Judul: Long-read Sequences Analysis With MinION Oxford Nanopore Technology on Matoa species (Pometia pinnata (J.R. Forst & G. Forst))
Abstrak: Matoa (Pometia pinnata (J.R & G.forst) merupakan tanaman hutan asli Indonesia yang menghasilkan buah dan juga kayu komersial bernilai ekonomi. Akan tetapi, ketersediaan data genetik dan genomik serta analisis kekerabatan tanaman masih terbatas. Penelitian ini bertujuan untuk menghasilkan data genomik dan kekerabatan terdekat Matoa (Pometia pinnata (J.R & G.forst)) dari Famili Sapindaceae. Penelitian terdiri dari beberapa tahapan yaitu i) ekstraksi DNA dengan metode CTAB, ii) uji kualitas dan kuantitas DNA dengan nanophotometer N80 dan qubit 1.0 fluorometer, iii) sekuensing DNA menggunakan alat MinION ONT serta iv) rekonstruksi kekerabatan dengan pohon filogenetik menggunakan barcode rbcL, matK dan kombinasi rbcL+matK. Hasil menunjukkan bahwa proses sekuensing pada jenis matoa (P. pinnata) menghasilkan sekuens dengan panjang urutan basa sebesar 149.661 bp. Penggunaan kombinasi kedua lokus mampu mengklasifikasikan intraspesies dan antarspesies dengan lebih baik., Matoa (Pometia pinnata (JR & G.forst) is a native Indonesian forest plant that produces fruit as well as economically valuable commercial timber. However, the availability of genetic and genomic data and analysis of this plant relationship is still limited. This study aimed to generate genomic data and the phylogenic relationship between Matoa (Pometia pinnata (JR & G.forst)) within the Sapindaceae family. The research consisted of several stages, namely i) DNA extraction using the CTAB method, ii) quality and quantity testing of DNA with nanophotometer N80 and qubit 1.0 fluorometer, iii) DNA sequencing using the MinION ONT tool and iv) reconstruction of phylogenetic trees using barcodes rbcL, matK and a combination of rbcL + matK. The results showed that the sequencing process of the matoa species (P. pinnata) generated sequence lengths of 149,661 bp. The use of a combination of the two loci can better classify intra- species and inter-species.
Keyword: genome, locus, MinION, phylogenetic, Pometia pinnata

Judul: Validation of Microsatellite Molecular Markers on Matoa (Pometia pinnata)
Abstrak: Indonesia adalah negara yang kaya akan keanekaragaman hayati dengan berbagai jenis spesies tumbuh-tumbuhan. Keanekaragaman tersebut terdiri dari tanaman buah yang salah satunya berasal dari buah Matoa (Pometia pinnata). Matoa merupakan tanaman dari famili Sapindaceae yang tersebar di wilayah tropis. Tanaman matoa banyak dimanfaatkan sebagai obat-obatan tradisional yang diketahui mengandung kelompok senyawa diantaranya flavonoid, tanin, dan saponin. Analisis keragaman genetik matoa menjadi informasi dasar untuk pelaksanaan kegiatan seleksi dan persilangan lanjutan dalam program pemuliaan matoa. Marka mikrosatelit merupakan salah satu metode analisis marka molekuler kodominan. Tujuan dari penelitian ini untuk melakukan seleksi primer untuk analisis kekerabatan 10 aksesi matoa Dramaga dengan 4 matoa Banjarmasin melalui pendekatan marka mikrosatelit. DNA diisolasi menggunakan CTAB (Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide). Sepuluh primer mikrosatelit yang digunakan adalah Pp.e.6402, Pp.e.66857, Pp.e.80271, Pp.e.89451, Pp.e.115726, Pp.e.161167, Pp.e.186462, Pp.e.187105, Pp.e.238124, Pp.e.287861. Amplifikasi mengacu pada protokol DreamTaq Green PCR Master Mix. Hasil penelitian menunjukkan bahwa primer yang digunakan mampu mengamplifikasi 20-30% aksesi yang digunakan, dan hanya 2 aksesi yang dapat diamplifikasi pada 9 pasang primer yang digunakan, yaitu aksesi IPBA8, IPBA9. Sembilan primer dapat digunakan untuk analisis molekuler, kecuali primer Pp.e.287861 yang tidak mampu mengamplifikasikan 14 aksesi yang digunakan., Indonesia is a country rich in biodiversity with various types of plant species. One of the diversity of fruit plants comes from the Matoa fruit plant (Pometia pinnata). Matoa is a plant from the Sapindaceae family which is spread throughout the tropics. The matoa plant is widely used as a traditional medicine which is known to contain a group of compounds including flavonoids, tannins and saponins. Analysis of matoa genetic diversity is the basic information for implementing selection and crossbreeding activities in matoa breeding programs. Microsatellite markers are one of the codominant molecular marker analysis methods. This study aims to conduct primary selection for kinship analysis of 10 Dramaga matoa accessions with 4 Banjarmasin matoa using a microsatellite marker approach. DNA was isolated using the CTAB (Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide). The ten microsatellite primers used were Pp.e.6402, Pp.e.66857, Pp.e.80271, Pp.e.89451, Pp.e.115726, Pp.e.161167, Pp.e.186462, Pp.e.187105, Pp.e.238124, Pp.e.287861. SSR marker analysis using PCR DreamTaq Green Master Mix. The results showed that the primers used were able to amplify 20- 30% of the accessions used, and only 2 accessions could be amplified in the 9 pairs of primers used, namely IPBA8, IPBA9 accessions. Nine primers could be used for molecular analysis, except for the primer Pp.e.287861 which was unable to amplify the 14 accessions used.
Keyword: allele, biodiversity, codominant, fruit plants, genetic

Judul: Dynamical System of Hepatitis B in Three Groups with Vaccination
Abstrak: The aim of this study is to modify the hepatitis B transmission model in three age groups involving vaccination from the model conducted by Zhoe and Zhang.The method used is to analyze the stability of the fixed point and its basic reproduction number (R_0). Performed stability analysis and numerical simulation to see population dynamics. Next, a sensitivity analysis of the parameters was carried out to see its effect on R_0. From the analysis obtained two fixed points, namely non-endemic and endemic fixed points. Non-endemic fixed points are locally asymptotically stable if R_0 <1 Meanwhile, the endemic fixed point is locally asymptotically stable if R_0 > 1. Hepatitis vaccination affects the number of susceptible population, because the more successful the vaccination, the smaller the number of susceptible populations so that the smaller the population will be infected.
Keyword: Dynamic, Hepatitis B, Vaccine, Mathematical model