Judul: Autentikasi Kerupuk Udang Dengan Metode DNA Barcoding
Abstrak: Kerupuk udang merupakan makanan ringan yang berbahan dasar tepung tapioka dengan tambahan udang dan bumbu-bumbu lain. Autentikasi kerupuk udang dapat menjadi quality control yang tepat seiring dengan pemberlakuan Masyarakat Ekonomi ASEAN (MEA). Tujuan penelitian ini adalah mendesain primer spesifik untuk udang, autentikasi produk kerupuk udang, dan menentukan spesies udang yang digunakan sebagai bahan baku pada produk kerupuk udang. Primer COI yang telah didesain memiliki persentase GC 50%, suhu lebur 57 °C, dan panjang gen target 613 pb. Ekstrak DNA memiliki konsentrasi 0,3-3,9 ng/μL. Elektroforegram menunjukkan sembilan sampel berhasil teramplifikasi pada 500-750 pb. Analisis BLAST menunjukkan sampel teridentifikasi sebagai Litopenaeus vannamei, Metapenaeus ensis, Fenneropenaeus merguiensis, dan Sphyraena flavicauda dengan tingkat homologi 95% sampai 100%. Komposisi nukleotida yang didapatkan memiliki basa pirimidin yang lebih banyak dari basa purin, dengan basa terbanyak timin (33,0%) dan basa tersedikit guanin (17,8%). Analisis filogenetik menunjukkan L. vannamei memiliki kekerabatan yang lebih dekat dengan F. Merguiensis dibanding M. ensis.
Keyword: COI, jarak genetik, PCR, pohon filogeni

Judul: Deteksi Bahan Baku Ikan pada Produk Olahan Melalui Gen Penanda COI.
Abstrak: Bahan baku ikan yang terbatas dan tingginya harga bahan baku seringkali menjadi alasan terjadinya pemalsuan produk. Deteksi bahan baku ikan dapat dilakukan menggunakan metode DNA barcoding. Tujuan penelitian ini yaitu menentukan bahan baku ikan yang terkandung dalam suatu produk olahan perikanan berdasarkan urutan sekuen DNA. Isolasi DNA dilakukan sesuai protokol kit Qiagen, amplifikasi DNA menggunakan metode PCR kemudian dilakukan sekuensing. Hasil analisis profil protein sampel produk olahan menunjukan bahwa pada sampel terdapat protein Myosin Heavy Chain (MHC). Isolat DNA memiliki konsentrasi berkisar dari 2,6-106,55 ng/μg, dengan kemurnian yang berkisar 1,22-2,00. Elektroferogram menunjukan 6 dari 7 sampel produk olahan teramplifikasi pada DNA target sebesar 655 bp. Analisis BLAST menunjukkan sampel terdeteksi sebagai Thunnus albacares, Upeneus sp., Nemipterus mesoprion, dan Himantura gerrardi. Spesies Himantura gerradi termasuk spesies yang memiliki resiko kepunahan. Komposisi nukleotida yang diperoleh memiliki perbandingan basa pirimidin yang lebih besar dibanding dengan basa purin. Analisis filogeni menunjukkan sampel memiliki kekerabatan dengan spesies tersebut berdasarkan cabang pohon yang terbentuk.
Keyword: DNA barcoding, PCR, pohon filogeni

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: