Judul: Struktur Primer Parsial dan Bioinformatika Profenoloksidase Udang Vaname (Litopenaeus vannamei).
Abstrak: Blackspot sangat dipengaruhi oleh adanya radiasi sinar matahari terhadap kulit udang dan umumnya terjadi pada saat panen berlangsung, apabila tidak dilakukan pendinginan setelah panen. Adanya blackspot pada udang sangat dipengaruhi oleh tingginya konsentrasi substrat tirosinase pada kulit chitin udang, oksigen molekuler, dan enzim tirosinase. Tujuan penelitian ini adalah untuk menentukan struktur primer parsial dan bioinformatika proPO udang vaname. Sampel udang vaname diperoleh dari Fresh Market, Jakarta. Penelitian dilakukan dengan tahapan isolasi RNA udang, amplifikasi dan analisis bioinformatika. Hasil isolasi RNA profenoloksidase memiliki nilai konsentrasi 191 mg/mL dengan kemurnian 2.056. Hasil amplifikasi memperoleh gen target dengan panjang 220 bp. Hasil identifikasi merupakan spesies vaname dengan nilai identifikasi 99 dan 100%. Urutan nukleotida yang diperoleh merupakan struktur primer parsial. Prediksi struktur sekunder berupa coil sebanyak 65, helix sebanyak 21 dan strand sebanyak 36. Prediksi model tiga dimensi diperoleh 3 jenis model struktur terbaik. Peptida ligan berupa susunan ASP TRP ASP PHE LEU PRO PRO NH2. Sisi sisi yang berikatan pada residu terletak pada E19 I23 Y27 R30 P32 K50 Y51 L52 V53 P54 L57 V62 L65 R69 F106.
Keyword: asam amino, bioinformatika, ligan, proPO, vaname

Judul: Control of Vibrio parahaemolyticus Infection in  Pacific White Shrimp Penaeus vannamei through The Biofloc System, Control of Vibrio parahaemolyticus Infection in  Pacific White Shrimp Penaeus vannamei through The Biofloc System
Abstrak: Udang vaname (Penaeus vannamei) merupakan salah satu komoditas utama akuakultur di Indonesia dan dunia. Peluang pengembangan budidaya udang vaname masih sangat besar terutama karena terbukanya target pasar yang luas. Meskipun tren produksi yang cenderung meningkat, kegiatan budidaya udang vaname masih terkendala dengan serangan penyakit terutama penyakit vibriosis yang disebabkan oleh infeksi bakteri Vibrio parahaemolyticus. Beberapa tahun terakhir, infeksi V. parahaemolyticus strain yang memiliki toksin PirA dan PirB dapat menyebabkan penyakit Acute Hepatopancreatic Necrosis Disease (AHPND) serta mendapat perhatian khusus secara global karena penyebarannya yang luas, menyebabkan kerugian ekonomi yang sangat besar, dan menjadi isu keamanan pangan dari produk akuakultur yang perlu diperhatikan. Selanjutnya diketahui patogenisitas V. parahaemolyticus diatur melalui suatu mekanisme quorum sensing (QS), yang memfasilitasi bakteri berkomunikasi melalui molekul-molekul sinyal (autoinducer) untuk dapat mengekspresikan berbagai gen secara bersamaan pada kondisi kepadatan populasi bakteri tertentu, salah satunya untuk mengatur faktor virulensi dan juga patogenisitas. Berdasarkan hal tersebut, salah satu strategi yang dapat dilakukan untuk mengendalikan infeksi V. parahaemolyticus adalah melalui penghambatan mekanisme QS menggunakan teknologi bioflok. Tujuan umum penelitian ini adalah untuk mengevaluasi potensi bioflok dalam mengendalikan infeksi V. parahaemolyticus pada budidaya udang vaname melalui penghambatan quorum sensing dan faktor virulensi V. parahaemolyticus. Rangkaian penelitian ini dilaksanakan dalam empat tahap. Penelitian tahap pertama bertujuan untuk mendapatkan informasi terkait mekanisme aksi penghambatan QS dan faktor virulensi bakteri V. parahaemolyticus dengan penambahan suspensi bioflok (in vitro). Pada penelitian ini suspensi bioflok ditambahkan ke dalam kultur isolat V. parahaemolyticus dengan kepadatan bakteri 103, 105, dan 107 CFU mL-1. Hasil pengamatan menunjukkan suspensi bioflok mampu menurunkan ekspresi gen opaR, pirB, dan T6SS2 pada kepadatan 103 dan 105 CFU mL-1. Selanjutnya bioflok mampu menghambat dan mendestruksi formasi biofilm. Suspensi bioflok secara umum mampu menurunkan aktivitas eksoenzim amilase, protease, dan kitinase V. parahaemolyticus. Penelitian tahap kedua bertujuan untuk mengevaluasi ekspresi gen virulensi V. parahaemolyticus dan imunitas udang vaname yang dibudidayakan pada sistem bioflok serta diuji tantang dengan V. parahaemolyticus. Udang vaname berukuran 0.50±0.09 g dipelihara dalam toples kaca dengan volume air 2.5 L dengan kepadatan 20 ekor L-1. Udang dipelihara selama 5 hari dengan masing-masing perlakuan meliputi perlakuan bioflok (C/N rasio 10), tanpa bioflok, dan masing-masing diuji tantang dengan perendaman (kepadatan 103, 105, dan 107 CFU mL-1) pada hari pertama. Hasil penelitian menunjukkan bahwa perlakuan bioflok dapat menurunkan ekspresi gen regulator opaR, pirB, T6SS1 dan T6SS2 pada media pemeliharaan. Sistem bioflok juga dapat meningkatkan ekspresi gen imunitas dan sintasan udang vaname. Penelitian tahap ketiga bertujuan untuk mengevaluasi pengaruh aplikasi bioflok terhadap performa pertumbuhan, efek proteksi, dan komposisi mikrobiota usus udang vaname yang diuji tantang V. parahaemolyticus. Udang dengan bobot 0.66±0.02 g dipelihara dalam akuarium kaca (volume air 22 L) dengan kepadatan udang 150 m-3. Udang dipelihara selama 28 hari dengan perlakuan bioflok (C/N rasio 10) dan kontrol, masing-masing dilanjutkan dengan uji tantang terhadap V. parahaemolyticus melalui perendaman (kepadatan 105 CFU mL-1) pada hari ke-15. Hasil penelitian menunjukkan bahwa perlakuan bioflok secara signifikan dapat meningkatkan performa pertumbuhan (pertambahan bobot mutlak, laju pertumbuhan spesifik, rasio konversi pakan, sintasan, dan aktivitas enzim pencernaan), memproteksi udang, dan memodulasi komposisi mikrobiota air dan usus udang sekaligus menurunkan kelimpahan V. parahaemolyticus pada usus udang.
Keyword: Udang vaname, Vibrio parahaemolyticus, Bioflok, AHPND, Quorum Sensing

Judul: Pengaruh ukuran billboard terhadap kualitas estetika lanskap kota Bogor
Abstrak: Salah satu permasalahan kota yang dialami saat ini antara lain adalah permintaan billboard. Penataan dan pemasangan billboard yang salah dapat menurunkan kualitas estetika lanskap kota. Ukuran billboard relatif besar, mendominasi pandangan sehingga menutupi good view yang berada di belakangnya.
Keyword: