Judul: Pengembangan Metode Multipleks real-time PCR untuk Deteksi Escherichia coli Patogenik pada Es Batu
Abstrak: Escherichia coli (E. coli) patogenik diketahui sebagai bakteri penyebab sakit yang dapat menimbulkan infeksi, termasuk infeksi saluran kemih, diare, dan penyakit-penyakit lainnya. Empat patotipe E. coli dikenal sebagai bakteri penyebab diare (diarrheagenic E. coli/DEC) yang berasosiasi dengan pangan (foodborne illness), yaitu enterotoksigenik E. coli (ETEC) yang mengandung virulensi toksin labil dan stabil (lt dan st), enteropatogenik E. coli (EPEC) dengan virulensi intimin (eae), enterohemoragik E. coli (EHEC) yang mengandung toksin shiga (stx1 dan stx2), dan enteroinvasif E. coli (EIEC) yang mengandung plasmid invasi (inv). Salah satu metode yang telah secara luas dan sering digunakan sebagai metode diagnostik E. coli adalah polymerase chain reaction (PCR). Proses identifikasi lebih dari satu jenis bakteri dengan teknik PCR perlu dikembangkan. Pengembangan teknik PCR tersebut adalah dengan menerapkan metode multipleks PCR. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan metode multipleks rt-PCR dengan menggunakan SYBR Green sebagai label fluoresen untuk mendeteksi 4 patotipe E. coli, yaitu ETEC, EPEC, EHEC, dan EIEC pada es batu. Penelitian dilakukan melalui empat tahap, yaitu tahap persiapan, tahap ekstraksi DNA, tahap pengujian primer, dan tahap aplikasi metode multipleks rt- PCR. Ekstraksi DNA dilakukan dengan metode kombinasi chelex100-microwave. Pengujian primer dilakukan pada empat konsentrasi berbeda, yaitu 0.125, 0.250, 0.375, dan 0.500 μM. Masing-masing konsentrasi diujikan secara simpleks rt- PCR pada setiap target gen. Hasil konsentrasi terbaik selanjutnya dipilih untuk analisis secara multipleks rt-PCR. Selanjutnya spesifisitas dan sensitivitas metode multipleks rt-PCR ditentukan. Kemurnian DNA hasil ekstraksi menunjukkan nilai yang baik, yaitu antara 1.80-1.94. Konsentrasi primer optimum untuk aplikasi metode multipleks adalah 0.25 uM untuk primer lt, dan 0.125 uM untuk primer st, eae, stx1, stx2, dan inv dengan suhu annealing hasil optimasi sebesar 55 oC. Dua set pengujian multipleks rt-PCR memungkinkan proses deteksi E. coli patogenik. Pembagian set multipleks dilakukan berdasarkan selisih nilai suhu pelelehan diatas 2 oC. Set multipleks rt- PCR pertama terdiri dari target gen lt-st-eae (78.5-75.0-81.6 oC) untuk deteksi E. coli jenis ETEC dan EPEC. Set multipleks kedua terdiri dari target gen stx1-stx2- inv (79.8-82.7-77.1 oC) untuk deteksi E. coli jenis EHEC dan EIEC dengan nilai sensitivitas sebesar 0.1 ng DNA E. coli untuk setiap target gen.
Keyword: E. coli patogenik, chelex100-microwave, multipleks rt-PCR, spesifisitas dan sensitivitas

Judul: Identifikasi dan Estimasi Peluang Infeksi Bakteri Escherichia coli Patogen dari Minuman Es di Bogor
Abstrak: Penyakit diare masih menjadi masalah global dengan derajat kesakitan dan kematian yang tinggi di berbagai negara terutama di negara berkembang, terutama Indonesia. Survei yang dilakukan oleh Departemen Kesehatan pada tahun 2000 menyatakan incidence rate (IR) penyakit diare adalah 301/ 1000 penduduk, tahun 2003 naik menjadi 374 /1000 penduduk, tahun 2006 naik menjadi 423 /1000 penduduk dan tahun 2010 menjadi 411/1000 penduduk (Depkes 2012).Infeksi karena strain Escherichia coli (E. coli) patogen merupakan penyebab paling umum penyakit diare di negara berkembang. Sumber pangan penyebab keracunan antara lain adalah pangan jajanan dan pangan jasa boga. Sebanyak empat dari enam jenis bakteri E. coli patogen, yaitu ETEC, EPEC, EHEC, dan EIEC diketahui merupakan bakteri penyebab penyakit yang berasosiasi dengan pangan (foodborne illness). Tujuan penelitian ini adalah menghitung prevalensi; konsentrasi; dan peluang infeksi akibat mengonsumsi minuman es yang tercemar bakteri E. coli patogen ETEC, EPEC, EHEC dan EIEC. Penelitian ini dilakukan dalam tiga tahap, yaitu pengambilan sampel, identifikasi bahaya dan perhitungan peluang infeksi. Sebanyak 85 sampel minuman es diambil pada penjual yang memiliki beberapa titik kritis dalam pengolahannya dan berpotensi tercemar bakteri E. coli patogen di wilayah kota Bogor. Identifikasi bahaya bakteri E. coli patogen pada minuman es berupa penghitungan prevalensi dan konsentrasi E. coli patogen dilakukan dengan metode rt-PCR. Pre-treatment ekstraksi DNA dilakukan dengan penambahan propidium monoazide (PMA) pada sampel minuman es agar hanya viable cells yang teramplifikasi oleh rt-PCR. Estimasi peluang infeksi yang ditimbulkan dari konsumsi minuman es yang tercemar oleh ETEC dilakukan dengan bantuan software @RISK menggunakan simulasi Monte-Carlo dan model dosis respon beta-poisson. Bakteri E. coli patogen yang terdeteksi pada sampel minuman es adalah dari jenis bakteri ETEC dengan faktor virulensi LT. Nilai prevalensi yang diperoleh sebesar 8.24% dan jumlah bakteri ETEC pada sampel es cendol, es berperisa, es campur, es kelapa dan es jeruk sebesar 3.1 – 19.9 sel/mL, sedangkan bila dihitung per porsi maka jumlah sel sebesar 1.0×103 – 1.1×104 sel/porsi. Jumlah paparan ETEC pada minuman es di Bogor maksimal sebesar 2.4×103 sel/hari, jumlah ini masih lebih kecil dari dosis infektif ETEC (108 sel). Estimasi peluang infeksi berdasarkan porsi minuman es adalah 0.00045 atau 1 kasus per 2 222 sajian, sedangkan peluang infeksi minuman es berdasarkan jumlah paparan sebesar 0.00012 atau 1 kasus per 8 333 sajian. Data pada penelitian ini dapat digunakan sebagai acuan dalam melakukan karakterisasi risiko.
Keyword: E. coli patogen, identifikasi bahaya, minuman es, peluang infeksi, rt-PCR

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: