Judul: Analisis Keragaman Genetik 24 Genotipe Kakao Lokal Berdasarkan Marka InDel Berbasis Genom
Abstrak: InDel merupakan salah satu marka molekuler yang memiliki potensi dalam menganalisis keragaman genetik. Tujuan dalam penelitian ini adalah menguji kemampuan 19 primer InDel dalam menganalisis keragaman genetik 24 genotipe kakao lokal. Hasil skoring pita-pita hasil ampifikasi DNA kakao menunjukkan dari 19 primer IDCc, 18 primer bersifat polimorfis dan 1 primer monomorfis (IDCc 7.2). Nilai rata-rata polymorphism information content (PIC) dari 19 primer IDCc yang digunakan cukup rendah (0.369), frekuensi alel utama sebesar 0.665, jumlah alel terdeteksi sebesar 2.563, diversitas gen sebesar 0.435, dan heterozigositas sebesar 0.050. Primer IDCc dengan nilai PIC terbaik terdapat pada primer IDCc 8.2 (0.624), IDCc 9.1 (0.531), dan IDCc 10.1 (0.549). Analasis filogenetik 24 genotipe kakao lokal menghasilkan tiga kelompok pada koefisien kemiripan sebesar 0.56, kelompok pertama terdapat 7 genotipe, kelompok kedua 16 genotipe, dan kelompok ketiga terdapat 1 genotipe. Jarak terjauh dimiliki oleh genotipe TSH 858 dan DRC 16. Semakin jauh jarak genetik setiap genetik, maka potensi untuk dijadikan sebagai tetua dalam pemuliaan tanaman semakin besar
Keyword: InDel, Kakao lokal, PIC, Polimorfis

Judul: Analisis Keragaman Genetik Menggunakan Marka Molekuler SSR dan Karakterisasi Komponen Hasil Klon Kakao Koleksi Balittri.
Abstrak: Analisis keragamanan genetik koleksi plasma nutfah kakao mempunyai peranan penting dalam program perakitan klon unggul baru. Ketersediaan klon hasil eksplorasi dan introduksi meningkatkan peluang keberhasilan perakitan klon unggul baru sehingga analisis keragaman genetik materi tersebut perlu dilakukan. Penggunaan marka molekuler dalam analisis keragaman genetik memiliki keuntungan, antara lain tidak dipengaruhi faktor lingkungan dan dapat digunakan untuk menentukan tetua yang akan digunakan dalam persilangan berdasarkan pada nilai jarak genetiknya. Tujuan dari penelitian ini adalah menganalisis keragaman genetik klon lokal, klon komersil dan klon introduksi koleksi Balai Penelitian Tanaman Industri dan Penyegar (Balittri) berdasarkan marka molekuler SSR yang berguna untuk pemilihan tetua kakao dalam rangka mendapatkan keturunan dengan sifat yang lebih unggul dari tetuanya. Penelitian ini terdiri dari 2 percobaan, yaitu analisis keragaman genetik berdasarkan marka SSR klon kakao lokal koleksi Balittri dan analisis keragaman genetik berdasarkan marka SSR dan karakterisasi komponen hasil klon kakao koleksi Balittri. Hasil penelitian menunjukkan bahwa marka SSR dapat digunakan untuk menganalisis keragaman genetik plasma nutfah kakao koleksi Balittri. Semua primer bersifat polimorfik dengan tingkat keragaman genetik cukup tinggi yang ditunjukkan dengan rataan PIC (Polymorphism Information Content) sebesar 57%. Pohon filogenetik untuk analisis klon lokal terbagi menjadi 3 kelompok besar yang menempatkan klon unggul lokal dan klon komersial muncul dalam tiap-tiap kelompok. Hasil dari pohon filogenetik menunjukkan beberapa klon kakao berpotensi menjadi tetua karena mempunyai jarak genetik yang cukup jauh. Klon unggul lokal yang diuji mempunyai perbedaan secara genetik dengan klon komersial sehingga ada harapan untuk dilepas sebagai klon unggul baru apabila mempunyai keunggulan dibandingkan dengan klon komersil. Sedangkan pada analisis kedua, pohon filogenetik terbagi menjadi 3 kelompok besar dimana klon introduksi agak terpisah dari klon yang lain. Diduga beberapa klon introduksi mempunyai jarak genetik yang jauh dengan klon-klon yang sudah dibudidayakan di Indonesia. Hal ini juga didukung dengan hasil analisis struktur populasi yang menggambarkan bahwa populasi terbagi menjadi dua dimana kelompok pertama didominasi oleh klon introduksi sedangkan kelompok kedua gabungan dari klon unggul lokal dan klon komersil. Berdasarkan hasil analisis molekuler dan data komponen hasil, dapat dipilih calon tetua persilangan terbaik. Pada karakter daya hasil, prioritas persilangan adalah MCC 02 x Sulawesi 2. Karakter bobot per biji kering, dapat menggunakan persilangan antara ICCRI 3 atau MCC 01 dengan MCC 02 atau IAARD 9. Tetua yang mempunyai jarak genetik yang jauh untuk karakter kadar lemak adalah klon Sulawesi 2 atau ICCRI 3 disilangkan dengan Sca 6. Pada klon introduksi, terdapat 2 klon yang mempunyai prekositas tinggi dan jumlah buah tertinggi yaitu E 13 dan E 23. Klon Ekuador masih harus diamati lebih lanjut daya hasil, mutu biji dan ketahanannya supaya diketahui aspek mana yang perlu diperbaiki.
Keyword: keragaman genetik, kakao, marka SSR, klon lokal, klon introduksi

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: