Judul: Pengkonstruksian Bidirected Overlap Graph Untuk DNA Sequence Assembly
Abstrak: DNA sequencing technologies dapat digunakan untuk memecah gen bakteri menjadi jutaan potongan kecil yang disebut reads. Namun demikian, reads tersebut perlu disambung menjadi contigs agar dapat digunakan. Terdapat 2 metode untuk menyambungkan reads. Yang pertama dengan menggunakan overlap layout consensus (OLC) dan yang lainnya dengan menggunakan de Bruijn graph. Hal penting dalam metode OLC adalah bagian overlap dari masing-masing reads. Pada penelitian ini dikembangkan sebuah sistem untuk membuat bidirected overlap graph yang nantinya akan menghitung berapa jumlah reads yang saling overlap satu sama lain. Suffix array digunakan untuk menentukan fase/bagian overlap dari setiap reads dengan mengindeks setiap suffix dari reads. Waktu adalah parameter penting dalam DNA assembly karena DNA assembly membutuhkan banyak waktu. Untuk mengurangi waktu dilakukan perubahan dari masing-masing suffix dan prefix menjadi suatu nilai tertentu yang bersifat tunggal dan mencari overlap dengan membandingkan setiap reads. Cara ini memberikan dampak positif daripada perbandingan dengan menggunakan string. Perbandingan waktu yang diperlukan antara perbandingan angka dan perbandingan string cukup signifikan. Untuk 2000 dan 5000 reads, sistem dapat memberikan hasil 100% akurat untuk jumlah node dan edge
Keyword: bidirected overlap graph, DNA assembly, overlap layout consensus

Judul: Pembentukan Overlap Graph Menggunakan Acgt Words Tree Pada Sekuens Dna
Abstrak: DNA sequence assembly memiliki peran yang sangat penting dalam analisis genom. Salah satu metode yang digunakan dalam DNA sequence assembly untuk penggabungan potongan-potongan fragmen adalah overlap layout consensus. Teknik overlap layout consensus yang digunakan adalah overlap graph. Pada graf ini, node merepresentasikan fragmen dan edge merepresentasikan overlap. Penelitian ini mengembangkan sebuah perangkat lunak untuk menyusun overlap graph menggunakan ACGT words tree. Evaluasi dilakukan dengan menghitung waktu eksekusi yang kemudian dibandingkan dengan penyusunan menggunakan suffix tree dengan nilai 15, 20, dan 25 pada minimum overlap. Minimum overlap didefinisikan sebagai panjang minimum dari substring yang diperhitungkan dalam overlap di antara 2 fragmen. Hasil evaluasi menunjukkan bahwa penyusunan overlap graph menggunakan ACGT words tree memberikan nilai output pada waktu eksekusi yang lebih cepat dibandingkan dengan penyusunan overlap graph menggunakan suffix tree.
Keyword: DNA sequence assembly, overlap graph, Overlap Layout Consensus, pendeteksian overlap.

Judul: Sectoral Effects Of Monetary Policy
Abstrak: The purposes of this study are three folds: (1) identifying which channels are effective for transmission of monetary policy; (2) assessing whether the transmission mechanisms at industry level are consistent with that at aggregate level; and (3) explaining why and how a channel becomes effective. The analyses are facilitated impulse response function (IRF) derived from a vector autoregression (VAR) model. Three channels are identified in this study: interest rate, real credits and exchange rate channels. The IRF results show that exchange rate is the only effective channel in affecting aggregate output and at least in five industries (the manufacturing industry; the construction industry; the trade, hotel, and restaurants industry; the transport and communication industry; and the finance, real estate, and business services industry). Meanwhile, the other two channels are not effective at aggregate and all industry. This finding suggests that there is some form of consistency between aggregate effects and industry effects. Moreover, the effect of real depreciation tend to be contractionary and thus supporting the idea of Krugman and Taylor (1976) among others. Output contraction seems to be associated with inflationary effect of the depreciation. This is a truly Keynesian type demand side story: following a real currency depreciation, purchasing power tends to weaken which then soaks the aggregate demand.
Keyword: transmission of monetary policy, industry level, IRF