Judul: Metabolomik Tobangun (Coleus amboinicus (Lour.)) dan Pengaruhnya Terhadap Apotosis sel Kanker WiDr
Abstrak: Coleus amboinicus (Lour.) atau daun torbangun tersebar luas di negara-negara tropis dan telah digunakan secara tradisional sebagai stimulant ASI, bahan pemberi flavor dalam sejumlah masakan dan obat tradisional untuk mengobat sejumlah penyakit. Sifat anti-kanker melalui efek pro-apoptotik dan antiproliferasi torbangun telah dipelajari dalam sejumlah sel kanker. Akan tetapi, mekanisme dan senyawa bioaktif torbangun terhadap sel kanker kolon belum dipelajari lebih dalam. Oleh karena itu, tujuan penelitian ini adalah mengevaluasi potensi kandungan senyawa aktif torbangun dan pengaruhnya terhadap pertumbuhan dan proliferasi sel kanker kolon WiDr. Pada penelitian ini, dievaluasi sitotoksisitas ekstrak torbangun dalam metanol serta ekspresi gen-gen yang berhubungan dengan apoptosis. Kontribusi lain dari penelitian ini adalah mengidentifikasi senyawa aktif dalam torbangun dengan aktivitas anti kanker menggunakan pendekatan metabolomik dan memvalidasi hasil yang diperoleh. Penelitian pertama disertasi ini difokuskan pada investigasi komposisi senyawa-senyawa penting dalam torbangun. Kadar fenolik dan flavonoid total juga ditentukan menggunakan metode kolorimetri. Analisis GC-MS digunakan untuk mengidentifikasi kandungan fitokimia dalam torbangun yang diekstrak secara bertahap menggunakan pelarut dan campuran pelarut dari nonpolar-semipolar dan akhirnya pelarut polar menggunakan teknik ekstraksi cairan bertekanan. Data yang diperoleh menghasilkan kandungan fenolik dan flavonoid dalam ekstrak torbangun berturut-turut sebesar 42.174 ± 2.957 mg GAE eq./g dan 11.199 ± 0.576 mg QE eq/g. Kandungan senyawa kimia yang berhasil teridentifikasi dalam torbangun adalah gula, hidrokarbon, keton, terpena, fenolik, asam lemak, alkohol, steroid, alkaloid dan lain-lain serta kandungan yang utama adalah senyawaan fenol, alkana dan gula. Senyawa bioaktif yang paling banyak terdapat dalam torbangun adalah asam kafeat yang teridentifikasi dalam seluruh fraksi, serta paling tinggi berada dalam pelarut polar. Hasil ini mengkonfirmasi bahwa torbangun mengandung sejumlah senyawa penting yang beberapa diantaranya terekstrak hanya dalam pelarut tertentu. Penelitian kedua pada disertasi ini adalah pengujian sitotoksisitas torbangun menggunakan udang laut Brine Shrimp Lethality Assay (BSLA) dan viabilitas sel WiDr menggunakan uji MTT. Ekspresi sejumlah gen yang bertanggungjawab terhadap kematian sel terprogram dari ekstrak torbangun dalam metanol juga diteliti. Morfologi sel yang mengalami apoptosis dideteksi menggunakan uji pewarnaan Hoechst. Ekspresi gen BAX, BCL2, P53, CASPASE 1,7,8 dan 9 dari sampel yang diberi perlakuan ekstrak pada sejumlah konsentrasi (10, 15, 25 & 50 μg/ml) diukur menggunakan Real Time PCR. Konsentrasi letal (LC50) ekstrak menggunakan udang laut yang diperoleh adalah 34.545 μg/ml dan ekstrak memberikan aktivitas penghambatan viabilitas baik terhadap sel kanker WiDr dengan nilai IC50 (8.598±2.68 μg/ml) dibandingkan dengan kontrol positif obat antikanker 5-flurourasil (IC50 1.839±0.03 μg/ml). Sel yang diberi perlakuan 5 terdapat bukti terjadinya apoptosis berdasarkan morfologi sel. Hasil ekspresi gen menunjukan mekanisme kematian sel untuk ekstrak torbangun pada konsentrasi rendah sesuai dengan apoptosis dengan jalur intrinsik. Penelitan terakhir disertasi ini adalah aplikasi pendekatan metabolomik untuk mengidentifikasi senyawa aktif dengan sitotoksisitas tinggi terhadap sel kanker kolon WiDr. Data spektroskopi HNMR yang dihubungkan dengan aktivitas sitotoksik pada tiap fraksi dari ekstaksi komprehensif dievaluasi menggunakan analisis multivariate OPLS. Hasil yang diperoleh mengungkap asam ursolat (UA) dan asam oleanolat (OA) diduga sebagai senyawa aktif dengan aktivitas sitotoksik yang tinggi teridentifikasi menggunakan model OPLS. LC MS/MS mengonfirmasi keberadaan senyawa-senyawa ini dalam seluruh fraksi dengan konsentrasi tertinggi pada pada fraksi yang memiliki sitotoksisitas tinggi. Nilai IC50 dari penghambatan asam ursolat terhadap sel WiDr adalah 0.957±0.0190
Keyword: apoptosis, bioaktif, Coleus, kanker, metabolomik, torbangun

Judul: Efek Zat Antibakteri Daun Torbangun (Coleus amboinicus Lour) terhadap Bakteri yang Berasal dari Makanan Basi
Abstrak: Penggunaan komponen tumbuhan sebagai tujuan farmaseutikal meningkat dalam beberapa studi terakhir. Produk-produk tumbuhan mempunyai sifat antibakteri karena adanya komponen aktif yang dapat disintesis didalamnya. Daun Torbangun diyakini memiliki khasiat sebagai penawar racun (antibakteri) dan obat untuk menyembuhkan penyakit seperti sariawan dan batuk. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui efek zat antibakteri daun Torbangun terhadap bakteri yang berasal dari makanan basi serta mengetahui efek dari zat antibakteri daun Torbangun sebagai bahan obat herbal. Penelitian memiliki beberapa tahapan yaitu Pemilihan sampel pada 30 orang mahasiswa IPB, Isolasi dan identifikasi bakteri, Uji Perlakuan daun Torbangun, dan Uji aktivitas antibakteri. Terdapat perbedaan nyata (p<0.05) aktivitas zat antibakteri perlakuan ekstrak terhadap perlakuan lainnya (daun yang dikeringkan, direbus, dan ditumbuk). Setelah dilakukan uji regresi linear, tidak terdapat perbedaan nyata antara jenis perlakuan terhadap luas hambatan diameter zona hambat terhadap bakteri gram positif maupun gram negatif (p>0.05).
Keyword: aktivitas antibakteri, bakteri, daun Torbangun (Coleus amboinicus Lour), perlakuan

Judul: The Construction of Greedy SVP LLL Algorithm
Abstrak: A lattice is a set of all integer linear combination of a set of linearly independent vectors in ℝ𝑛���. The independent vectors are called bases of lattice. Any lattice can be generated from many bases, and these bases have the same cardinality. In the lattice, the most fundamental and renowned problem is the Shortest Vector Problem (SVP). SVP is a tracking problem of the shortest nonzero vector in a lattice with equivalent bases. In two dimensions, SVP problem has resolved exactly by Gauss’ algorithm. When the lattice dimension is higher than two, A.K. Lenstra, H.W. Lenstra and L. Lovasz gave a LLL algorithm to compute approximation of nonzero shortest vector in the lattice. Reduced bases solution obtained from LLL algorithm still be an approximation and has polynomial running time of arbitrary dimension which large enough. In 1994, Schnoor and Euchner modified this LLL algorithm as a new variant which later was named deep insertion LLL algorithm. This algorithm is a modified version of the LLL algorithm to the terms of the exchange step to improve the accuracy of output of LLL reduced bases and applying it to the subset sum problem. The purpose of this research are: (1) Reconstruct the LLL algorithm and deep insertion LLL algorithm using a geometric approach. (2) Construct a greedy SVP LLL algorithm. (3) Implement the three algorithms in a symbolic programming language, and evaluate them experimentally. A bases ℬ=[𝐛���1,𝐛���2,…,𝐛���𝑛���] in ℝ𝑚��� is called reduced LLL with parameter 𝛿��� if satisfies: (a) |𝜇���𝑗���𝑖���|≤12, for every integer 𝑖���,𝑗��� with 1≤𝑖���<𝑗���<𝑛���. (b)𝛿���‖𝜋���𝑗���(𝐛���𝑗���)‖2≤‖𝜋���𝑗���(𝐛���𝑗���+1)‖2, for 𝑗���=1,2,…,𝑛���−1,where 𝛿��� is a reduced parameter of real numbers with 14<𝛿���<1. The first requirement is the reduced basis 𝛿��� must “nearly orthogonal” and in its computation case, this requirement can be reached out by using the Gram-Schmidt’s orthogonalization. While the second requirement is called exchange step, or used to called as Lovasz condition. By using both of these requirements, then they establish the LLL algorithm. Then, Schnoor and Euchner modify the LLL algorithm based on the requirements of the exchange step called the deep insertion LLL algorithm, where the exchange step is based on the comparison of the projected vector in orthogonal complement [𝐛���1,𝐛���2,…,𝐛���𝑘���−1]⊥ after j-th reduction. To construct greedy SVP LLL algorithm, the requirements of the exchange step is based on purely by comparing norm of lattice 𝐛���𝑗��� with norm lattice 𝐛���𝑖��� for 𝑖���=1,2,3…,𝑗���−1. The process of insertion reduced vector after the exchange step also has done greedily. Then, we calculate the number of arithmetic operation in greedy SVP LLL algorithm for further analysis. The result of our exprimentation for three algorithms on the certain matrix size shows that the running time of the three algorithms increases propotional to the size of the matrix. The result also shows that by using 𝛿���=34 for the LLL algorithm and the deep insertion LLL algorithm, and the greedy SVP LLL algorithm which is a new variant made by using no parameter of 𝛿���, outperform of the other of two previous algorithm in terms of speed with the same output.
Keyword: LLL algorithm, LLL deep insertion algorithm, greedy SVP LLL algorithm