Judul: Analysis of Long-read Sequences MinION on Kayu Putih (Melaleuca leucadendra L.), Cendana (Santalum album L.), and Cempaka Putih (Magnolia alba DC.)
Abstrak: Melaleuca leucadendra, Santalum album, dan Magnolia alba merupakan tiga jenis pohon tropis yang menghasilkan minyak atsiri bermanfaat dan komersil. Ketiga jenis tersebut berpotensi untuk ditingkatkan kualitasnya melalui pemuliaan pohon secara genetik untuk menghasilkan sifat yang konsisten. Namun, informasi genetik yang dapat dimanfaatkan untuk program pemuliaan masih belum banyak tersedia. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi sekuen bacaan panjang DNA M. leucadendra, S. album, dan M. alba dengan teknologi MinION Oxford Nanopore, dan mengetahui hubungan kekerabatannya melalui analisis filogeni. Prosedur penelitian mencakup tahapan ekstraksi DNA, uji kualitas dan uji kuantitas DNA, sekuensing DNA, dan analisis data. Hasil menunjukkan bahwa M. leucadendra, S. album, dan M. alba menghasilkan jumlah bacaan masing-masing sebesar 470.250 bp, 281.565 bp, dan 195.717 bp. Analisis filogeni menunjukkan bahwa M. alba memiliki hubungan kekerabatan dengan Magnolia champaca dengan nilai bootstrap 64% dengan gen matK, 56% dengan gen spacer psbAtrnH, dan 100% dengan kombinasi kedua gen, Melaleuca leucadendra, Santalum album, and Magnolia alba are tropical tree species that produce beneficial and commercial essential oils. These three species have the potential to be improved genetically to obtain consistent traits. However, genetic information for supporting tree improvement is still not widely available. The objective of this study was i) to characterize the DNA long-read sequences of M. leucadendra, S. album, and M. alba using MinION Oxford Nanopore Technology, and ii) to determine their relationship through phylogenetic analysis. The research method included DNA extraction, DNA quality and quantity testing, DNA sequencing, and data analysis. The results showed that total reads of M. leucadendra, S. album, and M. alba were 470.250 bp, 281.565 bp, and 195.717 bp, respectively. Phylogenetic analysis showed that M. alba was related to Magnolia champaca with bootstrap values 64% with matK gene, 56% with psbA-trnH spacer gene, and 100% with the combination of both genes.
Keyword: DNA, filogeni, Magnolia alba, MinION, sekuensing

Judul: Analysis of Long-Read Sequences DNA on Merbau (Intsia bijuga), Sandalwood (Santalum album), and Moringa (Moringa oleifera)
Abstrak: Informasi genetik dapat digunakan dalam upaya konservasi dengan menduga keragaman genetik melalui penggunaan marka genetik. Sekuens DNA dapat diperoleh melalui tahap ekstraksi, isolasi, dan sekuensing. Sekuensing dapat dilakukan menggunakan mesin dengan teknologi terbaru seperti teknologi ONT, namun jarang sekali diaplikasikan pada pohon hutan. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan sekuens DNA dan melakukan analisis filogenetik beberapa jenis pohon hutan, yaitu merbau (Intsia bijuga), cendana (Santalum album), dan kelor (Moringa oleifera). Tahapan penelitian mencakup perolehan data hasil sekuensing dan basecalling, quality check, assembly, polishing, anotasi, analisis kekerabatan, serta konstruksi pohon filogenetik. Analisis kekerabatan dilakukan menggunakan DNA sekuens berupa intergenic spacer trnH-psbA, accD, dan matK. Hasil analisis kekerabatan menunjukkan bahwa pohon filogenetik jenis merbau, cendana, dan kelor memiliki nilai bootstrap yang bervariasi yaitu masing-masing sebesar 0,965 (96,5%), 0,509 (50,9%), dan 0,798 (79,8%).
Keyword: accD, analisis filogenetik, long-read sequence, matK, trnH-psbA

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: