Judul: Variabilitas massa air pada lapisan termoklin perairan Selat Lombok dan Ombai periode Januari 2004-Juni 2005
Abstrak: Arus Lintas Indonesia (ARLINDO) memiliki peranan penting dalam perubahan kondisi iklim dan dinamika lautan dunia pada umumnya dan Indonesia pada khususnya. ARLINDO sendiri masuk ke Indonesia melalui lapisan termoklin. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi variabilitas massa air di lapisan termoklin Selat Lombok dan Ombai dengan menganalisis perubahan suhu dan salinitas yang diperoleh dari data hasil rekaman sensor Temperature, Salinity, Pressure (TSP) pada Vector Majoring Current Meter (VMCM) yang terpasang pada mooring buoy di Selat Lombok dan Ombai periode Januari 2004-Juni 2005. Data yang digunakan adalah data suhu dan tekanan dari program INSTANT (International Nusantara Stratification and Transport). Penelitian ini dilakukan pada kedalaman termoklin dan data berada pada kedalaman 200 m, 300 m, 400 m dan 500 m di Selat Lombok dan kedalaman 300 m dan 400 m di Selat Ombai. Pengolahan data menggunakan bahasa pemograman Matlab ver 7.0.1 dentifikasi massa air dilakukan dengan menggunakan metode diagram TS dari data mooring dan data CTD (Conductivity, Temperature, Depth). Untuk mengetahui periode variabilitas suhu dan salinitas dilakukan analisis deret waktu dengan mencari spektrum densitas energi dengan merubah data dari ranah waktu ke ranah frekuensi menggunakan metode Fast Fourier Transform (FFT). Hubungan antara Selat Ombai dan Lombok baik itu suhu maupun salinitas dicari dengan korelasi silang dan uji koherensi. Pola fluktusi suhu di Selat Lombok berkisar antara 1,31-3,13 °C dan rata-rata yang berkisar 10,67-14,05 °C. Spektrum suhu yang dominan di Selat Lombok adalah sinyal 7,8-8,7 bulan yang kemungkinan dipengaruhi oleh instability barotropik gyres di Samudera Hindia. Pola fluktuasi salinitas berkisar antara 0,02- 0,13 dan rata-ratanya berkisar antara 34,77-34,91. Sinyal spektrum salinitas yang dominan adalah sinyal pasang surut 2 mingguan. Pola fluktuasi Suhu di Selat Ombai berkisar antara 1,80-2,27 °C dan rata-rata berkisar antara 10,54-13,52 °C. Spektrum suhu yang mendominasi sekitar enam bulanan yang merupakan sinyal tengah musiman (seasonal). Pola fluktuasi salinitas sebesar 0,08 dengan rata-rata berkisar 34,80-34,87. Sinyal spektrum pada salinitas yang mendominasi adalah sinyal pasang surut dua mingguan. Musim timur (Juni-Juli-Agustus) baik di Selat Lombok dan Ombai terjadi kecenderungan penurunan suhu. Penurunan ini diduga terjadi karena adanya pengaruh dari ARLINDO yang besar sehinggga dapat menurunkan suhu. Massa air ARLINDO diindikasikan masih ada di perairan Selat Lombok dan Ombai dengan ditemukannya massa air Northern Subtropical Lower Water (NSLW) dan massa air Northern Pacific Intermediate Water (NPIW). Hasil korelasi silang dan koherensi menunjukkan bahwa suhu lebih berpengaruh daripada salinitas dalam perubahan massa air lapisan termoklin di Selat Lombok dan Ombai.
Keyword: Salinitas, Massa air, Kondisi umum oseanografi perairan Indonesia timur

Judul: Variabilitas suhu, salinitas, dan arus di Selat Ombai pada selang waktu September 2005 - November 2006
Abstrak: Selat Ombai merupakan salah satu jalur keluar massa air Arus Lintas Indonesia (ARLINDO), sehingga perairan ini memiliki peranan dalam sistem sirkulai massa air yaitu memasok massa air ke Samudera Hindia. Fenomena pergerakan massa air yang terjadi sepanjang tahun di perairan Indonesia akan mengakibatkan terjadinya perubahan parameter oseanografi baik suhu, salinitas, maupun arus. Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji variabilitas suhu, salinitas, dan arus pada berbagai kedalaman 96 m-866m, serta mengkaji korelasi silang suhu, salinitas, arus dan angin di Selat Ombai. Data tersebut diperoleh dari hasil pengukuran mooring INSTANT di Ombai Selatan yang terletak pada koordinat 125° 02.262’ BT dan 08°32.335’ LS pada selang waktu September 2005 – November 2006 melalui situs (www.marine.csiro.au/~cow074/index.htm). Selain itu juga menggunakan data angin harian yang berasal dari badan riset NOAA-CDC pada koordinat 125°02.5’ BT dan 8°34’16.72” LS dengan selang waktu yang sama memiliki resolusi spasial 2,5 °Lintang dan 2,5 °Bujur. Pengolahan data dalam menentukan variabilitas temporal suhu dan salinitas dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak MATLAB 7.0.1, sedangkan sebaran temporal angin dan arus dengan menggunakan Surfer 8.0. Sebaran temporal dipergunakan untuk menganalisis hubungan antara suhu, salinitas, arus dan angin. Spektrum densitas energi dihitung dengan metode FFT (Fast Fourier Transform) untuk melihat periode fluktuasi dari parameter suhu, salinitas, arus dan angin ditampilkan menggunakan perangkat lunak Statistica 6.0. Korelasi silang suhu, salinitas, arus, dan angin digunakan analisis Cross Spectral Analysis dengan bantuan perangkat lunak Statistica 6.0, untuk melihat hubungan antara suhu, salinitas, dan arus dengan angin, serta hubungan antara arus dengan suhu.
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA