Judul: Verifikasi cacing Lumbricus rubellus Hoffmeister, 1843 dan Pheretima sp. di peternakan berdasarkan morfologi dan barcode DNA menggunakan gen cytochrome oxidase I
Abstrak: Usaha domestikasi dan budidaya cacing tanah telah memberikan keuntungan yang cukup tinggi sehingga budidaya cacing tanah marak dilakukan. Pembudidayaan dilakukan oleh banyak peternak tanpa ada validasi taksonomi spesies cacing yang dibiakkan. Penelitian dilakukan terhadap cacing yang disebut Lumbricus rubellus pada peternakan Pengalengan dan Pheretima sp. di peternakan Kampus IPB Dramaga. Cacing diidentifikasi kembali berdasarkan karakter morfologi dan gen COI dengan mengekstraksi DNA mitokondria. Hasil verifikasi morfologi menunjukkan bahwa cacing yang disebut sebagai L. rubellus pada peternakan Pengalengan adalah Eisenia andrei sedangkan yang disebut Pheretima sp. pada peternakan Kampus IPB adalah Eudrilus eugeniae. Hasil BLAST dan penyejajaran sekuen DNA Gen COI parsial menegaskan hasil identifikasi morfologi. Berdasarkan data nukleotida COI parsial didapatkan bahwa Eisenia andrei dari Pengalengan memiliki jarak genetik 0,0% terhadap Ei. andrei dan 23,4% terhadap L. rubellus pada GenBank. Eu. eugeniae dari Peternakan IPB memiliki jarak genetik 0,3% dengan Eu. eugeniae yang berada di BOLD System.
Keyword: Cultured, Eisenia andrei, Eudrilus eugeniae, identification

Judul: Verification of Lumbricus rubellus Hoffmeister, 1843 and Pheretima sp. in Worm Farm Based on Morphology and Cytochrome Oxidase I Gene DNA Barcode
Abstrak: Usaha domestikasi dan budidaya cacing tanah telah memberikan keuntungan yang cukup tinggi sehingga budidaya cacing tanah marak dilakukan. Pembudidayaan dilakukan oleh banyak peternak tanpa ada validasi taksonomi spesies cacing yang dibiakkan. Penelitian dilakukan terhadap cacing yang disebut Lumbricus rubellus pada peternakan Pengalengan dan Pheretima sp. di peternakan Kampus IPB Dramaga. Cacing diidentifikasi kembali berdasarkan karakter morfologi dan gen COI dengan mengekstraksi DNA mitokondria. Hasil verifikasi morfologi menunjukkan bahwa cacing yang disebut sebagai L. rubellus pada peternakan Pengalengan adalah Eisenia andrei sedangkan yang disebut Pheretima sp. pada peternakan Kampus IPB adalah Eudrilus eugeniae. Hasil BLAST dan penyejajaran sekuen DNA Gen COI parsial menegaskan hasil identifikasi morfologi. Berdasarkan data nukleotida COI parsial didapatkan bahwa Eisenia andrei dari Pengalengan memiliki jarak genetik 0,0% terhadap Ei. andrei dan 23,4% terhadap L. rubellus pada GenBank. Eu. eugeniae dari Peternakan IPB memiliki jarak genetik 0,3% dengan Eu. eugeniae yang berada di BOLD System.
Keyword: Bogor Agricultural University, Institut Pertanian Bogor, IPB, Cultured, Eisenia andrei, Eudrilus eugeniae, identification, Oligochaeta

Judul: Numerical modeling of the hydrodynamics of standing wave and scouring in front of impermeable breakwater with different steepnesses
Abstrak: The aim of this paper is to numerically study the effects of breakwater steepness on the hydrodynamics of standing wave and scouring process in front of impermeable breakwaters. A two-dimensional hydrodynamics model based on the Reynolds Averaged Navier–Stokes (RANS) equations and the Volume of Fluid (VOF) method was developed and then combined with an empirical sediment transport model. Comparisons with an analytical solution and experimental data showed the present model is very accurate in predicting the near bottom velocity and capable of simulating the scour/deposition patterns consistent with experimental data. It was found that the additional terms of bottom shear stress in the momentum equations are necessary to produce a physical scouring pattern. Different breakwater steepnesses produce different characteristics of standing wave, the steady streaming system, and scouring pattern in front of the breakwaters, which also affects the correlations between them. An additional analysis of the turbulence field parameters and the sediment transport rate was also performed. All these important information will be presented in details in this paper and can be worthwhile for designing the breakwater in coastal areas.
Keyword: The RANS–VOF model Standingwave Steadystreamingsystem Scouring pattern Breakwatersteepness