Judul: Perbandingan Struktur 3D PfHT pada Sistem Air dan n-Hexane dengan Metode Pendekatan Simulasi Dinamika Molekul
Abstrak: Plasmodium falciparum Hexose Transporter (PfHT) adalah protein pembawa di bagian dalam membran fosfolipid bersifat hidrofobik yang memediasi glukosa ke dalam tubuh parasit. Penelitian ini bertujuan membandingkan struktur 3D PfHT dalam dua sistem berbeda dengan sistem n-Hexane sebagai pelarut nonpolar dan sistem air sebagai pelarut pembanding. Sebanyak 2 struktur tiga dimensi dari PfHT didapatkan dari hasil simulasi dinamika molekul selama 50 ns dan dianalisis dengan sembilan parameter: RMSD, RMSF, energi, jumlah ikatan hidrogen, struktur sekunder, SASA, visualisasi, plot Ramachandran, dan interaksi ionik. Hasil penelitian menunjukkan PfHT dalam sistem n-Hexane yang dibandingkan dengan sistem air, yaitu terdapat perubahan sebagian struktur α-helix serta muncul kemungkinan bahwa struktur tidak sepenuhnya hidrofobik, struktur dinilai baik dari segi energinya yang rendah, kualitas struktur didapatkan kurang sesuai sebagai pelarut tunggal karena ada kemungkinan bahwa sebagian struktur PfHT terletak pada bagian luar membran fosfolipid bilayer yang bersifat hidrofilik., Plasmodium falciparum Hexose Transporter (PfHT) is a carrier protein inside the hydrophobic phospholipid membrane that mediates glucose into the parasite body. This study aims to compare the 3D structure of PfHT in two different systems with the n-Hexane system as a nonpolar solvent and the water system as the comparative solvent. A total of 2 three-dimensional structures from PfHT were obtained from the molecular dynamics simulations for 50 ns and analyzed using nine parameters: RMSD, RMSF, energy, number of hydrogen bonds, secondary structure, SASA, visualization, Ramachandran plot, and ionic interactions. The results showed PfHT in the n-Hexane system compared to the water system, namely that there was a change in part of the α-helix structure, the possibility also arose that the structure was not entirely hydrophobic, the structure was considered acceptable in terms of its low energy, and the quality of the structure was found to be less suitable as a single solvent, mainly because there is a possibility that some parts of the PfHT structure actually lie on the outside of the hydrophilic phospholipid bilayer membrane.
Keyword: molecular dynamics simulation, PfHT, Plasmodium falciparum

Judul: Prediksi Struktur 3D PfHT dengan Variasi Ensembel Termodinamika.
Abstrak: Malaria adalah penyakit infeksi parasit yang disebabkan oleh Plasmodium sp dengan menyerang eritrosit dan ditandai dengan ditemukannya bentuk aseksual di dalam darah. Plasmodium falciparum merupakan spesies yang mematikan karena kemampuannya yang dapat menyebabkan komplikasi selebral. PfHT mengalami reaksi struktur protein paling baik terjadi pada ensembel NVT dengan suhu 300 K. Penelitian ini dilakukan simulasi dinamika molekul menggunakan metode variasi ensembel termodinamika pada model PfHT yang dihasilkan oleh I-Tasser dengan waktu simulasi selama 50 ns. Penelitian ini memperoleh 24 pasangan jembatan garam yang muncul pada semua keadaan, 2 pasangan residu yang muncul pada keadaan NPT dan NVE, 4 pasangan residu yang muncul pada keadaan NVE dan NVT, 2 pasangan jembatan garam yang muncul dipermukaan pada keadaan NPT, 7 pasangan jembatan garam yang muncul dipermukaan pada keadaan NVE, dan 1 pasangan jembatan garam yang muncul dipermukaan pada keadaan NVT. Hasil penelitian menunjukkan bahwa PfHT bekerja optimum pada kondisi NVT dan belum mengalami kerusakan struktur (denaturasi) pada kondisi NPT dan NVE.
Keyword: ensembel termodinamika, PfHT, simulasi dinamika molekul

Judul: 1995
Abstrak: Pesatnya pembangunan di atas segala bidang dan semakin meningkatnya pula tingkat populasiitu di daerah ibukota ini. Pembuangan limbah-limbah ke sungai oleh industri maupun oleh rumah tangga semakin tidak terkendali.
Keyword: