Judul: Deteksi Virus Yang Menginfeksi Allium dan Beberapa Tanaman Hias Herba
Abstrak: Kelompok Allium (bawang putih, bawang merah, bawang bombai, bawang daun) dan tanaman hias herba merupakan komoditas hortikultura yang penting secara ekonomi dalam perdagangan internasional. Perdagangan komoditas ini sering kali dilakukan melalui umbi yang memiliki potensi besar terhadap munculnya penyakit baru di suatu negara, termasuk Indonesia. Potyvirus dan Carlavirus dilaporkan sebagai virus utama yang menginfeksi bawang. Tujuan dari penelitian ini adalah mendeteksi dan mengidentifikasi Carlavirus dan Potyvirus yang menginfeksi bawang dan tanaman hias herba yang berasal dari sampel lapangan dan umbi impor. Sampel bawang merah,bawang daun, dan tanaman hias herba diambil secara purposive sampling di beberapa lokasi. Sampel bawang putih merupakan umbi impor yang diperoleh dari Balai Besar Karantina Hewan, Ikan, dan Tumbuhan DKI Jakarta dan ditumbuhkan di laboratorium. Deteksi virus dilakukan dengan metode one-step reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) menggunakan primer universal, yaitu AlcarF/Poty1 untuk Carlavirus dan U341/Poty1 untuk Potyvirus. Hasil deteksi menunjukkan bahwa Carlavirus yaitu Shallot latent virus (SLV) ditemukan pada bawang merah, bawang putih, dan bawang daun serta Nerine latent virus (NeLV) pada Hippeastrum sp dan Hymenocallis speciosa. Onion yellow dwarf virus (OYDV), Shallot yellow stripe virus (SYSV), dan Amazon lily mosaic virus (ALiMV) anggota Potyvirus yang masing-masing ditemukan pada bawang merah, bawang putih, dan Hippeastrum sp. Deteksi NeLV dan ALiMV yang menginfeksi tanaman hias pada studi ini merupakan laporan pertama di Indonesia. Hasil dari penelitian ini dapat menjadi basis data bagi Badan Karantina Indonesia dalam melakukan upaya pencegahan masuk dan tersebarnya Organisme Pengganggu Tumbuhan Karantina., Alliums (garlic, onion, shallot) and herbaceous ornamental plants are economically important horticultural commodities in international trade. The trade of these commodities often through vegetative propagation that has big potential on new emerging diseases in a country, including Indonesia. Potyvirus and carlavirus are reported as the main viruses infecting allium. This research aims to detect and identify Carlavirus and Potyvirus infecting alliums and herbaceous ornamental plants. Garlic bulb samples were obtained from Indonesian Plant Quarantine Agency (BBKHIT DKI Jakarta) which were then grown in the laboratory. Samples of shallots, leeks, and ornamental plants were taken purposively in several locations. Virus detection was done by one step reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) method using universal primers, namely AlcarF/Poty1 for Carlavirus and U341/Poty1 for Potyvirus. Detection results showed that Carlavirus those are Shallot latent virus (SLV) was found in shallot, garlic, and leek, and Nerine latent virus (NeLV) in Hippeastrum sp. and Hymenocallis speciosa. Onion yellow dwarf virus (OYDV), Shallot yellow stripe virus (SYSV) and Amazon lily mosaic virus (ALiMV) are members of Potyvirus each found in shallot, garlic and Hippeastrum sp. The results of this study can be a basis data for Indonesian Plant Quarantine Agency to prevent the new emerging disease. For our knowledge, this is the first report of NeLV and AliMV infecting ornamental plants in Indonesia.
Keyword: ALiMV, Carlavirus, NeLV, Potyvirus, primer universal, Amaryllidaceae

Judul: Infeksi Virus dan Keragaan Pertumbuhan Kultivar Bawang Putih Lokal.
Abstrak: Bawang putih (Allium sativum L) adalah komoditas hortikultura dengan permintaan cukup tinggi di Indonesia. Bawang putih dibudidaya secara aseksual melalui perbanyakan vegetatif yaitu dengan bagian umbi (siung). Perbanyakan secara vegetatif ini meningkatkan resiko infeksi oleh berbagai macam virus yang bersifat tular umbi. Beberapa penyakit utama yang disebabkan oleh infeksi virus pada bawang putih diantaranya, Garlic common latent virus (GarCLV) dan Shallot latent virus (SLV) dari genus Carlavirus, Onion yellow dwarf virus (OYDV) dan Shallot yellow stripe virus (SYSV) dari genus Potyvirus. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi virus pada beberapa varietas bawang putih (Sanur 1, Sanur 2, Jati Barang, Lumbu Kuning dan Banjar), mengukur insidensi penyakit dan mengamati pertumbuhan tanaman bawang putih. Gejala penyakit, tinggi tanaman dan jumlah daun per tanaman diamati setiap 2 minggu sekali. Konfirmasi lebih lanjut terhadap infeksi virus dilakukan dengan dot-immunobinding assay (DIBA). Hasil deteksi menunjukkan bahwa infeksi Potyvirus (OYDV, SYSV) dan Carlavirus (GarCLV and SLV) berhasil dikonfirmasi dari semua sampel. Insidensi penyakit yang disebabkan oleh virus di pertanaman berkisar antara 88.2 hingga 100%; sedangkan pada umbi berkisar antara 96.8 sampai 99.5%. Gejala dominan yang ditemukan di lapangan diantaranya, mosaik kuning, bercak kuning, ujung daun berlekuk dan kerdil. Hasil panen menunjukkan rata-rata berat umbi berkisar antara 0.69 g sampai 1.86 g; dengan rata-rata jumlah siung per umbi antara 1 sampai 2 buah. Hasil penelitian ini mengonfirmasi tingginya infeksi virus pada bawang putih dan potensinya mengganggu pertumbuhan tanaman. Kata kunci: dot-immunobinding assay, gejala penyakit, insidensi penyakit, mosaik
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: