Judul: Ketahanan Ayam IPB D1 yang Memiliki Gen TLR4 terhadap Infeksi Bakteri Salmonella Enteritidis
Abstrak: Ayam IPB D1 merupakan hasil persilangan antara ayam pelung, sentul, kampung dan broiler. Persilangan ayam ini dilakukan oleh para peneliti dari Fakultas Peternakan-Institut Pertanian Bogor dengan tujuan mendapatkan galur ayam pedaging yang dikembangbiakan oleh masyarakat dengan sistem pemeliharaan tradisional yaitu dengan cara diumbar (back yard). Salah satu penyakit bakterial yang umumnya menyerang unggas adalah Salmonellosis, oleh sebab itu dilakukan penelitian untuk mengetahui ketahanan ayam IPB D1 ini terhadap agen penyakit Salmonellosis dengan menggunakan penciri genetik gen TLR4 (Toll-Like Receptor 4). Gen TLR4 merupakan salah satu gen yang mengontrol ketahanan ayam terhadap infeksi bakteri Gram negatif salah satunya Salmonella Enteritidis, melalui respon imun non-specific. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui ketahanan ayam IPB D1 yang memiliki gen TLR4 terhadap infeksi S. Enteritidis. Total sampel yang digunakan adalah sebanyak 11 ekor. Penelitian ini dilakukan melalui beberapa tahapan pengujian keberadaan gen TLR4 dengan uji Polymerase Chain Reaction (PCR) dan sekuensing serta pengamatan respon kekebalannya melalui pemeriksaan jumlah leukosit, diferensial leukosit serta gambaran umum darahnya dan kemampuan kekebalannya dalam menghambat pertumbuhan bakteri S. Enteritidis pada saat sebelum maupun setelah ditantang dengan bakteri S. Enteritidis. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa ayam IPB D1 yang memiliki gen TLR4 (genotipe GG dan AG) memiliki ketahanan terhadap bakteri S. Enteritidis berdasarkan gambaran leukosit dan darahnya secara umum. Secara in vitro sistem kekebalan humoralnya mampu menghambat pertumbuhan bakteri S. Enteritidis melalui uji clearance.
Keyword: Ayam IPB D1, Gen TLR, Respon imun non-specifi, Salmonella Enteritidis

Judul: Kajian Genomik dan Transkriptomik Gen-Gen Potensial Sifat Ketahanan Penyakit Ayam IPB-D2
Abstrak: Peningkatan kualitas ayam IPB-D1 dapat dilakukan dengan beberapa cara, salah satunya yaitu pembentukan calon galur ayam IPB-D2. Ayam IPB-D2 diseleksi berdasarkan sifat ketahanan penyakit. Ayam IPB-D2 diseleksi dari ayam IPB-D1 dengan kriteria konsentrasi IgY ≥ 10 mg mL-1 dan titer antibodi ND ≥ 3 log2 HI unit. Selain seleksi secara konvensional dengan seleksi konsentrasi IgY dan titer antibodi ND, juga dilakukan secara molekuler. Seleksi molekuler dilakukan dengan memanfaatkan gen-gen potensial hasil RNA sekuensing. Tujuan umum penelitian ini adalah mengkaji gen-gen potensial pada sifat ketahanan penyakit ayam IPB-D2. Tujuan khusus penelitian ini yaitu: 1) mengevaluasi sifat ketahanan penyakit ayam IPB-D2; 2) menganalisis gen-gen potensial sifat ketahanan penyakit ayam IPB-D2 dengan RNA sekuensing dan 3) menganalisis keragaman, ekspresi dan asosiasi gen-gen potensial gen BLB2 serta CD4 terhadap sifat ketahanan penyakit ayam IPB-D2. Penelitian ini menggunakan ayam IPB-D2 G2 berumur 21 minggu. Sampel darah diambil dan digunakan untuk uji ketahanan penyakit dan kajian genomik gen BLB2 dan CD4. Analisis transkriptomik menggunakan jaringan seka tonsil ayam IPB-D2 G2 dengan perbedaan konsentrasi titer antibodi ND tinggi dan titer antibodi ND rendah. Uji ketahanan penyakit ayam IPB-D2 dilakukan dengan melakukan beberapa metode. Konsentrasi IgY dianalisis dengan metode indirect ELISA, titer antibodi ND dianalisis dengan metode HI, profil leukosit dan diferensiasinya dianalisis menggunakan metode Giemsa, populasi CD4+ dan CD8+ dianalisis menggunakan uji flowcytometry. Hasil analisis menunjukkan ayam IPB-D2 memiliki sifat ketahanan tubuh seperti konsentrasi IgY 12,60±1,96 mg mL-1, titer antibodi ND 1,55±1,4 log2 HI unit, leukosit 15.29±4.28 x 106 mm-2, limfosit 50,96±11,91 %, heterofil 42,76±12,23 %, monosit 4,85±0,95 %, eosinofil 1,61±0,9%, dan populasi CD4+ yang lebih tinggi dibandingkan populasi CD8+. Ayam IPB-D2 memiliki sistem kekebalan spesifik dan non-spesifik yang seimbang. Kajian gen-gen potensial pada sifat ketahanan penyakit dilakukan dengan 2 metode yaitu studi literatur hasil RNA sekuensing pada ayam SenSi dan analisis RNA sekuensing pada ayam IPB-D2. Analisis RNA sekuensing pada ayam IPB-D2 menunjukkan terdapat beberapa gen-gen potensial pengontrol titer antibodi ND seperti ZBTB38, CCR9, TLR2A, CD44 dan CDC42BPA. Hasil studi literatur pada hasil RNA sekuensing ayam SenSi menyatakan terdapat beberapa gen yang berhubungan dengan kemampuan imunitas pada ayam SenSi. Salah satu gen yang berpotensi yaitu gen BLB2 yang dianalisis lebih lanjut pada penelitian ini. Kajian genomik gen BLB2 dan CD4 dilakukan dengan analisis keragaman gen. Keragaman gen BLB2 dan CD4 pada ayam IPB-D2 dianalisis menggunakan metode sanger sekuensing. Keragaman dan asosiasi gen BLB2 dan CD4 dianalisis menggunakan SNPStats. Hasil penelitian menunjukkan terdapat 13 SNP gen BLB2 dan 4 SNP gen CD4 pada ayam IPB-D2. Sebanyak 4 SNP gen BLB2 yang berasosiasi dengan konsentrasi IgY yaitu yaitu g.458 T>A, g.485 G>C, g.486 T>G dan g.548 G>C. Kajian transkriptomik gen BLB2 dan CD4 dilakukan dengan analisis ekspresi gen. Analisis ekspresi gen dilakukan dengan mesin qRT-PCR dan dilanjutkan dengan uji T. Hasil penelitian menunjukkan bahwa level ekspresi gen BLB2 dan CD4 pada ayam IPB-D2 dengan titer antibodi ND tinggi lebih tinggi dibandingkan dengan ayam IPB-D2 dengan titer antibodi ND rendah namun tidak berbeda secara signifikan (P>0,05)., The improvement of IPB-D1 chicken can be done in several ways, one of which is the formation of IPB-D2 chicken strains. IPB-D2 chicken is selected
Keyword: IPB-D2 chicken, disease resistance, BLB2 gene, CD4 gene

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: