Judul: Diversity of Endophytic Fungi Isolated from Epiphytic Orchid Coelogyne pandurata Lindl. and Terrestrial Orchid Geodorum densiflorum (Lam.) Schltr., and Their Potency as a Herbicide
Abstrak: Anggrek hitam Kalimantan (Coelogyne pandurata Lindl.) dan anggrek tanah merah muda (Geodorum densiflorum (Lam.) Schltr.) merupakan anggrek langka yang digunakan sebagai tanaman hias dan berperan penting dalam bidang hortikultura dan juga bidang kesehatan. Anggrek bergantung pada cendawan simbion mutualistik, seperti cendawan endofit dan mikoriza pada sebagian atau pun seluruh fase hidupnya. Cendawan endofit memiliki kemampuan untuk menghasilkan metabolit sekunder yang mampu menginduksi ketahanan tanaman inang terhadap berbagai cekaman abiotik dan biotik. Metabolit sekunder yang diproduksi oleh cendawan endofit dapat digunakan pada bidang pertanian, di antaranya ialah sebagai senyawa herbisida. Namun, belum terdapat laporan mengenai keberadaan cendawan endofit yang diisolasi dari organ tanaman anggrek C. pandurata Lindl. dan G. densiflorum (Lam.) Schltr., serta potensinya sebagai penghasil senyawa herbisida. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan menganalisis keanekaragaman cendawan endofit yang mengolonisasi berbagai organ kedua tanaman anggrek, serta potensinya sebagai penghasil senyawa herbisida. Cendawan diisolasi dari akar, batang, daun, dan bunga tanaman anggrek. Cendawan hasil isolasi diidentifikasi berdasarkan kombinasi karakteristik morfologi dan molekuler menggunakan sekuens DNA daerah rDNA ITS1-5,8S-ITS2. Analisis keanekaragaman cendawan endofit yang dilakukan meliputi analisis frekuensi relatif (%FR), kelimpahan relatif (%KR), indeks keanekaragaman Shannon-Wiener (H’), kemerataan spesies Pielou (E), dominansi Simpson (C), dan indeks kekayaan spesies (R). Uji aktivitas herbisida dilakukan terhadap perkecambahan benih gulma Amaranthus spinosus L. dengan menggunakan filtrat cendawan endofit. Data perkecambahan yang diperoleh kemudian dianalisis menggunakan Analysis of Variance (ANOVA) dan Duncan Multiple Range Test (DMRT) pada taraf 5% (p<0,05) menggunakan aplikasi Minitab 16. Hasil penelitian menunjukkan bahwa cendawan endofit yang diisolasi dari berbagai organ tanaman anggrek beraneka ragam. Sebanyak 21 spesies cendawan endofit yang diperoleh terdiri atas 10 genus yaitu Aspergillus, Cladosporium, Colletotrichum, Curvularia, Fusarium, Hypomontagnella, Musidium, Muyocopron, Nigrospora, dan Penicillium. Fusarium ditemukan di seluruh organ kedua spesies tanaman anggrek, tetapi setiap tanaman anggrek juga berasosiasi dengan spesies cendawan endofit yang berbeda. Spesies Cladosporium endophyticum, Colletotrichum orchidearum, Muyocopron alcornii, dan Penicillium citrinum hanya ditemukan pada tanaman anggrek C. pandurata Lindl.; sedangkan Curvularia pseudobranchyspora, Hypomontagella barbarensis, dan Nigrospora chinensis hanya ditemukan pada tanaman anggrek G. densiflorum (Lam.) Schltr. Keanekaragaman cendawan endofit pada kedua spesies tanaman anggrek tersebut tergolong sedang (H’ = 2,22 pada tanaman anggrek C. pandurata Lindl.; H’ = 2,34 pada tanaman anggrek G. densiflorum (Lam.) Schltr.), dengan indeks kemerataan dan kekayaan spesies yang tinggi (E = 0,96 dan R = 3,11 pada tanaman anggrek C. pandurata Lindl.; E = 0,96 dan R = 3,69 pada tanaman anggrek G. densiflorum (Lam.) Schltr.) serta indeks dominansi yang rendah (C = 0,12 pada C. pandurata Lindl.; C = 0,10 pada G. densiflorum (Lam.) Schltr.). Secara keseluruhan, semua isolat cendawan endofit yang diperoleh mempunyai aktivitas herbisida yaitu dengan menghambat perkecambahan benih gulma A. spinosus L. Isolat cendawan yang menunjukkan aktivitas herbisida paling besar, ialah Aspergillus aculeatus PCP 8.2 dengan persentase perkecambahan 3,33 ± 0,06%, rata-rata panjang plumula 0,36 ± 0,07 cm dan radikula 0,08 ± 0,02 cm., The Borneo black orchid (Coelogyne pandurata Lindl.) and the pink terrestrial orchid (Geodorum densiflorum (Lam.) Schltr.) are endangered orchids species used as ornamental plants and they are also important in horticulture and health. Orchids are dependent on mutualistic symbiosis with fungi, such as endophytic
Keyword: metabolit sekunder, secondary metabolites, Amaranthus spinosus, daerah ITS1-5,8S-ITS2 rDNA, filtrat kultur, karakteristik morfologi, culture filtrate endophytic fungi, ITS1-5,8S-ITS2 rDNA regions, morphological characteristics

Judul: Isolation and Identification of Terrestrial and Epiphytic Orchid Mycorrhizae
Abstrak: Anggrek bersimbiosis secara obligat dengan cendawan mikoriza setempat pada sebagian atau seluruh fase hidupnya. Penelitian mikoriza anggrek di Indonesia masih sangat terbatas. Penelitian ini bertujuan mengisolasi dan mengidentifikasi cendawan mikoriza yang diisolasi dari anggrek Calanthe triplicata, Phaius tankervilleae, Cymbidium finlaysonianum, dan Vanda tricolor. Metode penelitian meliputi isolasi cendawan dari akar anggrek bermikoriza, identifikasi isolat cendawan mikoriza anggrek secara morfologi dan molekuler. Identifikasi morfologi menggunakan karakteristik koloni, hifa, dan spora. Identifikasi molekuler menggunakan sekuen DNA daerah Internal Transcribed Spacer (ITS) rDNA, analisis BLAST dan pohon filogenetik. Empat spesies anggrek yang diteliti membentuk struktur kolonisasi cendawan mikoriza berupa peloton di dalam jaringan korteks akarnya. Peloton membentuk sel monilioid kecuali pada akar V. tricolor. Sembilan isolat cendawan berhasil diisolasi dari empat spesies anggrek. Enam dari sembilan isolat berhasil diidentifikasi secara morfologi sebagai Fusarium spp. (C5, P44, CF34, CF4, V2) dan Pestalotiopsis sp. (CF2). Tiga isolat yaitu P8, C3, dan CF1 belum berhasil diidentifikasi secara morfologi karena tidak membentuk konidia. Dua dari sembilan isolat cendawan berhasil diidentifikasi secara molekuler yaitu isolat C3 (dari C. triplicata) sebagai Roussoella intermedia, dan isolat CF34 (dari C. finlaysonianum) sebagai Neocosmospora rubicola. Pada uji perkecambahan, hanya biji V. tricolor yang berkecambah. Biji membentuk struktur menyerupai akar, namun berbeda karakteristik dengan perkecambahan biji pada umumnya., Orchid have an obligate symbiosis with local mycorrhizal fungi in some or even all phases of its life. Research on mycorrhizal orchids in Indonesia is still very limited.. This study aimed to isolate and identify mycorrhizal fungi isolated from orchids Calanthe triplicata, Phaius tankervilleae, Cymbidium finlaysonianum, and Vanda tricolor. The research methods included isolation of fungi from mycorrhizal orchid roots, identification of orchid mycorrhizal fungi isolates morpholigacally and molecularly. Morphological identification using the characteristics of colony, hypha, and spore. Molecular identification using DNA sequences of Internal Transcribed Spacer (ITS) rDNA regions, BLAST and phylogenetic tree analyses. The four species of orchid studied formed a mycorrhizal fungal colonization structure in the form of peloton in their root cortex tissue. Peloton forms monilioid cells except at the root of V. tricolor. Nine fungal isolates were isolated from four orchid species. Six of the nine isolates were identified morphologically as Fusarium spp. (C5, P44, CF34, CF4, V2) and Pestalotiopsis sp. (CF2). Three isolates, namely P8, C3, and CF1 have not been successfully identified morphologically due to lack of conidia observed. Two out of the nine fungal isolates were identified molecularly, as Roussoella intermedia for C3 isolate (from C. triplicata), and Neocosmospora rubicola for isolate CF34 (from C. finlaysonianum). In the germination test, only V. tricolor seeds germinated. The seeds form a root-like structure, but differ in characteristics.
Keyword: colonization, ITS, molecular, morphology, rDNA

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: