Judul: Prediksi struktur sekunder protein menggunakan jaringan saraf tiruan dengan penciri position specific scoring matrix dan parameter kimiafisik
Abstrak: Protein merupakan salah satu makromolekul yang penting peranannya bagi kehidupan manusia karena protein merupakan penyusun dari sel. Peran protein dapat terlihat setelah melakukan pelipatan yang membentuk struktur tersier. Prediksi struktur sekunder protein menjadi tahapan yang penting dalam penentuan struktur tersier protein. Teknik untuk menentukan struktur protein adalah dengan pendekatan eksperimen menggunakan X-Ray Crystallography dan Nuclear Magnetic Resonance (NMR), namun memerlukan waktu yang lama dan biaya yang relatif mahal. Penerapan teknik komputasi diperlukan dalam melakukan prediksi struktur sekunder protein salah satunya adalah Jaringan Saraf Tiruan (JST). JST sukses dipertimbangkan menjadi salah satu metode yang digunakan dalam memprediksi struktur sekunder protein. Untuk meningkatkan hasil akurasi dilakukan penambahan parameter kimiafisik dan Position Specific Scoring Matrix (PSSM) profile dalam penelitian prediksi struktur sekunder protein ini. Hasil prediksi terbaik dari penelitian ini untuk nilai akurasi Q3 score pada known data sebesar 99.94% untuk model dengan fitur PSSM yang memiliki jumlah fitur 260. Adapun untuk hasil prediksi terbaik untuk nilai akurasi Q3 score pada unknown data sebesar 98.88% untuk model dengan fitur PSSM dan parameter kimiafisik yang memiliki jumlah fitur 266. JST telah berhasil diimplementasikan dalam melakukan prediksi struktur sekunder protein. Penambahan fitur kimiafisik memberikan pengaruh pada prediksi struktur sekunder protein.
Keyword: Jaringan saraf tiruan, Kimiafisik, PSSM, Struktur sekunder protein, Penerapan teknik komputasi, Ekstraksi ciri PSSM, Fitur kimia fisik, Ektraksi kimia fisik, Know data

Judul: Prediksi Struktur Sekunder Protein dengan Metode Support Vector Machine
Abstrak: Protein merupakan salah satu dari biomolekul raksasa yang berperan sebagai elemen penyusun utama makhluk hidup yang dibentuk dari asam amino. Secara hierarki, protein terbagi menjadi empat tingkat: struktur primer, struktur sekunder, struktur tersier, dan struktur kuartener. Struktur sekunder protein adalah struktur yang dibentuk oleh rangkaian asam amino yang akan membentuk struktur tiga dimensi serta memiliki informasi mengenai struktur tersier dan fungsi protein. Penelitian ini menggunakan data yang berjumlah 277 389 residu protein dari data kategori enzim. Ekstraksi ciri yang digunakan yaitu position specific scoring matrix (PSSM) profile dan fitur kimiafisik. Penelitian ini melakukan prediksi struktur sekunder protein menggunakan metode support vector machine melalui pengenalan pola sekuens asam amino. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Q3 score terbaik diperoleh sebesar 93.16% oleh dataset yang memiliki 260 fitur dengan kernel radial. Penambahan fitur kimiafisik tidak memberikan pengaruh yang signifikan terhadap akurasi prediksi model.
Keyword: protein, prediksi, struktur sekunder, support vector machine

Judul: Biology and ecology of the buffalo fly, haematobia exigua de meijere (diptera:muscidae)
Abstrak: The life history of the buffalo fly was observed at room temperature of 27°-29.5°C and at a relative humidity of 48-68 percent. The eggs hatched after 17-22 hours, with an average of 18 hours. First instar larvae measured 1.25 + 0.16 mm long and 0.27 + 0.037 mm wide. reach the second larval stage. It took 6-12 hours to the second instar larvae measured 2.676 +0.187 mm long and 0.353 +0.028 mm wide. The second instar took about 12-24 hours to reach the third larval stage. The third instar measured 6.833 + 0.189 mm long and 0.919 + 0.051 mm wide. It took about 2-3 days for the third instar to become pupae. Duration of the pupal stage was about 5-7 days before the adults emerged. Under laboratory condition, the buffalo fly completed its life cycle in 9.5 to 10.5 days, whereas under field condition it took 9-14 days with an average of 10.5 days. The growth ratio which was based on the measurements of the cephalo-pharyngeal skeleton of each instar was 1.797. The preoviposition period was 8-12 days and mating usually occurred on the 6th or 7th day. The longevity of the male was 29 days, whereas it was 32 days in the female. The range of egg production under laboratory condition was between 20-139 per female fly. The belly and hind legs of the carabao were the most preferred habitat either during cloudy and cool dry or shiny and warm day. When the weather was clear and the carabao was in the shade, the flies tended to be more distributed particularly on the shoulder, dewlap, back and horns. The carabaos had relatively fewer Musca sp. and Stomoxys calcitrans than cattle; never the less carabaos had a higher infestation of buffalo fly than cattle. Oviposition occured either during the day or night but the buffalo flies were more active during the night than in the day time. The effect of various lengths of exposure time of manure in relation to the oviposition was profound. observed, the maximum number of the buffalo flies was occurred when the dung was exposed for 30 minutes. With increasing time of exposure the number and variety of insects also increase. It was evident that Sepsidae and psychodidae were the most dominant insects emerging from the dung. The number of buffalo flies also increased with increasing
Keyword: