Judul: Seleksi dan Identifikasi Bakteri Penghasil Biofungisida sebagai Penghambat Pertumbuhan Ganoderma boninense secara In Vitro
Abstrak: Ganoderma boninense merupakan salah satu cendawan patogen yang menyerang tanaman kelapa sawit. Cendawan tersebut menyebabkan penyakit busuk pangkal batang (basal stem rot) pada tanaman kelapa sawit. Serangan G. boninense dapat mengakibatkan kematian hingga 50% dari total tanaman pada perkebunan kelapa sawit. Selain itu, serangan cendawan tersebut menyebabkan tanaman menghasilkan buah yang lebih sedikit bahkan tidak berbuah sama sekali. Keadaan tersebut yang mengakibatkan terjadinya penurunan nilai produktivitas pada pertanian kelapa sawit. Pengendalian secara kimiawi dengan menggunakan fungisida sintetik memberikan efek yang berbahaya seperti timbulnya sifat resistensi, terganggunya kesehatan manusia, dan dapat merusak ekosistem. Penggunaan agen biokontrol merupakan cara yang efektif untuk mengontrol pertumbuhan G. boninense. Tujuan penelitian ini adalah melakukan seleksi bakteri yang menghasilkan senyawa bioaktif sebagai biofungisida terhadap G. boninense serta mengidentifikasi bakteri penghasil biofungisida menggunakan metode molekuler. Berdasarkan hasil uji hemolisis menunjukkan bahwa dari kelima isolat bakteri yang di uji ditemukan dua isolat bakteri terpilih yaitu 11B LB dan 11B MD. Kedua isolat bakteri tersebut tidak bersifat patogen karena tidak dapat membentuk zona hemolitik di sekitar koloni bakteri yang tumbuh pada media agar darah. Isolat bakteri yang terpilih memiliki kemampuan dalam menghambat pertumbuhan G. boninense. Nilai persentase penghambatan dari isolat 11B LB dan 11B MD masing-masing sebesar 81% dan 75%. Selain itu, hasil pengamatan telah membuktikan bahwa isolat bakteri tersebut memiliki aktivitas antagonis yang ditandai dengan terbentuknya zona penghambatan di sekitar koloni bakteri. Kurva tumbuh bakteri dapat menunjukkan adanya fase-fase pertumbuhan yang terjadi selama pertumbuhan bakteri. Fase adaptasi (lag) yang dilalui untuk kedua isolat bakteri cukup singkat, kemudian menuju fase logaritmik yang terjadi hingga jam ke-16. Fase stasioner terjadi setelah jam ke-16, selanjutnya pertumbuhan sel bakteri memasuki fase kematian pada jam ke-20 hingga jam ke-24. Pengujian ekstrak bakteri menjelaskan bahwa hanya ekstrak supernatan dari kultur 11B MD pada jam ke-8 dan 24 memiliki aktivitas penghambatan terhadap G. boninense. Persentase penghambatan pada ekstrak supernatan bakteri tersebut adalah 86.67% dan 88.34%. Hasil analisis menggunakan kromatografi lapis tipis (KLT) telah membuktikan adanya senyawa metabolit yang terdapat pada ekstrak supernatan kultur bakteri dengan nilai Rf yaitu 0.1, 0.28 dan 0.38. Isolat bakteri 11B MD telah diidentifikasi menggunakan gen 16S rRNA dan diyakini sebagai Pseudomonas aeruginosa dengan nilai similarity 99%. Adanya kemampuan dalam menghambat pertumbuhan G. boninense membuktikan bahwa isolat bakteri 11B MD (P. aeruginosa) berpotensi digunakan sebagai agen biokontrol untuk mengendalikan pertumbuhan cendawan patogen pada tanaman kelapa sawit.
Keyword: Antifungi, Bakteri endofit, Efek antagonis, G. boninense

Judul: Karakterisasi Fragmen Dna Dari Bakteri Antagonis Yang Terlibat Dalam Aktivitas Antifungi Ganoderma Boninense
Abstrak: Kelapa sawit (Elaeis guineensis jacq) merupakan salah satu tanaman komoditi yang telah digunakan secara luas dalam industri makanan, farmasi dan kosmetik. Indonesia merupakan negara yang telah dianugrahi dengan iklim, kondisi lingkungan yang cocok untuk pertumbuhan kelapa sawit dan luas areal yang menyebabkan Indonesia menjadi negara dengan perkebunan kelapa sawit terbesar di dunia. Namun demikian, budidaya kelapa sawit menghadapi beberapa ancaman yang dapat mengurangi tingkat produksi. Busuk pangkal batang (BPB) oleh Ganoderma boninense merupakan ancaman serius pada perkebunan kelapa sawit. Pengendalian penyakit tersebut hingga saat ini telah banyak dilakukan, namun belum menunjukkan hasil yang memuaskan. Pengembangan ketersediaan agen pengendali hayati merupakan solusi yang sangat baik dalam menekan infeksi BPB. Lebih lanjut lagi bahwa pendekatan berbasis bioteknologi molekuler atau penemuan baru senyawa antifungi diperlukan untuk strategi pengendalian yang lebih baik. Pada penelitian ini, 198 isolat bakteri berhasil diisolasi dari tiga jenis sumber isolasi yang berbeda. Empat puluh satu isolat menunjukkan efek penghambatan yang berbeda-beda terhadap miselium G. boninense. Enam belas isolat dipilih untuk diuji lebih lanjut berdasarkan kemampuan percentage inhibiton of radial growth (PIRG) lebih dari 50%. Perbedaan yang signifikan ditunjukkan pada uji kultur ganda (Dual culture assay) pada p>0.05, dimana isolat G.1.22 menunjukkan aktivitas penghambatan tertinggi yaitu 87.86%. Hasil uji filtrat menunjukkan bahwa isolat G.1.22 tahan terhadap pemanasan. Sebaliknya isolat K.3.2 sensitif terhadap pemanasan dan penambahan proteinase K sehingga diasumsikan memiliki senyawa antifungi berupa protein. Hasil identifikasi gen penyandi 16S rRNA menunjukan bahwa isolat G.1.22 dan K.3.2 memiliki tingkat kemiripan 100% dengan Pseudomonas aeruginosa strain B13 (accession number KM588370) dan Bacillus amyloliquefaciens strain SCDB1439 (accession number KM922581). Metode shotgun cloning digunakan untuk kloning sejumlah fargmen DNA kromosom Bacillus amyloliquefaciens JR02. Berdasarkan uji antagonis keseluruhan E. coli T0P 10 rekombinan dengan suspensi G. boninense belum menunjukkan adanya ekspresi gen antifungi. Disamping itu, karakterisasi DNA pengapit mutan transposon mini-Tn5KmR (BglK226) dengan teknik genome walking berhasil dilakukan. Berdasarkan hasil analisis pengurutan DNA dan blasting diperoleh bahwa DNA pengapit memiliki tingkat kemiripan 99% dengan sebagian gen beta-ketoacyl shyntase asal Bukholderia gladioli BSR3.
Keyword: bakteri antagonis, busuk pangkal batang, Ganoderma boninense, genome walking, shotgun cloning

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: