Judul: Variasi DNA Tetragonula laeviceps dan T. reepeni berdasarkan gen Cytochrome Oxidase 1 (CO1)
Abstrak: Tetragonula (Apidae: Meliponinae) adalah salah satu lebah eusosial yang tidak memiliki sengat (stingless bee) dan memiliki peranan sebagai polinator pada tanaman. Wilayah distribusi Tetragonula di Indonesia sangat luas meliputi Sumatra, Jawa, Kalimantan, dan Sulawesi. Identifikasi morfologi selama ini digunakan untuk mengetahui keanekaragaman Tetragonula, sehingga diperlukan analisis pendukung morfologi yakni analisis molekuler dengan menggunakan penanda molekuler gen CO1. Penelitian ini bertujuan mempelajari variasi gen CO1 dan menganalisis kekerabatan pada T. laeviceps asal Bogor, Pandeglang dan Jambi. Sekuen nukleotida gen CO1 hasil penelitian dilakukan analisis bioinformatika dan dibuat konstruksi pohon filogeni menggunakan metode Maximum Parsimony. Penelitian ini menghasilkan sekuen gen CO1 lebah Tetragonula berkisar antara 709-743 pb dan 236-247 asam amino dugaan. Alignment 699 pb sekuen antara T. laeviceps, T. reepeni, T. amalthea dan Melipona bicolor (outgroup) menunjukkan adanya variasi nukleotida sebanyak 192 pb dan 477 pb bersifat conserve. Hal yang menarik adalah terdapat 24 pb yang bervariasi dengan perubahan pada 2 asam amino dugaan antara T. laeviceps asal Bogor dengan T. laeviceps asal Pandeglang.
Keyword: Apidae, Meliponinae, mitochondrial DNA, CO1 gene, bioinformatic

Judul: Karakterisasi Spesies Stingless Bee asal Bogor, Lebak, dan Luwu Utara Berdasarkan Gen Cytochrome C Oxidase 1
Abstrak: Stingless bee merupakan serangga polinator dengan keanekaragaman yang sangat tinggi. Berdasarkan morfologi, terdapat stingless bee yang bersifat cryptic sehingga perlu diidentifikasi secara molekuler dengan menggunakan DNA barcode berdasarkan gen Cytochrome C Oxidase 1 (COX1). Penelitian ini bertujuan mengkarakterisasi spesies stingless bee asal Bogor (Jawa Barat), Lebak (Banten), dan Luwu Utara (Sulawesi Selatan) menggunakan DNA barcode berdasarkan gen Cytochrome C Oxidase 1 (COX1). Identifikasi morfologi stingless bee berdasarkan karakteristik tubuh, kepala, propodeum, mesoscutum, mesoscutellum, sayap, dan tungkai. Analisis molekuler stingless bee meliputi ekstraksi DNA, amplifikasi gen COX1, sequencing, analisis haplotipe dan analisis bioinformatik. Berdasarkan identifikasi morfologi stingless bee asal Bogor dan Lebak merupakan Tetragonula laeviceps sedangkan stingless bee asal Luwu Utara merupakan T. aff. biroi. Alignment runutan gen COX1 T. laeviceps hasil penelitian ini membentuk enam haplotipe (H1–H6) dengan variasi sebanyak 20–21 nukleotida antara H1 dengan haplotipe lainnya dan jarak genetik antara H1 dengan haplotipe lainnya adalah 0.036–0.038. Tingginya variasi nukleotida dan jarak genetik pada T. laeviceps membentuk dua kelompok pada pohon filogeni T. laeviceps berdasarkan gen COX1 dengan bootstraps masing-masing sebesar 100% dan 99%. Tingginya variasi pada H1 dan membentuk kelompok terpisah dengan H2–H6 memungkinkan adanya proses cryptic spesies pada T. laeviceps
Keyword: DNA barcode, gen COXI, identifikasi morfologi, Tetragonula aff. biroi, Tetragonula laeviceps

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: