Judul: Carnation Mottle Virus Pada Tanaman Anyelir Di Indonesia: Etiologi, Ekspresi Gen Protein Selubung, Dan Eliminasinya
Abstrak: Anyelir (Dianthus caryophillus L) merupakan salah satu tanaman bunga potong utama dunia karena bunganya cantik dan memiliki berbagai variasi warna dan bentuk. Di Indonesia, produksi bunga potong anyelir masih jauh dari potensi genetiknya, sehingga pendapatan petani dari usaha budidaya tanaman hias juga lebih rendah dari yang seharusnya. Kondisi ini terjadi karena hampir semua tanaman anyelir sudah terinfeksi virus, namun petani tidak mengetahui hal ini. Ada lebih dari 15 virus yang dapat menginfeksi anyelir, akan tetapi Carnation mottle virus (CarMV) dilaporkan merupakan virus utama pada tanaman anyelir. Di beberapa sentra produksi anyelir di Jawa Barat ditemukan gejala tanaman anyelir terinfeksi virus berupa belang-belang hijau tua dan muda (mottle). Gejala ini mirip dengan yang dilaporkan di luar negeri. Penelitian mengenai penyakit mottle/belang pada tanaman anyelir di Indonesia belum banyak dilakukan. Berdasarkan hal tersebut maka penelitian ini secara umum bertujuan untuk mengidentifikasi dan mendapatkan karakter virus penyebab penyakit belang pada tanaman anyelir di Jawa Barat serta memperoleh metode eliminasi virus untuk mendukung pengadaan benih anyelir secara berkelanjutan. Deteksi secara serologi menggunakan metode ELISA menunjukkan bahwa semua kultivar tanaman anyelir yang diuji (28 kultivar) terinfeksi oleh CarMV (100%) dan tidak terinfeksi oleh Carnation latent virus (CLV), Carnation ringspot virus (CRSV), dan Carnation vein mottle virus (CVMV). CarMV menginfeksi secara tunggal pada sampel tanaman anyelir yang diuji. Reaksi positif terhadap antiserum CarMV tidak hanya terjadi pada sampel tanaman yang bergejala saja tetapi juga pada sampel yang tidak bergejala. Partikel virus dari sap tanaman sakit berbentuk isometrik dengan diameter berukuran 30 nm teramati melalui pengecatan negatif 2% uranil asetat menggunakan transmission electron microscopy (TEM). RT-PCR dengan primer spesifik protein selubung (coat protein/CP) CarMV berhasil mengamplifikasi sembilan isolat gen CP CarMV dengan ukuran sekitar ± 1000 pb. Kesembilan CarMV asal Jawa Barat memiliki kesamaan runutan nukleotida berkisar 94.3% sampai 98.1% dan asam amino yang tinggi berkisar 95.5% sampai 99.4% dengan isolat-isolat dari negara lain yang. CarMV isolatisolat Jawa Barat memiliki kesamaan urutan nukleotida tertinggi dengan isolat CarMV asal China (AF173879) dan Spanyol (AJ309509.1), dan kesamaan asam amino tertinggi dengan isolat CarMV asal China dan Mexico (KC834739.1). Diantara sembilan isolat CarMV asal Jawa Barat, isolat CWB (Ciwangun dengan gejala berat) sudah didaftarkan di GenBank dengan nomor aksesi KP119181 dengan nama isolat Idn-WJ4. Alignment runutan nukleotida gen CP sembilan isolat CarMV asal Jawa Barat dengan sepuluh runutan nukleotida gen CP isolat dari negara lain menunjukkan bahwa pada isolat-isolat dari Jawa Barat terjadi mutasi tititk pada beberapa posisi nukleotida. Beberapa mutasi titik menyebabkan perubahan pada asam amino yang disandi dan motif protein yang dihasilkan. Keragaman genetik gen CP CarMV berkorelasi dengan variasi gejala pada tanaman anyelir terinfeksi. Analisis pohon filogenetik menunjukkan bahwa CarMV isolat-isolat Jawa Barat terpisah dalam tiga kelompok besar bersama-sama dengan isolat-isolat lainnya yang sudah terdaftar di Genbank. Deteksi virus yang mudah dan cepat, diperlukan untuk memantau sumber induk anyelir bebas virus. Metode simple direct tube (SDT) dan simple extraction method (SEM) berhasil mendapatkan RNA total dari tanaman anyelir baik dari sampel daun maupun batang. Metode ekstraksi RNA total dengan SDT dan SEM yang digabungkan dengan One step RT-PCR menghasilkan intensitas DNA yang sebanding dengan kit komersial. RNA total dari
Keyword: Antiviral, Carmovirus, deteksi cepat, E.coli, pET28a

Judul: Deteksi Virus Pada Kedelai Di Jawa Dan Respons Ketahanan Sembilan Varietas Terhadap Cucumber Mosaic Virus Strain Soybean
Abstrak: Kedelai (Glycine max [L.] Merrill) merupakan salah satu komoditas pangan penting di Indonesia. Namun produksinya belum mencukupi kebutuhan nasional sehingga kebutuhan kedelai dicukupi dengan importasi benih. Faktor pembatas menurunnya produktivitas kedelai salah satunya adalah gangguan hama dan penyakit tanaman. Penyakit tanaman kedelai yang disebabkan infeksi virus dapat mempengaruhi hasil panen secara kualitas dan kuantitas. Oleh karena importasi benih kedelai di Indonesia cukup tinggi, untuk mempertahankan dan meningkatkan produksi kedelai, maka perlu dilakukan pemutakhiran informasi terkait virus di lapangan. Penelitian bertujuan mendeteksi virus yang menginfeksi kedelai di beberapa lokasi di Jawa dan mengevaluasi respons ketahanan sembilan varietas terhadap infeksi virus yang dominan ditemukan. Survei dan pengambilan sampel dilakukan di Kecamatan Cikarawang dan Kecamatan Bogor Barat, Kabupaten Bogor (Jawa Barat), Kecamatan Gempol, Kabupaten Cirebon (Jawa Barat), Kecamatan Kasihan, Kabupaten Bantul (DI Yogyakarta), dan Kecamatan Babadan, Kabupaten Ponorogo (Jawa Timur). Sampel diambil sebanyak masingmasing 50 tanaman dengan metode purposive sampling dari setiap lokasi. Insidensi penyakit virus ditentukan secara serologi dengan mengggunakan antiserum Cucumber mosaic virus (CMV), Soybean mosaic virus (SMV), Cowpea mild mottle virus (CPMMV), dan Bean pod mottle virus (BPMV). Virus yang dominan selanjutnya dideteksi dengan RT-/PCR menggunakan primer spesifik, dan atau universal, kemudian dirunut sekuen nukleotidanya. Insidensi penyakit oleh CMV, SMV, dan CPMMV berturut-turut berkisar 72–84%, 14–24%, dan 6–8%; sedangkan BPMV tidak terdeteksi dari semua sampel. Gejala cupping dan menguning terdeteksi oleh antiserum CMV, CMV dan SMV merupakan virus yang dominan ditemukan. RT-PCR dengan primer spesifik gen CI SMV, DNA tidak teramplifikasi, namun berhasil teramplifikasi dengan primer universal Potyvirus. CMV teramplifikasi dengan primer spesifik gen CP dan DNA teramplifikasi dari gejala “cupping” dan menguning dengan primer universal Geminivirus. Homologi nukleotida tertinggi CMV terhadap CMV strain S asal Bogor (99.3%). Homologi Potyvirus tertinggi terhadap BCMV isolat Mungbean asal Cina dan strain Blackeye asal Vietnam (88.3%). Homologi Geminivirus tertinggi terhadap Pepper yellow leaf curl virus (PYLCV) asal Bogor dan Jawa (95.5%). Analisis filogenetika menunjukkan CMV-S berada dalam satu kelompok terpisah dari CMV strain lainnya. BCMV pada kedelai dalam penelitian ini membentuk kelompok terpisah dari BCMV asal negara lain, sedangkan PYLCV isolat kedelai membentuk satu kelompok dengan PYLCV isolat cabai asal Bogor dan Jawa. Penanaman varietas unggul yang tahan virus adalah salah satu strategi pengendalian yang paling baik. Berdasarkan hasil deteksi serologi, CMV-S merupakan virus yang dominan di Jawa. Uji respons ketahanan terhadap CMV-S dilakukan pada percobaan rumah kaca menggunakan sembilan varietas kedelai yaitu Argomulyo, Anjasmoro, Burangrang, Cikuray, Detam-1, Detam-2, Grobogan, Sinabung, dan Wilis. Inokulasi dilakukan secara mekanis pada daun yang membuka penuh. Tiap varietas terdiri atas 15 tanaman sebagai ulangan. Respons ketahanan terhadap inokulasi mekanis CMV-S diukur berdasarkan beberapa parameter penilaian penyakit (periode inkubasi, tipe gejala, keparahan penyakit, indeks keparahan penyakit, titer virus) dan parameter pertumbuhan tanaman (tinggi tanaman, masa berbunga, dan jumlah bunga). Varietas Grobogan memiliki periode inkubasi terpendek yaitu 8-14 hari setelah inokulasi, sedangkan varietas Detam-1 dan Burangrang memiliki periode inkubasi terpanjang yaitu 14-19 hari setelah inokulasi. Tipe gejala penyakit yang muncul bervariasi tergantung varietas. Indeks keparahan penyakit tertinggi pada varietas Grobogan yaitu 6.13 dengan ratio nilai absorbansi ELISA (NAE) sebesar 4.01 kali dari NAE kontrol negatif, sedangkan indeks keparahan penyakit terendah pada
Keyword: Insidensi penyakit, indeks keparahan penyakit, kedelai, RT-PCR, varietas tahan

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: