Judul: Comparison of Salmonella spp and Campylobacter jejuni Primer Analysis and Interpretation by Utilizing BLAST and MEGA Apps
Abstrak: Salmonella spp memiliki gen invansi yang merupakan gen penyebab beberapa penyakit pada inang. Gen invansi ditemukan pada lebih dari 2000 serovar Salmonella sehingga, dapat digunakan untuk mendeteksi keberadaan spesies Salmonella sampai tingkat genus. Campylobacter jejuni dan Campylobacter coli merupakan agen yang paling banyak menyebabkan kasus infeksi saluran pencernaan yaitu campylobacteriosis pada manusia. Gen 16S rRNA digunakan untuk mendeteksi keberadaan spesies Campylobacter karena, gen ini mampu mengidentifikasi organisme berdasarkan strukturnya yang khas. Pengujian menggunakan metode Polymerase Chain Reaction diawali dengan analisis secara in silico untuk menentukan spesifisitas primer terhadap target gen. Primer yang dianalisis untuk target gen invA Salmonella spp sebanyak 8 pasang dan primer untuk target gen 16S rRNA Campylobacter sp sebanyak 4 pasang. Analisis secara in silico dilakukan menggunakan dua aplikasi yaitu Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) dan Molecular Evolutionary Genatics Analysis (MEGA). Tujuan analisis yang dilakukan adalah untuk membandingkan hasil analisis primer menggunakan kedua aplikasi dan menentukan primer yang spesifik untuk target gen invA dan gen 16S rRNA. Pasangan primer S139 dan S141 spesifik untuk target gen invA dari Salmonella spp berdasarkan analisis menggunakan Nucleotide-BLAST dan MEGA. Pasangan primer ST11 dan ST15 spesifik dengan target gen invA berdasarkan analisis menggunakan Primer-BLAST. Hasil analisis primer untuk target gen 16S rRNA Campylobacter jejuni pasangan primer CjF dan CjR spesifik berdasarkan hasil analisis menggunakan aplikasi BLAST dan MEGA.
Keyword: invA gene, 16S rRNA gene, BLAST, MEGA

Judul: Kajian Bioinformatika Menggunakan Aplikasi Blast Dan Mega Untuk Analisis Spesifisitas Primer Salmonella spp
Abstrak: Salmonella spp merupakan suatu genus bakteri penyebab foodborne disease terbesar di Indonesia. Untuk mendeteksi cemaran Salmonella spp, digunakan aplikasi bioinformatika melalui Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan primer spesifik. Tujuan dari penelitian adalah untuk menyusun dan menguji spesifisitas primer amplikon pendek dan amplikon panjang gen 16S rRNA Salmonella spp. Metode penelitian untuk amplikon pendek dimulai dari seleksi pustaka primer spesifik target gen 16S rRNA Salmonella spp, kemudian dilanjutkan analisis spesifisitas menggunakan aplikasi BLAST dan dilanjutkan oleh analisis dengan aplikasi MEGA untuk mencocokan urutan DNA secara manual melalui fungsi alignment. Untuk amplikon panjang dimulai dari pemilihan gen 16S rRNA Salmonella spp dari genbank yang kemudian dilanjutkan dengan desain primer menggunakan aplikasi Primer-3 pada Primer-BLAST dan dianalisis spesifisitasnya. Hasil penelitian memperoleh rekomendasi primer untuk dua panjang amplikon yang berbeda. Pada amplikon pendek, diperoleh primer MINf dan MINr dengan coverage dan spesifisitas yang spesifik terhadap Salmonella spp serta panjang primer 402 bp. Pada amplikon panjang, diperoleh dua primer hasil primer desain yaitu Primer Pair 3 dan Primer Pair 8 dengan kelebihan dan kekurangannya masing-masing. Primer Pair 3 memiliki sifat dan karakteristik primer yang lebih sesuai dengan kriteria primer ideal oleh Sanger, namun Primer Pair 8 memliki spesifisitas yang lebih baik terhadap Salmonella spp. Kata
Keyword: Primer, Salmonella, 16S rRNA, Spesifisitas, BLAST, MEGA

Judul: Tree berdiameter lima adalah graceful
Abstrak: This manuscript presents some proofs that every tree of diameter five is graceful. A graceful tree is a graph which has a graceful labelling. This labelling assigns absolute difference of connected vertices, such that the resulting edge labels are mutually distinct. There are three theorems to be considered. First theorem proves that every tree of diameter four is graceful. Second theorem proves that every tree of diameter five is graceful or nearly graceful. The third theorem improves the second theorem and shows that every tree of diameter five is nearly graceful, which can be transformed into graceful using some certain patterns.
Keyword: Graf, Pelabelan graceful, Bogor Agricultural University, Institut Pertanian Bogor, IPB