Judul: Pengembangan Metode Regenerasi Kakao Melalui Embriogenesis Somatik Dan Identifikasi Varian Yang Resisten Terhadap Infeksi Phytophthora Palmivora Butl.
Abstrak: Kakao (Theobroma cacao L.) merupakan komoditas utama sub sektor perkebunan sebagai sumber devisa negara dan lapangan kerja di Indonesia. Pengembangan kakao di Indonesia masih dihadapkan pada kendala masih rendahnya produktivitas disebabkan oleh serangan hama dan penyakit, umur tanaman yang sudah tua dan tidak digunakannya klon unggul. Pemuliaan kakao secara konvensional berjalan lambat karena memiliki siklus hidup yang panjang dan latar belakang genetik yang sempit. Bioteknologi, dalam hal ini kultur jaringan, diharapkan mampu memberikan pendekatan baru di dalam pemuliaan kakao. Serangkaian studi yang bertujuan untuk: 1) mengembangkan metode regenerasi kakao melalui embriogenesis somatik primer dan sekunder, 2) mengevaluasi keragaan tanaman asal embrio somatik (ES) yang telah ada di lapangan, 3) mengevalusi keragaman somaklonal menggunakan marka simple sequences repeats (SSR), serta 4) mengidentifikasi varian yang terindikasi resisten terhadap infeksi Phytophthora palmivora Butl. berdasarkan pengujian menggunakan cakram daun telah dilaksanakan. Studi diawali dengan pengembangan metode regenerasi kakao melalui embriogenesis somatik primer. Kalus diinduksi dari eksplan mahkota bunga dan staminoid pada media induksi kalus primer (CI) yang terdiri dari media dasar Driver dan Kuniyuki (DKW) dengan penambahan 2,4-Dichlorophenoxyacetic acid (2,4-D) 9 μM dan kinetin (kin) 0.58, 1.16 atau 2.32 μM, atau nisbah kin:2,4-D sebesar 1:15.5, 1:7.8 atau 1:3.9. Setelah 14 hari eksplan dipindahkan ke dalam media pertumbuhan kalus sekunder (SCG) yang terdiri dari media dasar woody plant media (WPM) dengan penambahan 2,4-D 9 uM dan kin 1.16 atau 2.32 μM atau nisbah kin:2,4-D sebesar 1:7.8 atau 1:3.9. Rataan persentase pembentukan embrio somatik primer (ESP) tertinggi diperoleh dari kin 2.32 uM atau nisbah kin:2,4-D 1:3.9 pada media CI dan kin 1.16 uM atau nisbah kin:2,4-D 1:7.8 pada media SCG. Pembentukan dan pendewasaan embrio dilakukan pada media DKW tanpa penambahan asam amino, sedangkan perkecambahan embrio dilakukan pada media DKW dengan penambahan asam amino. Sembilan genotipe kakao (Sca 6, PA 300, UIT 1, ICS 13, GC 7, DR 2, ICCRI 2, Cimanggu 1 dan Cimanggu 2) dan dua jenis eksplan (mahkota bunga, staminoid) menunjukkan respon pembentukan ESP yang berbeda. Respon genotipe sangat ditentukan oleh jenis eksplan yang digunakan. Analisis histologi pada kalus umur 5 minggu menunjukkan ESP berasal dari banyak sel yang terbentuk melalui proses budding. Frekuensi keragaman somaklonal pada planlet yang diregenerasikan dari ESP berdasarkan 19 marka SSR sebesar 16%. Pada tahap selanjutnya dilakukan studi pengembangan metode regenerasi kakao melalui embriogenesis somatik sekunder. Potongan kotiledon ESP dikulturkan pada media WPM yang mengandung beberapa jenis dan konsentrasi sitokinin (kin 1.16 uM, BA 0.22 uM, BA 1.11 uM atau adenin 1.85 uM) dikombinasikan dengan 2,4-D 9 uM untuk menginduksi pembentukan embrio somatik sekunder (ESS). Adenin 1.85 uM menghasilkan rataan persentase iv pembentukan (40%) dan jumlah ESS (2.5) yang lebih tinggi dibandingkan jenis dan konsentrasi sitokinin lainnya. Penambahan asam amino ke dalam media yang mengandung 2,4-D dan adenin meningkatkan jumlah ESS 3.5 kali dibandingkan tanpa asam amino. Tiga klon kakao yang diuji (Sca 6, ICS 13 dan DR 2) menunjukan respon pembentukan ESS yang berbeda, Sca 6 dan ICS 13 menghasilkan persentase pembentukan ESS lebih tinggi 2.9 dan 2.8 kali dibandingkan DR 2. Penggunaan media cair untuk pembentukan dan pendewasaan embrio meningkatkan bobot segar biomassa 4.6 kali dibandingkan media padat. Analisis
Keyword: embrio somatik primer, embrio somatik sekunder, keragaan tanaman di lapangan, keragaman somaklonal, Theobroma cacao L

Judul: Utilization of molecular marker to support high yield culltivar construction of cocoa (Theobroma cacao L.)
Abstrak: Kakao (Theobroma cacao L.) merupakan salah satu tanaman perkebunan penting yang berasal dari wilayah Amerika Selatan. Biji tanaman ini merupakan bahan dasar untuk pembuatan coklat. Permintaan yang terus meningkat membuka peluang untuk terus meningkatkan produksi tanaman ini. Akan tetapi budi daya tanaman ini menemui berbagai kendala. Salah satu kendala yang cukup berarti adalah serangan penyakit busuk buah yang disebabkab oleh Phytophthora palmivora. Salah satu upaya peningkatan produksi kakao adalah dengan mengembangkan kultivar unggul kakao yang berdaya hasil tinggi dan resisten terhadap penyakit busuk buah yang disebabkan oleh P. palmivora. Kultivar tersebut dapat diperoleh dengan cara pengembangan hibrida F1 yang berasal dari tetua donor yang mempunyai sifat resisten dan tetua penerima yang mempunyai daya hasil tinggi. Keberhasilan penyilangan kakao ditentukan oleh pemilihan tetua yang tepat sehingga diperoleh hibrida yang sesuai dengan yang diharapkan. Untuk itu diperlukan informasi yang akurat tentang keragaman genetik plasma nutfah kakao yang akan dipilih sebagai tetua. Analisis keragaman terhadap plasma nutfah kakao perlu dilakukan untuk mencari klon-klon yang memiliki potensi sebagai tetua dalam upaya perakitan klon-klon kakao yang berdaya hasil tinggi sekaligus tahan terhadap penyakit busuk buah yang disebabkan P. palmivora. Pada kegiatan pertama dilakukan analisis keragaman plasma nutfah kakao berdasarkan karakter morfologi dan marka SSR. Hasil analisis keragaman morfologi dengan menggunakan descriptor list terhadap 22 klon kakao koleksi Puslit Kopi dan Kakao Indonesia, menunjukkan terdapat keragaman yang cukup tinggi. Dua puluh empat lokus SSR yang digunakan mampu mengamplifikasi DNA genom 29 klon kakao dan menghasilkan pita polimorfik. Hasil analisis menunjukkan rataan jumlah alel per lokus sebanyak 5.50. Hasil analisis data yang dilakukan juga menunjukkan nilai PIC untuk marka SSR yang digunakan sebesar 0.665. Untuk populasi klon kakao yang dievaluasi, diperoleh nilai rataan heterosigositas pengamatan (Ho) sebesar 0.651, dan rataan diversitas gen (He) sebesar 0.720. Nilai PIC, Ho dan He yang didapat tergolong tinggi.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: