Judul: Efektivitas Penghambatan Aptamer Terhadap Biofilm EPEC K1.1 Isolat Dari Pasien Diare
Abstrak: Enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) merupakan bakteri penyebab diare yang dapat membentuk biofilm. Resistensi EPEC terhadap berbagai antibiotik saat ini menjadi prioritas utama dalam mencari inhibitor alternatif yang lebih efektif. Aptamer merupakan asam nukleat yang telah dilaporkan memiliki kemampuan untuk membunuh bakteri patogen melalui mekanisme penghambatan formasi biofilm. Aptamer diisolasi dari pustaka DNA dengan metode SELEX (Sytematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment) yang spesifik dan memiliki afinitas tinggi terhadap molekul target misalnya bakteri EPEC K1.1. Sekuen aptamer dapat diperbanyak dengan oligo synthetizer. Tujuan penelitian ini adalah menganalisis efektivitas penghambatan aptamer terhadap biofilm EPEC K1.1 isolat dari pasien diare. Beberapa faktor lingkungan seperti suhu dan pH yang berperan dalam pembentukan biofilm EPEC K1.1, serta aktivitas aptamer dalam menghambat pembentukan biofilm dianalisis menggunakan crystal violet assay pada OD570. Motility assay untuk mengetahui pengaruh aptamer terhadap motilitas bakteri dan mekanisme kerja aptamer dalam inhibisi biofilm dianalisis melalui qPCR dengan pengamatan ekspresi gen pada level transkripsi. Pada penelitian ini, enam jenis aptamer dianalisis aktivitas penghambatannya terhadap EPEC K1.1, yaitu aptamer SELEX 8 Koloni 1, 4, 7, SELEX 9 Koloni 3, SELEX 10 Koloni 5 dan 10. Sekuens aptamer tersusun atas basa nitrogen yang membentuk struktur sekunder karena adanya ikatan hidrogen yang terbentuk antara basa tersebut. Enam jenis aptamer yang digunakan memiliki susunan basa yang berbeda. Hasil prediksi struktur sekunder aptamer menggunakan aplikasi mFold menunjukkan struktur stem dan loop yang berbedabeda antara enam jenis aptamer yang digunakan. Hal ini menunjukkan bahwa keragaman susunan basa pada sekuen aptamer menyebabkan perbedaan struktur sekunder aptamer. Hasil analisis aktivitas penghambatan aptamer menunjukkan bahwa pada nilai cut off 0.399, aptamer SELEX 10 Koloni 5 dapat menghambat pembentukan biofilm EPEC K1.1 paling baik dengan nilai absorbansi 0.126. Hasil analisis pada uji motilitas juga menunjukkan bahwa aptamer ini dapat mengurangi diameter motilitas EPEC K1.1. Efek penghambatan terhadap motilitas EPEC K1.1 ditunjukkan dengan qPCR pada ekspresi gen motB, csgA and lsrAI yang menurun secara signifikan dibandingkan dengan kontrol. Aptamer SELEX 10 Koloni 5 dapat menghambat pembentukan biofilm dengan cara mengubah kemampuan motilitas EPEC K1.1, dan juga menekan ekspresi gen-gen yang terlibat pada pembentukan biofilm. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa aptamer dapat menjadi antibiofilm EPEC K1.1 yang efektif serta dapat menjadi alternatif untuk penanganan diare.
Keyword: Aptamer, Biofilm, Diarrhea, Enteropathogenic Escherichia coli K1.1

Judul: Penampakan biofilm pada Escherichia coli enteropatogen
Abstrak: Escherichia coli enteropatogen (EPEC) merupakan salah satu bakteri penyebab diare di negara-negara berkembang. Bakteri ini mampu melekat pada mukosa usus dan menyebabkan lessi pada mikrofili. Biofilm merupakan salah satu usaha mikroorganisme untuk bertahan hidup di lingkungannya, yang terbentuk dari sekumpulan mikroorganisme beserta produk ekstraseluler yang dihasilkannya dan melekat pada substrat biologi seperti sel, jaringan dan matrik polimer maupun substrat non biologi termasuk substrat sintetik. Penelitian secara in vitro telah dilaporkan, adanya korelasi positif antara virulensi dengan kemampuan membentuk biofilm pada Salmonella enteritidis. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan informasi mengenai pembentukan biofilin pada EPEC, dengan harapan dapat digunakan untuk pengembangan strategi pengendalian terhadap infeksi EPEC. Empat galur EPEC yaitu K 1.1, RB 1.2, D 44 dan I 2.5, kontrol negatif Escherichia coli (E. coli) non patogen serta kontrol positif Salmonella sp telah digunakan dalam penelitian ini. Uji pembentukan biofilm dilakukan dengan mengkulturkan berbagai konsentrasi bakteri ke dalam adherent test medium (ATM) dan diinkubasi dalam orbital shaker suhu 37°C dengan kecepatan 200 rpm. Seluruh galur EPEC dan Salmonella sp. mampu membentuk biofilm yang ditandai dengan terbentuknya filamen pada dinding tabung, sedangkan E. coli non patogen tidak menampakan kemampuan tersebut. Konsentrasi minimal bagi EPEC untuk membentuk biofilm adalah 10' sel/ml. Penambahan 1 mg/ml nitrogen. 10 mg/ml dan 5 mg/ml fosforus, 0.02 mg/ml magnesium menghambat pembentukan biofilm sedangkan penambahan 0.01 mg/ml kalsium, 0.014 mg/ml besi, dan 5 mg/ml sulfur mampu meningkatkan pembentukan biofilm. Biofilm E. coli yang terbentuk dilihat proteinnya dengan elektroforesis Sodium Dodecyl Sulfate (SDS) poliakrilamid 12,5%. Hasil yang diperoleh menunjukkan adanya pita-pita protein yang mirip antara keempat galur EPEC yang tidak dijumpai pada E. coli non patogen.
Keyword: Biofilm

Judul: Penentuan jatah buru rusa (Cervus timorensis de Blainville) di Taman buru Pulau Moyo
Abstrak: Suaka Margasatwa Pulau Moyo ditetapkan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pertanian No. 349/Kpts/Um/1975 seluas 18.675 ha, sedangkan luas areal seluruh Pulau Moyo adalah 30.000 ha. Sisa areal selain Suaka Margasatwa Pulau Moyo merupakan tanah Kehutanan, Pemukiman, dan tanah Pertanian. Potensi rusa di Pulau Moyo cukup banyak, maka pada tahun 1986 status Suaka Margasatwa Pulau Moyo telah diubah menjadi Taman Buru Pulau Moyo berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kehutanan Nomer 308/Kpts-11/1986. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui jatah buru rusa yang dapat dipanen di Taman Buru Pulau Moyo. Berdasar kan penelitian yang pernah dilakukan, potensi rusa di Pulau Moyo cukup banyak, maka pada tahun 1986 status Suaka Margasatwa Pulau Moyo telah diubah menjadi Taman Buru Pulau Moyo, berdasarkan Surat Keputusan Menteri. Kehutanan Nomer 308/Kpts-11/1986. Prasetyonohadi (1986) mengatakan bahwa daya dukung padang penggembalaan di Pulau Moyo adalah 1,62 - 1,89 ekor/ha, dengan luas padang penggembalaan 5.000 ha, maka daya dukung kawasan dapat menampung 8.100 9.400 ekor. ...
Keyword: