Judul: Desain Primer dan Validasi 20 Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Kedelai Menggunakan Hasil Sekuensing Sanger.
Abstrak: Keberadaan SNP pada genom kedelai khususnya Anjasmoro, Tanggamus dan Wilis telah terdeteksi melalui teknologi Next generation sequencing (NGS) Illumina namun masih berpeluang sebagai false SNP sehingga perlu dilakukan validasi. Validasi SNP dilakukan menggunakan sekuensing Sanger produk PCR yang sebelumnya diamplifikasi menggunakan primer. Tujuan penelitian ini adalah melakukan desain primer dan validasi SNP yang terdeteksi dari NGS menggunakan sekuensing Sanger. Sebanyak 20 pasang primer STS didesain menggunakan program Primer3 berhasil mengamplifikasi DNA genom kedelai Tanggamus. Terdapat 19 SNP yang terdeteksi dari 20 SNP yang diuji. Hasil validasi SNP menunjukkan bahwa terdapat 16 dari 19 SNP benar keberadaan karena memiliki alel yang sesuai dengan alel alternatif. Sebanyak 3 dari 19 SNP tidak benar keberadaannya dalam genom kedelai Tanggamus karena memiliki alel yang sama dengan alel referensi William 82.
Keyword: soybean, SNP, validation

Judul: Validasi Single Nucleotide Polymorphisms (Snp) Berbasis Genom Dan Pemanfaatannya Untuk Uji Kekerabatan 50 Aksesi Kedelai
Abstrak: Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) sudah terdeteksi dalam genom kedelai varietas Anjasmoro, Tanggamus dan Wilis melalui sekuensing menggunakan Next Generation Sequencing. Sekuen genom tersebut dijajarkan dengan sekuen genom rujukan kedelai varietas William 82. SNP tersebut masih berpeluang sebagai false SNP. Tujuan dalam penelitian ini memvalidasi SNP hasil penjajaran sekuen genom kedelai varietas Anjasmoro, Tanggamus, dan Wilis dengan genom rujukan William 82 menggunakan Single Nucleotide Amplified Polymorphisms (SNAP) dan memanfaatkannya untuk menguji kekerabatan 50 aksesi kedelai. Sebanyak 19 pasang primer SNAP dirancang menggunakan program SNAPER untuk membuktikan keberadaan SNP pada 19 posisi pilihan dalam genom. Hasil dari penelitian ini bahwa sembilan SNP valid keberadaannya dalam genom dari 19 SNP yang diuji. SNP tervalidasi tersebut belum mampu untuk membedakan secara genetik beberapa aksesi dari 50 aksesi kedelai sehingga kekerabatan antara 50 aksesi kedelai sangat tinggi dengan koefisien jarak genetik 0 sampai 0.3.
Keyword: Aksesi, genom, kedelai, SNP, SNAP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: