Judul: Development In House of Taq DNA Polymerase Recombinant Based
on Synthetic Gene and Its Applications
Abstrak: Biologi molekuler merupakan salah satu disiplin ilmu dasar yang berperan penting dalam menunjang berkembangnya bioteknologi modern. Salah satu teknik yang digunakan dalam bidang biologi molekuler adalah teknik PCR yang membutuhkan enzim termostabil tahan panas. Taq DNA polimerase adalah enzim termostabil yang banyak digunakan untuk amplifikasi DNA dalam teknik PCR. Enzim ini awalnya dikarakterisasi dan diisolasi dari bakteri termofilik yaitu Thermus aquaticus, namun terdapat kesulitan untuk mengembangkan enzim ini jika menggunakan sistem inang asli. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan enzim Taq DNA polimerase rekombinan berbasis gen sintesis menggunakan sistem ekspresi E.coli. Cetakan runutan nukleotida gen Taq DNA polimerase diperoleh dari data GeneBank J04639.1 dan optimasi kodon dilakukan sebelum gen disisipkan ke dalam vektor pET151/D-TOPO. Sintesis gen dilakukan di GenArt Gene Synthesis (Thermofisher Scientific, USA). Gen sintetik Taq DNA polimerase kemudian diekspresikan menggunakan bakteri E.coli BL21 dan diinduksi menggunakan IPTG (Isopropyl-β-D thiogalactopyranoside). Pemurnian enzim rekombinan Taq DNA polimerase dilakukan menggunakan kromatografi afinitas Ni2+-NTA dan enzim murni yang dihasilkan diaplikasikan pada teknik PCR. Gen Taq DNA polimerase berukuran sebesar 2685 pb berhasil disisipkan ke dalam vektor pET151/D-TOPO dan analisis hasil ekspresi dilakukan menggunakan teknik SDS PAGE dan menunjukkan protein target yang spesifik berukuran 100.9 kDa. Konsentrasi dan aktivitas enzim yang dimurnikan berturut turut adalah 5.17 mg/mL dan 4.647 U/μL. Aplikasi enzim ini pada teknik PCR menunjukkan bahwa enzim ini dapat mengamplifikasi gen target mulai dari 200 pb hingga 3500 pb amplikon dengan konsentrasi DNA cetakan minimum 10 ng/μL. Hal ini mengindikasikan bahwa in house enzim Taq DNA polimerase rekombinan yang dibuat berdasarkan gen sintesis telah berhasil diekspresikan, dimurnikan, dan diterapkan untuk teknik PCR dan dapat diterapkan dalam bidang bioteknologi khususnya dalam teknik PCR/RT-PCR
Keyword: Codon-optimized, E.coli BL21, Ni2+-NTA purified system, Synthetic Taq DNA polymerase

Judul: Pemurnian Dan Pengujian Aktivitas Enzim Rekombinan Dna Polimerase Pyrococcus Furiosus Asal Gen Sintetik
Abstrak: Enzim asam deoksiribonukleat (DNA) polimerase merupakan enzim yang berperan sangat luas dalam perkembangan bioteknologi dan biologi molekuler, terutama dalam aplikasi teknik reaksi rantai polimerase (PCR). Penelitian ini bertujuan memurnikan enzim rekombinan DNA polimerase Pyrococcus furiosus (Pol-pfu) agar memperoleh aktivitas yang baik ketika diaplikasikan melalui teknik PCR. Pol-pfu kasar dimurnikan menggunakan metode kromatografi afinitas ion logam. Pemurnian ini menghasilkan 1 pita spesifik pada SDS-PAGE dengan bobot molekul sekitar 92 kD. Pol-pfu dengan konsentrasi 50 μg/mL berhasil digunakan untuk mengamplifikasi sampel DNA yang memiliki ukuran pasangan basa sebesar 200 hingga 2000. Hal ini menunjukkan bahwa Pol-pfu memiliki aktivitas sesuai dengan yang diharapkan, yaitu mampu mengamplifikasi sampel DNA berukuran pasangan basa kecil hingga besar.
Keyword: DNA polimerase, kromatografi afinitas, Pyrococcus furiosus, pemurnian enzim

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: