Judul: Polymorphism of SNP g.1117G>A of HSP70 Gene and Its Association with Birth Weight in Bali Cattle (Bos javanicus)
Abstrak: Indonesia memiliki sumber daya genetik ternak (SDGT) yang melimpah, termasuk sapi, khususnya sapi bali. Ternak indigenous merupakan ternak yang telah lama berkembang dan beradaptasi dengan lingkungan tropis Indonesia, dan pada umumnya jenis ternak ini cocok dengan lingkungan tropis basah Indonesia karena efisien low input feed, bereproduksi tinggi, dan tahan dengan iklim tropis basah. Sapi bali (Bos javanicus) sebagai ternak asli Indonesia memiliki keunggulan resistensi tinggi terhadap sebagian besar penyakit, mampu efisien tumbuh dengan pakan yang berkualitas rendah dan memiliki tingkat kesuburan yang tinggi. Peningkatan suhu lingkungan memberi dampak yang merugikan bagi ternak, seperti penurunan metabolisme, reproduksi, dan kinerja. Respon ternak terhadap cekaman panas dapat ditunjukkan dengan ekspresi gen HSP70. HSP70 bekerja untuk meningkatkan ambang cekaman panas yang berakibat pada panjangnya jarak translasi protein sehingga menurunkan pengaruh cekaman panas pada mekanisme pelipatan protein dan mengurangi intensitas kerusakan protein akibat unfolding atau misfolding. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman gen SNP g.1117G>A HSP70 (HSP70|BanI) menggunakan metode PCR-RFLP. Jumlah sampel yang digunakan sebanyak 104 sampel yang terdiri atas 66 ekor sapi bali dari BPTU-HPT Denpasar, Bali dan 38 ekor sapi bali dari BPT-HMT Serading, NTB. Pendekatan PCR-RFLP digunakan untuk menganalisis keragaman gen HSP70. Enzim yang digunakan untuk pemotongan adalah enzim restriksi BanI. Popgen32 digunakan untuk menganalisis frekuensi genotipe dan alel, heterozigositas, dan keseimbangan Hardy-Weinberg. General Linear Model digunakan untuk menganalisis hubungan gen g.1117G>A HSP70 dengan bobot lahir pada sapi bali. Amplifikasi gen HSP70 menghasilkan fragmen sepanjang 539 bp dan 2 alel (A dan G). Gen HSP70 terdiri atas tiga genotipe yaitu, AA (475 bp dan 64 bp), AG (475 bp, 369 bp, 148 bp, dan 106 bp), dan GG (369 bp, 148 bp, dan 106 bp). Frekuensi alel pada BPTU-HPT Denpasar dan BPT-HMT Serading berada pada keseimbangan Hardy-Weinberg. Genotipe dari SNP g.1117G>A berasosiasi dengan bobot lahir pada sapi bali. Alel G merupakan penentu berat badan lahir rendah pada sapi bali dimana genotipe AG memiliki bobot lahir terendah diikuti oleh genotipe GG., Indonesia has abundant livestock genetic resources, including cattle, especially Bali cattle. Indigenous livestock are livestock that have long developed and adapted to the tropical environment of Indonesia, and in general this type of livestock is suitable for the wet tropical environment of Indonesia because of its efficient low input feed, high reproduction, and resistance to the wet tropical climate. Bali cattle (Bos javanicus) as native Indonesian cattle have the advantage of high resistance to most diseases, able to efficiently grow with low quality feed and have a high fertility rate. Temperature increases have detrimental impacts on livestock, such as decreased metabolism, reproduction, and performance. The response of livestock to heat stress can be shown by the expression of HSP70 gene. HSP70 works to increase the heat stress threshold which results in a long protein translation distance, thereby reducing the effect of heat stress on the protein folding mechanism and reducing the intensity of protein damage due to unfolding or misfolding. This study aims to identify the SNP g.1117G>A HSP70 gene polymorphism (HSP70|BanI) using the PCR-RFLP method. The total sample used was 104 samples consisting of 66 bali cattle from BPTU-HPT Denpasar, Bali province and
Keyword: Bali cattle, genetic polymorphism, HSP70, PCR-RFLP

Judul: Determination of Diversity SNP c.795A>G PLAG1 Gene with PCR-RFLP Method and Its Association with Birth Weight in Bali Cattle
Abstrak: Sapi bali merupakan salah satu contoh sapi pedaging asli Indonesia yang memiliki keanekaragaman tinggi dan sebagai sumber daya genetik ternak asli Indonesia. Sumber daya genetik ternak sapi bali ini dapat dimanfaatkan untuk memenuhi kebutuhan konsumsi daging di Indonesia, tetapi potensi ini belum ditingkatkan secara optimal. Sapi bali berpotensi untuk dikembangkan dan ditingkatkan produktivitasnya, yaitu dengan seleksi pada tingkat molekuler. Salah satu gen yang berhubungan dengan pertumbuhan yaitu gen Pleomorphic adenoma gene 1 (PLAG1). Gen PLAG1 merupakan salah satu gen pengontrol pertumbuhan dan ukuran tubuh. Penelitian ini bertujuan menganalisis keragaman gen PLAG1 dengan metode PCR-RFLP dan asosiasinya dengan bobot lahir pada sapi bali. Sampel yang digunakan sebanyak 104 sampel yang terdiri dari 66 ekor sapi bali BPTU-HPT Denpasar dan 38 ekor sapi bali BPT-HMT Serading. Sapi yang dipilih untuk diuji keragaman genetiknya ini adalah sapi yang memiliki data bobot lahir. Analisis keragaman gen PLAG1 menggunakan metode PCR-RFLP dengan enzim restriksi Sac1. Program Popgen32 digunakan untuk menganalisis frekuensi genotipe dan alel, nilai heterosigositas, dan keseimbangan Hardy-Weinberg. Uji GLM digunakan untuk menganalisis asosiasi SNP c.795A>G gen PLAG1 dengan bobot lahir pada sapi bali. Amplifikasi fragmen gen PLAG1 menghasilkan panjang produk PCR sebesar 776 bp dan 2 alel. Genotipe yang dihasilkan adalah AA (562 bp dan 182 bp), AG (562 bp, 182 bp, dan 104 bp), dan GG (562 bp dan 104 bp). Gen PLAG1 pada sapi bali bersifat polimorfik. Frekuensi alel sapi bali di BPTU-HPT Denpasar dan BPT-HMT Serading berada pada keseimbangan Hardy-Weinberg dengan frekuensi alel tertinggi adalah alel G di kedua lokasi. Genotipe dari SNP c.795A>G gen PLAG1 berasosiasi dengan bobot lahir pada sapi bali. Genotipe AG memiliki bobot lahir tertinggi dengan alel A sebagai penentu bobot lahir tinggi., Bali cattle are one of the examples of native Indonesian beef cattle that have high diversity and are a genetic resource for native Indonesian cattle. The genetic resources of Bali cattle can be utilized to meet the needs of meat consumption in Indonesia, but this potential has not been optimally increased. Bali cattle have the potential to be developed and increase their productivity by selection at the molecular level. One of the genes associated with growth is the Pleomorphic adenoma gene 1 (PLAG1). The PLAG1 gene is one of the genes that control growth and body size. This study aimed to analyze the polymorphism of the PLAG1 gene using PCR-RFLP and its association with birth weight in Bali cattle. The total sample used was 104 samples consisting of 66 Bali cattle from BPTU-HPT Denpasar and 38 Bali cattle from BPT-HMT Serading. The selected cattle to be tested for genetic polymorphism are cattle that have birth weight data. Analysis of PLAG1 gene polymorphism was carried out using PCR-RFLP and Sac1 restriction enzyme. Popgen32 was used to analyze the genotype and allele frequencies, heterozygosity, and Hardy-Weinberg equilibrium. General Linear Model was used to analyze the association of SNP c.795A>G PLAG1 gene with birth weight in Bali cattle. PLAG1 gene amplification resulted from 776 bp fragments and 2 alleles. The PLAG1 gene consisted of three genotypes i.e. AA (562 bp and 182 bp), AG (562 bp, 182 bp,
Keyword: Bali cattle, PCR-RFLP, PLAG1 gene, polymorphism

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: