Judul: Transformasi Genetik Padi Japonica (Oryza sativa L. subsp. japonica) dengan Gen Penyandi Superoksida Dismutase dari Melastoma malabathricum Menggunakan Perantara Agrobacterium tumefaciens
Abstrak: Cekaman abiotik menginduksi cekaman oksidatif di dalam sel dan jaringan tanaman akibat produksi berlebih spesies oksigen reaktif (ROS) yang berdampak pada kerusakan dan kematian sel tanaman. Tanaman yang toleran terhadap cekaman menunjukkan peningkatan dalam ekspresi gen dan aktivitas protein antioksidan bila mendapat cekaman abiotik. Salah satu enzim antioksidan utama adalah superoksida dismutase (SOD). Beberapa penelitian sebelumnya telah melaporkan bahwa tanaman transgenik yang mengekspresikan secara berlebih (overexpression) gen SOD menunjukkan peningkatan dalam toleransi terhadap cekaman-cekaman abiotik. Tujuan penelitian ini adalah untuk melakukan transformasi genetik padi dengan gen penyandi superoksida dismutase dari Melastoma malabathricum (MmCu/Zn-SOD). Biji dewasa padi japonica cv. Kinmaze diinduksi untuk membentuk kalus pada media induksi kalus yang mengandung 4 mg/l 2,4-D. Sebanyak 604 kalus yang berumur 4 minggu diinokulasikan dengan Agrobacterium tumefaciens LBA4404 yang membawa plasmid pGWB-MmCu/Zn-SOD yang mengandung gen MmCu/ZnSOD di bawah kendali promoter 35S CaMV dan terminator Nos. Kokultivasi berlangsung selama 3 hari pada media yang mengandung 4 mg/l 2,4-D dan 200 mg/l asetosiringon. Kalus yang ditransformasi diseleksi pada media yang mengandung 50 mg/l higromisin dan diregenerasikan pada media yang mengandung 1 mg/l trans-zeatin dan 0,5 mg/l IAA. Jumlah kalus tahan higromisin yang dipindahkan ke media regenerasi adalah 214 kalus atau 35,43% dari jumlah kalus yang diinfeksi. Jumlah tunas transgenik putatif yang berhasil beregenerasi adalah 2 tunas, sehingga efisiensi regenerasi tunas dari kalus tahan higromisin adalah 0,9%. Analisis molekuler terhadap kedua tanaman padi transgenik putatif dengan PCR menggunakan primer spesifik untuk fragmen hibrid dari sekuen promoter 35SCaMV dan sekuen penyandi gen target MmCu/Zn-SOD menunjukkan bahwa seluruh tanaman mengandung gen target MmCuZn-SOD. Efisiensi transformasi dalam penelitian ini adalah 0,33%. Efisiensi regenerasi tunas transgenik putatif yang rendah dapat ditingkatkan dengan melakukan regenerasi kalus transgenik putatif di media regenerasi tanpa penambahan agen seleksi dan tunas yang terbentuk dianalisis secara ketat. Gen MmCu/Zn-SOD yang telah diintroduksikan ke dalam genom tanaman padi Japonica cv. Kinmaze dapat dipindahkan ke varietas-varietas padi Indica yang banyak dibudidayakan petani di Indonesia seperti IR64 dan Ciherang melalui silang balik (backcrossing) yang diikuti dengan seleksi menggunakan marka molekular (gen target) selama beberapa generasi.
Keyword: transformasi genetik, Agrobacterium tumefaciens, Oryza sativa, MmCu/Zn-SOD

Judul: Transformasi Genetik Padi Indica (Oryza Sativa L. Subsp. Indica) Cv. Kasalath Dengan Gen Mmcu/Zn-Sod Penyandi Superoksida Dismutase.
Abstrak: Peningkatan produksi padi nasional dapat ditempuh ekstensifikasi lahan pertanian ke lahan marginal. Permasalahan utama lahan marginal adalah cekaman abiotik yang menginduksi cekaman oksidatif pada tanaman sehingga menyebabkan produksi spesies oksigen reaktif (ROS) secara berlebih. ROS menyebabkan kerusakan sel karena menyebabkan terjadinya peroksidasi lipid, dan degradasi rantai DNA. Superoksida dismutase (SOD) dapat mendetoksifikasi ROS. Beberapa tanaman transgenik yang mengekspresikan gen MmCu/Zn-SOD secara berlebihan mempunyai toleransi terhadap cekaman abiotik lebih tinggi daripada tanaman non-transgenik. Tujuan penelitian ini adalah untuk melakukan transformasi genetik padi Indica cv. Kasalath dengan gen MmCu/Zn-SOD penyandi superoksida dismutase. Biji matang padi Indica cv. Kasalath diinduksi menjadi kalus di media 2N6 yang mengandung 2 mg/l 2.4-D selama 7 hari di ruang gelap. Sebanyak 60 kalus hasil pemotongan dari 45 kalus direndam dalam suspensi A. tumefaciens LBA4404 yang membawa plasmid pGWB-MmCu/Zn-SOD. Plasmid pGWBMmCu/ Zn-SOD mengandung gen MmCuZn-SOD dibawah kendali promoter 35S CaMV. Kokultivasi dilakukan di media 2N6-AS yang mengandung 2 mg/l 2.4-D dan 20 mg/l asetosiringon berlangsung selama 3 hari dalam kondisi gelap. Kalus hasil transformasi diseleksi di media 2N6KH50 yang mengandung 50 mg/l higromisin dan diregenerasikan di media N6R yang mengandung 100 mg/L kinetin. Efisiensi transformasi padi Indica kultivar Kasalath adalah sebesar 50%. Sebanyak 4 dari 30 kalus yang tahan higromisin menghasilkan 4 tunas yang beregenerasi sehingga efisiensi regenerasi pada penelitian ini adalah sebesar 13,3%. Analisis integrasi gen dengan PCR menggunakan primer spesifik untuk mendeteksi daerah antara promoter 35S CaMV dan gen MmCu/Zn-SOD menunjukkan bahwa seluruh tanaman transgenik mengandung gen MmCu/Zn- SOD di bawah kendali promoter 35S CaMV. Analisis segregasi pada generasi T1 dan generasi T2 padi cv Kasalath transgenik menunjukkan bahwa resistensi terhadap higromisin yang disandi oleh gen hpt diwariskan kepada generasi berikutnya dengan mengikuti pola Mendelian dengan rasio 3 resisten : 1 sensitif. Rasio segregasi 3:1 mengindikasikan bahwa jumlah gen hpt yang terintegrasi ke dalam genom padi cv. Kasalath transgenik adalah satu salinan. Karena gen MmCu/Zn-SOD terpaut dengan gen hpt, maka gen MmCu/Zn-SOD diwariskan secara stabil kepada generasi berikutnya dan hanya satu salinan yang terintegrasi di dalam genom padi cv. Kasalath transgenik.
Keyword: Transformasi genetik, MmCu/Zn-SOD, transgenik, padi Indica, segregasi

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: