Judul: Identification and Characterization of Coxiella burnetii, Causative Agent of Q Fever Zoonotic Disease in Beef Cattle in West Java
Abstrak: Infeksi bakteri Coxiella burnetii (C. burnetii) menyebabkan penyakit Q fever yang tersebar luas di seluruh dunia. Hewan ternak seperti sapi, kambing, dan domba menjadi sumber penularan utama dari penyakit ini. Infeksi C. burnetii pada hewan ternak dapat menimbulkan kerugian ekonomi karena menyebabkan terjadinya abortus dan berpotensi menimbulkan ancaman kesehatan masyarakat karena bersifat zoonosis. Saat ini, studi tentang bakteri C. burnetii pada hewan di Indonesia sangat terbatas. Tujuan dari penelitian ini adalah mengidentifikasi dan melakukan karakterisasi molekuler gen 16S rRNA bakteri C. burnetii pada sapi di Jawa Barat, Indonesia. Penelitian ini juga bertujuan untuk mengetahui patogenesis dan perubahan patologi pada jaringan akibat infeksi C. burnetii Sample jaringan organ diambil dari sapi yang dipotong di rumah potong hewan wilayah Bogor, Depok, dan Bandung Jawa Barat. Identifikasi bakteri C. burnetii dilakukan dengan nested PCR (nPCR) menggunakan primer OMP (screening). Sampel positif terpiih dari hasil screening diuji kembali dengan nPCR menggunakan primer Cox16S dan disekuensing pada gen 16S rRNA. Sampel positif hasil nPCR juga dipilih kembali secara acak untuk dilakukan analisis patologi. Pewarnaan rutin haematoxylin-eosin (HE) dan imunohistokimia (IHK) dilakukan untuk mengetahui lesio dan mengidentifikasi C. burnetii di jaringan. Pewarnaan IHK juga dilakukan untuk mendeteksi bakteri C. burnetii di dalam sel makrofag dan hubungan infeksi C. burnetii dengan sel-sel apoptosis. Terdapat tiga sample teridentifikasi positif C. burnetii pada masing-masing daerah Bogor, Depok, dan Bandung. Hasil sekeunsing terhadap gen 16S rRNA menunjukkan kemiripan 99.9% dengan strain Heizberg, 1843, 2574, 701CbB1, dan 14160-001. Berdasarkan hasil nPCR, materi genetik (DNA) C. burnetii di berbagai organ, terutama pada organ jantung dan limpa. Secara umum tidak terjadi perubahan signifikan pada jaringan melalui pewarnaan HE. Bakteri C. burnetii ditemukan pada jarimgan paru-paru (interalveolar) dan limpa (pulpa putih) dengan menggunakan antibodi anti C. burnetii. Co-localization antara C. burnetii dan makrofag ditemukan pada situs potongan yang sama melalui visualisasi mirror image. Hal ini mengkonfirmasi bahwa sel target dari infeksi C. burnetii adalah sel-sel mononuklear, seperti monosit atau makrofag. Sel-sel apoptosis pada pulpa putih terdeteksi imunoreaktif lebih rendah dibandingkan pulpa merah limpa. Infeksi C. burnetii pada penelitian ini kemungkinan menghambat terjadinya apoptosis di pulpa putih. Kata kunci: Coxiella burnetii, Indonesia, 16S rRNA, IHK, Coxiella burnetii (C. burnetii) bacterial infection cause Q fever disease which is widespread all over the world. Livestock such as cattle, goat, and sheep are the main source of infection for this disease. Coxiella. burnetii infection in livestock animal can result in economic loss as it can cause abortion and potentially become public health hazard for being zoonotic. Today, there are still very limited studies on C. burnetii bacterial in animals in Indonesia. The objective of this research is to identify and characterize the molecular genetic of 16S rRNA gene of C. burnetii bacteria in cattle in West Java, Indonesia. The purpose of this study was also to review the pathogenesis and pathological changes in tissue because of C. burnetii infection Organ tissue samples were collected from cattle culled in slaughterhouses around Bogor, Depok, and Bandung, West Java. Identification of C. burnetii bacteria was performed by nested PCR (nPCR) using OMP primer (screening). Positive samples obtained from screening were retested by nPCR
Keyword: Coxiella burnetii, Indonesia, 16S rRNA, IHK

Judul: Molecular Detection of Coxiella burnetii Causes of Zoonotic Q Fever in Cattle at the Bandung Regency Slaughterhouse
Abstrak: Query fever (Q fever) merupakan penyakit zoonosis yang disebabkan oleh bakteri Gram-negatif bersifat obligat intraseluler yaitu Coxiella burnetii. Hewan ternak menjadi sumber utama penularan pada hewan lainnya maupun manusia. Sapi termasuk salah satu hewan sangat rentan terhadap infeksi akan tetapi umumnya tidak menunjukkan gejala klinis. C. burnetii pada sapi dapat menyebabkan abortus dan beberapa gangguan reproduksi lainnya. Distribusi C. burnetii sudah menyebar luas hampir ke seluruh dunia termasuk di Indonesia, dan penularan utamanya melalui aerosol. Studi dan laporan mengenai kasus Q fever pada hewan di Indonesia masih sangat terbatas hingga saat ini karena diagnosa klinis yang sulit dilakukan untuk deteksi dini. Kabupaten Bandung adalah salah satu wilayah di Jawa barat yang rentan terhadap penyebaran Q fever karena jumlah ternak yang tinggi khususnya sapi. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi keberadaan C. burnetii sebagai penyebab Q fever pada berbagai organ sapi di Kabupaten Bandung. Sampel organ diambil dari 240 ekor sapi yang dipotong di empat Rumah Potong Hewan (RPH) di Kabupaten Bandung. Metode yang digunakan untuk mendeteksi keberadaan C. burnetii dalam sampel adalah nested Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer outer membrane protein (OMP). Sampel positif hasil nested-PCR dilakukan pembuatan preparat histopatologi dengan pewarnaan hematoksilin-eosin (HE) untuk analisis lesi patologi. Lima ekor (2,08%) sapi Brahman cross terdeteksi positif C. burnetii yang berada dalam tiga organ jantung (1,25%) dan dua organ paru (0,83%). Gambaran histopatologi secara umum tidak menunjukkan adanya lesi signifikan dan spesifik terhadap infeksi C. burnetii melalui pewarnaan HE. Berdasarkan hasil tersebut, penelitian ini mengonfirmasi adanya infeksi subklinis C. burnetii pada populasi sapi di Kabupaten Bandung tanpa disertai lesi spesifik. Penelitian lanjutan mengenai Q fever diharapkan dapat dilakukan dengan beberapa metode lain seperti pewarnaan imunohistokimia atau sequencing., Coxiella burnetii, an obligate intracellular Gram-negative bacterium, is responsible for causing the zoonotic disease called Q fever. Livestock animals serve as the primary reservoir of infection for both animals and humans. Cattle are highly prone to infection; however, they typically remain asymptomatic. Coxiella burnetii in cattle can result in abortion and various other reproductive problems. C. burnetii has achieved global distribution, encompassing Indonesia, and its primary mode of transmission is by aerosols. There is a scarcity of studies and reporting on instances of Q fever in animals in Indonesia due to the challenging nature of clinical diagnosis for early detection. Bandung Regency, located in West Java, is susceptible to the transmission of Q fever due to its significant animal population, particularly cattle. The objective of this study is to identify the existence of C. burnetii as the etiological agent responsible for Q fever in cattle in Bandung Regency. Total 240 cattle slaughtered at four slaughterhouses (RPH) in Bandung Regency were used to collect organ samples. The technique employed for identifying the existence of C. burnetii in samples is nested polymerase chain reaction (PCR) with primers specific to the outer membrane protein (OMP). The PCR-positive samples were processed into histopathology slides and stained with hematoxylin-eosin (HE) for the examination of pathological abnormalities. Out of the total of five Brahman cross cattle, which accounts for 2,08% of the sample, three hearts (1,25%) and two lungs (0,83%) were found
Keyword: Q fever, Coxiella burnetii, nested-PCR, cattle

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: