Judul: Analisis metagenom untuk pencirian komunitas bakteri dan fungi pada tempe
Abstrak: Tempe is an Indonesian traditional fermented food produced using Rhizopus as a starter culture. In practice, however, the starter culture as well as fermentation processes would involved a polymicrobial fermentation, which generated a unique tempe flavor and texture. This condition makes Indonesian tempe as one of the most complex fermented food, while at the same time would make it difficult to scale up tempe production with uniform quality and consistency. Because of complex microbial communities involved, cultureindependent methods or metagenomic analysis would be an essential tool to unravel this complex microbial fermentation. The aim of this study was to compare a number of tempe microbial communities based on Amplified Ribosomal Intergenic Sequence Analysis (ARISA). Fresh tempe samples were obtained from tempe producers in Java and Moluccas. 16S rRNA gene libraries and DNA sequencing were employed to analyze further the nature of microbial diversity in two selected tempe samples. The results of our study showed that different tempe producer possessed different Bacterial ARISA (BARISA) or fungi ARISA (FARISA) profiles. However, BARISA profiles were found to be more discriminative than FARISA, and therefore BARISA would be more useful for tempe genetic fingerprint or barcoding. Bacterial communities in two tempe samples (EMP and SDJD) were further investigated employing DNA sequence analysis of their 16S rRNA gene libraries. Sequences closely related to Klebsiella sp were found to be the majority among bacterial communities present in SDJD sample, while sequences closely related to Acetobacter sp. were found as predominant isolates in EMP samples. These significant differences in bacterial communities might reflect differences in tempe flavor or texture associated with their unique production or locality.
Keyword: 

Judul: Analisis Metagenom untuk Pencirian Komunitas Bakteri dan Fungi pada Tempe
Abstrak: Sebagai makanan fungsional tradisional Indonesia, tempe dikonsumsi dalam jumlah yang relatif tinggi dan dapat ditemukan dalam berbagai variasi jenis dan cara pengolahan. Variasi ini perlu dijaga karena menjadi ciri khas makanan Indonesia yang dapat dikembangkan dalam menghadapi program perdagangan bebas ASEAN. Walau demikian, database mikroorganisme yang terlibat dalam proses fermentasi tempe belum pernah dibuat dan ditelaah peluang adanya hubungan antara rasa tempe yang berbeda pada daerah sentra produksi terhadap komposisi mikroorganisme dan jaminan keamanan pangannya Dalam proses pengolahannya, fermentasi tempe tidak hanya melibatkan cendawan tetapi juga melibatkan bakteri. Upaya mempelajari total komunitas mikroorganisme yang terlibat, dapat dilakukan dengan menggunakan metode deteksi yang cukup sensitif dalam memberi gambaran secara menyeluruh. Teknik tidak terkultur merupakan teknik yang dapat memberi gambaran tentang komposisi mikroorganisme terkultur maupun tidak terkultur dari suatu lingkungan ekologi. Kendala yang dihadapi dalam menggunakan teknik ini adalah pada metode ekstraksi DNA sebagai tahapan awal yang penting. Rendemen dan kualitas DNA yang rendah dapat mengurangi profil keragaman yang dapat diperoleh dari suatu lingkungan ekologi. Permasalahan ini dapat diatasi dengan melakukan pemilihan dan optimasi metode analisa yang dapat memberikan hasil yang reprodusibel. Pada penelitian ini telah dilakukan optimasi metode ekstraksi DNA dari sampel tempe sehingga diperoleh suatu metode standar yang dapat digunakan untuk mempelajari total komunitas mikroorganisme pada tempe. Optimasi dilakukan dengan membandingkan kemampuan dua kit komersil (Fermentas DNA Purification Kit-FDEK dan PowerFood Microbian DNA Isolation Kit-PFMDIK) untuk melakukan analisis metagenom mikroorganisme yang ada di tempe. Berdasarkan hasil dari beberapa parameter yang diamati, metode PFMDIK sangat baik digunakan untuk menganalisis keragaman mikroorganisme di tempe secara metagenomik. Metode ini memberikan rendemen dan kualitas DNA tinggi sehingga dapat diperoleh hasil PCR yang reprodusibel dan ragam mikroorganisme yang lebih tinggi daripada metode FDEK. Parameter yang dipakai sebagai data penunjang hasil ini adalah pengukuran konsentrasi..dst
Keyword: Tempe microbial community, ARISA, barcoding system

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: