Judul: Perakitan Tanaman Kentang Kultivar IPB CP1 Transgenik yang Mengandung Gen Penyandi Superoksida Dismutase
Abstrak: Kentang merupakan tanaman hortikultura yang penting di Indonesia. Kentang berperan dalam menjaga ketahanan pangan dengan nilai ekonomi dan kandungan nilai gizi yang tinggi. Kentang dapat dimanfaatkan untuk berbagai olahan seperti kentang sayur, kentang industri seperti keripik kentang dan french fries. Kentang merupakan tanaman yang dibudidayakan di area dataran tinggi. Konversi areal bekas perkebunan teh menjadi perkebunan kentang tidak mudah, karena banyak kendala yang dihadapi petani. Cekaman abiotik seperti pH rendah, aluminium tinggi dan kekeringan menjadi masalah utama yang dihadapi petani kentang. Cekaman abiotik pada tanaman kentang dapat mengarah kepada pembentukan Reactive Oxygen Species (ROS). ROS merupakan produk hasil metabolisme aerob saat menghadapi cekaman, sehingga berbahaya bagi tanaman. Superoksida dismutase (SOD) merupakan salah satu enzim yang berperan untuk mengkatalisasi ROS sehingga tidak berbahaya bagi tanaman. Kentang kultivar IPB CP1 merupakan salah satu bahan baku untuk industri pembuatan keripik kentang. Kentang IPB CP1 tidak begitu toleran terhadap cekaman abiotik. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan untuk mengitroduksikan gen SOD kedalam kentang kultivar IPB CP1 agar kentang menjadi toleran terhadap berbagai cekaman abiotik. Transformasi genetik tanaman kentang dilakukan dengan metode kokultivasi menggunakan bakteri Agrobacterium tumefaciens yang membawa plasmid pGWB5-MmCuZn-SOD. Ruas batang tanpa mata tunas digunakan sebagai eksplan untuk transformasi. Nilai efisiensi transformasi dan regenerasi kentang kultivar IPB CP1 adalah 51,25% dan 38,87%. Analisis integritas dengan menggunakan primer act-F dan act-R menunjukkan semua tanaman transgenik memiliki kualitas DNA yang baik. Analisis integrasi dengan menggunakan primer 35S-F dan SODR2 menunjukkan bahwa delapan tanaman transgenik membawa gen SOD dibawah promotor kuat 35S dengan ukuran pita 633 pb. Analisis uji in vitro cekaman kekeringan, aluminium dan salinitas menunjukkan bahwa tanaman CP1 transgenik lebih toleran dibandingkan dengan tanaman CP1 non transgenik yang ditandai dengan panjang akar total dan jumlah akar yang lebih tinggi., Potato is an important horticultural crop in Indonesia. Potato plays a role in maintaining food security with high economic and nutritional values. Potatoes are used for various preparations such as vegetable, potato chips and french fries. Potato cultivation requires highland environment for optimal growth and production, where in several highland areas there are many non-productive tea plantation that can be used to grow potato. Conversion of tea plantations into potato plantations, however, may face several abiotic stresses such as low pH, higher aluminum, and drought. Abiotic stress usually causes harmful effect to plants, including potato. Superoxide dismutase (SOD) is an enzyme that plays a role in alleviating ROS and replace it into non harmfull molecules. Potato cultivar IPB CP1 is one of the raw materials for the potato chip in food industry, unfortunately IPB CP1 potato is rather sensitive to abiotic stress. Therefore, the research aimed to develop CP1 potato that is tolerant to drought, aluminum, and salinity stresses by introducing MmCuZn-SOD gene mediated by Agrobacterium tumefaciens. The genetic transformation of potato plants was carried out by cocultivation method using Agrobacterium tumefaciens carrying the plasmid pGWB5-MmCuZn-SOD. Stems without buds were used as explants for genetic transformation. The results show the value of transformation efficiency and regeneration of potato cultivar IPB CP1 was 51,25% and 38,87%, respectively. DNA integrity analysis using act-F and act-R primers showed that all
Keyword: cekaman abiotik, gen MmCuZn-SOD, kentang kultivar IPB CP1, tanaman transgenik

Judul: Genetic Engineering of Potato (Solanum tuberosum L.) cv IPB CP1 with LYZ-C Gene to Control Bacterial Wilt Disease
Abstrak: Kentang (Solanum tuberosum L.) merupakan salah satu tanaman pangan pokok penting selain padi, gandum dan jagung serta menempati urutan ketiga berdasarkan tingkat konsumsi secara global. Kentang kultivar IPB CP1 merupakan kultivar yang dikembangkan dari mutasi kentang kultivar Atlantik dan memiliki karakteristik umbi yang sesuai sebagai olahan keripik kentang (potato chips). Infeksi penyakit layu bakteri yang disebabkan oleh bakteri Ralstonia solanacearum menjadi salah satu kendala dalam budidaya tanaman kentang di Indonesia. Infeksi bakteri patogen tersebut pada tanaman dapat berdampak serius terhadap kehilangan hasil panen. Perakitan tanaman kentang yang resisten terhadap penyakit bakteri dapat dilakukan melalui rekayasa genetik. Lisozim merupakan enzim-enzim glikosida yang dapat mengkatalisis pemutusan ikatan antara molekul N-asetil-D-glukosamin (NAG) dan asam N-asetil-D-muramat (NAM) sebagai penyusun peptidoglikan pada dinding sel bakteri. Ekspresi gen LYZ-C penyandi lisozim pada tanaman dapat meningkatkan resistensi tanaman terhadap infeksi bakteri patogen. Agrobacterium tumefaciens strain LBA4404 yang mengandung plasmid pCXSN-Lys(+) digunakan untuk mengintroduksikan gen LYZ-C ke dalam genom tanaman kentang kultivar IPB CP1. Tranformasi genetik pada kentang kultivar IPB CP1 terhadap 200 eksplan ruas batang telah berhasil dilakukan. Pembentukan kalus dan regenerasi kalus menjadi tunas berhasil diinduksi pada media MS yang mengandung IAA 1 mg/l, trans-zeatin 3 mg/l dan GA3 0,5 mg/l. Pada penelitian ini efisiensi transformasi dan efisiensi regenerasi yang diperoleh sebesar 35,1% dan 54,7%. Hasil analisis PCR menggunakan primer Lys114-F dan Nost2-R terhadap 10 tanaman transgenik putatif menunjukkan 6 tanaman mengandung transgen LYZ-C yang ditandai dengan adanya amplikon berukuran 565 pb. Uji resistensi secara in vitro pada 4 klon tanaman transgenik dan 1 tanaman non-transgenik, menunjukkan bahwa klon tanaman transgenik memiliki resistensi yang lebih baik terhadap infeksi R. solanacearum penyebab layu bakteri dibandingkan dengan tanaman CP1 non-transgenik. Hal ini menunjukkan bahwa gen LYZ-C yang diintroduksikan ke dalam tanaman kentang kultivar IPB CP1 meningkatkan resistensi tanaman terhadap penyakit layu bakteri. Pada penelitian ini klon CP1L3 merupakan tanaman transgenik yang paling resisten terhadap R. solanacearum dan memiliki nilai indeks penyakit terendah., Potato (Solanum tuberosum L.) is the most important crops besides rice, wheat, corns and includes in the third world crop plants in terms of global consumption. IPB CP1 cultivar is a derivative of radiated Atlantic cultivar and produce suitable tuber characteristics for potato chips. In Indonesia, bacterial wilt infection caused by Ralstonia solanacearum is one of the problems in potato cultivation. Infection of this patohegen has a serious effect to the yield losses. Assembly of transgenic potato resistant to bacterial wilt could be realize through genetic engineering. Lysozyme belongs to the glycoside enzymes that catalyze the cleavage of peptidoglican components of bacterial cell wall. LYZ-C gene expression can enhance the plant resistance against pathogenic bacteria. Agrobacterium tumefaciens strain LBA4404 harboring the pCXSN-Lys(+) used to introduces LYZ-C gene into the plant genome. Genetic transformation of IPB CP1 cultivar by using 200 internodes as the explants was done successfully. Callus formation and regeneration were induced successfully on MS medium containing IAA 1 mg/l, trans-zeatin 3 mg/l dan GA3 0,5 mg/l. In this study, the transformation efficiency and regeneration efficiency were 35,1% and 54,7%, respectively. Based on PCR analysis to 10 putative transgenic plants with Lys114-F and Nost2-R primers, confirmed that
Keyword: Agrobacterium tumefaciens, gen LYZ-C, kentang kultivar IPB CP1, penyakit layu bakteri, transformasi genetik

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: