Judul: Pengukuran acoustic backscattering strength dasar perairan Teluk Jakarta menggunakan multibeam echosounder
Abstrak: MBES (Multibeam Echosounder) memiliki kemampuan dalam melakukan pemindaian dasar laut dengan akurasi tinggi dan cakupan yang luas. Teluk Jakarta merupakan kawasan perairan yang sangat strategis dari segi ekologis maupun ekonomis. Perairan ini menerima masukan sedimen yang tinggi dari daratan yang disebabkan oleh tingginya curah hujan dan banyaknya aliran sungai, hal ini menyebabkan perubahan kawasan perairan Teluk Jakarta relatif cepat terkait dengan perubahan substrat dasar perairan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui nilai hambur balik di dasar perairan Teluk Jakarta dengan menggunakan instrumen multibeam echosounder dan menghubungkan nilai hambur balik dengan tipe sedimen. Penelitian ini megambil data sampel sedimen pada 5 stasiun untuk melakukan validasi data nilai hambur balik akustik dengan jenis sedimennya. Pengolahan data multibeam echosounder dilakukan menggunakan software MB-System yang berbasis sistem operasi linux 16.04. Analisis sampel sedimen dilakukan menggunakan segitiga shepard dengan membagi sedimen menjadi 10 fraksi kemudian dianalisis menjadi 3 kategori yakni pasir, lumpur dan liat. Hasil analisis sedimen pada 5 stasiun Teluk Jakarta terlihat bahwa jenis sedimen dminan merupakan pasir berlumpur. Nilai hambur balik akustik dan substrat berkisar antara -21.6 dB hingga -30.2 dB dengan kedalaman yang bervariasi antara 3.32 – 17.33 meter dan semakin dangkal apabila mendekati pulau. Nilai hambur balik setiap substrat berbeda karena dipengaruhi oleh komposisi pasir, lumpur dan liat pada dasar perairan. Semakin tinggi komposisi pasir pada substrat tersebut maka semakin tinggi nilai hambur baliknya.
Keyword: Multibeam Echosounder, MB-System, Teluk Jakarta, nilai hambur balik, substrat

Judul: Kuantifikasi Hambur Balik Akustik Dasar Laut Menggunakan Instrumen Multibeam Echosounder
Abstrak: Penggunaan teknologi multibeam di Indonesia masih terkendala terhadap jumlah dan penguasaan alat (sumber daya manusia). Pemahaman serta penguasaan teknologi multibeam ini merupakan hal yang sangat penting, oleh Karena itu di masa mendatang dalam tuntutan kebutuhan survei hidrografi di Indonesia akan semakin meningkat. Melalui pemanfaatan teknologi multibeam tik-titik kedalaman yang rapat dapat diukur secara simultan, cepat dan memiliki keakuratan yang tinggi. Sehingga akan memperkecil waktu pelaksanaan survei batimetri dan biaya operasi yang lebih efisien. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi dan kuantifikasi hambur balik akustik dasar laut juga menentukan klasifikasi jenis sedimen dasar. Penelitian ini diharapkan dapat bermanfaat untuk penentuan tipe substrat sedimen dasar laut dari nilai hambur balik yang kemudian dapat juga diterapkan di lokasi perairan lain. Selain itu hasil dari penelitian ini akan memberikan peta pola sebaran sedimen dasar perairan. Pelaksanaan survei dilakukan dengan kapal riset Geomarin 1, milik Pusat Penelitian dan Pengembangan Geologi Laut (PPPGL) dengan dua tahap. Pertama dilaksanakan pada tanggal 29 April sampai 3 Mei 2008. Tahap kedua Chilaksanakan tanggal 7-10 Mei 2008. Lokasi penelitian pada perairan Selat Malaka. Secara geografis berada pada koordinat 97° 30' 0"-98° 30' 0" BT dan 4° 40' 0"-5° 40' 0" LS melintasi dua kabupaten yaitu Aceh Timur dan Aceh Utara provinsi Nanggroe Aceh Darussalam. dst ...
Keyword: Multibeam echosounder, Backscatter, Seabed sediment

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA