Judul: Prediksi Peptida Antimikroba Dari Histon H2a Dan Analisis Filogenetik Gen Coi Dari Kodok Buduk Duttaphrynus Melanostictus Dan Phyrinoidis Asper.
Abstrak: Peptida antimikroba merupakan kelompok senyawa yang dapat digunakan sebagai alternatif antibiotik konvensional untuk membasmi berbagai mikroba patogen. Kelompok hewan yang banyak menghasilkan peptida antimikroba adalah kelompok Anura, yaitu kodok dan katak. Dengan habitatnya yang ekstrim, anura banyak terpapar dengan berbagai macam mikroba patogen dan sebagai pertahanannya anura menghasilkan berbagai macam peptida antimikroba yang bermanfaat bagi kesehatan manusia. Indonesia memiliki keanekaragaman amfibi yang tinggi, sehingga sangat berpotensi untuk menemukan peptida antimikroba baru dari Anura asal Indonesia, termasuk family Bufonidae yang banyak tersebar di Indonesia. Duttaphrynus melanostictus dan Phyrinoidis asper adalah dua spesies anggota family Bufonidae yang banyak ditemukan di Indonesia. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengidentifikasi peptida antimikroba baru dengan menggunakan metode in silico berdasarkan urutan asam amino gen penyandi histon H2A dari D. melanostictus dan P. asper. Selanjutnya identifikasi spesies secara molekuler dan analisis pohon filogenetik dilakukan dengan menggunakan sekuens DNA fragmen gen sitokrom oksidase I. Uji pendahuluan aktivitas antibakteri dari lendir kodok D. melanostictus dan P. asper menunjukkan hasil yang positif terhadap bakteri Echerichia coli dengan menggunakan metode resazurin microtiter assay. Total 393 pasang basa nukleotida yang menyandi 131 asam amino dari histon H2A berhasil diidentifikasi dan digunakan dalam prediksi peptida antimikroba. Prediksi peptida antimikroba dilakukan dengan menggunakan beberapa webserver dan didasarkan pada karakter kimia fisika yang berupa berat molekul, muatan positif, titik isoelektrik, agregasi pada larutan dan dinding sel bakteri, serta stabilitas dari degradasi enzim peptidase. Sebanyak delapan fragmen peptida (20 asam amino) dari histon H2A D. melanostictus dan P. asper diidentifikasi memiliki potensi sebagai peptida antimikroba. Hasil pemeringkatan menunjukkan bahwa peptida 4, 3 dan 6 memiliki potensi yang paling besar diantara kedelapan peptida tersebut. Struktur sekunder dari ketiga peptida tersebut berupa coil dan turn. Total 668 pb nukleotida fragmen gen COI dari D. melanostictus dan P. asper berhasil ditentukan urutan nukleotidanya. Identifikasi molekuler dengan menggunakan teknik homologi pada database NCBI dan Barcode of Life Database menunjukkan bahwa kedua kelompok sampel yang digunakan adalah benar dari spesies D. melanostictus (100% identity) dan P. asper (99% identity). Hasil ini juga didukung oleh pohon filogenetik yang dibuat dengan metode neighbor joining dan maximum likelihood. Pohon filogenetik menunjukkan bahwa kelompok sampel D. melanostictus berada dalam satu clade dengan sekuens D. melanostictus dari GenBank. Untuk kelompok sampel P. asper berada dalam clade tersendiri dan tidak ada sekuens dari P. asper yang telah dilaporkan pada GenBank sehingga tidak ada pembanding yang dapat digunakan pada pohon filogenetik. Analisis genetika populasi dari D. melanostictus yang dibandingkan dengan sekuens D. melanostictus dari beberapa Cina dan India pada data GenBank, menunjukkan bahwa terdapat pemisahan clade antara D. melanostictus dari India dan Cina. Sementara itu, sampel D. melanostictus dari Bogor berada dalam satu clade yang sama dengan sekuens dari India. Hal ini berarti bahwa sampel D. melanostictus dari Bogor memiliki hubungan kekerabatan yang lebih dekat pada D. melanostictus dari India dibandingkan dari Cina.
Keyword: filogenetik, kodok buduk, peptida antimikroba, prediksi in silico

Judul: . Analisis Filogenetik Spesies Dan Bioaktivitas Sekresi Kulit Katak Terhadap Streptococcus Pneumoniae.
Abstrak: Indonesia memiliki sekitar 450 spesies katak. Sekresi kulit katak diduga dapat dijadikan sumber alternatif bahan antibakteri Streptococcus pneumoniae terkhusus spesies multi-drug resistant (MDR). Tujuan penelitian adalah melakukan analisis filogenetik spesies katak dan menguji aktivitas antibakteri sekresi kulit yang dihasilkan terhadap isolat S. pneumoniae multi-drug resistant (MDR). Penelitian ini menggunakan dua spesies katak yaitu Fejervarya limnocharis dan Limnonectes macrodon. Analisis filogenetik dilakukan berdasarkan sekuen fragmen gen sitokrom oksidase subunit I (COI) mitokondria. Pengeluaran sekresi kulit katak distimulasi dengan menggunakan hormon efinefrin. Aktivitas antibakteri sekresi kulit katak diuji menggunakan teknik sumuran dan teknik perendaman kertas cakram. Hasil analisis filogenetik menunjukkan bahwa katak F. limnocharis memiliki hubungan kekerabatan dekat dengan Fejervarya sp asal Bali. Sekresi kulit katak F. limnocharis diindikasikan mengandung senyawa antibakteri S. pneumoniae multi-drug resistant (MDR) SPN1307 yang lebih kecil dibandingkan kontrol kloramfenikol. Sebaliknya, sekresi kulit katak spesies L. macrodon tidak menunjukkan aktivitas antibakteri terhadap S. pneumoniae multi-drug resistant (MDR) SPN1307. Oleh karena itu, sekresi kulit katak F.limnocahris mempunyai kemampuan untuk dijadikan suatu sumber bahan antibakteri S. pneumoniae multi-drug resistant (MDR) SPN1307. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sekresi kulit katak dari F. limnocharis mampu menjadi agen antibakteri terhadap S. pneumoniae MDR/non-MDR. Kemampuan bioaktivitas terhadap S. pneumoniae SPN1307 dan ATCC49619 ditunjukkan dengan metode sumuran yaitu menghasilkan diameter zona bening sebesar 9.00±0.001 mm dan 8.00±0.001 mm, sedangkan untuk L. macrodon tidak menunjukkan adanya kemampuan antibakteri. Hasil pada metode perendaman paper disk selama 5 menit sampel F. limnocharis terhadap S. pneumoniae SPN1307 dan ATCC49619 adalah 11.33±0.057 mm dan 9.70±0.001 mm, serta untuk perendaman paper disk 30 menitnya adalah 9.00±0.032 mm terhadap SPN1307 dan 8.90±0.044 mm pada ATCC49619. Penentuan filogenetik berdasarkan DNA COI untuk memastikan spesies katak yang digunakan adalah benar spesies F. limnocharis dengan kesamaan 97% terhadap spesies F. limnocharis lain yang sebelumnya pernah diteliti di Bali, Indonesia.
Keyword: Antimikroba, Filogenetik molekuler, Sekresi kulit katak, Streptococcus pneumoniae

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: