Judul: Karakterisasi dan Kloning Gen Penyandi Glukosa Oksidase (GGOx) dari Aspergillus niger IPBCC 08.610.
Abstrak: Glukosa oksidase digunakan dalam berbagai kegiatan industri maupun pengembangan teknologi enzymatic fuel cell. Penelitian sebelumnya menunjukkan bahwa isolat lokal Aspergillus niger IPBCC 08.610 dapat menghasilkan glukosa oksidase. Penelitian terkait gen penyandi glukosa oksidase (GGOx) dari isolat ini belum dilakukan. Penelitian ini bertujuan mendapatkan gen penyandi glukosa oksidase dari isolat A. niger IPBCC 08.610, mendapatkan karakteristik gen meliputi urutan dan panjang basa serta pola restriksinya, dan mendapatkan koloni trnasforman E. coli DH5α yang membawa gen. Gen penyandi glukosa oksidase didapatkan dari amplifikasi DNA genom dengan primer spesifik dan dikarakterisasi melalui teknik restriksi dengan endonukelase EcoRI dan PstI. Selain itu, gen juga disisipkan pada vektor pGEM®T-Easy dan ditransformasikan pada sel kompeten E. coli DH5α agar dapat dilakukan pengurutan basa nitrogen (sekuensing). Gen penyandi glukosa oksidase dari A niger IPBCC 08.610 memiliki ukuran sebesar 1818 bp. Gen ini dapat direstriksi menjadi dua fragmen berukuran 908 bp dan 980 bp dengan EcoRI. Terdapat tiga koloni transforman yang membawa gen penyandi glukosa oksidase.
Keyword: Aspergillus niger, endonuklease restriksi, gen penyandi glukosa oksidase, kloning, sekuensing

Judul: Konstruksi Gen Glukosa Oksidase untuk Subkloning ke dalam Plasmid pPICZα dengan Penambahan Oligonukleotida Penyandi Spacer Peptida
Abstrak: Glukosa oksidase (EC 1.1.3.4) merupakan flavoenzim yang berasal dari Aspergillus niger. Enzim Glukosa Oksidase (GOX) intraseluler yang berasal dari A. niger memiliki aktivitas yang lebih tinggi dibandingkan dengan aktivitas enzim GOX ekstraselulernya. Enzim GOX intraseluler yang berasal dari A. niger memiliki tingkat produksi yang rendah serta proses pemurnian yang cukup rumit. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan gen penyandi GOX yang siap untuk disisipkan ke dalam plasmid pPICZα untuk kemudian diekspresikan pada Pichia pastoris secara ekstraseluler. Perbanyakan plasmid rekombinan pGEM®-T Easy-GOX dilakukan pada sel bakteri Escherichia coli DH5α. Konstruksi gen GOX dilakukan dengan amplifikasi menggunakan PCR. Amplifikasi dilakukan sebanyak dua kali. Ukuran panjang basa yang diperoleh dari hasil amplifikasi kedua sebesar 1787 bp, terdiri atas situs restriksi XhoI dan oligonukleotida penyandi spacer peptida pada ujung 5’ sekuens gen GOX, serta situs restriksi XbaI pada ujung 3’ sekuens gen GOX.
Keyword: glukosa oksidase, pGEM®-T Easy-GOX, PCR, pPICZα

Judul: Numerical modeling of the hydrodynamics of standing wave and scouring in front of impermeable breakwater with different steepnesses
Abstrak: The aim of this paper is to numerically study the effects of breakwater steepness on the hydrodynamics of standing wave and scouring process in front of impermeable breakwaters. A two-dimensional hydrodynamics model based on the Reynolds Averaged Navier–Stokes (RANS) equations and the Volume of Fluid (VOF) method was developed and then combined with an empirical sediment transport model. Comparisons with an analytical solution and experimental data showed the present model is very accurate in predicting the near bottom velocity and capable of simulating the scour/deposition patterns consistent with experimental data. It was found that the additional terms of bottom shear stress in the momentum equations are necessary to produce a physical scouring pattern. Different breakwater steepnesses produce different characteristics of standing wave, the steady streaming system, and scouring pattern in front of the breakwaters, which also affects the correlations between them. An additional analysis of the turbulence field parameters and the sediment transport rate was also performed. All these important information will be presented in details in this paper and can be worthwhile for designing the breakwater in coastal areas.
Keyword: The RANS–VOF model Standingwave Steadystreamingsystem Scouring pattern Breakwatersteepness