Judul: Metagenomic Analysis of Taxonomic and Functional Profiles of Tempeh Microbial Community
Abstrak: Tempe adalah pangan fermentasi asli Indonesia dengan kacang kedelai sebagai bahan bakunya. Tipe fermentasi yang terbuka pada produksi tempe memungkinkan komunitas mikrob dari lingkungan bersama Rhizopus spp. sebagai laru menghidrolisis senyawa-senyawa kompleks kedelai menjadi senyawa sederhana yang lebih mudah dicerna dan meningkatkan nilai nutrisinya Saat ini terdapat sekitar 80.000 produsen tempe di Indonesia dan sebagian besar dalam kategori produsen tradisional. Keragaman proses dan lingkungan kerja tersebut berkontribusi pada variasi produk akhirnya. Pengrajin tempe tradisional di kawasan Empang (EMP) dan Warung Jambu (WJB) Bogor, Jawa Barat menggunakan prosedur perebusan kedelai yang berbeda pada proses produksinya. Korelasi perbedaan prosedur tersebut terhadap profil komunitas bakteri di ekologi mikrob kedua sampel tersebut telah diteliti sebelumnya. Pengrajin tempe tradisional di desa Tempelan (DJT), kabupaten Blora, provinsi Jawa Tengah hingga saat ini masih tetap mempertahankan penggunaan daun tanaman jati sebagai bahan pembungkus dalam produksi tempe. Penelitian baik profil taksonomi maupun fungsional dari komunitas bakteri pada ekologi mikrob produk tempe bungkus daun jati hingga saat ini belum pernah dilakukan. Analisis metagenomik shotgun (shotgun metagenomic) merupakan pendekatan lain yang dapat dilakukan pada studi metagenomik dengan melakukan sekuensing keseluruhan DNA metagenom yang telah difragmentasi. Metode ini dapat memberikan informasi fungsional komunitas mikrob selain informasi profil taksonomi pada suatu ekologi mikrob. Tujuan dari penelitian ini adalah melakukan analisis metagenomik shotgun sampel dari dua pengrajin tempe tradisional di Bogor, Jawa Barat (EMP dan WJB) dan tempe bungkus daun jati dari pengrajin tempe tradisional di Blora Jawa tengah (DJT) untuk mengkarakterisasi profil taksnomi dan fungsional komunitas mikrob ketiga sampel tersebut. High-Troughput Sequencing (HTS) total DNA metagenom sampel tempe menggunakan jasa NovogeneAIT Genomics Singapore Pte Ltd. Penyaringan raw reads hasil HTS dengan kemiripan tinggi dengan urutan basa genom Rhizopus menggunakan modul Read_QC di alur kerja MetaWRAP. Raw reads bebas kontaminasi genom Rhizopus selanjutnya di analisis profil taksonomi dan fungsional menggunakan alur kerja SqueezeMeta. Profil taksonomi hasil analisis metagenomik shotgun menunjukkan Proteobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes dan Actinobacteria merupakan filum dengan kelimpahan relatif tinggi di metagenom sampel tempe. Filum-filum tersebut juga terkarakterisasi pada penelitian metagenomik amplikon berdasarkan markah molekuler taksonomi gen 16S rRNA sebelumnya. Hasil analisis metagenomik amplikon menunjukkan bahwa Firmicutes merupakan filum dengan kelimpahan relatif tertinggi sedangkan penelitian ini menunjukkan Proteobacteria merupakan filum dengan kelimpahan tertinggi. Analisis profil taksonomi hanya berdasarkan markah gen 16S rRNA dapat menghasilkan bias dalam perhitungan kelimpahan relatif komunitas bakteri pada suatu ekologi mikrob. Terdapat spesies bakteri yang memiliki lebih dari satu salinan (copy number) gen tersebut. Pemilihan urutan basa primer yang digunakan dan protokol amplifikasi menggunakan PCR dilaporkan juga berkontribusi terjadinya bias analisis profil taksonomi. Kelimpahan filum Bacteroidetes dan Actinobacteria pada sampel DJT relatif tinggi dibandingkan dengan sampel EMP dan WJB. Tren tersebut belum pernah dilaporkan pada penelitian profil taksonomi ekologi mikrob di tempe sebelumnya. Karakteristik organoleptik produk tempe bungkus daun berbeda dengan tempe bungkus daun pisang dan plastik. Asosiasi beberapa anggota filum Actinobacteria dan Bacteroidetes khususnya dalam kontribusi terhadap sifat sensoris produk pangan fermentasi telah diteliti sebelumnya. Profil fungsional menunjukkan komunitas bakteri aktif mentranskripsi gen– gen yang berhubungan dengan fungsi transpor dan transposase. Iron complex outer membrane recepter protein (KEGG ID: K02014) merupakan protein yang relatif paling tinggi tingkat transkripsinya pada
Keyword: biosintesis de novo B12, Firmicutes, metagenomik shotgun, Proteobacteria, tempe

Judul: Analisis Metagenom untuk Pencirian Komunitas Bakteri dan Fungi pada Tempe
Abstrak: Sebagai makanan fungsional tradisional Indonesia, tempe dikonsumsi dalam jumlah yang relatif tinggi dan dapat ditemukan dalam berbagai variasi jenis dan cara pengolahan. Variasi ini perlu dijaga karena menjadi ciri khas makanan Indonesia yang dapat dikembangkan dalam menghadapi program perdagangan bebas ASEAN. Walau demikian, database mikroorganisme yang terlibat dalam proses fermentasi tempe belum pernah dibuat dan ditelaah peluang adanya hubungan antara rasa tempe yang berbeda pada daerah sentra produksi terhadap komposisi mikroorganisme dan jaminan keamanan pangannya Dalam proses pengolahannya, fermentasi tempe tidak hanya melibatkan cendawan tetapi juga melibatkan bakteri. Upaya mempelajari total komunitas mikroorganisme yang terlibat, dapat dilakukan dengan menggunakan metode deteksi yang cukup sensitif dalam memberi gambaran secara menyeluruh. Teknik tidak terkultur merupakan teknik yang dapat memberi gambaran tentang komposisi mikroorganisme terkultur maupun tidak terkultur dari suatu lingkungan ekologi. Kendala yang dihadapi dalam menggunakan teknik ini adalah pada metode ekstraksi DNA sebagai tahapan awal yang penting. Rendemen dan kualitas DNA yang rendah dapat mengurangi profil keragaman yang dapat diperoleh dari suatu lingkungan ekologi. Permasalahan ini dapat diatasi dengan melakukan pemilihan dan optimasi metode analisa yang dapat memberikan hasil yang reprodusibel. Pada penelitian ini telah dilakukan optimasi metode ekstraksi DNA dari sampel tempe sehingga diperoleh suatu metode standar yang dapat digunakan untuk mempelajari total komunitas mikroorganisme pada tempe. Optimasi dilakukan dengan membandingkan kemampuan dua kit komersil (Fermentas DNA Purification Kit-FDEK dan PowerFood Microbian DNA Isolation Kit-PFMDIK) untuk melakukan analisis metagenom mikroorganisme yang ada di tempe. Berdasarkan hasil dari beberapa parameter yang diamati, metode PFMDIK sangat baik digunakan untuk menganalisis keragaman mikroorganisme di tempe secara metagenomik. Metode ini memberikan rendemen dan kualitas DNA tinggi sehingga dapat diperoleh hasil PCR yang reprodusibel dan ragam mikroorganisme yang lebih tinggi daripada metode FDEK. Parameter yang dipakai sebagai data penunjang hasil ini adalah pengukuran konsentrasi..dst
Keyword: Tempe microbial community, ARISA, barcoding system

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: