Judul: Penapisan Bakteri Filosfer Penghasil Senyawa Bioaktif Anti Pyricularia oryzae dan Deteksi Gen Penyandinya.
Abstrak: Pyricularia oryzae adalah cendawan penyebab penyakit blas pada padi yang dapat mengakibatkan penurunan produksi beras di berbagai negara, termasuk Indonesia. Penggunaan agens biokontrol berbasis mikrob dapat digunakan sebagai pengganti fungisida. Sumber agens biokontrol P. oryzae dapat berasal dari area permukaan daun (filosfer). Penelitian ini bertujuan menapis dan mengkarakterisasi bakteri filosfer padi penghasil senyawa bioaktif anti P. oryzae penyebab penyakit blas pada padi. Metode dalam penelitian ini meliputi uji antagonisme, ekstraksi DNA genom bakteri, amplifikasi dan sekuensing gen parsial dari 16S rRNA, gen penyandi domain A dari peptida non-ribosomal sintetase (NRPS), serta gen penyandi domain KS dari poliketida sintase (PKS). Berdasarkan uji antagonisme, sebanyak lima isolat bakteri filosfer padi diketahui mampu menghambat P. oryzae. Identifikasi molekuler berdasarkan gen parsial dari 16S rRNA pada lima isolat menunjukkan isolat BFR 69E dan BFR 99 sebagai genus Bacillus, BFR 202B sebagai genus Pseudomonas, sedangkan isolat BFR 88 dan BFR 95 sebagai genus Acinetobacter. Kelima isolat tersebut memiliki gen penyandi domain A dari NRPS dan isolat BFR 88 memiliki gen penyandi domain KS dari PKS.
Keyword: 16S rRNA, domain A, domain KS, NRPS, PKS

Judul: Bakteri Filosfer Penghasil Senyawa Bioaktif sebagai Pengendali Penyakit Blas pada Padi.
Abstrak: Beras merupakan makanan pokok bagi hampir 50% penduduk dunia dan 90% penduduk Indonesia. Permintaan beras semakin meningkat seiring meningkatnya jumlah penduduk dunia. Indonesia sebagai produsen beras nomor 3 di dunia mengalami berbagai kendala produksi diantaranya adanya serangan patogen Pyricularia oryzae Cav., penyebab penyakit blas pada padi. P. oryzae telah menyerang tanaman padi hampir di semua wilayah di Indonesia dan beberapa negara lain di dunia. Penyakit blas dapat berkembang dengan cepat dan menyebabkan kehilangan hasil sampai 90% pada kondisi lingkungan yang sesuai. Manajemen pengendalian penyakit blas biasanya dilakukan dengan penyemprotan fungisida kimia yang berbahaya bagi lingkungan, manusia, hewan dan produk pertanian. Eksplorasi dan pengembangan agens biokontrol seperti bakteri filosfer padi perlu dilakukan untuk mengurangi penggunaan fungisida kimia. Bakteri filosfer padi diketahui memiliki kemampuan untuk menghasilkan senyawa bioaktif antifungi yang efektif melawan patogen tanaman seperti padi, jagung, kedelai, dsb. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi bakteri filosfer padi dengan aktivitas antifungi terhadap P. oryzae serta menganalisis mekanisme antifungi dari bakteri filosfer potensial. Sampel tanaman padi varietas Ciherang diambil dari tiga daerah endemik penyakit blas di Jawa Barat yaitu Cikembar, Sukabumi, serta Situgede dan Jasinga, Bogor Barat. Daun padi tersebut selanjutnya dijadikan sumber isolat bakteri filosfer untuk penapisan aktivitas antifungi terhadap P. oryzae. Isolat bakteri filosfer potensial dan nonpatogenik selanjutnya diidentifikasi berdasarkan gen 16S rRNA dan dideteksi keberadaan gen nonribosomal peptide syntethases (NRPS) dan polyketide synthases (PKS). Kemampuan bakteri filosfer padi dalam memproduksi senyawa bioaktif dilakukan dengan pengujian aktivitas antifungi dari ekstrak kasar dan deteksi gen penyandi antifungi. Pengujian bakteri filosfer sebagai agens biokontrol penyakit blas juga perlu dilakukan dalam skala rumah kaca. Senyawa antifungi dari isolat terbaik dengan aktivitas antifungi yang konstan secara in vitro dan in planta diidentifikasi menggunakan instrumen Liquid Chromatographic-Mass Spectrometry/Mass Spectrometry (LC-MS/MS). Pengaruh senyawa antifungi terhadap morfologi miselium P. oryzae juga diamati dengan Scanning Electron Microscope (SEM) dan mikroskop cahaya. Sebanyak 7 isolat bakteri dengan aktivitas antifungi terhadap P. oryzae dan nonpatogenik berhasil diisolasi dari lingkungan filosfer padi varietas Ciherang. Tujuh isolat tersebut adalah isolat STGG 3, STGG 7, STGG 8, STGG 14, SKBV 1, SKBG 78 dan STGV 8. Aktivitas antifungi dari 7 isolat tersebut berkisar antara 25.45% sampai 61.5% dimana aktivitas terendah ditunjukkan oleh isolat STGV 8 dan tertinggi oleh isolat STGG 14. Isolat-isolat tersebut teridentifikasi sebagai Bacillus sp. STGG 3, B. subtilis STGG 7, B. amyloliquefaciens STGG 8, B. subtilis subsp. subtilis STGG 14, B. subtilis SKBV 1, Enterobacter cloacae STGV 8 dan Brachybacterium paraconglomeratum SKBG 78. Sementara itu, isolat STGG 3, STGG 7 dan STGG 14 diketahui memiliki domain adenylation (A) dan domain ketide synthase (KS) dari NRPS dan PKS, sedangkan isolat SKBV 1 hanya memiliki domain A dari NRPS. Pengujian rumah kaca membuktikan bahwa 7 isolat bakteri filosfer padi mampu menghambat perkembangan penyakit blas dengan nilai penghambatan relatif yang beragam. Isolat STGG 14 menghasilkan persentase penghambatan tertinggi yaitu 70.83%, sedangkan isolat STGV 8 menghasilkan persentase penghambatan terendah yaitu 48.35%. Hasil pengujian rumah kaca linier dengan aktivitas antifungi secara in vitro. Intensitas penyakit blas tanaman padi dengan perlakuan bakteri filosfer maupun fungisida kimia secara signifikan berbeda nyata dengan kontrol patogen P. oryzae. Sementara itu,
Keyword: Padi, Pyricularia oryzae, Bakteri filosfer, Senyawa bioaktif

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: