Judul: Variasi gen cytochrome oxidase i (coi) pada lebah trigona di desa batu kucing dan desa bungku, jambi
Abstrak: Lebah trigona merupakan salah satu serangga polinator yang berperan dalam ekosistem. Pendataan keanekaragaman trigona secara morfologi telah dilakukan di indonesia, namun pendataan secara molekular dengan variasi gen cytochrome oxidase i (coi) belum dilakukan. Penelitian ini bertujuan menganalisis kekerabatan antar tiga spesies trigona dan mempelajari variasi gen cytochrome oxidase i (coi) pada lebah trigona di desa batu kucing dan desa bungku, jambi. Jumlah sampel yang dianalisis sebanyak dua individu pada t. Fuscobalteata, t. Laeviceps asal desa batu kucing dan desa bungku, jambi. Primer gen coi di disain berdasarkan melipona bicolor dari genbank. Hasil sekuen gen coi trigona secara parsial menghasilkan panjang nukleotida t. Fuscobalteata dan t. Laeviceps berturut-turut sebesar 724 dan 908 pb dengan komposisi at yang tinggi. Alignment sekuen asam amino t. Fuscobalteata, t. Laeviceps dan t. Chanchamayoensis dengan outgroup melipona bicolor menunjukkan daerah yang conserve sebanyak 161 pb dan variasi ditemukan pada 19 pb. Analisis jarak genetik tertinggi diperoleh antara m. Bicolor dengan t. Laeviceps sebesar 0.023. Konstruksi filogeni dilakukan menggunakan metode maximum parsimony (mp) dan neighbour joining (nj). Hasil kedua konstruksi filogeni menunjukkan kesamaan t. Laeviceps memiliki kekerabatan yang dekat dengan t. Fuscobalteata dibandingkan t. Chanchamayoensis.
Keyword: gen coi, dna mitokondria, trigona

Judul: Variasi DNA Tetragonula laeviceps dan T. reepeni berdasarkan gen Cytochrome Oxidase 1 (CO1)
Abstrak: Tetragonula (Apidae: Meliponinae) adalah salah satu lebah eusosial yang tidak memiliki sengat (stingless bee) dan memiliki peranan sebagai polinator pada tanaman. Wilayah distribusi Tetragonula di Indonesia sangat luas meliputi Sumatra, Jawa, Kalimantan, dan Sulawesi. Identifikasi morfologi selama ini digunakan untuk mengetahui keanekaragaman Tetragonula, sehingga diperlukan analisis pendukung morfologi yakni analisis molekuler dengan menggunakan penanda molekuler gen CO1. Penelitian ini bertujuan mempelajari variasi gen CO1 dan menganalisis kekerabatan pada T. laeviceps asal Bogor, Pandeglang dan Jambi. Sekuen nukleotida gen CO1 hasil penelitian dilakukan analisis bioinformatika dan dibuat konstruksi pohon filogeni menggunakan metode Maximum Parsimony. Penelitian ini menghasilkan sekuen gen CO1 lebah Tetragonula berkisar antara 709-743 pb dan 236-247 asam amino dugaan. Alignment 699 pb sekuen antara T. laeviceps, T. reepeni, T. amalthea dan Melipona bicolor (outgroup) menunjukkan adanya variasi nukleotida sebanyak 192 pb dan 477 pb bersifat conserve. Hal yang menarik adalah terdapat 24 pb yang bervariasi dengan perubahan pada 2 asam amino dugaan antara T. laeviceps asal Bogor dengan T. laeviceps asal Pandeglang.
Keyword: Apidae, Meliponinae, mitochondrial DNA, CO1 gene, bioinformatic

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: