Judul: Variasi alel DNA mikrosatelit BMI43 dan BM888 berdasarkan nilai pemuliaan tertaksir pada sapi fries holland (FH) di BPT HMT Baturraden
Abstrak: Pada saat ini penggunaan marka DNA memegang peranan penting dalam perkembangan ilmu pengetahuan, terutama dalam pembuatan peta genetik dan aplikasi-aplikasi lainnya dalam analisa genom. Dibandingkan penanda yang ada mikrosatelit memiliki banyak keuntungan antara lain berguna untuk pemetaan gen, analisis keterpautan gen, penanganan kasus forensik, analisis tes keturunan dan identifikasi suatu penyakit. Mikrosatelit telah digunakan untuk melakukan analisis keterpautan pada gen tertentu untuk menyeleksi lokus yang membawa sifat atau karakter kuantitatif. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui variasi alel DNA mikrosatelit lokus BM143 dan BM888 pada sapi Fries Holland (FH) berdasarkan Nilai Pemuliaan Tertaksir (Estimated Breeding Value/EBV). Hasil penelitian ini diharapkan dapat diaplikasikan dalam program pemuliaan ternak. Sampel yang diteliti adalah sampel darah 100 ekor sapi FH dari peternakan di BPTU (Balai Pembibitan Ternak Unggul) Baturraden, Jawa Tengah. Sebagian sampel yang digunakan telah memiliki nilai EBV dan yang lainnya diambil secara acak. Produk PCR divisualisasi pada 5% Polyacrilamid Gel Electrphoresis (PAGE) dengan perwarnaan perak (silver staining). Lokus BM143 memiliki 6 genotip dan 5 alel yang didominasi genotip BC (56,12%) dan alel B (39,80%). Lokus BM888 memiliki 3 genotip dan 4 alel. Pada lokus ini genotip AC dan alel A menunjukkan frekuensi genotip dan alel yang tertinggi yaitu (59,79%) dan (35,05%). Pada lokus BM143 dan BM888 yang dikelompokkan berdasarkan tingkatan EBV masing-masing didominasi oleh genotip BC dan AC. Keragaman genotip dan alel berdasarkan pejantan menunjukkan dominasi genotip dan alel yang bervariasi. Lokus BM143 dan BM888 masing-masing memiliki nilai heterozigositas 0,6755 dan 0,7349. Rataan heterozigositas yang didapat pada kedua lokus tersebut adalah 0,7052. Nilai heterozigositas dan rataan heterozigositas yang didapat mengandung arti bahwa populasi sapi Fries Holland di BPTU Baturraden memiliki keragaman yang tinggi.
Keyword: 

Judul: Variasi alel DNA mikrosatelit pada lokus CSN3 dan ETH225 pada sapi fries holland (FH) di BPTU Sapi Perah Baturraden
Abstrak: Produksi susu sapi perah dipengaruhi oleh kemampuan genetik, lingkungan dan interaksi antara genetik dan lingkungannya. Pemuliaan sangat penting diperhatikan untuk memperbaiki mutu genetik ternak. Pemetaan gen pada genom sapi dapat dipakai sebagai penciri genetik untuk menyeleksi sifat-sifat produksi. Mikrosatelit DNA merupakan salah satu penciri genetik yang sudah diaplikasi secara luas untuk mengidentifikasi sejumlah sifat dengan nilai ekonomis tinggi. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan informasi variasi alel DNA mikrosatelit pada lokus CSN3 dan ETH225 pada sapi perah Fries Holland (FH) di BPTU (Balai Penelitian Ternak Unggul) Baturraden. Sepasang primer digunakan untuk mengamplifikasi lokus CSN3 dan ETH225 menggunakan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction). Produk yang sudah diamplifikasi dapat divisualisasikan dengan gel poliakrilamida 5% dan dilanjutkan dengan perwarnaan perak (silver staining). Lokus ETH225 dan CSN3 masing-masing memiliki empat alel yaitu A, B, C dan D. Genotipe pada lokus CSN3 yaitu AB, AC, AD dan BD, dan frekuensi genotipe tertinggi yaitu 56,98% untuk genotipe AD dan terendah sebesar 4,65% untuk genotipe AB, sedangkan frekuensi alel tertinggi yaitu alel D sebesar 44,19% dan alel A sebesar 34,30%. Genotipe pada lokus ETH225 yaitu AB, AC dan BD, dan frekuensi genotipe tertinggi sebesar 60,60% untuk genotipe BD dan genotipe terendah AC sebesar 13,13%, sedangkan frekuensi alel tertinggi 43,43% alel B dan 30,30% alel D. Genotipe untuk lokus CSN3 pada EBV tinggi dan sedang yaitu AB, AC, AD, BD sedangkan pada EBV rendah tiga macam genotipe yaitu AB, AD dan BD. Pada lokus CSN3 nilai EBV tinggi, alel yang banyak muncul alel A dan EBV rendah alel yang banyak muncul alel D. Genotipe pada lokus ETH225 untuk EBV tinggi, sedang, rendah yaitu AB, AC dan BD. Frekuensi alel tertinggi pada lokus ETH225 berdasarkan nilai EBV tinggi, sedang dan rendah, yaitu alel B dan alel D. Hasil uji Khi-Kuadrat menunjukan bahwa hubungan antara frekuensi alel dan genotipe tidak berbeda nyata (P>0,05) terhadap nilai pemuliaan tertaksir (tinggi, sedang dan rendah). Kedua penanda genetik pada lokus CSN3 dan ETH225 belum dapat menggambarkan keterkaitan secara langsung pada EBV produksi susu. Lokus CSN3 mempunyai nilai heterozigositas 0,657 dan pada lokus ETH225 0, 679. Rata-rata heterozigositas (H) pada penelitian ini 0,668. Hal ini berarti sapi FH di BPTU Baturraden memiliki keragaman tinggi…dst
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: