Judul: Identifikasi Keragaman Genetik, Tingkat Outcrossing, dan Korelasi Genotipe Kulit Buah terhadap Genotipe Progeni pada Kopi Arabika
Abstrak: Kabupaten Garut, provinsi Jawa Barat merupakan salah satu daerah penghasil kopi Arabika di Indonesia. Salah satu varietas kopi Arabika yang mulai banyak dibudidayakan oleh petani di kabupaten Garut adalah Ahernt GRT KN. Kopi Arabika Ahernt GRT KN memiliki keunikan kulit buah berwarna kuning ketika masak, berbeda dengan kebanyakan kopi lain yang berwarna merah ketika masak. Kopi Arabika var. Ahernt GRT KN memiliki citarasa spesialty dan biji buah besar (31,55 gram/100 biji) sehingga memiliki harga tinggi. Petani di Garut menanam kopi Arabika var. Ahernt GRT KN bersama dengan kopi Arabika varietas lain yang memiliki kulit buah merah di lahan yang sama. Petani kemudian mengambil biji kopi Arabika var. Ahernt GRT KN dari lahan campuran tersebut untuk ditanam kembali atau dijual ke petani lain untuk dijadikan benih. Penanaman dari biji memungkinkan terjadinya pengambilan benih dengan kualitas berbeda-beda sehingga adanya kemungkinan keragaman genetik antar sesama kopi var. Ahernt GRT KN. Selain itu, petani menganggap bahwa kopi dengan kulit buah kuning akan menghasilkan progeni yang true to type ke induknya meskipun berasal dari lahan campuran. Padahal, ada kemungkinan persilangan dengan kopi varietas lain yang dapat merubah genetik progeni kopi Arabika var. Ahernt GRT KN, akan tetapi tidak disadari petani. Selama ini tidak ada kopi Arabika var. Ahernt GRT KN yang memiliki kulit buah kuning ketika ditanam di lahan campuran, yang mengindikasikan persilangan tidak merubah fenotipe dan genotipe kulit buah. Tujuan dari penelitian ini antara lain : 1) mengetahui keragaman genetik kopi Arabika dalam populasi, 2) mengetahui tingkat outcrossing kopi Arabika var. Ahernt GRT KN di lahan campuran, 3) mengetahui pengaruh persilangan terhadap genetik dan fenotipe kulit buah kopi Arabika. Percobaan pertama mempelajari keragaman genetik 95 kopi Arabika yang terdiri dari 39 kopi Arabika var. Ahernt GRT KN, 47 kopi Arabika var. Sigararutang, dan 9 kopi Arabika var. S795. Analisis keragaman dilakukan menggunakan 6 pasang primer SSR yang berasal dari hasil seleksi 20 pasang primer SSR. Analisis ringkasan statistik dilakukan menggunakan perangkat lunak PowerMaker 3.25. Analisis klaster dilakukan menggunakan perangkat lunak Darwin 6.0.21 dengan metode pengklasteran Sattah dan Tversky. Hasil analisis statistik menunjukkan bahwa nilai heterozigositas harapan (He) jauh lebih tinggi dibandingkan dengan nilai heterozigositas teramati (Ho). Nilai He yaitu 0,43, sedangkan nilai Ho yaitu 0,07. Hal tersebut mengindikasikan populasi yang diuji mengalami inbreeding dan memiliki tingkat kawin silang yang rendah. Analisis keragaman genetik masing-masing varietas menunjukkan bahwa kopi Arabika var. Ahernt GRT KN dan var. Sigararutang memiliki keragaman genetik di dua primer, yaitu primer M24 dan Ca052. Sebaliknya, kopi Arabika var. S795 memiliki keragaman genetik di seluruh primer, meskipun dengan tingkat yang berbeda-beda. Analisis Ho masing-masing primer menunjukkan kopi Arabika var. Ahernt GRT KN memiliki residu heterozigositas di dua primer, sedangkan kopi Arabika var. Sigararutang dan S795 sudah cenderung homozigot. Analisis klaster menunjukkan bahwa masing-masing varietas kopi Arabika mengelompok berdasarkan varietas. Kopi Arabika var. Sigararutang dan Ahernt GRT KN membentuk empat tipe, sedangkan kopi Arabika var. S795 membentuk enam tipe. Hal tersebut mengindikasikan bahwa keragaman genetik kopi Arabika var. Sigararutang dan Ahernt GRT KN relatif rendah, sedangkan keragaman genetik kopi Arabika var. S795 relatif tinggi. Percobaan kedua yaitu mempelajari tingkat outcrossing kopi Arabika di lahan campuran
Keyword: heterozigositas, keragaman genetik, kopi Arabika, tingkat persilangan

Judul: Pengembangan Metode Embriogenesis Somatik, Peningkatan Keragaman Genetik Kopi Arabika Dan Deteksi Dini Keragaman Somaklonal Menggunakan Ssr.
Abstrak: Tanaman kopi (Coffea ssp.) merupakan salah satu bahan minuman penyegar yang paling banyak diminati dan dikomsumsi di dunia. Diantara 103 species kopi, kopi Arabika memiliki kualitas cita rasa yang lebih baik, sehingga dalam dunia perdagangan harganya selalu lebih tinggi. Salah satu kendala dalam tata niaga kopi Arabika adalah produktivitas masih rendah jika dibandingkan dengan negara Brasil dan Vietnam. Beberapa kendala yang dihadapi dalam peningkatan produktivitas tanaman kopi adalah penggunaan bibit asalan, rendahnya kesadaran penggunaan benih unggul, sebagian besar tanaman masih dalam kondisi tua dan rusak, budidaya tanaman yang belum sesuai standar teknis, dan perakitan bibit unggul baru yang lama. Penggunaan bibit asalan pada petani dapat terjadi karena keterbatasan dalam penyediaan bibit unggul. Perbanyakan klon kopi Arabika terkendala dalam ketersediaan tunas autotrof sebagai sumber bahan tanaman yang akan diperbanyak, sementara perakitan genotipe terkendala oleh keragaman genetik yang rendah dan waktu program pemuliaan yang lama. Penggunaaan metode embriogenesis somatik untuk tujuan perbanyakan klonal dengan biaya produksi yang lebih rendah memerlukan penelitian tersendiri, karena keberhasilannya masih tergantung genotipe dan jenis media yang digunakan. Selain untuk perbanyakan tanaman, metode embriogenesis somatik juga dapat digunakan untuk mempercepat perakitan genotipe unggul, salah satunya adalah dengan meningkatkan keragaman genetik melalui mutasi. Selain untuk meningkatkan keragaman genetik (melengkapi plasma nutfah yang sudah ada), mutasi juga dapat digunakan untuk mendapatkan sifat tertentu yang sebelumnya belum ada. Tujuan utama penelitian ini adalah untuk mendapatkan metoda perbanyakan benih embriogenesis somatik kopi Arabika dan meningkatkan keragaman genetik tanaman kopi Arabika melalui induksi keragaman somaklonal menggunakan Ethyl Methane Sulfonate. Berkenaan dengan tujuan tersebut dibuat suatu rangkaian penelitian yang terdiri dari 5 bagian yang mencakup : (1) Induksi Kalus Embriogenik dan Daya Regenerasi Kopi Arabika, (2) Induksi Embriogenesis Somatik Langsung dan Tidak Langsung Menggunakan 2,4-D dan Thidiazuron pada Beberapa Genotipe Kopi Arabika, (3) Penggunaan Zat Pengatur Tumbuh Alternatif pada Media Induksi Kalus untuk Mendukung Perkembangan Embriogenesis Somatik Primer dan Sekunder Kopi Arabika, (4) Efisiensi Penggunaan Sukrosa dan Phytagel serta Peningkatan Peluang Penggunaan Temporary Immersion System pada Perbanyakan Kopi Arabika, dan (5) Peningkatan Keragaman Genetik Kopi Arabika dengan Ethyl Methane Sulfonate. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kalus embriogenik berhasil diinduksi dari eksplan daun kopi Arabika. Semua perlakuan 2,4-D yang diaplikasikan dengan BA dapat membentuk kalus dengan berat kalus, persentasi kalus embriogenik, dan jumlah pro embrio tertinggi diperoleh pada media kombinasi 2,4-D 8.88 μM dan BAP 4.44 μM. Studi awal menunjukkan bahwa kalus yang mampu beregenerasi hanya berasal dari media kombinasi 2,4-D 4.52 μM dan BAP 8.88 μM dengan persentase yang masih rendah (16,67 %). Penelitian lanjutan menggunakan 2,4-D yang dikombinasikan dengan Thidiazuron menunjukkan bahwa 2,4-D 2.26 μM + Thidiazuron 4.54 μM dan 9.08 μM menghasilkan embriogenesis langsung, sementara 2,4-D 4.52 μM + Thidiazuron 9.08 μM dan 2,4-D 9.04 μM + Thidiazuron 9.08 μM menghasilkan embriogenesis tidak langsung. Persentase eksplan berkalus, berat basah kalus, jumlah embrio globular dan torpedo terbanyak pada kombinasi 2,4-D 9.04 μM + Thidiazuron 9.08 μM. Penelitian yang mengarah pada embriogenesis tidak langsung untuk mendapatkan embrio somatik sekunder diperluas dengan meningkatkan selang konsentrasi Thidiazuron pada beberapa genotipe kopi Arabika. Hasilnya menunjukkan bahwa genotipe dan perlakuan zat pengatur tumbuh memberikan pengaruh yang nyata terhadap bobot basah, jumlah
Keyword: Coffea arabica, EMS, mutasi, perbanyakan, embrio somatik sekunder

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: