Judul: Literature Review of Isolation, Confirmation, Occurrence of Toxigenic Genes, and The Prevalence of Bacillus cereus in Rice
Abstrak: Bacillus cereus merupakan salah satu bakteri patogen penyebab keracunan pangan yang dihubungkan dengan nasi. Keracunan pangan akibat Bacillus cereus dapat disebabkan oleh enterotoksin dan cereulida. Kajian ini bertujuan untuk mereview metode isolasi dan konfirmasi Bacillus cereus, mengetahui gen penyandi enteretoksin dan cereulida pada Bacillus cereus, dan mengetahui prevalensi Bacillus cereus pada produk nasi berdasarkan sumber pustaka ilmiah. Metode pengumpulan sumber pustaka dilakukan dengan mengunduh beberapa pustaka dari google scholar dengan mengetik kata kunci, yaitu “Bacillus cereus, cooked rice, polymerase chain reaction, biochemical test, prevalence, toxigenic, enterotoxin, cereulide”. Berdasarkan metode tersebut, ditemukan 75 pustaka metode uji, prevalensi, dan keanekaragaman gen penyandi toksin Bacillus cereus. Sebanyak 9 sumber pustaka dari jurnal internasional bereputasi yang dipublikasi dalam rentang tahun 2006-2021 digunakan sebagai data sekunder utama, sedangkan 66 pustaka lainnya digunakan sebagai data pendukung. Metode deteksi biokimia melibatkan beragam jenis uji seperti, pewarnaan Gram, reaksi terhadap kuning telur, katalase, reduksi nitrat, Voges Proskauer, motilitas, β-Hemolisis, indol, pertumbuhan anaerobik, penggunaan sitrat, koagulase, pertumbuhan rhizoid, fermentasi laktosa, fermentasi glukosa, dan hidrolisis berbagai substrat seperti pati kasein, tributirin, dan urea. Metode PCR dilakukan untuk mendeteksi gen penyandi 16S rRNA, enterotoksin maupun cerulida. Keberadaan gen penyandi enterotoksin pada B. cereusyang diisolasi dari nasi meliputi hblA, hblC, dan hblD dengan prevalensi 2.9-100%, nheA, nheB, nheC dengan prevalensi 38.2-100%, cytK dengan prevalensi 50.0-89.8%, entFM dengan prevalensi 76.5-100%, dan bceT memiliki prevalensi sebesar 51.0-55.5%. Sementara itu prevalensi ges ces penyandi toksin emetic adalah 0-14.7%. Berdasarkan kajian Pustaka yang digunakan prevalensi B. cereus pada nasi dari beberapa negara berada pada kisaran 20-82.5%., Bacillus cereus is one of the pathogenic bacteria that causes food poisoning associated with rice. Food poisoning due to Bacillus cereus can be caused by enterotoxins and cereulida. This study aims to review the isolation and confirmation method of Bacillus cereus, determine the genes encoding enteretoxin and cereulida in Bacillus cereus, and determine the prevalence of Bacillus cereus in rice products based on scientific literature sources. The method of collecting library resources is done by downloading several libraries from Google Scholar by typing keywords, namely "Bacillus cereus, cooked rice, polymerase chain reaction, biochemical test, prevalence, toxigenic, enterotoxin, cereulide". Based on this method, there were 75 libraries of test methods, prevalence, and diversity of genes encoding the toxin Bacillus cereus. A total of 9 sources of literature from reputable international journals published in the period 2006-2021 were used as primary secondary data, while the other 66 libraries were used as supporting data. The biochemical detection method involves various types of tests such as, Gram stain, reaction to egg yolk, catalase, nitrate reduction, Voges Proskauer, motility, -Hemolysis, indole, anaerobic growth, use of citrate, coagulase, rhizoid growth, lactose fermentation, glucose fermentation, and hydrolysis of various substrates such as casein starch, tributyrin, and urea. The PCR method was used to detect genes encoding 16S rRNA, enterotoxins and cerulides. The presence of enterotoxin-coding genes in B. cereus isolated from rice included hblA, hblC, and hblD with a prevalence of 2.9-100%, nheA, nheB, nheC with a prevalence of 38.2-100%, cytK with a prevalence of 50.0-89.8%, entFM with a prevalence of 76.5-100%. 100%, and bceT has a prevalence of
Keyword: Bacillus cereus, Biochemical, Prevalence, Polymerase chain reaction (PCR), Rice

Judul: Profil Toksigenik Isolat Lokal Bacillus cereus Asal Nasi Goreng
Abstrak: Bacillus cereus merupakan bakteri Gram positif pembentuk spora yang bertanggungjawab terhadap dua jenis penyakit bawaan pangan yaitu penyakit emetik (muntah) yang disebabkan oleh toksin cereulide dan penyakit diare yang disebabkan oleh enterotoksin. B. cereus umumnya mengontaminasi makanan tinggi pati seperti nasi dan nasi goreng. Insiden keracunan pangan yang disebabkan oleh B. cereus telah terjadi di beberapa negara, termasuk diantaranya Indonesia dengan persentase sebesar 19,4% dari total kasus keracunan pangan. Terdapat 34 kejadian keracunan pangan di Indonesia yang berhubungan dengan konsumsi nasi goreng pada tahun 2012-2022 dan salah satu kasus tersebut disebabkan oleh B. cereus. Prevalensi B. cereus di Indonesia telah dilaporkan sebesar 46,67%. Namun, belum ditemukan data terkait profil toksigenik B. cereus asal nasi goreng. B. cereus diketahui memiliki toksin emetik cereulide yang disandikan oleh gen ces. Enterotoksin utama yang dihasilkan oleh B. cereus adalah Non haemolytic Enterotoxin (Nhe) dan Hemolysin BL (Hbl) yang diketahui sebagai toksin tripartit, masing-masing disandikan oleh gen nheABC dan hblACD, sedangkan Cytotoxin K (CytK) merupakan toksin tunggal yang disandikan oleh gen cytK. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi keberadaan gen toksin emetik dan enterotoksin pada isolat lokal yang diperoleh dari nasi goreng serta analisis filogenetik berdasarkan gen penyandi toksin untuk mengetahui potensinya dalam menyebabkan penyakit bawaan pangan. Penelitian ini meliputi konfirmasi 30 isolat lokal B. cereus asal nasi goreng secara biokimiawi dengan melakukan pewarnaan Gram, pewarnaan spora, uji katalase, dan uji motilitas. Deteksi gen toksin emetik ces serta gen enterotoksin nheA, hblD, dan cytK dengan metode PCR dilakukan pada 30 isolat terkonfirmasi. Hasil PCR kemudian disekuensing untuk dilakukan analisis filogenetik berdasarkan gen penyandi toksinnya. Prediksi sekuens protein dari gen ces dilakukan dengan konstruksi pohon filogeni sekuens asam amino untuk mengkonfirmasi gen ces milik isolat lokal. Konstruksi pohon filogeni berdasarkan gen penyandi toksin dan perhitungan jumlah conserved site dilakukan untuk mengetahui nilai kemiripan (similarity) sekuens DNA gen penyandi toksin isolat lokal B. cereus asal nasi goreng dengan gen toksin B. cereus referensi yang terlibat dalam KLB keracunan pangan. Uji konfirmasi secara biokimiawi menunjukkan bahwa 30 isolat lokal asal nasi goreng menunjukkan ciri-ciri B. cereus. Prevalensi gen enterotoksin nheA, hblD, cytK, dan gen ces emetik dari 30 isolat lokal B. cereus berturut-turut sebesar 100%, 90%, 96,67%, dan 16,67%. Hasil analisis BLASTX gen ces dari lima isolat lokal menunjukkan sekuens M60 peptidase dan hasil prediksi sekuens protein menunjukkan bahwa sekuens asam amino M60 peptidase mirip dengan sekuens asam amino cesA milik B. cereus dengan nilai bootstrap rendah yaitu kurang dari 75%. Oleh karena itu, diragukan bahwa isolat lokal tersebut memiliki gen ces B. cereus. Analisis sekuen gen toksin kelima isolat lokal B. cereus tersebut menunjukkan bahwa gen enterotoksin memiliki similaritas yang tinggi (91,2% - 100%) dengan galur referensi yang terlibat dalam KLB penyakit bawaan pangan. Sementara itu, gen ces hanya memiliki nilai similaritas sebesar 47,8% yang memperkuat hasil prediksi protein di atas. Berdasarkan kepemilikan gen toksin, isolat lokal B. cereus dapat dibedakan menjadi 3 profil, yaitu profil I yang memiliki seluruh gen enterotoksin nheA, hblD, cytK dengan persentase terbesar (90,0%); profil II yang memiliki gen nheA dan cytK (6,67%); dan profil III yang hanya memiliki gen nheA dengan persentase paling sedikit
Keyword: Bacillus cereus, emetic toxin, enterotoxin, fried rice

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: