Judul: Identification of Potential Polysaccharide Macroalgae  Compounds as  SARS-CoV-2 3CL Protease Inhibitors by Molecular Docking  Method
Abstrak: COVID-19 merupakan penyakit yang disebabkan oleh virus Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Hingga saat ini belum ada obat khusus untuk penyembuhan penyakit COVID-19. Protease 3CL menjadi target untuk desain obat anti-CoV karena dapat memblokir proses replikasi virus. Dalam penemuan obat, bahan alam berperan penting untuk berbagai aktivitas biologis. Salah satu bahan alam yang telah digunakan, yaitu senyawa polisakarida alga. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi potensi senyawa polisakarida makroalga, yaitu agar, agarosa, κ- karagenan, ι-karagenan, laminaran, alginat, fukoidan, deae-selulosa, mannan, rhamman sulfat, dan ulvan sebagai inhibitor protease 3CL SARS-CoV-2 dengan metode penambatan molekuler melalui analisis energi pengikatan, konstanta inhibisi, interaksi ikatan hidrogen, prediksi aturan Lipinski, dan toksisitas ligan. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa senyawa mannan paling berpotensi sebagai inhibitor protease 3CL. Berdasarkan perubahan energi bebas Gibbs (∆G), tetapan inhibisi, dan jumlah ikatan hidrogen yang didapat berturut-turut, yaitu sebesar -10,9 kkal/mol; 0,01 μM; dan 4 ikatan hidrogen. Senyawa mannan tidak memenuhi prediksi aturan Lipinski dan tergolong ke dalam senyawa praktis tidak toksik. Kata kunci: penambatan molekuler, polisakarida makroalga, protease 3CL, OVID-19 is a disease caused by the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Until now, there is no specific drug to treat COVID-19. Protease 3CL is a target for anti-CoV drug design because it can block the viral replication process. In drug discovery, natural materials play an important role in various biological activities. One of the natural materials that have been used is algae polysaccharide compounds. This study aims to identify the potential of macroalgae polysaccharide compounds, such as agar, agarose, κ-carrageenan, ι-carrageenan, laminaran, alginate, fucoidan, deae-cellulose, mannan, rhamman sulfate, and ulvan as a SARS-CoV-2 3CL protease inhibitor with molecular docking method through analysis of binding energy, inhibition constants, hydrogen bond interactions, prediction of Lipinski rule, and ligand toxicity. The results of this study indicate that the mannan compound has the most potential as a 3CL protease inhibitor. Based on the change in Gibbs free energy (∆G), the inhibition constant, and the number of hydrogen bonds obtained, respectively, are -10.9 kcal/mol; 0.01 M; and 4 hydrogen bonds. Mannan compounds do not comply with the predictions of Lipinski's rules and are classified as practically non-toxic compounds. Keywords: 3CL protease, macroalgae polysaccharide, molecular docking
Keyword: 3CL protease, macroalgae polysaccharide, molecular docking

Judul: Active Compounds of Natural Products as Covid-19 Antivirus Candidates Using Molecular Docking and Dynamics Studies
Abstrak: Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) adalah virus penyebab Coronavirus 2019 (COVID-19) yang menjadi pusat perhatian global pada tahun 2020. Hingga saat ini, belum ada obat yang terbukti efektif untuk pengobatan atau pencegahan COVID-19. Kajian pengembangan inhibitor virus dilakukan dengan metode virtual screening dan simulasi molecular docking. Enam protein esensial yang berperan dalam perkembangan virus, seperti protein 3CL-Pro, PL-Pro, Helikase, Protein N, E, dan M digunakan sebagai protein target. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendapatkan model interaksi ligan senyawa alam aktif terhadap protein reseptor yang dikode oleh genom SARS-CoV-2 dan energi ikat bebasnya sehingga dapat mengusulkan senyawa aktif dari produk alam yang berpotensi sebagai obat untuk COVID-19. Autodock Vina, Autodock 4.2, PSOVina, dan Amber20 digunakan dalam penelitian ini. Berdasarkan nilai energi ikat bebas dan interaksi protein-ligan, diperoleh kandidat senyawa dengan nilai terbaik untuk setiap protein target. Korilagin (-14,42 kkal/mol), Skutelarein 7-rutinosida (-13,2 kkal/mol), Genistein 7-O-glukuronida (- 10,52 kkal/mol), Basa Biflavonoid-flavon + 3O dan basa flavanon + 2O + 1MeO (- 11 ,88 dan -9,61 kkal/mol), dan Enoksolon (-6,96 kkal/mol) memiliki nilai energi bebas terbaik pada setiap protein target yang menunjukkan bahwa senyawa tersebut berpotensi sebagai inhibitor protein virus untuk diteliti lebih lanjut. Penelitian ini terbatas pada simulasi komputer, dimana hasil yang diperoleh masih berupa prediksi. Diperlukan penelitian lebih lanjut untuk menguji aktivitas ligan terpilih yang memiliki nilai energi bebas terendah dari keenam protein target. Pada uji stabilitas dengan simulasi dinamika molekul, kompleks 3CL-Pro – Korilagin merupakan kompleks yang paling stabil dibandingkan kompleks lainnya, sehingga korilagin merupakan senyawa yang paling direkomendasikan untuk diteliti lebih lanjut., Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is the virus that causes Coronavirus 2019 (COVID-19) which has become the center of global attention in 2020. To date, there has been no proven effective drug for the treatment or prevention of COVID-19. A study on the development of inhibitors for this virus is carried out using virtual screening and molecular docking simulation methods. Six essential proteins that play a role in virus development, such as 3CL-Pro, PL-Pro, Helicase, N, E, and M protein were used as protein targets. The purpose of this study was to obtain a model of ligands interactions of active natural compounds against the receptor protein encoded by the SARS-CoV- 2 genome and their free binding energy so that it can propose active compounds from natural products that have potential as a drug for COVID-19.Autodock Vina, Autodock 4.2, PSOVina, and Amber20 were used in this study. Based on the value of free binding energy and protein-ligand interactions, the candidate compounds with the best value are obtained for each target protein. Corilagin (-14,42 kcal/mol), Scutellarein 7-rutinoside (-13,2 kcal/mol), Genistein 7-O-glucuronide (-10,52 kcal/mol), Biflavonoid-flavone base + 3O and flavanone base + 2O + 1MeO (-11,88 and -9,61 kcal/mol), and Enoxolone (-6,96 kcal/mol) has the best free energy value at each protein target indicating that the compound has the potential as a viral protein inhibitor for further investigation. This research is limited to computer simulations, where the results obtained are still a prediction. Further research is needed to test the selected ligand activity, which has the lowest
Keyword: covid-19, molecular docking, molecular dynamic, natural compound, sars-cov-2, virtual screening

Judul: Performa reproduksi burung puyuh (Coturnix coturnix japonica) umur 8 - 11 minggu pada perbandingan jantan dan betina berbeda
Abstrak: ilik Undang-undang Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Lapang A Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak dan Bagian Ilmu Produksi Ternak Unggas, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan Fakultas Peternakan Institut Pertanian Bogor. Penelitian ini dilaksanakan dari akhir Januari sampai dengan awal April 2005. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendapatkan perbandingan jantan dan betina yang optimum terhadap performa reproduksi selain itu untuk mengetahui persaingan antar jantan jika dalam satu kandang koloni terdapat lebih dari satu ekor pejantan. Penelitian ini menggunakan 180 ekor burung puyuh Coturnix coturnix japonica berumur empat minggu. Burung puyuh betina berjumlah 144. ekor dan burung puyuh jantan berjumlah 36 ekor. Rancangan percobaan yang digunakan dalam penelitian ini adalah Rancangan Acak Kelompok dengan enam taraf perlakuan dan empat ulangan sebagai kelompok, dengan taraf perlakuannya adalah perbandingan jantan dan betina yaitu: 1:2; 1:4; 1:6; 2:4; 2:8 dan 2:12. Data yang diperoleh diuji sebaran normalnya terlebih dahulu dengan uji Lilliefors (Nasoetion dan Barizi, 1975) salah satu tipe dari uji Kolmogorov-Smirnov (Mattjik dan Sumertajaya, 2002), data dalam persen ditransformasi ke dalam arcsin selanjutnya dianalisis ragam...
Keyword: