Judul: Pemanfaatan Teknik End-Point PCR untuk Deteksi Bakteri Pengkode Gen Tyrosine Decarboxylase (TDC) pada Ikan Jenis Scombridae.
Abstrak: Bakteri penghasil enzim Tyrosine decarboxylase (TDC) dapat dijumpai pada ikan yang telah mengalami kemunduran mutu. Enzim TDC dapat mengubah tirosin menjadi tiramin. Kandungan tiramin yang tinggi dapat menimbulkan efek toksik. Deteksi bakteri penghasil tiramin dapat dilakukan dengan metode molekuler menggunakan teknik PCR karena pengujiannya lebih cepat dan sensitif. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi gen TDC dan 16S rRNA berdasarkan urutan basa nukleotida melalui metode bioinformatika. Tahapan penelitian yang digunakan yaitu kultivasi bakteri, isolasi DNA bakteri menggunakan CTAB 2% dan kit isolasi DNA komersial, pengukuran kualitas dan konsentrasi DNA, amplifikasi DNA, sekuensing, dan identifikasi spesies. Isolat DNA bakteri yang berhasil didapatkan yaitu dari sampel hasil kultivasi. Sampel yang berhasil diamplifikasi oleh gen TDC adalah tuna hasil kultivasi (BE) menggunakan kit TIANamp Genomic DNA. Hasil amplifikasi diperoleh dengan berat molekul 825 pb dan teridentifikasi sebagai spesies Carnobacterium sp.
Keyword: amplifikasi, isolasi, kultivasi, TDC, TTC

Judul: Pemanfaatan Gen Pengkode odc dan ldc untuk Deteksi Dini Pembentukan Putresin dan Kadaverin pada Ikan Scombridae
Abstrak: Putresin dan kadaverin merupakan jenis biogenik amin yang terbentuk melalui proses dekarboksilasi asam amino, yaitu ornitin dan lisina dengan enzim yang terlibat adalah ornitin dekarboksilase dan lisin dekarboksilase. Gen pengkode enzim tersebut dapat dimanfaatkan dalam metode pendeteksi dini secara molekuler, yaitu pada mikroorganisme pembentuk putresin dan kadaverin. Pada penelitian ini, pendeteksian tersebut dilakukan melalui tahap pre-enrichment dan non preenrichment mikroba yang terdapat pada sampel, isolasi DNA bakteri menggunakan TianGen DNA kit dan CTAB 2%, amplifikasi DNA menggunakan primer spesifik PUT1 dan CAD1 serta primer universal 16S rRNA. DNA bakteri yang terdapat pada ikan scombroid dengan metode pre-enrichment berhasil diisolasi. Gen ldc berhasil diamplifikasi dengan primer CAD1 pada ukuran 1 098 bp. Isolat bakteri secara umum juga berhasil diamplifikasi dengan primer 16S rRNA pada ukuran 1 500 bp. Jenis bakteri pengkode gen ldc yang terdeteksi berasal dari famili Enterobacteriaceae dimana spesies Enterobacter chengduensis memiliki kesamaan dengan bakteri pada ikan tuna, dan Enterobacter roggenkampii memiliki kesamaan dengan bakteri pada ikan tongkol dan cakalang.
Keyword: Enterobacter, gen ldc, gen odc, kadaverin, putresin

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: