Judul: Deteksi Salmonella Enteritidis menggunakan Real-Time Polymerase Chain Reaction dengan Label Fluoresens Probe
Abstrak: Pengembangan metode serotyping untuk deteksi S. Enteritidis secara molekular menggunakan real-time polymerase chain reaction (rt-PCR) diperlukan untuk acuan data yang digunakan pada identifikasi dan karakterisasi risiko pada serovar spesifik Salmonella di Indonesia, Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi spesifisitas primer dan probe yang digunakan, menentukan sensitivitas berupa evaluasi limit deteksi dan efisiensi metode, serta uji coba metode untuk deteksi S. Enteritidis pada sampel karkas ayam. Tahapan penelitian diawali dengan uji spesifisitas primer dan probe secara in silico dan in vitro, setelah itu dilanjutkan dengan uji sensitivitas limit deteksi menggunakan kultur murni S. Enteritidis dan uji coba metode pada sampel karkas ayam. Uji spesifisitas menunjukan bahwa penggunaan probe sebagai label fluoresen lebih spesifik daripada penggunaan SYBR Green. Metode ini dapat mendeteksi DNA bakteri sampai 0.00022 ng/μL atau setara dengan 3.8 × 101 sel/mL, jauh lebih sensitif daripada metode deteksi menggunakan SYBR Green yang menghasilkan limit deteksi 2.6 × 104 sel/mL. Uji coba metode pada sampel menggunakan metode ini menghasilkan 1 sampel positif dari 10 sampel karkas ayam dari pasar swalayan dan 3 sampel positif dari 10 sampel karkas ayam dari pasar tradisional di Bogor. Metode ini dapat mendeteksi S. Enteritidis dengan cepat dan akurat serta memungkinkan deteksi kuantitatif S. Enteritidis pada karkas ayam secara spesifik dan sensitif.
Keyword: karkas ayam, probe, rt-PCR, salmonellosis, S. Enteritidis

Judul: Mendeteksi Serotyping Salmonella Hadar, S. Typhimurium, dan S. Enteritidis menggunakan Real Time Polymerase Chain Reaction.
Abstrak: Kontaminasi Salmonella pada produk pangan seperti karkas ayam perlu diwaspadai, sehingga diperlukan metode cepat dan akurat deteksi Salmonella untuk memonitornya. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh konsentrasi primer dan kondisi optimum PCR, mengevaluasi spesifisitas primer, menentukan limit deteksi untuk mendeteksi Salmonella pada karkas ayam menggunakan real time polymerase chain reaction (rt-PCR). Tahapan penelitian yaitu ekstraksi DNA, optimasi kondisi rt-PCR, konfirmasi spesifisitas dan limit deteksi, serta uji coba pada sampel. Pengujian dengan rt-PCR diawali dengan denaturasi awal pada 95 oC selama 1 menit diikuti dengan 35 siklus yang terdiri dari 15 detik denaturasi pada 95 oC, 30 detik annealing pada 52 oC, 35 detik ekstensi pada 72 oC dan ekstensi akhir pada 72 oC selama 5 menit. Kemudian dilanjutkan dengan tahap melting dengan transisi suhu 60-90 oC dengan laju 0.5 oC/detik. Primer yang digunakan untuk mendeteksi keberadaan Salmonella spp. adalah InvA119 yang spesifik sampai siklus ke-30, untuk S. Typhimurium adalah STM311 yang spesifik sampai siklus ke-25, dan untuk S. Enteritidis adalah Prot6E yang spesifik sampai siklus ke-22. Limit deteksi dengan konsentrasi primer 0.5 μM berdasarkan konsentrasi DNA untuk ketiga target gen tersebut berturut-turut sebesar 0.0002, 0.022, dan 0.218 ng atau setara dengan 3.8 x 101, 4.1 x 103, dan 2.6 x 104 sel per mL.
Keyword: karkas ayam, rt-PCR, Salmonella, S. Enteritidis, S. Typhimurium

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: