Judul: Karakterisasi Molekuler Klon, Spesies, dan Hibrida Anggrek Phalaenopsis Menggunakan Marka SNAP Berbasis Gen Pto
Abstrak: Phalaenopsis merupakan salah satu komoditas tanaman hias yang telah dikembangkan secara komersial di berbagai negara. Perkembangan Phalaenopsis dari tanaman hias berskala hobi menjadi kegiatan usaha komersial tentunya tidak terlepas dari peran kemajuan bioteknologi yang dewasa ini semakin berkembang. Teknologi kultur jaringan telah berhasil diterapkan secara masif untuk perbanyakan klon elit hasil pemuliaan. Selain itu, teknologi molekuler juga dapat diaplikasikan secara luas dalam upaya memperoleh tanaman yang memiliki karakter superior. Salah satunya adalah karakter ketahanan terhadap penyakit. Tanaman Phalaenopsis yang tahan terhadap serangan penyakit dapat diperoleh melalui seleksi langsung dengan menginokulasikan inokulum penyakit pada tanaman, namun cara ini tergolong kurang efisien apabila dilakukan untuk seleksi tanaman dalam jumlah besar. Agar seleksi dapat dilakukan secara efisien, maka diperlukan bantuan teknologi molekuler sebagai marka seleksi karakter ketahanan terhadap penyakit. Studi ini terdiri atas 4 judul penelitian, yakni: propagasi klonal Phalaenopsis amabilis dan analisis keseragaman klon menggunakan marka SNAP berbasis gen Pto (1), analisis keragaman genetik Phalaenopsis menggunakan marka SNAP berbasis gen Pto (2), evaluasi metode inokulasi bakteri patogen penyebab busuk lunak dengan uji leaf disk pada Phalaenopsis (3), pendugaan respon ketahanan 22 genotipe Phalaenopsis terhadap infeksi Dickeya dadantii dan evaluasi marka SNAP berdasarkan karakter ketahanan (4). Penelitian ke-1 bertujuan untuk memperoleh komposisi media induksi dan proliferasi Phalaenopsis in-vitro yang optimal, serta menganalisis tingkat keseragaman klon hasil perbanyakan. Pada tahap induksi, TDZ yang dikombinasikan dengan PVP dapat meningkatkan keberhasilan dalam induksi PLBs menggunakan eksplan daun. Tingkat keasaman media juga memengaruhi tingkat keberhasilan dalam induksi PLBs menggunakan eksplan daun. Pada tahap proliferasi, media dengan konsentrasi TDZ rendah yang dikombinasikan dengan PVP dapat digunakan. Hasil analisis molekuler menggunakan marka SNAP berdasarkan 18 lokus SNP pada fragmen gen Pto yang diujikan pada tanaman klon hasil induksi pada media ½ MS dengan penambahan 1 mg/l TDZ+ 0.5 g/l PVP, menunjukkan bahwa 88.24% tanaman klon memiliki profil SNP yang sama dengan tanaman induknya. Penelitian ke-2 bertujuan untuk mengevaluasi primer dan menganalisis keragaman genetik Phalaenopsis menggunakan marka SNAP berbasis gen Pto. Pada percobaan ini seluruh primer SNAP berhasil mengamplifikasi produk PCR. Aplikasi 18 primer SNAP pada 27 genotipe Phalaenopsis mampu mengakses 85.57 % keragaman berdasarkan analisis faktorial, sedangkan 9 primer SNAP yang diuji pada individu populasi hasil persilangan antara P. bellina “B1(11)” x P. Salu Spot “SP (12)” mampu mengakses 75,42 % keragaman. Berdasarkan hasil analisis filogenetik, 27 genotipe Phalaenopsis spesies terbagi ke dalam 3 kelompok utama, begitu juga dengan populasi zuriat hasil persilangan yang terbagi ke dalam 3 kelompok utama. Penelitian ke-3 bertujuan untuk mengevaluasi metode inokulasi bakteri patogen penyebab busuk lunak dengan uji leaf disk pada Phalaenopsis. Diperoleh 1 galur bakteri yang dapat menginfeksi daun Phalaenopsis amabilis pada percobaan ini. Konsentrasi bakteri tanpa pengenceran (10-0) paling efektif dalam menyebabkan kebusukan pada potongan daun Phalaenopsis amabilis. Volume inokulum yang lebih tinggi menghasilkan diameter gejala busuk lunak yang lebih lebar. Penelitian ke-4 bertujuan untuk mengevaluasi respon ketahanan 22 genotipe Phalaenopsis spesies menggunakan uji leaf disk dan evaluasi marka SNAP berbasis gen Pto terkait ketahanan terhadap penyakit busuk lunak. Percobaan pengujian respon genotipe Phalaenopsis spesies terhadap serangan penyakit busuk lunak telah berhasil mengklasifikasikan Phalaenopsis spesies ke dalam 5 kelas ketahanan berdasarkan hasil pengamatan
Keyword: Gen Pto, kultur jaringan, marka SNAP, penyakit busuk lunak, Phalaenopsis

Judul: Regenerasi, Keragaman dan Ketahanan Propagul Klonal Anggrek Phalaenopsis Hibrida terhadap Infeksi Dickeya dadantii
Abstrak: Anggrek Phalaenopsis merupakan tanaman hias yang banyak digemari oleh masyarakat karena memiliki keragaman baik dalam warna, bentuk bunga maupun karakteristik lainnya yang unik, oleh karena itu banyak orang yang ingin mengusahakannya, sehingga penyediaan bibit menjadi faktor penting dalam agribisnis anggrek. Kelemahan perbanyakan anggrek secara konvensional adalah membutuhkan waktu yang lama. Salah satu usaha untuk meningkatkan produksi bibit secara cepat, banyak dan seragam adalah melalui kultur jaringan. Salah satu kelemahan propagasi klonal in vitro adalah kemungkinan adanya variasi somaklonal. Disisi pemuliaan tanaman, variasi somaklonal berguna untuk mendapatkan keragaman genetik baru yang belum ada sebelumnya. Secara umum penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan protokol propagasi klonal anggrek Phalaenopsis dan mengidentifikasi adanya variasi somaklonal pada planlet yang dihasilkan. Penelitian ini terbagi menjadi 2 percobaan: (1) multiplikasi tunas anggrek Phalaenopsis pada media perlakuan BAP dan analisis keragaman genetik planlet klonal dengan marka SNAP pada Phalaenopsis „Salbellina-IPB‟ no 1102- 44 hasil multiplikasi dan (2) evaluasi respon ketahanan propagul klonal anggrek terhadap bakteri dickeya dadantii. Percobaan pertama bertujuan untuk mengevaluasi respon beberapa genotipe anggrek Phalaenopsis terhadap konsentrasi BAP dalam multiplikasi anggrek Phalaenopsis in vitro dan analisis keragaman planlet klonal anggrek Phal. „Salbellina-IPB‟ no 1102-44 dengan marka SNAP. Terdapat satu populasi anggrek hibrida multigenotipe yaitu, Phal. amabilis x KHM 421 dan dua genotipe hibrida Phalaenopsis „Salbellina-IPB‟ yaitu Phalaenopsis „Salbellina-IPB‟ no 1102-38 dan Phalaenopsis „Salbellina-IPB‟ no 1102-44 yang diuji dalam penelitian ini. Perlakuan zat pengatur tumbuh BAP yang digunakan yaitu 0 μM, 11.09 μM, 22.19 μM, 33.29 μM dan 44.39 μM. Hasil penelitian menunjukkan bahwa media terbaik untuk jumlah tunas dan jumlah daun terbanyak adalah pada perlakuan 22.19 μM BAP pada ketiga anggrek hibrida Phalaenopsis. Media terbaik untuk pertumbuhan akar adalah pada 0 μM BAP pada populasi Phal. amabilis x KHM 421, sedangkan untuk pertambahan jumlah PLBs adalah pada media dengan penambahan 11.09 μM BAP dan hanya pada populasi Phal. amabilis x KHM 421. Hasil analisis molekuler dengan marka SNAP berdasarkan 11 lokus Pto pada planlet klonal Phal. „Salbellina-IPB‟ no 1102-44 menunjukkan adanya keragaman sebesar 18.8%. Keragaman ditemukan pada planlet klonal dari perlakuan 22.19 μM dan 44.39 μM BAP. Keragaman ini diduga berasal dari variasi somaklonal terlihat dengan adanya penambahan BAP dengan beberapa tingkatan. Keragaman dapat diidentifikasi karena perubahan alel pada beberapa planlet di lokus-lokus tertentu. Percobaan kedua bertujuan untuk mengevaluasi respon ketahanan Phalaenopsis „Salbellina-IPB‟ no 1102-44 menggunakan metode leaf disk v terhadap bakteri Dickeya dadantii. Terdapat lima kriteria ketahanan yaitu tahan, agak tahan, rentan, agak rentan dan sangat rentan berdasarkan pengamatan pada 24 jam setelah inokulasi. Terdapat tiga tanaman yang tahan, dimana dua aksesi yang tahan berasal dari perlakuan media 22.19 μM (T2-15 dan T2-17), sementara satu aksesi lainnya yang tahan berasal dari perlakuan media 44.39 μM (T4-23).
Keyword: BAP, Dickeya dadantii, gen Pto, marka SNAP, Phalaenopsis

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: