Judul: Isolasi Dan Karakterisasi Bakteri Endofit Pada Tanaman Acacia Decurrens (J.C.Wendl.) Willd.
Abstrak: Acacia decurrens merupakan tanaman dengan kemampuan tumbuh cepat dan termasuk kedalam famili Leguminosae. Jenis tanaman ini dapat dijumpai di kawasan taman nasional gunung Merapi (Selo dan Cangkringan) dan kawasan taman nasional gunung Merbabu, Indonesia. Tanaman ini terkenal di Indonesia selain karena kemampuan tumbuh cepatnya, juga karena kemampuan daya adaptasi tinggi yang terkadang mampu menginvasi suatu kawasan. Kemampuan tersebut diduga dipengaruhi kuat oleh keberadaan mikroorganisme khusunya bakteri endofit pada jaringan tanaman tersebut. Tujuan dari penelitian ini yaitu: (1) untuk mendapatkan bakteri endofit dengan cara mengisolasi, mengkarakterisasi, menyeleksi dan mengidentifikasi bakteri endofit dari tanaman A. decurrens, (2) mempelajari peran bakteri endofit dalam meningkatkan pertumbuhan tanaman padi. Lokasi pengambilan sampel terletak pada kawasan taman nasional gunung Merapi dan Merbabu. Proses isolasi, seleksi, karakterisasi dan identifikasi bakteri endofit dari sampel yang berupa bagian akar, batang dan daun tanaman A. decurrens dilakukan di Laboratorium Bioteknologi Lingkungan Indonesian Center for Biodiversity and Biotechnology (ICBB) Bogor. Sebanyak 48 isolat bakteri endofit telah diisolasi dari jaringan pada akar, batang dan daun A. decurrens. Keseluruhan isolat kemudian diseleksi melalui uji patogenitas (reaksi hemolisis pada media agar darah dan hypersensitif respon menggunakan tanaman tembakau) dan dalam meningkatkan daya kecambah dan daya tumbuh benih padi. Berdasarkan hasil seleksi, diperoleh sepuluh isolat yang akan diuji lebih lanjut. Selanjutnya, kesepuluh isolat terpilih diuji dalam menambat N2, memproduksi IAA, melarutkan fosfat, melarutkan kalium, menghambat pertumbuhan bakteri (Xanthomonas oryzae pv. oryzae) dan cendawan (Rhizoctonia solani) penyebab penyakit pada tanaman. Dari hasil uji lanjut yang telah dilakukan, keseluruhan isolat terbukti mampu menambat N2 dan memproduksi IAA, enam diataranya sebagai pelarut fosfat, satu isolat dengan kemamampuan menghambat pertumbuhan X. oryzae dan satu isolat terhadap R. solani. Isolat-isolat tersebut kemudian diuji dalam meningkatkan pertumbuhan vegetatif tanaman padi. Percobaan ini menggunakan rancangan acak lengkap yang terdiri dari 12 perlakuan dan 5 ulangan. Perlakuan tersebut yaitu (perlakuan 1-10) bakteri endofit ditambah ½ dosis rekomendasi N, P, K dan (perlakuan 11 dan 12) sebagai kontrol yaitu ½ dan 1 dosis rekomendasi pupuk N, P dan K. Diantara 10 isolat yang diujikan, isolat Bb4, Ca9 dan Bd3 merupkan isolat-isolat dengan hasil terbaik yang mampu menutupi separuh dari penggunaan pupuk N, P dan K dengan dosis rekomendasi. Ketiga isolat tersebut dilanjutkan pada tahap identifikasi. Berdasarkan gene 16S rRNA, isolat Bb4 memiliki kemiripan 96.4% dengan spesies padanan Enterobacter sp., Ca9 memeliki kemiripan 96.2% dengan Pseudomonas sp. dan Bd3 memiliki kemiripan 96.1% dengan Enterobacter cloacae. Keseluruh isolat tersebut telah terdaftar dan memiliki nomor aksesi dari European Molecular Biology Laboratory (EMBL) Nucleotide Sequence Database. Berdasarkan pada hasil sequensing gene 16S rRNA dan karakter morfologi dan biokimia, ketiga isolat tersebut kemungkinan besar merupakan genus baru dari kelas -proteobacteria.
Keyword: Acacia decurrens, Merapi, Merbabu, bakteri endofit, bakteri pemacu pertumbuhan tanaman, gen 16S rRNA

Judul: Isolasi Dan Karakterisasi Bakteri Endofit Pada Tanaman Acacia Decurrens (J.C.Wendl.) Willd.
Abstrak: Acacia decurrens merupakan tanaman dengan kemampuan tumbuh cepat dan termasuk kedalam famili Leguminosae. Jenis tanaman ini dapat dijumpai di kawasan taman nasional gunung Merapi (Selo dan Cangkringan) dan kawasan taman nasional gunung Merbabu, Indonesia. Tanaman ini terkenal di Indonesia selain karena kemampuan tumbuh cepatnya, juga karena kemampuan daya adaptasi tinggi yang terkadang mampu menginvasi suatu kawasan. Kemampuan tersebut diduga dipengaruhi kuat oleh keberadaan mikroorganisme khusunya bakteri endofit pada jaringan tanaman tersebut. Tujuan dari penelitian ini yaitu: (1) untuk mendapatkan bakteri endofit dengan cara mengisolasi, mengkarakterisasi, menyeleksi dan mengidentifikasi bakteri endofit dari tanaman A. decurrens, (2) mempelajari peran bakteri endofit dalam meningkatkan pertumbuhan tanaman padi. Lokasi pengambilan sampel terletak pada kawasan taman nasional gunung Merapi dan Merbabu. Proses isolasi, seleksi, karakterisasi dan identifikasi bakteri endofit dari sampel yang berupa bagian akar, batang dan daun tanaman A. decurrens dilakukan di Laboratorium Bioteknologi Lingkungan Indonesian Center for Biodiversity and Biotechnology (ICBB) Bogor. Sebanyak 48 isolat bakteri endofit telah diisolasi dari jaringan pada akar, batang dan daun A. decurrens. Keseluruhan isolat kemudian diseleksi melalui uji patogenitas (reaksi hemolisis pada media agar darah dan hypersensitif respon menggunakan tanaman tembakau) dan dalam meningkatkan daya kecambah dan daya tumbuh benih padi. Berdasarkan hasil seleksi, diperoleh sepuluh isolat yang akan diuji lebih lanjut. Selanjutnya, kesepuluh isolat terpilih diuji dalam menambat N2, memproduksi IAA, melarutkan fosfat, melarutkan kalium, menghambat pertumbuhan bakteri (Xanthomonas oryzae pv. oryzae) dan cendawan (Rhizoctonia solani) penyebab penyakit pada tanaman. Dari hasil uji lanjut yang telah dilakukan, keseluruhan isolat terbukti mampu menambat N2 dan memproduksi IAA, enam diataranya sebagai pelarut fosfat, satu isolat dengan kemamampuan menghambat pertumbuhan X. oryzae dan satu isolat terhadap R. solani. Isolat-isolat tersebut kemudian diuji dalam meningkatkan pertumbuhan vegetatif tanaman padi. Percobaan ini menggunakan rancangan acak lengkap yang terdiri dari 12 perlakuan dan 5 ulangan. Perlakuan tersebut yaitu (perlakuan 1-10) bakteri endofit ditambah ½ dosis rekomendasi N, P, K dan (perlakuan 11 dan 12) sebagai kontrol yaitu ½ dan 1 dosis rekomendasi pupuk N, P dan K. Diantara 10 isolat yang diujikan, isolat Bb4, Ca9 dan Bd3 merupkan isolat-isolat dengan hasil terbaik yang mampu menutupi separuh dari penggunaan pupuk N, P dan K dengan dosis rekomendasi. Ketiga isolat tersebut dilanjutkan pada tahap identifikasi. Berdasarkan gene 16S rRNA, isolat Bb4 memiliki kemiripan 96.4% dengan spesies padanan Enterobacter sp., Ca9 memeliki kemiripan 96.2% dengan Pseudomonas sp. dan Bd3 memiliki kemiripan 96.1% dengan Enterobacter cloacae. Keseluruh isolat tersebut telah terdaftar dan memiliki nomor aksesi dari European Molecular Biology Laboratory (EMBL) Nucleotide Sequence Database. Berdasarkan pada hasil sequensing gene 16S rRNA dan karakter morfologi dan biokimia, ketiga isolat tersebut kemungkinan besar merupakan genus baru dari kelas -proteobacteria.
Keyword: Acacia decurrens, Merapi, Merbabu, bakteri endofit, bakteri pemacu pertumbuhan tanaman, gen 16S rRNA.

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: