Judul: Genetika Evolusioner pada Spesies Salacca Berdasarkan Genom  Kloroplas, Gen, dan Keanekaragaman Urutan Intergenik
Abstrak: This thesis explores the chloroplast genomes (Cp) and sequence diversity of key genomic regions in seven Salacca species, commonly known as snake fruit. The initial analysis involves constructing and examining Cp genomes using data from the BGISeq-500 platform and GetOrganelle assemblers, revealing a consistent structure across genomes with lengths varying between 157,047 and 158,182 kilobase pairs. A detailed comparative genomics analysis identifies the ycf1 gene as having the highest number of single nucleotide polymorphisms (SNPs), with significant findings such as missing amino acids in Salacca affinis and a prevalence of mononucleotide SSR motifs. Additionally, variability in the junctions of large single copy (LSC), inverted repeat (IR), and small single copy (SSC) regions is noted, particularly in S. wallichiana. The study further investigates the sequence diversity of the rbcL, matK, ITS, trnL-F, and atpH-F regions, employing Sanger sequencing and gene-specific primers to address species identification challenges due to morphological similarities and complex taxonomy. The development of 26 Single Nucleotide Amplified Polymorphism (SNAP) primers shows high specificity and efficiency, facilitating precise species identification. Phylogenetic analysis reveals that the Salacca species form distinct clades with a recent common ancestor, emphasizing their close evolutionary relationships. This research highlights the utility of Cp genome information and specific genomic regions in advancing our understanding of genetic diversity, species identification, evolutionary biology, and conservation efforts within the Salacca genus. The findings establish a genetic connection between Salacca and Cocos nucifera and highlight the contrast with Phoenix dactylifera, providing crucial insights for future studies and breeding programs.
Keyword: Phylogenetic  Analysis, Genome  Annotation, DNA Barcoding, GetOrganelle, Species Identification, SNPs

Judul: Beberapa gatra biosistematika salacca (Arecaceae)
Abstrak: Salak adalah tumbuhan asli daerah tropis yang tergolong ke dalam marga Salacca. Marga ini tersebar di Burma, Indocina, Thailand, Semenanjung Malaya, Sumatra, Borneo, Philipina, dan Jawa. Berdasarkan struktur pada kulit buah yang bersisik, maka marga ini dianggap berada pada tahap yang lebih primitif dibandingkan Calamus, Daemonorops, dan marga lain dari Lepidocaryeae. Namun sampai saat ini belum ada literatur yang mendeskripsikan seluruh jenis salak yang tersebar di dunia. Peluang besar untuk mendapatkan jenis baru dari salak disebabkan karena perbungaan salak dioesis sehingga proses spesiasi diduga masih terus berlangsung hingga saat ini. Penelitian mengenai keanekaragaman salak yang ada di Indonesia juga masih terbatas. Penelitian ini mencakup jenis salak liar dan budi daya. Tujuan penelitian ini adalah menyajikan deskripsi jenis-jenis salak yang ada di dunia dan persebarannya serta membuat kunci identifikasi jenis dan kultivar; menganalisis keanekaragaman molekuler salak Jawa dan salak Bali; menganalisis keanekaragaman morfologi dan molekuler salak Sidempuan; dan mengidentifikasi salak potensial di Indonesia. Hasil penelitian ini diharapkan dapat memberikan sumbangan baru bagi ilmu pengetahuan khususnya penemuan jenis baru dan deskripsi jenis-jenis salak yang ada di dunia. Jenis-jenis salak liar merupakan sumber plasma nutfah bagi pengembangan salak budi daya. Keanekaragaman morfologi dan genetik salak Sidempuan (Salacca sumatrana) serta genetik salak Jawa (Salacca zalacca var. zalacca) dan salak Bali (Salacca zalacca var. amboinensis) dapat menggambarkan variasi dari kultivar kedua jenis tersebut. Hasil analisis molekuler diharapkan dapat memberikan indikasi ada tidaknya pemisahan antara salak Jawa dan salak Bali. Revisi marga salak didasarkan pada pengamatan spesimen herbarium yang mewakili 19 jenis salak yang berasal dari Herbarium Bogoriense, Bogor; Herbarium Leiden, Belanda; Herbarium Kewense, Inggris dan pustaka jenis-jenis salak. Keanekaragaman salak budi daya diamati pada dua jenis yaitu S. zalacca dan S. sumatrana, sedangkan pencarian salak potensial diamati pada lima jenis salak budi daya. Pengamatan morfologi pada seluruh tanaman salak meliputi karakter organ vegetatif dan generatif. Pengamatan molekuler dilakukan dalam beberapa tahapan yang terdiri atas isolasi, restriksi dan ligasi, preamplifikasi, dan amplifikasi menggunakan penanda AFLP dengan dua kombinasi primer yaitu EcoRI- ACT dan Mse1-CAT serta kombinasi lainnya yaitu EcoRI- ACC dan Mse1-CTT. Analisis data morfologi dan molekuler diolah dengan menggunakan metode UPGMA melalui program NTSYS (Numerical Taxonomy and Multivariate System) versi 2.02. Data mengenai rasa, warna daging buah, kadar gula dan kandungan tanin dianalisis dengan menggunakan Program R.3.0. Jumlah salak (Salacca) yang terdapat di dunia saat ini adalah 23 jenis yang terbagi ke dalam dua seksi dari marga Salacca. Seksi Leiosalacca terdiri atas dua jenis dan seksi Salacca terdiri atas 21 jenis. Salacca acehensis adalah jenis baru yang ditemukan di Sumatra, khususnya Provinsi Aceh dan Sumatra Utara. Borneo memiliki 11 jenis salak dan merupakan pusat keanekaragaman salak dunia...dst
Keyword: jenis baru, kultivar, morfologi, penanda AFLP, Salacca

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: