Judul: Keterkaitan komunitas zooplankton dan kualitas air di perairan pulau Abang kepulauan seribu
Abstrak: Kepualauan Abang merupakan sebuah wilayah yang terletak di Kepulauan Riau. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari komunitas zooplankton di lokasi studi, mengkaji sebaran spasial dan temporal zooplankton, dan mengkaji faktor fisika kimia yang mempengaruhinya.
Keyword: 

Judul: Hubungan Struktur Komunitas Plankton dengan Kondisi Fisika-Kimia Perairan Pulau Pramuka dan Pulau Panggang, Kepulauan Seribu
Abstrak: Anjar Asmara. C24101043. Hubungan Struktur Komunitas Plankton dengan Kondisi Fisika-Kimia Perairan Pulau Pramuka dan Pulau Panggang, Kepulauan Seribu. Dibimbing oleh JOHAN BASMI dan ARIO DAMAR. Penelitian ini mempelajari struktur komunitas plankton dan hubungannya dengan beberapa parameter fisika dan kimia perairan pada bulan Oktober, November dan Desember 2004 yang berlokasi di perairan Pulau Pramuka dan Pulau Panggang, Kepulauan Seribu. Analisis data meliputi kelimpahan, keanekaragaman, keseragaman, dominansi, indeks Canberra dan Bray Curtis serta analisis regresi linier sederhana. Jenis-jenis fitoplankton yang ada 3 kelas dan 31 jenis, yaitu Bacillariophyceae (25 jenis), Dinophyceae (5 jenis) dan Cyanophyceae (1 jenis). Sedangkan yang ditemukan terdiri dari 5 kelas dan 11 jenis yaitu, Crustacea (4 jenis), Ciliata (4 jenis), Sarcodina (1 jenis), Sagittoidea (1 jenis) dan Polychaeta (1 jenis). Komposisi kelimpahan fitoplankton didominasi kelas Bacillariophyceae dari jenis Asterionella sp., Skeletonema sp., Navicula sp., Nitzschia sp. dan Fragillaria sp. Selanjutnya kelas Cyanophyceae dan Dinophyceae. Sedangkan komposisi berdasarkan kelimpahan zooplankton didominasi dari kelas Crustacea dari jenis Acartia sp., Calanus sp., dan Microsetella sp. Nilai indeks keanekaragaman seluruh komunitas fitoplankton menunjukkan keanekaragaman yang rendah dengan kisaran 0.11-2.58. Nilai keseragaman fitoplankton menunjukkan bahwa keseragaman jumlah individu relatif sama dengan kisaran 0.26-0.96. Nilai indeks dominansi fitoplankton menunjukkan bahwa hampir tidak terjadi dominasi dalam komunitas dengan kisaran 0.08-0.74. Sedangkan nilai indeks keanekaragaman seluruh komunitas zooplankton menunjukkan keanekaragaman yang rendah dengan kisaran 0.63-1.68. Nilai keseragaman zooplankton menunjukkan bahwa keseragaman jumlah individu relatif sama dengan kisaran 0.48-1, kecuali pada staiun 6 pengamatan bulan November di perairan Pulau Panggang dengan nilai 1. Sedangkan nilai indeks dominansi zooplankton menunjukkan bahwa hampir tidak terjadi dominasi dalam komunitas dengan kisaran 0.20-0.49. Suhu dan pH permukaan berkisar antara 29.0-31.0 oC dan 7.00-7.92. Sedangkan nilai salinitas yang terukur berkisar antara 32.5-35 o/oo dan nilai kecerahan dan kekeruhan berturut-turut berkisar antara 1-3.2 m dan 0.10-3.86 NTU. Parameter unsur hara (Nitrat, nitrit, ammonia dan ortofosfat) yang terukur, berturut-turut berkisar antara 0.556-1.113 mg/l, 0.001-0.097 mg/l, 0,001-0.067 mg/l. Sedangkan nilai DO, BOD dan COD yang terukur berturut-turut berkisar antara 6.98-7.92 mg/l, 0.34-6.59 mg/l dan 43.65-58.17 mg/l. Hasil analisis regresi linear sederhana menunjukkan korelasi yang erat antara kelimpahan fitoplankton dengan ortofosfat dan kekeruhan sebesar 0.70 dan 0.67.
Keyword: 

Judul: Cloning and Structure Prediction of C-Type Lectin 19 (CTL-19) from Silkworm (Bombyx mori L.)
Abstrak: Bombyx mori L. is a highly significant insect due to its silk production affects several industries. Unfortunately, B. mori farming has recently experienced mortality issues caused by pathogenic infectious diseases. Despite the extensive study of innate immunity of B. mori, information regarding the molecular functions and mode of actions of C-type lectin 19 (CTL-19) in the innate immunity of B. mori remains limited. Therefore, this study aimed to predict the structure of the B. mori CTL-19 also clone and produce the recombinant protein to better understand its role in the silkworm's innate immunity. The open reading frame (ORF) of the CTL-19 gene (945bp) was successfully amplified and cloned to pGEM®-T Easy Vector. The mature protein consists of 294 amino acids with 2 CRDs, 9 conserved cysteine, and two specific carbohydrate binding motifs. Protein threading demonstrated to be superior in order to predict the ligand binding site in comparison to homology modelling. The predicted molecular weight is 33.26 kDa, with pI value of 5.70. Furthermore, molecular docking analysis reveal that BmCTL-19 have ability to bind to various carbohydrate residues. The BmCTL-19 gene will be sub clone into an appropriate expression vector and produce purified recombinant protein to evaluate its properties.
Keyword: Innate immunity, Carbohydrate Binding Motif, Homology modelling, Protein Threading, Molecular docking