Judul: Disease Incidence and Molecular Analysis of Banana Bunchy Top Virus in Bogor, West Java
Abstrak: Pisang merupakan salah satu komoditas hortikultura bernilai ekonomi tinggi dan dibudidayakan pada berbagai jenis sistem budi daya pertanian tropika. Banana bunchy top virus (BBTV) yang menyebabkan penyakit kerdil pisang dianggap sebagai virus paling penting yang menginfeksi pertanaman pisang di Asia, Afrika, Australia dan Pasifik Selatan. Penelitian sebelumnya melaporkan bahwa pusat keragaman BBTV dunia terletak dan berasal dari Asia Tenggara, termasuk Indonesia. Namun demikian, insidensi penyakit dan karakter molekuler dari BBTV di Indonesia masih sangat sedikit dimengerti. Tujuan penelitian ini adalah mengarakterisasi variasi gejala, insidensi penyakit, dan karakter molekuler dari BBTV di pertanaman pisang di Bogor, Indonesia. Insidensi penyakit BBTV ditinjau berdasarkan gejala di lapangan. Daun-daun yang menunjukkan gejala dikonfirmasi menggunakan metode immunocapture-polymearse chain reaction (IC-PCR). Karakterisasi molekuler kemudian dilakukan berdasarkan analisis nukleotida dari sikuen virus yang diamplifikasi. Hasil pengamatan menunjukan bahwa insidensi penyakit kerdil pisang di Kabupaten Bogor berkisar dari 3.3% hingga 28.4%. Gejala penyakit yang paling umum dijumpai di lapangan antara lain daun tegak, klorosis dan bergelombang pada tepian daun, serta pengurangan panjang dan jarak petiol dan lebar lamina. Serangga vektor, Pentalonia nigronervosa, ditemukan pada beberapa tanaman di lapangan dan BBTV berhasil dideteksi dari sampel kutu daun tersebut. Karakterisasi molekuler dari DNA-R dan DNA-S pada sampel BBTV mengonfirmasi bahwa isolat-isolat BBTV dari Bogor merupakan bagian dari Asian group, dan jelas terpisah dari South Pacific group. Variasi genetika diantara isolat-isolat BBTV Bogor tidak begitu tinggi, dengan homologi sikuen berkisar dari 97.2% hingga 99.3% dan 96.6% hingga 100% untuk DNA-S dan DNA-R, secara berturut-turut
Keyword: gejala lapangan, immunocapture-polymerase chain reaction, variasi genetika

Judul: Keparahan Penyakit Kerdil Pisang di Bogor dan Sukabumi, Jawa Barat serta Optimasi Metode Deteksi Berdasarkan Teknik PCR.
Abstrak: Banana bunchy top virus (BBTV) menjadi ancaman dalam produksi pisang. Infeksi BBTV mudah dikenali dari gejalanya yang khas, meliputi daun menguning, garis klorosis yang terbatas di sepanjang daun muda, daun bergaris hijau, daun menyempit dan tersusun di bagian atas tanaman, serta tanaman kerdil. Walaupun demikian, masih diperlukan deteksi di laboratorium untuk mengonfirmasi adanya infeksi BBTV. Penelitian ini bertujuan menganalisis dan membandingkan tingkat keparahan penyakit kerdil pisang di Bogor dan Sukabumi, Jawa Barat serta mengoptimasi metode polymerase chain reaction (PCR) sebagai metode deteksi BBTV dari sampel lapangan. Daun sampel dari tanaman terinfeksi dikoleksi dari Bogor dan Sukabumi, Jawa Barat. Sampel dianalisis dengan menggunakan primer spesifik untuk BBTV yaitu CP1F/CP1R dan mRepF/mRepR. Selanjutnya optimasi metode PCR dilakukan dengan pengenceran DNA templat mulai dari 10-0 sampai 10-10. Berdasarkan pengamatan gejala, keparahan penyakit di Bogor cenderung lebih tinggi dibandingkan dengan di Sukabumi. Kedua primer spesifik berhasil digunakan untuk mengamplifikasi BBTV dari sampel lapangan, walaupun hasil amplifikasi positif lebih banyak dengan menggunakan primer mRepF/mRepR untuk sampel yang menunjukkan gejala ringan, sedang dan berat. Konsentrasi BBTV terendah yang dapat terdeteksi dengan metode PCR yaitu antara 0.03 ng/μL sampai 0.08 ng/μL.
Keyword: kerdil, menguning, pengenceran DNA, polymerase chain reaction, primer spesifik

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: