Judul: Prediction of the Structure of the Glucose Oxidase Enzyme Mutant Aspergillus niger IPBCC.08.610 for Enzymatic Fuel Cell Aplication
Abstrak: Enzymatic fuel cell (EFC) merupakan perangkat energi terbarukan yang memanfaatkan reaksi enzimatis untuk menghasilkan energi listrik. Enzim digunakan karena memiliki sensitifitas kerja yang tinggi terhadap substratnya. Salah satu enzim yang digunakan dalam perangkat EFC adalah enzim glukosa oksidase (GOD). Enzim ini bekerja mengoksidasi β-D-glukosa menjadi D-glukono-δ-lakton dan hidrogen peroksida. Enzim glukosa oksidase yang digunakan dalam penelitian ini merupakan enzim glukosa oksidase dari Aspergillus niger IPBCC.08.610 (GOD_IPBCC_1CF3). Dalam pengaplikasiannya sebagai EFC, enzim GOD_IPBCC_1CF3 menemui beberapa permasalahan yang harus dihadapi, diantaranya adalah terkait nilai konstanta Michaelis-Menten (Km). Standar nilai Km enzim sebagai EFC adalah sebesar 11-41 μM, sedangkan enzim GOD_IPBCC_1CF3 memiliki nilai Km sebesar 2.9 μM. Untuk menangani permasalahan tersebut, penelitian ini dilakukan untuk meningkatkan nilai Km enzim GOD_IPBCC_1CF3 dengan melakukan prediksi mutasi pada struktur enzim. Tipe mutasi yang dilakukan adalah mutasi tunggal pada dua residu yaitu E412 dan H516. Prediksi mutasi dilakukan menggunakan struktur 3D enzim GOD_IPBCC_1CF3 hasil prediksi yang dilakukan pada penelitian sebelumnya. Berdasarkan hasil analisis molecular docking dan dinamika molekuler 38 struktur mutan enzim GOD_IPBCC_1CF3, diperoleh 11 struktur mutan terpilih dan selanjutnya dianalisis kestabilannya menggunakan simulasi dinamika molekuler untuk mendapatkan struktur mutan yang memiliki kemampuan meningkatkan nilai Km dan juga memiliki kestabilan struktur yang baik. Simulasi dinamika molekuler dalam penelitian ini dilakukan selama 50 ns dengan temperatur 300 K. Hasil analisis menggambarkan dari 11 struktur mutan yang dianalisis terdapat empat struktur mutan yang memiliki stabilitas struktur yang baik, yaitu mutan E412C, E412T, H516E dan H516W. Stabilitas ini dinilai berdasarkan data plot RMSD, RMSF, struktur sekunder dan jembatan garam. Serta hasil analisis energi bebas (free energy) menggunakan metode MMPBSA mengungkapkan dari 11 struktur mutan enzim GOD_IPBCC_1CF3 yang dianalisis terdapat 10 struktur mutan yang diprediksi dapat meningkatkan nilai Km, dan satu struktur sisanya tidak dapat meningkatkan nilai Km enzim GOD_IPBCC_1CF3., Enzymatic fuel cell (EFC) is a renewable energy device that utilizes enzymatic reactions to produce electrical energy. Enzymes are used because they have a high sensitivity to their substrates. One of the enzymes used in the EFC device is glucose oxidase (GOD). It oxidizes -D-glucose to D-glucono-δ-lactone and hydrogen peroxide. The glucose oxidase enzyme used in this study derived from Aspergillus niger IPBCC.08.610 (GOD_IPBCC_1CF3). In its application as an EFC, the enzyme GOD_IPBCC_1CF3 encountered various problems, including the value of the Michaelis-Menten constant (Km). The standard Km value for the glucose oxidase enzyme to be used as an EFC is to have a Km value of 11-41 M, while for the GOD_IPBCC_1CF3 enzyme it has a Km value of 2.9 M. To overcome this problem, research was carried out to increase the Km value of the GOD_IPBCC_1CF3 enzyme by changing the structure enzyme. The type of mutation carried out was a single mutation in two residues, namely E412 and H516. Mutation prediction was carried out using the 3D structure of the GOD_IPBCC_1CF3 enzyme as predicted in previous studies. Based on the molecular docking analysis and molecular dynamics simulation of 38 GOD_IPBCC_1CF3 mutant structures, 11 selected mutant structures were obtained and then analyzed using molecular dynamics simulations to obtain a mutant structure that can increase the Km value and also has good structural stability.
Keyword: Enzymatic fuel cell, Konstanta Michaelis-Menten, Simulasi dinamika molekuler, Glukosa oksidase, glucose oxidase, Enzymatic fuel cell, Michaelis-Menten constant, molecular dynamics simulation

Judul: Karakterisasi Biokimia Dan Amobilisasi Glukosa Oksidase Dari Aspergillus Niger Ipbcc.08.610 Pada Elektroda Pasta Karbon Termodifikasi
Abstrak: Penggunaan enzim saat ini sangat luas diberbagai bidang, seperti bidang pangan, kesehatan, pertanian, maupun energi namun, Indonesia masih menjadi pengimpor enzim terbesar. Salah satu enzim yang banyak digunakan adalah glukosa oksidase (GOD). GOD merupakan enzim yang mengatalisis oksidasi dari β-Dglukosa menjadi D-glukono-δ-lakton dan hidrogen peroksida menggunakan molekul oksigen sebagai penerima elektron. GOD pada penelitian ini diproduksi langsung dari isolat lokal Aspergillus niger yang diisolasi dari tanaman pagar Dryobalanops di daerah Tarakan, Kalimantan Utara. Aplikasi dari GOD ke permukaan elektroda membutuhkan sistem amobilisasi. Proses amobilisasi enzim yang tepat dianggap dapat meningkatkan kinerja elektroda. Amobilisasi GOD ke nanofiber-polianilin pada permukaan elektroda pasta karbon diduga dapat meningkatkan konduktansi elektroda. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan karakteristik kinetika aktivitas GOD hasil pemurnian (NH4)2SO4 80% jenuh dan hasil amobilisasi GOD pada elektroda pasta karbon termodifikasi (EPKT) nanofiber polianilin. Penilitian ini terdiri atas sembilan tahap yakni: (1) Produksi dan isolasi GOD dari A.niger IPBCC.08.610; (2) Pemurnian GOD dengan (NH4)2SO4 80% jenuh; (3) Uji aktivitas GOD; (4) Kinetika GOD hasil pemurnian; (5) Optimasi ukuran diameter tembaga Elektroda Pasta Karbon (EPK); (6) Pengukuran voltamogram siklik elektroda pasta karbon (EPK) dan elektroda pasta karbon termodifikasi (EPKT); (7) Amobilisasi GOD pada EPKT; (8) Pengukuran voltamogram siklik EPKT teramobilisasi dan GOD yang tidak diamobilisasi; dan (9) Kinetika GOD teramobilisasi pada EPKT. Hasil penelitian diperoleh GOD dengan aktivitas tertinggi dihasilkan secara intraseluler oleh A.niger. Ekstrak kasar GOD intraseluler kemudian dimurnikan dengan pengendapan (NH4)2SO4 80% jenuh dan menghasilkan aktivitas spesifik sebesar 27.77 U/mg. Tingkat kemurnian yang dihasilkan mencapai 20.22 kali dari ekstrak kasarnya dengan yield sebesar 72.86%. Tembaga dengan diameter 3 mm memiliki nilai knduktansi yang lebih baik. Nanofiber polianilin meningkatkan konduktansi EPK sehingga lebih baik digunakan sebagai media amobilisasi glukosa oksidase. Metode amobilisasi dengan penambahan glutaraldehida sebagai agen pengikat silang GOD, dapat meningkatkan kinerja GODamo-IPB|EPKT. Karakteristik kinetika GOD yang teramobil pada elektroda dapat menurunkan nilai Km (3.1 mM) dan Imax yang dihasilkan besar (3.689 mA), sensitivitas yang tinggi 1.09 mA/mM dan range konsentrasi glukosa sebesar 0.2-2 mM. Range konsentrasi glukosa ini dapat digunakan dalam mendeteksi kadar glukosa dalam darah yakni sebesar 56.4 mg/dL selain itu, range ini juga dapat diaplikasikan dalam mendeteksi glukosa pada buah peach (0.9 mM). GODamo-IPB|EPKT pada penelitian ini berpotensi untuk dijadikan biosensor glukosa.
Keyword: Aspergillus niger, glukosa oksidase, amobilisasi enzim, elektroda pasta karbon

Judul: Etno-ornitologi Burung Kancilan Flores (Pachycephala nudigula nudigula Hartert 1897) pada Masyarakat Lio di Taman Nasional Kelimutu
Abstrak: Bare-throathed whistler is one of several wild birds in Kelimutu National Park (TNKL) that is believed to have correlation with Lio Community‟s belief. The estimation of Bare-throated whistler‟s population in Kelimutu National Park was about 186.41-1668.07 individual by the density about 0.0389-0.3481 ind/ha with the sex ratio 6.2:1 that spreaded on area with height of 1100 – 1600 masl. The characteristic of Bare-throated whistler‟s habitat is a natural forest with various canopy level, high plant species diversity and high density. The habitat characteristics related to the availability of food in the form of insects, cover, safety and a nesting site. Generally the most of Lio community knew the existence of Bare-throated whistler directly or from their parents‟ stories. The perceptions of Lio Community to the Bare-throated whistler‟s existence is generally support the conservation efforts. The perceptions construct the Lio Community‟s atitude that tend to be conservative to the existence of Bare-throated whistler. The attitude shown by their behavior that not cathing the Bare-throated whistler from the TNKL‟s area or the outside. The attitude have an important role to the existence of Bare-throated whistler in Kelimutu National Park‟s area.
Keyword: