Judul: Deteksi dan Identi:fikasi Gen Kitinase pada Trichoderma harzianum DT038
Abstrak: T harzianum telah dikenal sebagai agen biokontrol potensial yang mengeluarkan sejumlah enzim kitiiiolitik, seperti kitinase. Enzim kitinase berperan penting dalam pengendalian cendawan patogen tanaman. Tujuan dari studi ini adalah untuk mendeteksi dan mengidentifikasi gen kitinase pada T. harzianum DT038. Deteksi gen kitinase pada T. harzianum DT038 dilakukan dengan PCR menggunakan primer spesifik ChilF 5'GCAATTCACCATGTTGAGC3' dan ChilR 5'GCGCCTGAAATTAGGCAG3'. Primer tersebut dirancang berdasarkan sekuen gen endokitinase Chil pada T harzianum. Analisis PCR menghasilkan pita amplifikasi yang berukuran sekitar 1,4 kb. Kloning produk PCR pada sel inang Escherichia coli dilakukan dengan menggunakan vektor pGEM-T Easy. Skrining berdasarkan metode biru putih menghasilkan 30 koloni putatif rekombinan. Diantara koloni-koloni tersebut hanya 5 koloni yang memberikan basil positif pada analisis PCR menggunakan primer ChilF dan ChilR. Sekuensing produk dan klon PCR dilakukan secara bertahap menggunakan 7 buah primer, 2 primer universal (T7 dan SP6) serta 5 primer spesifik (ChilF, ChiFa, ChiFe, ChiR.f, ChilR). Primer tersebut dirancang berdasarkan sekuen gen endokitinase Chil dan sekuen T. harzianum DT03. Sek.'l.lensing terhadap sekuen T. harzianum DT038 menghasilkan susunan nukleotida yang terdiri atas 1485 pb. Analisis kemiripan dengan menggunakan program BLAST menunjukkan bahwa sekuen T. harzianum DT038 memiliki nilai kemiripan yang tinggi dengan gen endokitinase dari Trichoderma spp lain di GenBank. Nilai kemiripan tertinggi diperoleh pada penjajaran antara sekuen T. harzianum DT038 dengan gen endokitinase Chi-Harl dari T. harzianum (skor bits 2813; E value 0,0; 99%), gen endokitinase Chi-Virl dari T. viridae (skor bits 2789; E value 0,0; 99%), gen endokitinase Chil dari T. harzianum (skor bits 1955; E value 0,0; 98%) dan gen endokitinase Chit42 dari T. harzianum (skor bits 1891; E-Value 0,0; 98%). Multiple alignment diantara sekuen-sekuen tersebut menunjukkan adanya 3 intron. Pada sekuen T. harzianum DT038 letak intron berada pada posisi nukletida no. 158 - 212, 311 - 379, dan 426 - 484. Posisi kodon awal dan kodon akhir berada pada nukleotida no. 12 dan 1464. Sekuen ini menyandikan pembentukan 424 asam amino.
Keyword: Kitinase, Trichoderma harzianum DT03 8, PCR, kemiripan, sekuensing

Judul: Pengklonan Gen Kitinase Bakterial Menggunakan Teknik Mutagenesis Transposon Dan DNA Pelacak Heterologus
Abstrak: Enzim kitinase bakteri banyak dimanfaatkan dalam berbagai aspek, antara lain untuk mengkonversi kitin menjadi produk turunannya yang berguna dan bernilai ekonomi tinggi. Selain itu biodegradasi kitin ini juga penting untuk mengendalikan cendawan patogen dan serangga hama tertentu yang sensitif terhadap kitinase. Penelitian ini dilakukan dalam dua rangkaian percobaan yaitu (1) pengklonan gen kitinase bakteri isolat CS, (2) penapisan dan pengklonan gen kitinase isolat bakteri asal tanah. Sedangkan tujuan penelitian ini adalah (1) mengisolasi gen kitinase dari bakteri isolat CS dengan memanfaatkan transposon Tn5-mini, (2) mengisolasi dan mengklon gen kitinase bakteri asal tanah dengan memanfaatkan DNA pelacak heterologus, dan (3) mempelajari ekspresi gen kitinase pada E. coli DH5α. Analisis sekuen 16S-rDNA pada isolat CS memperlihatkan bahwa isolat CS paling sekerabat dengan Aeromonas sobria. Mutagenesis transposon menggunakan pUT mini-Tn5 Km1 pada A .sobria CS menghasilkan tiga mutan yang tidak mampu lagi membentuk halo pada medium Agar Kitin dengan frekuensi transkonjugasi sebesar 7.59 x 107. Ketiga jenis mutan ini telah diverifikasi dengan PFGE (Pulsed - Field Gel Electrophoresis ) dan diberi nama chil, chi4 dan chi6. Dari hasil analisis hibridisasi Southern pada masing-masing genom mutan dengan menggunakan gen Km' dari plasmid PUC4K sebagai pelacak, diperoleh fragmen DNA yang membawa transposon hasil potongan Enzim….dst
Keyword: Etknik mutagenesis transposon, DNA pelacak heterologus, Kitin dan Kitinase, Elemen Loncat, Genetika Bakteri

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: