Judul: Paralelisasi proses short reads alignment dengan algoritme burrows-wheeler transform menggunakan CUDA
Abstrak: Teknologi DNA sequencing dan DNA sequence assembly memiliki peran penting dalam bidang ilmu biologi molekuler, khususnya genomika. Teknologi ini berfungsi untuk membentuk fragmen DNA yang lebih panjang (contigs) dari penggabungan fragmen-fragmen pendek (reads). Salah satu metode untuk melakukan DNA sequencing adalah next-gen sequencing (NGS), yang menghasilkan reads pendek untuk kemudian dijajarkan kembali pada sebuah genom rujukan. Penelitian ini bertujuan untuk mengimplementasikan algoritme Burrows-Wheeler transform (BWT) untuk melakukan proses short reads alignment hasil NGS dan paralelisasi program sehingga dapat dieksekusi menggunakan graphic processing unit (GPU) dengan memanfaatkan library CUDA. Genom rujukan yang digunakan adalah kromosom 11 kacang kedelai (Glycine max) dan sampel reads yang digunakan memiliki variasi jumlah 1 000, 2 000, 5 000, 10 000, dan 20 000 reads. Besar speedup rata-rata yang dihasilkan adalah 1.335 dan nilai speedup tertinggi pada sampel berjumlah 20 000 read dengan nilai 1.393. Paralelisasi program menggunakan CUDA menghasilkan waktu eksekusi lebih baik dibandingkan dengan program sekuensial.
Keyword: Burrows-Wheeler transform, CUDA, next-gen sequencing, short reads

Judul: Global Sequence alignment of DNA using Rowwise Needleman-Wunsch Algorithm in CUDA
Abstrak: Penjajaran sekuen merupakan hal yang fundamental dalam bioinformatika. Penjajaran sekuen dapat dilakukan untuk menganalisis DNA. Penjajaran sekuen dilakukan dengan menggunakan pemograman dinamis yang memiliki kompleksitas O(mn). Penerapan paralel pada penjajaran sekuen dapat mempercepat proses penjajaran. Implementasi penerapan paralel pada penjajaran sekuen membutuhkan skema partisi seperti rowwise, colunmwise, dan antidiagonal. Tujuan dari penelitian ini adalah menerapkan algoritme global pairwise alignment (Needleman-Wunsch) paralel menggunakan graphic processing unit (GPU) dengan skema partisi rowwise. Hasil penelitian menunjukkan speedup dapat meningkat hingga 5.9 kali untuk sekuen DNA dengan panjang 22 000 bp.
Keyword: Institut Pertanian Bogor, Bogor Agricultural University, IPB, GPU, Needleman-wunsch, Sequence alignment, Rowwise, Scoring matrix, dinisialisasi matriks penskoran, Pengisian matriks, Traceback

Judul: Pengaruh Lingkungan Pengasuhan dan Kelekatan Ayah terhadap Karakter Sopan Santun Remaja di Perdesaan.
Abstrak: Saat ini karakter sopan santun pada anak semakin memprihatinkan. Keluarga memiliki peranan penting dalam membentuk karakter sopan santun. Lingkungan pengasuhan dan kelekatan ayah akan turut memengaruhi terbentuknya karakter sopan santun pada remaja. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis pengaruh karakteristik remaja dan keluarga, lingkungan pengasuhan, dan kelekatan ayah terhadap karakter sopan santun remaja, khususnya yang tinggal di perdesaan. Penelitian ini melibatkan 116 responden yang terdiri atas 58 siswa SMP berserta ibunya yang dipilih dengan teknik purposive. Lingkungan pengasuhan diukur dengan menggunakan Home Obsevation for Measurement of the Environment (HOME) tipe Early Adolescent (EA) dan kelekatan ayah diukur dengan menggunakan Inventory of Parent and Peer Attachment (IPPA) tipe father attachment Dalam penelitian ini ditemukan bahwa jenis kelamin anak, usia ibu, dan kelekatan ayah-remaja berpengaruh terhadap karakter sopan santun. Pada hasil lainnya ditemukan bahwa lingkungan pengasuhan di rumah secara keseluruhan tidak berpengaruh signifikan terhadap karakter sopan santun.
Keyword: karakter sopan santun, kelekatan ayah, lingkungan pengasuhan, perdesaan, remaja