Judul: Deteksi dan identifikasi spesies Meloidogyne penyebab umbi berbintil pada kentang (Solanum tuberosum L.) Asal Sulawesi Utara
Abstrak: Kentang (Solanum tuberosum L.) merupakan tanaman hortikultura penting yang dikembangkan sebagai sumber pangan alternatif di Indonesia. Produksi kentang menurun dalam beberapa tahun terakhir, termasuk di Sulawesi Utara. Nematoda puru akar (Meloidogyne spp.) adalah salah satu penyebab penurunan produksi kentang di Sulawesi Utara. Spesies Meloidogyne pada kentang di Sulawesi Utara sampai saat ini belum diidentifikasi. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi spesies Meloidogyne spp. pada kentang dan mengetahui hubungan kekerabatannya dengan spesies dari negara lain serta memperoleh klon rekombinan spesies Meloidogyne. Sampel umbi kentang diambil dari sentra produksi kentang Kabupaten Minahasa Selatan, Kabupaten Bolaang Mongondow Timur dan Kabupaten Bolaang Mongondow, Provinsi Sulawesi Utara. Identifikasi spesies Meloidogyne dilakukan dari bulan April sampai Oktober 2016 di Laboratorium Nematologi Tumbuhan dan Laboratorium Bakteriologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, IPB. Identifikasi secara morfologi dilakukan terhadap pola perineal (sidik pantat) nematoda betina. Identifikasi secara molekuler menggunakan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) dilanjutkan dengan perunutan nukleotida dan analisis filogenetik. DNA nematoda berasal dari ekstraksi nematoda betina dan diamplifikasi dengan menggunakan primer spesifik untuk M. incognita (MI-F dan MI-R), M. arenaria (Far dan Rar), dan M. javanica (Fjav dan Rjav). Primer multipleks, yaitu JMV1, JMV2, dan JMV-hapla digunakan untuk mendeteksi M. hapla, M. fallax, dan M. chitwoodi. Kloning M. javanica dilakukan dengan metode TA kloning pada plasmid PTZ57R/T dan ditransformasikan ke dalam bakteri Escherichia coli DH5α. Konfirmasi klon rekombinan dilakukan dengan PCR menggunakan primer M13/PUC diikuti dengan perunutan nukleotida. Gejala penyakit akibat infeksi Meloidogyne pada tajuk antara lain tanaman cepat layu pada siang hari, kerdil, dan klorosis. Gejala pada umbi kentang meliputi malformasi bentuk umbi, umbi berbintil, dan permukaan umbi bergelombang. Bila kulit umbi dikupas, bagian dalam umbi yang terinfeksi terdapat nekrosis berwarna putih kecoklatan yang terdiri atas nematoda betina dan massa telur. Dua spesies Meloidogyne yaitu M. javanica dan M. incognita berhasil didentifikasi berdasarkan karakter morfologi. Identifikasi molekuler dengan PCR menggunakan primer spesifik berhasil mengamplifikasi fragmen DNA M. javanica dan M. incognita dengan ukuran ± 420 pb dan ± 999 pb. Analisis runutan nukleotida menunjukkan M. javanica asal Sulawesi Utara memiliki tingkat kemiripan paling tinggi dengan M. javanica asal Cina sebesar 97.5 % dengan nilai quary cover 96 %. M. incognita memiliki nilai homologi 100 % dengan M. incognita asal Cina dengan quary cover sebesar 95 %. Analisis filogenetik menunjukkan M. javanica dan M. incognita asal Sulawesi Utara berkerabat sangat dekat dengan isolat spesies yang sama asal Cina, India, Malaysia dan Thailand. Fragmen DNA M. javanica berhasil diligasikan dalam plasmid pTZ57R /T dan ditransformasi ke dalam bakteri E. coi DH5α. Konfirmasi kloning berhasil dilakukan menggunakan primer spesifik Fjav/Rjav dan primer M13/pUC dengan ukuran fragmen DNA secara berturut-turut yaitu ± 420 pb dan ± 720 pb. Analisis runutan nukleotida M. javanica hasil kloning memiliki nilai homologi sebesar 99.3 % dengan spesies M. javanica asal Cina dengan nilai quary cover sebesar 89 %. Hasil ini selaras dengan hasil analisis runutan nukloetida M. javanica sebelum dikloning.
Keyword: analisis filogenetika, kloning, pola perineal, primer spesifik

Judul: Meloidogyne Species, the Pimple-like Knot Pathogen of Potato Tuber in Three Production Centres in Sumatera
Abstrak: Meloidogyne atau yang dikenal dengan nematoda puru akar (NPA) adalah salah satu patogen penting pada tanaman kentang karena memiliki distribusi yang luas dan dapat menginfeksi berbagai jenis tanaman. Spesies Meloidogyne terpenting yang menyerang tanaman kentang di Indonesia yaitu M. arenaria, M. hapla, M. incognita dan M. javanica. Di Indonesia, beberapa sentra produksi kentang berada di Sumatera, diantaranya Provinsi Sumatera Utara, Sumatera Barat, dan Jambi yang menyumbang sekitar 23% terhadap produksi kentang nasional. Meloidogyne merupakan penyebab umbi berbintil yang mengakibatkan penurunan kualitas dan kuantitas produksi kentang di wilayah Sumatera. Informasi mengenai spesies Meloidogyne yang menginfeksi tanaman kentang di wilayah Sumatera masih sangat sedikit. Identifikasi spesies Meloidogyne diperlukan dalam merancang strategi pengendaliannya yang efektif. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi spesies Meloidogyne penyebab umbi kentang berbintil berdasarkan karakter morfologi, morfometri dan molekuler pada tiga sentra produksi di Sumatera. Sampel umbi kentang bergejala bintil dikumpulkan dari 3 sentra produksi kentang di wilayah Sumatera yaitu Berastagi, Kab. Karo (Sumatera Utara); Danau Kembar, Kab. Solok (Sumatera Barat); dan Kayu Aro, Kab. Kerinci (Jambi). Ekstraksi nematoda dilakukan dengan teknik pembedahan jaringan umbi berbintil. Identifikasi NPA dilakukan berdasarkan karakter morfologi, morfometri dan molekuler. Identifikasi morfologi dilakukan berdasarkan pola perineal nematoda betina. Identifikasi morfometri dilakukan dengan pengukuran juvenil 2 (J2) berdasarkan formula de Man. Identifikasi molekuler dilakukan dengan teknik polymerase chain reaction (PCR) dengan daerah amplifikasi gen cytochrome oksidase subunit 1 (CO1) dilanjutkan dengan perunutan nukleotida dan analisis filogenetik. DNA nematoda berasal dari ekstraksi nematoda betina dan diamplifikasi dengan menggunakan primer spesifik untuk M. arenaria (CO1SA-F dan CO1SA-R), M. chitwoodi (ITSSC-F dan ITSSC-R), M. fallax (CO1SF-F dan CO1SF-R), M. hapla (CO1SH-F dan CO1SH-R), M. incognita (CO1SI-F dan CO1SI-R), dan M. javanica (CO1SJ-F dan CO1SJ-R). Gejala penyakit akibat infeksi Meloidogyne pada tajuk antara lain tanaman cepat layu pada siang hari, kerdil serta klorosis. Gejala pada umbi kentang meliputi malformasi bentuk umbi, umbi berbintil, dan permukaan umbi bergelombang. Bila kulit umbi dikupas, bagian dalam umbi yang terinfeksi terdapat nekrosis berwarna putih kecoklatan yang terdiri atas nematoda betina dan paket telur. Sebanyak tiga spesies Meloidogyne berhasil diidentifikasi secara morfologi, morfometri, dan dikonfirmasi dengan identifikasi secara molekuler menunjukkan bahwa spesies yang berasosiasi dengan tanaman kentang pada tiga sentra produksi kentang di Sumatera adalah M. arenaria, M. incognita dan M. javanica. Sampel asal Karo ditemukan M. arenaria dan M. incognita, sampel asal Solok ditemukan M. incognita dan M. javanica, serta sampel asal Kerinci ditemukan M. incognita dan M. javanica. 1 Secara umum, juvenil 2 (J2) Meloidogyne memiliki bentuk tubuh yang relatif lurus. Tipe bibir tidak set-off dengan tipe stomato stylet. Stilet dan knob terbentuk dengan baik dan terlihat jelas. Median bulb berbentuk oval serta anulasi halus. Kelenjar esofagus menjorok pada usus bagian ventral. Karakter kunci juvenil 2 Meloidogyne berupa ujung ekor bertekstur seperti ada geriginya serta hialin yang terlihat jelas. Pengamatan pola perineal nematoda betina dewasa menunjukkan M. arenaria memiliki ciri lengkung dorsal yang rendah dan membulat, tidak terdapat garis pada bidang lateral. M. incognita memiliki lengkung dorsal yang tinggi, bagian paling luar sedikit melebar dan agak mendatar membentuk sudut 90°, tidak memiliki garis lateral serta bagian stria terlihat jelas. M. javanica memiliki ciri
Keyword: analisis filogenetik, gen COI, morfologi, morfometri, pola perineal

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: