Judul: Identifikasi Keragaman Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) DNA Mitokondria pada Ayam Lokal Indonesia
Abstrak: Penentuan rumpun ayam lokal merupakan hal yang sangat penting untuk pengesahan ayam lokal di Indonesia. Diperlukan penelitian lebih lanjut untuk menentukan perbedaan dari rumpun ayam lokal Indonesia. Penelitian ini menggunakan gen COI DNA mitokondria sebagai DNA barcoding untuk menentukan taksonomi ayam lokal Indonesia. DNA hasil ekstraksi dilanjutkan pada proses amplifikasi dan sekuens DNA pada gen COI. Hasil dari sekuensing dianalisis menggunakan MEGA5. Setelah diurutkan didapatkan sekuens sepanjang 653 pb dan didapatkan 5 kelompok. Kelompok 1 yaitu bangkok, walik, arab golden, arab silver, hutan merah, kampung, pelung, gaga, kate, ayam pedaging strain Cobb 1 dan 2. Kelompok 2 yaitu ayam petelur strain Lohman brown. Kelompk 3 yaitu ayam pedaging strain Cobb, kelompok 4 ayam leher gundul 4 dan kelompok 5 ayam serama. Hasil analisis menunjukan bahwa pada parsial 653 pb gen COI merupakan daerah yang conserved sehingga tidak dapat membedakan antar ayam lokal. Diperlukan penelitian lanjutan untuk menganalisis sekuen komplit COI (1 550 pb).
Keyword: 

Judul: Filogeni berdasarkan sekuens dna mitokondria gen Cytochrome oxidase I (Gen Coi) pada beberapa bangsa sapi lokal Indonesia
Abstrak: Perkembangan jenis sapi di Indonesia berasal dari sapi asli seperti sapi bali dan juga sapi hasil silangan yang telah menjadi sapi lokal seperti sapi pesisir, sapi madura, sapi aceh, dan sapi Peranakan Ongole (PO). Sapi lokal Indonesia memiliki keanekaragaman tinggi seperti warna kulit maupun ukuran tubuh. Pendekatan penanda molekuler mampu membedakan bangsa sapi lokal Indonesia secara baik. Penelitian ini dilakukan untuk merekonstruksi pohon filogenetik beberapa bangsa sapi lokal Indonesia berdasarkan sekuens DNA mitokondria gen Cytochrome Oxidase I (COI). Sampel yang digunakan adalah sampel sapi bali, madura, aceh, pesisir, dan PO. Amplifikasi secara in vitro dilakukan dengan teknik Polymerase Chain reaction (PCR). 10 sampel berhasil diamplifikasi dan menghasilkan produk amplifikasi sebesar 710 pb, namun hanya delapan sampel yang berhasil dirunutkan dan dianalisis. Analisis hubungan kekerabatan pada sapi lokal Indonesia menunjukkan bahwa, sapi bali terpisah dari pengelompokan keempat bangsa sapi lainnya. Sapi aceh, pesisir, PO, dan madura terletak dalam kelompok yang sama dengan Bos indicus. Dari kedua pengelompokan tersebut menunjukkan bahwa sapi bali mempunyai asal-usul tersendiri sedangkan keempat sapi lainnya berasal dari kelompok sapi zebu.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: