Judul: Keragaman genetik Bacillus sp. Rizobakteri pemacu pertumbuhan tanaman berdasarkan sekuen gen 16S rRNA dan amplified rDNA restriction analysis
Abstrak: Sebelas isolat Bacillus sp. rizobakteri pemacu pertumbuhan tanaman telah berhasil diketahui keragaman genetiknya melalui metode sekuens gen 16s rRNA dan ARDRA. Hasil BlastN menunjukkan bahwa tidak terdapat dominansi spesies Bacillus sp. yang digunakan. Penggunaan empat enzim restriksi yaitu HaeIII, CfrI, dan Hinfl telah berhasil menunjukkan keragaman genetik pada Bacillus sp. Penggunaan enzim restriksi RsaI menunjukkan keseragaman pada semua isolat. Hasil dari ARDRA terdiri atas filotipe yaitu Filotipe I (Bacillus sp. Cr24, Cr33, Cr64, dan Cr68), filotipe I1 (Bacillus ps. '2131 dan Cr66), filotipe 111 (Bacillus sp. Cr44 dan Cr71), dan filotipe IV (Bacillus sp. Cr67, Cr 28, dan Cr69) yang dibuat pohon filogenetiknya dengan metode neighbor-joining menggunakan program Treecon 1.3b. Hasil filogenetik menggunakan sekuens gen 16s rRNA juga menunjukkan kekerabatan antar spesies yang digunakan. ARDRA dapat digunakan untuk melihat keragaman spesies berdasarkan situs pemotongannya.
Keyword: 

Judul: Analisis keragaman genetik rizobakteri penghasil asam indol asetat asal Sukabumi menggunakan ARDRA Gen 16S rRNA
Abstrak: Rizobakteri merupakan mikroorganisme menguntungkan yang hidup berkoloni di lapisan tanah tipis sekitar zona perakaran yang memiliki kemampuan meningkatkan pertumbuhan tanaman dengan menghasilkan hormon asam indol asetat (AIA). Kestabilan dan keanekaragaman rizobakteri dapat terancam seiring penggunaan pupuk sintetis dan pestisida dalam frekuensi yang tinggi. Tujuan penelitian ini adalah mengidentifikasi keragaman genetik rizobakteri penghasil asam indol asetat yang diisolasi dari lahan pertanian Sukabumi menggunakan ARDRA (Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis). Hormon AIA tertinggi dimiliki oleh isolat asal tanah tanaman singkong daerah Makasari dengan konsentrasi 376.86 ppm. Hasil analisis ARDRA diharapkan dapat bermanfaat sebagai penambah kultur koleksi rizobakteri. Keragaman genetik rizobakteri dianalisis menggunakan ARDRA dengan enzim restriksi Rsal. Enzim ini membentuk 5 pola pita pada 8 isolat bakteri terpilih. Keragaman genetik yang dihasilkan dapat dinyatakan kurang beragam dilihat dari sedikitnya kelompok dan Filotipe yang terbentuk pada pohon filogenetik, namun memiliki kekerabatan yang cukup dekat. Berdasarkan hasil sekuensing gen 16S rRNA diketahui kedua isolat sampel rizobakteri yaitu SC 2 dan SM 1 termasuk dalam spesies yang sama, yaitu Bacillus amyloliquefaciens FZB42 and B. amyloliquefaciens MPA 1034.
Keyword: IAA, ARDRA, Keragaman genetikK, Rizobakteri, Plant growth hormone, Root-associated in, IAA, ARDRA, Fertilizer, Pesticide

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: