Judul: Kajian Gen-gen Pengontrol Pertumbuhan dan Perlemakan pada Ayam Kampung, Broiler Parent Stock, dan Silangannya
Abstrak: Ayam kampung merupakan sumber daya genetik ternak asli Indonesia. Ayam kampung mempunyai peranan penting dalam ketahanan pangan khususnya protein hewani asal ternak unggas. Konsumsi daging ayam kampung nasional pada tahun 2012 adalah 0.521 kg-1kapita-1tahun-1. Hal ini lebih rendah dari konsumsi ayam broiler yang mencapai 3.494 kg-1kapita-1tahun-1 (Ditjennak Keswan 2012). Hal ini karena ayam broiler merupakan ternak yang secara genetik memiliki keunggulan dalam pertumbuhan dan keempukan daging, tetapi daya adaptasi lingkungan dan ketahanan terhadap penyakit masih rendah. Perbaikan mutu genetik perlu dilakukan untuk meningkatkan pertumbuhan dan kualitas daging terutama perlemakannya. Perbaikan pertumbuhan melalui seleksi telah dilakukan dengan menggunakan beberapa gen pengontrol sifat pertumbuhan diantaranya gen growth hormon (GH), gen growth hormon reseptor (GHR), gen insuline-like growth factor-1 (IGF-1), dan gen insuline-like growth factor-1 reseptor (IGF-1R). Selain sifat pertumbuhan peningkatan mutu genetik dapat dilakukan berdasarkan sifat kualitas karkasnya terutama perlemakan. Ada beberapa gen pengontrol lemak yang memiliki peran penting seperti adipose fatty acid binding protein (A-FABP), very low density apolipoprotein (ApoVLDLII) dan stearoyl co-a desaturase (SCD). Tujuan dari penelitian ini adalah 1) mengidentifikasi keragaman gen terkait sifat pertumbuhan dan perlemakan ayam silangan Kampung-broiler, 2) mengasosiasikan keragaman gen dengan sifat pertumbuhan dan perlemakan ayam silangan Kampung-broiler, 3) menganalisis ekspresi gen ayam dengan asam lemak tinggi dan asam lemak rendah Hasil penelitian tahap I menunjukkan bahwa keragaman pada lokus IGF1|PstI bersifat monomorfik. Pada semua populasi hanya ditemukan satu genotipe (AA) dan satu alel (A). Keragam pada lokus IGF1R|AluI bersifat polimorfik pada populasi ayam kampung dan monomorfik pada populasi ayam broiler dan silangan kampung-broiler. Pada ayam broiler dan silangan kampungbroiler hanya ditemukan genotipe CC dan alel C. Pada populasi ayam kampung ditemukan dua genotipe (CC dan CT) dan dua alel (C dan T). Keragaman lokus IGFBP2|Eco72I bersifat polimorfik untuk semua populasi ayam. Pada lokus ini ditemukan tiga genotipe (CC, CT, TT) dan dua alel (C dan T). Pada lokus AFABP| TaqI, keragaman bersifat polimorfik dengan munculnya tiga genotipe (AA, AG, dan GG) dan dua alel (A dan G). Keberagaman (polimorfik) terjadi pada lokus SCD|AciI. Pada lokus ini ditemukan tiga genotipe (AA, GG dan AG) dan dua alel (A dan G). Keseimbangan Hardy-Weinberg secara umum terjadi pada semua populasi ayam. Keseimbangan ini menunjukkan adanya perkawinan acak dan tidak adanya seleksi. Hasil penelitian tahap II menunjukkan bahwa ditemukannya tiga genotipe (CC, CT dan TT) dan dua alel (C dan T) di lokus IGFBP2|Eco72I pada semua populasi ayam. Pada tahap ini diketahui bahwa keragaman gen IGFBP2 secara umum berasosiasi dengan komposisi karkas. Asosiasi signifikan terlihat pada peubah bobot potong, dada, daging dada, Pectoralis minor, dan sayap. Peubah bobot karkas, Pectoralis mayor, dan paha tidak berasosiasi dengan keragaman gen IGFBP2. Ayam kampung dengan genotipe TT memiliki nilai tertinggi pada peubah bobot potong, dada, dan sayap (P<0.05). Genotipe CC terbesar terlihat pada peubah bobot daging dada dan Pectoralis minor (P<0.05). Ayam dengan genotipe CT memiliki nilai paling rendah pada semua peubah (P<0.05). Pada tahap III, sepasang primer telah digunakan untuk mengamplifikasi 492 pb dari fragmen gen ApoVLDLII intron 1. Ada sebuah SNP G/A pada basa ke 634 berdasarkan nomor akses GenBank V00448. Pada penelitian ini genotipe AA tidak ditemukan dan hanya ada
Keyword: ayam kampung, keragaman gen, asosiasi, ekspresi gen, pertumbuhan, perlemakan

Judul: Kajian Keragaman Gen-gen Pertumbuhan dan Myostatin sebagai Penciri Karakteristik Karkas Ayam
Abstrak: Ayam asli tidak hanya berkontribusi terhadap konservasi sumber genetik unggas, tetapi juga memainkan peran penting dalam ekonomi di masyarakat. Ayam kampung merupakan ayam asli Indonesia, yang dapat ditemukan dengan mudah di daerah pedesaan. Peningkatan performa ayam kampung dapat dilakukan dengan seleksi dan persilangan, atau dengan pemanfaatan keduanya. Untuk meningkatkan performa pertumbuhan dan karkas ayam kampung, persilangan menghasilkan F2 antara kampung dan ayam ras pedaging strain Cobb dirancang dan kemudian diikuti seleksi berdasarkan gen-gen pengontrol karakteristik karkas. Gen growth hormone (GH), growth hormone receptor (GHR), ghrelin receptor (GHSR), dan myostatin (MSTN) memainkan peran penting dalam pertumbuhan dan perkembangan otot. Penelitian ini bertujuan untuk memberikan informasi keragaman genetik ayam silangan F2 kampung dan ayam ras pedaging berdasarkan gen pengontrol karakteristik karkas, yaitu GH, GHR, GHSR, dan myostatin. Penelitian ini terdiri atas dua (2) tahap: (1) Polimorfisme gen GH, GHR, GHSR, dan myostatin pada ayam kampung dan ayam pedaging, dan (2) Ekspresi dan sekuen utuh gen myostatin pada ayam bobot tinggi dan rendah. Sebanyak 215 ekor ayam terdiri atas 4 populasi ayam (kampung, ras pedaging strain Cobb, silangan F1 dan silangan F2 kampung dan ras pedaging) digunakan untuk penelitian tahap 1. Identifikasi polimorfisme dilakukan dengan teknik PCR-RFLP dengan enzim restriksi EcoRV, Eco72I, Hin6I, dan BsrI masing-masing untuk gen GH, GHR, GHSR, dan myostatin. Komponen karkas pada umur 26 minggu di kampung F2 dan ayam pedaging (42 ekor ayam) digunakan untuk analisis asosiasi. Semua gen yang dianalisis bersifat polimorfik pada semua populasi ayam. Asosiasi signifikan ditemukan antara g.565G>A polimorfisme GHR dengan bobot hidup, bobot karkas, bobot dada, bobot paha atas, bobot otot dada, dan bobot otot paha. Polimorfisme GHSR g.1857T>C berasoasasi secara signifikan dengan bobot hidup, bobot karkas, bobot dada, bobot paha atas, bobot paha bawah, bobot sayap, bobot otot dada, bobot otot paha atas, dan bobot otot paha bawah. Polimorfisme g.4842T>G myostatin berasosiasi dengan bobot hidup, bobot karkas, bobot komponen karkas, bobot otot, dan air bebas pada daging. Efek dari g.4842T>G myostatin ini juga telah dikonfirmasi pada jenis ayam yang berbeda. Dengan demikian, g.4842T>G myostatin merupakan kandidat penting untuk pertumbuhan ayam dan peningkatan massa otot. Penelitian tahap 2 adalah studi validasi untuk membuktikan peran myostatin pada karakteristik karkas. Dua kelompok ayam berdasarkan berat badan umur 12 minggu digunakan dalam penelitian ini. Kelompok ayam ini diperoleh dari populasi silangan F2 kampung dan ayam pedaging. Sekuen lengkap gen myostatin ayam dibatasi menjadi 24 sekuen parsial. Sebanyak 170 mutasi ditemukan di sepanjang gen myostatin termasuk 148 mutasi titik dan 22 indel. Di antara mutasi tersebut, 161 mutasi ditemukan sebagai mutasi novel. Mutasi spesifik ditemukan pada ayam dengan bobot badan rendah dan tinggi, diantaranya adalah 5 mutasi pada ayam dengan bobot badan tinggi dan 25 mutasi pada ayam dengan bobot badan rendah. Dua belas haplotipe ditemukan dalam sekuen coding region gen myostatin, termasuk dua haplotipe spesifik pada ayam dengan bobot badan tinggi dan lima haplotipe pada ayam dengan bobot badan rendah. Tidak ada perbedaan asam amino antara sekuen coding region gen myostatin ayam dengan bobot badan tinggi dan rendah. Ekspresi relatif digunakan untuk menghitung cycles treshold (CT) gen myostatin pada jaringan otot antara ayam dengan bobot badan tinggi dan
Keyword: gen GH, gen GHR, gen GHSR, gen myostatin, keragaman genetik, karkas ayam

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: