Judul: Analysis of Long-read Sequences MinION on Kayu Putih (Melaleuca leucadendra L.), Cendana (Santalum album L.), and Cempaka Putih (Magnolia alba DC.)
Abstrak: Melaleuca leucadendra, Santalum album, dan Magnolia alba merupakan tiga jenis pohon tropis yang menghasilkan minyak atsiri bermanfaat dan komersil. Ketiga jenis tersebut berpotensi untuk ditingkatkan kualitasnya melalui pemuliaan pohon secara genetik untuk menghasilkan sifat yang konsisten. Namun, informasi genetik yang dapat dimanfaatkan untuk program pemuliaan masih belum banyak tersedia. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi sekuen bacaan panjang DNA M. leucadendra, S. album, dan M. alba dengan teknologi MinION Oxford Nanopore, dan mengetahui hubungan kekerabatannya melalui analisis filogeni. Prosedur penelitian mencakup tahapan ekstraksi DNA, uji kualitas dan uji kuantitas DNA, sekuensing DNA, dan analisis data. Hasil menunjukkan bahwa M. leucadendra, S. album, dan M. alba menghasilkan jumlah bacaan masing-masing sebesar 470.250 bp, 281.565 bp, dan 195.717 bp. Analisis filogeni menunjukkan bahwa M. alba memiliki hubungan kekerabatan dengan Magnolia champaca dengan nilai bootstrap 64% dengan gen matK, 56% dengan gen spacer psbAtrnH, dan 100% dengan kombinasi kedua gen, Melaleuca leucadendra, Santalum album, and Magnolia alba are tropical tree species that produce beneficial and commercial essential oils. These three species have the potential to be improved genetically to obtain consistent traits. However, genetic information for supporting tree improvement is still not widely available. The objective of this study was i) to characterize the DNA long-read sequences of M. leucadendra, S. album, and M. alba using MinION Oxford Nanopore Technology, and ii) to determine their relationship through phylogenetic analysis. The research method included DNA extraction, DNA quality and quantity testing, DNA sequencing, and data analysis. The results showed that total reads of M. leucadendra, S. album, and M. alba were 470.250 bp, 281.565 bp, and 195.717 bp, respectively. Phylogenetic analysis showed that M. alba was related to Magnolia champaca with bootstrap values 64% with matK gene, 56% with psbA-trnH spacer gene, and 100% with the combination of both genes.
Keyword: DNA, filogeni, Magnolia alba, MinION, sekuensing

Judul: Long read sequence analysis and  biosynthesis gene clusters in Cinnamomum burmanni and Magnolia alba.
Abstrak: Indonesia merupakan negara tropis dengan keanekaragaman hayati yang tinggi. Keanekaragaman hayati ini merupakan peluang untuk meningkatkan kesejahteraan manusia, karena memiliki nilai ekologi dan ekonomi yang tinggi. Namun, tingkat eksploitasi yang tinggi telah mengancam potensi-potensi ini di masa depan kecuali jika informasi genetik tersedia untuk program pemuliaan dan bioprospeksi. Oleh karena itu, penelitian tentang sumber daya genetik di Indonesia menjadi sangat penting. Khususnya untuk C. burmanni dan M. alba, yang merupakan spesies yang bernilai ekonomis dan penting bagi sektor farmasi. Melihat potensi sekuensing generasi ke-3 (MinION Oxford Nanopore Technology) sebagai metode terbaru dalam analisis molekuler pada tingkat genom, maka kita perlu menggunakan teknologi tersebut untuk analisis genom yang lebih baik. Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis sekuen DNA pada tanaman dengan cara yang lebih kuat dan terjangkau. Rancangan genom C. burmanni dan M. alba dibuat dengan menggunakan kumpulan data sekuen panjang yang dihasilkan ONT. Teknologi MinION Oxford Nanopore berhasil membaca 195.717 dan 59.589 bp DNA C. burmanni dan M. alba. Pengurutan seluruh genom 160.128 bp (123 gen penyusun kloroplas) dan 152.765 bp (173 gen penyusun kloroplas) berhasil diperoleh dari M. alba dan C. burmanni. Struktur empat bagian dengan sepasang pengulangan terbalik ditemukan pada genom kloroplas C. burmanni dan M. alba. Pendeknya hasil assembly tidak dapat menghasilkan klusterisasi gen C. burmanni dan M. alba. Hasil annotation functional menghasilkan empat kelompok protein yang terlibat dalam enzim untuk biosintesis minyak atsiri antara lain Cytochrome C assembly protein, ATP synthase alpha/beta family, Carboxyl transferase domain, dan Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I.
Keyword: Biosynthesis, Cinnamomum burmanni, Draft genome, Long read, Magnolia alba, Sequencing

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: