Judul: IPB (Bogor Agricultural University)
Abstrak: Newcastle Disease (ND) merupakan salah satu penyakit penting dalam dunia perunggasan karena penyakit ini bersifat sangat menular, menyebar dengan cepat, serta dapat menyerang semua jenis unggas pada segala umur (Alexander dan Jones 2000). Virus ND tidak memiliki kecepatan mutasi tinggi seperti virus AI, namun subtipe dan subgenotipe virus ND baru terus ditemukan, mengindikasikan adanya proses evolusi yang dialami. Keragaman genom virus menjadi salah satu penyebab kegagalan vaksinasi dan kegagalan diagnosis yang secara simultan menyebabkan kegagalan pengendalian ND di dunia termasuk Indonesia. Salah satu cara yang dapat diupayakan dalam penanggulangan ND adalah dengan menghasilkan antibodi ND yang dapat dijadikan sebagai reagen imunodiagnostik dan imunoterapi. Delapan isolat lapang dari kasus klinis ND dijadikan sebagai kandidat antigen pada produksi antibodi. Berdasarkan karakterisasi patotipe dan genotipe pada 8 isolat tersebut diperoleh 3 isolat termasuk dalam virus ND virulen, dan berdasarkan analisis filogenetik, 1 isolat yaitu NDV/Ck/GS/14 termasuk dalam genotipe VII subgenotipe (h), dan 1 isolat lainnya NDV/Ck/BGR/11 termasuk virus ND genotipe VII subgenotipe (i). Menurut Miller et al. 2015, virus ND genotipe VII sub genotipe (h) dan (i) merupakan subgenotipe baru virus ND yang menimbulkan wabah pada beberapa negara seperti Pakistan dan Israel serta berhasil diisolasi pada beberapa daerah di Indonesia seperti Banjarmasin, Sukorejo, Gianyar, Sragen, Kudus, Makasar dan Bali dalam kurun waktu 2009 dan 2010. Hasil ini menunjukkan bahwa virus ND virulen genotipe VII subgenotipe (h) dan (i) juga ditemukan beredar dan menimbulkan wabah pada ayam-ayam yang divaksinasi pada beberapa peternakan ayam komersil di Jawa Barat pada tahun 2011 dan 2014. Hal ini mengindikasikan bahwa program vaksinasi belum efektif dalam mengendalikan virus ND. Isolat NDV/Ck/BGR/11 yang termasuk virus ND genotipe VIIi dipilih sebagai antigen pada produksi antibodi. Produksi antibodi ND berhasil dilakukan dalam waktu 38 hari dengan menyuntikkan antigen NDV/Ck/BGR/11 tanpa menggunakan adjuvan. Waktu produksi yang lebih singkat, serta tanpa menggunakan adjuvan membuat antibodi ND genotipe VII yang diproduksi pada penelitian ini lebih ekonomis dibandingkan dengan antibodi poliklonal ND komersil. Purifikasi dan karakterisasi merupakan suatu proses yang harus dilakukan sebelum antibodi digunakan sebagai kandidat reagen. Hasil purifikasi dengan menggunakan ammonium sulfat dan Protein A Purification Kit menghasilkan antibodi murni yang mengandung whole IgG (tidak terdenaturasi), heavy chain IgG, dan light chain IgG berdasarkan hasil analisis berat molekul dengan SDS-PAGE. Berdasarkan hasil AGPT menunjukkan bahwa antibodi ND genotipe VII yang diproduksi membentuk garis presipitasi dengan virus ND homolog dan heterolog. Hal ini menunjukkan bahwa antibodi ini dapat digunakan untuk mendeteksi semua antigen ND dengan tingkat virulensi yang berbeda. Antibodi yang telah dipurifikasi digunakan sebagai antibodi primer pada pemeriksaan IHK. Berdasarkan hasil pemeriksaan IHK, antibodi ND genotipe VII, memberikan hasil uji yang relatif sama dengan menggunakan antibodi ND komersil. Berdasarkan VNT, antibodi ND genotipe VII memiliki kemampuan yang baik dalam menetralisasi virus ND isolat lapang. Berdasarkan hasil penelitian ini, antibodi ND genotipe VII yang diproduksi memiliki potensi sebagai reagen imunodiagnostik dan imunoterapi. Antibodi genotipe VII ini diharapkan mampu menggantikan antibodi ND komersil sebagai reagen imunodiagnostik yang lebih ekonomis.
Keyword: Newcastle Disease, antigen, antibodi, imunodiagnostik, imunoterapi

Judul: Isolasi dan Karakterisasi Molekuler Virus Newcastle Disease dari Peternakan Ayam Petelur yang Telah Divaksinasi
Abstrak: Newcastle disease (ND) pertama kali diidentifikasi pada tahun 1926 di Bogor, Jawa, Indonesia dan menjadi satu penyakit infeksi penting di peternakan unggas di dunia. Newcastle disease disebabkan oleh Avian Paramyxovirus type-1 galur virulen dengan tingkat morbiditas dan mortalitas mencapai 100%. Vaksinasi merupakan satu usaha pencegahan terhadap infeksi virus ND (VND), namun infeksi VND masih dilaporkan pada peternakan unggas yang telah menerapkan program vaksinasi di berbagai belahan dunia. Sejak tahun 2011, laporan terkait peran VND subgenotipe VIId dengan substitusi E/G347K/R protein HN pada kasus penurunan produksi telur telah banyak dilaporkan di Cina, Taiwan, dan Korea. Selanjutnya, kasus infeksi VND pada peternakan unggas yang telah divaksinasi di Indonesia telah dilaporkan sejak tahun 2009, tetapi informasi terkait kasus infeksi VND varian HN 347K/R di Indonesia belum pernah dilaporkan. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi dan mengarakterisasi VND yang diisolasi dari kasus penurunan produksi telur pada peternakan unggas petelur yang telah menerapkan program vaksinasi terhadap VND. Sebanyak enam sampel organ yang digunakan dalam penelitian merupakan koleksi PT. IPB Shigeta Pharmaceuticals yang berasal dari dari peternakan unggas petelur yang berbeda dengan kasus penurunan produksi telur, peningkatan feed convertion ratio (FCR) dan telah menerapkan program vaksinasi VND. Propagasi virus dilakukan dengan menginokulasikan sampel ke dalam telur ayam berembrio (TAB) specific pathogen free (SPF). Identifikasi virus dilakukan dengan Real Time Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (rRT-PCR) dengan target gen matriks (M). Amplifikasi genom fusion (F) dan hemagglutinin-neuraminidase (HN) dengan metode RT-PCR dilakukan pada isolat yang menunjukkan hasil positif VND pada rRT-PCR. Karakteristik VND dianalisis berdasarkan uji waktu elusi dan sekuen partial nukleotida dan asam amino F dan HN, motif cleavage site protein F, dan pohon filogenetik dengan pembanding isolat VND Indonesia yang telah dipublikasi di Genbank. Terdapat satu isolat yang terdeteksi VND yaitu Layer/Cianjur-01/16 dan termasuk dalam galur mesogenik berdasarkan uji waktu elusi. Analisa sekuen nukleotida menunjukkan isolat Layer/Cianjur-01/16 termasuk dalam galur virulen dengan motif asam amino polybasic 112RRRKR/F117 pada cleavage site protein F. Layer/Cianjur-01/16 termasuk dalam subgenotipe VIIh dengan tingkat kemiripan 93–98% dibandingkan isolat subgenotipe VIIh asal Indonesia lainnya dan 90% dengan isolat subgenotipe VIIi asal Indonesia lainnya. Analisis asam amino menunjukkan adanya substitusi E menjadi K pada posisi 347 dari protein HN akibat mutasi G menjadi A pada nukleotida di posisi 1039 (G1039A). Asam amino 345–355 merupakan salah satu situs antigenik yang berperan dalam attachment virus pada reseptor permukaan sel inang. Substitusi asam amino pada situs antigenik dapat menyebabkan perubahan kemampuan antibodi dalam menetralisasi virus sehingga substitusi E347K diduga berpengaruh terhadap kemampuan VND dalam menginfeksi unggas yang telah divaksinasi. Hasil tersebut mengindikasikan perlunya surveilans molekuler VND yang lebih luas pada peternakan unggas yang telah divaksinasi.
Keyword: cleavage site, filogenetik, fusion, hemagglutinin-neuraminidase, substitusi.

Judul: Penggunaan Teorema Homeomorphy 2-Manifold dan Teorema Euler Poincare pada Torus 𝑇�� dan Simplicial Complex 𝐾��
Abstrak: Two dimensional topological spaces are said to be homeomorphic if they have the same topological invariant, where one of topological invariant used is an Euler characteristic. Homeomorphy 2-Manifold’s Theorem and Euler Poincare’s Theorem are used to distinguish two topological spaces. Homeomorphy 2-Manifold’s Theorem uses Euler characteristic to identify two dimensional topological spaces. Euler Poincare’s Theorem is an alternative way to find Euler characteristic with Betti number, which is topological invariant as well. The objective of this paper is to investigate the homeomorphism of torus 𝑇����� and simplicial complex 𝐾�����. Topological space torus and simplicial complex 𝐾����� have the same Euler characteristic, which is two. Based on Homeomorphy 2-Manifold’s Theorem topological space torus 𝑇����� and simplicial complex 𝐾����� is homeomorphic.
Keyword: simplicial, torus, Euler, homeomorphism, topology