Judul: Analisis keragaman genetik tanaman salak (Salacca sp) Indonesia dengan teknik random amplified polymorphic DNA (RAPD)
Abstrak: Penelitian ini dilakuakn di lab. biologi Molekular IPB dan lab Biomol dan Immunologi Unit Penelitian Bioteknologi Perkebunan (UPBP), Bogor pada bulan Februari 1998 sampai bulan Mei 1999 dengan tujuan, (1) Mendapatkan metode ekstrasksi dan pemurnian DNA tanaman salak dan (2) Menetapkan keragaman genetik beberapa jenis tanaman salak yang berasal dari delapan wilayah di Indonesia dengan menggunakan teknik RAPD. Penelitian ini terdiri atas dua tahap percobaan yaitu, (A) pengembangan metode isolasi DNA salak, dan (B) analisis keragamangenetik salak dengan teknik RAPD.
Keyword: 

Judul: Identifikasi Gen TBL3, SRY, dan Pengembangan Marka Molekuler serta Potensi Aplikasinya untuk Deteksi Jenis Kelamin Tanaman Salak (Salacca zalacca)
Abstrak: Salak (Salacca zalacca) adalah tanaman buah tropika yang umumnya bersifat diosius dengan bunga betina dan jantan terletak pada individu yang berbeda. Tanaman S. Zalacca var. amboinensis adalah ditemukan di provinsi Bali dan memiliki bunga Salak Bali. Deteksi jenis kelamin tanaman salak pada tahap pertumbuhan vegetatif sulit dilakukan karena fenotipe yang serupa. Beberapa metode deteksi dini jenis salak betina, jantan, dan salak Bali tersebut telah dikembangkan, misalnya metode berbasis sitologi, namun metode tersebut belum dapat membedakan di antara ketiganya. Metode molekuler untuk deteksi jenis kelamin salak yang telah dikembangkan antara lain marka RAPD dan SCAR spesifik tanaman jantan, serta marka SCAR spesifik salak betina. Metode molekuler tersebut tidak melibatkan tanaman salak Bali. Pada penelitian ini, digunakan gen transducin beta like-3 (TBL3) dan sex determining region Y (SRY) untuk identifikasi single nucleotide polymorphism (SNP) yang selanjutnya dimanfaatkan untuk pengembangan marka single nucleotide amplified polymorphism (SNAP). Karena keterbatasan informasi genomik tanaman salak pada pangkalan data DNA, maka digunakan sekuens gen TBL3 dan SRY tanaman kurma yang berkerabat dekat dengan tanaman salak. Selain dua primer yang yang diperoleh dari literatur yang dapat mengamplifikasi tanaman kurma, didesain juga tiga pasang primer untuk mengamplifikasi gen TBL3 tanaman salak. Tiga dari lima pasang primer spesifik TBL3 yang digunakan dapat mengamplifikasi genom tanaman salak betina, jantan, dan Salak Bali. Analisis filogenetik memperlihatkan sekuen TBL3 tanaman salak dengan 11 species tanaman lain memperlihatkan kedekatan hubungan TBL3 salak dengan TBL3 tanaman kurma dan kelapa sawait. Multiple sequence aligment yang dilakukan pada region TBL3_3F-TBL3_3R (sepanjang ~500 bp) memperlihatkan 11 SNP yang terdiri dari mutasi, transversi, dan insersi/delesi (Indel). Kesemua SNP pada region TBL3_3F-TBL3_3R bersifat intronik. Region TBL3_5F-TBL3_5R (sepanjang ~1000 bp) berhimpitan dengan TBL3_7F-TBL3-7R (sepanjang 700 bp) memperlihatkan tiga belas SNP, baik berupa mutasi translasi, transversi, dan InDel. Tujuh dari tiga belas SNP pada region TBL5_3F-TBL3_5R bersifat eksonik dan sisanya intronik. Pengembangan marka SNAP pada masing-masing posisi SNP region TBL3_5F-TBL3_5R menghasilkan tujuh set marka. Hasil validasi set marka STBL1_1FRef-STBL1_1Rev spesifik untuk tanaman Salak Bali, sedangkan STBL1_1FAlt-STBL1_1Rev spesifik untuk tanaman betina dan jantan. Amplifikasi gen SRY pada tanaman salak diperoleh dengan primer SRY7F-SRY7R menghasilkan sekuens sepanjang ~500 bp. MSA pada sampel tanaman salak betina, Salak Bali, dan jantan menunjukkan delapan SNP. Sebanyak total delapan set marka SNAP dikembangkan untuk masing-masing posisi SNP. Hasil validasi menunjukkan primer SNAP SSRY_2F – SSRY_1R spesifik untuk tanaman salak Salak Bali, sedangkan SSRY_2Falt – SSRY_1R spesifik untuk tanaman salak betina dan jantan. Analisa jenis kelamin pada benih salak yang berasal dari biji dilakukan menggunakan set marka STBL1 serta marka SCAR spesifik jantan. Sebelum diuji pada sampel, marka SCAR divalidasi pada total 30 tanaman dewasa. Semua biji salak dengan berbagai morfologi diketahui mulai tumbuh bersamaan pada hari ke-5 setelah disemai. Berdasakan Analisa molekuler dan uji Chi Square diketahui bahwa morfologi biji, yaitu ujung embrio, struktur 'sabuk', dan bentuk abaksial biji tidak merujuk pada jenis kelamin tertentu.
Keyword: Early detection, SNAP marker, seed morphology, germination

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: