Judul: Karakterisasi Fag Litik Photobacterium Damselae Asal Lingkungan Perairan
Abstrak: Photobacterium damselae salah satu bakteri patogen yang menginfeksi hewan (khususnya ikan) dan manusia. Patogenisitas bakteri tersebut dikontrol melalui terapi antibiotik, tetapi aplikasi antibiotik yang berkelanjutan menimbulkan resistensi bakteri. Hasil beberapa penelitian melaporkan Photobacterium damselae sudah resisten terhadap antibiotik. Fag litik adalah terapi alternatif yang dapat digunakan untuk mengatasi bakteri-bakteri patogen. Fag litik dapat melisiskan sel bakteri. Tujuan dari penelitian ini adalah mendapatkan fag litik Photobacterium damselae serta mengkarakterisasi fag litiknya. Fag litik Photobacterium damselae diisolasi dari berbagai sumber perairan yaitu Danau IPB, sungai Cidepit, dan sungai Ciparigi Bogor. Bakteri inang untuk fag litik terlebih dahulu direidentifikasi secara morfologi dan karakterisasi fisiologis dengan menggunakan KIT API 20E, uji patogenisitas dengan menggunakan agar darah, dan uji resistensi antibiotik. Isolasi dan pemurnian fag litik dilakukan berdasarkan metode agar dua lapis. Keberadaan fag litik ditandai dengan adanya plak. Fag litik hanya ditemukan pada sungai Cidepit dan Ciparigi Bogor. Pada titik ketiga pengambilan sampel di sungai Cidepit didapatkan isolat pertama fag F A91 yang menunjukkan morfologi cloudy plaque, berdiameter 0.3 mm dengan konsentrasi 3 x 104 PFU mL-1. Pada titik pertama pada sungai Ciparigi didapatkan dua isolat fag. Fag F A92 memiliki morfologi clear plaque berdiameter 3 mm dengan konsentrasi 11 x 105 PFU mL-1. Berbeda dengan morfologi F A93 yaitu turbid plaque berdiameter 1 mm dan konsentrasinya 62 x 106 PFU mL-1. F A91 dengan ciri cloudy plaque merupakan fag lisogenik sehingga tidak digunakan. Clear plaque (F A92) dan turbid plaque (F A93) merupakan fag litik. Hasil pasase menunjukkan bahwa F A92 dan F A93 merupakan fag yang identik (F A9). Berdasarkan uji kisaran inang fag F A9 spesifik terhadap Photobacterium damselae. Pengamatan morfologi fag pada Transmission Electron Microscope (TEM) F A9 termasuk famili Myoviridae. Morfologi kepala ikosahedral berdiameter 30 nm dan ekor kontraktril dengan panjang 60 nm. Analisis SDS-PAGE protein fag F A9 pada gel poliakrilamida menunjukkan 4 pita protein. Berat molekul protein secara berurutan adalah 109.06, 30.58, 17.08, dan 14.96 kDa.
Keyword: Photobacterium damselae, fag litik, Myoviridae, SDS-PAGE.

Judul: Efektivitas Campuran Fag Litik Spesifik pada EPEC K1.1 dan Salmonella P38 sebagai Biokontrol terhadap Penyakit Diare
Abstrak: Enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) merupakan salah satu bakteri penyebab diare di negara berkembang terutama banyak menyerang bayi dan balita. Bakteri EPEC umumnya ditemukan dalam tanah dan air yang menjadi salah satu penyebab dari foodborne disease dan waterborne disease. Mekanisme penyebaran foodborne disease dan waterborne disease terjadi akibat cemaran patogen penyebab penyakit berada dalam makanan dan air sehingga dapat menyebabkan penyakit infeksi bila dikonsumsi oleh manusia atau hewan. Selain bakteri EPEC, diare pun dapat disebabkan oleh beberapa bakteri patogen lainnya, salah satunya adalah Salmonella. Salmonella dapat menyebabkan penyakit pada manusia dengan sindrom gastroenteritis. Bakteri EPEC dan Salmonella merupakan bakteri penyebab gastroenteritis yang banyak ditemukan di Indonesia mencemari makanan atau minuman. Beberapa studi melaporkan bahwa galur Salmonella enteritidis yang diisolasi dari penderita diare di Indonesia resisten terhadap antibiotik ciproflosaksin dan norflosaksin, S. Typhi resisten terhadap kloramfenikol, streptomisin, dan tertrasiklin. Dilaporkan bakteri EPEC K1.1 yang diisolasi dari penderita diare di Depok resisten terhadap antibiotik tetrasiklin dan ampisilin. Adanya bakteri yang resisten terhadap antibiotik jika mencemari makanan dan minuman akan menyebabkan penyakit diare dan mempersulit pengobatan, sehingga diperlukan biokontrol alami yang ramah lingkungan dan dapat mengatasi bakteri patogen tersebut. Biokontrol alami yang dimaksud adalah fag litik yang dapat melisiskan sel bakteri. Hasil penelitian ini diharapkan dapat diaplikasikan sebagai biokontrol pencemaran air dan makanan sehingga dapat mencegah penyakit diare akibat infeksi EPEC dan Salmonella. Fag litik EPEC diisolasi dari limbah cair rumah tangga di daerah Babakan Raya, Darmaga Bogor. Isolat fag litik yang diperoleh dimurnikan dan dibiakkan, selanjutnya diamati morfologinya, dilakukan kuantifikasi fag litik, ditentukan kisaran inangnya, diuji aktivitas campuran fag litik dalam melisis sel EPEC K1.1 dan Salmonella P38, diuji kestabilan penyimpanannya dalam bufer dengan kondisi suhu yang berbeda, dan dilakukan karakterisasi protein fag litik. Pada penelitian ini, diperoleh empat isolat fag litik yaitu: FBd1, FBd2, FBd3 dan FBd4 yang didapat dari titik pengambilan sampel yang berbeda. Konsentrasi fag litik kemudian diukur dengan cara menghitung plak yang terbentuk (Plaque Forming Unit (PFU)). Fag litik FBd3 memiliki konsentrasi tertinggi, yaitu 3.4 x 106 PFU/mL. Kuantifikasi plak menunjukkan bahwa FBd3 memiliki kemampuan infeksi terkuat terhadap bakteri EPEC K1.1, sehingga lebih efektif dalam menginfeksi sel EPEC K1.1 dibandingkan ketiga isolat lainnya. Hal ini memungkinkan peluang FBd3 untuk dapat diaplikasikan sebagai biokontrol terhadap penyakit diare. Uji kisaran inang bertujuan untuk mengetahui spesifisitas fag dalam melisis sel bakteri yang menjadi inangnya. Hasil penelitian menunjukkan bahwa fag litik FBd3 bersifat spesifik terhadap bakteri EPEC K1.1. Spesifisitas inang FBd3 menunjukkan dugaan bahwa di permukaan sel bakteri EPEC K1.1 memiliki reseptor-reseptor yang spesifik terhadap fag litik FBd3 yang tidak dimiliki oleh bakteri lainnya. Berdasarkan pengamatan morfologi fag litik pada Transmission Electron Microscope (TEM), FBd3 termasuk kedalam famili Phodoviridae. Morfologi kepala ikosahedral berdiameter 57.14 nm, ekor pendek non kontraktil berdiameter 12.5 nm dan panjang ekor 33.3 nm. FR38 termasuk kedalam famili Siphoviridae dengan kepala berbentuk heksagonal ikosahedral berdiameter 72.7 nm, ekor non kontraktil dengan panjang 100 nm dan berdiameter sebesar 18.2 nm. Kepala dan ekor fag terdiri dari protein. Protein penyusunnya bervariasi dan memiliki fungsi yang berbeda. Fungsi tersebut meliputi perlindungan fag terhadap ketahanannya di lingkungan dan berperan pada proses replikasi sampai menyebabkan lisis pada
Keyword: Lytic phage, cocktail phage, Salmonella, EPEC

Judul: Query Expansion based on Bilingual Dictionary Using Conditional Probability
Abstrak: Query expansion is a technique that can be used to bridge vocabulary gaps between queries and documents in the collection. With query expansion, user will be helped to formulate queries well so that user will optimize the search result. In this study, the expansion term was resulted from the translation of bilingual dictionary. Subsequently, several terms of expansion were elected based on the closeness of its relationship with the original query. This research showed that conditional probability can be used to select expansion term in bilingual translation method query expansion. The result of 1000 documents was more than 97% relevan document can be retrieved by this system. The more expansion term used, the larger number relevan document was retrieved.
Keyword: