Judul: Genetic Diversity of Indonesian Coconut (Cocos nucifera L.) by Whole Genome based Simple Sequence Repeat Molecular Markers
Abstrak: Kelapa (Cocos nucifera L.) merupakan tanaman yang penting di Indonesia karena memiliki banyak kegunaan. Tanaman kelapa tersebar luas di seluruh wilayah Indonesia sehingga menyebabkan keragaman kelapa di Indonesia sangat tinggi. Pemahaman tentang keragaman genetik pada tanaman kelapa akan membantu proses pemuliaan tanaman kelapa. Identifikasi keragaman genetik menggunakan marka molekuler memiliki ketepatan yang tinggi dibandingkan marka morfologi. Marka molekuler Simple Sequence Repeat (SSR) telah banyak digunakan dalam identifikasi keragaman genetik pada tanaman. Tujuan penelitian ini adalah untuk memperoleh persentase coverage genom kelapa Indonesia dengan kelapa kultivar Hainan Tall serta identifikasi lokus SSR genom kelapa Indonesia, memperoleh data in-silico dan identifikasi lokus SSR genom kelapa kultivar Hainan Tall, memperoleh pasangan primer SSR dan primer SSR tervalidasi berbasis genom kelapa kultivar Hainan Tall, serta mendapatkan data keragaman kelapa Indonesia yang diidentifikasi menggunakan marka SSR tervalidasi. Penelitian ini terdiri dari tiga percobaan yaitu analisis in-silico genom dan identifikasi lokus SSR kelapa, pengembangan marka SSR berdasarkan data whole-genome kelapa, dan identifikasi keragaman kelapa Indonesia menggunakan marka SSR whole-genome tervalidasi. Percobaan pertama melaporkan hasil analisis in-silico pada dua data genom kelapa Indonesia, yaitu DMT (Dalam Mapanget) dan GKH (Genjah Kopyor Hijau). Terdapat sebanyak 5.797.081 dan 4.500.078 scaffold dengan ukuran scaffold terpanjang 100 dan 180kb masing-masing untuk kelapa DMT dan GKH. Hasil analisis genom DMT dan GKH dengan kelapa Hainan Tall memiliki persentase coverage masing-masing sebesar 94,47% dan 92,21%. Identifikasi lokus SSR pada genom kelapa Indonesia menunjukkan motif dinukleotida paling sering muncul, dengan motif yang paling sering muncul yaitu AG, disusul AT, AC dan CG. Percobaan kedua menunjukkan 9.521.002 lokus SSR teridentifikasi dari panjang total genom kelapa Hainan Tall yaitu 2.202.455.121bp. Lokus dengan motif dinukleotida hingga heksanukleotida diidentifikasi. Motif dinukleotida yang paling sering muncul yaitu AG, AT, AC dan CG. 906 pasang primer SSR berhasil didesain dari 16 kromosom kelapa Hainan Tall. 20 pasang primer dilakukan amplifikasi pada sampel kelapa Indonesia. 18 primer dapat mengamplifikasi, sedangkan 2 pasang primer tidak dapat mengamplifikasi. Percobaan ketiga menunjukkan keragaman genetik 25 aksesi kelapa Indonesia koleksi BALITPALMA pada 15 lokus SSR polimorfik. Pohon filogenetik yang dihasilkan dari metode neighbour joining membagi 25 aksesi kelapa Indonesia dalam 3 kelompok besar. Kelompok pertama didominasi aksesi tipe Hibrida, kelompok kedua didominasi aksesi tipe Genjah dan Hibrida, serta kelompok ketiga didominasi aksesi tipe Dalam.
Keyword: kelapa Indonesia, data genom, SSR, keragaman genetik

Judul: Association Simple Sequence Repeat and Single Nucleotide Amplified Polymorphism Marker with Trunk Height Increment Character in Indonesian Coconut Population
Abstrak: Kelapa (Cocos nucifera L.) di Indonesia secara umum dibedakan menjadi dua tipe yaitu kelapa Dalam dan kelapa Genjah. Pemuliaan terhadap tanaman kelapa Indonesia telah dilakukan dengan menyilangkan kelapa Dalam dan Genjah yang menghasilkan kelapa Hibrida dengan sifat yang intermediate terhadap tetuanya. Validitas keberhasilan dalam persilangan dibuktikan secara morfologis. Salah satu ciri morfologis yang umum dilihat adalah pertambahan tinggi tahunan kelapa melalui sebelas bekas daun kelapa. Salah satu kelemahan dalam pemuliaan konvensional kelapa yaitu memerlukan waktu yang lama untuk mengamati karakter morfologis pada hasil persilangan. Marka molekuler dapat digunakan pada awal fase pertumbuhan kelapa, sehingga tidak perlu menunggu hingga karakter morfologis tertentu dapat diamati. Pemuliaan tanaman pendekatan bioteknologi berbasis marka molekuler merupakan terobosan untuk mempercepat proses pemuliaan dengan tingkat keakuratan yang tinggi. Marka molekuler yang dikembangkan dibedakan menjadi dua yaitu marka dominan dan marka kodominan. Marka dominan memiliki kelemahan tidak membedakan alel heterozigot, sedangkan tanaman kelapa dapat menyerbuk silang yang berarti tingkat heterozigotnya tinggi. Oleh sebab itu, dalam penelitian ini digunakan marka kodominan. Marka kodominan yang digunakan dalam penelitian ini yaitu marka Single Nucleotide Amplified Polymorphism (SNAP) dan marka Simple Sequence Repeat (SSR). Marka SNAP didesain menggunakan dasar gen (gene-based marker). Sedangkan marka SSR dalam penelitian ini menggunakan dasar genom (genome-based marker). Tujuan penelitian ini adalah untuk mendapatkan informasi keragaman genetik populasi plasma nutfah kelapa Indonesia berdasarkan marka SSE berbasis whole genome kelapa; mendapatkan informasi marka SSR berbasis whole genome kelapa yang berasosiasi dengan karakter pertambahan tinggi tahunan tanaman kelapa Indonesia; mendapatkan informasi keragaman nukleotida genom kelapa, informasi keragaman beberapa genotipe kelapa berdasarkan situs SNP, dan pengembangan marka SNAP berbasis gen pertambahan tinggi kelapa (gen CYP P450 87A3, DET2, dan FBP SNE). Percobaan pertama menginformasikan 16 kromosom kelapa memiliki masing-masing tandem pengulangan. Pengulangan motif nukleotida berhasil didesain primer SSR. Dari 20 primer yang diuji, 18 pasang primer menunjukkan hasil positif sedangkan 2 pasang primer menunjukkan hasil negatif. Dari 18 pasang primer, terdapat 2 lokus yang menghasilkan pita monomorfik yaitu lokus Cn-1-1 (primer 20) dan Cn-4-2 (primer 16). Terdapat 1 lokus mikrosatelit, yaitu lokus Cn-5-1 (primer 15) tidak menghasilkan pita pada sekuenser vertikal. Percobaan kedua menginformasikan 14 lokus SSR menunjukkan polimorfisme, masing-masing terdapat 2 hingga 4 pita, dengan alel yang bervariasi antara homozigot dan heterozigot tiap akssesinya. Rata-rata nilai jumlah alel yang teramati secara aktual (Na), heterozigositas (Ho dan He) dan Polymorphic Information Content (PIC) berturut-turut adalah 2.92, 0.95, 0.59 dan 0.67. Analisis keragaman genetik pada 25 varietas kelapa Indonesia menggunakan 14 lokus SSR polimorfik menunjukkan hasil klustering menjadi tiga kluster. Kluster pertama didominasi oleh tipe genjah dan hibrida, kluster kedua didominasi oleh tipe dalam dan hibrida, serta kluster ketiga didominasi oleh tipe hibrida. Sebanyak 4 lokus berhasil diasosiasikan dengan karakter pertambahan tinggi tanaman, yaitu Cn-16-1, Cn-10-1, Cn-8-1, Cn-7-1. Percobaan ketiga menghasilkan informasi 9 SNP pada CYP P450 87A3 dan penanda SNAP dikembangkan berdasarkan situs SNP tersebut. Analisis lokus tunggal pada lokus SNAP CYP2_SNP1 menunjukkan asosiasi dengan pertambahan tinggi batang kelapa. Genotipe homozigot CC untuk lokus SNAP CYP2_SNP1 memiliki asosiasi dengan karakter pertambahan tinggi batang lambat. Alel T dan C pada lokus CYP2_SNP1 memilki aksi aditif, dimana genotipe TC merupakan aditif dari genotipe CC
Keyword: Indonesian coconut population, SNAP, SSR, yearly trunk height  increment

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: