Judul: Pengembangan perangkat lunak alat bantu untuk penentuan promotor pada sekuen DNA Escherichia coli
Abstrak: Perkembangan ilmu biologi terutama bioinformatika dewasa ini telah mengalami kemajuan yang sangat pesat. Salah satu kajian yang menarik dari bioinformatika adalah membongkar mekanisme kerja dari sintesis protein yaitu ekspresi genetik. Ekspresi genetik merupakan proses kegiatan yang paling esensial dalam kehidupan organisme, karena ekspresi genetik merupakan proses pengungkapan (ekspresi) gen-gen menjadi urutan asam amino protein. Pada saat ini, telah tersedia beberapa program aplikasi yang merepresentasikan proses ekspresi genetik. Program-program aplikasi tersebut ditujukan untuk para peneliti-peneliti DNA yang ingin lebih mudah dalam melakukan proses ekspresi genetik. Dengan kata lain, program aplikasi yang sudah ada itu bersifat profesional dan hanya digunakan oleh orang yang ahli di bidang biologi molekuler. Sehubungan dengan hal tersebut, maka dikembangkan suatu program yang bernama Deter Prom E. coli yang dapat menentukan letak daerah konsensus promotor suatu sekuen DNA dari bakteri E. coli atau yang sekerabat dengan berbagai animasi dan interface yang menarik agar mudah dimengerti oleh user yang baru belajar biologi molekuler khususnya masalah ekspresi genetik.
Keyword: bioinformatika, Escherichia coli

Judul: Development In House of Taq DNA Polymerase Recombinant Based
on Synthetic Gene and Its Applications
Abstrak: Biologi molekuler merupakan salah satu disiplin ilmu dasar yang berperan penting dalam menunjang berkembangnya bioteknologi modern. Salah satu teknik yang digunakan dalam bidang biologi molekuler adalah teknik PCR yang membutuhkan enzim termostabil tahan panas. Taq DNA polimerase adalah enzim termostabil yang banyak digunakan untuk amplifikasi DNA dalam teknik PCR. Enzim ini awalnya dikarakterisasi dan diisolasi dari bakteri termofilik yaitu Thermus aquaticus, namun terdapat kesulitan untuk mengembangkan enzim ini jika menggunakan sistem inang asli. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan enzim Taq DNA polimerase rekombinan berbasis gen sintesis menggunakan sistem ekspresi E.coli. Cetakan runutan nukleotida gen Taq DNA polimerase diperoleh dari data GeneBank J04639.1 dan optimasi kodon dilakukan sebelum gen disisipkan ke dalam vektor pET151/D-TOPO. Sintesis gen dilakukan di GenArt Gene Synthesis (Thermofisher Scientific, USA). Gen sintetik Taq DNA polimerase kemudian diekspresikan menggunakan bakteri E.coli BL21 dan diinduksi menggunakan IPTG (Isopropyl-β-D thiogalactopyranoside). Pemurnian enzim rekombinan Taq DNA polimerase dilakukan menggunakan kromatografi afinitas Ni2+-NTA dan enzim murni yang dihasilkan diaplikasikan pada teknik PCR. Gen Taq DNA polimerase berukuran sebesar 2685 pb berhasil disisipkan ke dalam vektor pET151/D-TOPO dan analisis hasil ekspresi dilakukan menggunakan teknik SDS PAGE dan menunjukkan protein target yang spesifik berukuran 100.9 kDa. Konsentrasi dan aktivitas enzim yang dimurnikan berturut turut adalah 5.17 mg/mL dan 4.647 U/μL. Aplikasi enzim ini pada teknik PCR menunjukkan bahwa enzim ini dapat mengamplifikasi gen target mulai dari 200 pb hingga 3500 pb amplikon dengan konsentrasi DNA cetakan minimum 10 ng/μL. Hal ini mengindikasikan bahwa in house enzim Taq DNA polimerase rekombinan yang dibuat berdasarkan gen sintesis telah berhasil diekspresikan, dimurnikan, dan diterapkan untuk teknik PCR dan dapat diterapkan dalam bidang bioteknologi khususnya dalam teknik PCR/RT-PCR
Keyword: Codon-optimized, E.coli BL21, Ni2+-NTA purified system, Synthetic Taq DNA polymerase

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: