Judul: Asosiasi Keragaman Gen NRAMP-1 dan iNOS terhadap Newcastle Disease dan Salmonella enteritidis pada Ayam Sentul Seleksi
Abstrak: Gen NRAMP-1 dan iNOS telah ditunjukkan sebagai mekanisme pertahanan terhadap infeksi bakteri dan virus. Gen-gen ini belum diselidiki pada ayam Sentul Seleksi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman dan asosiasi gen NRAMP-1 dan iNOS sebagai gen kandidat yang berperan dalam resistensi terhadap Newcastle Disease dan Salmonella enteritidis pada ayam Sentul Seleksi. Sejumlah 172 ayam yang dipilih sentul diamati untuk gen NRAMP-1 dan iNOS menggunakan PCR-RFLP. Frekuensi genotipe dan alel, Polymorphic Information Content (PIC), dan keseimbangan Hardy-Weinberg (HWE) telah dianalisis. Genotipe diasosiasikan dengan Immunoglobulin Y (IgY), antibodi spesifik Salmonella dan antibodi spesifik penyakit Newcastle Disease. Parameter ini ditentukan dengan menggunakan indirect ELISA, clearence test and haemagglutination inhibition. Karakteristik kekebalan selanjutnya dikelompokkan menjadi: kategori tinggi, sedang dan rendah. Data dianalisis menggunakan GLM (General Liniear Model) dengan software SAS 9.4, t-test dan chi-square. Keragaman dalam NRAMP-1|SacI dan iNOS|AluI semua telah diamati. Populasi dalam HWE untuk kedua gen. Frekuensi gen NRAMP-1 dan iNOS memiliki genotipe TC yang lebih tinggi secara signifikan (P <0,05) pada ayam dengan imunitas yang tinggi. Selain itu, untuk gen NRAMP-1 dan iNOS, frekuensi alel C lebih tinggi daripada alel T dalam titer IgY tinggi. NRAMP-1|SacI dan iNOS|AluI adalah penanda potensial untuk seleksi terhadap penyakit Newcastle Disease dan Salmonella enteritidis pada ayam Sentul Seleksi. Namun, penyelidikan lebih lanjut direkomendasikan untuk memperkuat rekomendasi ini.
Keyword: ayam Sentul Seleksi, iNOS, keragaman, NRAMP-1

Judul: Identifikasi Gen NRAMP-1, iNOS dan TGF-β2 serta Asosiasinya dengan Sifat Ketahanan Infeksi pada Ayam Sentul
Abstrak: Indonesia merupakan negara yang memiliki banyak jenis ayam. Berdasarkan penampilan fenotipik terdapat 27 rumpun ayam asli dan 14 rumpun ayam lokal yang dipelihara dengan sistem tradisional, semi intensif dan intensif. Ayam sentul merupakan salah satu rumpun ayam asli di Indonesia, yang awalnya dipelihara oleh penduduk desa di Kabupaten Ciamis, Jawa Barat. Program pemuliaan untuk sifat ketahanan infeksi dapat menjadi pendekatan yang efektif untuk mengendalikan agen infeksi pada ayam. Pendekatan genetik terhadap ketahanan infeksi pada ayam sangat penting, terutama untuk sistem produksi di negara-negara berkembang, karena umumnya sistem pemeliharaan masih tradisional atau semi intensif dan dengan skala kecil, dimana vaksinasi dan pengobatan sulit dilakukan dan mahal. Pendekatan kandidat gen merupakan metode yang bermanfaat untuk menyelidiki gen yang terlibat dalam ketahanan genetik. Pendekatan kandidat gen telah berhasil digunakan untuk mendeteksi gen yang penting untuk ketahanan infeksi pada ayam, termasuk gen natural resistance-associated macrophage protein 1 (NRAMP-1), inducible nitric oxide synthase (iNOS) dan transforming growth factor-beta 2 (TGF-β2). Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi keragaman gen NRAMP-1, iNOS dan TGF-β2 pada ayam Indonesia dan untuk menganalisis asosiasi genotipe gen NRAMP-1, iNOS dan TGF-β2 dengan sifat ketahanan infeksi dan ekspresi gen NRAMP-1 dan iNOS pada ayam sentul. Penelitian ini terdiri dari tiga tahap. Tahap pertama adalah mengidentifikasi keragaman gen NRAMP-1, iNOS dan TGF-β2 pada rumpun ayam Indonesia dengan menggunakan metode PCR-RFLP. Tahap kedua adalah menganalisis asosiasi genotipe gen NRAMP-1, iNOS dan TGF-β2 dengan sifat ketahanan infeksi, seperti konsentrasi leukosit dan diferensiasinya (heterofil, limfosit dan monosit), aktivitas dan kapasitas makrofag dan clearance test. Tahap ketiga adalah menganalisis ekspresi gen NRAMP1 dan iNOS dengan menggunakan metode RT-PCR. Enzim restriksi SacI digunakan untuk memotong produk PCR pada NRAMP-1-SNP (g.3768T> C). Pemotongan dengan SacI menghasilkan tiga fragmen yang terdiri dari 421 bp, 258 bp dan 163 bp untuk genotipe TC; dua fragmen yang terdiri dari 258 dan 163 bp untuk genotipe CC; dan satu fragmen yang terdiri dari 421 bp untuk genotipe TT. Frekuensi genotipe CC lebih tinggi dari pada genotipe TT dan TC pada semua populasi ayam dalam penelitian ini. Konsentrasi leukosit dan diferensiasinya (heterofil, limfosit dan monosit) pada genotipe TT, TC, dan CC gen NRAMP-1 berada dalam kisaran normal pada ayam sentul. Analisis asosiasi menunjukkan keragaman gen NRAMP-1 secara signifikan berasosiasi dengan sifat ketahanan infeksi pada ayam sentul. Genotipe CC berasosiasi signifikan (P<0,05) dengan aktivitas makrofag (90.78±1.31%) dibandingkan genotipe TT (76.00±2.40%) dan TC (79.14±1.57%) pada ayam sentul. Genotipe TT, TC dan CC tidak berasosiasi signifikan dengan kapasitas makrofag (masing-masing, 22.49±6.13, 21.85±4.01, 21.76±3.36). Analisis asosiasi menunjukkan keragaman gen NRAMP-1 secara signifikan berasosiasi (P <0,05) dengan clearance test. Ayam sentul dengan genotipe CC memiliki clearance yang lebih tinggi (P <0,05) daripada ayam sentul dengan genotipe TT dan TC. Ekspresi gen genotipe CC pada gen NRAMP-1 lebih tinggi pada hati dan usus daripada genotipe TT dan TC. Analisis genotyping gen iNOS (g.15056T>C) dilakukan menggunakan enzim restriksi AluI. Hasil genotyping ini teridentifikasi dua alel (T dan C) dan tiga genotipe (TT, TC, dan CC). Alel C ditunjukkan oleh 310 dan 139 bp (restricted), sedangkan alel T ditunjukkan oleh 449 bp (unrestricted). Frekuensi genotipe CC dan alel C gen iNOS (g.15056T>C) paling
Keyword: gen NRAMP-1, gen iNOS, gen TGF-β2, ayam sentul, ketahanan infeksi

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: