Judul: Identifikasi Keragaman Gen Myostatin (MSTN) serta Asosiasinya dengan Kualitas Daging pada Ayam Kampung dan Ras Pedaging
Abstrak: Ayam kampung merupakan salah satu ayam asli Indonesia yang memiliki daya adaptasi terhadap lingkungan yang tinggi, tetapi daya produktivitasnya masih rendah. Padahal, ayam kampung memiliki potensi sebagai salah satu sumber protein di Indonesia, dan permintaan terhadap daging ayam kampung juga tinggi. Dalam meningkatkan kualitas dan kuantitas ayam kampung dapat dilakukan melalui seleksi secara genetik. Gen myostatin (MSTN) atau Growth Differentiations Factor 8 (GDF8) adalah gen utama dan penentu dalam pengontrol sifat pertumbuhan dan produksi daging yang berperan sebagai regulator negatif dari pertumbuhan otot skeletal. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman gen myostatin pada ayam kampung dan ras pedaging strain Cobb serta asosiasinya terhadap bobot potong, kualitas sifat fisik, dan kimia daging. Penelitian terdiri atas dua tahap yaitu analisis keragaman gen MSTN dan asosiasi keragaman gen MSTN dengan bobot karkas, sifat fisik (pH, susut masak, keempukan, daya mengikat air) dan sifat kimia (air, protein, lemak) daging pada ayam kampung dan ayam ras pedaging. Total sampel yang digunakan untuk analisis keragaman adalah 138 ekor yang terdiri atas 67 sampel DNA ayam kampung dan 71 sampel DNA ayam ras pedaging. Total sampel yang digunakan untuk asosiasi sifat fisik adalah 30 sampel ayam kampung dan 65 sampel daging dada ayam ras pedaging. Total sampel untuk asosiasi sifat fisik terdiri atas 9 sampel ayam kampung dan 9 sampel ayam ras pedaging yang merupakan perwakilan dari setiap genotipe. Kedua jenis ayam memiliki umur 12 minggu Titik mutasi gen MSTN yang digunakan yaitu c.234G>A pada ekson 1. Genotyping dilakukan menggunakan metode PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism). Analisis data secara deskriptif untuk frekuensi genotipe, frekuensi alel, heterosigositas, keseimbangan Hardy-Weinberg. Asosiasi data genotipe dengan fenotipe dianalisis ragam. Hasil menunjukkan gen MSTN pada populasi ayam kampung dan ayam ras pedaging bersifat polimorfik. Frekuensi genotipe AA lebih tinggi dibandingkan dengan frekuensi genotipe GA dan GG. Gen MSTN c.234G>A berasosiasi dengan bobot potong, karkas, dada, paha atas (thighs), paha bawah (drumsticks), sayap, daging dada, daging paha atas (thighs), daging paha bawah (drumsticks) pada ayam kampung dan bobot sayap pada ayam ras pedaging. Sifat fisik tidak memiliki asosiasi dengan nilai pH, susut masak, keempukan, daya mengikat air pada kedua populasi ayam. Pada sifat kimia, kadar protein pada ayam ras pedaging memiliki asosiasi dengan keragaman gen MSTN. Kesimpulannya, gen MSTN c.234G>A pada ekson 1 dapat digunakan sebagai kandidat untuk marka genetik sifat karkas pada ayam kampung dan ayam ras pedaging.
Keyword: ayam kampung, ayam ras pedaging, gen MSTN, bobot potong, kualitas daging

Judul: Identifikasi Keragaman Gen Myostatin (MSTN|BsrI) Pada Ayam Kampung.
Abstrak: Myostatin (MSTN) atau Growth and Differentiation Factor 8 (GDF8) adalah anggota dari Transforming Growth Factor (TGF)-β superfamily. yang berfungsi sebagai regulator negatif dari pertumbuhan otot skeletal. Mutasi pada exon 2, dimana basa timin menjadi basa guanine pada gen myostatin, merubah asam amino leusin menjadi arginine mempengaruhi bobot badan ayam. Tujuan dari penelitian ini untuk mengidentifikasi keragaman gen myostatin pada 132 ayam kampung terdiri atas ayam kampung Ciawi dan kampung Sukabumi. Sebagai pembanding untuk melihat keragaman pada populasi yang besar digunakan ayam broiler, nunukan, dan petelur. Keragaman gen diidentifikasi menggunakan metode Polymerase Chain Reaction – Restriction Fragment Length Polymorphism (PCRRFLP) menggunakan enzim restriksi BsrI. Produk amplifikasi sepanjang 247 pb, genotipe pada keragaman gen MSTN|BsrI yang ditemukan adalah GG, GT, dan TT. Hasil dari analisis memperlihatkan bahwa frekuensi genotipe GT dan TT nilainya lebih besar dari genotipe GG. Pada semua populasi frekuensi alel T nilainya lebih besar dari frekuensi alel G yaitu 0.72 dan 0.28. Gen MSTN|BsrI pada populasi kampung Ciawi, dan broiler berada pada keseimbangan Hardy-Weinberg. Populasi kampung Ciawi, dan kampung Sukabumi memiliki nilai heterozigositas pengamatan (Ho) yang lebih besar daripada nilai heterozigositas harapan (He), sedangkan ayam broiler memiliki nilai heterozigositas pengamatan (Ho) yang sama dengan nilai heterozigositas harapan (He). Gen MSTN|BsrI pada populasi kampung Ciawi, kampung Sukabumi, dan broiler bersifat polimorfik.
Keyword: ayam kampung, keragaman, MSTN, PCR-RFLP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: