Judul: Karakterisasi Fisiologi dan Identifikasi Molekuler Isolat-isolat  Bacillus sp. Penghasil Bakteriosin Asal Tambak Udang
Abstrak: Vibriosis merupakan kendala utama dalam pengembangan budidaya tambak udang. Penggunaan probiotik dari genus Bacillus sebagai agen biokontrol dapat dijadikan cara penanggulangan penyakit vibriosis. Isolat-isolat Bacillus sp. indigenus yang diisolasi dari tambak udang seperti isolat LTC8, LTC13, LTW4, LTW54, LTS36, dan LTS40 diketahui dapat menghambat pertumbuhan Vibrio harveyi, Escherichia coli, dan Staphylococcus aureus. Dalam penelitian ini dilakukan verifikasi daya hambat, uji fisiologi secara manual maupun menggunakan MicrogenTM GN-ID A+B Panel dan analisis sekuen gen 16S rRNA dari keenam isolat tersebut. Isolat LTS40, LTW54, dan LTC13 memiliki indeks penghambatan (IP) terbesar terhadap V. harveyi. IP terbesar terhadap E. coli dan S. aureus ditunjukkan oleh isolat LTW54 dan LTC13. Keenam isolat Bacillus menunjukkan hasil positif terhadap uji nitrat, Voges Proskauer (VP), pati, glukosa (kecuali LTS40), sukrosa (kecuali LTC13), O-nitrophenyl-â-D-galaktopiranosa (ONPG) (kecuali LTW4), dan gelatin (kecuali LTW54). Analisis 16S rRNA menunjukkan isolat LTW4, LTC13, LTS40, dan LTW54 memiliki kemiripan 98-99% dengan Bacillus subtilis sedangkan isolat LTS36 dan LTC8 memiliki kemiripan 98-99% dengan Bacillus sp. Pohon filogenetik menunjukkan keenam isolat berada dalam satu kelompok dan berkerabat dengan B. subtilis galur 168.
Keyword: 

Judul: Isolasi Bacillus Sp. Penghasil Bakteriosin Dan Peningkatan Aktivitasnya Sebagai Penghambat Vibrio Harveyi
Abstrak: Udang merupakan salah satu komoditas unggulan perikanan budidaya, dengan permintaan dunia yang terus mengalami peningkatan. Tantangan terbesar bagi pembudidaya udang saat ini ialah serangan penyakit. Salah satu penyakit penyebab kegagalan panen dalam budidaya udang ialah serangan vibriosis yang disebabkan oleh bakteri Vibrio harveyi. Serangan bakteri patogen Vibrio harveyi ini dapat berakibat terhadap penurunan produksi udang dan kerugian ekonomi bagi pembudidaya udang. Aplikasi Bacillus sp. dapat digunakan sebagai alternatif solusi untuk mengontrol pertumbuhan bakteri patogen pada budidaya udang, karena bakteri Bacillus sp. dapat diaplikasikan sebagai probiotik dan biokotrol yang menghasilkan senyawa antimikrob polipeptida seperti bakteriosin yang dapat menghambat pertumbuhan bakteri patogen. Bakteriosin merupakan senyawa antimikrob polipeptida yang disintesis di ribosom. Proses sintesis bakteriosin berlangsung selama masa pertumbuhan sel dan mengikuti pola sintesis protein. Umumnya bakteriosin hanya menghambat galur-galur yang berkerabatan dekat dengan bakteri penghasil bakteriosin. Hampir seluruh patogen yang ada dibudidaya perikanan merupakan bakteri gram negatif sehingga galur Bacillus sp. penghasil bakteriosin terpilih harus mampu menghasilkan bakteriosin dengan kemampuan spektrum penghambatannya yang luas sehingga mampu menghambat bakteri Vibrio harveyi yang termasuk patogen Gram negatif. Tujuan dari penelitian ini ialah mengisolasi Bacillus sp. penghasil bakteriosin asal tambak udang, Pangandaran, Jawa Barat dan melakukan peningkatan aktivitas penghambatannya terhadap Vibrio harveyi. Metode penelitian yang dilakukan antara lain: 1) isolasi Bacillus sp. dilakukan dengan pemanasan pada suhu ± 800 C selama 15 menit untuk memberi peluang tertapisnya Bacillus sp.; 2) seleksi isolat Bacillus sp. yang mempunyai kemampuan antimikrob dilakukan dengan menggunakan metode doube layer dan uji aktivitas penghambat bakteriosin dilakukan dengan menggunakan kertas cakram pada media SWC (Sea Water Complete) padat yang berisi bakteri uji Vibrio harveyi; 3) isolat Bacillus sp. terpilih dilakukan identifikasi 16S rRNA, karakteristik morfologi sel, pewarnaan Gram dan endospora; 4) pengendapan protein dilakukan dengan menggunakan amonium sulfat bertingkat 30-80%; 5) perhitungan kadar protein dilakukan dengan menggunakan metode Bradford dan perhitungan bobot molekul dengan metode SDS PAGE; dan 6) dilakukan penguji aktivitas penghambatan bakteriosin dan uji kompetisi Bacillus sp. terhadap Vibrio harveyi pada media tumbuh SWC cair. Dari hasil isolasi sampel sedimen lumpur dan air tambak udang didapatkan 22 isolat Bacillus sp. yang memiliki aktivitas penghambatan dan dipilih lima isolat potensial dengan aktivitas penghambatan tertinggi yang diduga sebagai penghasil bakteriosin, yaitu: LTP 1, LTP 4, LTP 6, LTP 14, dan ATP 2. Lima isolat tersebut kemudian diuji aktivitas penghambatan bakteriosinnya. Isolat LTP 1 merupakan isolat dengan aktivitas antimikrob terbesar dan dipilih untuk analisis 16S rRNA, produksi bakteriosin pada media pertumbuhan, dan uji antagonis penghambatan terhadap Vibrio harveyi. Isolat Bacillus LTP 1 telah diidentifikasi sebagai Bacillus subtillis dengan tingkat kesamaaan 96%. Produksi antimikrob bakteriosin isolat LTP 1 terjadi selama fase pertumbuhan dengan aktivitas maksimal antimikrob bakteriosin terjadi pada fase stasioner dengan besar zona hambat 16 mm. Penurunan aktivitas antimikrob bakteriosin terjadi setelah dilakukan perlakuan dengan enzim proteinase K. Pengendapan bakteriosin dengan amonium sulfat 70% memiliki aktivitas penghambatan terbesar dengan indeks penghambatan 2,7 dengan aktivitas unit penghambatan 2490 mm2/ml. Isolat LTP 1 dapat digunakan sebagai penghasil bakteriosin yang potensial dan menghambat Vibrio harveyi.
Keyword: Bacillus sp., bakteriosin, antimikrob, Vibrio harveyi, udang

Judul: 3D model reconstruction using aerial photo to measure object height
Abstrak: 3D reconstruction, especially for height extraction, using digital aerial photos taken from a non-metric camera and Unmanned Aerial Vehicle (UAV) is a challenging study. The purposes of the study are to determine the factors affect the accuracy of an object’s height reveal from a 3D model and establish procedures to deliver the optimal result. Two or more overlapping aerial photos can be constructed into the 3D model by applying the principles of collinearity and epipolar geometry using 3D reconstruction algorithm. Due to the instability of non-metric digital camera, the camera must be calibrated before 3D reconstruction is processed, in that way the quality of spatial extraction can be then measured. The study is conducted using 24 megapixels resolution Sony NEX7 digital camera and Hexacopter UAV. UAV was flown to a height of 50 m, 60 m and 70 m and placed at a certain position in order to get some height variations of camera. Camera Calibration Toolbox is utilized to calculate intrinsik parameters of the camera and a specific program is developed using MATLAB in order to build the 3D model and to obtain the object’s height. The result validation is done by comparing the height from 3D model with that one measured using Electronic Total Station. The accuracy of the object’s height up to 1 mm successfully achieved, with the largest height prediction error reaches 15.2 cm at 70 m flying height above ground level and average percentage error 4.07 for 20 objects.
Keyword: 3D reconstruction, collinearity, epipolar geometry, UAV