Judul: Global Sequence alignment of DNA using Rowwise Needleman-Wunsch Algorithm in CUDA
Abstrak: Penjajaran sekuen merupakan hal yang fundamental dalam bioinformatika. Penjajaran sekuen dapat dilakukan untuk menganalisis DNA. Penjajaran sekuen dilakukan dengan menggunakan pemograman dinamis yang memiliki kompleksitas O(mn). Penerapan paralel pada penjajaran sekuen dapat mempercepat proses penjajaran. Implementasi penerapan paralel pada penjajaran sekuen membutuhkan skema partisi seperti rowwise, colunmwise, dan antidiagonal. Tujuan dari penelitian ini adalah menerapkan algoritme global pairwise alignment (Needleman-Wunsch) paralel menggunakan graphic processing unit (GPU) dengan skema partisi rowwise. Hasil penelitian menunjukkan speedup dapat meningkat hingga 5.9 kali untuk sekuen DNA dengan panjang 22 000 bp.
Keyword: Institut Pertanian Bogor, Bogor Agricultural University, IPB, GPU, Needleman-wunsch, Sequence alignment, Rowwise, Scoring matrix, dinisialisasi matriks penskoran, Pengisian matriks, Traceback

Judul: Penjajaran Lokal Sekuens DNA Paralel dengan Skema Partisi Columnwise Menggunakan CUDA
Abstrak: Deoxyribo nucleic acid (DNA) merupakan asam nukleat yang menyimpan informasi genetika makhluk hidup. Sekuens DNA suatu makhluk hidup dapat memiliki similaritas dengan sekuens DNA makhluk hidup lainnya. Penjajaran sekuens adalah salah satu cara untuk melihat similaritas di antara sekuens DNA. Penjajaran sekuens untuk sekuens DNA yang panjang membutuhkan waktu yang lama. Penjajaran sekuens secara paralel dapat mempercepat proses penjajaran. Untuk mengimplementasikannya dibutuhkan skema partisi, salah satunya adalah columnwise. Penelitian ini menggunakan metode Smith-Waterman untuk melakukan penjajaran sekuens lokal dan GPU untuk melakukan penjajaran sekuens secara paralel. Pada penelitian ini dihasilkan speedup tertinggi sebesar 5.542 kali untuk sekuens DNA dengan panjang 22 000 bp menggunakan skip 1.
Keyword: columnwise, sequence alignment, Smith-Waterman

Judul: Pengaruh Persepsi Risiko, Pengetahuan Fatwa Merokok, dan Perilaku Merokok terhadap Niat Berhenti Merokok pada Remaja
Abstrak: Persentase perokok remaja semakin meningkat, namun hasil survei menunjukkan banyak perokok remaja sebenarnya ingin berhenti merokok. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis pengaruh persepsi risiko, pengetahuan fatwa merokok, dan perilaku merokok terhadap niat berhenti merokok. Desain penelitian ini adalah cross sectional study, melibatkan 100 remaja yang beragama islam, berusia 13-18 tahun, dan merokok aktif selama tiga bulan terakhir. Persepsi risiko diukur terhadap lima dimensi: fungsi, keuangan, fisik, psikologis, dan sosial. Pengetahuan fatwa merokok mengacu pada fatwa merokok dari MUI. Hasil penelitian menunjukkan bahwa persepsi risiko yang paling tinggi dirasakan contoh adalah risiko fungsi dan yang paling rendah adalah risiko sosial, hanya 32 persen contoh yang mengetahui fatwa yang ditetapkan MUI, rata-rata jumlah rokok yang dihisap adalah 6.3 batang per hari, dan 81 persen contoh adalah perokok harian ringan. Pengetahuan fatwa yang ditetapkan dan jumlah rokok yang dihisap per hari tidak berpengaruh terhadap niat berhenti merokok. Persepsi risiko sosial berpengaruh positif terhadap niat berhenti merokok.
Keyword: Niat berhenti merokok, pengetahuan fatwa merokok, perilaku merokok, persepsi risiko