Judul: Identification of Potential Polysaccharide Macroalgae  Compounds as  SARS-CoV-2 3CL Protease Inhibitors by Molecular Docking  Method
Abstrak: COVID-19 merupakan penyakit yang disebabkan oleh virus Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Hingga saat ini belum ada obat khusus untuk penyembuhan penyakit COVID-19. Protease 3CL menjadi target untuk desain obat anti-CoV karena dapat memblokir proses replikasi virus. Dalam penemuan obat, bahan alam berperan penting untuk berbagai aktivitas biologis. Salah satu bahan alam yang telah digunakan, yaitu senyawa polisakarida alga. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi potensi senyawa polisakarida makroalga, yaitu agar, agarosa, κ- karagenan, ι-karagenan, laminaran, alginat, fukoidan, deae-selulosa, mannan, rhamman sulfat, dan ulvan sebagai inhibitor protease 3CL SARS-CoV-2 dengan metode penambatan molekuler melalui analisis energi pengikatan, konstanta inhibisi, interaksi ikatan hidrogen, prediksi aturan Lipinski, dan toksisitas ligan. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa senyawa mannan paling berpotensi sebagai inhibitor protease 3CL. Berdasarkan perubahan energi bebas Gibbs (∆G), tetapan inhibisi, dan jumlah ikatan hidrogen yang didapat berturut-turut, yaitu sebesar -10,9 kkal/mol; 0,01 μM; dan 4 ikatan hidrogen. Senyawa mannan tidak memenuhi prediksi aturan Lipinski dan tergolong ke dalam senyawa praktis tidak toksik. Kata kunci: penambatan molekuler, polisakarida makroalga, protease 3CL, OVID-19 is a disease caused by the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Until now, there is no specific drug to treat COVID-19. Protease 3CL is a target for anti-CoV drug design because it can block the viral replication process. In drug discovery, natural materials play an important role in various biological activities. One of the natural materials that have been used is algae polysaccharide compounds. This study aims to identify the potential of macroalgae polysaccharide compounds, such as agar, agarose, κ-carrageenan, ι-carrageenan, laminaran, alginate, fucoidan, deae-cellulose, mannan, rhamman sulfate, and ulvan as a SARS-CoV-2 3CL protease inhibitor with molecular docking method through analysis of binding energy, inhibition constants, hydrogen bond interactions, prediction of Lipinski rule, and ligand toxicity. The results of this study indicate that the mannan compound has the most potential as a 3CL protease inhibitor. Based on the change in Gibbs free energy (∆G), the inhibition constant, and the number of hydrogen bonds obtained, respectively, are -10.9 kcal/mol; 0.01 M; and 4 hydrogen bonds. Mannan compounds do not comply with the predictions of Lipinski's rules and are classified as practically non-toxic compounds. Keywords: 3CL protease, macroalgae polysaccharide, molecular docking
Keyword: 3CL protease, macroalgae polysaccharide, molecular docking

Judul: Virtual Screening and Simulation of Molecular Dynamics of Natural Materials with SARS-CoV-2 Antiviral Potential.
Abstrak: Penelitian terkait obat-obatan dan vaksin SARS-CoV-2 yang merupakan virus penyebab Covid-19 masih terus dilakukan. Penelitian ini akan berfokus untuk mendapatkan senyawa dari baham alam yang paling potensial sebagai inhibitor protein SARS-CoV-2 berdasarkan nilai koefisien inhibisi, nilai binding energy, dan geometri struktur kompleks senyawa alam-protein SARS-CoV-2. Berdasarkan informasi genom dan karakteristik patologis SARS-Cov-2 terdapat protein fungsional SARS-CoV-2 yang dapat digunakan sebagai target pengembangan obat diantaranya adalah RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), Mainprotease (3CLpro), dan Papain Like Protease (PLpro) yang memiliki peran sentral dalam proses replikasi virus dan transkripsi virus. Penelitian ini menggunakan struktur protein yang berasal dari protein data bank (PDB). Struktur yang digunakan adalah 7BV2 dengan resolusi 2.5 Å untuk RdRp, 7D1M dengan resolusi 1.4 Å untuk Mpro dan 6WX4 dengan resolusi 1.66 Å untuk PLpro. Pengujian dilakukan terhadap seribu senyawa alam Indonesia yang digunakan sebagai penghambat protein SARS-CoV-2 yang diambil dari Herbaldb dan Pubchem ID. Tahapan pertama dalam penelitian ini adalah pemodelan farmakofor dengan desain obat berbasis struktur. Senyawa alami dianalisis berdasarkan kemiripan sterik dan elektronik dengan inhibitor yang setidaknya telah melalui tahapan pengujian in vitro, agar didapatkan senyawa alam yang memiliki interaksi dengan pusat aktif katalitik protein. Kemudian dilanjutkan dengan simulasi molekular docking untuk mendapatkan energi ikat dan analisis visual interaksi senyawa alam di sisi aktif protein sebagai inhibitor SARS-CoV-2. Tahap terakhir adalah simulasi dinamika molekuler untuk mengeksplorasi ruang konformasi senyawa alam dan protein serta pengujian kestabilan interaksi dalam berlangsungnya waktu simulasi. Uji ADMET dilakukan terhadap senyawa terbaik untuk memperoleh farmakologi komputasi dan farmakokinetik senyawa alami tersebut. Berdasarkan kesamaan fitur farmafokor, simulasi penambatan, interaksi intramolekul senyawa dan enzim, simulasi dinamika molekul dan sifat ADMET. Senyawa yang teridentifikasi sebagai inhibitor RdRp adalah sotesuflavone, grossamide, dan 6-Hydroxyluteolin-6,7-disulfate. Senyawa yang teridentifikasi sebagai inhibitor Mpro adalah cosmosiin, glucobrassicin, dan isobavachin. Senyawa yang teridentifikasi sebagai inhibitor PLpro adalah cowanin dan isochandalone., Research related to drugs and the SARS-CoV-2 vaccine, which is the virus that causes Covid-19, is still ongoing. This research will focus on obtaining compounds from natural substances that have the most potential as SARS-CoV-2 protein inhibitors based on the inhibition coefficient value, binding energy value, and the structural geometry of the complex natural compound protein SARS-CoV- 2. Based on the genomic information and pathological characteristics of SARS- Cov-2 several SARS-CoV-2 functional proteins can be used as targets for drug development, including RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), Mainprotease (3CLpro), and Papain Like Protease (PLpro), which has a central role in the process of viral replication and viral transcription. This study uses a protein structure derived from the protein bank data (PDB). The structure used is 7BV2 with a resolution of 2.5 Å for RdRp, 7D1M with a resolution of 1.4 Å for Mpro and 6WX4 with a resolution of 1.66 Å for PLpro. Tests were carried out on a thousand natural Indonesian compounds used as inhibitors of the SARS-CoV-2 protein taken from Herbaldb and Pubchem ID. The first stage in this research is pharmacophores modelling with structure-based drug design. Natural compounds are analyzed based on their steric and electronic similarities with inhibitors that have at least gone through in vitro testing stages to obtain natural compounds
Keyword: Molecular Docking, Covid-19, Pharmacophores Modeling, Indonesian Natural Compounds, ADMET Test, Molecular Dynamics Simulation

Judul: Performa reproduksi burung puyuh (Coturnix coturnix japonica) umur 8 - 11 minggu pada perbandingan jantan dan betina berbeda
Abstrak: ilik Undang-undang Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Lapang A Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak dan Bagian Ilmu Produksi Ternak Unggas, Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan Fakultas Peternakan Institut Pertanian Bogor. Penelitian ini dilaksanakan dari akhir Januari sampai dengan awal April 2005. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendapatkan perbandingan jantan dan betina yang optimum terhadap performa reproduksi selain itu untuk mengetahui persaingan antar jantan jika dalam satu kandang koloni terdapat lebih dari satu ekor pejantan. Penelitian ini menggunakan 180 ekor burung puyuh Coturnix coturnix japonica berumur empat minggu. Burung puyuh betina berjumlah 144. ekor dan burung puyuh jantan berjumlah 36 ekor. Rancangan percobaan yang digunakan dalam penelitian ini adalah Rancangan Acak Kelompok dengan enam taraf perlakuan dan empat ulangan sebagai kelompok, dengan taraf perlakuannya adalah perbandingan jantan dan betina yaitu: 1:2; 1:4; 1:6; 2:4; 2:8 dan 2:12. Data yang diperoleh diuji sebaran normalnya terlebih dahulu dengan uji Lilliefors (Nasoetion dan Barizi, 1975) salah satu tipe dari uji Kolmogorov-Smirnov (Mattjik dan Sumertajaya, 2002), data dalam persen ditransformasi ke dalam arcsin selanjutnya dianalisis ragam...
Keyword: