Judul: Analisis Tanaman Tembakau Transgenik Generasi T1 yang Mengandung Gen MmCu/Zn-SOD Penyandi Superoksida Dismutase
Abstrak: Salah satu faktor lingkungan yang dapat membatasi produksi pertanian adalah kemasaman tanah. Kemasaman yang tinggi menyebabkan peningkatan kelarutan aluminium. Ion-ion Al yang terlarut beracun bagi tanaman, sehingga kemasaman yang tinggi dan kelarutan Al dapat menimbulkan cekaman. Cekaman abiotik tersebut menyebabkan akumulasi spesies oksigen reaktif (ROS), seperti superoksida yang sangat beracun bagi tanaman. Superoksida dismutase (SOD) merupakan enzim antioksidan yang mampu menetralkan radikal bebas dari spesies oksigen reaktif menjadi tidak beracun. cDNA dari gen MmCu/Zn-SOD telah berhasil diisolasi dari tanaman Melastoma malabathricum, diklon ke dalam vektor ekspresi di bawah kendali promoter kuat 35S CaMV dan diintroduksikan ke dalam tanaman tembakau sehingga menghasilkan tanaman tembakau transgenik generasi T0. Tanaman ini telah melakukan penyerbukan sendiri dan menghasilkan biji generasi T1. Penelitian ini bertujuan menganalisis pola pewarisan dan stabilitas gen MmCu/Zn-SOD pada tanaman tembakau transgenik generasi T1. Analisis dilakukan terhadap keturunan dari dua galur transgenik T0 yaitu NTS59 dan NTS68. Analisis pola pewarisan gen MmCu/Zn-SOD didasarkan pada pola pewarisan gen hpt penyandi hygromycin phosphotransferase karena kedua gen tersebut terpaut. Pola pewarisan gen hpt dilakukan dengan menghitung perbandingan tanaman yang resisten dan sensitif terhadap antibiotik higromisin berdasarkan hukum Mendel dengan perbandingan 3:1 yang diuji dengan menggunakan uji Khi-Kuadrat (db=1; α=5%). Analisis pewarisan gen hpt menunjukkan bahwa gen hpt yang terintegrasi pada galur NTS59 dan NTS68 diwariskan ke generasi T1 dengan pola pewarisan 3:1. Hal ini menunjukkan bahwa tanaman transgenik NTS59 dan NTS68 generasi T0 adalah heterozigot dan hanya satu salinan gen hpt yang terintegrasi ke dalam genomnya. Gen MmCu/Zn-SOD terpaut sempurna dengan gen hpt, maka tanaman transgenik T0 juga mengandung satu salinan gen MmCu/Zn-SOD dan heterozigot. Analisis PCR menunjukkan bahwa gen MmCu/Zn-SOD di bawah kendali promoter 35S CaMV diwariskan dari generasi T0 ke generasi T1. Hal ini menunjukkan bahwa gen MmCu/Zn-SOD terintegrasi secara stabil sampai dengan generasi T1.
Keyword: tembakau transgenik, SOD, heterozigot, pewarisan gen

Judul: Stabilitas Transgen Dan Ekspressi Gen B11 Pada Tanaman Tembakau Transgenik Generasi T3.
Abstrak: Ion aluminium (Al3+) mendominasi tanah masam yang memiliki pH<5 dan toksik bagi akar tanaman karena selain dapat mengkelat unsur hara, Al3+ dapat merusak sistem perakaran sehingga menyebabkan tanaman mengalami defisiensi usunr hara dan menurunkan produksi tanaman. Beberapa varietas tanaman memiliki mekanisme toleransi terhadap cekaman Al. Tanaman pertanian seperti gandum memiliki mekanisme toleransi terhadap cekaman Al dengan melibatkan pelepasan asam organik seperti asam malat dan asam sitrat dari akar. Asam organik yang dilepaskan akan mengkelat dan mendetoksifikasi Al di zona rhizosfer. Padi merupakan tanaman serealia yang toleran terhadap cekaman Al. Roslim (2011) telah mempelajari dan mengidentifikasi bahwa padi lokal Indonesia var. Hawara Bunar berpotensi sebagai sumber gen toleran Al. Gen penyandi toleransi terhadap cekaman Al, yakni gen B11, telah berhasil diisolasi dari tanaman padi var. Hawara Bunar dan telah berhasil diintroduksikan ke dalam tanaman tembakau di bawah promotor 35S CaMV yang kemudian menghasilkan tanaman tembakau transgenik pembawa gen B11. Uji stabilitas tanaman tembakau transgenik pembawa gen B11 menunjukkan bahwa tanaman tembakau transgenik generasi pertama (T1) membawa copy gen B11 dan analisis fungsi gen B11 pada tembakau transgenik T1 menunjukkan gen B11 dapat meningkatkan toleransi tanaman tembakau terhadap cekaman Al. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk memperoleh tanaman tembakau transgenik yang memiliki transgen B11 yang stabil pada generasi T2 dan T3 serta menganalisis ekspresi gen B11 dan gen-gen lain (STOP1, ALMT1, MATE) yang terkait dengan toleransi terhadap cekaman Al. Biji tanaman tembakau transgenik diseleksi pada media MS yang mengandung higromisin selama 28 hari. Tanaman yang toleran selanjutnya di cek stabilitasnya dengan PCR menggunakan primer gen B11 dan hpt. Ekspresi relatif dari gen B11 dan gen-gen lain (STOP1, ALMT1, MATE) yang terkait dengan toleransi Al dianalisis dengan teknik qPCR. Hasil penelitian menunjukkan bahwa 24 dari 26 nomor tanaman transgenik terpilih yang diseleksi mampu tumbuh pada medium selektif dengan rasio 3:1 untuk toleran:sensitif terhadap hygromicin. Di antara semua nomor yang diuji, terdapat dua nomor T3 secara konsisten menunjukkan 100% tumbuh pada media selektif. Hal ini menunjukkan bahwa kedua nomor tersebut telah homozigot untuk gen hpt. Karena gen hpt terletak dekat dengan left border downstream gen B11, maka hal ini mengindikasikan bahwa gen B11 juga telah homozigot untuk kedua nomor tersebut. Analisis stabilitas genetik tanaman tembakau transgenik menunjukkan bahwa tanaman tembakau transgenik telah membawa gen B11 sampai generasi T3. Analisis ekspresi menunjukkan bahwa peningkatan ekspresi gen B11 diikuti oleh peningkatan ekspresi dari gen STOP1, ALMT1 dan MATE, mengindikasikan adanya hubungan regulasi di antara gen-gen tersebut dalam merespon cekaman Al.
Keyword: Aluminium, gen toletan Al, stabilitas gen, tanaman transgenik

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: