Judul: Polimorfisme Genetik serta Diferensiasi Sapi Madura Karapan dan Sapi Madura Pedaging Menggunakan DNA Mitokondria D-loop
Abstrak: Sapi Madura merupakan salah satu sapi potong asli Indonesia yang berkembang baik di agroekosistem kering. Sapi Madura merupakan persilangan antara banteng (Bos javanicus) dan sapi zebu (Bos indicus). Sapi madura dimanfaatkan oleh masyarakat Madura sebagai sapi pedaging, sapi karapan (sapi balapan), dan sapi sonok (sapi kontes kecantikan). Adanya seleksi ini diduga dapat membuat karakter morfologi dan genotipe antara sapi karapan dan sonok menjadi berbeda dari sapi madura pedaging. Penggunaan mitokondria DNA D-loop sudah banyak dilakukan untuk mempelajari kekerabatan sapi Madura dengan B. indicus dan B. javanicus, tetapi belum spesifik membedakan antara sapi karapan dan sapi pedaging. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisa perbedaan karakter morfologi dan polimorfisme genetik serta mempelajari diferensiasi sapi Madura karapan dan sapi Madura pedaging menggunakan DNA mitokondria D-loop. Sampel darah sapi Madura diamplifikasi dengan primer AF22 (forward) 5'GCGTACGCAATCTTACGATCA3' dan AF23 (reverse) 5'ATGCAGTTAAGTCCAGCTAC3'. Hasil sekuens dianalisis dan dibuat rekonstruksi pohon filogeni berdasarkan ruas mtDNA D-loop menggunakan metode Neighbour Joining (NJ) dengan boostrap 1000 kali. Sapi Madura pedaging memiliki ruas berulang (tandem repeat) dengan runutan GTACATAATATTAAT dan GTAATAA. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik berdasarkan ruas D-loop menunjukkan bahwa sapi Madura terbagi menjadi dua kelompok yaitu kelompok B. indicus dan kelompok B. javanicus CERZA. Sampel sapi karapan mengelompok dengan B. indicus sedangkan sampel sapi pedaging mengelompok dengan B. javanicus.
Keyword: Bos indicus, Bos javanicus, DNA Mitokondria D-loop, Karapan, Ruas Berulan

Judul: Polimorfisme di 5’UTR Gen (Dopamine Receptor D1) pada Sapi Madura.
Abstrak: Sapi madura tergolong bangsa sapi asli Indonesia. Sapi madura merupakan hasil persilangan antara banteng (Bos javanicus) dengan sapi zebu (Bos indicus). Kebudayaan masyarakat di Pulau Madura telah mengelompokkan sapi madura dalam tiga kategori yaitu sapi karapan, sapi sonok, dan sapi pedaging. Kategori sapi karapan cenderung lebih agresif dibandingkan sapi sonok dan sapi pedaging. Agresivitas salah satunya dikendalikan oleh reseptor dopamin D1. Reseptor tersebut disandikan oleh gen (Dopamine Receptor D1). Ruas 5’UTR (Untranslated Region) merupakan salah satu ruas mRNA yang meregulasi translasi. Oleh karena itu tujuan dari penelitian ini adalah menganalisis polimorfisme di ruas 5’UTR gen pada sapi madura. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah Polimerase Chain Reaction (PCR), sekuensing, dan analisis runutan nukleotida dengan aplikasi MEGA 7. Hasil pensejajaran antara ruas 5’UTR gen pada sapi madura dengan anggota subtribe Bovina lainya menunjukkan terdapat subtitusi nukleotida antar spesies dalam subtribe tersebut. subtitusi yang dimaksud adalah transisi di posisi nukleotida ke- 125 (A/G), 224 (C/T), 291 (A/G), 416 (A/G), transversi di posisi nukleotida ke- 398 (G/T). Selain subtitusi juga terdapat indel di posisi nukleotida ke- 397 (C/-). Hasil pensejajaran tersebut juga menunjukkan seluruh kategori dari sapi madura merupakan heterozigot. Selain itu ditemukan bahwa alel G pada posisi nukleotida ke- 398 dapat dijadikan sebagai pembeda antara sapi madura karapan dengan sapi madura sonok dan pedaging.
Keyword: heterozigositas, sapi madura, 5’UTR

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: