Judul: Overekspresi Gen Kitinase pada Trichoderma harzianum Lokal
Abstrak: Kemampuan Trichoderma harzianum untuk menghambat pertumbuhan cendawan lain memungkinkannya efektif sebagai agen biokontrol cendawan patogen pada tanaman. Ganoderma sp., yang menyebabkan busuk pangkal batang pada tanaman kelapa sawit merupakan salah satu patogen target penting yang perlu dikendalikan. Ekspresi gen kitinase pada Trichoderma diketahui memegang peranan penting selama periode kontak awal pada proses mikoparasitik. Gen penyandi kitinase pada T. harzianum juga diketahui sebagai gen dengan kopi tunggal. Tujuan penelitian ini adalah melakukan transformasi gen kitinase yang diklon dari T. harzianum isolat lokal DT41 ke T. harzianum DT38 dan ekspresi gen kitinase pada transformannya. Konstruk gen kitinase disisipkan ke dalam Agrobacterium tumefaciens dengan membuat vektor biner pPK2trpChi yang membawa gen higromisin B phosphotransferase dari bakteri sebagai marker seleksi dan dikendalikan oleh promoter Aspergillus nidulans trpC. Vektor ini kemudian ditransformasikan ke dalam T. harzianum DT38 menghasilkan beberapa transforman. Uji dengan PCR mengkonfirmasi keberadaan kaset gen di dalam genom transforman, tetapi uji Southern blotting tidak berhasil mengkonfirmasi. Semua transforman yang diuji stabil secara mitotis, menunjukkan ketahanan terhadap hygromycin B setelah beberapa generasi. Namun demikian, hanya satu transforman yang memperlihatkan peningkatan aktifitas kitinasenya (9.6 uM pNP/mg protein/jam jika dibandingkan dengan 3.2 uM pNP/mg protein/jam pada tipe liarnya).
Keyword: 

Judul: Kajian Aktinomiset dan Trichoderma spp. sebagai Agens Pengendalian Penyakit Busuk Pangkal Batang Ganoderma boninense pada Kelapa Sawit.
Abstrak: Salah satu penyakit utama yang mempunyai pengaruh besar dalam menurunkan produktivitas kelapa sawit adalah penyakit busuk pangkal batang (BPB) yang disebabkan oleh G. boninense. Penyakit ini mampu menurunkan produksi tanaman sebesar 50% sampai 80%. Gejala infeksi diantaranya tanaman menjadi layu, helai daun tidak terbentuk sempurna, kelapa sawit tidak menghasilkan tandan dan bahkan menyebabkan kematian tanaman. Tingginya tingkat kerusakan dan kerugian yang diakibatkan oleh penyakit BPB mengakibatkan pengendalian terhadap penyakit ini sangat penting untuk dilakukan. Berbagai teknik pengendalian yang telah dilakukan untuk menekan intensitas penyakit BPB telah banyak dilakukan mulai dari pengendalian secara kimiawi, perlakuan fisik, pengendalian kultur teknis, penanaman galur tahan, hingga integrasi beberapa metode pengendalian Salah satu alternatif pengendalian yaitu dengan menggunakan kombinasi bakteri aktinomiset dan cendawan Trichoderma spp. Aktinomiset mampu menghasilkan senyawa antibiotik yang mampu menekan perkembangan G. boninense. Mekanisme tersebut juga didukung dengan kemampuan Trichoderma spp. diantaranya dengan mikoparasitik, menghasilkan senyawa antibiosis dan menginduksi ketahanan. Penelitian ini bertujuan mengevaluasi dan menentukan potensi aktinomiset dan Trichoderma spp serta kombinasinya dalam menekan serangan penyakit busuk pangkal batang yang disebabkan oleh G. boninense pada kelapa sawit. Penelitian ini dilakukan di laboratorium Bakteriologi Tumbuhan Proteksi Tanaman dan Screen House di Desa Sinar sari, Dramaga Bogor. Tahapan penelitian yang dilakukan meliputi penyediaan isolat aktinomiset, Trichoderma spp. dan juga G. boninense. Pengujian penekanan pertumbuhan G. boninense oleh aktinomiset melalui pengujian daya hambat, uji pengaruh senyawa VOC, pengujian senyawa bioaktif melalui peracunan media untuk menghambat pertumbuhan G. boninense. Uji konsentrasi senyawa bioaktif isolat aktinomiset terseleksi terhadap biomassa G. boninense. Uji kemampuan dalam menghasilkan enzim kitinase, glukanase, selulase, fosfatase, penambatan nitrogen dan produksi IAA. Uji kompatibilitas antara aktinomiset dan Trichoderma spp. dilakukan dengan dual culture. Uji in vivo dilakukan dengan aplikasi agens antagonis terhadap bibit kelapa sawit. Sebanyak 7 isolat koleksi aktinomiset yaitu isolat AKTb, AKT19, AKT28, AKT41, AKT52, AKT56 dan AKT57 mampu menghambat pertumbuhan G. boninense sebesar 33,33% - 100,00%. Pengaruh senyawa bioaktif dan senyawa VOC masing masing menghambat dari 27,50% - 89,17% dan 2,87% - 20,23%. Konsentrasi senyawa bioaktif 3% mampu menghambat dan menurunkan biomassa G. boninense. Semua isolat aktinomiset mampu menghasilkan enzim glukanase dengan indeks 0,27 - 1,41, kitinase dengan indeks 0,14 – 0,31 dan selulase dengan indeks 1,09 - 1,98. Isolat AKTb menunjukkan indeks pelarutan fosfat paling tinggi yaitu 2,71. Semua isolat dapat menghasilkan hormon IAA dan isolat yang tidak bisa melarutkan nitrogen hanya terdapat pada isolat AKT19 dan AKT52. Berdasarkan hasil identifikasi molekuler dengan menggunakan primer spesifk 27F dan 16Sact1114R isolat aktinomiset yang potensial menekan pertumbuhan G. boninense yaitu AKT19, AKT28 dan AKT52 memiliki homologi tertinggi dengan Streptomyces gelaticus strain NRRL B-2928. Dua isolat Trichoderma spp. terpilih mampu menghambat G. boninense 90,9 - 93,9 % dan hambatan senyawa VOC sebesar 55,2 - 70,56%. Indeks kitinase dan glukanase yang dihasilkan sebesar 0,29 - 0,89 dan 0,74 - 1,07. Kedua isolat tidak melarutkan fosfat namun mampu menghasilkan IAA. Identifikasi molekuler dengan menggunakan primer ITS 1 dan ITS 4 menunjukkan Trichoderma TGLP mempunyai kedekatan homologi tertinggi dengan Trichoderma asperelum dan Trichoderma TSU mempunyai kedekatan homologi tertinggi dengan Trichoderma yunnanense. Uji kompatibilitas menunjukkan bahwa Trichoderma asperelum dan Trichoderma yunnanense menunjukkan tidak kompatibel dengan semua isolat aktinomiset,
Keyword: Agens hayati, Antagonis, Hiperparasitisme, Kompatibilitas

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: