Judul: Dampak Pembangunan Jalan Tol Bali Mandara terhadap Ekosistem Mangrove di Teluk Benoa Bali.
Abstrak: Ekosistem mangrove di Teluk Bali ditetapkan menjadi kawasan Taman Hutan Raya Ngurah Rai pada tahun 1993. Ekosistem mangrove ini terdapat di sepanjang Teluk Benoa. Kawasan Tahura Ngurah Rai berada di wilayah strategis pariwisata Bali yaitu Nusa Dua, Kuta, dan Sanur. Selain itu wilayah ini juga merupakan dua pintu masuk Pulau Bali yaitu Bandara Ngurah Rai dan Pelabuhan Benoa. Hal tersebut mengakibatkan tekanan yang besar pada kawasan Tahura Ngurah Rai. Banyak pembangunan yang dilakukan untuk memenuhi kebutuhan pariwisata pada wilayah sekitar kawasan Tahura Ngurah Rai yang berdampak pada ekosistem mangrove di wilayah tersebut. Pada Tahun 2012 dilakukan pembangunan jalan tol Bali Mandara di sepanjang wilayah perairan Teluk Benoa. Jalan tol Bali Mandara ini merupakan jalan tol pertama di Bali dan jalan tol atas laut pertama di Indonesia. Jalan tol ini merupakan jalan pintas yang menghubungkan wilayah Nusa Dua, Bandara Ngurah Rai, dan Sanur. Dikhawatirkan adanya jalan tol tersebut berdampak pada ekosistem mangrove di Tahura Ngurah Rai. Dampak lingkungan tersebut dapat terjadi baik pada saat pembangunan maupun setelah berdirinya jalan tol Bali Mandara. Dampak yang terjadi diamati berbagai kondisi biofisik lingkungan ekosistem mangrove yaitu vegetasi dan fauna mangrove, pasang surut dan arus, tanah, dan kualitas air. Kondisi arus di wilayah perairan Teluk Benoa sangat dipengaruhi oleh adanya pasang surut. Pada saat pasang arah arus cenderuh mengarah ke dalam teluk, sedangkan pada saat surut arah arus cenderung mengarah ke luar teluk. Pergerakan arus mengalami gangguan setelah adanya jalan tol Bali Mandara. Jalan tol yang berada di sepanjang perairan Teluk Benoa menghambat pergerakan arus yang ada di wilayah perairan tersebut. Hal tersebut mengakibatkan menurunnya kecepatan arus di wilayah perairan Teluk Benoa. Dalam kurun waktu 20 tahun terakhir, kecepatan arus mengalami penurunan pada setiap kondisi tidal. Pada tahun 1995 kecepatan arus berkisar antara 0 – 1.2 m/dt, sedangkan pada tahun 2016 kecepatan arus berkisar antara 0 – 0.84 m/dt. Wilayah perairan Teluk Benoa mengalami peningkatan sedimentasi yang cukup signifikan. Dalam kurun waktu 9 tahun terakhir telah terjadi peningkatan luas sedimentasi sebesar 483.62 ha. Pada tahun 2006 luas sedimentasi sebesar 1480.52 ha, sedangkan pada tahun 2015 (setelah pembangunan jalan tol Bali Mandara) luas sedimentasi sebesar 1966.14 ha. Sedimentasi terjadi diakibatkan oleh berbagai hal, salah satunya adalah jalan tol Bali Mandara. Adanya jalan tol mengakibatkan arus air yang membawa material sedimentasi mengalami penurunan kecepatan sehingga material yang terbawa tersebut menjadi mengendap di wilayah tersebut. Sedimentasi dampak berdampak positif dengan bertambahnya luas ekosistem mangrove, tetapi apabila terjadi dalam skala besar dan luas dapat mengakibatkan kerusakan ekosistem mangrove tersebut. Kualitas air mengalami penurunan tetapi masih dalam kategori normal untuk pertumbuhan ekosistem mangrove. Beberapa indikator kualitas air yang diamati pada penelitian ini yaitu suhu, kekeruhan, derajat keasaman (pH), salinitas dan kandungan oksigen terlarut (DO). Suhu air tidak mengalami perubahan berkisar 28 – 28.7 °C. Kekeruhan air saat ini berkisar antara 10.4 – 31.5 NTU. Nilai pH mengalami penurunan, sebelumnya berkisar antara 8.16-8.5 sedangkan pada saat ini berkisar antara 7.6-7.8. Salinitas air mengalami penurunan, sebelumnya berkisar antara 19.9-28.2 sedangkan setelah pembangunan jalan tol berkisar antara 14.8- 24.22 ‰. DO mengalami penurunan, sebelumnya berkisar antara 5.96-7.37 mg/L sedangkan pada saat ini berkisar antara 3.8-5.4
Keyword: Dampak lingkungan, ekosistem mangrove, Taman Hutan Raya Ngurah Rai, Teluk Benoa

Judul: Kajian tentang perubahan pada komponen utama penyusun ekosistem pada lamun dan terumbu karang di lokasi proyek pengamanan pantai nusa dua bali
Abstrak: Pembangunan groin dan pengisian pasir merupakan langkah yang diambil Proyek Pengamanan Pantai Bali (PPPB) untuk mengatasi besarnya erosi yang terjadi di Pantai Nusa Dua-Bali. Masuknya aktivitas antropogenik dengan intensitas yang besar dan durasi yang lama, akan menempatkan ekosistem padang lamun dan ekosistem terumbu karang, yang berada di kawasan tersebut, pada tekanan yang belum pernah dialami sebelumnya. Sebagai contoh, peningkatan kekeruhan yang diramalkan akan terjadi sepanjang proyek berjalan dapat menyebabkan stress pada flora dan fauna penyusunnya. Contoh lain seperti kematian biota akibat tertimbun pasir dan groin serta hancur karena terkena dasar dan propeller kapal tongkang, harus tetap diperhitungkan sebagai bentuk tekanan terhadap ekosistem. Pada akhimya, bila proyek yang dilaksanakan di daerah pantai ini tidak dikelola dengan baik, maka dapat mengancam keselamatan ekosistem dan mengakibatkan degradasi kualitas lingkungan secara keseluruhan. Penelitian ini bertujuan untuk (1) memperoleh informasi biologi dan ekologi dari ekosistem padang lamun dan ekosistem terumbu karang serta kondisi kualitas air di kawasan pesisir Nusa Dua-Bali sebelum dan ketika PPPB berjalan, serta (2) mengkuantifikasikan dan mendeskripsikan besarnya perubahan pada masing-masing komponen utama penyusun ekosistem padang lamun dan ekosistem terumbu karang. Penelitian ini terbagi atas dua proses, pengambilan data primer dan pengolahan data sekunder. Data primer berupa pengambilan data ekosistem padang lamun dan ekosistem terumbu karang pada bulan Oktober 2003. Sedangkan data sekunder berupa pengolahan data ekosistem padang lamun dan ekosistem terumbu karang dari April 2002 - April 2003 serta data kualitas air dari April 2002 - Oktober 2003 yang diperoleh dari Departemen Pekerjaan Umum. Penelitian dilakukan sampai tahap pengisian pasir selesai. Pengamatan dan pengambilan data kualitas air, data ekosistem padang lamun dan ekosistem terumbu karang dilakukan di Perairan Nusa Dua-Bali dimulai dari Hotel Puri Tanjung (sebelah Utara) sampai dengan Hotel Nusa Dua (sebelah Selatan). Analisis sampel kualitas air dilakukan di Laboratorium Analisis Kualitas Lingkungan, FMIPA, Universitas Udayana, Bali. Pengambilan data ekosistem padang lamun dilakukan mengunakan metode visual sensus (Dartnall et al., 1986 in BBCP, 2002b) berdasarkan nilai pembobotan pada dua stasiun. Ekosistem terumbu karang diwakili oleh dua komponen utama yaitu komunitas benthik pengisi habitat dasar dan ikan. Data komunitas benthik pengisi habitat dasar diamati menggunakan metode transek garis menyinggung (English et al., 1997) sampai tingkat bentuk pertumbuhan (lifeform) sedangkan data ikan sampai pada tingkat spesies dengan metode pencacahan visual (English et al., 1997). Pengamatan ekosistem terumbu karang dilakukan pada dua tingkat kedalaman yaitu tiga meter dan tujuh meter di empat stasiun. Pengolahan dan analisa data komunitas lamun menggunakan persentase penutupan dan kerapatan jenis. Komunitas benthik pengisi habitat dasar ekosistem terumbu karang diolah dan dianalisa menggunakan persentase penutupan dan indeks mortalitas karang, sedangkan data ikan menggunakan kelimpahan ikan, indeks keragaman Shannon-Weaver (H'), keseragaman (E), serta indeks dominasi (C). Kemudian untuk masing-masing komponen utama penyusun ekosistem padang lamun dan ekosistem terumbu karang, dicari persentase perubahannya akibat adanya konstruksi.
Keyword: Lamun Terumbu Karang

Judul: Klasifikasi Protein Family Menggunakan Metode Rantai Markov
Abstrak: Proteins are large biological molecules that consist of one or more chains of 20 amino acids sequences. Proteins have various functions such as catalyzing metabolic reactions, replicating DNA, and transporting molecules. Many new protein sequences have been found. Therefore, a new method is required to classify proteins which have similar amino acids sequence, structure and function into the same class. The aim of this research is to apply Markov chain concept for protein family classification based on amino acid sequences. Protein data samples are obtained from Pfam protein family database website. Samples are taken from three different protein family classes, namely: 1-cysPrx_C, 4HBT and ABC_Tran, 100 data samples each. This research utilizes two different extraction methods: first order and second order Markov chain. First order indicates that the data sequence stored in the transition matrix is every two adjacent sequences, while the second order indicates that the data sequence stored in the transition matrix is every two sequences that are intermittent twice. The results show that the first order method gives 96% as its best accuracy, whereas the second order method gives 89.33% as its best accuracy
Keyword: protein, classification,, Markov chain