Judul: Aplikasi Uji Multiplex PCR Untuk Deteksi dan Diferensiasi Subspesies Campylobacter fetus Pada Sampel Bilasan Preputium Sapi.
Abstrak: Bovine genital campylobacteriosis (BGC) yang disebabkan oleh Campylobacter fetus subsp. venerealis (Cfv) adalah penyakit genital menular yang mengakibatkan turunnya performa reproduksi ternak. Subspecies lain dari C. fetus yaitu C. fetus subsp. fetus (Cff) dapat menyebabkan abortus sporadik pada ternak. Berbeda dengan Cfv, Cff tidak dikaitkan dengan infertilitas ternak. Untuk menghindari kesalahan diagnosa, diperlukan metode untuk membedakan Cfv dan Cff. Metode isolasi dengan kultur memerlukan waktu yang lama dan sulit dalam membedakan Cff dan Cfv karena memiliki fenotip yang hampir sama. Diperlukan pengujian secara molekuler dengan multiplex Polymerase Chain Reaction (mPCR) untuk membedakan kedua subspesies secara simultan dengan waktu yang lebih cepat. Evaluasi dilakukan terhadap sampel bilasan preputium yang di-spike dengan isolat bakteri menggunakan 2 metode ekstraksi (perebusan dan kit komersial), dengan dan tanpa tahapan pengayaan dalam Transport Enrichment Media (TEM). Hasil evaluasi untuk sampel keseluruhan dan yang dikelompokkan adalah metode ekstraksi rebus tanpa TEM dengan sensitivitas/spesifisitas tertinggi sebesar 83.3%/100%. Hasil ini diperkuat dengan analisis regresi Poisson yang menunjukkan perbandingan metode dengan dan tanpa TEM mendapatkan nilai Incidence Rate Ratio (IRR) 1,3 yang artinya tanpa TEM memiliki hasil yang lebih baik sebanyak 30% dibandingkan metode dengan TEM. Perbandingan metode ekstraksi kit dan rebus tidak berbeda nyata karena rasio yang didapat mendekati 1 (IRR 1.029). Dapat disimpulkan bahwa metode ekstraksi yang paling akurat, cepat dan ekonomis adalah perebusan tanpa TEM karena memiliki sensitivitas dan spesifisitas yang tinggi, hanya membutuhkan waktu pengujian kurang dari 24 jam serta tidak membutuhkan kit komersial. Metode ini perlu divalidasi dan diverifikasi dengan sampel lapangan untuk membuktikan bahwa metode sesuai dengan tujuan penggunaannya dan dapat diterapkan di laboratorium. Real time PCR untuk deteksi dan diferensiasi subspesies C. fetus juga perlu dikembangkan dan diteliti lebih lanjut untuk mendapatkan metode yang lebih cepat dan akurat
Keyword: BGC, C. fetus subsp. venerealis, C. fetus subsp. fetus, Cfv, Cff, multiplex PCR

Judul: Media Modifikasi sebagai Alternatif Media Transpor untuk Campylobacter fetus subspesies venerealis
Abstrak: Campylobacter fetus subsp. venerealis (Cfv) adalah bakteri yang dapat menyebabkan penyakit kelamin menular pada sapi yang disebut Bovine Genital Campylobacteriosis (BGC) atau Vibriosis pada sapi. Isolasi Cfv sulit dilakukan, karena bakteri ini mudah mati dan membutuhkan nutrisi dan oksigen spesifik (5- 10%). Keberadaaan media transpor sangat penting untuk mempertahankan kelangsungan hidup Cfv sebelum dilakukan uji kultur di laboratorium. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk membuat media modifikasi sebagai media transpor dibandingkan media transpor lainnya yaitu media Weybridge, dan Phosphate Buffered Saline (PBS). Media modifikasi ini dibuat dengan kombinasi protease pepton, glukosa dan NaCl, dicampur dalam akuades sampai total volume 1 L dengan pH 7.2, kemudian ditambahkan daging sapi tanpa lemak. Autoklaf pada suhu 121 °C selama 15 menit untuk sterilisasi. Antibiotik Vancomycin, Trimetropim, Polymyxin B Shulphate kemudian ditambahkan ke dalam larutan dasar. Isolat referensi Cfv berasal dari Balai Besar Penelitian Veteriner (BBLITVET) Bogor. Media Modifikasi, Weybridge dan PBS terkontaminasi oleh Cfv dengan konsentrasi 105, 104, 103, 102, 101 (CFU / ml) dan disimpan selama <6 jam (H1), 24 jam (H2), 48 jam (H3), 72 jam (H4), dan 96 jam (H5) pada masing-masing media transpor sebelum kultur pada media agar darah. Kualitas media transpor dianalisis berdasarkan pertumbuhan bakteri pada media agar darah dan uji PCR digunakan sebagai uji konfirmasi. Hasil kultur menunjukkan bahwa Cfv yang disimpan selama <6 jam (H1) dari setiap media transpor, tumbuh pada semua tingkat konsentrasi. Cfv yang disimpan selama 24, 48, 72 dan 96 jam dalam PBS tidak tumbuh, sedangkan pada media modifikasi dan Weybridge, bakteri dapat tumbuh dan pengayaan terjadi pada semua tingkat konsentrasi yang diberikan. Uji statistik Kruskal-Wallis menunjukkan tidak ada perbedaan yang signifikan antara pertumbuhan bakteri H1 di semua media transpor, namun ada perbedaan signifikan pertumbuhan H2 dan H3 pada tiga tingkat pengenceran (101, 102, 103) bahwa nilai P <0,05. Hasil ini menunjukkan bahwa ketiga media transpor dapat digunakan untuk Cfv jika sampel diambil segera (<6 jam) sebelum kultur. Untuk sampel yang disimpan lebih dari 24 jam, Cfv hanya tumbuh di media modifikasi dan media Weybridge. Media modifikasi memiliki kualitas untuk memperkaya Cfv sehingga dapat digunakan sebagai media transpor alternatif yang murah dan mudah untuk bakteri Cfv.
Keyword: Campylobacter fetus subs, venerealis (Cfv), Media Modifikasi, Weybridge, PBS, Kultur Bakteri

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: