Judul: Amplifikasi gen penyandi hemolysin dari bakteri vibrio harveyi dengan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction)
Abstrak: Vibriosis disease which is caused by lumiunescent Vibrio harveyi until today become a trouble in the cultivation of vannamei shrimp. When the epidemic occurs and the density of bacterial population reachs in thousands times, it causes the mass mortality of the shrimp larvae. Therefore the diagnose method that can accurately and quickly detect this bacterial pathogen is absolutely required. One of method that commonly used is PCR (polymerase chain reaction)-based method. The objective of this research was to evaluate the primer pair application targeted the hemolysin gene, so that primer pair which has been designed can successfully amplify and therefore can detect the presence of hemolysin gene in V. harveyi. This primer pair was designed from the local vannamei strain isolated from Indonesia. Eight vibrio isolates obtained from shrimp, were used in this study. After the cell morphologically tested with Gram staining, then the following methods were applied as follows ; optical density count, hemolysin test, DNA extraction and PCR method optimalization. The result of blood hemolysis test showed that all of V. harveyi isolates produced clear zones surround their colonies on blood agar medium. The PCR result using Myhemo primer pair of F1 5’-GATGGTCAGTGCCTCTCA-3’(forward) and R1 5’- CCCAGTTGTATAGCGGTA-3’(reverse) successfully amplified the hemolysin gene of isolates V-U5 and V-U24 in size of approximately of 518 bp. The PCR programme used in this study was at the following conditions ; DNA denaturation at 94oC for 1 min, primer annealing at 50oC for 1 min and DNA extension at 72 oC for 1min as many as 35 cycles.
Keyword: 

Judul: Disain Nested Primer Gen Hemolisin Untuk Mendeteksi Vibrio harveyi pada Udang Penaeid Melalui PCR
Abstrak: Litopenaeus vannamei atau udang putih merupakan salah satu komoditas unggulan dalam budidaya perikanan di Indonesia. Spesies penaeid ini memiliki beberapa keunggulan dibanding spesies udang lainnya, antara lain produktivitasnya yang tinggi dapat mencapai lebih dari 13.600 kg/ha, masa panennya lebih cepat, serta lebih resisten terhadap penyakit. Meskipun lebih resisten, penyakit bakterial vibrio berpendar yang disebabkan oleh Vibrio harveyi masih menjadi kendala dalam usaha pembenihan udang putih di Indonesia. Aplikasi teknik PCR (Polymerase Chain Reaction) memungkinkan untuk melakukan deteksi dini suatu penyakit yang disebabkan oleh bakteri, termasuk vibriosis pada udang. Nested PCR merupakan variasi dari reaksi PCR biasa. Pada nested PCR dilakukan 2 kali reaksi PCR dimana hasil dari PCR pertama menjadi DNA cetakan bagi PCR kedua. Keuntungan dari nested PCR adalah meminimalkan kesalahan amplifikasi gen dengan menggunakan 2 pasang primer yang sekaligus juga dapat meningkatkan sensitivitas PCR. Gen hemolisin diketahui mempunyai spesifisitas dan sensitivitas yang lebih baik dibanding gen toxR dan gen gyrB sebagai penanda molekuler dalam mendeteksi V. harveyi. Penelitian ini bertujuan untuk mendisain primer nested PCR menggunakan gen hemolisin untuk mendeteksi Vibrio harveyi pada udang penaeid. Sekuen gen hemolisin dari sampel V. harveyi MR5339 dan V. harveyi 275 dideteksi menggunakan primer yang didisain dari sekuen gen lengkap hemolisin V. harveyi strain VIB 391 (nomor akses: DQ640264) mulai dari urutan ke-133 sampai urutan ke-756. Primer nested PCR didesain dari sekuen gen hemolisin isolat V. harveyi MR 5339 yang berhasil teramplifikasi oleh primer awal. PCR I nested PCR didesain untuk mengamplifikasi urutan ke-52 sampai urutan ke-405 dan PCR II nested PCR didesain untuk mengamplifikasi urutan ke-204 sampai urutan ke-405. Hasil uji spesifisitas menunjukkan bahwa primer nested PCR hasil disain hanya mampu mengamplifikasi isolat-isolat V. harveyi. Hasil PCR bagi isolat-isolat bakteri V. parahaemolyticus, V. campbelli, Salmonella sp., Edwardsiella tarda, Aeromonas hydrophila, dan Streptococcus iniae yang juga diujikan diketahui tidak terdapat hasil amplifikasi. Berdasarkan uji sensitivitas diketahui bahwa primer nested PCR hasil disain mampu menDisain Primer V. harveyi sampai kepadatan 100 cfu/ml atau konsentrasi DNA sampai 101 fg/μl. Melalui uji surveillance diketahui bahwa deteksi terendah adalah pada sampel hari ke-3 ekstrak DNA udang mati suspect V. harveyi MR 5339 infeksi awal sebanyak 101 cfu/ml.
Keyword: V. harveyi, L. vannamei, hemolisin, DNA, nested PCR.

Judul: Konsep Desain Ekologis Lanskap Kota Kesultanan Buton Berbasis Budaya Lokal di Kota BauBau, Provinsi Sulawesi Tenggara
Abstrak: Lanskap Kota Kesutanan Buton merupakan kota binaan Kesultanan Buton pada tahun 1332. Kota ini telah ditetapkan sebagai salah satu Jaringan Kota Pusaka Indonesia. Kementerian Pekerjaan Umum Republik Indonesia mempersiapkan kota ini untuk menjadi World Heritage City. Penetapan ini merupakan suatu yang wajar, karena kota tersebut memiliki kekayaan sejarah (artefak) dan budaya sangat kental dengan filosofi kehidupan. Penelitian konsep desain ekologis lanskap kota ini telah menghasilkan suatu konsep desain era kesultanan di masa kejayaannya dan menjadi pembuka penelitian berikutnya yaitu lanskap kota kesultanan berbasis budaya lokal. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis dan mengungkap desain original dan pada masa lampau. Adapun tujuan khusus penelitian ini adalah: 1). Mengidentifikasi karakteristik lanskap kota, 2). Mengkaji elemen-elemen lanskap kota dan tata letaknya, dan makna filosofi dan simbolisme yang mendasarinya, 3). Mengkaji pola tata ruang kota Kesultanan Buton. Penelitian menggunakan metode kuantitatif dan mengambil lokasi di kawasan benteng keraton Buton di Kota BauBau, Provinsi Sulawesi Tenggara. Pengumpulan data dilakukan dengan cara wawancara, studi pustaka, dan survei lapang. Studi pustaka pada naskah lokal dan naskah penelitian dilakukan dengan content analysis dan disesuaiakan dengan artefak lapangan. Hasil penelitian menunjukan tatanan elemen-elemen lanskap kota dan orientasi berbentuk pola tertentu. Tatanannya berbasis jalan poros sebagai sumbu kota. Pola lanskapnya dipengaruhi agama, dan falsafah hidup kesultanannya, yaitu falsafah “Po 5”, yaitu Pomae-maeaka, Popia-piara, Pomaa-masiaka, Poangkaangkataka, dan Pobinci-binciki kuli dan falsafah agama Islam. Kedua konsep ini diderivasi dari manusia dan Sang Nabi, Muhammad Rasulullah Saw sebagai spirit. Lanskap kota merupakan bentukan kombinasi dari faktor strata sosial, spritual-agama, dan kekerabatan. Elemen-elemen lanskap kota terdiri dari benteng, gerbang dan baluara, permukiman, makam, alun-alun, ruang terbuka hijau, jaringan jalan, masjid agung, dan istana. Tata ruang kota didasari dua kelompok permukiman besar. Jalan poros melintasi tengah kota adalah pemisahnya. Pola kota berbentuk huruf Arab Muhammad Rasulullah Saw dan tatanan kotanya simbol seorang ibu. Alun-alun pusat kota simbolisme makrokosmos dan mikrokosmos. Konsep desain ekologis lanskap kota Kesultanan Buton, yaitu rumah sejajar jalan dan saling berhadapan diantaranya Ruang Terbuka Hijau, istana berorientasi timur didepannya ruang hijau jenis buah dan posisinya di bukit memudahkan sultannya memantau kotanya, masjid terbangun pusat kota dan ditinggikan agar memudahkan informasi ibadah terdengar dimana-mana. Konstruksi benteng dan elemennya respon cahaya dan iklim, dan hidrologi, dan elemen parit benteng respon hidrologi dan ruang terbuka hijau.
Keyword: Kesultanan Buton, Kota Pusaka, pola lanskap, eco-desain, spirit kota