Judul: Analisis Metagenomik Aktinomiset Endofit Pada Tanaman Brotowali (Tinospora Crispa L. Miers) Berdasarkan Gen 16s Rrna
Abstrak: Keragaman aktinomiset endofit yang berasosiasi dengan tanaman obat sangat penting dipelajari karena memiliki potensi sebagai sumber beragam senyawa metabolit sekunder yang bermanfaat. Status keragaman aktinomiset endofit pada Tinospora crispa dapat dianalisis dengan pendekatan culture dependent dan culture independent. Analisis aktinomiset endofit pada tanaman T. crispa menggunakan pendekatan culture dependent telah berhasil dilakukan, ditemukan sebanyak 32 isolat aktinomiset endofit yang sebagian besar merupakan genus Streptomyces. Isolasi aktinomiset endofit dengan pendekatan culture dependent hanya merepresentasikan 0,1-10 % yang dapat tumbuh pada media agar. Sebagian besar mikrob yang ada di alam yaitu lebih dari 99% memiliki beragam potensi, namun masih belum banyak diketahui kegunaannya. Analisis metagenomik komunitas mikrob di lingkungan dengan cara tanpa pengkulturan (culture independent) dilakukan untuk mendapatkan galur yang bisa dikulturkan, sulit dikulturkan maupun yang tidak bisa dikulturkan pada media agar. Tujuan penelitian ini untuk mengkaji keragaman aktinomiset endofit pada T. crispa dengan pendekatan culture independent dianalisis dengan teknik PCR-DGGE berdasarkan gen16S rRNA. Hasil kajian tentang keragaman aktinomiset endofit pada T. crispa berdasarkan analisis metagenomik merupakan informasi baru yang pertama kali dilaporkan. Ditemukan beberapa kesamaan pada aktinomiset endofit yang terdapat pada batang, akar dan daun dengan komunitas aktinomiset tanah pada rhizosfer tanaman T. crispa. Interpretasi menggunakan piranti lunak Phoretix 1D menunjukkan bahwa keragaman paling besar dari aktinomiset ditemukan pada batang dan daun yaitu 17 dan 16 pita, sedangkan pada akar dan tanah ditemukan yaitu 14 dan 10 pita masing-masingnya secara berurutan. Jumlah total dari pita yang didapatkan menggunakan piranti lunak ini adalah 21 pita. Analisis molekuler dengan metode PCR-DGGE menunjukan 12 pita yang dominan. Sekuen A4 dan A9 memiliki kesamaan 95% dan 86% untuk pita dengan panjang 180 bp dengan Williamsia dan Streptomyces, secara berurutan. Sekuen yang ditemukan ini diduga tergolong baru karena memiliki persentase kesamaan yang lebih rendah dari 97 %. Hasil 10 sekuen lainnya memiliki kesamaan dengan rentang antara 97-100% dengan panjang sekuen 180 bp yang menunjukkan kekerabatan yang dekat dengan genus Streptomyces, Microbacterium, Amycolatopsis, Actinomadura, Actinoplanes, Actinokineospora, Kibdelosporangium, Williamsia, Kocuria. Berdasarkan kajian culture independent dengan pendekatan metagenomik gen 16S rRNA yang dianalisis dengan teknik PCR-DGGE berhasil diketahui keragaman komunitas aktinomiset endofit pada T. crispa. Sebagian besar aktinomiset yang diperoleh memiliki kekerabatan dengan rare aktinomiset dan sebagian lagi berkerabat dengan Streptomyces. Diantara aktinomiset yang diperoleh diduga terdapat novel aktinomiset endofit T. crispa.
Keyword: aktinomiset endofit, DGGE, metagenomik, Tinospora crispa, 16S rRNA

Judul: Analisis Komunitas Aktinobakteri Endofit Pegagan (Centella Asiatica L. Urban) Berdasarkan Gen 16s Rrna Dan Potensinya Sebagai Antidiabetes
Abstrak: Aktinobakteri endofit tanaman obat memiliki potensi sebagai sumber beragam senyawa bioaktif termasuk antidiabetes. Pengetahuan tentang keragaman genetik aktinobakteri endofit Centella asiatica penting sebagai dasar untuk mengeksplorasi aktinobakteri endofit potensial dari tanaman tersebut. Analisis keragaman melalui pendekatan metagenomik (culture-independent) dengan teknik PCR-DGGE (Polymerase Chain Reaction - Denaturing Gradient Gel Electrophoresis), merupakan langkah yang efisien dalam mempelajari komunitas aktinobakteri endofit. Penelitian ini bertujuan mengkaji keragaman aktinobakteri tanah rizosfer dan endofit C. asiatica melalui pendekatan metagenomik dengan PCR-DGGE berdasarkan gen 16S rRNA dan gen inhibitor α-glukosidase. DNA genom total tanah rizosfer dan jaringan tanaman diekstraksi menggunakan Soil DNA Isolation Kit dan Genomic DNA Mini Kit (Plant). Gen 16S rRNA aktinobakteri diamplifikasi menggunakan teknik nested-PCR (27F, 16Sact1114R dan P338F-GC, P518R). Keragaman aktinobakteri berdasarkan gen 16S rRNA dianalisis dengan DGGE pada gel poliakrilamida. Produk PCR hasil pemotongan pita DNA pada gel poliakrilamida disekuensing dan dianalisis menggunakan software bioinformatika untuk konstruksi pohon filogenetik. Gen penyandi inhibitor α-glukosidase di amplifikasi menggunakan primer vldA-F dan vldA-R. Isolat Streptomyces sp. BWA 65 digunakan sebagai kontrol positif. Hasil separasi produk gen 16S rRNA pada gel DGGE diperoleh 16 pita dominan dari tanah rizosfer dan jaringan tanaman C. asiatica. Pola distribusi pita menunjukkan bahwa komunitas aktinobakteri pada jaringan tanaman lebih beragam dibandingkan dengan tanah rizosfer meskipun tidak berbeda secara signifikan berdasarkan analisis Shannon-Wiener (2.176-2.57). Analisis BLAST.N menunjukkan 7 pita berkerabat dengan famili Streptomycetaceae (83-100%), 5 pita adalah famili Micromonosporaceae (99-100%), 1 pita adalah famili Gordoniaceae (99%), dan 3 pita lainnya masih dinyatakan sebagai unculturable (87-99%). Dari famili tersebut diperoleh 6 genus, yaitu genus Streptomyces, Micromonospora, Verrucosispora, Actinoplanes, Couchioplanes, dan Gordonia. Persentase kemiripan terhadap strain pembanding dalam database menunjukkan bahwa sebanyak 6, 5, 1, dan 4 spesies masing-masing sebesar 100, 99, 98, dan < 97%. Kemiripan < 97%, menarik untuk diungkap sebagai spesies aktinobakteri endofit baru dari C. asiatica. Amplifikasi PCR gen inhibitor α-glukosidase menunjukkan hasil positif pada sampel tanah rizosfer, akar dan daun C. asiatica. Hasil penelitian menunjukkan bahwa beragam aktinobakteri endofit dapat ditemukan berasosiasi dengan C. asiatica dan dapat dipelajari lebih lanjut terkait fungsinya dalam bidang kesehatan.
Keyword: 16S rRNA, aktinobakteri endofit, Centella asiatica, inhibitor α-glukosidase, metagenomik, PCR-DGGE.

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: