Judul: Keragaman Bakteri Kitinolitik Asal Hutan Tropis dan Perkebunan Kelapa Sawit Jambi dan Potensi Enzim Pendegradasi Kitin Ganoderma boninense
Abstrak: Keragaman bakteri kitinolitik dapat dipelajari melalui metode kultur dan nonkultur. Metode nonkultur yang menggunakan teknik molekuler atau metagenomik, mampu memberikan informasi yang lebih lengkap mengenai keragaman bakteri tanah tanpa harus menumbuhkan sel terlebih dahulu. Metagenomik menjadi pilihan untuk pendeskripsi keragaman mikrob dalam wilayah yang spesifik termasuk area hutan dan perkebunan. Salah satu teknik analisis keragaman komunitas bakteri ialah dengan metode DGGE (Denaturing Gel Gradient Electrophoresis). Pendekatan dengan metode kulturasi bakteri asal hutan dapat digunakan untuk mencari bakteri galur unggul dalam memproduksi enzim kitinolitik yang spesifik dan unik. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman bakteri kitinolitik melalui metode kultur dan non kultur dari Taman Nasional Bukit Dua Belas (TNBD) dan perkebunan kelapa sawit, memurnikan secara parsial dan melakukan karakterisasi kitinase ekstraseluler dari isolat potensial dan menguji potensinya sebagai agens biokontrol cendawan Ganoderma boninense. Komposisi komunitas bakteri tanah yang terdapat pada dua sistem tanah yang berbeda dari hutan tropis TB dan daerah perkebunan kelapa sawit SW diuji dan dibandingkan dengan menggunakan metode DGGE untuk menganalisis sekuen gen 16S rRNA dan gen ChiA. Sekuen gen 16S rRNA dan ChiA dipengaruhi oleh komposisi kimia sampel dari dua tipe tanah yang berbeda seperti pH tanah, karbon total (TC), nitrogen total (TN), ketersediaan fosfat (AP), dan rasio C/N. Kandungan bahan-bahan organik pada perkebunan kelapa sawit cenderung lebih tinggi jika dibandingkan dengan kandungan bahan organik pada Taman Nasional Bukit Dua Belas. Secara umum penggunaan DGGE dapat memisahkan banyak pita DNA gen 16S rRNA dan ChiA. Masing-masing pita yang terpisah menunjukkan perbedaan spesies bakteri tanah. Analisis DGGE gen 16S rRNA dan ChiA pada 4 sampel tanah menghasilkan pita DGGE yang cukup beragam. Analisis indeks keragaman Shannon-Wienner (H’) digunakan untuk mengestimasi keragaman mikrob pada tiap lokasi. Indeks keragaman (H’) berdasarkan gen 16S rRNA pada empat lokasi berkisar dari 1.90-3.04 dan untuk gen ChiA berkisar antara 1.094- 1.705. Indeks kemerataan (e’) dari gen 16S rRNA berkisar antara 0.914-0.939 dn untuk gen ChiA berkisar antara 0.611-0.740. Isolasi bakteri kitinolitik pada media agar-agar kitin dari Taman Nasional Bukit Dua Belas dan perkebunan kelapa sawit di Provinsi Jambi menghasilkan 63 isolat bakteri kitinolitik dan hanya 10 isolat yang berpotensi menghambat pertumbuhan hifa Ganoderma boninense setelah diuji antagonis dan tidak menimbulkan respon hipersensitif / hypersensitive Response (HR) terhadap tanaman tembakau. Indeks kitinolitik yang dihasilkan dari 10 isolat kitinolitik berkisar antara 0.2 sampai 4, sedangkan aktivitas spesifik kitinase berkisar antara 4.27-6.30 Umg-1 protein. Analisis sekuen gen penyandi 16S rRNA menunjukkan bahwa 7 isolat kitinolitik memiliki kedekatan dengan kelompok Bacillus dan 3 isolat lainnya memiliki kedekatan dengan kelompok Pseudomonas. Isolat B. cereus TB04-05 dipilih untuk dikarakterisasi dan diuji kemampuan enzimnya terhadap pertumbuhan hifa G. boninense secara In vitro berdasarkan indeks kitinolitik dan aktivitas spesifik tertinggi yang dihasilkan isolat ini. Isolat B. cereus TB04-05 memiliki pertumbuhan yang meningkat mulai dari jam ke 0-12 jam inkubasi dan kemudian pertumbuhan relatif stabil sampai mencapai jam ke-42 inkubasi kemudian menurun setelah jam ke-48 inkubasi. Kitinase diproduksi dan relatif meningkat sampai jam ke-9 inkubasi dan setelah jam ke 48 inkubasi aktivitas menurun secara drastis. Pengendapan protein dengan menggunakan amonium sulfat menunjukkan konsentrasi garam ammonium sulfat 50% mampu menghasilkan aktivitas spesifik maksimum sebesar 8.420
Keyword: bakteri kitinolitik, DGGE, gen ChiA, keragaman bakteri, 16S rRNA

Judul: Karakterisasi Fragmen Dna Dari Bakteri Antagonis Yang Terlibat Dalam Aktivitas Antifungi Ganoderma Boninense
Abstrak: Kelapa sawit (Elaeis guineensis jacq) merupakan salah satu tanaman komoditi yang telah digunakan secara luas dalam industri makanan, farmasi dan kosmetik. Indonesia merupakan negara yang telah dianugrahi dengan iklim, kondisi lingkungan yang cocok untuk pertumbuhan kelapa sawit dan luas areal yang menyebabkan Indonesia menjadi negara dengan perkebunan kelapa sawit terbesar di dunia. Namun demikian, budidaya kelapa sawit menghadapi beberapa ancaman yang dapat mengurangi tingkat produksi. Busuk pangkal batang (BPB) oleh Ganoderma boninense merupakan ancaman serius pada perkebunan kelapa sawit. Pengendalian penyakit tersebut hingga saat ini telah banyak dilakukan, namun belum menunjukkan hasil yang memuaskan. Pengembangan ketersediaan agen pengendali hayati merupakan solusi yang sangat baik dalam menekan infeksi BPB. Lebih lanjut lagi bahwa pendekatan berbasis bioteknologi molekuler atau penemuan baru senyawa antifungi diperlukan untuk strategi pengendalian yang lebih baik. Pada penelitian ini, 198 isolat bakteri berhasil diisolasi dari tiga jenis sumber isolasi yang berbeda. Empat puluh satu isolat menunjukkan efek penghambatan yang berbeda-beda terhadap miselium G. boninense. Enam belas isolat dipilih untuk diuji lebih lanjut berdasarkan kemampuan percentage inhibiton of radial growth (PIRG) lebih dari 50%. Perbedaan yang signifikan ditunjukkan pada uji kultur ganda (Dual culture assay) pada p>0.05, dimana isolat G.1.22 menunjukkan aktivitas penghambatan tertinggi yaitu 87.86%. Hasil uji filtrat menunjukkan bahwa isolat G.1.22 tahan terhadap pemanasan. Sebaliknya isolat K.3.2 sensitif terhadap pemanasan dan penambahan proteinase K sehingga diasumsikan memiliki senyawa antifungi berupa protein. Hasil identifikasi gen penyandi 16S rRNA menunjukan bahwa isolat G.1.22 dan K.3.2 memiliki tingkat kemiripan 100% dengan Pseudomonas aeruginosa strain B13 (accession number KM588370) dan Bacillus amyloliquefaciens strain SCDB1439 (accession number KM922581). Metode shotgun cloning digunakan untuk kloning sejumlah fargmen DNA kromosom Bacillus amyloliquefaciens JR02. Berdasarkan uji antagonis keseluruhan E. coli T0P 10 rekombinan dengan suspensi G. boninense belum menunjukkan adanya ekspresi gen antifungi. Disamping itu, karakterisasi DNA pengapit mutan transposon mini-Tn5KmR (BglK226) dengan teknik genome walking berhasil dilakukan. Berdasarkan hasil analisis pengurutan DNA dan blasting diperoleh bahwa DNA pengapit memiliki tingkat kemiripan 99% dengan sebagian gen beta-ketoacyl shyntase asal Bukholderia gladioli BSR3.
Keyword: bakteri antagonis, busuk pangkal batang, Ganoderma boninense, genome walking, shotgun cloning

Judul: Dummy Title
Abstrak: Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Mauris viverra mollis ultrices. Donec imperdiet, odio facilisis lacinia convallis, lorem arcu mollis massa, faucibus hendrerit diam sapien finibus augue. Vestibulum a magna sit amet massa tincidunt efficitur. Etiam sagittis ex turpis. Suspendisse odio sem, tempor feugiat condimentum eget, hendrerit sed tortor. Donec velit turpis, tincidunt id molestie non, commodo nec tellus. Nulla tempor vel enim vel tristique. Proin lobortis orci sit amet urna consequat aliquet. Morbi eu vulputate enim. Sed placerat commodo magna at commodo. Cras sed eros velit. Curabitur imperdiet, justo at tempus eleifend, nisl mi euismod libero, ut volutpat tellus tortor in mi. Donec in scelerisque diam, ac semper justo. Aenean at magna euismod, efficitur dui sed, condimentum purus. Suspendisse potenti. Nam quis faucibus ligula. Sed imperdiet quam at accumsan ullamcorper. Fusce volutpat quam sed orci facilisis vestibulum. Quisque convallis ex quis urna semper, sed porttitor leo iaculis. Aliquam scelerisque dui ut lorem ornare ornare. Donec id viverra eros. Proin pulvinar purus vitae neque molestie maximus., Duis quis est vel neque lobortis suscipit. Morbi eu erat ultrices dui ornare gravida. Nam mattis blandit neque, at egestas mi aliquet sit amet. Nunc sed volutpat augue. Suspendisse faucibus, nisi ut dapibus eleifend, massa ipsum dictum nulla, rutrum consequat ligula lectus fringilla nibh. Sed vel justo vitae tellus dapibus facilisis ac sed libero. Cras et enim quis nunc vulputate lacinia id vel lacus. Cras ultricies suscipit malesuada. Quisque eu congue libero. Nam at dapibus nulla, vel efficitur neque. Etiam blandit sapien at dui interdum rhoncus. Donec vitae libero ornare, posuere sem ut, dignissim nibh. Praesent velit purus, sollicitudin et ligula nec, sollicitudin suscipit tortor. Vivamus vitae magna justo. Maecenas quis velit lacinia, pharetra nisi non, suscipit erat. Suspendisse sodales risus ac vestibulum ullamcorper. Mauris at tincidunt justo. Mauris sagittis, libero vel faucibus condimentum, nulla lacus tempus leo, eget tristique massa ligula non lorem. Integer dictum tortor a venenatis vestibulum. Fusce dapibus bibendum metus ut rutrum. Proin in velit in libero euismod convallis. Aliquam ultrices felis at ante lacinia varius. Cras odio eros, tincidunt vitae varius vel, aliquet et tellus. Vestibulum volutpat molestie tellus, sit amet sodales purus pharetra nec. Curabitur nec nunc velit. Fusce ut tincidunt nisi. In hac habitasse platea dictumst. Donec gravida urna quis auctor tempor. Sed eu diam eget felis luctus fermentum vel vel turpis. Curabitur vitae eros at elit varius interdum. Donec malesuada eleifend dictum. Nulla quam turpis, feugiat id augue a, porttitor sagittis mi. Suspendisse potenti. Integer nisi nisl, ullamcorper sit amet nisi et, vestibulum sollicitudin orci.
Keyword: dummy