Judul: Hubungan Keragaman Gen Hormon Pertumbuhan dengan Pencitraan Ultrasonografi Lemak Perirenal dan Otot Longissimus dorsi pada Kelinci
Abstrak: Bangsa kelinci Rex, Satin, Reza (persilangan Rex dan Satin) merupakan bangsa kelinci yang dikembangkan di Balai Penelitian Ternak sebagai plasma nutfah kelinci pedaging di Indonesia. Adanya seleksi dan persilangan yang dilakukan terhadap kelinci dengan potensi daging serta pelt - fur selama ini hanya dilihat dari aspek fenotipik meliputi performa dan produktivitas, sedangkan aspek genetik (gen) belum pernah dilakukan. Identifikasi gen yang berhubungan dengan sifat ekonomis sangat diperlukan untuk perbaikan dan perkembangan kualitas genetik kelinci. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman gen hormon pertumbuhan (GH) pada tiga bangsa kelinci yaitu Rex, Satin dan Reza, yang selanjutnya dihubungkan dengan pencitraan ultrasonografi dari citra ketebalan otot Longissimus dorsi dan lemak perirenal. Identifikasi keragaman gen GH menggunakan teknik PCR-RFLP dari 33 sampel darah kelinci jantan dewasa di Balai Penelitian Ternak (BALITNAK) dan dilakukan sekuensing pada sampel dengan genotipe yang berbeda. Primer gen GH yang digunakan dengan runutan primer forward: 5’- GTA TAG TGG GAT GGG GTT GG -3’, primer reverse: 5’- TTA CGC TCC CAT TCA GAA GC -3’ (nomor akses GenBank Z28137). Produk PCR dari fragmen gen GH (231 pasang basa (pb)) dipotong dengan enzim pemotong Bsh1236I. Ketebalan otot Longissimus dorsi dan lemak perirenal dicitrakan dan diukur menggunakan alat ultrasonografi yang dilengkapi oleh transduser mikro-convex dengan frekuensi 7.5 MHz pada posisi lumbar vertebrae ke 2 hingga ke 3 pada sisi kiri tubuh. Analisis data PCR-RFLP dilakukan dengan menghitung frekuensi genotipe dan frekuensi alel. Hubungan antara data fenotipik terhadap setiap bangsa kelinci serta hubungan antara data keragaman gen GH|Bsh1236I terhadap peubah tebal lemak perirenal dan otot Longissimus dorsi dianalisis menggunakan metode General Linear Model (GLM). Perhitungan koefisien korelasi digunakan untuk menemukan hubungan antara peubah bobot badan dan hasil pencitraan ultrasonografi dari ketebalan lemak perirenal dan otot Longissimus dorsi. Pola PCR-RFLP yang dihasilkan yaitu: alel T dihasilkan dari fragmen yang tidak terpotong dengan posisi 231 pb; alel C dihasilkan dari fragmen 169 pb dan 62 pb. Hasil menunjukkan bahwa gen GH|Bsh1236I memiliki tiga genotipe yaitu CC, CT, dan CT. Analisis sekuensing pada sampel hasil PCR genotipe CC dan TT yang dibandingkan dengan GenBank menunjukkan keberadaan adanya mutasi pada basa C menjadi T. Frekuensi genotipe CC yang paling tinggi ditemukan pada kelinci Rex dan frekuensi genotipe CT paling tinggi ada pada kelinci Satin. Kelinci Reza yang merupakan persilangan kelinci Rex dan Satin memiliki frekuensi genotipe TT yang paling tinggi. Berdasarkan frekuensi alel yang diukur, alel C memiliki frekuensi yang cukup tinggi pada sebagian besar bangsa kelinci termasuk bangsa kelinci yang diteliti. Bangsa kelinci berpengaruh terhadap pencitraan USG ketebalan otot Longissimus dorsi. Kelinci Satin memiliki otot Longissimus dorsi yang lebih tebal dari Rex dan Reza. Ketebalan lemak perirenal tidak dipengaruhi oleh bangsa kelinci. Hubungan polimorfisme gen GH|Bsh1236I tidak berpengaruh nyata terhadap hasil pencitraan USG ketebalan lemak perirenal dan otot Longissimus dorsi, namun keragaman gen GH|Bsh1236I memiliki potensi untuk dijadikan marker assisted selection (MAS)
Keyword: gen hormon pertumbuhan, Longissimus dorsi, lemak perirenal, kelinci, ultrasonografi

Judul: Keragaman Genetik Kelinci Ras Berdasarkan Analisis Penanda Daerah D-Loop
Abstrak: Persilangan antara kelinci Rex yang memiliki rambut halus dengan kelinci Satin yang memiliki rambut mengkilap menghasilkan kelinci Reza yang memiliki rambut halus mengkilap. Kelinci Medium Reza adalah hasil persilangan kelinci Flemish Giant dengan kelinci Reza untuk mendapatkan kelinci yang memiliki bobot medium dan rambut yang halus dan mengkilap. Identifikasi keragaman genetik melalui DNA mitokondria dilakukan untuk mempertahankan keragaman genetik yang tetap tinggi. Daerah D-loop dalam DNA mitokondria digunakan untuk penelaahan keragaman genetik dan hubungan kekerabatan di antara spesies hewan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan kekerabatan beberapa ras kelinci berdasarkan sekuens DNA mitokondria pada daerah d-loop (non-coding). Sampel DNA yang diisolasi berasal dari sampel darah kelinci jantan ras Rex, Satin, Reza, dan Medium Reza yang kemudian digunakan dalam proses amplifikasi. Hasil amplifikasi berupa pita tunggal berukuran 510 bp. Delapan sampel berhasil diamplifikasi, tetapi hanya tujuh sampel yang berhasil dirunutkan dan dianalisis. Analisis hubungan kekerabatan genetik ras kelinci menunjukan ras kelinci Satin, Reza dan Medium Reza memiliki kekerabatan yang dekat. Kelinci Rex berada terpisah dari kelompok kelinci Satin, Reza, dan Medium Reza. Persilangan ini telah menghasilkan kelinci yang memiliki rambut halus mengkilap dan ukuran luas permukaan rambut yang lebih lebar.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: