Judul: Deteksi Salmonella Enteritidis menggunakan Real-Time Polymerase Chain Reaction dengan Label Fluoresens Probe
Abstrak: Pengembangan metode serotyping untuk deteksi S. Enteritidis secara molekular menggunakan real-time polymerase chain reaction (rt-PCR) diperlukan untuk acuan data yang digunakan pada identifikasi dan karakterisasi risiko pada serovar spesifik Salmonella di Indonesia, Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi spesifisitas primer dan probe yang digunakan, menentukan sensitivitas berupa evaluasi limit deteksi dan efisiensi metode, serta uji coba metode untuk deteksi S. Enteritidis pada sampel karkas ayam. Tahapan penelitian diawali dengan uji spesifisitas primer dan probe secara in silico dan in vitro, setelah itu dilanjutkan dengan uji sensitivitas limit deteksi menggunakan kultur murni S. Enteritidis dan uji coba metode pada sampel karkas ayam. Uji spesifisitas menunjukan bahwa penggunaan probe sebagai label fluoresen lebih spesifik daripada penggunaan SYBR Green. Metode ini dapat mendeteksi DNA bakteri sampai 0.00022 ng/μL atau setara dengan 3.8 × 101 sel/mL, jauh lebih sensitif daripada metode deteksi menggunakan SYBR Green yang menghasilkan limit deteksi 2.6 × 104 sel/mL. Uji coba metode pada sampel menggunakan metode ini menghasilkan 1 sampel positif dari 10 sampel karkas ayam dari pasar swalayan dan 3 sampel positif dari 10 sampel karkas ayam dari pasar tradisional di Bogor. Metode ini dapat mendeteksi S. Enteritidis dengan cepat dan akurat serta memungkinkan deteksi kuantitatif S. Enteritidis pada karkas ayam secara spesifik dan sensitif.
Keyword: karkas ayam, probe, rt-PCR, salmonellosis, S. Enteritidis

Judul: Deteksi Salmonella Typhimurium Menggunakan Real-Time Polymerase Chain Reaction dengan Fluoresens-probe
Abstrak: Salmonella enterica serovar Typhimurium (S. Typhimurium) merupakan salah satu bakteri patogenik yang mengontaminasi karkas ayam. Deteksi S. Typhimurium pada karkas ayam dapat dilakukan menggunakan polymerase chain reaction (PCR) standar maupun real-time PCR (rt-PCR). Namun demikian, penggunaan PCR standar membutuhkan tahap pengayaan dan data yang diperoleh bersifat kualitatif. Perhitungan jumlah sel bakteri dapat dilakukan menggunakan rt-PCR. Penggunaan SYBR Green sebagai fluoresens pada rt-PCR memiliki nilai sensitivitas sedikit lebih tinggi dari PCR standar tanpa pengayaan. Fluoresens-probe dapat digunakan untuk meningkatkan spesifisitas dan sensitivitas rt-PCR. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi spesifisitas primer dan fluoresens-probe, mengevaluasi limit deteksi, efisiensi, dan membuat kurva standar, serta uji coba aplikasi metode deteksi S. Typhimurium pada karkas ayam menggunakan rt-PCR yang merupakan bagian dari validasi metode. Penelitian ini terdiri dari tiga tahapan uji yaitu evaluasi spesifisitas primer secara in silico dan in vitro menggunakan fluoresens-probe dan SYBR Green, evaluasi limit deteksi, serta aplikasi metode pada sampel karkas ayam. Penggunaan primer dengan fluoresens-probe bersifat spesifik terhadap deteksi S. Typhimurium dan tidak menunjukan terjadinya amplifikasi DNA pada Escherichia coli, Shigella dysenteriae, Salmonella Hadar, dan Salmonella Enteritidis. Deteksi S. Typhimurium dapat dilakukan pada konsentrasi DNA terendah yaitu 0.0022 ng atau setara dengan 102 sel. Deteksi Salmonella pada sampel karkas ayam dari pasar swalayan menunjukan bahwa 5 dari 10 sampel terkontaminasi S. Typhimurium sejumlah 102–103 sel dan 6 dari 10 sampel terdeteksi Salmonella spp. sejumlah 102–103 sel. Adapun 10 dari 10 sampel karkas ayam dari pasar tradisional tidak terkontaminasi S. Typhimurium, namun 3 dari 10 sampel terkontaminasi Salmonella spp. sejumlah 103 sel.
Keyword: karkas ayam, fluoresens-probe, real-time PCR, Salmonella Typhimurium

Judul: Kekonsistenan Hamiltonian pada Gerak Gelombang Interfacial
Abstrak: The interfacial wave is an internal wave that occurs at boundary of two layers fluid. It appears because there is difference of mass density between the two layers. The objective of this thesis is to formulate the motion of internal wave with flat base and flat as well as free upper bound surface. The motion equation obtained is a Hamiltonian system. The Hamiltonian in this system is expressed by variable of wave deviation and horizontal component of potential velocity. Under assumption that interfacial wave moves only in one direction, it can be shown that the Hamiltonian depends on the solution of the wave motion equation. The coefficients of the equation depend on the physical characteristics of the two layers of fluid, i.e. thickness and mass density. The numerical results show that Hamiltonian in the system is constant. It is consistent with Hamiltonian characteristic, which does not depend on time.
Keyword: