Judul: Identifikasi Keragaman Gen BG1 Sebagai Kandidat Gen Pengontrol Ketahanan Penyakit Pada Ayam IPB-D2
Abstrak: Ayam IPB-D2 adalah ayam IPB-D1 yang diseleksi berdasarkan konsentrasi IgY dan titer antibodi yang tinggi sebagai parameter ketahanan penyakit ayam. Gen BG1 merupakan salah satu gen yang berperan dalam ketahanan penyakit. Gen BG1 berada di wilayah MHC dan sangat polimorfik. Tujuan penelitian ini adalah mengidentifikasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP) gen BG1 pada ayam IPBD2 menggunakan metode direct-sequencing. Penelitian ini menggunakan 46 sampel darah ayam IPB-D2. Hasil sequencing dianalisis untuk memperoleh nilai frekuensi genotipe, frekuensi alel, nilai heterosigositas dan keseimbangan HardyWeinberg (uji chisquare). Penelitian ini ditemukan 8 SNP yaitu g.4817 G>T, g.4865 C>A, g.4944 C>T, g.5040 C>T, g.5069 T>C, g.5075 T>C, g.5089 G>A , g.5367 A>G dan delesi g.5086 – g.5087DelAT. Kombinasi 8 SNP membentuk 6 haplotipe. SNP yang mengubah susunan asam amino yaitu SNP g.4817 G>T cys>phen , SNP g.4865 C>A ser>tyr dan SNP g.5089 G>A gly>glu. Mutasi basa g.4944 C>T beragam dan berada dalam kesetimbangan Hardy Weinberg., IPB-D2 chickens were IPB-D1 chickens that were selected based on high IgY concentrations and ND antibody titer as a parameter of body resistance to disease. BG1 gene is one of the gene that play a role in disease resistance. BG1 gene resides in the MHC region and is highly polymorphic. The purpose of this study was to identify the Single Nucleotide Polymorphism (SNP) of BG1 gene in IPB-D2 chickens using direct-sequencing method. This study used 46 blood samples of IPB-D2 chickens. The sequencing results were analyzed to obtain genotype frequency, allele frequency, heterozygosity and Hardy Weinberg's equilibrium (chisquare test). This results found 8 SNPs that is g.4817 G> T, g.4865 C> A, g.4944 C> T, g. .5040 C>T, g.5069 T>C, g.5075 T>C, g.5089 G>A , g.5367 A>G dan indel mutation g.5086 – g.5087DelAT. The combination of 8 SNPs forms 6 haplotypes. SNPs that changed the amino acid composition were SNP g.4817 G> T cys> phen, SNP g.4865 C> A ser> tyr and SNP g.5089 G> Agly> glu. Mutations g.4944 C> T were diverse and was in Hardy Weinberg equilibrium.
Keyword: BG1 gene, disease resistance, diversity, IPB-D2 Chicken, mutation

Judul: Polimorfisme Gen BG1 serta Asosiasinya dengan Sifat Ketahanan Tubuh pada Calon Galur Ayam IPB-D2
Abstrak: Ayam IPB-D1 merupakan ayam lokal komposit dari ayam lokal (ayam kampung, ayam sentul, ayam pelung) dan ayam meat type (broiler). Komposisi genetik 25% ayam meat type pada ayam IPB-D1, memungkinkan ayam IPB-D1 mengalami penurunan ketahanan penyakit. Calon galur ayam IPB-D2 merupakan hasil persilangan dari ayam IPB-D1 yang di desain berdasarkan konsentrasi IgY total ≥ 10 mg mL-1 dan titer antibodi ND ≥ 3 log 2 HI unit. Pembentukan calon galur ayam IPB-D2 bertujuan menghasilkan ayam dengan daya tahan tubuh dan produktivitas yang tinggi. Ayam IPB-D2 dikembangkan agar dapat beradaptasi dengan sistem pemeliharaan ekstensif untuk memenuhi kebutuhan protein hewani masyarakat. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi keragaman SNP gen BG1 pada ayam IPB-D2 dan mengetahui asosiasinya dengan konsentrasi total IgY dan titer antibodi ND. Sebanyak 85 sampel DNA ayam IPB-D2 di sekuensing untuk mengetahui keragaman gen BG1. Gen BG1 merupakan gen kandidat pengontrol ketahanan penyakit ayam yang berada di wilayah MHC. Gen BG1 berfungsi menghambat aktivasi sel limfosit untuk menyeimbangkan fungsi limfosit. Data fenotipe yang digunakan dalam penelitian ini adalah konsentrasi total titer antibodi IgY dan ND. Imunoglobulin Yolk merupakan antibodi spesifik pada ayam yang dapat menetralkan mikroorganisme penyebab penyakit. Titer antibodi ND digunakan untuk mendeteksi keberadaan antibodi dalam tubuh. Hasil penelitian menemukan 6 titik mutasi g.4489 G>T di ekson 19, g.4712 C>T, g.4741 T>C, g.4747 T>C, g.4749 T>C, g.4761 G>A di ekson 20 dan delesi 2 basa g.4758-g.4759 delAT. Kodon stop prematur menyebabkan semua kodon setelahnya menjadi tidak aktif sehingga hanya SNP g.4489 G>T sisteina>fenilalanina dan g.4712 C>T glutamina>kodon stop, yang dapat diasosiasikan. Data asosiasi dianalisis menggunakan model GLM dengan software SAS 9.4 dan uji-t. Gen BG1 hanya dapat digunakan untuk membedakan antara genotipe ternak tetapi tidak dapat digunakan sebagai penanda seleksi untuk konsentrasi total IgY dan titer antibodi ND.
Keyword: ayam IPB-D2, gen BG1, kodon stop prematur, titer antibodi ND, total konsentrasi IgY

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: