Judul: Pendugaan adanya front melalui hubungan antar bebrapa parameter oseanografi di Perairan Teluk Pelabuhan Ratu, Jawa Barat
Abstrak: Naiknya massa air yang lebih dingin dan lebih kaya zat hara karena proses upwelling, akan menciptakan suatu zona trasisi atau zona pertemuan antara massa air yang baru tersebut dengan massa air di sekitarnya. Sehingga pada daerah ini dijumpai parameter seperti suhu, salinitas dan zat-zat hara yang bisa berubah cepat pada jarak horizontal yang relatif dekat. Daerah ini dinamakan front. Tujuan penelitian ini adalah mempelajari hubungan antar kelimpahan plankton, ikan-ikan clupeide, sebaran Suhu Permukaan Laut (SPL) dan parameter oseanografi lainnya untuk melihat keberadaan front di perairan Teluk Pelabuhan Ratu...
Keyword: 

Judul: Analisa distribusi suhu permukaan laut dengan menggunakan citra satelit NOAA/AVRR-2 untuk menentukan front dan upwelling di Perairan Selatan Jawa
Abstrak: Perairan selatan Jawa merupakan daerah yang sangat potensial sebagai daerah penangkapan ikan pelagis. Luas daerah penangkapan di daerah selatan Jawa mencapai 294.000 km². Pemanfaatan teknologi terapan yang sekarang mampu menjawab tantangan masalah kelautan adalah teknologi Remote Sensing (penginderaan jauh) melalui satelit. Suhu Permukaan Laut (SPL) adalah faktor penting dalam menentukan sebaran spesies ikan dan sensor termal dapat digunakan untuk menghasilkan pemetaan SPL, yang digunakan untuk mengidentifikasi up welling, arus laut, aktifitas biologi, dan perairan dingin yang kaya nutrien dan untuk menentukan lokasi daerah perbatasan antara air hangat dan dingin (front). Dari penelitian ini diharapkan dapat memperoleh gambaran distribsi SPL untuk menduga front dan upwelling pada musim Timur dan musim Barat menggunakan data citra satelit NOAA/AVHRR-2 serta membandingkan distribusi SPL antara data citra satelit dan data lapangan. Data citra meliputi tanggal perekaman 10 Februari 1993, 17, 18, 19 Mei 1992, 21 Juni 1992, 16 Juli 1992, 2 Agustus 1992, 15 September 1992, 3 dan 11 November serta 21 Desember 1992. Sedangkan data lapangan merupakan data musim Timur 1964, 1989 dan 1990 dan musim Barat 1965, 1990 dan 1992. Data Catch Per Unit Effort diperoleh dari TPI-TPI di daerah selatan Jawa mulai tahun 1989-1993. Pada musim Barat tahun 1965 suhu berkisar 26.04-29.98 °C dengan suhu rata-ratanya 28.17 °C sedangkan musim Barat tahun 1990 suhu berkisar 28.12- 29.96 °C dengan suhu rata-ratanya 29.07 °C. Pada kedua musim ini tidak ditemukan suatu front yang nyata, tetapi sebaliknya yang terjadi pada musim Barat tahun 1992, dimana ditemukan front yang jelas. Fenomena front ini terlihat pada posisi 9-11 °LS dan 113-115 °BT, hampir sejajar pantai yang ditemukan pada kontur suhu secara horisontal, yang kemudian diduga sebagai front upwelling. Perairan di sebelah selatan front bersuhu 27.5 28 °C sedang di sebelah utara front bersuhu 29 29.3 °C. Hal ini diperkuat dengan kontur salinitas horisontal yang menunjukkan juga fenomena front ini. Nilai salinitas berkisar pada nilai 33.31 -34.68% dan nilai rata-ratanya 34.11. Analisa terhadap suhu dan salinitas vertikal terhadap kedalaman menunjukkan adanya kontur yang naik yang diduga merupakan massa air yang mengalami proses upwelling. ...
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA