Judul: Uji Kestabilan Ikatan antara Protein Plasmepsin II dengan Ligan Alami sebagai Kandidat Obat Antimalaria
Abstrak: Malaria merupakan penyakit menular yang disebabkan oleh protozoa bernama Plasmodium. Plasmodium falciparum adalah spesies yang paling mematikan. Setiap tahunnya terdapat 500 juta orang menderita malaria dan 1-3 juta orang meninggal dunia akibat penyakit ini. Protein plasmepsin II bekerja di bagian vakuola makanan dari Plasmodium falciparum dan berfungsi memecah hemoglobin sel inang. Plasmepsin II adalah target obat yang efektif untuk pengobatan malaria. Oleh karena itu dibutuhkan kandidat obat baru untuk menghambat aktivitas Plasmepsin II. Metode yang digunakan dalam menguji 50 ligan alami adalah simulasi penambatan molekul dan simulasi dinamika molekul. Stabilitas interaksi antara protein Plasmepsin II dengan ligan uji Isostrychnopentamine ditunjukkan dengan perubahan energi bebas gibbs, RMSD, RMSF serta energi van der Waals yang fluktuatifnya stabil. Hal tersebut menunjukkan bahwa ligan uji Isostrychnopentamine terbukti dapat dijadikan kandidat kuat sebagai obat antimalaria yang baru.
Keyword: Plasmodium falciparum, plasmepsin II, simulasi penambatan molekul, simulasi dinamika molekul

Judul: Penentuan Daerah Pengikatan PfSPP sebagai Kajian Studi Virtual Screening dan Dinamika Molekul
Abstrak: Plasmodium falciparum merupakan salah satu spesies nyamuk paling berbahaya yang membawa parasit protozoa penyebab malaria bernama Plasmodium. Plasmodium falciparum memiliki protein bernama Plasmodium falciparum Signal Peptide Peptidase (PfSPP) yang memiliki fungsi penting dalam sintesis protein untuk kelangsungan hidup Plasmodium di dalam tubuh manusia. Penghambatan fungsi protein PfSPP untuk menghentikan siklus Plasmodium dilakukan dengan penambatan (docking) senyawa aktif herbal maupun sintetis yang dimodelkan dengan suatu simulasi komputer sehingga selain efektif dan efisien juga dapat menghemat estimasi biaya. Simulasi komputer menggunakan metode dinamika molekul memiliki keluaran hasil simulasi berupa lintasan (trajectory) yang mengandung informasi perubahan posisi, kecepatan, sifat karakteristik sistem serta beberapa aspek mikroskopis lainnya. Tujuan penelitian ini adalah memperoleh prediksi struktur 3D beserta daerah pengikatan protein Plasmodium falciparum signal peptide peptidase (PfSPP) dan kestabilan penambatan senyawa aktif herbal dengan protein Plasmodium falciparum signal peptide peptidase (PfSPP) sehingga dapat memprediksi senyawa aktif yang mempunyai potensi sebagai obat antimalaria. Hasil evaluasi berdasarkan penilaian webserver PDBSUM dan Molprobity pada model prediksi struktur I-TASSER menunjukkan bahwa struktur model 5 yang dikonstruksi berdasarkan sekuens asam amino dengan entri Q8IKQ9_PLAF7 dipilih sebagai prediksi struktur dengan kemungkinan yang paling tinggi sesuai model yang telah ada. Hasil simulasi dinamika molekul pada model-model prediksi I-TASSER juga menunjukkan struktur model 5 memiliki kestabilan, kepadatan serta kerapatan yang tinggi sehingga tidak mengalami perubahan konformasi yang signifikan pada suhu 300 K. Prediksi daerah pengikatan pada protein PfSPP AutoLigand dari program AutoDockTools dengan 5 variasi kumpulan titik (fillpoints) untuk mendapatkan 5 daerah pengikatan dengan energi terendah sebagai letak penambatan (docking) dengan ligan herbal dan sintetis. Dari perhitungan efisiensi ligan seluruh kompleks diperoleh bahwa makromolekul kompleks protein PfSPP dengan ligan Harman, Ajoene, Emodin dan Mefloquine memiliki nilai terendah. Hasil simulasi MM/PBSA pada keempat kompleks didapatkan kompleks PfSPP-Ajoene dan PfSPP-Mefloquine memiliki energi ikat bebas paling rendah. Simulasi kestabilan diperoleh dari simulasi dinamika molekul 400ns dua pasangan kompleks PfSPP-Ajoene dan PfSPP-Mefloquine pada daerah pengikatan 5. Okupansi ikatan hidrogen juga menunjukkan bahwa pada daerah pengikatan 5 memiliki residu ikatan hidrogen yaitu Lys-389 yang memiliki okupansi tinggi dengan daerah pengikatan 5. Ikatan hidrogen Lys-389 dengan kedua ligan berperan penting dalam mempertahankan kestabilan struktur.
Keyword: daerah pengikatan, dinamika molekul, ligan herbal, malaria, Plasmodium falciparum

Judul: Warna bulu kucing ras Persia : variasi pola warna dan pewarisannya
Abstrak: Kucing Persia merupakan kucing ras yang paling umum dijumpai di Indonesia. Kucing Persia memiliki bulu yang panjang dengan variasi warna bulu yang sangat beragam. Perkawinan yang lebih terarah sangat perlu dilakukan untuk meningkatkan kualitas genetik warna dan pola warna bulu kucing. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari variasi warna dan pola warna bulu kucing Persia yang terdapat di Indonesia, yang dilakukan di kantor pusat Cat Fancy Indonesia mulai bulan Oktober 2000 sampai Januari 2001. Data yang digunakan merupakan data pedigree kucing Persia yang tercatat di Cat Fancy Indonesia dari tahun 1997 sampai Oktober 2001 yang terdiri dari 187 jantan dan 258 betina, selain itu juga dilakukan pengamatan langsung kepada tiga penyayang dan breeder kucing yang ada di Bandung. Secara umum tercatat 104 penyayang dan breeder kucing ras di Indonesia, 74,04% terdapat di Jawa Barat dan sisanya (25%) terdapat di daerah Jakarta. Jumlah kucing Persia yang lahir di Indonesia adalah 387 kucing (87,16%), yang terdiri dari 163 (42,12%) jantan dan 224 (57,88%) betina. Jumlah kucing Persia yang diimpor ke Indonesia adalah sebanyak 57 (12,845%) yang terdiri dari 23 (40,35%) jantan dan 34 (59,65%) betina. Jumlah kucing Persia yang terdapat di Jawa Barat (84,14%) lebih banyak dibanding jumlah kucing Persia yang ada di Jakarta (14,86%). Secara umum warna bulu cream (9,01%) dan pola warna solid (34,01%) memiliki persentase tertinggi. Warna cream merupakan warna dilusi dari warna merah (red) yang dapat dihasilkan dari berbagai macam kombinasi warna bulu yang dimiliki tetua sebelumnya, sebagai contoh dari perkawinan tetua yang memiliki warna bulu cream dengan red smoke. Perkawinan antara tetua yang memiliki warna dan pola warna bulu yang tidak murni dapat menghasilkan turunan yang memiliki warna dan pola warna bulu yang bervariasi.
Keyword: