Judul: DNA Barcode of Trigona terminata, T. moorei, T. drescheri and T. thoracica based on Cytochrome oxidase 1 (CO1) gene
Abstrak: Lebah Trigona (Apidae: Meliponinae) yang termasuk ke dalam stingless bees memiliki keanekaragaman yang tinggi di daerah tropis. DNA Barcode adalah teknik identifikasi molekuler yang mendukung identifikasi morfologi berdasarkan sekuen DNA yang telah distandarisasi, pada hewan menggunakan gen cytochrome oxidase 1 (CO1) dari genom mitokondria (mtDNA). Sedikitnya database DNA Barcode Trigona membuat penelitian ini sangat penting untuk dilakukan. Penelitian ini bertujuan menganalisis sekuen gen CO1 Trigona terminata, T. drescheri, T. moorei dan T. thoracica. Empat spesies Trigona yang digunakan dalam penelitian ini berasal dari hutan karet dan desa Batu kucing, Jambi. Sekuen gen CO1 yang telah didapat dilakukan analisis bioinformatik serta konstruksi pohon filogeni menggunakan metode Maximum Parsimony. Penelitian ini menghasilkan parsial sekuen gen CO1 dari empat spesies Trigona dengan panjang sekuen berkisar antara 740-761 bp. Hasil analisis bioinformatik terhadap keempat sekuen tersebut menunjukan nilai homologi dan query cover mencapai 100 % serta e-value yang rendah. Pohon filogeni menunjukkan bahwa T. drescheri, T. laeviceps, T. terminata, T. moorei, dan T. thoracica tergabung ke dalam satu kelompok dengan nilai bootstrap 98 %. Selain itu, berdasarkan gen CO1 diketahui bahwa T. drescheri merupakan spesies terdekat dari T. laeviceps yang mendukung data morfologi yaitu kedua spesies Trigona tersebut berada dalam satu subgenus Tetragonula.
Keyword: stingless bee, Meliponinae, identifikasi molekuler, DNA Barcode, gen CO1, T. thoracica

Judul: Variasi DNA Tetragonula laeviceps dan T. reepeni berdasarkan gen Cytochrome Oxidase 1 (CO1)
Abstrak: Tetragonula (Apidae: Meliponinae) adalah salah satu lebah eusosial yang tidak memiliki sengat (stingless bee) dan memiliki peranan sebagai polinator pada tanaman. Wilayah distribusi Tetragonula di Indonesia sangat luas meliputi Sumatra, Jawa, Kalimantan, dan Sulawesi. Identifikasi morfologi selama ini digunakan untuk mengetahui keanekaragaman Tetragonula, sehingga diperlukan analisis pendukung morfologi yakni analisis molekuler dengan menggunakan penanda molekuler gen CO1. Penelitian ini bertujuan mempelajari variasi gen CO1 dan menganalisis kekerabatan pada T. laeviceps asal Bogor, Pandeglang dan Jambi. Sekuen nukleotida gen CO1 hasil penelitian dilakukan analisis bioinformatika dan dibuat konstruksi pohon filogeni menggunakan metode Maximum Parsimony. Penelitian ini menghasilkan sekuen gen CO1 lebah Tetragonula berkisar antara 709-743 pb dan 236-247 asam amino dugaan. Alignment 699 pb sekuen antara T. laeviceps, T. reepeni, T. amalthea dan Melipona bicolor (outgroup) menunjukkan adanya variasi nukleotida sebanyak 192 pb dan 477 pb bersifat conserve. Hal yang menarik adalah terdapat 24 pb yang bervariasi dengan perubahan pada 2 asam amino dugaan antara T. laeviceps asal Bogor dengan T. laeviceps asal Pandeglang.
Keyword: Apidae, Meliponinae, mitochondrial DNA, CO1 gene, bioinformatic

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: