Judul: Pola penyebaran zooplankton serta hubungannya dengan parameter fisika dan kimia perairan teluk Jakarta
Abstrak: Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Oktober sampai Desember 1996 di Perairan Teluk Jakarta bersamaan dengan pelaksanaan Studi Potensi Kawasan Perairan Teluk Jakarta kerjasama Kantor Pengkajian Perkotaan dan Lingkungan Daerah Khusus Ibukota Jakarta dengan Pusat Penelitian Lingkungan Hidup Lembaga Penelitian Institut Pertanian Bogor. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pola penyebaran dan struktur komunitas zooplankton serta hubungannya dengan kondisi beberapa parameter fisika dan kirnia Perairan Teluk Jakarta sebagai indikator kondisi perairan. Data yang diolah dan dianalisa adalah data primer yang diperoleh dari hasil pengamatan langsung pada 13 stasiun pengamatan. Struktur kornunitas zooplankton dianalisa dengan cara menghitung kelimpahan, keragarnan (Indeks Keragarnan Shannon­ Wiener), keseragaman, dan dominansi jenis. Sebaran mendatar zooplankton dan parameter fisika dan kirnia dianalisa dengan berdasarkan pada bentuk topografi sebaran kelimpahan zooplankton dan masing-masing parameter. Pola sebaran masing­ masingjenis zooplankton dianalisa dengan menghitung nilai Indeks Dispersi Morisita Adapun pengelompokan habitat berdasarkan parameter fisika-kirnia ditentukan dengan menggunakan Indeks Canberra, sedangkan berdasarkan parameter biologi (zooplankton) ditentukan dengan menggunakan Indeks Bray-Curtis. Hubungan antara parameter fisika dan kirnia perairan dengan keberadaan zooplankton dianalisa dengan menggunakan regresi linear berganda antara nilai rnasing-masing parameter dengan kelimpahan zooplankton.
Keyword: 

Judul: Distribusi spasial fitoplankton dan zoopalnkton di teluk Jakarta
Abstrak: Penelitian ini dilakukan pada tanggal 21 dan 22 September 2005 di perairan Teluk Jakarta. Pengamatan yang dilakukan meliputi identifikasi jenis dan kelimpahan fitoplankton dan zooplankton serta kondisi lingkungan perairan meliputi parameter fisika kimia yang diukur suhu, kecarahan, salinitas, pH, oksigen terlarut, arus, nitrat dan fosfat. Contoh plankton diambil dengan menggunakan fitoplankton net ukuran mata jaring 0,08 mm dan zooplankton net ukuran mata jaring 0,3 mm kemudian diawetkan menggunakan formalin 4%. Pengidentifikasi dan pencacahan palnkton dilakukan di laboratorium Balai Riset Perikanan Laut (BRPL). Analisis data plankton (fitoplankton dan zoopalnkton) yang dilakukan adalah perhitungan nilai kelimpahan keanekaragaman keseragaman, dominansi, pola sebaran menggunakan indeks Morisita serta uji statistik Khi-kuadrat, serta Analisis Komponen Utama dan regresi linear.
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA