Judul: Seleksi Cendawan Potensial Penghasil Enzim  Endoglukanase (Karboksimetil Selulase) dan Isolasi Gen  Penyandinya
Abstrak: Selulosa merupakan sumber daya terbarukan yang paling berlimpah di alam. Secara enzimatik, selulosa dapat dihidrolisis oleh kerja sinergis tiga tipe enzim selulase, yaitu endoglukanase, eksoglukanase/selobiohidrolase dan glukosidase. Kelompok cendawan berfilamen, terutama Aspergillus dan Trichoderma diketahui merupakan organisme penghasil selulase yang efisien Penelitian ini bertujuan untuk melakukan skrining terhadap enzim endoglukanase atau karboksimetil selulase (CMCase) dari beberapa isolat Aspergillus niger dan Trichoderma koleksi Bagian Mikologi Departemen Biologi F.MIPA Institut Pertanian Bogor dan Pusat Penelitian Sumber Daya Hayati dan Bioteknologi Institut Pertanian Bogor serta mengisolasi dan mengkarakterisasi gen penyandi endoglukanase dari isolat cendawan potensial terpilih. Seleksi endoglukanase dilakukan dengan skrining pada media agar CMC menggunakan pewarnaan congo red dan pengujian aktivitas enzim menggunakan metode DNS (asam dinitrosalisilat). T. reesei digunakan sebagai isolat standar dari aktivitas enzim endoglukanase. Isolat potensial terpilih selanjutnya digunakan untuk isolasi gen penyandi endoglukanase. Daerah coding sequence (CDS) diisolasi menggunakan RT-PCR dengan primer spesifik EAF (5’-CTCTAACGCCCAACA TGAAG-‘3) dan EAR (5’-TCTAGAACCCTAGTTGACACTGG-‘3) dari RNA total. Produk amplifikasi yang diharapkan ialah sebesar 743 bp. Gen eglA yang diperoleh selanjutnya diklon ke dalam plasmid pGEMT-Easy dan diintroduksikan ke dalam E. coli DH5α. Hasil klon kemudian di urutkan nukleotidanya dengan ABI Prism 310 automated DNA sequencer dan dikarakterisasi menggunakan beberapa software yang tersedia secara online, Selulosa merupakan sumber daya terbarukan yang paling berlimpah di alam. Secara enzimatik, selulosa dapat dihidrolisis oleh kerja sinergis tiga tipe enzim selulase, yaitu endoglukanase, eksoglukanase/selobiohidrolase dan glukosidase. Kelompok cendawan berfilamen, terutama Aspergillus dan Trichoderma diketahui merupakan organisme penghasil selulase yang efisien Penelitian ini bertujuan untuk melakukan skrining terhadap enzim endoglukanase atau karboksimetil selulase (CMCase) dari beberapa isolat Aspergillus niger dan Trichoderma koleksi Bagian Mikologi Departemen Biologi F.MIPA Institut Pertanian Bogor dan Pusat Penelitian Sumber Daya Hayati dan Bioteknologi Institut Pertanian Bogor serta mengisolasi dan mengkarakterisasi gen penyandi endoglukanase dari isolat cendawan potensial terpilih. Seleksi endoglukanase dilakukan dengan skrining pada media agar CMC menggunakan pewarnaan congo red dan pengujian aktivitas enzim menggunakan metode DNS (asam dinitrosalisilat). T. reesei digunakan sebagai isolat standar dari aktivitas enzim endoglukanase. Isolat potensial terpilih selanjutnya digunakan untuk isolasi gen penyandi endoglukanase. Daerah coding sequence (CDS) diisolasi menggunakan RT-PCR dengan primer spesifik EAF (5’-CTCTAACGCCCAACA TGAAG-‘3) dan EAR (5’-TCTAGAACCCTAGTTGACACTGG-‘3) dari RNA total. Produk amplifikasi yang diharapkan ialah sebesar 743 bp. Gen eglA yang diperoleh selanjutnya diklon ke dalam plasmid pGEMT-Easy dan diintroduksikan ke dalam E. coli DH5α. Hasil klon kemudian di urutkan nukleotidanya dengan ABI Prism 310 automated DNA sequencer dan dikarakterisasi menggunakan beberapa software yang tersedia secara online
Keyword: Carboxymethyl Cellulase, isolasi gen, Aspergillus niger, Trichoderma

Judul: Isolasi Dan Penapisan Kapang Penghasil Β-Glukosidase Dan Karakterisasi Enzim Yang Dihasilkan
Abstrak: Tumbuh-tumbuhan menghasilkan karbohidrat dalam bentuk pati dan lignoselulosa. Selulosa tidak bisa dimanfaatkan sebagai sumber energi oleh ternak unggas karena hewan tersebut tidak memiliki mikroorganisme rumen yang mampu mencerna selulosa. Beberapa cara pengolahan limbah dilakukan dengan menggunakan bantuan mikrob yang dapat menghasilkan enzim selulolitik. Selain kapang, enzim selulase juga dihasilkan oleh siput dan rayap. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi kapang yang dapat menghasilkan enzim β-glukosidase, memproduksi dan mengkarakterisasi enzim. Sebanyak 22 isolat yang menunjukkan aktivitas β-glukosidase dengan menghasilkan daerah hitam pada medium yang mengandung eskulin, berhasil diisolasi. Kapang yang menghasilkan aktivitas β-glukosidase tertinggi (RM 3D) diidentifikasi sebagai Aspergillus foetidus (Naka.) Thom dan Raper. Produksi enzim β-glukosidase dari Aspergillus foetidus (Naka.) (RM 3D) pada medium yang mengandung 3% polard pada suhu ruang, dan waktu inkubasi 6 hari menghasilkan aktivitas sebesar 3.56 U/ml. Aktivitas optimum enzim β-glukosidase berada pada pH 5.0 dan suhu 60 ºC. Enzim β-glukosidase relatif stabil pada pH 4.2 - 5.0. Enzim β-glukosidase juga stabil pada penyimpanan suhu 28 dan 40 ºC, tetapi tidak stabil pada suhu 80 ºC. Aktivitas β-glukosidase meningkat dengan adanya penambahan kation-kation Mg2+, Ba2+, Ca2+, Mn2+, dan Co2+ dengan konsentrasi akhir 1mM. Aktivitas β-glukosidase meningkat setelah penambahan EDTA dan ion Fe2+ dengan konsentrasi akhir 5 mM. Aktivitas β-glukosidase menurun setelah penambahan kation Cu2+ dan Zn2+, baik dengan konsentrasi akhir 1 mM maupun 5 mM. Aktivitas spesifik β-glukosidase meningkat 2 kali lipat setelah pemekatan dengan menggunakan pelarut organik aseton pada tingkat kejenuhan 80%, tetapi kadar proteinnya menurun 64%. Hasil analisis SDS-PAGE memperlihatkan adanya 4 pita protein yang terbentuk, masing-masing dengan berat molekul 134.9, 104.7, 87.1, dan 41.7 kDa. Hasil analisis zimografi menunjukkan bahwa enzim β-glukosidase Aspergillus foetidus (Naka.) (RM 3D) mempunyai berat molekul 134.9 kDa.
Keyword: Karakterisasi, Energy sources, Celluldytic enzyme, Aspergillus foetidus, Polusacharide, Carbohydrate

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: