Judul: Penerapan algoritma Expectation Maximization (EM) pada penggerombolan jagung varietas lokal
Abstrak: Jagung memegang peran penting pada program diversifikasi pangan karena jagung memiliki kandungan karbohidrat yang tinggi. Salah satu upaya yang dilakukan untuk membantu tercapainya target diversifikasi pangan adalah menciptakan bibit jagung yang unggul, yang tahan terhadap hama dan memiliki nilai produksi yang tinggi. Dibutuhkan sumber gen yang baik untuk menghasilkan bibit unggul tersebut. Sumber gen dapat diperoleh dari plasma nutfah (sumberdaya genetik) yang berasal dari berbagai varietas lokal. Sehingga dibutuhkan cara yang efisien untuk meminimalisir penggunaan waktu dan biaya pengerjaan. Salah satu cara yang dapat digunakan adalah dengan menggerombolkan plasma nutfah ke dalam gerombol yang homogen sesuai ciri penggerombolan yang digunakan. Metode penggerombolan yang digunakan dalam penelitian ini adalah penggerombolan berhirarki dan penggerombolan berbasis sebaran menggunakan algoritma EM. Metode penggerombolan berhirarki umum digunakan karena mudah dalam pengaplikasiannya. Akan tetapi metode penggerombolan berhirarki hanya memisahkan gerombol berdasarkan jarak antar amatan. Alternatif metode penggerombolan yang menggerombolkan amatan tidak berdasarkan jarak melainkan berdasarkan sebaran data adalah penggunaan algoritma EM. BB Biogen melakukan penelitian terhadap 98 varietas jagung lokal dari pulau Jawa dengan 18 peubah yang diamati. Hasil metode penggerombolan berhirarki meggunakan jarak Mahalanobis menunjukkan bahwa metode pautan lengkap dan metode Ward mampu menghasilkan penggerombolan yang paling baik diantara empat metode pautan lainnya, dengan jumlah gerombol optimum 5. Hal ini ditunjukkan dengan nilai Pseudo-F metode pautan lengkap dan metode Ward yang terbesar diantara metode penggerombolan berhirarki lainnya. Selanjutnya, penggerombolan berbasis sebaran dengan menggunakan algoritma EM menghasilkan jumlah gerombol 5 dengan model EEI, berbentuk diagonal yang sama dengan orientasi mengikuti axis dan volume yang sama antar gerombol. Evaluasi metode penggerombolan menggunakan statistik uji Pseudo-F dan CTM menunjukkan bahwa algoritma EM mampu menghasilkan gerombol yang lebih baik dibandingkan metode pautan lengkap dan metode Ward.
Keyword: algoritma EM, analisis gerombol, penggerombolan berhirarki

Judul: Cluster Ensemble dalam Penggerombolan Varietas Padi
Abstrak: Salah satu metode statistika yang dapat digunakan untuk mengelompokkan varietas atau galur padi berdasarkan karakteristik yang ditentukan adalah analisis gerombol (clustering). Analisis gerombol terdiri dari beberapa metode. Tidak ada dasar penentuan metode yang paling tepat bagi pengguna analisis gerombol. Oleh karena itu maka dilakukan sebuah pendekatan dengan mengkombinasikan seluruh hasil dari penggerombolan yang dikenal dengan Cluster Ensemble. Cluster Ensemble adalah metode yang digunakan untuk menyelesaikan masalah penggerombolan dengan mengkombinasikan sekumpulan solusi gerombol yang berbeda yang diperoleh dari metode yang berbeda-beda menjadi satu solusi penggerombolan akhir. Karakteristik dari Cluster Ensemble adalah kekekaran, keakuratan, dan kestabilan hasil yang tinggi. Cluster Ensemble menggerombolkan 19 varietas atau galur padi berdasarkan 15 peubah karakteristiknya menjadi solusi 2, 3, dan 4 gerombol. Kriteria nilai reproducibility adjusted yang diperoleh berturut-turut sebesar 0.8330, 0.8666, 0.8742. Berdasarkan kriteria nilai tersebut, maka dapat disimpulkan bahwa solusi yang paling baik dalam menggerombolkan varietas padi pada penelitian ini adalah solusi 4 gerombol.
Keyword: 

Judul: Posisi Filogenetik Kura-Kura Carettochelys Insculpta  (Reptillia: Testudinata)
Abstrak: Carettochelys insculpta is an endemic freshwater turtle of southern Papua and northern Australia. Phylogenetic position of this turtle is remain unresolved until now. Most of the research conducted show close relationships of C. insculpta and members of Trionychidae family. However, some of the research show distance between C. insculpta and members of Trionychidae family. This research is conducted to analyze phylogenetic relationship between C. insculpta and other members of Testudinata using 12S rRNA, 16S rRNA, and both gene as markers. DNA samples were obtained from three different organisms of C. insculpta. Two species used as outgroups were Alligator mississippiensis and Iguana iguana. Phylogenetic analysis was carried out using Neighbor-Joining method with Felsenstein 1981 (F81) modeltest. A polytomy tree of Testudinata was produced by using 12S rRNA gene. However, analysis using 16S rRNA and both genes as markers confirmed that C. insculpta was located between the Chelonidae and the Trionychidae family.
Keyword: