Judul: Keberadaan dan Keragaman Burkholderia glumae serta Pengaruhnya Terhadap Kehilangan Hasil pada Beberapa Varietas Padi di Jawa Barat
Abstrak: Penyakit busuk bulir padi oleh bakteri Burkholderia glumae yang menunjukkan insidensi dan keparahan penyakit yang terus meningkat beberapa tahun terkahir, perlu diwaspadai termasuk di Jawa Barat sebagai salah satu sentra produksi padi nasional. Penyakit ini dikategorikan sebagai emerging infectious disease (EID) yang memiliki karakteristik meningkatnya insidensi, sebaran geografis, dan berubahnya patogenisitas dalam waktu singkat. Bioekologi B. glumae sebagai patogen penting untuk dikaji lebih lanjut, salah satunya sebagai dasar pengambilan keputusan dalam pengelolaan penyakit. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui insidensi, keparahan penyakit, kelimpahan bakteri, identitas, keragaman bakteri B. glumae di Provinsi Jawa Barat dan pengaruhnya terhadap kehilangan hasil pada beberapa varietas padi. Pengamatan dan pengambilan sampel dilakukan di 9 kabupaten penghasil padi di Jawa Barat yang dikelompokkan berdasarkan 3 kategori ketinggian tempat yaitu kategori 1 (0 – 200 m dpl) meliputi Karawang, Subang, Indramayu, dan Majalengka; kategori 2 (201 – 500 m dpl) meliputi Kota Bogor, Cianjur, dan Purwakarta; kategori 3 (˃ 500 m dpl) meliputi Purwakarta, Sumedang, dan Sukabumi. Data insidensi dan keparahan penyakit diperoleh dari hasil pengamatan 30 rumpun tanaman padi per varietas per lokasi. Bakteri diisolasi dari bulir padi yang bergejala busuk bulir, kemudian dihitung kelimpahannya, dan dilakukan uji biokimia dan fisiologi yang meliputi uji Gram serta uji pertumbuhan pada pH 4, 8, dan NaCl 2%. Primer spesifik JLBgF/JLBgR dan primer universal 16S rRNA, yaitu 27F/1492R dalam PCR digunakan untuk menentukan identitas bakteri secara molekuler. Variasi fenotipik diamati dari warna koloni pada media S-PG, produksi toksoflavin, respons hipersensitivitas pada daun tembakau, dan uji patogenisitas pada tanaman padi. Keragaman genotip dianalisis dari keberadaan plasmid, keragaman sikuen nukleotida gen 16S rRNA menggunakan program Mega-X dengan metode neighbour joining tree, dan situs pemotongan enzim AluI, DdeI, RsaI secara in silico dengan program pDraw 32 dilanjutkan pengelompokan bakteri menggunakan metode nearest neighbor dengan program Multivariate Statistical Package (MVSP). Hasil penelitian menunjukkan insidensi penyakit di lapangan berkisar antara 0 – 73.3%, sedangkan keparahan penyakit berkisar 0 – 15.33%. Kelimpahan bakteri pada bulir padi yang bergejala berkisar antara 3.9 x 104 – 6.8 x 107 cfu/g benih. Insidensi dan keparahan penyakit tertinggi di Kecamatan Dawuan (Karawang) pada Varietas Mekongga. Berdasarkan hasil uji biokimia, fisiologi, dan molekuler diperoleh 29 isolat yang terkonfirmasi sebagai B. glumae. Hasil pengamatan fenotipik menunjukkan adanya keragaman 29 isolat bakteri. Berdasarkan pengamatan tipe koloni, sebanyak 10 isolat tergolong koloni tipe A, 19 isolat tipe B; Hasil uji produksi toksoflavin, 25 isolat menghasilkan toksoflavin, 4 isolat tidak menghasilkan toksoflavin; Pengujian respons hipersensitifitas terhadap daun tembakau menunjukkan bahwa 29 isolat mampu menimbulkan hasil positif pada daun tembakau, sedangkan dari uji patogenisitas terhadap tanaman padi, 29 isolat menimbulkan gejala hawar pada bibit tanaman padi. Berdasarkan analisis keragaman genotip 29 isolat tersebut, 27 isolat memiliki 1 plasmid dan 2 isolat memiliki 2 plasmid. Analisis keragaman dengan metode neihgbour joining tree menunjukkan bahwa isolat-isolat dari Jawa Barat tersebut memiliki kedekatan secara genetis. Mayoritas isolat-isolat tersebut mengelompok berdekatan dan hanya isolat KRCH-2 asal Karawang dan INCH-6 asal Indramayu yang memiliki kedekatan dengan B. glumae asal China dan Amerika. Hal ini menjadi salah satu bukti bahwa bakteri B. glumae yang ada di Jawa Barat sebagian besar merupakan bakteri asli Indonesia.
Keyword: busuk bulir, hawar malai, Pseudomonas glumae, toksoflavin

Judul: Penyakit Busuk Bulir Bakteri pada Padi di Jawa: Studi Kasus, Sebaran, Karakteristik, Potensi Penurunan Hasil dan Pengendaliannya
Abstrak: KRESNAMURTI TRI KURNIASIH. Penyakit Busuk Bulir Bakteri pada Padi di Jawa: Studi Kasus Sebaran, Karakteristik, Potensi Penurunan Hasil dan Pengendaliannya. Dibimbing oleh GIYANTO, MEITY SURADJI SINAGA, KIKIN HAMZAH MUTAQIN, ENY WIDAJATI. Penyakit busuk bulir bakteri (BBB) merupakan emerging disease pada tanaman padi di Indonesia. Penyakit ini ditemukan pertama kali di Indonesia pada tahun 1987 di Jawa Barat. Akan tetapi setelah itu, tidak terdapat laporan mengenai penyakit ini, hingga kemunculan kembali penyakit ini sekitar tahun 2010 di berbagai daerah di Indonesia. Meskipun telah banyak ditemukan akan tetapi belum dilakukan usaha pengendalian karena keterbatasan informasi mengenai penyakit BBB. Penyakit ini dapat menurunkan produksi padi di lapangan, karena menyerang tanaman padi terutama pada fase generatif. Oleh karena itu perlu dilakukan penelitian untuk mendapatkan informasi ilmiah mengenai daerah sebar penyakit BBB terutama di Jawa, identitas patogen yang berasosiasi dengan penyakit BBB, keberadaan patogen di dalam benih padi dan metode deteksinya, penurunan hasil akibat serangan patogen serta teknik pengendaliannya yang efektif. Tahapan penelitian yang dilakukan berupa survei lapangan untuk mendapatkan tanaman padi yang bergejala, dilanjutkan dengan karakterisasi secara morfologi, fisiologi dan molekuler terhadap isolat bakteri yang berhasil diisolasi dari gejala yang ditemukan di lapangan. Analisis homologi, filogeni dan RFLP in silico dilakukan untuk melihat keragaman genetik antar isolat bakteri. Tahap selanjutnya adalah deteksi keberadaan patogen dan pengembangan metode deteksi dini patogen pada benih padi. Uji in planta pada tanaman padi dilakukan untuk melihat variasi gejala yang dihasilkan akibat infeksi patogen serta potensi penurunan hasil. Aplikasi perlakuan panas kering dan minyak cengkeh dilakukan untuk mengendalikan B. glumae yang terbawa pada benih padi. Gejala BBB yang ditemukan di lapangan berupa busuk bulir dan hawar malai yang disertai dengan hampa. Malai tanaman yang terserang tampak lebih tegak karena sebagian bijinya hampa. Penyakit BBB telah tersebar di 9 kabupaten di Jawa yaitu Karawang, Subang, Purwakarta, Indramayu, Majalengka, Cirebon, Temanggung, Kediri dan Blitar. Karakterisasi secara morfologi, fisiologi dan bioassay menunjukkan 22 isolat bakteri merupakan Burkholderia spp. yang bersifat patogen. Karakterisasi molekuler berdasarkan sikuen DNA gen pengode 16S rRNA dan ITS 16S-23S rRNA memperlihatkan bahwa 15 isolat bakteri teridentifikasi sebagai B. glumae dan 7 isolat bakteri teridentifikasi sebagai B. gladioli. B. glumae ditemukan berasosiasi dengan gejala BBB dari daerah Karawang, Subang, Purwakarta, Indramayu, Temanggung, Kediri dan Blitar. B. gladioli ditemukan berasosiasi dengan gejala BBB dari Karawang, Majalengka, Cirebon dan Blitar. Hasil analisis homologi, filogeni dan RFLP in silico sikuen DNA gen pengkode 16S rRNA menunjukkan bahwa B. glumae dan B. gladioli dari Jawa memiliki keragaman genetik. Analisis keberadaan bakteri menunjukkan bahwa B. glumae ditemukan berada di bagian sekam kelopak, sekam mahkota dan embrio benih padi. Populasi B. glumae paling banyak ditemukan di bagian sekam mahkota biji padi sebesar 1.82 x 107 CFU g-1 diikuti bagian sekam kelopak dan embrio masing-masing sebesar 6.57 x 106 dan 1.08 x 106 CFU g-1. B. gladioli ditemukan berada di bagian sekam kelopak, sekam mahkota, endosperma dan embrio benih padi. Populasi B. gladioli pada benih padi tertinggi ditemukan di sekam mahkota sebesar 2.42 x 103 CFU g-1. Populasi B. gladioli di sekam kelopak, embrio dan endosperma berturut-turut sebesar 1.29 x 103; 6.35 x 102; 6.5 x 101 CFU
Keyword: Burkholderia glumae, patogen terbawa benih, perlakuan benih, Burkholderia gladioli

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: