Judul: Genetic Evaluation of TLR4 and CaLA-DRB Genes for Mastitis Susceptibility in Dairy Goats and the Response of Mastitis-Bacteria to Garlic and Black pepper Extracts
Abstrak: Mastitis is a bacterial disease that affects mammary glands of nursing animals. It results in serious production and economic losses due to costs attached to its treatment and loss of animals through culling. This study was aimed at evaluating TLR4 and CaLA-DRB genes for mastitis susceptibility in Saanen, PE and PESA using PCR-RFLP and also to investigate the antibacterial effects of garlic and black pepper extracts on mastitis causing bacteria. TLR4 is a transmembrane protein that recognizes PAMPs, convey signals into nucleus thus causing transcription factors that inhibit primary infection while DRB is a cell surface protein that recognizes antigens and present such antigens to T-cells and CD4. Allicin is an active ingredient in garlic; it confers antibiotic properties by interfering with the bacterial polymerase enzyme system thus inhibiting the formation of nucleic acids whereas piperine is an alkaloid that forms active ingredient in black pepper. Piperine alters the permeability of bacterial membrane and inhibits NorA efflux pump mechanism thus causing leakage and accumulation of extracellular substances into the cell which may cause cell death. A total of 68 lactating dairy goats; consisting of animals from Balitnak, Caprito farm, Cordero dairy farm and Bangun dairy farm were used in this study, the population consisted of both mastitic and healthy animals. Genetic polymorphism was detected by digesting TLR4 PCR product with AluI while DRB amplicon was digested with PstI and TaqI in two separate reactions. Antimicrobial tests were performed using agar well diffusion technique. The study found that TLR4|AluI locus was monomorphic and fixed with allele “T” in all breeds analyzed. Allele P had high frequency in PE (0.7069) followed by PESA (0.6900) then Saanen (0.6705) while allele T had high frequency in PESA (0.9205), followed by PE (0.8976) then Saanen (0.7188). DRB|PstI and DRB|TaqI loci were found polymorphic where Saanen exhibited most heterozygosity. DRB|PstI had moderate to high PIC in all breeds while DRB|TaqI had low PIC in PE and PESA. χ2 tests indicated that with the exception of DRB|TaqI locus in PE and in Saanen, all breeds were still in Hardy-Weinberg equilibrium. Staphylococcus aureus was the most frequently (80%) isolated bacteria in mastitic animals while Escherichia coli was less frequent (<30%), thus leading to decision that S.aureus is the main etiological agent in caprine mastitis. The study also found that all genotypes are susceptible to mastitis but genotype PP and TT are comparatively more resistant as compared to other genotypes since they displayed comparatively higher frequency of healthy animals against other genotypes. Antibacterial tests revealed that E.coli was more sensitive to garlic while S.aureus was more sensitive to black pepper.
Keyword: 

Judul: Aktivitas gen TLRs dan CXCRs dalam Meningkatkan Ketahanan Sapi Perah terhadap Mastitis Subklinis
Abstrak: Peradangan kelenjar ambing berdampak pada penurunan kualitas dan kuantitas susu yang mengakibatkan kerugian ekonomi. Kondisi ini lazim disebut sebagai suatu penyakit mastitis. Mastitis dikelompokkan menjadi dua yaitu mastitis klinis dengan ciri ambing membengkak, terasa panas, susu memperlihatkan perubahan secara fisiologi menjadi lebih kental. Sementara mastitis subklinis, secara kasat mata ciri-ciri mastitis subklinis tidak dapat diketahui. Melalui pemeriksaan rutin kondisi mastitis subklinis dapat diketahui dengan cepat. Pemeriksaan yang dilakukan dengan mereaksikan susu sapi dengan reagen atau senyawa 3% Alkyl-Aryl-Sulfonate. Reaksi yang terbentuk merupakan reaksi ikatan kovalen antara reagen dengan sel somatik yang terdapat di dalam susu. Reaksi ini menghasilkan tingkat kekentalan susu yang menjadi tolak ukur pengamatan kualitatif kondisi mastitis subklinis. Secara kuantitatif mastitis subklinis dapat diketahui dengan cara menghitung keberadaan sel somatik yang terdapat di dalam susu. Peradangan ambing disebabkan karena adanya infeksi oleh mikroorganisme, umumnya bakteri. Jenis bakteri yang mengontami terbagi menjadi dua yaitu bakteri endogenus dan bakteri lingkungan. Bakteri endogenus umumnya bersifat Gram negatif dan bakteri yang di lingkungan memiliki sifat Gram positif. Bakteri masuk melalui lubang puting pada saat pemerahan baik pada proses manual ataupun dengan menggunakan mesin. Saat terjadi pemerahan pertahanan kelenjar ambing mengalami kondisi titik terendah. Hal ini disebabkan oleh karena sphincter masih terbuka beberapa saat setelah pemerahan, selain itu sel darah putih, antibodi serta enzim juga habis, ikut terperah. Kondisi ini dapat memperburuk kondisi ambing. Penelitian ini dibagi menjadi tiga kelompok dengan judul (i) Prevalensi dan jenis bakteri penyebab mastitis subklinis (ii) Pengaruh mastitis subklinis terhadap kualitas susu (iii) Respons kelenjar mammae (HC11) terhadap bakteri: proliferasi, dan ekspresi gen family Toll-like Receptor (TLRs) dan family chemokine Receptor CXCRs. Kegiatan pertama bertujuan menganalisis jumlah cemaran bakteri yang ada dalam susu yang dapat memengaruhi kualitas susu. Selain itu juga menganalisis kondisi infeksi mastitis serta mengidentifikasi jenis bakteri dominan penyebab mastitis di beberapa peternakan di wilayah Jawa Barat. Jumlah ternak yang dipergunakan 10 ekor pada masing-masing lokasi peternakan di Jawa Barat pada ketinggian tempat yang berbeda-beda yaitu di Kabupaten Bandung, Kabupaten Bandung Barat, Kabupaten Sumedang, Kabupaten Sukabumi, Kabupaten Subang, Kabupaten Tasikmalaya dan Kabupaten Bogor yang berasal dari beberapa peternakan kecil dan menengah, perusahan dan instansi. Pengambilan sampel dengan menggunakan metode survai secara purposive random sampling dengan kondisi sapi periode laktasi ke 2-3 serta bulan laktasi ke 2-4. Analisis bakteri susu dengan menggunakan metoda California Mastitis Test (CMT) dengan skala 1 sampai 4 (P1-P4) sebagai mastitis subklinis. Analisis jumlah cemaran bakteri dengan menggunakan metoda Total Plate Count (TPC) dengan pengenceran susu pada konsentrasi 10-1, 10-2, 10-3, 10-4, 10-5, dan 10-6 menggunakan 0.9% NaCl Fis, Analisis jenis morfologi bakteri dilakukan dengan menggunakan metoda pewarnaan Gram.dan analisis sekuensing dilakukan dengan mengisolasi DNA bakteri dengan primer universal 16S rRNA. Hasil yang didapat pada kegiatan pertama ini memperlihatkan bahwa lokasi yang memiliki kondisi ambing yang sehat terbanyak pada wilayah Pangalengan. Kondisi sapi perah yang dikelompokkan terinfeksi mastitis subklinis pada peternakan rakyat berada pada tingkat cemaran bakteri P1, sedangkan pada peternakan komersil dan instansi pemerintah pada tingkat P2. Susu sapi mastitis yang terinfeksi oleh bakteri didominasi dari jenis Gram positif dan memiliki morfologi basil (batang). Bakteri dominan tersebut terdeteksi sebagai Basillus sp berdasarkan hasil sekuensing.
Keyword: bakteri patogen, ekspresi gen, kualitas susu, mastitis subklinis

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: