Judul: Penapisan enzim endonuklease restriksi dari sejumlah isolat Vibrio sp. dan Xanthomonas campestria (Axonopodis) pv. glyycines
Abstrak: Enzim endonuklease restriksi tipe II mampu memotong DNA pada sekuen yang spesifik, sehingga enzim ini memiliki peranan yang sangat penting dalam perkembangan bioteknologi. Enzim ini dihasilkan oleh berbagai macam bakteri yang tersebar luas di alam. Isolat-isolat bakteri asal Indonesia, yaitu isolat bakteri Vibrio sp. dan Xanthomonas campestris (axonopodis) pv. glycines, diteliti potensinya dalam menghasilkan enzim endonuklease restriksi. Penelitian ini bertujuan untuk menapis keberadaan enzim endonuklease restriksi tipe II sekaligus memanfaatkan kekayaan plasma nuftah Indonesia. Vibrio sp. ditumbuhkan pada LB yang dibubuhi 3% NaCl, pH7,5-8,0 secara aerobik (200 rpm), 28°C, 24 jam. Sedangkan Xanthomonas ditumbuhkan pada media LB (pH 7,2), dengan 10% kultur inokulum (125-150 rpm, 28°C, 1 hari), secara aerobik (125-150 rpm), 28°C, 2 hari. Sel bakteri diperoleh melalui sentrifugasi (3000 rpm, 4°C, 30 menit) yang selanjutnya disuspensikan kembali dalam buffer sonikasi (10 mM Tris-HCl pH 7,5; 1 mM EDTA; 7 mM B-merkaptoetanol) dengan perbandingan 2 g sel: 1 ml buffer. Suspensi bakteri disonikasi secara diskontinu (30 detik, istirahat 2-3 menit, 5 kali ulangan). Kotoran sel dihilangkan dengan sentrifugasi pada kecepatan tinggi (13.500 rpm, 4°C, 20 menit). Pemurnian enzim restriksi dilakukan dalam tabung mikro steril berisi 225 µl akuabides steril, 25 µl NaCl 2 M, 500 µl contoh supernatan dan 250 µl polimer konsentrat (PEG6000-dekstran T500). Tabung divorteks secara diskontinu, lalu disentrifus kembali (10.000 rpm, 4°C, 10 menit). Uji aktivitas enzim dilakukan dalam tabung mikro steril. Total volume campuran reaksi 20 µl, yang terdiri dari sejumlah DNA fage à atau plasmid, 2 µl buffer reaksi 10x (1xbuffer: 10 mM Tris-HCl pH 7,5; 7 mM MgCl2; 7 mm β- merkaptoetanol), 10 µl supernatan enzim restriksi dan air bebas ion. Campuran reaksi diinkubasi pada 37°C dengan selang waktu tertentu. Aktivitas dihentikan dengan menambahkan blue juice, lalu hasil digesti diamati dengan elektroforesis gel agarosa. Kontrol negatif yaitu DNA utuh yang mengalami perlakuan fisik yang sama, dan kontrol positif yaitu DNA yang dipotong dengan enzim restriksi komersial, dilakukan untuk membantu melihat keberhasilan suatu reaksi digesti. Pengulangan pengendapan asam nukleat dan perpanjangan waktu digesti tidak selalu memberikan hasil uji aktivitas yang lebih baik. Isolat-isolat Vibrio sp. yang diteliti berpotensi memiliki enzim restriksi, namun dari hasil penelitian ini belum dapat disimpulkan bahwa enzim restriksi yang dimiliki bersifat spesifik. Dari penelitian ini, 15 isolat Xanthomonas campestris (axonopodis) pv. glycines yang diteliti berpotensi menghasilkan enzim restriksi dan 10 isolat, yaitu X1FL, YR29, YR32, YR34, YR37, YR48, YR60, YR61, YR64 dan YR75, berpotensi memiliki enzim restriksi tipe II. Enzim restriksi dari X1FL diduga merupakan isochizomer dari enzim Xbal.
Keyword: 

Judul: Screening Enzim Endonuklease Restriksi Dari Bakteri Asal Indonesia
Abstrak: Enzim endonuklease restriksi adalah enzim yang dapat mengenali dan memotong kedua utas DNA (Deoxy Ribonucleic Acid) pada urutan basa tertentu. Enzim ini memiliki peranan penting dalam berbagai teknik molekuler dan genetika, misalnya untuk analisis gen dan kloning gen yang bermanfaat. Bidang ilmu dan teknologi pangan memanfaatkan enzim ini, misalnya dalam mendeteksi patogen pangan secara molekuler. Enzim ini juga bermanfaat untuk pengembangan produk-produk pertanian, seperti varietas kedelai tahan hama, kentang tahan virus, analisis gen, dan konstruksi pangan transgenik. Enzim endonuklease restriksi dihasilkan oleh bakteri yang tersebar di alam dan penelitian ini bertujuan memilah enzim endonuklease restriksi dari bakteri-bakteri isolat koleksi Laboratorium Mikrobiologi dan Biokimia Pusat Penelitian Sumberdaya Hayati dan Bioteknologi IPB. Penelitian dimulai dengan pemilihan isolat bakteri sebanyak 11 isolat yang dianggap berpotensi menghasilkan enzim restriksi berdasarkan referensi yang diperoleh dari penelitian sebelumnya. Sebelas isolat tersebut berasal dari genus Rhodobacter, Pseudomonas, Bacillus dan beberapa isolat bakteri asal tongkol jagung. Isolat tersebut ditumbuhkan sehingga diperoleh pelet sel yang akan digunakan untuk ekstraksi enzim. Selain produksi enzim, isolasi DNA plasmid pUC 19 dilakukan untuk memperoleh substrat bagi enzim. Plasmid pUC 19 diperoleh dari E.coli carrier plasmid pUC 19. Metode yang digunakan untuk isolasi plasmid adalah metode lisis alkali.
Keyword: 

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: