Judul: Keragaman Aktinobakteri Endofit Rhododendron zoelleri Melalui Pendekatan Kultivasi dan DGGE Gen 16S rRNA
Abstrak: Rhododendron zoelleri merupakan spesies dari subgenus vireya dan dikelompokkan dalam famili Ericacea. Rhododendron dimanfaatkan sebagai tanaman hias dan sebagai tanaman obat tradisional. Rhododendron diketahui mampu menghasilkan senyawa bioaktif flavonoid dan terpenoid. Senyawa bioaktif dari Rhododendron diduga diproduksi oleh mikrob endofit yang terdapat dalam jaringan tanaman. Mikrob endofit dari kelompok aktinobakteri dikenal sebagai penghasil beragam senyawa bioaktif yang memiliki berbagai macam aktivitas biologis, sehingga informasi mengenai keragaman aktinobakteri sangat perlu dilakukan. Keragaman aktinobakteri culturable dapat diperoleh dengan kultivasi pada media tertentu dalam kondisi laboratorium. Namun 99% mikrob di alam tidak dapat dikulturkan sehingga diperlukan pendekatan metagenomik untuk mendapatkan informasi mengenai komunitas dan keragaman aktinobakteri endofit. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mengkaji keragaman aktinobakteri endofit culturable asal R. zoelleri melalui kultivasi, dan total komunitas aktinobakteria endofit R. zoelleri unculturable melalui pendekatan metagenomik dengan PCR-DGGE berdasarkan gen 16S rRNA. Aktinobakteri endofit R. zoelleri berhasil diisolasi menggunakan media Humic Acid Vitamin Agar (HV) berjumlah 6 isolat, tiga isolat diisolasi dari daun dan tiga isolat diisolasi dari batang, purifikasi dilakukan pada media ISP 2 (International Streptomyses Project 2). Keenam isolat tersebut (RZP 1.3, RZP 1.1, RZP 2.2, RZPB 1.1, RZPB 7.1, RZPB 4.1) berdasarkan karakteristik morfologi (warna miselia substrat, miselia aerial, pigmentasi media, dan tipe penataan spora) merupakan kelompok Streptomyces yang memiliki ciri umum membentuk miselia aerial dan miselia substrat. Identifikasi molekuler dilakukan dengan ekstraksi DNA genom 6 isolat aktinobakteri endofit culturable asal R. zoelleri menggunakan Geneaid Genomic DNA Mini kit, dan dilanjutkan dengan amplifikasi gen 16S rRNA. Total komunitas aktinobakteri unculturable dianalisis dengan mengekstraksi DNA genom dari jaringan R. zoelleri menggunakan Geneaid Genomic DNA Mini Kit, Plant. Gen 16S rRNA diamplifikasi dengan nested PCR menggunakan primer spesifik aktinobakteri yang berukuran ±1087 bp dan primer universal yang berukuran ±180 bp. Analisis komunitas aktinobakteri unculturable dilakukan menggunakan teknik Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE). Komunitas aktinobakteri yang ditemukan dianalisis kekerabatannya berdasarkan gen 16S rRNA menggunakan software bioinformatika MEGA 6. Analisis pohon filogenetik berdasarkan sekuen gen 16S rRNA menunjukkan bahwa enam isolat (RZP 1.3, RZP 1.1, RZP 2.2, RZPB 1.1, RZPB 7.1, RZPB 4.1) berkerabat dekat dengan S. djakartensis strain NBRC 15409T, S. tritolerans strain DAS 165T, S. coelicoflavus strain NBRC 15399T dengan kemiripan 99%. Keenam isolat memiliki kemiripan yang tinggi dengan strain pembandingnya berdasarkan gen 16S rRNA, tetapi terdapat perbedaan morfologi antara isolat yang ditemukan dengan strain pembandingnya, sehingga besar kemungkinan ditemukan novel spesies melalui identifikasi dengan pendekatan polifasik taksonomi. iii Profil komunitas aktinobakteri endofit R. zoelleri berdasarkan gen 16S rRNA diwakili 13 pita DGGE yang berhasil diisolasi melalui pemotongan gel. Hasil separasi pita gen 16S rRNA dipotong dan dilakukan Re-PCR menggunakan primer non GC clamps untuk dilanjutkan ke tahap sekuensing. Pensejajaran basa nukleotida aktinobakteri endofit unculturable asal R. zoelleri terhadap galur pembandingnya dari database GenBank menunjukkan hubungan kekerabatan 13 pita dengan genus Streptomyces dan Non-Streptomyces yang dikenal dengan rareaktinobakteri yaitu genus Agromyces, Gordonia, Microbacterium, Micromonospora, Propionibacterium, Saccharomonospora, Streptomyces yang memiliki kemiripan berkisar 93.18%-100%. Komunitas aktinobakteri culturable yang diperoleh dengan teknik kultivasi menemukan isolat dari satu genus yaitu Streptomyces. Sedangkan dengan pendekatan metagenomik dengan teknik DGGE berhasil mengidentifikasi keduanya dari kelompok genus Streptomyces dan Non-Streptomyces yang dikenal
Keyword: actinobacteria, cultivation, metagenome, R. zoelleri, 16S rRNA gene, Ericacea, Mikrob Endofit, Vireya; Metagenomik

Judul: Keragaman Morfologi Aktinomiset Endofit Rhododendron spp. dan Penghambatannya Terhadap Bacillus cereus dan Candida albicans
Abstrak: Pengembangan potensi senyawa bioaktif baru dari metabolit sekunder yang dihasilkan mikrob termasuk aktinomiset endofit tumbuhan semakin berkembang, diantaranya dimanfaatkan sebagai senyawa antimikrob. Mikrob endofit termasuk aktinomiset diketahui dapat menghasilkan senyawa bioaktif yang sama dengan tanaman inangnya. Sebanyak 17 aktinomiset endofit Rhododendron telah berhasil diisolasi dari batang dan daun, serta dikoleksi di Laboratorium Mikrobiologi IPB. Penelitian ini bertujuan mengkaji keragaman morfologi aktinomiset endofit Rhododendron spp. dan kemampuan penghambatannya terhadap Bacillus cereus dan Candida albicans serta mengidentifikasi aktinomiset endofit terpilih berdasarkan gen 16S rRNA. Metode yang digunakan yaitu peremajaan dan karakterisasi isolat aktinomiset endofit, penapisan aktivitas antimikrob menggunakan Bacillus cereus dan Candida albicans, Aktinomiset endofit terpilih berdasarkan aktivitas antimikrob, diidentifikasi dengan cara mengisolasi dan mengamplifikasi gen 16S rRNA menggunakan primer 27F dan 16Sact1114R, serta menganalisis kekerabatannya dengan membandingkan sekuen gen yang sama dari galur-galur bakteri yang tersimpan di GenBank. Semua isolat aktinomiset endofit Rhododendron spp. menunjukkan keragaman morfologi miselia aerial dan penataan rantai spora dengan tipe yang beragam. Berdasarkan keragaman morfologi isolat aktinomiset endofit Rhododendron spp. memiliki karakter genus Streptomyces. Penapisan uji antimikrob terhadap B. cereus dan C. albicans sebanyak 17 isolat mampu menghambat pertumbuhan B. cereus, dan hanya 3 isolat yang dapat menghambat pertumbuhan C. albicans. Satu isolat menghasilkan daya hambat terhadap B. cereus dan C. albicans tertinggi yaitu isolat RJHB 2. Isolat RJHB 2 memiliki homologi sebesar 85% dengan Streptomyces fradiae NBRC 3439 berdasarkan identifikasi gen 16S rRNA.
Keyword: aktinomiset, antimikrob, Rhododendron spp., senyawa bioaktif

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: