Judul: Characterization and Expression of Tomato infectious chlorosis virus Coat Protein Gene in Escherichia coli
Abstrak: Tomato infectious chlorosis virus (TICV) is a member of Crinivirus genus. TICV infects tomato crop in Garut and Cipanas, West Java Indonesia. Tomato initially showed bright interveinal yellowing symptoms. The coat protein gene (CP-TICV) was amplified by RT-PCR from total RNA extracted from infected tomato leaves and the amplified fragment was cloned and completely sequenced. The fragment was subsequently subcloned into the pET-21b expression vector. The recombinant plasmid was transformed to Escherichia coli strain BL21(DE3)pLysS to express the coat protein. The coat protein fused to a 6xhistag, was purified by affinity chromatography using a NiNTA spin column. The identity of the purified protein was confirmed by SDS-PAGE. In this experiment, 792 bp of CP-TICV gene of TICV virus has been successfully cloned, sequenced, and expressed in E. coli. Based on nucleotide sequences alignment analysis, TICV-Indonesia strain showed 100% identity to TICV –Spain strain and 99% identity to North America, France, and California strains and based on amino acid sequences alignment analysis, TICV-Indonesia strain showed 100% identity to TICV –Spain, North America, France strains and 99.2% identity to California strain. CP-TICV showed over expressed in E. coli when it is induced with 1 mM IPTG and incubated at 37oC. Purified CP-TICV-Histag recombinants protein sized 29 kDa based on SDSPAGE analysis.
Keyword: 

Judul: Uji Serologi Tomato infectious chlorosis virus (TICV) pada Tanaman Tomat
Abstrak: Penyebaran Tomato infectious chlorosis virus (TICV) yang terbatas pada jaringan floem ini menyebabkan TICV sangat sukar dipurifikasi untuk mendapatkan virus murni dalam jumlah yang memadai sebagai antigen. Mungkin karena alasan ini maka belum ada antiserum komersial yang tersedia untuk mendeteksi TICV sehingga sampai saat ini deteksi TICV dilakukan hanya melalui reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR). Kemajuan teknologi di bidang biologi molekuler telah menyediakan metode untuk mengekspresikan suatu gen tertentu, dengan menyisipkannya dalam vektor ekspresi (plasmid) pada Escherichia coli. Antiserum poliklonal disiapkan untuk selubung protein (coat protein) (TICV) yang diekspresikan dalam Eschericia coli yang dievaluasi berdasarkan reaksinya terhadap keberadaan partikel virus dalam jaringan tanaman tomat. Evaluasi berdasarkan kekhususan reaksi antiserum dan tingkat titer antiserum dengan menggunakan 3 macam uji serologi yang berbeda, yaitu agarose gel precipitation test (AGPT), dot blot immunobinding assay (DIBA), dan indirect enzyme-linked immunosorbent assay (I-ELISA). Antiserum memberikan sinyal positif yang jelas pada semua uji serologi yang menggunakan cairan perasan tanaman tomat yang terinfeksi TICV, tetapi tidak ada sinyal positif yang terdapat dalam uji reaksi antiserum dan cairan perasan tanaman tomat sehat. Hal ini yang menunjukkan kekhususan dari antiserum tersebut. Antiserum yang digunakan mempunyai titer yang cukup memadai yaitu 1/4 pada AGPT, 1/200 pada DIBA, dan 1/500 pada I-ELISA sehingga potensial digunakan sebagai alat deteksi TICV.
Keyword: 

Judul: Modifikasi Metode Runge-Kutta Orde 4 pada Persamaan Pendulum
Abstrak: Sistem persamaan diferensial pada pendulum sederhana merupakan sistem persamaan diferensial tak linear. Dalam tulisan ini, penulis menggunakan metode numerik untuk menyelesaikan persamaan tersebut. Metode numerik yang digunakan adalah metode Runge-Kutta orde 4 (RK4) serta modifikasinya dengan memanfaatkan fungsi energi pada persamaan pendulum sederhana. Selanjutnya, hasil perhitungan numerik tersebut dibandingkan dengan hasil pendekatan analitik (dengan linearisasi) dan hasil yang diperoleh menggunakan Mathematica 11. Hasil penelitian menunjukkan bahwa, galat relatif antara pendekatan analitik dan pendekatan numerik modifikasi metode Runge-Kutta orde 4 (RK4 modif) lebih baik dibandingkan dengan pendekatan numerik metode RK4 klasik untuk simpangan yang kecil. Selanjutnya, ketika hasil pendekatan numerik dari RK4 modif dan RK4 klasik dibandingkan dengan hasil numerik dari Mathematica 11, dapat dilihat bahwa galat relatif dari metode RK4 modif lebih baik daripada galat relatif metode RK4 klasik.
Keyword: pendulum sederhana, persamaan diferensial, metode Runge- Kutta