Judul: Deteksi Kualitatif Cronobacter spp. Menggunakan PCR Simpleks.
Abstrak: Cronobacter spp adalah patogen bawaan pangan oportunistik yang telah dikaitkan dengan kasus meningitis, necrotizing enterocolitis dan bacteremia pada bayi kelompok tertentu melalui susu formula yang tercemar. Keberadaan Cronobacter spp dalam pangan umumnya dideteksi secara kultur konvensional dan uji biokimia. Deteksi tersebut memerlukan waktu lama dan media khusus yang relatif mahal, oleh karena itu, metode deteksi yang lebih cepat banyak dikembangkan. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) simpleks untuk mendeteksi Cronobacter spp. dengan target gen yang diharapkan cukup spesifik yaitu hfq, ompA dan grxB. DNA C. sakazakii diisolasi dengan metode Chelex 100, diamplifikasi dengan satu dari tiga primer untuk target gen hfq, ompA dan grxB yang berturut-turut menghasilkan amplikon dengan ukuran 309 bp, 1099 bp dan 378 bp. Spesifisitas yang baik dihasilkan oleh primer HFQ yang mengamplifikasi gen hfq dan primer CGB untuk target gen grxB. Primer HFQ dan CGB hanya mengamplifikasi DNA dari Cronobacter sakazakii dan tidak mengamplifikasi non-Cronobacter. Optimasi kondisi running PCR dilakukan dengan memvariasikan suhu annealing pada 50 °C dan 52 °C untuk HFQ; 52 °C, 55 °C dan 57 °C untuk CGB dan konsentrasi primer 0.5 μM, 0.3 μM dan 0.1 μM. Kondisi yang dipilih yaitu suhu annealing 52 °C dan konsentrasi primer 0.1 μM. Metode deteksi PCR simpleks dilakukan dengan kondisi denaturasi pada suhu 95 °C selama satu menit, annealing pada suhu 52 °C selama satu menit dan ekstensi pada suhu 72 °C selama satu menit. Limit deteksi PCR menggunakan primer HFQ dan CGB adalah DNA dengan konsentrasi 0.1 ng/μL.
Keyword: Cronobacter spp., grxB, hfq, PCR, simpleks

Judul: Skrining Gen Target untuk Pengembangan Metode Deteksi Cronobacter spp. dalam Susu Formula Menggunakan PCR Real Time
Abstrak: Bakteri patogen oportunistik Cronobacter spp. diketahui menyebabkan penyakit seperti necrotizing enterocolitis (NEC) dan meningitis pada kelompok bayi tertentu. Cronobacter spp. telah diisolasi dari berbagai macam makanan kering asal Indonesia. Cronobacter spp. yang terdapat pada makanan kering diduga berada dalam kondisi stres bahkan VBNC. Bakteri pada kondisi tersebut tidak dapat terdeteksi dengan metode plate count. Teknik PCR real time atau quantitative PCR (qPCR) dapat menjadi alternatif untuk bakteri tersebut. Cronobacter spp. dapat bertahan dalam makanan kering karena memiliki gen yang berperan dalam merespon kondisi stres yaitu gen rpoS dan grxB. Gen lain dari gen virulen yang mengalami upregulation saat kondisi stres yaitu gen hfq dan ompA. Sepuluh isolat lokal C. sakazakii diketahui memiliki gen rpoS, grxB, hfq, dan ompA. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan gen target untuk deteksi Cronobacter spp., merancang primer gen target terpilih untuk deteksi Cronobacter spp., dan aplikasi primer terpilih untuk deteksi cepat bakteri Cronobacter spp. pada susu formula menggunakan PCR real time. Gen target dipilih berdasarkan analisis sekuen, primer spesifik dirancang melalui pendekatan in silico, inklusivitas uji PCR real time dilakukan untuk deteksi Cronobacter spp., dan sensitifitas uji PCR real time dinyatakan dengan kurva standar. Berdasarkan hasil analisis sekuen didapatkan hasil bahwa gen grxB ditentukan sebagai gen target untuk deteksi Cronobacter spp. menggunakan PCR real time. Primer gen target dirancang berdasarkan wilayah konservasi C. sakazakii yang tidak dapat mengamplifikasi non Cronobacter spp. Primer yang dipilih adalah GBCF yaitu urutan sekuen gen grxB isolat lokal C. sakazakii pada posisi 62-81 dan GBCR pada posisi 141-160. Primer tersebut mampu mendeteksi 24 Cronobacter spp., serta dapat diaplikasikan untuk deteksi cepat Cronobacter spp. pada susu formula dengan konsentrasi DNA terendah 1 x 10-4 (ng/μL) atau setara dengan jumlah bakteri sebanyak 1.01 x 101 sel. Temuan ini dapat berkontribusi untuk pengembangan deteksi cepat Cronobacter spp. menggunakan PCR real time.
Keyword: Cronobacter spp, metode deteksi, grxB, desain primer, PCR real time

Judul: Analisis nilai sewa ekonomis sebagai sewa sumberdaya dalam pengelolaan hutan tropis di Indonesia
Abstrak: Sumberdaya hutan termasuk dalam kelompok sumberdaya alam yang dapat diperbaharui karena jumlahnya selalu berubah. Sumberdaya hutan sebagai sumberdaya diperbaharui atau pulih dapat digunakan secara bijaksana yaitu menghasilkan penerimaan dan kepuasan ekonomi yang maksimum. Hal ini ber­arti dalam pengeksploitasian sumberdaya hutan diperlukan adanya pelaksanaan pengaturan secara lestari dan dapat memaksimumkan penerimaan bersih pengelola, sehingga dalam waklu bersamaan dapat memelihara dan memperbaiki kapasitas sumberdaya hutan untuk keperluan masa mendatang dan dipergunakan untuk sebesar-besarnya kemakmuran rakyat (Amanat UUD'45, pasal 33 butir c). Menurut Vincent (1990) nilai sewa ekonomis adalah pembebaban terhadap kayu yang ditcrima dalam bentuk kayu bulat baik berupa tegakan atau yang telah ditebang di lokasi hutan. Gray (1983) nilai sewa ekonomis umumnya dibebankan atau diterimakan pada kayu bulat yang diekstraksi atau ditebang dari hutan tersebut dan tidak pada pohon tegakan. Gillis (1980) mengatakan adanya kegagalan dalam sistem nilai sewa atau rente ekonomis untuk menangkap nilai sewa sumberdaya potensial dari hutan tropis. Gillis (1988) mengatakan bahwa nilai sewa ekonomis dapat dikenakan pada beberapa kegiatan sumberdaya alam yang nilainya diperoleh dari nilai pendapatan dikurangi dengan biaya tenaga kerja, material dan input kapital (termasuk biaya pembayaran "normal" sebagai nilai pengembalian dari input kapital). Karena itu dalam ekonomi sumberdaya hutan, konsep nilai tegakan (stumpage value) sangat berkaitan atau berdekatan dengan nilai sewa ekonomis atau economic rent (Davis, 1954). Sedangkan economic rent dalam konsep teori ekonomi modern disebut sebagai quasi-rent (Marshall, 1949; Ferguson and Gould, 1975; Barlow, 1978). Studi Ruzicka (1979) tentang nilai sewa ekonomis hutan tropis di Indonesia selama periode 1972/1973 - 1976/1977 Pemerintah hanya memperoleh 25 % dari rente ekonomis riil sedangkan pengusaha memperoleh windfall profit sebesar 75 persen. Repetto dan Gillis (1988) telah mencoba merangkum berbagai studi tentang besarnya nilai sewa ekonomis yang diterima Pemerintah selama periode 1979-1982 yaitu sebesar 37,3 % di Indonesia. Studi lain untuk Indonesia sebesar 33,2% (Gillis, 1988a) dan sebesar 49,07% selama 1979-1982 (Repetto, 1988), studi WALHI (1991) Pemerintah hanya menerima sekitar 16,19% dari rente ekonomis hutan. Adapun penerimaan Pemerintah dari nilai sewa ekonomis hutan di Philippinaadalah 11,4% (Boado, 1988) dan sebesar 18,17% selama 1979-1982 (Repetto, 1988) serta sebesar 16,5% (Repetto dan Gillis, 1988), sedangkan di Serawak 29% dan Sabah 82,8% (Gillis, 1988b) atau sebesar 83,68% selama 1979-1983 (Repetto, 1988) dan sebesar 81,30% (Repetto dan Gillis, 1988). Studi Vincent (1990) besarnya nilai sewa ekonomis yang diterima Pemerintah Sabah 46,2%, Semenanjung Malaysia 21,8% dan Serawak 18,4 persen. Studi lain yang dilakukan pada tahun 1990 tentang hutan tropis Indonesia telah dibedakan berdasarkan letak lokasi hutan. Pada hutan rawa Pemerintah menerima 43%, di hutan pegunungan 44% dan di hutan dataran rendah sampai sedikit berbukit hanya 21 % dari rente ekonomis hutan (Transtoto, 1992). Ternyata dari berbagai studi, khususnya di hutan tropis Indonesia penerimaan Pemerintah masih relatif kecil dibandingkan yang diterima oleh pengusaha sebagai windfall profit. Hubungannya dengan ini, maka Darusman pada tahun 1976 (Transtoto, 1992) mengusulkan agar tarif pungutan atau nilai sewa ekonomis dinaikan em pat kali dari nilai dua dollar Amerika pada saat itu.
Keyword: Tropical forest, Economic rent, Exploitation, Logging;