Judul: Analisis Ekspresi Gen Pada Embriogenesis Somatik Di Tanaman Kelapa Sawit.
Abstrak: Teknik kultur jaringan merupakan salah satu teknik perbanyakan tanaman kelapa sawit untuk skala produksi (mass production) karena dapat menghasilkan tanaman yang memiliki sifat yang sama dengan induknya (true to type). Namun, teknik ini masih kurang efisien karena keberhasilan pembentukan embrio somatik-nya yang masih rendah (3-6%), oleh karena itu perlu dilakukan identifikasi gen-gen yang terlibat dalam embriogenesis pada tanaman kelapa sawit. Pada penelitian sebelumnya dengan teknik microarray, diperoleh beberapa gen yang potensial dan terlibat dalam pembentukan embrio somatik di tanaman kelapa sawit, namun ekspresi gen dari kandidat gen-gen tersebut belum divalidasi, oleh karena itu penelitian ini bertujuan: (1) seleksi gen-gen terkait embriogenesis somatik dari hasil microarray berdasarkan pendekatan Bioinformatik dan (2) menganalisis ekspresi gengen tersebut menggunakan qPCR. Penelitian ini diharapkan diperoleh kandidat gen-gen terkait embriogenesis somatik yang dapat digunakan sebagai marka untuk deteksi dini kalus-kalus yang memiliki kemampuan embriogenik pada tanaman kelapa sawit. Penelitian secara garis besar dibagi menjadi dua bagian, yaitu: (1) seleksi gen-gen terkait embriogenesis somatik dan (2) menganalisis ekspresi gen-gen tersebut menggunakan qPCR. Pada tahap seleksi gen dengan Bioinformatik, gen-gen hasil dari analisis dengan microarray diseleksi berdasarkan nilai ekspresinya (fold change), fungsi gen, dan faktor-faktor yang mempengaruhi embriogenesis. Analisis ekpsresi gen dilakukan dengan menggunakan sampel kalus (nodular callus) dan embrio somatik (coleoptilar stage) yang merupakan hasil kultur jaringan dari tiga progeni tanaman kelapa sawit (Tenera). RNA dari dua jenis sampel diekstraksi, kemudian diubah menjadi cDNA utas tunggal. Selanjutnya dilakukan analisis ekspresi gen menggunakan teknik qPCR. Ekspresi gen dikuantifikasi dengan metoda Relative Quantification Standart Curve. Pada analsis tersebut kalus digunakan sebagai kalibrator sampel (kontrol) dan gen 40S ribosomal protein (40s) digunakan gen pembanding (reference gene). Hasil seleksi gen-gen yang terlibat dalam embriogenesis somatik melalui pendekatan Bioinformatik diperoleh sebanyak sepuluh kandidat gen yang terdiri atas: tujuh gen yang up-regulated dan tiga gen down-regulated. Kesepuluh gen tersebut kemudian dilakukan analisis melt curve sehingga diperoleh empat gen yang primernya terbukti spesifik dan dapat digunakan dalam analisis qPCR, yaitu: IAA-amino acid hydrolase ILR1-like1 (ilr1), late embryogenesis abundant (lea2), 26S proteasome non- ATPase (26sp), dan trehalose phosphate synthase (tps6). Hasil analisis ekspresi gen dengan menggunakan qPCR menunjukkan bahwa gen ilr1 dan lea2 terekspresi lebih tinggi pada embrio somatik (coleoptilar stage) dibandingkan dengan sampel kalus (kontrol). Meskipun tingginya ekspresi kedua gen tersebut berbeda pada setiap progeni. Kedua gen ini berpotensi digunakan sebagai penanda untuk mendeteksi adanya embrio somatik (coleoptilar stage).
Keyword: Elaeis guineensis Jacq, IAA-amino acid hydrolase (ilr1), Late embryogenesis abundant (lea), Quantitative real-time PCR (qPCR)

Judul: Molecular Analysis of Oil Palm (Elaeis guineensis Jacq.) Flowering Associated Genes and their Potential Application in Breeding Programmes
Abstrak: Kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.) adalah tanaman tropis yang digunakan dalam industri makanan, kosmetik dan bio-diesel. Tujuan utama dalam pemuliaan kelapa sawit adalah menaikan sex ratio bunga betina terhadap bunga jantan. Faktor lingkungan dan genetik mempunyai peran besar dalam produktivitas kelapa sawit. Ketersediaan air, terutuma di Afrika, dan ketersediaan kandungan kabohidrat mempengaruhi sex ratio kelapa sawit. Pemangkasan daun sawit adalah salah satu cara untuk menginduksi bunga jantan di kelapa sawit namun masih ada beberapa hal terkait efisiensi teknik tersebut, apalagi gen-gen yang berperan dalam proses ini belum diketahui. Penelitian ini bertujuan untuk menyelidiki perubahan fenotipe dan menentukan gen-gen yang terekspresi akibat pemangkasan daun sawit. Dalam disertasi ini, diberikan informasi tentang berapa jumlah faktor lingkungan yang dibutuhkan untuk menginduksi bunga jantan pada kelapa sawit secara efisien. Selain itu, diberitahukan juga berapa waktu yang dibutuhkan oleh kelapa sawit sebelum merespon terhadap stres pemangkasan daun. Informasi ini digunakan untuk pelajari ekspresi gen terkait pembungaan dalam kelapa sawit yang diakibatkan oleh stres pemangkasan daun. Data menunjukan bahwa teknik pemangkasan daun bisa menaikan produksi bunga jantan kelapa sawit sampai 104%. Teknik ini paling efisien di musim kering dan optimum saat cekaman air sama dengan 16.8 mm dalam waktu 60 hari pertama setelah pemangkasan daun. Analisis regresi menunjukan bahwa tanaman kelapa sawit akan memberikan respon terhadap cekaman kabohidrat yang diakibatkan oleh pemangkasan daun merupakan ekspresi gen dalam waktu 30 sampai 60 hari setelah pemangkasan. Kadar gula yang diambil dari jaringan bunga dan daun kelapa sawit 45 hari setelah pemangkasan menunjukan bahwa kadar gula menurun 21% di jaringan bunga dan 55% di jaringan daun dibanding kontrol. Ekspresi gen di jaringan bunga kelapa sawit mengunakan Next Generation Sequencing (NGS) menujukan bahwa mayoritas gen gen yang berperan dalam regulasi cekaman kabohidrat di kelapa sawit terletak di kloroplas dan mitokondria. Analisis fungsi menggunakan Gene Ontology, menujukan bahwa gen gen tersebut berperan dalam metabolisme kabohidrat dan fotosintesis. Analisis ko-ekspresi menujukan keterkaitan antara cekaman kabohidrat dan induksi bunga serta peran zat pertumbuhan tanaman seperti auxin, gibberellin dan jasmonic acid. Ini membuktikan bahwa gen gen dalam lintasan cekaman kabihidrat yang diakibatkan oleh pemangkasan daun berperan dalam induksi bunga di jantan tanaman kelapa sawit.
Keyword: pemangkasan daun, cekaman kabohidrat, induksi bunga, NGS, kelapa sawit

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: