Judul: Hubungan antara suhu, salinitas dan arus dengan distribusi kelimpahan zooplankton dan ichtyoplankton yang tersaring Bonggo Net di Perairan Teluk Tomini pada Musim Timur
Abstrak: Penelitian dilaksanakan pada tanggal 21 Juli sampai dengan 5 Agustus 2003 di perairan Teluk Tomini. Pengambilan contoh dilakukan di 36 stasiun yang disapu berdasarkan systematic parallel transek. Contoh plankton diambil menggunakan Bonggo nel, parameter oseanografi (suhu, salinitas, dan arus) diukur menggunakan Current Meter Valeport Plus CTD seri 108/308 yang dilengkapi sensor untuk mengukur tekanan dan kedalaman. Data yang diperoleh dianalisis untuk mendapatkan indikator kelimpahan dan struktur komunitasnya (H, E,D); pola distribusi digambarkan secara spatial yang dijelaskan berdasarkan indeks morisitas. Perangkat lunak EXCEL, Surfer dan Ocean Data View digunakan dalam menggambarkan pola-pola sebaran yang teramati. Di perairan Teluk Tomini, pada musim timur 2003 sampel yang teridentifikasi sebanyak 67 genus zooplankton yang termasuk ke dalam 5 filum dan 10 kelas. Filum Crustacea memberi kontribusi terbesar dalam kelimpahan zooplankton yaitu sekitar 86% dari total zooplankton. Filum lainnya (Protochordata, Chaetognatha, Coelenterata dan Annelida) relatif kecil jumlahnya. Kelimpahan terbesar (28.233 ind/m³) di temukan di Stasiun 4 (perairan mulut teluk sebelah utara), sedangkan kelimpahan terkecil (171 ind/m³) ditemukan di Stasiun 31. Di lapisan permukaan kelimpahan zooplankton pada malam hari (5184 ind/m³) lebih besar dibandingkan pada siang hari (662 ind/m³). Ichtyoplankton yang teridentifikasi sebanyak 24 famili dengan jumlah total larva sebanyak 729 individu. Komposisi kelimpahannya didominansi oleh Famili Clupeidae, Carangidae dan Scrombidae. Ditemukan juga beberapa spesies larva ikan karang seperti Ephidididae (platax), Acanthuridae (gutana), Scaridae (kakatua) dan Holocentridae (Squirrelfish) namun kelimpahannya rendah. Kelimpahan terbesar terdapat di Stasiun 8 dengan total kelimpahan 88 ind/m³. Indeks keanekaragaman (H') berkisar antara 2,871 sampai 0,94 (rata-rata 2,038; standar deviasi 0,664). Indeks tertinggi terdapat di Stasiun 35 dan terendah di Stasiun 20. Indeks keseragaman (E) berkisar antara 0,68 sampai 0,22 (rata-rata 0,482; standar deviasi 0,152). Indeks tertinggi terdapat di Stasiun 35 dan terendah di Stasiun 20. Keanekaragaman dan keseragaman tertinggi terdapat di daerah mulut teluk bagian selatan. Untuk nilai indeks Dominansi (D) kisarannya antara 0,065-0,666 dimana dominansi tertinggi terdapat pada Stasiun 4 dan terendah pada Stasiun 35.. Nilai suhu di permukaan berada pada kisaran antara 26°C-30°C. Suhu tertinggi terdapat di Stasiun 27 dan suhu terendah terdapat di Stasiun 15. Untuk salinitas kisarannya antara 33,3-34,4 psu, dengan salinitas tertinggi di Stasiun 36 dan terendah di Stasiun 15. Kecepatan arus permukaan di daerah teluk pada kisaran 0,043 m/dtk sampai dengan 0,54 m/detik. Secara vertikal kisaran lapisan tercampur (mixed layer) sampai pada kedalaman 50 meter. Kelimpahan zooplankton semakin tinggi seiring dengan bertambahnya suhu dan mencapai puncaknya pada suhu 29-30°C yang diperkirakan merupakan suhu optimum...
Keyword: Zooplankton, Ichtyoplankton, Bonggo Net

Judul: Studi tentang kelimpahan dan distribusi vertikal harian zooplankton di Teluk Palabuhan Ratu pada musim timur 1992
Abstrak: Penelitian ini dilakukan di Teluk Palabuhan Ratu yang merupakan daerah penangkapan ikan yang cukup potensial. Perairan ini merupakan perairan teluk yang cukup luas dan berhubungan langsung dengan Lautan Hindia, sehingga karakteristik dan proses dinamika laut yang terjadi (fisika, kimia dan biologi) banyak dipengaruhi oleh Lautan Hindia. Tiga buah. sungai bermuara di teluk ini yaitu Sungai Citepus, Sungai Cimandiri dan Sungai Cipalabuhan. Plankton mempunyai peranan sangat penting, karena merupakan mata rantai dari rantai makanan di laut. Selain itu keberadaan dan sebar- an plankton dapat memberikan petunjuk tentang kesuburan perairan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pola sebaran zooplankton di perairan Teluk Palabuhan Ratu pada musim timur 1992 dan gambaran tentang pola sebaran dan migrasi vertikal pada lapisan 075 m. Aspek yang diteliti meliputi kelimpahan, komposisi, keragaman dan dominansi zooplankton. Hasil pengukuran suhu permukaan di perairan Teluk Palabuhan Ratu pada pengambilan I berkisar 28,5029,00 °C. Pengambilan II berkisar 27,00 27,50 °C. Sedangkan pada pengambilan III berkisar 27.00- 28,00 °C. Salinitas permukaan pada pengambilan I berkisar 30,00 33,00°/00. Pengambilan II berkisar 30,00-33,00°/0o. Sedangkan pengambilan III berkisar 30,00 34,00°/00. Hasil pencacahan zooplankton per meter kubik air laut pada pengambilan I berkisar 1344 619 individu/m³ dengan rata-rata 949 individu/m³. Pada pengambilan II berkisar 966-503 individu /m³ dengan rata-rata 742 individu/m³. Sedangkan pada pengambilan III berkisar 936-294 individu/m³ dengan rata-rata 534 individu/m³. ...
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA