Judul: Gen Resistansi Tetrasiklin Escherichia coli yang Diisolasi dari Ayam Suwir Bubur Ayam
Abstrak: Keberadaan Escherichia coli (E. coli) resistan dalam ayam suwir bubur ayam menjadi masalah serius dalam kesehatan masyarakat. E. coli resistan dapat menurunkan efektivitas pengobatan antibiotik dalam menangani infeksi dan mampu mentransfer gen resistan ke bakteri lain secara horizontal maupun vertikal. Penelitian ini bertujuan mendeteksi keberadaan gen penyandi resistansi antibiotik tetrasiklin pada E. coli yang diisolasi dari ayam suwir bubur ayam. Penelitian ini menggunakan tujuh isolat E. coli yang resistan terhadap antibiotik yang berasal dari sampel ayam suwir bubur ayam dari 15 pedagang di sekitar kampus IPB Dramaga. Keberadaan gen penyandi resistansi antibiotik tetrasiklin dideteksi dengan menggunakan quantitative realtime polymerase chain reaction (qPCR). Hasil penelitian menunjukkan 86% (6/7) isolat memiliki setidaknya satu gen penyandi resistansi antibiotik tetrasiklin. Gen tetO, tetA, dan tetX dideteksi pada isolat dengan prevalensi secara berurutan sebesar 71%, 57%, dan 43%. Tingginya prevalensi gen penyandi resistansi antibiotik tetrasiklin berpotensi menjadi sumber penyebaran resistansi antibiotik ke lingkungan yang dapat berdampak pada kesehatan masyarakat.
Keyword: antibiotik, ayam suwir, Escherichia coli, tetrasiklin

Judul: Kajian Resistensi Antibiotik dan Gen Penyandinya pada Escherichia coli Asal Peternakan di Bandung dan Purwakarta
Abstrak: Kasus infeksi oleh bakteri yang resisten terhadap antibiotika, menjadi masalah serius di dunia kesehatan, penggunaan antibiotika tidak dapat dilakukan untuk pengobatan penyakit. Penggunaan antibiotika di industri peternakan untuk terapi, penggunaan dosis sub terapi, dan growth promotor secara rutin tanpa memperhatikan aturan pemakaian berperan dalam perkembangan resistensi bakteri komensal dan patogen terhadap antibiotika. Tahun 2050, beberapa ahli memperkirakan infeksi akibat bakteri resisten terhadap antibiotika menyebabkan kematian hingga 10 juta jiwa per tahun dan biaya penanganan mencapai US$ 100 triliun. Sebagian besar kematian tersebut diakibatkan infeksi E. coli, Mycobacterium tuberculosis yang telah resisten terhadap antibiotika, dan malaria. Tujuan penelitian ini adalah mengisolasi dan mengidentifikasi E. coli, menguji resistensi antibiotika, dan mendeteksi gen penyandi resistensi bakteri E. coli asal peternakan ayam di Bandung dan Purwakarta. Sebanyak 57 sampel swab kloaka, litter, dan air minum dikoleksi secara acak dari 4 peternakan ayam layer dan breeder di Bandung dan Purwakarta. Penelitian dilakukan selama bulan Juni 2018 sampai Februari 2019. Isolasi dan identifikasi bakteri E. coli dengan menumbuhkan isolat E. coli ke media eosin metylen blue agar (EMBA), dilanjutkan dengan pewarnaan Gram, dan uji IMVIC, dan dikonfirmasi dengan identifikasi E. coli menggunakan polymerase chain reaction (PCR). Delapan belas biakan murni bakteri E. coli yang positif diuji sensitivitasnya menggunakan media agar Mueller-Hinton, metode disk diffusion menurut Kirby- Bouer. Disk antibiotika ampisilin, oksitetrasiklin, tetrasiklin, asam nalidiksid, gentamisin, dan kloramfenikol diposisikan di permukaan kultur bakteri, diinkubasi selama 24 jam pada suhu 35°C. Diameter zona terang disekeliling disk antibiotika yang terbentuk, diukur dalam satuan millimeter dan diinterpretasikan berdasarkan Clinical and Laboratory standards Institute guidelines (CLSI 2018). Isolat yang dikategorikan resisten dan intermediate terhadap antibiotika tersebut selanjutnya dideteksi gen penyandi resistensinya menggunakan polymerase chain reaction (PCR). Sebanyak 57 sampel yang diuji menunjukkan hasil positif 18 isolat E. coli. Hasil uji kepekaan antibiotik 18 isolat E. coli menunjukkan resistensi total 100% terhadap ampisilin, dan tingkat resistensi yang tingggi terhadap asam nalidiksit (94.4%), oksitetrasiklin (88.9%), tetrasiklin (88.9%), sedangkan resistensi terhadap gentamisin dan kloramfenikol masing-masing (22.2%), dan (11.1%). Sebagin besar isolat resisten terhadap 3-4 antibiotika dan hanya satu isolat resisten terhadap satu antibiotika. Frekuensi empat gen resisten pada penelitian ini diantaranya qnr(B) (94.4%), tet(A) (94.4%), ampC (77.8%), dan tet(B) (55.6%). Semua isolat E. coli mengandung 2-4 gen resistensi. Penelitian ini melaporkan resistensi antibiotik yang signifikan pada E. coli dari peternakan ayam di Bandung dan Purwakarta. Penelitian ini menggaris bawahi pentingnya pemantauan penggunaan antibiotik dan pengawasan ruitn resistensi antibiotik.
Keyword: antibiotika, ayam, E. coli, gen, multidrug resiste

Judul: The Construction of Greedy SVP LLL Algorithm
Abstrak: A lattice is a set of all integer linear combination of a set of linearly independent vectors in ℝ𝑛���. The independent vectors are called bases of lattice. Any lattice can be generated from many bases, and these bases have the same cardinality. In the lattice, the most fundamental and renowned problem is the Shortest Vector Problem (SVP). SVP is a tracking problem of the shortest nonzero vector in a lattice with equivalent bases. In two dimensions, SVP problem has resolved exactly by Gauss’ algorithm. When the lattice dimension is higher than two, A.K. Lenstra, H.W. Lenstra and L. Lovasz gave a LLL algorithm to compute approximation of nonzero shortest vector in the lattice. Reduced bases solution obtained from LLL algorithm still be an approximation and has polynomial running time of arbitrary dimension which large enough. In 1994, Schnoor and Euchner modified this LLL algorithm as a new variant which later was named deep insertion LLL algorithm. This algorithm is a modified version of the LLL algorithm to the terms of the exchange step to improve the accuracy of output of LLL reduced bases and applying it to the subset sum problem. The purpose of this research are: (1) Reconstruct the LLL algorithm and deep insertion LLL algorithm using a geometric approach. (2) Construct a greedy SVP LLL algorithm. (3) Implement the three algorithms in a symbolic programming language, and evaluate them experimentally. A bases ℬ=[𝐛���1,𝐛���2,…,𝐛���𝑛���] in ℝ𝑚��� is called reduced LLL with parameter 𝛿��� if satisfies: (a) |𝜇���𝑗���𝑖���|≤12, for every integer 𝑖���,𝑗��� with 1≤𝑖���<𝑗���<𝑛���. (b)𝛿���‖𝜋���𝑗���(𝐛���𝑗���)‖2≤‖𝜋���𝑗���(𝐛���𝑗���+1)‖2, for 𝑗���=1,2,…,𝑛���−1,where 𝛿��� is a reduced parameter of real numbers with 14<𝛿���<1. The first requirement is the reduced basis 𝛿��� must “nearly orthogonal” and in its computation case, this requirement can be reached out by using the Gram-Schmidt’s orthogonalization. While the second requirement is called exchange step, or used to called as Lovasz condition. By using both of these requirements, then they establish the LLL algorithm. Then, Schnoor and Euchner modify the LLL algorithm based on the requirements of the exchange step called the deep insertion LLL algorithm, where the exchange step is based on the comparison of the projected vector in orthogonal complement [𝐛���1,𝐛���2,…,𝐛���𝑘���−1]⊥ after j-th reduction. To construct greedy SVP LLL algorithm, the requirements of the exchange step is based on purely by comparing norm of lattice 𝐛���𝑗��� with norm lattice 𝐛���𝑖��� for 𝑖���=1,2,3…,𝑗���−1. The process of insertion reduced vector after the exchange step also has done greedily. Then, we calculate the number of arithmetic operation in greedy SVP LLL algorithm for further analysis. The result of our exprimentation for three algorithms on the certain matrix size shows that the running time of the three algorithms increases propotional to the size of the matrix. The result also shows that by using 𝛿���=34 for the LLL algorithm and the deep insertion LLL algorithm, and the greedy SVP LLL algorithm which is a new variant made by using no parameter of 𝛿���, outperform of the other of two previous algorithm in terms of speed with the same output.
Keyword: LLL algorithm, LLL deep insertion algorithm, greedy SVP LLL algorithm