Judul: IPB (Bogor Agricultural University)
Abstrak: Sapi madura sebagai salah satu plasma nutfah sapi lokal Indonesia yang memiliki tiga kegunaan yaitu sebagai sapi karapan, sapi sonok dan sapi pedaging. Sapi madura mulai dikembangkan sebagai sapi pedaging untuk memenuhi kebutuhan daging nasional. Salah satu strategi yang diterapkan untuk meningkatkan populasi sapi madura yaitu melalui inseminasi buatan (IB) menggunakan semen beku. Seleksi sapi madura unggul dilakukan melalui metode breeding soundness examination (BSE) dengan kualitas semen yang baik dan berdasarkan standar nasional Indonesia (SNI). Pemeriksaan kualitas semen konvensional masih belum akurat untuk memprediksi fertilitas dengan persentase conception rate yang belum maksimal. Analisis berbasis omic dengan pemanfaatan biomarka banyak dikembangkan untuk mengidentifikasi faktor molekuler yang mempengaruhi fertilitas pejantan. Evaluasi kualitas spermatozoa dikombinasikan dengan penggunaan beberapa biomarka, dianggap dapat lebih akurat untuk seleksi fertilitas pejantan. Protein heat shock protein 70 member 2 (HSP70-2), protamin 1 (PRM1) dan ostepontin (OPN) merupakan 3 major protein yang terseleksi dan berkorelasi terhadap kualitas semen infertilitas, penurunan kualitas fungsional spermatozoa, hingga perkembangan awal embrio. Tujuan penelitian ini adalah mengkaji pemanfaatan HSP70-2, PRM1 dan OPN sebagai biomarka penanda fertilitas. Penelitian terdiri dari 4 bagian tujuan spesifik, diantaranya (1) menganalisis karakteristik spermatozoa post-thawing dengan perbedaan tingkat fertilitas di lapangan, (2) menganalisis ekspresi gen dan konsentrasi protein HSP70-2, PRM1 dan OPN spermatozoa serta korelasinya terhadap kualitas spermatozoa pada tingkat fertilitas berbeda, (3) mengidentifikasi karakteristik berat molekul protein HSP70-2, PRM1 dan OPN pada spermatozoa, dan (4) menganalisis pemanfaatan protein HSP70-2, PRM1 dan OPN untuk menilai fertilitas spermatozoa sapi Madura. Penelitian bagian pertama dengan tujuan menganalisis karakteristik spermatozoa post-thawing sapi madura dengan perbedaan tingkat fertilitas di lapangan. Sapi madura dikelompokkan ke dalam tingkat fertilitas berbeda berdasarkan pengolahan data %first service conception rate (%FSCR) menggunakan data iSIKHNAs tahun 2018-2020. Hasil pengelompokkan tingkat fertilitas sapi madura unggul menjadi 3 tingkat fertilitas yaitu high fertility (HF) (80,86%; n= 2 ekor), medium fertility (MF) (73,12%, n= 4 ekor) dan low fertility (LF) (69,92%; n= 2 ekor). Kualitas semen pada semua karakteristik spermatozoa post-thawing kecuali indeks fragmentasi DNA spermatozoa (DFI), signifikan lebih tinggi (P<0,05) pada sapi madura HF dibandingkan dengan MF dan LF. Indeks fragmentasi DNA spermatozoa pada sapi madura HF signifikan paling rendah (P<0,05) dibandingkan MF dan LF. Hasil evaluasi karakteristik spermatozoa yang diukur diketahui berkorelasi positif (P<0,01) terhadap tingkat fertilitas (TF), dengan parameter DFI berkorelasi negatif terhadap TF yang artinya semakin sedikit fragmentasi DNA yang ditemukan maka tingkat fertilitas tinggi. Hasil penelitian bagian dua dengan tujuan menganalisis ekspresi gen dan konsentrasi protein HSP70-2, PRM1 dan OPN spermatozoa post-thawing sapi Madura dan korelasinya terhadap kualitas spermatozoa pada tingkat fertilitas berbeda. qRT-PCR dengan PPIA sebagai gen housekeeping. Kelompok pejantan madura HF mengekspresikan mRNA HSP70-2 signifikan paling tinggi (P<0,01), dan menunjukkan adanya pengaruh kelimpahan ekspresi terhadap parameter kualitas spermatozoa, terutama motilitas, plasma membran utuh, dan akrosom spermatozoa (P<0,01). Tingkat transkrip PRM1 tidak berbeda secara signifikan antara kelompok MF dan LF. Namun, ekspresi PRM1 signifikan lebih tinggi pada kelompok sapi pejantan HF (P<0,05), serta menunjukkan pengaruh pada motilitas spermatozoa (P<0,01), akrosom utuh, dan DFI spermatozoa (P<0.05) pejantan HF. Ekspresi OPN tidak berbeda antar kelompok fertilitas dan tidak menunjukkan pengaruh yang signifikan dengan kualitas spermatozoa. Sementara, konsentrasi protein dengan ELISA dilakukan
Keyword: biomarka, fertilitas, spermatozoa, omic, sapi madura

Judul: IPB (Bogor Agricultural University)
Abstrak: Sapi bali merupakan sapi asli Indonesia yang memiliki banyak keunggulan, antara lain mudah beradaptasi dengan berbagai jenis pakan, kondisi lingkungan dan iklim yang ekstrim, serta memiliki kondisi reproduksi yang baik. Prediksi fertilitas calon pejantan unggul, termasuk sapi bali, dilakukan melalui Breeding Soundness Examination (BSE). Hal ini dinilai kurang akurat karena belum mampu menggambarkan secara utuh mengenai kompetensi spermatozoa untuk fertilisasi. Hal ini mengakibatkan perlu dilakukannya investigasi komprehensif yang mengaitkan kualitas semen dengan angka konsepsi di lapangan. Indikator penentu potensi fertilitas pejantan adalah melalui pemeriksaan kualitas semen. Evaluasi semen yang umumnya dilakukan secara konvensional belum sepenuhnya mampu mendeskripsi prediksi fertilitas secara tepat dan akurat, sehingga dieksplorasi dengan memanfaatkan kemajuan teknologi, seperti penggunaan Computer-Assisted Sperm Analysis (CASA) hingga perangkat mikrofluida. CASA dapat memeriksa ribuan sel spermatozoa sekaligus dengan lebih akurat dan objektif, bahkan mencakup berbagai parameter uji dalam satu waktu. Perangkat mikrofluida menjadi salah satu alternatif penguji kualitas semen dengan alat dan bahan sederhana, volume sampel kecil, harga terjangkau, waktu singkat, dapat digunakan secara mandiri, dan praktis digunakan di segala tempat. Pengujian kualitas semen secara mendalam hingga tingkat molekuler juga mulai dikembangkan melalui pendekatan teknologi omic yang mampu mengkaji molekul transkripsi dan translasi di dalam spermatozoa. Teknologi ini mampu menyajikan data ekspresi gen untuk memvalidasi fungsi spermatozoa dalam spermatogenesis, fertilisasi, dan perkembangan embrio sebagai parameter fertilitas pejantan. Penggunaan teknologi ini dalam perkembangan industri peternakan telah menjadi metode utama yang dapat diterapkan secara luas untuk memprediksi potensi fertilitas pejantan melalui analisis transkriptom spermatozoa. Penelitian bertujuan untuk 1) mengkaji karakteristik semen sapi bali, 2) menganalisis berbagai parameter kinematic motilitas dan morfologi abnormalitas spermatozoa menggunakan CASA dan kaitannya dengan fertlitas, 3) menguji penggunaan perangkat mikrofluida berbasis benang dalam menganalisis kualitas semen pada parameter viabilitas spermatozoa, dan 4) mempelajari ekspresi gen PRM1 dan imunolkalisasi protein PRM1 spermatozoa pada sapi bali dengan tingkat fertilitas berbeda. Penelitian pertama dilakukan dengan mengelompokkan sapi bali yang dibagi menjadi kelompok fertilitas suprior dan baik (SF dan GF) berdasarkan nilai conception rate (%CR). Semen beku dikoleksi dan dievaluasi secara mikroskopis, meliputi motilitas, viabilitas, keutuhan membran plasma (MPU), abnormalitas, dan fragmentasi DNA spermatozoa. Perbedaan kualitas semen pada masing-masing kelompok dianalisis menggunakan independent-sample t-test. Rerata %CR kelompok SF dan GF masing-masing adalah 89,43±0,19% dan 81,03±0,75%. Motilitas, viabilitas, MPU, abnormalitas, dan fragmentasi DNA spermatozoa pada kelompok SF dan GF adalah 59,32±2,09% vs 51,90±1,64% (P<0,05), 66,57±0,95% vs 65,64±1,20% (P>0,05), 69,20 ±2,76 vs 64,18±2,50% (P>0,05), 1,92±0,15% vs 2,32±0,13% (P<0,05), dan 2,17±0,29% vs 3,03±0,23% (P<0,05). Perbedaan signifikan antara karakteristik kualitas semen beku sapi antara kelompok SF dan GF ditemukan pada parameter motilitas progresif, abnormalitas dan fragmentasi DNA spermatozoa. Namun, seluruh parameter memiliki korelasi kuat dengan tingkat fertilitas, yang mana parameter motilitas, viabilitas dan keutuhan membran plasma spermatozoa berkorelasi positif, sedangkn abnormalitas dan fragmentasi DNA spermatozoa memiliki korelasi negatif dengan tingkat fertilitas sapi bali. Karakteristik semen sapi bali dengan demikian, dapat dijadikan sebagai indikator awal dalam memprediksi fertilitas pejantan. Penelitian kedua dilakukan dengan mengevaluasi semen berdasarkan parameter kinematika motilitas spermatozoa (progressive motility/PM, curvilinear velocity/VCL, average path/VAP, straight line velocity/VSL, the amplitude of the lateral head displacement/ALH, dan beat-cross frequency/BCF) dan morfologi abnormal (proximal droplet, distal droplet, bent tail, dan coiled tail)
Keyword: biomarka, fertilitas pejantan, mikrofluida, PRM1, sapi bali, Bali cattle, biomarkers, male fertility, microfluidics, PRM1

Judul: Closed Knight’s Tour pada Papan Catur Berbentuk Persegi Panjang dengan Ukuran Maksimal 8 × 8
Abstrak: Closed Knight’s Tour merupakan langkah kuda yang mengunjungi setiap kotak pada papan catur tepat satu kali dengan langkah kuda berawal dan berakhir pada kotak yang sama. Graf yang terbentuk dari closed knight’s tour dinotasikan sebagai graf G(m,n), dengan m adalah banyaknya baris dan n adalah banyaknya kolom. Graf tersebut memuat Hamiltonian cycle. Sebuah graf terhubung G adalah graf bipartite jika dan hanya jika graf tersebut tidak memiliki cycle dengan panjang ganjil. Papan catur yang memenuhi syarat cukup untuk memiliki closed knight’s tour adalah papan catur berukuran 5 × 6, 5 × 8, 6 × 6, 6 × 7, 6 × 8, 7 × 8, dan 8 × 8.
Keyword: bipartite, closed knight’s tour, hamiltonian cycle, knight’s tour, teori graf