Judul: Identifikasi Spesies Ruminansia Dengan Metode Pcr-Rflp Pada Gen Sitokrom B Mitokondria.
Abstrak: Tujuan dari penelitian ini adalah untuk melakukan identifikasi spesies ruminansia dengan metode PCR-RFLP pada gen sitokrom b dari DNA mitokondria. Sampel jaringan sapi, domba, kambing, dan kerbau diperoleh dari pasar di sekitar Bogor; sampel rusa, anoa, dan banteng dari koleksi Laboratorium Embriologi; serta sampel kijang dan kancil dari koleksi Laboratorium Anatomi. DNA diisolasi dengan menggunakan metode presipitasi amonium asetat. PCRRFLP menggunakan primer universal sitokrom b dengan panjang fragmen 359 bp dan amplikon dipotong dengan enzim restriksi Hinf I dan Alu I. Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa DNA dari sampel sapi, domba, kambing, kerbau, dan anoa dapat diamplifikasi. DNA dari sampel rusa, kijang, kancil, dan banteng tidak dapat diamplifikasi. Enzim Hinf I dapat memotong amplikon sapi, domba, kambing, dan anoa tetapi tidak untuk kerbau. Enzim Alu I dapat memotong amplikon sapi, kerbau, dan anoa tetapi tidak untuk kambing dan domba. Penelitian ini dapat membedakan antara sampel anoa dengan sampel ruminansia domestik lainnya. Hasil dari penelitian ini diharapkan dapat digunakan sebagai informasi dasar untuk identifikasi spesies ruminansia, terutama untuk anoa.
Keyword: Alu I, DNA, Hinf I, PCR-RFLP, ruminansia, sitokrom b

Judul: Restriction Fragment length polymorphism (RFLP) gen sitokrom b DNA mitokondria dari sepuluh spesies reptilia Indonesia
Abstrak: Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) sepuluh spesies reptilia lokal yang ada di Indonesia berdasarkan fragmen sitokrom b DNA mitokondria. Hasil yang diperoleh dapat digunakan sebagai dasar informasi untuk mengenali spesies reptilia. Sepuluh sampel jaringan reptilia diperoleh di sekitar Bogor dan disimpan dalam larutan NaCl 4,5 M yang mengandung DMSO 25%. DNA diisolasi dengan metode presipitasi amonium asetat. Primer universal sitokrom b L14841/H15149 digunakan untuk amplifikasi fragmen gen sitokrom b dengan menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) yang dilanjutkan dengan elektroforesis. DNA hasil PCR (amplikon) kemudian dipotong dengan menggunakan enzim restriksi endonuklease Alu I (5 U), Rsa I (20 U) dan Hinf I (2,5 U) masing-masing selama 16 jam, 6 jam dan 2 jam. Penghitungan ukuran DNA amplikon dan fragmen hasil pemotongan dilakukan dengan mengukur jarak antara migrasi DNA sampel dengan migrasi marka DNA dalam gel agarose 2%. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sepuluh spesies reptilia lokal mempunyai amplikon yang berukuran 359 pb, namun tidak mempunyai situs restriksi Alu I, Rsa I dan Hinf I; karenanya ketiga enzim restriksi endonuklease tersebut tidak bisa digunakan untuk identifikasi pada amplikon sitokrom b DNA mitokondria….
Keyword: Local reptiles of Indonesia, Species identification, PCR, RFLP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: