Judul: Peningkatan Performansi Metode Phenol Red RT-LAMP Colorimetry Untuk Deteksi Virus SARS-CoV-2 Berkapasitas Buffer Tinggi
Abstrak: RT-LAMP Kolorimetri merupakan metode diagnostik yang telah menarik banyak perhatian peneliti karena kecepatan, kesederhanaan, dan sensitivitasnya dibandingkan dengan metode diagnosis penyakit lainnya. Namun, meskipun memiliki banyak kelebihan, uji RT-LAMP kolorimetri masih memiliki kekurangan, terutama untuk kit yang menggunakan indikator fenol merah. Kerugian ini berasal dari sampel input yang mengandung tingkat buffer yang tinggi, yang tidak menyebabkan terjadinya perubahan warna dan menghasilkan hasil analisis yang bersifat negatif palsu. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan dan mengoptimasi uji kolorimetri RT-LAMP pada sampel dengan kapasitas buffer yang tinggi. Berdasarkan hasil penelitian, suhu 69 C selama 50 menit dengan penambahan post-treatment berupa pemanasan pada suhu 80 C selama 10 menit merupakan kondisi optimum untuk reaksi RT-LAMP kolorimetri dengan indikator fenol merah pada sampel SARS-CoV-2 berkapasitas buffer tinggi. Kondisi ini terbukti efektif dalam mengubah warna hasil dari merah (negatif) menjadi kuning untuk sampel yang positif. Penelitian ini juga berhasil mengklasifikasikan hasil analisis berdasarkan tingkat paparan virus SARS-CoV-2 yang diwakili dengan nilai cycle threshold (Ct) real-time PCR dan dikorelasikan terhadap nilai optical density (OD) spektrofotometer pada panjang gelombang 415 nm dengan nilai korelasi -0,9084. Pada hasil klasifikasi, warna kuning menunjukkan nilai Ct di bawah 20, warna kuning-orange menunjukkan nilai Ct antara 20 dan 30, warna orange menunjukkan nilai Ct antara 30 dan 40, dan warna merah menunjukkan nilai Ct lebih dari 40 (negatif). Secara keseluruhan, penelitian ini berhasil mengoptimalkan dan mengembangkan reaksi RT-LAMP kolorimetri fenol merah pada sampel SARS-CoV-2 dengan kapasitas buffer tinggi.
Keyword: Kolorimetri, Buffer Tinggi, Optimasi, Fenol Merah, RT-LAMP, SARS-CoV-2

Judul: Development and Optimization of Immunoassay for Detection of Antibodies to SARS-CoV-2 with In-House Recombinant Receptor Binding Domain (RBD) and Nucleocapsid (N) Protein
Abstrak: Pandemi COVID-19 yang disebabkan oleh SARS-CoV-2 telah menjadi ancaman serius bagi masyarakat global, terutama di Indonesia. Upaya pencegahan penyebaran penyakit ini juga telah dilakukan, antara lain dengan pelaksanaan program vaksinasi. Efektivitas pembentukan antibodi pasca vaksinasi ini dapat dideteksi oleh teknik immunoassay seperti indirect Enzyme- linked Immunosorbent Assay (ELISA). Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan, mengoptimasi, dan mengevaluasi kit deteksi antibodi SARS-CoV-2 berbasis teknik indirect ELISA dengan kit komersial dalam mendeteksi antibodi yang terbentuk setelah vaksinasi. Protein antigen yang digunakan untuk coating plate merupakan protein rekombinan in-house RBD dan N dari SARS-CoV-2. Optimasi kit deteksi melingkupi konsentrasi antigen (5 and 10 ng/mL), konsentrasi blocking agent (2.5% dan 5%), dan pengenceran konjugat (1:1000 dan 1:5000). Kit ELISA komersial yang digunakan sebagai pembanding merupakan kit ELISA MyBioSource Cat No. MBS2614310 (RBD) dan MBS3809906 (N) juga kit ELISA Immunodiagnostics Cat No. 41A235 (RBD) dan 41A225 (N). Kondisi optimal dari kit ELISA in-house untuk kedua protein rekombinan RBD danN adalah konsentrasi antigen 10 ng/mL, kosentrasi blocking agent 5%, dan pengenceran konjugat 1:1000. Kedua kit ELISA in-house protein rekombinan dalam menunjukkan kemampuan yang setara dengan kit komersial Immunodiagnostics dalam mendeteksi antibodi terhadap SARS-CoV-2 sehingga dapat digunakan untuk evaluasi keberhasilan pasca vaksinasi., COVID-19 caused by SARS-CoV-2 poses a major threat to the global community, particularly in Indonesia. Countermeasures to prevent the spread of this disease have also been implemented, including the implementation of a vaccination program. An immunoassay technique that can be used to analyze antibodies that might develop following vaccination is the indirect enzyme-linked immunosorbentassay (ELISA). The goal of this study is to develop, optimize, and evaluate a SARS-CoV-2 antibodydetection kit based on the indirect ELISA technique to a commercial kit for detecting antibodies formed after vaccination. The antigen protein used for plate coating is an in-house recombinant protein RBD (Letko et. al. 2020) and N (Liu et. al. 2020) from SARS-CoV-2. The optimization comprised adjusted concentrations of spike recombinant protein (5 and 10 ng/mL), blocking agent (2.5% and 5%), andconjugate (1:1000 and 1:5000).The commercials ELISA kits used as a comparison were the MyBioSource ELISAkit Cat No. MBS2614310 (RBD) and MBS3809906 (N) and also Immunodiagnostics ELISA kits Cat No. 41A235 (RBD) and 41A225 (N). The best conditions for the in-house ELISA kit for RBD dan N recombinant proteinswere antigen concentration of 10 ng/mL, blocking agent concentration of 5%, and conjugate dilution of 1:1000. The two recombinant protein in-house ELISA kits detected antibodies to SARS-CoV-2 at levels comparable to the Immunodiagnostics commercial kit, indicating that they can be used to evaluate post-vaccination efficacy.
Keyword: SARS-CoV-2, ELISA, Protein, Receptor Binding Domain, Nukleokapsid, Immunoassay

Judul: Kekonsistenan Hamiltonian pada Gerak Gelombang Interfacial
Abstrak: The interfacial wave is an internal wave that occurs at boundary of two layers fluid. It appears because there is difference of mass density between the two layers. The objective of this thesis is to formulate the motion of internal wave with flat base and flat as well as free upper bound surface. The motion equation obtained is a Hamiltonian system. The Hamiltonian in this system is expressed by variable of wave deviation and horizontal component of potential velocity. Under assumption that interfacial wave moves only in one direction, it can be shown that the Hamiltonian depends on the solution of the wave motion equation. The coefficients of the equation depend on the physical characteristics of the two layers of fluid, i.e. thickness and mass density. The numerical results show that Hamiltonian in the system is constant. It is consistent with Hamiltonian characteristic, which does not depend on time.
Keyword: