Judul: Diferensiasi Genetik Meliaceae pada Region Second Internal Transcribed Spacer (ITS2) dan Maturase-K (mat-K)
Abstrak: Anggota famili Meliaceae seperti mahoni daun besar (Swietenia macrophylla), mahoni daun kecil (Swietenia mahagoni), mindi (Melia azedarach), mimba (Azadirachta indica), dan khaya (Khaya anthotheca) termasuk ke dalam jenis penting baik secara ekonomi maupun ekologi. Pada umumnya anggota Meliaceae dimanfaatkan untuk penghasil kayu, buah, atau kandungan bahan kimianya, sehingga permintaan terhadap jenis ini sangat tinggi yang menyebabkan penurunan populasi alami. Untuk itu diperlukan upaya pelestarian jenis yang sebaiknya berbasis scientific, yang salah satunya adalah melalui pemanfaatan penanda genetik (DNA). Penanda DNA dapat digunakan untuk melihat adanya variasi antar (diferensiasi) dan di dalam jenis dengan akurat melalui deteksi perubahan urutan basa nukleotida. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui variasi genetik dan jarak kekerabatan dari lima jenis Meliaceae, sehingga pembagian taksonominya menjadi lebih jelas. DNA sekuen untuk kedua wilayah diekstraksi dengan metode CTAB, diikuti dengan proses PCR dan sekuen (http://base-asia.com). Pengamatan ada tidaknya pola pita polimorfik dilakukan dengan enzim restriksi secara in silico. Analisis data dilakukan dengan bantuan perangkat lunak BioEdit, ClustalW2 EMBL-EBI, TreeViewX, PopGene, NTSYs dan pDRAW32. Hasil perhitungan jarak genetik pada sekuens DNA pada wilayah ITS2 menunjukkan bahwa jenis yang memiliki jarak genetik yang paling jauh adalah antara S. mahagoni dengan S. macrophylla dan jenis dengan jarak genetik terdekat adalah antara A. indica dengan M. azedarach. Hasil ini sesuai dengan analisis yang dilakukan pada wilayah gen mat-K.
Keyword: 

Judul: Identifikasi Melastoma sp. Asal Jambi Menggunakan DNA Barcoding matK (Maturase K)
Abstrak: Melastoma sp. merupakan tumbuhan liar yang banyak tumbuh di Indonesia dan dapat tumbuh hingga ketinggian 1650 mdpl. Tujuan penelitian ini adalah mengidentifikasi spesies Melastoma sp. asal Jambi menggunakan DNA Barcoding matK. Identifikasi dilakukan dengan isolasi DNA, kemudian DNA diamplifikasi dengan metode PCR dan diurutkan basanya secara forward dan reverse. Primer yang digunakan untuk PCR dan pengurutan basa adalah primer matK-3F dan matK- 3R. Panjang urutan basa gen matK yang diperoleh sekitar 750 pb. Hasil pengurutan basa kemudian dianalisis menggunakan program BLAST-N pada situs NCBI dan disejajarkan menggunakan program ClustalW. Jarak genetik dianalisis menggunakan model Tamura 3-Parameter dengan bootstrap 1000x, diperoleh jarak genetik terkecil adalah 0.000 dan tertinggi adalah 0.032. Hasil identifikasi Melastoma sp. menggunakan barcode DNA matK menunjukkan bahwa sampel A1, A3, A4, A5, dan A6 memiliki kedekatan denganMelastoma saigonense, akan tetapi hasil identifikasi berdasarkan morfologi menunjukkan bahwa sampel A1, A3, A4, A5, dan A6 memiliki kesesuaian ciri dengan Melastoma candidum.
Keyword: Melastoma sp., pengurutan basa DNA, GenBank, Tamura 3- parameter, pohon filogenetik

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: