Judul: Deteksi dan Identifikasi Aphelenchoides besseyi Christie pada Lima Varietas Padi dengan Polymerase Chain Reaction (PCR)
Abstrak: Aphelenchoides besseyi Christie merupakan nematoda parasit tumbuhan penting pada padi dan menyebabkan kehilangan hasil hingga 54%. A. besseyi dapat bertahan selama delapan bulan hingga tiga tahun setelah panen dan dapat ditularkan melalui benih. Informasi mengenai nematoda A. besseyi di Indonesia masih sangat terbatas. Penelitian ini bertujuan mengetahui tingkat infeksi nematoda A. besseyi pada benih padi dari lima varietas, yaitu Pak Tiwi 1, IR64, Ciherang, IPB 3S, dan SL 8 SHS dan mengidentifikasi A. besseyi secara morfologi dan molekuler dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). Lima gram benih dari setiap varietas diekstraksi dengan menggunakan metode Baermann yang telah dimodifikasi. Identifikasi secara morfologi dilakukan dengan pengamatan preparat semipermanen nematoda dewasa. Identifikasi molekuler dengan PCR terdiri dari beberapa tahap, yaitu ekstraksi, amplifikasi, dan elektroforesis DNA. Amplifikasi DNA menggunakan pasangan primer spesifik untuk mengamplifikasi ITS 1 dan 2. Hasil pengamatan menunjukkan bahwa A. besseyi didapatkan pada lima varietas dengan jumlah individu nematoda yang berbeda-beda. Jumlah nematoda tertinggi didapatkan pada varietas Pak Tiwi 1 dan jumlah terendah didapatkan pada IR64. A. besseyi memiliki ciri khas yang dapat dibedakan dengan nematoda lain, seperti mukro. Amplifikasi DNA nematoda menunjukkan hasil positif dengan ukuran fragmen DNA sekitar 830 bp. Hasil tersebut membuktikan bahwa nematoda yang didapatkan pada kelima varietas adalah A. besseyi.
Keyword: amplifikasi, DNA, ekstraksi, elektroforesis, morfologi

Judul: Identifikasi Molekuler Nematoda Aphelenchoides besseyi Christie melalui Perunutan Nukleotida dan Asam Amino Gen Mitochondrial Cytochrome Oxidase I (Mt-CO1).
Abstrak: Aphelenchoides besseyi merupakan nematoda parasit bersifat tular benih penyebab penyakit pucuk putih pada tanaman padi. Identifikasi A. besseyi berdasarkan perunutan nukleotida dan asam amino belum pernah dilaporkan di Indonesia. Penelitian ini bertujuan mendeteksi dan mengidentifikasi A. besseyi pada lima varietas benih padi dengan perunutan nukleotida dan asam amino gen Mt-CO1. Metode penelitian, yaitu ekstraksi nematoda, perancangan primer, ekstraksi DNA nematoda, Polymerase Chain Reaction (PCR), Perunutan nukleotida dan asam amino. Analisis filogenetika dengan program BLAST, Clustal W, Bioedit v.7.0.5.3, MEGA v.6.06. Deteksi lima varietas padi (Pertiwi 1, Inpari 6, IPB 3S, Ciherang, dan Mekongga) melalui PCR dengan pasangan primer forward (5’-GATATGGGTGCAGGAACA-3’) dan reverse (5’-CTTCAGGGT GACCAAAGA-3’) berhasil mengamplifikasi fragmen DNA Mt-CO1 sekitar 400 pb. Hasil perunutan nukleotida diperoleh berukuran 370 nukleotida, yang ditranslasikan menjadi 109 asam amino. Homologi isolat A. besseyi Indonesia sebesar 100% dengan isolat asal Costa Rica, Jepang, Taiwan, dan homologi sebesar 99.7% nukleotida dan 99% asam amino dengan isolat asal Turki, Italia, Brazil, dan Spanyol. Homologi isolat Cina sebesar 97.8% nukleotida dan 94.4% asam amino. Perbandingan homologi dengan outgrup, isolat A. ritzemabosi asal Inggris sebesar 85.6% nukleotida dan 56.4% asam amino serta dengan isolat Bursaphelenchus sexdentati asal Yunani sebesar 84.3% nukleotida dan 57.4% asam amino. Perbedaan runutan nukleotida antar isolat terletak pada posisi nukleotida ke 8, 17, 20, 25, 65 dan 110, perbedaan runutan asam amino terletak pada posisi 3, 6, 7, 9, 21 dan 76. Hal ini menunjukkan bahwa isolat asal Indonesia memiliki kesamaan identik tinggi dan berkerabat sangat dekat dengan isolat asal Costa Rica, Jepang, dan Taiwan.
Keyword: analisis penyejajaran, homologi, PCR, perancangan primer, runutan

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: