Judul: Identifikasi Gen TBL3, SRY, dan Pengembangan Marka Molekuler serta Potensi Aplikasinya untuk Deteksi Jenis Kelamin Tanaman Salak (Salacca zalacca)
Abstrak: Salak (Salacca zalacca) adalah tanaman buah tropika yang umumnya bersifat diosius dengan bunga betina dan jantan terletak pada individu yang berbeda. Tanaman S. Zalacca var. amboinensis adalah ditemukan di provinsi Bali dan memiliki bunga Salak Bali. Deteksi jenis kelamin tanaman salak pada tahap pertumbuhan vegetatif sulit dilakukan karena fenotipe yang serupa. Beberapa metode deteksi dini jenis salak betina, jantan, dan salak Bali tersebut telah dikembangkan, misalnya metode berbasis sitologi, namun metode tersebut belum dapat membedakan di antara ketiganya. Metode molekuler untuk deteksi jenis kelamin salak yang telah dikembangkan antara lain marka RAPD dan SCAR spesifik tanaman jantan, serta marka SCAR spesifik salak betina. Metode molekuler tersebut tidak melibatkan tanaman salak Bali. Pada penelitian ini, digunakan gen transducin beta like-3 (TBL3) dan sex determining region Y (SRY) untuk identifikasi single nucleotide polymorphism (SNP) yang selanjutnya dimanfaatkan untuk pengembangan marka single nucleotide amplified polymorphism (SNAP). Karena keterbatasan informasi genomik tanaman salak pada pangkalan data DNA, maka digunakan sekuens gen TBL3 dan SRY tanaman kurma yang berkerabat dekat dengan tanaman salak. Selain dua primer yang yang diperoleh dari literatur yang dapat mengamplifikasi tanaman kurma, didesain juga tiga pasang primer untuk mengamplifikasi gen TBL3 tanaman salak. Tiga dari lima pasang primer spesifik TBL3 yang digunakan dapat mengamplifikasi genom tanaman salak betina, jantan, dan Salak Bali. Analisis filogenetik memperlihatkan sekuen TBL3 tanaman salak dengan 11 species tanaman lain memperlihatkan kedekatan hubungan TBL3 salak dengan TBL3 tanaman kurma dan kelapa sawait. Multiple sequence aligment yang dilakukan pada region TBL3_3F-TBL3_3R (sepanjang ~500 bp) memperlihatkan 11 SNP yang terdiri dari mutasi, transversi, dan insersi/delesi (Indel). Kesemua SNP pada region TBL3_3F-TBL3_3R bersifat intronik. Region TBL3_5F-TBL3_5R (sepanjang ~1000 bp) berhimpitan dengan TBL3_7F-TBL3-7R (sepanjang 700 bp) memperlihatkan tiga belas SNP, baik berupa mutasi translasi, transversi, dan InDel. Tujuh dari tiga belas SNP pada region TBL5_3F-TBL3_5R bersifat eksonik dan sisanya intronik. Pengembangan marka SNAP pada masing-masing posisi SNP region TBL3_5F-TBL3_5R menghasilkan tujuh set marka. Hasil validasi set marka STBL1_1FRef-STBL1_1Rev spesifik untuk tanaman Salak Bali, sedangkan STBL1_1FAlt-STBL1_1Rev spesifik untuk tanaman betina dan jantan. Amplifikasi gen SRY pada tanaman salak diperoleh dengan primer SRY7F-SRY7R menghasilkan sekuens sepanjang ~500 bp. MSA pada sampel tanaman salak betina, Salak Bali, dan jantan menunjukkan delapan SNP. Sebanyak total delapan set marka SNAP dikembangkan untuk masing-masing posisi SNP. Hasil validasi menunjukkan primer SNAP SSRY_2F – SSRY_1R spesifik untuk tanaman salak Salak Bali, sedangkan SSRY_2Falt – SSRY_1R spesifik untuk tanaman salak betina dan jantan. Analisa jenis kelamin pada benih salak yang berasal dari biji dilakukan menggunakan set marka STBL1 serta marka SCAR spesifik jantan. Sebelum diuji pada sampel, marka SCAR divalidasi pada total 30 tanaman dewasa. Semua biji salak dengan berbagai morfologi diketahui mulai tumbuh bersamaan pada hari ke-5 setelah disemai. Berdasakan Analisa molekuler dan uji Chi Square diketahui bahwa morfologi biji, yaitu ujung embrio, struktur 'sabuk', dan bentuk abaksial biji tidak merujuk pada jenis kelamin tertentu.
Keyword: Early detection, SNAP marker, seed morphology, germination

Judul: Beberapa gatra biosistematika salacca (Arecaceae)
Abstrak: Salak adalah tumbuhan asli daerah tropis yang tergolong ke dalam marga Salacca. Marga ini tersebar di Burma, Indocina, Thailand, Semenanjung Malaya, Sumatra, Borneo, Philipina, dan Jawa. Berdasarkan struktur pada kulit buah yang bersisik, maka marga ini dianggap berada pada tahap yang lebih primitif dibandingkan Calamus, Daemonorops, dan marga lain dari Lepidocaryeae. Namun sampai saat ini belum ada literatur yang mendeskripsikan seluruh jenis salak yang tersebar di dunia. Peluang besar untuk mendapatkan jenis baru dari salak disebabkan karena perbungaan salak dioesis sehingga proses spesiasi diduga masih terus berlangsung hingga saat ini. Penelitian mengenai keanekaragaman salak yang ada di Indonesia juga masih terbatas. Penelitian ini mencakup jenis salak liar dan budi daya. Tujuan penelitian ini adalah menyajikan deskripsi jenis-jenis salak yang ada di dunia dan persebarannya serta membuat kunci identifikasi jenis dan kultivar; menganalisis keanekaragaman molekuler salak Jawa dan salak Bali; menganalisis keanekaragaman morfologi dan molekuler salak Sidempuan; dan mengidentifikasi salak potensial di Indonesia. Hasil penelitian ini diharapkan dapat memberikan sumbangan baru bagi ilmu pengetahuan khususnya penemuan jenis baru dan deskripsi jenis-jenis salak yang ada di dunia. Jenis-jenis salak liar merupakan sumber plasma nutfah bagi pengembangan salak budi daya. Keanekaragaman morfologi dan genetik salak Sidempuan (Salacca sumatrana) serta genetik salak Jawa (Salacca zalacca var. zalacca) dan salak Bali (Salacca zalacca var. amboinensis) dapat menggambarkan variasi dari kultivar kedua jenis tersebut. Hasil analisis molekuler diharapkan dapat memberikan indikasi ada tidaknya pemisahan antara salak Jawa dan salak Bali. Revisi marga salak didasarkan pada pengamatan spesimen herbarium yang mewakili 19 jenis salak yang berasal dari Herbarium Bogoriense, Bogor; Herbarium Leiden, Belanda; Herbarium Kewense, Inggris dan pustaka jenis-jenis salak. Keanekaragaman salak budi daya diamati pada dua jenis yaitu S. zalacca dan S. sumatrana, sedangkan pencarian salak potensial diamati pada lima jenis salak budi daya. Pengamatan morfologi pada seluruh tanaman salak meliputi karakter organ vegetatif dan generatif. Pengamatan molekuler dilakukan dalam beberapa tahapan yang terdiri atas isolasi, restriksi dan ligasi, preamplifikasi, dan amplifikasi menggunakan penanda AFLP dengan dua kombinasi primer yaitu EcoRI- ACT dan Mse1-CAT serta kombinasi lainnya yaitu EcoRI- ACC dan Mse1-CTT. Analisis data morfologi dan molekuler diolah dengan menggunakan metode UPGMA melalui program NTSYS (Numerical Taxonomy and Multivariate System) versi 2.02. Data mengenai rasa, warna daging buah, kadar gula dan kandungan tanin dianalisis dengan menggunakan Program R.3.0. Jumlah salak (Salacca) yang terdapat di dunia saat ini adalah 23 jenis yang terbagi ke dalam dua seksi dari marga Salacca. Seksi Leiosalacca terdiri atas dua jenis dan seksi Salacca terdiri atas 21 jenis. Salacca acehensis adalah jenis baru yang ditemukan di Sumatra, khususnya Provinsi Aceh dan Sumatra Utara. Borneo memiliki 11 jenis salak dan merupakan pusat keanekaragaman salak dunia...dst
Keyword: jenis baru, kultivar, morfologi, penanda AFLP, Salacca

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: