Judul: Analisis Keragaman Genetik Plasma Nutfah Kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.) asal Angola menggunakan Marka Mikrosatelit
Abstrak: The effort to increase productivity and other elite characters of Indonesia oil palm breeding program is facing a problem because of the narrow of genetic diversity. To widen the genetic diversity, germplasm exploration has been done in Angola, Central Africa. The objectives of this research is to assess the genetic diversity of oil palm Angola-originated between accessions and spatial distribution regions compared to the commercial population of Tenera (D x P), Dura (D) and Pisifera (P) based on microsatellite markers. The Angola-originated plant materials used were 27 accessions consist of 136 palm planted in Palapa Estate Riau, Sumatera. And commercial population plant materials used were 34 palms (25 progenies) consist of 20 palms (14 progenies of D palm), 4 palms (1 progeny of P palm and 10 palms (10 progenies) of D x P palms planted in Kandista and Damimas Estate, Riau, Sumatera. DNA has been isolated and amplified using PCR based on 20 SSR markers. Data analysis has been done using GenAlEx 6.5 software to analyze allelic diversities, Analysis of Molecular Variance (AMOVA), Genetic diversity coefficient (Gst), and the individuals spread in the populations using Principal Coordinates Analysis (PCoA). Power Marker V 3.15 software has been used to analyze the level of loci polymorphism (PIC); and NTSYS ver. 2.1 has been used to analyze the genetic relationship based on Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA). All the analysis has been used either on individual in all populations, between populations or between subpopulations based on spatial distribution region in Angola. The result shows that the PIC value is 0.55 with 107 total numbers of alleles. Genetic diversity coefficient between spatial distribution regions is range from 0.01 to 0.13. AMOVA shows that the sources of highest diversity is given by diversities between individuals either in the subpopulations or based on spatial distribution regions. UPGMA grouping analysis has dividing all individuals into six groups on 0.42 to 0.96 similarity coefficient. The grouping of individuals is not based on the accessions and spatial distribution regions. The individuals spread analysis shows that a part of individuals tend to spread on four quadrants and part of them tend to agglomerate only on two quadrants. The D x P, D and P individuals tend to separate from the Angola-originated individuals. The Angola-originated population has all the genetic diversities parameter values compared to the commercial population D x P, D and P. The Angola-originated population has the potencies to be selected as a parent material on the current oil palm breeding program scheme.
Keyword: AMOVA, distribusi spasial, kesamaan genetik, populasi komersial

Judul: Genetic Analysis of Oil Palms (Elaeis guineensis Jacq.) from Different Origins
Abstrak: Kelapa sawit saat ini merupakan komoditas strategis andalan Indonesia. Komoditas ini mampu menghasilkan minyak nabati tertinggi di dunia. Disamping itu minyak kelapa sawit diharapkan akan mampu memenuhi permintaan minyak nabati dunia yang terus mengalami peningkatan sebesar 240 juta ton pada tahun 2050. Peningkatan peranan kelapa sawit tidak terlepas dari kontribusi pemuliaan tanaman dalam meningkatkan potensi produksi serta penyediaan bibit unggul. Usaha untuk mendapatkan varietas unggul sangat dipengaruhi oleh ketersediaan plasma nutfah dan keragaman genetik. Pendekatan secara konvensional dan molekuler dapat digunakan untuk menyeleksi dan mendapatkan tanaman sesuai karakter yang diinginkan. Adanya informasi keragaman genetik, pemanfaatan daya gabung dan korelasi karakter serta metode analisis kluster dapat memberikan kemudahan dalam proses seleksi. Disamping itu informasi genetik berbasis genom menambah keyakinan pemulia dalam menghasilkan varietas unggul. Penelitian ini bertujuan untuk (1) mempelajari keragaman genetik kelapa sawit pada karakter komponen tandan dari berbagai origin persilangan, dan (2) mempelajari association mapping pada karakter komponen tandan kelapa sawit. Secara umum informasi keragaan parameter genetik (heritabilitas, daya gabung umum, dan daya gabung khusus), analisis korelasi dan kluster serta informasi genetik berbasis genom (SNP) diharapkan dapat memberikan informasi dasar untuk kegiatan pemuliaan tanaman kelapa sawit dimasa yang akan datang. Upaya untuk memperluas keragaman genetik menjadi penting karena dapat memperkuat pondasi kegiatan pemuliaan tanaman sehingga diperoleh varietas unggul kelapa sawit. Penggunaan berbagai macam populasi dalam program pemuliaan tanaman kelapa sawit memberikan manfaat dalam memaksimalkan sifat-sifat tertentu yang akan dicapai. Kegiatan tersebut dapat dilakukan dalam program persilangan, introduksi maupun mutasi. Umumnya kegiatan persilangan dilakukan untuk mendapatkan progeni-progeni unggul kelapa sawit, sedangkan introduksi dan mutasi lebih mengarah pada pembentukan populasi dasar. Progeni-progeni unggul yang dihasilkan dapat dikonfirmasi genotipenya secara molekuler, sehingga keakuratan karakter dari varietas yang dihasilkan lebih terjaga. Percobaan pertama menghasilkan informasi bahwa progeni terbaik penghasil jumlah tandan banyak terdapat pada P548, P572, P550 pada populasi LaMe. Produksi FFB tertinggi pada progeni P550 (LaMe), progeni P563 (Yangambi) dan P544 (SP540). Sementara itu rerata ukuran tandan terbesar terdapat pada populasi P540 yaitu progeni P579. Produksi OKY tertinggi terdapat pada P546, P546 dan P544. Pertambahan tinggi lambat terdapat pada progeni P560 (31,39 cm/tahun) populasi Yangambi, P546 dan P544 (32,9 cm/tahun) pada populasi LaMe serta P568 dan P578 (36,3 cm/tahun). Komponen tandan OB memberikan informasi bahwa terdapat 5 progeni terbaik dari origin LaMe, 4 progeni dari origin Yangambi dan 3 progeni dari origin SP540. Nilai heritabilitas arti luas (h2 bs) plot basis tinggi dimiliki oleh karakter BNO, FWT, MF, ODM, SF, dan OB. Di sisi lain, FFB, AWB, OKY, KB, dan HI memiliki nilai heritabilitas katagori sedang. Analisis korelasi menunjukkan bahwa OB memiliki korelasi positif dengan BNO, ABW, HI, FWT, MF, ODM. SF dan KF Karakter OKY berkorelasi nyata positif dengan BNO, FFB, ODM, dan OB. Analisis daya gabung diperoleh tetua female (Dura) D8 dan D9 (DA10D x DA3D) mememiliki nilai daya gabung umum tertinggi pada karakter BNO. Pada karakter ABW, tetua dari origin DA115D x DA3D (D10) dan DA115D (D16) memiliki nilai DGU tertinggi pada ABW sedangkan karakter OKY nilai DGU terbaik terdapat pada origin DA10D x DA115D (D14 dan D15). Pada tetua male (Pisifera), nilai DGU terbaik terdapat pada pisifera LaMe yaitu LM2T
Keyword: Daya gabung, GWAS, Hibrida, Variasi genetik, SNP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: