Judul: Keragaman dan Struktur Genetik Plasma Nutfah Kelapa Sawit Koleksi Taman Buah Mekarsari Berdasarkan Karakter Agronomi dan Marka Mikrosatelit
Abstrak: Kelapa sawit merupakan salah satu tanaman yang memiliki nilai ekonomi penting sebagai sumber penghasil minyak nabati utama di dunia dan memiliki produktivitas tertinggi dibandingkan dengan tanaman-tanaman penghasil minyak nabati lain. Di Indonesia, kelapa sawit termasuk ke dalam salah satu komoditas perkebunan strategis karena menjadi sumber penghasil devisa utama dan mampu menghidupi jutaan masyarakat yang bergerak pada sektor perkebunan. Keberlanjutan produksi tanaman kelapa sawit di Indonesia pada saat ini dihadapkan pada permasalahan utama yaitu ketersediaan lahan untuk perluasan perkebunan kelapa sawit semakin terbatas. Diperlukan upaya intensifikasi melalui peningkatan potensi genetik tanaman agar produktivitas per hektar dapat meningkat. Karakter laju pertambahan tinggi yang lambat dan karakter arsitektur tajuk kompak merupakan dua karakter penting yang menjadi target seleksi untuk mendukung upaya intensifikasi perkebunan. Makin lambat tanaman bertambah tinggi, makin panjang umur produktif tanaman karena makin mudah tandantandannya untuk dipanen. Pada saat ini, rata-rata laju pertambahan tinggi tanaman dari 37 varietas komersial yang telah dilepas di Indonesia berkisar antara 50-70 cm per tahun yang berarti bahwa pada umur 20 tahun tinggi tanamannya sudah mencapai 10 – 14 meter sehingga tandan-tandannya sudah relatif sulit untuk dipanen. Oleh karena itu masih diperlukan program pemuliaan untuk menghasilkan varietas unggul kelapa sawit yang memiliki karakter laju pertambahan tinggi yang lambat. Karakter tersebut dapat diintegrasikan ke genotipe yang sudah memiliki karakter produksi minyak tinggi. Ketersediaan sumber genetik dan variabilitas genetik yang luas merupakan faktor penentu keberhasilan program pemuliaan tanaman. Populasi kelapa sawit yang umum dibudidayakan di Indonesia merupakan populasi F1 (DxP) hasil persilangan genotipe-genotipe dura sebagai tetua betina dengan genotipe-genotipe pisifera sebagai tetua jantan pada spesies Elaeis guineensis. Upaya untuk merakit varietas DxP yang memiliki kombinasi daya hasil tinggi dan laju pertambahan tinggi yang lambat dimulai dengan merakit dan memperbaiki potensi genetik tetuanya secara bersamaan baik dari populasi dura maupun populasi pisifera. Salah satu plasma nutfah yang dapat digunakan untuk pemuliaan kelapa sawit super pendek yaitu dura Elmina 206 (E206). Populasi dura E206 merupakan populasi yang dikembangkan dari satu tanaman deli dura yang mengalami mutasi spontan. Mutan ini ditemukan di perkebunan kelapa sawit Elmina, Malaysia. Mutan E206 memiliki postur pendek yang berbeda jauh dengan deli dura sehingga dikenal sebagai dura dumpy. Plasma nutfah kelapa sawit lain yang dapat digunakan sebagai sumber untuk karakter pendek yaitu plasma nutfah E. oleifera. Hampir semua genotipe E. oleifera memiliki laju pertambahan tinggi yang super lambat yaitu sekitar 10-12 cm per tahun atau tingginya hanya sekitar 2 – 2.4 m pada usia 20 tahun. Penelitian ini mengkaji keragaman genetik karakter laju pertambahan tinggi tanaman dan karakter-karakter agronomi lain dari plasma nutfah kelapa sawit koleksi Taman Buah Mekarsari. Selain itu, marka mikrosatelit sebagai marka yang bersifat kodominan dan multialelik digunakan pada penelitian ini untuk mengestimasi struktur genetik yang bermanfaat untuk menentukan strategi pemuliaan. Penelitian dilaksanakan mulai bulan Januari 2014 sampai Maret 2017 di Kebun Percobaan PT. Sasaran Ehsan Mekarsari, Cileungsi, Bogor dan di Laboratorium Biologi Molekuler Tanaman (PMB Lab), Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor. Penelitian yang dilakukan dibagi menjadi lima bagian yang terdiri atas (1) analisis keragaman karakter agronomi pada 18 populasi dura elit, (2) analisis struktur genetik pada 26 populasi dura elit
Keyword: kelapa sawit, E. guineensis, E. oleifera, karakter seleksi, heterozigositas genetik, analisis biplot

Judul: Keragaman, Struktur Populasi, Pemetaan Asosiasi dan Pendugaan Parameter Genetik Populasi Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.) dari Kamerun
Abstrak: Kelapa Sawit merupakan tanaman penghasil minyak nabati paling penting di dunia. Pada tanaman tahunan seperti Kelapa Sawit, ketersediaan keragaman genetik, serta seleksi dengan bantuan marka DNA (Marker-Assisted Selection) berbasis genom akan berperan penting dalam pengembangan varietas berdaya hasil tinggi dengan karakter penting lain terkait dengan produksi dan mutu hasil minyaknya. Penelitian ini terdiri dari lima bagian yang terkait dengan analisis keragaman dan struktur genetik plasma nutfah kelapa sawit di Kamerun dengan pendekatan whole genome sequencing dan analisis keragaan populasi persilangan tetua terpilih terkait dengan karakter morfologi dan produksi. Pada bagian pertama dipelajari keragaman genetik genom, struktur populasi dan Admixture dari populasi plasma nutfah kelapa sawit Kamerun dengan menggunakan NextRAD technology. Genotipe yang dianalisis sekuennya terdiri dari 169 aksesi liar, 25 progeni F1, 9 tetua terpilih dan satu aksesi Elaeis oleifera sebagai outgrup. Data sekuens yang diperoleh menunjukkan terdapat 21,302 basa yang polimorfik yang terdiri dari 20,959 substitusi basa tunggal atau Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) dan 343 insertions/deletions (INDEL). Hal ini menunjukkan besarnya tingkat keberagaman genetik dari genom aksesi yang di analisis. Jumlah kejadian transisi mutasi titik (transition point mutation events) lebih banyak dibandingkan jumlah tranvesi dengan nisbah transversi/transisi sebesar 9.65. Analisis lebih lanjut terhadap struktur populasi genetik menunjukkan adanya tiga sub-populasi utama, dan sebagain besar individu yang digunakan pada penelitian ini merupakan admixed. Pada bagian kedua dilakukan kajian untuk mendeteksi beberapa bagian genom yang diduga memiliki peran penting dalam mengendalikan karakter vegetatif, kandungan minyak dan komponen hasil buah pada kelapa sawit berdasarkan genom sumberdaya genetik yang dianalisis. Pada sebagian karakter vegetatif, frekuensi alel dan genotipe mengikuti hukum keseimbangan Hardy-Weinberg (P<0.01), jadi sudah ada destruksi “genetic flow” di populasi tersebut. Pada keseluruhan genom diketahui adanya sejumlah SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) berasosiasi dengan karakter vegetatif, kandungan minyak dan komponen hasil buah. Hal ini menunjukkan adanya bagian genom mengandung gen-gen yang mengendalikan berberapa karakter fenotipik penting yang berguna untuk seleksi pada pemuliaan kelapa sawit. Selanjutnya adanya keterpautan antar SNP yang berasosiasi dengan karakter penting, menunjukkan segregasi pautan-pautan yang tersebar antar kromosom pada genom kelapa sawit. Pada bagian ketiga dilakukan analisis daya gabung dan aksi gene beberapa karakter kuantitatif penting dengan menggunakan metode North Carolina II mating design. Sebanyak empat famili betina Dura (DA2356D, DA787D, DA507D, and LM7899D), tiga famili jantan Tenera (LM9175T, LM9287T, and LM9927T) dan progeni hasil persilangannya ditanam di Specialized Centre for Oil Palm Research of Cameroon. Hasil percobaan menunjukkan bahwa terdapat perbedaan yang nyata antara famili betina dan famili jantan pada sebagian besar karakter yang diamati. Dua famili betina diidentifikasi sebagai tetua yang memiliki daya gabung umum (DGU) yang baik uktuk karakter hasil dan komponen hasil, sehingga keduanya dapat digunakan dalam perakitan varietas kelapa sawit karena memiliki potensi yang baik dalam aksi gen aditif. Dua famili jantan menunjukkan daya gabung umum (DGU) yang baik untuk sebagian besar sifat yang diamati. Beberapa persilangan menunjukkan daya gabung khusus (DGK) yang baik untuk komponen hasil, komponen kualitas hasil dan pertambahan tinggi pohon. Nisbah σ²gca/σ²sca, [σ²D/σ²A]1/2 yang beragam, dengan pendugaan heritabilitas arti sempit yang rendah menunjukkan peran aksi gen non aditif yang lebih tinggi. Interaksi famili jantan Tenera menunjukkan kontribusi yang besar dalam keragaan karakter yang
Keyword: GWAS, NGS, single nucleotide polymorphism, North Carolina II, kelapa sawit, North Carolina II, kelapa sawit Remove, GCA, SCA, aksi gene, keragaman genetik, progeni introgresi, heritabilitas, kemajuan seleksi, fenotipik, Kamerun

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: