Judul: Rekayasa Genetik Tanaman Kentang (Solanum Tuberosum L.) Kultivar Jala Ipam Dengan Gen C-Lisozim
Abstrak: Kentang (Solanum tuberosum L.) merupakan salah satu tanaman pangan utama dan merupakan nomor empat terbesar di dunia setelah gandum, padi dan jagung. Tanaman kentang kultivar Jala Ipam sangat cocok digunakan sebagai french fries dan bahan industri kentang lainnya. Budidaya kentang kultivar Jala Ipam di Indonesia dihadapkan pada berbagai kendala diantaranya adalah penyakit bakteri. Salah satu upaya untuk meningkatkan ketahanan tanaman kentang terhadap serangan penyakit bakteri adalah dengan rekayasa genetika. Lisozim merupakan enzim yang memiliki aktivitas anti bakterisidal, sehingga ekspresi berlebih gen penyandi lisozim tipe C (c-lisozim) pada tanaman kentang kultivar Jala Ipam memiliki potensi untuk meningkatkan ketahanan tanaman kentang kultivar Jala Ipam terhadap penyakit bakteri. Vektor ekspresi gen c-lisozim telah dikonstruksi menggunakan sistem pengklonan TA pada vektor pCXSN. Vektor rekombinan dengan orientasi sense (pCXSN-Lys(+)) telah berhasil diintroduksikan ke dalam Agrobacterium tumefaciens strain LBA4404 menggunakan konjugasi dengan teknik triparental mating. Agrobacterium tumefaciens strain LBA4404 yang mengandung vektor biner pCXSN-Lys(+) digunakan untuk mengintroduksikan gen c-lisozim ke dalam genom tanaman kentang kultivar Jala Ipam. Transformasi berhasil dilakukan menggunakan metode kokultivasi terhadap 180 eksplan ruas batang. Eksplan berhasil dikaluskan dan diregenerasikan pada media yang mengandung kombinasi hormon IAA 1 mg/l, trans-zeatin 3 mg/l dan GA3 0.5 mg/l. Pada penelitian ini efisiensi transformasi dan efisiensi regenerasi masing-masing adalah sebesar 24.9% dan 100%. Analisis PCR terhadap tiga tanaman transgenik putatif dengan primer LyspENTR2-F dan OligoNosT-R menunjukkan ketiga tanaman tersebut mengandung DNA berukuran 667 pb. Hal ini menunjukkan bahwa gen c-lisozim telah reintegrasi di dalam genom tanaman kentang kultivar Jala Ipam transgenik. Analisis resistensi terhadap bakteri Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum menunjukkan bahwa tiga tanaman transgenik yaitu JCL1, JCL2 dan JCL3 lebih resisten daripada tanaman non transgenik. Sementara analisis resistensi terhadap bakteri Ralstonia solanacearum menunjukkan bahwa dua tanaman transgenik yaitu JCL1 dan JCL2 lebih resisten daripada tanaman non transgenik. Analisis ekspresi menunjukkan bahwa ekspresi relatif gen c-lisozim pada galur JCL1 2.7 kali lebih tinggi dibandingkan tanaman non transgenik. Hal ini menguatkan dugaan bahwa peningkatan ketahanan tanaman terhadap infeksi oleh Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum dan Ralstonia solanacearum disebabkan oleh ekspresi berlebih gen c-lisozim.
Keyword: transformasi, kentang, Jala Ipam, c-lisozim, penyakit bakteri

Judul: . Transformasi Genetik Tanaman Kentang (Solanum Tuberosum L.) Kultivar Jala Ipam Dengan Gen Hd3a.
Abstrak: Kentang merupakan salah satu bahan pangan yang dapat dimanfaatkan sebagai pangan tanpa diproses dan pangan olahan. Kentang French fries beku merupakan kentang olahan yang sangat penting. Produksi kentang untuk French fries beku masih sedikit, sehingga peningkatan produksi bibit dan perakitan kultivar baru menjadi penting untuk dilakukan. Jala Ipam merupakan kultivar kentang yang cocok untuk produksi French fries beku. Rekayasa genetik dengan gen Hd3a dapat memperbaiki produktivitas kultivar ini. Hd3a merupakan mobile florigen pada tanaman padi yang mempunyai homologi dengan FT (flowering locus T) dari Arabidopsis. Ekspresi berlebih gen Hd3a menginduksi pembungaan dan pengumbian pada kentang cv. Andigena transgenik. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan transformasi genetik kentang Jala Ipam dengan gen Hd3a. Transformasi genetik dilakukan dengan perantara Agrobacterium tumefaciens strain LBA4404 yang membawa plasmid p2K1-Hd3a yang mengandung gen Hd3a di bawah kendali promoter rolC dan A. tumefaciens yang membawa plasmid pCambia1300-Hd3a yang mengandung gen Hd3a di bawah kendali promoter 35S CaMV. Ruas batang (internode) digunakan sebagai eksplan yang ditransformasi. Eksplan mulai membentuk kalus 2 minggu setelah kokultivasi. Efisiensi transformasi pada penelitian ini adalah sebesar 18% untuk tanaman yang ditransformasi dengan p2K1-Hd3a dan 7% untuk tanaman yang ditransformasi dengan pC1300-Hd3a. Analisis molekuler dengan PCR dilakukan untuk mengetahui integrasi gen Hd3a di dalam tanaman transgenik. PCR dilakukan dengan menggunakan pasangan primer rolC-F dan Hd3a-FP-R untuk tanaman transgenik putatif yang dihasilkan dari transformasi menggunakan plasmid p2K1-Hd3a dan pasangan primer 35S-F dan Hd-R untuk tanaman transgenik putatif yang dihasilkan dari transformasi menggunakan plasmid pC1300-Hd3a. Analisis PCR menunjukkan bahwa dua dari tiga tanaman transgenik putatif adalah tanaman transgenik yang mengandung gen Hd3a di bawah kendali promoter rolC dan keempat tanaman transgenik putatif semuanya adalah tanaman transgenik yang mengandung gen Hd3a di bawah kendali promoter 35S CaMV. Hasil ini menunjukkan bahwa proses transformasi genetik kentang kultivar Jala Ipam dengan gen Hd3a telah berhasil dengan baik.
Keyword: Kentang kultivar Jala Ipam, gen Hd3a, Agrobacterium tumefaciens, promoter rolC, promoter 35S CaMV

Judul: Numerical modeling of the hydrodynamics of standing wave and scouring in front of impermeable breakwater with different steepnesses
Abstrak: The aim of this paper is to numerically study the effects of breakwater steepness on the hydrodynamics of standing wave and scouring process in front of impermeable breakwaters. A two-dimensional hydrodynamics model based on the Reynolds Averaged Navier–Stokes (RANS) equations and the Volume of Fluid (VOF) method was developed and then combined with an empirical sediment transport model. Comparisons with an analytical solution and experimental data showed the present model is very accurate in predicting the near bottom velocity and capable of simulating the scour/deposition patterns consistent with experimental data. It was found that the additional terms of bottom shear stress in the momentum equations are necessary to produce a physical scouring pattern. Different breakwater steepnesses produce different characteristics of standing wave, the steady streaming system, and scouring pattern in front of the breakwaters, which also affects the correlations between them. An additional analysis of the turbulence field parameters and the sediment transport rate was also performed. All these important information will be presented in details in this paper and can be worthwhile for designing the breakwater in coastal areas.
Keyword: The RANS–VOF model Standingwave Steadystreamingsystem Scouring pattern Breakwatersteepness