Judul: Deteksi Kelainan Genetik Sapi Bali Menggunakan Gen FXI (Factor XI) dan SLC35A3 (Solute Carrier Family 35 Member 3)
Abstrak: Kelainan genetik terjadi karena adanya perubahan susunan basa nukleotida yang menyebabkan terjadinya kerusakan gen yang mengkodekan asam amino tertentu. Defisiensi factor XI pada suatu invidu menyebabkan terjadinya gangguan pada proses pembekuan darah. Kelainan genetik factor XI deficiency (FXID) disebabkan oleh adanya insersi poliadenin yang tidak sempurna yang menyebabkan terjadinya stop kodon prematur pada gen FXI. Substitusi guanin menjadi timin pada gen SLC35A3 menyebabkan kelainan genetik complex vertebral malformation (CVM). Keberadaan kelainan genetik pada suatu populasi menyebabkan kerugian ekonomi yang besar dalam program perbibitan. Beberapa penelitian mengenai deteksi kelainan genetik pada sapi perah telah banyak dilakukan namun demikian penelitian mengenai deteksi kelainan genetik pada sapi bali belum pernah dilakukan. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi ada atau tidaknya kelainan genetik pada sapi bali yaitu CVM menggunakan gen SLC35A3 dan FXID menggunakan gen FXI. Sebanyak 325 sampel DNA yang terdiri atas 303 sampel darah yang berasal dari pusat pembibitan sapi bali (BPTU-HMT Denpasar, BPT-HMT Serading Nusa Tenggara Barat dan VBC Kabupaten Barru Sulawesi Selatan) dan BBIB Singosari serta 22 sampel semen beku dari BIBD Baturiti digunakan untuk mendeteksi FXID dan CVM. Amplifikasi gen FXI menggunakan PCR sedangkan gen SLC35A3 menggunakan PCR-RFLP menggunakan enzim restriksi PstI. Sekuens primer gen FXI sesuai dengan Marron et al. 2004 dengan primer forward : 5’-CCC ACT GGC TAG GAA TCG TT-3’ dan primer reverse : 5’-CAA GGC AAT GTC ATA TCC AC-3’, sedangkan sekuens primer untuk gen SLC35A3 sesuai dengan Kanae et al. 2005 dengan primer forward : 5’-CAC AAT TTG TAG GTC TCA CTG CA-3’ dan primer reverse : 5’-CGA TGA AAA AGG AAC CAA AAG GG-3’. Produk PCR dianalisis dengan elektroforesis gel agarose 2%. Seluruh genotipe dikonfirmasi dengan sekuensing DNA untuk memastikan adanya alel mutan. Data dianalisis secara deskriptif terhadap ada atau tidaknya kelainan genetik FXID dan CVM pada sapi bali. Hasil penelitian tidak ditemukan alel mutan (heterozigot) baik dengan gen FXI maupun SLC35A3. Hal ini menunjukkan bahwa tidak terdapat kejadian FXID dan CVM sapi bali di pusat pembibitan sapi bali dan balai inseminasi buatan.
Keyword: sapi bali, kelainan genetik, gen FXI, gen SLC35A3

Judul: Identifikasi Keragaman Gen Dgat1 Dan Scd Serta Asosiasinya Terhadap Kualitas Karkas Pada Sapi Bali
Abstrak: Sapi Bali merupakan ternak asli Indonesia yang telah diakui oleh FAO sebagai salah satu bangsa sapi di dunia. Sapi bali memiliki potensi yang belum dimanfaatkan dengan baik khususnya ke arah kualitas karkas yang baik. Perlu dilakukan upaya perbaikan secara genetik kearah kuaitas karkas dengan menggunakan pendekatan molekuler atau Marker Assisted Selection (MAS). Gen yang dapat digunakan sebagai marker sifat kualitas karkas adalah gen Diacylglycerol Acyltransferase 1 (DGAT) dan Stearoyl-CoA desaturase (SCD). Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi keragaman gen DGAT1 dan SCD pada sapi bali di Balai Pembibitan Ternak Unggul Sapi Bali dengan menggunakan metode sekuensing, menentukan SNP pada fragmen target gen DGAT1 dan SCD dan menganalisis asosiasi antara SNP (genotipe) yang didapatkan dengan data sifat-sifat kualitas karkas. Jumlah sampel sapi bali adalah 48 ekor terdiri atas jantan 24 ekor dan betina 24 ekor berasal dari BPTU-HMT Sapi Bali di provinsi Bali. Amplifikasi gen DGAT1 menggunakan primer forward 5’- CACCATCCTCTTCCTCAAG-3’ dan reverse 5’- GGAAGCGCTTTCGGATG-3’, SCD menggunakan primer forward 5’-ACCTGGTGTCCTGTTGTTGTGCTTC-3’ dan reverse 5’-GATGACCCTACTCTTCTATTTATGC-3’. Keragaman gen DGAT1 dan SCD diidentifikasi dengan metode direct sequencing. Sifat kualitas daging yaitu tebal longissimus dorsi (TLD), tebal lemak punggung (TLP), tebal lemak rump (TLR), tebal rump (TR), marbling score (MS), dan persentase lemak intramuskular (PLIM) di koleksi menggunakan Veterinary Ultrasound Scanner. Frekuensi alel dan genotipe dihitung dengan GENEPOP (V3.2) untuk mengetahui apakah polmorfisme gen DGAT1 dan SCD dalam keseimbangan Hardy-Weinberg. Asosasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP) gen SCD terhadap kualitas daging dianalisis dengan pendekatan General Linier Model (GLM). Hasil analisis ditemukan gen DGAT1 pada SNP c.10433G>A dan c.10434C>A disapi bali bersifat monomorfik. 8 SNP yaitu 5 SNP monomorfik (c.10153A>G, c.10318C>A, c.10329C>T, g.10394G>A, g.10486A>C) dan 3 polimorfik (g.10360G>A, g.10428C>T, g.10487G>A) berada dalam keseimbangan H-W. Gen SCD Ditemukan berasosiasi nyata (P<0.05) pada SNP g.10428C>T terhadap sifat marbling score dan persentase lemak intramuskular. Berdasarkan hasil tersebut SNP g.10428C>T dapat dijadikan sebagai kandidat marker assisted selection (MAS).
Keyword: Sapi Bali, Gen DGAT1, Gen SCD, SNP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: