Judul: The Early Colonization of Dark Septate Endophyte Fungi on Tomato Seedlings
Abstrak: Keberadaan cendawan endofit yang termasuk dark septate endophyte (DSE) pada tanaman tomat telah banyak dilaporkan. Namun, proses awal kolonisasi DSE secara alami belum pernah dilaporkan. Oleh sebab itu, penelitian ini bertujuan menganalisis kolonisasi awal DSE pada tanaman tomat sejak fase bibit. Kolonisasi awal diamati pada 4 kultivar tomat, yaitu A, T, S, dan K yang benihnya bebas endofit. Deteksi cendawan endofit dilakukan pada 2 tahap. Tahap pertama, yaitu secara in vitro pada benih, untuk mendapatkan bibit bebas endofit dan in planta pada bibit yang ditanam pada campuran kompos dan tanah asal pertanaman tomat, untuk mempelajari kolonisasi awal DSE. Hasil penelitian menunjukkan bahwa benih bebas DSE dan kontaminasi mikrob lain setelah diinkubasi pada PDA selama 3 minggu. Kolonisasi awal DSE terdeteksi pada bibit tomat kultivar A dan T umur 1 minggu setelah tanam (MST), sedangkan pada kultivar S dan K terdeteksi pada 2 MST. Keberadaan DSE ditandai dengan terbentuknya mikrosklerotium pada akar. Koloni DSE dikonfirmasi melalui hasil isolasi DSE dari akar bibit umur 4 MST. Koloni DSE pada media PDA memiliki hifa bersekat, berwarna gelap, dan membentuk klamidospora yang merupakan ciri khas DSE., The presence of endophytic fungi including dark septate endophyte (DSE) in tomato plants has been widely reported. Yet, early DSE colonization in nature is unknown. Therefore, colonization of DSE in tomatoes seedling was studied to determine the time needed for the DSE to colonize the root. The experiment was done using 4 commercial cultivars (A, T, S, and K) of tomato seeds that were free from microbial endophytes. The seedling showed no microbial contamination after being incubated for 3 weeks on PDA. The same seed batch was planted on a mixture of compost and soil from tomato plantation in a seedling tray and incubated for about 3 weeks. Colonization of DSE was detected in root of A and T tomato seedlings at 1 week after seed planting (WAP), and those of S and K cultivars were detected at 2 WAP. The presence of DSE in the root tissue was characterized by the existence of the microsclerotia. DSE colonization was confirmed by isolation of 4 WAP-old roots containing microsclerotia on PDA. The colonies emerged on the media had dark and septate hyphae, and formed chlamydospores which are the characteristics of the DSE.
Keyword: Tomato seeds, Tomato seedlings, Microsclerotia, Tomato cultivars

Judul: Eksplorasi dan Potensi Cendawan Dark Septate Endophyte Sebagai Agens Biokontrol Fusarium oxysporum Penyebab Penyakit Layu Tanaman Tomat.
Abstrak: Penelitian mengenai dark septate endophyte (DSE) di Indonesia masih terbatas, baik terkait dengan keanekaragaman, fungsi maupun perannya secara ekologi dalam mendukung produksi tanaman. DSE salah satu kelompok cendawan endofit yang mampu mengolonisasi akar tanpa menyebabkan gejala penyakit. Karakteristik DSE ditandai dengan adanya pigmentasi gelap pada media agar, memiliki hifa gelap bersepta, memiliki konidia atau hifa steril, dan membentuk mikrosklerotia di dalam jaringan akar. Potensi DSE diketahui mampu meningkatkan performa tanaman, menekan penyakit dan cekaman abiotik seperti gersang, dan asam. Layu fusarium pada tanaman tomat merupakan salah satu penyakit penting yang memengaruhi produksi tomat. Patogen layu fusarium tomat yaitu Fusarium oxysporum f.sp lycopersicii (Fol) mampu bertahan di tanah dalam waktu puluhan tahun. Penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi dan mengevaluasi potensi cendawan DSE asal tanaman tomat sebagai agens pengendali patogen Fol. Penelitian dilakukan dari bulan Desember 2017 sampai November 2018. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Nematologi, Mikologi Tumbuhan Departemen Proteksi Tanaman IPB dan Balai Penelitian Tanah BBSDLP Cimanggu Bogor. Pengambilan sampel diperoleh dari Goalpara-Sukabumi, Pacet-Cianjur, Cisurupan-Garut, Citapen-Bogor, dan Cisarua-Bogor. Tahapan Penelitian terdiri atas beberapa tahap yaitu (1) eksplorasi dan seleksi DSE; (2) evaluasi potensi DSE terhadap Fol; (3) deteksi senyawa metabolit DSE terpilih; (4) aplikasi DSE di rumah paranet untuk melihat pengaruh DSE dalam menekan perkembangan penyakit layu fusarium, pemacu pertumbuhan tomat dan respons fisiologi tomat. Hasil penelitian menunjukkan bahwa DSE yang berhasil diisolasi dari perakaran tomat sebanyak 49 isolat. Isolat DSE yang berpotensi menghambat Fol dengan daya hambat tertinggi sebesar 76.11% dan 71.07% yaitu isolat DS08-Ic dan DS08-Ib. Potensi kedua isolat tersebut mampu mendegradasi senyawa karbon, nitrogen, fosfor, siderofor (mengkelat besi) dan aktivitas katalase. Terdapat senyawa metabolit berupa hexadecanoic acid dan linolenic acid yang bersifat antimikrobial. Pengaruh isolat DS08-Ic dan DS08-Ib dalam aplikasi rumah paranet mampu menekan perkembangan penyakit layu fusarium dan pemacu pertumbuhan tomat berupa panjang tajuk. Respons fisiologis juga ditunjukkan berupa adanya aktivitas peroksidase yang dihasilkan. Hal tersebut menunjukkan bahwa kolonisasi DSE dan patogen memberikan respons tanaman sebagai bentuk ketahanan. Manfaat penelitian yaitu diperoleh informasi baru bahwa DSE dapat diisolasi dari perakaran tomat asal Indonesia. DSE yang diperoleh memiliki potensi yang dapat dikembangan sebagai agens biokontrol dan pemacu pertumbuhan.
Keyword: Daya hambat, DSE, Fusarium, peroksidase, siderofor

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: