Judul: Perbandingan Penggerombolan K-means dan K-medoid pada Data yang Mengandung Pencilan
Abstrak: Analisis gerombol merupakan salah satu metode peubah ganda yang tujuan utamanya adalah mengelompokkan objek berdasarkan kemiripan atau ketidakmiripan karakteristik-karakteristiknya, sehingga objek yang terletak dalam satu gerombol memiliki kemiripan sifat yang lebih besar dibandingkan dengan objek pengamatan yang terletak pada gerombol lain. K-means merupakan salah satu metode penggerombolan tak berhirarki yang paling banyak digunakan, namun karena menggunakan rataan sebagai centroidnya, metode ini lebih sensitif terhadap keberadaan pencilan pada data. Sehingga berkembanglah metode baru, k-medoid, dengan berbasis median sebagai pusat gerombolnya. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan hasil analisis gerombol metode k-means dengan k-medoid baik pada saat data mengandung pencilan maupun tidak. Metode k-medoid diharapkan lebih kekar terhadap pencilan dibandingkan dengan k-means, sehingga dapat memberikan hasil gerombol yang lebih akurat dengan nilai tingkat salah klasifikasi yang lebih kecil. Hasil penggerombolan menunjukkan bahwa metode k-medoid mempunyai nilai rataan tingkat salah klasifikasi yang lebih rendah dan signifikan pada kondisi proporsi pencilan 5%, sedangkan pada kondisi proporsi pencilan 10% dan 15% hasil nilai rataan salah klasifikasinya tidak berbeda signifikan dengan metode k-means.
Keyword: 

Judul: Perbandingan metode fuzzy c-means dan K-Means pada analisis gerombol
Abstrak: Salah satu metode penggerombolan tak berhirarki yang umum digunakan dalam analisis gerombol ialah metode K-Means yaitu suatu metode yang digunakan untuk mengelompokkan sekumpulan objek ke dalam beberapa gerombol dan banyaknya gerombol awal telah ditentukan sebelumnya dimana tingkat keanggotaannya bernilai 1 bagi anggota gerombol dan bernilai 0 bagi objek yang bukan anggota gerombol. Metode K-Means berkembang menjadi metode Fuzzy CMeans (FCM) dimana untuk menentukan objek masuk dalam suatu gerombol (tingkat keanggotaan) digunakan logika fuzzy yang nilainya berkisar antara 0 hingga 1. Semakin dekat objek terhadap pusat gerombol, maka tingkat keanggotaannya akan semakin mendekati 1 dan mendekati 0 untuk sebaliknya. Pada penelitian ini ingin diketahui ketepatan metode Fuzzy CMeans dan K-Means dalam menggerombolkan data pada beberapa kondisi data dengan membandingkan hasil penggerombolan kedua metode tersebut. Metode Fuzzy C-Means menggunakan besaran tingkat kesamaran. Tingkat kesamaran yang baik besarnya sekitar 2. Sehubungan dengan hal itu, pada penelitian ini juga ingin diketahui pengaruh tingkat kesamaran pada metode Fuzzy C-Means. Data yang digunakan pada penelitian ini ialah 3 set data bangkitan yang masing-masing set terdiri dari 3 gerombol dengan kondisi (1) ketiga gerombol terpisah (jarak jauh), (2) ketiga gerombol beririsan (jarak sedang), dan (3) ketiga gerombol bercampur (jarak dekat). Adapun banyaknya data yang akan digerombolkan dengan kondisi tersebut sebanyak 600 data, 150 data, dan 30 data. Pada kondisi ketiga gerombol terpisah dan kondisi ketiga gerombol beririsan metode K-Means lebih tepat digunakan. Sedangkan pada kondisi ketiga gerombol bercampur metode Fuzzy C-Means lebih tepat digunakan. Pengaruh tingkat kesamaran pada metode Fuzzy C-Means berpengaruh pada tingkat keanggotaan, semakin tinggi tingkat kesamaran yang dipilih akan mengakibatkan tingkat keanggotaan objek pada gerombol sebenarnya akan mengalami penurunan. Sebaliknya, tingkat keanggotaan objek pada gerombol yang salah akan semakin meningkat. Tingkat kesamaran pada metode Fuzzy C-Means memberikan tingkat keanggotaan yang sesuai pada tingkat kesamaran 2 dan 2.25.
Keyword: Analisis Gerombol, K-Means, Fuzzy C-Means, Bogor Agricultural University

Judul: Extracellular Expression of thermostable Geobacillus stearothermophilus T1.2RQ Lipase for Biodiesel Production
Abstrak: The extracellular expression of enzymes in an excellent secretion host such as Bacillus subtilis is a useful strategy for making enzymes of industrial significance more affordable by lowering the cost of its downstream processing. Lipases are a category of hydrolases that catalyze the hydrolysis of triglycerides to glycerol and free fatty acids. Also, lipases catalyze the hydrolysis and transesterification of other esters as well as the synthesis of esters. They can perform very specific biotransformation reactions and are widely used in food, organic synthesis, detergents, cosmetic, and pharmaceutical industries. Geobacillus stearothermophilus T1.2RQ lipase is an industrially-desired thermostable lipolytic enzyme with an excellent hydrolytic and transesterification activity. This study aimed to express T1.2RQ lipase, in B. subtilis WB800 and ensure its secretion into the extracellular medium. Three signal peptides (AmyQ, Epr, LipA) and two promoters (Pgrac01 and Pgrac100) were used in the secretory-expression of T1.2RQ lipase, based on five constructed expression vectors constructed by restriction cloning and PCR mutagenesis. Sangers sequencing was used to verify constructs to ensure they are in the correct reading frame. Recombinants vectors, pHT43 (plasmid control), pHT43-T1.2RQ, pHT43- T1.2RQ_AmyQ, pHT43-T1.2RQ_Epr, and pHT43-T1.2RQ_LipA, were transformed by electroporation into Bacillus subtilis WB800. The electroporation was successful with the optimum condition of 2500V, 200 ohms, 25µF, and 5milliseconds. Recombinant B. subtilis pHT43 (negative control) and pHT43-T1.2RQlip + signal peptides were streaked on the lipidic agar, LA+TBN. All four recombinants, including the negative control (B. subtilis WB800-pHT43), produced clear zones on the TBN agar plate after overnight incubation (fig 2), indicating the presence of a lipolytic enzyme in all of the recombinant B. subtilis cells. pHT43-T1.2RQlip + signal peptides (AmyQ, Epr, and LipA) have clear zones with significantly higher diameters than B. subtilis WB800-pHT43 (negative control). This phenomenon suggests that the recombinant thermostable lipase T1.2RQ introduced into these cells was successfully expressed, thereby increasing the lipolytic capability of its host cells T1.2RQ lipase was expressed in 50ml terrific broth medium (TB) and the expression induced with 1mM IPTG. Lipase activity assay using p-nitrophenyl esters showed that all three signal peptides directed the secretion of T1.2RQ lipase into the extracellular medium. Signal peptide, LipA, resulted in the highest extracellular activity of 5.6 U/mL, which corresponds to a 6-fold increase over the parent B. subtilis WB800 strain. Meanwhile, signal peptides, AmyQ and Epr produced 4.2 U/mL and 3.4 U/mL activity respectively. SDS-Zymogram analysis confirmed that T1.2RQ lipase was correctly processed and secreted in its original size of 44 kDa. An attempt to further increase lipase expression level by promoter optimization showed that, contrary to expectation, promoter Pgrac100 exhibited similar expression levels as the original Pgrac01. Nevertheless, the demonstration of the successful secretion of T1.2RQ lipase in this work confirms the latter as a promising approach for the industrial production of the enzyme
Keyword: Bacillus subtilis, Expression, Extracellular, Heterologous, Lipase, Thermostable