Judul: Pemanfaatan Teknik End-Point PCR untuk Deteksi Bakteri Pengkode Gen Tyrosine Decarboxylase (TDC) pada Ikan Jenis Scombridae.
Abstrak: Bakteri penghasil enzim Tyrosine decarboxylase (TDC) dapat dijumpai pada ikan yang telah mengalami kemunduran mutu. Enzim TDC dapat mengubah tirosin menjadi tiramin. Kandungan tiramin yang tinggi dapat menimbulkan efek toksik. Deteksi bakteri penghasil tiramin dapat dilakukan dengan metode molekuler menggunakan teknik PCR karena pengujiannya lebih cepat dan sensitif. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi gen TDC dan 16S rRNA berdasarkan urutan basa nukleotida melalui metode bioinformatika. Tahapan penelitian yang digunakan yaitu kultivasi bakteri, isolasi DNA bakteri menggunakan CTAB 2% dan kit isolasi DNA komersial, pengukuran kualitas dan konsentrasi DNA, amplifikasi DNA, sekuensing, dan identifikasi spesies. Isolat DNA bakteri yang berhasil didapatkan yaitu dari sampel hasil kultivasi. Sampel yang berhasil diamplifikasi oleh gen TDC adalah tuna hasil kultivasi (BE) menggunakan kit TIANamp Genomic DNA. Hasil amplifikasi diperoleh dengan berat molekul 825 pb dan teridentifikasi sebagai spesies Carnobacterium sp.
Keyword: amplifikasi, isolasi, kultivasi, TDC, TTC

Judul: Karakterisasi Gen hdc Pengkode Histidin Dekarboksilase Isolat Bakteri Ikan Tongkol dan Tenggiri dengan Metode Berbasis PCR
Abstrak: Ikan tongkol (Euthynnus sp.) dan tenggiri (Scomberomorus commersonii) merupakan jenis ikan yang berasal dari famili Scombridae sehingga berpotensi menimbulkan Scombrotoxin. Informasi genetika dari sejumlah bakteri yang diduga memiliki histidin enzim dekarboksilase untuk pendeteksian histamin sejak dini diperlukan sebagai langkah awal untuk mewujudkan marka molekuler serta alat pendeteksi histamin sejak dini dalam bentuk kit. Tujuan penelitian ini adalah memperoleh isolat bakteri yang berpotensi menghasilkan enzim histidin dekarboksilase pada ikan tongkol dan tenggiri; memperoleh ekstrak genom DNA bakteri dari isolat ikan tongkol dan tenggiri; karakterisasi molekuler isolat bakteri dari ikan tongkol dan tenggiri; serta karakterisasi gen pengkode histidin dekarboksilase pada isolat DNA bakteri. Penelitian ini terdiri dari beberapa tahapan, yaitu isolasi dan karakterisasi bakteri dengan menggunakan metode cawan gores dan pewarnaan Gram, ekstraksi DNA bakteri dengan metode CTAB 10%, pengukuran konsentrasi DNA menggunakan spektrofotometer, amplifikasi DNA dengan teknik PCR, elektroforesis, dan uji formalin. Hasil penelitian menunjukkan bahwa isolat bakteri yang berasal dari bahan baku merupakan kelompok bakteri Gram negatif dengan bentuk umum batang, hanya satu sampel yang berbentuk bulat (TL 6B). Konsentrasi DNA bakteri yang diperoleh berkisar antara 48-1488 μg/ml dengan rasio 1,67-2,34. Hasil visualisasi produk PCR dengan primer 106 dan 107 menunjukkan hasil negatif, sehingga memperkuat dugaan bahwa bahan baku (ikan) yang digunakan mengandung formalin.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: