Judul: Identifikasi Filet Ikan Beku Tanpa Label dengan Metode DNA Barcoding dan Analisis Bioinformatika
Abstrak: Filet Ikan beku yang beredar di pasar swalayan di Bogor beberapa tidak mencantumkan jenis spesies pada kemasannya. Produk filet ikan beku umumnya memuat nama spesies pada label kemasannya. Produk filet ikan beku tanpa label perlu diidentifikasi guna mengetahui jenis spesies yang dijadikan sebagai bahan baku produk tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi filet ikan beku tanpa label dengan metode DNA barcoding yang efektif dalam mengidentifikasi sampel uji. Sampel yang digunakan pada penelitian ini adalah sampel filet ikan 1, filet ikan 2, filet ikan 3, dan filet ikan 4. Tahapan dalam penelitian ini meliputi preparasi sampel, uji logam berat sampel, isolasi DNA sampel, sekuensing DNA sampel, amplifikasi DNA sampel dan analisis bioinformatika. Hasil identifikasi menunjukkan keempat sampel filet ikan beku adalah daging ikan hiu biru (Prionace glauca) dengan homologi 100%. Ikan hiu biru dalam IUCN red list masuk dalam status hampir terancam punah.
Keyword: DNA barcoding, identifikasi filet ikan beku, Prionace glauca

Judul: Deteksi Ikan Tenggiri (Scomberomorus Sp.) Dan Produk Olahannya Menggunakan Dna Barcoding
Abstrak: Ikan tenggiri merupakan salah satu jenis ikan yang sering digunakan sebagai bahan baku produk perikanan seperti pempek, bakso, otak-otak, kerupuk, dan lain-lain. Ketersediaan bahan baku yang terbatas serta keuntungan secara ekonomi sering dijadikan alasan terjadinya pemalsuan produk (mislabeling). Deteksi pemalsuan produk dapat dilakukan dengan penelusuran informasi secara morfologi, protein, dan DNA. Identifikasi secara morfologi dan analisis protein dapat dilakukan untuk ikan segar sedangkan untuk produk olahan perikanan tidak dapat dilakukan karena telah terjadi perubahan bentuk, ukuran, serta denaturasi protein selama proses produksi. DNA barcoding merupakan teknik identifikasi spesies yang dapat digunakan baik untuk sampel ikan segar maupun sampel produk olahan. Tujuan dari penelitian ini adalah menentukan keaslian produk olahan ikan tenggiri (Scomberomorus sp.) melalui pendekatan DNA barcoding menggunakan dua gen mitokondria yaitu cytochrome oxidase sub unit I (COI) dan cytochrome b (cyt b). Penelitian ini dibagi menjadi dua tahap. Tahap pertama meliputi pengukuran fisik (morfometrik dan rendemen) serta pengukuran kimia (proksimat). Penelitian tahap dua yaitu tahap molekuler (DNA barcoding) dimulai dari isolasi DNA, desain primer, uji kuantitatif DNA, amplifikasi DNA, elektroforesis, dan konstruksi pohon filogenetik. Sampel terdiri dari ikan segar (6 sampel), tenggiri giling (3), pempek (4), bakso (6), otak-otak (5), dan kerupuk (6). Sampel dikoleksi dari beberapa tempat yaitu Jakarta, Bogor, Banten, Bandung, Makasar, dan Palembang. Ciri morfometrik menunjukkan bahwa sampel ikan segar (6 sampel) terbagi menjadi dua kelompok spesies yaitu tenggiri papan (Scomberomorus commerson) dan tenggiri totol (Scomberomorus guttatus). Ciri khas ikan tenggiri totol adalah terdapat corak bulat yang tersebar tidak teratur di atas linea lateralis (LL) sedangkan tenggiri papan memiliki corak garis vertikal. Ikan tenggiri papan dan tenggiri totol memiliki bagian daging putih yang lebih besar dibandingkan daging merah yaitu 46,67% dan 48,38%. Hasil SDS-PAGE menunjukkan bahwa pada ikan segar dan sampel ikan giling terdapat pita protein yang jelas, sedangkan pada sampel produk olahan pita proteinnya tidak tergambarkan secara jelas. Hasil analisis DNA barcoding menunjukkan terdapat 9 dari 30 (30%) sampel tidak mengandung ikan tenggiri seperti yang tercantum pada labelnya yaitu pempek (2 sampel), bakso (2), dan kerupuk (5). Nilai homologi spesies yang teridentifikasi sebagai tenggiri papan (S. commerson) dan tenggiri totol (S. guttatus) berkisar antara 97%-99%.
Keyword: tenggiri, DNA barcoding, cytochrome b, cytochrome c subunit I

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: