Judul: Komputasi Paralel Pairwise Alignment Metode Blocked Antidiagonal Menggunakan OpenMP
Abstrak: Skema partisi data yang baik dalam pemrograman paralel dapat membantu mempersingkat waktu komputasi algoritme. Pemrograman dinamis dalam bidang bioinformatik dapat memanfaatkan pemrograman paralel, pairwise alignment sebagai contoh. Beberapa skema partisi data yang diuji menghasilkan efisiensi yang bervariasi. Skema blocked antidiagonal digunakan dengan menggabungkan blok dalam skema antidiagonal. Algoritme paralel dengan OpenMP diimplementasikan dalam blok antidiagonal diharapkan dapat mempersingkat waktu komputasi. Setiap blok antidiagonal diberikan sebuah thread dalam proses komputasi paralel. Sebuah blok diharapkan dapat memanfaatkan fungsi cache internal CPU. Dari hasil pengujian, didapatkan ukuran blok yang lebih besar akan mempercepat waktu komputasi pada ukuran data DNA yang juga lebih panjang. Sementara, pada ukuran DNA yang pendek tidak akan mempengaruhi waktu komputasi secara signifikan. Ukuran blok terbaik yang didapat pada CPU yang digunakan adalah 128×128, yang menghasilkan speedup 3.10 kali lipat dengan efisiensi 75%.
Keyword: antidiagonal, OpenMP, pairwise alignment, paralel

Judul: Akselerasi Global Pairwise Alignment Dengan Skema Partisi Blocked Column-Wise Pada Sistem Memori Terdistribusi
Abstrak: Algoritme global pairwise alignment (GPA) yang digunakan untuk menyejajarkan sepasang sekuens DNA perlu diparalelisasi untuk mempersingkat waktu eksekusi. Skema partisi berpengaruh terhadap kinerja algoritme GPA paralel mengingat algoritme ini mengadopsi metode pemrograman dinamis. Penelitian ini mempercepat algoritme GPA menggunakan skema partisi blocked column-wise pada sistem memori terdistribusi. Pararelisasi algoritme GPA dilakukan dengan model pemrograman message-passing menggunakan standar message passing interface (MPI). Parameter panjang sekuens yang digunakan bervariasi dari 1000 bp sampai paling panjang 30 000 bp. Hasil yang diperoleh menunjukkan speedup menggunakan 2, 3, dan 4 buah PC berturut-turut adalah 1.79, 2.58, dan 3.37 untuk panjang sekuens 30 000 bp. Sedangkan efisiensi menggunakan jumlah PC dan panjang sekuens yang sama berturut-turut mencapai 89.32%, 85.97%, dan 84.19%. Algoritme GPA paralel yang dikembangkan menunjukkan skalabilitas.
Keyword: message-passing, memori terdistribusi, pairwise alignment, skema partisi

Judul: Etno-ornitologi Burung Kancilan Flores (Pachycephala nudigula nudigula Hartert 1897) pada Masyarakat Lio di Taman Nasional Kelimutu
Abstrak: Bare-throathed whistler is one of several wild birds in Kelimutu National Park (TNKL) that is believed to have correlation with Lio Community‟s belief. The estimation of Bare-throated whistler‟s population in Kelimutu National Park was about 186.41-1668.07 individual by the density about 0.0389-0.3481 ind/ha with the sex ratio 6.2:1 that spreaded on area with height of 1100 – 1600 masl. The characteristic of Bare-throated whistler‟s habitat is a natural forest with various canopy level, high plant species diversity and high density. The habitat characteristics related to the availability of food in the form of insects, cover, safety and a nesting site. Generally the most of Lio community knew the existence of Bare-throated whistler directly or from their parents‟ stories. The perceptions of Lio Community to the Bare-throated whistler‟s existence is generally support the conservation efforts. The perceptions construct the Lio Community‟s atitude that tend to be conservative to the existence of Bare-throated whistler. The attitude shown by their behavior that not cathing the Bare-throated whistler from the TNKL‟s area or the outside. The attitude have an important role to the existence of Bare-throated whistler in Kelimutu National Park‟s area.
Keyword: