Judul: Analisis Gene Co-expression Network untuk Identifikasi Gen Pengontrol Prengus pada Domba (Ovis Aries).
Abstrak: Analisis marka DNA merupakan bidang kajian bioinformatika yang penting dan terus berkembang. Marka DNA atau marka molekuler didefinisikan sebagai sekuens DNA yang spesifik dan lokasinya di kromosom telah diketahui, Marka DNA dapat digunakan untuk mengidentifikasi gen-gen apa saja yang berkaitan dengan sifat-sifat tertentu dari suatu individu. Salah satu analisis marka DNA yang banyak digunakan adalah analisis gene co-expression network yaitu menganalisis nilai expresi marka DNA berdasarkan co-expression dengan setiap DNA yang lain. Tujuan dari analisis gene co-expression network adalah untuk melihat gen yang paling dominan yang berhubungan dengan sifat fenotipe tertentu. Prengus merupakan rasa (flavour) dan bau (odour) tak sedap yang terdapat pada daging domba. Prengus disebabkan oleh asam lemak rantai cabang (BCFA). Empat senyawa BCFA yang mempengaruhi prengus adalah Skatole, Undecanoic Acid, 4-Methylphenol, dan 4-Methylnonanoic Acid, di mana Skatole mempengaruhi rasa (flavour), sedangkan tiga senyawa lainnya mempengaruhi bau (odour). Prengus mempengaruhi tingkat konsumsi daging domba karena umumnya konsumen tidak menyukai bau pekat pada daging, sehingga usaha untuk mereduksi prengus telah lama dilakukan, salah satunya adalah dengan pemuliaan domba yang secara alami memiliki tingkat prengus rendah. Usaha pemuliaan domba sudah lama dilakukan secara konvensional dengan banyak kekurangan seperti tingkat akurasi yang rendah, biaya yang tinggi, dan waktu proses yang lama. Pemuliaan secara genetik diharapkan dapat mengatasi kekurangan dari pemuliaan secara konvensional. Salah satu langkah yang diperlukan untuk pemuliaan genetik adalah mengidentifikasi gen-gen apa saja yang mempengaruhi sifat-sifat tertentu. Analisis marka DNA dapat digunakan dalam identifikasi keterkaitan gen-gen dengan sifat fenotipe, penelitian ini menggunakan gene co-expression network sebagai metode untuk mengidentifikasi gen-gen apa saja yang berpengaruh kuat terhadapat sifat prengus dari domba. Data penelitian berasal dari enam sampel domba, di mana tiga ekor domba merupakan domba dengan tingkat prengus tinggi, dan tiga ekor lainnya merupakan domba dengan tingkat prengus rendah. Data genotipe merupakan nilai gene expression dari 136 gen yang muncul dari proses sequencing dan berkorelasi terhadap prengus. Adapun fenotipe merupakan profil dari empat senyawa BCFA dari masing-masing sampel. Penelitian ini dilakukan dengan melakukan proses clustering. Gen-gen dari data diklaster ke dalam modul-modul untuk mempersempit pencarian, dari data terbentuk enam klaster yang masing-masing memiliki nilai korelasi ke sifat fenotipe. Dari klaster tersebut terpilih tiga klaster yang dominan, dan kemudian terpilih tiga gen yang berpengaruh kuat terhadap tingkat prengus pada domba.
Keyword: asam lemak rantai cabang, gene co-expression network, gene expression, modul gen

Judul: Functional Study of Candidate Genetic  Markers Determining The Lamb Quality of Indonesian Sheep
Abstrak: Upaya peningkatan produksi daging domba baik secara kuantitas maupun kualitas perlu dilakukan untuk membantu pemenuhan kebutuhan protein asal hewani khususnya bersumber dari daging. Salah satu langkah yang dapat dilakukan melalui program seleksi berbasis molekuler dengan marka genetik penentu kualitas daging domba. Hasil RNA sequencing yang dilakukan sebelumnya diperoleh beberapa kandidat marka genetik diantaranya gen dopa decarboxylase (DDC) dan cytochrome P450 family 2 subfamily E member 1 (CYP2E1) yang diduga memiliki peranan dalam kualitas daging domba. Penelitian ini bertujuan mengkaji secara fungsional kandidat marka genetik gen DDC dan CYP2E1 dari segi aspek genomik, transkriptomik, dan proteomik dalam peranannya terkait mekanisme kualitas daging domba Indonesia. Kajian fungsional meliputi identifikasi keragaman gen DDC dan CYP2E1, asosiasi keragaman gen DDC dan CYP2E1 dengan kualitas karkas dan daging, analisis ekspresi gen DDC dan CYP2E1, dan analisis protein CYP2E1. Identifikasi keragaman gen DDC dan CYP2E1 dilakukan pada 200 ekor domba Indonesia dari beberapa rumpun diantaranya domba ekor tipis (DET), domba ekor gemuk (DEG), domba Garut (DG), domba Jonggol (DJ), domba compass agrinak (DCA), domba barbados cross (DBC), dan domba komposit Garut agrinak (DKG). Keragaman gen DDC dan CYP2E1 diidentifikasi dengan metode Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP). Hasil keragaman gen DDC dan CYP2E1 diasosiasikan dengan kualitas daging domba dengan analisis uji T. Tingkat ekspresi gen DDC dan CYP2E1 dari masing–masing genotipe dianalisis menggunakan metode quantitative Real Time-PCR (qRT-PCR). Analisis protein CYP2E1 dilakukan dengan pewarnaan imunohistokimia (IHK) dan hematoxylin-eosin (HE) menggunakan masing-masing tiga sampel kelompok tinggi dan rendah berdasarkan nilai pH daging. Hasil penelitian menunjukkan bahwa SNP g. 5377439 G>A gen DDC dan SNP g. 50658168 T>C gen CYP2E1 bersifat polimorfik (beragam) pada populasi domba yang diamati dengan ditandai munculnya tiga genotipe berbeda pada masing-masing gen, yaitu GG, AG, dan AA pada gen DDC serta TT, CT, dan CC pada gen CYP2E1. Gen DDC memiliki pengaruh yang signifikan (P<0,05) pada sebagian besar sifat kualitas karkas domba, diantaranya karakteristik karkas meliputi bobot hidup, persentase karkas, panjang karkas, karkas hangat, dan karkas dingin, dan seluruh potongan komersil karkas kecuali shank dan neck. Selain itu gen DDC juga memiliki pengaruh yang nyata (P<0,05) pada kualitas daging meliputi nilai pH, keempukan, dan daya mengikat air. Keragaman gen DDC juga memiliki pengaruh yang nyata (P<0,05) dengan komposisi asam lemak meliputi konten lemak; asam lemak jenuh termasuk asam oktanoat (C8:0), asam kaprat (C10:0), asam palmitat (C16:0), asam heptadekanoat (C17:0), asam stearat (C18:0), asam arakidat (C20:0), dan asam henekosanoat (C21:0), asam behenat (C22:0), asam trikosanoat (C23:0), dan asam tetrakosanoat (C24:0). Selain itu, gen DDC juga berhubungan secara nyata (P<0,05) dengan asam lemak tak jenuh tunggal termasuk asam palmitoleat (C16:1), asam oleat (C18:1n9c), asam elaidik (C18:1n9t), dan asam nervonat (C24:1); serta asam tak jenuh ganda termasuk asam linolenat (C18:3n3), asam eikosidoneat (C20:2), asam homo y-linolenat (C20:3n6), dan asam arakidonat (C20:4n6). Akan tetapi, gen DDC tidak memiliki pengaruh yang signifikan (P>0,05) pada kandungan mineral daging. Secara umum genotipe AG pada gen DDC menunjukkan nilai kualitas daging yang paling tinggi dibandingkan genotipe AA dan GG. Tingkat ekspresi gen DDC secara signifikan berbeda nyata (P<0,05) dalam mempengaruhi kualitas daging. Hasil asosiasi gen CYP2E1 dengan parameter kualitas karkas menunjukkan adanya
Keyword: domba, gen DDC, gen CYP2E1, kualitas daging, protein

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: