Judul: Respons Molekuler dan Fisiologis Ikan Gurami Terhadap Kadar dan Sumber Karbohidrat Berbeda: Studi Transkriptomik
Abstrak: Karbohidrat merupakan sumber energi yang memiliki harga yang lebih rendah, suplai lebih banyak, dapat meningkatkan efisiensi penggunaan energi protein, serta dapat menurunkan limbah nitrogen. Akan tetapi, kemampuan ikan dalam memanfaatkan karbohidrat rendah dan dipengaruhi oleh banyak faktor, seperti spesies, ukuran, kadar karbohidrat dan sumber karbohidrat. Oleh sebab itu dibutuhkan upaya produksi ikan yang dapat memanfaatkan karbohidrat dengan baik. Ikan gurami merupakan salah satu ikan yang dapat memanfaatkan karbohidrat tinggi, namun mekanisme pemanfaatannya belum banyak diketahui. Beberapa penelitian menunjukkan bahwa mekanisme pemanfaatan karbohidrat dapat dievaluasi dengan pendekatan respons molekuler dan fisiologis pascaperlakuan pakan berkarbohidrat. Akan tetapi informasi molekuler ikan gurami, baik informasi sekuens gen terkait metabolisme karbohidrat maupun tingkat ekspresi gen masih sangat terbatas. Tujuan umum penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi gen dan mengevaluasi respons molekuler melalui analisis transkriptomik hati, ekspresi gen, serta analisis respons fisiologis ikan gurami pascaperlakuan kadar dan sumber karbohidrat berbeda. Penelitian ini dilaksanakan dalam empat tahap dengan tujuan khusus: 1) untuk mengkarakterisasi seluruh gen yang terekspresi di organ hati dan respons stres metabolik ikan gurami setelah pemberian pakan dengan kadar karbohidrat berbeda; 2) untuk menganalisis ekspresi gen terkait metabolisme nutrien ikan gurami setelah pemberian pakan dengan kadar karbohidrat berbeda; 3) untuk mengevaluasi pengaruh sumber karbohidrat berbeda terhadap profil biokimia darah dan ekspresi gen ikan gurami; dan 4) untuk mengevaluasi respons fisiologis dan pertumbuhan ikan gurami yang diberi pakan dengan sumber karbohidrat berbeda. Penelitian tahap pertama berhasil mengidentifikasi 33.104 unigen dari organ hati ikan gurami dengan metode sekuensing RNA (RNA-seq) yang berbasis next-generation sequencing (NGS). Pakan karbohidrat tinggi menyebabkan 52,81% differentially expressed gene (DEG) mengalami penurunan signifikan. Unigen yang diperoleh berhasil dianotasikan ke dalam tujuh database. Ekspresi gen terkait sistem antioksidan dan respons histo-morfologi hati ikan gurami juga dievaluasi pada penelitian pertama. Data menunjukkan bahwa ikan gurami yang diberi pakan karbohidrat tinggi memiliki ekspresi gen terkait antioksidan (sod1 dan sod2) yang lebih rendah dibanding perlakuan karbohidrat kontrol (P<0,05). Ekspresi gen yang mengontrol tingkat stres oksidatif (noa1) pada perlakuan karbohidrat tinggi lebih rendah pada hari ke-30, tetapi lebih tinggi pada hari ke-60 dibandingkan perlakuan karbohidrat kontrol. Penelitian tahap kedua berhasil menganalisis respons molekuler dan fisiologis ikan gurami pascaperlakuan karbohidrat tinggi. Dari penelitian tahap ini diperoleh hasil bahwa pada hari ke-30, ikan gurami dengan perlakuan karbohidrat tinggi memiliki ekspresi gen terkait glikolisis (gck, pk, hk, dan ldh) yang lebih tinggi dibanding perlakuan karbohidrat kontrol (P<0,05). Pada hari ke-60, ekspresi gen gck dan hk tetap lebih tinggi pada perlakuan karbohidrat tinggi (P<0,05), dan ekspresi gen terkait glikogenolisis (gyp), katabolisme asam amino (gdh), dan sensor energi (ampk) menjadi meningkat signifikan pada perlakuan karbohidrat tinggi (P<0,05). Peningkatan karbohidrat pakan menyebabkan peningkatan aktivitas enzim amilase dan protease, plasma glukosa, glikogen hati, serta protein dan lemak tubuh secara signifikan (P<0,05). Profil biokimia darah dan ekspresi gen terkait metabolisme karbohidrat setelah 60 hari dan postprandial perlakuan sumber karbohidrat berbeda pada penelitian tahap ketiga menunjukkan bahwa sumber karbohidrat secara signifikan memengaruhi plasma glukosa, trigliserida, dan kolesterol ikan gurami (P<0,05), namun tidak memberikan pengaruh signifikan terhadap total protein plasma (P>0,05). Pemberian pakan dengan sumber karbohidrat berbeda, yaitu tepung pollard, tepung dedak, dan tepung palm kernel meal (PKM), secara signifikan memengaruhi
Keyword: carbohydrate, gene expression, Giant gourami, RNA-seq, transcriptome

Judul: Identifikasi dan Analisis Ekspresi Gen GCK serta IGF-1 pada Ikan Gurami yang Diberi Pakan Berbeda
Abstrak: Pemanfaatan karbohidrat sebagai sumber energi pada ikan memiliki banyak tantangan, khususnya terkait enzim dalam metabolisme karbohidrat. Ikan gurami Osphronemus goramy diketahui dapat memanfaatkan karbohidrat lebih baik dibandingkan ikan lainnya, namun informasi terkait gen yang terlibat dalam metabolisme karbohidrat pada ikan gurami masih terbatas. Tujuan penelitian ini adalah mengidentifikasi sekuens parsial gen glukokinase (GCK) dan mengevaluasi tingkat ekspresi gen GCK dan insulin-like growth factors-1 (IGF-1) pada ikan gurami yang diberi pakan berbeda (pakan komersial dan daun sente). Uji toleransi glukosa juga dilakukan untuk mengetahui respons gen GCK dan IGF-1 dalam homeostasis glukosa plasma. Ikan gurami diberi pakan perlakuan berupa pakan komersial (protein 31,86%, bahan ekstrak tanpa nitrogen [BETN] 46,91%) dan daun sente Alocasia macrorrhiza (protein 25,56%, BETN 39,63%). Setelah 8 minggu perlakuan pakan, ikan gurami dipuasakan selama 48 jam dan sampel berupa organ hati, usus, pankreas, otot, otak, limpa dan jantung diambil dari masing-masing perlakuan. Selanjutnya ikan dibagi menjadi empat kelompok untuk uji toleransi glukosa, yaitu kontrol 1 (satu kali injeksi 0,1 mL larutan fisiologis NaCl 0,9%), GLU (injeksi dengan glukosa 1 g kg-1 bobot tubuh), kontrol 2 (dua kali injeksi 0,1 mL larutan fisiologis NaCl 0,9%) dan INS+GLU (injeksi insulin 2 IU 100 g-1 bobot tubuh-glukosa 1 g kg-1 bobot tubuh). Identifikasi gen GCK dilakukan dengan metode polymerase chain reaction (PCR) dari jaringan hati dan dilanjutkan dengan kloning gen dan sekuensing. Kadar glukosa darah diukur pada jam ke-0 (sebelum), 6, 12, dan 24 pascapemberian pakan uji (postprandial) serta pada jam ke-0 (sebelum), 6 dan 18 pascainjeksi pada uji toleransi glukosa. Analisis ekspresi gen GCK dan IGF-1 dilakukan dengan metode real-time PCR (qPCR) dari jaringan hati pada jam ke-0 (sebelum), 6 dan 18 pascainjeksi. Sekuens parsial gen GCK ikan gurami telah berhasil diidentifikasi untuk pertama kalinya dari jaringan hati dengan ukuran 1.762 bp. Sekuens tersebut memiliki kemiripan yang tinggi dengan gen GCK ikan lainnya (homologi tertinggi 96,3% dengan Anabas testudineus). Kadar glukosa darah ikan gurami mengalami perubahan secara signifikan pada jam keenam postprandial pakan komersial, sedangkan ikan yang diberi daun sente tidak mengalami perubahan secara signifikan. Injeksi GLU hanya menyebabkan perubahan kadar glukosa darah secara signifikan pada perlakuan pakan komersial, sedangkan injeksi INS+GLU menyebabkan perubahan secara signifikan pada kedua perlakuan. Tingkat ekspresi gen GCK and IGF-1 pascaadaptasi pakan dan pascauji toleransi glukosa menunjukkan pola yang berbeda. Ekspresi gen GCK tertinggi pada ikan gurami yang diberi pakan komersial terdapat pada jaringan hati sedangkan pada ikan yang diberi pakan daun sente ekspresi tertinggi terdapat pada jaringan usus. Ekspresi gen GCK pada perlakuan pakan komersial meningkat secara signifikan 6 jam pascainjeksi GLU, namun menurun secara signifikan pascainjeksi INS+GLU pada kedua perlakuan (P<0,05). Ekspresi gen IGF-1 tertinggi ditemukan di jaringan hati dengan pola ekspresi yang sama pada kedua perlakuan. Ekspresi gen IGF-1 pascainjeksi GLU dan injeksi INS+GLU mengalami penurunan secara signifikan pada jam keenam pascainjeksi (P<0,05). Dari hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa gen GCK pada ikan gurami Osphronemus goramy telah berhasil diidentifikasi dan dikloning untuk pertama kalinya dari jaringan hati dengan tingkat kesamaan yang tinggi dengan spesies ikan lainnya. Tingkat ekspresi gen GCK dan IGF-1 pada berbagai jaringan dipengaruhi oleh jenis pakan yang diberikan (pakan komersial
Keyword: glukokinase, glukosa, insulin, karbohidrat

Judul: Formulasi TSP (Traveling Salesman Problem) menggunakan ILP (Integer Linear Programming)
Abstrak: TSP is a journey of salesman f?om his origin town (place) to visit n-cities (places) only at once, then return to his origin town (place) with a minimum total distance. Its purpose is to minimize the operating expense that is released by the company. Vehicle route at TSP in the form of a Hamiltonian cycle, that is closed path containing all nodes at the graph which representing a network walk. Its problem is to determine a journey route which is feasible (possibly can be passed by) in such a way the vehicle travelled distance passed the route is minimum.
Keyword: