Judul: Pemodelan Biplot pada Klasifikasi Fragmen Metagenom dengan K-Mers Sebagai Ekstraksi Ciri Dan Probabilistic Neural Network Sebagai Classifier
Abstrak: Metagenomics is the study of the genetic material taken directly from the organism's source environment by performing deoxyribonucleic acid sequencing procedure. Sequencing was performed on a set of genomes that have been mixed with a variety of other organisms in the environment. This led to the identification of the organism is required to prevent fragment assembly error between organisms. This study objectives to classify metagenome fragments at the genus level with Probabilistic Neural Network algorithms and k-mers as the features extraction. Biplot modelling is used to reduce features of the k-mers results that have dimensions large enough. This study uses 3 genuses of microorganisms which are divided into 2 dataset groups, namely known organisms and unknown organisms. The length of fragments used for each dataset is 500 bp, 1 kbp, 5 kbp, and 10 kbp. From the results of this study, the best accuracy for the known organisms was 98.10% and 92.80% for unknown organisms. Biplot modelling managed to reduce 68.75% fragment features with classification efficiency of 12%.
Keyword: Bogor Agricultural University (IPB), PNN, biplot, k-mers, DNA, metagenome

Judul: Klasifikasi Fragmen Metagenom Menggunakan Ekstraksi Spaced N mers dan Probabilistic Neural Network sebagai Classifier
Abstrak: Metagenomika merupakan cabang genetika yang secara khusus ditujukan untuk mempelajari materi genetik yang diambil langsung dari sampel lingkungan, diikuti dengan menganalisis informasi genetika tersebut. Proses sekuensing dari sampel lingkungan menghasilkan fragmen-fragmen pendek yang berasal dari beberapa mikroorganisme yang terdapat pada sampel tersebut. Kondisi seperti ini menyebabkan proses perakitan fragmen menjadi tidak akurat, yaitu dengan dimungkinkannya terbentuknya cymeric contigs. Keberadaan cymeric contigs ini dapat diminimalkan dengan melakukan binning. Proses binning dapat dilakukan dengan pengklusteran atau pengklasifikasian. Penelitian ini dilakukan menggunakan metode probabilistic neural network untuk proses klasifikasi dan spaced n-mers untuk ekstraksi fiturnya karena sudah terbukti akurat dan menghasilkan akurasi yang baik. Data yang dipakai mempunyai panjang fragmen 500 bp, 1000 bp, 5000 bp, dan nilai n-mers yang dipakai adalah 3. Akurasi yang terbaik dihasilkan dengan menggunakan nilai smoothing parameter 11 untuk pengujian organisme dikenal. Selanjutnya pengujian dengan organisme tidak dikenal menghasilkan akurasi sebesar 64.40% untuk panjang fragmen 500 bp, 68.60% untuk panjang fragmen 1000 bp, 69.62% untuk panjang fragmen 5000 bp.
Keyword: binning, classification, metagenome, probabilistic neural network

Judul: The Change of Family's Milk Consumption during Monetary Crisis
Abstrak: Krisis Moneter yang terjadi di negara kita sejak Juli 1997 lalu menyebabkan harga kebutuhan pokok yang melambung, salah satu diantaranya aclalah kenaikan harga susu. Dengan terjadiuya kenaikau harga susu ini maka terclapat keluarga-keluarga yaug melakukan perubahan kousumsi susu keluarganya. Merupakan ha! yang menarik untuk melihat perubahan pola konsumsi susu yang terjadi clan jenis susu yang seperti apa yang banyak mengalarni perubahan. Dengan melakukan smvei kepacla keluarga-keluarga yang banyak mengkonsumsi susu, yaitu keluarga yang mempunyai anak usia sekolah, clan keluarga yang berasal clari golongan penclapatan menengah, maka akan clapat memberikan gambaran perubahan konsumsi susu keluarga yang terjadi. Dalam masa krisis moneter, maka sebanyak 38.8 % clari 227 responden mengurangi konsumsi susunya dengan sebesar 8.4 % menghentikan konsumsi susunya. Terclapat sebanyak 6.6 % keluarga yang menukar jenis susu yang dikonsumsinya. Konsumsi susu lebih dipentingkan untuk golongan usia balita, dimaua pacla golongan usia ini persentase banyak balita yang tetap konsumsi susunya lebih bcsar dibaudingkan dengan golongan usia anak clan dewasa. Sebagian besar keluarga yang mengurangi konsumsi susunya merupakan keluarga yang mengalami penurunan penclapatan. Jenis susu yang paling peka terhaclap krisis moneter aclalah jenis susu cair dimana jenis susu ini paling banyak persentase keluarga yang mengurangi yaitu sebesar 45.8 %, dibandingkan dengan jenis susu bubuk, kental clan murni. Sedangkan jenis susu kental merupakan jenis susu yang tidak terlalu peka terhaclap krisis moneter dimana jenis susu ini persentase keluarga yang tetap clan naik konsumsi susu kentalnya paling besar, yaitu sebesar 67.1 %.
Keyword: