Judul: EKSPRESI GEN rpoS, ompA, DAN hfq Cronobacter sakazakii SELAMA KONDISI STRES DAN VIABLE BUT NONCULTURABLE (VBNC).
Abstrak: Cronobacter spp. adalah bakteri Gram negatif yang ditemukan pada pangan kering, termasuk susu formula bayi. Keberadaan Cronobacter spp. pada susu formula bayi secara etiologis dikaitkan dengan kasus meningitis dan enterokolitis nekrotikan (EKN) pada kelompok bayi tertentu. Khususnya Cronobacter sakazakii yang dikaitkan secara langsung dengan kasus kematian pada bayi baru lahir. Bakteri ini dapat bertahan pada pangan kering jauh lebih lama dibandingkan bakteri lainnya. Pada kondisi yang kaya nutrisi, bakteri yang mengalami stres karena rendahnya nilai Aw, dapat kembali tumbuh dan memperbanyak diri. Suatu kondisi akibat paparan stres dalam jangka waktu panjang dapat menyebabkan bakteri mengalami kondisi dorman, yang disebut sebagai kondisi viable but nonculturable (VBNC). Kondisi tersebut menyebabkan bakteri tidak dapat tumbuh pada medium uji, meskipun aktivitas metabolik bakteri masih dapat diamati. Kondisi VBNC pada C. sakazakii hingga saat ini masih belum banyak dilaporkan. Kemampuan virulensi C. sakazakii ketika telah memasuki kondisi VBNC juga belum pernah dilaporkan sebelumnya. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui apakah C. sakazakii dapat memasuki kondisi VBNC setelah diinduksi kekeringan, sekaligus mempelajari ekspresi gen yang berkaitan dengan kondisi stres (rpoS) dan kemampuan virulensinya (hfq dan ompA). Penelitian ini dilakukan terhadap dua strain C. sakazakii, strain E2 dan Yrt2a. Tahapan penelitian ini antara lain; tahap deteksi gen target, tahap induksi stres kekeringan, tahap pengamatan viabilitas dan kulturabilitas sel serta tahapan ekspresi gen target. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa C. sakazakii strain E2 dan Yrt2a memiliki karakter yang berbeda. Kedua strain masing-masing tidak dapat dikulturkan setelah induksi kekeringan selama 34 dan 24 hari, tetapi 78% dan 59% dari jumlah populasi sel awal masih hidup berdasarkan pengamatan mikroskopis. Ekspresi gen terkait stres (rpoS) dan gen virulensi (hfq dan ompA) diregulasikan meningkat selama kondisi stres, hal ini menandakan Cronobacter merespons kondisi stres dengan mempertahankan jumlah sel. Pada kondisi VBNC ekspresi gen rpoS, ompA, dan hfq masih menunjukkan adanya peningkatan dibandingkan kondisi normal.
Keyword: Cronobacter sakazakii, rpoS, ompA, hfq, stres, VBNC

Judul: Ekspresi Gen Regulator Stres Dan Virulensi Cronobacter sakazakii sebagai Respon terhadap Stres Asam
Abstrak: Cronobacter spp. sebelumnya dikenal sebagai Enterobacter sakazakii telah diisolasi dari berbagai sampel pangan kering seperti susu formula, makanan pendamping Air Susu Ibu (MP-ASI), pati jagung, coklat dan rempah bubuk. Cronobacter spp. dilaporkan menyebabkan sepsis atau meningitis parah pada bayi (umur < 2 bulan), bakteri ini juga dilaporkan dapat menyebabkan nekrosis enterokolitis akibat konsumsi susu tercemar. Cronobacter sakazakii dilaporkan mampu merespon stres lingkungan seperti kekeringan, keterbatasan nutrisi dan pH rendah. Bakteri ini bahkan diketahui masih dapat bertahan pada pH yang sangat rendah (pH 3 - 4), tetapi tidak mampu bertahan pada pH 2.5. Kemampuan C. sakazakii bertahan pada pH rendah berkaitan dengan resistensinya pada pangan ber-pH rendah serta kondisi asam pada lambung bayi. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi respon C. sakazakii dalam kondisi asam serta mengevaluasi ekspresi gen regulator stes (rpoS dan grxB) dan virulensi (ompA, cpa dan hfq). Penelitian ini menggunakan 2 galur isolat C. sakazakii, yaitu C. sakazakii Yrt2a dan C. sakazakii E2 yang sebelumnya telah diisolasi dari susu formula dan MP-ASI. Tahapan yang dilakukan dalam penelitian ini, meliputi deteksi gen target, induksi stress asam dan pengamatan pertumbuhan bakteri, ekstraksi RNA, sintesis cDNA, amplifikasi cDNA dengan qPCR dan kuantifikasi ekspresi gen relatif. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa C. sakazakii Yrt2a dan E2 memasuki kondisi unculturable sangat cepat, yaitu secara berurutan 90 dan 105 menit setelah paparan asam dengan jumlah penurunan sel mencapai ± 7 log. Paparan stres asam memicu terinduksinya ekspresi gen virulensi pada C. sakazakii, sehingga gen diekspresikan menjadi upregulated selama stres asam. Ekspresi gen hfq pada kedua galur mengalami downregulation, sementara pada C. sakazakii E2, gen rpoS dan cpa juga diekspresikan downregulated saat sel memasuki kondisi unculturable. Hasil penelitian ini mengindikasikan bahwa dalam kondisi stres asam, sel C. sakazakii diduga menjadi lebih virulen, namun menurun ketika bakteri memasuki kondisi unculturable.
Keyword: Cronobacter sakazakii, gen virulensi, gen regulator stres, stres asam, unculturable

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: