Judul: Analysis of Target Strength and Density Distribution of Fish using Scientific Echosounder in Malang Rapat Seawater Bintan Island Kepulauan Riau
Abstrak: Perairan Malang Rapat merupakan bagian dari wilayah laut Pulau Bintan di bagian timur Kepulauan Riau. Daerah ini termasuk dalam Wilayah Pengelolaan Perikanan Republik Indonesia (WPP RI) 711. Sektor perikanan merupakan mata pencaharian utama bagi sebagian besar masyarakat pesisir Bintan. Besarnya penduduk yang bermata pencaharian dibidang perikanan tangkap ini membutuhkan informasi akurat untuk ketersediaan (stock), karakteristik perikanan, serta penyebaran dari sumberdaya ikan sehingga diperlukan kajian yang lebih lanjut disektor perikanan menggunakan metode hidroakustik. Teknologi hidroakustik menggunakan gelombang suara dan perambatannya pada medium air kemudian menerima dan menganalisis karakteristik dari pantulan suara yang dikenainya. Instrumen hidroakustik yang digunakan dalam penelitian ini yaitu Simrad EK15 merupakan salah satu alat scientific echosounder yang menggunakan single beam transducer untuk mengetahui distribusi ikan dari suatu perairan menggunakan frekuensi 200 kHz. Penelitian bertujuan untuk menentukan nilai Target Strength dan densitas ikan secara spasial dan temporal di Perairan Malang Rapat, dan mengetahui pola tingkah laku sebaran ikan baik secara spasial maupun temporal di Perairan Malang Rapat Pulau Bintan Kepulauan Riau. Penelitian ini bekerja sama dengan Fakultas Kelautan dan Ilmu Perikanan Universitas Maritim Raja Ali Haji (UMRAH) Tanjung Pinang. Pengambilan data siang dilakukan pada tanggal 24 September 2016 pukul 09.30-14.30 WIB dan malam hari pada tanggal 25 September 2016 pukul 18.00-22.30 WIB menggunakan kapal 6 GT. Pengolahan dan analisis hasil survei akustik menggunakan perangkat lunak Sonar4, Matlab, MS. Excel, dan Arcmap. Hasil penelitian menunjukkan bahwa nilai hambur balik akustik (Target Strength) ikan yaitu -60 dB sampai -42 dB. Nilai Target Strength tersebut dapat menduga ukuran panjang ikan yaitu 3 cm sampai 31 cm menggunakan formula empiris. Target Strength rata-rata tertinggi pada siang hari yaitu -48 dB di kedalaman 10 m, sedangkan pada malam hari yaitu -52 dB di kedalaman 3 meter. Sebaran volume densitas ikan tertinggi secara spasial dan temporal terjadi pada saat malam hari pada koordinat 1°3'00''LU dan 104°39'00''BT sampai 1°8'60''LU dan 104°40'30''BT mencapai 500 ind/1000m3.
Keyword: densitas volume, hidroakustik, ikan, Malang Rapat, Target Strength

Judul: Analisis Sebaran Target Strength dan Densitas Ikan Demersal dengan Menggunakan Metode Hidroakustik di Perairan Teluk Banten
Abstrak: Perairan Teluk Banten merupakan bagian wilayah administrasi Kabupaten dan Kota Serang Provinsi Banten. Sektor perikanan merupakan tumpuan perekonomian masyarakat Serang. Ikan demersal merupakan salah satu jenis ikan yang banyak ditangkap oleh nelayan. Pemanfaatan metode hidroakustik sangat efektif untuk mengetahui karakteristik, serta penyebaran dari sumberdaya ikan di suatu perairan. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis sebaran nilai target strength rata-rata dan nilai densitas rata-rata ikan demersal secara horizontal dan vertikal di perairan Teluk Banten dengan menggunakan instrument SIMRAD EK-15 pada frekuensi 200 kHz. Pengambilan data dilakukan pada hari Kamis tanggal 25 Desember 2021. Pengolahan dan analisis hasil survei akustik menggunakan perangkat lunak Echoview 4.8, Microsoft Excel, dan QGIS. Nilai target strength rata-rata ikan demersal secara horizontal dan vertikal di perairan Teluk Banten berada pada selang -43,66 dB sampai -58,14 dB. Berdasarkan nilai target strength rata-rata dapat diketahui bahwa ukuran target yang terdeteksi pada kedalaman 3-12 m didominasi oleh ukuran yang kecil dengan kemunculan nya hampir merata di sepanjang jalur cruise track. Sebaran TS rata-rata nilai secara vertikal menunjukkan bahwa nilai TS rata-rata tertinggi terdapat pada kedalaman 3,55 m sedangkan untuk TS rata-rata terendah terdapat pada kedalaman 5,88 m. Sebaran densitas rata-rata ikan demersal secara spasial menunjukkan bahwa kepadatan tertinggi berada pada posisi tengah perairan Teluk Banten dan dekat dengan Pulau Pamujan Kecil. Nilai densitas rata-rata ikan demersal tertinggi berada di kedalaman 6,33 meter sedangkan nilai densitas rata-rata ikan demersal terendah berada di kedalaman 3,55 meter., Banten Bay waters are part of the administrative area of Serang Regency and the City of Banten Province. The fishery sector is the economic foundation of the Serang community. Demersal fish is one type of fish that is caught by many fishermen. The use of the hydroacoustic method is very effective to determine the characteristics, and distribution of fish resources in waters. This study aims to analyze the distribution of the average target strength value and the average density value of demersal fish horizontally and vertically in Banten Bay waters using the SIMRAD EK-15 instrument at a frequency of 200 kHz. Data collection was carried out on Thursday, December 25, 2021. Processing and analysis of acoustic survey results using Echoview 4.8 software, Microsoft Excel, and QGIS. The average target strength value of demersal fish horizontally and vertically in Banten Bay waters is between -43,66 dB to -58,14 dB. Based on the average target strength value, it can be seen that the target size detected at a depth of 3-12 m is dominated by small sizes with their appearance almost evenly along the cruise track. The vertical distribution of the average TS values indicates that the highest average TS value is at a depth of 3,55 m, while the lowest average TS is at a depth of 5,88 m. The spatial distribution of the average density of demersal fish shows that the highest density is in the middle of Banten Bay and close to Pamujan Kecil Island. The highest average density value of demersal fish is at a depth of 6,33 meters while the lowest average density value of demersal fish is at a depth of 3,55 meters.
Keyword: densitas, hidroakustik, ikan demersal, target strength, Teluk Banten

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA