Judul: Antibacterial Activity of Endophytic Actinobacteria Isolated from Ziziphus sp. against Multidrug-Resistant Strains and Their Identification
Abstrak: Eksplorasi aktivitas antibakteri dari aktinobakteri endofit asal bidara (Ziziphus sp.) perlu dilakukan untuk mendapatkan sumber alternatif baru penghasil antibiotik. Penelitian ini bertujuan mengevaluasi aktivitas antibakteri pada aktinobakteri endofit bidara terhadap lima bakteri multidrug- resistant dan mengidentifikasi isolat potensial melalui pendekatan molekuler berdasarkan gen 16S rRNA. Pada penelitian sebelumnya, 30 isolat aktinobakteri telah berhasil diisolasi dari dari akar, batang, dan daun bidara. Penapisan melalui metode double layer agar diffusion menunjukkan bahwa lima dari 30 isolat aktinobakteri (16%) memiliki aktivitas antibakteri spesifik terhadap methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) dan Bacillus subtilis strain M18. Ekstrak kasar metabolit sekunder dari empat isolat terpilih (BBK 1, DBK 2, DBK 3, dan DBSB 1) juga secara konsisten menujukkan aktivitas penghambatannya terhadap MRSA dengan diamter zona hambat berkisar antara 8±0,8–11±2,9 mm. Minimum inhibitory concentration (MIC) yang ditentukan berdasarkan teknik microbroth-dilution menunjukkan bahwa keempat ekstrak tersebut memiliki MIC yang berkisar 2.500–5.000 μg/mL. Karakterisasi morfologi koloni dan sel pada keempat isolat tersebut menujukkan bahwa isolat-isolat tersebut tergolong aktinobakteri. Berdasarkan identifikasi sekuens gen 16S rRNA, keempat isolat termasuk pada kelompok Streptomyces spp. dengan nilai kemiripan > 99%. Keempat isolat terpilih dapat diteliti dan dikembangkan lebih lanjut sebagai penghasil senyawa anti-MRSA di masa depan.
Keyword: Aktinobakteri endofit, antibakteri, methicillin⎯resistant Staphylococcus aureus (MRSA), Streptomyces spp., Ziziphus sp.

Judul: Aktinomiset Rizosfer Penghasil Senyawa Bioaktif Antibakteri Penginfeksi Saluran Kemih
Abstrak: Beberapa bakteri yaitu Escherichia coli, Citrobacter braakii, Acinetobacter calcoaceticus, dan Klebsiella pneumoniae telah didapatkan pada urin penderita ISK sebagai penginfeksi. Laporan di dunia, jumlah penderita ISK cukup tinggi dan terus mengalami kenaikan tiap tahunnya. Komplikasi yang timbul jika infeksi tidak tertangani dengan baik dapat menimbulkan kerusakan ginjal hingga kematian. Kegagalan terapi umumnya disebabkan oleh sifat resisten antibiotik dari bakteri penginfeksi. Kondisi penderita diperparah dengan terdapatnya beberapa bakteri yang telah mengalami Multi Drug Resistance (MDR). Bahaya resistensi antibioik yang terjadi, perlu untuk dicari solusinya agar angka kematian penderita tidak bertambah. Salah satu solusi yang dapat ditawarkan yaitu mencari senyawa antibakteri baru dari lingkungan sekitar. Aktinomiset merupakan salah satu kelompok bakteri yang dapat ditemukan di berbagai relung ekologi, serta memiliki kelimpahan yang tinggi di tanah, terutama pada daerah dekomposisi tanaman. Kelompok bakteri tersebut juga dapat tumbuh dengan subur di daerah tanah kering, seperti pada tanah perkebunan jagung. Beberapa genus aktinomiset mampu memproduksi berbagai senyawa bioaktif antibakteri. Karakter senyawa antibakteri yang dihasilkan dari aktinomiset tanah kering dilaporkan memiliki kualitas yang lebih baik, yaitu lebih stabil, mudah larut, dan tahan terhadap panas dibandingkan senyawa antibakteri dari aktinomiset tanah basah. Berdasarkan karakter senyawa yang dimiliki oleh aktinomiset tanah kering dan bahaya resistensi bakteri penyebab ISK terhadap antibiotik yang sering digunakan, maka dalam penelitian ini telah dilakukan serangkaian teknik untuk menemukan senyawa antibakteri baru dari aktinomiset. Tahap yang telah dilakukan dalam penelitian ini yaitu penapisan potensi antimikrob dari 21 aktinomiset rizosfer yang telah dikoleksi di Divisi Mikrobiologi, Departemen Biologi, FMIPA IPB dengan enam bakteri penginfeksi saluran kemih (Escherichia coli, Citrobacter braakii, Acinetobacter calcoaceticus, dan Klebsiella pneumoniae) dengan metode modifikasi kertas cakram. Aktinomiset potensial yang mampu menghambat pertumbuhan bakteri uji, selanjutnya dikultur dalam medium cair dan supernatannya diujikan kembali terhadap bakteri penginfeksi saluran kemih untuk mengkonfirmasi aktivitas antibakteri senyawa bioaktif yang terkandung. Senyawa bioaktif antibakteri yang terdapat dalam supernatan dipisahkan dari medium kultur cair aktinomiset dengan cara diekstraksi menggunakan pelarut etil asetat. Ekstrak kasar etil asetat yang didapatkan, kemudian dilarutkan, dan diuji aktivitas penghambatannya terhadap bakteri penyebab ISK. Selain itu, ekstrak kasar juga ditentukan kandungan senyawa bioaktifnya dengan metode kromatografi gas, sehingga diketahui kandungan senyawa bioaktif di dalamnya. Aktinomiset penghasil antibakteri penginfeksi saluran kemih diidentifikasi berdasarkan gen 16S rRNA untuk mengetahui jenis isolat aktinomiset potensial. Hasil Penapisan aktinomiset rizosfer terhadap bakteri ISK (E. coli strain 1 hingga 3, C. braakii, A. calcoaceticus, dan K. pneumoniae) diperoleh tiga aktinomiset potensial yang memiliki zona hambat dan spektrum luas. Ketiga isolat tersebut yaitu ARJ 16, ARJ 24, dan ARJ 36. Ketiga aktinomiset potensial menunjukkan kemampuan penghambatan terhadap enam bakteri patogen uji. Kandungan senyawa bioaktif ekstrak kasar ARJ 16 dengan kelimpahan tertinggi yaitu 1,2-dikloro propana, sedangkan senyawa bioaktif tertinggi dalam ekstrak kasar ARJ 24 adalah asam n-Heksadekanoat, serta asam karbonoklorit, 2-kloroetil ester merupakan senyawa dengan konsentrasi yang tinggi dalam ekstrak kasar ARJ 36. Identifikasi aktinomiset potensial berdasarkan gen 16S rRNA menunjukkan bahwa ARJ 16 dan ARJ 24 memiliki kemiripan 99% dengan Streptomyces sp., sedangkan ARJ 36 memiliki kemiripan 98% dengan Streptomyces tendae. Ketiga isolat potensial dalam penelitian ini diharapkan kelak dapat menjadi bahan produksi senyawa antibiotik alternatif untuk terapi ISK.
Keyword: aktinomiset, antibakteri, infeksi saluran kemih

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: