Judul: Karakterisasi Histamine-Producing Bacteria dengan Metode PCR-Sequencing pada Ikan Salem dan Kembung
Abstrak: Ikan golongan scombridae contohnya ikan salem dan kembung merupakan komoditas perikanan Indonesia yang memiliki nilai ekonomis cukup tinggi. Namun, terdapat masalah yang potensial pada komoditas tersebut, yaitu kadar histamin. Informasi genetika dari bakteri yang diduga memiliki enzim histidin dekarboksilase diperlukan sebagai langkah awal untuk mewujudkan marka molekuler serta alat pendeteksi histamin sejak dini (kit). Tujuan penelitian ini adalah (1) Memperoleh isolat bakteri yang berpotensi untuk menghasilkan enzim histidin dekarboksilase pada ikan salem dan kembung, (2) Memperoleh ekstrak DNA bakteri dari isolat ikan salem dan kembung, (3) Karakterisasi molekuler bakteri yang berpotensi untuk menghasilkan enzim histidin dekarboksilase pada ikan salem dan kembung, (4) Memperoleh gen pengkode enzim histidin dekarboksilase dari isolat DNA bakteri. Penelitian ini terdiri atas beberapa tahapan, yaitu isolasi dan karakterisasi bakteri dengan metode cawan gores dan pewarnaan gram, ekstraksi DNA bakteri dengan metode CTAB 10%, pengukuran konsentrasi DNA dengan spektrofotometer, amplifikasi DNA dengan teknik PCR, elektroforesis, sequencing dan uji formalin. Hasil penelitian menunjukkan bahwa isolat bakteri yang berasal dari bahan baku ikan merupakan kelompok bakteri Gram negatif dan berbentuk batang. Konsentrasi DNA bakteri yang diperoleh berkisar 48-616 μg/ml dan rasio sebesar 1,326-2,243. Produk PCR menggunakan primer hdc dan 106-107 tidak tervisualisasi, namun pada primer 27-F dan 1492-R tervisualisasi. Hasil sequencing menunjukkan bahwa jenis bakteri yang tervisualisasi dengan menggunakan primer 27-F dan 1492-R ialah Aeromonas sp. Kesimpulan penelitian ini ialah gen pengkode enzim histidin dekarboksilase belum berhasil diperoleh karena sampel ikan positif mengandung formalin.
Keyword: 

Judul: Deteksi Bakteri Penghasil Histamin melalui Gen Histidine Decarboxylase (hdc) pada Ikan Tuna, Tongkol, dan Cakalang
Abstrak: Bakteri penghasil histamin dapat diidentifikasi dengan mendeteksi gen histidin dekarboksilase (hdc). Tujuan penelitian ini yaitu menentukan kadar histamin pada daging ikan tuna, tongkol, dan cakalang, mengidentifikasi jenis bakteri pembentuk histamin dan menganalisis bioinformatika melalui konstruksi pohon filogeni. Kadar histamin diuji menggunakan spektrofluorometer, sedangkan analisis DNA bakteri penghasil enzim hdc menggunakan PCR. Kadar histamin yang terdeteksi dari ikan tuna, tongkol, dan cakalang yaitu sebesar 2.96±0.22 ppm, 2.14±0.23 ppm, dan 1.02±0.97 ppm. Jenis bakteri pembentuk histamin yang berhasil diidentififikasi baik menggunakan primer spesifik hdc maupun primer universal 16S rRNA yaitu Morganella morganii, Enterobacter hormaechei, Klebsiella aerogenes dan Enterobacter bugandensis. Konstruksi pohon filogeni menunjukkan bahwa bakteri M. morganii dan E. hormaechei berkerabat dekat pada satu cabang, serta bakteri Klebsiella aerogenes, Enterobacter bugandensis, dan Escherichia fergusonii juga berkerabat dekat, namun ketiganya tidak berkerabat dengan bakteri Peptoniphilus stercorisuis dan Vagococcus carniphilus.
Keyword: 16S rRNA, PCR, pohon filogeni

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: