Judul: Aktinomiset Rizosfer Penghasil Senyawa Bioaktif Antibakteri Penginfeksi Saluran Kemih
Abstrak: Beberapa bakteri yaitu Escherichia coli, Citrobacter braakii, Acinetobacter calcoaceticus, dan Klebsiella pneumoniae telah didapatkan pada urin penderita ISK sebagai penginfeksi. Laporan di dunia, jumlah penderita ISK cukup tinggi dan terus mengalami kenaikan tiap tahunnya. Komplikasi yang timbul jika infeksi tidak tertangani dengan baik dapat menimbulkan kerusakan ginjal hingga kematian. Kegagalan terapi umumnya disebabkan oleh sifat resisten antibiotik dari bakteri penginfeksi. Kondisi penderita diperparah dengan terdapatnya beberapa bakteri yang telah mengalami Multi Drug Resistance (MDR). Bahaya resistensi antibioik yang terjadi, perlu untuk dicari solusinya agar angka kematian penderita tidak bertambah. Salah satu solusi yang dapat ditawarkan yaitu mencari senyawa antibakteri baru dari lingkungan sekitar. Aktinomiset merupakan salah satu kelompok bakteri yang dapat ditemukan di berbagai relung ekologi, serta memiliki kelimpahan yang tinggi di tanah, terutama pada daerah dekomposisi tanaman. Kelompok bakteri tersebut juga dapat tumbuh dengan subur di daerah tanah kering, seperti pada tanah perkebunan jagung. Beberapa genus aktinomiset mampu memproduksi berbagai senyawa bioaktif antibakteri. Karakter senyawa antibakteri yang dihasilkan dari aktinomiset tanah kering dilaporkan memiliki kualitas yang lebih baik, yaitu lebih stabil, mudah larut, dan tahan terhadap panas dibandingkan senyawa antibakteri dari aktinomiset tanah basah. Berdasarkan karakter senyawa yang dimiliki oleh aktinomiset tanah kering dan bahaya resistensi bakteri penyebab ISK terhadap antibiotik yang sering digunakan, maka dalam penelitian ini telah dilakukan serangkaian teknik untuk menemukan senyawa antibakteri baru dari aktinomiset. Tahap yang telah dilakukan dalam penelitian ini yaitu penapisan potensi antimikrob dari 21 aktinomiset rizosfer yang telah dikoleksi di Divisi Mikrobiologi, Departemen Biologi, FMIPA IPB dengan enam bakteri penginfeksi saluran kemih (Escherichia coli, Citrobacter braakii, Acinetobacter calcoaceticus, dan Klebsiella pneumoniae) dengan metode modifikasi kertas cakram. Aktinomiset potensial yang mampu menghambat pertumbuhan bakteri uji, selanjutnya dikultur dalam medium cair dan supernatannya diujikan kembali terhadap bakteri penginfeksi saluran kemih untuk mengkonfirmasi aktivitas antibakteri senyawa bioaktif yang terkandung. Senyawa bioaktif antibakteri yang terdapat dalam supernatan dipisahkan dari medium kultur cair aktinomiset dengan cara diekstraksi menggunakan pelarut etil asetat. Ekstrak kasar etil asetat yang didapatkan, kemudian dilarutkan, dan diuji aktivitas penghambatannya terhadap bakteri penyebab ISK. Selain itu, ekstrak kasar juga ditentukan kandungan senyawa bioaktifnya dengan metode kromatografi gas, sehingga diketahui kandungan senyawa bioaktif di dalamnya. Aktinomiset penghasil antibakteri penginfeksi saluran kemih diidentifikasi berdasarkan gen 16S rRNA untuk mengetahui jenis isolat aktinomiset potensial. Hasil Penapisan aktinomiset rizosfer terhadap bakteri ISK (E. coli strain 1 hingga 3, C. braakii, A. calcoaceticus, dan K. pneumoniae) diperoleh tiga aktinomiset potensial yang memiliki zona hambat dan spektrum luas. Ketiga isolat tersebut yaitu ARJ 16, ARJ 24, dan ARJ 36. Ketiga aktinomiset potensial menunjukkan kemampuan penghambatan terhadap enam bakteri patogen uji. Kandungan senyawa bioaktif ekstrak kasar ARJ 16 dengan kelimpahan tertinggi yaitu 1,2-dikloro propana, sedangkan senyawa bioaktif tertinggi dalam ekstrak kasar ARJ 24 adalah asam n-Heksadekanoat, serta asam karbonoklorit, 2-kloroetil ester merupakan senyawa dengan konsentrasi yang tinggi dalam ekstrak kasar ARJ 36. Identifikasi aktinomiset potensial berdasarkan gen 16S rRNA menunjukkan bahwa ARJ 16 dan ARJ 24 memiliki kemiripan 99% dengan Streptomyces sp., sedangkan ARJ 36 memiliki kemiripan 98% dengan Streptomyces tendae. Ketiga isolat potensial dalam penelitian ini diharapkan kelak dapat menjadi bahan produksi senyawa antibiotik alternatif untuk terapi ISK.
Keyword: aktinomiset, antibakteri, infeksi saluran kemih

Judul: Penapisan dan Karakterisasi Aktinomiset Penghasil Senyawa Antibakteri Escherichia coli ATCC 35218 Resisten Antibiotik Beta-Laktam
Abstrak: Diare dan gastroenteritis yang disebabkan oleh mikrob patogen, salah satunya E. coli, merupakan salah satu penyebab kematian tertinggi di Indonesia. Pengobatan yang paling umum adalah dengan pemberian antibiotik,namun, yang menjadi masalah adalah meningkatnya resistensi patogen terhadap antibiotik, khususnya golongan beta-laktam. Masalah tersebut menjadikan penemuan antibiotik baru sangat penting dan aktinomiset merupakan sumber yang sangat menjanjikan sebagai penghasil penghasil senyawa aktif baru tersebut. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendapatkan aktinomiset asli Indonesia yang menghasilkan senyawa antibakteri E. coli ATCC 35218 resisten antibiotik betalaktam dan mengidentifikasi ciri-ciri morfologi dan molekuler isolat aktinomiset penghasil senyawa antibakteri E. coli ATCC 35218 resisten antibiotik betalaktam tersebut. Sembilan puluh enam isolat aktinomiset dari kultur stok koleksi Biotechnology Microbial Culture Collection (BioMCC), BPPT, diremajakan di dalam media ISP2 (International Streptomyces Project) dan diinkubasikan pada suhu 28 oC selama 14-21 hari. Pengelompokan aktinomiset ke dalam kelompok Streptomyces dan non-streptomyces dilakukan berdasarkan morfologi mikroskopis dari biakan di dalam media agar ISP2 umur 21 hari. Penapisan aktivitas antibakteri dilakukan menggunakan metode agar plug dan adanya aktivitas antibakteri ditandai dengan zona bening di sekitar isolat aktinomiset setelah inkubasi selama 24-48 jam pada suhu 36±1oC. Isolat aktinomiset yang menunjukkan aktivitas antibakteri selanjutnya dilakukan karakterisasi pola aktivitas antibakteri berdasarkan umur isolatdi dalam media agar Karakterisasi pola aktivitas antibakteri dari kultur agar dilakukan dengan menumbuhkan isolat aktinomiset pada media agar ISP2 dalam cawan selama 15 hari pada suhu 28 oC. Setiap 3 hari, dari kultur agar diambil untuk dilakukan uji aktivitas antibakteri menggunakan metode agar plug. Karakterisasi pola aktivitas antibakteri isolat aktinomiset aktif dari kultur cair dilakukan dengan memfermentasikan isolat di dalam media cair ISP2 dan diinkubasikan pada suhu 28 oC, 220 rpm, selama 15 hari. Setiap 3 hari fermentasi dilakukan pengambilan sampel dan dilakukan penyarian senyawa aktif dengan cara ekstraksi menggunakan pelarut etil asetat, dengan perbandingan 1:1 (v/v). Ekstrak etil asetat yang diperoleh dipekatkan dan selanjutnya digunakan untuk uji aktivitas antibakteri menggunakan metode Kirby- Bauer pada konsentrasi 1 mg/disc. Isolat aktinomiset aktif juga dilakukan karakterisasi pola pertumbuhannya di dalam empat jenis media agar dan media cair yang meliputi media ISP2, ISP4, MS (Micromonospora Starch), dan BM (Bennet’s Medium). Karakterisasi pola pertumbuhan di dalam media agar dilakukan dengan menumbuhkan isolat aktinomiset ke dalam 4 jenis media tersebut dan diinkubasi pada suhu 28 oC selama 21 hari. Pengamatan yang dilakukan meliputi warna koloni, pembentukan miselia, dan pertumbuhan spora. Karakterisasi pola pertumbuhan di dalam media cair dilakukan dengan menumbuhkan isolat aktinomiset selama 15 hari, 28 oC, 220 rpm. Setiap 3 hari sampel diambil dan dilakukan pengukuran volume padatan selnya (% PMV). Karakterisasi morfologi mikroskopis isolat aktif dilakukan dengan pengamatan langsung terhadap kultur di dalam media ISP2 agar umur 21 hari dengan mikroskop pada perbesaran 500-1000x. Karakterisasi molekuler isolat aktif dilakukan berdasarkan sekuen parsial 16S rRNA dan dibandingkan dengan sekuen 16S rRNA yang terdapat di GenBank dengan blastn. Tingkat kekerabatan di analisis menggunakan perangkat lunak MEGA 5. Ekstrak etil asetat isolat aktinomiset dengan aktivitas antibakteri paling tinggi dilakukan analisis menggunakan Kromatografi Cair Kinerja Tinggi (KCKT) dan pendugaan berat molekul senyawa aktif dilakukan menggunakan quadrupole time of flight mass sphectrometry (QTOF-MS). Pengelompokan isolat aktinomiset berdasarkan morfologi dan warna, dari
Keyword: aktinomiset, antibakteri, resisten beta-laktam, Micromonospora, 16S rRNA, senyawa aktif, berat molekul

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: