Judul: Pengembangan Biakan Kering Beku Kultur Campuran untuk Uji Profisiensi Mikrobiologi Parameter Kualitatif
Abstrak: Salmonella Typhimurium dan Escherichia coli adalah dua jenis bakteri yang dapat memengaruhi keamanan pangan. Biakan kering beku kultur campuran Salmonella Typhimurium dan Escherichia coli sebagai objek uji profisiensi dapat digunakan untuk mengevaluasi kemampuan suatu laboratorium dalam menganalisis mutu mikrobiologi sampel pangan. Penelitian bertujuan memperoleh kultur campuran Salmonella Typhimurium dan Escherichia coli yang homogen dan stabil untuk digunakan sebagai objek uji profisiensi (OUP) dengan parameter kualitatif. Penelitian dilakukan dalam 3 tahap, diawali dengan pemilihan jenis krioprotektan terbaik berdasarkan uji viabilitas bakteri, dilanjutkan dengan pengujian homogenitas dan stabilitas sampel, serta diikuti dengan uji konfirmasi dengan metode PCR Standard. Hasil penelitian menunjukkan bahwa krioprotektan terbaik merupakan kombinasi susu skim (10%), sukrosa (5%), trehalosa (5%), dan asam askorbat (0,1%) dengan penurunan jumlah mikroba sebesar 4 Log CFU/mL, yang lebih baik dibandingkan dengan perlakuan tanpa krioprotektan dengan penurunan jumlah mikroba sebesar 8 Log CFU/mL. Uji homogenitas menunjukkan hasil positif Salmonella Typhimurium dan E. coli untuk semua ampul sampel. Hasil uji stabilitas menunjukkan bahwa sampel stabil pada suhu 4oC selama 61 hari. Uji konfirmasi dengan PCR standar menggunakan primer gen Inva dan 16S rRNA menunjukkan bahwa sampel hasil positif untuk Salmonella Typhimurium dan Escherichia coli. Biakan kering beku kultur campuran Salmonella Typhimurium dan Escherichia coli dengan krioprotektan homogen dan stabil pada suhu 4oC selama 61 hari sehingga dapat digunakan sebagai objek uji profisiensi parameter kualitatif.
Keyword: Escherichia coli, freeze dried culture, proficiency testing, Salmonella Typhimurium, Standard PCR

Judul: Homogeneity and Stability of Freeze-Dried Cultures of Salmonella Typhimurium and Confirmation by real-time PCR
Abstrak: Biakan kering beku Salmonella Typhimurium sebagai objek uji profisiensi harus memiliki karakteristik homogen dan stabil. Viabilitas sel harus dipertahankan selama pendistribusian sehingga peserta uji profisiensi mendapatkan objek uji dengan performa yang sama. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan konsentrasi kultur awal untuk mencapai limit deteksi (pada pencawanan) dalam pembuatan biakan kering beku S. Typhimurium, mengevaluasi tingkat homogenitas dan stabilitas biakan kering beku S. Typhimurium secara kualitatif dan kuantitatif di limit deteksi, dan mengonfirmasi biakan kering beku S. Typhimurium secara kualitatif dan kuantitatif menggunakan real-time PCR. Metode dalam penelitian ini adalah penentuan konsentrasi kultur awal yang menghasilkan limit deteksi (melalui pencawanan), uji homogenitas dan stabilitas, serta konfirmasi dengan real-time PCR. Krioprotektan yang bersifat stabil terhadap biakan kering beku S. Typhimurium yaitu susu skim 10% + trehalosa 4%. Setelah liofilisasi, viabilitas menurun dari konsentrasi awal 7 log CFU/mL menjadi 2,25 ± 0,04 log CFU/mL dan ditetapkan sebagai limit deteksi metode cawan. Hasil uji homogenitas dan stabilitas menunjukkan bahwa biakan kering beku homogen dan stabil pada standar deviasi uji profisiensi 25% dengan rata-rata sebesar 2,35 ± 0,17 log CFU/mL. Hasil pembacaan dengan real-time PCR menunjukkan konsentrasi DNA sampel sebesar 0,34 ng/μL (4,50 log copies) lebih besar daripada jumlah koloni hasil pencawanan (2,35 log CFU/mL). Hal tersebut terjadi akibat terdapat bakteri dalam kondisi viable but non-culturable (VBNC)., Freeze-dried cultures of Salmonella Typhimurium as proficiency test object must have homogeneous and stable characteristics. Cell viability must be maintained during distribution so that the proficiency test participants get the test object with the same performance. This research aimed to determine the concentration of the initial culture to reach the detection limits (on platting) in the production of freeze-dried S. Typhimurium, evaluate the level of homogeneity and stability of the freeze-dried S. Typhimurium qualitatively and quantitatively at the detection limits, and confirm the freeze-dried cultures of S. Typhimurium qualitatively and quantitatively using real-time PCR. The methods in this research were to determine the initial culture’s concentration that produces the detection limits (by platting), test the homogeneity and stability, and confirmation by real-time PCR. Stable cryoprotectant against freeze-dried culture of S. Typhimurium was 10% skim milk + 4% trehalose. After lyophilization, viability decreased from initial concentration of 7 log CFU/mL to 2.25 ± 0.04 log CFU/mL, which was defined as the detection limits of platting method. The homogeneity and stability test exhibited that freeze-dried culture was homogeneous and stable at a proficiency test’s standard deviation of 25% with an average of 2.35 ± 0.17 log CFU/mL. The real-time PCR exhibited that the sample’s DNA concentration was 0.34 ng/μL (4.50 log copies) greater than the number of colonies from platting results (2.35 log CFU/mL). This happens due to the presence of bacteria in a state of viable but non-culturable (VBNC).
Keyword: freeze-dried culture, homogeneity, real-time PCR, Salmonella Typhimurium, stability

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: