Judul: Keragaman, Struktur Populasi, Pemetaan Asosiasi dan Pendugaan Parameter Genetik Populasi Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.) dari Kamerun
Abstrak: Kelapa Sawit merupakan tanaman penghasil minyak nabati paling penting di dunia. Pada tanaman tahunan seperti Kelapa Sawit, ketersediaan keragaman genetik, serta seleksi dengan bantuan marka DNA (Marker-Assisted Selection) berbasis genom akan berperan penting dalam pengembangan varietas berdaya hasil tinggi dengan karakter penting lain terkait dengan produksi dan mutu hasil minyaknya. Penelitian ini terdiri dari lima bagian yang terkait dengan analisis keragaman dan struktur genetik plasma nutfah kelapa sawit di Kamerun dengan pendekatan whole genome sequencing dan analisis keragaan populasi persilangan tetua terpilih terkait dengan karakter morfologi dan produksi. Pada bagian pertama dipelajari keragaman genetik genom, struktur populasi dan Admixture dari populasi plasma nutfah kelapa sawit Kamerun dengan menggunakan NextRAD technology. Genotipe yang dianalisis sekuennya terdiri dari 169 aksesi liar, 25 progeni F1, 9 tetua terpilih dan satu aksesi Elaeis oleifera sebagai outgrup. Data sekuens yang diperoleh menunjukkan terdapat 21,302 basa yang polimorfik yang terdiri dari 20,959 substitusi basa tunggal atau Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) dan 343 insertions/deletions (INDEL). Hal ini menunjukkan besarnya tingkat keberagaman genetik dari genom aksesi yang di analisis. Jumlah kejadian transisi mutasi titik (transition point mutation events) lebih banyak dibandingkan jumlah tranvesi dengan nisbah transversi/transisi sebesar 9.65. Analisis lebih lanjut terhadap struktur populasi genetik menunjukkan adanya tiga sub-populasi utama, dan sebagain besar individu yang digunakan pada penelitian ini merupakan admixed. Pada bagian kedua dilakukan kajian untuk mendeteksi beberapa bagian genom yang diduga memiliki peran penting dalam mengendalikan karakter vegetatif, kandungan minyak dan komponen hasil buah pada kelapa sawit berdasarkan genom sumberdaya genetik yang dianalisis. Pada sebagian karakter vegetatif, frekuensi alel dan genotipe mengikuti hukum keseimbangan Hardy-Weinberg (P<0.01), jadi sudah ada destruksi “genetic flow” di populasi tersebut. Pada keseluruhan genom diketahui adanya sejumlah SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) berasosiasi dengan karakter vegetatif, kandungan minyak dan komponen hasil buah. Hal ini menunjukkan adanya bagian genom mengandung gen-gen yang mengendalikan berberapa karakter fenotipik penting yang berguna untuk seleksi pada pemuliaan kelapa sawit. Selanjutnya adanya keterpautan antar SNP yang berasosiasi dengan karakter penting, menunjukkan segregasi pautan-pautan yang tersebar antar kromosom pada genom kelapa sawit. Pada bagian ketiga dilakukan analisis daya gabung dan aksi gene beberapa karakter kuantitatif penting dengan menggunakan metode North Carolina II mating design. Sebanyak empat famili betina Dura (DA2356D, DA787D, DA507D, and LM7899D), tiga famili jantan Tenera (LM9175T, LM9287T, and LM9927T) dan progeni hasil persilangannya ditanam di Specialized Centre for Oil Palm Research of Cameroon. Hasil percobaan menunjukkan bahwa terdapat perbedaan yang nyata antara famili betina dan famili jantan pada sebagian besar karakter yang diamati. Dua famili betina diidentifikasi sebagai tetua yang memiliki daya gabung umum (DGU) yang baik uktuk karakter hasil dan komponen hasil, sehingga keduanya dapat digunakan dalam perakitan varietas kelapa sawit karena memiliki potensi yang baik dalam aksi gen aditif. Dua famili jantan menunjukkan daya gabung umum (DGU) yang baik untuk sebagian besar sifat yang diamati. Beberapa persilangan menunjukkan daya gabung khusus (DGK) yang baik untuk komponen hasil, komponen kualitas hasil dan pertambahan tinggi pohon. Nisbah σ²gca/σ²sca, [σ²D/σ²A]1/2 yang beragam, dengan pendugaan heritabilitas arti sempit yang rendah menunjukkan peran aksi gen non aditif yang lebih tinggi. Interaksi famili jantan Tenera menunjukkan kontribusi yang besar dalam keragaan karakter yang
Keyword: GWAS, NGS, single nucleotide polymorphism, North Carolina II, kelapa sawit, North Carolina II, kelapa sawit Remove, GCA, SCA, aksi gene, keragaman genetik, progeni introgresi, heritabilitas, kemajuan seleksi, fenotipik, Kamerun

Judul: Genetic Analysis of Oil Palms (Elaeis guineensis Jacq.) from Different Origins
Abstrak: Kelapa sawit saat ini merupakan komoditas strategis andalan Indonesia. Komoditas ini mampu menghasilkan minyak nabati tertinggi di dunia. Disamping itu minyak kelapa sawit diharapkan akan mampu memenuhi permintaan minyak nabati dunia yang terus mengalami peningkatan sebesar 240 juta ton pada tahun 2050. Peningkatan peranan kelapa sawit tidak terlepas dari kontribusi pemuliaan tanaman dalam meningkatkan potensi produksi serta penyediaan bibit unggul. Usaha untuk mendapatkan varietas unggul sangat dipengaruhi oleh ketersediaan plasma nutfah dan keragaman genetik. Pendekatan secara konvensional dan molekuler dapat digunakan untuk menyeleksi dan mendapatkan tanaman sesuai karakter yang diinginkan. Adanya informasi keragaman genetik, pemanfaatan daya gabung dan korelasi karakter serta metode analisis kluster dapat memberikan kemudahan dalam proses seleksi. Disamping itu informasi genetik berbasis genom menambah keyakinan pemulia dalam menghasilkan varietas unggul. Penelitian ini bertujuan untuk (1) mempelajari keragaman genetik kelapa sawit pada karakter komponen tandan dari berbagai origin persilangan, dan (2) mempelajari association mapping pada karakter komponen tandan kelapa sawit. Secara umum informasi keragaan parameter genetik (heritabilitas, daya gabung umum, dan daya gabung khusus), analisis korelasi dan kluster serta informasi genetik berbasis genom (SNP) diharapkan dapat memberikan informasi dasar untuk kegiatan pemuliaan tanaman kelapa sawit dimasa yang akan datang. Upaya untuk memperluas keragaman genetik menjadi penting karena dapat memperkuat pondasi kegiatan pemuliaan tanaman sehingga diperoleh varietas unggul kelapa sawit. Penggunaan berbagai macam populasi dalam program pemuliaan tanaman kelapa sawit memberikan manfaat dalam memaksimalkan sifat-sifat tertentu yang akan dicapai. Kegiatan tersebut dapat dilakukan dalam program persilangan, introduksi maupun mutasi. Umumnya kegiatan persilangan dilakukan untuk mendapatkan progeni-progeni unggul kelapa sawit, sedangkan introduksi dan mutasi lebih mengarah pada pembentukan populasi dasar. Progeni-progeni unggul yang dihasilkan dapat dikonfirmasi genotipenya secara molekuler, sehingga keakuratan karakter dari varietas yang dihasilkan lebih terjaga. Percobaan pertama menghasilkan informasi bahwa progeni terbaik penghasil jumlah tandan banyak terdapat pada P548, P572, P550 pada populasi LaMe. Produksi FFB tertinggi pada progeni P550 (LaMe), progeni P563 (Yangambi) dan P544 (SP540). Sementara itu rerata ukuran tandan terbesar terdapat pada populasi P540 yaitu progeni P579. Produksi OKY tertinggi terdapat pada P546, P546 dan P544. Pertambahan tinggi lambat terdapat pada progeni P560 (31,39 cm/tahun) populasi Yangambi, P546 dan P544 (32,9 cm/tahun) pada populasi LaMe serta P568 dan P578 (36,3 cm/tahun). Komponen tandan OB memberikan informasi bahwa terdapat 5 progeni terbaik dari origin LaMe, 4 progeni dari origin Yangambi dan 3 progeni dari origin SP540. Nilai heritabilitas arti luas (h2 bs) plot basis tinggi dimiliki oleh karakter BNO, FWT, MF, ODM, SF, dan OB. Di sisi lain, FFB, AWB, OKY, KB, dan HI memiliki nilai heritabilitas katagori sedang. Analisis korelasi menunjukkan bahwa OB memiliki korelasi positif dengan BNO, ABW, HI, FWT, MF, ODM. SF dan KF Karakter OKY berkorelasi nyata positif dengan BNO, FFB, ODM, dan OB. Analisis daya gabung diperoleh tetua female (Dura) D8 dan D9 (DA10D x DA3D) mememiliki nilai daya gabung umum tertinggi pada karakter BNO. Pada karakter ABW, tetua dari origin DA115D x DA3D (D10) dan DA115D (D16) memiliki nilai DGU tertinggi pada ABW sedangkan karakter OKY nilai DGU terbaik terdapat pada origin DA10D x DA115D (D14 dan D15). Pada tetua male (Pisifera), nilai DGU terbaik terdapat pada pisifera LaMe yaitu LM2T
Keyword: Daya gabung, GWAS, Hibrida, Variasi genetik, SNP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: