Judul: Molecular Identification Local Isolates of Staphylococcus aureus by Polymerase Chain Reaction (PCR) Method
Abstrak: Foodborne disease is a major concern worldwide, and S. aureus is continuously involved in foodborne disease outbreaks. Staphylococcal enterotoxins (SE) are important virulence factor for the bacterial intoxications. This research aimed to identify local isolates of S. aureus based on universal 16S rRNA gene and to identify whether they possess SE A and C1 genes. Bacterial DNA isolation was conducted using Doyle and Doyle extraction method with some modification. Amplification of genes encoding for 16S rRNA, SEA and SEC1 were investigated using primers 63f/1387r, SEA-1/SEA-2 and SEC1-1/SEC1-2, consecutively. The amplification products of 16S rRNA were sequenced and then analyzed for their relatedness to S. aureus. The resulted sequence was analyzed using BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) program and it was found that 5 out of 14 isolates were confirmed as S. aureus. The local isolates of NU4, NU5 and NU9 have 87 – 92% similarity, but all of the local isolates do not have similarity with S. aureus ATCC 25923. Based on amplification of the SE genes, 1 local isolates of S. aureus (NU5) was capable of producing both SEA and SEC1 while 1 local isolate (NU1) was only capable of producing SEA.
Keyword: 

Judul: Study of the Characterization and Detection Methods of Staphylococcus aureus in Foods
Abstrak: Keamanan pangan merupakan hal utama dalam menyediakan pangan yang baik bagi manusia. Saat ini beban penyakit bawaan pangan di Indonesia cukup tinggi yang diperkirakan 680 DALYs per 100.000 penduduk. Keracunan pangan Staphylococcus adalah penyakit bawaan pangan yang umum terjadi di seluruh dunia. Staphylococcus dibedakan menjadi 49 spesies dan 14 di antaranya dapat menyebabkan keracunan pangan, seperti Staphylococcus aureus yang dapat diklasifikasikan menjadi enam biotipe. S. aureus menghasilkan enterotoksin Staphylococcus (SE) yang resisten terhadap enzim proteolitik dan memungkinkan untuk transit utuh melalui saluran pencernaan. Tujuan penulisan karya ilmiah ini adalah untuk mengkaji metode-metode berbasis molekuler yang telah dikembangkan untuk mempelajari karakteristik S. aureus dan SE dalam berbagai jenis pangan, diantaranya pada susu dan produk susu, daging dan produk daging, makanan jajanan, produk biji-bijian, dan minuman. Kajian yang dilakukan melalui penelusuran pustaka terpublikasi melalui internet dengan sumber yang dapat dipertanggungjawabkan tersebut menghasilkan 65 publikasi ilmiah antara tahun 1977–2020. Penandaan plasmid (plasmid profiling) merupakan metode molekuler pertama untuk karakterisasi bakteri melalui isolasi serta pembandingan jumlah dan ukuran plasmid dengan gel elektroforesis agarosa. PFGE (pulsed field gel electrophoresis) dan RFLP (restriction fragment length polymorphism) mengkarakterisasi S. aureus dan SE berdasarkan pemecahan kromosom menjadi fragmen kecil menggunakan enzim restriksi dilanjutkan dengan elektroforesis. PFGE memiliki keunggulan dalam daya diskriminasi, kemampuan pemecahan DNA, reproduktifitas, serta merupakan standar emas untuk typing. RFLP tidak memerlukan informasi urutan DNA atau sintesis oligonukleotida sebelum analisis. PCR (polymerase chain restriction) digunakan untuk menggandakan molekul DNA dengan bantuan enzim DNA polymerase dan primer. PCR memiliki kecepatan dan efisiensi yang tinggi dalam mendeteksi S. aureus dan SE.
Keyword: PCR, PFGE, plasmid profiling, RFLP, Staphylococcus aureus

Judul: Kekonsistenan Hamiltonian pada Gerak Gelombang Interfacial
Abstrak: The interfacial wave is an internal wave that occurs at boundary of two layers fluid. It appears because there is difference of mass density between the two layers. The objective of this thesis is to formulate the motion of internal wave with flat base and flat as well as free upper bound surface. The motion equation obtained is a Hamiltonian system. The Hamiltonian in this system is expressed by variable of wave deviation and horizontal component of potential velocity. Under assumption that interfacial wave moves only in one direction, it can be shown that the Hamiltonian depends on the solution of the wave motion equation. The coefficients of the equation depend on the physical characteristics of the two layers of fluid, i.e. thickness and mass density. The numerical results show that Hamiltonian in the system is constant. It is consistent with Hamiltonian characteristic, which does not depend on time.
Keyword: