Judul: Ekspresi Gen Penyandi Farnesoic Acid O-Methyl Transferase (Famet) Pada Organ Mandibular Kepiting Scylla Olivacea Fase Intermolt Dan Premolt
Abstrak: Farnesoic Acid O-Methyl Transferase (FAmeT) merupakan enzim untuk mengkonversi Asam Farnesoat (AF) menjadi Metil Farnesoat (MF) sebagai salah satu hormon yang berperan dalam proses metamorfosis dan reproduksi pada krustasea. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui tingkat ekspresi gen penyandi FAmeT pada fase sebelum molting yaitu intermolt dan premolt serta mengetahui urutan oligonukleotida parsial cDNA penyandi FAmeT kepiting Scylla olivacea. Analisis tingkat ekspresi gen dilakukan dengan melakukan ekstraksi RNA organ mandibular kepiting bakau pada masing-masing fase dan dilanjutkan dengan reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). Produk PCR diukur konsentrasinya dengan spektrofotometer dan pendaran RNA pada gel diukur ketebalannya dengan software UN-SCAN IT. Produk PCR yang dihasilkan kemudian dipurifikasi dan dilakukan pengurutan oligonukleotida. Hasil pengurutan oligonukleotida digunakan untuk mengetahui tingkat kesamaan urutan oligonukleotida cDNA penyandi FAmeT Scylla olivacea dengan urutan oligonukleotida cDNA penyandi FameT Scylla serrata, Scylla paramamosain dan Portunus. Hasil penelitian menunjukan bahwa konsentrasi produk PCR cDNA penyandi FAmeT pada organ mandibular kepiting fase premolt lebih tinggi dibanding pada fase intermolt walaupun perbedaannya tidak begitu signifikan. Hasil kuantifikasi konsentrasi produk PCR cDNA penyandi FAmeT menggunakan spektrofotometer menunjukkan rata-rata konsentrasi produk PCR pada fase intermolt adalah 765.4 ng/μl ±9.2, sementara pada fase premolt adalah 790.3 ng/μl ±15.1. Nilai rata-rata hasil kuantifikasi konsentrasi ekspresi berdasarkan ketebalan pendaran pita cDNA penyandi FAmeT pada gel adalah 412.1 ng/μl ±143.3 pada fase intermolt dan fase premolt adalah 442.5 ng/μl ±137.2. Hasil pengurutan oligonukleotida cDNA penyandi FAmeT Scylla olivacea menunjukkan urutan oligonukleotida yang hampir identik dengan 2 jenis Scylla lainnya yaitu Scylla serrata dan Scylla paramamosain yang sebelumnya telah dilaporkan dan didaftarkan di GenBank.
Keyword: Scylla olivacea, enzim, FAmeT, ekspresi gen

Judul: Kajian Organ Mandibular Dan Pemanfaatannya Sebagai Stimulan Molting Kepiting Bakau Scylla Olivacea.
Abstrak: Organ Mandibular (OM) pada krustasea memiliki peranan penting dalam proses fisiologi, salah satunya adalah molting. Tujuan penelitian ini adalah mengidentifikasi OM dari kepiting bakau, mempelajari perkembangan fisiologinya, membuktikan keberadaan enzim melalui pendekatan RNA, membuktikan peranan OM, dan mengklarifikasi dosis terbaik dalam menstimulasi molting. Terdapat empat tahapan penelitian yang didesain untuk mengkaji OM dan peranannya dalam molting kepiting bakau jenis Scylla olivacea. Pertama, untuk mengidentifikasi OM kepiting bakau dan mempelajari struktur morfologinya. Identifikasi dilakukan melalui pembedahan terhadap kepiting bakau sehat, koleksi organ, pengukuran, dokumentasi dan bantuan korespondensi peneliti yang kompeten dalam organ mandibular. Struktur morfologi organ diamati melalui Scanning Electron Microscope (SEM) menggunakan prosedur preparasi spesimen padat. Penelitian tahap pertama berhasil menemukan OM pada kepiting bakau, yakni berbentuk bulat lonjong, berwarna kuning pucat, berpasangan, diameter berkisar 1-3 mm. Pengamatan dengan SEM memperlihatkan struktur organ yang halus dengan selubung jaringan pengikat. Ukuran OM pada kepiting jantan lebih besar dibandingkan kepiting betina, demikian pula kepiting dalam fase premolt memiliki OM yang lebih besar dibandingkan intermolt. Keberhasilan tahap pertama menjadi acuan awal untuk menggunakan kepiting jantan fase premolt sebagai donor OM. Kedua, menentukan keterkaitan bobot OM dengan bobot tubuh (BT), dan bobot organ Y (OY), pada kepiting jantan dan betina yang berada dalam fase intermolt dan premolt. Kepiting uji yang digunakan memiliki kisaran BT 120-130 g/individu, sebanyak 200 individu. Koleksi organ dilakukan dengan cara kepiting dianastesi pada air bersuhu dingin. Pembedahan dilakukan dengan hati-hati agar organ tetap berada pada posisi semula, selanjutnya organ dipisahkan dan dilakukan penimbangan. Hasil perhitungan indeks organ disajikan dalam persamaan regresi linier sederhana untuk menentukan keterkaitan hubungan bobot OM, dengan BT, dan OY. Hasil penelitian tahap kedua menunjukkan bobot OM pada kepiting jantan dan betina mengalami peningkatan sejalan dengan peningkatan BT dan OY, di mana dalam fase premolt lebih besar dibandingkan intermolt. Hasil penelitian juga menunjukkan bobot OM pada kepiting jantan lebih berat dibandingkan kepiting betina. Ketiga, menentukan keberadaan Farnesoate Acid Methyl Transferase (FAMeT) dalam OM kepiting bakau. Total RNA diperoleh menggunakan kit RNeasy mini (Qiagen), ethanol 70%, dan air bebas RNase. Amplifikasi RNA penyandi FAMeT menggunakan SuperScript III OneStep RT-PCR with Platinum Taq Polimerase (Invitrogen) untuk sintesis cDNA. Primer yang digunakan adalah FAMeTQ1 5′-GGCACGGACGAGAACAA-3′ dan FAMeTQ2 5′-GCGACGCTGAAGGAGAT-3′. Sementara primer yang digunakan untuk mendeteksi β-aktin adalah β-aktinF 5′ GAGCGAGAAATCGTTCGTGAC-3′ dan β-aktinR 5′-GGAAGGAAGGCTGGAAGAGAG-3′. Pada penelitian ini penemuan amplikon gen β-aktin kepiting bakau yakni 202 bp, menunjukkan keberhasilan ekstraksi RNA dari OM. Ekspresi mRNA penyandi FAMeT dari OM mengindikasikan peranan enzim tersebut sebagai konverter asam farnesoat (AF) menjadi metil farnesoat (MF). Hasil pengukuran konsentrasi total RNA penyandi FAMeT yang mengalami peningkatan dari intermolt ke premolt mengindikasikan peningkatan MF dalam OM kepiting bakau; sehingga pada penelitian tahap ketiga dijadikan acuan pemilihan kepiting donor dari fase premolt. Keempat, membuktikan peranan ekstrak OM terhadap molting, pertumbuhan, keserentakan molting, dan kelangsungan hidup. Ekstrak OM diperoleh dari kepiting bakau jenis S. olivacea jantan yang berada pada fase premolt dengan kondisi tubuh yang sehat. Kepiting uji disuntik dosis tunggal ekuivalen melalui membran pada pangkal kaki renang, menggunakan syringe 1 ml dengan jarum suntik 27 gauge. Penyuntikan dosis 0.016 mg/g BT berhasil membuktikan peranan ekstrak OM dalam meningkatkan persentase molting, masa
Keyword: kelangsungan hidup, molting, organ mandibular, Scylla olivacea, tumbuh

Judul: Desain Jejaring Pocket Park Sebagai Ruang Resapan Air Hujan di Kota Bogor
Abstrak: Bogor as satelite city which has potential rain fall rates up to 3 000 – 4 000 mm/year may develop pocket park network through transect method to increase availability of society interaction space and rain infiltration area. Contained 331 potential spots as result of radial type network and able to increase green open space needed in Bogor up to 1.41 – 5.65% (based on Visalia City Council pocket park development standard size 1 012 – 4 046 m2). Pocket park network result shall be classtificated by nearest regional function to afford adaptable park. Designing proceed focused to provide pasif interactional space with aplicate of rain garden principle as rain infiltration area. Result of 4 different sample types (commercial, industrial, residential, and gevermential building) able to provide rain water reservoir with capability rates up to 342.2 – 706.4 m3. The practice toward 331 spots may provide rain water and run off reservoir in Bogor up to 113 268.2 – 233 818.4 m3.
Keyword: water catchment, pocket park, green network