Judul: Keragaman Bakteri yang Berasosiasi dengan Penyakit Kanker
Jeruk dan Tingkat Ketahanan Beberapa Jenis Inangnya
Abstrak: Kanker jeruk merupakan salah satu penyakit penting pada tanamaan jeruk setelah Citrus Vein Phloem Degeneration (CVPD) atau huanglongbing dan Citrus Tristeza Virus (CTV). Kanker jeruk disebabkan oleh bakteri Xanthomonas citri subsp.citri (Sinonim: Xanthomonas axonopodis pv. citri) yang dapat menginfeksi bagian daun, buah, batang, ranting dan pucuk tanaman jeruk. Gejala penyakit biasanya diawali dengan bintik-bintik kecil, bulat, berwarna kuning yang kemudian membesar membentuk lesi berwarna kecoklatan yang dikelilingi halo. Lesi memiliki permukaan dan tekstur kasar dengan bagian tengah bergabus. Daun yang berlesi dapat menjadi berlobang dan mengalami defoliasi, ranting dan pucuk mongering dan mati, pohon yang terserang mengalami penurunan produksi buah. Kanker jeruk sangat merugikan dan dapat menimbulkan kehilangan hasil hingga 30-40%. X. citri subsp. citri mampu menginfeksi hampir seluruh jenis jeruk, antara lain jeruk manis siam (Citrus sinensis), nipis (C. aurantifolia), purut (C. hystrix), lemon (C. limon), jeruk bali (C. maxima), dan jeruk keprok (C. reticulata). Bakteri patogen tersebut keragaman strain tergantung dari wilayah geografis dan jenis tanaman inangnya. Setiap jenis tanaman jeruk memiliki ketahanan yang berbeda-beda terhadap penyakit kanker jeruk. Ketahanan berbagai jenis tanaman jeruk terhadap berbagai strain patogen kanker di Indonesia menjadi informs yang baru. Penelitian ini adalah tentang identifikasi dan karakterisasi patogen penyebab kanker pada berbagai jenis jeruk dan dilanjutkan dengan pengujian patogenisitas dan virulensi patogen terhadap berbagai jenis jeruk untuk mengetahui tinggat kerentanan jenis jeruk terhadap patogen. Hasil penelitian ini memberikan informasi tentang keragaman bakteri patogen kanker jeruk dan jenis tanaman jeruk yang tahan terhadap penyakit kanker. Sampel daun jeruk diperoleh di perkebunan jeruk Gunuang Omeh Kabupaten Lima Puluh Kota Sumatra Barat dan di tempat penjualan bibit di Kota Bogor. Sampel-sampel daun bergejala kanker diambil dari jeruk jenis siam, nipis , lemon dan purut. Identifikasi dan karakterisasi patogen penyebab kanker dilakukan secara morfologi, fisiologi, biokimia dan molekuler. Analisis molekuler dilakukan dengan PCR menggunakan primer universal gen 16S rRNA dan primer spesifik XACF/XACR dan dilanjutkan dengan sekuensing urutan nukleotida. Pengujian patogenisitas dilakukan pada masing-masing tanaman inang asal. Virulensi patogen diujikan pada beberapa jenis tanaman jeruk menggunakan rancangan acak lengkap faktorial dengan lima kali ulangan. Data dianalisis menggunakan sidik ragam, apabila berbeda nyata dilanjutkan dengan uji Tukey pada taraf 5%. Berdasarkan hasil isolasi patogen diperoleh sebanyak 16 isolat bakteri patogen yang terdiri atas 9 isolat dari Bogor dan 7 isolat dari Padang yang terdiri atas 7 isolat dari jeruk lemon (C. limon), 4 isolat dari jeruk nipis (C. aurantifolia), 3 isolat dari jeruk purut (C. hystrix), 1 isolat dari jeruk siam (C. sinensis) dan 1 isolat dari Fortunella. Karakter morfologi semua isolat yaitu berbentuk bulat dengan tepian rata, ketinggian cembung, permukaan koloni halus mengkilat dan tidak tembus cahaya. Beberapa karakter lain seperti ukuran, pigmentasi dan tekstur beberapa isolat berbeda dengan isolat lainnya. Ukuran isolat terdiri atas kecil (kurang dari 2 mm), sedang (2-3 mm) dan besar (lebih dari 3 mm). Pigmentasi isolat terdiri atas kuning, kuning cerah, krem dan krem kekuningan, sedangkan untuk tekstur bakteri terdiri atas berlendir dan seperti mentega. Karakter fisiologi dan biokimia isolat bakteri menunjukkan keragaman. Semua isolat bersifat positif katalase, hidrolisis gelatin dan Tween-80, mampu tumbuh pada medium TTC 0,02% dan bersifat reduksi pada uji litmus
Keyword: AUDPC, Citrus spp., host resistance, pathogenicity, virulence, Xanthomonas citri subsp. citri

Judul: Keanekaragaman Spesies Cendawan pada Buah Jeruk dan Pengembangan Metode Deteksi Dini Berbasis Citra Fluoresens
Abstrak: RINGKASAN NURHOLIS. Keanekaragaman Spesies Cendawan pada Buah Jeruk dan Pengembangan Metode Deteksi Dini Berbasis Citra Fluoresens. Dibimbing oleh WIDODO, SRI HENDRASTUTI HIDAYAT, KIKIN HAMZAH MUTAQIN dan SLAMET WIDODO. Jeruk termasuk salah satu buah-buahan yang paling banyak dikonsumsi di Indonesia. Pemenuhan kebutuhan buah jeruk Indonesia berasal dari produksi dalam negeri dan diimpor dari negara lain. Produksi buah jeruk dalam negeri menghadapi kendala serangan patogen. Cendawan adalah patogen yang paling dominan pada buah jeruk. Keberadaan cendawan patogen harus segera dikendalikan agar tanaman jeruk dapat berproduksi secara maksimal. Deteksi dan identifikasi cendawan patogen yang akurat adalah kunci keberhasilan dalam pengendalian penyakit pada buah jeruk. Oleh karena itu, penelitian untuk mendeteksi dan mengidentifikasi cendawan patogen pada buah jeruk lokal yang akurat penting dilakukan. Importasi buah jeruk berpotensi membawa cendawan patogen eksotik dari negara lain. Cendawan eksotik juga dapat menyebabkan penurunan produksi buah jeruk dalam negeri. Sehingga, keberadaan cendawan patogen pada buah jeruk impor juga sangat penting untuk dideteksi dan diidentifikasi. Tujuan penelitian ini adalah memperoleh data keanekaragaman spesies dan patogenisitas cendawan pada buah jeruk lokal dan impor serta memperoleh metode untuk mendeteksi dini keberadaan cendawan patogen pada buah jeruk impor. Cendawan pada buah jeruk lokal dan impor dideteksi menggunakan metode pembekuan semalaman dengan membekukan buah jeruk pada suhu -20 ºC selama 15 jam. Cendawan yang tumbuh pada permukaan buah jeruk diisolasi dan dibuat biakan murni. Biakan murni cendawan digunakan dalam proses identifikasi secara morfologi dan molekuler. Identifikasi morfologi dilakukan secara makroskopik dan mikroskopik melalui pengamatan miselia dan konidia. Identifikasi molekuler dilakukan dengan teknik PCR menggunakan multilokus DNA. Patogenisitas cendawan ditentukan melalui penyuntikkan suspensi konida sebanyak 100 µl dengan kerapatan 1×105 konidia ml-1 ke dalam buah jeruk. Deteksi dini cendawan patogen dilakukan dengan menyinari buah jeruk menggunakan lampu UV dengan panjang gelombang 352 nm yang didasarkan pada nilai panjang gelombang eksitasi dan emisi fluoresensi senyawa metabolit masing-masing cendawan. Buah jeruk akan berfluoresens bila mengandung cendawan patogen. Bagian yang berfluoresens adalah senyawa metabolit cendawan yang disekresikan oleh cendawan patogen selama proses patogenesis. Hasil penelitian menunjukkan bahwa cendawan dari perkebunan buah jeruk di Kabupaten Banyuwangi dan Malang berhasil dideteksi dan diidentifikasi. Empat spesies cendawan pada buah jeruk asal Kabupaten Banyuwangi diidentifikasi sebagai C. gloeosporioides, F. lateritium, F. equiseti, dan F. verticillioides. Tujuh spesies cendawan pada buah jeruk asal Kabupaten Malang diidentifikasi sebagai L. theobromae, C. gloeosporioides, F. equiseti, F. oxysporum, F. lateritium, C. lunata, dan F. solani. Uji patogenisitas membuktikan semua cendawan dari buah jeruk asal Kabupaten Banyuwangi berperan sebagai patogen. Cendawan dari buah jeruk asal Kabupaten Malang juga berperan sebagai patogen, kecuali C. lunata yang berperan sebagai cendawan non patogen. Masing-masing cendawan memiliki perbedaan virulensi yang dibuktikan dengan nilai keparahan penyakit yang berbeda-beda. Nilai keparahan penyakit tertinggi disebabkan oleh F. oxysporum sebesar 91,11% dan nilai keparahan penyakit terendah sebesar 75,56% disebabkan oleh F. verticillioides. Cendawan terbawa buah jeruk impor juga berhasil dideteksi dan diidentifikasi secara morfologi dan molekuler sebagai A. citri, A. alternata, F. equiseti, F. lateritium, F. oxysporum, C. gloeosporioides, dan P. oxalicum. Uji patogenisitas menunjukkan semua cendawan berperan sebagai patogen yang dibuktikan dengan nilai kejadian penyakit sebesar 100% pada buah jeruk impor dan lokal. Nilai keparahan
Keyword: Identifikasi, molekuler, morfologi, panjang gelombang, pembekuan semalaman

Judul: The Construction of Greedy SVP LLL Algorithm
Abstrak: A lattice is a set of all integer linear combination of a set of linearly independent vectors in ℝ𝑛���. The independent vectors are called bases of lattice. Any lattice can be generated from many bases, and these bases have the same cardinality. In the lattice, the most fundamental and renowned problem is the Shortest Vector Problem (SVP). SVP is a tracking problem of the shortest nonzero vector in a lattice with equivalent bases. In two dimensions, SVP problem has resolved exactly by Gauss’ algorithm. When the lattice dimension is higher than two, A.K. Lenstra, H.W. Lenstra and L. Lovasz gave a LLL algorithm to compute approximation of nonzero shortest vector in the lattice. Reduced bases solution obtained from LLL algorithm still be an approximation and has polynomial running time of arbitrary dimension which large enough. In 1994, Schnoor and Euchner modified this LLL algorithm as a new variant which later was named deep insertion LLL algorithm. This algorithm is a modified version of the LLL algorithm to the terms of the exchange step to improve the accuracy of output of LLL reduced bases and applying it to the subset sum problem. The purpose of this research are: (1) Reconstruct the LLL algorithm and deep insertion LLL algorithm using a geometric approach. (2) Construct a greedy SVP LLL algorithm. (3) Implement the three algorithms in a symbolic programming language, and evaluate them experimentally. A bases ℬ=[𝐛���1,𝐛���2,…,𝐛���𝑛���] in ℝ𝑚��� is called reduced LLL with parameter 𝛿��� if satisfies: (a) |𝜇���𝑗���𝑖���|≤12, for every integer 𝑖���,𝑗��� with 1≤𝑖���<𝑗���<𝑛���. (b)𝛿���‖𝜋���𝑗���(𝐛���𝑗���)‖2≤‖𝜋���𝑗���(𝐛���𝑗���+1)‖2, for 𝑗���=1,2,…,𝑛���−1,where 𝛿��� is a reduced parameter of real numbers with 14<𝛿���<1. The first requirement is the reduced basis 𝛿��� must “nearly orthogonal” and in its computation case, this requirement can be reached out by using the Gram-Schmidt’s orthogonalization. While the second requirement is called exchange step, or used to called as Lovasz condition. By using both of these requirements, then they establish the LLL algorithm. Then, Schnoor and Euchner modify the LLL algorithm based on the requirements of the exchange step called the deep insertion LLL algorithm, where the exchange step is based on the comparison of the projected vector in orthogonal complement [𝐛���1,𝐛���2,…,𝐛���𝑘���−1]⊥ after j-th reduction. To construct greedy SVP LLL algorithm, the requirements of the exchange step is based on purely by comparing norm of lattice 𝐛���𝑗��� with norm lattice 𝐛���𝑖��� for 𝑖���=1,2,3…,𝑗���−1. The process of insertion reduced vector after the exchange step also has done greedily. Then, we calculate the number of arithmetic operation in greedy SVP LLL algorithm for further analysis. The result of our exprimentation for three algorithms on the certain matrix size shows that the running time of the three algorithms increases propotional to the size of the matrix. The result also shows that by using 𝛿���=34 for the LLL algorithm and the deep insertion LLL algorithm, and the greedy SVP LLL algorithm which is a new variant made by using no parameter of 𝛿���, outperform of the other of two previous algorithm in terms of speed with the same output.
Keyword: LLL algorithm, LLL deep insertion algorithm, greedy SVP LLL algorithm