Judul: Keragaman Gen Capn1, Capn3 Dan Cast Serta Asosiasinya Terhadap Bagian-Bagian Karkas Dan Kualitas Daging Pada Ayam Kampung
Abstrak: Ayam lokal merupakan salah satu ternak lokal yang berpotensi untuk dikembangkan sebagai sumber penghasil daging di Indonesia. Ayam lokal memiliki keunggulan mampu beradaptasi pada lingkungan tropis serta memiliki sistem imun yang kuat namun kelemahannya yaitu laju pertumbuhan yang lambat. Perkembangan teknologi molekuler dapat dimanfaatkan sebagai salah satu metode seleksi berbasis Marker Assissted Selection (MAS) yang diperoleh melalui identifikasi gen-gen utama yang mengontrol sifat kualitas daging pada ayam seperti gen kalpain1 (CAPN1), kalpain3 (CAPN3) dan kalpastatin (CAST). Penelitian ini bertujuan menganalisis keragaman gen CAPN1, CAPN3 dan CAST pada beberapa jenis ayam dan memahami hubungan keragaman gen-gen tersebut dengan bobot bagian-bagian karkas dan kualitas pada ayam kampung. Penelitian dilakukan 2 tahap yaitu identifikasi SNP gen CAPN1, CAPN3 dan CAST pada beberapa jenis ayam serta asosiasi SNP terhadap bagian karkas, otot dan kualitas daging pada ayam kampung. Ayam yang digunakan sebagai sumber DNA untuk analisis keragaman yaitu ayam kampung, pelung, sentul, nunukan, merawang, ras pedaging, persilangan kampung dengan ras pedaging. Ayam kampung yang digunakan untuk analisis asosiasi sebanyak 59 ekor umur 3 bulan dan 46 ekor umur 6 bulan. Penentuan SNP dilakukan dengan menggunakan program BioEdit. Genotyping dilakukan menggunakan metode pensejajaran dan peurunutan yang dilakukan pada program Mega6. Analisis data yang dilakukan yaitu frekeunsi genotipe, frekuensi alel, heterozigositas, keseimbangan Hardy-Weinberg dan asosiasi data genotipe dengan fenotipe ayam kampung menggunakan GLM (General Linear Model). Gen CAPN1 yang diamati ditemukan 15 SNP yaitu g.10394C>T, g.10408G>C, g.10527G>T, g.10541C>T, g.10549G>A, g.10551A>T, g.10568C>G, g.10574C>T, g.10579G>T, g.10580G>T, g.10608A>C, g.10609C>T, g.10610G>A, g.10612T>G dan g.10632C>T. Pada gen CAPN3 ditemukan 2 SNP yaitu g.12831C>A dan g.12888T>C. Pada gen CAST ditemukan 1 SNP yaitu g.42988G>T. SNP yang ditemukan pada gen CAPN1, CAPN3 dan CAST bersifat polimorfik. Keragaman SNP g.10541C>T gen CAPN1 ditemukan berasosiasi dengan persentase dada dan persentase paha atas pada ayam kampung betina umur 3 bulan. Pada gen CAPN3 tidak ditemukan SNP yang berasosiasi dengan bobot bagian-bagian karkas, bobot otot, persentase bagian-bagian karkas, persentase otot kualitas daging. SNP yang berasosiasi signifikan berpotensi untuk digunakan sebagai Marked Assisted Selection (MAS) pada ayam kampung.
Keyword: Ayam kampung, Kualitas daging, SNP CAPN1, SNP CAPN3, SNP CAST

Judul: Kajian Gen-gen Pengontrol Pertumbuhan dan Perlemakan pada Ayam Kampung, Broiler Parent Stock, dan Silangannya
Abstrak: Ayam kampung merupakan sumber daya genetik ternak asli Indonesia. Ayam kampung mempunyai peranan penting dalam ketahanan pangan khususnya protein hewani asal ternak unggas. Konsumsi daging ayam kampung nasional pada tahun 2012 adalah 0.521 kg-1kapita-1tahun-1. Hal ini lebih rendah dari konsumsi ayam broiler yang mencapai 3.494 kg-1kapita-1tahun-1 (Ditjennak Keswan 2012). Hal ini karena ayam broiler merupakan ternak yang secara genetik memiliki keunggulan dalam pertumbuhan dan keempukan daging, tetapi daya adaptasi lingkungan dan ketahanan terhadap penyakit masih rendah. Perbaikan mutu genetik perlu dilakukan untuk meningkatkan pertumbuhan dan kualitas daging terutama perlemakannya. Perbaikan pertumbuhan melalui seleksi telah dilakukan dengan menggunakan beberapa gen pengontrol sifat pertumbuhan diantaranya gen growth hormon (GH), gen growth hormon reseptor (GHR), gen insuline-like growth factor-1 (IGF-1), dan gen insuline-like growth factor-1 reseptor (IGF-1R). Selain sifat pertumbuhan peningkatan mutu genetik dapat dilakukan berdasarkan sifat kualitas karkasnya terutama perlemakan. Ada beberapa gen pengontrol lemak yang memiliki peran penting seperti adipose fatty acid binding protein (A-FABP), very low density apolipoprotein (ApoVLDLII) dan stearoyl co-a desaturase (SCD). Tujuan dari penelitian ini adalah 1) mengidentifikasi keragaman gen terkait sifat pertumbuhan dan perlemakan ayam silangan Kampung-broiler, 2) mengasosiasikan keragaman gen dengan sifat pertumbuhan dan perlemakan ayam silangan Kampung-broiler, 3) menganalisis ekspresi gen ayam dengan asam lemak tinggi dan asam lemak rendah Hasil penelitian tahap I menunjukkan bahwa keragaman pada lokus IGF1|PstI bersifat monomorfik. Pada semua populasi hanya ditemukan satu genotipe (AA) dan satu alel (A). Keragam pada lokus IGF1R|AluI bersifat polimorfik pada populasi ayam kampung dan monomorfik pada populasi ayam broiler dan silangan kampung-broiler. Pada ayam broiler dan silangan kampungbroiler hanya ditemukan genotipe CC dan alel C. Pada populasi ayam kampung ditemukan dua genotipe (CC dan CT) dan dua alel (C dan T). Keragaman lokus IGFBP2|Eco72I bersifat polimorfik untuk semua populasi ayam. Pada lokus ini ditemukan tiga genotipe (CC, CT, TT) dan dua alel (C dan T). Pada lokus AFABP| TaqI, keragaman bersifat polimorfik dengan munculnya tiga genotipe (AA, AG, dan GG) dan dua alel (A dan G). Keberagaman (polimorfik) terjadi pada lokus SCD|AciI. Pada lokus ini ditemukan tiga genotipe (AA, GG dan AG) dan dua alel (A dan G). Keseimbangan Hardy-Weinberg secara umum terjadi pada semua populasi ayam. Keseimbangan ini menunjukkan adanya perkawinan acak dan tidak adanya seleksi. Hasil penelitian tahap II menunjukkan bahwa ditemukannya tiga genotipe (CC, CT dan TT) dan dua alel (C dan T) di lokus IGFBP2|Eco72I pada semua populasi ayam. Pada tahap ini diketahui bahwa keragaman gen IGFBP2 secara umum berasosiasi dengan komposisi karkas. Asosiasi signifikan terlihat pada peubah bobot potong, dada, daging dada, Pectoralis minor, dan sayap. Peubah bobot karkas, Pectoralis mayor, dan paha tidak berasosiasi dengan keragaman gen IGFBP2. Ayam kampung dengan genotipe TT memiliki nilai tertinggi pada peubah bobot potong, dada, dan sayap (P<0.05). Genotipe CC terbesar terlihat pada peubah bobot daging dada dan Pectoralis minor (P<0.05). Ayam dengan genotipe CT memiliki nilai paling rendah pada semua peubah (P<0.05). Pada tahap III, sepasang primer telah digunakan untuk mengamplifikasi 492 pb dari fragmen gen ApoVLDLII intron 1. Ada sebuah SNP G/A pada basa ke 634 berdasarkan nomor akses GenBank V00448. Pada penelitian ini genotipe AA tidak ditemukan dan hanya ada
Keyword: ayam kampung, keragaman gen, asosiasi, ekspresi gen, pertumbuhan, perlemakan

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: