Judul: Studi Perbandingan Hambur Balik Akustik pada Lifeform Karang Masif Ber-Bioeroder
Abstrak: Hidroakustik adalah ilmu yang mempelajari gelombang suara dan perambatanya dalam medium air. Teknologi akustik dapat memberi informasi tentang karakter dasar laut misalnya kekasaran, batuan atau jenis sedimen, distribusi ukuran butir, porositas. Pendekatan teknologi akustik diharapkan mampu untuk mendeteksi karang ber-bioeroder berdasarkan nilai surface backscattering strength ( ̅̅̅). Tujuan penelitian ini adalah menganalisis dan membandingkan nilai ̅̅̅ dari karang ber-bioeroder. Pengambilan data akustik dilakukan sebanyak 6 stasiun di Pulau Panggang dan Pulau Pramuka, Kepulauan Seribu, DKI Jakarta. Alat yang digunakan untuk pengambilan data akustik yaitu Simrad EK15 dengan frekuensi 200 dan lama perekaman data akustik dilakukan sekitar 5 menit. Hubungan nilai ̅̅̅ dilakukan analisis regresi berganda yang menghasilkan persamaan Y=-28.18+0.31 +0.29 , dengan lubang kecil ( ) dan biota kerang ( ). Hasil penelitian menunjukkan bahwa nilai ̅̅̅ karang ber-bioeroder berkisar antara -29.23 dB sampai -22.71 dB.
Keyword: biota, kerang, lubang kecil, surface backscattering strength

Judul: Aplikasi Single Beam Echosounder Simrad EK15 untuk Pengukuran Hambur Balik Akustik Koloni Karang
Abstrak: Indonesia dan beberapa negara berkembang lainnya masih memanfaatkan teknologi hidroakustik dengan transduser single beam dibandingkan dengan teknologi beam lebih dari satu karena harganya yang relatif lebih murah. Perlu adanya basis data nilai hambur balik akustik objek dasar perairan untuk memudahkan dalam survei pendugaan dasar perairan menggunakan metode hidroakustik. Tujuan penelitian ini adalah membandingkan dan mengelompokkan nilai area backscattering coefficient dan area backscattering strength pada tipe pertumbuhan koloni karang dan jenis substrat dasar perairan dengan menggunakan instrumen single beam echosounder Simrad EK15. Data akustik ditampilkan dalam bentuk echogram dan dikonversi menjadi nilai digital berupa area backscattering coefficient dan area backscattering strength dari hambur balik echo pertama (E1) dan hambur balik echo kedua setelah dihamburkan kembali dari permukaan (E2) yang merepresentasikan kekasaran dan kekerasan objek yang terdeteksi. Ground check dengan penyelaman SCUBA dilakukan untuk memastikan instrumen yang digunakan tepat mendeteksi objek dasar perairan yang diinginkaan. Uji statistik dilakukan untuk membuktikan bahwa nilai E1 maupun E2 dapat dibedakan dan dikelompokan berdasarkan sifat kemiripan dan ketakmiripan dari objek dasar perairan yang terdeteksi. Nilai E1didapatkan berkisar antara -32.42 hingga -24.48 dan nilai E2 didapatkan berkisar antara -51.35 hingga -38.02 Urutan nilai E1 maupun E2 dari yang tertinggi berturut-turut yaitu coral massive, acropora tabulate, coral foliose, acropora branching, pecahan karang/rubble, dan substrat pasir. Semua parameter yang diujikan memiliki nilai yang berbeda nyata dengan nilai kepercayaan 95%. Berdasarkan nilai E1 dan E2 dengan analisis multivariat, didapatkan dua kelompok utama yang memiliki tingkat kemiripan yang tinggi yaitu kelompok coral massive dan acropora tabulate serta kelompok acropora branching, pecahan karang/rubble, dan substrat pasir.
Keyword: hidroakustik, karang, parairan

Judul: Characterization and Expression of Tomato infectious chlorosis virus Coat Protein Gene in Escherichia coli
Abstrak: Tomato infectious chlorosis virus (TICV) is a member of Crinivirus genus. TICV infects tomato crop in Garut and Cipanas, West Java Indonesia. Tomato initially showed bright interveinal yellowing symptoms. The coat protein gene (CP-TICV) was amplified by RT-PCR from total RNA extracted from infected tomato leaves and the amplified fragment was cloned and completely sequenced. The fragment was subsequently subcloned into the pET-21b expression vector. The recombinant plasmid was transformed to Escherichia coli strain BL21(DE3)pLysS to express the coat protein. The coat protein fused to a 6xhistag, was purified by affinity chromatography using a NiNTA spin column. The identity of the purified protein was confirmed by SDS-PAGE. In this experiment, 792 bp of CP-TICV gene of TICV virus has been successfully cloned, sequenced, and expressed in E. coli. Based on nucleotide sequences alignment analysis, TICV-Indonesia strain showed 100% identity to TICV –Spain strain and 99% identity to North America, France, and California strains and based on amino acid sequences alignment analysis, TICV-Indonesia strain showed 100% identity to TICV –Spain, North America, France strains and 99.2% identity to California strain. CP-TICV showed over expressed in E. coli when it is induced with 1 mM IPTG and incubated at 37oC. Purified CP-TICV-Histag recombinants protein sized 29 kDa based on SDSPAGE analysis.
Keyword: