Judul: Application of SSR Markers for Segregation Identification of  VSD Disease Resistance Traits in F1 Populations from Crosses of Cocoa MCC 02  X SUL 1 Clones.
Abstrak: Tanaman kakao (Theobrema cacao L.) merupakan salah satu komoditas perkebunan yang memiliki peranan penting bagi perekonomian di Indonesia. Indonesia menempati posisi ketiga sebagai negara produsen kakao di dunia setelah Pantai Gading dan Ghana. Varietas dan klon kakao unggul yang tersedia saat ini terdiri dari varietas mulia dan lindak. Penyakit utama yang menyerang tanaman kakao yaitu Busuk Buah Kakao (BBK), Kanker batang dan penyakit Vascular Streak Dieback (VSD). Penyakit VSD dapat menyebabkan kematian pada klon rentan lebih dari 59%. Penyaki VSD merupakan penyakit yang disebabkan oleh cendawan Ceratobasidium theobromae yang menyerang bagian pembuluh xilem dan mengakibatkan nekrosis daun, absisi hingga tanaman menjadi mati. Perakitan varietas dan klona kakao dapat dilakukan melalui pendekatan konvensional dan inkonvensional. Pemuliaan kakao secara konvensional yang dilakukan melalui metode persilangan dengan waktu yang lama. Sedangkan Pendekatan non-konvensional merupakan pemanfaatan teknik molekuler yang dapat mempersingkat daur seleksi tanaman. Salah satu perbaikan genetik yang sangat penting untuk memberikan perlindungan penyakit utama pada tanaman kakao yaitu dengan satu gen adalah Single Nucleotide Polymorphism (SNP). Selanjutnya untuk mengetahui tanaman resisten dan rentan dapat dilakukan dengan menggunakan penanda marka SSR. Percobaan pertama bertujuan evaluasi keragaman respons ketahanan klon kakao MCC 02 dan Klon kakao Sulawesi 1 terhadap infeksi VSD. Pengujian dilakukan dengan metode Rancangan Acak Kelompok (RAK) dengan 4 ulangan. Dengan metode infeksi bibit kakao secara alami dibawah pohon kakao dewasa yang terserang penyakit VSD. Setiap perlakukan terdiri 2 tanaman klon kakao MCC 02 dan 2 tanaman klon kakao Sulawesi 1 yang di ulang 4 kali, sehingga total 16 tanaman dalam satuan percobaan. Karakter yang diamati adalah klorosis pada ujung daun dengan ciri-ciri (memiliki bintik-bintik berwarna hijau pada satu daun atau tiga daun), nekrosis pada ujung daun atau lembaran daun (lamina) dengan kondisi daun masih menempel pada ranting, ranting gundul (karena sebagian daun gugur), bekas dudukan tangkai daun terlihat tiga titik (noktah) berwarna coklat kehitaman dan jaringan xilem saat dibelah berwarna kehitaman. Hasil penelitian MCC 02 dan SUL 1 cocok untuk membandingkan gen yang terkait dengan respon infeksi penyakit VSD antara kultivar kakao tahan (MCC 02) dan rentan (SUL 1). Percobaan kedua bertujuan untuk isolasi dan karakterisasi keragaman nukleotida gen Chitinase 2 dan PR1 dari kedua tetua MCC 02 dan Sulawesi 1. Prosedur percobaan yaitu melakukan isolasi DNA, penentuan kualitas dan kuantitas, desain primer untuk Amplifikasi PCR, amplifikasi PCR gen Chitinase 2 dan PR1 dan sekuensing fragmen DNA, analisis sekuen berganda, identifikasi SNP, dan analisis filogenetik. Hasil primer spesifik gen berhasil dirancang menggunakan referensi dua gen yang responsif terhadap penyakit, Kitinase (Chi) dan Protein Terkait Patogenesis 1 (PR1), dan digunakan untuk menghasilkan amplikon dari kakao cv. MCC 02 (tahan terhadap VSD) dan Sul 1 (rentan terhadap VSD). Urutan amplikon Chi diduga terpanjang 858 bp, dan hasil analisis BLAST mengkonfirmasiKitinase parsial, mulai dari nomor nukleotida 55 hingga 912 dari urutan kode Chi. Penyelarasan beberapa urutan tujuh aksesi Chi dari kakao cv. MCC02 dan SUL1 mengidentifikasi keberadaan 4 SNP non-sinonim dan dua SNP sinonim di wilayah pengkodean Chi. Terakhir, konstruksi pohon filogenetik pada aksesi Chi dari tanaman kakao cv. MCC 02, SUL 1, dan 21 aksesi dari jenis tanaman terpilih menunjukkan bahwa Chi dari kakao lebih
Keyword: Kata kunci : resistensi, keragaman, validasi

Judul: Studi Penyebaran Serbuk Sari pada Tanaman Kakao (Theobroma cacao L.) dalam Mendukung Program Pemuliaan Tanaman
Abstrak: Peningkatan produktivitas dan mutu biji kakao memerlukan ketersediaan bahan tanaman kakao yang unggul dan bermutu. Ketersediaan bahan tanaman kakao dapat diperbanyak secara vegetatif dan generatif. Tanaman kakao umumnya merupakan tanaman menyerbuk silang, namun ada beberapa genotipe yang kompatibel menyerbuk sendiri, kompatibel menyerbuk sendiri sebagian dan tidak kompatibel menyerbuk sendiri. Sifat kompatibilitas antarklon pada proses penyerbukan pada tanaman kakao merupakan salah satu informasi penting untuk memilih tetua dalam pembuatan benih hibrida. Pendekatan lain untuk mengetahui sistem perkawinan pada suatu tanaman dapat diketahui melalui analisis pola penyebaran serbuk sari. Studi evaluasi penyebaran serbuk sari pada tanaman kakao dengan menggunakan marka molekuler diharapkan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi hibrida yang dihasilkan dari persilangan terbuka. Penelitian ini terdiri atas dua percobaan yaitu analisis penyebaran serbuk sari dan evaluasi keseragaman genetik dalam klon kakao pada populasi yang digunakan. Penelitian pertama bertujuan untuk mengidentifikasi tetua jantan progeni kakao hasil persilangan alami, serta menentukan tetua jantan dan tetua betina yang paling kompatibel sehingga diperoleh informasi mengenai klon-klon yang dapat dimanfaatkan sebagai komposisi tetua pengisi kebun induk benih kakao. Penelitian yang kedua bertujuan untuk mengetahui keseragaman genetik di dalam klon kakao. Percobaan kedua ini sebagai informasi penunjang untuk memvalidasi hasil dari percobaan pertama. Sampel penelitian diambil dari populasi tanaman kakao yang ditanam secara poliklonal di kebun percobaan Kalitelepak Genteng Banyuwangi Jawa Timur. Populasi tanaman kakao tersebut terdiri atas 12 klon kakao yaitu : DRC 16, GC 7, ICS 13, ICS 60, NIC 7, NW 6261, PA 300, PA 303, SD 6225, TSH 858, TSH 908, dan UIT. Percobaan pertama menggunakan bahan tanam 12 klon kakao dipilih satu pohon secara acak sebagai tetua betina dan kandidat tetua jantan. Selanjutnya 12 pohon tersebut diberi nomor dan diamati posisi koordinatnya menggunakan GPS Garmin GPSmap 78s. 12 sampel pohon tersebut diambil daun muda untuk dijadikan sebagai kandidat tetua jantan, enam pohon (6 klon) diantaranya sekaligus dijadikan sebagai kandidat tetua betina. Pohon kakao yang dijadikan sebagai tetua betina dipanen buahnya, kemudian benih tersebut dikecambahkan di rumah kaca hingga muncul daun muda dan di ambil untuk isolasi DNA. Total progeni yang digunakan dalam penelitian ini adalah 128, terdiri atas 24 progeni klon ICS 13, 24 progeni klon PA 303, 12 progeni klon NIC 7, 24 progeni klon SD 6225, 20 progeni TSH 858, dan 24 progeni klon TSH 908. Percobaan kedua menggunakan bahan tanam enam klon kakao, yaitu klon ICS 13, GC 7, PA 300, TSH 858, TSH 908, dan UIT. Masing-masing klon diambil sebanyak 10 tanaman secara acak. Setiap sampel tanaman diambil daun mudanya untuk isolasi DNA. Isolasi DNA pada percobaan satu dan dua menggunakan metode CTAB yang dimodifikasi dan amplikasi DNA menggunakan 12 marka SSR. Analisis parental menggunakan program Cervus berdasarkan data genotipe, dan analisis keseragaman genetik menggunakan program Darwin. Hasil penelitian menunjukkan marka SSR yang digunakan mampu menerangkan keragaman genetik pada populasi yang diuji baik pada percobaan studi penyebaran serbuk sari maupun pada percobaan evalusi keseragaman genetik dalam klon. Berdasarkan hasil analisis parental diperoleh informasi bahwa progeni yang teridentifikasi tetua jantan sebanyak 69 (54%) dari 128 progeni yang dianalisis (analisis simulasi dengan 6 lokus), sedangkan 59 progeni (46.09%) tidak teridentifikasi tetua jantannya. Hasil analisis
Keyword: analisis parental, kakao, kompatibilitas, marka SSR, serbuk sari

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: