Judul: Karakterisasi Genetik Berdasarkan DNA Mitokondria D-loop dan Gen TSPY pada Siamang Kerdil (Hylobates klossii) Kepulauan Mentawai.
Abstrak: Siamang kerdil (Hylobates klossii) merupakan satwa primata endemik kepulauan Mentawai dengan nama lokal bilou. Hylobates klossii tersebar di pulau-pulau besar di Mentawai seperti Siberut, Sipora, Pagai Utara, dan Pagai Selatan. Populasi siamang kerdil terancamkarena deforestasi dan perburuan. Siamang kerdil masuk dalam kategori genting (Endangered) berdasarkan IUCN (International Union for Conservation of Nature and Natural Resources) tahun 2008. Hylobates klossii terdaftar di CITES (Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora) Apendiks I/Tahun 2001 dan dilindungi berdasarkan Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan Republik Indonesia Nomor P.106Menlhk/Setjen/Kum.1/6/2018. Salah satu cara untuk menanggulangi kerusakan habitat dan penurunan populasi dapat dilakukan melalui usaha konservasi. Tujuan dari penelitian yaitu menganalisis garis keturunan secara maternal berdasarkan DNA Mitokondria D-loop (D-loop mtDNA) dan garis keturunan secara paternal berdasarkan gen TSPY (testis specific protein in Y-chromosome) serta mengkarakterisasi struktur gen penyandi protein TSPY pada siamang kerdil (Hylobates klossii) Kepulauan Mentawai. Sampel dikoleksi dari dua tempat, yaitu penangkaran TSI (Taman Safari Indonesia) dan Pulau Siberut, Kepulauan Mentawai. Sampel yang digunakan adalah sampel darah dan feses dari lima individu, yaitu Nam-nam, April, Lestari, Gou-gou yang diperoleh dari TSI dan sampel feses dari satu individu, yaitu Bilou diperoleh dari Kepulauan Mentawai. Amplifikasi PCR dilakukan pada sampel DNA dan cDNA menggunakan primer spesifik untuk D-loop dan TSPY. Amplikon dirunutkan menggunakan primer dua arah dan dianalisis dengan metode bioinformatik berupa BioEdit, Clustal W, dan MEGA 7. Model struktur tiga dimensi protein TSPY diprediksi menggunakan I-TASSER dan divisualisasikan dengan program PyMol. Berdasarkan analisis DNA Mitokondria D-loop, H. klossii terdiri atas empat haplotipe, yaitu 1) Nam-nam dan April, 2) Bilou, 3) Lestari, dan 4) Gou-gou dengan rentang jarak genetik 0.00-0.047. Analisis berdasarkan gen TSPY dari dua jantan H. klossii menunjukkan bahwa April memiliki nilai jarak genetik yang lebih dekat dengan H. muelleri, yaitu 0.005 dibandingkan dengan H. klossii, yaitu 0.008. Analisis pohon filogeni menggunakan metode neighbor joining juga menunjukkan individu April mengelompok dengan H. muelleri (identitas 99.56%) sementara Gou-gou dengan H. klossii (identitas 100%). Karakterisasi gen parsial TSPY (990 bp) antara Gou-gou dan April menunjukkan bahwa ada lima mutasi nukleotida yang menyebabkan empat mutasi asam amino, yaitu Pro100Ala, Asn133Asp, Gly277Glu, dan Thre281Ser. Mutasi ini menyebabkan pergeseran posisi struktur asam amino berdasarkan model struktur protein TSPY antara individu Gou-gou dan April. Hasil analisis mengasumsikan individu April adalah perkawinan silang antara betina H. klossii dan jantan H. muelleri. Karakterisasi genetik diharapkan dapat mendukung upaya konservasi melalui rekomendasi untuk pengelolaan pelestarian H. klossii yang baik. Hal ini dapat dilakukan dengan mencegah perkawinan sedarah dan kawinnya indvidu hibrida dengan spesies lain di penangkaran.
Keyword: DNA Mitokondria D-loop, hibrida, H. klossii, I-TASSER, TSPY

Judul: Analisis habitat Hylobates klossii Miller di Ladduk, Siberut Selatan
Abstrak: Bilou (Hylobates klossii) adalah salah satu dari empat primata endemik yang paling menarik di Menurut Kepulauan Mentawai. Schultz (1933), bilou adalah jenis ungko (gibbon) tertua yang masih hidup. Suaranya yang merdu disebut pula sebagai nada musik yang terindah diantara semua Mammalia. Satwa yang merupakan penghuni asli kepulauan Mentawai ini, kehidupannya semakin terancam oleh adanya tekanan yang datang dari luar berupa perburuan dan kegiatan penebangan hutan (logging). Penebangan pohon yang berlebihan tentu akan mengurangi ruang gerak dari satwa arboreal ini. Sehingga dikhawatirkan lambat laun populasinya akan menurun. Oleh karenanya diperlukan suatu analisis habitat yang dapat dija- dikan sebagai informasi dasar bagi perencanaan pengelolaan habitat bilou untuk kepentingan kelestariannya. Penelitian yang dilakukan selama 2 bulan di Ladduk, Siberut Selatan adalah untuk menganalisis komponen-komponen habitat yang berpengaruh langsung terhadap kehidupan bilou. Pengumpulan data habitat dilakukan melalui pengambilan contoh menggunakan petak berganda yang diletakkan secara purposive di dalam home range salah satu keluarga bilou seluas 14, 75 ha di Ladduk. Ternyata hutan tropika basah dataran rendah yang ada di dalam home range bilou tersebut di atas dapat di kelompokkan menjadi tiga tipe hutan, yaitu: tipe hutan Dip- terocarpaceae, tipe hutan non Dipterocarpaceae dan tipe peralihan (ecotone)….dst
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: