Judul: Konstruksi strain isogenik Xanthomonas oryzae pv. oryzae dan potensinya sebagai penginduksi ketahanan padi terhadap penyakit hawar daun bakteri
Abstrak: Hawar daun bakteri (HDB) yang disebabkan Xanthomonas oryzae pv. oryzae menjadi salah satu penyakit penting pada tanaman padi di Indonesia. Salah satu upaya pengendalian yang dapat dilakukan yaitu dengan pemanfaatan agens biokontrol seperti strain isogenik non-patogen. Bakteri isogenik non-patogen merupakan bakteri patogen yang kehilangan kemampuan dalam menimbulkan penyakit karena adanya gangguan pada gen yang mengatur faktor virulensi. Aplikasi bakteri ini mampu menginduksi ketahanan tanaman dan berkompetisi dengan tipe liarnya. Beberapa penelitian serupa telah dilakukan terhadap bakteri X. oryzae pv. oryzae untuk memperoleh bakteri strain isogenik seperti mutasi menggunakan transposon dan penyinaran ultraviolet. Penelitian ini bertujuan mengonstruksi strain isogenik bakteri X. oryzae pv. oryzae dengan virulensi rendah menggunakan penyinaran ultraviolet dan mengevaluasi kemampuannya dalam menginduksi ketahanan tanaman padi untuk mengendalikan bakteri X. oryzae pv. oryzae. Bakteri X. oryzae pv. oryzae patotipe IV yang digunakan merupakan koleksi Balai Besar Penelitian Tanaman Padi, Sukamandi. Bakteri X. oryzae pv. oryzae patotipe IV dipapar dengan sinar UV-C selama 3, 5, 10 dan 15 menit. Koloni yang tetap tumbuh selanjutnya diseleksi melalui uji patogenisitas, uji hipersensitif, konfirmasi isolat dengan primer spesifik, produksi EPS dan uji fitotoksisitas pada kecambah padi. Isolat akhir yang terpilih diuji kemampuannya dalam menginduksi ketahanan tanaman, pengaruhnya terhadap pertumbuhan serta hasil padi IR-64 dan ekpresi gen ketahanan. Parameter yang digunakan meliputi masa inkubasi, perkembangan penyakit HDB dan ekspresi gen PR1 dan PBZ1. Selain itu juga diamati pengaruhnya terhadap pertumbuhan dan hasil padi dengan parameter pertambahan tinggi tanaman, jumlah anakan maksimum, jumlah anakan produktif, bobot kering gabah per malai dan bobot kering 100 gabah. Perlakuan aplikasi strain isogenik yang dilakukan dalam rumah kasa terdiri atas aplikasi bakteri strain isogenik, aplikasi X. oryzae pv. oryzae (kontrol positif) dan aplikasi dengan aquades steril (kontrol negatif). Aplikasi perlakuan dilakukan pada benih (aplikasi 1) dan 35 HST (aplikasi 2). Inokulasi X. oryzae pv. oryzae dilakukan 82 HST pada daun bendera. Pengambilan sampel daun untuk ekspresi gen PR1 dan PBZ1 dilakukan 3 hari sebelum aplikasi ke-2 dan 3 hari setelah inokulasi X. oryzae pv. oryzae. Hasil pemaparan UV-C dan seleksi diperoleh 27 isolat yang menunjukkan penurunan patogenisitas, 16 diantaranya positif terdeteksi dengan koloni PCR menggunakan primer spesifik XOR-F dan XOR-R2 sebagai isolat isogenik X. oryzae pv. oryzae. Rata-rata produksi EPS 16 isolat tersebut adalah 3.64±3.51 mg mL-1 sedangkan tipe liar 6.07±0.30 mg mL-1. Hasil seleksi lanjut diperoleh lima isolat strain isogenik terpilih yaitu M313, M57, M101, M1513 dan M1515 yang menunjukkan penurunan patogenisitas 92.8-98.6%. Aplikasi lima isolat terpilih memperlihatkan masa inkubasi penyakit HDB berkisar antara 5.4-6.6 HSI lebih panjang dibandingkan tipe liar yaitu 4.9 HSI dan penekanan perkembangan penyakit dengan nilai AUDPC berkisar antara 615.0-827.5 sedangkan tipe liar 863.33 dan kontrol 682.50. Aplikasi isolat strain isogenik tidak memengaruhi pertumbuhan vegetatif tapi menunjukkan peningkatan produksi tanaman. Isolat M101 menunjukkan konsistensi dalam mengekspresikan gen PR1 dan PBZ1. Kondisi ini diduga berkorelasi bahwa aplikasi isolat M101 memperlihatkan intensitas penyakit terendah dibandingkan aplikasi isolat lainnya yaitu 66.1% dengan nilai AUDPC 615 sedangkan intensitas penyakit pada aplikasi tipe liar adalah 85.6 % dengan nilai AUDPC 863.3. Aplikasi strain isogenik terlihat tidak memengaruhi pertumbuhan tapi menunjukkan pengaruh terhadap produksi tanaman. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa bakteri strain
Keyword: avirulen, kresek, penyinaran UV, agens hayati

Judul: Pengaruh Perlakuan Matriconditioning plus Bakterisida Sintetis atau Nabati untuk Mengendalikan Hawar Daun Bakteri (Xanthomonas oryzae pv. oryzae) Terbawa Benih serta Meningkatkan Viabilitas dan Vigor Benih Padi (Oryza sativa L.)
Abstrak: Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan jenis dan konsentrasi bakterisida sintetis atau nabati yang efektif serta non toksik untuk mengendalikan bakteri Xanthomons oryzae pv. oryzae penyebab hawar daun bakteri (HDB). Jenis dan konsentrasi yang didapat kemudian diintegrasikan dengan perlakuan matriconditioning. Penelitian ini terdiri atas tiga percobaan, percobaan I dilakukan untuk mengidentifikasi bakteri X. oryzae pv. oryzae dalam sampel benih yang diambil dari pertanaman padi di BB Padi Sukamandi. Pengambilan sampel diikuti dengan pengamatan tingkat serangan penyakit HDB di lapang. Benih kemudian diisolasi untuk mendapatkan isolat X. oryzae pv. oryzae. Isolat murni bakteri diidentifikasi berdasarkan sifat Gram bakterinya dengan uji pewarnaan Gram dan identifikasi berdasarkan gejala serangan pada tanaman sehat dengan uji Postulat Koch. Percobaan II terdiri atas dua percobaan, uji efektivitas dan uji fitotoksisitas bakterisida sintetis dan nabati. Uji efektivitas dilakukan secara in-vitro. Bakterisida sintetis yang digunakan adalah Agrept 20 WP, Nordox 56 WP, dan Plantomycin 7 SP dengan konsentrasi 0%, 0.1%, 0.2%, 0.3%, dan 0.4%. Bakterisida nabati yang digunakan adalah minyak cengkeh dan minyak serai wangi dengan konsentrai 0%, 0.5%, 1%, 1.5%, dan 2%. Hasil uji efektivitas dan fitotoksisitas akan digunakan dalam percobaan III. Pada percobaan III terdapat enam taraf perlakuan yaitu P0 (kontrol), P1 (matriconditioning), P2 (Agrept 0.2%), P3 (minyak serai wangi 1%), P4 (matriconditioning plus Agrept 0.2%), dan P5 (matriconditioning plus minyak serai wangi 1%). Perlakuan matriconditioning dan matriconditioning plus bakterisida sintetis atau nabati dilakukan dengan nisbah antara benih, arang sekam dan air 1 : 0.8 : 1.2 selama 30 jam pada suhu 26 - 29oC. Percobaan II dan III menggunakan varietas IR-64 dan Ciherang sebagai percobaan terpisah. Hasil pengamatan serangan di lapang menunjukkan tingkat keparahan 66% - 91% dan keberadaan 62% - 94%. Berdasarkan Standard Evaluation System for Rice yang dikeluarkan IRRI, varietas IR-64, Ciherang, Mekongga, dan Cibogo sangat rentan dengan skor 9. Hasil isolasi bakteri menunjukkan bakteri terbawa benih pada IR-64 90% dan pada Ciherang 60%. Identifikasi dengan uji Postulat Koch menunjukkan gejala serangan yang timbul pada tanaman sehat yang diinokulasi isolat adalah gejala penyakit HDB, dengan ciri ujung daun layu dan mengering. Identifikasi dengan pewarnaan Gram mengindikasikan isolat yang diuji merupakan X. oryzae pv. oryzae (berwarna merah dan bentuk cocoid atau bacillus). Uji efektivitas bakterisida sintetis secara in-vitro pada isolat X. oryzae pv. oryzae menunjukkan Agrept 20 WP konsentrasi 0.1% - 0.4% memiliki persentase daya hambat yang tertinggi dibandingkan Nordox 56 WP dan Plantomycin 7 SP. Pada uji efektivitas bakterisida nabati, minyak serai wangi konsentrasi 1 - 2% menunjukkan daya hambat yang lebih tinggi dibanding minyak cengkeh dengan konsentrasi yang sama. Pada uji fitotoksisitas perlakuan Agrept 0.2% meningkatankan daya berkecambah, indeks vigor, dan kecepatan tumbuh dibanding Agrept 0%, 0.1%, 0.3%, dan 0.4%, pada IR-64 maupun Ciherang. Pada uji fitotoksitas baktersida nabati, perlakuan minyak serai wangi 1% menunjukkan persentase daya berkecambah, indeks vigor, dan kecepatan tumbuh yang lebih tinggi dari perlakuan minyak serai wangi 0.5%, 1.5%, dan 2%. Gejala toksisitas ditemukan pada perlakuan minyak serai wangi 1.5% dan 2% dengan ciri akar primer tumbuh tanpa diikuti pertumbuhan akan seminal sekunder. Pada percobaan III perlakuan matriconditioning, matriconditioning plus Agrept 0.2%, dan matriconditioning plus minyak serai wangi 1% menunjukkan peningkatan
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: