Judul: Potensi Bakteri Endofit Sebagai Agens Biokontrol Penyakit Busuk Pangkal Batang (Ganoderma boninense) pada Tanaman Kelapa Sawit
Abstrak: Kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.) merupakan salah satu komoditas penting di Indonesia. Salah satu penyakit serius dan merugikan pada perkebunan kelapa sawit adalah penyakit busuk pangkal batang (BPB) yang disebabkan oleh cendawan G. boninense. Mekanisme pengendalian yang biasa dilakukan adalah penggunaan bibit yang toleran, pembuatan parit isolasi, sanitasi batang dan akar yang telah terinfeksi serta penggunaan agens biokontrol seperti Trichoderma. Teknik pengendalian biologis menggunakan bakteri, khususnya bakteri endofit masih belum banyak dilaporkan. Tujuan penelitian ini adalah untuk memperoleh dan mengevaluasi isolat bakteri endofit yang potensial sebagai agens biokontrol penyakit busuk pangkal batang (G. boninense). Penelitian dilakukan sejak bulan Oktober 2018 sampai Juni 2019. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Nematologi Tumbuhan Departemen Proteksi Tanaman IPB dan Laboratorium Bioteknologi PT SMART Tbk, Sentul, Bogor. Penelitian terdiri atas beberapa tahap yaitu: (1) eksplorasi dan seleksi bakteri endofit dari akar kelapa sawit dan akar pinang; (2) evaluasi potensi bakteri endofit terhadap G. boninense secara in-vitro dan rumah kaca; (3) karakterisasi fisiologis dan respons tanaman terkait ketahanan dengan analisis enzim peroksidase dan total protein; (4) identifikasi bakteri endofit secara molekuler. Sebanyak 45 isolat berhasil diisolasi dari akar kelapa sawit dan 43 isolat dari akar pinang. Tujuh isolat lolos dalam uji keamanan hayati yang meliputi uji hipersensitivitas dan hemolisis. Uji antibiosis in-vitro terhadap G. boninense juga digunakan 8 isolat koleksi bakteri endofit Departemen Proteksi Tanaman, total isolat yang diuji dalam uji antibiosis yaitu 15 isolat. Isolat dengan penghambatan tertinggi adalah EG26, EG113, AC112, APE35, dan BAT27 dengan persentase penghambatan masing-masing 56.80%, 56.51%, 56.11%, 53.62%, dan 41.28%. Isolat bakteri endofit mampu menekan kejadian dan keparahan penyakit busuk pangkal batang pada bibit kelapa sawit, dengan persentase penekanan kejadian penyakit berkisar antara 50-100% dan penekanan keparahan penyakit sebesar 60- 100%. Karakterisasi fisiologis menunjukkan isolat BAT27 mampu mendegradasi kitin, isolat APE35 mampu melarutkan fosfat, dan ke 5 isolat mampu memproduksi siderofor. Hasil analisis aktivitas peroksidase menunjukkan bahwa tanaman yang diinokulasi bakteri endofit memiliki nilai unit aktivitas enzim peroksidase yang lebih tinggi dibandingkan dengan kontrol, begitu juga dengan analisis kandungan total protein. Hasil identifikasi molekuler menggunakan sikuens gen 16S rDNA menunjukkan bahwa isolat EG26 identik dengan Bacillus subtilis, EG113 identik dengan B. velezensis, AC112 identik dengan B. toyonensis, APE35 identik dengan B. siamensis, BAT27 identik dengan B. toyonensis. Hasil penelitian menunjukkan bahwa bakteri endofit mampu dimanfaatkan dalam pengelolaan penyakit busuk pangkal batang (G. boninense) pada tanaman kelapa sawit.
Keyword: Bacillus, biokontrol, pemacu pertumbuhan, enzim peroksidase

Judul: Burkholderia sp. as Antifungal-Producing Bacteria to Suppress Ganoderma boninense in Oil Palm
Abstrak: Indonesia merupakan salah satu produsen minyak kelapa sawit di dunia, sehingga kelapa sawit merupakan salah satu komoditas penting di Indonesia. Indonesia menyediakan 46% minyak kelapa sawit di dunia dan permintaan akan minyak kelapa sawit semakin lama semakin meningkat. Penyakit yang paling banyak ditemukan di perkebunan kelapa sawit adalah busuk pangkal batang yang disebabkan oleh G. boninense. Berbagai usaha telah dilakukan untuk mencegah penyebaran penyakit ini, namun belum menunjukkan hasil yang optimum. Burkholderia sp. yang diisolasi dari rizosfer dan dalam jaringan (endofit) yang berasal dari tanaman kelapa sawit yang sehat menunjukkan potensi dalam menekan pertumbuhan G. boninense secara in vitro. Burkholderia sp. telah dilaporkan sebagai agen biokontrol karena kemampuannya dalam memproduksi beberapa senyawa antifungi. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengisolasi Burkholderia sp indigenus yang berpotensi dalam menghambat pertumbuhan G. boninense secara in vitro dan in vivo, dan profil komunitas bakteri di dalam tanaman setelah diberikan perlakuan Burkholderia sp. dan G. boninense. Lima isolat Burkholderia sp. rizosfer (B313, B51a, B52c, B51b, B52a) dan satu isolat Burkholderia sp. endofit (B212) telah berhasil diisolasi dari perkebunan kelapa sawit. Isolat Burkholderia sp. kemudian digunakan dalam uji antagonis terhadap pertumbuhan G. boninense di dalam media PDA. Burkholderia sp. dengan aktivitas antagonis yang tertinggi kemudian digunakan untuk uji in vivo. Profil komunitas bakteri endofit setelah perlakuan Burkholderia sp. dan G. boninense dianalisis dengan menggunakan DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis). Selanjutnya gen yang diduga terkait dengan biosistesis senyawa antifungi dari Burkholderia sp. dikonfirmasi dengan menggunakan primer spesifik pyrrolnitrin (prn), pyoluteorin (plt), phenazine (phz), dan DAPG (phl). Burkholderia sp. dengan kode B212 menunjukkan aktivitas hambat yang paling tinggi yaitu dengan nilai PIRG 24,38%. Genom dari isolat B212 tersebut menunjukkan hasil PCR dengan ukuran 790 bp menggunakan primer prn. Hasil sekuens menunjukkan bahwa hasil PCR tersebut 99% identik dengan gen prnD parsial dari B. cepacia strain ESR63. Hasil uji in vivo konsorsium B212 dan B52a pada tanaman yang tidak diberikan infeksi G. boninense menunjukkan adanya pertumbuhan tanaman yang lebih baik dibandingkan dengan kontrol. Namun, konsorsium B212 dan B52a tidak menurunkan tingkat infeksi dari G.boninense pada tanaman kelapa sawit. B212 juga cenderung menghambat pertumbuhan tanaman yang diberikan infeksi G. boninense jika dibandingkan dengan kontrol. Analisis DGGE menunjukkan bahwa tanaman yang diberikan Burkholderia sp. memiliki profil komunitas bakteri endofit yang berbeda dengan yang tidak diberikan dengan Burkholderia sp. Sedangkan pemberian G. boninense tidak memberikan profil bakteri endofit yang berbeda dengan kontrol (yang tidak diberikan G. boninense). Burkholderia sp. memiliki potensi sebagai agen biokontrol untuk fungi patogen seperti G. boninense, namun metode aplikasinya belum tepat. Aplikasi Burkholderia sp dan G. boninense pada kelapa sawit secara bersamaan memberikan hasil yang belum memuaskan. Metode aplikasi Burkholderia sp. endofit sebagai biokontrol terhadap G. boninense perlu dioptimasi dan riset yang lebih mendalam. Dari hasil DGGE menunjukkan bahwa introduksi bakteri dari luar dapat mengubah komunitas bakteri yang ada di dalam jaringan tanaman.
Keyword: gen penyandi antibiotik., busuk pangkal batang, agen biokontrol, bakteri endofit, aplikasi perendaman

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: