Judul: Filogenetik Isolat Salmonella spp. Asal karkas Ayam di Pasar Tradisional Berdasarkan Sekuen Gen 16s rRNA
Abstrak: Daging ayam rentan terhadap bahaya biologis, umumnya mikroba yang dapat memengaruhi kesehatan konsumen, salah satunya yiatu Salmonella spp. Kontaminasi Salmonella spp. masih banyak ditemukan pada karkas ayam terutama yang dijual di pasar tradisional. Identifikasi cemaran Salmonella spp. sampai ketingkat serovar perlu dilakukan untuk mengetahui kekerabatannya. Metode yang dilakukan yaitu dengan polymerase chain reaction (PCR) berdasarkan sekuen gen 16s rRNA. Penelitian dilakukan dalam beberapa tahap, yaitu identifikasi Salmonella spp. dengan metode ISO 6579:2015, konfirmasi koloni spesifik Salmonella spp. menggunakan API 20E, analisis menggunakan PCR target gen 16s rRNA, serta sekuensing DNA Salmonella spp. dan pembuatan pohon filogenetik. Hasil BLAST menunjukan bahwa semua sampel pada panjang sekuens 403 bp memiliki kemiripan 100% dengan Salmonella enterica subsp enterica banyak serovar, sedangkan hasil BLAST pada panjang sekuens 1401 bp, dua dari lima sampel, MB1 dan MB3 memiliki kemiripan dengan serovar Typhimurium, dan terkonfimasi sebagai S.Typhimurium dengan menggunakan primer STM449. Hasil pohon filogenetik sekuens penuh (1401 bp) menunjukan keragaman antar isolat Salmonella spp., yang ditunjukan dengan banyaknya cabang pada pohon filogenetik, sedangkan sekuens parsial (403 bp) tidak menunjukan keragaman, hanya dapat dikelompokkan menjadi dua kelompok. Penggunaan target gen 16s rRNA sekuen penuh akan lebih baik jika dibandingkan dengan penggunaan target gen 16s rRNA sekuens parsial.
Keyword: 16s rRNA, chicken carcass, PCR, phylogenetic tree, salmonella spp

Judul: Filogenetik Isolat Salmonella spp. Asal Karkas Ayam Swalayan Berdasarkan Sekuen Gen 16S rRNA
Abstrak: Salmonella spp. bersifat patogen dan menjadi agen yang paling sering menyebabkan food borne disease. Infeksi Salmonella spp. dapat menyebabkan salmonellosis yang mengganggu saluran cerna dan mengakibatkan kematian. Salah satu produk unggas yang rentan terkontaminasi Salmonella spp. adalah karkas ayam. Penelitian ini bertujuan mendeteksi keragaman profil cemaran Salmonella spp. pada karkas ayam yang dijual di swalayan dan kekerabatannya dalam pohon filogenetik dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dan sekuensing berdasarkan gen 16S rRNA. Penelitian ini dilakukan dengan tahap identifikasi Salmonella spp. menggunakan metode ISO 6579:2015 dan Api Tes Kit 20 E, analisis Salmonella spp. dengan PCR, dan tahap sekuensing DNA Salmonella spp. hingga pembuatan pohon filogenetik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sebanyak 62.5% sampel karkas ayam teridentifikasi terkontaminasi Salmonella spp.. Sekuen SB1, SB3, SB4, SB7, dan SB8 teridentifikasi sebagai Salmonella enterica subspesies enterica. Pohon filogenetik sekuen panjang yaitu 1401 bp memiliki struktur pohon yang dapat menghasilkan pengelompokan isolat Salmonella spp. dalam berbagai clade. Salmonella SB1 dan SB3 teridentifikasi memiliki kemiripan dengan Salmonella serovar Worthington, Indiana, Newport, Dublin, Enteritidis, dan Derby. Sedangkan Salmonella SB4 dan SB7 teridentifikasi memiliki kemiripan dengan Salmonella serovar Sandiego, Stanley, Typhi, Infantis, dan London. Salmonella SB8 memiliki kemiripan dengan Salmonella serovar Muenster, Montevideo, dan Rubislaw.
Keyword: gen 16S rRNA, karkas ayam, PCR, pohon filogenetik, Salmonella spp.

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: