Judul: Identification of Begomovirus Infecting Several Host Plants, Biotype of Whitefly Bemisia tabaci and Endosymbiont Bacteria Associated with The Whitefly
Abstrak: Penyakit tanaman yang disebabkan oleh Begomovirus telah banyak dilaporkan iterjadi pada tanaman tomat (Tomato yellow leaf curl virus/TYLCV), cabai (Pepper yellow leaf curl virus/PYLCV), terung (Tomato yellow leaf curl/TYLC–Kanchanaburi virus), kacang panjang (Mungbean yellow mosaic/MYM-India virus), tembakau (Tobacco leaf curl virus/TLCV) dan juga pada gulma babadotan (Ageratum yellow vein virus/AYVV). Penyakit daun keriting kuning cabai yang disebabkan oleh Pepper yellow leaf curl Indonesia virus (PYLCIV) dilaporkan menyebabkan kehilangan hasil hingga 100% di Pulau Jawa pada tahun 2000. PYLCIV telah dilaporkan menginfeksi tanaman pada berbagai sentra produksi cabai di Aceh, Sumatera Barat, Lampung, Pulau Jawa, Bali, Nusa Tenggara Barat dan Sulawesi. Kisaran inang yang luas dan penyebaran Begomovirus yang begitu cepat berkaitan erat dengan serangga vektor kutukebul Bemisia tabaci. Kutukebul merupakan satu-satunya vektor Begomovirus yang bersifat persisten sirkulatif non propagatif dalam menularkan Begomovirus. Efisiensi penularan Begomovirus oleh kutukebul antara lain bergantung pada biotipe kutukebul dan bakteri endosimbion yang berasosiasi dengannya. Kutukebul biotipe B dan Q merupakan biotipe invasif yang menjadi vektor efektif Begomovirus. Penelitian lain membedakan spesies kutukebul menjadi 43 spesies kriptik berdasarkan sikuen mtCOI. Spesies kriptik kutukebul di Indonesia dikelompokkan dalam spesies Asia I, Asia II5, Asia II 7, Asia II 12 dan Australia/Indonesia. Lebih lanjut, bakteri endosimbion yang berasosiasi dengan kutukebul bersifat khas untuk setiap biotipe dan kemungkinan berhubungan dengan kemampuan kutukebul menularkan virus. Bakteri endosimbion yang diketahui berasosiasi dengan kutukebul adalah Portiera sebagai endosimbion primer; Hamiltonella, Arsenophonus, Cardinium, Wolbachia dan Rickettsia sebagai endosimbion sekunder. Penelitian untuk mengendalikan laju infeksi Begomovirus telah banyak dilakukan, namun upaya mencari strategi pengendalian penyakit yang disebabkan oleh Begomovirus harus didasari oleh pengetahuan tentang patosistem yang menyeluruh. Oleh karena itu faktor-faktor penting dalam patosistem penyakit yang disebabkan oleh Begomovirus perlu dipelajari. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies Begomovirus yang berasosiasi dengan tanaman sayuran di beberapa lokasi di Pulau Jawa terkait karakterisasi sifat genom dan molekul DNA satelit PYLCIV, serta mengidentifikasi biotipe dan endosimbion kutukebul B. tabaci yang berasosiasi dengan penyakit kuning pada tanaman sayuran. Sampel tumbuhan dan kutukebul diambil dari beberapa daerah endemis Begomovirus di Kabupaten Bantul, Sleman, Kulon Progo, Magelang, Bogor dan Cianjur. Fragmen DNA spesifik Begomovirus diamplifikasi dari sampel daun menggunakan primer universal SPG1/2 diikuti dengan sikuensing dan analisis sikuen. Pendekatan serupa dilakukan, yaitu menggunakan primer mtCOI untuk mengidentifikasi kutukebul dan beberapa primer spesifik untuk bakteri endosimbion Hamiltonella, Arsenophonus, Cardinium, Wolbachia, Rickettsia. Keberadaan 5 spesies Begomovirus yaitu PYLCIV, ToLCNDV, LUYVVV, dan TYLCKaV berhasil dideteksi dari tanaman cabai, terung, mentimun, tembakau dan gulma. PYLCIV adalah spesies yang dominan dan ditemukan menginfeksi secara tunggal atau dalam kombinasi dengan spesies Begomovirus lainnya. Lebih lanjut dikonfirmasi bahwa PYLCIV memiliki genom bipartit. Populasi B. tabaci yang ditemukan di daerah endemik Begomovirus termasuk spesies kriptik asli Asia dan berkerabat dekat dengan kutu kebul Asia I asal Indonesia dan asal India. Asosiasi endosimbion primer, Portiera, dikonfirmasi dari semua sampel kutu kebul; sedangkan endosimbion sekunder, Arsenophonus, Wolbachia dan Rickettsia, memiliki frekuensi distribusi yang bervariasi dalam populasi kutukebul. Informasi keragaman Begomovirus, vektor kutukebul dan endosimbion yang berasosiasi dapat bermanfaat dalam kajian lebih lanjut untuk mempelajari epidemi penyakit dan pengambilan keputusan dalam pengendalian penyakit yang sesuai.
Keyword: Cryptic species, disease pathosystem, pepper yellow leaf curl disease, Pepper yellow leaf curl Indonesia virus, sequence analysis

Judul: Identifikasi dan Variasi Sekuen Nukleotida Begomovirus Penyebab Penyakit Mosaik Kuning pada Beberapa Tanaman
Abstrak: Begomovirus is one of genera in the family Geminiviridae that has been reported globally to cause significant yield losses on crops production. Its infection causess typical symptoms, such as curling, yellow mosaic, and yellowing on the leaf. In Indonesia, yellow mosaic diseases associated with various Begomoviruses have been reported on chili pepper, yard long bean, cucumber and eggplant. Therefore, the aims of this study are (i) to detect Begomoviruses infecting chili pepper, yard long bean, cucumber, and eggplant and (ii) to analyze their genetic variation to determine the dynamics of Begomovirus development in Indonesia in the last ten years. Leaf samples were collected from infected plants (chili pepper, yard long bean, cucumber, and eggplant) in Bogor (West Java) and Brebes (Central Java). In addition, Begomovirus nucleic acid from the collection of Plant Virology Laboratory were used as comparison. These samples were isolated ten years ago from Bogor (West Java) and Magelang, Klaten, and Brebes (Central Java). Begomovirus detection was carried out by polymerase chain reaction (PCR) method using a universal primer pair (SPG1/SPG2) followed by nucleotide sequence analysis. DNA samples were successfully amplified from both field and laboratory samples. Three Begomovirus species were identified, i.e., Pepper yellow leaf curl Indonesia virus (PYLCIV) on chili pepper, Mungbean yellow mosaic India virus (MYMIV) on yard long bean and Tomato leaf curl New Delhi virus (ToLCNDV) on cucumber and eggplant. Phylogenetic tree analysis showed that all samples from the field and laboratory were grouped in one cluster. However, nucleotide base differences were found in each Begomovirus species. This finding indicates a change in the nucleotide sequence of the virus over a period of time., Begomovirus adalah salah satu genera dalam famili Geminiviridae yang telah dilaporkan secara global dapat menyebabkan kehilangan hasil yang nyata pada produksi tanaman. Gejala infeksi Begomovirus umumnya menimbulkan gejala khas, seperti keriting, mosaik kuning, dan daun menguning. Di Indonesia, penyakit mosaik kuning yang diasosiasikan dengan berbagai Begomovirus telah dilaporkan terjadi pada tanaman cabai, kacang panjang, mentimun, dan terung. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk (i) mendeteksi Begomovirus yang menginfeksi tanaman cabai, kacang panjang, mentimun, dan terung, dan (ii) menganalisis variasi genetiknya untuk mengetahui dinamika perkembangan Begomovirus di Indonesia dalam sepuluh tahun terakhir. Sampel daun dikumpulkan dari tanaman yang terinfeksi (cabai, kacang panjang, mentimun, dan terung) di Bogor (Jawa Barat) dan Brebes (Jawa Tengah). Selain itu, sampel asam nukleat Begomovirus dari koleksi Laboratorium Virologi Tumbuhan digunakan sebagai pembanding. Sampel tersebut diisolasi sepuluh tahun yang lalu dari tanaman cabai, kacang panjang, mentimun, dan terung dari beberapa lokasi. Deteksi Begomovirus dilakukan dengan metode polymerase chain reaction (PCR) menggunakan pasangan primer universal (SPG1/SPG2) yang dilanjutkan dengan analisis sekuen nukleotida. Sampel DNA berhasil diamplifikasi dari sampel lapangan dan laboratorium. Tiga spesies Begomovirus berhasil diidentifikasi, yaitu Pepper yellow leaf curl Indonesia virus (PYLCIV) pada cabai, Mungbean yellow mosaic India virus (MYMIV) pada kacang panjang, dan Tomato leaf curl New Delhi virus (ToLCNDV) pada mentimun dan terung. Analisis pohon filogenetik menunjukkan bahwa semua sampel dari lapangan dan laboratorium mengelompok dalam satu klaster. Namun, perbedaan basa nukleotida ditemukan pada setiap spesies Begomovirus. Temuan ini mengindikasikan adanya perubahan sikuen nukleotida
Keyword: Geminiviridae, genetic diversity, PCR, phylogenetic analysis, universal  primer

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: