Judul: Konstruksi Gen dan Ekspresi Protein Merozoite surface protein-1 (MSP-119) di Lactococcus lactis
Abstrak: Merozoite surface protein-1 (MSP-119) adalah calon antigen untuk vaksin malaria. Protein 19 kDa MSP-119 merupakan target antibodi monoklonal yang dapat menghambat invasi eritrosit secara in vitro. Gen yang digunakan pada penelitian ini adalah gen sintetik usp45-MSP- 119 yang berasal dari hasil optimasi kodon yang dimasukkan ke dalam vektor kloning pMAT. Gen penyandi peptida sinyal Usp45 (SPusp45) dan gen MSP-119 (usp45-MSP-119) dikeluarkan dari pMAT-usp45-MSP-119 dengan enzim restriksi endonuklease dan berhasil dimasukkan ke dalam vektor ekspresi pNZ8148 sehingga menjadi pNZ8148-usp45-MSP-119 dengan ukuran total 3538 bp. Plasmid rekombinan pNZ8148-usp45-MSP-119 telah berhasil dimasukkan ke dalam Lactococcus lactis. Protein MSP-119 telah berhasil diekspresikan dalam Lactococcus lactis dan disekresikan ke luar sel. Protein yang terdapat di luar sel dipresipitasi dengan ammonium sulfat 45% dan dimurnikan dengan menggunakan kromatografi filtrasi gel Sephadex-G50 dan dianalisis dengan analisis SDS-PAGE dan hibridasi dot blot dan dikuantifikasi dengan spektrofotometer dan kit bicinchoninic acid (BCA) menggunakan standar protein bovine serum albumin (BSA). Analisis SDS-PAGE terhadap protein MSP-119 menunjukkan bahwa berat molekul MSP-119 adalah sekitar 10.45 kDa yang hanya disintesis oleh L. lactis yang mengandung plasmid pNZ8148-usp45-MSP-119 baik yang diinduksi maupun yang tidak diinduksi dengan nisin, sedangkan L. lactis yang hanya mengandung plasmid pNZ8148 tanpa sisipan gen usp45-MSP-119 tidak menghasilkan protein yang berukuran 10.45 kDa. Hasil ini dikonfirmasi dengan hibridisasi dot blot bahwa hibridisasi antara protein yang dihasilkan oleh L. lactis yang mengandung plasmid pNZ8148-usp45-MSP-119 yang diinduksi maupun yang tidak diinduksi dengan nisin dengan antibodi monoklonal anti MSP-1 menghasilkan signal hibridisasi sedangkan protein yang dihasilkan oleh L. lactis yang mengandung pNZ8148 tanpa gen sisipan MSP-1 tidak memberikan signal hibridisasi. Kuantifikasi terhadap protein total menunjukkan bahwa penambahan nisin 10 ng/mL ke dalam media tumbuh dapat meningkatkan produksi protein. Kuantifikasi dengan metode BCA menunjukkan bahwa produksi protein total tertinggi terjadi pada L. lactis yang mengandung plasmid pNZ8148-usp45-MSP- 119 dengan penambahan nisin 10 ng/mL, disusul dengan L. lactis yang mengandung plasmid pNZ8148-usp45-MSP-119 tanpa penambahan nisin, dan yang terendah adalah L. lactis yang tidak membawa gen MSP-119.
Keyword: Lactococcus lactis, malaria, Merozoite surface protein-1, usp45- MSP-119, nisin

Judul: Konstruksi Vektor Ekspresi Dari Gen Plnw Dari Lactobacillus Plantarum U10 Dan Ekspresinya Di Lactococcus Lactis
Abstrak: Lactobacillus plantarum U10 yang diisolasi dari Tempoyak menghasilkan bakteriosin jenis plantarisin (disandikan oleh gen pln) yang memiliki aktivitas penghambatan terhadap beberapa bakteri patogen. Gen-gen plantarisin tersebar ke beberapa operon yang masing-masing memiliki fungsi tersendiri dalam sistem biosintesis plantarisin. Terdapat lima operon yang terdiri dari plnABCD, plnEFI, plnJKLR, plnMNOP dan plnGHSTUVW. Operon plnGHSTUVW menyandikan protein yang berperan sebagai ATP-binding cassette (ABC) transporter dan beberapa protein membran yang belum diketahui fungsinya, termasuk plnW. Hasil-hasil studi terdahulu menunjukkan bahwa beberapa lokus bakteriosin (termasuk plantarisin) menyandikan protein yang tergolong dalam protein Abi (no. aksesi Pfam PF02517) jenis CAAX protease. Beberapa protein Abi dalam lokus ini (PlnI, PlnL, SkkI, PncO dan SagE) diketahui berperan membentuk imunitas terhadap aktivitas bakteriosin. Selain itu, protein-protein tersebut memiliki motifmotif terkonservasi yang mirip dengan plantarisin W (PlnW). Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi gen plnW asal L. plantarum U10 dan mengklonnya ke dalam vektor ekspresi dan mengekspresikannya dalam L. lactis, serta untuk mengetahui aktivitas PlnW dalam menghambat aktivitas bakteriosin. Penelitian ini dimulai dari amplifikasi gen plnW dari DNA kromosom L. plantarum U10, kemudian mengklonnya ke dalam vektor pengklonan pGEM-T Easy dan vektor ekspresi pNZ8148. Vektor ekspresi yang telah membawa gen plnW diintroduksikan ke inang L. lactis NZ3900 menggunakan teknik elektroporasi. Analisis tingkat ekspresi PlnW dilihat melalui pengaruh dosis nisin dalam menginduksi L. lactis. Sifat resisten bakteriosin dilihat dari kemampuan pertumbuhan L. lactis pembawa gen plnW ketika dipaparkan bakteriosin. Fragmen DNA berukurun 1033 bp yang mengandung plnW berhasil diamplifikasi dari DNA kromosom L. plantarum U10. Hasil PCR dengan ukuran 1033 bp tersebut mengandung 687 bp plnW yang menyandikan protein PlnW berukuran 25.08 kDa. PlnW L. plantarum U10 asal pangan Tempoyak memiliki rata-rata tingkat kemiripan sebesar 98.32% terhadap PlnW L. plantarum dari sumber lain. Terdapat dua perbedaan asam amino pada posisi ke-77 (arginin  triptofan) dan posisi ke-160 (asam aspartat  glisin). Hasil analisis lokasi PlnW menunjukkan bahwa PlnW terdapat pada daerah transmembran yaitu pada daerah urutan asam amino ke-14 sampai 37, 42 sampai 59, 84 sampai 100, 186 sampai 205, serta 212 sampai 228. Gen plnW berukuran 687 bp telah teramplifikasi dari pGplnWU10 menggunakan pasang primer plnW-NcoI_F dan plnW-HindIII_R. Gen tersebut berhasil disisipkan ke daerah multiple cloning site (MCS) pada vektor ekspresi pNZ8148 sehingga terbentuk pNZ8148-WU10, dan pNZ8148-WU10 telah berhasil diintroduksikan ke dalam E. coli MC1061. Vektor pNZ8148-WU10 berhasil diperbanyak di E. coli transforman, dan telah diintroduksikan ke L. lactis NZ3900. Efisiensi transformasi meningkat seiring dengan meningkatnya kadar vektor yang diintroduksikan ke L. lactis. Efisiensi tertinggi sebesar (7.2 x 103) ± 100 CFU/μg DNA dicapai ketika kadar vektor/plasmid sebesar 1 μg. L. lactis yang membawa vektor pNZ8148-WU10 berhasil mengekspresikan plnW. Protein PlnW berukuran 25.3 kDa, terlihat pada bagian sampel rekombinan. Konsentrasi protein meningkat secara cukup signifikan ketika diinduksi nisin. Konsentrasi protein tertinggi (1.55 ± 0.04 mg/mL) dicapai ketika diinduksi 10 ng/mL nisin. Selain itu, PlnW mempunyai aktivitas protease sebesar 2.22 ± 0.05 U/mL dengan aktivitas spesifik sebesar 1.65 ± 0.03 U/mg protein ketika diiduksi dengan 50 ng/mL nisin. PlnW mempunyai aktivitas imunitas terhadap plantarisin dan imunitas silang terhadap jenis bakteriosin lain yaitu pediosin, fermentsin dan acidosin. Hilangnya sensitivitas L. lactis transforman yang mengandung PlnW
Keyword: Plantarisin, PlnW, pNZ8148, L. lactis, imunitas

Judul: Aplikasi Mobile untuk Identifikasi Emosi Manusia Berbasis Teks pada Jejaring Sosial Twitter dengan Klasifikasi Decision Tree
Abstrak: Humans are social beings that need to communicate with others. Humans in communication often reveal emotions either directly or indirectly. Awareness of people’s emotions when communicating is one of the reasons of emotion recognition. Emotion recognitions divided into 3 categories, namely physiological signals, facial expressions, and voice. However the existing method has limitations in use or cost. A potential solution is affective computing, which can recognize emotion through typing patterns by collecting and analyzing user behavior and context from touchscreen, accelerometer, and GPS on the smartphone. This method was implemented as an Android app on Twitter social networking service. This research used decision tree classification method to identify 7 types of emotions i.e. happiness, surprise, anger, disgust, sadness, fear, and neutral by using 10 features. The data used in this study consisted 300 datasets. The highest accuracy in the research produced 44%.
Keyword: emotion recognition, decision tree, affective computing