Judul: Isolasi, Kloning, dan Ekspresi Gen dpe dari Agrobacterium tumefasiens sebagai Gen Penyandi Enzim D-Psicose 3-Epimerase (DPEase).
Abstrak: Gula langka atau yang disebut sebagai rare sugar, contohnya D-psikosa, merupakan gula yang jumlahnya sangat terbatas di alam. D-psikosa memiliki manfaat dibidang farmasi yaitu untuk menyembuhkan diabetes tipe2. Untuk itu, D-psikosa memiliki potensi untuk dikembangkan di Indonesia dalam upaya pengentasan diabetes tipe2. Terbatasnya jumlah D-psikosa menjadi faktor pembatas dalam pemanfaatannya. Oleh karena itu, dibutuhkan upaya dalam pengembangan produk D-psikosa. D-psikosa dapat diperoleh secara enzimatik dengan menggunakan Dpsikosa 3-epimerase (DPEase), yang berfungsi mengubah D-fruktosa menjadi Dpsikosa. Studi literasi menunjukkan bahwa enzim DPEase yang disandikan oleh gen dpe dari Agrobacterium tumefaciens memiliki daya konfersi tertinggi untuk spesifik produk D-psikosa, sehingga enzim DPEase memiliki karakter yang sesuai untuk diproduksi di Indonesia, sebagai upaya dalam mendukung pengembangan D-psikosa. Penelitian ini bertujuan untuk memproduksi enzim DPEase rekombinan dengan cara kloning dan ekspresi gen dpe dari A. tumefaciens asal Indonesia. Tahapan penelitian dimulai dari amplifikasi gen dpe dengan teknik Polymerase chain rection (PCR), dilanjutkan dengan ligasi ke dalam vektor pGEM®-T Easy dan transformasi ke Escherichia coli DH5α. Koloni positif dikonfirmasi dengan teknik PCR, pemotongan plasmid dengan enzim restriksi dan sekuensing. Gen dpe kemudian disubklon ke plasmid pET 21b dan ditransformasi ke bakteri E. coli BL21 (DE3) untuk proses ekspresi gen. Ekspresi gen dilakukan dengan induksi 1 mM isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) dan dianalisis dengan SDS-PAGE. Produk PCR gen dpe berukuran 870 bp telah berhasil diperoleh. Hasil analisa sekuen asam amino dari gen dpe yang diperoleh memiliki tingkat identities sebesar 96,6% dan similarities sebesar 97,9% dengan asam amino penyusun enzim DPEase dari A. tumefaciens yang telah dilaporkan. Hasil analisis kesejajaran meggunakan perangkat lunak bioedit, menunjukkan adanya delapan perbedaan asam amino yang berada pada posisi basa ke Val50 (valine), Qly53 (Glysin), Thr94 (Therionine), His134 (Histidin), Leu194 (Leusin), Glu196 (Glutamic acid), Val242 (Valin), dan Leu269 (Leucine). Gen dpe telah berhasil di ekspresikan dan menghasilkan enzim DPEase rekombinan yang berukuran 32 kDa.
Keyword: Agrobacterium tumefaciens, kloning, D-psikosa, D-psikosa 3- epimerase, ekspresi, isolasi, rekombinan Escherichia coli

Judul: Pengaruh Mutagenesis Situs Terarah dari Gen dpe penyandi dpsikosa 3-epimerase dari Agrobacterium tumefaciens Asal Indonesia terhadap Aktivitas Enzim.
Abstrak: D-psikosa 3-epimerase (DPE) adalah salah satu enzim epimerase yang berfungsi mengkonversi D-fruktosa menjadi D-psikosa. Berdasarkan struktur tiga dimensi enzim DPE, residu yang terlibat dalam pengikatan substrat adalah I66, W112, E156, H186, dan R215, dan pengikatan logam adalah E150, D183, H209, E244, dan E150. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui pengaruh mutagenesis situs terarah dari gen dpe penyandi d-psokosa 3-epimerase dari Agrobacterium tumefaciens terhadap aktivitas enzim DPE. Mutasi telah dilakukan pada situs asam amino ke 242 dengan mengganti kodon penyandi asam amino valin menjadi isoleusin menggunakan teknik PCR sehingga menjadi Atdpe V242I. Atdpe V242I hasil mutasi telah berhasil diklon di dalam E. coli DH5α Analisis SDS-PAGE menunjukkan bahwa Atdpe V242I telah berhasil diekspresikan di E. coli BL21 (DE3) menghasilkan enzim Atdpease V242I. Uji aktivitas enzim menunjukkan bahwa aktivitas enzim DPE V242I mengalami penurunan sebesar 27%. Penambahan ion logam Co2+ dapat meningkatkan aktivitas enzim AtDPE V242I sebesar 36,7% dan sehingga setara dengan AtDPE.
Keyword: D-Psikosa-3-Epimerase, Agrobacterium tumefaciens, mutagenesis situs terarah, ekspresi, aktivitas enzim

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: