Judul: Isolasi, pengklonan, dan konstruksi RNAi Gen Penyandi H+- ATPase membran plasma dari Melastoma malabathricum L.
Abstrak: Melastoma malabathricum L. adalah suatu tanaman akumulator Al yang tumbuh pada tanah asam dengan tingkat kelarutan aluminium tinggi di daerah tropis. Salah satu enzim penting dalam detoksifikasi Al adalah H+-ATPase membran plasma, suatu protein yang paling melimpah pada membran plasma, yang disandikan oleh gen pma. Tujuan penelitian ini adalah mengisolasi dan mengkarakterisasi gen yang menyandikan H+-ATPase membran plasma dari Melastoma malabathricum L. (Mmpma) dan mempelajari peranan gen Mmpma melalui konstruksi RNAi dengan menggunakan fragmen 3’UTR Mmpma. cDNA total telah berhasil disintesis dengan menggunakan transkripsi balik dengan RNA total sebagai cetakan. cDNA Mmpma utuh telah berhasil diisolasi melalui isolasi gen secara bertahap. Bagian ujung 5’ dan tengah gen Mmpma telah diisolasi dengan PCR (polymerase chain reaction) menggunakan cDNA total sebagai cetakan dan primer pma yang didesain dari beberapa tanaman, sedangkan bagian ujung 3’gen Mmpma telah diisolasi dengan 3’ RACE. Bagian-bagian gen tersebut telah berhasil digabung menggunakan PCR dan telah disisipkan ke dalam pGEMT Easy. Plasmid rekombinan tersebut telah berhasil diintroduksikan ke dalam E. coli DH5a. Analisis sekuen nukleotida menunjukkan bahwa panjang sekuen penyandi (CDS) Mmpma adalah 2871 pb yang menyandikan 956 asam amino dengan prediksi berat molekul 105.29 kDa dan prediksi nilai pI sekitar 6.84. MmPMA mempunyai 10 domain transmembran, 4 loop sitoplasma, 6 domain fungsional dan 3 domain autoregulator. Pada loop sitoplasma kedua (C2) terdapat sekuen terkonservasi TGES (domain aktivitas fosfatase); pada C3 terdapat sekuen DKTGTLT (domain fosforilasi dan transduksi), KGAP (domain pengikatan ATP dan/atau aktivitas kinase), DPPR (domain pengikatan ATP), MITGD (domain pengikatan ATP) dan GDGVNDAPALK (domain pengikatan ATP); pada C4 terdapat 3 domain autoregulator yang masing-masing mempunyai sekuen: QKDFGKEQRELQWAHAQRTLHGL, NHIAEEAKRRAEIARL, dan YTV. Analisis kesejajaran lokal berdasarkan nukleotida mRNA menunjukkan bahwa Mmpma mempunyai kemiripan 82% dengan pma Vitis vinifera; 81% dengan pma Juglans regia, pma Populus tricocarpa, pma Sesbania rostrata, dan pma Prunus persica dan 80% dengan pma Lycopersicon esculentum. Berdasarkan deduksi sekuen asam amino, MmPMA mempunyai kemiripan 94% dengan PMA Vitis vinifera dan PMA Juglans regia; 93% dengan PMA Populus trichocarpa; 92% dengan PMA Vicia faba, Lycopersicon esculentum, Solanum tuberosum, dan Arabidopsis thaliana.
Keyword: Melastoma malabathricum L., PMA Vitis vinifera, PMA Populus trichocarpa, Lycopersicon esculentum, Solanum tuberosum, Arabidopsis thaliana

Judul: Isolasi dan Karakterisasi cDNA Gen Penyandi Metallothionein Tipe 2 dari Melastoma malabatrhicum L.
Abstrak: Melastoma malabatrichum merupakan tanaman akumulator aluminium (Al) yang mampu tumbuh baik pada tanah asam dengan kelarutan Al tinggi. M. malabatrichum (Mm) diduga memiliki mekanisme detoksifikasi Al dalam pertahanannya terhadap cekaman Al. Salah satu gen yang berperan dalam detoksifikasi logam berat ialah metallothionein (Mt). Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mengkarakterisasi cDNA gen penyandi metallothionein tipe 2 dari M. malabatrichum. RNA total telah diisolasi dari daun M. malabatrichum. cDNA telah disintesis menggunakan RNA total sebagai cetakan dengan transkripsi balik. Melalui teknik PCR, cDNA MmMt2 berhasil diisolasi dengan menggunakan primer spesifik untuk gen Mt2 yang didesain dari Arabidopsis thaliana (AtMt2) (Nomor aksesi: AY037263). cDNA MmMt2 telah berhasil disisipkan ke dalam pGEM®-T Easy dan plasmid rekombinan telah berhasil diintroduksikan ke dalan Eschericia coli galur DH5 . Pengurutan sekuen cDNA MmMt2 menghasilkan 246 pb yang menyandikan 81 asam amino. Analisis situs enzim restriksi menunjukkan cDNA MmMt2 tidak mengandung situs enzim restriksi EcoR1. Analisis kesejajaran lokal nukleotida dan asam amino menggunakan program BLAST menunjukkan bahwa cDNA MmMt2 sama dengan cDNA AtMt2A dari A. thaliana (Nomor aksesi: NM_111773).
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: