Judul: Investigation of the Genetic Polymorphism of the CYP2A6 and FABP4 gene on Nutritional Value, Meat Quality, and Carcass Characteristics in Sheep
Abstrak: Tingkat konsumsi daging domba di kalangan konsumen disebabkan beberapa faktor yang mempengaruhi, diantaranya nilai gizi yang terkandung dalam daging domba, kualitas daging domba, serta karakteristik karkas yang memperhatikan proporsi perdagingan domba. Diantara gen-gen potensial yang dapat digunakan sebagai penanda nilai gizi, kualitas daging, dan karakteristik karkas pada daging domba Indonesia, yaitu gen cytochrome P450, family 2, subfamily A, polypeptide 6 (CYP2A6) dan gen fatty acid binding protein 4 (FABP4). Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi polimorfisme gen CYP2A6 pada SNP g.49170107 G>T dan gen FABP4 pada SNP g.57536954 C>T, serta mengetahui hubungannya dengan nilai gizi, kualitas daging, dan karakteristik karkas pada domba Indonesia. Total sampel yang digunakan untuk keragaman sebanyak 243 ekor domba dengan sembilan jenis domba Indonesia, yaitu domba texel cross (DTC), domba Barbados cross (DBC), domba compass agrinak (DCA), domba ekor gemuk (DEG), domba ekor tipis (DET), domba garut (DG), domba komposit garut (DKG), domba lokal jambi (DLJ), dan domba jonggol (DJ). Investigasi gen dilakukan dengan identifikasi keragaman gen CYP2A6 dan FABP4 yang dianalisis menggunakan Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP), serta dilakukan asosiasi gen CYP2A6 dan gen FABP4 terhadap parameter yang diuji menggunakan General Linear Model (GLM). Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen CYP2A6 bersifat polimorfik yang ditandai dengan adanya dua macam genotipe GG dan TT, sedangan gen FABP4 bersifat monomorfik dengan genotipe TT. Keragaman ditemukan pada DEG, DET, DLJ, dan DJ. Keragaman genotipe gen CYP2A6 berada dalam keseimbangan Hardy-Weinberg. Hasil menunjukkan bahwa gen CYP2A6 secara nyata berasosiasi (P<0,05) dengan nilai gizi diantaranya kolesterol dan mineral Fe. Kualitas daging seperti pH, keempukan, susut masak, dan daya mengikat air tidak memiliki asosiasi dengan gen CYP2A6. Hasil asosiasi gen CYP2A6 secara nyata berasosiasi (P<0,05) dengan karakteristik karkas, yaitu bobot hidup, karkas hangat, persentase karkas, karkas dingin, serta potongan komersial. Berdasarkan hasil asosiasi tersebut menunjukkan bahwa gen CYP2A6 dapat dijadikan sebagai kandidat marker dalam program seleksi domba untuk memperbaiki kualitas daging domba.
Keyword: CYP2A6 gene, FABP4 gene, GLM, PCR-RFLP, sheep

Judul: Functional Study of Candidate Genetic  Markers Determining The Lamb Quality of Indonesian Sheep
Abstrak: Upaya peningkatan produksi daging domba baik secara kuantitas maupun kualitas perlu dilakukan untuk membantu pemenuhan kebutuhan protein asal hewani khususnya bersumber dari daging. Salah satu langkah yang dapat dilakukan melalui program seleksi berbasis molekuler dengan marka genetik penentu kualitas daging domba. Hasil RNA sequencing yang dilakukan sebelumnya diperoleh beberapa kandidat marka genetik diantaranya gen dopa decarboxylase (DDC) dan cytochrome P450 family 2 subfamily E member 1 (CYP2E1) yang diduga memiliki peranan dalam kualitas daging domba. Penelitian ini bertujuan mengkaji secara fungsional kandidat marka genetik gen DDC dan CYP2E1 dari segi aspek genomik, transkriptomik, dan proteomik dalam peranannya terkait mekanisme kualitas daging domba Indonesia. Kajian fungsional meliputi identifikasi keragaman gen DDC dan CYP2E1, asosiasi keragaman gen DDC dan CYP2E1 dengan kualitas karkas dan daging, analisis ekspresi gen DDC dan CYP2E1, dan analisis protein CYP2E1. Identifikasi keragaman gen DDC dan CYP2E1 dilakukan pada 200 ekor domba Indonesia dari beberapa rumpun diantaranya domba ekor tipis (DET), domba ekor gemuk (DEG), domba Garut (DG), domba Jonggol (DJ), domba compass agrinak (DCA), domba barbados cross (DBC), dan domba komposit Garut agrinak (DKG). Keragaman gen DDC dan CYP2E1 diidentifikasi dengan metode Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP). Hasil keragaman gen DDC dan CYP2E1 diasosiasikan dengan kualitas daging domba dengan analisis uji T. Tingkat ekspresi gen DDC dan CYP2E1 dari masing–masing genotipe dianalisis menggunakan metode quantitative Real Time-PCR (qRT-PCR). Analisis protein CYP2E1 dilakukan dengan pewarnaan imunohistokimia (IHK) dan hematoxylin-eosin (HE) menggunakan masing-masing tiga sampel kelompok tinggi dan rendah berdasarkan nilai pH daging. Hasil penelitian menunjukkan bahwa SNP g. 5377439 G>A gen DDC dan SNP g. 50658168 T>C gen CYP2E1 bersifat polimorfik (beragam) pada populasi domba yang diamati dengan ditandai munculnya tiga genotipe berbeda pada masing-masing gen, yaitu GG, AG, dan AA pada gen DDC serta TT, CT, dan CC pada gen CYP2E1. Gen DDC memiliki pengaruh yang signifikan (P<0,05) pada sebagian besar sifat kualitas karkas domba, diantaranya karakteristik karkas meliputi bobot hidup, persentase karkas, panjang karkas, karkas hangat, dan karkas dingin, dan seluruh potongan komersil karkas kecuali shank dan neck. Selain itu gen DDC juga memiliki pengaruh yang nyata (P<0,05) pada kualitas daging meliputi nilai pH, keempukan, dan daya mengikat air. Keragaman gen DDC juga memiliki pengaruh yang nyata (P<0,05) dengan komposisi asam lemak meliputi konten lemak; asam lemak jenuh termasuk asam oktanoat (C8:0), asam kaprat (C10:0), asam palmitat (C16:0), asam heptadekanoat (C17:0), asam stearat (C18:0), asam arakidat (C20:0), dan asam henekosanoat (C21:0), asam behenat (C22:0), asam trikosanoat (C23:0), dan asam tetrakosanoat (C24:0). Selain itu, gen DDC juga berhubungan secara nyata (P<0,05) dengan asam lemak tak jenuh tunggal termasuk asam palmitoleat (C16:1), asam oleat (C18:1n9c), asam elaidik (C18:1n9t), dan asam nervonat (C24:1); serta asam tak jenuh ganda termasuk asam linolenat (C18:3n3), asam eikosidoneat (C20:2), asam homo y-linolenat (C20:3n6), dan asam arakidonat (C20:4n6). Akan tetapi, gen DDC tidak memiliki pengaruh yang signifikan (P>0,05) pada kandungan mineral daging. Secara umum genotipe AG pada gen DDC menunjukkan nilai kualitas daging yang paling tinggi dibandingkan genotipe AA dan GG. Tingkat ekspresi gen DDC secara signifikan berbeda nyata (P<0,05) dalam mempengaruhi kualitas daging. Hasil asosiasi gen CYP2E1 dengan parameter kualitas karkas menunjukkan adanya
Keyword: domba, gen DDC, gen CYP2E1, kualitas daging, protein

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: