Judul: Analisis Metagenomik Aktinomiset Endofit Pada Tanaman Brotowali (Tinospora Crispa L. Miers) Berdasarkan Gen 16s Rrna
Abstrak: Keragaman aktinomiset endofit yang berasosiasi dengan tanaman obat sangat penting dipelajari karena memiliki potensi sebagai sumber beragam senyawa metabolit sekunder yang bermanfaat. Status keragaman aktinomiset endofit pada Tinospora crispa dapat dianalisis dengan pendekatan culture dependent dan culture independent. Analisis aktinomiset endofit pada tanaman T. crispa menggunakan pendekatan culture dependent telah berhasil dilakukan, ditemukan sebanyak 32 isolat aktinomiset endofit yang sebagian besar merupakan genus Streptomyces. Isolasi aktinomiset endofit dengan pendekatan culture dependent hanya merepresentasikan 0,1-10 % yang dapat tumbuh pada media agar. Sebagian besar mikrob yang ada di alam yaitu lebih dari 99% memiliki beragam potensi, namun masih belum banyak diketahui kegunaannya. Analisis metagenomik komunitas mikrob di lingkungan dengan cara tanpa pengkulturan (culture independent) dilakukan untuk mendapatkan galur yang bisa dikulturkan, sulit dikulturkan maupun yang tidak bisa dikulturkan pada media agar. Tujuan penelitian ini untuk mengkaji keragaman aktinomiset endofit pada T. crispa dengan pendekatan culture independent dianalisis dengan teknik PCR-DGGE berdasarkan gen16S rRNA. Hasil kajian tentang keragaman aktinomiset endofit pada T. crispa berdasarkan analisis metagenomik merupakan informasi baru yang pertama kali dilaporkan. Ditemukan beberapa kesamaan pada aktinomiset endofit yang terdapat pada batang, akar dan daun dengan komunitas aktinomiset tanah pada rhizosfer tanaman T. crispa. Interpretasi menggunakan piranti lunak Phoretix 1D menunjukkan bahwa keragaman paling besar dari aktinomiset ditemukan pada batang dan daun yaitu 17 dan 16 pita, sedangkan pada akar dan tanah ditemukan yaitu 14 dan 10 pita masing-masingnya secara berurutan. Jumlah total dari pita yang didapatkan menggunakan piranti lunak ini adalah 21 pita. Analisis molekuler dengan metode PCR-DGGE menunjukan 12 pita yang dominan. Sekuen A4 dan A9 memiliki kesamaan 95% dan 86% untuk pita dengan panjang 180 bp dengan Williamsia dan Streptomyces, secara berurutan. Sekuen yang ditemukan ini diduga tergolong baru karena memiliki persentase kesamaan yang lebih rendah dari 97 %. Hasil 10 sekuen lainnya memiliki kesamaan dengan rentang antara 97-100% dengan panjang sekuen 180 bp yang menunjukkan kekerabatan yang dekat dengan genus Streptomyces, Microbacterium, Amycolatopsis, Actinomadura, Actinoplanes, Actinokineospora, Kibdelosporangium, Williamsia, Kocuria. Berdasarkan kajian culture independent dengan pendekatan metagenomik gen 16S rRNA yang dianalisis dengan teknik PCR-DGGE berhasil diketahui keragaman komunitas aktinomiset endofit pada T. crispa. Sebagian besar aktinomiset yang diperoleh memiliki kekerabatan dengan rare aktinomiset dan sebagian lagi berkerabat dengan Streptomyces. Diantara aktinomiset yang diperoleh diduga terdapat novel aktinomiset endofit T. crispa.
Keyword: aktinomiset endofit, DGGE, metagenomik, Tinospora crispa, 16S rRNA

Judul: Identifikasi Aktinomiset Endofit Asal Tanaman Padi Berdasarkan Analisis Gen 16S rRNA dan nifH
Abstrak: Aktinomiset indigenos dikenal memiliki keragaman yang tinggi dan berpeluang untuk mendapatkan novel spesies. Aktinomiset endofit diketahui dapat menjadi pelaku pemfiksasi nitrogen selain mampu menghasilkan senyawa bioaktif dengan beragam fungsi seperti antimikrob, penghasil enzim dan inhibitor enzim, serta hormon pemacu pertumbuhan. Identifikasi molekuler dan peran aktinomiset endofit tanaman padi masih jarang dilakukan, sehingga perlu dikaji. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan mengidentifikasi aktinomiset endofit tanaman padi berdasarkan analisis gen 16S rRNA dan nifH serta mengkaji aktivitasnya dalam memfiksasi nitrogen. DNA genom dari tujuh isolat aktinomiset endofit diisolasi menggunakan Genomic DNA Mini Kit, selanjutnya gen 16S rRNA diamplifikasi menggunakan PCR. Analisis kemampuan fiksasi nitrogen dilakukan berdasarkan uji produksi amonia, pertumbuhan di media bebas nitrogen, dan amplifikasi gen nifH melalui PCR. Produk PCR disekuensing dan dianalisis menggunakan software bioinformatika MEGA 5.05 untuk mengkonstruksi pohon filogenetik yang mengindikasikan kekerabatan antar isolat. Analisis sekuen gen 16S rRNA menunjukkan bahwa tujuh isolat (IPBCC.b.14.1531, IPBCC.b.14.1532, IPBCC.b.14.1533, IPBCC.b.14.1534, IPBCC.b.14.1535, IPBCC.b.14.1536, dan IPBCC.b.13.1530) berkerabat dekat dengan Streptomyces spp. Sekuen 16S rRNA dari enam isolat berkerabat dengan S. albolongus, S. cavourensis subsp. cavourensis, S. anulatus, dan S. bungoensis dengan identitas maksimum < 97%, dan satu isolat lainnya berkerabat dekat dengan S. misionensis, dengan identitas maksimum 99%. Berdasarkan analisis sekuen gen nifH, tiga isolat berhasil diamplifikasi menggunakan PCR dan menunjukkan kekerabatannya dengan gen nifH Herbaspirillum sp., dengan nilai kemiripan 93 hingga 99%. Analisis keragaman jarak genetik berdasarkan p-distance, antara tiga isolat dengan Frankia sp., Rhizobium sp., L. ferrooxidans, dan K. pneumonia menunjukkan adanya perbedaan sekuen gen nifH sebesar 18-28% dan lebih dari 59% jika dibandingkan dengan sekuen gen nifH B. japonicum. Hal tersebut mengindikasikan keragaman yang tinggi gen nifH pada isolat aktinomiset endofit padi. Berdasarkan uji in vitro, isolat IPBCC.b.13.1530, IPBCC.b.14.1531, dan IPBCC.b.14.1536 juga mampu tumbuh di media bebas nitrogen dan memproduksi amonia berturut-turut sebesar 0.065 ppm, 0.014 ppm, dan 0.076 ppm pada media bebas nitrogen. Hasil tersebut mengindikasikan bahwa tiga isolat tersebut menjanjikan dalam perannya sebagai bakteri pemfiksasi N2 pada tanaman padi.
Keyword: aktinomiset endofit, gen nifH, tanaman padi, Streptomyces, 16SrRNA

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: