Judul: Ekspresi Gen B11 dari Padi Varietas Hawara Bunar dalam Sistem Escherichia coli.
Abstrak: Gen B11 adalah gen toleransi aluminium (Al) yang diisolasi dari padi lokal Indonesia var. Hawara Bunar menggunakan teknik polymerase chain reaction (PCR). Gen B11 dapat dimanfaatkan untuk peningkatan ketahanan tanaman melalui pendekatan rekayasa genetik. Namun, protein B11 perlu dikarakterisasi terlebih dahulu untuk mengetahui fungsi dari protein tersebut dalam mekanisme toleransi padi terhadap cekaman Al. Tujuan dari penelitian ini adalah mengekspresikan gen B11 pada sistem Escherichia coli untuk memproduksi protein rekombinan B11 dan mengkarakterisasi protein tersebut. Fragmen cDNA B11 berukuran 573bp diligasikan ke dalam vektor kloning pGEMT-Easy (pGEMT-B11). Plasmid tersebut ditransformasikan ke dalam E. coli DH5α dan dikultivasi pada media seleksi LB yang ditambahkan antibiotik. Plasmid rekombinan pGEMT-B11 dipurifikasi dan diamplifikasi dengan primer B11 dengan penambahan adaptor site enzim restriksi NdeI dan BamHI masing-masing pada ujung 3’ dari primer forward and reverse. Fragmen B11NB hasil amplifikasi dengan PCR kemudian dipurifikasi dan diligasikan ke dalam vektor ekspresi pET-15b yang telah dipotong dengan enzim restriksi NdeI dan BamHI untuk menghasilkan plasmid rekombinan pET-B11. Transformasi vektor pET-B11 dilakukan pada E. coli BL21(DE3)pLysS. Ekspresi gen B11 dalam rekombinan E. coli BL21(DE3)pLysS diinduksi dengan menggunakan IPTG (Isopropyl β-D-1-thiogalactopyranoside). Protein rekombinan B11 dipurifikasi dengan QIAGEN Ni-NTA Spin Kit (Qiagen, DE). Profil protein divisualisasi pada SDS-PAGE (12%) dengan pewarnaan Comassive Blue. Ekspresi gen B11 dengan qRT-PCR meliputi tiga tahapan, yaitu: isolasi RNA total, sintesis cDNA, dan analisis ekspresi gen dengan qRT-PCR. Gen B11 telah berhasil dikloning ulang pada bakteri E. coli DH5α. Selain itu, gen B11 telah berhasil disubkloning pada E. coli BL21(DE3)pLysS dengan bantuan vector pET-15b, sehingga dapat diekspresikan. Open reading frame gen B11 terdiri dari 342 bp dan menyandikan 113 asam amino dengan bobot molekul sebesar 11.61 kDa. Protein B11 mengandung motif protein ribosomal L32p pada asam amino ke 58 sampai asam amino 102. Struktur 3D protein B11 berhasil dimodelkan dan divalidasi. Bagian protein B11 pengkelat logam terdeteksi pada asam amino GLY23, GLY106, dan ASP110. Ekspresi gen B11 pada E. coli rekombinan pada kondisi induksi IPTG 5.4 kali kali lebih tinggi dibandingkan ekspresi pada E. coli rekombinan tanpa induksi IPTG.
Keyword: aluminium, gen B11, kloning, ekspresi, protein rekombinan

Judul: Analisis gen B11 pada Padi Mutan Hawara Bunar Sensitif Aluminium
Abstrak: Toleransi Aluminium (Al) pada tanaman dapat dikendalikan oleh satu atau beberapa gen. Gen B11 telah berhasil diisolasi dari padi cv Hawara Bunar yang toleran Al, tetapi perannya terhadap cekaman Al belum sepenuhnya dipahami. Mutan Hawara Bunar sensitif Al telah dihasilkan, namun penyebab respon sensitif terhadap Al belum diketahui. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan menganalisis urutan nukleotida promotor dan gen B11 yang diisolasi dari padi mutan Hawara Bunar sensitif Al (M5) dan tipe liar Hawara Bunar (HB). Tahapan analisis promotor terdiri dari beberapa tahap, yaitu: seleksi Eschericia coli pembawa pENTR/D-TOPO rekombinan promotor gen B11, isolasi plasmid, verifikasi arah orientasi sisipan, dan perunutan nukleotida. Tahap analisis gen B11, terdiri dari: isolasi DNA padi M5, PCR gen B11, elusi hasil PCR, kloning gen B11 pada pGEM-T Easy, transformasi E. coli TOP10 dengan plasmid rekombinan, dan perunutan nukleotida. Analisis promotor menunjukkan bahwa tidak terdapat perbedaan urutan nukleotida pada daerah upstream 1132 pb dari situs awal transkripsi gen B11 antara padi M5 dengan tipe liarnya. Urutan nukleotida gen B11 antara padi M5 dan tipe liarnya sepanjang 2024 pb hanya memiliki perbedaan nukleotida pada posisi ke-409 dan 1368 yang merupakan daerah intron. Oleh karena itu, perbedaan toleransi Al antara padi M5 dengan tipe liarnya tidak disebabkan oleh perbedaan urutan nukleotida baik pada promotor maupun gen B11.
Keyword: Promoter, B11 gene, Rice, Aluminum sensitive mutan, Hawara Bunar, Seleksi E.coli pembawa, Seleksi koloni pembawa, Isolasi DNA, Kloning gen BII, Analisis promotor Gen BII, Analisis Bioinformatika Ge BII

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: