Judul: Variasi alel DNA mikrosatelit BMI43 dan BM888 berdasarkan nilai pemuliaan tertaksir pada sapi fries holland (FH) di BPT HMT Baturraden
Abstrak: Pada saat ini penggunaan marka DNA memegang peranan penting dalam perkembangan ilmu pengetahuan, terutama dalam pembuatan peta genetik dan aplikasi-aplikasi lainnya dalam analisa genom. Dibandingkan penanda yang ada mikrosatelit memiliki banyak keuntungan antara lain berguna untuk pemetaan gen, analisis keterpautan gen, penanganan kasus forensik, analisis tes keturunan dan identifikasi suatu penyakit. Mikrosatelit telah digunakan untuk melakukan analisis keterpautan pada gen tertentu untuk menyeleksi lokus yang membawa sifat atau karakter kuantitatif. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui variasi alel DNA mikrosatelit lokus BM143 dan BM888 pada sapi Fries Holland (FH) berdasarkan Nilai Pemuliaan Tertaksir (Estimated Breeding Value/EBV). Hasil penelitian ini diharapkan dapat diaplikasikan dalam program pemuliaan ternak. Sampel yang diteliti adalah sampel darah 100 ekor sapi FH dari peternakan di BPTU (Balai Pembibitan Ternak Unggul) Baturraden, Jawa Tengah. Sebagian sampel yang digunakan telah memiliki nilai EBV dan yang lainnya diambil secara acak. Produk PCR divisualisasi pada 5% Polyacrilamid Gel Electrphoresis (PAGE) dengan perwarnaan perak (silver staining). Lokus BM143 memiliki 6 genotip dan 5 alel yang didominasi genotip BC (56,12%) dan alel B (39,80%). Lokus BM888 memiliki 3 genotip dan 4 alel. Pada lokus ini genotip AC dan alel A menunjukkan frekuensi genotip dan alel yang tertinggi yaitu (59,79%) dan (35,05%). Pada lokus BM143 dan BM888 yang dikelompokkan berdasarkan tingkatan EBV masing-masing didominasi oleh genotip BC dan AC. Keragaman genotip dan alel berdasarkan pejantan menunjukkan dominasi genotip dan alel yang bervariasi. Lokus BM143 dan BM888 masing-masing memiliki nilai heterozigositas 0,6755 dan 0,7349. Rataan heterozigositas yang didapat pada kedua lokus tersebut adalah 0,7052. Nilai heterozigositas dan rataan heterozigositas yang didapat mengandung arti bahwa populasi sapi Fries Holland di BPTU Baturraden memiliki keragaman yang tinggi.
Keyword: 

Judul: Variasi alel DNA mikrosatelit pada lokus CSN3 dan ETH225 pada sapi fries holland (FH) di BPTU Sapi Perah Baturraden
Abstrak: Produksi susu sapi perah dipengaruhi oleh kemampuan genetik, lingkungan dan interaksi antara genetik dan lingkungannya. Pemuliaan sangat penting diperhatikan untuk memperbaiki mutu genetik ternak. Pemetaan gen pada genom sapi dapat dipakai sebagai penciri genetik untuk menyeleksi sifat-sifat produksi. Mikrosatelit DNA merupakan salah satu penciri genetik yang sudah diaplikasi secara luas untuk mengidentifikasi sejumlah sifat dengan nilai ekonomis tinggi. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan informasi variasi alel DNA mikrosatelit pada lokus CSN3 dan ETH225 pada sapi perah Fries Holland (FH) di BPTU (Balai Penelitian Ternak Unggul) Baturraden. Sepasang primer digunakan untuk mengamplifikasi lokus CSN3 dan ETH225 menggunakan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction). Produk yang sudah diamplifikasi dapat divisualisasikan dengan gel poliakrilamida 5% dan dilanjutkan dengan perwarnaan perak (silver staining). Lokus ETH225 dan CSN3 masing-masing memiliki empat alel yaitu A, B, C dan D. Genotipe pada lokus CSN3 yaitu AB, AC, AD dan BD, dan frekuensi genotipe tertinggi yaitu 56,98% untuk genotipe AD dan terendah sebesar 4,65% untuk genotipe AB, sedangkan frekuensi alel tertinggi yaitu alel D sebesar 44,19% dan alel A sebesar 34,30%. Genotipe pada lokus ETH225 yaitu AB, AC dan BD, dan frekuensi genotipe tertinggi sebesar 60,60% untuk genotipe BD dan genotipe terendah AC sebesar 13,13%, sedangkan frekuensi alel tertinggi 43,43% alel B dan 30,30% alel D. Genotipe untuk lokus CSN3 pada EBV tinggi dan sedang yaitu AB, AC, AD, BD sedangkan pada EBV rendah tiga macam genotipe yaitu AB, AD dan BD. Pada lokus CSN3 nilai EBV tinggi, alel yang banyak muncul alel A dan EBV rendah alel yang banyak muncul alel D. Genotipe pada lokus ETH225 untuk EBV tinggi, sedang, rendah yaitu AB, AC dan BD. Frekuensi alel tertinggi pada lokus ETH225 berdasarkan nilai EBV tinggi, sedang dan rendah, yaitu alel B dan alel D. Hasil uji Khi-Kuadrat menunjukan bahwa hubungan antara frekuensi alel dan genotipe tidak berbeda nyata (P>0,05) terhadap nilai pemuliaan tertaksir (tinggi, sedang dan rendah). Kedua penanda genetik pada lokus CSN3 dan ETH225 belum dapat menggambarkan keterkaitan secara langsung pada EBV produksi susu. Lokus CSN3 mempunyai nilai heterozigositas 0,657 dan pada lokus ETH225 0, 679. Rata-rata heterozigositas (H) pada penelitian ini 0,668. Hal ini berarti sapi FH di BPTU Baturraden memiliki keragaman tinggi…dst
Keyword: 

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: