Judul: Seleksi dan Evaluasi Bakteri Endofit yang Berpotensi Sebagai Agens Pengendali Penyakit Karat Daun (Hemileia vastatrix) pada Tanaman Kopi.
Abstrak: Kopi merupakan salah satu hasil komoditas perkebunan yang memiliki nilai ekonomis yang tinggi dan berperan penting sebagai penghasil devisa negara. Salah satu kendala yang menurunkan produktivitas kopi adalah penyakit karat daun yang disebabkan oleh cendawan Hemileia vastatrix. Pengendalian penyakit ini lebih banyak menggantungkan pada penggunaan fungisida kimiawi. Alternatif pengendalian yang lebih ramah lingkungan perlu dikembangkan antara lain melalui aplikasi bakteri endofit sebagai agens biokontrol. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi bakteri endofit dari tanaman kopi yang berpotensi sebagai agens biokontrol yang berpotensi menekan penyakit karat daun kopi. Sebanyak 100 isolat bakteri endofit telah berhasil diisolasi dari daun. Bakteri selanjutnya dilakukan uji reaksi hipersensitivitas pada tanaman tembakau dan diperoleh 37 isolat yang menunjukkan reaksi negatif. Selanjutnya seluruh isolat tersebut dilakukan uji hemolisis pada media agar darah dan diperoleh 24 isolat yang menunjukkan reaksi negatif, yang berarti bahwa isolat tersebut tidak berpotensi patogenik bagi tumbuhan dan mamalia. Bakteri yang terpilih dievaluasi kemampuannya dalam menghambat germinasi uredospora Hemileia vastatrix. Sembilan isolat bakteri efektif menekan germinasi uredospora pada kisaran penekanan antara 80% hingga 90%. Tiga isolat menunjukkan kemampuan menghambat germinasi uredospora lebih dari 90%, yaitu: Co25, Co28, dan Co29 yang selanjutnya digunakan pada uji in planta di perkebunan kopi di Cibulao. Hasil uji in planta menunjukkan bahwa isolat Co25 dan Co29 mampu menekan secara nyata pertumbuhan diameter bercak, ditandai dengan pengurangan diameter pada 1 HSP dan perubahan warna bercak pada 7 HSP setelah penyemprotan. Identifikasi melalu analisis sekuen nukleotida gen 16S rRNA hasil sekuensing produk PCR dengan primer 63F dan 1387R menunjukkan bahwa bakteri endofit isolat Co28 memiliki derajat kemiripan sebanyak 95% dengan Stenotrophomonas maltophilia dan isolat Co29 memiliki derajat kemiripan sebanyak 99% dengan Bacillus altitudinis.
Keyword: Bacillus altitudinis, bakteri agens hayati, germinasi spora, kopi arabika, Stenotrophomonas maltophilia

Judul: Potensi Bakteri Endofit Asal Tanaman Kopi Untuk Pengendalian Nematoda Luka Akar Pratylenchus Coffeae (Zimmermann) Filipjev & Schuurmans Stekhoven Dan Pemacu Pertumbuhan Tanaman
Abstrak: Kopi merupakan tanaman perkebunan yang memiliki potensi ekspor yang cukup tinggi. Sebelum abad 19, Indonesia merupakan negara penghasil kopi terbesar di dunia setelah Brazil, namun saat ini produksi terus menurun dan telah tergeser oleh negara lain. Salah satu faktor penyebabnya adalah serangan nematoda luka akar Pratylenchus coffeae. Penurunan produksi akibat nematoda tersebut mencapai 28.7-78.4% pada kopi Robusta dan pada kopi Arabika, tanaman hanya dapat bertahan selama dua tahun. Upaya pengendalian terhadap P. coffeae telah dilakukan di antaranya secara kultur teknis, penggunaan bahan tanam tahan, kimiawi dan pengendalian biologis. Salah satu teknik pengendalian biologi adalah dengan pemanfaatan bakteri endofit. Penelitian mengenai eksplorasi dan penggunaan bakteri endofit pada tanaman kopi sebagai agens pengendali nematoda P. coffeae belum banyak dilakukan. Penelitian bertujuan memperoleh isolat tunggal maupun konsorsium bakteri endofit asal tanaman kopi yang efektif untuk mengendalikan nematoda luka akar P. coffeae dan memacu pertumbuhan tanaman. Ruang lingkup penelitian meliputi: 1) isolasi bakteri endofit dari bagian akar, batang dan daun sehat tanaman kopi untuk memperoleh isolat tunggal dan konsorsium; 2) penapisan bakteri endofit melalui uji hipersensitif dan hemolisis; 3) pengelompokan isolat tunggal bakteri endofit menurut golongan pseudomonad fluoresen, Bacillus, Aktinomiset dan bukan ketiganya; 4) penyiapan inokulum P. coffeae; 5) uji in vitro bakteri endofit terhadap mortalitas P. coffeae dan pemacuan pertumbuhan tanaman; 6) karakterisasi bakteri endofit mencakup pengujian aktivitas hidrolisis (kitinolitik, proteolitik, dan lipolitik), produksi HCN, kemampuan pelarutan fosfat (P), penambatan nitrogen (N2); 7) uji potensi bakteri endofit dalam menekan populasi P. coffeae dan memacu pertumbuhan tanaman di rumah kaca; dan 8) identifikasi secara molekuler dengan sekuensing gen 16S rRNA terhadap 2 isolat tunggal terbaik di rumah kaca. Hasil isolasi diperoleh 264 isolat tunggal dan 27 konsorsium bakteri endofit. Hasil seleksi melalui uji hipersensitif dan hemolisis, diperoleh 78 isolat tunggal dan 9 konsorsium bakteri endofit yang tidak bersifat patogen terhadap tumbuhan dan mammalia. Pengujian in vitro menunjukkan bahwa sebanyak 77 dari 78 isolat tunggal dan 9 konsorsium dapat menekan nematoda P. coffeae dengan persentase mortalitas nematoda antara 6.7-100%, dan 16.7-65.8%. Hasil uji pemacuan pertumbuhan diperoleh sebanyak 16 isolat tunggal (19.5%) yang memacu pertumbuhan batang dan 13 isolat tunggal (16.9%) mampu memacu pertumbuhan akar. Konsorsium bakteri endofit yang dapat memacu pertumbuhan batang sebanyak 6 konsorsium (60%) dan memacu pertumbuhan akar sebanyak satu konsorsium (10%). Berdasarkan seleksi awal tersebut dipilih 23 isolat tunggal dan 4 konsorsium bakteri endofit untuk karakterisasi fisiologis. Dua puluh tiga isolat tersebut terdiri atas 9 isolat yang mampu menekan P. coffeae saja, 10 isolat memacu pertumbuhan batang dan/atau akar, dan 4 isolat dapat menekan P. coffeae serta memacu pertumbuhan tanaman. Bakteri endofit konsorsium terseleksi sebanyak 4 konsorsium, terdiri atas satu konsorsium yang mampu menekan populasi P. coffeae saja, satu konsorsium dapat memacu pertumbuhan saja, serta 2 konsorsium yang mampu menekan P. coffeae dan memacu pertumbuhan tanaman. Berdasarkan karakterisasi fisiologis, diperoleh: 1) isolat tunggal bakteri endofit C939A31 memiliki kemampuan aktivitas proteolitik, kitinolitik, lipolitik, dan fiksasi N2, serta kemampuan menekan P. coffeae 66.7%; C939A32 memiliki kemampuan aktivitas lipolitik, pelarutan P dan fiksasi N2, serta kemampuan menekan P. coffeae 100%; I308A32 memiliki kemampuan aktivitas proteolitik, lipolitik, pelarutan P dan fiksasi N2, serta kemampuan menekan P. coffeae 77.9%;
Keyword: isolat tunggal, konsorsium, karakterisasi fisiologis, mortalitas

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: