Judul: Analisis Keragaman Geminivirus Berdasarkan Restriction Fragment Length Plymorphism
Abstrak: Geminivirus merupakan salah satu kelompok patogen utama yang menyerang tanaman budidaya dan menimbulkan kerusakan terutama di daerah tropik dan · subtropik. Anggota geminivirus cukup ban.yak dan mereka dikelompokkan berdasarkan struktur genom, tanaman inang, dan serangga vektomya. Penelitian ini bertujuan mempelajari keragaman . dan hubungan kekerabatan beberapa isolat geminivirus yang menginfeksi tanaman tom.at, cabai, tembakau, dan babadotan berdasarkan pola fragmen DNA hasil restriction fragment length polymorphism (RFLP). Isolat geminivirus yang digu.nakan untuk analisis keragaman geminivirus adalah isolat tomat-Darmaga dan babadotan-Darmaga yang berasal dari tanaman yang terinfeksi di lapangan, isolat cabai-Segunuug, dfill tembakau-Jember yang berasal dari klon DNA. Isolat-isolat yang berasal dari lapangan tersebut diekstraksi dengan menggunakan bufer Dellaporta. PCR dilakukan dengan menggunakan sepasang primer universal PAV 1978 dan PAC 715. Metode RFLP dilakukan dengan menggunakan empat macam enzim restriksi endonuklease, yaitu BamHI, EcoRI, Hindi.II, dan Pstl. Untuk. mengamati keragaman yang lebih tinggi disertakan rujukan isolat geminiviruS cabai•Segunung yang dikoleksi tahun 2001. Hasil tersebut digunakan untuk analisis hubungan kekerabatan dengan program NTSYSpc. Uji PCR dengan primer universal berhasil mengamplifikasi semua isolat geminivirus yang diuji clan ukuran fragmen yang dihasilkan melalui PCR adalah 1,6-1,65 kb. Pola fragmen DNA hasil RFLP menunjukkan bahwa virus isolat tomat-Darmaga, virus isolat cabai-Segunwig, dan virus isolat ternbakau-Jember merupakan isolat yang berbeda, setfangkan hasil RFLP untuk isolat babadotanDarmaga tidak dapat tervisualisasi dengan baik. Dua isolat geminivirus cabai yang berasal dari Segunung merupakan dua isolat yang berbeda karena memiliki pola sidikjari DNA yang berbeda. Dendogram hasil analisis dengan NTSYSpc menunjukkan keragaman geminivirus yang cukup tinggi di Indonesia. Hal tersebut ditunjukkan dengan koefisien kesamaan yang berkisar 30%-86%.
Keyword: 

Judul: Deteksi dan identifikasi virus gemini pada tanaman tomat
Abstrak: Virus gemini merupakan salah satu patogen yang menyebabkan penyakit pada tanaman hortikultural di antaranya pada tanaman tomat. Anggota virus gemini dikelompokkan menjadi tiga subkelompok berdasarkan struktur genom, serangga vektor dan tanaman inang. Penelitian mengenai virus gemini asal tanaman tomat di Indonesia belum banyak dilaporkan oleh karena itu penelitian ini dilakukan dengan tujuan: (1) mengumpulkan sampel tanaman tomat yang diduga terinfeksi virus gemini, (2) mencoba teknik polymerase chain reaction (PCR) untuk mendeteksi keberadaan virus gemini, (3) mencoba teknik restriction fragment length polymorphism (RFLP) untuk melakukan analisis keragaman sampel, dan (4) menguji kisaran inang. Penelitian ini dilaksanakan sejak bulan November 1999 sampai dengan bulan Desember 2000 di Laboratorium Virologi Tumbuhan dan Rumah Kaca, Jurusan Hama dan Penyakit Tumbuhan, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: