Judul: Primary Specificity Study of Bacillus coagulans, Bacillus subtilis, and Bacillus cereus Using Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) and Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA)
Abstrak: Berbagai macam bakteri yang terdapat dalam pangan dapat memberikan dampak baik atau buruk tergantung dari jenisnya. Bacillus coagulans merupakan salah satu jenis bakteri yang bermanfaat karena bersifat probiotik, sedangkan Bacillus subtilis dan Bacillus cereus dapat menyebabkan kerusakan dan keracunan pada pangan. Perbedaan dampak yang ditimbulkan oleh ketiga Bacillus tersebut dalam pangan maka diperlukan suatu uji mikroba dalam pangan yang bersifat cepat dan akurat yaitu metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Keberhasilan suatu proses PCR sangat tergantung dari primer yang digunakan. Penggunaan primer yang tidak sesuai dapat menyebabkan tidak terjadinya reaksi polimerasi antara gen target dengan primer. Kajian ini bertujuan menguji dan mengonfirmasi spesifisitas primer-primer Bacillus coagulans, Bacillus subtilis, dan Bacillus cereus dari masing-masing target gen untuk mengetahui peluang keberhasilan pada uji PCR (Polymerase Chain Reaction) dengan menguji karakteristik dan sifat spesifik primer yang berasal dari sumber literatur dengan menggunakan BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) dan MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis). Uji spesifisitas primer tersebut dilakukan dengan menggunakan program BLASTyang terdiri dari tahap memilih primer BLAST, memasukkan sekuen primer ke primer parameters, memilih database : nr dan menghapus tulisan ―Homo sapiens‖ pada primer pair specifity checking parameter, memeriksa keberadaan bakteri yang berbeda pada detailed primer reports, dan mengunduh dan menyimpan FASTA bakteri yang berbeda dan menggunakan program MEGA yang terdiri dari tahap memasukkan sekuen primer-forward ke dalam find motif, memotong sekuen primer di depan sekuen primer-forward, memilih reverse complement, memasukkan sekuen primerreverse ke dalam find motif, memotong sekuen primer di belakang sekuen primerreverse, dan melihat hasil panjang basepair. Berdasarkan karakteristik primer dan sifat spesifik primer diketahui bahwa primer BC1, B310F/B310R, Bsubf/Bsubr, dan Ces memiliki spesifisitas primer yang tinggi sehingga peluang keberhasilan dalam mengidentifikasi masing-masing Bacillus dengan uji PCR lebih besar dibandingkan primer BC, HFQ1/HFQ2, Upstream/Downstream, NheA, dan Cer yang memiliki spesifisitas primer rendah sehingga tingkat keberhasilan dalam mengidentifikasi masing-masing Bacillus rendah., Many kinds of bacteria found in food can have good or bad effects depending on the type. Bacillus coagulans is a type of bacteria that is beneficial because it is probiotic. Meanwhile, Bacillus subtilis and Bacillus cereus can cause food damage and poisoning. The difference in the impact caused by the three Bacillus in food requires a fast and accurate microbial test in food, namely the Polymerase Chain Reaction (PCR) method. The success of a PCR process really depends on the primers used. The use of inappropriate primers can prevent the polymeration reaction between the target gene and the primer. This study aims to test and confirm the specificity of Bacillus coagulans, Bacillus subtilis, and Bacillus cereus primers from each target gene to determine the chances of success in the PCR (Polymerase Chain Reaction) test by examining the characteristics and specific properties of primers from literature sources with using BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) and MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis). The primary specificity test is carried out using the BLAST program which consists of selecting the BLAST primer, entering the primary sequence into the primary parameters, selecting database: nr and deleting the words "Homo sapiens" on the primer pair specification checking parameter, checking for the presence of different bacteria in detailed
Keyword: Bacillus, BLAST, MEGA, primer, spesificity

Judul: Kajian Bioinformatika Menggunakan Aplikasi Blast Dan Mega Untuk Analisis Spesifisitas Primer Salmonella spp
Abstrak: Salmonella spp merupakan suatu genus bakteri penyebab foodborne disease terbesar di Indonesia. Untuk mendeteksi cemaran Salmonella spp, digunakan aplikasi bioinformatika melalui Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan primer spesifik. Tujuan dari penelitian adalah untuk menyusun dan menguji spesifisitas primer amplikon pendek dan amplikon panjang gen 16S rRNA Salmonella spp. Metode penelitian untuk amplikon pendek dimulai dari seleksi pustaka primer spesifik target gen 16S rRNA Salmonella spp, kemudian dilanjutkan analisis spesifisitas menggunakan aplikasi BLAST dan dilanjutkan oleh analisis dengan aplikasi MEGA untuk mencocokan urutan DNA secara manual melalui fungsi alignment. Untuk amplikon panjang dimulai dari pemilihan gen 16S rRNA Salmonella spp dari genbank yang kemudian dilanjutkan dengan desain primer menggunakan aplikasi Primer-3 pada Primer-BLAST dan dianalisis spesifisitasnya. Hasil penelitian memperoleh rekomendasi primer untuk dua panjang amplikon yang berbeda. Pada amplikon pendek, diperoleh primer MINf dan MINr dengan coverage dan spesifisitas yang spesifik terhadap Salmonella spp serta panjang primer 402 bp. Pada amplikon panjang, diperoleh dua primer hasil primer desain yaitu Primer Pair 3 dan Primer Pair 8 dengan kelebihan dan kekurangannya masing-masing. Primer Pair 3 memiliki sifat dan karakteristik primer yang lebih sesuai dengan kriteria primer ideal oleh Sanger, namun Primer Pair 8 memliki spesifisitas yang lebih baik terhadap Salmonella spp. Kata
Keyword: Primer, Salmonella, 16S rRNA, Spesifisitas, BLAST, MEGA

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: