Judul: Uji aktivitas promoter melalui injeksi secara intramuskular pada ikan mas Cyprinus carpio
Abstrak: Ikan mas Cyprinus carpio merupakan jenis ikan konsumsi air tawar yang sangat populer di Indonesia, khususnya Jawa Barat. Terjadinya wabah koi herpesvirus (KHV) pada budidaya ikan mas dan koi di Indonesia telah mengakibatkan kematian massal. Salah satu langkah pencegahan yang bisa dilakukan adalah dengan vaksinasi menggunakan vaksin DNA. Vaksin DNA adalah vaksin yang berbentuk plasmid DNA yang mengandung sisipan gen imunogenik, misalnya glikoprotein, yang diapit oleh sebuah promoter dan terminator/poliadenilasi. Promoter adalah bagian dari DNA yang merupakan tempat RNA polimerase menempel dan menginisiasi transkripsi, menentukan waktu, tingkat dan tempat ekspresi gen. Dengan demikian, tingkat ekspresi gen imunogenik yang digunakan sebagai vaksin sangat ditentukan oleh promoter yang mengendalikannya. Pada penelitian ini, sebagai langkah awal pengembangan vaksin DNA, dilakukan pengujian aktivitas promoter heat shock, keratin dan β- aktin pada ikan mas yang diinjeksi dengan plasmid yang mengandung gen GFP. Aktivitas promoter tersebut diketahui dengan menganalisis ekspresi gen GFP menggunakan metode PCR dengan cDNA cetakan yang telah disintesis dari mRNA hasil ekstraksi dari beberapa organ dan dengan menggunakan mikroskop fluoresensi. Hasil PCR dengan cetakan cDNA setelah 24 jam dan 1 minggu injeksi menunjukkan bahwa gen GFP terekspresi pada jaringan ginjal, insang, limpa, dan otot yang diperlihatkan dengan keberadaan pita DNA yang sejajar dengan pita DNA kontrol positif. Tingkat ekspresi gen GFP berbeda antara 24 jam dan 1 minggu pasca injeksi (p.i). Pada 24 jam p.i, gen GFP diekspresikan pada semua jaringan dengan menggunakan heat shock-GFP, keratin-GFP, dan β-aktin-GFP, yang ditandai dengan adanya pita DNA produk PCR. Ekspresi gen GFP yang lebih tinggi terdapat pada jaringan otot dibandingkan jaringan lainnya untuk perlakuan keratin-GFP dan β-aktin-GFP. Pada 1 minggu p.i, ekspresi gen GFP menurun yang ditandai dengan intensitas/ketebalan pita DNA produk PCR menurun pada beberapa jaringan. Dengan menggunakan mikroskop fluoresensi, ekspresi gen GFP mulai muncul 8 jam p.i. Ekspresi GFP terdapat pada jaringan ginjal, insang, limpa, dan otot hasil injeksi dengan ketiga konstruksi yang diuji. Tingkat ekspresi GFP setelah 24 jam injeksi mengalami peningkatan bila dibandingkan setelah 8 jam injeksi. Ekspresi GFP mulai melemah ketika 1 minggu p.i. Pengamatan GFP menggunakan mikroskop fluoresensi dilakukan hingga 2 bulan dan diperoleh hasil bahwa ekspresi pada beberapa jaringan semakin melemah, tetapi masih ditemukan pendaran kurang terang pada jaringan otot untuk semua promoter yang diuji. Promoter heat shock, keratin, dan β-aktin bersifat aktif pada ikan mas Cyprinus carpio. Berdasarkan tingkat dan lama waktu ekspresi gen, diduga bahwa promoter keratin lebih baik dalam mengendalikan gen imunogenik dalam pencegahan infeksi virus KHV pada ikan mas.
Keyword: 

Judul: Aktivitas promoter keratin dan heat shock pada ikan koi Cyprinus carpio.
Abstrak: Promoter merupakan bagian penting dari suatu konstruksi DNA, yang disambungkan dengan gen penyandi protein tertentu. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui aktivitas promoter keratin dan heat shock pada ikan koi Cyprinus carpio, yang disambungkan dengan gen Green Fluorescent Protein (GFP) sebagai penanda dalam bentuk konstruksi DNA keratin-GFP dan heat shock-GFP. Keaktifan promoter dapat dilihat dari ekspresi sementara (transient expression) gen penanda yang dihasilkan. Perbanyakan konstruksi DNA dilakukan untuk mendapatkan konsentrasi larutan DNA sebanyak 50 ng/μl dalam 0,1 M KCl dan diinjeksikan ke dalam blastodisk telur ikan koi pada fase 1-2 sel. Jumlah telur yang diinjeksikan sebanyak 30 butir untuk setiap konstruksi DNA dan diulang sebanyak 3 kali. Telur diinkubasi pada akuarium dengan suhu air 28oC. Kemudian, dilakukan pengamatan ekspresi gen GFP menggunakan mikroskop fluoresen (Olympus SZX 16) setiap 2-6 jam setelah fertilisasi. Parameter yang diamati antara lain derajat kelangsungan hidup embrio (DKH-e), derajat penetasan (DP), persentase embrio yang mengekspresikan gen GFP (PEMG), persentase larva yang mengekspresikan gen GFP (PLMG), dan pola serta tingkat ekspresi gen GFP. DKH-e dihitung sebelum telur menetas (20 jam setelah fertilisasi), sedangkan DP dihitung ketika semua telur telah menetas. Pola ekspresi gen diamati pada jam ke-1 setelah fertilisasi setiap 2-6 jam hingga larva menetas. Tingkat ekspresi diamati pada fase embrio (jam ke-12 setelah fertilisasi). Hasil penelitian memperlihatkan bahwa DKH-e (66,67±0,0%) dan DP (43,33±6,9%) kontrol lebih tinggi dibandingkan dengan perlakuan injeksi. DKH-e dan DP antara keratin-GFP dan heat shock-GFP (56,67±5,8% vs 55,56±9,6%; 36,67±8,8% vs 36,67±6,7%) relatif sama. Persentase embrio yang mengekspresikan gen heat shock-GFP (33,33±12,0%) lebih tinggi dibandingkan dengan keratin-GFP (15,56±8,4%). Larva yang mengekspresikan gen GFP terlihat hanya pada embrio yang diinjeksi gen heat shock-GFP (18,18±13,7%). Tingkat ekspresi gen heat shock-GFP lebih baik dibandingkan keratin-GFP dilihat dari ekspresi pendar hijau kurang terang (4,67±1,5 vs 2,00±1,0 butir), terang (3,00±1,0 vs 1,67±1,5 butir), dan sangat terang (2,33±1,5 vs 1,00±1,0 butir). Pola ekspresi gen keratin-GFP lebih cepat dari heat shock-GFP yang dilihat dari awal muncul ekspresi (jam ke-4 vs ke-6 setelah fertilisasi), puncak ekspresi (jam ke-12 vs jam ke-24 setelah fertilisasi), dan penurunan ekspresi keratin-GFP (jam ke-36 setelah fertilisasi) dan sudah tidak tampak lagi pada fase larva. Sedangkan ekspresi gen heat shock-GFP masih tetap ada hingga larva berumur 1 hari. Kesimpulannya adalah bahwa promoter heat shock ikan rainbow trout dapat mengendalikan ekspresi gen GFP lebih baik dibandingkan dengan promoter keratin ikan flounder Jepang pada ikan koi.
Keyword: 

Judul: Kajian Atmosfer Bawah Wilayah Tropis dan Subtropis
Abstrak: Planetary Boundary Layer is the lowest part of the atmosphere directly affected by the earth’s surface and responds to surface forcings within a time period of hourly to daily. The thickness of boundary layer varies over space and time, ranging from hundreds of meters to a few kilometers. The objective of this study consist of the analysis of Boundary Layer based on diurnal and nocturnal vertical profiles of meteorological properties and identification of characteristics pertaining to tropical atmosphere (represented by Soekarno-Hatta (6.110S, 106.650E), Polonia (3.560N, 98.680E), and Da Nang (16.030N, 108.200E) stations) and subtropical atmosphere (represented by Perth (31.930S, 115.960E), Nanjing (32.000N, 118.800E), and Hakasskaja (43.780N, 87.620E) stations). Virtual potential temperature, specific humidity, wind speed and direction, atmospheric stability, and Bulk-Richardson number are used to estimate the boundary layer thickness. Vertical profile of the virtual potential temperature and specific humidity are used to determine the Mixed Layer heights during the day and Residual Layer heights during the night. On the other hand, the mean value of Turbulent Flow Thickness is derived from the vertical profile of the Bulk-Richardson number (RiB). Analytical results of this study revealed that Mixed Layer height in the tropical atmosphere varies in a range from 260 m to 1410 m, Residual Layer height varies in a range from 267 m to 925 m, whereas the Turbulent Flow Thickness variation is confined between 0 m to 335 m. In subtropical atmosphere Mixed Layer height varies in a range from 101 m to 1483 m, Residual Layer height varies in a range from 121 m to 1276 m, whereas the Turbulent Flow Thickness variation is confined between 0 m to 769 m. This study also revealed that, except during summer, Mixed Layer Heights in the tropics are normally higher than in the subtropics.
Keyword: