Judul: Deteksi Salmonella Enteritidis menggunakan Real-Time Polymerase Chain Reaction dengan Label Fluoresens Probe
Abstrak: Pengembangan metode serotyping untuk deteksi S. Enteritidis secara molekular menggunakan real-time polymerase chain reaction (rt-PCR) diperlukan untuk acuan data yang digunakan pada identifikasi dan karakterisasi risiko pada serovar spesifik Salmonella di Indonesia, Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi spesifisitas primer dan probe yang digunakan, menentukan sensitivitas berupa evaluasi limit deteksi dan efisiensi metode, serta uji coba metode untuk deteksi S. Enteritidis pada sampel karkas ayam. Tahapan penelitian diawali dengan uji spesifisitas primer dan probe secara in silico dan in vitro, setelah itu dilanjutkan dengan uji sensitivitas limit deteksi menggunakan kultur murni S. Enteritidis dan uji coba metode pada sampel karkas ayam. Uji spesifisitas menunjukan bahwa penggunaan probe sebagai label fluoresen lebih spesifik daripada penggunaan SYBR Green. Metode ini dapat mendeteksi DNA bakteri sampai 0.00022 ng/μL atau setara dengan 3.8 × 101 sel/mL, jauh lebih sensitif daripada metode deteksi menggunakan SYBR Green yang menghasilkan limit deteksi 2.6 × 104 sel/mL. Uji coba metode pada sampel menggunakan metode ini menghasilkan 1 sampel positif dari 10 sampel karkas ayam dari pasar swalayan dan 3 sampel positif dari 10 sampel karkas ayam dari pasar tradisional di Bogor. Metode ini dapat mendeteksi S. Enteritidis dengan cepat dan akurat serta memungkinkan deteksi kuantitatif S. Enteritidis pada karkas ayam secara spesifik dan sensitif.
Keyword: karkas ayam, probe, rt-PCR, salmonellosis, S. Enteritidis

Judul: Mendeteksi Serotyping Salmonella Hadar, S. Typhimurium, dan S. Enteritidis menggunakan Real Time Polymerase Chain Reaction.
Abstrak: Kontaminasi Salmonella pada produk pangan seperti karkas ayam perlu diwaspadai, sehingga diperlukan metode cepat dan akurat deteksi Salmonella untuk memonitornya. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh konsentrasi primer dan kondisi optimum PCR, mengevaluasi spesifisitas primer, menentukan limit deteksi untuk mendeteksi Salmonella pada karkas ayam menggunakan real time polymerase chain reaction (rt-PCR). Tahapan penelitian yaitu ekstraksi DNA, optimasi kondisi rt-PCR, konfirmasi spesifisitas dan limit deteksi, serta uji coba pada sampel. Pengujian dengan rt-PCR diawali dengan denaturasi awal pada 95 oC selama 1 menit diikuti dengan 35 siklus yang terdiri dari 15 detik denaturasi pada 95 oC, 30 detik annealing pada 52 oC, 35 detik ekstensi pada 72 oC dan ekstensi akhir pada 72 oC selama 5 menit. Kemudian dilanjutkan dengan tahap melting dengan transisi suhu 60-90 oC dengan laju 0.5 oC/detik. Primer yang digunakan untuk mendeteksi keberadaan Salmonella spp. adalah InvA119 yang spesifik sampai siklus ke-30, untuk S. Typhimurium adalah STM311 yang spesifik sampai siklus ke-25, dan untuk S. Enteritidis adalah Prot6E yang spesifik sampai siklus ke-22. Limit deteksi dengan konsentrasi primer 0.5 μM berdasarkan konsentrasi DNA untuk ketiga target gen tersebut berturut-turut sebesar 0.0002, 0.022, dan 0.218 ng atau setara dengan 3.8 x 101, 4.1 x 103, dan 2.6 x 104 sel per mL.
Keyword: karkas ayam, rt-PCR, Salmonella, S. Enteritidis, S. Typhimurium

Judul: Kekonsistenan Hamiltonian pada Gerak Gelombang Interfacial
Abstrak: The interfacial wave is an internal wave that occurs at boundary of two layers fluid. It appears because there is difference of mass density between the two layers. The objective of this thesis is to formulate the motion of internal wave with flat base and flat as well as free upper bound surface. The motion equation obtained is a Hamiltonian system. The Hamiltonian in this system is expressed by variable of wave deviation and horizontal component of potential velocity. Under assumption that interfacial wave moves only in one direction, it can be shown that the Hamiltonian depends on the solution of the wave motion equation. The coefficients of the equation depend on the physical characteristics of the two layers of fluid, i.e. thickness and mass density. The numerical results show that Hamiltonian in the system is constant. It is consistent with Hamiltonian characteristic, which does not depend on time.
Keyword: