Judul: Keragaman Gen Capn1, Capn3 Dan Cast Serta Asosiasinya Terhadap Bagian-Bagian Karkas Dan Kualitas Daging Pada Ayam Kampung
Abstrak: Ayam lokal merupakan salah satu ternak lokal yang berpotensi untuk dikembangkan sebagai sumber penghasil daging di Indonesia. Ayam lokal memiliki keunggulan mampu beradaptasi pada lingkungan tropis serta memiliki sistem imun yang kuat namun kelemahannya yaitu laju pertumbuhan yang lambat. Perkembangan teknologi molekuler dapat dimanfaatkan sebagai salah satu metode seleksi berbasis Marker Assissted Selection (MAS) yang diperoleh melalui identifikasi gen-gen utama yang mengontrol sifat kualitas daging pada ayam seperti gen kalpain1 (CAPN1), kalpain3 (CAPN3) dan kalpastatin (CAST). Penelitian ini bertujuan menganalisis keragaman gen CAPN1, CAPN3 dan CAST pada beberapa jenis ayam dan memahami hubungan keragaman gen-gen tersebut dengan bobot bagian-bagian karkas dan kualitas pada ayam kampung. Penelitian dilakukan 2 tahap yaitu identifikasi SNP gen CAPN1, CAPN3 dan CAST pada beberapa jenis ayam serta asosiasi SNP terhadap bagian karkas, otot dan kualitas daging pada ayam kampung. Ayam yang digunakan sebagai sumber DNA untuk analisis keragaman yaitu ayam kampung, pelung, sentul, nunukan, merawang, ras pedaging, persilangan kampung dengan ras pedaging. Ayam kampung yang digunakan untuk analisis asosiasi sebanyak 59 ekor umur 3 bulan dan 46 ekor umur 6 bulan. Penentuan SNP dilakukan dengan menggunakan program BioEdit. Genotyping dilakukan menggunakan metode pensejajaran dan peurunutan yang dilakukan pada program Mega6. Analisis data yang dilakukan yaitu frekeunsi genotipe, frekuensi alel, heterozigositas, keseimbangan Hardy-Weinberg dan asosiasi data genotipe dengan fenotipe ayam kampung menggunakan GLM (General Linear Model). Gen CAPN1 yang diamati ditemukan 15 SNP yaitu g.10394C>T, g.10408G>C, g.10527G>T, g.10541C>T, g.10549G>A, g.10551A>T, g.10568C>G, g.10574C>T, g.10579G>T, g.10580G>T, g.10608A>C, g.10609C>T, g.10610G>A, g.10612T>G dan g.10632C>T. Pada gen CAPN3 ditemukan 2 SNP yaitu g.12831C>A dan g.12888T>C. Pada gen CAST ditemukan 1 SNP yaitu g.42988G>T. SNP yang ditemukan pada gen CAPN1, CAPN3 dan CAST bersifat polimorfik. Keragaman SNP g.10541C>T gen CAPN1 ditemukan berasosiasi dengan persentase dada dan persentase paha atas pada ayam kampung betina umur 3 bulan. Pada gen CAPN3 tidak ditemukan SNP yang berasosiasi dengan bobot bagian-bagian karkas, bobot otot, persentase bagian-bagian karkas, persentase otot kualitas daging. SNP yang berasosiasi signifikan berpotensi untuk digunakan sebagai Marked Assisted Selection (MAS) pada ayam kampung.
Keyword: Ayam kampung, Kualitas daging, SNP CAPN1, SNP CAPN3, SNP CAST

Judul: Identifikasi Keragaman Gen Myostatin (MSTN) serta Asosiasinya dengan Kualitas Daging pada Ayam Kampung dan Ras Pedaging
Abstrak: Ayam kampung merupakan salah satu ayam asli Indonesia yang memiliki daya adaptasi terhadap lingkungan yang tinggi, tetapi daya produktivitasnya masih rendah. Padahal, ayam kampung memiliki potensi sebagai salah satu sumber protein di Indonesia, dan permintaan terhadap daging ayam kampung juga tinggi. Dalam meningkatkan kualitas dan kuantitas ayam kampung dapat dilakukan melalui seleksi secara genetik. Gen myostatin (MSTN) atau Growth Differentiations Factor 8 (GDF8) adalah gen utama dan penentu dalam pengontrol sifat pertumbuhan dan produksi daging yang berperan sebagai regulator negatif dari pertumbuhan otot skeletal. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman gen myostatin pada ayam kampung dan ras pedaging strain Cobb serta asosiasinya terhadap bobot potong, kualitas sifat fisik, dan kimia daging. Penelitian terdiri atas dua tahap yaitu analisis keragaman gen MSTN dan asosiasi keragaman gen MSTN dengan bobot karkas, sifat fisik (pH, susut masak, keempukan, daya mengikat air) dan sifat kimia (air, protein, lemak) daging pada ayam kampung dan ayam ras pedaging. Total sampel yang digunakan untuk analisis keragaman adalah 138 ekor yang terdiri atas 67 sampel DNA ayam kampung dan 71 sampel DNA ayam ras pedaging. Total sampel yang digunakan untuk asosiasi sifat fisik adalah 30 sampel ayam kampung dan 65 sampel daging dada ayam ras pedaging. Total sampel untuk asosiasi sifat fisik terdiri atas 9 sampel ayam kampung dan 9 sampel ayam ras pedaging yang merupakan perwakilan dari setiap genotipe. Kedua jenis ayam memiliki umur 12 minggu Titik mutasi gen MSTN yang digunakan yaitu c.234G>A pada ekson 1. Genotyping dilakukan menggunakan metode PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism). Analisis data secara deskriptif untuk frekuensi genotipe, frekuensi alel, heterosigositas, keseimbangan Hardy-Weinberg. Asosiasi data genotipe dengan fenotipe dianalisis ragam. Hasil menunjukkan gen MSTN pada populasi ayam kampung dan ayam ras pedaging bersifat polimorfik. Frekuensi genotipe AA lebih tinggi dibandingkan dengan frekuensi genotipe GA dan GG. Gen MSTN c.234G>A berasosiasi dengan bobot potong, karkas, dada, paha atas (thighs), paha bawah (drumsticks), sayap, daging dada, daging paha atas (thighs), daging paha bawah (drumsticks) pada ayam kampung dan bobot sayap pada ayam ras pedaging. Sifat fisik tidak memiliki asosiasi dengan nilai pH, susut masak, keempukan, daya mengikat air pada kedua populasi ayam. Pada sifat kimia, kadar protein pada ayam ras pedaging memiliki asosiasi dengan keragaman gen MSTN. Kesimpulannya, gen MSTN c.234G>A pada ekson 1 dapat digunakan sebagai kandidat untuk marka genetik sifat karkas pada ayam kampung dan ayam ras pedaging.
Keyword: ayam kampung, ayam ras pedaging, gen MSTN, bobot potong, kualitas daging

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: