Judul: Streptomyces Spp Penghasil Microbial Transglutaminase Dan Pengklonan Dna Penyandinya Melalui Konstruksi Pustaka Genom
Abstrak: Enzim transglutaminase (TGase, E.C. 2.3.2.13) merupakan enzim yang mengkatalisis reaksi perpindahan gugus asil antara residu glutamin (Gln) yang berfungsi sebagai donor asil dan residu lisin (Lys) sebagai aseptor yang membentuk ikatan silang (crosslinking) ε-(γ-glutamyl) lisin isopeptida yang menghasilkan ikatan kovalen inter atau intramolekuler yang berikatan silang dengan protein makanan. Produksi enzim Microbial Transglutaminase (MTGase) dari strain liar mempunyai beberapa kelemahan yaitu selain pertumbuhan selnya lambat, produk yang dihasilkan sedikit dan protein yang dihasilkan juga bercampur dengan protein lainnya. Selain itu proses pemurnian cukup sulit karena memerlukan beberapa tahap pemurnian. Pendekatan teknologi rekayasa genetika sangat diperlukan untuk mendapatkan hasil yang lebih baik sehingga dapat dikembangkan dalam skala industri. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan bakteri yang menghasilkan MTGase dan mengklon fragmen DNA penyandinya. Untuk itu, penelitian ini dilakukan melalui beberapa tahapan yaitu, penapisan bakteri Streptomyces spp penghasil MTGase, identifikasi isolat penghasil MTGase dan pembuatan pustaka genom dengan mengkloning fragmen DNA 40 kb yang mengandung gen penyandi MTGase. Hasil penelitian menunjukkan bahwa penapisan terhadap bakteri Streptomyces spp penghasil MTGase yang diisolasi dari berbagai jenis tanah di Indonesia, mendapatkan satu isolat yang potensial yaitu TTA 02 SDS 14. Analisis molekuler dengan PCR membuktikan bahwa isolat tersebut mengandung gen MTGase. Sekuen parsial gen MTGase dari isolat tersebut memiliki homologi 93 % dengan MTGase dari Streptomyces cinnamoneus. Berdasarkan sekuen gen 16S rRNA, isolat TTA 02 SDS 14 memiliki kekerabatan terdekat dengan Streptomyces thioleteus dengan homologi 99%. Pustaka genom dengan sisipan fragmen ~40 Kb yang membawa gen MTGase telah berhasil dikonstruksi dengan menggunakan fosmid pCC1FOSTM di dalam E.coli EPI300-TIR.
Keyword: MTGase gene, Streptomyces spp, Pustaka Genom

Judul: Optimasi Produksi Dan Karakterisasi Enzim Microbial Transglutamminase (Mtgase) Dari Streptomyces Sp. Galur Tta 02 Sds 14
Abstrak: Transglutaminase (TGase) adalah enzim yang mengkatalisis reaksi perpindahan gugus asil antara residu glutamin (Gln) dan lisin (Lys) yang membentuk ikatan silang (crosslinking) ε-(γ-glutamyl)lisin (Motoki dan Seguro 1998). Enzim transglutaminase bekerja secara intra- dan interseluler menghasilkan ikatan silang antar protein. Transglutaminase mengkatalisis reaksi antara suatu peptida terikat residu glutamin dan amina primer. Beberapa potensi aplikasi transglutaminase antara lain untuk meningkatkan mutu protein pangan, memperbaiki sifat edibel film, memperbaiki sifat pembuihan protein, memperbaiki sifat gel, memperbaiki sifat adonan roti, dan peningkatan stabilitas penyimpanan bahan pangan kering. Tujuan penelitian ini yaitu mengukur kondisi optimum produksi MTGase yang dihasilkan oleh Streptomyces sp. galur TTA 02 SDS 14 dan mendapatkan karakteristik enzim. Penelitian ini dilakukan beberapa tahapan yaitu, optimasi produksi enzim MTGase dan karakterisasi enzim MTGase (menentukan pH dan suhu optimum, ketahanan enzim terhadap panas, serta pengaruh ion logam dan inhibitor terhadap aktivitas enzim). Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa Streptomyces sp. galur TTA 02 SDS 14 menghasilkan enzim transglutaminase secara optimum pada pH media 6 dan suhu 25 ºC. Pengujian enam jenis media yang berbeda untuk memproduksi enzim transglutaminase diperoleh bahwa media yang digunakan oleh Bahrim et al. dengan komposisi pepton 1,5%, MgSO4.7H2O 0,1%, KH2PO4 0,2%, Na2HPO4 0,5%, tepung kedelai 2%, tepung kentang 2% dan glukosa 1,5% menghasilkan enzim dengan aktivitas tertinggi setelah fermentasi selama 4 hari (108 jam). Hasil karakterisasi enzim diketahui bahwa enzim yang dihasilkan mempunyai pH optimum 6,0 dan suhu optimum 45-50 ºC. Pengujian stabilitas enzim pada suhu 40 ºC, 45 ºC, dan 50 ºC selama 4 jam masih menunjukkan aktivitas di atas 50%. Penambahan ion logam Na+, K+, Ca2+, Mg2+ meningkatkan aktivitas MTGase, sebaliknya ion logam Li+, Cu+, Zn2+, Fe3+ menurunkan aktivitas MTGase. Penambahan IAA (iodoacetamide) 1 mM dapat meningkatkan aktivitas enzim MTGase sedangkan EDTA (ethylendiamine tetraacetic acid), PMSF (phenyl methyl sulfonyl flouride), dan DPB (dibromoacetophenone) dapat menghambat aktivitas MTGase.
Keyword: MTGase, Streptomyces sp., optimasi, karakterisasi

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: