Judul: Teknik purifikasi DNA toral dan produk PCR-nya dengan menggunakan marker internal transcribed spacer (ITS) pada hard coral Goniopora sp.
Abstrak: Teknik purifikasi DNA karang yang baik dan efisien amat diperlukan dalam studi genetika karang. Hasil purifikasi DNA yang tervisualisasi menandakan partikel DNA yang memiliki besaran molekul yang homogen dan bersifat spesifik. Dari penelitian ini didapatkan hasil purifikasi yang lebih baik dengan adanya penambahan proteinase-K dan penginkubasi selama semalaman yang dapat memaksimalkan pelisisan sel. Kualitas DNA yang dihasilkan berturut-turut oleh G. stokesi, G. palmensis, G. planulata, G . columna, G. norfolkensis, G. tenuidens adalah 1.67 OD, 2.46 OD, 1.76 OD, 1.73 OD, 1.03 OD, dan 1.03 OD. Sedangkan kuantitas DNA pada masing-masing DNA total yang menjadi DNA cetakan untuk proses PCR pada masing-masing koloni adalah sebesar 105 μg/ml, 224 μg/ml, 1085 μg/ml, 266 μg/ml, 6713 μg/ml dan 4389 μg/ml. DNA yang mendekati murni meliputi 3 koloni yakni G. stokesi, G. planulata, dan G. columna. Pada G. norfolkensis dan G.tenuidens kemungkinan telah terkontaminasi protein dalam jumlah sedikit. Sedangkan G. palmensis diperkirakan terkontaminasi oleh RNA dalam jumlah sedikit namun masih dikategorikan memiliki kualitas yang baik. Pada DNA cetakan, sampel Goniopora yang memiliki kualitas baik untuk pengamplifikasian (di antara 1.8 hingga 2.0 OD) meliputi G. stokesi, G. palmensis, G. columna, dan G. planulata. Sedangkan pada G. norfolkensis dan G. tenuidens, kemurniannya termasuk rendah walaupun kuantitasnya besar…
Keyword: Bogor Agricultural University, Institut Pertanian Bogor, IPB, Marker internal transcribed spacer, Hard coral goniopora sp

Judul: Identification of Orange-spotted Grouper (Epinephelus  coioides) with DNA Isolation Methods in The Cytochrome B Gene DNA Mini  Barcode Technique
Abstrak: Kasus mislabeling kerap terjadi pada produk perikanan. Keragaman spesies dan kemiripan morfologi yang cukup tinggi pada kerapu merupakan suatu tantangan yang dihadapi dalam identifikasi spesies. Autentikasi spesies berbasis DNA dapat digunakan untuk mencegah terjadinya kasus mislabeling. Beberapa penelitian menyatakan adanya ambiguitas dalam penggunaan gen COI untuk analisis taksonomi kerapu Epinephelus. Penelitian ini bertujuan memperoleh primer spesifik PCR dengan gen target cytochrome B, dan menentukan kondisi amplifikasi optimum untuk aplikasi pada spesies-spesifik kerapu lumpur (E. coioides). Tahapan penelitian dilakukan dengan pembuatan primer forward dan reverse E. coioides, preparasi sampel, isolasi DNA dengan kit, uji konsentrasi dan kemurnian hasil, elektroforesis hasil isolat DNA, amplifikasi DNA, dan visualisasi hasil amplifikasi. Pasangan primer spesifik E. coioides dengan marka gen cytochrome B berhasil diperoleh. Optimasi suhu annealing pada primer hasil rancangan dilakukan dengan tiga suhu yang berbeda dan telah berhasil diperoleh suhu annealing optimal pada suhu 65°C., Cases of mislabeling occur in fishery products frequently. The high diversity of species and morphological similarity in grouper is a challenge in species identification. Species authentication based on DNA can be used to prevent cases of mislabeling. Several studies have shown ambiguity in the use of the COI gene for the taxonomic analysis of Epinephelus grouper. This study aims to obtain primer-specific PCR with cytochrome B target genes, and determine the optimum amplification conditions for species-spesific application of Orange-spotted grouper (E. coioides). The phases of the research were carried out by making forward and reverse E. coioides primers, sample preparation, DNA isolation using kit, testing the concentration and purity, electrophoresis of the isolated DNA results, DNA amplification, and electrophoresis of the amplification results. Specific primer pairs for E. coioides with cytochrome B gene markers were obtained. Optimization of the annealing temperature on the designed primer was carried out at three different temperatures and was obtained optimally at 65°C.
Keyword: DNA barcoding, Epinephelus coioides, PCR, Primer

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: