Judul: Variability of INHA_MYCTU Protein Molecular Structure Benchmark in Molecular Docking Ensemble
Abstrak: Rafli Rahmat Kurnia. Variasi Benchmark Struktur Protein Inha Myctu Pada Penambatan Ensemble Molekul. Dibimbing oleh Dr. Setyanto Tri Wahyudi, S.Si., M.Si. dan Dr. Agus Kartono, S.Si., M.Si. Asam mikolat dalam bakteri tuberkulosis membuat bakteri tahan dengan kondisi luar lingkungan dan obat. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui nilai afinitas ligan yang berikatan dengan struktur target obat, ligan terbaik yang berikatan dengan target obat, serta pengaruh variasi benchmark pada energi bebas dari struktur protein inha myctu yang telah dilakukan benchmarking dengan struktur 5G0T, 5OIF, 2H9I, 6SQ7. Dalam penelitian ini dilakukan penambatan ensemble molekul dengan mengacu kepada 4 struktur berbeda sebagai acuan sehingga diketahui energi afinitas dari setiap benchmark. Hasil yang didapatkan berdasarkan analisis ialah ligan-ligan co-crystal dengan nilai afinitas paling negatif, sehingga dapat beikatan baik dengan struktur Inha Myctu yang diantaranya ialah ligan dengan kode 53K, XT0, 4PI, TCU, 9CV, I4I, ZID, XT, EAD, dan VMY dengan rasio kesamaaan 92,5 persen pada semua benchmark, perbedaan benchmark tidak mempengaruhi nilai energi afinitas yang dihasilkan pada proses penambatan molekul., Rafli Rahmat Kurnia. Inha Myctu Protein Structure Benchmark Variations in Molecular Ensemble Docking. Supervised by Dr. Setyanto Tri Wahyudi, S.Si., M.Sc. and Dr. Agus Kartono, S.Si., M.Sc. Mycolic acid in tuberculosis bacteria makes the bacteria resistant to external environmental conditions and drugs. This research aims to determine the affinity value of the ligand that binds to the drug target structure, the best ligand that binds to the drug target, as well as the effect of benchmark variations on the free energy of the inha myctu protein structure which has been benchmarked with the 5G0T, 5OIF, 2H9I, 6SQ7 structures. In this research, molecular ensemble docking was carried out by referring to 4 different structures as references so that the affinity energy of each benchmark was known. The results obtained based on the analysis are co-crystal ligands with the most negative affinity values, so they can bond well with the Inha Myctu structure, including ligands with codes 53K, XT0, 4PI, TCU, 9CV, I4I, ZID, XT, EAD, and VMY with a similarity ratio of 92.5 percent in all benchmarks, differences in benchmarks do not affect the affinity energy value produced in the molecular docking process.
Keyword: Afinitas, Benchmark, Penambatan, Affinity, Docking

Judul: MAPK14 Protein Structure Selection with Benchmark Variations via Molecular Docking
Abstrak: Kanker adalah penyakit kompleks yang melibatkan berbagai proses biologis yang berubah termasuk pertumbuhan sel yang tidak terkendali, resistensi terhadap kematian sel (apoptosis). Salah satu cara untuk membunuh sel kanker adalah apoptosis, apoptosis adalah mekanisme penting untuk mencegah proliferasi sel kanker. Salah satu gen yang menarik perhatian para peneliti dalam kaitanya dengaan kanker adalah MAPK14. Protein MAPK14 (p38 Mitogen Activated Protein Kinase) merupakan enzim yang terlibat dalam berbagai fungsi seluler (proliferasi, apoptosisi, diferensiasi, metastasis) dan juga terlibat dalam berbagai penyakit manusia. Protein MAPK14 memiliki struktur 3D yang sangat kompleks dan banyak yaitu 245 struktur 3D pada situs UniPort. Beberapa penelitian sebelumnya telah dilakukan untuk memprediksi struktur protein dengan menggunakan metode penambatan molekuler. Metode penambatan molekuler (redocking) dapat membantu dalam memprediksi struktur protein yang akurat dan terbaik, namun perlu dilakukan evaluasi kinerja metode dengan menggunakan variasi benchmark (pembanding) untuk memperoleh struktur yang akurat dan terbaik. Penelitian ini menggunakan protein MAPK14 dengan variasi benchmark melalui penambatan molekuler untuk memperoleh struktur terbaik, sehingga diperoleh 16 struktur terbaik di setiap benchmark berdasarkan RMSD (Root Mean Square Deviation) ≤ 2.0 Å, 12 struktur terbaik berdasarkan nilai afinitas yang tinggi yaitu nilainya semakin negatif dibawah -9.00 kcal/mol, dan struktur yang paling terbaik sering muncul (memiliki 2 kriteria yaitu RMSD ≤ 2.0 Å dan afinitas tinggi) terdiri dari 8 struktur yaitu (ID: 5WJJ, 6M95, 3ZSG, 4F9W, 3GCQ, 3HV3, 3IW7) di setiap benchmark. Variasi benchmark dalam penambatan molekuler menunjukkan tidak terdapat perbedaan secara nyata, dimana kita bebas untuk memilih struktur apa saja yang digunakan sebagai benchmark (titik acu pembandingnya). Interaksi ligan protein pada struktur 3D MAPK14 yang lebih kuat adalah interaksi hidrofobik, karena residu asam amino nya paling banyak muncul dan saling berinteraksi dibandingkan dengan ikatan hidrogen, baik sebelum dan setelah dilakukannya redocking, serta residu asam amino pada proses redocking lebih banyak muncul dan berikatan dibandingkan sebelum dilakukan redocking, dikarenakan proses redocking dapat mempengaruhi interaksi antara ligan dan protein.
Keyword: Binding Affinity, Ligand-Protein Interaction, MAPK14, Molecular Docking

Judul: Ornithonyssus Bursa (Berlese, 1888) Famili Macronyssidae yang Menyerang Unggas Dan Penaggulangannnya
Abstrak: Ornithonyssus bursa adalah tungau penghisap darah pada unggas di daerah tropis dan subtropis. Tungau ini relatif kecil, dengan panjang tubuh antara 700-1000 mikron dan lebarnya 250-490 mikron. Tubuhnya bulat berwarna coklat kekuningan sebelum menghisap darh dan berwarna merah setelah menghisap darah dari induk semangnya.
Keyword: