Judul: Karakterisasi Fag Litik Photobacterium Damselae Asal Lingkungan Perairan
Abstrak: Photobacterium damselae salah satu bakteri patogen yang menginfeksi hewan (khususnya ikan) dan manusia. Patogenisitas bakteri tersebut dikontrol melalui terapi antibiotik, tetapi aplikasi antibiotik yang berkelanjutan menimbulkan resistensi bakteri. Hasil beberapa penelitian melaporkan Photobacterium damselae sudah resisten terhadap antibiotik. Fag litik adalah terapi alternatif yang dapat digunakan untuk mengatasi bakteri-bakteri patogen. Fag litik dapat melisiskan sel bakteri. Tujuan dari penelitian ini adalah mendapatkan fag litik Photobacterium damselae serta mengkarakterisasi fag litiknya. Fag litik Photobacterium damselae diisolasi dari berbagai sumber perairan yaitu Danau IPB, sungai Cidepit, dan sungai Ciparigi Bogor. Bakteri inang untuk fag litik terlebih dahulu direidentifikasi secara morfologi dan karakterisasi fisiologis dengan menggunakan KIT API 20E, uji patogenisitas dengan menggunakan agar darah, dan uji resistensi antibiotik. Isolasi dan pemurnian fag litik dilakukan berdasarkan metode agar dua lapis. Keberadaan fag litik ditandai dengan adanya plak. Fag litik hanya ditemukan pada sungai Cidepit dan Ciparigi Bogor. Pada titik ketiga pengambilan sampel di sungai Cidepit didapatkan isolat pertama fag F A91 yang menunjukkan morfologi cloudy plaque, berdiameter 0.3 mm dengan konsentrasi 3 x 104 PFU mL-1. Pada titik pertama pada sungai Ciparigi didapatkan dua isolat fag. Fag F A92 memiliki morfologi clear plaque berdiameter 3 mm dengan konsentrasi 11 x 105 PFU mL-1. Berbeda dengan morfologi F A93 yaitu turbid plaque berdiameter 1 mm dan konsentrasinya 62 x 106 PFU mL-1. F A91 dengan ciri cloudy plaque merupakan fag lisogenik sehingga tidak digunakan. Clear plaque (F A92) dan turbid plaque (F A93) merupakan fag litik. Hasil pasase menunjukkan bahwa F A92 dan F A93 merupakan fag yang identik (F A9). Berdasarkan uji kisaran inang fag F A9 spesifik terhadap Photobacterium damselae. Pengamatan morfologi fag pada Transmission Electron Microscope (TEM) F A9 termasuk famili Myoviridae. Morfologi kepala ikosahedral berdiameter 30 nm dan ekor kontraktril dengan panjang 60 nm. Analisis SDS-PAGE protein fag F A9 pada gel poliakrilamida menunjukkan 4 pita protein. Berat molekul protein secara berurutan adalah 109.06, 30.58, 17.08, dan 14.96 kDa.
Keyword: Photobacterium damselae, fag litik, Myoviridae, SDS-PAGE.

Judul: Karakterisasi Fag Litik Proteus mirabilis Resisten Antibiotik Asal Feses Penderita Diare
Abstrak: Penyakit diare masih menjadi salah satu penyebab utama tingginya angka kematian di negara berkembang, termasuk Indonesia. Diare dapat disebabkan oleh berbagai mikroorganisme seperti virus, protozoa dan bakteri enteropatogen. Proteus mirabilis merupakan salah satu bakteri enteropatogen kelompok Gram negatif dari famili Enterobacteriacea yang dapat menyebabkan diare. Sebanyak 94 isolat Proteus berhasil diisolasi dari 518 sampel feses anak penderita diare dengan persentase P. mirabilis sebesar 91.5 % dan P. penneri sebesar 8.5%. Selain itu, terdapat 8 bakteri enteropatogen termasuk Proteus spp dengan jumlah 6 isolat yang berhasil diisolasi dari 100 sampel feses anak penderita diare berumur di bawah 5 tahun. Penggunaan antibiotik yang telah lama dipakai sebagai terapi dalam mengatasi infeksi bakteri patogen saat ini dilaporkan sudah tidak efektif, karena banyaknya bakteri yang telah resisten terhadap antibiotik. P. mirabilis termaksuk bakteri yang telah resisten terhadap antibiotik ampicillin, amoxicillin dan trimethoprim-sulfomethoxazole. Fag litik sebagai virus penginfeksi bakteri dapat digunakan untuk terapi alternatif yang dapat mengendalikan pertumbuhan bakteri patogen manusia. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan dan mengkarakterisasi fag litik yang dapat melisiskan P. mirabilis yang telah resisten terhadap antibiotik. Fag litik P. mirabilis diisolasi dari berbagai sumber fag, yaitu limbah cair rumah tangga, feses ayam dan kambing, limbah padat peternakan ayam, air sungai Ciparigi dan air sungai Situ Letik. Isolasi fag litik P. mirabilis berhasil didapatkan dari limbah peternakan ayam dan air sungai Situ Letik, Dramaga dengan jumlah 3 isolat. Masing-masing isolat menunjukkan morfologi plak yang berbeda dengan diameter mencapai 2 mm pada setiap plak yang muncul. Isolat fag 1 memiliki morfologi plak berbentuk bulat, bening dan memiliki cincin disekitar plak. Isolat fag 2 memiliki morfologi plak berbentuk bulat, samar tanpa ada cincin disekitar plak, sedangkan isolat fag 3 memiliki morfologi plak berbentuk bulat, bening tanpa ada cincin disekitar plak. Ketiga isolat fag ini memiliki tingkat stabilitas yang berbeda walaupun disimpan pada suhu yang sama dan di dalam bufer yang sama, yaitu bufer Saline Magnesium (SM). Isolat fag 1 dan 3 tidak dapat ditumbuhkan kembali saat dilakukan tahapan produksi fag. Hasil kisaran inang isolat fag 2 sebagai fag P. mirabilis yang berhasil dipurifikasi dan diproduksi menunjukkan bahwa fag litik P. mirabilis bersifat spesifik. Fag litik P. mirabilis tidak melisiskan bakteri Salmonella sp., Bacillus pumilus, Photobacterium damselae dan EPEC K.1.1. Analisis morfologi fag P. mirabilis menggunakan transmission electrom microscope (TEM) menunjukkan kepala fag berbentuk heksagonal ikosahedral dan ekor yang panjang berbentuk tabung heliks. Ciri-ciri yang dimiliki oleh fag litik P. mirabilis tersebut termasuk ke dalam ordo Caudovirales famili Myoviridae. Diameter kepala fag P. mirabilis adalah sebesar 68.185 nm, panjang ekor sebesar 109.091 nm dan diameter ekor fag sebesar 18.182 nm. Hasil analisis SDS-PAGE menunjukkan adanya delapan pita protein dengan bobot molekul yang bervariasi sebesar 90.50, 82.03, 74.35, 43.31, 37.37, 30.70, 27.83 dan 20.72 kDa. Molekul protein dengan berat tertentu menunjukkan penyusun komponen fag seperti kepala, ekor dan serabut ekor. Hasil perhitungan terhadap konsentrasi protein fag P. mirabilis menunjukkan bahwa konsentrasi proteinnya sebesar 316.198 μg/mL.
Keyword: diare,, fag litik, Proteus mirabilis

Judul: Query Expansion based on Bilingual Dictionary Using Conditional Probability
Abstrak: Query expansion is a technique that can be used to bridge vocabulary gaps between queries and documents in the collection. With query expansion, user will be helped to formulate queries well so that user will optimize the search result. In this study, the expansion term was resulted from the translation of bilingual dictionary. Subsequently, several terms of expansion were elected based on the closeness of its relationship with the original query. This research showed that conditional probability can be used to select expansion term in bilingual translation method query expansion. The result of 1000 documents was more than 97% relevan document can be retrieved by this system. The more expansion term used, the larger number relevan document was retrieved.
Keyword: