Judul: Keragaman Genetik Gen Prolaktin dan Gen STAT5A pada Sapi Bali
Abstrak: Sapi bali merupakan sumberdaya genetik ternak asli Indonesia yang memiliki beberapa keunggulan, salah satunya adalah daya reproduksi yang tinggi. Gen prolaktin (PRL) dan gen signal transducer and activator of transcription 5A (STAT5A) merupakan anggota dari POU1F1 signaling pathway yang berhubungan dengan sifat reproduksi. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi ada tidaknya polimorfisme gen PRL dan STAT5A pada sapi bali di pusat pembibitan sapi bali yaitu Balai Pembibitan Ternak Unggul (BPTU) sapi bali Pulukan, Balai Inseminasi Buatan Daerah (BIBD) Baturiti, Balai Besar Inseminasi Buatan (BBIB) Singosari, Balai Pembibitan Ternak-Hijauan Makanan Ternak (BPT-HMT) Serading, dan Village Breeding Centre (VBC) Kabupaten Barru dengan menggunakan metode PCR-RFLP. Sampel sapi bali sebanyak 262 sampel dideteksi keragaman genetiknya menggunakan enzim restriksi RsaI (gen PRL) dan AvaI (gen STAT5A). Analisis data menggunakan frekuensi alel, frekuensi genotipe, heterozigositas, dan keseimbangan Hardy-Weinberg. Amplifikasi gen PRL ekson 3, gen PRL ekson 4, dan gen STAT5A ekson 7 menghasilkan fragmen dengan panjang masing-masing 156 bp, 294 bp, dan 215 bp. Penentuan genotipe gen PRL ekson 3 dan ekson 4 menghasilkan tiga genotipe pada populasi BBIB Singosari dan dua genotipe pada populasi BIBD Baturiti, BPTU sapi bali Pulukan, BPT-HMT Serading, dan VBC Kabupaten Barru. Frekuensi alel A (ekson 3) dan alel G (ekson 4) lebih tinggi dibandingkan dengan alel B (ekson 3) dan alel A (ekson 4) untuk gen PRL. Hasil analisis menunjukkan bahwa lokus STAT5A|AvaI memiliki alel monomorfik C. Nilai heterozigositas ditemukan rendah untuk gen PRL ekson 3 dan ekson 4 pada seluruh populasi. Frekuensi genotipe gen PRL ekson 3 dan ekson 4 menyimpang dari keseimbangan Hardy-Weinberg pada populasi sapi bali di BBIB Singosari. Hasil sekuens fragmen gen PRL baik pada ekson 3 maupun ekson 4 menunjukkan adanya mutasi antara basa adenin (A) dengan guanin (G), sedangkan hasil analisis sekuens pada gen STAT5A menunjukkan bahwa tidak terjadi mutasi pada situs restriksi enzim AvaI (C|CCGAG).
Keyword: gen prolaktin, gen STAT5A, keragaman genetik, PCR-RFLP, sapi bali

Judul: Keragaman Haplotipe dan Filogenetik Menggunakan Penanda Gen 12S rRNA Mitokondria pada Sapi Bali
Abstrak: Sapi bali merupakan salah satu sumber daya genetik ternak asli Indonesia yang harus dikembangkan dan dilestarikan. Gen 12S rRNA dapat digunakan sebagai marker keragaman genetik pada sapi dan saat ini belum diteliti secara intensif pada sapi bali. Penelitian ini bertujuan menganalisis gen 12S rRNA mtDNA untuk menentukan keragaman haplotipe dan filogenetik pada sapi Bali di kawasan timea Indonesia yang diwakili oleh 3 provinsi sebagai sumber kantong penghasil sapi Bali paling besar, selain itu digunakan sapi lokal Indonesia lainnya sebagai pembanding dalam penelitian ini. Sebanyak 95 sampel darah sudah dikoleksi di Laboratorium Genetika Molekuler Ternak, Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor dari 3 bangsa sapi, yaitu sapi bali dari BPTU-HPT Pulukan Denpasar Bali, sapi bali dari Village Breeding Centre (VBC) Kabupaten Baru Sulawesi Selatan, sapi bali dari BPTU-HPT Serading Nusa Tenggara Barat, sapi madura dari VBC Kabupaten Pamekasan Jawa Timur dan sapi PO dari VBC Kabupaten Kebumen Jawa Tengah. Sampel dianalisa keragaman haplotipe menggunakan metode PCR dan sekuensing. Data dilakukan validitas data dengan Bio Edit dan FinchTV. Analisis data dengan metode elustal W untuk mengestimasi jarak genetik dihitung dengan p distance pada program MEGA versi 10, dan dihitung keanekaragaman nukleotida yang dinyatakan sebagai jumlah situs polimorfik (S), perbedaan nukleotida (K), keragaman haplotipe (Hd), dan keragaman nukleotida (x) dihitung menggunakan program DNAsp versi 6.12.01. Median-joining network dianalisis menggunakan program Network versi 10.2. Pohon Filogenetik direkonstruksi menggunakan metode bootstrapped Maximum Likehood 1000 kali pengulangan, gamma distribution (+G) dengan menggunakan lima rate kategori. Hasilnya panjang sekuen gen 12S rRNA yang dapat dianalisis 909 bp. Nilai jarak genetik berkisar 0,00200-0,01508. Keragaman haplotipe berkisar 0,66000-0,91111. Nilai keragaman nukleotida berkisar 0,00174-0,01673. Berhasil ditemukan sebanyak 16 haplotipe. Nilai Gst 0,00803, nilai Nst 0,07550, nilai Fst 0,07622. Berdasarkan hasil analisa keragaman marka gen 12S rRNA terdapat haplotipe spesifik yang membedakan tiga lokasi sapi bali di kawasan timur Indonesia yaitu haplotipe H16 (asal Denpasar), H18 (asal Sulawesi Selatan), dan H19 (asal Nusa Tenggara Barat). Perbedaaan haplotipe spesifik juga ditemukan antar bangsa sapi yaitu haplotipe H6, 1H7, H8 (Sapi PO) dan H9, H10, H11, H13 (Sapi madura). Analisis jarak genetik dan filogenetik menunjukkan bahwa sapi bali terdapat perbedaan di berbagai wilayah. Penelitian ini meskipun keragamannya rendah pada sapi bali, gen 125 RNA dapat dijadikan sebagai kandidat marka genetik untuk studi keragaman sapi pedaging khususnya pada sapi bali
Keyword: 125 RNA gene, hali cattle, genetic diversity, phylogenetic tree

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: