Judul: Kloning gen cry penyandi domain toksin pada A-endotoksin dari beberapa isolat bacillus thuringlensis dengan teknik PCR
Abstrak: Penggerek buah kakao (PBK) merupakan hama utama yang telah menyerang tanaman kakao selama lebih dari satu abad. Sampai saat ini belum diperoleh strategi yang efektif dan aman untuk menanggulanginya. Oleh karena itu tersedianya tanaman kakao transgenik yang tahan terhadap serangan hama tersebut sangat diperlukan.
Keyword: Gen cryl, PCR, kakao, Cacao, Bioteknology

Judul: Analisis Fungsional dan Genetik Klon Pustaka Metagenom Asal Tanaman Kakao (Theobroma cacao) sebagai Penginduksi Resistensi Tanaman
Abstrak: Indonesia merupakan pemasok ketiga biji kakao dunia setelah Pantai Gading dan Ghana. Hama dan Penyakit tanaman merupakan faktor penting yang menyebabkan hilangnya hasil produksi kakao di Indonesia. Salah satu teknik untuk mengendalikan penyakit tanaman kakao adalah penggunaan bakteri agens hayati yang mempunyai mekanisme antibiosis, kompetisi, dan menginduksi ketahanan tanaman. Penggunaan pendekatan teknik metagenomika dapat dimanfaatkan untuk mengendalikan patogen tanaman. Penelitian ini dilakukan untuk mendapatkan informasi fungsional dan genetika klon pustaka metagenom asal tanaman kakao yang memiliki aktivitas dalam memicu pertumbuhan tanaman dan induksi ketahanan tanaman terhadap cendawan patogen. Konfirmasi klon pustaka metagenom dengan metode seleksi biru putih menunjukkan 24 klon yang mengandung sisipan DNA yang ditandai dengan koloni putih. Analisis lebih lanjut pada uji pertumbuhan tanaman menunjukkan bahwa 7 klon mampu menginduksi resistansi tanaman melalui peningkatan senyawa metabolit sekunder (Cycloheksen, 2-methoxy-guaiacol, 2,3 dihidrobenzofuran). Isolasi plasmid dan amplifikasi DNA sisipan dari 7 klon diperoleh 3 klon yang secara konsisten mengandung sisipan DNA di dalam plasmid. Klon tersebut adalah PMC4, PMC10, dan PMS9 yang mengandung sisipan DNA dengan panjang ± 2 100 bp, ± 300 bp, dan ± 1 400 bp. Analisis urutan nukleotida pada DNA sisipan klon PMC4 dan PMC10 memiliki kesamaan 83% dengan strain Pseudomonas vancouverensis BS3656 dan 99% dengan strain Pseudomonas versuta L10.10. Klon PMS9 tidak memiliki kemiripan dengan nukleotida lain pada GenBank database. Analisis kemiripan hypotetical protein menunjukkan bahwa klon PMC4 dan PMS9 memiliki kemiripan 59% dan 33% dengan kelas LLM flavin dependent oxidoreductase, dan klon PMC10 memiliki kesamaan 84% dengan serine/threonine protein kinase.
Keyword: agens hayati, metabolit sekunder, mikroba tidak dapat dikulturkan

Judul: Numerical modeling of the hydrodynamics of standing wave and scouring in front of impermeable breakwater with different steepnesses
Abstrak: The aim of this paper is to numerically study the effects of breakwater steepness on the hydrodynamics of standing wave and scouring process in front of impermeable breakwaters. A two-dimensional hydrodynamics model based on the Reynolds Averaged Navier–Stokes (RANS) equations and the Volume of Fluid (VOF) method was developed and then combined with an empirical sediment transport model. Comparisons with an analytical solution and experimental data showed the present model is very accurate in predicting the near bottom velocity and capable of simulating the scour/deposition patterns consistent with experimental data. It was found that the additional terms of bottom shear stress in the momentum equations are necessary to produce a physical scouring pattern. Different breakwater steepnesses produce different characteristics of standing wave, the steady streaming system, and scouring pattern in front of the breakwaters, which also affects the correlations between them. An additional analysis of the turbulence field parameters and the sediment transport rate was also performed. All these important information will be presented in details in this paper and can be worthwhile for designing the breakwater in coastal areas.
Keyword: The RANS–VOF model Standingwave Steadystreamingsystem Scouring pattern Breakwatersteepness