Judul: Identifikasi Enzim Dengan Aktivitas Karbon-Sulfur Liase Pada Bifidobacterium Longum
Abstrak: Bifidobakteria merupakan bakteri anaerob Gram positif yang hidup dalam usus besar manusia sejak bayi. Pertumbuhan bakteri ini terbukti mendukung kesehatan manusia. Informasi mengenai interaksi bifidobakteria dengan usus besar manusia masih terbatas terutama mengenai metabolisme asam amino yang mengandung sulfur sebagai bagian terpenting dari bakteri usus. Rendahnya efisiensi transformasi dan lambatnya pertumbuhan bakteri inilah yang menyebabkan perkembangan informasi metabolismenya terhambat. Bifidobacterium longum 105-A memiliki efisiensi transformasi tertinggi dibandingkan bifidobakteria lainnya, sekitar 104 sampai 106 transforman untuk setiap μg DNA. B. longum 105-A juga memiliki pertumbuhan yang cukup cepat, OD600nm 1 setelah 12 jam. Kunci dari metabolisme asam amino sulfur adalah jalur transsulfurasi, dengan enzim karbon-sulfur (C-S) liase yang berperan untuk menentukan arah jalur ini, sehingga analisa terhadap C-S liase dilakukan. Target enzim C-S liase dipilih dengan metode BLAST. BL105A_1451 dan BL105A_1761 terpilih sebagai target. Pengambilan gen target dilakukan dengan metode PCR menggunakan primer spesifik. Gen target disisipkan kedalam pET- 15b dan ditransformasikan kedalam E. coli DH5α sebagai vektor kloning dan E. coli BL21 sebagai vektor ekspresi. Transformasi dan ekspresi kedua protein pada E. coli berhasil dilakukan yang dibuktikan pada elektroforesis gel agarose dan gel poliakrilamid sodium dodecyl sulfat (SDS-PAGE). Aktivitas C-S liase yang terukur dengan metode 5,5-dithio-bis-(2- nitrobenzoic acid) (DTNB) pada substrat sistationin, menunjukkan hanya ekstrak bebas sel dari E. coli BL21/pET-15b/BL105A_1451 yang beraktivitas sebagai C-S liase. Aktivitas enzim ini sangat tinggi, melebihi aktivitas ekstrak bebas sel E. coli BL21/pET-15b dan E. coli BL21/pET-15b/BL105A_1761. Aktivitas enzim yang tinggi juga ditunjukkan pada substrat L-sistin. Hasil ini menunjukkan BL105A_1451 yang mengekspresikan putative aminotransferase mengenali gugus L-sisteina pada substrat sistationin dan L-sistin, sehingga enzim ini juga dapat bekerja sebagai sisteina desulfidrase. Enzim putative aminotransferase bekerja sebagai sistationin β-liase pada substrat sistationin, sehingga kemungkinan terekspresi pada kodisi L-sisteina sebagai sumber sulfur tunggal. Untuk membuktikan ekspresi C-S liase, dilakukan kultivasi pada B. longum 105-A di bifidobacterial minimal media (BMM) tanpa L-sisteina dan BMM dengan L-sisteina. Hasilnya menunjukkan B. longum 105-A tidak mampu tumbuh tanpa Lsisteina, namun tumbuh baik dengan L-sisteina sebagai sumber sulfurnya. Ekstrak bebas sel dari B. longum 105-A yang ditumbuhkan pada media BMM dengan Lsisteina menunjukkan aktivitas C-S liase terhadap sistationin. Hal ini membuktikan kesamaan aktivitas antara ekstrak bebas sel E. coli BL21/pET-15b/BL105A_1451 dengan B. longum 105-A. Hasil-hasil ini membuktikan bahwa C-S liase diekspresikan dalam kondisi L-sisteina sebagai sumber sulfur pada B. longum 105- A
Keyword: B. longum 105-A, jalur transsulfurasi, aktivitas C-S liase.

Judul: Penapisan, Identifikasi, Uji Potensi Agens Hayati Bakteri Penghasil Ahl-Laktonase Dan Ekspresinya Pada Escherichia Coli
Abstrak: AHL-laktonase merupakan enzim pendegradasi N-acyl homoserine lactone (AHL) dalam quorum sensing (QS). Degradasi AHL dapat mengacaukan komunikasi antar sel bakteri patogen tumbuhan. Mekanisme ini disebut sebagai quorum quenching (QQ). Mekanisme QQ dapat mencegah ekspresi faktor virulensi bakteri patogen yang diekspresikan seperti enzim, toksin, dan eksopolisakarida. AHL-laktonase dihasilkan oleh bakteri tertentu, namun di Indonesia informasi tentang bakteri ini dan potensinya sebagai agens hayati belum banyak dilaporkan. Sehingga penelitian ini bertujuan untuk menapis, mengidentifikasi, mengkloning dan mengekspresikan gen aiiA penyandi AHL-laktonase pada Escherichia coli BL21 (DE3), serta menguji potensi agens hayati bakteri penghasil AHL-laktonase sebagai anti-QS terhadap Chromobacterium violaceum dan Dickeya dadantii. Penapisan bakteri penghasil AHL-laktonase dilakukan dengan uji anti-QS, antibiosis, dan deteksi gen aiiA dengan PCR menggunakan primer spesifik. Identifikasi bakteri dilakukan dengan perunutan DNA gen 16S rRNA. Gen aiiA dikloning pada plasmid pTZ57R/T dengan metode TA-kloning dan dirunut sekuen nukleotidanya. Sekuen yang diperoleh dianalisis tingkat homologinya terhadap gen aiiA yang ada di GenBank. Gen aiiA disubkloning ke dalam vektor ekspresi pET-28a pada situs enzim restriksi BamHI dan SalI, kemudian diekspresikan pada E. coli BL21 (DE3). Protein hasil ekspresi dianalisis dengan sodium dedocyl sulphate-polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE). Bobot protein diperkirakan dengan perangkat lunak ExPaSy. Uji potensi agens hayati bakteri penghasil AHL-laktonase dan E. coli BL21 (DE3) rekombinan gen aiiA dilakukan terhadap bakteri penyebab penyakit busuk lunak D. dadantii. Hasil penapisan diperoleh 21 dari 31 isolat bersifat anti-QS terhadap C. violaceum, namun dua isolat bersifat antibiosis yakni isolat B13 dan EKK10. Isolat yang bersifat anti-QS dan tidak bersifat antibiosis selanjutnya dideteksi dengan primer spesifik gen aiiA penyandi AHL-laktonase. Hasil deteksi gen aiiA diperoleh 4 dari 19 isolat tersebut memiliki gen aiiA. Keempat isolat bakteri tersebut yaitu B37, GG3, GG6, dan BT2. Keempat isolat tersebut mampu menekan virulensi D. dadantii dengan ditandai adanya penghambatan busuk lunak pada anggrek dan kentang secara signifikan. Penghambatan tertinggi ditunjukkan oleh isolat GG6 pada anggrek dengan tingkat hambatan relatif sebesar 55.2% dan isolat BT2 pada kentang dengan tingkat hambatan relatif sebesar 36.7%. Hasil perunutan DNA keempat isolat menunjukkan gen aiiA berukuran 753 pb. Analisis sekuen nukleotida gen aiiA dan asam amino AiiA menunjukkan bahwa isolat B37 (aiiAB37/AiiAB37), GG3 (aiiAGG3/AiiAGG3), GG6 (aiiAGG6/AiiAGG6), dan BT2 (aiiABT2/AiiABT2) memiliki homologi yang tinggi dengan sekuen gen aiiA dan AiiA yang telah terdeposit pada GenBank, serta memiliki bagian asam amino terkonservasi yaitu 103SHLHFDH109 dan 166TPGHSPGH173 yang merupakan ciri kelompok enzim metallo-beta-lactamase. Struktur protein asam amino AiiA keempat isolat mempunyai kemiripan dengan struktur protein tersier AHL-hidrolase. Bobot molekul protein keempat AiiA berkisar 28.096-28.25 kDa. Analisis protein dengan SDS-PAGE menunjukkan gen aiiA yang diekspresikan berukuran sekitar 32 kDa, yang terdiri dari fusi protein berukuran 3.8 kDa dari plasmid pET-28a dan 28 kDa dari AiiA, namun ekspresi proteinnya perlu dioptimasi lebih lanjut. Gen aiiA yang diekspresikan pada E. coli BL21 (DE3) dengan IPTG 0.75 mM dan suhu inkubasi 37 oC terekspresi pada fraksi insoluble (pelet sel) dan tidak terekspresi pada supernatan. E. coli BL21 (DE3) rekombinan aiiA mampu menghambat QS yang lebih tinggi terhadap C. violaceum dengan diameter hambat mencapai 34 mm dan mampu menekan virulensi D. dadantii pada kentang dengan tingkat hambatan relatif yang lebih tinggi yakni mencapai
Keyword: Bacillus, busuk lunak, gen aiiA, quorum quenching, quorum sensing

Judul: Approximation of the Median of Poisson Distribution Using the Relation of Poisson-Gamma Distribution
Abstrak: A major drawback of median is that median cannot usually be defined in closed form, even in the cases where their distribution functions are known. This study gives an approximation of the closed form for the median of the Poisson distribution by using the relation of Poisson-Gamma distribution. The approximation uses elementary techniques based on the monotonicity of certain sequences involving tail probabilities of the Poisson distribution and the Central Limit Theorem. Furthermore, a closed form expression for the mean absolute deviation 􀜧|􀜰􀰒 􀵆 􀜯􀝁􀝀􁈺􀜰􀰒􁈻| is also studied. The median is relevant because of the fact that it minimizes the mean absolute deviation of a Poisson random variable (􀜰􀰒􁈻 by considering median as central tendency.
Keyword: