Judul: Produksi Antibodi Poliklonal Geminivirus, Penyebab Penyakit Daun Keriting Kuning Cabai, dan Kajian Serologinya.
Abstrak: Penyakit daun keriting kuning cabai, yang disebabkan oleh geminivirus telah dilaporkan menyebabkan kerusakan yang sangat berat pada areal pertanaman cabai di Indonesia, terutama di Pulau Jawa. Usaha untuk mengelola penyakit yang disebabkan oleh geminivirus melibatkan pendekatan secara kultur teknis seperti rotasi tanaman, tanaman tumpang gilir, tanaman tahan, tanaman penghalang, dan dengan pendekatan secara kimiawi dan hayati untuk mengendalikan serangga vektor, Bemisia tabaci. Salah satu komponen penting di dalam pengendalian penyakit yang disebabkan oleh geminivirus adalah mendeteksi infeksi sedini mungkin. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan untuk mengembangkan metodologi untuk mendeteksi infeksi geminivirus. Sasaran dari penelitian ini adalah menghasilkan antibodi poliklonal geminivirus dan menggunakannya di dalam teknik serologi untuk mendeteksi geminivirus. Pemumian geminivirus dilakukan dengan menggunakan gradien sesium sulfat (Cs2S04). Kualitas dari preparasi geminivirus mumi ditetapkan menggunakan spektrofotometer (A26of A2so). Preparasi geminivirus mumi ini kemudian digunakan untuk imunisasi pada kelinci untuk menghasilkan antibodi poliklonal geminivirus. Antibodi dipanen sepuluh hari setelah imunisasi terakhir. Dua metode serologi yaitu, gel double-diffasion test, dan modifikasi indirect-enzyme linked immunosorbent assay (I-ELISA) digunakan untuk menentukan titer antibodi. Reaksi positif masih diperoleh pada pengenceran sampai 1/4 dan 1/16384, menggunakan gel double-diffasion test, dan modifikasi I-ELISA, berturut-turut. Reaksi antibodi yang sama ditemukan antar isolat geminivirus dari berbagai lokasi yang berbeda (Bogor dan Segunung, Jawa Barat; Kaliurang dan Kulonprogo, Jogjakarta) dengan metode dot immunobinding assay (DIBA). Menggunakan metode I-ELISA, antobodi poliklonal geminivirus tidak menunjukkan reaksi silang terhadap Cucumber mosaic cucumovirus (CMV), Tobacco mosaic tobamovirus (TMV), dan Chili veinal mottle potyvirus (ChiVMV).
Keyword: Geminivirus, pemurnian, antibodi poliklonal, gel double-diffusion test, I-ELISA, DIBA

Judul: Identifikasi dan Variasi Sekuen Nukleotida Begomovirus Penyebab Penyakit Mosaik Kuning pada Beberapa Tanaman
Abstrak: Begomovirus is one of genera in the family Geminiviridae that has been reported globally to cause significant yield losses on crops production. Its infection causess typical symptoms, such as curling, yellow mosaic, and yellowing on the leaf. In Indonesia, yellow mosaic diseases associated with various Begomoviruses have been reported on chili pepper, yard long bean, cucumber and eggplant. Therefore, the aims of this study are (i) to detect Begomoviruses infecting chili pepper, yard long bean, cucumber, and eggplant and (ii) to analyze their genetic variation to determine the dynamics of Begomovirus development in Indonesia in the last ten years. Leaf samples were collected from infected plants (chili pepper, yard long bean, cucumber, and eggplant) in Bogor (West Java) and Brebes (Central Java). In addition, Begomovirus nucleic acid from the collection of Plant Virology Laboratory were used as comparison. These samples were isolated ten years ago from Bogor (West Java) and Magelang, Klaten, and Brebes (Central Java). Begomovirus detection was carried out by polymerase chain reaction (PCR) method using a universal primer pair (SPG1/SPG2) followed by nucleotide sequence analysis. DNA samples were successfully amplified from both field and laboratory samples. Three Begomovirus species were identified, i.e., Pepper yellow leaf curl Indonesia virus (PYLCIV) on chili pepper, Mungbean yellow mosaic India virus (MYMIV) on yard long bean and Tomato leaf curl New Delhi virus (ToLCNDV) on cucumber and eggplant. Phylogenetic tree analysis showed that all samples from the field and laboratory were grouped in one cluster. However, nucleotide base differences were found in each Begomovirus species. This finding indicates a change in the nucleotide sequence of the virus over a period of time., Begomovirus adalah salah satu genera dalam famili Geminiviridae yang telah dilaporkan secara global dapat menyebabkan kehilangan hasil yang nyata pada produksi tanaman. Gejala infeksi Begomovirus umumnya menimbulkan gejala khas, seperti keriting, mosaik kuning, dan daun menguning. Di Indonesia, penyakit mosaik kuning yang diasosiasikan dengan berbagai Begomovirus telah dilaporkan terjadi pada tanaman cabai, kacang panjang, mentimun, dan terung. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk (i) mendeteksi Begomovirus yang menginfeksi tanaman cabai, kacang panjang, mentimun, dan terung, dan (ii) menganalisis variasi genetiknya untuk mengetahui dinamika perkembangan Begomovirus di Indonesia dalam sepuluh tahun terakhir. Sampel daun dikumpulkan dari tanaman yang terinfeksi (cabai, kacang panjang, mentimun, dan terung) di Bogor (Jawa Barat) dan Brebes (Jawa Tengah). Selain itu, sampel asam nukleat Begomovirus dari koleksi Laboratorium Virologi Tumbuhan digunakan sebagai pembanding. Sampel tersebut diisolasi sepuluh tahun yang lalu dari tanaman cabai, kacang panjang, mentimun, dan terung dari beberapa lokasi. Deteksi Begomovirus dilakukan dengan metode polymerase chain reaction (PCR) menggunakan pasangan primer universal (SPG1/SPG2) yang dilanjutkan dengan analisis sekuen nukleotida. Sampel DNA berhasil diamplifikasi dari sampel lapangan dan laboratorium. Tiga spesies Begomovirus berhasil diidentifikasi, yaitu Pepper yellow leaf curl Indonesia virus (PYLCIV) pada cabai, Mungbean yellow mosaic India virus (MYMIV) pada kacang panjang, dan Tomato leaf curl New Delhi virus (ToLCNDV) pada mentimun dan terung. Analisis pohon filogenetik menunjukkan bahwa semua sampel dari lapangan dan laboratorium mengelompok dalam satu klaster. Namun, perbedaan basa nukleotida ditemukan pada setiap spesies Begomovirus. Temuan ini mengindikasikan adanya perubahan sikuen nukleotida
Keyword: Geminiviridae, genetic diversity, PCR, phylogenetic analysis, universal  primer

Judul: Numerical modeling of the hydrodynamics of standing wave and scouring in front of impermeable breakwater with different steepnesses
Abstrak: The aim of this paper is to numerically study the effects of breakwater steepness on the hydrodynamics of standing wave and scouring process in front of impermeable breakwaters. A two-dimensional hydrodynamics model based on the Reynolds Averaged Navier–Stokes (RANS) equations and the Volume of Fluid (VOF) method was developed and then combined with an empirical sediment transport model. Comparisons with an analytical solution and experimental data showed the present model is very accurate in predicting the near bottom velocity and capable of simulating the scour/deposition patterns consistent with experimental data. It was found that the additional terms of bottom shear stress in the momentum equations are necessary to produce a physical scouring pattern. Different breakwater steepnesses produce different characteristics of standing wave, the steady streaming system, and scouring pattern in front of the breakwaters, which also affects the correlations between them. An additional analysis of the turbulence field parameters and the sediment transport rate was also performed. All these important information will be presented in details in this paper and can be worthwhile for designing the breakwater in coastal areas.
Keyword: The RANS–VOF model Standingwave Steadystreamingsystem Scouring pattern Breakwatersteepness