Judul: Identifikasi Marka Sts Dan Snp Yang Berasosiasi Dengan Karakter Bronzing Daun Pada Populasi Padi Haploid Ganda
Abstrak: Keracunan Fe adalah salah satu faktor pembatas bagi pertumbuhan dan produksi padi di lahan sawah. Penggunaan varietas toleran Fe merupakan salah satu cara yang paling efisien untuk menyelesaikan masalah tersebut. Program pemuliaan varietas toleran Fe dapat dikombinasikan dengan pendekatan kultur antera untuk memproduksi galur padi haploid ganda agar lebih efisien. Untuk membantu seleksi genotipe toleran dalam program pemuliaan tersebut, identifikasi marka molekuler menjadi sangat penting. Identifikasi marka molekuler yang berasosiasi dengan karakter toleran Fe penting dalam pengembangan marka untuk kegiatan marker-assisted selection (MAS). Kegiatan ini dapat dilakukan dengan pengujian fenotipe pada galur uji di lapang berkadar Fe tinggi serta membandingkannya dengan analisis molekuler. Pada penelitian ini analisis molekuler menggunakan marka STS dan SNP. Marka STS digunakan untuk mengidentifikasi gen-gen target terkait karakter toleran Fe dan marka SNP digunakan untuk mencari alel-alel potensial terkait karakter toleran Fe yang tersebar di seluruh kromosom padi. Tingkat toleransi tersebut dilihat dari skor bronzing daun. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi marka STS dan SNP yang berasosiasi dengan karakter bronzing daun pada populasi padi haploid ganda. Empat puluh lima galur haploid ganda yang berasal dari persilangan resiprok antara IR54/Parekaligolara//Bio110/Markuti dianalisis menggunakan pe-nanda gen; yaitu OsIRT1, OsIRT2, AtIRT1, OsNAS1, OsNAS2, OsNAS3, dan OsFRO2 menggunakan analisis PCR. Analisis SNP menggunakan 384 SNP yang tersebar pada 12 kromosom padi. Evaluasi fenotip dilakukan dengan menanam padi pada lahan berkadar Fe 750 ppm di KP Taman Bogo, Lampung. Pengamatan respon fenotipe di lapangan menunjukkan bahwa baik galur tetua maupun galur haploid ganda memiliki variasi dalam tingkat toleransi keracunan Fe yang dilihat dari skor bronzing daun. Hasil evaluasi fenotipe pada galur haploid ganda menunjukkan bahwa 12 galur toleran keracunan Fe dan 33 galur menunjukkan respon medium toleran. Evaluasi genotipe menggunakan marka STS menunjukkan DNA yang polimorfik. Amplifikasi DNA dengan PCR menunjukkan ukuran pita DNA yang berbeda antara tanaman yang toleran (Mahsuri) dan tanaman sensitif (IR64). Asosiasi antara marka STS dengan respon fenotipe menunjukkan ada 3 marka berasosiasi dengan respon bronzing daun (P_value> 0.05). Marka tersebut adalah OsIRT1, OsIRT2, dan OsFRO2. Evaluasi genotipe menggunakan Iscan pada 384 SNP menunjukkan bahwa masih terdapat alel heterozigot pada galur haploid ganda. Marka SNP yang berasosiasi dengan bronzing daun adalah TBGI204006, TBGI310247, id9006377, Dan id10000498.
Keyword: padi, MAS, Teleransi Fe, Marka Molekuler

Judul: Evaluasi Marka Molekuler Untuk Seleksi Mutu Beras Pada Galurgalur Harapan Padi (Oryza Sativa L.) Toleran Cekaman Fe
Abstrak: Dalam rangka mendukung pemenuhan kebutuhan pangan yang semakin meningkat maka berbagai varietas padi toleran cekaman lingkungan baik biotik maupun abiotik telah banyak dihasilkan, salah satunya adalah varietas padi toleran cekaman Fe. Varietas ini ditargetkan untuk dapat dibudidayakan di lahan-lahan marjinal (sub optimal) seperti di lahan-lahan rawa. Keracunan Fe adalah salah satu faktor pembatas bagi pertumbuhan dan produksi padi di lahan rawa. Di samping daya adaptasi dan tingkat produktivitas, kualitas mutu beras adalah target penting dalam perakitan galur padi unggul. Oleh karena itu, mutu beras juga menjadi bahan pertimbangan bagi pemulia tanaman. Program pemuliaan pada umumnya ditujukan untuk mendapatkan varietas unggul yang memiliki potensi hasil tinggi, Namun, varietas unggul yang dihasilkan seringkali kurang dapat diterima oleh petani maupun konsumen karena mutu beras yang dihasilkan kurang sesuai dengan yang diinginkan. Mutu beras dapat dilihat dari sifat fisikokimia yang meliputi ukuran, bentuk, tekstur, warna, aroma dan rasa. Sifat fisikokimia dipengaruhi oleh kandungan pati dalam endosperm yang ditentukan oleh amylose content (AC) dan gel consistency (GC). Perkembangan teknologi menggunakan marka molekuler untuk seleksi sifatsifat unggul pada tanaman sudah banyak dilakukan, salah satunya untuk membantu seleksi karakter mutu beras. Marka fungsional seperti SSR (Simple Sequence Repeat), STS (Sequence Taq Sites), SNP (Single Nucleotide Polymorphism), dan Indel yang berasosiasi dengan sifat fisikokimia beras telah banyak dikembangkan. Marka-marka tersebut dapat digunakan untuk membantu dalam seleksi mutu beras pada galur-galur padi toleran cekaman Fe. Penelitian ini bertujuan mengevaluasi marka SSR, STS, SNP, dan Indel untuk seleksi karakter mutu beras pada galurgalur harapan padi toleran cekaman Fe berdasarkan analisis phenotyping dan genotyping. Tiga puluh galur toleran cekaman Fe dan lima varietas tetua (kontrol) yaitu IR64 (pulen), Inpara 3 (pera), Inpara 2 (pulen), IR42 (pera), dan Mashuri (pulen) digunakan untuk analisis phenotyping keragaman karakter mutu fisik gabah dan beras serta mutu fisikokimia dan organoleptik. Tiga puluh galur dan lima varietas yang sama juga digunakan untuk analisis genotyping menggunakan 19 primer dari empat tipe marka yaitu SSR, STS, SNP, dan Indel. Data-data fenotipe dan genotipe yang diperoleh selanjutnya digunakan untuk analisis asosiasi menggunakan perangkat lunak Tassel 2.0. Marka molekuler yang berasosiasi signifikan dengan nilai p_Value < 0.05 menunjukkan bahwa marka tersebut berasosiasi dengan karakter mutu beras pada galur-galur padi toleran cekaman Fe. Hasil analisis fenotipe (phenotyping) terhadap karakter mutu fisik dan mutu tanak beras, menunjukkan bahwa 30 galur yang dianalisis memiliki nilai mutu yang cenderung mendekati nilai tetua kontrolnya, sebagian besar berada di dalam kelompok mutu IV pada mutu fisik beras, memiliki kadar amilosa rendah hingga tinggi, dan tergolong ke dalam tekstur nasi pulen hingga pera. Dari 30 galur toleran cekaman Fe, didapatkan 16 galur yang memiliki sifat yang sama dengan tetua kontrol berdasarkan kadar amilosa dan tekstur nasinya. Analisis molekuler menghasilkan 14 marka yang polimorfis. Hasil analisis asosiasi antara data genotipe dan fenotipe (mutu beras) menunjukan bahwa 10 dari 14 marka polimorfis yang secara signifikan terkait dengan mutu beras. Di antara empat tipe marka yang digunakan, tipe marka yang paling banyak berasosiasi secara signifikan dengan empat karakter mutu beras adalah STS, kemudian diikuti dengan SSR dan Indel. Kesepuluh marka molekuler yang signifikan tersebut berpotensi sebagai marka untuk seleksi karakter mutu beras dari
Keyword: karakter mutu beras, padi toleran cekaman Fe, SNP, SSR, STS

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: