Judul: Pendugaan Peptida Bioaktif dari Susu Termetabolisme oleh Tubuh Menggunakan Teknik In Silico Berbasis Web
Abstrak: Peptida bioaktif merupakan fragmen protein spesifik yang memiliki dampak positif pada fungsi atau kondisi tubuh. Metode in silico memberikan alternatif agar pendugaan peptida bioaktif berlangsung lebih efektif dan efisien. Kandungan protein yang tinggi dalam susu merupakan potensi yang sangat besar untuk menghasilkan peptida bioaktif. Penelitian ini bertujuan untuk menduga peptida bioaktif dari susu setelah proses metabolisme menggunakan teknik in silico berbasis web, serta mengetahui proses simulasi dari peptida bioaktif yang dihasilkan. Pencarian sekuens protein utama susu dari αs1-kasein, αs2-kasein, β-kasein, κ-kasein, β-laktoglobulin, α-laktalbumin, dan laktoferin dilakukan melalui situs UniProt (the Universal Protein Resource). Selanjutnya sekuens protein yang dihasilkan dipotong dengan enzim-enzim pencernaan seperti pepsin, tripsin, dan kimotripsin yang tersedia pada Peptide Cutter portal ExPASy (the Expert Protein Analysis System). Peptida-peptida hasil simulasi disusun secara berurutan berdasarkan posisi pemotongan (Cleavages Sites) pada setiap simulasi pemotongan. Keberadaan peptida bioaktif hasil simulasi dapat diketahui dengan mencocokkan kesamaan sekuens peptida hasil simulasi terhadap database peptida bioaktif yang telah dilaporkan. Hasil percobaan menunjukkan bahwa persentase kecocokan tertinggi secara berurutan adalah αs1-kasein sebesar 58% dan β-laktoglobulin sebesar 56%. Selain itu berdasarkan hasil simulasi diketahui bahwa setiap jenis protein menghasilkan bioaktivitas antihipertensi. Bioaktivitas antihipertensi merupakan yang paling banyak dihasilkan dari simulasi meskipun jumlahnya masih relatif sedikit dibandingan database sekuens antihipertensi yang dilaporkan.
Keyword: n silico, kimotripsin, pepsin, peptida bioaktif, Peptide Cutter, sekuens, simulasi, tripsin

Judul: Peptida Bioaktif dari Tempe: Telaah Bioinformatika dan Karakterisasi.
Abstrak: Dalam dekade terakhir ini, peptida yang memiliki peran sebagai pangan fungsional menjadi sorotan menarik. Berbagai penelitian menyebutkan beberapa peran fungsional peptida bioaktif di antaranya sebagai antihipertensi, antioksidan, antimikroba, antitrombotik, antiadipogenik (antiobesitas), antikanker, aktifitas opioid, antihiperkolesterol, immunomodulator dan antidiabet (kencing manis). Sekuen asam amino yang memiliki peran fungsional dalam peptida bioaktif sudah cukup banyak dilaporkan. Pola sekuen asam amino dalam fragmen peptida tersebut diperkirakan terkait dengan mekanisme fungsional dari peptida-peptida tersebut. Salah satu cara memproduksi peptida bioaktif adalah dengan proses fermentasi. Produk fermentasi asli Indonesia yang sudah dikenal adalah tempe. Penelitian ini bertujuan menelaah karakteristik in silico (bioinformatika) dan in vitro peptida bioaktif yang mungkin terdapat di dalam tempe dari berbagai jenis produsen serta memperkirakan pembuatan tempe yang menghasilkan peptida bioaktif yang optimal. Penelitian ini menunjukkan bahwa kehadiran suatu asam amino tidak cukup dalam mencirikan suatu sifat fungsional pada peptida bioaktif, seperti kehadiran residu asam amino gugus aromatik dan alifatik pada peptida yang memiliki sifat antihipertensi dan antioksidan serta residu asam amino bergugus kation pada peptida yang memiliki sifat antimikroba. Parameter yang dibangkitkan dari peptida bioaktif meliputi panjang sekuens, berat molekul, titik isoelektrik, muatan bersih dan hidrofobisitas secara simultan dapat digunakan untuk mencirikan sifat fungsional peptida bioaktif. Hasil ini dapat menjadi pintu bagi pengungkapan sifat fungsional peptida dengan menggunakan sifat fisik dan kimianya. Proses fermentasi kedelai menjadi tempe dapat menjadi sumber peptida bioaktif yang potensial. Penelitian ini mengungkap bahwa karakteristik dan proses produksi yang berbeda dari produsen tempe mempengaruhi peptida bioaktif yang dihasilkan. Peptida bioaktif kecil dengan berat molekul kurang dari 1.000 Da ditemukan pada ketiga sampel tempe dari produsen dengan tingkat sanitasi berbeda. Jumlah peptida bioaktif yang dihasilkan oleh produsen yang memiliki tingkat sanitasi yang baik (sebesar 60%) lebih tinggi dibandingkan dengan jumlah peptida bioaktif yang dihasilkan produsen yang memiliki tingkat sanitasi yang sedang dan kurang (masing-masing sebesar 43% dan 34%). Hal ini diduga terkait dengan starter tempe yang lebih murni, peralatan yang bersih yang digunakan dan blanching yang dilakukan sebelum inokulasi selama produksi tempe. Sebagian besar peptida bioaktif yang dihasilkan oleh ketiga produsen adalah peptida dengan sifat antihipertensi, antidiabetik, antioksidan dan antitumor. Telaah in silico yang dilakukan pada penelitian ini menunjukkan bahwa jumlah dan jenis peptida yang dihasilkan menggunakan aplikasi PeptideCutter dipengaruhi oleh banyaknya enzim dan panjang residu asam amino yang dimiliki oleh protein simpanan kedelai. Simulasi I menggunakan kompleks enzim protease yang dihasilkan oleh Lactobacillus sp. dan Rhizopus oligosporus yaitu Asp N Endopeptidase, Asp N Endopeptidase + N terminal Glu; Glutamyl endopeptidase, Proline endopeptidase dan Tripsin. Adapun simulasi II menggunakan kompleks enzim yang dihasilkan oleh Lactobacillus sp., Rhizopus oligosporus, dan Klebsiella pneumonia yaitu Asp N Endopeptidase, Asp N Endopeptidase + N terminal Glu, Glutamyl endopeptidase, Proline endopeptidase, Tripsin dan Chymotripsin. Penelitian ini juga menunjukkan bahwa peptida bioaktif hasil pemotongan dengan PeptideCutter sebagian besar memiliki peran fungsional sebagai antihipertensi, antidiabetik, dan antioksidan, di samping beberapa sebagai antitumor dan pengatur aliran ion. Jumlah peptida bioaktif hasil pemotongan kompleks enzim simulasi II (58 peptida bioaktif) lebih banyak dibandingkan kompleks enzim simulasi I (41 peptida bioaktif). Peptida hasil pemotongan dengan PeptideCutter yang memiliki sifat fungsional hampir seluruhnya berbentuk dipeptida, hanya ada tiga peptida yang
Keyword: fermentasi, in silico, in vitro, kedelai, peptida bioaktif, sekuen peptida, tempe

Judul: Revision of Rhynchoglossum (Gesneriaceae) in Malesia
Abstrak: Revision on Rhynchoglossum in Malesia has been done. This research conducted based on morphological characters of 233 sheets of Herbarium specimen and Herbarium specimen photographs from Herbarium Bogoriense (BO), Singapore Botanic Gardens (SING), National Herbarium Netherlands (L), Royal Botanic Garden Kew (K), Natural History Museum London (BM), Royal Botanic Garden Edinburgh (E), New York Botanical Gardens (NY), Smithsonian Institute (US), and Harvard University (A). The result shows that six species are recognized in Malesia and five are endemic. Five species are known previously namely R. borneense, R. klugioides, R. medusothrix, R. obliquum, and R. spumosum; one species is proposed as a new and newly described namely R. celebicum. Rhynchoglossum borneense and R. medusothrix endemic to Borneo, R. celebicum endemic to Sulawesi, while R. spumosum endemic to Philippine Islands. Rhynchoglossum klugioides and R. obliquum distributed wider in Malesia. Rhynchoglossum papuae and R. merrilliae are placed under synonym of R. obliquum and R. spumosum. A phylogenetic analysis using PAUP version 4.0 program based on 60 morphological characters with Stauranthera coerulea and Loxonia hirsuta as an outgroup was undertaken. The analysis resulted a parsimonious tree which shown that Rhynchoglossum in Malesia can be divided in two groups. First clade consist R. obliquum, R. spumosum and R. celebicum while the second clade consist R. klugioides, R. borneense and R. medusothrix. Taxonomic treatment was giving with a identification key to the species, description, nomenclature, distribution, and notes each species.
Keyword: