Judul: Deteksi dan kuantifikasi hamburbalik akustik sedimen tersuspensi dan zooplankton menggunakan instrumen Acoustic Doppler Current Profiler
Abstrak: Salah satu topik yang penting dikaji dalam ilmu hidroakustik adalah pendeteksian berbagai objek bawah air seperti sedimen tersuspensi, zooplankton, dan objek-objek lainnya. Karakterisasi tiap objek bawah air memiliki tantangan tersendiri khususnya pada objek yang berukuran kecil. Proses kuantifikasi sinyal akustik untuk objek berukuran kecil tersebut dapat dilakukan menggunakan instrumen hidroakustik frekuensi tinggi. Tujuan umum penelitian ini adalah mendeteksi dan mengkuantifikasi nilai hamburbalik dari sedimen tersuspensi dan zooplankton dengan instrumen Acoustic Doppler Current Profiler (ADCP) dan mengidentifikasi sinyal akustik yang diperoleh dari instrumen tersebut. Pada penelitian pendahuluan, estimasi konsentrasi sedimen tersuspensi dilakukan di perairan Selat Lembeh menggunakan ADCP tambat frekuensi 750 kHz dan ADCP bergerak frekuensi 307.2 kHz. Instrumen ADCP yang digunakan memiliki frekuensi yang berbeda untuk memberikan gambaran terkait respon sinyal suara dalam mendeteksi partikel sedimen tersuspensi di kolom perairan. Sampel air diambil setiap kedalaman dengan rentang 1 m saat kondisi pasang dan surut menggunakan botol van Dorn di lokasi dekat ADCP tambat diletakkan. Seluruh sampel air dianalisis secara gravimetri di laboratorium untuk mengetahui konsentrasi sedimen tersuspensi (mg l-1). Persamaan empiris dikembangkan dan dievaluasi untuk konversi data akustik intensitas gema menjadi konsentrasi sedimen tersuspensi menggunakan persamaan regresi linear sederhana. Persamaan regresi linear diperoleh dengan cara membandingkan konsentrasi sedimen tersuspensi dari analisis di laboratorium terhadap relative acoustic backscatter (RB) pada tiap kedalaman. Persamaan empiris yang didapat untuk ADCP tambat 750 kHz adalah y = 0.0435*RB + 1.4639 dengan r = 0.9346 dan ADCP bergerak 307.2 kHz adalah y = 0.0202*RB + 1.6121 dengan r = 0.9226. Estimasi konsentrasi sedimen tersuspensi dari instrumen ADCP berkisar antara 48 - 60 mg l-1. Penelitian tahap berikutnya adalah deteksi dan kuantifikasi untuk zooplankton. Selama ini penelitian zooplankton di Indonesia sangat bergantung pada cara konvensional yaitu pengambilan sampel menggunakan teknik netsampling dengan jaring. Keterbatasan ini dapat diatasi dengan mengkombinasikan teknik net-sampling dengan teknik hidroakustik menggunakan instrumen ADCP. Tujuan dari penelitian lanjutan ini adalah mengkuantifikasi nilai hamburbalik untuk pengamatan keberadaan zooplankton dan tingkah lakunya, dan karakterisasi sinyal akustik yang dihamburkan oleh individu zooplankton menggunakan model numerik distorted wave-Born approximation (DWBA). Nilai mean volume backscattering strength (MVBS) dari pemrosesan sinyal akustik ADCP difilter pada rentang -100 hingga -60 dB yang mengindikasikan nilai hamburbalik dari zooplankton dan ditemukan pada kedalaman 11.5-16 m sebagai sound scattering layer (SSL). Nilai MVBS pada kedalaman SSL memiliki pola turun dan naik setiap hari yang mengindikasikan tingkah laku migrasi vertikal harian. Pada siang hari, zooplankton cenderung berada di kedalaman yang lebih dalam yaitu 16 m, sedangkan pada malam hari zooplankton cenderung berada di kedalaman yang lebih dangkal yaitu 11.5 m. Migrasi vertikal ke perairan yang lebih dangkal terjadi sekitar 20 menit sebelum matahari terbenam pada pukul 17:43 dan bergerak kembali ke perairan yang lebih dalam pada saat matahari terbit pada pukul 5:37. Data deret waktu MVBS menampilkan perbedaan dari waktu ke waktu dan memiliki hubungan yang baik dengan siklus matahari. Hal ini berkaitan dengan penetrasi cahaya matahari yang menembus ke dalam kolom hingga dasar perairan. Kecepatan maksimum pergerakan vertikal ke atas dan bawah adalah 2.5 mm s-1. Hasil pengamatan juga menunjukkan bahwa terdapat kontribusi kondisi pasang surut harian yang mempengaruhi migrasi vertikal harian zooplankton. Sampel zooplankton
Keyword: acoustic Doppler current profiler (ADCP), artificial intelligence (AI), artificial neural network (ANN), distorted wave-Born approximation (DWBA), echo intensity, sedimen tersuspensi, mean volume backscattering strength (MVBS), migrasi vertikal harian, target strength (TS), zooplankton

Judul: Kuantifikasi dan Analisis Sedimen Tersuspensi Menggunakan Acoustic Doppler Current Profiler.
Abstrak: Perangkat Acoustic Doppler Current Profiler (ADCP), yang didesain untuk mengukur profil kecepatan air, telah banyak digunakan untuk pengukuran konsentrasi sedimen tersuspensi melalui nilai hamburbalik akustik. Tujuan penelitian ini adalah mengkuantifikasi intensitas akustik dari moored ADCP (ADCP tambat) dan mobile ADCP (ADCP bergerak) untuk digunakan dalam penentuan konsentrasi sedimen tersuspensi serta membandingkan hasil yang diperoleh dari metode ADCP tambat dan bergerak. Manfaat menggunakan ADCP tambat yaitu dapat menyediakan data deret waktu sedangkan ADCP bergerak menyediakan data sebaran SSC yang cukup baik. Pada penelitian ini, ADCP tambat dengan frekuensi 400 kHz dan 750 kHz diletakkan pada area yang berbeda. Digunakan juga metode lain menggunakan ADCP bergerak dengan frekuensi 307.2 kHz yang diletakkan di kapal dan bergerak pada jalur yang telah ditentukan. Frekuensi ADCP yang berbeda ini diharapkan dapat memberikan gambaran terkait respon sinyal suara dalam mendeteksi partikel sedimen tersuspensi di kolom peraian. Metode pemrosesan data yang dipakai dalam penelitian ini adalah kalibrasi metode inversi dan konversi nilai intensitas gema menjadi konsentrasi sedimen tersuspensi berdasarkan prinsip persamaan sonar. Penelitian ini kerja sama dari penelitian energi laut dengan fokus penelitian pengukuran arus laut di Selat Lembeh, Sulawesi Utara oleh Pusat Penelitian dan Pengembangan Geologi Laut Kementerian Energi dan Sumberdaya Mineral pada tahun 2016. Hasil penelitian menunjukkan bahwa nilai hamburbalik akustik relatif dari ADCP berkorelasi positif terhadap konsentrasi sedimen tersuspensi. Semakin tinggi nilai hamburbalik akustik relatif, maka konsentrasi sedimen tersuspensi semakin tinggi. Nilai slope dan intercept yang didapatkan dari proses kalibrasi metode inversi kemudian digunakan untuk mengestimasi konsentrasi sedimen tersuspensi. Pada penelitian ini ditemukan pengaruh pasang surut terhadap konsentrasi sedimen tersuspensi, walaupun tidak ditemukan bukti adanya hubungan antara SSC dengan amplitudo pasang surut bulanan. Konsentrasi sedimen tersuspensi meningkat pada saat surut dan menurun pada saat pasang. Pada ADCP tambat didapatkan konsentrasi sedimen tersuspensi bahwa konsentrasi tertinggi berada pada daerah dekat dasar perairan dengan konsentrasi ± 90 mg L-1. Pada ADCP bergerak hasil yang didapatkan yaitu konsentrasi tertinggi berada pada wilayah dekat pelabuhan yang disebabkan oleh masukan dari aktivitas di sekitar pelabuhan. Tidak terdapat perbedaan yang nyata antara hasil pengukuran di laboratorium dengan hasil pengukuran dengan ADCP, serta tidak ada perbedaan yang nyata juga antara hasil pengukuran dari ADCP tambat dan ADCP bergerak. Dari seluruh hasil analisis dapat disimpulkan bahwa kombinasi metode ADCP tambat dan bergerak menghasilkan data konsentrasi sedimen tersuspensi dengan resolusi spasial dan temporal yang cukup baik.
Keyword: ADCP Bergerak, ADCP Tambat, Intensitas Gema, Konsentrasi Sedimen Tersuspensi, Persamaan Sonar, Selat Lembeh

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA