Judul: Energi Ikat Haloalkane dehalogenase DatA dan Substrat sebagai Pengaruh Enantioselektivitas Menggunakan Simulasi Dinamika Molekul.
Abstrak: Enantioselektivitas merupakan kemampuan suatu enzim untuk membedakan enantiomer substrat yang berikatan. Enantioselektivitas berguna dalam aplikasi enzim sebagai bioremediasi pada teknik protein. Enzim yang dapat menjelaskan enantioselektivitas adalah Haloalkane dehalogenase DatA. Pada penelitian ini, dilakukan simulasi docking untuk menggabungkan substrat dengan protein wildtype DatA dan mutan DatA, dan juga dilakukan simulasi dinamika molekul terhadap 8 kompleks substrat-protein untuk menentukan energi ikat bebas MM/PBSA selama waktu simulasi 20 ns sebagai pengaruh enantioselektivitas. Nilai energi ikat substrat-protein yang lebih rendah memberikan interaksi yang lebih kuat. Berdasarkan nilai energi ikat bebas, enantioselektivitas tinggi dimiliki oleh wildtype dengan 2-bromopentan, sedangkan enantioselektivitas yang lebih rendah yaitu mutan dengan 2-bromopentan, mutan dengan 2-bromobutan dan enantioselektivitas terendah yaitu wildtype dengan 2-bromobutan.
Keyword: enantioselektivitas, energi ikat bebas MM/PBSA, haloalkane dehalogenase DatA, simulasi dinamika molekul

Judul: Konformasi Enzim Lipase T1 Pada Pelarut Alkohol Dikaji Dengan Teknik Simulasi Dinamika Molekul Enzim
Abstrak: Lipase T1 (Geobacilus zalihae) secara ekstensif dipelajari dalam produksi biodiesel. Secara umum enzim lipase dapat dimanfaatkan dalam pembuatan deterjen, surfaktan, pangan, produk farmasi, kosmetik, industri kertas, dan nutrisi. Tujuan penelitian ini adalah untuk mempelajari kestabilan konformasi secara komputasi enzim Lipase T1 pada pelarut metanol dan etanol. Simulasi dinamika molekul dilakukan dengan mengamati energi konformasi enzim lipase T1 pada pelarut yang digunakan. Simulasi dinamika molekul lipase T1 dilakukan menggunakan perangkat lunak Ambertools12 pada suhu 300 K. Parameter yang digunakan untuk membandingkan stabilitas enzim lipase T1 dalam berbagai pelarut adalah dengan melihat nilai RMSD (Root Mean Square Deviation), SASA (Solvent Accessible Surface Area), Rg (Radius of Gyration), RMSF (Root Mean Square Fluctuation), Energi Konformasi dan Struktur Sekunder. Simulasi dinamika molekul yang dilakukan pada ketiga pelarut menunjukkan bahwa lipase pada etanol dan metanol lebih kaku atau kurang fleksibel karena lebih banyak saltbridge yang terikat kuat di etanol dan metanol dibanding air. Lipase harus fleksibel pada saat aktif. Sehingga dapat disimpulkan keadaan yang terlalu kaku akan mengurangi fungsi lipase. Enzim lipase Geobacilus zalihae butuh fleksibilitas dalam berbagai pelarut. Untuk analisis struktur sekunder lipase T1 pada pelarut etanol dan metanol tidak terjadi banyak perubahan struktur beta-sheet dan alpa-helix yang signifikan atau tidak terjadi kerusakan struktur enzim lipase T1 pada pelarut yang digunakan. Pelarut organik tidak begitu mempengaruhi komposisi alpahelix dan beta-sheet nya. Diharapkan hasil penelitian ini dapat memberikan saran rancangan penelitian yang dapat diimplementasikan pada laboratorium basah (wet experiment).
Keyword: Biodiesel, enzim Lipase Geobacilus zalihae, pelarut alkohol, simulasi dinamika molekul, transesterifikasi.

Judul: Development of IPB Linux Open Source Distribution for Business (ILOSbiz)
Abstrak: The objective of this research is to develop a Linux distribution, ILOSbiz, targeted for office use. This distribution is built through remastering another established distribution, similar to the previously developed ILOS in 2008. In order to know the needed applications to include in ILOSbiz, a survey was conducted involving 15 IPB staffs. We experimented with OpenSUSE and PCLinuxOS using KIWI Image System and My LiveCD to remaster, respectively. PCLinuxOS with My LiveCD was chosen for the final ILOSbiz as it gave better flexibility in the remastering. Comparison with ILOS shows that ILOSbiz has better hardware support.
Keyword: