Judul: Analisis Gene Co-expression Network untuk Identifikasi Gen Pengontrol Prengus pada Domba (Ovis Aries).
Abstrak: Analisis marka DNA merupakan bidang kajian bioinformatika yang penting dan terus berkembang. Marka DNA atau marka molekuler didefinisikan sebagai sekuens DNA yang spesifik dan lokasinya di kromosom telah diketahui, Marka DNA dapat digunakan untuk mengidentifikasi gen-gen apa saja yang berkaitan dengan sifat-sifat tertentu dari suatu individu. Salah satu analisis marka DNA yang banyak digunakan adalah analisis gene co-expression network yaitu menganalisis nilai expresi marka DNA berdasarkan co-expression dengan setiap DNA yang lain. Tujuan dari analisis gene co-expression network adalah untuk melihat gen yang paling dominan yang berhubungan dengan sifat fenotipe tertentu. Prengus merupakan rasa (flavour) dan bau (odour) tak sedap yang terdapat pada daging domba. Prengus disebabkan oleh asam lemak rantai cabang (BCFA). Empat senyawa BCFA yang mempengaruhi prengus adalah Skatole, Undecanoic Acid, 4-Methylphenol, dan 4-Methylnonanoic Acid, di mana Skatole mempengaruhi rasa (flavour), sedangkan tiga senyawa lainnya mempengaruhi bau (odour). Prengus mempengaruhi tingkat konsumsi daging domba karena umumnya konsumen tidak menyukai bau pekat pada daging, sehingga usaha untuk mereduksi prengus telah lama dilakukan, salah satunya adalah dengan pemuliaan domba yang secara alami memiliki tingkat prengus rendah. Usaha pemuliaan domba sudah lama dilakukan secara konvensional dengan banyak kekurangan seperti tingkat akurasi yang rendah, biaya yang tinggi, dan waktu proses yang lama. Pemuliaan secara genetik diharapkan dapat mengatasi kekurangan dari pemuliaan secara konvensional. Salah satu langkah yang diperlukan untuk pemuliaan genetik adalah mengidentifikasi gen-gen apa saja yang mempengaruhi sifat-sifat tertentu. Analisis marka DNA dapat digunakan dalam identifikasi keterkaitan gen-gen dengan sifat fenotipe, penelitian ini menggunakan gene co-expression network sebagai metode untuk mengidentifikasi gen-gen apa saja yang berpengaruh kuat terhadapat sifat prengus dari domba. Data penelitian berasal dari enam sampel domba, di mana tiga ekor domba merupakan domba dengan tingkat prengus tinggi, dan tiga ekor lainnya merupakan domba dengan tingkat prengus rendah. Data genotipe merupakan nilai gene expression dari 136 gen yang muncul dari proses sequencing dan berkorelasi terhadap prengus. Adapun fenotipe merupakan profil dari empat senyawa BCFA dari masing-masing sampel. Penelitian ini dilakukan dengan melakukan proses clustering. Gen-gen dari data diklaster ke dalam modul-modul untuk mempersempit pencarian, dari data terbentuk enam klaster yang masing-masing memiliki nilai korelasi ke sifat fenotipe. Dari klaster tersebut terpilih tiga klaster yang dominan, dan kemudian terpilih tiga gen yang berpengaruh kuat terhadap tingkat prengus pada domba.
Keyword: asam lemak rantai cabang, gene co-expression network, gene expression, modul gen

Judul: Functional Study of Candidate Genetic  Markers Determining The Lamb Quality of Indonesian Sheep
Abstrak: Upaya peningkatan produksi daging domba baik secara kuantitas maupun kualitas perlu dilakukan untuk membantu pemenuhan kebutuhan protein asal hewani khususnya bersumber dari daging. Salah satu langkah yang dapat dilakukan melalui program seleksi berbasis molekuler dengan marka genetik penentu kualitas daging domba. Hasil RNA sequencing yang dilakukan sebelumnya diperoleh beberapa kandidat marka genetik diantaranya gen dopa decarboxylase (DDC) dan cytochrome P450 family 2 subfamily E member 1 (CYP2E1) yang diduga memiliki peranan dalam kualitas daging domba. Penelitian ini bertujuan mengkaji secara fungsional kandidat marka genetik gen DDC dan CYP2E1 dari segi aspek genomik, transkriptomik, dan proteomik dalam peranannya terkait mekanisme kualitas daging domba Indonesia. Kajian fungsional meliputi identifikasi keragaman gen DDC dan CYP2E1, asosiasi keragaman gen DDC dan CYP2E1 dengan kualitas karkas dan daging, analisis ekspresi gen DDC dan CYP2E1, dan analisis protein CYP2E1. Identifikasi keragaman gen DDC dan CYP2E1 dilakukan pada 200 ekor domba Indonesia dari beberapa rumpun diantaranya domba ekor tipis (DET), domba ekor gemuk (DEG), domba Garut (DG), domba Jonggol (DJ), domba compass agrinak (DCA), domba barbados cross (DBC), dan domba komposit Garut agrinak (DKG). Keragaman gen DDC dan CYP2E1 diidentifikasi dengan metode Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP). Hasil keragaman gen DDC dan CYP2E1 diasosiasikan dengan kualitas daging domba dengan analisis uji T. Tingkat ekspresi gen DDC dan CYP2E1 dari masing–masing genotipe dianalisis menggunakan metode quantitative Real Time-PCR (qRT-PCR). Analisis protein CYP2E1 dilakukan dengan pewarnaan imunohistokimia (IHK) dan hematoxylin-eosin (HE) menggunakan masing-masing tiga sampel kelompok tinggi dan rendah berdasarkan nilai pH daging. Hasil penelitian menunjukkan bahwa SNP g. 5377439 G>A gen DDC dan SNP g. 50658168 T>C gen CYP2E1 bersifat polimorfik (beragam) pada populasi domba yang diamati dengan ditandai munculnya tiga genotipe berbeda pada masing-masing gen, yaitu GG, AG, dan AA pada gen DDC serta TT, CT, dan CC pada gen CYP2E1. Gen DDC memiliki pengaruh yang signifikan (P<0,05) pada sebagian besar sifat kualitas karkas domba, diantaranya karakteristik karkas meliputi bobot hidup, persentase karkas, panjang karkas, karkas hangat, dan karkas dingin, dan seluruh potongan komersil karkas kecuali shank dan neck. Selain itu gen DDC juga memiliki pengaruh yang nyata (P<0,05) pada kualitas daging meliputi nilai pH, keempukan, dan daya mengikat air. Keragaman gen DDC juga memiliki pengaruh yang nyata (P<0,05) dengan komposisi asam lemak meliputi konten lemak; asam lemak jenuh termasuk asam oktanoat (C8:0), asam kaprat (C10:0), asam palmitat (C16:0), asam heptadekanoat (C17:0), asam stearat (C18:0), asam arakidat (C20:0), dan asam henekosanoat (C21:0), asam behenat (C22:0), asam trikosanoat (C23:0), dan asam tetrakosanoat (C24:0). Selain itu, gen DDC juga berhubungan secara nyata (P<0,05) dengan asam lemak tak jenuh tunggal termasuk asam palmitoleat (C16:1), asam oleat (C18:1n9c), asam elaidik (C18:1n9t), dan asam nervonat (C24:1); serta asam tak jenuh ganda termasuk asam linolenat (C18:3n3), asam eikosidoneat (C20:2), asam homo y-linolenat (C20:3n6), dan asam arakidonat (C20:4n6). Akan tetapi, gen DDC tidak memiliki pengaruh yang signifikan (P>0,05) pada kandungan mineral daging. Secara umum genotipe AG pada gen DDC menunjukkan nilai kualitas daging yang paling tinggi dibandingkan genotipe AA dan GG. Tingkat ekspresi gen DDC secara signifikan berbeda nyata (P<0,05) dalam mempengaruhi kualitas daging. Hasil asosiasi gen CYP2E1 dengan parameter kualitas karkas menunjukkan adanya
Keyword: domba, gen DDC, gen CYP2E1, kualitas daging, protein

Judul: Pembuatan Film Tipis Cu2ZnSnS4 sebagai Lapisan Penyerap Cahaya pada Sel Surya Menggunakan Metode Elektrodeposisi
Abstrak: Thin film of Cu2ZnSnS4 (CZTS) is an alternative semiconductor used as light absorber layer on solar cell. CZTS can replace silicon that commonly used as commercial semiconductor. The advantage of using CZTS as absorber layer is due to the abundance of its chemical composer on earth, and its high value of absorption coefficient. The absorber layer was made by using electrodeposition method on ITO glass substrates. The films were deposited at room temperature using potentiostatic mode with a potential of –1.05 V for 30, 45, and 60 minutes. After that, the films were annealed at two different temperatures, 180 ºC and 500 °C, for 45 minutes in N2/H2S atmosphere. Based on X-ray diffraction analysis, the polycrystalline thin film obtained fall into kesterite crystal phase. This type of crystal was obtained when the CZTS was annealed at 500 °C in H2S/N2 atmosphere. The value of optical band gap energy for the CZTS thin film was 2.2 eV with the film thickness about 1.228–6.366 μm. The sample of CZTS with electrodeposition time of 45 minutes and annealing temperature of 500 °C showed the best result and in conformity with absorber layers criteria for solar cells.
Keyword: semiconductor, ITO glass, CZTS thin film, electrodeposition