Judul: . Identifikasi Keragaman Gen Κ-Kasein Dan Hubungannya Dengan Kualitas Susu Kerbau Lokal
Abstrak: Terdapat dua tipe kerbau lokal Indonesia, yakni kerbau sungai (riverine buffalo) dan kerbau rawa atau kerbau lumpur (swamp buffalo). Selain sebagai penghasil daging dan tenaga kerja, kerbau dapat dimanfaatkan sebagai penghasil susu. Susu merupakan salah satu pangan fungsional karena mempunyai nutrisi lengkap secara alami dan mudah diserap oleh tubuh. Gen κ-Kasein dikenal berperan dalam mengontrol protein susu serta berperan dalam koagulasi dan pembentukan curd susu. Produk olahan susu kerbau di Indonesia masih bersifat tradisional, antara lain dadih, dali, dan danke. Salah satu produk olahan susu yang berbahan dasar susu kerbau dan memiliki nilai ekonomi tinggi adalah keju mozzarella. Hal tersebut merupakan peluang untuk meningkatkan nilai tambah susu kerbau lokal, namun kendala yang dihadapi adalah rendahnya produktivitas kerbau. Peningkatan produktivitas kerbau sebagai penghasil susu dapat didukung dengan peningkatan mutu genetik kerbau. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman gen κ-Kasein pada kerbau lokal di Indonesia menggunakan teknik PCR-RFLP (polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism) serta menganalisis hubungan antara keragaman genotipe dengan kualitas susu kerbau lokal. Sampel yang digunakan berasal darah dan susu kerbau. Sampel darah sebanyak 290 ekor, terdiri atas 40 ekor kerbau sungai dan 250 ekor kerbau rawa. Sampel susu sebanyak 40 sampel, terdiri atas 13 sampel susu kerbau sungai dan 27 sampel susu kerbau rawa. Isolasi DNA menggunakan metode ekstraksi phenol-chloroform (Sambrook et al. 1989) yang dimodifikasi oleh Andreas et al. (2010). Pendeteksian keragaman gen κ-Kasein menggunakan metode PCR-RFLP dengan EcoRV sebagai enzim restriksi. Analisis data menggunakan frekuensi alel, frekuensi genotipe, nilai heterozigositas, polymorphic informative content (PIC), dan perunutan susunan nukleotida. Hubungan antara varian genotipe gen κ-Kasein dengan kualitas susu dianalisa secara deskriptif. Amplifikasi gen κ-Kasein memiliki panjang 157 pb terletak di sebagian ekson 4. Genotiping gen κ-Kasein pada kerbau sungai menghasilkan 3 genotipe, dengan frekuensi masing-masing CC (0.775), CT (0.200), and TT (0.025); sedangkan kerbau rawa ditemukan monomorfik karena hanya memiliki satu genotipe, yaitu genotipe CC (100%). Nilai heterozigositas pengamatan kerbau sungai (Ho = 0.200) dan rawa (Ho = 0.000) adalah rendah. Nilai PIC ditemukan tinggi pada kerbau sungai di BPTU Siborong-borong (PIC = 0.288). Sekuensing fragmen gen κ-Kasein kerbau sungai menunjukkan adanya mutasi basa Citosin (C) menjadi Timin (T) pada posisi basa ke-23 pb (Thr/ACC to Ile/ATC) dan 27 pb (silent mutation Thr/ACC to Thr/ACT) dari produk PCR. Secara umum, susu kerbau rawa memiliki kadar lemak, BKTL (bahan kering tanpa lemak), protein, dan laktosa yang lebih tinggi dibandingkan kerbau sungai. Ruas gen κ-Kasein dalam penelitian ini tidak dapat digunakan sebagai penanda kualitas susu kerbau.
Keyword: κ-Kasein, keragaman, kerbau lokal, kualitas susu, PCR-RFLP

Judul: Keragaman Kualitas Susu dan Yogurt dari Susu Kambing Peranakan Etawah, Saanen dan Persilangannya
Abstrak: Kualitas susu kambing sangat dipengaruhi oleh kadar protein dan menjadi salah satu kriteria utama dalam penjualan susu kambing di banyak negara. Perbedaan kadar protein susu kambing diantaranya disebabkan adanya variasi genetik ternak. Upaya peningkatan mutu genetik dapat dilakukan melalui program seleksi. Perkembangan teknologi dalam bidang biologi molekuler memungkinkan penggunaan penanda molekuler untuk mengukur status keragaman genetik melalui pemanfaatan gen penciri (marker-assisted selection/ MAS), sehingga seleksi dapat dilakukan dalam jangka waktu yang relatif cepat. Kasein merupakan penyusun terbesar protein susu yang terdiri atas empat jenis polipeptida, yaitu αs1-, β-, αs2- dan κ-kasein. Polimorfisme (keragaman) gen kasein kambing perah berhubungan erat dengan kualitas protein susu. Kappa kasein (κ-kasein) merupakan salah satu fraksi kasein yang mempengaruhi stabilitas partikel-partikel kompleks koloid (misel) susu. Protein κ-kasein kambing perah terdiri atas 171 asam amino. Gen κ-kasein terdiri atas 5 exon dan 4 intron dengan wilayah pengkodean di exon 3 (9 asam amino) dan exon 4 (162 asam amino), dengan panjang gen adalah sekitar 14 kb. Beberapa penelitian menunjukkan terdapat keragaman gen κ-kasein pada berbagai jenis ternak kambing perah di Eropa akibat adanya mutasi dan terdapat hubungan antara keragaman gen κ –kasein tersebut dengan komposisi susu. Individu dengan genotipe BB memiliki persentase protein susu yang tinggi, sedangkan individu dengan genotipe AB memiliki persentase lemak susu yang tinggi. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman kualitas susu dan produk olahan susu berupa yogurt dari kambing Peranakan Etawah (PE), Saanen dan persilangannya dengan pendekatan marka gen pengontrol protein susu yaitu κ-kasein. Jumlah kambing perah yang digunakan dalam penelitian ini adalah 150 ekor terdiri atas PE sebanyak 48 ekor, Saanen 51 ekor dan persilangan PE-Saanen 51 ekor. Tahapan kegiatan penelitian meliputi: (a) identifikasi keragaman molekuler dengan metode PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction –Restriction Fragment Length Polymorphism) dan sekuensing DNA (b) analisis kualitas kimia susu segar meliputi analisis kadar protein, lemak, berat jenis dan bahan kering tanpa lemak (c) pembuatan yogurt (d) analisis kualitas kimia yogurt yang terdiri atas waktu koagulasi, nilai pH, total asam tertitrasi, rendemen, kadar air, kadar abu, kadar lemak, kadar protein dan viskositas, serta (e) uji organoleptik terhadap kesukaan/daya terima yogurt menggunakan metode hedonik dengan skala yaitu 1 (sangat tidak suka), 2 (tidak suka), 3 (agak suka), 4 (suka) dan 5 (sangat suka). Analisis data yang dilakukan berupa frekuensi alel, perhitungan heterosis, analisis General Linear Model (GLM) untuk mengetahui perbedaan kualitas susu dan yogurt antar bangsa kambing perah dan analisis statistik non parametrik untuk uji organoleptik....dst
Keyword: dairy goats, κ-casein gene, PCR-RFLP, milk, yogurt

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: