Judul: Pengembangan Analisis Listeria Monocytogenes Untuk Jajanan Pempek Dengan Real-Time Polymerase Chain Reaction (Rt-Pcr)
Abstrak: Listeria (L.) monocytogenes merupakan bakteri patogen yang dapat menyebabkan bahaya serius bagi manusia. L. monocytogenes dapat menyebabkan komplikasi meningitis. Pangan jajanan anak sekolah sebagai salah satu pangan siap saji memiliki risiko bahaya L. monocytogenes yang tinggi terutama bila dikonsumsi oleh anak sekolah dasar. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengembangkan metode deteksi L. monocytogenes pada jajanan pempek menggunakan rt-PCR. Isolasi DNA L. monocytogenes dilakukan dengan membandingkan tiga metode ekstraksi yaitu: fenol:kloroform, pemanasan, dan kit komersial (QIAamp DNA Blood Mini Kit). Isolat DNA L. monocytogenes diamplifikasi menggunakan PCR dengan dua variabel primer yaitu LIM 2 dan LIMRE untuk deteksi gen iap, dan primer DG69 dan DG74 untuk deteksi gen hlyA. Pengujian dengan rt-PCR diawali dengan denaturasi awal pada 94 °C selama 5 menit diikuti dengan 30 siklus yang terdiri dari 45 detik denaturasi pada 94 °C, 45 detik annealing pada 55 °C, 45 detik ekstensi pada 72 °C dan ekstensi akhir pada 72 °C selama 7 menit. Kemudian dilanjutkan dengan program melting dengan transisi suhu 72-94 °C dan laju 0.5 °C/detik. Metode fenol:kloroform menunjukkan ekstraksi DNA terbaik yang lebih murni. Primer DG69/DG74 lebih spesifik dibandingkan dengan primer LIM 2/LIMRE. Kondisi running yang digunakan menghasilkan kurva amplifikasi spesifik sampai siklus ke-27. Deteksi DNA dari kultur murni L. monocytogenes menghasilkan persamaan kurva standar CT = 37.9-3.11 C dengan nilai r sebesar -0.990 dan limit deteksi (LOD) 3.2 x 103 CFU/mL. Deteksi DNA pada sampel pempek menghasilkan persamaan kurva standar CT = 41.03-3.69 C dengan nilai r sebesar -0.997 dan limit deteksi (LOD) 6.3 x 103 CFU/g. Primer DG69 dan DG74 dapat dipertimbangkan sebagai metode spesifik dan sensitif yang dapat diandalkan untuk mendeteksi L. monocytogenes pada jajanan pempek.
Keyword: Listeria monocytogenes, metode deteksi, pempek, primer, real-time PCR

Judul: Identifikasi Listeria monocytogenes pada Kerang Hijau (Perna viridis) dan Kerang Darah (Anadara granosa)
Abstrak: Kerang hijau (Perna viridis) dan kerang darah (Anadara granosa) merupakan salah satu sumber protein hewani yang banyak di budidaya di Indonesia karena harganya yang relatif terjangkau. Penelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi keberadaan Listeria monocytogenes pada 27 sampel kerang hijau dan 3 sampel kerang darah di Bogor menggunakan real-time Polymerase Chain Reaction freal-time PCR) dan metode konvensional. Gen yang dijadikan target untuk amplifikasi pada real-time PCR merupakan gen hlyA karena gen ini merupakan gen penentu virulensi yang menghasilkan listeriolysin O. Primer yang digunakan pada penelitian ini adalah primer forward DG69 (GTG CCG CCA AGA AAA GGT TA) dan primer reverse DG74 (CGC CAC ACT TGA GAT AT) serta sinyal fluorescence menggunakan SYBR Green I. Hasil analisis menggunakan real-time PCR menunjukkan hasil negatif Listeria monocytogenes pada semua sampel. Sedangkan hasil analisis menggunakan metode konvensional, menemukan 1 dari 30 sampel teridentifikasi sebagai Listeria welshimeri….
Keyword: HlyA gene, Listeria monocytogenes, Listeria spp, Mussel, Real-time PCR, Food science, Perna viridis, Anadara granosa

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: