Judul: Studi Keragaman Genetik dan Pengembangan Penanda SNAP Berbasis Gen α-D Galactosidase, WRKY, SUS, SACPD dan ABI pada Kelapa Kopyor.
Abstrak: Kelapa Kopyor merupakan kelapa endemik khas yang ditemukan di Indonesiayang mempunyai nilai ekonomi cukup tinggi. Harga buah kelapa Kopyor mencapai 7 kali lipat dari kelapa normal. Produksi buah kelapa Kopyor dari beberapa sentra tanaman kelapa masih sangat terbatas karena permasalahan perbanyakan kelapa Kopyor. Hal ini terjadi akibat kelapa Kopyor merupakan kelapa abnormal membawa alel langka dan bersifat resesif. Secara visual fenotipe tanaman kelapa normal dan kelapa Kopyor sangat sulit dibedakan meskipun secara genotipe berbeda. Perbedaan kelapa Kopyor dan kelapa normal hanya dapat dibedakan pada saat tanaman kelapa telah tumbuh dewasa dan berbuah kemudian dilihat bagian endospermanya. Berdasarkan hal tersebut petani akan sangat sulit melakukan identifikasi tanaman kelapa Kopyor khususnya pada fase bibit. Serangkaian kegiatan dalam penelitian ini dilakukan untuk mempelajari gen-gen yang diduga berhubungan dengan karakter abnormal kelapa Kopyor, diantaranya gen α-D Galactosidase, WRKY, SUS, SACPD dan ABI. Gen-gen tersebut dipelajari studi keragaman genetiknya dan selanjutnya dikembangkan sebagai teknologi penanda molekuler berbasis Single nucleotide amplified pholymorphism. Teknologi penanda molekular yang dikembangkan dalam penelitian ini akan sangat membantu dalam menyelesaikan masalah identifikasi tanaman kelapa yang membawa alel sifat Kopyor. Hasil penelitian ini membantu pemulia dalam program percepatan pemuliaan tanaman kelapa untuk mengembangkan kelapa-kelapa unggul dimasa depan. Percobaan pertama adalah melakukan isolasi dan karakterisasi keragaman sekuen gen α–D Galactosidase. Sejumlah penelitian mengungkapkan bahwa abnormalitas pada kelapa Makapuno disebabkan oleh mutasi yang terjadi pada gen α–D Galactosidase namun secara fenotipe endosperma kelapa Kopyor berbeda dengan kelapa Makapuno. Penelitian tentang isolasi dan karakterisasi gen α–D Galactosidase pada kelapa Kopyor sebelumnya belum pernah dilaporkan sehingga penelitian ini menjadi bagian penting yang harus dilakukan. Penelitian ini berhasil mengamplifikasi seluruh area target gen yang mengandung bagian exon (Coding DNA Sequence). Total panjang CDS yang dihasilkan adalah 1197 bp dengan translasi produk asam amino sebanyak 398 asam amino. Hasil analisis keragaman sekuen menunjukkan terdapat 50 situs polimorfik pada gen α–D Galactosidase kelapa. Situs tersebut merupakan situs mutasi substitusi basa tunggal (SNP). Terdapat perbedaan situs-situs SNP yang berbeda pada kelapa Kopyor, normal maupun Makapuno. Percobaan kedua adalah melakukan mengembangkan penanda molekular SNAP berbasis gen α–D Galactosidase dan WRKY untuk menganalisis keragaman kelapa normal dan Kopyor sebagai teknologi identifikasi tanaman kelapa Kopyor. Pengembangkan penanda molekular SNAP berbasis gene α–D Galactosidase dan WRKY yang dilakukan dalam penelitian ini berhasil iii dilakukan dengan diperoleh 18 pasang primer penanda SNAP sebagai lokus. Hasil pengujian analisis polimorfisme lokus dan keragaman genetik menunjukkan penggunaan 43 aksesi yang berada dalam 1 populasi pada 1 kawasan geografi memberikan hasil yang lebih baik dan mampu mengelompokkan aksesi sesuai fenotipe karakter endosperma dibandingkan menggunakan 80 aksesi kelapa Indonesia yang berasal dari beragam pulau diIndonesia. Keseluruhan 18 lokus primer SNAP yang diuji menggunakan 43 aksesi kelapa, hanya 12 lokus primer yang menghasilkan pita polimorfik. Percobaan ketiga adalah pengembangan dan pengujian penanda molekular SNAP untuk menganalisis keragaman aksesi kelapa kelapa Kopyor dan normal asal kabupaten Pati dan hasil budidaya laboratorium kultur jaringan sebagai teknologi identifikasi tanaman kelapa Kopyor. Pengembangan dan pengujian penanda molekular SNAP berbasis gene SACPD, SUS dan ABI berhasil dilakukan. Sebanyak 8 marka SNAP yang diuji, terdapat empat primer (CNSUS1#3, CNSUS1#11, CNSUS1#17 dan ABI3#3) yang termasuk kategori cukup informatif membedakan gen
Keyword: kelapa abnormal, endosperma, alel resesif, mutasi

Judul: Keragaman Genetik Kelapa Bido Morotai dan Kelapa Unggul Indonesia Berdasarkan Penanda Molekuler SNAP (Single Nucleotide Amplified Polymorphisms).
Abstrak: Kelapa (Cocos nucifera L.) merupakan tanaman tahunan yang dikenal dengan sebutan “tree of life” karena seluruh bagian kelapa memberikan manfaat untuk manusia memenuhi memenuhi kebutuhan ekonomi, sosial, dan budaya seperti sebagai sumber makanan, minuman, kerajinan, bahan bangunan dan obat-obatan. Secara historis, pada tahun 1940 secara tidak sengaja seorang petani Bosu Labaka menemukan kelapa yang mengapung di laut dan ditanam di halaman rumah tepatnya di Desa Bido Pulau Morotai, kemudian benih Kelapa Bido dibudidayakan. Pada tahun 2017 Kelapa Bido dilepas oleh Balit Palma sebagai varietas unggul baru (VUB). Keunggulan Kelapa Bido dari pada kelapa lokal lainnya antara lain berbatang pendek seperti jenis kelapa genjah yaitu 1 meter pada usia 2-3 tahun, sudah berbuah dan 9 meter dengan usia 60 tahun, produksi buah tinggi seperti kelapa dalam yaitu sekitar 133 butir/pohon atau 16.395 butir/ha/tahun, potensi kopra lebih dari 4 ton/ha/tahun dan kadar minyak 58,34%. Keunikan dari Kelapa Bido ini adalah memiliki mahkota daun berbentuk roset dan memiliki jarak berkas daun lebih pendek dari kelapa genjah yaitu sekitar 4-5 cm. Pada kenyataannya, kelapa tersebut memiliki karakter secara morfologi yang berbeda dengan kelapa lokal pada umumnya (jenis genjah dan dalam). Dalam kegiatan pemuliaan tanaman, identitas suatu sumber genetik penting untuk diketahui. Tanaman kelapa membutuhkan waktu yang lama untuk mengkarakterisasi secara morfologi yang dapat digunakan dalam kegiatan seleksi dan evaluasi hasil persilangan. Pendekatan bioteknologi melalui pengembangan marka molekuler diperlukan untuk membantu mempercepat program pemuliaan salah satu caranya adalah dengan marka molekuler. Marka molekuler yang dapat digunakan salah satunya adalah dengan menggunakan marka SNAP berbasis gen inti WRKY, SUS, SACPD, α-D Galactosidase dan genom kloroplas. Penelitian ini terdiri dari dua percobaan. Pada percobaan pertama memiliki tujuan untuk menganalisa keragaman genetik Kelapa Bido, Kelapa Lokal Morotai dan Kelapa Unggul Indonesia menggunakan lokus WRKY, SUS, SACPD dan α-D Galactosidase. Hasil analisis menggunakan cervus lokus SNAP tersebut menyatakan bahwa rata-rata jumlah alel (Na), heterozigositas pengamatan, heterozigositas harapan dan nilai PIC berturut-turut adalah 2, 0.65, 0.47 dan 0.37. Hasil analisis polimorfisme menyatakan bahwa ada sebelas lokus yang dapat digunakan karena cukup informatif. Aksesi-aksesi Kelapa Bido, Kelapa Lokal Morotai dan Kelapa Unggul Indonesia terbagi menjadi tiga grup menggunakan metode Neighbour Joining dengan piranti lunak DARwin. Sejalan dengan hal tersebut, pada struktur genetik populasi menggunakan piranti lunak STRUCTURE juga membagi semua aksesi kelapa dalam 3 populasi yang mana ad hoc maksimum ΔK diperoleh pada K=3. Percobaan selanjutnya adalah pengembangan marka berdasarkan genom kloroplas. Genom kloroplas merupakan penanda yang efisien untuk mempelajari evolusi dan sejarah populasi tanaman melalui filogenetik karena bersifat sangat konservatif, diwariskan secara maternal, memiliki ukuran yang lebih kecil dibandingkan dengan genom inti tujuan dari penelitian ini adalah pengembangan primer berdasarkan genom kloroplas berbasis situ SNP dan indels. Berdasarkan sembilan sekuens genom kloroplas pada tanaman palma, telah berhasil didisain 10 primer berdasarkan situs SNP dan 5 primer berdasarkan situs insersi delesi. Hasil validasi primer tersebut menggunakan DNA kelapa Indonesia didapatkan hasil bahwa 10 primer SNP berhasil teramplifikasi sedangkan indels hanya 2 primer berbasis PCR.
Keyword: dalam, genjah, filogenetik, marka molekuler

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: