Judul: Keragaman Gen Prolaktin Ekson Empat pada Itik Peking, Itik Mojosari Putih dan Itik PMp serta Asosiasinya dengan Sifat Reproduksi
Abstrak: Prolaktin merupakan hormon polipeptida yang disekresikan oleh kelenjar pituitary anterior dan memiliki berbagai dampak terhadap aktifitas dan fungsi biologis semua hewan bertulang belakang (vertebrata). Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menganalisis polimorfisme wilayah gen prolaktin ekson empat dan sebagian intron 3 dan 4 serta mengasosiasikan polimorfisme gen tersebut dengan sifat-sifat reproduksi itik. Ekstraksi yang dilakukan pada sampel darah menggunakan Genomic DNA Mini Kit (GeneAidTM DNA Isolation Kit) dimana sampel darah diperoleh dari 168 itik yang terdiri dari 19 ekor itik Peking, 36 ekor itik Mojosari putih dan 113 ekor itik silangan Peking Mojosari putih. Sepasang primer ekson 4 disusun berdasarkan database sekuens genom yang telah terpublikasi di Genbank dengan kode akses AB158611. Analisis pensejajaran terhadap sekuens DNA didapat enam SNP yang terdiri dari dua mutasi transversi yaitu T3941G dan C3975A, satu mutasi transisi yaitu T4110C, dua delesi basa adenin pada posisi pada posisi 3724 pb (INDEL 3724A) dan 4031 pb (INDEL 4031A) dan insersi pada posisi 3939 pb (INDEL 3939A). Khusus untuk INDEL 3939A terjadi pada semua sampel itik penelitian. Hasil analisis frekuensi alel menunjukan bahwa pada titik mutasi INDEL 3724A, T3941G, C3975A, INDEL 4031A dan T4110A pada itik sampel adalah polimorfik karena terdapat dua alel yang berbeda dengan frekuensi alel < 99%. Lain halnya dengan titik mutasi INDEL 3939A dimana hanya ditemukan satu jenis alel dengan hasil perhitungan frekuensi alel sebesar 100% dengan kata lain bahwa dalam populasi itik sampel INDEL 3939A adalah monomorfik. Analisis statistik chi square mengenai perbedaan SNP terhadap jenis itik yang berbeda menunjukan bahwa tidak ada hubungan antara perbedaan jenis SNP yang ditemukan dengan ketiga jenis itik Peking, Mojosari putih dan PMp, sedangkan analisis asosiasi SNP terhadap sifat-sifat reproduksi itik dapat menunjukan bahwa lima titik mutasi yang ditemukan pada sekuens gen prolaktin yaitu INDEL 3724A, T3941G, C3975A, INDEL 4031A dan T4110C berpengaruh secara signifikan terhadap sifat produksi telur, persentase fertilitas dan daya tetas telur itik.
Keyword: gen prolaktin, gen, itik, SNP, Mutasi

Judul: . Identifikasi Gen Prolaktin Ekson Dua Dan Produksi Telur Pada Itik Persilangan Pekin Mojosari Putih (Pmp) Generasi Kelima
Abstrak: Itik persilangan Pekin Mojosari putih (PMp) merupakan hasil persilangan antara itik Pekin jantan dan itik betina Mojosari putih yang dilakukan di Balai Penelitian Ternak Ciawi. Generasi itik persilangan PMp telah mencapai generasi kelima. Pengamatan produksi dan kualitas telur serta keragaman gen prolaktin ekson dua terhadap itik persilangan PMp dilakukan dalam rangka melihat mutu ternak sebagai calon bibit unggul pedaging. Penelitian tersebut dilaksanakan di Balai Penelitian Ternak Ciawi dan Laboratorium Genetika Molekuler Ternak Fakultas Peternakan IPB sejak April 2013 sampai Januari 2014. Materi penelitian berasal dari 168 itik milik Balai Penelitian Ternak Ciawi. Itik terdiri dari 19 ekor Pekin, 36 ekor Mojosari dan 113 ekor PMp. Sebanyak 98 itik persilangan PMp betina digunakan untuk pengamatan produksi dan kualitas telur. Ternak dipelihara pada kondisi lingkungan kandang dan pakan yang sama. Peubah kualitas terdiri dari berat telur utuh, bentuk atau indeks telur, berat putih telur, berat dan warna kuning telur, tebal dan berat kerabang, serta nilai Haugh Unit (HU). Produksi telur itik dikoleksi selama enam bulan pertama. Berat telur utuh, putih telur, kuning telur dan HU diukur dengan alat Egg AnalyzerTM. Tebal kerabang diukur dengan alat Egg Shell ThicknessTM sedangkan berat kerabang ditimbang dengan timbangan digital. Warna kuning telur dinilai dengan alat Roche Yolk Colour Fan. Sampel darah sebanyak 1-1.5 ml/ekor digunakan untuk analisis gen prolaktin ekson dua. Sampel darah diekstrak dengan menggunakan kit (Mini Genomic, Qiagen) sesuai dengan protokol yang tercantum. Hasil ekstraksi dianalisis kualitas dan kuantitas menggunakan spektrofotometer. Ekstraks DNA digunakan untuk proses PCR (Polymerase Chain Reaction). Primer disusun berdasarkan database sekuens prolaktin itik (Kode Akses GenBank AB158611.1) dengan bantuan software primer3. Kondisi PCR yaitu suhu: pradenaturasi 95°C (5 menit), denaturasi 95°C (10 detik), suhu penempelan (annealing) 60°C (20 detik), suhu ekstensi awal 72°C (30 detik), ekstensi akhir 72°C (5 menit) dan 35 siklus. Visualisasi hasil amplifikasi dilakukan melalui elektroforesis dengan menggunakan metode gel agarosa 1.5%. Pita-pita yang muncul dibandingkan dengan posisi marka untuk penentuan panjang basa. Sekuensing bagian forward dilakukan pada seluruh sampel. Sekuens gen prolaktin ekson dua dilakukan oleh jasa sekuensing dengan menggunakan mesin sekuenser (ABI PRISM Genetic Analyzer) di First Base, Selangor, Malaysia. Analisis deskriptif dilakukan pada data produksi dan kualitas telur. Data runutan basa DNA dianalisis dengan pendekatan frekuensi alel dan analisis sekuens. Keberadaan mutasi gen prolaktin ekson dua diidentifikasi dengan menggunakan program Moleculer Evolutionary Genetics Analysis Versi 4. Hasil sekuens dianalisis dengan program Bioedit Sequence Alignment Editor. Untuk mengetahui kesamaan dengan gen prolaktin itik yang diamati dengan sekuens gen prolaktin itik pada database GenBank digunakan metode Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) secara on line di https://blast.ncbi.nlm.nih.gov. Hasil penelitian menunjukan rataan produksi telur individu periode enam bulan yaitu 67%, bobot telur 59.09 g, indeks telur 73.8%, berat kuning telur 19.25 g, berat putih telur 33.02 g, nilai HU 101, warna kuning telur 8, berat kerabang 6.84 g dan tebal kerabang 0.4 mm. Kemurnian dan konsentrasi hasil ekstraksi yaitu 1.81 dan 263.34 μg/ml. Produk PCR berhasil diamplifikasi dengan panjang amplikon sekitar 400 pb. Terdapat satu insersi basa adenin di lokasi 2001 pb di intron dua pada keseluruhan itik yang digunakan. Gen prolaktin ekson dua dan parsial pada keseluruhan sampel
Keyword: Mojosari, Pekin, persilangan Pekin Mojosari Putih (PMp), prolaktin, produksi telur, kualitas telur.

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: