Judul: Analysis of genomic dna fragment involved in acid- aluminium tolerance in bradyrhizobium japonicum
Abstrak: Bradyrhizobium japonicum is one of Rhizobia species which generally form root nodule on soybean plant (Glycine max). In association with leguminous plant, root nodule bacteria (RNB) fix atmospheric nitrogen (N2) into NH3 which can be used for plant growth. Soil acidity is a significant problem affecting agricultural production in many areas of the world. Lowering pH of the soil can affect soil organisms including the microflora. Among the biological system affected by the decrease in soil pH are those between RNB and leguminous plants. It could affect the association result between them in fixing nitrogen. In the previous work, screening indigenous B. japonicum strains which tolerant to acid-aluminium has been reported. The potential strains were strains BJ11, BJ38, and KDR15. These tolerant strains could become a source of genetic material exploration which involved in acid-Al tolerance in B. japonicum. Transposon delivery was carried out through conjugation between Escherichia coli S17-1 (λ pir) carrying pUTmini-Tn5Km1 and acid-Al tolerant B. japonicum at 1:1 ratio. Frequency of transconjugation was in the range of 10-8–10-6 cells per recipients. A mutant AAS11.2 did not able to grow on the Ayanaba medium (pH 4.5) supplemented with 50 μM aluminium. AAS11.2 was able to form root nodule on siratro plant indicating that the gene involved in acid-Al tolerance was not related with nodulation. A 0.8 kb of the genomic DNA fragment flanking transposon involved in acid-Al tolerance was successfully isolated by inverse polymerase chain reaction (inverse PCR) from AAS11.2 genome. This fragment was subsequently cloned into pGEM-T Easy (∼3 kb) to yield a recombinant plasmid, designated as pGEMT-11 (∼3.8 kb), and sequenced. DNA sequenced analysis revealed that the genomic DNA fragment sequence had high homology with yhfK gene encoding putative inner membrane protein from Salmonella typhimurium (79% identity and 84% similarity, E-value= 1.0xe-100) which function as efflux transporter.
Keyword: 

Judul: Seleksi Galur-Galur Bradyrhizobium Japonicum Toleran Asam-Aluminium
Abstrak: Bradyrhizobium japonicum merupakan bakteri penambat molekul nitrogen bebas (N2) yang bersimbiosis dengan akar tanaman kedelai dengan cara memben- tuk bintil. Bakteri ini berpotensi untuk meningkatkan produksi kedelai ter- utama pada lahan asam, melalui simbiosis antara B. japonicum toleran asam dengan kedelai yang juga toleran asam. Bradyrhizobium japonicum toleran asam yang diperoleh melalui skrining mikrobiologis dan kemampuannya berkompetisi dalam membentuk bintil akar dapat dievaluasi dengan menggunakan penanda molekuler yang stabil dan handal. Penanda molekuler yang dapat digunakan untuk menelaah aktivitas bakteri di habitat alaminya, antara lain adalah gen inaZ pada plasmid pJL1703, gen xylE pada plasmid pXYLE1, dan gen resistensi kanamisin dari Tn903 yang dibawa transposon mini-Tn5 (pUTmini-Tn5Kan). Penanda molekuler terpilih adalah yang paling stabil dan mampu diekspresikan oleh B. japonicum. Penelitian ini bertujuan : (i) menganalisis kemampuan galur-galur B. japo- nicum toleran asam mengekpresikan gen inaZ, gen xylE dan gen KanR serta kemampuannya dalam membentuk bintil akar, (ii) menentukan gen yang dapat digunakan sebagai penanda molekuler pada B. japonicum, (iii) menelaah kompetisi galur-galur B. japonicum toleran asam dalam membentuk binti akar kedelai dengan menggunakan penanda molekuler yang sesuai. Ketiga gen penanda tersebut masing-masing ditransfer ke B. japonicum dengan teknik konjugasi. Pemindahan gen inaZ dan gen xylE dilakukan secara triparental mating, sedangkan gen Kan secara diparental mating. Mating dilaku- kan di atas filter millipore dengan pori-pori 0.45 um di atas media Luria Agar (LA) yang dimodifikasi…dst
Keyword: Bradyrhizobium Japonicum, Bakteri  Bintil Akar, Konjugasi, Penanda Molekul

Judul: Closed Knight’s Tour pada Papan Catur Berbentuk Persegi Panjang dengan Ukuran Maksimal 8 × 8
Abstrak: Closed Knight’s Tour merupakan langkah kuda yang mengunjungi setiap kotak pada papan catur tepat satu kali dengan langkah kuda berawal dan berakhir pada kotak yang sama. Graf yang terbentuk dari closed knight’s tour dinotasikan sebagai graf G(m,n), dengan m adalah banyaknya baris dan n adalah banyaknya kolom. Graf tersebut memuat Hamiltonian cycle. Sebuah graf terhubung G adalah graf bipartite jika dan hanya jika graf tersebut tidak memiliki cycle dengan panjang ganjil. Papan catur yang memenuhi syarat cukup untuk memiliki closed knight’s tour adalah papan catur berukuran 5 × 6, 5 × 8, 6 × 6, 6 × 7, 6 × 8, 7 × 8, dan 8 × 8.
Keyword: bipartite, closed knight’s tour, hamiltonian cycle, knight’s tour, teori graf