Judul: Characteristics of Avian Influenza H9N2 Hemagglutinin Gene After Inhibition of Infection by Sialidase from Pasteurella multocida In Ovo
Abstrak: Pencegahan dan pengobatan virus pada saluran pernapasan telah banyak digunakan, salah satuya adalah sialidase. Sialidase asal bakteri Pasteurella multocida telah terbukti efektif menekan infeksi virus H9N2. Namun, perlu dilakukan penelitian lebih lanjut terkait efek yang akan terjadi pada virus apabila terus diberikan sialidase. Pada proses interaksi virus dan inang, virus dapat melarikan diri dengan merubah susunan asam amino pada gen hemaglutinin. Protein HA1 merupakan situs utama yang mengalami antigenic drift karena besarnya jumlah epitop. Penelitian ini bertujuan menganalisis karakteristik molekuler gen hemaglutinin avian influenza H9N2 pasca penghambatan oleh sialidase asal bakteri Pasteurella multocida. Penelitian ini menggunakan isolat dengan nama A/Layer/Indonesia/WestJava-04/2017. Konfirmasi virus dilakukan menggunakan reverse transcription polymerase chain reaction. Setelah itu, dilakukan pasase sebanyak lima kali pada kelompok placebo dan kelompok sialidase. Gen hemaglutinin disekuensing menggunakan metode sanger dan dianalisis pada receptor binding pocket, homologi, dan filogenetik. Hasil penelitian ini menunjukan seluruh kelompok tidak mengalami perubahan pada gen HA setelah lima pasase. Perbandingan homologi menunjukan 100% serupa dengan virus awal. Pohon filogenik menunjukan ada keterkaitan pada isolat A/muscovy_duck /Vietnam/LBM719/2014 dan A/chicken/Henan/LY-36/2013., The prevention and treatment of viruses in the respiratory tract have been widely used, including sialidase. Sialidase from the bacterium Pasteurella multocida has been shown to be effective in suppressing H9N2 virus infection. However, further research is needed regarding the effect that will occur on the virus if sialidase is continued. During the interaction between the virus and the host, the virus can escape by changing the amino acid sequence in the hemagglutinin gene. The HA1 protein is the main site that experiences antigenic drift due to a large number of epitopes. This study aims to analyze the molecular characteristics of the avian influenza H9N2 hemagglutinin gene after inhibition by sialidase from the bacterium Pasteurella multocida. This study used isolates with the name A/Layer/Indonesia/WestJava-04/2017. Virus confirmation was performed using reverse transcription polymerase chain reaction. After that, five passages were performed in the placebo and sialidase groups. The hemagglutinin gene was sequenced using the Sanger method and analyzed for receptor binding pocket, homology, and phylogenetics. The results of this study showed that all groups did not experience changes in the hemagglutinin gene after five passages. Homology comparisons show 100% similarity to the original virus. The phylogenic tree shows that there is a relationship between A/muscovy_duck/Vietnam/LBM719/2014 and A/chicken/Henan/LY-36/2013 isolates.
Keyword: H9N2, mutation, pasteurella multocida, sialidase

Judul: Karakterisasi Molekuler Gen Hemaglutinin Virus Avian Influenza Subtipe H9N2 yang Diisolasi dari Ayam Layer di Pulau Jawa.
Abstrak: Virus Avian Influenza (VAI) subtipe H9N2 merupakan ancaman bagi peternak layer di seluruh dunia. Infeksi VAI subtipe H9N2 dapat mengakibatkan kerugian ekonomi yang cukup besar bagi peternak layer, karena menyebabkan penurunan produksi telur hingga 70% apabila disertai oleh ko-infeksi bakteri atau virus lain. Pulau Jawa merupakan pulau dengan kepadatan ternak unggas yang paling tinggi di Indonesia. Wabah VAI H9N2 di Pulau Jawa belum pernah dilaporkan, namun mengingat besarnya kemungkinan telah terjadi penyebaran VAI subtipe H9N2 ke pulau Jawa, maka kegiatan surveilans terkait keberadaan virus ini perlu dilakukan, terutama pada peternakan layer yang mengalami penurunan produksi telur secara drastis. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk melakukan karakterisasi secara molekuler isolat VAI subtipe H9N2 yang diisolasi dari ayam layer yang mengalami penurunan produksi telur di Pulau Jawa, serta mempelajari hubungan filogenetiknya dengan VAI subtipe H9N2 yang diisolasi di negara lain yang mengalami wabah H9N2. Tiga puluh tiga isolat arsip suspek VAI H9N2 digunakan pada penelitian ini. Isolat virus di propagasi pada telur ayam berembrio spesific antibody negative (TAB-SAN), kemudian RNA virus diekstraksi dari cairan alantois TAB dan identifikasi virus dilakukan dengan metode reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) terhadap keberadaan gen H9 dan N2. Sekuensing nukleotida terhadap gen hemaglutinin (HA) dilakukan pada isolat virus yang menunjukkan hasil positif terhadap gen H9 dan N2. Karakteristik gen HA dianalisa berdasarkan motif cleavage site, receptor binding site, antigenic site serta ada tidaknya Potential N-Linked Glycosylation Site (PGS) di sekitar receptor binding site. Kedekatan filogenetik dianalisa dengan membandingkan isolat virus pada penelitian ini dengan isolat VAI subtipe H9N2 lainnya pada GenBank melalui pohon filogenetik. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa 13 dari 33 isolat virus merupakan VAI subtipe H9N2 dan masuk ke dalam lineage Y280, clade h9.4.2.5, serta memiliki kedekatan genetik dengan isolat Cina tahun 2013 dan Vietnam tahun 2014 dengan persentase homologi nukelotida sebesar 96.9%–98.8%. Pola susunan asam amino pada cleavage site gen HA dari 13 isolat VAI H9N2 adalah PSR(K)SSR↓GLF yang mengindikasikan bahwa virus pada penelitian ini memiliki patogenisitas yang rendah pada unggas (low pathogenic avian influenza/LPAI).
Keyword: VAI subtipe H9N2, layer, karakterisasi molekuler, gen HA

Judul: Budidaya Tanaman Coklat (Theobroma cacao L.) Di Kebun Ngrangkah Pawon Cs PT Perkebunan XXIII Kediri Jawa Timur
Abstrak: Tanaman coklat (Theobroma cacao L.) merupakan tanaman tahunan yang termasuk didalam genus Theobroma, suatu genus yang termasuk Famili Sterculiaceae didalam Ordo Malvales (Cheesman, 1960). Tanaman coklat berasal dari daerah Amazon Basin di Amerika Selatan. Biji-biji coklat yang dihasilkan oleh Theobroma са cao L. terdiri dari 2 jenis, yaitu tipe Criollo dan tipe Forastero. Criollo merupakan tipe coklat bermutu tinggi (edel cacao) yang hampir seluruhnya berbiji putin dan waktu fermentasinya lebih cepat. Sedangkan Forastero me rupakan tipe coklat yang mutunya rendah (bulk cacao), biji-bijinya gepeng dan selalu berwarna ungu serta produksinya lebih tinggi dari tipe Criollo. - Menurut Soenaryo dan Sangap Situmorang (1978), Theo broma cacao L. dapat dilukiskan sebagai pohon yang tingginya 4-15 m tergantung dari tipe dan kondisi tumbuhnya. Sifat pertumbuhannya dimorphous artinya mempunyai 2 bentuk cabang yaitu cabang yang tumbuh selamanya horizontal disebut cabang-cabang plagiotrop dan cabang-cabang yang tumbuhnya vertikal disebut cabang orthotrop. Cabang- cabang plagiotrop mempunyai susunan daun berselang seling terletak dalam satu bidang yang mempunyai rumus kedudukan daun 1/2 dan cabang orthotrop rumus kedudukan daunnya adalah 3/8.
Keyword: