Judul: Study of Zoonotic Q fever on Cattle and Nuisance Flies in Boyolali Regency, Middle Java, Indonesia
Abstrak: Coxiella burnetii (C. burnetii) adalah bakteri Gram-negatif dan obligat intraseluler yang menyebabkan Query fever. Tujuan penelitian ini adalah mendeteksi DNA C. burnetii dengan analisis DNA pada sapi perah, lalat pengganggu, dan sapi potong serta menganalisis keragaman jenis, dominansi, frekuensi dan sebaran lalat pengganggu pada peternakan sapi perah di Kabupaten Boyolali. Susu (50 sampel), lalat pengganggu (200 sampel) dan lima jenis organ dari 100 ekor sapi potong (limpa, jantung, hati, paru-paru dan ginjal) dikoleksi dan digunakan untuk uji nested-PCR dengan 4 jenis primer (OMP1, OMP2, OMP3, dan OMP4). Sampel susu diekstraksi secara individual dalam sepuluh tahap. Identifikasi dan ekstraksi pooling sampel lalat pengganggu dilakukan dalam 4 tahap. Lima tahap ekstraksi pooling dilakukan terhadap sampel organ. Pemeriksaan imunohistokimia (IHK) pada sampel organ dilakukan sebagai konfirmasi. Jenis lalat yang diperoleh di Kabupaten Boyolali yaitu Chrysomya bezziana, Haematobia exigua, Hippobosca equina, Lucilia sericata, Musca domestica, dan Stomoxys calcitrans. Hasil uji nested-PCR pada sampel susu dan lalat pengganggu tidak ditemukan adanya DNA C. burnetii. Hasil uji nested-PCR pooling kelima dari sampel organ menunjukkan adanya pita 437 bp DNA C. burnetii pada pool organ jantung, paru-paru dan limpa. Selanjutnya, 10 sampel individu (organ jantung) dari pooling kelima diuji kembali dengan nested-PCR untuk mengetahui jumlah sampel individu yang positif. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dari 10 sampel individu terdapat 7 individu sapi yang menunjukkan adanya DNA C. burnetii, yaitu 6 Sapi Simmental dan 1 Sapi Peranakan Ongole. Hasil pengujian IHK pada sampel organ dari sampel pooling ke-5 juga ditemukan sebanyak 4 individu yang imunoreaktif, sehingga disimpulkan bahwa sapi perah di Kabupaten Boyolali tidak terinfeksi Q fever. Ektoparasit, terutama lalat pengganggu juga belum terbukti berperan sebagai vektor C. burnetii pada peternakan sapi di Kabupaten Boyolali. Kasus Q fever ditemukan pada sapi potong Simental dan PO di Kabupaten Boyolali.
Keyword: Boyolali, Coxiella burnetii, Nested-PCR, Lalat Pengganggu, Q fever

Judul: Identification and Characterization of Coxiella burnetii, Causative Agent of Q Fever Zoonotic Disease in Beef Cattle in West Java
Abstrak: Infeksi bakteri Coxiella burnetii (C. burnetii) menyebabkan penyakit Q fever yang tersebar luas di seluruh dunia. Hewan ternak seperti sapi, kambing, dan domba menjadi sumber penularan utama dari penyakit ini. Infeksi C. burnetii pada hewan ternak dapat menimbulkan kerugian ekonomi karena menyebabkan terjadinya abortus dan berpotensi menimbulkan ancaman kesehatan masyarakat karena bersifat zoonosis. Saat ini, studi tentang bakteri C. burnetii pada hewan di Indonesia sangat terbatas. Tujuan dari penelitian ini adalah mengidentifikasi dan melakukan karakterisasi molekuler gen 16S rRNA bakteri C. burnetii pada sapi di Jawa Barat, Indonesia. Penelitian ini juga bertujuan untuk mengetahui patogenesis dan perubahan patologi pada jaringan akibat infeksi C. burnetii Sample jaringan organ diambil dari sapi yang dipotong di rumah potong hewan wilayah Bogor, Depok, dan Bandung Jawa Barat. Identifikasi bakteri C. burnetii dilakukan dengan nested PCR (nPCR) menggunakan primer OMP (screening). Sampel positif terpiih dari hasil screening diuji kembali dengan nPCR menggunakan primer Cox16S dan disekuensing pada gen 16S rRNA. Sampel positif hasil nPCR juga dipilih kembali secara acak untuk dilakukan analisis patologi. Pewarnaan rutin haematoxylin-eosin (HE) dan imunohistokimia (IHK) dilakukan untuk mengetahui lesio dan mengidentifikasi C. burnetii di jaringan. Pewarnaan IHK juga dilakukan untuk mendeteksi bakteri C. burnetii di dalam sel makrofag dan hubungan infeksi C. burnetii dengan sel-sel apoptosis. Terdapat tiga sample teridentifikasi positif C. burnetii pada masing-masing daerah Bogor, Depok, dan Bandung. Hasil sekeunsing terhadap gen 16S rRNA menunjukkan kemiripan 99.9% dengan strain Heizberg, 1843, 2574, 701CbB1, dan 14160-001. Berdasarkan hasil nPCR, materi genetik (DNA) C. burnetii di berbagai organ, terutama pada organ jantung dan limpa. Secara umum tidak terjadi perubahan signifikan pada jaringan melalui pewarnaan HE. Bakteri C. burnetii ditemukan pada jarimgan paru-paru (interalveolar) dan limpa (pulpa putih) dengan menggunakan antibodi anti C. burnetii. Co-localization antara C. burnetii dan makrofag ditemukan pada situs potongan yang sama melalui visualisasi mirror image. Hal ini mengkonfirmasi bahwa sel target dari infeksi C. burnetii adalah sel-sel mononuklear, seperti monosit atau makrofag. Sel-sel apoptosis pada pulpa putih terdeteksi imunoreaktif lebih rendah dibandingkan pulpa merah limpa. Infeksi C. burnetii pada penelitian ini kemungkinan menghambat terjadinya apoptosis di pulpa putih. Kata kunci: Coxiella burnetii, Indonesia, 16S rRNA, IHK, Coxiella burnetii (C. burnetii) bacterial infection cause Q fever disease which is widespread all over the world. Livestock such as cattle, goat, and sheep are the main source of infection for this disease. Coxiella. burnetii infection in livestock animal can result in economic loss as it can cause abortion and potentially become public health hazard for being zoonotic. Today, there are still very limited studies on C. burnetii bacterial in animals in Indonesia. The objective of this research is to identify and characterize the molecular genetic of 16S rRNA gene of C. burnetii bacteria in cattle in West Java, Indonesia. The purpose of this study was also to review the pathogenesis and pathological changes in tissue because of C. burnetii infection Organ tissue samples were collected from cattle culled in slaughterhouses around Bogor, Depok, and Bandung, West Java. Identification of C. burnetii bacteria was performed by nested PCR (nPCR) using OMP primer (screening). Positive samples obtained from screening were retested by nPCR
Keyword: Coxiella burnetii, Indonesia, 16S rRNA, IHK

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: