Judul: Variasi sekuens gen sitokrom b (cyt b) pada isolat lapangan plasmodium falciparum di Indonesia
Abstrak: Malaria merupakan salah satu dari tiga penyakit infeksi utama penyebab kematian di dunia hingga kini. Upaya penanggulangan penyakit malaria dalam beberapa tahun terakhir ini menjadi semakin sulit karena munculnya resistensi parasit malaria terhadap obat-obatan anti malaria utama. Oleh karena itu, upaya-upaya untuk mendapatkan obat anti malaria alternatif yang memiliki target intervensi kemoterapi baru merupakan prioritas utama saat ini. Atovaquone merupakan obat anti malaria alternatif yang mempunyai struktur yang mirip dengan CoQ (ubiquinone). Seperti pada senyawa lain yang merupakan analog CoQ, obat ini diperkirakan bekerja melalui kompetisi perikatan dengan CoQ pada komplek be, rantai pernafasan di mitokondria. Resistensi terhadap senyawa-senyawa yang mirip Co pada berbagai organisme telah dibuktikan didasari oleh adanya mutasi pada gen sitokrom b (cyt b). Beberapa studi laboratorium dan lapangan melaporkan bahwa kegagalan pengobatan malaria dengan atovaquone juga didasari oleh adanya mutasi pada gen sitokrom h (cyt b) Plasmodium falciparum. Studi ini dimaksudkan untuk mengetahui seberapa luas penyebaran mutasi-mutasi pada gen c 6, khususnya yang berkaitan dengan resistensi terhadap atovaquone pada populasi P. falciparum di Indonesia serta untuk mengetahui apakah mutasi- mutasi yang ada memiliki pola yang berbeda di setiap lokasi geografis yang diperiksa. Tahap-tahap penelitian meliputi (1) studi literatur dan bioinformatika, (2) isolasi genom DNA P. falciparum, (3) polymerase chain reaction secara nested, (4) analisis dengan Restriction fragment length polymorfism, dan (5) sekuensing DNA. Fragmen DNA sebesar 1414 pasang basa (bp) dari elemen 6-kb yang mencakup keseluruhan gen cyr b diamplifikasi dengan cara nested dan hasil PCR kemudian di analisis dengan enzim restriksi (RFLP) dan dibandingkan dengan sekuens rujukan (Genebank, NCBI, Acc no: M 76611). Dari analisis RFLP 30 sampel asal Purworejo, Flores dan Irian Jaya ditemukan ada 47 perubahan situs enzim endonuklease baik yang hilang atau yang muncul pada 10 isolat asal Purworejo dan Flores. Konfirmasi dengan sekuensing dari dua isolat terpilih menunjukkan adanya 9 perubahan nukleotida, dimana enam diantaranya tidak merubah sandi asam amino pada protein apositokrom 6. Sementara tiga mutasi lainnya merubah sandi asam amino pada 1178V, G179A dan A324S, namun selama ini perubahan tersebut belum pernah terkait dengan resistensi terhadap atovaquone. Hasil tersebut mengindikasikan bahwa mutasi pada gen cyr b terjadi secara alami dan karenanya mendukung bukti-bukti sebelumnya bahwa gen tersebut fungsional.
Keyword: Atovaquone, mutasi cyt b, Plasmodium falciparum, ubiquinone

Judul: Pengukuran Kemiripan Resistensi Gen Plasmodium Falciparum Terhadap Antimalarial Berbasis Ontology
Abstrak: Salah satu kendala di dalam penanganan malaria yang diakibatkan oleh Plasmodium falciparum adalah adanya resistensi terhadap obat antimalarial diantaranya chloroquine dan sulfadoxine-phyrimethamine. Gen yang diketahui resisten terhadap chloroquine adalah P. falciparum chloroquine resistance(pfcrt) dan P. falciparum multidrug resistance 1(pfmdr1). Sedangkan Dihydrofolate reductase (Dhfr) dan dihidropteroat synthase (Dhps) resisten terhadap sulfadoxine-phyrimethamine. Penelusuran kemungkinan gen lain yang resisten dapat dilakukan dengan mengetahui sifat-sifat gen yang berhubungan dengan resistensi tersebut. Salah satu cara untuk menelusuri informasi gen adalah melalui Gene Ontology dengan menghitung kemiripannya secara semantik melalui pendekatan path length metode Wang. Nilai kemiripan diuji pada ketiga komponen dalam Gene Ontology dan sebanyak 6 pasangan gen yang diuji. Nilai kemiripan terbesar 1 diperoleh pasangan gen Pfcrt dan Pfmdr1 pada komponen Molecular Function karena kedua gen memiliki Drug transmembrane transporter activity. Nilai 1 selanjutnya diperoleh pasangan gen Pfcrt dan Pfmdr1 dan pasangan gen Pfmdr1 dan Dhfr pada komponen Biological Processes karena kedua gen memiliki Response to drug. Nilai terbesar kedua diperoleh pasangan gen Pfcrt dan Pfmdr1 pada komponen Cellular Component sebesar 0.714, kedua gen memiliki kemiripan pada beberapa komponen seperti Food vacuole, Membrane dan Integral component of membrane. Nilai terbesar ketiga sebesar 0.565 diperoleh pasangan gen Pfcrt dan Dhfr pada komponen Cellular Component karena memiliki kemiripan pada beberapa komponen seperti Endoplasmic Reticulum dan Cytoplasm. Nilai terbesar terakhir yang diambil dari pasangan gen Dhfr dan Dhps sebesar 0.526 pada komponen Biological Processes karena memiliki kemiripan antara Glycine biosynthetic process dan Dihydrofolate biosynthetic. Dengan demikian penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi awal mengenai resistensi serta dapat mendeteksi gen lain yang terindikasi resistensi sebelum penelitian lebih lanjut secara molekuler.
Keyword: antimalarial, kemiripan, ontology, resisten, wang

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: