Judul: Keragaman 5’UTR Gen CAPN1 dan Asosiasinya dengan Sifat Pertumbuhan pada Sapi Bali
Abstrak: Sapi bali (Bos javanicus) merupakan sapi pedaging hasil domestikasi dari banteng. Populasi sapi bali berkisar 32.31% dari total populasi sapi nasional. Menurut laporan publikasi, telah terjadi penurunan populasi dan kualitas genetik sapi bali karena adanya seleksi negatif pada ternak sapi bali. Salah satu cara untuk mengatasi hal tersebut yaitu melakukan seleksi pada ternak sapi bali, salah satu metode seleksi yang dapat digunakan adalah seleksi berbasis molekuler. Seleksi berbasis molekuler dapat dilakukan melalui pendekatan identifikasi kromosom, gen, serta melihat pola pewarisannya. Seleksi molekuler dapat dipusatkan pada sifatsifat tertentu, salah satunya adalah sifat pertumbuhan. Gen CAPN1 memiliki 5’untranslated region (5’UTR) yang telah dikenal untuk mengontrol proses inisiasi translasi, proses post translasi, dan regulasi ekspresi gen. Beberapa penelitian pada fragmen 5’UTR telah dilaporkan pada ternak, namun belum ada penelitian yang dilakukan pada sapi bali. Penelitian ini bertujuan mengetahui keragaman 5’UTR gen CAPN1 dan asosiasinya terhadap sifat pertumbuhan pada sapi bali. Sampel darah dikoleksi dari 80 ekor sapi bali dari BPTU-HPT Denpasar dan 16 ekor sapi limousin sebagai pembanding. Sifat-sifat pertumbuhan yang diamati adalah bobot lahir (kg), bobot hidup (kg), penambahan bobot badan (kg), panjang badan (cm), dalam dada (cm), tinggi pundak (cm), tinggi punggung (cm), dan lingkar dada (cm). Primer yang digunakan untuk mengamplifikasi 5’UTR gen CAPN1 adalah primer forward: 5’- CCC TTC CCA CCC AGA TAG G -‘3 dan primer reverse 5’- CCT GGA GAC CGT GAG GAA C -‘3. Mutasi ditemukan di 5’UTR gen CAPN1 di g.232G>T melalui teknik sekuensing. Enzim restriksi BglII digunakan untuk melihat keragaman dengan teknik PCR-RFLP. Asosiasi keragaman gen CAPN1 dengan sifat pertumbuhan dilakukan dengan menggunakan General Liniear Model (GLM). Amplifikasi 5’UTR gen CAPN1 pada sapi bali dan sapi limousin menghasilkan produk 478 pasangan basa (pb). Keragaman 5’UTR gen CAPN1 berdasarkan SNP g.232G>T pada sapi bali adalah polimorfik, namun monomorfik/seragam pada sapi limousin. Genotipe GG (478 pb), GT (478 pb, 354 pb, dan 124 pb), dan TT (354 pb dan 124 pb) ditemukan di sapi bali. Genotipe GG (478 pb) ditemukan di sapi limousin. Mutasi g.232G>T tidak berdampak signifikan (P>0.05) terhadap sifat pertumbuhan pada sapi bali. SNP ini tidak dapat digunakan sebagai MAS untuk sifat pertumbuhan.
Keyword: 5’UTR, CAPN1, sapi bali, SNP g.232 G>T

Judul: Analisis Keragaman Gen Kalpastatin (Cast) Dan Kalpain-1 (Capn1) Terhadap Karakteristik Karkas Dan Daging Pada Sapi Bali
Abstrak: Sapi bali (Bos javanicus) sebagai sumber daya genetik ternak asli hasil domestikasi banteng (Bibos banteng) dan telah diakui oleh FAO sebagai salah satu bangsa sapi di dunia yang tersebar di seluruh Indonesia. Potensi yang dimiliki sapi bali belum dimanfaatkan secara optimal khususnya sebagai penghasil bibit dan produksi daging yang berkualitas (daging premium). Gen yang berperan penting terhadap karakteristik karkas dan daging adalah gen kalpastatin (CAST) dan kalpain-1 (CAPN1). Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi dan menganalisis ada tidaknya polimorfisme gen CAST dan CAPN1 pada sapi bali. Selain itu tujuan dari penelitian ini adalah menganalisis hubungan variasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP) gen CAST dan CAPN1 terhadap karakteristik karkas dan daging pada sapi bali. Sapi bali yang digunakan sebanyak 48 ekor dengan masing-masing 24 ekor jantan dan betina yang dipelihara di paddock yang sama dari BPTU-HMT Sapi Bali, Provinsi Bali. Keragaman SNP gen CAST pada ekson 15-16 dan gen CAPN1 pada ekson 5-6 diidentifikasi dengan metode direct-sequencing. Frekuensi alel, frekuensi genotipe, dan heterozigositas digunakan untuk menganalisis keragaman kedua gen tersebut. Keseimbangan genotipe dalam populasi dianalisis dengan uji keseimbangan Hardy-Weinberg (χ2) menggunakan program PopGen 1.32. Asosiasi keragaman genotipe gen CAST dan CAPN1 terhadap karakteristik karkas (TLD, TLP, TR, TLR) dan daging (MS dan PIMF) dianalisis menggunakan metode General Linear Model (GLM) dan diuji lanjut menggunakan Duncan Multiple Range Test dengan program SAS. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pada gen CAST ditemukan 25 SNP dan pada gen CAPN1 ditemukan 8 SNP yang bersifat polimorfik. Hasil asosiasi keragaman gen CAST terhadap karakteristik karkas ditemukan 20 SNP (c.100665A>G, c.100732T>C, c.100762C>G, c.100764A>G, c.100765T>A, c.100766T>G, c.100767T>G, c.100768T>G, c.100769T>G, c.100770A>T, c.100771G>A, c.100773C>G, c.100774T>C, c.100776C>T, c.100777T>C, c.100778G>T, c.100780A>C, c.100786C>T, c.100800G>A, c.100876G>A) nyata pengaruhnya (P>0.05) terhadap TR, namun tidak ditemukan SNP yang berasosiasi nyata terhadap karakteristik daging. Gen CAPN1 ditemukan 2 SNP yang berasosiasi nyata terhadap karakteristik karkas yaitu SNP c.3194C>T berasosiasi nyata terhadap TR dan SNP c.3379G>A berasosiasi nyata terhadap TLR. Selain itu ditemukan 2 SNP yang berasosiasi nyata terhadap karakteristik daging yaitu SNP c.3194C>T dan c.3424C>T berasosiasi nyata terhadap MS. SNP yang berasosiasi nyata berpotensi digunakan sebagai Marker Assisted Selection (MAS) khususnya pada sapi Bali.
Keyword: sapi bali, gen CAST, gen CAPN1, SNP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: