Judul: Sekuen Parsial Gen Ospin1a Dari Padi Hawara Bunar Dan Mutannya
Abstrak: Padi varietas Hawara Bunar merupakan padi toleran aluminium (Al) dan telah dihasilkan mutan padi Hawara Bunar dengan sifat sensitif Al. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan sekuen parsial dari gen OsPIN1a pada padi Hawara Bunar dan mutan Hawara Bunar. Metode penelitian yang dilakukan ialah perlakuan cekaman Al 15 ppm pada kecambah padi varietas Hawara Bunar dan mutannya di media kultur hara minimum pH 4. Analisis sifat toleransi terhadap cekaman Al diukur berdasarkan nilai Root Re-Growth Relative (RGR). Isolasi DNA dilakukan dengan metode cetyltrimethylammonium bromide (CTAB). Amplifikasi DNA menggunakan tiga pasang primer yang didesain dari gen OsPIN1a dari padi. Hasil PCR disekuen menggunakan jasa Macrogen Sequencing Services. Hasil penelitian menunjukkan panjang sekuen parsial gen OsPIN1a dari Hawara Bunar dan mutannya yang meliputi intron 2, ekson 3, intron 3, dan sebagian ekson 4 berturut-turut ialah 293 pb dan 291 pb. Sebanyak 18 mutasi nukleotida ditemukan pada sekuen tersebut, tetapi hanya 6 mutasi terdapat pada ekson 3. Perubahan nukleotida tersebut mengubah asam amino ke-483 dari valin ke alanin tetapi tidak mengubah struktur protein yang dibentuk. Asam amino yang berubah mungkin telah membuat gen OsPIN1a mutan tidak berfungsi normal.
Keyword: aluminium, gen OsPIN1a, Hawara Bunar, padi

Judul: Respon Fisiologi, Morfologi, dan Anatomi Akar Padi Hawara Bunar Transgenik yang Mengalami Pembungkaman Gen B11 terhadap Cekaman pH Rendah dan Aluminium
Abstrak: Padi var. Hawara Bunar merupakan padi yang toleran terhadap cekaman aluminium (Al). Sifat toleransi Al pada varietas tersebut salah satunya diduga disebabkan oleh ekspresi gen B11 yang telah diisolasi dari padi var. Hawara Bunar. Pembungkaman gen B11 dengan teknik RNAi pada var. Hawara Bunar menghasilkan padi transgenik yang diduga memiliki sifat sensitif terhadap cekaman Al. Penelitian bertujuan mempelajari respon fisiologi, morfologi, dan anatomi akar padi Hawara Bunar transgenik yang mengalami pembungkaman gen B11 terhadap cekaman pH rendah dan Al. Kecambah padi ditanam pada larutan hara selama 24 jam periode adaptasi, kemudian diikuti dengan 72 jam periode cekaman, dan 48 jam periode pemulihan. Konsentrasi Al yang digunakan dalam perlakuan adalah 15 ppm. Peubah yang diamati yaitu karakter pertumbuhan akar, akumulasi Al pada akar, morfologi ujung akar, penampang membujur zona pemanjangan pada akar, dan struktur sel ujung akar. Hasil percobaan menunjukkan bahwa padi transgenik mengalami penghambatan pertumbuhan akar dan mengakumulasi Al lebih banyak di ujung akar dibanding padi var. Hawara Bunar ketika kedua genotipe tersebut mengalami cekaman Al. Sel-sel epidermis ujung akar padi transgenik mengalami kerusakan ketika mendapat cekaman Al. Panjang sel-sel parenkim korteks pada zona pemanjangan akar padi Hawara Bunar transgenik lebih pendek dibanding var. Hawara Bunar tipe liar ketika dicekam dengan pH rendah dan Al. Hasil analisis TEM menunjukkan sel akar padi Hawara Bunar transgenik mengalami kerusakan dan muncul granula di dalam sel. Pembungkaman gen B11 pada var. Hawara Bunar menyebabkan padi var. Hawara Bunar yang toleran Al menjadi sensitif Al, sehingga dapat disimpulkan bahwa gen B11 berperan dalam mekanisme toleransi padi terhadap cekaman Al.
Keyword: aluminium, padi, pembungkaman gen

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: