Judul: Finding Significant Proteins Related to Inflammation in COVID-19 Using Skyline Query
Abstrak: Coronavirus disease 2019 (COVID-19) yang disebabkan oleh Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) adalah penyakit pandemi dunia saat ini. Manusia yang memiliki satu atau lebih penyakit penyerta terinfeksi oleh virus ini cenderung membutuhkan perawatan intensif dan memiliki tingkat kelangsungan hidup yang rendah. Pencarian protein yang berasosiasi dengan virus ini perlu dilakukan untuk menjadi tahap awal membantu para peneliti dalam menemukan obat yang tepat untuk pasien COVID-19. Viral pneumonia, Pulmonary Fibrosis, Pulmonary Edema, Acute Respiratory Distress Syndrome (ARDS), Chronic Obstructive Pulmonary Disease (COPD) dan Asthma adalah penyakit penyerta COVID-19. Pencarian protein penting ini menggunakan metode skyline query karena metode ini bekerja dengan mengembalikan seluruh protein dominan yang sesuai dengan preferensi berdasarkan enam kriteria kebaikan centrality measures. Hasil pencarian ini menemukan 19 protein signifikan EGRF, HRAS, TNF, VEGFA, IL4, IL17A, CXCL12, ITGAV, COX8A, ALOX5, PARK2, ACTA1, CSF2RA, FCGR2B, HDAC3, B2M, AP3B1, HMOX1, MMP12. Protein-protein ini berasosasi dengan 12 pathway yang berperan dalam inflamasi., Coronavirus disease 2019 (COVID-19) caused by Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) is a global pandemic disease. Humans who have one or more comorbidities are infected by this virus, they tend to require intensive care and have a low survival rate. The search for proteins associated with this virus needs to be done to be the first stage to help researchers find the right drug for COVID-19 patients. Viral Pneumonia, Pulmonary Fibrosis, Pulmonary Edema, Acute Respiratory Distress Syndrome (ARDS), Chronic Obstructive Pulmonary Disease (COPD) and Asthma are co-morbidities of COVID-19. The search for this important protein used the skyline query method because this method worked by returning all dominant proteins that match preferences based on six criteria of goodness of centrality measures. The search results found 19 significant proteins EGRF, HRAS, TNF, VEGFA, IL4, IL17A, CXCL12, ITGAV, COX8A, ALOX5, PARK2, ACTA1, CSF2RA, FCGR2B, HDAC3, B2M, AP3B1, HMOX1, MMP12. These proteins were associated with 12 pathways that played a role in inflammation.
Keyword: comorbid disease, covid-19, significant protein, skyline query

Judul: Active Compounds of Natural Products as Covid-19 Antivirus Candidates Using Molecular Docking and Dynamics Studies
Abstrak: Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) adalah virus penyebab Coronavirus 2019 (COVID-19) yang menjadi pusat perhatian global pada tahun 2020. Hingga saat ini, belum ada obat yang terbukti efektif untuk pengobatan atau pencegahan COVID-19. Kajian pengembangan inhibitor virus dilakukan dengan metode virtual screening dan simulasi molecular docking. Enam protein esensial yang berperan dalam perkembangan virus, seperti protein 3CL-Pro, PL-Pro, Helikase, Protein N, E, dan M digunakan sebagai protein target. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendapatkan model interaksi ligan senyawa alam aktif terhadap protein reseptor yang dikode oleh genom SARS-CoV-2 dan energi ikat bebasnya sehingga dapat mengusulkan senyawa aktif dari produk alam yang berpotensi sebagai obat untuk COVID-19. Autodock Vina, Autodock 4.2, PSOVina, dan Amber20 digunakan dalam penelitian ini. Berdasarkan nilai energi ikat bebas dan interaksi protein-ligan, diperoleh kandidat senyawa dengan nilai terbaik untuk setiap protein target. Korilagin (-14,42 kkal/mol), Skutelarein 7-rutinosida (-13,2 kkal/mol), Genistein 7-O-glukuronida (- 10,52 kkal/mol), Basa Biflavonoid-flavon + 3O dan basa flavanon + 2O + 1MeO (- 11 ,88 dan -9,61 kkal/mol), dan Enoksolon (-6,96 kkal/mol) memiliki nilai energi bebas terbaik pada setiap protein target yang menunjukkan bahwa senyawa tersebut berpotensi sebagai inhibitor protein virus untuk diteliti lebih lanjut. Penelitian ini terbatas pada simulasi komputer, dimana hasil yang diperoleh masih berupa prediksi. Diperlukan penelitian lebih lanjut untuk menguji aktivitas ligan terpilih yang memiliki nilai energi bebas terendah dari keenam protein target. Pada uji stabilitas dengan simulasi dinamika molekul, kompleks 3CL-Pro – Korilagin merupakan kompleks yang paling stabil dibandingkan kompleks lainnya, sehingga korilagin merupakan senyawa yang paling direkomendasikan untuk diteliti lebih lanjut., Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is the virus that causes Coronavirus 2019 (COVID-19) which has become the center of global attention in 2020. To date, there has been no proven effective drug for the treatment or prevention of COVID-19. A study on the development of inhibitors for this virus is carried out using virtual screening and molecular docking simulation methods. Six essential proteins that play a role in virus development, such as 3CL-Pro, PL-Pro, Helicase, N, E, and M protein were used as protein targets. The purpose of this study was to obtain a model of ligands interactions of active natural compounds against the receptor protein encoded by the SARS-CoV- 2 genome and their free binding energy so that it can propose active compounds from natural products that have potential as a drug for COVID-19.Autodock Vina, Autodock 4.2, PSOVina, and Amber20 were used in this study. Based on the value of free binding energy and protein-ligand interactions, the candidate compounds with the best value are obtained for each target protein. Corilagin (-14,42 kcal/mol), Scutellarein 7-rutinoside (-13,2 kcal/mol), Genistein 7-O-glucuronide (-10,52 kcal/mol), Biflavonoid-flavone base + 3O and flavanone base + 2O + 1MeO (-11,88 and -9,61 kcal/mol), and Enoxolone (-6,96 kcal/mol) has the best free energy value at each protein target indicating that the compound has the potential as a viral protein inhibitor for further investigation. This research is limited to computer simulations, where the results obtained are still a prediction. Further research is needed to test the selected ligand activity, which has the lowest
Keyword: covid-19, molecular docking, molecular dynamic, natural compound, sars-cov-2, virtual screening

Judul: Sifat optik dan sifat listrik diode schottky film Barium Titanat (BaTiO3) berstruktur emas - BaTiO3 (Metal – ferroelektrik)
Abstrak: Diode Schottky (emas - BaTiO3) berhasil dibuat dengan ditumbuhkan di atas permukaan interdigital electrode berbahan emas(Au) menggunakan metode Chemical Solution Deposition (CSD) . Film BaTiO3 dibuat dengan proses annealing pada suhu 400oC dengan variasi holding time annealing 4 jam dan 10 jam. Karakterisasi sifat optik diode Schottky dilakukan menggunakan UV-Vis Spektrofotometer untuk memperoleh nilai energi gap Film BaTiO3. Nilai energi gap BaTiO3 pada dua perlakuan holding time annealing 4 jam dan 10 jam sebesar 3.27 eV dan 3.21 eV dan nilai energi gap tersebut termasuk dalam kategori semikonduktor. Karakterisasi sifat listrik diode Schottky dilakukan menggunakan LCR Meter yang didapatkan nilai konduktivitas listrik pada Holding time annealing 10 jam lebih besar daripada 4 jam. Kemudian, didapatkan nilai impedansi yang menunjukkan bahwa pada holding time annealing 4 jam lebih besar daripada holding time 10 jam. Didapatkan pula nilai konstanta dielektrik yang menunjukkan pada waktu holding time annealing 4 jam lebih besar daripada 10 jam.
Keyword: Barium titanat, diode schotty, ferroelektrik, sifat optik, sifat listrik, emas, metal