Judul: Kesuburan Perairan Berdasarkan Ketersediaan Dan Distribusi Spasial Unsur Hara (N, P Dan Si) Di Perairan Teluk Jakarta
Abstrak: Salah satu acuan terhadap pendugaan kesuburan sebagai deskripsi kualitatif suatu perairan ditentukan oleh ketersediaan unsur hara. Faktor utama lain yang dapat membatasi produktivitas fitoplankton selain cahaya matahari adalah senyawa unsur hara anorganik yang diperlukan fitoplankton untuk tumbuh dan berkembang biak, antara lain berupa fosfat dan nitrat sebagai komponen penyusun jaringan fitoplankton serta silikat untuk pertumbuhan cangkang diatom, radiolaria dan sponge. Kesuburan perairan Teluk Jakarta perlu dievaluasi. Masalah yang dihadapi adalah peningkatan unsur hara tersebut tidak selalu diikuti dengan peningkatan produktivitas perairan serta perkembangan fitoplankton yang berkualitas bagi ekosistem perairan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakteristik parameter fisika dan kimia perairan, khususnya distribusi spasial unsur hara anorganik terlarut (nitrat, nitrit, amonia, fosfat dan silikat) serta mengetahui keterkaitan antara kandungan unsur hara dengan kelimpahan fitoplankton dan kandungan klorofil-a di perairan Teluk Jakarta. Penelitian ini dilaksanakan di perairan Teluk Jakarta. Pengambilan contoh dan pengamatan di lapangan dilakukan sebanyak tiga kali yaitu pada tanggal 11 Desember 2000, 23 Februari dan 24 April 2001.
Keyword: 

Judul: Hubungan Antara Unsur Hara Dengan Fitoplankton Dan Zooplankton Di Perairan Teluk Jakarta,
Abstrak: Masukan bahan organik dari daratan ke muara sungai mengakibatkan peningkatan unsur hara sehingga berpengaruh terhadap kualitas air di perairan Teluk Jakarta. Nitrogen dan fosfat merupakan nutrisi yang berpotensi untuk meningkatkan kesuburan perairan, dan dapat pula meningkatkan kelimpahan fitoplankton di perairan Teluk Jakarta. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis hubungan antara unsur hara dengan kelimpahan fitoplankton dan zooplankton di perairan Teluk Jakarta. Lokasi penelitian di Teluk Jakarta, Teluk yang berada di Provinsi DKI Jakarta. Penelitian di lakukan pada bulan Juli hingga Oktober 2013. Pengambilan contoh air di lakukan 1 kali dalam sebulan di 15 stasiun pengamatan selama 4 bulan. Analisis kualitas air, di Laboratorium Fisika-Kimia Perairan, sedangkan analisis fitoplankton dan zooplankton di Laboratorium Biologi Mikro, kedua laboraturium ini berada di Devisi Produktivitas Perairan. Departemen Manajeman Sumberdaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Institut Pertanian Bogor. Hasil penelitian kualitas air berdasarkan pola sebaran menunjukan semakin ke arah lepas pantai nilai suhu, kecerahan, pH, salinitas lebih tinggi dibandingkan ke arah daratan dengan nilai suhu kisaran 30,8-32,4°C terdapat di stasiun 10 (muara Sungai Marunda). Kecerahan dengan nilai kisaran 180-850 cm ditemukan di stasiun 4 tengah perairan. Salinitas dengan kisaran 30-31‰ terdapat di stasiun 7 (mulut terluar teluk). pH dengan nilai kisaran 8,43-8,98 terdapat di stasiun 10 (muara Sungai Marunda). Sedangkan BOD dan DO menunjukan nilai lebih tinggi di sungai dan muara sungai Teluk Jakarta, dengan nilai kisaran BOD 6,3-10,6 mg/L terdapat di stasiun 13 (Sungai Angke). Nilai DO dengan kisaran 6,2-14,5 mg/L terdapat di stasiun 10 (muara Sungai Marunda). Hal ini menunjukan bahwa adanya pengaruh masukan bahan organik dari daratan melalui sungai. Pola sebaran N dan P menunjukan adanya pengaruh masukan dari daratan melalui sungai, sehingga nilai N dan P lebih tinggi di kawasan pesisir. Nilai nitrat lebih tinggi dengan nilai rata-rata 0,228 mg/L terdapat di stasiun 14 (Tanjung Priok). Nilai nitrit lebih tinggi dengan nilai rata-rata 0,026 mg/L terdapat di stasiun 15 (Sungai Marunda). Ortofosfat lebih tinggi dengan nilai rata-rata 0,513 mg/L terdapat di stasiun 14 (Tanjung Priok). Ammonium lebih tinggi dengan nilai rata-rata 2,398 mg/L terdapat di stasiun 14 (Tanjung Priok). Silikat lebih tinggi dengan nilai rata-rata 0,143 mg/L terdapat di stasiun 12 (muara Sungai Priok). Sedangkan klorofil-a dengan nilai lebih tinggi rata-rata 21,339 μg/L terdapat di stasiun 10 (muara Sungai Marunda). Kawasan perairan Teluk Jakarta mengalami eutrofikasi (pengayaan nutrien), terutama di sungai dan muara sungai, sehingga berdampak pada kelimpahan fitoplankton. Sesuai index TRIX menunjukan Teluk Jakarta pada kondisi hipertrofik, mesotrofik dan eutrofik. Hal tersebut sesuai dengan pola sebaran N dan P, sehingga dapat meningkatkan kelimpahan fitoplankton di stasiun 10 (muara Sungai Marunda) dengan jumlah 16 393 262 222 sel/m3. Didominasi oleh jenis Chaetoceros sp, Bacteriastrum sp, Skeletonema sp, Nitzschia dan Thalassiosira sp. Meningkatnya fitoplankton dapat pula meningkatkan kelimpahan zooplankton di stasiun 10 (muara Sungai Marunda) dengan jumlah 5174 976 Ind/m3. Dengan jenis yang dominan Nauplius sp, Oithona sp, Calanus sp, Acartia sp. Meningkatnya kelimpahan fitoplankton dan zooplankton menunjukan adanya hubungan pola makan memakan fitoplankton dan zooplankton di perairan Teluk Jakarta.
Keyword: Teluk Jakarta, Unsur Hara, Fitoplankton dan Zooplankton

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA