Judul: Koreksi DNA Sequencing Error dengan Metode Spectral Alignment
Abstrak: Second generation DNA sequencing technology is able to generate reads in a massive amount and in a relatively short time compared to the traditional Sanger Shotgun technology. Graph based DNA sequence assembly is used to handle these big data in assembly step. However, the graph based DNA sequence assembly is sensitive to sequencing error. This problem can be solved by performing an error correction step before or after the assembly process. In this research, a software to detect and correct sequencing error in DNA sequence data was developed by employing spectral alignment technique. This technique is implemented as a pre-processing step before the DNA sequence assembly process. DNA sequences which contain error are generated using MetaSim software. Errors in the data sequences are corrected using the software developed in this research. The results are evaluated using the Velvet assembler by comparing the complexity of the graph produced, represented by the number of nodes in the graph. The evaluation results show that the data sequences with error produce more complex graph than the corrected data sequences. It can be concluded that the correction of DNA sequencing error using spectral alignment method can simplify the complexity of graph produced by the DNA sequence assembly step
Keyword: 

Judul: Metode Spectral Alignment Berbasis Fuzzy Untuk Pengoreksian Sequence Dna Dari Next Generation Sequencer
Abstrak: sequencing menjadi Next Generation Sequencing (NGS). Teknologi ini menghasilkan short read dalam jumlah yang banyak dan membutuhkan waktu yang relatif singkat dalam sekali menjalankan program. Teknologi yang digunakan saat ini masih menghasilkan kesalahan atau error dalam proses pembacaan urutan sekuen DNA. Kesalahan pembacaan urutan sekuen DNA dapat mengakibatkan akurasi data yang rendah dan menambah waktu pada saat proses DNA sequence assembly. Permasalahan ini dapat diatasi dengan melakukan pendeteksian dan pengoreksian DNA sequencing error. Metode untuk mendeteksi dan mengoreksi DNA sequencing error menggunakan metode spectral alignment. Metode tersebut hanya menggunakan aspek frekuensi kemunculan tuple (multiplicity). Penelitian lain untuk mendeteksi dan mengoreksi DNA sequencing error menggunakan model statistika dengan melihat aspek kualitas basa. Dalam penelitian ini akan menggabungkan aspek multiplicity dan kualitas basa. Kemudian muncul permasalahan bagaimana menentukan batas multiplicity dan kualitas tuple yang tidak mengandung error. Fuzzy inference system (FIS) dipilih karena dapat mengatasi permasalahan ini. FIS digunakan untuk mengklasifikasikan sebuah tuple masuk ke dalam solid atau weak tuples. Metode spectral alignment berbasis fuzzy diimplementasikan sebagai tahap preprocessing sebelum proses DNA sequence assembly. Keberhasilan proses pendeteksian dan pengoreksian DNA sequencing error dilihat dari aspek perhitungan jumlah nodes. Perhitungan jumlah nodes dihasilkan oleh Velvet assembler. Untuk memastikan akurasi data set yang telah dikoreksi maka akan dilakukan proses evaluasi. Evaluasi dilakukan dengan melihat kualitas contigs dan perhitungan similarity antara data set yang telah dikoreksi dengan data reference. Data reference diperoleh dari National Center for Biotechnology Information (NCBI). Tool yang digunakan untuk menghitung similarity menggunakan Basic Local Alignment Search (BLAST). Penelitian ini berhasil mendapatkan model fuzzy inference system (FIS) yang sesuai untuk mengklasifikasikan tuple ke dalam solid atau weak tuple yang menjadi inputan untuk metode spectral alignment sebagai tahapan preprocessing. Data set yang dikoreksi menggunakan metode spectral alignment berbasis fuzzy menghasilkan jumlah nodes yang lebih sedikit dibandingkan dengan data set yang belum dikoreksi (uncorrected read) dan data set yang hanya dikoreksi menggunakan metode spectral alignment dengan mempertahankan akurasi data dan kualitas contigs. Ini menunjukkan bahwa pendeteksian dan pengoreksian DNA sequencing error menggunakan menggunakan metode spectral alignment berbasis fuzzy dapat menyederhanakan graf dibandingkan dengan hanya menggunakan metode spectral alignment.
Keyword: DNA sequencing error, fuzzy inference system, next generation sequencing, metode spectral alignment, velvet

Judul: Indonesia’s International Competitiveness of Cacao and Cacao Products in USA and EU Market, Analyzed by Revealed Comparative Advantage, Relative Import Advantage, and Export Product Dynamic
Abstrak: Walaupun Indonesia hanya dapat menyuplai 11% dari pemintaan kakao dunia, potensi peran kakao untuk perdagangan internasional Indonesia relatif tinggi dan memiliki kecenderungan untuk meningkat karena tingkat permintaan kakao yang terus naik tidak dibarengi dengan tingkat produksi kakao dunia. Lahan perkebunan kakao di Indonesia pada tahun 2004-2013 mengalami peningkatan hingga 5% per tahun sedangkan produksi hanya mengalami peningkatan hingga 0.7% per tahun (Kementan 2015 dalam Hanafi 2016). Perbedaan laju pertumbuhan lahan dan produksi ini mengindikasikan potensi Indonesia untuk meningkatkan produksi kakao di masa mendatang. Laju pertumbuhan permintaan kakao dunia pun terus mengalami peningkatan hingga 9.19% per tahun, sementara laju ekspor kakao Indonesia meningkat hingga 10.02% (Trademap.org 2016) per tahun yang mengindikasikan potensi pengembangan pasar. Karena itu, terdapat kemungkinan untuk meningkatkan laju ekspor kakao dan turunan kakao untuk pasar internasional. Tujuan utama pasar kakao Indonesia pada tahun 2001-2015 adalah Malaysia, USA, dan EU dengan persentase ekspor Indonesia masing-masing 30%, 22%, dan 14% (Trademap.org 2016); dengan mayoritas ekspor berupa biji kakao sebanyak 85% ke Malaysia dan 47% ke USA, walau pasar EU lebih memilih produk turunan kakao (Hanafi 2016) berupa lemak kakao yang mencapai 59% bagian ekpsor. Total ekspor kakao Indonesia ke Malaysia, USA, dan EU mencapai 66% dari total ekspor kakao Indonesia. Hal ini menunjukkan pentingnya ketiga pasar utama tersebut dalam perdagangan internasional kakao Indonesia. Walau begitu, potensi daya saing kakao Indonesia diasumsikan akan tertinggi secara relatif di pasar Malaysia karena minimnya persaingan di wilayah dagang ASEAN dan adanya perjanjian kerja sama AFTA. USA merupakan pasar kakao Indonesia terbesar sekaligus tujuan eksor kakao dunia terbesar dengan daya serap kakao mencapai 24% dari permintaan dunia, 20% dari total ekspor kakao Indonesia, dengan 47% dalam bentuk biji dan 43% dalam bentuk lemak kakao. Pada 2001-2015, Indonesia menguasai 6.4% pasar kakao USA. Permintaan kakao dari pasar EU merupakan permintaan terbesar di dunia yang mencapai 40-50% permintaan kakao dunia. Indonesia memenuhi 2.5% permintaan kakao EU. Terdapat kompetitor dari beberapa negara pengekspor kakao yang memiliki keuntungan berupa bebas impor tariff. Pantai Gading memiliki pangsa pasar di EU sebanyak 41%, Ghana 19.5%, Nigeria 9.2%, dan Kamerun 5.2%. Negara-negara pengekspor tersebut merupakan bagian dari skema General System Preferences (GSP) dan Everything But Arms (EBA) yang bebas tariff. Swiss memiliki pangsa pasar di EU sebesar 7.3% dengan kerja sama pasar bebas. Selain tergabung dalam skema General System Preferences (GSP), Everything But Arms (EBA), dan perjanjian pasar bebas, negara-negara tersebut vi juga mendapat keuntungan berupa negara preferensi ekspor. Indonesia sebagai negara erkembang juga mendapat keuntungan tergabung dalam skema GSP dengan pengurangan tariff hingga 3.5% dari tariff impor berlaku. Untuk menjamin kualitas kakao yang diekspor, pemerintah memberlakukan program Gernas Pro Kakao yang mampu meningkatkan kuantitas dan kualitas biji kakao (Hasibuan 2002; Horne dan E 2009) agar lebih kompetitif di pasar internasional. Tujuan utama program Gernas Pro Kakao ini adalah untuk menjaga keberlanjutan industry kakao nasional (ACIAR 2008). Pemerintah Indonesia juga mengeluarkan peraturan Permenkeu No. 67/PMK.011/2010 mengenai Penetapan Barang Expor yang Dikenakan Bea Keluar dan Tarif Bea Keluar yang menyebabkan tariff ekspor biji kakao Indonesia mengaami peningkatan hingga 15% (Kemenkeu 2010). Menindaklanjuti usaha pemerintah Indonesia untuk meningkatkan kualitas kakao Indonesia, mendorong ekspor produk turunan kakao,
Keyword: Daya Saing Internasional, RCA, EPD