Judul: Identifikasi Bakteri Patogen pada Permukaan Kulit Buah Mentimun (Cucumis sativus) dari Tiga Lokasi di Bogor
Abstrak: Buah mentimun merupakan produk pangan yang umum dikonsumsi tanpa pengolahan. Hal ini meningkatkan kemungkinan terdapat kontaminasi bakteri pada buah mentimun, termasuk bakteri patogen. Identifikasi bakteri patogen menjadi langkah penting bagi proses penanggulangan masalah ini. Penelitian bertujuan mengisolasi, menguji aktivitas hemolisis, mengidentifikasi molekular serta mendeteksi keberadaan gen virulensi bakteri patogen yang terdapat pada permukaan kulit buah mentimun. Bakteri diisolasi dari air rendaman buah mentimun yang diencerkan secara serial hingga 10^6. Hasil pengenceran disebar pada blood agar dan dipilih koloni dengan karakter kasat mata yang berbeda. Bakteri patogen dikonfirmasi aktivitas hemolisisnya dan dipilih isolat dengan aktivitas hemolisis sempurna untuk karakterisasi lebih lanjut. Karakterisasi dilakukan secara makroskopis dan mikroskopis. Isolat diidentifikasi secara molekuler dengan gen 16s rRNA dan dideteksi keberadaan gen virulensi plcH, toxA, dan lasB. Terdapat bakteri patogen sebanyak 10^4 CFU/gram yang dideteksi pada setiap permukaan kulit buah mentimun. Sepuluh isolat yang secara kasat mata berbeda diisolasi, dimurnikan, dan dikarakterisasi aktivitas hemolisisnya. Tiga isolat dengan aktivitas hemolisis sempurna diidentifikasi memiliki karakter Gram positif, berbentuk basil dan memiliki endospora. Identifikasi molekular menunjukan ketiga isolat memiliki kemiripan sekuens tertinggi dengan Bacillus altitudinis, Bacillus cereus, dan Bacillus xiamenensis. Seluruh isolat terdeteksi memiliki gen plcH, hanya satu isolat yang memiliki gen toxA dan tidak isolat yang memiliki gen lasB., Cucumber is a food product that is commonly consumed without processing. This increases the possibility of bacterial contamination of cucumbers, including pathogenic bacteria. Identification of pathogenic bacteria is an important step in the process of overcoming this problem. The research aims to isolate, test hemolysis activity, molecular identification and detect the presence of virulence genes for pathogenic bacteria on the surface of cucumber skin. Bacteria were isolated from cucumber soaking water which serially diluted to 106. The dilution was spread on blood agar and colonies with different visible characteristics were selected. Pathogenic bacteria were re-confirmed for their hemolysis activity and isolates with perfect hemolysis activity were selected for further macroscopic and microscopic characterization. Isolates were identified molecularly using the 16s rRNA gene and detected the presence of the virulence genes plcH, toxA, and lasB. There is pathogenic bacteria around 10^4 CFU/gram detected on each surface of the cucumber skin. Ten isolates that were different isolated, purified, and re-characterized hemolysis activity. Three isolates with perfect hemolysis activity were selected and identified as Gram-positive, basil-shaped and had endospores. Molecular identification showed that three isolates had the highest sequence similarity to Bacillus altitudinis, Bacillus cereus, and Bacillus xiamenensis. All isolates were detected to have the plcH gene, only one isolate had the toxA gene and no isolates had the lasB gene.
Keyword: bakteri patogen, buah mentimun, sayuran segar, virulensi

Judul: Deteksi Dan Identifikasi Patogen Terbawa Benih Brassicaceae.
Abstrak: Penggunaan benih bermutu merupakan salah satu faktor penentu keberhasilan produksi pertanian karena mampu meningkatkan produksi dan mengurangi adanya permasalahan penyakit di lapangan. Masuknya benih ke suatu negara melalui kegiatan impor berpotensi menjadi sarana masuknya patogen baru, sehingga perlu dilakukan deteksi dan identifikasi terhadap benih tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi patogen terbawa benih Brassicaceae (kubis-kubisan) dan menententukan patogenisitasnya. Pada penelitian ini contoh benih kubis bunga (Brassica oleracea var. italica) asal Amerika Serikat dan benih sawi hijau (B. rapa var. parachinensis), kubis cina (B. rapa f. annua), pakchoy putih (B. rapa subsp. chinensis) dan pakchoy (B. rapa subsp. chinensis) asal Malaysia diiuji menggunakan metode blotter test dengan sterilisasi permukaan maupun tanpa seterilisasi permukaan. Total infeksi cendawan pada benih tanpa sterilisasi permukaan yaitu Aspergillus hitam sebesar 2.4%, Curvularia 1.2%; Aspergillus hijau 1%; Phoma 0.4%; Chaetomium 0.2% dan juga ditemukan gejala bercak cokelat dan gejala bercak kebasahan dengan total kejadian masing-masing 7.8%; dan 5.6%. Pada benih tanpa sterilisasi permukaan infeksi cendawan secara berurutan yaitu Aspergillus hijau 2.8%; Aspergillus hitam 0.6%; Curvularia 0.4%; selain itu juga ditemukan gejala berupa bercak berwarna cokelat 10.2% dan bercak kebasahan 4.2% yang masing-masing disebabkan oleh bakteri. Bakteri yang berasosiasi pada daun yang bergejala bercak cokelat dan bercak kebasahan diisolasi dengan merendam daun tersebut di dalam air steril. Oose bakteri yang terdifusi pada air steril selanjutnya digores pada media untuk mendapatkan biakan murni bakteri. Sebanyak 23 isolat bakteri yang ditemukan selanjutnya diuji respons hipersensitif (HR) dan diperoleh hanya 5 isolat yaitu 3.3, 5.2, 9.1, 9.2, dan 11.1.P yang menginduksi HR yang berasal dari daun kecambah yang bergejala bercak cokelat. Kelima isolat bakteri ini selanjutnya digunakan untuk uji patogenisitas. Uji patogenisitas terhadap tiga belas isolat cendawan terbukti mampu menyebabkan infeksi antara 93.8-100% terhadap benih dan kecambah. Gejala infeksi berupa benih mati tidak berkecambah, benih berkecambah dan mengalami nekrosis dan benih berkecambah lalu mati. Hal ini menunjukkan bahwa cendawan tersebut berpotensi sebagai patogen terhadap benih maupun kecambah Brassicaceae. Hasil identifikasi terhadap cendawan isolat Aspergillus hijau, Aspergillus hitam, Curvularia, Phoma dan Chaetomium masing-masing adalah Aspergillus flavus, A. niger, Curvularia lunata, Phoma lingam dan Chaetomium globosum. Phoma lingam merupakan organisme pengganggu tumbuhan karantina A2 yang sebelumnya dilaporkan hanya tersebar di Jawa Timur. Cendawan ini memiliki miselium aerial, berwarna krem atau kuning kecokelatan dan berubah menjadi cokelat kehitaman dengan bertambahnya umur cendawan, ditemukan piknidia pada benih atau biakan, berwarna cokelat, memiliki satu atau beberapa leher papilla yang mengeluarkan eksudat konidia berwarna merah muda, konidia berbentuk lonjong dengan 2 guttule pada kedua kutubnya. Uji patogenisitas terhadap lima isolat bakteri terhadap kecambah Brassicaceae terbukti mampu menyebabkan luka kebasahan atau luka berwarna cokelat pada daun kecambah yang diinokulasi buatan, baik yang menggunakan metode stubbing ataupun clipping dengan persentase infeksi sebesar 96-100%. Bakteri menyebabkan gejala nekrosis, busuk lunak dan luka kebasahan pada produk pascapanen Brassicaceae dengan persentase infeksi 56-78%. Reisolasi dilakukan terhadap daun kecambah (kotiledon) yang bergejala pada pengujian patogenisitas terhadap kecambah dan diperoleh bakteri dengan karakter koloni dan respons hipersensitif yang sama dengan bakteri yang digunakan untuk inokulasi. Isolat bakteri hasil reisolasi tersebut dimurnikan, selanjutnya bersama dengan isolat bakteri hasil isolasi diidentifikasi secara fenotipik dan genotipik. Hasil
Keyword: Bacillus pumilus, metode blotter test, pengujian patogenisitas, f iPhoma lingamnsect

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: