Judul: Pendugaan Komponen Ragam Karakter Agronomi Gandum (Triticum aestivum L.) dan Identifikasi Marka Simple Sequence Repeat (SSR) Terpaut Suhu Tinggi Menggunakan Bulk Segregant Analysis (BSA).
Abstrak: Gandum (Triticum aestivum L.) memiliki peran penting dalam ketahanan pangan dunia karena secara global, spesies ini paling banyak dibudidayakan di dunia. Kebutuhan konsumsi gandum di dunia tahun 2009 sampai tahun 2012 terus meningkat. Sampai saat ini, Indonesia masih sangat tergantung dengan impor gandum. Pengembangan Gandum di Indonesia menghadapi masalah karena adanya perbedaan kondisi agroklimat seperti suhu tinggi dan curah hujan. Dengan demikian, perlu dilakukan pengembangan varietas gandum yang toleran terhadap suhu tinggi baik melalui pemuliaan konvensional atau bioteknologi seperti penanda molekuler. Penelitian ini bertujuan untuk (1) memperoleh informasi mengenai keragaman genetik gandum generasi F3 di dataran tinggi dan generasi F4 di dataran menengah berdasarkan karakter agronomi; (2) memperoleh informasi aksi gen yang mengendalikan karakter agronomi di dua generasi gandum hasil persilangan Oasis x HP1744 menggunakan metode shuttle breeding; (3) memperoleh informasi mengenai hubungan antara karakter-karakter agronomi dan kriteria seleksi pada generasi F4 di dataran menengah; (4) mengidentifikasi dan memperoleh genotipe F4 (Oasis x HP1744) yang beradaptasi dengan stres suhu tinggi; (5) memperoleh marka Simple Sequence Repeat (SSR) yang mampu mengidentifikasi genotipe yang toleransi terhadap suhu tinggi menggunakan bulk segregant analysis; (6) mengetahui hubungan genetik dan tingkat keragaman genetik gandum hasil persilangan antara Oasis x HP1744 di dataran menengah menggunakan marka Simple Sequence Repeat (SSR); (7) mengelompokkan genotipe F4 gandum di dataran menengah berdasarkan kekerabatan. Percobaan untuk mengetahui keragaman genetik dan seleksi dari generasi F3 dilakukan di Kebun Percobaan Pusat Penelitian Tanaman Hias, Cipanas, Bogor dengan ketinggian 1100 m di atas permukaan laut dari bulan April sampai Agustus 2012 dengan menggunakan rancangan perbesaran (Augmented Design). Studi mengenai kendali genetik karakter agronomi gandum menggunakan metode Shuttle Breeding dilakukan di dua lokasi, di Kebun Percobaan Pusat Penelitian Tanaman Hias, Cipanas Bogor pada bulan April 2012 sampai Agustus 2012 dan di dataran menengah di lahan pertanian di Cisarua, Bogor dengan ketinggian 600 m di atas permukaan laut pada bulan Februari sampai Mei 2013. Rancangan penelitian yang digunakan adalah rancangan Augmented. Percobaan untuk keragaman genetik dari generasi F4 dilakukan di dataran menengah di Cisarua, Bogor dengan ketinggian ± 600 m di atas permukaan laut pada bulan Februari sampai Mei 2013. Karakter agronomi dianalisis menggunakan sidik lintas dan seleksi dilakukan untuk genotipe toleran terhadap suhu tinggi. Seleksi marka SSR terpaut suhu tinggi menggunakan bulk segregant analysis dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler, Departemen Agronomi dan Hortikultura, Institut Pertanian Bogor (IPB) dan di Laboratorium Biologi Molekuler, Balai Penelitian Tanaman Serealia, Maros, Sulawesi Selatan pada bulan Juli 2013 sampai Maret 2014. Hasil penelitian untuk generasi F3 menunjukkan bahwa 6 karakter agronomi yang memiliki keragaman genetik yang tinggi adalah karakter kehijauan daun bendera, jumlah anakan total, persentase floret hampa per malai, jumlah biji malai utama, bobot biji malai utama, jumlah biji per malai, bobot biji per malai, jumlah biji per tanaman dan bobot biji per tanaman. Generasi F3 yang terpilih adalah O/HP 21, O/HP 93, O/HP 82, O/HP 6, O/HP 93, O/HP 104, O/HP 22, O/HP 37, O/HP 115, dan O/HP 30, yang digunakan untuk pemilihan pada generasi F4 di lingkungan cekaman suhu tinggi. Karakter agronomi dari generasi F3 yang dikendalikan oleh banyak gen (poligenik), yaitu karakter jumlah anakan total dan jumlah
Keyword: analisis lintas, bulk segregant analysis, diferensial seleksi, index seleksi, jarak genetik, kemiripan genetik, kendali genetik, keragaman genetik, seleksi langsung, seleksi tidak langsung

Judul: Analisis Keragaman Genetik Pada Gandum (Triticum Aestivum L.) Hasil Introduksi Menggunakan Karakterisasi Morfologi Dan Molekuler
Abstrak: Gandum (Triticum aestivum L.) adalah salah satu komoditas pangan serealia penting yang dibutuhkan dalam jumlah besar di dunia. Indonesia merupakan salah satu negara pengimpor gandum terbesar. Gandum merupakan tanaman subtropis yang sulit dibudidayakan di Indonesia karena suhu yang terlalu tinggi. Saat ini gandum hasil introduksi dapat dikembangkan dengan baik pada elevasi > 800 m dpl. Namun adanya persaingan dengan komoditas hortikultura di dataran tinggi menyebabkan gandum tidak dapat dibudidayakan secara luas di Indonesia. Sebagai upaya untuk mengatasi hal tersebut, pengembangan gandum difokuskan untuk dataran menengah-rendah. Suhu rata-rata pada dataran menengah-rendah tentunya lebih tinggi dibandingkan dengan dataran tinggi, sehingga diperlukan varietas gandum yang toleran terhadap suhu tinggi. Dengan demikian Indonesia dapat mengurangi impor gandum di kemudian hari. Informasi mengenai hubungan kekerabatan diantara genotipe koleksi gandum yang diintroduksi belum banyak dilaporkan, terutama antara genotipe yang sudah lama diintroduksi dengan genotipe yang baru diintroduksi. Selain itu, deskripsi varietas yang disebutkan pada masing-masing genotipe diperuntukkan budidayanya di dataran tinggi (>800 m dpl). Program pemuliaan gandum dimulai dengan meningkatkan keragaman genetik, dapat melalui persilangan dan induksi mutasi. Sebelum melakukan persilangan, penentuan tetua sangat penting untuk dilakukan mengingat program pemuliaan membutuhkan waktu yang lama. Tujuan utama penelitian ini adalah melakukan analisis keragaman genetik di antara koleksi genotipe gandum dengan cara karakterisasi morfologi dan molekuler. Hal tersebut diwujudkan dengan mempelajari pertumbuhan tanaman gandum di dataran menengah (400-800 m dpl), mempelajari karakter morfologi, anatomi, serta keragaman dalam sekuen nukleotida gen terkait toleransi suhu tinggi. Penelitian terdiri atas 3 percobaan. Karakterisasi morfologi dan karakter agronomi pada beberapa genotipe gandum pada percobaan pertama dilakukan di Kebun Percobaan Sukamantri IPB, Tamansari, Bogor dengan ketinggian + 540 m dpl pada bulan Desember 2013 hingga Mei 2014. Peningkatan keragaman genetik pada level in vitro melalui induksi mutasi dengan irradiasi sinar gamma dan seleksi suhu tinggi telah dilakukan pada penelitian sebelumnya, sehingga karakterisasi secara morfologi dan anatomi untuk mengetahui perubahan yang terjadi pada mutan putatif gandum dilakukan pada percobaan 2. Percobaan 2 tersebut dilakukan di Laboratorium Kultur Jaringan 3 pada bulan Februari – Agustus 2015. Kemudian percobaan 3 yakni studi molekuler gen-gen terkait toleransi suhu tinggi pada beberapa genotipe gandum yang dilakukan pada bulan September 2015 hingga Februari 2016 di Laboratorium Plant Molecular Biology 2 AGH IPB dan Laboratory of Plant Breeding and Genetics, Tohoku University. Percobaan pertama menggunakan tiga genotipe yang lebih awal diintroduksi (Nias, Selayar, dan Dewata) serta lima genotipe yang baru diintroduksi (Guri 3 Agritan, Guri 4 Agritan, Guri 5 Agritan, Guri 6 Unand, dan SBD) yang disusun berdasarkan rancangan kelompok lengkap teracak dengan 1 faktor dan 3 ulangan. Pengamatan morfologi berdasarkan deskriptor UPOV, dan juga dilakukan pengamatan terhadap karakter agronomi. Hasil percobaan menunjukkan bahwa terdapat keragaman pada genotipe gandum berdasarkan 18 karakter morfologi. Analisis filogenetik menunjukkan pengelompokan pada genotipe yang lebih awal diintroduksi (Nias, Selayar, dan Dewata) terpisah dengan genotipe yang baru diintroduksi (Guri 3 Agritan, Guri 4 Agritan, Guri 5 Agritan, Guri 6 Unand, dan SBD). Hal ini juga didukung dengan nilai pengamatan pada karakter agronomi dimana genotipe yang lebih awal diintroduksi cenderung memperlihatkan hasil yang rendah, sementara genotipe yang baru diintroduksi lebih tinggi sehingga dapat disimpulkan bahwa terdapat perbaikan karakter
Keyword: dataran menengah, filogenetik, mutan putatif, suhu tinggi, TaHSF-2

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: