur bakteri ini dapat lebih dominan melalui jalur triptofan independen dibandingkan dengan jalur melalui triptofan dependen sehingga dapat disimpulkan bahwa kultur sel M7 dapat menghasilkan IAA tanpa adanya penambahan L-triptofan., The accumulation of indole-3-acetic acid (IAA) by bacterial cultures generally requires the addition of tryptophan to the culture media so that production costs are higher. The ability of bacteria to produce IAA in culture media without the addition of tryptophan (tryptophan-independent pathway) needs to be selected. The potential of these bacteria is based on the size and weight of the fruit of the Simadu Subang pineapple plant which is greater than other Subang pineapple plants due to the role of these bacteria in providing IAA. This research aims to select isolates of Simadu Subang pineapple rhizosphere bacteria that are capable of producing IAA in culture media using a tryptophan-independent pathway and increasing its accumulation by varying media pH and temperature. The research began by conducting hemolysis tests on ten isolates of Simadu Subang pineapple rhizosphere bacteria. Non-pathogenic bacteria were cultivated in LB media without the addition of L-tryptophan to select the ability to accumulate IAA. One bacterial isolate with the best IAA accumulation was made into a growth curve.
Keyword: asam indol-3-asetat, bakteri rizosfer, jalur triptofan independen, nanas Simadu Subang, indole-3-acetic acid, rhizospheric bacteria, tryptophan-independent pathway, Subang Simadu pineapple

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: