Judul: Isolation and Identification of Endophytic Fungi in Epiphytic and Hemiepiphytic Orchid Root
Abstrak: Tanaman anggrek bersimbiosis dengan cendawan endofit pada seluruh fase hidupnya termasuk perkecambahan. Penelitian cendawan endofit pada anggrek di Indonesia masih terbatas. Penelitian ini bertujuan mengisolasi dan mengidentifikasi cendawan endofit pada anggrek bernilai ekonomi penting Phalaenopsis amabilis, Dipodium brevilabium, Vanilla planifolia, dan Aerides odorata. Cendawan endofit diisolasi dari peloton akar anggrek yang disterilisasi permukaannya. Identifikasi dilakukan secara morfologi dan molekuler menggunakan sekuens DNA daerah ITS rDNA, dilanjutkan analisis BLAST dan pohon filogenetik. Semua akar anggrek yang diteliti memiliki struktur peloton pada jaringan korteksnya. Diperoleh sebanyak 22 isolat cendawan endofit dari 4 spesies tanaman anggrek yaitu Fusarium, Penicillium, dan miselia sterilia. Pada anggrek P. amabilis diperoleh 5 isolat yaitu 1 isolat Penicillium dan 4 isolat miselia sterilia. Pada anggrek D. brevilabium terdapat 7 isolat yaitu 1 isolat Penicillium dan 6 isolat Fusarium. Pada anggrek V. planifolia didapatkan 6 isolat Fusarium. Pada anggrek A. odorata ditemukan 4 isolat yaitu 1 isolat Penicillium, 2 isolat miselia sterilia, dan 1 isolat belum teridentifikasi. Penicillium ditemukan pada 3 dari 4 spesies anggrek yang diteliti. Satu isolat Penicillium diidentifikasi secara molekuler sebagai Penicillium citrinum. Sebagian besar cendawan endofit pada anggrek P. amabilis ialah cendawan miselia sterilia, sedangkan anggrek D. brevilabium, V. planifolia, dan A. odorata ialah Fusarium.
Keyword: Fusarium, mycelia sterilia, peloton, Penicillium citrinum

Judul: Isolation and Identification of Terrestrial and Epiphytic Orchid Mycorrhizae
Abstrak: Anggrek bersimbiosis secara obligat dengan cendawan mikoriza setempat pada sebagian atau seluruh fase hidupnya. Penelitian mikoriza anggrek di Indonesia masih sangat terbatas. Penelitian ini bertujuan mengisolasi dan mengidentifikasi cendawan mikoriza yang diisolasi dari anggrek Calanthe triplicata, Phaius tankervilleae, Cymbidium finlaysonianum, dan Vanda tricolor. Metode penelitian meliputi isolasi cendawan dari akar anggrek bermikoriza, identifikasi isolat cendawan mikoriza anggrek secara morfologi dan molekuler. Identifikasi morfologi menggunakan karakteristik koloni, hifa, dan spora. Identifikasi molekuler menggunakan sekuen DNA daerah Internal Transcribed Spacer (ITS) rDNA, analisis BLAST dan pohon filogenetik. Empat spesies anggrek yang diteliti membentuk struktur kolonisasi cendawan mikoriza berupa peloton di dalam jaringan korteks akarnya. Peloton membentuk sel monilioid kecuali pada akar V. tricolor. Sembilan isolat cendawan berhasil diisolasi dari empat spesies anggrek. Enam dari sembilan isolat berhasil diidentifikasi secara morfologi sebagai Fusarium spp. (C5, P44, CF34, CF4, V2) dan Pestalotiopsis sp. (CF2). Tiga isolat yaitu P8, C3, dan CF1 belum berhasil diidentifikasi secara morfologi karena tidak membentuk konidia. Dua dari sembilan isolat cendawan berhasil diidentifikasi secara molekuler yaitu isolat C3 (dari C. triplicata) sebagai Roussoella intermedia, dan isolat CF34 (dari C. finlaysonianum) sebagai Neocosmospora rubicola. Pada uji perkecambahan, hanya biji V. tricolor yang berkecambah. Biji membentuk struktur menyerupai akar, namun berbeda karakteristik dengan perkecambahan biji pada umumnya., Orchid have an obligate symbiosis with local mycorrhizal fungi in some or even all phases of its life. Research on mycorrhizal orchids in Indonesia is still very limited.. This study aimed to isolate and identify mycorrhizal fungi isolated from orchids Calanthe triplicata, Phaius tankervilleae, Cymbidium finlaysonianum, and Vanda tricolor. The research methods included isolation of fungi from mycorrhizal orchid roots, identification of orchid mycorrhizal fungi isolates morpholigacally and molecularly. Morphological identification using the characteristics of colony, hypha, and spore. Molecular identification using DNA sequences of Internal Transcribed Spacer (ITS) rDNA regions, BLAST and phylogenetic tree analyses. The four species of orchid studied formed a mycorrhizal fungal colonization structure in the form of peloton in their root cortex tissue. Peloton forms monilioid cells except at the root of V. tricolor. Nine fungal isolates were isolated from four orchid species. Six of the nine isolates were identified morphologically as Fusarium spp. (C5, P44, CF34, CF4, V2) and Pestalotiopsis sp. (CF2). Three isolates, namely P8, C3, and CF1 have not been successfully identified morphologically due to lack of conidia observed. Two out of the nine fungal isolates were identified molecularly, as Roussoella intermedia for C3 isolate (from C. triplicata), and Neocosmospora rubicola for isolate CF34 (from C. finlaysonianum). In the germination test, only V. tricolor seeds germinated. The seeds form a root-like structure, but differ in characteristics.
Keyword: colonization, ITS, molecular, morphology, rDNA

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: