Judul: Keragaman Rice ragged stunt virus dan Rice grassy stunt virus berdasarkan analisis sikuen nukleotida
Abstrak: nfeksi virus merupakan kendala penting dalam produksi padi di Indonesia. Tiga penyakit utama yang disebabkan oleh virus pada padi adalah tungro, kerdil rumput, dan kerdil hampa, masing-masing penyakit disebabkan oleh virus tungro, Rice grassy stunt virus (RGSV), dan Rice ragged stunt virus (RRSV). Kejadian penyakit kerdil rumput dan kerdil hampa masih jarang ditemukan, sedangkan penyakit tungro telah diketahui menyebabkan epidemi di beberapa daerah. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari keragaman RGSV dan RRSV berdasarkan sikuen nukleotida. Fragmen spesifik virus diamplifikasi dengan metode polymerase chain reaction menggunakan primer spesifik untuk RGSV (RGSV-S3-F/RGSV-S3-R), dan RRSV (RRSV-S9-F/RRSV-S9-R). Fragmen DNA spesifik RGSV dan RRSV berhasil diamplifikasi dari sampel Subang, Jawa Barat dan Klaten, Jawa Tengah. Sikuen nukleotida yang diperoleh dari produk PCR dan analisis sikuen menunjukkan homologi yang tinggi (> 99%) antara isolat Subang dan Klaten, baik untuk RGSV maupun RRSV. Analisis lebih lanjut yang melibatkan sikuen di Genbank menunjukkan bahwa homologi antara isolat RRSV dan RGSV dari Asia Tenggara sangat tinggi, yaitu masing-masing mencapai 91-99% dan 95-99%.
Keyword: polymerase chain reaction, sequence homology, specific primers

Judul: Keragaman gen protein selubung rice tungro bacilliform badnavirus isolat Sidrap, Mamuju dan Bogor
Abstrak: Tungro merupakan penyakit padi yang disebabkan oleh infeksi kompleks dua virus, rice tungro bacilliform badnavirus (RTBV) dan rice tungro spherical waikavirus (RTSV). Beberapa isolat virus tungro dilaporkan memiliki keragaman genetika pada gen protein selubung RTBV. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari keragaman gen protein selubung RTBV isolat Sidrap, Mamuju dan Bogor, dengan metode PCR-RFLP. Isolat virus tungro diperoleh dari dua daerah endemik tungro di Indonesia yaitu varietas TN 1 dari Sidrap (Sulawesi Selatan), varietas Ciherang dari Mamuju (Sulawesi Barat), serta Galur Harapan (GH) dari Bogor (Jawa Barat). Isolat RTBV Sulawesi diperoleh dari koleksi Loka Penelitian Penyakit Tungro, Lanrang, Sidrap, Sulawesi Selatan. Isolat RTBV Bogor diperoleh dari pertanaman padi milik petani di Ciputih, Kecamatan Darmaga, Kabupaten Bogor, Jawa Barat. Semua isolat dipelihara pada tanaman padi varietas rentan IR64 di rumah kaca dengan ditularkan menggunakan vektor Nephotettix virescens Distant (Hemiptera: Cicadellidae). Tanaman padi yang menunjukkan gejala penyakit tungro dipanen pada 10-15 hari setelah inokulasi. DNA total tanaman padi terinfeksi virus tungro diekstraksi dan gen protein selubung RTBV diamplifikasi menggunakan sepasang primer spesifik RTBV-2L dan RTBV-2R. Hasil amplifikasi dipotong dengan 4 enzim restriksi yaitu EcoRV, NsiI, PstI dan BclI. Pemotongan amplikon hasil PCR menggunakan enzim restriksi pada isolat Bogor tidak menunjukkan adanya keragaman gen protein selubung RTBV karena tidak terpotong oleh keempat enzim tersebut. Sedangkan isolat Sidrap dan Mamuju mempunyai pola fragmen DNA gen protein selubung RTBV yang mirip karena semua isolat tidak terpotong oleh enzim BclI dan terpotong oleh enzim EcoRV, Nsi1, dan PstI.
Keyword: 

Judul: Kekonsistenan Hamiltonian pada Gerak Gelombang Interfacial
Abstrak: The interfacial wave is an internal wave that occurs at boundary of two layers fluid. It appears because there is difference of mass density between the two layers. The objective of this thesis is to formulate the motion of internal wave with flat base and flat as well as free upper bound surface. The motion equation obtained is a Hamiltonian system. The Hamiltonian in this system is expressed by variable of wave deviation and horizontal component of potential velocity. Under assumption that interfacial wave moves only in one direction, it can be shown that the Hamiltonian depends on the solution of the wave motion equation. The coefficients of the equation depend on the physical characteristics of the two layers of fluid, i.e. thickness and mass density. The numerical results show that Hamiltonian in the system is constant. It is consistent with Hamiltonian characteristic, which does not depend on time.
Keyword: