Judul: Klasifikasi Enzim Protein Menggunakan Metode K-Nearest Neighbor Dan Analisis Komponen Utama
Abstrak: Enzim adalah suatu protein yang berfungsi sebagai biokatalisator dan mempunyai bentuk globular. Enzim merupakan biokatalisator yang aktif, sebab hanya dengan jumlah yang sedikit pada kondisi yang tepat, dapat mengatur jalannya reaksi kimia tertentu. Tujuan penelitian ini adalah untuk melakukan klasifikasi enzim berdasarkan 6 kelas yang ditentukan oleh Enzyme Commission. Data fasta sekuen protein enzim akan dilakukan ekstraksi fitur. Fitur yang digunakan adalah 470 fitur yang digunakan pada penelitian Rao et al (2009). Data yang digunakan adalah data fasta yang berjumlah 3000 data, masing-masing 500 data untuk 6 kelas. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah K-Nearest Neighbor sebagai metode klasifikasi pada enzim dan Principal Component Analysis digunakan untuk mereduksi dimensi fitur. Penelitian ini menunjukkan sensitivitas rata-rata tertinggi sebesar 0.79 pada K-NN dengan PCA 85% dan PCA 90%.
Keyword: enzim, K-NN, PCA, protein

Judul: Prediksi Struktur Sekunder Protein dengan K-Nearest Neighbor Classifier dan Principal Component Analysis
Abstrak: Protein memegang peranan penting dalam hampir seluruh proses biologi. Secara hierarki protein terdiri atas struktur primer, sekunder, tersier, dan kuartener. Bentuk struktur protein dapat ditentukan dengan eksperimen melalui penggunaan X-ray crystallography dan nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscop. Peran protein dapat dilihat setelah melakukan pelipatan dalam bentuk 3D pada struktur tersier. Struktur tersier terbentuk dari struktur primer dan sekunder. Penelitian ini bertujuan untuk memprediksi struktur sekunder protein. Data penelitian berjumlah 300 file enzim berformat DSSP dengan total residu sebanyak 118 757. Reduksi data dilakukan dengan PCA. Pola masukan diperoleh melalui ekstraksi sliding window dari sekuen asam amino. Prediksi struktur sekunder protein dilakukan dengan KNN classifier. Skenario pengujian terdiri atas kombinasi 3 sliding window, 3 proporsi PCA, dan 3 parameter nilai k untuk klasifikasi KNN. Hasil penelitian membuktikan bahwa KNN mampu memprediksi struktur sekunder protein dengan perolehan Q3 score optimum sebesar 81.32% untuk sliding window 15, dan PCA 80% dengan nilai parameter k = 3.
Keyword: PCA, protein secondary structure, Q3 score, sliding window

Judul: Konsep Taman Rumah Adat Bagas Godang Berbasis Budaya Mandailing, Kabupaten Mandailing Natal, Sumatera Utara.
Abstrak: Kekayaan suatu bangsa tidak terbatas pada kekayaan sumber daya alamnya akan tetapi juga kekayaan budayanya. Taman rumah tradisional merupakan salah satu kekayaan budaya di Indonesia yang dapat menjadi identitas dari suatu budaya tersebut. Budaya Mandailing sudah dikenal sejak abad ke-14 M. Hal tersebut dibuktikan dengan penyebutan nama Mandailing di kitab Negara Kertagama, karangan Mpu Prapanca. Budaya Mandailing awalnya banyak dipengaruhi oleh kepercayaan animisme dan dinamisme yang disebut sipelebegu. Kemudian perkembangan selanjutnya budaya Mandailing bersinggungan dengan Hindu- Budha. Akan tetapi Islam membawa pengaruh yang sangat besar terhadap budaya Mandailing. Hal tersebut dibuktikan dengan adanya filosofi hombar do adat dohot ibadat yaitu adat tidak boleh bertentangan dengan agama. Dalihan Natolu merupakan konsep kekerabatan yang banyak mempengaruhi nilai-nilai kehidupan masyarakat Mandailing. Konsep Dalihan Natolu menjadi konsep dasar yang mempengaruhi pola permukiman adat Mandailing. Dalihan Natolu terdiri dari mora, anak boru, dan kahanggi. Hubungan antara ketiga komponen ini menentukan jarak antar rumah di permukiman adat. Suatu permukiman terdapat Rumah tinggal yang merupakan landmark dari berdirinya suatu permukiman. Rumah tinggal ini disebut Bagas Godang. Bagas Godang bagi masyarakat Mandailing bukan hanya sebagai rumah tinggal seorang raja atau tunggani huta. Godang bermakna sebagai rumah bagi seluruh marga di huta adat tersebut. Bagi masyarakat Mandailing raja tidak hanya berperan sebagai penguasa huta adat, akan tetapi mereka adalah orang yang dituakan yang dapat menyelesaikan berbagai masalah di permukiman adat tersebut. Komplek Bagas Godang terdiri dari Bagas Godang atau kediaman raja, Sopo Godang yaitu tempat peyimpanan instrument alat music dan musyawarah, serta biasanya memiliki Sopo Eme atau lumbung padi, serta Alaman Bolak Selangseutang merupakan halaman.
Keyword: Bagas Godang, taman vernakuler, desain taman, taman tradisional, rumah tinggal