Judul: Gen Myxovirus (Mx) Ayam IPB D1 sebagai Penanda Ketahanan Tubuh Ayam terhadap Infeksi Virus Newcastle Disease (ND).
Abstrak: Penyakit Newcastle (ND) atau penyakit tetelo merupakan penyakit viral endemis di Indonesia dan menyebabkan kerugian ekonomi yang tidak sedikit. Wabah ND tetap muncul pada ternak meskipun program pengendalian terhadap penyakit tersebut telah dilakukan. Ayam IPB D1 merupakan jenis ayam hasil persilangan antara ayam jantan pelung-sentul dan ayam betina kampung-broiler. Ayam lokal dikenal memiliki ketahanan terhadap kondisi lingkungan yang marginal dibandingkan ayam broiler, namun ayam broiler memiliki pertumbuhan otot yang lebih baik dibandingkan ayam lokal. Persilangan ayam ini diharapkan mendapatkan ayam dengan pertumbuhan yang lebih baik dibandingkan ayam lokal tetapi memiliki ketahanan terhadap kondisi marginal yang tinggi seperti ayam lokal. Sifat hetahanan penyakit ayam hasil persilangan ini terhadap penyakit terutama penyakit akibat infeksi virus belum diketahui. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari sistem kekebalan tubuh pada ayam IPB D1 terhadap ND. Penelitian ini menggunakan ayam IPB D1 sebanyak 40 ekor yang dibagi atas dua kelompok yaitu kelompok ayam yang divaksinasi dan tanpa vaksinasi. Vaksinasi ND dilakukan sebanyak dua kali pada saat ayam berumur 10 minggu dan booster dilakukan dua minggu kemudian. Uji tantang dilakukan satu minggu setelah booster pada kelompok ayam yang divaksinasi dan kelompok ayam yang tidak divaksin, menggunakan virus ND strain Sato (107EID50/ml). Respon kekebalan ditentukan berdasarkan titer antibodi yang diukur menggunakan uji haemaglutinasi inhibisi (HI) dan identifikasi profil sel darah putih (SDP) ayam, sedangkan identifikasi genotipe untuk melihat keberadaan gen Mx sebagai penciri ketahanan terhadap infeksi virus dilakukan menggunakan teknik PCR dan sekuensing menggunakan sampel bekuan darah. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kelompok ayam IPB D1 yang divaksinasi dan tidak divaksinasi memiliki titer antibodi ≥ log 24 pada saat uji tantang dan semua ayam masih hidup setelah uji tantang. Profil SDP ayam IPB D1 menunjukkan bahwa limfosit merupakan jenis leukosit dengan jumlah paling tinggi dibandingkan dengan jenis leukosit lainnya, baik dalam kondisi divaksinasi maupun tidak divaksinasi. Hasil sekuensing menunjukkan bahwa terdapat tiga genotipe ayam IPB D1 yaitu: AA (44%), AG (30%) dan GG (26%) serta frekuensi alel A (resisten) yang lebih tinggi dibandingkan dengan alel G. Hasil penelitian menunjukkan bahwa tidak terdapat korelasi antara genotipe gen Mx (AA, AG, GG) dengan ketahanan tubuh ayam IPB D1 terhadap infeksi ND.
Keyword: ayam IPB D1, respon imun, penyakit Newcastle, titer antibodi, sel darah putih

Judul: Identifikasi Sifat Ketahanan Penyakit Viral Menggunakan Gen Mx sebagai Marka Genetik pada Ayam Tolaki
Abstrak: Gen Mx (Myxovirus) memiliki peran penting dalam mengatur dan mengendalikan respon kekebalan tubuh ternak terhadap serangan penyakit viral. Gen Mx pada ayam bersifat native antiviral yang mampu merespon infeksi virus influenza seperti avian influenza. Gen Mx mengkode protein Mx dengan aktivitas antiviral. Polimorfisme nukleotida G/A pada posisi 2.032 gen Mx menghasilkan perubahan pada asam amino 631 dari protein Mx. Substitusi Serin menjadi Asparagin mengindikasikan ayam memiliki kekebalan terhadap penyakit viral. Ayam Tolaki merupakan ayam lokal Indonesia yang berasal dari Sulawesi Tenggara. Postur dan ukuran tubuhnya lebih kecil dibandingkan dengan ayam Kampung, namun memiliki ketahanan terhadap penyakit yang cukup tinggi. Ketahanan terhadap penyakit viral ini diduga kuat dikendalikan oleh gen Mx. Berdasarkan hal tersebut penelitian ini dirancang untuk membuat genotipe ayam Tolaki berbasis gen Mx, melakukan karakterisasi genetik gen Mx dan selanjutnya mengasosiasikan genotipe ayam Tolaki dengan sifat ketahanan penyakit viral dan produksinya. Hasil akhir penelitian ini diharapkan dapat diperoleh informasi efektivitas gen Mx sebagai kandidat gen penciri dan dihasilkan populasi ayam Tolaki yang tahan terhadap Newcastle Disease (ND) sebagai populasi dasar untuk keperluan seleksi lebih lanjut. Materi penelitian ini terdiri atas : 1) 150 sampel ayam Tolaki, dengan rincian 47 ekor generasi tetua dan 103 ekor generasi anak; 2) Petak berukuran 60x60x40 cm3 yang diletakkan dalam kandang berukuran 5 x 15 m2; 3) DNA sampel berupa DNA gen Mx lokus Hpy81; 4) Primer foward (5’-GCA CTG TCA CCT CTT AAT AGA-3’) dan reverse (5’-GTA TTG GTA GGC TTT GTT GA-3’); 5) Enzim retriksi Hpy81; 6) Gel elektroforesis berupa gel agarose 2% (0.5 g/25 ml 0.5x TBE dan gel dokumentasi visualisasi (gel Alpha Imager); 7) Kit ektraksi Phire Animal Tissue Direct PCR Kit (Thermo Fisher Scientific Inc.), dan 8) Mesin PCR (Polymerase Chain Reaction). Metode penelitian yang digunakan terdiri atas: 1) Metode ekstraksi DNA dari sampel bulu dilakukan menggunakan kit ekstraksi dan ekstraksi DNA sampel darah menggunakan metode phenol-chloroform; 2) Metode amplifikasi DNA dengan PCR; 3) Metode PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction-restriction fragment length polymorphism) untuk mengidentifikasi keragaman genetik gen Mx; 4) Uji Hemaglutinasi (HA) dan uji Hemaglutinasi Inhibition (HI) untuk deteksi antibodi anti ND pada ayam; 5) Uji tantang dengan virus ND gen VII secara tetes mata pada dosis 104 CLD50 /0.5 ml/ekor, dan 6) Metode fenotyping untuk mendapatkan koleksi data sifat produksi melalui pengukuran dan pencatatan. Penelitian ini dilakukan dalam 3 tahap. Tahap pertama adalah karakterisasi genotipik pada ayam Tolaki berdasarkan gen Mx. Tahap ini melakukan genotyping dengan teknik PCR-RFLP pada exon 13 situs 2032 cDNA gen Mx. Tahap kedua adalah asosiasi genotipe ayam Tolaki berbasis gen Mx dengan sifat produksi dan ketahanannya terhadap infeksi virus ND secara alami. Tahap ketiga adalah asosiasi genotipe ayam Tolaki berbasis gen Mx dengan sifat produksi dan ketahanannya melalui uji tantang virus ND. Studi asosiasi antara genotipe ayam Tolaki berbasis gen Mx dengan sifat yang diamati dianalisis menggunakan prosedur ANOVA. Penelitian tahap pertama menunjukkan bahwa genotyping dengan PCRRFLP diperoleh fragmen gen Mx polimorfik berukuran 299 pb. Pada situs 2032 cDNA exon 13 gen Mx terdeteksi adanya mutasi basa transisi dari Guanin menjadi Adenin, menyebabkan perubahan asam amino Serin (G) menjadi Asparagin (A). Pemotongan dengan enzim Hpy81
Keyword: ayam Tolaki, gen Mx, antiviral, Newcastle Disease

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: