Judul: Skrining Gen Target untuk Pengembangan Metode Deteksi Cronobacter spp. dalam Susu Formula Menggunakan PCR Real Time
Abstrak: Bakteri patogen oportunistik Cronobacter spp. diketahui menyebabkan penyakit seperti necrotizing enterocolitis (NEC) dan meningitis pada kelompok bayi tertentu. Cronobacter spp. telah diisolasi dari berbagai macam makanan kering asal Indonesia. Cronobacter spp. yang terdapat pada makanan kering diduga berada dalam kondisi stres bahkan VBNC. Bakteri pada kondisi tersebut tidak dapat terdeteksi dengan metode plate count. Teknik PCR real time atau quantitative PCR (qPCR) dapat menjadi alternatif untuk bakteri tersebut. Cronobacter spp. dapat bertahan dalam makanan kering karena memiliki gen yang berperan dalam merespon kondisi stres yaitu gen rpoS dan grxB. Gen lain dari gen virulen yang mengalami upregulation saat kondisi stres yaitu gen hfq dan ompA. Sepuluh isolat lokal C. sakazakii diketahui memiliki gen rpoS, grxB, hfq, dan ompA. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan gen target untuk deteksi Cronobacter spp., merancang primer gen target terpilih untuk deteksi Cronobacter spp., dan aplikasi primer terpilih untuk deteksi cepat bakteri Cronobacter spp. pada susu formula menggunakan PCR real time. Gen target dipilih berdasarkan analisis sekuen, primer spesifik dirancang melalui pendekatan in silico, inklusivitas uji PCR real time dilakukan untuk deteksi Cronobacter spp., dan sensitifitas uji PCR real time dinyatakan dengan kurva standar. Berdasarkan hasil analisis sekuen didapatkan hasil bahwa gen grxB ditentukan sebagai gen target untuk deteksi Cronobacter spp. menggunakan PCR real time. Primer gen target dirancang berdasarkan wilayah konservasi C. sakazakii yang tidak dapat mengamplifikasi non Cronobacter spp. Primer yang dipilih adalah GBCF yaitu urutan sekuen gen grxB isolat lokal C. sakazakii pada posisi 62-81 dan GBCR pada posisi 141-160. Primer tersebut mampu mendeteksi 24 Cronobacter spp., serta dapat diaplikasikan untuk deteksi cepat Cronobacter spp. pada susu formula dengan konsentrasi DNA terendah 1 x 10-4 (ng/μL) atau setara dengan jumlah bakteri sebanyak 1.01 x 101 sel. Temuan ini dapat berkontribusi untuk pengembangan deteksi cepat Cronobacter spp. menggunakan PCR real time.
Keyword: Cronobacter spp, metode deteksi, grxB, desain primer, PCR real time

Judul: Optimasi Suhu Annealing dan Konsentrasi Primer untuk Deteksi Kualitatif Cronobacter spp. Menggunakan Metode PCR Multipleks
Abstrak: Cronobacter spp. adalah bakteri patogen oportunistik yang mampu membahayakan hidup dengan menyebabkan penyakit meningitis, bakterimia, dan necrotizing enterocolitis. Metode deteksi Cronobacter spp. terus dikembangkan untuk memperoleh hasil yang spesifik dan waktu uji yang singkat, salah satunya dengan Polymerase Chain Reaction (PCR). Tujuan penelitian ini adalah memperoleh suhu annealing dan konsentrasi primer yang optimum untuk deteksi kualitatif Cronobacter spp. menggunakan metode PCR Multipleks dengan beberapa kombinasi gen target, yaitu hfq, ompA, dan grxB. Pada penelitian ini digunakan 13 isolat bakteri Cronobacter spp. yang diisolasi dari beberapa produk MP–ASI, maizena, susu formula, pati singkong, tepung terigu, dan merica bubuk. Hasil optimasi kondisi running PCR multipleks dengan suhu annealing (52, 55, 57ºC) dan konsentrasi primer (0.1 μM; 0.3 μM; 0.5 μM) menunjukkan hasil amplifikasi terbaik pada suhu 57ºC dengan konsentrasi primer hfq 0.1 μM dan grxB 0.5 μM.
Keyword: Cronobacter spp, PCR multipleks, hfq, ompA, grxB

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: