Judul: Determination of Three Dimensional Structure and Hydrolyzate Profile of Protein Allergen Arginine Kinase (Pen m 2) by In Silico
Abstrak: Alergi pangan merupakan suatu gangguan kesehatan akibat reaksi hipersensitivitas yang diawali oleh mekanisme imunologis yang terjadi setelah terpapar alergen dari suatu bahan pangan. Kasus alergi pangan banyak terdapat di dunia maupun di Indonesia dan dapat menimbulkan gejala klinis ringan hingga berat. Alergen dalam makanan dapat berupa protein, glikoprotein atau polipeptida. Arginin kinase (dengan kode alergen Pen m 2) merupakan alergen yang terdapat pada udang windu (Penaeus monodon) dan dapat memicu terjadinya alergi. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan struktur tiga dimensi Pen m 2 dan mendapatkan profil hidrolisat enzimatis dan non enzimatis secara in silico dari Pen m 2. Tahap pertama penelitian ialah pencarian identitas dan karakteristik fisikokimia arginin kinase, kemudian tahap kedua ialah penentuan struktur tiga dimensi protein Pen m 2 dengan menggunakan server SWISS-MODEL, dilanjutkan dengan tahap ketiga yaitu pemotongan sekuens protein Pen m 2 secara enzimatis dan non enzimatis dengan menggunakan server expasyPeptideCutter. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Pen m 2 merupakan anggota dari keluarga ATP:guanido fosfotransferase dan mengandung pola kinase fosfagen. Dari penelitian ini diperoleh struktur tiga dimensi Arginin kinase (Pen m 2) dengan hasil identitas sekuens 99,61%. Evaluasi struktur tiga dimensi dengan menggunakan plot Ramachandran menjelaskan bahwa lebih banyak asam amino pada daerah yang diizinkan dengan persentase 97,18% yang menyatakan bahwa struktur tiga dimensi pada arginin kinase (Pen m 2) baik. Nilai Molprobity sebesar 0,92 yang juga menunjukkan bahwa struktur tiga dimensi yang diperoleh memiliki kualitas yang baik. Hidrolisis alergen secara in silico oleh enzim pepsin, kimotripsin dan tripsin yang merupakan enzim-enzim proteolitik pada saluran pencernaan manusia, menghasilkan peptida dengan ukuran terpanjang 11 asam amino (313-321) dengan berat molekul 1210 Da (GEHTEAEGGIY). Hal ini menunjukkan terjadinya penurunan alergenisitas arginin kinase (Pen m 2) setelah melalui proses pencernaan, dikarenakan tidak terdapatnya peptida berukuran lebih dari 5000 Da. Namun, hidrolisis alergen menggunakan asam format masih memiliki peptida terpanjang 69 asam amino (114-183) dengan berat molekul 7590 Da (PEGKYV ISTRVRCGRS MEGYPFNPCL TEAQYKEMEA KVSSTLSSLE GELKGTYYPL TGMSKEVQQKLID) yang menunjukkan bahwa masih ada fraksi yang bersifat alergen.
Keyword: Arginine Kinase, In Silico, Protein Hydrolysis, SWISS-MODEL, Shrimp

Judul: In-silico Analysis of cashew nut allergenicity: interaction profiles of Ana o 3 and imunoglobulin.
Abstrak: Terapi makanan hipoalergenik adalah pengembangan dan penggunaan produk makanan dengan alergenisitas yang berkurang untuk membantu individu mengonsumsi pangan beralergen lebih aman. Teknik seperti pemrosesan termal dan pH banyak dieksplorasi untuk mengubah protein alergenik. Kacang mete dapat menyebabkan reaksi alergi. Alergen kacang mete adalah Ana o 3 sebagai alergen yang paling reaktif. Penelitian ini bertujuan untuk meniru proses perlakuan panas dan pH yang dilakukan dalam proses pangan seperti pasteurisasi, pemrosesan suhu sangat tinggi, pemanggangan, dan fermentasi, serta untuk menentukan perubahan alergenisitas dengan mengkarakterisasi afinitas pengikatan antara Ana o 3 dan Imunoglobulin E menggunakan metode in silico. Alergen Ana o 3 diperoleh dari basis data UniProt, sedangkan IgE dibangun berdasarkan antibodi monoklonal PA12P3D08. Simulasi dinamika molekul dilakukan menggunakan Gromacs dan PlayMolecule untuk menilai perubahan struktural di bawah berbagai kondisi suhu dan pH. Pada penelitian diketahui bahwa Ana o 3 adalah protein yang stabil secara termal, berdasarkan karakteristik RMSD, SASA, dan Rg. Perlakuan panas mengurangi energi bebas ikatan Ana o 3 sebesar 30% pada suhu 77°C, 33% pada suhu 87°C, dan sebesar 40% pada suhu 127°C. Namun, energi bebas ikatan kembali ke nilai aslinya yaitu 110 kJ/mol ketika diperlakukan pada suhu 177°C dengan kandungan air 5%. Penurunan pH menjadi 4 dan 4.5 menyebabkan penurunan alergenisitas sebesar 10% dan 6% secara berturut-turut.
Keyword: In silico, molecular docking, imunoglobulin, alergen, alergi

Judul: Perencanaan Lanskap Jalan Tol Kanci-Pejagan Pada Oemardi_Zain Landscape consultant Bogor
Abstrak: Keberadaan ruang terbuka hijau (RTH) di Indonesia saat ini dirasa masih kurang. Untuk mengatasinya, perlu ditingkatkan upaya penciptaan RTH yang baru, baik itu berada di perkotaan maupun di pinggiran kota. Salah satu bentuk dari RTH yang dapat diterapkan adalah membuat lanskap jalan tol. Lanskap jalan tol merupakan bagian dari RTH yang berbentuk koridor. Untuk menciptakan suatu lanskap jalan tol yang menarik dan tidak monoton, dibutuhkan suatu perencanaan lanskap jalan tol yang baik yang tetap mencerminkan tapak asli serta berusaha menonjolkan keunggulan dengan menambahkan beberapa elemen yang sesuai. Keterampilan melakukan perencanaan lanskap jalan tol dapat diperoleh salah satunya dengan melakukan kegiatan magang di konsultan lanskap.
Keyword: