Judul: Studi makrozoobenthos dan habitatnya di perairan pelabuhan tanjung priok dan perairan sekitarnya
Abstrak: Tujuan penelitian ini untuk mendeskripsikan jenis makrozoobenthos yang hidup di perairan Pelabuhan Tanjung Priok dan di perairan sekitarnya, mengkaji hubungan antara komunitas makrozoobenthos dan habitat sebagai tempt hidupnya di perairan Pelabuhan Tanjung Priok dan di perairan sekitarnya (Muara Gembong dan Tanjung Karawang) dan mengkaji pengaruh antara musim kemarau dan musim peralihan terhadap kepadatan makrozoobenthos.
Keyword: 

Judul: Karakteristik komunitas makrozoobenthos dan keterkaitannya dengan tipe habitat di perairan pantai antara kuala tungkal sampai panaran batam
Abstrak: Penelitian ini bertujuan untuk melihat karakteristik komunitas makrozoobenthos berdasarkan tipe substrat dan parameter fisika-kimia perairan dengan mengkaji jenis, kepadatan, pola sebaran dan preferensi terhadap habitat di perairan pantai antara Kuala Tungkal sampai Panaran Batam. Stasiun pengamatan berjumlah delapan stasiun. Pengambilan contoh dilakukan satu kali, contoh makrozoobenthos serta substrat diambil menggunakan Ekman Dredge. Parameter fisika-kirnia perairan yang diukur langsung di lokasi pengamatan meliputi: suhu, salinitas, arus, oksigen terlarut, pH, sedangkan yang diukur di laboratorium meliputi: kekeruhan, TSS, BOD5, COD, Nitrit dan ammonia. Parameter fisika-kimia substrat dasar perairan diukur untuk mengetahui tekstur dan kandungan logam beratnya. Analisa data yang digunakan untuk melihat keterkaitan makrozoobenthos dengan habitatnya meliputi: kepadatan jenis, pola sebaran jenis, serta analisa nodul untuk melihat komposisi, kepadatan dengan pola sebaran jenis, dan keterkaitan makrozoobenthos dengan habitatnya. Hasil pengamatan parameter fisika-kimia adalah suhu berkisar antara 30,19- 31,16°C; salinitas berkisar antara 20,69-31,02%; kekeruhan berkisar antara 0,3 16,5 NTU; padatan tersuspensi berkisar antara 10-56 mg/l; pH berkisar antara 6,908,10; oksigen terlarut berkisar antara 4,5-7,6 mg/l; BODs berkisar antara 0,525,72 mg/l; COD berkisar antara 41,10-57,26 mg/l; nitrit berkisar antara 0,001-0,014 mg/l dan ammonia berkisar antara 0,1110,511 mg/l. Secara umum hasil pengamatan parameter fisika-kimia perairan masih baik untuk perkembangan makrozoobenthos. Tipe substrat pada stasiun satu adalah liat berdebu, sementara itu stasiun tiga, empat, lima, tujuh dan delapan adalah pasir berlempung, sedangkan stasiun dua dan enam merupakan substrat bertipe liat. Pengelompokan stasiun pengamatan dengan indeks Canberra, menggunakan parameter fisika-kimia lingkungan perairan seperti: kekeruhan, salinitas, TSS, DO, BODS, COD dan tekstur. Pengelompokan stasiun dilakukan pada taraf kesamaan 70% sehingga didapat tiga kelompok stasiun. Kelompok stasiun I meliputi stasiun dua dan enam, kelompok stasiun II meliputi stasiun tiga, empat, lima, tujuh dan delapan, sedangkan kelompok stasiun III hanya stasiun satu. Hasil pengamatan terhadap komunitas makrozoobenthos diperoleh 47 jenis makrozoobenthos yang berasal dari tujuh kelas yaitu: polychaeta, hirudinea, nemertina, sipunculoidea, krustasea, pelecypoda, dan ophiuroidea. Jenis benthos yang banyak ditemukan berasal dari kelas polychaeta dengan komposisi kelas sebesar 51,06%....
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA