Judul: Determination of Diversity SNP c.795A>G PLAG1 Gene with PCR-RFLP Method and Its Association with Birth Weight in Bali Cattle
Abstrak: Sapi bali merupakan salah satu contoh sapi pedaging asli Indonesia yang memiliki keanekaragaman tinggi dan sebagai sumber daya genetik ternak asli Indonesia. Sumber daya genetik ternak sapi bali ini dapat dimanfaatkan untuk memenuhi kebutuhan konsumsi daging di Indonesia, tetapi potensi ini belum ditingkatkan secara optimal. Sapi bali berpotensi untuk dikembangkan dan ditingkatkan produktivitasnya, yaitu dengan seleksi pada tingkat molekuler. Salah satu gen yang berhubungan dengan pertumbuhan yaitu gen Pleomorphic adenoma gene 1 (PLAG1). Gen PLAG1 merupakan salah satu gen pengontrol pertumbuhan dan ukuran tubuh. Penelitian ini bertujuan menganalisis keragaman gen PLAG1 dengan metode PCR-RFLP dan asosiasinya dengan bobot lahir pada sapi bali. Sampel yang digunakan sebanyak 104 sampel yang terdiri dari 66 ekor sapi bali BPTU-HPT Denpasar dan 38 ekor sapi bali BPT-HMT Serading. Sapi yang dipilih untuk diuji keragaman genetiknya ini adalah sapi yang memiliki data bobot lahir. Analisis keragaman gen PLAG1 menggunakan metode PCR-RFLP dengan enzim restriksi Sac1. Program Popgen32 digunakan untuk menganalisis frekuensi genotipe dan alel, nilai heterosigositas, dan keseimbangan Hardy-Weinberg. Uji GLM digunakan untuk menganalisis asosiasi SNP c.795A>G gen PLAG1 dengan bobot lahir pada sapi bali. Amplifikasi fragmen gen PLAG1 menghasilkan panjang produk PCR sebesar 776 bp dan 2 alel. Genotipe yang dihasilkan adalah AA (562 bp dan 182 bp), AG (562 bp, 182 bp, dan 104 bp), dan GG (562 bp dan 104 bp). Gen PLAG1 pada sapi bali bersifat polimorfik. Frekuensi alel sapi bali di BPTU-HPT Denpasar dan BPT-HMT Serading berada pada keseimbangan Hardy-Weinberg dengan frekuensi alel tertinggi adalah alel G di kedua lokasi. Genotipe dari SNP c.795A>G gen PLAG1 berasosiasi dengan bobot lahir pada sapi bali. Genotipe AG memiliki bobot lahir tertinggi dengan alel A sebagai penentu bobot lahir tinggi., Bali cattle are one of the examples of native Indonesian beef cattle that have high diversity and are a genetic resource for native Indonesian cattle. The genetic resources of Bali cattle can be utilized to meet the needs of meat consumption in Indonesia, but this potential has not been optimally increased. Bali cattle have the potential to be developed and increase their productivity by selection at the molecular level. One of the genes associated with growth is the Pleomorphic adenoma gene 1 (PLAG1). The PLAG1 gene is one of the genes that control growth and body size. This study aimed to analyze the polymorphism of the PLAG1 gene using PCR-RFLP and its association with birth weight in Bali cattle. The total sample used was 104 samples consisting of 66 Bali cattle from BPTU-HPT Denpasar and 38 Bali cattle from BPT-HMT Serading. The selected cattle to be tested for genetic polymorphism are cattle that have birth weight data. Analysis of PLAG1 gene polymorphism was carried out using PCR-RFLP and Sac1 restriction enzyme. Popgen32 was used to analyze the genotype and allele frequencies, heterozygosity, and Hardy-Weinberg equilibrium. General Linear Model was used to analyze the association of SNP c.795A>G PLAG1 gene with birth weight in Bali cattle. PLAG1 gene amplification resulted from 776 bp fragments and 2 alleles. The PLAG1 gene consisted of three genotypes i.e. AA (562 bp and 182 bp), AG (562 bp, 182 bp,
Keyword: Bali cattle, PCR-RFLP, PLAG1 gene, polymorphism

Judul: Polymorphism of SNP c.957A>C of PLAG1 Gene and Its Association with Growth Traits in Bali Cattle
Abstrak: Salah satu upaya yang dapat dilakukan untuk meningkatkan mutu genetik pada sapi bali adalah dengan menerapkan metode seleksi berbasis teknologi molekuler DNA. Gen Pleomorphic Adenoma Gene 1 (PLAG1) adalah salah satu gen yang berpengaruh pada sifat pertumbuhan sapi. Gen PLAG1 terletak pada kromosom 14 dan memiliki 2 ekson dan 1 intron yang tersusun dari 2422 bp. Informasi terkait karakteristik gen PLAG1 single nucleotide polymorphism (SNP) c.957A>C pada sapi bali dan pengaruhnya terhadap sifat pertumbuhan masih sangat terbatas. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan untuk menganalisis keragaman SNP c.957A>C gen PLAG1 dan asosiasinya dengan sifat pertumbuhan dengan menggunakan metode Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP). Penelitian ini juga menggunakan sapi peranakan ongole (PO), madura, belgian blue (BB), dan limousin digunakan sebagai pembanding. Jumlah sampel darah sapi yang digunakan dalam penelitian ini sebanyak 120 sampel yang terdiri dari sapi bali sebanyak 52 ekor yang berasal dari Balai Besar Pembibitan Ternak Unggul dan Hijauan Pakan Ternak (BPTU-HPT) Denpasar. Sampel darah sapi bali ini diambil pada bulan Juli 2019. Sapi PO sebanyak 10 ekor yang diambil dari Balai Embrio Ternak (BET) Cipelang, Bogor pada November 2019 dan sebanyak 10 ekor diambil dari Village Breeding Centre (VBC) Kebumen pada tahun 2011. Sapi madura sebanyak 30 ekor yang diambil di VBC Pulau Sapudi dari bulan Juli 2013. Sapi BB sebanyak 10 ekor dan sapi limousin sebanyak 8 ekor yang diambil dari BPTU-HPT Padang Mangatas pada Agustus 2019. Data sifat Pertumbuhan sapi bali yang diperoleh dari BPTU-HPT Denpasar di Pulau Bali selanjutnya dikoreksi berdasarkan umur dan sistem pemeliharaan. Keragaman gen PLAG1|TaqI SNP c.957A>C selanjutnya dianalisis dengan menggunakan program PopGen 1.32. Hubungan antara keragaman genotipe gen PLAG1 dengan sifat pertumbuhan sapi bali dianalisis dengan menggunakan uji-t. Amplifikasi SNP c.957A>C gen PLAG1 berhasil dilakukan pada suhu 52 oC dengan panjang produk 744 bp. Genotipe yang ditemukan adalah genotipe homozigot (AA dan CC) dan genotipe heterozigot (AC) dengan frekuensi alel A dan C masing masing sebesar 0,10 dan 0,90 pada sapi bali. Frekuensi alel A dan C pada sapi madura sebesar 0,70 dan 0,30, sedangkan pada sapi PO, BB, dan limousin gen PLAG1|TaqI SNP c.957A>C bersifat monomorfik. Frekuensi alel pada sapi bali dan madura berada dalam keadaan equilibrium dengan frekuensi alel tertinggi adalah alel C pada sapi bali. Alel C diduga merupakan alel spesifik pada sapi bali. Genotipe PLAG1 SNP c.957A>C pada sapi bali tidak berasosiasi (P>0,05) dengan sifat pertumbuhan., Bali cattle productivity could be improve by applying a selection method based on DNA molecular technology. The Pleomorphic Adenoma Gene 1 (PLAG1) is one of the genes that affect the growth traits of cattle. The PLAG1 gene is located on chromosome 14 and has 2 exons and 1 intron composed of 2422 bp. Information regarding the characteristics of the PLAG1 gene single nucleotide polymorphism (SNP) c.957A>C in Bali cattle and its effect on growth characteristics is very limited. Therefore, this study was conducted to analyze the polymorphism of the SNP c.957A>C of the PLAG1 gene and its association with growth traits using the Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) method. This study also used Ongole (PO), Madura, Belgian Blue (BB),
Keyword: gen PLAG1, PCR-RFLP, sapi bali, sifat pertumbuhan, SNP, growth traits

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: