Judul: Komputasi Dan Analisis Sinyal Akustik Multibeam Echosounder Menggunakan Anglur Range Analisis (Ara) Dan K-Means Untuk Klasifikasi Dasar Perairan.
Abstrak: Pemetaan dasar perairan menggunakan metode multibeam sonar masih terus dilakukan di seluruh dunia. Multibeam memiliki kemampuan untuk melakukan pemeruman dengan cakupan yang luas, tingkat akurasi yang tinggi dan banyak digunakan untuk mengetahui karakteristik dasar perairan. Salah satu pendekatan yang digunakan untuk mengetahui tipe dasar perairan dan hubungannya terhadap sudut datang gelombang akustik yaitu melalui Angular Range Analysis (ARA). Penelitian ini bertujuan untuk menghasilkan nilai hambur balik menggunakan ARA, menampilkan mosaik hambur balik (backscatter) data multibeam, melakukan klasifikasi dasar perairan berdasarakan nilai hambur balik, ukuran sedimen (grain size), impedansi, dan tingkat kekasaran (roughness) akustik, menentukan jenis sedimen dasar laut menggunakan metode ARA Akuisis data akustik dilakukan dengan menggunakan multibeam echosounder Kongsberg EM 120 di perairan antara Pulau Nias dan Pulau Sumatera, tepatnya pada koordinat 1039’0’’N – 1040’30’’N dan 97034’30’’E – 97039’0’’E dengan menggunakan kapal riset SONNE milik Jerman. Pengolahan data nilai hambur balik dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak CARIS HIPS and SIPS. Analisis nilai hambur balik dilakukan dengan menggunakan XLStat. Penyajian informasi secara spasial dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak ArcGIS. Pengolahan data diawali oleh penerapan koreksi data terhadap pengaruh attitude, swath, dan navigation editor. Proses selanjutnya yaitu menghasilkan mosaik backscatter melalui proses GeoBaR (Georeference Backscatter). Ekstraksi GeoBaR akan menghasilkan nilai intensitas hambur balik di lokasi penelitian dalam satuan decibel (dB). Metode yang digunakan untuk mengelompokkan atau mensegmentasi data hambur balik adalah K-means. Jumlah kelas yang digunakan dalam penelitian ini yaitu 3 kelas berdasarkan scale class yang dibuat oleh Wenworth pada tahun 1922. Berdasarkan hasil clustering, diperoleh bahwa nilai hambur balik berada pada rentang -41,214 hingga -27,000 decibel (dB). Terdapat 3 jenis utama tipe dasar perairan di lokasi penelitian, yaitu pasir, lanau, dan lempung. Nilai intensitas terbesar dihasilkan oleh sedimen pasir. Parameter yang sangat menentukan kuat lemahnya sinyal kembali adalah ukuran diameter sedimen (mm), phi (ϕ) dan kekasaran (RMS) di sepanjang area survei. Ukuran diameter sedimen pada penelitian ini berada pada rentang 0.003 mm hingga 0.123 mm. Nilai phi yang diperoleh berada pada rentang 3,030 hingga 8,546. Berdasarkan karakteristik nilai kekasaran, pasir merupakan jenis sedimen yang paling kasar dibandingkan dengan jenis lainnya.
Keyword: Angular Range Analysis (ARA), klasifikasi dasar perairan, multibeam echososunder

Judul: Aplikasi Single Beam Echosounder Simrad EK15 untuk Pengukuran Hambur Balik Akustik Koloni Karang
Abstrak: Indonesia dan beberapa negara berkembang lainnya masih memanfaatkan teknologi hidroakustik dengan transduser single beam dibandingkan dengan teknologi beam lebih dari satu karena harganya yang relatif lebih murah. Perlu adanya basis data nilai hambur balik akustik objek dasar perairan untuk memudahkan dalam survei pendugaan dasar perairan menggunakan metode hidroakustik. Tujuan penelitian ini adalah membandingkan dan mengelompokkan nilai area backscattering coefficient dan area backscattering strength pada tipe pertumbuhan koloni karang dan jenis substrat dasar perairan dengan menggunakan instrumen single beam echosounder Simrad EK15. Data akustik ditampilkan dalam bentuk echogram dan dikonversi menjadi nilai digital berupa area backscattering coefficient dan area backscattering strength dari hambur balik echo pertama (E1) dan hambur balik echo kedua setelah dihamburkan kembali dari permukaan (E2) yang merepresentasikan kekasaran dan kekerasan objek yang terdeteksi. Ground check dengan penyelaman SCUBA dilakukan untuk memastikan instrumen yang digunakan tepat mendeteksi objek dasar perairan yang diinginkaan. Uji statistik dilakukan untuk membuktikan bahwa nilai E1 maupun E2 dapat dibedakan dan dikelompokan berdasarkan sifat kemiripan dan ketakmiripan dari objek dasar perairan yang terdeteksi. Nilai E1didapatkan berkisar antara -32.42 hingga -24.48 dan nilai E2 didapatkan berkisar antara -51.35 hingga -38.02 Urutan nilai E1 maupun E2 dari yang tertinggi berturut-turut yaitu coral massive, acropora tabulate, coral foliose, acropora branching, pecahan karang/rubble, dan substrat pasir. Semua parameter yang diujikan memiliki nilai yang berbeda nyata dengan nilai kepercayaan 95%. Berdasarkan nilai E1 dan E2 dengan analisis multivariat, didapatkan dua kelompok utama yang memiliki tingkat kemiripan yang tinggi yaitu kelompok coral massive dan acropora tabulate serta kelompok acropora branching, pecahan karang/rubble, dan substrat pasir.
Keyword: hidroakustik, karang, parairan

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA