Judul: Polymorphisms of the Thy-1 Gene and Its Associations with Disease Resistance in Candidate IPB D2 Chicken Line
Abstrak: Ayam IPB D2 merupakan calon galur baru yang dibentuk dari hasil seleksi ayam IPB D1 berdasarkan immunocompetence terkait sifat ketahanan tubuh, seperti konsentrasi total IgY dan titer antibodi ND, untuk menghasilkan ayam IPB D1 yang lebih tahan terhadap penyakit. Ayam IPB D1 merupakan rumpun baru ayam lokal komposit yang resmi dilepas oleh Kementrian Pertanian Republik Indonesia. Ayam IPB D2 memiliki keunggulan karena diseleksi berdasarkan konsentrasi total IgY ≥ 10 mg/mL dan titer antibodi ND ≥ 3 log 2 HI unit. Immunoglobulin Yolk (IgY) merupakan antibodi yang dominan pada ayam serta berperan penting dalam melawan infeksi penyakit secara umum. Titer antibodi ND merupakan antibodi spesifik yang berperan melawan infeksi penyakit spesifik yang disebabkan virus ND atau penyakit tetelo. Gen Thy-1 merupakan salah satu gen yang termasuk dalam superfamily immunoglobulin. Fungsi spesifik dari gen Thy-1 masih belum diketahui terutama pada ayam, tetapi pada tikus gen ini berperan pada fungsi imunologis yaitu dalam aktivasi sel T. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi keragaman gen Thy-1 pada ayam IPB D2 dan dilakukan analisis hubungan antara keragaman gen Thy-1 dengan indikator ketahanan penyakit, seperti konsentrasi total IgY dan titer antibodi ND. Terdapat dua populasi ayam IPB D2 yang digunakan pada penelitian ini, yaitu generasi dasar (G0) dan generasi kedua (G2). Penelitian dilakukan dengan metode PCR, sekuensing DNA, uji ELISA, dan uji HI. Hasil penelitian menemukan 2 titik SNP pada sekuen target gen Thy-1 yaitu g.2139 C>T (intron 2) dan g.2542 A>G (intron 3). Semua SNP bersifat polimorfik. SNP g.2139 C>T genotipe CT (IPB D2 G2) berasosiasi dengan konsentrasi total IgY dan dapat dijadikan kandidat penanda genetik untuk konsentrasi total IgY tinggi, namun tidak berasosiasi dengan titer antibodi ND. Kombinasi 2 SNP membentuk 4 haplotipe. Haplotipe 4 merupakan haplotipe yang tidak mengalami mutasi. Tidak terdapat hubungan antara keragaman haplotipe gen Thy-1 dengan konsentrasi total IgY dan titer antibodi ND pada ayam IPB D2.
Keyword: ayam IPB D2, gen Thy-1, konsentrasi total IgY, titer antibodi ND

Judul: Polimorfisme Gen BG1 serta Asosiasinya dengan Sifat Ketahanan Tubuh pada Calon Galur Ayam IPB-D2
Abstrak: Ayam IPB-D1 merupakan ayam lokal komposit dari ayam lokal (ayam kampung, ayam sentul, ayam pelung) dan ayam meat type (broiler). Komposisi genetik 25% ayam meat type pada ayam IPB-D1, memungkinkan ayam IPB-D1 mengalami penurunan ketahanan penyakit. Calon galur ayam IPB-D2 merupakan hasil persilangan dari ayam IPB-D1 yang di desain berdasarkan konsentrasi IgY total ≥ 10 mg mL-1 dan titer antibodi ND ≥ 3 log 2 HI unit. Pembentukan calon galur ayam IPB-D2 bertujuan menghasilkan ayam dengan daya tahan tubuh dan produktivitas yang tinggi. Ayam IPB-D2 dikembangkan agar dapat beradaptasi dengan sistem pemeliharaan ekstensif untuk memenuhi kebutuhan protein hewani masyarakat. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi keragaman SNP gen BG1 pada ayam IPB-D2 dan mengetahui asosiasinya dengan konsentrasi total IgY dan titer antibodi ND. Sebanyak 85 sampel DNA ayam IPB-D2 di sekuensing untuk mengetahui keragaman gen BG1. Gen BG1 merupakan gen kandidat pengontrol ketahanan penyakit ayam yang berada di wilayah MHC. Gen BG1 berfungsi menghambat aktivasi sel limfosit untuk menyeimbangkan fungsi limfosit. Data fenotipe yang digunakan dalam penelitian ini adalah konsentrasi total titer antibodi IgY dan ND. Imunoglobulin Yolk merupakan antibodi spesifik pada ayam yang dapat menetralkan mikroorganisme penyebab penyakit. Titer antibodi ND digunakan untuk mendeteksi keberadaan antibodi dalam tubuh. Hasil penelitian menemukan 6 titik mutasi g.4489 G>T di ekson 19, g.4712 C>T, g.4741 T>C, g.4747 T>C, g.4749 T>C, g.4761 G>A di ekson 20 dan delesi 2 basa g.4758-g.4759 delAT. Kodon stop prematur menyebabkan semua kodon setelahnya menjadi tidak aktif sehingga hanya SNP g.4489 G>T sisteina>fenilalanina dan g.4712 C>T glutamina>kodon stop, yang dapat diasosiasikan. Data asosiasi dianalisis menggunakan model GLM dengan software SAS 9.4 dan uji-t. Gen BG1 hanya dapat digunakan untuk membedakan antara genotipe ternak tetapi tidak dapat digunakan sebagai penanda seleksi untuk konsentrasi total IgY dan titer antibodi ND.
Keyword: ayam IPB-D2, gen BG1, kodon stop prematur, titer antibodi ND, total konsentrasi IgY

Judul: Numerical modeling of the hydrodynamics of standing wave and scouring in front of impermeable breakwater with different steepnesses
Abstrak: The aim of this paper is to numerically study the effects of breakwater steepness on the hydrodynamics of standing wave and scouring process in front of impermeable breakwaters. A two-dimensional hydrodynamics model based on the Reynolds Averaged Navier–Stokes (RANS) equations and the Volume of Fluid (VOF) method was developed and then combined with an empirical sediment transport model. Comparisons with an analytical solution and experimental data showed the present model is very accurate in predicting the near bottom velocity and capable of simulating the scour/deposition patterns consistent with experimental data. It was found that the additional terms of bottom shear stress in the momentum equations are necessary to produce a physical scouring pattern. Different breakwater steepnesses produce different characteristics of standing wave, the steady streaming system, and scouring pattern in front of the breakwaters, which also affects the correlations between them. An additional analysis of the turbulence field parameters and the sediment transport rate was also performed. All these important information will be presented in details in this paper and can be worthwhile for designing the breakwater in coastal areas.
Keyword: The RANS–VOF model Standingwave Steadystreamingsystem Scouring pattern Breakwatersteepness