Judul: Perbandingan Struktur 3D PfHT pada Sistem Air dan n-Hexane dengan Metode Pendekatan Simulasi Dinamika Molekul
Abstrak: Plasmodium falciparum Hexose Transporter (PfHT) adalah protein pembawa di bagian dalam membran fosfolipid bersifat hidrofobik yang memediasi glukosa ke dalam tubuh parasit. Penelitian ini bertujuan membandingkan struktur 3D PfHT dalam dua sistem berbeda dengan sistem n-Hexane sebagai pelarut nonpolar dan sistem air sebagai pelarut pembanding. Sebanyak 2 struktur tiga dimensi dari PfHT didapatkan dari hasil simulasi dinamika molekul selama 50 ns dan dianalisis dengan sembilan parameter: RMSD, RMSF, energi, jumlah ikatan hidrogen, struktur sekunder, SASA, visualisasi, plot Ramachandran, dan interaksi ionik. Hasil penelitian menunjukkan PfHT dalam sistem n-Hexane yang dibandingkan dengan sistem air, yaitu terdapat perubahan sebagian struktur α-helix serta muncul kemungkinan bahwa struktur tidak sepenuhnya hidrofobik, struktur dinilai baik dari segi energinya yang rendah, kualitas struktur didapatkan kurang sesuai sebagai pelarut tunggal karena ada kemungkinan bahwa sebagian struktur PfHT terletak pada bagian luar membran fosfolipid bilayer yang bersifat hidrofilik., Plasmodium falciparum Hexose Transporter (PfHT) is a carrier protein inside the hydrophobic phospholipid membrane that mediates glucose into the parasite body. This study aims to compare the 3D structure of PfHT in two different systems with the n-Hexane system as a nonpolar solvent and the water system as the comparative solvent. A total of 2 three-dimensional structures from PfHT were obtained from the molecular dynamics simulations for 50 ns and analyzed using nine parameters: RMSD, RMSF, energy, number of hydrogen bonds, secondary structure, SASA, visualization, Ramachandran plot, and ionic interactions. The results showed PfHT in the n-Hexane system compared to the water system, namely that there was a change in part of the α-helix structure, the possibility also arose that the structure was not entirely hydrophobic, the structure was considered acceptable in terms of its low energy, and the quality of the structure was found to be less suitable as a single solvent, mainly because there is a possibility that some parts of the PfHT structure actually lie on the outside of the hydrophilic phospholipid bilayer membrane.
Keyword: molecular dynamics simulation, PfHT, Plasmodium falciparum

Judul: Penentuan Daerah Pengikatan PfSPP sebagai Kajian Studi Virtual Screening dan Dinamika Molekul
Abstrak: Plasmodium falciparum merupakan salah satu spesies nyamuk paling berbahaya yang membawa parasit protozoa penyebab malaria bernama Plasmodium. Plasmodium falciparum memiliki protein bernama Plasmodium falciparum Signal Peptide Peptidase (PfSPP) yang memiliki fungsi penting dalam sintesis protein untuk kelangsungan hidup Plasmodium di dalam tubuh manusia. Penghambatan fungsi protein PfSPP untuk menghentikan siklus Plasmodium dilakukan dengan penambatan (docking) senyawa aktif herbal maupun sintetis yang dimodelkan dengan suatu simulasi komputer sehingga selain efektif dan efisien juga dapat menghemat estimasi biaya. Simulasi komputer menggunakan metode dinamika molekul memiliki keluaran hasil simulasi berupa lintasan (trajectory) yang mengandung informasi perubahan posisi, kecepatan, sifat karakteristik sistem serta beberapa aspek mikroskopis lainnya. Tujuan penelitian ini adalah memperoleh prediksi struktur 3D beserta daerah pengikatan protein Plasmodium falciparum signal peptide peptidase (PfSPP) dan kestabilan penambatan senyawa aktif herbal dengan protein Plasmodium falciparum signal peptide peptidase (PfSPP) sehingga dapat memprediksi senyawa aktif yang mempunyai potensi sebagai obat antimalaria. Hasil evaluasi berdasarkan penilaian webserver PDBSUM dan Molprobity pada model prediksi struktur I-TASSER menunjukkan bahwa struktur model 5 yang dikonstruksi berdasarkan sekuens asam amino dengan entri Q8IKQ9_PLAF7 dipilih sebagai prediksi struktur dengan kemungkinan yang paling tinggi sesuai model yang telah ada. Hasil simulasi dinamika molekul pada model-model prediksi I-TASSER juga menunjukkan struktur model 5 memiliki kestabilan, kepadatan serta kerapatan yang tinggi sehingga tidak mengalami perubahan konformasi yang signifikan pada suhu 300 K. Prediksi daerah pengikatan pada protein PfSPP AutoLigand dari program AutoDockTools dengan 5 variasi kumpulan titik (fillpoints) untuk mendapatkan 5 daerah pengikatan dengan energi terendah sebagai letak penambatan (docking) dengan ligan herbal dan sintetis. Dari perhitungan efisiensi ligan seluruh kompleks diperoleh bahwa makromolekul kompleks protein PfSPP dengan ligan Harman, Ajoene, Emodin dan Mefloquine memiliki nilai terendah. Hasil simulasi MM/PBSA pada keempat kompleks didapatkan kompleks PfSPP-Ajoene dan PfSPP-Mefloquine memiliki energi ikat bebas paling rendah. Simulasi kestabilan diperoleh dari simulasi dinamika molekul 400ns dua pasangan kompleks PfSPP-Ajoene dan PfSPP-Mefloquine pada daerah pengikatan 5. Okupansi ikatan hidrogen juga menunjukkan bahwa pada daerah pengikatan 5 memiliki residu ikatan hidrogen yaitu Lys-389 yang memiliki okupansi tinggi dengan daerah pengikatan 5. Ikatan hidrogen Lys-389 dengan kedua ligan berperan penting dalam mempertahankan kestabilan struktur.
Keyword: daerah pengikatan, dinamika molekul, ligan herbal, malaria, Plasmodium falciparum

Judul: Perencanaan lanskap wisata pada kawasan cagar budaya Kotagede, Yogyakarta
Abstrak: Kotagede terletak sekitar 10 kilometer di sebelah tenggara jantung kota Yogyakarta. Wilayah itu sekarang terkenal dengan nama Kawasan Cagar Budaya (KCB) Kotagede yang merupakan sentra kerajinan perak di Yogyakarta. Sebagai kota tua bekas ibukota kerajaan, Kota Kotagede merupakan kota warisan (heritage) yang di dalamnya terdapat makam raja-raja Mataram antara lain makam Panembahan Senopati (pendiri Mataram). Selain itu, Kotagede juga menyimpan sekitar 170 bangunan kuno yang didirikan pada tahun 1700 hingga 1930. Berdasarkan keberadaan lanskap sejarah tersebut maka KCB Kotagede ini penting untuk dilestarikan dan dapat dimanfaatkan sebagai obyek wisata sejarah. Tujuan studi ini adalah menyusun lanskap wisata pada KCB Kotagede untuk mendukung interpretasi sejarah awal Kerajaan Mataram Islam, kenyamanan wisata dan kesejahteraan masyarakat setempat. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode perencanaan lanskap menurut Gold (1980) dengan pendekatan potensi dari lanskap sejarah dan budaya untuk menjadi kawasan wisata. Data yang diinventarisasi meliputi data aspek sejarah, aspek biofisik, aspek sosial, budaya dan ekonomi, aspek wisata serta aspek pengelolaan dari lanskap KCB Kotagede. Data tersebut kemudian dianalisis secara deskriptif dan spasial. Tahap selanjutnya adalah melakukan sintesis dari hasil analisis untuk menentukan konsep pengembangan wisata yang kemudian dihasilkan rencana lanskap wisata. Saat ini KCB Kotagede lebih terkenal dengan pusat penghasil kerajinan peraknya daripada sejarah dari kawasannya. Selain pengunjung yang melakukan wisata belanja di pusat pertokoan perak, terdapat sebagian kecil pengunjung yang melakukan ziarah di Komplek Makam Raja-Raja Mataram. Jika dilihat dari peninggalan-peninggalan sejarahnya, kawasan ini berpotensi untuk dijadikan sebuah kawasan wisata sejarah dan budaya.
Keyword: