Judul: Evaluasi Metode Akustik untuk Pemantauan Padang Lamun
Abstrak: Lamun merupakan salah satu indikator bagi optimalisasi fungsi wilayah pesisir. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi metode akustik untuk pemantauan padang lamun berdasarkan kemampuannya membedakan lamun dan dasar perairan serta kemampuannya membedakan daerah lamun dan daerah tanpa lamun, sehingga dapat dijadikan acuan bagi pengguna instrumen akustik untuk melakukan pemantauan ekosistem pesisir. Pengambilan data dilakukan di perairan pulau Pari, Kepulauan Seribu, Jakarta pada 16 – 18 Mei 2008, sampel sedimen di analisis di P2O-LIPI, Jakarta. Data yang diperoleh dari pengukuran di lapangan berupa data akustik (kedalaman, posisi geografis, dan parameter akustik seperti Sv dan echo time travel) dan data visual identifikasi lamun (tutupan lamun, rata-rata tinggi dan jenis lamun). Analisis data akustik dilakukan di Laboratorium Akustik dan Instrumentasi Kelautan, Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan FPIK-IPB menggunakan perangkat lunak MATLAB. Kemampuan teknologi akustik untuk klasifikasi substrat dasar dan klasifikasi vegetasi bawah air pada dasarnya adalah kemampuan untuk mengumpulkan data akustik berdasarkan kedalaman, tipe substrat, tutupan dan tinggi vegetasi, kelimpahan serta distribusi vegetasi. Evaluasi metode Akustik pada penelitian ini terdiri dari 3 (tiga) tahpan, yaitu : (1) analisis keberadaan lamun dengan karakteristik echo envelope terhadap hasil pengukuran langsung dengan penyelaman (Tegowsky et al., 2003); (2) evaluasi tinggi lamun berdasarkan nilai akustik dan pengukuran langsung di lapangan; (3) analisis trend linier scattering volume linier terhadap penutupan lamun. Hasil yang diperoleh dari penelitian ini adalah bahwa metode akustik mampu membedakan lamun dan dasar perairan serta mampu membedakan daerah lamun dan daerah tanpa lamun berdasarkan interpretasi echogram, time travel, mean scattering volume (Sv), dan echo envelope. Namun metode akustik kurang mampu secara nyata membedakan penutupan lamun dengan tingkat penutupan rendah (< 15%) berdasarkan hasil trend linier, dimana koefisien korelasi hanya 0.45. Berdasarkan hasil trend linier tersebut maka hubungan antara metode akustik (menggunakan parameter Sv) pada penelitian ini tidak mempunyai hubungan yang kuat terhadap penutupan lamun sehingga metode akustik (Sv) tidak mampu untuk mengetahui nilai yang akurat untuk penutupan lamun. Perlu dilakukan penelitian lanjutan dengan tingkat penutupan lamun yang lebih besar.
Keyword: 

Judul: Pengukuran Nilai Hambur Balik Akustik Enhalus acoroides di Pulau Pari, Kepulauan Seribu, DKI Jakarta
Abstrak: Lamun (seagrass) merupakan sumber daya alam yang berada di wilayah pesisir yang memiliki peranan penting dalam ekosistem sebagai tempat memijah, mencari makan, pembesaran serta berlindung bagi berbagai biota seperti ikan, udang, dan moluska. Peranan padang lamun secara fisik di perairan laut dangkal adalah membantu mengurangi tenaga gelombang dan arus, menyaring sedimen yang terlarut dalam air dan menstabilkan tenaga gelombang dan arus, menyaring sedimen yang terlarut dalam air yang menstabilkan dasar sedimen. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui informasi nilai hambur balik dari jenis lamun Enhalus acoroides di Pulau Pari dengan menggunakan instrumen hidroakustik. Pengambilan data dilakukan di perairan pulau Pari, Kepulauan Seribu, Jakarta pada 13 – 15 April 2012. Instrumen hidroakustik yang digunakan pada penelitian ini yaitu tipe single beam echosounder Cruzpro PcFF80. Data yang diperoleh dari pengukuran di lapangan berupa data akustik (kedalaman, posisi geografis, dan parameter akustik) dan data pengamatan lamun (kerapatan lamun, dan rata-rata tinggi lamun). Analisis data akustik dilakukan di Laboratorium Akustik dan Instrumentasi Kelautan, Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan FPIK-IPB menggunakan perangkat lunak MATLAB. Hasil yang diperoleh dari penelitian ini adalah lamun Enhalus acoroides yang berada di transek pengamatan dapat dideteksi keberadaannya melalui metode akustik. Antara substrat dasar perairan dan lamun dapat dibedakan melalui nilai hambur balik yang berbeda. Pada penelitian ini, sebaran lamun terlihat dari bentuk puncak kecil – kecil bernilai Sv antara – 60 hingga – 50 dB. Nilai hambur balik dasar lebih besar daripada lamun, hal ini disebabkan oleh tekstur dasar yang keras berupa pasir berlumpur.. Melalui metode akustik dapat pula mengetahui ketinggian lamun dari bentuk puncak – puncak gelombang. Nilai tinggi yang dihasilkan dari penyelaman langsung dan metode hidroakustik tidak berbeda jauh. Tinggi lamun rata – rata 0,4 hingga 1 meter.
Keyword: 

Judul: Characterization and Expression of Tomato infectious chlorosis virus Coat Protein Gene in Escherichia coli
Abstrak: Tomato infectious chlorosis virus (TICV) is a member of Crinivirus genus. TICV infects tomato crop in Garut and Cipanas, West Java Indonesia. Tomato initially showed bright interveinal yellowing symptoms. The coat protein gene (CP-TICV) was amplified by RT-PCR from total RNA extracted from infected tomato leaves and the amplified fragment was cloned and completely sequenced. The fragment was subsequently subcloned into the pET-21b expression vector. The recombinant plasmid was transformed to Escherichia coli strain BL21(DE3)pLysS to express the coat protein. The coat protein fused to a 6xhistag, was purified by affinity chromatography using a NiNTA spin column. The identity of the purified protein was confirmed by SDS-PAGE. In this experiment, 792 bp of CP-TICV gene of TICV virus has been successfully cloned, sequenced, and expressed in E. coli. Based on nucleotide sequences alignment analysis, TICV-Indonesia strain showed 100% identity to TICV –Spain strain and 99% identity to North America, France, and California strains and based on amino acid sequences alignment analysis, TICV-Indonesia strain showed 100% identity to TICV –Spain, North America, France strains and 99.2% identity to California strain. CP-TICV showed over expressed in E. coli when it is induced with 1 mM IPTG and incubated at 37oC. Purified CP-TICV-Histag recombinants protein sized 29 kDa based on SDSPAGE analysis.
Keyword: