Judul: Evaluasi tiga metode preparasi rna total untuk deteksi TuMV pada benih Brassica sp. dengan reverse transcription polymerase chain reaction
Abstrak: Turnip mosaic virus (TuMV; Potyvirus) merupakan jenis virus terpenting kedua yang menyerang pertanaman sayur-sayuran, terutama dari marga Brassica. Virus ini terbawa benih, sehingga berpotensi untuk masuk ke wilayah Indonesia melalui benih impor. Berdasarkan Kepmentan no.38 tahun 2006 TuMV masih tergolong OPTK A1 dan harus dicegah pemasukkannya ke dalam wilayah Indonesia. Oleh karena itu perlu dilakukan upaya deteksi TuMV pada benih menggunakan metode dengan tingkat keberhasilan yang baik. RT-PCR telah dikenal memiliki sensitivitas yang lebih baik dibanding ELISA, namun keberhasilan RT-PCR untuk mendeteksi virus tanaman ditentukan oleh metode ekstraksi RNA yang tepat. Oleh karena itu perlu dilakukan evaluasi untuk menentukan metode ekstraksi yang tepat untuk mendeteksi TuMV pada benih Brassica sp.
Keyword: 

Judul: Deteksi turnip mosaic virus(TuMV) pada benih dan jaringan daun
Abstrak: Benih terinfeksi virus merupakan sumber inokulum primer di lapang, yang akan mempengaruhi pertumbuhan tanaman dan penyebaran penyakit. Turnip mosaic virus merupakan golongan Potyvirus yang bisa terbawa benih dan infeksinya pada tanaman Brassicae dapat mengakibatkan kehilangan hasil mencapai 100%. Tujuan penelitian ini adalah menguji persentase benih caisin yang terinfeksi TuMV dan membandingkan dua teknik deteksi untuk TuMV yaitu ELISA dan RT-PCR. Hak cipta milik IPB University Metode yang digunakan untuk menguji TuMV terbawa benih adalah dengan mengumpulkan benih dari petani dan penyalur benih. Benih lokal dari petani berasal dari 2 lokasi di Jawa Barat dan 2 lokasi di Jawa Tengah, sedangkan benih yang berasal dari penyalur benih berasal dari Sang Hyang Seri dan Kwang Fu. Benih tersebut disemai sebanyak 100 benih tiap jenis, setelah berumur 2 minggu diuji dengan teknik Indirect ELISA (I-ELISA). Selain itu inokulasi TuMV pada berbagai umur tanam (2, 4, 6, 8, dan 10 MST) dilakukan untuk mengetahui pengaruh infeksi TuMV terhadap pertumbuhan tanaman dan terbentuknya gejala. Dua puluh delapan hari setelah inokulasi, tanaman tersebut diuji dengan teknik deteksi I-ELISA dan RT-PCR. Teknik I-ELISA dan RT-PCR kemudian dibandingkan untuk mengetahui kelebihan dan kekurangan masing- masing teknik sehingga dapat diketahui teknik yang tepat untuk pengujian TuMV. Hasil uji virus terbawa benih menunjukkan bahwa TuMV mampu terbawa benih. Benih lokal dari Ciherang terinfeksi TuMV sebanyak 15% dan benih lokal dari Cinangneng terinfeksi sebanyak 2%. Perbedaan waktu inokulasi TuMV juga mempengaruhi laju pertumbuhan tanaman dan terbentuknya gejala. Tanaman yang diinokulasi saat 2 MST akan mati dalam waktu 2 hari setelah inokulasi. Tanaman yang diinokulasi saat 4 MST akan menjadi kerdil, sedangkan tanaman yang diinokulasi saat 6 dan 8 MST tidak dapat tumbuh optimum. Secara umum gejala yang terbentuk akibat infeksi TuMV adalah mosaik, malformasi, vein clearing, dan melepuh. Teknik I-ELISA dan RT-PCR terbukti mampu mendeteksi adanya infeksi TuMV pada tanaman caisin. Nilai absorban hasil uji I- ELISA dari tanaman yang diinokulasi TuMV berkisar antara 2,1 2,4. Dengan teknik RT-PCR menggunakan primer yang spesifik untuk TuMV berhasil diamplifikasi pita DNA virus berukuran 800 bp dari tanaman yang diinokulasi TuMV. Dalam deteksi TuMV, teknik I-ELISA memerlukan biaya yang lebih sedikit, kapasitas pengujian besar, dan tingkat kesulitan yang tidak terlalu tinggi. Teknik RT-PCR lebih sensitif dan waktu pengujian lebih cepat, tetapi biayanya mahal dan memerlukan ketrampilan yang tinggi dalam pengujian...
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: