Judul: Pengembangan Aplikasi T-RFLP Untuk Pencarian Nama Bakteri
Abstrak: Salah satu kajian yang banyak diteliti didalam bioinfo:matika adalah menganaJisis keragaman komunitas mikroba. Salah satu metode yang digunakan adalah TRFLP (Terminal Restriction Fragment Polymorphism). Dengan metode ini peneliti akan dapat mengetahui identitas hakleri yang belum diketahui, maka gen 168 rRNA dari bakleri tersebut diambil dan dipotong dengan ellzym restriksi. Panjang potongan tersebut (T-RF) akan dibandingkan dengan panjang T-RF sekuen gen 16S rRNA dari bakteri yang sudah ada di database. Jika hanya menggunakan salu enzym restriksi maka akan terdapat banyak kemungkinan nama bakteri yang muneul, oleh sebab itu malcin sedikit enzym restriksi yang digunakan. maka makin sedikit nama bakteri yang muncuk sehingga nama bakteri yang ditemukan menjadi lebih pasti.
Keyword: 

Judul: Analisis Keragaman Bakteri Filosfer Padi dengan Metode T-RFLP
Abstrak: Lingkungan filosfer merupakan daerah di bagian tanaman yang berada di atas tanah dan dihuni oleh berbagai mikrob seperti bakteri, cendawan, khamir, dan sebagian kecil protozoa. Bakteri merupakan mikrob paling dominan yang menghuni lingkungan filosfer dan biasanya bersifat komensal bagi tanaman inang. Keberadaan bakteri filosfer diduga berperan dalam pertumbuhan dan ketahanan tanaman terhadap serangan patogen. Seperti spesies tanaman lain, padi yang merupakan makanan pokok penduduk dunia terutama Indonesia selama fase hidupnya juga dihuni oleh berbagai mikrob. Lingkungan filosfer tanaman padi dihuni oleh berbagai mikrob yang berperan dalam pertumbuhan dan ketahanan tanaman terhadap patogen seperti Pyricularia oryzae dan Xanthomonas oryzae pv. oryzae. Peran penting bakteri filosfer padi tersebut mendorong eksplorasi agens biokontrol dari lingkungan filosfer padi untuk mengendalikan patogen penting pada padi. Beberapa tahun terakhir, penelitian tentang bakteri filosfer terbatas pada bakteri yang bisa dikulturkan dengan potensi sebagai agens biokontrol dan bakteri patogen yang menyerang bagian daun tanaman. Pengetahuan terkait keragaman bakteri filosfer khususnya di Indonesia masih sangat terbatas, sehingga pada penelitian ini dilakukan analisis keragaman bakteri filosfer dari tanaman padi yang diambil dari daerah Sukabumi, Jasinga dan Situgede, Bogor, Jawa Barat. Analisis keragaman dilakukan dengan metode T-RFLP dengan menggunakan 2 enzim restriksi untuk mengetahui keefektivan masing-masing enzim tersebut. Penelitian ini diawali dengan pengambilan sampel tanaman padi varietas Ciherang yang dibudidayakan di desa Cikembar, Sukabumi, desa Jasinga dan Situgede, Bogor yang merupakan daerah endemik penyakit blas. Tanaman padi sehat diambil di antara tanaman padi yang terserang penyakit blas. Isolasi bakteri filosfer dari sampel daun padi dilakukan untuk memperoleh genom bakteri dengan pendekatan pengkulturan, sedangkan untuk pendekatan metagenomik, genom bakteri filosfer diisolasi secara langsung dari sampel daun padi. Genom bakteri diekstraksi dengan Power Soil DNA Extraction Kit (Mo Bio Laboratories, Inc.). Gen 16S rRNA selanjutnya diamplifikasi dari genom bakteri menggunakan primer universal yaitu 27F berlabel fluoresens (6-FAM) dan 1429R tanpa label fluoresens. Amplikon gen 16S rRNA dipurifikasi dengan Gel/PCR DNA Fragments Kit (Geneaid Biotech Ltd.) dan hasil purifikasi dipotong dengan enzim restriksi MspI dan BstUI (New England, BioLab). Fragmen hasil pemotongan dianalisis dengan Applied Biosystems Genetic Analyzer dan diinterpretasi menggunakan software analisis GeneMapper® v4.0. Program virtual digest (IsPar) pada webtool MiCA III digunakan untuk mencari afiliasi setiap fragmen dengan data yang ada di Ribosomal Database Project (RDP) (R10 U27) 700,829 Good Qulity (> 1200 Bacteria). Hasil isolasi dan enumerasi bakteri filosfer padi menunjukkan bahwa kelimpahan bakteri filosfer padi berkisar antara 105 sampai 107 cfu/gram daun padi. Pada analisis keragaman bakteri dengan T-RFLP, pemotongan dengan enzim MspI menghasilkan lebih banyak TRF dibandingkan enzim BstUI baik pada pendekatan metagenomik maupun pengkulturan. Analisis afiliasi fragmen pada webtool MiCA III menghasilkan 15 kelompok bakteri dari 29 TRF hasil pemotongan dengan enzim MspI. Diantara 15 kelompok bakteri, Betaproteobacteria dan Pseudomonadales ditemukan di semua sampel tanaman padi baik pada fase vegetatif maupun generatif dengan kelimpahan relatif yang berbeda. Selain dua kelompok bakteri tersebut, juga ditemukan beberapa kelompok bakteri lain dengan kelimpahan relatif yang rendah seperti kelompok bakteri Chloroflexales, Sphingobacteriia, Enterobacteriales dan Epsilonproteobacteria. Setiap sampel memiliki komposisi komunitas bakteri filosfer yang berbeda-beda dengan kelimpahan relatif yang berbeda. Hasil analisis pengelompokan (clustering) diperoleh 2 kluster yang terdiri dari sampel padi Sukabumi (kluster 1)
Keyword: bakteri, filosfer, padi, T-RFLP

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: