Judul: Deteksi Papaya ringspot virus Asal Tanaman Pepaya (Carica papaya) Berdasarkan Teknik Reserve Transcription- Polymerase Chain Reaction
Abstrak: Papaya ringspot virus (PRSV) merupakan anggota genus Potyvirus yang dapat menyebabkan penyakit penting pada tanaman pepaya dan beberapa tanaman dari famili Cucurbitaceae. Penyebaran PRSV di Indonesia masih sangat terbatas, bahkan PRSV masih tergolong OPTK kategori A1 berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian Nomor.93/Permentan/OT.140/12/2011. Penelitian ini dilakukan untuk mendeteksi PRSV yang menyebabkan penyakit bercak cincin pada tanaman pepaya di Bogor, Jawa Barat dan untuk menyeleksi primer yang dapat mengamplifikasi DNA target secara konsisten dengan teknik RT-PCR. Penelitian diawali dengan kegiatan survei lapangan dan pengambilan contoh tanaman sakit, diikuti dengan deteksi menggunakan metode RT-PCR dan penularan secara mekanis pada tanaman pepaya sehat. Metode deteksi PRSV di laboratorium meliputi ekstraksi RNA total, sintesis cDNA, dan amplifikasi DNA menggunakan tiga jenis primer yaitu primer universal Potyvirus MJ1/MJ2 yang akan mengamplifikasi protein selubung Potyvirus dan dua pasang primer spesifik PRSV yaitu PRSV1298/PRSV1942 dan PRSV326/PRSV800 yang akan mengamplifikasi berturut-turut bagian gen Nib (nuclear inclusion protein) dan gen protein selubung PRSV. Pertanaman pepaya di lapangan menunjukkan gejala mosaik pada bagian daun, tangkai daun, batang dan buah dengan tingkat kejadian penyakit 20% hingga 100%. Semua sampel tanaman sakit dari Bogor berhasil ditularkan melalui penularan secara mekanis, walaupun hanya menunjukkan gejala mosaik ringan. Sampel tanaman sakit asal Bogor terbukti terinfeksi PRSV berdasarkan hasil deteksi dengan metode RT-PCR. Primer spesifik PRSV326/PRSV800 dapat mengamplifikasi DNA target dengan ukuran 475 bp dengan baik dan dapat disarankan sebagai primer untuk mendeteksi PRSV.
Keyword: inokulasi mekanis, organisme karantina, selubung protein, Potyvirus

Judul: Incidence and Molecular-based Identification of
Papaya ringspot virus Infecting Papaya in Java
Abstrak: Papaya ringspot virus (PRSV), anggota genus Potyvirus, merupakan salah satu faktor pembatas utama dalam produksi pepaya di berbagai negara termasuk di Indonesia. Penyakit bercak bercincin pada pepaya yang disebabkan oleh PRSV pertama kali dilaporkan di Indonesia pada tahun 2012 di Nanggroe Aceh Darussalam. Distribusi PRSV di Indonesia saat ini telah mencakup beberapa sentra pertanaman pepaya di Jawa, Sumatera, Bali dan Nusa Tenggara Barat. Infeksi PRSV menyebabkan kehilangan hasil secara langsung karena gejala bercak bercincin pada buah yang mengurangi kualitas dan mutu buah. Beberapa daerah di Pulau Jawa merupakan sentra pertanaman pepaya yang berkontribusi lebih dari 50% terhadap produksi nasional. Insidensi penyakit bercak bercincin dilaporkan mulai meluas akhir-akhir ini dan berpotensi menyebabkan kehilangan hasil. Oleh karena itu penelitian dilakukan untuk mengetahui penyebaran dan status penyakit bercak bercincin di beberapa daerah penanaman pepaya di Jawa serta mempelajari identitas molekuler PRSV yang berasosiasi dengan penyakit tersebut. Penelitian diawali dengan survei dan pengambilan sampel tanaman pepaya di empat kabupaten, yaitu Bogor (Jawa Barat), Purworejo dan Kebumen (Jawa Tengah), dan Bantul (DI Yogyakarta). Gejala penyakit di lapangan diamati untuk menentukan nilai insidensi dan keparahan penyakit. Sampel tanaman dari lapangan kemudian dibawa ke laboratorium untuk tahap deteksi secara serologi dengan metode DAS-ELISA (double antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assay) menggunakan antiserum spesifik PRSV. Selanjutnya dilakukan konfirmasi secara molekuler dengan metode RT-PCR (reverse transcription polymerase chain reaction) menggunakan primer universal Potyvirus (MJ-1/MJ-2) dan primer spesifik PRSV (PRSV-326/PRSV-800). Fragmen DNA hasil amplifikasi digunakan untuk perunutan nukleotida (sequencing) dan dilanjutkan dengan analisis filogenetika. Kondisi pertanaman pepaya berbeda-beda antar lokasi pengamatan. Budidaya dilakukan secara monokultur atau tumpangsari. Umur tanaman pada saat pengamatan berkisar antara 6 – 18 bulan, yaitu berada pada fase generatif. Jenis varietas pepaya yang ditanam petani di lapangan tidak beragam, karena jenis pepaya yang paling banyak ditanam adalah pepaya tipe California. Gejala infeksi PRSV yang ditemukan di Bogor, Purworejo, Kebumen, dan Bantul terdiri atas mosaik hijau muda pada daun, daun melepuh (blistering), daun berbentuk tali sepatu (shoestring), mosaik bergaris pada tangkai daun, dan bercak bercincin pada kulit buah. Berdasarkan pengamatan gejala diperoleh nilai insidensi penyakit yang bervariasi dengan insidensi penyakit terendah (27,3%) ditemukan di lokasi Grabag 2, Purworejo; sedangkan insidensi penyakit tertinggi (100%) ditemukan di lokasi Dramaga 1, Bogor. Keparahan penyakit berkisar antara 5,5% sampai 72,5% dan nilai ini tidak selalu berkorelasi positif dengan nilai insidensi penyakit. Lebih lanjut, konfirmasi infeksi PRSV melalui DAS-ELISA menunjukkan bahwa nilai insidensi penyakit berkisar antara 25% – 100%. Secara umum nilai insidensi penyakit berdasarkan deteksi DAS-ELISA berbeda dengan nilai insidensi penyakit berdasarkan gejala. Hal ini dapat terjadi karena tidak semua gejala yang tampak selalu berasosiasi dengan infeksi PRSV. Sebanyak 48 sampel yang bereaksi positif dengan DAS-ELISA dipilih untuk tahap konfirmasi secara RT-PCR. Amplifikasi menggunakan primer universal Potyvirus dan primer spesifik PRSV menghasilkan amplikon berukuran berturut-turut ± 320 pb dan ± 475 pb. Fragmen DNA yang diamplifikasi oleh dua pasang primer ini merupakan bagian dari gen selubung protein (coat protein/CP). Analisis sekuen nukleotida dari 6 isolat lapangan yang berhasil diamplifikasi menggunakan primer universal Potyvirus menunjukkan homologi tertinggi dengan isolat PRSV asal Indonesia (Nganjuk dan Bali), Thailand dan Jepang. Lebih lanjut, analisis filogenetika mengonfirmasi kedekatan hubungan
Keyword: analisis filogenetik, DAS-ELISA, insidensi penyakit, reverse transcription-polymerase chain reaction, sampel lapangan

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: