Judul: . Keragaman Aktinomiset Culturable Dan Unculturable Yang Berasosiasi Dengan Spons Neofibularia Sp. Asal Pulau Bira, Indonesia.
Abstrak: Neofibularia sp. merupakan salah satu spons laut yang berpotensi menghasilkan senyawa toksik yang tinggi. Senyawa toksik spons laut diproduksi oleh komunitas mikrob yang berasosiasi, diantaranya aktinomiset. Aktinomiset yang berasosiasi dengan Neofibularia sp. memiliki keragaman yang tinggi, sehingga berpotensi mendapatkan spesies indigenous novel. Aktinomiset laut diketahui merupakan penghasil senyawa bioaktif yang berpotensi sebagai antibakteri, antifungi, antitumor, antikanker, inhibitor enzim dan beragam manfaat lain. Selama ini komunitas aktinomiset yang dikaji terbatas pada aktinomiset yang dapat dikulturkan (culturable), sedangkan aktinomiset unculturable yang berasosiasi dengan spons laut belum diketahui. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman aktinomiset culturable dan unculturable yang berasosiasi dengan spons Neofibularia sp. asal Pulau Bira, Indonesia. Aktinomiset culturable diisolasi menggunakan media Humic Acid Vitamin Agar (HVA) dan dipurifikasi menggunakan media Yeast Starch Agar (YSA). Isolat yang diperoleh diidentifikasi secara morfologi berdasarkan warna hifa aerial, bentuk koloni, tipe spora, dan pigmentasi pada media padat. Identifikasi molekuler dilakukan dengan mengekstrak DNA genom 5 isolat terpilih menggunakan Geneaid Genomic DNA Mini Kit, dan diamplifikasi gen 16S rRNA. Aktinomiset unculturable dianalisis dengan mengekstrak total DNA genom spons menggunakan MoBio Power Soil DNA Isolation Kit. Gen 16S rRNA diamplifikasi dengan nested PCR menggunakan primer spesifik aktinomiset dan menghasilkan produk berukuran 1087 pb dan 180 pb. Analisis komunitas aktinomiset unculturable dilakukan menggunakan denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE). Gen 16S rRNA aktinomiset culturable dan unculturable yang diperoleh, diurutkan basa nukleotidanya dan dianalisis kekerabatannya menggunakan software bioinformatika MEGA 6. Analisis sekuen gen 16S rRNA menunjukkan bahwa lima isolat terpilih (NOAq 1.1, NRSw 4.1, NOAq 1.3, NOAq 2.1, dan NOAq 1.4) berkerabat dekat dengan Streptomyces sampsonii, Streptomyces albus, Streptomyces resistomicificus, Streptomyces erringtonii, dan Streptomyces gougeroti dengan identitas maksimum 97-99%. Kelima isolat memiliki kemiripan sekuen gen 16S rRNA yang tinggi dengan galur pembandingnya, akan tetapi secara morfologi memiliki perbedaan. Koloni Streptomyces sampsonii berwarna putih tipis kekuningan dengan permukaan koloni yang halus dan tipe spora rectiflexibiles, sedangkan tiga dari lima isolat aktinomiset yang diperoleh memiliki warna koloni yang berbeda yaitu putih kemerahan, coklat keabuan, dan krem, dengan permukaan koloni yang tidak halus. Hal ini mengindikasikan bahwa isolat aktinomiset culturable yang diperoleh merupakan isolat yang berpotensi sebagai spesies novel. Profil DGGE gen 16S rRNA menunjukkan keragaman komunitas aktinomiset unculturable yang diwakili oleh 13 pita DGGE. Hasil separasi pita gen 16S rRNA dipotong dan di re-PCR menggunakan primer non GC clamps untuk sequencing. Hasil pensejajaran basa nukleotida pita DGGE terhadap galur pembanding dari database GenBank menunjukkan hubungan kekerabatan 13 pita dengan identitas maksimum berkisar 87-100% terhadap 5 genus rare-aktinomiset yaitu Ferrithrix, Thermobispora, Aciditerrimonas, Lamia, Propionibacterium, dan unculture bacterium clone. Delapan pita DGGE memiliki kekerabatan tertinggi sebesar 94% dengan Ferrithrix thermotolerans. Nilai identitas maksimum <97.5% merupakan indikator suatu isolat berbeda dengan galur pembandingnya dan terindikasi spesies novel. Konstruksi pohon filogenetik antara aktinomiset culturable dan unculturable menunjukkan hasil yang berbeda. Komunitas aktinomiset culturable didominasi oleh Streptomyces spp. sedangkan komunitas aktinomiset culturable dan unculturable didominasi oleh kelompok non-Streptomyces spp. Hal ini dipengaruhi oleh rendahnya kelimpahan Streptomyces spp. pada spons Neofibularia sp., sehingga tidak teramplifikasi dan tidak ditemukan pada konstruksi filogenetik aktinomiset culturable dan unculturable. Komunitas aktinomiset unculturable tidak ditemukan pada konstruksi filogenetik aktinomiset culturable dipengaruhi oleh
Keyword: aktinomiset, DGGE, keragaman, Neofibularia sp, 16S rRNA

Judul: Kemampuan Aktinomiset yang Berasosiasi dengan Spons dalam Mengendalikan Bakteri Patogen
Abstrak: Spons adalah hewan invertebrata dari filum Porifera yang diketahui sebagai salah satu hewan laut yang memiliki potensi besar dalam menghasilkan senyawa bioaktif baru. Aktinomiset merupakan kelompok bakteri Gram positif yang diketahui mampu menghasilkan senyawa bioaktif yang dapat berfungsi sebagai antifungi, antibakteri, antitumor, antikanker, antivirus, herbisida, antidiabetes, antihelmintik, dan antiprotozoa. Spons merupakan salah satu hewan laut yang berasosiasi dengan aktinomiset. Aktinomiset yang berasosiasi dengan spons ini diduga sebagai penghasil senyawa bioaktif yang dominan. Di Indonesia penyakit infeksi bakteri sering menyerang masyarakat, contohnya diare yang pada tahun 2014 dilaporkan terjadi lebih dari 8 juta kasus. Penyakit infeksi bakteri merupakan salah satu penyebab utama kematian yang banyak terjadi di negara tropis seperti Indonesia dengan jumlah penderita yang tinggi. Indonesia merupakan negara kepulauan yang kaya akan keanekaragaman hewan dan tumbuhan laut, salah satunya yaitu spons. Namun, hingga saat ini masih sedikit informasi yang tersedia tentang aktinomiset yang berasosiasi dengan spons. Berdasarkan deskripsi tersebut maka kajian potensi aktinomiset yang berasosiasi dengan spons dalam mengendalikan bakteri patogen perlu dilakukan. Aktinomiset diisolasi menggunakan tiga media berbeda yaitu Humic Acid Vitamin (HV) Agar, HV dengan air laut, dan Sea Water Agar (M5-S), dan dipurifikasi pada media Yeast Starch Agar (YSA). Isolat yang diperoleh diamati karakter morfologinya meliputi warna miselium aerial dan miselium substrat, pigmentasi, serta permukaan koloni. Aktinomiset diuji kemampuan penghambatanya terhadap 4 isolat uji. Sebanyak dua isolat uji berasal dari gram Gram negatif yaitu Enterophatogenic Escherichia coli EPEC K1-1 dan Shigella dysenteriae, dan dua isolat dari Gram positif yaitu Staphylococcus aureus dan meticillint resistant S. aureus (MRSA). Isolat aktinomiset terpilih diidentifikasi secara molekuler berdasarkan gen 16S rRNA. Sebanyak 62 aktinomiset yang berasosiasi dengan spons berhasil diisolasi. Beragam variasi karakter morfologi diperoleh baik pada warna miselium aerial dan miselium substrat, pigmentasi, serta permukaan koloni. Hasil uji antagonis menunjukkan bahwa sebagian besar aktinomiset yang diperoleh mampu menghambat setidaknya satu bakteri patogen. Aktivitas tertinggi ditunjukkan oleh isolat NOHa.2 yang mampu menunjukkan aktivitas tertinggi terhadap bakteri patogen S. dysenteriae, dan isolat HRHa.5 yang menunjukkan aktivitas terhadap tiga bakteri patogen. Identifikasi gen 16S rRNA menunjukkan bahwa isolat HRHa.5 memiliki kemiripan dengan Streptomyces sampsonii galur NRRL B12325 sebesar 94%, S. champavati galur B-5682 sebesar 94%, dan S. albidoflavus galur DSM 40455 sebesar 93%.
Keyword: Aktinomiset, antimikrob, karakter morfologi, gen 16S rRNA, spons

Judul: Query Expansion based on Bilingual Dictionary Using Conditional Probability
Abstrak: Query expansion is a technique that can be used to bridge vocabulary gaps between queries and documents in the collection. With query expansion, user will be helped to formulate queries well so that user will optimize the search result. In this study, the expansion term was resulted from the translation of bilingual dictionary. Subsequently, several terms of expansion were elected based on the closeness of its relationship with the original query. This research showed that conditional probability can be used to select expansion term in bilingual translation method query expansion. The result of 1000 documents was more than 97% relevan document can be retrieved by this system. The more expansion term used, the larger number relevan document was retrieved.
Keyword: