Judul: Identifikasi dan Perunutan DNA mtCOI Kutukebul Subfamili Aleurodicinae yang Dikoleksi dari Ancol, Cipanas, dan Pameungpeuk
Abstrak: Tiga spesies kutukebul Aleurodicus dispersus, Aleurodicus dugesii dan Paraleyrodes minei (Hemiptera: Aleyrodidae) termasuk subfamili Aleurodicinae yang ditemukan menyerang berbagai komoditas pertanian di Indonesia. Berdasarkan data genetika yang tersedia di situs GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/), data molekuler ke tiga spesies kutukebul tersebut belum ada, khususnya yang berasal dari wilayah Indonesia. Penelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi dan mengetahui runutan nukleotida fragmen DNA mtCOI A. dispersus, A. dugesii dan P. minei yang dikoleksi dari Ancol (Jakarta), Cipanas (Cianjur) dan Pameungpeuk (Garut). DNA didapatkan dari ekstraksi imago kutukebul A. dispersus, A. dugesii dan P. minei. Amplifikasi DNA dilakukan dengan menggunakan PCR. Perunutan fragmen DNA mtCOI dilakukan dengan mengirim sampel hasil PCR ke PT Genetica Science Indonesia. Primer PCR yang digunakan ialah forward primer 5’-TTGATTTTTTGGTCATCCAGAAGT-3’ dan reverse primer 5’-TCCAATGCACTAATCTGCCATATTA-3’. Runutan nukleotida fragmen DNA mtCOI dianalisis dengan program Bioedit V 7.1.7. dan CLC Sequence Viewer V 6.7.1, disejajarkan dengan runutan nukleotida fragmen DNA mtCOI spesies kutukebul lain menggunakan program BLAST di situs Genbank. Runutan nukleotida fragmen DNA mtCOI A. dispersus Ancol memiliki nilai homologi sebesar 99.7% dengan A. dispersus India (JQ995239.1) dan China (JX566506.1). Runutan nukleotida fragmen DNA mtCOI A. dugesii Cipanas memiliki nilai homologi 99.5% dengan A. dugesii USA (AY521251.1). Di situs GenBank belum terdapat informasi runutan DNA kutukebul P. minei. Perunutan fragmen DNA mtCOI dengan menggunakan primer yang sama didapatkan runutan fragmen DNA mtCOI yang berbeda, yaitu A. dispersus 891 pb, A. dugesii 885 pb, dan P. minei 876 pb. Komposisi basa nukleotida A dan T masing-masing sampel tinggi, yaitu A. dispersus 76.09%, A. dugesii 78.19%, dan P. minei 72.95%.
Keyword: Aleurodicus, Paraleyrodes, mtCOI, Jawa

Judul: Variasi Haplotipe Gen Cytochrome c Oxidase I dan II pada Wereng Hijau Nephotettix virescens (Distant) (Hemiptera: Cicadellidae) Populasi Indonesia.
Abstrak: Wereng hijau, Nephotettix virescens (Hemiptera: Cicadellidae) merupakan serangga vektor virus tungro padi yang menginfeksi tanaman padi di Indonesia. Gejala tanaman yang terinfeksi virus tungro menjadi kerdil, warna daun menguning, daun muda menggulung, anakan padi berkurang, dan gabah hampa, sehingga menyebabkan pertumbuhan tanaman terganggu yang berakibat menurunnya produktivitas. Populasi N. virescens memiliki variasi yang berbeda pada karakter morfologi eksternal (kepala, torak, sayap, abdomen, dan tungkai) dan karakter genitalia jantan (aedeagus, jumlah spines (duri) pada aedeagus, dan pygofer) di beberapa wilayah Indonesia. Variasi yang terjadi pada populasi N. virescens kemungkinan dipengaruhi oleh kondisi lingkungan lokal sehingga tidak mengungkapkan pola pengelompokkan berdasarkan geografik. Oleh karena itu, diperlukan identifikasi serangga vektor yang lebih akurat untuk membedakan populasi N. virescens dari berbagai daerah. Pendekatan molekular dengan mempelajari variasi genetik diharapkan dapat mengungkapkan pola pengelompokkan berdasarkan geografik, sehingga dapat digunakan untuk Pemantauan persebaran populasi N. virescens di setiap daerah. Oleh karena itu, database molekular N. virescens sangat diperlukan untuk mengembangkan strategi pengendalian vektor. Informasi variasi genetik dapat digunakan untuk mempelajari asal-usul serangga vektor ketika terjadi dominansi N. virescens di suatu daerah. Marka DNA mitokondria (DNAmt) dapat digunakan untuk mempelajari identifikasi spesies, variasi genetik intra spesies dan hubungan kekerabatan antar spesies. Gen pada DNAmt yang banyak digunakan dalam studi molekular untuk mempelajari variasi genetik dan struktur populasi adalah gen cytochrome c oxidase (COI dan COII). Daerah gen COI dan COII memiliki variabilitas yang rendah, bersifat konservatif, tidak ada insersi dan delesi. Data DNAmt untuk N. virescens di Indonesia belum ada. Oleh karena itu, analisis variasi gen COI dan COII N.virescens di Indonesia perlu dilakukan untuk mendapatkan database serangga tersebut. Penelitian ini bertujuan mempelajari variasi haplotipe gen COI dan COII N. virescens yang dikoleksi dari delapan lokasi di enam provinsi di Indonesia, yaitu Aceh, Jawa Barat, Jawa Tengah, Jawa Timur, Bali, dan Sulawesi Selatan. Tahapan analisis molekular meliputi ekstraksi DNA fase dewasa N. virescens, amplifikasi DNA, perunutan dan alignment DNA. Primer gen COI dan COII N. virescens dirancang berdasarkan complete genome DNAmt N. cincticeps (GenBank no. aksesi KP749836). Analisis bioinformatik dilakukan berdasarkan homologi runutan basa dan asam amino, analisis jarak genetik dan konstruksi pohon filogeni untuk kekerabatan antar populasi. Analisis molekular lain meliputi diversitas haplotipe dan basa, dan analisis struktur genetik populasi. Sebanyak 128 urutan basa gen COI dan COII telah berhasil diperoleh dari 64 individu N. virescens. Hasil alignment dari delapan populasi diperoleh panjang basa gen COI dan COII parsial masing-masing sebesar 735 dan 612 pb. Penelitian ini menemukan 14 dan 10 haplotipe baru dari alignment runutan basa berturutturut untuk COI dan COII. Haplotipe baru hasil penelitian ini telah didaftar ke DNA Data Bank of Japan (DDBJ) dengan nomer aksesi: LC330970 - LC330983 untuk gen COI dan LC330984 – LC330993 untuk gen COII. Variasi basa yang terjadi pada 14 haplotipe gen COI dan ke-10 haplotipe gen COII adalah berupa substitusi yang tidak selalu menyebabkan perubahan asam amino. Hasil penelitian menemukan gen COI terdiri atas satu haplotipe umum dan 13 haplotipe spesifik, sedangkan gen COII ditemukan dua haplotipe umum dan delapan haplotipe spesifik. Haplotipe umum ditentukan berdasarkan runutan basa yang ditemukan disemua lokasi sampel yang diteliti, yaitu haplotipe 1 (HT1)
Keyword: gen COI, gen COII, Nephotettix virescens, variasi haplotipe, wereng hijau

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: