Judul: Pendugaan upwelling di Perairan Laut Banda pada musim timur
Abstrak: Sifat Perairan Indonesia sangat dipengaruhi oleh iklim Muson. Salah satu akibat yang ditimbulkan oleh iklim Muson adalah angin Muson yang menyebabkan penaikan massa air (upwelling) di beberapa wilayah perairan. Upwelling adalah proses penaikan massa air dari lapisan bawah ke permukaan. Peristiwa ini merupakan salah satu mekanisme pemupukan perairan secara besar-besaran yang berlangsung secara alami, sebab gerakan naik ini membawa serta air dengan suhu rendah, salinitas tinggi, kandungan oksigen terlarut rendah dan kandungan zat hara tinggi ke permukaan. Perairan Laut Banda dipengaruhi oleh Samudera Hindia, Samudera Pasifik dan Laut Cina Selatan. Berdasarkan sirkulasi massa air permukaan dan pola angin yang bertiup memungkinkan untuk terjadinya penaikan massa air (upwelling) di perairan ini. Upwelling di perairan Laut Banda terjadi pada musim timur yang dicirikan dengan menurunnya suhu, meningkatnya nilai salinitas, meningkatnya kandungan zat hara serta menurunnya kandungan oksigen terlarut dibandingkan daerah-daerah sekitarnya. Tujuan penelitian ini adalah mempelajari karakteristik fisika dan kimia perairan untuk menduga terjadinya upwelling di perairan Laut Banda dan untuk mengetahui apakah upwelling selalu terjadi setiap tahun di Laut Banda berdasarkan perbandingan data beberapa tahun berturut-turut. Penelitian dilakukan mulai 1 April 1998 sampai 17 Mei 1998, meliputi pengolahan dan analisa data. Penelitian dilakukan di lnstitut Pertanian Begor dan mengambil lokasi di perairan Laut Banda pada 4°LS-8°LS dan 126°BT -131°BT. Data yang digunakan berupa data sekunder yang diperoleh dari NODC (National Ocenographic Data Center). Data untuk pendugaan penaikan massa air di Laut Banda dipilah berdasarkan : berada pada posisi 4°LS - s0LS dan 126°BT - 131°BT, data diambil mulai bulan Juli - November, serta memiliki parameter kedalaman, suhu, salinitas, oksigen terlarut, fosfat dan silikat. Data yang telah dipilah dibagi ke dalam tiga kelompok berdasarkan nilai profil suhu permukaan . Kelompok 1 merupakan data bulan Juli - November dimana profil suhu permukaan untuk masing-masing bulan < 27°C dan diasumsikan terjadi upwelling. Kelompok 2 merupakan data bulan Juli - November dimana profil suhu permukaan untuk masing-masing bulan ≥ 27°C dan diasumsikan tidak terjadi upwelling. Kelompok 3 merupakan data bulan Agustus - Oktober empat tahun berturut-turut yang mewakili musim timur saat terjadinya upwelling. Pendugaan penaikan massa air dianalisis berdasarkan grafik dan kontur dari masing-masing parameter. Berdasarkan data NODC tahun 1928 - 1985 , ternyata profil suhu permukaan rata-rata dapat dikelompokkan dalam dua kelompok, yaitu kelompok profil suhu permukaan rata-rata tinggi (≥: 27 °C) dan kelompok profil suhu pemukaan rata-rata rendah (< 27 °C). Perbedaan ini terutama terjadi pada buIan Agustus - Oktober. Hal ini tidak terjadi pada bulan-bulan lainnya seperti bulan Juli dan November dimana profil suhu permukaan rata-rata relatif tinggi (≥ 27 °C).
Keyword: 

Judul: Penggunaan Multi Sensor Citra Satelit untuk Pendugaan Lokasi Upwelling di Laut Banda Pada Musim Timur Tahun 2003
Abstrak: Pendugaan daerah upwelling dengan menggunakan muiti sensor citra satelit dilakukan dengan memanfaatkan beberapa jenis citra satelit dengan sensor yang berbeda untuk mendeteksi parameter oseanografi yang dijadikan indikator keberadaan upwelling di lautan. Indikator oscanografi yang digunakan untuk mendeteksi keberadaan daerah upwelling di perairan antara lain suhu permukaan laut perairan yang sama atau lebih kecil dari 27°C, konsentrasi klorofil yang lebih tinggi dari perairan di sekitarnya, pola arus permukaan divergen, dan tinggi paras laut negatif. Citra satelit yang digunakan untuk mendeteksi parameter oseanograti di atas yaitu data harian citra satelit NOA4-16 dan 17/AVHRR serta data rerata 8 hari citra satelit NOAA/AVHRR untuk mendeteksi suhu permukaan laut, data rerata 8 hari citra satelit Terra MODIS untuk mendeteksi distribusi klorofil, dan data harian citra satelit TOPEX/POSEIDON untuk mendeteksi pola arus dan tinggi paras laut. Data citra satelit harian suhu permukaan laut dan konsentrasi klorofil tidak dapat digunakan jika daerah penelitian terjadi penutupan awan. Untuk mengatasi hal tersebut digunakan data citra satelit rerata 8 hari citra satelit NOAA/AVHRR yang didukung dengan citra satelit rerata 8 harian Terra MODIS untuk menentukan lokasi dugaan upwelling. Penelitian ini bertujuan untuk menduga lokasi terjadinya upwelling di perairan Laut Banda pada musim timur tahun 2003 dengan memanfaatkan data multi sensor citra satelit, berupa penggunaan data citra satelit NOAA/AVHRR, Terra MODIS dan TOPEX/POSEIDON serta mengetahui karakteristik upwelling Laut Banda pada musim timur yang diwakili data hidrografi NODC pada musim timur tahun 1928-1985. Upwelling diduga telah terjadi pada musim timur tahun 1928-1985. Ini dibuktikan dengan adanya penaikan lapisan massa air bawah yang menuju ke lapisan di atasnya. Upwelling Laut Banda yang terjadi pada bulan-bulan di musim timur tahun 1928-1985 ada yang mencapai permukaan laut dan ada yang tidek mencapai permukaan laut. Pada musim timur tahun 2003 juga diduga telah terjadi upwelling. Hal ini dicirikan dengan adanya penurunan nilai SPL yang diikuti oleh peningkatan konsentrasi klorofil di wilayah perairan Laut Banda selama periode penelitian berlangsung. Upwelling diduga terjadi di bagian timur Laut Banda. Upwelling berlangsung mulai bulan Mei minggu ke-4 dan intensitasnya mulai melemah pada minggu ke-2 bulan Agustus dan berakhir pada bulan. September minggu ke-4.
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA