Judul: Isolasi, Seleksi, Dan Identifikasi Bakteri Endofit Sebagai Agens Penginduksi Ketahanan Tanaman Padi Terhadap Penyakit Hawar Daun Bakteri
Abstrak: Hawar daun bakteri (HDB) yang disebabkan Xanthomonas oryzae pv. oryzae menjadi salah satu masalah besar dalam produksi padi di Indonesia. Salah satu upaya pengendalian yang dapat dilakukan yaitu dengan pemanfaatan agens hayati seperti bakteri endofit. Bakteri endofit merupakan bakteri yang dapat mengolonisasi jaringan internal tanaman tanpa menyebabkan kerusakan pada inangnya. Bakteri ini memiliki mekanisme induksi ketahanan tanaman atau dikenal dengan induced systemic resistance (ISR) dalam pengendalian penyakit. Namun potensinya sebagai agens penginduksi ketahanan tanaman terhadap penyakit hawar daun bakteri serta pengaruhnya terhadap pertumbuhan dan hasil panen padi sejauh ini belum banyak diketahui. Penelitian ini bertujuan mengisolasi, menyeleksi, dan menguji kemampuan bakteri endofit asal tanaman padi sebagai agens penginduksi ketahanan tanaman serta mengetahui pengaruhnya terhadap pertumbuhan dan hasil panen padi. Selain itu untuk mengidentifikasi bakteri endofit yang potensial sebagai agens penginduksi ketahanan tanaman padi terhadap penyakit HDB. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Bakteriologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, dan Rumah Kaca Cikabayan, IPB mulai bulan Juni 2013 sampai Desember 2014. Bakteri endofit yang digunakan merupakan hasil isolasi dari tanaman padi sehat yang berada diantara tanaman sakit akibat HDB. Isolat bakteri endofit hasil isolasi diseleksi berdasarkan viabilitas dan morfologi koloni, pengaruhnya terhadap induksi ketahanan dan pertumbuhan padi di pembibitan, serta uji reaksi hipersensitif pada tanaman tembakau. Bakteri endofit hasil seleksi selanjutnya diuji pada percobaan rumah kaca. Parameter yang digunakan meliputi ekspresi gen PR1 dan PBZ1, aktivitas enzim peroksidase, periode inkubasi, dan perkembangan penyakit HDB. Selain itu juga diamati pengaruhnya terhadap pertumbuhan dan hasil panen padi dengan parameter daya berkecambah, indeks vigor benih, pertambahan tinggi tanaman, jumlah anakan maksimum, jumlah anakan produktif, bobot kering, dan kadar air gabah. Perlakuan bakteri endofit di rumah kaca terdiri dari W1 (aplikasi bakteri endofit pada benih saja), W2 (aplikasi bakteri endofit pada benih dan 4 MST), dan W3 (aplikasi bakteri endofit pada benih, 4, dan 6 MST). Bakteri endofit yang potensial sebagai agens penginduksi ketahanan tanaman padi dan berpengaruh baik terhadap pertumbuhan dan hasil panen padi selanjutnya diidentifikasi menggunakan teknik molekuler berdasarkan sekuen 16S rRNA. Hasil isolasi diperoleh 549 isolat bakteri endofit. Isolat bakteri endofit dari bagian akar sebanyak 225 isolat (38%), dari bagian batang sebanyak 236 isolat (40%), dan dari bagian daun sebanyak 133 isolat (22%). Hasil seleksi menunjukkan bahwa 370 isolat dari 549 isolat bakteri endofit hasil isolasi memiliki viabilitas yang baik dan morfologi koloni yang berbeda. Selanjutnya 14 dari 370 isolat menunjukkan kemampuan menginduksi ketahanan atau memacu pertumbuhan padi di pembibitan, namun hanya 7 isolat diantaranya yang tidak ii menyebabkan reaksi hipersensitif pada tanaman tembakau. Tujuh isolat bakteri endofit tersebut adalah EA2 154, EB3 307, EB4 451, EB4 452, EB6 748, ED1 63, dan ED4 467. Hasil pengujian di rumah kaca menunjukkan bahwa ketujuh isolat yang diujikan mampu menginduksi ekspresi gen PR1 dan PBZ1, dan 4 diantaranya mampu meningkatkan aktivitas enzim peroksidase (EB4 451, EB4 452, EB6 748, dan ED4 467). Selain itu 4 isolat mampu memperpanjang periode inkubasi (EA2 154, EB4 451, EB6 748, dan ED4 467) dan 2 isolat mampu menghambat perkembangan penyakit HDB (EB4 451 dan ED1 63). Secara umum perlakuan bakteri endofit tidak berpengaruh nyata terhadap pertumbuhan dan hasil panen padi, kecuali terhadap daya
Keyword: bakteri endofit, gen PR1 dan PBZ1, padi, ISR

Judul: Potensi Bakteri Endofit Dan Asam Salisilat Sebagai Penginduksi Ketahanan Tanaman Padi Terhadap Xathomonas Oryzae Pv. Oryzae
Abstrak: Penyakit hawar daun bakteri (HDB) yang disebabkan oleh bakteri Xanthomonas oryzae pv. oryzae merupakan salah satu masalah utama produksi padi di Indonesia. Berbagai upaya pengendalian penyakit ini sudah dilakukan namun hasilnya belum optimal. Alternatif pengendalian penyakit ini dapat dilakukan dengan induksi resistensi. Aplikasi induksi ketahanan secara biotik dan abiotik sudah banyak dilakukan, namun kombinasi agens penginduksi ketahanan biotik dan abiotik belum pernah dilakukan. Berdasarkan hal tersebut maka penelitian ini bertujuan untuk memperoleh kombinasi bakteri endofit dan asam salisilat yang efektif sebagai agens penginduksi ketahanan tanaman padi terhadap penyakit HDB. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Bakteriologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman dan Laboratorium BIORIN PAU IPB, serta Rumah Kaca Cikabayan, IPB mulai berlangsung dari bulan Juni 2013 sampai Desember 2014. Bakteri endofit yang digunakan merupakan koleksi Laboratorium Bakteriologi Tumbuhan. Isolat bakteri Xathomonas oryzae patotipe IV dan VIII diperoleh dari Balai Besar Penelitian Tanaman Padi Sukamandi. Penelitian dilakukan dalam tiga tahapan yaitu aplikasi bakteri endofit, asam salisilat, dan kombinasi bakteri endofit ED1 63 dan asam salisilat. Penelitian tahap satu mengkaji berbagai strain bakteri endofit yaitu EA2 154, EB4 451, dan ED1 63. Penelitian tahap dua mengkaji berbagai konsentrasi asam salisilat (0, 5, 10, dan 15 mM); sedangkan penelitian tahap ketiga mengombinasikan strain bakteri terpilih dan konsentrasi asam salisilat optimal sebagai penginduksi ketahanan tanaman padi terhadap penyakit HDB. Ketiga penelitian ini dirancang dengan menggunakan percobaan faktorial tiga faktor dalam Rancangan Acak Lengkap dan diulang sebanyak 3 kali. Hasil penelitian menunjukkan bahwa strain bakteri endofit ED1 63 secara tunggal efektif dalam menginduksi ketahanan tanaman padi terhadap penyakit HDB. Bakteri endofit ini juga mampu menginduksi ketahanan varietas padi untuk menekan patotipe X. oryzae pv. oryzae IV dan VIII. Bakteri endofit ED1 63 juga dapat berperan dalam memacu peningkatan pertumbuhan tanaman dan pencapaian produksi padi. Pemberian asam salisilat 10 mM efektif dalam menginduksi ketahanan varietas Conde dan Ciherang terhadap penyakit HDB. Asam salisilat mampu menginduksi ketahanan tanaman padi terhadap patotipe X. oryzae pv. oryzae IV dan VIII. Kombinasi bakteri endofit ED1 63 dan asam salisilat 10 mM saangat efektif dalam menginduksi ketahanan tiga varietas padi terhadap penyakit HDB. Demikian juga bakteri endofit tersebut dapat memacu peningkatan pertumbuhan tanaman padi. Bakteri endofit dapat meningkatkan aktivitas enzim peroksidase, polifenoloksidase, dan PAL pada varietas Conde dan Ciherang. Demikian juga asam salisilat meningkatkan aktivitas enzim polifenoloksidase dan β-1,3-glukanase pada varietas Ciherang. Kombinasi bakteri endofit ED1 63 dan asam salisilat meningkatkan aktivitas enzim peroksidase, polifenoloksidase, PAL dan β-1,3-glukanase pada varietas IR64 dan Ciherang. Manfaat dari penelitian adalah menyediakan teknologi induksi resistensi dalam menginduksi ketahanan tiga varietas padi terhadap X. oryzae pv. oryzae patotipe IV dan VIII. Hasil penelitian menunjukkan terjadi sinergisme antara bakteri endofit dan asam salisilat dalam menginduksi ketahanan tiga varietas padi terhadap penyakit HDB maupun dalam memacu pertumbuhan tanaman padi.
Keyword: asam salisilat, bakteri endofit, induksi ketahanan, Xanthomonas oryzae pv. oryzae.

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: