Judul: Kisaran Inang Dan Penularan Papaya Ringspot Virus
Abstrak: Pepaya (Carica papaya L.) merupakan salah satu komoditas pertanian yang banyak dikonsumsi oleh masyarakat Indonesia. Produktivitas pepaya sangat dipengaruhi oleh faktor alam, termasuk gangguan hama dan penyakit tanaman. Papaya ringspot virus (PRSV) merupakan penyebab penyakit bercak cincin dan dilaporkan mengakibatkan kehilangan hasil pada tanaman pepaya dan beberapa jenis Cucurbitaceae, sehingga menimbulkan kerugian bagi petani. Berdasarkan Permentan 93/2011, PRSV masih tergolong Organisme Pengganggu Tumbuhan Karantina A1, yang artinya organisme tersebut belum ditemukan di wilayah Negara Indonesia. Namun telah ditemukan laporan yang menyatakan bahwa PRSV telah menginfeksi tanaman pepaya di daerah Aceh dan Medan dengan insidensi penyakit mencapai 100%. Berdasarkan kisaran inangnya, PRSV terdiri atas 2 strain, yaitu PRSV strain P (PRSV-P) dan PRSV strain W (PRSV-W). PRSV-P menginfeksi tanaman pepaya dan Cucurbitaceae, sedangkan PRSV-W hanya menginfeksi Cucurbitaceae. Infeksi PRSV menyebabkan gejala mosaik, pemucatan tulang daun (vein clearing), penebalan tulang daun (vein banding), mosaik bergaris pada petiol, bercak hijau pada pucuk batang, daun berbentuk seperti tali (shoestring), penebalan lamina daun (rugose), dan kerdil. Virus ini dapat ditularkan ke tanaman sehat secara mekanis dan melalui vektor, namun tidak tular benih. Penelitian dilakukan untuk mengetahui kisaran inang beberapa isolat PRSV melalui pengujian penularan secara mekanis pada 10 jenis tanaman dari 2 famili (Caricaceae dan Cucurbitaceae), efisiensi penularan PRSV melalui 2 spesies kutudaun yaitu Aphis gossypii dan Myzus persicae (Ordo: Hemiptera, Famili: Aphididae), dan membuktikan bahwa PRSV tidak dapat ditularkan melalui biji. Pengamatan dan pengambilan sampel bergejala PRSV dilakukan di Medan (Desa Namo Belin) dan Bogor (Ciomas). Sampel tanaman bergejala PRSV asal Aceh dan Bogor, diperoleh dari koleksi Laboratorium Virologi Tumbuhan (IPB), sedangkan sampel tanaman bergejala PRSV isolat Bali merupakan koleksi dari Balai Karantina Pertanian (BKP) Kelas I Denpasar. Isolat-isolat PRSV kemudian diperbanyak pada tanaman pepaya var. ‘California’ melalui inokulasi secara mekanis. Metode RT-PCR menggunakan primer spesifik CP PRSV 326/PRSv 800 berhasil mengamplifikasi DNA PRSV isolat Medan, Aceh, Bogor (Situgede dan Ciomas), serta Bali. Fragmen DNA hasil amplifikasi ±470pb selanjutnya digunakan untuk keperluan sikuensing. Analisis urutan basa nukleotida hasil sikuensing menunjukkan bahwa PRSV isolat Medan, Aceh, Bogor (Situgede dan Ciomas), serta Bali memiliki kemiripan yang tinggi satu dengan lainnya (96.5- 99.3%). Bila dibandingkan dengan isolat PRSV dari beberapa negara lainnya, maka isolat-isolat PRSV asal Indonesia tersebut memiliki homologi tertinggi dengan PRSV isolat Thailand (95.9-98.3 %) dan terendah dengan PRSV isolat Taiwan (91.3-96.1%). Uji kisaran inang dilakukan pada 5 varietas pepaya (‘California’, ‘Callina’,‘Lokal’, ‘Bangkok’, dan ‘Red Lady’) dan 5 jenis tanaman Cucurbitaceae (mentimun, mentimun jepang, kabocha, semangka, dan melon), menggunakan PRSV isolat Medan, Aceh, dan Bogor (Situgede). Inokulasi pada uji kisaran inang dilakukan secara mekanis. Tanaman pepaya yang diinokulasi secara mekanis dengan PRSV menunjukkan gejala yang khas dan jelas, yaitu mosaik, pemucatan tulang daun, penebalan tulang daun, penebalan lamina daun, daun berbentuk seperti tali, bercak hijau seperti berminyak pada batang dan tanaman menjadi kerdil. Tanaman Cucurbitaceae menunjukkan gejala yang lebih ringan. Hasil uji kisaran inang menunjukkan bahwa semua varietas pepaya dapat diinfeksi oleh PRSV isolat Medan, Aceh, dan Bogor. PRSV isolat Medan dan Aceh mampu menginfeksi tanaman mentimun, mentimun jepang, semangka, dan melon, sedangkan PRSV isolat Bogor hanya berhasil menginfeksi mentimun, mentimun jepang, dan melon. Tanaman kabocha merupakan
Keyword: insidensi penyakit, keparahan penyakit, respons tanaman, DIBA, RT-PCR

Judul: Incidence and Molecular-based Identification of
Papaya ringspot virus Infecting Papaya in Java
Abstrak: Papaya ringspot virus (PRSV), anggota genus Potyvirus, merupakan salah satu faktor pembatas utama dalam produksi pepaya di berbagai negara termasuk di Indonesia. Penyakit bercak bercincin pada pepaya yang disebabkan oleh PRSV pertama kali dilaporkan di Indonesia pada tahun 2012 di Nanggroe Aceh Darussalam. Distribusi PRSV di Indonesia saat ini telah mencakup beberapa sentra pertanaman pepaya di Jawa, Sumatera, Bali dan Nusa Tenggara Barat. Infeksi PRSV menyebabkan kehilangan hasil secara langsung karena gejala bercak bercincin pada buah yang mengurangi kualitas dan mutu buah. Beberapa daerah di Pulau Jawa merupakan sentra pertanaman pepaya yang berkontribusi lebih dari 50% terhadap produksi nasional. Insidensi penyakit bercak bercincin dilaporkan mulai meluas akhir-akhir ini dan berpotensi menyebabkan kehilangan hasil. Oleh karena itu penelitian dilakukan untuk mengetahui penyebaran dan status penyakit bercak bercincin di beberapa daerah penanaman pepaya di Jawa serta mempelajari identitas molekuler PRSV yang berasosiasi dengan penyakit tersebut. Penelitian diawali dengan survei dan pengambilan sampel tanaman pepaya di empat kabupaten, yaitu Bogor (Jawa Barat), Purworejo dan Kebumen (Jawa Tengah), dan Bantul (DI Yogyakarta). Gejala penyakit di lapangan diamati untuk menentukan nilai insidensi dan keparahan penyakit. Sampel tanaman dari lapangan kemudian dibawa ke laboratorium untuk tahap deteksi secara serologi dengan metode DAS-ELISA (double antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assay) menggunakan antiserum spesifik PRSV. Selanjutnya dilakukan konfirmasi secara molekuler dengan metode RT-PCR (reverse transcription polymerase chain reaction) menggunakan primer universal Potyvirus (MJ-1/MJ-2) dan primer spesifik PRSV (PRSV-326/PRSV-800). Fragmen DNA hasil amplifikasi digunakan untuk perunutan nukleotida (sequencing) dan dilanjutkan dengan analisis filogenetika. Kondisi pertanaman pepaya berbeda-beda antar lokasi pengamatan. Budidaya dilakukan secara monokultur atau tumpangsari. Umur tanaman pada saat pengamatan berkisar antara 6 – 18 bulan, yaitu berada pada fase generatif. Jenis varietas pepaya yang ditanam petani di lapangan tidak beragam, karena jenis pepaya yang paling banyak ditanam adalah pepaya tipe California. Gejala infeksi PRSV yang ditemukan di Bogor, Purworejo, Kebumen, dan Bantul terdiri atas mosaik hijau muda pada daun, daun melepuh (blistering), daun berbentuk tali sepatu (shoestring), mosaik bergaris pada tangkai daun, dan bercak bercincin pada kulit buah. Berdasarkan pengamatan gejala diperoleh nilai insidensi penyakit yang bervariasi dengan insidensi penyakit terendah (27,3%) ditemukan di lokasi Grabag 2, Purworejo; sedangkan insidensi penyakit tertinggi (100%) ditemukan di lokasi Dramaga 1, Bogor. Keparahan penyakit berkisar antara 5,5% sampai 72,5% dan nilai ini tidak selalu berkorelasi positif dengan nilai insidensi penyakit. Lebih lanjut, konfirmasi infeksi PRSV melalui DAS-ELISA menunjukkan bahwa nilai insidensi penyakit berkisar antara 25% – 100%. Secara umum nilai insidensi penyakit berdasarkan deteksi DAS-ELISA berbeda dengan nilai insidensi penyakit berdasarkan gejala. Hal ini dapat terjadi karena tidak semua gejala yang tampak selalu berasosiasi dengan infeksi PRSV. Sebanyak 48 sampel yang bereaksi positif dengan DAS-ELISA dipilih untuk tahap konfirmasi secara RT-PCR. Amplifikasi menggunakan primer universal Potyvirus dan primer spesifik PRSV menghasilkan amplikon berukuran berturut-turut ± 320 pb dan ± 475 pb. Fragmen DNA yang diamplifikasi oleh dua pasang primer ini merupakan bagian dari gen selubung protein (coat protein/CP). Analisis sekuen nukleotida dari 6 isolat lapangan yang berhasil diamplifikasi menggunakan primer universal Potyvirus menunjukkan homologi tertinggi dengan isolat PRSV asal Indonesia (Nganjuk dan Bali), Thailand dan Jepang. Lebih lanjut, analisis filogenetika mengonfirmasi kedekatan hubungan
Keyword: analisis filogenetik, DAS-ELISA, insidensi penyakit, reverse transcription-polymerase chain reaction, sampel lapangan

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: