Judul: Karakterisasi Gen HSP70 pada Ayam KUB (Kampung Unggul Balitbangtan), Ayam Walik dan Ayam Kate Walik.
Abstrak: Ayam KUB (Kampung Unggul Balitbangtan), ayam walik dan ayam kate walik merupakan ayam lokal Indonesia yang telah beradaptasi dengan iklim tropis, dengan suhu dan kelembapan tinggi pada siang hari, terutama di musim kemarau. Walaupun cekaman panas belum menjadi masalah utama pada ayam lokal Indonesia, namun peningkatan suhu lingkungan karena pemanasan global perlu diantisipasi dengan melakukan penelitian yang komprehensif untuk mendapatkan database ayam lokal Indonesia yang tahan terhadap cekaman panas. Tujuan umum penelitian ini adalah untuk mendapatkan genotipe ayam lokal Indonesia yang tahan terhadap cekaman panas dengan cara: (1) mengidentifikasi keragaman gen HSP70 pada ayam KUB, ayam walik dan ayam kate walik, (2) mengkaji respon fisiologis ayam KUB dan ayam walik dengan haplotipe gen HSP70 berbeda terhadap cekaman panas akut. Identifikasi keragaman gen HSP70 dilakukan pada 50 ayam KUB, 41 ayam walik dan 3 ayam kate walik. DNA total diisolasi dari darah menggunakan DNeasy blood & tissue kit. Analisis menggunakan PCR-Sequencing menghasilkan sekuen gen HSP70 berukuran 787 pb, yang terdiri atas daerah promoter (210 pb), daerah 5’UTR (112 pb) dan daerah penyandi protein (465 pb). Sekuen gen HSP70 ayam KUB, walik dan kate walik menunjukkan adanya keragaman genetik di daerah promoter (insersi dan delesi), daerah 5’UTR (delesi dan substitusi basa nukleotida) dan daerah penyandi protein (substitusi basa nukleotida). Variasi substitusi basa nukleotida pada tiga situs spesifik: g.44A>G (daerah 5’UTR), dan g.370A>G dan g.388C>G (daerah penyandi protein) menghasilkan dua haplotipe (H1 dan H2) di daerah 5’UTR, dan empat haplotipe (H1, H2, H3, dan H4) di daerah penyandi protein. Empat haplotipe (H1, H2, H3, dan H4) yang terdapat di daerah penyandi protein gen HSP70 memiliki variasi basa nukleotida yang berbeda pada posisi g.370A>G dan g.388C>G, tetapi keempat haplotipe tersebut memiliki basa yang sama pada situs g.44A>G. Sebaliknya, haplotipe H2 (daerah 5’UTR) dan H1 (daerah penyandi protein) ternyata memiliki urutan basa nukleotida yang sama pada posisi g.370A>G dan g.388C>G, tetapi kedua haplotipe tersebut memiliki basa nukleotida yang berbeda pada situs g.44A>G. Oleh sebab itu didapatkan haplotipe baru dan diberi nama haplotipe H1'. Dengan demikian terdapat lima haplotipe gen HSP70 (H1', H1, H2, H3, dan H4) pada ayam walik, empat haplotipe gen HSP70 (H1’, H1, H2, dan H3) pada ayam KUB, sedangkan pada ayam kate walik hanya didapatkan satu haplotipe gen HSP70 (H2). Haplotipe H4 hanya ditemukan pada ayam walik. Haplotipe H4 merupakan haplotipe baru yang belum pernah dilaporkan sebelumnya, dan dihasilkan dari mutasi di dua situs spesifik (g.370A>G dan g.388C>G) daerah penyandi protein gen HSP70 ayam. Selain itu hanya ditemukan satu CpG island (376 pb) dengan 33 situs CpG pada daerah promoter dan ekson gen HSP70 ayam KUB, ayam walik dan ayam kate walik. Ayam KUB dan walik yang telah diseleksi berdasarkan haplotipe gen HSP70 selanjutnya diuji tantang dengan cekaman panas akut. Distribusi haplotipe gen HSP70 ternyata sangat bervariasi pada setiap rumpun dan jenis kelamin ayam. Oleh sebab itu pencuplikan sampel untuk uji tantang dilakukan secara purposive sampling dengan menggunakan sebaran haplotipe yang sama (equal) pada rumpun ayam KUB dan ayam walik. Sebanyak masing-masing empat ekor ayam betina dewasa dari ayam KUB dan ayam walik dengan empat haplotipe berbeda (H1', H1, H2, dan H3) diuji tantang
Keyword: ayam lokal Indonesia, cekaman panas, gen HSP70, hormon, infrared thermography

Judul: Identifikasi Keragaman SNP g.1117G>A Gen HSP70 pada Sapi Pedaging menggunakan Teknik PCR-RFLP
Abstrak: Indonesia memiliki sumber daya genetik ternak (SDGT) yang melimpah, termasuk ternak sapi. Sapi lokal mempunyai potensi produksi yang baik pada kondisi lingkungan yang minimal dan mampu memanfaatkan pakan berkualitas rendah serta mempunyai daya reproduksi yang baik. Daerah tropis sering mengalami perubahan suhu di atas zona nyaman yang mengakibatkan tenak mengalami stres dan dapat berdampak pada produksi dan reproduksi. Salah satu kandidat gen yang mempengaruhi toleransi terhadap heat stres adalah gen Heat Shock Protein 70 (HSP70). Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi polimorfisme SNP g.1117G>A gen HSP70 (HSP70|BanI) menggunakan metode PCR-RFLP. Penelitian ini menggunakan 65 sampel DNA 4 bangsa sapi yang terdiri dari 20 ekor sapi PO, 20 ekor sapi Madura, 12 ekor sapi kuantan dan 13 ekor sapi pesisir yang telah dikoleksi oleh Laboratorium Genetika Molekuler Ternak Fakultas Peternakan IPB. Analisa keragaman gen HSP70 dengan metode PCR-RFLP. Enzim yang digunakan untuk pemotongan adalah BanI primer forward 5'-GAAAGGAAAAAAGAGACAGA-3' dan primer reverse 5'-AATACGCAGGAGTAGGTGGT-3'. Keragaman genetik dari gen HSP70 dianalisis menggunakan frekuensi alel, frekuensi genotipe, derajat heterozigositas. Keseimbangan Hardy-Weinberg diuji dengan uji Chi Kuadrat menggunakan aplikasi PopGen 32. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Amplifikasi gen HSP70 terletak di 5’UTR dengan suhu annealing 61 ⁰ C selama 15 detik dengan panjang produk 539 pb. Keragaman gen HSP70 pada bangsa sapi pedaging lokal bersifat polimorfik dengan frekuensi alel G sebesar (0,565) lebih tinggi dibanding frekuensi alel A (0,435)., Indonesia has abundant livestock genetic resources, including cattle. Local cattle have good production potential in minimal environmental conditions and are able to utilize low-quality feed and have good reproductive. The tropics often experience changes in temperature above the comfort zone which causes livestock to experience stress and will have an impact on production and reproduction. One candidate gene that affects tolerance to heat stress is the Heat Shock Protein 70 (HSP70) gene. This study aims to identify the SNP g.1117G>A HSP70 gene polymorphism (HSP70|BanI) using the PCR-RFLP method. This study used 65 DNA samples from 4 breeds of cattle consisting of 20 heads of PO cattle, 20 heads of Madura cattle, 12 heads of Kuantan cattle and 13 heads of Pesisir cattle that have been collected by the Laboratory of Animal Molecular Genetics, Faculty of Animal Science IPB. Analysis of the HSP70 gene diversity was done by using the PCR- RFLP method. The enzyme used for cutting was BanI with forward primer 5'-GAAAGGAAAAAAGAGACAGA-3 'and reverse primers 5'-AATACGCAGGAGTAGGTGGT-3'. The variation of the HSP gene was analyzed using allele frequency, genotype frequency, and degree of heterozygosity. Hardy-Weinberg equilibrium was tested by Chi-Square test using PopGen 32 application. The results showed that the HSP70 gene amplification was located at 5’UTR with an annealing temperature of 61 ⁰ C for 15 seconds with a product length of 539 bp. The HSP70 gene in local beef cattle was polymorphic with the allele frequency G (0,565) higher than the A allele frequency (0,435).
Keyword: HSP70, genetic polymorphism, PCR-RFLP, local beef cattle

Judul: Tinjauan Matematis pada Model Makroskopik dan Mikroskopik Arus Lalu-lintas
Abstrak: Traffic flow phenomenon can be described through mathematical model such as continuous dynamic model with an ordinary differential equation so that it can be solved with integral factors. In this paper three simple models of traffic flow are discussed, i.e, two macroscopic and one microscopic models. Macroscopic model formulates dynamics of the traffic flow that occurs on a large number of vehicles on a road. While the microscopic model explains drivers’ behavior in their interaction with other vehicles ahead, i.e, car-following model. This paper shows the existence of ordinary differential equation found in the traffic flow model and indicates some different representations in the context of the same model. It also reviews a simple model of traffic flow along a single link, which leads to some unexpected results, i.e, it can express the solution model in term of link outflows as well as trip time. In the microscopic model, simulation is done to illustrate the behavior of the drivers with a sensitivity coefficient as a benchmark parameter.
Keyword: