Judul: Evaluasi Metode Isolasi Asam Nukleat Dalam Deteksi Pcr Untuk Patogen Antraknosa, Bulai, Huanglongbing Dan Mosaik
Abstrak: Pengujian dengan metode molekuler seperti Polymerase Chain Reaction (PCR) bagi Badan Karantina Pertanian sangat penting mengingat diperlukan deteksi dan identifikasi yang cepat, efisien dan akurat. Oleh sebab itu perlu dilakukan evaluasi beberapa metode isolasi asam nukleat dalam deteksi PCR untuk beberapa macam penyakit tumbuhan berdasarkan golongan patogen dan tipe penyakitnya. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi metode isolasi asam nukleat secara konvensional, kit komersial, dan FTA-card yang digunakan dalam teknik PCR dan modifikasinya untuk deteksi patogen-patogen penyakit antraknosa cabai, bulai jagung, huanglongbing jeruk dan mosaik kacang panjang. Sebanyak tiga bagian tanaman diambil dari setiap contoh tanaman sakit di lapangan yaitu buah cabai yang terserang Colletotrichum acutatum, daun jagung yang terserang Peronosclerospora sorghi, daun jeruk yang terserang Candidatus Liberibacter asiaticus dan daun kacang panjang yang terserang BCMV. DNA hasil isolasi masing-masing metode tersebut diukur dengan UV-vis nanodrop-spektrofotometer dalam satuan konsentrasi ng μL-1. Jumlah total asam nukleat dari metode kit dan konvensional dihitung dari perkalian antara konsentrasi dengan volume total suspensi asam nukleat; sedangkan untuk metode FTA-card standar dan modifikasi yaitu perkalian antara konsentrasi, volume suspensi dan luas kertas FTA yang berisi contoh dibagi dengan luas tiap punch. Untuk PCR asam nukleat hasil isolasi sebagai cetakan DNA pada konsentrasi 15 ng μL-1 dan konsentrasi primer yaitu 0.4, 0.6, 0.8 dan 1.0 μM untuk tiap metode isolasi. Konsentrasi DNA tertinggi hasil isolasi total dari jaringan tanaman sakit selalu diperoleh melalui metode konvensional baik pada C. acutatum asal biakan murni atau antraknosa pada buah, bulai jagung, huanglongbing jeruk maupun BCMV. Kemurnian DNA yang baik dari hasil isolasi diperoleh pada C. acutatum asal buah dan huanglongbing jeruk dengan kit komersial (nilai 1.94), C. acutatum asal biakan murni dengan konvensional (nilai 1.91), Ca. L. asiaticus dengan kit komersial (nilai 1.96) dan kemurnian RNA dari BCMV diperoleh dengan metode kit komersial (nilai 2.08). Jumlah DNA total tertinggi secara nyata diperoleh melalui metode FTA-card yang dimodifikasi untuk C. acutatum asal biakan murni, sedangkan untuk patogen lainnya tidak menunjukkan perbedaan nyata antar keempat metode isolasi. Secara umum bahwa kuantitas dan kualitas asam nukleat yang diperoleh pada keempat metode isolasi asam nukleat terhadap keempat patogen termasuk layak untuk digunakan selanjutnya sebagai cetakan (template) dalam amplifikasi DNA menggunakan PCR. Deteksi keempat patogen dengan PCR dengan masing-masing primer spesifik menggunakan DNA template hasil isolasi dengan empat metode pada volume setara tanpa merubah konsentrasi DNA menunjukkan amplifikasi positif walaupun dengan ketebalan pita DNA yang bervariasi. Untuk mencapai hasil terbaik, jumlah DNA cetakan dalam reaksi PCR perlu dioptimasi. PCR lebih lanjut dengan menggunakan konsentrasi primer yang optimal serta penambahan DNA template pada ketiga metode isolasi, 5 menunjukkan bahwa semua contoh DNA menghasilkan pita DNA amplikon yang lebih tebal dan merata. Secara umum ditunjukkan bahwa konsentrasi asam nukleat yang terbaik secara umum diperoleh melalui metode isolasi konvensional yang lebih membutuhkan tahap dan waktu lebih banyak dibandingkan metode kit komersial atau FTA card dan modifikasinya. Kualitas asam nukleat yang baik lebih sering diperoleh melalui metode kit komersial. Jumlah total asam nukleat tertinggi diperoleh melalui metode FTA card yang lebih praktis dan singkat namun kualitasnya lebih rendah. Asam nukleat hasil isolasi keempat metode isolasi keempat jenis patogen tumbuhan dalam penelitian
Keyword: BCMV, Candidatus Liberibacter asiaticus, Colletotrichum acutatum, FTA-card, PCR, Peronosclerospora sorghi, spektrofotometer.

Judul: Preservasi Jaringan Tanaman, Deteksi Dan Identifikasi Fitoplasma Pada Kacang Tanah Bergejala Sapu Dengan Teknik Nested-Pcr
Abstrak: Fitoplasma adalah bakteri tanpa dinding sel yang menginfeksi jaringan floem tanaman. Penyakit sapu tanaman kacang tanah yang disebabkan oleh fitoplasma umum ditemukan di Indonesia. Deteksi fitoplasma pada tanaman masih cukup sulit dilakukan dengan pendekatan konvensional karena patogen ini bersifat obligat dan seringkali terdapat dalam konsentrasi yang sangat rendah. Teknik molekuler telah banyak digunakan dalam penelitian fitoplasma untuk mengatasi beberapa kendala ketika menggunakan metode konvensional. Polymerase chain reaction (PCR) adalah metode yang handal untuk mendeteksi fitoplasma pada tanaman inang. Namun berbagai faktor dapat mempengaruhi deteksi fitoplasma dengan metode PCR, termasuk penyediaan tanaman segar. Pengiriman contoh tanaman dalam waktu lama di perjalanan maupun penyimpanan yang tidak tepat di laboratorium dapat mengakibatkan munculnya senyawa-senyawa yang dapat menghambat amplifikasi DNA target. Penelitian ini bertujuan menentukan aspek lama, suhu, dan media penyimpanan yang optimal untuk jaringan tanaman kacang tanah terinfeksi fitoplasma, mengevaluasi amplifikasi DNA yang optimal dalam deteksi fitoplasma menggunakan nested- PCR, dan identifikasi fitoplasma berdasarkan analisis nukleotida gen 16S rRNA. Penyimpanan contoh tanaman kacang tanah bergejala sapu pada suhu dan media berbeda dalam periode waktu 4 minggu menunjukkan hasil yang bervariasi. Penyimpanan contoh selama 4 minggu pada suhu -20 ºC dan suhu 4 ºC hingga minggu ke-3 tidak mengalami perubahan bentuk dan sedikit terjadi perubahan warna contoh jaringan tanaman. Penyimpanan contoh pada suhu 25 ºC dalam bufer CTAB selama 4 minggu tidak mengalami perubahan bentuk maupun warna. Contoh yang tetap segar sebagai bahan untuk ekstraksi DNA total menggunakan metode CTAB menghasilkan DNA pada kualitas dan kuantitas DNA yang memadai berdasarkan pengukuran absorbansi dengan nanodrop spektrofotometer. Sementara itu, jaringan yang disimpan menggunakan FTA-card menghasilkan DNA dengan konsentrasi yang sangat tinggi dibandingkan hasil metode ekstraksi tersebut, namun dengan kualitas kemurnian yang rendah. DNA total hasil ekstraksi dari penyimpanan jaringan pada berbagai kondisi dan DNA dari penyimpanan dengan FTA-card ketika dijadikan template dalam PCR standar menggunakan pasangan primer P1/P7 menunjukkan bahwa tidak semua DNA fitoplasma terdeteksi positif. Namun, pengujian selanjutnya amplikon-amplikon PCR dengan primer P1/P7 tersebut sebagai template untuk nested-PCR menggunakan fU5/rU3 mampu meningkatkan detektabilitas fitoplasma yang berasal dari penyimpanan contoh pada berbagai kondisi dengan memberikan hasil positif dari contoh yang negatif pada PCR standar. Analisis nukleotida parsial gen 16S rRNA fitoplasma produk PCR standar berukuran sekitar ±850 pb dengan menggunakan PCR standar menunjukkan homologi dengan persentase tertinggi senilai 96% dengan beberapa strain yang data nukleotidanya tersimpan di GenBank NCBI. Beberapa strain fitoplasma yang terdekat adalah Sweet potato little leaf dan Peanut witches' broom phytoplasma. Cara penyimpanan jaringan tanaman yang terinfeksi fitoplasma yang optimum untuk mempertahankan kuantitas dan kualitas asam nukleat yang diekstraksi dapat dimanfaatkan dalam kegiatan penelitian dan maupun terapan yang melibatkan metode deteksi dan identifikasi menggunakan metode molekuler untuk patogen tumbuhan lain.
Keyword: 16S rRNA, DNA total, FTA-card, CTAB, suhu penyimpanan

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: