Judul: Identification of Specific DNA Markers for the Three Varieties  of Indonesian Shallot (Allium cepa var. aggregatum)
Abstrak: Bawang merah (Allium cepa var. aggregatum) merupakan tanaman yang secara alami menyerbuk silang, akan tetapi umunya diperbanyak secara vegetatif dengan umbi dalam proses penanamannya diberbagai agroekologi Indonesia yang beragam. Sistem penyerbukan silang dan seleksi alami secara berkelanjutan menyebabkan adanya keragaman genetik dalam populasi satu varietas. Analisis penciri varietas secara morfologi sulit dilakukan, sehingga diperlukan pembeda varietas genetik yang spesifik untuk penciri varietas. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman genetik pada populasi varietas Bima Brebes, SS Sakato dan Tajuk yang banyak beredar di Indonesia serta mendapatkan penanda DNA spesifik. Amplifikasi DNA tiga varietas bawang dengan sepuluh primer Random Amplified Polymorphism DNA (RAPD). Pita diskor secara binner kemudian dianalisis menggunakan PBSTAT-CL, dan PowerMarker 3.25. Marka RAPD yang digunakan berhasil mengamplifikasi 137 total pita DNA, dan 109 pita DNA diantaranya bersifat polimorfik dengan persentase total polimorfik yaitu 80,14%. Primer yang menghasilkan persentase pita polimorfik paling tinggi yaitu OPE7 dengan persentase 100%, sedangkan primer yang persentase polimorfiknya rendah yaitu SBN2 dengan 0% pita polimorfik. Nilai PIC (polymorphic information content) menunjukan bahwa dari sepuluh primer yang digunakan terdapat sembilan primer paling informatif yaitu OPE7, OPE11, OPJ4, OPJ11,OPN6, SBH9, SBH12, SBH20 dan SBN9, sedangkan primer yang dikategorikan kurang informatif yaitu SBN2. Analisis dengan penanda RAPD pada varietas yang diuji beragam untuk setiap populasi, terlihat pada analisis gerombol yang menunjukan koefisien ketidakmiripan sebesar 0.35 untuk Bima Brebes, untuk varietas SS Sakato nilai koefisien ketidakmiripan 0.5 sedangkan pada varietas Tajuk membentuk nilai koefisien ketidakmiripan sebesar 0.35. Analisis gerombol menunjukan bahwa varietas SS Sakato keragamannya cukup tinggi, sedangkan varietas Bima Brebes dan Tajuk menghasilkan nilai keragaman genetik yang rendah. Analisis penciri varietas Bima Brebes spesifik ukuran 600 pb pada OPJ11, SS Sakato spesifik primer SBH9 ukuran 300 pb, sedangkan untuk varietas Tajuk spesifik ukuran 600 pb pada primer OPE11.
Keyword: Cluster analysis, RAPD, variety-specific band

Judul: Keragaman Genetik Bawang Merah (Allium Cepa L.) Berdasarkan Marka Morfologi Dan Issr
Abstrak: Bawang merah (Allium cepa L.) merupakan salah satu spesies dari marga Allium dengan karakteristik morfologi umbi berlapis, memiliki aroma dan rasa yang unik. Bawang merah sangat populer dalam dunia kuliner yaitu sebagai bumbu masakan, saat ini bawang merah sedang dikembangkan sebagai obat tradisional. Pengembangan varietas bawang merah membutuhkan variasi genetik dari plasma nutfah bawang merah. Namun, informasi tentang keragaman genetik bawang merah lokal Indonesia masih terbatas. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman genetik dari 34 genotipe bawang merah koleksi Pusat Kajian Hortikultura Tropika Institut Pertanian Bogor (PKHT-IPB) berdasarkan marka morfologi dan ISSR. Hasil penelitian ini diharapkan dapat dijadikan informasi dasar dalam pengelolaan sumber daya genetik dan pemuliaan bibit unggul bawang merah di Indonesia. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Oktober 2014 sampai dengan September 2015. Sebanyak 34 genotipe bawang merah yang berupa umbi dikoleksi dari beberapa daerah di Indonesia. Sejumlah 24 karakter morfologi dan agronomi diamati dalam penelitian ini. Marka Inter Simple Sequences Repeat (ISSR) juga digunakan untuk menganalisis keragaman genetik bawang merah. DNA total diisolasi menggunakan metode CTAB. Amplifikasi PCR menggunakan GoTaq® Green PCR Mix dengan 13 primer ISSR. Hasil PCR dielektroforesis dalam gel agarosa 1.2%, divisualilasikan dengan sinar ultraviolet dan didokumentasikan menggunakan kamera digital. Karakter morfologi diskoring menjadi data multistate dan pita polimorfik diskoring menjadi data biner. Hasil skoring data morfologi dan molekuler ditabulasi dalam matriks, kemudian dianalisis menggunakan program NTSys. Dendrogram dikonstruksi menggunakan metode UPGMA dengan koefisien kemiripan simple matching (SM). Principal component analysis (PCA) dikonstruksi menggunakan metode SIMINT dengan koefisien correlation. Analisis struktur genetika populasi menggunakan program GenAlex. Pengamatan morfologi menghasilkan 19 karakter polimorfik dari 24 karakter yang diamati. Karakter informatif untuk menganalisis keragaman morfologi bawang merah antara lain: tingkat kepatahan daun, jumlah siung umbi dan morfologi pada umbi. Bobot basah umbi tertinggi dimiliki oleh varietas Bangkok (57.56 g/rumpun) dan terendah dimiliki oleh varietas Kuning (2.33 g/rumpun). Hampir semua genotipe bawang merah yang diamati pada penelitian ini termasuk dalam kategori mutu I yang disenangi oleh konsumen dan petani. Rata-rata diameter umbi yang diamati lebih dari 1.7 cm (mutu I), yaitu berkisar antara 1.51 cm (genotipe Solo 7) sampai 7.54 cm (varietas Bangkok). Dendrogram menunjukkan bahwa 34 genotipe bawang merah terbagi menjadi dua kelompok utama (kelompok I dan II) dengan koefisien kemiripan berkisar antara 0.68 sampai 0.95. Marka ISSR menghasilkan 103 pita DNA polimorfik dengan persentase polimorfik total sebesar 89.57%. Dendrogram menunjukkan bahwa 34 genotipe bawang merah berkelompok menjadi dua kelompok (kelompok I dan II) dengan nilai koefisien kemiripan genetik berkisar antara 0.62 sampai 0.89. Primer informatif untuk menganalisis keragaman genetik bawang merah antara lain: primer ISSRred 4, ISSRred 9 dan ISSRred 20. Keseluruhan genotipe, baik berdasarkan marka morfologi maupun marka ISSR menghasilkan dua kelompok utama, namun pengelompokkan tidak berhubungan dengan asal geografi genotipe tersebut. Pengelompokan diduga karena proses budidaya dalam waktu yang lama dan juga dipengaruhi oleh distribusi perdagangan bawang merah. Berdasarkan nilai struktur genetika populasi dari populasi bawang merah yang diamati, populasi asal Solo memiliki keragaman genetik tertinggi (I= 0.44, h= 0.31 dan PLP= 77.39%) dan populasi asal Solok memiliki keragaman genetik terendah (I= 0.37, h= 0.24 dan PLP= 67.83%). Genotipe bawang merah yang dikategorikan unggul diantaranya genotipe
Keyword: karakter morfologi, marka ISSR, shallot

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: