Judul: Keragaman Bakteri yang Berasosiasi dengan Penyakit Kanker
Jeruk dan Tingkat Ketahanan Beberapa Jenis Inangnya
Abstrak: Kanker jeruk merupakan salah satu penyakit penting pada tanamaan jeruk setelah Citrus Vein Phloem Degeneration (CVPD) atau huanglongbing dan Citrus Tristeza Virus (CTV). Kanker jeruk disebabkan oleh bakteri Xanthomonas citri subsp.citri (Sinonim: Xanthomonas axonopodis pv. citri) yang dapat menginfeksi bagian daun, buah, batang, ranting dan pucuk tanaman jeruk. Gejala penyakit biasanya diawali dengan bintik-bintik kecil, bulat, berwarna kuning yang kemudian membesar membentuk lesi berwarna kecoklatan yang dikelilingi halo. Lesi memiliki permukaan dan tekstur kasar dengan bagian tengah bergabus. Daun yang berlesi dapat menjadi berlobang dan mengalami defoliasi, ranting dan pucuk mongering dan mati, pohon yang terserang mengalami penurunan produksi buah. Kanker jeruk sangat merugikan dan dapat menimbulkan kehilangan hasil hingga 30-40%. X. citri subsp. citri mampu menginfeksi hampir seluruh jenis jeruk, antara lain jeruk manis siam (Citrus sinensis), nipis (C. aurantifolia), purut (C. hystrix), lemon (C. limon), jeruk bali (C. maxima), dan jeruk keprok (C. reticulata). Bakteri patogen tersebut keragaman strain tergantung dari wilayah geografis dan jenis tanaman inangnya. Setiap jenis tanaman jeruk memiliki ketahanan yang berbeda-beda terhadap penyakit kanker jeruk. Ketahanan berbagai jenis tanaman jeruk terhadap berbagai strain patogen kanker di Indonesia menjadi informs yang baru. Penelitian ini adalah tentang identifikasi dan karakterisasi patogen penyebab kanker pada berbagai jenis jeruk dan dilanjutkan dengan pengujian patogenisitas dan virulensi patogen terhadap berbagai jenis jeruk untuk mengetahui tinggat kerentanan jenis jeruk terhadap patogen. Hasil penelitian ini memberikan informasi tentang keragaman bakteri patogen kanker jeruk dan jenis tanaman jeruk yang tahan terhadap penyakit kanker. Sampel daun jeruk diperoleh di perkebunan jeruk Gunuang Omeh Kabupaten Lima Puluh Kota Sumatra Barat dan di tempat penjualan bibit di Kota Bogor. Sampel-sampel daun bergejala kanker diambil dari jeruk jenis siam, nipis , lemon dan purut. Identifikasi dan karakterisasi patogen penyebab kanker dilakukan secara morfologi, fisiologi, biokimia dan molekuler. Analisis molekuler dilakukan dengan PCR menggunakan primer universal gen 16S rRNA dan primer spesifik XACF/XACR dan dilanjutkan dengan sekuensing urutan nukleotida. Pengujian patogenisitas dilakukan pada masing-masing tanaman inang asal. Virulensi patogen diujikan pada beberapa jenis tanaman jeruk menggunakan rancangan acak lengkap faktorial dengan lima kali ulangan. Data dianalisis menggunakan sidik ragam, apabila berbeda nyata dilanjutkan dengan uji Tukey pada taraf 5%. Berdasarkan hasil isolasi patogen diperoleh sebanyak 16 isolat bakteri patogen yang terdiri atas 9 isolat dari Bogor dan 7 isolat dari Padang yang terdiri atas 7 isolat dari jeruk lemon (C. limon), 4 isolat dari jeruk nipis (C. aurantifolia), 3 isolat dari jeruk purut (C. hystrix), 1 isolat dari jeruk siam (C. sinensis) dan 1 isolat dari Fortunella. Karakter morfologi semua isolat yaitu berbentuk bulat dengan tepian rata, ketinggian cembung, permukaan koloni halus mengkilat dan tidak tembus cahaya. Beberapa karakter lain seperti ukuran, pigmentasi dan tekstur beberapa isolat berbeda dengan isolat lainnya. Ukuran isolat terdiri atas kecil (kurang dari 2 mm), sedang (2-3 mm) dan besar (lebih dari 3 mm). Pigmentasi isolat terdiri atas kuning, kuning cerah, krem dan krem kekuningan, sedangkan untuk tekstur bakteri terdiri atas berlendir dan seperti mentega. Karakter fisiologi dan biokimia isolat bakteri menunjukkan keragaman. Semua isolat bersifat positif katalase, hidrolisis gelatin dan Tween-80, mampu tumbuh pada medium TTC 0,02% dan bersifat reduksi pada uji litmus
Keyword: AUDPC, Citrus spp., host resistance, pathogenicity, virulence, Xanthomonas citri subsp. citri

Judul: Produksi Jeruk Siam di Sumatera Utara dan Penyakit Kanker Bakteri Serta Simulasi Identifikasi In Silico Xanthomonas citri pv. citri
Abstrak: Jeruk Siam manis adalah tanaman buah penting di Indonesia. Salah satu penghasil utama jeruk tersebut adalah Provinsi Sumatera Utara dengan sentra produksi terbesar di Kabupaten Karo. Kanker jeruk adalah salah satu penyakit yang dapat menyebabkan kerugian hasil yang besar. Pengendalian yang tepat penyakit ini harus didasarkan pada diagnosis yang akurat. Identifikasi bakteri patogen yang cukup sulit dan lama jika berdasarkan gejala dan pengujian konvensional, dapat dibantu dengan teknik molekuler yang lebih sensitif, akurat dan singkat. Tugas akhir ini untuk menggambarkan produksi dan produktivitas jeruk di Provinsi Sumatera Utara, keadaan penyakit kanker jeruk dan cara budidayanya di Kabupaten Karo dan Batubara, serta simulasi identifikasi bakteri penyebab kanker menggunakan teknik PCR-sequencing secara in silico. Produksi jeruk Provinsi Sumatera Utara berfluktuasi dan mengalami penurunan yang signifikan selama dasawarsa terakhir, dari peringkat pertama pada tahun 2010 ke peringkat ke-3 pada tahun 2020 di bawah provinsi Jawa Timur dan Bali. Produktivitas jeruk di pertanaman petani responden dataran tinggi Karo lebih baik daripada petani dataran rendah Kabupaten Batubara. Kejadian penyakit kanker mencapai 100% baik di lokasi observasi Karo maupun Batubara dengan tingkat severita masing-masing 46,8% dan 59,6%. Simulasi identifikasi molekuler bakteri patogen kanker jeruk dari Bogor berdasarkan urutan nukleotida gen 16S rRNA menunjukkan identitas sebagai Xanthomonas citri pv. citri dengan homologi >99% dengan banyak isolat dari beberapa negara. Isolat Bogor tersebut memiliki hubungan filogenetik yang lebih dekat dengan isolat dari Thailand dan India dibandingkan dengan isolat dari negara lain seperti Arab Saudi, Selandia Baru, China, Amerika Serikat dan Belgia.
Keyword: 16S rRNA bacterial gene, disease intensity, phylogenetic tree, homology

Judul: The Construction of Greedy SVP LLL Algorithm
Abstrak: A lattice is a set of all integer linear combination of a set of linearly independent vectors in ℝ𝑛���. The independent vectors are called bases of lattice. Any lattice can be generated from many bases, and these bases have the same cardinality. In the lattice, the most fundamental and renowned problem is the Shortest Vector Problem (SVP). SVP is a tracking problem of the shortest nonzero vector in a lattice with equivalent bases. In two dimensions, SVP problem has resolved exactly by Gauss’ algorithm. When the lattice dimension is higher than two, A.K. Lenstra, H.W. Lenstra and L. Lovasz gave a LLL algorithm to compute approximation of nonzero shortest vector in the lattice. Reduced bases solution obtained from LLL algorithm still be an approximation and has polynomial running time of arbitrary dimension which large enough. In 1994, Schnoor and Euchner modified this LLL algorithm as a new variant which later was named deep insertion LLL algorithm. This algorithm is a modified version of the LLL algorithm to the terms of the exchange step to improve the accuracy of output of LLL reduced bases and applying it to the subset sum problem. The purpose of this research are: (1) Reconstruct the LLL algorithm and deep insertion LLL algorithm using a geometric approach. (2) Construct a greedy SVP LLL algorithm. (3) Implement the three algorithms in a symbolic programming language, and evaluate them experimentally. A bases ℬ=[𝐛���1,𝐛���2,…,𝐛���𝑛���] in ℝ𝑚��� is called reduced LLL with parameter 𝛿��� if satisfies: (a) |𝜇���𝑗���𝑖���|≤12, for every integer 𝑖���,𝑗��� with 1≤𝑖���<𝑗���<𝑛���. (b)𝛿���‖𝜋���𝑗���(𝐛���𝑗���)‖2≤‖𝜋���𝑗���(𝐛���𝑗���+1)‖2, for 𝑗���=1,2,…,𝑛���−1,where 𝛿��� is a reduced parameter of real numbers with 14<𝛿���<1. The first requirement is the reduced basis 𝛿��� must “nearly orthogonal” and in its computation case, this requirement can be reached out by using the Gram-Schmidt’s orthogonalization. While the second requirement is called exchange step, or used to called as Lovasz condition. By using both of these requirements, then they establish the LLL algorithm. Then, Schnoor and Euchner modify the LLL algorithm based on the requirements of the exchange step called the deep insertion LLL algorithm, where the exchange step is based on the comparison of the projected vector in orthogonal complement [𝐛���1,𝐛���2,…,𝐛���𝑘���−1]⊥ after j-th reduction. To construct greedy SVP LLL algorithm, the requirements of the exchange step is based on purely by comparing norm of lattice 𝐛���𝑗��� with norm lattice 𝐛���𝑖��� for 𝑖���=1,2,3…,𝑗���−1. The process of insertion reduced vector after the exchange step also has done greedily. Then, we calculate the number of arithmetic operation in greedy SVP LLL algorithm for further analysis. The result of our exprimentation for three algorithms on the certain matrix size shows that the running time of the three algorithms increases propotional to the size of the matrix. The result also shows that by using 𝛿���=34 for the LLL algorithm and the deep insertion LLL algorithm, and the greedy SVP LLL algorithm which is a new variant made by using no parameter of 𝛿���, outperform of the other of two previous algorithm in terms of speed with the same output.
Keyword: LLL algorithm, LLL deep insertion algorithm, greedy SVP LLL algorithm