Judul: Analisis Distribusi Volume Backscattering Strength Ikan di Perairan Pulau  Payung dengan Metode Hidroakustik
Abstrak: Perairan Delta Pulau Payung merupakan salah satu kawasan perairan yang mayoritas penduduknya merupakan nelayan. Pengembangan informasi terkait sebaran ikan di perairan sangat diperlukan dalam meningkatkan produktivitas perikanan di perairan Indonesia khususnya di perairan Delta Pulau Payung. Metode hidroakustik merupakan metode yang tepat digunakan dalam peningkatan produktivitas perikanan tangkap di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis distribusi ikan berdasarkan nilai volume backscattering strength (SV) yang terdapat pada perairan Delta Pulau Payung, Sumatera Selatan dengan menggunakan metode hidroakustik yang dianalisis pada frekuensi 200 kHz. Pengambilan data dilakukan pada tanggal 15 Oktober 2017. Pengolahan data dilakukan dengan memberikan visualisasi data persebaran nilai SV melalui pemetaan spasial secara horizontal serta vertikal dengan nilai ambang batas (threshold) -34.00 dB sampai dengan -70.00 dB. Nilai SV yang berhasil teridentifikasi dari setiap lapisan kedalaman yaitu berkisar antara -49.80 dB sampai dengan -70.00 dB dengan rata-rata nilai SV dari setiap lapisan kedalaman berkisar antara -60.12 dB sampai dengan -65.57 dB. Hasil analisis berdasarkan data yang diperoleh, secara umum menunjukan adanya perubahan kepadatan ikan pada setiap lapisan kedalaman dan secara umum berdasarkan nilai SV yang teridentifikasi pada kedalaman 2 hingga 4 meter memiliki kepadatan ikan yang lebih tinggi jika dibandingan pada lapisan permukaan air., The waters of Payung Delta Island are one of the water areas where the majority of the population are fishermen. The development of information related to the distribution of fish in the waters is very necessary for increasing the productivity of fisheries in Indonesian waters, especially in the waters of Payung Delta Island. The hydroacoustic method is the appropriate methods used in increasing capture fisheries productivity in Indonesia. This study aims to analyze the distribution of fish based on the value of the backscattering strength (SV) volume found in the waters of Payung Delta Island, South Sumatra by using the hydroacoustic method which was analyzed at a frequency of 200 kHz. Data collection was carried out on October 15, 2017. Data processing was carried out by providing data visualization of the distribution of SV values through horizontal and vertical spatial mapping with a threshold value of -34.00 dB to -70.00 dB. The SV values that were identified from each depth layer ranged from -49.80 dB to -70.00 dB with the average SV value from each depth layer ranging from -60.12 dB to - 65.57 dB. The results of the analysis based on the data obtained, generally show a change in fish density at each depth layer, and in general based the SV value identified at a depth of 2 to 4 meters has a higher fish density when compared to the surface water layer.
Keyword: distribusi horizontal, distribusi vertikal, hidroakustik, ikan, delta pulau payung, volume backscattering strength

Judul: Distribusi Volume Backscattering Strength Ikan Pelagis di Teluk Yos Sudarso, Jayapura Menggunakan Metode Hidroakustik
Abstrak: Teluk Yos Sudarso merupakan teluk kecil yang berada di bagian utara Kota Jayapura. Teluk ini memiliki pelabuhan sebagai transportasi masyarakat, selain itu masyarakat juga memanfaatkan sumberdaya hasil tangkapan ikan. Metode hidroakustik dapat menghasilkan nilai volume backscattering strength (SV) untuk mendeteksi keberadaan ikan pelagis di kolom perairan. Penelitian ini bertujuan menganalisis distribusi volume backscattering strength ikan pelagis yang terdapat di perairan Teluk Yos Sudarso, Jayapura dengan menggunakan metode hidroakustik. Penelitian dilakukan pada 30 April 2017 di perairan Teluk Yos Sudarso, Jayapura. Penelitian menggunakan perangkat akustik single beam echosounder EK15 frekuensi 200 kHz. Sebaran ikan berdasarkan nilai volume backscattering strength menunjukkan penyebaran yang tidak merata. Secara spasial, kelompok ikan menyebar di dekat daratan utama, dengan rentang nilai SV yang mendominasi ialah -60.00 dB sampai -54.00 dB serta rata-rata SV sebesar -56.00 dB. Sebaran secara vertikal menunjukkan bahwa ukuran dari semua nilai SV ikan (-60.00 dB sampai -42.00 dB) ditemukan di kedalaman 5-10 m, kemudian di kedalaman 11-20 m ditemukan ukuran nilai SV yang relatif kecil. Pada kedalaman 20-100 m sebaran nilai sv ikan tidak tersebar secara merata. Kemunculan ikan paling banyak ditemukan pada pukul 10.00-12.00 WIT dengan rentang nilai SV -60.00 dB sampai -42.00 dB pada kedalaman 5-20 meter.
Keyword: volume backscattering strength (SV), ikan pelagis, distribusi horinzoltal, distribusi vertikal, Teluk Yos Sudarso

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA