Judul: ABSTRACT  HENDRA MUNANDAR. Detection of Nitrilase Gene as Probe for Detecting Rhodococcus Degrading Nitrile in Sponge-Associated Microbe Community
Abstrak: Biodegradasi nitril telah lama dikaji dan semakin intensif, hal ini sehubungan dengan peranan sistem biokonversi nitril yang banyak diaplikasikan sebagai agen biokatalis dalam menghasilkan berbagai senyawa kimia intermediat. Salah satu enzim yang terlibat dalam biodegradasi nitril adalah nitrilase (EC 3.5.5.1) yang berfungsi menghidrolisis nitril menjadi asam karboksilat dengan melepaskan amonium. Nitrilase telah banyak dipakai di industri, salah satu contohnya adalah produksi lipitor sebagai senyawa statin yang berfungsi menurunkan tingkat kolesterol oleh Pfizer. Meningkatnya perhatian kepada nitrilase mendorong usaha-usaha eksplorasi untuk mendapatkan sumberdaya genetik nitrilase, karena masih terbuka peluang besar untuk menemukan nitrilase dengan aktivitas dan tingkat kestabilan yang tinggi. Kelompok bakteri yang banyak dilaporkan sebagai pendegradasi nitril yang unggul adalah Rhodococcus, sehingga kemungkinan besar berpotensi menyimpan sumber daya genetik nitrilase dengan kemampuan tinggi. Eksplorasi yang dilakukan untuk mendapatkan nitrilase umumnya dari daerah yang tercemar atau terpapar limbah nitril yang terbatas pada wilayah daratan (terestrial), dan masih jarang yang melakukan dari lingkungan laut. Sebagai bakteri Gram positif Rhodococcus memiliki daya tahan hidup yang luar biasa hingga mampu hidup di lingkungan yang cukup ekstrim, termasuk di daerah dengan kadar salinitas yang tinggi. Hal ini terungkap dari penelitian yang menemukan spesies Rhodococcus hidup di dasar (sedimen) laut dalam, sehingga potensi menemukan bakteri tersebut di lingkungan laut terbuka luas. Salah satu potensi sumber daya mikroba di laut adalah mikroba asosiasi spons, yang telah banyak diteliti menyimpan banyak potensi untuk bidang farmasi dan kimiawi. Tingginya komposisi mikroba dalam tubuh spons yang mencapai 40-60% dari bobot tubuh spons menjadikan spons tampak sebagai fermentor alami, dengan kepadatan mikroba mencapai 109 sel/ml spons merupakan peluang besar untuk digali potensinya. Penelitian ini bertujuan untuk melacak Rhodococcus sebagai bakteri pendegradasi nitril yang hidup sebagai bakteri asosiasi spons, dengan cara melacak keberadaan gen nitrilase sebagai salah satu enzim yang berperan dalam sistem biodegradasi nitril mikrobial. Metode yang dipakai didasarkan atas reaksi polimerase chain reaction (PCR) menggunakan primer spesifik untuk gen target, sehingga diperlukan primer yang tepat agar bisa mengamplifikasi gen nitrilase dari DNA genom total bakteri asosiasi spons. Untuk mendapatkan primer yang tepat diperlukan DNA acuan sebagai template bagi pengujian primer hasil desain, oleh karena itu langkah pertama yang dilakukan adalah penapisan untuk menemukan isolat kontrol positif dari kelompok Rhodococcus. Penapisan dilakukan dengan menggunakan media selektif yang hanya memakai senyawa nitril sebagai satu-satunya sumber nitrogen, karbon dan energinya. Isolat yang mampu tumbuh menandakan mampu mendegradasi senyawa nitril dan memiliki sistem enzim pendegradasi nitril., Nitrilase, an hydrolizing enzyme that convert nitrile compounds into corresponding carboxilic acid, is important enzyme for producing several intermediate compounds. Related to stability as an encounter problem of nitrilase, it is required new genetic resources to acquire the better enzyme. Related to megabiodiversity of Indonesia’s natural resources, one of potential sources to be explored is from sponge-microbe association. Gene encoded nitrilase was screening by PCR method with H1 primer that designing based on Rhodococcus genus that known as superior nitrile degrading bacteria. Formerly determining positive control isolate, and TPIK isolate that previously identified as Rhodococcus pyridinivorans was selected. Amplification to the positive control isolate (TPIK) was resulted 914 bp fragment which identified as nitrilase gene that 98% has similar with
Keyword: Rhodococcus, Nitrilase, Nitrile, Biodegradation, Songe-associated microorganism

Judul: dentification of Nitrilase Gene Existence in Soil Sample Using Metagenomic Approach.
Abstrak: Nitrilase merupakan enzim yang berperan dalam biotransformasi senyawa nitril (R-CN) secara langsung, sehingga menghasilkan asam karboksilat dan amonia. Selama dekade terakhir ini, beberapa proses pada bidang farmasi maupun industri mengarah kepada proses biotransformasi dengan enzim nitrilase dibandingkan dengan sintesis kimiawi. Beberapa bakteri yang dilaporkan memiliki enzim nitrilase, antara lain Rhodococcus, Grobacterium, dan Pseudomonas. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi keberadaan gen nitrilase dari sampel tanah dengan pendekatan metagenomik. Tiga bakteri kontrol nitrilase dianalisis dengan metode polymerase chain reaction (PCR) menggunakan primer yang telah didesain (H1F-H1R). Deteksi gen nitrilase dengan menggunakan primer H1F-H1R terhadap ketiga isolat bakteri yang telah terbukti memiliki kemampuan dalam biotransformasi senyawa asetonitril menjadi asam asetat menunjukkan bahwa ketiga isolat bakteri tersebut mengandung fragmen gen nitrilase. Keberadaan gen nitrilase dalam tanah dapat diidentifikasi dengan ekstraksi DNA secara langsung dan amplifikasi gen nitrilase dengan primer H1F-H1R. Hasil analisis dengan BLASTN memperlihatkan bahwa fragmen DNA yang diamplifikasi dengan primer H1F-H1R mempunyai homologi yang tinggi yaitu sebesar 98% terhadap Rhodococcus rhodochrous strain tg1-A6 nitrilase gene. Hasil amplifikasi dan sekuensing fragmen DNA ini menunjukkan bahwa keberadaan gen nitrilase pada sampel tanah dapat diidentifikasi dengan pendekatan metagenomik.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: