Judul: dentifikasi Quantitative Trait Loci (QTL) yang terkait karakter morfologi dan komponen hasil tanaman padi dengan marka SSR
Abstrak: Sejak dipastikan bahwa telah terjadi stagnasi pada produktivitas padi akibat sempitnya keragaman genetik di skala internasional, maka upaya untuk melakukan perbaikan secara genetik untuk menghasilkan varietas-varietas berpotensi hasil tinggi ditempuh dengan gencar untuk melakukan pencarian genotipe-genotipe baru, khususnya melalui pemanfaatan bioteknologi. Aplikasi seleksi berbasis marka molekuler pada tanaman padi juga telah mulai dikembangkan di Indonesia. Salah satu marka molekular yang telah banyak digunakan dalam pemuliaan tanaman adalah Simple Sequence Repeats (SSR). BIO-148 (Bio-148-Mamo-Dro) adalah galur harapan yang berpotensi daya hasil tinggi. Galur Bio-148 berasal dari persilangan antara varietas Gajah Mungkur (IRAT112) dengan varietas IR64. Padi IRAT112, merupakan padi introduksi dari Kenya (Afrika) yaitu padi lokal jenis tropical japonica sedangkan IR64 adalah padi indica. Persilangan antara spesies O. sativa ssp japonica dengan O. sativa ssp indica untuk mendapatkan variasi keragaman genetik telah banyak dilakukan sebagai salah satu alternatif memperluas keragaman genetik padi untuk memecah stagnasi produksi padi. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan marka SSR yang berasosiasi dengan posisi QTL yang mengendalikan karakter komponen hasil dan karakter morfologi lainnya pada populasi F2 dari persilangan Bio-148 dan IR64, mengkaji korelasi antara karakter-karakter tersebut, terutama yang nyata kontribusinya terhadap hasil dan komponen hasil pada Galur Bio-148. Penelitian dilaksanakan dalam jangka waktu 15 bulan dari Februari 2013 sampai April 2014. Persilangan tanaman, pembentukan populasi F2 dan analisis molekuler dilakukan di Rumah Kaca dan Laboratorium Molekuler Balai Besar Litbang Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian-BB BIOGEN- Cimanggu, Bogor. Penelitian ini meliputi: survei polimorfisme tetua dengan 553 primer SSR, melakukan seleksi marka polimorfik hingga terpilih 24 marka yang mewakili setiap kromosom padi, mengkonfirmasi heterosigositas atas individu F1 terpilih, melakukan karakterisasi fenotipik untuk sifat terkait hasil/komponen hasil terhadap populasi F2 dari turunan F1 hasil persilangan Bio-148 dan IR64, dan mengidentifikasi keberadaan QTL untuk sifat terkait hasil/komponen hasil berdasar 24 marka polimorfik terpilih. Terdapat 4 karakter yang memiliki pengaruh sangat nyata terhadap hasil biji (Y), yaitu jumlah malai per tanaman (PN), jumlah total anakan per tanaman (TN), total bunga per malai (TSN) dan jumlah biji hampa (UG). Karakter morfologi yang sangat berpengaruh terhadap komponen hasil (TSN) adalah tinggi tanaman (PH), panjang malai (PL), panjng dan lebar daun bendera (FLL dan FLW). Distribusi fenotipik pada populasi F2 memiliki segregasi yang kontinyu, yang berarti karakter-karakter tersebut diwariskan secara kuantitatif. QTL yang berasosiasi dengan beberapa karakter morfologi dan komponen hasil telah berhasil diidentifikasi. Berdasar SMR, sebanyak 16 QTL berhasil dideteksi pada kromosom 2, 4, 5, 8, 9 dan 12 dengan variasi fenotipik berkisar 0.077 – 18.1 % untuk karakter morfologi, dan 5.2-14.2% untuk karakter komponen hasil. Nilai LOD bervariasi antara 2.37 – 8.262 untuk karakter morfologi, sedangkan untuk komponen hasil nilai LOD berkisar 2.236 – 7.283. Pada metode CIM, berhasil dideteksi sebanyak 17 QTL yang tersebar di kromosom yang sama yaitu 2.4,5, 8,9 dan 12 dengan variasi fenotipik berkisar 5.4 – 17.9% dan nilai LOD antara 2.387 – 8.225. QTL untuk TSN diidentifikasi pada kromosom 4, yaitu tsn.4.1 dengan LOD di α0.05 = 6,607 (SMR), 7,725 (CIM) dan tsn.4.2 dengan LOD di α0.05 = 4,382 (SMR), kontribusi variasi fenotipik total 23,9 % (SMR) dan 16,4% (CIM). Bio-148 adalah tetua yang berkontribusi alel pada tsn.4.1 yang
Keyword: komponen hasil, IR64, Bio-148, QTL, marka SSR

Judul: Pemetaan QTL untuk Karakter Terkait Hasil Tinggi dan Kualitas Beras Yang Berasal Dari Populasi Silangbalik Ciherang-Sub1 (INPARI 30).
Abstrak: Peningkatan produktivitas dan kualitas beras merupakan tujuan penting dalam pemuliaan padi. Pencarian lokus pengendali karakter kuantitatif (Quantitative Trait Loci / QTL) untuk beberapa karakter penting merupakan salah satu metode efektif untuk mendukung tujuan tersebut. Varietas Ciherang merupakan varietas padi yang paling banyak ditanam di Indonesia sejak lama, karena mempunyai potensi hasil tinggi, daya adaptasi luas, serta kualitas beras yang dapat diterima konsumen pada umumnya. Tujuan penelitian ini ialah untuk mengidentifikasi QTL terkait hasil-tinggi dan kualitas, terutama yang berasal dari INPARI 30. Populasi BC1F1 yang berasal dari persilangan INPARI 30*2/IRRI148 dijadikan materi utama untuk analisis QTL, berdasarkan kisaran data dan jumlah genotipe transegregan. Populasi terpilih ditapis untuk meyakinkan terdapatnya gen Sub1 dan qDTY12.1 dalam genom. Delapan karakter utama terkait hasil tinggi untuk data fenotipe diketahui mempunyai nilai heritabilitas sedang sampai dengan tinggi, serta korelasi genetik yang kuat dengan hasil. Dari 104 marka SNP dan SSR diperoleh 17 QTL karakter terkait hasil tinggi. Satu di antaranya teridentifikasi pada dua musim tanam, yaitu untuk karakter tinggi tanaman (qPH1.1). Enam QTL terkonfirmasi berdasarkan data gabungan dua musim, yaitu: tiga QTL untuk umur 50% berbunga (qHd1c, qDTF3.1, dan qDTF11.1), dua QTL untuk bobot gabah (qGW3.1 dan qGW11.1), dan 1 QTL untuk hasil (qY1.1). Satu QTL hasil (qgy10.1) teridentifikasi berdasarkan data gabungan, sedangkan 9 lainnya teridentifikasi dari data satu musim, yaitu: 3 QTL umur 50% berbunga (qDTF1.1, qHD-6, dan qDTF11.2), 1 QTL tinggi tanaman (qPH6.1), 2 QTL jumlah gabah hampa (qUFG3.1 dan qUFG9.1), 2 QTL bobot gabah (qGW2.1 dan qGW3.2), dan 1 QTL hasil (qY4.1). PVE, atau persentase keragaman fenotipik yang dapat dijelaskan oleh QTL, berada di kisaran 4.1% sampai 59.5%. Lima QTL pada penelitian ini merupakan QTL yang baru teridentifikasi, yaitu: 1 QTL umur 50% berbunga (qDTF11.2), 2 QTL jumlah gabah hampa (qUFG3.1 dan qUFG9.1), 1 QTL bobot gabah (qGW11.1), dan 1 QTL hasil (qY4.1). Semua alel QTL yang terdeteksi berasal dari kedua tetua. QTL hasil yang berasal dari donor merupakan bagian yang menarik, karena produktivitas donor lebih rendah dibanding INPARI 30. Delapan QTL untuk karakter terkait kualitas teridentifikasi sebagai QTL baru, yaitu: 2 QTL berasal dari karakter panjang beras (qSL2.1 dan qSL8.1), 1 QTL dari lebar beras (qSWd1.1), 3 QTL dari persentase beras pecah kulit (qBrP1.1, qBrP3.1, dan qBrP9.1), 1 QTL dari persentase beras giling (qMP2.1), dan 1 QTL dari suhu gelatinisasi (qGT6.2). Empat QTL teridentifikasi menempati lokus yang sama dengan hasil penelitian sebelumnya, yaitu: 2 QTL dari panjang beras (qSL3.1 dan qSL3.2), 1 QTL dari rasio ukuran beras (qLWR3.1), dan 1 QTL dari suhu gelatinisasi (asv6b). Selain QTL, terseleksi 32 famili yang mempunyai kualitas v beras setara INPARI 30, dan 8 di antara mempunyai jarak kekerabatan yang erat, yaitu: G103, G87, G25, G140, G149, G146, G136, G53, dan G75. QTL yang teridentifikasi pada penelitian ini dapat digunakan untuk pengembangan pemuliaan molekuler pada masa yang akan datang. Bagian yang paling penting, penelitian ini memanfaatkan seleksi berdasarkan marka dalam pembentukan populasi pemetaan, yang mendemonstrasikan penggabungan metode konvensional dan molekuler secara sinergis.
Keyword: NPARI 30, hasil tinggi, heritabilitas, kualitas, QTL, segregasi transgresif, seleksi

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: