Judul: Desain Marka Sgrna-Knockout CRISPR/Cas9 In Silico Gen Laktat Dehidrogenase Clostridium thermocellum Untuk Meningkatkan Produksi Biohidrogen
Abstrak: Fermentasi gelap merupakan metode yang dapat digunakan untuk memproduksi hidrogen dari limbah biomassa menggunakan mikroba anaerobik. Selama proses fermentasi dihasilkan beberapa produk samping salah satunya yaitu asam laktat. Asam laktat merupakan asam organik yang pembentukannya dikatalis oleh L – laktat dehidrogenase (LDH). LDH pada tingkat gen diekspresikan oleh ldh. Keberadaan asam laktat dalam konsentrasi tinggi diduga dapat menghambat proses fermentasi dan mengurangi jumlah produksi hidrogen. Penelitian ini bertujuan mendesain RNA pemandu (sgRNA) untuk menghambat pembentukan asam laktat dengan melumpuhan gen ldh melalui rekayasa genom CRISPR/Cas9. Metode ini diawali dengan mendesain sgRNA berdasarkan coding sequence (CDS) menggunakan alat desain Geneious serta dievaluasi efiseinsinya. Selanjutnya, sgRNA dikontruksi ke plasmid menggunakan Benchling. sgRNA hasil desain yang diperoleh yaitu 5'AAGATAACGGAACCTGGCTG3' (20nt) dengan PAM 5’TGTCCAAA3’ (8nt). Sekuen sgRNA memiliki nilai off – target MIT dan CFD 100,jumlah GC 50% dan membentuk kodon stop pada sekeun target., Dark fermentation is a method that can use to produce hydrogen from waste biomass using anaerobic microbes. During the fermentation, several byproducts are produced, lactic acid is one of which. Lactic acid is an organic acid whose formation is catalyzed by L – lactic dehydrogenase (LDH). LDH on gene-level expressed by ldh. A high concentration of lactic acid is thought to inhibit fermentation and reduce the amount of hydrogen. This study aims to design a guide RNA (sgRNA) to inhibit the formation of lactic acid by inactivating ldh through CRISPR/Cas9. This method begins with designing the sgRNA using the Geneious design tool and evaluating its efficiency. Next, sgRNA constructs to plasmid using Benchling. The design sgRNA obtained is 5'AAGATAACGGAACCTGGCTG3' (20nt) with PAM 5'TGTCCAAA3' (8nt). The sgRNA sequence has an off-target value of MIT and CFD of 100, the number of GC is 50%, and forms a stop codon on the target sequence.
Keyword: CRISPR/Cas9, design tool, L-lactate dehydrogenase, sgRNA

Judul: Transformasi Kalus Padi dengan Konstruksi CRISPR-Cas9 untuk Menyunting Gen Terkait Hasil Produksi
Abstrak: High yield improvement of rice (Oryza sativa L.) is the main goal in rice breeding and could be achieved by gene editing through CRISPR-Cas9 technique as a revolution technique in genome editing. Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR)-associated (Cas9) has shown a precise and efficient genome editing tool by inducing random mutation in the cleavage region to knock out genes. The objective of this research is to transform sgRNA-CRISPR-Cas9 constructs to Jao Hom Nin (JHN) rice calli to knock out DL, Gn1a, Roc5, and Tad1 genes, which are the yield-related genes. The sgRNA-CRISPR-Cas9 constructs in pRGEB32 plasmid, were transformed into rice callus through Agrobacterium tumefaciens EHA105. Afterwards, the callus genome was verified using PCR technique to identify the sgRNA insert in the rice genome. Also, transformant calli was tested by T7 Endonuclease I (T7EI) assay to detect the mismatches existence shown by digested bands. Mismatches occur when the DNA repairs itself after Cas9 successfully cuts the target gene’s region and causes insertion and deletion (indels) mutation. The result showed that each callus was successfully transformed by the transformant Agrobacterium tumefaciens with sgRNA-CRISPR-Cas9 construction vector and the sgRNA was successfully inserted to the rice genome. When they are tested using PCR, we obtained amplified edited bands of Tad1, DL, and Roc5 genes, except for Gn1a gene target. T7EI assay had been done successfully, but no mismatched fragments were found., Peningkatan hasil produksi tanaman padi (Oryza sativa L.) merupakan tujuan utama dari pemuliaan tanaman padi dan dapat dicapai dengan peyuntingan gen melalui teknik CRISPR/Cas9 sebagai sebuah teknik revolusi dalam penyuntingan genom. Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR)berasosiasi dengan gen Cas9 telah menjadi sebuah alat penyuntingan genom yang akurat dan efisien dengan menginduksi mutasi acak pada wilayah pemotongan untuk mengubah gen target. Tujuan dari penelitian ini adalah melakukan transformasi kalus padi varietas Jao Hom Nin (JHN) dengan konstruksi sgRNACRISPR-Cas9 untuk mengubah gen Tad1, DL, Roc5, dan Gn1a yang merupakan gen-gen terkait hasil produksi pada tanaman padi. Konstruksi sgRNA-CRISPRCas9 dalam plasmid pRGEB32 diintroduksikan ke dalam kalus padi melalui Agrobacterium tumefaciens EHA105. Selanjutnya, genom kalus tersebut diverifikasi dengan teknik PCR untuk mendeteksi keberhasilan sisipan sgRNA pada genom padi. Selain itu keberadaan mutasi pada gen target diuji dengan uji T7 Endonuclease I (T7EI) untuk mendeteksi keberadaan mismatches yang ditujukkan oleh pita-pita DNA terpotong. Mismatches terjadi ketika DNA memperbaiki dirinya setelah Cas9 berhasil memotong wilayah gen target dan menyebabkan mutasi insersi-delesi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa setiap kalus berhasil ditransformasi oleh Agrobacterium tumefaciens dengan pRGEB32 yang membawa konstruksi sgRNA-CRISPR-Cas9 yang ditunjukkan oleh amplikon daerah target gen Tad1, DL, dan Roc5, kecuali Gn1a. Ketika gen target diverifikasi dengan uji T7EI diperoleh amplikon yang sama dengan gen target yang mengindikasikan tidak ditemukan adanya mismatches pada target gen Tad1, DL, dan Roc5.
Keyword: DL, gene editing, Gn1a, Roc5, Tad1

Judul: Kondisi Meteo-Oseanografi di Perairan Teluk Bintuni pada Januari-April dan Oktober-Desember 2000
Abstrak: Perilaku meteo-oseanografi berfluktuasi seiring dengan perkembangan musim dan efek lokal. Penelitian ini mempelajari perilaku meteo-oseanografi, yakni suhu udara, angin, suhu-laut, salinitas, densitas serta arus dan tinggi paras laut (pasut) selama dua periode
Keyword: