Judul: Agent-Based Modeling of SARS-CoV-2 Virus Infection Dynamics and Vaccination Effects
Abstrak: Salah satu virus yang menjadi penyebab pandemi COVID-19 dalam beberapa tahun terakhir yaitu SARS-CoV-2. Penelitian ini memodelkan interaksi antibodi, sel darah putih, sel epitel, vaksin COVID-19 dan virus SARS-CoV-2 menggunakan pemodelan berbasis agen. Pemodelan berbasis agen digunakan untuk simulasi suatu sistem yang kompleks sesuai aturan-aturan dalam fenomena nyata yang terjadi di alam. Seluruh agen memiliki aturan yang didasarkan dari karakteristik dan perilaku setiap agen ketika berinteraksi didalam tubuh. Simulasi dilakukan dengan enam skenario dan satu skenario tambahan. Setiap skenario dibedakan dengan waktu ketika virus mulai menginfeksi. Hasil simulasi menunjukkan bahwa virus yang menginfeksi setelah pemberian vaksin dosis lanjutan (booster) dapat di tangani antibodi dengan optimal dibandingkan sebelum pemberian vaksin primer dosis lengkap. Pada simulasi jangka panjang untuk skenario tambahan menunjukkan bahwa diperlukan vaksin dosis keempat untuk mempertahankan efektivitas vaksin. Virus yang berinteraksi dengan sel epitel dan melakukan infeksi-replikasi akan meningkatkan nilai entropi. Nilai entropi akan menurun apabila virus dapat ditangani dengan baik oleh antibodi., One of the viruses that caused the COVID-19 pandemic in the last few years is SARS-CoV-2. This study modeled the interaction of antibodies, white blood cells, epithelial cells, SARS-CoV-2 virus and COVID-19 vaccine by using the agent based modeling. The agent-based modeling is applied to simulate a complex system based on the rules in real phenomena which occur in nature. All of the agents have rules that are based on the characteristics and behaviour of each agent when interacting inside the body. The simulation was done in six scenarios and one additional scenario. Each scenario was distinguished by the time when the virus started to infect. The result of the simulation showed that the virus that was infected after the giving of the booster dose vaccine could be handled more optimally than the previous giving of the primary dose vaccine. Long term simulations for additional scenarios indicated that there was a need for a fourth dose vaccine dose to maintain the effectiveness of the vaccine. Viruses that interacted with the epithel cell and did a replicate-infection would increase the total entropy value, the entropy value would decrease if the virus could be handled properly by the antibodies.
Keyword: agent-based modeling, entropy, vaccine, virus

Judul: Sistem Dinamik Penyebaran Penyakit COVID-19 dengan Vaksinasi pada Populasi Rentan
Abstrak: COVID-19 adalah penyakit yang disebabkan oleh Severe Acute Respiratory Coronavirus-2 disingkat SAR CoV-2 dan pertama kali ditemukan di kota Wuhan, Provinsi Hubei, China pada akhir Desember 2019. COVID-19 dinyatakan sebagai global pandemic dan di Indonesia dinyatakan sebagai jenis penyakit yang menimbulkan kedaruratan kesehatan masyarakat serta bencana nonalam, yang tidak hanya menyebabkan kematian tapi juga menimbulkan kerugian ekonomi yang cukup besar. Pencegahan penyebaran penyakit ini dapat dilakukan dengan memberikan vaksinasi. Vaksinasi yang diberikan hanya pada populasi rentan. Secara medis individu yang diduga terinfeksi tidak boleh divaksin karena dapat memperburuk kondisi. Sehingga populasi yang diasumsikan bebas dari penyakit adalah populasi rentan. Selain itu, dapat dilakukan kajian-kajian dalam bidang pemodelan matematika dengan intervensi vaksinasi pada model akan sangat berperan, khususnya pada upaya untuk menekan pertumbuhan populasi terinfeksi. Tujuan dari penelitian ini adalah memodifikasi model penyebaran penyakit COVID-19 dari model sebelumnya. Model yang telah dimodifikasi ditentukan titik tetap beserta bilangan reproduksi dasar (ℛ0 ). Kemudian dilakukan analisis kestabilan dan simulasi numerik untuk melihat dinamika sistemnya. Selanjutnya dilakukan analisis sensitivitas untuk melihat parameter yang pengaruhnya lebih besar dari parameter-parameter lainnya terhadap nilai bilangan reproduksi dasar (ℛ0 ). Pada penelitian ini diperoleh model tipe SVEIR dengan lima populasi manusia yaitu populasi rentan, populasi vaksin, populasi terpapar, populasi terinfeksi, dan populasi sembuh. Selain itu, ada penambahan parameter laju pemberian vaksin, laju kesembuhan vaksin, dan laju populasi yang telah sembuh menjadi rentan kembali atau laju penurunan kekebalan tubuh. Dari hasil analisis diperoleh pada model tipe SVEIR terdapat dua titik tetap yaitu titik tetap tanpa penyakit dan titik tetap endemik. Untuk titik tetap tanpa penyakit jika ℛ0 < 1, bersifat stabil asimtotik dan titik tetap endemik jika ℛ0 > 1, bersifat stabil asimtotik lokal. Hasil simulasi numerik menunjukkan kesamaan dengan hasil analitik. Analisis sensitivitas menghasilkan nilai indeks terbesar yaitu parameter laju kelahiran alami, laju kematian alami, laju transmisi penyakit, dan laju pemberian vaksin. Kemudian dilanjutkan dengan simulasi numerik untuk laju pemberian vaksin dan laju kesembuhan vaksin. Diperoleh jika laju pemberian vaksin ditingkatkan maka populasi rentan terlihat perbedaan penurunan yang signifikan, juga terjadi peningkatan pada populasi vaksin. Pada populasi terpapar dan terinfeksi terlihat lambatnya peningkatan jumlah populasi dan pada populasi sembuh, jumlah populasi akan semakin bertambah. Semakin tinggi laju kesembuhan vaksin, maka jumlah populasi manusia rentan terlihat perbedaan, COVID-19 is a disease caused by Severe Acute Respiratory Coronavirus-2 abbreviated as SAR CoV-2 and was first discovered in the city of Wuhan, Hubei Province, China at the end of December 2019. COVID-19 was declared a global pandemic and in Indonesia it was declared a type of disease. This disease cause public health emergencies and non-natural disasters, which not only cause death toll but also substantial economic losses. Spreading prevention of the disease can be done by mass vaccinations to the susceptible population. Vaccination is prohibited to those individual with particular medical condition concern to exacerbated effect induced by vaccination. So, the rest of population whose free from the exceptional medical conditions considered as vulnerable population and available as vaccination target. Furthermore, studies can be carried out in the field of mathematics modeling with vaccination intervention in the model which will play a very
Keyword: basic reproduction number, covid-19, sensitivity analysis, vaccine

Judul: Lumut Suku Dicranaceae Khususnya Dicranoloma di Taman Nasional Gunung Leuser (Sumatra)
Abstrak: Lumut merupakan kelompok tumbuhan yang tidak memiliki berkas pembuluh. Tumbuhan ini memiliki peranan sebagai indikator kelembapan dalam ekosistem hutan. Dicranaceae merupakan kelompok lumut sejati yang umum ditemukan di hutan hujan tropis dataran rendah hingga hutan hujan pegunungan. Dicranoloma merupakan salah satu marga yang termasuk ke dalam suku Dicranaceae. Marga ini mudah dikenali di lapangan berdasarkan daunnya yang panjang dan kosta yang menyempit. Keanekaragaman jenis Dicranoloma yang telah dilaporkan di Sumatra hanya setengah dari total jenis yang diketahui berada di Malesia. Hal ini menunjukkan bahwa keanekaragaman Dicranoloma masih sedikit dilaporkan di Sumatra. Meski demikian, kawasan hutan hujan tropis di Sumatra telah berkurang karena perubahan penggunaan lahan. Taman Nasional Gunung Leuser (TNGL) merupakan kawasan konservasi yang menyediakan perlindungan bagi jenis tumbuhan termasuk lumut sejati. Oleh karena itu penelitian ini dilakukan untuk mengeksplorasi dan mencatat keanekaragaman Dicranaceae khususnya Dicranoloma TNGL dalam melengkapi daftar jenis lumut sejati Sumatra. Spesimen lumut sejati dikoleksi di sepanjang jalur pendakian di Gayo Luwes dari Rainforest Lodge Kedah hingga Puncak Angkasan di TNGL (1417-2925 mdpl). Spesimen di Herbarium Bogoriense (BO) juga diamati untuk melengkapi informasi yang dibutuhkan selama penelitian ini. Karakter morfologi pada fase gametofit dan sporofit digunakan untuk membuat kunci identifikasi dan deskripsi jenis yang tercatat di TNGL. Sebanyak 25 jenis Dicranaceae ditemukan di TNGL. Lumut tersebut tumbuh pada substrat yang bervariasi yaitu pada tanah, kayu lapuk, batang dan cabang pohon. Marga Dicranoloma memiliki variasi pada karakter gametofit yaitu perawakan (tegak atau menggantung), unting pusat pada batang (ada atau tidak), permukaan batang (rambut menggimbal banyak, rambut menggimbal sedikit, atau tidak ada rambut menggimbal), daun (bentuk, tepi ujung daun, ketebalan dinding sel alar, kehadiran papila pada abaksial kosta). Daun berbentuk membundar telur-melanset, menyegitiga, dan melanset. Tepi ujung daun halus, bergigi, dan bergigi ganda. Sel alar berdinding tipis atau berdinding tebal. Abaksial kosta dengan atau tanpa papilla. Variasi karakter sporofit yang diamati pada marga ini adalah jumlah seta tiap perikaetium, orientasi dan bentuk kapsul. Jumlah seta yaitu satu, dua atau enam tiap perikaetium. Kapsul menyilindris atau menyilindris-melengkung, tegak atau tercondong masuk. Terdapat 10 jenis Dicranaceae yang diketahui sebagai catatan baru untuk Sumatra yaitu Braunfelsia enervis, Braunfelsia edentula, Campylopus austrosubulatus, Dicranodontium asperulum, Dicranodontium uncinatum, Dicranoloma dicarpum, Dicranoloma eucamptodontoides, Dicranoloma rugifolium, Ditrichum flexicaule, Leucoloma amoene-virens, dan Dicranoloma sp. Jenis terakhir mirip dengan D. assimile tetapi berwarna kekuningan, tidak memiliki rambut menggimbal dan unting pusat. Tiga jenis catatan baru Dicranoloma menambah jumlah jenis Dicranoloma di Sumatra yang sebelumnya diketahui berjumlah tujuh jenis yaitu D. assimile, D. blumii, D. billardieri, D. braunii, D. brevisetum, D. daymannianum dan D. reflexum. Dicranoloma dicarpum sebelumnya hanya dilaporkan di New Guinea, Australasia dan Taiwan. Persebaran Dicranoloma eucamptodontoides sebelumnya mencakup Australia dan New Zealand sedangkan Dicranoloma rugifolium dilaporkan hanya dari New Guinea.
Keyword: Biodiversitas, Dicranaceae, Dicranoloma, lumut sejati, Sumatra