Judul: Microbial Community Composition of Coral Acropora pulchra at Reef Flat in North Coast of Madura
Abstrak: Terumbu karang merupakan ekosistem dengan keanekaragaman paling tinggi di lautan dan memiliki peranan penting karena menyediakan layanan dan jasa bagi ekosistem. Struktur terumbu karang yang masif dan kompleks dibangun oleh anggota karang keras ordo Scleractinian berupa kumpulan hewan kecil yang disebut polip. Hewan karang ini berinteraksi dengan alga endosimbion dari genus Symbiodinium dan himpunan lain mikroorganisme termasuk bakteri, archaea, fungi, protista, dan virus yang kemudian disebut microbiome. Interaksi biologis antara hewan karang dan himpunan mikroorganismenya telah dipelajari atas peranannya dalam mendukung kesejahteraan karang. Komunitas mikroba memainkan peranan penting dalam menjaga kesehatan karang dan berpartisipasi dalam berbagai fungsi fisiologis misalnya, siklus hara, proteksi terhadap patogen dan membersihkan racun, serta memberi respon adaptasi perubahan iklim. Zona rataan terumbu merupakan daerah perairan dangkal dari bagian ekosistem terumbu. Karang keras yang mendiami zona ini akan terekspos pada kondisi lingkungan yang fluktuatif seperti intensitas cahaya, suhu, pH, dan ketersediaan unsur hara. Dalam kondisi ini karang akan beradaptasi untuk bertahan hidup dengan membentuk komunitas mikroba yang unik dibandingkan komunitas mikroba air laut yang hidup planktonik di sekitar karang. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan untuk mengetahui bagaimana komposisi mikroba karang dan perairan di rataan terumbu yang cenderung mengalami paparan kondisi lingkungan yang fluktuatif. Penelitian ini dilakukan pada bulan November 2020 di pesisir utara Pulau Madura. Suhu dan intensitas cahaya direkam menggunakan Hobo pendant MX2202 selama sepekan. Sampel terdiri dari sampel Terendam, yaitu sampel dari jaringan karang Acropora pulchra yang selalu berada di dalam kolom perairan, sampel Permukaan, yaitu sampel dari jaringan karang A. pulchra yang muncul ke permukaan saat waktu surut, dan sampel Air Laut dari perairan sekitar terumbu karang. Sampel jaringan karang dan membran filtrasi air laut diekstraksi menggunakan DNeasy Blood and Tissue Kit dan urutan 16S rRNA daerah V4 dianalisis dalam mesin Illumina HiSeq2500. Analisis data dilakukan menggunakan software QIIME2 dan divisualisasikan menggunakan software R. Analisis statistik dilakukan menggunakan perhitungan kekayaan Chao1 dan ACE (Abundance-based Coverage Estimator), perhitungan keanekaragaman Shannon-Wiener (H’) dan Simpson (D), dan plot PCoA dengan uji PERMANOVA. Dari penelitian ini diperoleh pengukuran suhu dan intensitas cahaya perairan rataan terumbu selama sepekan dan keanekaragaman alfa-beta komunitas mikroba karang dan perairan sekitarnya. Suhu air laut pemanasan di siang hari dengan rentang perbedaan sebesar ~2°C sedangkan pendinginan di malam hari dengan rentang perbedaan sebesar ~1,5°C. Suhu tertinggi yang terekam adalah 33,64°C dan terendah adalah 26,16°C. Analisis data hasil sekuensing diperoleh sebanyak 9.309 OTU (Operational Taxonomic Unit). Hasil uji signifikansi Wilcoxon secara berpasangan pada indeks kekayaan Chao1 dan ACE, indeks keanekaragaman Shannon-Wiener (H’) dan Simpson (D) menunjukkan tidak adanya perbedaan signifikan pada ketiganya. Diagram batang tingkat famili menunjukkan kelimpahan relatif dari kelompok mikroba yang berbeda. Famili Pseudomonadaceae, Moraxellaceae, dan Burkholderiaceae dominan pada sampel karang sedangkan Nitrososphaeraceae dan Rhodobacteraceae dominan pada sampel perairan. Sedangkan, hasil plot PCoA dengan jarak Bray-Curtis menunjukkan pengelompokan antara sampel karang dan perairan sekitar dalam plot ordinat dengan hasil uji signifikansi PERMANOVA p<0,05. Kelimpahan genus mikroba ditampilkan dalam cluster heatmap yang menunjukkan genus dari filum Proteobacteria mendominasi sampel karang sedangkan genus pada sampel air laut lebih beragam dari filum Proteobacteria, Actinobacteria dan Acidobacteria. Endozoicomonas, Herbaspirillum, Stenotropomonas, Pseudomonas dan Ralstonia adalah genera yang lebih melimpah
Keyword: coral bacteria, intertidal reef, diversity of coral microbes, nextgeneration sequencing

Judul: Relationship between Symbiodiniaceae and Coral Reef Characteristics Based on Environmental DNA in Lombok Island Waters
Abstrak: Symbiodiniaceae merupakan biota asosiasi karang penting dan berkontribusi dalam kesehatan ekosistem terumbu karang. Sebagai endosimbion karang, Symbiodiniaceae menyediakan energi, menyerap sisa metabolit, dan membantu pertumbuhan karang. Hingga saat ini, dikenali 11 genera resmi dalam famili Symbiodiniaceae dan masih terdapat lima klade mewakili genera yang belum terdeskripsi secara formal. Karena itu, memahami keragaman Symbiodiniaceae dalam ekosistem karang menjadi penting dan diduga, Symbiodinaiaceae dapat menjadi indikator kondisi terumbu karang. Namun, informasi Keragaman Symbiodiniaceae di Indonesia masih sedikit. Lagipula, identifikasi Symbiodiniaceae tidak mudah, terlebih bila memerlukan pengambilan dan pengisolasian dari banyak lokasi dan inang. DNA lingkungan (eDNA) adalah materi genetika yang terlepas ke lingkungan, dapat digunakan untuk menilai potensi keragaman Symbiodiniaceae secara non destruktif, cepat, relatif luas, efisien, dan efektif. Melalui pendekatan survei eDNA, penelitian mengkaji keragaman hayati dan karakteristik komunitas Symbiodiniaceae, menelaah hubungan antara keragaman Symbiodiniaceae dan karakteristik terumbu karang dan menganalisa nilai indikator dan preferensi komunitas Symbiodiniaceae pada pengelompokan karateristik terumbu karang lokasi tertentu di Perairan Lombok. Pengambilan sampel eDNA dan pengamatan kondisi bentik karang dilakukan di zona inti, di luar zona inti, dan luar kawasan konservasi Perairan Lombok Barat, Utara, dan Timur. Materi eDNA dalam sampel air laut dan sedimen yang tersaring di kertas saring pada fraksi ukuran pori-pori 12 µm (fraksi >12 µm) dan 0,4 µm (fraksi 0,4-12 µm), diekstraksi dan diamplifikasi DNA-nya dengan primer gen V9-SSU 18S rRNA, kemudian disekuensing melalui platform MiSeq-Ilumina. Analisis bioinformatika melalui platform Qiime2 dilakukan untuk memperoleh amplicon sequence variants (ASV), identifikasi Symbiodiniaceae setelah mengindentifikasi eukaryota laut terlebih dahulu, dan analisis filogenetika. Pengamatan kondisi bentik karang dilakukan dengan metode point intercept transect (PIT) untuk menentukan kondisi tutupan kategori bentik, tingkat rugositas karang, tingkat tutupan bentuk karang hidup, indeks kematian karang (IKK), genera karang, dan keterwakilan genera karang. Dilakukan analisis statistik untuk analisis perbandingan sebaran dan komposisi kelimpahan, keragaman alfa dan beta, kluster, indikator dan preferensi komunitas Symbiodiniaceae terhadap kondisi terumbu karang di Perairan Lombok. Penelitian memperoleh 2.737.734 sekuens yang terdiri atas 20.478 ASV sebagai wakil individu. Identifikasi eukaryota laut mengungkap lima kingdom dengan komposisi Chromista (35%), Animalia (32%), Fungi (3%), Plantae (2%), dan Protozoa (2%), dengan 43,34 % total ASV tidak terindentifikasi sama sekali. Keragaman alfa (Shannon H’) eukaryota berkisar {minimum-maksimum (median)} antara 4,90-9,59 (7,63). Faktor alam terkait media habitat lebih mempengaruhi keragaman alfa eukaryota daripada faktor geografi skala lokal dan zonasi konservasi perairan. Aspek teknis terkait media sumber dan pembagian fraksi sampel menentukan perolehan eDNA eukaryota. Keragaman beta (Bray-Curtis) komunitas eukaryota berkisar {minimum-maksimum (median)} antara 0,72-0,99 (0,92). Terdapat perbedaan signifikans antar lokasi, media dan fraksi namun faktor manajemen terkait penetapan zonasi konservasi tidak mempengaruhi variasi heterogenitas komunitas eukaryota. Penelitian berhasil mendeteksi dan mengidentifikasi 16 wakil individu Symbiodiniaceae yang terdiri atas enam genera (subklade): Symbiodinium (A.sym21), Breviolum (B.sym18), Cladocopium (C.sym1, C.sym5, C.sym7, C.sym8, C.sym10, C.sym15, C.sym16, and C.sym17), Durusdinium (D1.sym2, D1.sym6, D1.sym19, and D1.sym22), Klade G Foraminifera (G2.sym4), dan Halluxium (H.Sym12). Komposisi dominan pada Cladocopium (71%), disusul Durusdinium (18,2%), dan Klade G Foraminifera (8,4%). Komunitas Symbiodiniaceae mencirikan keragaman alfa rendah dan keragaman beta tinggi, namun tidak memperlihatkan perbedaan secara nyata antar lokasi, zona, media, maupun fraksi. Sejauh diketahui, studi eDNA Symbiodiniaceae belum pernah dilakukan di kawasan
Keyword: Bioindikator, DNA lingkungan, Ekosistem terumbu karang, Keragaman hayati laut, Symbiodiniaceae, Endosimbion, Eukaryota, Filogenetika, Metabarkoding

Judul: Formulasi TSP (Traveling Salesman Problem) menggunakan ILP (Integer Linear Programming)
Abstrak: TSP is a journey of salesman f?om his origin town (place) to visit n-cities (places) only at once, then return to his origin town (place) with a minimum total distance. Its purpose is to minimize the operating expense that is released by the company. Vehicle route at TSP in the form of a Hamiltonian cycle, that is closed path containing all nodes at the graph which representing a network walk. Its problem is to determine a journey route which is feasible (possibly can be passed by) in such a way the vehicle travelled distance passed the route is minimum.
Keyword: