Judul: Hubungan habitat dengan volume backscattering strength ikan demersal di perairan sumur Banten menggunakan instrumen hidroakustik Simead Ey 60
Abstrak: Penelitian dengan topik hubungan habitat dengan volume backscattering strength ikan demersal di perairan Sumur Banten menggunakan instrumen hidroakustik SIMRAD EY 60, dilaksanakan pada tanggal 6 dan 7 September 2007 di perairan daerah Kecamatan Sumur, Kabupaten Pandeglang, Propinsi Banten dengan koordinat 6021’ LS – 7010’ LS dan 104048’ BT – 1060 BT. Pengolahan dan analisis data mulai dilakukan pada bulan Juni 2009 dan berakhir hingga bulan September 2009. Penelitian ini bertujuan untuk menduga sebaran volume backscattering strength ikan demersal menggunakan metode hidroakustik dan menganalisa hubungan tipe subatrat dengan volume backscattering strength ikan demersal. Analisis data akustik menggunakan software Echoview 3.5 untuk mendapatkan nilai SV, kedalaman dan posisi. Data substrat sudah diperoleh dalam bentuk excel dari peneliti sebelumnya yang melakukan penelitian mengenai klasifikasi habitat dasar perairan. Untuk melihat hubungan antara tipe substrat dengan SV ikan digunakan analisis regresi berganda pada software SPSS 11.5 dengan taraf signifikan 5%. Nilai SV ikan yang diperoleh pada lokasi penelitian berkisar antara -60,96 dB sampai -40,04 dB dengan rata-rata sebesar -50,81 dB. Jenis-jenis ikan yang didaratkan pada daerah penelitian antara lain: ikan Manyung (Arius thalassinus), Kurisi (Nemipterus sp.), Kuwe (Karangidae), Kakap Merah (Lutjanus sp.), Pepetek (Leiognathidae). Berdasarkan hasil yang diperoleh dapat dilihat bahwa ikan-ikan pada daerah penelitian umumnya berukuran kecil berkisar antara 4 – 20 cm. Secara vertikal semakin bertambahnya kedalaman nilai SV ikan menurun. Hubungan SV ikan dengan parameter tipe substrat pada lokasi penelitian sangat baik dengan nilai koefisien determinasi sebesar 0,957.
Keyword: Bogor Agricultural University, Institut Pertanian Bogor, IPB

Judul: Deteksi sebaran ikan di sekitar fish shelter menggunakan instrumen akustik
Abstrak: Fish shelter atau terumbu buatan merupakan suatu bangunan yang ditenggelamkan ke dalam perairan untuk dapat melindungi ikan dari pemangsa, serta dapat dijadikan tempat untuk bertelur dan mencari makan ikan – ikan. Fish shelter diharapkan dapat menambah jumlah stok ikan di suatu perairan. Salah satu metode yang dapat mendeteksi dan menganalisis jumlah dan sebaran ikan di suatu perairan yaitu dengan menggunakan metode akustik. Parameter yang perlu diketahui dalam menduga stok dan sebaran ikan yaitu nilai volume backscattering strength (Sv) dan nilai densitas (ikan/m3). Tujuan penelitian ini yaitu untuk mengetahui densitas dan sebaran ikan di sekitar fish shelter dengan menggunakan instrument akustik. Penelitian ini menggunakan hasil survei akustik pada tanggal 11 Juli 2007 sampai dengan 23 Agustus 2007. Lokasi survei berada di perairan Karang Congkak, Kabupaten Kepulauan Seribu, Provinsi DKI Jakarta pada koordinat 5042’5” LS – 5043’0” LS dan 106033’0” - 106034’5” BT dengan pola trek pengambilan data berbentuk pola seperti bintang. Alat pengambilan data mengunakan instrumen Biosonics DT-X series. Analisis data dengan menggunakan Software Echoview 3.5 untuk mendapatkan nilai volume backscattering strength (Sv) serta nilai densitas ikan (ikan/m3) yang berada di fish shelter. Sebaran nilai Sv mean (dB) dan densitas ikan diolah menggunakan Golden Software Surfer 8.0. Sebaran nilai densitas ditunjukan dengan grafik bubble. Hasil penelitian di fish shelter Karang Congkak menunjukan bahwa ikan banyak terdeteksi pada wilayah yang ditempati bangunan fish shelter. Hal ini sejalan dengan fungsi utama fish shelter yaitu sebagai media pengumpul ikan. Nilai kedalaman maksimum penempatan fish shelter yaitu berada pada kedalaman 17 meter. Nilai sebaran densitas disekitar fish shelter memilki densitas yang besar yaitu mencapai lebih dari 100 ikan/m3 dengan nilai densitas maksimum yaitu sebesar 361.2 ikan/m3. Pada hasil integrasi densitas minimum yang diperoleh yaitu sebesar 16.2 ikan/m3. Rata – rata sebaran nilai densitas di sekitar penempatan fish shelter yaitu berada pada kisaran 20 – 30 ikan/m3. Sebaran niai densitas yang cukup besar berada pada posisi koordinat diantara 5042,66’0” LS hingga 5042,72’0” LS, sedangkan sebaran nilai densitas yang tergolong rendah berada diantara 5042,9’0” LS hingga 5043’0” LS.
Keyword: Bogor Agricultural University, Institut Pertanian Bogor, IPB, Fish shelter, Volume backscattering strength, Split beam system

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA