Judul: Konstruksi DNA Struktur Tandem untuk Kontrol Positif Sistem Deteksi PIK3CA Wild-Type dan H1047R Berbasis Tm Shift qPCR
Abstrak: Kanker payudara adalah jenis kanker yang paling umum diderita oleh wanita di seluruh dunia dan merupakan salah satu penyebab kematian utama akibat kanker pada wanita di seluruh dunia, termasuk di Indonesia. Mutasi pada gen PIK3CA sering ditemukan dalam kasus-kasus penyakit kanker payudara. PIK3CA adalah gen pengode subunit katalitik p110-α pada protein PI3K yang memiliki banyak peranan penting dalam aktivitas selular. Terdapat tiga hostpots pada gen PIK3CA, salah satunya adalah mutasi PIK3CA H1047R yang memiliki frekuensi lebih tinggi dibanding jenis mutasi lainnya. Deteksi pada titik ini dapat diaplikasikan sebagai faktor prognosis dan prediktif untuk terapi trastuzumab. Deteksi mutasi menggunakan teknik qPCR merupakan salah satu teknik yang banyak digunakan karena pelaksanaannya yang relatif sederhana dan hasilnya yang kuat. Pengadaan kontrol positif untuk deteksi PIK3CA wild-type dan H1047R berbasis Tm Shift qPCR akan mendukung analisis data secara efisien dan mencegah munculnya hasil negatif semu. Pada penelitian ini, plasmid rekombinan berstruktur tandem (dinamakan pGEM-tandPIK3CA) dikonstruksi untuk menjadi positif kontrol pada sistem deteksi PIK3CA H1047R berbasis Tm shift qPCR. Plasmid rekombinan pGEM-tandPIK3CA dikonstruksi dengan cara meligasi fragmen PIK3CA wild-type dan PIK3CA H1047R secara tandem ke dalam plasmid vektor pGEM®-T Easy. Keberhasilan pengonstruksian plasmid tandem dikonfirmasi dengan restriksi BamHI, pengurutan DNA dan qPCR. Analisis statistik dilakukan untuk mengetahui reprodusibilitas dan repeatabilitas plasmid. Hasil yang diperoleh menunjukkan pGEM-tandPIK3CA berhasil dikonstruksi dan keberhasilan pembuatannya dikonfirmasi secara akurat dengan restriksi BamHI, pengurutan DNA dan qPCR. Analisis statistik menunjukkan reprodusibilitas dan repeatabilitas yang tinggi dengan %CV inter-assay dan intra-assay yang keduanya memiliki nilai kurang dari 25%. Hasil ini menunjukkan bahwa kontrol positif yang dikonstruksi dapat diaplikasikan untuk deteksi PIK3CA wild-type dan H1047R secara simultan dengan tingkat presisi yang baik. Kontrol positif ini memiliki beberapa kelebihan, di antaranya mudah untuk dikonstruksi dan ekonomis.
Keyword: kanker payudara, kontrol positif, PIK3CA H1047R, qPCR

Judul: Preparasi dan Optimasi Reaksi Real-time PCR Kalibrator Baru untuk Aplikasi Skoring Status HER-2.
Abstrak: Amplifikasi HER-2 pada kanker payudara memberi implikasi pada terapi dan prognosis. Fluorescence In Situ Hybridization (FISH) untuk amplifikasi HER-2 dan Immunohistochemistry (IHC) untuk pengukuran ekspresi protein merupakan dua metode yang telah diuji oleh FDA. PCR kuantitatif dilaporkan sebagai metode alternatif untuk penentuan amplifikasi HER-2. Pada penelitian ini dibandingkan dua housekeeping gene, 18S rRNA dan beta aktin, sebagai kandidat untuk kalibrator HER-2. Untuk pengembangan metode, optimasi dan studi perbandingan antara 18S rRNA dan beta-aktin, dilakukan menggunakan sampel non invasif (DNA sel bukal). Kandidat kalibrator terpilih selanjutnya diuji terhadap delapan belas sampel kanker payudara, divalidasi dengan metode qPCR mengacu pada Mendoza et al. 2013. Beta aktin sebagai kandidat terbaik sebagai kalibrator untuk skoring HER-2. Kesesuaian metode yang dikembangkan pada penelitian ini dengan metode yang dikembangkan oleh Mendoza et al. (2013) cukup tinggi yaitu 99.9%. Efisiensi qPCR untuk beta-aktin 103,8 dan HER-2 sebesar 105,3%, dengan nilai CV masing-masing sebesar 1.2%. Hasil yang didapatkan menunjukkan korelasi yang signifikan dengan metode yang dilaporkan oleh Mendoza et al. (2013), yang berpotensi sebagai komplemen dengan metode yang telah disetujui oleh FDA.
Keyword: kanker payudara, HER-2, ERBB2, qPCR, FISH, IHC, housekeeping gene

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: