Judul: Isolasi, Identifikasi dan Karakterisasi Gen Virulen Streptococcus agalactiae sebagai Kandidat Vaksin DNA
Abstrak: Salah satu masalah utama dalam budidaya ikan nila (Oreochromis niloticus) di Indonesia adalah penyakit akibat bakteri Streptococcus agalactiae. Vaksinasi merupakan cara yang paling efektif untuk mencegah dan melindungi penyakit tersebut. Vaksin DNA merupakan teknologi vaksin generasi ketiga berdasarkan antigen yang digunakan. Gen mga adalah DNA-binding protein yang mengaktivasi beberapa gen virulen untuk mengkode protein M, C5a peptidase dan protein Mga. Penelitian ini bertujuan untuk isolasi, identifikasi dan karakterisasi gen mga untuk mendukung pengembangan vaksin DNA. Isolat berbentuk coccus, Gram positif berhasil diisolasi dan diekstraksi dari ikan nila sakit. Berdasarkan gen penyandi 16S rRNA teridentifikasi sebagai bakteri S. agalactiae dengan kesamaan 97% (no. Aksesi GenBank EU075070.1). Gen mga S. agalactiae berhasil diisolasi dengan ukuran 1454 bp. Kloning gen ke vektor pGEM-T easy dan transformasi menggunakan sel kompeten Eschericia coli DH5α dengan metode heat shock berhasil dilakukan dan hasil sekuensing gen tersebut sesuai dengan sekuen gen target. Vektor pGEM-T easy dengan sisipan gen mga berhasil direstriksi menggunakan metode double digestion enzim Sal I dan Not I. Fragmen DNA telah berhasil dikloning ke vektor pMBA yang memiliki promoter β-actin ikan medaka sebagai pMBA-MGA. Analisis sekuen nukleotida berdasarkan primer M13 menunjukkan bahwa klon mengandung gen mga dengan 98% kesamaan terhadap M protein mga S. agalactiae (no. Aksesi GenBank CP003919.1). Peta plasmid telah berhasil digambar menggunakan program Snapgene 1.1.3. Konstruksi gen mga yang dikendalikan oleh promoter β-actin ikan medaka telah berhasil dibuat dan ini merupakan kandidat vaksin DNA untuk mengendalikan infeksi S. agalactiae pada ikan nila
Keyword: vaksin DNA, Streptococcus agalactiae, gen mga, Oreochromis niloticus

Judul: Vaksin Polivalen Streptococcus agalactiae untuk Pencegahan Penyakit Streptococcosis pada Ikan Nila (Oreochromis niloticus).
Abstrak: Streptococcosis mulai dilaporkan terjadi di Indonesia tahun 2009 dan hingga tahun 2015 hasil identifikasi menunjukkan Streptococcus agalactiae non-hemolitik menjadi penyebab utama. Penelitian streptococcosis selama ini banyak terpusat di Pulau Jawa, sementara diluar Pulau Jawa sebagai produsen ikan nasional yang menyumbang lebih 60% produksi nasional jarang dilakukan. Beberapa penelitian menyebutkan bahwa faktor geografis memberikan pengaruh terhadap karakteristik fenotip dan genotip S. agalactiae, sehingga sulit menyediakan satu sediaan bakteri sebagai penyusun vaksin yang potensial untuk memproteksi serangan S. agalactiae di seluruh Indonesia. Berdasarkan hal tersebut, maka dilakukan penelitian untuk pencegahan streptococcosis pada ikan nila, yang terdiri dari 4 tahap yaitu 1) analisis karakteristik fenotip dan genotip S. agalactiae, 2) identifikasi gen virulen dan korelasinya terhadap patogenesitas S. agalactiae, 3) toksisitas sel utuh dan extracellular product (ECP) S. agalactiae β-hemolitik dan non-hemolitik pada ikan nila, dan 4) penentuan komposisi formulasi vaksin dan efikasi vaksin polivalen terhadap ikan nila. Tahap pertama penelitian dilakukan untuk mengetahui karakteristik bakteri S. agalactiae meliputi uji fenotip, identifikasi isolat dengan konvensional PCR serta analisis pohon filogenetik. Karakterisasi dilakukan terhadap sepuluh isolat bakteri terdiri dari lima isolat berasal dari Pulau Jawa (N14G, NK1, NB002O, NT01O, N2O), dua asal Papua (NP104O dan NP105O), Kalimantan Selatan (S01-196-16), Gorontalo (NMbO), dan Jambi (SG01-16). Hasil uji biokimia menunjukkan semua isolat kokus Gram positif, non-motil, katalase dan oksidase negatif, fermentatif positif, tidak tumbuh pada media sulphide indole motility (SIM), tumbuh pada media NaCl 6.5% dan bile salt 40%, uji D-mannitol dan Aesculin diperoleh hasil negatif. Hasil uji tumbuh dalam media blood agar, semua isolat asal Pulau Jawa dan Gorontalo termasuk dalam tipe non-hemolitik (biotipe 2), sedangkan isolat dari Papua, Kalimatan Selatan dan Jambi tergolong dalam tipe β-hemolitik (biotipe 1). Semua strain S. agalactiae dominan resisten terhadap antibiotik yang diujikan. Semua isolat dikonfirmasi berdasarkan hasil BLAST diperoleh identity 97-99% bakteri S. agalactiae, dan hasil konstruksi pohon filogenetik sebanyak sepuluh S. agalactiae lokal Indonesia terbagi dalam dua clade. Perbedaan karakter fenotip S. agalactiae pada penelitian tahap pertama dipengaruhi oleh genotip, sehingga pada penelitian tahap kedua dilakukan identifikasi gen virulen. Munculnya serta jumlah gen virulen dikorelasikan dengan patogenisitas bakteri pada ikan nila dengan mengamati gejala klinis, perubahan patologi anatomi, hematologi, histopatologi dan kematian ikan. Hasil uji diperoleh, kelompok bakteri tipe β-hemolitik (NP104O, NP105O, SG01-16 dan S01-196-16) terdeteksi 7/10 gen virulen (cylE, hylB, bibA, PI-2b, fbs A, fbs B, dan gap), sedangkan bakteri non-hemolitik (N14G, NK1, NT01O dan N2O) gen virulen yang terdeteksi sebanyak 6/10 gen (hylB, bibA, fbs A, fbs B, gap, dan cfb). Bakteri SG01- 16 (β-hemolitik) terdeteksi 7/10 gen virulen namun berbeda dengan isolat β- hemolitik yang lain karena tidak terdeteksi gen PI-2b, tetapi terdeteksi gen cfb. Sebanyak dua gen virulen tidak terdeteksi pada kedua biotipe bakteri di atas yaitu lmb dan PI-1. Banyaknya gen virulen pada S. agalactiae terhadap patogenisitas bakteri pada ikan nila. Selain gen virulen, pada bakteri Gram positif terdapat extracellular product (ECP) sebagai faktor virulensi S. agalactiae. Penelitian tahap ketiga dilakukan bertujuan untuk membandingkan toksisitas sel utuh dan extracellular product (ECP) bakteri β-hemolitik dan non-hemolitik. Hasil uji diketahui berat molekul (BM) protein sel utuh S. agalactiae berada pada kisaran 13.93-150 kDa, sedangkan ECP bakteri
Keyword: fenotip, genotip, polivalen, relative percent survival, S. agalactiae, vaksin

Judul: Perbandingan Hierarchical Token Bucket dan Class Based Queuing untuk Pembatasan Bandwidth
Abstrak: The increased number of users is one of the factors that cause performance decrease in a network. A mechanism of bandwidth arrangement is needed to guarantee network performance level to user. There are few methods of Linux base bandwidth limitation that can be used such as Hierarchical Token Bucket (HTB) and Class Based Queuing (CBQ). The goal of this research is to discover which method is better. The metrics to compare both methods are throughput, jitter, and packet loss. From the experiment, it was discovered that CBQ resulted is higher bandwidth leakage than HTB. Also, the jitter and packet loss produced by CBQ is higher than HTB. We conclude that HTB has a better performance than CBQ.
Keyword: