Judul: Struktur Komunitas Fusarium oxysporum f. sp. cubense di Jawa dan Sumatera Berdasarkan Primer Vic Cryphonectria parasitica
Abstrak: Fusarium oxysporum f. sp. cubense (Foc) adalah cendawan penyebab penyakit layu panama yang menjadi kendala utama produksi pisang di seluruh dunia, termasuk di sentra produksi pisang di Indonesia seperti di Jawa dan Sumatera. Berbagai pendekatan analisis variasi genetik Foc di Indonesia pernah dilakukan, namun variasi genetik berdasarkan lokus vic belum diteliti. Lokus vic ini mengendalikan keserasian somatik yang diduga menjadi salah satu sumber pembentukan rekombinan baru. Duabelas pasang primer vic Cryphonectria parasistica dalam penelitian ini dievaluasi dan sekaligus digunakan untuk menganalisis struktur komunitas Foc di Jawa dan Sumatera. Hasil penelitian menunjukkan lima marka/lokus dengan 9 alel (A-I) pada 38 strain Foc terdeteksi dengan menggunakan 9 dari 12 pasang primer vic C. parasitica. Dua dari sembilan pasang primer vic tersebut dapat mendeteksi lokus vic pada Foc yang berkaitan dengan mekanisme apoptosis pada proses somatogami. Berdasarkan keragaman lokus dan sistem interaksi alelik, populasi Foc di Jawa dan Sumatera dapat dikelompokkan menjadi 18 haplotipe (1-18). Keragaman haplotipe di Sumatera Utara dan Lampung lebih tinggi daripada di Jawa Barat. Meskipun demikian, Haplotipe 7 dan alel E merupakan haplotipe dan alel dominan yang tersebar di Sumatera Utara, Lampung, dan Jawa Barat. Haplotipe 18 dan alel C merupakan haplotipe dan alel yang spesifik yang hanya terdapat pada Foc di Jawa Barat. Persebaran haplotipe dominan menunjukkan bahwa pulau tidak membatasi persebaran Foc. Analisis ini masih harus dilengkapi dengan analisis fenotipe kelompok keserasian somatiknya untuk menghindari bias interpretasi.
Keyword: efektifitas primer vic, layu panama, lokus keserasian somatik, struktur komunitas

Judul: Analisis Lokus MAT dan Kandungan DNA Fusarium oxysporum f. sp. cubense.
Abstrak: Indonesia dikenal sebagai daerah endemik untuk Fusarium oxysporum f. sp. cubense (Foc), agen penyebab penyakit layu Panama pada pisang. Pada tahun 2009, populasi Foc di Indonesia dilaporkan membawa tipe kawin MAT-1 atau MAT-2 yang memberikan peluang terbentuknya rekombinan melalui reproduksi paraseksual dan seksual. Oleh karena itu, memperbaharui informasi tentang keberadaan lokus MAT dan kandungan DNA dalam populasi Foc menjadi penting. Dalam penelitian ini, status MAT, jumlah inti sel mikrokonidia dan kandungan DNA dari tujuh strain Foc asal pulau Jawa dipelajari. Lokus MAT dianalisis menggunakan PCR dengan primer spesifik MAT (Falpha1/2 dan Gfmat2c/ff). Inti sel mikrokonidia diwarnai dengan propidium iodide dan diamati menggunakan mikroskop fluoresensi. Kandungan DNA dianalisis dengan flowsitometri. Hasil penelitian menunjukkan bahwa enam dari tujuh strain Foc yang diteliti membawa MAT-1/MAT-2 dalam satu individu, sedangkan satu strain lainnya hanya memiliki MAT-1. Pengamatan di bawah mikroskop menegaskan bahwa mikrokonidia memiliki inti tunggal. Ukuran genom dari semua strain Foc berdasarkan konversi dari ukuran genom standar Saccharomyces cerevisiae bervariasi antara 40.50 – 58.82 Mb, sebanding dengan ukuran genom Foc haploid yang berasal dari bagian lain dunia.
Keyword: flowsitometri, layu panama, primer spesifik, tipe kawin, ukuran genom

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: