Judul: Analysis of Active Compounds in Phyllanthus niruri L. as  potential inhibitors to SARS-CoV-2 3CLpro EPI_ISL_576383 with Molecular  Docking
Abstrak: Coronavirus disease 2019 (COVID- 19) merupakan penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus corona SARS-CoV-2. Enzim 3-Chymotrypsin-Like Protease (3CLpro) berperan dalam siklus hidup SARS-CoV-2 sebagai enzim kunci dalam replikasi dan transkripsi virus. Penelitian ini bertujuan menganalisis interaksi molekuler senyawa aktif meniran terhadap reseptor 3CLpro dari SARS-CoV-2 asal Indonesia EPI_ISL_576383 dan menentukan senyawa aktif meniran sebagai inhibitor enzim 3CLpro SARS-CoV-2. Metode yang digunakan dalam penelitian ini yaitu penambatan molekuler menggunakan aplikasi YASARA Structure. Hasil penelitian menunjukkan dari 49 senyawa aktif meniran terdapat tujuh senyawa aktif yang memiliki afinitas pengikatan terhadap 3CLpro antara lain ellagic acid, lupeol, hinokinin, hypophyllanthin, methyl brevifolincarboxylate, quercetin dan niranthin. Senyawa aktif ellagic acid menjadi ligan terbaik dengan energi bebas ikatan (∆G) -4.296 kkal/mol yang berinteraksi dengan 13 residu asam amino. Hasil penelitian dapat digunakan sebagai acauan dalam studi in vitro dan in vivo terhadap enzim 3- Chymotrypsin-Like Protease (3CLpro) SARS-CoV-2., Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is a disease caused by infection of coronavirus, SARS-CoV-2. The 3-Chymotrypsin-Like Protease (3CLpro) acts as a key enzyme in the replication and transcription of SARS-CoV-2 virus life cycle. This study aims to analyze the molecular interaction and determine the best ligand from the active compounds in Phyllanthus niruri L. against the 3CLpro receptor from Indonesian EPI_ISL_576383 in SARS-CoV-2 coronavirus. Molecular docking was conducted using YASARA Structure application. The results from 49 active compounds showed seven active compounds that exhibit affinity binding to 3CLpro, such as ellagic acid, lupeol, hinokinin, hypophyllanthin, methyl brevifolincarboxylate, quercetin and niranthin. Ellagic acid is determined as the best ligand out of all the active compounds with free energies of binding (∆G) - 4,296 kcal/mol and shown interaction with 13 amino acid residues. These results can be further used as a reference for in vitro and in vivo studies of SARS-CoV-2 3-Chymotrypsin-Like Protease (3CLpro).
Keyword: 3CLpro inhibitor, molecular docking, Phyllanthus niruri L

Judul: In Silico Analysis of the Potential Bioactive Compounds in Pulai (Alstonia Scholaris) as 3-Chymotrypsin-like Protease Enzyme Inhibitor (EPI_ISL_576383)
Abstrak: Coronavirus Disease (COVID-19) merupakan pandemik global yang disebabkan oleh infeksi SARS-CoV-2. Senyawa dengan aktivitas antivirus dapat dijadikan sebagai kandidat obat COVID-19 dengan menginhibisi enzim 3CLpro yang berperan penting dalam proses replikasi SARS-CoV-2. Alstonia scholaris memiliki senyawa aktif antivirus, namun potensinya sebagai inhibitor 3CLpro belum diketahui. Penelitian ini bertujuan menguji potensi senyawa aktif pulai sebagai inhibitor 3CLpro (EPI_ISL_576383) secara in silico. Penambatan molekuler yang dilakukan terhadap 75 ligan uji menunjukkan terdapat delapan ligan uji yang memiliki afinitas pengikatan yang lebih baik dibandingkan JRY7 dan dua ligan pembanding berdasarkan energi bebas Gibbs, konstanta disosiasi, dan interaksi terhadap residu penting, yaitu E-16-formyl-5α-methoxystrictamine, 17-Oacetylechitamine, nareline, alschomine, asam ursolik, nareline-metil-eter, 6-7- seco-angustilobin-B, dan picralinal. E-16-formyl-5α-methoxystrictamine merupakan senyawa penciri dari Alstonia scholaris yang menjadi ligan dengan energi bebas Gibbs dan konstanta disosiasi terendah (-6,0350 kkal/mol dan 0,0038x104 µM) yang berinteraksi dengan 11 residu penting di sisi aktif 3CLpro. Kata kunci: COVID-19, 3CLpro, Alstonia scholaris, in silico, Coronavirus Disease (COVID-19) is a global pandemic caused by infection with SARS-CoV-2. Compounds with antiviral activity were proposed to be candidates for the COVID-19 drug by inhibiting the 3CLpro enzyme which plays an important role in the SARS-CoV-2 replication process. Alstonia scholaris has antiviral active compounds but its potential as 3CLpro inhibitor is still unknown. This study aims to examine the potential of bioactive compounds of pulai as an inhibitor 3CLpro (EPI_ISL_576383) by in silico method. Molecular docking performed on 75 test ligands showed that there are eight test ligands that had better binding affinity than JRY7 and two comparison ligands based on the Gibbs free energy, dissociation constant, and interaction with important residue, namely E-16- formyl-5α-methoxystrictamine, 17-O-acetylechitamine, nareline, alschomine, ursolic acid, nareline-methyl-ether, 6-7-seco-angustilobine-B, and picralinal. E-16- formyl-5α-methoxystrictamine is the characteristic compound from Alstonia scholaris which demonstrate the lowest Gibbs free energy and dissociation constant (-6,0350 kcal/mol and 0,0038x104 µM) and has interaction with 11 important residu on the active site of 3CLpro. Keywords: COVID-19, 3CLpro, Alstonia scholaris, in silico
Keyword: COVID-19, 3CLpro, Alstonia scholaris, in silico

Judul: Pembangunan Perumahan Pada Wilayah Desakota Kaitannya Dengan Sistem Sosial Masyaraka t Asli
Abstrak: Faktor utama yang banyak mempengaruhi meningkatnya jumlah perumahan dan pemukiman pacta wilayah desakota adalah adanya tekanan populasi sebagai akibat dari migrasi besar-besaran menuju daerah desakota. Dengan kata lain, lokasi perumahan atau pemukiman menjadi tak memiliki banyak pilihan lagi, kota telah sesak dan sasaran selanjutnya para pengais materi di daerab kota adalab wilayah desakota. Masyarakat asli yang sejak lama tinggal di wilayah desakota merupakan bagian dari masyarakat desakota yang perlu diperhatikan. Baik disadari maupun tidak disadari, perubaban pada masyarakat asli desakota akan terjadi karena masyarakat selalu dalam keadaan dinamis. Selain itu perubahanjuga akan terjadi dikarenakan masyarakat adalah sistem yang terdiri dari bagian-bagian yang berhubungan serta berintegrasi secara fungsional, sehingga perubaban pada satu fungsi dari masyarakat akan mempengaruhi fungsi lainnya.
Keyword: