Judul: Transformasi Genetika Padi Indica dengan Gen OsMADS18 Menggunakan Agrobacterium Tumefaciens untuk Merakit Varietas Padi Umur Pendek
Abstrak: Rice is the staple food of more than half the world's human population. The need of rice each year continues to increase with increasing population. This study aimed to assemble a short-lived rice varieties by introducing OsMADS18 gene into the genome of plants using Agrobacterium tumefaciens. OsMADS18 gene is a short age gene which has been successfully constructed to pCAMBIA1301 vector under CaMV35S constitutive promoter. This is evidenced by the emergence of 12561 bp DNA band size, this measure is a combination among vector pCAMBIA 1301 (11819 bp) and OsMADS18 genes (742 bp). Then the vector pCAMBIA 1301 that contains OsMADS18, was used to transform Agrobacterium tumefaciens strain EHA105 through Heat-shock method. The success of transformation marked by the growth of the white colonies Agrobacterium tumefaciens on solid media LB, this media contained antibiotic, X-gal and IPTG. Then the bacteria are used to transforms 50 calli Indica rice by soaking the calli into colonies for 20 minutes. The calli moved to selection media that contains hygromycin. After 14 days, calli that resistant to hygromycin moved to regeneration media R3B grown for transgenic plant. 18 transformants plantlets were obtained. Gus-A successful test on the show with the appearance of blue color in leaf tissues. While PCR analysis of the 18 transgenic plantlets produced 742 bp sized bands.
Keyword: 

Judul: Transformasi Genetik Padi Japonica (Oryza sativa L. subsp. japonica) dengan Gen Penyandi Superoksida Dismutase dari Melastoma malabathricum Menggunakan Perantara Agrobacterium tumefaciens
Abstrak: Cekaman abiotik menginduksi cekaman oksidatif di dalam sel dan jaringan tanaman akibat produksi berlebih spesies oksigen reaktif (ROS) yang berdampak pada kerusakan dan kematian sel tanaman. Tanaman yang toleran terhadap cekaman menunjukkan peningkatan dalam ekspresi gen dan aktivitas protein antioksidan bila mendapat cekaman abiotik. Salah satu enzim antioksidan utama adalah superoksida dismutase (SOD). Beberapa penelitian sebelumnya telah melaporkan bahwa tanaman transgenik yang mengekspresikan secara berlebih (overexpression) gen SOD menunjukkan peningkatan dalam toleransi terhadap cekaman-cekaman abiotik. Tujuan penelitian ini adalah untuk melakukan transformasi genetik padi dengan gen penyandi superoksida dismutase dari Melastoma malabathricum (MmCu/Zn-SOD). Biji dewasa padi japonica cv. Kinmaze diinduksi untuk membentuk kalus pada media induksi kalus yang mengandung 4 mg/l 2,4-D. Sebanyak 604 kalus yang berumur 4 minggu diinokulasikan dengan Agrobacterium tumefaciens LBA4404 yang membawa plasmid pGWB-MmCu/Zn-SOD yang mengandung gen MmCu/ZnSOD di bawah kendali promoter 35S CaMV dan terminator Nos. Kokultivasi berlangsung selama 3 hari pada media yang mengandung 4 mg/l 2,4-D dan 200 mg/l asetosiringon. Kalus yang ditransformasi diseleksi pada media yang mengandung 50 mg/l higromisin dan diregenerasikan pada media yang mengandung 1 mg/l trans-zeatin dan 0,5 mg/l IAA. Jumlah kalus tahan higromisin yang dipindahkan ke media regenerasi adalah 214 kalus atau 35,43% dari jumlah kalus yang diinfeksi. Jumlah tunas transgenik putatif yang berhasil beregenerasi adalah 2 tunas, sehingga efisiensi regenerasi tunas dari kalus tahan higromisin adalah 0,9%. Analisis molekuler terhadap kedua tanaman padi transgenik putatif dengan PCR menggunakan primer spesifik untuk fragmen hibrid dari sekuen promoter 35SCaMV dan sekuen penyandi gen target MmCu/Zn-SOD menunjukkan bahwa seluruh tanaman mengandung gen target MmCuZn-SOD. Efisiensi transformasi dalam penelitian ini adalah 0,33%. Efisiensi regenerasi tunas transgenik putatif yang rendah dapat ditingkatkan dengan melakukan regenerasi kalus transgenik putatif di media regenerasi tanpa penambahan agen seleksi dan tunas yang terbentuk dianalisis secara ketat. Gen MmCu/Zn-SOD yang telah diintroduksikan ke dalam genom tanaman padi Japonica cv. Kinmaze dapat dipindahkan ke varietas-varietas padi Indica yang banyak dibudidayakan petani di Indonesia seperti IR64 dan Ciherang melalui silang balik (backcrossing) yang diikuti dengan seleksi menggunakan marka molekular (gen target) selama beberapa generasi.
Keyword: transformasi genetik, Agrobacterium tumefaciens, Oryza sativa, MmCu/Zn-SOD

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: