Judul: Potensi Bakteri Penghasil AHL Laktonase sebagai Pengendali Busuk Lunak Kentang oleh Dickeya dadantii.
Abstrak: Dickeya dadantii adalah bakteri fitopatogen yang memproduksi enzim Plant Cell-Wall Degrading Enzyme (PCWDE) sebagai faktor virulensinya. Ekspresi gen yang berkaitan dengan produksi PCWDE diregulasi melalui mekanisme quorum sensing (QS). QS merupakan mekanisme komunikasi antara sel bakteri untuk meregulasi ekspresi-ekspresi gen yang berkaitan dengan pertahanan diri seperti gen yang berkaitan dengan virulensi bakteri, pembentukan enzim ekstraseluler, pembentukkan biofilm dan motilitas bakteri. Proses komunikasi bakteri hanya dapat terjadi ketika bakteri dalam jumlah quorum dan konsentrasi senyawa autoinduser yang dikeluarkan bakteri mencapai ambang batas. Senyawa autoinduser tersebut akan berikatan dengan protein regulator sehingga mengaktifkan ekspresi gen tertentu. Asil homoserin lakton (AHL) merupakan senyawa autoinduser universal pada bakteri Gram Negatif. Enzim AHL laktonase merupakan enzim yang dapat mendegradasi ikatan ester pada senyawa AHL sehingga mekanisme quorum sensing (QS) terganggu. AHL laktonase disandikan oleh gen aiiA. Gangguan pada mekanisme QS mengakibatkan inaktivasi gen-gen yang berkaitan dengan produksi PCWDE pada D. dadantii. Gangguan dalam mekanisme QS tidak akan menyebabkan bakteri fitopatogen mati akan tetapi hanya mempengaruhi ekspresi gen sehingga dapat menekan resistensi. Aplikasi bakteri AHL laktonase dapat dikembangkan menjadi salah satu strategi pengendalian bakteri fitopatogen. Eksplorasi bakteri penghasil AHL laktonase perlu dilakukan untuk mendapatkan bakteri penghasil AHL laktonase dengan aktivitas yang tinggi dalam menghambat gejala busuk lunak pada umbi kentang oleh D.dadantii A3. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi gen aiiA penyandi AHL laktonase dan menguji kemampuan degradasi AHL 20 isolat yang berasal dari Tambak Udang di Lampung dan Hutan Cangkuang, Sukabumi. Selain itu, penelitian ini juga bertujuan untuk menguji kemampuan bakteri penghasil AHL laktonase dalam mereduksi pembentukan pigmen Chromobacterium violaceum serta gejala busuk lunak Dickeya dadantii pada kentang. Aktivitas degradasi AHL dapat dilihat dari penghambatan pembentukan pigmen violacein pada C. violaceum. Deteksi gen aiiA pada bakteri uji dilakukan menggunakan primer aiiAF dan aiiAR. Seluruh bakteri uji yang memiliki gen aiiA diidentifikasi secara molekuler dan diuji kemampuannya dalam mereduksi gejala busuk lunak D. dadantii A3 pada umbi kentang. Hasil penelitian menunjukkan sebanyak 9 dari 20 isolat bakteri yaitu B4, B10, B11, B13, B14, B16, B17, B18, and B19 memiliki aktivitas degradasi AHL dengan indeks degradasi AHL tertinggi oleh isolat B16. Analisis asam amino penyusun protein AiiA menunjukkan AHL laktonase dari kesembilan bakteri memiliki kesamaan tinggi dengan protein AiiA dengan multispesies Bacillus sp. Sembialan bakteri uji tidak menyebabkan reaksi hipersensitif pada tanaman tembakau. Identifikasi bakteri berdasarkan gen 16S rRNA menunjukkan 9 bakteri merupakan kelompok Bacillus sp. yaitu B. cereus untuk B4, B10, B11, B16; B. thuringiensis untuk B13 and B14; B.toyonensis untuk B17; B.subtilis untuk B18; and B. mycoides untuk B19. Supernatan dari kesembilan isolat dapat mereduksi produksi violacein C.violaceum. Sembilan bakteri uji mampu menurunkan gelaja busuk lunak oleh D.dadantii A3. Berdasarkan seluruh hasil, sembilan isolat bakteri uji dapat dikembangkan menjadi agen quorum quencher untuk memutuskan quorum sensing bakteri sehingga gen yang berkaitan dengan patogenisitas bakteri patogen tidak terekspresi.
Keyword: AHL-laktonase, Bacillus spp., Dickeya dadantii A3

Judul: Isolasi dan Karakterisasi Bakteri Asal Filosfer dan Rizosfer Penghasil AHL Laktonase sebagai Agens Biokontrol Dickeya dadantii
Abstrak: Ekspresi gen-gen virulen pada fitopatogen gram negatif diatur oleh proses quorum sensing menggunakan Asil Homoserin Lakton (AHL) sebagai molekul sinyal. Salah satu fitopatogen dengan kisaran inang yang luas adalah Dickeya dadantii. D. dadantii merupakan bakteri Gram negatif penyebab penyakit busuk lunak dan layu pada beberapa tanaman pangan. Pengendalian bakteri fitopatogen sejauh ini masih menggunakan pestisida sintetik dan antibiotik. Penggunaan senyawa tersebut secara terus-menerus dalam jangka waktu lama berdampak negatif bagi organisme non-target, lingkungan dan memicu terbentuknya bakteri yang resisten antibiotik. Patogenisitas D. dadantii dapat dihambat oleh aktivitas quorum quenching bakteri-bakteri penghasil AHL-laktonase. AHL laktonase merupakan enzim yang dapat mendegradasi dan menginaktivasi AHL. Beberapa penelitian melaporkan bahwa bakteri rizosfer dan filosfer mampu menghasilkan AHL laktonase. Informasi mengenai potensi bakteri penghasil AHL laktonase asal rizosfer dan filosfer dalam mengendalikan patogenisitas D. dadantii di Indonesia masih terbatas sehingga penelitian ini bertujuan untuk untuk mengisolasi dan mengkarakterisasi bakteri penghasil AHL laktonase asal rizosfer dan filosfer sebagai agen biokontrol D. dadantii. Isolasi bakteri dilakukan terhadap10 sampel daun dan 10 sampel tanah rizosfer berbagai tanaman dari Sukabumi, Tegal, Majalengka, Cirebon, Kupang, dan Wonosobo. Isolasi bakteri filosfer dilakukan dengan metode cawan sebar pada media King’s B agar sedangkan isolasi bakteri rizosfer dengan media Nutrient Agar (NA). Aktivitas degradasi AHL diuji menggunakan bioindikator Chromobacterium violaceum. Isolat yang mampu mendegradasi AHL kemudian diseleksi berdasarkan respon hipersensitif yang ditimbulkannya. Isolat bakteri pendegradasi AHL yang tidak menimbulkan respon hipersensitif kemudian diuji kemampuan quorum quenching dan aktivitas antibiosisnya terhadap D. dadantii. Isolat bakteri yang terbukti mampu menghambat quorum sensing pada D. dadantii dikarakterisasi berdasarkan morfologi dan gen 16S rRNA. Kemampuan menghasilkan AHL laktonase dikonfirmasi dengan mengamplifikasi gen aiiA menggunakan primer aiiAF dan aiiAR. Produk PCR disekuensing untuk kemudian dianalisis menggunakan software MEGA 6 dan UGENE. Sebanyak 96 isolat bakteri asal filosfer dan rizosfer berhasil diisolasi, delapan diantaranya menunjukkan aktivitas quorum quenching terhadap C. violaceum. Bioesei Hypersensitive Response yang dilakukan pada tanaman tembakau menunjukkan enam (KT2, KT9, KT10, KUT1, TKF2, and WKF3) dari delapan isolat tersebut tidak menimbulkan reaksi hipersensitif. Keenam isolat tersebut mampu menekan virulensi D. dadantii pada kentang secara in vitro. Penghambatan tertinggi ditunjukkan oleh isolat KT2 sedangkan penghambatan terendah ditunjukkan oleh isolat WKF3. Sekuen 16S rRNA keenam isolat tersebut memiliki kemiripan tertinggi dengan Bacillus cereus, Bacillus aryabhattai, Bacillus acidiceler, dan Micrococcus aloeverae. B. cereus KT9 and B. v Aryabhattai TKF2 terdeteksi memiliki gen penyandi AHL laktonase (aiiA). Ini merupakan laporan pertama tentang aktivitas quorum quenching pada spesies Micrococcus aloeverae, Bacillus aryabhattai and Bacillus acidiceler. Keberadaan gen aiiA pada B. aryabhattai juga belum pernah dilaporkan sebelumnya. Penelitian ini memberikan informasi baru tentang aktivitas quorum quenching dari ketiga isolat tersebut dan potensinya sebagai quorum quencher untuk D. dadantii.
Keyword: AHL laktonase, biokontrol, Dickeya dadantii, quorum quenching

Judul: Penggunaan Teorema Homeomorphy 2-Manifold dan Teorema Euler Poincare pada Torus 𝑇�� dan Simplicial Complex 𝐾��
Abstrak: Two dimensional topological spaces are said to be homeomorphic if they have the same topological invariant, where one of topological invariant used is an Euler characteristic. Homeomorphy 2-Manifold’s Theorem and Euler Poincare’s Theorem are used to distinguish two topological spaces. Homeomorphy 2-Manifold’s Theorem uses Euler characteristic to identify two dimensional topological spaces. Euler Poincare’s Theorem is an alternative way to find Euler characteristic with Betti number, which is topological invariant as well. The objective of this paper is to investigate the homeomorphism of torus 𝑇����� and simplicial complex 𝐾�����. Topological space torus and simplicial complex 𝐾����� have the same Euler characteristic, which is two. Based on Homeomorphy 2-Manifold’s Theorem topological space torus 𝑇����� and simplicial complex 𝐾����� is homeomorphic.
Keyword: simplicial, torus, Euler, homeomorphism, topology