Judul: Pengembangan Pipeline Identifikasi Single Nucleotide Polymorphism dan Konstruksi Pohon Filogenetik
Abstrak: Proses identifikasi SNP (single nucleotide polymorphism) melalui laboratorium memerlukan banyak biaya dan menyita waktu, sehingga digunakanlah bantuan program komputer. Informasi SNP dapat diperoleh melalui beberapa tahapan yang perlu dikerjakan. Masing-masing tahapan tersebut dieksekusi oleh satu program komputer berupa tools tertentu. Pada penelitian ini, tahapan-tahapan dan tools yang digunakan untuk memperoleh informasi SNP adalah penjajaran sekuens dengan Bowtie 2, praproses hasil penjajaran sekuens dengan GATK, identifikasi dan filtrasi SNP dengan SAMtools/BCFtools, dan prediksi efek SNP dengan SnpEff. Oleh karena identifikasi SNP memerlukan serangkaian tahapan yang cukup banyak, sehingga penelitian ini memanfaatkan pipeline untuk mengatur urutan eksekusi setiap task identifikasi SNP dan memproses keluaran setiap tahapan untuk diteruskan ke tahapan berikutnya. Penelitian ini juga menggunakan informasi SNP untuk mengonstruksi pohon filogenetik. Pipeline SNP yang dikembangkan berhasil mengidentifikasi SNP dari sekuens reads (unpaired atau paired) dan dapat menampilkan informasi detail SNP yang teridentifikasi. Pohon filogenetik berhasil dikonstruksi dari empat varietas kedelai menggunakan metode UPGMA atau Neighbor-Joining dengan tools VCF-kit.
Keyword: identifikasi SNP, pipeline, pohon filogenetik

Judul: Pengaruh teknik penyeimbangan data terhadap performa model identifikasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP): Studi kasus genom Kedelai
Abstrak: Single Nucleotide Polymorphism (SNP) merupakan tipe marka molekuler yang saat ini banyak diteliti. Marka ini menjadi populer karena mampu memberikan informasi yang baik akan keragaman DNA. Secara definisi, SNP dapat diartikan sebagai variasi satu basa nukleotida - A, C, T atau G - pada posisi yang sama antara DNA yang dijajarkan dari individu yang berbeda. Perkembangan penelitian mengenai SNP didukung oleh perkembangan teknologi sequencing DNA. Next-Generation Sequencing (NGS) adalah teknologi sequencing DNA terbaru. NGS mampu memberikan throughput yang tinggi dengan biaya yang relatif lebih murah dibandingkan teknologi sebelumnya. Namun, NGS memiliki kelemahan dalam hasil sequencing. Hasil sequencing diberikan dalam bentuk fragmen-fragmen dengan ukuran yang pendek. Hal ini berdampak pada analisis tahap lanjut seperti identifikasi SNP. Proses penjajaran fragmen DNA adalah tahapan yang harus dilakukan sebelum melakukan identifikasi SNP. Proses penjajaran menjadi lebih sulit dilakukan ketika diterapkan pada fragmen-fragmen dengan ukuran yang pendek. Tingkat kesalahan penjajaran bisa menjadi tinggi karena banyak fragmen yang dijajarkan tidak pada posisinya. Hal ini menyebabkan munculnya variasi basa karena error. Jumlah variasi basa karena error lebih banyak hingga beberapa kali lipat dibandingkan jumlah variasi basa karena SNP. Dengan kata lain, terjadi ketidakseimbangan data antara kelas SNP positf dan kelas SNP negatif. Machine learning yang dilatih menggunakan data latih tidak seimbang akan menghasilkan model dengan performa yang rendah karena model cenderung mengidentifikasi kandidat SNP sebagai anggota kelas mayor. dst ...
Keyword: Next-Generation Sequencing (NGS), SNP, oversampling, undersampling

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: