Judul: Prediksi fenotipe jagung berdasarkan genom berbasis single nucleotide polymorphisms menggunakan deep belief network
Abstrak: Proses seleksi pada pemuliaan tanaman dapat dilakukan secara efektif dan efisien jika memanfaatkan data genom. Genomic selection (GS) adalah suatu pendekatan baru untuk proses seleksi yang memanfaatkan data genom melalui mekanisme yang disebut genomic prediction (GP). Sebagian besar model GP menggunakan metode linear yang mengabaikan efek interaksi antara gen dan efek nonlinear orde tinggi. Deep belief network (DBN), salah satu arsitektur dalam metode deep learning, mampu memodelkan data pada tingkat abstraksi tinggi yang melibatkan efek nonlinearitas dari data. Penelitian ini mengimplementasikan DBN untuk mengembangkan model GP dengan menggunakan whole-genome Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) sebagai data latih dan data uji. Studi kasus dilakukan pada tanaman jagung dengan dataset berasal dari program CIMMYT’s (International Maize and Wheat Improvement Center) Global Maize. Berdasarkan koefisien korelasi Pearson, DBN unggul dari metode lain pada fenotipe yang diduga nonaditif. Nilai korelasi yang diperoleh mencapai 0.579 pada rentang -1 hingga 1.
Keyword: genomic prediction, maize phenotype, single nucleotide polymorphism

Judul: Integration of database and single nucleotide polymorphism pipeline for soybean breeding
Abstrak: Upaya penemuan varietas unggul dengan cara pemuliaan tanaman secara konvensional membutuhkan waktu yang lama dan biaya yang besar. Kendala tersebut dapat diatasi dengan memanfaatkan informasi yang diperoleh dari analisis genom, yaitu berupa markah single nucleotide polymorphism (SNP) beserta asosiasi dengan fenotipenya. Selama ini identifikasi SNP dapat dilakukan menggunakan beberapa program komputer. Informasi SNP disimpan dalam fail berformat variant call format (VCF). Fail dengan format tersebut sulit dimengerti dan diolah oleh peneliti pemuliaan. Penelitian ini bertujuan mengintegrasikan perangkat lunak pipeline yang dihasilkan oleh penelitian sebelumnya dan basis data yang menyimpan informasi berupa SNP dan informasi pendukung lainnya yang terkait dengan identifikasi SNP, antara lain flanking area dan ID kandidat SNP yang terintegrasi dengan data referensi SNP kedelai dari NCBI. Selain itu, sistem ini juga dilengkapi fitur pencarian yang berbasis web untuk memudahkan peneliti pemuliaan menemukembalikan informasi kandidat SNP yang relevan., Plant breeding using conventional approaches is high cost and time consuming. Researchers started elaborating the oportunities of plant breeding based on genome analysis in order to obtain an efficient process. This approach used single nucleotide polymorphism (SNP) marker and their association with phenotypes. The SNP identification process actually can be conducted using application software. SNP information is stored in a VCF file. However this file format is not easy to be undertood and managed by breeding researchers. This research aims to integrate software pipeline yielded by previous research and database for storing SNP candidates and their supporting information such as flanking area and the SNP’s ID which is automatically integrated to Soybean SNP reference from NCBI. Moreover, the system also provides a web based searching feature for helping researchers retrieving relevant SNP candidate information. Keywords: database, pipeline, plant breeding, SNP, soybean
Keyword: basis data, kedelai, pemuliaan tanaman, pipeline, SNP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: