Judul: Nilai sebaran kepadatan akustik (Acaoustic density) di lepas pantai perairan Parangtritis pada bulan desember 2003
Abstrak: Lepas pantai khususnya lapisan dalam berpotensi sebagai alternatif daerah baru bagi penangkapan ikan. Untuk mengetahui informasi mengenai daerah penangkapan ikan dan stok ikan diperlukan suatu penelitian yang dapat memberikan gambaran informasi daerah penangkapan dan stok ikan. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui nilai dan sebaran spasial kepadatan akustik ikan laut dalam dengan menggunakan Split Dual Beam Acoustic System di Perairan Parangtritis (110°38,07' BT dan 8°25,11' LS hingga 110°52,87' BT dan 8°27,11' LS) pada bulan Desember 2003. Kepadatan akustik adalah suatu nilai luasan kepadatan target yang terdeteksi melalui pantulan kembali gelombang suara (backscattering strength) setelah mengenai target. Metode pengambilan data dilakukan dengan metode hydroacoustic dengan menggunakan instrumen akustik KFC-Kaijo 3000, suatu sistem akustik dengan menggunakan transducer gabungan, yaitu sorot terbagi (split-beam) dan dwi sorot (dual beam) dengan frekuensi 38 kHz dan 120 kHz secara simultan. Data akustik yang didapatkan berupa data dalam bentuk echogram. Selain data akustik diproses pula data oseanografi (suhu, salinitas dan kelarutan oksigen (DO)) yang diperoleh dari instrumen CTD. Dari hasil pengolahan data diperoleh nilai rata-rata kepadatan akustik pada lapisan tercampur adalah 1130,96 m²/nmi dengan kedalaman antara 0-100 m, lapisan termoklin memiliki rata-rata kepadatan akustik sebesar 610,94 m²/nmi² dengan kedalaman antara 100-200 m, sedangkan lapisan dalam memiliki nilai rata-rata kepadatan akustik paling kecil yaitu 305,92 m²/nmi² dengan kedalaman maksimum mencapai 600 m. Temperatur Perairan Parangtritis pada bulan Desember 2003 berkisar antara 24,57-29,28°C untuk lapisan tercampur, 12,63-26,11°C untuk lapisan termoklin dan 4,20-12,88 °C pada lapisan dalam, dengan kisaran tersebut dijumpai nilai densitas tertinggi ada pada suhu yang hangat yaitu berada pada daerah permukaan air dan posisinya menjauhi pantai. Kisaran salinitas memiliki fluktuasi yang lebih kecil yaitu antara 32,72-34,71 psu, sedangkan nilai oksigen semakin kecil seiring bertambahnya kedalaman, nilai rata-rata oksigen pada lapisan tercampur yaitu 4,71 ml/l, pada lapisan termoklin memiliki rata-rata oksigen sebesar 2,83 ml/1. sedangkan pada lapisan dalam nilai rata-rata oksigen jauh lebih kecil lagi yaitu 1,18 ml/1. Nilai kepadatan akustik terendah berada pada lapisan dalam, hal ini diduga karena lebih banyaknya faktor pembatas bagi keberlangsungan hidup ikan, sehingga tidak semua ikan mampu beradaptasi untuk hidup di lapisan dalam. Faktor pembatas tersebut diantaranya yaitu, jumlah makanan/ pakan ikan yang terbatas, suhu yang rendah, salinitas yang tinggi, tekanan yang tinggi dan kandungan oksigen terlarut yang rendah.
Keyword: 

Judul: Perbandingan nilai dan sebaran kepadatan akustik ikan di perairan laut dalam, Parangtritis dan Pacitan pada Bulan Desember 2003
Abstrak: Ditemukannya 323 spesies yang hidup pada kedalaman 200 meter atau lebih dalam eskpedisi di sebelah barat Sumetera dan selatan Jawa oleh Indonesia dan Jepang pada tahun 2005 merupakan suatu bukti bahwa potensi ikan laut dalam Indonesia sangat melimpah dan perlu adanya pengkajian ikan laut dalam di daerah lain. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menduga nilai dan sebaran kepadatan akustik (acoustic density) ikan laut dalam yang hidup di Perairan Pacitan pada bulan Desember 2003 dengan menggunakan metode hidroakustik Split Dual Beam dan membandingkannya dengan nilai dan sebaran kepadatan akustik di Perairan Parangtritis yang sebelumnya telah diteliti oleh Nurlaili Amalia. Pengambilan data akustik dilakukan pada tanggal 9-24 Desember 2003 di Perairan Selatan Jawa dengan menggunakan RV Umitaka Maru oleh tim Jepang dan Indonesia. Data akustik didapatkan melalui metode hydroacoustic yaitu dengan menggunakan instrumen akustik KFC-Kaijo 3000. Dalam pengolahan data selanjutnya akan digunakan frekuensi 38 KHz. Data yang diperoleh diolah dengan menggunakan Echoview 3.0 dengan ESDU per 1 nautical mile (n.mi). Nilai rata-rata kepadatan akustik yang paling tinggi di Perairan Parangtritis adalah pada lapisan tercampur yaitu pada kedalaman hingga 50 meter dengan nilai rata-rata sebesar 1175,88 m²/nmi², sedangkan nilai yang paling rendah berada pada kedalaman 250 meter hingga 300 meter yaitu sebesar 130,16 m²/nmi². Pada Perairan Pacitan, nilai rata-rata kepadatan akustik yang paling tinggi berada pada lapisan dalam yaitu pada kedalaman antara 350 meter hingga 400 meter dengan nilai sebesar 1055,05 m²/nmi² sedangkan nilai yang paling rendah berada pada kedalaman 150 meter hingga 200 meter yaitu sebesar 106,38 m²/nmi². Nilai rata- rata kepadatan akustik secara keseluruhan baik di Perairan Parangtritis maupun Pacitan, pada lapisan tercampur menuju lapisan termoklin nilainya semakin menurun. Kemudian mulai pada kedalaman 250 meter nilainya naik kembali hingga pada kedalaman 400 meter. Dari kedalaman 400 meter hingga 600 meter, nilai rata-rata kepadatan akustik turun kembali. Semakin bertambah kedalaman, nilai rata-rata kepadatan akustik semakin rendah. Pada lapisan dalam kepadatan akustik yang ditemukan sebagian besar memiliki nilai kecil yaitu < 500 m²/nmi². Hal ini menunjukkan ikan yang hidup pada lapisan laut dalam memiliki luasan yang kecil sehingga sesuai dengan tingkah laku kehidupan ikan laut dalam yang cenderung hidup soliter. Secara horizontal yaitu dari Perairan Parangtritis ke Perairan Pacitan, nilai kepadatan akustik semaikin besar dan semakin bervarisi nilainya. Pada kedalaman mulai 350 meter, nilai kepadatan akustik di daerah Perairan Parangtritis memiliki sebaran yang tidak merata. Hal ini disebabkan karena pada Perairan Parangtritis memiliki kondisi topografi perairan yang dangkal sehingga pada kedalaman mulai dari 350 meter kebawah, nilai kepadatan akustik tidak dapat dideteksi pada beberapa titik penelitian.
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA