Judul: The Adaptation of Ecology in Butterflyfish Eyes (Chaetodontidae) and Its Respons after Cyanide Treatment
Abstrak: Simian Retrovirus tipe D eksogenus (SRV) merupakan salah satu patogen penyebab sindroma penurunan fungsi kekebalan tubuh (acquired immunodeficiency syndrome, AIDS) pada satwa primata genus Macaca asal Asia. Sekitar tahun 1980-an, isolat-isolat SRV dari Macaca hanya dilaporkan identifikasinya di beberapa pusat penelitian primata di Amerika Serikat, di luar negara asalnya dan setelah satwa-satwa tersebut dipindahkan ke lingkungan yang baru. Retrovirus endogenus dari satwa primata jenis lutung yang diidentifikasi sebagai PO-1-Lu dianggap sebagai asal muasal dari SRV. Pada penelitian ini, dilaporkan untuk pertama kalinya isolasi, perbanyakan virus serta karakterisasi molekular dari SRV yang secara alami menginfeksi satwa primata genus Macaca dari habitat alam di negara asalnya, dalam hal ini Indonesia. Sebagai tambahan, karakterisasi molekular SRV endogenus dari satwa primata lutung Indonesia juga dilakukan. Sel darah perifer berinti tunggal (peripheral blood mononuclear cells, PBMC) asal Macaca fascicularis (Mf) dan M. nemestrina (Mn) diko-kutivasi dengan sel lestari limfosit B manusia, sel Raji, perubahan kelainan sel berupa synctia dapat diamati secara mikroskopis dan diteguhkan dengan uji Immunofluorescense menggunakan antibodi spesifik SRV-2. Analisis Immunoblot terhadap isolat Mf- ET1006 yang telah dimurnikan dari supernatan biakan sel menunjukkan bahwa bagian protein inti (core) dan glikoprotein pembungkus (envelope) bereaksi dengan beberapa serum anti-SRV yang diproduksi di kelinci. Analisis urutan nukleotida dari isolat Mf pada daerah en menunjukkan tingkat homologi yang tinggi (94%) terhadap SRV-2. Sementara itu, tingkat homologi pada daerah env dari isolat Mn adalah 74% sampai dengan 77% terhadap SRV-1, SRV-2, SRV-3 dan isolat Mf, namun menunjukkan tingkat homologi yang lebih tinggi (95%) terhadap SRV PO-1-Lu. Penclitian ini menyimpulkan bahwa isolat SRV dari Mn kemungkinan berbeda dari isolat-isolat SRV lainnya yang telah dipublikasikan. Walaupun secara molekuler isolat Indo-presbytis memiliki kekerabatan dekat dengan SRV-6 namun dari hasil uji-uji lainnya belum dapat disimpulkan bahwa isolat ini termasuk kelompok retrovirus eksogen Identifikasi isolat Mn menunjukkan kemiripan yang dekat terhadap PO- 1-Lu (diisolasi dari Trachypithecus obscurus) mengindikasikan bahwa zoonoses terjadi secara aktif antar primata di Asia. Penularan silang antar-jenis di antara satwa primata dimungkinkan karena beberapa satwa menempati habitat geograpis yang sama. Penelitian ini telah dilaksanakan sejak Oktober 2003 sampai akhir Mei 2005. Topik utama penelitian ini adalah adaptasi ekologi mata ikan Kepe-kepe dan responnya terhadap racun potas. Aspek pertama meliputi struktur otak, fisiologi retina Genis, kepadatan, dan pola mosaik sel kerucut, sumbu dan ketajaman penglihatan serta kadar carotenoid dan retinol mata ikan Kepe-kepe). Aspek kedua adalah respon iris mata terhadap perlakuan racun potas yang dianalisis secara iridologi. Ikan Kepe-kepe mempunyai perbandingan berat otak per berat tubuh yakni 0,001-0,005%. Persentase tersebut relatif sama dengan ikan karang yang lainnnya (Amphiprion sp, Abudeduf saxatilis, Zanclus sp, Lutjanus sp dan Epinephelus sp ). Selanjutnya, rasio berat area otak tertentu per total berat otak menunjukkan bahwa lobus opticus dan telencephalon ikan Kepe-kepe mempunyai persentase rata-rata lebih tinggi yakni 57% dan 19%, sedangkan area lain dari otak seperti hypothalamus, cerebellum dan medulla oblongata berkisar 5 - 16%. Persentase rata-rata rasio berat lobus opticus merupakan porsi terbesar yang mencerminkan indera penglihatan merupakan indera utama ikan Kepe-kepe, yang terungkap sejak juvenil yang ditunjukkan oleh diameter lobus opticusnya lebih besar dibandingkan saat remaja. Selanjutnya, jenis sel kerucut dominan sel kerucut ganda dan
Keyword: Fisiologi retina, Hypothalamus, Cerebelum, Medulla oblongata, Analisis iriodologi, Kadar sianida

Judul: Identification and Molecular Characterization of Simian Endogenous Retrovirus in Macaca fascicularis and Macaca nemestrina in Captive Facilities in Bogor
Abstrak: Macaca fascicularis (monyet ekor panjang, MEP) dan M. nemestrina (beruk) merupakan satwa primata endemik Indonesia yang digunakan sebagai hewan model dalam penelitian biomedis untuk menunjang kesehatan manusia, salah satunya pada penelitian pengembangan vaksin Human immunodeficiency virus (HIV). Vaksin konvensional HIV yang telah dikembangkan saat ini tidak efektif akibat tingginya keragaman retrovirus eksogen. Studi terbaru telah dilakukan pendekatan pengembangan jenis vaksin HIV dengan memanfaatkan Human endogenous retrovirus (HERV). HERV juga diketahui menginduksi respon kekebalan, sehingga memungkinkan untuk dilakukan pengembangan terapi terhadap HERV untuk pencegahan kanker. Retrovirus endogen juga ditemukan pada satwa primata salah satunya yaitu Simian endogenous retrovirus (SERV), sehingga retrovirus endogen pada satwa primata ini diharapkan dapat mendukung dalam penelitian vaksin HIV maupun terapi anti-kanker pada manusia. Penelitian dasar berupa identifikasi dan karakterisasi molekuler terhadap retrovirus endogen pada satwa primata Indonesia yang terdeteksi pada sampel MEP dan beruk perlu dilakukan. Penelitian memanfaatkan 131 sampel darah utuh asal MEP dan 58 sampel asal beruk dikoleksi dari Fasilitas Penangkaran Wanara Satwa Loka (WSL) dan PSSP-LPPM IPB di Bogor. Amplifikasi PCR pada sampel DNA dilakukan dengan teknik real-time PCR SYBR Green menggunakan primer spesifik SRV1-5 7585U19 dan SRV1-5 7695L21. Analisis hasil amplifikasi didasarkan pada profil nilai cycle threshold (Ct) <24,0 dan nilai kurva leleh (melt curve) pada suhu kisaran 80,0-82,0ºC. Runutan nukleotida genom utuh dilakukan dengan teknik sekuensing asam nukleat menggunakan metode primer walking dan dianalisis dengan metode bioinformatik yaitu 4peaks, clustalW dan BLAST (NCBI). Pohon filogenetik dikonstruksi dengan metode neighbor-joining menggunakan program MEGA X. Berdasarkan uji tapis dengan teknik real-time PCR SYBR Green, diperoleh dua sampel yang memiliki karakeristik SERV yaitu Mn B1 dan Mn B140910 dengan nilai Tm 82,0ºC dan nilai Ct 22,37-22,54. Analisis runutan genom utuh terhadap dua sampel SERV tersebut diperoleh hasil yang identik dengan total 7991 nukelotida yang disusun atas domain LTR, gag, prt, pol, dan env. Kedua sampel ini memiliki kemiripan (identity) nukleotida 99-100% dengan isolat sampel beruk Mn 92227 asal Indonesia yang berada di Pusat Primata Nasional Universitas Washington (NaPRC UW) sejak tahun 1998 yang terkonfirmasi sebagai novel SERV. Gambaran hasil pohon filogenetik menunjukkan sampel Mn B1 dan Mn B140910 pada genom utuh nukleotida dan asam amino env mengelompok bersama SRV-2 dengan identitas nilai 82% dan 79%, sementara itu asam amino Gag, Prt, dan Pol mengelompok bersama SRV-1, -3, -4, -5, dan -8 dengan identitas 82-88%. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa kedua sampel yang diperoleh merupakan novel SERV asal beruk. Data genetik SERV pada beruk asal Indonesia ini dapat menjadi penelitian dasar dan pertimbangan penggunaan satwa primata sebagai model in vivo yang dapat menunjang perkembangan vaksin HIV dan terapi anti-kanker pada manusia., Macaca fascicularis (long-tailed macaque, MEP) and M. nemestrina (pig-tailed macaque, beruk) are non-human primates commonly used as laboratory animals in biomedical research to support the human health, among others are the in vivo testing for the development of HIV-1 vaccine. Recent studies have explored approaches to HIV vaccine by utilizing Human endogenous retrovirus (HERV) due to the hypervariability of exogenous retroviruses which causes conventional vaccines to be ineffective. HERV is also known induces an immune response, so it is possible to develop therapies against HERV for
Keyword: HIV, M. fascicularis, M. nemestrina, retrovirus, SERV

Judul: Formulasi TSP (Traveling Salesman Problem) menggunakan ILP (Integer Linear Programming)
Abstrak: TSP is a journey of salesman f?om his origin town (place) to visit n-cities (places) only at once, then return to his origin town (place) with a minimum total distance. Its purpose is to minimize the operating expense that is released by the company. Vehicle route at TSP in the form of a Hamiltonian cycle, that is closed path containing all nodes at the graph which representing a network walk. Its problem is to determine a journey route which is feasible (possibly can be passed by) in such a way the vehicle travelled distance passed the route is minimum.
Keyword: