Judul: Keragaman Bakteri Penginfeksi Saluran Kemih Pada Anak Berdasarkan Gen 16S rRNA.
Abstrak: Infeksi Saluran Kemih (ISK) adalah infeksi yang terjadi akibat invasi mikroorganisme pada saluran kemih bagian bawah maupun atas. Infeksi ini sering menyerang anak laki-laki maupun perempuan. Bakteri penyebab ISK diketahui merupakan kelompok mikrobiota yang sewaktu-waktu dapat bersifat patogen dan mampu menghasilkan senyawa toksik. Selama ini komunitas bakteri yang dikaji terbatas pada bakteri yang dapat dikulturkan (culturable), sedangkan bakteri penginfeksi saluran kemih yang tidak dapat dikulturkan (unculturable) dari sampel urin belum diketahui. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman bakteri penginfeksi saluran kemih baik yang culturable maupun unculturable dari sampel urin anak yang didiagnosa menderita infeksi saluran kemih (ISK). Bakteri culturable diisolasi dan dipurifikasi menggunakan media Eosin Methylen Blue Agar (EMBA). Dalam penelitian ini, sebanyak 13 sampel urin anak-anak berusia 6-17 tahun dianalisis. Isolat yang diperoleh diidentifikasi secara morfologi, fisiologi dan patogenitasnya. Selain itu, identifikasi secara molekuler juga dilakukan dengan mengekstrak DNA genom delapan isolat terpilih (SBU1, SBU2, SBU3, SBU4, SBU5, SBU6, SBU7 dan SBU8) menggunakan Presto Mini gDNA Bacteria Kit, dan diamplifikasi gen 16S rRNA. Bakteri unculturable dianalisis dengan mengekstrak total DNA genom langsung dari sampel urin. Gen 16S rRNA diamplifikasi dengan nested PCR menggunakan primer 16S rRNA+GC clamp menghasilkan produk 180 pb. Analisis komunitas bakteri unculturable dilakukan menggunakan Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE). Gen 16S rRNA bakteri culturable dan unculturable yang diperoleh, diurutkan basa nukleotidanya dan dianalisis kekerabatannya menggunakan software bioinformatika MEGA 7. Analisis sekuen gen 16S rRNA menunjukkan bahwa tujuh isolat terpilih berkerabat dekat dengan kelompok Enterobacteriaceae dan satu isolat berkerabat dekat dengan kelompok Moraxellaceae. Hasil analisis DGGE pada 10 sampel urin menghasilkan pita DGGE yang cukup beragam. Berdasarkan analisis pengelompokan (clustering analysis) menggunakan gen 16S rRNA secara umum terdapat 2 cluster yaitu SU1, SU5, SU8, SU9, SU10 dan SU2, SU3, SU4, SU6, SU7. Terpisahnya 2 cluster tersebut disebabkan adanya perbedaan keragaman bakteri penginfeksi saluran kemih yang disebabkan oleh karakteristik urin serta tingkat keparahan penyakit yang terjadi. Analisis indeks Shannon-Wienner (H’) digunakan untuk mengestimasi keragaman mikrob pada setiap sampel. Indeks keragaman (H’) berdasarkan gen 16S rRNA pada 10 sampel berkisar 0.692-2.066. Indeks kemerataan (e’) dari gen 16S rRNA berkisar antara 0.6235-0.9995. Profil DGGE gen 16S rRNA menunjukkan keragaman komunitas bakteri unculturable yang diwakili oleh 9 sembilan pita DGGE. Hasil separasi pita gen 16S rRNA dipotong dan di re-PCR menggunakan primer non GC clamp untuk sekuensing. Analisis filogenetik berdasarkan BLAST-N menunjukkan mayoritas bakteri penginfeksi saluran kemih yang didapatkan berkerabat dekat dengan uncultured bacterium. Namun terdapat tiga pita yang terdeteksi sebagai aggota filum Proteobacteria dan satu pita sebagai Firmicutes. Konstruksi pohon filogenetik antara bakteri culturable dan unculturable menunjukkan hasil yang sedikit berbeda. Komunitas bakteri culturable didominasi oleh kelompok Enterobacteriaceae yang masih termasuk anggota filum Proteobacteria, sedangkan komunitas bakteri unculturable didominasi oleh filum Proteobacteria serta Firmicutes. Komunitas bakteri unculturable tidak ditemukan pada konstruksi filogenetik bakteri culturable dipengaruhi oleh media isolasi dan kondisi inkubasi yang belum sesuai untuk bakteri tersebut tumbuh. Kombinasi metode kultivasi dan metagenomik memberikan cara yang tepat dalam menentukan keragaman bakteri pada anak-anak yang didiagnosis ISK. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa komunitas bakteri culturable dan unculturable pada anak-anak yang didiagnosa ISK, menunjukkan hasil yang relatif berbeda. Filum Firmicutes hanya
Keyword: Bakteri penginfeksi saluran kemih, DGGE, Gen 16S rRNA, Keragaman

Judul: Aktinomiset Rizosfer Penghasil Senyawa Bioaktif Antibakteri Penginfeksi Saluran Kemih
Abstrak: Beberapa bakteri yaitu Escherichia coli, Citrobacter braakii, Acinetobacter calcoaceticus, dan Klebsiella pneumoniae telah didapatkan pada urin penderita ISK sebagai penginfeksi. Laporan di dunia, jumlah penderita ISK cukup tinggi dan terus mengalami kenaikan tiap tahunnya. Komplikasi yang timbul jika infeksi tidak tertangani dengan baik dapat menimbulkan kerusakan ginjal hingga kematian. Kegagalan terapi umumnya disebabkan oleh sifat resisten antibiotik dari bakteri penginfeksi. Kondisi penderita diperparah dengan terdapatnya beberapa bakteri yang telah mengalami Multi Drug Resistance (MDR). Bahaya resistensi antibioik yang terjadi, perlu untuk dicari solusinya agar angka kematian penderita tidak bertambah. Salah satu solusi yang dapat ditawarkan yaitu mencari senyawa antibakteri baru dari lingkungan sekitar. Aktinomiset merupakan salah satu kelompok bakteri yang dapat ditemukan di berbagai relung ekologi, serta memiliki kelimpahan yang tinggi di tanah, terutama pada daerah dekomposisi tanaman. Kelompok bakteri tersebut juga dapat tumbuh dengan subur di daerah tanah kering, seperti pada tanah perkebunan jagung. Beberapa genus aktinomiset mampu memproduksi berbagai senyawa bioaktif antibakteri. Karakter senyawa antibakteri yang dihasilkan dari aktinomiset tanah kering dilaporkan memiliki kualitas yang lebih baik, yaitu lebih stabil, mudah larut, dan tahan terhadap panas dibandingkan senyawa antibakteri dari aktinomiset tanah basah. Berdasarkan karakter senyawa yang dimiliki oleh aktinomiset tanah kering dan bahaya resistensi bakteri penyebab ISK terhadap antibiotik yang sering digunakan, maka dalam penelitian ini telah dilakukan serangkaian teknik untuk menemukan senyawa antibakteri baru dari aktinomiset. Tahap yang telah dilakukan dalam penelitian ini yaitu penapisan potensi antimikrob dari 21 aktinomiset rizosfer yang telah dikoleksi di Divisi Mikrobiologi, Departemen Biologi, FMIPA IPB dengan enam bakteri penginfeksi saluran kemih (Escherichia coli, Citrobacter braakii, Acinetobacter calcoaceticus, dan Klebsiella pneumoniae) dengan metode modifikasi kertas cakram. Aktinomiset potensial yang mampu menghambat pertumbuhan bakteri uji, selanjutnya dikultur dalam medium cair dan supernatannya diujikan kembali terhadap bakteri penginfeksi saluran kemih untuk mengkonfirmasi aktivitas antibakteri senyawa bioaktif yang terkandung. Senyawa bioaktif antibakteri yang terdapat dalam supernatan dipisahkan dari medium kultur cair aktinomiset dengan cara diekstraksi menggunakan pelarut etil asetat. Ekstrak kasar etil asetat yang didapatkan, kemudian dilarutkan, dan diuji aktivitas penghambatannya terhadap bakteri penyebab ISK. Selain itu, ekstrak kasar juga ditentukan kandungan senyawa bioaktifnya dengan metode kromatografi gas, sehingga diketahui kandungan senyawa bioaktif di dalamnya. Aktinomiset penghasil antibakteri penginfeksi saluran kemih diidentifikasi berdasarkan gen 16S rRNA untuk mengetahui jenis isolat aktinomiset potensial. Hasil Penapisan aktinomiset rizosfer terhadap bakteri ISK (E. coli strain 1 hingga 3, C. braakii, A. calcoaceticus, dan K. pneumoniae) diperoleh tiga aktinomiset potensial yang memiliki zona hambat dan spektrum luas. Ketiga isolat tersebut yaitu ARJ 16, ARJ 24, dan ARJ 36. Ketiga aktinomiset potensial menunjukkan kemampuan penghambatan terhadap enam bakteri patogen uji. Kandungan senyawa bioaktif ekstrak kasar ARJ 16 dengan kelimpahan tertinggi yaitu 1,2-dikloro propana, sedangkan senyawa bioaktif tertinggi dalam ekstrak kasar ARJ 24 adalah asam n-Heksadekanoat, serta asam karbonoklorit, 2-kloroetil ester merupakan senyawa dengan konsentrasi yang tinggi dalam ekstrak kasar ARJ 36. Identifikasi aktinomiset potensial berdasarkan gen 16S rRNA menunjukkan bahwa ARJ 16 dan ARJ 24 memiliki kemiripan 99% dengan Streptomyces sp., sedangkan ARJ 36 memiliki kemiripan 98% dengan Streptomyces tendae. Ketiga isolat potensial dalam penelitian ini diharapkan kelak dapat menjadi bahan produksi senyawa antibiotik alternatif untuk terapi ISK.
Keyword: aktinomiset, antibakteri, infeksi saluran kemih

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: