Judul: Whole-Genome Analysis and Characteristics of Pediococcus acidilactici WSP-AZM23 as a Probiotic Candidate
Abstrak: Probiotik merupakan kelompok mikroorganisme yang dikonsumsi dalam jumlah cukup akan memberikan manfaat kesehatan. Efek menguntungkan dari bakteri asam laktat sebagai probiotik telah diketahui bermanfaat bagi kesehatan inangnya. Mayoritas strain dari genus Pediococcus dalam industri makanan digunakan sebagai starter kultur probiotik. Pediococcus acidilactici merupakan salah satu spesies dari genus Pediococcus, memiliki beberapa sifat menarik yang berkaitan dengan kemampuannya sebagai probiotik. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keseluruhan genom dan mengevaluasi karakteristik P. acidilactici WSP-AZM23 yang diisolasi dari susu kambing etawa sebagai kandidat probiotik. Metode yang digunakan adalah dengan mengidentifikasi isolat secara morfologi dan identifikasi 16s rRNA. Assembly dan annotation genom dari hasil sekuensing menggunakan MinION Nanopore sequencer meliputi quality control menggunakan Quast, assembly flye, polishing MEDAKA, serta annotation terkait probiotik menggunakan beberapa webserver. Selanjutnya, karakteristik sifat probiotik secara in vitro seperti kemampuan terhadap pH rendah (1,5; 3; 5; dan 7), garam empedu (konsentrasi 0,15%; 0,3%; dan 0,45%), salinitas tinggi (konsentrasi 1-7%), kepekaan terhadap antibiotik, auto-aggregation, kemampuan menghasilkan enzim protease, evaluasi sifat hemolisis, serta beberapa bioaktivitas seperti antioksidan, anntiinflamasi, dan antibiofilm terhadap bakteri patogen Staphylococcus aureus ATCC 25923 dan Escherichia coli ATCC 25922. Hasil penelitian menunjukan bahwa P. acidilactici WSP-AZM23 memiliki kesamaan genetik berdasarkan 16S rRNA dengan P. acidilactici NGRI 0510Q. Potensi P. acidilactici WSP-AZM23 sebagai kandidat probiotik dikaitkan dengan kehadiran gen dan karakteristik in vitro. Genom P. acidilactici WSP-AZM23 berukuran sekitar 2.009.249 bp (~2 Mbp) dengan 2.324 CDS, mengandung kluster gen penyandi senyawa antimikrob mutacin dan colicin V, terdapat small multidrug resistance antibiotic efflux pump dan vanT (cluster gen vanG, glycopeptide resistenace gen) namun tidak terikat dengan faktor virulensi dan patogenisitas dengan skor prediksi sebesar 0,036. P. acidilactici WSP-AZM23 memiliki gen CRISPR/Cas class II (csn2, cas1, cas2, cas9). Selain itu, P. acidilactici WSP-AZM23 toleran terhadap pH rendah berturut-turut sebesar 20%, 130%, 220%, dan 110%, ketahanan garam empedu 195%, 98%, dan 92%, mampu hidup pada salinitas tinggi, rentan terhadap antibiotik (tetracycline, amoxicillin, penicillin G, dan chloramphenicol), tidak menunjukkan aktivitas hemolisis, memiliki kemampuan auto-aggregation, menghasilkan enzim protease, memiliki potensi antioksidan dengan nilai penghambatan DPPH sebesar 79,64%, anti inflamasi 50,95% ± 1,50 serta antibiofilm terhadap bakteri patogen S. aureus ATCC 25923 17,47% ± 0,004 dan E. coli ATCC 25922 11,99% ± 0,066.
Keyword: antibiotic resistance, antioxidants, etawa milk bacteria, Pediococcus genome

Judul: Memanfaatkan ragi probiotik multifungsi dari dadih, produk fermentasi tradisional dari Sumatera Barat,Indonesia
Abstrak: Fermented buffalo milk, commonly called Dadih, contains potential probiotic yeast cells. Probiotic yeast has garnered increasing attention in basic and clinical science over the past 20 years. This research aimed to isolate, characterize, and determine the biodiversity of potential probiotic yeasts obtained from Dadih. Isolation of probiotic yeast was done using Yeast Extract, Peptone, and Dextrose (YPD) media, followed by the identification of yeast using Sequence-Related Amplified Polymorphism (SRAP). Colonies relatedness was determined using the Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System (NTSYS). Two yeast isolates were further identified using Polymerase Chain Reaction (PCR) targeting the 18S rRNA gene. The probiotic characterization was done by determining pH resistance, bile salt resistance, proteolytic, lipolytic test, and hemolytic tests. Secondary metabolites were determined by conducting antioxidant, antidiabetic, antiinflammation, and antimicrobial tests. Interaction between secondary metabolites signals was determined by molecular docking using AutoDock software. Whole genome sequencing on Pichia kudriavzevii using Oxford Nanopore Technologies and genome annotation was performed using the Rapid Annotation using the Subsystem Technology (RAST) server. Fifty-five colonies were isolated, and their relatedness showed a minimum cutoff at a similarity level of 89% in the dendrogram. Two isolates, GBT 30 and GBT 37 were identified as Pichia occidentalis and Pichia kudriavzevii, respectively, based on the 18S rRNA sequence. Acid pH tolerance results showed both isolates survived at an acidic pH starting at pH 2 to pH 6. A bile salt resistance test showed that both isolates were able to show significant cell viability in 0.3 and 0.5% bile salt concentrations. Both isolates produced secondary metabolites, with GBT 30 showing good antimicrobial and antiinflammation properties than GBT 37. Whole-genome sequencing of P. kudriavzevii revealed a genome size of 10 906 850 bp, comprising five chromosomes with an average GC content of 38.26%, and secondary metabolites located on contig 7., Susu kerbau fermentasi yang biasa disebut Dadih mengandung sel ragi probiotik yang potensial. Ragi probiotik telah mendapatkan perhatian yang semakin besar dalam ilmu dasar dan klinis selama 20 tahun terakhir. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi, mengkarakterisasi, dan mengetahui keanekaragaman hayati khamir probiotik potensial yang diperoleh dari Dadih. Isolasi ragi probiotik dilakukan menggunakan media Yeast Extract, Peptone, dan Dextrose (YPD), dilanjutkan dengan identifikasi ragi menggunakan Sequence-Related Aplified Polymorphism (SRAP). Keterkaitan koloni ditentukan dengan menggunakan Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System (NTSYS). Dua isolat khamir diidentifikasi lebih lanjut menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan sasaran gen 18S rRNA. Karakterisasi probiotik dilakukan dengan menentukan ketahanan pH, ketahanan garam empedu, proteolitik, uji lipolitik, dan uji hemolitik. Metabolit sekunder ditentukan dengan melakukan uji antioksidan, antidiabetes, antiinflamasi, dan antimikroba. Interaksi antara sinyal metabolit sekunder ditentukan dengan molekuler docking menggunakan perangkat lunak AutoDock. Pengurutan seluruh genom pada Pichia kudriavzevii menggunakan Oxford Nanopore Technologies dan anotasi genom dilakukan menggunakan Rapid Annotation menggunakan server Subsystem Technology (RAST). Lima puluh lima koloni diisolasi, dan keterkaitannya menunjukkan batas minimum pada tingkat kemiripan 89% pada dendrogram. Dua isolat, GBT 30 dan GBT 37 masing-masing diidentifikasi sebagai Pichia occidentalis dan Pichia kudriavzevii, berdasarkan urutan 18S rRNA. Hasil toleransi pH asam menunjukkan kedua isolat mampu bertahan pada pH asam mulai pH 2 hingga pH 6. Uji ketahanan terhadap
Keyword: probiotic, Whole Genome Sequencing, Pichia kudriavzevii, Pichia occidentalis, dadih, fermentation

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: