Judul: Mekanisme Pelipatan Protein 1GB1 pada Temperatur Rendah Menggunakan Simulasi Dinamika Molekul
Abstrak: Protein 1GB1 (protein G domain B1) merupakan protein immunoglobulin dari Streptomyces griseus. Penelitian ini menggunakan metode simulasi dinamika molekul dan bertujuan untuk menentukan pengaruh penggunaan temperatur tinggi pada proses pembentangan protein (unfolding) dan temperatur rendah pada pelipatan (refolding) protein 1GB1. Simulasi unfolding dilakukan pada temperatur 500 K selama 16 ns. Koordinat akhir protein pada proses unfolding dijadikan masukan pada proses refolding dengan temperatur 225 K selama 30 ns. Langkahlangkah dalam simulasi ini meliputi proses preparasi, minimisasi, pemanasan dan ekuilibrasi serta production run. Protein 1GB1 akan unfolding pada temperatur 500 K dalam waktu 12 ns dengan tingkat kesamaan urutan asam amino hanya 7 % (hampir unfolding sempurna). Protein yang telah rusak ini kemudian kembali ke struktur awal melalui proses refolding pada suhu 225 K selama 30 ns dengan tingkat kesamaan urutan asam amino sebesar 72 % . Dari penelitian ini diperoleh bahwa proses pelipatan protein mengikuti mekanisme zipper model di mana α- helix terbentuk lengkap lebih dahulu dibandingkan struktur β-sheet.
Keyword: protein 1GB1, unfolding, refolding, hydrophobic collapse, zipper model, simulasi dinamika molekul

Judul: Pengaruh Mutasi terhadap Kestabilan Termal Protein 1GB1
Abstrak: Kestabilan termal struktur asli dan mutan dari protein G domain B1 telah dipelajari menggunakan simulasi dinamika molekuler dan simulasi perturbasi energi bebas. Protein G domain B1 telah menjadi model untuk mempelajari pelipatan dan pembukaan lipatan struktur sekunder protein dalam banyak penelitian karena strukturnya yang unik dan suhu denaturasi yang ekstrim. Berbagai penelitian dilakukan baik secara eksperimental menggunakan NMR (Nuclear Magnetic Resonance) maupun secara komputasional menggunakan simulasi dinamika molekuler dilakukan untuk menjelaskan kedua proses tersebut. Interaksi hidropobik dan interaksi non-ikatan telah disebutkan sebelumnya oleh beberapa peneliti sebagai interaksi yang menjaga kestabilan fragmen C-terminal β-hairpin dari protein G domain B1. Penelitian ini ditujukan untuk menguji residu atau interaksi yang berperan penting dalam kestabilan termal keseluruhan protein G domain B1 dengan metode mutasi titik. Struktur asli disimulasikan dengan berbagai variasi suhu akhir yaitu 400 K, 425 K, 450 K, 475 K dan 500 K. Berdasarkan hasil analisis, struktur asli protein mengalami unfolding pada suhu 500 K di 704 ps. Residu yang dimutasi dipilih berdasarkan perubahan beberapa parameter analisis. Kemudian setelah residu yang dimutasi ditentukan (K4, E27, K28, A23, A24, D40, E56, E15, dan K10) dipilih residu calon pengganti. Proses seleksi residu yang menggantikan residu di struktur asli dilakukan dengan menghitung perubahan energi bebas solvasi. Penggantian sederhana dari residu bermuatan positif di β-sheet (K4S) menurunkan kestabilan (unfolding pada 452 ps), namun ketika penggantian residu bermuatan negatif di α-helix (E27G) meningkatkan kestabilan (unfolding pada 846 ps). Mutan yang menarik lainnya adalah penggantian K4A yang menghancurkan α-helix dan semua β-sheet menjadi coil dan turn. Hasil ini membuktikan bahwa interaksi non-ikatan memiliki peran utama dalam kestabilan termal protein 1GB1 dan struktur β-sheet merupakan struktur yang penting (mutasi pada struktur tersebut akan mengganggu struktur lain juga).
Keyword: Protein 1GB1, Kestabilan termal, Mutasi titik, Simulasi dinamika molekuler, Perubahan energi bebas solvasi

Judul: Prevalence of Bird Lice on Rock Pigeon (Columba livia) in 99Wonderland Park, Selangor, Malaysia
Abstrak: Rock Pigeon (Columba livia) have coexisted with humans for thousands of years and are used for various purposes such as food and in sports. Rock pigeons may have the potential to be infested with a wide range of ectoparasites, which can have a significant impact on their life cycle. This study aims to measure the prevalence of Columba livia with bird lice in 99Wonderland Park, Selangor, Malaysia in the year 2020 and to ascertain the impact of bird lice on the health of these infested birds. Data were collected from clinical records for the month of January to December in the year 2020 from 99Wonderland Park, Selangor, Malaysia. Lice were identified in 42 of the 80 Rock pigeons examined so, the overall prevalence of lice infestations was 52.5%. The prevalence of ectoparasites was found to be higher in young Rock pigeons (60.4%) as compared to adult Rock pigeons (37.4%). Columbicola columbae (wing lice) and Colpocephalum turbinatum (body lice) are two species of lice that have been detected. Body lice were more prevalent in young Columba livia birds at 47.6% whereas wing lice were more prevalent in adult Columba livia birds at 16.7%. Most of the lice were found in the thorax and abdomen area followed by the head and neck area., Merpati Batu (Columba livia) telah hidup berdampingan dengan manusia selama ribuan tahun dan digunakan untuk berbagai keperluan seperti makanan dan olahraga. Merpati batu dapat terinfestasi dengan berbagai ektoparasit, yang dapat berdampak signifikan pada siklus hidup mereka. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui prevalensi Columba livia dengan kutu burung di 99 Wonderland Park, Selangor, Malaysia pada tahun 2020 dan untuk memastikan dampaknya terhadap kesehatan burung yang terinfestasi. Data dikumpulkan dari catatan klinis dari bulan Januari hingga Desember tahun 2020 dari 99Wonderland Park, Selangor, Malaysia. Kutu diidentifikasi pada 42 dari 80 merpati batu yang diperiksa sehingga, prevalensi keseluruhan infestasi kutu adalah 52,5%. Prevalensi ektoparasit ditemukan lebih tinggi pada merpati batu muda (60,4%) dibandingkan dengan merpati batu dewasa (37,4%). Columbicola columbae (kutu sayap) dan Colpocephalum turbinatum (kutu badan) adalah dua spesies kutu yang telah ditemukan. Kutu badan lebih banyak ditemukan pada burung Columba livia muda sebesar 47,6% sedangkan kutu sayap lebih banyak ditemukan pada burung Columba livia dewasa sebesar 16,7%. Sebagian besar kutu ditemukan di daerah dada dan abdomen diikuti daerah kepala dan leher.
Keyword: Columba livia, prevalence, ectoparasite, wing lice, body lice, Columba livia, prevalensi, ektoparasit, kutu sayap, kutu badan