Judul: Disain Nested Primer Gen Hemolisin Untuk Mendeteksi Vibrio harveyi pada Udang Penaeid Melalui PCR
Abstrak: Litopenaeus vannamei atau udang putih merupakan salah satu komoditas unggulan dalam budidaya perikanan di Indonesia. Spesies penaeid ini memiliki beberapa keunggulan dibanding spesies udang lainnya, antara lain produktivitasnya yang tinggi dapat mencapai lebih dari 13.600 kg/ha, masa panennya lebih cepat, serta lebih resisten terhadap penyakit. Meskipun lebih resisten, penyakit bakterial vibrio berpendar yang disebabkan oleh Vibrio harveyi masih menjadi kendala dalam usaha pembenihan udang putih di Indonesia. Aplikasi teknik PCR (Polymerase Chain Reaction) memungkinkan untuk melakukan deteksi dini suatu penyakit yang disebabkan oleh bakteri, termasuk vibriosis pada udang. Nested PCR merupakan variasi dari reaksi PCR biasa. Pada nested PCR dilakukan 2 kali reaksi PCR dimana hasil dari PCR pertama menjadi DNA cetakan bagi PCR kedua. Keuntungan dari nested PCR adalah meminimalkan kesalahan amplifikasi gen dengan menggunakan 2 pasang primer yang sekaligus juga dapat meningkatkan sensitivitas PCR. Gen hemolisin diketahui mempunyai spesifisitas dan sensitivitas yang lebih baik dibanding gen toxR dan gen gyrB sebagai penanda molekuler dalam mendeteksi V. harveyi. Penelitian ini bertujuan untuk mendisain primer nested PCR menggunakan gen hemolisin untuk mendeteksi Vibrio harveyi pada udang penaeid. Sekuen gen hemolisin dari sampel V. harveyi MR5339 dan V. harveyi 275 dideteksi menggunakan primer yang didisain dari sekuen gen lengkap hemolisin V. harveyi strain VIB 391 (nomor akses: DQ640264) mulai dari urutan ke-133 sampai urutan ke-756. Primer nested PCR didesain dari sekuen gen hemolisin isolat V. harveyi MR 5339 yang berhasil teramplifikasi oleh primer awal. PCR I nested PCR didesain untuk mengamplifikasi urutan ke-52 sampai urutan ke-405 dan PCR II nested PCR didesain untuk mengamplifikasi urutan ke-204 sampai urutan ke-405. Hasil uji spesifisitas menunjukkan bahwa primer nested PCR hasil disain hanya mampu mengamplifikasi isolat-isolat V. harveyi. Hasil PCR bagi isolat-isolat bakteri V. parahaemolyticus, V. campbelli, Salmonella sp., Edwardsiella tarda, Aeromonas hydrophila, dan Streptococcus iniae yang juga diujikan diketahui tidak terdapat hasil amplifikasi. Berdasarkan uji sensitivitas diketahui bahwa primer nested PCR hasil disain mampu menDisain Primer V. harveyi sampai kepadatan 100 cfu/ml atau konsentrasi DNA sampai 101 fg/μl. Melalui uji surveillance diketahui bahwa deteksi terendah adalah pada sampel hari ke-3 ekstrak DNA udang mati suspect V. harveyi MR 5339 infeksi awal sebanyak 101 cfu/ml.
Keyword: V. harveyi, L. vannamei, hemolisin, DNA, nested PCR.

Judul: Deteksi Vibrio parahaemolyticus Menggunakan Marka Gen pirA pada Udang Vaname Litopenaeus vannamei dengan Real Time PCR
Abstrak: Udang adalah produk perikanan andalan Indonesia yang menjadi komoditas ekspor, salah satu jenis paling dominan untuk diekspor adalah udang vaname (Litopenaeus vannamei). Tahun 2009 di negara Cina, budidaya udang vaname menghadapi kendala dengan munculnya kasus kematian dini yang menyerang udang sekitar hari ke-30 setelah penebaran pada kolam pemeliharaan yang ditandai dengan kerusakan pada hepatopankreas (nekrosis hepatopankreatik akut). Awalnya penyakit ini disebut sindrom kematian dini (EMS/ Early mortality syndrome), tetapi setelah ditemukannya Vibrio parahaemolyticus strain unik penyebab penyakit ini, nama penyakit dirubah menjadi nekrosis hepatopankreatik akut atau disebut dengan AHPND (Acute hepatopancreatic necrosis disease). Oleh karena itu, Vibrio parahaemolyticus penyebab penyakit AHPND pada udang vaname disebut V. parahaemolyticus strain AHPND. V. parahaemolyticus strain AHPND pada udang vaname memiliki kelompok gen tdh dan trh yang dapat menghasilkan toksin pir A/B penyebab kerusakan pada hepatopankreas dan mengakibatkan kematian pada udang. Pada awal penggunaan metoda biomolekular untuk mendeteksi AHPND hanya dengan PCR konvensional yaitu dengan pasangan primer AP1 dan AP2, kemudian pasangan primer AP3. Tahun 2015 muncul terobosan mendesain pasangan primer VpPirA real time PCR untuk mendeteksi AHPND dan membandingkannya dengan pasangan primer AP3 single step pada PCR konvensional, hasilnya adalah pasangan primer VpPirA real time PCR lebih sensitif, spesifik dan efisien dari pasangan primer AP3 single step PCR konvensional. Tahun 2015 juga muncul pasangan primer AP4 nested PCR konvensional untuk mendeteksi AHPND yang lebih baik dari pasangan primer AP3 single step. Oleh karena itu, perlu dilakukan penelitian untuk menguji validitas metoda real time PCR pasangan primer VpPirA. Penelitian dilaksanakan pada bulan Januari sampai dengan Mei 2019, di Laboratorium Balai Uji Standar Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan (BUSKIPM), Jakarta. Pelaksanaan penelitian ini terbagi ke dalam dua tahapan, yaitu validasi metoda uji dan uji performa metoda. Validasi metoda uji terdiri dari beberapa tahap, yaitu pembuatan kontrol positif dan kurva standar, dilanjutkan dengan uji spesifisitas dan uji sensitivitas, kemudian uji repeatability (keterulangan) dan reproducibility (ketertiruan). Uji spesifisitas dilakukan dengan menentukan selektifitas dan eksklusifitas metoda uji real time PCR pasangan primer VpPirA, sedangkan untuk uji sensitivitas metoda uji real time PCR pasangan primer VpPirA dilakukan dengan menentukan limit deteksi (LoD) dan nilai cut off. Uji keterulangan dan ketertiruan dilakukan berdasarkan antar analis dan waktu pengujian metoda uji real time PCR pasangan primer VpPirA. Uji performa metoda dilakukan dengan pengujian lapang dengan pengambilan sampel pada beberapa sentra budidaya udang vaname di Indonesia. Data yang diperoleh merupakan data deskriptif dengan melihat persentase koefisien varians (CV%). Pengujian validitas dalam mendeteksi gen penyandi toksin pirA dengan menggunakan metoda real time PCR diawali pembuatan kontrol positif berupa plasmid DNA V. parahaemolyticus strain AHPND dengan konsentrasi 6 x 109 kopi μL-1, sedangkan hasil pembentukan kurva standar metoda qPCR pasangan primer VpPirA mempunyai efisiensi pengujian sebesar 99.857% dan kemiringan antar Ct adalah -3.472. Hasil pengujian spesifisitas menunjukkan bahwa metoda qPCR pasangan primer PirA bersifat selektif dan eksklusif, karena tidak bereaksi terhadap matriks sampel yang berupa DNA atau RNA udang dan tidak bereaksi silang (cross reactive) terhadap berbagai spesies bakteri dan penyakit udang lain yang tidak mengandung gen penyandi toksin pirA. Performa sensitivitas analitik metoda qPCR pasangan primer PirA menunjukkan bahwa qPCR pasangan primer
Keyword: Udang vaname, real time PCR, Vibrio parahaemolyticus strain AHPND

Judul: Pembangunan Perumahan Pada Wilayah Desakota Kaitannya Dengan Sistem Sosial Masyaraka t Asli
Abstrak: Faktor utama yang banyak mempengaruhi meningkatnya jumlah perumahan dan pemukiman pacta wilayah desakota adalah adanya tekanan populasi sebagai akibat dari migrasi besar-besaran menuju daerah desakota. Dengan kata lain, lokasi perumahan atau pemukiman menjadi tak memiliki banyak pilihan lagi, kota telah sesak dan sasaran selanjutnya para pengais materi di daerab kota adalab wilayah desakota. Masyarakat asli yang sejak lama tinggal di wilayah desakota merupakan bagian dari masyarakat desakota yang perlu diperhatikan. Baik disadari maupun tidak disadari, perubaban pada masyarakat asli desakota akan terjadi karena masyarakat selalu dalam keadaan dinamis. Selain itu perubahanjuga akan terjadi dikarenakan masyarakat adalah sistem yang terdiri dari bagian-bagian yang berhubungan serta berintegrasi secara fungsional, sehingga perubaban pada satu fungsi dari masyarakat akan mempengaruhi fungsi lainnya.
Keyword: