Judul: Keragaman Genetik Kelapa Bido Morotai dan Kelapa Unggul Indonesia Berdasarkan Penanda Molekuler SNAP (Single Nucleotide Amplified Polymorphisms).
Abstrak: Kelapa (Cocos nucifera L.) merupakan tanaman tahunan yang dikenal dengan sebutan “tree of life” karena seluruh bagian kelapa memberikan manfaat untuk manusia memenuhi memenuhi kebutuhan ekonomi, sosial, dan budaya seperti sebagai sumber makanan, minuman, kerajinan, bahan bangunan dan obat-obatan. Secara historis, pada tahun 1940 secara tidak sengaja seorang petani Bosu Labaka menemukan kelapa yang mengapung di laut dan ditanam di halaman rumah tepatnya di Desa Bido Pulau Morotai, kemudian benih Kelapa Bido dibudidayakan. Pada tahun 2017 Kelapa Bido dilepas oleh Balit Palma sebagai varietas unggul baru (VUB). Keunggulan Kelapa Bido dari pada kelapa lokal lainnya antara lain berbatang pendek seperti jenis kelapa genjah yaitu 1 meter pada usia 2-3 tahun, sudah berbuah dan 9 meter dengan usia 60 tahun, produksi buah tinggi seperti kelapa dalam yaitu sekitar 133 butir/pohon atau 16.395 butir/ha/tahun, potensi kopra lebih dari 4 ton/ha/tahun dan kadar minyak 58,34%. Keunikan dari Kelapa Bido ini adalah memiliki mahkota daun berbentuk roset dan memiliki jarak berkas daun lebih pendek dari kelapa genjah yaitu sekitar 4-5 cm. Pada kenyataannya, kelapa tersebut memiliki karakter secara morfologi yang berbeda dengan kelapa lokal pada umumnya (jenis genjah dan dalam). Dalam kegiatan pemuliaan tanaman, identitas suatu sumber genetik penting untuk diketahui. Tanaman kelapa membutuhkan waktu yang lama untuk mengkarakterisasi secara morfologi yang dapat digunakan dalam kegiatan seleksi dan evaluasi hasil persilangan. Pendekatan bioteknologi melalui pengembangan marka molekuler diperlukan untuk membantu mempercepat program pemuliaan salah satu caranya adalah dengan marka molekuler. Marka molekuler yang dapat digunakan salah satunya adalah dengan menggunakan marka SNAP berbasis gen inti WRKY, SUS, SACPD, α-D Galactosidase dan genom kloroplas. Penelitian ini terdiri dari dua percobaan. Pada percobaan pertama memiliki tujuan untuk menganalisa keragaman genetik Kelapa Bido, Kelapa Lokal Morotai dan Kelapa Unggul Indonesia menggunakan lokus WRKY, SUS, SACPD dan α-D Galactosidase. Hasil analisis menggunakan cervus lokus SNAP tersebut menyatakan bahwa rata-rata jumlah alel (Na), heterozigositas pengamatan, heterozigositas harapan dan nilai PIC berturut-turut adalah 2, 0.65, 0.47 dan 0.37. Hasil analisis polimorfisme menyatakan bahwa ada sebelas lokus yang dapat digunakan karena cukup informatif. Aksesi-aksesi Kelapa Bido, Kelapa Lokal Morotai dan Kelapa Unggul Indonesia terbagi menjadi tiga grup menggunakan metode Neighbour Joining dengan piranti lunak DARwin. Sejalan dengan hal tersebut, pada struktur genetik populasi menggunakan piranti lunak STRUCTURE juga membagi semua aksesi kelapa dalam 3 populasi yang mana ad hoc maksimum ΔK diperoleh pada K=3. Percobaan selanjutnya adalah pengembangan marka berdasarkan genom kloroplas. Genom kloroplas merupakan penanda yang efisien untuk mempelajari evolusi dan sejarah populasi tanaman melalui filogenetik karena bersifat sangat konservatif, diwariskan secara maternal, memiliki ukuran yang lebih kecil dibandingkan dengan genom inti tujuan dari penelitian ini adalah pengembangan primer berdasarkan genom kloroplas berbasis situ SNP dan indels. Berdasarkan sembilan sekuens genom kloroplas pada tanaman palma, telah berhasil didisain 10 primer berdasarkan situs SNP dan 5 primer berdasarkan situs insersi delesi. Hasil validasi primer tersebut menggunakan DNA kelapa Indonesia didapatkan hasil bahwa 10 primer SNP berhasil teramplifikasi sedangkan indels hanya 2 primer berbasis PCR.
Keyword: dalam, genjah, filogenetik, marka molekuler

Judul: Pollen Dispersal and Genetic Diversity Analysis of Bido Coconut from Morotai Island Regency, North Molucas
Abstrak: Tanaman kelapa (Cocos nucifera L.) merupakan tanaman yang setiap bagiannya yaitu buah, batang, daun, dan akar dapat dimanfaatkan sehingga dikenal sebagai pohon kehidupan (tree of life). Secara umum kelapa dibagi menjadi dua tipe yaitu kelapa Dalam (var. typica (Nar.)) dan kelapa Genjah (var. nana (Griff.)). Pemuliaan tanaman kelapa saat ini difokuskan untuk menggabungkan sifat-sifat unggul kelapa Dalam dan kelapa Genjah dengan karakter berbuah mulai umur 3 tahun, internodus lebih pendek, buah berukuran medium hingga besar, kadar minyak tinggi, dan produksi buah tinggi. Kelapa Bido yang ditemukan di Desa Bido memiliki karakter antara kelapa Dalam dan Genjah, sehingga kelapa ini berpeluang sebagai materi genetik untuk pemuliaan kelapa. Saat ini informasi kelapa Bido masih terbatas, sehingga perlu dilakukan penelitian untuk melakukan karakterisasi dan mengkaji keragaman populasi kelapa Bido. Penelitian ini terdiri atas empat percobaan dan masing-masing percobaan memiliki tujuan yaitu 1) mempelajari tipe penyerbukan pada kelapa Bido; 2) melakukan identifikasi tetua jantan dengan marka SSR; 3) mempelajari keragaman populasi kelapa di Desa Bido dengan marka SSR dan dibandingkan dengan struktur genetik populasi kelapa lain yang terdapat di Desa Bido; dan 4) melakukan karakterisasi dan mengkaji keragaman morfologi populasi kelapa Bido pada beberapa generasi. Percobaan pertama mempelajari tentang pola pembungaan kelapa. Penelitian dilaksanakan pada dua lokasi yaitu Kebun Percobaan (KP) Mapanget, Balai Penelitian Tanaman Palma Sulawesi Utara dan di Desa Bido Kabupaten Kepulauan Morotai, Maluku Utara pada bulan Mei hingga Oktober 2020 dan Agustus hingga Oktober 2021. Berdasarkan hasil penelitian diketahui Kelapa Bido, progeni off-type bido, dan Genjah lokal Bido memiliki tipe pembungaan autogami langsung, sedangkan pada kelapa Dalam lokal Bido dan progeni kelapa Bido di KP. Mapanget memiliki tipe pembungaan semi autogami langsung. Percobaan kedua adalah analisis parental menggunakan marka SSR. Pengambilan sampel daun tetua dan pengumpulan benih dilaksanakan pada Juni 2021 di Desa Bido dan pendederan benih kelapa Bido di Kebun Percobaan Mapanget. Analisis molekuler dengan marka 10 marka SSR dilaksanakan pada bulan Juni 2021 hingga September 2022 di Laboratorium Biologi Molekuler Tanaman 1 (PMB Lab 1), Institut Pertanian Bogor dan di Laboratorium Biologi Molekuler (BM), Balai Besar Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik. Percobaan dilakukan pada 128 progeni yang berasal dari 13 tetua betina dan 15 progeni di KP. Mapanget yang tidak diketahui tetua betinanya. Analisis data dilakukan menggunakan software Cervux dan Colony. Hasil percobaan menunjukkan bahwa terdapat progeni yang memiliki kandidat tetua jantan yang lebih dari satu. Hal ini disebabkan karena terdapat banyak individu yang memiliki alel yang sama pada semua lokus. Namun dapat diketahui terjadi peluang menyerbuk silang pada kelapa Bido meskipun terjadi tumpang tindih fase antesis dan reseptif. Peluang terjadinya penyerbukan silang oleh faktor ekternal yaitu serangga, karena bunga betina reseptif setelah seluang tandan bunga terbuka. Percobaan ketiga mempelajari tentang keragaman genetik populasi kelapa Bido menggunakan marka SSR. Pengambilan sampel daun populasi kelapa dilaksanakan pada Juni 2021 di Desa Bido dan di Kebun Percobaan Mapanget. Analisis molekuler dengan marka SSR dilaksanakan pada bulan Juni 2021 hingga September 2022 di PMB Lab 1, Institut Pertanian Bogor dan di Laboratorium BM, Balai Besar Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik. Percobaan dilakukan pada 136 tanaman yang terdiri atas kelapa Bido, progeni off-type, kelapa Genjah,
Keyword: analisis parental, jarak genetik, keragaman morfologi, simple sequence repeat, tipe pembungaan

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: