Judul: Characterization of genotypes and morphometric  truss phenotypes of puerulus lobster Panulirus spp. from Krui (Lampung) and  Ujung Genteng (Sukabumi)
Abstrak: ABSTRAK NADILA CHAIRUNNISA. Karakterisasi genotipe dan fenotipe truss morfometrik puerulus lobster Panulirus spp. asal Krui (Lampung) dan Ujung Genteng (Sukabumi). Dibimbing oleh DINAR TRI SOELISTYOWATI dan ODANG CARMAN. Lobster (Panulirus spp.) merupakan organisme terumbu karang di daerah tropis-subtropis yang memiliki nilai ekonomis tinggi. Penangkapan berlebih dapat mengakibatkan populasi di alam menurun. Penelitian ini bertujuan menganalisis keragaman genetik dan morfometrik lobster (Panulirus spp.) asal Krui (Lampung) dan Ujung Genteng (Sukabumi) menggunakan metode random amplified polymorphic DNA (RAPD) PCR dan truss morfometrik untuk pengembangan budidaya. Penelitian ini menggunakan 60 ekor lobster. Metode penelitian ini meliputi ekstraksi DNA, analisis keragaman genetik dengan metode RAPD, elektroforesis, dan pengukuran truss morfometrik. Populasi lobster Lampung menunjukkan persentase polimorfisme yang lebih tinggi dibandingkan dengan populasi lobster Sukabumi yaitu sebesar 50% dan kedua populasi memiliki jarak genetik 0,1976. Berdasarkan karakteristik truss morfometrik, lobster asal Krui dan Ujung Genteng dihasilkan 15 dari 24 karakter menunjukkan perbedaan nyata (P<0,05) kecuali untuk karakter kepala bagian depan (A2), kepala bagian belakang (B4, B5), abdomen (C2), telson (D1, D3, D4, D5, D6) tidak berbeda nyata. Koefisien keragaman karakter morfometrik populasi Lampung 0,08-0,31 dan populasi Sukabumi 0,07-0,19., ABSTRACT NADILA CHAIRUNNISA. Characterization of genotypes and morphometric truss phenotypes of puerulus lobster Panulirus spp. from Krui (Lampung) and Ujung Genteng (Sukabumi). Supervised by DINAR TRI SOELISTYOWATI and ODANG CARMAN. Lobsters (Panulirus spp.) are tropical-subtropical coral reef organisms that have high economic value. Overfishing can result in declining populations in nature. This study aims to analyze the genetic and morphometric diversity of lobsters (Panulirus spp.) from Krui (Lampung) and Ujung Genteng (Sukabumi) using random amplified polymorphic DNA (RAPD) PCR and morphometric truss methods for aquaculture development. This study used 60 lobsters. The research methods included DNA extraction, genetic diversity analysis using RAPD method, electrophoresis, and morphometric truss measurement. Lampung lobster population showed a higher percentage of polymorphism compared to Sukabumi lobster population which was 50% and both populations had a genetic distance of 0,1976. Based on morphometric truss characteristics, lobsters from Krui and Ujung Genteng produced 15 out of 24 characters showed significant differences (P<0,05) except for the characters of the front head (A2), back head (B4, B5), abdomen (C2), telson (D1, D3, D4, D5, D6) were not significantly different. The coefficient of variation of morphometric characters of Lampung population was 0,08-0,31 and Sukabumi population was 0,07-0,19.
Keyword: Kata kunci: keragaman genetik, lobster, morfometrik, RAPD, Keywords: genetic diversity, lobster, morphometric, RAPD

Judul: Evaluasi Penanda Genetik COI dan Keterkaitan Genetik berdasarkan PCR-RAPD pada Lobster Genus Panulirus
Abstrak: Panulirus (Palinuridae: Decapoda) merupakan salah satu genus lobster yang jumlahnya melimpah dan memiliki morfologi yang beragam. Distribusi genus ini tersebar di perairan tropis dan sub-tropis. Di Indonesia spesies dari genus Panulirus yang sering ditemukan yaitu P. ornatus, P. homarus, P. longipes, P. versicolor, P. penicillatus, P. femoristiga, dan P. polyphagus. Persebaran lobster yang luas dipengaruhi oleh lamanya fase larva dan arus laut. Tahap akhir fase larva lobster bisa berlangsung di lokasi dan kedalaman yang berbeda dengan lokasi asal karena memiliki fase larva pelagik yang panjang dan tersebar mengikuti arus laut. Keterkaitan genetik mungkin terjadi pada lobster yang menempati lokasi berbeda. Identifikasi morfologi banyak dilakukan pada individu dewasa. Morfologi akan berubah selama proses pertumbuhan sehingga identifikasi spesies seringkali mengalami kesulitan. Penggunaan penanda genetik yang spesifik dapat memberikan solusi yang tepat untuk mengatasi keraguan dalam taksonomi dan mengetahui pola persebaran organisme perairan. Hal ini dilakukan untuk memperoleh berbagai data sebagai pendukung pengelolaan dan perlindungan terhadap genus ini. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis sekuen COI yang dibandingkan pada lobster genus Panulirus dan menentukan daerah yang paling cocok digunakan sebagai barcode untuk identifikasi lobster, serta menganalisis keterkaitan genetik lobster antar wilayah perairan Indonesia dengan metode PCRRAPD. Sampel lobster dikumpulkan dari beberapa wilayah perairan Indonesia. Jaringan untuk ekstraksi DNA diambil dari bagian periopod. Ekstraksi DNA dilakukan dengan menggunakan kit ekstraksi DNA. Amplifikasi gen COI dilakukan menggunakan dua primer yaitu bagian Upper Region (UR) dan Lower Region (LR). Primer yang digunakan untuk PCR-RAPD adalah OPA 1, OPA 8, OPA 9, OPA 11, OPA 12, dan OPA 18. Berdasarkan hasil perbandingan sekuen gen COI bagian UR dan LR menunjukkan bahwa UR memenuhi karakteristik sebagai DNA barcode. UR memiliki laju mutasi yang lebih rendah dan jarak genetik yang lebih tinggi daripada LR, serta memiliki data pembanding yang lebih banyak. Hasil PCRRAPD masing-masing spesies lobster (P. penicillatus, P. homarus, dan P. versicolor) menunjukkan nilai koefisien kesamaan yang beragam. Lobster yang berasal dari lokasi yang berdekatan cenderung memiliki nilai koefisien kesamaan yang tinggi. Hal ini berkaitan dengan pola persebaran larva lobster yang terbawa mengikuti arus laut. Kesimpulan dari penelitian ini adalah sekuen COI bagian UR merupakan daerah yang paling cocok digunakan sebagai barcode. Lobster yang berada di beberapa wilayah perairan Indonesia masih memiliki keterkaitan genetik.
Keyword: arus laut, DNA barcode, koefisien kesamaan, persebaran

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: