Judul: Penapisan enzim endonuklease restriksi dari sejumlah isolat Vibrio sp. dan Xanthomonas campestria (Axonopodis) pv. glyycines
Abstrak: Enzim endonuklease restriksi tipe II mampu memotong DNA pada sekuen yang spesifik, sehingga enzim ini memiliki peranan yang sangat penting dalam perkembangan bioteknologi. Enzim ini dihasilkan oleh berbagai macam bakteri yang tersebar luas di alam. Isolat-isolat bakteri asal Indonesia, yaitu isolat bakteri Vibrio sp. dan Xanthomonas campestris (axonopodis) pv. glycines, diteliti potensinya dalam menghasilkan enzim endonuklease restriksi. Penelitian ini bertujuan untuk menapis keberadaan enzim endonuklease restriksi tipe II sekaligus memanfaatkan kekayaan plasma nuftah Indonesia. Vibrio sp. ditumbuhkan pada LB yang dibubuhi 3% NaCl, pH7,5-8,0 secara aerobik (200 rpm), 28°C, 24 jam. Sedangkan Xanthomonas ditumbuhkan pada media LB (pH 7,2), dengan 10% kultur inokulum (125-150 rpm, 28°C, 1 hari), secara aerobik (125-150 rpm), 28°C, 2 hari. Sel bakteri diperoleh melalui sentrifugasi (3000 rpm, 4°C, 30 menit) yang selanjutnya disuspensikan kembali dalam buffer sonikasi (10 mM Tris-HCl pH 7,5; 1 mM EDTA; 7 mM B-merkaptoetanol) dengan perbandingan 2 g sel: 1 ml buffer. Suspensi bakteri disonikasi secara diskontinu (30 detik, istirahat 2-3 menit, 5 kali ulangan). Kotoran sel dihilangkan dengan sentrifugasi pada kecepatan tinggi (13.500 rpm, 4°C, 20 menit). Pemurnian enzim restriksi dilakukan dalam tabung mikro steril berisi 225 µl akuabides steril, 25 µl NaCl 2 M, 500 µl contoh supernatan dan 250 µl polimer konsentrat (PEG6000-dekstran T500). Tabung divorteks secara diskontinu, lalu disentrifus kembali (10.000 rpm, 4°C, 10 menit). Uji aktivitas enzim dilakukan dalam tabung mikro steril. Total volume campuran reaksi 20 µl, yang terdiri dari sejumlah DNA fage à atau plasmid, 2 µl buffer reaksi 10x (1xbuffer: 10 mM Tris-HCl pH 7,5; 7 mM MgCl2; 7 mm β- merkaptoetanol), 10 µl supernatan enzim restriksi dan air bebas ion. Campuran reaksi diinkubasi pada 37°C dengan selang waktu tertentu. Aktivitas dihentikan dengan menambahkan blue juice, lalu hasil digesti diamati dengan elektroforesis gel agarosa. Kontrol negatif yaitu DNA utuh yang mengalami perlakuan fisik yang sama, dan kontrol positif yaitu DNA yang dipotong dengan enzim restriksi komersial, dilakukan untuk membantu melihat keberhasilan suatu reaksi digesti. Pengulangan pengendapan asam nukleat dan perpanjangan waktu digesti tidak selalu memberikan hasil uji aktivitas yang lebih baik. Isolat-isolat Vibrio sp. yang diteliti berpotensi memiliki enzim restriksi, namun dari hasil penelitian ini belum dapat disimpulkan bahwa enzim restriksi yang dimiliki bersifat spesifik. Dari penelitian ini, 15 isolat Xanthomonas campestris (axonopodis) pv. glycines yang diteliti berpotensi menghasilkan enzim restriksi dan 10 isolat, yaitu X1FL, YR29, YR32, YR34, YR37, YR48, YR60, YR61, YR64 dan YR75, berpotensi memiliki enzim restriksi tipe II. Enzim restriksi dari X1FL diduga merupakan isochizomer dari enzim Xbal.
Keyword: 

Judul: Screening Awal Enzim Endonuklease Restriksi Spesifik dari Bakteri
Abstrak: Enzim endonuklease restriksi tipe II adalah enzim yang mampu mengenali dan memotong sekuens nukleotida tertentu. Kerja enzim yang spesifik ini berperan penting dalam perkembangan bioteknologi, termasuk di dalamnya bioteknologi pangan yang telah memberikan hasil nyata, seperti varietas pangan yang dimodifikasi secara genetik. Enzim ini dihasilkan oleh setiap bakteri yang tersebar luas di alam, dan dalam penelitian ini isolat bakteri tongkol jagung diteliti potensinya dalam menghasilkan enzim restriksi. Penelitian bertujuan untuk screening keberadaan enzim restriksi yang memiliki situs spesifik. Penelitian dimulai dengan screening bakteri dari tongkol jagung busuk. Dari 16 macam isolat bakteri mesofilik, diambil 10 macam isolat kemudian masing-masing isolat ditumbuhkan untuk kemudian diambil pelet selnya dan diekstrak enzim restriksinya. Selain bakteri isolat tongkol jagung, juga diambil ekstrak enzim dari beberapa bakteri koleksi Laboratorium Mikrobiologi dan Biokimia, yaitu Bacillus pumillus Y1, B. licheniformis MB2, Pseudomonas syringae, P. fluorescens, dan beberapa strain dari Xanthomonas axonopodis pv. glycines (Xag R8, Xag YR58, Xag YR63, dan Xag YR69). Tahap ekstraksi enzim restriksi meliputi pemecahan sel bakteri dan ekstraksi enzim dengan metode sistem dua fase. Pemecahan sel menggunakan metode sonikasi diskontinu (4 dan 6 × 30 detik). Ekstraksi enzim dua fase menggunakan polimer PEG 8000 28,4% dan dekstran T500 7,1% yang akan memisahkan enzim resktriksi dari asam nukleat bakteri.
Keyword: 

Judul: Approximation of the Median of Poisson Distribution Using the Relation of Poisson-Gamma Distribution
Abstrak: A major drawback of median is that median cannot usually be defined in closed form, even in the cases where their distribution functions are known. This study gives an approximation of the closed form for the median of the Poisson distribution by using the relation of Poisson-Gamma distribution. The approximation uses elementary techniques based on the monotonicity of certain sequences involving tail probabilities of the Poisson distribution and the Central Limit Theorem. Furthermore, a closed form expression for the mean absolute deviation 􀜧|􀜰􀰒 􀵆 􀜯􀝁􀝀􁈺􀜰􀰒􁈻| is also studied. The median is relevant because of the fact that it minimizes the mean absolute deviation of a Poisson random variable (􀜰􀰒􁈻 by considering median as central tendency.
Keyword: