Judul: Paralellization Multiple Sequence Alignment
Abstrak: Sequence alignment (sequence alignment) is one of the problems in molecular biology that can be solved with the help of computer programs. The purpose of an alignment is to identify similarity region of sequence in Deoxyribonucleic acid (DNA), Ribonucleic acid (RNA), or protein. One of sequence alignment methods is Needleman-Wunsch which includes all sequences in its alignment. The Needleman-Wunsch method has high computational complexity with value of O(n2). Similarly, multiple sequence alignment (MSA) that processes k sequences one by one by using Star Alignment method has complexity of O(k2n2). Therefore, the main problem in MSA using Star Alignment method is computational time. However, the Star Alignment method can still obtain high accuracy. The time consuming problem faced by Star Alignment method can be solved by applying parallel computing technique implemented using multiple computers working together as a network system. This research focuses on finding a faster method to process MSA based on Star Alignment method using parallel computing. The proposed method is implemented using Message Passing Interface (MPI). The evaluation is conducted by calculating speed up. The experiment results show that the paralellization of the Star Alignment method can increase speed up 4-6 times faster than that of using single CPU.
Keyword: Needleman-Wunsch, Multiple Sequence Alignment, Star Alignment, Parallel Computing

Judul: Paralelisasi Algoritme Pairwise Alignment dan Neighbor Joining pada Progressive Multiple Sequence Alignment
Abstrak: Multiple sequence alignment (MSA) adalah permasalahan dasar dalam Bioinformatika yang bertujuan menjajarkan lebih dari dua sekuens biologi untuk menemukan kemiripan pada masing-masing sekuens. MSA digunakan dalam analisis phylogenetic, identifikasi motif pada keluarga protein dan pemodelan homologi tiga dimensi. Tantangan yang dihadapi dalam melakukan implementasi MSA adalah kompleksitas algoritme dan ukuran data sekuens yang besar. Progressive MSA ClustalW merupakan metode heuristic yang banyak digunakan untuk menyelesaikan masalah kompleksitas algoritme MSA. Beberapa penelitian membuktikan bahwa paralelisasi progressive MSA dapat meningkatkan kinerja dalam menghadapi ukuran data sekuens yang besar. Penelitian ini bertujuan melakukan paralelisasi algoritme pairwise alignment dan neighbor joining pada progressive MSA ClustalW menggunakan model pemrograman message passing, shared memory, dan gabungan keduanya. Perancangan program paralel dilakukan dengan empat tahap yaitu partitioning, communication, agglomeration dan mapping. Perancangan program paralel tersebut menghasilkan lima skenario implementasi untuk algoritme pairwise alignment dan satu skenario untuk algortime neighbor joining. Skenario tersebut antara lain pureMPI, pureOpenMP, ompInner, mpiOmpInner, dan mpiOmpOuter pada algoritme pairwise alignment serta skenario pureOpenMP pada algoritme neighbor joining. Skenario pureOpenMP menjadi skenario terbaik pada algoritme pairwise alignment dengan speedup hingga 12.20 kali menggunakan 20 prosesor. Skenario pureOpenMP pada algoritme neighbor joining menghasilkan speedup hingga 6.11 kali menggunakan 20 prosesor. Algoritme pairwise alignment dan neighbor joining memperoleh speedup terbaik menggunakan skenario pureOpenMP yang merupakan implementasi model pemrograman shared memory. Penggunaan skenario tersebut pada gabungan kedua algoritme diperoleh speedup hingga 12 kali menggunakan 20 prosesor. Paralelisasi kedua algoritme tersebut menggunakan skenario pureOpenMP berkontribusi untuk menjaga algoritme gabungan tetap kokoh pada data yang memiliki sekuens yang panjang dan jumlah sekuens yang banyak.
Keyword: message passing, multiple sequence alignment, neighbor joining, pairwise alignment, shared memory

Judul: Konsumsi Pangan dan Status Gizi Ibu Hamil di Kecamatan Danurejan, Kodya Yogyakarta, Daerah Istimewa Yogyakarta
Abstrak: Hasil penelitian menunjukkan bahwa rata-rata konsumsi energi per orang per hari adalah 1 525 Kalori, konsumsi protein 45,l g, konsumsi zat besi 12,8 mg dan konsumsi vitamin A 2 264 SI. Rata-rata kecukupan energi per orang per hari adalah 2 213 Kalori, kecukupan protein 75,6 g, kecukupan zat besi 29,O mg dan kecukupan vitamin A 4 500 SI.
Keyword: