Judul: Filogenetik Isolat Salmonella spp. Asal Karkas Ayam Swalayan Berdasarkan Sekuen Gen 16S rRNA
Abstrak: Salmonella spp. bersifat patogen dan menjadi agen yang paling sering menyebabkan food borne disease. Infeksi Salmonella spp. dapat menyebabkan salmonellosis yang mengganggu saluran cerna dan mengakibatkan kematian. Salah satu produk unggas yang rentan terkontaminasi Salmonella spp. adalah karkas ayam. Penelitian ini bertujuan mendeteksi keragaman profil cemaran Salmonella spp. pada karkas ayam yang dijual di swalayan dan kekerabatannya dalam pohon filogenetik dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dan sekuensing berdasarkan gen 16S rRNA. Penelitian ini dilakukan dengan tahap identifikasi Salmonella spp. menggunakan metode ISO 6579:2015 dan Api Tes Kit 20 E, analisis Salmonella spp. dengan PCR, dan tahap sekuensing DNA Salmonella spp. hingga pembuatan pohon filogenetik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sebanyak 62.5% sampel karkas ayam teridentifikasi terkontaminasi Salmonella spp.. Sekuen SB1, SB3, SB4, SB7, dan SB8 teridentifikasi sebagai Salmonella enterica subspesies enterica. Pohon filogenetik sekuen panjang yaitu 1401 bp memiliki struktur pohon yang dapat menghasilkan pengelompokan isolat Salmonella spp. dalam berbagai clade. Salmonella SB1 dan SB3 teridentifikasi memiliki kemiripan dengan Salmonella serovar Worthington, Indiana, Newport, Dublin, Enteritidis, dan Derby. Sedangkan Salmonella SB4 dan SB7 teridentifikasi memiliki kemiripan dengan Salmonella serovar Sandiego, Stanley, Typhi, Infantis, dan London. Salmonella SB8 memiliki kemiripan dengan Salmonella serovar Muenster, Montevideo, dan Rubislaw.
Keyword: gen 16S rRNA, karkas ayam, PCR, pohon filogenetik, Salmonella spp.

Judul: Identification and Sequencing of Salmonella spp. Isolate from Chicken Carcass with Invasion Gene Marker
Abstrak: Daging ayam merupakan sumber protein hewani yang paling banyak dikonsumsi di Indonesia. Salah satu cemaran patogen yang sering ditemukan pada karkas ayam adalah Salmonella spp. Jenis Salmonella berpengaruh pada kemampuan adaptasi, jenis inang, penyakit yang ditimbulkan pada inang, serta ketahanan terhadap antibiotik. Identifikasi jenis Salmonella yang terdapat pada isolat uji dari karkas ayam ras dan ayam kampung dapat dilakukan dengan sekuensing DNA dari isolat uji tersebut. InvA merupakan gen yang umum digunakan untuk mengidentifikasi Salmonella. Ketersediaan primer dengan target gen invA dengan amplikon panjang dan spesifikasi yang sesuai dengan ketentuan desain primer sulit ditemukan. Penelitian bertujuan mendesain primer untuk gen invA pada Salmonella spp., mengidentifikasi serovar isolat Salmonella spp. asal karkas ayam ras dan ayam kampung berdasarkan gen invA, mengidentifikasi kekerabatan genetik isolat Salmonella spp. tersebut dengan pohon filogenetik, dan mengevaluasi conserved region gen invA Salmonella. Sampel yang digunakan adalah masing-masing enam karkas ayam ras dan karkas ayam kampung. Karkas ayam tersebut didapatkan dari pedagang ayam yang sama (dari satu pedagang ayam, diambil satu karkas ayam ras dan satu karkas ayam kampung). Sebanyak 1-5 isolat diambil dari setiap karkas ayam hingga didapat masing-masing 25 isolat Salmonella spp. dari setiap jenis ayam. DNA isolat uji Salmonella spp. diekstraksi, diamplifikasi menggunakan PCR dengan primer yang dirancang dalam penelitian ini (ukuran amplikon 1486 bp), dan disekuensing. Hasil sekuensing diedit, diidentifikasi, disejajarkan, dianalisis conserved region pada DNA dan asam aminonya, serta dibuat pohon filogenetiknya. Salmonella Weltevreden paling banyak terdapat pada isolat uji dari karkas ayam kampung (13 dari 25 isolat uji), sedangkan Salmonella Typhimurium paling banyak terdapat pada isolat uji dari karkas ayam ras (5 dari 25 isolat uji). Salmonella Weltevreden, Typhimurium, Newport, Schwarzegrund, Kentucky, dan Chester ditemukan pada kedua jenis karkas ayam tersebut. Salmonella Enteritidis, Hadar, dan Albany hanya ditemukan pada karkas ayam ras. Perbedaan basa nukleotida terdapat pada gen invA dengan nomor akses OL581595 (berasal dari isolat uji Salmonella pada karkas ayam ras) dan OL581596 (berasal dari isolat uji Salmonella pada karkas ayam kampung) jika dibandingkan dengan gen invA pada Salmonella Newport lainnya. Mutasi ini tidak menyebabkan perubahan pada asam amino yang terbentuk (synonymous mutation). Hasil pohon filogenetik menunjukkan tidak ada perbedaan jenis antara Salmonella yang terdapat pada karkas ayam kampung dengan Salmonella yang terdapat pada karkas ayam ras. Pada penelitian ini dirancang primer baru yang dapat mendeteksi invA dengan amplikon yang panjang, spesifikasi yang sesuai dengan ketentuan desain primer, dan spesifik. Penelitian ini merupakan penelitian pertama yang melaporkan perbandingan serovar dan gen Salmonella dari ayam ras dan ayam kampung. Hasil identifikasi Salmonella dapat digunakan untuk mengetahui langkah pencegahan dan penanganan Salmonella pada karkas ayam., Chicken meat is the most widely consumed source of animal protein in Indonesia. One of the most common pathogenic contaminants in chicken carcasses is Salmonella spp. The type of Salmonella affects the adaptability, type of host, the disease caused to the host, and its resistance to antibiotics. Identifying the type of Salmonella found carcasses of broilers and kampung chickens can be done by sequencing DNA from the test isolates. InvA is a gene commonly used to identify Salmonella. Availability of primers targeting the invA gene with long amplicons and
Keyword: broiler chicken, kampung chicken, invA, Salmonella spp.

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: