Judul: Karakterisasi Dna Barcode Pada Lima Jenis Pohon Langka Di Pt. Restorasi Ekosistem Indonesia (Jambi)
Abstrak: Deforestasi dan degradasi hutan telah mengakibatkan berkurangnya populasi tumbuhan dan hewan yang mengarah ke status terancam punah dari beberapa spesies penting. Restorasi ekosistem hutan merupakan salah satu strategi yang dipilih untuk meningkatkan ukuran populasi dengan cara re-introduksi spesies penting. Re-introduksi spesies masih menghadapi tantangan dalam hal identifikasi spesies yang benar, pengadaan bibit berkualitas. Pengembangan alat baru untuk melengkapi identifikasi tradisional yaitu menggunakan barcode DNA. Identifikasi spesies masih sangat bergantung pada pengetahuan dan pengalaman pengenal pohon yang terlatih atau para-ahli taksonomi. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menguji aplikasi barcode DNA untuk identifikasi lima jenis pohon yang terancam punah dengan membandingkan pemeriksaan langsung di lapangan, verifikasi herbarium, database kesamaan barcode DNA. ITS2, matK dan rbcL digunakan sebagai calon barcode menunjukkan amplifikasi dan urutan hasil yang baik. Hasil perbandingan metode identifikasi spesies menegaskan bahwa akurasi tinggi ditemukan pada tingkat genus, sementara pada tingkat spesies masih menunjukkan akurasi yang sangat rendah karena pada kelima jenis belum tersedia data sekuen secara lengkap pada pangkalan data GenBank maupun pada BOLD System sebagai referensi. Nilai rata-rata jarak interspesifik lebih besar daripada jarak intraspesifik pada kelima jenis berdasarkan model K2P. Rekonstruksi pohon filogeni dengan menggunakan metode Neighbor Joining (NJ) bootstrap 100X menunjukkan penanda yang akurat dalam mendeskriminasi spesies adalah matK dan rbcL. ITS2 belum menunjukkan penanda yang akurat dalam mendiskriminasi spesies karena spesies yang berbeda masih dikelompokkan dalam satu clade.
Keyword: barcode DNA, ITS2, jenis terancam punah, matK, rbcL

Judul: . Akurasi Dna Barcode Untuk Identifikasi Jenis Dipterokarpa Langka Di Hutan Harapan Jambi
Abstrak: Dipterokarpa merupakan salah satu suku yang memiliki lebih dari 500 jenis tersebar di dunia. Beberapa dipterokarpa sulit dibedakan dari bentuk daun dan ukurannya pada tingkat bibit. Hal tersebut mengakibatkan terjadinya kesalahan identifikasi jenis selama pengadaan stok bahan tanaman berasal dari pengumpulan bibit yang tumbuh alami atau cabutan dari lantai hutan. Pada saat ini, lemahnya akurasi proses identifikasi jenis dapat diatasi dengan metode DNA barcode. Metode ini telah teruji berhasil pada banyak kasus yang membutuhkan hasil identifikasi secara cepat dan dapat diandalkan. Tujuan penelitian ini adalah menguji keakuratan DNA barcode menggunakan lokus matK, rbcL dan ITS2 untuk mengidentifikasi jenis dipterokarpa langka yang dikumpulkan dari lapangan (yaitu tingkat bibit). Total sampel yang digunakan dalam analisis sebanyak 20 yang mewakili 5 jenis dipterokarpa langka. Konstruksi pohon filogenetik menggunakan sekuens tambahan dari NCBI GeneBank. Hasil penelitian menunjukkan bahwa lokus matK, rbcL, dan ITS2 berhasil diamplifikasi dan disekuensing, namun tidak membentuk barcode gap berdasarkan jarak intra dan inter-spesifik walaupun ada yang membentuk kelompok monofiletik. Metode identifikasi konvensional menggunakan pengenal pohon dan pencocokan herbarium pada tingkat bibit atau pohon dewasa dalam kondisi steril (tidak memiliki bunga dan buah) menunjukkan tingkat akurasi yang rendah. Metode DNA barcode hanya mampu mengidentifikasi jenis hingga tingkat suku dan marga. Oleh karena itu, identifikasi jenis secara akurat pada bibit atau pohon dewasa yang steril masih menjadi masalah pada dipterokarpa.
Keyword: barcode DNA, dipterokarpa langka, ITS2, matK, rbcL

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: