Judul: Desain Primer dan Identifikasi SNP 5’UTR Gen Calpastatin pada Sapi Bali.
Abstrak: Tujuan penelitian ini adalah mendapatkan primer spesifik 5’UTR gen calpastatin (CAST) pada sapi bali dan mengidentifikasi keragaman (SNP) 5’UTR gen CAST pada sapi bali (Bos javanicus) menggunakan teknik partial sekuensing. Sebanyak 25 ekor sapi bali dianalisis berasal dari Balai Pembibitan Ternak Unggul dan Hijauan Pakan Ternak Denpasar (BPTU-HPT Denpasar). Primer dirancang menggunakan program Primer 3, Multiple Primer Analyzer dan Primer Stat. Data sekuensing dianalisis menggunakan program BLAST, FinchTV, dan MEGA7. Primer forward dan reverse dirancang berdasarkan GenBank: AH014526.2 adalah 5’-AGG GTG TGA GTT GCA AAC AG-3’ dan 5’-GAA GGC CAG GAA GGC TAA C-3’. Ada 2 mutasi transversi yang ditemukan yakni g.921C>T dan g.922T>G. Fragmen 5’UTR gen CAST (158 pb) tidak memiliki variasi pada daerah ini, sehingga nilai heterosigositas dan keseimbangan Hardy-Weinberg tidak dapat dihitung. SNP g.921C>T dan SNP g.922T>G dapat dijadikan sebagai kandidat marker assisted selection (MAS) untuk sifat kualitas daging pada sapi bali.
Keyword: 5’UTR, calpastatin, desain primer, sapi bali, SNP

Judul: Analisis Keragaman Gen Kalpastatin (Cast) Dan Kalpain-1 (Capn1) Terhadap Karakteristik Karkas Dan Daging Pada Sapi Bali
Abstrak: Sapi bali (Bos javanicus) sebagai sumber daya genetik ternak asli hasil domestikasi banteng (Bibos banteng) dan telah diakui oleh FAO sebagai salah satu bangsa sapi di dunia yang tersebar di seluruh Indonesia. Potensi yang dimiliki sapi bali belum dimanfaatkan secara optimal khususnya sebagai penghasil bibit dan produksi daging yang berkualitas (daging premium). Gen yang berperan penting terhadap karakteristik karkas dan daging adalah gen kalpastatin (CAST) dan kalpain-1 (CAPN1). Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi dan menganalisis ada tidaknya polimorfisme gen CAST dan CAPN1 pada sapi bali. Selain itu tujuan dari penelitian ini adalah menganalisis hubungan variasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP) gen CAST dan CAPN1 terhadap karakteristik karkas dan daging pada sapi bali. Sapi bali yang digunakan sebanyak 48 ekor dengan masing-masing 24 ekor jantan dan betina yang dipelihara di paddock yang sama dari BPTU-HMT Sapi Bali, Provinsi Bali. Keragaman SNP gen CAST pada ekson 15-16 dan gen CAPN1 pada ekson 5-6 diidentifikasi dengan metode direct-sequencing. Frekuensi alel, frekuensi genotipe, dan heterozigositas digunakan untuk menganalisis keragaman kedua gen tersebut. Keseimbangan genotipe dalam populasi dianalisis dengan uji keseimbangan Hardy-Weinberg (χ2) menggunakan program PopGen 1.32. Asosiasi keragaman genotipe gen CAST dan CAPN1 terhadap karakteristik karkas (TLD, TLP, TR, TLR) dan daging (MS dan PIMF) dianalisis menggunakan metode General Linear Model (GLM) dan diuji lanjut menggunakan Duncan Multiple Range Test dengan program SAS. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pada gen CAST ditemukan 25 SNP dan pada gen CAPN1 ditemukan 8 SNP yang bersifat polimorfik. Hasil asosiasi keragaman gen CAST terhadap karakteristik karkas ditemukan 20 SNP (c.100665A>G, c.100732T>C, c.100762C>G, c.100764A>G, c.100765T>A, c.100766T>G, c.100767T>G, c.100768T>G, c.100769T>G, c.100770A>T, c.100771G>A, c.100773C>G, c.100774T>C, c.100776C>T, c.100777T>C, c.100778G>T, c.100780A>C, c.100786C>T, c.100800G>A, c.100876G>A) nyata pengaruhnya (P>0.05) terhadap TR, namun tidak ditemukan SNP yang berasosiasi nyata terhadap karakteristik daging. Gen CAPN1 ditemukan 2 SNP yang berasosiasi nyata terhadap karakteristik karkas yaitu SNP c.3194C>T berasosiasi nyata terhadap TR dan SNP c.3379G>A berasosiasi nyata terhadap TLR. Selain itu ditemukan 2 SNP yang berasosiasi nyata terhadap karakteristik daging yaitu SNP c.3194C>T dan c.3424C>T berasosiasi nyata terhadap MS. SNP yang berasosiasi nyata berpotensi digunakan sebagai Marker Assisted Selection (MAS) khususnya pada sapi Bali.
Keyword: sapi bali, gen CAST, gen CAPN1, SNP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: