Judul: Identifikasi dan Penentuan Serogrup Secara Molekuler Terhadap Tiga Isolat Lapang Pasteurella multocida.
Abstrak: Hemorrhagic Septicemia (HS) atau Septicaemia Epizootica (SE) adalah penyakit yang bersifat akut dan fatal menyerang kerbau dan sapi yang disebabkan oleh bakteri Pasteurella multocida (PM). Septicaemia Epizootica merupakan penyakit endemik di Indonesia, kejadian SE dilaporkan hampir tiap tahun hingga 2017 di berbagai wilayah Indonesia. Diagnosis SE di Indonesia umumnya dilakukan berdasarkan gejala klinis dilanjutkan dengan isolasi bakteri melalui metode kultur, serta identifikasi melalui uji biokimia dan serologi yang membutuhkan waktu relatif lama. Sementara itu, identifikasi yang lebih praktis secara molekuler menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) belum pernah dilaporkan di Indonesia. Penelitian ini dilakukan untuk menerapkan teknik biomolekuler menggunakan metode PCR dalam mengidentifikasi PM hingga tingkat serogrup yang dapat dilakukan kurang dari 48 jam. Tiga isolat koleksi Laboratorium Bakteriologi, Departemen IPHK, FKH, IPB yang diisolasi dari darah sapi pada kasus lapang suspect SE dan diidentifikasi sebagai PM berdasarkan morfologi dan uji biokimia. Dua isolat MKS2014_003 dan MKS2014_004 berasal dari Sulawesi Selatan (SulSel) dan 1 isolat NTT2015_006 berasal dari Nusa Tenggara Timur (NTT). Isolat koleksi disubkultur pada media agar darah dengan penambahan neomisin dan basitrasin. Koloni yang tumbuh diuji biokimia menggunakan VITEK®2Compact. Amplifikasi PCR dilakukan menggunakan primer famili gen 16SrRNA, spesies gen kmt, multipleks gen kapsular. Konfirmasi serogrup menggunakan gen bcbD, sekuensing dan analisis menggunakan BioEdit versi 7.2.5; CLC Sequence Viewer 7.7 dan MEGA 6.0. Ketiga isolat koleksi diidentifikasi sebagai PM dengan metode PCR dengan primer kmt dan konsisten dengan hasil VITEK®2 system. Serogrup B dari ketiga isolat berhasil diidentifikasi menggunakan metode multipleks PCR dengan target gen bcbD. Analisis urutan 688 nukleotida gen parsial kapsul bcbD dari ketiga isolat tersebut menunjukkan identitas 99.9-100% terhadap M1404 B:2 (GenBank Acc No. AF169324.1) dan 99.7-99.9% terhadap strain Razi_Pm0001 (No. CP017961.1), Sementara itu satu mutasi diam teramati pada isolat MKS2014_004 dari SulSel. Temuan ini memperkuat penerapan PCR sebagai metode yang cepat dan spesifik untuk identifikasi dan karakterisasi PM.
Keyword: Pasteurella multocida, PCR, sekuensing, serogrup, VITEK

Judul: Keragaman Fenotipik dan Molekuler Pasteurella multocida dari Beberapa Wilayah di Indonesia
Abstrak: Pasteurella multocida adalah bakteri Gram-negatif penyebab septicemia epizootica (SE) pada kerbau dan sapi yang tergolong ke dalam penyakit hewan menular strategis (PHMS) dan masih menjadi masalah serius dalam dunia peternakan Indonesia. Bakteri ini memiliki keragaman yang sejauh ini lazim dideteksi melalui serotyping berdasarkan sifat antigenik polisakarida kapsul. Alternatif untuk menganalisis keragaman hayati adalah dengan menggunakan sodium dodecyl sulphate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) dan random amplified polymorphic DNA (RAPD). Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui keragaman hayati P. multocida dari beberapa wilayah di Indonesia berdasarkan karakter fenotipe, profil protein, dan pola pita RAPD. Identifikasi bakteri dilakukan secara biokimia dengan menggunakan sistem identifikasi tradisional dan API® 20NE yang selanjutnya dikonfirmasi secara molekuler menggunakan polymerase chain reaction (PCR). Ekstraksi protein bakteri dilakukan dengan teknik freeze-thawing dan ekstraksi DNA dilakukan dengan menggunakan reagen DNAzol®. Elektroforesis protein dan RAPD masing-masing dilakukan pada gel poliakrilamida 12% dan gel agarose 1,5%. Hasil penelitian menunjukkan P. multocida dari beberapa wilayah di Indonesia memiliki rentang berat molekul pita protein 12–209 kDa. Rentang fragmen RAPD P. multocida berkisar antara 307–3100 bp. Secara fenotipik, P. multocida dari Provinsi Sulawesi Selatan memiliki keragaman karakter pertumbuhan di media agar MacConkey. Berdasarkan analisis hierarchical clustering terhadap pola pita RAPD dan profil protein sel utuh, masing-masing terbentuk empat dan lima klaster yang menunjukkan keragaman molekuler P. multocida yang diisolasi dari beberapa wilayah di Indonesia. Keragaman molekuler juga teramati berdasarkan hasil pengurutan gen ompH yang mengelompokkan isolat-isolat P. multocida yang digunakan dalam penelitian ini ke dalam lima klaster., Pasteurella multocida is a Gram-negative bacteria that causes septicemia epizootica (SE) in buffaloes and cattle and the disease itself causes serious problems in the Indonesian livestock and is classified as a strategic transmissible animal disease. The diversity of these bacteria so far has been detected using the serotyping method based on the antigenic properties of the capsule polysaccharides. The alternative for analyzing its diversity is to use sodium dodecyl sulphate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) dan random amplified polymorphic DNA (RAPD). This study was conducted to determine P. multocida diversity from several regions in Indonesia based on its phenotypic character, protein profile, and band pattern of RAPD. Bacterial identification was carried out biochemically using traditional identification and API® 20NE systems and then confirmed molecularly using polymerase chain reaction (PCR). The freeze-thawing technique was performed to obtain the bacterial protein extract. The extracted protein and RAPD product were then electrophoresed on 12% polyacrylamide gel and 1.5% agarose gel, respectively. The results showed that the molecular weight range of the protein bands is 12–209 kDa and the band pattern of RAPD is ranged from 307–3,100 bp. Phenotypically, P. multocida from South Sulawesi Province had a variety of growth characters in MacConkey agar media. Based on the hierarchical clustering analysis of the band patterns of RAPD and the whole-cell protein profiles, four and five clusters were formed, respectively. It is showing the molecular diversity of P. multocida isolated from several regions in Indonesia. Molecular diversity was also observed based on sequence of the ompH gene which grouped P. multocida isolates used in this study into five clusters.
Keyword: Pasteurella multocida, protein profile, SDS-PAGE, RAPD, ompH, dendrogram

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: