Judul: Identification of Single Nucleotide Polymorphism (SNP) in the 3’UTR Region of the Tyrosinase (TYR) Gene in Bali Cattle
Abstrak: Daerah 3’UTR dikenal sebagai pengatur penting terhadap ketepatan ekspresi pada banyak gen. Salah satu gen yang dapat menentukan warna bulu pada sapi bali adalah gen tyrosinase (TYR). SNP atau single nucleotide polymorphism merupakan variasi basa tunggal yang dapat menyebabkan keragaman pada sebuah populasi individu dari spesies yang sama. Tujuan penelitian adalah untuk mengidentifikasi dan menentukan SNP di daerah 3, The 3'UTR region is an important regulator of expression of many genes. One of the genes that can determine coat color in bali cattle is the TYR gene. SNP is a single base variation that can cause diversity in a population of individuals of the same species. This study aimed to to identify and determine SNPs in the 3'UTR region of the TYR gene in normal hair-colored bali cattle and albino bali cattle. A total of 6 albino cattle and 7 normal bali cattle were analyzed using the PCR method, electrophoresis analysis and then direct sequencing. Sequence data were analyzed using the MEGA10 program. The results of the analysis of the TYR gene in the 3'UTR region found 6 SNPs, namely SNP c.1684G>A, c.1687T>G, c.1702G/-, c.1737T>C, c. 1785A>G, and c.1809C>T. Based on the results obtained, the SNP found in the 3'UTR area can differentiate between normal and albino hair color bali cattle. SNPs c.1684G>A, c.1687T>G, c.1702G/-, c.1737T>C, c. 1785A>G, and c.1809C>T can be used as candidates for characterizing albino and normal hair color in bali cattle
Keyword: direct sequencing, sapi bali, SNP, 3'UTR, gen TYR

Judul: Expression and Diversity of the Tyrosinase Gene (TYR) in Bali Cattle
Abstrak: Pigmentasi warna rambut merupakan salah satu sifat kualitatif yang memiliki peran penting pada produktivitas dan adaptabilitas terhadap lingkungan. Pada sapi bali (Bos javanicus) warna rambut normal jantan berwarna hitam dan pada betina berwarna merah bata, namun ditemukan adanya abnormalitas pada warna rambut sapi bali seperti white-spotted dan albino yang tidak sesuai dengan kriteria bibit sapi bali. Fenomena albino merupakan kelainan yang disebabkan oleh faktor genetik. Gen TYR yang mengenkripsi enzim tyrosinase untuk mensintesis melanin telah digunakan untuk mengidentifikasi abnormalitas warna rambut yaitu albinisme pada hewan maupun ternak. Penanda genetik Gen TYR sangat penting digunakan untuk mengidentifikasi fenomena albinisme pada sapi bali albino. Sapi tersebut merupakan sapi yang mengalami kelainan secara genetik sehingga tidak sesuai dengan kriteria bibit sapi bali yang telah diatur pada Standar Nasional Indonesia (SNI). Penelitian terkait ekspresi dan keragaman gen tyrosinase (TYR) pada sapi bali albino belum pernah dilaporkan. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi ekspresi dan keragaman gen tyrosinase pada sapi bali, di wilayah pengkodean ekson 1 gen TYR dan menganalisis keterkaitannya dengan abnormalitas warna rambut pada sapi bali. Penelitian telah dilaksanakan pada bulan Juni sampai November 2023 di Laboratorium Genetika Molekuler, Divisi Pemuliaan dan Genetika Ternak, Fakultas Peternakan, IPB University. Pengambilan sampel darah sapi bali warna rambut normal dan albino dilakukan di Desa Taro dan Sentra Ternak Daerah Sobangan, Provinsi Bali. Penelitian menggunakan sebanyak 189 sampel darah yang meliputi: sapi bali warna rambut normal (n=53); bali tutul (n=11); bali albino (n=17) dan sapi simmental (n=37); limousin (n=14); madura (n=21); peranakan ongole (PO) (n=36) sebagai pembanding. Analisis transkriptomik menggunakan ekstraksi RNA dengan Protokol Geneaid™. Reverse Transcriptase cDNA dilakukan dengan menggunakan protokol kit cDNA synthesis (Toyobo) dan kuantifikasi ekspresi gen TYR menggunakan quantitative real time PCR (qRT-PCR). Analisis genomik, keragaman gen TYR menggunakan metode PCR-Direct sequencing, genotiping (PCR-RFLP). Ekspresi gen dianalisis menggunakan uji-T dengan bantuan software SPSS versi 29. Keragaman gen TYR dianalisis menggunakan program Finct TV, BioEdit, MEGA, dan POPGENE Versi 1.32. Hasil analisis ekspresi gen TYR pada sapi bali normal dan sapi bali albino menunjukkan signifikan (P<0,05). Analisis keragaman menunjukkan bahwa terdapat dua mutasi gen TYR (SNP g. 939A>G dan SNP g. 887C>T) pada sapi bali. SNP tersebut tidak dapat digunakan sebagai penanda genetik untuk warna rambut pada sapi bali, namun, SNP g. 939A>G merupakan SNP baru yang hanya ditemukan pada sapi bali dan tidak ditemukan pada jenis sapi lain. SNP g. 939A>G bersifat polimorfik pada sapi bali sedangkan pada sapi madura, simmental, limousin, dan peranakan ongole (PO) bersifat monomorfik. Simpulan bahwa gen TYR ekson 1 pada sapi bali tidak dapat dijadikan penanda genetik untuk warna rambut albino., Coat color pigmentation is a qualitative trait that plays a crucial role in productivity and adaptability to the environment. In Bali cattle (Bos javanicus), the normal coat color for males is black, and for females, it is brick red. However, abnormalities in coat color, such as white-spotted and albino, have been found in bali cattle, which do not conform to the criteria of bali cattle seedlings. The albino phenomenon is a genetic disorder. The TYR gene, which encodes the enzyme tyrosinase for melanin synthesis, has been used to identify abnormalities
Keyword: bali cattle, SNP, PCR-RFLP, coat color, TYR gene expression

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: