Judul: Isolasi Dan Pemurnian Laktoferin Dari Kolostrum Kambing Peranakan Etawa Sebagai Antivirus Human Papillomavirus.
Abstrak: Kanker serviks (leher rahim) merupakan kanker tertinggi kedua prevalensi pada wanita. Data World Health Organization pada tahun 2013 menyatakan bahwa setiap tahunnya sekitar 270 000 wanita meninggal diakibatkan kanker serviks dan lebih dari 85% terjadi di negara berkembang. Kanker serviks ini disebabkan oleh infeksi Human Papillomavirus (HPV). Untuk mencegah terjadinya kanker dapat dilakukan dengan cara mengonsumsi sumber pangan seperti susu. Salah satu protein yang terkandung di dalam susu dan kolostrum adalah laktoferin (Lf). Lf dengan konsentrasi tertinggi terdapat pada kolostrum. Bobot molekul Lf sekitar 80 kDa dan memiliki muatan positif. Lf memiliki peran penting dalam sistem imun nonspesifik yang bertindak sebagai antivirus, bakteri dan jamur. Kemampuan Lf yang paling utama untuk berperan sebagai pertahanan atau yang bersifat antivirus adalah mencegah virus memasuki sel inang sehingga infeksi dapat dicegah pada tahap awal dan pemblokan pada reseptor heparan sulfat yang merupakan reseptor. Lf dapat dimurnikan dari kolostrum dan susu melalui beberapa metode seperti kromatografi penukar ion, filtrasi gel dan kromatografi afinitas. Tujuan penelitian ini adalah isolasi dan pemurnian Lf dari kolostrum kambing peranakan etawa yang merupakan kambing endemik Indonesia dan menentukan aktivitas antivirus terhadap HPV. Protein Lf dimurnikan melalui metode kromatografi penukar kation dengan menggunakan resin karboksimetil (CM) Sephadex C-50 dan melalui kromatografi dua dimensi dengan metode kromatografi penukar kation (CM Sephadex C-50) dan kromatografi filtrasi gel (Sephadex G-75). Metode kromatografi penukar ion dielusi dengan menggunakan kenaikan konsentrasi larutan NaCl 0.0-0.5 N dan kromatografi dua dimensi pada tahapan filtrasi gel dielusi dengan larutan dapar PBS. Resin penukar ion CM Sephadex C-50 merupakan resin penukar kation lemah yang mampu memisahkan biomolekul yang memiliki muatan positif dengan rentang bobot molekul antara 4-100 kDa. Resin Sephadex G-75 memiliki kemampuan untuk memisahkan biomolekul dengan rentang 3-80 kDa. Kedua resin ini cocok untuk memisahkan Lf yang memiliki muatan dan bobot molekul dengan kisaran 80 kDa. Profil pemisahan dan pemurnian Lf diperiksa dengan menggunakan sodium deodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) dibandingkan dengan Lf murni dari sapi (bLf). Konsentrasi Lf ditentukan dengan metode bicinchoninic acid assay (BCA). Lf murni yang telah diperoleh dievaluasi aktivitas antivirus terhadap HPV secara in vitro dengan pada sel HeLa. Teknik Real time PCR digunakan untuk menentukan kemampuan Lf kambing (gLf) menghambat replikasi HPV. Hasil yang diperoleh bahwa pemurnian dengan metode kromatografi penukar ion belum dapat memurnikan Lf secara maksimum, tetapi metode kromatografi dua dimensi menghasilkan gLf murni. Bobot molekul Lf murni, yaitu 82 kDa dengan konsentrasi 379 μg/mL. Adanya penghambatan replikasi HPV ditandai dengan kenaikan nilai cycle treshold (Ct) atau ambang siklus. Pada hari pertama setelah inkubasi dengan Lf belum terjadi kenaikan nilai Ct atau belum terjadi penghambatan replikasi HPV. Pada hari ke-2 dan ke-3 setelah inkubasi terjadi peningkatan nilai Ct yang berarti bahwa terjadi penghambatan replikasi HPV oleh laktoferin. Laktoferin memiliki kemampuan penghambatan replikasi DNA virus HPV dengan konsentrasi gLf 100 μg/mL setelah tiga hari inkubasi dalam sel HeLa. Hal ini mengindikasikan bahwa laktoferin memiliki aktivitas sebagai antiHPV.
Keyword: Laktoferin kambing, isolasi, pemurnian, kromatografi filtrasi gel, kromatografi penukar ion

Judul: Molecular Dynamics Simulation And Purification Of Chimeric L1/L2 Protein From Human Papillomavirus Type 52 Expressed In Escherichia coli BL21 DE3 Host
Abstrak: Human Papillomavirus (HPV) adalah virus yang dapat menyebabkan infeksi pada manusia dan terkait dengan berbagai jenis kanker, khususnya kanker serviks. Salah satu jenis HPV yang berisiko tinggi adalah tipe HPV 52 yang dapat menyebabkan kanker. Pencegahan infeksi HPV melalui vaksinasi adalah tindakan yang sangat penting. Saat ini, terdapat lima jenis vaksin HPV profilaksis yang telah dihasilkan dari protein kapsid mayor L1 dan telah mendapatkan izin serta tersedia di pasaran. Pengembangan baru untuk bahan baku vaksin profilaksis bertujuan untuk meningkatkan kemampuan vaksin HPV dalam melawan berbagai jenis HPV dengan menggunakan protein chimeric. Protein kapsid HPV terdiri atas protein mayor L1 yang memiliki kemampuan self-assembled/perakitan sendiri sebagai virus like particles (VLP) secara mandiri, dan interaksi antibodi dengan protein L2 memainkan peran penting dalam respon imun. Sel B mengeluarkan antibodi yang mengikat antigen. Bagian spesifik dari antigen yang dikenali oleh antibodi yaitu epitop sel B sehingga ketika berikatan akan memicu respon antibodi. Pengembangan vaksin profilaksis berbasis chimeric adalah cara efisien untuk menggabungkan sifat antigenik dan imunogenik dari kedua protein ini tanpa persaingan dan mencapai efek aditif. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi stabilitas protein chimeric L1/L2 HPV 52 yang dihasilkan melalui ekspresi pada bakteri E. coli BL21 (DE3). Metode yang digunakan melibatkan pendekatan bioinformatika, termasuk validasi melalui simulasi dinamika molekuler dan pemodelan 3D, serta tahap pemurnian protein untuk memperoleh protein chimeric yang murni. Protein chimeric ini diharapkan dapat digunakan sebagai bahan baku potensial untuk vaksin profilaksis terhadap penyakit yang disebabkan oleh infeksi HPV. Penelitian ini memiliki dua tahapan dalam tahap pelaksanaannya. Tahapan pertama adalah analisis bioinformatika yang digunakan untuk memprediksi struktur 3 dimensi (3D) protein chimeric L1/L2 HPV 52 menggunakan berbagai alat pemodelan seperti Alphafold, Robetta, dan I-Tasser, dengan perbaikan melalui Galaxy Refinement. Validasi model dilakukan dengan memeriksa plot Ramachandran. Kemudian, stabilitas model divalidasi melalui simulasi dinamika molekuler dengan memperhitungkan parameter-parameter seperti Root Mean Square Deviation (RMSD), Root Mean Square Fluctuation (RMSF), Radius Gyrasi (Rg), dan Solvent Accessible Surface Area (SASA). Tahapan kedua yaitu melibatkan analisis in vitro dengan memurnikan protein L1/L2 HPV tipe 52 menggunakan teknik kromatografi afinitas dan high performance liquid chromatography (HPLC). Histag kemudian dihilangkan menggunakan sumo protease untuk mendapatkan protein chimeric murni berukuran sekitar 55 kDa kemudian hasil dikarkterisasi secara kualitatif dengan SDS-Page dan western blot dan secara kuantitatif untuk mengetahui total protein menggunakan kit BCA assay. Hasil identifikasi dikonfirmasi melalui SDS-PAGE dan Western blot, yang menunjukkan pengikatan dengan antibodi poliklonal anti-L1 HPV tipe 52. Berdasarkan hasil analisis bioinformatika, model protein chimeric L1/L2 yang dibuat dengan menggunakan Alphafold adalah yang terbaik. Validasi model dengan Ramachandran plot menunjukkan bahwa model ini memiliki nilai yang paling sesuai, yaitu sebesar 94,20%. Evaluasi stabilitas protein chimeric L1/L2 HPV 52 melalui simulasi dinamika molekuler menunjukkan bahwa protein ini sangat stabil, seperti yang ditunjukkan oleh analisis RMSD, RMSF, SASA, rg, dan ikatan hidrogen. Hasil analisis in vitro dengan pemurnian protein telah berhasil dilakukan dengan hasil visualisasi melalui SDS-PAGE dengan berat molekul sekitar 68 kDa. Validasi lebih lanjut dengan Western blot mengkonfirmasi bahwa protein chimeric L1/L2 memiliki berat molekul sekitar 55 kDa. Hasil penelitian ini menunjukkan potensi protein chimeric L1/L2 sebagai bahan baku yang efektif untuk vaksin profilaksis terhadap
Keyword: HPV, Molecular dynamics, Purification, Recombinant Protein

Judul: Real Option Valuation Using Binomial Decision Trees.
Abstrak: A firm that decides to invest has a choice to invest in real assets. A method which is usually used in valuation of the project is discounted cash flow (DCF) method. But, this method can’t be used in projects that account for value of managerial flexibility, such as decision to suspend operations temporarily. Therefore, this kind of project needs to be assessed using real option. Real option valuation can be done in some ways, including the use of path-dependent simulation, as well as closed-form models like Black-Scholes model, partial differential equation, and binomial or multinomial approaches. In this paper, real option valuation using binomial decisions id discussed. Determination of the project value can be done in three steps. First, calculate the expected present value of the project. Next, calculate volatility of the project using Monte Carlo simulation. Last, construct a binomial tree to model the dynamics of the project value using the parameters of the stochastic process, and then add some decision nodes to model the project’s real options.
Keyword: