Judul: Mendeteksi Serotyping Salmonella Hadar, S. Typhimurium, dan S. Enteritidis menggunakan Real Time Polymerase Chain Reaction.
Abstrak: Kontaminasi Salmonella pada produk pangan seperti karkas ayam perlu diwaspadai, sehingga diperlukan metode cepat dan akurat deteksi Salmonella untuk memonitornya. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh konsentrasi primer dan kondisi optimum PCR, mengevaluasi spesifisitas primer, menentukan limit deteksi untuk mendeteksi Salmonella pada karkas ayam menggunakan real time polymerase chain reaction (rt-PCR). Tahapan penelitian yaitu ekstraksi DNA, optimasi kondisi rt-PCR, konfirmasi spesifisitas dan limit deteksi, serta uji coba pada sampel. Pengujian dengan rt-PCR diawali dengan denaturasi awal pada 95 oC selama 1 menit diikuti dengan 35 siklus yang terdiri dari 15 detik denaturasi pada 95 oC, 30 detik annealing pada 52 oC, 35 detik ekstensi pada 72 oC dan ekstensi akhir pada 72 oC selama 5 menit. Kemudian dilanjutkan dengan tahap melting dengan transisi suhu 60-90 oC dengan laju 0.5 oC/detik. Primer yang digunakan untuk mendeteksi keberadaan Salmonella spp. adalah InvA119 yang spesifik sampai siklus ke-30, untuk S. Typhimurium adalah STM311 yang spesifik sampai siklus ke-25, dan untuk S. Enteritidis adalah Prot6E yang spesifik sampai siklus ke-22. Limit deteksi dengan konsentrasi primer 0.5 μM berdasarkan konsentrasi DNA untuk ketiga target gen tersebut berturut-turut sebesar 0.0002, 0.022, dan 0.218 ng atau setara dengan 3.8 x 101, 4.1 x 103, dan 2.6 x 104 sel per mL.
Keyword: karkas ayam, rt-PCR, Salmonella, S. Enteritidis, S. Typhimurium

Judul: Deteksi Salmonella spp., S. Typhimurium dan S. Enteritidis Menggunakan Multiplex Real-Time Polymerase Chain Reaction (PCR).
Abstrak: Salmonella merupakan salah satu bakteri patogen yang banyak ditemui di pangan khususnya serotipe S. Typhimurium dan S. Enteritidis. Pangan yang paling rentan terkontaminasi Salmonella adalah daging unggas terutama karkas ayam. Metode untuk mendeteksi keberadaan Salmonella dengan multiplex real-time Polymerase Chain Reaction (rt-PCR) dibutuhkan agar deteksi lebih cepat dan efisien. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan metode deteksi dan serotyping cepat Salmonella spp. dengan menggunakan multiplex rt-PCR. Tahapan penelitian yaitu ekstraksi DNA, optimasi konsentrasi primer, uji spesifisitas dan limit deteksi, pembuatan kurva standar, dan uji coba pada karkas ayam. Ekstraksi DNA dilakukan dengan menggunakan metode lisis sel. Kemurnian hasil ekstraksi DNA Salmonella yaitu 1.84-1.93 (371.30-985.00 ng/μL). Primer yang digunakan yaitu InvA119 untuk mendeteksi Salmonella spp., STM523 untuk mendeteksi S. Typhimurium, dan Prot6E untuk mendeteksi S. Enteritidis. Konsentrasi primer optimum yaitu 0.3 μM untuk InvA119, 0.6 μM untuk STM523, dan 0.1 μM untuk Prot6E. Limit deteksi untuk setiap target gen secara berturut-turut yaitu 0.00288, 0.02200, dan 0.00218 ng/μL dengan jumlah sel 1.9x102, 4.1x103, dan 2.1x102 sel. Jika dilakukan secara multiplex maka konsentrasi limit deteksi sebesar 0.00727 ng/μL akan tetapi tidak dapat diketahui konsentrasi dari masing-masing serovar Salmonella sehingga jumlah sel terendah tidak dapat dihitung. Nilai R2 dari kurva standar yang dihasilkan dari pengujian secara multiplex rt-PCR berkisar antara 0.7-0.8 sehingga tidak valid jika digunakan untuk kuantifikasi.
Keyword: multiplex, rt-PCR, Salmonella spp., S. Enteritidis, S. Typhimurium

Judul: Keanekaragaman Bazzania (Marchantiophyta: Lepidoziaceae) di Taman Nasional Gunung Leuser, Aceh Tenggara, Sumatra.
Abstrak: Bazzania merupakan marga besar dari lumut hati berdaun, banyak jenis-jenis dari marga ini yang persebarannya berada di hutan tropis. Keanekaragaman dan kemelimpahan Bazzania meningkat pada hutan hujan pegunungan yang sering berkabut serta berkelembaban tinggi sehingga hutan ini disebut sebagai “hutan lumut”. Marga ini memiliki karakter diagnostik yakni percabangan membentuk pola “Y”, terdapat flagel dan daun tersusun secara incubous. Laporan tentang persebaran Bazzania di Sumatra belum mencakup semua kawasan hutan pegunungan yang ada di Sumatra, termasuk Taman Nasional Gunung Leuser (TNGL). Taman nasional ini merupakan laboratorium alam yang berorientasi pada perlindungan bagi pelbagai jenis tumbuhan termasuk Bazzania. Oleh karena itu penelitian floristik ini dilakukan untuk mengeksplorasi keanekaragaman Bazzania TNGL sebagai upaya pelengkapan daftar jenis Bazzania Sumatra. Eksplorasi spesimen Bazzania dilakukan di sepanjang jalur pendakian di TNGL (1417-2900 m dpl), dimulai dari Rainforest Lodge Kedah sampai Camp Alas. Koleksi spesimen herbarium disimpan di Herbarium Bogoriense (BO). Informasi karakter morfologi yang diamati selanjutnya digunakan dalam menyusun kunci identifikasi dan mempertelakan jenis Bazzania yang terdokumentasi di TNGL. Sebanyak 13 jenis Bazzania ditemukan di TNGL, umumnya tumbuh pada substrat batang pohon, kayu lapuk, dan ranting. Marga Bazzania memiliki variasi struktur umum gametofit yaitu tipe perawakan (kekar, ramping); bentuk pertumbuhan (merayap, mendongak, menggantung); bentuk koloni (mengeset tebal, mengeset tipis), orientasi daun lateral (tersebar mendatar ketika segar maupun kering, tersebar mendatar ketika segar tetapi tergulung masuk ketika kering), susunan daun ventral (menyirap rapat, berjarak renggang). Daun lateral memiliki variasi pada karakter bentuk, ujung, tepi, pangkal daun; kehadiran struktur tambahan seperti cuping di bagian pangkal daun; keberadaan vitta, bentuk sel pada lembaran daun, dan keberadaan trigon. Daun lateral berbentuk asimetris menyegitiga, membundar, membundar telur hingga melancor-melidah; ujung daun bergigi 2-4 dengan torehan dangkal sampai dalam, atau tidak beraturan; tepi mengombak halus, bergigi halus, bergerigi; pangkal bagian dorsal menjantung, membundar dengan tambahan seperti cuping; pangkal bagian ventral lurus, membundar; vita ada atau absen; sel berbentuk isodiametris, persegi, linear; trigon kecil, besar; kutikula halus, berbingkahan. Daun ventral memiliki variasi pada karakter bentuk, tepi, ujung, dan pangkal daun, serta kehadiran bagian daun yang hialin. Daun ventral berbentuk persegi empat, persegi empat memanjang, membundar, membundar telur, menyegitiga, mengginjal; ujung berjelabir, bergerigi, bergigi, rata; tepi mengombak sederhana, bergigi, bergerigi, bercuping dangkal, bercuping dalam; pangkal bebas, atau satu atau kedua sisinya melekat pada daun lateral; hialin absen, semua bagian daun ventral tersusun sel hialin, tidak semua bagian semua bagian daun ventral berhialin. Terdapat 5 jenis Bazzania diketahui sebagai rekaman baru untuk Sumatra yaitu Bazzania horridula, B. adnexa, B. angustifolia, B. fauriana, dan B. oshimensis; empat jenis terakhir juga merupakan rekaman baru untuk Malesia. Bazzania horridula telah dilaporkan ada di Jawa. Persebaran B. adnexa sebelumnya hanya dilaporkan di Australiasia dan China Selatan. Bazzania angustifolia, dan B. fauriana dilaporkan ada di Jepang, Vietnam Utara, Taiwan. Persebaran B. oshimensis meliputi wilayah Asia dan Indo-China (Vietnam, Thailand, Burma, Formosa, Ceylon, India dan Jepang). Kelima jenis tersebut menambah jumlah jenis Bazzania Sumatra yang sebelumnya dilaporkan sebanyak 38 jenis, sekarang menjadi 43 jenis.
Keyword: Bazzania, bryophyta, Gunung Leuser-Aceh, Lepidoziaceae, lumut hati