Judul: Pola sebaran back scattering volume ikan dengan menggunakan metode hidroakustik split beam di perairan Berkarang Utara Belitung
Abstrak: Perairan Belitung merupakan suatu perairan yang memiliki kekayaan sumberdaya ikan yang sangat tinggi sehingga mendorong untuk mengkaji wilayah perairan tersebut. Sudah ada cara untuk mengkaji wilayah perairan tersebut digunakan metode-metode akustik untuk menggali semua kekayaaan yang ada pada perairan Belitung. Penelitian ini bertujuan untuk melihat seberapa besar pantulan yang diberikan oleh ikan dengan melihat nilai back scattering volume dan memetakan penyebaran ikan yang ada di perairan tersebut. Data akustik dan data oseanografi diperoleh dari hasil survey kapal BARACUDA 02 milik Dinas Perikanan dan Kelautan Kabupaten Daerah tingkat II Belitung, yang dilaksanakan pada tanggal 17 sampai 19 April 2002. Alat-alat yang digunakan antara lain SIMRAD EY-500, Split Beam Transduser berfrekuensi 70 KHZ, Echo Prosessor EP-500, CTD Seabird Profiler (alat pengukur suhu dan salinitas serta kedalaman perairan), alat penentu posisi GPS (Global Positioning System) dan piranti lunak seperti Microsoft Excell, Microsoft Word, Surfer versi 7.0, dan Qbasic. Pada penelitian ini dilakukan pada malam hari dimana, kedalaman yang diambil adalah 5 meter sampai dengan 28 meter, hal ini dikarenakan kedalaman perairan yang bervariasi dari I sampai 30 meter. Kedalaman tersebut dikelompokan menjadi 3 kedalaman berbeda yang terdiri dari kedalaman 1-10 meter dari dasar, kedalaman 11-20 meter, serta kedalaman 21-30 meter dari dasar perairan. Hasil yang diperoleh didapatkan bahwa nilai sebaran scattering volume dari ketiga kedalaman yang berbeda, pada kedalaman 1-10 meter dari dasar memiliki nilai rata-rata sebaran back scattering volume sebesar 46,46 dB pada kedalaman 11-20 meter dari dasar memiliki nilai rata-rata back scattering volume sebesar -51,96 dB. Sebaran nilai rata-rata back scattering volume pada kedalaman 21-30 meter sebesar - 50,04 dB. Yang terjadi pada perairan utara belitung ini menunjukkan adanya pengkonsentrasian back scattering volume ikan pada kedalaman 1-10 meter dari dasar perairan sehingga diperkirakan ikan-ikan yang hidup pada perairan utara belitung ini berada pada dekat dasar perairan, dominan dihuni oleh ikan-ikan karang. Keberadaan ikan tersebut cenderung meningkat pada malam hari maka, diasumsikan bahwa ikan- ikan yang berada dekat dasar perairan tersebut tidak bermigrasi vertikal pada malam hari sehinggga cenderung tetap didasar atau dekat dasar perairan, bila dihubungkan dengan parameter oseanografi dalam hal ini faktor suhu dan salinitas juga mempengaruhi keberadaan ikan yang mana dalam hal ini ikan akan tetap berada pada suhu dan salinitas yang sesuai dengan lingkungan maupun habitat ikan tersebut.
Keyword: 

Judul: Pendugaan sebaran ikan tunggal dengan metode trace tracking di perairan utara belitung pada bulan April 2002
Abstrak: Informasi tentang keberadaan ikan semakin dirasa penting, terutama untuk usaha peningkatan kesejahteraan nelayan. Penelitian akustik dengan menggunakan metode trace tracking ini dilakukan di Perairan Utara Belitung. guna mengkaji dugaan sebaran ikan pelagis yang terdapat di perairan tersebut. Tujuan penelitian yaitu menduga pola sebaran ikan tunggal yang terjadi di Perairan Utara Belitung pada bulan April 2002 secara tiga dimensi menurut garis lintang dan bujur serta kedalamannya Penelitian dilakukan dengan menggunakan kapal Baracuda II milik Dinas Perikanan dan Kelautan Kabupaten Belitung. pada bulan April 2002. Peralatan yang digunakan yaitu scientific echosounder SIMRAD EY-500, GPS (Global Positioning System), Split Beam transducer frekuensi 38 kHz dan dilengkapi zip drive, Echoprocessor EP-500, serta software postprocessing Microsoft office, Mapping surfer dan statistic 0.6. Desain survei yang dilakukan berbentuk zigzag. Pada penelitian ini, perairan diklasifikasikan menjadi tiga bagian yaitu: bagian barat laut, bagian utara dan bagian timur laut Perairan Utara Belitung. Secara umum ikan yang terdeteksi paling banyak terdapat pada daerah bagian barat laut kemudian bagian utara lalu paling sedikit pada bagian timur laut. Hal ini diduga disebabkan oleh dua hal, yaitu: perairan bagian timur laut lebih dangkal dibandingkan wilayah pengamatan yang lain dan dasar perairannya merupakan ekosistem terumbu karang, dimana banyak terdapat ikan-ikan yang tidak bergerak secara aktif karena kecendrungan ikan karang mempertahankan daerah teritorialnya. Apalagi waktu pendeteksian dilakukan pada malam hari dimana ikan karang sebagian besar tidak aktif mencari makan sedangkan penelitian ini parameter algoritma trace tracking F2-nya dibatasi minimal pada 2 jejak yang berarti bahwa jejak yang berurutan dari ikan yang terdeteksi harus minimal sama dengan 2. TS ikan yang terdeteksi paling banyak ditemukan pada kisaran -80 dB sampai dengan -70 dB. Secara umum hubungan target strength ikan terhadap kedalaman menunjukan bahwa nilai target strength meningkat dengan bertambahnya kedalaman. Hal ini menunjukkan bahwa ikan yang lebih besar menempati kolom perairan yang lebih dalam. Namun disisi lain juga didapatkan kenyataan bahwa semakin dangkal perairan maka grafik hubungan TS ikan terhadap kedalaman semakin berfluktuasi dan semakin tinggi nilai standar error yang berarti pencampuran antara ikan yang memiliki TS besar dengan ikan yang memiliki TS rendah makin tinggi. Hal ini diduga karena ikan-ikan besar (TS besar) tidak dapat menyembunyikan diri (migrasi vertikal menjauhi cahaya) ke kolom air yang lebih dalam karena dangkalnya perairan, sehingga ikan akan bergerak secara merata pada kolom perairan. Ikan-ikan kecil (TS kecil) dapat dengan leluasa bergerak tanpa menjalani adaptasi yang berat karena pada perairan dangkal faktor-faktor oseanografi seperti suhu, cahaya dan salinitas cendrung homogen pada setiap kolom perairan dan tekanan akibat bertambahnya kedalaman tidak terlalu besar. Diduga juga terdapat ikan-ikan tunggal atau populasi ikan yang berbeda dengan yang lainnya dan membuat kelompok sendiri serta memisahkan diri dengan kelompok yang lainnya, ini terlihat dari adanya garis-garis yang terputus pada grafik hubungan TS ikan terhadap kedalaman.
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA