Judul: Aplikasi Instrumen Akustik EK 500 untuk Deteksi Sebaran Densitas Ikan di Perairan Pulau Alor Bagian Timur
Abstrak: Sumberdaya perikanan memiliki potensi yang besar dalam meningkatkan perekonomian. Informasi terkait sumberdaya perikanan dan distribusi perikanan di sekitar perairan Pulau Alor, Nusa Tenggara Timur masih belum diketahui dengan baik. SIMRAD EK500 merupakan sebuah instrumen yang memanfaatkan gelombang suara yang dapat digunakan untuk mendeteksi ikan dan sebaran densitas ikan. Instrumen ini dilengkapi dengan sistem transduser split beam echosounder yang dioperasikan pada frekunesi 38 kHz dan 120 kHz. Oleh karena itu, instrumen ini dapat digunakan untuk mengetahui potensi sumberdaya perikanan di perairan Pulau Alor. Tujuan penelitian ini adalah mengetahui sebaran densitas ikan, baik secara horizontal (lintang dan bujur) maupun vertikal (kedalaman) di perairan Pulau Alor bagian timur, serta jumlah densitas ikan di perairan. Penelitian ini dilakukan di perairan bagian utara, timur, dan selatan pada perairan Pulau Alor bagian timur. Hasil analisis menunjukkan densitas ikan yang terdeteksi di Pulau Alor yaitu 0- 1000 ind/m3. Penelitian dilakukan dengan membagi pengukuran menjadi beberapa lapisan kedalaman. Setiap lapisan perairan didominasi oleh nilai densitas ikan yang berbeda-beda yang disebabkan oleh adanya perbedaan kedalaman. Terdapat perbedaan hasil deteksi antara frekuensi 38 kHz dan 120 kHz yang menujukkan bahwa frekuensi yang rendah mendeteksi jumlah densitas yang besar.
Keyword: akustik perikanan, densitas ikan, Pulau Alor

Judul: Studi Densitas Ikan Menggunakan Metode Hidroakustik di Perairan Pulau Rote, Nusa Tenggara Timur
Abstrak: Hingga saat ini, informasi mengenai distribusi ikan di perairan sekitar Pulau Rote, Nusa Tenggara Timur masih kurang diketahui. Salah satu metode yang digunakan untuk mendeteksi dan mengukur distribusi ikan yaitu teknik hidroakustik. Tujuan penelitian ini adalah memetakan distribusi densitas ikan secara vertikal (kedalaman) dan horizontal (lintang dan bujur) di perairan Pulau Rote. Instrumen akustik yang digunakan yaitu SIMRAD EK500 dengan frekuensi operasi 38 kHz dan 120 kHz. Survei akustik dilakukan di perairan sekitar Pulau Rote dengan jalur paralel dan tegak lurus terhadap garis pantai. Hasil yang diperoleh yaitu densitas ikan terdeteksi pada rentang 10-1 < x < 103 individu/meter3. Frekuensi kemunculan densitas ikan memiliki nilai yang berbeda-beda setiap kedalamannya. Frekuensi kemunculan densitas ikan memiliki nilai yang tinggi pada kedalaman 40-60 meter dengan ukuran 101 < x < 102 yang diduga merupakan ikan pelagis kecil. Nilai densitas yang besar menunjukkan gerombolan ikan dengan ukuran yang kecil sedangkan nilai densitas yang kecil diduga sebagai ikan yang besar. Adanya perbedaan jumlah kemunculan yang diperoleh dengan menggunakan frekuensi 38 kHz dan 120 kHz, dimana densitas ikan yang terdeteksi lebih tinggi pada frekuensi 38 kHz dengan kedalaman lebih dari 80 meter. Pengaruh faktor oseanografi seperti suhu dan salinitas juga memengaruhi distribusi ikan pada setiap kedalaman. Ikan pelagis kecil biasanya hidup pada perairan dengan kondisi suhu dan salinitas yang homogen.
Keyword: akustik, densitas ikan, Pulau Rote, SIMRAD EK500

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA