Judul: Analisis Promotor Gen B11 Padi (Oryza sativa L.) cv. Hawara Bunar dan IR64
Abstrak: Sifat toleransi tanaman terhadap cekaman Al dikendalikan secara genetik. Gen B11 yang merupakan kandidat gen toleransi terhadap cekaman Al berhasil diisolasi dari padi cv. Hawara Bunar. Gen B11 mengalami tingkat ekspresi pada cv. Hawara Bunar lebih tinggi dibanding ekspresi gen tersebut pada cv. IR64. Perbedaan ekspresi tersebut kemungkinan terjadi karena perbedaan sekuen promotor. Penelitian ini bertujuan menganalisis perbedaan sekuen promotor gen B11 pada padi cv. Hawara Bunar dan IR64, serta mengklon promotor ke vektor ekspresi pMDC107 yang membawa gen reporter green fluorescence protein (GFP). Metode penelitian ini meliputi analisis bioinformatika dari sekuen promotor, kloning promotor ke pMDC107, transformasi ke E.coli TOP10 dengan pMDC107 rekombinan, serta verifikasi sisipan promotor pada pMDC107 rekombinan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa promotor B11 telah berhasil diklon ke dalam vektor pMDC107. Sekuen promotor gen B11 dari padi cv. Hawara Bunar berbeda pada 15 single nucleotide polimorphisms (SNPs) dengan sekuen promotor gen B11 dari cv. IR64. Promotor gen B11 dari cv. Hawara Bunar memiliki lebih banyak motif yang berkaitan dengan cekaman abiotik dan patogen dibandingkan dengan promotor gen B11 dari cv. IR64. Perbedaan sekuen promotor tersebut berkaitan dengan perbedaan ekspresi gen B11 pada kedua kultivar tersebut.
Keyword: Aluminum tolerance, Hawara Bunar, pMDC107, Promoter, Toleransi aluminium, PMDC 107, Rekombinan promotor gen BII, PCR koloni E.coli, Isolasi plasmid, Kloning

Judul: Analisis gen B11 pada Padi Mutan Hawara Bunar Sensitif Aluminium
Abstrak: Toleransi Aluminium (Al) pada tanaman dapat dikendalikan oleh satu atau beberapa gen. Gen B11 telah berhasil diisolasi dari padi cv Hawara Bunar yang toleran Al, tetapi perannya terhadap cekaman Al belum sepenuhnya dipahami. Mutan Hawara Bunar sensitif Al telah dihasilkan, namun penyebab respon sensitif terhadap Al belum diketahui. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan menganalisis urutan nukleotida promotor dan gen B11 yang diisolasi dari padi mutan Hawara Bunar sensitif Al (M5) dan tipe liar Hawara Bunar (HB). Tahapan analisis promotor terdiri dari beberapa tahap, yaitu: seleksi Eschericia coli pembawa pENTR/D-TOPO rekombinan promotor gen B11, isolasi plasmid, verifikasi arah orientasi sisipan, dan perunutan nukleotida. Tahap analisis gen B11, terdiri dari: isolasi DNA padi M5, PCR gen B11, elusi hasil PCR, kloning gen B11 pada pGEM-T Easy, transformasi E. coli TOP10 dengan plasmid rekombinan, dan perunutan nukleotida. Analisis promotor menunjukkan bahwa tidak terdapat perbedaan urutan nukleotida pada daerah upstream 1132 pb dari situs awal transkripsi gen B11 antara padi M5 dengan tipe liarnya. Urutan nukleotida gen B11 antara padi M5 dan tipe liarnya sepanjang 2024 pb hanya memiliki perbedaan nukleotida pada posisi ke-409 dan 1368 yang merupakan daerah intron. Oleh karena itu, perbedaan toleransi Al antara padi M5 dengan tipe liarnya tidak disebabkan oleh perbedaan urutan nukleotida baik pada promotor maupun gen B11.
Keyword: Promoter, B11 gene, Rice, Aluminum sensitive mutan, Hawara Bunar, Seleksi E.coli pembawa, Seleksi koloni pembawa, Isolasi DNA, Kloning gen BII, Analisis promotor Gen BII, Analisis Bioinformatika Ge BII

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: