Judul: Analysis of the Abundance and Spatial Distribution of Zooplankton Using Scientific Echosounder
Abstrak: Perairan semenanjung Banyuasin memiliki daerah yang berbatasan langsung dengan Selat Bangka dan Taman Nasional Sembilang. Perairan ini juga dijadikan sebagai daerah aktivitas masyarakat seperti pemukiman, perikanan maupun pelabuhan. Beberapa aktivitas tersebut dapat memengaruhi kondisi perairan baik secara biotik maupun abiotik salah satunya yaitu zooplankton. Zooplankton memiliki peranan penting dalam mengindikasikan kondisi di perairan. Ada beberapa metode yang dapat digunakan untuk mengetahui kelimpahan zooplankton yaitu metode konvensional dengan menggunakan planktonnet atau bongonet, namun metode ini memiliki beberapa kelemahan sehingga salah satu solusi yang dapat dilakukan untuk mengetahui kelimpahan dan sebaran zooplankton yaitu menggunakan metode hidroakustik. Tujuan dari penelitian ini yaitu mengetahui dan menganalisis kelimpahan dan sebaran zooplankton di perairan serta melihat hubungan dengan parameter lingkungan di Semenanjung Utara Banyuasin. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Oktober 2020 menggunakan instrumen single beam echosounder SIMRAD EK-15 di perairan Semenanjung Utara Banyuasin secara temporal yaitu siang dan malam dengan jalur lintasan yang sama. Kalibrasi dilakukan sebelum memulai perekaman data akustik, dengan menggunakan bola sphere dan koreksi kecepatan suara. Validasi data dilakukan menggunakan metode konvensional dengan instrumen bongonet yang ditarik secara horizontal selama 5 menit. Parameter lingkungan yang diukur yaitu arah dan kecepatan arus, suhu, salinitas, oksigen terlarut, pH, kecerahan, klorofil-a, fitoplankton serta nutrien (nitrat dan fosfat). Pengambilan data parameter lingkungan dilakukan 2 cara yaitu secara in situ dan pengambilan data dari hasil pemodelan citra satelit yang diunduh secara open access pada http://marine.copernicus.eu/ di perairan semenanjung Utara Banyuasin. Analisis korelasi bivariat dilakukan untuk melihat adanya hubungan pada setiap variabel. Pengolahan data perekaman akustik menggunakan Echoview 5, surfer 13, ArcGis dan matlab 2016a. Keluaran dari penelitian ini yaitu nilai kelimpahan rata-rata zooplankton berdasarkan waktu pengamatan, strata kedalaman dan jalur lintasan, sebaran spasial temporal nilai kelimpahan zooplankton berdasarkan waktu pengamatan dan hubungannya dengan parameter lingkungan perairan. Jenis zooplankton yang teridentifikasi didominasi oleh filum Arthropoda sebesar 76%, dengan kelimpahan zooplankton filum Arthropoda 5640 ind/m3. Kelimpahan zooplankton di perairan Semenanjung Utara Banyuasin tertinggi berada di daerah perairan yang menuju ke laut dan pada waktu malam hari. Distribusi kelimpahan zooplankton di perairan Semenanjung Utara Banyuasin pada setiap kedalamannya berbeda karena adanya beberapa faktor seperti pemangsa atau predator seperti ikan planktvora. Selain itu parameter lingkungan juga memengaruhi perbedaan nilai kelimpahan zooplankton di perairan. Kelimpahan zooplankton berdasarkan dua metode memiliki perbedaan yang signifikan karena beberapa faktor seperti pergerakan bognonet pada saat pengambilan sampel zooplankton yang dinamis dapat bergerak pada kedalaman yang berbeda sehingga jika dibandingkan dengan perekaman data zooplankton secara akustik yang statis di kedalaman 1.5 meter dari permukaan perairan maka lapisan integrasi zooplankton berbeda. Sebaran spasial kelimpahan zooplankton berdasarkan waktu pengamatan dan strata kedalaman perairan menyebar dari arah perairan yang dekat dengan daratan menuju ke arah perairan laut disetiap kedalamannya memiliki pola sebaran kelimpahan yang sama. Hubungan kelimpahan zooplankton dengan parameter lingkungan perairan berdasarkan korelasi bivariat pearson terdapat korelasi positif yaitu parameter lingkungan seperti suhu, klorofil-a, fosfat dan fitoplankton terhadap kelimpahan zooplankton secara akustik sedangkan parameter lingkungan yang lainnya berkorelasi negatif terhadap kelimpahan zooplankton metode akustik. Kelimpahan zooplankton dengan metode konvensional dan metode akustik menunjukkan nilai korelasi negatif sebesar -0.603 dengan nilai signifikan 0.038. Pada penelitian ini hubungan kelimpahan zooplankton metode akustik dengan kelimpahan
Keyword: Hydroacoustics, Zooplankton Abundance, Temporal Spatial Distribution, The North Peninsula Banyuasin

Judul: Nilai Hambur Balik Plankton di Perairan Teluk Palabuhanratu Menggunakan SIMRAD EK-15
Abstrak: Plankton adalah salah satu organisme mikroskopis yang berada di perairan dan membutuhkan sinar matahari untuk melakukan fotosintesis. Kelimpahan plankton dapat dideteksi dengan SIMRAD EK-15 yang merupakan alat akustik echosounder single beam. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis pola sebaran nilai Volume Backscattering strength ( ̅̅̅̅ ), menganalisis kondisi lingkungan dan mengamati spesies plankton yang berada di perairan Teluk Palabuhanratu. Metode yang digunakan untuk mengetahui kelimpahan plankton di Teluk Palabuhanratu adalah metode hidroakustik. Metode hidroakustik adalah metode yang menggunakan gelombang suara untuk mengamati dan menjelajahi sumber daya di perairan. Hasil dari kondisi lingkungan perairan di Teluk Palabuhanratu menghasilkan lima parameter yaitu suhu (28,45°C - 29,24°C), Kecerahan (1,5 m - 6,5 m), salinitas (26,63 psu – 33,18 psu), DO (5,95 mg/L - 6,66 mg/L), dan pH (8 - 8,9). Hasil pengamatan spesies plankton yang ditemukan terdiri dari zooplankton (8 genus) dan fitoplankton (109 genus). Kelas Globothalamea adalah kelas terbanyak yang ditemukan pada zooplankton dan kelas Bacillariophyceae adalah kelas terbanyak yang ditemukan pada fitoplankton. Hasil kelimpahan plankton yang direkam menggunakan alat akustik SIMRAD EK-15 menghasilkan tiga data persebaran kelimpahan plankton. Kelimpahan plankton pada persebaran horizontal dan vertikal memiliki nilai ( ̅̅̅̅) tertinggi banyak ditemukan di tengah lokasi penelitian. Hasil kelimpahan plankton secara temporal tidak terdapat perbedaan signifikan antara pagi dan siang karena dipengaruhi oleh musim peralihan II (Oktober). Hasil penelitian di Teluk Palabuhanratu memberikan informasi tentang distribusi kelimpahan plankton yang dapat digunakan untuk memahami kondisi perairan dan potensi kesuburan perairan di Teluk Palabuhanratu., Plankton is one of the microscopic organisms found in aquatic environments, relying on sunlight for photosynthesis. The abundance of plankton can be detected using the SIMRAD EK-15, which is a single-beam acoustic echosounder device. This research aims to analyze the distribution patterns of Volume Backscattering Strength ( ̅̅̅̅ ), assess environmental conditions, and observe plankton species in the waters of Palabuhanratu Bay. The method used to determine the abundance of plankton in Palabuhanratu Bay is hydroacoustic method. Hydroacoustic method employs sound waves to observe and explore aquatic resources. The results of the environmental conditions in Palabuhanratu Bay produced five parameters: temperature (23°C - 30.3°C), brightness (1.5 m - 6.5 m), salinity (37ppt - 28.5ppt), dissolved oxygen (5.95 mg/L - 6.66 mg/L), and pH (8 - 8.9). The observed plankton species consisted of zooplankton (8 genera) and phytoplankton (109 genera). The class Globothalamea was the most common among zooplankton, while the class Bacillariophyceae was the most common among phytoplankton. The recorded abundance of plankton using the SIMRAD EK-15 acoustic device resulted in three data sets of plankton abundance distribution. Plankton abundance in horizontal and vertical distribution had the highest ( ̅̅̅̅) values commonly found in the central part of the research location. Temporally, there was no significant difference in plankton abundance between morning and afternoon due to the influence of the transitional season II (October). The research in Palabuhanratu Bay provides information about the distribution of plankton abundance that can be used to understand the condition of the water and the potential fertility of the waters in Palabuhanratu Bay.
Keyword: Fitoplankton. Hidroakustik, Plankton, SIMRAD EK-15, Teluk Palabuhanratu, Volume Backscattering strength, Zooplankton

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA