Judul: Penjajaran Lokal Sekuen DNA Menggunakan Algoritme Smith-Waterman
Abstrak: The Local Alignment of DNA sequence objective is to determine similarity between two DNA sequences. This research implements the local alignment using Smith–Waterman algorithm. The first data of Sequences from Ancylostoma duodenale (NC_003415.1) and Necator americanus (NC_003416.2), the result shows that the similarity is 84%, with 3% gaps, Second data of DNA sequence from Human papillomavirus type 134 (NC_014956.1) and Human papillomavirus type 132 (NC_014955.1), the result shows that the similarity is 62.1%, with 15.9% gaps. Third data of DNA sequence from Chaetoceros lorenzianus DNA virus (NC_015211.1) and Chaetoceros tenuissimus DNA virus (NC_014748.1), the result shows that the similarity is 53.2%, with 26.2% gaps. Last data DNA sequence from Thermoproteus tenax spherical virus 1 (NC_006556.1) and Vesicular stomatitis indiana virus (NC_001560.1), the result shows that similarity is 40.8%, with 47.6% gaps. These result shows that alignment using Smith–Waterman can result in various similarity values, depending on the length and form of sequences. The complexity of Smith-Waterman is O(mn).
Keyword: local alignment, sequence alignment, Smith - Waterman

Judul: Penjajaran Lokal Sekuens DNA Paralel dengan Skema Partisi Columnwise Menggunakan CUDA
Abstrak: Deoxyribo nucleic acid (DNA) merupakan asam nukleat yang menyimpan informasi genetika makhluk hidup. Sekuens DNA suatu makhluk hidup dapat memiliki similaritas dengan sekuens DNA makhluk hidup lainnya. Penjajaran sekuens adalah salah satu cara untuk melihat similaritas di antara sekuens DNA. Penjajaran sekuens untuk sekuens DNA yang panjang membutuhkan waktu yang lama. Penjajaran sekuens secara paralel dapat mempercepat proses penjajaran. Untuk mengimplementasikannya dibutuhkan skema partisi, salah satunya adalah columnwise. Penelitian ini menggunakan metode Smith-Waterman untuk melakukan penjajaran sekuens lokal dan GPU untuk melakukan penjajaran sekuens secara paralel. Pada penelitian ini dihasilkan speedup tertinggi sebesar 5.542 kali untuk sekuens DNA dengan panjang 22 000 bp menggunakan skip 1.
Keyword: columnwise, sequence alignment, Smith-Waterman

Judul: Pemasaran Mebel Kayu Jati Jepara
Abstrak: Industri perkayuan memegang peranan penting terhadap perolehan devisa dan pembangunan ekonomi negara. Sejalan dengan penuruan ketersediaan bahan baku untuk industri dan meningkatnya biaya tenaga kerja pada industri berbasis kayu maka mebel kayu merupakan industri kecil yang berpeluang untuk dikembangkan. Industri mebel kayu tidak hanya diharapkan untuk memperoleh devisa tetapi juga akan menstimulasi pertumbuhan ekonomi nasional karena memiliki nilai tambah yang tinggi, mempunyai keterkaitan yang cukup kuat dengan sektor lain, menciptakan lapangan kerja, memiliki pertumbuhan pasar yang baik, dan berdaya saing cukup tinggi. Data statistik UN COMTRADE (2008) mermperlihatkan bahwa sektor industri mebel terus mengalami peningkatan ekspor mebel dari tahun 2003 sampai tahun 2007. Negara tujuan ekspor mebel Indonesia yang utama adalah Amerika Serikat (37%), Jepang (12%), Inggris (8%) dan Belanda (8%), Jerman (7%), dan Perancis (7%). Selain itu, ekspor juga ditujukan ke negara-negara Italia, Belgia, Spanyol, dan Australia.
Keyword: