Judul: Pengembangan Analisis Listeria Monocytogenes Untuk Jajanan Pempek Dengan Real-Time Polymerase Chain Reaction (Rt-Pcr)
Abstrak: Listeria (L.) monocytogenes merupakan bakteri patogen yang dapat menyebabkan bahaya serius bagi manusia. L. monocytogenes dapat menyebabkan komplikasi meningitis. Pangan jajanan anak sekolah sebagai salah satu pangan siap saji memiliki risiko bahaya L. monocytogenes yang tinggi terutama bila dikonsumsi oleh anak sekolah dasar. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengembangkan metode deteksi L. monocytogenes pada jajanan pempek menggunakan rt-PCR. Isolasi DNA L. monocytogenes dilakukan dengan membandingkan tiga metode ekstraksi yaitu: fenol:kloroform, pemanasan, dan kit komersial (QIAamp DNA Blood Mini Kit). Isolat DNA L. monocytogenes diamplifikasi menggunakan PCR dengan dua variabel primer yaitu LIM 2 dan LIMRE untuk deteksi gen iap, dan primer DG69 dan DG74 untuk deteksi gen hlyA. Pengujian dengan rt-PCR diawali dengan denaturasi awal pada 94 °C selama 5 menit diikuti dengan 30 siklus yang terdiri dari 45 detik denaturasi pada 94 °C, 45 detik annealing pada 55 °C, 45 detik ekstensi pada 72 °C dan ekstensi akhir pada 72 °C selama 7 menit. Kemudian dilanjutkan dengan program melting dengan transisi suhu 72-94 °C dan laju 0.5 °C/detik. Metode fenol:kloroform menunjukkan ekstraksi DNA terbaik yang lebih murni. Primer DG69/DG74 lebih spesifik dibandingkan dengan primer LIM 2/LIMRE. Kondisi running yang digunakan menghasilkan kurva amplifikasi spesifik sampai siklus ke-27. Deteksi DNA dari kultur murni L. monocytogenes menghasilkan persamaan kurva standar CT = 37.9-3.11 C dengan nilai r sebesar -0.990 dan limit deteksi (LOD) 3.2 x 103 CFU/mL. Deteksi DNA pada sampel pempek menghasilkan persamaan kurva standar CT = 41.03-3.69 C dengan nilai r sebesar -0.997 dan limit deteksi (LOD) 6.3 x 103 CFU/g. Primer DG69 dan DG74 dapat dipertimbangkan sebagai metode spesifik dan sensitif yang dapat diandalkan untuk mendeteksi L. monocytogenes pada jajanan pempek.
Keyword: Listeria monocytogenes, metode deteksi, pempek, primer, real-time PCR

Judul: Survei Konsumsi Pangan Jajanan Berbasis Ikan Dan Identifikasi Listeria Spp
Abstrak: Kontaminasi L. monocytogenes pada pangan jajanan berbasis ikan diduga berasal dari bahan baku yang tercemar, proses pengolahan yang tidak sempurna, atau dari tahap persiapan sebelum pangan dikonsumsi. Keberadaan L. monocytogenes pada pangan dapat menyebabkan gangguan kesehatan konsumen. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui jumlah konsumsi pangan jajanan berbasis ikan masyarakat di lingkungan sekolah daerah Bogor, mendeteksi dan mengidentifikasi Listeria spp. pada pangan jajanan berbasis ikan di daerah Bogor dengan metode biokimiawi, mendeteksi L. monocytogenes pada pangan jajanan berbasis ikan di daerah Bogor dengan metode PCR, dan memprediksi peluang listeriosis akibat konsumsi ikan asap yang tercemar L. monocytogenes. Penelitian ini dilakukan dalam tiga tahap, yaitu survei konsumsi pangan jajanan berbasis ikan, identifikasi Listeria spp. pada pangan jajanan berbasis ikan, dan prediksi peluang listeriosis pada ikan asap. Survei pangan jajanan berbasis ikan dilakukan dengan wawancara terhadap 770 responden di lingkungan sekolah. Identifikasi Listeria spp. dilakukan terhadap 65 sampel pangan jajanan berbasis ikan dengan metode biokimiawi dan metode real-time PCR (rt-PCR). Prediksi peluang listeriosis pada ikan asap dilakukan dengan menggunakan data sekunder. Pangan jajanan berbasis ikan yang ditemukan di lingkungan sekolah adalah siomay, otak-otak, batagor, satai olahan (bakso ikan, bakso udang, takoyaki, dan nuget ikan), masakan (ikan goreng dan udang goreng), pempek, dan bakso goreng. Responden lebih banyak mengonsumsi siomay dibandingkan pangan jajanan berbasis ikan lainnya yaitu 514/770 responden (66.7 %) dengan rata-rata konsumsi 33.4 g/hari. Berdasarkan pengelompokkan responden menjadi tiga kategori yaitu jenis kelamin (laki-laki dan perempuan), umur (5-13, 14-18, dan 19-50 tahun), dan uang saku ( Rp. 30000 dan ≥ Rp. 31000), juga diketahui bahwa siomay merupakan produk jajanan berbasis ikan yang banyak dikonsumsi oleh responden. Besaran rata-rata konsumsi harian siomay oleh responden laki-laki dan perempuan adalah 37.7 dan 30.9 g/hari. Kemudian, besaran rata-rata konsumsi harian siomay responden berdasarkan umur (5-13, 14-18, dan 19-50 tahun) adalah 32.2, 32.9, dan 41.8 g/hari. Berikutnya dari pengelompokan responden berdasarkan uang saku ( Rp. 30000 dan ≥ Rp. 31000), diketahui besaran konsumsi harian siomay masing-masingnya adalah 33.4 dan 34.0 g/hari. Berdasarkan identifikasi Listeria spp. secara biokimiawi maupun deteksi secara PCR, L. monocytogenes tidak terdeteksi pada 65 sampel pangan jajanan berbasis ikan. L. grayi dan L. innocua terdeteksi dengan prevalensi yang rendah yaitu 6.2 dan 3.1 %. Besaran limit deteksi yang diperoleh dari pengujian L. monocytogenes dengan rt-PCR yang di spike ke sampel bakso ikan bakar dan otak-otak, masing-masing sebesar 8.3x102 dan 2.9x102 CFU/g. Berdasarkan data literatur sampel ikan asap dengan cemaran ≥102-103 CFU/g dan prevalensi cemaran pada level tersebut sebesar 0.8 %, maka dapat dihitung peluang listeriosis akibat cemaran tersebut. Besaran peluang sakit adalah 0.0000022, artinya satu porsi dari 454 545 porsi ikan asap yang disajikan memiliki peluang menyebabkan satu kasus listeriosis.
Keyword: Jajanan berbasis ikan, listeriosis, L. monocytogenes, PCR

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: