Judul: Keragaman Genetik Kemiri Sunan NTT (Reutealis trisperma (Blanco) Airy Shaw) Berbasis Marka RAPD
Abstrak: Reutealis trisperma (Blanco) Airy Shaw atau kemiri sunan menunjukan pertumbuhan dan perkembangan yang cukup menjanjikan di Nusa Tenggara Timur (NTT) yang memiliki lahan kering dan beriklim kering. Untuk memaksimalkan produktivitas rendemen biodiesel dari kemiri sunan maka perlu menggunakan benih yang berasal dari varietas unggul. Program perakitan varietas unggul dengan mengenali keragaman genetik tanaman ini perlu dilakukan untuk memaksimalkan produktivitas kemiri sunan. Tujuan penelitian ini untuk menganalisis keragaman genetik 32 aksesi kemiri sunan dari NTT menggunakan marka Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Analisis molekuler dilakukan dengan beberapa tahapan: isolasi DNA, pengecekan konsentrasi dan kemurnian DNA, dilanjutkan dengan amplifikasi DNA menggunakan 40 primer, kemudian uji kekerabatan genetik menggunakan program Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System (NTSys) 2.02 dengan metode pengelompokan Sequential Agglomerative Hierarchycal Nested Cluster Analysis (SAHN). Dari hasil penelitian diperoleh 113 pita dengan ukuran berkisar antara 200 bp hingga 3000 bp dan rataan persentase polimorfisme 52.21%. Nilai keragaman genetik menunjukan hasil yang rendah, hanya berkisar antara 0.03 – 0.33. Kemiri sunan aksesi WH2 terpisah pada klaster tersendiri dengan indeks keragaman genetik yakni 0.33, namun belum mencukupi syarat untuk dijadikan sebagai sumber keragaman genetik atau kandidat tetua dalam program perakitan varietas unggul.
Keyword: Kemiri Sunan, Genetic Diversity, RAPD

Judul: Analisis sebaran genetik hasil persilangan tanaman karet RRIM 600 dan PN 1546 menggunakan teknik RAPD
Abstrak: Siklus pemuliaan tanaman karet (Hevea brasiliensis Muell Arg.) yang membutuhkan waktu 25-30 tahun merupakan permasalahan dalam perakitan klon unggul karet. Deteksi dini klon unggulan karet dibutuhkan untuk menyelesaikan permasalahan ini, salah satunya dapat diatasi dengan memanfaatkan teknik random amplified polymorphic DNA (RAPD) yang merupakan salah satu jenis penanda molekuler DNA. Teknik RAPD dapat digunakan untuk melihat keragaman genetik melalui deteksi pola polimorfisme ruas nukleotida. Penelitian ini bertujuan untuk melihat keragaman genetik tanaman karet hasil persilangan jauh antara klon karet RRIM 600 dengan PN 1546 menggunakan teknik RAPD. Amplifikasi DNA dilakukan dengan menggunakan 16 primer kombinasi dan 40 primer RAPD. Pengolahan data dilakukan dengan menggunakan program NTSYS 2.02. Amplifikasi DNA dengan 16 primer kombinasi menghasilkan lima kandidat primer penanda molekuler, primer D spesifik untuk RRIM 600, primer C dan M spesifik untuk PN 1546, sedangkan primer N dan I spesifik untuk perpaduan kedua sifat tetua. Hasil amplifikasi DNA dengan 40 primer OPH-OPJ (1-20) menggunakan metode RAPD memperlihatkan keragaman genetik yang tinggi dengan nilai koefisien yang diperoleh sebesar 0.89-0.98. Terbentuk dua kelompok besar pada koefisien 0.89 untuk 27 tanaman karet. Dendogram hasil analisis juga memperlihatkan dua tetua terpisah pada percabangan yang berbeda yang menunjukkan bahwa kedua tetua memiliki hubungan kekerabatan yang jauh.
Keyword: RAPD technique, Eschercia coli, Hevea brasiliensis, Bogor Agricultural University, Institut Pertanian Bogor, IPB

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: