Judul: Isolasi Gen Yang Terlibat Dalam Pelarutan Fosfat Dari Pseudomonas sp.AZM-1 Melalui Mutagenesis Dengan Transposon
Abstrak: Pseudomonas sp.AZM-1 adalah mikroba tanah yang memiliki kemampuan dalam pelarutan fosfat melalui mekanisme enzimatik sehingga bakteri ini memiliki gen yang berhubungan dengan pelarutan fosfat. Mikroba gram negatif ini memiliki respon positif terhadap transposon mini Tn5Km1. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengisolasi, mengklon dan mengkarakterisasi gen yang terlibat dalam pelarutan fosfat. Penelitian ini dimulai dengan mengisolasi bakteri pelarut fosfat, isolasi fragmen DNA genom dari mutan negatif pelarut, amplifikasi fragmen DNA pengapit menggunakan inverse PCR, pengklonan fragmen hasil PCR pada pGEM®-T Easy, introduksi plasmid ke dalam bakteri E. coli galur DH5α. Fragmen DNA vector rekombinan dari mutan negatif pelarut fosfat yang didapat di sekuen dengan menggunakan primer T7 dan SP6. Untuk mengisolasi gen yang terlibat dalam pelarutan fosfat, bakteri ini dimutasikan dengan transposon mini Tn5Km1 sehingga menjadi bakteri mutan yang tidak mampu melarutkan fosfat. Introduksi transposon dilakukan melalui konjugasi antara Pseudomonas sp.AZM-1 dengan E. coli S17 (λ pir) yang mengandung pUT mini–Tn5Km1. Frekuensi transkonjugasi sel bakteri mutan negatif pelarut fosfat didapatkan dari media sebar adalah 3.00 x 10-9. Bakteri mutan ini tidak dapat melarutkan fosfat di dalam media pykovskaya. Fragmen DNA yang tersisipi transposon diisolasi dengan cara Polymerase Chain Reaction terbalik (inverse PCR) dan diklon ke dalam pGEM®-T Easy. Analisis mutan menunjukkan bahwa DNA pengapit transposon berukuran 1006 pb dan mengandung kerangka baca (Open Reading Frame). Kerangka baca ini mengandung 215 asam amino. Analisis penyejajaran urutan nukleotida dan asam amino yang menggunakan program BLAST X, menunjukkan bahwa fragmen tersebut adalah endonuklease 1 yang memiliki kesamaan genom dengan Pseudomonas fluorescens Pf-5. Analisis kesejajaran dari urutan asam amino yang dideduksi dari ORF ini menunjukkan bahwa ORF ini memiliki kesamaan dengan DNAse1 yang disandikan oleh gen endA dari Pseudomonas fluorescens galur Pf-5. Gen ini mungkin secara tidak langsung dalam pelarutan fosfat di dalam Pseudomonas sp. AZM-1.
Keyword: Pelarutan Fosfat, Pseudomonas sp.

Judul: Pengklonan Gen Kitinase Bakterial Menggunakan Teknik Mutagenesis Transposon Dan DNA Pelacak Heterologus
Abstrak: Enzim kitinase bakteri banyak dimanfaatkan dalam berbagai aspek, antara lain untuk mengkonversi kitin menjadi produk turunannya yang berguna dan bernilai ekonomi tinggi. Selain itu biodegradasi kitin ini juga penting untuk mengendalikan cendawan patogen dan serangga hama tertentu yang sensitif terhadap kitinase. Penelitian ini dilakukan dalam dua rangkaian percobaan yaitu (1) pengklonan gen kitinase bakteri isolat CS, (2) penapisan dan pengklonan gen kitinase isolat bakteri asal tanah. Sedangkan tujuan penelitian ini adalah (1) mengisolasi gen kitinase dari bakteri isolat CS dengan memanfaatkan transposon Tn5-mini, (2) mengisolasi dan mengklon gen kitinase bakteri asal tanah dengan memanfaatkan DNA pelacak heterologus, dan (3) mempelajari ekspresi gen kitinase pada E. coli DH5α. Analisis sekuen 16S-rDNA pada isolat CS memperlihatkan bahwa isolat CS paling sekerabat dengan Aeromonas sobria. Mutagenesis transposon menggunakan pUT mini-Tn5 Km1 pada A .sobria CS menghasilkan tiga mutan yang tidak mampu lagi membentuk halo pada medium Agar Kitin dengan frekuensi transkonjugasi sebesar 7.59 x 107. Ketiga jenis mutan ini telah diverifikasi dengan PFGE (Pulsed - Field Gel Electrophoresis ) dan diberi nama chil, chi4 dan chi6. Dari hasil analisis hibridisasi Southern pada masing-masing genom mutan dengan menggunakan gen Km' dari plasmid PUC4K sebagai pelacak, diperoleh fragmen DNA yang membawa transposon hasil potongan Enzim….dst
Keyword: Etknik mutagenesis transposon, DNA pelacak heterologus, Kitin dan Kitinase, Elemen Loncat, Genetika Bakteri

Judul: Numerical modeling of the hydrodynamics of standing wave and scouring in front of impermeable breakwater with different steepnesses
Abstrak: The aim of this paper is to numerically study the effects of breakwater steepness on the hydrodynamics of standing wave and scouring process in front of impermeable breakwaters. A two-dimensional hydrodynamics model based on the Reynolds Averaged Navier–Stokes (RANS) equations and the Volume of Fluid (VOF) method was developed and then combined with an empirical sediment transport model. Comparisons with an analytical solution and experimental data showed the present model is very accurate in predicting the near bottom velocity and capable of simulating the scour/deposition patterns consistent with experimental data. It was found that the additional terms of bottom shear stress in the momentum equations are necessary to produce a physical scouring pattern. Different breakwater steepnesses produce different characteristics of standing wave, the steady streaming system, and scouring pattern in front of the breakwaters, which also affects the correlations between them. An additional analysis of the turbulence field parameters and the sediment transport rate was also performed. All these important information will be presented in details in this paper and can be worthwhile for designing the breakwater in coastal areas.
Keyword: The RANS–VOF model Standingwave Steadystreamingsystem Scouring pattern Breakwatersteepness