Judul: Deteksi Kualitatif Cronobacter spp. Menggunakan PCR Simpleks.
Abstrak: Cronobacter spp adalah patogen bawaan pangan oportunistik yang telah dikaitkan dengan kasus meningitis, necrotizing enterocolitis dan bacteremia pada bayi kelompok tertentu melalui susu formula yang tercemar. Keberadaan Cronobacter spp dalam pangan umumnya dideteksi secara kultur konvensional dan uji biokimia. Deteksi tersebut memerlukan waktu lama dan media khusus yang relatif mahal, oleh karena itu, metode deteksi yang lebih cepat banyak dikembangkan. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) simpleks untuk mendeteksi Cronobacter spp. dengan target gen yang diharapkan cukup spesifik yaitu hfq, ompA dan grxB. DNA C. sakazakii diisolasi dengan metode Chelex 100, diamplifikasi dengan satu dari tiga primer untuk target gen hfq, ompA dan grxB yang berturut-turut menghasilkan amplikon dengan ukuran 309 bp, 1099 bp dan 378 bp. Spesifisitas yang baik dihasilkan oleh primer HFQ yang mengamplifikasi gen hfq dan primer CGB untuk target gen grxB. Primer HFQ dan CGB hanya mengamplifikasi DNA dari Cronobacter sakazakii dan tidak mengamplifikasi non-Cronobacter. Optimasi kondisi running PCR dilakukan dengan memvariasikan suhu annealing pada 50 °C dan 52 °C untuk HFQ; 52 °C, 55 °C dan 57 °C untuk CGB dan konsentrasi primer 0.5 μM, 0.3 μM dan 0.1 μM. Kondisi yang dipilih yaitu suhu annealing 52 °C dan konsentrasi primer 0.1 μM. Metode deteksi PCR simpleks dilakukan dengan kondisi denaturasi pada suhu 95 °C selama satu menit, annealing pada suhu 52 °C selama satu menit dan ekstensi pada suhu 72 °C selama satu menit. Limit deteksi PCR menggunakan primer HFQ dan CGB adalah DNA dengan konsentrasi 0.1 ng/μL.
Keyword: Cronobacter spp., grxB, hfq, PCR, simpleks

Judul: Optimasi Suhu Annealing dan Konsentrasi Primer untuk Deteksi Kualitatif Cronobacter spp. Menggunakan Metode PCR Multipleks
Abstrak: Cronobacter spp. adalah bakteri patogen oportunistik yang mampu membahayakan hidup dengan menyebabkan penyakit meningitis, bakterimia, dan necrotizing enterocolitis. Metode deteksi Cronobacter spp. terus dikembangkan untuk memperoleh hasil yang spesifik dan waktu uji yang singkat, salah satunya dengan Polymerase Chain Reaction (PCR). Tujuan penelitian ini adalah memperoleh suhu annealing dan konsentrasi primer yang optimum untuk deteksi kualitatif Cronobacter spp. menggunakan metode PCR Multipleks dengan beberapa kombinasi gen target, yaitu hfq, ompA, dan grxB. Pada penelitian ini digunakan 13 isolat bakteri Cronobacter spp. yang diisolasi dari beberapa produk MP–ASI, maizena, susu formula, pati singkong, tepung terigu, dan merica bubuk. Hasil optimasi kondisi running PCR multipleks dengan suhu annealing (52, 55, 57ºC) dan konsentrasi primer (0.1 μM; 0.3 μM; 0.5 μM) menunjukkan hasil amplifikasi terbaik pada suhu 57ºC dengan konsentrasi primer hfq 0.1 μM dan grxB 0.5 μM.
Keyword: Cronobacter spp, PCR multipleks, hfq, ompA, grxB

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: