Judul: Struktur Komunitas Zooplankton di Perairan Teluk Jakarta
Abstrak: Waktu pengambilan data dilakukan tiga kali yaitu bulan Oktober 2003, Mei dan Oktober 2004. Lokasi pengambilan sampel terdiri dari 23 titik stasiun yang terbagi dalam empat Zona, yaitu Zona A, B, C, dan D. Masing-masing Zona berjarak 5 Km, 10 Km, 15 Km dan 20 Km. Dari hasil pengamatan didapat 52 jenis Zooplankton yang termasuk dalam Filum Protozoa, Coelenterata, Ctenophora, Annelida, Chaetognata, Arthoropoda, Protochordata, Mollusca, Echinodermata dan beberapa stadia Larvae. Dari Filum diatas terbagi dalam 12 Kelas yaitu Crustacea, Cilliata, Mollusca, Urochordata, Polychaeta, Sarcodina, Echinodermata, Hydrozoa, Sagittoidea, Larvae, Actyropyga dan Tentaculata. Dari pengambilan contoh zooplankton pada keempat Zona maka kelimpahan tertinggi ditemukan pada stasiun C5 (Zona C) dengan nilai 94.884 ind/m3 dan kelimpahan terendah pada stasiun A3 dan A4 (Zona A) dengan nilai 3.346 ind/m3. Apabila nilai kelimpahan total di rata-ratakan maka Zona D memiliki nilai tertinggi yaitu sebesar 63.833 ind/m3 dan Zona A memiliki nilai terendah yaitu 8.810 ind/m3. Komposisi jenis di dominasi oleh kelas Crustacea dengan persentase tertinggi pada Zona C sebesar 50 %. Kelimpahan total rata-rata Zooplankton semakin jauh ke pantai semakin meningkat. Dari nilai indeks keanekaragaman, keseragaman dan dominansi selama pengamatan didapat nilai sebagai berikut; nilai indeks keanekaragaman rata-rata 1,457 atau berkisar antara 1,341 – 1,581, nilai indeks keseragaman rata-rata 0,478 atau berkisar antara 0,438 – 0,518, sedangkan nilai indeks dominansi berkisar antara 0,267 – 0,342. Secara umum bahwa perairan Teluk Jakarta memiliki keanekaragaman zooplankton yang rendah (< 2,30), keseragaman yang terjadi relatif sedang dalam arti bahwa jumlah individu setiap jenis tidak jauh berbeda atau dengan kata lain tidak ada individu yang mendominasi.
Keyword: 

Judul: Struktur komunitas fitoplankton di perairan Teluk Jakarta
Abstrak: Pengambilan sampel dilaksanakan pada bulan Juni 2003, Oktober 2003 dan Mei 2004 di permukaan perairan Teluk Jakarta dengan 23 stasiun yang terbagi dalam empat zona, yaitu zona A, B, C dan D. Masing-masing zona berjarak 20 km, 15 km, 10 km dan 5 km dari pantai. Parameter fisika-kimia perairan yang dianalisis meliputi suhu, kecerahan, salinitas, DO, pH, ammonia, dan nitrat. Analisis data yang dilakukan meliputi kelimpahan, indeks keanekaragaman, keseragaman, dominansi dan kesamaan antar stasiun berdasarkan kelimpahan fitoplankton. Untuk melihat hubungan kelimpahan dengan parameter fisika-kimia digunakan analisis regresi berganda. Fitoplankton yang ditemukan di perairan Teluk Jakarta terdiri dari 4 kelas, yaitu Bacillariophyceae (37 jenis), Dinophyceae (13 jenis), Chrysophyceae (3 jenis) dan Cyanophyceae (2 jenis). Komposisi kelas Bacillariophyceae berkisar antara 66,00% 76,74%, Dinophyceae berkisar antara 19,61% 26,00 %, Chrysophyceae, 2,33% -4,00% dan Cyanophyceae 0% - 4,00%. Kelimpahan fitoplankton menunjukan jumlah yang bervariasi pada setiap zona pengamatan. Kisaran kelimpahan total fitoplankton pada setiap bulan pengamatan cukup besar, berkisar antara 172.491.548 sel/m³ 552.502.544 - sel/m³. Jenis fitoplankton yang dominan adalah Chaetocheros sp. dan Stephanopyxis sp. Indeks keanekaragaman (H') pada pengamatan bulan Juni 2003 berkisar antara 0,4-2,7; indeks keseragaman (E) berkisar antara 0,1-0,7 dan indeks dominansi (C) berkisar antara 0,09-0,79. Pada pengamatan bulan Oktober 2003, diperoleh indeks keanekaragaman (H') berkisar antara 0,14-2,15; indeks keseragaman (E) berkisar antara 0,04-0,69 dan nilai indeks dominansi (C) berkisar antara 0,14-0,96. Pada pengamatan bulan Mei 2004, diperoleh indeks keanekaragaman (H') berkisar antara 0,1-1,92; indeks keseragaman (E) berkisar antara 0,03-0,52 dan nilai indeks dominansi (C) berkisar antara 0,20-0,97. Secara umum indeks keanekaragaman dan indeks keseragaman fitoplankton di perairan Teluk Jakarta tergolong rendah dan indeks dominansi tergolong sedang sampai tinggi.
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA