Judul: Deteksi Coxiella burnettii pada sapi Brahman cross di rumah pemotongan hewan Bogor denganmetode polymerase chain reaction
Abstrak: Q fever adalah zoonosa yang disebabkan oleh Coxiella burnetii yang bersifat obligat intraseluler yang menunjukkan gejala klinis yang tidak spesifik pada hewan, kadang dapat menyebabkan pneumonia, hepatitis atau gejala lain. Jika infeksi berjalan kronis dapat menyebabkan endokarditis, osteoartritis, abortus dan lain sebagainya. Mamalia ungulata seperti domba, kambing dan sapi Therupakan reservoir utama dan sumber infeksi terpenting terhadap manusia. Pendeteksian Coxiella burnetii dilakukan pada 40 ekor sapi Brahman cross yang diambil sampel darahnya yang berasal dari rumah pemotongan hewan Bogor. Keberadaan dari Coxiella burnetii di tentukan dengan terdeteksinya gen com 1 yang dideteksi dengan metode PCR dengan menggunakan sepasang primer berbentuk oligonukleotida (Rikaken Co Ltd kit). Sepasang primer pertama yang didisain sedemikian rupa sehingga mampu memperbanyak fragmen 501 bp dari gen com I adalah OMP1 (5'-AGT AGA AGC ATC CCA AGC ATT G-3') dan OMP2 (5'TGC CTG CTA GCT GTA ACG ATT G-3'). Sepasang primer kedua yang didisain untuk memperbanyak fragmen 438 bp dari gen com I adalah OMP3 (5%-GAA GCG CAA CAA GAA GAA CAC-3') dan OMP4 (5'-TTG GAA GTT ATC ACG CAG TTG-3'). Hasil penelitian ini adalah tidak ditemukannya materi genetik dari C. burnetii pada contoh darah sapi yang dilihat pada gel agarose hasil elektroforesis.
Keyword: Cow, Zoanosa, Endokarditis, Osteoritis, Abortus

Judul: Identification and Characterization of Coxiella burnetii, Causative Agent of Q Fever Zoonotic Disease in Beef Cattle in West Java
Abstrak: Infeksi bakteri Coxiella burnetii (C. burnetii) menyebabkan penyakit Q fever yang tersebar luas di seluruh dunia. Hewan ternak seperti sapi, kambing, dan domba menjadi sumber penularan utama dari penyakit ini. Infeksi C. burnetii pada hewan ternak dapat menimbulkan kerugian ekonomi karena menyebabkan terjadinya abortus dan berpotensi menimbulkan ancaman kesehatan masyarakat karena bersifat zoonosis. Saat ini, studi tentang bakteri C. burnetii pada hewan di Indonesia sangat terbatas. Tujuan dari penelitian ini adalah mengidentifikasi dan melakukan karakterisasi molekuler gen 16S rRNA bakteri C. burnetii pada sapi di Jawa Barat, Indonesia. Penelitian ini juga bertujuan untuk mengetahui patogenesis dan perubahan patologi pada jaringan akibat infeksi C. burnetii Sample jaringan organ diambil dari sapi yang dipotong di rumah potong hewan wilayah Bogor, Depok, dan Bandung Jawa Barat. Identifikasi bakteri C. burnetii dilakukan dengan nested PCR (nPCR) menggunakan primer OMP (screening). Sampel positif terpiih dari hasil screening diuji kembali dengan nPCR menggunakan primer Cox16S dan disekuensing pada gen 16S rRNA. Sampel positif hasil nPCR juga dipilih kembali secara acak untuk dilakukan analisis patologi. Pewarnaan rutin haematoxylin-eosin (HE) dan imunohistokimia (IHK) dilakukan untuk mengetahui lesio dan mengidentifikasi C. burnetii di jaringan. Pewarnaan IHK juga dilakukan untuk mendeteksi bakteri C. burnetii di dalam sel makrofag dan hubungan infeksi C. burnetii dengan sel-sel apoptosis. Terdapat tiga sample teridentifikasi positif C. burnetii pada masing-masing daerah Bogor, Depok, dan Bandung. Hasil sekeunsing terhadap gen 16S rRNA menunjukkan kemiripan 99.9% dengan strain Heizberg, 1843, 2574, 701CbB1, dan 14160-001. Berdasarkan hasil nPCR, materi genetik (DNA) C. burnetii di berbagai organ, terutama pada organ jantung dan limpa. Secara umum tidak terjadi perubahan signifikan pada jaringan melalui pewarnaan HE. Bakteri C. burnetii ditemukan pada jarimgan paru-paru (interalveolar) dan limpa (pulpa putih) dengan menggunakan antibodi anti C. burnetii. Co-localization antara C. burnetii dan makrofag ditemukan pada situs potongan yang sama melalui visualisasi mirror image. Hal ini mengkonfirmasi bahwa sel target dari infeksi C. burnetii adalah sel-sel mononuklear, seperti monosit atau makrofag. Sel-sel apoptosis pada pulpa putih terdeteksi imunoreaktif lebih rendah dibandingkan pulpa merah limpa. Infeksi C. burnetii pada penelitian ini kemungkinan menghambat terjadinya apoptosis di pulpa putih. Kata kunci: Coxiella burnetii, Indonesia, 16S rRNA, IHK, Coxiella burnetii (C. burnetii) bacterial infection cause Q fever disease which is widespread all over the world. Livestock such as cattle, goat, and sheep are the main source of infection for this disease. Coxiella. burnetii infection in livestock animal can result in economic loss as it can cause abortion and potentially become public health hazard for being zoonotic. Today, there are still very limited studies on C. burnetii bacterial in animals in Indonesia. The objective of this research is to identify and characterize the molecular genetic of 16S rRNA gene of C. burnetii bacteria in cattle in West Java, Indonesia. The purpose of this study was also to review the pathogenesis and pathological changes in tissue because of C. burnetii infection Organ tissue samples were collected from cattle culled in slaughterhouses around Bogor, Depok, and Bandung, West Java. Identification of C. burnetii bacteria was performed by nested PCR (nPCR) using OMP primer (screening). Positive samples obtained from screening were retested by nPCR
Keyword: Coxiella burnetii, Indonesia, 16S rRNA, IHK

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: