Judul: Studi Keragaman Genetik dan Pengembangan Penanda SNAP Berbasis Gen α-D Galactosidase, WRKY, SUS, SACPD dan ABI pada Kelapa Kopyor.
Abstrak: Kelapa Kopyor merupakan kelapa endemik khas yang ditemukan di Indonesiayang mempunyai nilai ekonomi cukup tinggi. Harga buah kelapa Kopyor mencapai 7 kali lipat dari kelapa normal. Produksi buah kelapa Kopyor dari beberapa sentra tanaman kelapa masih sangat terbatas karena permasalahan perbanyakan kelapa Kopyor. Hal ini terjadi akibat kelapa Kopyor merupakan kelapa abnormal membawa alel langka dan bersifat resesif. Secara visual fenotipe tanaman kelapa normal dan kelapa Kopyor sangat sulit dibedakan meskipun secara genotipe berbeda. Perbedaan kelapa Kopyor dan kelapa normal hanya dapat dibedakan pada saat tanaman kelapa telah tumbuh dewasa dan berbuah kemudian dilihat bagian endospermanya. Berdasarkan hal tersebut petani akan sangat sulit melakukan identifikasi tanaman kelapa Kopyor khususnya pada fase bibit. Serangkaian kegiatan dalam penelitian ini dilakukan untuk mempelajari gen-gen yang diduga berhubungan dengan karakter abnormal kelapa Kopyor, diantaranya gen α-D Galactosidase, WRKY, SUS, SACPD dan ABI. Gen-gen tersebut dipelajari studi keragaman genetiknya dan selanjutnya dikembangkan sebagai teknologi penanda molekuler berbasis Single nucleotide amplified pholymorphism. Teknologi penanda molekular yang dikembangkan dalam penelitian ini akan sangat membantu dalam menyelesaikan masalah identifikasi tanaman kelapa yang membawa alel sifat Kopyor. Hasil penelitian ini membantu pemulia dalam program percepatan pemuliaan tanaman kelapa untuk mengembangkan kelapa-kelapa unggul dimasa depan. Percobaan pertama adalah melakukan isolasi dan karakterisasi keragaman sekuen gen α–D Galactosidase. Sejumlah penelitian mengungkapkan bahwa abnormalitas pada kelapa Makapuno disebabkan oleh mutasi yang terjadi pada gen α–D Galactosidase namun secara fenotipe endosperma kelapa Kopyor berbeda dengan kelapa Makapuno. Penelitian tentang isolasi dan karakterisasi gen α–D Galactosidase pada kelapa Kopyor sebelumnya belum pernah dilaporkan sehingga penelitian ini menjadi bagian penting yang harus dilakukan. Penelitian ini berhasil mengamplifikasi seluruh area target gen yang mengandung bagian exon (Coding DNA Sequence). Total panjang CDS yang dihasilkan adalah 1197 bp dengan translasi produk asam amino sebanyak 398 asam amino. Hasil analisis keragaman sekuen menunjukkan terdapat 50 situs polimorfik pada gen α–D Galactosidase kelapa. Situs tersebut merupakan situs mutasi substitusi basa tunggal (SNP). Terdapat perbedaan situs-situs SNP yang berbeda pada kelapa Kopyor, normal maupun Makapuno. Percobaan kedua adalah melakukan mengembangkan penanda molekular SNAP berbasis gen α–D Galactosidase dan WRKY untuk menganalisis keragaman kelapa normal dan Kopyor sebagai teknologi identifikasi tanaman kelapa Kopyor. Pengembangkan penanda molekular SNAP berbasis gene α–D Galactosidase dan WRKY yang dilakukan dalam penelitian ini berhasil iii dilakukan dengan diperoleh 18 pasang primer penanda SNAP sebagai lokus. Hasil pengujian analisis polimorfisme lokus dan keragaman genetik menunjukkan penggunaan 43 aksesi yang berada dalam 1 populasi pada 1 kawasan geografi memberikan hasil yang lebih baik dan mampu mengelompokkan aksesi sesuai fenotipe karakter endosperma dibandingkan menggunakan 80 aksesi kelapa Indonesia yang berasal dari beragam pulau diIndonesia. Keseluruhan 18 lokus primer SNAP yang diuji menggunakan 43 aksesi kelapa, hanya 12 lokus primer yang menghasilkan pita polimorfik. Percobaan ketiga adalah pengembangan dan pengujian penanda molekular SNAP untuk menganalisis keragaman aksesi kelapa kelapa Kopyor dan normal asal kabupaten Pati dan hasil budidaya laboratorium kultur jaringan sebagai teknologi identifikasi tanaman kelapa Kopyor. Pengembangan dan pengujian penanda molekular SNAP berbasis gene SACPD, SUS dan ABI berhasil dilakukan. Sebanyak 8 marka SNAP yang diuji, terdapat empat primer (CNSUS1#3, CNSUS1#11, CNSUS1#17 dan ABI3#3) yang termasuk kategori cukup informatif membedakan gen
Keyword: kelapa abnormal, endosperma, alel resesif, mutasi

Judul: Pollen Dispersal Analysis among Pati Dwarf and Kalianda Tall Kopyor Coconut (Cocos nucifera L.) Based on SSR and SNAP Marker to Support Coconut Breeding Program
Abstrak: Kelapa kopyor merupakan kelapa mutan alami asli Indonesia yang harus dilestarikan dan dikembangkan lebih lanjut agar sumberdaya genetik asli Indonesia tersebut dapat dimanfaatkan sepenuhnya untuk kesejahteraan rakyat Indonesia. Abnormalitas fenotipe endosperma kelapa Kopyor diduga sebagai akibat dari defisiensi enzim penting tertentu selama dalam proses perkembangan endospermanya. Namun demikian, identitas enzim yang defisien dari endosperma kelapa Kopyor sampai saat ini masih belum diketahui. Karakteristik mutan pada kelapa Kopyor juga dapat diturunkan secara genetik dari tetua ke progeninya. Salah satu permasalahan yang dihadapi oleh petani kopyor adalah rendahnya kuantitas hasil buah kopyor yang dipanen. Akibatnya produksi buah kelapa kopyor masih belum dapat memenuhi kebutuhan konsumen.Adanya kelapa normal di antara pertanaman kelapa kopyor diduga mempengaruhi produktivitas buah kopyor.Keberadaan pohon dewasa kelapa Dalam berbuah normal diduga berpengaruh negatif terhadap produksi buah kopyor. Pohon tersebut dapat menyebarkan serbuk sari pembawa sifat normal pada bunga betina pohon kelapa kopyor, akibatnya buah yang terbentuk dari penyerbukan akan menjadi buah normal. Keberhasilan penyerbukan pada tanaman juga memerlukan bantuan polinator untuk penyebaran serbuk sari tanaman kelapa maupun pada tanaman lainnya. Studi penyebaran serbuk sari dipelajari dengan menggunakan marka molekular yaitu marka SSR (Single Sequence Repeat) yang mempunyai keunggulan yaitu bersifat kodominan, polimorfismenya tinggi, lokus tersebar di dalam genom dalam jumlah banyak dan sampel DNA yang dibutuhkan sedikit karena dalam melakukan deteksi menggunakan PCR (Polymerase chain reaction) yang dapat menggandakan DNA. Penanda DNA berbasis SNAP adalah satu-satunya penanda DNA yang memiliki sifat bi–alel dan kodominan, sehingga penanda SNAP mampu membedakan alel homozigot dari heterozigot yang efisien. Serangkaian penelitian telah dilakukan dengan tujuan untuk memberikan informasi mengenai tipe penyebaran serbuk sari dan besarnya persentase penyerbukan silang ataupun penyerbukan sendiri pada pertanaman kelapa, efek keberadaan pohon kelapa berbuah normal di dalam pertanaman kelapa berbuah kopyor, efek polinator terhadap produksi buah kopyor sehingga diharapkan produktivitas buah kelapa kopyor dapat ditingkatkan, selain itu juga memberikan informasi dasar genomik dan molekuler yang akan sangat berguna dalam mendukung program pemuliaan kelapa kopyor di masa yang akan datang. Oleh karena itu, penelitian penyebaran serbuk sari kelapa kopyor ini diperlukan untuk menjawab potensi permasalahan budidaya kelapa kopyor di masa depan. Analisis parental digunakan untuk mengevaluasi penyebaran serbuk sari pada kelapa kopyor dengan menggunakan CERVUS version 2.0 software. Keberadaan penyerbukan silang antara kelapa genjah dengan kelapa genjah, kelapa dalam dengan kelapa genjah dan kelapa hibrida dengan kelapa genjah diobservasi di pertanaman populasi kelapa kopyor Genjah Pati. Serbuk sari yang didonasikan dapat berasal dari serbuk sari donor yang berada dalam kisaran jarak tempuh 0-58 meter dari tetua betina yang dievaluasi. Oleh karena itu, selain dengan adanya keberadaan angin, polinator serangga juga dapat berperan penting dalam polinasi kelapa Kopyor. Pola pembungaan dan pembuahan pada tanaman kelapa kopyor tipe Dalam Kalianda menyebabkan rendahnya peluang terbentuknya buah kopyor pada tanaman kelapa berbuah kopyor yang dikelilingi tanaman kelapa normal. Penyerbukan kelapa kopyor oleh kelapa normal dengan jarak penyebaran serbuk sari rata-rata 14,7 m dengan penyebaran terjauh pada jarak 80 m dan penyebaran terdekat pada jarak 0 m. Pohon kelapa Dalam Kalianda menunjukkan rate of selfing sebesar 8,25% dan rate of outcrossing sebesar 91,75% di populasi kelapa Dalam Kalianda. Pertanaman kelapa Dalam Dukuh Seti Pati menunjukkan persebaran
Keyword: kelapa kopyor, endosperma abnormal, analisis parental, pergerakan serbuk sari, penyerbukan silang, penyerbukan sendiri, Marka SSR (mikrosatelit), Marka SNAP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: