Judul: Isolasi kloning dan sekuensing gen putatif enzim PQQ glukosa dehidrogenase sari Agrobacterium tumefaciens
Abstrak: Enzim pirolokuinolin kuinon glukosa dehidrogenase tipe B (PQQGDH-B) merupakan enzim potensial untuk keperluan biosensor glukosa dan sampai saat ini hanya ditemukan dalam satu spesies bakteri, yaitu Acinetobacter calcoaceticus. Terdapat beberapa penelitian yang telah melaporkan peningkatan kestabilan dan aktivitas dari enzim PQQGDH-B, tetapi belum ada studi intensif yang telah dilaporkan untuk mencari PQQGDH-B dari spesies baru. Hasil analisis bioinformatika berbasis struktur telah mengidentifikasi 23 gen kandidat gen dari berbagai sumber genom bakteri yang berpotensi sebagai enzim PQQGDH-B karena homolog secara sekuens dan struktur, termasuk gen putatif PQQGDH-B dari genom Agrobacterium tumefaciens yang mempunyai nilai homologi sebesar 25%. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mengkloning gen putatif PQQGDH-B dari A. tumefaciens ke Escherichia coli DH5a dengan menggunakan 2 galur A. tumefaciens yaitu LBA 4404 dan EHA 101. Isolasi genom dengan metode CTAB telah berhasil mengisolasi DNA genom dari kedua galur dengan kadar dan kemurnian yang tinggi. Teknik PCR yang dilakukan berhasil mengisolasi gen putatif PQQGDH-B berukuran 1002 pb dari kedua galur dengan menggunakan primer ATPGDH-F dan ATPGDH- R yang dirancang dari genom A. tumefaciens C58 yang telah dipublikasikan walaupun dengan pola pita yang berbeda. Diasumsikan perbedaan ini disebabkan oleh perbedaan sekuens genom galur LBA 4404 dengan EHA 101, sehingga ada kemungkinan terdapat variasi pada sekuens gen putatif PQQGDH-B yang dimiliki. Dari hasil kloning diperoleh 7 koloni E.coli-pGEM-ATPGDH rekombinan yang mempunyai gen insert putatif PQQGDH-B, tiga koloni dari gen yang berasal dari galur LBA 4404, dan sisanya dari EHA 101. Hasil sekuensing koloni 37 dari LBA 4404 menunjukkan sekuens yang identik dengan gen putatif PQQGDH-B dari A. tumefaciens yang berada di GeneBank. Gen rekombinan ini nantinya akan diekspresikan untuk mendapatkan enzim putatif PQQGDH-B.
Keyword: 

Judul: Kloning dan Ekspresi Gen β-1,4-glukanase dari Burkholderia cepacia ke dalam Sistem Escherichia coli serta optimasi dan karakterisasinya
Abstrak: Glukanase merupakan salah satu enzim yang dapat menghidrolisis dinding sel kapang patogen yang menginfeksi tanaman padi. Glukanase dihasilkan dari bakteri endofitik yaitu Burkholderia cepacia. Tujuan penelitian ini adalah menganalisis hasil kloning dan ekspresi gen penyandi enzim β-1,4-glukanase dari Burkholderia cepacia ke dalam sistem Escherichia coli serta mengkarakterisasi enzim rekombinannya. Gen glukanase diisolasi dari bakteri B. cepacia yang berasal dari tanaman padi dengan teknik PCR menggunakan primer Glu 1320 yang dirancang berdasarkan sekuen glukanase melalui akses internet menghasilkan fragmen DNA berukuran 1300 bp. Hasil analisis BlastN dan BlastX dari sekuen klon rekombinan menunjukkan bahwa gen berukuran 1300 bp yang telah diklon dengan vektor pGEM-T Easy dan sekuensing urutan DNA yang diperoleh menunjukkan bahwa fragmen DNA memiliki kemiripan dengan gen Endo-1,4-D-glucanase pada Burkholderia mallei dan Burkholderia pseudomallei. Hal tersebut ditunjukkan dengan nilai kemiripan (Identity) 99% dan E-value 0.0. Analisis proteomik hasil sekuen asam amino menggunakan Server Expasy Proteomic menunjukkan gen rekombinan glukanase memiliki jumlah asam amino 451, bobot molekul 48.363 kDa dan memiliki titik isoelektrik (pI) sekitar 5.87. Hasil signal peptide memiliki nilai cleavage site berada pada posisi 23 dan 24 yang terletak pada asam amino AAA-AE. Protein klon rekombinan diperoleh dari database Protein Data Bank (PDB) dengan kode 4q2b.2.A. Protein ini terdiri atas 349 residu yang membentuk struktur sekunder berupa 7 pasang beta-hairpin, 20 turn, 3 helix-3/10, dan 17 alpha-helix. Protein hasil purifikasi memiliki bobot molekul protein fusi sekitar 65 kDa. Aktivitas spesifik enzim glukanase menunjukkan 1207.976 U mg-1 dengan yield 27.0% dan tingkat kemurnian 3.9- fold. pH dan suhu optimum dalam menghidrolisis β-glukan adalah pH 6.0 dan suhu 40 oC dengan aktivitas enzim 293.71 U mL-1.
Keyword: Burkholderia cepacia, gen β-1,4-glukanase, Escherichia coli

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: