Judul: Distribusi spasial Teripang (Holothuroidea) dan hubungannya dengan karakteristik fisiks Perairan di Pantai Blebu, Lampung Selatan
Abstrak: Penelitian dilakukan di daerah rataan terumbu karang Pantai Blebu, Lampung Selatan pada bulan Juli 1993. Survei pendahuluan dilakukan untuk menentukan stasiun dan kondisi umum lokasi pada bulan Mei dan Juni 1993. Tujuan dari penelitian ini untuk melihat distribusi spasial dan struktur komunitas teripang (Holothuroidea) dalam hubungannya dengan karakteristik fisika habitat perairan di rataan terumbu Pantai Blebu, Lampung Selatan. Metode penelitian yang digunakan dalam pengambilan data teripang adalah dengan pengambilan contoh secara sistematis pada plot persilangan 4 m x 4 m dalam luasan tiap stasiun 20 m x 52 m, dengan menggunakan transek kuadrat (1 x 1 m²). Data teripang hanya dikumpulkan dan dihitung untuk teripang yang terlihat saja dan berada dipermukaan substrat. Dari hasil pengamatan yang dilakukan di rataan terumbu Pantai Blebu diperoleh 7 spesies teripang, yang termasuk kedalam 2 ordo (Aspidochirotida dan Apoda) dan 3 famili (Holothuridae, Stichopididae, Synaptidae). Spesies teripang yang diperoleh adalah Holothuria (Halodeima) atra Jaeger, Holothuria (Thymiosycia) impatiens Forskal, Holothuria (Mertensiothuria) pervicax Selenka, Bohadschia marmorata Jaeger, Stichopus variegatus Semper, Stichopus horrens Selenka, dan Synapta maculata Chamisso & Eysenhardt. ...
Keyword: 

Judul: Struktur Komunitas Teripang (Holothuroidea) Dan Interaksinya Dengan Karakteristik Habitat Di Perairan Pulau Ambon
Abstrak: Untuk mengetahui beberapa struktur komunitas teripang (Holothuroidea) dan interaksinya dengan karakteristik habitat di perairan Pulau Ambon, telah dilakukan pengamatan dan penelitian pada beberapa stasiun. Penelitian dilakukan pada bulan April hingga bulan Juli 1995 di daerah pasang surut di perairan Pulau Ambon yang meliputi 12 stasiun, yaitu pada perairan Kaitetu, Hila, Hitu, Mamala, Morela, Liang, Hative Besar, Wayame, Rumah-Tiga, Poka, Halong dan Paso. Untuk memperoleh data jenis dan kepadatan teripang dilakukan pengambilan contoh pada stasiun-stasiun yang telah ditentukan melalui transek kuadrat. Transek dilakukan tegak lurus garis pantai pada saat air surut terendah di 12 stasiuni penelitian, tiap stasiun diambil 3 garis transek pengamatan dengan metode kuadran (transek). Transek menggunakan meteran plastik sepanjang 100 meter dengan frame transek ukuran luas 1 m x 1 m dengan bantuan scuba diver. Juga pada setiap stasiun dilakukan penelitian kondisi hidrologinya yang meliputi temperatur, salinitas, pH, oksigen terlarut, fosphat, nitrat dan ukuran fraksi sedimen. Analisa data meliputi komposisi relatif dan kepadatan, pola penyebaran, keanekaragaman, kebiasaan makanan dan variasi karakteristik lingkungan perairan digunakan analisis komponen utama (PCA). Sebaran spasial teripang dan hubungannya dengan karakteristik sedimen di analisis Koresponden Faktorial (CA). Dari hasil penelitian ini didapatkan 15 jenis teripang yaitu, Actinopyga lecanora, A. mauritiana, A. miliaris, Bochadschia argus, B. graffei, B. marmorata, Holothuria atra, H. edulis, H. leucospilota, H. pervicax, H. scabra, H. similis, Stichopus variaegatus, Thelenota anax dan Synapta maculata, yang termasuk ke dalam 2 ordo (Aspidochirotida dan Apodida) dan 3 famili (Holothuriidae, Stichopodidae dan Synaptidae). Nilai komposisi relatif tertinggi ditemukan pada stasiun Paso (39,39%) dan kepadatan tertinggi ditemukan stasiun Paso (0,43 individu/m²). Nilai indeks keanekaragaman nilai teritinggi didapatakan pada stasiun Mamala (11,43) dan Hative Besar (11,10)…dst
Keyword: Komposisi Jenis Teripang, Pola Penyebaran, Keanekaragaman, Kebiasaan Makanan, Karakteristik Habitat

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA