Judul: Regenerasi in vitro dan transformasi genetik InMYB1-CCD4? dengan perantara Agrobacterium tumefaciens EHA 105 pada Tagetes erecta
Abstrak: Marigold (Tagetes erecta) merupakan komoditas florikultura yang memiliki banyak manfaat terutama sebagai tanaman hias, bunga potong dan bahan baku industri. Marigold memiliki daya tarik dari warna bunga yang beragam, meskipun demikian pemulia tanaman terus berupaya dalam meningkatkan variasi warna bunga tersebut. Salah satu metode yang digunakan untuk modifikasi warna bunga adalah rekayasa genetik. Rekayasa genetik yang dilakukan adalah dengan mengintroduksi gen InMYB1-CCD4? ke dalam genom tanaman dengan tujuan untuk mengurangi pigmentasi warna oranye pada T. erecta cv. Sudamala Oranye 1 dengan cara mendegradasi senyawa karotenoid secara spesifik pada mahkota bunga dan diharapkan tidak mengubah sifat lain. Transformasi dapat dilakukan apabila serangkaian kegiatan kultur jaringan dalam regenerasi tanaman telah diperoleh, oleh karena itu rangkaian tahapan dalam kultur jaringan dalam meningkatkan efesiensi transformasi regenerasi merupakan hal penting dalam melaksanakan rekayasa genetik tanaman. Penelitian ini memiliki tujuan utama yaitu untuk memodifikasi warna bunga tanaman marigold (T. erecta cv. Sudamala Oranye 1) bunga berwarna oranye menjadi bunga berwarna putih. Tujuan khusus dari penelitian ini adalah (1) memperoleh informasi mengenai media regenerasi tunas dari eksplan daun marigold dengan penambahan zat pengatur tumbuh sitokinin thiadiazuron (TDZ) atau Benzylaminopurine (BAP), (2) memperoleh kandidat tanaman transforman yang membawa gen InMYB1-CCD4? melalui analisis secara molekuler. Percobaan pertama adalah evaluasi respon organogenesis tunas dari eksplan daun marigold terhadap pemberian sitokinin TDZ dan BAP. Percobaan ini dilakukan dari bulan Mei 2021 hingga Mei 2022 di laboratorium kultur jaringan 1, Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian Institut Pertanian Bogor. Hasil percobaan menunjukkan TDZ dengan konsentrasi 0,25 mgL-1 mampu meningkatkan rata-rata jumlah tunas sebanyak 4 tunas dengan persentase eksplan bertunas sebesar 73,3% dan rata-rata jumlah akar sebanyak 1 akar dengan persentase eksplan berakar sebesar 11,1%. Penggunaan sitokinin lain yaitu BAP pada konsentrasi 7 mgL-1 rata-rata menghasilkan 6 tunas dengan persentase eksplan bertunas sebesar 100% dan rata-rata jumlah akar sebanyak 1 akar dengan persentase eksplan berakar sebesar 11,1%. Dari kedua jenis sitokinin yang digunakan, penggunaan BAP lebih efektif dibandingkan TDZ karena dapat menginduksi 100% eksplan tunas dan jumlah tunas kebih banyak. Selain itu, secara morfologi penambahan TDZ membuat daun menjadi abnormal yang disebabkan karena konsentrasi yang tinggi dapat menghambat elongasi tunas sehingga tunas menjadi kerdil dan kualitasnya rendah. Percobaan kedua adalah transformasi genetik gen InMYB1-CCD4? pada marigold (T. erecta cv. Sudamala Oranye 1). Percobaan ini dilakukan pada bulan Juni 2022 hingga April 2023 di Laboratorium kultur jaringan 1, Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian Institut Pertanian Bogor. Percobaan transformasi menghasilkan 6 tanaman putatif transgenik T. erecta cv Sudamala oranye 1 dengan efisiensi transformasi yang dihasilkan adalah 1%, efisiensi regenerasi 29,17%. Hasil analisis PCR menggunakan primer spesifik gen InMYB1-CCD4? dengan ukuran 1200 bp menunjukkan enam dari 17 tanaman putatif transforman positif mengandung gen InMYB1-CCD4?. Pengamatan fenotipik menunjukkan adanya perbedaan antara tanaman kontrol (wild type) dan transforman yaitu daun yang berukuran kecil dan laju pertumbuhan yang lama., Marigolds (Tagetes erecta) is a floriculture commodity with many benefits, especially as an ornamental plant, cut flower, and industrial raw material. Marigolds have the variety of flower colors, however plant breeders are atill trying to increase the variety of marigold’s flower colors. The alternative method to modify flower colour is genetic
Keyword: BAP, caretonoid, marigold, TDZ, karetenoid

Judul: Agrobacterium tumefaciens-mediated Genetic Transformation of InMYB1-CCD4a in Tagetes erecta
Abstrak: Marigold (Tagetes erecta) merupakan komoditas florikultura yang memiliki banyak manfaat terutama sebagai tanaman hias, bunga potong dan bahan baku industri. Daya tarik tanaman Tagetes dinilai dari sisi keindahan warna bunga yang beragam, oleh karena itu, pemuliaan tanaman pada Tagetes dalam peningkatan variasi warna bunga masih terus dikembangkan. Salah satu metode alternatif dalam pemuliaan tanaman pada spesies Tagetes erecta adalah melalui pendekatan bioteknologi secara rekayasa genetik. Rekayasa genetik dilakukan dengan mengintegrasikan InMYB1-CCD4a ke dalam genom tanaman yang bertujuan mengurangi pigmentasi oranye pada bunga dengan mendegradasi senyawa karotenoid secara secara spesifik pada mahkota bunga. Degradasi karotenoid pada bagian spesifik, diharapkan tidak mengubah sifat lain dari spesies Tagetes erecta. Umumnya, pelaksanaan transformasi genetik bergantung pada serangkaian kegiatan kultur jaringan dalam regenerasi tanaman transgenik. Hambatan dalam regenerasi tanaman transgenik adalah metode dan komposisi media regenerasi yang tidak sesuai dengan pertumbuhan sel, oleh sebab itu, informasi terkait rangkaian tahapan kultur jaringan dalam meningkatkan efesiensi transformasi dalam regenerasi tanaman transgenik menjadi langkah awal dalam pelaksanaan rekayasa genetik. Metode transformasi genetik melalui Agrobacterium tumefaciens secara in planta merupakan salah satu alternatif yang dapat meminimalisir kegiatan regenerasi sel transgenik secara in vitro. Regenerasi sel transgenik meristematik terjadi lebih cepat secara in vivo. Transformasi in planta pada spesies T. erecta belum banyak dikembangkan. Pada penelitian ini dilakukan studi terkait metode transformasi genetik InMYB1-CCD4a melalui perantara A. tumefaciens secara in vitro maupun in planta pada spesies T. erecta pada beberapa jenis eksplan. Penelitian ini terdiri dari dua percobaan yang bertujuan untuk (1) memperoleh informasi metode regenerasi tanaman T. erecta terkait sumber eksplan dan komposisi media regenerasi; (2) memperoleh informasi terkait metode transformasi genetik yang efesien melalui A. tumefaciens EHA105; dan (3) memperoleh tanaman transgenik yang terintegrasi gen InMYB1-CCD4a. Percobaan pertama adalah induksi organogenesis dan regenerasi tunas pada spesies T. erecta secara in vitro. Percobaan dilakukan dari bulan Agustus hingga November 2021 di Laboratorium kultur jaringan-1, Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian Institut Pertanian Bogor. Sumber eksplan yang digunakan adalah daun dan ruas batang planlet in vitro. Hasil percobaan menunjukkan eksplan daun lebih responsif dan potensial dalam pembentukan tunas dibandingkan penggunaan eksplan ruas batang pada media dasar MS dengan kombinasi IAA dan BAP. Modifikasi konsentrasi IAA terhadap BAP pada media induksi organogenesis mampu meningkatkan persentase pertumbuhan dan jumlah tunas pada eksplan daun. Media induksi dengan 2,8 µM IAA + 13,3 µM BAP menunjukkan 63% eksplan membentuk tunas dengan tiga hingga empat tunas per eksplan dalam 28 hari inkubasi. Hasil percobaan ini memberi informasi terkait jenis eksplan dan komposisi media yang optimal dalam regenerasi sel transgenik. Percobaan kedua adalah transformasi konstruk InMYB1-CCD4a pada spesies T. erecta melalui perantara A. tumefaciens. Percobaan dilakukan pada Desember 2021 hingga Juni 2022 di Laboratorium Kultur jaringan-1, dan Laboratorium Plant Molecular Biology-1 Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian IPB. Eksplan yang digunakan pada percobaan ini adalah daun dan benih T. erecta. Metode transforsmasi genetik melalui bakteri A. tumefaciens EHA105 membawa gen InMYB1-CCD4a pada eksplan daun secara in vitro menunjukkan efesiensi transformasi senilai 7,0% dan efesiensi regenerasi tunas putatif transforman 0,4%. Pada percobaan transformasi benih secara in vitro, menunjukkan efesiensi transformasi senilai 24,1% dan memperoleh 14 kandidat tanaman transgenik T0
Keyword: Agrobacterium tumefaciens, in planta, InMYB1-CCD4a, in vitro, transformasi genetik

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: