Judul: Molecular Interaction Analysis of Quercetin and Eugenol Compounds on Aging Regulator Proteins , Sir2
Abstrak: Proses penuaan dapat dipengaruhi oleh beberapa faktor, seperti peningkatan cekaman oksidatif dan inflamasi. Senyawa antioksidan dilaporkan dapat menjadi salah satu kandidat dalam mengatasi proses penuaan karena secara efektif dapat melawan cekaman oksidatif dan inflamasi. Contoh senyawa tersebut adalah kuersetin dan eugenol. Kuersetin dan eugenol merupakan senyawa antioksidan yang dapat ditemukan di alam. Melalui penelurusan literatur, diketahui bahwa senyawa kuersetin dan eugenol memiliki aktivitas antioksidan pada sel khamir maupun sel mamalia. Namun, mekanisme kedua senyawa ini dalam meregulasi penuaan di level molekuler belum tersedia. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk mengetahui interaksi senyawa kuersetin dan eugenol pada protein Sir2 Saccharomyces cerevisiae yang memiliki peran sebagai regulator sistem penuaan. Penelitian menggunakan studi penambatan molekular dengan senyawa kuersetin dan eugenol sebagai ligan uji, sedangkan reseptornya menggunakan Sir2 Saccharomyces cerevisiae dengan kode PDB, 2HJH. Hasil penelitian menunjukkan bahwa senyawa kuersetin dan eugenol dapat berikatan secara molekuler dengan protein Sir2. Parameter afinitas ikatan (ΔG) dilihat dengan nilai negatif yang tinggi. Senyawa kuersetin memiliki afinitas ikatan (ΔG) sebesar -8.5 kkal/mol, sedangkan pada senyawa eugenol memiliki afinitas ikatan (ΔG) sebesar -6.5 kkal/mol. Selain itu, adanya ikatan kimia dan residu asam amino menunjukkan bahwa senyawa ligan uji memiliki potensi untuk bersaing dengan ligan alami. Namun, penelitian lebih lanjut diperlukan untuk menentukan efek ligan uji terhadap lintasan penuaan, in vivo., The aging process may be affected by many factors, such as increased oxidative stress and inflammation. According to reports, antioxidant compounds are one of the drug candidates to overcome the aging process because they can effectively combat oxidative stress and inflammation. Examples of compound that can act as antioxidants are quercetin and eugenol wich can be found in nature. Through literature search, it is known that quercetin and eugenol compounds have antioxidant activity in yeast cells and mammalian cells. However, the mechanisms by which these two compounds regulate aging at the molecular level are still unclear. Therefore, the purpose of this study was to understand the interaction of quercetin and eugenol compounds on the protein Sir2 of Saccharomyces cerevisiae, which acts as a regulator of the aging pathway. In this study, quercetin and eugenol were used as test ligands for molecular docking studies. On the other hand, the receptor used was Sir2 with the PDB code of 2HJH. The results show that quercetin and eugenol compounds could bind to Sir2 protein molecules. The binding affinity parameter was considered a high negative value. The binding affinity of the quercetin compound is -8.5 kcal/mol, and the binding affinity of the eugenol compound is -6.5 kcal/mol. In addition, the presence of chemical bonds and amino acid residues indicates that the tested ligand compounds have the potential to compete with natural ligands. However, further study is required to determine the effect of these ligand in regulating aging, in vivo.
Keyword: antioxidants, in silico, ligand-receptor, yeast

Judul: The Effect of Ethanol Derived Fraction of Clove Leaves  and Eugenol as Source of Antioxidants in Delaying Aging on Cellular and  Molecular Level
Abstrak: Cengkeh (Syzygium aromaticum) adalah anggota famili Myrtaceae yang dikenal memiliki aktivitas antioksidan dan antivirus yang tinggi. Antioksidan dibutuhkan oleh sel untuk mencegah adanya akumulasi oksigen reaktif (ROS) di dalam sel. Aktivitas antioksidan ekstrak cengkeh diduga berkorelasi dengan perpanjangan masa hidup seluler (aktivitas antipenuaan). Ekstrak kasar daun cengkeh telah dilaporkan memperpanjang masa hidup sel khamir, namun masih kurangnya informasi yang tersedia mengenai aktivitas antipenuaan dari fraksi etanol daun cengkeh dan eugenol. Dengan demikian, tujuan dari penelitian ini adalah untuk menganalisis cara kerja fraksi etanol daun cengkeh (konsentrasi 25, 50,75,100 μg.mL-1 ) dan eugenol (konsentrasi 10, 20, 30 dan 40 μg.mL-1 ) pada tingkat seluler dan molekuler dalam memperpanjang masa hidup organisme model khamir Schizosaccharomyces pombe. Analisis yang di lakukan pada penelitian ini adalah analisis seluler dan analisis molekuler. Analisis seluler yang digunakan dalam penelitian ini terdiri atas analisis viabilitas sel dan uji toleransi khamir terhadap cekaman oksidatif dengan metode spot test assay, analisis CLS (Chronological life span) dengan teknik TPC (total plate count), dan uji aktivitas mitokondria. Analisis molekuler yang dilakukan adalah protein docking dan analisis transkriptomik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa fraksi etanol daun cengkeh dan senyawa eugenol dapat memperpanjang umur khamir pada konsentrasi terendah, yakni masing-masing 25 ppm dan 10 ppm. Hasil pengujian juga menunjukkan bahwa fraksi etanol daun cengkeh dan senyawa eugenol dapat menginduksi toleransi khamir terhadap stres oksidatif (1mM, 2mM, dan 3mM H2O2). Analisis penambatan molekul yang telah dilaksanakan mengungkapkan bahwa senyawa eugenol dapat mengikat protein regulator respon sel terhadap stres oksidatif, diantaranya protein sty1 dan ctt1, tetapi tidak pada sisi aktif. Hasil transkriptomik menunjukkan penurunan ekspresi gen mip1 yang menyandikan Mip1 subunit protein TORC1, serta meningkatkan regulasi scr1 yang terlibat dalam aktivitas mitokondria. Penghambatan aktivitas TORC1 serta peningkatan aktivitas mitokondria diketahui meningkatkan usia kronologis khamir. Secara keseluruhan, penelitian ini menunjukkan adanya potensi aktivitas antipenuaan senyawa eugenol dan cara kerjanya pada tingkat molekuler, Clove (Syzygium aromaticum) belongs to Myrtaceae family which is known to have high antioxidant and antiviral activity. Antioxidants are needed by cells to prevent the accumulation of reactive oxygen species (ROS). The antioxidant activity of clove extract presumably correlates with the extension of cellular life span (antiaging activity). Crude extract of clove leaves has been reported to prolong the life span of yeast cells, however lack of information available regarding antiaging activity of its corresponding ethanol fraction and eugenol. Thus, the aim of this study was to analyze the mode of action of ethanol fraction of clove leaves (concentration 25, 50, 75 and 100 μg.mL-1 ) and eugenol (with concentration 10, 20, 30, and 40 μg.mL-1 ) at the cellular and molecular levels in prolonging life span of the yeast model organism Schizosaccharomyces pombe. The analysis carried out in this research were cellular analysis and molecular analysis. Cellular analysis conducted in this study consisted of cell viability analysis and yeast tolerance test against oxidative stress by spot test assay method, CLS (Chronological life span) analysis with TPC (total plate count) technique, and mitochondrial activity test. Molecular analysis carried out were protein docking and transcriptomic analysis. The results showed that the ethanol fraction of clove leaves and eugenol
Keyword: antiaging, TORC1, transcriptomic, Schizosaccharomyces pombe

Judul: Distribusi Massa Air Laut Jawa dari Data Hidrografi MAJAFLOX Cruise 2015.
Abstrak: Laut Jawa merupakan perairan dangkal yang dipengaruhi oleh Angin Muson dan Arlindo Selat Makassar. Pemahaman tentang stratifikasi dan distribusi massa air Laut Jawa dapat dilakukan dengan adanya data hidrografi dari MAJAFLOX Cruise pada bulan Agustus 2015. Data hidrografi didapatkan dari penurunan CTD di 14 stasiun pengamatan. Hasil penelitan menunjukkan bahwa stratifikasi vertikal massa air dicirikan oleh lapisan homogen yang kuat dari permukaan hingga dasar perairan. Hal tersebut terjadi akibat percampuran massa air yang kuat oleh aksi gelombang yang dibangkitkan Angin Muson Tenggara. Selain itu, ditemukan variasi spasial dalam arah utara-selatan, dimana karakteristik massa air di tepi selatan dan utara cukup berbeda dengan massa air di tengahnya. Massa air Laut Jawa pada puncak musim timur (Agustus) dicirikan dengan massa air yang hangat (27,18 °C – 28,11 °C), bersalinitas rendah (33,58 psu – 34,2 psu), dan ringan (21,33 kg/m3 – 22,06 kg/m3), kecuali pada stasiun 1 dan stasiun 5 yang cenderung lebih hangat dan lebih tawar dari stasiun lainnya. Pola sirkulasi permukaan menunjukkan salinitas yang relatif tinggi di bagian tengah Laut Jawa dan diduga berhubungan dengan suplai massa air Arlindo Selat Makassar. Variasi tahunan dari analisis keluaran model INDESO menunjukkan adanya stratifikasi massa air yang kuat pada musim peralihan.
Keyword: angin muson, keluaran model INDESO, MAJAFLOX Cruise 2015, pengukuran CTD, stratifikasi massa air