Judul: Pola sebaran volume backsttering strength ikan dimersial secara temporal dengan menggunakan metoda akustik di perairan Selat Malaka
Abstrak: Selat Malaka memiliki potensi produksi perikanan yang sangat besar untuk dikembangkan secara optimal. Penelitian ini bertujuan untuk melihat perbedaan nilai Volume Backscattering Strength (Sv) ikan demersal secara temporal dengan menggunakan metode akustik bim terbagi di perairan Selat Malaka. Bentuk penelitian ini berupa analisis data sekunder yang diperoleh dari data survei akustik kapal riset Baruna Jaya VII, dilaksanakan pada tanggal 26-28 September 2001 dengan lokasi penelitian Perairan Selat Malaka. Data yang didapat terbagi menjadi dua bagian, yaitu data akustik (dalam bentuk DT) dan data oseanografi (suhu, salinitas, kedalaman). Pemrosesan data dilakukan pada bulan Juni sampai November 2002, di Laboratorium Hidroakustik dan Instrumentasi Kelautan, FPIK IPB. Hasil penelitian didapat bahwa sebaran ikan demersal pada siang hari dengan frekuensi target terbanyak berada pada kisaran Volume Back Scattering Strength (Sv) antara -50 sampai -55 dB dengan jumlah frekuensi sebesar 2105, sedangkan pada waktu malam hari frekuensi target terbanyak terdapat pada kisaran Sv antara -55 sampai -60 dB dengan jumlah frekuensi sebesar 2421. Hasil pengujian dengan menggunakan uji t didapat bahwa hubungan sebaran Volume Back Scattering Strength ikan demersal pada siang hari maupun pada malam hari berbeda nyata. Hal ini menunjukkan bahwa ikan demersal di Perairan Selat Malaka lebih banyak mengelompok pada siang hari dengan kepadatan kelompok yang tinggi dan memiliki nilai rata-rata sebaran Volume Backscattering Strength lebih besar daripada malam hari dimana pada siang hari rata-ratanya sebesar 54,80 ± 5.23 dB, sedangkan untuk malam hari nilai rata-ratanya sebesar -57,39 ± 4.06 dB. Pengaruh osenografi (pada malam hari lapisan suhu permukaan relatif lebih dingin) dan terlindung dari predator, menyebabkan ikan demersal menyebar di kolom air pada malam hari. Sedangkan pada siang hari ikan-ikan demersal cenderung berada di dekat dasar perairan. untuk menghindari pengaruh cahaya matahari dan juga untuk menghindari dari pemangsaan.
Keyword: 

Judul: Hubungan antara distribusi ikan demersal, makrozoobentos, dan substrat di Perairan Selat Malaka
Abstrak: Penelitian ini menggunakan data hasil survei Balai Penelitian Perikanan Laut (BPPL) Kementrian Kelautan dan Perikanan (KKP). Pengambilan data dilakukan pada tanggal 12-22 Juni 2008 di perairan sekitar Pulau Bengkalis, Pulau Rupat menuju Selat Malaka. Sampel makrozoobenthos diambil menggunakan alat Van veen grab dengan ukuran (20x20) cm2. Pengambilan contoh ikan demersal menggunakan alat tangkap berupa trawl. Data akustik yang diperoleh menggunakan SIMRAD EK 60 sudah dalam bentuk echogram. Pengolahan nilai SV dengan menggunakan perangkat lunak Echoview versi 4.0, sedangkan untuk mengintegrasi nilai TS data akustik terlebih dahulu direkam ulang dengan menggunakan perangkat lunak ER 60. Pengolahan nilai densitas untuk ikan dilakukan pada Ms. Excel setelah proses integrasi SV dan TS. Penyajian data ditampilkan dalam bentuk tabel, grafik, dan regresi linier sederhana, regresi berganda dan principal component analysis (PCA). Berdasarkan data hidroakustik pada penelitian ini Perairan Selat Malaka memiliki kedalaman yang berkisar antara 13,98 m – 63,48 m, perairan ini tergolong dangkal. Nilai SV untuk substrat berkisar antara -22,98 sampai -30,95 dB dengan tipe substrat pasir, pasir berlumpur, liat berpasir, dan liat. Nilai SV untuk ikan berkisar antara -41,03 dB hingga -43,60 dB yang cenderung menyebar secara merata pada setiap kedalaman, sedangkan nilai TS untuk ikan berkisar antara -25,29 dB hingga -57,75 dB. Nilai densitas untuk ikan berkisar antara 0,18 ind/m3 hingga 4,37 ind/m3. Persebaran densitas ikan berlawanan dengan nilai TS ikan. Makrozoobentos yang dominan berada di perairan Selat Malaka yaitu berasal dari Genus Chamalycaeus. Hasil tangkapan trawl menunjukkan bahwa spesies yang berada di perairan ini adalah Nibea mitsukurii (28,56%), Johnius grypotus (24,23%), Harpadon nehereus (14,41%), Lepturacanthus savala (9,66%), Johnius distincus (7,13%) dan lain-lain (4,80%) Dilihat melalui regresi berganda dan PCA dapat diketahui bahwa jumlah total makrozoobentos merupakan peubah yang lebih berpengaruh terhadap jumlah total ikan karena perubahan tipe substrat cenderung kurang mengakibatkan perubahan yang signifikan pada jumlah total ikan demersal.
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA