Judul: Androgenesis, gynogenesis, and shLFY expression of shallot (Allium cepa Aggregatum group)
Abstrak: Informasi mengenai pembungaan pada bawang merah menjadi suatu yang menarik untuk diteliti mengingat perbedaan kemampuan berbunga pada masing-masing varietas. Informasi ini juga bermanfaat dalam pengembangan bawang merah melalui metode in-vitro seperti kultur antera dan gynogenesis. Dalam pemanfaatan kultur in-vitro seperti kultur antera dan gynogenesis beberapa faktor penting seperti: fase perkembangan antera, ukuran bunga, dan media tumbuh merupakan beberapa faktor penting dalam mencapai keberhasilan yang dituju. Penelitian bertujuan untuk memperoleh informasi terkait perkembangan mikrospora bawang merah, kemampuan berbunga, pola ekspresi gen shLFY serta media in-vitro yang tepat dalam pengembangan bawang merah melalui metode gynogenesis dan kultur antera. Empat varietas bawang merah yang terdiri dari Bima Brebes, Batu Ijo, Biru Lancor dan Sumenep digunakan dalam serangkaian kegiatan penelitian. Studi pertama terkait perkembangan mikrospora bawang merah menggunakan Rancangan Acak Kelompok dengan dua faktor, faktor pertama berupa varietas bawang merah dan faktor kedua adalah ukuran bunga. Dimana variabel pengamatan terdiri dari: kemampuan berbunga, jumlah bunga per umbel, panjang kotak antera, jumlah mikrospora dan perkembangan mikrospora. Hasil penelitian menunjukkan bahwa varietas Bima Brebes merupakan varietas yang memiliki kemampuan berbunga lebih baik dibandingkan varietas Batu Ijo dan Biru Lancor. Jumlah kandungan mikrospora pada kotak antera berkaitan dengan ukuran antera dan juga ukuran bunga. Semakin besar ukuran bunga maka ukuran antera juga akan semakin besar dan jumlah mikrospora juga semakin tinggi. Studi kedua terkait ekspresi relatif gen shLFY (Shallot-LFY), dimana gen ini terlibat dalam proses inisiasi awal pembungaan pada tanaman bawang merah. Kegiatan ini menggunakan empat varietas bawang merah yaitu: Bima Brebes, Batu Ijo, Biru Lancor dan Sumenep, metode qRT-PCR digunakan untuk memperoleh nilai ekspresi gen shLFY pada tiaptiap sampel. Sampel yang digunakan berupa umbel pada umur 25, 27 dan 29 hari setelah tanam, dan sampel daun digunakan pada varietas Sumenep karena ketidak mampuan berbunga dan juga berperan sebagai varietas kalibrator. Penelitian ini membuktikan bahwa gen shLFY memiliki peran penting dalam inisiasi pembungaan bawang merah, hal penting lain yang diperoleh bahwa terdapat ekspresi gen shLFY pada varietas Sumenep. Studi ketiga yakni penerapan metode kultur haploid pada tanaman bawang merah, yang meliputi kultur antera dan induksi gynogenesis. Eksplan yang digunakan berupa antera dan juga kuncup bunga bawang merah. Kegiatan ini diawali dengan mencari media dasar in-vitro serta komposisi zat pengatur tumbuh yang kiranya tepat dalam kegiatan kultur haploid. Media dasar berupa MS, BDS, N6 dan B5 digunakan dalam penelitian ini. Hasil studi menunjukkan bahwa, media MS (Murashige and Skoog) dengan penambahan zat pengatur tumbuh merupakan media yang paling baik dalam menginduksi terbentuknya kalus dari eksplan antera bawang merah. Media MS juga bisa digunakan dalam menginduksi gynogenesis pada bawang merah. Kegiatan kultur antera berhasil memperoleh kalus akan tetapi belum berhasil memperoleh planlet bawang merah. Kegiatan gynogenesis yang dilakukan memberikan hasil berupa planlet akan tetapi konstitusi genetik masih dalam 2n (diploid). Perolehan kalus dari kegiatan kultur antera dan juga planlet dari gynogenesis merupakan keberhasilan awal yang sangat berarti dalam pengembangan bawang merah secara in-vitro. Kata kunci: Bawang merah, qRT-PCR, ekspresi gen, kultur haploid
Keyword: Shallot, qRT-PCR, Gene Expression, Haploid Culture

Judul: Invivo poliploid induction, gene expression analysis of  FLOWERING LOCUS T-2 and effect of photoperiodism on shallot (Allium cepa L.  var. aggregatum)
Abstrak: kuran dan warna umbi menjadi preferensi konsumen, hal tersebut juga menjadi faktor utama dalam usaha peningkatan kualitas bawang merah. True shallot seed (TSS) yang dihasilkan dari bunga bawang memiliki keunggulan karena benih bebas penyakit dan mampu meningkatkan produktivitas bawang merah dibandingkan dengan budidaya menggunakan umbi. Namun varietas bawang merah seperti Rubaru yang memiliki ukuran umbi lebih kecil dibandingkan dengan varietas bawang merah lokal lain dan tidak dapat menghasilkan bunga. Usaha mutasi dengan menggunakan kolkisina diharapkan mampu meningkatkan ukuran dan kualitas umbi. Selain itu, pemahaman terkait mekanisme kerja gen pada pembungaan juga penting untuk usaha pemuliaan melalui teknik hibridisasi. Tujuan utama penelitian ini ialah: 1) Memperoleh bawang merah kultivar Rubaru dengan ploidi yang lebih tinggi dari asalnya melalui penggandaan secara in vivo. 2) Mengidentifikasi sikuen gen AcFT2 pada varietas bawang merah Lokananta, Bima Brebes, Rubaru, Palasa, dan Biru Lancor. 3) Mempelajari ekspresi relatif gen AcFT2 dan korelasinya terkait pembungaan pada lima varietas bawang merah Lokananta dan Bima Brebes. 4) Mempelajari kemampuan berbunga lima varietas bawang merah terhadap perbedaan fotoperiodisme. Penelitian dilakukan pada tahun 2019–2020 yang terdiri atas tiga percobaan, 1) Induksi poliploid bawang merah Rubaru dengan kolkisina, 2) Isolasi dan analisa ekspresi relatif gen AcFT2 3) percobaan perlakuan fotoperiodisme hari panjang dan hari pendek pada bawang merah. Percobaan induksi poliploid dilakukan pada bawang merah Rubaru dengan menggunakan Rancangan Kelompok Lengkap Teracak (RKLT) dengan 6 taraf perlakuan konsentrasi kolkisina yaitu: 0, 0,01, 0,02, 0,05, 0,1 dan 0,2% serta 5 taraf lama perendaman yaitu: 0, 3, 6, 12, dan 24 jam. Percobaan analisa ekspresi gen AcFT2 dilakukan dengan vernalisasi bawang merah varietas Lokananta dan Bima Brebes. Percobaan fotoperiodisme dilakukan dengan penanaman bawang merah pada kondisi natural (10 jam penyinaran) di Rumah Kaca Laboratorium Horticulture Gifu University Jepang selama 60 hari kemudian sebagian di beri perlakuan pemberian cahaya dengan lampu fluorescence selama 4 jam. Aplikasi kolkisina pada umbi secara invivo menghasilkan peningkatan ploidi terbatas hanya pada sel-sel tertentu. Sikuen fragmen gen AcFT2 dapat diidentifikasi pada varietas bawang merah Lokananta, Bima Brebes, Palasa, Rubaru dan Biru Lancor dengan tingkat homologi yang tinggi dengan sikuen gen referensi AcFT2 CUDH2150 dan gen FT genus Allium lainnya. Ekspresi relatif gen AcFT2 like shallot pada varietas bawang merah Lokananta dan Bima Brebes berkorelasi terhadap tingkat pembungaan. Varietas Lokananta menunjukkan ekspresi relatif gen dan jumlah umbel bunga yang tinggi. Perbedaan fotoperiodisitas berpengaruh pada pada jumlah umbel bunga dan umbel bunga terbuka varietas bawang merah Lokananta, Bima Brebes, Palasa, Rubaru dan Biru Lancor. Varietas Lokananta mampu berbunga pembungaan baik pada hari pendek (± 10 jam) maupun hari panjang., Ukuran dan warna umbi menjadi preferensi konsumen, hal tersebut juga menjadi faktor utama dalam usaha peningkatan kualitas bawang merah. True shallot seed (TSS) yang dihasilkan dari bunga bawang memiliki keunggulan karena benih bebas penyakit dan mampu meningkatkan produktivitas bawang merah dibandingkan dengan budidaya menggunakan umbi. Namun varietas bawang merah seperti Rubaru yang memiliki ukuran umbi lebih kecil dibandingkan dengan varietas bawang merah lokal lain dan tidak dapat menghasilkan bunga. Usaha mutasi dengan menggunakan kolkisina diharapkan mampu meningkatkan ukuran dan kualitas umbi. Selain itu, pemahaman terkait mekanisme kerja gen pada pembungaan juga penting untuk usaha pemuliaan
Keyword: LC50, qRT-PCR, flowering induction

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: