Judul: Sifat-sifat Cl botulinum dan efekasi bahan pengawet untuk menghambatnya
Abstrak: Toksin Cl.botulinum menyebabkan penyakit neuroparalisis pada manusia dan hewan. Bakteri ini memiliki delapan tipe yaitu tipe A, B, subtipe Ca, subtipe Cb, D, E, F dan G. Pada manusia sering disebabkan tipe A, B, E dan F sedangkan tipe C dan D pada burung liar dan ruminansia. Subtipe Ca menyebabkan botulism pada bebek liar, burung kuau dan subtipe Ch pada mink, sapi. Tetapi tipe G belum dikenal sifat-sifat biokimianya. Sifat-sifat fisik Cl.botulinum antara lain bentuk batang dengan membulat pada ujungnya, flagella 4-8 buah, gram positip. Tumbuh baik pada suhu 25-35°C. Bakteri ini dapat membentuk spora dan terletak sentral atau subterminal dan sangat tahan panas. Ketahanan pada panas ini bervariasi, tipe A dan B jauh lebih tahan terhadap panas dibanding tipe E. ...
Keyword: 

Judul: Ekspresi dan Aplikasi Clp-protease Lactobacillus plantarum IIA-1A5 pada Produk Hasil Ternak
Abstrak: Lactobacillus plantarum IIA-1A5 adalah bakteri asam laktat (BAL) yang diisolasi dari daging sapi Indonesia, Peranakan Ongol, yang memiliki aktivitas antibakteri terhadap Gram positif dan negatif serta bersifat probiotik. Sekuens dari genom bakteri ini tidak hanya mengungkapkan keberadaan gen-gen kunci untuk probiotiknya, tetapi juga gen-gen pengkode enzim hidrolitik yang berpotensi untuk berbagai aplikasi. Salah satu gen tersebut adalah protease kaseinolitik (Clp) yang termasuk dalam kelompok protease serin dan memainkan peran penting dalam homeostasis protein seluler dari strain ini. Penelitian ini bertujuan untuk mengekspresikan gen Clp secara heterologus dan mengaplikasikan aktivitas proteolitiknya pada produk ternak. Untuk tujuan pertama, sistem ekspresi gen Clp dibuat dengan menggunakan gen yang telah dioptimalkan terlebih dahulu secara in silico. Optimasi ini bertujuan untuk meningkatkan kompatabilitas gen tersebut dalam proses ekspresi di dalam sel inang Escherichia coli. Optimasi tersebut menghasilkan peningkatan indeks adaptasi kodon (CAI) dan kandungan GC menjadi 0.94 dan 53.62%, yang cukup sesuai untuk ekspresi dalam sistem E. coli. Optimasi hanya dilakukan pada level DNA, tanpa merubah sekuens asam amino protein tersebut. Gen yang telah dioptimasi kemudian disintesis secara kimia, dimasukkan ke dalam vektor pET28a (+) antara situs Nde1-BamH1 dan ditransformasikan ke dalam E. coli BL21 (DE3) Codon Plus. Gen ini berhasil diekspresikan di sitoplasma sel (larut) dengan induksi 1 mM Isopropil β-D-1-thiogalactopyranoside (IPTG) pada suhu 37 oC. Fraksi terlarut ini kemudian digunakan dalam kajian aplikasi sesuai dengan tujuan kedua penelitian ini. Uji aktivitas menunjukkan bahwa Clp dari L. plantarum IIA-1A5 (Clp-IIA) aktif terhadap kasein susu. Zona bening yang dihasilkan protein tersebut menunjukkan peningkatan hingga hari ke-2 selama proses inkubasi di suhu 37 oC. Aktivitas spesifik protein tersebut adalah 7739.89 AU mg-1, yang secara nyata lebih besar dibandingkan dengan chymotrypsin. Sementara itu, aktivitas proteolitik protein ini tidak terdeteksi ketika diaplikasikan pada protein sarkoplasmik dan miofibrilar dari daging. Hal ini menunjukkan bahwa Clp-IIA lebih cocok untuk aplikasi pada protein susu dibandingkan dengan protein daging. Hal ini mungkin berkaitan dengan struktur Clp-IIA yang lebih sesuai untuk protein susu. Untuk mengkonfirmasi hal tersebut, struktur Clp-IIA telah dibangun dengan menggunakan SWISS-MODEL berdasarkan pemodelan homologi struktural protein. Secara umum, struktur Clp-IIA menunjukkan bahwa protein ini membentuk struktur homotetradecameric (14-mer) dengan setiap monomer terdiri dari 7 α-helix dan 10 β-sheet. Identifikasi sisi aktif menunjukkan bahwa sisi aktif Clp-IIA adalah Ser-97, His-122 dan Asp-171 yang menunjukkan bahwa protein ini memang tergolong dalam serin protease dengan tiga sisi aktif (catalytic triad). Sisi aktif tersebut terletak di Ser-97, His-122 dan Asp-171 serta membentuk kantung pengikatan substrat (substrate binding cavity) dengan ukuran sekitar 29.5 Ǻ. Geometri sisi aktif menunjukan bahwa protein ini tidak bisa menampung protein dengan ukuran yang besar (fibril) sehingga menyebabkan aktivitasnya terhadap protein daging tidak terdeteksi. Selain itu, kantung pengikatan substrat juga secara kimia didominasi oleh asam amino bermuatan negatif yang kemungkinan tidak cocok untuk protein-protein dari daging. Secara keseluruhan, pendekatan kami ini dapat dijadikan dasar untuk produksi Clp dari L. plantarum IIA-1A5 dalam produksi skala besar untuk berbagai aplikasi di produk susu dan turunannya. Akan tetapi, penelitian dasar pada protein ini masih harus dilakukan untuk bisa diaplikasikan secara optimal.
Keyword: Clp-protease, ekspresi heterologus, gen sintetis, Lactobacillus plantarum IIA-1A5, pemodelan homologi struktural

Judul: Hubungan antara perdagangan terbuka dan pengembangan sector keuangan di negara-negara Asia Timur dan Asia Selatan
Abstrak: Trading activities play an important role in expanding economic growth. The government can either isolate trading or open trading to other countries. It is possible for a country to be open to trade without financial development. Trade openness and financial development are linked; one part cannot be sustained without the other part. There is a debate regarding the link between these two sectors are stronger in middle income countries or high-income countries. Some studies believe the relationship between these two sectors seem stronger in developed countries while some in developing countries. The link between these two sectors are still inconclusive, thus this research regarding this issue need to be taken in East Asian and South Asian countries. In this study, we analyse data set from 12 countries over the period of 2000 to 2016. The data for financial development is collected by Beck, Demirgüç-Kunt, Čihák, Feyen, and Levine (2018) in Financial Structure Database. Three bankbased financial development measurements are used: liquid liabilities (llgdp), bank assets (dbagdp) and private credit (pcrdbofgdp). Liquid liabilities are defined by the sum of demand and currency and interest-bearing liabilities of financial institutions, divided by GDP. It is usually used as an indicator for financial depth. Bank assets are the value of claims on domestic real nonfinancial sector by deposit money banks as GDP share. Private credit is equal to the value of credits by banks and non-banks to private sector divided by GDP. The data for trade openness is collected from World Development Indicator, published by World Bank (2019). As an indicator in trade openness, trade share is used, in which the logarithm of sum of imports and exports divide GDP (lto). In order to strengthen the results, this research also used controls variables between financial development and trade openness. This study estimates the long- and short-run relationships between trade openness and financial development in East Asian and South Asian countries over the period 2000-2016. Comparing a pooled mean group (PMG) estimator and a mean group (MG) estimator. The regressions are separated based on income levels and regions. The results emphasize that a pooled error correction term predicts that there is a long run relationship between trade openness and financial development. However, only bank assets are insignificant in any regressions. In the short run, mostly financial development indicators are insignificant on trade openness in highand- middle income countries. In addition, robustness test outlines the relationship between trade openness and financial development are insignificant in the long run and short run. It means that the relationship between trade and finance are influenced by omitted variables.
Keyword: trade openness, financial development