Judul: Pemodelan pemrograman dinamis pada multiple sequence alignment untuk perancangan primer Selulase
Abstrak: The role of cellulase is absolutely very important to degrade cellulose which is abundant in environment like biomass waste. Many microorganisms have capability to produce cellulase. In order to improve the cellulase production by the microorganism, one of methods can be done by inserting the sequence gene of cellulase. The information of the sequence gene can be extracted from microorganisms of cellulase producer. The first step to predict the sequence gene of cellulase, we should design the primer of the sequence gene by summarizing the information from many microorganism which are cellulase producer. The purpose of this study is the potential cellulase primers design from DNA sequence encoding cellulase alignment to be performed by multiple sequence alignment techniques using progressive methods. The procedure of this research in general divided into 3 parts, which are data preparation, multiple sequence alignment with progressive methods and primer design. The data used in the form of genes encoding cellulase retrieved from NCBI GenBank (National Center for Biotechnology Information). This study, our approach to search for potential primer to increase the productivity of cellulase enzymes. In its design, the method used multiple sequence alignment (MSA), which uses progressive alignment algorithm. In the alignment phase, from 5 obtained a cellulase coding sequences conserved region 3 (conserved regions). While the template that is used to design the primer sequences potentially Solanum lycopersicum NM-001247953 from areas that have a high similarity (conserved region). Retrieved 46 primer pairs from conserved region 3. Each of the conserved region-1 to as many as 28 pairs of primers, conserved region-2 to as many as 13 pairs of primers and the conserved region of the 3 by 5 primer pairs.
Keyword: bioinformatics, cellulase, multiple sequence alignment, primer design

Judul: Komputasi Paralel Multiple Sequence Alignment menggunakan Message Passing Interface
Abstrak: Multiple sequence alignment (MSA) adalah teknik untuk menemukan kesamaan dalam banyak sekuen. Teknik ini sangat penting untuk mendukung banyak tugas bioinformatika seperti mengidentifikasi single nucleotide polymorphism (SNP), membuat phylogenetic tree, dan metagenome fragments binning. Algoritma sederhana untuk MSA adalah Algoritma Star. Algoritma ini terdiri atas tiga tahap, yaitu menjajarkan semua kemungkinan pasangan sekuen, menentukan sekuen star yang dipilih dari sekuen yang memiliki nilai penjajaran maksimum, dan menjajarkan semua sekuen terhadap sekuen star. Setiap pasangan sekuen dijajarkan dengan menggunakan teknik pemrograman dinamis. Kompleksitas penjajaran sekuen DNA menggunakan teknik pemrograman dinamis mengikuti fungsi eksponensial. Waktu komputasi meningkat secara eksponensial seiring dengan meningkatnya jumlah dan panjang sekuen DNA. Penelitian ini bertujuan untuk mempercepat perhitungan MSA menggunakan message passing interface (MPI). Evaluasi kinerja dari metode yang diusulkan dilakukan dengan menghitung speedup. Percobaan dilakukan dengan menggunakan data Glycine max-kromosom-9-BBI dengan jumlah 64 sekuen yang memiliki panjang seragam, yaitu 800 base pair (bp). Sekuens ini dihasilkan dengan cara memotong secara acak sekuen referensi dari Glycine max-kromosom-9-BBI yang bersumber dari national center for biotechnology information (NCBI). Hasil penelitian menunjukkan bahwa teknik yang diusulkan mampu menghasilkan speedup sebesar tiga kali, dengan menggunakan lima komputer. Selain itu, dapat ditarik kesimpulan bahwa peningkatan jumlah komputer akan meningkatkan speedup. Kata kunci : multiple sequence alignment, message passing interfaces, komputasi paralel, DNA.
Keyword: multiple sequence alignment, message passing interfaces, komputasi paralel, DNA

Judul: Pengaruh Tingkat Suku Bunga SBI Terhadap Nilai Tukar Rupiah (Terhadap Dollar) Di Indonesia
Abstrak: Karakteristik Indonesia sebagai small open economy (perekonomian terbuka kecil) yang menganut sistem devisa bebas. Serta ditambah dengan beralihnya sistem nilai tukar di Indonesia dari sistem mengambang terkendali (managed floating system) menjadi sistem yang mengambang penuh (freely floating system) pada tanggal 14 Agustus 1997, menyebabkan posisi nilai tukar rupiah ditentukan oleh mekanisme pasar. Namun dengan adanya hal tersebut membuat pergerakan nilai tukar di pasar menjadi sangat rentan oleh pengaruh faktor-faktor ekonomi dan non-ekonomi.
Keyword: