Judul: Analysis of Long-Read Sequences of Chloroplast Genome on Calliandra and Nyamplung with MinION Oxford Nanopore Technology
Abstrak: Kaliandra dan nyamplung merupakan jenis tanaman hutan yang memiliki manfaat penting pada penyediaan energi terbarukan tetapi informasi data genetik spesies tanaman bioenergi ini masih belum banyak tersedia. Penelitian ini bertujuan untuk merakit draft data sekuens genom kloroplas dan menganalisis hubungan kekerabatan kaliandra (C. calothyrsus Meisn. ) dan nyamplung (C. inophyllum L.). Penelitian terdiri dari beberapa tahapan, yaitu ekstraksi dan isolasi DNA dengan metode CTAB, uji kualitas dan kuantitas DNA, sekuensing DNA dengan MinION Oxford Nanopore Technology, dan analisis filogenetik menggunakan marka DNA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sekuensing DNA kaliandra dan nyamplung menghasilkan partial genome chloroplast sebesar 59.699 bp dan 114.708 bp. Analisis filogenetik kaliandra dengan marka rbcL menunjukkan bahwa kaliandra berada pada satu clade dengan spesies kaliandra lain dan akasia. Analisis filogenetik nyamplung dengan marka accD menunjukkan bahwa nyamplung asal Jawa memiliki kekerabatan yang dekat dengan nyamplung asal Tahiti Avera, Pasifik Selatan., Calliandra and nyamplung are forest tree species that have important benefits in providing renewable energy. However, genetic information of these bioenergy tree species is still not widely available. This study was aimed i) to assemble chloroplast genome sequences and ii) to analyze the relationship between calliandra (C. calothyrsus Meisn.) and nyamplung (C. inophyllum L.). The study consisted of several steps, namely DNA extraction and isolation using the CTAB method, DNA quality and quantity testing, DNA sequencing was done using MinION Oxford Nanopore Technology (ONT), and phylogenetic analysis based on selected DNA markers. The results showed that calliandra and nyamplung DNA sequencing resulted in partial genome chloroplasts of 59.699 bp and 114.708 bp in size, respectively. The phylogenetic analysis of calliandra with rbcL marker showed that calliandra is grouped in the same clade as other calliandra species and acacia. The phylogenetic analysis of nyamplung with accD marker showed that nyamplung from Java were closely related to nyamplung from Tahiti Avera, South Pacific.
Keyword: accD, chloroplast genome, long-read sequences, matK, rbcL

Judul: Utilization of Long Read Sequences Data for Advanced Genetic Analysis on Dipterocarpus littoralis and Shorea javanica.
Abstrak: Banyak tumbuhan asli Indonesia yang termasuk spesies dengan status konservasi terancam dan sangat terancam punah/kritis seperti S. javanica yang berstatus endangered (EN) dan D. littoralis yang berstatus critically endangered (CR) berdasarkan IUCN Red List 2018. Upaya konservasi sumber daya genetik spesies tersebut memerlukan data dan informasi genetik dan genomik yang umumnya masih belum tersedia. Saat ini dengan adanya teknologi sekuensing generasi ketiga, khususnya teknologi long read sequence dari Oxford Nanopore, maka analisis genetik dapat dilakukan dengan lebih mudah dan terjangkau. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk melakukan analisis genetik tingkat lanjut yang hasilnya berupa draf genom kloroplas parsial dan klaster gen biosintesis pada D. littoralis dan S. javanica. Prosedur penelitian meliputi ekstraksi dan isolasi DNA dengan modifikasi dari metode CTAB (Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide), sekuensing menggunakan MinION dengan tipe pore flow cell R9.4 dan analisis DNA secara bioinformatika yang tahapannya meliputi basecalling, QC, assembly dan annotation. Untuk analisis lanjut DNA dilakukan dua kali annotation, yaitu untuk mengamati gen kloroplas dengan menggunakan CHLOROBOX di Geseq dan untuk mengamati biosynthetic gene cluster menggunakan BRAKER2 dan PlantiSMASH. Ukuran D. littoralis dan S. javanica yang berhasil dibaca sebesar 40.219.030 read dan 498.044 read dengan rata – rata panjang dan N50 masing – masing sebesar 1.204,4 bp & 1.816 bp dan 2.402,1 bp & 5.239 bp. Kemudian, rakitan seluruh read menghasilkan 8.399 contig dari DNA D. littoralis dan 4.409 contig dari DNA S. javanica dengan total panjang bacaan masing – masing sebesar 349,7 Mbp dan 105,7 Mbp. Berdasarkan data DNA tersebut, ditemukannya informasi genetik berupa beberapa gen dalam draf genom kloroplas dari D. littoralis sebanyak 5 gen yang utuh (rps7, rpl32, psbM, petA, petL) dan S. javanica sebanyak 8 gen yang utuh (ndhD, ndhG, ndhI, psbJ, psbL, psbF, psbE, rbcL) yang terlibat sintesis ribosom, fotosintesis dan gen lainnya. Kemudian, pada analisis klaster gen biosintesis ditemukan terdapat 77 klaster pada D. littoralis yang terdiri dari 44 klaster terpena, 4 klaster sakarida, 1 klaster lignan, 6 klaster alkaloid, 1 klaster sakarida-terpena yang diduga saponin terpenoid, dan 1 klaster sakarida-poliketida yang diduga glikosida antrakuinon serta terdapat 20 klaster lainnya yang masih termasuk putative cluster. Sedangkan, pada S. javanica hanya ditemukan 12 klaster yang terdiri dari 11 klaster terpena dan 1 klaster sakarida., Many native plants of Indonesia included species that is threatened in conservation status, such as S. javanica which is endangered (EN), and D. littoralis which is critically endangered (CR) based on the IUCN Red List 2018. Efforts to conserve the genetic resources of these species require genetic and genomic data and information, which are generally still unavailable. Currently, sequencing with the third generation of technology, particularly the long-read sequence technology from Oxford Nanopore, has made genetic and genomic analysis easier and more affordable. The objective of this study was to carry out an advanced genetic analysis, particularly on drafting a partial chloroplast genome and analyzing a biosynthetic gene cluster in D. littoralis and S. javanica. The research procedures included extraction and isolation of DNA with modifications of the CTAB (Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide) method, sequencing using MinION with pore flow cell R9.4 type, and bioinformatics DNA analysis whose
Keyword: Biosynthesis, Chloroplasts, Bioinformatics, DNA, Conservation

Judul: Asymptotic Distribution of Estimator for the Intensity Function of a Doubly Periodic Poisson Process
Abstrak: In this manuscript, estimation of the intensity function of a doubly periodic Poisson process is discussed. It is assumed that only a single realization of the Poisson process is observed in a bounded window [0,n]. It is also assumed that the period of the intensity function is known. The rate of consistency and asymptotic normality of the estimator are formulated. Finally, a confidence interval for the local intensity function is also formulated.
Keyword: