Judul: Perbandingan pendugaan densitasikan ikan demersal antara metode akustik BIM terbagi dengan metode "Swept area" di perairan Timur Kalimantan
Abstrak: Penelitian ini dilakukan pada tanggal 10 Oktober 2004 sampai 31 Oktober 2004 di perairan timur Kalimantan, Penelitian ini dilakukan kerja sama dengan Balai Riset Perikanan Laut (BRPL) Jakarta dalam rangka studi mengenai Sumber Daya Ikan dan dinamika spasialnya. Adapun yang melatar belakangi penelitian ini yaitu untuk mengumpulkan data keberadaan dan stok sumber daya ikan, sehingga pemanfaatan sumber daya ikan di perairan timur Kalimantan ini dapat optimal serta untuk melihat seberapa jauh ketelitian dari metode akustik dalam menduga densitas ikan demersal yang berada dekat dengan dasar perairan. Penentuan stasiun dalam penelitian ini dilakukan dengan menggunakan Global Position System dengan mengikuti rancangan yang berbentuk parallel sistematik. Data yang diambil berupa data dugaan densitas (kelimpahan) ikan yang didapat dari alat akustik dan jaring trawl dasar (metode swept area). Parameter Oseanografi yang diambil meliputi data arus, suhu dan salinitas perairan yang digunakan untuk melihat pengaruhnya terhadap distribusi ikan-ikan demersal. Dugaan densitas ikan yang dihasilkan dengan alat akustik menunjukkan bahwa nilai densitas ikan terbesar terdapat pada stasiun 6 (2°.94 LU dan 117.84' BT), yaitu sebesar 216,5 ikan/1000m sedangkan nilai densitas ikan terendah terdapat pada stasiun 5 (3.83' LU dan 118°.04 BT), yaitu sebesar 0,5 ikan/1000m². Densitas ikan total dari setiap stasiun didapatkan sebesar 601,4 ikan/1000m². Berdasarkan metode Swept area, densitas ikan terbanyak terdapat pada stasiun 8 (3.59' LU dan 1179.99' BT), yaitu sebesar 6655 ikan/1000m² sedangkan untuk densitas ikan terkecilnya terdapat pada stasiun 5 (3.83 LU dan 118°.04' BT), yaitu sebesar 53,1 ikan/1000m². Hasil tangkapan dengan metode swept area ini, 97% merupakan ikan demersal dengan famili Leiognathidae mendominasi hasil tangkapan yaitu sebesar 3338,6 kg. Dari hasil perbandingan dugaaan nilai densitas antara metode akustik dengan metode swept area diketahui bahwa dugaan nilai densitas yang dihasilkan dari kedua metode berbeda. Hal ini ditunjukkan oleh nilai koefisien determinasi antara kedua metode yang jauh dibawah nilai satu, yaitu sebesar 0,0185. Ini berarti dugaan nilai densitas yang dihasilkan oleh metode akustik tidak bisa menjelaskan dugaan nilai densitas yang dihasilkan oleh metode trawl dengan ketepatan yang hanya sebesar 1,85%. Dari hasil penelitian diketahui bahwa distribusi ikan yang terbanyak terdapat pada posisi 2° LU sampai 3,60° LU. Hal ini menunjukkan bahwa kisaran nilai suhu dan salinitas tersebut tidak terlalu berpengaruh terhadap distribusi dari ikan- ikan demersal, karena fluktuasi suhu dan salinitas yang terjadi masih dalam kisaran yang kecil. Pada lokasi penelitian diketahui bahwa ikan-ikan demersal lebih banyak dipengaruhi oleh arus, dimana arus ini membawa ikan-ikan demersal ke muara-muara sungai yang banyak terdapat makanan.
Keyword: 

Judul: Pengukuran Nilai Target Strength dan Densitas Ikan Serta Sebarannya dengan Sistem Akustik Bim Terbagi di Perairan Utara Jawa pada Bulan Juni 2000
Abstrak: Penelitian tentang pengukuran nilai target strength dan densitas ikan serta sebarannya telah dilaksanakan di Laut Jawa pada bulan Juni 2000, tepatnya pada posisi 6.35°LS - 6.81°LS dan 109.59°BT - 110.41°BT di sebelah Barat Tanjung Mandalika dan 6.13°LS - 6.58°LS dan 111.28°BT -111.91 °BT di sebelah Timur Tanjung Mandalika dengan menggunakan sistem akustik bim terbagi (Split Beam Acoustic System). Tujuan penelitian ini adalah untuk mengukur nilai target strength dan densitas ikan serta sebarannya secara spasial, menganalisis hubungan sebaran nilai target strength dan densitas ikan dengan kondisi oseanografis serta membandingkan nilai target strength dan densitas ikan di perairan sebelah Barat Tanjung Mandalika dan sebelah Timur Tanjung Mandalika. Dalam penelitian ini digunakan Kapal Mutiara IV dengan instrumen akustik berupa Scientific Echosounder EY-500, split beam transducer dengan frekuensi 38 KHz yang dilengkapi dengan komputer dan printer serta alat Sea Bird Profiler yang digunakan untuk mengambil data suhu dan salinitas. Desain survei akustik yang digunakan adalah transek paralel sistematik. Dari 90 ESDU di perairan sebelah Barat Tanjung Mandalika dan 60 ESDU di perairan sebelah Timur Tanjung Mandalika diperoleh nilai target strength masing-masing sebanyak 16093 dan 8940 target yang menyebar dari -50 dB sampai -23 dB. Ikan yang berukuran kecil cenderung menyebar di lapisan permukaan dan secara gradual meningkat populasi dan biomassanya di kolom perairan, dan kemudian cenderung turun kembali di dasar. Sebaran horizontal target strength baik secara tegak lurus pantai maupun sejajar pantai tidak menunjukkan pola tertentu. Dengan demikian, penyebaran ukuran ikan di sepanjang transek penelitian berkecenderungan relatif sama. Hasil pengukuran suhu dan salinitas di sepanjang transek penelitian pada masingmasing stasiun hampir tidak bervariasi sehingga bisa kita katakan bahwa pengaruhnya terhadap pengukuran target strength adalah sama. Dengan demikian, distribusi target strength hanyalah berhubungan dengan distribusi ikan itu sendiri. Sebaran nilai densitas absolut ikan (ikan/1000m3) secara tegak lurus pantai di sebelah Barat Tanjung Mandalika memperlihatkan nilai yang semakin kedI dengan bertambahnya jarak dari pantai. Hal ini diduga karena perairan pantai lebih subur dibandingkan dengan perairan lepas pantai. Sedangkan densitas absolut ikan di sebelah Timur Tanjung Mandalika cenderung merata. Distribusi nilai densitas ikan secara vertikal memperlihatkan tingginya nilai densitas ikan di tengah kolom perairan. Hal ini diduga karena daerah ini merupakan daerah yang paling optimum bagi proses metabolisme dan relalif aman dari ancaman predator. Pola ini te~adi baik di perairan sebelah Barat Tanjung Mandalika maupun di sebelah Timur-nya. Dari segi kuantitas, terdapat perbedaan nilai densitas ikan di kedua wilayah penelitian tersebut, dimana densitas ikan di perairan sebelah Barat Tanjung Mandalika jauh lebih tinggi dibandingkan dengan yang ada di sebelah Timur-nya. Hal ini diduga disebabkan oleh beberapa faktor antara lain faktor muslm, faktor kesediaan makanan, kondisi perairan dan cuaca serta struktur sedimen bagi ikan demersal.
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA