Judul: The Role of ProAKAP4 Protein on Quality and  Freezability of frozen semen from Bali cattle (Bos sondaicus) at different ages
Abstrak: Sapi bali adalah salah satu jenis dari sapi potong yang banyak dikembangkan di Indonesia. Sapi bali merupakan ternak ruminansia endemik Indonesia yang mempunyai keragaman keunggulan, diantaranya yaitu kualitas genetik unggul, mempunyai kemampuan beradaptasi pada lingkungan yang mempunyai kualitas hijauan yang rendah, mempunyai tingkat produksi dan reproduksi yang sangat baik. Penyebaran sapi bali terjadi sejak adanya kebijakan menggalakkan sapi bali di Indonesia khususnya di Provinsi Nusa Tenggara Barat (NTB). Hal ini dapat dilihat berdasarkan data Direktorat Jenderal Peternakan dan Kesehatan Hewan Kementerian Pertanian RI populasi sapi potong di Provinsi NTB sebanyak 1.474.516 ekor dengan jumlah pejantan 487.770 ekor yang sebagian besar adalah sapi bali. Performa reproduksi sapi bali jantan salah satunya dapat dinilai dari kualitas semen yang dihasilkan. Kualitas semen ditunjukkan melalui nilai motilitas sperma, morfologi sperma normal dan abnormal, konsentrasi dan viabilitas sperma. Kualitas semen menjadi indikator penting dalam produksi semen beku. Penerapan aplikasi teknologi reproduksi inseminasi buatan (IB) menggunakan semen beku salah satu upaya untuk mempertahankan dan meningkatkan populasi sapi bali. Keberhasilan pembekuan semen berhubungan dengan kemampuan sperma bertahan dari proses pembekuan atau disebut recovery rate (RR). Sperma yang mempunyai nilai RR yang tinggi dapat diartikan high freezability. Tingkat freezability sperma dipengaruhi oleh rumpun, individu, dan umur sapi. Kualitas semen saat ini dinilai secara konvensional atau menggunakan peralatan analisis semen berbantuan computer (CASA) yang mahal. Evaluasi freezability sperma sapi di BIB hanya berdasarkan motilitas sperma, sedangkan pada sperma manusia kualitas sperma yang berhubungan dengan freezability telah teridentifikasi berkaitan dengan protein. Penggunaan Bull 4MID (4BioDx, Lille, France) untuk analisis ProAKAP4 dapat memberikan analisis kualitas semen yang lebih akurat dan objektif. Peran AKAP4 terbukti terhadap fertilitas sapi jantan telah meningkat bertahun-tahun. Konsentrasi ProAKAP4 berkorelasi dengan motilitas total dan motilitas progresif sperma pada sapi jantan. Pengujian konsentrasi ProAKAP4 sapi bali belum dilaporkan sehingga penelitian ini dilakukan untuk menentukan konsentrasi ProAKAP4 dan berbagai parameter analisis kualitas semen beku secara akurat dan objektif. Enam ekor sapi bali yang terbagi menjadi dua kelompok umur (>5 tahun dan <5 tahun) dari Unit Pelayanan Teknis Daerah (UPTD) Balai Inseminasi Buatan Daerah (BIBD) NTB digunakan dalam penelitian ini. Semen dikoleksi menggunakan vagina buatan dan segera dibawa ke laboratorium untuk dilakukan evaluasi secara makroskopis dan mikroskopis. Semen segar sesudah dievaluasi kemudian diencerkan dengan pengencer Andromed. Semen selanjutnya dilakukan proses pengemasan, dilanjutkan dengan ekuilibrasi semen selama 4-5 jam dan dibekukan. Pembekuan dilakukan di atas uap nitrogen cair selama 10 menit selanjutnya disimpan dalam container nitrogen cair untuk evaluasi lebih lanjut. Semen beku di-thawing terlebih dahulu sebelum dievaluasi. Thawing semen beku dilakukan dalam water bath suhu 37oC selama 30 detik. Parameter kualitas semen beku adalah motilitas dan kinematik sperma, viabilitas, morfologi sperma, membran plasma utuh, dan fragmentasi DNA. Pengujian dilakukan menggunakan mikroskop phase contrast (Olympus CX31RTSF) yang dilengkapi heating table. Kinematik sperma dievaluasi menggunakan Computer Assisted Sperm Analysis (CASA; Sperm vision™ 3.7 Minitube, Germany). Analisis ProAKAP4 menggunakan Kit Bull 4MID (Ref. 4VDX-18K4) yang dianalisis menggunakan mesin ELISA reader. Penelitian dirancang menggunakan Independent-Sample T-Test dengan taraf signifikansi 95%. Analisis statistik menggunakan IBM SPSS® Statistics versi 22.0 (IBM Corp., Armonk, NY, US). Data ditampilkan sebagai mean± SD. Pengujian korelasi antar variabel dengan konsentrasi ProAKAP4 dianalisis
Keyword: Sapi bali, Semen beku, Kualitas semen, Freezability, ProAKAP4

Judul: PREDICTION OF BALI BULL SPERM FERTILITY THROUGH CELLULAR AND TRANSCRIPTOMIC STUDIES, AND DEVELOPMENT OF MICROFLUIDIC DEVICES
Abstrak: Sapi bali merupakan sapi asli Indonesia yang memiliki banyak keunggulan, antara lain mudah beradaptasi dengan berbagai jenis pakan, kondisi lingkungan dan iklim yang ekstrim, serta memiliki kondisi reproduksi yang baik. Prediksi fertilitas calon pejantan unggul, termasuk sapi bali, dilakukan melalui Breeding Soundness Examination (BSE). Hal ini dinilai kurang akurat karena belum mampu menggambarkan secara utuh mengenai kompetensi spermatozoa untuk fertilisasi. Hal ini mengakibatkan perlu dilakukannya investigasi komprehensif yang mengaitkan kualitas semen dengan angka konsepsi di lapangan. Indikator penentu potensi fertilitas pejantan adalah melalui pemeriksaan kualitas semen. Evaluasi semen yang umumnya dilakukan secara konvensional belum sepenuhnya mampu mendeskripsi prediksi fertilitas secara tepat dan akurat, sehingga dieksplorasi dengan memanfaatkan kemajuan teknologi, seperti penggunaan Computer-Assisted Sperm Analysis (CASA) hingga perangkat mikrofluida. CASA dapat memeriksa ribuan sel spermatozoa sekaligus dengan lebih akurat dan objektif, bahkan mencakup berbagai parameter uji dalam satu waktu. Perangkat mikrofluida menjadi salah satu alternatif penguji kualitas semen dengan alat dan bahan sederhana, volume sampel kecil, harga terjangkau, waktu singkat, dapat digunakan secara mandiri, dan praktis digunakan di segala tempat. Pengujian kualitas semen secara mendalam hingga tingkat molekuler juga mulai dikembangkan melalui pendekatan teknologi omic yang mampu mengkaji molekul transkripsi dan translasi di dalam spermatozoa. Teknologi ini mampu menyajikan data ekspresi gen untuk memvalidasi fungsi spermatozoa dalam spermatogenesis, fertilisasi, dan perkembangan embrio sebagai parameter fertilitas pejantan. Penggunaan teknologi ini dalam perkembangan industri peternakan telah menjadi metode utama yang dapat diterapkan secara luas untuk memprediksi potensi fertilitas pejantan melalui analisis transkriptom spermatozoa. Penelitian bertujuan untuk 1) mengkaji karakteristik semen sapi bali, 2) menganalisis berbagai parameter kinematic motilitas dan morfologi abnormalitas spermatozoa menggunakan CASA dan kaitannya dengan fertlitas, 3) menguji penggunaan perangkat mikrofluida berbasis benang dalam menganalisis kualitas semen pada parameter viabilitas spermatozoa, dan 4) mempelajari ekspresi gen PRM1 dan imunolkalisasi protein PRM1 spermatozoa pada sapi bali dengan tingkat fertilitas berbeda. Penelitian pertama dilakukan dengan mengelompokkan sapi bali yang dibagi menjadi kelompok fertilitas suprior dan baik (SF dan GF) berdasarkan nilai conception rate (%CR). Semen beku dikoleksi dan dievaluasi secara mikroskopis, meliputi motilitas, viabilitas, keutuhan membran plasma (MPU), abnormalitas, dan fragmentasi DNA spermatozoa. Perbedaan kualitas semen pada masing-masing kelompok dianalisis menggunakan independent-sample t-test. Rerata %CR kelompok SF dan GF masing-masing adalah 89,43±0,19% dan 81,03±0,75%. Motilitas, viabilitas, MPU, abnormalitas, dan fragmentasi DNA spermatozoa pada kelompok SF dan GF adalah 59,32±2,09% vs 51,90±1,64% (P<0,05), 66,57±0,95% vs 65,64±1,20% (P>0,05), 69,20 ±2,76 vs 64,18±2,50% (P>0,05), 1,92±0,15% vs 2,32±0,13% (P<0,05), dan 2,17±0,29% vs 3,03±0,23% (P<0,05). Perbedaan signifikan antara karakteristik kualitas semen beku sapi antara kelompok SF dan GF ditemukan pada parameter motilitas progresif, abnormalitas dan fragmentasi DNA spermatozoa. Namun, seluruh parameter memiliki korelasi kuat dengan tingkat fertilitas, yang mana parameter motilitas, viabilitas dan keutuhan membran plasma spermatozoa berkorelasi positif, sedangkn abnormalitas dan fragmentasi DNA spermatozoa memiliki korelasi negatif dengan tingkat fertilitas sapi bali. Karakteristik semen sapi bali dengan demikian, dapat dijadikan sebagai indikator awal dalam memprediksi fertilitas pejantan. Penelitian kedua dilakukan dengan mengevaluasi semen berdasarkan parameter kinematika motilitas spermatozoa (progressive motility/PM, curvilinear velocity/VCL, average path/VAP, straight line velocity/VSL, the amplitude of the lateral head displacement/ALH, dan beat-cross frequency/BCF) dan morfologi abnormal (proximal droplet, distal droplet, bent tail, dan coiled tail)
Keyword: biomarka, fertilitas pejantan, mikrofluida, PRM1, sapi bali, Bali cattle, biomarkers, male fertility, microfluidics, PRM1

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: