Judul: Prediksi Struktur Sekunder Protein menggunakan Hidden Markov Model pada Imbalanced Data
Abstrak: This research aimed to predict protein secondary structure using Hidden Markov Model. A total of 780 data, will be conducted with 600 training data and 180 testing data. Training data obtained protein secondary structure 394052 with 152782 alpha-helix (H), 82355 betha-sheets (B) , and 158915 coil (C). Seen from a percentage of the result, the data retrieved is still imbalanced therefore used oversampling to increase the smallest class randomly until it equal to the largest class. The result of this research show that the Hidden Markov Model (HMM) can be applied to predict the secondary structure of proteins. The data has been oversampled produced Q3 score 45.49% for training data and 43.21% for testing data. For data that was not done oversampling produced Q3 score 43.50% for training data and 43.19% for testing data.
Keyword: Bogor Agricultural University (IPB), Viterbi, oversampling, imbalanced data, Hidden Markov Model (HMM)

Judul: Pengembangan hidden semi markov model dengan distribusi durasi state empiris untuk prediksi struktur sekunder protein
Abstrak: This research aimed to develop Hidden Semi Markov Model (HSMM) with longduration distribution of state empirically and theoretically to predict protein secondary structure. Data used in this study are subset data taken from database of secondary protein structure in DSSP program with three secondary protein structures of alpha-helix (H), betha-sheet (B), and coil (C). Accuracy of the predicted protein structure with HSMM is compared with Hidden Markov Model (HMM) standard. The results showed that the HSMM generally provides a prediction accuracy 72. 1% , 35.3% and 63,1% for H, B and C respectively. The accuracy of standard HMM is 98.4% for (B), 1% for (B) and 6.4% for (C). The use of empirical state duration distribution gives better accuracy on average compared a theoretical state duration distribution. Use of the empirical state duration distribution provides accuracy 71.2% for (H), 37.1% for (B) and 64.0% for (C). Use of theoretical state duration distribution provides accuracy 75% for (H), 30.2 % for (B) and 60.6% for (C). Less accuracy in betha-sheet prediction with HSMM was caused by high of the dispute between distribution in training data and testing data.
Keyword: 

Judul: Komunikasi Ritual dalam Pelestarian Kearifan Lokal di Desa Waesano, Kecamatan Sanonggoang, Kabupaten Manggarai Barat
Abstrak: Salah satu sebab kerusakan hutan tropis adalah hilangnya masyarakat lokal di sekitar hutan yang memiliki pengetahuan ekologi tradisional seperti pemanfaatan tanaman obat dan sumber mata air. Selain itu secara sosial ekonomi mereka bergantung dalam pemenuhan kebutuhan hidup termasuk pangan dan kesehatan. Penggundulan hutan di Indonesia cenderung meningkat dari tahu ke tahun. Deforestasi pada 1970-an mencapai 300.000 hektare meningkat menjadi 600.000 hektare (1981); dan pada 1990 mencapai satu juta hektare. Sejak 1996, laju deforestasi meningkat menjadi menjadi rata-rata dua juta hektare per tahun. Pemanfaatan tumbuhan obat dan sumber mata air merupakan kearifan lokal Warga Desa Waesano, Kecamatan Sanonggoang, Kabupaten Manggarai Barat. Kearifan lokal sebagai bentuk kebudayaan, yakni keseluruhan sistem gagasan, tindakan, dan hasil karya manusia dalam kehidupan masyarakat yang dijadikan milik diri manusia dengan belajar. Manusia menciptakan budaya sebagai suatu adaptasi terhadap lingkungan fisik dan biologis. Penelitian kualitatif di Desa Waesano ini menggunakan metode etnografi komunikasi untuk menjelaskan hubungan antarkategori dalam penelitian. Etnografi komunikasi berupaya menggambarkan cara-cara hidup manusia. Dengan demikian etnografis mengacu pada deskripsi ilmiah sosial tentang manusia dan landasan budaya kemanusiaannya, kajian tentang kehidupan dan kebudayaan suatu masyarakat atau etnik. Kearifan tradisional salah satu warisan budaya di masyarakat umumnya berisi ajaran untuk memelihara dan memanfaatkan sumber daya alam secara berkelanjutan. Oleh karena itu, kearifan lokal memerlukan proses enkulturasi, yakni proses penerusan kebudayaan kepada seseorang individu yang dimulai segera setelah dilahirkan. Sebetulnya kebudayaan itu komunikasi dan komunikasi itu kebudayaan. Enkulturasi kearifan lokal pemanfaatan tumbuhan obat melalui komunikasi ritual seperti antara ayah dan anak, mertua dan menantu, serta mbeko atau herbalis dengan pasien. Bentuk komunikasi lain yang berperan dalam proses enkulturasi berlangsung dalam kelompok pada produsen tumbuhan obat serta siswa di sekolah yang memperoleh pelajaran tumbuhan obat dari guru mata pelajaran muatan lokal Pendidikan Lingkungan Hidup dan Konservasi. Ritual taing hang empo untuk mengatasi penyakit tertentu yang tidak kunjung sembuh juga berperan dalam enkulturasi. Begitu juga enkulturasi kearifan lokal berupa pemanfaatan mata air juga melalui beragam pola komunikasi. Pertama, komunikasi interpersonal antara ayah dan anak. Kedua, komunikasi kelompok ketika berlangsung nempung cama riang puar atau nacaripu dan program laat puar. Ketiga, komunikasi ritual wau wae dan nareng wae. Dengan beragam proses komunikasi itu maka kedua kearifan lokal itu diharapkan mampu bertahan di Desa Waesano.
Keyword: enkulturasi, kearifan lokal, komunikasi ritual