Judul: Klasifikasi Fragmen Metagenom Menggunakan Ekstraksi Spaced N mers dan Probabilistic Neural Network sebagai Classifier
Abstrak: Metagenomika merupakan cabang genetika yang secara khusus ditujukan untuk mempelajari materi genetik yang diambil langsung dari sampel lingkungan, diikuti dengan menganalisis informasi genetika tersebut. Proses sekuensing dari sampel lingkungan menghasilkan fragmen-fragmen pendek yang berasal dari beberapa mikroorganisme yang terdapat pada sampel tersebut. Kondisi seperti ini menyebabkan proses perakitan fragmen menjadi tidak akurat, yaitu dengan dimungkinkannya terbentuknya cymeric contigs. Keberadaan cymeric contigs ini dapat diminimalkan dengan melakukan binning. Proses binning dapat dilakukan dengan pengklusteran atau pengklasifikasian. Penelitian ini dilakukan menggunakan metode probabilistic neural network untuk proses klasifikasi dan spaced n-mers untuk ekstraksi fiturnya karena sudah terbukti akurat dan menghasilkan akurasi yang baik. Data yang dipakai mempunyai panjang fragmen 500 bp, 1000 bp, 5000 bp, dan nilai n-mers yang dipakai adalah 3. Akurasi yang terbaik dihasilkan dengan menggunakan nilai smoothing parameter 11 untuk pengujian organisme dikenal. Selanjutnya pengujian dengan organisme tidak dikenal menghasilkan akurasi sebesar 64.40% untuk panjang fragmen 500 bp, 68.60% untuk panjang fragmen 1000 bp, 69.62% untuk panjang fragmen 5000 bp.
Keyword: binning, classification, metagenome, probabilistic neural network

Judul: Klasifikasi Fragmen Metagenom menggunakan Fitur Spaced N-Mers dan K-Nearest Neighbour
Abstrak: Metagenome is a study of total DNA from some environmental sources that are directly isolated. The study is conducted by reading the entire DNA of a complete ecosystem (not just one organism). Metagenome refers to the genomic content of complete microbial ecosystems. Since the samples taken from the ecosystems may contain a variety of organisms, it requires a binning process to classify. In this research, k-nearest neighbour (KNN) algorithm was used to classify metagenome fragments and spaced n-mers was used for feature extraction. The research was conducted on two groups of datasets, namely the training organisms and testing organisms with fragment length of 500 bp, 1 kbp, 5 kbp, and 10 kbp. The best accuracy obtained from the training organism dataset reached 99.75% on the fragment test with a length of 10 kbp and k = 3. The highest value of its sensitivity and specificity was also obtained from the same organism dataset, 99.71% and 99.85% respectively.
Keyword: specificity., spaced n-mers, sensitivity, oligonucleotide frequency, metagenome, k-nearest neighbour, DNA

Judul: Karakteristik Massa Air Arlindo Di Pintasan Timor Pada Musim Barat Dan Musim Timur
Abstrak: Pintasan Timor merupakan jalur keluar dari Arlindo (Arus Lintas Indonesia), yaitu arus yang membawa massa air dari Samudera Pasifik melintasi perairan Indonesia menuju Samudera Hindia. Oleh karena itu, Pintasan ini memiliki peranan yang penting dalam sirkulasi massa air khususnya di lintang rendah. Penelitian ini dilaksanakan pada dua periode pengamatan yaitu Januari 2004 (5 stasiun) dan Juni 2005 (6 stasiun). Data yang digunakan adalah data suhu, salinitas, sigma-t, kedalaman, kecepatan dan arah arus. Pengolahan data dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak Ocean Data View (ODV), Surfer, dan Matlab untuk memperoleh hasil berupa sebaran melintang dan menegak (suhu, salintas, dan σt), diagram T-S, dan arus Geostropik. Setiap parameter yang diamati memiliki pola pelapisan. Pelapisan ini mengalami perubahan kisaran nilai dan ketebalan pada dua musim yang diamati. Kisaran nilai suhu pada Musim Timur lebih rendah daripada Musim Barat, yaitu mencapai 28.01oC (Juni 2004) dan 29.60 oC (Januari 2005). Pada pelapisan suhu, lapisan homogen yang terbentuk pada Musim Timur lebih tebal daripada Musim Barat yaitu perbedaan ketebalannya mencapai 45 m, namun lapisan termoklin yang terbentuk pada Musim Barat lebih tebal (perbedaan ketebalan mencapai 103 m) daripada Musim Timur. Kisaran nilai salinitas permukaan pada Musim Timur lebih rendah daripada Musim Barat, yaitu mencapai 33.91 psu (Musim Timur) dan 34.33 psu (Musim Barat). Nilai sigma-t di permukaan pada Musim Timur lebih tinggi dari Musim Barat, yaitu berkisar antara 21.20-21.80 (Musim Timur) dan 20.08-21.70 (Musim Barat). Analisis dengan diagram T-S menunjukkan adanya dua jenis massa air, yaitu massa air dicirikan oleh salinitas minimum South Pacific Intermediate Water (SPIW) dan Antarctic Intermediate Water (AAIW). Pengamatan Musim Barat dan Musim Timur tidak ditemukan massa air kerkarakteristik salinitas maksimum baik yang berasal dari massa air Pasifik Utara maupun Pasifik Selatan. Perhitungan arus dengan menggunakan metode geostropik, diketahui bahwa arus di Pintasan Timor bergerak ke arah barat dan timur. Arah arus Geostropik di lapisan permukaan didominasi menuju arah barat baik pada Musim Barat maupun Musim Timur. Transpor massa air pada Musim Barat (Januari 2004) secara menyeluruh bergerak ke arah timur dengan transpor total massa air sebesar 4.61 Sv. Musim Timur (Juni 2005)memiliki transpor total massa air pada sebesar 1.85 Sv dengan total transpor massa air yang bergerak ke timur sebesar 38.92 % dan bergerak ke barat sebesar 61.08 %.
Keyword: