Judul: Deteksi diferensial Tomato chlorosis virus (ToCV) dan Tomato infectious chlorosis virus (TICV) dengan reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR)
Abstrak: Tanaman tomat (Lycopersicon esculentum Mill.) merupakan salah satu komoditas hortikultura yang sangat potensial untuk dikembangkan. Namun, upaya peningkatan produksi dan mutu tomat untuk memenuhi kebutuhan nasional dan ekspor menghadapi banyak kendala, salah satunya adalah gangguan organisme pengganggu tumbuhan (OPT). Beberapa tahun terakhir ini terdapat penyakit baru yang menyerang tanaman tomat yang disebabkan oleh Tomato chlorosis virus (ToCV) dan Tomato infectious chlorosis virus (TICV). Penyakit yang diinduksi oleh ToCV maupun TICV tidak dapat dibedakan gejalanya. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan metode deteksi diferensial TICV dan ToCV melalui reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). Sampel tanaman tomat yang positif terinfeksi tunggal oleh ToCV maupun TICV, dan yang positif terinfeksi ganda oleh TICV dan ToCV diperoleh dari hasil penelitian terdahulu. Untuk menguji penerapan metode RT-PCR terhadap sampel dari lapangan, beberapa sampel juga diperoleh dari sentra produksi tomat di beberapa daerah seperti Cianjur, Cipanas, Lembang, dan Garut. Sampel daun yang diambil dari lapangan di ekstraksi dan dideteksi dengan metode RT-PCR dan PCR, kemudian hasil PCR dielektroforesis. Untuk dapat membedakan virus ToCV dan TICV yang menginfeksi tanaman tomat, deteksi dilakukan dengan menggunakan primer khusus, yaitu ToCV-CF (5’GTGTCAGGCCATTGTAAACCAAG-3’) ToCV-CR (5’CACAAAGCGTTTCTTTTCATAAGCAGG-3’), TICV-CF (5’AATCGGTAG TGACACGAGTAGCATC-3’) dan TICV-CR (5’-CTTCAAACATCCTCCATCT GCC-3’) yang dapat mengamplifikasi virus secara terpisah. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa pasangan primer ToCV dan TICV benar-benar spesifik hanya mendeteksi virusnya masing-masing. Panjang pita produk RT-PCR untuk ToCV diperoleh 360 bp, sedangkan untuk TICV adalah 417 bp. Kedua pasang primer untuk ToCV dan TICV yang dicampur dapat digunakan untuk mendeteksi kedua virus ini, baik yang menginfeksi tunggal maupun bersama-sama dalam jaringan tanaman tomat. Selain utuk mendeteksi virus, metode RT-PCR dengan kedua pasang primer ini juga dapat diterapkan untuk diagnosis.
Keyword: 

Judul: Uji Serologi Diferensial dan Simultan untuk Tomato chlorosis virus (ToCV) dan Tomato infectious chlorosis virus (TICV) pada Tanaman Tomat
Abstrak: Tomato clorosis virus (ToCV) dan Tomato infectious chlorosis virus (TICV) merupakan Criniviruses yang mengakibatkan gejala yang sama berupa klorosis pada tomat. Penyakit ini ditandai dengan klorosis pada jaringan antar tulang daun, daun menjadi lebih tebal dan rapuh, beberapa daun mengalami nekrotik, dan bagian daun berubah menjadi merah keunguan (bronzing). Kedua virus ini menyebabkan penurunan kuantitas dan kualitas produksi buah, sehingga menjadi masalah yang serius pada pertanaman tomat di Indonesia. Antiserum poliklonal yang diproduksi menggunakan protein selubung masing-masing virus yang diekspresikan pada Escherichia coli telah tersedia sebelumnya. Penelitian ini bertujuan menggunakan antiserum tersebut untuk menganalisa hubungan serologis kedua virus dan untuk pengembangan metode deteksi diferensial dan simultan. Tanaman tomat yang terinfeksi tunggal maupun ganda oleh ToCV dan TICV, yang telah dianalisis terlebih dahulu dengan diferensial reverse transcription-polymerase chain reaction, digunakan sebagai sumber virus. Analisis menggunakan gel agarose presipitation test (AGPT) dan dot immunobinding assay (DIBA), ditemukan bahwa tidak ada reaksi silang yang diamati antara antiserum ToCV dan TICV. Hal ini menunjukkan bahwa kedua virus tersebut tidak memiliki hubungan serologi. Sehingga berimplikasi bahwa kedua antiserum tersebut dapat digunakan dalam metode deteksi serologi diferensial untuk ToCV dan TICV. Selanjutnya, campuran antiserum ToCV dan TICV dalam AGPT dan DIBA dapat mendeteksi kedua virus dalam jaringan tanaman tomat yang terinfeksi ganda. Deteksi kedua virus secara simultan dalam uji serologi tunggal dapat menghemat waktu dan biaya. Metode serologi yang dikembangkan pada penelitian ini diharapkan menjadi cara terbaik untuk diagnosis kedua virus ini.
Keyword: agarose gel presipitation test, antiserum, Crinivirus, dot immunobinding assay

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: