Judul: Komputasi Paralel Berbasis CUDA GPU untuk Pengukuran Kemiripan Protein pada Ijah Webserver dengan Algoritme Smith Waterman
Abstrak: Penjajaran sekuens merupakan salah satu topik dalam bioinformatika yang digunakan untuk mencari kemiripan dari dua atau lebih sekuens DNA atau protein. Penjajaran sekuens dilakukan secara lokal dengan algoritme Smith Waterman dan secara global dengan algoritme Needleman-Wunsch. Kedua algoritme tersebut memiliki kompleksitas O(mn). Adapun pada penelitian ini dilakukan penjajaran sekuens menggunakan algoritme Smith Waterman dan dijalankan secara paralel menggunakan CUDA GPU dengan model inter-task parallelization. CUDA adalah pemrograman paralel yang dikeluarkan oleh NVIDIA untuk menyesuaikan perhitungan dari CPU ke GPU. Tujuan dari komputasi paralel algoritme Smith Waterman ini adalah untuk meningkatkan speed up pada proses komputasi dengan memanfaatkan resources pada GPU. Penelitian ini menggunakan GPU dengan ukuran memory sebesar 2GB dan 640 cores GPU. Penelitian ini menghasilkan speed up maksimal sebesar 2.895 dengan 30 data sekuens, namun untuk pemrosesan data yang kecil akan mengalami penurunan speed up karena biaya yang diperlukan lebih tinggi.
Keyword: CUDA, GPU, inter task paralel, komputasi paralel, Smith Waterman

Judul: Paralelisasi Penjajaran Sekuens Protein Menggunakan CUDA untuk Prediksi Drug-Target Interaction (DTI).
Abstrak: Sampai dengan saat ini, riset mengenai drug discovery masih menghadapi tantangan berupa biaya yang tinggi dan proses yang dianggap belum efisien. Prediksi interaksi drug-target merupakan langkah awal dalam proses drug discovery. Salah satu teknik dalam mempercepat proses tersebut adalah dengan memastikan bahwa suatu drug dapat menyasar suatu target protein tertentu. Oleh karenanya, eksperimen secara in silico mengenai prediksi interaksi drug-target marak dilakukan oleh peneliti. Bipartite Local Model Neighbor-based Interaction-profile Inferring (BLMNII) merupakan salah satu model machine learning yang digunakan untuk melakukan prediksi drug-target. Untuk mendapatkan hasil, BLM-NII memerlukan beberapa skor matriks, antara lain matriks skor kemiripan protein yang digunakan untuk target-target similarity matrix. Untuk mendapatkan skor tersebut, terdapat sebuah dataset publik yang dapat digunakan, misalnya dataset Yamanishi. Akan tetapi, untuk beberapa kasus di mana protein yang hendak dihitung skor kemiripannya tidak terdapat dalam dataset tersebut, seperti protein yang digunakan dalam Ijah Analytics, maka perlu dilakukan perhitungan kembali dengan algoritme penjajaran lokal Smith-Waterman. Sampai dengan saat ini, algoritme ini masih diakui yang paling optimal dalam menghitung skor kemiripan protein. Sayangnya, algoritme ini memiliki kompleksitas kuadratik, sehingga ketika digunakan untuk menghitung skor kemiripan protein dengan jumlah yang banyak memerlukan waktu yang lama. Untuk mempercepat proses komputasi, diperlukan pemrosesan secara paralel. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengimplementasikan algoritme Smith- Waterman secara paralel menggunakan CUDA dengan Graphical Processing Unit (GPU) sebagai platform komputasi. Teknik komputasi yang digunakan adalah multiple pairwise alignment di mana penjajaran berpasangan dilakukan berulang kali untuk kombinasi pasangan yang berbeda. Penjajaran setiap residu asam amino dalam tiap pasang sekuens dikerjakan oleh sebuah thread dalam satu blok secara paralel. Setiap pasang sekuens dikerjakan oleh masing-masing blok secara paralel. Uji kinerja dilakukan dengan menghitung speed up, yaitu waktu komputasi paralel dibagi waktu komputasi sekuensial. Proses paralel dilakukan setelah proses awal dilakukan, yaitu: pembuatan list kombinasi pasangan, pembacaan sekuens, perhitungan panjang tiap sekuens, penandaan awal sekuens, dan penggabungan sekuens. Proses paralel dalam implementasi GPU terdapat pada dua tempat, yaitu pada saat penjajaran residu asam amino tiap pasang sekuens protein, dan pada saat penjajaran pasangan sekuens protein. Setiap blok telah memanfaatkan shared memory untuk menyimpan peubah, sehingga proses read dan write bisa lebih cepat. Hasil eksperimen menggunakan mesin 1 berupa laptop menunjukkan nilai speed up hingga 20-an kali, sedangkan mesin 2 yang berupa sebuah server node HPC menunjukkan nilai speed up hingga ratusan kali.
Keyword: GPU, komputasi, paralel, penjajaran lokal, protein, smith-waterman

Judul: Kebijakan Pengelolaan Kebakaran Rutan dan Lahan di Provinsi Riau
Abstrak: Forest and land fires in the province of Riau caused land use activIties by ~panies and farmers. Factors is causing forest fires and land on farmers is the ~it of burning on the land preparation; the community does not feel the direct itpact of forest and land fires, and the assumption that burning the land can ~rtilize the soil. Whereas the factors causing forest and land fires on the company i not applied to the policies and rules prohibiting burning by these companies. In ~dition to the factors that have not been optimal coordination between working ® its of local government and the institutions of the central government ~thorities to conduct surveillance as well as a program for tackling forest fires ~d land which is not effective causing forest and land fires continue to occur in i.e Riau Province. t-he property rights of natural resources (farmers and plantation companies and fi;>restry company) is not one of the root problems cause forest and land fires in the lfiau Province. On the other hand the existence of externalities are internalized i ctors is difficult, as the smoke became one of the root problems cause forest and i nd fires. The root of the problem is the weakness of the institutional response to fOrest and land fires, as well as yet of any policy or regulations at the national mvel, provincial and district, which makes the user able to manage natural (0 m... sources . rmplementation of incentives need to be done to improve the management forest and land fires in Riau Province. For companies, the guarantee mechanism rewards the performance of environmental management or other economic incentives such as tax reductions carried out by government agencies which have strong legitimacy. While for the society, the award can be a form of venture capital for the management of its land, or technical assistance in operational management of activities here. The sanction given is assertiveness the Government to punish violations by the company or society that burns the land through the lifting of the freeze or permit the company and social sanctions for the community rife importance of research to get the giving of incentives or disincentives Cfchnique based on social and cultural conditions of local communities, especially (f!1 the Riau Province. In addition to that of the technical side needs to researched Q)::curate early warning systems associated with the behavior of the culture of local ~mmunities in the Riau Province.
Keyword: