Judul: Analisis gen soluble metan monooksigenase (sMMO) bakteri metanotrof asal sawah dengan primer 534f dan 1393r
Abstrak: Bakteri metanotrof merupakan bakteri Gram negatif, bersifat aerob, dan menggunakan metan sebagai sumber karbon untuk menghasilkan energinya. Karakteristik penting dari metanotrof ini ialah memiliki enzim metan monooksigenase (MMO) yang dapat mengkatalisis metan menjadi metanol. Enzim MMO terbagi ke dalam dua tipe, yaitu particulate MMO (pMMO) dan soluble MMO (sMMO). Semua bakteri metanotrof mampu mengekspresikan enzim pMMO, namun sMMO hanya dimiliki beberapa bakteri metanotrof saja. Isolat-isolat bakteri metanotrof (BGM 1, BGM 5, BGM 9,dan SKM 14) yang berasal dari sawah Bogor dan Sukabumi, hanya isolat BGM 9 yang menunjukkan adanya aktivitas enzim sMMO dengan metode Cholorimetric Plate Assay. Fragmen amplikon dari BGM 9 diamplifikasi dan disekuensing. Sekuen yang diperoleh dianalisis dengan menggunakan perangkat bioinformatik seperti BLAST-N dan BLAST-X. Analisis sekuen amplikon menggunakan program BLAST-N dan BLAST-X berturut-turut menunjukkan kemiripan dengan sekuen pada genom Azorhizobium caulinodans ORS 571 (92%) dan gen protein S3 pada ribosom 30S Xanthobacter autotrophicus Py2 (90%). Ketidaksesuaian hasil analisis tersebut dengan gen target diduga disebabkan oleh primer yang kurang spesifik dan keterbatasan informasi database di genetik tentang mikroba dari daerah tropis.
Keyword: Bakteri metanotrof, Enzim metan monooksigenase(MMO), Soluble metan monooksigenase

Judul: Isolasi karakterisasi bakteri metanotrof asal sawah di Bogor dan Sukabumi
Abstrak: Sebesar 43% dari emisi metan (CH,) ke ahnosfer berasal dari lahan basah dan sawah. Peningkatan emisi satu molekul CH, berpotensi sebagai gas mmah kaca 20 kali lebih besar daripada satu molekul C02. Sebagian besar emisi CH4 di kawasan sawah yang tergenang diproduksi oleh bakteri metanogen dan sebanyak 80 % dari CH4 tersebut dioksidasi oleh bakteri metanotrof. Bakteri metanohof memiliki sistem enzim yang spesifik yaitu metan monooksigenase (MMO) yang mampu menambahkan satu atom oksigen ke dalam molekul CH4 untuk membentuk senyawa metanol. Aplikasi bakteri metanohof dapat mengurangi emisi metan dari lahan sawah. Ekplorasi bakteri metanohof dari contoh sedimen asal sawah di Bogor dan Sukabumi yang ditumbuhkan pada media Nitrat Mineral Salts (NMS) menghasilkan 40 isolat. Aktivitas oksidasi CH, diukur dengan menggunakan kromatografi gas, sedangkan aktivitas soluble rnethane monooxygenase (sMMO) diuji dengan metode kolorimehik. Enam isolat (BGM 1, BGM 2, BGM 3, BGM 12, SKM 14, BGM 9) dikarakterisasi aktivitas oksidasi metannya secara berkala. Aktivitas oksidasi CH4 tertinggi pada isolat BGM 9, yaitu sebesar 66556,82 moll hari. Aktivitas enzim sMMO teridentifikasi pada isolat BGM 9.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: