Judul: Protease Fibrinolitik Dari Mikroba Pangan Fermentasi Oncom Merah Dan Tempe Gembus
Abstrak: Penyakit kardiovaskuler seperti penyakit jantung, tekanan darah tinggi, dan stroke adalah penyebab utama kematian di dunia, termasuk Indonesia. Dasar patofisiologi proses infark miokardial dan stroke adalah pembentukan bekuan fibrin atau trombus yang melekat pada dinding pembuluh darah yang terluka. Fibrin merupakan komponen protein utama dari pembekuan darah, yang terbentuk dari fibrinogen oleh trombin. Enzim fibrinolitik dari mikroba pangan telah menarik perhatian untuk diteliti lebih jauh sebagai agen trombolitik. Genus Bacillus dari pangan fermentasi dapat menghasilkan enzim fibrinolitik kuat, seperti Bacillus natto dari natto, pangan fermentasi kedelai asal Jepang yang menghasilkan nattokinase (NK). Beberapa genus Bacillus lainnya dari berbagai pangan fermentasi juga telah ditemukan mampu menghasilkan enzim fibrinolitik kuat. Diantaranya adalah B. amyloliquefaciens DC-4 dari douchi, pangan fermentasi kedelai dari Cina, Bacillus sp. CK dari chungkookjang, saus kedelai fermentasi dari Korea, Bacillus sp. strains DJ-2 dan DJ-4 dari doenjang, Korea, dan Bacillus sp. KA38 dari jeotgal, ikan asin fermentasi dari Korea. Penelitian ini berhasil mengisolasi bakteri penghasil protease fibrinolitik dari pangan fermentasi Indonesia, oncom merah dan tempe gembus. Empat puluh tiga isolat menunjukkan aktivitas proteolitik pada media skim milk agar (SMA), dan 38 diantaranya menunjukkan aktivitas fibrinolitik baik berdasarkan uji cakram fibrin maupun zimogram dengan substrat fibrinogen. Dua isolat terbaik, yaitu RO3 dari oncom merah dan 2.g dari tempe gembus, dipilih untuk diidentifikasi menggunakan kit API 50 CHB dan analisis 16S rRNA. Hasil uji biokimia menggunakan kit API 50 CHB khusus untuk Bacillus spp, menunjukkan bahwa isolat RO3 teridentifikasi sebagai B. licheniformis (99,9%) dan isolat 2.g sebagai B. pumilus (99,7%). Identifikasi molekuler berdasarkan gen 16S rRNA telah dilakukan dan isolat RO3 teridentifikasi sebagai B. licheniformis (96%) dan isolat 2.g sebagai B. pumilus (97%). Urutan nukleotida telah didaftarkan di GenBank dengan nomor akses AB968524 untuk isolat RO3 dan AB968523 untuk isolat 2.g. Tingginya biaya produksi enzim merupakan salah satu hambatan untuk keberhasilan penerapan enzim dalam industri. Pemilihan media merupakan faktor penting untuk produksi enzim. Bacillus licheniformis RO3 ditumbuhkan pada tiga jenis media yang berbeda, yaitu Luria-Bertani broth (LB), ½ LB + susu skim 1% (b/v) (LBS), dan ½ LB + tepung oncom merah 1% (b/v) (LBO). Dalam media LB, B. licheniformis RO3 mampu menghasilkan protease dengan aktivitas tertinggi 0,024 U/ml atau 0,157 U/mg pada jam ke-36. Dalam media LBS, aktivitas tertinggi 0,022 U/ml atau 0,152 U/mg tercapai pada jam ke-48. Hasil terbaik ditunjukkan pada B. licheniformis RO3 yang ditumbuhkan pada media LBO dengan aktivitas protease tertinggi 0,051 U/ml atau 0,283 U/mg setelah 48 jam fermentasi. Hasil ini menunjukkan bahwa tepung oncom merah dapat digunakan sebagai media yang baik untuk produksi protease fibrinogenolitik. Protease fibrinogenolitik kasar yang dihasilkan dari B. licheniformis RO3 dengan media produksi LBO memiliki pH optimum 8 dan suhu optimum 60oC. Bacillus pumilus 2.g menghasilkan beberapa fraksi protease yang memiliki aktivitas fibrinolitik kuat. Enzim fibrinolitik dengan berat molekul 20 kDa telah dimurnikan dari supernatan kultur B. pumilus 2.g dengan tahapan pengendapan amonium sulfat 80%, kromatografi penukar ion menggunakan matriks CMSephadex C-50, dan kromatografi hidrofobik menggunakan matriks Phenyl Sepharose 6-FF. Kemurnian enzim meningkat 16 kali lipat dengan yield 25% pada tahap akhir pemurnian. Enzim fibrinolitik murni stabil antara pH 5 hingga pH 9
Keyword: protease fibrinolitik, oncom merah, tempe gembus, Bacillus licheniformis, Bacillus pumilus

Judul: Molecular Characteristics of Fibrinolytic Enzyme from Bacillus subtilis Originated Moromi through Bioinformatics Studies
Abstrak: Penyakit kardiovaskuler seperti stroke dan jantung merupakan salah satu penyebab kematian di dunia, termasuk Indonesia. Menurut WHO 2017, pada tahun 2016 sekitar 17.9 juta orang meninggal (sebesar 31% dari tingkat kematian di dunia) karena penyakit kardiovaskular, serta dari jumlah ini sebanyak 85% disebabkan oleh serangan jantung dan stroke. Salah satu dasar patofisiologi dari stroke adalah atero-tromboembolik (trombosis), yaitu suatu keadaan dimana bekuan-bekuan darah melekat dan beragregasi pada pembuluh darah yang terluka sehingga menyebabkan penyumbatan aliran darah. Enzim fibrinolitik dari mikroba pangan telah menarik minat ahli medis untuk dikembangkan sebagai agen trombolitik. Di antara bakteri, sebagian besar dari anggota genus Bacillus telah dipelajari mengenai enzim fibrinolitik dan sifat-sifatnya. Genus Bacillus dari berbagai pangan fermentasi yang ditemukan mampu menghasilkan aktivitas protease fibrinolitik yang kuat, antara lain Bacillus natto dari natto, Bacillus amyloliquefaciens DC-4 dari douchi; Bacillus amyloliquefaciens MJ5-41 dari meju; Bacillus licheniformis, Bacillus cereus, Brevibacillus laterosporus, dan Bacillus pumilus dari oncom merah dan tempe gembus; serta Bacillus coagulans dari terasi. Penelitian di Indonesia mengenai enzim fibrinolitik dari pangan fermentasi masih terbatas, padahal Indonesia dikenal sebagai negara yang kaya produk pangan fermentasi seperti tempe, tauco, tempe gembus, oncom merah, tempoyak, jambal roti, dan tuak. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan kajian terhadap enzim fibrinolitik mikroba dari produk fermentasi moromi. Dalam mencari informasi dasar dan molekuler enzim fibrinolitik, temuan mikroba fibrinolitik lokal adalah tahap awal yang perlu diikuti oleh tahap berikutnya yaitu mencari informasi mengenai gen penyandi enzim fibrinolitik dan karakterisasinya, serta mencari informasi melalui kajian bioinformatika terkait interaksi yang terjadi antara enzim fibrinolitik dengan substratnya yaitu fibrin dan fibrinogen. Pemanfaatan tools pada bioinformatika dapat memberikan berbagai informasi penting, khususnya dalam studi ini terkait karakteristik molekuler enzim yang diisolasi dari Bacillus subtilis K2 asal pangan fermentasi moromi. Penelitian ini berhasil mengisolasi bakteri penghasil protease fibrinolitik dari pangan fermentasi Indonesia, moromi. Sebanyak tiga isolat menunjukkan aktivitas proteolitik pada media skim milk agar dan juga menunjukkan aktivitas fibrinolitik yang kuat berdasarkan pada uji fibrin plate. Ketiga isolat (K1, K2, dan K3) diidentifikasi menggunakan kit API 50 CHB dan identifikasi molekuler melalui analisis sekuen gen 16S rRNA. Hasil uji biokimia menggunakan kit API 50 CHB menunjukkan bahwa isolat K1 diidentifikasi sebagai Bacillus cereus 1 (99.8%), K2 sebagai Bacillus subtilis (97%), dan K3 sebagai Bacillus cereus (99%). Identifikasi molekuler berdasarkan gen 16S rRNA menunjukkan bahwa K1 dikonfirmasi sebagai Bacillus cereus 1 (100%), K2 sebagai Bacillus subtilis (99.86%), dan K3 sebagai Bacillus cereus (97.56%). Urutan nukleotida didepositkan pada GenBank dengan accession number MK045762 untuk K1, MK652831 untuk K2, dan MK530096 untuk K3. Isolat K2 (Bacillus subtilis K2) yang difermentasi selama 1 hari memiliki aktivitas fibrinolitik yang hampir mirip dengan enzim fibrinolitik komersial, lumbrokinase yang diisolasi dari cacing tanah. Berdasarkan analisis morfologi, biokimia, dan gen penyandi 16S rRNA, satu isolat yang memiliki aktivitas proteolitik dan fibrinolitik tertinggi diidentifikasi sebagai Bacillus subtilis K2. Analisis BLASTn dari sekuens nukleotida menunjukkan homologi sebesar 73.6% dengan gen penyandi enzim pendegradasi fibrin Nattokinase dari Bacillus subtilis subsp. natto yang diisolasi dari kedelai fermentasi di Jepang. Analisis sekuens asam amino putatif melalui Prosite mengindikasikan bahwa Subtilisin K2 tergolong enzim protease serin dengan asam amino aspartat, histidin dan serin yang
Keyword: Bacillus, Bioinformatic, Fibrinolytic, Molecular Docking, Moromi

Judul: Implementation of Spatio-Temporal Change Query in Relational Database.
Abstrak: Geographic object changes in various views. Object changes are recorded using a model of static storage. No historical connection between old version data and new version data has been built. For that, a storage model of spatio-temporal queries that can analyze spatio-temporal changes has been developed. The object changes the geometry are grouped according to the taxonomy of Spatio-Temporal Pattern Change. This research has been able to apply the query patterns change including born, expand, merge, contract, split, normal and die. This query based on geometric (area) changes. The implementation of spatio-temporal change queries represents an object changes continuously with easy, change detection is done by comparing two versions of data. Keyword: spatio-temporal change query, spatio-temporal change pattern.
Keyword: