Judul: Karakterisasi Begomovirus Penyebab Penyakit Daun Keriting pada Mentimun (Cucumis sativus L.)
Abstrak: Mentimun (Cucumis sativus L.) merupakan salah satu sayuran utama yang dibudidayakan oleh petani di Indonesia. Produktivitas mentimun sangat dipengaruhi oleh budidaya yang kurang intensif dan efisien, serta adanya gangguan hama dan penyakit. Salah satu kendala produksi adalah penyakit yang disebabkan oleh infeksi Begomovirus penyebab penyakit daun keriting. Penyakit daun keriting yang disebabkan oleh Begomovirus pada beberapa jenis pertanaman di Indonesia dilaporkan menyebabkan kehilangan hasil sehingga menimbulkan kerugian yang cukup besar. Pertanaman tembakau di Jawa Timur dilaporkan mengalami kerusakan hingga 30% karena infeksi Tobacco leaf curl begomovirus pada tahun 1984. Sejak awal tahun 2000 pertanaman cabai di daerah Jawa Barat dan Jawa Tengah dilaporkan terinfeksi Begomovirus dan sampai sekarang penyakit kuning yang disebabkan oleh Pepper yellow leaf curl begomovirus belum dapat dikendalikan. Tomato yellow leaf curl begomovirus yang menyebabkan epidemi penyakit daun keriting juga menjadi kendala utama dalam meningkatkan produksi tanaman tomat di Jawa Barat dan Jawa Tengah. Akhir-akhir ini penyakit daun keriting yang disebabkan oleh Begomovirus ditemukan pada tanaman mentimun di Kabupaten Klaten, Jawa Tengah. Penyakit yang sama dilaporkan di Thailand sejak tahun 1996, dan virus penyebab penyakit tersebut memiliki kemiripan sikuen nukleotida yang tinggi dengan isolat Tomato leaf curl New Delhi begomovirus (TLCV-New Delhi). Infeksi Begomovirus pada tanaman Cucurbitaceae telah lama menjadi masalah di beberapa negara, diantaranya Squash leaf curl begomovirus menyebabkan penyakit daun keriting pada labu (Cucurbita maxima) dan Watermelon curly mottle begomovirus menyebabkan penyakit daun menguning dan kerdil pada melon (C. melo) di Amerika Serikat. Identifikasi dan karakterisasi Begomovirus penyebab penyakit daun keriting mentimun di Jawa belum dilakukan secara khusus. Begomovirus hanya dapat ditularkan melalui serangga vektor kutukebul (Bemisia tabaci) dan serangga ini dapat mengolonisasi berbagai spesies tanaman. Hal tersebut sangat berbahaya karena akan mendukung terjadinya ledakan penyakit daun keriting. Oleh karena itu, perlu dilakukan penelitian untuk mengetahui sifat-sifat Begomovirus agar dapat menyusun rekomendasi strategi pengendalian penyakit yang tepat untuk mencegah kerugian oleh infeksi Begomovirus. Penelitian dilakukan dengan tujuan untuk mendeteksi virus-virus yang menginfeksi tanaman mentimun, mengidentifikasi Begomovirus yang menginfeksi mentimun, mempelajari efisiensi penularan Begomovirus melalui serangga vektor B. tabaci dan mengetahui beberapa jenis tanaman inang dari Begomovirus yang menginfeksi mentimun. Penelitian meliputi empat kegiatan pokok yaitu pengumpulan sampel tanaman mentimun dan deteksi beberapa virus pada sampel daun mentimun dari lapangan, identifikasi Begomovirus dengan metode molekular, pengujian efisiensi penularan Begomovirus melalui kutukebul, dan pengujian kisaran inang. Pengamatan gejala dan pengambilan sampel tanaman yang terinfeksi Begomovirus dilakukan di daerah Jawa Barat (Bogor, Subang), Jawa Tengah (Tegal, Sukoharjo), dan Daerah Istimewa Yogyakarta (Sleman). Daun mentimun yang dikumpulkan sebagai sampel adalah daun yang menunjukkan gejala daun keriting, mosaik, melepuh, dan menguning. Gejala yang umum terlihat pada pertanaman mentimun meliputi gejala mosaik kuning cerah, mengeriting, melepuh, penebalan tulang daun, dan reduksi ukuran daun. Infeksi Begomovirus, SqMV, ZyMV, dan CMV berhasil dideteksi pada hampir semua sampel daun, namun infeksi TRSV dan WMV tidak terdeteksi pada semua sampel. Infeksi oleh lebih dari satu jenis virus ditemukan pada beberapa sampel daun dari beberapa lokasi. Sampel asal Bogor dan Sleman (Kalasan dan Ngemplak) yang terinfeksi oleh 4 virus (Begomovirus, SqMV, ZyMV, dan CMV) secara bersamaan menunjukkan gejala yang lebih parah dibandingkan sampel lainnya yaitu berupa daun keriting,
Keyword: Analisis keragaman genetik, efisiensi penularan, Geminivirus, kisaran inang, serangga vektor

Judul: Identifikasi dan Variasi Sekuen Nukleotida Begomovirus Penyebab Penyakit Mosaik Kuning pada Beberapa Tanaman
Abstrak: Begomovirus is one of genera in the family Geminiviridae that has been reported globally to cause significant yield losses on crops production. Its infection causess typical symptoms, such as curling, yellow mosaic, and yellowing on the leaf. In Indonesia, yellow mosaic diseases associated with various Begomoviruses have been reported on chili pepper, yard long bean, cucumber and eggplant. Therefore, the aims of this study are (i) to detect Begomoviruses infecting chili pepper, yard long bean, cucumber, and eggplant and (ii) to analyze their genetic variation to determine the dynamics of Begomovirus development in Indonesia in the last ten years. Leaf samples were collected from infected plants (chili pepper, yard long bean, cucumber, and eggplant) in Bogor (West Java) and Brebes (Central Java). In addition, Begomovirus nucleic acid from the collection of Plant Virology Laboratory were used as comparison. These samples were isolated ten years ago from Bogor (West Java) and Magelang, Klaten, and Brebes (Central Java). Begomovirus detection was carried out by polymerase chain reaction (PCR) method using a universal primer pair (SPG1/SPG2) followed by nucleotide sequence analysis. DNA samples were successfully amplified from both field and laboratory samples. Three Begomovirus species were identified, i.e., Pepper yellow leaf curl Indonesia virus (PYLCIV) on chili pepper, Mungbean yellow mosaic India virus (MYMIV) on yard long bean and Tomato leaf curl New Delhi virus (ToLCNDV) on cucumber and eggplant. Phylogenetic tree analysis showed that all samples from the field and laboratory were grouped in one cluster. However, nucleotide base differences were found in each Begomovirus species. This finding indicates a change in the nucleotide sequence of the virus over a period of time., Begomovirus adalah salah satu genera dalam famili Geminiviridae yang telah dilaporkan secara global dapat menyebabkan kehilangan hasil yang nyata pada produksi tanaman. Gejala infeksi Begomovirus umumnya menimbulkan gejala khas, seperti keriting, mosaik kuning, dan daun menguning. Di Indonesia, penyakit mosaik kuning yang diasosiasikan dengan berbagai Begomovirus telah dilaporkan terjadi pada tanaman cabai, kacang panjang, mentimun, dan terung. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk (i) mendeteksi Begomovirus yang menginfeksi tanaman cabai, kacang panjang, mentimun, dan terung, dan (ii) menganalisis variasi genetiknya untuk mengetahui dinamika perkembangan Begomovirus di Indonesia dalam sepuluh tahun terakhir. Sampel daun dikumpulkan dari tanaman yang terinfeksi (cabai, kacang panjang, mentimun, dan terung) di Bogor (Jawa Barat) dan Brebes (Jawa Tengah). Selain itu, sampel asam nukleat Begomovirus dari koleksi Laboratorium Virologi Tumbuhan digunakan sebagai pembanding. Sampel tersebut diisolasi sepuluh tahun yang lalu dari tanaman cabai, kacang panjang, mentimun, dan terung dari beberapa lokasi. Deteksi Begomovirus dilakukan dengan metode polymerase chain reaction (PCR) menggunakan pasangan primer universal (SPG1/SPG2) yang dilanjutkan dengan analisis sekuen nukleotida. Sampel DNA berhasil diamplifikasi dari sampel lapangan dan laboratorium. Tiga spesies Begomovirus berhasil diidentifikasi, yaitu Pepper yellow leaf curl Indonesia virus (PYLCIV) pada cabai, Mungbean yellow mosaic India virus (MYMIV) pada kacang panjang, dan Tomato leaf curl New Delhi virus (ToLCNDV) pada mentimun dan terung. Analisis pohon filogenetik menunjukkan bahwa semua sampel dari lapangan dan laboratorium mengelompok dalam satu klaster. Namun, perbedaan basa nukleotida ditemukan pada setiap spesies Begomovirus. Temuan ini mengindikasikan adanya perubahan sikuen nukleotida
Keyword: Geminiviridae, genetic diversity, PCR, phylogenetic analysis, universal  primer

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: