Judul: Genetic Diversity of Kweni (Mangifera odorata Griffith) in Sumatra
Abstrak: Kweni (Mangifera odorata Griffith) merupakan mangga harum beraroma khas yang membedakannya dengan mangga komersial (M. indica). Kweni merupakan salah satu buah andalan masyarakat lokal di Sumatra dan memiliki adaptasi yang khas. Bunga kweni tidak mudah rontok ketika curah hujan tinggi sehingga dapat meningkatkan produksi buah dan menjadikan kweni sebagai sumber plasma nutfah untuk pengembangan mangga di Sumatra. Ancaman deforestasi dan alih fungsi lahan menyebabkan pengumpulan plasma nutfah kweni di Sumatra mendesak untuk dilakukan sebelum hilang tanpa diketahui keanekaragaman genetiknya. Kajian keragaman dilakukan berdasarkan ciri morfologi dan molekuler. Tujuan penelitian ini adalah menyediakan informasi keanekaragaman genetik kweni di Sumatra, mencari penanda ciri morfologi dan molekuler spesifik sebagai pembeda antar aksesi kweni dan menghasilkam sebuah sistem pengelompokan variasi kweni berdasarkan penanda ciri morfologi dan inter-simple sequence repeats (ISSR). Aksesi kweni yang diambil berasal dari empat sentra produksi kweni di Sumatra yaitu Provinsi Aceh (Aceh Barat, Nagan Raya, Aceh besar dan Aceh Tamiang), Provinsi Sumatra Barat (Solok, Padang dan Pesisir Selatan), Provinsi Riau (Bengkalis dan Kuantan Singingi), dan Bengkulu (Bengkulu dan Bengkulu Tengah) dengan metode jelajah. Pengamatan ciri morfologi mengacu pada deskriptor mangga. Ekstraksi DNA kweni menggunakan prosedur Geneaid Genomic DNA Mini Kit (Plant). Amplifikasi DNA menggunakan 10 primer ISSR. Data pengamatan ciri morfologi dan molekuler ditransformasikan ke dalam bentuk skor berupa matriks data. Konstruksi dendogram menggunakan metode Unweighted Pair Group Method with Arithmatic Average (UPGMA) melalui program Numerical Taxonomy and Multivariate Analisys System (NTSys) versi 2.20. Analisis komponen utama (principal component analysis/PCA) dan korelasi pearson pada pogram Minitab 19. Analisis struktur populasi menggunakan program Genetic Analysis in Excel (GenAlex) versi 6.501. Untuk memperkirakan K (jumlah populasi dugaan) menggunakan progam STRUCTURE v.2.3.4. Nilai rata-rata dan ragam “likelihood per K” menggunakan STRUCTURE HARVESTER v.0.6.94 dan metode Evanno secara online. Berdasarkan 52 ciri morfologi yang diamati diperoleh 15 ciri yang sangat membedakan antara kelompok aksesi kweni di Sumatra. Lima belas ciri tersebut adalah kepadatan retikulasi areola pada permukaan atas daun, bentuk buah, bobot buah, bentuk ujung buah, permukaan pangkal buah, kedalaman rongga tangkai buah, tipe paruh buah, warna kulit buah masak, ketebalan kulit buah, warna daging buah, ketebalan daging buah, tingkat kemanisan buah, bentuk biji, tebal biji dan tipe embrioni. Dendrogram berdasarkan ciri morfologi membagi aksesi kweni menjadi tiga kelompok dengan koefisien kemiripan 46-100%. Ciri morfologi yang memisahkan kelompok aksesi (I, II dan III) dengan jelas yaitu adanya ciri tingkat kemanisan daging buah (Brix). Kelompok I yang anggotanya paling banyak memiliki tingkat kemanisan yang tinggi, kelompok II memiliki tingkat kemanisan sedang dan kelompok III memiliki tingkat kemanisan yang rendah. Berdasarkan analisis korelasi pearson, buah dengan rasa manis, umumnya memiliki aroma buah yang kuat, daging buah yang berair dan bertekstur lembut. Daging buah yang lembut muncul dari buah yang kedalaman rongga tangkai buah berlekuk dangkal dan warna kulit buah hijau kekuningan. Ciri pangkal buah berlekuk dangkal warna kulit buah hijau kekuningan dan aroma buah yang kuat dapat dijadikan sebagai preferensi konsumen untuk memilih buah kweni yang manis. Pengelompokan berdasarkan 94 pita hasil amplifikasi primer ISSR dengan metode UPGMA mengelompokan 52 aksesi kweni ke dalam empat kelompok pada koefisien kemiripan 65-97% yang cenderung mengelompok berdasarkan lokasi asal aksesi. Kelompok
Keyword: ISSR, morfologi, struktur populasi, Sumatra, tanaman budidaya, cultivated plant, ISSR, morphological character, population structure, Sumatra

Judul: Genetic structure of mangosteen (Garcinia mangostana L.). based on morphology and molecular markers
Abstrak: Pengetahuan tentang variabilitas genetik manggis penting untuk program pemuliaan dan sebagai dasar bagi perbaikan tanaman serta peningkatan daya saing. Manggis dikenal sebagai tanaman buah tropika yang mempunyai mekasisme reproduksi secara apomiksis dengan variasi genetik yang sempit. Penelitian tentang variasi genetik pada manggis sudah cukup banyak dilakukan namun belum terverifikasi dengan baik. Informasi tentang struktur genetik serta hubungan antara keragaman morfologi dan genetik belum tersedia. Untuk itu perlu dilakukan serangkaian kegiatan penelitian yang bertujuan untuk: 1). Mempelajari variasi genetik manggis pada tingkat individu berdasarkan karakter morfologi dan molekuler, 2). Mempelajari hubungan antara variasi morfologi dan genetik, dan 3). Mengungkap struktur genetik empat populasi manggis Indonesia berbasis marka molekuler. Kombinasi antara pendekatan morfologi dengan teknik analisis DNA memegang peranan penting dalam studi keragaman dan identifikasi varietas manggis. Pendekatan ini dapat meningkatkan akurasi dan mempersingkat waktu penelitian. Sebelas marka Inter-simple sequence repeat (ISSR) digunakan untuk mengetahui variasi genetik 22 individu manggis dari berbagai wilayah Sumatera. Hubungan antara karakter morfologi dan molekuler dipelajari menggunakan 33 aksesi manggis yang berasal dari Leuwiliang (Bogor-Jawa Barat), Kiara Pedes (Purwakarta-Jawa Barat), dan Pulau Palas (Tembilahan-Riau). Pengamatan morfologi difokuskan pada 10 karakter buah, dan analisis molekuler dilakukan dengan menggunakan 8 primer RAPD dan 5 primer ISSR. Struktur genetik populasi dipelajari dengan menggunakan 106 sampel tanaman manggis dari empat populasi manggis di Indonesia yaitu Purwakarta (Jawa Barat), Kerinci (Jambi), Tembilahan (Riau) dan Bulukumba (Sulawesi Selatan). Data morfologi dianalisis dengan metode Kruskal Wallis. Pengelompokan berdasarkan morfologi, molekuler dan gabungan morfologi dan mplekuler dianalisis dengan program NTSYSpc 2.1. Struktur genetik populasi dianalisis menggunakan program GenAlex 6.2.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: