Judul: Analisis Gene Co-expression Network untuk Identifikasi Gen Pengontrol Prengus pada Domba (Ovis Aries).
Abstrak: Analisis marka DNA merupakan bidang kajian bioinformatika yang penting dan terus berkembang. Marka DNA atau marka molekuler didefinisikan sebagai sekuens DNA yang spesifik dan lokasinya di kromosom telah diketahui, Marka DNA dapat digunakan untuk mengidentifikasi gen-gen apa saja yang berkaitan dengan sifat-sifat tertentu dari suatu individu. Salah satu analisis marka DNA yang banyak digunakan adalah analisis gene co-expression network yaitu menganalisis nilai expresi marka DNA berdasarkan co-expression dengan setiap DNA yang lain. Tujuan dari analisis gene co-expression network adalah untuk melihat gen yang paling dominan yang berhubungan dengan sifat fenotipe tertentu. Prengus merupakan rasa (flavour) dan bau (odour) tak sedap yang terdapat pada daging domba. Prengus disebabkan oleh asam lemak rantai cabang (BCFA). Empat senyawa BCFA yang mempengaruhi prengus adalah Skatole, Undecanoic Acid, 4-Methylphenol, dan 4-Methylnonanoic Acid, di mana Skatole mempengaruhi rasa (flavour), sedangkan tiga senyawa lainnya mempengaruhi bau (odour). Prengus mempengaruhi tingkat konsumsi daging domba karena umumnya konsumen tidak menyukai bau pekat pada daging, sehingga usaha untuk mereduksi prengus telah lama dilakukan, salah satunya adalah dengan pemuliaan domba yang secara alami memiliki tingkat prengus rendah. Usaha pemuliaan domba sudah lama dilakukan secara konvensional dengan banyak kekurangan seperti tingkat akurasi yang rendah, biaya yang tinggi, dan waktu proses yang lama. Pemuliaan secara genetik diharapkan dapat mengatasi kekurangan dari pemuliaan secara konvensional. Salah satu langkah yang diperlukan untuk pemuliaan genetik adalah mengidentifikasi gen-gen apa saja yang mempengaruhi sifat-sifat tertentu. Analisis marka DNA dapat digunakan dalam identifikasi keterkaitan gen-gen dengan sifat fenotipe, penelitian ini menggunakan gene co-expression network sebagai metode untuk mengidentifikasi gen-gen apa saja yang berpengaruh kuat terhadapat sifat prengus dari domba. Data penelitian berasal dari enam sampel domba, di mana tiga ekor domba merupakan domba dengan tingkat prengus tinggi, dan tiga ekor lainnya merupakan domba dengan tingkat prengus rendah. Data genotipe merupakan nilai gene expression dari 136 gen yang muncul dari proses sequencing dan berkorelasi terhadap prengus. Adapun fenotipe merupakan profil dari empat senyawa BCFA dari masing-masing sampel. Penelitian ini dilakukan dengan melakukan proses clustering. Gen-gen dari data diklaster ke dalam modul-modul untuk mempersempit pencarian, dari data terbentuk enam klaster yang masing-masing memiliki nilai korelasi ke sifat fenotipe. Dari klaster tersebut terpilih tiga klaster yang dominan, dan kemudian terpilih tiga gen yang berpengaruh kuat terhadap tingkat prengus pada domba.
Keyword: asam lemak rantai cabang, gene co-expression network, gene expression, modul gen

Judul: Karakterisasi Gen SEPW1 dan JAML dengan Sifat Odor dan Flavor pada Daging Domba
Abstrak: Rendahnya konsumsi daging domba dibeberapa negara di Asia karena konsumen sering komplain terkaitodor dan flavor pada daging domba yang mempengaruhi penerimaan konsumen. Hal ini disebabkan karena dua senyawa yaituasam lemakrantai bercabang (BCFAs) seperti 4-methyloctanoic (MOA), 4-methylnonanoic (MNA) dan 4-ethyloctanoic (EOA) yang bertanggungjawab terhadap odorpadadaging domba,senyawalain 3-methylindole atau skatole yang juga terlibat pada sifat off-odor pada babi berkaitan juga dengan pastoral flavor daging domba. Perkembangan teknologi baru sekarang ini dengan menggunakan Next Generation Sequencing memberikan peluang untuk menghasilkan output maksimum dan komprehensif seperti anotasi genom, ekspresi gen fungsional genom, mendeteksi profil transkripomik, dan penemuan ncRNA. RNA-Seq juga memberikan hasil yang positif untuk mengidentifikasikan kejadian splicing, transkrip golongan isoforms yang berbeda juga polimorfisme yang berbeda. RNA-Seq telah banyak digunakan untuk mendeteksi single nucleotide polymorphism (SNP), alternative splicing (AS) peristiwa differential express gene (DEGs) antara dua gen yang berekspresi beda serta insersi dan delesi (InDels). Selain itu, RNA-seq membantu untuk menggambarkan kesulitan yang sebelumnya tidak dapat dideteksi dengan analisis transkriptomik sebelumnya, seperti isoforms, ekspresi alel-spesifik, dan penemuan promotor baru. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasiSNP pada sifat odor dan flavor pada daging domba menggunakan RNA-Seq. Hasil karakterisasi dan validasi SNP dilanjutkan dengan identifikasi dua potensial kandidat gen yaitu Selenoprotein W1 (SEPW1) dan junction adhesion molecule like (JAML)yang terexpresi berbeda pada level odor dan flavor daging domba yang berbeda. Penelitian ini dilakukan pada bulan Mei 2016 sampai November 2017. Penelitian ini dimulai dengan pengambilan sampel domba bagian hati dan loin. Total sampel DNA sebanyak 50 ekor diambil untuk digunakan dalam identifikasi keragaman, serta sebanyak 20 sampel domba diambil secara acak untuk analisis asosiasi gen yang terkait dengan sifat odor dan flavor. Hasil analisis deteksi SNP telah ditemukan sebanyak 142 SNP dari 36 gen pada sampel daging domba dan sebagian besar berkaitan dengan sifat odor dan flavor yang berbeda (tinggi dan rendah) pada daging domba, sebanyak 90.4% gen memiliki beberapa polimorfisme. Sebanyak 12 gen terdeteksi sebagai kandidat gen yang terkait dengan sifat odor dan flavor pada daging domba (JAML, ANGPTL8, LOC101103463, SEPW1, SCN5A, LOC101113036, DOCK6, GTSE1, KIF12, KCTD17, KANK2 dan CYP2A6). Hasil identifikasi keragaman menunjukkan bahwa gen SEPW1 bersifat polimorfik dengan enzim restriksi BanI memiliki tiga genotipe (AA, AG dan GG), sedangkan gen JAML bersifat monomorfik dengan enzim restriksi HhaI dengan satu genotipe (GG). Hasil analisis heterozigositas (Ho) gen SEPW1 menunjukkan bahwa domba di Indonesia memiliki nilai Ho tinggi (0.5). Populasi domba beradadalam keseimbangan Hardy-Weinberg. Frekuensi Alel A dan alel Gpada domba berturut-turut sebesar 51% dan 49%. Genotipe heterozigot AG adalah genotype yang paling tinggi. Hasil analisis asosiasi dengan komponen BCFAs dan komponen skatole menunjukkan bahwa gen SEPW1 berasosiasi dengan sifat odor dan flavor pada daging domba yaitu kandungan MNA, sementara MOA, EOA, MP, dan MI tidak berasosiasi. Selain itu analisis fungsional dilakukan dengan menganalisis ekspresi mRNA gen SEPW1 di jaringan hati. Sebanyak 9 dombayang mewakili genotipe yang berbeda (3 genotipe AA, AG, dan GG) berdasarkan kandungan MNA dipilih untuk kajian ekspresi gen. Gen SEPW1 terdeteksi di jaringan hati dengan sifat odor dan flavor yang rendah. Namun, ekspresi mRNA ditemukan tidak signifikan antara genotipe AA, AG, dan GG (P>0.05). Hasil asosiasi dan ekspresi mRNA menunjukkan bahwa gen SEPW1
Keyword: assosiasi, ekspresi, odor dan flavor, gen SEPW1 dan JAML, domba

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: