Judul: Bakteri Endofit Asal Tanaman Mentimun, Paria, dan Oyong sebagai Pemacu Pertumbuhan dan Anti-Quorum Sensing
Abstrak: Bakteri endofit merupakan mikroba yang mampu hidup dalam jaringan tanaman tanpa membahayakan inangnya. Bakteri endofit mempunyai kemampuan untuk menghasilkan hormon auksin yang dapat membantu pertumbuhan dan perkembangan tanaman serta dapat mengendalikan patogen tanaman. Mekanisme anti-quorum sensing (anti-QS) merupakan salah satu alternatif pengendalian bakteri patogen dengan menggunakan bakteri endofit yang lebih aman dan tidak menyebabkan resistensi. Penelitian ini bertujuan mengisolasi dan menyeleksi bakteri endofit yang dapat memacu pertumbuhan tanaman dan menghasilkan anti- QS untuk pengendalian patogen tanaman. Bakteri endofit diisolasi dari tanaman mentimun, paria, dan oyong sehat di antara hamparan tanaman yang sakit. Isolat bakteri endofit selanjutnya diseleksi dengan uji hipersensitif dan uji hemolisis pada media agar darah. Isolat bakteri diuji lebih lanjut untuk mengetahui produksi IAA dan anti-QS. Gen penyandi AHL-laktonase isolat bakteri endofit potensial dideteksi dengan PCR. Karakterisasi bakteri endofit potensial dilakukan dengan mengamati morfologi koloni dan pengujian Gram bakteri. Selanjutnya bakteri endofit potensial yang dapat menghasilkan senyawa IAA dan anti-QS di uji in planta terhadap bibit mentimun. Hasil isolasi bakteri endofit didapatkan 170 bakteri yang terdiri dari 64 bakteri asal mentimun, 49 bakteri asal paria, dan 57 bakteri asal oyong. Hasil uji hipersensitif terhadap 170 isolat terdapat tiga bakteri yang menunjukkan reaksi hipersensitif positif. Hasil uji hemolisis dari 167 isolat bakteri terdapat delapan isolat hemolisis alfa dan satu isolat hemolisis beta. Penapisan penghasil IAA dari 156 isolat bakteri menunjukkan 53 bakteri yang dapat menghasilkan hormon IAA dengan konsentrasi terendah sebesar 0.03 ppm dan konsentrasi tertinggi sebesar 27.57 ppm. Penapisan bakteri penghasil anti-QS yang dilakukan terhadap 53 bakteri yang menghasilkan IAA didapatkan 12 isolat bakteri yang dapat menghasilkan zona penghambatan produksi violacein pada Chromobacterium violaceum. Hasil deteksi gen penyandi AHL-laktonase menunjukkan dua isolat yang positif teramplifikasi gen aiiA yaitu isolat PDK06 dan ODW02. Pengujian yang dilakukan terhadap vigor benih menunjukkan bahwa perlakuan bakteri tidak berpengaruh nyata terhadap daya berkecambah, indeks vigor, dan potensi tumbuh maksimum. Pengujian yang dilakukan terhadap pertumbuhan bibit menunjukkan bahwa isolat PDK04 merupakan isolat potensial yang dapat mempengaruhi bobot kering, panjang akar dan panjang tajuk bibit mentimun.
Keyword: AHL, gen aiiA, IAA

Judul: Bakteri Endofit Penghasil AHL-laktonase Asal Tanaman Pisang Untuk Pengendalian Penyakit Darah
Abstrak: Penyakit darah merupakan penyakit penting pada pisang yang dapat menyebabkan kehilangan hasil hingga 100%. Penyakit darah pada pisang disebabkan oleh Blood Disease Bacterium (BDB). Bakteri patogen memiliki mekanisme quorum sensing (QS) dengan menggunakan sinyal N-Acyl Homoserine Lactone (AHL) untuk mengekspresikan gen-gen virulen tertentu seperti eksopolisakarida (EPS), sistem sekresi tipe III (T3SS), enzim pendegradasi dinding sel, sistem sekresi tipe II (T2SS), dan lipopolisakarida. Pengendalian hayati bakteri patogen dapat dilakukan dengan menghambat faktor virulen salah satunya dengan mengganggu sistem QS dengan mendegradasi molekul sinyal AHL oleh enzim AHL-laktonase yang dikodekan oleh gen aiiA. Mekanisme ini disebut dengan quorum quenching (QQ) yang dapat mencegah ekspresi faktor virulensi bakteri patogen. Beberapa bakteri telah dilaporkan memiliki aktivitas QQ. Namun demikian, keberadan bakteri endofit penghasil AHL-laktonase pada jaringan tanaman pisang belum pernah dilaporkan. Tujuan penelitian ini untuk memperoleh isolat bakteri endofit penghasil AHL-laktonase sebagai agens pengendalian BDB pada tanaman pisang. Tahapan penelitian mencakup isolasi dan seleksi bakteri endofit asal tanaman pisang sebagai penghasil AHL-laktonase dengan bioesei maupun molekuler, uji keefektifan isolat bakteri dalam menekan faktor virulensi BDB, uji keefektifan pengendalian BDB in planta, dan identifikasi molekuler isolat bakteri potensial. Isolasi bakteri endofit dilakukan pada beberapa kultivar tanaman pisang di Kec. Jonggol, Kec. Dramaga, dan Kec. Cisarua yang berada di Kabupaten Bogor, Jawa Barat. Isolasi bakteri dilakukan dengan menggunakan metode sebar pada media Nutrient Agar (NA). Isolat bakteri endofit diseleksi melalui uji reaksi hipersensitif menggunakan tanaman tembakau, dan reaksi hemolisis pada media agar darah. Aktivitas degradasi AHL diuji menggunakan bioindikator Chromobacterium violaceum. Konfirmasi lebih lanjut dilakukan dengan mendeteksi gen aiiA pengkode AHL-laktonase dengan teknik PCR. Uji penekanan faktor virulensi oleh bakteri endofit terhadap BDB dilakukan dengan mengamati produksi EPS. Uji keefektifan secara in vivo dilakukan dengan mengamati pertumbuhan tanaman pisang dan kejadian penyakit layu yang disebabkan oleh BDB. Bakteri endofit potensial yang diperoleh selanjutnya dilakukan karakterisasi dan perunutan nukleotida gen aiiA dibandingkan dengan sikuen yang tersedia pada NCBI. Bakteri endofit yang berhasil diisolasi berjumlah 486 isolat asal jaringan akar dan batang pisang pada beberapa kultivar tanaman pisang. Keseluruhan isolat tersebut mencakup 152 dari Kec. Jonggol, 204 dari Kec. Dramaga, dan 130 isolat dari Kec. Cisarua. Berdasakan uji reaksi hipersensitif dan hemolisis agar darah diperoleh 188 isolat yang tidak bersifat patogen terhadap tanaman dan mamalia. Pengujian terhadap 188 isolat bakteri endofit menggunakan bioindikator C. violaceum diperoleh lima isolat yaitu CBP1, BT17, BT7, DBK2, dan CBN13 yang menunjukkan kemampuannya mendegradasi AHL. Konfirmasi lebih lanjut 6 dengan teknik PCR menghasilkan produk berukuran 753 pb sebagai indikasi mengandung gen aiiA pengkode AHL-laktonase. Kelima isolat bakteri endofit mampu menekan faktor virulensi BDB, ditandai dengan penurunan produksi EPS oleh BDB. Persentase penekanan produksi EPS oleh kelima bakteri endofit tersebut berturut-turut sebesar: 75.67%, 90.81%, 87.67%, 92.72%, dan 81.08%. Persentase penekanan produksi EPS tertinggi ditunjukkan oleh isolat DBK2 dengan tingkat penghambatan sebesar 92.72%. Penurunan faktor virulensi berbanding lurus dengan penekanan kejadian penyakit BDB dengan masa inkubasi penyakit lebih panjang dibandingkan dengan kontrol. Kelima isolat bakteri juga mampu meningkatkan pertumbuhan tanaman pisang. Kejadian penyakit terendah, masa inkubasi yang terpanjang, dan pertumbuhan tanaman pisang yang terbaik didapatkan pada perlakuan isolat DBK2. Berdasarkan identifikasi morfologi kelima isolat bakteri endofit merupakan
Keyword: Anti-quorum sensing, biokontrol, Blood Disease Bacterium, quorum sensing

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: