Judul: Characterization of West Papua Sea Cucumbers and Prediction of their Antimicrobial Peptides
Abstrak: Teripang ditemukan di perairan Indonesia, salah satunya di Perairan Papua Barat. Di Papua, beberapa spesies teripang dijual dalam bentuk kering dengan nilai tambah yang relatif kecil. Antimicrobial Peptides (AMPs) merupakan peptida dengan bobot molekul rendah yang diproduksi oleh sel-sel dan jaringan dalam tubuh makhluk hidup yang berperan dalam sistem pertahanan tubuh. Pemanfaatan hidrolisat teripang yang mempunyai AMPs diharapkan memberikan nilai tambah produk. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi teripang (segar, rebus, dan asap) dari perairan Papua Barat, menentukan karakteristik kimianya, karakteristik hidrolisat dan aktivitas antimikrobanya, serta memprediksi dan mengkarakterisasi senyawa AMPs dalam hidrolisat teripang. Identifikasi spesies teripang dilakukan berdasarkan karakteristik morfologi. Sampel teripang segar disiapkan dengan membuang isi perutnya. Teripang rebus diolah dengan merebus teripang segar di dalam air laut selama 15 menit. Teripang asap yang diperoleh dari nelayan merupakan teripang segar yang telah direbus dalam air laut selama 1,5 – 2 jam, diasap selama 8 jam dan dikeringkan di bawah sinar matahari selama 8 jam. Hidrolisis teripang segar, rebus, dan asap dilakukan dengan menggunakan enzim bromelin 5% dan papain 5%. Analisis derajat hidrolisis hidrolisat teripang dilakukan dengan metode soluble nitrogen-TCA, sementara kadar protein dengan metode Bradford. Uji aktivitas antimikroba hidrolisat teripang pada Staphylocoocus aureus, Bacillus cereus, dan Escherichia coli dilakukan dengan menggunakan metode difusi cakram. Penentuan bobot molekul peptida dalam hidrolisat dilakukan dengan metode SDS-PAGE. Peptida dengan potensi antimikroba (<5 kDa) disekuens dengan metode LC-MS/MS dilanjutkan dengan analisis secara bioinformatik menggunakan Mascot, BLASTp, CAMPR4, APD3, PepDraw, dan PEP-FOLD. Hasil identifikasi spesies menunjukkan bahwa teripang segar dan rebus yang diperoleh dari perairan Papua Barat adalah Holothuria atra, sementara teripang asap sulit diidentifikasi. Teripang segar memiliki kadar air, protein, dan lemak yang lebih tinggi, tetapi kadar abu yang lebih rendah dibandingkan dengan teripang rebus dan asap. Teripang segar yang dihidrolisis dengan bromelin selama 4 jam memiliki derajat hidrolisis, kadar protein, dan aktivitas antimikroba yang paling baik terhadap bakteri patogen uji. Hidrolisat teripang memiliki aktivitas antimikroba lebih baik terhadap bakteri Gram positif (S. aureus dan B. cereus) dibandingkan Gram negatif (E. coli). Analisis bioinformatik dengan Mascot terhadap peptida dalam hidrolisat teripang segar oleh enzim bromelin yang diduga memiliki sifat antimikroba menghasilkan 94 sekuen. Analisis lanjutan dengan BLASTp menunjukkan 21 dari 94 sekuen memiliki homologi dengan Holothuria atra. Dari 21 sekuen tersebut sebanyak empat sekuen diprediksi memiliki potensi peptida antimikroba dengan skor 0,5 – 0,8 menggunakan CAMPR4. Sekuen LALGIPLPQLK, IGLFGGAGVGK, INLTLK, dan LSLPFK merupakan sekuen AMPs yang baru ditemukan dari teripang. Sekuen tersebut mempunyai karakteristik panjang sekuen 6 - 11 asam amino, bobot molekul kurang dari 5 kDa (0,70 - 1,16 kDa), struktur heliks, net charge +1, serta kaya akan asam amino hidrofobik dengan hydrophobicity sebesar +7,09 sampai dengan +12,41 kkal/mol dan pI 10,14 – 10,15., Sea cucumbers are found in several Indonesian waters, one of which is in West Papua. In Papua, some species of sea cucumber are dried with relatively low economic value. Antimicrobial Peptides (AMPs) are low molecular weight compounds of proteins or bioactive short peptides produced by cells and living things that play a role in the body's defense system. The utilization of sea cucumber hydrolysates as AMPs is expected to increase
Keyword: antimicrobial peptides, hydrolysate, peptide characterization, sea cucumber, West Papua

Judul: Network Pharmacology Analysis to Identify Black Sea Cucumber Bioactive Compounds Potential
Abstrak: Indonesia sebagai negara maritim memiliki hasil laut yang sangat melimpah, salah satunya adalah teripang keling (Holothuria atra). Penelitian sebelumnya mengungkapkan bahwa jenis teripang ini dapat digunakan sebagai obat. Kendati demikian, belum ada penelitian yang menjelaskan secara spesifik penyakit apa saja yang dapat diatasi menggunakan senyawa teripang keling. Penelitian ini mengidentifikasi senyawa teripang keling yang dapat digunakan sebagai obat serta mengidentifikasi penyakit yang berasosiasi dengan senyawa yang terkandung dalam teripang keling beserta protein target signifikannya menggunakan network pharmacology dengan pendekatan compound-target network, analisis topologi dan clustering terhadap data proteinprotein interaction (PPI), dan enrichment analysis dengan Gene Ontology (GO) serta pathway dari protein target yang ditemukan. Penelitian dimulai dengan mengakuisisi data senyawa teripang keling berdasarkan penelitian sebelumnya, senyawa tersebut kemudian melalui tahap filtrasi data dengan abbott bioavaibility score yang diperoleh dari basis data SwissADME. Senyawa yang telah melalui tahap filtrasi akan digunakan untuk proses akuisisi data protein target yang berasosiasi dengan senyawa tersebut. Data protein target diperoleh dari basis data Pubchem Bioassay dan dibentuk menjadi jejaring protein-protein interaction (PPI) dengan memasukkan data protein target pada basis data STRING. Jejaring PPI melalui tahap reduksi graf menggunakan centrality measurement dengan degree centrality untuk mendapatkan protein target signifikan. Protein target signifikan yang telah diperoleh digunakan sebagai masukan untuk memperoleh informasi biologis tambahan yaitu Gene Ontology (GO) dan pathway dari basis data Uniprot dan Metascape. Dengan membentuk suatu bipartite graph antara protein target signifikan dan GO/pathway, dilakukan proses clustering menggunakan fuzzy k-partite clustering untuk memperoleh protein target signifikan beserta GO/pathway-nya. Hasil analisis network pharmacology dengan pendekatan yang digunakan mengidentifikasi sebanyak 43 senyawa yang terkandung di dalam teripang keling dapat digunakan sebagai obat serta mengatasi tiga penyakit dengan menargetkan protein target signifikan dari setiap penyakit yaitu malignant neoplasm of breast dengan protein target AKT1, AR, ESR1, dan JAK2; leukemia myelocytic acute dengan protein target JAK2; colorectal carcinoma dengan protein target CTNNB1 dan GNAS. Hasil penelitian ini dapat digunakan sebagai landasan penelitian di masa depan terhadap alternatif pengobatan penyakit yang ditemukan menggunakan senyawa teripang keling., Indonesia, as a maritime nation, possesses abundant marine resources, one of which is the black sea cucumber (Holothuria atra). Previous research has revealed that this type of sea cucumber can be used for medicinal purposes. However, there has not been specific research explaining which diseases can be treated using the compounds found in black sea cucumbers. This study aims to identify the black sea cucumber compounds that can be used as drugs and to identify the diseases associated with the compounds contained in black sea cucumbers, along with their significant protein targets. This is done using a network pharmacology approach, involving a compound-target network, topological analysis, clustering of protein-protein interaction (PPI) data, and enrichment analysis of Gene Ontology (GO) and pathways related to the discovered protein targets. The research commences by acquiring black sea cucumber compound data based on prior studies. The compound then proceeds with data filtration using the Abbott bioavailability score obtained from the SwissADME database. The filtered compounds are used to acquire data on protein targets associated with these compounds. Data on protein targets is obtained from the PubChem Bioassay database and
Keyword: analisis topologi, bioinformatika, fuzzy clustering, network pharmacology, teripang keling, bioinformatics, black sea cucumber, topological analysis

Judul: Solusi Geometri Schwarzschild untuk Dimensi 4+1 dengan Invarian Rotasi Isotropik
Abstrak: Metrik Schwarzschild merupakan solusi eksak pertama dari persamaan medan Einstein dengan mangasumsikan metrik statik dan simetris. Metrik Schwarzschild yang ditemukan oleh Karl Schwarzschild masih dalam dimensi 3+1, namun seiring dengan teori-teori terbaru yang menunjukkan bahwa alam semesta tidak hanya di dimensi 3+1. Maka melalui penambahan dimensi, tujuan penelitian ini memperoleh solusi pada geometri Schwarzschild untuk dimensi 4+1 dengan memodifikasi koordinat bola yang invarian rotasi isotropik dan melalui penurunan rumus seperti koordinat bola, simbol Christoffel, dan tensor Ricci. Selain mendapatkan solusi ini, metrik Schwarzschild dimensi 4+1 dapat digunakan sebagai metrik dasar untuk memperoleh solusi blackhole dan wormhole pada dimensi 4+1. Hasil akhirnya, dengan memanfaatkan modifikasi koordinat bola, metrik Schwarzschild dapat dibentuk sehingga diperoleh solusi geometri Schwarzschild untuk dimensi 4+1.
Keyword: metrik Schwarzschild, persamaan medan Einstein, modifikasi koordinat bola, penambahan dimensi, invarian rotasi isotropik