Judul: Genetic Diversity of Lansium spp. Accession Based on Vegetative Morphological Characters and Simple Sequence Repeat Markers
Abstrak: Karakter morfologi dan informasi marka molekuler SSR (Simple Sequence Repeat) digabungkan untuk mempelajari keragaman genetik Lansium spp. Data sekuen genom yang telah ada digunakan untuk pengembangan marka SSR untuk mendeteksi keragaman pada tingkat molekuler secara lebih cepat dan efisien. Tujuan penelitian ini adalah mempelajari keragaman genetik aksesi Lansium spp. (duku, langsat, kokosan) berdasarkan karakter morfologi dan marka SSR. Penelitian dilakukan pada Juli 2019 hingga Januari 2021 di Kebun Raya Bogor, Taman Buah Mekarsari, Cagar Buah Condet, Laboratorium Pasca Panen dan Laboratorium Riset Unggulan, IPB. Sampel yang digunakan berjumlah 20 aksesi. Karakterisasi morfologi dilakukan dengan pengamatan langsung. Analisis molekuler menggunakan marka SSR yang dikarakterisasi berdasarkan data hasil sekuensing. Sampel DNA diisolasi menggunakan metode Genomic DNA mini kit for plant (Geneaid). Analisis fragmen DNA didasarkan pada protokol Type-it Microsatellite PCR kit. Data dianalisis menggunakan Cervus 3.07, POPGENE 3.2 dan PBSTAT-CL. Karakter morfologi vegetatif bervariasi berdasarkan hasil pengamatan pada kanopi, batang, dan daun. Aksesi membentuk empat grup pada jarak cophenetic 0,45. Duku condet terdapat pada grup satu. Grup dua diidentifikasi sebagai grup kokosan-langsat sedangkan grup lainnya belum dapat diidentifikasi. Urutan dan karakteristik marka SSR pada Lansium domesticum mayoritas memiliki motif AAT. Motif utama kaya akan T, TA, AAT, TTAA, TTTCT, AAAAAT dan motif minor sebagian besar kaya akan G/C. Desain primer untuk analisis molekuler dapat dilakukan berdasarkan informasi tersebut. Analisis gerombol berdasarkan marka SSR menghasilkan dua grup utama pada jarak cophenetic 0,35. Grup pertama mayoritas terdiri dari aksesi dengan nama lokal duku dan langsat sedangkan grup dua mayoritas terdiri dari aksesi dengan nama lokal kokosan. Primer P1, P4, P5, dan P8 merupakan primer yang paling baik dalam membedakan kedua grup ini. Marka SSR yang digunakan bersifat informatif dan mampu mendeteksi keragaman genetik antar aksesi. Dendrogram hasil analisis data gabungan membentuk dua grup pada jarak cophenetic 0,35. Grup pertama terdiri dari CON 3, CON 2, CON 1, KRB 8, MKS 2, MKS 3, MKS 1, MKS 8, MKS 10, KRB 2, KRB 6, MKS 8, MKS 9, KRB 6, dan KRB 2 yang diidentifikasi sebagai duku dan duku-langsat. Grup kedua terdiri dari KRB 9, KRB 7, KRB 5, MKS 7, KRB 3, MKS 4, MKS 6, dan KRB 1 diidentifikasi sebagai kokosan. Keragaman genetik aksesi yang diamati tergolong tinggi baik berdasarkan karakter morfologi maupun molekuler. Sebaiknya dilakukan karakterisasi pada karakter generatif dan melibatkan aksesi yang lebih banyak sehingga informasi pengelompokan yang didapatkan dapat lebih akurat.
Keyword: DNA, genetic, information, molecular, primer, genetic

Judul: Keragaman Genetik Kedelai (Glycine max L.) Introduksi dan Aksesi Lokal Berdasarkan Marka SSR.
Abstrak: Kedelai (Glycine max L.) merupakan salah satu tanaman yang mempuyai nilai ekonomi tinggi. Peningkatan kebutuhan kedelai nasional menjadi tantangan bagi pemulia kedelai. Ketersediaan sumber keragaman genetika merupakan prasyarat keberhasilan program pemuliaan suatu varietas. Penelitian ini bertujuan menganalisis keragaman genetika 50 aksesi kedelai introduksi dan 46 kedelai aksesi lokal menggunakan 14 marka Simple Sequence Repeats (SSR). Tahapan penelitian dimulai dengan isolasi DNA, PCR, skoring, dan analisis data dengan perangkat lunak NTSYS dan PowerMarker. Hasil penelitian menunjukkan 14 marka SSR yang digunakan bersifat polimorfik. Sebanyak 276 alel berukuran 85- 328 bp dengan kisaran 4-27 alel per lokus berhasil dideteksi. Nilai rerata Polymorphic Information Content (PIC) yang didapat sebesar 0.96 (PIC>0.5), sehingga marka dapat digunakan untuk mendeteksi keragaman genetik kedelai. Nilai rerata diversitas gen sebesar 0.96 menunjukkan keragaman yang cukup tinggi. Analisis klaster menunjukkan 96 aksesi kedelai mengelompok menjadi dua klaster utama pada nilai koefisien kesamaan genetik 0.84. Kelompok pertama terdiri atas 95 aksesi, sedangkan kelompok kedua hanya terdapat satu aksesi (Huang Mao Bai Shui Dou). Hasil analisis keragaman ini digunakan sebagai dasar awal penentuan tetua persilangan program pemuliaan kedelai di Indonsesia.
Keyword: Kedelai (Glycine max L.), keragaman genetik, SSR

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: