Judul: Koreksi DNA Sequencing Error dengan Metode Spectral Alignment
Abstrak: Second generation DNA sequencing technology is able to generate reads in a massive amount and in a relatively short time compared to the traditional Sanger Shotgun technology. Graph based DNA sequence assembly is used to handle these big data in assembly step. However, the graph based DNA sequence assembly is sensitive to sequencing error. This problem can be solved by performing an error correction step before or after the assembly process. In this research, a software to detect and correct sequencing error in DNA sequence data was developed by employing spectral alignment technique. This technique is implemented as a pre-processing step before the DNA sequence assembly process. DNA sequences which contain error are generated using MetaSim software. Errors in the data sequences are corrected using the software developed in this research. The results are evaluated using the Velvet assembler by comparing the complexity of the graph produced, represented by the number of nodes in the graph. The evaluation results show that the data sequences with error produce more complex graph than the corrected data sequences. It can be concluded that the correction of DNA sequencing error using spectral alignment method can simplify the complexity of graph produced by the DNA sequence assembly step
Keyword: 

Judul: Modifikasi Pembentukan Spectrum pada Metode Spectral Alignment untuk Pengoreksian DNA Sequencing Error
Abstrak: Graph based DNA sequence assembly is actually used to generate contigs form reads produced by second generation sequencer. However, graph based DNA sequence assembly is very sensitive against sequencing error. The existence of sequencing errors will increase the complexity of graph. Meanwhile, every process of sequencing always produce sequencing errors. This research aims to improve the performance of DNA sequencing error correction based on the spectral alignment by implementing a statistical approach. This approach generate the spectrum of solid tuple by choosing tuples that belong to the highest 75% of the tuple occurencies distribution. Reads containing sequencing errors are corrected using tuple references that belong to the solid tuple spectrum. Evaluation is conducted using Velvet, a DNA assembly software. The results show that our approach can reduce the complexity of graph produced by the previous approach up to 45%.
Keyword: Bogor Agricultural University (IPB), statistical approach, DNA sequence assembly, spectral alignment, DNA sequencing error

Judul: Sebaran Hiu Paus (Rhincodon typus) di Area Hot Spot dan Karakteristik Habitat Potensialnya pada Skala Bentang Laut Teluk Cenderawasih
Abstrak: Sebagai megafauna planktivor yang soliter dengan distribusi sirkumglobal di ekosistem pelagis yang permukaan lautnya berisoterm ≥ 20℃, perilaku unik ditunjukkan oleh yuwana hiu paus jantan dengan berulang kali mendatangi perairan neritik yang mudah diprediksi untuk melakukan aktivitas pemangsaan secara berkelompok (coastal aggregation feeding hotspot). Perairan Tanjung Maniburu merupakan salah satu area hotspot sepanjang tahun, namun luasnya tidak mencapai 10% dari total wilayah perairan Teluk Cenderawasih. Penetapan hiu paus sebagai salah satu spesies terancam punah dalam daftar merah IUCN sekaligus dilindungi penuh di seluruh perairan Indonesia, membuka kebutuhan informasi populasi dan pemahaman lebih mendalam terkait relung ekologinya, kondisi habitat pelagis yang mendukung variasi kelimpahannya di area hotspot yang berdekatan, maupun faktor abiotik yang menjadi prasyarat kondisi habitat di bawah permukaan laut untuk keperluan pendugaan sebarannya di area baru atau kesehatan populasinya. Secara umum, penelitian ini bertujuan untuk menduga ukuran populasi hiu paus di area hotspot berdasarkan sebaran individu di area hotspot serta mengkaji hubungan timbal-balik antara faktor abiotik suhu-salinitas musiman skala basin Teluk Cenderawasih dengan variasi kelimpahan di area hotspot pada skala musiman. Penelitian ini menerapkan pendekatan statistika deskriptif dan inferensia dalam pengolahan data sekunder pemantauan hiu paus dari Maruanaya (2022) serta data suhu-salinitas World Ocean Database 2018 yang tersebar di 134 titik kisi pada 72 level kedalaman (Boyer et al. 2019). Hasil penelitian mendapati ukuran populasi hiu paus adalah 35,58 7,06 individu dengan kepadatan sebesar 0,120,02 individu/km2, serta kemelimpahan tertinggi pada Peralihan Monsun- 2 (PM2-September) dengan 47 individu teridentifikasi positif (ditambah 13 unidentified). Secara total, ada 54 individu yang teridentifikasi positif sepanjang pemantauan tahun 2020, dengan rentang identitas foto (ID-foto) dari ID0011 hingga ID0183. Variasi kelimpahan yang rendah teramati pada bulan April, Juli, dan Agustus, yang didukung oleh pola residensi hiu paus yang lebih sedikit di area hotspot. Mayoritas hiu paus bersifat residen (32 individu menetap lebih dari 5 bulan di dalam perairan teluk dan terpantau di area hotspot), sedangkan sisanya transien (41%) dengan dugaan beruaya ke luar teluk pada Peralihan Monsun-1 (PM1) dan Monsun Tenggara (MTG) serta kecenderungan kembali lagi pada PM2. Hiu paus yang bersifat residen umumnya menunjukkan perubahan tingkah laku berburu mangsa yaitu mendekati bagan dan muncul ke permukaan beberapa kali antara tempo jam berurutan, sehingga dalam kurun waktu satu hari ada beberapa individu yang tercatat berinteraksi dengan beberapa bagan (ID0069, ID0156). Dihasilkan rata-rata tahunan suhu skala basin teluk (RTTTC= 19,181,28 ℃) dengan variasi terendah pada Monsun Barat Laut (MBL-RBTJAN= 18,129,44 ℃) dan tertinggi pada PM1 (RBTAPR= 21,268,02 ℃). Rata-rata suhu permukaan di area hotspot adalah 28,560,77 ℃, sedikit lebih rendah dibandingkan seluruh perairan teluk (29,230,44 ℃). Salinitas maksimum (Smax= 35,33-35,54 PSU) terdapat di termoklin dan epipelagis-bawah. Sebaran TS melintang dari Tanjung Maniburu ke luar TC haloklin terlihat lebih tebal (δZHC= 270 meter) dibandingkan termoklin (δZTC= 205 m), sehingga visualisasi data TS musiman menunjukkan adanya struktur habitat koridor yang mendukung perpindahan hiu paus ke luar teluk. Ukuran populasi di area hotspot dipengaruhi oleh batas atas haloklin dan termoklin serta ketebalan termoklin dengan bentuk persamaan polinomial ordo 2 berikut: Y = 12,241 + 0,0074*ZHC-top 2 + 0,0011*ZTC-top 2 + 0,0002*δZTC 2 (adj. R2= 0,805; AIC cor.= 36,131). Relung pelagis hiu
Keyword: habitats, whale shark, population size, temperature-salinity, Cenderawasih Bay