Judul: Tree sorrel (Averrhoa bilimbi L) Potential in Inhibiting RBD SARS-CoV-2 Interaction with ACE2 through Molecular Docking
Abstrak: Sejak akhir tahun 2019, dunia digemparkan dengan keberadaan strain baru dari virus corona yang diberi nama SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2). Angka infeksi yang terus meningkat menunjukkan bahwa virus SARS-CoV-2 harus ditangani secara serius agar wabah virus ini segera berakhir. Salah satu tindakan yang dapat dilakukan ialah mencari obat herbal yang berpotensi menghambat infeksi virus SARS-CoV–2. Penelitian ini bertujuan menguji potensi senyawa aktif buah belimbing wuluh dalam menghalangi pengikatan virus SARS-CoV-2 dengan reseptor ACE2 pada manusia. Metode yang digunakan dalam penelitian ini ialah penapisan virtual, analisis farmakokinetik dan toksisitas, penambatan molekuler menggunakan Autodock Vina serta visualisasi 2D. Hasil penambatan molekuler menunjukkan bahwa Hydrazinecarboxamide, 2-(2-methylcyclohexylidene) merupakan ligan uji yang memiliki potensi terbaik berdasarkan energi afinitas, interaksi pengikatan, farmakokinetik, dan toksisitas., Since the end of 2019, the world has been shaken by the presence of a new strain of the coronavirus which is named the SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2). Increase infections of SARS-CoV-2 shows that virus must be taken seriously so that this virus outbreak will end soon. One action that can be taken is to look for herbal remedies that have the potential to inhibit infection with the SARS-CoV-2 virus. This study aims to examine the potential of the active compounds of tree sorrel in blocking the binding of the SARS-CoV-2 virus with the ACE2 receptor in humans. The methods used in this study were virtual screening, pharmacokinetic and toxicity analysis, molecular docking used Autodock Vina and 2D visualization. The molecular docking results showed that Hydrazinecarboxamide, 2-(2-methylcyclohexylidene) had the best potential based on its afinity energy, binding interactions, and toxicity.
Keyword: ACE2, COVID-19, In silico, tree sorrel

Judul: Virtual Screening and Simulation of Molecular Dynamics of Natural Materials with SARS-CoV-2 Antiviral Potential.
Abstrak: Penelitian terkait obat-obatan dan vaksin SARS-CoV-2 yang merupakan virus penyebab Covid-19 masih terus dilakukan. Penelitian ini akan berfokus untuk mendapatkan senyawa dari baham alam yang paling potensial sebagai inhibitor protein SARS-CoV-2 berdasarkan nilai koefisien inhibisi, nilai binding energy, dan geometri struktur kompleks senyawa alam-protein SARS-CoV-2. Berdasarkan informasi genom dan karakteristik patologis SARS-Cov-2 terdapat protein fungsional SARS-CoV-2 yang dapat digunakan sebagai target pengembangan obat diantaranya adalah RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), Mainprotease (3CLpro), dan Papain Like Protease (PLpro) yang memiliki peran sentral dalam proses replikasi virus dan transkripsi virus. Penelitian ini menggunakan struktur protein yang berasal dari protein data bank (PDB). Struktur yang digunakan adalah 7BV2 dengan resolusi 2.5 Å untuk RdRp, 7D1M dengan resolusi 1.4 Å untuk Mpro dan 6WX4 dengan resolusi 1.66 Å untuk PLpro. Pengujian dilakukan terhadap seribu senyawa alam Indonesia yang digunakan sebagai penghambat protein SARS-CoV-2 yang diambil dari Herbaldb dan Pubchem ID. Tahapan pertama dalam penelitian ini adalah pemodelan farmakofor dengan desain obat berbasis struktur. Senyawa alami dianalisis berdasarkan kemiripan sterik dan elektronik dengan inhibitor yang setidaknya telah melalui tahapan pengujian in vitro, agar didapatkan senyawa alam yang memiliki interaksi dengan pusat aktif katalitik protein. Kemudian dilanjutkan dengan simulasi molekular docking untuk mendapatkan energi ikat dan analisis visual interaksi senyawa alam di sisi aktif protein sebagai inhibitor SARS-CoV-2. Tahap terakhir adalah simulasi dinamika molekuler untuk mengeksplorasi ruang konformasi senyawa alam dan protein serta pengujian kestabilan interaksi dalam berlangsungnya waktu simulasi. Uji ADMET dilakukan terhadap senyawa terbaik untuk memperoleh farmakologi komputasi dan farmakokinetik senyawa alami tersebut. Berdasarkan kesamaan fitur farmafokor, simulasi penambatan, interaksi intramolekul senyawa dan enzim, simulasi dinamika molekul dan sifat ADMET. Senyawa yang teridentifikasi sebagai inhibitor RdRp adalah sotesuflavone, grossamide, dan 6-Hydroxyluteolin-6,7-disulfate. Senyawa yang teridentifikasi sebagai inhibitor Mpro adalah cosmosiin, glucobrassicin, dan isobavachin. Senyawa yang teridentifikasi sebagai inhibitor PLpro adalah cowanin dan isochandalone., Research related to drugs and the SARS-CoV-2 vaccine, which is the virus that causes Covid-19, is still ongoing. This research will focus on obtaining compounds from natural substances that have the most potential as SARS-CoV-2 protein inhibitors based on the inhibition coefficient value, binding energy value, and the structural geometry of the complex natural compound protein SARS-CoV- 2. Based on the genomic information and pathological characteristics of SARS- Cov-2 several SARS-CoV-2 functional proteins can be used as targets for drug development, including RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), Mainprotease (3CLpro), and Papain Like Protease (PLpro), which has a central role in the process of viral replication and viral transcription. This study uses a protein structure derived from the protein bank data (PDB). The structure used is 7BV2 with a resolution of 2.5 Å for RdRp, 7D1M with a resolution of 1.4 Å for Mpro and 6WX4 with a resolution of 1.66 Å for PLpro. Tests were carried out on a thousand natural Indonesian compounds used as inhibitors of the SARS-CoV-2 protein taken from Herbaldb and Pubchem ID. The first stage in this research is pharmacophores modelling with structure-based drug design. Natural compounds are analyzed based on their steric and electronic similarities with inhibitors that have at least gone through in vitro testing stages to obtain natural compounds
Keyword: Molecular Docking, Covid-19, Pharmacophores Modeling, Indonesian Natural Compounds, ADMET Test, Molecular Dynamics Simulation

Judul: Transisi Fasa Materi Hadronik ke Materi Kuark pada Inti Bintang Neutron.
Abstrak: Bintang neutron terdiri dari beberapa lapisan yang disusun oleh materi nuklir yang berbeda dengan kerapatan yang semakin tinggi ketika mendekati pusat bintang. Inti luar bintang neutron disusun oleh materi hadronik (nukleon, lepton, dan hyperon), sedangkan inti dalam bintang neutron disusun oleh kuark-kuark bebas (up, down, strange) yang saling berinteraksi. Tujuan penelitian ini adalah mempelajari bagaimana transisi dari inti luar ke inti dalam bintang neutron dengan menggunakan pendekatan RMF (Relativistic Mean Field) untuk materi hadronik dan CIDDM (Confined Isospin Density Dependent Mass) untuk materi kuark. Tekanan transisi diperoleh ketika potensial kimia barion materi hadronik dan materi kuark bernilai sama. Nilai tekanan transisi dengan parameter SU6-TM1 sekitar 87 MeV/fm3 dan diperoleh massa maksimum bintang neutron yaitu 1.92M dengan jari-jari sekitar 8.62 km. Nilai tekanan transisi dengan parameter SU6-G2 sekitar 53 MeV/fm3 dan massa maksimum bintang neutron yaitu 1.88M dengan jari-jari sekitar 8.16 km. Jenis transisi fasa adalah orde satu ditandai dengan diskontinuitas dalam kerapatan energi (adanya mixed phase). Parameter-parameter pada model nuklir yang digunakan menyebabkan perbedaan kekakuan persamaan keadaan (EOS) dari materi hadronik dan materi kuark sehingga nilai tekanan transisi dari fasa hadronik ke fasa kuark juga berbeda.
Keyword: bintang neutron, persamaan keadaan, transisi fasa