Judul: Reprocessing Crystal Structure of Vibrio  cholerae Multidrug and Toxic Compound Extrusion (MATE) Transporter with  AlphaFold2 as Search Model for Molecular Replacement
Abstrak: Transporter ESBM (Ekstrusi Senyawa Beracun dan Multi Obat) pada Vibrio cholerae telah diidentifikasi sebagai salah satu faktor penyebab resistensi terhadap antibiotik. Namun, struktur ESBM yang tersedia pada RCSB (3MKT) masih memiliki kualitas rendah. Penelitian ini bertujuan memperbaiki struktur kristal transporter ESBM V. cholerae pada database dengan struktur prediksi AlphaFold2. Struktur prediksi AlphaFold2 memiliki tingkat kepercayaan tinggi berdasarkan nilai plDDT sebesar 82,9 dan pTM sebesar 0,851 yang digunakan sebagai model dasar molecular replacement dengan nilai top LLG sebesar 826,549 dan top TFZ sebesar 25,6, dilanjutkan dengan proses refinement. Hasil refinement menunjukkan adanya perbaikan signifikan dalam berbagai parameter struktural seperti Rfree, Rwork, clashscore, Ramachandran outliers, sidechain outliers, dan Real Space Correlation. Superimpose antara struktur hasil refine dengan struktur awal pada database menghasilkan nilai RMSD sebesar 3,086 Å. Proses refinement yang dilakukan menghasilkan struktur yang secara keseluruhan memiliki kualitas yang lebih baik dari struktur database, Multidrug and Toxic Compound Extrusion (MATE) transporter in Vibrio cholerae has been identified as a significant contributor to antibiotic resistance. However, the available MATE structure in the RCSB database (3MKT) has suboptimal quality. This study aimed to enhance the crystal structure of MATE transporter in the database using the AlphaFold2 predicted structure which has a high level of confidence based on a plDDT score of 82.9 and pTM score of 0.851. The predicted structure of AlphaFold2 served as a search model for Molecular Replacement with top LLG and TFZ scores of 826.549 and 25.6, respectively, followed by a refinement process. The refinement process significantly enhanced various structural parameters such as Rfree, Rwork, clashscore, ramachandran outliers, sidechain outliers, and Real Space Correlation. Superimposing the refined structure with the initial structure in the RCSB database revealed an RMSD value of 3.086 Å. The conclusion of this research was the refinement process results had been better quality structure than the database structure
Keyword: AlphaFold2, MATE transporter, molecular replacement, refinement, x-ray crystallography

Judul: Reprocessing of Multi-drug and Toxic Compound Extrusion (MATE) from Halalkalibacterium halodurans C-125
Abstrak: Transporter ekstrusi senyawa beracun dan multi-obat (ESBM) diketahui ikut berkontribusi dalam munculnya resistensi antibiotik pada bakteri Halalkalibacterium halodurans. Struktur transporter pada pangkalan data perlu mengalami perbaikan untuk menunjang penelitian resistensi antibiotik akibat ESBM. Penelitian ini bertujuan meningkatkan kualitas struktur tiga dimensi protein ESBM H. halodurans C-125 (PDB Id 5c6o) menggunakan teknik molecular replacement dengan basis struktur hasil pemodelan AlphaFold2 yang diikuti proses refinement. Struktur hasil pemodelan AlphaFold2 menunjukkan tingkat kepercayaan yang tinggi, ditunjukan dari nilai plDDT 89,7 dan pTM 0,874. Struktur AlphaFold2 digunakan sebagai basis molecular replacement menghasilkan nilai top LLG sebesar 407,61 dan top TFZ sebesar 18. Hasil refinement menunjukkan kualitas yang cukup buruk, beberapa parameter mengalami penurunan dan adanya tanda overfitting dari selisih Rworks dan Rfree. Meskipun demikian, beberapa parameter kualitas mengalami peningkatan, sehingga penelitian cukup berpotensi untuk dapat dilanjutkan melalui penggunaan fungsi lanjutan, seperti RefMac CCP4., Multidrug and toxic compound extrusion (MATE) transporter known to have played a part in the emergence of antibiotic resistance from Halalkalibacterium halodurans bacteria. Research related to antibiotic resistance due to MATE can be supported by improving the structure of transporters in the database. This study aimed to improve the quality of the three-dimensional structure of the MATE protein from H. halodurans C-125 (PDB Id 5c6o) using molecular replacement techniques based on the AlphaFold2 modeling structure followed by a refinement process. The AlphaFold2 modeling structure showed high level of confidence, indicated by a value of 89.7 for plDDT and 0.874 for pTM. The AlphaFold2 structure used as the basis for molecular replacement produced top LLG value of 407.61 and a top TFZ of 18. The refinement results showed poor qualities, some parameters decreased and there were signs of overfitting from the difference between Rworks and Rfree. However, there were several quality parameters that increased, so the research has the potential to be continued through the use of advanced functions, such as RefMac CCP4.
Keyword: refinement, AlphaFold2, kristalografi X-ray, molecular replacement, transporter ESBM

Judul: Perencanan Lanskap Sunda Kalapa, Jakarta Utara Sebagai Kawasan W isata Sejarah
Abstrak: Perkembangan kota Jakarta dari waktu ke waktu sangatlah cepat, sehingga menyebabkan kota-kota tua banyak yang tergusur untuk dijadikan daerah baru yang lebih modern. Apabila hal tersebut tidak ditanggulangi secara dini maka keberadaan Kota Lama Jakarta akan hilang. Hal inilah yang melatar belakang untuk dilakukan tindakan perlindungan dan revitalisasi kawasan bersejarah Sunda Kalapa.
Keyword: