Judul: Pencirian Gen Serupa Subtilisin Pada Sejumlah Isolat Lokal Bakteri Proteolitik
Abstrak: Pencarian jenis mikroba asal Indonesia sebagai sumber protease serin serupa sub- tilisin, dilakukan dengan melacak keberadaan gen penyandi enzim serupa subtilisin melalui hibridisasi Southern dan pengujian aktivitas protease dengan penghambat spesifik serin, fenilmetilsulfonil fluorida (PMSF). Sebagai pelacak adalah fragmen DNA penyandi gen subtilisin BPN yang terdapat dalam plasmid pPT30, pada situs EcoRI, berukuran 3.0 kilo pasang basa (Kb). Konsentrasi PMSF yang digunakan dalam pengujian penghambatan aktivitas protease adalah 1 mM dan 5 mM. Pada penelitian ini digunakan 25 isolat bakteri, yang terdiri dari 21 isolat Bacillus sp. dan 4 isolat Vibrio harveyi. Semua isolat bakteri diisolasi dari berbagai tempat di Indonesia. Isolat-isolat tersebut mengeluarkan enzim protease yang ditandai dengan terbentuknya areal bening (halo) di sekitar koloni pada media skim milk agar (SMA) dan aktivitas optimum protease pada pH 8.0. Protease dari keempat isolat Vibrio harveyi tidak menunjukkan penghambatan de- ngan penambahan 1 mM PMSF dan 5 mM PMSF. Penambahan 1 mM PMSF mengakibatkan penghambatan aktivitas protease B. licheniformis MD15 sebesar 49.89% dan protease B. pumilus Y1 mengalami penghambatan sebesar 43.96% (B. subtilis kontrol mengalami penghambatan aktivitas sebesar 40%). Penambahan 5 mM PMSF mengakibatkan peng- hambatan aktivitas lebih dari 40% untuk protease dari B. pumilus (BK1, M, MD13p, $1, Y1 dan Y3), B. brevis (BK2, MD21.2), B. stearothermophilus JD, B. licheniformis (MD13k, MD15, R1), B. subtilis N dan B. sphaericus S3. Protease B. pumilus Y1 mengalami penghambatan aktivitas terbesar dibandingkan dengan protease yang dihasilkan oleh isolat lainnya dengan penambahan 5 mM PMSF. Aktivitas tersisa dari protease B. pumilus Yl dengan penambahan 5 mM PMSF sebesar 27.2% (B. subtilis kontrol memberikan aktivitas tersisa sebesar 4.10%)….dst
Keyword: Protease Serin, Penghambatan Protease, Plasmid, Hibridisasi Sauthern

Judul: Karakterisasi protease baru dari baru dari beberapa isolat vibrio sp. asal laut
Abstrak: Protease merupakan biokatalisator yang memiliki nilai komersial yang tinggi. Protease mikroba memiliki potensi yang cerah untuk terus dikembangkan dalam rangka suplai kebutuhan protease yang terus meningkat. Produsen protease mikroba yang telah banyak diteliti dan dikembangkan adalah kapang dan bakteri gram positif. Sebenarnya beberapa bakteri gram negatif telah dilaporkan memiliki kemampuan proteolitik. Akan tetapi, protease dari bakteri gram negatif asli Indonesia belum banyak diteliti dan dikembangkan. Dari golongan Vibrio sp. yang berasal dari perairan laut Jawa Timur diharapkan diperoleh protease-protease baru dengan sifat-sifat yang menguntungkan. Seleksi awal mikroba penghasil protease ekstraselular dari sebanyak 54 isolat Vibrio sp. dilakukan dengan membandingkan nilai Indeks Proteolitik (IP) sehingga ditetapkan sepuluh isolat potensial yang memiliki nilai IP tertinggi. Seleksi lanjutan dilakukan dengan menentukan aktivitas kaseinolitik dari ekstrak kasar enzim yang diproduksi oleh kesepuluh isolat potensial tersebut. Dari tahap ini ditetapkan empat isolat terpilih yang memiliki aktivitas tertinggi yaitu: W4.3B, S9.4P, W4.2B dan W3.6B. Karakterisasi protease dilakukan terhadap ekstrak kasar enzim yang dihasil- kan oleh keempat isolat terpilih. Enzim-enzim ini aktif pada kondisi alkali dengan aktivitas optimum pada pH 8. Suhu optimum untuk aktivitas kaseinolitiknya berkisar antara 50-60°C. Enzim-enzim tersebut bersifat relatif stabil terhadap pemanasan pada suhu 50°C, bahkan untuk isolat S9.4P dan W3.6B aktivitas tersisa setelah pemanasan selama 60 menit masih melebihi setengah dari aktivitas awal. EDTA (1, 5, 10 mM) menunjukkan efek penghambatan yang lebih kuat di- bandingkan dengan PMSF/ fenilmetilsulfonil fluorida (1, 5, 10 mM). Penghambatan oleh EDTA maksimal pada taraf konsentrasi 1 mM untuk protease dari isolat $9.4P, W4.2B dan W3.6B serta taraf konsentrasi 5 mM untuk protease dari W4.3B sehing- ga aktivitas yang tersisa berturut-turut 24.45%, 21.95%, 39.68% dan 45.41%. Penghambatan oleh PMSF maksimal hanya menyebabkan penurunan hingga aktivitas tersisa sebesar 66.58% (taraf konsentrasi 5 mM) untuk protease dari isolat W4.3B sedangkan untuk yang lain sebesar 86.09% (S9.4P), 65.87% (W4.2B) dan 71.18% W3.6B) pada taraf konsentrasi 10 mM. ( Pada percobaan penambahan ion logam dalam bentuk garam kloridanya (2 mM) langsung terhadap ekstrak kasar enzim, protease dari isolat W4.3B meningkat aktivitasnya dengan penambahan ion logam Zn dan K masing-masing sebesar 59.61 % dan 58.64%. Protease dari isolat S9.4P sedikit meningkat aktivitasnya dengan penambahan ion Ca dan Co masing-masing sebesar 22.46% dan 22.21%, begitu juga dengan protease dari isolat W3.6B yang meningkat aktivitasnya sebesar 26.48% dan 35.00% karena penambahan ion Zn dan Mg. Penambahan ion logam relatif tidak berpengaruh pada protease dari isolat W4.2B. Penambahan beberapa ion logam dalam benuk garam kloridanya (2mM) pada ekstrak kasar enzim yang telah dihambat dengan EDTA (1 mM) menunjukkan terjadinya pemulihan aktivitas. Terlihat pula adanya pengaruh kombinasi ion logam ter- hadap fenomena pemulihan aktivitas tersebut. Aktivitas protease tersisa setelah penghambatan oleh EDTA untuk masing-masing isolat sebagai berikut: 34.60% (W4.3B), 30.66% (S9.4P), 32.51% (W4.2B), dan 39.97% (W3.6B). Aktivitas pro- tease dari isolat W4.3B setelah ditambah ion logam adalah 78.48% (Ca), 110.24% (Zn), 122.59% (Ca, Zn), 19.83% (K) dan 44.24% (Na). Untuk isolat S9.4P sebagai berikut: 83.75% (Ca), 65.86% (Zn), 96.40% (Ca, Zn), 92.39% (Co). Sedangkan pada isolat W4.2B adalah 79.15% (Ca), 89.41% (Zn), 92.95% (Ca, Zn). Dan pada isolat yang terakhir, W3.6B, sebagai berikut: 90.09% (Ca), 77.96% (Zn), 116.93%
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: