Judul: Nilai Hambur Balik Plankton Di Perairan Laut Jawa Menggunakan Alat Akustik Simrad ME70
Abstrak: ABSTRAK CHANDRA HEGAR PANGESTU. Nilai Hambur Balik Plankton Di Perairan Laut Jawa Menggunakan Alat Akustik Simrad ME70. Dibimbing oleh Dr. Ir. Sri Pujiyati, M.Si dan Asep Priatna, S.Pi, M.Si. Plankton dibagi menjadi fitoplankton dan zooplankton, fitoplankton merupakan organisme mikroskopis yang mampu menghasilkan bahan organik dari bahan anorganik melalui proses fotosintesis dengan bantuan cahaya Pengolahan data mengenai sebaran dan kelimpahan plankton dilakukan sebagai media untuk melihat wilayah perairan mana saja yang memiliki potensi perikanan yang cukup baik, plankton dijadikan sebuah indikator untuk melihat tinggi atau rendahnya potensi perikanan di wilayah perairan tersebut. Dengan metode akustik maka dapat diketahui besarnya nilai hambur balik planton dalam satuan dB. Penelitian ini bertujuan untuk melihat sebaran nilai Volume backscattering strength plankton (SV) dengan menggunakan alat instrumentasi hidroakustik Simrad ME70 dengan frekuensi yang dianalisis pada frekuensi 116 kHz di perairan Laut Jawa. Setelah mendapatkan data akustik berupa tampilan echogram kemudian data diolah menggunakan software Echoview dengan batas variable -90 dB s/d -70 dB. Data echogram tersebut kemudian diekstrak dalam bentuk data Excel. Nilai SV di perairan Laut Jawa menggunakan alat Akustik Simrad ME 70 Frekuensi 116 KHz menunjukkan selang nilai Volume back Scattering (SV) -88,99 dB sampai -82,56 dB. Hasil penelitian membuktikan bahwa sebaran plankton secara horisontal banyak ditemukan SV besar pada di lokasi tengah perairan. Kelimpahan plankton secara vertikal banyak ditemukan pada kedalaman 20-40m dan berdasarkan waktu memiliki fluktuasi dari waktu ke waktu di setiap perairan. Kata kunci : ME 70, horizontal, vertikal, temporal
Keyword: ME 70, horizontal, vertikal, temporal

Judul: Deteksi Nilai Hambur Balik Plankton di Laut Jawa dengan Hidroakustik 100 KHz
Abstrak: Plankton adalah biota yang berperan penting dalam ekosistem perairan. Kelimpahan dan ketersediaan plankton di Laut Jawa dapat dianalisa berdasarkan nilai hambur balik. Pada penelitian ini, kelimpahan plankton diukur memakai gelombang frekuensi 100 kHz dengan instrumen EK SIMRAD 70 Multifrekuensi Echosounder. Pengambilan data dilakukan pada 17 Oktober sampai 11 November 2017 di perairan Laut Jawa. Pengolahan data dilakukan untuk melihat sebaran plankton secara spasial dan temporal memakai software Echoview tipe 5.0 dengan nilai pembatas sebesar (threshold) -100 dB s/d -70 dB. Nilai dari plankton yang teridentifikasi pada setiap lapisan dengan frekuensi 100 kHz yaitu -99.28 dB hingga -86.11 dB. Distribusi horizontal nilai SV plankton dengan nilai rata-rata sebesar -92.06 dB. Distribusi vertikal dicatat setiap 5 meter lapisan perairan. Pada kedalaman 5 meter ditemukan nilai sebaran yaitu -99.74 dB hingga -83.97 dB. Nilai hambur balik terbesar berada pada kedalaman 45 m yaitu - 81.29 dB. Hubungan sebaran distribusi plankton terhadap waktu (temporal) dibagi kedalam 4 rentang waktu selama 24 jam dan dibandingkan dengan 2 lokasi berbeda. Analisis perbandingan nilai SV plankton secara temporal menunjukkan perubahan densitas plankton yang fluktuatif dari waktu ke waktu., Planktons are organisms that play an important role in the ecosystem. Abundancy and availability of plankton in Java Sea can be analyzed by backscattering strength volume. In this research, abundancy of plankton is measured by using 100 kHz frequency wave of Multifrequency Echosounder (ME) EK SIMRAD 70. Data collection was carried out on October 17 to November 11, 2017 in Java Sea. Data processing was aimed to know the spatial and temporal distribution of plankton by using Echoview type 5.0 with threshold around -100 dB to -70 dB. The value of plankton identified in each layer with a frequency of 100 kHz is -99.28 dB to -86.11 dB. The distribution of plankton value is -92.06 dB horizontally. While vertical distribution is divided into several depth group. The first 5 meters is -99.74 dB to - 83.97 dB. The highest value of backscattering is found at 45 m which is -81.29 dB. Corelation of distribution versus time is split into 4 time ranges during 24 hours and compared into 2 different locations. The comparative analysis of plankton SV values in temporal terms shows a fluctuating change in plankton density from time to time.
Keyword: Densitas, Distribusi, Frekuensi, Laut Jawa, Plankton, Density, Distribution, Frequency, Java Sea, Plankton

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA