Judul: Perubahan Konformasi Struktur 3D Lipase PPD2 dengan Metode Simulasi pada pH Konstan
Abstrak: Lipase PPD2 adalah lipase yang telah diisolasi dari sumber mata air pada Gunung Papandayan, Garut, Jawa Barat. Lipase PPD2 memiliki aktivitas optimum pada pH 9 dan suhu 70 °C. Pada penelitian ini dilakukan simulasi dinamika molekul menggunakan metode pH konstan pada pelarut eksplisit untuk mendapatkan residu asam amino yang bertanggung jawab terhadap perubahan struktur lipase PPD2. Simulasi dinamika molekul dilakukan pada pH 7, 8, 9, 10, dan 11 selama 100 ns. Dari penelitian ini diperoleh 7 pasangan jembatan garam yang mempengaruhi struktur lipase PPD2 ditinjau dari energi elektrostatik dan 17 residu asam amino yang mempengaruhi kestabilan struktur lipase PPD2 ditinjau dari kurva deprotonasi. Hasil penelitian juga menunjukkan bahwa lipase PPD2 bekerja optimum pada pH 9 dan belum mengalami kerusakan struktur (denaturasi) pada pH 7, 8, 10, dan 11.
Keyword: pH konstan, lipase PPD2, pelarut eksplisit, perubahan konformasi, simulasi dinamika molekul

Judul: Dinamika Struktur 3D Lipase pada Pelarut Berkadar Garam Tinggi
Abstrak: Pada umumnya penggunaan enzim lipase dalam proses industri menggunakan suhu tinggi (sekitar 70oC) dengan tujuan untuk meningkatkan laju reaksi dan mengurangi terjadinya kontaminasi mikroba. Kondisi ini bertentangan dengan sifat beberapa enzim yang tidak stabil pada suhu tinggi. Sehingga peningkatan stabilitas termal enzim perlu dilakukan agar dapat bertahan lama jika digunakan dalam proses industri. Metode penambahan garam merupakan cara paling sederhana yang dapat dilakukan untuk meningkatkan stabilitas termal enzim. Pada penelitian ini, simulasi dinamika molekuler dilakukan untuk mengetahui pengaruh penambahan garam dan perbedaan suhu terhadap stabilitas enzim lipase dari mikroorganisme mesofilik Pseudomonas aeruginosa, mikroorganisme termofilik Geobacilus zalihae dan mikroorganisme halofilik Halomonas meridiana secara komputasi. Simulasi dinamika molekuler dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) pada temperatur 300 K, 400 K dan 500 K dengan konsentrasi NaCl 0.15 M, 1.5 M dan 3 M selama 50 ns. Parameter yang digunakan untuk membandingkan stabilitas enzim lipase dari mikroorganisme mesofilik, termofilik dan halofilik adalah dengan melihat nilai RMSD (Root Mean Square Deviation), SASA (Solvent Accessible Surface Area), RMSF (Root Mean Square Fluctuation), Energi van der Waals, Interaksi Elektrostatik dan Struktur Sekunder. Simulasi telah membuktikan bahwa penambahan garam berpengaruh signifikan pada kestabilan enzim lipase dari mikroorganisme mesofilik, termofilik dan halofilik terhadap perubahan suhu sesuai dengan hasil eksperimen laboratorium. Penambahan garam dengan konsentrasi 3 M pada lipase G. zalihae serta 1.5 M pada lipase P. aeruginosa dan lipase H. meridiana memberikan pengaruh yang paling baik terhadap stabilitas struktur lipase pada suhu tinggi. Nilai RMSD tanpa penambahan garam terlihat tidak stabil dan sangat tinggi, namun setelah ditambahkan garam, nilai RMSD menjadi stabil. Nilai RMSF pada ketiga jenis enzim juga menunjukkan hal yang sama dimana residu menjadi lebih kompak dengan penambahan garam. Berdasarkan nilai SASA didapatkan bahwa garam berkontribusi untuk menjaga area polar dan nonpolar enzim dari paparan molekul air. Penambahan garam memberikan perbaikan yang sangat signifikan, terlihat dari semakin negatifnya energi elektrostatik dan van der Waals. Pasangan jembatan garam Asp38-Arg274, Asp165-Lys328 dan Asp214- Arg7 masing-masing berperan dalam menjaga stabilitas struktur lipase P. aeruginosa, lipase G. zalihae dan lipase H. meridiana yang ditunjukkan oleh ikatan yang kuat setelah penambahan garam. Selain itu, stabilinya struktur enzim dikonfirmasi oleh lebih banyaknya komposisi α-helix dan β-sheet pada ketiga jenis enzim lipase selama simulasi dengan penambahan garam.
Keyword: dinamika molekul, enzim lipase, pengaruh garam, pengaruh suhu, stabilitas enzim

Judul: Bird Trade Via E-commerce in Indonesia
Abstrak: Kemajuan teknologi mempermudah perdagangan satwa liar, termasuk burung. Penelitian ini mengidentifikasi jenis burung yang diperdagangkan, mengkategorikan produk yang dijual, kota dan kabupaten di Indonesia yang paling banyak menjual, serta menduga nilai ekonomi burung yang diperdagangkan secara daring melalui e-commerce. Pengumpulan data dilakukan selama 4 bulan melalui web scraping dengan mengumpulkan informasi seperti nama toko, barang yang dijual (perlengkapan, obat, awetan satwa, aksesoris, dan replika burung), asal, dan barang yang terjual. Berdasarkan hasil penelitian terdapat 411 jenis burung yang dijual dengan pembagian 211 jenis burung Indonesia dan 161 jenis burung asing di 32 daerah di Indonesia. Ordo Passeriformes menjadi jenis burung dominan dengan total penjualan 152 jenis burung endemik dan 69 jenis burung asing. Hasil analisis menunjukkan terdapat 47 jenis burung dilindungi oleh permen LHK No. 106 Tahun 2018, 32 jenis burung masuk kategori IUCN (8 VU, 16 EN, dan 8 CR), serta 66 jenis burung masuk status konservasi CITES (12 App. I, 49 App. II, dan 5 App. III). Total ekonomi yang didapatkan adalah Rp2.079.824.611 dari tahun 2015 hingga 2023., Technological advances make it easier to trade wild animals, including birds. This research identifies the types of birds traded, categorizes the products sold, the cities and districts in Indonesia that sell the most, and estimates the economic value of birds traded online through e-commerce. Data collection was carried out for 4 months via web scraping by collecting information such as shop name, goods sold (equipment, medicine, preserved animals, accessories, and bird replicas), origin, and goods sold. Based on the research results, there are 411 types of birds for sale, divided into 211 types of Indonesian birds and 161 types of foreign birds in 32 regions of Indonesia. The Passeriformes order is the dominant bird species, with total sales of 152 endemic bird species and 69 foreign bird species. The analysis results show that there are 47 bird species protected by LHK regulation no. 106 of 2018, 32 bird species are included in the IUCN category (8 VU, 16 EN, and 8 CR), and 66 bird species are included in CITES conservation status (12 App. I, 49 App. II, and 5 App. III). The total economic gain is IDR 2.079.824.611 from 2015 to 2023.
Keyword: burung, nilai ekonomi, perdagangan