Judul: Eliminasi Onion Yellow Dwarf Virus Dan Garlic Common Latent Virus Pada Bawang Putih Melalui Elektroterapi Dan Termoterapi Secara In Vitro
Abstrak: Bawang putih (Allium sativum) merupakan salah satu komoditas hortikultura yang digunakan sebagai bumbu di sebagian besar masakan Indonesia. Bawang putih diperbanyak secara vegetatif sehingga diduga tidak ada klon atau benih yang bebas dari penyakit. Beberapa jenis patogen diketahui dapat menular antar tanaman melalui perbanyakan vegetatif termasuk virus. Tanaman bawang putih dapat terinfeksi oleh virus dari 5 kelompok genus yaitu Allexivirus (Garlic virus-A, GarV-A; Garlic virus-B, GarV-B; Garlic virus-C, GarV-C; Garlic virus-D, GarV-D; Garlic virus-E, GarV-E; Garlic virus-X, GarV-X; Shallot virus X, ShVX; dan Garlic mite-borne filamentous virus, GarMbFV), Potyvirus (Onion yellow dwarf virus, OYDV; dan Leek yellow stripe virus, LYSV), Carlavirus (Garlic common latent virus, GarCLV atau GCLV; dan Shallot latent virus, SLV), Tospovirus (Irish yellow spot virus, IYSV), dan Fijivirus (Garlic dwarf virus, GDV). Beberapa jenis virus yang menginfeksi bawang putih tersebut dilaporkan dapat menyebabkan kehilangan hasil. Oleh karena itu, perlu upaya preventif untuk mengurangi insidensi penyakit virus melalui penggunaan benih bebas virus. Tujuan penelitian adalah untuk mendapatkan metode eliminasi OYDV dan GarCLV pada bahan perbanyakan bibit bawang putih melalui aplikasi kombinasi elektroterapi dan termoterapi secara in vitro. Penelitian dilaksanakan mulai Desember 2015 sampai September 2016 di Laboratorium Virologi Tumbuhan Departemen Proteksi Tanaman dan Laboratorium Kultur Jaringan 3 Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor. Sampel benih bawang putih lokal diperoleh dari penangkar umbi bawang putih; terdiri atas 4 kultivar yaitu cv. Lumbu Kuning dan cv. Lumbu Hijau dari Jawa Timur, cv. Tawangmangu Baru dari Jawa Tengah, dan cv. Sangga Sembalun dari Nusa Tenggara Barat, sedangkan bawang putih konsumsi impor diperoleh dari supermarket. Kegiatan penelitian diawali dengan deteksi virus pada sampel bawang putih menggunakan metode dot immunobinding assay (DIBA) dengan antibodi OYDV, GarCLV, dan SLV. Deteksi benih bawang putih lokal dilakukan dengan memilih secara acak 50 umbi pada masing-masing kultivar, sedangkan umbi bawang putih impor dipilih secara acak 10 umbi dan ditumbuhkan selama 3 minggu di laboratorium. Daun dikoleksi dan dijadikan sampel untuk deteksi virus. Dua kultivar dengan insidensi virus tertinggi digunakan sebagai bahan tanam dalam perlakuan eliminasi. Tunas adventif diberi perlakuan arus elektroterapi pada lima taraf perlakuan, yaitu 0 mA, 5 mA, 10 mA, 15 mA dan 20 mA masing-masing diberi aliran arus listrik selama 10 menit. Ujung tunas dipotong sekitar 2 mm yang digunakan sebagai eksplan. Eksplan dikulturkan pada media MS (Murashige-skoog) dan diinkubasi pada ruang kultur kemudian diberikan termoterapi berdasarkan masing-masing suhu selama 4 minggu. Perlakuan termoterapi menggunakan 4 taraf perlakuan suhu, yaitu 23 °C, 28 °C, 33 °C, dan 38 °C. Setelah 4 minggu, tunas dipindahkan ke media inisiasi akar selama 2 minggu. Planlet yang terbentuk siap diaklimatisasi menggunakan media arang sekam steril selama 2 minggu di laboratorium. Deteksi virus dilakukan pada tanaman bawang putih hasil aklimatisasi menggunakan metode reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). Deteksi virus dari sampel bawang putih lokal menunjukkan hasil yang beragam antar sampel bawang putih. Total insidensi virus sangat tinggi, yaitu 100% pada cv. Sangga Sembalun, 98% pada cv. Lumbu Hijau, 96% pada cv. Tawangmangu Baru, dan 92% pada cv. Lumbu Kuning, sedangkan pada bawang putih konsumsi impor insidensi virus 100%. Lebih dari satu jenis virus ditemukan pada satu tanaman
Keyword: DIBA, planlet bebas virus, RT-PCR

Judul: Kultur Meristem dan Termoterapi untuk Eliminasi Virus pada Bawang Putih
Abstrak: Bawang putih (Allium sativum) merupakan salah satu komoditas hortikultura yang banyak dimanfaatkan oleh masyarakat Indonesia sebagai bahan masakan, obat, dan campuran pakan ternak. Namun demikian, produksi bawang putih lokal belum dapat memenuhi kebutuhan nasional. Hal tersebut disebabkan antara lain oleh rendahnya kesehatan benih, termasuk adanya infeksi virus. Beberapa virus utama yang diketahui menginfeksi bawang putih lokal yaitu OYDV (Onion yellow dwarf virus), GCLV (Garlic common latent virus), dan SLV (Shallot latent virus). Bawang putih diperbanyak secara vegetatif. Di Indonesia, umbi hasil panen akan digunakan kembali sebagai benih pada musim berikutnya. Siklus tersebut dapat menyebabkan virus terbawa benih sehingga terjadi akumulasi virus pada umbi dan menyebabkan penurunan produksi. Salah satu upaya pengendalian virus pada bawang putih adalah dengan penggunaan benih yang sehat. Dengan demikian, diperlukan upaya untuk menyediakan bawang putih lokal yang bebas virus. Penelitian bertujuan untuk mengonfirmasi insidensi OYDV, GCLV dan SLV pada bawang putih di Tawangmangu dan Tegal serta mendapatkan metode eliminasi virus, khususnya OYDV, GCLV, dan SLV melalui metode kultur meristem yang dikombinasikan dengan termoterapi. Deteksi virus dari daun dan umbi bawang putih dilakukan dengan metode DIBA (dot immunobinding assay). Metode kultur meristem untuk eliminasi virus menggunakan eksplan meristem berukuran 1 mm; sedangkan perlakuan termoterapi yang diberikan adalah suhu 25 °C, 28 °C dan 31 °C pada bawang putih kultivar ‘Tawangmangu Baru’. Hasil penelitian menunjukkan bahwa OYDV, GCLV, dan SLV ditemukan di Tawangmangu dan Tegal dengan insidensi virus bervariasi antara 90% hingga 100% dan skor DIBA berkisar antara 0.9 hingga 2.9. Konfimasi selanjutnya dilakukan pada tunas adventif, untuk mengetahui distribusi virus antar siung dalam satu umbi bawang putih. Berdasarkan reaksi DIBA, didapatkan insidensi yang bervariasi antar siung dalam satu umbi, yaitu 54.41 sampai 100% pada OYDV, 83.33 sampai 98.57% pada GCLV, dan 0 sampai 91.27% pada SLV. Hal tersebut menunjukkan bahwa virus tidak terdistribusikan secara merata dalam satu umbi, meskipun setiap siung berasal dari satu tanaman yang sama. Baik pada daun maupun tunas adventif, GCLV menunjukkan insidensi dan titer virus yang paling tinggi, sedangkan SLV selalu menunjukkan hasil yang paling rendah. Insidensi virus yang tinggi juga ditemukan pada benih umbi bawang putih berupa umbi siung, umbi tunggal, dan bulbil. Insidensi virus tertinggi yaitu GCLV pada umbi siung cv ‘Tawangmangu Baru’ dan SLV pada umbi tunggal cv ‘Jawa Lama’ masing-masing sebesar 100%, sedangkan insidensi paling rendah yaitu pada SLV pada umbi siung cv ‘Jawa Lama’ sebesar 72%. Hasil deteksi tersebut mengindikasikan bahwa baik umbi siung, umbi tunggal, maupun bulbil berpotensi untuk membawa dan menularkan virus ke tanaman selanjutnya. Dengan demikian, perlu adanya upaya pencegahan dengan mengurangi inokulum virus pada umbi, dengan menghasilkan benih bebas virus. Kultur in vitro dengan meristem berukuran 1.0 mm yang dikombinasikan dengan termoterapi menunjukkan bahwa perlakuan suhu 28 °C dan 31 °C berpotensi menyebabkan penghambatan terhadap persentase bertahan eksplan, tinggi tunas mikro, dan jumlah daun. Tunas mikro yang tumbuh kemudian dideteksi menggunakan RT-PCR (reverse transcription polymerase chain reaction) untuk mengetahui infeksi virus setelah perlakuan termoterapi. Hasil visualisasi pada gel agarosamasih menunjukkan adanya pita DNA spesifik OYDV dan GCLV; sedangkan pita DNA spesifik SLV tidak teramplifikasi. Berdasarkan hasil RT-PCR tersebut dapat disimpulkan bahwa metode kultur meristem yang dikombinasikan
Keyword: Allium sativum, bulbil, umbi siung, kultur in vitro, umbi tunggal

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: