Judul: Aktinomiset Filosfer Penghasil Senyawa Antifungi sebagai Agens Biokontrol Penyakit Bercak Ungu (Alternaria porri Ell. Cif.) pada Tanaman Bawang Merah
Abstrak: Bawang merah merupakan salah satu komoditas tanaman hortikultura di Indonesia yang memiliki nilai ekonomis tinggi. Namun dalam upaya meningkatkan produksi bawang merah banyak mendapatkan kendala diantaranya adanya gangguan organisme penganggu tanaman seperti penyakit bercak ungu yang disebabkan oleh Alternaria porri. Ell. Cif. Penyakit ini dapat menginfeksi berbagai macam-macam genus Allium. Tingkat keparahan penyakit bercak ungu 29,5%-60,8%, dan menyebabkan kerugian hasil 30%-100%. A. porri dapat menginfeksi bawang merah mulai dari daun hingga umbi sehingga menurunkan hasil produksi. Pengendalian saat ini sangat bergantung pada penggunaan fungisida kimia sintetik. Pengendalian lain sebagai alternatif adalah penggunaan agens biokontrol aktinomiset. Beberapa aktinomiset telah dilaporkan dapat menekan patogen tanaman dengan memproduksi senyawa antifungi. Penelitian bertujuan untuk: (1) memperoleh keanekaragaman aktinomiset filosfer dari tanaman Liliaceae; (2) mengetahui karakteristik aktinomiset filosfer tanaman Liliaceae yang memiliki aktifitas antifungi terhadap cendawan A. porri secara in-vitro; (3) mengetahui potensi galur aktinomiset filosfer dalam menekan penyakit bercak ungu, serta memacu pertumbuhan tanaman bawang merah secara in-planta; (4) mengidentifikasi aktinomiset terbaik melalui sekuen gen 16S rRNA; dan (5) mengidentifikasi kandungan senyawa bioaktif antifungi dari isolat terbaik. Penelitian dilaksanakan melalui lima tahapan, yaitu: (1) eksplorasi aktinomiset filosfer dari berbagai jenis tanaman Liliaceae; (2) seleksi dan karakterisasi aktinomiset filosfer; (3) identifikasi isolat aktinomiset terpilih melalui sekuen gen 16S rRNA; (4) menguji keefektifan aktinomiset terpilih dalam menekan penyakit bercak ungu secara in planta di rumah kaca; dan (5) identifikasi kandungan senyawa bioaktif antifungi dari isolat terbaik. Isolat yang berhasil diisolasi diuji keamanan hayatinya melalui uji reaksi hipersensitivitas pada tanaman tembakau, uji patogenisitas pada tanaman bawang merah, dan uji hemolisis pada agar darah. Isolat yang terseleksi selanjutnya diuji kemampuan antagonismenya terhadap A. porri melalui uji dual culture. Isolat yang memberikan penghambatan tertinggi diuji keefektifannya di rumah kaca. Isolat tersebut juga dikarakterisasi kemampuan fisiologinya dalam menghasilkan enzim kitinase, dan senyawa biosurfaktan. Isolat-isolat potensial diidentifikasi secara molekuler menggunakan primer universal aktinomiset 27F dan 16Sact1114R. Isolat terbaik yang mampu menekan A. porri baik secara in vitro maupun in vivo dianalisis kandungan senyawa bioaktifnya dengan menggunakan gas chromatography mass spectrometry (GC-MS). Sebanyak 216 isolat aktinomiset berhasil diisolasi dari tujuh jenis tanaman Liliaceae. Setelah diseleksi makromorfologi dan mikromorfologi terseleksi 46 isolat, dari 46 isolat aktinomiset filosfer terdapat 15 jenis isolat yang bersifat positif reaksi hipersensitivitas, lima jenis isolat yang bersifat positif hemolisis, dan tiga jenis isolat yang bersifat positif patogenisitas, sehingga terseleksi 26 isolat yang bersifat non patogenik (negatif reaksi hiversensitivitas, negatif patogenesitas, dan negatif hemolisis). Hasil penelitian menunjukkan bahwa ditemukan berbagai galur aktinomiset filosfer pada tanaman Liliaceae yang memiliki morfologi beragam. Bentuk morfologi dari koloni aktinomiset filosfer tanaman Liliaceae memiliki bentuk seperti berkerut, bulat, bentuk L, kompleks, bulat dengan tepi serabut. Permukaan koloni seperti wool, tidak beraturan, halus, foliform, lobat, dan bergelombang. Koloni aktinomiset pada awal pertumbuhan seperti koloni bakteri pada umumnya sampai hari ketiga, pada umur 4-15 hari mulai muncul seperti tepung di atas permukaan koloni. Warna atau pigmentasi koloni bermacam-macam yaitu oranye, putih, abu kehitaman, dan kehitaman. Ukuran koloni aktinomiset 1,65-8,57 mm dengan skala 2 mm. Ukuran hifa 0,71-2,30 µm pada perbesaran 200x, dan memiliki gram positif. Aktinomiset yang didapat memiliki keragaman dari tipe rantai spora spiral, retinaculiaperti, dan rectiflexibeles. Pada
Keyword: abundance, Allium., bioactive, characterization, screening

Judul: Potential of Endophytic Actinomycete of Liliaceae as Biocontrol Agents of Basal Plate Rot Disease (Fusarium oxysporum f.sp. cepae) on Shallots
Abstrak: RINGKASAN LISA MARIANAH. Potensi Aktinomiset Endofit Tanaman Liliaceae sebagai Agens Pengendali Penyakit Busuk Pangkal Umbi (Fusarium oxysporum f.sp. cepae) pada Bawang Merah. Dibimbing oleh ABDJAD ASIH NAWANGSIH, ABDUL MUNIF, GIYANTO dan EFI TODING TONDOK. Indonesia merupakan salah satu negara penghasil bawang merah dan sudah mengekspor ke beberapa negara seperti Malaysia, Thailand dan Singapura. Produktivitas bawang merah di Indonesia masih rendah dan masih dapat ditingkatkan. Faktor penyebab rendahnya produksi bawang merah nasional di antaranya adalah serangan patogen penyebab busuk pangkal umbi yaitu Fusarium spp. spesies kompleks. Penyakit busuk pangkal umbi termasuk penyakit merugikan pada tanaman bawang merah di Indonesia maupun di dunia, karena menyebabkan kerusakan di lapangan dan juga di penyimpanan. Patogen penyebab penyakit ini di Indonesia juga belum teridentifikasi secara pasti, apakah hanya disebabkan oleh satu spesies atau lebih. Upaya pengendalian di tingkat petani saat ini masih mengandalkan fungisida kimia sintetik. Aplikasi fungisida kimia yang bersifat sistemik dapat menyebabkan berkurangnya populasi mikroba bermanfaat, termasuk aktinomiset endofi pada tanaman. Berkurangnya kelimpahan mikroba bermanfaat pada tanaman menyebabkan tanaman lebih rentan terhadap patogen. Alternatif pengendalian yang diharapkan dapat mengurangi aplikasi fungisida dan aman bagi lingkungan adalah dengan pemanfaatan agens hayati. Beberapa agens hayati yang sudah diteliti mampu menekan perkembangan penyakit busuk pangkal umbi antara lain adalah bakteri Bacillus velezensis, Trichoderma sp., Fusarium non-patogen dan aktinomiset rizosfer. Saat ini di Indonesia belum ada penelitian yang mengungkapkan potensi aktinomiset endofit tanaman Liliaceae untuk menekan perkembangan penyakit penyakit busuk pangkal umbi pada tanaman bawang merah. Aktinomiset endofit merupakan kelompok bakteri yang dilaporkan berpotensi sebagai agens biokontrol. Aktinomiset endofit juga penghasil metabolit sekunder terbesar yang mengandung antibiotik, memproduksi senyawa bioaktif yang bersifat antifungi, menginduksi ketahanan dan memacu pertumbuhan tanaman. Kemampuan dalam menghambat patogen secara langsung dan sebagai penginduksi ketahanan tanaman merupakan keunggulan aktinomiset endofit dibandingkan dengan agens biokontrol lainnya. Aktinomiset endofit hidup di dalam jaringan tanaman, sehingga memberi keuntungan berkurangnya faktor-faktor pengganggu dari luar. Tingginya intensitas aplikasi pestisida pada budi daya bawang merah dikhawatirkan menyebabkan berkurangnya kelimpahan mikroba bermanfaat, sehingga dibutuhkan tanaman lain kelompok famili Liliaceae sebagai sumber isolat aktinomiset endofit. Penelitian ini bertujuan: 1) mengidentifikasi dan mempelajari morfologi cendawan Fusarium spp. spesies kompleks yang menyebabkan penyakit busuk pangkal umbi pada bawang merah di Jawa; 2) mempelajari gejala-gejala penyakit busuk pangkal umbi pada bawang merah akibat infeksi cendawan patogen Fusarium spp.; 3) mendapatkan isolat aktinomiset endofit potensial dalam menekan pertumbuhan cendawan F. oxysporum f.sp. cepae; 4) mengevaluasi mekanisme penghambatan aktinomiset endofit terhadap F. oxysporum f.sp. cepae. Penelitian terdiri 4 tahapan yaitu: 1) isolasi cendawan Fusarium spp. dan aktinomiset endofit tanaman Liliaceae; 2) uji potensi aktinomiset endofit sebagai agens biokontrol; 3) uji keefektifan isolat aktinomiset terhadap F. oxysporum f.sp. cepae; 4) uji kolonisasi dan identifikasi isolat aktinomiset endofit secara molekuler. Cendawan F. oxysporum f.sp. cepae diisolasi dari tanaman bawang merah bergejala penyakit busuk pangkal umbi dari Brebes. Isolat murni diamati morfologinya, dilakukan uji patogenisitas pada umbi dan tanaman bawang merah, lalu diidentifikasi secara molekuler menggunakan primer universal dan primer spesifik (SIX3, C5 dan CRX1). Aktinomiset endofit diisolasi dari tanaman famili Liliaceae menggunakan media pertumbuhan WYA, CSA, dan YEMA. Isolat dipastikan benar-benar aktinomiset dengan pengamatan morfologi dan dimurnikan pada media ISP2.
Keyword: Brebes, Fusarium, molecular identification, resistance induction, specific primers, Streptomyces

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: