Judul: Keragaman fragmen DNA mitokondria daeha D-loop rusa timor cervus timorensis asal Sulawesi Tenggara, dan Nusa Tenggara Timur
Abstrak: Analisis keragaman genetik dilakukan pada 14 sampel rusa timor (Cervus timorensis) yang berasal dari Sulawesi Tenggara, dan Nusa Tenggara Timur dengan menggunakan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction). Metode penelitian meliputi: (1) Isolasi DNA total, (2) Evaluasi kualitas DNA, (3) Amplifikasi daerah D-Loop genom DNA Mitokondria, (4) Pemotongan dengan enzim restriksi, (5) Analisis hasil PCR dan pemotongannya, dan (6) Analisis data. Amplifikasi daerah D-loop DNA mitokondria rusa dilakukan dengan menggunakan sepasang primer, yaitu primer CTDF (5'-TAA TAT ACT GGT CTT GTA AAC C-3') yang menempel pada tRNA threonin dan primer CTDR (5'-GGC TGG CAC GAG ATT TAC CAA CCC-3') yang menempel pada daerah 12S rRNA. Amplifikasi pada semua sampel rusa menghasilkan fragmen berukuran 1340 bp. Berdasarkan data sekuen acuan, fragmen yang didapat berukuran 1437 bp. Terjadi perbedaan sebanyak 97 bp yang disebabkan karena sekuen acuan menggunakan tRNA Thr, tRNA Pro, tRNA dan sebagian 12SrRNA berasal dari spesies lain, yaitu Muntiacus reevesi (Gene-Bank, kode akses NC_004069) dan bukan dari rusa timor, karena data dasar fragmen tersebut tidak tersedia. Hasil amplifikasi selanjutnya dipotong dengan menggunakan enam macam enzim restriksi, yakni enzim pemotong empat basa, yaitu: HaelII (GG CC), Hapll (C/CGG), Alul (AG-CT), dan Rsal (GT-AC), dan enzim pemotong enam basa BamHI (G-GATCC) dan EcoRI (GAATTC). Semua sampel memberikan hasil pemotongan yang seragam (monomorfik), dengan kata lain tidak terdeteksi adanya variasi pada daerah D-Loop rusa timor.
Keyword: 

Judul: Analisis daerah D-loop DNA mitokondria rusa timor (Cervus timorensis)
Abstrak: Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui karakteristik daerah D-loop DNA mitokondria Cervus timorensis sebagai informasi dasar bagi pengelolaan populasi rusa timor. Di Indonesia rusa timor termasuk hewan yang dilindungi tetapi studi mengenai keragaman genetiknya masih sedikit. Dalam studi konservasi, peran genetika populasi sangat penting. Salah satu penanda yang telah sering digunakan untuk studi pada berbagai spesies adalah D-loop. Daerah D-loop berada di antara tRNA Prolin dan tRNA Phenilalanin pada DNA mitokondria. Ukurannya yang kecil (sekitar 1000 bp) serta letaknya yang khas merupakan keunggulan D-loop. DNA dipurifikasi dari darah rusa timor yang berasal dari Kebun Binatang Ragunan dan Taman Nasional Rawaaopa. Daerah D-loop diamplifikasi dengan menggunakan primer CST-2 dan CST-39. Selanjutnya dilakukan pemotongan dengan enzim restriksi Hpall, Haelll, Alul, dan Rsal. Hasil pemotongan dihomologikan dengan sekuen D-loop dari Bos taurus dan Cervus elaphus. Dari sepuluh sampel yang dipakai, satu sampel dari Ragunan (R1) memiliki ukuran D-loop yang berbeda dengan lainnya. Hasil pemotongan R1 juga menunjukkan perbedaan dengan sampel lainnya. Tetapi homologi dengan sekuen pembanding menunjukkan bahwa perbedaan ini kemungkinan besar karena lokasi penempelan CST-39 yang berbeda pada R1.
Keyword: DNA

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: