Judul: Pengembangan Pipeline Identifikasi Single Nucleotide Polymorphism dan Konstruksi Pohon Filogenetik
Abstrak: Proses identifikasi SNP (single nucleotide polymorphism) melalui laboratorium memerlukan banyak biaya dan menyita waktu, sehingga digunakanlah bantuan program komputer. Informasi SNP dapat diperoleh melalui beberapa tahapan yang perlu dikerjakan. Masing-masing tahapan tersebut dieksekusi oleh satu program komputer berupa tools tertentu. Pada penelitian ini, tahapan-tahapan dan tools yang digunakan untuk memperoleh informasi SNP adalah penjajaran sekuens dengan Bowtie 2, praproses hasil penjajaran sekuens dengan GATK, identifikasi dan filtrasi SNP dengan SAMtools/BCFtools, dan prediksi efek SNP dengan SnpEff. Oleh karena identifikasi SNP memerlukan serangkaian tahapan yang cukup banyak, sehingga penelitian ini memanfaatkan pipeline untuk mengatur urutan eksekusi setiap task identifikasi SNP dan memproses keluaran setiap tahapan untuk diteruskan ke tahapan berikutnya. Penelitian ini juga menggunakan informasi SNP untuk mengonstruksi pohon filogenetik. Pipeline SNP yang dikembangkan berhasil mengidentifikasi SNP dari sekuens reads (unpaired atau paired) dan dapat menampilkan informasi detail SNP yang teridentifikasi. Pohon filogenetik berhasil dikonstruksi dari empat varietas kedelai menggunakan metode UPGMA atau Neighbor-Joining dengan tools VCF-kit.
Keyword: identifikasi SNP, pipeline, pohon filogenetik

Judul: Pengaruh teknik penyeimbangan data terhadap performa model identifikasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP): Studi kasus genom Kedelai
Abstrak: Single Nucleotide Polymorphism (SNP) merupakan tipe marka molekuler yang saat ini banyak diteliti. Marka ini menjadi populer karena mampu memberikan informasi yang baik akan keragaman DNA. Secara definisi, SNP dapat diartikan sebagai variasi satu basa nukleotida - A, C, T atau G - pada posisi yang sama antara DNA yang dijajarkan dari individu yang berbeda. Perkembangan penelitian mengenai SNP didukung oleh perkembangan teknologi sequencing DNA. Next-Generation Sequencing (NGS) adalah teknologi sequencing DNA terbaru. NGS mampu memberikan throughput yang tinggi dengan biaya yang relatif lebih murah dibandingkan teknologi sebelumnya. Namun, NGS memiliki kelemahan dalam hasil sequencing. Hasil sequencing diberikan dalam bentuk fragmen-fragmen dengan ukuran yang pendek. Hal ini berdampak pada analisis tahap lanjut seperti identifikasi SNP. Proses penjajaran fragmen DNA adalah tahapan yang harus dilakukan sebelum melakukan identifikasi SNP. Proses penjajaran menjadi lebih sulit dilakukan ketika diterapkan pada fragmen-fragmen dengan ukuran yang pendek. Tingkat kesalahan penjajaran bisa menjadi tinggi karena banyak fragmen yang dijajarkan tidak pada posisinya. Hal ini menyebabkan munculnya variasi basa karena error. Jumlah variasi basa karena error lebih banyak hingga beberapa kali lipat dibandingkan jumlah variasi basa karena SNP. Dengan kata lain, terjadi ketidakseimbangan data antara kelas SNP positf dan kelas SNP negatif. Machine learning yang dilatih menggunakan data latih tidak seimbang akan menghasilkan model dengan performa yang rendah karena model cenderung mengidentifikasi kandidat SNP sebagai anggota kelas mayor. dst ...
Keyword: Next-Generation Sequencing (NGS), SNP, oversampling, undersampling

Judul: Durability of Specific Immunoglobulin (Ig) Y Againts Influenza and Covid-19 in Sunscreen
Abstrak: The benefit of specific immunoglobulin Y (Ig Y) as an active ingredient in personal care products such as sunscreen has not been properly studied. Our study aims to evaluate the reliability of specific IgY against influenza and the COVID-19 virus in a sample sunscreen product. Specific IgY influenza and COVID-19 viruses were inserted in the sample sunscreen at two concentrations of 0.1% and 0.25%. Three treatments were observed: control (C) sunscreen without IgY, treatment 1 (T1) sunscreen with 0.1% IgY, and treatment 2 (T2) sunscreen with 0.25% IgY. Organoleptic observations were carried out to monitor changes in aroma, color, and texture, and sunscreen sampling was done every week for 6 weeks. The durability of IgY was evaluated using an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) and a neutralization assay. Organoleptic observation from weeks 1 to 6 showed consistency in its aroma, color, and texture. Enzyme-linked immunosorbent assay and neutralization assay (NA) results of the T1 and T2 groups showed negative results except for sample T1 at week 5, which showed a positive result in the Influenza A ELISA. Based on the results, it seems that IgY concentrations of 0.1% or 0.25% were not optimal. However, this negative result might be due to low concentration of the IgY and the presence of beeswax, which inhibits IgY and causes it to dissolve in distilled water, thus preventing it from being detected in the assay.
Keyword: Immunoglobulin Y, Sunscreen, Influenza, COVID-19, Biological Activity