Judul: Distribusi Spasial Fitoplankton di Perairan Selat Bali
Abstrak: Selat Bali merupakan perairan yang memisahkan antara pulau Jawa dan pulau Bali. Perairan Selat Bali memiliki kesuburan yang tinggi. Salah satu indikasinya adalah keberadaan fitoplankton yang melimpah. Fitoplankton memiliki peran sebagai produser primer pada ekosistem akuatik. Keberadaan fitoplankton di suatu perairan, ditentukan oleh interaksinya dengan faktor fisika dan kimia perairan. Fitoplankton terdistribusi di semua perairan, baik secara vertikal maupun horizontal. Distribusi fitoplankton secara horizontal banyak dipengaruhi oleh faktor fisik dan kimia. Faktor fisik dan kimia itulah yang menyebabkan kelimpahan fitoplankton berbeda dan distribusi horizontal yang tidak merata. Penelitian mengenai distribusi fitoplankton di perairan Selat Bali belum banyak diketahui. Penelitian fitoplankton di Selat Bali selama ini hanya melihat distribusi vertikal tanpa melihat distribusi horizontalnya. Karenanya penelitian ini berfokus pada distribusi spasial fitoplankton secara horizontal. Pada penelitian ini distribusi horizontal tersebut dilihat berdasarkan perbedaan karakteristik fitoplankton (kelimpahan dan jumlah jenis) di perairan bagian nearshore (perairan dekat pantai) dan perairan offshore (perairan laut terbuka). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pola distribusi spasial secara horizontal fitoplankton di perairan Selat Bali dan melihat perbedaan antara perairan nearshore dan offshore berdasarkan komposisi jenis dan kelimpahan fitoplanktonnya. Hasil penelitian ini diharapkan dapat bermanfaat sebagai informasi dasar mengenai potensi kesuburan perairan di Selat Bali. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Februari sampai Maret 2011 di perairan Selat Bali yang dibagi menjadi dua wilayah yaitu perairan dekat pantai (nearshore) dan perairan laut terbuka (offshore). Metode pengumpulan data yang dilakukan pada penelitian ini yaitu sample survey method, yaitu pengumpulan data dari sejumlah individu dalam waktu yang sama yang akan menghasilkan keadaan umum atau generalisasi bagi lingkungan yang diteliti. Analisis data yang dilakukan ialah pola distribusi fitoplankton yang diketahui dengan menggunakan Indeks Dispersi Morisita (Iδ) dan pengelompokan stasiun berdasarkan kelimpahan fitoplankton menggunakan Indeks Bray-Kurtis. Kedua analisis tersebut menggunakan software Minitab versi 15.0. Berdasarkan hasil pengamatan, fitoplankton di perairan Selat Bali secara umum terdiri dari tiga kelas, yaitu kelas Bacillariophyceae, kelas Dinophyceae, dan kelas Cyanophyceae, dengan komposisi dan kelimpahan fitoplankton tertinggi dari kelas Bacillariophyceae. Kelimpahan tertinggi berada pada stasiun offshore-1 dengan 1.566.766 sel/m3 dan yang terendah pada stasiun nearshore-3 dengan 123.308 sel/m3. Pola distribusi fitoplankton di perairan Selat Bali berdasarkan Indeks Morisita adalah berkelompok. Pengelompokan stasiun berdasakan kelimpahan fitoplankton di peraian bagian offshore membentuk 3 kelompok, sedangkan untuk perairan nearshore membentuk 2 kelompok. Sebaran fitoplankton berdasarkan komposisi jenis dan kelimpahan fitoplankton antarstasiun tidak sama walaupun letak stasiun berdekatan. Jumlah jenis dari fitoplankton di bagian offshore lebih tinggi dibanding bagian nearshore, tetapi untuk kelimpahan, fitoplankton di perairan bagian nearshore secara umum lebih tinggi dan seragam.
Keyword: 

Judul: Struktur komunitas Fitoplankton Di Perairan Tanjung jaya-Banten
Abstrak: Penelitian tentang struktur komunitas fitoplankton di perairan Tanjung Jaya - Banten dilakukan pada Tanggal 5 Mei 2004 dan 15 Mei 2004 dengan cara pengukuran langsung di sepuluh stasiun dan pada bulan Mei - Juli 2004 analisis di Laboratorium Limnologi dan Avertebrata Air Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Institut Pertanian Bogor. Data yang diukur dan diambil dilapang antara lain: suhu (thermometer), pH (kertas lakmus), DO (metode Winkler), kecerahan (Secchi Disk) dan titik koordinat (GPS). Pencatatan data tersebut diulang pada setiap stasiun pengamatan. Analisis labolatorium meliputi pengukuran kadar nitrat, fosfat dan silikat dengan metode spektrofotometri pada panjang gelombang tertentu, pengukuran salinitas dengan menggunakan refraktometer dan identifikasi fitoplankton dengan mikroskop dan bantuan buku identifikasi Yamaji (1976) dan Davis (1955). Pengolahan data dilakukan dengan menggunakan metode analisis antara lain: jumlah dan jenis fitoplankton (metode visual dengan bantuan buku identifikasi Yamaji (1976) dan Davis (1955), kelimpahan fitoplankton (metode lapang pandang), keanekaragaman (indeks Shannon-Weaner), keseragaman (indek Shannon-Weaver) dan dominansi (indeks Shimpson). Komposisi fitoplankton didominasi oleh tiga kelas yaitu kelas bacillariophyceae sebanyak 9820 sel, Dinophyceae sebanyak 866 sel dan Cyanophyceae sebanyak 72 sel. Jenis fitoplankton yang jumlahnya oaling banyak adalah Chaetosceros sebanyak 4963 ssel, Rhizosolenia sebanyak 3832 sel dan Tahalassiotrix sebanyak 3773 sel. Kelimpahan fitoplankton berkisar antara 1,745,000-356,000 sel/liter dengan rata-rata 1,077,000. sel/liter, kelimphan tertinggi berada pada stasiun sembilan dan terendah berada pada stasiun satu. Parameter fisika-kimia hasil pengukuran adalah sebagai berikut; kadar oksigen berkisar antara 4,3-5,4 mg/l dengan rata-rata 5,0 mg/l kadar tertinggi berada pada stasiun delapan dan terendah berada pada stasiun lima. Nilai kecerahan berkisar antara 6,7-9,9 m dengan rata-rata 8,1 m, kecerahan tertinggi berada pada stasiun tujuh dan terendah berada pada stasiun 6. nilai suhu berkisar antara 28,4-30,6 °C dengan rata-rata 29,6 °C, suhu tertinggi berada pada stasiunlima dan terendah berada pada stasiun empat. Kadar salinitas berkisar antara 32,8-33,3% dengan rata-rata 33,100, salinitas tertinggi berada pada stasiun empat dan terendah berada pada stasiun lima. Kadar fosfat berkisar antara 0,0001- 0.0023 mg/l dengan rata-rata 0.0009 mg/l, kadar fosfat tertinggi berada pada stasiun sepuluh dan terendah berada pada stasiun sembilan. Kadar nitrat berkisar antara 0,0257- 0,0766 mg/l, kadar tertinggi berada pada stasiun satu dan terendah berada pada stasiun lima. Kadar silikat berkisar antara 0,866-1,5008 mg/l dengan rata-rata 1,1355 mg/l kadar silikat tertinggi berada pada stasiun delapan dan terendah berada pada stasiun enam dan pH berkisar antara 7,6-8,6 dengan rata-rata 8,1, pH tertinggi berada pada stasiun enam dan terendah berada pada stasiun tiga. Indeks keanekaragaman (H) berkisar antara 2,10-2,39 dengan rata-rata 2,18 ini memperlihatkan indeks keanekaragaman termasuk kedalam kriteria sedang dengan kata lain jumlah spesies yang teridentifikasi cukup banyak. Indeks keseragaman (E) berkisar antara 0,62-0,73 dengan rata-rata 0,67, ini berarti indeks keseragaman tergolong rendah artinya setiap spesies hampir sama jumlahnya dan indeks dominasi berkisar antara 0,14- 0,23 dengan rata-rata 0,18 menunjukan indeks dominasi rendah maka dengan demikian tidak ada satu atau dua spesies yang jumlahnya jauh berbeda dengan spesies lainnya.
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA