Judul: Produksi dan karakterisasi biokimiawi protease eschericia coli DH5@ rekombinan
Abstrak: Xanthomonas campesimis pv glycines IFL merupakan isolat bakteri lokat penyebab penyakit bisul pada tanaman kedelai yang menghasilkan protease ekstraseluler dengan kisaran pH optimum luas dan suhu optimum yang cukup tinggi (30-70°C) Produksi dan aktivitas protease Xanthomonas dapat terhambat dengan adanya pembentukan gum xanthan Pengklonan gen protease X. campestris pv glycines IFL ke dalam E. call DH5a dengan menggunakan vektor pRK415 dimaksudkan untuk menghasilkan protease IFL. tanpa kehadiran produk lain sekaligus meningkatkan produksi dan aktivitas enzim tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk memproduksi protease E. coli DiSa rekombinan dan melakukan karakterisasi biokimiawi protease rekombinan sekaligus membandingkannya dengan protease X. campestris pv. glycines IFL. selaku donor gen Tahap awal dari penelitian ini adalah pembuktian keberadaan gen protease pada rekombinan dengan cars mengintroduksikan kembali gen tersebut kepada X campestris mutan protease melalui proses konjugasi yang melibatkan tiga tetua (triparental mating). Introduksi gen rekombinan kepada X campestris mutan menyebahkan A campestris kembali mampu memproduksi protease dalam jumlah besar. Aktivitas spesifik (unit aktivitas'mg protein) dari protease X. campestris mutan, X. campestris (pRK415) dan X. campestris (pRK415 rekombinan) dengan waktu fermentasi 48 jam pada media LB adalah 0,045, 0,402 dan 0,051 dan pada media LCT (Limbab Cair Tatu) sebesar 0,077, 0,101 dan 0,176 Pengukuran aktivitas protease dilakukan dengan menggunakan metode Bergmeyer et al (1983) dan penentuan kadar protein dilakukan dengan metode Bradford (1976). Bakteri E. coli DHSx rekombinan yang ditumbuhkan pada media PYGB (Pepton 2%, ektrak khamir 1%, dan gliserol 3%) dengan waktu fermentasi 24 jam memberikan aktivitas protease terbesar dibandingkan bila bakteri tersebut ditumbuhkan pada media LB dan LCT skin 0.5%+ Ca 5mM Aktivitas protease yang dihasilkan pada kondisi optimum ini berkisar antara 0,032 0,042 Unit/ml. Penambahan skim pada media PYGB tidak menambah aktivitas protease yang dihasilkan Penelitian lebih lanjut untuk melihat ekspresi dari gen protease rekombinan pada E coli dilakukan dengan membandingkan karakterisasi biokimia dari enzim tersebut dengan protesse X campestris IFL. Dari hasil karakterisasi pH diketahui bahwa proscase yang dihasilkan oleh E. con DH5u rekombinan memiliki pH optimum 8.5 yang berbeda dengan při optimum dari protease X. campestris IFL yaitu 7.5. Pola penganult suhu terhadap aktivitas kedua enzim hampir sama dan dan suhu optimum keduanya adalah 60°C. Penambahan EDTA pada protease E cow DHSa rekombinan memberikan efek penghambatan yang lebih besar dengan aktivitas sisa 26.145% pada penambahan 5 mM sedangkan aktivitas sisa protease X campestris IFL. pada penambahan yang sama adalah 55% PMSF yang merupakan inhibitor spesifik strin ternyata menghambat protease E. coli DH5a rekombinan dengan aktivitas sisa sebesar 69.47% dan 34.86% pada penambahan 1 dan 5 mM sedangkan aktivitas sisa protease X. campestris IFL pada konsentrasi yang sama adalah 75% dan 25% Hasi karakterisasi biokimiawi protease menunjukan adanya kemiripan antara protease E coù DHSa rekombinan dengan protease X. campestris IFL Dari hasil zimogram dengan menggunakan pewama Comassie Blue diketahui bahwa enzim protease yang ada pada E. coù DHS rekombinan terdiri dari dua jenis dengan berat molekul kurang lebih 49.000 dan 45.000 dalton
Keyword: 

Judul: engklonan Gen Protease Serupa Subtilisin dari Bacillus pumilus YI ke dalam Escherichia coli DH5a,
Abstrak: Studi pelacakan dengan menggunakan gen kimotripsin dari fragmen BamHl plasmid pJB, diperoleh hasil bahwa tidak satupun Bacillus sp. yang diisolasi dari Indonesia, termasuk Bacillus pumilus YI, memiliki gen penyandi serupa kimotripsin. Ristiarini (1996) telah melokalisir gen penyandi enzim protease serupa subtilisin pada Bacillus pumilus YI dengan menggunakan metode hibridisasi southern. Gen serupa subtilisin tersebut terdapat pada fragmen DNA genom hasil digesti EcoRI yang berukuran 3 kb. Pada penelitian ini dilakukan pengklonan gen penyandi enzim serupa subtilisin ke dalam Escherichia coli DH5a dengan menggunakan vektor pUC 19. Dari hasil pengklonan diperoleh beberapa koloni putih., yang setelah direplika pada media yang mengandung skim (skim milk agar ) diperoleh empat koloni putih yang menghasilkan halo yang tipis setelah diinkubasi selama 4 hari pada suhu 37°C. Hasil verifikasi plasmid diperoleh adanya beberapa DNA sisipan (insert) dengan ukuran yang berbeda, yaitu 0.3 kb, 0,9 kb, 1,5 kb, 2.4 kb, 2,6 kb, 2, 7 kb, dan 3,0 kb. Plasmid-plasmid rekombinan ini dilµbridisasi dengan menggunakan pelacak gen subtilisin dari fragmen .&oRI plasmid pPT30. Dua dari plasmid rekombinan ini menghasilkan signal positif dengan ukuran 2.4 kb, 2.6 kb, dan dua plasmid rekombinan lainnya berukuran hampir sama yaitu 3 kb. Dengan demikian gen penyandi enzim protease serupa subtilisin dari Bacillus pumi/us YI telah terklon dan plasmid rekombinannya berturut-turut disebut : pBNI, pBN2, pBN3, dan pBN4. Selama pertumbuhan pada Luria broth pada suhu 37°C, E. coli rekombinan rnenghasilkan aktivitas protease tertinggi yaitu 0.2307 U/ml setelah 15 jam fermentasi, dan secara umum protease yang dihasilkan bersifat sensitif terhadap PMSF.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: