Judul: Analisis Potensi Senyawa Bioaktif Ekstrak Etanol Biji Koro Benguk (Mucuna pruriens) sebagai Inhibitor Enzim Main Protease SARS-CoV-2 In Silico
Abstrak: Coronavirus disease 2019 (Covid-19) adalah penyakit infeksius yang disebabkan virus SARS-CoV-2. Salah satu protein penting dalam replikasi dan transkripsi virus di dalam sel adalah enzim main protease (Mpro). Penelitian bertujuan mengidentifikasi senyawa bioaktif dalam ekstrak etanol koro benguk (Mucuna pruriens) dan menentukan senyawa yang berpotensi menginhibisi aktivitas enzim protease Mpro virus SARS-CoV-2 secara in silico. Metode LC-MS QTOF digunakan untuk identifikasi senyawa aktif, dilanjutkan dengan penapisan virtual dan penambatan molekuler dengan aplikasi YASARA Structure. Hasil penelitian menunjukkan dari 16 senyawa aktif dalam ekstrak etanol 96% koro benguk, terdapat 4 senyawa aktif yang berpotensi sebagai inhibitor enzim protease Mpro SARS-CoV-2 berdasarkan analisis energi bebas ikatan (ΔG), konstanta disosiasi (Kd), interaksi ligan-reseptor, uji bioavailabilitas dan toksisitas, yakni kaempferol, 1,2,3-trimetoksi-10-metilakridon, 6-metoksiisodiktamnin, dan 5,7- dihidroksikromon. Kaempferol merupakan senyawa terbaik yang berpotensi sebagai inhibitor enzim protease Mpro berdasarkan seluruh parameter yang dianalisis.
Keyword: Inhibitor protease Mpro, Mucuna pruriens, Penambatan molekuler

Judul: Analisis In Silico Senyawa Golongan Fenolik Sebagai Inhibitor Enzim 3Cl Protease SARS-CoV-2 Asal Pasien Indonesia
Abstrak: Coronavirus disease (COVID-19) merupakan penyakit yang disebabkan oleh SARS-CoV-2. 3Clpro adalah enzim yang memiliki peran utama dalam proses replikasi SARS-CoV-2. Analisis in silico dengan menggunakan 3Clpro asal genom pasien Indonesia sebagai reseptor belum pernah dilakukan sebelumnya. Senyawa fenolik yang memiliki peran sebagai antivirus diduga berpotensi dalam menghambat kerja 3Clpro. Penelitian ini bertujuan menapis 166 senyawa fenolik dan turunannya yang memiliki potensi terbaik dalam menginhibisi 3Clpro (EPI_ISL_576383) menggunakan metode penapisan virtual melalui analisis ΔG, bioavaibilitas dan toksistas ligan, serta visualisasi 2D dan 3D. Bioavaibilitas ligan diprediksi berdasarkan aturan Lipinski. Prediksi toksisitas ligan menggunakan Toxtree dengan parameter Cramer rule. Diperoleh 8 senyawa terbaik dalam menginhibisi 3Clpro yang memiliki potensi sebagai obat COVID-19. Baicalin, quercetagetin, gossypetin, quercitrin, taxifolin, butein, chlorogenic acid, dan catechin hydrate dapat menghambat 3Clpro dengan berikatan hidrogen pada sisi aktif. Senyawa aktif baicalin menjadi ligan terbaik dengan ΔG -8.9 kkal/mol dan berinteraksi dengan sepuluh residu 3Clpro SARS-CoV-2 (EPI_ISL_576383).
Keyword: 3CLpro, phenolic compound, SARS-CoV 2, virtual screening

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: