Judul: Asosiasi Single Nucleotide Polymorphism dan Fenotipe pada Penyakit Diabetes Mellitus Tipe 2 Menggunakan Stepwise Regression
Abstrak: Precision medicine merupakan penerapan ilmu medis untuk membuat profil kelompok-kelompok individu berdasarkan karakteristik biologis unik dari setiap individu tersebut. Saat ini precision medicine fokus terhadap penyakit kompleks seperti Diabetes Mellitus tipe 2. Karakteristik biologis Diabetes Mellitus tipe 2 didapatkan dari marka DNA dan fenotipe. Marka DNA yang digunakan adalah Single Nucleotide Polymorphism (SNP). Data SNP diambil dari Mouse Phenome Database berdasarkan 22 kandidat protein mengenai Diabetes Mellitus tipe 2. Di tahap praproses dilakukan pengisian missing value dan pengkodean pada data SNP. Seleksi SNP sebagai fitur dilakukan dengan metode Stepwise Selection untuk memilih SNP yang signifikan secara statistik. Data fenotipe yang digunakan adalah insulin tolerance. Asosiasi SNP dan fenotipe insulin tolerance dilakukan dengan metode Regresi Linier Berganda. Hasil asosiasi mendapatkan 8 SNP yang berasosiasi secara signifikan terhadap fenotipe insulin tolerance berdasarkan analisis Uji-T.
Keyword: asosiasi, diabetes, fenotipe, genotipe, regresi

Judul: Asosiasi Single Nucleotide Polymorphism pada Penyakit Diabetes Mellitus Tipe 2 Menggunakan Random Forest Regression
Abstrak: Personalized medicine adalah perawatan medis berdasarkan karakteristik masing-masing pasien yang dapat meningkatkan perawatan medis yang dilakukan kepada pasien yang tepat. Perkembangan personalized medicine bisa didekati oleh precision medicine. Saat ini, perkembangan precision medicine difokuskan mempelajari penyakit kompleks, salah satunya adalah Diabetes mellitustipe 2 (T2D). Penyakit ini menjadi penyakit global karena merupakan penyakit mematikan terbesar di Asia Tenggara dan Pasifik Barat. Asosiasi antara data genomik yang direpresentasikan oleh single nucleotide polymorphism (SNP) dan fenotipe penyakit T2D dapat menghasilkan informasi untuk precision medicine. Asosiasi yang sudah ada dilakukan menggunakan pendekatan statistik, salah satu yang sudah dikenal adalah CART (classification or regression tree). Ketika terdapat banyak noise pada data dan sedikitnya informasi yang terdapat pada masing-masing variabel menyebabkan kemampuan prediktif CART berkurang, hal ini bisa diatasi dengan random forest. Oleh karena itu, pada penelitian ini dilakukan asosiasi SNP menggunakan random forest regression. Tujuan dari penelitian ini adalah memperoleh asosiasi SNP dan fenotipe, serta melakukan pemeriksaan epistatis untuk mengetahui apakah terdapat interaksi antar SNP. Adapun tahapan penelitian yang akan dilakukan terdiri atas enam tahap yaitu pengumpulan data SNP yang diperoleh dari situs The Mouse Phenome Database (MPD) dengan alamat website https://phenome.jax.org/, praproses data, penyusunan peringkat SNP, pemetaan asosiasi, pemeriksaan interaksi SNP, dan evaluasi. Penelitian ini menghasilkan dua buah model asosiasi, yaitu model yang menggunakan data hanya tikus jantan, dan model asosiasi yang menggunakan tikus jantan dan betina. Untuk data tikus jantan, SNP importance yang dihasilkan sebanyak 88 buah SNP. Asosiasi SNP terhadap fenotipe terpenting adalah rs28164866 dengan kandidat protein FAF1. Evaluasi model dilakukan menggunakan mean absolute error (MAE). Diperoleh nilai MAE sebesar 0.153. Nilai epistatis yang masuk dalam kategori high dihasilkan oleh satu buah pasangan SNP, yaitu rs29231750 (kandidat protein ARL15) dan rs46153935 (kandidat protein TCF7L2). Adapun untuk data tikus jantan dan betina, semua hasil yang diperoleh lebih baik dari model asosiasi tikus jantan saja. SNP importance yang dihasilkan lebih banyak, yaitu 301 SNP. Nilai MAE yang diperoleh lebih kecil yaitu sebesar 0.062, dan epistatis yang berkategori high dihasilkan oleh 13 pasang SNP.
Keyword: Diabetes mellitus tipe 2, random forest regression, single nucleotide polymorphism, epistatis, pemetaan asosiasi

Judul: Distribusi Massa Air Laut Jawa dari Data Hidrografi MAJAFLOX Cruise 2015.
Abstrak: Laut Jawa merupakan perairan dangkal yang dipengaruhi oleh Angin Muson dan Arlindo Selat Makassar. Pemahaman tentang stratifikasi dan distribusi massa air Laut Jawa dapat dilakukan dengan adanya data hidrografi dari MAJAFLOX Cruise pada bulan Agustus 2015. Data hidrografi didapatkan dari penurunan CTD di 14 stasiun pengamatan. Hasil penelitan menunjukkan bahwa stratifikasi vertikal massa air dicirikan oleh lapisan homogen yang kuat dari permukaan hingga dasar perairan. Hal tersebut terjadi akibat percampuran massa air yang kuat oleh aksi gelombang yang dibangkitkan Angin Muson Tenggara. Selain itu, ditemukan variasi spasial dalam arah utara-selatan, dimana karakteristik massa air di tepi selatan dan utara cukup berbeda dengan massa air di tengahnya. Massa air Laut Jawa pada puncak musim timur (Agustus) dicirikan dengan massa air yang hangat (27,18 °C – 28,11 °C), bersalinitas rendah (33,58 psu – 34,2 psu), dan ringan (21,33 kg/m3 – 22,06 kg/m3), kecuali pada stasiun 1 dan stasiun 5 yang cenderung lebih hangat dan lebih tawar dari stasiun lainnya. Pola sirkulasi permukaan menunjukkan salinitas yang relatif tinggi di bagian tengah Laut Jawa dan diduga berhubungan dengan suplai massa air Arlindo Selat Makassar. Variasi tahunan dari analisis keluaran model INDESO menunjukkan adanya stratifikasi massa air yang kuat pada musim peralihan.
Keyword: angin muson, keluaran model INDESO, MAJAFLOX Cruise 2015, pengukuran CTD, stratifikasi massa air