Judul: Rekayasa eksresi Gen pembungaan HD3A pada tanaman Jarak Pagar (Jatropha curcas L.
Abstrak: Pada jarak pagar (Jatropha curcas, L.) rasio bunga betina terhadap bunga jantan sangat rendah. Jumlah bunga betina yang rendah merupakan salah satu penyebab rendahnya produktivitas tanaman ini. Introduksi gen pembungaan Hd3a yang berperan mempercepat pembungaan pada tumbuhan hari pendek dan tumbuhan hari panjang diharapkan dapat menghasilkan tanaman jarak pagar yang berbunga lebih awal dan memproduksi bunga lebih banyak. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh vektor ekspresi untuk digunakan dalam rekayasa ekspresi gen Hd3a pada jarak pagar, memperoleh kondisi inisiasi kalus dan regenerasi yang sesuai dalam transformasi genetik jarak pagar, memperoleh jarak pagar transgenik mengandung gen Hd3a serta mengetahui peranan gen Hd3a dalam pembungaan jarak pagar. Untuk tujuan tersebut, pada tahap awal vector ekspresi yang mengandung gen Hd3a yang dikendalikan promoter 35S CaMV pada posisi sense serta antisen telah berhasil dikonstruksi. Tranformasi genetik dilakukan dengan menggunakan 3 macam konstruk gen, yakni Hd3a dengan promoter 35S CaMV pada posisi sens serta antisens, dan Hd3a dengan promoter rolC. Transformasi genetik jarak pagar dilakukan mengikuti metode Li et al. (2007) yang dimodifikasi, dan menggunakan eksplan berupa kotiledon. Untuk mendapatkan media induksi kalus yang sesuai, percobaan menggunakan 6 jenis media dengan variasi kandungan IBA 0.05 mg/l sampai 0.5 mg/l serta PVP 0 sampai 5 g//l telah dilakukan. Media dengan komposisi yang sama dengan Li et al. (2007) dengan kandungan 0.05 mg/l IBA tanpa PVP digunakan sebagai kontrol. Pada media ini eksplan tidak menghasilkan kalus. Peningkatan IBA meningkatkan frekuensi pembentukan kalus, dan peningkatan kadar PVP umumnya meningkatkan kuantitas kalus. Media dengan kandungan IBA 0.5 mg/l dengan penambahan PVP 1 sampai 5 g/l (P3-1, P3-3 dan P3-5) menghasilkan kalus yang banyak dengan frekuensi pembentukan kalus yang tinggi. Kalus yang ditumbuhkan di media regenerasi dengan komposisi yang sama dengan Li et al. (2007), tidak menghasilkan tunas. Tunas dapat diperoleh pada media dengan penambahan BAP 3 mg/l dan PVP 1 g/l. Tunas mulai terbentuk pada umur 3 sampai 5 minggu pada media regenerasi. Kalus yang berasal dari media induksi dengan kandungan 0.5 mg/l IBA dan 3 g/l PVP menghasilkan tunas terbanyak dengan frekuensi regenerasi tertinggi. Selain itu pada media ini hasil yang diperoleh memiliki variasi yang rendah. Seleksi dengan menggunakan media MS yang mengandung 40 mg/l higromisin terhadap tunas tertransformasi menghasilkan 26-33% tunas transgenik putatif. Tunas transgenik dikonfirmasi melalui PCR dengan melakukan amplifikasi fragmen Hd3a yang mengandung 4 potongan 5’UTR. Hasil analisis PCR menunjukkan bahwa dari 23 tunas transgenik putatif yang diambil secara acak, 15 tunas adalah transgenik. Introduksi gen Hd3a dengan promoter 35S CaMV pada posisi sens serta antisens masing-masing dimaksudkan untuk ekspresi berlebih serta pembungkaman ekspresi gen Hd3a pada jarak pagar transgenik, sedangkan Hd3a dengan promoter rolC diharapkan memberikan ekspresi normal. Introduksi ke tiga konstruk ini dilakukan untuk mengetahui peranan gen Hd3a pada pembungaan jarak pagar. Beberapa tunas transgenik yang mengandung gen Hd3a dengan promoter 35S CaMV pada posisi sense serta promoter rolC menghasilkan bunga. Frekuensi tunas yang berbunga dini dan waktu berbunga hampir sama pada ke dua konstruk tersebut. Bunga tidak pernah dihasilkan dari tunas nontransgenik maupun tunas transgenik yang mengandung Hd3a antisen. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa gen Hd3a yang memacu pembungaan pada tumbuhan hari pendek dan hari
Keyword: Jatropha curcas, genetic transformation, Hd3a gene, polyvinyl pyrrolidone

Judul: Rekayasa Genetik Tembakau (Nicotiana Tabacum L. Cv. Sr1) Dan Jarak Pagar (Jatropha Curcas L.) Dengan Gen Inhibitor Of Meristem Activity (Ima)
Abstrak: Tanaman jarak pagar (Jatropha curcas L.) merupakan salah satu tanaman yang pada awalnya merupakan tanaman yang digunakan sebagai tanaman pagar. Tanaman ini berpotensi sebagai penghasil bahan baku energi terbarukan. Keuntungan jarak pagar sebagai sumber bahan biodiesel antara lain, 1) minyak jarak pagar tidak termasuk dalam kategori minyak makan (non edible oil) sehingga pemanfaatan jarak pagar sebagai bahan baku biodiesel tidak akan mengganggu penyediaan kebutuhan minyak makan nasional, 2) tanaman jarak pagar ini dapat beradaptasi dengan lahan pada kondisi kering (curah hujan <500 mm per tahun), 3) dapat tumbuh pada lahan dengan kesuburan rendah (lahan marjinal dan lahan kritis, 4) biji jarak pagar mengandung minyak dengan rendemen 30–40%. Rendahnya produktivitas tanaman jarak pagar menjadi perhatian utama dalam pemulian tanaman. Rasio bunga betina yang sangat sedikit dibandingkan dengan bunga jantan merupakan salah satu factor pembatas produktivitas. Salah satu strategi untuk meningkatkan kualitas produktivitas jarak pagar yaitu dengan teknologi rekayasa genetika. Metode transformasi merupakan metode yang diaplikasikan untuk mengintroduksikan gen IMA ke tanaman tersebut. Gen Inhibitor of Meristem Activity (IMA). Gen IMA telah diisolasi dari tanaman tomat (Solanum lycopersicum L.) dan telah berhasil dilakukan ekspresi berlebih pada tanaman tomat. Gen IMA berperanan dalam pertumbuhan dan perkembangan pada meristem pucuk, mampu menginduksi pembungaan dan perkembangan ovul. Tujuan penelitian ini adalah dapat mengetahui peranan gen IMA pada pertumbuhan tanaman melalui konstruksi gen dalam vektor ekspresi, analisis gen pada tanaman model tembakau dan tanaman target jarak pagar. Pada penelitian pertama dilakukan konstruksi gen IMA ke dalam vektor ekspresi A. tumefaciens LBA4404. Metode yang digunakan untuk konstruksi adalah metode gateway. Metode ini diawali dengan desain primer spesifik gateway. Konstruksi gen IMA dirancang dengan dua arah yaitu sens dan antisens. Diperoleh koloni A. tumefaciens LBA4404 yang membawa plasmid pGWB402- IMA sens dan antisens. Koloni tersebut dapat digunakan untuk transformasi pada tanaman. Pada penelitian kedua dilakukan introduksi gen IMA ke dalam tanaman tembakau. Gen yang ditransformasi dalam bentuk orientasi sens dan antisens. Tembakau dengan gen IMA sens memberikan ciri morfologi yang lebih kecil dibandingkan dengan tanaman non transgenik. Sedangkan gen IMA antisens memperlihatkan ukuran morfologi tanaman yang lebih besar dari tanaman non transgenik. Berdasarkan hasil PCR tanaman transgenik sens dan antisens menunjukkan hasil yang positif membawa gen IMA. Analisis segregasi pada biji tanaman T0 dan T1 berdasarkan sifat ketahanan terhadap antibiotik pada masingmasing tanaman. Hasilnya diperoleh data 3:1 berdasarkan hasil analisis chisquare. Ini mengindikasikan bahwa gen IMA diwariskan pada turunan kedua. Pada penelitian ketiga dilakukan introduksi gen IMA sens dan antisens ke tanaman jarak pagar. Tujuannya adalah mengintroduksi gen IMA sens dan antisens ke tanaman Jarak Pagar. Transformasi berhasil dilakukan pada tanaman jarak pagar dengan gen IMA sens berdasarkan hasil analisis PCR. Tetapi dalam kultur in vitro menghadapi kendala pada proses pengakaran dan aklimatisasi. Diharapkan pada penelitian selanjutnya dapat ditemukan metode yang baik untuk pengakaran dan aklimatisasi.
Keyword: Jatropha curcas, pGWB402, IMA, inhibitor

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: