Judul: Keragaman Genetik Gen Prolaktin dan Gen STAT5A pada Sapi Bali
Abstrak: Sapi bali merupakan sumberdaya genetik ternak asli Indonesia yang memiliki beberapa keunggulan, salah satunya adalah daya reproduksi yang tinggi. Gen prolaktin (PRL) dan gen signal transducer and activator of transcription 5A (STAT5A) merupakan anggota dari POU1F1 signaling pathway yang berhubungan dengan sifat reproduksi. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi ada tidaknya polimorfisme gen PRL dan STAT5A pada sapi bali di pusat pembibitan sapi bali yaitu Balai Pembibitan Ternak Unggul (BPTU) sapi bali Pulukan, Balai Inseminasi Buatan Daerah (BIBD) Baturiti, Balai Besar Inseminasi Buatan (BBIB) Singosari, Balai Pembibitan Ternak-Hijauan Makanan Ternak (BPT-HMT) Serading, dan Village Breeding Centre (VBC) Kabupaten Barru dengan menggunakan metode PCR-RFLP. Sampel sapi bali sebanyak 262 sampel dideteksi keragaman genetiknya menggunakan enzim restriksi RsaI (gen PRL) dan AvaI (gen STAT5A). Analisis data menggunakan frekuensi alel, frekuensi genotipe, heterozigositas, dan keseimbangan Hardy-Weinberg. Amplifikasi gen PRL ekson 3, gen PRL ekson 4, dan gen STAT5A ekson 7 menghasilkan fragmen dengan panjang masing-masing 156 bp, 294 bp, dan 215 bp. Penentuan genotipe gen PRL ekson 3 dan ekson 4 menghasilkan tiga genotipe pada populasi BBIB Singosari dan dua genotipe pada populasi BIBD Baturiti, BPTU sapi bali Pulukan, BPT-HMT Serading, dan VBC Kabupaten Barru. Frekuensi alel A (ekson 3) dan alel G (ekson 4) lebih tinggi dibandingkan dengan alel B (ekson 3) dan alel A (ekson 4) untuk gen PRL. Hasil analisis menunjukkan bahwa lokus STAT5A|AvaI memiliki alel monomorfik C. Nilai heterozigositas ditemukan rendah untuk gen PRL ekson 3 dan ekson 4 pada seluruh populasi. Frekuensi genotipe gen PRL ekson 3 dan ekson 4 menyimpang dari keseimbangan Hardy-Weinberg pada populasi sapi bali di BBIB Singosari. Hasil sekuens fragmen gen PRL baik pada ekson 3 maupun ekson 4 menunjukkan adanya mutasi antara basa adenin (A) dengan guanin (G), sedangkan hasil analisis sekuens pada gen STAT5A menunjukkan bahwa tidak terjadi mutasi pada situs restriksi enzim AvaI (C|CCGAG).
Keyword: gen prolaktin, gen STAT5A, keragaman genetik, PCR-RFLP, sapi bali

Judul: Identifikasi Keragaman Gen Signal Transducer And Activator Of Transcription 5a (Stat5a) Promoter Pada Sapi Bali
Abstrak: Gen signal transducer and activator of transcription 5A (STAT5A) merupakan gen yang mengontrol sifat reproduksi sapi dan memiliki hubungan signifikan terhadap fertilitas dan perkembangan embrio. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman genetik gen STAT5A promoter pada sapi bali yang berasal dari BPTU Pulukan Bali, BPT-HMT Serading, dan VBC Kabupaten Barru. Sapi bali yang diidentifikasi sebanyak 42 sampel dengan menggunakan metode PCR-sekuensing. Amplifikasi gen STAT5A promoter menghasilkan fragmen dengan panjang 603 bp. Hasil sekuens gen STAT5A promoter ditemukan 11 SNPs. SNP yang teridentifikasi pada daerah CpG island I yaitu g.-1448C>A, g.-1409C>A, g.-1405C>A, g.-1401C>A, g.-1450G>A, g.-1361G>A, g.- 1384A>G, dan g.-1350G>T. SNP yang ditemukan pada daerah CpG island II yaitu g.-1167C>T, g.-1128G>A, dan g.-1093G>A. Selain itu, analisis SNP menunjukkan mutasi di gen STAT5A daerah promoter dapat menjadi kandidat awal marker seleksi potensial untuk sifat reproduksi. Studi validasi lebih lanjut diperlukan untuk membuktikan peran gen STAT5A untuk digunakan dalam seleksi genom.
Keyword: CpG island, gen STAT5A, sapi bali, sekuensing, SNP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: