Judul: Kloning gen-gen yang responsif cekaman kekeringan dari kedelai: konstruksi pustaka cDNA
Abstrak: Pustaka CDNA dari kedelai telah dikonstruksi dalam rangka mendapatkan klon-klon gen yang responsif terhadap cekaman kekeringan. Strategi pengklonan gen dalam penelitian ini melibatkan konstruksi pustaka CDNA. CDNA disintesis dari mRNA yang diisolasi dari tanaman yang mendapat perlakuan cekaman kekeringan. Isolasi mRNA dilakukan dengan metode standar dan sintesis CDNA dilakukan dengan paket sintesis CDNA Super Script (GIBCO BRL, USA). Pustaka CDNA dikonstruksi dengan menggunakan plasmid pSPORT1 dan plasmid yang mengandung cDNA ditransformasikan ke dalam sel Escherichia coli, dan ditumbuhkan pada medium LB padat yang mengandung antibiotik ampisilin (100 μg/ml). Pengujian pustaka cDNA dilakukan dengan analisis restriksi dengan enzim NotI dan SalI terhadap plasmid rekombinan dari 15 contoh koloni bakteri. Disamping itu telah dilakukan hibridisasi Southern dan hibridisasi koloni. Hasil isolasi mRNA menunjukkan bahwa mRNA yang dihasilkan cukup baik sebagai bahan sintesis CDNA. Optimasi- optimasi telah berhasil dilakukan sehingga isolasi mRNA dari tanaman kedelai dapat dilaksanakan secara rutin…dst
Keyword: Gene C, Analisis restriksi, Koloni bakteri, Hibridisasi koloni

Judul: Analisis molekul DNA berukuran besar pada kedelai (Glycine max (L) Merrill) dengan pulsed field gel elektroforesis (PFGE)
Abstrak: Perbaikan tanaman kedelai melalui teknik DNA rekombinan merupakan salah satu langkah yang dapat digunakan untuk membantu perakitan varietas secara konvensional. Di Indonesia hal ini belum banyak digunakan, oleh karena itu perlu dikembangkan. Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) merupakan salah satu alat bantu yang dapat digunakan pada pemetaan genom yang berukuran besar. PFGE telah banyak dimanfaatkan bagi pemetaan genom eukariot tingkat rendah seperti khamir, sedangkan pada tanaman pemanfaatannya baru dimulai sekitar tahun 1990. Atas dasar masalah te rsebut, maka penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk: a) mendapatkan metode standar untuk mendapatkan isolasi DNA genom utuh, b) pemisahan DNA dengan bantuan PFGE dan c) teknik hibridisasi Southern untuk DNA berukuran besar. Isolasi DNA genom kedelai dengan ca ra menjerap protoplas ke dalam matrik agar dapat menghasilkan DNA yang kurang lebih utuh berukuran lebih besar dari 5 Mpb Protoplas diisolasi dari kotiledon polong muda yang berumur 18 -38 HSP (hari sesudah penyerbukan) dengan menggunakan larutan osmolitikum CPW (Dhir et al., l99li yang mengandung sukrosa 14 % (b/v) serta enzim selulase Onosuka RIO 1.5 % (b/v) dan maserozim 0.7 % (b/v). Larutan osmolitikum memiliki nilai potensial osmotik sebesar -1.37 Mpa serta dengan penambahan EDTA sebesar 0.01 M mampu menghasilkan DNA yang berukuran besar dan baik. Evaluasi pemisahan DNA genom dengan menggunakan enzim restriksi NotI, SmaI dan SfiI menghasilkan potongan DNA yang berukuran sedikitnya 1410 Kpb (tanpa transformasi statistik) dan 1610 Kpb (dengan transformasi statistik) untuk enzim restriksi NotI dan SfiI. Dari hasil pemetaan dengan menggunakan pelacak pSRS 0.8 dari gen ribulosa bisfosfat karboksilase/oksigenase belum memperlihatkan sinyal hibridisasi dengan baik. Walaupun demikian pada analisis homologi DNA pelacak dengan DNA genom kedelai menggunakan mini gel elektroforesis memperlihatkan adanya sinyal hibridisasi. Hal ini memberi suatu peluang bahwa pelacak pSRS0. 8 dapat digunakan pada pemetaan genom kedelai.
Keyword: DNA molekuls

Judul: Characteristic of Overshooting Top (OT) Based on  Himawari  8  Satellite  as  a  Convective  Cloud  Feature  that  Generates  Extreme Weather in the Java Island Region
Abstrak: Overshooting Top (OT) is a feature at the top of a convective cloud that is associated with extreme weather. Research on OT in tropical Indonesia is still very limited. The existence of geostationary satellites with wide area coverage and fast frequency observations is useful for observing the fast dynamics of the OT life cycle. Therefore, this study intends to analyze the relationship between OT and extreme weather, updraft and thermodynamic conditions of OT when extreme weather occurs, the best objective method for detecting OT in the day time and night time, and the spatiotemporal distribution of OT in the tropical region of Java Island during the 2018-2021 period. Based on visual analysis using visible channel and Himawari 8 sandwich products, 87% of extreme weather events in Java were accompanied by the appearance of OT. It indicates that the presence of the OT pattern is a convection cloud pattern or feature that is closely related to extreme weather events for the Java Island region. The existence of a time lag between the appearance of OT and extreme weather events on Java Island indicates that the OT of convection cloud can be used as a precursor or nowcasting for the appearance of extreme weather. Most of the convective cloud OT features during extreme weather events on Java Island have altitude that were only able to exceed the altitude of the equilibrium level and few were able to exceed the tropopause level of 9 km – 16 km. The difference in atmospheric conditions during extreme weather events on Java Island, which is in the tropics and subtropics, is a strong and unstable convective energy condition characterized by a larger CAPE, as well as unstable KI, LI, SI and TTI values. It is offset by kinematic factors in the form of a weak vertical wind shear (bulk wind shear 0-6 km) and a higher freezing point height. The difference between extreme weather events in the Java Island region and other tropical regions compared to subtropical regions is the strong updraft speed of convection clouds. The IRW Texture COMB algorithm based on the IRW-Texture Gradient modification and the COMB algorithm shows a significant increase in quality for detecting OT and non-OT pixels in Java. Rainy days with rainfall > 50 mm/day are very common in areas with an altitude of > 500 m. On the other hand, the level of convection activity which is indicated by the presence of OT and lightning is significantly reduced in this area. OT of convective clouds appear more frequently during the DJF season and less frequently during the JJA season. OT often appears during the day time and rarely at night time. Most OTs appear in the central part, away from the south and north coasts of Java Island during the day, while OTs that appear near the south and north coasts of Java Island can appear in the morning or afternoon.
Keyword: convective clouds, extreme weather, Overshooting Tops, Himawari 8 Satellite