Judul: Mitochondrial genome characterization of soft-shelled turtle Amyda cartilaginea (Boddaert 1770) and genetic differentiation of Sumatran and Java population
Abstrak: Labi-labi atau bulus merupakan kura-kura famili Trionychidae dan termasuk salah satu anggota dari ordo Testudines (bangsa kura-kura) dan kelas Reptilia. Kura-kura jenis ini berbeda dari kura-kura biasa pada umumnya yang memiliki cangkang/ tempurung yang keras, akan tetapi kura-kura ini memiliki cangkang/tempurung yang sebagian besar terdiri dari tulang rawan sehingga disebut sebagai kura-kura cangkang lunak. Amyda cartilaginea merupakan salah satu anggota dari kura-kura cangkang lunak (Trionychidae) yang banyak tersebar di beberapa negara Asia termasuk Indonesia, sehingga spesies ini juga disebut sebagai Asiatic soft-shell turtle (kura-kura cangkang lunak Asia). Di Indonesia A. cartilaginea tersebar di Pulau Sumatera, Jawa, dan Kalimantan. A. cartilaginea hidup di perairan tawar seperti sungai, danau maupun kolam yang terhubung dengan sungai dan hidupnya akuatik atau lebih banyak menghabiskan hidupnya di dalam air daripada di daratan. Kura-kura cangkang lunak spesies A. cartilaginea juga termasuk kedalam komoditas perikanan dan banyak dimanfaatkan oleh masyarakat untuk dikonsmsi, dijadikan sebagai bahan pengobatan tradisional, juga sebagai hewan peliharaan. Karena pemanfaatannya tersebut kura-kura jenis ini banyak diperdagangkan baik di pasar domestik maupun pasar internasional, sehingga menyebabkan terjadinya penangkapan berlebihan di alam yang pada akhirnya juga menyebabkan penurunan populasi di alam. Terjadinya penurunan populasi di alam ini menjadi perhatian penting untuk terus dilakukannya pemantauan dan penelitian dari berbagai aspek guna menunjang konservasi dan manajemen populasi untuk mencegah penurunan populasi yang terus menerus dan menjaga kestabilan populasi yang masih tersissa di alam. Penetian terhadap spesies ini belum banyak dilakukan terutama pada penelitian berbasis molekuler, untuk itu tujuan dari penelitian ini yaitu mengkarakterisasi genom mitokondria serta melihat variasi genetik dari A. cartilaginea populasi Sumatera dan Jawa berdasarkan penanda d-loop. Sampel A. cartilaginea untuk karakterisasi genom berasal dari Sungai Batanghari Kabupaten Dharmasraya Sumatera Barat dan sampel A. cartilaginea untuk analisis variasi genetik berasal dari dua populasi berbeda yaitu Sumatera (Jambi dan Palembang) dan Jawa. Ekstraksi DNA menggunakan kit ekstraksi. Amplifikasi gen mitokondria untuk karakterisasi genom menggunakan beberapa primer yang di desain mengikuti organisasi gen pada labi-labi spesies Dogania subplana (accession number AF66350), sedangkan amplifikasi untuk variasi genetik menggunakan sepasang primer d-loop fragmen tengah AF574 (5’–TCACG AGAGATAAGCAACC –3’) dan AF575 (5’– GTCAAACCCCAAAATCCGAG – 3’). Sekuens basa nukleotida hasil sekuensing diedit menggunakan program Bioedit. Urutan DNA yang telah diedit, disejajarkan menggunakan Clustal W pada program MEGA 7.0. Rekonstruksi pohon filogeni menggunakan metode Neighbor-joining dengan nilai bootstrap 1000 kali. Analisis variasi genetik dan haplotipe menggunakan program dnaSP dan mambuat haplogrup dengan Median joining pada program Network. Hasil analisis telah berhasil mengkarakterisasi genom mitokondria pada A. cartilaginea dengan ukuran 7757 pb dari total perkiraan panjang genom mitokondria 17.000 bp. Penelitian ini telah mendapatkan data sebanyak 48% dari keseluruhan (whole) genom mitokondria pada A. cartilaginea. Hasil penelitian ini telah mampu mengkarakterisasi 2 gen yang menyandikan rRNA (ribosomal RNA), 5 gen yang menyandikan tRNA (transfer RNA), dan 8 gen yang menyandikan protein. Susunan organisasi gen pada A. cartilaginea ditemukan identik dengan labi-labi spesies D. subplana dan P. cantorii. Hasil analisis filogenetik menempatkan spesies A. cartilaginea bersama dengan spesies kura-kura cangkang lunak lain dengan spesies D. subplana sebagai kerabat paling dekat dibanding spesies lain. Hasil analisis variasi genetik A. cartilaginea populasi Sumatera dan Jawa berdasarkan fragmen tengah d-loop
Keyword: Asiatic soft-shell turtle, d-loop, polymorphic sites, haplotype

Judul: Analisis keragaman genetik labi-labi (Amyda cartilaginea) berdasarkan genom mitokondria
Abstrak: Amyda cartilaginea belongs to the Order Testudinata, Suborder Cryptodira and Family Trionychidae. Recently, the population of A. cartilaginea has been decreasing because of human exploitation and environmental destruction. Therefore, it is important to carry on the research in genetic diversity among this spesies. The research was conducted using the mitochondrial DNA marker by Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphisms (PCR–RFLP) technique. PCR technique was conducted to observe genetic diversity of mtDNA using a pair of primer 577 and 578. The amplified region was control region which flanked tRNA Pro and tRNA Phe based on reference sequence of Dogania subplana. The amplification result ed in the product of 500 base pairs and 710 base pairs. The PCR product was then cut by restriction endonuclease, namely Hha I (GCG?C), HaeIII(GG?CC), AluI (AG?CT), MboI (?GATC) and DraI (TTT ?AAA). Twelve haplotypes was found among 39 samples.. Haplotype 2 showed wide distribution compared to other haplotypes. Nucleotide diversity among haplotypes is 5.4 %.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: