Judul: Identifikasi Marka SNP untuk Gen Crustacean Hyperglycemic Hormone Terkait Pertumbuhan Somatik pada Udang Galah (Macrobrachium rosenbergii)
Abstrak: Udang galah (Macrobrachium rosenbergii) termasuk salah satu spesies udang air tawar bernilai ekonomis penting yang sudah banyak dibudi dayakan di berbagai negara baik tropis maupun subtropis. Peluang pasar udang galah baik domestik maupun mancanegara masih sangat menjanjikan terutama untuk tujuan ekspor ke negara Uni Eropa, USA dan Jepang. Namun demikian, produktivitas budi daya udang galah masih jauh tertinggal dibandingkan dengan udang vaname maupun penaeid. Salah satu penyebab rendahnya produktivitas budidaya udang galah adalah adanya variasi ukuran individu yang sangat tinggi pada saat panen. Upaya yang dapat dilakukan untuk meningkatkan produksi antara lain dengan menghasilkan udang galah unggul melalui kegiatan pemuliaan. Kegiatan pemuliaan melalui seleksi konvensional saat ini masih terus digunakan dan terbukti berhasil meningkatkan produksi. Akan tetapi seleksi konvensional dinilai memiliki keterbatasan terutama dalam hal waktu yang diperlukan relatif lama untuk memunculkan gen-gen yang diinginkan. Saat ini, telah banyak informasi mengenai kegiatan seleksi berbasis teknologi molekuler. Salah satu marka DNA yang dapat diaplikasikan untuk program pemuliaan adalah single nucleotide polymorphism (SNP) karena SNP dianggap sebagai marka yang dapat digunakan untuk mempelajari bagaimana variasi nukleotida dapat mempengaruhi regulasi gen dengan mengidentifikasi lokasi gen dalam genom. Berdasarkan informasi tersebut, maka dilakukan penelitian identifikasi marka terkait pertumbuhan dengan tujuan untuk mengidentifikasi keberadaan marka SNP pada gen crustacean hyperglycemic hormone (CHH) dan mengevaluasi primer spesifik terkait pertumbuhan terhadap udang galah tumbuh cepat dan tumbuh lambat. Hewan uji yang digunakan adalah udang galah GI Macro-2 generasi ke-5 (G5) dan ke-6 (G6). Sebanyak 10 sampel DNA genom udang galah G5 yang terdiri atas 5 sampel populasi tumbuh cepat (TC) dan 5 sampel tumbuh lambat (TL) diisolasi dan diamplifikasi menggunakan primer Thanh et al. (2010) yaitu primer CH3 yang digunakan untuk mengidentifikasi keberadaan SNP pada gen CHH. Sementara itu, untuk mengevaluasi primer spesifik dilakukan pada 201 DNA genom udang galah G6 yang terdiri atas 129 tumbuh cepat dan 72 tumbuh lambat. Hasil percobaan diperoleh 10 sekuen fragmen gen CHH dengan kisaran panjang produk PCR sebesar 608 bp. Hasil analisis sekuen menunjukkan produk PCR tersebut memiliki tingkat kesamaan 99-100% dengan gen CHH M. rosenbergii. SNP yang berhasil diidentifikasi pada sekuen udang galah adalah sebanyak 6 situs, yaitu 48, 147, 158, 257, 324, dan 402. Variasi nukleotida yang terjadi pada fragmen gen CHH adalah termasuk tipe substitusi transisi dan tidak ditemukan adanya substitusi tipe transversi. Hasil analisis juga menunjukkan adanya delesi basa T pada fragmen gen CHH, yaitu terjadi pada 1 basa dan terdapat pada awal dari fragmen tepatnya pada posisi basa 48. Sekuen DNA dari fragmen gen CHH pada penelitian ini diketahui bahwa terdapat 1 SNP terletak pada daerah ekson (coding region) dan 5 SNP lainnya ditemukan terletak di luar dari gen fungsional atau intron (non-coding region). Primer spesifik didesain berdasarkan hasil identifikasi SNP pada fragmen gen CHH yang berhasil diamplifikasi dengan menggunakan primer Thanh (CH3) pada 10 sampel udang galah G5. Amplifikasi PCR menggunakan satu pasang primer (forward dan reverse) menghasilkan ukuran pita amplikon dengan ukuran sekitar 280 bp. Evaluasi efektivitas primer spesifik menggunakan pendekatan teknik PCR pada 72 sampel udang galah G6 populasi tumbuh lambat menghasilkan 31% menunjukkan adanya pita (positif) dan 69% tidak menunjukkan adanya pita (negatif).
Keyword: udang galah, SNP, CHH, tumbuh cepat, tumbuh lambat, DNA, basa

Judul: Identification of Sex Linked Molecular Markers in Giant Freshwater Prawn Macrobrachium rosenbergii.
Abstrak: Udang galah jantan lebih cepat tumbuh dibandingkan dengan betinanya, karenanya budidaya udang galah monoseks jantan menjadi salah satu solusi untuk meningkatkan produksi budidaya. Budidaya monoseks jantan dapat menghasilkan produksi yang lebih baik sekitar 63,13 % dibandingkan dengan populasi campuran. Hal tersebut terjadi karena energi yang digunakan hanya difokuskan untuk pertumbuhan somatik. Populasi monoseks jantan udang galah dapat dihasilkan dengan mengawinkan neofemales (sex-reversed males) dengan jantan normal. Uji progeni biasa dilakukan dalam proses produksi monoseks jantan, akan tetapi identifikasi kelamin dilakukan setelah udang dapat dibedakan secara visual dan udang matang gonad, sehingga membutuhkan waktu yang lama. Identifikasi dan verifikasi kelamin dapat dilakukan lebih dini dengan metode PCR dengan marka DNA terkait kelamin. Sistem kromosom pada udang galah berbeda dengan ikan, di mana individu betina bersifat heterogametik (WZ) dan jantan homogametik (ZZ). Namun dalam perkembangannya terdapat kendala dalam menentukan individu neofemale yang memiliki kromosom ZZ. Berdasarkan pendekatan sistem kromosom tersebut, maka dapat dijadikan acuan untuk membuat marka molekuler terkait kelamin udang galah. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi marka molekuler terkait jenis kelamin pada udang galah. Penelitian ini diharapkan juga dapat digunakan dalam mengidentifikasi kelamin udang galah secara dini serta dapat diterapkan pada tahap seleksi individu hasil sex reversal sehingga dapat meminimalkan waktu seleksi. Hewan uji yang digunakan adalah populasi udang galah jantan dan betina yang berasal dari tangkapan alam Aceh dan Solo, serta udang galah jantan dan betina SIRATU hasil (seleksi individu di Instalasi Balai Besar Perikanan Air Tawar Pelabuhan Ratu). Sebanyak masing-masing 30 ekor udang galah baik jantan maupun betina dari 3 kelompok dikumpulkan untuk dilakukan koleksi genom DNA. Ekstraksi DNA dilakukan dengan menggunakan kaki renang sebagai sampel. Pembuatan preparat kromosom berasal dari individu jantan dan betina udang galah asal Aceh. Dalam proses amplifikasi PCR untuk genom DNA udang galah digunakan primer spesifik betina yaitu primer MrMK Forward 5′-GATGAGTCCTGAGTAACAA-3′ (19 pb). Sedangkan Reverse yang digunakan adalah 5′-GCACTTAACCATGCGTCAG-3′ (19 pb). Sebagai kontrol internal loading DNA digunakan primer β-aktin Forward 5’-GTGCGTGACATCAAGGAA-3’ dan Reverse 5’- TAAGTGGTCTCGTGAATGC-3’. Berdasarkan hasil amplifikasi PCR dengan Primer MrMK belum dapat membedakan secara spesifik antara individu jantan dan betina oleh karena itu, produk PCR dari udang galah betina dan jantan dipurifikasi, dan kemudian disekuensing untuk mendapatkan bagian yang dapat dipilih sebagai target primer baru yang spesifik. Dari hasil penyejajaran sekuens udang galah jantan dan betina diperoleh daerah yang berbeda untuk dijadikan primer spesifik. Satu set kandidat primer spesifik MrMKn telah didesain sebgai berikut: Forward 5’-CAGTATTTCGGAWTGGTATTGCTCGGG-3’ Reverse 5’- CCGATAACTCTGCGAATGAGC-3’. Primer MrMKn bersifat spesifik pada betina dengan ukuran pita DNA sekitar 390 bp. Berdasarkan analisis PCR, kelompok udang galah betina dari Aceh, Sukabumi (SIRATU) dan Solo semuanya menghasilkan pita DNA. Pada kelompok udang galah jantan, diharapkan pita DNA tidak muncul pada semua individu, tetapi pita DNA ini muncul di kelompok udang galah jantan asal Aceh dan Sukabumi, masing-masing 5 dan 3 sampel atau 10 % dan 16 %. Ini berarti efektivitas MrMKn untuk membedakan jantan dan betina pada populasi udang asal Solo, SIRATU dan Aceh, masing-masing adalah 100 %, 90 % dan 84 %. Hal ini menunjukkan bahwa primer MrMKn belum dapat membedakan udang galah jantan dari semua populasi. Selain itu, dapat dikatakan bahwa
Keyword: giant freshwater prawn, karyotype, neofemale, sex markers.

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: