Judul: Perbandingan Dua Metode Isolasi DNA pada 49 Jenis Kayu Tropis
Abstrak: Keberhasilan ekstraksi DNA (Deoxyribonucleic Acid) sangat penting bagi proses investigasi genetika kehutanan molekuler. Penggunaan sampel biasanya berupa organ tanaman hutan yang lunak dan muda karena memiliki sumber DNA yang bagus. Namun, jenis sampel tersebut tidak dapat diperoleh dalam kasus tertentu seperti untuk tujuan forensik. Sebagai penggantinya, kayu memiliki potensi sebagai sumber DNA dimana metode ekstraksinya sudah dikembangkan dengan berbagai tingkat keberhasilan, akan tetapi pengujian efektifitasnya pada kayu tropis yang tumbuh di Indonesia belum pernah dilaporkan. Tujuan penelitian ini adalah untuk membandingkan hasil isolasi DNA dari berbagai jenis sampel kayu kering dan segar menggunakan dua metode isolasi yaitu Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide (CTAB) dan Qiagen DNeasy Plant Mini Kit (QDPMK). Hasil ekstraksi divisualisasi dalam gel agarosa, dikuantifikasi menggunakan Nanophotometer NP80 Implen dan diamplifikasi menggunakan dua primer universal yaitu ITS dan rbcL. Hasil ekstraksi sampel kayu kering tidak tervisualisasi pada gel sedangkan sampel kayu segar menunjukkan sapuan (smear) yang cukup tebal untuk kedua metode ekstraksi. Hasil uji kuantitas menunjukkan bahwa sampel yang diekstraksi menggunakan metode CTAB memiliki konsentrasi lebih banyak dibandingkan dengan metode QDPMK pada kedua jenis sampel, namun memiliki nilai optical density ratios diluar rentang kemurnian (λ260/280 : 1,8 – 2,0 dan λ260/230 : 2,0). Keberhasilan proses amplifikasi primer ITS dan rbcL pada sampel kering cukup rendah namun tidak berbeda jauh pada kedua metode. Hasil amplifikasi ITS dan rbcL pada sampel kayu segar memiliki keberhasilan yang cukup tinggi.
Keyword: Amplifikasi, CTAB, DNA, Ekstraksi, QDPMK

Judul: Optimasi Metode Ekstraksi DNA Kayu Eboni (Diospyros celebica Bakh.).
Abstrak: Angka deforestasi hutan Indonesia masih cukup tinggi meskipun terdapat instrumen FLEGT (Forest Law Enforcement Governance and Trade), namun masih dijumpai kelemahan pembuktian akurat asal-usul geografis kayu, sehingga perlu dikembangkan metode investigasi berbasis genetika molekuler atau teknologi DNA yang tidak dapat dimanipulasi. Penelitian ini bertujuan untuk mengukur keberhasilan isolasi DNA kayu eboni (Diospyros celebica Bakh.) dengan menggunakan metode CTAB melalui beberapa modifikasi penggerusan. Uji kualitas dengan elektroforesis dan uji kuantitas dengan Nanophotometer. Isolasi DNA core kayu jenis eboni menunjukkan beberapa hasil DNA yang tervisualisasi dengan cukup baik pada gel, namun beberapa sampel juga masih menunjukkan sapuan (smear) yang cukup tebal. Uji kuantitas menunjukkan perlakuan M1 dan M5 memiliki rerata nilai konsentrasi lebih banyak (86.74 ng/μL dan 83.63 ng/μL). Adapun sebanyak 7 dari 9 sampel (78%) perlakuan M5 memenuhi rentang nilai kemurnian 1.8 sampai 2.0 pada optical density ratio A260/A280. Keberhasilan ekstraksi DNA dari kayu membuka peluang pemanfaatan untuk analisis identifikasi kepastian jenis dan asal-usul geografisnya.
Keyword: CTAB, ekstraksi, FLEGT, modifikasi

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: