Judul: Penapisan isolat streptomyces sp. penghasil senyawa penghambat Escherichia coli resisten ampisilin
Abstrak: Streptomyces sp. adalah bakteri gram positif yang berbentuk filamen, banyak ditemukan di tanah dan bereproduksi dengan spora. Streptomyces sp. memiliki kemampuan yang tinggi dalam menghasilkan senyawa metabolit sekunder, antara lain antibiotik dan senyawa penghambat B-laktamase. Resistensi bakteri terhadap antibiotik B-laktam dapat disebabkan karena adanya B-laktamase, berubahnya permeabilitas membran, dan perubahan PBPS. Tujuan penelitian ini adalah menapis isolat Streptomyces sp. yang menghasilkan senyawa penghambat pertumbuhan Escherichia coli resisten ampisilin, dan untuk mengetahui ketahanan filtrat kultur Streptomyces sp. terhadap pH dan suhu serta aktivitasnya pada beberapa tingkat kepekatan. Sebanyak 70 isolat Streptomyces sp. koleksi laboratorium Bioteknologi Kehutanan PAU, IPB diremajakan pada media penyuburan dan oatmeal. Tiga puluh dua isolat yang tumbuh baik diuji antagonis terhadap bakteri target E. coli 2-2 dan E. coli DH5a pUC 19 resisten ampisilin 100 ug/ml. Filtrat kultur dari 32 isolat Streptomyces sp. baik yang menghasilkan maupun tidak menghasilkan senyawa antibakteri diperoleh dengan menumbuhkan isolat-isolat tersebut pada media fermentasi berdasarkan Kim & Lee (1994). Filtrat kultur hasil fermentasi yang tidak mengandung senyawa antibakteri diuji kemampuannya dalam menghasilkan senyawa penghambat pertumbuhan E. coli resisten ampisilin. Pengujian dilakukan dengan melakukan kombinasi filtrat kultur yang tidak mengandung antibakteri dengan ampisilin 100ug/ml pada media NA, sebagai pembanding dilakukan uji pada media NA yang tidak mengandung ampisilin. Sedangkan filtrat kultur yang mengandung antibakteri diuji aktivitasnya pada media NA yang ditambah ampisilin 100 ug/ml. Uji ketahanan filtrat kultur terhadap suhu dilakukan dengan cara inkubasi filtrat kultur pada suhu 60°, 80°, 100° dan 121° selama 30 menit. Untuk uji ketahanan filtrat kultur terhadap pH asam dan basa, pH filtrat kultur diatur pada pH 2 dan 9 dengan penambahan NaOH dan HCI 1 N. Uji aktivitas filtrat kultur juga dilakukan dengan memekatkan filtrat kultur 5X dan mengencerkan 0,25 X dari konsentrasi awal. Dari uji antagonis 32 isolat Streptomyces sp. diperoleh 2 isolat yang mampu menghasilkan senyawa antibakteri penghambat bakteri target, yaitu isolat 120-P-14E yang menghambat kuat dan 124-A-9 menghambat cukup kuat terhadap E. coli 2-2. Isolat 120-P-14E juga menghambat cukup kuat E. colt DH5α pUC 19. Hasil aktivitas filtrat kultur kedua isolat tersebut menunjukkan bahwa filtrat kultur isolat 120-P-14E mampu menghambat cukup kuat E. coli 2-2 dan E. coli DHSa pUC 19, sedangkan filtrat kultur isolat 124-A-9 menghambat kurang kuat E. coli 2-2. Kombinasi penggunaan ampisilin 100 µg/ml dan filtrat kultur yang tidak mengandung antibakteri pada media NA tidak menghambat pertumbuhan bakteri. Filtrat kultur 120-P-14E masih mempunyai aktivitas penghambatan setelah diberi perlakuan suhu 60°C. Escherichia coli 2-2 dan E. coli DHSa pUC 19 sensitif terhadap kontrol larutan pH 2 dan 9.
Keyword: Fungi

Judul: Penapisan biologis dan isolasi senyawa peptida antimikroba dari Streptomyces sp.
Abstrak: Streptomyces sp. adalah bakteri tanah yang telah dikenal memiliki kemampuan menghasilkan beragam senyawa antibiotik. Penelitian ini dilaksanakan sebagai upaya melakukan penapisan sejumlah isolat Streptomyces sp. dari tanah hutan tropis Indonesia dan mengisolasi senyawa peptida yang memiliki daya antimikrob. 127 isolat Streptomyces sp. koleksi laboratorium bioteknologi kehutanan PAU, lPB, dipilih, dikelompokkan, dan diuji bioaktivitasnya terhadap bakteri target Staphylococcus aureus ATCC 25923 dan Eschericia coli ATCC 25922. Sebanyak 39 isolat (30.71%) mampu menghambat pertumbuhan salah satu atau kedua bakteri target. Dari 39 isolat tersebut, 2 isolat memberikan supernatan media fermentasi yang mampu menghambat kedua bakteri target, yaitu isolat IR-1 dan IR-5, keduanya asal tanah Irian Jaya. Supematan media fermentasi kedua isolat dimurnikan dengan gel filtrasi, sephadex G-75 superfine, tiap fraksi diukur absorbansinya pada 'A. 220 dan 280 nm. Fraksi yang memiliki nilai absorbansi berdekatan disatukan, dan didapatkan 3 kelompok fraksi, yaitu kelompok A, B, dan C. Basil uji bioaktivitas ketiga kelompok fraksi menunjukkan kelompok fraksi A (kumpulan fraksi dengan nilai absorbansi ;;, 1.2) memiliki kemampuan menghambat kedua bakteri target, kemampuan ini berbanding lurus ·dengan konsentrasi larutan. Kelompok fraksi A dari kedua isolat diduga mengandung paling sedikit satu macam peptida (protein) dengan bobot molekul berkisar 58000-61000, yang ditunjukkan oleh satu pita pada basil elektroforesis. Namun keberadaan gula pada fraksi A yang diperlihatkan oleh kromatografi cair kinerja tinggi (KCKT) menunjukkan bahwa fraksi tersebut belum murni. Basil analisis KCKT juga menunjukkan ada 14 jenis asam amino yang terdapat dalam fraksi A kedua isolat dengan konsentrasi total sebesar 3.0514 % bib untuk IR-I dan 2.6130 % bib untuk IR-5. Keberadaan peptida (protein) diperkuat dengan adanya serapan asam amino (ion zwitter) pada spektrum serapan infra merah.
Keyword: 

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: