Judul: Karakterisasi parsial gen penyandi putresina N-metiltransferase: enzim kunci dalam biosintesis nikotin pada tanaman tembakau (Nicotiana tabacum)
Abstrak: Penggunaan teknologi marka DNA dalam mendukung program pemuliaan tanaman memungkinkan seleksi pada tingkat DNA dan dilakukan pada stadia awal pertumbuhan tanaman. Marka DNA berbasis SNP (Single Nucleotide Polimorphisms) mulai banyak digunakan pada studi-studi genetika karena ketersediaannya yang melimpah dalam genom tanaman. SNAP (Single Nucleotide Amplification Polimorphisms) adalah salah satu dari teknologi marka DNA untuk mendeteksi putatif SNP menggunakan primer alel spesifik. Pengembangan marka DNA berbasis SNP sebagai alat bantu seleksi pada populasi tembakau lokal, membutuhkan informasi keragaman runutan basa dan situs-situs SNP dari sekuen gen PMT penyandi enzim putresina N-metiltransferase yang terkait dengan biosintesis nikotin. Amplifikasi fragmen gen PMT asal tembakau lokal Indonesia adalah tahapan awal dari isolasi gen PMT. Hasil penelitian memperlihatkan bahwa tiga pasang kombinasi primer degenerate menghasilkan reaksi PCR positif, tetapi hanya satu pasang primer yang menghasilkan fragmen tunggal, yaitu PMt-7 (F & R). Sekuen fragmen gen PMT asal DNA genom yang meliputi ekson2-ekson8 memiliki ukuran 1418 pb (pasang basa) dengan panjang daerah ekson 767 pb dan menyandikan 256 aa (asam amino) residu. Sekuen gen PMT asal DNA genom varietas Sindoro1 mempunyai tingkat kesamaan yang tinggi (95%) dengan gen PMT asal DNA genom tembakau lainnya yang ada di pangkalan data GenBank NCBI. Sekuen parsial gen PMT ini telah terdaftar pada GenBank dan dipublikasikan dengan nomor aksesi JQ438825. Untuk mengkonfirmasi ekspresi dari gen PMT asal tembakau lokal yang telah diidentifikasi, amplifikasi PCR dilakukan menggunakan cetakan cDNA. Hasil konfirmasi memperlihatkan bahwa sekuen kandidat gen Ntpmt_Sindoro1 yang meliputi ekson1-ekson8 tersusun atas 1124 pb dan menyandikan protein yang dibangun oleh 374 aa. Protein Ntpmt-Sindoro1 bersifat terlarut dan memiliki berat molekul 40.95 kD. Sekuen protein dari Ntpmt-Sindoro1 memiliki tingkat kesamaan 90% dengan sekuen protein dari gen-gen PMT lainnya yang berasal dari N. tabacum. Runutan asam amino dari Ntpmt-Sindoro1 juga memiliki ciri-ciri..dst
Keyword: Evolusi molekuler, kandidat gen, keragaman sekuen, mutasi enomik

Judul: Analisis Integrasi Dan Stabilitas Gen Peroksidase (Perl) Pada Tanaman Tembakau (Nicotiana Tabacum) Kultivar SR1 Transgenik
Abstrak: Peroksidase merupakan salah satu enzim yang bekerja dalam sistem pertahanan diri tumbuhan. Gen peroksidase dari kedelai kultivar Lumut (PerL) yang dipautkan dengan gen hpt telah diintroduksikan ke tanaman tembakau (Nicotiana tabacum) kultivar SR1 sehingga menghasilkan tanaman transgenik. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis integrasi gen PerL dan pewarisan gen hpt pada tanaman tembakau (N.tabacum) kultivar SR1 transgenik putatif. Analisis integrasi menggunakan PCR (Polymerase Chain Reaction) dilakukan untuk mengkonfirmasi keberhasilan integrasi gen PerL di dalam genom tanaman transgenik. Analisis integrasi PerL menggunakan primer 35S-F dan Atprx-R menunjukkan bahwa 6 tanaman transgenik putatif generasi pertama (T0) mengandung gen PerL di bawah kendali promotor 35S CaMV. Analisis segregasi transgen dengan Khi-kuadrat menunjukkan bahwa gen hpt yang dipautkan dengan gen PerL diwariskan ke N. tabacum transgenik generasi kedua (T1) namun tidak mengikuti pola segregasi Mendel untuk satu atau dua gen bebas. Hal ini mengindikasikan terjadinya lebih dari dua kopi gen yang terintegrasi di dalam genom tanaman.
Keyword: gen perL, kultivar SR1, Nicotiana tabacum, stabilitas gen

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: