Judul: Analisis Kestabilan Genetik Ramet Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.) Hasil Embriogenesis Somatik Menggunakan SSR
Abstrak: Perbanyakan klonal kelapa sawit secara in vitro dikembangkan dengan metode embriogenesis tidak langsung melalui pembentukan kalus dan proliferasi embrioid. Proliferasi embrioid diinduksi melalui subkultur berulang. Proses ini berpotensi menimbulkan terjadinya variasi somaklonal pada ramet-ramet yang dihasilkan yang menyebabkan ramet tidak identik secara genetik, sehingga fenotipe beragam dan berpengaruh terhadap produktivitas. Oleh sebab itu, perlu adanya jaminan bahwa ramet-ramet yang dihasilkan identik dengan ortetnya. Variasi somaklonal dapat dideteksi lebih awal melalui analisis kemiripan genetik menggunakan marka Simple Sequence Repeat (SSR). Sampel DNA dari delapan ortet dengan 60 ramet per ortet diekstraksi menggunakan metode Kit Nucleospin Plant IITM. Enam puluh ramet dipilih secara acak untuk mewakili setiap ortet, yang terdiri dari 20 ramet dari setiap periode subkultur embrioid yang dianalisis (subkultur ke-8, ke-11 dan ke-14). Amplifikasi DNA dilakukan menggunakan 16 pasang primer SSR melalui 35 siklus reaksi PCR (Polymerase Chain Reaction). Hasil amplifikasi diseparasi menggunakan QIAxcel system. Pita-pita DNA hasil separasi kemudian diubah menjadi data kodominan maupun data biner sesuai format perangkat lunak yang digunakan (PowerMarker dan NTSys), untuk menganalisis polimorfisme setiap perimer dan kemiripan genetik ramet-ramet dengan ortetnya. Proliferasi embrioid berhasil diinduksi melalui subkultur berulang sebanyak 18 kali, pada media yang sesuai dengan protokol produksi. Frekuensi proliferasi embrioid selama 18 kali subkultur mengikuti kurva perumbuhan sigmoid yang terdiri dari lima fase, yaitu fase lag (subkultur 1-2), fase exponential (subkultur 2-5), fase linear (subkultur 5-8), fase deceleration (subkultur 8-11) dan fase stationary (subkultur 12- 18). Frekuensi proliferasi embrioid tertinggi diperoleh pada akhir fase deceleration atau awal fase stationary (subkultur ke-11). Analisis polimorfisme menunjukkan sembilan dari 16 primer SSR bersifat polimorfik dan informatif, yaitu mEgCIR0059, mEgCIR3869, mEgCIR2387, mEgCIR2414, mEgCIR3639, mEgCIR0192, mEgCIR2569, mEgCIR3683 dan mEgCIR2224. Primer mEgCIR2569 mempunyai nilai PIC tertinggi (0.8), sehingga lokus SSR dari primer ini dapat dijadikan kandidat marka terbaik dalam mendeteksi variasi genetik pada populasi ramet yang diuji. Penelitian ini menunjukkan bahwa kestabilan genetik ramet dipengaruhi oleh genotipe ortet. Analisis kemiripan genetik menunjukkan bahwa ortet 399 dan 412 menghasilkan sebanyak 100 % ramet yang bersifat identik dengan ortetnya hingga subkultur ke-14. Ortet 398 dan 367 menghasilkan sebanyak 90-100 % ramet yang bersifat identik dengan ortetnya dari setiap periode subkultur. Seluruh ramet dari ortet 398 dan 367 yang tidak bersifat identik mempunyai kemiripan genetik 71-78 % dengan ortetnya masing-masing. Ortet 340 menghasilkan ramet yang bersifat identik dengan ortetnya sebanyak 95 % ramet dari subkultur ke-8 dan ke-14, dan 0 (nol) % dari subkultur ke-11. Seluruh ramet dari ortet 340 yang tidak bersifat identik mempunyai kemiripan genetik 91 % dengan ortetnya. Ortet 356, 369 dan 395 ii menghasilkan sebanyak 15-100 % ramet yang bersifat identik dengan ortetnya dari setiap periode subkultur. Seluruh ramet dari ortet 356, 369 dan 395 yang tidak bersifat identik mempunyai kemiripan genetik 69-97 % dengan ortetnya masingmasing. Frekuensi subkultur embrioid memiliki pengaruh yang besar terhadap frekuensi variasi somaklonal pada ramet-ramet dari ortet 356, 369 dan 395, dengan nilai korelasi sebesar 0.69 (p-value: 0.039). Semakin banyak frekuensi subkultur maka semakin bertambah frekuensi variasi somaklonal pada ramet-rametnya yang dihasilkan. Frekuensi variasi somaklonal yang meningkat diduga berhubungan dengan meningkatnya tingkat proliferasi embrioid, yaitu mulai dari fase exponential sampai fase deceleration (subkultur 2-11). Semakin
Keyword: kestabilan genetik, proliferasi embrioid, subkultur embrioid, variasi somaklonal

Judul: Kestabilan Genetik Somaklon Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.) Hasil Kultur In Vitro Menggunakan Marka SSR
Abstrak: Teknik kultur jaringan telah dilakukan sejak tahun 1960 untuk perbanyakan tanaman kelapa sawit dengan karakter agronomis yang penting seperti produktifitas tinggi, resisten terhap hama dan penyakit, serta efisien dalam penyerapan hara dan air. Perbanyakan tanaman kelapa sawit secara kultur jaringan dilakukan dengan menggunakan metode embriogenesis. Sel-sel somatik dari tanaman ortet terpilih diinduksi untuk membentuk kalus yang kemudian berdiferensiasi membentuk bibit (ramet). Namun timbulnya variasi somaklonal pada tanaman kelapa sawit hasil kultur jaringan menjadi suatu kendala. Variasi somaklonal perlu dideteksi lebih awal untuk mengetahui kestabilan genetik tanaman klonal hasil kultur jaringan. Deteksi kestabilan genetik ini dapat dilakukan dengan menggunakan marka SSR. Tujuan penelitian ini adalah untuk menetapkan tingkat kestabilan genetik tanaman klonal hasil perbanyakan kultur jaringan. Sebanyak delapan ortet dari jenis Tenera (D×P) dan 20 tanaman klonalnya masing-masing diekstraksi menggunakan Kit GenElute kemudian diamplifikasi menggunakan 20 pasang primer SSR. Hasil amplifikasi kemudian diseparasi menggunakan PAGE. Pita-pita yang diperoleh dari hasil separasi kemudian diubah menjadi data sesuai format perangkat lunak yang digunakan yaitu NTSys dan PowerMarker. Hasil analisis berdasarkan 20 pasang primer SSR menggunakan perangkat lunak PowerMarker menunjukkan bahwa seluruh primer yang digunakan bersifat polimorfis. Jumlah alel yang dihasilkan sebanyak 55 alel dengan 1-4 alel dihasilkan dari setiap primer. Nilai rata-rata PIC 0.39 dengan nilai PIC terbesar 0.52 yang dihasilkan dari primer mEgCIR0521 dan mEgCIR2569. Hasil analisis keragaman genetik delapan ortet berdasarkan 20 pasang primer SSR menggunakan perangkat lunak NTSys menunjukkan bahwa keragaman genetik antar ortet berkisar 7%-30%. Ortet IS 10 dan IS 20 memiliki kemiripan genetik yang paling besar diantara ortet. Ortet IS 17 adalah ortet yang memiliki kemiripan genetik yang paling rendah dengan ortet-ortet lainnya. Hasil analisis kemiripan genetik ortet dan 20 tanaman klonalnya berdasarkan 20 pasang primer SSR menggunakan perangkat lunak NTSys menunjukkan bahwa 90% tanaman klonal dari ortet IS 10, IS 20, IS 40, dan IS 36 memiliki tingkat kemiripan genetik 100% dengan ortetnya masing masing. Ortet IS 39 memiliki 45% tanaman klonal pada tingkat kemiripan genetik 100%. Penelitian ini menunjukkan bahwa kestabilan genetik tanaman klonal dipengaruhi oleh genotipe ortet. Ortet yang berbeda memberikan respon yang berbeda pada kondisi kultur yang seragam. Tanaman ortet yang menghasilkan tanaman klonal dengan tingkat kestabilan genetik yang tinggi berpotensi menghasilkan tanaman klonal yang identik dengan ortetnya.
Keyword: Elaeis guineensis Jacq., genetic similarity, in vitro culture, somaclonal variation

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: