Judul: Isolasi dan Pengklonan Fragmen cDNA Gen Penyandi Protein Steroid Nuclear Receptor dari Melastoma malabathricum L.
Abstrak: Respon tanaman terhadap senyawa xenobiotik baik yang berasal dari biotik maupun abiotik melibatkan sejumlah mekanisme pertahanan yang spesifik dan terkoordinasi. Inisiasi respon selulernya dilakukan oleh reseptor xenobiotik yang berperan mendeteksi senyawa dan menginduksi beragam aktivitas enzimatik dan transporter untuk mendetoksifikasi dan menghilangkan senyawa asing. Steroid nuclear receptor, adalah bagian dari kelas reseptor inti (Nuclear receptors/NRs). NR adalah faktor transkripsi yang diaktivasi oleh ligan yang mengatur ekspresi gen melalui interaksi dengan sekuen DNA hulu dari gen-gen targetnya dan merupakan sensor xenobiotik. Protein ini juga mempunyai fungsi sebagai sensor pertahanan terhadap patogen dalam sistem imunitas tanaman. Fragmen cDNA dari gen penyandi protein Steroid Nuclear Receptor dari Melastoma malabathricum. L (MmFSNR) telah berhasil diisolasi dan diklon di dalam pGEM®–T Easy. Isolasi dan pengklonan MmFSNR dimulai dengan RNA total. RNA total telah berhasil diisolasi. cDNA total telah berhasil disintesis dengan menggunakan RNA total sebagai cetakan melalui proses transkripsi balik. Fragmen cDNA MmFSNR berukuran 700 pb telah berhasil diisolasi melalui PCR dengan cDNA total sebagai cetakan dan primer spesifik snrF dan snrR. Fragmen MmFSNR ini kemudian diinsersikan kedalam plasmid pGEM®–T Easy, selanjutnya plasmid rekombinan ini diintroduksikan ke dalam Eschericia coli DH5α. Pengurutan DNA fragmen MmFSNR dengan menggunakan ABI Prism 310 Automated DNA Sequencer menghasilkan urutan fragmen cDNA MmFSNR sebesar 700 pb. Fragmen ini mengandung beberapa situs enzim restriksi tetapi tidak mengandung situs pemotongan EcoR1 yang terdapat di dalam situs ganda pengklonan dari pGEM®–T Easy. Analisis kesejajaran nukleotida menggunakan program BLASTN menunjukkan bahwa fragmen MmFSNR mempunyai kemiripan 65% dengan mRNA penyandi protein membran uncharacterized dari Arabidopsis thaliana L. (At3g27390). Analisis penyejajaran deduksi asam amino dari fragmen MmFSNR menggunakan program BLASTP menunjukkan bahwa protein deduksi dari cDNA MmFSNR mempunyai kemiripan 53% dengan protein At3g27390 dan 47% dengan SNR dari Medicago truncantula. At3g27390 adalah protein yang diinduksi oleh elisitor flagelin yang dihasilkan oleh patogen dan SNR adalah sensor xenobiotik, sehingga MmFSNR kemungkinan mempunyai peranan dalam detoksifikasi Al yang dapat menjadi senyawa xenobotik.
Keyword: 

Judul: Isolasi dan pengklonan fragmen cdna gen penyandi major facilitator superfamily (MFS) dari melastoma affine l
Abstrak: Beberapa sistem transpor pada membran terbukti berperan penting bagi sifat ketahanan terhadap senyawa toksik alami dan xenobiotik pada bakteri maupun eukariot. Salah satu sistem transpor adalah Major Facilitator Superfamily (MFS) yang memiliki kisaran substrat luas yang meliputi antibiotik, obat, polisakarida, gula, asam amino, logam berat dan molekul-molekul lainnya. MFS merupakan sistem transpor sekunder aktif berupa polipeptida tunggal dan berfungsi untuk mentranspor molekul-molekul atau solut berukuran kecil dengan menggunakan gradien ion kemiosmosis. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi, mengklon dan melakukan karakterisasi gen penyandi MFS dari Melastoma affine L. yang diduga memiliki kontribusi dalam ketahanan terhadap cekaman asam dan aluminium. Penelitian dilakukan melalui beberapa tahap yaitu isolasi RNA total, sintesis cDNA total melalui transkripsi balik, isolasi fragmen cDNA Mfs dari M. affine dengan PCR, pengklonan fragmen cDNA Mfs M. Affine (MaMfs) ke dalam plasmid pGEM®–T Easy, transformasi genetik Escherichia coli DH5α dengan vektor rekombinan, analisis cDNA sisipan dan analisis urutan nukleotida MaMfs. Dalam penelitian ini kami berhasil mendapatkan fragmen cDNA Mfs M. affine berukuran 511 pb yang menyandikan 168 asam amino. Analisis situs enzim restriksi pada fragmen MaMfs menunjukkan bahwa fragmen MaMfs mempunyai beberapa situs restriksi tetapi tidak mempunyai situs restriksi EcoR1.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: