Judul: Perbandingan Similarity Kernel untuk Prediksi Interaksi Senyawa-Protein
Abstrak: Tantangan dalam bidang kesehatan semakin meningkat. Munculnya berbagai jenis penyakit seperti kanker, diabetes dan beberapa penyakit menular, membutuhkan obat-obatan inovatif. Interaksi senyawa protein sangat penting dalam penelitian obat, akan tetapi jumlah data interaksi senyawa-protein yang sudah diketahui masih sangat terbatas. Penelitian ini bertujuan untuk membandingan beberapa similarity kernel, antara lainKernel Tanimoto, kernel Minmax, dan kernel SIMCOMP untuk mengukur nilai kemiripan antar senyawa. Selain itu, dilakukan perbandingan kernel untuk mengukur kemiripan antar protein, antara lain kernel Spectrum, kernel Mismatch, dan kernel Smith Waterman Pengukuran kemiripan senyawa dan protein ini diperlukan untuk memprediksi interaksi senyawa-protein dengan menggunakan klasifikasi Bipartite Local Model Network Interaction-profile Infering (BLMNII). Proses evaluasi dilakukan dengan melakukan uji Area Under Precision Recall (AUPR). Hasil evaluasi menunjukkan bahwa model yang dihasilkan memiliki nilai AUPR sebesar 0.904 – 0.957.
Keyword: AUPR, BLMNII, kernel, Similarity, Senyawa, Protein

Judul: Prediction of Interactions in Bipartite Compounds and Proteins on Imbalanced Data
Abstrak: Identifikasi interaksi senyawa-protein merupakan salah satu komponen penting pada Drug-Target Analysis dalam pengembangan obat-obatan. BleakleyYamanishi menemukan algoritme Bipartite Local Model (BLM) yang memiliki hasil performa prediksi interaksi senyawa-protein dengan sangat baik. Selanjutnya, Kurnia menerapkan algoritme Bipartite Local Model - Neighbor Interaction-profile Inferring (BLM-NII) untuk memprediksi interaksi senyawa-protein pada Indonesia jamu herbs (Ijah) analytics. Penerapan konsep Network–based Interaction–profile Infering (NII) memungkinkan BLM untuk melakukan prediksi pada kondisi senyawa atau protein yang tidak memiliki data interaksi. Hasil prediksi interaksi senyawa-protein pada penelitian Bleakley-Yamanishi dan Kurnia ditemukan bahwa jumlah data yang tidak berinteraksi jauh lebih banyak daripada jumlah data senyawa-protein yang memiliki interaksi (imbalanced class). Permasalahan tersebut menyebabkan prediksi interaksi senyawa-protein yang dihasilkan bias menuju kelas mayoritas (tidak berinteraksi). Selain itu tidak banyak penelitian tentang prediksi interaksi senyawa-protein yang membandingkan beberapa teknik sampling data untuk menangani permasalahan imbalanced class. Oleh karena itu, penelitian ini membandingkan performa prediksi interaksi senyawa-protein dengan beberapa teknik sampling data, yaitu Random Oversampling (ROS), Random Under-sampling (RUS), Combination of Over-undersampling (COUS), Synthetic Minority Oversampling Technique (SMOTE), dan Tomek Link (T-Link). Teknik tersebut diimplementasikan pada jaringan interaksi senyawa-protein yang telah diketahui dengan dataset Nuclear Receptor dan Gprotein-coupled Receptor (GPCR), serta pada jaringan interaksi yang belum diketahui dengan dataset Ijah. Performa prediksi setiap teknik sampling data dievaluasi menggunakan nilai Area Under Curve (AUC) dan kurva Receiver Operating Characteristic (Kurva ROC). Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa prediksi interaksi senyawa protein dengan teknik sampling data SMOTE memiliki nilai AUC dan kurva ROC yang paling optimal pada ketiga dataset yang digunakan. Peningkatan nilai AUC pada data imbalanced yaitu sebesar 7.19% pada dataset Nuclear Receptor, 21.37% pada dataset GPCR, dan sebanyak 7.96% pada dataset Ijah.
Keyword: 

Judul: Konsep Taman Rumah Adat Bagas Godang Berbasis Budaya Mandailing, Kabupaten Mandailing Natal, Sumatera Utara.
Abstrak: Kekayaan suatu bangsa tidak terbatas pada kekayaan sumber daya alamnya akan tetapi juga kekayaan budayanya. Taman rumah tradisional merupakan salah satu kekayaan budaya di Indonesia yang dapat menjadi identitas dari suatu budaya tersebut. Budaya Mandailing sudah dikenal sejak abad ke-14 M. Hal tersebut dibuktikan dengan penyebutan nama Mandailing di kitab Negara Kertagama, karangan Mpu Prapanca. Budaya Mandailing awalnya banyak dipengaruhi oleh kepercayaan animisme dan dinamisme yang disebut sipelebegu. Kemudian perkembangan selanjutnya budaya Mandailing bersinggungan dengan Hindu- Budha. Akan tetapi Islam membawa pengaruh yang sangat besar terhadap budaya Mandailing. Hal tersebut dibuktikan dengan adanya filosofi hombar do adat dohot ibadat yaitu adat tidak boleh bertentangan dengan agama. Dalihan Natolu merupakan konsep kekerabatan yang banyak mempengaruhi nilai-nilai kehidupan masyarakat Mandailing. Konsep Dalihan Natolu menjadi konsep dasar yang mempengaruhi pola permukiman adat Mandailing. Dalihan Natolu terdiri dari mora, anak boru, dan kahanggi. Hubungan antara ketiga komponen ini menentukan jarak antar rumah di permukiman adat. Suatu permukiman terdapat Rumah tinggal yang merupakan landmark dari berdirinya suatu permukiman. Rumah tinggal ini disebut Bagas Godang. Bagas Godang bagi masyarakat Mandailing bukan hanya sebagai rumah tinggal seorang raja atau tunggani huta. Godang bermakna sebagai rumah bagi seluruh marga di huta adat tersebut. Bagi masyarakat Mandailing raja tidak hanya berperan sebagai penguasa huta adat, akan tetapi mereka adalah orang yang dituakan yang dapat menyelesaikan berbagai masalah di permukiman adat tersebut. Komplek Bagas Godang terdiri dari Bagas Godang atau kediaman raja, Sopo Godang yaitu tempat peyimpanan instrument alat music dan musyawarah, serta biasanya memiliki Sopo Eme atau lumbung padi, serta Alaman Bolak Selangseutang merupakan halaman.
Keyword: Bagas Godang, taman vernakuler, desain taman, taman tradisional, rumah tinggal