Judul: Keragaman Genetik Tiliqua Scincoides (Squmata:Scincidae) berdasarkan Gen COI DNA Mitokondria
Abstrak: Kadal lidah biru (Scincidae: Tiliqua: Tiliqua scincoides) merupakan kadal diurnal, soliter, omnivora dan memiliki lidah berwarna biru. Distribusi alami kadal lidah biru terdapat di wilayah Indonesia bagian Timur, Australia dan Papua Nugini. Studi keragaman genetik dilakukan untuk mengetahui besarnya variasi genetik sebagai kunci konservasi dan pemanfaatannya. Ruas gen yang diamati adalah sekuen COI dari DNA mitokondria. Sampel buccal cells dijadikan sebagai sumber molekul DNA. Amplifikasi PCR sekuen COI genom mitokondria dengan primer AF645F dan AF646R kemudian runutan nukleotidanya disekuensing. Sekuen DNA gen COI hasil penyejajaran adalah 741 pasang basa yang terkonfirmasi sebagai spesies Tiliqua scincoides. Enam belas haplotipe berhasil teridentifikasi dari 93 situs polimorfik. Visualisasi haplotipe network yang terbentuk menjadi 16 haplotipe dengan 2 haplogroup yang dapat membedakan antar lokasi sampel. Jarak genetik menunjukkan kisaran antara 0.000-0.114. Nilai keragaman nukleotida (π) sebesar 0.052±0,007 dan keragaman haplotipe (hd) sebesar 0.971±0.027 menggambarkan keragaman genetik yang tinggi. Analisis pohon filogeografi membentuk 2 clade utama yang membedakan antar lokasi pada sampel kadal lidah biru.
Keyword: buccal cells, COI, kadal lidah biru, Tiliqua scincoides

Judul: Genetic Characteristic of Giant Featherback (Chitala lopis) from Sumatra and Borneo using COI Gene
Abstrak: Ikan belida (Chitala lopis) merupakan salah satu jenis ikan air tawar yang memiliki nilai ekonomis tinggi di Indonesia. Ikan belida merupakan ikan konsumsi dan ikan hias karena tampilannya unik. Adanya aktivitas penangkapan (overfishing) dan perubahan lingkungan maupun kerusakan lingkungan perairan, dapat menyebabkan kelestarian ikan ini terancam punah. Salah satu upaya untuk menjaga kelestrian, yaitu dengan upaya konservasi genetik berdasarkan analisis gen mtDNA. Salah satu gen mtDNA yang sering digunakan yaitu gen Cytochrome Oxidase subunit I (COI), karena banyak digunakan sebagai DNA barcoding, identifikasi spesies, karakterisasi, pengelompokan spesies dari berbagai taksa dan menentukan sebaran populasi hewan. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengkaji karakteristik genetik ikan Belida (Chitala lopis) dari sebaran pulau Sumatra dan Kalimantan berdasarkan gen COI DNA Mitokondria. Sebanyak 10 individu ikan belida (Lampung 3, Riau 1, Kalimantan Barat 3, Kalimantan Selatan 3) digunakan dalam penelitian ini serta tambahan 3 sekuens pembanding (ingroup dan outgroup) dari GenBank. Analisis yang digunakan meliputi perhitungan jarak genetik, variasi nukleotida, polimorfisme, dan rekonstruksi pohon filogenetik menggunakan software MEGA 7.0. Hasil produk PCR dari 10 sampel ikan belida diperoleh sekuens dengan Panjang 707 pb. Hasil BLAST-n menunjukan percent identity 97.60% – 99.15% dengan nilai query cover sebesar 100% untuk semua sampel. Karakter gen COI ikan belida menunjukan hasil situs konservatif sebesar 687 pb (97.17%), situs variasi 20 pb (2.83%), situs parsimoni 17 pb (2.40%), dan singleton 2 pb (0.28%). Ditemukannya 13 situs polimorfisme bervariasi atau Single Nucleotide Polymorphism (SNP) pada populasi Sumatra dan Kalimantan. Sampel Kalimantan memiliki dua situs nukleotida spesifik geografik yang membedakan dengan sampel Sumatra. Kalimantan Barat memiliki dua situs nukleotida spesifik. Pada sampel Kalimantan Selatan menunjukan nukleotida spesifik yang lebih bervariasi dengan 9 situs nukleotida spesifik. Berdasarkan jarak genetik, perbedaan terbesar terletak pada sampel Kalimantan Selatan (1.63%) dibandingkan dengan semua sampel. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik menunjukan bahwa sampel Kalimantan Selatan berada pada group yang berbeda. Sampel Kalimantan Barat menunjukan kekerabatan lebih dekat dengan group Sumatra.
Keyword: Belida, COI, DNA Barcode, SNP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: