Judul: Partial Characterization and Purification of Thermotoga neapolitana Beta-glucosidase Recombinant Enzyme
Abstrak: Sakarifikasi adalah konversi selulosa menjadi glukosa untuk diproses lebih lanjut menjadi bioetanol. Sakarifikasi butuh enzim selulolitik yang salah satunya adalah beta-glukosidase. Enzim beta-glukosidase rekombinan dari bakteri termofilik T. neapolitana yang telah berhasil diekspresikan pada P. pastoris pada penelitian terdahulu. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan karakterisasi parsial dan purifikasi enzim beta-glukosidase T. neapolitana rekombinan. Uji aktivitas dan stabilitas enzim menggunakan glucose test kit yang mengukur kandungan glukosa hasil produk reaksi serta selubiosa sebagai substratnya. Enzim dipurifikasi dengan kromatografi kolom afinitas menggunakan resin Ni-NTA. Hasil menunjukkan bobot molekul dari enzim beta-glukosidase sebesar 53,66 kDa. Karakterisasi parsial menunjukkan pH dan suhu optimum enzim berada pada pH 6,5 dengan aktivitas 2,513 U/mL dan suhu 80℃ dengan 5,579 U/mL. Stabilitas dipertahankan diatas 50% selama 24 jam setelah terpapar pada pH 4,5 dan 7,5 serta 4 jam pada suhu 100℃. Nilai aktivitas spesifik enzim ekstrak kasar diperoleh sebesar 8,599 U/mg dan fraksi kolom sebesar 48,365 U/mg dengan tingkat kemurnian sebesar 6 kali., Saccharification is cellulose conversion into glucose for further processing into bioethanol. This process requires cellulolytic enzymes, one of them is beta-glucosidase. Recombinant beta-glucosidase enzyme from thermophilic bacterium T. neapolitana has been successfully expressed in P. pastoris from previous works. This study aims to partially characterize and purify the recombinant T. neapolitana beta-glucosidase enzyme. Enzyme activity and stability test were measured using glucose test kit that quantify the glucose product of the reaction using cellubiose as the substrate. Enzymes were purified by affinity column chromatography using Ni-NTA resin. Results showed that the beta-glucosidase enzyme has a molecular weight of 53.66 kDa. Partial characterization showed that optimum pH and temperature were at pH 6.5 with a value of 2.513 U/mL and 80℃ with 5.579 U/mL. Enzyme activities were maintained stable above 50% after 24 hours exposure at pH 4.5 and 7.5 and 4 hours exposure at 100℃. Specific activity of crude extract enzyme was 8.599 U/mg and column fraction was 48.365 U/mg with a purity level of 6 times.
Keyword: Beta-glucosidase, chromatography, characterization, P. pastoris, purification

Judul: Karakterisasi Enzim β-Glukanase dari Bacillus subtilis Menggunakan Metode in Vitro dan in Silico
Abstrak: Enzim β-glukanase merupakan protein enzim yang dapat menghidrolisis β-glukan, salah satu komponen utama penyusun dinding sel jamur dan menjadi target pengendalian hayati jamur fitopatogenik Protein enzim ini dihasilkan oleh beberapa bakteri salah satunya adalah Bacillus subtilis. Penelitian ini bertujuan melakukan karakterisasi enzim β-glukanase dan aktivitas antagonisnya terhadap Fusarium oxysporum penyebab layu tanaman, serta memahami sifat dan fungsi protein enzim β-glukanase dengan melihat struktur 3D nya. Penelitian ini menganalisis secara in vitro pengaruh faktor-faktor eksternal terhadap aktivitas enzim β-glukanase, penentuan laju reaksi enzim serta analisis in silico dengan pemodelan struktur dan analisis docking. Hasil penelitian menunjukkan bahwa aktivitas enzim β-glukanase setelah proses pengendapan dengan ammonium sulfat 60% menjadi lebih tinggi dibandingkan dengan ekstrak kasar. Tingkat kemurnian yang diperoleh sebesar 1.43 kali dengan yield sebesar 37.29%. Hasil selanjutnya, enzim β-glukanase dikarakterisasi menggunakan beberapa parameter seperti logam, inhibitor dan laju reaksi. Enzim β-glukanase dari isolat B.subtilis W3.15 mengalami peningkatan aktivitas saat ditambahkan ion logam Ca2+, sehingga ion logam tersebut dapat dikatakan sebagai kofaktor. Saat penambahan ion logam lainnya, aktivitas enzim mengalami penurunan, begitu pula ketika ditambahkan EDTA. Perhitungan laju reaksi enzim β-glukanase menghasilkan nilai kecepatan maksimum (Vmax) sebesar 0.017 µmol/L.jam dan nilai Km yaitu 0.99 µmol/L. Isolat B. subtilis W3.15 kemudian diisolasi DNAnya untuk mendapatkan sekuen DNA yang menyandi protein enzim β-glukanase. Sekuen DNA tersebut diubah menjadi sekuen asam amino kemudian dilakukan pemodelan struktur 3D menggunakan bantuan webserver SWISS-MODEL dengan metode homology modeling. Pemodelan enzim β-glukanase berdasarkan template dari model protein enzim β-glukanase dengan kode PDB 3o5s. Hasil pensejajaran sekuen dan visualisasi model cukup baik yang ditunjukkan dengan model memiliki nilai Ramachandran Plot pada daerah favoured sebesar 91,10%, skor MolProbity sebesar 0.95 dan nilai QMEAN 0.90±0.06. Model enzim β-glukanase di-docking menggunakan program PLANTS1.1 dengan ligan native ligand B3P, 1,4- β-D-Glucan, D-glucose, β-D-Glucan from oat, dan N-Acetil glucosamine. Hasil analisis docking menunjukkan bahwa ligan β-glukan (β-D-Glukan dari oat) yang digunakan sebagai substrat dalam kultivasi isolat B. subtilis W3.15 memiliki skor PLANTSCHEMPLP dan nilai prediksi afinitas enzim paling rendah yaitu -97.8514 dan 0.85 residu asam amino yang berikatan dengan ligan, yaitu GLU133, GLU137, ASN149, GLN147, GLU159, dan TRP220. Berdasarkan pada penelitian ini, maka ligan β-D-Glucan from oat yang diuji secara in silico dan in vitro merupakan substrat yang memiliki hasil aktivitas enzim β-glukanse B. subtilis W3.15 yang terbaik dibandingkan substrat lainnya
Keyword: β-D-Glucan from oat, docking, PLANTS 1.1, Km, Vmax

Judul: Kebijakan pemerintahan daerah kabupaten Situbondo dalam kerangka otonomi daerah di bidang perikanan tangkap
Abstrak: Undang-Undang nomor 31 tahun 2004 tentang Perikanan menyatakan bahwa pengelolaan perikanan merupakan suatu hal yang harus dilaksanakan baik oleh pemerintah pusat maupun daerah.
Keyword: