Judul: Identifikasi Gen Responsif Kekeringan Melalui Analisis Profil Ekspresi Gen-Gen pada Tanaman Padi.
Abstrak: pada tanaman padi diunduh dari basis data NCBI, dilakukan pra-pemrosesan untuk mendapatkan EST dengan kualitas baik, dan dikelompokkan menjadi beberapa contig untuk analisis fungsional. Analisis ontologi gen menunjukkan bahwa sebagian besar dari contig tersebut diprediksi terlibat dalam proses metabolisme dan seluler, terkait dengan fungsi katalitik dan pengikatan, dan terletak di nukleus, membran sel, dan organel endomembran. Pemetaan fisik juga menunjukkan bahwa EST responsif kekeringan terdistribusi di dalam 12 kromosom tanaman padi, baik pada utas plus maupun minus. Contig yang teranotasi responsif terhadap cekaman, kemudian dilakukan analisis in silico lebih lanjut untuk proses seleksi secara bertahap. Seleksi diawali dengan memilih beberapa contig yang teranotasi di dalam terminologi respon terhadap cekaman pada kategori proses biologis. Seleksi tahap selanjutnya dilakukan dengan mengidentifikasi posisi contig terhadap lokus gen dan melakukan analisis fungsional dengan menentukan kemiripan antara sekuen asam amino deduksi contig dengan protein di dalam basis data faktor transkripsi. Peran gen yang teridentifikasi berasosiasi dengan contig terpilih kemudian ditentukan dengan menginkorporasikan gen-gen tersebut ke dalam peta fisik QTL untuk toleransi kekeringan pada genom tanaman padi. Sepuluh kandidat gen yang berpotensi terlibat dalam regulasi toleransi cekaman kekeringan telah teridentifikasi dan terlokalisasi pada kromosom padi nomor 1, 2, 3, 4, 6, 9, dan terletak di dalam peta fisik QTL untuk sifat toleransi kekeringan. Ekspresi gen dari masing-masing lokus terpilih selanjutnya dievaluasi pada tanaman padi cv Hawara Bunar dan IR64 di bawah perlakuan cekaman kekeringan. Serangkaian proses dalam analisis in silico dan ekspresi menggunakan qRT-PCR berhasil menentukan empat kandidat gen responsif kekeringan. Gen Os03g0160100, Os03g0815100, Os06g0601000, dan Os09g0553100 diusulkan sebagai kandidat gen yang diduga berperan sebagai regulator dan responsif terhadap cekaman kekeringan pada tanaman padi.
Keyword: expressed sequence tags, (ESTs), kekeringan, padi, transkriptom

Judul: Studi Kendali Genetik Toleransi Kekeringan pada Padi Sawah
Abstrak: Padi (Oryza sativa L.) adalah salah satu komoditas strategis yang merupakan sumber makanan pokok sebagian besar penduduk di dunia terutama Asia. Perakitan varietas padi toleran kekeringan akan menjadi lebih efisien apabila tersedia informasi tentang kendali genetiknya. Salah satu rancangan persilangan yang umum digunakan untuk mempelajari pola pewarisan suatu sifat adalah rancangan persilangan dialel. Beberapa varietas padi sawah yang menunjukkan tingkat toleransi yang berbeda-beda terhadap cekaman kekeringan telah terpilih dalam penelitian sebelumnya, selanjutnya varietas tersebut dijadikan tetua dalam persilangan sehingga diperoleh sejumah genotipe F1 yang perlu diuji tingkat toleransi dan pola pewarisannya terhadap cekaman kekeringan. Penelitian ini bertujuan untuk: (1) memperoleh informasi pola pewarisan sifat toleransi terhadap kekeringan pada tanaman padi; (2) memilih karakter seleksi untuk toleransi terhadap kekeringan pada tanaman padi; dan (3) menduga kemajuan genetik untuk toleransi terhadap kekeringan pada tanaman padi. Bahan tanaman yang digunakan untuk metode persilangan dialel penuh adalah 4 varietas padi (Jatiluhur, Menthik Wangi, IR64, Way Apo Buru) sebagai tetua serta 12 genotipe F1 hasil persilangan di antara keempat tetua. Rancangan percobaan yang digunakan dalam penelitian ini adalah Rancangan Kelompok Lengkap Teracak dengan 3 ulangan dan 2 perlakuan, yaitu kondisi kekeringan dan optimum. Rancangan percobaan yang digunakan dalam penelitian ini adalah Rancangan Kelompok Lengkap Teracak dengan 3 ulangan dan 2 perlakuan, yaitu kondisi kekeringan dan optimum. Hasil analisis ragam gabungan menunjukkan bahwa genotipe berpengaruh nyata terhadap karakter panjang daun bendera, tinggi tanaman, jumlah anakan, panjang malai, jumlah gabah isi, jumlah gabah hampa, jumlah gabah total dan bobot biji per tanaman. Nilai interaksi genotipe x lingkungan menunjukkan tidak adanya pengaruh nyata untuk keseluruhan karakter. Hal ini mengindikasikan adanya genotipe yang terbaik untuk di kedua lingkungan, yang dalam penelitian ini terdapat pada genotipe Jatiluhur. Nilai tertinggi heritabilitas arti luas (h2bs) dan perolehan genetik pada dua kondisi lingkungan berada pada jumlah gabah total per tanaman (0.81), sedangkan nilai heritabilitas arti sempit (h2ns) tertinggi terdapat pada karakter panjang malai (0.69). Hal ini mengindikasikan bahwa proporsi ragam aditif dalam menentukan karakter jumlah gabah total cukup tinggi dan juga berarti keragaman dominan dipengaruhi oleh faktor genetik. Jumlah gabah isi per malai dapat dijadikan karakter seleksi pada lingkungan bercekaman kekeringan dan lingkungan tidak bercekaman. Hal yang menjadi pertimbangan adalah karena karakter ini nyata pada analisis ragam tiap lingkungan maupun gabungan, juga memiliki nilai heritabilitas arti luas yang tinggi, dan memiliki proporsi ragam aditif yang lebih besar dari ragam dominannya.
Keyword: keragaman, padi, pemuliaan tanaman

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: