Judul: Klasifikasi Fragmen Metagenom menggunakan Fitur Spaced N-Mers dan K-Nearest Neighbour
Abstrak: Metagenome is a study of total DNA from some environmental sources that are directly isolated. The study is conducted by reading the entire DNA of a complete ecosystem (not just one organism). Metagenome refers to the genomic content of complete microbial ecosystems. Since the samples taken from the ecosystems may contain a variety of organisms, it requires a binning process to classify. In this research, k-nearest neighbour (KNN) algorithm was used to classify metagenome fragments and spaced n-mers was used for feature extraction. The research was conducted on two groups of datasets, namely the training organisms and testing organisms with fragment length of 500 bp, 1 kbp, 5 kbp, and 10 kbp. The best accuracy obtained from the training organism dataset reached 99.75% on the fragment test with a length of 10 kbp and k = 3. The highest value of its sensitivity and specificity was also obtained from the same organism dataset, 99.71% and 99.85% respectively.
Keyword: specificity., spaced n-mers, sensitivity, oligonucleotide frequency, metagenome, k-nearest neighbour, DNA

Judul: Klasifikasi Fragmen Metagenom Menggunakan Ekstraksi Spaced N mers dan Probabilistic Neural Network sebagai Classifier
Abstrak: Metagenomika merupakan cabang genetika yang secara khusus ditujukan untuk mempelajari materi genetik yang diambil langsung dari sampel lingkungan, diikuti dengan menganalisis informasi genetika tersebut. Proses sekuensing dari sampel lingkungan menghasilkan fragmen-fragmen pendek yang berasal dari beberapa mikroorganisme yang terdapat pada sampel tersebut. Kondisi seperti ini menyebabkan proses perakitan fragmen menjadi tidak akurat, yaitu dengan dimungkinkannya terbentuknya cymeric contigs. Keberadaan cymeric contigs ini dapat diminimalkan dengan melakukan binning. Proses binning dapat dilakukan dengan pengklusteran atau pengklasifikasian. Penelitian ini dilakukan menggunakan metode probabilistic neural network untuk proses klasifikasi dan spaced n-mers untuk ekstraksi fiturnya karena sudah terbukti akurat dan menghasilkan akurasi yang baik. Data yang dipakai mempunyai panjang fragmen 500 bp, 1000 bp, 5000 bp, dan nilai n-mers yang dipakai adalah 3. Akurasi yang terbaik dihasilkan dengan menggunakan nilai smoothing parameter 11 untuk pengujian organisme dikenal. Selanjutnya pengujian dengan organisme tidak dikenal menghasilkan akurasi sebesar 64.40% untuk panjang fragmen 500 bp, 68.60% untuk panjang fragmen 1000 bp, 69.62% untuk panjang fragmen 5000 bp.
Keyword: binning, classification, metagenome, probabilistic neural network

Judul: Analisis waterbalance waduk bili-bili Kab. Gowa, Sulawesi Selatan
Abstrak: Seiring dengan menigkatnya peradaban manusia, air kini memenpati posisi yang sangat strategis dalam kehidupan manusia. Kebutuhan akan air terus meningkat baik dari segi kualitas maupun kuantitas. Membangun waduk pada DAS ( Daerah Aliran Sungai) adalah salah satu upaya yang ditempuh untuk memenuhi kebutuhan manusia akan air. Waduk memberikan banyak manfaat dalam berbagai bidang kehidupan manusia. Namun , acap-kali pembangunan waduk yang begitu banyak memakan biaya tidak diiringi dengan pengoperasian waduk yang optimal. Waduk Bili-bili yang berada di kabupaten Gowa, Provinsi Sulawesi Selatan salah sati dari banyaknya waduk serbaguna yang dibangun untuk memenuhi kebutuhan air untuk RIK ( Rumah, Industri,Kantor), Irigasi, dan pembangkit tenaga listrik. Oleh karena itu Waduk Bili-Bili sangat penting dalam pemenuhuan kebutuhan air untuk warga Sulawesi-Selatan meskipun hanya sebagian saja yang dapat merasakannya. Karena peran yang kompleks tersebut maka dari segi kuantitas dan kualitas air sangat penting untuk dijaga. Pada tahun 2004 telah terjadi longosoran pada kaki Gunung Bawakaraeng yang juga menjadi aliran dari DAS dari Waduk Bili-Bili, pada awal pembangunan umur waduk diperkirakan untuk 50 tahun namun, akibat kejadian longsoran tersebut perkiraan tersebut menjadi 30 tahun. Mengingat peran waduk yang sangat sentral berbagai upaya telah dilakukan untuk tetap menjaga kemampuan dari waduk untuk memenuhi kebutuhan air untuk warga.
Keyword: