Judul: Variasi Genetika Onion yellow dwarf virus asal Bawang Merah (Allium cepa var. aggregatum) dari Brebes dan Cirebon
Abstrak: Bawang merah (Allium cepa var. aggregatum) umumnya diperbanyak secara vegetatif menggunakan umbi, sehingga status kesehatan benih yang bebas dari infeksi virus merupakan aspek yang penting. Infeksi Onion yellow dwarf virus (OYDV) dan Shallot yellow stripe virus (SYSV) telah diidentifikasi sebagai penyebab penyakit pada tanaman bawang merah. Penelitian ini dilakukan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi variasi genetika OYDV dan SYSV asal bawang merah di lapangan. Sampel daun diambil dari pertanaman bawang merah di Kabupaten Brebes dan Cirebon. Infeksi OYDV dideteksi menggunakan teknik enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA), selanjutnya dipilih beberapa sampel untuk digunakan sebagai bahan identifikasi virus dengan teknik polymerase chain reaction (PCR). Produk amplifikasi PCR digunakan untuk sikuensing dan sikuen yang diperoleh dianalisis dengan program basic local alignment search tool (BLAST). Hasil penelitian ini menunjukkan gejala tanaman bawang merah yang terinfeksi virus yaitu bergaris kuning, daun pipih bergaris kuning pucat di tengah, mosaik hijau muda, bercak kuning, dan mosaik kuning. Infeksi OYDV di Brebes mencapai 16% dan di Cirebon mencapai 30%. Infeksi SYSV di Brebes mencapai 98% dan di Cirebon mencapai 70%. Berdasarkan hasil sikuensing DNA produk amplifikasi PCR terbukti bahwa semua sampel berasosiasi dengan OYDV. Sikuen gen CP OYDV antara isolat Brebes dan Cirebon menunjukkan kedekatan genetika yang tinggi dengan homologi nukleotida dan asam amino berturut-turut mencapai 98% dan 96%. Sikuen gen CP OYDV isolat Brebes dan Cirebon memiliki kedekatan genetika dengan isolat Jepang berdasarkan homologi nukleotida dan asam amino yaitu berturut-turut 95% dan 90%.
Keyword: benih bebas virus, ELISA, polymerase chain reaction, sikuensing

Judul: Sensitivitas Metode Serologi dan Polymerase Chain Reaction untuk Deteksi Virus pada Bawang (Allium spp.).
Abstrak: Infeksi Onion yellow dwarf virus (OYDV), Shallot yellow stripe virus (SYSV) dan Garlic common latent virus (GCLV) sudah banyak dilaporkan di Indonesia. Metode serologi yang sering digunakan untuk deteksi virus pada tanaman adalah enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA), dan dot immuno binding assay (DIBA); sedangkan metode molekuler polymerase chain reaction (PCR) merupakan metode molekuler yang banyak digunakan saat ini. Penelitian ini bertujuan mengevaluasi tiga metode deteksi virus, yaitu ELISA, DIBA dan PCR sebagai metode yang akurat dan sensitif untuk mendeteksi virus pada tanaman bawang. Batas sensitivitas tiap metode diuji dengan beberapa tingkat pengenceran cairan perasan tanaman dan antibodi untuk ELISA dan DIBA, serta pengenceran cDNA untuk metode RT-PCR. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa metode DIBA dapat mendeteksi OYDV, GCLV, dan SYSV hingga pengenceran antigen berkisar antara 10-1 hingga 10-2, dengan pengenceran antibodi berkisar antara 1:300 hingga 1:1000. Metode ELISA dapat mendeteksi virus yang sama hingga pengenceran antigen 10-1, 10-3, dan 10-5, dengan pengeceran antibodi berkisar 1:300 hingga 1:1000. Metode PCR merupakan metode yang paling sensitif dibandingkan dengan ELISA dan DIBA karena memiliki akurasi, spesifikasi, efisiensi, dan batas sensitivitas yang lebih tinggi. Metode PCR dapat mendeteksi Potyvirus dan Carlavirus hingga pengenceran cDNA 10-3 dan 10-4, sedangkan deteksi dengan primer spesifik dinilai lebih sensitif karena dapat mengamplifikasi OYDV, GCLV, dan SYSV hingga pengenceran cDNA 10-5.
Keyword: dot immunobinding assay, enzyme-linked immunosorbent assay, Garlic common latent virus, Onion yellow dwarf virus, Shallot yellow stripe virus

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: