Judul: Biofilm Inhibition Activity of Aptamer on Bacteria from Diarrhea Patients
Abstrak: Diare adalah kondisi di mana feses yang dikeluarkan berupa tinja encer serta berair dan merupakan penyebab kematian nomor dua pada anak di bawah lima tahun. Penyakit ini banyak disebabkan oleh bakteri, dan telah banyak diidentifikasi bahwa beberapa strain bakteri memiliki resistensi antibiotik yang dapat mempersulit proses pengobatan. Biofilm adalah salah satu faktor utama resistensi bakteri terhadap antibiotik sehingga diperlukan suatu kandidat obat yang lebih efisien. Aptamer adalah oligonukleotida untai tunggal sintetik pendek yang memiliki target molekul secara spesifik dan dikembangkan untuk menangani penyakit ini, baik dalam proses diagnosis maupun penyembuhan dengan fungsi potensial sebagai antibiofilm. Penelitian ini bertujuan menganalisis aktivitas penghambatan tujuh jenis aptamer (SELEX 10 koloni 1, 2, 5, 6, 7, 8, dan 15) terhadap biofilm isolat bakteri dari pasien diare. Ketujuh aptamer diteliti aktivitasnya dengan ditambahkan ke dalam kultur bakteri dan dilanjutkan dengan uji kristal violet. Aptamer SELEX 10 Koloni 7 adalah kandidat aptamer yang paling berpengaruh dalam menghambat pembentukan biofilm. Aptamer ini menurunkan kadar warna violet paling signifikan dan memiliki persentase inhibisi tertinggi sebesar 26,89%.
Keyword: aptamer, antibiotic resistance, bacterial diarrhea, molecular identification

Judul: Efektivitas Penghambatan Aptamer Terhadap Biofilm EPEC K1.1 Isolat Dari Pasien Diare
Abstrak: Enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) merupakan bakteri penyebab diare yang dapat membentuk biofilm. Resistensi EPEC terhadap berbagai antibiotik saat ini menjadi prioritas utama dalam mencari inhibitor alternatif yang lebih efektif. Aptamer merupakan asam nukleat yang telah dilaporkan memiliki kemampuan untuk membunuh bakteri patogen melalui mekanisme penghambatan formasi biofilm. Aptamer diisolasi dari pustaka DNA dengan metode SELEX (Sytematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment) yang spesifik dan memiliki afinitas tinggi terhadap molekul target misalnya bakteri EPEC K1.1. Sekuen aptamer dapat diperbanyak dengan oligo synthetizer. Tujuan penelitian ini adalah menganalisis efektivitas penghambatan aptamer terhadap biofilm EPEC K1.1 isolat dari pasien diare. Beberapa faktor lingkungan seperti suhu dan pH yang berperan dalam pembentukan biofilm EPEC K1.1, serta aktivitas aptamer dalam menghambat pembentukan biofilm dianalisis menggunakan crystal violet assay pada OD570. Motility assay untuk mengetahui pengaruh aptamer terhadap motilitas bakteri dan mekanisme kerja aptamer dalam inhibisi biofilm dianalisis melalui qPCR dengan pengamatan ekspresi gen pada level transkripsi. Pada penelitian ini, enam jenis aptamer dianalisis aktivitas penghambatannya terhadap EPEC K1.1, yaitu aptamer SELEX 8 Koloni 1, 4, 7, SELEX 9 Koloni 3, SELEX 10 Koloni 5 dan 10. Sekuens aptamer tersusun atas basa nitrogen yang membentuk struktur sekunder karena adanya ikatan hidrogen yang terbentuk antara basa tersebut. Enam jenis aptamer yang digunakan memiliki susunan basa yang berbeda. Hasil prediksi struktur sekunder aptamer menggunakan aplikasi mFold menunjukkan struktur stem dan loop yang berbedabeda antara enam jenis aptamer yang digunakan. Hal ini menunjukkan bahwa keragaman susunan basa pada sekuen aptamer menyebabkan perbedaan struktur sekunder aptamer. Hasil analisis aktivitas penghambatan aptamer menunjukkan bahwa pada nilai cut off 0.399, aptamer SELEX 10 Koloni 5 dapat menghambat pembentukan biofilm EPEC K1.1 paling baik dengan nilai absorbansi 0.126. Hasil analisis pada uji motilitas juga menunjukkan bahwa aptamer ini dapat mengurangi diameter motilitas EPEC K1.1. Efek penghambatan terhadap motilitas EPEC K1.1 ditunjukkan dengan qPCR pada ekspresi gen motB, csgA and lsrAI yang menurun secara signifikan dibandingkan dengan kontrol. Aptamer SELEX 10 Koloni 5 dapat menghambat pembentukan biofilm dengan cara mengubah kemampuan motilitas EPEC K1.1, dan juga menekan ekspresi gen-gen yang terlibat pada pembentukan biofilm. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa aptamer dapat menjadi antibiofilm EPEC K1.1 yang efektif serta dapat menjadi alternatif untuk penanganan diare.
Keyword: Aptamer, Biofilm, Diarrhea, Enteropathogenic Escherichia coli K1.1

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: