Judul: EGFR and KRAS Genes Mutation Analysis Based on PCR-HRM (High Resolution Melting) and RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphisme) of Pleural Liquid from Lung Cancer Patients that Collected at Filter Paper
Abstrak: Lung cancer is the most frequent cause of cancer-related mortality worldwide, including in Indonesia. Today, a medical treatment for lung cancer patient, such as targeted therapies, has been developed to decrease the mortality. The methods need a rapid and a robust molecular characterisation technique to diagnose any gene mutations such as the KRAS and the EGFR. We developed a PCR-HRM and a PCR-RFLP for screening the EGFR and the KRAS mutations in pleural effusion of lung cancer patients. Sensitivity studies using the dilution assay revealed that the PCR-HRM was able to detect KRAS and EGFR mutations as little as 12.5% of mutant DNA in wild type DNA, while the PCR-RPLF was able to detect as little as 3.125 % of DNA mutant in wild type DNA. We analysed 63 of pleural effusion from lung cancer patient that were collected in filter paper. From our sample, we found that 1.6% (1/63) of them had the KRAS mutation; meanwhile 15.9 % (10/63) of them had the EGFR mutations. We also found that the EGFR mutation was more prevalent in men 21.43% (6/28) compared to women 15.3% (4/26). These results showed that the HRM and the RFLP are useful methods to detect the KRAS and the EGFR mutations in the clinical samples of lung cancer. The filter paper was also very potential material to be used in molecular analysis of lung cancer, especially for collecting and transferring the pleural effusion samples.
Keyword: 

Judul: Analisis Mutasi Gen Epidermal Growth Factor Receptor pada Sampel Sediaan Hapusan Sitologi dan Plasma Darah Pasien Kanker Paru.
Abstrak: Pasien kanker paru dengan mutasi gen EGFR merupakan subjek primer untuk mendapatkan terapi EGFR-TKI. Saat ini, sampel-sampel seperti jaringan tumor dan sitologi banyak digunakan sebagai sumber DNA untuk mendeteksi mutasi gen EGFR. Akan tetapi, sampel-sampel tersebut memiliki kelemahan seperti sulit untuk didapatkan. Untuk mengatasi masalah tersebut, kami menguji kemampuan cell-free DNA (cfDNA) untuk digunakan sebagai sumber DNA dalam mendeteksi mutasi gen EGFR. Kami juga menganalisis limit deteksi dari metode high-resolution melting polymerase chain reaction (HRM-PCR) dan restriction fragment length polymorphism (RFLP) dalam mendeteksi mutasi gen EGFR yang dibandingkan dengan metode pengurutan DNA. Selain itu, kami juga menganalisis hubungan antara status mutasi gen EGFR dengan angka tahan hidup pasien kanker paru. Sebanyak masing-masing 116 sampel sitologi dan cfDNA darah dikumpulkan dari pasien kanker paru. DNA dari masing-masing sampel diisolasi dan dianalisis untuk mengetahui status mutasi gen EGFR pada ekson 18, 19, 20, dan 21 dari sampel tersebut menggunakan metode HRM yang dilanjutkan dengan metode pengurutan DNA (ekson 18), elektroforesis agar (ekson 19), dan RFLP (ekson 21), sedangkan mutasi gen EGFR pada ekson 20 dianalisis menggunakan metode pengurutan DNA. Berdasarkan hasil analisis yang didapatkan, uji sensitivitas metode HRM dan RFLP menunjukkan bahwa metode HRM dan RFLP dapat mendeteksi adanya mutasi gen EGFR pada sampel yang mengandung DNA mutan sebesar 6.25% (ekson 18 dan 19), 1% sampai 12.5% (ekson 21). Dari 116 sampel yang dianalisis, DNA dapat diisolasi dari seluruh sampel cfDNA (100%) dan hanya 94.8% sampel sitologi yang dapat menghasilkan DNA. Selain itu, mutasi gen EGFR terdeteksi pada 46/110 (41.8%) sampel cfDNA dan 69/110 (62.7%) sampel sitologi. Nilai sensitivitas dan spesifisitas pengujian sampel cfDNA bervariasi dari 9.1% sampai 39.4% dan 83.1% sampai 96.5%. Angka tahan hidup pasien dengan mutasi gen EGFR langka diketahui lebih pendek dibandingkan angka tahan hidup pada pasien kanker paru dengan mutasi gen EGFR umum (296 berbanding 171 hari, ρ=0.003). Sebaliknya, perbedaan angka tahan hidup pada kedua kelompok menjadi tidak signifikan berbeda ketika status mutasi T790M dimasukkan ke dalam kedua kelompok tersebut (ρ˃0.05). Metode HRM dan RFLP lebih sensitif dibandingkan dengan metode pengurutan DNA. Sementara itu, berdasarkan hasil analisis mutasi gen EGFR, cfDNA dapat digunakan sebagai alternatif bahan untuk mendeteksi mutasi, namun diperlukan analisis lanjutan menggunakan metode yang lebih sensitif karena adanya kecenderungan hasil analisis negatif palsu yang tinggi dan positif palsu yang rendah pada penelitian ini. Selain itu, berdasarkan kurva Kaplan-Meier, mutasi gen EGFR umum dan T790M memberikan prognosis yang baik pada pasien kanker paru.
Keyword: cfDNA, EGFR, Kaplan-Meier, Kanker Paru

Judul: Dekomposisi Nilai Singular pada Matriks Kompleks Toeplitz Bidiagonal Atas.
Abstrak: Dekomposisi nilai singular merupakan salah satu metode faktorisasi matriks berdasarkan nilai singular dan vektor singularnya. Dekomposisi nilai singular bertujuan untuk memfaktorisasi suatu matriks �������� berukuran �������� × �������� menjadi bentuk �������������������������������� dengan �������� merupakan matriks berukuran �������� × �������� , �������� merupakan matriks berukuran �������� × �������� dan �������� merupakan matriks berukuran �������� × ��������. Pada karya ilmiah ini, dibahas dekomposisi nilai singular pada matriks kompleks Toeplitz bidiagonal atas berukuran �������� × (�������� + 1).
Keyword: dekomposisi nilai singular, matriks Toeplitz, matriks bidiagonal atas, matriks kompleks