Judul: Kajian Keragaman Gen MSTN, ADIPOQ, FTO dan EDG1 sebagai Marka Genetik Kualitas Daging pada Sapi Pedaging Indonesia
Abstrak: Indonesia memiliki Sumber Daya Genetik Ternak (SDGT) yang melimpah, dimana terdapat empat bangsa sapi yaitu: sapi Bali (Bos javanicus), Zebu (Bos indicus), Taurine (Bos taurus), dan sapi silangan. Bangsa sapi tersebut dibudidayakan sebagai penghasil daging, susu, kulit, dan sebagai ternak kerja. Sapi Bali adalah sapi asli Indonesia yang telah didomestikasi dari banteng liar (Bibos banteng) di Jawa dan Bali selama ratusan tahun. Zebu diperkenalkan oleh orang India pada awal abad pertama. Beberapa sapi Bos taurus diimpor pada awal abad ke-18 untuk digunakan sebagai sapi perah. Indonesia telah menetapkan 9 bangsa sapi pedaging antara lain: sapi Bali, Madura, Aceh, Sumbawa, Pesisir, Peranakan Ongole (PO), Jabres, dan Sumba Ongole (SO), dan Brahman. Kekayaan SDGT ini perlu dilestarikan, dikembangkan dan dimanfaatkan secara berkelanjutan demi meningkatkan pendapatan dan kesejahteraan peternak serta memperkuat ketahanan pangan nasional. Kebijakan pengelolaan SDGT yang berkelanjutan merujuk kepada tiga pendekatan, yaitu: Pemurnian dan konservasi ternak, persilangan ternak dan pengembangan bangsa baru. Sapi pedaging Indonesia berpotensi untuk dikembangkan menjadi sapi pedaging unggul melalui proses seleksi dan persilangan. Dewasa ini telah berkembang seleksi berdasarkan marka genetik atau disebut marker assisted selection (MAS) yang hasilnya lebih akurat, efektif dan efisien. Proses seleksi dapat dilakukan pada kandidat gen-gen yang berasosiasi dengan sifat pertumbuhan dan kualitas daging. Beberapa gen yang potensial untuk diseleksi antara lain: gen myostatin (MSTN), gen adiponectin (ADIPOQ), gen fat mass and obesity associated (FTO), dan gen endothelial differentiation sphingolipid G-proteincoupled receptor 1 (EDG1) yang telah banyak dilaporkan pada bangsa sapi Bos taurus maupun Bos indicus. Tujuan penelitian ini adalah: 1) Mengidentifikasi keragaman SNP gen MSTN, ADIPOQ, FTO dan EDG1 pada sapi pedaging Indonesia. 2) Memvalidasi keragaman SNP baru yang ditemukan pada sapi pedaging Indonesia. 3) Mengasosiasikan keragaman SNP baru yang polimorfik dengan peubah pertumbuhan dan kualitas daging pada sapi pedaging Indonesia. Penelitian ini terdiri dari dua tahap. Tahap pertama yaitu mengidentifikasi keragaman gen MSTN, ADIPOQ, FTO dan EDG1 pada bangsa sapi pedaging Indonesia. Penelitian tahap pertama dilakukan dengan metode polymerase chain reaction-resticted fragment length polymorphism (PCR-RFLP) dan direct sequencing. Tahap kedua yaitu memvalidasi dan mengasosiasikan gen-gen yang polimorfik dengan sifat pertumbuhan dan kualitas daging pada sapi Bali. Data sifat pertumbuhan diperoleh dari hasil recording dan pengukuran langsung. Data kualitas daging diperoleh dengan metode estimasi menggunakan alat ultrasonografi. Hasil penelitian tahap pertama menunjukkan bahwa keragaman SNP g.- 371T>A gen MSTN di bagian promotor bersifat polimorfik pada sapi Katingan, sapi Sumba Ongole (SO) dan sapi Simmental dengan ditemukan tiga genotipe (TT, TA, AA) dan dua alel T dan A. Sedangkan pada sapi Pasundan, sapi Madura, sapi Pesisir, sapi Peranakan Ongole (PO), sapi Brahman, sapi Limousin dan sapi Bali bersifat monomorfik hanya bergenotipe TT dan alel T. Keragaman SNP indel g.81 966 364D>I gen ADIPOQ di bagian promotor bersifat monomorfik pada semua bangsa sapi pedaging Indonesia, hanya ditemukan satu genotipe DD dan satu alel D. Keragaman SNP g.125 550A>T di ekson 3 gen FTO bersifat polimorfik pada sapi Madura, Pesisir, Katingan, PO, Pasundan, SO, Brahman, Simmental dan Limousin dengan ditemukan tiga genotipe (AA, AT, TT) dan dua alel (A dan T). Sedangkan pada sapi Bali bersifat monomorfik bergenotipe AA dan alel A. Keragaman SNP c.-312A>G gen
Keyword: Sapi Bali, kualitas daging, lemak intramuskular, SNP c.-273C>G gen EDG1

Judul: Identifikasi Keragaman Gen Dgat1 Dan Scd Serta Asosiasinya Terhadap Kualitas Karkas Pada Sapi Bali
Abstrak: Sapi Bali merupakan ternak asli Indonesia yang telah diakui oleh FAO sebagai salah satu bangsa sapi di dunia. Sapi bali memiliki potensi yang belum dimanfaatkan dengan baik khususnya ke arah kualitas karkas yang baik. Perlu dilakukan upaya perbaikan secara genetik kearah kuaitas karkas dengan menggunakan pendekatan molekuler atau Marker Assisted Selection (MAS). Gen yang dapat digunakan sebagai marker sifat kualitas karkas adalah gen Diacylglycerol Acyltransferase 1 (DGAT) dan Stearoyl-CoA desaturase (SCD). Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi keragaman gen DGAT1 dan SCD pada sapi bali di Balai Pembibitan Ternak Unggul Sapi Bali dengan menggunakan metode sekuensing, menentukan SNP pada fragmen target gen DGAT1 dan SCD dan menganalisis asosiasi antara SNP (genotipe) yang didapatkan dengan data sifat-sifat kualitas karkas. Jumlah sampel sapi bali adalah 48 ekor terdiri atas jantan 24 ekor dan betina 24 ekor berasal dari BPTU-HMT Sapi Bali di provinsi Bali. Amplifikasi gen DGAT1 menggunakan primer forward 5’- CACCATCCTCTTCCTCAAG-3’ dan reverse 5’- GGAAGCGCTTTCGGATG-3’, SCD menggunakan primer forward 5’-ACCTGGTGTCCTGTTGTTGTGCTTC-3’ dan reverse 5’-GATGACCCTACTCTTCTATTTATGC-3’. Keragaman gen DGAT1 dan SCD diidentifikasi dengan metode direct sequencing. Sifat kualitas daging yaitu tebal longissimus dorsi (TLD), tebal lemak punggung (TLP), tebal lemak rump (TLR), tebal rump (TR), marbling score (MS), dan persentase lemak intramuskular (PLIM) di koleksi menggunakan Veterinary Ultrasound Scanner. Frekuensi alel dan genotipe dihitung dengan GENEPOP (V3.2) untuk mengetahui apakah polmorfisme gen DGAT1 dan SCD dalam keseimbangan Hardy-Weinberg. Asosasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP) gen SCD terhadap kualitas daging dianalisis dengan pendekatan General Linier Model (GLM). Hasil analisis ditemukan gen DGAT1 pada SNP c.10433G>A dan c.10434C>A disapi bali bersifat monomorfik. 8 SNP yaitu 5 SNP monomorfik (c.10153A>G, c.10318C>A, c.10329C>T, g.10394G>A, g.10486A>C) dan 3 polimorfik (g.10360G>A, g.10428C>T, g.10487G>A) berada dalam keseimbangan H-W. Gen SCD Ditemukan berasosiasi nyata (P<0.05) pada SNP g.10428C>T terhadap sifat marbling score dan persentase lemak intramuskular. Berdasarkan hasil tersebut SNP g.10428C>T dapat dijadikan sebagai kandidat marker assisted selection (MAS).
Keyword: Sapi Bali, Gen DGAT1, Gen SCD, SNP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: