Judul: Analisis Mutasi Gen Epidermal Growth Factor Receptor pada Sampel Sediaan Hapusan Sitologi dan Plasma Darah Pasien Kanker Paru.
Abstrak: Pasien kanker paru dengan mutasi gen EGFR merupakan subjek primer untuk mendapatkan terapi EGFR-TKI. Saat ini, sampel-sampel seperti jaringan tumor dan sitologi banyak digunakan sebagai sumber DNA untuk mendeteksi mutasi gen EGFR. Akan tetapi, sampel-sampel tersebut memiliki kelemahan seperti sulit untuk didapatkan. Untuk mengatasi masalah tersebut, kami menguji kemampuan cell-free DNA (cfDNA) untuk digunakan sebagai sumber DNA dalam mendeteksi mutasi gen EGFR. Kami juga menganalisis limit deteksi dari metode high-resolution melting polymerase chain reaction (HRM-PCR) dan restriction fragment length polymorphism (RFLP) dalam mendeteksi mutasi gen EGFR yang dibandingkan dengan metode pengurutan DNA. Selain itu, kami juga menganalisis hubungan antara status mutasi gen EGFR dengan angka tahan hidup pasien kanker paru. Sebanyak masing-masing 116 sampel sitologi dan cfDNA darah dikumpulkan dari pasien kanker paru. DNA dari masing-masing sampel diisolasi dan dianalisis untuk mengetahui status mutasi gen EGFR pada ekson 18, 19, 20, dan 21 dari sampel tersebut menggunakan metode HRM yang dilanjutkan dengan metode pengurutan DNA (ekson 18), elektroforesis agar (ekson 19), dan RFLP (ekson 21), sedangkan mutasi gen EGFR pada ekson 20 dianalisis menggunakan metode pengurutan DNA. Berdasarkan hasil analisis yang didapatkan, uji sensitivitas metode HRM dan RFLP menunjukkan bahwa metode HRM dan RFLP dapat mendeteksi adanya mutasi gen EGFR pada sampel yang mengandung DNA mutan sebesar 6.25% (ekson 18 dan 19), 1% sampai 12.5% (ekson 21). Dari 116 sampel yang dianalisis, DNA dapat diisolasi dari seluruh sampel cfDNA (100%) dan hanya 94.8% sampel sitologi yang dapat menghasilkan DNA. Selain itu, mutasi gen EGFR terdeteksi pada 46/110 (41.8%) sampel cfDNA dan 69/110 (62.7%) sampel sitologi. Nilai sensitivitas dan spesifisitas pengujian sampel cfDNA bervariasi dari 9.1% sampai 39.4% dan 83.1% sampai 96.5%. Angka tahan hidup pasien dengan mutasi gen EGFR langka diketahui lebih pendek dibandingkan angka tahan hidup pada pasien kanker paru dengan mutasi gen EGFR umum (296 berbanding 171 hari, ρ=0.003). Sebaliknya, perbedaan angka tahan hidup pada kedua kelompok menjadi tidak signifikan berbeda ketika status mutasi T790M dimasukkan ke dalam kedua kelompok tersebut (ρ˃0.05). Metode HRM dan RFLP lebih sensitif dibandingkan dengan metode pengurutan DNA. Sementara itu, berdasarkan hasil analisis mutasi gen EGFR, cfDNA dapat digunakan sebagai alternatif bahan untuk mendeteksi mutasi, namun diperlukan analisis lanjutan menggunakan metode yang lebih sensitif karena adanya kecenderungan hasil analisis negatif palsu yang tinggi dan positif palsu yang rendah pada penelitian ini. Selain itu, berdasarkan kurva Kaplan-Meier, mutasi gen EGFR umum dan T790M memberikan prognosis yang baik pada pasien kanker paru.
Keyword: cfDNA, EGFR, Kaplan-Meier, Kanker Paru

Judul: Virtual screening of Ligands with Epidermal Growth Factor Receptor Protein as Candidate Targeted Therapy for Lung Cancer
Abstrak: Salah satu cara pengobatan kanker paru-paru yaitu melalui metode terapi target dengan mekanisme pemberian obat ke molekul spesifik yaitu sel kanker. Penelitian ini dimaksudkan untuk menemukan kandidat obat terapi kanker paru- paru melalui metode komputasi dengan melihat nilai energi afinitas dan pengujian toksisitasnya. Sebanyak 250 struktur EGFR (tipe wildtype dan mutasi) sebagai protein target akan dilakukan virtual screening dan penambatan molekul dengan ligan dari database zinc20 sejumlah 131.328 ligan. Hasil dari virtual screening tersebut didapatkan delapan belas struktur ligan terbaik yaitu tujuh ligan yang berinteraksi dengan struktur EGFR tipe wildtype dengan nilai energi afinitasnya sebesar -9,76 kcal/mol hingga -9,32 kcal/mol. Sebanyak sebelas ligan yang berinteraksi dengan struktur mutasi dengan nilai energi afinitas -9,11 kcal/mol hingga -8,08 kcal/mol. Terdapat lima ligan yang berinteraksi dengan baik di struktur wildtype dan mutasi yaitu ligan dengan rumus kimia C24H16F2N2O4, C20H13F2N5O4,C23H27N5O4,C19H21N5O4S2, dan C22H26ClN5O2. Struktur reseptor dari protein EGFR yang paling banyak berikatan dengan ligan terbaik adalah struktur dengan kode 3W33,3W2S, dan 4LI5. Jenis asam amino yang sama pada struktur wildtype dan mutasi yang muncul yaitu pada ikatan hidrofobik adalah Asp855 dan pada ikatan hidrogen adalah Val726 dan Leu718., One of the treatments for lung cancer is through targeted therapy, which involves the administration of drugs to specific molecules, namely cancer cells. This research aims to discover potential lung cancer therapy candidates through computational methods by examining the affinity energy values and conducting toxicity testing. A total of 250 EGFR structures (wildtype and mutations) as target proteins will undergo virtual screening and molecular docking with ligands from the zinc20 database, consisting of 131.328 ligands. The results of the virtual screening identified eighteen top ligand structures, including seven ligands that interacted with the wildtype EGFR structure with affinity energy values ranging from -9,76 kcal/mol to -9,32 kcal/mol. Eleven ligands interacted with the mutation structure with affinity energy values from -9,11 kcal/mol to -8,08 kcal/mol. Five ligands showed good interaction with both wildtype and mutation structures, namely C24H16F2N2O4,C20H13F2N5O4,C23H27N5O4, C19H21N5O4S2, and C22H26ClN5O. As for the receptor structure of the EGFR protein that bound most to the top ligands, the structures with the codes 3W33, 3W2S, and 4LI5 were predominant. The same amino acids that appeared in both wildtype and mutation structures in hydrophobic bonds were Asp855, and in hydrogen bonds is Val726 and Leu718.
Keyword: kanker paru-paru, EGFR, docking, energi afinitas, interaksi ligan-protein

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: