Judul: Pemrograman paralel pada pengoreksian DNA sequencing error menggunakan metode Spectral Alignment pada sistem memori bersama
Abstrak: DNA sequencing menggunakan next generation sequencer (NGS) menghasilkan throughput yang besar, namun fragmen-fragmen yang dihasilkan masih mengandung sequencing error. Keberadaan sequencing error dapat meningkatkan kompleksitas graf saat dilakukan proses sequence assembly. Proses error correction dapat mengatasi masalah tersebut. Namun, proses error correction pada program sekuensial membutuhkan waktu eksekusi yang tinggi. Oleh karena itu, paralelisasi dibutuhkan pada proses error correction tersebut. Metode error correction pada penelitian ini adalah metode spectral alignment. Penelitian ini mengimplementasikan proses pencarian dan pengoreksian DNA yang memiliki error secara paralel menggunakan empat thread pada prosesor multicore. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa teknik yang diusulkan mampu meningkatkan speedup pada proses pencarian T-string mencapai 1.98–3.56 dan efisiensi 88.92–98.85%, sedangkan speedup pada proses pengoreksian weak T-string speedup mencapai 1.99–3.74 dan efisensi 93.47–99.91% tergantung pada jumlah thread yang digunakan.
Keyword: DNA sequencing error, parallel computation, spectral alignment.

Judul: Metode Spectral Alignment Berbasis Fuzzy Untuk Pengoreksian Sequence Dna Dari Next Generation Sequencer
Abstrak: sequencing menjadi Next Generation Sequencing (NGS). Teknologi ini menghasilkan short read dalam jumlah yang banyak dan membutuhkan waktu yang relatif singkat dalam sekali menjalankan program. Teknologi yang digunakan saat ini masih menghasilkan kesalahan atau error dalam proses pembacaan urutan sekuen DNA. Kesalahan pembacaan urutan sekuen DNA dapat mengakibatkan akurasi data yang rendah dan menambah waktu pada saat proses DNA sequence assembly. Permasalahan ini dapat diatasi dengan melakukan pendeteksian dan pengoreksian DNA sequencing error. Metode untuk mendeteksi dan mengoreksi DNA sequencing error menggunakan metode spectral alignment. Metode tersebut hanya menggunakan aspek frekuensi kemunculan tuple (multiplicity). Penelitian lain untuk mendeteksi dan mengoreksi DNA sequencing error menggunakan model statistika dengan melihat aspek kualitas basa. Dalam penelitian ini akan menggabungkan aspek multiplicity dan kualitas basa. Kemudian muncul permasalahan bagaimana menentukan batas multiplicity dan kualitas tuple yang tidak mengandung error. Fuzzy inference system (FIS) dipilih karena dapat mengatasi permasalahan ini. FIS digunakan untuk mengklasifikasikan sebuah tuple masuk ke dalam solid atau weak tuples. Metode spectral alignment berbasis fuzzy diimplementasikan sebagai tahap preprocessing sebelum proses DNA sequence assembly. Keberhasilan proses pendeteksian dan pengoreksian DNA sequencing error dilihat dari aspek perhitungan jumlah nodes. Perhitungan jumlah nodes dihasilkan oleh Velvet assembler. Untuk memastikan akurasi data set yang telah dikoreksi maka akan dilakukan proses evaluasi. Evaluasi dilakukan dengan melihat kualitas contigs dan perhitungan similarity antara data set yang telah dikoreksi dengan data reference. Data reference diperoleh dari National Center for Biotechnology Information (NCBI). Tool yang digunakan untuk menghitung similarity menggunakan Basic Local Alignment Search (BLAST). Penelitian ini berhasil mendapatkan model fuzzy inference system (FIS) yang sesuai untuk mengklasifikasikan tuple ke dalam solid atau weak tuple yang menjadi inputan untuk metode spectral alignment sebagai tahapan preprocessing. Data set yang dikoreksi menggunakan metode spectral alignment berbasis fuzzy menghasilkan jumlah nodes yang lebih sedikit dibandingkan dengan data set yang belum dikoreksi (uncorrected read) dan data set yang hanya dikoreksi menggunakan metode spectral alignment dengan mempertahankan akurasi data dan kualitas contigs. Ini menunjukkan bahwa pendeteksian dan pengoreksian DNA sequencing error menggunakan menggunakan metode spectral alignment berbasis fuzzy dapat menyederhanakan graf dibandingkan dengan hanya menggunakan metode spectral alignment.
Keyword: DNA sequencing error, fuzzy inference system, next generation sequencing, metode spectral alignment, velvet

Judul: Amfibi sebagai satwa peliharaan: Ekspor, Impor dan Perdagangan Domestik
Abstrak: Indonesia has exported amphibian as frozen frog legs (listed since 1969 under fishery product) for consumption and live amphibian (listed since 1983 under reptilian class in forestry product) for pets. There are also live amphibian trading in local level i.e in markets and malls. This research aims to identify amphibian species exported and imported by investigating document from related administration and to identify amphibian species traded in domestic market by observation at Jakarta. Research is primarily conducted by processing quota data taken from Department of Forestry Republic of Indonesia database in Jakarta. Market observation was carried out in 18 locations (3 markets and 15 malls) in Jakarta. I carried out interview with trader and export business, which related to net trading live amphibians for pets. Respondent was choosen using snowball sampling manner. Name of species is written according to Iskandar & Coljin (2000). If there is no such record in the checklist (for example species are from outside Indonesia), then the species name is written according to Frost (2004). There are 56 species from eight families of wild amphibians that have pets quota between 1998-2008. Nineteen species was traded since 1983. The highest export quota is Litoria caerulea (21,37%). Allocation of highest catching quota is for BKSDA Jayapura (20,40%) and BKSDA Papua Barat (18,96%). Four species are included in IUCN Red List categories as vulnerable, among others are Limnonectes macrodon, Meristogenys jerboa, Nyctixalus margaritifer and Rhacophorus margaritifer. The number of amphibians that have export realization are 39 species. Two species of amphibian, Leptobrachium hasseltii and Rhacophorus margaritifer are amphibian species whose been known infected by chytrid fungus in the wild. The biggest species exported is Litoria caerulea (54,34%). Between 1983-1991, the biggest import amphibian for pets from Indonesia (66,13%) is Netherlands. Number of quota was relative stable in the last eight years, where as the number of export realization is more fluctuates. Amphibian species imported and re-exported between 1983-2008 come from Africa, South Asia, Malaysian, Archipelago Oceania, North America, Central America and South America. The number of pet amphibian species traded at domestic market is less than exported. Data showed that Indonesia imports 15 amphibian species between 1983-2008, However I found different species in the market that was unrecorded in the Ministry of Forestry data, which is the Fire Belly Salamander.
Keyword: