Judul: Dinamika Struktur 3D Lipase pada Pelarut Berkadar Garam Tinggi
Abstrak: Pada umumnya penggunaan enzim lipase dalam proses industri menggunakan suhu tinggi (sekitar 70oC) dengan tujuan untuk meningkatkan laju reaksi dan mengurangi terjadinya kontaminasi mikroba. Kondisi ini bertentangan dengan sifat beberapa enzim yang tidak stabil pada suhu tinggi. Sehingga peningkatan stabilitas termal enzim perlu dilakukan agar dapat bertahan lama jika digunakan dalam proses industri. Metode penambahan garam merupakan cara paling sederhana yang dapat dilakukan untuk meningkatkan stabilitas termal enzim. Pada penelitian ini, simulasi dinamika molekuler dilakukan untuk mengetahui pengaruh penambahan garam dan perbedaan suhu terhadap stabilitas enzim lipase dari mikroorganisme mesofilik Pseudomonas aeruginosa, mikroorganisme termofilik Geobacilus zalihae dan mikroorganisme halofilik Halomonas meridiana secara komputasi. Simulasi dinamika molekuler dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) pada temperatur 300 K, 400 K dan 500 K dengan konsentrasi NaCl 0.15 M, 1.5 M dan 3 M selama 50 ns. Parameter yang digunakan untuk membandingkan stabilitas enzim lipase dari mikroorganisme mesofilik, termofilik dan halofilik adalah dengan melihat nilai RMSD (Root Mean Square Deviation), SASA (Solvent Accessible Surface Area), RMSF (Root Mean Square Fluctuation), Energi van der Waals, Interaksi Elektrostatik dan Struktur Sekunder. Simulasi telah membuktikan bahwa penambahan garam berpengaruh signifikan pada kestabilan enzim lipase dari mikroorganisme mesofilik, termofilik dan halofilik terhadap perubahan suhu sesuai dengan hasil eksperimen laboratorium. Penambahan garam dengan konsentrasi 3 M pada lipase G. zalihae serta 1.5 M pada lipase P. aeruginosa dan lipase H. meridiana memberikan pengaruh yang paling baik terhadap stabilitas struktur lipase pada suhu tinggi. Nilai RMSD tanpa penambahan garam terlihat tidak stabil dan sangat tinggi, namun setelah ditambahkan garam, nilai RMSD menjadi stabil. Nilai RMSF pada ketiga jenis enzim juga menunjukkan hal yang sama dimana residu menjadi lebih kompak dengan penambahan garam. Berdasarkan nilai SASA didapatkan bahwa garam berkontribusi untuk menjaga area polar dan nonpolar enzim dari paparan molekul air. Penambahan garam memberikan perbaikan yang sangat signifikan, terlihat dari semakin negatifnya energi elektrostatik dan van der Waals. Pasangan jembatan garam Asp38-Arg274, Asp165-Lys328 dan Asp214- Arg7 masing-masing berperan dalam menjaga stabilitas struktur lipase P. aeruginosa, lipase G. zalihae dan lipase H. meridiana yang ditunjukkan oleh ikatan yang kuat setelah penambahan garam. Selain itu, stabilinya struktur enzim dikonfirmasi oleh lebih banyaknya komposisi α-helix dan β-sheet pada ketiga jenis enzim lipase selama simulasi dengan penambahan garam.
Keyword: dinamika molekul, enzim lipase, pengaruh garam, pengaruh suhu, stabilitas enzim

Judul: Kestabilan Struktur 3D Lipase PPD2 terhadap Perubahan Konsentrasi Air Garam: Kajian Komputasi Dinamika Molekul.
Abstrak: Enzim Lipase memiliki peran dalam dunia industri. Enzim Lipase PPD2 merupakan enzim yang diisolasi dari mata air Papandayan. Pada penelitian kali ini Simulasi Dinamika Molekul dilakukan pada struktur 3D Enzim Lipase PPD2 dengan penambahan variasi garam dan suhu. Simulasi Dinamika Molekul memberikan informasi bahwa penambahan garam memiliki pengaruh untuk menstabilkan struktur 3D Enzim Lipase PPD2 terhadap pengaruh kenaikan suhu. Nilai RMSD , Jari-jari Girasi, RMSF, SASA, Interaksi Van der Waals, dan pasangan jembatan garam menunjukan simulasi dengan penambahan variasi garam menghasilkan nilai yang lebih stabil dibandingkan simulasi tanpa penambahan garam. Nilai RMSF memberikan informasi konsentrasi garam 1.5 M merupakan konsentrasi garam terbaik yang dapat menjaga kestabilan suhu sekaligus tetap dapat mempertahan fleksibelitas setiap residu asam amino yang terdapat pada sistem.
Keyword: enzim lipase PPD2, konsentrasi garam, simulasi dinamika molekul variasi suhu

Judul: Characteristic of Overshooting Top (OT) Based on  Himawari  8  Satellite  as  a  Convective  Cloud  Feature  that  Generates  Extreme Weather in the Java Island Region
Abstrak: Overshooting Top (OT) is a feature at the top of a convective cloud that is associated with extreme weather. Research on OT in tropical Indonesia is still very limited. The existence of geostationary satellites with wide area coverage and fast frequency observations is useful for observing the fast dynamics of the OT life cycle. Therefore, this study intends to analyze the relationship between OT and extreme weather, updraft and thermodynamic conditions of OT when extreme weather occurs, the best objective method for detecting OT in the day time and night time, and the spatiotemporal distribution of OT in the tropical region of Java Island during the 2018-2021 period. Based on visual analysis using visible channel and Himawari 8 sandwich products, 87% of extreme weather events in Java were accompanied by the appearance of OT. It indicates that the presence of the OT pattern is a convection cloud pattern or feature that is closely related to extreme weather events for the Java Island region. The existence of a time lag between the appearance of OT and extreme weather events on Java Island indicates that the OT of convection cloud can be used as a precursor or nowcasting for the appearance of extreme weather. Most of the convective cloud OT features during extreme weather events on Java Island have altitude that were only able to exceed the altitude of the equilibrium level and few were able to exceed the tropopause level of 9 km – 16 km. The difference in atmospheric conditions during extreme weather events on Java Island, which is in the tropics and subtropics, is a strong and unstable convective energy condition characterized by a larger CAPE, as well as unstable KI, LI, SI and TTI values. It is offset by kinematic factors in the form of a weak vertical wind shear (bulk wind shear 0-6 km) and a higher freezing point height. The difference between extreme weather events in the Java Island region and other tropical regions compared to subtropical regions is the strong updraft speed of convection clouds. The IRW Texture COMB algorithm based on the IRW-Texture Gradient modification and the COMB algorithm shows a significant increase in quality for detecting OT and non-OT pixels in Java. Rainy days with rainfall > 50 mm/day are very common in areas with an altitude of > 500 m. On the other hand, the level of convection activity which is indicated by the presence of OT and lightning is significantly reduced in this area. OT of convective clouds appear more frequently during the DJF season and less frequently during the JJA season. OT often appears during the day time and rarely at night time. Most OTs appear in the central part, away from the south and north coasts of Java Island during the day, while OTs that appear near the south and north coasts of Java Island can appear in the morning or afternoon.
Keyword: convective clouds, extreme weather, Overshooting Tops, Himawari 8 Satellite