Judul: Deteksi dan Keragaman Molekuler Virus Newcastle Disease yang Bersirkulasi di Beberapa Wilayah Aceh
Abstrak: Newcastle Disease (ND) adalah penyakit menular yang sangat merugikan bagi industri peternakan unggas. Penyakit ND masih endemik di Indonesia termasuk Aceh. Diagnosis ND di Aceh umumnya masih berdasarkan gejala klinik, patologik maupun secara serologik. Kajian virologik yang dilakukan pada penelitian terdahulu membuktikan tingginya prevalensi infeksi virus ND pada ayam kampung di Aceh sedangkan kajian infeksi ND pada unggas lain masih belum dilakukan. Tujuan penelitian ini adalah 1) melihat keragaman isolat virus, 2) mendeteksi dan mengisolasi virus pada ayam buras dan unggas air, 3) mengidentifikasi dan mengkarakterisasi virus secara serologi dan molekuler. Pengambilan sampel dilakukan di penampungan maupun pasar unggas yang tersebar di 12 kecamatan dalam wilayah Kabupaten Aceh Besar dan Kota Banda Aceh. Sampel usap orofaring dan kloaka dikoleksi dari 35 ekor bebek dan 106 ekor ayam peternakan (broiler, layer dan ayam Arab). Real-time Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (rRT-PCR) dengan target gen matrix dari virus ND digunakan untuk uji skrining terhadap sampel pool yang terdiri dari 5-6 sampel. Sampel-sampel individu yang terpilih berdasarkan jenis unggas, sampel dan lokasi di inokulasi pada telur ayam embrio (SPF) untuk isolasi virus. Keanekaragaman genetik isolat-isolat virus ND di uji dengan menggunakan real-time dan konvensional gel-elektroforesis RT-PCR terhadap gen fusion; 69 isolat VND asal ayam kampung yang diperoleh dari hasil penelitian terdahulu dalam waktu dan area studi yang sama juga dikutsertakan dalam analisis ini. Infeksi virus ND dideteksi pada 15 (54%) pool sampel usap orofaring dan 21 usap kloaka sebanyak 15 pool (54%) dan swab kloaka sebanyak 21 pool (75%). Hasil inokulasi masing-masing sampel individu dari pool positif menghasilkan 15 isolat VND. Sebelas dari 15 isolat tersebut digolongkan sebagai virus virulen dan empat virus avirulent berdasarkan identifikasi dengan rRT-PCR gen fusion. Seekor bebek yang nampak sehat mampu mekskresikan virus ND virulen melalui orofaring dan kloaka, sementara sebagian besar ayam umumnya mengeluarkan virus virulen melalui orofaring. RT-PCR konvensional dengan target gen fusion berhasil mengamplifikasi ke 15 isolat tersebut. Penentuan patotipe menggunakan rRT-PCR terhadap 69 isolat VND ayam kampung menggolongkan 57 isolat sebagai VND virulen dan 12 isolat avirulent. VND. Enam isolat dari masing-masing patotipe VND tersebut tidak bisa dideteksi oleh RT-PCR konvensional. Hal ini menunjukkan adanya keragaman genetik dari VND yang bersirkulasi pada ayam kampung. Penelitian ini secara umum mengkonfirmasi adanya infeksi VND pada bebek dan beberapa ayam ras di beberapa wilayah Aceh dan infeksinya bisa bersifat subklinik. Metode RT-PCR konvensional maupun realtime dapat digunakan untuk tujuan deteksi dan identifikasi virus ND; tetapi, adanya keragaman genom VND bisa mengakibatkan perlunya pengembangan uji diagnostik berbasis PCR yang lain. Virus ND yang bersirkulasi pada ayam kampung pada umumnya lebih beragam secara genetik dari pada virus ND yang diisolasi dari jenis unggas lain. Penelitian lebih lanjut diperlukan untuk membuktikan keanekaragaman VND yang bersirkulasi di Aceh.
Keyword: Newcastle disease, RT-PCR, rRT-PCR, virulensi, keragaman antigenik.

Judul: Deteksi Molekuler dan Keragaman Virus Newcastle Disease pada Ayam Kampung di Wilayah Aceh
Abstrak: Newcastle Disease (ND) merupakan penyakit unggas yang sangat menular dan penting dalam industri peternakan. Kejadian penyakit bersifat akut sampai kronis dan menyerang berbagai jenis unggas terutama ayam, baik ayam ras maupun ayam buras. Distribusi ND terjadi di seluruh dunia dan menyebabkan kerugian ekonomi yang cukup tinggi akibat depopulasi unggas sakit dan biaya penanggulangan penyakit. Di Aceh, Newcastle Disease merupakan penyakit endemik dan terjadi setiap tahun. Perjalanan penyakit sangat cepat dan meluas dari satu daerah ke daerah lain akibat sistem pemeliharaan yang dilakukan dengan diumbar dan sistem pemasaran melalui pengepul yang membeli dan menjual unggas kepada masyarakat. Sistem pemeliharaan dan pemasaran ini akan meningkatkan kontak baik langsung maupun tidak langsung antara unggas dengan VND dan memperluas sirkulasi virus. Meskipun upaya vaksinasi dan pengawasan lalu lintas unggas telah dilakukan, namun kasus ND masih dilaporkan terjadi. Hal tersebut kemungkinan disebabkan oleh ketidaksesuaian antara galur virus vaksin dengan galur virus yang bersirkulasi di lapangan. Secara umum penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi keberadaan virus, menentukan rute ekskresi, isolasi virus dan mengkaji keragaman isolat virus. Sampel penelitian berupa usapan kloaka dan orofaring dari 177 ekor ayam kampung yang diambil dari unggas pekarangan dan pasar unggas di 10 kecamatan dalam wilayah Kabupaten Aceh Besar dan Kota Banda Aceh. Penapisan virus dilakukan pada sampel pool dengan real-time reverse-transcriptation polymerase chain reaction (rRT-PCR) dengan target gen matriks. Inokulasi 309 sampel representasi 157 ayam asal pool positif matriks pada telur ayam berembrio spesifik pathogen free (SPF) menghasilkan 69 isolat yang berasal dari 51 ekor ayam. Sebagian besar (45.09%) ayam mengeluarkan virus melalui orofaring, 25.39% melalui kloaka dan orofaring, serta 19,61% melalui kloaka. Karakterisasi keragaman isolat dilakukan dengan uji HI menggunakan serum Komarov dan Hitchner B1, rRT-PCR gen fusi dan uji Elusi. Adanya keragaman epitop permukaan virus ditunjukkan dengan titer HI yang bervariasi antar isolat, perbedaan mencapai 4 log dengan serum Komarov, dan 3 log dengan B1. Sebagian besar isolat mempunyai afinitas yang lebih tinggi terhadap serum Komarov yang mengindikasikan kecenderungan kepada galur virulen. Penentuan patogenisitas menggunakan rRT-PCR menunjukkan 73.95% isolat termasuk ke dalam galur virulen, sementara dari uji elusi menunjukkan 72.46% isolat termasuk galur velogenik, 20.29% mesogenik dan 6.25% dari galur lentogenik.
Keyword: Newcastle Disease, rRT-PCR, virulensi, keragaman antigenik

Judul: Penggunaan Teorema Homeomorphy 2-Manifold dan Teorema Euler Poincare pada Torus 𝑇�� dan Simplicial Complex 𝐾��
Abstrak: Two dimensional topological spaces are said to be homeomorphic if they have the same topological invariant, where one of topological invariant used is an Euler characteristic. Homeomorphy 2-Manifold’s Theorem and Euler Poincare’s Theorem are used to distinguish two topological spaces. Homeomorphy 2-Manifold’s Theorem uses Euler characteristic to identify two dimensional topological spaces. Euler Poincare’s Theorem is an alternative way to find Euler characteristic with Betti number, which is topological invariant as well. The objective of this paper is to investigate the homeomorphism of torus 𝑇����� and simplicial complex 𝐾�����. Topological space torus and simplicial complex 𝐾����� have the same Euler characteristic, which is two. Based on Homeomorphy 2-Manifold’s Theorem topological space torus 𝑇����� and simplicial complex 𝐾����� is homeomorphic.
Keyword: simplicial, torus, Euler, homeomorphism, topology