Judul: Penapisan Bakteri Filosfer Padi Penghasil Senyawa Bioaktif Anti-Xanthomonas Oryzae Pv. Oryzae Dan Deteksi Sekuen Gen Penyandi Peptida Non-Ribosomal Sintetase
Abstrak: Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) adalah bakteri penyebab penyakit hawar daun yang dapat menyebabkan penurunan produksi padi. Bakteri filosfer mampu menghasilkan senyawa bioaktif anti-Xoo yang dapat dijadikan sebagai alternatif agens biokontrol. Penelitian ini bertujuan menyeleksi isolat bakteri filosfer padi penghasil senyawa bioaktif penghambat pertumbuhan Xoo dan mendeteksi keberadaan gen penyandi peptida non-ribosomal sintetasenya. Sepuluh isolat bakteri filosfer padi yang diuji mampu menghasilkan senyawa bioaktif anti-Xoo yang ditunjukkan dengan terbentuknya zona bening di sekitar koloni. Analisa sekuen gen penyandi 16S rRNA menunjukkan bahwa enam isolat (BFR 35, BFR 64, BFR 69, BFR 153, BFR 162, dan BFR 266) termasuk anggota genus Bacillus, tiga isolat (BFR 183, BFR 217, BFR 238) termasuk anggota genus Pseudomonas, dan satu isolat (BFR 203) diidentifikasi sebagai Staphylococcus sciuri. BFR 64, BFR 69, BFR 153, dan BFR 183 terdeteksi memiliki gen penyandi domain A dari peptida non-ribosomal sintetase dengan homologi 91%, 89%, 98%, dan 76% berturut-turut untuk keempat isolat tersebut. Bacillus aerius BFR 153, Pseudomonas cremoricolorata BFR 183, Staphylococcus sciuri BFR 203, dan Pseudomonas parafulva BFR 217 bersifat non-hemolitik sehingga potensial dan aman dikembangkan sebagai agens biokontrol untuk mengendalikan Xoo.
Keyword: Bacillus, domain A, gen 16S rRNA, hemolisis darah

Judul: Penapisan Bakteri Filosfer Penghasil Senyawa Bioaktif Anti Pyricularia oryzae dan Deteksi Gen Penyandinya.
Abstrak: Pyricularia oryzae adalah cendawan penyebab penyakit blas pada padi yang dapat mengakibatkan penurunan produksi beras di berbagai negara, termasuk Indonesia. Penggunaan agens biokontrol berbasis mikrob dapat digunakan sebagai pengganti fungisida. Sumber agens biokontrol P. oryzae dapat berasal dari area permukaan daun (filosfer). Penelitian ini bertujuan menapis dan mengkarakterisasi bakteri filosfer padi penghasil senyawa bioaktif anti P. oryzae penyebab penyakit blas pada padi. Metode dalam penelitian ini meliputi uji antagonisme, ekstraksi DNA genom bakteri, amplifikasi dan sekuensing gen parsial dari 16S rRNA, gen penyandi domain A dari peptida non-ribosomal sintetase (NRPS), serta gen penyandi domain KS dari poliketida sintase (PKS). Berdasarkan uji antagonisme, sebanyak lima isolat bakteri filosfer padi diketahui mampu menghambat P. oryzae. Identifikasi molekuler berdasarkan gen parsial dari 16S rRNA pada lima isolat menunjukkan isolat BFR 69E dan BFR 99 sebagai genus Bacillus, BFR 202B sebagai genus Pseudomonas, sedangkan isolat BFR 88 dan BFR 95 sebagai genus Acinetobacter. Kelima isolat tersebut memiliki gen penyandi domain A dari NRPS dan isolat BFR 88 memiliki gen penyandi domain KS dari PKS.
Keyword: 16S rRNA, domain A, domain KS, NRPS, PKS

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: