Judul: Bacterial Grain Rot Disease of Rice in Purworejo District and  Analysis Simulation of Burkholderia glumae 16S rRNA Nucleotide Gene
Abstrak: Penyakit busuk bulir padi yang disebabkan oleh bakteri Burkholderia glumae adalah penyakit yang baru muncul di banyak negara, termasuk Indonesia. Penyakit ini juga dilaporkan terjadi di beberapa daerah di Jawa Tengah. Saat ini, diagnosis penyakit yang tepat sering memanfaatkan teknik molekuler, yaitu PCR dan sikuensing DNA.Tujuan dari penelitian ini adalah mengetahui hubungan antara teknik budidaya padi terhadap intensitas penyakit bulir padi di Kabupaten Purworejo dan simulasi analisis nukleotida gen 16S rRNA patogennya. Penelitian ini dilakukan melalui pengumpulan data sekunder agro-klimat dan laporan insidensi penyakit, pengamatan lapangan teknik budidaya, perkembangan penyakit selama fase generatif padi di tiga kecamatan di Purworejo. Simulasi analisis nukleotida gen 16S rRNA B. glumae koleksi Laboratorium Bakteriologi Tumbuhan IPB dilakukan menggunakan piranti lunak komputer dan GenBank. Tingkat penyakit busuk bulir padi berupa variabel insidensi dan severitas penyakit, serta AUDPC tampak lebih tinggi pada pertanaman yang menggunakan teknik budidaya lebih konvensional di kecamatan Ngombol dan Purwodadi daripada yang menggunakan PGPR sebagai agen biokontrol di Banyuurip. Tingkat penyakit juga lebih tinggi di musim tanam dengan kelembaban dan curah hujan yang lebih tinggi. Hasil dari simulasi analisis urutan nukleotida gen 16S rRNA dikonfirmasi bahwa patogen penyakit bulir padi adalah Burkholderia glumae melalui program BLAST di situs web GenBank dengan modus proporsi homologi di atas 97.5% dengan beberapa isolat dari negara lain. Konstruksi matriks identitas dengan program BioEdit dan pohon filogenetik dengan Mega X menunjukkan hubungan yang lebih dekat antara isolat B. glumae dan hubungan yang semakin jauh dengan spesies pembanding dari genera yang sama seperti B. gladioli dan B. Cepacia serta genera lain seperti Ralstonia dan Xanthomonas., Bacterial grain rot disease of rice caused by Burkholderia glumae is a newly emerging disease in many countries, including Indonesia. The disease has also been reported to occur in some areas of Central Java. Currently, the precise diagnosis of disease is often assisted by the use of molecular techniques, such as PCR and DNA sequencing. This study aims to determine the relation between different cultivation techniques used by farmers with disease intensity of rice grown in Purworejo Regency and to simulate analysis of the nucleotide sequence of the bacterial 16S rRNA gene. The research was conducted to collect agro climatic secondary data and reports of disease occurence, field observations on cultivation techniques, development of diseases during the generative phase of rice in three sub-districts in Purworejo. Nucleotide analysis with computer software and GenBank were carried out on the nucleotide sequence of the 16S rRNA gene of the bacterium B. glumae belonging to the Plant Bacteriology Laboratory of IPB. The level of rice grain rot disease in the observed variables of disease incidence and severity and their AUDPCs appeared higher in Ngombol and Purwodadi sub-districts with more conventional cultivation techniques than in Banyuurip subdistricts those using PGPR as biocontrol agents. Disease rates are also higher in the growing season, with higher humidity and rainfall. The simulation results from the analysis of the 16S rRNA gene nucleotide sequence showed that the causative agent was confirmed as Burkholderia glumae through the BLAST program on the GenBank website with modus of homology proportions above 97.5% with several isolates from
Keyword: AUDPC, climatic factors, cultivation techniques, disease intensity, sequence homology

Judul: Penyakit Busuk Bulir Bakteri pada Padi di Jawa: Studi Kasus, Sebaran, Karakteristik, Potensi Penurunan Hasil dan Pengendaliannya
Abstrak: KRESNAMURTI TRI KURNIASIH. Penyakit Busuk Bulir Bakteri pada Padi di Jawa: Studi Kasus Sebaran, Karakteristik, Potensi Penurunan Hasil dan Pengendaliannya. Dibimbing oleh GIYANTO, MEITY SURADJI SINAGA, KIKIN HAMZAH MUTAQIN, ENY WIDAJATI. Penyakit busuk bulir bakteri (BBB) merupakan emerging disease pada tanaman padi di Indonesia. Penyakit ini ditemukan pertama kali di Indonesia pada tahun 1987 di Jawa Barat. Akan tetapi setelah itu, tidak terdapat laporan mengenai penyakit ini, hingga kemunculan kembali penyakit ini sekitar tahun 2010 di berbagai daerah di Indonesia. Meskipun telah banyak ditemukan akan tetapi belum dilakukan usaha pengendalian karena keterbatasan informasi mengenai penyakit BBB. Penyakit ini dapat menurunkan produksi padi di lapangan, karena menyerang tanaman padi terutama pada fase generatif. Oleh karena itu perlu dilakukan penelitian untuk mendapatkan informasi ilmiah mengenai daerah sebar penyakit BBB terutama di Jawa, identitas patogen yang berasosiasi dengan penyakit BBB, keberadaan patogen di dalam benih padi dan metode deteksinya, penurunan hasil akibat serangan patogen serta teknik pengendaliannya yang efektif. Tahapan penelitian yang dilakukan berupa survei lapangan untuk mendapatkan tanaman padi yang bergejala, dilanjutkan dengan karakterisasi secara morfologi, fisiologi dan molekuler terhadap isolat bakteri yang berhasil diisolasi dari gejala yang ditemukan di lapangan. Analisis homologi, filogeni dan RFLP in silico dilakukan untuk melihat keragaman genetik antar isolat bakteri. Tahap selanjutnya adalah deteksi keberadaan patogen dan pengembangan metode deteksi dini patogen pada benih padi. Uji in planta pada tanaman padi dilakukan untuk melihat variasi gejala yang dihasilkan akibat infeksi patogen serta potensi penurunan hasil. Aplikasi perlakuan panas kering dan minyak cengkeh dilakukan untuk mengendalikan B. glumae yang terbawa pada benih padi. Gejala BBB yang ditemukan di lapangan berupa busuk bulir dan hawar malai yang disertai dengan hampa. Malai tanaman yang terserang tampak lebih tegak karena sebagian bijinya hampa. Penyakit BBB telah tersebar di 9 kabupaten di Jawa yaitu Karawang, Subang, Purwakarta, Indramayu, Majalengka, Cirebon, Temanggung, Kediri dan Blitar. Karakterisasi secara morfologi, fisiologi dan bioassay menunjukkan 22 isolat bakteri merupakan Burkholderia spp. yang bersifat patogen. Karakterisasi molekuler berdasarkan sikuen DNA gen pengode 16S rRNA dan ITS 16S-23S rRNA memperlihatkan bahwa 15 isolat bakteri teridentifikasi sebagai B. glumae dan 7 isolat bakteri teridentifikasi sebagai B. gladioli. B. glumae ditemukan berasosiasi dengan gejala BBB dari daerah Karawang, Subang, Purwakarta, Indramayu, Temanggung, Kediri dan Blitar. B. gladioli ditemukan berasosiasi dengan gejala BBB dari Karawang, Majalengka, Cirebon dan Blitar. Hasil analisis homologi, filogeni dan RFLP in silico sikuen DNA gen pengkode 16S rRNA menunjukkan bahwa B. glumae dan B. gladioli dari Jawa memiliki keragaman genetik. Analisis keberadaan bakteri menunjukkan bahwa B. glumae ditemukan berada di bagian sekam kelopak, sekam mahkota dan embrio benih padi. Populasi B. glumae paling banyak ditemukan di bagian sekam mahkota biji padi sebesar 1.82 x 107 CFU g-1 diikuti bagian sekam kelopak dan embrio masing-masing sebesar 6.57 x 106 dan 1.08 x 106 CFU g-1. B. gladioli ditemukan berada di bagian sekam kelopak, sekam mahkota, endosperma dan embrio benih padi. Populasi B. gladioli pada benih padi tertinggi ditemukan di sekam mahkota sebesar 2.42 x 103 CFU g-1. Populasi B. gladioli di sekam kelopak, embrio dan endosperma berturut-turut sebesar 1.29 x 103; 6.35 x 102; 6.5 x 101 CFU
Keyword: Burkholderia glumae, patogen terbawa benih, perlakuan benih, Burkholderia gladioli

Judul: Elektrodeposisi Film Tipis Semikonduktor Cu2ZnSnS4 (CZTS) pada Substrat Kaca ITO
Abstrak: Semiconductor Cu2ZnSnS4 (CZTS) thin film that can be used as absorber layers on solar cell module was made via electrodeposition method. CZTS thin film was electrodeposited on the surface of a silicate glass coated with a thin layer of indium tin oxide (ITO). Deposition process was done using potentiostatic mode at room temperature with a potential of 1.05 V for 30, 45, and 60 minutes, followed with annealing the film at 2 different temperatures, 500 ºC using furnace and 180 ºC using hot plate, both treatments for 45 minutes in N2/H2S atmosphere. The X-ray difractograms were analyzed using Match 2 program and showed that the CZTS thin films had kesterit crystalline structure, with a low percentage of CZTS phase. The thin film also contained secondary phases such as Cu2S, ZnS, and SnS. The obtained CZTS thin films had a thickness between 1.039 and 1.676 μm. Absorption study showed that the band gap energy of CZTS thin films which was annealed using furnace ranged from 1.50 to 1.52 eV, whereas that annealed using the hot plate was not observed. The band gap energy value showed that CZTS thin films can be used as sunlight absorber layers on solar cell. The formation of CZTS crystal film on this investigation was effectively performed using furnace annealing process at a temperature of 500 ºC with deposition time of 45 minutes.
Keyword: Thin film, Electrodeposition, Cu2ZnSnS4