Judul: DNA Barcoding Based on rbcL Markers in Aquatic Plants from the Rote Ndao Region, Rote Island, East Nusa Tenggara
Abstrak: Pulau Rote terletak pada 100 25'-110 00' Lintang Selatan dan 1210 49'- 1230 26' Bujur Timur. Di wilayah Rote Ndao terdapat 96 pulau, dan hanya enam di antaranya yang berpenghuni. Hasil ekspedisi tim Oe Rote tahun 2018 yang menggabungkan survei terestrial dan citra satelit mengungkapkan bahwa terdapat 82 danau di Pulau Rote yang 24 diantaranya merupakan danau air asin. Sebanyak 24 danau air asin dan 2 danau air tawar terdapat di kawasan Laut Mati Rote. Di antara danau tersebut terdapat lima danau yang digunakan untuk penelitian ini yaitu Danau Ledulu, Oendui, Oemasapoka, Oesotimori dan Landu Leko. Danau Ledulu dan Oendui merupakan danau air tawar. Oemasapoka merupakan danau air asin dengan tingkat salinitas yang bervariasi antara 45-50 ppt. Selain itu, terdapat Oesotimori yang memiliki tingkat salinitas lebih dari 100 ppt. Landu leko merupakan wilayah laut yang memisahkan Pulau Rote Barat dengan Pulau Rote Timur, yang mengalami pengeringan air asin danau. Hal ini ditandai dengan kondisi tanah yang hampir kering pada musim kemarau, dan kondisi tanah yang mengandung air pada musim hujan. Di danau-danau tersebut tumbuh beragam tumbuhan air yang berperan sebagai bagian dari ekosistem danau. Tumbuhan air tersebut sampai saat ini belum teridentifikasi dengan baik. Identifikasi spesies tumbuhan air dapat dilakukan baik secara morfologi maupun secara molekuler menggunakan pendekatan DNA barcoding. Namun penggunaan identifikasi secara molekuler DNA barcoding dalam menganalisis lebih cepat dan tepat. Dalam identifikasi molekuler DNA barcoding diperlukan penanda genetik. Consortium for the Barcode of life (CBOL), melaporkan bahwa penanda rbcL (Ribulose-1,5-biphosphate carboxylase–oxygenase large subunit) merupakan penanda utama dalam penandaan tumbuhan, ideal dalam studi filogenetik dan taksonomi tumbuhan, bersifat universal, serta mudah diamplifikasi dan dianalisis. Spesies tumbuhan air di Pulau Rote terutama yang berasal dari lima danau yang berbeda belum pernah diteliti untuk molekuler DNA barcoding. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dan mempelajari keragaman spesies-spesies tumbuhan air yang tumbuh di danau sekitar Rote Ndao, Pulau Rote, Nusa Tenggara Timur menggunakan penanda rbcL. Pengambilan sampel tumbuhan air sebanyak 20 spesies dilakukan di Danau Ledulu, Oendui, Oemasapoka, Oesotimori dan Landu Leko. Provinsi Nusa Tenggara Timur Kabupaten Rote Ndao. Identifikasi morfologi tumbuhan air dilakukan di Laboratorium Botani Pusat Riset Biologi–BRIN Cibinong. Identifikasi molekuler dilakukan dengan menggunakan penanda rbcL. Isolasi DNA total menggunakan kit Genomic Plant DNA extraction (Intron Biotechnology, Korea). DNA hasil isolasi diamplifikasi menggunakan primer rcbL dengan forward (F) dan reverse (R) yaitu rbcL F (ATG TCA CCA CAA ACA GAG ACT AAA) dan rbcL R (GTA AAA TCA AGT CCA CCR CG). Volume PCR yang digunakan adalah 50 µl yang terdiri dari Green taq 1 x PCR master mix (Biogen, USA) sebanyak 25 µl, DNA 5 µl (154 µg/mL), primer forward dan reverse masing-masing sebanyak 2,5 µl (0,5 µM) dan ddH2O 15 µl. Tahapan PCR yang digunakan yaitu pre-denaturasi 95 °C (5 menit) dilanjutkan dengan 45 siklus denaturasi 94 °C (1 menit), annealing 52 °C (1 menit 30 detik), dan extension 72 °C (1 menit), kemudian diakhiri dengan final extension 72 °C (10 menit). Hasil produk PCR divisualisasi dengan elektroforesis gel agarosa 1,5% dalam buffer TBE 1x dengan voltase 120 volt selama 25-30 menit, kemudian didokumentasikan menggunakan Gel Doc
Keyword: Aquatic plants, DNA barcoding, rbcL genetic marker, Rote Island

Judul: Relationship between Symbiodiniaceae and Coral Reef Characteristics Based on Environmental DNA in Lombok Island Waters
Abstrak: Symbiodiniaceae merupakan biota asosiasi karang penting dan berkontribusi dalam kesehatan ekosistem terumbu karang. Sebagai endosimbion karang, Symbiodiniaceae menyediakan energi, menyerap sisa metabolit, dan membantu pertumbuhan karang. Hingga saat ini, dikenali 11 genera resmi dalam famili Symbiodiniaceae dan masih terdapat lima klade mewakili genera yang belum terdeskripsi secara formal. Karena itu, memahami keragaman Symbiodiniaceae dalam ekosistem karang menjadi penting dan diduga, Symbiodinaiaceae dapat menjadi indikator kondisi terumbu karang. Namun, informasi Keragaman Symbiodiniaceae di Indonesia masih sedikit. Lagipula, identifikasi Symbiodiniaceae tidak mudah, terlebih bila memerlukan pengambilan dan pengisolasian dari banyak lokasi dan inang. DNA lingkungan (eDNA) adalah materi genetika yang terlepas ke lingkungan, dapat digunakan untuk menilai potensi keragaman Symbiodiniaceae secara non destruktif, cepat, relatif luas, efisien, dan efektif. Melalui pendekatan survei eDNA, penelitian mengkaji keragaman hayati dan karakteristik komunitas Symbiodiniaceae, menelaah hubungan antara keragaman Symbiodiniaceae dan karakteristik terumbu karang dan menganalisa nilai indikator dan preferensi komunitas Symbiodiniaceae pada pengelompokan karateristik terumbu karang lokasi tertentu di Perairan Lombok. Pengambilan sampel eDNA dan pengamatan kondisi bentik karang dilakukan di zona inti, di luar zona inti, dan luar kawasan konservasi Perairan Lombok Barat, Utara, dan Timur. Materi eDNA dalam sampel air laut dan sedimen yang tersaring di kertas saring pada fraksi ukuran pori-pori 12 µm (fraksi >12 µm) dan 0,4 µm (fraksi 0,4-12 µm), diekstraksi dan diamplifikasi DNA-nya dengan primer gen V9-SSU 18S rRNA, kemudian disekuensing melalui platform MiSeq-Ilumina. Analisis bioinformatika melalui platform Qiime2 dilakukan untuk memperoleh amplicon sequence variants (ASV), identifikasi Symbiodiniaceae setelah mengindentifikasi eukaryota laut terlebih dahulu, dan analisis filogenetika. Pengamatan kondisi bentik karang dilakukan dengan metode point intercept transect (PIT) untuk menentukan kondisi tutupan kategori bentik, tingkat rugositas karang, tingkat tutupan bentuk karang hidup, indeks kematian karang (IKK), genera karang, dan keterwakilan genera karang. Dilakukan analisis statistik untuk analisis perbandingan sebaran dan komposisi kelimpahan, keragaman alfa dan beta, kluster, indikator dan preferensi komunitas Symbiodiniaceae terhadap kondisi terumbu karang di Perairan Lombok. Penelitian memperoleh 2.737.734 sekuens yang terdiri atas 20.478 ASV sebagai wakil individu. Identifikasi eukaryota laut mengungkap lima kingdom dengan komposisi Chromista (35%), Animalia (32%), Fungi (3%), Plantae (2%), dan Protozoa (2%), dengan 43,34 % total ASV tidak terindentifikasi sama sekali. Keragaman alfa (Shannon H’) eukaryota berkisar {minimum-maksimum (median)} antara 4,90-9,59 (7,63). Faktor alam terkait media habitat lebih mempengaruhi keragaman alfa eukaryota daripada faktor geografi skala lokal dan zonasi konservasi perairan. Aspek teknis terkait media sumber dan pembagian fraksi sampel menentukan perolehan eDNA eukaryota. Keragaman beta (Bray-Curtis) komunitas eukaryota berkisar {minimum-maksimum (median)} antara 0,72-0,99 (0,92). Terdapat perbedaan signifikans antar lokasi, media dan fraksi namun faktor manajemen terkait penetapan zonasi konservasi tidak mempengaruhi variasi heterogenitas komunitas eukaryota. Penelitian berhasil mendeteksi dan mengidentifikasi 16 wakil individu Symbiodiniaceae yang terdiri atas enam genera (subklade): Symbiodinium (A.sym21), Breviolum (B.sym18), Cladocopium (C.sym1, C.sym5, C.sym7, C.sym8, C.sym10, C.sym15, C.sym16, and C.sym17), Durusdinium (D1.sym2, D1.sym6, D1.sym19, and D1.sym22), Klade G Foraminifera (G2.sym4), dan Halluxium (H.Sym12). Komposisi dominan pada Cladocopium (71%), disusul Durusdinium (18,2%), dan Klade G Foraminifera (8,4%). Komunitas Symbiodiniaceae mencirikan keragaman alfa rendah dan keragaman beta tinggi, namun tidak memperlihatkan perbedaan secara nyata antar lokasi, zona, media, maupun fraksi. Sejauh diketahui, studi eDNA Symbiodiniaceae belum pernah dilakukan di kawasan
Keyword: Bioindikator, DNA lingkungan, Ekosistem terumbu karang, Keragaman hayati laut, Symbiodiniaceae, Endosimbion, Eukaryota, Filogenetika, Metabarkoding

Judul: Dynamic New Keynesian Model for Unemployment and Inflation Rate.
Abstrak: This paper deals with a scientific analysis of the equilibrium level of hiring, employment and unemployment. The basic model being used is a standard new Keynesian model, which states that utility function depends on consumptions and working hours. Utility maximization refers to a standard labour supply equation, with the marginal cost’s dynamics on new Keynesian model simply reflects movements in real wages and productivity. Furthermore, trade-off between output and inflation stabilization can be considered using the new Keynesian Phillips curve. Dynamic general equilibrium model is a model that can be used to study interactions between market imperfections and nominal rigidities, which is capable of overcoming the main shortcoming of the standard new Keynesian model. In the general equilibrium model there are three groups of the economy agents, namely households, firms and monetary authority. The results of this research science that bargaining processes between firms and workers will yield optimal wage. Increase in labour will cause wages to fall, but the unemployment rate can be reduced. An increase in the firm’s monopoly power will shift the labour demand curve downward, which will reduce the number of workers that firm is willing to hire for any given bargained wage.
Keyword: