Judul: Prediction of T-Cell Epitope Candidate Targeting Conserved-KRAS for Cancer Vaccine using Reverse Vaccinology Approach
Abstrak: Kanker merupakan penyebab kematian kedua terbesar di dunia. Sebanyak 9.6 juta kematian manusia di dunia disebabkan oleh kanker. Kurang lebih sepertiga penderita kanker mengalami mutasi gen KRAS. Mutasi gen KRAS banyak terjadi pada kanker pankreas (90%), kanker kolon (30-40%), dan kanker paru (15-25%). Pendekatan reverse vaccinology dapat mempermudah pengembangan vaksin penyakit yang sebelumnya sulit dan tidak mungkin diproduksi. Penelitian ini bertujuan untuk merancang kandidat epitop sel-T dengan target conserved-KRAS sebagai imunoterapi kanker. KSFEDIHHY merupakan kandidat epitop terbaik yang dihasilkan dari rangkaian penelitian yang dilakukan. Kandidat epitop ini memiliki skor imunogenisitas yang baik, diprediksi dapat berikatan dengan banyak supertipe HLA, bersifat non-alergen dan non-toksik. KSFEDIHHY dapat berikatan dengan HLA B*57:01 dengan affinitas -7.8 kkal/mol. Prediksi ikatan antara peptida dan HLA yang telah dilakukan baik berdasarkan sekuens maupun berdasarkan struktur ini menunjukkan KSFEDIHHY potensial untuk dikembangkan sebagai kandidat epitop untuk vaksin kanker., Cancer is the second cause of death in the world. There are 9.6 million deaths caused by cancer. Approximately one third of cancer patients have the KRAS gene mutation. KRAS gene mutations occur mostly in pancreatic cancer (90%), colon cancer (30-40%), and lung cancer (15-25%). The reverse vaccinology approach can ease the difficulties and impossiblities to produce vaccine. This study aims to design T-cell epitopes candidate targeting the conserved-KRAS as cancer immunotherapy. KSFEDIHHY is the best epitope candidate from a series of assays conducted. This candidate epitope has a good immunogenicity score, predicted to be able to bind with many HLA supertypes, non-allergenic and non-toxic. KSFEDIHHY can make a complex with HLA B*57:01 with binding affinity -7.8 kcal/mol. Prediction analysis for both sequence-based and structure-based shows that KSFEDIHHY has the potential to be developed as an epitope candidate for cancer vaccines.
Keyword: reverse vaccinology, HLA class I, T-cell epitope

Judul: Analisis Mutasi Gen Epidermal Growth Factor Receptor pada Sampel Sediaan Hapusan Sitologi dan Plasma Darah Pasien Kanker Paru.
Abstrak: Pasien kanker paru dengan mutasi gen EGFR merupakan subjek primer untuk mendapatkan terapi EGFR-TKI. Saat ini, sampel-sampel seperti jaringan tumor dan sitologi banyak digunakan sebagai sumber DNA untuk mendeteksi mutasi gen EGFR. Akan tetapi, sampel-sampel tersebut memiliki kelemahan seperti sulit untuk didapatkan. Untuk mengatasi masalah tersebut, kami menguji kemampuan cell-free DNA (cfDNA) untuk digunakan sebagai sumber DNA dalam mendeteksi mutasi gen EGFR. Kami juga menganalisis limit deteksi dari metode high-resolution melting polymerase chain reaction (HRM-PCR) dan restriction fragment length polymorphism (RFLP) dalam mendeteksi mutasi gen EGFR yang dibandingkan dengan metode pengurutan DNA. Selain itu, kami juga menganalisis hubungan antara status mutasi gen EGFR dengan angka tahan hidup pasien kanker paru. Sebanyak masing-masing 116 sampel sitologi dan cfDNA darah dikumpulkan dari pasien kanker paru. DNA dari masing-masing sampel diisolasi dan dianalisis untuk mengetahui status mutasi gen EGFR pada ekson 18, 19, 20, dan 21 dari sampel tersebut menggunakan metode HRM yang dilanjutkan dengan metode pengurutan DNA (ekson 18), elektroforesis agar (ekson 19), dan RFLP (ekson 21), sedangkan mutasi gen EGFR pada ekson 20 dianalisis menggunakan metode pengurutan DNA. Berdasarkan hasil analisis yang didapatkan, uji sensitivitas metode HRM dan RFLP menunjukkan bahwa metode HRM dan RFLP dapat mendeteksi adanya mutasi gen EGFR pada sampel yang mengandung DNA mutan sebesar 6.25% (ekson 18 dan 19), 1% sampai 12.5% (ekson 21). Dari 116 sampel yang dianalisis, DNA dapat diisolasi dari seluruh sampel cfDNA (100%) dan hanya 94.8% sampel sitologi yang dapat menghasilkan DNA. Selain itu, mutasi gen EGFR terdeteksi pada 46/110 (41.8%) sampel cfDNA dan 69/110 (62.7%) sampel sitologi. Nilai sensitivitas dan spesifisitas pengujian sampel cfDNA bervariasi dari 9.1% sampai 39.4% dan 83.1% sampai 96.5%. Angka tahan hidup pasien dengan mutasi gen EGFR langka diketahui lebih pendek dibandingkan angka tahan hidup pada pasien kanker paru dengan mutasi gen EGFR umum (296 berbanding 171 hari, ρ=0.003). Sebaliknya, perbedaan angka tahan hidup pada kedua kelompok menjadi tidak signifikan berbeda ketika status mutasi T790M dimasukkan ke dalam kedua kelompok tersebut (ρ˃0.05). Metode HRM dan RFLP lebih sensitif dibandingkan dengan metode pengurutan DNA. Sementara itu, berdasarkan hasil analisis mutasi gen EGFR, cfDNA dapat digunakan sebagai alternatif bahan untuk mendeteksi mutasi, namun diperlukan analisis lanjutan menggunakan metode yang lebih sensitif karena adanya kecenderungan hasil analisis negatif palsu yang tinggi dan positif palsu yang rendah pada penelitian ini. Selain itu, berdasarkan kurva Kaplan-Meier, mutasi gen EGFR umum dan T790M memberikan prognosis yang baik pada pasien kanker paru.
Keyword: cfDNA, EGFR, Kaplan-Meier, Kanker Paru

Judul: Model Input-output dalam Masalah Network Flow
Abstrak: Production process is a process, which is done by industry, to transform input into output. According to the type of output and its activity, industry can be classified into various sectors, which are connected to each other. Therefore, a model to analyze the connection among sections is needed. The model is known as input-output model (IO model). IO model presents an IO table, which shows informations about the transaction between goods and services in each economic sector. Furthermore, the IO model also shows that the amount of all input is the same as the amount of all output. In this paper, the transaction of each economic sector in IO table is analyzed using network flow theory. The formulated network flow problem implies that each sector represents partly as a producer and also as a consumer. This paper also solves a minimum cost circulation problem.
Keyword: