Judul: Identifikasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Daerah 5'UTR Gen Kalpain (CAPN1) pada Sapi Bali
Abstrak: empukan daging yang memproduksi enzim kalpain sehingga berdampak pada kualitas daging. Tujuan dari penelitian ini adalah mengidentifikasi SNP 5’UTR gen CAPN1 pada sapi bali. Sampel DNA yang digunakan sebanyak 25 sampel sapi bali yang berasal dari BPTU-HPT sapi bali di Provinsi Bali. Analisis polymerase chain reaction (PCR) dan sequencing dilakukan untuk mendeteksi adanya SNP di daerah 5’UTR gen CAPN1. Data hasil sekuensing dianalisis menggunakan program Bio Edit, Finch TV dan MEGA7. Keragaman SNP dihitung mengunakan frekuensi alel dan genotipe, sedangkan keseimbangan Hardy-Weinberg dianalisis menggunakan uji χ2. Hasil menunjukkan bahwa ditemukan 1 SNP pada g.232 G>T di 5’UTR gen CAPN1 sapi bali. Berdasarkan hasil analisis frekuensi alel, ditemukan bahwa alel G memiliki frekuensi sebesar 0.6875 dan alel T sebesar 0.3125 dan dalam keadaan keseimbangan Hardy-Weinberg (P>0.05). Berdasarkan hasil yang diperoleh, SNP pada posisi g.232 G>T berpotensi dijadikan sebagai penanda genetik untuk kualitas daging. Perhitungan komposisi basa nukleotida menunjukkan basa G+C memiliki nilai lebih besar dibandingkan basa A+T.
Keyword: gen CAPN1, sapi bali, 5'UTR, SNP

Judul: Keragaman 5’UTR Gen CAPN1 dan Asosiasinya dengan Sifat Pertumbuhan pada Sapi Bali
Abstrak: Sapi bali (Bos javanicus) merupakan sapi pedaging hasil domestikasi dari banteng. Populasi sapi bali berkisar 32.31% dari total populasi sapi nasional. Menurut laporan publikasi, telah terjadi penurunan populasi dan kualitas genetik sapi bali karena adanya seleksi negatif pada ternak sapi bali. Salah satu cara untuk mengatasi hal tersebut yaitu melakukan seleksi pada ternak sapi bali, salah satu metode seleksi yang dapat digunakan adalah seleksi berbasis molekuler. Seleksi berbasis molekuler dapat dilakukan melalui pendekatan identifikasi kromosom, gen, serta melihat pola pewarisannya. Seleksi molekuler dapat dipusatkan pada sifatsifat tertentu, salah satunya adalah sifat pertumbuhan. Gen CAPN1 memiliki 5’untranslated region (5’UTR) yang telah dikenal untuk mengontrol proses inisiasi translasi, proses post translasi, dan regulasi ekspresi gen. Beberapa penelitian pada fragmen 5’UTR telah dilaporkan pada ternak, namun belum ada penelitian yang dilakukan pada sapi bali. Penelitian ini bertujuan mengetahui keragaman 5’UTR gen CAPN1 dan asosiasinya terhadap sifat pertumbuhan pada sapi bali. Sampel darah dikoleksi dari 80 ekor sapi bali dari BPTU-HPT Denpasar dan 16 ekor sapi limousin sebagai pembanding. Sifat-sifat pertumbuhan yang diamati adalah bobot lahir (kg), bobot hidup (kg), penambahan bobot badan (kg), panjang badan (cm), dalam dada (cm), tinggi pundak (cm), tinggi punggung (cm), dan lingkar dada (cm). Primer yang digunakan untuk mengamplifikasi 5’UTR gen CAPN1 adalah primer forward: 5’- CCC TTC CCA CCC AGA TAG G -‘3 dan primer reverse 5’- CCT GGA GAC CGT GAG GAA C -‘3. Mutasi ditemukan di 5’UTR gen CAPN1 di g.232G>T melalui teknik sekuensing. Enzim restriksi BglII digunakan untuk melihat keragaman dengan teknik PCR-RFLP. Asosiasi keragaman gen CAPN1 dengan sifat pertumbuhan dilakukan dengan menggunakan General Liniear Model (GLM). Amplifikasi 5’UTR gen CAPN1 pada sapi bali dan sapi limousin menghasilkan produk 478 pasangan basa (pb). Keragaman 5’UTR gen CAPN1 berdasarkan SNP g.232G>T pada sapi bali adalah polimorfik, namun monomorfik/seragam pada sapi limousin. Genotipe GG (478 pb), GT (478 pb, 354 pb, dan 124 pb), dan TT (354 pb dan 124 pb) ditemukan di sapi bali. Genotipe GG (478 pb) ditemukan di sapi limousin. Mutasi g.232G>T tidak berdampak signifikan (P>0.05) terhadap sifat pertumbuhan pada sapi bali. SNP ini tidak dapat digunakan sebagai MAS untuk sifat pertumbuhan.
Keyword: 5’UTR, CAPN1, sapi bali, SNP g.232 G>T

Judul: Tinjauan Matematis pada Model Makroskopik dan Mikroskopik Arus Lalu-lintas
Abstrak: Traffic flow phenomenon can be described through mathematical model such as continuous dynamic model with an ordinary differential equation so that it can be solved with integral factors. In this paper three simple models of traffic flow are discussed, i.e, two macroscopic and one microscopic models. Macroscopic model formulates dynamics of the traffic flow that occurs on a large number of vehicles on a road. While the microscopic model explains drivers’ behavior in their interaction with other vehicles ahead, i.e, car-following model. This paper shows the existence of ordinary differential equation found in the traffic flow model and indicates some different representations in the context of the same model. It also reviews a simple model of traffic flow along a single link, which leads to some unexpected results, i.e, it can express the solution model in term of link outflows as well as trip time. In the microscopic model, simulation is done to illustrate the behavior of the drivers with a sensitivity coefficient as a benchmark parameter.
Keyword: