Judul: Bacterial Grain Rot Disease of Rice in Purworejo District and  Analysis Simulation of Burkholderia glumae 16S rRNA Nucleotide Gene
Abstrak: Penyakit busuk bulir padi yang disebabkan oleh bakteri Burkholderia glumae adalah penyakit yang baru muncul di banyak negara, termasuk Indonesia. Penyakit ini juga dilaporkan terjadi di beberapa daerah di Jawa Tengah. Saat ini, diagnosis penyakit yang tepat sering memanfaatkan teknik molekuler, yaitu PCR dan sikuensing DNA.Tujuan dari penelitian ini adalah mengetahui hubungan antara teknik budidaya padi terhadap intensitas penyakit bulir padi di Kabupaten Purworejo dan simulasi analisis nukleotida gen 16S rRNA patogennya. Penelitian ini dilakukan melalui pengumpulan data sekunder agro-klimat dan laporan insidensi penyakit, pengamatan lapangan teknik budidaya, perkembangan penyakit selama fase generatif padi di tiga kecamatan di Purworejo. Simulasi analisis nukleotida gen 16S rRNA B. glumae koleksi Laboratorium Bakteriologi Tumbuhan IPB dilakukan menggunakan piranti lunak komputer dan GenBank. Tingkat penyakit busuk bulir padi berupa variabel insidensi dan severitas penyakit, serta AUDPC tampak lebih tinggi pada pertanaman yang menggunakan teknik budidaya lebih konvensional di kecamatan Ngombol dan Purwodadi daripada yang menggunakan PGPR sebagai agen biokontrol di Banyuurip. Tingkat penyakit juga lebih tinggi di musim tanam dengan kelembaban dan curah hujan yang lebih tinggi. Hasil dari simulasi analisis urutan nukleotida gen 16S rRNA dikonfirmasi bahwa patogen penyakit bulir padi adalah Burkholderia glumae melalui program BLAST di situs web GenBank dengan modus proporsi homologi di atas 97.5% dengan beberapa isolat dari negara lain. Konstruksi matriks identitas dengan program BioEdit dan pohon filogenetik dengan Mega X menunjukkan hubungan yang lebih dekat antara isolat B. glumae dan hubungan yang semakin jauh dengan spesies pembanding dari genera yang sama seperti B. gladioli dan B. Cepacia serta genera lain seperti Ralstonia dan Xanthomonas., Bacterial grain rot disease of rice caused by Burkholderia glumae is a newly emerging disease in many countries, including Indonesia. The disease has also been reported to occur in some areas of Central Java. Currently, the precise diagnosis of disease is often assisted by the use of molecular techniques, such as PCR and DNA sequencing. This study aims to determine the relation between different cultivation techniques used by farmers with disease intensity of rice grown in Purworejo Regency and to simulate analysis of the nucleotide sequence of the bacterial 16S rRNA gene. The research was conducted to collect agro climatic secondary data and reports of disease occurence, field observations on cultivation techniques, development of diseases during the generative phase of rice in three sub-districts in Purworejo. Nucleotide analysis with computer software and GenBank were carried out on the nucleotide sequence of the 16S rRNA gene of the bacterium B. glumae belonging to the Plant Bacteriology Laboratory of IPB. The level of rice grain rot disease in the observed variables of disease incidence and severity and their AUDPCs appeared higher in Ngombol and Purwodadi sub-districts with more conventional cultivation techniques than in Banyuurip subdistricts those using PGPR as biocontrol agents. Disease rates are also higher in the growing season, with higher humidity and rainfall. The simulation results from the analysis of the 16S rRNA gene nucleotide sequence showed that the causative agent was confirmed as Burkholderia glumae through the BLAST program on the GenBank website with modus of homology proportions above 97.5% with several isolates from
Keyword: AUDPC, climatic factors, cultivation techniques, disease intensity, sequence homology

Judul: Deteksi dan Identifikasi Molekuler Bakteri Burkholderia glumae dalam Benih Padi Varietas Unggul, Lokal, dan Hibrida
Abstrak: Bakteri Burkholderia glumae adalah patogen terbawa benih yang menyebabkan penyakit busuk bulir padi. Bakteri ini menjadi penyebab dari penyakit yang baru meningkat kembali statusnya di beberapa negara penanam padi, termasuk Indonesia. Bakteri ini merupakan patogen yang terbawa benih padi, sehingga ketika benih terinfeksi ditanam, tanaman padi yang tumbuh telah mulai terinfeksi sejak masih sangat dini. Deteksi dan identifikasi B. glumae diperlukan dalam pengambilan keputusan untuk strategi pengendalian lebih awal dan tepat. Deteksi dan identifikasi secara molekuler perlu diaplikasikan untuk B. glumae dalam benih padi mengingat tingkat sensitifitas, akurasi dan efisiensinya yang tinggi. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan deteksi dan identifikasi B. glumae secara molekuler dalam benih padi berbagai varietas baik unggul, lokal, dan hibrida yang diperoleh dari Pulau Jawa. Isolasi bakteri dari 25 varietas benih padi dilakukan pada media selektif untuk B. glumae, sucrose phosphate glutamate (S-PG). Sebanyak 15 isolat bakteri terduga B. glumae dari 15 varietas padi menunjukkan kemiripan morfologi dengan karakter spesifik koloni tipe A dari B. glumae pada media S-PG. Deteksi PCR dilakukan dengan primer 1418S dan 1418A yang spesifik mengamplifikasi wilayah sikuen insersi IS1418 dari B. glumae. Hasil PCR menunjukkan bahwa dari 15 isolat bakteri dengan ciri koloni spesifik B. glumae tipe A, 13 isolat terdeteksi positif sebagai bakteri B. glumae dengan terbentuknya ukuran pita DNA berukuran 572 pb. Analisis nukleotida gen 16S rRNA hasil sekuensing dari produk PCR menggunakan pasangan primer 27F dan 1429R dilakukan terhadap isolat-isolat positif B. glumae yaitu BCI11 asal varietas Pandan Wangi Cianjur, BKL14 asal varietas IR-64 Klaten, dan BGE24 asal varietas Hibrida 2 Gresik. Isolat BCI11, BKL14 dan BGE24 menunjukkan homologi berturut-turut sebesar 97%, 85%, dan 65% dengan isolat B. glumae yang tersedia dalam pangkalan data GenBank berdasarkan uji BLAST sikuen nukleotida gen 16S rRNA. Secara filogenetika, isolat BCI11 dan BKL11 berada di dalam kelompok yang sama dengan isolat B.glumae dari negara lain yaitu Thailand, Jepang, Cina, Timor Timur, Korea Selatan, India, Amerika Selatan, dan Panama.
Keyword: Analisis nukleotida, busuk bulir, filogenetika, patogen terbawa benih, PCR-sekuensing

Judul: Elektrodeposisi Film Tipis Semikonduktor Cu2ZnSnS4 (CZTS) pada Substrat Kaca ITO
Abstrak: Semiconductor Cu2ZnSnS4 (CZTS) thin film that can be used as absorber layers on solar cell module was made via electrodeposition method. CZTS thin film was electrodeposited on the surface of a silicate glass coated with a thin layer of indium tin oxide (ITO). Deposition process was done using potentiostatic mode at room temperature with a potential of 1.05 V for 30, 45, and 60 minutes, followed with annealing the film at 2 different temperatures, 500 ºC using furnace and 180 ºC using hot plate, both treatments for 45 minutes in N2/H2S atmosphere. The X-ray difractograms were analyzed using Match 2 program and showed that the CZTS thin films had kesterit crystalline structure, with a low percentage of CZTS phase. The thin film also contained secondary phases such as Cu2S, ZnS, and SnS. The obtained CZTS thin films had a thickness between 1.039 and 1.676 μm. Absorption study showed that the band gap energy of CZTS thin films which was annealed using furnace ranged from 1.50 to 1.52 eV, whereas that annealed using the hot plate was not observed. The band gap energy value showed that CZTS thin films can be used as sunlight absorber layers on solar cell. The formation of CZTS crystal film on this investigation was effectively performed using furnace annealing process at a temperature of 500 ºC with deposition time of 45 minutes.
Keyword: Thin film, Electrodeposition, Cu2ZnSnS4