Judul: In Silico Screening of COVID-19 Drug Candidate Compounds against SARS-CoV-2 Spike Proteins through ACE2 and TMPRSS2 Approaches
Abstrak: SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2) menginfeksi manusia melalui ikatan spike protein virus dengan dua reseptor pada sel inang, yaitu ACE2 (Angiotensin Converting enzyme 2) dan TMPRSS2 (Transmembrane Serine Protease 2). Penelitian ini bertujuan menemukan senyawa kandidat obat COVID-19 (Coronavirus disease) berdasarkan perubahan energi bebas Gibbs dengan pendekatan simulasi molekuler. Penambatan senyawa kandidat dilakukan terhadap tiga tapak aktif pada spike protein virus, yaitu tapak aktif yang berikatan dengan ACE2, bagian satu TMPRSS2, dan bagian dua TMPRSS2. Penambatan 115 ligan dikelompokkan menjadi lima kelompok, yaitu kelompok fitokimia, kelompok minyak atsiri, kelompok penghambat protease, kelompok organisme laut, dan kelompok obat sintesis dari hasil peneltian Elvira (2020). Hasil penambatan senyawa kandidat pada tapak aktif dengan ACE2 didapatkan senyawa asparagosida-F dengan nilai ΔG terendah, yaitu -9,8 kkal/mol. Hasil penambatan senyawa kandidat pada tapak aktif dengan bagian satu TMPRSS2 didapatkan senyawa shatavarin-X dengan nilai ΔG terendah, yaitu -13,3 kkal/mol. Hasil penambatan senyawa kandidat pada tapak aktif dengan bagian dua TMPRSS2 didapatkan senyawa shatavarosida-B dengan nilai ΔG terendah, yaitu -9,1 kkal/mol. Hal tersebut menunjukan penambatan oleh ketiga senyawa kandidat akan berjalan spontan. Namun, hasil analisis toksistas Lipinski dan Toxtree menunjukkan bahwa ketiga senyawa tersebut tidak dapat diberikan secara oral.
Keyword: ACE2, drug, molecular docking, spike protein, TMPRSS

Judul: Virtual Screening and Simulation of Molecular Dynamics of Natural Materials with SARS-CoV-2 Antiviral Potential.
Abstrak: Penelitian terkait obat-obatan dan vaksin SARS-CoV-2 yang merupakan virus penyebab Covid-19 masih terus dilakukan. Penelitian ini akan berfokus untuk mendapatkan senyawa dari baham alam yang paling potensial sebagai inhibitor protein SARS-CoV-2 berdasarkan nilai koefisien inhibisi, nilai binding energy, dan geometri struktur kompleks senyawa alam-protein SARS-CoV-2. Berdasarkan informasi genom dan karakteristik patologis SARS-Cov-2 terdapat protein fungsional SARS-CoV-2 yang dapat digunakan sebagai target pengembangan obat diantaranya adalah RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), Mainprotease (3CLpro), dan Papain Like Protease (PLpro) yang memiliki peran sentral dalam proses replikasi virus dan transkripsi virus. Penelitian ini menggunakan struktur protein yang berasal dari protein data bank (PDB). Struktur yang digunakan adalah 7BV2 dengan resolusi 2.5 Å untuk RdRp, 7D1M dengan resolusi 1.4 Å untuk Mpro dan 6WX4 dengan resolusi 1.66 Å untuk PLpro. Pengujian dilakukan terhadap seribu senyawa alam Indonesia yang digunakan sebagai penghambat protein SARS-CoV-2 yang diambil dari Herbaldb dan Pubchem ID. Tahapan pertama dalam penelitian ini adalah pemodelan farmakofor dengan desain obat berbasis struktur. Senyawa alami dianalisis berdasarkan kemiripan sterik dan elektronik dengan inhibitor yang setidaknya telah melalui tahapan pengujian in vitro, agar didapatkan senyawa alam yang memiliki interaksi dengan pusat aktif katalitik protein. Kemudian dilanjutkan dengan simulasi molekular docking untuk mendapatkan energi ikat dan analisis visual interaksi senyawa alam di sisi aktif protein sebagai inhibitor SARS-CoV-2. Tahap terakhir adalah simulasi dinamika molekuler untuk mengeksplorasi ruang konformasi senyawa alam dan protein serta pengujian kestabilan interaksi dalam berlangsungnya waktu simulasi. Uji ADMET dilakukan terhadap senyawa terbaik untuk memperoleh farmakologi komputasi dan farmakokinetik senyawa alami tersebut. Berdasarkan kesamaan fitur farmafokor, simulasi penambatan, interaksi intramolekul senyawa dan enzim, simulasi dinamika molekul dan sifat ADMET. Senyawa yang teridentifikasi sebagai inhibitor RdRp adalah sotesuflavone, grossamide, dan 6-Hydroxyluteolin-6,7-disulfate. Senyawa yang teridentifikasi sebagai inhibitor Mpro adalah cosmosiin, glucobrassicin, dan isobavachin. Senyawa yang teridentifikasi sebagai inhibitor PLpro adalah cowanin dan isochandalone., Research related to drugs and the SARS-CoV-2 vaccine, which is the virus that causes Covid-19, is still ongoing. This research will focus on obtaining compounds from natural substances that have the most potential as SARS-CoV-2 protein inhibitors based on the inhibition coefficient value, binding energy value, and the structural geometry of the complex natural compound protein SARS-CoV- 2. Based on the genomic information and pathological characteristics of SARS- Cov-2 several SARS-CoV-2 functional proteins can be used as targets for drug development, including RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), Mainprotease (3CLpro), and Papain Like Protease (PLpro), which has a central role in the process of viral replication and viral transcription. This study uses a protein structure derived from the protein bank data (PDB). The structure used is 7BV2 with a resolution of 2.5 Å for RdRp, 7D1M with a resolution of 1.4 Å for Mpro and 6WX4 with a resolution of 1.66 Å for PLpro. Tests were carried out on a thousand natural Indonesian compounds used as inhibitors of the SARS-CoV-2 protein taken from Herbaldb and Pubchem ID. The first stage in this research is pharmacophores modelling with structure-based drug design. Natural compounds are analyzed based on their steric and electronic similarities with inhibitors that have at least gone through in vitro testing stages to obtain natural compounds
Keyword: Molecular Docking, Covid-19, Pharmacophores Modeling, Indonesian Natural Compounds, ADMET Test, Molecular Dynamics Simulation

Judul: Etno-ornitologi Burung Kancilan Flores (Pachycephala nudigula nudigula Hartert 1897) pada Masyarakat Lio di Taman Nasional Kelimutu
Abstrak: Bare-throathed whistler is one of several wild birds in Kelimutu National Park (TNKL) that is believed to have correlation with Lio Community‟s belief. The estimation of Bare-throated whistler‟s population in Kelimutu National Park was about 186.41-1668.07 individual by the density about 0.0389-0.3481 ind/ha with the sex ratio 6.2:1 that spreaded on area with height of 1100 – 1600 masl. The characteristic of Bare-throated whistler‟s habitat is a natural forest with various canopy level, high plant species diversity and high density. The habitat characteristics related to the availability of food in the form of insects, cover, safety and a nesting site. Generally the most of Lio community knew the existence of Bare-throated whistler directly or from their parents‟ stories. The perceptions of Lio Community to the Bare-throated whistler‟s existence is generally support the conservation efforts. The perceptions construct the Lio Community‟s atitude that tend to be conservative to the existence of Bare-throated whistler. The attitude shown by their behavior that not cathing the Bare-throated whistler from the TNKL‟s area or the outside. The attitude have an important role to the existence of Bare-throated whistler in Kelimutu National Park‟s area.
Keyword: