Judul: Marka genetik dari gen pengkode Growth Hormone, Growth Hormone Receptor dan Insulin-Like Growth Factor 1 untuk sifat produksi pada sapi Bali
Abstrak: Strategi kandidat gen merupakan tekhnik biologi molekuler untuk mengidentifikasi lokus sifat kuantitatif secara langsung, dengan asumsi bahwa variasi genetik pada kandidat gen ini berpengaruh terhadap proses metabolisme sehingga mengakibatkan variasi sifat kuantitatif.Beberapa sifat kuantitatif pada ternak seperti bobot lahir, bobot sapih dan pertambahan bobot badan harian merupakan sifat yang memiliki nilai ekonomis penting yang berada dibawah kontrol beberapa gen. Beberapa kandidat gen seperti : gen growth hormone (GH), growth hormone receptor (GHR) dan insulin like growth factor- I (IGF-I) merupakan kelompok gen yang mengontrol sifat-sifat tersebut pada ternak sapi potong. Growth hormone (GH) berperan sebagai regulator utama metabolisme dan pertumbuhan setelah kelahiran pada hewan menyusui dan mempengaruhi laju pertumbuhan, komposisi tubuh dan produksi susu melalui modulasi banyak gen termasuk insulin-like growth factor I (IGF-I). Beberapa peneliti melaporkan pengaruh yang signifikan dari gen growth hormone (GH) terhadap pertumbuhan dan sifat karkas pada sapi.Growth hormone receptor (GHR) memediasi aktivitas biologi hormon pertumbuhan pada sel target melalui transduksi myogenicstimulating signal melewati membran sel dan menginduksi transkripsi beberapa gen termasuk IGF-1. Mutasi pada GHR gen dapat menyebabkan keterlambatan pertumbuhan yang dikenal dengan GH resistence atau GH insensitif. Insulin-like growth factor-I (IGF-I) adalah suatu polipeptida yang meningkatkan perkembang biakan sel dan pengambilan gula oleh sel. Konsentrasi IGF-I memiliki pengaruh yang signifikan terhadap berbagai sifat kuantitatif, diantaranya adalah bobot lahir, bobot sapih, bobot pasca-sapih dan pertambahan bobot badan harian pada sapi. Dengan demikian, ketiga gen ini berpengaruh terhadap sifat produksi pada ternak sapi dan merupakan kandidat gen penting sebagai marka seleksi. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan marka genetik dari gen growth hormone (GH), growth hormone receptor (GHR) dan insulin like growth factor-1 (IGF-1) dengan harapan untuk dapat digunakan dalam program pemuliaan sebagai marka pembantu seleksi pada sapi Bali. Aplikasi teknik ini dalam pemuliaan ternak untuk mendukung metode konvensional yang berbasiskan informasi fenotipik tentu akan memberikan dampak yang lebih baik dalam rangka meningkatkan perkembangan populasi dan perbaikan produktivitas sapi lokal. Penelitian dilakukan dalam 3 tahapan, yaitu : 1) phenotyping, yaitu koleksi data sifat produksi melalui pengukuran langsung di laboratorium lapang untuk mendapatkan data fenotipe ternak percobaan (phenotypic database), 2) SNPs discovery, yaitu pencarian SNPs baru pada sekuen kandidat gen menggunakan metode “direct Sequencing”, kemudian sekuen DNA yang dihasilkan dianalisis dengan program BioEdit dan Mega4 dan 3) genotyping yaitu identifikasi genotipe menggunakan teknik PCR-RFLP untuk mendapatkan data genotipe (genotypic database) masing-masing individu. Studi asosiasi antara genotipe SNP dengan sifat produksi menggunakan prosedur ANOVA (program Minitab 16) dan perbedaan dari genotipe masing-masing gen dibandingkan menggunakan metode least square differences (LSD) test. Pencarian SNP (SNPs discovery) menggunakan metode “direct sequencing” telah berhasil menemukan 4 SNP baru, masing-masing satu SNP pada ekson 4 gen IGF-1, satu SNP pada intron 8 gen GHR dan dua SNP pada ekson 10 gen GHR, sedangkan pada intron 4 dan ekson 5 gen GH tidak ditemukan adanya SNP baru. SNP pada ekson 4 gen IGF-1 disebabkan oleh mutasi substitusi timin oleh sitosin sehingga terjadi perubahan asam amino metionin menjadi threonin. Mutasi ini dapat diidentifikasi dengan teknik PCRRFLP menggunakan enzim restriksi Rsa1. SNP pada intron 8 gen GHR disebabkan oleh mutasi substitusi adenin dengan guanin (A/G) pada posisi basa
Keyword: Genetic markers, genes candidate, Genotype SNPs, PCR-RFLP, production traits

Judul: Kajian Keragaman Gen MSTN, ADIPOQ, FTO dan EDG1 sebagai Marka Genetik Kualitas Daging pada Sapi Pedaging Indonesia
Abstrak: Indonesia memiliki Sumber Daya Genetik Ternak (SDGT) yang melimpah, dimana terdapat empat bangsa sapi yaitu: sapi Bali (Bos javanicus), Zebu (Bos indicus), Taurine (Bos taurus), dan sapi silangan. Bangsa sapi tersebut dibudidayakan sebagai penghasil daging, susu, kulit, dan sebagai ternak kerja. Sapi Bali adalah sapi asli Indonesia yang telah didomestikasi dari banteng liar (Bibos banteng) di Jawa dan Bali selama ratusan tahun. Zebu diperkenalkan oleh orang India pada awal abad pertama. Beberapa sapi Bos taurus diimpor pada awal abad ke-18 untuk digunakan sebagai sapi perah. Indonesia telah menetapkan 9 bangsa sapi pedaging antara lain: sapi Bali, Madura, Aceh, Sumbawa, Pesisir, Peranakan Ongole (PO), Jabres, dan Sumba Ongole (SO), dan Brahman. Kekayaan SDGT ini perlu dilestarikan, dikembangkan dan dimanfaatkan secara berkelanjutan demi meningkatkan pendapatan dan kesejahteraan peternak serta memperkuat ketahanan pangan nasional. Kebijakan pengelolaan SDGT yang berkelanjutan merujuk kepada tiga pendekatan, yaitu: Pemurnian dan konservasi ternak, persilangan ternak dan pengembangan bangsa baru. Sapi pedaging Indonesia berpotensi untuk dikembangkan menjadi sapi pedaging unggul melalui proses seleksi dan persilangan. Dewasa ini telah berkembang seleksi berdasarkan marka genetik atau disebut marker assisted selection (MAS) yang hasilnya lebih akurat, efektif dan efisien. Proses seleksi dapat dilakukan pada kandidat gen-gen yang berasosiasi dengan sifat pertumbuhan dan kualitas daging. Beberapa gen yang potensial untuk diseleksi antara lain: gen myostatin (MSTN), gen adiponectin (ADIPOQ), gen fat mass and obesity associated (FTO), dan gen endothelial differentiation sphingolipid G-proteincoupled receptor 1 (EDG1) yang telah banyak dilaporkan pada bangsa sapi Bos taurus maupun Bos indicus. Tujuan penelitian ini adalah: 1) Mengidentifikasi keragaman SNP gen MSTN, ADIPOQ, FTO dan EDG1 pada sapi pedaging Indonesia. 2) Memvalidasi keragaman SNP baru yang ditemukan pada sapi pedaging Indonesia. 3) Mengasosiasikan keragaman SNP baru yang polimorfik dengan peubah pertumbuhan dan kualitas daging pada sapi pedaging Indonesia. Penelitian ini terdiri dari dua tahap. Tahap pertama yaitu mengidentifikasi keragaman gen MSTN, ADIPOQ, FTO dan EDG1 pada bangsa sapi pedaging Indonesia. Penelitian tahap pertama dilakukan dengan metode polymerase chain reaction-resticted fragment length polymorphism (PCR-RFLP) dan direct sequencing. Tahap kedua yaitu memvalidasi dan mengasosiasikan gen-gen yang polimorfik dengan sifat pertumbuhan dan kualitas daging pada sapi Bali. Data sifat pertumbuhan diperoleh dari hasil recording dan pengukuran langsung. Data kualitas daging diperoleh dengan metode estimasi menggunakan alat ultrasonografi. Hasil penelitian tahap pertama menunjukkan bahwa keragaman SNP g.- 371T>A gen MSTN di bagian promotor bersifat polimorfik pada sapi Katingan, sapi Sumba Ongole (SO) dan sapi Simmental dengan ditemukan tiga genotipe (TT, TA, AA) dan dua alel T dan A. Sedangkan pada sapi Pasundan, sapi Madura, sapi Pesisir, sapi Peranakan Ongole (PO), sapi Brahman, sapi Limousin dan sapi Bali bersifat monomorfik hanya bergenotipe TT dan alel T. Keragaman SNP indel g.81 966 364D>I gen ADIPOQ di bagian promotor bersifat monomorfik pada semua bangsa sapi pedaging Indonesia, hanya ditemukan satu genotipe DD dan satu alel D. Keragaman SNP g.125 550A>T di ekson 3 gen FTO bersifat polimorfik pada sapi Madura, Pesisir, Katingan, PO, Pasundan, SO, Brahman, Simmental dan Limousin dengan ditemukan tiga genotipe (AA, AT, TT) dan dua alel (A dan T). Sedangkan pada sapi Bali bersifat monomorfik bergenotipe AA dan alel A. Keragaman SNP c.-312A>G gen
Keyword: Sapi Bali, kualitas daging, lemak intramuskular, SNP c.-273C>G gen EDG1

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: