Judul: Partial Characterization of ENPP1, PPARGC1A, and VEGFA in Cynomolgus Monkey (Macaca fascicularis) with Spontaneous Type 2 Diabetes Mellitus
Abstrak: Diabetes melitus tipe 2 (DM2) adalah penyakit metabolik yang ditandai dengan hiperglikemia akibat menurunnya respon terhadap insulin (resistensi insulin). Penyakit ini dapat dicetuskan karena pola hidup tidak sehat dan faktor genetik. Dalam penangkaran monyet ekor panjang (Macaca fascicularis) di Pusat Studi Satwa Primata IPB, ditemukan beberapa hewan dalam suatu koloni yang mengalami peningkatan gula darah tanpa diberi perlakuan khusus, sehingga dikategorikan sebagai DM2 spontan. Kejadian DM2 spontan dapat dikaitkan dengan faktor genetik seperti dilaporkan pada manusia, diantaranya adalah polimorfisme pada gen ENPP1, PPARGC1A, dan VEGFA. Ketiga gen ini telah dilaporkan memiliki beberapa titik mutasi yang berasosiasi dengan perkembangan penyakit DM2 pada manusia, namun belum ada informasi tentang polimorfisme ketiga gen pada monyet ekor panjang. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dan mengkarakterisasi secara parsial gen ENPP1, PPARGC1A, dan VEGFA pada monyet ekor panjang non-DM2 dan DM2 spontan sehingga dapat dijadikan sebagai penanda genetik DM2 pada monyet ekor panjang. Penelitian dilakukan dengan cara membandingkan titik-titik mutasi pada manusia dengan monyet ekor panjang. Sekuen yang mengalami mutasi pada manusia dicari dengan program dbSNP, selanjutnya digunakan BLAST untuk mengetahui posisinya pada sekuen monyet ekor panjang. Hasil BLAST dijadikan dasar untuk mendesain primer forward dan reverse. Sampel darah dari 10 ekor monyet ekor panjang jantan dewasa (non-DM2 = 5 ekor, DM2 spontan = 5 ekor) diekstraksi untuk mendapatkan DNA. Cetakan DNA diamplifikasi dengan teknik polymerase chain reaction (PCR), kemudian produk PCR diurutkan basa nukleotidanya dengan teknik sekuensing. Hasil sekuensing disejajarkan untuk menemukan titik mutasi yang membedakan antara moyet non-DM2 dan DM2 spontan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa semua titik mutasi pada manusia yang menjadi target tidak ditemukan pada monyet ekor panjang yang diteliti. Ketiga gen yang digunakan berukuran sangat besar sehingga memungkinkan adanya perbedaan titik mutasi antara manusia dengan monyet ekor panjang. Polimorfisme yang ditemukan pada penelitian ini adalah ENPP1 c.133+134(A>G) dan c.133+144(T>G) di intron 4, serta PPARGC1A c.632+57(G>A) di intron 10. Namun ketiga polimorfisme ini tidak hanya ditemukan pada salah satu kelompok hewan, sehingga tidak dapat dijadikan sebagai pembeda antara monyet non-DM2 dan DM2 spontan.
Keyword: cynomolgus monkey, genetics of DM2, single nucleotide polymorphisms

Judul: Karakterisasi 16S rRNA dari Mikrobioma Usus Monyet Ekor Panjang (Macaca fascicularis) dengan Diabetes Melitus Tipe 2 Spontan
Abstrak: Mikrobioma usus pada tubuh sangat kompleks dan bervariasi, serta diketahui dapat memengaruhi kesehatan manusia. Mikrobioma usus dapat memengaruhi kesehatan karena secara spesifik melengkapi fungsi metabolisme dan fisiologis manusia. Ketidakseimbangan (disbiosis) mikrobioma usus dapat menimbulkan diabetes melitus tipe 2 (DM2), dan menjadi ciri baru dalam perkembangan penyakit. Disbiosis mikrobioma usus menjadi komponen yang penting untuk diperhatikan, karena mikroorganisme usus diketahui menghasilkan metabolit yang berperan dalam fungsi normal tubuh. Beberapa penelitian pada manusia telah dilakukan untuk membandingkan komunitas bakteri pada pasien DM2 dan non-DM. Sampai saat ini, penelitian terkait mikrobioma usus yang dihubungkan dengan DM2 pada hewan model satwa primata masih terbatas. Penelitian ini bertujuan mengkarakterisasi gen utuh 16S rRNA untuk memperoleh profil mikrobiota usus pada monyet ekor panjang dengan DM2 spontan dan non-DM. Penanda metagenomik DM2 dapat diidentifikasi dengan melihat taksa bakteri yang paling melimpah. Penelitian dilakukan dengan mengkarakterisasi sampel usap rektal secara steril dari hewan model monyet ekor panjang jantan dewasa dengan DM2 spontan (n=3) dan non-DM (n=3). Hewan model yang digunakan berasal dari satu koloni yang sama (usia 14-16 tahun), tanpa diberi intervensi untuk menjadi diabetes. Karakterisasi mikrobioma usus dilakukan menggunakan pendekatan metagenomik yang ditargetkan pada gen utuh 16S rRNA dengan teknik nanopore (GridION) yang merupakan salah satu dari third-generation sequencing (TGS). Variabel yang diamati meliputi analisis bioinformatika, terdiri dari indeks keragaman alfa dan beta, serta analisis keragaman dan kelimpahan komunitas mikrobiota usus. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pola mikrobioma usus kedua kelompok sangat berbeda, ditunjukkan oleh perbedaan struktur bakteri dominan pada setiap tingkat taksonomi. Peningkatan keragaman alfa, filum Firmicutes, genus Oscillibacter, spesies Oscillibacter valericigenes dan O. ruminantium; seiring dengan penurunan filum Proteobacteria ditemukan pada kelompok DM2. Rasio Firmicutes/Bacteroidetes (F/B) juga ditemukan meningkat pada kelompok DM2 dibandingkan dengan kelompok non-DM yang menjadi indikator adanya disbiosis. Berdasarkan hasil tersebut, diperoleh penanda metagenomik mikrobioma usus DM2 pada satwa primata monyet ekor panjang, mirip dengan pada manusia DM2. Dari penelitian ini, dapat disimpulkan bahwa keragaman dan kelimpahan bakteri lebih tinggi pada usus kelompok monyet ekor panjang DM2. Hubungan aktivitas metabolisme dengan keragaman dan kelimpahan bakteri usus belum diuji pada penelitian ini, sehingga analisis lebih lanjut perlu dilakukan untuk mengonfirmasi temuan penelitian ini.
Keyword: 16S rRNA, dysbiosis, DM2, full-length, gut microbiome, long-tailed macaque

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: