Judul: Analisis Keragaman Gen CSN1S1 dan Asosiasinya terhadap Kualitas Susu Kambing Silangan Saanen dan Peranakan Etawah (Sapera)
Abstrak: Susu kambing telah mendapatkan perhatian sebagai alternatif penting untuk susu sapi di Indonesia, khususnya karena manfaat nutrisinya yang superior dan kemampuannya untuk dicerna dengan lebih mudah oleh tubuh manusia. Dua bangsa kambing, yaitu Kambing Peranakan Etawah dan Saanen menunjukkan potensi besar dalam meningkatkan produksi susu di Indonesia. Balai Penelitian Ternak Ciawi mengembangkan kambing Silangan dari kedua bangsa ini yang dinamakan Sapera. Salah satu fokus utama dari penelitian terkait susu kambing adalah gen CSN1S1, yang memiliki peran krusial dalam menentukan kualitas protein dalam susu. Memahami variasi dan keragaman dari gen ini, peluang untuk mengoptimalkan produksi susu kambing, baik dari segi kualitas maupun kuantitas. Penelitian menggunakan sampel dari tiga bangsa kambing - Sapera, Saanen, dan Peranakan Etawah. Tujuannya adalah menganalisis keragaman genetik dari gen CSN1S1 dan mengevaluasi hubungannya dengan kualitas susu. Studi ini dilaksanakan dalam dua fase. Pada fase pertama, diambil sampel darah dari 66 kambing Sapera, 15 kambing Saanen, dan 14 kambing PE yang berasal dari Balai Penelitian Ternak, Ciawi. Ekstraksi DNA dari sampel darah dilakukan dengan metode modifikasi DNA Kit Geneaid. DNA yang telah diekstraksi diperbanyak melalui proses PCR dan variasi genetik gen CSN1S1 dianalisis dengan teknik Sanger Sequencing. Pada fase kedua, diambil sampel susu dari 66 kambing Sapera yang sedang berada dalam periode laktasi. Komposisi susu dianalisis dengan alat Lactoscan Milk Analyzer, dan data produksi susu harian dihitung dari total produksi susu di pagi dan sore hari saat pengambilan sampel. Hubungan antara genotipe dengan produksi dan komposisi susu dianalisis dengan menggunakan model General Linear Model. Hasil penelitian menunjukkan ada 15 mutasi yang terjadi pada area parsial intron 11, ekson 12, dan parsial intron 12. Mutasi yang terjadi pada intron 11 terdiri dari 1 insersi 4 bp pada titik g.10090 – g. 10093 Ins AGAA dan 10 mutasi titik atau single nucleotide polymorphism (SNP) pada g. 10098 C>G, g.10112 C>T, g. 10129 C>A, g.10177 G>A, g.10180 A>C, g. 10181 T>A, g.10188 T>C, g.10197 C>T, g.10202 T>C, dan g.10220 C>T. Mutasi yang terjadi pada ekson 12 terdiri dari 2 SNP yaitu g.10243 G>A dan g.10250. Mutasi yang terjadi pada intron 12 yaitu 2 SNP g.10277 G>A dan g.10283 T>G. Mutasi g. 10098 C>G pada intron 11 ditemukan berasosiasi terhadap jumlah produksi susu, yield protein, yield lemak, yield laktosa, dan yield solid non fat (SNF). Mutasi pada g. 10181 T>A pada intron yang sama juga berasosiasi terhadap persentase lemak, laktosa dan total solid pada susu kambing sapera. Mutasi yang terjadi pada daerah ekson 12 dan lainnya tidak berasosiasi terhadap kualitas susu pada penelitian ini. Ditemukan adanya perubahan asam amino dari Arginin menjadi Lysin yang disebabkan oleh mutasi di titik g. 10243 G>A., Goat milk has gained attention as an important alternative to cow's milk in Indonesia, especially due to its superior nutritional benefits and its easier digestibility by the human body. Two goat varieties, namely the Etawah Grade Goat and the Saanen show great potential in increasing milk production in the country. The Ciawi Livestock Research Center developed a hybrid goat from these two breeds called Sapera. A primary focus of goat milk research is the CSN1S1 gene, which plays a crucial role in
Keyword: CSN1S1 gene, milk quality, Sapera goat, SNP, indel

Judul: Analisis Keragaman Gen B-Casein Exon 7 dan Hubungannya dengan Produksi dan Komposisi Susu Kambing Sapera
Abstrak: Kesadaran masyarakat akan manfaat susu kambing dapat menjadikan sebuah peluang dan tantangan bagi peternak maupun pemulia untuk menghasilkan kambing perah yang berkualitas. Kambing Sapera, hasil persilangan antara kambing Saanen dan kambing PE, diketahui memiliki produksi susu yang cukup tinggi, kualitas susu yang baik, serta cocok untuk dibudidayakan pada iklim tropis Indonesia. Namun, jumlah produksi dan komposisi susu dapat bervariasi serta dipengaruhi oleh berbagai faktor, salah satunya adalah faktor genetik, sehingga sangat diperlukan seleksi secara genetik untuk meningkatkan kuantitas dan kualitas susu kambing Sapera. Gen CSN2 merupakan salah satu gen yang dapat mempengaruhi komposisi susu kambing. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman gen CSN2 pada exon 7 serta asosiasinya terhadap produksi dan komposisi susu kambing Sapera. Penelitian ini terdiri dari dua tahap. Tahap pertama yaitu menggunakan 66 sampel darah kambing Sapera, 15 sampel darah kambing Saanen, dan 14 sampel darah kambing PE yang berasal dari Balai Penelitian Ternak, Ciawi. Sampel darah diekstraksi dengan menggunakan prosedur DNA Kit Geneaid yang dimodifikasi. DNA kemudian diamplifikasi dengan metode PCR dan selanjutnya dilakukan metode Sanger Sekuensing untuk menentukan keragaman gen CSN2. Tahap kedua yaitu menggunakan 66 sampel kambing Sapera yang sedang dalam masa laktasi. Sampel susu dilakukan uji komposisi dengan menggunakan Lactoscan Milk Analyzer, sementara data produksi susu harian didapatkan dengan menjumlahkan produksi susu pagi dan sore pada hari pengambilan sampel. Selanjutnya, analisis data hubungan genotipe dengan produksi dan komposisi susu menggunakan persamaan General Linear Model. Hasil penelitian ini menemukan 4 titik SNP yang bersifat monomorfik dan polimorfik. SNP yang bersifat monomorfik di ketiga bangsa kambing perah yaitu posisi g.8913C>A dan g.8915C>T. Sementara itu, SNP g.8946C>T bersifat polimorfik pada ketiga bangsa kambing perah, sedangkan g.8956G>A bersifat polimorfik pada kambing Sapera dan kambing Saanen. Hubungan antara gen CSN2 dengan produksi dan komposisi susu didapatkan SNP g.8946C>T berpengaruh nyata (P<0.05) terhadap kandungan laktosa dan garam mineral, sementara SNP g.8956G>A tidak memiliki pengaruh terhadap produksi maupun komposisi susu kambing Sapera. Komposisi susu kambing Sapera memiliki kualitas “Premium”, kecuali kandungan protein genotipe CC pada SNP g.8946C>T dengan kategori “Baik”.
Keyword: Gen CSN2, kambing Sapera, komposisi susu, produksi susu, SNP, CSN2 gene, milk composition, milk production, Sapera goat, SNP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: