Judul: Respons Molekuler dan Fisiologis Ikan Gurami Terhadap Kadar dan Sumber Karbohidrat Berbeda: Studi Transkriptomik
Abstrak: Karbohidrat merupakan sumber energi yang memiliki harga yang lebih rendah, suplai lebih banyak, dapat meningkatkan efisiensi penggunaan energi protein, serta dapat menurunkan limbah nitrogen. Akan tetapi, kemampuan ikan dalam memanfaatkan karbohidrat rendah dan dipengaruhi oleh banyak faktor, seperti spesies, ukuran, kadar karbohidrat dan sumber karbohidrat. Oleh sebab itu dibutuhkan upaya produksi ikan yang dapat memanfaatkan karbohidrat dengan baik. Ikan gurami merupakan salah satu ikan yang dapat memanfaatkan karbohidrat tinggi, namun mekanisme pemanfaatannya belum banyak diketahui. Beberapa penelitian menunjukkan bahwa mekanisme pemanfaatan karbohidrat dapat dievaluasi dengan pendekatan respons molekuler dan fisiologis pascaperlakuan pakan berkarbohidrat. Akan tetapi informasi molekuler ikan gurami, baik informasi sekuens gen terkait metabolisme karbohidrat maupun tingkat ekspresi gen masih sangat terbatas. Tujuan umum penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi gen dan mengevaluasi respons molekuler melalui analisis transkriptomik hati, ekspresi gen, serta analisis respons fisiologis ikan gurami pascaperlakuan kadar dan sumber karbohidrat berbeda. Penelitian ini dilaksanakan dalam empat tahap dengan tujuan khusus: 1) untuk mengkarakterisasi seluruh gen yang terekspresi di organ hati dan respons stres metabolik ikan gurami setelah pemberian pakan dengan kadar karbohidrat berbeda; 2) untuk menganalisis ekspresi gen terkait metabolisme nutrien ikan gurami setelah pemberian pakan dengan kadar karbohidrat berbeda; 3) untuk mengevaluasi pengaruh sumber karbohidrat berbeda terhadap profil biokimia darah dan ekspresi gen ikan gurami; dan 4) untuk mengevaluasi respons fisiologis dan pertumbuhan ikan gurami yang diberi pakan dengan sumber karbohidrat berbeda. Penelitian tahap pertama berhasil mengidentifikasi 33.104 unigen dari organ hati ikan gurami dengan metode sekuensing RNA (RNA-seq) yang berbasis next-generation sequencing (NGS). Pakan karbohidrat tinggi menyebabkan 52,81% differentially expressed gene (DEG) mengalami penurunan signifikan. Unigen yang diperoleh berhasil dianotasikan ke dalam tujuh database. Ekspresi gen terkait sistem antioksidan dan respons histo-morfologi hati ikan gurami juga dievaluasi pada penelitian pertama. Data menunjukkan bahwa ikan gurami yang diberi pakan karbohidrat tinggi memiliki ekspresi gen terkait antioksidan (sod1 dan sod2) yang lebih rendah dibanding perlakuan karbohidrat kontrol (P<0,05). Ekspresi gen yang mengontrol tingkat stres oksidatif (noa1) pada perlakuan karbohidrat tinggi lebih rendah pada hari ke-30, tetapi lebih tinggi pada hari ke-60 dibandingkan perlakuan karbohidrat kontrol. Penelitian tahap kedua berhasil menganalisis respons molekuler dan fisiologis ikan gurami pascaperlakuan karbohidrat tinggi. Dari penelitian tahap ini diperoleh hasil bahwa pada hari ke-30, ikan gurami dengan perlakuan karbohidrat tinggi memiliki ekspresi gen terkait glikolisis (gck, pk, hk, dan ldh) yang lebih tinggi dibanding perlakuan karbohidrat kontrol (P<0,05). Pada hari ke-60, ekspresi gen gck dan hk tetap lebih tinggi pada perlakuan karbohidrat tinggi (P<0,05), dan ekspresi gen terkait glikogenolisis (gyp), katabolisme asam amino (gdh), dan sensor energi (ampk) menjadi meningkat signifikan pada perlakuan karbohidrat tinggi (P<0,05). Peningkatan karbohidrat pakan menyebabkan peningkatan aktivitas enzim amilase dan protease, plasma glukosa, glikogen hati, serta protein dan lemak tubuh secara signifikan (P<0,05). Profil biokimia darah dan ekspresi gen terkait metabolisme karbohidrat setelah 60 hari dan postprandial perlakuan sumber karbohidrat berbeda pada penelitian tahap ketiga menunjukkan bahwa sumber karbohidrat secara signifikan memengaruhi plasma glukosa, trigliserida, dan kolesterol ikan gurami (P<0,05), namun tidak memberikan pengaruh signifikan terhadap total protein plasma (P>0,05). Pemberian pakan dengan sumber karbohidrat berbeda, yaitu tepung pollard, tepung dedak, dan tepung palm kernel meal (PKM), secara signifikan memengaruhi
Keyword: carbohydrate, gene expression, Giant gourami, RNA-seq, transcriptome

Judul: Respons Pertumbuhan Benih Ikan Gurami (Osphronemus goramy) yang Diberi Pakan dengan Kadar Protein Berbeda dan Diperkaya Hormon Pertumbuhan Rekombinan
Abstrak: Ikan gurami memiliki laju pertumbuhan yang relatif lambat. Aplikasi hormon pertumbuhan rekombinan (recombinant growth hormone, rGH) melalui pakan telah terbukti menghasilkan peningkatan pertumbuhan. Secara umum, pemberian GH eksogen dapat meningkatkan kapasitas metabolisme ikan gurami, khususnya metabolisme lemak serta optimasi sintesis dan pemanfaatan protein untuk pertumbuhan pada ikan gurami. Penambahan nutrien non-protein sebagai penghasil energi dapat menurunkan penggunaan protein sebagai sumber energi (protein sparring effect) sehingga dapat meningkatkan fungsi protein dalam menunjang pertumbuhan ikan. Penggunaan pakan dengan kadar protein yang rendah dapat mengurangi harga pakan namun dapat menyebabkan pertumbuhan ikan menjadi lambat sehingga waktu produksi menjadi semakin lama. Kombinasi antara aplikasi rGH dan penggunaan pakan berkadar protein yang berbeda yang diberikan pada benih ikan gurami diharapkan mampu meningkatkan protein sparring effect. Tujuan penelitian ini adalah untuk menguji efek pemberian pakan dengan kadar protein berbeda yang diperkaya dengan rGH terhadap respons pertumbuhan benih ikan gurami. Protein rGH yang telah disalut (coating) dengan kuning telur dicampur dengan pakan berkadar protein berbeda (34%, 28%, dan 21%; isoenergi) dengan dosis basah 3 mg/kg pakan, masing-masing perlakuan memiliki kontrol perlakuan pakan tanpa penambahan rGH. Setiap perlakuan memiliki 3 ulangan. Ikan gurami (bobot tubuh 15,83±0,13 g) diberi pakan mengandung rGH 2 kali seminggu, secara satiasi. Pemeliharaan ikan dilakukan selama 42 hari di akuarium bervolume 100 liter, dengan padat tebar 10 ekor. Parameter yang diuji meliputi pertambahan biomassa, laju pertumbuhan spesifik (LPS), dan rasio konversi pakan (RKP); indeks hepatosomatik (IHS), retensi protein (RP) dan lemak (RL), ekskresi total amonia nitrogen (TAN), kadar glukosa dan trigliserida darah; serta aktivitas enzim. Analisis data dengan tabel sidik ragam dilakukan menggunakan software statistik SPSS 17.0. Penambahan rGH berpengaruh nyata meningkatkan aktivitas enzim amilase, lipase, dan protease pada perlakuan kadar protein pakan 21% (P<0,05); sedangkan pada perlakuan kadar protein pakan yang lainnya (28% dan 34%) penambahan rGH tidak berpengaruh nyata (P>0,05). Perlakuan kadar protein pakan menurunkan aktivitas enzim amilase, lipase, dan protease (P<0,05). Penambahan rGH secara signifikan (P<0,05) meningkatkan kadar glukosa darah pada tiap perlakuan kadar protein pakan, namun kadar protein tidak memberikan pengaruh terhadap kadar glukosa darah (P>0,05). Kadar trigliserida darah pada semua perlakuan tidak berbeda nyata (P>0,05), kecuali perlakuan pakan berprotein 21% tanpa penambahan rGH yang nilainya lebih rendah (P<0,05) dari semua perlakuan. Sementara itu penambahan rGH meningkatkan kadar glikogen hati pada perlakuan pakan berprotein 21% (P<0,05). Penambahan rGH menyebabkan terjadinya peningkatan kadar glikogen otot pada perlakuan pakan berprotein 21% dan 28% (P<0,05), sedangkan pada perlakuan pakan berprotein 34% pemberian rGH tidak berpengaruh nyata (P>0,05). Nilai IHS berbanding terbalik dengan kadar protein pakan, sedangkan penambahan rGH secara signifikan (P<0,05) meningkatkan nilai IHS pada setiap perlakuan kadar protein pakan. Peningkatan kadar protein pakan menurunkan kadar glikogen hati dan otot. Nilai RP dan RL pada tiap level protein pakan lebih tinggi (P<0,05) dibandingkan dengan masing-masing kontrolnya, kecuali pada pakan berkadar 28% yang nilai RP dan RL tidak berbeda nyata (P>0,05) dengan kontrolnya (pakan berprotein 28% tanpa rGH). Ekskresi TAN meningkat dengan meningkatnya kadar protein pakan dan penambahan rGH secara signifikan (P<0,05) menurunkan ekskresi TAN. Pertambahan biomassa tertinggi terjadi pada perlakuan pakan berprotein 21% (214,88±12,31 g); yaitu 35,01% lebih tinggi (P<0,05) dibandingkan kontrolnya (159,17±13,92 g). Pertambahan
Keyword: ikan gurami, kadar protein pakan, pertumbuhan, rGH

Judul: Formulasi TSP (Traveling Salesman Problem) menggunakan ILP (Integer Linear Programming)
Abstrak: TSP is a journey of salesman f?om his origin town (place) to visit n-cities (places) only at once, then return to his origin town (place) with a minimum total distance. Its purpose is to minimize the operating expense that is released by the company. Vehicle route at TSP in the form of a Hamiltonian cycle, that is closed path containing all nodes at the graph which representing a network walk. Its problem is to determine a journey route which is feasible (possibly can be passed by) in such a way the vehicle travelled distance passed the route is minimum.
Keyword: