Judul: Pemrosesan Ulang Struktur Kristal Transporter Ekstrusi Senyawa Beracun dan Multi-Obat (ESBM) Neisseria gonorrhoeae Menggunakan AlphaFold2 sebagai Model Dasar Molecular Replacement
Abstrak: Transporter ekstrusi senyawa beracun dan multi-obat (ESBM) berkontribusi dalam resistensi antibiotik bakteri Neisseria. Struktur transporter tersebut dengan kualitas yang baik diperlukan untuk memahami struktur dan mengatasi resistensi antibiotik akibat transporter tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk memperbaiki struktur kristal transporter ESBM dan monobodi pada database menggunakan struktur prediksi AlphaFold2 sebagai search model untuk molecular replacement (MR). Sekuens transporter ESBM dan monobodi dijalankan melalui ColabFold lalu struktur prediksi terbaik digunakan pada proses MR dan proses refinement. Hasil penelitian menunjukkan struktur prediksi terbaik memiliki nilai kepercayaan residu dan interface masing-masing sebesar 66,0 dan 0,380 yang berarti AlphaFold2 belum mampu menghasilkan prediksi yang baik untuk kedua struktur. Proses MR menghasilkan struktur solusi yang sama dengan database namun analisis simetri menunjukkan terdapat dua kemungkinan pose yang berbeda. Proses refinement yang dilakukan terhadap struktur solusi MR menghasilkan struktur yang secara keseluruhan memiliki kualitas yang sama dengan struktur database., Multidrug and Toxic Compound Extrusion (MATE) transporter contributes to antibiotic resistance in Neisseria. A high-quality structure is quintessential to understand the structure and tackle antibiotic resistance caused by said transporter. This research aimed to enhance the crystal structure of MATE transporter and monobody available in database by using AlphaFold2-predicted structure as a search model for molecular replacement (MR). Sequence of MATE transporter and monobody has been run through ColabFold and the best predicted structure is chosen for subsequent MR and refinement process. The results showed that the best predicted models has residue and interface confidence scores of 66,0 and 0,380 respectively. These results indicate that AlphaFold2 has not yet achieved correct predictions for both structures. Although the solution structure from the MR method is identical to that from the database, symmetry analysis reveals that there are two potential alternative poses. The refinement process applied to the MR solution results in the same overall quality as the database structure.
Keyword: AlphaFold2, MATE transporter, Molecular replacement, Refinement, X-ray crystallography

Judul: Reprocessing of Multi-drug and Toxic Compound Extrusion (MATE) from Halalkalibacterium halodurans C-125
Abstrak: Transporter ekstrusi senyawa beracun dan multi-obat (ESBM) diketahui ikut berkontribusi dalam munculnya resistensi antibiotik pada bakteri Halalkalibacterium halodurans. Struktur transporter pada pangkalan data perlu mengalami perbaikan untuk menunjang penelitian resistensi antibiotik akibat ESBM. Penelitian ini bertujuan meningkatkan kualitas struktur tiga dimensi protein ESBM H. halodurans C-125 (PDB Id 5c6o) menggunakan teknik molecular replacement dengan basis struktur hasil pemodelan AlphaFold2 yang diikuti proses refinement. Struktur hasil pemodelan AlphaFold2 menunjukkan tingkat kepercayaan yang tinggi, ditunjukan dari nilai plDDT 89,7 dan pTM 0,874. Struktur AlphaFold2 digunakan sebagai basis molecular replacement menghasilkan nilai top LLG sebesar 407,61 dan top TFZ sebesar 18. Hasil refinement menunjukkan kualitas yang cukup buruk, beberapa parameter mengalami penurunan dan adanya tanda overfitting dari selisih Rworks dan Rfree. Meskipun demikian, beberapa parameter kualitas mengalami peningkatan, sehingga penelitian cukup berpotensi untuk dapat dilanjutkan melalui penggunaan fungsi lanjutan, seperti RefMac CCP4., Multidrug and toxic compound extrusion (MATE) transporter known to have played a part in the emergence of antibiotic resistance from Halalkalibacterium halodurans bacteria. Research related to antibiotic resistance due to MATE can be supported by improving the structure of transporters in the database. This study aimed to improve the quality of the three-dimensional structure of the MATE protein from H. halodurans C-125 (PDB Id 5c6o) using molecular replacement techniques based on the AlphaFold2 modeling structure followed by a refinement process. The AlphaFold2 modeling structure showed high level of confidence, indicated by a value of 89.7 for plDDT and 0.874 for pTM. The AlphaFold2 structure used as the basis for molecular replacement produced top LLG value of 407.61 and a top TFZ of 18. The refinement results showed poor qualities, some parameters decreased and there were signs of overfitting from the difference between Rworks and Rfree. However, there were several quality parameters that increased, so the research has the potential to be continued through the use of advanced functions, such as RefMac CCP4.
Keyword: refinement, AlphaFold2, kristalografi X-ray, molecular replacement, transporter ESBM

Judul: Perencanan Lanskap Sunda Kalapa, Jakarta Utara Sebagai Kawasan W isata Sejarah
Abstrak: Perkembangan kota Jakarta dari waktu ke waktu sangatlah cepat, sehingga menyebabkan kota-kota tua banyak yang tergusur untuk dijadikan daerah baru yang lebih modern. Apabila hal tersebut tidak ditanggulangi secara dini maka keberadaan Kota Lama Jakarta akan hilang. Hal inilah yang melatar belakang untuk dilakukan tindakan perlindungan dan revitalisasi kawasan bersejarah Sunda Kalapa.
Keyword: