Judul: Study of Shallot (Allium cepa var. aggregatum) against Anthracnose (Colletotrichum gloeosporioides Penz.) through Metabolomics and Molecular Approaches
Abstrak: Tanaman bawang merah (Allium cepa var. aggregatum) memiliki peran penting sebagai baha dalam masakan dan fungsinya dalam bidang kesehatan. Namun, faktor hama dan penyakit, terutama penyakit antraknosa yang diakibatkan oleh Colletotrichum gloeosporioides, sering menghambat produktivitas dan kualitas bawang merah. Pengendalian menggunakan fungisida sintetik belum efektif, sehingga pemanfaatan varietas tahan menjadi alternatif penting dalam pengendalian penyakit antraknosa pada bawang merah. Studi ini bertujuan mempelajari ketahanan bawang merah terhadap penyakit antraknosa melalui pendekatan metabolomik dan molekuler. Evaluasi ketahanan 13 varietas bawang merah Indonesia terhadap penyakit antraknosa menunjuka bahwa varietas seperti Agrihorti, Maja Cipanas, Batu Ijo, dan Rubaru tergolong sebagai varietas tahan. Varietas seperti Biru Lancor, Bima Brebes, Kuning, Srikayang, Slupu Merah, Sakato, Pancasona, Katumi dan Kuning tergolong sebagai varietas rentan. Temuan ini menunjukan bahwa terdapat potensi sumber daya genetik tahan terhadap penyakit antraknosa. Profiling senyawa metabolit sekunder antara varietas tahan dan rentan terhadap antraknosa menunjukan adanya perbedaan. Analisis metabolomik mengungkapkan peningkatan senyawa metabolit sekunder pada varietas tahan setelah diinokulasi dengan penyakit. Beberapa senyawa seperti linoleic ethyl ester, octadecanoic acid, nonacosane dan squalene berasosiasi dengang ketahanan bawang merah terhadap penyakit antraknosa. Konfirmasi keberadaan gen ketahanan pada 13 varietas bawang merah yang diuji menunjukkan adanya keberadaan gen ketahanan pada seluruh varietas yang diuji. Analisis filogenetik berdasarkan sekuen prediksi asam amino mengindikasikan bahwa gen ketahanan pada bawang merah memiliki keterkaitan dengan spesies Allium sativum.
Keyword: uji ketahanan, keparahan penyakit, konfirmasi gen, profil metabolit, confirmation, disease severity, evaluation, metabolites, resistance genes

Judul: Ketahanan Bawang Merah (Allium cepa var Ascalonicum) terhadap Colletotrichum gloeosporioides Penz.
Abstrak: Antraknos merupakan salah satu penyakit utama pada bawang merah (Allium cepa var Ascalonicum) yang disebabkan oleh patogen Colletotrichum gloeosporioides Penz. Penggunaan varietas tahan terhadap penyakit akan mengurangi konsumsi penggunaan bahan kimia pada tanaman sehingga dapat menjaga kelestarian lingkungan. Informasi mengenai varietas bawang merah yang tahan terhadap penyakit antraknos masih terbatas sehingga dibutuhkan skrening keparahan penyakit. Kemampuan tanaman untuk merespon serangan patogen perlu diperhatikan. Respon ketahanan yang bersifat konstitutif akan membuat tanaman selalu melakukan mekanisme pertahanan diri walaupun disaat tanaman dalam kondisi sehat. Hal ini dapat mengurangi hasil produksi tanaman tersebut. Sedangkan respon ketahanan yang bersifat inducible akan sangat menguntungkan, karena respon tersebut hanya aktif saat muncul serangan patogen dan mengakibatkan hasil produksi tanaman tetap optimal. Tujuan dari penelitian ini adalah mendapatkan nformasi tentang korelasi senyawa metabolit sekunder dan karakter anatomi daun yang terkait dengan ketahanan patogen Colletotrichum gloeosporioides pada tanaman bawang merah (Allium cepa var ascalonicum) Penelitian ini terdiri dari tiga sub percobaan. Percobaan pertama adalah skrining ketahanan tanaman bawang merah terhadap Colletotrichum gloeosporioides yang dilakukan pada bulan Agustus 2017 sampai bulan Januari 2018 di Rumah kaca Cikabayan dan Laboratorium Klinik Tanaman, Departemen Proteksi Tanaman Fakultas Pertanian, IPB. Percobaan ini menggunakan 14 aksesi bawang merah yang terdiri dari Bima Brebes, Biru Lancor, Manjung, Super Philip, Trisula, Tajuk, Kramat-2, Bauji, Bali Karet, Maja Cipanas, Mentes, Pikatan, Pancasona dan Rubaru. Perkembangan gejala ditaksir merujuk pada metode Galvan et al (1997). Data yang didapat akan dianalisis ANOVA menggunakan aplikasi SAS versi 9.1.3 dan uji lanjut menggunakan uji BNJ. Hasil penelitian menyatakan bahwa Rubaru merupakan varietas yang paling tahan terhadap C. gloeosporioides Penz dengan nilai keparahan penyakit sebesar 30% dan varietas Biru Lancor merupakan varietas yang paling rentan terhadap C. gloeosporioides Penz dengan nilai keparahan penyakit sebesar 95%. Percobaan kedua adalah identifikasi karakter anatomi daun bawang merah terhadap C gloeosporioides. Percobaan ini dilaksanakan pada bulan November 2017 di Laboratorium Mikroteknik, Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian, IPB. Percobaan ini menggunakan 3 varietas bawang merah yakni Biru Lancor dan Super Philip (rentan), serta Rubaru (tahan). Penelitian ini disusun menggunakan rancangan acak kelompok dengan 2 faktor, yakni faktor genotipe dan perlakuan infeksi patogen. Data yang didapat akan dianalisis sidik ragam ANOVA menggunakan aplikasi SAS versi 9.1.3 dan uji lanjut menggunakan uji Duncan, selanjutnya dilakukan analisis korelasi spearman menggunakan aplikasi SAS versi 9.1.3. Hasil penelitian menunjukkan bahwa jaringan palisade merupakan karakter yang terkait dengan ketahanan bawang merah terhadap C. gloeosporioides. Karakter ketahanan tersebut mengalami peningkatan ketebalan tertinggi pada varietas Rubaru saat terserang patogen C. gloeosporioides. Percobaan ketiga adalah identifikasi metabolit sekunder bawang merah terhadap C gloeosporioides. Percobaan ini dilaksanakan pada bulan November 2017 di Laboratorium Kimia Terpadu Pusat Penelitian dan Pengembangan Hutan Bogor dengan menggunakan dua varietas bawang merah yakni Biru Lancor dan Rubaru. Percobaan ini disusun menggunakan rancangan tersarang dengan dua faktor, yakni factor genotype dan perlakuan infeksi patogen. Data yang didapat akan dianalisis sidik ragam ANOVA menggunakan aplikasi SAS versi 9.1.3 dan data disajikan dalam bentuk bagan histogram. Hasil penelitian menunjukkan bahwa carbamic acid merupakan senyawa elicitor pada jalur transduksi jasmonic acid dan menginduksi respon ketahanan bawang merah terhadap C. gloeosporioides.
Keyword: carbamic acid, mekanisme ketahanan, elicitor, jaringan palisade, skrining

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: