Judul: Keberadaan dan Keragaman Burkholderia glumae serta Pengaruhnya Terhadap Kehilangan Hasil pada Beberapa Varietas Padi di Jawa Barat
Abstrak: Penyakit busuk bulir padi oleh bakteri Burkholderia glumae yang menunjukkan insidensi dan keparahan penyakit yang terus meningkat beberapa tahun terkahir, perlu diwaspadai termasuk di Jawa Barat sebagai salah satu sentra produksi padi nasional. Penyakit ini dikategorikan sebagai emerging infectious disease (EID) yang memiliki karakteristik meningkatnya insidensi, sebaran geografis, dan berubahnya patogenisitas dalam waktu singkat. Bioekologi B. glumae sebagai patogen penting untuk dikaji lebih lanjut, salah satunya sebagai dasar pengambilan keputusan dalam pengelolaan penyakit. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui insidensi, keparahan penyakit, kelimpahan bakteri, identitas, keragaman bakteri B. glumae di Provinsi Jawa Barat dan pengaruhnya terhadap kehilangan hasil pada beberapa varietas padi. Pengamatan dan pengambilan sampel dilakukan di 9 kabupaten penghasil padi di Jawa Barat yang dikelompokkan berdasarkan 3 kategori ketinggian tempat yaitu kategori 1 (0 – 200 m dpl) meliputi Karawang, Subang, Indramayu, dan Majalengka; kategori 2 (201 – 500 m dpl) meliputi Kota Bogor, Cianjur, dan Purwakarta; kategori 3 (˃ 500 m dpl) meliputi Purwakarta, Sumedang, dan Sukabumi. Data insidensi dan keparahan penyakit diperoleh dari hasil pengamatan 30 rumpun tanaman padi per varietas per lokasi. Bakteri diisolasi dari bulir padi yang bergejala busuk bulir, kemudian dihitung kelimpahannya, dan dilakukan uji biokimia dan fisiologi yang meliputi uji Gram serta uji pertumbuhan pada pH 4, 8, dan NaCl 2%. Primer spesifik JLBgF/JLBgR dan primer universal 16S rRNA, yaitu 27F/1492R dalam PCR digunakan untuk menentukan identitas bakteri secara molekuler. Variasi fenotipik diamati dari warna koloni pada media S-PG, produksi toksoflavin, respons hipersensitivitas pada daun tembakau, dan uji patogenisitas pada tanaman padi. Keragaman genotip dianalisis dari keberadaan plasmid, keragaman sikuen nukleotida gen 16S rRNA menggunakan program Mega-X dengan metode neighbour joining tree, dan situs pemotongan enzim AluI, DdeI, RsaI secara in silico dengan program pDraw 32 dilanjutkan pengelompokan bakteri menggunakan metode nearest neighbor dengan program Multivariate Statistical Package (MVSP). Hasil penelitian menunjukkan insidensi penyakit di lapangan berkisar antara 0 – 73.3%, sedangkan keparahan penyakit berkisar 0 – 15.33%. Kelimpahan bakteri pada bulir padi yang bergejala berkisar antara 3.9 x 104 – 6.8 x 107 cfu/g benih. Insidensi dan keparahan penyakit tertinggi di Kecamatan Dawuan (Karawang) pada Varietas Mekongga. Berdasarkan hasil uji biokimia, fisiologi, dan molekuler diperoleh 29 isolat yang terkonfirmasi sebagai B. glumae. Hasil pengamatan fenotipik menunjukkan adanya keragaman 29 isolat bakteri. Berdasarkan pengamatan tipe koloni, sebanyak 10 isolat tergolong koloni tipe A, 19 isolat tipe B; Hasil uji produksi toksoflavin, 25 isolat menghasilkan toksoflavin, 4 isolat tidak menghasilkan toksoflavin; Pengujian respons hipersensitifitas terhadap daun tembakau menunjukkan bahwa 29 isolat mampu menimbulkan hasil positif pada daun tembakau, sedangkan dari uji patogenisitas terhadap tanaman padi, 29 isolat menimbulkan gejala hawar pada bibit tanaman padi. Berdasarkan analisis keragaman genotip 29 isolat tersebut, 27 isolat memiliki 1 plasmid dan 2 isolat memiliki 2 plasmid. Analisis keragaman dengan metode neihgbour joining tree menunjukkan bahwa isolat-isolat dari Jawa Barat tersebut memiliki kedekatan secara genetis. Mayoritas isolat-isolat tersebut mengelompok berdekatan dan hanya isolat KRCH-2 asal Karawang dan INCH-6 asal Indramayu yang memiliki kedekatan dengan B. glumae asal China dan Amerika. Hal ini menjadi salah satu bukti bahwa bakteri B. glumae yang ada di Jawa Barat sebagian besar merupakan bakteri asli Indonesia.
Keyword: busuk bulir, hawar malai, Pseudomonas glumae, toksoflavin

Judul: Deteksi dan Identifikasi Molekuler Bakteri Burkholderia glumae dalam Benih Padi Varietas Unggul, Lokal, dan Hibrida
Abstrak: Bakteri Burkholderia glumae adalah patogen terbawa benih yang menyebabkan penyakit busuk bulir padi. Bakteri ini menjadi penyebab dari penyakit yang baru meningkat kembali statusnya di beberapa negara penanam padi, termasuk Indonesia. Bakteri ini merupakan patogen yang terbawa benih padi, sehingga ketika benih terinfeksi ditanam, tanaman padi yang tumbuh telah mulai terinfeksi sejak masih sangat dini. Deteksi dan identifikasi B. glumae diperlukan dalam pengambilan keputusan untuk strategi pengendalian lebih awal dan tepat. Deteksi dan identifikasi secara molekuler perlu diaplikasikan untuk B. glumae dalam benih padi mengingat tingkat sensitifitas, akurasi dan efisiensinya yang tinggi. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan deteksi dan identifikasi B. glumae secara molekuler dalam benih padi berbagai varietas baik unggul, lokal, dan hibrida yang diperoleh dari Pulau Jawa. Isolasi bakteri dari 25 varietas benih padi dilakukan pada media selektif untuk B. glumae, sucrose phosphate glutamate (S-PG). Sebanyak 15 isolat bakteri terduga B. glumae dari 15 varietas padi menunjukkan kemiripan morfologi dengan karakter spesifik koloni tipe A dari B. glumae pada media S-PG. Deteksi PCR dilakukan dengan primer 1418S dan 1418A yang spesifik mengamplifikasi wilayah sikuen insersi IS1418 dari B. glumae. Hasil PCR menunjukkan bahwa dari 15 isolat bakteri dengan ciri koloni spesifik B. glumae tipe A, 13 isolat terdeteksi positif sebagai bakteri B. glumae dengan terbentuknya ukuran pita DNA berukuran 572 pb. Analisis nukleotida gen 16S rRNA hasil sekuensing dari produk PCR menggunakan pasangan primer 27F dan 1429R dilakukan terhadap isolat-isolat positif B. glumae yaitu BCI11 asal varietas Pandan Wangi Cianjur, BKL14 asal varietas IR-64 Klaten, dan BGE24 asal varietas Hibrida 2 Gresik. Isolat BCI11, BKL14 dan BGE24 menunjukkan homologi berturut-turut sebesar 97%, 85%, dan 65% dengan isolat B. glumae yang tersedia dalam pangkalan data GenBank berdasarkan uji BLAST sikuen nukleotida gen 16S rRNA. Secara filogenetika, isolat BCI11 dan BKL11 berada di dalam kelompok yang sama dengan isolat B.glumae dari negara lain yaitu Thailand, Jepang, Cina, Timor Timur, Korea Selatan, India, Amerika Selatan, dan Panama.
Keyword: Analisis nukleotida, busuk bulir, filogenetika, patogen terbawa benih, PCR-sekuensing

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: