Judul: Metode Mempertahankan Kualitas Dan Kuantitas Asam Ribonukleat (RNA) Tanaman
Abstrak: Ketidakstabilan RNA merupakan sebuah hambatan untuk menyimpan dan membawa RNA yang akan digunakan sebagai parameter penelitian bioteknologi. Penelitian ini diharapkan dapat menghasilkan inovasi baru penyimpanan RNA tanaman. Molekul RNA disimpan dengan 6 perlakuan berbeda. Perlakuan pertama disimpan pada -400C dan diperoleh konsentrasi bunga kakao sebesar 1.204 ng/μl, lateks stimulan 3.408 ng/μl dan lateks nonstimulan 1.374 ng/μl dengan kualitas RNA yang baik. Perlakuan kedua RNA disimpan pada suhu ruang, RNA mengalami kerusakan setelah disimpan. Perlakuan ketiga dan keempat, RNA ditambahkan sodium asetat dan etanol absolut serta disimpan pada 40C dan -200C, setelah penyimpanan, RNA pada kedua perlakuan tersebut masih memiliki kualitas yang baik. Perlakuan kelima dan keenam, RNA ditambahkan etanol absolut dan disimpan pada 40C dan suhu ruang, setelah penyimpanan, RNA yang ditambah etanol absolut pada suhu ruang mengalami kerusakan sedangkan yang disimpan pada 40C masih mempunyai kualitas yang baik. Konsentrasi RNA tertinggi setelah penyimpanan diperoleh pada perlakuan penambahan sodium asetat dan etanol absolut pada 40C yaitu bunga kakao sebesar 456 ng/μl, lateks stimulan 2.358 ng/μl dan lateks nonstimulan 1.368 ng/μl. Hasil RT-PCR RNA tanpa perlakuan dengan RNA yang disimpan pada 40C dengan penambahan sodium asetat dan etanol absolut memiliki ekspresi gen yang sama. Sehingga disimpulkan bahwa RNA dapat disimpan pada suhu 40C dengan penambahan sodium asetat dan etanol absolut.
Keyword: 

Judul: Evaluasi Metode Isolasi Asam Nukleat Dalam Deteksi Pcr Untuk Patogen Antraknosa, Bulai, Huanglongbing Dan Mosaik
Abstrak: Pengujian dengan metode molekuler seperti Polymerase Chain Reaction (PCR) bagi Badan Karantina Pertanian sangat penting mengingat diperlukan deteksi dan identifikasi yang cepat, efisien dan akurat. Oleh sebab itu perlu dilakukan evaluasi beberapa metode isolasi asam nukleat dalam deteksi PCR untuk beberapa macam penyakit tumbuhan berdasarkan golongan patogen dan tipe penyakitnya. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi metode isolasi asam nukleat secara konvensional, kit komersial, dan FTA-card yang digunakan dalam teknik PCR dan modifikasinya untuk deteksi patogen-patogen penyakit antraknosa cabai, bulai jagung, huanglongbing jeruk dan mosaik kacang panjang. Sebanyak tiga bagian tanaman diambil dari setiap contoh tanaman sakit di lapangan yaitu buah cabai yang terserang Colletotrichum acutatum, daun jagung yang terserang Peronosclerospora sorghi, daun jeruk yang terserang Candidatus Liberibacter asiaticus dan daun kacang panjang yang terserang BCMV. DNA hasil isolasi masing-masing metode tersebut diukur dengan UV-vis nanodrop-spektrofotometer dalam satuan konsentrasi ng μL-1. Jumlah total asam nukleat dari metode kit dan konvensional dihitung dari perkalian antara konsentrasi dengan volume total suspensi asam nukleat; sedangkan untuk metode FTA-card standar dan modifikasi yaitu perkalian antara konsentrasi, volume suspensi dan luas kertas FTA yang berisi contoh dibagi dengan luas tiap punch. Untuk PCR asam nukleat hasil isolasi sebagai cetakan DNA pada konsentrasi 15 ng μL-1 dan konsentrasi primer yaitu 0.4, 0.6, 0.8 dan 1.0 μM untuk tiap metode isolasi. Konsentrasi DNA tertinggi hasil isolasi total dari jaringan tanaman sakit selalu diperoleh melalui metode konvensional baik pada C. acutatum asal biakan murni atau antraknosa pada buah, bulai jagung, huanglongbing jeruk maupun BCMV. Kemurnian DNA yang baik dari hasil isolasi diperoleh pada C. acutatum asal buah dan huanglongbing jeruk dengan kit komersial (nilai 1.94), C. acutatum asal biakan murni dengan konvensional (nilai 1.91), Ca. L. asiaticus dengan kit komersial (nilai 1.96) dan kemurnian RNA dari BCMV diperoleh dengan metode kit komersial (nilai 2.08). Jumlah DNA total tertinggi secara nyata diperoleh melalui metode FTA-card yang dimodifikasi untuk C. acutatum asal biakan murni, sedangkan untuk patogen lainnya tidak menunjukkan perbedaan nyata antar keempat metode isolasi. Secara umum bahwa kuantitas dan kualitas asam nukleat yang diperoleh pada keempat metode isolasi asam nukleat terhadap keempat patogen termasuk layak untuk digunakan selanjutnya sebagai cetakan (template) dalam amplifikasi DNA menggunakan PCR. Deteksi keempat patogen dengan PCR dengan masing-masing primer spesifik menggunakan DNA template hasil isolasi dengan empat metode pada volume setara tanpa merubah konsentrasi DNA menunjukkan amplifikasi positif walaupun dengan ketebalan pita DNA yang bervariasi. Untuk mencapai hasil terbaik, jumlah DNA cetakan dalam reaksi PCR perlu dioptimasi. PCR lebih lanjut dengan menggunakan konsentrasi primer yang optimal serta penambahan DNA template pada ketiga metode isolasi, 5 menunjukkan bahwa semua contoh DNA menghasilkan pita DNA amplikon yang lebih tebal dan merata. Secara umum ditunjukkan bahwa konsentrasi asam nukleat yang terbaik secara umum diperoleh melalui metode isolasi konvensional yang lebih membutuhkan tahap dan waktu lebih banyak dibandingkan metode kit komersial atau FTA card dan modifikasinya. Kualitas asam nukleat yang baik lebih sering diperoleh melalui metode kit komersial. Jumlah total asam nukleat tertinggi diperoleh melalui metode FTA card yang lebih praktis dan singkat namun kualitasnya lebih rendah. Asam nukleat hasil isolasi keempat metode isolasi keempat jenis patogen tumbuhan dalam penelitian
Keyword: BCMV, Candidatus Liberibacter asiaticus, Colletotrichum acutatum, FTA-card, PCR, Peronosclerospora sorghi, spektrofotometer.

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: