Judul: Keragaman Rice ragged stunt virus dan Rice grassy stunt virus berdasarkan analisis sikuen nukleotida
Abstrak: nfeksi virus merupakan kendala penting dalam produksi padi di Indonesia. Tiga penyakit utama yang disebabkan oleh virus pada padi adalah tungro, kerdil rumput, dan kerdil hampa, masing-masing penyakit disebabkan oleh virus tungro, Rice grassy stunt virus (RGSV), dan Rice ragged stunt virus (RRSV). Kejadian penyakit kerdil rumput dan kerdil hampa masih jarang ditemukan, sedangkan penyakit tungro telah diketahui menyebabkan epidemi di beberapa daerah. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari keragaman RGSV dan RRSV berdasarkan sikuen nukleotida. Fragmen spesifik virus diamplifikasi dengan metode polymerase chain reaction menggunakan primer spesifik untuk RGSV (RGSV-S3-F/RGSV-S3-R), dan RRSV (RRSV-S9-F/RRSV-S9-R). Fragmen DNA spesifik RGSV dan RRSV berhasil diamplifikasi dari sampel Subang, Jawa Barat dan Klaten, Jawa Tengah. Sikuen nukleotida yang diperoleh dari produk PCR dan analisis sikuen menunjukkan homologi yang tinggi (> 99%) antara isolat Subang dan Klaten, baik untuk RGSV maupun RRSV. Analisis lebih lanjut yang melibatkan sikuen di Genbank menunjukkan bahwa homologi antara isolat RRSV dan RGSV dari Asia Tenggara sangat tinggi, yaitu masing-masing mencapai 91-99% dan 95-99%.
Keyword: polymerase chain reaction, sequence homology, specific primers

Judul: Keragaman gen protein selubung rice tungro bacilliform badnavirus isolat Sidrap, Mamuju dan Bogor
Abstrak: Tungro merupakan penyakit padi yang disebabkan oleh infeksi kompleks dua virus, rice tungro bacilliform badnavirus (RTBV) dan rice tungro spherical waikavirus (RTSV). Beberapa isolat virus tungro dilaporkan memiliki keragaman genetika pada gen protein selubung RTBV. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari keragaman gen protein selubung RTBV isolat Sidrap, Mamuju dan Bogor, dengan metode PCR-RFLP. Isolat virus tungro diperoleh dari dua daerah endemik tungro di Indonesia yaitu varietas TN 1 dari Sidrap (Sulawesi Selatan), varietas Ciherang dari Mamuju (Sulawesi Barat), serta Galur Harapan (GH) dari Bogor (Jawa Barat). Isolat RTBV Sulawesi diperoleh dari koleksi Loka Penelitian Penyakit Tungro, Lanrang, Sidrap, Sulawesi Selatan. Isolat RTBV Bogor diperoleh dari pertanaman padi milik petani di Ciputih, Kecamatan Darmaga, Kabupaten Bogor, Jawa Barat. Semua isolat dipelihara pada tanaman padi varietas rentan IR64 di rumah kaca dengan ditularkan menggunakan vektor Nephotettix virescens Distant (Hemiptera: Cicadellidae). Tanaman padi yang menunjukkan gejala penyakit tungro dipanen pada 10-15 hari setelah inokulasi. DNA total tanaman padi terinfeksi virus tungro diekstraksi dan gen protein selubung RTBV diamplifikasi menggunakan sepasang primer spesifik RTBV-2L dan RTBV-2R. Hasil amplifikasi dipotong dengan 4 enzim restriksi yaitu EcoRV, NsiI, PstI dan BclI. Pemotongan amplikon hasil PCR menggunakan enzim restriksi pada isolat Bogor tidak menunjukkan adanya keragaman gen protein selubung RTBV karena tidak terpotong oleh keempat enzim tersebut. Sedangkan isolat Sidrap dan Mamuju mempunyai pola fragmen DNA gen protein selubung RTBV yang mirip karena semua isolat tidak terpotong oleh enzim BclI dan terpotong oleh enzim EcoRV, Nsi1, dan PstI.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: