Judul: Kloning Dua Kandidat Gen yang Terlibat Dalam Biosintesis Magnetosom pada Magnetospirillum magneticum AMB-1 di Escherichia coli
Abstrak: Magnetospirillum magneticum AMB-1 adalah salah satu strain bakteri magnet yang mampu mensintesis magnetosom. Magnetosom pada M. magneticum AMB-1 merupakan partikel magnetit berukuran nano yang diselimuti membran, dan mampu memberikan kemampuan magneto-aerotaksis pada bakteri magnet. Pembentukan magnetosom pada sel bakteri magnet dikontrol secara genetik. Sampai saat ini telah diketahui setidaknya ada 36 gen yang terlibat dalam biosintesis magnetosom, dua open reading frame (ORF) diantaranya adalah ORF 14 dan ORF 38.0. Kedua ORF tersebut dalam penelitian ini dianalisis secara bioinformatika dan diintroduksikan kedalam sel E. coli DH5á menggunakan vektor kloning pGEMT-Easy. Hasil analisis bioinformatika untuk ORF 14 menunjukkan bahwa gen tersebut mengkode protein yang memiliki homologi sebesar 90% dengan domain GGDEF pada Magnetospirillum magnetotacticum MS-1. Sedangkan hasil analisis bioinformatika untuk ORF 38 menunjukkan bahwa gen tersebut memiliki homologi sebesar 70% dengan 6- hydroxynicotinate reductase pada Bradyrhizobium sp. BTAi1. Verifikasi hasil kloning kedua ORF dilakukan melalui pemotongan plasmid rekombinan menggunakan enzim restriksi EcoRI, NdeI, dan BamHI; serta PCR koloni. Verifikasi hasil kloning membuktikan bahwa kedua ORF telah berhasil diintroduksi ke dalam sel E. coli DH5á.
Keyword: 

Judul: Isolasi kloning dan sekuensing gen putatif enzim PQQ glukosa dehidrogenase sari Agrobacterium tumefaciens
Abstrak: Enzim pirolokuinolin kuinon glukosa dehidrogenase tipe B (PQQGDH-B) merupakan enzim potensial untuk keperluan biosensor glukosa dan sampai saat ini hanya ditemukan dalam satu spesies bakteri, yaitu Acinetobacter calcoaceticus. Terdapat beberapa penelitian yang telah melaporkan peningkatan kestabilan dan aktivitas dari enzim PQQGDH-B, tetapi belum ada studi intensif yang telah dilaporkan untuk mencari PQQGDH-B dari spesies baru. Hasil analisis bioinformatika berbasis struktur telah mengidentifikasi 23 gen kandidat gen dari berbagai sumber genom bakteri yang berpotensi sebagai enzim PQQGDH-B karena homolog secara sekuens dan struktur, termasuk gen putatif PQQGDH-B dari genom Agrobacterium tumefaciens yang mempunyai nilai homologi sebesar 25%. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mengkloning gen putatif PQQGDH-B dari A. tumefaciens ke Escherichia coli DH5a dengan menggunakan 2 galur A. tumefaciens yaitu LBA 4404 dan EHA 101. Isolasi genom dengan metode CTAB telah berhasil mengisolasi DNA genom dari kedua galur dengan kadar dan kemurnian yang tinggi. Teknik PCR yang dilakukan berhasil mengisolasi gen putatif PQQGDH-B berukuran 1002 pb dari kedua galur dengan menggunakan primer ATPGDH-F dan ATPGDH- R yang dirancang dari genom A. tumefaciens C58 yang telah dipublikasikan walaupun dengan pola pita yang berbeda. Diasumsikan perbedaan ini disebabkan oleh perbedaan sekuens genom galur LBA 4404 dengan EHA 101, sehingga ada kemungkinan terdapat variasi pada sekuens gen putatif PQQGDH-B yang dimiliki. Dari hasil kloning diperoleh 7 koloni E.coli-pGEM-ATPGDH rekombinan yang mempunyai gen insert putatif PQQGDH-B, tiga koloni dari gen yang berasal dari galur LBA 4404, dan sisanya dari EHA 101. Hasil sekuensing koloni 37 dari LBA 4404 menunjukkan sekuens yang identik dengan gen putatif PQQGDH-B dari A. tumefaciens yang berada di GeneBank. Gen rekombinan ini nantinya akan diekspresikan untuk mendapatkan enzim putatif PQQGDH-B.
Keyword: 

Judul: Evaluasi Kualitas Estetika Visual Pohon pada Lanskap Jalan
Abstrak: Lanskap jalan memiliki peranan penting dalam memperlancar fungsi dan aktivitas suatu kawasan. Pada dasarnya, suatu lanskap jalan harus dapat memenuhi aspek efisiensi, keamanan dan penampilan yang menyenangkan serta mampu membangun karakter lingkungan, spasial dan visual kawasan. Hal ini dapat terlaksana dengan diterapkannya kebijakan pemerintah dalam mengembangkan tata hijau di sepanjang jalan guna meningkatkan kenyamanan, estetika dan keamanan pengguna serta menciptakan keseimbangan lingkungan. Secara estetika, tanaman pada lanskap jalan berfungsi sebagai pelengkap, penyatu, penegas, penanda dan penghalus terhadap lingkungan (Booth, 1983). Jenis tanaman yang menjadi elemen struktural dominan dalam lanskap adalah jenis pohon. Pohon dapat memberikan nilai estetika dan meningkatkan kualitas lingkungan disebabkan oleh sesuatu yang terkandung di dalamnya seperti bentuk, warna, tekstur dan skala. Bentuk tajuk dan warna bunga pada pohon merupakan karakteristik pohon yang paling menonjol secara estetika visual. Saat ini aspek arsitektur dan karakter pohon pada lanskap jalan belum banyak diterapkan dalam perencanaan dan perancangan lanskap. Pengetahuan mendalam mengenai karakter pohon secara visual terhadap lanskap jalan belum banyak terungkap sehingga suasana yang terbentuk oleh kehadiran pohon pada lanskap jalan kurang ditampilkan secara optimal. Kajian kualitas estetika perlu dilakukan untuk mengetahui persepsi dan preferensi masyarakat mengenai lanskap jalan dalam kaitannya dengan penggunaan karakteristik lingkungan pada serta pengaruh pohon tepi jalan secara visual. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari dan mengevaluasi kualitas estetika visual pohon pada lanskap jalan serta mempelajari persepsi visual bentuk tajuk dan bunga pada pohon. Penelitian karakter kualitas estetika visual pohon pada lanskap jalan dilakukan dengan metode survey, studi pustaka dan simulasi. Tahapan kegiatan penelitian yang dilakukan meliputi tahap persiapan, tahap pelaksanaan dan tahap pengolahan data. Obyek yang diduga kualitas estetikanya ialah lanskap Jalan Pajajaran yang telah disimulasi sesuai dengan kebutuhan penelitian (12 lanskap jalan). Lanskap jalan dikondisikan menggunakan berbagai bentuk tajuk pohon yang berbeda dan setiap lanskap yang ditampilkan akan dinilai pula kualitas estetikanya pada masa pembungaan pohon. Tajuk pohon dikelompokkan berdasarkan Booth (1983) yaitu bulat, kolumnar, menyebar. eksotis, menjurai, kerucut dan fastigiate. Pendugaan kualitas estetika dilakukan dengan menggunakan metode Scenic Beauty Estimation dan Semantic Differential. Hasil perhitungan kriteria penilaian diperkuat dengan menggunakan uji coba t-student pada selang kepercayaan 95%. Analisis faktor dilakukan untuk mengetahui setiap kriteria yang memiliki persamaan tujuan atau saling serasi. Hasil analisis menunjukkan bahwa bentuk tajuk pohon merupakan elemen utama karakter pohon yang paling berpengaruh terhadap penilaian pengguna dalam disain lanskap. Penggunaan pohon dengan bentuk tajuk yang berbeda dan perubahan warna pada bagian pohon saat masa pembungaan dapat memberikan kesan ruang dan efek psikologi berbeda pada tapak yang sama. Untuk bentuk tajuk pohon yang sama, adanya bunga tidak mempengaruhi kualitas estetika pohon secara keseluruhan. Penilaian secara Semantic Differential menunjukkan bahwa lanskap pada saat berbunga dan tidak cenderung memiliki nilai tidak berbeda nyata pada tajuk yang sama…dst
Keyword: