Judul: Keragaman Cendawan Endofit Asal Tanaman Kunyit (Curcuma longa) dan Aktivitas Penghambatannya terhadap Pembentukan Histamin
Abstrak: Kunyit (Curcuma longa) merupakan tanaman obat yang umum digunakan sebagai bumbu dan pengawet. Cendawan endofit memiliki kemampuan untuk mensintesis metabolit sekunder dari inangnya yang memiliki aktivitas untuk meningkatkan ketahanan tanaman inang dari serangan hama dan penyakit dan lingkungan yang kurang menguntungkan. Tujuan penelitian ini ialah mempelajari keragaman cendawan endofit dari tanaman kunyit dan menguji kemampuannya dalam menghambat pembentukan histamin pada ikan segar. Isolasi cendawan dilakukan dari seluruh organ tanaman yaitu akar, rimpang, batang, infloresen, bunga, dan daun. Identifikasi cendawan endofit dilakukan dengan menganalisis karakteristik morfologi dan molekuler menggunakan daerah ITS dari rDNA. Metode dual culture digunakan untuk penapisan aktivitas antibakteri terhadap Morganella morganii yang dikenal sebagai bakteri penghasil histamin. Metode difusi cakram kertas digunakan untuk menguji aktivitas fraksi air dari filtrat cendawan endofit terpilih untuk menghambat pertumbuhan M. morganii. Kromatografi lapis tipis dua dimensi digunakan untuk mengetahui penghambatan pembentukan histamin. Sebelas cendawan endofit berhasil diisolasi dari seluruh bagian tanaman kunyit. Cendawan tersebut ialah Arthrobotrys foliicola, Cochliobolus kusanoi, Daldinia eschscholzii, Fusarium oxysporum, F. proliferatum, F. solani, F. verticillioides, Phaeosphaeria ammophilae dan Phanerochaete chrysosporium. Lima dari 11 isolat yaitu A. foliicola, C. kusanoi, F. proliferatum, F. verticillioides, dan P. ammophilae memiliki aktivitas penghambatan terhadap pertumbuhan bakteri M. morganii dengan metode dual culture. Berdasarkan metode difusi cakram kertas, dua dari 5 isolat yaitu A. foliicola dan F. verticillioides memiliki aktivitas penghambatan pertumbuhan bakteri M. morganii dan pembentukan histamin pada ikan segar. Hasil penelitian menunjukkan bahwa aktivitas terbaik diperoleh dari fraksi air dari filtrat F. verticillioides dalam menghambat pertumbuhan bakteri penghasil histamin, M. morganii (1x102 cfu/g) dan pembentukan histamin pada ikan segar (3.12 ppm) tercapai pada suhu inkubasi 0 °C.
Keyword: antibakteri, cendawan endofit, peghambatan histamin, tanaman kunyit

Judul: Keragaman Bakteri Endofit Tanaman Kunyit Putih (Curcuma zedoaria) dan Toksisitasnya terhadap Embrio Ikan Zebra
Abstrak: Kunyit putih merupakan tanaman herbal yang secara tradisional banyak digunakan untuk pengobatan penyakit yang berhubungan dengan kanker. Keragaman dan potensi bakteri endofit dalam tanaman kunyit putih perlu dikaji. Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji keragaman bakteri endofit yang berasosiasi dengan tanaman kunyit putih (Curcuma zedoaria) dan toksisitasnya terhadap embrio ikan zebra. Tanaman kunyit putih diambil dari tiga lokasi yang berbeda di Bogor, Jawa Barat, Indonesia. Isolasi bakteri endofit dilakukan menggunakan empat media yang berbeda (Nutrient Agar (NA), NA yang mengandung ekstrak kunyit putih (NAT), Water Yeast Extract Agar (WYEA), WYEA yang mengandung ekstrak kunyit putih), dan dua metode isolasi yaitu metode spread plate dan plant piece. Populasi bakteri endofit dihitung dengan menumbuhkan bakteri pada 4 jenis media yang berbeda dan identifikasi isolat terseleksi menggunakan analisis molekuler berdasarkan 16S rDNA. Uji aktivitas antimikrob pada bakteri terseleksi dilakukan terhadap enam mikrob uji yaitu Staphylococcus aureus, Bacillus subtilis, Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli, Candida albicans, dan Sacharomyces cerevisiae. Empat bakteri endofit penghasil senyawa antimikrob selanjutnya dilihat potensinya dalam menghasilkan senyawa toksik melalui uji toksisitas terhadap embrio ikan zebra. Sebanyak 207 isolat bakteri endofit telah berhasil diisolasi dari bagian akar, batang dan daun tanaman kunyit putih, dan 73 isolat yang berbeda diperoleh berdasarkan perbedaan karakteristik morfologi. Tiga puluh dua persen isolat diperoleh dari kebun Bojong Gede, 22% isolat dari kebun percobaan Pusat Penelitian Biologi LIPI Cibinong dan 46% isolat berasal dari kebun koleksi tanaman obat Pusat Penelitian Biofarmaka IPB Dramaga. Bakteri endofit didominasi oleh bakteri dari rimpang yaitu sebanyak 38%, dari batang sebanyak 32%, dan dari daun sebanyak 30%. Berdasarkan hasil analisis sekuen 16S rDNA, bakteri yang diperoleh termasuk dalam kluster Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Firmicutes, dan Actinobacteria, dengan 23 genus yang berbeda yaitu Stenothropomonas, Pseudomonas, Enterobacter, Providencia, Klebsiella, Dickeya, Pantoea, Bacillus, Acinetobacter, Citobacter, Mycobacterium, Cellulomonas, Microbacterium, Methylobacterium, Penylobacterium, Roseomonas, Agrobacterium, Bosea, Xanthobacter, Rhizobium, Burkholderia, Ralstonia, and Alcaligenes. Bakteri dari kluster Gammaproteobacteria mendominasi semua sampel kunyit putih dan bakteri genus Pseudomonas, Klebsiella, Bacillus, Enterobacter, Microbacterium ditemukan dari semua bagian tanaman sampel. Berdasarkan hasil uji antimikrob, enam belas isolat dari 73 bakteri endofit terseleksi menunjukkan aktivitas setidaknya terhadap satu mikrob uji. Empat isolat terpilih (Citrobacter freundii (BI.S.3), Bacillus subtilis (RB.P.1), Pseudomonas otitidis (BL.S.1), and Burkholderia cenocepacia (RI.P.1) memiliki diameter penghambatan yang besar dan mampu menghambat lebih dari satu mikrob uji. Hasil uji toksisitas fase ekstrak etil asetat terhadap embrio ikan zebra dari C. freundii (BI.S.3), B. subtilis (RB.P.1), P. otitidis (BL.S.1), dan B. cenocepacia (RI.P.1) memiliki nilai LC50 berturut-turut 63.5 ppm, 24.7 ppm, 13.4 ppm, dan 12.6 ppm, sedangkan nilai LC50 fase air adalah 109.9 ppm, 252.3 ppm, 132.4 ppm, 120.8 ppm. Hasil uji toksisitas ini merupakan langkah awal untuk penapisan senyawa yang berpotensi menghasilkan senyawa antikanker. Hasil menunjukkan bahwa aktivitas tertinggi diperoleh pada ekstrak bakteri endofit B. cenocepacia (RI.P.1) diikuti P. otitidis (BL.S.1), B. subtilis (RB.P.1), dan C. freundii (BI.S.3).
Keyword: antimikrob, bakteri endofit, Curcuma zedoaria, keragaman, uji toksisitas, 16S rDNA

Judul: The Construction of Greedy SVP LLL Algorithm
Abstrak: A lattice is a set of all integer linear combination of a set of linearly independent vectors in ℝ𝑛���. The independent vectors are called bases of lattice. Any lattice can be generated from many bases, and these bases have the same cardinality. In the lattice, the most fundamental and renowned problem is the Shortest Vector Problem (SVP). SVP is a tracking problem of the shortest nonzero vector in a lattice with equivalent bases. In two dimensions, SVP problem has resolved exactly by Gauss’ algorithm. When the lattice dimension is higher than two, A.K. Lenstra, H.W. Lenstra and L. Lovasz gave a LLL algorithm to compute approximation of nonzero shortest vector in the lattice. Reduced bases solution obtained from LLL algorithm still be an approximation and has polynomial running time of arbitrary dimension which large enough. In 1994, Schnoor and Euchner modified this LLL algorithm as a new variant which later was named deep insertion LLL algorithm. This algorithm is a modified version of the LLL algorithm to the terms of the exchange step to improve the accuracy of output of LLL reduced bases and applying it to the subset sum problem. The purpose of this research are: (1) Reconstruct the LLL algorithm and deep insertion LLL algorithm using a geometric approach. (2) Construct a greedy SVP LLL algorithm. (3) Implement the three algorithms in a symbolic programming language, and evaluate them experimentally. A bases ℬ=[𝐛���1,𝐛���2,…,𝐛���𝑛���] in ℝ𝑚��� is called reduced LLL with parameter 𝛿��� if satisfies: (a) |𝜇���𝑗���𝑖���|≤12, for every integer 𝑖���,𝑗��� with 1≤𝑖���<𝑗���<𝑛���. (b)𝛿���‖𝜋���𝑗���(𝐛���𝑗���)‖2≤‖𝜋���𝑗���(𝐛���𝑗���+1)‖2, for 𝑗���=1,2,…,𝑛���−1,where 𝛿��� is a reduced parameter of real numbers with 14<𝛿���<1. The first requirement is the reduced basis 𝛿��� must “nearly orthogonal” and in its computation case, this requirement can be reached out by using the Gram-Schmidt’s orthogonalization. While the second requirement is called exchange step, or used to called as Lovasz condition. By using both of these requirements, then they establish the LLL algorithm. Then, Schnoor and Euchner modify the LLL algorithm based on the requirements of the exchange step called the deep insertion LLL algorithm, where the exchange step is based on the comparison of the projected vector in orthogonal complement [𝐛���1,𝐛���2,…,𝐛���𝑘���−1]⊥ after j-th reduction. To construct greedy SVP LLL algorithm, the requirements of the exchange step is based on purely by comparing norm of lattice 𝐛���𝑗��� with norm lattice 𝐛���𝑖��� for 𝑖���=1,2,3…,𝑗���−1. The process of insertion reduced vector after the exchange step also has done greedily. Then, we calculate the number of arithmetic operation in greedy SVP LLL algorithm for further analysis. The result of our exprimentation for three algorithms on the certain matrix size shows that the running time of the three algorithms increases propotional to the size of the matrix. The result also shows that by using 𝛿���=34 for the LLL algorithm and the deep insertion LLL algorithm, and the greedy SVP LLL algorithm which is a new variant made by using no parameter of 𝛿���, outperform of the other of two previous algorithm in terms of speed with the same output.
Keyword: LLL algorithm, LLL deep insertion algorithm, greedy SVP LLL algorithm