Judul: The Potency of Endophytic Bacteria to Enhance The Resistance of Black Pepper (Piper nigrum L.) againts Phytophthora capsici Leon, the Causal Agent of  Basal Stem Rot Disease (BSR).
Abstrak: Penyakit Busuk Pangkal Batang (BPB) yang disebabkan oleh cendawan P. capsici merupakan penyakit paling penting pada tanaman lada. Penyakit tersebut sudah menyebar di berbagai daerah penanaman lada di Indonesia. Kerugian hasil yang ditimbulkan oleh adanya penyakit BPB pada tanaman lada dapat mencapai 40% setiap tahun. Sampai saat ini belum ada cara efektif untuk mengendalikan penyakit BPB. Indonesia memiliki keanekaragaman mikroba yang sangat tinggi dan banyak diantaranya berpotensi sebagai agens pengendali hayati salah satunya adalah kelompok bakteri endofit. Penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi dan mengidentifikasi bakteri endofit dari beberapa varietas tanaman lada yang mampu menekan perkembangan penyakit BPB serta menguji daya penekanan bakteri endofit terhadap penyakit BPB secara in vitro dan in vivo pada bibit tanaman lada. Eksplorasi bakteri endofit diisolasi dari tanaman lada yang diambil dari tiga jenis varietas yaitu varietas Natar, Petaling, dan Jambi. Isolat cendawan P. capsici yang digunakan dalam penelitian ini berasal dari koleksi Laboratorium Balai Penelitian Tanaman Obat dan Aromatik Bogor. Isolat yang diperoleh diseleksi potensi antagonismenya terhadap cendawan P. capsici dengan metode biakan ganda pada media PDA. Bakteri endofit terpilih dibiakkan pada media cair Luria Berthani (LB) kemudian diinkubasi bergoyang dengan kecepatan 150 rpm pada suhu ruang selama 72 jam. Perlakuan yang digunakan pada pengujian ini meliputi: aplikasi bakteri endofit secara tunggal, kombinasi antar isolat, aplikasi fungisida, dan kontrol tanpa aplikasi bakteri dan fungisida dengan 4 ulangan dan 5 sub unit bibit tanaman lada pada setiap ulangan. Pengamatan dilakukan terhadap masa inkubasi, kejadian penyakit, penekanan penyakit, keparahan penyakit, dan perkembangan penyakit. Isolat bakteri endofit terpilih diidentifikasi secara molekuler berdasarkan gen 16S rRNA. Ekstraksi DNA bakteri dilakukan menggunakan kit GeneadTM. Amplikasi gen 16 rRNA menggunakan primer universal 27(F5’-AGAG TT TGATCCTGGCTCAG-3’) dan 1492R (5’-GGTTACCTTGTT ACGA CTT-3’). Isolat bakteri terpilih dilakukan karakterisasi secara morfologi bakteri endofit, uji Gram menggunakan KOH 3%, penambat nitrogen, dan reaksi hipersensitif pada tanaman tembakau., Phytophthora capsici as causal agent of basal stem rot (BSR) disease on pepper plants (Piper nigrum L) is a major pathogen of this plant. The objective of this research was to get some endophytic bacteria were able to suppress the growth of Phytophthora capsici by two methods: (1) explored and identified endophytic bacteria from several varieties of pepper plants were able to suppress the progression of the disease, (2) endophytic bacterial antagonism were tested toward Phytophthora capsici by in vitro and in vivo. The results showed that 134 endophytic bacteria from leaves and roots of black pepper have been successfully isolated and produced three isolates selected. The three endophytic bacteria were DJ4, AN21, and DJ8. The incubation period of endophytic bacteria treatment was longer than control treatment, 12-15 days after inoculation (dai) and 10 dai, respectively. The application of endophytic bacteria in suppressing disease progression ranged 51.95% to 95.63% in black pepper seed. Severity of illness ranged from 0%-29.35%. Molecular characterization based on the sequence partial of 16S rRNA showed that three isolates of endophytic bacteria (DJ4, AN21, and DJ8) identified as Agrococcus jenensis, Delfitia tsuruhatensis, and Bacillus licheniformis, three endophytic bacteria were not phytopathogenic.
Keyword: Black pepper, Endophytic bacteria, Phytophthora capsici, Sequencing

Judul: Isolasi dan Karakterisasi Rhizobakteri untuk Pengendalian Penyakit Busuk Pangkal Batang pada Tanaman Lada
Abstrak: Lada (Piper nigrum l.) merupakan tanaman rempah yang banyak diusahakan di perkebunan rakyat. Daerah sentra produksi lada di Indonesia antara lain provinsi Lampung, Bangka Belitung, Kalimantan Barat, Kalimantan Timur, Bengkulu dan Sulawesi Selatan. Salah satu kendala utama dalam budidaya lada adalah penyakit busuk pangkal batang (BPB) yang disebabkan oleh Phytophthora capcisi. P. capsici termasuk pseudofungi yang bersifat tular tanah yang mudah tersebar melalui tanah terkontaminasi, terbawa oleh aliran air atau bagian tanaman yang sakit. Penyakit BPB pada tanaman lada dapat menyerang seluruh bagian tanaman mulai dari bagian pangkal batang dan akar, batang, daun tua, hingga ke bagian pucuk daun. Penggunaan mikroorganisme sebagai agen biokontrol berpotensi untuk mengurangi penyakit pada tanaman. Salah satu mikroorganisme yang berpotensi digunakan sebagai agen biokontrol adalah bakteri. Tujuan penelitian ini ialah mengeksplorasi rhizobakteri dari tanaman lada (Piper nigrum), cabe jawa (Piper retrofractum), karuk (Piper chaba), sirih (Piper betle) dan lada liar, juga mengevaluasi potensinya sebagai agen hayati P. capsici dan mengidentifikasi bakteri menggunakan metode molekuler. Penelitian ini terdiri dari beberapa tahap antara lain, isolasi rhizobakteri dari tanah perakaran lada, cabe jawa, sirih, karuk, dan lada liar. Isolasi rhizobakteri dilakukan pada medium tryptyc soy agar (TSA), nutrient agar (NA) dan King’s B. Isolat rhizobakteri diuji keamanan hayati dengan uji hipersensitifitas dan hemolisis agar darah. Bakteri hasil seleksi in vitro diseleksi lebih lanjut secara in planta pada bibit lada. Isolat hasil seleksi in planta diuji karakterisasi sebagai calon agen hayati dengan uji gram, uji antibiosis, uji produksi volatile organic compound, uji enzim fosfatase, uji produksi hormon IAA, uji produksi siderofor dan uji glukanase. Selanjutnya diidentifikasi secara molekuler dengan teknik PCR untuk target 16S rRNA menggunakan primer forward 27 F dan primer reverse 1492 R dilanjutkan dengan perunutan DNA. Hasil penelitian menunjukkan 60 isolat dari total 178 isolat yang berhasil diisolasi bereaksi negatif pada uji hipersensitifitas dan uji hemolisis agar darah. Skrining isolat pada bibit lada berumur 10 minggu terhadap P. capsici didapatkan 10 isolat rhizobakteri LD8, LD25, LD82, CJ4, CJ5, LL1, KK1, KK2, KK3 dan KK10 yang memiliki indeks penyakit lebih rendah dibandingkan dengan perlakuan yang lain dan kejadian penyakit 25% - 50%. Hasil uji karakterisasi 10 isolat rhizobakteri menunjukkan 8 isolat mampu memproduksi siderofor, 7 isolat pelarut fosfat, 1 isolat memproduksi IAA tinggi, 2 isolat memproduksi senyawa volatil, 3 isolat menghasilkan β-glukanase, dan 1 isolat dengan persentase penghambatan sebesar 51,60%. Hasil identifikasi molekuler menunjukkan isolat LD82 memiliki homologi 99,08% dengan Burkholderia cepacia, LD25 memiliki homologi 83,01% dengan B. cenocepacia, dan KK1 memiliki homologi 96,83% dengan Enterobacter sp.. Berdasarkan hasil skrining dan uji karakterisasi diketahui terdapat isolat yang potensial sebagai biokontrol P. capsici pada tanaman lada. Penelitian ini diharapkan dapat memberikan pengetahuan tentang rhizobakteri yang dapat berperan sebagai agen hayati pada tanaman lada.
Keyword: Lada, Phytophthora capsici, agen hayati

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: