Judul: Profil Toksigenik Isolat Lokal Bacillus cereus Asal Nasi Goreng
Abstrak: Bacillus cereus merupakan bakteri Gram positif pembentuk spora yang bertanggungjawab terhadap dua jenis penyakit bawaan pangan yaitu penyakit emetik (muntah) yang disebabkan oleh toksin cereulide dan penyakit diare yang disebabkan oleh enterotoksin. B. cereus umumnya mengontaminasi makanan tinggi pati seperti nasi dan nasi goreng. Insiden keracunan pangan yang disebabkan oleh B. cereus telah terjadi di beberapa negara, termasuk diantaranya Indonesia dengan persentase sebesar 19,4% dari total kasus keracunan pangan. Terdapat 34 kejadian keracunan pangan di Indonesia yang berhubungan dengan konsumsi nasi goreng pada tahun 2012-2022 dan salah satu kasus tersebut disebabkan oleh B. cereus. Prevalensi B. cereus di Indonesia telah dilaporkan sebesar 46,67%. Namun, belum ditemukan data terkait profil toksigenik B. cereus asal nasi goreng. B. cereus diketahui memiliki toksin emetik cereulide yang disandikan oleh gen ces. Enterotoksin utama yang dihasilkan oleh B. cereus adalah Non haemolytic Enterotoxin (Nhe) dan Hemolysin BL (Hbl) yang diketahui sebagai toksin tripartit, masing-masing disandikan oleh gen nheABC dan hblACD, sedangkan Cytotoxin K (CytK) merupakan toksin tunggal yang disandikan oleh gen cytK. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi keberadaan gen toksin emetik dan enterotoksin pada isolat lokal yang diperoleh dari nasi goreng serta analisis filogenetik berdasarkan gen penyandi toksin untuk mengetahui potensinya dalam menyebabkan penyakit bawaan pangan. Penelitian ini meliputi konfirmasi 30 isolat lokal B. cereus asal nasi goreng secara biokimiawi dengan melakukan pewarnaan Gram, pewarnaan spora, uji katalase, dan uji motilitas. Deteksi gen toksin emetik ces serta gen enterotoksin nheA, hblD, dan cytK dengan metode PCR dilakukan pada 30 isolat terkonfirmasi. Hasil PCR kemudian disekuensing untuk dilakukan analisis filogenetik berdasarkan gen penyandi toksinnya. Prediksi sekuens protein dari gen ces dilakukan dengan konstruksi pohon filogeni sekuens asam amino untuk mengkonfirmasi gen ces milik isolat lokal. Konstruksi pohon filogeni berdasarkan gen penyandi toksin dan perhitungan jumlah conserved site dilakukan untuk mengetahui nilai kemiripan (similarity) sekuens DNA gen penyandi toksin isolat lokal B. cereus asal nasi goreng dengan gen toksin B. cereus referensi yang terlibat dalam KLB keracunan pangan. Uji konfirmasi secara biokimiawi menunjukkan bahwa 30 isolat lokal asal nasi goreng menunjukkan ciri-ciri B. cereus. Prevalensi gen enterotoksin nheA, hblD, cytK, dan gen ces emetik dari 30 isolat lokal B. cereus berturut-turut sebesar 100%, 90%, 96,67%, dan 16,67%. Hasil analisis BLASTX gen ces dari lima isolat lokal menunjukkan sekuens M60 peptidase dan hasil prediksi sekuens protein menunjukkan bahwa sekuens asam amino M60 peptidase mirip dengan sekuens asam amino cesA milik B. cereus dengan nilai bootstrap rendah yaitu kurang dari 75%. Oleh karena itu, diragukan bahwa isolat lokal tersebut memiliki gen ces B. cereus. Analisis sekuen gen toksin kelima isolat lokal B. cereus tersebut menunjukkan bahwa gen enterotoksin memiliki similaritas yang tinggi (91,2% - 100%) dengan galur referensi yang terlibat dalam KLB penyakit bawaan pangan. Sementara itu, gen ces hanya memiliki nilai similaritas sebesar 47,8% yang memperkuat hasil prediksi protein di atas. Berdasarkan kepemilikan gen toksin, isolat lokal B. cereus dapat dibedakan menjadi 3 profil, yaitu profil I yang memiliki seluruh gen enterotoksin nheA, hblD, cytK dengan persentase terbesar (90,0%); profil II yang memiliki gen nheA dan cytK (6,67%); dan profil III yang hanya memiliki gen nheA dengan persentase paling sedikit
Keyword: Bacillus cereus, emetic toxin, enterotoxin, fried rice

Judul: Isolation and Characterization of Bacillus cereus from Fresh Vegetables
Abstrak: Sayuran merupakan komoditas yang memiliki kandungan gizi dan kadar air tinggi sehingga rentan ditumbuhi oleh mikroorganisme, salah satunya Bacillus cereus. B. cereus dapat menyebabkan pembusukan dan penyakit bawaan pangan dan merupakan patogen penyebab penyakit bawaan pangan kedua terbesar di Indonesia. Oleh karena itu, penelitian mengenai keberadaannya dalam berbagai produk perlu dilakukan. Penelitian ini bertujuan mengetahui keberadaan, konsentrasi, dan karakteristik B. cereus dalam sayuran segar, serta mengonfirmasi isolat yang diperoleh menggunakan API 50 CHB. Penelitian dibagi menjadi isolasi, karakterisasi, serta konfirmasi isolat B. cereus yang diperoleh. Sebanyak 20 sampel sayuran diambil dan diisolasi menggunakan mannitol-egg yolk-polymyxin (MYP) agar. Koloni terduga selanjutnya dikarakterisasi dengan pewarnaan Gram, spora, uji katalase, dan dikonfirmasi dengan perangkat API 50 CHB. Isolasi menghasilkan 45 isolat terduga B. cereus dari 20 sampel, dengan konsentrasi 1,55 – 3,61 log CFU/g. Urutan sampel dari yang mengandung B. cereus paling banyak adalah kangkung, kentang, wortel dan bawang, lalu buncis. Karakterisasi dengan pewarnaan dan katalase menunjukkan 35 dari 45 isolat memiliki karakteristik morfologi serupa dengan B. cereus. Dari 20 sampel sayuran, 19 sampel mengandung isolat dengan katakteristik morfologi B. cereus sehingga prevalensinya adalah 95%. Sebanyak 4 isolat dengan karakteristik B. cereus dikonfirmasi dengan API 50 CHB dan terkonfirmasi sebagai B. cereus dengan persentase 99,70 – 99,90%, sementara itu 3 isolat yang tidak memiliki karakteristik B. cereus juga terkonfirmasi sebagai spesies selain B. cereus. Hal ini menunjukkan pewarnaan Gram, spora, dan uji katalase dapat digunakan sebagai pra-konfirmasi B. cereus dari pangan., Vegetables are commodities containing high nutrient and moisture content, so they are prone to microbial growth, such as Bacillus cereus. B. cereus in foods can cause spoilage and foodborne illnesses and was the second most pathogens to cause foodborne illnesses in Indonesia, hence research on its occurrence in various products needs to be done. This study aimed to determine the occurrence, concentration, and characteristics of B. cereus in fresh vegetables, and to confirm the isolates using API 50 CHB. The research consisted of isolation, characterization, and confirmation using a rapid test kit. Twenty samples of vegetables was collected and presumptive B. cereus was isolated using mannitol-egg yolk-polymyxin (MYP) agar. The suspected colonies were characterized by Gram, spores staining, catalase test, and confirmed using API 50 CHB.We obtained 45 suspected B. cereus isolates from all 20 samples, with concentration of 1,55 – 3,61 log CFU/g. The order of samples containing the most B. cereus was water spinach, potatoes, carrots and onions, then snap beans. Characterization concluded that 35 out of 45 suspects were having morphology resembling B. cereus. Of the 20 vegetables, 19 were confirmed to contain isolates with B. cereus morphology hence the prevalence of 95%. A total of 4 isolates with B. cereus morphology were confirmed as B. cereus 99,70 – 99,90% using API 50 CHB and 3 isolates without B. cereus morphology were confirmed as non B. cereus. The result indicates that Gram, spore staining and catalase test can be use for pre confirmation of B. cereus in foods.
Keyword: Bacillus cereus, biochemical confirmation, characterization, isolasi, isolation, karakterisasi, konfirmasi biokimiawi, sayuran, vegetables

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: