Judul: Ketahanan Ayam IPB D1 yang Memiliki Gen TLR4 terhadap Infeksi Bakteri Salmonella Enteritidis
Abstrak: Ayam IPB D1 merupakan hasil persilangan antara ayam pelung, sentul, kampung dan broiler. Persilangan ayam ini dilakukan oleh para peneliti dari Fakultas Peternakan-Institut Pertanian Bogor dengan tujuan mendapatkan galur ayam pedaging yang dikembangbiakan oleh masyarakat dengan sistem pemeliharaan tradisional yaitu dengan cara diumbar (back yard). Salah satu penyakit bakterial yang umumnya menyerang unggas adalah Salmonellosis, oleh sebab itu dilakukan penelitian untuk mengetahui ketahanan ayam IPB D1 ini terhadap agen penyakit Salmonellosis dengan menggunakan penciri genetik gen TLR4 (Toll-Like Receptor 4). Gen TLR4 merupakan salah satu gen yang mengontrol ketahanan ayam terhadap infeksi bakteri Gram negatif salah satunya Salmonella Enteritidis, melalui respon imun non-specific. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui ketahanan ayam IPB D1 yang memiliki gen TLR4 terhadap infeksi S. Enteritidis. Total sampel yang digunakan adalah sebanyak 11 ekor. Penelitian ini dilakukan melalui beberapa tahapan pengujian keberadaan gen TLR4 dengan uji Polymerase Chain Reaction (PCR) dan sekuensing serta pengamatan respon kekebalannya melalui pemeriksaan jumlah leukosit, diferensial leukosit serta gambaran umum darahnya dan kemampuan kekebalannya dalam menghambat pertumbuhan bakteri S. Enteritidis pada saat sebelum maupun setelah ditantang dengan bakteri S. Enteritidis. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa ayam IPB D1 yang memiliki gen TLR4 (genotipe GG dan AG) memiliki ketahanan terhadap bakteri S. Enteritidis berdasarkan gambaran leukosit dan darahnya secara umum. Secara in vitro sistem kekebalan humoralnya mampu menghambat pertumbuhan bakteri S. Enteritidis melalui uji clearance.
Keyword: Ayam IPB D1, Gen TLR, Respon imun non-specifi, Salmonella Enteritidis

Judul: Polimorfisme Gen BG1 serta Asosiasinya dengan Sifat Ketahanan Tubuh pada Calon Galur Ayam IPB-D2
Abstrak: Ayam IPB-D1 merupakan ayam lokal komposit dari ayam lokal (ayam kampung, ayam sentul, ayam pelung) dan ayam meat type (broiler). Komposisi genetik 25% ayam meat type pada ayam IPB-D1, memungkinkan ayam IPB-D1 mengalami penurunan ketahanan penyakit. Calon galur ayam IPB-D2 merupakan hasil persilangan dari ayam IPB-D1 yang di desain berdasarkan konsentrasi IgY total ≥ 10 mg mL-1 dan titer antibodi ND ≥ 3 log 2 HI unit. Pembentukan calon galur ayam IPB-D2 bertujuan menghasilkan ayam dengan daya tahan tubuh dan produktivitas yang tinggi. Ayam IPB-D2 dikembangkan agar dapat beradaptasi dengan sistem pemeliharaan ekstensif untuk memenuhi kebutuhan protein hewani masyarakat. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi keragaman SNP gen BG1 pada ayam IPB-D2 dan mengetahui asosiasinya dengan konsentrasi total IgY dan titer antibodi ND. Sebanyak 85 sampel DNA ayam IPB-D2 di sekuensing untuk mengetahui keragaman gen BG1. Gen BG1 merupakan gen kandidat pengontrol ketahanan penyakit ayam yang berada di wilayah MHC. Gen BG1 berfungsi menghambat aktivasi sel limfosit untuk menyeimbangkan fungsi limfosit. Data fenotipe yang digunakan dalam penelitian ini adalah konsentrasi total titer antibodi IgY dan ND. Imunoglobulin Yolk merupakan antibodi spesifik pada ayam yang dapat menetralkan mikroorganisme penyebab penyakit. Titer antibodi ND digunakan untuk mendeteksi keberadaan antibodi dalam tubuh. Hasil penelitian menemukan 6 titik mutasi g.4489 G>T di ekson 19, g.4712 C>T, g.4741 T>C, g.4747 T>C, g.4749 T>C, g.4761 G>A di ekson 20 dan delesi 2 basa g.4758-g.4759 delAT. Kodon stop prematur menyebabkan semua kodon setelahnya menjadi tidak aktif sehingga hanya SNP g.4489 G>T sisteina>fenilalanina dan g.4712 C>T glutamina>kodon stop, yang dapat diasosiasikan. Data asosiasi dianalisis menggunakan model GLM dengan software SAS 9.4 dan uji-t. Gen BG1 hanya dapat digunakan untuk membedakan antara genotipe ternak tetapi tidak dapat digunakan sebagai penanda seleksi untuk konsentrasi total IgY dan titer antibodi ND.
Keyword: ayam IPB-D2, gen BG1, kodon stop prematur, titer antibodi ND, total konsentrasi IgY

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: