Judul: Variasi Haplotipe Gen Cytochrome c Oxidase I dan II pada Wereng Hijau Nephotettix virescens (Distant) (Hemiptera: Cicadellidae) Populasi Indonesia.
Abstrak: Wereng hijau, Nephotettix virescens (Hemiptera: Cicadellidae) merupakan serangga vektor virus tungro padi yang menginfeksi tanaman padi di Indonesia. Gejala tanaman yang terinfeksi virus tungro menjadi kerdil, warna daun menguning, daun muda menggulung, anakan padi berkurang, dan gabah hampa, sehingga menyebabkan pertumbuhan tanaman terganggu yang berakibat menurunnya produktivitas. Populasi N. virescens memiliki variasi yang berbeda pada karakter morfologi eksternal (kepala, torak, sayap, abdomen, dan tungkai) dan karakter genitalia jantan (aedeagus, jumlah spines (duri) pada aedeagus, dan pygofer) di beberapa wilayah Indonesia. Variasi yang terjadi pada populasi N. virescens kemungkinan dipengaruhi oleh kondisi lingkungan lokal sehingga tidak mengungkapkan pola pengelompokkan berdasarkan geografik. Oleh karena itu, diperlukan identifikasi serangga vektor yang lebih akurat untuk membedakan populasi N. virescens dari berbagai daerah. Pendekatan molekular dengan mempelajari variasi genetik diharapkan dapat mengungkapkan pola pengelompokkan berdasarkan geografik, sehingga dapat digunakan untuk Pemantauan persebaran populasi N. virescens di setiap daerah. Oleh karena itu, database molekular N. virescens sangat diperlukan untuk mengembangkan strategi pengendalian vektor. Informasi variasi genetik dapat digunakan untuk mempelajari asal-usul serangga vektor ketika terjadi dominansi N. virescens di suatu daerah. Marka DNA mitokondria (DNAmt) dapat digunakan untuk mempelajari identifikasi spesies, variasi genetik intra spesies dan hubungan kekerabatan antar spesies. Gen pada DNAmt yang banyak digunakan dalam studi molekular untuk mempelajari variasi genetik dan struktur populasi adalah gen cytochrome c oxidase (COI dan COII). Daerah gen COI dan COII memiliki variabilitas yang rendah, bersifat konservatif, tidak ada insersi dan delesi. Data DNAmt untuk N. virescens di Indonesia belum ada. Oleh karena itu, analisis variasi gen COI dan COII N.virescens di Indonesia perlu dilakukan untuk mendapatkan database serangga tersebut. Penelitian ini bertujuan mempelajari variasi haplotipe gen COI dan COII N. virescens yang dikoleksi dari delapan lokasi di enam provinsi di Indonesia, yaitu Aceh, Jawa Barat, Jawa Tengah, Jawa Timur, Bali, dan Sulawesi Selatan. Tahapan analisis molekular meliputi ekstraksi DNA fase dewasa N. virescens, amplifikasi DNA, perunutan dan alignment DNA. Primer gen COI dan COII N. virescens dirancang berdasarkan complete genome DNAmt N. cincticeps (GenBank no. aksesi KP749836). Analisis bioinformatik dilakukan berdasarkan homologi runutan basa dan asam amino, analisis jarak genetik dan konstruksi pohon filogeni untuk kekerabatan antar populasi. Analisis molekular lain meliputi diversitas haplotipe dan basa, dan analisis struktur genetik populasi. Sebanyak 128 urutan basa gen COI dan COII telah berhasil diperoleh dari 64 individu N. virescens. Hasil alignment dari delapan populasi diperoleh panjang basa gen COI dan COII parsial masing-masing sebesar 735 dan 612 pb. Penelitian ini menemukan 14 dan 10 haplotipe baru dari alignment runutan basa berturutturut untuk COI dan COII. Haplotipe baru hasil penelitian ini telah didaftar ke DNA Data Bank of Japan (DDBJ) dengan nomer aksesi: LC330970 - LC330983 untuk gen COI dan LC330984 – LC330993 untuk gen COII. Variasi basa yang terjadi pada 14 haplotipe gen COI dan ke-10 haplotipe gen COII adalah berupa substitusi yang tidak selalu menyebabkan perubahan asam amino. Hasil penelitian menemukan gen COI terdiri atas satu haplotipe umum dan 13 haplotipe spesifik, sedangkan gen COII ditemukan dua haplotipe umum dan delapan haplotipe spesifik. Haplotipe umum ditentukan berdasarkan runutan basa yang ditemukan disemua lokasi sampel yang diteliti, yaitu haplotipe 1 (HT1)
Keyword: gen COI, gen COII, Nephotettix virescens, variasi haplotipe, wereng hijau

Judul: Variasi genetik Scirpophaga incertulas (Walker) berdasarkan gen cytochrome oxidase 2
Abstrak: Scirpophaga incertulas (penggerek batang padi kuning) merupakan hama utama padi yang menjadikan padi sebagai inang satu-satunya serangga ini. Spesies tersebut pada saat fase larva merusak tanaman padi dengan menggerek bagian pelepah daun dan batang. Dalam upaya pengendalian hama utama padi tersebut, analisis berdasarkan suatu gen dapat digunakan sebagai monitoring untuk memantau suatu populasi suatu organisme. Belum adanya data genetik S. incertulas pada daerah gen cytochrome oxidase 2 (cox2) di Indonesia maka penelitian ini bertujuan untuk mempelajari variasi genetik S. incertulas berdasarkan gen cox2 dengan metode sekuens DNA. Eksplorasi S. incertulas dilakukan di daerah Bogor dan areal persawahan pantai utara Jawa Barat: Karawang, Indramayu dan Cirebon. Variasi genetik S. incertulas berdasarkan gen cox2 ditemukan sebanyak empat haplotipe. Haplotipe 1 merupakan haplotipe umum yang ditemukan dibanyak sampel dari keempat daerah yang dieksplorasi (Bogor, Karawang, dan Indramayu). Haplotipe 2, 3 dan 4 berturut-turut ditemukan pada S. incertulas populasi Bogor (Sc11Bg), Karawang (Sc24Kr) dan Cirebon (Sc1Cb). Haplotipe 2 dicirikan dengan adanya nukleotida A pada posisi nukleotida ke-162. Haplotipe 3 dicirikan dengan adanya nukleotida G pada posisi ke-51 dan haplotipe 4 dicirikan dengan adanya nukleotida C pada posisi nukleotida ke- 63. Variasi yang terjadi antar individu dalam satu populasi hanya terjadi di daerah Bogor dan Karawang. ABSTRACT
Keyword: Lepidoptera, Denaturation, O. Furnacalis

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: