Judul: Visualisasi Pohon Filogenetik Berbasis Web menggunakan Metode Circular Tree Drawing Algorithm
Abstrak: Pohon filogenetik merupakan model dari sejarah evolusi dan hubungan evolusi dari berbagai organisme berdasarkan persamaan atau perbedaan karakteristik. Visualisasi pohon filogenetik merupakan aspek penting dalam analisis filogeni. Visualisasi yang baik akan memberikan analisis dan interpretasi data yang baik. Tujuan penelitian ini adalah membangun aplikasi berbasis web untuk memvisualisasikan pohon filogenetik. Data yang digunakan berformat Newick. Penelitian ini fokus pada visualisasi dengan menggunakan metode circular tree drawing algorithm. Algoritme diimplementasi dalam bahasa JavaScript. Diawali dengan inisialisasi, postorder traversal, dan preorder traversal untuk menghitung koordinat. Koordinat hasil algoritme berada pada rentang -1–1. Perlu dilakukan perbesar dan translasi agar visualisasi dapat terlihat. Pohon di-render dalam fitur Scalable Vector Graphics (SVG) dengan bantuan library Raphaёl. Label untuk setiap leaf ditempatkan di sekeliling lingkaran dan dirotasi agar mudah dibaca. Pengujian telah berhasil dilakukan untuk melihat hasil render untuk data terbesar dengan 163 nodes, 82 leaves, serta data terkecil dengan 5 nodes dan 3 leaves.
Keyword: pohon filogenetik, visualisasi pohon filogenetik, circular tree drawing

Judul: Penyusunan basis data pohon dengan visualisasi komputer
Abstrak: Tanaman beragam jenisnya, mulai dari pohon, semak/perdu, sampai tanaman penutup tanah. Dari semua jenis tanaman lanskap tersebut, jenis yang memiliki dampak paling besar dalam kebanyakan lanskap adalah pohon. Pohon memiliki perbedaan dalam sifat morfologi, sifat ekologis, karakteristik, dan fungsi yang menjadi pertimbangan dalam pemilihan pohon untuk perencanaan dan perancangan lanskap. Perencana atau perancang akan kesulitan untuk memilih jenis pohon yang diinginkan dengan beragamnya jenis pohon, hal ini disebabkan karena kurangnya pengetahuan mengenai informasi jenis pohon seperti kondisi ekologis, sifat morfologi, karakteristik dan fungsi yang dapat dituangkan dalam desainnya. Penelitian ini merupakan pengembangan dari penelitian sebelumnya oleh Rukmono (2004), dimana penelitian ini bertujuan untuk menyusun/merancang basis data (database) pohon. Penyusunan basis data ini menggunakan software Microsoft Access 2000 dan Microsoft Visual Basic 6.0 yang merupakan acuan untuk bidang arsitektur lanskap dan bidang lainnya. Penyusunan basis data (database) pohon ini dapat memudahkan pengguna, baik perencana/perancang/arsitek lanskap maupun masyarakat umum dalam mencari pohon sesuai dengan kriteria yang diharapkan. Basis data pohon ini sangat dibutuhkan oleh perencana/perancang/arsitek lanskap untuk pekerjaan mendisain dan bidang lainnya yang membutuhkan data dan informasi mengenai jenis pohon. Metode penelitian untuk membuat basis data ini meliputi beberapa tahapan, yaitu studi pustaka terhadap pohon untuk mendapatkan literatur, membuat struktur data dengan pengklasifikasian dan pengkodean menurut sifat morfologi, karakteristik, sifat ekologis, dan fungsi; mengambil data pohon di lapang dan mengumpulkan informasi data; memasukkan data/informasi dan mengelola basis data; dan penyajian hasil. Data input yang digunakan dalam pembuatan basis data ini berupa data atribut dan foto. ...
Keyword: 

Judul: Stabilization of Protein by Lactose during Storage in the MPC 85 System
Abstrak: Milk protein is the most valuable component and its stability is important during processing and storage. The stabilization is influenced by moisture and position of milk powder. It is assumed that lactose can acts as stabilizer of protein (protect from protein unfolding). The phenomenon of this stabilization was studied at three water activity (aw 0.23,0.54 and 0.75), with low concentration of lactose addition (5, 15 and 30%) during 6 weeks. Sample preparation'of MPC powders and equilibration at different relative humidity was conducted before storage. Analysis of MPC to investigate the influence of lactose in protein stabilization include solubility test, glass transition (Tg) by TMCT (Thermal Mechanical Compression Test), secondary protein structure (FTIR), and T2 relaxation (NMR) to measure the protein water interaction in MPC85 system. The role of lactose to retain the change of stability during storage can be observed clearly at aw 0.54. In this condition, the rate of solubility and Tg decreasing/week and also the rate of increasing of T2 short proportion/week can be retained by lactose adding. The capability of lactose to retain the rate of change of solubility, Tg and T2 short proportion cannot be observed at low water activity (aw 0.23) because of the small amount of water in the system. At aw 0.75, lactose adding c annot retain the change of stability due to very higher water content and lactose coystallization. Evidence from FTIR suggested that this reduction in solubility was not directly linked to major conformational changes within protein structures.
Keyword: