Judul: Characterization and Genetic Diversity of SOX9 and MSTN Gene in Junglefowl as Potential Gene Influencing Syrinx Phenotype Diversity
Abstrak: Suara kokokan ayam merupakan hasil vokalisasi yang memiliki pola beragam, baik pada ayam domestik maupun ayam hutan. Siring, organ penghasil suara pada Aves, memiliki anatomi yang dilaporkan beragam. Keragaman anatomi siring ini dihipotesiskan berkontribusi terhadap terbentuknya pola suara vokalisasi yang beragam. Ayam adalah burung yang tidak mampu untuk menirukan suara dari sumber suara lainnya, sehingga pola suara kokokannya diturunkan secara genetik. Kedua hipotesis ini menunjukkan bahwa diversitas faktor genetik, seperti variasi urutan nukleotida, yang berhubungan dengan pembentukan fenotipe siring, mempengaruhi pola suara vokalisasi pada ayam, seperti suara kokokan. Gen SOX9 adalah suatu gen yang menyandikan suatu protein yang berperan dalam peregulasian ekspresi dari berbagai gen, dengan gen-gen yang berkaitan dengan pembentukan dan perkembangan tulang rawan adalah contoh target peregulasiannya. Gen MSTN merupakan gen penyadi protein regulator dengan gen-gen yang berperan dalam pembentukan dan perkembangan otot rangka adalah contoh gen target peregulasiannya. Berdasarkan temuan akan fungsi-fungsi dari kedua gen ini, gen SOX9 dan MSTN diprediksikan memiliki potensi memengaruhi diversitas fenotipe siring. Oleh karena hal tersebut, penelitian ini bertujuan untuk mengarakterisasi gen SOX9 dan MSTN pada spesies ayam hutan serta mengukur tingkat diversitasnya. Penelitian ini menggunakan sampel bulu bagian dada dari ayam hutan hijau (Gallus varius) sebagai sumber bahan genetik. Sepuluh sampel G. varius dianalisis untuk gen SOX9 dan 4 sampel untuk gen MSTN. Ekson 1 dan 2 gen SOX9 dan ekson 2 dan 3 gen MSTN diamplifikasi menggunakan masing-masing 2 pasang primer yang didisain berdasarkan gen SOX9 dan MSTN dari ayam domestik persilangan breed Broiler dan White Leghorn (NC_052549.1 dan NC_052538.1). Sebagai tambahan, data area target dari kedua gen tersebut, yang berasal dari whole genome sequence (WGS) dari empat spesies ayam hutan yang tersimpan pada repositori online dalam format SRA, dipetakan dan disusun berdasarkan gen SOX9 dan gen MSTN ayam domestik menggunakan BLASTN dan MEGA7. Keseluruhan data kemudian dianalisis secara bioinformatik. Investigasi terhadap kedua gen ini menunjukkan, area target dari gen SOX9 dan MSTN keempat ayam hutan memiliki karakteristik yang mirip dengan yang dimiliki oleh ayam domestik, baik pada urutan nukleotida dan asam aminonya. Tingkat diversitas kedua gen pada area target tersebut ditemukan tinggi pada urutan nukleotidanya, namun tidak pada urutan asam aminonya. Berdasarkan hasil yang didapatkan, posisi atau situs nukleotida varian unik hanya teramati pada urutan nukleotida gen MSTN G. varius (sampel dan pustaka SRA). Selain itu diduga urutan nukleotida pada area UTR menyimpan posisi nukleotida varian yang lebih banyak dibandingkan area CDS pada gen SOX9 dan MSTN dari spesies ayam hutan., Chicken crowing is a vocalization sound which commonly produced by rooster and was known to have diverse sound pattern in both domesticated chicken and junglefowl. The syrinx, unique sound producing organ in Aves, has been reported to have diverse anatomy. This anatomical diversity is proposed as contributing factor in the diversity of vocalization sound pattern. Chickens are birds which unable imitating the sound from other sound sources, which indicate the crowing sound pattern is genetically inherited. These 2 hypotheses suggest that diversity of genetic factor, such as nucleotide diversity, which linked to syrinx phenotype development affecting vocalization sound patterns, such as crowing, in chicken. The SOX9 gene encodes a protein
Keyword: Junglefowl, MSTN gene, SOX9 gene, syrinx

Judul: Characteristics of Song and Morphometric Syrinx in Male Pelung Chicken
Abstrak: RIFQI AHMAD MUZAKI. Karakteristik Suara Song dan Morfometrik Syrinx pada Ayam Pelung Jantan. Dibimbing oleh MARIA ULFAH dan CHAIRUN NISA’. Ayam pelung merupakan ayam asli Indonesia yang berasal dari Kabupaten Cianjur, Jawa Barat. Ayam ini memiliki suara panjang dan mengalun, yang dihasilkan oleh organ syrinx. Syrinx tersusun atas cartilago, membrane, musculus, dan pessulus syrinx. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis perbedaan karakteristik suara song dan morfometrik syrinx ayam pelung jantan muda dan dewasa. Penelitian ini menggunakan ayam pelung jantan muda (umur 7 - 8 bulan) dan dewasa (umur 18 bulan) masing-masing sebanyak tiga ekor. Analisis deskriptif dilakukan untuk menjelaskan karakteristik suara song dan morfometrik syrinx pada ayam pelung jantan. Uji t dilakukan untuk menjelaskan adanya perbedaan data akustik suara song dan pengukuran syrinx ayam pelung kedua kelompok umur. Analisis korelasi dilakukan untuk mengetahui pengaruh ukuran syrinx terhadap data akustik suara song ayam pelung jantan. Hasil pengamatan menunjukkan bahwa kelompok ayam pelung jantan dewasa memiliki suara song dengan nilai amplitudo, durasi, dan kekuatan yang lebih besar dibandingkan dengan kelompok muda. Selain itu, pada kelompok ayam pelung dewasa musculus sternotrachealis teramati lebih subur dibandingkan pada kelompok muda dan diameter cartilago bronchosyringealis khususnya yang sinister (laterolateral) pada kelompok dewasa lebih kecil dibandingkan kelompok muda, yaitu masing-masing sebesar 2.62±0.28 mm dan 3.08±0.23 mm (P<0.05). Hasil penelitian ini juga memperlihatkan bahwa diameter cartilago tympanum khususnya bagian laterolateral berkorelasi negative (P<0.05) terhadap nilai amplitudo (min dan peak amplitude), sehingga bertambahnya diameter cartilago tympanum (laterolateral) menyebabkan nilai min dan peak amplitude menurun. Selain itu, bertambahnya umur berkorelasi positif (P<0.05) terhadap average dan max power, sehingga bertambahnya umur menyebabkan nilai average dan max power meningkat. Dapat disimpulkam bahwa perbedaan umur dan perbedaan karakteristik morfometrik syrinx berpengaruh terhadap karakteristik suara song ayam pelung., RIFQI AHMAD MUZAKI. Characteristics of Song and Morphometric Syrinx in Male Pelung Chicken. Supervised by MARIA ULFAH and CHAIRUN NISA’. Pelung chicken is one of Indonesia native chickens originated from Cianjur, West Java. The chicken has a long and flowing song, produced by syrinx. Poultry’s syrinx contains of cartilages, membranes, musculus, and pessulus. This study analyzed characteristic of song and syrinx morphometric in adult male pelung iv chickens. Juvenile group (7 - 8 months) and adult group (18 months), three chickens in each group. The descriptive analysis was used to reveal the characteristics of song and syrinx morphometric in male pelung chicken. The t-test was used to the differences in song acoustic and measurement of syrinx. Correlation analysis was used to determine the effect of syrinx size on the song acoustic in male pelung chicken. The adult chicken group produced a higher amplitude, duration, and power compared to the juvenile chicken group. The adult chicken group had musculus sternotrachealis more mature than juvenile chicken group and the diameter of bronchosyringealis sinister (laterolateral) cartilage is smaller than juvenile chicken group wheres 2.62±0.28 mm and 3.08±0.23 mm. This study also showed that the diameter of cartilage tympanum (laterolateral) was negatively correlated to the minimum and peak amplitude of chicken song (P<0.05), this means that increasing of cartilage tympanum diameter (laterolateral) might decrease the mininum and peak amplitude of chicken song. However,
Keyword: Bogor Agricultural University; Institut Pertanian Bogor; IPB; Accoustic; Pelung Chicken; Morphometric; Syrinx; Animal science; Song accoustic; Song characteristics; Waveform;akustik; ayam pelung jantan; morfometrik; song; syrinx;

Judul: Pembuatan Film Tipis Lithium Niobat (LiNbO3) Menggunakan Metode Chemical Solution Deposition (CSD) dengan Variasi Kecepatan Putar (Rpm).
Abstrak: Film tipis merupakan salah satu aspek yang mendapat perhatian sangat besar dalam bidang material, karena film tipis merupakan material menarik yang memiliki sifat optik yang sangat tergantung pada konstanta dielektrik, indeks bias, dan energi gap. Lithium Niobat (LiNbO3 ) dapat digunakan sebagai pelapis pada film tipis karena memiliki sifat piezoelektrik, electrooptical, pyroelectrical dan photorefractive yang sangat baik. Film tipis Lithium Niobat (LiNbO3 ) ditumbuhkan menggunakan metode Chemical Solution Deposition (CSD) dengan variasi kecepatan 3500 rpm, 5000 rpm, 6500 rpm, dan 8000 rpm. Metode ini memiliki keunggulan dapat mengontrol stokiometri film tipis dengan kualitas yang baik, prosedur yang mudah dan membutukan biaya yang relatif murah. Energi band gap yang dihasilkan dari film tipis Lithium Niobat (LiNbO3) berkisar antara rentang 2.1 eV – 2.8 eV dengan indeks bias berada pada rentang 2.18-3.2. Film tipis LiNbO3 memiliki parameter kisi a=b=5.54Ǻ dan c = 16.35 Ǻ. Struktur morfologi film tipis adalah permukaan yang homogen dan ukuran kristal berada pada rentang 0.417 μm – 0.680 μm.
Keyword: sifat optik, litium niobat, chemical solution deposition, kecepatan putar