Judul: Mitochondrial DNA Variation of Cytochrome C Oxidase  1 (COX1) Gene, Cytochrome C Oxidase 2 (COX2) Gene, and Intergenic Spacer  (IGS) COX1/COX2 Apis dorsata from Sumatra
Abstrak: Apis dorsata merupakan lebah madu hutan dengan distribusi di Asia tropis dan subtropis, salah satunya Sumatra, Indonesia. Penelitian terkait molekuler A. dorsata di Sumatra masih belum banyak dilakukan. Oleh sebab itu, penelitian ini bertujuan menganalisis variasi molekuler A. dorsata Sumatra menggunakan gen COX1, COX2, dan IGS COX1/COX2 DNA mitokondria (mtDNA). Analisis molekuler terdiri dari ekstraksi DNA menggunakan metode Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide (CTAB) dan presipitasi alkohol dengan modifikasi, amplifikasi dan sekuensing DNA, serta ,analisis bioinformatika dan filogenetik. Sampel dikoleksi dari empat provinsi di Sumatra: Riau, Jambi, Sumatra Selatan dan Kepulauan Bangka Belitung. Hasil menunjukkan A. dorsata asal Sumatra pada gen COX1 dan COX2 memiliki variasi sebanyak delapan dan enam nukleotida, yang menghasilkan enam haplotipe untuk tiap marka. Sekuen IGS COX1/COX2 memiliki panjang total 25 pb dan tidak ada variasi nukleotida. Setiap lokasi kecamatan di Sumatra Selatan membentuk haplotipe spesifik pada gen COX1 dan menunjukkan variasi genetik yang tinggi. Berdasarkan pohon filogenetik, gen COX1 lebih informatif daripada gen COX2 dalam menunjukkan kekerabatan lebah A. dorsata Sumatra. Pada pohon filogenetik COX1, A. dorsata asal Jambi, Riau, Kepulauan Bangka Belitung, serta satu koloni asal Kec. Peninjauan, Kab. Ogan Komering Ulu, Sumatra Selatan berada dalam satu kluster., Apis dorsata is a forest honeybee distributed in tropical and subtropical Asia, one of which is Sumatra, Indonesia. The molecular study of A. dorsata in Sumatra has not been widely carried out. Therefore, this study aimed to analyze molecular variations of Sumatran A. dorsata using the COX1 gene, COX2 gene, and IGS COX1/COX2. The molecular analysis consisted of DNA extraction using the Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide (CTAB) and alcohol precipitation with modification, DNA amplification and sequencing, bioinformatics and phylogenetics analysis. Samples were collected from four provinces in Sumatra: Riau, Jambi, South Sumatra, and Bangka Belitung Islands. The results showed that Sumatran A. dorsata in the COX1 and COX2 genes had eight and six nucleotide variations, resulting in six haplotypes for each marker. The total length of the IGS COX1/COX2 sequence was 25 bp and there was no nucleotide variation. Each sub-district location in South Sumatra formed a specific haplotype in the COX1 gene and showed high genetic variation. Based on the phylogenetic tree, the COX1 gene is more informative in presenting the genetic relationship of A. dorsata from Sumatra than the COX2 gene. In the COX1 phylogenetic tree, A. dorsata from Jambi, Riau, Bangka Belitung Islands, and a colony from Peninjauan Sub-district, Ogan Komering Ulu Regency, South Sumatra is in one cluster.
Keyword: DNA mitokondria, filogenetik, jarak genetik, Sumatra Selatan, variasi haplotipe, genetic distance, haplotype variation, mitochondrial DNA, phylogenetic, South Sumatra

Judul: Variation of the cox1, cox2 Genes,  and igs of Mitochondrial DNA in Apis cerana from Sumatra
Abstrak: Distribusi lebah madu Apis cerana sangat luas di Asia dan memiliki adaptasi yang tinggi pada setiap lokasi. Apis cerana di Indonesia dikelompokkan dalam Indo-Malayan yang merupakan morfoklaster VI dengan distribusi di Sumatra, Kalimantan, dan Jawa (Paparan Sunda) hingga ke Timor. Belum ada data dan penelitian molekuler A. cerana asal Sumatra berdasarkan gen cytochrome c oxidase subunits 1 dan 2 (cox1 dan cox2) dan zona intergenic spacer (igs) dari DNA mitokondria (DNAmt). Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan menganalisis variasi haplotipe, distribusi, dan stuktur genetik populasi A. cerana asal Sumatra menggunakan tiga marka DNAmt tersebut. Selain itu juga penelitian ini menganalisis kekerabatan A. cerana asal Sumatra dengan A. cerana asal Borneo dan Jawa berdasarkan data DNA di GenBank menggunakan gen cox1, cox2, dan igs dari DNAmt. Koleksi sampel lebah kasta pekerja A. cerana asal Sumatra dilaksanakan oleh tim peneliti dari lima universitas dan BRIN di Sumatra. Koleksi lebah dilakukan di enam provinsi Sumatra di 17 lokasi kecamatan yaitu delapan lokasi lowland (<300 m dpl), tiga lokasi midland (301–1.000 m dpl), dan enam lokasi highland (>1.000 m dpl). Ekstraksi dan amplifikasi DNA A. cerana asal Sumatra dilakukan berturut-turut dengan DNA Mini Kit GenAid dan Polymerase Chains Reaction (PCR). Amplikon DNA A. cerana asal Sumatra dilakukan pengurutan DNA di perusahaan 1st BASE, Selangor, Malaysia. Urutan DNA A. cerana asal Sumatra dilakukan pensejajaran dengan DNA dari GenBank menggunakan BLASTN. Analisis bioinformatika data DNA dilakukan dengan program ClustalX 2.0, MEGAX, DnaSP 5.10, dan Network 10.2.0.0. Analisis multivariat dilakukan menggunakan Canocical Correspondence Analysis (CCA) dengan program Past4.03. Amplikon hasil pengurutan DNA A. cerana asal Sumatra berdasarkan gen cox1 dan cox2 berturut-turut adalah 593 dan 464 pasang basa (pb), sedangkan amplikon igs berkisar antara 84–88 pb. Urutan DNA A. cerana asal Sumatra gen cox1 dan igs-cox2 telah diunggah ke GenBank dengan accession number berturut-turut LC728498–LC728558 dan LC739435–LC739501. Analisis BLASTN menunjukkan bahwa A. cerana asal Sumatra gen cox1 dan igs-cox2 homolog berturut-turut 96,35–99,27% dan 95,45–99,51% dengan A. cerana asal Sabah, Borneo dengan accession number AP018149.1. Penelitian ini menemukan 33 haplotipe A. cerana asal Sumatra berdasarkan gen cox1, cox2, dan igs. Semua haplotipe gen cox1 (12 haplotipe), sembilan dari 12 haplotipe gen cox2, dan delapan dari sembilan haplotipe igs merupakan haplotipe baru dan spesifik pada A. cerana asal Sumatra. Variasi nukleotida ditemukan pada gen cox1, cox2, dan igs A. cerana asal Sumatra berturut-turut sebesar 22/593 pb (3,7%), 28/464 pb (6%), dan 11/88 pb (12,5%). Variasi nukleotida gen cox1 tidak mengubah asam amino putatif. Variasi nukleotida gen cox2 A. cerana asal Sumatra menunjukkan adanya missense mutations pada posisi 289 dan 291. Kedua posisi ini mengubah asam amino Valin menjadi Isoleusin pada haplotipe Sumatra4 cox2 dan posisi 451 mengubah asam amino Isoleusin menjadi Valin pada haplotipe Sumatra9 gen cox2. Perubahan asam amino gen cox2 A. cerana asal Sumatra masih dalam kelompok asam amino nonpolar alifatik. Haplotipe umum (Sumatra1) tertinggi dari A. cerana asal Sumatra adalah berdasarkan igs (66%), cox1 (59%), dan terendah cox2 (37%). Provinsi Sumatra Utara, Lampung, dan Sumatra Selatan menunjukkan variasi haplotipe tertinggi, berdasarkan tiga marka DNAmt. Variasi pada A. cerana asal Sumatra disebabkan oleh ketinggian tempat dan jarak antar apiari
Keyword: DNA barcode, haplotype markers, Pleistocene, Sumatra, Sundaland

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: