Judul: Keragaman Gen Myostatin (MSTN) pada Sapi Peranakan Ongole dan Asosiasinya dengan Bobot Badan
Abstrak: Sapi Peranakan Ongole (PO) merupakan salah satu sumber daya genetik ternak lokal sebagai penghasil daging. Sapi PO berpotensi untuk dikembangkan di Indonesia karena telah beradaptasi pada kondisi iklim marginal di Indonesia sejak tahun 1930. Kemampuan adaptasi yang baik pada kondisi iklim marginal mendukung kemampuan sapi PO tumbuh secara efisien. Salah satu faktor yang mengontrol pertumbuhan otot yaitu protein atau gen myostatin (MSTN). Gen MSTN berperan dalam kontrol negatif terhadap pertumbuhan otot. Defisiensi atau mutasi gen MSTN akan membawa dampak terhadap pertumbuhan otot, salah satunya adalah hipertropi atau pertumbuhan otot secara berlebih. Berdasarkan hasil sequencing telah ditemukan mutasi atau SNP gen MSTN pada sapi PO ekson 1, yakni SNPc.111G>C (rs523392653) dan SNPc.267G>A (rs383271508). Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman gen MSTN dengan metode PCR-RFLP dan melihat asosiasinya dengan bobot lahir, bobot sapih, dan pertumbuhan pada sapi PO. Sebanyak 77 sampel darah sapi PO yang terdiri atas 38 betina dan 39 jantan berasal dari BPPIB-TSP Ciamis. Sampel darah diekstraksi menggunakan kit dari Geneaid sehingga menghasilkan isolasi DNA sapi PO yang murni. Keragaman gen MSTN dianalisis dengan metode PCR-RFLP menggunakan dua enzim restriksi, yakni HaeIII (GGCC) dan AluI (AGCT). Hasil analisis seperti frekuensi genotipe, frekuensi alel, nilai heterozigositas, dan keseimbangan Hardy-Weinberg dihitung dengan program Popgen32. Hasil keragaman SNPc.111G>C dan SNPc.267G>A pada gen MSTN diasosiasikan dengan bobot lahir, bobot sapih, dan laju pertumbuhan menggunakan metode uji-t dengan bantuan program SAS. Amplifikasi sekuens gen MSTN melalui PCR menghasilkan panjang produk sebesar 608 bp. Hasil pemotongan dengan enzim HaeIII pada SNPc.111G>C menghasilkan dua alel (G dan C) dengan tiga genotipe CC, CG, dan GG. Hasil pemotongan sekuen gen MSTN dengan enzim AluI terhadap SNPc267G>A menghasilkan dua alel (A dan C) dengan tiga genotipe AA, AG, dan GG. Frekuensi alel SNPc.267G>A dan SNPc.111G>C tidak berada dalam keseimbangan Hardy-Weinberg. Keragaman SNPc.267G>A pada sapi PO betina dan jantan tidak berasosiasi dengan bobot lahir, bobot sapih, dan laju pertumbuhan. SNPc.111G>C pada sapi PO betina tidak berasosiasi dengan ketiga sifat yang diamati, akan tetapi pada sapi PO jantan SNP ini berasosiasi nyata (P<0,05) dengan bobot sapih dan laju pertumbuhan. Genotipe GG berpeluang sebagai kandidat marka genetik seleksi calon pejantan sapi PO.
Keyword: body weight, myostatin gene, PO cattle

Judul: Ekspresi Gen Myostatin pada Sapi Crossbred Belgian Blue dan Peranakan Ongole
Abstrak: Gen MSTN merupakan salah satu anggota keluarga protein transforming growth factor- β (TGF-β) yang merupakan satu-satunya penghambat pertumbuhan otot rangka. Gen ini dikenal sebagai salah satu faktor regulasi negatif dari pertumbuhan otot rangka. Hewan yang mengalami defisiensi myostatin menunjukkan peningkatan massa otot yang dikenal sebagai double muscling atau otot ganda. SNP dan indel 11-bp gen MSTN yang berasosiasi dengan fenotipe otot ganda pada sapi persilangan Belgian Blue dengan sapi PO juga ditemukan dan dapat dijadikan sebagai penciri fenotipe otot ganda dan normal. Adapun informasi terkait ekpresi gen MSTN untuk melihat peran gen MSTN tersebut pada fenotipe normal dan otot ganda pada sapi Belgian Blue dan silangannya dengan sapi PO belum tersedia informasinya. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan dengan tujuan menganalisis ekspresi gen MSTN pada sapi silangan BB dengan PO dikaitkan dengan genotipe dan fenotipe normal dan otot ganda. Ternak yang digunakan dalam penelitian ini yaitu sapi Belgian Blue (n=3 ekor), Peranakan Ongole (PO) (n=3 ekor), silangan F1 (n=3 ekor) dan salingan F2 (n=3 ekor) berasal dari Balai Embrio Ternak (BET) Cipelang Bogor, Jawa Barat. Sapi silangan F1 merupakan generasi pertama hasil persilangan (BBxPO) (B. Taurus × B. Indicus) dengan komposisi darah 50% BB dan 50% PO. Sedangkan sapi F2 merupakan generasi kedua hasil persilangan F1 dengan sapi Belgian Blue dengan komposisi dara 75% BB dan 25% PO. Identifikasi genotipe gen MSTN pada sapi berotot ganda dan silangannya dianalisis menggunakan teknik PCR- RFLP. Analisis ekspresi gen MSTN pada sapi berotot ganda dan silangannya dianalisis dengan teknik qRT-PCR. Perbedaan genotipe dan fenotipe sapi dianalisis dengan uji t menggunakan program minitab 19. Genotyping berhasil dilakukan dengan menggunakan enzim restriksi NmuCI (Tsp451) dan diperoleh tiga genotipe, yaitu genotipe del.11/del.11 yang menunjukkan fenotipe berotot ganda yang terdapat pada sapi Belgian Blue dan satu persilangan F2. Genotipe heterozigot +/del.11 ditemukan pada tiga persilangan F1 dan satu persilangan F2. Sapi PO dengan fenotipe otot normal menunjukkan genotipe +/+. Level transkrip mRNA gen MSTN pada genotipe del.11/del.11 signifikan lebih rendah dari +/del.11 (P<0,05). Namun, level mRNA gen MSTN antara genotipe del.11/del.11 dan genotipe +/+ tidak berbeda nyata secara statistik. Demikian juga pada genotipe +/del.11 dan +/+ (P>0,05). Hasil uji statistik yang tidak berbeda nyata dikarena jumlah sampel yang sangat terbatas. Ekspresi gen MSTN antar fenotipe menunjukkan perbedaan yang signifikan, dimana fenotipe berotot ganda memiliki level mRNA gen MSTN yang lebih rendah dibandingkan dengan fenotipe berotot normal (P<0,05).
Keyword: Cattle, Crossbreeding, MSTN gene, PCR-RFLP, qRT-PCR

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: