Judul: Isolasi dan Purifikasi Parsial Peptida Antibakteri dari Kapang Endofit Isolat KT31 yang Diisolasi dari Makroalga Kappaphycus alvarezii
Abstrak: Salah satu mikroorganisme sumber utama metabolit sekunder adalah kapang endofit. Beberapa metabolit endofit menunjukkan aktivitas antibakteri, antifungi, insektisida, dan imunosupresan. Berbagai macam penyakit seperti meningitis, fare, demam tifoid, infeksi saluran pencernaan, dan lain-lain dapat disebabkan eh bakteri patogen. Beberapa bakteri patogen yang membahayakan kesehatan manusia antara lain Escherichia coli, Bacillus subtilis, Salmonella thypii, Pseudomonas aeruginosa, Listeria monocytogenes, Bacillus pumilus, Staphylococcus aureus, dan lain-lain. Oleh karena itu, perlu adanya antibakteri ang dapat mengatasi penyebaran penyakit yang disebabkan oleh bakteri patogen. Tujuan penelitian ini adalah mengisolasi dan memurnikan secara parsial peptida aktif yang ada dalam isolat kapang endofit isolat KT31 serta mengetahui aktivitas antibakteri sebagai informasi awal untuk penapisan obat baru. Metode penelitian ini terdiri dari beberapa tahap yaitu: 1) Kultivasi kapang endofit isolat KT31, 2) Isolasi protein kapang dengan metode pengendapan melalui penambahan bermacam konsentrasi amonium sulfat yaitu 60%, 70%, 80%, dan 90%, 3) Analisis aktivitas antibakteri ekstrak kasar hasil pengendapan pada tujuh bakteri patogen yaitu, Escherichia coli NBRC 14237, Bacillus subtilis BTCC 2530, Salmonella thypiii P2KIM Collection, Pseudomonas aeruginosa BTCC B675, Listeria monocytogenes BTCC B693, Bacillus pumilus BTCC B530, Staphylococcus aureus P2KIM Collection, 4) Kromatografi gel filtrasi menggunakan gel Sephadex G-50 dan eluen etanol 30%, 5) Karakterisasi protein antibakteri melalui penentuan bobot molekul protein menggunakan SDSPAGE, 6) Penentuan kadar protein menggunakan BCA kit. Hasil aktivitas antibakteri terbaik ditunjukkan oleh diameter zona hambat tertinggi pada Escherichia coli dan Bacillus pumilus sebesar 14 mm. Aktivitas antibakteri ini diperoleh dari pelet hasil proses pengendapan protein kapang menggunakan amonium sulfat 80%. Hasil fraksi terbaik dari 30 fraksi ditunjukkan dengan zona hambat tertinggi sebesar 12 mm. Analisis bobot molekul kapang endofit isolat KT31 dilakukan dengan menggunakan SDSPAGE dengan hasil bobot molekul sebesar 11, 2745 kDa. ...
Keyword: Purifikasi, Peptida, Antibakteri

Judul: Purifikasi dan Karakterisasi Protein Antibakteri dan Antikanker dari Kapang Xylaria psidii KT30 yang Diisolasi dari Rumput Laut Kappaphycus alvarezii
Abstrak: Protein kapang KT30 dapat menghambat bakteri Bacillus pumilus BTCCB530, Listeria sp. BTCC B693, Salmonella typhi P2KIM Collection, Staphylacoccus aureus P2KIM Collection, dan Pseudomonas sp. BTCC B675. Protein tersebut juga mempunyai aktivitas antikanker terhadap sel HeLa (kanker serviks) dengan IC50 264,7 μg/mL. Aktivitas antibakteri dan antikanker protein yang dihasilkan kapang KT30 masih belum optimal sehingga perlu dilakukan upaya untuk meningkatkan aktivitasnya secara bertahap dari optimasi pertumbuhan, purifikasi, dan karakterisasi protein tersebut. Penelitian ini dibagi menjadi tiga tahap yaitu optimasi pertumbuhan kapang KT30, purifikasi protein, uji aktivitas antikanker dan karakterisasi protein. Optimasi pertumbuhan dilakukan dengan kombinasi perlakuan konsentrasi NaCl dan waktu panen. Pengendapan dilakukan dengan saturasi 60%-90% pada setiap 100 mL supernatan kapang KT30. Kromatografi filtrasi gel dilakukan dengan fase diam Sephadex G-50 dan fase gerak metanol 30%. Uji antibakteri dilakukan pada fraksi amonium sulfat, supernatan, dan fraksi protein untuk mendapatkan fraksi aktifnya. Uji antikanker terhadap sel Chang (sel hati) dan sel HeLa (kanker serviks) dilakukan dengan metode MTT sitotoksik. Kadar protein diuji menggunakan bicinchoninic acid (BCA) protein assay kit. Karakterisasi protein kapang KT30 meliputi bobot molekul dan stabilitas terhadap suhu, pH, enzim, inhibitor, dan detergen. Pertumbuhan kapang KT30 paling optimum terdapat pada perlakuan NaCl 0% dengan waktu panen hari ke-15 dan memiliki aktivitas antibakteri terhadap bakteri Escherichia coli NBRC 14237 dan Bacillus subtilis BTCC 2530 dengan diameter zona hambat sebesar 2,33 mm dan 1,3 mm. Pengendapan protein kapang KT30 paling optimum terdapat pada konsentrasi amonium sulfat 90% dengan rendemen sebesar 1,67 g/100 mL. Fraksi amonium sulfat tersebut memiliki aktivitas antibakteri tertinggi terhadap bakteri E. coli dan B. subtilis dengan diameter zona hambat sebesar 2 mm. Fraksi protein 11 dan 12 dari kapang KT30 merupakan fraksi aktif dengan aktivitas antibakteri tertinggi terhadap B. subtilis dan E. coli sebesar 2 mm. Hasil uji antikanker terhadap sel Chang dan sel HeLa menunjukkan bahwa protein KT30 bersifat tidak toksik. Berdasarkan perhitungan, nilai IC50 fraksi amonium sulfat 90% dan fraksi 11-12 adalah 670,86 dan 1451,68 μg/mL. Fraksi amonium sulfat 90% dan fraksi 11-12 memiliki kadar protein sebesar 9,013 dan 0,604 mg/mL. Fraksi 11-12 kapang KT30 memiliki bobot molekul masing-masing sebesar 23,42 kDa, 20,09 kDa, dan 14,33 kDa. Protein kapang KT30 stabil pada suhu 60°C setelah pemanasan 30 menit dan kisaran pH 6 – 12, serta enzim pepsin, tripsin, dan lisozim tapi tidak stabil terhadap inhibitor EDTA serta detergen tween 20, SDS, dan triton X-100.
Keyword: antibakteri, antikanker, kapang, protein, Xylaria psidii

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: