Judul: Keragaman Gen Myostatin dan Asosiasinya dengan Sifat Pertumbuhan pada Sapi Bali
Abstrak: Sapi bali (Bos javanicus) adalah sapi pedaging asli Indonesia yang merupakan hasil domestikasi banteng (Bibos banteng). Sapi bali memiliki keunggulan jika dibandingkan dengan sapi lokal lainnya karena pruduktivitas dan reproduksinya yang lebih tinggi dan dapat beradaptasi pada lingkungan marjinal. Gen Myostatin (MSTN) atau yang dikenal dengan Growth Differentiation Factor-8 (GDF-8) merupakan anggota dari TGF-β yang memegang peran penting dalam mengatur pertumbuhan otot serta kualitas daging. Pada sapi gen MSTN terletak di kromosom 2, memiliki 3 ekson dan 2 intron dengan panjang total 6 646 pb serta memiliki 375 asam amino. Apabila terjadi mutasi maka akan menyebabkan tidak berperannya gen MSTN di dalam sel yang akan menyebabkan terjadinya hipertrofi dan hiperplasia. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi dan menganalisis keragaman Single Nucleotide Polymorphism (SNP) gen MSTN di daerah coding (ekson 1, ekson 2 dan ekson 3) dan mengasosiasikannya dengan sifat pertumbuhan. Sampel darah diambil dari 52 ekor sapi bali jantan yang berasal dari BPTUHPT Denpasar, Provinsi Bali dan 10 ekor sapi limosin yang berasal dari BPTUHPT Padang Mangatas, Provinsi Sumatera Barat sebagai pembanding. Analisis DNA dilakukan secara bertahap yaitu mulai dari mengekstraksi DNA, mengamplifikasi gen MSTN dengan metode PCR dan melakukan sekuensing. Data hasil sekuensing selanjutnya dianalisis dengan menggunakan FinchTV, BioEdit dan MEGA7. Asosiasi keragaman gen MSTN terhadap sifat pertumbuhan meliputi bobot lahir, bobot 205 hari, bobot 365 hari, bobot 730 hari dan pertambahan berat badan dilakukan dengan menggunakan uji-t menggunakan SAS 9.4. Amplifikasi gen MSTN di daerah coding (ekson 1, ekson 2 dan ekson 3) pada sapi bali dan sapi limosin berhasil dilakukan pada suhu 55 oC, 56 oC dan 60 oC dengan panjang produk 608 pb, 622 pb dan 451 pb. Dalam penelitian ini ditemukan 18 SNP pada sapi bali dan 12 SNP pada sapi limosin. Frekuensi alel SNP yang ditemukan pada sapi bali berada dalam keadaan equilibrium, sedangkan 12 SNP yang ditemukan pada sapi limosin secara umum juga dalam keseimbangan Hardy- Weinberg kecuali pada SNP c.2411 C>T. Terdapat 3 SNP yaitu c.4900 T>G, c.4905 C>G dan c.4907 C>G yang berpengaruh nyata (P<0.05) terhadap bobot lahir pada sapi bali. Hasil penelitian yang mengungkap hubungan antara beberapa SNP gen MSTN yang berasosiasi dengan bobot lahir diharapkan dapat dijadikan sebagai kandidat penanda genetik bobot lahir sapi bali.
Keyword: gen MSTN, sapi bali, sifat pertumbuhan, SNP

Judul: Analisis Polimorfisme Gen MYF5|MspI serta Asosiasinya terhadap Sifat Pertumbuhan Sapi Bali
Abstrak: Sapi Bali (Bos javanicus) merupakan sapi asli Indonesia yang telah diakui oleh FAO sebagai salah satu bangsa sapi di dunia. Sebagai SDGT potensinya perlu ditingkatkan terutama sebagai penghasil daging yang diharapkan dapat mendukung kebutuhan daging nasional. Pendekatan genetik menjadi salah satu fokus dalam penelitian ini terutama dalam mengidentifikasi gen-gen potensial yang berhubungan dengan sifat pertumbuhan. Gen Myogenic Factor 5 (MYF5) memiliki peranan penting dalam mekanisme pembentukan otot rangka sekaligus di ekspresikan paling awal di antara anggota MRF lainnya serta mengontrol proses myogenesis. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi SNP g.643G>A gen MYF5 kemudian mengasosiasikannya dengan sifat pertumbuhan pada sapi bali. Sampel darah diambil dari 80 ekor sapi bali yang terdiri dari 36 jantan dan 44 betina yang berumur 1.5-3.5 tahun yang dipelihara pada kondisi lingkungan yang sama di BPTU-HPT Denpasar Bali. Data fenotipe yang diamati meliputi; berat lahir, berat hidup, pertambahan bobot badan, panjang badan, dalam dada, tinggi pundak, tinggi pinggul, dan lingkar dada. Keragaman gen MYF5 diidentifikasi menggunakan metode PCR-RFLP. Asosiasi genotipe gen MYF5 dengan sifat pertumbuhan dilakukan dengan menggunakan General Linear Model oleh program SAS 9.4. Identifikasi keragaman gen MYF5|MspI bersifat polimorfik dan diperoleh tiga macam genotipe yaitu; AA, AG dan GG. Fragmen yang tidak terpotong oleh enzim MspI (1 fragmen = 285 pb) adalah genotipe AA, Fragmen terpotong (2 fragmen = 170 pb dan 115 pb) adalah genotipe GG, dan (3 fragmen = 285 pb, 170 pb, dan 115 pb) atau heterozigot adalah genotipe AG. Frekuensi genotipe AA, AG dan GG masing-masing adalah 0.04 (3), 0.30 (24), dan 0.65 (53). Frekuensi alel 0.19 dan 0.81 untuk alel A dan G. Analisis frekuensi gen menunjukkan bahwa sapi bali di BPTU-HPT Denpasar berada dalam keseimbangan Hardy-Weinberg. Asosiasi genotipe gen MYF5|MspI dengan sifat pertumbuhan sapi bali tidak berbeda nyata (P>0.05). SNP g.643G>A belum dapat dijadikan penciri genetik sifat pertumbuhan pada sapi bali.
Keyword: gen MYF5, PCR-RFLP, sapi bali

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: