Judul: Isolasi dan Karakterisasi Antigen Human papillomavirus (HPV) asal Sel HeLa ATCC-CCL2.
Abstrak: Infeksi Human papillomavirus (HPV) diketahui sebagai penyebab kanker serviks yaitu salah satu kanker paling mematikan yang mengancam kesehatan wanita dengan menempati peringkat keempat di dunia. Infeksi virus HPV meyebabkan pertumbuhan abnormal pada jaringan serviks atau leher rahim, tidak adanya gejala yang muncul ketika terjadi penyebaran infeksi sering disebut sebagai silent killer atau pembunuh dalam diam. Kanker serviks menyebabkan sekitar 604.000 kasus serta 342.000 kematian pada tahun 2020. Tingginya kasus yang disebabkan oleh kanker serviks diperlukan penyediaan antigen fungsional yang dapat dikembangkan dan memproduksi bahan uji diagnostik terhadap antibodi anti- HPV. Kultur sel HeLa adalah inang untuk replikasi, Sel HeLa yang diturunkan dari jaringan adenokarsinoma serviks digunakan untuk perbanyakan virus dan ditumbuhkan dalam medium pertumbuhan (Dulbecco's Modified Eagle's Medium) lengkap dengan FBS 10% dan penicillin streptomycin diinkubasi pada suhu 37°C CO2 5%, isolasi virus dilakukan dengan memecah membran sel menggunakan Sonicator 3000MP Ultrasonic Homogenizer kemudian dilakukan pemekatan virus dengan ultrasentrifugasi fixed-angle rotor Ti90. Pemurnian protein virus dilakukan dengan teknik kromatografi kolom menggunakan beads Sephadex G-100 dan identifikasi menggunakan teknik PCR dengan primer MY09/MY11 dan SDSPAGE. Validasi terhadap hasil reaktivitas protein HPV sebagai antigen terhadap sampel antibodi manusia dan Non-Human Primate (NHP) menggunakan western blot dan ELISA. Sel HeLa dikulturkan pada P8 dengan tipe pertumbuhan monolayer dan termasuk kedalam jenis epitel. Teridentifikasinya virus HPV terlihat pita pada ukuran sekitar 450 bp yang merupakan wilayah gen L1. Protein HPV menunjukkan adanya reaktivitas dengan menangkap antibodi anti-HPV dengan berat molekul 18 kDa pada protein E6 yang terdeteksi oleh serum vaksinasi, 10.5 kDa pada protein E4 oleh serum NHP positif virus 1, serta 73 kDa pada protein E1 oleh serum NHP positif virus 2. Uji ELISA menunjukkan serum vaksinasi memperoleh nilai OD sebesar 0.089 dan 0.090, sampel tidak vaksinasi memperoleh nilai OD 0.063 dan 0.057, pada sampel NHP positif virus 1 memperoleh niai OD 0.015 dan 0.011, sedangkan pada sampel NHP positif virus 2 memperoleh nilai OD 0.020 dan 0.008. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa protein HPV sebagai antigen dapat dikenali oleh antibodi manusia dan NHP sehingga dapat digunakan sebagai uji diagnostik dini.
Keyword: Cervical cancer, Culture cells, diagnostic test, Human paillomavirus

Judul: Molecular Dynamics Simulation And Purification Of Chimeric L1/L2 Protein From Human Papillomavirus Type 52 Expressed In Escherichia coli BL21 DE3 Host
Abstrak: Human Papillomavirus (HPV) adalah virus yang dapat menyebabkan infeksi pada manusia dan terkait dengan berbagai jenis kanker, khususnya kanker serviks. Salah satu jenis HPV yang berisiko tinggi adalah tipe HPV 52 yang dapat menyebabkan kanker. Pencegahan infeksi HPV melalui vaksinasi adalah tindakan yang sangat penting. Saat ini, terdapat lima jenis vaksin HPV profilaksis yang telah dihasilkan dari protein kapsid mayor L1 dan telah mendapatkan izin serta tersedia di pasaran. Pengembangan baru untuk bahan baku vaksin profilaksis bertujuan untuk meningkatkan kemampuan vaksin HPV dalam melawan berbagai jenis HPV dengan menggunakan protein chimeric. Protein kapsid HPV terdiri atas protein mayor L1 yang memiliki kemampuan self-assembled/perakitan sendiri sebagai virus like particles (VLP) secara mandiri, dan interaksi antibodi dengan protein L2 memainkan peran penting dalam respon imun. Sel B mengeluarkan antibodi yang mengikat antigen. Bagian spesifik dari antigen yang dikenali oleh antibodi yaitu epitop sel B sehingga ketika berikatan akan memicu respon antibodi. Pengembangan vaksin profilaksis berbasis chimeric adalah cara efisien untuk menggabungkan sifat antigenik dan imunogenik dari kedua protein ini tanpa persaingan dan mencapai efek aditif. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi stabilitas protein chimeric L1/L2 HPV 52 yang dihasilkan melalui ekspresi pada bakteri E. coli BL21 (DE3). Metode yang digunakan melibatkan pendekatan bioinformatika, termasuk validasi melalui simulasi dinamika molekuler dan pemodelan 3D, serta tahap pemurnian protein untuk memperoleh protein chimeric yang murni. Protein chimeric ini diharapkan dapat digunakan sebagai bahan baku potensial untuk vaksin profilaksis terhadap penyakit yang disebabkan oleh infeksi HPV. Penelitian ini memiliki dua tahapan dalam tahap pelaksanaannya. Tahapan pertama adalah analisis bioinformatika yang digunakan untuk memprediksi struktur 3 dimensi (3D) protein chimeric L1/L2 HPV 52 menggunakan berbagai alat pemodelan seperti Alphafold, Robetta, dan I-Tasser, dengan perbaikan melalui Galaxy Refinement. Validasi model dilakukan dengan memeriksa plot Ramachandran. Kemudian, stabilitas model divalidasi melalui simulasi dinamika molekuler dengan memperhitungkan parameter-parameter seperti Root Mean Square Deviation (RMSD), Root Mean Square Fluctuation (RMSF), Radius Gyrasi (Rg), dan Solvent Accessible Surface Area (SASA). Tahapan kedua yaitu melibatkan analisis in vitro dengan memurnikan protein L1/L2 HPV tipe 52 menggunakan teknik kromatografi afinitas dan high performance liquid chromatography (HPLC). Histag kemudian dihilangkan menggunakan sumo protease untuk mendapatkan protein chimeric murni berukuran sekitar 55 kDa kemudian hasil dikarkterisasi secara kualitatif dengan SDS-Page dan western blot dan secara kuantitatif untuk mengetahui total protein menggunakan kit BCA assay. Hasil identifikasi dikonfirmasi melalui SDS-PAGE dan Western blot, yang menunjukkan pengikatan dengan antibodi poliklonal anti-L1 HPV tipe 52. Berdasarkan hasil analisis bioinformatika, model protein chimeric L1/L2 yang dibuat dengan menggunakan Alphafold adalah yang terbaik. Validasi model dengan Ramachandran plot menunjukkan bahwa model ini memiliki nilai yang paling sesuai, yaitu sebesar 94,20%. Evaluasi stabilitas protein chimeric L1/L2 HPV 52 melalui simulasi dinamika molekuler menunjukkan bahwa protein ini sangat stabil, seperti yang ditunjukkan oleh analisis RMSD, RMSF, SASA, rg, dan ikatan hidrogen. Hasil analisis in vitro dengan pemurnian protein telah berhasil dilakukan dengan hasil visualisasi melalui SDS-PAGE dengan berat molekul sekitar 68 kDa. Validasi lebih lanjut dengan Western blot mengkonfirmasi bahwa protein chimeric L1/L2 memiliki berat molekul sekitar 55 kDa. Hasil penelitian ini menunjukkan potensi protein chimeric L1/L2 sebagai bahan baku yang efektif untuk vaksin profilaksis terhadap
Keyword: HPV, Molecular dynamics, Purification, Recombinant Protein

Judul: Sectoral Effects Of Monetary Policy
Abstrak: The purposes of this study are three folds: (1) identifying which channels are effective for transmission of monetary policy; (2) assessing whether the transmission mechanisms at industry level are consistent with that at aggregate level; and (3) explaining why and how a channel becomes effective. The analyses are facilitated impulse response function (IRF) derived from a vector autoregression (VAR) model. Three channels are identified in this study: interest rate, real credits and exchange rate channels. The IRF results show that exchange rate is the only effective channel in affecting aggregate output and at least in five industries (the manufacturing industry; the construction industry; the trade, hotel, and restaurants industry; the transport and communication industry; and the finance, real estate, and business services industry). Meanwhile, the other two channels are not effective at aggregate and all industry. This finding suggests that there is some form of consistency between aggregate effects and industry effects. Moreover, the effect of real depreciation tend to be contractionary and thus supporting the idea of Krugman and Taylor (1976) among others. Output contraction seems to be associated with inflationary effect of the depreciation. This is a truly Keynesian type demand side story: following a real currency depreciation, purchasing power tends to weaken which then soaks the aggregate demand.
Keyword: transmission of monetary policy, industry level, IRF