Judul: Variabilitas arus, suhu dan angin di Perairan Barat Sumatera dan inter-relasinya dengan Indian Ocean Dipole Mode (IODM) dan El Nino Southern Oscillation (ENSO)
Abstrak: Di Samudera Hindia terbentuk sistem osilasi yang dikenal dengan Indian Ocean Dipole Mode (IODM). IODM merupakan fenomena yang disebabkan karena terbentuknya dua kutub anomali SPL (suhu permukaan laut) di perairan timur Samudera Hindia dan perairan barat Samudera Hindia (Saji et al., 1999). Di Samudera Pasifik juga terbentuk sistem osilasi yang dikenal dengan El Nino Southern Oscillation (ENSO). Adanya kedua fenomena ini mempengaruhi fluktuasi arus, suhu air laut dan angin di perairan barat Sumatera. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis variabilitas arus dan suhu di perairan barat Sumatera pada kedalaman 5, 25, 55, 75, 125, 155, 175, 250, 446, dan 617 meter pada periode Januari 1979 hingga Desember 2007. Menganalisis variabilitas angin permukaan di perairan barat Sumatera pada periode Januari 1979 hingga Desember 2007. Serta mengkaji hubungan antara variabilitas arus, suhu dan angin permukaan di perairan barat Sumatera dengan IODM dan ENSO. Data yang digunakan dalam penelitian ini merupakan data bulanan ratarata dengan jangka waktu antara Januari 1979 hingga Desember 2007. Data arus dan suhu diperoleh dari GFDL-NOAA (http://www.gfdl.noaa.gov). Data angin dari ESRL-NOAA (http://www.esrl.noaa.gov). Data Dipole Mode Index (DMI) diperoleh dari JAMSTEC (www.jamstec.go.jp) dan data Southern Oscillation Index (SOI) dari BOM (http://www.bom.gov.au). Stasiun data arus dan angin terletak pada koordinat 5°LS dan 100°BT, sedangkan data suhu terletak pada koordinat 5,26°LS dan 100,5°BT.
Keyword: 

Judul: Variabilitas suhu di perairan selatan Jawa Barat dan hubungannya dengan angin muson, Indian Ocean Dipole Mode dan El Nino Southern Ascillation
Abstrak: Perairan Indonesia merupakan perairan penghubung antara S. Hindia dan S. Pasifik sehingga sangat dipengaruhi oleh variabilitas iklim muson, Indian Ocean Dipole Mode (IODM) dan El Nino Southern Oscillation (ENSO). Tujuan penelitian ini adalah mengkaji variabilitas suhu pada kedalaman 0-600 meter di perairan selatan Jawa Barat dan hubungannya dengan Angin Muson, IODM dan ENSO dengan menggunakan analisis deret waktu Data yang digunakan adalah data suhu mingguan hasil pengukuran XBT yang dilakukan oleh CSIRO Australia di perairan selatan Jawa Barat Januari 1997 Desember 2001, data angin harian dari ECMWF, Dipole Mode Index (DMI) mingguan dan Southern Oscillation Index (SOI) bulanan. Data suhu ditampilkan dalam bentuk sebaran temporal dan kemudian dianalisis dengan metode analisis deret waktu yang terdiri dari spektrum densitas energi dan korelasi silang. Sebaran temporal suhu menunjukkan stratifikasi termal yang sangat jelas. Secara umum lapisan tercampur diwakili oleh isoterm lebih dari 27°C, lapisan termoklin digambarkan oleh isoterm isoterm 14°C - 27°C, sedangkan lapisan dalam diwakili oleh kontur isoterm kurang dari 9°C -13°C. Suhu pada kedalaman 0-200 meter menunjukkan fluktuasi dengan periode tahunan. Pada musim Barat, suhu permukaan laut (SPL) relatif tinggi, lapisan tercampur lebih tebal (75 - 100 meter), dan lapisan termoklin ditemukan pada kedalaman 100-175 meter. Kondisi ini disebabkan oleh Arus Pantai Jawa (APJ) yang didorong oleh Angin Muson Barat Laut. Pada musim Timur, lapisan termoklin bergeser mendekati permukaan sehingga lapisan tercampur menjadi lebih tipis (sekitar 50 meter) dan SPL relatif dingin. Hal ini merupakan indikasi terjadinya penaikan massa air yang disebabkan oleh Angin Muson Tenggara. Intensitas penaikan massa air tersebut tidak sama dari tahun ke tahun. Pada musim Timur 1997, lapisan termoklin ditemukan sangat dangkal dan bahkan hampir mencapai permukaan. Perbedaan intensitas penaikan massa air tersebut mengindikasikan adanya fluktuasi antar-tahunan yang diduga berkaitan dengan peristiwa IODM. Pada tahun 1997, IODM terjadi bersamaan dengan El Nino sehingga fluktuasi antar-tahunan tersebut dapat juga disebabkan oleh ENSO. Selain itu, ditemukan pula fluktuasi setengah-tahunan yang diduga berkaitan dengan Gelombang Kelvin. Fluktuasi setengah-tahunan tersebut terlihat lebih jelas pada kedalaman lebih dari 200 meter. Hasil analisis spektrum antara angin dengan suhu menunjukkan bahwa fluktuasi setengah-tahunan di permukaan memiliki korelasi yang cukup erat dengan angin zonal (0,78) dan meridional (0,61). Fluktuasi tahunan di permukaan juga menunjukkan korelasi yang cukup erat dengan angin zonal (0,58) dan meridional (0,72). Pada kedalaman 100 meter, fluktuasi tahunan menunjukkan korelasi yang sangat erat dengan angin zonal (0,84) dan meridional (0,83). Fluktuasi antar tahunan ditemukan antara SOI dengan SPL. Kedua fluktuasi menunjukkan korelasi yang cukup erat (0,6) dengan periode 30 bulan.
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA