Judul: Efek Faktor Transkripsi Myb Selama Pertumbuhan Nodul Pada Lotus Japonicus
Abstrak: Dalam beberapa tahun terakhir, beberapa capaian untuk memahami tahap dalamproses perkembangan nodul telah banyak dilakukan dengan pendekatan studi molekuler. Beberapa gen telah diidentifikasi memainkan peran sangat penting baik dalam proses awal nodulasi atau pun nodul organogenesis. Penelitian sebelumnya menemukan bahwa 76 jenis gen teregulasi selama infeksi Mesorhizobium loti ke tanaman Lotus japonicus . Salah satu gen teregulasi adalah faktor transkripsi MYB, molekul yang mengikat pada situs AACG /TG pada DNA. Karena fungsi yang tepat dari faktor transkripsi MYB dalam proses nodulasi masih kurang diketahui, maka fungsi faktor transkripsi MYB selama proses nodulasi penting untuk diteliti. Untuk mengetahui pengaruh faktor transkripsi MYB dalam proses nodulasi Lotus japonicus, kami selanjutnya membuat akar transgenik dari dari Lotus japonicus dengan MYB over ekspresi (MYB OX) dan MYB tersupresi oleh RNAi (MYB RNAi). Kami mengukur jumlah nodul, diameter nodul dan panjang akar sebagai ekspresi fenotip. Untuk mengetahui aktifitas mereduksi Asetilen dari nodul menggunakan analisis kromatografi gas untuk mengetahui aktivitas fiksasi nitrogen. Untuk mengetahui ekspresi gen yang terkait nodulasi, kami mengukur ekspresi gen enod40, gen nin, dan gen sistein protease menggunakan QRT-PCR. Hasil penelitian menunjukkan bahwa MYB yang dieskpresikan berlebih secara signifikan meningkatkan jumlah nodul dari Lotus japonicus di awal minggu pasca inokulasi dan peningkatan aktivitas fiksasi nitrogen (N2) pada nodul. Pada penekanan dari MYB secara signifikan menurunkan jumlah nodul dan aktivitas fiksasi N2 serta menginduksi nodul senesens lebih awal. Kami juga menemukan bahwa MYB tidak memberi efek pada diameter nodul dan panjang akar pada Lotus japonicus. Data pada QRT-PCR menunjukkan bahwa tingkat ekspresi enod40 memungkingkan MYB mengikat pada enod40. Sebaliknya, tingkat ekspresi nin menunjukkan bahwa MYB mungkin tidak mengendalikan ekspresi gen nin tapi kami memprediksi MYB memiliki fungsi paralel dengan gen nin dalam proses nodulasi. Kami mengusulkan bahwa faktor transkripsi MYB mengikat pada gen enod40 dan diaktifkan selama masa awal nodulasi.
Keyword: MYB, faktor Transkripsi, Nodul, Lotus japonicus

Judul: Ekspresi Gen CsNitr1-L pada Padi Transgenik dan Pengaruhnya Terhadap Variasi Pemupukan Nitrogen
Abstrak: RSARI and SUSTIPRIJATNO. Nitrogen is one of macroessential nutrients needed by rice. Half of nitrogen applied to plants lost due to evaporation, denitrification, and leaching. CsNitr1-L is a gene encodes nitrite transporter in plants, which transfers nitrite from cytosol into chloroplast. This research has been done to measure expression rate from CsNitr1-L gene on F2B3 transgenic rice and to determine optimum fertilizer amount. Research started by phenotype selection using 20 mM KNO2. DNA from rice leaves amplified using PCR with 35 S primer. Plants contained CsNitr1-L gene was fertilized summed equal with 0, 100, 200, and 300 kg/ha on field, respectively. Total RNA from rice leaves was isolated and was reversetranscriptased to cDNA. CsNitr1-L gene expression was analysed using Real Time PCR with actin as reference and unfertilized nontransgenic rice as calibrator. Result shown that transgenic rice with 100, 200,and 300 kg/ha fertilization, respectively, had gene expression up to 42-50 times compared to calibrator. While transgenic rice without fertilization had gene expression up to 99 times compared to calibrator. Optimum amount of fertilizer to stimulate pinnacle gene expression was found out to be around 0-100 kg/ha. Gene expression of undetected shows nitrite transporter gene was inactive.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: