Judul: Molecular Dynamics Study B. subtilis Laccase Against POME Waste Components with Temperature Variation and Active Side Mutation Adjustment
Abstrak: Salah satu jenis limbah cair yang dihasilkan dari pengolahan Crude Palm Oil (CPO) adalah Palm Oil Mill Effluent (POME). Limbah ini merupakan tantangan besar bagi lingkungan karena warnanya yang gelap dan kaya akan senyawa organik. Bakteri yang paling umum dalam bioremediasi POME adalah spesies Bacillus subtilis terutama karena lakase termostabilnya. Berbagai peneliti melakukan beberapa mutasi untuk meningkatkan kemampuan pendegradasi zat warna, namun sebagian besar menghasilkan mutasi tidak stabil. Penelitian ini bertujuan untuk menghasilkan rekomendasi konstruksi mutan, dilanjutkan dengan penambatan molekuler dan simulasi dinamika (MD) komponen limbah POME. Konstruksi mutan dan evaluasi struktur dilakukan dalam server PoPMuSiC-2.1, sedangkan penambatan molekuler dan MD dalam YASARA Structure. Hasil minimisasi menunjukkan perbedaan energi dari mutan T480V yang dioptimalkan dari 73,98 menjadi -95,04 kkal/mol. Kemudian simulasi MD menunjukkan bahwa peningkatan suhu (80 °C) meningkatkan energi pengikatan melanoidin., One type of liquid waste produced by Crude Palm Oil (CPO) processing is Palm Oil Mill Effluent (POME). This waste is a big challenge for the environment because of its dark brown color and rich in organic compounds. Predominantly common bacteria in POME bioremediation are Bacillus subtilis species, notably because of its thermostable laccase. Various researchers performed several mutations to enhance its dye degrading capability. However, most resulting in unstable mutations. This study aimed to produce recommendations for mutant construction, continued by molecular docking and dynamic (MD) of POME components. Mutant construction and structure evaluation utilized in the PoPMuSiC-2.1 server while molecular docking and MD by YASARA Structure. After minimization, the results showed the energy difference from the optimized T480V mutant from 73.98 to -95.04 kcal/mol. The different temperature of MD reveals that increased temperature (80 °C) improve melanoidin binding energy.
Keyword: POME, Bacillus subtilis, Mutasi, Penambatan molekuler, Dinamika molekuler

Judul: Molecular Docking of Potential Microbial Enzyme as Palm Oil Mill Effluent Bioremediation Agents
Abstrak: Palm oil mill effluent (POME) yang berasal dari industri kelapa sawit merupakan salah satu penyebab utama pencemaran air karena kaya akan bahan organik dan warnanya yang gelap. Limbah POME memiliki beberapa zat penyebab sifat uniknya, salah satunya adalah melanoidin. Tidak hanya melanoidin, komponen fenolik yang terdapat pada POME juga diketahui bersifat fitotoksik bagi lingkungan akuatik. Beberapa enzim mikroba potensial sudah dianggap mampu mendegradasi bahan kimia ini, tetapi mekanismenya tidak diketahui. Melalui penelitian ini, enzim potensial tersebut (α-glukosidase, β-glukosidase, β-mannanase, lakase, dan mangan katalase) digunakan untuk memvisualisasikan pengikatan kompleks reseptor-ligan dalam mencari agen bioremediasi POME yang sesuai. Analisis penelitian dilakukan dengan Autodock Vina dan skor penambatan mewakili kekuatan afinitas. Hasil penelitian menunjukkan bahwa melanoidin yang berkontribusi terhadap warna gelap POME memiliki nilai docking terbaik yaitu -10,1 kkal/mol dengan mangan katalase. Hasil akhir menunjukkan bahwa semua reseptor memiliki afinitas tinggi terhadap melanoidin, yang menunjukkan bahwa enzim ini melakukan reaksi spontan terhadap komponen kimia limbah POME, Palm oil mill effluent (POME) originated from palm oil industries is one of the significant causes of water pollution because of its richness in organic matters and dark color. It has been discovered that POME has several substances that cause its distinct characteristics, namely melanoidin. Several phenolic components found in POME are also known to be phytotoxic for the aquatic environment. Certain potential microbial enzymes are already presumed capable of degrading these chemicals, but the exact mechanism is unknown. Here I employed molecular docking of these possible enzymes (i.e., α-glucosidase, β-glucosidase, β-mannanase, laccase, and manganese catalase) to visualize the ligand-receptor complex binding in searching for POME potential bioremediation agent. The result analysis uses the Autodock Tool v1.5.6, and the docking score represents the affinities of the bond strength. The results show that melanoidin has the lowest docking score with -10.1 kcal/mol into manganese catalase. The results demonstrate that all of the receptors possess a high affinity towards melanoidin, indicating that these enzymes perform spontaneous reactions towards POME waste chemical components
Keyword: Bioremediation, Microbial enzymes, Molecular docking, POME waste

Judul: Closed Knight’s Tour pada Papan Catur Berbentuk Persegi Panjang dengan Ukuran Maksimal 8 × 8
Abstrak: Closed Knight’s Tour merupakan langkah kuda yang mengunjungi setiap kotak pada papan catur tepat satu kali dengan langkah kuda berawal dan berakhir pada kotak yang sama. Graf yang terbentuk dari closed knight’s tour dinotasikan sebagai graf G(m,n), dengan m adalah banyaknya baris dan n adalah banyaknya kolom. Graf tersebut memuat Hamiltonian cycle. Sebuah graf terhubung G adalah graf bipartite jika dan hanya jika graf tersebut tidak memiliki cycle dengan panjang ganjil. Papan catur yang memenuhi syarat cukup untuk memiliki closed knight’s tour adalah papan catur berukuran 5 × 6, 5 × 8, 6 × 6, 6 × 7, 6 × 8, 7 × 8, dan 8 × 8.
Keyword: bipartite, closed knight’s tour, hamiltonian cycle, knight’s tour, teori graf