Judul: Tripeptide Combination Molecular Docking Study of Matrix Metalloproteinase-1
Abstrak: Matrix metalloproteinase-1 (MMP-1) merupakan enzim yang menginduksi photoaging dan photocarcinogenesis dan mendegradasi kolagen tipe I dan tipe III. Tripeptida diketahui berpotensi menginhibisi MMP-1 secara in silico. Penelitian ini bertujuan mengetahui lebih lanjut potensi tripeptida dalam menginhibisi MMP-1 dengan pendekatan situs pengikatan kolagen dan menyaring tripeptida dengan teknik kombinasi penambatan molekuler dengan aplikasi PLANTS. Terdapat empat ligan terbaik dari 332 tripeptida yang memiliki skor penambatan lebih baik dari batimastat yang menghambat aktivitas MMP-1 secara in silico, yaitu TRR, ARR, GRR, dan PRR. Skor penambatan terbaik adalah -117,154 pada tripeptida TRR. Penambatan kombinasi dari empat ligan terbaik dilakukan dan didapatkan skor terbaik kombinasi 2 tripeptida TRR_ARR, -120,242 dan kombinasi 3 tripeptida TRR_ARR GRR, -121,486. Ligan kombinasi berbeda nyata dari ligan alami, akan tetapi tidak berbeda nyata terhadap tripeptida tunggal secara statistika. Ligan alami, ligan pembanding, TRR, PRR, kombinasi 2 ligan dan kombinasi 3 ligan menginhibisi MMP-1 melalui pengikatan dengan Zn katalitik serta residu pengikat substrat, sedangkan dua tripeptida lainnya, yaitu ARR dan GRR menginhibisi kolagenase-1 melalui pengikatan dengan residu pengikat substrat dan situs katalitik., Matrix metalloproteinase-1 (MMP-1) is an enzyme that induces photoaging and photocarcinogenesis and degrades type I and type III collagen. Tripeptides are known to have the potential to inhibit MMP-1 in silico. This study aims to further investigate the potential of tripeptides in inhibiting MMP-1 with a collagen binding site approach and screen tripeptides with a combination technique of molecular tethering with PLANTS application. There are four best ligands from 332 tripeptides that have better tethering scores than batimastat that inhibit MMP- 1 activity in silico, namely TRR, ARR, GRR, and PRR. The best docking score was -117,154 on the TRR tripeptide. Docking combinations of the four best ligands were carried out and the best score was obtained for the combination of 2 TRR_ARR tripeptides, -120,242 and the combination of 3 TRR_ARR GRR tripeptides, -121,486. The combined ligands were significantly different from the natural ligand, but not statistically significantly different from the single tripeptide. The natural ligand, comparator ligand, TRR, PRR, combination of 2 ligands and combination of 3 ligands inhibited MMP-1 through binding to catalytic Zn as well as substrate-binding residues, while the other two tripeptides, namely ARR and GRR inhibited collagenase-1 through binding to substrate-binding residues and catalytic sites.
Keyword: matrix metalloproteinase-1, photoaging, photocarcinogenesis, tripeptide, molecular docking, combined molecular docking, tripeptida, penambatan molekul, penambatan molekul kombinasi

Judul: In Silico Analysis of Potential  Tripeptide as Matrix  Metalloproteinase-1  Inhibitor for Antiphotoaging and  Photocarcinogenesis
Abstrak: Matrix Metalloproteinase-1 (MMP-1) adalah enzim yang berperan menginduksi photoaging dan photocarcinogenesis melalui kolagenolisis pada kulit akibat radiasi UV yang sangat rentan terjadi pada masyarakat Indonesia. Peptida sintetis sebagai bahan kosmetik inhibitor MMP-1 lebih menguntungkan dari segi bioavailabilitas dan toksisitas. Penelitian ini bertujuan mendesain tripeptida sintetis inhibitor MMP-1 berdasarkan struktur kolagen serta penapisan melalui penambatan molekuler di YASARA Structure dan prediksi bioavaibilitas dan toksisitas. Desain tripeptida berdasarkan residu situs pengikatan MMP-1 pada kolagen manusia tipe-I dan III, dilanjutkan dengan penapisan tripeptida dengan residu situs pemotongan kolagen, serta keberadaan residu hidrofobik menghasilkan 636 tripeptida potensial inhibitor MMP-1. Prediksi bioavailabilitas dan toksisitas tripeptida untuk aplikasi topikal terhadap 20 ligan dengan energi pengikatan dan konstanta disosiasi terkecil menunjukkan bahwa 10 ligan memenuhi syarat dengan rentang ΔG -8,229 hingga -7,970 kkal/mol. Ligan alami, ligan pembanding, tripeptida RAT, RTP, RAP, RIR, RLQ, RLR, dan RGT menginhibisi MMP-1 melalui pengikatan dengan Zn katalitik serta residu pengikat substrat, sedangkan RGR, PGR, dan RGQ menginhibisi kolagenase-1 melalui pengikatan dengan residu pengikat substrat dan residu katalitik.
Keyword: anti-photoaging, anti-photocarcinogenesis, matrix metalloproteinase-1, molecular docking, tripeptide design

Judul: Karakteristik Suara Song Burung Kenari (Serinus canaria) Postur Besar dan Kecil.
Abstrak: Burung kenari (Serinus canaria) memiliki nyanyian yang sangat bervariasi dengan durasi yang panjang dan merupakan tipe burung bernyanyi open learners. Penelitian ini bertujuan menganalisis karakteristik suara song burung kenari (Serinus canaria). Penelitian dilakukan pada bulan April sampai Juni 2017 di Bogor, Jawa Barat. Perekaman suara song terhadap 12 ekor burung kenari jantan dilakukan dengan menggunakan mikrofon Sennheiser ME66 dan alat perekam Sony PCM-D50. Burung kenari yang digunakan merupakan burung yang pernah mengikuti kontes burung kicau dan memiliki predikat juara kontes burung. Amplitudo, durasi suara, frekuensi, dan volume suara burung dianalisis dengan menggunakan software Raven Pro 1.4. Data tersebut selanjutnya dianalisis deskriptif. Hasil analisis suara menunjukkan bahwa burung kenari memiliki banyak syllable, suara song rapat dan tidak terputus-putus, tempo yang cepat, dan adanya pengulangan suku kata pada setiap suara song. Burung kenari postur kecil memiliki rataan durasi lebih panjang dibandingkan dengan kenari postur besar, tetapi burung kenari besar memiliki rataan max amplitudo, average power, max power, min amplitudo, peak amplitudo, dan peak frekuensi.
Keyword: karakteristik suara (song), kenari, syllable