Judul: Penjajaran sekuen DNA paralel berbasis kolom menggunakan algoritme Needleman-Wunsch dan graphic processing unit (GPU)
Abstrak: Deoxyribo nucleid acid (DNA) merupakan salah satu biomolekul yang berperan penting dalam menyimpan instruksi genetika makhluk hidup. DNA sendiri terdiri atas jutaan nukleotida yang saling berpasangan yang membentuk susunan double helix. Untuk mendapatkan informasi pada dua pasang DNA salah satunya perlu dilakukan proses penjajaran secara lokal maupun global. Salah satu cara yang dapat digunakan adalah menggunakan metode penjajaran global sekuen dengan skema berbasi kolom dengan tujuan untuk mendapatkan kemiripan DNA. Untaian DNA yang dibangkitkan secara acak tersebut diolah menggunakan library yang dimiliki oleh sebuah graphic processing unit yang dinamakan dengan CUDA. CUDA merupakan sebuah platform komputasi yang disediakan oleh NVIDIA untuk memanfaatkan cores yang ada pada GPU untuk digunakan pada proses komputasi. Tujuan penggunaan CUDA pada proses penjajaran DNA adalah untuk mencapai speedup semaksimal mungkin dibandingkan dengan menggunakan CPU. Pada penelitian ini didapatkan hasil speedup menggunakan GPU dibandingkan dengan CPU adalah 7.9 kali.
Keyword: columnwise, graphics processing unit, speedup

Judul: Global Sequence alignment of DNA using Rowwise Needleman-Wunsch Algorithm in CUDA
Abstrak: Penjajaran sekuen merupakan hal yang fundamental dalam bioinformatika. Penjajaran sekuen dapat dilakukan untuk menganalisis DNA. Penjajaran sekuen dilakukan dengan menggunakan pemograman dinamis yang memiliki kompleksitas O(mn). Penerapan paralel pada penjajaran sekuen dapat mempercepat proses penjajaran. Implementasi penerapan paralel pada penjajaran sekuen membutuhkan skema partisi seperti rowwise, colunmwise, dan antidiagonal. Tujuan dari penelitian ini adalah menerapkan algoritme global pairwise alignment (Needleman-Wunsch) paralel menggunakan graphic processing unit (GPU) dengan skema partisi rowwise. Hasil penelitian menunjukkan speedup dapat meningkat hingga 5.9 kali untuk sekuen DNA dengan panjang 22 000 bp.
Keyword: Institut Pertanian Bogor, Bogor Agricultural University, IPB, GPU, Needleman-wunsch, Sequence alignment, Rowwise, Scoring matrix, dinisialisasi matriks penskoran, Pengisian matriks, Traceback

Judul: Economic valuation of the solid waste disposal management of bantar gebang to determine management policy in the future
Abstrak: The existence of Bantar Gebang Solid Waste Disposal (SWD) Management considered a problem and a blessing for the surrounding community. The aim of the research was to determine the impacts, the externality and the Total Economic Value Management of Bantar Gebang SWD and SWD Policy. Analysis of the externality is the result of direct or indirect impacts of the Bantar Gebang SWD including economic impact, social impact and environmental impact. Negative externalities analyses were based on the inconvenience, the loss of environmental values, pollution, and decreased property values. Positive externalities analysis included the existence of business and employment opportunities for the people to waste recycle, and the existence of access roads to facilitate transport to landfill to the surrounding community. Total economic value of the economic valuation analysis of Bantar Gebang SWD is comprised of the total cost of Rp 1.70 trillion and the total benefits of Rp 2.19 trillion so that the total economic value amounting to Rp 482 billion. This shows positive total economic value means that the existence Bantar Gebang SWD is waste recycle activities domination by informal sector.
Keyword: Sanitary landfill, Solid waste disposal