Judul: Tree sorrel (Averrhoa bilimbi L) Potential in Inhibiting RBD SARS-CoV-2 Interaction with ACE2 through Molecular Docking
Abstrak: Sejak akhir tahun 2019, dunia digemparkan dengan keberadaan strain baru dari virus corona yang diberi nama SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2). Angka infeksi yang terus meningkat menunjukkan bahwa virus SARS-CoV-2 harus ditangani secara serius agar wabah virus ini segera berakhir. Salah satu tindakan yang dapat dilakukan ialah mencari obat herbal yang berpotensi menghambat infeksi virus SARS-CoV–2. Penelitian ini bertujuan menguji potensi senyawa aktif buah belimbing wuluh dalam menghalangi pengikatan virus SARS-CoV-2 dengan reseptor ACE2 pada manusia. Metode yang digunakan dalam penelitian ini ialah penapisan virtual, analisis farmakokinetik dan toksisitas, penambatan molekuler menggunakan Autodock Vina serta visualisasi 2D. Hasil penambatan molekuler menunjukkan bahwa Hydrazinecarboxamide, 2-(2-methylcyclohexylidene) merupakan ligan uji yang memiliki potensi terbaik berdasarkan energi afinitas, interaksi pengikatan, farmakokinetik, dan toksisitas., Since the end of 2019, the world has been shaken by the presence of a new strain of the coronavirus which is named the SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2). Increase infections of SARS-CoV-2 shows that virus must be taken seriously so that this virus outbreak will end soon. One action that can be taken is to look for herbal remedies that have the potential to inhibit infection with the SARS-CoV-2 virus. This study aims to examine the potential of the active compounds of tree sorrel in blocking the binding of the SARS-CoV-2 virus with the ACE2 receptor in humans. The methods used in this study were virtual screening, pharmacokinetic and toxicity analysis, molecular docking used Autodock Vina and 2D visualization. The molecular docking results showed that Hydrazinecarboxamide, 2-(2-methylcyclohexylidene) had the best potential based on its afinity energy, binding interactions, and toxicity.
Keyword: ACE2, COVID-19, In silico, tree sorrel

Judul: Virtual Screening of Flavonoid Compounds of Indonesian  Medicinal Plants as SARS-CoV-2 Spike Protein Inhibitors of Indonesian Patients
Abstrak: COVID-19 merupakan penyakit yang disebabkan oleh virus SARS-CoV-2. SARS-CoV-2 memiliki kemiripan dengan virus SARS-CoV dan MERS-CoV. Protein spike, terutama pada bagian receptor-binding domain (RBD) merupakan perantara utama pelekatan virus pada reseptor ACE2 sel inang. Senyawa flavonoid dari tanaman obat diduga berpotensi menghambat infeksi SARS-CoV-2. Penelitian ini bertujuan menapis 308 senyawa flavonoid tanaman obat dari data bank molekul virtual yang memiliki potensi terbaik dalam menginhibisi RBD-Spike (EPI_ISL_576383) menggunakan metode virtual screening melalui analisis energi pengikatan (∆G), konstanta inhibisi (Ki), dan interaksi yang terbentuk berdasarkan farmakokinetik dan toksisitas. Diperoleh 3 senyawa terbaik dalam menginhibisi RBD-Spike yang diprediksi dapat menjadi obat COVID-19. Sophoraisoflavone A, catechin 3-gallate, dan 6,8-diprenylgenistein dapat menghambat RBD-Spike dengan berikatan pada residu asam amino yang menjadi kunci residu RBD-Spike. Sophoraisoflavone A memiliki ∆G -6.8 kkal/mol dengan Ki 10.23 µM, 6,8- diprenylgenistein memiliki ∆G -6.7 kkal/mol dengan Ki 12.11 µM, serta catechin 3-gallate memiliki ∆G -6.6 kkal/mol dengan Ki 14.34 µM., COVID-19 is a disease that cause by SARS-CoV-2. SARS-CoV-2 has similatities with the SARS-CoV and MERS-CoV. Spike protein, especially in the receptor-binding domain (RBD) mediates virus entry into host cells by binding to ACE2. Flavonoid compounds from medicinal plants were predicted to have the potential to inhibit SARS-CoV-2 infection. This research aims to screen 308 flavonoid compounds of medicinal plants from virtual molecule data banks that have the best potency as RBD-Spike (EPI_ISL_576383) inhibitor using virtual screening method through analysis of binding energy (∆G), inhibition constant (Ki), and interaction formed on the basis of pharmacokinetics and toxicity. There were 3 best compounds to inhibit RBD-Spike which were predicted as COVID-19 drugs. Sophoraisoflavone A, catechin 3-gallate, and 6,8-diprenylgenistein had the ability to inhibit RBD-Spike by binding to amino acid residues that were key residues of RBD-Spike. Sophoraisoflavone A had ∆G -6.8 kcal/mol with Ki 10.23 µM, 6,8- diprenylgenistein had ∆G -6.7 kcal/mol with Ki 12.11 µM, and catechin 3-gallate had ∆G -6.6 kcal/mol with Ki 14.34 µM.
Keyword: flavonoid, protein spike, RBD-Spike, SARS-CoV-2, virtual screening

Judul: Transisi Fasa Materi Hadronik ke Materi Kuark pada Inti Bintang Neutron.
Abstrak: Bintang neutron terdiri dari beberapa lapisan yang disusun oleh materi nuklir yang berbeda dengan kerapatan yang semakin tinggi ketika mendekati pusat bintang. Inti luar bintang neutron disusun oleh materi hadronik (nukleon, lepton, dan hyperon), sedangkan inti dalam bintang neutron disusun oleh kuark-kuark bebas (up, down, strange) yang saling berinteraksi. Tujuan penelitian ini adalah mempelajari bagaimana transisi dari inti luar ke inti dalam bintang neutron dengan menggunakan pendekatan RMF (Relativistic Mean Field) untuk materi hadronik dan CIDDM (Confined Isospin Density Dependent Mass) untuk materi kuark. Tekanan transisi diperoleh ketika potensial kimia barion materi hadronik dan materi kuark bernilai sama. Nilai tekanan transisi dengan parameter SU6-TM1 sekitar 87 MeV/fm3 dan diperoleh massa maksimum bintang neutron yaitu 1.92M dengan jari-jari sekitar 8.62 km. Nilai tekanan transisi dengan parameter SU6-G2 sekitar 53 MeV/fm3 dan massa maksimum bintang neutron yaitu 1.88M dengan jari-jari sekitar 8.16 km. Jenis transisi fasa adalah orde satu ditandai dengan diskontinuitas dalam kerapatan energi (adanya mixed phase). Parameter-parameter pada model nuklir yang digunakan menyebabkan perbedaan kekakuan persamaan keadaan (EOS) dari materi hadronik dan materi kuark sehingga nilai tekanan transisi dari fasa hadronik ke fasa kuark juga berbeda.
Keyword: bintang neutron, persamaan keadaan, transisi fasa