Judul: Skrining Bioaktivitas dan Penambatan Molekuler Secara In Silico Peptida   Baru dari Protein Ikan Bandeng (Chanos chanos)
Abstrak: In silico approaches integrated with bioinformatics tools have created more efficient and robust methods to overcome current challenges in developing bioactive molecules discovery. Virtually extracted peptides from milkfish (Chanos chanos) are predicted to exhibit antihypertensive and antidiabetic activity from this in silico study. This study aimed to analyze the bioactivity and physiochemical properties of peptides from hydrolyzed protein sequences and to discover the potential angiotensin-converting enzyme (ACE) and Dipeptidyl peptidase-4 (DPPIV) inhibitory of novel peptides from milkfish (Chanos chanos) using machine learning based tools. Nine peptides were predicted to have ACE inhibitor activity and three to be DPPIV inhibitors. The tetra-peptides of ACE-inhibitory peptides (MVWH and PPPS) were predicted to possess a competitive mode of ACE inhibitor by directly binding to the Zn-ion tetra-coordinate. The DPPIV inhibitor peptides are predicted to inhibit the DPPIV but with no known specific mode of inhibition. PPPS peptide is the only peptide in this study that satisfied the drug-likeness analysis with no violations of the Lipinski rule of five.
Keyword: ADME analysis, bioactive peptides, in silico, molecular docking

Judul: Angiotensin I-Converting Enzyme (ACE) Inhibition Mechanism of Novel Peptides from Velvet Bean: An In Silico Study
Abstrak: Velvet bean (Mucuna pruriens) peptides are potential ACE inhibitors. This study aimed to identify peptides from velvet bean protein hydrolysate which contribute significantly to ACE inhibitory activity and predict its inhibition mechanism. LC-MS analysis was conducted to identify peptide sequences. Molecular docking was performed to screen for potential ACE inhibitory peptides. Based on the resulting docking scores, four peptides (P1 - EQPRPYPYPRP, P2 - FCRFGVLKV, P3 - QTDEYGNPVHRS, P4 - QTDEYGNPVHR) were selected. Binding mode analysis showed that ACE inhibition by the novel peptides was a combination of competitive and noncompetitive. P1 and P3 were hypothesized to be competitive inhibitors which were able to coordinate with the enzyme’s cofactor (i.e., Zn2+), whereas P2 and P4 were hypothesized to be noncompetitive inhibitors as they were only able to form hydrophobic networks with the binding channels and were unable to coordinate with Zn2+. Furthermore, molecular dynamics simulations demonstrated slight changes in the conformation of the enzyme as a result of peptide binding, confirming the novel velvet bean-based peptides as ACE inhibitors.
Keyword: ACE inhibitor, bioactive peptides, in silico, molecular docking, velvet bean

Judul: Perencanaan Kota Hijau Yogyakarta Berdasarkan Penggunaan Lahan Dan Kecukupan Ruang Terbuka Hijau
Abstrak: Kota Yogyakarta adalah salah satu kota yang mengalami pertumbuhan dan perkembangan pesat. Pertumbuhan kota yang tidak terkendali mengakibatkan tingginya alih fungsi lahan menjadi lahan terbangun dan semakin berkurangnya Ruang Terbuka Hijau (RTH). Dampaknya adalah kerusakan lingkungan dan berkurangnya kenyamanan kota. Salah satu alternatif penyelesaian permasalahan kota yang berkembang adalah dengan menerapkan konsep Kota hijau. Kementrian Pekerjaan Umum merumuskan konsep kota hijau di Indonesia dalam Program Pengembangan Kota Hijau (P2KH) yaitu untuk mewujudkan 30% dari wilayah kota sebagai RTH. Penelitian ini memiliki tujuan utama untuk merumuskan arahan pengembangan RTH dalam mewujudkan Kota Yogyakarta menjadi kota hijau. Beberapa hal yang telah dilakukan untuk mencapainya seperti : (1) Mengidentifikasi luas dan persebaran penggunaan lahan dan RTH eksisting Kota Yogyakarta tahun 2014, (2) Menghitung luas kecukupan RTH berdasarkan luas wilayah, jumlah penduduk dan nilai THI, (3) Menentukan area-area berpotensi untuk pengembangan RTH, (4) Menyusun arahan pengembangan RTH menuju Kota Hijau Yogyakarta. Pada tahap awal dilakukan interpretasi citra Quickbird untuk mengidentifikasi penggunaan lahan dan RTH eksisting. Kecukupan RTH dihitung berdasarkan luas wilayah sesuai dengan ketentuan UU No. 26 tahun 2007 (30% dari luas administrasi kota), berdasarkan proyeksi jumlah penduduk pada tahun 2029 sesuai dengan standarisasi kebutuhan RTH per penduduk dalam Permen PU No.05/PRT/M/2008 (20m2 per penduduk), berdasarkan indeks kenyamanan thermal menggunakan metode yang dikembangkan oleh Niewolt (1975) (selang kenyaman THI 20 – 26 °C). Banyaknya lahan terbangun di Kota Yogyakarta, maka penambangan RTH dapat memanfaatkan lahan-lahan kosong milik pemerintah atau masyarakat. Arahan pengembangan RTH dilakukan berdasarkan penggunaan lahan, RTH eksisting, luas kecukupan RTH dan area berpotensi RTH dengan mempertimbangkan RTRW dan Zoning Regulation Kota Yogyakarta. Hasil penelitian menunjukkan penggunaan lahan eksisting Kota Yogyakarta tahun 2014 didominasi oleh permukiman seluas 1333,75 ha (40.58%). Permukiman ini tersebar merata di seluruh Kota Yogyakarta. RTH eksistingnya seluas 584,45 ha (17,78%) terdiri dari RTH publik seluas 329,63 ha (10,03%) dan RTH privat seluas 254,82 ha (7,75%). Pada pusat kota, RTH tersebar secara linear umumnya berupa RTH publik seperti taman kota dan rekreasi, sedangkan di pinggiran kota RTH tersebar secara acak didominasi oleh RTH privat seperti sawah. Kecukupan RTH Kota Yogyakarta berdasarkan luas wilayah adalah seluas 975 ha. Kecukupan RTH berdasarkan proyeksi jumlah penduduk tahun 2029 adalah 805,36 ha dan berdasarkan nilai THI jumlah RTH yang diperlukan minimal seluas 177 ha. Secara umum luas kecukupan RTH tiap kecamatan di Kota Yogyakarta belum dapat tercukupi. Saat ini kecukupan RTH berdasarkan jumlah penduduk yang dapat tercukupi adalah di Kecamatan Umbulharjo, yaitu terdapat kelebihan seluas 3,12 ha. Area yang berpotensi untuk pengembangan RTH adalah seluas 126,02 ha atau 3,84%. Area potensi 1 berupa jalur hijau jalan terdapat 15,62 ha (0,48%), area potensi 2 yang berupa lahan kosong seluas 15,32 ha (0,47%) dan area 3 berupa sempadan sungai seluas 95,08 ha (2,89%). Luas total RTH hanya mampu mencapai 710,47 ha atau 21,62%. Hal ini menunjukkan bahwa RTH di Kota Yogyakarta masih jauh dari standar kebutuhan yang harus dipenuhi untuk menuju Kota Hijau yaitu 30%. Arahan pengembangan RTH Kota Yogyakarta untuk menuju Kota Hijau adalah mempertahankan RTH eksisting seluas 584,45 ha yang berupa area hijau, taman kota dan sempadan sungai; menambah RTH seluas 126,02 ha yang ditujukan untuk
Keyword: Arahan pengembangan, Kota Hijau, RTH