Judul: Reprocessing Crystal Structure of Vibrio  cholerae Multidrug and Toxic Compound Extrusion (MATE) Transporter with  AlphaFold2 as Search Model for Molecular Replacement
Abstrak: Transporter ESBM (Ekstrusi Senyawa Beracun dan Multi Obat) pada Vibrio cholerae telah diidentifikasi sebagai salah satu faktor penyebab resistensi terhadap antibiotik. Namun, struktur ESBM yang tersedia pada RCSB (3MKT) masih memiliki kualitas rendah. Penelitian ini bertujuan memperbaiki struktur kristal transporter ESBM V. cholerae pada database dengan struktur prediksi AlphaFold2. Struktur prediksi AlphaFold2 memiliki tingkat kepercayaan tinggi berdasarkan nilai plDDT sebesar 82,9 dan pTM sebesar 0,851 yang digunakan sebagai model dasar molecular replacement dengan nilai top LLG sebesar 826,549 dan top TFZ sebesar 25,6, dilanjutkan dengan proses refinement. Hasil refinement menunjukkan adanya perbaikan signifikan dalam berbagai parameter struktural seperti Rfree, Rwork, clashscore, Ramachandran outliers, sidechain outliers, dan Real Space Correlation. Superimpose antara struktur hasil refine dengan struktur awal pada database menghasilkan nilai RMSD sebesar 3,086 Å. Proses refinement yang dilakukan menghasilkan struktur yang secara keseluruhan memiliki kualitas yang lebih baik dari struktur database, Multidrug and Toxic Compound Extrusion (MATE) transporter in Vibrio cholerae has been identified as a significant contributor to antibiotic resistance. However, the available MATE structure in the RCSB database (3MKT) has suboptimal quality. This study aimed to enhance the crystal structure of MATE transporter in the database using the AlphaFold2 predicted structure which has a high level of confidence based on a plDDT score of 82.9 and pTM score of 0.851. The predicted structure of AlphaFold2 served as a search model for Molecular Replacement with top LLG and TFZ scores of 826.549 and 25.6, respectively, followed by a refinement process. The refinement process significantly enhanced various structural parameters such as Rfree, Rwork, clashscore, ramachandran outliers, sidechain outliers, and Real Space Correlation. Superimposing the refined structure with the initial structure in the RCSB database revealed an RMSD value of 3.086 Å. The conclusion of this research was the refinement process results had been better quality structure than the database structure
Keyword: AlphaFold2, MATE transporter, molecular replacement, refinement, x-ray crystallography

Judul: Pemrosesan Ulang Struktur Kristal Transporter Ekstrusi Senyawa Beracun dan Multi-Obat (ESBM) Neisseria gonorrhoeae Menggunakan AlphaFold2 sebagai Model Dasar Molecular Replacement
Abstrak: Transporter ekstrusi senyawa beracun dan multi-obat (ESBM) berkontribusi dalam resistensi antibiotik bakteri Neisseria. Struktur transporter tersebut dengan kualitas yang baik diperlukan untuk memahami struktur dan mengatasi resistensi antibiotik akibat transporter tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk memperbaiki struktur kristal transporter ESBM dan monobodi pada database menggunakan struktur prediksi AlphaFold2 sebagai search model untuk molecular replacement (MR). Sekuens transporter ESBM dan monobodi dijalankan melalui ColabFold lalu struktur prediksi terbaik digunakan pada proses MR dan proses refinement. Hasil penelitian menunjukkan struktur prediksi terbaik memiliki nilai kepercayaan residu dan interface masing-masing sebesar 66,0 dan 0,380 yang berarti AlphaFold2 belum mampu menghasilkan prediksi yang baik untuk kedua struktur. Proses MR menghasilkan struktur solusi yang sama dengan database namun analisis simetri menunjukkan terdapat dua kemungkinan pose yang berbeda. Proses refinement yang dilakukan terhadap struktur solusi MR menghasilkan struktur yang secara keseluruhan memiliki kualitas yang sama dengan struktur database., Multidrug and Toxic Compound Extrusion (MATE) transporter contributes to antibiotic resistance in Neisseria. A high-quality structure is quintessential to understand the structure and tackle antibiotic resistance caused by said transporter. This research aimed to enhance the crystal structure of MATE transporter and monobody available in database by using AlphaFold2-predicted structure as a search model for molecular replacement (MR). Sequence of MATE transporter and monobody has been run through ColabFold and the best predicted structure is chosen for subsequent MR and refinement process. The results showed that the best predicted models has residue and interface confidence scores of 66,0 and 0,380 respectively. These results indicate that AlphaFold2 has not yet achieved correct predictions for both structures. Although the solution structure from the MR method is identical to that from the database, symmetry analysis reveals that there are two potential alternative poses. The refinement process applied to the MR solution results in the same overall quality as the database structure.
Keyword: AlphaFold2, MATE transporter, Molecular replacement, Refinement, X-ray crystallography

Judul: Perencanan Lanskap Sunda Kalapa, Jakarta Utara Sebagai Kawasan W isata Sejarah
Abstrak: Perkembangan kota Jakarta dari waktu ke waktu sangatlah cepat, sehingga menyebabkan kota-kota tua banyak yang tergusur untuk dijadikan daerah baru yang lebih modern. Apabila hal tersebut tidak ditanggulangi secara dini maka keberadaan Kota Lama Jakarta akan hilang. Hal inilah yang melatar belakang untuk dilakukan tindakan perlindungan dan revitalisasi kawasan bersejarah Sunda Kalapa.
Keyword: