Judul: Komputasi Paralel Pairwise Alignment Metode Blocked Antidiagonal Menggunakan OpenMP
Abstrak: Skema partisi data yang baik dalam pemrograman paralel dapat membantu mempersingkat waktu komputasi algoritme. Pemrograman dinamis dalam bidang bioinformatik dapat memanfaatkan pemrograman paralel, pairwise alignment sebagai contoh. Beberapa skema partisi data yang diuji menghasilkan efisiensi yang bervariasi. Skema blocked antidiagonal digunakan dengan menggabungkan blok dalam skema antidiagonal. Algoritme paralel dengan OpenMP diimplementasikan dalam blok antidiagonal diharapkan dapat mempersingkat waktu komputasi. Setiap blok antidiagonal diberikan sebuah thread dalam proses komputasi paralel. Sebuah blok diharapkan dapat memanfaatkan fungsi cache internal CPU. Dari hasil pengujian, didapatkan ukuran blok yang lebih besar akan mempercepat waktu komputasi pada ukuran data DNA yang juga lebih panjang. Sementara, pada ukuran DNA yang pendek tidak akan mempengaruhi waktu komputasi secara signifikan. Ukuran blok terbaik yang didapat pada CPU yang digunakan adalah 128×128, yang menghasilkan speedup 3.10 kali lipat dengan efisiensi 75%.
Keyword: antidiagonal, OpenMP, pairwise alignment, paralel

Judul: Perbandingan Skema Partisi Data Algoritme Pairwise Alignment Paralel pada Sistem Shared Memory.
Abstrak: Algoritme pairwise alignment (PA) dipakai dalam bioinformatika untuk menjajarkan sepasang sekuens DNA atau protein. PA merupakan penyusun dasar algoritme multiple sequence alignment (MSA) yang digunakan untuk menjajarkan lebih dari dua sekuens sekaligus untuk menemukan homologi antar-sekuens. Selain itu, PA dipakai dalam perakitan sekuens untuk menggabungkan hasil pembacaan dari sequencer yang pendek-pendek menjadi satu gen utuh. Di samping itu, PA juga dipakai untuk pencarian sekuens pada database, untuk menemukan sekuens-sekuens yang paling mirip dengan sekuens yang dicari. Teknologi next-generation DNA sequencer terkini mampu menghasilkan data sekuens yang banyak, hingga ratusan milyar pasang basa (bp) dalam sekali jalan. Data yang besar memerlukan pemrosesan yang cepat, sehingga algoritme penjajaran perlu diparalelkan untuk mempercepat proses analisis. Beberapa penelitian sebelumnya telah memparalelkan algoritme PA dengan berbagai skema partisi data, akan tetapi belum diketahui skema yang memberikan kinerja terbaik. Skema partisi data sangat mempengaruhi kinerja PA paralel, karena algoritme ini memakai teknik pemrograman dinamis yang membutuhkan banyak sinkronisasi. Tujuan penelitian ini adalah menerapkan algoritme PA paralel dengan berbagai skema partisi data yang berbeda pada sistem shared-memory dan menguji serta memperbaiki masing-masing skema untuk mendapatkan skema yang memberikan kinerja terbaik. Skema tersebut antara lain blocked columnwise, rowwise, antidiagonal, dan blocked columnwise dengan penjadwalan manual dan loop unrolling. Pengujian kinerja dilakukan pada prosesor quad-core memakai data uji sekuens DNA dengan panjang 1000 hingga 16 000 bp. Skema antidiagonal menghasilkan kinerja terburuk dengan efisiensi 36% karena waktu sinkronisasinya dua kali lipat lebih tinggi dan pola akses memori yang non-linier. Skema rowwise menghasilkan efisiensi 80%, sedangkan skema blocked columnwise menghasilkan efisiensi 75%. Kedua skema ini memiliki waktu sinkronisasi yang hampir sama. Seharusnya skema blocked columnwise bisa lebih baik, namun karena keterbatasan pustaka OpenMP kinerja skema ini lebih buruk dari rowwise. Skema blocked columnwise diperbaiki dengan menggunakan penjadwalan manual dan loop unrolling. Penjadwalan manual mengatasi batasan pustaka OpenMP, sehingga skema ini menjadi lebih efisien. Teknik loop unrolling mengurangi waktu sinkronisasi menjadi setengahnya. Hasilnya, skema ini memberikan kinerja terbaik dengan efisiensi 89%. Hasil ini memberikan algoritme PA berkinerja tinggi dengan fine-grain parallelism yang dapat digunakan lebih lanjut untuk mengembangkan multiple sequence alignment (MSA) paralel.
Keyword: pairwise alignment, partisi data, pemrosesan paralel, shared memory

Judul: Evaluation of Landscape Aesthetic Quality of the Cengkih Afo Ecotourism Area
Abstrak: Kota Ternate pada zaman dahulu pernah menjadi pusat perdagangan rempah- rempah khususnya cengkih dan pala. Kedua komoditas ini sangat diminati oleh orang Eropa karena harganya yang sangat tinggi. Hal ini disebabkan karena rempah-rempah banyak digunakan oleh bangsa Eropa sebagai bumbu makanan, upacara keagamaan, dan pengobatan. Oleh karena itu terjadi penjajahan di pulau Ternate atas perebutan rempah-rempah tersebut. Adapun rempah-rempah yang dihasilkan di wilayah Maluku khususnya Pulau Ternate adalah cengkih (Syzygium aromaticum) dan pala (Myristica fragrans). Berdasarkan Keputusan Menteri Pertanian No.3680/Kpts/SR.120/11/2010 tentang Pelepasan Populasi Cengkih Afo sebagai Varietas Unggul, telah memutuskan nama Afo sebagai varietas tanaman cengkih asli dari Ternate. Cengkih inilah yang menjadi bukti peninggalan sejarah sistem monopoli rempah-rempah VOC di pulau Ternate. Kini Cengkih Afo dinyatakan sebagai tanaman yang berumur ratusan tahun dan ditetapkan sebagai tanaman langka. Kawasan Cengkih Afo memiliki potensi wisata yang dapat mengedukasi wisatawan terhadap sejarah rempah-rempah nusantara. Saat ini kawasan Cengkih Afo di lereng Gunung Gamalama dijadikan sebagai tempat wisata yang menawarkan keindahan alam, budaya lokal, dan Pohon Cengkih Afo sebagai daya tarik wisatanya. Namun, sayangnya kawasan ini kurang menonjolkan nilai sejarah dari Pohon Cengkih Afo itu sendiri. Aktivitas yang terdapat pada tempat ini lebih kepada kegiatan kuliner dan foto-foto saja, tidak ada tindakan khusus pada Pohon Cengkih Afo, bahkan fasilitas yang ada di dalamnya cenderung kurang layak terutama dari segi sarana dan prasarana serta infrastruktur seperti jalan setapak yang masih perlu diperhatikan keamanannya. Maka dari itu untuk mengoptimalkan pemanfaatan objek wisata alam Cengkih Afo sebagai sebuah situs alam bersejarah yang juga kaya akan budayanya, dibutuhkan penelitian lebih dalam terkait pemanfaatan objek wisata tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi kualitas estetika lanskap kawasan ekowisata Cengkih Afo dengan mempertimbangkan budaya setempat melalui analisis potensi wisata dan kualitas estetika objek pada karakter lanskap wisata Cengkih Afo. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode kualitatif dan kuantitatif, dimana data kualitatif diperoleh melalui studi kepustakaan, wawancara, dan observasi lapangan, sedangkan data kuantitatif diperoleh melalui kuesioner dengan menggunakan metode scenic beauty estimation (SBE). Luaran dari penelitian ini adalah mengetahui titik-titik potensial mana saja yang dapat dikembangkan atau diperbaiki berdasarkan penilaian yang diperoleh dari hasil analisis SBE berupa kualitas estetika tertinggi dan terendah, dan dapat dijadikan sebagai acuan dalam mengoptimalkan kawasan ekowisata sehingga bermanfaat untuk masyarakat sekitar kawasan ekowisata khususnya dan pemerintah Kota Ternate pada umumnya dalam segi peningkatan sektor pariwisata dan juga dapat menjadi kontribusi ilmu pengetahuan tentang bagaimana cara mengevaluasi kualitas estetika sebuah lanskap kawasan wisata berbasis budaya., The city of Ternate was once the centre of the spice trade, especially cloves and nutmeg. These two commodities are in great demand by Europeans because of their very high prices. This is because spices were widely used by Europeans as food spices, religious ceremonies, and medicine. Therefore, there was colonization on the island of Ternate over the seizure of these spices. The spices produced in the Maluku region, especially Ternate Island, are cloves (Syzygium aromaticum) and nutmeg (Myristica fragrans). Based on the Decree of the Minister of Agriculture No.3680/Kpts/SR.120/11/2010 concerning the Release of Cengkih Afo Populations as Superior Varieties, it has been decided to name Afo as the original clove plant
Keyword: Landscape Character, Cengkih Afo, Ternate City, Scenic Beauty Estimation