Judul: Various Types Of Pstv Cp Gene Constructs To Protect Transgenic Nicotiana Benthamiana From Pstv Inoculation And Transformation Of Pstv Cp Gene Into Peanut
Abstrak: Disertasi ini dirnulai dari BAB I. Pendahuluan Umum dan BAB II. Tinjauan Pustaka. Selanjutnya ditulis hasil-hasil serangkaian percobaan yang mengarah kepada pembentukan tanaman Nicotiana henthamiana dan kacang tanah tahan PStV. terutama dengan memanfaatkan teknik transformasi gen dengan bantuan Agrobacterium tumefaciens. Gen ketahanan terhadap PStV dalam penelitian ini diambil dari gen coat protein PStV itu sendiri, terdiri atas empat tipe konstruksi yaitu pBINRCPL pBINRCP2. pBINRCP3, dan pBINRCP4. Untuk mengetahui dengan cepat efektivitas keempat gen ini dalam memberikan sifat ketahanan tanaman terhadap PStV digunakan tanaman model. yaitu N benthamiana. Setelah diketahui konstruksi gen yang paling efekti1~ konstruksi ini akan diintroduksikan ke tanaman kacang tanah. Dengan demikian dalarn penelitian ini digunakan dua tanaman yaitu N henthamiana sebagai tanaman model dan kacang tanah (Arachis hypogaea L) sebagai tanaman utarna yang diinginkan memperoleh sifat ketahanan terhadap PStV. Untuk keberhasilan regenerasi tanaman transgenik diperlukan adanya empat syarat yaitu: (i) tersedianya gen yang akan diintroduksikan; (ii) metode introduksi gen tersebut ke tanaman target: (iii) metode regenerasi tanaman yang efektif secara in virro: dan (iv) kemampuan untuk mengekspresikan gen yang telah terintegrasi dalam genom tanaman. Untuk memperoleh tanarnan transgenik N. benthamianu juga diperlukan keempat syarat di atas. Syarat pertama yaitu tersedianya gen yang akan diintroduksikan. Gen-gen yang digunakan dalam penelitian ini adalah gen cp PStV dan dua gen marker [gen /3-glucoronidase (gus) dan gen green fluorescent protein (g/p)]. Gen cp dan gen gus sudah dikonstruksi oleh peneliti lain sedangkan gen gfp dikonstruksi dalam penelitian ini (dilakukan di QABC. Queensland. Australia). Konstruksi dan kloning gen gfjJ dilakukan untuk memperoleh gen marker yang Iebih baik dibandingkan gen marker lain (seperti gen gus dan gen luc). Dengan tersedianya konstruksi gen marker ini. pengembangan metode transforrnasi tanaman dapat dilakukan tanpa menggunakan esei yang sifatnya destruktif jadi jaringan/eksplan tidak rnati seperti yang terjadi pada esei GUS. Dari penelitian yang ditulis pada BAB III ini dihasilkan dua plasmid yaitu pSAQl (singkatan dari Sholeh Avivi QABC) dan pSAQ2. Gen gfp dalam plasmid basil rekonstruksi dapat diekpresikan dengan baik pada tanaman tembakau W38. Plasmid hasil penelitian ini digunakan untuk membandingkan efektifitas transfer gen pada BAB VI. I, Peanut stripe virus (PStV) is one of the most important virus diseases in peanut. It causes severe reduction in yield and seed quality of peanut. Hence it is a significant constraint to peanut production in Indonesia. In this study, we aim to generate genetically-modified commercial peanut cultivars that are resistant to PStV infection by expressing viral coat protein sequence in transgenic plants. To achieve this objective, several experiments have been conducted, such as: (1) Construction of non-destructive selectable marker gene, green fluorescens protein (g/p), for expression in plants; (2) Evaluation of various types of PStV cp transgene(s) to protect transgenic Nicotiana benthamiana from PStV; (3) The development of procedures for obtaining efficient somatic embryos in peanut; (4) Agrobacterium-mediated transformation of peanut somatic embryos; and ( 5) Regeneration of transgenic peanut carrying PStV cp transgene(s). The PStV cp transgene was isolated from coat protein gene sequence of PStV isolate from Malang (Indonesia), and was constructed in four different types: pBINRCP 1 (full length translatable), pBINRCP2 (full length translatable, modified DAG motif), pBINRCP3
Keyword: Peanut Stripe Virus(PStV), Nicotiana benthamiana

Judul: Resistance of transgenic peanuts (Arachis hypogaea L.) to PStV: identify, number of integration sites, expression, and stability of PStV cp transgene
Abstrak: Penyakit bilur kacang tanah yang disebabkan oleh peanut stripe virus (PStV) merupakan salah satu penyakit penting pada pertamman kacang tanah. Penggunaan varietas tanah merupakan alternatif yang dianggap paling efektif untuk mengatasi penyakit tersebut. Masdahnya adalah, kultivar tahan belum tersda clan upaya pemuliaan menghadapi masalah ti& tersedianya gen resisten pada varietas budidaya. Rekayasa genetika merupakan metode efektif untuk mengatasi masalah tersebut Banyak bukti menunjukkan, tanaman yang tahan terhadap suatu virus dapat diperoleh dengan cara mengintegrasikan gen dari virus tersebut ke genom tanaman. Penelitian ini bertujuan (1) mengevaluasi respons tanaman kacang tanah transgenik yang membawa gen cp PStV terhadap infeksi PStV, (2) menguji stabilitas sifat resistensi terhachp PStV dari satu generasi ke generasi selanjutnya dan mengidentifikasi galur tanaman tmmgenik yang resisten PStV, (3) mengevduasi korelasi identitas transgen dan jumlah integrasi transgen cp PStV dengan resistensi tamman kacang tanah transgenik terhadap PStV, (4) mempelajari pola pewarisan sifat ketahanan terhadap PStV pada tanaman kacang tanah transgenik yang membawa gen cp PStV, dan (5) menguji kemungkinan penggabungan sifat resistensi terhadap PStV hasil rekayasa genetika dengan katakter daya hasil tinggi dan resistensi terhadap penyakit bercak daun Cercospora yang dikendalikan oleh gen alami dari tanaman kacang tanah nontransgenik.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: