Judul: Analisis Keragaman Bakteri Asam Laktat dari Saluran Pencernaan Ayam Cemani Berdasarkan Gen 16S rRNA dan Potensi Penggunaannya sebagai Probiotik
Abstrak: Di Indonesia terdapat 31 rumpun ayam lokal dengan karakteristik yang berbeda antara satu jenis dengan jenis lainnya. Salah satu jenisnya adalah ayam Cemani, yang mempunyai karakteristik unik dengan warna hitam diseluruh tubuhnya dan ketahanannya terhadap penyakit. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendapatkan informasi awal tentang komunitas bakteri asam laktat sebagai penyusun dari mikrobiota saluran pencernaan ayam Cemani dan mendapatkan isolat bakteri asam laktat sebagai probiotik pada ayam. Analisa keragaman bakteri dengan menggunakan metode T-RFLP dilakukan dengan isolasi DNA genom langsung dari sampel lumen saluran pencernaan ayam (tembolok, ventrikulus, ileum dan sekum), primer yang digunakan adalah primer forward 27F dilabel dengan 6-carboxyfluorescein dan primer reverse spesifik untuk bakteri asam laktat SG-Lab-0677, enzim restriksi yang digunakan HaeIII dan MspI. Selanjutnya ditentukan jumlah filotipe, kelimpahannya (indeks Shannon Wiener) dan indeks kesamaan komunitas (indeks Sorensen). Analisa plate counts dilakukan untuk memperoleh nilai total bakteri asam laktat dan juga untuk memperoleh isolat kandidat probiotik, dengan cara ditumbuhkan pada cawan petri yang berisi media padat MRS dan GYP yang ditambahkan dengan 0.5% CaCO3, diinkubasi secara anaerobik selama 48 jam pada suhu 37°C. Isolat kandidat probiotik diuji aktivitasnya meliputi uji aktivitas antimikroba terhadap bakteri indikator, uji toleransi terhadap pH dan garam empedu, uji hidrofobisitas pada permukaan sel, uji koagregasi, uji aktivitas enzimatik dan uji sensitivitas terhadap antibiotik. Identifikasi secara molekuler dan fisologis dengan fermentasi gula. Galur probiotik (L. Salivarius) yang diperoleh dienkapsulasi denngan 5% susu skim dan dilakukan pengawetan dengan metode kering beku. Selanjutnya dilakukan aplikasi L. salivarius sebagai probiotik dalam ransum terhadap penampilan dan kesehatan ayam serta komunitas mikrobiota ayam broiler. Hasil analisa T-RFLP menunjukkan perbedaan dan dinamika populasi antara mikroba pada tembolok, ventrikulus, ileum dan sekum. Tidak semua filotipe BAL dapat diidentifikasi, beberapa filotipe BAL (41 %) tidak dapat diidentifikasi (unidentified) dan 17% diidentifikasi sebagai bakteri yang belum dapat dikulturkan (unculturable), hal ini mengacu pada database yang tersedia di MiCA3. Jumlah filotipe (S) BAL di ileum (9.5) lebih tinggi daripada di komunitas lain dan jumlah terendahnya adalah di sekum (6.5), indeks keragaman Shannon- Wienner menunjukkan indeks keragaman bervariasi dengan nilai tertinggi di ileum (2.13), sedangkan yang terendah di sekum (1.08), indeks kesamaan komunitas tertinggi (0.70) adalah antara komunitas ventrikulus dan ileum. Dengan menggunakan metode tradisional pengkulturan, populasi bakteri asam laktat dari saluran pencernaan ayam diketahui antara 7.12 sampai 9.07 log CFU g - 1 dan jumlah tertingginya ditemukan di bagian tembolok. Dari uji kandidat probiotik didapatkan isolat CSP004, CCM011 dan CVM002 mempunyai aktivitas antimikroba terhadap bakteri patogen, tahan terhadap pH2 dan 0.1% garam empedu, mempunyai hidrofobisitas yang kuat pada permukaan sel dan mucus, mempunyai enzim phytase dan protease, tetapi tidak mempunyai enzim amilase dan lipase, mempunyai koagregasi dengan bakteri asam laktat lainnya tetapi lemah koagregasinya dengan bakteri patogen, dan kesemua isolat tidak ada yang resisten terhadap antibiotik. Ketiga isolat probiotik teridentifikasi sebagai Lactobacillus salivarius, tetapi dengan menggunakan kit API 50CHL, ketiganya memperlihatkan perbedaan pola dalam fermentasi gula. Penambahan probiotik belum memperbaiki penampilan ayam broiler yang meliputi bobot badan akhir, konsumsi pakan, FCR, persentase karkas, profil darah dan persentase organ limpatik, akan tetapi dengan penambahan probiotik dengan galur tunggal maupun campuran dapat meningkatkan pertambahan bobot badan ayam pada
Keyword: ayam Cemani, bakteri asam laktat, probiotik, T-RFLP

Judul: Seleksi Bakteri Asam Laktat Sebagai Kandidat Probiotik Ayam
Abstrak: Bakteri asam laktat (BAL) merupakan kelompok dari bakteri Gram-positif, tidak berspora, tidak memiliki katalase, berbentuk kokus atau batang, tumbuh secara anaerob hingga aerofilik, dan menghasilkan asam laktat sebagai produk akhir utamanya pada fermentasi karbohidrat. Probiotik adalah mikroorganisme hidup yang jika dikonsumsi dalam jumlah sesuai mampu memberi manfaat kesehatan pada inang. BAL sebagai kandidat probiotik harus memiliki kriteria minimum untuk mampu memberikan efek manfaatnya bagi inang, oleh karena itu perlu dilakukan seleksi terhadap BAL sebagai kandidat probiotik. Penelitian ini bertujuan menyeleksi enam isolat BAL (berasal dari fermentasi spontan jagung) secara in vitro untuk mendapatkan isolat BAL yang berpotensi sebagai kandidat probiotik ayam. Seleksi BAL sebagai kandidat probiotik diawali dengan uji kepekaan BAL terhadap empat antibiotik uji (20 ppm bambermisin, 15 μg eritromisin, 30 μg tetrasiklin, dan 30 μg kloramfenikol), parameter yang diamati adalah zona penghambatan yang terbentuk disekitar sumur berisi antibiotik. Diameter zona diinterpretasikan sebagai sensitif, intermediat, dan resisten. Isolat BAL yang bersifat sensitif atau tidak resisten terhadap antibiotik dipilih sebagai isolat yang akan diuji pada uji in vitro selanjutnya meliputi 1). Uji ketahanan BAL pada kondisi pH saluran pencernaan (pH 2, 3, 4, dan 7.2) dan ketahanan pada kondisi 0.5% garam empedu. Parameter yang diamati adalah penurunan jumlah sel hidup (Log CFU mL-1) dan tingkat ketahanan sel (%); 2). Uji aktivitas antimikrob BAL terhadap bakteri patogen Salmonella enteritidis dan Enterococcus casseliflavus, parameter yang diamati adalah zona penghambatan yang terbentuk di sekitar sumur berisi supernatan bebas sel isolat BAL. Supernatan BAL yang diuji terdiri dari supernatan tanpa perlakuan (kontrol positif), supernatan yang dinetralkan pH 6.5, dan supernatan netral yang ditambahkan 1 mg mL-1 K-Proteinase; 3). Uji kemampuan BAL menempel pada ileum ayam. Parameter yang diamati adalah jumlah sel BAL yang menempel pada ileum (Log CFU cm-2) tumbuh pada media agar-agar GYP+CaCO3 0.5% dan persentase sel BAL yang menempel pada ileum (%). Isolat terpilih selanjutnya diidentifikasi secara molekuler gen 16S rRNA. Tahapan identifikasi diawali dengan isolasi DNA genom, amplifikasi gen 16S rRNA menggunakan PCR, sekuensing, dan penjajaran sekuen BAL menggunakan program BLAST-N pada NCBI serta kontruksi pohon filogenetik menggunakan program MEGA 5.05. Berdasarkan uji kepekaan enam isolat BAL terhadap antibiotik didapatkan bahwa seluruh isolat BAL bersifat resisten terhadap bambermisin, tiga isolat (E1223, E3, dan E4) bersifat resisten terhadap eritromisin dan tetrasiklin, sedangkan tiga isolat lainnya (E5, E7, dan E8) bersifat intermediat terhadap eritromisin dan bersifat sensitif terhadap tetrasiklin. Uji kepekaan terhadap kloramfenikol menunjukkan hasil yang bervariasi, isolat E3 bersifat resisten, E1223 dan E4 bersifat intermediat, dan tiga isolat lainnya (E5, E7, dan E8) bersifat sensitif. Uji ketahanan BAL terhadap kondisi saluran pencernaan menunjukkan bahwa seluruh isolat BAL mengalami penurunan jumlah sel pada seluruh kondisi pH saluran pencernaan (pH 2, 3, 4, dan 7.2). Isolat E5 dan E7 memiliki ketahanan hidup lebih baik dibandingkan dengan isolat E8 pada kondisi pH 3 sebesar 86.91±0.76% dan 86.11±1.12%. Isolat E8 mampu bertahan hidup lebih baik dibandingkan dengan isolat E5 dan E7 pada kondisi pH 2 dan pH 4 sebesar 41.15±0.19% dan 96.67±2.72%. Isolat E5 dan E7 memiliki tingkat ketahanan hidup lebih baik dibandingkan dengan isolat E8 pada kondisi 0.5% garam empedu yaitu sebesar 94.60±0.95% dan 95.20±0.88 %. Seluruh
Keyword: BAL, probiotik, seleksi, in vitro, ayam

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: