Judul: Comparison of Salmonella spp and Campylobacter jejuni Primer Analysis and Interpretation by Utilizing BLAST and MEGA Apps
Abstrak: Salmonella spp memiliki gen invansi yang merupakan gen penyebab beberapa penyakit pada inang. Gen invansi ditemukan pada lebih dari 2000 serovar Salmonella sehingga, dapat digunakan untuk mendeteksi keberadaan spesies Salmonella sampai tingkat genus. Campylobacter jejuni dan Campylobacter coli merupakan agen yang paling banyak menyebabkan kasus infeksi saluran pencernaan yaitu campylobacteriosis pada manusia. Gen 16S rRNA digunakan untuk mendeteksi keberadaan spesies Campylobacter karena, gen ini mampu mengidentifikasi organisme berdasarkan strukturnya yang khas. Pengujian menggunakan metode Polymerase Chain Reaction diawali dengan analisis secara in silico untuk menentukan spesifisitas primer terhadap target gen. Primer yang dianalisis untuk target gen invA Salmonella spp sebanyak 8 pasang dan primer untuk target gen 16S rRNA Campylobacter sp sebanyak 4 pasang. Analisis secara in silico dilakukan menggunakan dua aplikasi yaitu Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) dan Molecular Evolutionary Genatics Analysis (MEGA). Tujuan analisis yang dilakukan adalah untuk membandingkan hasil analisis primer menggunakan kedua aplikasi dan menentukan primer yang spesifik untuk target gen invA dan gen 16S rRNA. Pasangan primer S139 dan S141 spesifik untuk target gen invA dari Salmonella spp berdasarkan analisis menggunakan Nucleotide-BLAST dan MEGA. Pasangan primer ST11 dan ST15 spesifik dengan target gen invA berdasarkan analisis menggunakan Primer-BLAST. Hasil analisis primer untuk target gen 16S rRNA Campylobacter jejuni pasangan primer CjF dan CjR spesifik berdasarkan hasil analisis menggunakan aplikasi BLAST dan MEGA.
Keyword: invA gene, 16S rRNA gene, BLAST, MEGA

Judul: Study of Genetics Tools on NCBI Website and The Applications for Moleculer Research
Abstrak: Website NCBI (National Center for Biotechnology Information) memiliki program tools analyze yang berisi subtools yang dapat digunakan dalam berbagai analisis molekuler. Tujuan penelitian ini adalah menyediakan informasi aplikasi 2 tools analyze NCBI pada penelitian molekuler dan menyediakan informasi aplikasi BLAST NCBI pada penelitian molekuler bakteri Salmonella spp. Tahapan penelitian dilakukan dengan dua tahapan, tahapan 1 melakukan ulasan sistematik aplikasi tool analyze genome pada penelitian molekuler dan tahapan 2 melakukan ulasan sistematik aplikasi BLAST pada penelitian molekuler bakteri Salmonella spp. Pada tahapan 1 dilakukan seleksi tools analyze genome untuk diulas berdasarkan jumlah terbanyak pencarian publikasi pada mesin pencarian jurnal PubMed dan Google Scholar, kemudian diperoleh dua tool dengan publikasi terbanyak berdasarkan keywords yang ditentukan yaitu Genome Data Viewer dan BLAST. Pada tahap 1 dan tahap 2 ulasan sistematik dilakukan dengan menggunakan metode PSALSAR (The Protocol, Search, Appraisal, Synthesis, Analysis and Reporting) framework yaitu (1) pencarian artikel dilakukan pada mesin pencari jurnal (PubMed dan Google Scholar) dengan penentuan kriteria artikel menggunakan metode PICO (Problem/population, Intervention, Comparation, Outcome), dan penyeleksian artikel dengan menggunakan metode PRISMA (Preferred Reporting Items for Systematic Review and Meta-analysis), kemudian dilakukan ekstraksi data yang relevan pada artikel terpilih untuk mendapatkan informasi yang dibutuhkan, setelah itu dilakukan evaluasi terhadap data yang diekstraksi untuk kemudian didapatkan informasi dan menjawab permasalahan, serta memberikan saran terkait penelitian selanjutnya. Pada tahapan 1 didapatkan fungsi Genome Data Viewer yaitu menyajikan informasi detail dari assembly eukariot seperti lokasi gen, nama assembly, link pencarian genom dengan BLAST genomes, RefSeq accession, GenBank accession. GDV yang dapat digunakan pada penelitian molekuler pangan adalah untuk membantu mengidentifikasi dan mengamati letak conserved domain pada eukariot seperti yeast dan mold dengan mengidentifikasi letak gen yang berdekatan (adjacent genes) pada berbagai eukariot. Pada tahapan 2 hasil penelitian terseleksi 30 artikel yang masuk dalam kriteria. Fungsi BLAST diaplikasikan pada 4 fungsi yaitu: (1) mengidentifikasi sekuen, (2) menemukan DNA target dengan efisien, (3) menyimpulkan fungsi gen dan menduga domain architecture dari struktur proteinnya, serta (4) merancang primer. BLAST NCBI yang digunakan adalah blastn, blastp serta Primer-BLAST. Aplikasi tersebut dapat digunakan dengan memperhatikan parameter penting pada empat fungsi tersebut
Keyword: BLAST, Blastn, Blastp, Genome Data Viewer, NCBI, Primer-BLAST, Salmonella

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: