Judul: Analisis Topologi Interaksi Protein-Protein untuk Identifikasi Protein Signifikan Terkait dengan Diabetes Mellitus.
Abstrak: Pendekatan komputasi merupakan salah satu solusi untuk mengatasi masalah efisiensi pada proses penemuan obat. Pada penelitian ini, studi kasus dilakukan pada penyakit diabetes mellitus. Identifikasi protein signifikan dilakukan dengan membangun jaringan protein-protein interaction (PPI) dengan menganalisis bentuk topologinya. Hasil pengukuran menggunakan overall centrality menghasilkan suatu protein signifikan yang mempertimbangkan karakteristik pada semua pengukuran centrality dengan kombinasi linear yang optimal. Hasil dari analisis topologi terhadap PPI menunjukkan bahwa dari 83 kandidat protein penyakit diabetes mellitus, insulin (INS) adalah pusat network protein dengan nilai overall centrality tertinggi. Adapun protein lainnya yang memiliki nilai centrality tinggi memiliki hubungan dekat dengan INS adalah AKT1, INSR, KCNJ11, PPARG, TCF7L2, FOXO1, SOCS3, dan IRS1. Berdasarkan evaluasi uji ketahanan dengan 145 test network yang terdiri atas 9 protein tersebut menunjukkan bahwa INS menjadi pusat netwok dengan akurasi sebesar 60.26%.
Keyword: diabetes mellitus, protein-protein interaction (PPI) network, protein signifikan

Judul: Identifikasi Protein-Protein Signifikan Yang Berasosiasi Dengan Diabetes Mellitus (Dm) Tipe 2 Menggunakan Analisis Topologi Jejaring Protein-Protein Interaction
Abstrak: Identifikasi protein-protein signifikan yang berasosiasi dengan suatu penyakit merupakan proses awal yang dilakukan dalam penemuan obat baru menggunakan metode network pharmacology. Pendekatan yang digunakan dalam mengidentifikasi protein-protein signifikan tersebut adalah pendekatan komputasional. Pendekatan ini merupakan solusi dari dua kendala utama metode eksperimental yaitu waktu yang panjang dan biaya yang besar. Pendekatan ini mungkin dilakukan karena tersedianya data protein dan interaksi antar protein dalam jumlah yang banyak. Proses identifikasi protein-protein signifikan yang berasosiasi dengan DM tipe 2 dimulai dengan mengumpulkan data kandidat protein-protein signifikan menggunakan basis data OMIM, selanjutnya kandidat protein-protein signifikan tersebut dijadikan sebagai data masukan pada basis data STRING untuk memperoleh data protein-protein interaction (PPI). Data PPI dikonstruksi menjadi jejaring PPI dan sebuah subnetwork dikonstruksi dari semua lintasan terpendek pasangan kandidat protein-protein signifikan yang memiliki total nilai degree terbesar dari seluruh node-nya yang ada pada jejaring PPI. Analisis topologi pada subnetwork dilakukan untuk memperoleh nilai Connectivity degree (k), betweenness centrality (BC) dan closeness centrality (CC). Ketiga nilai tersebut kemudian digunakan untuk menentukan protein-protein signifikan yang berasosiasi dengan DM tipe 2. Pengujian terhadap konsistensi protein-protein signifikan dilakukan dengan mengkonstruksi jejaring penyangga dari protein-protein signifikan yang ada pada subnetwork. Akurasi jejaring penyangga dihitung terhadap tiap jejaring uji yang diciptakan dan dihitung nilai akurasi rata-ratanya. Nilai akurasi rata-rata inilah yang menunjukkan kekokohan jejaring penyangga atau konsistensi dari protein-protein signifikan yang ada pada jejaring penyangga. Penelitian ini berhasil mengidentifikasi 21 protein signifikan yang berasosiasi dengan DM dengan menempatkan Insulin (INS) sebagai protein paling penting dan juga sebagai node pusat pada jejaring PPI. Terdapat 8 protein sebagai tetangga lagsung dari INS yaitu AKT1, TCF7L2, KCNJ11, PPARG, GCG, INSR, IAPP dan SOCS3. Hal yang menarik pada penelitian ini adalah dari 63 protein signifikan berasosiasi dengan DM yang diperoleh dari basis data OMIM, hanya 9 dari 21 protein yang berfungsi sebagai protein penting, 12 protein lainya merupakan protein yang diperoleh dari data PPI.
Keyword: protein-protein interaction, protein-protein Signifikan, jejaring PPI, network pharmacology, jejaring penyangga

Judul: Mud Crab’s (Scylla serrata Forskal 1775) Response to Different Decaying Level of Gold Snail (Pomacea canaliculata Lamarck 1822) Bait.
Abstrak: Mud crab is well known as omnivorous-vigorous-voracious-opportunistic-scavenger. These intertidal animals applies mainly chemoreception in their predatory behaviour. It has been commonly assumed that non fresh gold snail bait is better than fresh bait in stimulating the mud crab. This research's aim is to analyze mud crab response to different decaying level of gold snail bait. Their response were observed as time required to touch the bait and pattern and direction of the mud crab in approaching the baits. The different decaying level of gold snail baits were shown on Total Volatile Base Nitrogen (TVBN) as 16.3 mg/100g (0 day); 534.1 mg/100g (3 days); and 887.4 mg/100g (6 days). The research was conducted from July 2009 until February 2011. The TVBN test for gold snail baits were conducted at Laboratory of BBPPHP Jakarta. The experiment was conducted in Pemalang. The result showed that the average period of mud crabs to touch the baits were 52.14 minutes; 61.57 minutes and 52.57 minutes. Anova test concluded no sufficient evidence of significant effect of TVBN content of gold snail bait on mud crab’s feeding behaviour. Movement pattern B, i.e. left and right deviation followed by straight forward movement to the bait, was commonly exhibited by the crabs. Consequences of time period required by the mud crab to approach the bait on fishing operation is discussed.
Keyword: