Judul: Asosiasi Keragaman Genotipe Gen NRAMP-1 dengan Ketahanan Tubuh Ayam Kampung terhadap Salmonella pullorum
Abstrak: Natural Protein Resistance-Associated Makrofag 1 (NRAMP-1) merupakan salah satu gen yang berperan dalam mengontrol ketahanan tubuh terhadap penyakit . Ayam kampung adalah salah satu ayam lokal yang memiliki keragaman dan produktifitas tinggi. Program pemuliaan untuk meningkatkan ketahanan penyakit melalui seleksi molekuler merupakan salah satu upaya yang telah berkembang untuk meningkatkan produktivitas ayam. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari hubungan keragaman NRAMP-1 dengan penyakit resistensi pada ayam Kampung. Metode PCR RFLP diterapkan untuk menganalisis hubungan antara polimorfisme NRAMP-1 dengan ketahanan infeksi terhadap Salmonella pullorum. Penelitian dilakukan pada bulan Juli 2016 sampai Januari 2017 dengan 3 tahap yaitu tahap pertama pemeliharaan ayam kampung, tahap kedua identifikasi keragaman gen NRAMP-1 dan tahap ketiga asosiasi genotip gen NRAMP-1 dengan ketahanan terhadap penyakit pada ayam kampung. DNA ayam kampung yang digunakan pada penelitian berjumlah 162, 44 berasal dari populasi ayam sukabumi peternakan rakyat, 49 sampel DNA dari ayam kampung populasi sukabumi peternakan industri, dan 69 sampel koleksi DNA Laboratorium Genetika Molekuler Ternak berasal dari ayam Ciawi. Identifikasi keragaman gen NRAMP-1 menggunakan metode PCR-RFLP. Analisa data yang dilakukan yaitu frekuensi genotipe, frekuensi alel, heterozigositas, dan keseimbangan Hardy- Weinberg. Ketahanan tubuh ayam dilakukan pada ayam kampung sukabumi dari peternakan rakyat. Analisis data secara deskriptif untuk pengujian profil leukosit (konsentrasi leukosit dan diferensiasinya, heterofil, monosit dan limfosit). Pengujian aktivitas fagosistosis dan uji clearance dianalisa ragam. Hasil penelitian menunjukkan bahwa 3 genotipe diidentifikasi gen NRAMP-1 pada ayam Kampung, yaitu TT, TC dan CC. Gen NRAMP-1 bersifat polimorfik pada ayam kampung sukabumi peternakan rakyat. Nilai chi-kuadrat ayam Kampung peternakan rakyat menyimpang dari rasio harapan. Peternakan industri dan Ciawi berada pada kesetimbangan Hardy-Weinberg. Konsentrasi leukosit genotipe CC lebih keci dari kisaran normal. Persentase heterofil, monosit dan limfosit berada pada kisaran normal. Nilai H/L genotipe CC paling rendah.. Aktivitas fagositosis dicerminkan pada aktivitas dan kapasitas makrofag. genotipe ketiga gen NRAMP-1 pada ayam kampung memiliki aspek ketahanan terutama terhadap Salmonella pullorum yang tidak berbeda secara invitro. Kesimpulan, genotipe gen NRAMP-1 bersifat polimorfik dan dapat digunakan sebagai kandidat gen ketahanan terhadap penyakit.
Keyword: gen NRAMP-1, ayam kampung, ketahanan, Salmonella pullorum

Judul: Keragaman Gen iNOS (inducible Nitric Oxide Synthase) dan Asosiasinya terhadap Sifat Ketahanan Tubuh pada Ayam Kampung
Abstrak: Ayam kampung merupakan ayam lokal Indonesia yang memiliki keragaman genetik yang tinggi. Ayam kampung memiliki berbagai keunggulan, salah satunya adalah dari sifat ketahanan yang tinggi terhadap penyakit dan mudah beradaptasi dengan lingkungan tropis. Seleksi secara konvensional untuk sifat ketahanan tubuh terhadap penyakit sulit untuk dilakukan sehingga pendekatan seleksi berbasis molekuler diharapkan lebih efektif diaplikasikan. Seleksi berbasis molekuler dapat dilakukan melalui identifikasi gen pengontrol sifat ketahanan terhadap penyakit pada ayam kampung. Salah satu gen pengontrol sifat ketahanan pada ayam kampung yaitu gen iNOS. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman genotipe gen iNOS sebagai pengontrol ketahanan penyakit pada ayam kampung dan untuk menguji asosiasinya dengan sifat ketahanan penyakit yang disebabkan oleh bakteri S. pullorum. Penelitian dilakukan dalam tiga tahap yaitu tahap pertama pemeliharaan ternak. Tahap kedua yaitu identifikasi keragaman gen iNOS pada tiga populasi ayam kampung. Tahap ketiga yaitu asosiasi genotipe gen iNOS terhadap profil leukosit, aktifitas fagositosis dan kemampuan membunuh bakteri Salmonella pullorum. Total sampel yang digunakan berjumlah 162 sampel DNA ayam kampung yang terdiri dari 44 sampel darah yang berasal dari pemeliharaan ayam kampung Sukabumi peternakan rakyat kecamatan Jampang Tengah, 49 sampel DNA ayam kampung Sukabumi peternakan industri Warso dan 69 sampel DNA ayam kampung koleksi LGMT Ciawi. Jumlah sampel yang digunakan pada tahap ketiga yaitu masing-masing 10 sampai 13 ekor ayam kampung untuk analisa ketahanan terhadap penyakit yang meliputi profil leukosit dan diferesiensinya, uji aktivitas fagositosis dan uji kemampuan membunuh bakteri S. pullorum. Jumlah ini mewakili masing-masing genotipe pada populasi ayam kampung Sukabumi peternakan rakyat. Identifikasi keragaman gen iNOS menggunakan metode Polymerase Chain Reaction - Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP). Data yang dianalisis terdiri dari frekuensi alel, frekuensi genotipe, heterozigositas dan keseimbangan Hardy–Weinberg. Kemudian untuk asosiasi dianalisis dengan Analysis of variance (ANOVA). Hasil penelitian ditemukan bahwa gen iNOS|AluI untuk ketiga populasi ayam kampung bersifat polimorfik dan ditemukan dua alel (T dan C) dan tiga genotipe (TT, TC dan CC). Gen iNOS untuk ketiga populasi memiliki keragaman yang rendah dan menyimpang dari keseimbangan Hardy–Weinberg. Profil leukosit ayam kampung secara umum ditemukan berada pada kisaran normal. Konsentrasi leukosit ditemukan bahwa untuk genotipe TT (9.9 103 sel mm3) berada dibawah kisaran normal dan untuk genotipe TC (12.1 103 sel mm3) dan CC (12.3 103 sel mm3) berada pada kisaran nomal. Nilai heterofil, monosit dan limfosit ketiga genotipe gen iNOS ayam kampung berada pada kisaran normal masing-masing berkisar antara 35.0 sampai 48.5%, 3.5 sampai 4.6 dan 48% sampai 60.3%. Rasio H/L ditemukan bahwa genotipe TT (0.58) paling tahan terhadap stres karena lingkungan panas. Genotipe gen iNOS tidak berasosiasi dengan aktivitas fagositosis. Jumlah aktifitas makrofag untuk ketiga genotipe yaitu berkisar antara 81.0% sampai 83.7% dan kapasitas makrofag yaitu 35.2 sampai 52.7 bakteri makrofag-1 dan total bakteri yang ditelan yaitu antara 2180.3 sampai 2235.0. Tingkat kematian bakteri S. pullorum pada genotipe gen iNOS masing-masing adalah geotipe TT (98.91%), TC (99.83%) dan CC (99.52%). Jumlah bakteri yang mati yaitu genotipe TT (6.73 x 1010 cfu mL-1), TC (6.77 x 1010 cfu mL-1) dan CC (6.75 x 1010 cfu mL-1). Hasil penelitian menunjukkan bahwa ketiga genotipe gen iNOS memiliki ketahanan terhadap penyakit yang hampir sama pada ayam kampung. Dapat
Keyword: ayam kampung, gen iNOS, makrofag, S. pullorum, profil darah

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: