Judul: Struktur Dan Sebaran Meiofauna Pada Ekosistem Lamun Di Perairan Pulau Pari, Kepulauan Seribu
Abstrak: Meiofauna merupakan organisme benthos yang hidup meliang dalam substrat lamun dan berperan penting dalam siklus biogeokimia sejumlah unsur hara penting di pesisir. Tujuan penelitian ini adalah mengkaji (1) struktur dan sebaran komunitas meiofauna pada ekosistem lamun dan (2) hubungan ekologi meiofauna dengan karakteristik lingkungan habitat lamun di Pulau Pari. Penelitian dilakukan pada bulan Maret–Juni 2015 di 2 stasiun penelitian. Sampel meiofauna diambil menggunakan corer (d=4.5 cm , t=15 cm) yang dibenamkan di dalam transek pengamatan lamun berukuran 11 m2. Sejumlah parameter fisika-kimia lingkungan juga diukur. Analisis data yang dilakukan adalah Analisis Komponen Utama. Hasil penelitian menunjukkan bahwa komunitas meiofauna di Pulau Pari terdiri dari 10 fila, 19 kelas, 37 ordo, 81 famili dan 120 genera, dengan Nematoda sebagai jenis yang dominan. Meiofauna paling banyak ditemukan di Stasiun 1 dicirikan oleh kondisi substrat didominasi oleh pasir sedang, kerapatan lamun tinggi, dan nilai redoks potensial yang tinggi sedangkan di Stasiun 2 dicirikan oleh kondisi bahan organik yang tinggi. Hasil analisis komponen utama menunjukkan bahwa kondisi substrat, kerapatan lamun dan redoks potensial memiliki hubungan yang erat terhadap kelimpahan meiofauna di Pulau Pari.
Keyword: lamun, meiofauna, Pulau Pari, substrat

Judul: Struktur komunitas meiofauna pada ekosistem padang lamun di perairan pantai Pulau Burung, Kepulauan Seribu, Jakarta
Abstrak: Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji struktur komunitas meiofauna yang terdapat pada ekosistem padang lamun di perairan pantai Pulau Burung. Kepulauan Seribu, Jakarta. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan November - Desember 2004. Analisis substrat dilakukan di Laboratorium Tanah Fakultas Pertanian Institut Pertanian Bogor, analisis kualitas air dilakukan di Laboratorium Oseanografi Kimia Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Institut Pertanian Bogor, dan analisis data meiofauna dan lamun dilakukan di Laboratorium Biologi Laut Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Institut Pertanian Bogor. > Penentuan stasiun dilakukan dengan menggunakan Global Positioning System (GPS) dan rol meter pada luasan area yang ditumbuhi lamun dengan jumlah empat stasiun, yaitu tiga stasiun di Utara dan satu stasiun di Timur. Pengamatan meiofauna meliputi identifikasi jenis dan kelimpahan meiofauna. Parameter fisika-kimia yang diukur meliputi suhu, kedalaman perairan, kecerahan. tipe substrat, derajat keasaman (pH), salinitas, dan oksigen terlarut. Analisis data meiofauna meliputi kelimpahan, komposisi, indeks ekologi komunitas (keanekaragaman, keseragaman, dominansi, sebaran Morisita), Indeks Canberra, dan Indeks Bray-Curtis. Untuk melihat hubungan antara kelimpahan meiofauna dengan persen penutupan lamun digunakan regresi tidak linear dengan selang kepercayaan 95%. Meiofauna yang ditemukan selama pengamatan terbagi ke dalam 7 filum. 13 kelas, 36 ordo, 120 famili, dan 174 genus dengan kelimpahan total sebesar 661x10³ ind/2 m². Kelimpahan terbanyak terdapat pada kelas nematoda 2 (293x10³ ind/2 m²). Tingginya kelimpahan pada jenis nematoda. polychaeta. oligochaeta, nemertina, dan gastropoda disebabkan oleh bentuk tubuh yang kecil, pipih, memanjang, kuat, kaku, dan memiliki setae yang memungkinkan untuk dapat berasosiasi pada substrat berpasir. Secara keseluruhan di perairan Pulau Burung ditemukan tiga spesies lamun, yaitu Enhalus acoroides. Thalassia hemprichii, dan Cymodocea rotundata. Persen penutupan terbesar di Stasiun 1, Stasiun 2 dan Stasiun 3 dimiliki oleh spesies Thalassia hemprichii. Pada Stasiun 4 persen penutupan terbesar dimiliki oleh spesies Enhalus acoroides. Hasil perhitungan diperoleh bahwa Indeks Keanekaragaman di lokasi penelitian tergolong sedang (5,635,94), Indeks Keseragaman tergolong tinggi (0,880,90), dan Indeks Dominansi yang rendah (0,03-0,05). Pola penyebaran meiofauna di lokasi penelitian bersifat acak dan mengelompok. Pengelompokkan stasiun berdasarkan Indeks Canberra memiliki tingkat kesamaan sebesar 99.61% yang menbentuk 2 kelompok, sedangkan pengelompokkan stasiun berdasarkan Indeks Bray-Curtis memiliki tingkat kesamaan sebesar 78,14% yang membentuk 3 kelompok. Hasil uji F yang dilakukan terhadap model regresi polinomial pada tingkat kepercayaan 95% menerangkan bahwa persen penutupan lamun tidak mempengaruhi kelimpahan meiofauna di ekosistem padang lamun perairan Pantai Pulau Burung, Kepulauan Seribu, Jakarta.
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA