Judul: Tinjauan Status Taksonomi Mangifera kemanga Blume di Indonesia
Abstrak: Mangifera kemanga Blume merupakan salah satu jenis buah tropika kerabat mangga dari suku Anacardiaceae yang mulai langka di Indonesia. Secara taksonomi, status jenis M. kemanga masih perlu untuk ditinjau. Sejak M. kemanga pertama kali dipublikasi sebagai jenis dari suku Anacardiaceae, kedudukannya sebagai jenis diperselisihkan. Beberapa peneliti menetapkan M. kemanga sebagai varietas dari Mangifera caesia Jack berdasarkan data ciri morfologi. Penentuan status taksonomi hanya berdasarkan ciri morfologi tersebut menyebabkan status taksonomi M. kemanga masih diperdebatkan. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan meninjau status taksonomi M. kemanga dan hubungannya dengan M. caesia menggunakan pendekatan morfologi dan molekuler. Penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi mengenai status taksonomi yang tepat dari M. kemanga berdasarkan pendekatan karakter morfologi dan penanda molekuler. Selain itu, data penelitian ini diharapkan dapat digunakan untuk keperluan penelitian lebih lanjut terutama dalam mengembangkan pemanfaatan plasma nutfah M. kemanga dan M. caesia. Aksesi M. kemanga dan M. caesia yang diamati dikoleksi dari Pulau Sumatra (Riau, Jambi, Sumatra Selatan, dan Kepulauan Bangka Belitung), Jawa (Bogor), Kalimantan (Kalimantan Timur dan Kalimantan Selatan), dan Bali (Tabanan). Koleksi sampel dilakukan dengan metode jelajah. Dua macam sampel dikoleksi di lapangan, yaitu sampel untuk pengamatan ciri morfologi dan sampel berupa daun segar untuk analisis molekuler. Pengamatan ciri morfologi merujuk pada deskriptor mangga. Prosedur analisis molekuler meliputi empat tahap, yaitu isolasi DNA, amplifikasi, visualisasi DNA dan produk PCR, serta sekuensing. Isolasi DNA dilakukan berdasarkan protokol Geneaid Genomic DNA Mini Kit (Plant) pada 17 aksesi M. kemanga dan 10 aksesi M. caesia. Langkah-langkah isolasi DNA terdiri atas tahap disosiasi jaringan, lisis sel, pengikatan DNA, pencucian dan elusi DNA. DNA sampel diamplifikasi menggunakan sekuen cpDNA trnL-trnF intergenic spacer. Data ciri morfologi ditransformasi ke dalam bentuk data biner dan disusun membentuk matriks data. Skoring data morfologi merujuk pada deskriptor mangga. Matriks data digunakan untuk menghitung koefisien keserupaan simple matching (SM). Koefisien keserupaan SM digunakan untuk mengonstruksi dendrogram menggunakan analisis Sequential Agglomerative Hierarchial and Nested Clustering (SAHN) dengan metode Unweighted Pair Group Method with Arithmatic Average (UPGMA) pada program NTSys-PC versi 2.1.1a. Data morfologi dan sekuen DNA dianalisis hubungan kekerabatannya dengan cara disejajarkan dan dilakukan konstruksi pohon filogenetik berdasarkan metode Maximum Parsimony (MP) dan Neighbor-Joining (NJ) pada program PAUP versi 4.0a169 dan MEGA 11 versi 11.0.8. Pada pensejajaran sekuen, beberapa sekuen dari database GenBank National Center for Biotechnology Information (NCBI) dimasukkan sebagai grup dalam (ingroup) dan grup luar (outgroup). Analisis keragaman genetik menggunakan program DnaSP 6 versi 6.12.03. Pengelompokan aksesi M. kemanga dan M. caesia menggunakan analisis fenetik dan filogenetik menghasilkan pengelompokan yang tidak kongruen. Analisis fenetik berdasarkan ciri morfologi mengelompokkan aksesi M. kemanga berdasarkan asal wilayah geografis dan memisahkannya dari kelompok aksesi M. caesia. Berdasarkan analisis fenetik, seluruh aksesi membentuk dua kelompok (A dan B) dengan koefisien kemiripan 33–77%. Aksesi M. kemanga yang berasal dari Pulau Sumatra (Riau dan Aceh) dan Jawa (Bogor) termasuk ke dalam kelompok A. Sementara itu, aksesi M. caesia yang berasal dari Pulau Kalimantan (Kalimantan Selatan) dan Sumatra (Sumatra Selatan) menempati kelompok B. Hasil analisis filogeni Neighbor-Joining (NJ) juga menunjukkan pengelompokan yang serupa. Sementara itu, analisis filogenetik Maximum Parsimony (MP) berdasarkan ciri morfologi terhadap aksesi M. kemanga dan M. caesia
Keyword: Filogenetik, Mangifera caesia, molekuler, morfologi, trnL-trnF intergenic spacer

Judul: Analisis Keragaman Genetik Kemangi (Ocimum × Africanum Lour.) Berdasarkan Marka Morfologi Dan Inter-Simple Sequence Repeats.
Abstrak: Ocimum × africanum Lour. dikenal sebagai kemangi, merupakan salah satu tanaman indigenous Indonesia yang dimanfaatkan sebagai bumbu masakan dan sayuran. Hingga saat ini spesies tersebut belum dikomersialkan karena masih jauh dari nilai ekonomi yang tinggi, dan budi dayanya masih berada dalam skala rumah tangga. Penelitian untuk mendapatkan informasi keragaman genetik spesies ini dilakukan untuk menghasilkan sejumlah ciri terpilih yang dapat digunakan untuk perbaikan potensi. Keragaman genetik O. × africanum Lour. telah dideskripsi dengan melakukan karakterisasi morfologi dan molekuler. Sampel tanaman yang digunakan berasal dari beberapa lokasi di Indonesia meliputi 33 aksesi O. × africanum Lour. dan 3 aksesi O. basilicum L. sebagai tanaman pembanding. Setiap aksesi dikarakterisasi menggunakan marka morfologi dengan panduan deskriptor UPOV (International Union For the Protection of New Varietas of Plant) dan marka ISSR (Inter-Simple Sequence Repeats) dengan 13 primer. Keserupaan fenetik dianalisis dengan SIMQUAL (Similarity of Qualitative Data) melalui koefisien SM (Simple Matching) menggunakan metode UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmatic Average) pada program NTSYS (Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System) versi 2.11a, analisis komponen utama menggunakan MINITAB release 16, dan struktur genetik di analisis menggunakan GenAlex (Genetic Analysis in Exel). Ocimum × africanum Lour. dan O. basilicum L. bervariasi pada beberapa ciri yaitu tinggi tanaman, pigmen antosianin pada cabang lateral muda dan perbungaan, panjang tangkai daun, ukuran daun, warna daun, bentuk daun, gelombang pada tepi daun, panjang perbungaan, dan waktu berbunga. Dendrogram hasil analisis gugus pada koefisien keserupaan antara 0.39-0.97 secara tegas berhasil memisahkan aksesi O. × africanum Lour. dari spesies pembanding. Pada koefisien keserupaan 0.52 seluruh aksesi membentuk 3 kelompok besar yang terdiri dari 4 sub kelompok. Dua kelompok di antaranya merupakan kelompok dari aksesi O. × africanum Lour. yang dibentuk oleh ciri pigmen antosianin pada cabang lateral muda dan ciri gelombang pada tepi daun. Analisis marka ISSR dengan menggunakan 13 primer berhasil mengamplifikasi 111 pita DNA, dan 108 pita DNA di antaranya bersifat polimorfik. Analisis keserupaan berdasarkan ciri molekuler menghasilkan koefisien keserupaan berkisar antara 0.66-0.97 tetapi tidak memisahkan O. × africanum Lour. dari O. basilicum L. secara tegas. Primer PKBT 10 mampu menghasilkan sebanyak 11 pita polimorfik, sedangkan primer yang menghasilkan pola pita polimorfik paling sedikit adalah primer PKBT 4 dan PKBT 9, masing-masing membentuk 6 pita. Banyaknya jumlah pita DNA hasil amplifikasi tidak berkorelasi dengan tingginya nilai polimorfisme. Marka morfologi dan ISSR tidak mampu menjelaskan pengelompokan aksesi berdasarkan daerah asal sampel. Pengelompokan tersebut dipengaruhi oleh keragaman ciri aksesi di dalam spesies dan didukung oleh hasil analisis komponen utama. Berdasarkan analisis struktur genetik, populasi O. × africanum Lour. menunjukkan bahwa populasi dengan keragaman genetik tertinggi (PLP = 53.91, I= 0.29) adalah populasi Tempuran.
Keyword: Fenetik, Keserupaan, Molekuler, Struktur genetik, Variabilitas

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: