Judul: IPB (Bogor Agricultural University)
Abstrak: Penyakit layu yang disebabkan oleh bakteri Ralstonia solanacearum (E.F. Smith) Yabuuchi et al. merupakan salah satu faktor pembatas dalam budidaya cabai. Insidensi penyakit layu bakteri pada cabai di Indonesia beberapa tahun terakhir mengalami peningkatan. Pengelolan terpadu merupakan rekomendasi pengendalian penyakit layu bakteri yang dinilai paling tepat. Pengelolaan terpadu adalah suatu sistem pengendalian organisme pengganggu tanaman yang melibatkan berbagai teknik. Salah satu komponen dalam sistem pengelolaan terpadu tersebut adalah pengendalian hayati. Pengendalian hayati untuk penyakit layu bakteri yang telah banyak dilaporkan di antaranya dengan memanfaatkan berbagai mikrob rizosfer yang antagonis, strain avirulen R. solanacearum, bakteriofag, ataupun kelompok mikoriza. Penggunaan mikrob endofit dalam pengendalian beberapa jenis pengganggu tanaman cabai telah mulai banyak diteliti, baik organisme pengganggu dari jenis hama (serangga dan herbivora), patogen penyakit, maupun pengaruhnya bagi tanaman dalam menghadapi cekaman abiotik. Namun demikian, pemanfaatan cendawan endofit dalam mengendalikan penyakit layu bakteri pada cabai, khususnya aplikasinya dalam skala lapangan belum banyak dilaporkan. Di samping itu, pengetahuan terkait berbagai mekanisme yang terlibat dalam respons induksi pertahanan tanaman sebagian besar juga masih terbatas pada aktivitas antibiosis secara langsung terhadap patogen dan pengamatan dinamika beberapa senyawa yang terkait sistem pertahanan tanaman. Penelitian ini bertujuan melakukan eksplorasi, seleksi, menguji potensi cendawan endofit yang berasal dari perakaran tanaman cabai dalam meningkatkan ketahanan tanaman cabai terhadap penyakit layu bakteri R. solanacearum dan mengetahui sebagian mekanisme yang terlibat di dalamnya. Kegiatan penelitian dilakukan di Laboratorium Mikologi Tumbuhan dan Laboratorium Bakteriologi Tumbuhan - Departemen Proteksi Tanaman - Institut Pertanian Bogor (IPB); Laboratorium Mikrobiologi, Rumah Kaca dan Lahan Percobaan Balai Pengkajian Teknologi Pertanian (BPTP) Jakarta; lahan percobaan di Jagakarsa - Jakarta Selatan; Laboratorium Mikrobiologi Terapan Pusat Penelitian Bioteknologi Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI), dan di Laboratorium Biotechnology Research Indonesian - The Netherlands (BIORIN) IPB, pada bulan September 2012 hingga Januari 2017. Eksplorasi cendawan endofit dilakukan terhadap sampel akar tanaman cabai sehat dari daerah Garut (Jawa Barat) dan Cipayung (Jakarta Timur). Seleksi awal terhadap isolat cendawan dilakukan dengan uji patogenisitas secara in vitro. Seleksi cendawan endofit dilakukan berdasarkan uji in-vivo kemampuan cendawan endofit dalam menekan perkembangan penyakit layu bakteri cabai dan uji in-vitro aktivitas antibiosis secara langsung. Identifikasi dilakukan terhadap beberapa isolat yang potensial dalam menekan perkembangan penyakit layu bakteri pada cabai tersebut. Uji efikasi terhadap isolat terpilih dilakukan dengan menggunakan sembilan perlakuan, yaitu: tiga perlakuan cendawan terpilih secara tunggal, empat perlakuan cendawan terpilih secara kombinasi, penggunaan bakterisida streptomisin, dan kontrol. Pengamatan mekanisme induksi ketahanan berupa analisis biokimiawi tanaman yang diinduksi oleh cendawan endofit dan analisis antibiosis tidak langsung. Hasil eksplorasi menunjukkan bahwa isolat cendawan yang diperoleh dari akar tanaman cabai daerah Garut, secara makroskopis memiliki keragaman lebih tinggi dibandingkan dengan keragaman isolat dari daerah Cipayung. Uji patogenisitas pada benih cabai menunjukkan bahwa dari sejumlah isolat cendawan yang diuji lebih banyak cendawan yang bersifat potensial patogenik. Uji pengaruh 46 isolat cendawan terpilih dalam memengaruhi pertumbuhan bibit menunjukkan bahwa sebanyak 7 dari isolat-isolat tersebut diketahui konsisten bersifat non patogenik dan memacu pertumbuhan bibit, 2 isolat yang berdasarkan uji patogenisitas bersifat potensial patogenik menunjukkan kekurang-mampuan dalam memacu pertumbuhan bibit, 29 isolat yang berdasarkan uji patogenisitas bersifat potensial patogenik ternyata mampu meningkatkan pertumbuhan bibit, sedangkan 8 isolat
Keyword: Biocontrol, endophytic fungi, Trichoderma asperellum, Fusarium solani f.sp. phaseoli, induce resistanseo

Judul: Eksplorasi Cendawan Endofit sebagai Agens Pengendali Hayati Phytophthora capsici Leonian pada Cabai
Abstrak: Tanaman cabai merupakan salah satu komoditas hortikultura yang banyak ditanam di Indonesia. Produktivitas cabai di Indonesia masih di bawah potensi produksi semestinya. Salah satu penyebab produktivitas yang belum optimal adalah adanya penyakit busuk pangkal batang yang disebabkan oleh Phytophthora capsici. Pengendalian yang telah umum dengan penggunaan pestisida sintetis belum mampu mengatasi masalah sehingga pengendalian alternatif diperlukan. Pengendalian hayati merupakan salah satu alternatif pengendalian yang dapat digunakan untuk mengendalikan penyakit tanaman. Agens hayati berupa cendawan endofit untuk mengendalikan Phytophthora capsici pada cabai belum dilaporkan di Indonesia. Oleh karena itu diperlukan penelitian untuk mengeksplorasi cendawan endofit yang memiliki potensi sebagai agens hayati pengendalian P. capsici. Penelitian ini terdiri dari 5 tahapan, yaitu 1) eksplorasi cendawan endofit dari tanaman cabai, 2) uji patogenesitas cendawan endofit, 3) uji penghambatan cendawan endofit terhadap pertumbuhan P. capsici, 4) uji kemampuan kolonisasi cendawan endofit pada bibit cabai, 5) uji penekanan penyakit busuk pangkal batang pada bibit cabai. Cendawan endofit yang berhasil diisolasi sebanyak 138 isolat dengan 8 isolat yang digunakan pada uji in vitro dan in planta berdasarkan hasil uji patogenesitas dan potensinya sebagai plant growth promoting fungi (PGPF). Tiga isolat cendawan endofit menunjukkan daya hambat yang tinggi terhadap pertumbuhan P. capsici, masing-masing sebesar 57.0%, 56.8%, dan 52.6%. Dua isolat cendawan endofit yang diuji mempunyai mekanisme antibiosis ditunjukkan dengan adanya zona bening pada pertemuan miselium patogen dan endofit. Pada pengujian secara in vivo, aplikasi cendawan endofit mampu menekan kejadian penyakit busuk pangkal batang pada bibit cabai dengan tingkat penekanan penyakit sebesar 13.7-27.5%. Penekanan penyakit paling tinggi ditunjukkan oleh isolat PAB2 dan HAJ1 masing-masing sebesar 27.5%, diikuti oleh PBG7 dan MAGR1 masing-masing sebesar 25.5%. Inokulasi cendawan endofit pada bibit cabai menunjukkan respons yang berbeda terhadap pertumbuhan bibit cabai. Perlakuan isolat PBG 7 menunjukkan adanya pengaruh positif terhadap semua parameter pertumbuhan (tinggi tajuk, panjang akar, dan bobot biomassa) dibandingkan kontrol. Isolat HAJ1, HAJ2, PAB2, dan CGB5 merupakan isolat-isolat yang berpotensi sebagai plant growth promoting fungi (PGPF), sebab memiliki pengaruh nyata terhadap tinggi tajuk, panjang akar, dan bobot biomassa bibit cabai. Meskipun keempat isolat ini berdasarkan analisis ragam tidak memiliki pengaruh nyata terhadap bobot kering biomassa, tapi nilai bobot masih cenderung lebih tinggi dibandingkan kontrol. Isolat yang telah diuji teridentifikasi sebagai Penicillium sp.1, Penicillium sp.2, Aspergillus sp., Fusarium sp., hifa steril 1, hifa steril 2, hifa steril 3, dan cendawan belum teridentifikasi.
Keyword: antibiosis, busuk batang, Plant growth promoting fungi, uji patogenisitas

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: