Judul: Penjajaran Lokal Sekuens DNA Paralel dengan Skema Partisi Columnwise Menggunakan CUDA
Abstrak: Deoxyribo nucleic acid (DNA) merupakan asam nukleat yang menyimpan informasi genetika makhluk hidup. Sekuens DNA suatu makhluk hidup dapat memiliki similaritas dengan sekuens DNA makhluk hidup lainnya. Penjajaran sekuens adalah salah satu cara untuk melihat similaritas di antara sekuens DNA. Penjajaran sekuens untuk sekuens DNA yang panjang membutuhkan waktu yang lama. Penjajaran sekuens secara paralel dapat mempercepat proses penjajaran. Untuk mengimplementasikannya dibutuhkan skema partisi, salah satunya adalah columnwise. Penelitian ini menggunakan metode Smith-Waterman untuk melakukan penjajaran sekuens lokal dan GPU untuk melakukan penjajaran sekuens secara paralel. Pada penelitian ini dihasilkan speedup tertinggi sebesar 5.542 kali untuk sekuens DNA dengan panjang 22 000 bp menggunakan skip 1.
Keyword: columnwise, sequence alignment, Smith-Waterman

Judul: Penjajaran sekuen DNA paralel berbasis kolom menggunakan algoritme Needleman-Wunsch dan graphic processing unit (GPU)
Abstrak: Deoxyribo nucleid acid (DNA) merupakan salah satu biomolekul yang berperan penting dalam menyimpan instruksi genetika makhluk hidup. DNA sendiri terdiri atas jutaan nukleotida yang saling berpasangan yang membentuk susunan double helix. Untuk mendapatkan informasi pada dua pasang DNA salah satunya perlu dilakukan proses penjajaran secara lokal maupun global. Salah satu cara yang dapat digunakan adalah menggunakan metode penjajaran global sekuen dengan skema berbasi kolom dengan tujuan untuk mendapatkan kemiripan DNA. Untaian DNA yang dibangkitkan secara acak tersebut diolah menggunakan library yang dimiliki oleh sebuah graphic processing unit yang dinamakan dengan CUDA. CUDA merupakan sebuah platform komputasi yang disediakan oleh NVIDIA untuk memanfaatkan cores yang ada pada GPU untuk digunakan pada proses komputasi. Tujuan penggunaan CUDA pada proses penjajaran DNA adalah untuk mencapai speedup semaksimal mungkin dibandingkan dengan menggunakan CPU. Pada penelitian ini didapatkan hasil speedup menggunakan GPU dibandingkan dengan CPU adalah 7.9 kali.
Keyword: columnwise, graphics processing unit, speedup

Judul: Mechanical Vibration and Noise Measurement on Thermal Fogger Machine Type TS-35A (E)
Abstrak: The high utilizing of thermal fogger machine in agriculture is giving an impact for operator’s health and comfortness. This is because of mechanical vibration and noise level which produced by thermal fogger machine disturbing operator activity. Measuring of vibration and noise on thermal fogger machine was conducted by using vibrationmeter and sound level meter. The measurement results show that the operator was exposed 99.4 dB(A) noise and 4.03 m/s2vibration. A hand arm vibration nomogram was employed with vibration factor 3 hours for comfortable level and 8 hours for safety level, concurently with noise standard provided by National Ministry of Labor. The result derived from noise analysis shows that daily exsposure time of the machne utilization is 15 – 30 minutes as the noise factor shows significant effect on the machine operation. As the preventing action to decreasing noise level, it can using ear muff and ear plug. Beside that, by covering the machine using foam rubber.
Keyword: