Judul: White Teak (Gmelina arborea Roxb.) Phenolic Compound Analysis as an Inhibitor for Papain-Like Protease SARS-CoV-2 In Silico
Abstrak: Pandemi COVID-19 adalah sebuah krisis global yang terjadi di seluruh dunia. Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) yang menjadi penyebab COVID-19 diketahui menyandikan Papain-Like Protease (PLpro), sebuah enzim esensial untuk memproses poliprotein virus. Jati putih (Gmelina arborea Roxb.) adalah sebuah tanaman dari famili Verbenaceae. Kulit kayu jati putih diharapkan berpotensi dalam menghambat PLpro SARS-CoV-2. Penelitian ini bertujuan menganalisis interaksi dan mekanisme penghambatan senyawa fenolik kulit kayu jati putih terhadap PLpro SARS-CoV-2 dengan melakukan docking pada YASARA dan visualisasi menggunakan PyMol dan Discovery studio. Parameter yang digunakan berupa energi bebas Gibbs (ΔG), konstanta disosiasi (KD), dan ikatan yang terbentuk antara kompleks reseptor-ligan. Ligan dengan potensi terbaik adalah balanophonin dan gmelinol dikarenakan ikatan yang terbentuk serta nilai energi ΔG yang dimiliki yaitu sebesar -6.999 Kkal/mol dan -6.243 Kkal/mol., The COVID-19 pandemic is a global crisis happening all over the world. Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2), which causes COVID-19, encodes Papain-Like Protease (PLpro), an enzyme essential for processing viral polyproteins. White teak (Gmelina arborea Roxb.) is a plant from the Verbenaceae family. White teak bark is expected to have the potential to inhibit PLpro SARS-CoV-2. This study aimed to analyze the interaction and the inhibition mechanism of phenolic compounds from white teak bark against PLpro SARS-CoV-2 by molecular docking using YASARA and visualization using PyMol and Discovery studio. The parameters used are Gibbs free energy (ΔG), dissociation constant (KD), and the bond formed between the receptor-ligand complex. The best potential ligands are balanophonin and gmelinol based on the bonds formed and the ΔG energies, which are -6.999 Kcal/mol dan -6.243 Kcal/mol.
Keyword: COVID-19, Jati Putih, Papain-Like Protease, Penambatan Molekular

Judul: Analisis In Silico Senyawa Aktif Kulit Kayu Gmelina (Gmelina arborea) Terhadap Penghambatan 3C-like Protease SARS-CoV-2 EPI_ISL_467376
Abstrak: SARS-CoV-2 merupakan virus yang saat ini menyebar ke seluruh dunia, salah satunya yaitu Indonesia. Virus SARS-CoV-2 dapat menyebabkan penyakit COVID-19 dengan berbagai gejala dan dapat menyebabkan kematian. Replikasi virus ini disebabkan adanya aktivitas protein 3C-like Protease. Potensi penghambatan 3C-like Protease oleh senyawa aktif pada kulit kayu gmelina dapat dianalisis secara in silico untuk melihat interaksi senyawa dengan reseptor. Penelitian ini bertujuan mempelajari interaksi antara senyawa aktif kulit kayu gmelina (Gmelina arborea) dalam menghambat reseptor 3C-like Protease SARS-CoV-2 EPI_ISL_467376 melalui uji in silico dengan parameter energi bebas Gibbs (ΔG), konstanta inhibisi, ikatan hidrogen, dan interaksi hidrofobik. Potensi terbaik terlihat pada Balanophonin dengan ΔG -6.6 kkal/mol dan Ki -14.43 μM. Ikatan hidrogen yang dihasilkan sebanyak satu dan interaksi hidrofobik yang dihasilkan sebanyak 15. Berdasarkan parameter tersebut, kulit kayu gmelina berpotensi dalam menghambat 3C-like Protease SARS-CoV-2 EPI_ISL_467376. Kata kunci: Molecular docking, SARS-CoV-2, senyawa aktif, 3C-like Protease, SARS-CoV-2 was a virus that spread all over the world nowadays, one of them was Indonesia. The SARS-CoV-2 virus was able to cause COVID-19 disease with various symptoms and was able to cause death. The replication of this virus was due to protein of 3C-like Protease activity. Inhibition potential of 3C-like Protease by active compounds on gmelina’s bark can be analyzed in silico to see compounds interaction with the receptor. This research aimed to study the interaction between active compounds of gmelina’s bark (Gmelina arborea) in inhibiting the receptor of SARS-CoV-2 3C-like Protease from Indonesia with the parameter of Gibbs free energy (ΔG), inhibition constant, hydrogen bond, and hydrophobic interaction. Best potential was seen on Balanophonin with ΔG -6.6 kcal/mol and Ki -14.43 μM. Based on that parameter, gmelina’s bark had the potential in inhibiting SARS-CoV-2 3C-like Protease from Indonesia. Keywords: Active compounds, molecular docking, SARS-CoV-2, 3C-like Protease
Keyword: Active compounds, Molecular docking, SARS-CoV-2, 3C-like Protease

Judul: Solusi Geometri Schwarzschild untuk Dimensi 4+1 dengan Invarian Rotasi Isotropik.
Abstrak: Metrik Schwarzschild merupakan solusi eksak pertama dari persamaan medan Einstein dengan mangasumsikan metrik statik dan simetris. Metrik Schwarzschild yang ditemukan oleh Karl Schwarzschild masih dalam dimensi 3+1, namun seiring dengan teori-teori terbaru yang menunjukkan bahwa alam semesta tidak hanya di dimensi 3+1. Maka melalui penambahan dimensi, tujuan penelitian ini memperoleh solusi pada geometri Schwarzschild untuk dimensi 4+1 dengan memodifikasi koordinat bola yang invarian rotasi isotropik dan melalui penurunan rumus seperti koordinat bola, simbol Christoffel, dan tensor Ricci. Selain mendapatkan solusi ini, metrik Schwarzschild dimensi 4+1 dapat digunakan sebagai metrik dasar untuk memperoleh solusi blackhole dan wormhole pada dimensi 4+1. Hasil akhirnya, dengan memanfaatkan modifikasi koordinat bola, metrik Schwarzschild dapat dibentuk sehingga diperoleh solusi geometri Schwarzschild untuk dimensi 4+1.
Keyword: metrik Schwarzschild, persamaan medan Einstein, modifikasi koordinat bola, penambahan dimensi, invarian rotasi isotropik