Judul: Utilization of molecular marker in plant breeding to support the provision of new high yielding cultivar of physic nut (Jatropha curcas L.)
Abstrak: Hambatan utama dalam budidaya dan komersialisasi jarak pagar (Jatropha curcas L.) sebagai tanaman penghasil bahan bakar nabati adalah belum tersedianya kultivar unggul yang berdaya hasil dan berkadar minyak tinggi. Modal utama untuk perbaikan genetik adalah tersedianya keragaman genetik dari spesies yang bersangkutan. Informasi keragaman genetik jarak pagar belum memadai karena sebagian besar masih berdasar pengamatan secara morfologis. Penelitian ini dimaksudkan untuk mengembangkan dan memanfaatkan marka molekuler untuk mendukung pemuliaan jarak pagar. Primer SSR telah dikembangkan berdasarkan informasi sekuen DNA yang tersedia pada basis data Genbank. Dua puluh delapan pasang primer spesifik SSR telah berhasil didesain menggunakan aksesi DNA asal jarak pagar yang ada di GenBank DNA database. Ekstraksi DNA pada penelitian ini menggunakan protokol standar CTAB yang dimodifikasi. Separasi dan visualisasi hasil amplifikasi menggunakan marka SSR dilakukan dengan polyacrilamide gel electrophoresis (PAGE) dan pewarnaan perak. Separasi dan visualisasi hasil amlifikasi menggunakan marka RAPD, ISSR dan SCAR dilakukan dengan elektroforesis gel agarosa dan ethidium bromida.
Keyword: 

Judul: Analisis Keragaman Genetik Jarak Pagar (Jatropha curcas L.) berdasarkan Karakter Morfologi, Agronomi dan Marka RAPD
Abstrak: Jarak pagar (Jatropha curcas L.) merupakan salah satu tanaman prioritas penghasil bahan baku bioenergi yang dikembangkan di Indonesia maupun dunia. Salah satu kebijakan pengembangan penyediaan tanaman jarak pagar yang ditempuh oleh pemerintah adalah penyediaan bahan tanam jarak pagar unggul yang telah teruji adaptabilitasnya, didukung dengan paket teknologi yang tepat guna. Dalam usaha penyediaan bahan tanam jarak unggul diperlukan kegiatan perbaikan genetik melalui pemuliaan tanaman untuk mendapatkan varietas unggul. Sejak tahun 2007, Pusat Penelitian Surfaktan dan Bioenergi (SBRC)-LPPM-IPB telah melakukan eksplorasi jarak pagar dari beberapa daerah di Indonesia dan mengintroduksi jarak pagar dari luar negeri. Koleksi plasma nutfah harus dievaluasi secara tepat untuk mengetahui tingkat keragaman genetik dan potensinya untuk dikembangkan lebih lanjut. Karakter yang dievaluasi dapat berupa karakter anatomi, morfologi, kimia, biokimia, fisiologi ataupun molekuler. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari keragaman genetik dan tingkat kemiripan antar genotipe jarak pagar dan mendapatkan kriteria seleksi jarak pagar berdaya hasil tinggi pada jarak pagar koleksi SBRC LPPM-IPB. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Agustus 2009 - Juli 2010. Penelitian dilaksanakan di Kebun Percobaan IPB Leuwikopo, Bogor dan Kebun Jarak Pagar PT Indocement Tunggal Prakarsa, Tbk., Citeureup, Laboratorium Proses SBRC-LPPM-IPB dan Laboratorium Marka Molekuler dan Spectophotometry UV-Vis Departemen Agronomi dan Hortikultura, IPB Darmaga. Penelitian analisis keragaman berdasarkan karakter morfologi dan agronomi di lapangan disusun dalam Rancangan Kelompok Lengkap Teracak (RKLT) satu faktor. Faktor yang digunakan yaitu genotipe jarak pagar yang terdiri dari 13 genotipe. Percobaan diulang sebanyak 3 kali sehingga terdapat 39 satuan percobaan. Pengamatan karakter morfologi dan agronomi tanaman jarak pagar meliputi karakter batang, daun, bunga, buah dan biji jarak pagar. Penelitian analisis keragaman menggunakan marka RAPD dilakukan dengan 11 primer dari OPERON, yaitu E3, E7, E19, E20, M2, M5, M6, M8, H14, H16, dan H19. Sampel daun berasal dari 13 genotipe jarak pagar yang ada di lapangan. Metode yang digunakan untuk mengisolasi DNA adalah metode ekstraksi menggunakan Kit SIGMA yang dimodifikasi. Amplifikasi DNA dilakukan dengan PCR reagent dari Vivantis dengan modifikasi konsentrasi taq DNA polymerase 1,5 kali konsentrasi anjuran. Data dianalisis menggunakan program SAS 9, SPSS 15 dan NTSYS.....dst
Keyword: Jatropha, genetic variability analysis, heritability, correlation, selection characters, RAPD

Judul: Kekonsistenan Hamiltonian pada Gerak Gelombang Interfacial
Abstrak: The interfacial wave is an internal wave that occurs at boundary of two layers fluid. It appears because there is difference of mass density between the two layers. The objective of this thesis is to formulate the motion of internal wave with flat base and flat as well as free upper bound surface. The motion equation obtained is a Hamiltonian system. The Hamiltonian in this system is expressed by variable of wave deviation and horizontal component of potential velocity. Under assumption that interfacial wave moves only in one direction, it can be shown that the Hamiltonian depends on the solution of the wave motion equation. The coefficients of the equation depend on the physical characteristics of the two layers of fluid, i.e. thickness and mass density. The numerical results show that Hamiltonian in the system is constant. It is consistent with Hamiltonian characteristic, which does not depend on time.
Keyword: