Judul: Analisis Polimorfisme Gen MYF5|MspI serta Asosiasinya terhadap Sifat Pertumbuhan Sapi Bali
Abstrak: Sapi Bali (Bos javanicus) merupakan sapi asli Indonesia yang telah diakui oleh FAO sebagai salah satu bangsa sapi di dunia. Sebagai SDGT potensinya perlu ditingkatkan terutama sebagai penghasil daging yang diharapkan dapat mendukung kebutuhan daging nasional. Pendekatan genetik menjadi salah satu fokus dalam penelitian ini terutama dalam mengidentifikasi gen-gen potensial yang berhubungan dengan sifat pertumbuhan. Gen Myogenic Factor 5 (MYF5) memiliki peranan penting dalam mekanisme pembentukan otot rangka sekaligus di ekspresikan paling awal di antara anggota MRF lainnya serta mengontrol proses myogenesis. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi SNP g.643G>A gen MYF5 kemudian mengasosiasikannya dengan sifat pertumbuhan pada sapi bali. Sampel darah diambil dari 80 ekor sapi bali yang terdiri dari 36 jantan dan 44 betina yang berumur 1.5-3.5 tahun yang dipelihara pada kondisi lingkungan yang sama di BPTU-HPT Denpasar Bali. Data fenotipe yang diamati meliputi; berat lahir, berat hidup, pertambahan bobot badan, panjang badan, dalam dada, tinggi pundak, tinggi pinggul, dan lingkar dada. Keragaman gen MYF5 diidentifikasi menggunakan metode PCR-RFLP. Asosiasi genotipe gen MYF5 dengan sifat pertumbuhan dilakukan dengan menggunakan General Linear Model oleh program SAS 9.4. Identifikasi keragaman gen MYF5|MspI bersifat polimorfik dan diperoleh tiga macam genotipe yaitu; AA, AG dan GG. Fragmen yang tidak terpotong oleh enzim MspI (1 fragmen = 285 pb) adalah genotipe AA, Fragmen terpotong (2 fragmen = 170 pb dan 115 pb) adalah genotipe GG, dan (3 fragmen = 285 pb, 170 pb, dan 115 pb) atau heterozigot adalah genotipe AG. Frekuensi genotipe AA, AG dan GG masing-masing adalah 0.04 (3), 0.30 (24), dan 0.65 (53). Frekuensi alel 0.19 dan 0.81 untuk alel A dan G. Analisis frekuensi gen menunjukkan bahwa sapi bali di BPTU-HPT Denpasar berada dalam keseimbangan Hardy-Weinberg. Asosiasi genotipe gen MYF5|MspI dengan sifat pertumbuhan sapi bali tidak berbeda nyata (P>0.05). SNP g.643G>A belum dapat dijadikan penciri genetik sifat pertumbuhan pada sapi bali.
Keyword: gen MYF5, PCR-RFLP, sapi bali

Judul: Identifikasi Keragaman Gen MYF5 (MYF5|MspI) pada Sapi bali dan PO serta limousin dengan Metode PCR-RFLP.
Abstrak: Gen Myogenic Factor 5 (MYF5) adalah salah satu gen yang terlibat dalam mekanisme pembentukan otot rangka dan gen tersebut diketahui mengontrol proses myogenesis. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui keragaman gen Myogenic Factor 5 (MYF-5|MspI) pada bangsa sapi bali, PO, dan limousin dengan metode Polymerase Chain Reaction – Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP). Jumlah sampel yang digunakan yaitu 48 sampel sapi bali, 39 sampel sapi PO, dan 19 sampel sapi limousin. Keragaman gen MYF5 dianalisis menggunakan metode Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) dengan menggunakan enzim MspI. Frekuensi alel dan genotipe, heterozigositas, dan keseimbangan Hardy-Weinberg (uji 2) dianalisis menggunakan program PopGen32. Hasil penelitian menunjukan bahwa gen MYF5|MspI pada bangsa sapi bali dan PO bersifap polimorfik sedangkan pada bangsa sapi limousin bersifat monomorfik. Ditemukan 3 genotipe untuk gen MYF5|MspI yaitu AA (1 pita), GG (2 pita), dan AG (3 pita) dengan 2 alel A dan G. Nilai heterozigositas tertinggi ditunjukan oleh bangsa sapi bali dengan nilai 0.42 dan bangsa sapi PO dengan nilai 0.33.
Keyword: keragaman, MYF5, PCR-RFLP, PO, sapi bali

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: