Judul: Utilization of DNA Barcode Markers for Species Identification of Selected Genera in Fabaceae
Abstrak: Fabaceae is an invaluable plant family with considerable ecological and economic importances due to its high value and benefits as food sources, soil fertilization agent, and medicinal plants. However, Fabaceae has been overexploited in Indonesia and several species belong to this family are critically endangered. Due to morphological similarity, rapid and accurate identification of Fabaceae species is essential to support its conservation efforts. Nowadays, species identification through DNA barcoding has become an effective taxonomic classification tool. This study was aimed to evaluate the effectiveness of chloroplast markers, matK and rbcL and the combination (matK+rbcL), as DNA barcodes for the identification of seleted genera in Fabaceae. The results showed that the length of the DNA sequences produced from the samples in this study was 568 bp for matK, 479 bp for rbcL, and 1,047 bp for matK+rbcL. Different sequence lengths at each locus are useful as early identification to differentiate species. The highest percentage of varied loci was obtained from the matK (56,69%). The matK+rbcL and matK loci had the highest identification rates (90% and 82,05%) at the species level. In addition, matK has the highest mean of interspecific distance (0,314) and intraspecific distance (0,003). The matK and the matK+rbcL combination have a better ability for species identification or species confirmation up to the species level than the rbcL, so the matK and the matK+rbcL combination are more recommended for Fabaceae plant identification. In the barcoding gap analysis, the average value of the interspecific distance is higher than the intraspecific distance. The mean value of rbcL intraspecific value is smaller than the matK. This is presumably because rbcL, which plays a role in encoding the RuBisCO protein, is thought to have a low mutation rate so that the level of similarity between species is high. In phylogenetic tree reconstruction, the neighbor joining method has a high monophyletic percentage and this method is quite effective for large datasets and is more informative in phylogenetic tree reconstruction.
Keyword: DNA barcode, Fabaceae, phylogenetic, matK, rbcL

Judul: Pemanfaatan Marka DNA Barcode Untuk Identifikasi Jenis Dari Genus Terpilih pada Famili Myrtaceae
Abstrak: Tumbuhan dari famili Myrtaceae adalah tumbuhan yang keberadaannya berlimpah di daerah tropis dan sub tropis. Menurunnya areal luas hutan Indonesia menyebabkan keanekaragaman dari famili Myrtaceae ikut menurun, akibatnya beberapa jenis tumbuhan dari famili Myrtaceae sudah masuk ke dalam status extinct dan banyak jenis lainnya yang telah masuk ke dalam kategori critically endangred. Maka dari itu, upaya konservasi perlu dilakukan untuk menyelamatkan keberadaan dan keragaman jenis tumbuhan dari famili Myrtaceae. Mengingat famili Myrtaceae terdiri dari jenis yang sangat beragam dan penyebarannya yang luas, seringkali jenis tumbuhan dari famili Myrtaceae sulit untuk diidentifikasi secara tepat jika hanya berdasarkan karakteristik morfologis. Kesalahan identifikasi jenis yang cukup sering terjadi dapat berakibat kurang baik jika dikaitkan dengan kegiatan konservasi. Pendekatan baru untuk identifikasi tumbuhan yang lebih akurat sangat diperlukan dalam upaya mengurangi kesalahan identifikasi, dan salah satu pendekatan yang telah terbukti cepat dan akurat dalam mengidentifikasi jenis, khususnya tumbuhan adalah DNA barcoding. Penggunaan penanda DNA matK dan rbcL telah direkomendasikan sebagai barcode standar untuk tumbuhan. Oleh karena itu, pada penelitian ini penanda matK dan rbcL digunakan untuk melihat efektifitasnya dalam mengidentifikasi tumbuhan dari famili Myrtaceae, khususnya pada 42 genus besar dari famili ini. Berdasarkan analisis kecocokan morfologi dan molekuler, dapat disimpulkan bahwa ketiga penanda yang digunakan sudah cukup baik dalam mengidentifikasi tumbuhan setidaknya sampai pada tingkat genus. Penanda yang direkomenadasikan untuk menjadi DNA barcode pada Myrtaceae adalah penanda dengan kemampuan diskriminasi yang tinggi, matK memiliki kemampuan diskriminasi yang tinggi dan secara signifikan meningkat pada penanda gabungan (matK+rbcL) dibanding rbcL yang meskipun baik dalam mengamplifikasi namun memiliki tingkat diskriminasi yang paling lemah. Pohon filogenetik dibangun untuk melihat kekerbatan yang terbentuk antar spesies, dengan membanding penenda-penanda yang digunakan, dan dengan dua pendekatan berbeda yaitu Maximum Likelihood (ML) dan Bayesian Inference (BI). Pohon filogenetik dari tiga penanda berbeda mampu memberikan taksonomi yang cukup jelas, dan penanda gabungan merupakan penanda yang menghasilkan pohon terbaik dengan penempatan topologi yang sesuai serta nilai dukungan statistik yang valid pada beberapa clade. Sedangkan metode terbaik yang mampu menggambarkan kekerabatan dalam famili Myrtaceae adalah BI dengan resolusi tertinggi pada tingkat genus maupun spesies jika dibandingkan dengan ML.
Keyword: DNA Barcode, Filogenetik, matK, Myrtaceae, rbcL

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: