Judul: Isolasi, identifikasi dan studi awal peran bakteri proteolitik dari bagian eksternal ikan nila gift oreochromis niloticus
Abstrak: Ikan nila GIFT Oreochromis niloticus merupakan salah satu jenis ikan yang telah menjadi komoditas ekspor. Pada budidaya ikan nila masih ditemui kasus penyakit yang disebabkan oleh bakteri patogen. Sifat patogenik dari bakteri dapat disebabkan oleh kemampuan proteolitik dari bakteri patogen. Di lain pihak, enzim protease yang dihasilkan oleh beberapa bakteri probiotik yang hidup pada saluran pencernaan ikan, kulit dan insang dapat membantu bakteri-bakteri tersebut menjalankan peranannya. Namun mekanisme yang terjadi belum diungkap secara jelas. Penelitian ini melalui beberapa tahapan yaitu: 1) pengambilan sampel insang dan lendir pada permukaan kulit ikan nila GIFT dalam keadaan hidup baik dari ikan yang sehat maupun sakit. Bobot ikan sekitar 150-200 gram dan panjangnya ± 20 cm, 2) penapisan isolat proteolitik yaitu dengan melihat zona bening di sekeliling koloni pada media NA+skim milk 0,5%, 3) mengidentifikasi isolat terpilih dengan indeks proteolitik ≥2.00 dengan metode Cowan (1974). 4) uji Postulat Koch secara in vivo yakni penginfeksian (sebanyak 10. 10 dan 108 CFU/ml) isolat dengan IP paling tinggi pada ikan berukuran sama dengan sampel kemudian dilakukan pengamatan tingkah laku (respon makan dan gerak) serta gejala klinis selama masa pemeliharaan 10 hari. 5) uji antibakteri secara in vitro dengan metode kertas cakram. Data yang diperoleh kemudian dianalisis secara deskriptif. Hasil penelitian adalah terdapatnya delapan isolat terpilih yaitu masing- masing 1 isolat dari kulit ikan sakit, kulit ikan sehat, insang ikan sehat. dan 5 isolat dari insang ikan sakit. Berdasarkan hasil telaah morfologi dan fisiologi isolat-isolat terpilih dapat diidentifikasi sebagai Staphylococcus sp. galur T.c2. Necromonas sp. galur T.s2, Enterobacter sp. galur H.n dan Corynebacterium sp. galur H.m. Hasil uji Postulat Koch menunjukkan bahwa Enterobacter sp. galur H.n dan Corynebacterium sp. galur H.m tidak menyebabkan gejala sakit pada ikan. Necromonas sp. galur T.s2 menyebabkan gejala sakit pada ikan namun setelah diisolasi dari ikan-ikan tersebut tidak terdapat dominasi bakteri. Sebaliknya hasil pengujian terhadap ikan yang diinfeksi Staphylococcus sp. galur T.c2 memperlihatkan adanya gejala sakit yang hampir sama dengan inang saat isolasi sehingga diduga bahwa bakteri tersebut merupakan patogen penyebab sakit pada inang. Hasil uji antibakteri untuk mengetahui potensi interaksi isolat proteolitik flora normal dari ikan sehat dan isolat proteolitik patogen dari ikan sakit menunjukkan bahwa Enterobacter sp. galur H.n dan Corynebacterium sp. galur H.m berpotensi menekan Necromonas sp. galur T.s2.
Keyword: 

Judul: Virulensi Bakteri Streptococcus Agalactiae Pada Ikan Nila (Oreochromis Niloticus).
Abstrak: Streptococcus agalactiae merupakan salah satu penyebab penyakit streptococcosis dan menyebabkan mortalitas yang signifikan pada berbagai jenis ikan air tawar dan laut di seluruh dunia. Di Indonesia, S. agalactiae telah menyerang budidaya ikan nila di beberapa daerah antara lain Sumatera Selatan, Jawa Tengah dan Jawa Barat. Bakteri yang sangat virulen akan mampu menginfeksi ikan sehat dan menyebabkan sakit. Faktor virulensi bakteri berkaitan dengan kemampuan bakteri menginvasi, bereplikasi dan bertahan terhadap sistem pertahanan tubuh inang, serta kemampuan menyebabkan kerusakan sel selama perkembangan penyakit. Pengetahuan akan karakteristik virulensi bakteri S. agalactiae akan memberikan gambaran kemampuan bakteri dalam menginfeksi dan berkembang dalam tubuh ikan sehingga mampu menyebabkan penyakit pada ikan. Selanjutnya informasi terkait karakteristik faktor virulensi bakteri dan peranannya dalam patogenisitas dapat menjadi acuan dalam mengembangkan upaya-upaya pengendalian serangan S. agalactiae terhadap budidaya ikan nila di Indonesia. Tujuan penelitian ini adalah untuk menguji virulensi S. agalactiae yang menginfeksi ikan nila dan mengkarakterisasi faktor-faktor virulensinya yang berperan dalam perkembangan penyakit. Empat isolat bakteri (N3M, N4M, N17O dan NK1) diuji tingkat virulensinya terhadap ikan nila dengan injeksi secara intraperitoneal. Uji in vitro dilakukan untuk mengetahui karakteristik terkait virulensi, yaitu pengujian resistensi bakteri terhadap whole blood killing, complement mediated killing serta oksigen reaktif. Kemudian dilakukan deteksi gen-gen terkait virulensi yaitu suface immunogenic protein, sip; faktor CAMP, cfb; protein C-β, bac; dan fibrinogen binding protein, fbsA dengan PCR. Hasil uji virulensi menunjukkan bahwa keempat isolat bakteri bersifat virulen. NK1 merupakan isolat paling virulen dengan dosis mematikan 50% (LD50) 104.5 CFU/ml, sementara LD50 N3M 107.75 CFU/ml, N4M >108 CFU/ml, dan N17O 106.67 CFU/ml. Keempat isolat bersifat resisten terhadap aktivitas pertahanan tubuh dalam darah dan serum. Hasil uji blood survival yaitu viabilitas masing-masing bakteri uji yaitu N3M mencapai 91%, N4M mencapai 158%, N17O mencapai 178% dan NK1 mencapai 236 % dari kepadatan awalnya. Hasil uji complement mediated killing menunjukkan semua isolat bakteri uji mampu tumbuh dengan baik dan mencapai viabilitas lebih dari 100%, baik pada perlakuan serum aktif maupun serum inaktif. Viabilitas bakteri pada uji sensitivitas terhadap oksigen reaktif yaitu 38% (N3M), 25% (N4M), 35% (N17O) dan 48% (NK1). NK1 merupakan isolat yang paling resisten terhadap whole blood killing, complement mediated killing dan pemusnahan oleh oksigen reaktif. Hasil identifikasi dengan PCR menunjukkan bahwa N3M, N4M, N17O dan NK1 memiliki gen sip, fbsA dan cfb yang berperan penting dalam menentukan sifat virulensinya.
Keyword: Ikan nila, Streptococcus agalactiae, virulensi

Judul: 3D model reconstruction using aerial photo to measure object height
Abstrak: 3D reconstruction, especially for height extraction, using digital aerial photos taken from a non-metric camera and Unmanned Aerial Vehicle (UAV) is a challenging study. The purposes of the study are to determine the factors affect the accuracy of an object’s height reveal from a 3D model and establish procedures to deliver the optimal result. Two or more overlapping aerial photos can be constructed into the 3D model by applying the principles of collinearity and epipolar geometry using 3D reconstruction algorithm. Due to the instability of non-metric digital camera, the camera must be calibrated before 3D reconstruction is processed, in that way the quality of spatial extraction can be then measured. The study is conducted using 24 megapixels resolution Sony NEX7 digital camera and Hexacopter UAV. UAV was flown to a height of 50 m, 60 m and 70 m and placed at a certain position in order to get some height variations of camera. Camera Calibration Toolbox is utilized to calculate intrinsik parameters of the camera and a specific program is developed using MATLAB in order to build the 3D model and to obtain the object’s height. The result validation is done by comparing the height from 3D model with that one measured using Electronic Total Station. The accuracy of the object’s height up to 1 mm successfully achieved, with the largest height prediction error reaches 15.2 cm at 70 m flying height above ground level and average percentage error 4.07 for 20 objects.
Keyword: 3D reconstruction, collinearity, epipolar geometry, UAV