Judul: Application of Mitochondrial Gene Markers and Real-Time PCR for the Identification of Isurus spp. and Lamna nasus Species
Abstrak: Hiu merupakan spesies predator yang berperan penting dalam ekosistem laut dan memiliki nilai ekonomis tinggi. Eksploitasi bagian hiu yang meliputi sirip, sisik, gigi, tulang rawan, kulit, hati, daging, dan ekor sulit diidentifikasi secara visual sehingga perlu dilakukan identifikasi secara molekuler guna mengetahui produk hiu diperjual-belikan. Penelitian ini bertujuan merancang primer spesifik berbasis marka gen mitokondria pada ikan hiu spesies Isurus spp. dan Lamna nasus serta aplikasinya dalam autentikasi produk perikanan berbasis real-time PCR. Penelitian dilakukan secara in silico untuk perancangan desain primer spesifik dan secara in vitro untuk isolasi DNA sampel, pengujian kuantitas dan kualitas DNA, amplifikasi DNA, dan analisis real-time PCR. Pasangan primer kedua spesies yang termasuk ke dalam daftar CITES II dengan marka gen yang berbeda berhasil dibuat. Primer yang digunakan dapat mengamplifikasi DNA dan memiliki selisih Ct antara DNA target dan non target sehingga terbukti dapat mengidentifikasi spesies hiu target., Sharks are predator species that play an important role in marine ecosystems and have high economic value. The exploitation of shark parts, including fins, scales, teeth, cartilage, skin, liver, meat, and tails, is difficult to visually identify, necessitating molecular identification to determine traded shark products. This study aims to design species-specific primers based on mitochondrial gene markers for shark species Isurus spp. and Lamna nasus, and their application in real-time PCR-based fisheries product authentication. The research was conducted in silico for specific primer design and in vitro for DNA sample isolation, DNA quantity and quality testing, DNA amplification, and real-time PCR analysis. The primer pairs of species included in the CITES II list with different genetic markers has been successfully created. The primers used were able to amplify DNA and showed a Ct difference between the target and non-target DNA, proving their ability to identify the target shark species.
Keyword: primers, real-time PCR, sharks

Judul: Autentikasi Ikan Hiu Dilindungi pada Produk Perikanan dengan Metode qPCR dan Marka Gen NADH Dehydrogenase subunit 2
Abstrak: Hiu merupakan salah satu hasil perikanan yang memiliki nilai ekonomis tinggi. Perdagangan hiu umumnya berupa potongan tubuh, seperti sirip, daging, kulit, dan ekor sehingga dilakukan identifikasi secara molekuler sebagai upaya mengetahui produk hiu yang diperdagangkan. Tujuan penelitian ini mendesain primer spesifik berbasis gen marka NADH2 pada ikan hiu dilindungi (Rhincodon typus, Sphyrna lewini, S. mokarran, S. zygaena, Carcharhinus longimanus, C. falciformis, Alopias pelagicus, A. pelagicus, dan Rhynchobatus australiae) serta aplikasinya dalam autentikasi produk perikanan berbasis qPCR. Tahapan penelitian terdiri dari perancangan primer spesifik, isolasi DNA, pengujian kuantitas isolat DNA, dan identifikasi menggunakan qPCR. Hasil perancangan primer pada sembilan spesies hiu dilindungi berhasil dilakukan. Primer Alopias pelagicus NADH2 dan Carcharhinus falciformis NADH2 hasil rancangan dapat mengamplifikasi DNA target., Sharks are one of the fishery products that have high economic value. Shark trade is generally in the form of body parts, such as fins, meat, skin, and tails so that molecular identification is carried out to identify the shark products being traded. The purpose of this study was to design specific primes based on the NADH2 marker gene. The primer will be used to identify protected sharks species (Rhincodon typus, Sphyrna lewini, S. mokarran, S. zygaena, Carcharhinus longimanus, C. falciformis, Alopias pelagicus, A. pelagicus, and Rhynchobatus australiae) and their application in qPCR-based authentication of fishery products. The research stages consisted of specific primer design, DNA isolation, testing the quantity of DNA isolate, and identification using qPCR. The results of the primer design on nine protected shark species were successfully implemented. Alopias pelagicus NADH2 and Carcharhinus falciformis NADH2 primers were designed to amplify target DNA.
Keyword: Shark, NADH2, primer, qPCR

Judul: Kerusakan Bangunan Sekolah Dasar (SD) di Kota Bogor
Abstrak: Penyelenggaraan pendidikan yang berkualitas tidak terlepas dari ketersediaan dan kualitas bangunan sekolah sebagai sarana utama pendidikan. Di pihak lain kenyataan menunjukkan bahwa masih banyak bangunan gedung sekolah yang mengalami kerusakan. Pada tahun 2009/2010, Kementerian Pendidikan Nasional mencatat jumlah ruang kelas Sekolah Dasar (SD) yang rusak ringan dan rusak berat mencapai 347.998 unit (39,08%). Sementara itu, informasi ilmiah tentang karakteristik kerusakan bangunan sekolah di Indonesia, termasuk Kota Bogor, masih sangat terbatas. Suatu penelitian telah dilakukan untuk mengetahui karakteristik kerusakan bangunan Sekolah Dasar di Kota Bogor terutama menyangkut frekuensi dan intensitas kerusakan bangunan, bentuk kerusakan serta faktor penyebabnya. Penentuan bangunan sekolah contoh dilakukan dengan Teknik Pengambilan Contoh Acak Berlapis Tiga Tahap (three stages stratified random sampling). Pada tahap pertama secara acak dipilih tiga Kecamatan Contoh dari enam kecamatan di Kota Bogor. Pada setiap Kecamatan Contoh kemudian dilakukan pemilihan secara acak tiga Kelurahan Contoh, selanjutnya pada setiap Kelurahan Contoh dipilih empat SD Negeri secara acak. Pada setiap sekolah contoh dilakukan pengamatan ada tidaknya kerusakan komponen bangunan dan intensitas kerusakannya. Indeks keterandalan bangunan sekolah contoh diuji dengan menggunakan analisis crosstabulation untuk mengetahui korelasi antara umur bangunan dan frekuensi pemeliharaan/perawatan terhadap indeks keterandalan bangunan sekolah.
Keyword: