Judul: Binding Site Prediction of Light Subunit Mushroom Tyrosynase (LSMT): Molecular Docking Simulation
Abstrak: Light Subunit Mushroom Tyrosinase (LSMT) merupakan protein pada jamur kancing (Agaricus bisporus). LSMT disebut sebagai lectin-like protein. Protein lektin diketahui dapat digunakan sebagai carrier untuk menargetkan obat secara spesifik ke sel dan jaringan yang berbeda. Oleh karena itu, LSMT berpeluang sebagai drug carrier. Namun situs pengikatan LSMT belum diketahui secara jelas. Tujuan penelitian ini melakukan prediksi situs pengikatan (binding site) antara LSMT dengan ligan dan menentukan ligan yang memiliki energi ikat y. Prediksi situs pengikatan merupakan langkah kunci dalam drug design. Prediksi situs ini menggunakan metode komputasi dengan menggunakan program Autoligan pada Autodock Tools. Penambatan molekul dilakukan pada situs pengikatan yang telah diperoleh dan diperoleh 4 situs pengikatan yang memiliki kekuatan ikatan cukup baik dengan ligan yang digunakan. Ligan yang digunakan yaitu gula jenis fructose, glucose, sugar alcohol, galactose, dan mannose sebagai ligan uji, serta acetyllactosediamine, fucose, galactose, N-acetyl-glucosamine, N-acetyl-galactosamine, L-3,4-dihydroxyphenylalanine, N-acetyl-neuraminic acid, dan ꞵ-Carotene sebagai ligan pembanding., Light Subunit Mushroom Tyrosinase (LSMT) is a protein that is found in button mushroom (Agaricus bisporus). LSMT has been categorization as a lectin-like protein. Lectin proteins are known can use as a drug carrier, opening the possibility of LMST to be used in the same way. Binding site prediction is one of the key steps in drug design, underlining the importance of investigating the still unknown binding sites of LMST. The objective of this research is to predict the binding sites between LMST and ligands and to determine ligands with a high binding energy. The binding site prediction was done computationally using the Autoligand program in Autodock Tools. The binding sites predicted by the program were then used as locations for docking simulations with these ligands: fructose, glucose, sugar alcohol, galactose, and mannose as a test ligand, and acetyllactosediamine, fucose, galactose, N-acetyl-glucosamine, N-acetyl-galactosamine, L-3,4-dihydroxyphenylalanine, N-acetyl-neuraminic acid and as a comparison ligand. Four of the binding sites were found to have good bond strength with the ligands used in the simulations.
Keyword: binding site, docking, lectin-like

Judul: Identification of Merbau Wood (Intsia palembanica) Active Compounds and Their Potential as In Silico Tyrosinase Enzyme Inhibitors
Abstrak: Tirosinase merupakan enzim pembatas laju yang terkait dengan sintesis melanin dalam melanosit. Peningkatan produksi melanin (melanogenesis) di melanosit menyebabkan terjadinya hiperpigmentasi atau penggelapan kulit. Senyawa aktif kayu merbau dapat digunakan sebagai inhibitor tirosinase. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi senyawa aktif kayu merbau dengan LC-MS serta menguji potensi senyawa aktif tersebut sebagai inhibitor tirosinase melalui parameter Energi Bebas Ikatan (∆G), Konstanta Disosiasi (Kd), dan jenis interaksi yang terbentuk antara ligan dan reseptor. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah ekstraksi, LC-MS, dan penambatan molekuler menggunakan perangkat lunak YASARA Structure dengan reseptor 5M8M yang berasal dari homo sapiens. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat 25 senyawa aktif ekstrak etanol kayu merbau hasil LC-MS. Sebanyak 1 dari 25 senyawa yang berpotensi sebagai inhibitor tirosinase yaitu senyawa artemidiol. Senyawa artemidiol menunjukkan aktivitas inhibitor tirosinase terbaik dengan nilai ∆G sebesar -7.231 kkal/mol dan Kd 5.007 µM. Senyawa artemidiol memiliki 5 ikatan hidrogen. Simpulan dari penelitian adalah ligan uji artemidiol sangat berpotensi sebagai inhibitor tirosinase daripada ligan alami asam kojat., Tyrosinase is a rate limiting enzyme associated with melanin synthesis in melanocytes. Increased melanin production (melanogenesis) in melanocytes causes hyperpigmentation or darkening of the skin. The active compound of merbau wood can be used as a tyrosinase inhibitor. This study aimed to identify the active compound merbau wood with LC-MS and to test the potential of the active compound as a tyrosinase inhibitor through the parameters of bond free energy (∆G), dissociation constant (Kd), and the type of interaction formed between the ligand and the receptor. The methods used in this study were extraction, LC-MS, and molecular anchoring using YASARA Structure software with 5M8M receptors derived from homo sapiens. The results showed that there were 25 active compounds in the ethanol extract of merbau wood from LC-MS. As many as 1 of 25 compounds that had the potential as tyrosinase inhibitors were artemidiol compounds. Artemidiol compounds showed the best tyrosinase inhibitor activity with G values of -7.231 kcal/mol and Kd of 5.007 µM. Artemidiol compounds had 5 hydrogen bonds. The conclusion of the research was that the artemidiol test ligand had the potential as a tyrosinase inhibitor rather than the natural ligand of kojic acid.
Keyword: Hyperpigmentation, Melanogenesis, Merbau Wood, Molecular Docking, Tyrosinase

Judul: Kekerasan Terhadap Perempuan Dalam Surat Kabar (Analisis Isi terhadap Berita Perkosaan dalam Surat Kabar Pikiran Rakyat dan Galamedia Periode (April - September 2004)
Abstrak: Kasus kekerasan terhadap perempuan di Indonesia, dalam hal ini perkosaan, menurut data dari Komite Nasional Perempuan menunjukkan peningkatan. Pada tahun 2002 tercatat sekitar 5.163 kasus kekerasan terhadap perempuan, setahun kemudian kasus tersebut meningkat menjadi 5.934 (Pikiran Rakyat, 11 Februari 2004). Kasus yang tercatat ternyata jauh lebih kecil dibandingkan dengan kenyataan yang ada dalam masyarakat karena seringkali kasus tersebut disembunyikan (Pikiran Rakyat, 20 Juni 2004). Hal ini disebabkan karena diancam oleh pelaku dan juga adanya anggapan bahwa peristiwa perkosaan merupakan peristiwa yang memalukan sehingga membuat korban maupun keluarganya jarang melaporkan ke pihak yang berwajib. Padahal, dengan melaporkan peristiwa perkosaan berarti memberi kesempatan kepada surat kabar untuk membuka peristiwa tersebut kepada khalayak lebih luas agar peristiwa itu mendapat perhatian dan dijadikan pelajaran bagi pembacanya untuk dapat mengurangi terjadinya peristiwa itu (Abrar, 1997). Ha ilik IPBU Namun, pada kenyataannya, surat kabar justru memberitakan berita perkosaan dengan tidak adil, dalam arti membuat posisi korban menjadi semakin terpojok, misalnya, dengan mendeskripsikan fisik korban yang akan membuat peristiwa itu seolah-olah disebabkan oleh perempuan itu sendiri (Eriyanto, 1998). Pemberitaan seperti itu dapat membentuk opini dalam masyarakat, yaitu masyarakat akan menganggap bahwa peristiwa perkosaan merupakan peristiwa yang wajar yang terjadi karena perempuan itu sendiri. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui signifikansi berita perkosaan dalam surat kabar dan pembahasan teks berita perkosaan yang dilakukan surat kabar Pikiran ..dst
Keyword: