Judul: De Novo Assembly of Sengon (Falcataria moluccana Miq.) Reference Genome
Abstrak: Sengon (Falcataria moluccana Miq.) merupakan komoditas unggulan hutan rakyat yang berpotensi dikembangkan menjadi jenis unggulan industri perkayuan. Serangan boktor (Xystrocera festiva) menjadi ancaman besar yang dapat menurunkan produksi hingga 100%. Pengendalian molekuler yang didukung perkembangan teknologi dapat digunakan untuk mengetahui gen-gen resisten yang mendukung program pemuliaan sengon. Penelitian ini bertujuan menyusun sekuens genom referensi sengon secara de novo dan mengidentifikasi keberadaan gen Alpha-amylase inhibitor (AI) dan Trypsin inhibitor (TI) pada sekuens genom yang disusun. Penyusunan genom dilakukan dengan sequencing DNA, pengecekan kualitas reads data, genom assembly, dan anotasi genom. Ray assembler memiliki cakupan genom yang terbaik walaupun sebgaian besar gen BUSCOnya tidak lengkap diterjemahkan. Terdapat dua sekuens yang mengandung gen Alpha-amylase Inhibitor (AI) dan 19 sekuens mengandung gen Trypsin Inhibitor (TI)., Sengon (Falcataria moluccana Miq.) is a leading commodity for community forests and potential to be developed into a superior type on timber industry. The presence of boktor (Xystrocera festiva) is major threat to this commodity that can reduce production up to 100%. Molecular control supported by technological developments can be used to determine resistance genes to support breeding program. This study aims to compile de novo reference genome of sengon and identify the presence of Alpha-amylase inhibitor (AI) and Trypsin inhibitor (TI) genes in the compiled genome sequence. The genome assembly methods by DNA sequencing, quality control of reads data, genome assembly, and genome annotation. Ray assembler has the best genome coverage although the completeness of the BUSCOs gene is widely classified as missing gene. There were two sequences containing the Alpha-amylase Inhibitor (AI) gene and 19 sequences containing the Trypsin Inhibitor (TI) gene.
Keyword: alpha-amylase inhibitor, Falcataria moluccana, next generation sequencing, trypsin inhibitor, whole genome sequencing

Judul: Analisis Genomik dengan Teknologi Sekuensing secara Hybrid (Short-reads dan Long-reads) pada Sengon (Falcataria moluccana)
Abstrak: Sengon (Falcataria moluccana (Miq.)) merupakan tanaman yang banyak ditanam dan dikembangkan pada lahan hutan rakyat karena memiliki sifat cepat tumbuh dengan perawatan yang mudah dan daur yang pendek (antara 5-7 tahun). Seiring dengan perkembangan industri kayu di Indonesia, komoditas kayu sengon merupakan komoditas yang sangat prospektif untuk dikembangkan. Namun adanya serangan hama dan penyakit, seperti hama boktor (Xystrocera festiva) dan penyakit karat puru (Uromycladium falcatariae) merupakan tantangan besar karena dapat menyerang dari mulai semai hingga sengon dewasa. Hingga saat ini metode pengendalian hama boktor dan karat puru yang efektif dan efisien masih belum ditemukan, maka perlu dilakukan program pemuliaan untuk mendapat sengon resisten hama boktor dan penyakit karat puru dengan memanfaatkan informasi genetik, berupa ketersediaan informasi mengenai genom sengon. Ketersediaan informasi genomik dari sengon ini diharapkan dapat mempercepat kegiatan identifikasi gen-gen penting terkait resistensi sengon terhadap hama penyakit sehingga dapat mendukung kegiatan pemuliaan sengon yang sedang dilakukan. Tujuan dari penelitian ini yaitu mengkonstruksi draft genom tanaman sengon terutama genome kloroplas dari data sekuensing secara short-reads dan long-reads serta menganalisis evolusi genom kloroplas tanaman sengon Konstruksi genom sengon diawali dengan melakukan ekstraksi dan isolasi DNA dari sampel daun segar untuk selanjutnya dappat disekuensing secara short-reads menggunakan Illumina NovaSeq 6000 dan secara long-reads menggunakan MinION dari Oxford Nanopore. Genom sengon kemudian dikonstruksi menggunakan pendekatan hybrid assembly, dimana data hasil short-reads dan long-reads sekuensing tersebut digunakan sekaligus dalam proses perakitan genom. Perakitan genom kloroplas juga digunakan dengan pendekatan hybrid assembly, dimana genom kloroplas yang telah dirakit kemudian dianalisis evolusinya berdasarkan marka matK dan rbcL menggunakan analisis filogenetik pada perangkat lunak MEGAX. Genom sengon yang telah berhasil dikonstruksi menggunakan pendekatan hybrid assembly memiliki ukuran sebesar 555 Mb dengan nilai complete BUSCO sebesar 93,6%. Genom kloroplas yang berhasil dikonstruksi secara hybrid memiliki ukuran 128,867 bp dengan struktur quadripartite yang mengandung sepasang inverted repeat (IRs) sebesar 14,166 bp yang membagi genom menjadi large single-copy (LSC) region sebesar 94,602 bp dan small single-copy (SSC) region 5,932 bp yang tersusun atas 95 gen, termasuk 27 tRNA, 1 rRNA, dan 67 gen pengkodean protein. Pohon filogenetik matK menghasilkan 3 kelompok dimana sengon termasuk dalam kelompok kedua dan untuk rbcL menghasilkan 5 kelompok dimana sengon termasuk dalam kelompok keempat.
Keyword: draft genom, Falcataria moluccana, long-reads, sekuensing, short-reads

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: