Judul: Karakterisasi Ahl-Laktonase Bacillus Thuringiensis Sgt3g Dan Uji Anti Quorum Sensing Terhadap Patogenisitas Dickeya Dadantii Pada Phalaenopsis
Abstrak: Dickeya dadantii merupakan salah satu bakteri fitopatogen tanaman penyebab penyakit busuk lunak pada anggrek. Bakteri tersebut menggunakan proses quorum sensing dalam mengaktifkan faktor virulensinya. D. dadantii menggunakan N-acyl homoserine lactone (AHL) sebagai sinyal dalam mengkordinasikan ekspresi enzim pektinolitik yang digunakan untuk mendegradasi dinding sel tanaman. Akumulasi sinyal AHL dapat dicegah oleh AHL-laktonase sehingga faktor virulensi tidak dapat diekspresikan. Tujuan dari penelitian ini adalah mengetahui karakteristik enzim AHL-laktonase Bacillus thuringiensis SGT3g serta untuk menguji aktivitas penghambatan virulensi fitopatogen D. dadantii pada anggrek Phalaenopsis ekanagasaki. B. thuringiensis SGT3g menghasilkan enzim AHL-laktonase ekstraseluler dan intraseluler yang mampu menghidrolisis AHL. Aktivitas AHL-laktonase ekstraseluler dan intraseluler ditunjukkan dengan terbentuknya zona quorum quenching terhadap Chromobacterium violaceum sebesar 7.25 mm dan 10 mm berturut-turut untuk enzim ekstraseluler dan intraseluler. Enzim ekstraseluler berhasil mengendap pada penambahan amonium sulfat dengan konsentrasi 70% (b/v). Aktivitas AHL-laktonase hasil dialisis meningkat 1.45 kali dibandingkan dengan presipitatnya. Konsentrasi protein enzim AHL-laktonase hasil dialisis sebesar 0.683 mg/mL sedangkan presipitat sebesar 0.916 mg/mL. Presipitat enzim ekstraseluler dikarakterisasi berdasarkan pH dan suhu. AHL-laktonase B. thuringiensis SGT3g memiliki kisaran pH dan suhu yang luas. Aktivitas optimum presipitat AHL-laktonase berada pada pH 5-8. Aktivitas optimum AHLlaktonase dicapai pada suhu 30 ºC. AHL-laktonase masih aktif pada suhu 40- 90 °C setelah diinkubasi selama 30 menit. Gejala busuk lunak pada daun anggrek hibrida Phalaenopsis yang diinokulasikan dengan B. thuringiensis SGT3g sebelum diinfeksi dengan D. dadantii mengalami penurunan gejala sebesar 50% setelah 24 jam inkubasi. Sebaliknya daun anggrek yang hanya diinfeksi dengan D. dadantii mengalami gejala busuk lunak yang lebih parah (100%). Penghambatan proses quorum sensing D. dadantii pada daun Phalaenopsis tersebut dikonfirmasikan dari hasil perhitungan populasi sel D. dadantii pada kontrol positif dan perlakuan B. thurungiensis SGT3g+D. dadantii yaitu berturut-turut sebanyak 1.01 x 109 dan 3.96 x 108. Hal tersebut mengindikasikan bahwa proses penghambatan munculnya gejala busuk lunak yang terjadi pada daun anggrek tersebut bukan mekanisme antibiosis melainkan proses quorum quenching. Penelitian ini memberikan informasi potensi aplikasi B. thuringiensis tidak hanya dapat dimanfaatkan sebagai agen bioinsektisida tetapi juga sebagai agen pengendali penyakit tanaman berbasis anti quorum sensing.
Keyword: Bacillus thuringiensis, Degradasi AHL, Dickeya dadantii, Quorum sensing

Judul: Isolasi dan Karakterisasi Bakteri Asal Filosfer dan Rizosfer Penghasil AHL Laktonase sebagai Agens Biokontrol Dickeya dadantii
Abstrak: Ekspresi gen-gen virulen pada fitopatogen gram negatif diatur oleh proses quorum sensing menggunakan Asil Homoserin Lakton (AHL) sebagai molekul sinyal. Salah satu fitopatogen dengan kisaran inang yang luas adalah Dickeya dadantii. D. dadantii merupakan bakteri Gram negatif penyebab penyakit busuk lunak dan layu pada beberapa tanaman pangan. Pengendalian bakteri fitopatogen sejauh ini masih menggunakan pestisida sintetik dan antibiotik. Penggunaan senyawa tersebut secara terus-menerus dalam jangka waktu lama berdampak negatif bagi organisme non-target, lingkungan dan memicu terbentuknya bakteri yang resisten antibiotik. Patogenisitas D. dadantii dapat dihambat oleh aktivitas quorum quenching bakteri-bakteri penghasil AHL-laktonase. AHL laktonase merupakan enzim yang dapat mendegradasi dan menginaktivasi AHL. Beberapa penelitian melaporkan bahwa bakteri rizosfer dan filosfer mampu menghasilkan AHL laktonase. Informasi mengenai potensi bakteri penghasil AHL laktonase asal rizosfer dan filosfer dalam mengendalikan patogenisitas D. dadantii di Indonesia masih terbatas sehingga penelitian ini bertujuan untuk untuk mengisolasi dan mengkarakterisasi bakteri penghasil AHL laktonase asal rizosfer dan filosfer sebagai agen biokontrol D. dadantii. Isolasi bakteri dilakukan terhadap10 sampel daun dan 10 sampel tanah rizosfer berbagai tanaman dari Sukabumi, Tegal, Majalengka, Cirebon, Kupang, dan Wonosobo. Isolasi bakteri filosfer dilakukan dengan metode cawan sebar pada media King’s B agar sedangkan isolasi bakteri rizosfer dengan media Nutrient Agar (NA). Aktivitas degradasi AHL diuji menggunakan bioindikator Chromobacterium violaceum. Isolat yang mampu mendegradasi AHL kemudian diseleksi berdasarkan respon hipersensitif yang ditimbulkannya. Isolat bakteri pendegradasi AHL yang tidak menimbulkan respon hipersensitif kemudian diuji kemampuan quorum quenching dan aktivitas antibiosisnya terhadap D. dadantii. Isolat bakteri yang terbukti mampu menghambat quorum sensing pada D. dadantii dikarakterisasi berdasarkan morfologi dan gen 16S rRNA. Kemampuan menghasilkan AHL laktonase dikonfirmasi dengan mengamplifikasi gen aiiA menggunakan primer aiiAF dan aiiAR. Produk PCR disekuensing untuk kemudian dianalisis menggunakan software MEGA 6 dan UGENE. Sebanyak 96 isolat bakteri asal filosfer dan rizosfer berhasil diisolasi, delapan diantaranya menunjukkan aktivitas quorum quenching terhadap C. violaceum. Bioesei Hypersensitive Response yang dilakukan pada tanaman tembakau menunjukkan enam (KT2, KT9, KT10, KUT1, TKF2, and WKF3) dari delapan isolat tersebut tidak menimbulkan reaksi hipersensitif. Keenam isolat tersebut mampu menekan virulensi D. dadantii pada kentang secara in vitro. Penghambatan tertinggi ditunjukkan oleh isolat KT2 sedangkan penghambatan terendah ditunjukkan oleh isolat WKF3. Sekuen 16S rRNA keenam isolat tersebut memiliki kemiripan tertinggi dengan Bacillus cereus, Bacillus aryabhattai, Bacillus acidiceler, dan Micrococcus aloeverae. B. cereus KT9 and B. v Aryabhattai TKF2 terdeteksi memiliki gen penyandi AHL laktonase (aiiA). Ini merupakan laporan pertama tentang aktivitas quorum quenching pada spesies Micrococcus aloeverae, Bacillus aryabhattai and Bacillus acidiceler. Keberadaan gen aiiA pada B. aryabhattai juga belum pernah dilaporkan sebelumnya. Penelitian ini memberikan informasi baru tentang aktivitas quorum quenching dari ketiga isolat tersebut dan potensinya sebagai quorum quencher untuk D. dadantii.
Keyword: AHL laktonase, biokontrol, Dickeya dadantii, quorum quenching

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: