Judul: Analisis Kestabilan Protein 1GB1 Menggunakan Simulasi Dinamika Molekul
Abstrak: A mechanism to explain the stability of the protein is still a major problem that is not fully understood. One of the problem is understanding the high thermal stability of 1GB1 protein. The thermal stability of 1GB1 protein can be analyzed using molecular dynamics simulation technique. The aim of this research is to learn molecular dynamics and thermal stability of 1GB1 protein in the range of simulation up to 100 ns. Simulation process consists of the preparation, minimization, heating, equilibration, and production run. The initial coordinate file 1GB1 can be downloaded from Protein Data Bank. The influence of thermal that given by this simulation are 450K and 475K for 100 ns, while 500K is bounded for 2 ns. For 475K simulation, the unfolding process occured at 95 ns indicated by the dissappearance of some secondary structure. For 500K simulation, the unfolding process occured at 745 ps indicated by the dissappearance of most of the secondary structure (collapsing of α-helix and β-hairpin structure).
Keyword: unfolding, thermal stability, 1GB1 protein, molecular dynamics simulation

Judul: Pengaruh Mutasi terhadap Kestabilan Termal Protein 1GB1
Abstrak: Kestabilan termal struktur asli dan mutan dari protein G domain B1 telah dipelajari menggunakan simulasi dinamika molekuler dan simulasi perturbasi energi bebas. Protein G domain B1 telah menjadi model untuk mempelajari pelipatan dan pembukaan lipatan struktur sekunder protein dalam banyak penelitian karena strukturnya yang unik dan suhu denaturasi yang ekstrim. Berbagai penelitian dilakukan baik secara eksperimental menggunakan NMR (Nuclear Magnetic Resonance) maupun secara komputasional menggunakan simulasi dinamika molekuler dilakukan untuk menjelaskan kedua proses tersebut. Interaksi hidropobik dan interaksi non-ikatan telah disebutkan sebelumnya oleh beberapa peneliti sebagai interaksi yang menjaga kestabilan fragmen C-terminal β-hairpin dari protein G domain B1. Penelitian ini ditujukan untuk menguji residu atau interaksi yang berperan penting dalam kestabilan termal keseluruhan protein G domain B1 dengan metode mutasi titik. Struktur asli disimulasikan dengan berbagai variasi suhu akhir yaitu 400 K, 425 K, 450 K, 475 K dan 500 K. Berdasarkan hasil analisis, struktur asli protein mengalami unfolding pada suhu 500 K di 704 ps. Residu yang dimutasi dipilih berdasarkan perubahan beberapa parameter analisis. Kemudian setelah residu yang dimutasi ditentukan (K4, E27, K28, A23, A24, D40, E56, E15, dan K10) dipilih residu calon pengganti. Proses seleksi residu yang menggantikan residu di struktur asli dilakukan dengan menghitung perubahan energi bebas solvasi. Penggantian sederhana dari residu bermuatan positif di β-sheet (K4S) menurunkan kestabilan (unfolding pada 452 ps), namun ketika penggantian residu bermuatan negatif di α-helix (E27G) meningkatkan kestabilan (unfolding pada 846 ps). Mutan yang menarik lainnya adalah penggantian K4A yang menghancurkan α-helix dan semua β-sheet menjadi coil dan turn. Hasil ini membuktikan bahwa interaksi non-ikatan memiliki peran utama dalam kestabilan termal protein 1GB1 dan struktur β-sheet merupakan struktur yang penting (mutasi pada struktur tersebut akan mengganggu struktur lain juga).
Keyword: Protein 1GB1, Kestabilan termal, Mutasi titik, Simulasi dinamika molekuler, Perubahan energi bebas solvasi

Judul: Revisi marga Ptychopyxis miquel (Euphorbiaceae) di kawasan Malesia
Abstrak: Ptychopyxis adalah salah satu marga dari 317 marga yang termasuk ke dalam suku Euphorbiaceae. pertama kali dipublikasikan oleh Miquel (1860). Marga ini Marga ini pernah dimasukkan kedalam marga lain, yaitu Podadenia, Mallotus dan Clarorivinia. Fakta tersebut menunjukkan bahwa batasan marga Ptychopyxis belum cukup mantap. Persebaran marga ini menurut Van Welzen (1993) jumpai di Thailand, Indochina dan kawasan Malesia, di seluruhnya ada 23 jenis dan 10 jenis diantaranya terdapat di kawasan Malesia. Marga ini umum berperawakan pohon dan berumah dua, tumbuh di hutan hujan dataran rendah sampai pada ketinggian 1500 m dpl. Penelitian taksonomi yang komprehensif tentang marga ini telah dilakukan oleh Airy Shaw pada tahun 1960; sejak saat itu belum ada penelitian taksonomi yang lebih kompre- hensif, khususnya untuk kawasan Malesia. Kini dengan bertambahnya jumlah spesimen koleksi baru, maka tepatlah kiranya dilakukan revisi marga. Tujuan penelitian ini adalah untuk memberikan batasan marga serta jenis-jenisnya yang termasuk dalam Ptychopyxis selain itu diteliti pula hubungan kekerabatan antar jenis dan keterangan-keterangan..dst
Keyword: Herbarium Bogoriense, Podadenia, Mallotus, Clarorivinia