Judul: Enterobacteriaceae dan Bakteri Asam Laktat pada Tempe Sebagian Besar Berasal dari Kedelai
Abstrak: Tempe merupakan rumah dari berbagai jenis mikroorganisme (microbiome alami), seperti cendawan dan bakteri. Bakteri dari filum Fermicutes dan Proteobacteria merupakan prokariota dominan pada tempe segar. Bakteri pada tempe turut andil dalam pembentukan cita rasa, tekstur, dan kandungan nutrisi. Proses perebusan kedelai dianggap sebagai kegiatan pemanasan yang dapat mengurangi atau menghilangkan populasi bakteri pada tempe secara signifikan. Studi ini bertujuan untuk menghitung dan menelusuri komunitas Enterobacteriaceae dan Bakteri Asam Laktat (BAL) pada kedelai sebelum direbus, kedelai setelah direbus dan tempe segar asal dua pengrajin tempe, Rumah Tempe Indonesia (RTI) dan Empang (EMP). Penelitian ini menggunakan penggabungan beberapa metode, yaitu metode hitungan cawan dan Quantitative Real Time Polymerase Chain Reaction (qRT-PCR) yang digunakan untuk menentukan bakteri yang terkultur dan tidak terkultur, serta metode Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus-Polymerase Chain Reaction (ERIC-PCR) untuk menentukan variasi antar spesies dengan menelusuri organisme dari isolat tertentu. Penelitian ini memberikan hasil bahwa tempe segar dari RTI dan EMP masing-masing mengandung BAL sekitar 109 dan 1010 CFU g-1, serta Enterobacteriaceae sekitar 107 dan 108 CFU g-1. Enterobacteriaceae pada kedelai sebelum direbus berjumlah 10,000 kali lebih sedikit dibandingkan pada tempe segar. Sekitar 103–104 CFU g-1 BAL yang bertahan hidup masih ditemukan pada kedelai setelah direbus. Namun, populasi Enterobacteriaceae hampir sepenuhnya hilang setelah proses perebusan. Penelitian ini juga mengindikasikan bahwa beberapa BAL merupakan bakteri termofilik atau termotoleran yang mampu bertahan dari proses perebusan. Sebagian besar Enterobacteriaceae mengalami luka yang cukup parah atau dalam kondisi diam (quiescent) selama proses perebusan dan kemudian melakukan pemulihan diri hingga 109 CFU g-1 setelah proses perebusan hingga menjadi tempe. Hasil identifikasi dari 36 isolat dominan pada medium EMBA berdasarkan gen 16S rRNA menunjukkan adanya 16 isolat yang merupakan Klebsiella. Isolat Klebsiella yang ditemukan pada tempe secara genetik mirip dengan Klebsiella pada kedelai, tetapi berbeda secara genetik dengan isolat medis Klebsiella berdasarkan analisis ERIC-PCR. Oleh karena itu, kedelai dapat dianggap sebagai sumber utama Klebsiella pada tempe.
Keyword: ERIC-PCR, Klebsiella, microbiome, qRT-PCR

Judul: Dinamika Pertumbuhan Bakteri Dan Identifikasi Bakteri Asam Laktat Terkultur Yang Dominan Selama Fermentasi Tempe Pada Dua Industri Rumah Tangga Yang Berbeda.
Abstrak: Tempe merupakan makanan fermentasi tradisional Indonesia yang telah dikenal secara global. Kultur starter utama pada fermentasi tempe ialah Rhizopus oligosporus, namun beberapa penelitian telah mendeteksi adanya bakteri asam laktat (BAL) pada tempe dan mikroorganisme lainnya. Pada umumnya, tempe diproduksi pada industri rumah tangga dengan skala kecil dan proses fermentasi yang kurang terkontrol, sehingga pada fermentasi tempe terdapat berbagai jenis mikroorganisme. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi keberadaan, pertumbuhan dan interaksi bakteri asam laktat, spora bakteri dan Enterobacteriaceae; serta untuk mengidentifikasi keberadaan bakteri asam laktat (BAL) terkultur dominan dengan T-RFLP pada dua industri rumah tangga di Bogor dengan metode produksi yang berbeda. Sampel diambil dari tujuh tahap produksi dari dua metode produksi tempe yang berbeda yaitu produksi dengan satu kali perebusan sebelum perendaman kedelai dan dua kali perebusan sebelum dan sesudah proses perendaman kedelai. Analisis dilakukan dengan metode perhitungan koloni pada media sesuai dengan bakteri yang akan dianalisis. Identifikasi BAL dilakukan dengan terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) terhadap koloni BAL dominan yang diisolasi dari media MRSA natrium azida dari tiap tahap fermentasi. Analisis T-RFLP menggunakan primer 16S rRNA dan enzim restriksi HhaI. Proses yang menerapkan perebusan kedua sebelum inokulasi memiliki jumlah BAL pada tahap awal fermentasi jauh lebih rendah daripada proses yang menerapkan satu kali perebusan sebelum perendaman kedelai. Hasil ini mengindikasikan BAL telah terlibat sejak proses perendaman dan terbawa ke tahap fermentasi kapang. Hasil analisis T-RFLP juga menunjukkan pada proses dengan satu kali perebusan sebelum perendaman, BAL pada tahap setelah perendaman kedelai terbawa selama fermentasi tempe dan menjadi dominan. Jumlah BAL yang tinggi pada tahap awal fermentasi berkorelasi dengan pH yang rendah pada tahap awal fermentasi dan dapat berkontribusi terhadap penghambatan pertumbuhan Enterobacteriaceae dan spora bakteri. Keberadaan BAL hingga 8 log cfu/g selama fermentasi mengindetifikasikan bakteri tersebut berkontribusi terhadap proses fermentasi tempe. Hasil analisis T-RFLP mengindikasikan keberadaan BAL terkultur yang dominan yang sama selama proses fermentasi tempe pada industri rumah tangga dengan perebusan satu kali sebelum perendaman. BAL tersebut diprediksi sebagai Lactobacillus reuteri, Lactobacillus fermentum dan Lactobacillus sp. Pada industri rumah tangga yang melakukan perebusan kedua setelah perendaman, jenis BAL terkultur yang dominan memiliki variabilitas yang lebih tinggi selama fermentasi tempe yaitu Enterococcus pseudoavium, Enterococcus sulfureus dan Enterococcus italicus dominan setelah tahap perendaman kedelai, fermentasi jam ke-24 dan 72; Lactobacillus sp. pada fermentasi jam ke-0; P. pentosaceus pada fermentasi jam ke-12; Pediococcus pentosaceus dan Weissella kandleri pada fermentasi jam ke-48. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dua persiapan fermentasi tempe yang berbeda menyebabkan komposisi mikroba yang berbeda dan juga berkontribusi terhadap perbedaan BAL terkultur yang mendominasi selama fermentasi sebagaimana yang diidentifikasi dengan T-RFLP. Penelitian ini merupakan penelitian awal untuk mengidentifikasi BAL terkultur dominan selama fermentasi tempe dengan T-RFLP. Untuk studi selanjutnya, diperlukan konfirmasi metode identifikasi untuk mendapatkan hasil yang optimal.
Keyword: spora bakteri, Enterobacteriaceae, bakteri asam laktat, T-RFLP tempe

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: