Judul: Mutagenesis EMS dan Transposon pada Xanthomonas campestris pv. glycines VR 32 dalam upaya memperoleh galur non patogenik
Abstrak: Penyakit bisul bakteri yang disebabkan oleh Kanthomonas campestris pv. glycines merupakan salah satu penyakit bakterial penting pada tanaman kedelai di Indonesia. Sampai saat ini mekanisme patogenisitas bakteri ini belum diketahui secara pasti. Untuk mempelajari gen-gen yang terlibat dalam pembentukan bisul bakteri, perlu dicari galur non patogenik baik secara alamiah maupun melalui mutagenesis. Dalam penelitian ini dilakukan mutagenesis kimiawi dengan menggunakan ethyl metanesulfonate (EMS) dan mutagenesis hayati dengan menggunakan transposon Tn 5. Patogenisitas suatu bakteri dapat disebabkan oleh banyak faktor, antara lain enzim, toksin, eksopolisakarida, lipopolisakarida dan lain-lain. Tiga faktor yang dianalisis pada mutan hasil mutagenesis ini adalah keberadaan kapsul, enzim protease dan enzim katalase. Sedangkan tingkat patogenisitas dari mutan-mutan tersebut diuji dengan menggunakan teknik bioasai kotiledon. Melalui mutagenesis tranposon diperoleh mutan yang bersifat non patogenik yaitu mutan nomor 715. Mutan ini menunjukkan hasil positif untuk uji kapsul, uji protease dan uji katalase. Selain itu juga diperoleh mutan-mutan yang menurun tingkat patogenisitasnya yaitu sebanyak 9 mutan dari mutasi dengan transposon dan 7 mutan dari mutasi dengan EMS. Seluruh mutan ini menunjukkan hasil positif untuk ketiga uji yang dilakukan. Walaupun semua analisis mutan memberikan hasil positif namun bukan berarti ketiga faktor tersebut yaitu kapsul, protease dan katalase tidak ikut terlibat dalam mekanisme patogenisitas. Karena kemungkinan patogenisitas bakteri Xanthomonas campestris pv. glycines disandikan oleh banyak gen yang bekerjanya saling bergantung.
Keyword: Trasposon, kedelai

Judul: Analisis gen penyandi protein terikat membran, impX, yang terlibat dalam patogenisitas pada Xanthomonas axonopodis pv. glycines
Abstrak: Xanthomonas axonopodis pv glycines (Xag) adalah bakteri penyebab penyakit pustul pada tanaman kedelai. Mutan non patogenik (Xag M715) telah dikonstruksi melalui mutagenesis transposon untuk mengetahui gen yang terlibat patogenisitas. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk 1) mengisolasi gen/gen-gen yang terlibat patogenisitas pada Xag YR32, (2) mengkarakterisasi gen/gen-gen yang terlibat patogenisitas pada Xag YR32, (3) mempelajari struktur dan fungsi gen yang terlibat patogenisitas pada Xag YR32, (4) menentukan posisi penyisipan transposon pada Xag M715. DNA sekitar penyisipan Tn5 dari Xag YR32 diisolasi melalui inverse Polymerase Chain Reaction (IPCR). Analisis BLASTN dari urutan DNA memperlihatkan similaritas pada nukleotida yang terlibat patogenisitas pada Xanthomonas axonopodis pv citri (GenBank accession No. NC003919) dengan identity 99%. BLASTX menunjukkan bahwa urutan nukleotida menyandikan inner membrane protein (imp) dan cystein protease (cp) (identity 90% dan 99%). Analisis Open Reading Frame (ORF) finder menunjukkan dua arah transkripsi yang berlawanan dari gen impX dan cp. Putative promoter, ribosom binding site (RBS), kodon awal dan akhir ditemukan pada gen impX. Putative promoter, RBS, kodon awal dan akhir ditemukan pada gen cp. Analisis ini menunjukkan bahwa transposon menyisip pada C-terminal impX. Analisis fungsi protein menunjukkan sebagai putative ABC-ATPase, suatu protein transmembran, famili ABC transporter, termasuk kelompok ABC-A1 yang mengekspor molekul. Analisis menunjukkan bahwa transposon menyisip pada ATP-ase dari ABC-ATPase. Analisis transkrip pada Xag YR32 menunjukkan bahwa gen ditranskrip tetapi hanya terdeteksi sangat tipis pada Xag M715. Analisis hibridisasi Northern memperlihatkan bahwa gen impX bersifat monosistronik dengan ukuran sekitar 546 bp. Introduksi impX ke dalam Xag M715 dapat mengembalikan sifat patogen pada bioesai kotiledon kedelai. Xag M715 menjadi patogen kembali. Sepuluh hari setelah infeksi, kotiledon yang terinfeksi oleh Xag YR32 menjadi coklat, sedangkan Xag M715 (pRP06) mencoklat pada 14 hari setelah infeksi. Analisis statistik menunjukkan bahwa fenotip Xag M715 berbeda dengan Xag M715 (pRP06) dan fenotip Xag YR32 sama dengan Xag M715 (pRP06). Analisis awal ekspresi protein menunjukkan bahwa gen impX diekspresikan pada E. coli BL21(DE3)pLysS. Fenotip non-patogenik dari Xag M715 disebabkan oleh penyisipan transposon pada ATP-ase dari ABC-ATPase transporter.
Keyword: Pustul bakteri, ABC transporter, Galur-galur bakteri dan plasmid, Isolasi DNA, Inverse Polymerase Chain Reaction, Glycine max L. Merr.

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: