Judul: Karakterisasi Enzim β-Glukanase dari Bacillus subtilis Menggunakan Metode in Vitro dan in Silico
Abstrak: Enzim β-glukanase merupakan protein enzim yang dapat menghidrolisis β-glukan, salah satu komponen utama penyusun dinding sel jamur dan menjadi target pengendalian hayati jamur fitopatogenik Protein enzim ini dihasilkan oleh beberapa bakteri salah satunya adalah Bacillus subtilis. Penelitian ini bertujuan melakukan karakterisasi enzim β-glukanase dan aktivitas antagonisnya terhadap Fusarium oxysporum penyebab layu tanaman, serta memahami sifat dan fungsi protein enzim β-glukanase dengan melihat struktur 3D nya. Penelitian ini menganalisis secara in vitro pengaruh faktor-faktor eksternal terhadap aktivitas enzim β-glukanase, penentuan laju reaksi enzim serta analisis in silico dengan pemodelan struktur dan analisis docking. Hasil penelitian menunjukkan bahwa aktivitas enzim β-glukanase setelah proses pengendapan dengan ammonium sulfat 60% menjadi lebih tinggi dibandingkan dengan ekstrak kasar. Tingkat kemurnian yang diperoleh sebesar 1.43 kali dengan yield sebesar 37.29%. Hasil selanjutnya, enzim β-glukanase dikarakterisasi menggunakan beberapa parameter seperti logam, inhibitor dan laju reaksi. Enzim β-glukanase dari isolat B.subtilis W3.15 mengalami peningkatan aktivitas saat ditambahkan ion logam Ca2+, sehingga ion logam tersebut dapat dikatakan sebagai kofaktor. Saat penambahan ion logam lainnya, aktivitas enzim mengalami penurunan, begitu pula ketika ditambahkan EDTA. Perhitungan laju reaksi enzim β-glukanase menghasilkan nilai kecepatan maksimum (Vmax) sebesar 0.017 µmol/L.jam dan nilai Km yaitu 0.99 µmol/L. Isolat B. subtilis W3.15 kemudian diisolasi DNAnya untuk mendapatkan sekuen DNA yang menyandi protein enzim β-glukanase. Sekuen DNA tersebut diubah menjadi sekuen asam amino kemudian dilakukan pemodelan struktur 3D menggunakan bantuan webserver SWISS-MODEL dengan metode homology modeling. Pemodelan enzim β-glukanase berdasarkan template dari model protein enzim β-glukanase dengan kode PDB 3o5s. Hasil pensejajaran sekuen dan visualisasi model cukup baik yang ditunjukkan dengan model memiliki nilai Ramachandran Plot pada daerah favoured sebesar 91,10%, skor MolProbity sebesar 0.95 dan nilai QMEAN 0.90±0.06. Model enzim β-glukanase di-docking menggunakan program PLANTS1.1 dengan ligan native ligand B3P, 1,4- β-D-Glucan, D-glucose, β-D-Glucan from oat, dan N-Acetil glucosamine. Hasil analisis docking menunjukkan bahwa ligan β-glukan (β-D-Glukan dari oat) yang digunakan sebagai substrat dalam kultivasi isolat B. subtilis W3.15 memiliki skor PLANTSCHEMPLP dan nilai prediksi afinitas enzim paling rendah yaitu -97.8514 dan 0.85 residu asam amino yang berikatan dengan ligan, yaitu GLU133, GLU137, ASN149, GLN147, GLU159, dan TRP220. Berdasarkan pada penelitian ini, maka ligan β-D-Glucan from oat yang diuji secara in silico dan in vitro merupakan substrat yang memiliki hasil aktivitas enzim β-glukanse B. subtilis W3.15 yang terbaik dibandingkan substrat lainnya
Keyword: β-D-Glucan from oat, docking, PLANTS 1.1, Km, Vmax

Judul: Enzyme Activity of β-1,3-Glucanase from Streptomyces spp. Rhizosphere and Cloning of its Encoding Gene
Abstrak: Enzim β-1,3-glukanase merupakan salah satu enzim yang mampu menghidrolisis glukan penyusun dinding sel cendawan fitopatogen. Aktinomiset rizosfer jagung dari kelompok Streptomyces spp. diduga mampu memproduksi enzim yang memiliki aktivitas glukanolitik dan berpotensi untuk dikembangkan sebagai agen biokontrol cendawan fitopatogen. Penelitian ini bertujuan menganalisis aktivitas enzim glukanase secara kuantitatif dua isolat Streptomyces spp. dengan indeks glukanolitik tertinggi pada penelitian sebelumnya dan mengidentifikasi gen penyandinya. Metode penelitian yang dilakukan meliputi uji aktivitas glukanase secara kuantitatif, amplifikasi gen endo-β-1,3-glukanase (bglS), kloning, konfirmasi hasil kloning, sekuensing, analisis fenetik, dan prediksi model protein. Aktivitas spesifik enzim isolat S. collinus ARJ38 lebih tinggi dari S. tritolerans ARJ32, yakni sebesar 41,599 U/mg pada waktu inkubasi hari ke-8. Keberadaan gen penyandi bglS pada kedua isolat berhasil diamplifikasi dan dikloning. Hasil sekuensing gen bglS parsial dari kedua isolat potensial teridentifikasi sebagai endo-β-1,3-glukanase dari kelompok glycoside hydrolase (GH) family 16. Model struktur tiga dimensi yang dikonstruksi dari sekuens asam amino bglS parsial memiliki parameter kualitas serta kemiripan yang tinggi dengan model protein eksperimental endo-β-1,3-glukanase parsial dari Nocardiopsis sp. F96., The β-1,3-glucanase enzyme is one of the enzymes capable of hydrolyzing the glucan components of phytopathogenic fungal cell walls. Streptomyces spp. isolated from the maize rhizosphere are suspected to produce enzymes with glucanolytic activity and have the potential to be developed as biological controlling agents against phytopathogenic fungi. This study aims to quantitatively analyze the enzymatic activity of glucanase in two Streptomyces spp. isolates with the highest glucanolytic index from previous research, and to identify their encoding genes. The research methods include quantitative analyze of the glucanase activity, amplification of the endo-β-1,3-glucanase (bglS) gene, cloning, confirmation of cloning results, sequencing, phenetic tree analysis, and protein model prediction. The specific activity enzyme of S. collinus ARJ38 was higher than that of S. tritolerans ARJ32, with a value of 41.599 U/mg on the 8th day of incubation. The presence of the bglS gene in both isolates was successfully amplified and cloned. The sequencing results of the bglS gene from both potential isolates were identified as endo-β-1,3-glucanase from the glycoside hydrolase family 16. The three-dimensional structure model constructed from the partial bglS amino acid sequence exhibited high-quality parameters and high similarity with the experimental protein model of partial endo-β-1,3-glucanase from Nocardiopsis sp. F96.
Keyword: glucanase, phenetic analysis, protein model, rhizosphere actinomycetes, TA cloning, aktinomiset rizosfer, fenetik, glukanase, model protein

Judul: Etno-ornitologi Burung Kancilan Flores (Pachycephala nudigula nudigula Hartert 1897) pada Masyarakat Lio di Taman Nasional Kelimutu
Abstrak: Bare-throathed whistler is one of several wild birds in Kelimutu National Park (TNKL) that is believed to have correlation with Lio Community‟s belief. The estimation of Bare-throated whistler‟s population in Kelimutu National Park was about 186.41-1668.07 individual by the density about 0.0389-0.3481 ind/ha with the sex ratio 6.2:1 that spreaded on area with height of 1100 – 1600 masl. The characteristic of Bare-throated whistler‟s habitat is a natural forest with various canopy level, high plant species diversity and high density. The habitat characteristics related to the availability of food in the form of insects, cover, safety and a nesting site. Generally the most of Lio community knew the existence of Bare-throated whistler directly or from their parents‟ stories. The perceptions of Lio Community to the Bare-throated whistler‟s existence is generally support the conservation efforts. The perceptions construct the Lio Community‟s atitude that tend to be conservative to the existence of Bare-throated whistler. The attitude shown by their behavior that not cathing the Bare-throated whistler from the TNKL‟s area or the outside. The attitude have an important role to the existence of Bare-throated whistler in Kelimutu National Park‟s area.
Keyword: