Judul: Isolasi dan Uji Ekspresi Gen Proteinase Inhibitor (PIN) dari Buah Kakao (Theobroma cacao L.).
Abstrak: Kakao (Theobroma cacao L.) merupakan salah satu tanaman perkebunan yang mempunyai nilai ekonomi tinggi sebagai komoditi ekspor. Adanya serangan hama utama kakao, yaitu Penggerek Buah Kakao (PBK), Conopomorpha cramerella Snellen menyebabkan kehilangan produksi kakao hingga 80% dan biji kakao yang terserang, mutunya menurun bahkan tidak laku dijual. Gen proteinase inhibitor (PIN) merupakan gen yang dapat menghasilkan senyawa antinutrisi yang dapat menghambat kerja enzim proteolitik di dalam perut serangga. PIN terdapat pada biji kakao dan berukuran 21 kDa dengan homologi yang cocok dengan inhibitor tripsin pada kedelai. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi gen PIN dari biji kakao dan melakukan uji ekspresi untuk mengetahui tingkat ekspresi gen PIN dari jaringan kulit buah kakao yang tahan (klon Ary 2) dan tidak tahan (klon Bal 209) terhadap hama PBK. Fragmen gen PIN dari biji kakao berhasil diisolasi dengan pasangan primer spesifik gen PIN, yaitu F21 dan R11. Hasil sekuensing menunjukkan bahwa fragmen tersebut berukuran 580 bp dan analisis BLASTN membuktikan bahwa fragmen gen PIN yang berhasil diisolasi merupakan gen PIN yang mempunyai homologi dengan gen PIN penyandi protein berukuran 21 kDa pada biji kakao. Ekspresi gen PIN dari kedua klon pada buah yang memilki panjang 12 cm lebih kuat dibanding buah yang memiliki panjang 9 cm. Secara umum ekspresi gen PIN dari jaringan kulit kakao pada klon Ary lebih kuat dibanding klon Bal, dengan kata lain klon kakao yang tahan terhadap hama PBK, mengekspresikan gen PIN yang lebih kuat dibanding klon yang tidak tahan tehadap hama PBK. Berdasarkan perbedaaan ekspresi dari kedua klon, diduga gen PIN berpengaruh terhadap ketahanan buah kakao yang tahan terhadap PBK.
Keyword: 

Judul: Ekspresi gen Proteinase Inhibitor (PIN) buah Kakao (Theobroma cacao L) dari klon tahan, intermediet, dan tidak tahan penggerek buah kakao
Abstrak: Kuantitas dan kualitas produksi buah Kakao (Thebroma Cacao L) pertumbuhannya dipengaruhi oleh adanya hama Penggerek Buah Kakao (PBK). Kerugian yang disebabkan oleh serangan penggerek buah kakao (PBK) diantaranya penurunan berat biji, peningkatan persentase biji kualitas rendah, kehilangan hasil dan meningkatnya biaya panen diakibatkan sulitnya memisahkan biji yang terserang dari kulit buah. Pengendalian hama PBK ini dilakukan dengan menghambat pertumbuhan hama PBK dengan menggunakan gen pertahanan alami dari tanaman buah Kakao yakni gen Proteinase Inhibitor. Pengetahuan mengenai pola ekspresi gen Proteinase Inhibitor (PIN) perlu dilakukan lebih awal untuk mengidentifikasi bagian dari buah Kako yang memiliki tingkat ketahanan terhadap PBK. Penelitian ini membandingkan pola ekspresi gen PIN tanaman Kakao klon Tahan (KW 514), Intermediet (KW 162), dan Tidak Tahan (ICS 60) pada bagian OPW, IPW, Pulp, Biji dan Daun buah Kakao. Perlakuan ini dilakukan dengan cara isolasi RNA melalui teknik RT-PCR dan Elektroforesis Gel. Gen PIN berfungsi sebagai protein storage dan gen pertahanan alami. Gen PIN dapat berfungsi sebagai storage protein pada bagian biji, daging buah, dan daun sedangkan fungsi gen PIN sebagai gen pertahanan alami terdapat pada bagian terluar kulit buah Kakao. Tingkat ekspresi tertinggi gen PIN terjadi pada kulit buah yakni IPW dan OPW klon tahan PBK.
Keyword: Melting temperature, Crosslinked, Immuno-blotting

Judul: Numerical modeling of the hydrodynamics of standing wave and scouring in front of impermeable breakwater with different steepnesses
Abstrak: The aim of this paper is to numerically study the effects of breakwater steepness on the hydrodynamics of standing wave and scouring process in front of impermeable breakwaters. A two-dimensional hydrodynamics model based on the Reynolds Averaged Navier–Stokes (RANS) equations and the Volume of Fluid (VOF) method was developed and then combined with an empirical sediment transport model. Comparisons with an analytical solution and experimental data showed the present model is very accurate in predicting the near bottom velocity and capable of simulating the scour/deposition patterns consistent with experimental data. It was found that the additional terms of bottom shear stress in the momentum equations are necessary to produce a physical scouring pattern. Different breakwater steepnesses produce different characteristics of standing wave, the steady streaming system, and scouring pattern in front of the breakwaters, which also affects the correlations between them. An additional analysis of the turbulence field parameters and the sediment transport rate was also performed. All these important information will be presented in details in this paper and can be worthwhile for designing the breakwater in coastal areas.
Keyword: The RANS–VOF model Standingwave Steadystreamingsystem Scouring pattern Breakwatersteepness