Judul: Prediksi Struktur Sekunder Protein menggunakan Hidden Markov Model pada Imbalanced Data
Abstrak: This research aimed to predict protein secondary structure using Hidden Markov Model. A total of 780 data, will be conducted with 600 training data and 180 testing data. Training data obtained protein secondary structure 394052 with 152782 alpha-helix (H), 82355 betha-sheets (B) , and 158915 coil (C). Seen from a percentage of the result, the data retrieved is still imbalanced therefore used oversampling to increase the smallest class randomly until it equal to the largest class. The result of this research show that the Hidden Markov Model (HMM) can be applied to predict the secondary structure of proteins. The data has been oversampled produced Q3 score 45.49% for training data and 43.21% for testing data. For data that was not done oversampling produced Q3 score 43.50% for training data and 43.19% for testing data.
Keyword: Bogor Agricultural University (IPB), Viterbi, oversampling, imbalanced data, Hidden Markov Model (HMM)

Judul: Prediksi Struktur Sekunder Protein dengan Metode Support Vector Machine
Abstrak: Protein merupakan salah satu dari biomolekul raksasa yang berperan sebagai elemen penyusun utama makhluk hidup yang dibentuk dari asam amino. Secara hierarki, protein terbagi menjadi empat tingkat: struktur primer, struktur sekunder, struktur tersier, dan struktur kuartener. Struktur sekunder protein adalah struktur yang dibentuk oleh rangkaian asam amino yang akan membentuk struktur tiga dimensi serta memiliki informasi mengenai struktur tersier dan fungsi protein. Penelitian ini menggunakan data yang berjumlah 277 389 residu protein dari data kategori enzim. Ekstraksi ciri yang digunakan yaitu position specific scoring matrix (PSSM) profile dan fitur kimiafisik. Penelitian ini melakukan prediksi struktur sekunder protein menggunakan metode support vector machine melalui pengenalan pola sekuens asam amino. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Q3 score terbaik diperoleh sebesar 93.16% oleh dataset yang memiliki 260 fitur dengan kernel radial. Penambahan fitur kimiafisik tidak memberikan pengaruh yang signifikan terhadap akurasi prediksi model.
Keyword: protein, prediksi, struktur sekunder, support vector machine

Judul: Evaluation of Landscape Aesthetic Quality of the Cengkih Afo Ecotourism Area
Abstrak: Kota Ternate pada zaman dahulu pernah menjadi pusat perdagangan rempah- rempah khususnya cengkih dan pala. Kedua komoditas ini sangat diminati oleh orang Eropa karena harganya yang sangat tinggi. Hal ini disebabkan karena rempah-rempah banyak digunakan oleh bangsa Eropa sebagai bumbu makanan, upacara keagamaan, dan pengobatan. Oleh karena itu terjadi penjajahan di pulau Ternate atas perebutan rempah-rempah tersebut. Adapun rempah-rempah yang dihasilkan di wilayah Maluku khususnya Pulau Ternate adalah cengkih (Syzygium aromaticum) dan pala (Myristica fragrans). Berdasarkan Keputusan Menteri Pertanian No.3680/Kpts/SR.120/11/2010 tentang Pelepasan Populasi Cengkih Afo sebagai Varietas Unggul, telah memutuskan nama Afo sebagai varietas tanaman cengkih asli dari Ternate. Cengkih inilah yang menjadi bukti peninggalan sejarah sistem monopoli rempah-rempah VOC di pulau Ternate. Kini Cengkih Afo dinyatakan sebagai tanaman yang berumur ratusan tahun dan ditetapkan sebagai tanaman langka. Kawasan Cengkih Afo memiliki potensi wisata yang dapat mengedukasi wisatawan terhadap sejarah rempah-rempah nusantara. Saat ini kawasan Cengkih Afo di lereng Gunung Gamalama dijadikan sebagai tempat wisata yang menawarkan keindahan alam, budaya lokal, dan Pohon Cengkih Afo sebagai daya tarik wisatanya. Namun, sayangnya kawasan ini kurang menonjolkan nilai sejarah dari Pohon Cengkih Afo itu sendiri. Aktivitas yang terdapat pada tempat ini lebih kepada kegiatan kuliner dan foto-foto saja, tidak ada tindakan khusus pada Pohon Cengkih Afo, bahkan fasilitas yang ada di dalamnya cenderung kurang layak terutama dari segi sarana dan prasarana serta infrastruktur seperti jalan setapak yang masih perlu diperhatikan keamanannya. Maka dari itu untuk mengoptimalkan pemanfaatan objek wisata alam Cengkih Afo sebagai sebuah situs alam bersejarah yang juga kaya akan budayanya, dibutuhkan penelitian lebih dalam terkait pemanfaatan objek wisata tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi kualitas estetika lanskap kawasan ekowisata Cengkih Afo dengan mempertimbangkan budaya setempat melalui analisis potensi wisata dan kualitas estetika objek pada karakter lanskap wisata Cengkih Afo. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode kualitatif dan kuantitatif, dimana data kualitatif diperoleh melalui studi kepustakaan, wawancara, dan observasi lapangan, sedangkan data kuantitatif diperoleh melalui kuesioner dengan menggunakan metode scenic beauty estimation (SBE). Luaran dari penelitian ini adalah mengetahui titik-titik potensial mana saja yang dapat dikembangkan atau diperbaiki berdasarkan penilaian yang diperoleh dari hasil analisis SBE berupa kualitas estetika tertinggi dan terendah, dan dapat dijadikan sebagai acuan dalam mengoptimalkan kawasan ekowisata sehingga bermanfaat untuk masyarakat sekitar kawasan ekowisata khususnya dan pemerintah Kota Ternate pada umumnya dalam segi peningkatan sektor pariwisata dan juga dapat menjadi kontribusi ilmu pengetahuan tentang bagaimana cara mengevaluasi kualitas estetika sebuah lanskap kawasan wisata berbasis budaya., The city of Ternate was once the centre of the spice trade, especially cloves and nutmeg. These two commodities are in great demand by Europeans because of their very high prices. This is because spices were widely used by Europeans as food spices, religious ceremonies, and medicine. Therefore, there was colonization on the island of Ternate over the seizure of these spices. The spices produced in the Maluku region, especially Ternate Island, are cloves (Syzygium aromaticum) and nutmeg (Myristica fragrans). Based on the Decree of the Minister of Agriculture No.3680/Kpts/SR.120/11/2010 concerning the Release of Cengkih Afo Populations as Superior Varieties, it has been decided to name Afo as the original clove plant
Keyword: Landscape Character, Cengkih Afo, Ternate City, Scenic Beauty Estimation