Judul: Tinjauan beberapa aspek ekologis karang batu di rataan terumbu pantai bama taman nasional baluran jawa timur
Abstrak: Penelitian dilakukan di pantai Bama, Taman Nasional Baluran, Jawa Timur selama dua bulan, dari bulan Juli Agustus 1985. Tujuan penelitian adalah untuk menginven- tarisasi jenis karang batu di rataan terumbu pantai Bama, Taman Nasional Baluran, dan mengetahui kepadatan, keragaman dan keseragaman jenis, kemiripan antar komunitas dan penyebarannya. Data keadaan karang batu dicatat dari tiga stasiun penelitian, yang masing-masing berjarak satu kilometer. Pada tiap stasiun penelitian dibuat tiga "belt-transect" yang masing-masing berjarak 100 meter, ditarik dari lereng terumbu sampai garis pantai. Data yang dicatat berupa prosentase penutupan dan jumlah koloni jenis karang batu per 2 1 m pada setiap transek. Hasil penelitian menunjukkan bahwa rataan terumbu pantai Bama disusun oleh 35 jenis karang batu, yang dapat dikelompokkan dalam 2 sub-genera, 18 genera yang termasuk ke dalam 10 famili. Pada stasiun penelitian I dijumpai 22 jenis karang batu, dengan kepadatan 2.22 koloni/m², penutupan rata-rata total 15.2%/m² dan penutupan rata- rata koloni 6.9 %/m². 2 25 jenis karang batu, Pada stasiun penelitian II terdapat dengan kepadatan 3.44 koloni/m², pe- nutupan rata-rata total 38.0 %/m² dan penutupan rata-rata 2 koloni 11.1 %/m². Pada stasiun penelitian III dijumpai 24 jenis karang batu dengan kepadatan 3.34 koloni/m², pe- nutupan rata-rata total 19.1 %/m² dan penutupan rata-rata 2 koloni 5.7 %/m². Analisa pembanding contoh dengan metode Kruskal-Wallis, menunjukkan tidak terdapat perbedaan yang nyata dalam hal kepadatan di antara ketiga stasiun penelitian tersebut. Indeks keragaman dan keseragaman tertinggi terdapat pada stasiun penelitian I, masing-masing 2.22 dan 0.72, kemudian pada stasiun penelitian II dengan indeks keragam- an 2.20 dan indeks keseragaman 0.69. Sedangkan pada sta- siun penelitian III memiliki indeks keragaman 2.09 serta indeks keseragaman 0.66. Secara keseluruhan, stasiun pe- nelitian II memiliki komunitas karang batu yang relatif lebih baik jika dibandingkan dengan kedua stasiun penelitian lainnya…dst
Keyword: 

Judul: Analisa kesukaan habitat dari spesies - spesies ikan karang di perairan pulau Menjangan Bali Barat, Bali
Abstrak: Ekosistem terumbu karang terkenal sebagai salah satu bagian dari ekosistem perairan laut dangkal yang berperan penting dalam menentukan keseimbangan ekologis disamping manfaatnya bagi kehidupan manusia. Terumbu karang merupakan salah satu ekosistem yang memiliki produktivitas primer tinggi, hal ini memungkinkan menjadi tempat pemijahan, pengasuhan, dan mencari makan bagi ikan. Selain memiliki nilai ekologis, terumbu karang mengandung nilai-nilai yang dapat dimanfaatkan secara langsung oleh manusia. Dari segi estetika, terumbu karang yang masih utuh akan memperlihatkan pemandangan yang sangat indah dan merupakan potensi untuk pengembangan pariwisata (Dahuri et al., 1996). Pulau Menjangan termasuk ke dalam kawasan Taman Nasional Bali Barat, Bali yang merupakan kawasan tujuan wisata yang mengandalkan pariwisata bahari dan bawah air. Informasi kondisi ekosistem terumbu karang perlu untuk diperbaharui (up date) dengan adanya aktivitas-aktivitas pemanfaatan, sehingga tercapai sistem pengelolaan terumbu karang yang terencana dan memperhitungkan daya dukung lingkungan. Penelitian ini bertujuan untuk (1) melihat profil terumbu karang berdasarkan persentase penutupan bentuk pertumbuhan (lifeform) karang; (2) mengetahui struktur komunitas ikan karang dilihat dari keanekaragaman, keseragaman dan dominansi; (3) melihat dan memahami pengelompokan habitat dan ikan karang. (4) mengetahui kesukaan (preferensi) spesies-spesies ikan karang terhadap habitatnya di Perairan Pulau Menjangan, Bali Barat, Bali. Penelitian dilakukan di Pulau Menjangan, Propinsi Bali yang dilaksanakan dari tanggal 22-26 Januari 2002. Letak stasiun pengamatan telah ditentukan sebelumnya secara acak dengan melihat keterwakilan kondisi lingkungan dan kemudian dilakukan penandaan stasiun dengan blok semen. Letak stasiun yang ditentukan adalah Garden Eel (Stasiun 1), Celter (Stasiun 2), Mangrove (Stasiun 3), Utara Pulau (Stasiun 4) dan Pos 1 Menjangan (Stasiun 5). Metode yang digunakan untuk pengambilan data biota pengisi habitat dasar adalah metode transek garls menyinggung (Line Intercept Transect) yang didasarkan pada bentuk pertumbuhan (lifeform) (English et al., 1994). Transek garis (roll meter) dibentangkan sepanjang 50 meter sejajar dengan garis pantai pada dua kedalaman yaitu 3 meter sebagai perwakilan kondisi perairan dangkal dan 10 meter sebagai perwakilan kondisi perairan dalam. Pengambilan data ikan karang menggunakan metode sensus visual (Underwater Visual Cencus) sepanjang transek garis (50 meter) dengan lebar pengamatan 5 meter ke kiri dan kanan dari transek garis. Analisa data biota pengisi habitat dasar menggunakan persentase penutupan bentuk pertumbuhan (lifeform) karang, Indeks mortalitas, dan indeks keanekaragaman. Data ikan karang dianalisa dengan indeks keanekaragaman, keseragaman dan dominansi untuk mengetahui struktur komunitas ikan karang. Pengelompokan habitat dilakukan dengan Indeks kesamaan Canberra (Dartnal and Jones, 1986 in Aktani, 1990) dan pengelompokan ikan karang dengan indeks kesamaan Sorensen (Sorensen, 1948 in Aktani 1990). Analisa Nodul berdasarkan indeks konstansi (G₁) dan indeks fidelitas (F) digunakan untuk melihat tingkat kesukaan (preferensi) spesies-spesies ikan karang terhadap habitatnya. ...
Keyword: 

Judul: Kloning dan Ekspresi Human Interferon-alfa2a pada Yeast Metilotropik Pichia pastoris
Abstrak: Interferon (IFN) is a group of proteins that are secreted by body cells as a result of exposure to biological vertebrates such as: viruses, bacteria, protozoa and other compounds. There are three types of interferon, namely: alpha (α), beta (β) and gamma (γ) IFN. Interferon-α2a belongs to the type I interferon. This protein has a molecular weight of 21.550 kDa and consists of 188 amino acids (23 amino acid of signal peptide and 166 amino acids of mature protein). Interferon-α2a is also known to be used for the treatment of hepatitis C and as anti-tumor and antivirus agents. Regulator gene for IFN production under normal conditions, is in the off position to IFN is not produced. But when there are external stimuli, both viral and bacterial infections, a regulator gene switches on, and IFN production system running. At the time of an attack from a variety of disease agents actually the body will produce IFN, but generally the amount produced is not sufficient to fight the disease agents that multiply very quickly. Therefore IFN intake from outside is needed. This is the beginning of the use of IFN as a drug. Genetic engineering is an activity to manipulate the genes to get new products by creating recombinant DNA through gene insertion. Recombinant DNA technology has been used to produce IFN. Yeast such as Pichia pastoris can be an alternative as the host (system) to express human interferon genes and as a producer of IFN protein. Expression system P. pastoris offers several advantages for the production of recombinant proteins, such as: the high level expression of recombinant proteins, ease of scaling-up fermenter, low cost and ease of transformation techniques and selection of transformed cells such as bacteria . The existence of inducible AOX1 promoter is very strong, easily control the expression of recombinant proteins by induction. AOX1 is a promoter that controls gene expression of alcohol oxidase to metabolize methanol as carbon source of P. pastoris. Therefore,this study aimed to clone human interefron-α2a (hifnα2a) gene in E. coli and express it in metylotrophic yeast P. pastoris. Vector used in this study is pPICZαB (Invitrogen). Ligation process between insert (hifn-α2a gene) and vector (pPICZαB) performed by using T4 DNA ligase, which functions synthesize the formation of phosphodiester bonds linking the nucleotides with nucleotide insert plasmid vectors to produce recombinant (pPICZαB-hifnα2a). This recombinant plasmid transformed into XL1 blue cells (E. coli) by Heat shock method. The results of sequencing analysis (clone 6) using 5'AOX and 3'AOX primers indicate that DNA base sequence of human IFN-α2a genes has been subclone into pPICZαB vector (in frame). Recombinant plasmid (clone 6) linearized using BstX1 enzyme before transformed into X33 yeast cell. Transformation into cell was done by Electroporation. The X33 cell P. pastoris strain was used to express human interferon-α2a. X33 is strains with the phenotype Mut+ (methanol utilization plus) and can be used for positive transformants selection using zeocin. Phase protein production work using Mut+ strain occurred in two phases. The first phase is the use of glycerol to obtain a certain amount of biomass (high cell
Keyword: