Judul: Expression and Diversity of the Tyrosinase Gene (TYR) in Bali Cattle
Abstrak: Pigmentasi warna rambut merupakan salah satu sifat kualitatif yang memiliki peran penting pada produktivitas dan adaptabilitas terhadap lingkungan. Pada sapi bali (Bos javanicus) warna rambut normal jantan berwarna hitam dan pada betina berwarna merah bata, namun ditemukan adanya abnormalitas pada warna rambut sapi bali seperti white-spotted dan albino yang tidak sesuai dengan kriteria bibit sapi bali. Fenomena albino merupakan kelainan yang disebabkan oleh faktor genetik. Gen TYR yang mengenkripsi enzim tyrosinase untuk mensintesis melanin telah digunakan untuk mengidentifikasi abnormalitas warna rambut yaitu albinisme pada hewan maupun ternak. Penanda genetik Gen TYR sangat penting digunakan untuk mengidentifikasi fenomena albinisme pada sapi bali albino. Sapi tersebut merupakan sapi yang mengalami kelainan secara genetik sehingga tidak sesuai dengan kriteria bibit sapi bali yang telah diatur pada Standar Nasional Indonesia (SNI). Penelitian terkait ekspresi dan keragaman gen tyrosinase (TYR) pada sapi bali albino belum pernah dilaporkan. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi ekspresi dan keragaman gen tyrosinase pada sapi bali, di wilayah pengkodean ekson 1 gen TYR dan menganalisis keterkaitannya dengan abnormalitas warna rambut pada sapi bali. Penelitian telah dilaksanakan pada bulan Juni sampai November 2023 di Laboratorium Genetika Molekuler, Divisi Pemuliaan dan Genetika Ternak, Fakultas Peternakan, IPB University. Pengambilan sampel darah sapi bali warna rambut normal dan albino dilakukan di Desa Taro dan Sentra Ternak Daerah Sobangan, Provinsi Bali. Penelitian menggunakan sebanyak 189 sampel darah yang meliputi: sapi bali warna rambut normal (n=53); bali tutul (n=11); bali albino (n=17) dan sapi simmental (n=37); limousin (n=14); madura (n=21); peranakan ongole (PO) (n=36) sebagai pembanding. Analisis transkriptomik menggunakan ekstraksi RNA dengan Protokol Geneaid™. Reverse Transcriptase cDNA dilakukan dengan menggunakan protokol kit cDNA synthesis (Toyobo) dan kuantifikasi ekspresi gen TYR menggunakan quantitative real time PCR (qRT-PCR). Analisis genomik, keragaman gen TYR menggunakan metode PCR-Direct sequencing, genotiping (PCR-RFLP). Ekspresi gen dianalisis menggunakan uji-T dengan bantuan software SPSS versi 29. Keragaman gen TYR dianalisis menggunakan program Finct TV, BioEdit, MEGA, dan POPGENE Versi 1.32. Hasil analisis ekspresi gen TYR pada sapi bali normal dan sapi bali albino menunjukkan signifikan (P<0,05). Analisis keragaman menunjukkan bahwa terdapat dua mutasi gen TYR (SNP g. 939A>G dan SNP g. 887C>T) pada sapi bali. SNP tersebut tidak dapat digunakan sebagai penanda genetik untuk warna rambut pada sapi bali, namun, SNP g. 939A>G merupakan SNP baru yang hanya ditemukan pada sapi bali dan tidak ditemukan pada jenis sapi lain. SNP g. 939A>G bersifat polimorfik pada sapi bali sedangkan pada sapi madura, simmental, limousin, dan peranakan ongole (PO) bersifat monomorfik. Simpulan bahwa gen TYR ekson 1 pada sapi bali tidak dapat dijadikan penanda genetik untuk warna rambut albino., Coat color pigmentation is a qualitative trait that plays a crucial role in productivity and adaptability to the environment. In Bali cattle (Bos javanicus), the normal coat color for males is black, and for females, it is brick red. However, abnormalities in coat color, such as white-spotted and albino, have been found in bali cattle, which do not conform to the criteria of bali cattle seedlings. The albino phenomenon is a genetic disorder. The TYR gene, which encodes the enzyme tyrosinase for melanin synthesis, has been used to identify abnormalities
Keyword: bali cattle, SNP, PCR-RFLP, coat color, TYR gene expression

Judul: Identifikasi SNP Promotor Gen MC1R pada Sapi Bali Menggunakan Metode Direct Sequencing
Abstrak: Sapi Bali memiliki warna rambut kemerahan pada betina dan hitam pada jantan, adapun abnormalitas yang muncul adalah albino. Gen MC1R memengaruhi warna rambut sapi Bali melalui SNP, yaitu perubahan satu basa nukleotida yang terlihat dalam hasil sequencing. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi SNP pada promotor gen MC1R dan menganalisis hubungannya dengan warna rambut normal dan albino pada sapi Bali. Penelitian dilakukan di Laboratorium Genetika Molekuler, Fakultas Peternakan IPB. Jumlah sampel sebanyak 24 sampel sapi terdiri dari 11 sampel sapi warna rambut normal dan 13 sampel sapi warna rambut albino berasal dari UPTD Sobangan dan Desa Taro, Kabupaten Gianyar, Provinsi Bali. Identifikasi SNP promotor gen MC1R menggunakan metode direct sequencing dengan panjang sekuen target 559 bp. Hasil sekuen gen MC1R dianalisis menggunakan program MEGA11, BioEdit, dan FinchTV. Hasil identifikasi promotor gen MC1R ditemukan SNP g.105 G>A. Keragaman hanya pada sapi Bali warna rambut normal, sedangkan pada sapi Bali warna rambut albino seragam. Demikian disimpulkan bahwa promotor gen MC1R pada sapi Bali tidak dapat digunakan sebagai marker untuk membedakan sapi normal dan albino berdasarkan warna rambut., Bali cattle have a reddish hair in females and black in males, with an abnormality being albino. The MC1R gene affects the hair color of Bali cattle through SNP, which are changes in one nucleotide base visible in sequencing result. This study aimed to identify SNP in the MC1R gene promoter and analyse their association with normal and albino hair color in Bali cattle. The research was conducted at the Laboratory of Molecular Genetics, Faculty of Animal Science, IPB. There were 24 cattle samples consisting of 11 normal hair color cattle samples and 13 albino hair color cattle samples from UPTD Sobangan and Taro Village, Gianyar Regency, Bali Province. Identification of MC1R gene promoter SNP using direct sequencing method with a target sequence length of 559 bp. The MC1R gene sequence results were analysed using MEGA11, BioEdit and FinchTV programs. The result of MC1R gene promoter identificatoin found SNP g.105 G>A. Diversity is only in normal hair color Bali cattle, while in albino hair color Bali cattle are uniform. Thus it is concluded that the MC1R gene promoter in Bali cattle cannot be used as a marker to distinguis normal and albino cattle based on hair color.
Keyword: direct sequencing, gen MC1R, sapi bali, SNP, warna rambut

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: