Judul: Genetic Diversity of Cytochrome b of Crowned-pigeons (Goura sp.)
Abstrak: Crowned-pigeon (Goura sp.) was one of endemic animal in Indonesia with “vulnerable" status which spread at Papua New Guinea and Irian Jaya Island. Conservation effort to this species will succeed if morphology characteristic and genetic diversity be known. The main purpose of this research is to analyze nucleotide variability of cytochrome b partial using Polymerase Chain Reaction method. The PCR product amplified by primer M101 and M102, then multiple aligment using Genetyx-Win 3.0™ and Clustal-X™, furthermore analyzed with MEGA 3.0™. The result of analyse from 382 nucleotide of cytochrome b partial encoding 127 amino acid. Findings 42 sites of nucleotide variable with average of transitional substitutions 0.05 and average transversions substitutions is 0.01. Value non-synonymous mutations is 7.08% (10 amino acid sites) whereas synonymus mutations is 23.62% (30 amino acid sites). Value of genetic distance of nucleotide cytochrome b (method p-distance) range from 0.26% - 7.07% with average 5.26%. Filogenetic reconstruction using Neighbor Joining method indicate that G.cristata were closer to G.scheepmakeri compare with G.victoria.
Keyword: 

Judul: Genetic Structure of Gallus varius in Lombok, Sumbawa, Java, and Madura Based On mtDNA Control Region Middle-Lower Section
Abstrak: Ayam hutan hijau (Gallus varius Shaw 1798) adalah salah satu spesies burung terestrial yang diklasifikasi ke dalam ordo Galliformes, famili Phasianidae dan bergenus Gallus. Gallus varius merupakan spesies ayam hutan endemic Indonesia yang persebaran alaminya terdapat di pulau Jawa, Madura, Bawean, Kangean, Bali dan di Kepulauan Sunda Kecil. Spesies ini tercatat memiliki nilai keragaman genetik yang tinggi, berdasarkan informasi genetik dari mtDNA. Informasi genetik dari mtDNA yang banyak digunakan untuk mendeskripsikan keragaman genetik dari G. varius adalah bagian ujung 5’ dari control region. Bagian-bagian lain dari mtDNA masih terbatas penggunaannya untuk mendeskripsikan keragaman genetik dari spesies ini. Sehingga, penggambaran keragaman genetik G. varius masih terbatas, padahal spesies ini mempunyai endemisitas yang unik yang terletak pada daerah persebarannya yang tidak terbatas di satu area (pulau). Naiknya popularitas dari G. varius di mata masyarakat sebagai hewan peliharaan dan sebagai salah satu indukan untuk pembentukan breed ayam lokal, menyebabkan meningkatnya perburuan terhadap spesies ini di alam liar sehingga sumberdaya genetik dari G. varius di setiap daerah persebarannya menjadi terancam. Oleh karena hal tersebut, penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan variasi dan struktur genetik dari G. varius di Lombok, Sumbawa, Jawa dan Madura berdasarka sekuen DNA control region bagian middle-lower. DNA genom diekstraksi dari ujung calamus bulu G. varius menggunakan kit ekstraksi DNA untuk jaringan, kemudian sekuen DNA control region bagian middle-lower diamplifikasi dan disekuensing menggunakan dua pasang primer yang didisain dari G. varius (NC_007238.1). Tiga belas pasang basa (pb) variasi nukleotida ditemukan dengan nilai keragaman nukleotida 0,0021. Terbentuk tujuh haplotipe antara G. varius sampel dan referensi, dengan nilai keragaman haplotipe 0,7692 dan terdeteksi 5 haplotipe spesifik dan 2 haplotipe bersama (shared haplotype). Keanekaragaman haplotipe yang tinggi, dapat terjadi karena berbagai faktor, seperti ukuran populasi, waktu generasi, dan keragaman genetik nenek moyang (ancestor) atau generasi sebelumnya. Terdapatnya kemungkinan G. varius terdiri dari lebih dari 1 subspesies berdasarkan jarak genetik yang ada, dan juga adanya differensiasi populasi pada G. varius berdasarkan hasil konstruksi network haplotipe.
Keyword: control region, Gallus varius, keragaman haplotipe, middle-lower

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: