Judul: Pengaruh Infiltrasi Air Hujan terhadap Perubahan Parameter Tanah dalam Analisis Stabilitas Lereng.
Abstrak: Tanah longsor adalah bencana alam yang sering terjadi di Indonesia terutama pada musim hujan. Infiltrasi air hujan meningkatkan derajat kejenuhan tanah, sehingga mengurangi parameter kekuatan geser tanah dan mempengaruhi keseimbangan lereng. Pemahaman tentang mekanisme kegagalan lereng akibat curah hujan adalah tantangan utama dalam analisis stabilitas lereng. Penelitian ini bertujuan menganalisis perubahan parameter tanah dalam stabilitas lereng akibat adanya infiltrasi air hujan, sebagai usaha untuk mengetahui mekanisme kegagalan lereng. Pada sampel tanah dari lokasi longsor dilakukan beberapa pengujian. Sifat fisik dan mekanik tanah seperti kuat geser dan tekanan air pori tanah dengan variasi derajat kejenuhan diperiksa di laboratorium. Data curah hujan dianalisis menggunakan metode Green Ampt Infiltration sehingga hubungan antara intensitas curah hujan dengan waktu penjenuhan tanah dapat diketahui. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa terdapat hubungan antara perubahan derajat kejenuhan dengan parameter kekuatan geser tanah dan matric suction. Peningkatan derajat kejenuhan mengakibatkan pengurangan pada parameter tegangan air pori dan kekuatan geser tanah.
Keyword: infiltrasi, hujan, kuat geser, tegangan air pori, stabilitas lereng

Judul: PEMODELAN PERAN HIDRO-MEKANIK VEGETASI TERHADAP LONGSOR
Abstrak: Keberadaan vegetasi di suatu lereng mempengaruhi stabilitas lereng dan terjadinya longsor melalui peran hidro-mekanik vegetasi. Penelitian ini bertujuan membangun model vegetasi-stabiltas lereng yang menggambarkan peran hidromekanik vegetasi terhadap stabilitas lereng dan kejadian longsor. Penelitian ini memiliki kebaharuan berupa model stabilitas lereng yaitu model bishop sederhana (Simplified Bishop Method) yang dimodifikasi menggunakan parameter hidromekanik vegetasi. Parameter hidro-mekanik tanah yang dintegrasikan kedalam model Bishop yang disederhanakan yaitu daya hisap matrik (ua–uw), beban tambahan vegetasi (Sw), gaya lateral angin (Fwind), kohesi akar (CR), dan intersepsi, evapotraspirasi dalam memodifikasi kadar air tanah (  ). Tahapan penelitian pemodelan peran hidro-mekanik vegetasi secara garis besar terdiri atas penyelidikan kondisi fisik lokasi penelitian yang dimodelkan dengan model tanah 2D dan 3D, dilanjutkan dengan pemodelan hidrologis vegetasistabilitas lereng, pemodelan mekanis vegetasi-stabilitas lereng, dan pemodelan hidro-mekanik vegetasi-stabilitas lereng menggunakan modifikasi model Bishop. Penelitian dilaksanakan di Desa Pasir Madang, Kecamatan Sukajaya, Kabupaten Bogor, Jawa Barat. Lokasi studi merupakan daerah rawan dan telah mengalami longsor akibat intensitas dan durasi hujan tinggi serta memiliki geologi batuan sangat lapuk. Longsor yang terjadi berupa longsor dangkal (kedalaman <10 m) dengan tipe longsor lingkaran dan translasional, serta vegetasi berupa hutan tanaman Afrika (Maesopsis eminii), Jati (Tectona grandis), dan semak belukar (Chromolaena odorata). Pemodelan tanah 2D dan 3D memberikan informasi hubungan antara struktur tanah longsor, karakteristik tanah, batuan, dan air tanah. Pemodelan tanah menggunakan data geofisika tanah (distribusi resistivitas) yang dihasilkan dari penyelidikan geofisika tanah menggunakan metode geolistrik (Electrical Resistivity Tomografi (ERT)), dan data geoteknik hasil investigasi geoteknik (pengambilan sampel tanah, pengujian laboratorium, dan pengujian lubang bor) untuk mengembangkan hubungan antara resistivitas dan sifat tanah, serta untuk memvalidasi model ERT 2D dan 3D. Hasil penyelidikan lapangan dan perbandingan antara model ERT dan data geoteknik menunjukkan bahwa resistivitas rendah (<350 ohm.m) menunjukkan tanah bergradasi baik dan bahan jenuh air; resistivitas sedang (350–722 ohm.m) menunjukkan tanah granular, batuan lapuk, dan serpih; dan resistivitas tinggi (>722 ohm.m) menunjukkan batuan dasar. Pemodelan peran hidrologis vegetasi dilakukan dengan mensimulasi hujan yang sampai di tanah mineral menggunakan model intersepsi Gash (1995) yang disederhanakan dan digunakan sebagai input model aliran dalam tanah. Pemodelan aliran dalam tanah menggunakan HYDRUS satu dimensi (1D). Hasil pemodelan intersepsi menunjukkan intersepsi tajuk tegakan Jati, Kayu Afrika Muda, dan Tua masing-masing sebesar 38%, 35%, dan 35% dari curah hujan (CH) sebesar 1451 mm. Pemodelan aliran dalam tanah menggunakan HYDRUS 1D menggunakanv input curah hujan harian netto (curah hujan setelah dikurangi intersepsi tajuk) dengan berbagai intensitas hujan, dan periode hujan selama 7 hari. Hasil simulasi menunjukkan dinamika sebaran vertikal (kedalaman tanah) kadar air tanah, tekanan air pori ((pore water pressure, PWP)) sebagai respon atas input hujan. Simulasi juga menggunakan kondisi awal kadar air tanah yang berbeda, yaitu kondisi kadar air kapasitas lapang dan titik layu permanen. Hasil simulasi, menunjukkan bahwa CH tunggal 200 mm/hari maupun CH kumulatif 3–7 hari yang mencapai 200 mm menyebabkan kadar air tanah jenuh mencapai lapisan tanah permukaan yang ditunjukkan dengan nilai positif tekanan air pori di seluruh lapisan tanah. Pemodelan peran mekanis vegetasi dianalisis berdasarkan parameter kohesi akar, beban tambahan vegetasi, dan gaya lateral angin. Hasil pemodelan menunjukkan Total CR terbesar ialah pada tanaman Jati sebesar
Keyword: vegetasi, hidro-mekanik, longsor, stabilitas lereng

Judul: The isolation and molecular identification of papillomavirus in macaca fascicularis and macaca nemestrina at animal facility of primate research centre – Bogor Agricultural University.
Abstrak: Cervical cancer is still regarded as a major cause of death in women world wide, hence research on papilloma viruses, their drugs and vaccines for the prevention are still continued. Papilloma virus is a DNA virus of the family papillomaviridae. Papilloma virions have no sheath, the diameter of 55 nm, and icosahedral capsid. The virus multiplies in the cell nucleus and causes chronic latent infection. The virus genome has a circular form, 8 kbp in length with 8 open reading frames. The genome is divided into early (E) and late (L) genes. The E gen synthesizes 6 E proteins, namely E1, E2, E4, E5, E6 and E7, which are linked into the process of viral replication and oncogenes. Meanwhile, the L gene synthesizes 2 proteins, the L1 and L2, which are related to the formation of the capsid (Hakim 2010). In order to obtain the best result of the cancer research, it is highly requested to obtain appropriate animal model that reflect aspects of human disease. Non-human primates have high similarity with humans, both in terms of the evolution of the genetic, anatomical, physiological, biochemical and organ systems, as well as in cancer genes. Non-human primates of the genus Macaca is a genus with the highest distribution worldwide, from Japan to Afghanistan. So far, there are 22 species are included in the genus Macaca. Originally rhesus monkeys or M. mulatta are widely used for biomedical research, but since the Indian government imposed a ban on importing these animals, then Macaca fascicularis (Long-tailed Macaque, cynomolgus) and Macaca nemestrina (Pig-tailed Macaque), which has high population in Southeast Asia, began to be used as research animal. Various medical aspects related to both species are commonly studied by many researchers as an animal model for human diseases. This study is using the polymerase chain reaction (PCR) method and nucleotide tracking to identify papillomavirus tipes that infect the genital tract of Macaca fascicularis and Macaca nemestrina, which is kept in breeding facilities of Primate Research Center, IPB. The analysis of nucleotide sequences were performed using the Clustal W 2.1 and 5.1 Mega program. The establishment of phylogenetic tree using neighbor joining with 1000 times bootstrap repetition. The results showed that the papillomavirus that infect Macaca fascicularis was 32.7% (78/238) and Macaca nemestrina 12% (4/31). Both species were infected by Macaca fascicularis papillomavirus (MfPV) tipe 3, 4, 5, 7 and 9, belongs to the genus Alpha papillomavirus with homology of 80 - 100%. Papilloma virus that infected the pig-tailed macaque was the same tipe of papillomavirus that infected the cynomolgus with similarity between 82% - 99% based on L1 region. To further explain the tipes of papilloma viruses that infected the pig-tailed macaque, it is necessary to identify the entire genome of the virus. To determine the tipe of the virus, it requires the identification of a more complete nucleotide sequence. It is interesting because papillomavirus that infected the pigtail macaques has 76% homology with the HPV tipe 52. This is the first report on the incidence of papillomavirus infection in the pigtail macaque genome that further analysis
Keyword: Papillomavirus, cervic cancer, animal model, Macaca fascicularis, Macaca nemestrina