Judul: Virus pada Kedelai dan Upaya Pengelolaannya di Kabupaten Bima, Nusa Tenggara Barat
Abstrak: Kedelai merupakan salah satu komoditas unggulan di Indonesia. Produksi kedelai selalu mengalami fluktuasi setiap tahunnya. Banyak faktor yang memengaruhi fluktuasi produksi kedelai di Indonesia, salah satunya disebabkan oleh infeksi virus. Informasi mengenai identitas virus yang menginfeksi tanaman kedelai dan upaya pengelolaannya di lapangan masih sangat terbatas di Nusa Tenggara Barat. Oleh karena itu, tujuan dari penelitian ini adalah mendeteksi dan mengidentifikasi virus yang menginfeksi tanaman kedelai di Bima Nusa Tenggara Barat serta upaya pengelolaannya di lapangan. Sampel tanaman bergejala telah dikoleksi dengan metode purposive sampling yaitu sebanyak 50 sampel daun dari masing-masing lokasi. Wawancara terhadap 40 petani menggunakan kuisioner terstruktur telah dilakukan untuk mendapatkan informasi hubungan teknik budi daya dengan insidensi penyakit pada kedelai di lapangan. Sampel diambil dari beberapa pertanaman kedelai di tiga kecamatan yaitu Palibelo, Bolo, dan Madapangga. Identifikasi virus baru dan virus yang dominan dilakukan dengan polymerase chain reaction (PCR) atau reverse transcription (RT)-PCR menggunakan primer universal CP-Potyvirus, CI-Potyvirus, Begomovirus, dan Polerovirus dan perunutan serta analisis DNA. Perlakuan pengendalian virus pada kedelai di lapangan terdiri atas kontrol (A1), kitosan (A2), ekstrak daun bogenvil (A3), kitosan+ekstrak daun bogenvil (A4), dan perlakuan pembanding insektisida (A5) yang ditanam dalam petak dengan dan tanpa tanaman pembatas. Insidensi dan keparahan penyakit serta populasi kutudaun serta AUDPC intensitas diamati dan diukur. Virus yang menginfeksi tanaman uji dideteksi dengan metode dot immunobinding assay (DIBA). Hasil analisis data wawancara petani menunjukkan bahwa varietas kedelai, asal benih, penggunaan insektisida, dan frekuensi penggunaan pestisida berpengaruh nyata terhadap insidensi penyakit pada kedelai di lapangan. Berdasarkan hasil deteksi dan identifikasi, ada 5 virus yang menginfeksi tanaman kedelai di Bima Nusa Tenggara Barat yaitu Uraria mosaic virus (UMV), Bean common mosaic virus strain Peanut stripe (BCMV-PSt), BCMV, Pepper yellow leaf curl virus (PepYLCV), dan Soybean chlorotic leafroll virus (SbCLRV). Analisis nukleotida menunjukkan bahwa similaritas isolat PepYLCV, SbCLRV, BCMV, UMV, dan BCMV-PSt berturut-turut berkisar 99,1-99,6%, 96,0- 97,1%, 90-91%, 75,4%, dan 96,0-99,4% terhadap isolat virus yang sama dari negara lain. Similaritas nukleotida paling tinggi PepYLCV dengan isolat PepYLCAV (LC387328) asal Indonesia, SbCLRV dengan isolat Cina (OM507197), BCMV dengan isolat Meksiko (AF328751), UMV dengan isolat Jepang (LC477217), dan BCMV-PSt dengan isolat Turki (MZ442684). Analisis pohon filogeni menunjukkan bahwa hampir semua virus yang teridentifikasi di Bima berada dalam satu kluster dan terpisah dengan kelompok isolat negara lain, kecuali UMV dan BCMV-PSt. Virus dari Bima tidak sedikit memiliki kelompok yang dekat dengan isolat Indonesia. Penelitian ini merupakan laporan pertama PepYLCV menginfeksi tanaman kedelai di NTB, serta laporan pertama SbCLRV dan UMV menginfeksi tanaman kedelai di Indonesia. Efektivitas perlakuan pada petak dengan tanaman pembatas mampu menurunkan populasi kutudaun, insidensi dan keparahan penyakit lebih tinggi dibandingkan dengan perlakuan yang sama pada petak tanpa tanaman pembatas. Hasil pengujian perlakuan pengendalian terhadap populasi kutudaun di lapangan menunjukkan sangat efektif jika dilakukan kombinasi pengelolaan terpadu seperti penggunaan kitosan, ekstrak daun bogenvil, dan kitosan+ekstrak daun bogenvil yang dikombinasikan dengan penggunaan tanaman pembatas jagung. Perlakuan pengendalian yang dikombinasikan dengan penggunaan tanaman pembatas tersebut juga terbukti mampu mengurangi intensitas penyakit mosaik pada kedelai di lapangan, selain itu perlakuan kitosan+ekstrak daun bogenvil dengan tanaman pembatas mampu meningkatkan produksi kedelai melebihi perlakuan pembanding (insektisida). Efektivitas perlakuan kitosan,
Keyword: barrier crops, IPM, NTB, soybean, virus identity

Judul: Deteksi Virus Pada Kedelai Di Jawa Dan Respons Ketahanan Sembilan Varietas Terhadap Cucumber Mosaic Virus Strain Soybean
Abstrak: Kedelai (Glycine max [L.] Merrill) merupakan salah satu komoditas pangan penting di Indonesia. Namun produksinya belum mencukupi kebutuhan nasional sehingga kebutuhan kedelai dicukupi dengan importasi benih. Faktor pembatas menurunnya produktivitas kedelai salah satunya adalah gangguan hama dan penyakit tanaman. Penyakit tanaman kedelai yang disebabkan infeksi virus dapat mempengaruhi hasil panen secara kualitas dan kuantitas. Oleh karena importasi benih kedelai di Indonesia cukup tinggi, untuk mempertahankan dan meningkatkan produksi kedelai, maka perlu dilakukan pemutakhiran informasi terkait virus di lapangan. Penelitian bertujuan mendeteksi virus yang menginfeksi kedelai di beberapa lokasi di Jawa dan mengevaluasi respons ketahanan sembilan varietas terhadap infeksi virus yang dominan ditemukan. Survei dan pengambilan sampel dilakukan di Kecamatan Cikarawang dan Kecamatan Bogor Barat, Kabupaten Bogor (Jawa Barat), Kecamatan Gempol, Kabupaten Cirebon (Jawa Barat), Kecamatan Kasihan, Kabupaten Bantul (DI Yogyakarta), dan Kecamatan Babadan, Kabupaten Ponorogo (Jawa Timur). Sampel diambil sebanyak masingmasing 50 tanaman dengan metode purposive sampling dari setiap lokasi. Insidensi penyakit virus ditentukan secara serologi dengan mengggunakan antiserum Cucumber mosaic virus (CMV), Soybean mosaic virus (SMV), Cowpea mild mottle virus (CPMMV), dan Bean pod mottle virus (BPMV). Virus yang dominan selanjutnya dideteksi dengan RT-/PCR menggunakan primer spesifik, dan atau universal, kemudian dirunut sekuen nukleotidanya. Insidensi penyakit oleh CMV, SMV, dan CPMMV berturut-turut berkisar 72–84%, 14–24%, dan 6–8%; sedangkan BPMV tidak terdeteksi dari semua sampel. Gejala cupping dan menguning terdeteksi oleh antiserum CMV, CMV dan SMV merupakan virus yang dominan ditemukan. RT-PCR dengan primer spesifik gen CI SMV, DNA tidak teramplifikasi, namun berhasil teramplifikasi dengan primer universal Potyvirus. CMV teramplifikasi dengan primer spesifik gen CP dan DNA teramplifikasi dari gejala “cupping” dan menguning dengan primer universal Geminivirus. Homologi nukleotida tertinggi CMV terhadap CMV strain S asal Bogor (99.3%). Homologi Potyvirus tertinggi terhadap BCMV isolat Mungbean asal Cina dan strain Blackeye asal Vietnam (88.3%). Homologi Geminivirus tertinggi terhadap Pepper yellow leaf curl virus (PYLCV) asal Bogor dan Jawa (95.5%). Analisis filogenetika menunjukkan CMV-S berada dalam satu kelompok terpisah dari CMV strain lainnya. BCMV pada kedelai dalam penelitian ini membentuk kelompok terpisah dari BCMV asal negara lain, sedangkan PYLCV isolat kedelai membentuk satu kelompok dengan PYLCV isolat cabai asal Bogor dan Jawa. Penanaman varietas unggul yang tahan virus adalah salah satu strategi pengendalian yang paling baik. Berdasarkan hasil deteksi serologi, CMV-S merupakan virus yang dominan di Jawa. Uji respons ketahanan terhadap CMV-S dilakukan pada percobaan rumah kaca menggunakan sembilan varietas kedelai yaitu Argomulyo, Anjasmoro, Burangrang, Cikuray, Detam-1, Detam-2, Grobogan, Sinabung, dan Wilis. Inokulasi dilakukan secara mekanis pada daun yang membuka penuh. Tiap varietas terdiri atas 15 tanaman sebagai ulangan. Respons ketahanan terhadap inokulasi mekanis CMV-S diukur berdasarkan beberapa parameter penilaian penyakit (periode inkubasi, tipe gejala, keparahan penyakit, indeks keparahan penyakit, titer virus) dan parameter pertumbuhan tanaman (tinggi tanaman, masa berbunga, dan jumlah bunga). Varietas Grobogan memiliki periode inkubasi terpendek yaitu 8-14 hari setelah inokulasi, sedangkan varietas Detam-1 dan Burangrang memiliki periode inkubasi terpanjang yaitu 14-19 hari setelah inokulasi. Tipe gejala penyakit yang muncul bervariasi tergantung varietas. Indeks keparahan penyakit tertinggi pada varietas Grobogan yaitu 6.13 dengan ratio nilai absorbansi ELISA (NAE) sebesar 4.01 kali dari NAE kontrol negatif, sedangkan indeks keparahan penyakit terendah pada
Keyword: Insidensi penyakit, indeks keparahan penyakit, kedelai, RT-PCR, varietas tahan

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: