Judul: Analisis Keragaman Genetik 24 Genotipe Kakao Lokal Berdasarkan Marka InDel Berbasis Genom
Abstrak: InDel merupakan salah satu marka molekuler yang memiliki potensi dalam menganalisis keragaman genetik. Tujuan dalam penelitian ini adalah menguji kemampuan 19 primer InDel dalam menganalisis keragaman genetik 24 genotipe kakao lokal. Hasil skoring pita-pita hasil ampifikasi DNA kakao menunjukkan dari 19 primer IDCc, 18 primer bersifat polimorfis dan 1 primer monomorfis (IDCc 7.2). Nilai rata-rata polymorphism information content (PIC) dari 19 primer IDCc yang digunakan cukup rendah (0.369), frekuensi alel utama sebesar 0.665, jumlah alel terdeteksi sebesar 2.563, diversitas gen sebesar 0.435, dan heterozigositas sebesar 0.050. Primer IDCc dengan nilai PIC terbaik terdapat pada primer IDCc 8.2 (0.624), IDCc 9.1 (0.531), dan IDCc 10.1 (0.549). Analasis filogenetik 24 genotipe kakao lokal menghasilkan tiga kelompok pada koefisien kemiripan sebesar 0.56, kelompok pertama terdapat 7 genotipe, kelompok kedua 16 genotipe, dan kelompok ketiga terdapat 1 genotipe. Jarak terjauh dimiliki oleh genotipe TSH 858 dan DRC 16. Semakin jauh jarak genetik setiap genetik, maka potensi untuk dijadikan sebagai tetua dalam pemuliaan tanaman semakin besar
Keyword: InDel, Kakao lokal, PIC, Polimorfis

Judul: Analisis Keragaman Genetik Kakao Ekuador (Theobroma Cacao L.) Berbasis Marka Ssr
Abstrak: Marka mikrosatelit atau simple sequence repeats (SSR) terbukti merupakan alat yang bagus untuk menentukan keragaman genetik kakao. Klon kakao yang dianalisis yaitu 20 genotip kakao hasil introduksi dari Ekuador dan dua klon pembanding (MCC 01 dan MCC 02). Hasil percobaan menunjukkan 13 primer SSR menghasilkan pita DNA hasil amplifikasi pada 22 klon kakao, 10 lokus SSR bersifat polimorfik dan tiga lainya bersifat monomorfik. Analisis keragaman menggunakan program numerical taxonomy and multivariate analysis system (NTSys) dengan metode pengelompokan sequential agglomerative hierarchycal nested cluster analysis (SAHN). Berdasarkan analisis, dua klon MCC 01 dan MCC 02 tidak memiliki jarak genetik yang tinggi dengan genotip lainnya. Kombinasi empat kakao Ekuador memiliki jarak genetik lebih tinggi dari yang lainnya (≥ 0.70). Kakao Ekuador 64 (E 64) memiliki klaster tersendiri dengan indeks kesamaan 41%, yang mengindikasikan jarak genetik paling tinggi dibandingkan individu lainnya. Kakao dengan jarak genetik tinggi baik digunakan sebagai tetua dalam persilangan.
Keyword: mikrosatelit, keragaman genetik, polimorfik, monomorfik

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: