Judul: Pengelompokan Sekuens DNA Menggunakan Algoritme Single Link dan Feature Vectors
Abstrak: Clustering is a learning technique to find the the group automatically based on the characteristics. By separating the data into groups so the data will easy to understand. Clustering DNA sequences with feature vectors is the process of combining a group of DNA sequences with the same amount of nucleotides, the composition and distribution of nucleotide, will combine into the same group. There are 4 main stages of clustering DNA sequence: feature vectors, min max normalization, cosine similarity and single link clustering. This research consist of the 8 case and 5 experiment in each case, with the result of least average 86,7% and the best cluster found 100% in case 3 experiment 4. The most affecting for the result of DNA sequence clustering is the size and volume used in the research.
Keyword: feature vectors, single link, min max normalization, sequences DNA

Judul: Optimization of Clustering Low Abundance Metagenome Fragments with Algorithm Pillar K-Means
Abstrak: Pesatnya perkembangan teknologi pada bidang bioinformatika memungkinkan peneliti untuk mengurutkan basa nukleotida dari suatu organisme yang diambil langsung dari lingkungan tanpa proses isolasi menjadi lebih mudah. Proses pengurutan basa nukleotida pada kelas taksonomi merupakan langkah penting untuk analisis metagenome. Metagenome adalah proses pengambilan sampel langsung dari lingkungan tanpa melalui isolasi di laboratorium, variasi urutan basa nukleotida pada spesies mahluk hidup memiliki kemiripan yang menyebabkan beberapa spesies saling terkait satu dengan lainnya. Oleh karena itu, untuk mengenali suatu spesies dan membedakan dengan spesies yang lain diperlukan pengelompokan berdasarkan kesamaan ciri fiturnya. Untuk menghindari terjadinya kesalahan perakitan maka metagenome fragmen perlu dilakukan pengelompokan berdasarkan tingkat taksnomi atau disebut dengan binning. Binning terbagi atas dua pendekatan yaitu berdasarkan homologi dan komposisi. Dalam penelitian ini menggunakan pendekatan komposisi dimana dihitung kemunculan basa nukleotida dari frekuensi k-mers sebagai ekstraksi fitur dengan 3-mers dan 5-mers yang dijadikan sebagai masukan pada Pillar K-means algoritme. Pillar K-means algoritme digunakan untuk optimasi K-Means. Tujuan dari penelitian ini adalah mengoptimalkan inisialisasi centroid untuk memaksimumkan akumulasi distance matrix sehingga didapatkan cluster terbaik dalam pengelompokan metagenome fragmen. Berdasarkan hasil kerja dari Pillar KMeans dilakukan evaluasi dengan Silhoutte Cooefficient dan diperoleh parameter terbaik 0.2 sampai 0.7. Digunakan pula confusion matrix untuk evaluasi keakuratan pengelompokan dan diperoleh akurasi untuk 3-mers sebesar 67.54% sedangkan 5- mers 99.19%., The rapid development of technology in the field of bioinformatics enables researchers to sequence the nucleotide bases of an organism that is taken directly from the environment without the isolation process becomes easier. Nucleotide sequencing process on the class taxonomy is an important step for metagenome analysis. Metagenome is the process of sampling directly from the environment without going through the insulation in the laboratory, variations in the nucleotide sequences in species living things have similarities that causes some species are related to one another. Therefore, to identify a species and differentiate with other species takes its grouping based on common characteristics. To avoid mistakes, the metagenome fragment assembly needs to be done grouping based on the level taksnomi or called binning. Binning is divided into two approaches, based on homology and composition. In this research approach in which the composition calculated the frequency of occurrence of the nucleotide bases of k-mers as feature extraction with 3-mers and 5-mers were used as input to the Pillar K-means algorithm. Pillar K-means algorithm is used to optimize the KMeans. The aim of this study was to optimize the centroid to maximize the accumulated distance matrix and get the best cluster in the grouping metagenome fragments. Based on the work of Pillar K-Means evaluated by Silhoutte Cooefficient and obtained the best parameter of 0.2 to 0.7. Similarly confusion matrix used to evaluate the accuracy of the grouping and obtained accuracy for 3- mers amounted to 67.54% while 99.19% 5-mers.
Keyword: Low Abundance, Metagenome Fragments, Pillar K-Means, Rapid development, Computer technology, Clustering, Confution matrix, K-Mean clustering

Judul: Pelaksanaan Pembangunan Taman Surya, Kotamadya Surabaya
Abstrak: Kegiatan magang telah elilaksanakan eli Dinas Pertamanan Daerah Kotamadya Tingkat II Surabaya dari bulan Februari 1999 sampai dengan Juni 1999. Kegiatan magalJg dilakukan dengan partisipasi aktif untuk pekeIjaan perencanaan, redesain dan peng<j.wasan, dan melakukan kunjungan lapang untuk kegiatan pelaksanaan dan pemeliharaan. Kegiatan yang elilaksanakan eli lokasi magang adalah pengawasan dan pengamatan kegiatan pembangunan Taman Surya yang berada eli bawah pengawasan Dinas Pertamanan Daerah Kotamadya Tingkat II Surabaya, redesain elemen taman pada pelaksanaan pembangunan Taman Surya serta perencanaan kebun pembibitan. Pelaksanaan pembangunan Taman Surya elimulai dengan pelaksanaan administratif tanggal 27 Oktober 1998 sampai 5 Desember 1998. Proses pelelangan yang dilakukan adalah pelelangan terbatas dan sistem kontrak yang digunakan adalah Fixed Unit Price dan total biaya pelaksanaan Rp. 726,000,000.00. Pelelangan ulang elilaksanakan karena pada pelelangan pertarna harga penawaran terendah berada eli atas harga owner estimate. Pemenang pelelangan adalah Cv. Tunas. Pelaksanaan fisik pekerjaan elimulai tanggal 5 Desember 1998 sampai 25 April 1999 oleh CV Hidayat. PenYrlesaian pekeIjaan mengalami keterlambatan selama 5 minggu. Pengawasan pelaksanaan pekeIjaan elilakukan oleh pihak kontraktor bekeIja sarna dengan pengawas lapang dari Dinas Pertamanan Daerah. Pengawasan dilakukan terhadap jadwal kerja, mutu dan volume pekerjaan. Pada pelaksanaan terdapat beberapa tambahan volume maupunjenis pekerjaan dan pengurangan pekerjaan Pengawasan yang dilakukan dilaporkan dalam laporan mingguan yang dibuat untuk menggambarkan tingkat penyelesaian pekerjaan dan menunjukkan apakah peker,j aan yang dilaksanakan mengalami keterlambatan atau tidak. Laporan mingguan yang ,dibuat oleh kontraktor harns disetujui oleh pengawas lapangan dari Dinas Pertamanan Daerah dan disahkan oleh BPP. Dalam pelaksanaan setiap proyek mempunyai tujuan untuk mencapai suatu pekerjaan yang efisien yaitu pekerjaan dapat diselesaikan dalam waktu yang telah diten1pkan dan hasil pekerjaan mempunyai kualitas sesuai kualifikasi. Faktor-faktor yang mempengaruhi efisiensi dalam pelaksanaan adalah keterampilan tenaga kerja, kelen,gkapan dan ketersediaan alat dan bahan serta sistem dalam manajemen pelaksanaan. Pengaturan tenaga kerja pada pelaksanaan pembangunan Taman Surya didasarkan pada spesifikasi atau keahlian di bidang yang diperlukan. Beberapa pekerjaan menggunakan tenaga kerja dari sub kontraktor sehingga didapatkan tenaga kerja ,yang memang trampil di bidangnya. Kapasitas kerja dipengaruhi oleh cuaca dan keterampilan pekerja. Pada siang hari dengan suhu 32 - 35°C kapasitas kerja dari pekerja akan lebih rendah dari pagi hari, selain itu hujan yang turun juga mempengaruhi produktivitas pekerja. Proses penyediaan beberapa jenis bahan mengalami keterjambatan, karena masalah harga. Penyediaan alat dan bahan dilakukan oleh kontraktor. Beberapa penyebab keterlarnbatan penyelesaian pekeIjaan dapat memberikan tarnba,han waktu bagi pihak kontraktor untuk menyelesaikan pekeIjaan seperti perubahan material, perubahan volume, tidak stabilnya harga, perubahan disain dan pengaruh cuaca. Keterlarnbatan penyelesaian karena hal di atas dapat menimbulkan biaya langsung, perpanjangan waktu dan biaya dampak. Untuk menutupi kekurangan biaya maka diajukan adendum dengan total nilai sebesar Rp. 35,868,000.00. Pergantian pimpinan proyek yang bedangsung sarnpai tiga kali menyebabkan pengawasan yang dilakukan tidak efisien dan komunikasi antara pihak kontraktor dan perencana tentang perubahan kondisi lapang tidak lancar.
Keyword: