Judul: Pendekatan Jaringan Farmakologi Untuk Penguraian Mekanisme Kerja Jamu Terhadap Pengobatan Penyakit Diabetes Tipe Ii
Abstrak: Diabetes tipe 2 (T2D) merupakan suatu penyakit metabolik kronis yang ditandai dengan tingginya kadar glukosa darah akibat sekresi insulin yang tidak cukup. Obat sintetik yang telah digunakan menunjukkan aktivitas terapeutik untuk mengatur kadar glukosa darah, namun beberapa memiliki efek samping seperti perut kembung dan diare. Sebelumnya, formula jamu telah dikembangkan terdiri dari campuran pare, sembung, bratawali dan jahe. Beberapa diantaranya telah digunakan selama beberapa dekade sebagai obat alternatif untuk mengobati T2D, karena aktivitas terapeutik pada formula jamu tersebut bermanfaat untuk mengatur tingkat gula darah dan meningkatkan resistensi insulin. Pemahaman mekanisme kerjanya dalam pengobatan T2D masih belum diketahui karena banyak campuran senyawa kompleks yang terikat secara sementara ke beberapa target terapi. Konsep farmakologi jaringan dibangun pada keyakinan bahwa menargetkan beberapa node dalam sistem molekul yang saling berhubungan dan bukan molekul individu, yang dapat menyebabkan keberhasilan yang lebih baik dan efek samping yang lebih sedikit dengan mengintegrasikan in silico farmakologi, berdasarkan prinsip-prinsip dan tujuan dari sistem farmakologi. Dengan demikian, tujuan penelitian ini adalah untuk mengembangkan pendekatan sistematis komprehensif yang mengintegrasikan farmakologi jaringan untuk menyelidiki mekanisme aksi formula jamu yang terdiri atas pare, sembung, bratawali dan jahe dalam pengobatan T2D. Hasil analisis profil sasaran obat mengindikasikan 278 senyawa dari empat tumbuhan yang digunakan terkait sebagai obat antidiabetes dengan tingkat keberhasilan pengelompokan keseluruhan sebesar 98,58% dan prediksi sinergi mengungkapkan bahwa 5 dari 16 pasang bahan memiliki efek antidiabetes sinergis yang signifikan. Berdasarkan analisis jaringan, 51 dari 576 target dianggap memiliki derajat yang tinggi dan 24 target yang terbagi di dalam empat tumbuhan yang digunakan menghasilkan empat senyawa yang sesuai dan terkait dengan target terapi T2D yang telah dikenal. Analisis pengayaan berdasarkan sistem penjelasan PANTHER Gene Ontology dan jalur sistem KEGG mengungkapkan target yang dianggap utama adalah yang sering terlibat dalam proses biologis yang signifikan dan jalur yang terkait dengan perkembangan penyakit T2D. Docking molekul mengungkapkan bahwa situs pengikatan kesamaan (BSS) yang tinggi diperoleh dari momordikosida F2 (78%), β-sitosterol (67%) dan cis-N-feruloiltiramina (67%) dengan miglitol (obat antidiabetes) sebagai pembanding dan semua ligan yang berlabuh memberikan afinitas pengikatan dan penghambatan yang tinggi terhadap enzim maltase-glukoamilase (MGA) yang bertanggung jawab dalam sintesis pati menjadi glukosa.
Keyword: T2D, jamu, jaringan farmakologi

Judul: Penguraian Mekanisme Kerja Jamu Berdasarkan Jejaring Bahan Aktif-Ptotein Target-Gene Ontology(Studi Kasus : Diabetes Tipe 2)
Abstrak: Jamu merupakan obat tradisional Indonesia. Pada dasarnya obat herbal yang dibuat dari bahan-bahan alami yang diambil dari beberapa bagian dari tanaman obat yang mengandung beberapa zat dan senyawa yang penting dan bermanfaat bagi tubuh. Khasiat untuk beberapa jenis jamu secara empiris telah terbukti. Peneitian ini bermaksud untuk menguraikan mekanisme kerja jamu menggunakan pendekatan komputasi. Penelitian ini berfokus pada ramuan jamu diabetes tipe 2 yang terdiri atas empat tanaman, diantaranya adalah: jahe, bratawali, sembung, dan pare. Kerangka analisis awal membentuk 3 komponen jejaring yang terdiri atas: (1) bahan aktif tanaman (diperoleh dari Knapsack : 58), (2) protein target (diperoleh dari database pubchem : 416), dan ( 3) gen ontology atau GO (diperoleh dari database DAVID : 3104). Selanjutnya, dilakukan analisis gerombol dengan menggunakan konsep graf tri-partite. Graf tri- partite digunakan untuk mengelompokkan komponen-komponen penyusun jejaring dari empat tanaman tersebut, sehingga diperoleh sistem bagian-bagian penyusun ramuan jamu. Hal ini dilakukan untuk mengungkapkan mekanisme kerja jamu. Menggunakan metode penggerombolanfuzzy pada data jejaring, diperoleh 15 senyawa aktif yang diduga potensial sebagai antidiabetes berada dalam kelompok berbeda. 15 senyawa aktif memiliki nilai peluang cukup tinggi terbagi dalam kelompok yang berbeda.Setiap kelompok terdiri atas pasangan bahan aktif yang memiliki efek sinergis tinggi. Berdasarkan koneksi antara gerombol protein dan GO, diperoleh informasi protein-protein yang menyebabkan diabetes tipe 2 dan mekanisme proses biologis yang terkait. Diabetes tipe 2 bukan hanya disebabkan oleh protein kelainan sekresi insulin (insulin-merendahkan enzim isoform 1) saja, tetapi juga disebabkan oleh protein lain yang terlibat dalam penghambatan insulin di pankreas. Hasil penggerombolan fuzzy pada GO diperoleh proses biologi yang terlibat dalam peningkatan dan penurunan regulasi. Hasil yang lebih dominan menunjukkan gen-gen yang terlibat dalam proses biologi penurunan regulasi diabetes tipe 2. Secara medispenurunan regulasi yang signifikan menyebabkan fungsi organ menurun dan mengalami resistensi insulin, sehingga mengakibatkan timbulnya penyakit diabetes tipe 2. Kata
Keyword: Jamu, Diabetes Tipe 2, Jejaring Farmakologi, Graf Tri-Partite, Fuzzy Clustering.

Judul: Posisi Filogenetik Kura-Kura Carettochelys Insculpta  (Reptillia: Testudinata)
Abstrak: Carettochelys insculpta is an endemic freshwater turtle of southern Papua and northern Australia. Phylogenetic position of this turtle is remain unresolved until now. Most of the research conducted show close relationships of C. insculpta and members of Trionychidae family. However, some of the research show distance between C. insculpta and members of Trionychidae family. This research is conducted to analyze phylogenetic relationship between C. insculpta and other members of Testudinata using 12S rRNA, 16S rRNA, and both gene as markers. DNA samples were obtained from three different organisms of C. insculpta. Two species used as outgroups were Alligator mississippiensis and Iguana iguana. Phylogenetic analysis was carried out using Neighbor-Joining method with Felsenstein 1981 (F81) modeltest. A polytomy tree of Testudinata was produced by using 12S rRNA gene. However, analysis using 16S rRNA and both genes as markers confirmed that C. insculpta was located between the Chelonidae and the Trionychidae family.
Keyword: