Judul: Analisis  Filogenetik, Sifat Fisikokimia, dan Struktur Enzim Fitase Sepuluh Spesies Aspergillus In Silico
Abstrak: Asam fitat merupakan senyawa kimia yang terdiri atas inositol dan asam fosfat serta merupakan senyawa antinutrien yang selalu terdapat pada bahan pakan unggas monogastrik berbahan tanaman serealia. Fitase (myo-inositol heksakisfosfat fosfohidrolase) adalah enzim yang dapat menghidrolisis ikatan fosfoester pada asam fitat, menghasilkan fosfat anorganik dan ester fosfat. Aspergillus merupakan genus kapang yang dapat menghasilkan enzim fitase dan telah banyak digunakan dalam produksi enzim fitase karena mudah dikulturkan. Penelitian ini bertujuan melakukan perbandingan struktur, karakteristik fisikokimia dan hubungan kekerabatan filogenetik enzim fitase dari beberapa spesies Aspergillus sp. secara in silico sebagai langkah penapisan awal dalam memperoleh enzim fitase yang paling cocok diaplikasikan pada pakan unggas. Hasil penelitian menunjukkan fitase 1QFX asal A. niger, P34755 asal A. awamori dan D5HQ11 asal A. ficuum memiliki kekerabatan yang sangat tinggi ditinjau dari filogenetik, urutan sekuen asam amino, sifat fisikokimia, serta struktur kristalnya. Ketiga sekuen asam amino enzim tersebut memiliki titik isoelektrik pada kisaran 4 sehingga merupakan enzim acid phytase. Nilai hidrofobisitas maksimum ketiga sekuen lebih besar dari 3 sehingga termostabilitasnya cukup tinggi. Simpulan dari penelitian ini adalah fitase 1QFX asal A. niger, P34755 asal A. awamori dan D5HQ11 asal A. ficuum merupakan fitase yang paling cocok untuk diaplikasikan pada pakan unggas.
Keyword: Aspergillus, Enzyme, Phytase, Phytic acid

Judul: In Silico Phylogenetic, Physicochemical Properties, and Structure Analysis of Phytase from Pseudomonas spp.
Abstrak: Pseudomonas sp. diketahui dapat menghasilkan tiga jenis enzim fitase berbeda yang jarang ditemukan pada bakteri lain. Fitase Pseudomonas sp. memiliki kelebihan dalam meningkatkan aktivitas katalitiknya serta mempertahankan aktivitasnya pada suhu rendah. Namun, fitase Pseudomonas belum banyak diteliti dan belum banyak dimanfaatkan dalam industri. Penelitian ini bertujuan menganalisis enzim fitase berdasarkan kekerabatan filogenetik, sifat fisikokimia, dan struktur setiap jenis enzim fitase pada berbagai spesies Pseudomonas serta mencari fitase Pseudomonas yang berpotensi untuk dikembangkan lebih lanjut. Penelitian ini menggunakan 20 fitase dari 17 spesies Pseudomonas yang didapat dari Uniport dan NCBI dengan metode berupa Neighbor Joining (NJ), Protparam, dan AlphaFold. Hasil penelitian menunjukkan bahwa ke-20 fitase ini terbagi menjadi 3 kelompok, yaitu kelompok Beta Propeller Phytase (BPP), Histidine Acid Phytase (HAP), dan 1 fitase yang belum dapat ditentukan jenisnya. Fitase-fitase tersebut juga menghasilkan struktur, sisi aktif, dan sifat fisikokimia yang berbeda-beda. Perbedaan jenis fitase didukung oleh pohon filogenetiknya, yaitu fitase HAP terletak pada cabang yang berbeda dengan fitase BPP serta jarak kekerabatan yang jauh. Kata kunci: Enzim, filogenetik, fisikokimia, fitase, Pseudomona, Pseudomonas sp. is known to produce three different types of phytase that are rarely found in other bacteria. Pseudomonas sp. phytase has the advantage of increasing its catalytic activity and maintaining its activity at low temperatures, but has not been widely studied and used in industry. This research aims to analyze phytase based on phylogenetic, physicochemical properties and structure of each type of phytase in various species of Pseudomonas and to search for Pseudomonas phytases that have the potential for further development. This research used 20 phytases from 17 Pseudomonas species obtained from Uniport and NCBI using methods such as Neighbor Joining (NJ), Protparam, and AlphaFold. The results showed that 20 phytases were divided into 3 groups. Beta Propeller Phytase (BPP), Histidine Acid Phytase (HAP), and 1 phytase that could not be determined. Phytases produce different structures, active sites and physicochemical properties. Phylogenetic tree also shows the differences of phytase. HAP phytase is located on a different branch from the BPP phytase and has a far distance of genetic relationship Keywords: Enzyme, phylogenetic, physicochemical, phytase, Pseudomonas
Keyword: Enzyme, Phylogenetic, Physicochemical, Phytase, Pseudomonas

Judul: Land Cover / Use, Spatial Patterns, and Regional Development in the Border Area of Bogor Regency and City
Abstrak: Rencana Tata Ruang Wilayah (RTRW) merupakan arahan kebijakan dan strategi pemanfaatan ruang wilayah yang dijadikan acuan oleh Pemerintah Pusat maupun Daerah. RTRW Kabupaten Bogor ditetapkan melalui Peraturan Daerah (Perda) No 11 Tahun 2016, sedangkan RTRW Kota Bogor ditetapkan melalui Perda No 8 Tahun 2011. Ketidakselarasan sering terjadi antara pemanfaatan ruang (tutupan/penggunaan lahan) dengan perencanaan tata ruang (pola ruang), selain itu ada dinamika ketidakselarasan antara pemanfaatan ruang dan perencanaan tata ruang di kedua wilayah yang berbatasan langsung. Untuk melihat ketidakselarasan di perbatasan tersebut dilihat dari keselarasan penggunaan lahan sejenis terhadap pola ruangnya. Secara kebijakan memang tidak ada larangan, karena berlaku pada wilayah administrasi yang berbeda namun dapat menginformasikan kecenderungan kebijakan pemerintah daerah maupun dinamika ruang di kedua wilayah. Objek dan lokus penelitian ini adalah tutupan/penggunaan lahan sejenis pada desa/kelurahan di perbatasan kedua wilayah. Kabupaten dan Kota Bogor merupakan wilayah dengan jumlah total penduduk mencapai 6 juta jiwa. Hal ini menyebabkan pemanfaatan lahan untuk permukiman semakin dibutuhkan serta adanya kecenderungan alih fungsi lahan pertanian menjadi kawasan permukiman (lahan terbangun). Bertambahnya penduduk merupakan salah satu penyebabnya. Tujuan penelitian ini adalah 1). Mengidentifikasi tutupan/penggunaan lahan dan perubahannya di daerah perbatasan Kabupaten dan Kota Bogor tahun 2010-2020, 2). Menganalisis tutupan/penggunaan lahan sejenis serta keselarasannya dengan pola ruang RTRW dan 3). Menganalisis perkembangan wilayah dan mendeskripsikan keselarasan tata ruang dan penggunaan lahan dengan perkembangan desa. Analisis yang digunakan dalam penelitian ini adalah analisis tabulasi matriks logis, sistem informasi geografi (SIG) dan skalogram. Berdasarkan hasil analisis, terdapat perubahan luas tutupan/penggunaan lahan dan ketidakselarasan tutupan/penggunaan lahan sejenis dengan rencana pola ruang Kabupaten dan Kota Bogor. Hasil interpretasi tutupan/penggunaan lahan desa-desa di perbatasan (62 desa) menunjukkan bahwa permukiman memiliki luas dominan di sepanjang perbatasan dan luasnya meningkat dari 3.987 ha (26%) tahun 2010 menjadi 6.184 ha (40%) tahun 2020. Total luas tutupan/penggunaan lahan sejenis di perbatasan seluas 1.560 ha tahun 2010 dan 2.981 ha tahun 2020. Tutupan/penggunaan lahan sejenis yang paling luas adalah permukiman yaitu masing-masing seluas 621 ha (40%) tahun 2010 dan 2.152 ha (72%) tahun 2020. Ketidakselarasan tutupan/penggunaan lahan sejenis dengan pola ruang Kabupaten Bogor dan pola ruang Kota Bogor sebesar 18%. Perkembangan wilayah (desa) di daerah perbatasan menunjukkan bahwa desa dengan angka perbandingan dengan predikat IPD bertambah sebanyak 55%, predikat IPD berkurang sebanyak 39%, dan predikat IPD tetap sebanyak 6% dari jumlah luas wilayah perbatasan. Hasil keselarasan tutupan/penggunaan lahan dengan perkembangan wilayah menghasilkan 9 kombinasi yang mendeskripsikan perkembangan desa terhadap keselarasan penggunaan lahan dengan pola ruangnya. Penggunaan lahan sejenis berdasarkan pola ruang di dominasi lahan yang selaras dengan perbandingan IPD yang bertambah sebanyak 49%., The Spatial Planning (RTRW) is a policy direction and strategy for the use of regional space which is used as a reference by both the Central and Regional Governments. The RTRW of Bogor Regency is stipulated through Regional Regulation (Perda) No 11/2016, while the RTRW for Bogor City is stipulated through Perda No. 8 of 2011. Un-conformity often occur between spatial use (land cover/use) and spatial planning (spatial patterns). There is also a dynamic un-conformity between spatial use and spatial planning in the two areas that are directly adjacent. To see the un-conformity at
Keyword: conformity; similar land use; border; spatial plan