Judul: Struktur Vertikal Arus dan Variabilitas Volume Transpor Massa Air di Busur Luar Laut Banda
Abstrak: Gelombang ekuator Pasifik diperkirakan dapat masuk ke Perairan Indonesia dan mempengaruhi Arus Lintas Indonesia (Arlindo) di jalur Timur, khususnya di sepanjang Busur Luar Laut Banda. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menganalisis struktur vertikal arus dan variabilitas transpor volume Arlindo serta kaitannya dengan perambatan gelombang Rossby Pasifik di Busur Luar Laut Banda pada kanal Laut Seram, Laut Aru, dan Laut Timor, dengan menggunakan hasil model INDESO dari Januari 2008 sampai Desember 2014 (7 tahun). Hasil penelitian menunjukkan struktur vertikal aliran Arlindo di Busur Luar Laut Banda dari komponen arus zonal (Seram-Timor) dan meridional (Aru) memiliki pola pergerakkan searah jarum jam. Volume transpor di Laut Seram sebesar +1.04 Sv (± 1.54) Sv ke arah Timur, di Laut Aru arah transpor ke arah Selatan dengan besar transpor sebesar -0.61 (± 0.79) Sv, dan di Laut Timor ke arah Barat dengan volume transpor sebesar -8.42 (± 2.05) Sv. Struktur vertikal memperlihatkan bahwa arus dominan lebih kuat pada kedalaman di atas 300 m. Analisis Power Spectral Density pada selang kepercayaan 95% menunjukkan periodisitas energi signifikan terjadi pada periode tahunan, semi-tahunan dan intra-musiman, dimana variabilitas transpor di Laut Seram dan Laut Aru didominasi oleh skala-waktu tahunan dan intra-musiman, namun di Laut Timor dominan oleh variabilitas dalam skala-waktu intra-musiman dan semi-tahunan. Hasil koherensi tertinggi antara Laut Seram-Laut Aru, Laut Aru-Laut Timor, dan Laut Seram-Laut Aru memperlihatkan bahwa koherensi yang signifikan (0.9689) terjadi pada periode 341 hari dengan beda fase 26.5 hari, hal ini menunjukkan bahwa adanya perambatan gelombang ekuator Pasifik yang merambat di sepanjang Busur Luar Laut Banda. Analisis diagram Hovmoller memperlihatkan propagasi sinyal dari energi kinetik ditemukan di sepanjang Busur Luar Laut Banda pada kedalaman 5 m dan 155.9 m dengan nilai rerata kecepatan fase masing-masing kedalaman ialah 8.7 cm s-1 dan 11.1 cm s-1, dimana fase kecepatannya mirip dengan fase kecepatan golombang Rossby yang terperangkap. Analisis normal mode memperlihatkan Laut Seram, Laut Aru, dan Laut Timor memiliki pola osilasi arus yang hampir mirip karena berdasarkan profil densitas potensial dan frekuensi Brunt-Vaisalla. Koherensi antara angin Zonal Indo-Pasifik dan volume transpor di Laut Aru menunjukkan koherensi tertinggi ditemukan di Pasifik Utara Subtropis dan Ekuatorial, dengan fluktuasi arus terjadi pada variabilitas skala-waktu tahunan, semi-tahunan, dan intra-musiman. Hasil penelitian memperlihatkan bahwa angin zonal di sepanjang Laut Pasifik ekuator berperan sebagai remote forcing yang menghasilkan respon gelombang Rossby.
Keyword: Arus Lintas Indonesia (Arlindo), INDESO, Busur Luar Laut Banda, variabilitas volume transpor Arlindo, gelombang Rossby Pasifik

Judul: Struktur Dan Variabilitas Arus Lintas Indonesia Di Selat Makassar
Abstrak: Selat Makassar (SM) yang merupakan pintu masuk utama Arus Lintas Indonesia (Arlindo) diketahui membawa transpor Arlindo sekitar 75% dari total 15 Sv (Sv= ). Kontur Selat yang berupa kanal dengan keragaman kedalaman sangat mempengaruhi karakteristik massa air yang bergerak di dalamnya sehingga diperlukan penelitian mencakup seluruh kawasan SM. Analisis deret waktu dari arus di SM dengan menggunakan mooring arus telah dilakukan sejak tahun 1996 hingga sekarang namun demikian pengukuran hidrografi yang mencakup seluruh kawasan SM masih jarang dilakukan. Selain itu telah dibuat pemodelan untuk mengetahui variabilitas pada seluruh kawasan SM oleh beberapa peneliti. Namun analisis deret waktu pada setiap kedalaman yang dilewati Arlindo masih jarang dilakukan. Tujuan dari penelitian ini adalah mengkaji struktur dan variabilitas Arlindo di kawasan SM. Data hidrografi merupakan data hasil Ekspedisi Widya Nusantara (EWIN) pada Juni 2013. Data terdiri dari 29 stasiun CTD dan data arus dari SADCP (Shipboard Acoustic Doppler Current Profilers) sepanjang lintasan survei. Untuk analisis deret waktu digunakan data hasil model INDESO (Infrastructure Development for Space Oceanography) selama tahun 2007-2013 pada kedalaman 25, 92 dan 318 m dengan penerapan analisis EOF (Empirical Orthogonal Function) menggunakan 3 mode terbesar serta analisis trajektori partikel massa air. Hasil penelitian menunjukkan Arlindo SM dicirikan oleh arus jet kuat pada kedalaman termoklin (75-125 m), dimana aliran masuk menuju barat daya. Mendekati 1°LS, arah aliran berubah ke tenggara menyusuri lereng dangkalan Kalimantan yang mengarah ke Kanal Labani. Arus jet berubah arah menuju selatan pada Kanal Labani dan menjadi semakin kuat. Aliran mengalami resirkulasi membentuk pusaran arus searah jarum jam pada tepi barat laut SM. Massa air Arlindo SM didominasi oleh massa air Pasifik Utara, yaitu North Pacific Subtropical Water (NPSW) di kedalaman termoklin dan North Pacific Intermediate Water (NPIW) di kedalaman bawah termoklin. Terdapat variasi spasial dari massa air NPSW dan NPIW, dimana semakin ke arah selatan karakteristik massa air mengalami transformasi. Ketebalan lapisan termoklin di sisi timur pintu masuk selat lebih besar sehingga distribusi massa air Pasifik Utara tersebut berasal dari sisi timur dan mengalir dengan arah menuju barat daya. Sehingga ditemukan intensifikasi Arlindo pada tepi barat dengan posisi sekitar 1-2˚LS. Hasil model INDESO menunjukan eksistensi 4 eddy besar pada tepi SM dengan pusaran searah dan berlawan jarum jam. Energi kinetik serta aliran pada eddy lebih tinggi selama musim timur. Di selatan SM, ditemukan 3 percabangan Arlindo dengan aliran cenderung melalui cabang timur dan tengah ditemukan di selatan SM. Aliran Arlindo pada cabang barat melemah selama musim barat di kedalaman permukaan yang diduga akibat pengaruh pergerakan massa air permukaan ke arah utara selama musim tersebut. Sedangkan pada kedalaman iii termoklin aliran lebih kuat pada cabang barat selama musim barat yang disebabkan oleh melemahnya eddy yang terbentuk pada wilayah barat di selatan SM. Analisis temporal dengan menggunakan metode EOF untuk menemukan variabilitas dominan yang terjadi pada wilayah SM menunjukan variabilitas yang berbeda pada setiap kedalaman. Explained variance 79.1 % pada EOF Mode 1 di kedalaman permukaan menunjukan pengaruh periode antar tahunan (512 harian) yang kuat yang diduga dipengaruhi oleh siklus ENSO. Variabilitas antar tahunan ditemukan bersamaan dengan variabilitas intra musiman dengan periode 33,57 dan 73 harian namun dengan energi densitas yang
Keyword: Arus Lintas Indonesia, EWIN 2013, INDESO, Selat Makassar, Variabilitas Arlindo

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA