Judul: Deteksi dan Identifikasi Molekuler Bakteri Burkholderia glumae dalam Benih Padi Varietas Unggul, Lokal, dan Hibrida
Abstrak: Bakteri Burkholderia glumae adalah patogen terbawa benih yang menyebabkan penyakit busuk bulir padi. Bakteri ini menjadi penyebab dari penyakit yang baru meningkat kembali statusnya di beberapa negara penanam padi, termasuk Indonesia. Bakteri ini merupakan patogen yang terbawa benih padi, sehingga ketika benih terinfeksi ditanam, tanaman padi yang tumbuh telah mulai terinfeksi sejak masih sangat dini. Deteksi dan identifikasi B. glumae diperlukan dalam pengambilan keputusan untuk strategi pengendalian lebih awal dan tepat. Deteksi dan identifikasi secara molekuler perlu diaplikasikan untuk B. glumae dalam benih padi mengingat tingkat sensitifitas, akurasi dan efisiensinya yang tinggi. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan deteksi dan identifikasi B. glumae secara molekuler dalam benih padi berbagai varietas baik unggul, lokal, dan hibrida yang diperoleh dari Pulau Jawa. Isolasi bakteri dari 25 varietas benih padi dilakukan pada media selektif untuk B. glumae, sucrose phosphate glutamate (S-PG). Sebanyak 15 isolat bakteri terduga B. glumae dari 15 varietas padi menunjukkan kemiripan morfologi dengan karakter spesifik koloni tipe A dari B. glumae pada media S-PG. Deteksi PCR dilakukan dengan primer 1418S dan 1418A yang spesifik mengamplifikasi wilayah sikuen insersi IS1418 dari B. glumae. Hasil PCR menunjukkan bahwa dari 15 isolat bakteri dengan ciri koloni spesifik B. glumae tipe A, 13 isolat terdeteksi positif sebagai bakteri B. glumae dengan terbentuknya ukuran pita DNA berukuran 572 pb. Analisis nukleotida gen 16S rRNA hasil sekuensing dari produk PCR menggunakan pasangan primer 27F dan 1429R dilakukan terhadap isolat-isolat positif B. glumae yaitu BCI11 asal varietas Pandan Wangi Cianjur, BKL14 asal varietas IR-64 Klaten, dan BGE24 asal varietas Hibrida 2 Gresik. Isolat BCI11, BKL14 dan BGE24 menunjukkan homologi berturut-turut sebesar 97%, 85%, dan 65% dengan isolat B. glumae yang tersedia dalam pangkalan data GenBank berdasarkan uji BLAST sikuen nukleotida gen 16S rRNA. Secara filogenetika, isolat BCI11 dan BKL11 berada di dalam kelompok yang sama dengan isolat B.glumae dari negara lain yaitu Thailand, Jepang, Cina, Timor Timur, Korea Selatan, India, Amerika Selatan, dan Panama.
Keyword: Analisis nukleotida, busuk bulir, filogenetika, patogen terbawa benih, PCR-sekuensing

Judul: Penyakit Busuk Bulir Bakteri pada Padi di Jawa: Studi Kasus, Sebaran, Karakteristik, Potensi Penurunan Hasil dan Pengendaliannya
Abstrak: KRESNAMURTI TRI KURNIASIH. Penyakit Busuk Bulir Bakteri pada Padi di Jawa: Studi Kasus Sebaran, Karakteristik, Potensi Penurunan Hasil dan Pengendaliannya. Dibimbing oleh GIYANTO, MEITY SURADJI SINAGA, KIKIN HAMZAH MUTAQIN, ENY WIDAJATI. Penyakit busuk bulir bakteri (BBB) merupakan emerging disease pada tanaman padi di Indonesia. Penyakit ini ditemukan pertama kali di Indonesia pada tahun 1987 di Jawa Barat. Akan tetapi setelah itu, tidak terdapat laporan mengenai penyakit ini, hingga kemunculan kembali penyakit ini sekitar tahun 2010 di berbagai daerah di Indonesia. Meskipun telah banyak ditemukan akan tetapi belum dilakukan usaha pengendalian karena keterbatasan informasi mengenai penyakit BBB. Penyakit ini dapat menurunkan produksi padi di lapangan, karena menyerang tanaman padi terutama pada fase generatif. Oleh karena itu perlu dilakukan penelitian untuk mendapatkan informasi ilmiah mengenai daerah sebar penyakit BBB terutama di Jawa, identitas patogen yang berasosiasi dengan penyakit BBB, keberadaan patogen di dalam benih padi dan metode deteksinya, penurunan hasil akibat serangan patogen serta teknik pengendaliannya yang efektif. Tahapan penelitian yang dilakukan berupa survei lapangan untuk mendapatkan tanaman padi yang bergejala, dilanjutkan dengan karakterisasi secara morfologi, fisiologi dan molekuler terhadap isolat bakteri yang berhasil diisolasi dari gejala yang ditemukan di lapangan. Analisis homologi, filogeni dan RFLP in silico dilakukan untuk melihat keragaman genetik antar isolat bakteri. Tahap selanjutnya adalah deteksi keberadaan patogen dan pengembangan metode deteksi dini patogen pada benih padi. Uji in planta pada tanaman padi dilakukan untuk melihat variasi gejala yang dihasilkan akibat infeksi patogen serta potensi penurunan hasil. Aplikasi perlakuan panas kering dan minyak cengkeh dilakukan untuk mengendalikan B. glumae yang terbawa pada benih padi. Gejala BBB yang ditemukan di lapangan berupa busuk bulir dan hawar malai yang disertai dengan hampa. Malai tanaman yang terserang tampak lebih tegak karena sebagian bijinya hampa. Penyakit BBB telah tersebar di 9 kabupaten di Jawa yaitu Karawang, Subang, Purwakarta, Indramayu, Majalengka, Cirebon, Temanggung, Kediri dan Blitar. Karakterisasi secara morfologi, fisiologi dan bioassay menunjukkan 22 isolat bakteri merupakan Burkholderia spp. yang bersifat patogen. Karakterisasi molekuler berdasarkan sikuen DNA gen pengode 16S rRNA dan ITS 16S-23S rRNA memperlihatkan bahwa 15 isolat bakteri teridentifikasi sebagai B. glumae dan 7 isolat bakteri teridentifikasi sebagai B. gladioli. B. glumae ditemukan berasosiasi dengan gejala BBB dari daerah Karawang, Subang, Purwakarta, Indramayu, Temanggung, Kediri dan Blitar. B. gladioli ditemukan berasosiasi dengan gejala BBB dari Karawang, Majalengka, Cirebon dan Blitar. Hasil analisis homologi, filogeni dan RFLP in silico sikuen DNA gen pengkode 16S rRNA menunjukkan bahwa B. glumae dan B. gladioli dari Jawa memiliki keragaman genetik. Analisis keberadaan bakteri menunjukkan bahwa B. glumae ditemukan berada di bagian sekam kelopak, sekam mahkota dan embrio benih padi. Populasi B. glumae paling banyak ditemukan di bagian sekam mahkota biji padi sebesar 1.82 x 107 CFU g-1 diikuti bagian sekam kelopak dan embrio masing-masing sebesar 6.57 x 106 dan 1.08 x 106 CFU g-1. B. gladioli ditemukan berada di bagian sekam kelopak, sekam mahkota, endosperma dan embrio benih padi. Populasi B. gladioli pada benih padi tertinggi ditemukan di sekam mahkota sebesar 2.42 x 103 CFU g-1. Populasi B. gladioli di sekam kelopak, embrio dan endosperma berturut-turut sebesar 1.29 x 103; 6.35 x 102; 6.5 x 101 CFU
Keyword: Burkholderia glumae, patogen terbawa benih, perlakuan benih, Burkholderia gladioli

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: