Judul: Polimorfisme Gen BG1 serta Asosiasinya dengan Sifat Ketahanan Tubuh pada Calon Galur Ayam IPB-D2
Abstrak: Ayam IPB-D1 merupakan ayam lokal komposit dari ayam lokal (ayam kampung, ayam sentul, ayam pelung) dan ayam meat type (broiler). Komposisi genetik 25% ayam meat type pada ayam IPB-D1, memungkinkan ayam IPB-D1 mengalami penurunan ketahanan penyakit. Calon galur ayam IPB-D2 merupakan hasil persilangan dari ayam IPB-D1 yang di desain berdasarkan konsentrasi IgY total ≥ 10 mg mL-1 dan titer antibodi ND ≥ 3 log 2 HI unit. Pembentukan calon galur ayam IPB-D2 bertujuan menghasilkan ayam dengan daya tahan tubuh dan produktivitas yang tinggi. Ayam IPB-D2 dikembangkan agar dapat beradaptasi dengan sistem pemeliharaan ekstensif untuk memenuhi kebutuhan protein hewani masyarakat. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi keragaman SNP gen BG1 pada ayam IPB-D2 dan mengetahui asosiasinya dengan konsentrasi total IgY dan titer antibodi ND. Sebanyak 85 sampel DNA ayam IPB-D2 di sekuensing untuk mengetahui keragaman gen BG1. Gen BG1 merupakan gen kandidat pengontrol ketahanan penyakit ayam yang berada di wilayah MHC. Gen BG1 berfungsi menghambat aktivasi sel limfosit untuk menyeimbangkan fungsi limfosit. Data fenotipe yang digunakan dalam penelitian ini adalah konsentrasi total titer antibodi IgY dan ND. Imunoglobulin Yolk merupakan antibodi spesifik pada ayam yang dapat menetralkan mikroorganisme penyebab penyakit. Titer antibodi ND digunakan untuk mendeteksi keberadaan antibodi dalam tubuh. Hasil penelitian menemukan 6 titik mutasi g.4489 G>T di ekson 19, g.4712 C>T, g.4741 T>C, g.4747 T>C, g.4749 T>C, g.4761 G>A di ekson 20 dan delesi 2 basa g.4758-g.4759 delAT. Kodon stop prematur menyebabkan semua kodon setelahnya menjadi tidak aktif sehingga hanya SNP g.4489 G>T sisteina>fenilalanina dan g.4712 C>T glutamina>kodon stop, yang dapat diasosiasikan. Data asosiasi dianalisis menggunakan model GLM dengan software SAS 9.4 dan uji-t. Gen BG1 hanya dapat digunakan untuk membedakan antara genotipe ternak tetapi tidak dapat digunakan sebagai penanda seleksi untuk konsentrasi total IgY dan titer antibodi ND.
Keyword: ayam IPB-D2, gen BG1, kodon stop prematur, titer antibodi ND, total konsentrasi IgY

Judul: Kajian Genomik dan Transkriptomik Gen-Gen Potensial Sifat Ketahanan Penyakit Ayam IPB-D2
Abstrak: Peningkatan kualitas ayam IPB-D1 dapat dilakukan dengan beberapa cara, salah satunya yaitu pembentukan calon galur ayam IPB-D2. Ayam IPB-D2 diseleksi berdasarkan sifat ketahanan penyakit. Ayam IPB-D2 diseleksi dari ayam IPB-D1 dengan kriteria konsentrasi IgY ≥ 10 mg mL-1 dan titer antibodi ND ≥ 3 log2 HI unit. Selain seleksi secara konvensional dengan seleksi konsentrasi IgY dan titer antibodi ND, juga dilakukan secara molekuler. Seleksi molekuler dilakukan dengan memanfaatkan gen-gen potensial hasil RNA sekuensing. Tujuan umum penelitian ini adalah mengkaji gen-gen potensial pada sifat ketahanan penyakit ayam IPB-D2. Tujuan khusus penelitian ini yaitu: 1) mengevaluasi sifat ketahanan penyakit ayam IPB-D2; 2) menganalisis gen-gen potensial sifat ketahanan penyakit ayam IPB-D2 dengan RNA sekuensing dan 3) menganalisis keragaman, ekspresi dan asosiasi gen-gen potensial gen BLB2 serta CD4 terhadap sifat ketahanan penyakit ayam IPB-D2. Penelitian ini menggunakan ayam IPB-D2 G2 berumur 21 minggu. Sampel darah diambil dan digunakan untuk uji ketahanan penyakit dan kajian genomik gen BLB2 dan CD4. Analisis transkriptomik menggunakan jaringan seka tonsil ayam IPB-D2 G2 dengan perbedaan konsentrasi titer antibodi ND tinggi dan titer antibodi ND rendah. Uji ketahanan penyakit ayam IPB-D2 dilakukan dengan melakukan beberapa metode. Konsentrasi IgY dianalisis dengan metode indirect ELISA, titer antibodi ND dianalisis dengan metode HI, profil leukosit dan diferensiasinya dianalisis menggunakan metode Giemsa, populasi CD4+ dan CD8+ dianalisis menggunakan uji flowcytometry. Hasil analisis menunjukkan ayam IPB-D2 memiliki sifat ketahanan tubuh seperti konsentrasi IgY 12,60±1,96 mg mL-1, titer antibodi ND 1,55±1,4 log2 HI unit, leukosit 15.29±4.28 x 106 mm-2, limfosit 50,96±11,91 %, heterofil 42,76±12,23 %, monosit 4,85±0,95 %, eosinofil 1,61±0,9%, dan populasi CD4+ yang lebih tinggi dibandingkan populasi CD8+. Ayam IPB-D2 memiliki sistem kekebalan spesifik dan non-spesifik yang seimbang. Kajian gen-gen potensial pada sifat ketahanan penyakit dilakukan dengan 2 metode yaitu studi literatur hasil RNA sekuensing pada ayam SenSi dan analisis RNA sekuensing pada ayam IPB-D2. Analisis RNA sekuensing pada ayam IPB-D2 menunjukkan terdapat beberapa gen-gen potensial pengontrol titer antibodi ND seperti ZBTB38, CCR9, TLR2A, CD44 dan CDC42BPA. Hasil studi literatur pada hasil RNA sekuensing ayam SenSi menyatakan terdapat beberapa gen yang berhubungan dengan kemampuan imunitas pada ayam SenSi. Salah satu gen yang berpotensi yaitu gen BLB2 yang dianalisis lebih lanjut pada penelitian ini. Kajian genomik gen BLB2 dan CD4 dilakukan dengan analisis keragaman gen. Keragaman gen BLB2 dan CD4 pada ayam IPB-D2 dianalisis menggunakan metode sanger sekuensing. Keragaman dan asosiasi gen BLB2 dan CD4 dianalisis menggunakan SNPStats. Hasil penelitian menunjukkan terdapat 13 SNP gen BLB2 dan 4 SNP gen CD4 pada ayam IPB-D2. Sebanyak 4 SNP gen BLB2 yang berasosiasi dengan konsentrasi IgY yaitu yaitu g.458 T>A, g.485 G>C, g.486 T>G dan g.548 G>C. Kajian transkriptomik gen BLB2 dan CD4 dilakukan dengan analisis ekspresi gen. Analisis ekspresi gen dilakukan dengan mesin qRT-PCR dan dilanjutkan dengan uji T. Hasil penelitian menunjukkan bahwa level ekspresi gen BLB2 dan CD4 pada ayam IPB-D2 dengan titer antibodi ND tinggi lebih tinggi dibandingkan dengan ayam IPB-D2 dengan titer antibodi ND rendah namun tidak berbeda secara signifikan (P>0,05)., The improvement of IPB-D1 chicken can be done in several ways, one of which is the formation of IPB-D2 chicken strains. IPB-D2 chicken is selected
Keyword: IPB-D2 chicken, disease resistance, BLB2 gene, CD4 gene

Judul: Tinjauan Matematis pada Model Makroskopik dan Mikroskopik Arus Lalu-lintas
Abstrak: Traffic flow phenomenon can be described through mathematical model such as continuous dynamic model with an ordinary differential equation so that it can be solved with integral factors. In this paper three simple models of traffic flow are discussed, i.e, two macroscopic and one microscopic models. Macroscopic model formulates dynamics of the traffic flow that occurs on a large number of vehicles on a road. While the microscopic model explains drivers’ behavior in their interaction with other vehicles ahead, i.e, car-following model. This paper shows the existence of ordinary differential equation found in the traffic flow model and indicates some different representations in the context of the same model. It also reviews a simple model of traffic flow along a single link, which leads to some unexpected results, i.e, it can express the solution model in term of link outflows as well as trip time. In the microscopic model, simulation is done to illustrate the behavior of the drivers with a sensitivity coefficient as a benchmark parameter.
Keyword: