Judul: Pola sebaran volume backsttering strength ikan dimersial secara temporal dengan menggunakan metoda akustik di perairan Selat Malaka
Abstrak: Selat Malaka memiliki potensi produksi perikanan yang sangat besar untuk dikembangkan secara optimal. Penelitian ini bertujuan untuk melihat perbedaan nilai Volume Backscattering Strength (Sv) ikan demersal secara temporal dengan menggunakan metode akustik bim terbagi di perairan Selat Malaka. Bentuk penelitian ini berupa analisis data sekunder yang diperoleh dari data survei akustik kapal riset Baruna Jaya VII, dilaksanakan pada tanggal 26-28 September 2001 dengan lokasi penelitian Perairan Selat Malaka. Data yang didapat terbagi menjadi dua bagian, yaitu data akustik (dalam bentuk DT) dan data oseanografi (suhu, salinitas, kedalaman). Pemrosesan data dilakukan pada bulan Juni sampai November 2002, di Laboratorium Hidroakustik dan Instrumentasi Kelautan, FPIK IPB. Hasil penelitian didapat bahwa sebaran ikan demersal pada siang hari dengan frekuensi target terbanyak berada pada kisaran Volume Back Scattering Strength (Sv) antara -50 sampai -55 dB dengan jumlah frekuensi sebesar 2105, sedangkan pada waktu malam hari frekuensi target terbanyak terdapat pada kisaran Sv antara -55 sampai -60 dB dengan jumlah frekuensi sebesar 2421. Hasil pengujian dengan menggunakan uji t didapat bahwa hubungan sebaran Volume Back Scattering Strength ikan demersal pada siang hari maupun pada malam hari berbeda nyata. Hal ini menunjukkan bahwa ikan demersal di Perairan Selat Malaka lebih banyak mengelompok pada siang hari dengan kepadatan kelompok yang tinggi dan memiliki nilai rata-rata sebaran Volume Backscattering Strength lebih besar daripada malam hari dimana pada siang hari rata-ratanya sebesar 54,80 ± 5.23 dB, sedangkan untuk malam hari nilai rata-ratanya sebesar -57,39 ± 4.06 dB. Pengaruh osenografi (pada malam hari lapisan suhu permukaan relatif lebih dingin) dan terlindung dari predator, menyebabkan ikan demersal menyebar di kolom air pada malam hari. Sedangkan pada siang hari ikan-ikan demersal cenderung berada di dekat dasar perairan. untuk menghindari pengaruh cahaya matahari dan juga untuk menghindari dari pemangsaan.
Keyword: 

Judul: Pendugaan nilai dan sebaran volume backscattering strength (Sv) ikan pelagis di perairan Selat Malaka pada bulan september 2001 dengan sistem akustik BIM terbagi
Abstrak: Selat Malaka merupakan penghubung antara Samudera Hindia dengan Samudera Pasifik dan juga perairan yang padat dilalui oleh berbagai macam kapal. Selat Malaka memiliki potensi perikanan yang sangat besar untuk dikembangkan secara optimal. Penelitian ini bertujuan untuk menduga nilai dan sebaran volume backscattering strength (Sv) ikan pelagis dalam hubungannya dengan kelimpahan ikan serta untuk mengetahui pengaruh faktor-faktor oseanografi terhadap sebaran volume backscattering strength (Sv) ikan pelagis di perairan Selat Malaka. Penelitian ini merupakan bagian dari Survei Pengkajian Stok Ikan Pelagis di Perairan Indonesia yang dilaksanakan dari tanggal 13 September 13 Oktober 2001 menggunakan kapal riset Baruna Jaya (BJ) VII dengan wilayah perairan meliputi Perairan Laut Cina Selatan dan Perairan Selat Malaka. Pengambilan data di Selat Malaka dilakukan selama tiga hari, dari tanggal 26-28 September 2001. Alat-alat yang digunakan meliputi scientific echo sounder SIMRAD EK 500 (transducer split beam 38 kHz), CTD (Conductivity Temperature Depth) Sea bird 911 SBE plus, GPS (Global Positioning System) serta Software EP 500, MS Excell, MS Word dan Surfer versi 7.0 untuk pemrosesan data. Dari penelitian ini terungkap, bahwa sebaran vertikal Sv kelompok ikan di perairan Selat Malaka merata dengan nilai yang tidak jauh berbeda dengan rata-rata 72,61 dB. Sebaran Sv rata-rata ikan terbesar terdapat pada kedalaman 16-21 m sebesar-71,38 dB. Sedangkan Sv rata-rata ikan terkecil dengan nilai-73,78 dB terdapat di kedalaman 4-8 m. Ini Berarti besarnya sebaran Sv kelompok ikan yang berada di permukaan tidak jauh berbeda dengan sebaran Sv kelompok ikan yang berada di kedalaman 21 m. Sebagian besar migrasi vertikal dipengaruhi oleh perubahan diurnal intensitas cahaya.
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA