Judul: Aktivitas antibakteri enzim protease dari kapang endofit laut Xylaria psidii KT30 dan deteksi gen penyandinya
Abstrak: Penyakit yang disebabkan oleh infeksi bakteri menjadi masalah serius bagi kesehatan masyarakat dalam beberapa tahun terakhir. Meskipun obat antibakteri yang ada telah cukup efektif, tetapi tidak menutup kemungkinan timbulnya resistensi terhadap obat tersebut. Eksplorasi senyawa bioaktif (protein) baru dari alami saat ini sudah mulai diteliti secara intensif dalam beberapa dekade terakhir Tujuan penelitian ini adalah menentukan aktivitas antibakteri protein kapang endofit laut Xylaria psidii KT30, aktivitas antibakteri protease dan deteksi gen penyandi proteasenya. Penelitian ini dibagi menjadi beberapa tahapan diantaranya optimasi produksi protease, purifikasi protein X. psidii KT30, penentuan bobot molekul protein dengan SDS-PAGE dan zymogram, uji aktivitas antibakteri protease serta deteksi gen yang menyandikan antibakteri protease dengan nested PCR. Kultur yang dilakukan pada 2 media berbeda menghasilkan perbedaan dalam bobot kering miselia, nilai pH dan aktivitas protease. Media Hagem pada kultur hari ke-15 menghasilkan nilai bobot kering tertinggi dengan nilai 0,1419±0,01 gram, sementara media PDB menghasilkan bobot kering 0,1233±0,01 gram pada hari ke-9 dengan volume media kultur 50 mL. Penurunan pH terjadi akibat proses fermentasi dengan rentang pH pada media Hagem 3,17±0,09 - 3,60±0,17 dan pada media PDB 5,12±0,50 - 5,72±0,07. Aktivitas tertinggi protease didapatkan pada hari ke-15 dengan nilai 2,33±0,19 U/mL pada media PDB, sedangkan pada media Hagem aktivitas tertinggi didapatkan pada kultur hari ke-18 dengan nilai 0,484±0,03 U/mL. Kadar protein tertinggi media PDB didapatkan pada kultur hari ke-15 dengan nilai konsentrasi protein 2,82 mg/mL pada filtrat media dan 2,43 mg/mL setelah presipitasi menggunakan (NH4)2SO4 90%, sementara pada media Hagem hasil konsentrasi tertinggi didapatkan pada hari ke-21 dengan nilai 1,62 mg/mL pada filtrat media dan mengalami kenaikan konsentrasi dengan nilai 1,88 mg/mL setelah tahap presipitasi. Purifikasi menggunakan Sephadex G75 menunjukkan setiap fraksi gabungan memiliki konsentrasi protein yang berbeda. Nilai konsentrasi berurutan pada fraksi 5-8, 9-12 dan 13-15 adalah 0,75; 0,15; 0,97 mg/mL. Hasil SDS–PAGE menunjukkan bobot molekul hasil fraksinasi protein yaitu fraksi 5-8 memiliki bobot molekul 56,62, 89,12 dan 162,18 kDa, sedangkan fraksi 9-12 menunjukkan protein dengan bobot molekul 162,18 kDa. Hasil zymogram fraksi 5-8 menunjukkan ukuran band protease berukuran 42,6 kDa dan 81,9 kDa. Protease dengan bobot molekul 103,5 kDa yang muncul di SDS-PAGE ditunjukkan oleh fraksi 9-12. Hasil karakterisasi enzim pada pH menunjukkan aktivitas protease optimum pada pH 9 untuk fraksi 5-8 dengan nilai 1,243 U/mL, sedangkan pada fraksi 9-12 menunjukkan aktivitas optimum pada pH 7 dengan nilai 2,587 U/mL. Karakterisasi suhu menunjukkan aktivitas protease optimum pada suhu 70oC pada fraksi 5-8 dengan nilai 1,341 U/mL, sedangkan fraksi 9-12 menunjukkan aktivitas protease optimum pada suhu 60oC dengan nilai 1,147 U/mL. Hasil karakterisasi pada surfaktan dan logam menunjukkan bahwa EDTA, PMSF, SDS, urea dan tween-20 mampu menghambat aktivitas relatif dari protease, sedangkan DTT, CaCl2 dan MgCl2 cenderung menaikkan aktivitas protease. Aktivitas protein ekstraseluler hasil pengendapan amonium sulfat 90% menunjukkan hasil yang positif dalam menghambat patogen Bacillus subtilis dan Staphylococcus aureus. Hasil isolasi DNA dari miselia X. psidii KT30 memiliki nilai rasio OD260/OD280 1,820. Gen penyandi protease diamplifikasi menggunakan nested PCR dengan primer SPKT30_F/R menghasilkan pita dengan ukuran ± 150 bp. Sekuensi dan analisis BLAST menunjukkan sekuen pita ini memiliki nilai identity 100% dengan beberapa jenis protease dari fungi lainnya
Keyword: antibacterial, endophytic, marine fungi, Xylaria psidii, zymogram

Judul: Isolasi dan Purifikasi Parsial Peptida Antibakteri dari Kapang Endofit Isolat KT31 yang Diisolasi dari Makroalga Kappaphycus alvarezii
Abstrak: Salah satu mikroorganisme sumber utama metabolit sekunder adalah kapang endofit. Beberapa metabolit endofit menunjukkan aktivitas antibakteri, antifungi, insektisida, dan imunosupresan. Berbagai macam penyakit seperti meningitis, fare, demam tifoid, infeksi saluran pencernaan, dan lain-lain dapat disebabkan eh bakteri patogen. Beberapa bakteri patogen yang membahayakan kesehatan manusia antara lain Escherichia coli, Bacillus subtilis, Salmonella thypii, Pseudomonas aeruginosa, Listeria monocytogenes, Bacillus pumilus, Staphylococcus aureus, dan lain-lain. Oleh karena itu, perlu adanya antibakteri ang dapat mengatasi penyebaran penyakit yang disebabkan oleh bakteri patogen. Tujuan penelitian ini adalah mengisolasi dan memurnikan secara parsial peptida aktif yang ada dalam isolat kapang endofit isolat KT31 serta mengetahui aktivitas antibakteri sebagai informasi awal untuk penapisan obat baru. Metode penelitian ini terdiri dari beberapa tahap yaitu: 1) Kultivasi kapang endofit isolat KT31, 2) Isolasi protein kapang dengan metode pengendapan melalui penambahan bermacam konsentrasi amonium sulfat yaitu 60%, 70%, 80%, dan 90%, 3) Analisis aktivitas antibakteri ekstrak kasar hasil pengendapan pada tujuh bakteri patogen yaitu, Escherichia coli NBRC 14237, Bacillus subtilis BTCC 2530, Salmonella thypiii P2KIM Collection, Pseudomonas aeruginosa BTCC B675, Listeria monocytogenes BTCC B693, Bacillus pumilus BTCC B530, Staphylococcus aureus P2KIM Collection, 4) Kromatografi gel filtrasi menggunakan gel Sephadex G-50 dan eluen etanol 30%, 5) Karakterisasi protein antibakteri melalui penentuan bobot molekul protein menggunakan SDSPAGE, 6) Penentuan kadar protein menggunakan BCA kit. Hasil aktivitas antibakteri terbaik ditunjukkan oleh diameter zona hambat tertinggi pada Escherichia coli dan Bacillus pumilus sebesar 14 mm. Aktivitas antibakteri ini diperoleh dari pelet hasil proses pengendapan protein kapang menggunakan amonium sulfat 80%. Hasil fraksi terbaik dari 30 fraksi ditunjukkan dengan zona hambat tertinggi sebesar 12 mm. Analisis bobot molekul kapang endofit isolat KT31 dilakukan dengan menggunakan SDSPAGE dengan hasil bobot molekul sebesar 11, 2745 kDa. ...
Keyword: Purifikasi, Peptida, Antibakteri

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: