Judul: Polymorphisms of the Thy-1 Gene and Its Associations with Disease Resistance in Candidate IPB D2 Chicken Line
Abstrak: Ayam IPB D2 merupakan calon galur baru yang dibentuk dari hasil seleksi ayam IPB D1 berdasarkan immunocompetence terkait sifat ketahanan tubuh, seperti konsentrasi total IgY dan titer antibodi ND, untuk menghasilkan ayam IPB D1 yang lebih tahan terhadap penyakit. Ayam IPB D1 merupakan rumpun baru ayam lokal komposit yang resmi dilepas oleh Kementrian Pertanian Republik Indonesia. Ayam IPB D2 memiliki keunggulan karena diseleksi berdasarkan konsentrasi total IgY ≥ 10 mg/mL dan titer antibodi ND ≥ 3 log 2 HI unit. Immunoglobulin Yolk (IgY) merupakan antibodi yang dominan pada ayam serta berperan penting dalam melawan infeksi penyakit secara umum. Titer antibodi ND merupakan antibodi spesifik yang berperan melawan infeksi penyakit spesifik yang disebabkan virus ND atau penyakit tetelo. Gen Thy-1 merupakan salah satu gen yang termasuk dalam superfamily immunoglobulin. Fungsi spesifik dari gen Thy-1 masih belum diketahui terutama pada ayam, tetapi pada tikus gen ini berperan pada fungsi imunologis yaitu dalam aktivasi sel T. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi keragaman gen Thy-1 pada ayam IPB D2 dan dilakukan analisis hubungan antara keragaman gen Thy-1 dengan indikator ketahanan penyakit, seperti konsentrasi total IgY dan titer antibodi ND. Terdapat dua populasi ayam IPB D2 yang digunakan pada penelitian ini, yaitu generasi dasar (G0) dan generasi kedua (G2). Penelitian dilakukan dengan metode PCR, sekuensing DNA, uji ELISA, dan uji HI. Hasil penelitian menemukan 2 titik SNP pada sekuen target gen Thy-1 yaitu g.2139 C>T (intron 2) dan g.2542 A>G (intron 3). Semua SNP bersifat polimorfik. SNP g.2139 C>T genotipe CT (IPB D2 G2) berasosiasi dengan konsentrasi total IgY dan dapat dijadikan kandidat penanda genetik untuk konsentrasi total IgY tinggi, namun tidak berasosiasi dengan titer antibodi ND. Kombinasi 2 SNP membentuk 4 haplotipe. Haplotipe 4 merupakan haplotipe yang tidak mengalami mutasi. Tidak terdapat hubungan antara keragaman haplotipe gen Thy-1 dengan konsentrasi total IgY dan titer antibodi ND pada ayam IPB D2.
Keyword: ayam IPB D2, gen Thy-1, konsentrasi total IgY, titer antibodi ND

Judul: Identification of the THY1 Gene Polymorphisms in Candidate IPB-D2 Chicken Line
Abstrak: Gen THY1 merupakan anggota superfamili imunoglobulin yang memiliki kemiripan pada berbagai spesies. Fungsi dari gen THY1 belum sepernuhnya diketahui, namun berperan penting dalam respon imun yaitu berpartisipasi pada aktivasi sel T. Penelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi keragaman gen THY1 pada calon galur ayam IPB-D2 G0 yang dapat dijadikan sebagai kandidat marka genetik sifat ketahanan tubuh terhadap penyakit pada ayam. Penelitian ini dilakukan dengan teknik PCR dan sekuensing DNA. Hasil penelitian menemukan 2 titik SNP pada intron yaitu posisi basa g.2752 C>T dan g.3155 A>G, serta 1 titik SNP pada ekson 3 yaitu posisi basa g.2835 G>A. Kombinasi 3 SNPs membentuk 7 haplotipe. SNP g.2835 G>A merupakan synonymous mutation, bersifat polimorfik, berada pada keseimbangan Hardy-Weinberg, dan beragam. SNP g.2752 C>T dan g.3155 A>G bersifat polimorfik, namun tidak berada pada keseimbangan Hardy-Weinberg, dan keragamannya rendah., The THY1 gene is a member of the immunoglobulin superfamily which has the similarities in various species. The function of the THY1 gene is not fully known, but it plays an important role in the immune response, namely the activation of T cells. This study was conducted to identify the polymorphism of the THY1 gene in candidate IPB-D2 G0 chickens line which can be used as candidates for immunoresistance genetic markers chicken. This research was conducted by PCR techniques and DNA sequencing. The results of the study found 2 SNP points on the intron namely base position g.2752 C> T and g.3155 A> G, and 1 SNP point on exon 3 namely base position g.2835 G> A. The combination of 3 SNPs formed 7 haplotypes. SNP g.2835 G> A is an synonymous mutation, polymorphic, Hardy-Weinberg equilibrium, and varied. SNP g.2752 C> T and g.3155 A> G were polymorphic, but not in the Hardy-Weinberg equilibrium, and the diversity is low.
Keyword: immunity, IPB-D2 Chickens, polymorphisms, SNP, THY1 gene

Judul: Numerical modeling of the hydrodynamics of standing wave and scouring in front of impermeable breakwater with different steepnesses
Abstrak: The aim of this paper is to numerically study the effects of breakwater steepness on the hydrodynamics of standing wave and scouring process in front of impermeable breakwaters. A two-dimensional hydrodynamics model based on the Reynolds Averaged Navier–Stokes (RANS) equations and the Volume of Fluid (VOF) method was developed and then combined with an empirical sediment transport model. Comparisons with an analytical solution and experimental data showed the present model is very accurate in predicting the near bottom velocity and capable of simulating the scour/deposition patterns consistent with experimental data. It was found that the additional terms of bottom shear stress in the momentum equations are necessary to produce a physical scouring pattern. Different breakwater steepnesses produce different characteristics of standing wave, the steady streaming system, and scouring pattern in front of the breakwaters, which also affects the correlations between them. An additional analysis of the turbulence field parameters and the sediment transport rate was also performed. All these important information will be presented in details in this paper and can be worthwhile for designing the breakwater in coastal areas.
Keyword: The RANS–VOF model Standingwave Steadystreamingsystem Scouring pattern Breakwatersteepness