Judul: Studi DNA Prasejarah Dari Tulang Manusia Situs Arkeologi Tadulako, Sulawesi Tengah
Abstrak: DNA prasejarah (ancient DNA) merupakan DNA yang berasaI dari sisa organisme masa laIu. Teknik studi DNA prasejarah telah diterapkan dalam berbagai bidang, misalnya zoologi hewan punah. Hmu forensik, dan antropologi molekul. Penelitian ini mcrupalcan bagian dari penelitian yang dilalcukan Lembaga Biologi Molekul Eijkman yang bertujuan utama mempelajari antropologi molekul populasi di kepulauan Nusantara. Secara spesifik, penelitian ini dilakukan untuk menganalisis variasi sekuens daerah hipervariabel I (HVR-I) D-loop DNA mitokondria (mtDNA) yang diisolasi dari tulaog prasejarah situs arkeologi Tadulako, Sulawesi Tengah dan membandingkannya dengan yang dimiliki manusia Sulawesi kini serta mengidentifikasi jenis kelamin tulang manusia prasejarah tersebut. DNA tulang prasejarah diisolasi berdasarkan metode isolasi silica-based purification. DNA basil isolasi diampJifikasi dengan metode polymerase chain reaction (PCR) untuk melipatgandakan daerah HVR-I D-loop mtDNA. Hasil amplifikasi kemudian disekuensing dengan metode dideoxy-rermi.tultor (metode Sanger). Ditemukan sepuluh macam polimorfisme nukleotida lunggal (single nucleotide polymorphismsISNP's) pada DNA empat sampel tulang prasejarah yang berhasil disekuensing dari lima sampel, yaitu T614OC, C16148T, A16183C, TI6217C, C16223T, Tl6249C, C16278T, Tl6311C, Tl6362C, dan T16519C. Analisis filogenetik menunjukkan bahwa DNA prasejarah Tadulako merupakan DNA manusia modern dan termasuk dalam suku bangsa Austronesia serta secara
Keyword: 

Judul: Asal Usul Sapi Pesisir Berdasarkan Penanda DNA Mitokondria pada Daerah D-loop
Abstrak: Sapi adalah salah satu ternak hasil domestikasi. Domestikasi ternak dimulai 8.000-10.000 tahun yang lalu. Itu berasal dari keturunan auroch (Bos primigenius) dari Afrika dan didistribusikan ke Eropa-Asia. Ada dua jenis sapi modern yang berasal dari B. primigenius; mereka adalah sapi tak berpunuk (Bos taurus) dan sapi berpunuk (Bos indicus). Selain itu, ada juga Bos javanicus, yang merupakan keturunan Bibos banteng. Bos javanicus adalah salah satu sapi asli Indonesia, yang berbeda dari B. taurus dan B. indicus. Ada juga beberapa jenis sapi domestik di Indonesia, seperti Sapi Aceh, Sapi Madura, dan Sapi Pesisir. Sapi Pesisir adalah salah satu lokal Indonesia yang merupakan keturunan Bos indicus yang memiliki karakteristik tubuh kecil. Diasumsikan karena persilangan antara sapi Pesisir dan sapi lainnya. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mempelajari asal-usul sapi Pesisir berdasarkan mtDNA D-loop dan untuk mengetahui hubungan filogenetik antara sapi Pesisir dan sapi lainnya. Sampel darah sapi diambil di dua lokasi, Way Krui dan Tanah Rekah. Amplifikasi gen mitokondria menggunakan sepasang primer koleksi Achmad Farajallah, yaitu AF22 (forward) 5'-GCGTACGCAATCTTACGATCA-3' dan AF23 (revers) 5'ATGCAGTTAAGTCCAGCTAC-3'. Penelitian ini berfokus pada daerah d-loop. Hasil sequensing nukleotida diedit menggunakan program Bio Edit versi 7.2.5. Urutan DNA yang diedit diselaraskan menggunakan Clustal W yang termasuk dalam program MEGA versi 6.0. Semua sekuens DNA diparalelkan dengan melibatkan beberapa referensi DNA homolog dalam data publik (NCBI). Rekonstruksi pohon filogenetik dianalisis menggunakan metode Neighbor-Joining berdasarkan Parameter Kimura 2. Hasil analisis mtDNA di wilayah d-loop menunjukkan bahwa ada dua induk pada sapi Pesisir, yaitu Bos indicus dan Bos javanicus. Ruas d-loop sapi pesisir memiliki panjang berfariasi karena adanya proses delesi dan insersi. Sapi pesisir WK, ditemukan basa nukleotida (nt) dengan panjang 22 nt yang mengalami pengulangan secara berurutan (tandem repeat). Motif berulang yang muncul adalah GTACATAATATTA dan ATGTAATAA. Ruas berulang ditemukan pada spesies B. javanicus dan sampel Lampung WK 01 dan sampel WK 13. Kedekatan antara spesies ini adalah karena jarak geografis yang dekat antara Bos indicus yang berasal dari Way Krui, Lampung dan Bos javanicus dari Jawa.
Keyword: Bos indicus, DNA, D-Loop, mitokondria, Sapi pesisir

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: