Judul: Comparative Genomics and Phylogenetic Analysis of Indonesian Coconuts with Other Important Palms Species Based on Chloroplast Genome
Abstrak: Kelapa adalah salah satu spesies terpenting secara ekonomi dari famili Arecaceae. Kelapa unik yang memiliki endosperm remah, lembut, dan terlepas dari batok kelapa akibat dari mutasi alami yang dikenal secara lokal di Indonesia sebagai kelapa kopyor. Penelitian ini mencakup karakterisasi genom kloroplas kelapa kopyor varietas (var.) Genjah Hijau dan analisis komparatif genomik antar spesies palma lainnya. Berdasarkan analisis sekuens, genom kloroplas kelapa var. Genjah Hijau Kopyor memiliki panjang 158 462 bp dan memiliki struktur kuadripartit yang terdiri dari satu daerah large single-copy (LSC; 86 198 bp), satu daerah small single-copy (SSC; 17 712 bp) dan dua daerah inverted repeat yang identik (IR; 27 276 bp). Genom terdiri dari 116 gen. Analisis komparatif menunjukkan bahwa daerah pengkode protein lebih terkonservasi dibandingkan dengan daerah non-pengkode protein. Analisis filogenetik menunjukkan bahwa kelapa memiliki hubungan yang erat dengan Phoenix dactylifera. Karakterisasi genom ini ddapat memberikan informasi untuk mengembangkan penanda spesifik gen, pemetaan genom kloroplas, program pemuliaan tanaman, studi evolusi, dan konservasi kelapa kopyor., Coconut is one of the most economically important trees of family Arecaceae. This unique coconut has curd, fluffy, and crumbly endosperm because of natural mutation that is locally known in Indonesia as kopyor coconut. This research encompasses the characteristics of kopyor coconut var. Green Dwarf chloroplast genome and comparative genomics between other palm species. Based on sequence analyses, the chloroplast genome of kopyor coconut var. Green Dwarf was 158 462 bp in length and it had a typical quadripartite structure composed of a large single-copy (LSC; 86 198 bp), a small single-copy (SSC;17 712 bp) and two identical inverted repeat (IR; 27 276 bp). The genome consisted of 116 genes. Comparative analysis showed that the coding regions are more conserved than non-coding regions. The phylogenetic analysis showed that the coconut had a closed relationship with the Phoenix dactylifera. These genome characterizations could provide information to develop gene-specific markers, chloroplast genome mapping, plant breeding program, evolutionary study, and conservation of kopyor coconut.
Keyword: anotasi, genom kloroplas, kopyor, komparatif genomik

Judul: Genetic Diversity of Indonesian Coconut (Cocos nucifera L.) by Whole Genome based Simple Sequence Repeat Molecular Markers
Abstrak: Kelapa (Cocos nucifera L.) merupakan tanaman yang penting di Indonesia karena memiliki banyak kegunaan. Tanaman kelapa tersebar luas di seluruh wilayah Indonesia sehingga menyebabkan keragaman kelapa di Indonesia sangat tinggi. Pemahaman tentang keragaman genetik pada tanaman kelapa akan membantu proses pemuliaan tanaman kelapa. Identifikasi keragaman genetik menggunakan marka molekuler memiliki ketepatan yang tinggi dibandingkan marka morfologi. Marka molekuler Simple Sequence Repeat (SSR) telah banyak digunakan dalam identifikasi keragaman genetik pada tanaman. Tujuan penelitian ini adalah untuk memperoleh persentase coverage genom kelapa Indonesia dengan kelapa kultivar Hainan Tall serta identifikasi lokus SSR genom kelapa Indonesia, memperoleh data in-silico dan identifikasi lokus SSR genom kelapa kultivar Hainan Tall, memperoleh pasangan primer SSR dan primer SSR tervalidasi berbasis genom kelapa kultivar Hainan Tall, serta mendapatkan data keragaman kelapa Indonesia yang diidentifikasi menggunakan marka SSR tervalidasi. Penelitian ini terdiri dari tiga percobaan yaitu analisis in-silico genom dan identifikasi lokus SSR kelapa, pengembangan marka SSR berdasarkan data whole-genome kelapa, dan identifikasi keragaman kelapa Indonesia menggunakan marka SSR whole-genome tervalidasi. Percobaan pertama melaporkan hasil analisis in-silico pada dua data genom kelapa Indonesia, yaitu DMT (Dalam Mapanget) dan GKH (Genjah Kopyor Hijau). Terdapat sebanyak 5.797.081 dan 4.500.078 scaffold dengan ukuran scaffold terpanjang 100 dan 180kb masing-masing untuk kelapa DMT dan GKH. Hasil analisis genom DMT dan GKH dengan kelapa Hainan Tall memiliki persentase coverage masing-masing sebesar 94,47% dan 92,21%. Identifikasi lokus SSR pada genom kelapa Indonesia menunjukkan motif dinukleotida paling sering muncul, dengan motif yang paling sering muncul yaitu AG, disusul AT, AC dan CG. Percobaan kedua menunjukkan 9.521.002 lokus SSR teridentifikasi dari panjang total genom kelapa Hainan Tall yaitu 2.202.455.121bp. Lokus dengan motif dinukleotida hingga heksanukleotida diidentifikasi. Motif dinukleotida yang paling sering muncul yaitu AG, AT, AC dan CG. 906 pasang primer SSR berhasil didesain dari 16 kromosom kelapa Hainan Tall. 20 pasang primer dilakukan amplifikasi pada sampel kelapa Indonesia. 18 primer dapat mengamplifikasi, sedangkan 2 pasang primer tidak dapat mengamplifikasi. Percobaan ketiga menunjukkan keragaman genetik 25 aksesi kelapa Indonesia koleksi BALITPALMA pada 15 lokus SSR polimorfik. Pohon filogenetik yang dihasilkan dari metode neighbour joining membagi 25 aksesi kelapa Indonesia dalam 3 kelompok besar. Kelompok pertama didominasi aksesi tipe Hibrida, kelompok kedua didominasi aksesi tipe Genjah dan Hibrida, serta kelompok ketiga didominasi aksesi tipe Dalam.
Keyword: kelapa Indonesia, data genom, SSR, keragaman genetik

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: