Judul: Asosiasi Keragaman Gen Ghrelin Reseptor (GHSR|Hin6I) dengan Bobot dan Potongan Komersial Karkas Ayam Kampung Umur 12 Minggu
Abstrak: Ayam kampung merupakan plasma nutfah Indonesia yang mempunyai potensi untuk dikembangkan karena memiliki daya adaptasi tinggi. Ayam kampung merupakan ayam lokal Indonesia yang banyak dibudidayakan di masyarakat, namun masih memiliki produktivitas yang rendah di bawah potensi genetiknya. Reseptor Ghrelin (GHSR) - growth hormone secretagogue receptor, terlibat dalam banyak fungsi fisiologis, termasuk sekresi hormon pertumbuhan hipofisis, asupan makanan, dan pengeluaran energi. Pada studi lain gen GHSR terbukti mempengaruhi sifat perlemakan daging pada ayam. Penelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi keragaman gen GHSR pada ayam kampung. Selain itu penelitian ini bertujuan untuk menganalisa asosiasi gen tersebut terhadap bobot karkas dan potongan komersial pada ayam kampung. Sampel yang digunakan adalah ayam kampung umur 12 minggu sebanyak 60 sampel, terdiri dari 33 ekor betina dan 27 ekor jantan yang dipelihara di kandang koloni. Pakan dan minum diberikan adlibitum. Analisa yang dilakukan pada data genotipe berupa frekuensi genotipe, frekuensi alel dan keseimbangan Hardy Weinberg. Untuk mengetahui perbedaan fenotipik (sifat bobot hidup, bobot karkas, bobot dada, bobot paha atas, bobot paha bawah, bobot sayap, dan bobot punggung) antara kedua genotipe dilakukan uji T. Pada lokus GHSR|Hin6I ayam kampung ditemukan dua genotipe yaitu CT dan TT. Frekuensi genotipe CT sebesar 0.317 sedangkan frekuensi genotipe TT sebesar 0.683. Nilai Ho dan He sebesar 0.317 dan 0.267. Hasil analisis keseimbangan Hardy Weinberg menunjukkan pada lokus tersebut tidak seimbang. Hasil asosiasi antara genotipe CT dan TT menunujukkan perbedaan yang nyata (P<0.05) pada sifat bobot hidup, bobot karkas, bobot dada, bobot paha atas, bobot paha bawah, bobot sayap dan bobot punggung. Lokus GHSR|Hin6I dapat digunakan sebagai marka genetik untuk seleksi menggunakan MAS.
Keyword: asosiasi, ayam kampung, gen GHSR, potongan komersial, RFLP

Judul: Kajian Keragaman Gen-gen Pertumbuhan dan Myostatin sebagai Penciri Karakteristik Karkas Ayam
Abstrak: Ayam asli tidak hanya berkontribusi terhadap konservasi sumber genetik unggas, tetapi juga memainkan peran penting dalam ekonomi di masyarakat. Ayam kampung merupakan ayam asli Indonesia, yang dapat ditemukan dengan mudah di daerah pedesaan. Peningkatan performa ayam kampung dapat dilakukan dengan seleksi dan persilangan, atau dengan pemanfaatan keduanya. Untuk meningkatkan performa pertumbuhan dan karkas ayam kampung, persilangan menghasilkan F2 antara kampung dan ayam ras pedaging strain Cobb dirancang dan kemudian diikuti seleksi berdasarkan gen-gen pengontrol karakteristik karkas. Gen growth hormone (GH), growth hormone receptor (GHR), ghrelin receptor (GHSR), dan myostatin (MSTN) memainkan peran penting dalam pertumbuhan dan perkembangan otot. Penelitian ini bertujuan untuk memberikan informasi keragaman genetik ayam silangan F2 kampung dan ayam ras pedaging berdasarkan gen pengontrol karakteristik karkas, yaitu GH, GHR, GHSR, dan myostatin. Penelitian ini terdiri atas dua (2) tahap: (1) Polimorfisme gen GH, GHR, GHSR, dan myostatin pada ayam kampung dan ayam pedaging, dan (2) Ekspresi dan sekuen utuh gen myostatin pada ayam bobot tinggi dan rendah. Sebanyak 215 ekor ayam terdiri atas 4 populasi ayam (kampung, ras pedaging strain Cobb, silangan F1 dan silangan F2 kampung dan ras pedaging) digunakan untuk penelitian tahap 1. Identifikasi polimorfisme dilakukan dengan teknik PCR-RFLP dengan enzim restriksi EcoRV, Eco72I, Hin6I, dan BsrI masing-masing untuk gen GH, GHR, GHSR, dan myostatin. Komponen karkas pada umur 26 minggu di kampung F2 dan ayam pedaging (42 ekor ayam) digunakan untuk analisis asosiasi. Semua gen yang dianalisis bersifat polimorfik pada semua populasi ayam. Asosiasi signifikan ditemukan antara g.565G>A polimorfisme GHR dengan bobot hidup, bobot karkas, bobot dada, bobot paha atas, bobot otot dada, dan bobot otot paha. Polimorfisme GHSR g.1857T>C berasoasasi secara signifikan dengan bobot hidup, bobot karkas, bobot dada, bobot paha atas, bobot paha bawah, bobot sayap, bobot otot dada, bobot otot paha atas, dan bobot otot paha bawah. Polimorfisme g.4842T>G myostatin berasosiasi dengan bobot hidup, bobot karkas, bobot komponen karkas, bobot otot, dan air bebas pada daging. Efek dari g.4842T>G myostatin ini juga telah dikonfirmasi pada jenis ayam yang berbeda. Dengan demikian, g.4842T>G myostatin merupakan kandidat penting untuk pertumbuhan ayam dan peningkatan massa otot. Penelitian tahap 2 adalah studi validasi untuk membuktikan peran myostatin pada karakteristik karkas. Dua kelompok ayam berdasarkan berat badan umur 12 minggu digunakan dalam penelitian ini. Kelompok ayam ini diperoleh dari populasi silangan F2 kampung dan ayam pedaging. Sekuen lengkap gen myostatin ayam dibatasi menjadi 24 sekuen parsial. Sebanyak 170 mutasi ditemukan di sepanjang gen myostatin termasuk 148 mutasi titik dan 22 indel. Di antara mutasi tersebut, 161 mutasi ditemukan sebagai mutasi novel. Mutasi spesifik ditemukan pada ayam dengan bobot badan rendah dan tinggi, diantaranya adalah 5 mutasi pada ayam dengan bobot badan tinggi dan 25 mutasi pada ayam dengan bobot badan rendah. Dua belas haplotipe ditemukan dalam sekuen coding region gen myostatin, termasuk dua haplotipe spesifik pada ayam dengan bobot badan tinggi dan lima haplotipe pada ayam dengan bobot badan rendah. Tidak ada perbedaan asam amino antara sekuen coding region gen myostatin ayam dengan bobot badan tinggi dan rendah. Ekspresi relatif digunakan untuk menghitung cycles treshold (CT) gen myostatin pada jaringan otot antara ayam dengan bobot badan tinggi dan
Keyword: gen GH, gen GHR, gen GHSR, gen myostatin, keragaman genetik, karkas ayam

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: