Judul: Pengembangan perangkat lunak alat bantu untuk penentuan promotor pada sekuen DNA Escherichia coli
Abstrak: Perkembangan ilmu biologi terutama bioinformatika dewasa ini telah mengalami kemajuan yang sangat pesat. Salah satu kajian yang menarik dari bioinformatika adalah membongkar mekanisme kerja dari sintesis protein yaitu ekspresi genetik. Ekspresi genetik merupakan proses kegiatan yang paling esensial dalam kehidupan organisme, karena ekspresi genetik merupakan proses pengungkapan (ekspresi) gen-gen menjadi urutan asam amino protein. Pada saat ini, telah tersedia beberapa program aplikasi yang merepresentasikan proses ekspresi genetik. Program-program aplikasi tersebut ditujukan untuk para peneliti-peneliti DNA yang ingin lebih mudah dalam melakukan proses ekspresi genetik. Dengan kata lain, program aplikasi yang sudah ada itu bersifat profesional dan hanya digunakan oleh orang yang ahli di bidang biologi molekuler. Sehubungan dengan hal tersebut, maka dikembangkan suatu program yang bernama Deter Prom E. coli yang dapat menentukan letak daerah konsensus promotor suatu sekuen DNA dari bakteri E. coli atau yang sekerabat dengan berbagai animasi dan interface yang menarik agar mudah dimengerti oleh user yang baru belajar biologi molekuler khususnya masalah ekspresi genetik.
Keyword: bioinformatika, Escherichia coli

Judul: Development In House of Taq DNA Polymerase Recombinant Based
on Synthetic Gene and Its Applications
Abstrak: Biologi molekuler merupakan salah satu disiplin ilmu dasar yang berperan penting dalam menunjang berkembangnya bioteknologi modern. Salah satu teknik yang digunakan dalam bidang biologi molekuler adalah teknik PCR yang membutuhkan enzim termostabil tahan panas. Taq DNA polimerase adalah enzim termostabil yang banyak digunakan untuk amplifikasi DNA dalam teknik PCR. Enzim ini awalnya dikarakterisasi dan diisolasi dari bakteri termofilik yaitu Thermus aquaticus, namun terdapat kesulitan untuk mengembangkan enzim ini jika menggunakan sistem inang asli. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan enzim Taq DNA polimerase rekombinan berbasis gen sintesis menggunakan sistem ekspresi E.coli. Cetakan runutan nukleotida gen Taq DNA polimerase diperoleh dari data GeneBank J04639.1 dan optimasi kodon dilakukan sebelum gen disisipkan ke dalam vektor pET151/D-TOPO. Sintesis gen dilakukan di GenArt Gene Synthesis (Thermofisher Scientific, USA). Gen sintetik Taq DNA polimerase kemudian diekspresikan menggunakan bakteri E.coli BL21 dan diinduksi menggunakan IPTG (Isopropyl-β-D thiogalactopyranoside). Pemurnian enzim rekombinan Taq DNA polimerase dilakukan menggunakan kromatografi afinitas Ni2+-NTA dan enzim murni yang dihasilkan diaplikasikan pada teknik PCR. Gen Taq DNA polimerase berukuran sebesar 2685 pb berhasil disisipkan ke dalam vektor pET151/D-TOPO dan analisis hasil ekspresi dilakukan menggunakan teknik SDS PAGE dan menunjukkan protein target yang spesifik berukuran 100.9 kDa. Konsentrasi dan aktivitas enzim yang dimurnikan berturut turut adalah 5.17 mg/mL dan 4.647 U/μL. Aplikasi enzim ini pada teknik PCR menunjukkan bahwa enzim ini dapat mengamplifikasi gen target mulai dari 200 pb hingga 3500 pb amplikon dengan konsentrasi DNA cetakan minimum 10 ng/μL. Hal ini mengindikasikan bahwa in house enzim Taq DNA polimerase rekombinan yang dibuat berdasarkan gen sintesis telah berhasil diekspresikan, dimurnikan, dan diterapkan untuk teknik PCR dan dapat diterapkan dalam bidang bioteknologi khususnya dalam teknik PCR/RT-PCR
Keyword: Codon-optimized, E.coli BL21, Ni2+-NTA purified system, Synthetic Taq DNA polymerase

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: