Judul: Barcoding DNA Study of Diospyros spp. in Malesian Region
Abstrak: Diospyros spp. di kawasan Malesia memiliki keanekaragaman yang tinggi dan berpotensi sebagai komoditi ekonomi. Namun, banyak Diospyros spp. yang belum teridentifikasi dan kurang tepat dalam identifikasi serta penamaannya sehingga keanekaragaman tersebut perlu dikonfirmasi. Identifikasi hingga tingkat jenis pada marga Diospyros spp. sulit dilakukan karena keberadaan organ generatif (bunga dan buah) jarang ditemukan sedangkan organ generatif merupakan ciri pembeda yang biasa digunakan untuk identifikasi jenis dari marga Diospyros spp. Pendekatan DNA barcoding pada daun dapat digunakan dalam identifikasi jenis spesimen hidup Diospyros spp. di kawasan Malesia. Tujuan dari penelitian ini untuk memberikan informasi mengenai keanekaragaman Diospyros spp. di kawasan Malesia melalui pendekatan DNA barcoding dan mengungkapkan informasi filogeni Diospyros spp. di kawasan Malesia. Penelitian dilaksanakan pada bulan Mei 2020 hingga Februari 2021 di Laboratorium Molekuler Pusat Penelitian Konservasi Tumbuhan dan Kebun Raya, LIPI. Sampel Diospyros spp. diambil dari koleksi Kebun Raya Bogor. Prosedur pengamatan DNA barcoding meliputi empat tahap utama yaitu ektraksi DNA, amplifikasi, visualisasi DNA dan produk PCR, serta sekuensing. Primer barcoding yang digunakan berasal dari plastida trnL-F intergenic spacer (IGS). Data sekuen DNA barcoding dianalisis menggunakan perangkat lunak BioEdit untuk proses konstruksi konsensus sekuen. Selanjutnya dilakukan data mining melalui BLAST secara online untuk identifikasi kemiripan sekuen berdasarkan database yang terdapat di National Center for Biotechnology Information (NCBI), Multiple alignment sequences melalui multiple sequence comparison by log-expectation (MUSCLE) dan konstruksi pohon filogenetik dengan metode Maksimum Parsimoni (MP) dan algoritma Tree-Bisection-Regrafting (TBR) yang dilakukan menggunakan perangkat lunak MEGA X dengan pairwise deletion option dan bootstrap 1000x. Konstruksi pohon filogenetik menggunakan 20 aksesi Diospyros spp yang disekuensing, 40 aksesi sekuen Diospyros spp. hasil BLAST dan empat outgroup berasal dari database NCBI. Keanekaragaman Diospyros spp. di kawasan Malesia telah diungkapkan terhadap 20 aksesi yang mewakili 18 jenis Diospyros. melalui pendekatan DNA barcoding dengan menggunakan primer trnL-F IGS. Sepuluh jenis Diospyros merupakan informasi sekuen baru yang dipublikasikan di Kawasan Malesia. Berdasarkan lokasi asal aksesi, Diospyros paling banyak ditemukan di Pulau Jawa (6 aksesi) dan Sulawesi (5 aksesi), sedangkan yang paling sedikit ditemukan di Pulau Sumatra dan Filipina, masing-masing satu aksesi. Validasi pada 20 aksesi Diospyros dengan data sekuen pada GenBank menunjukkan adanya hubungan kekerabatan dengan 44 jenis Diospyros lainnya di dunia. Rata-rata frekuensi nukleotida pada sekuen trnL-F IGS dalam Diospyros spp. adalah 34,7 % (T), 21,0 % (C), 29,2 % (A), dan 15,0 % (G). Analisis filogenetik menggunakan metode maksimum parsimoni dan 1000 ulangan bootstrap pada 68 DNA sekuen (64 Diospyros spp. dan empat outgroup) menghasilkan satu pohon filogeni yang kokoh dengan nilai consistensy index (CI) 0,82 dan retention index (RI) 0,89. Semua Diospyros spp. yang dianalisa membentuk satu kelompok monofiletik dan selanjutnya terbagi menjadi tujuh klada. Ketujuh klada ini memperbarui data filogenetik Diospyros di Kawasan Malesia. Hipotesis kedekatan biogeografi mendukung hasil filogenetik. Distribusi jenis dalam klada ditentukan berdasarkan kemiripan basa nukleotida dan juga dapat dikelompokkan berdasarkan sebaran dari Diospyros tersebut: Kawasan Malesia (klada I dan V), Kawasan Malesia-Kaledonia (klada III dan IV), Kosmopolit hampir di semua bioregion (klada II, VI dan VII).
Keyword: eboni, filogeni, Malesia

Judul: Long-read Sequences Analysis on Bisbul (Diospyros blancoi A.DC.), Sawo Duren (Chrysophyllum cainito L.) and Gandaria (Bouea macrophylla Griff.)
Abstrak: Tingginya laju deforestasi hutan di Indonesia berpengaruh pada penurunan keanekaragaman hayati dan ketersediaan sumber daya genetik. Bisbul (Diospyros blancoi), Sawo Duren (Chrysophyllum cainito) dan Gandaria (Bouea macrophylla) merupakan tiga jenis tanaman buah yang memiliki potensi ekonomi yang populasinya mulai menurun di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan data genomik dari jenis D. blancoi, C. cainito dan B. macrophylla serta menganalisis hubungan kekerabatan menggunakan pohon filogenetik. Hasil sekuensing pada D. blancoi, C. cainito dan B. macrophylla didapatkan sekuens partial genome dengan ukuran panjang masing-masing secara berurutan 155.282 bp, 84.370 bp dan 54.120 bp. Ukuran sekuens D. blancoi dinyatakan cukup sebagai partial genome dan dilakukan analisis filogeni. Analisis filogeni menggunakan marka rbcL diperoleh cabang terdekat dengan D. oblonga dengan nilai bootsrap sangat lemah (34%) sedangkan filogeni dengan marka matK menunjukkan sekuens D. blancoi memiliki kekerabatan dekat dengan D. discolor dan D. philipinensis dengan nilai bootstrap pada kategori tinggi (91%)., Deforestation and forest degradation have caused biodiversity loss including the plant genetic resources. Bisbul (Diospyros blancoi), Sawo Duren (Chrysophyllum cainito), and Gandaria (Bouea macrophylla) are three species of fruit trees that have economic values where their population sizes are decreasing in Indonesia. This study aims i) to obtain genomic data of D. blancoi, C. cainito, and B. macrophylla and ii) to analyze the species relatedness using phylogenetic trees. Sequencing works resulted on partial genome with size of 155.282 bp, 84.370 bp. and 54.120 bp, from D. blancoi, C. cainito, and B. macrophylla, respectively. Sequence size of D. blancoi is sufficient only to assembled partial chloroplast genome that can be used for subsequent phylogetic analysis. Phylogenetic analysis using the rbcL marker showed that the closest branch for D. blancioi was to D. oblonga but with a very weak bootstrap value (34%). On the other hand the phylogeny using the matK marker showed that D. blancoi sequences were closely related to D. discolor and D. philippinensis with a high bootstrap value (91%).
Keyword: Bouea macrophylla, Diospyros blancoi, Chrysophyllum cainito, Sequences, matK

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: