Judul: Karakteristik Hidroakustik Kolom Air Di Perairan Barat Sumatera
Abstrak: Pengembangan penelitian mengenai sumberdaya ikan laut dapat dilakukan dengan metode hidroakustik. Penelitian ini bertujuan menduga sebaran ikan pelagis di perairan Barat Sumatera berdasarkan karakteristik hidroakustik. Survei akustik dilaksanakan di perairan barat Sumatera pada 22 Oktober-2 November 2015 dan pengolahan data dilaksanakan pada bulan April – Juni 2016. Alat akustik yang digunakan adalah Simrad EK-60 dengan frekuensi 38 kHZ. Integrasi tiap sel diatur dengan Elementary Sampling Distance Unit (ESDU) per 100 ping dan per 1 m kedalaman untuk mendaptakan Volume Back Scattering Strength (SV) ratarata. Data hasil integrasi dikelompokan per 5000 ping dan 4 layer kedalaman (6- 25 m, 26-50 m, 51-75 m, 76-100 m) di Ms Excel untuk dianalisis keberadaan target ikan. Secara umum nilai SV di perairan barat Sumatera terdistribusi dari -80 dB hingga -50 dB. Objek tersebut diduga didominasi zooplankton, juvenil ikan dan ikan pelagis kecil. Sebaran nilai SV tertinggi terdapat didaerah selatan Pulau Pini dengan kisaran -56 dB dan -53 dB di kedalaman 6-75 m yang diduga kelompok ikan pelagis seperti selar (Selaroides leptolepis), kembung (Rastrelliger sp.) dan layang (Decapterus sp.). Sebaran SV di kedalaman 75-100 m di perairan barat Sumatera merupakan lapisan zooplankton dengan nilai SV dominan -80 dB.
Keyword: hidroakustik, perairan barat Sumatera, ikan pelagis, SV

Judul: Pendugaan sebaran zooplankton dengan metode hidroakustik di Perairan Pesisir Barat Sumatera
Abstrak: Jumlah pulau di Indonesia sebanyak 17.508 pulau, panjang garis pantai 81.000 km dan terbentang landas kontinen yang luas, secara keseluruhan menghasilkan ekosistem yang baik dan berarti untuk daerah penangkapan ikan yang menjanjikan (Pasaribu, 1999). Masa depan perikanan Indonesia sendiri (lepas pantai dan samudera) akan lebih berorientasi ke Lautan Hindia, karena di perairan ini persaingan terhadap kapal-kapal asing relatif kecil. Selain itu, daerah penangkapan ikan lainnya adalah Sumudera Pasifik di utara Irian Jaya, perairan utara Sulawesi dan Laut Cina Selatan. Tetapi, pemanfaatan yang ditujukan kepada bidang perikanan ini masih belum dilaksanakan secara optimal. Hal ini dikarenakan informasi mengenai sumber daya perikanan, terutama perikanan laut masih belum mencukupi. Perairan Pesisir Barat Sumatera merupakan salah satu wilayah laut Indonesia yang kaya akan sumber daya hayati. Salah satu cara untuk menduga kekayaan sumber hayati di perairan tersebut adalah dengan mengetahui jumlah kepadatan dan kelimpahan plankton. Menduga ukuran, jumlah kepadatan dan kelimpahan plankton serta sebaran plankton dapat menggunakan pendugaan rata-rata target strength dan back scattering volume plankton yaitu dengan menggunakan sistem hidroakustik. Penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk melakukan pendugaan sebaran zooplankton dengan mencari nilai rata-rata Target Strength dan dan Buck Scattering Volume plankton, dan melihat faktor-faktor oseanografi yang mempengaruhinya. Penelitian ini mengikuti kegiatan kerjasama antara Pusat Penelitian Oseanografi LIPI (P₂O-LIPI) dengan Ocean Research Institute of Tokyo dengan topik keanekaragaman zidat di Perairan Pesisir Barat Sumatera dan Samudra Hindia. Pengambilan data dilakukan dari tanggal 4 Juni 2003 sampai dengan 22 Juni 2003 di Perairan Pesisir Barat Sumatera Desain survey yang digunakan dalam penelitian ini adalah trek lurus. Data akustik diperoleh dengan pemancaran gelombang suara yang dipancarkan oleh split beam echosounder EK 500 dengan frekuensi 38 kHz dan 120 kHz. Data yang diperoleh berupa datagram (DG), kemudian dikompres menjadi Duta Threshold (DT). Data threshold diolah dalam software EP 500. data dianalisis dengan menggunakan strata 5-200 meter, dan per strata masing-masing: 550 m (strata 1), 50-100 m (strata 2), 100-150 m (strata 3), dan 150-200 m (strata 4). Dari pengolahan data dengan EP 500 didapatkan nilai SV, sedangkan untuk mendapakan nilai rata-rata TS digunakan rumus : Sv=10 Log n + TS; n adalah nilai densitas dari hasil tangkapan jaring IKMT. Data hasil olahan tersebut kemudian diplotkan dengan menggunakan software ODV (Ocean Data View). Software Ocean Data View (ODV) digunakan untuk mendapatkan data oseanografi (suhu, salinitas dan turbiditas) secara horizontal dan vertikal...
Keyword: Zooplankton, sebaran zooplankton

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA