Judul: Isolasi dan Karakterisasi Molekuler Virus Newcastle Disease dari Peternakan Ayam Petelur yang Telah Divaksinasi
Abstrak: Newcastle disease (ND) pertama kali diidentifikasi pada tahun 1926 di Bogor, Jawa, Indonesia dan menjadi satu penyakit infeksi penting di peternakan unggas di dunia. Newcastle disease disebabkan oleh Avian Paramyxovirus type-1 galur virulen dengan tingkat morbiditas dan mortalitas mencapai 100%. Vaksinasi merupakan satu usaha pencegahan terhadap infeksi virus ND (VND), namun infeksi VND masih dilaporkan pada peternakan unggas yang telah menerapkan program vaksinasi di berbagai belahan dunia. Sejak tahun 2011, laporan terkait peran VND subgenotipe VIId dengan substitusi E/G347K/R protein HN pada kasus penurunan produksi telur telah banyak dilaporkan di Cina, Taiwan, dan Korea. Selanjutnya, kasus infeksi VND pada peternakan unggas yang telah divaksinasi di Indonesia telah dilaporkan sejak tahun 2009, tetapi informasi terkait kasus infeksi VND varian HN 347K/R di Indonesia belum pernah dilaporkan. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi dan mengarakterisasi VND yang diisolasi dari kasus penurunan produksi telur pada peternakan unggas petelur yang telah menerapkan program vaksinasi terhadap VND. Sebanyak enam sampel organ yang digunakan dalam penelitian merupakan koleksi PT. IPB Shigeta Pharmaceuticals yang berasal dari dari peternakan unggas petelur yang berbeda dengan kasus penurunan produksi telur, peningkatan feed convertion ratio (FCR) dan telah menerapkan program vaksinasi VND. Propagasi virus dilakukan dengan menginokulasikan sampel ke dalam telur ayam berembrio (TAB) specific pathogen free (SPF). Identifikasi virus dilakukan dengan Real Time Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (rRT-PCR) dengan target gen matriks (M). Amplifikasi genom fusion (F) dan hemagglutinin-neuraminidase (HN) dengan metode RT-PCR dilakukan pada isolat yang menunjukkan hasil positif VND pada rRT-PCR. Karakteristik VND dianalisis berdasarkan uji waktu elusi dan sekuen partial nukleotida dan asam amino F dan HN, motif cleavage site protein F, dan pohon filogenetik dengan pembanding isolat VND Indonesia yang telah dipublikasi di Genbank. Terdapat satu isolat yang terdeteksi VND yaitu Layer/Cianjur-01/16 dan termasuk dalam galur mesogenik berdasarkan uji waktu elusi. Analisa sekuen nukleotida menunjukkan isolat Layer/Cianjur-01/16 termasuk dalam galur virulen dengan motif asam amino polybasic 112RRRKR/F117 pada cleavage site protein F. Layer/Cianjur-01/16 termasuk dalam subgenotipe VIIh dengan tingkat kemiripan 93–98% dibandingkan isolat subgenotipe VIIh asal Indonesia lainnya dan 90% dengan isolat subgenotipe VIIi asal Indonesia lainnya. Analisis asam amino menunjukkan adanya substitusi E menjadi K pada posisi 347 dari protein HN akibat mutasi G menjadi A pada nukleotida di posisi 1039 (G1039A). Asam amino 345–355 merupakan salah satu situs antigenik yang berperan dalam attachment virus pada reseptor permukaan sel inang. Substitusi asam amino pada situs antigenik dapat menyebabkan perubahan kemampuan antibodi dalam menetralisasi virus sehingga substitusi E347K diduga berpengaruh terhadap kemampuan VND dalam menginfeksi unggas yang telah divaksinasi. Hasil tersebut mengindikasikan perlunya surveilans molekuler VND yang lebih luas pada peternakan unggas yang telah divaksinasi.
Keyword: cleavage site, filogenetik, fusion, hemagglutinin-neuraminidase, substitusi.

Judul: Isolasi Dan Determinasi Patotipe Molekuler Virus Newcastle Disease : Kajian Lapang Di Wilayah Jawa Timur
Abstrak: Newcastle disease adalah penyakit yang disebabkan oleh virus dan dapat menyebabkan infeksi sistemik hingga kematian pada unggas. Isolasi virus berhasil diperoleh di berbagai wilayah di Indonesia dan menjadi endemik di berbagai negara berkembang. Virus ini dilaporkan menyebabkan 14 000 kasus unggas terinfeksi di Jawa Timur pada tahun 2011. Tujuan penelitian ini adalah mengkaji keberadaan dan determinasi patotipe secara molekuler virus Newcastle disease di wilayah Jawa Timur. Sampel usapan kloaka sebanyak 289 diambil dari unggas (ayam dan bebek) pekarangan, peternakan, pengepul, dan pasar unggas di Probolinggo, Situbondo, dan Bondowoso. Sampel dipool dengan setiap pool terdiri dari 5-7 individu berdasarkan jenis unggas dan lokasi pengambilan sampel sehingga didapatkan total pool sebanyak 56 pool. Sampel pool diinokulasi pada telur ayam berembrio SPF dan dilanjutkan dengan Real Time Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (rRT-PCR) matrix (M). Sampel positif, kemudian diuji kembali secara individu dengan diinokulasi kembali pada telur ayam berembrio SPF. Karakterisasi patotipe isolat dilakukan dengan rRT-PCR Fusion (F), uji hemagglutination inhibition (HI), uji waktu elusi, dan sekuensing gen F untuk melihat motif cleavage site. Hasil menunjukkan 6 dari 56 pool terdeteksi positif VND. Enam pool positif terdiri dari 5 pool dari ayam kampung dan 1 pool dari bebek. Isolasi VND dari individu sampel asal pool positif diperoleh 8 isolat. Semua isolat berasal dari pasar unggas di Probolinggo dan Bondowoso. Delapan isolat individu yang terdeteksi positif VND dengan primer matrix (M). Hasil titer HI dengan menggunakan Komarov berkisar antara 3 – 4 log2, berbeda dengan antiserum B1 menunjukkan variasi lebih rendah yaitu berkisar antara 2 – 4 Log2, sehingga semua isolat memiliki afinitas lebih tinggi terhadap Komarov dan bereaksi positif pada uji rRT-PCR F. Uji waktu elusi menunjukkan bahwa 7 isolat termasuk ke dalam velogenik dan 1 isolat termasuk mesogenik. Sebagai peneguhan dari ketiga uji diatas, analisis sekuen nukleotida menunjukkan motif asam amino multibasic pada cleavage site protein F; tujuh isolat memiliki motif 112RRQKRF117 dan satu isolat 112RRRKRF117. Kedelapan isolat memiliki kesamaan secara karakteristik, akan tetapi isolat IDNSMP-4A memiliki keragaman karakteristik berbeda dilihat dari motif cleavage site pada protein F. Semua isolat diperoleh dari pasar unggas dan tidak menunjukkan gejala secara klinis, sehingga dapat diindikasikan bahwa virus mampu menyebar dengan cepat di area pasar. Hasil penelitian bisa sebagai informasi akurat menjelaskan bahwa perlu ada pengawasan lalu lintas sebagai pencegahan dan pengendalian penyebaran penyakit infeksi VND di pasar unggas.
Keyword: Newcastle disease, patotipe molekuler, motif cleavage site, pasar unggas

Judul: Metode Kaczmarz untuk menyelesaikan sistem persamaan linear
Abstrak: A system of linear equations is often involved in science and engineering problems. There are many methods available for solving system of linear equations, both analytically and numerically. Kaczmarz method is one of iterative methods for solving such system. Orthogonal projections are used in this method. The sequence of approximate solutions generated by algorithm for this method is convergent for an arbitrary initial solution. A proof of the convergence is given. If the system of linear equations is consistent, then the sequence of approximate solutions converges to the exact solution. This shows that Kaczmarz method is a good method. Implementation of this method is done using MATLAB R2008b. Some systems of linear equations are generated, and then solved numerically using the program. The results show that the more iteration used in the solution approximation, the smaller norm of residual obtained.
Keyword: