Judul: Komunitas Fitonematoda dan Karakter Polyphasic Fitonematoda Penting pada Tanaman Kopi Robusta dan Arabika di Jawa Timur
Abstrak: Kopi merupakan salah satu komoditas perkebunan andalan Indonesia. Produktivitas kopi Indonesia dalam rentang tahun 2010-2014 sebesar 532 kg/ha, paling rendah di Asia Tenggara dibandingkan Vietnam 2 270 kg/ha, Thailand 842 kg/ha dan Filipina 716 kg/ha. Fitonematoda merupakan salah satu penyebab penyakit tanaman kopi Robusta dan Arabika. Kurangnya pengetahuan diagnosis serta data fitonematoda yang berasosiasi dengan kopi menjadi tantangan dalam pengelolaannya di lapangan. Fitonematoda tanaman kopi di Indonesia antara lain: Pratylenchus coffeae, Meloidogyne spp., dan Rotylenchulus reniformis, namun yang telah dilaporkan menimbulkan kerusakan tinggi adalah P. coffeae dan Radopholus similis. R. reniformis, Meloidogyne spp., P. coffeae, dan Radopholus arabocoffeae dilaporkan menjadi fitonematoda penting kopi di Vietnam. Informasi komunitas fitonematoda pada kopi di Jawa Timur belum dilaporkan secara lengkap. Persebaran fitonematoda secara horizontal berdasarkan derajat kesehatan tanaman belum dilaporkan pada pertanaman kopi. Selain itu karakter morfologi, morfometri, dan molekuler (polyphasic) pada fitonematoda penting di kopi belum banyak dikaji di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk: 1) menghitung komunitas fitonematoda pada kopi Robusta dan Arabika serta distribusinya pada derajat kesehatan pertanaman yang berbeda dan 2) mengukur karakter morfologi, morfometri, dan molekuler (polyphasic) fitonematoda dengan nilai prominensi tertinggi pada akar dan tanah kopi Robusta dan Arabika. Sampel tanah dan akar kopi diambil di Kebun Sumber Asin, Belawan, dan Kalisat Jampit di Jawa Timur. Insidensi penyakit diamati pada blok yang diambil sampelnya. Sampel akar dan tanah diambil pada tanaman bergejala penyakit, tanaman diantara tanaman sakit dan sehat, dan tanaman sehat. Ekstraksi nematoda dari sampel akar dilakukan dengan metode pengabutan (mist chamber) dan sampel tanah dengan flotasi sentrifugasi. Peubah analisis komunitas yang diamati adalah frekuensi absolut, populasi absolut, nilai prominensi dan proporsi sebaran fitonematoda penting. Pengamatan karakter morfologi dan morfometri dilakukan pada preparat permanen fitonematoda. Ekstrak DNA fitonematoda diamplifikasi pada D2D3 segmen 28S rRNA dan ITS1-5.8S-ITS2 dengan primer universal. Amplikon dirunut nukleotidanya dan dianalisis hubungan kekerabatannya dengan pohon filogeni. Kebun kopi Robusta berada di ketinggian 598-607 m dpl dengan suhu tanah 26.34-27.56 ℃, sedangkan pada kopi Arabika berada di ketinggian 1088-1125 m dpl dengan suhu tanah 18.42-20.17 ℃. Insidensi penyakit tanaman kopi yang terinfeksi fitonematoda pada kopi Robusta berkisar 0.05-9.75% sedangkan pada kopi Arabika berkisar 21.26-67.44%. Fitonematoda yang ditemukan pada kopi Robusta yaitu P. coffeae, R. reniformis, Meloidogyne sp., dan Hemicriconemoides cocophillus. Frekuensi absolut, populasi absolut dan nilai prominensi paling tinggi yang ditemukan di akar kopi Robusta adalah P. coffeae sebesar 100%, 295.83 ekor per 10 g akar, dan 295.83 secara berurutan. Frekuensi absolut, populasi absolut dan nilai prominensi paling tinggi yang ditemukan di tanah kopi Robusta adalah R. reniformis sebesar 75-100%, 113.19 ekor per 100 ml tanah dan 113.91 secara berurutan. Fitonematoda yang ditemukan pada kopi Arabika adalah Meloidogyne sp., Helicotylenchus sp., Criconemoides sp., Paratylenchus sp., dan R. similis. Frekuensi absolut, populasi absolut dan nilai prominensi paling tinggi ditemukan di akar kopi Arabika adalah R. similis sebesar 25-100%, 279.86 ekor per 10 g akar, dan 259.16 secara berurutan. Frekuensi absolut, populasi absolut dan nilai prominensi paling tinggi yang ditemukan di tanah kopi Arabika paling tinggi adalah Meloidogyne sp. sebesar 25-100%, 94.44 ekor per 100 ml tanah, dan 94.44 secara berurutan. Sebaran horizontal berdasarkan karakter kesehatan tanaman secara umum
Keyword: 28S rRNA, ITS1-5.8S-ITS2, morfologi, nilai prominensi, Pratylenchus coffeae

Judul: Potensi Bakteri Endofit Asal Tanaman Kopi Untuk Pengendalian Nematoda Luka Akar Pratylenchus Coffeae (Zimmermann) Filipjev & Schuurmans Stekhoven Dan Pemacu Pertumbuhan Tanaman
Abstrak: Kopi merupakan tanaman perkebunan yang memiliki potensi ekspor yang cukup tinggi. Sebelum abad 19, Indonesia merupakan negara penghasil kopi terbesar di dunia setelah Brazil, namun saat ini produksi terus menurun dan telah tergeser oleh negara lain. Salah satu faktor penyebabnya adalah serangan nematoda luka akar Pratylenchus coffeae. Penurunan produksi akibat nematoda tersebut mencapai 28.7-78.4% pada kopi Robusta dan pada kopi Arabika, tanaman hanya dapat bertahan selama dua tahun. Upaya pengendalian terhadap P. coffeae telah dilakukan di antaranya secara kultur teknis, penggunaan bahan tanam tahan, kimiawi dan pengendalian biologis. Salah satu teknik pengendalian biologi adalah dengan pemanfaatan bakteri endofit. Penelitian mengenai eksplorasi dan penggunaan bakteri endofit pada tanaman kopi sebagai agens pengendali nematoda P. coffeae belum banyak dilakukan. Penelitian bertujuan memperoleh isolat tunggal maupun konsorsium bakteri endofit asal tanaman kopi yang efektif untuk mengendalikan nematoda luka akar P. coffeae dan memacu pertumbuhan tanaman. Ruang lingkup penelitian meliputi: 1) isolasi bakteri endofit dari bagian akar, batang dan daun sehat tanaman kopi untuk memperoleh isolat tunggal dan konsorsium; 2) penapisan bakteri endofit melalui uji hipersensitif dan hemolisis; 3) pengelompokan isolat tunggal bakteri endofit menurut golongan pseudomonad fluoresen, Bacillus, Aktinomiset dan bukan ketiganya; 4) penyiapan inokulum P. coffeae; 5) uji in vitro bakteri endofit terhadap mortalitas P. coffeae dan pemacuan pertumbuhan tanaman; 6) karakterisasi bakteri endofit mencakup pengujian aktivitas hidrolisis (kitinolitik, proteolitik, dan lipolitik), produksi HCN, kemampuan pelarutan fosfat (P), penambatan nitrogen (N2); 7) uji potensi bakteri endofit dalam menekan populasi P. coffeae dan memacu pertumbuhan tanaman di rumah kaca; dan 8) identifikasi secara molekuler dengan sekuensing gen 16S rRNA terhadap 2 isolat tunggal terbaik di rumah kaca. Hasil isolasi diperoleh 264 isolat tunggal dan 27 konsorsium bakteri endofit. Hasil seleksi melalui uji hipersensitif dan hemolisis, diperoleh 78 isolat tunggal dan 9 konsorsium bakteri endofit yang tidak bersifat patogen terhadap tumbuhan dan mammalia. Pengujian in vitro menunjukkan bahwa sebanyak 77 dari 78 isolat tunggal dan 9 konsorsium dapat menekan nematoda P. coffeae dengan persentase mortalitas nematoda antara 6.7-100%, dan 16.7-65.8%. Hasil uji pemacuan pertumbuhan diperoleh sebanyak 16 isolat tunggal (19.5%) yang memacu pertumbuhan batang dan 13 isolat tunggal (16.9%) mampu memacu pertumbuhan akar. Konsorsium bakteri endofit yang dapat memacu pertumbuhan batang sebanyak 6 konsorsium (60%) dan memacu pertumbuhan akar sebanyak satu konsorsium (10%). Berdasarkan seleksi awal tersebut dipilih 23 isolat tunggal dan 4 konsorsium bakteri endofit untuk karakterisasi fisiologis. Dua puluh tiga isolat tersebut terdiri atas 9 isolat yang mampu menekan P. coffeae saja, 10 isolat memacu pertumbuhan batang dan/atau akar, dan 4 isolat dapat menekan P. coffeae serta memacu pertumbuhan tanaman. Bakteri endofit konsorsium terseleksi sebanyak 4 konsorsium, terdiri atas satu konsorsium yang mampu menekan populasi P. coffeae saja, satu konsorsium dapat memacu pertumbuhan saja, serta 2 konsorsium yang mampu menekan P. coffeae dan memacu pertumbuhan tanaman. Berdasarkan karakterisasi fisiologis, diperoleh: 1) isolat tunggal bakteri endofit C939A31 memiliki kemampuan aktivitas proteolitik, kitinolitik, lipolitik, dan fiksasi N2, serta kemampuan menekan P. coffeae 66.7%; C939A32 memiliki kemampuan aktivitas lipolitik, pelarutan P dan fiksasi N2, serta kemampuan menekan P. coffeae 100%; I308A32 memiliki kemampuan aktivitas proteolitik, lipolitik, pelarutan P dan fiksasi N2, serta kemampuan menekan P. coffeae 77.9%;
Keyword: isolat tunggal, konsorsium, karakterisasi fisiologis, mortalitas

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: