Judul: Evaluasi Marka Molekuler Untuk Seleksi Mutu Beras Pada Galurgalur Harapan Padi (Oryza Sativa L.) Toleran Cekaman Fe
Abstrak: Dalam rangka mendukung pemenuhan kebutuhan pangan yang semakin meningkat maka berbagai varietas padi toleran cekaman lingkungan baik biotik maupun abiotik telah banyak dihasilkan, salah satunya adalah varietas padi toleran cekaman Fe. Varietas ini ditargetkan untuk dapat dibudidayakan di lahan-lahan marjinal (sub optimal) seperti di lahan-lahan rawa. Keracunan Fe adalah salah satu faktor pembatas bagi pertumbuhan dan produksi padi di lahan rawa. Di samping daya adaptasi dan tingkat produktivitas, kualitas mutu beras adalah target penting dalam perakitan galur padi unggul. Oleh karena itu, mutu beras juga menjadi bahan pertimbangan bagi pemulia tanaman. Program pemuliaan pada umumnya ditujukan untuk mendapatkan varietas unggul yang memiliki potensi hasil tinggi, Namun, varietas unggul yang dihasilkan seringkali kurang dapat diterima oleh petani maupun konsumen karena mutu beras yang dihasilkan kurang sesuai dengan yang diinginkan. Mutu beras dapat dilihat dari sifat fisikokimia yang meliputi ukuran, bentuk, tekstur, warna, aroma dan rasa. Sifat fisikokimia dipengaruhi oleh kandungan pati dalam endosperm yang ditentukan oleh amylose content (AC) dan gel consistency (GC). Perkembangan teknologi menggunakan marka molekuler untuk seleksi sifatsifat unggul pada tanaman sudah banyak dilakukan, salah satunya untuk membantu seleksi karakter mutu beras. Marka fungsional seperti SSR (Simple Sequence Repeat), STS (Sequence Taq Sites), SNP (Single Nucleotide Polymorphism), dan Indel yang berasosiasi dengan sifat fisikokimia beras telah banyak dikembangkan. Marka-marka tersebut dapat digunakan untuk membantu dalam seleksi mutu beras pada galur-galur padi toleran cekaman Fe. Penelitian ini bertujuan mengevaluasi marka SSR, STS, SNP, dan Indel untuk seleksi karakter mutu beras pada galurgalur harapan padi toleran cekaman Fe berdasarkan analisis phenotyping dan genotyping. Tiga puluh galur toleran cekaman Fe dan lima varietas tetua (kontrol) yaitu IR64 (pulen), Inpara 3 (pera), Inpara 2 (pulen), IR42 (pera), dan Mashuri (pulen) digunakan untuk analisis phenotyping keragaman karakter mutu fisik gabah dan beras serta mutu fisikokimia dan organoleptik. Tiga puluh galur dan lima varietas yang sama juga digunakan untuk analisis genotyping menggunakan 19 primer dari empat tipe marka yaitu SSR, STS, SNP, dan Indel. Data-data fenotipe dan genotipe yang diperoleh selanjutnya digunakan untuk analisis asosiasi menggunakan perangkat lunak Tassel 2.0. Marka molekuler yang berasosiasi signifikan dengan nilai p_Value < 0.05 menunjukkan bahwa marka tersebut berasosiasi dengan karakter mutu beras pada galur-galur padi toleran cekaman Fe. Hasil analisis fenotipe (phenotyping) terhadap karakter mutu fisik dan mutu tanak beras, menunjukkan bahwa 30 galur yang dianalisis memiliki nilai mutu yang cenderung mendekati nilai tetua kontrolnya, sebagian besar berada di dalam kelompok mutu IV pada mutu fisik beras, memiliki kadar amilosa rendah hingga tinggi, dan tergolong ke dalam tekstur nasi pulen hingga pera. Dari 30 galur toleran cekaman Fe, didapatkan 16 galur yang memiliki sifat yang sama dengan tetua kontrol berdasarkan kadar amilosa dan tekstur nasinya. Analisis molekuler menghasilkan 14 marka yang polimorfis. Hasil analisis asosiasi antara data genotipe dan fenotipe (mutu beras) menunjukan bahwa 10 dari 14 marka polimorfis yang secara signifikan terkait dengan mutu beras. Di antara empat tipe marka yang digunakan, tipe marka yang paling banyak berasosiasi secara signifikan dengan empat karakter mutu beras adalah STS, kemudian diikuti dengan SSR dan Indel. Kesepuluh marka molekuler yang signifikan tersebut berpotensi sebagai marka untuk seleksi karakter mutu beras dari
Keyword: karakter mutu beras, padi toleran cekaman Fe, SNP, SSR, STS

Judul: Evaluasi marka molekuler untuk seleksi mutu beras pada galur-galur padi (Oryza sativa L.) tahan penyakit blas (Pyricularia grisea Sacc.)
Abstrak: Mutu beras merupakan salah satu faktor yang menjadi pertimbangan konsumen dalam memilih beras. Beras merupakan hasil produksi dari tanaman padi (Oryza sativa L.) yang menjadi sumber makanan pokok bagi setengah populasi di dunia. Dalam rangka memenuhi kebutuhan pangan yang meningkat, saat ini telah banyak varietas unggul yang dikembangkan seperti varietas unggul tahan penyakit blas. Penyakit blas merupakan penyakit yang disebabkan oleh Pyricularia grisea Sacc. Penyakit ini dapat menurunkan produksi padi secara drastis dan merusak mutu beras. Umumnya penurunan produksi padi berkisar antara 10-20%. Pada kasus yang lebih serius, penurunan produksi dapat mencapai 40-50%, bahkan dapat mengakibatkan gagal panen. Di Indonesia, luas serangan penyakit blas sebesar 12% dari total luas area pertanaman padi atau mencapai 1.285 juta ha. Mutu beras yang baik merupakan hal penting yang diperhatikan dalam perakitan varietas baru sehingga dapat memenuhi strategi pemasaran. Penggunaan varietas unggul tahan penyakit blas dapat menekan penurunan produksi padi. Namun demikian, varietas unggul yang telah dirakit belum tentu menjadi pilihan petani untuk ditanam apabila tidak memiliki mutu beras yang baik. Hal ini karena konsumen memiliki preferensi terhadap mutu beras yang baik. Mutu beras dikelompokkan dalam 5 komponen, yaitu mutu gabah, mutu beras giling, mutu tampilan beras, mutu tanak, dan mutu nutrisi. Karakter-karakter unggul terkait mutu beras dapat diseleksi menggunakan marka molekuler. Pemanfaatan marka molekuler sudah sering dilakukan dalam pemuliaan tanaman yaitu untuk menyeleksi galur-galur unggul melalui analisis keterpautan antara marka molekuler dengan sifat yang terkait mutu beras. Namun, pemanfaatan marka molekuler terkait mutu beras belum dilakukan pada galur tahan penyakit blas. Oleh karena itu, seleksi lebih lanjut pada galur-galur tahan penyakit blas terkait karakter mutu beras dapat dilakukan melalui analisis asosiasi antara genotipe dan fenotipe. Sembilan belas galur tahan penyakit blas digunakan dalam penelitian ini. Galur-galur ini berasal dari 4 persilangan yaitu Situ Patenggang/IRBLa, Situ Patenggang/IRBLiF5, Situ Patenggang/IRBLKp, Situ Patenggang/IRBLta. Situ Patenggang sebagai tetua kontrol, dan 4 varietas unggul (Inpari Blas, IR64, Ciherang dan Inpago 4) sebagai varietas kontrol. Total 24 populasi tanaman tersebut digunakan untuk analisis genotipe. Analisis fenotipe juga menggunakan 24 populasi yang sama. Sebanyak 25 individu dari masing-masing populasi dipanen untuk mendapatkan gabah seberat 2 kg. Analisis fenotipe untuk pengujian mutu beras dilakukan menggunakan metode standar yang biasa digunakan di Laboratorium Mutu Gabah dan Beras Balai Penelitian Tanaman Padi Sukamandi, Subang. Mutu beras yang dianalisis meliputi mutu gabah, mutu beras giling, mutu tampilan beras, mutu tanak beras, dan mutu nutrisi beras. Analisis genotipe terkait mutu beras dilakukan dengan menggunakan 4 tipe marka molekuler (STS, SSR, iii Indel, dan SNP) di Laboratorium Biologi Molekuler Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian, Bogor. Hasil analisis mutu gabah menunjukkan bahwa galur SPIRIS8, SPIRIS141, SPIRIS170, SPIRIS197, dan SPIRAA207 memenuhi standar SNI untuk karakter gabah hampa, butir kuning rusak, dan butir kapur. Galur SPIRTA17 memiliki berat 1000 butir tertinggi sebesar 26.77%. Galur SPIRIS170 memiliki densitas gabah tertinggi yaitu 558 kg/m3. Hasil analisis mutu beras giling menunjukkan bahwa galur-galur harapan yang konsisten memenuhi standar SNI untuk karakter butir kepala, butir patah, butir menir, butir kuning rusak, dan butir kapur adalah SPIRTA17, SPIRTA22, SPIRIS8, SPIRIS141, SPIRIS166, SPIRIS175, SPIRIS197, SPIRKAP130, SPIRKAP141, dan SPIRAA207. Galur SPIRKAP281 memiliki rendemen
Keyword: marka DNA, mutu beras, mutu gabah, Oryza sativa

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: