Judul: Aktivitas enzim nitrogenase dan oksidasi metan bakteri metanotrof asal sawah
Abstrak: Metan (CH4) merupakan salah satu gas rumah kaca utama yang dapat menyerap radiasi infra merah sehingga berkontribusi terhadap pemanasan global. Intergovernmental Panel on Climate Change (IPCC) menyatakan bahwa metan merupakan gas rumah kaca yang menempati urutan ketiga dalam hal pemanasan global setelah CO2. Proses oksidasi metan dilakukan oleh bakteri metannotrof pada kondisi aerobik yang terdapat pada lapisan permukaan sedimen sawah. Bakteri metonotrof memanfaatkan metan sebagai donor elektron untuk menghasilkan energi dan sebagai sumber karbonnya.
Keyword: 

Judul: Aktivitas Oksidasi Metan dan Akumulasi Ammonium serta Karakterisasi Gen nifH dan nifD Bakteri Metanotrof asal Sawah
Abstrak: Bakteri metanotrof merupakan bakteri yang mampu menggunakan metan sebagai sumber karbon dan energi untuk pertumbuhannya. Metan tersebut akan dioksidasi menjadi metanol atau dioksidasi lebih lanjut menjadi CO2. Enzim yang berperan dalam oksidasi metan adalah metan monooksigenase (MMO). Selain itu metanotrof tipe II dan tipe X diketahui mampu memfiksasi nitrogen menjadi ammonium, sehingga bakteri metanotrof pemfiksasi nitrogen tersebut juga berperan penting sebagai penyedia sumber nitrogen di lahan sawah. Fiksasi nitrogen dikatalisis oleh kompleks enzim nitrogenase. Enzim tersebut tersusun oleh protein Fe (dinitrogenase reduktase) yang disandikan oleh gen nifH dan protein FeMo (dinitrogenase) yang dikodekan oleh gen nifDK. Gen nifH dan nifD mempunyai sekuen yang conserved terutama gen nifH, sehingga menjadikannya alat molekuler yang ideal untuk mempelajari kemampuan fiksasi nitrogen, distribusi, maupun filogeni bakteri diazotrof. Tiga isolat metanotrof yaitu BGM1, BGM3, dan BGM 9 digunakan sebagai isolat uji untuk mempelajari aktivitas oksidasi metan dan akumulasi ammoniumnya. Aktivitas oksidasi metan dilakukan dengan menghitung konsentrasi gas metan yang ada di headspace menggunakan kromatografi gas setiap dua hari sekali. Sedangkan untuk menghitung konsentrasi ammonium yang terakumulasi di dalam media kultur digunakan spektofotometer pada panjang gelombang 640 nm. Ketiga isolat tersebut mampu mengoksidasi metan selama pertumbuhannya, dan oksidasi metan tertinggi adalah isolat BGM3 sebesar 376.79 μmol/mL/hari. Ketiga isolat tersebut juga mampu memfiksasi nitrogen yang ditunjukkan dengan peningkatan konsentrasi ammonium yang terakumulasi di dalam media. Laju akumulasi ammonium tertinggi pada isolat BGM1 sebesar 2.77 ± 0.75 μmol/mL/hari. Gen nifH dan nifD dari ketiga isolat tersebut dan enam isolat lain (SS1, SS3, SS10, ST18, SP3, dan INP4) kemudian dikarakterisasi. Analisis sekuen gen nifH menggunakan blastX menunjukkan bahwa isolat BGM3, BGM9, dan INP4 berkerabat dekat dengan nifH dari bakteri pemfiksasi nitrogen yang belum bisa dikulturkan, sedangkan isolat SS1, SS3, SS10, dan ST18 berkerabat dekat dengan nifH dari genus Beijerinckia yaitu B. mobilis dan B. indica subsp. indica ATCC 9039. Berdasarkan analisis sekuen gen nifD, isolat BGM3, BGM9, dan INP4 berkerabat dekat dengan nifD dari Xanthobacter autotrophicus Py2, sedangkan isolat SS1, SS3, SS10, dan ST18 berkerabat dekat dengan nifD dari B. indica subsp. indica ATCC 9039. Isolat BGM1, BGM3, dan BGM9 berpotensi untuk diaplikasikan di sawah sebagai pereduksi metan dan juga penyedia sumber nitrogen.
Keyword: 

Judul: The Construction of Greedy SVP LLL Algorithm
Abstrak: A lattice is a set of all integer linear combination of a set of linearly independent vectors in ℝ𝑛���. The independent vectors are called bases of lattice. Any lattice can be generated from many bases, and these bases have the same cardinality. In the lattice, the most fundamental and renowned problem is the Shortest Vector Problem (SVP). SVP is a tracking problem of the shortest nonzero vector in a lattice with equivalent bases. In two dimensions, SVP problem has resolved exactly by Gauss’ algorithm. When the lattice dimension is higher than two, A.K. Lenstra, H.W. Lenstra and L. Lovasz gave a LLL algorithm to compute approximation of nonzero shortest vector in the lattice. Reduced bases solution obtained from LLL algorithm still be an approximation and has polynomial running time of arbitrary dimension which large enough. In 1994, Schnoor and Euchner modified this LLL algorithm as a new variant which later was named deep insertion LLL algorithm. This algorithm is a modified version of the LLL algorithm to the terms of the exchange step to improve the accuracy of output of LLL reduced bases and applying it to the subset sum problem. The purpose of this research are: (1) Reconstruct the LLL algorithm and deep insertion LLL algorithm using a geometric approach. (2) Construct a greedy SVP LLL algorithm. (3) Implement the three algorithms in a symbolic programming language, and evaluate them experimentally. A bases ℬ=[𝐛���1,𝐛���2,…,𝐛���𝑛���] in ℝ𝑚��� is called reduced LLL with parameter 𝛿��� if satisfies: (a) |𝜇���𝑗���𝑖���|≤12, for every integer 𝑖���,𝑗��� with 1≤𝑖���<𝑗���<𝑛���. (b)𝛿���‖𝜋���𝑗���(𝐛���𝑗���)‖2≤‖𝜋���𝑗���(𝐛���𝑗���+1)‖2, for 𝑗���=1,2,…,𝑛���−1,where 𝛿��� is a reduced parameter of real numbers with 14<𝛿���<1. The first requirement is the reduced basis 𝛿��� must “nearly orthogonal” and in its computation case, this requirement can be reached out by using the Gram-Schmidt’s orthogonalization. While the second requirement is called exchange step, or used to called as Lovasz condition. By using both of these requirements, then they establish the LLL algorithm. Then, Schnoor and Euchner modify the LLL algorithm based on the requirements of the exchange step called the deep insertion LLL algorithm, where the exchange step is based on the comparison of the projected vector in orthogonal complement [𝐛���1,𝐛���2,…,𝐛���𝑘���−1]⊥ after j-th reduction. To construct greedy SVP LLL algorithm, the requirements of the exchange step is based on purely by comparing norm of lattice 𝐛���𝑗��� with norm lattice 𝐛���𝑖��� for 𝑖���=1,2,3…,𝑗���−1. The process of insertion reduced vector after the exchange step also has done greedily. Then, we calculate the number of arithmetic operation in greedy SVP LLL algorithm for further analysis. The result of our exprimentation for three algorithms on the certain matrix size shows that the running time of the three algorithms increases propotional to the size of the matrix. The result also shows that by using 𝛿���=34 for the LLL algorithm and the deep insertion LLL algorithm, and the greedy SVP LLL algorithm which is a new variant made by using no parameter of 𝛿���, outperform of the other of two previous algorithm in terms of speed with the same output.
Keyword: LLL algorithm, LLL deep insertion algorithm, greedy SVP LLL algorithm