Judul: Peningkatan Performansi Metode Phenol Red RT-LAMP Colorimetry Untuk Deteksi Virus SARS-CoV-2 Berkapasitas Buffer Tinggi
Abstrak: RT-LAMP Kolorimetri merupakan metode diagnostik yang telah menarik banyak perhatian peneliti karena kecepatan, kesederhanaan, dan sensitivitasnya dibandingkan dengan metode diagnosis penyakit lainnya. Namun, meskipun memiliki banyak kelebihan, uji RT-LAMP kolorimetri masih memiliki kekurangan, terutama untuk kit yang menggunakan indikator fenol merah. Kerugian ini berasal dari sampel input yang mengandung tingkat buffer yang tinggi, yang tidak menyebabkan terjadinya perubahan warna dan menghasilkan hasil analisis yang bersifat negatif palsu. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan dan mengoptimasi uji kolorimetri RT-LAMP pada sampel dengan kapasitas buffer yang tinggi. Berdasarkan hasil penelitian, suhu 69 C selama 50 menit dengan penambahan post-treatment berupa pemanasan pada suhu 80 C selama 10 menit merupakan kondisi optimum untuk reaksi RT-LAMP kolorimetri dengan indikator fenol merah pada sampel SARS-CoV-2 berkapasitas buffer tinggi. Kondisi ini terbukti efektif dalam mengubah warna hasil dari merah (negatif) menjadi kuning untuk sampel yang positif. Penelitian ini juga berhasil mengklasifikasikan hasil analisis berdasarkan tingkat paparan virus SARS-CoV-2 yang diwakili dengan nilai cycle threshold (Ct) real-time PCR dan dikorelasikan terhadap nilai optical density (OD) spektrofotometer pada panjang gelombang 415 nm dengan nilai korelasi -0,9084. Pada hasil klasifikasi, warna kuning menunjukkan nilai Ct di bawah 20, warna kuning-orange menunjukkan nilai Ct antara 20 dan 30, warna orange menunjukkan nilai Ct antara 30 dan 40, dan warna merah menunjukkan nilai Ct lebih dari 40 (negatif). Secara keseluruhan, penelitian ini berhasil mengoptimalkan dan mengembangkan reaksi RT-LAMP kolorimetri fenol merah pada sampel SARS-CoV-2 dengan kapasitas buffer tinggi.
Keyword: Kolorimetri, Buffer Tinggi, Optimasi, Fenol Merah, RT-LAMP, SARS-CoV-2

Judul: Reverse Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification Primer Design for SARS-CoV-2 Detection Applications
Abstrak: Reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) merupakan metode deteksi baru yang dapat menangani pelacakan kasus Covid-19 secara cepat, sederhana, murah, dan akurat. Tujuan penelitian ini adalah mendesain primer RT-LAMP menggunakan sekuen genom SARS-CoV-2 yang berasal dari Indonesia dan beberapa negara lain yang mewakili lima benua di dunia, serta mewakili lima variant of concern. Metode yang digunakan adalah preparasi sekuen, uji homologi, identifikasi daerah target, desain primer, identifikasi primer, dan uji spesifitas primer secara in silico. Hasil penelitian diperoleh set primer T1_9 dengan urutan basa F3: CACTGAGACTCATTGATGCTATG, B3: CCAACCGTCTCTAAGAAACTCT, F2: GTTCACATCTGATTTGGCTACT, F1c: GAAGTCAACTGAACAACACCACCT, B2: CCTTCCTTAAACTTCTCTTCAAGC, B1c: GTGGCTAACTAACATCTTTGGCACT, LB: TGAAAAACTCAAACCCGTCCTTG memenuhi parameter ideal dan memiliki spesifitas terbaik sehingga dapat digunakan untuk uji lanjutan secara in vitro menggunakan metode RT-LAMP.
Keyword: 

Judul: Kekonsistenan Hamiltonian pada Gerak Gelombang Interfacial
Abstrak: The interfacial wave is an internal wave that occurs at boundary of two layers fluid. It appears because there is difference of mass density between the two layers. The objective of this thesis is to formulate the motion of internal wave with flat base and flat as well as free upper bound surface. The motion equation obtained is a Hamiltonian system. The Hamiltonian in this system is expressed by variable of wave deviation and horizontal component of potential velocity. Under assumption that interfacial wave moves only in one direction, it can be shown that the Hamiltonian depends on the solution of the wave motion equation. The coefficients of the equation depend on the physical characteristics of the two layers of fluid, i.e. thickness and mass density. The numerical results show that Hamiltonian in the system is constant. It is consistent with Hamiltonian characteristic, which does not depend on time.
Keyword: