Judul: Dampak Domestikasi Zingiberaceae di Taman Nasional Gunung Halimun Salak Terhadap Keragaman Cendawan Endofitnya
Abstrak: Taman Nasional Gunung Halimun Salak (TNGHS) merupakan salah satu hutan tropis yang tersisa di Pulau Jawa. TNGHS memiliki keragaman Zingiberaceae liar yang relatif tinggi. Dua spesies diantaranya yakni Alpinia malaccensis (AM) dan Horstendia conica (HC), telah didomestikasi sebagai tanaman pekarangan di sekitar area hutan sebagai tanaman obat. Dampak domestikasi tanaman terhadap cendawan patogen sering dilaporkan, namun dampak domestikasi tanaman terhadap cendawan endofit jarang diteliti. Oleh sebab itu penelitian ini bertujuan untuk menganalisis dampak dari domestikasi Zingiberaceae di TNGHS terhadap keragaman cendawan endofit yang berasosiasi dengan dua spesies Zingiberaceae tersebut. Keragaman cendawan endofit asal Zingiberaceae liar dan domestikasi dianalisis berdasarkan cendawan yang dapat dikulturkan. Masing-masing satu individu tanaman diambil dari rumpun AM dan HC liar serta rumpun AM dan HC domestikasi terpilih. Setiap tanaman terdiri atas akar, rimpang, batang dan daun. Semua bagian tanaman disterilisasi permukaan. Potongan-potongan setiap bagian tanaman ditanam pada media MEA (Malt Extract Agar) half strength dan diinkubasi pada suhu kamar. Cendawan yang tumbuh dari bagian-bagian tanaman tersebut diisolasi dan dimurnikan. Identifikasi hingga ke tingkat spesies dilakukan dengan pendekatan morfologi serta molekuler berdasarkan sekuen ITS rDNAnya. Secara morfologi, koleksi biakan cendawan endofit ini dapat dibagi ke dalam 17 morfotipe. Setelah diidentifikasi secara molekuler morfotipe ini terdiri atas 19 spesies cendawan yaitu Arthrinium malaysianum, Aspergillus flavipes, As. sydowii, Chaetomium globosum, Cladosporium sp., Cl. oxysporum, Colletotrichum aff. boninense-complex, Co. aff. cliviae-complex, Co. aff. gloeosporioides-complex, Diaporthe sp., D. anacardii, D. gardenia, Exophiala sp., E. lecanii-corni, Guignardia mangiferae, Ochroconis gallopava, Penicillium citrinum, Pyricularia costina, dan Sydowiellaceae tidak bersporulasi. Semua cendawan endofit pada Zingiberaceae tergolong Ascomycota, Pezizomycotina yang tersebar ke dalam 3 kelas yaitu: Dothideomycetes, Eurotiomycetes, dan Sordariomycetes. Domestikasi berpengaruh pada keragaman dan keberadaan cendawan endofit. Keragaman cendawan endofit pada inang domestikasi relatif rendah dibandingkan dengan inang liarnya, namun berbanding terbalik dengan populasi cendawan endofitnya. Zingiberaceae ditanam di daerah yang lebih terbuka dibandingkan dengan Zingiberaceae liar yang hidup di bawah kanopi hutan yang menyebabkan lingkungannya lebih teduh dengan kelembapan yang relatif lebih tinggi. Beberapa cendawan endofit menunjukkan pereferensi terhadap lingkungannya. Komposisi komunitas cendawan endofit bervariasi bergantung spesies inangnya. Selain itu, distribusi spesies cendawan endofit juga bervariasi bergantung habitat mikronya. Secara umum, spesies cendawan endofit lebih banyak ditemukan pada mikro-habitat tertentu. Daun merupakan mikro-habitat yang paling disukai cendawan endofit diikuti dengan akar, batang dan rimpang. iv iii Domestikasi Zingiberaceae mendorong hilangnya spesies cendawan endofit dari inang liarnya atau sebaliknya mendorong munculnya spesies cendawan endofit yang baru ditemukan pada inang yang dibudidayakan. Aspergillus flavipes, As. sydowii, Cl. oxysporum, Diaporthe sp. dan Py. costina ditemukan pada inang liarnya dan tidak ditemukan lagi pada inang domestikasi. Arthrinium malaysianum, Ch. globosum, Co. aff. cliviae-complex, D. gardenia, dan Sydowiellaceae tak bersporulasi hanya ditemukan pada inang domestikasi. Sementara itu, beberapa spesies endofit yaitu Co. aff. boninense-complex, Cladosporium sp., Co. aff. gloeosporioides-complex, dan E. lecanii-corni, tampaknya tidak dipengaruhi oleh domestikasi. Penelitian ini mengindikasikan adanya dampak domestikasi Zingiberaceae terhadap keragaman dan keberadaan cendawan endofitnya. Keterbatasan dalam jumlah dan frekuensi pengambilan contoh serta pemilihan metode isolasi menyebabkan hasil penelitian ini hanya dapat menjadi informasi awal mengenai dampak domestikasi terhadap keragaman endofit terutama pada Zingibercaeae. Oleh sebab itu penelitian ini masih perlu diperkuat dengan penambahan jumlah
Keyword: Domestikasi, cendawan endofit, keragaman, Zingiberaceae

Judul: Diversity of Endophytic Fungi Isolated from Epiphytic Orchid Coelogyne pandurata Lindl. and Terrestrial Orchid Geodorum densiflorum (Lam.) Schltr., and Their Potency as a Herbicide
Abstrak: Anggrek hitam Kalimantan (Coelogyne pandurata Lindl.) dan anggrek tanah merah muda (Geodorum densiflorum (Lam.) Schltr.) merupakan anggrek langka yang digunakan sebagai tanaman hias dan berperan penting dalam bidang hortikultura dan juga bidang kesehatan. Anggrek bergantung pada cendawan simbion mutualistik, seperti cendawan endofit dan mikoriza pada sebagian atau pun seluruh fase hidupnya. Cendawan endofit memiliki kemampuan untuk menghasilkan metabolit sekunder yang mampu menginduksi ketahanan tanaman inang terhadap berbagai cekaman abiotik dan biotik. Metabolit sekunder yang diproduksi oleh cendawan endofit dapat digunakan pada bidang pertanian, di antaranya ialah sebagai senyawa herbisida. Namun, belum terdapat laporan mengenai keberadaan cendawan endofit yang diisolasi dari organ tanaman anggrek C. pandurata Lindl. dan G. densiflorum (Lam.) Schltr., serta potensinya sebagai penghasil senyawa herbisida. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan menganalisis keanekaragaman cendawan endofit yang mengolonisasi berbagai organ kedua tanaman anggrek, serta potensinya sebagai penghasil senyawa herbisida. Cendawan diisolasi dari akar, batang, daun, dan bunga tanaman anggrek. Cendawan hasil isolasi diidentifikasi berdasarkan kombinasi karakteristik morfologi dan molekuler menggunakan sekuens DNA daerah rDNA ITS1-5,8S-ITS2. Analisis keanekaragaman cendawan endofit yang dilakukan meliputi analisis frekuensi relatif (%FR), kelimpahan relatif (%KR), indeks keanekaragaman Shannon-Wiener (H’), kemerataan spesies Pielou (E), dominansi Simpson (C), dan indeks kekayaan spesies (R). Uji aktivitas herbisida dilakukan terhadap perkecambahan benih gulma Amaranthus spinosus L. dengan menggunakan filtrat cendawan endofit. Data perkecambahan yang diperoleh kemudian dianalisis menggunakan Analysis of Variance (ANOVA) dan Duncan Multiple Range Test (DMRT) pada taraf 5% (p<0,05) menggunakan aplikasi Minitab 16. Hasil penelitian menunjukkan bahwa cendawan endofit yang diisolasi dari berbagai organ tanaman anggrek beraneka ragam. Sebanyak 21 spesies cendawan endofit yang diperoleh terdiri atas 10 genus yaitu Aspergillus, Cladosporium, Colletotrichum, Curvularia, Fusarium, Hypomontagnella, Musidium, Muyocopron, Nigrospora, dan Penicillium. Fusarium ditemukan di seluruh organ kedua spesies tanaman anggrek, tetapi setiap tanaman anggrek juga berasosiasi dengan spesies cendawan endofit yang berbeda. Spesies Cladosporium endophyticum, Colletotrichum orchidearum, Muyocopron alcornii, dan Penicillium citrinum hanya ditemukan pada tanaman anggrek C. pandurata Lindl.; sedangkan Curvularia pseudobranchyspora, Hypomontagella barbarensis, dan Nigrospora chinensis hanya ditemukan pada tanaman anggrek G. densiflorum (Lam.) Schltr. Keanekaragaman cendawan endofit pada kedua spesies tanaman anggrek tersebut tergolong sedang (H’ = 2,22 pada tanaman anggrek C. pandurata Lindl.; H’ = 2,34 pada tanaman anggrek G. densiflorum (Lam.) Schltr.), dengan indeks kemerataan dan kekayaan spesies yang tinggi (E = 0,96 dan R = 3,11 pada tanaman anggrek C. pandurata Lindl.; E = 0,96 dan R = 3,69 pada tanaman anggrek G. densiflorum (Lam.) Schltr.) serta indeks dominansi yang rendah (C = 0,12 pada C. pandurata Lindl.; C = 0,10 pada G. densiflorum (Lam.) Schltr.). Secara keseluruhan, semua isolat cendawan endofit yang diperoleh mempunyai aktivitas herbisida yaitu dengan menghambat perkecambahan benih gulma A. spinosus L. Isolat cendawan yang menunjukkan aktivitas herbisida paling besar, ialah Aspergillus aculeatus PCP 8.2 dengan persentase perkecambahan 3,33 ± 0,06%, rata-rata panjang plumula 0,36 ± 0,07 cm dan radikula 0,08 ± 0,02 cm., The Borneo black orchid (Coelogyne pandurata Lindl.) and the pink terrestrial orchid (Geodorum densiflorum (Lam.) Schltr.) are endangered orchids species used as ornamental plants and they are also important in horticulture and health. Orchids are dependent on mutualistic symbiosis with fungi, such as endophytic
Keyword: metabolit sekunder, secondary metabolites, Amaranthus spinosus, daerah ITS1-5,8S-ITS2 rDNA, filtrat kultur, karakteristik morfologi, culture filtrate endophytic fungi, ITS1-5,8S-ITS2 rDNA regions, morphological characteristics

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: