Judul: Pendekatan Jaringan Farmakologi Untuk Penguraian Mekanisme Kerja Jamu Terhadap Pengobatan Penyakit Diabetes Tipe Ii
Abstrak: Diabetes tipe 2 (T2D) merupakan suatu penyakit metabolik kronis yang ditandai dengan tingginya kadar glukosa darah akibat sekresi insulin yang tidak cukup. Obat sintetik yang telah digunakan menunjukkan aktivitas terapeutik untuk mengatur kadar glukosa darah, namun beberapa memiliki efek samping seperti perut kembung dan diare. Sebelumnya, formula jamu telah dikembangkan terdiri dari campuran pare, sembung, bratawali dan jahe. Beberapa diantaranya telah digunakan selama beberapa dekade sebagai obat alternatif untuk mengobati T2D, karena aktivitas terapeutik pada formula jamu tersebut bermanfaat untuk mengatur tingkat gula darah dan meningkatkan resistensi insulin. Pemahaman mekanisme kerjanya dalam pengobatan T2D masih belum diketahui karena banyak campuran senyawa kompleks yang terikat secara sementara ke beberapa target terapi. Konsep farmakologi jaringan dibangun pada keyakinan bahwa menargetkan beberapa node dalam sistem molekul yang saling berhubungan dan bukan molekul individu, yang dapat menyebabkan keberhasilan yang lebih baik dan efek samping yang lebih sedikit dengan mengintegrasikan in silico farmakologi, berdasarkan prinsip-prinsip dan tujuan dari sistem farmakologi. Dengan demikian, tujuan penelitian ini adalah untuk mengembangkan pendekatan sistematis komprehensif yang mengintegrasikan farmakologi jaringan untuk menyelidiki mekanisme aksi formula jamu yang terdiri atas pare, sembung, bratawali dan jahe dalam pengobatan T2D. Hasil analisis profil sasaran obat mengindikasikan 278 senyawa dari empat tumbuhan yang digunakan terkait sebagai obat antidiabetes dengan tingkat keberhasilan pengelompokan keseluruhan sebesar 98,58% dan prediksi sinergi mengungkapkan bahwa 5 dari 16 pasang bahan memiliki efek antidiabetes sinergis yang signifikan. Berdasarkan analisis jaringan, 51 dari 576 target dianggap memiliki derajat yang tinggi dan 24 target yang terbagi di dalam empat tumbuhan yang digunakan menghasilkan empat senyawa yang sesuai dan terkait dengan target terapi T2D yang telah dikenal. Analisis pengayaan berdasarkan sistem penjelasan PANTHER Gene Ontology dan jalur sistem KEGG mengungkapkan target yang dianggap utama adalah yang sering terlibat dalam proses biologis yang signifikan dan jalur yang terkait dengan perkembangan penyakit T2D. Docking molekul mengungkapkan bahwa situs pengikatan kesamaan (BSS) yang tinggi diperoleh dari momordikosida F2 (78%), β-sitosterol (67%) dan cis-N-feruloiltiramina (67%) dengan miglitol (obat antidiabetes) sebagai pembanding dan semua ligan yang berlabuh memberikan afinitas pengikatan dan penghambatan yang tinggi terhadap enzim maltase-glukoamilase (MGA) yang bertanggung jawab dalam sintesis pati menjadi glukosa.
Keyword: T2D, jamu, jaringan farmakologi

Judul: Analisis Gerombol Simultan Dan Jejaring Farmakologi Pada Penentuan Senyawa Aktif Jamu Anti Diabetes Tipe 2.
Abstrak: Selama ini, pembuatan obat untuk menyembuhkan suatu penyakit masih menargetkan hanya satu protein khusus yang menjadi penyebab penyakit tersebut, yang tentu hanya menggunakan satu senyawa aktif. Selain menimbulkan efek samping, obat kimia sintetis belum bisa menangani suatu penyakit dengan menyasar banyak protein sekaligus. Baru-baru ini terjadi perubahan paradigma dari “one drug, one-target” menjadi “multi-components, network target”. Paradigma baru ini telah melahirkan beberapa penelitian untuk menghasilkan formulasi jamu, dimana konsep formulasi jamu memerlukan beberapa senyawa aktif yang terlibat. Formula jamu yang diteliti sebagai upaya menyembuhkan penyakit Diabetes Melitus (DM) Tipe II terdiri dari 4 tanaman yaitu Pare (Momordica charantia), Sembung (Blumea balsamifera), Bratawali (Tinospora crispa), dan Jahe (Zingiber officinale) berdasarkan hasil penelitian Nurishmaya tahun 2014 serta berdasarkan ramuan jamu yang sedang dikembangkan di Pusat Studi Biofarmaka, Bogor. Evaluasi senyawa yang berkaitan dengan DM Tipe II dilakukan dengan terlebih dahulu menambahkan 19 obat sintetis yang ditujukan untuk DM Tipe II dari basis data Drug Bank. Sedangkan setiap tanaman juga dicari masing-masing senyawa yang terkandung di dalamnya melalui basis data Dictionary of National Products (DNP) ChemnetBase dan Take Out “Jamu” of Knapsack. Didapatkan 291 senyawa dari tanaman Jahe, 18 senyawa dari tanaman Bratawali, 41 senyawa dari tanaman Sembung, dan 245 senyawa dari tanaman Pare. Total senyawa yang didapat dari keempat tanaman ada sebanyak 595. Kesemua senyawa baik yang berasal dari tanaman maupun dari obat sintetis dicari identitasnya lebih lanjut berupa struktur kimia senyawa dan aktifitas biologisnya berupa protein yang ditargetkan. Sayangnya, tidak semua senyawa tanaman diketahui protein targetnya, sehingga data penelitian yang akan diteliti lebih lanjut berkurang menjadi sebanyak 74 senyawa aktif yang terdiri dari 55 senyawa dari keempat tanaman dan 19 senyawa dari masing-masing obat sintetis. Setiap senyawa (74 senyawa) dapat menargetkan protein yang sama di dalam tubuh manusia. Diperoleh jumlah protein sebanyak 3059, total koneksi senyawa-protein sebanyak 4082 dan total protein target unik sebanyak 478. Berdasarkan data di atas, dilakukan analisis bagi data jejaring farmakologi yang dinamakan drugCIPHER. Analisis tersebut dilakukan untuk mencari proteinprotein target yang memiliki korelasi terbesar dengan tiap senyawa. Langkah pertama adalah mencari nilai kedekatan antar 74 senyawa menggunakan koefisien Tanimoto atau dikenal juga dengan koefisien Jaccard. Di sisi yang lain, dilakukan juga analisis graf untuk mendapatkan jarak terdekat antar protein yang kemudian dikonversi menjadi kedekatan antar protein melalui konsep perhitungan eksponensial. Lalu langkah kedua adalah mencari korelasi antara kedua nilai kedekatan sampai menghasilkan 100 protein target yang berkorelasi paling tinggi dengan masing-masing dari 74 senyawa yang dinamakan sebagai skor konkordan DrugCIPHER. Karena setiap senyawa dapat memiliki korelasi tinggi dengan protein yang sama, maka penting untuk mendapatkan protein uniknya saja. Didapatkan sebanyak 1250 protein unik yang semula berjumlah 7400 koneksi senyawa-protein. Skor konkordan antara 74 senyawa dengan 1250 protein tersebut kemudian digunakan dalam analisis gerombol simultan antara senyawa dan protein target. Tujuan utama melakukan analisis gerombol simultan tersebut adalah melihat penggerombolan senyawa berdasarkan protein targetnya. Senyawa tanaman yang menggerombol bersama senyawa obat sintetis dicurigai berpotensi menjadi salah satu komposisi jamu anti-diabetes. Selain itu, analisis tersebut juga digunakan untuk mendeteksi protein target mana saja yang berperan sebagai penyebab penyakit diabetes tipe 2. Selain itu, analisis komponen utama melalui plot dua dan
Keyword: Diabetes Tipe 2, Jamu, Jejaring farmakologi, DrugCIPHER, Analisis Gerombol Simultan.

Judul: Posisi Filogenetik Kura-Kura Carettochelys Insculpta  (Reptillia: Testudinata)
Abstrak: Carettochelys insculpta is an endemic freshwater turtle of southern Papua and northern Australia. Phylogenetic position of this turtle is remain unresolved until now. Most of the research conducted show close relationships of C. insculpta and members of Trionychidae family. However, some of the research show distance between C. insculpta and members of Trionychidae family. This research is conducted to analyze phylogenetic relationship between C. insculpta and other members of Testudinata using 12S rRNA, 16S rRNA, and both gene as markers. DNA samples were obtained from three different organisms of C. insculpta. Two species used as outgroups were Alligator mississippiensis and Iguana iguana. Phylogenetic analysis was carried out using Neighbor-Joining method with Felsenstein 1981 (F81) modeltest. A polytomy tree of Testudinata was produced by using 12S rRNA gene. However, analysis using 16S rRNA and both genes as markers confirmed that C. insculpta was located between the Chelonidae and the Trionychidae family.
Keyword: