Judul: Analisis Genomik dan Transkriptomik Eboni (Diospyros celebica Bahk.) untuk Pengembangan Marka Genetik dan Identifikasi Karakter Adaptif
Abstrak: Eboni (Diospyros celebica Bakh.) merupakan jenis pohon endemik Sulawesi dan memiliki nilai ekonomis tinggi. Kayu ini digunakan dalam berbagai aplikasi seperti pembuatan bangunan sakral di Jepang, mebel, kerajinan tangan, dan alat musik. Namun, karena eksploitasi yang tidak berkelanjutan, illegal logging, dan perubahan penggunaan lahan, populasi eboni di alam berkurang. Meskipun belum memiliki perlindungan resmi, jenis ini dikategorikan sebagai rentan oleh IUCN. Mengingat pentingnya jenis ini, perlu dilakukan konservasi dan penanaman kembali eboni secara in-situ maupun ex-situ dengan menggunakan bibit yang memiliki latar belakang genetik yang jelas. Penggunaan teknologi Whole Genome Sequencing (WGS) dan RNA Sequencing dapat memberikan informasi genetik untuk mengetahui kualitas bibit yang digunakan, sehingga meningkatkan kesuksesan restorasi ekosistem. Penelitian terbagi menjadi dua sub-penelitian. Sub-penelitian pertama pendekatan whole genome sequencing (WGS) serta identifikasi mikrosatelit pada genom eboni. Sub-penelitian kedua berfokus pada analisis transkriptomik untuk identifikasi gen ontology dan analisis KEGG Pathway serta identifikasi mikrosatelit pada transkrip eboni. Terdapat 282,4 juta reads dengan total 42,4 miliar basa nukleotida yang telah disekuens untuk menyusun 950.081 scaffold untuk pustaka genom eboni. Hasil analisis BUSCO, terdapat 183 scaffold (12,7%) yang mengandung gen Complete and single-copy BUSCOs (S) 9 scaffold (0,6%) yang mengandung gen Complete and duplicated BUSCOs (D) 136 scaffold (9,4%) yang mengandung gen Fragmented BUSCOs (F) dan 1 112 scaffold (77,2%) dengan gen Missing BUSCOs (M). Analisis open reading frames (ORFs) yang dilakukan telah berhasil mengidentifikasi sebanyak 105.427 transkrip dari total 219.151 transkrip yang ada. Secara rinci, sebanyak 19.834 transkrip (18,81%) termasuk dalam kategori 5prime_partial, 6.040 transkrip (5,73%) yang masuk dalam kategori 3prime_partial, 5.224 transkrip (4,96%) yang tergolong dalam kategori Internal, dan 74.329 transkrip (71,50%), termasuk dalam kategori Complete. Hasil identifikasi SSR pada genom eboni terdapat 14 contig dengan motif dinukleotida, 12.090 contig dengan motif trinukleotida, 780 contig dengan motif tetranukleotida, dan 6 contig dengan motif pentanukleotida. Sedangkan pada transkrip eboni, motif mikrosatelit dinucleotide menjadi yang paling dominan, ditemukan pada persentase 73,24% (19.387) pada sampel GUS, 73,92% (19.549) pada sampel GSS, dan 74,18% (28.921) pada sampel Gabungan. Selanjutnya, 10 gen dengan p-value terkecil pada analisis ontology gen, yaitu Biological Process, Cellular Component, dan Molecular Function. Analisis KEGG pathway metabolisme juga berhasil mengidentifikasi 26 pathway pada transkrip eboni.
Keyword: Diospyros celebica, eboni, genomik, Sulawesi, transkriptomik

Judul: Keanekaragaman Spesies di Habitat Alami Eboni (Diospyros celebica Bakh.) Di Hutan Alam Sulawesi.
Abstrak: Eboni (Diospyros celebica Bakh) atau yang lebih dikenal dengan sebutan kayu hitam memiliki nilai komersial yang tinggi karena mempunyai nilai jual mencapai 10-20 kali dibandingkan jenis pohon hutan lainnya. Kelangkaan populasi eboni (Diospyros celebica bakh.) pada hutan alam dan statusnya dikategorikan sebagai tumbuhan yang mulai “langka” dan menimbulkan kekhawatiran akan kepunahannya. Laju penurunan populasi yang sangat cepat ini menyebabkan International Union for Conservation of Nature (IUCN) menerbitkan daftar tentang jenis-jenis flora maupun fauna yang terancam kepunahan. IUCN Red List Of Threatened Spesies, memberikan kategori eboni termasuk Vulnerable (batas resiko tinggi punah di alam atau rentan terhadap eksploitasi) sehingga di khawatirkan akan terjadi kelangkaan jenis. Pemanfaatan eboni untuk berbagai kepentingan dari tahun ke tahun semakin meningkat sehingga kekhawatiran akan semakin menurunnya populasi eboni semakin tampak terjadi. Sebaran dan potensi eboni terkini di Sulawesi belum diketahui dengan pasti mengingat masih terjadinya aktivitas ilegal logging dan konversi lahan menjadi pemukiman yang tentunya berdampak terhadap kondisi tegakan alami di hutan alam Sulawesi. Penurunan secara kuantitas dan kualitas pohon sebagai penyusun komponen utama hutan alam termasuk eboni dapat menyebabkan struktur vegetasi hutan yang tumbuh membentuk tegakan yang mencerminkan adanya permasalahan dalam permudaan alamnya. Oleh karena itu upaya konservasi eboni di hutan alam memerlukan kajian terhadap habitatnya untuk mendapatkan informasi awal terkini terkait struktur vegetasi dan kelimpahan jenis eboni. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk menganalisis keanekaragaman spesies pada habitat alami eboni (Diospyros celebica Bakh.) berdasarkan perbedaan tingkat degradasinya. Pembuatan petak pengamatan kondisi vegetasi menggunakan metode metode jalur. Ukuran petak jalur contoh ditentukan 20 m x 100 m dengan model 100 m merupakan sumbu X dan 20 m merupakan sumbu Y. Petak jalur akan dibagi menjadi 5 subpetak ukuran 20 m x 20 m. Data yang dikumpulkan untuk tingkat pertumbuhan tiang dan pohon adalah nama jenis, jumlah individu, diameter setinggi dada (DBH) dan tinggi total. Berdasarkan hasil pengamatan nantinya akan dilakukan penggambaran diagram profil hutan dan stratifikasi tajuk dalam bentuk diagram profil vegetasi. Data yang diambil meliputi: jenis, tinggi total, tinggi bebas cabang, diameter, posisi pohon dan jarak pohon terhadap sumbu jalur serta sketsa tajuk. Hasil analisis vegetasi dilakukan dengan menghitung beberapa indeks, seperti Indeks Nilai Penting (INP), indeks keanekaragaman, indeks kekayaan jenis dan indeks dominansi jenis. Data dan informasi yang disajikan menyimpulkan bahwa diseluruh lokasi penelitian terdapat 30 famili yang terdiri dari 44 spesies pada kelas pohon, 37 spesies pada kelas tiang, 39 spesies pada kelas pancang dan 31 spesies pada kelas semai. Komposisi jenis diseluruh lokasi penelitian didominasi oleh Diospyros celebica Bakh., Dracontomelon dao (Blanco) Merr. & Rolfe, Canangium odoratum, Ficus benjamina L., Pterospermum celebicum Miq., Kleinhovia hospita L. dan Vitex cofassus Reinw. ex Blume. Pada lokasi Bantimurung Bulusaraung (BB), Cani Sidenreng (CS), Farhumpenai (FP) dan Pangi Binangga (PB) masing-masing memiliki Indeks Keanekaragaman pohon sebesar 0.82, 1.13, 1.03 dan 1.60. Indeks nilai penting (INP) eboni di BB sebesar 18.01%, CS sebesar 74,1%, FP sebesar 60.13% dan PB sebesar 113.5%. Struktur lapisan kanopi hutan pada BB, CS, FP dan PB terdiri dari tiga lapis kanopi dengan kondisi kerapatan jenis yang berbeda-beda. Di lokasi CS dan FP memiliki Diospyros celebica Bakh yang lengkap disemua tingkat pertumbuhan sehingga regenerasi
Keyword: vegetation structure, ebony, stratification, important value index, vegetation structure

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: