Judul: Kloning dan Ko-ekspresi Lipase dan Chaperon Ralstonia pickettii BK6 Asal Limbah Kulit Biji Jambu Mete
Abstrak: Enzim lipase yang dihasilkan bakteri Ralstonia menarik perhatian besar karena potensial bioteknologinya. Namun, enzim ini membutuhkan chaperon untuk membentuk lipase dalam konformasi aktif. Tujuan penelitian ini adalah mengkloning dan ko-ekspresi lipase dengan chaperon spesifiknya dari Ralstonia pickettii BK6 serta mengkarakterisasi sifat biokimia dari lipase tersebut. Bakteri lipolitik diisolasi dari limbah kulit biji jambu mete yang diinokulasi di media agar-agar Luria Bertani dengan metode sebar. Identifikasi bakteri secara molekuler berdasarkan gen 16S rRNA, sedangkan gen lipase (lipRM) dan chaperon (lifRM) diisolasi dengan teknik PCR yang melibatkan primer RM_LC_lip yang telah didesain sebelumnya. Kedua gen dikonstruksi dalam bentuk sistem operon baik ke vektor plasmid pGEM®-T Easy maupun ke pET15by. Vektor pGEM®-T Easy rekombinan dikloning ke Escherichia coli DH5α dengan metode kejut panas. Plasmid rekombinan pET15by dikoekspresikan ke E. coli BL21 (DE3) pLyss, sedangkan pGEM®-T Easy dikoekspresikan ke DH5α, HB101, dan S17_1λ pir. Protein dipurifikasi secara parsial dan penentuan massa molekuler lipase berdasarkan analisis SDS-PAGE dan zimogram pada media TCN. Selain itu, lipase dikarakterisasi beberapa sifat biokimianya. Hasil penelitian menunjukkan bahwa isolat BK6 identik 99% dengan Ralstonia pickettii. Struktur gen lipase dan chaperon dari isolat BK6 berupa sistem operon. LipRM tersusun atas 330 asam amino dengan 43-residu sebagai signal peptida yang memiliki massa molekuler sekitar 30 kDa. LifRM memiliki 350 asam amino yang diidentifikasi mengandung signal peptida sebanyak 26 residu. Ko-ekspresi lipase dan chaperon spesifiknya dengan mekanisme pelipatan secara in vivo menghasilkan lipase dalam konformasi aktif. LipRM memiliki aktivitas optimum pada suhu 50-55 ºC pH 8.0 dengan substrat spesifik ester laurat (C12). Triasilgliserol pada minyak kelapa sawit lebih efektif dihidrolisis dibandingkan dengan minyak zaitun, minyak kanola, minyak kulit padi, minyak jagung, minyak bunga matahari, dan minyak kedelai. Konsentrasi 1 mM ion logam (Fe2+, Cu2+, Mg2+, Ca2+, Na+, Mn+, K+, or Zn2+) menurunkan hingga 50% aktivitas enzim. Namun, penambahan pelarut organik 30%, seperti butanol, propanol, metanol, etanol, dan n-heksan mampu meningkatkan aktivitas enzim secara signifikan. LipRM stabil terhadap pemberian metanol 40-70%, etanol 80%, dan SDS 1%, tetapi pemberian larutan deterjen 5% seperti, triton X-100, tween-20, tween-80, dan SDS menghambat aktivitas enzim. Aktivitas spesifik lipase BK6 yang terpurifikasi secara parsial pada E. coli BL21 (DE3) pLyss, DH5α, HB101, dan S17_1λ pir masing-masing sebesar 1.19 ± 0.24 U/mg, 32.29 ± 0.54 U/mg, 42.87 ± 3.81 U/mg, dan 173.16 ± 8.77 U/mg. Hasil penelitian ini dapat menjadi salah satu strategi dalam mengekspresikan lipase dalam konformasi aktif khususnya yang termasuk kelompok lipase subfamili I.2.
Keyword: Chaperon, limbah kulit biji jambu mete, lipase, R. pickettii

Judul: Isolasi Bakteri Penghasil Lipase Termofilik Kloning Dan Ekspresi Gen Penyandi Lipase.
Abstrak: Bakteri termofil merupakan kelompok bakteri yang dapat tumbuh optimal pada suhu 70-80oC. Enzim lipase yang berasal dari bakteri ini memiliki ketahanan terhadap denaturan kimia seperti detergen, agen chaotropic (urea, guanidinium chloride), pelarut organik dan pH ekstrem, sehingga cukup menjanjikan hasil yang maksimal untuk digunakan dalam proses industri. Lipase (triacyl glycerol acylhidrolase EC 3.1.1.3) merupakan kelompok enzim kelas hidrolase yang mengkatalisis reaksi hidrolisis ikatan ester pada rantai panjang asam lemak (trigliserida) menjadi gliserol dan asam lemak bebas pada permukaan air dengan minyak. Selain itu lipase mendapat perhatian khusus karena keunikannya yaitu pada kondisi yang sedikit air (micro-aqueous) mampu mengkatalisis reaksi esterifikasi, trans-esterifikasi, aminolisis dan asidolisis. Tujuan penelitian ini ialah melakukan isolasi bakteri termofilik penghasil lipase; identifikasi dari isolat terpilih; kloning dan ekspresi gen lipase dari isolat terpilih yang berasal dari sumber air panas geiser di Cisolok, Sukabumi, Jawa Barat yang suhunya dapat mencapai 95oC. Bakteri termofil yang diisolasi dari sumber air panas geiser, Sukabumi, Jawa Barat, Indonesia yang memiliki pH 8 dan suhu mencapai 95oC menggunakan metode pengenceran bertingkat yang disebar pada media padat Luria Bertani Rhodamine B. Bakteri termofil ini memiliki kemampuan menghasilkan lipase secara ekstraseluler yang ditunjukkan dengan terjadinya pendaran orange bila diamati di bawah sinar UV dengan panjang gelombang 350 nm. Isolat yang diperoleh diukur kemampuannya dalam menghasilkan lipase dengan metode titrasi. Isolat bakteri termofilik S4-01 memiliki aktivitas tertinggi sebesar 3.91 U menit-1 yang dipilih untuk dilakukan uji selanjutnya. Identifikasi bakteri dilakukan secara molekuler dengan metode 16S rRNA, hasil sekuensing parsial gen 16S rRNA menunjukkan isolat ini berkerabat paling dekat dengan Bacillus amyloliquefaciens. Gen lipase yang berasal dari isolat S4-01 diisolasi dengan primer BamyKpnI-F dan BamyNotI-R yang didesain berdasarkan gen yang diambil dari genebank ncbi.nih.nlm.gov. Hasil isolasi menunjukkan gen lipase memiliki panjang 645 pb dan telah berhasil dikloning ke dalam vektor p-GEMT-Easy pada E. coli TOP10 dengan metode heat shock. Untuk ekspresi gen lipase dilakukan pada vektor ekspresi pET15-by dalam inang E. coli BL21(DE3) pLyss. Produksi lipase rekombinan dilakukan dengan induksi 0.5 mM IPTG pada nilai 0.5-0.6 OD600nm. Penentuan suhu optimum dilakukan dengan metode 4-para nitrofenil palmitat (pNPP) dan pH optimum menggunakan metode 4-para nitrofenil oktanoat (pNPC). Hasil uji menunjukkan lipase rekombinan ini memiliki suhu dan pH optimum pada 40oC dan pH 8. Pengujian terhadap pelarut organik dengan metode pNPP menunjukkan bahwa lipase rekombinan toleran terhadap n-heksan dan substrat nitrofenil ester dilakukan dengan metode pNPP dan pNPC yang menunjukkan lipase rekombinan lebih suka terhadap substrat C6 (heksanoat) dan C14 (miristat).
Keyword: Bakteri termofil, Bacillus amyloliquefaciens, Gen lipase, Kloning, Ekspresi

Judul: Implementasi Space Time Composite (STC) Data Model Menggunakan Model Data Relasional
Abstrak: The data model is a concept that describes the data stored in the database and the relationship between the data to the user in logic. Development of data models is very important in the design of the database as the basis of the stage of database design to be made. This study aims to apply the concept of Space Time Composite (STC) on the Model Data storage vector data types that can store enough information and describes the process of drafting objects and objects spatiotemporal evolution over time. From the results of the test queries on the data model that have been created, queries in a system are acquired that can help display the information preparation of objects from time to time and know the history of the object polygon and arc that has undergone changes in topology.
Keyword: