Judul: Keragaman Gen Myostatin (MSTN) pada Sapi Peranakan Ongole dan Asosiasinya dengan Bobot Badan
Abstrak: Sapi Peranakan Ongole (PO) merupakan salah satu sumber daya genetik ternak lokal sebagai penghasil daging. Sapi PO berpotensi untuk dikembangkan di Indonesia karena telah beradaptasi pada kondisi iklim marginal di Indonesia sejak tahun 1930. Kemampuan adaptasi yang baik pada kondisi iklim marginal mendukung kemampuan sapi PO tumbuh secara efisien. Salah satu faktor yang mengontrol pertumbuhan otot yaitu protein atau gen myostatin (MSTN). Gen MSTN berperan dalam kontrol negatif terhadap pertumbuhan otot. Defisiensi atau mutasi gen MSTN akan membawa dampak terhadap pertumbuhan otot, salah satunya adalah hipertropi atau pertumbuhan otot secara berlebih. Berdasarkan hasil sequencing telah ditemukan mutasi atau SNP gen MSTN pada sapi PO ekson 1, yakni SNPc.111G>C (rs523392653) dan SNPc.267G>A (rs383271508). Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman gen MSTN dengan metode PCR-RFLP dan melihat asosiasinya dengan bobot lahir, bobot sapih, dan pertumbuhan pada sapi PO. Sebanyak 77 sampel darah sapi PO yang terdiri atas 38 betina dan 39 jantan berasal dari BPPIB-TSP Ciamis. Sampel darah diekstraksi menggunakan kit dari Geneaid sehingga menghasilkan isolasi DNA sapi PO yang murni. Keragaman gen MSTN dianalisis dengan metode PCR-RFLP menggunakan dua enzim restriksi, yakni HaeIII (GGCC) dan AluI (AGCT). Hasil analisis seperti frekuensi genotipe, frekuensi alel, nilai heterozigositas, dan keseimbangan Hardy-Weinberg dihitung dengan program Popgen32. Hasil keragaman SNPc.111G>C dan SNPc.267G>A pada gen MSTN diasosiasikan dengan bobot lahir, bobot sapih, dan laju pertumbuhan menggunakan metode uji-t dengan bantuan program SAS. Amplifikasi sekuens gen MSTN melalui PCR menghasilkan panjang produk sebesar 608 bp. Hasil pemotongan dengan enzim HaeIII pada SNPc.111G>C menghasilkan dua alel (G dan C) dengan tiga genotipe CC, CG, dan GG. Hasil pemotongan sekuen gen MSTN dengan enzim AluI terhadap SNPc267G>A menghasilkan dua alel (A dan C) dengan tiga genotipe AA, AG, dan GG. Frekuensi alel SNPc.267G>A dan SNPc.111G>C tidak berada dalam keseimbangan Hardy-Weinberg. Keragaman SNPc.267G>A pada sapi PO betina dan jantan tidak berasosiasi dengan bobot lahir, bobot sapih, dan laju pertumbuhan. SNPc.111G>C pada sapi PO betina tidak berasosiasi dengan ketiga sifat yang diamati, akan tetapi pada sapi PO jantan SNP ini berasosiasi nyata (P<0,05) dengan bobot sapih dan laju pertumbuhan. Genotipe GG berpeluang sebagai kandidat marka genetik seleksi calon pejantan sapi PO.
Keyword: body weight, myostatin gene, PO cattle

Judul: Keragaman Gen Myostatin dan Asosiasinya dengan Sifat Pertumbuhan pada Sapi Bali
Abstrak: Sapi bali (Bos javanicus) adalah sapi pedaging asli Indonesia yang merupakan hasil domestikasi banteng (Bibos banteng). Sapi bali memiliki keunggulan jika dibandingkan dengan sapi lokal lainnya karena pruduktivitas dan reproduksinya yang lebih tinggi dan dapat beradaptasi pada lingkungan marjinal. Gen Myostatin (MSTN) atau yang dikenal dengan Growth Differentiation Factor-8 (GDF-8) merupakan anggota dari TGF-β yang memegang peran penting dalam mengatur pertumbuhan otot serta kualitas daging. Pada sapi gen MSTN terletak di kromosom 2, memiliki 3 ekson dan 2 intron dengan panjang total 6 646 pb serta memiliki 375 asam amino. Apabila terjadi mutasi maka akan menyebabkan tidak berperannya gen MSTN di dalam sel yang akan menyebabkan terjadinya hipertrofi dan hiperplasia. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi dan menganalisis keragaman Single Nucleotide Polymorphism (SNP) gen MSTN di daerah coding (ekson 1, ekson 2 dan ekson 3) dan mengasosiasikannya dengan sifat pertumbuhan. Sampel darah diambil dari 52 ekor sapi bali jantan yang berasal dari BPTUHPT Denpasar, Provinsi Bali dan 10 ekor sapi limosin yang berasal dari BPTUHPT Padang Mangatas, Provinsi Sumatera Barat sebagai pembanding. Analisis DNA dilakukan secara bertahap yaitu mulai dari mengekstraksi DNA, mengamplifikasi gen MSTN dengan metode PCR dan melakukan sekuensing. Data hasil sekuensing selanjutnya dianalisis dengan menggunakan FinchTV, BioEdit dan MEGA7. Asosiasi keragaman gen MSTN terhadap sifat pertumbuhan meliputi bobot lahir, bobot 205 hari, bobot 365 hari, bobot 730 hari dan pertambahan berat badan dilakukan dengan menggunakan uji-t menggunakan SAS 9.4. Amplifikasi gen MSTN di daerah coding (ekson 1, ekson 2 dan ekson 3) pada sapi bali dan sapi limosin berhasil dilakukan pada suhu 55 oC, 56 oC dan 60 oC dengan panjang produk 608 pb, 622 pb dan 451 pb. Dalam penelitian ini ditemukan 18 SNP pada sapi bali dan 12 SNP pada sapi limosin. Frekuensi alel SNP yang ditemukan pada sapi bali berada dalam keadaan equilibrium, sedangkan 12 SNP yang ditemukan pada sapi limosin secara umum juga dalam keseimbangan Hardy- Weinberg kecuali pada SNP c.2411 C>T. Terdapat 3 SNP yaitu c.4900 T>G, c.4905 C>G dan c.4907 C>G yang berpengaruh nyata (P<0.05) terhadap bobot lahir pada sapi bali. Hasil penelitian yang mengungkap hubungan antara beberapa SNP gen MSTN yang berasosiasi dengan bobot lahir diharapkan dapat dijadikan sebagai kandidat penanda genetik bobot lahir sapi bali.
Keyword: gen MSTN, sapi bali, sifat pertumbuhan, SNP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: