Judul: Nilai Hambur Balik Plankton Di Perairan Laut Jawa Menggunakan Alat Akustik Simrad ME70
Abstrak: ABSTRAK CHANDRA HEGAR PANGESTU. Nilai Hambur Balik Plankton Di Perairan Laut Jawa Menggunakan Alat Akustik Simrad ME70. Dibimbing oleh Dr. Ir. Sri Pujiyati, M.Si dan Asep Priatna, S.Pi, M.Si. Plankton dibagi menjadi fitoplankton dan zooplankton, fitoplankton merupakan organisme mikroskopis yang mampu menghasilkan bahan organik dari bahan anorganik melalui proses fotosintesis dengan bantuan cahaya Pengolahan data mengenai sebaran dan kelimpahan plankton dilakukan sebagai media untuk melihat wilayah perairan mana saja yang memiliki potensi perikanan yang cukup baik, plankton dijadikan sebuah indikator untuk melihat tinggi atau rendahnya potensi perikanan di wilayah perairan tersebut. Dengan metode akustik maka dapat diketahui besarnya nilai hambur balik planton dalam satuan dB. Penelitian ini bertujuan untuk melihat sebaran nilai Volume backscattering strength plankton (SV) dengan menggunakan alat instrumentasi hidroakustik Simrad ME70 dengan frekuensi yang dianalisis pada frekuensi 116 kHz di perairan Laut Jawa. Setelah mendapatkan data akustik berupa tampilan echogram kemudian data diolah menggunakan software Echoview dengan batas variable -90 dB s/d -70 dB. Data echogram tersebut kemudian diekstrak dalam bentuk data Excel. Nilai SV di perairan Laut Jawa menggunakan alat Akustik Simrad ME 70 Frekuensi 116 KHz menunjukkan selang nilai Volume back Scattering (SV) -88,99 dB sampai -82,56 dB. Hasil penelitian membuktikan bahwa sebaran plankton secara horisontal banyak ditemukan SV besar pada di lokasi tengah perairan. Kelimpahan plankton secara vertikal banyak ditemukan pada kedalaman 20-40m dan berdasarkan waktu memiliki fluktuasi dari waktu ke waktu di setiap perairan. Kata kunci : ME 70, horizontal, vertikal, temporal
Keyword: ME 70, horizontal, vertikal, temporal

Judul: The Relationship between Plankton Volume Backscattering Strength (SV) and Environmental Parameters on Menjangan Island, West Bali
Abstrak: Plankton merupakan organisme kecil yang hidup melayang pada kolom perairan. Plankton dibagi menjadi fitoplankton dan zooplankton, plankton dijadikan sebuah indikator untuk melihat kondisi perairan. Peran plankton menjadi salah satu faktor penting untuk diketahui, salah satu metode yang dapat digunakan yaitu metode hidroakustik, dengan metode akustik maka dapat diketahui besar nilai hambur balik plankton. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis dan memetakan sebaran nilai SV plankton yang terdapat di Pulau Menjangan, Bali Barat dengan metode hidroakustik serta mengkaji hubungan nilai SV plankton dengan parameter lingkungan di perairan Pulau Menjangan, Bali Barat. Penelitian ini menggunakan alat instrumen SIMRAD EK-15 Data akustik berupa tampilan echogram kemudian diolah menggunakan software Echoview dengan menggunakan threshold -70 dB sampai -100 dB. Data echogram yang diperoleh dari software echoview diesktrak dalam bentuk data excel. Hasil nilai plankton dilakukan pengolahan secara horizontal dan vertikal. Nilai SV plankton secara horizontal yang dominan yaitu pada rentang -82,15 dB hingga -79,15. Kelimpahan nilai SV plankton tergolong tinggi sedangkan nilai SV plankton secara vertikal nilai SV terbesar dapat ditemukan pada kedalaman 35 m dengan nilai SV sebesar -77,126 dB. Hubungan antara SV plankton dengan parameter lingkungan dianalisis menggunakan metode regresi polinomial., Plankton, which refer to tiny organisms that float in bodies of water, can be classified into two main categories: phytoplankton and zooplankton. These organisms serve as important indicators for assessing water conditions. Understanding the role of plankton is of utmost importance, and one method used to study them is the hydroacoustic method. This particular method involves the use of acoustic technology to determine the backscatter value of plankton. The primary objective of this research is to analyze and map the distribution of plankton backscatter values (SV) on Menjangan Island, located in West Bali, using the hydroacoustic method. Furthermore, the study aims to investigate the relationship between plankton backscatter values and various environmental parameters in the waters surrounding Menjangan Island, West Bali. To conduct this research, the SIMRAD EK-15 instrument is employed. The acoustic data is visualized as an echogram and processed using Echoview software. During processing, a variable threshold ranging from -70 dB to -100 dB is applied. The resulting echogram data is then extracted as Excel data. The plankton backscatter values are analyzed both horizontally and vertically. The predominant horizontal plankton backscatter values range from -82.15 dB to -79.15 dB, indicating a relatively high abundance of plankton. The highest vertical backscatter value for plankton, -77.126 dB, is found at a depth of 35 meters. The relationship between plankton backscatter values and the environmental parameters is analyzed using the polynomial regression method.
Keyword: vertikal, horizontal, SV Plankton, Regresi Polinomial

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA