Judul: Analisis Komunitas Aktinobakteri Endofit Pegagan (Centella Asiatica L. Urban) Berdasarkan Gen 16s Rrna Dan Potensinya Sebagai Antidiabetes
Abstrak: Aktinobakteri endofit tanaman obat memiliki potensi sebagai sumber beragam senyawa bioaktif termasuk antidiabetes. Pengetahuan tentang keragaman genetik aktinobakteri endofit Centella asiatica penting sebagai dasar untuk mengeksplorasi aktinobakteri endofit potensial dari tanaman tersebut. Analisis keragaman melalui pendekatan metagenomik (culture-independent) dengan teknik PCR-DGGE (Polymerase Chain Reaction - Denaturing Gradient Gel Electrophoresis), merupakan langkah yang efisien dalam mempelajari komunitas aktinobakteri endofit. Penelitian ini bertujuan mengkaji keragaman aktinobakteri tanah rizosfer dan endofit C. asiatica melalui pendekatan metagenomik dengan PCR-DGGE berdasarkan gen 16S rRNA dan gen inhibitor α-glukosidase. DNA genom total tanah rizosfer dan jaringan tanaman diekstraksi menggunakan Soil DNA Isolation Kit dan Genomic DNA Mini Kit (Plant). Gen 16S rRNA aktinobakteri diamplifikasi menggunakan teknik nested-PCR (27F, 16Sact1114R dan P338F-GC, P518R). Keragaman aktinobakteri berdasarkan gen 16S rRNA dianalisis dengan DGGE pada gel poliakrilamida. Produk PCR hasil pemotongan pita DNA pada gel poliakrilamida disekuensing dan dianalisis menggunakan software bioinformatika untuk konstruksi pohon filogenetik. Gen penyandi inhibitor α-glukosidase di amplifikasi menggunakan primer vldA-F dan vldA-R. Isolat Streptomyces sp. BWA 65 digunakan sebagai kontrol positif. Hasil separasi produk gen 16S rRNA pada gel DGGE diperoleh 16 pita dominan dari tanah rizosfer dan jaringan tanaman C. asiatica. Pola distribusi pita menunjukkan bahwa komunitas aktinobakteri pada jaringan tanaman lebih beragam dibandingkan dengan tanah rizosfer meskipun tidak berbeda secara signifikan berdasarkan analisis Shannon-Wiener (2.176-2.57). Analisis BLAST.N menunjukkan 7 pita berkerabat dengan famili Streptomycetaceae (83-100%), 5 pita adalah famili Micromonosporaceae (99-100%), 1 pita adalah famili Gordoniaceae (99%), dan 3 pita lainnya masih dinyatakan sebagai unculturable (87-99%). Dari famili tersebut diperoleh 6 genus, yaitu genus Streptomyces, Micromonospora, Verrucosispora, Actinoplanes, Couchioplanes, dan Gordonia. Persentase kemiripan terhadap strain pembanding dalam database menunjukkan bahwa sebanyak 6, 5, 1, dan 4 spesies masing-masing sebesar 100, 99, 98, dan < 97%. Kemiripan < 97%, menarik untuk diungkap sebagai spesies aktinobakteri endofit baru dari C. asiatica. Amplifikasi PCR gen inhibitor α-glukosidase menunjukkan hasil positif pada sampel tanah rizosfer, akar dan daun C. asiatica. Hasil penelitian menunjukkan bahwa beragam aktinobakteri endofit dapat ditemukan berasosiasi dengan C. asiatica dan dapat dipelajari lebih lanjut terkait fungsinya dalam bidang kesehatan.
Keyword: 16S rRNA, aktinobakteri endofit, Centella asiatica, inhibitor α-glukosidase, metagenomik, PCR-DGGE.

Judul: Keragaman Aktinomiset Endofit Pegagan (Centella Asiatica) Dan Potensinya Sebagai Penghasil Senyawa Inhibitor Α-Glukosidase
Abstrak: Aktinomiset endofit mempunyai kemampuan dalam menghasilkan beragam senyawa bioaktif yang bisa sama dengan tanaman inangnya, termasuk inhibitor α-glukosidase. Pegagan (Centella asiatica) merupakan tanaman obat yang ekstraknya telah terbukti mengandung inhibitor α-glukosidase, namun aktivitas inhibitor α-glukosidase aktinomiset endofit pegagan belum dikaji. Aktinomiset endofit pegagan dengan pendekatan metagenomik telah diketahui memiliki keragaman tinggi, namun keragaman aktinomiset endofit yang dapat diisolasi dan dikulturkan (culturable) belum diketahui. Penghambatan α-glukosidase adalah salah satu mekanisme untuk mengendalikan kadar glukosa darah pada penderita diabetes. Diabetes melitus merupakan suatu gangguan metabolisme yang diindikasikan dengan kadar glukosa darah melebihi 125 mg/dL. Penelitian ini bertujuan mengisolasi dan mengkaji keragaman aktinomiset endofit pegagan dan potensinya sebagai penghasil senyawa inhibitor α-glukosidase. Metode yang digunakan dalam penelitian ini meliputi pengambilan sampel, isolasi aktinomiset endofit, purifikasi aktinomiset endofit, karakterisasi morfologi makroskopis dan mikroskopis, produksi ekstrak kasar, serta uji aktivitas inhibitor α–glukosidase. Hasil isolasi diperoleh 4 isolat aktinomiset endofit pegagan, yang diuji aktivitas inhibitor α-glukosidasenya. Esei inhibitor α-glukosidase juga dilakukan terhadap 2 isolat aktinomiset lainnya koleksi Laboratorium Mikrobiologi IPB. Morfologi koloni dari keenam isolat tersebut beragam, yaitu miselia aerial berwarna putih dengan tipe miselianya spira, monoverticillus, dan rectus. Kemampuan inhibisi α–glukosidase dari keenam isolat beragam, berkisar 0.87%-8.97%, dengan isolat AEPd-1 memiliki kemampuan inhibisi tertinggi. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa aktinomiset endofit pegagan yang dapat dikulturkan memiliki ciri genus Streptomyces dan mempunyai kemampuan dalam menghasilkan inhibitor α-glukosidase.
Keyword: α-glukosidase, aktinomiset endofit, Centella asiatica, Streptomyces sp

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: