Judul: Identifikasi Dan Desain Primer Diferensial Dua Begomovirus Pada Mentimun Di Jawa Barat Dan Bali
Abstrak: Mentimun (Cucumis sativus L.; Cucurbitaceae) merupakan salah satu jenis sayuran penting di Indonesia. Salah satu pembatas produksinya adalah infeksi Begomovirus. Beberapa Begomovirus yang menyebabkan penyakit penting secara ekonomis di Indonesia, diantaranya Pepper yellow leaf curl Indonesia virus (PYLCIV) pada cabai, Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) pada tomat, dan Mungbean yellow mosaic India virus (MYMIV) pada kacang panjang, dan pada mentimun disebabkan oleh Tomato leaf curl New Delhi virus (ToLCNDV) di Klaten (Jawa Tengah) dan Squash leaf curl China virus (SLCCNV) di Tabanan (Bali). Kedua Begomovirus pada mentimun ini dapat menginfeksi secara tunggal maupun ganda di lapangan dengan gejala yang hampir sama, sehingga diagnosis virus berdasarkan gejala sulit menentukan virus penyebabnya. Oleh karena belum diketahui insidensi dan penyebaran kedua virus pada mentimun khususnya di Jawa Barat dan Bali maka perlu dilakukan penelitian terkait deteksi dan identifikasi Begomovirus pada mentimun dan penyediaan primer diferensial yang dapat membedakan kedua virus dengan cepat dalam PCR tunggal. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan insidensi penyakit kuning oleh Begomovirus pada tanaman mentimun di provinsi Jawa Barat dan Bali, dan mendesain serta menguji primer diferensial yang mampu mendeteksi dan membedakan dua spesies Begomovirus pada tanaman mentimun. Penelitian meliputi pengumpulan sampel tanaman mentimun, penentuan insidensi dua Begomovirus secara serologi dengan DIBA, identifikasi Begomovirus dengan PCR dan perunutan DNA, desain primer diferensial ToLCNDV dan SLCCNV, dan evaluasi primer diferensial melalui PCR unipleks maupun dupleks. Pengamatan gejala dan koleksi sampel terinfeksi Begomovirus diambil dari daerah Jawa Barat (Sumedang, Sukabumi, Karawang) dan Bali (Tabanan, Klungkung, Gianyar). Gejala yang umum ditemukan di lahan antara lain daun klorosis, mosaik kuning kehijauan, melepuh, daun menguning disertai penebalan tulang daun (vein banding), tepian daun menggulung kearah atas, dan kerdil. Hasil deteksi serologi menunjukkan bahwa gejala tersebut disebabkan oleh infeksi ToLCNDV dan Squash leaf curl virus (SLCV). Seluruh lahan pengambilan sampel didominasi oleh infeksi ToLCNDV, dengan insidensi penyakit berkisar 28% sampai dengan 100%. SLCV terdeteksi pada pertanaman mentimun di Bali dengan insidensi penyakit berkisar 42% sampai dengan 80% dan di Jawa Barat yaitu di Karawang sebesar 56% dan Sumedang sebesar 30%. Infeksi ganda antara ToLCNDV dan SLCV terdeteksi pada 7 dari 11 pertanaman mentimun yang diamati. Deteksi molekuler berhasil dilakukan terhadap enam isolat Begomovirus menggunakan pasangan primer universal pAV2048/pAC494 yang mengamplifikasi gen protein selubung dengan amplikon berukuran ±550 pb. Analisis runutan nukleotida gen protein selubung menunjukkan terdapat tiga spesies Begomovirus yang menginfeksi pertanaman mentimun di Jawa Barat dan Bali yaitu ToLCNDV, SLCCNV, dan Ageratum yellows vein virus (AYVV). Isolat Klungkung, Karawang, Sukabumi, dan Sumedang memiliki homologi nukleotida tertinggi dengan isolat ToLCNDV asal Klaten, Indonesia (AB613825), dengan homologi sebesar 97.3%, 97.0%, 96.3%, dan 97.2%. Keempat isolat ToLCNDV ini termasuk ke dalam ToLCNDV strain “Indonesia”. Isolat Tabanan, Bali memiliki homologi nukleotida tertinggi sebesar 94.5% dengan isolat SLCCNV asal Malaysia (EF197940) dan termasuk ke dalam SLCCNV strain “Cina”. Analisis nukleotida menunjukkan bahwa isolat Gianyar, Bali memiliki homologi nukleotida tertinggi sebesar 92.1% dengan AYVV asal Indonesia (AB100305) yang menginfeksi tanaman Nicotiana benthamiana. Primer diferensial untuk membedakan dua Begomovirus pada tanaman mentimun berhasil dibuat menggunakan metode semi-manual OligoCalc: Oligonucleotide Properties Calculator. Pasangan primer T-2F/TS-2R digunakan untuk mengamplifikasi common region (CR) ToLCNDV dengan amplikon
Keyword: AYVV, primer diferensial, SLCCNV, ToLCNDV

Judul: Karakterisasi Begomovirus Penyebab Penyakit Daun Keriting pada Mentimun (Cucumis sativus L.)
Abstrak: Mentimun (Cucumis sativus L.) merupakan salah satu sayuran utama yang dibudidayakan oleh petani di Indonesia. Produktivitas mentimun sangat dipengaruhi oleh budidaya yang kurang intensif dan efisien, serta adanya gangguan hama dan penyakit. Salah satu kendala produksi adalah penyakit yang disebabkan oleh infeksi Begomovirus penyebab penyakit daun keriting. Penyakit daun keriting yang disebabkan oleh Begomovirus pada beberapa jenis pertanaman di Indonesia dilaporkan menyebabkan kehilangan hasil sehingga menimbulkan kerugian yang cukup besar. Pertanaman tembakau di Jawa Timur dilaporkan mengalami kerusakan hingga 30% karena infeksi Tobacco leaf curl begomovirus pada tahun 1984. Sejak awal tahun 2000 pertanaman cabai di daerah Jawa Barat dan Jawa Tengah dilaporkan terinfeksi Begomovirus dan sampai sekarang penyakit kuning yang disebabkan oleh Pepper yellow leaf curl begomovirus belum dapat dikendalikan. Tomato yellow leaf curl begomovirus yang menyebabkan epidemi penyakit daun keriting juga menjadi kendala utama dalam meningkatkan produksi tanaman tomat di Jawa Barat dan Jawa Tengah. Akhir-akhir ini penyakit daun keriting yang disebabkan oleh Begomovirus ditemukan pada tanaman mentimun di Kabupaten Klaten, Jawa Tengah. Penyakit yang sama dilaporkan di Thailand sejak tahun 1996, dan virus penyebab penyakit tersebut memiliki kemiripan sikuen nukleotida yang tinggi dengan isolat Tomato leaf curl New Delhi begomovirus (TLCV-New Delhi). Infeksi Begomovirus pada tanaman Cucurbitaceae telah lama menjadi masalah di beberapa negara, diantaranya Squash leaf curl begomovirus menyebabkan penyakit daun keriting pada labu (Cucurbita maxima) dan Watermelon curly mottle begomovirus menyebabkan penyakit daun menguning dan kerdil pada melon (C. melo) di Amerika Serikat. Identifikasi dan karakterisasi Begomovirus penyebab penyakit daun keriting mentimun di Jawa belum dilakukan secara khusus. Begomovirus hanya dapat ditularkan melalui serangga vektor kutukebul (Bemisia tabaci) dan serangga ini dapat mengolonisasi berbagai spesies tanaman. Hal tersebut sangat berbahaya karena akan mendukung terjadinya ledakan penyakit daun keriting. Oleh karena itu, perlu dilakukan penelitian untuk mengetahui sifat-sifat Begomovirus agar dapat menyusun rekomendasi strategi pengendalian penyakit yang tepat untuk mencegah kerugian oleh infeksi Begomovirus. Penelitian dilakukan dengan tujuan untuk mendeteksi virus-virus yang menginfeksi tanaman mentimun, mengidentifikasi Begomovirus yang menginfeksi mentimun, mempelajari efisiensi penularan Begomovirus melalui serangga vektor B. tabaci dan mengetahui beberapa jenis tanaman inang dari Begomovirus yang menginfeksi mentimun. Penelitian meliputi empat kegiatan pokok yaitu pengumpulan sampel tanaman mentimun dan deteksi beberapa virus pada sampel daun mentimun dari lapangan, identifikasi Begomovirus dengan metode molekular, pengujian efisiensi penularan Begomovirus melalui kutukebul, dan pengujian kisaran inang. Pengamatan gejala dan pengambilan sampel tanaman yang terinfeksi Begomovirus dilakukan di daerah Jawa Barat (Bogor, Subang), Jawa Tengah (Tegal, Sukoharjo), dan Daerah Istimewa Yogyakarta (Sleman). Daun mentimun yang dikumpulkan sebagai sampel adalah daun yang menunjukkan gejala daun keriting, mosaik, melepuh, dan menguning. Gejala yang umum terlihat pada pertanaman mentimun meliputi gejala mosaik kuning cerah, mengeriting, melepuh, penebalan tulang daun, dan reduksi ukuran daun. Infeksi Begomovirus, SqMV, ZyMV, dan CMV berhasil dideteksi pada hampir semua sampel daun, namun infeksi TRSV dan WMV tidak terdeteksi pada semua sampel. Infeksi oleh lebih dari satu jenis virus ditemukan pada beberapa sampel daun dari beberapa lokasi. Sampel asal Bogor dan Sleman (Kalasan dan Ngemplak) yang terinfeksi oleh 4 virus (Begomovirus, SqMV, ZyMV, dan CMV) secara bersamaan menunjukkan gejala yang lebih parah dibandingkan sampel lainnya yaitu berupa daun keriting,
Keyword: Analisis keragaman genetik, efisiensi penularan, Geminivirus, kisaran inang, serangga vektor

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: