Judul: Keragaman Genetik Plasma Nutfah Kelapa Indonesia Dan Penentuan Identitas Kelapa Hibrida Berdasarkan Marka Molekuler
Abstrak: Keragaman genetik plasma nutfah kelapa yang ada di Indonesia sangat tinggi, sebagian besar populasi tersebut telah dikoleksi oleh Balai Penelitian Palma, Manado. Namun, kajian genetik untuk semua aksesi kelapa kurang lengkap. Informasi keragaman dan hubungan genetik tanaman kelapa menjadi penting dalam strategi pemuliaan tanaman kelapa. Kelapa hasil persilangan terkontrol perlu diidentifikasi secara genetik untuk memastikan kebenaran tetuanya, karena kontaminasi serbuk sari dapat berpotensi menjadi masalah. Penggunaan marka molekuler mampu mendeteksi keragaman genetik aksesi dan menduga kebenaran tetuanya untuk efisiensi waktu yang diperlukan dalam proses seleksi. Rangkaian penelitian dilakukan bertujuan untuk 1) mengembangkan marka SNAP berbasis gen WRKY dengan reaksi multiplex PCR; 2) mengevaluasi keragaman genetik dan struktur populasi kelapa Indonesia dengan marka SNAP berbasis gen WRKY, SUS, SACPD dan ABI; 3) mengevaluasi keragaman genetik dan struktur populasi kelapa Indonesia dengan marka SSR; 4) menganalisis hubungan genetik antara tetua GKN dan DTA dengan hibrida KHINA-1 menggunakan marka SSR; 5) mengidentifikasi marka SSR yang berasosiasi dengan karakter jumlah buah dan komponen buah; dan 6) mengidentifikasi hibrida kelapa kopyor di Pati dan Lampung berdasarkan marka SNAP dan SSR. Penelitian diawali dengan pengembangan marka SNAP berbasis gen WRKY yang divalidasi menggunakan kelapa kopyor. Disain primer SNAP menggunakan tiga puluh lima sekuen bank data NCBI dari gen WRKY2, WRKY6, WRKY7, WRKY19 dan WRKY21. Delapan pasang primer SNAP berhasil didisain. Amplifikasi DNA menggunakan primer SNAP dilakukan dengan metode multiplex PCR. Selanjutnya delapan pasang primer SNAP gen WRKY digunakan untuk analisis keragaman genetik kelapa. Analisis keragaman genetik kelapa Indonesia menggunakan marka bi-alel SNAP berbasis gen WRKY, SUS, SACPD dan ABI3 dilakukan untuk 28 aksesi kelapa Dalam dan 13 aksesi kelapa Genjah. Hasil analisis berdasarkan metode Neighbour Joining menunjukkan ada tiga kelompok utama yang terbagi ke dalam subkelompok berbeda. Umumnya aksesi kelapa Dalam menyebar dengan aksesi yang lain, hanya 2 aksesi yang mengelompok yaitu DBI dan DTE. Hal yang sama juga terjadi pada kelapa Genjah hanya 2 aksesi yang mengelompok (GKN dan GSK). Struktur populasi berdasarkan 16 marka SNAP menunjukkan bahwa populasi kelapa terbagi atas dua subgrup dengan pencampuran alel yang beragam. Keragaman genetik kelapa juga dilakukan dengan marka molekuler multialel yaitu SSR untuk populasi yang sama. Hasil analisis keragaman genetik kelapa Indonesia menggunakan 20 marka SSR menunjukkan bahwa terdapat keragaman genetik yang sangat tinggi pada populasi uji. Analisis filogenetik berdasarkan metode Neighbour Joining menghasilkan sembilan kelompok yang terdiri atas subkelompok yang berbeda. Pengelompokkan kelapa Dalam dan Genjah lebih banyak bercampur dengan aksesi yang lain dalam satu kelompok. Hal ini diduga sebagai akibat telah terjadi persilangan alami antar individu. Keragaman genetik kelapa Dalam lebih tinggi dibandingkan kelapa Genjah karena sistem penyerbukan kelapa Dalam menyerbuk silang, sedangkan kelapa Genjah menyerbuk sendiri. Struktur populasi berdasarkan marka SSR membagi populasi kelapa menjadi dua subgrup. Percobaan analisis hubungan genetik tetua dengan hibrida KHINA-1 menggunakan 19 marka SSR. Hubungan kekerabatan antar populasi kelapa GKN dan DTA yang sangat jauh dan tingkat heterogenitas yang tinggi antar individu kelapa DTA memberikan harapan bahwa populasi hibrida hasil persilangan antar keduanya dapat menghasilkan hibrida yang sangat heterogen sehingga diharapkan lebih baik dibandingkan kedua tetuanya sebagai akibat terjadinya heterosis. Pengelompokkan populasi tetua dan KHINA-1 dengan metode Neighbour Joining menghasilkan lima
Keyword: kelapa dalam, kelapa genjah, kelapa kopyor, single nucleotide amplified polymorphisms, simple sequence repeat, analisis marka tunggal

Judul: Struktur genetik beberapa populasi kelapa berdasarkan analisis isozim dan karakter morfologi agronomi
Abstrak: Penelitian ini bertujuan menduga keragaman dan kemiripan genetik populasi-populasi kelapa berdasarkan penampilan pola pita isozimnya, dan menduga nilai tengah, kisaran keragaman genetik, lingkungan dan heritabilitas beberapa karakter kuantitatif pada beberapa populasi kelapa tanpa uji progeni. Analisis isozim dilakukan di Laboratorium Biologi Tumbuhan, PAU Ilmu Hayat IPB, sedangkan analisis morfologi-agronomi dilakukan di Laboratorium Pemuliaan Tanaman Pusat Penelitian Perkebunan Marihat-Bandar Kuala, Sumatera Utara, dan Rimbo Bujang, Jambi. Penelitian berlangsung dari bulan September 1991 sampai bulan September 1992. Untuk analisis isozin digunakan bahan tanaman berupa 625 contoh daun kelapa yang diambil dari 35 popu- lasi tanaman kelapa yang berbeda. Dua puluh empat populasi, di antara seluruh populasi yang diperiksa isozimnya, merupakan plasma nutfah kelapa yang ditanam di Kebun Koleksi Plasma Nutfah Puslitbun Marihat Bandar Kuala, sedangkan 11 populasi sisanya merupakan zuriat dari plasma nutfah kelapa Puslitbun Marihat Bandar Kuala yang ditanam di Bogor. Contoh daun yang dianalisis berkisar antara 10-20 contoh per populasi, kecuali dari Jangkung Sumenep dan Genjah Coklat Jombang yang masing-masing 104 dan 114 contoh daun. Enzim yang diperiksa adalah peroksidase (PER), catalase (CAT), acid fosfatase (ENP), glutamat- oksaloasetat-transaminase (GOT) dan esterase (EST). Analisis isozim dilakukan melalui elektroforesis gel pati metode horizontal. Flak cipta milik IPB University (ACP), endopeptidase pada Analisis morfologi-agronomi dilakukan populasi-populasi Genjah Merah Malaysia, Genjah Kuning Malaysia, Jangkung Afrika Barat, Jangkung Rennell, Jangkung Polynesia, Jangkung Seruwai dan Jangkung Bali; secara terpisah. Pendugaan parameter genetik dilakukan tanpa uji progeni, dengan perancangan percobaan mengacu pada metode Shrikhande (1957) serta Sakai dan Hatakeyama (1963). ...
Keyword: 

Judul: Zero-inflated negative binomial models in small area estimation.
Abstrak: The problem of over-dispersion in Poisson data is usually solved by introducing prior distributions which lead to negative binomial models. Poisson data sometime is also suffered by excess zero problems, a condition when data contains too many zero or exceeds the distribution's expectation. Zero Inflated Negative Binomial (ZINB) method can be utilized to solve such problems. This paper demonstrates the adaption of ZINB methods in Small Area Estimation with excess zero data. It is shown that the excess zero problem has substantially influenced the Empirical Bayes (EB) estimates, and the adaption of ZINB methods has improved the precision and reliability of the estimates. Key Words: Small Area Estimation, Zero-Inflation, Poisson-Gamma, Negative Binomial Regression, Empirical Bayes
Keyword: