Judul: Phytohormone Status of Several Oil Palm Genotypes (Elaeis guineensis Jacq.) and Their Correlation with In Vitro Callus Formation
Abstrak: Respon eksplan dalam menginduksi kalus pada kultur in vitro kelapa sawit dipengaruhi beberapa hal seperti genotipe dan topofisis asal eksplan serta status fitohormon IAA dan zeatin pada eksplan. Faktor tersebut mungkin memiliki korelasi dan interaksi yang berpengaruh terhadap pembentukan kalus. Perbanyakan bahan tanaman kelapa sawit melalui kultur in vitro/klon pada level komersil membutuhkan teknik yang dapat mengidentifikasi kemurnian klon yang dihasilkan. Analisis sidik jari DNA bisa dijadikan sebagai teknik identifikasi kemurnian antara eksplan dengan kalusnya. Studi mengenai pengaruh genotipe, topofisis, status IAA dan zeatin serta analisis sidik jari DNA kultur dibutuhkan sebagai rangkaian kegiatan dalam menghasilkan bahan tanaman elit kelapa sawit. Percobaan pengaruh genotipe dan topofisis sumber eksplan terhadap kemampuan eksplan menginduksi kalus menunjukkan bahwa genotipe Simalungun dan topofisis pangkal menghasilkan kalus paling banyak sebesar 7.92% dari 13.96% total kalus yang diperoleh. Topofisis pangkal menghasilkan kalus paling banyak pada seluruh genotipe, kecuali Avros. 16 – 22 minggu setelah tanam merupakan waktu kemunculan kalus tertinggi sebesar 3.02%. Kalus tipe 3 yang merupakan kalus embriogenik juga paling banyak muncul dari genotipe Simalungun topofisis pangkal sebesar 4.48%. Perbanyakan kalus tertinggi berasal dari genotipe Simalungun topofisis pangkal sebanyak 1.54 kali dari jumlah awal. Genotipe Simalungun topofisis pangkal merupakan faktor paling responsif pada percobaan ini. Eksplan, kalus embriogenik, kalus non embriogenik dan eksplan yang gagal berkalus dari percobaan pertama dianalisis IAA dan zeatinnya menggunakan UHPLC. Analisis area puncak kromatogram menunjukkan bahwa IAA eksplan menyebar secara acak pada genotipe dan topofisisnya, sedangkan zeatin eksplan memiliki pola konsentrasi terendah berasal dari topofisis pangkal, kemudian naik pada topofisis tengah dan tertinggi berada pada topofisis ujung pada tiap genotipenya kecuali Avros. IAA naik konsentrasi awalnya pada saat menjadi kalus embriogenik, kalus non-embriogenik dan eksplan gagal berkalus pada topofisis pangkal di setiap genotipe. Rasio IAA : zeatin pada eksplan menunjukkan kelimpahan zeatin, meskipun konsentrasi zeatin dan rasio IAA : zeatin menurun signifikan terutama pada kultur eksplan yang gagal berkalus. Konsentrasi zeatin pada kalus embriogenik kuat dipengaruhi oleh konsentrasi awal zeatin di eksplan. Tidak ditemukan korelasi yang signifikan antara konsentrasi dan rasio IAA-zeatin pada eksplan dengan jumlah kalus total, jumlah kalus embriogenik dan indeks perbanyakan kalus. Percobaan ketiga yaitu analisis sidik jari DNA menggunakan 16 marka SSR menunjukkan bahwa kalus memiliki genetik yang true to type 100% dengan sumber eksplannya sesuai lokus marka yang dipilih. Marka yang digunakan memiliki nilai rerata polimorfiknya (PIC) sebesar 0.84 yang berarti cukup informatif. Terdapat 9 marka dengan nilai PIC > 0.5 yaitu mEgCIR2224, mEgCIR2347, mEgCIR3213, mEgCIR3311, mEgCIR0257, mEgCIR2887, mEgCIR3433, mEgCIR0783 dan mEgCIR0782. Berdasarkan hasil percobaan di atas disimpulkan bahwa interaksi genotipe dan topofisis mempengaruhi respon eksplan dalam menginduksi kalus. Topofisis pangkal merupakan bagian yang paling banyak menghasilkan kalus pada tiap genotipe, sehingga pada pengerjaan kultur in vitro sawit didorong untuk memperbanyak jumlah eksplan dari bagian pangkalnya. Distribusi dan status IAA-zeatin pada eksplan dan kalus yang dihasilkan bersifat dinamis dan belum menunjukkan korelasi yang kuat terhadap pembentukan kalus itu sendiri. Analisis sidik jari DNA menggunakan marka SSR antara eksplan dan kalus yang dihasilkan dapat digunakan sebagai sistem monitoring kesesuaian identitas kultur dan deteksi variasi somaklonal akibat perubahan susunan basa DNA. Analisis ini bermanfaat terutama pada produksi kultur dalam
Keyword: genotipe, IAA-zeatin, korelasi, marka SSR, topofisis

Judul: Analisis Ekspresi Gen Pada Embriogenesis Somatik Di Tanaman Kelapa Sawit.
Abstrak: Teknik kultur jaringan merupakan salah satu teknik perbanyakan tanaman kelapa sawit untuk skala produksi (mass production) karena dapat menghasilkan tanaman yang memiliki sifat yang sama dengan induknya (true to type). Namun, teknik ini masih kurang efisien karena keberhasilan pembentukan embrio somatik-nya yang masih rendah (3-6%), oleh karena itu perlu dilakukan identifikasi gen-gen yang terlibat dalam embriogenesis pada tanaman kelapa sawit. Pada penelitian sebelumnya dengan teknik microarray, diperoleh beberapa gen yang potensial dan terlibat dalam pembentukan embrio somatik di tanaman kelapa sawit, namun ekspresi gen dari kandidat gen-gen tersebut belum divalidasi, oleh karena itu penelitian ini bertujuan: (1) seleksi gen-gen terkait embriogenesis somatik dari hasil microarray berdasarkan pendekatan Bioinformatik dan (2) menganalisis ekspresi gengen tersebut menggunakan qPCR. Penelitian ini diharapkan diperoleh kandidat gen-gen terkait embriogenesis somatik yang dapat digunakan sebagai marka untuk deteksi dini kalus-kalus yang memiliki kemampuan embriogenik pada tanaman kelapa sawit. Penelitian secara garis besar dibagi menjadi dua bagian, yaitu: (1) seleksi gen-gen terkait embriogenesis somatik dan (2) menganalisis ekspresi gen-gen tersebut menggunakan qPCR. Pada tahap seleksi gen dengan Bioinformatik, gen-gen hasil dari analisis dengan microarray diseleksi berdasarkan nilai ekspresinya (fold change), fungsi gen, dan faktor-faktor yang mempengaruhi embriogenesis. Analisis ekpsresi gen dilakukan dengan menggunakan sampel kalus (nodular callus) dan embrio somatik (coleoptilar stage) yang merupakan hasil kultur jaringan dari tiga progeni tanaman kelapa sawit (Tenera). RNA dari dua jenis sampel diekstraksi, kemudian diubah menjadi cDNA utas tunggal. Selanjutnya dilakukan analisis ekspresi gen menggunakan teknik qPCR. Ekspresi gen dikuantifikasi dengan metoda Relative Quantification Standart Curve. Pada analsis tersebut kalus digunakan sebagai kalibrator sampel (kontrol) dan gen 40S ribosomal protein (40s) digunakan gen pembanding (reference gene). Hasil seleksi gen-gen yang terlibat dalam embriogenesis somatik melalui pendekatan Bioinformatik diperoleh sebanyak sepuluh kandidat gen yang terdiri atas: tujuh gen yang up-regulated dan tiga gen down-regulated. Kesepuluh gen tersebut kemudian dilakukan analisis melt curve sehingga diperoleh empat gen yang primernya terbukti spesifik dan dapat digunakan dalam analisis qPCR, yaitu: IAA-amino acid hydrolase ILR1-like1 (ilr1), late embryogenesis abundant (lea2), 26S proteasome non- ATPase (26sp), dan trehalose phosphate synthase (tps6). Hasil analisis ekspresi gen dengan menggunakan qPCR menunjukkan bahwa gen ilr1 dan lea2 terekspresi lebih tinggi pada embrio somatik (coleoptilar stage) dibandingkan dengan sampel kalus (kontrol). Meskipun tingginya ekspresi kedua gen tersebut berbeda pada setiap progeni. Kedua gen ini berpotensi digunakan sebagai penanda untuk mendeteksi adanya embrio somatik (coleoptilar stage).
Keyword: Elaeis guineensis Jacq, IAA-amino acid hydrolase (ilr1), Late embryogenesis abundant (lea), Quantitative real-time PCR (qPCR)

Judul: Approximation of the Median of Poisson Distribution Using the Relation of Poisson-Gamma Distribution
Abstrak: A major drawback of median is that median cannot usually be defined in closed form, even in the cases where their distribution functions are known. This study gives an approximation of the closed form for the median of the Poisson distribution by using the relation of Poisson-Gamma distribution. The approximation uses elementary techniques based on the monotonicity of certain sequences involving tail probabilities of the Poisson distribution and the Central Limit Theorem. Furthermore, a closed form expression for the mean absolute deviation 􀜧|􀜰􀰒 􀵆 􀜯􀝁􀝀􁈺􀜰􀰒􁈻| is also studied. The median is relevant because of the fact that it minimizes the mean absolute deviation of a Poisson random variable (􀜰􀰒􁈻 by considering median as central tendency.
Keyword: