Judul: Genotiping Gen Acaca Dan Hubungannya Dengan Asam Lemak Susu Sapi Perah Friesian Holstein Menggunakan Taqman Real-Time Pcr
Abstrak: Kandungan asam lemak susu sangat besar dipengaruhi oleh faktor genetik. Gen ACACA merupakan gen penting dalam regulasi dan metabolisme asam lemak susu pada sapi Friesian Holstein (FH). Pengaruh keragaman gen ACACA terhadap asam lemak susu pada sapi FH dalam negeri belum banyak dilakukan. Penelitian bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman gen ACACA pada sapi FH dan analisis hubungan kergaman gen ACACA terhadap kandungan asam lemak susu. Sampel DNA sapi FH yang digunakan berasal dari lima lokasi sebanyak 277 sampel yang terdiri atas sapi betina laktasi sebanyak 113 ekor dari Balai Penelitian Ternak (Balitnak) Ciawi, 42 ekor berasal dari BPPT-SP Cikole, 76 ekor berasal dari BBPTU Baturraden, serta sapi pejantan sebanyak 17 ekor dari BIB Lembang dan 29 ekor dari BBIB Singosari. Sampel susu sebanyak 42 dikoleksi dari BPTU Baturaden berdasarkan uji satu hari dengan menjumlahkan produksi pagi dan sore dari bulan laktasi 1-4. Sampel susu dianalisis menggunakan Gas Chromatography Mass Spectromtery (GCMS). Ampilfikasi gen ACACA menggunakan TaqMan real-time PCR (polymerase chain reaction) dengan kondisi suhu thermal cycler yaitu suhu denaturasi, annealing dan ekstensi masing-masing 95 oC selama 20 detik, 60 oC selama 1 menit dan 95 oC selama 3 detik yang diulang sebanyak 40 siklus. Penentuan genotipe gen ACACA pada setap individu dan kelompok sampel ditunjukkan dalam bentuk kurva dan klaster fluoresensi genotipe. Genotipe GG ditunjukkan dengan kurva fluoresensi FAM berwarna biru, genotipe GT ditunjukkan oleh kurva fluoresensi berwarna FAM-VIC kombinasi warna biru dan merah jambu (pink) atau hijau, sedangkan genotipe TT ditunjukkan oleh kurva fluoresensi VIC. Data genotipe dianalisis menggunakan frekuensi genotipe, frekuensi alel, derajat heterozigositas, indeks deferensiasi genetik (FST) dan tingkat keragaman alel dihitung menggunakan nilai PIC (polymorphic informative content). Analisis hubungan keragaman genotipe ACACA dengan kandungan asam lemak susu menggunakan GLM (general linier model) SAS versi 9.2. Hasil amplifikasi gen ACACA pada sapi FH diperoleh dua genotipe yaitu GG dan GT. Genotipe GG ditunjukkan oleh fluoresensi FAM berwarna biru, sedangkan genotipe GT ditunjukkan oleh kombinasi fluoresensi FAM dan VIC. Nilai frekuensi genotipe GG secara umum lebih tinggi dibandingkan genotipe GT dengan rataan masing-masing 0.885 dan 0.115. Frekuensi alel G juga menunjukkan lebih tinggi dibandingkan dengan frekuensi alel T masing-masing 0.942 dan 0.058. Nilai heterozigositas termasuk kategori rendah (Ho=0.027-0.176 dan He=0.026-0.161). Rerata nilai FST sebesar 0.100 dan nilai PIC termasuk kategori rendah (<0.25). Analisis keragaman gen ACACA terhadap asam lemak susu, secara umum tidak berbeda nyata kecuali pada asam lemak laurat (C12:0) dan dodecanoat (C12:1). Genotipe GG memiliki kandungan asam laurat lebih tinggi (5.99±0.09) dibandingkan dengan genotipe GT (5.55±0.18), sedangkan genotipe GT memiliki kandungan asam lemak dodecanoat lebih tinggi (0.29±0.06) dibanding genotipe GG (0.14±0.06). Disimpulkan bahwa gen ACACA pada sapi FH yang diamati bersifat polimorfik. Keragaman gen ACACA berpengaruh nyata terhadap asam lemak laurat (C12:0) dan dodecanoat (C12:1). Keragaman gen ACACA berpotensi menjadi marka genetik yaitu genotipe GG untuk meningkatkan asam lemak laurat dan genotipe GT untuk meningkatkan asam lemak dodecanoat.
Keyword: asam lemak susu, Friesian Holstein, gen ACACA, real-time PCR

Judul: Metode Ekstraksi DNA dan ldentifikasi Gen Kappa Kasein (K-Kasein) pada Sapi Friesian Holstein (FH) di Peternakan Rakyat
Abstrak: Gen-gen kasein (a51-kasein, a52-kasein, β-kasein dan K-kasein) banyak di laporkan bertanggung jawab terhadap sifat kualitas dan kuantitas susu sapi. P enelitian ini bertujuan untuk membandingkan metode ekstraksi DNA fenolkloroform dengan metode pengendapan garam, dan untuk mengidentifikasi gen kappa kasein (K-kasein) sebagai salah satu penciri genetik kualitas susu sapi perah Friesian Holstein (FH) pada petemakan rakyat. Hasil penelitian ini dapat digunakan s ebagai acuan untuk penelitian lanjutan dalam meningkatkan mutu genetik sapi FH. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Juli hingga November 2004 di Laboratorium Zoologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Institut Pertanian Bogor. Penelitian menggunakan 78 sampel darah sapi FH betina yang berasal dari Petemakan Pondok Rangon Jakarta, Kebon Pedes Bogor dan Fakultas Peternakan IPB. Tahapan penelitian meliputi pengambilan darah sapi sebagai s umber DNA, ekstraksi DNA, perbanyakan gen K-kasein secara in vitro menggunakan Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) dengan primer spesifik untuk gen K-kasein, genotyping p roduk PCR menggunakan teknik elektroforesis gel akrilamida yang dilanjutkan dengan pewamaan sensitifitas perak. Pada sampel darah utuh, metode ekstraksi fenol-kloroform lebih baik dari pada metode pengendapan garam. Pada peternakan Pondok Rangon, frekuensi genotipe AA, AB dan BB berturut-turut sebesar 34,21%; 63,16% dan 2,63% sedangkan frekuensi alel A dan B berturut-turut sebesar 65,79% dan 34,21%. Pada petemakan Kebon Pedes Bogor dan Fakultas Petemakan IPB frekuensi gen 100% untuk genotipe AA atau monomorfik.
Keyword: sapi FH, gen K-Kasein, PCR-RFLP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: