Judul: Kloning dan ekspresi daerah determinan "a" gen S Virus hepatitis B pada khamir saccharomyces cerevisiae YRD15
Abstrak: Hepatitis B merupakan penyakit infeksi hati yang disebabkan oleh virus hepatitis B (VHB). Virus ini telah menginfeksi sekitar 2 milyar orang di seluruh dunia. Prevalensi VHB di Indonesia berkisar antara 3- 20 persen. Upaya terbaik untuk menghambat transmisi VHB menurut badan kesehatan dunia WHO adalah melalui vaksinasi. Vaksin hasil rekayasa genetik lebih dipilih karena memiliki beberapa keunggulan dibanding vaksin yang berasal dari serum darah. Penelitian ini bertujuan mengklon dan mengekspresikan daerah determinan "a" gen S VHB pada khamir Saccharomyces cerevisiae YRD15. Hasil ekspresi merupakan bahan dasar pembuatan vaksin hepatitis B rekombinan yang dapat digunakan untuk mencegah penyebaran virus hepatitis B khususnya di Indonesia. Pada penelitian ini, daerah determinan "a" diamplifikasi dan kemudian diligasi ke dalam vektor PGEM-T. Produk ligasi selanjutnya ditransformasi ke dalam sel Escherichia coli DH5a. Setelah koloni bakteri yang mengandung plasmid rekombinan diseleksi, plasmid rekombinan ini (pGEM-T/determinan "a" -6xHis tag) diisolasi dari sel. Sekuen basa DNA target dikonfirmasi dengan analisis sekuensing nukleotida. Klon rekombinan yang mengandung DNA sisipan yang diinginkan selanjutnya diputus dengan enzim restriksi EcoRI and BamHI. Fragmen DNA yang diinginkan kemudian diligasi ke dalam vektor ekspresi khamir pYES2/CT dan plasmid rekombinannya ditransformasi ke dalam khamir S. cerevisiae YRD15. Sel transforman yang membawa plasmid rekombinan diseleksi di dalam media minimum. Untuk mengkonfirmasi keberadaan DNA yang diklon, plasmid diisolasi dari sel khamir. Plasmid tersebut lalu ditransformasi ke dalam sel E. coli DH5 dan sel transforman kemudian dikultur ke dalam media LBA. Klon yang diinginkan diseleksi dengan memanfaatkan gen resisten antibiotik ampisilin dan teknik PCR screening. Koloni yang terseleksi dipecah untuk mendapatkan plasmid rekombinan dari sel. Sekuen DNA sisipan selanjutnya dikonfirmasi lagi menggunakan analisis sekuensing. Hasil sekuensing dijadikan sebagai tanda untuk dilakukannya proses ekspresi gen. Pada tahap ekspresi, khamir yang mengandung plasmid rekombinan dikultur pada media selektif mengandung glukosa 2% dan ekspresi diinduksi dengan penambahan galaktosa dalam berbagai konsentrasi (2%, 2,2%, 2,5%, 2,83%, dan 3%). Ekspresi dilakukan pada suhu 28°C dan 32°C. Setelah induksi galaktosa dalam interval waktu berbeda, sel dipanen dan protein produk ekspresinya diisolasi. Selanjutnya teknik SDS-PAGE dan analisis western blot dilakukan untuk mendeteksi keberadaan protein yang diinginkan. Produk protein yang diduga selanjutnya dimurnikan dengan kromatografi afinitas menggunakan Ni IDA agarose. Hasil penelitian menunjukkan bahwa melalui teknik PCR, daerah determinan "a" gen S VHB dengan panjang 447 pb yang mengandung situs restriksi BamHI dan EcoRI berhasil didapatkan. Fragmen DNA yang diinginkan juga berhasil diklon ke dalam vektor ekspresi pYES2/CT dan plasmid rekombinannya berhasil diintroduksi ke dalam sel inang E. coli DH5a dan S. cerevisiae YRD15. Namun, produk ekspresi belum berhasil didapatkan di bawah kondisi ekspresi yang dilakukan.
Keyword: 

Judul: Ekspresi dan Purifikasi Protein Inti Virus Hepatitis B (HBcAg) pada Lactococcus lactis.
Abstrak: Protein Inti Virus Hepatitis B (HBcAg) mempunyai kemampuan untuk menginduksi sel B, sel T, sitotoksik sel T, respon imun dan menimbulkan respon antibodi setelah vaksinasi. Oleh karena itu, HBcAg dapat digunakan sebagai vaksin terapetik pada pasien Hepatitis B Virus (HBV) kronis. Vaksin terapetik dibutuhkan untuk menstimulasi kekebalan dalam pengobatan infeksi HBV. Produksi HBcAg rekombinan sudah dilakukan pada beberapa inang seperti Escherihia coli dan Pichia pastoris. Namun, E. coli memiliki beberapa kelamahan untuk memproduksi protein yaitu antara lain protein membentuk badan inklusi, memiliki hasil samping yang bersifat endotoksin dan terkontaminasi oleh protein lain sehingga memerlukan purifikasi yang panjang. Sementara itu P. pastoris memiliki kekurangan yaitu membutuhkan waktu kultur yang lama (empat hari) dan menggunakan inducer methanol yang merupakan senyawa toksik. Ekspresi HBcAg di dalam L. lactis belum pernah dilaporkan sebelumnya. L. lactis adalah bakteri inang yang memenuhi kriteria aman pangan dan kesehatan. Penelitian ini bertujuan untuk mengekspresikan gen penyandi HBcAg di dalam sel L. lactis NZ3900. Gen HBcAg yang digunakan pada penelitian ini adalah gen dari HBV subgenotip B3 yang merupakan subgenotip dominan di Indonesia. Penelitian ini terdiri dari beberapa tahap yaitu analisis sekuen gen HBcAg yang tersisip di plasmid pNZ8148, optimasi waktu induksi terhadap L. lactis yang mengandung plasmid rekombinan pNZ8148-HBcAg, dan ekspresi gen HBcAg pada tingkat transkripsi dan tingkat translasi. Hasil analisis sekuen gen HBcAg yang tersisip di dalam plasmid pNZ8148 dan telah diintroduksikan ke dalam bakteri L. lactis menunjukkan tidak terdapat mutasi dan 100% identik dengan sekuen HBcAg dari HBV subgenotip B3 (Gene bank nomor aksesi 1839 Java). Waktu induksi yang optimum pada fase midlog adalah pada Optical Density (OD) 0.4-0.5. Analisis ekspresi gen HBcAg tingkat transkripsi menunjukkan bahwa induksi dengan konsentrasi nisin 10 ng/mL menghasilkan tingkat ekspresi tertinggi dibandingkan dengan konsentrasi nisin 0, 5 dan 50 ng/mL. Induksi nisin 10 ng/mL menghasilkan peningkatan ekspresi 4.59 kali dibandingkan dengan perlakuan yang tidak diinduksi. Sementara analisis ekspresi gen HBcAg pada tingkat translasi menunjukkan bahwa induksi dengan konsentrasi nisin 10 ng/mL juga menghasilkan tingkat ekspresi tertinggi yang dapat dilihat dari analisis bobot molekul dengan SDS PAGE, immunoblotting dan konsentrasi protein total. Purifikasi protein dengan size exclusion chromatography telah berhasil menghasilkan protein pada ukuran 21 kDa sesuai dengan prediksi bobot molekul protein HBcAg berdasarkan sekuen asam amino. Induksi dengan dosis nisin 10 ng/mL adalah yang paling efisien dalam menginduksi ekspresi protein HBcAg.
Keyword: Virus Hepatitis B, gen HBcAg, L. lactis, ekspresi, nisin

Judul: Power Monitoring System for Network Operations Center
Abstrak: Electricity power events such as power goes off and on can affect performance of a computer, especially a server. Often such power events occurred and noticed, but ignored. Computer intensive activity like servers in Network Operations Center (NOC) should has a power monitoring software. So, an administrator of NOC will have log of power events. Administrator should be noticed also when power goes off. Network Operations Center Power Monitor (NOCPM) is developed to meet this needs. It was developed using extreme programming (XP) methodology with object oriented approach. NOCPM evolved iteration by iteration in XP lifecycle. Each iteration will be explained using ICONIX process. NOCPM consists of two subsystems: Watch Tower and Data Viewer. Watch Tower concerns about monitoring certain serial port and make log for each data that received. A short message alert for each data that received from serial port will be sent also to an administrator. Data Viewer acts as data log visualizer and make graph from data log. Watch Tower and Data Viewer were tested using black box methodology. All use cases successfully passed black box testing. Response time when a power goes off signal received until that signal logged successfully at database was no more than one second. Time that notification via short messaging service took from Watch Tower to administrator’s phone was no more than one minute.
Keyword: