Judul: Deteksi Spesies Mamalia Menggunakan DNA Lingkungan dari Kubangan Garam Alami Adudu, Suaka Margasatwa Nantu, Gorontalo, Sulawesi.
Abstrak: Deteksi keberadaan spesies mamalia merupakan langkah penting dalam penilaian keanekaragaman hayati dan pengelolaan populasi satwaliar di habitat alami. Sejumlah penelitian terdahulu menunjukkan keberhasilan pendekatan metabarkoding eDNA dalam mendeteksi keberadaan spesies-spesies mamalia. Sebagian mamalia terestrial diketahui memanfaatkan kubangan garam alami sebagai sumber mineral di dalam diet dan meninggalkan material genetik yang dapat digunakan untuk mendeteksi keberadaan spesies mamalia. Penelitian ini bertujuan untuk menguji dan mengevaluasi keandalan metode metabarcoding eDNA menggunakan primer MiMammals dari penanda 12S rRNA dalam mendeteksi spesies mamalia endemik Sulawesi dari sampel air kubangan garam alami Adudu. Penelitian ini dilakukan di kubangan garam alami Adudu, Suaka Margasatwa Nantu, Gorontalo, Indonesia. Kerja lapangan dilakukan pada pertengahan September 2017. Prosedur metabarkoding eDNA telah dilakukan untuk mendeteksi keberadaan mamalia dari kubangan garam alami ini. Sampel air dari kubangan garam alami tersebut difilter dan kemudian DNA lingkungan diekstraksi menggunakan DNeasy Blood and Tissue kit. Kemudian pustaka amplikon disusun melalui amplifikasi PCR dan sekuensing menggunakan platform MiSeq Illumina. Pengolahan data sekuen dan penentuan taksonomi dilakukan menggunakan dua platform bioinformatika, PipeCraft-1.0 dan OBITools-1.2.13. Tiga sampel DNA berhasil diekstraksi dan digunakan untuk penyusunan pustaka amplikon. Proses penyaringan kualitas dan penggabungan R1 dan R2 menghasilkan 131.275 urutan basa dengan panjang minimum 161 pb, panjang maksimum 252 pb, dan panjang rata-rata 232 pb. Pemrosesan reads menghasilkan urutan basa yang akan dikelompokkan untuk menyusun tabel OTU, penentuan taksonomi mencari urutan basa yang sangat mirip di dalam database referensi untuk menentukan identitas mamalia Sulawesi hingga tingkat spesies. Dua spesies mamalia Sulawesi berhasil dideteksi, yaitu anoa dataran rendah (Bubalus depressicornis) dan babirusa (Babyrousa babyrussa). Reads yang teridentifikasi sebagai babirusa Buru (Babyrousa Babyrussa, Linnaeus, 1758) kemungkinan besar adalah false-positive, karena lokasi studi tidak termasuk ke dalam range distribusi alami dari spesies ini. Kemungkinan urutan basa tersebut seharusnya teridentifikasi sebagai babirusa Sulawesi Utara (Babyrousa celebensis, Deninger, 1910). Keakuratan identifikasi spesies mamalia menggunakan metabarcoding eDNA dipengaruhi oleh prosedur metabarkoding eDNA, ketersediaan database referensi, dan perilaku mamalia.
Keyword: eDNA, mamalia Sulawesi, metabarkoding, 12S rRNA, kubangan garam alami

Judul: Identifikasi Spesies Berdasarkan Karakter Morfologi dan  Molekuler pada Famili Muridae di Gunung Ambang Sulawesi Utara
Abstrak: Identifikasi spesies sangat penting dilakukan untuk memahami taksonomi hewan dan implikasinya. Revisi taksonomi Muridae yang dilakukan oleh peneliti sampai saat ini menandakan bahwa masalah identifikasi dan taksonomi belum terselesaikan. Morfologi dalam famili Muridae dirasa hampir mirip sehingga sulit dibedakan antar spesiesnya. Identifikasi genetik dengan DNA Barcoding menggunakan marka cytochrome oxidase subunit I (COI) dilakukan peneliti untuk mengonfirmasi identitas spesies. Informasi genetik dan barcode DNA dari marka COI dalam Genbank belum lengkap terutama pada Muridae endemik Sulawesi. Sulawesi merupakan salah satu pulau paling menarik di Indonesia untuk studi keanekaragaman hayati dan spesies endemik. Gradien ekologi yang diciptakan oleh ketinggian pegunungan di Sulawesi mendukung terjadinya keanekargaman fauna dan spesiasi di pulau ini salah satunya adalah Gunung Ambang di Sulawesi Utara, Indonesia. Studi ini menggabungkan analisis morfologi dan molekuler menggunakan cytochrome oxidase subunit I (COI) mitokondria sebagai barcode DNA untuk mengidentifikasi spesies pada Muridae yang ada di Gunung Ambang dan untuk melengkapi informasi genetik yang ada di Genbank. Identifikasi digunakan untuk membedakan spesies dalam famili Muridae. Metode ini telah digunakan oleh para peneliti untuk menentukan identitas spesies, mengungkapkan keanekaragaman Muridae dalam suatu ekosistem dan revisi taksa. Penelitian ini berhasil mengidentifikasi 9 spesies dari 7 genus pada Muridae di Gunung Ambang Sulawesi Utara berdasarkan karakter morfologi dengan menggunakan kunci identifikasi, spesies yang diidentifikasi merupakan spesies endemik Sulawesi. Pengukuran karakter morfologi memisahkan 7 spesies dari 9 spesies yang ditemukan karena analisis hanya berdasarkan variabel pengukuran. Keragaman genetik pada spesies yang teridentifikasi tergambarkan dari hasil analisis molekuler sehingga marka molekuler COI yang digunakan dapat mengonfirmasi 9 spesies yang teridentifikasi dalam penelitian ini.
Keyword: Cytochrome Oxidase 1 (COI), DNA barcode, Muridae, Sulawesi, taksonomi

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: