Judul: Preservasi Jaringan Tanaman, Deteksi Dan Identifikasi Fitoplasma Pada Kacang Tanah Bergejala Sapu Dengan Teknik Nested-Pcr
Abstrak: Fitoplasma adalah bakteri tanpa dinding sel yang menginfeksi jaringan floem tanaman. Penyakit sapu tanaman kacang tanah yang disebabkan oleh fitoplasma umum ditemukan di Indonesia. Deteksi fitoplasma pada tanaman masih cukup sulit dilakukan dengan pendekatan konvensional karena patogen ini bersifat obligat dan seringkali terdapat dalam konsentrasi yang sangat rendah. Teknik molekuler telah banyak digunakan dalam penelitian fitoplasma untuk mengatasi beberapa kendala ketika menggunakan metode konvensional. Polymerase chain reaction (PCR) adalah metode yang handal untuk mendeteksi fitoplasma pada tanaman inang. Namun berbagai faktor dapat mempengaruhi deteksi fitoplasma dengan metode PCR, termasuk penyediaan tanaman segar. Pengiriman contoh tanaman dalam waktu lama di perjalanan maupun penyimpanan yang tidak tepat di laboratorium dapat mengakibatkan munculnya senyawa-senyawa yang dapat menghambat amplifikasi DNA target. Penelitian ini bertujuan menentukan aspek lama, suhu, dan media penyimpanan yang optimal untuk jaringan tanaman kacang tanah terinfeksi fitoplasma, mengevaluasi amplifikasi DNA yang optimal dalam deteksi fitoplasma menggunakan nested- PCR, dan identifikasi fitoplasma berdasarkan analisis nukleotida gen 16S rRNA. Penyimpanan contoh tanaman kacang tanah bergejala sapu pada suhu dan media berbeda dalam periode waktu 4 minggu menunjukkan hasil yang bervariasi. Penyimpanan contoh selama 4 minggu pada suhu -20 ºC dan suhu 4 ºC hingga minggu ke-3 tidak mengalami perubahan bentuk dan sedikit terjadi perubahan warna contoh jaringan tanaman. Penyimpanan contoh pada suhu 25 ºC dalam bufer CTAB selama 4 minggu tidak mengalami perubahan bentuk maupun warna. Contoh yang tetap segar sebagai bahan untuk ekstraksi DNA total menggunakan metode CTAB menghasilkan DNA pada kualitas dan kuantitas DNA yang memadai berdasarkan pengukuran absorbansi dengan nanodrop spektrofotometer. Sementara itu, jaringan yang disimpan menggunakan FTA-card menghasilkan DNA dengan konsentrasi yang sangat tinggi dibandingkan hasil metode ekstraksi tersebut, namun dengan kualitas kemurnian yang rendah. DNA total hasil ekstraksi dari penyimpanan jaringan pada berbagai kondisi dan DNA dari penyimpanan dengan FTA-card ketika dijadikan template dalam PCR standar menggunakan pasangan primer P1/P7 menunjukkan bahwa tidak semua DNA fitoplasma terdeteksi positif. Namun, pengujian selanjutnya amplikon-amplikon PCR dengan primer P1/P7 tersebut sebagai template untuk nested-PCR menggunakan fU5/rU3 mampu meningkatkan detektabilitas fitoplasma yang berasal dari penyimpanan contoh pada berbagai kondisi dengan memberikan hasil positif dari contoh yang negatif pada PCR standar. Analisis nukleotida parsial gen 16S rRNA fitoplasma produk PCR standar berukuran sekitar ±850 pb dengan menggunakan PCR standar menunjukkan homologi dengan persentase tertinggi senilai 96% dengan beberapa strain yang data nukleotidanya tersimpan di GenBank NCBI. Beberapa strain fitoplasma yang terdekat adalah Sweet potato little leaf dan Peanut witches' broom phytoplasma. Cara penyimpanan jaringan tanaman yang terinfeksi fitoplasma yang optimum untuk mempertahankan kuantitas dan kualitas asam nukleat yang diekstraksi dapat dimanfaatkan dalam kegiatan penelitian dan maupun terapan yang melibatkan metode deteksi dan identifikasi menggunakan metode molekuler untuk patogen tumbuhan lain.
Keyword: 16S rRNA, DNA total, FTA-card, CTAB, suhu penyimpanan

Judul: Penularan Fitoplasma Penyebab Penyakit Sapu Kacang Tanah ke Tanaman legum dan Konfirmasinya dengan Teknik PCR
Abstrak: Penyakit sapu pada kacang tanah disebabkan oleh fitoplasma, yaitu suatu patogen dari kelompok prokariota yang dicirikan dengan selnya yang tidak memiliki dinding kaku dan tergolong Kelas Mollicute dalam klasifikasi bakteri. Penyakit sapu ini berpotensi menyebabkan kehilangan hasil yang signifikan pada tanaman kacang di Indonesia. Fitoplasma sejauh ini belum dapat dibiakkan pada medium buatan, namun telah diketahui dapat ditularkan melalui penyambungan, tali putri, dan vektor. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui penularan fitoplasma yang berasal dari tanaman kacang tanah bergejala sapu ke kacang tanah (Arachis hypogaea) dan tanaman legum lainnya yaitu kacang panjang (Vigna sinensis), kacang bogor (Vigna subterranea) dan kedelai (Glycine max) menggunakan teknik penyambungan dan serangga vektor wereng daun (Orosius argentatus) serta teknik polymerase chain reaction (PCR) untuk mendeteksi penyebab penyakit sapu dalam tanaman maupun vektor. Teknik PCR dengan primer spesifik fU5 dan rU3 yang mengamplifikasi sebagian gen 16S rRNA fitoplasma digunakan untuk mengkonfirmasi asosiasi antara keberadaan fitoplasma dengan tanaman kacang tanah yang bergejala sapu di lapangan maupun tanaman legum uji hasil penularan melalui penyambungan dan serangga vektor. Kacang tanah dengan gejala penyakit sapu dari lapangan yang digunakan sebagai sumber inokulum dideteksi terlebih dahulu melalui PCR dengan hasil yang positif. Penularan fitoplasma dari kacang tanah bergejala sapu melalui penyambungan berhasil menunjukkan gejala dan terkonfirmasi positif dengan PCR hanya pada tanaman kacang tanah, namun tidak pada tanaman legum lainya. Sedangkan penularan menggunakan serangga vektor (Orosius argentatus) berhasil menunjukkan gejala dan terkonfirmasi positif dengan PCR pada tanaman kacang tanah, kacang panjang, dan kacang bogor, namun negatif pada kacang kedelai. Gejala penyakit sapu terlihat pada semua tanaman hasil penularan di atas serupa dengan yang ditunjukkan pada tanaman sumber inokulum. Penularan fitoplasma menggunakan penyambungan menunjukkan masa inkubasi yang lebih pendek dibandingkan hasil penularan dengan serangga vektor.
Keyword: Deteksi molekuler, inkubasi, Orosius argentatus, penyambungan, serangga vektor

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: