Judul: Respon Fisiologi Dan Morfologi Tembakau Transgenik Pembawa Kandidat Gen Toleran Aluminium Terhadap Cekaman Aluminium
Abstrak: Padi merupakan salah satu sumber makanan pokok yang saat ini banyak ditanam di lahan marginal, seperti tanah masam, sebagai akibat konversi lahan pertanian menjadi pemukiman dan industri. Penanaman padi pada tanah masam terkendala dengan pH tanah yang rendah (pH 3.5-5) dan keracunan aluminium (Al). Semakin asam pH tanah maka semakin tinggi kelarutan ion Al trivalen pada tanah sehingga dapat menghambat pertumbuhan dan perkembangan serta menurunkan produksi tanaman padi. Keracunan Al dapat menghambat pembelahan sel, pemanjangan dan perluasan sel akar. Pada periode cekaman Al yang lebih lama dapat menyebabkan pertumbuhan akar terhambat, akar pendek, tebal dan menggulung sehingga mengganggu penyerapan unsur hara baik makro maupun mikro. Beberapa tanaman pertanian memiliki mekanisme toleransi terhadap cekaman Al. Mekanisme toleransi terhadap cekaman Al tersebut dikendalikan secara genetik. Pada gandum, mekanisme toleransi terhadap cekaman Al berupa sekresi asam malat dan asam sitrat yang masing-masing dikendalikan oleh gen ALMT1 dan gen MATE, serta mekanisme pengeluaran Al dari akar tanaman gandum yang dikendalikan oleh gen Alt1. Pada padi sekresi asam sitrat dikendalikan oleh gen OsFRDL4. Gen OsFRDL4 dan gen-gen lain yang responsif Al diregulasi oleh gen ART1, yang ekspresinya tidak diinduksi oleh Al. Hal ini mengindikasikan bahwa terdapat gen lain yang ekspresinya diinduksi oleh Al dan meregulasi gen ART1. Gen B11 merupakan kandidat gen toleran Al yang diisolasi dari padi lokal Indonesia var. Hawara Bunar. Gen B11 diharapkan dapat meningkatkan toleransi tanaman padi terhadap cekaman Al pada tanah masam. Gen B11 perlu diverifikasi melalui pendekatan fisiologi dan morfologi disamping pendekatan molekuler untuk membuktikan apakah gen B11 merupakan gen yang benar-benar bertanggung jawab dalam mekanisme toleransi terhadap cekaman Al. Pendekatan fisiologi dan morfologi dapat dilakukan melalui pengamatan respon fisiologi dan morfologi pada tanaman model seperti tembakau yang telah ditransformasi dengan gen B11. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari respon fisiologi dan morfologi dari tembakau transgenik yang mengoverekspresikan gen B11 terhadap cekaman Al. Cekaman Al diberikan untuk mengetahui respon fisiologi dan morfologi tembakau transgenik pembawa gen B11. Kecambah tembakau transgenik yang lolos seleksi antibiotik higromisin 50 μg/ml dan tembakau tipe liar ditanam pada media 1/6 MS agar 0.5% (w/v) yang mengandung 0 (pH: 5.80±0.05), 0 (pH: 4.1±0.05), 300, dan 555 μM Al (pH: 4.00 ±0.05 setelah penambahan Al) selama tujuh minggu untuk mengetahui respon morfologi berupa panjang akar, bobot basah, dan bobot kering tembakau setelah cekaman. Untuk mengetahui pengaruh cekaman Al terhadap ujung akar dan rambut akar dilakukan dengan cara menanam biji tembakau transgenik dan tipe liarnya pada media 1/6 MS agar 0.5% (w/v) yang mengandung 0 dan 50 μM Al selama 20 hari dan selanjutnya diamati kerusakan ujung akar dan rambut akar dengan mikroskop cahaya dan Scanning Electron Microscope (SEM). Respon fisiologi berupa peroksidasi lipid dan sekresi asam organik dilakukan dengan cara menanam kecambah tembakau transgenik yang lolos seleksi antibiotik higromisin dan tipe liarnya pada media MS cair secara aseptik selama tiga minggu, selanjutnya diadaptasi dalam larutan yang mengandung 500 μM CaCl2 pH 4.1±0.05 selama 24 jam. Setelah diadaptasi, tembakau transgenik dan tipe liarnya dipindahkan ke dalam larutan yang mengandung 300 μM Al dalam 500 μM CaCl2 pH 4.1±0.05 selama 24 jam. Pengamatan peroksidasi lipid secara kualitatif dilakukan dengan cara pewarnaan
Keyword: Kata kunci: asam organik, peroksidasi lipid, tembakau transgenik, toleransi aluminium

Judul: Respon Tembakau Transgenik Toleran Aluminium terhadap Cekaman Osmotik
Abstrak: Tembakau transgenik nomor 15-11-3 merupakan tanaman tembakau yang digunakan sebagai tanaman model untuk mempelajari peran gen B11 terhadap toleransi aluminium (Al). Tembakau transgenik menunjukkan perakaran yang lebih baik dibanding tipe liarnya. Oleh karena itu, tembakau tersebut dapat digunakan untuk mempelajari peran gen B11 dalam toleransinya terhadap cekaman osmotik. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui respon pertumbuan dan fisiologi dari tembakau transgenik toleran Al terhadap cekaman osmotik. Penelitian dilaksanakan pada bulan Januari sampai dengan Agustus 2016 di Laboratorium Fisiologi dan Biologi Molekular Tumbuhan, dan Laboratorium Penelitian Kultur Jaringan Tumbuhan, Departemen Biologi, FMIPA IPB. Penelitian ini menggunakan rancangan acak lengkap 2 faktor dengan tiga ulangan. Faktor pertama adalah genotipe tembakau (tembakau transgenik toleran Al dan tipe liarnya). Faktor kedua adalah cekaman osmotik dengan menggunakan larutan PEG 6000 (0, 5, 10, 15%). Peubah yang diamati adalah tinggi tanaman, panjang akar, jumlah daun, luas daun ketiga, bobot basah dan kering biomassa tanaman, kandungan klorofil, dan kadar prolin daun. Hasil penelitian menunjukkan bahwa cekaman osmotik secara nyata menurunkan respon pertumbuhan tembakau tipe liar dan transgenik serta meningkatkan kadar prolin daun tembakau. Cekaman osmotik tidak berpengaruh nyata terhadap jumlah daun tembakau. Tembakau transgenik dan tipe liarnya tidak menunjukkan perbedaan yang nyata pada semua respon peubah pertumbuhan dan fisiologi yang diamati. Tembakau transgenik dan tipe liarnya tidak toleran terhadap cekaman osmotik sehingga overekspresi gen B11 tidak berperan dalam toleransi tanaman terhadap cekaman osmotik.
Keyword: cekaman osmotik, klorofil, PEG 6000, prolin

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: