Judul: Identifikasi molekuler dan keragaman genetik spons invasif Terpios hoshinota di Pulau Dapur, Kepulauan Seribu
Abstrak: Terpios hoshinota merupakan salah satu spesies spons invasif yang menyebarluas di perairan Indo-Pasifik. Penyebaran Terpios hoshinota di Indonesia telah ditemukan di Kepulauan Spermonde dan Kepulauan Seribu. Namun demikian, spons mempunyai keanekaragaman spesies yang tinggi tetapi dikenal sebagai organisme yang sulit diidentifikasi secara morfologi. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi Terpios hoshinota secara genetik, menganalisis keragaman genetik serta merekonstruksi pohon filogenetik Terpios hoshinota di Pulau Dapur, Kepulauan Seribu. Amplifikasi DNA dengan gen CO1 mengidentifikasi Terpios hoshinota dengan tingkat kemiripan 95 % - 99 %. Rata-rata panjang nukleotida 679 basepairs, rata-rata komposisi timin (T)= 37 %; sitosin (C)= 18.6 %; adenin (A)= 23 % dan guanin (G)= 21.4 %. Keragaman genetiknya yaitu 0.0962 (keragaman haplotiope) dan 0.4412 ± 0.2574 (keragaman nukleotida). Hasil analisis filogenetik menggunakan model Neighbor Joining Treedengan model substitusi Kimura 2-parameter menunjukkan 6 individu sampel Terpios hoshinota di Pulau Dapur mempunyai kekerabatan yang dekat.
Keyword: identification, molecular, DNA Barcoding, Terpios hoshinota

Judul: Identifikasi Undur-Undur Laut Asal Kepulauan Seribu Berdasarkan Morfologi dan Molekuler.
Abstrak: Undur-undur laut termasuk ke dalam ordo Decapoda dan sub-ordo Anomura. Undur-undur laut yang terdistribusi di zona intertidal di Indonesia ditemukan sebanyak 27 spesies. Identifikasi undur-undur laut dapat dilakukan dengan pendekatan morfologi menggunakan karakter bentuk karapas, frontal margin, anterior lateral, lateral surface, flagellum antenulle, dan warna tubuh. Selain itu, DNA mitokondria (mtDNA) dapat digunakan dalam identifikasi molekuler undur-undur laut karena tidak adanya rekombinasi gen dan diturunkan secara maternal. Tujuan dari penelitian ini adalah mengidentifikasi undur-undur laut asal Kepulauan Seribu secara morfologi dan molekuler menggunakan marka mtDNA gen cytochrome c oxidase subunit 1 (CO1). Identifikasi molekuler terdiri dari tahap ekstraksi, amplifikasi, sekuensing DNA, dan analisis bioinformatika untuk 3 sampel koleksi. Hasil identifikasi morfologi dan molekuler menunjukkan undur-undur laut dari Kepulauan Seribu teridentifikasi sebagai Hippa sp., yang mengelompok dengan Hippa ovalis berdasarkan konstruksi pohon filogeni. Analisis jarak genetik menunjukkan bahwa Hippa sp. memiliki jarak genetik yang dekat dengan Hippa admirabilis, yaitu sebesar 0.199, serta jarak yang jauh dengan Emerita emeritus, yaitu sebesar 0.304. Variasi nukleotida gen CO1 pada undur-undur laut menunjukkan 224 situs basa nukleotida, serta kesamaan basa nukleotida yang paling tinggi antara Hippa sp. dengan H. ovalis.
Keyword: Gen CO1

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: