Judul: Polymorphisms of the Thy-1 Gene and Its Associations with Disease Resistance in Candidate IPB D2 Chicken Line
Abstrak: Ayam IPB D2 merupakan calon galur baru yang dibentuk dari hasil seleksi ayam IPB D1 berdasarkan immunocompetence terkait sifat ketahanan tubuh, seperti konsentrasi total IgY dan titer antibodi ND, untuk menghasilkan ayam IPB D1 yang lebih tahan terhadap penyakit. Ayam IPB D1 merupakan rumpun baru ayam lokal komposit yang resmi dilepas oleh Kementrian Pertanian Republik Indonesia. Ayam IPB D2 memiliki keunggulan karena diseleksi berdasarkan konsentrasi total IgY ≥ 10 mg/mL dan titer antibodi ND ≥ 3 log 2 HI unit. Immunoglobulin Yolk (IgY) merupakan antibodi yang dominan pada ayam serta berperan penting dalam melawan infeksi penyakit secara umum. Titer antibodi ND merupakan antibodi spesifik yang berperan melawan infeksi penyakit spesifik yang disebabkan virus ND atau penyakit tetelo. Gen Thy-1 merupakan salah satu gen yang termasuk dalam superfamily immunoglobulin. Fungsi spesifik dari gen Thy-1 masih belum diketahui terutama pada ayam, tetapi pada tikus gen ini berperan pada fungsi imunologis yaitu dalam aktivasi sel T. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi keragaman gen Thy-1 pada ayam IPB D2 dan dilakukan analisis hubungan antara keragaman gen Thy-1 dengan indikator ketahanan penyakit, seperti konsentrasi total IgY dan titer antibodi ND. Terdapat dua populasi ayam IPB D2 yang digunakan pada penelitian ini, yaitu generasi dasar (G0) dan generasi kedua (G2). Penelitian dilakukan dengan metode PCR, sekuensing DNA, uji ELISA, dan uji HI. Hasil penelitian menemukan 2 titik SNP pada sekuen target gen Thy-1 yaitu g.2139 C>T (intron 2) dan g.2542 A>G (intron 3). Semua SNP bersifat polimorfik. SNP g.2139 C>T genotipe CT (IPB D2 G2) berasosiasi dengan konsentrasi total IgY dan dapat dijadikan kandidat penanda genetik untuk konsentrasi total IgY tinggi, namun tidak berasosiasi dengan titer antibodi ND. Kombinasi 2 SNP membentuk 4 haplotipe. Haplotipe 4 merupakan haplotipe yang tidak mengalami mutasi. Tidak terdapat hubungan antara keragaman haplotipe gen Thy-1 dengan konsentrasi total IgY dan titer antibodi ND pada ayam IPB D2.
Keyword: ayam IPB D2, gen Thy-1, konsentrasi total IgY, titer antibodi ND

Judul: Polimorfisme Gen BG1 serta Asosiasinya dengan Sifat Ketahanan Tubuh pada Calon Galur Ayam IPB-D2
Abstrak: Ayam IPB-D1 merupakan ayam lokal komposit dari ayam lokal (ayam kampung, ayam sentul, ayam pelung) dan ayam meat type (broiler). Komposisi genetik 25% ayam meat type pada ayam IPB-D1, memungkinkan ayam IPB-D1 mengalami penurunan ketahanan penyakit. Calon galur ayam IPB-D2 merupakan hasil persilangan dari ayam IPB-D1 yang di desain berdasarkan konsentrasi IgY total ≥ 10 mg mL-1 dan titer antibodi ND ≥ 3 log 2 HI unit. Pembentukan calon galur ayam IPB-D2 bertujuan menghasilkan ayam dengan daya tahan tubuh dan produktivitas yang tinggi. Ayam IPB-D2 dikembangkan agar dapat beradaptasi dengan sistem pemeliharaan ekstensif untuk memenuhi kebutuhan protein hewani masyarakat. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi keragaman SNP gen BG1 pada ayam IPB-D2 dan mengetahui asosiasinya dengan konsentrasi total IgY dan titer antibodi ND. Sebanyak 85 sampel DNA ayam IPB-D2 di sekuensing untuk mengetahui keragaman gen BG1. Gen BG1 merupakan gen kandidat pengontrol ketahanan penyakit ayam yang berada di wilayah MHC. Gen BG1 berfungsi menghambat aktivasi sel limfosit untuk menyeimbangkan fungsi limfosit. Data fenotipe yang digunakan dalam penelitian ini adalah konsentrasi total titer antibodi IgY dan ND. Imunoglobulin Yolk merupakan antibodi spesifik pada ayam yang dapat menetralkan mikroorganisme penyebab penyakit. Titer antibodi ND digunakan untuk mendeteksi keberadaan antibodi dalam tubuh. Hasil penelitian menemukan 6 titik mutasi g.4489 G>T di ekson 19, g.4712 C>T, g.4741 T>C, g.4747 T>C, g.4749 T>C, g.4761 G>A di ekson 20 dan delesi 2 basa g.4758-g.4759 delAT. Kodon stop prematur menyebabkan semua kodon setelahnya menjadi tidak aktif sehingga hanya SNP g.4489 G>T sisteina>fenilalanina dan g.4712 C>T glutamina>kodon stop, yang dapat diasosiasikan. Data asosiasi dianalisis menggunakan model GLM dengan software SAS 9.4 dan uji-t. Gen BG1 hanya dapat digunakan untuk membedakan antara genotipe ternak tetapi tidak dapat digunakan sebagai penanda seleksi untuk konsentrasi total IgY dan titer antibodi ND.
Keyword: ayam IPB-D2, gen BG1, kodon stop prematur, titer antibodi ND, total konsentrasi IgY

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: