Judul: Konstruksi Vektor Dan Ekspresi Protein Human Egfrviii Domain Ekstraseluler Pada Escherichia Coli
Abstrak: Reseptor faktor pertumbuhan epidermal varian III (EGFRvIII) adalah mutasi dari EGFR yang mengalami delesi pada bagian ekstraseluler dari ekson 2 sampai ekson 7. Reseptor ini berperan penting dalam pertumbuhan dan proliferasi sel kanker. Bagian dari ujung-N merupakan bagian unik karena memiliki epitop unik yang berbeda dari bentuk EGFR normal dan dapat dikenali dengan antibodi spesifik anti-EGFRvIII. Fragmen antibodi untai tunggal (scFv) merupakan antibodi anti-EGFRvIII yang memiliki aktifitas spesifik yang mampu mengenali epitop EGFRvIII tersebut. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengekspresikan bagian ekstraseluler dari protein reseptor ini pada Escherichia coli, mempelajarinya lebih jauh dan menganalisis interaksi antigen EGFRvIII dengan antibodi anti-EGFRvIII dengan bantuan manik magnet. Pada sistem ekspresi di E. coli biasanya menghadapi beberapa kendala, yaitu tingkat ekspresi yang rendah, kebocoran ekspresi, pembentukan badan inklusi, dan protein yang terpotong. Salah satu cara untuk mengatasi masalah tersebut adalah dengan mensekresikan protein rekombinan tersebut menuju bagian periplasma. Selain itu, periplasma E. coli telah dilaporkan dapat menjaga fungsionalitas dan stabilitas protein lebih efisien dibandingkan sitoplasma. Oleh karena itu, dalam penelitian ini telah dikonstruksi sebuah vektor pJ404 rekombinan yang mengandung sekuen gen EGFRvIII domain ekstraseluler dan sebuah peptida sinyal yang berasal dari Bacillus xylanase (xylB-sp) yang difusikan pada bagian ujung-N. Gen penanda lainnya sebuah protein fluoresen biru (bfp, mTurqoise) yang telah disubklon pada bagian ujung-C berfungsi untuk menandai ekspresi protein EGFRvIII rekombinan pada periplasma E. coli. Vektor rekombinan ditransformasikan ke dalam E. coli BL21(DE3) untuk analisis ekspresi protein dan dipurifikasi. Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa fusi gen dari EGFRvIII::bfp telah berhasil diklon dan vektor rekombinan pJ404-EGFRvIII-bfp telah berhasil dikonstruksi. Selanjutnya, protein yang mengandung fusi EGFRvIII-bfp telah berhasil diekspresikan pada periplasma E. coli. Hal tersebut ditunjukkan dengan terdeteksinya protein berukuran sekitar 32 kDa, ukuran protein yang diprediksi dari fusi protein tersebut yang ditunjukkan dari hasil analisis SDS-PAGE dan Western Blot. Pengamatan di bawah mikroskop fluoresen menunjukkan sebuah pendaran cahaya berwarna biru yang dihasilkan dari E. coli transforman yang diinduksi. Eksperimen dengan menggunakan manik magnet yang diselimuti dengan protein antigen EGFRvIII rekombinan menunjukkan bahwa sel transforman Pichia pastoris yang terdapat antibodi scFv anti-EGFRvIII pada permukaan sel dapat melekat pada permukaan manik magnet. Hal tersebut membuktikan bahwa terjadi interaksi antara antigen (pada permukaan manik magnet) dengan antibodi (pada permukaan sel). Hal ini menunjukkan bahwa fusi protein antigen EGFRvIII ini memiliki struktur yang fungsional sehingga dapat dikenali dengan baik oleh antibodi spesifiknya.
Keyword: EGFRvIII, ekspresi periplasma, mTurqoise, sinyal peptida xylanase (xylB_sp)

Judul: Introduksi dan Ekspresi Gen Fragmen Antibodi Untai Tunggal (scFv) Anti-EGFRvIII pada Pichia pastoris
Abstrak: EGFRvIII merupakan salah satu varian mutan Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) yang mengalami mutasi pada bagian ekstraselularnya. EGFRvIII hanya ditemukan pada sel kanker dan tidak pada sel normal, sehingga merupakan target terapi kanker yang sangat menarik. Molekul antibodi utuh telah digunakan sebagai agen terapi kanker. Akan tetapi penggunaannya dalam konstruksi obat dengan sistem penghantaran terarah memiliki kelemahan karena ukurannya yang relatif besar (150 kDa). Hal ini disebabkan karena ukuran yang besar dapat mengurangi kemampuan untuk penetrasi ke dalam sel tumor. Permasalahan tersebut diatasi dengan membuat suatu fragmen antibodi untai tunggal (scFv) anti-EGFRvIII yang memiliki ukuran 25 kDa. Fragmen antibodi terdiri dari bagian untai berat (VH) dan untai ringan (VL) yang dihubungkan oleh suatu peptida yang disebut linker (G4S)3. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengkonstruksi scFv, mengintroduksi dan mengekspresikannya ke dalam Pichia pastoris. Fragmen antibodi dibuat dalam 2 versi, yaitu versi 1 (VH-L-VL) dan versi 2 (VL-L-VH), yang dimaksudkan untuk mempelajari sifat afinitasnya terhadap antigen. Fragmen antibodi versi 1 dirancang dan dibuat secara sintetik dan kemudian diklon ke dalam vektor pPICZαA dan ditransformasikan ke dalam E. coli. Plasmid rekombinan (pPICZαA-scFv-1) dianalisis dengan menggunakan PCR, enzim restriksi dan sekuensing. Plasmid rekombinan dengan urutan DNA yang tepat kemudian difusikan dengan suatu gen penanda yaitu Green Fluorescent Protein (GFP) lalu ditransformasikan ke dalam P. pastoris SMD1168H. Nilai efisiensi transformasi yang diperoleh adalah 1,2x 104 cfu/μg DNA plasmid. Hasil analisis dengan teknik SDS-PAGE dan Slot blot terhadap media kultur bebas sel menunjukkan bahwa fusi scFv-GFP telah berhasil diekspresikan secara ekstraselular dengan ukuran 60 kDa. Fragmen antibodi versi 2 dibuat dengan menggunakan teknik overlap extension PCR lalu diklon ke dalam vektor pTZ57r/t dan ditransformasikan ke dalam E. coli.
Keyword: 

Judul: Perencanaan lansekap stop over pada obyek wisat Pantai Soka, Tabanan Bali
Abstrak: Budaya tradisional masyarakat Bali memiliki suatu tata nilai yaitu tata nilai Tri Hita Karana, yang dapat dijadikan sebagai landasan konsep dalam pembagian tata ruang pada suatu tapak. Tata nilai Tri Hita Karana membagi ruang menurut tinggi­ rendah suatu tempat. Berdasarkan konsepsi tersebut maka ruang yang berorientasi ke arah gunung (kaja) memiliki nilai utama, daerah dataran (tengah) memiliki nilai madya, dan ke arah laut (kelod) memiliki nilai nista yang secara hirarkis tersusun dalam segmen utama, madya, nista. Ruang dengan nilai utama terdapat pada ruang non intensif, yaitu daerah persawahan, sedangkan yang memiliki nilai madya dan nista terdapat pada ruang intensif dan semi intensif.
Keyword: