Judul: Physiology and Molecular Studies Related to Starch Characters on Cassava (Manihot esculenta Crantz.)
Abstrak: Ubi kayu saat ini memiliki potensi pemanfaatan sangat besar sebagai bahan pangan, pakan, dan industri dengan produk turunan yang beragam. Oleh karena itu perlu didukung dengan penyediaan genotipe ubi kayu yang unggul dari aspek kandungan pati dan produktivitasnya. Ubi kayu umumnya diperbanyak menggunakan stek batang sehingga potensi keragamannya kurang berkembang dengan cepat, peningkatan variasi genetik ubi kayu dapat dilakukan dengan metode persilangan. Pada penelitian ini digunakan materi genetik berupa populasi tanaman ubi kayu yang dihasilkan dari biji penyerbukan terbuka (open pollinated/OP) tanaman generasi M1G4. Penelitian ini mencakup identifikasi karakterisasi panen dan komponen pati pada populasi penyerbukan terbuka untuk memperoleh data profil kualitas umbi, serta percobaan molekuler secara in silico dan identifikasi marka SNP pada gen penting yang terlibat dalam biosintesis pati. Luaran yang diharapkan berupa data karakter hasil dan pati dari populasi OP, sekuens primer gen spesifik untuk analisis situs SNP dan informasi situs SNP pada gen pengendali sintesis pati. Materi yang digunakan pada penelitian ini adalah tanaman dan umbi segar beberapa mutan putatif ubi kayu pada populasi OP, data genom ubi kayu AM560-2 asal Colombia dan KU-50 asal Thailand serta sekuens gen yang diduga sebagai pengendali sintesis pati, dan isolat DNA tanaman ubi kayu genotipe Jame-jame, Ratim, UJ-5, Malang-4, Adira-4, Gajah, dan Manggu. Pengamatan terhadap tanaman OP yang berumur 9 bulan setelah tanam (BST), meliputi keragaan tanaman sebelum panen dan umbi saat panen. Keragaman fenotipe karakter kualitatif meliputi warna korteks batang, warna luar batang, warna pucuk, tipe cabang, tipe leher umbi, bentuk umbi, warna korteks umbi, dan rasa umbi. Pengelompokan populasi berdasarkan karakter kualitatif membentuk dendogram dengan tiga kelompok besar. Sebaran 214 genotipe berdasarkan hubungan bobot umbi per tanaman dengan karakter diameter batang, tinggi tanaman, level percabangan, jumlah umbi, dan tebal korteks umbi menunjukkan terdapat 8 genotipe yang potensial dikembangkan ke tahap pengujian lanjutan menggunakan perbanyakan vegetatif. Teknik in silico dapat digunakan untuk akselerasi pemuliaan tanaman ubi kayu yang mudah dan murah untuk mengidentifikasi gen putatif pada jalur sintesis pati ubi kayu menggunakan data sekuens genom pada basis data bioinformatika. Beberapa gen dipilih berdasarkan aktivitasnya yang diketahui dalam proses biosintesis pati meliputi ERF (ethylene response factor), ethylene, hexose, LEA (late embryogenesis abundant), starch synthase, dan sucrose. Berdasarkan hasil analisis komparasi genom diperoleh informasi terdapat 24 sekuens gen putatif yang terdapat pada genom ubi kayu asal Colombia dan Thailand namun terdapat dua sekuens putatif yang hanya ditemukan pada genom Colombia yaitu sekuens putatif gen Lea14-A-like dan SS4-isoform X1. Sebanyak 14 gen putatif yang teridentifikasi, memiliki peran dalam proses biologis dan fungsi molekuler dan lokasinya tersebar pada 12 koromosom yaitu pada kromosom LG 01, LG 02, LG 03, LG 04, LG 05, LG 08, LG 09, LG 11, LG 14, LG 15, LG 16, dan LG 18. Berdasarkan peran masing-masing gen terpilih gen GBSS1 dan Lea yang diduga mengendalikan proses biosintesis pati. Gen putatif ini dapat dijadikan sebagai acuan analisis marka molekuler dan analisis ekspresi gen untuk akselerasi program pemuliaan ubi kayu melalui teknik pengeditan gen spesifik sehingga lebih efisien dari segi waktu dan biaya. Selanjutnya terpilih gen GBSS1 dan Lea yang diduga berkaitan erat terkait kualitas pati yang dihasilkan, kemudian di susun
Keyword: bioinformatics, characterization, comparative study, molecular marker, true cassava seeds (TCS)

Judul: Keragaan dan Analisis Stabilitas Mutan Ubi Kayu [Manihot esculenta Crantz.] Hasil Iradiasi Sinar Gamma pada Tiga Lokasi.
Abstrak: Ubi kayu merupakan sumber terbesar penyedia pati dari golongan umbi- umbian. Karakterisasi dan seleksi merupakan salah satu kegiatan pemuliaan tanaman yang diharapkan dapat memilih satu atau beberapa karakter yang diinginkan dan memperlihatkan adanya kemajuan seleksi. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendapatkan informasi karakter umum ubi kayu, baik karakter vegetatif dan hasil umbi setelah dipanen. Penelitian dilaksanakan di lahan milik kelompok tani di Cikarawang (Bogor), lahan milik BABINSA KODIM Tapos (Depok) dan lahan milik BABINSA Ciseeng (Bogor) pada bulan Mei 2017 (pada lahan Tapos) dan Juni 2017 (pada lahan Ciseeng dan Cikarawang) sampai Mei 2018. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kestabilan yang tinggi terdapat pada karakter kualitatif kedua populasi, serta terdapat peningkatan bobot umbi yang signifikan pada penelitian ini. Populasi M1V5 menunjukkan bobot umbi tertinggi pada lokasi Depok (6.22 kg), sedangkan populasi M1V4 menunjukkan bobot umbi tertinggi pada lokasi Ciseeng (6.64 kg). AMMI (Additive Main Effect and Multiplicative Interaction) merupakan salah satu metode yang sering digunakan dalam menganalisis data percobaan multilokasi. Tujuan dari penelitian yang dilakukan adalah kestabilan karakter bobot umbi dan kemampuan adaptasi dari mutan putatif 2 populasi ubi kayu (M1V5 dan M1V4) pada 3 lokasi. Penelitian dilaksanakan menggunakan rancangan kelompok lengkap teracak (RKLT) dengan tiga ulangan di Depok, Cikarawang, dan Ciseeng. Hasil penelitian menunjukkan lima genotipe dari masing-masing populasi yang memiliki daya adaptasi yang luas yaitu G4D21233, G4D12221, G5D22232, G5D22233, dan Malang-4 (populasi M1V5) serta G63124, G63143, G62151, G62132, dan G63153 (populasi M1V4) berdasarkan biplot AMMI. Mutan potensial hasil seleksi dari setiap generasi diuji pada beberapa lokasi sebagai upaya pengembangan varietas ubi kayu. Tujuan dari penelitian yang dilakukan adalah mengevaluasi kestabilan kandungan pati menggunakan empat metode pendekatan non parametrik dari 2 populasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa tiga kandidat genotipe mutan terpilih pada populasi M1V5 berdasarkan bobot umbi yang tinggi dan daya adaptasi yang luas yaitu G5D22232 (8.23 kg), G4D12221 (7.11 kg), dan G5D22233 (6.92 kg). Sedangkan, tiga kandidat genotipe mutan terpilih pada populasi M1V4 berdasarkan bobot umbi yang tinggi dan daya adaptasi yang spesifik yakni G62153 (6.15 kg), G63111 (5.87 kg), dan G62143 (5.68 kg). Bobot umbi yang tinggi menghasilkan produksi pati yang rendah sedangkan bobot umbi yang rendah dapat menghasilkan produksi pati per tanaman yang tinggi. Seluruh kandidat genotipe mutan menunjukkan hasil bobot umbi dan produksi pati per tanaman yang melebihi genotipe tetuanya (Adira-4, Malang-4, dan Gajah) sehingga dapat dipilih sebagai calon varietas baru unggul. Kata kunci : gravimetri, multilokasi, mutan, stabilitas, ubi kayu
Keyword: cassava, gravimetric, multilocation, mutant, stability

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: