Judul: Keragaman Nukleotida di 3’Untranslated Region dari Gen Reseptor Dopamine D1 pada Sapi Madura
Abstrak: Sapi madura dimanfaatkan oleh masyarakat Madura sebagai sapi pedaging, sapi karapan (sapi balapan), dan sapi sonok (sapi kontes kecantikan). Sapi karapan dan sonok merupakan sapi terpilih dengan kinerja dan kondisi yang sangat baik sesuai peruntukannya. Sifat temperamen dapat menyebabkan perbedaan performa dari sapi madura. Gen reseptor dopamin D1 (DRD1) merupakan kandidat gen yang dapat mempengaruhi sifat temperamen dari kelompok mamalia. Keragaman nukleotida pada gen ini diduga akan berpengaruh pada perbedaan temperamen pada sapi madura. Penelitian ini bertujuan menganalisis keragaman nukleotida pada ruas 3’Untranslated region (3’UTR) dari gen DRD1 pada masing-masing peruntukan sapi madura. Sampel yang digunakan adalah 23 sampel DNA dari darah dan saliva sapi madura pedaging, karapan, dan sonok. Metode yang digunakan meliputi reaksi polimerisasi, sekuensing nukleotida (nucleotide sequencing), dan analisis nukleotida dari sekuensing. Proses sekuensing menggunakan tiga pooled amplikon dari sampel DNA setiap tipe peruntukan sapi madura. Data sekuen 3’UTR dari sekuensing dikomparasikan dengan Bos indicus dengan nomor aksesi XM_019967896.1 sebagai sekuen referensi untuk mengkonfirmasi posisi nukelotida apabila ditemukan adanya mutasi (varian). Sekuen nukleotida ruas 3'UTR dari DRD1 menunjukkan adanya lima varian nukleotida yang ditemukan pada sapi madura sonok. Varian-varian ini ditemukan pada posisi nukelotida ke 25 (A/C), 79 (C/G), 156 (T/C), 163 (C/T), dan 284 (T/A). Selain itu, ditemukan adanya insersi nukleotida G pada posisi nukleotida ke 369 pada ruas 3'UTR yang terdapat pada seluruh tipe sapi madura dan tidak ditemukan pada B. indicus. Tidak ditemukan adanya perbedaan nukleotida antara sapi madura karapan dengan sapi pedaging, tetapi ditemukan adanya perbedaan antara sapi madura sonok dengan sapi pedaging dan sapi karapan.
Keyword: 3’UTR, DRD1, karapan, sapi madura, sonok

Judul: Polimorfisme di 5’UTR Gen (Dopamine Receptor D1) pada Sapi Madura.
Abstrak: Sapi madura tergolong bangsa sapi asli Indonesia. Sapi madura merupakan hasil persilangan antara banteng (Bos javanicus) dengan sapi zebu (Bos indicus). Kebudayaan masyarakat di Pulau Madura telah mengelompokkan sapi madura dalam tiga kategori yaitu sapi karapan, sapi sonok, dan sapi pedaging. Kategori sapi karapan cenderung lebih agresif dibandingkan sapi sonok dan sapi pedaging. Agresivitas salah satunya dikendalikan oleh reseptor dopamin D1. Reseptor tersebut disandikan oleh gen (Dopamine Receptor D1). Ruas 5’UTR (Untranslated Region) merupakan salah satu ruas mRNA yang meregulasi translasi. Oleh karena itu tujuan dari penelitian ini adalah menganalisis polimorfisme di ruas 5’UTR gen pada sapi madura. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah Polimerase Chain Reaction (PCR), sekuensing, dan analisis runutan nukleotida dengan aplikasi MEGA 7. Hasil pensejajaran antara ruas 5’UTR gen pada sapi madura dengan anggota subtribe Bovina lainya menunjukkan terdapat subtitusi nukleotida antar spesies dalam subtribe tersebut. subtitusi yang dimaksud adalah transisi di posisi nukleotida ke- 125 (A/G), 224 (C/T), 291 (A/G), 416 (A/G), transversi di posisi nukleotida ke- 398 (G/T). Selain subtitusi juga terdapat indel di posisi nukleotida ke- 397 (C/-). Hasil pensejajaran tersebut juga menunjukkan seluruh kategori dari sapi madura merupakan heterozigot. Selain itu ditemukan bahwa alel G pada posisi nukleotida ke- 398 dapat dijadikan sebagai pembeda antara sapi madura karapan dengan sapi madura sonok dan pedaging.
Keyword: heterozigositas, sapi madura, 5’UTR

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: