Judul: Potential of Bacterial Isolates from Peatlands as Controlling Agent for the Root Knot Nematodes Meloidogyne incognita
Abstrak: Lahan gambut Indonesia memiliki luas mencapai 14,9 juta hektar dan 35% diantaranya berada di Sumatera. Tanah gambut terbentuk dari adanya akumulasi bahan organik pada kondisi jenuh air dan atau kondisi anaerob. Tanah gambut memiliki kandungan bahan organik tinggi, derajat keasaman rendah, dan kandungan oksigen terlarut rendah yang menyebabkan laju dekomposisi pada lahan gambut menjadi lambat. Namun demikian, lahan gambut merupakan habitat dari berbagai jenis mikrob yang berperan penting dalam ekosistem, salah satunya adalah mikrob dari jenis bakteri. Bakteri merupakan kelompok mikroorganisme yang paling beragam dalam aspek fisiologi terutama terkait keragamannya pada berbagai tipe habitat. Keberadaan mikrob fungsional pada lahan gambut merupakan aspek penting yang perlu dilestarikan. Adanya konsep konservasi pada lahan gambut perlu memerhatikan peran bakteri. Bakteri pada lahan gambut mampu memanfaatkan bahan organik dalam aliran energi dan siklus unsur hara. Salah satu pemanfaatan bakteri gambut adalah dengan memanfaatkan kemampuannya dalam bidang pertanian seperti kemampuannya sebagai agens pengendali hayati penyakit tanaman. Salah satu parasit dari kelompok nematoda yang merupakan parasit penting pada tanaman budidaya dan memiliki kisaran inang yang luas yaitu nematoda puru akar (NPA). NPA merupakan sebutan lain untuk spesies nematoda Meloidogyne spp.. NPA tersebar luas di seluruh dunia dan menyebabkan kehilangan hasil baik di daerah tropis maupun subtropis. Kehilangan hasil yang disebabkan oleh nematoda ini dapat mencapai 5–20%. Potensi bakteri asal gambut sebagai agens pengendali nematoda belum banyak diteliti sehingga perlu dilakukan. Bakteri pada lahan gambut mampu memanfaatkan bahan organik dalam aliran energi dan siklus unsur hara. Adanya sifat dan karakter fisiologi khusus yang dimiliki oleh bakteri asal gambut dapat dimanfaatkan dalam bidang perlindungan tanaman. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi potensi isolat bakteri asal gambut baik secara in vitro maupun in planta sebagai agens pengendalian M. incognita. Di samping itu, isolat bakteri yang potensial diidentifikasi secara molekuler dengan teknik PCR. Pengujian in vitro terhadap 50 individu juvenil (J2) M. incognita menggunakan 4,5 ml filtrat bakteri dilakukan pada suhu 27 oC. Pengamatan dilakukan terhadap persentase mortalitas nematoda pada 6, 12, 24 jam setelah perlakuan, dan 12 jam setelah pembilasan. Percobaan menggunakan rancangan acak lengkap (RAL) dengan 17 perlakuan dan 3 ulangan. Pengujian terhadap isolat bakteri meliputi: uji Gram dengan larutan KOH 3%, produksi senyawa HCN dengan cyanide detection solution (CDS), dan aktivitas kitinolitik pada media koloidal kitin. Isolat bakteri dengan aktivitas kitinolitik tertinggi kemudian diidentifikasi secara molekuler dengan teknik PCR untuk target 16S rRNA menggunakan primer forward 27 F dan primer reverse 1492 R dilanjutkan dengan perunutan DNA. Sebanyak 15 isolat bakteri asal gambut berhasil ditumbuhkan pada media Agar, 11 isolat bakteri merupakan bakteri Gram positif dan 4 isolat lainnya Gram negatif. Hasil penelitian menunjukkan bahwa 9 isolat bakteri yaitu: GA2 GAA1, GT1 GTA7, GT1 GTB3, GT1 GTB4, GT1 GTB6, GT1 GTB7, GT1 GTC2, GT1 GTC4, and STDHC4 memiliki kemampuan nematisidal in vitro dengan mortalitas mencapai 83–94% serta dapat meningkatkan pertumbuhan tanaman secara in planta hingga 32,23%. Isolat bakteri GT1 GTB4, GT1 GTB7, dan GT1 GTC2 memiliki kemampuan menghasilkan enzim kitinase dengan indeks lisis > 1 dan memiliki persentase keefektifan dalam menekan nematoda secara in planta sebesar 51,18–62,99%. Isolat bakteri GT1 GTB4 dan GT1 GTB7 memiliki homologi 99% dengan Serratia marcescens
Keyword: indeks lisis, kitinase, mortalitas, lysis index, chitinase, nematode mortality

Judul: Bakteri Endofit Asal Tanaman Jarak (Jatropha curcas L.) dan Potensinya sebagai Agens Biokontrol Meloidigyne spp. pada Terung.
Abstrak: Terung (Solanum melongena) adalah tanaman yang bertekstur lembut, tebal, dan tumbuh tegak, dan bagian daging buahnya umum dikonsumsi. Terung dibudidayakan secara komersil dalam bentuk sayuran segar, persebarannya dimulai dari India dan Cina lalu diintroduksikan ke Eropa bagian Selatan, Afrika sub-Sahara, dan daerah Mediterania oleh pedagang Arab. Tanaman ini merupakan anggota famili Solanaceae seperti kentang, tomat, dan cabai. Syarat tumbuh terung adalah musim tanam dengan suhu hangat untuk memproduksi hasil panen secara optimum dan terung sangat rentan terhadap kerusakan akibat kondisi terlalu lembab, terlalu panas, beku, kekeringan, dan angin kencang. Selain itu, terung juga rentan terhadap faktor-faktor biotik seperti mikroba patogen dan nematode parasit penyebab penyakit seperti layu verticillium, busuk akar phytophthora, bercak kuning, hawar daun, antraknosa, bercak daun cercospora. Beberapa spesies nematoda menjadi patogen pada terung. Nematoda yang paling umum dikenal sebagai patogen terung adalah nematoda puru akar (Meloidogyne spp) yang berkembang baik pada daerah dengan kandungan air yang tinggi. Spesies nematoda ini menginfeksi bagian akar terung dan menghasilkan puru dengan bentuk tidak beraturan yang dapat menurunkan kemampuan tanaman untuk menyerap air dan hara dari dalam tanah. Bakteri endofit adalah bakteri yang mengolonisasi jaringan tanaman tanpa menimbulkan penyakit pada tanaman tersebut. Bakteri endofit berasosiasi dengan tanaman dalam peningkatan pertumbuhan dan kemampuan menyerap hara, peningkatan ketahanan terhadap cekaman abiotik dan penyakit tanaman. Kajian tentang asosiasi endofit dengan tanaman Jarak pagar dan pemanfaatanya dalam pengendalian penyakit pada tanaman yang lain belum banyak dilaporkan. Penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi bakteri endofit dari tanaman jarak guna menentukan komponen-komponen biokimia dari bakteri endofit tersebut dan untuk mengevaluasi potensi dari bakteri endofit ini dalam peningkatan pertumbuhan tanaman dan pengendalian Meloidogyne spp. pada terung. Tahapan penelitian ini adalah: 1) penyiapan inokulum Meloidogyne spp.; 2) isolasi bakteri endofit dari akar, batang, buah, dan daun tanaman jarak yang sehat; 3) seleksi bakteri endofit dengan uji hipersensitif dan uji hemolysis; 4) uji kemampuan bakteri endofit dalam mengendalikan Meloidogyne spp. in vitro dan kemampuan meningkatkan pertumbuhan tanaman; 5) karakterisasi bakteri endofit dengan uji aktivitas hidrolitik (kitinolitik, proteolitik, dan lipolitik), produksi HCN, pelarutan fosfat, dan fiksasi nitrogen; 6) identifikasi tiga spesies bakteri endofit terpilih secara molekuler dengan gen target 16S r-RNA; 7) uji kemampuan bakteri endofit dalam menekan populasi Meloidogyne spp. dan meningkatkan pertumbuhan tanaman in planta di rumah kaca. Penelitian ini berhasil mengisolasi 195 isolat bakteri endofit dan 44 isolat menunjukkan hasil negatif pada uji hipersensitif dan uji hemolisis. Berdasarkan pengujian in vitro, sebanyak 9 isolat mampu memproduksi enzim protease, 3 isolat mampu memproduksi enzim kitinase, 1 isolat mampu memproduksi HCN, 12 isolat mampu melarutkan fosfat, dan 5 isolat mampu memfiksasi nitrogen. Isolat SJS54 dan RJS175 menunjukkan hasil terbaik dalam menekan populasi nematoda sebesar 97.5% dan 95.4%. Sementara itu, isolat FJS23 dan FJS24 menunjukkan hasil terbaik dalam peningkatan pertumbuhan tanaman. Berdasarkan uji mortalitas nematoda , uji pertumbuhan tanaman, dan uji-uji fisiologis, isolat RJS175, SJS54, dan FJS23 terpilih sebagai isolat terbaik yang akan diuji di rumah kaca. Hasil identifikasi molekuker pada gen target 16S-rRNA menunjukkan bahwa FJS23, RJS175, dan SJS54 secara berturut-turut adalah Pseudomonas sp., Pseudomonas sp., dan Micrococcus sp. Isolat SJS54 memiliki kemampuan tertinggi dalam meningkatkan tinggi tanaman dan menghambat pertumbuhan nematoda. Sementara
Keyword: Bio-nematisida, mortalitas nematoda, pemicu pertumbuhan, uji hemolisis, uji hipersensitif

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: