Judul: Kondisi Alih Bahang dalam Proses Internal Mixing Melalui Tahapan Difusi Ganda dan Turbulensi di Perairan Raja Ampat pada November 2007
Abstrak: Perairan Raja Ampat sebagai bagian dari perairan Indonesia Timur merupakan salah satu tempat pertemuan massa air antara belahan bumi utara dan massa air dari belahan bumi selatan. Dari pertemuan dua massa air tersebut akan berdampak pada proses pencampuran, baik secara vertikal maupun horizontal. Proses pencampuran dapat melemahkan stratifikasi perairan yang di dalamnya terdapat proses-proses yang sangat lambat seperti difusi molekul dan proses turbulensi yang sangat cepat. Ffield (1994) menjelaskan bahwa pencampuran vertikal yang terjadi di dalam perairan Indonesia menyebabkan perubahan jumlah bahang, garam serta momentum massa air melalui aliran dari Samudera Pasifik ke Samudera Hindia, sehingga proses pencampuran ini akan memberikan dampak terhadap sirkulasi arus global samudera. Analisis massa air yang dilakukan pada penelitian ini yaitu berupa estimasi nilai alih bahang baik melalui aktivitas difusi ganda maupun berdasarkan turbulensi. Selain itu juga untuk melihat struktur pelapisan dan pencampuran internal massa air di perairan Raja Ampat. Gradien komponen arus terhadap kedalaman mulai meningkat pada kedalaman 200 m dan pada beberapa stasiun mengindikasikan terdapat pergerakan arus yang besar pada kedalaman di bawah 400 m. Nilai rata-rata shear vertikal arus berkisar antara 0,9149 s-1 sampai 1,4780 s-1. Berdasarkan frekuensi apungnya daerah piknoklin memiliki nilai yang lebih besar dibandingkan lapisan lain sehingga daerah piknoklin menjadi penghalang lewatnya air secara vertikal antara kolom permukaan dengan kolom air di bawahnya. Bilangan Richardson sebagai rasio antara frekuensi apung dan shear vertikal arus menunjukkan besarnya pencampuran yang terjadi pada suatu perairan, dimana pada perairan Raja Ampat memiliki nilai yang kecil pada seluruh lapisannya yang berarti turbulensi terjadi pada setiap lapisan yaitu berkisar antara 7,23 x 10-4 sampai 6,07 x 10-3 Pengalihan bahang terbesar terjadi pada batas-batas antara lapisan termoklin, dimana terdapat gradien suhu yang besar pada kedalaman tersebut. Rata-rata nilai alih bahang pada perairan Raja Ampat berdasarkan proses turbulensi yaitu antara 18,686 W/m2 sampai 20,5589 W/m2 Aktivitas difusi ganda berdasarkan sudut turner diketahui banyak terjadi pada kedalaman 61 – 342 m yang merupakan daerah haloklin, pada kedalaman ini di masing-masing stasiun di dominasi oleh aktivitas salt fingering. Secara keseluruhan jika diurutkan aktivitas difusi ganda yang terjadi dari yang tertinggi hingga terendah adalah salt fingering lemah, salt fingering kuat, diffusive layering kuat dan diffusive layering lemah. Pengalihan bahang melalui proses difusi ganda mencapai 6,2 W/m2 nilai ini lebih kecil dibandingkan pengalihan bahang melalui proses pencampuran (turbulensi) dikarenakan pada proses difusi ganda yang pengalihan bahang yang diamati melalui difusi molekul.
Keyword: 

Judul: Kuantifikasi Percampuran Turbulen di Perairan Selayar, Selatan Sulawesi.
Abstrak: Perairan Selayar-Selatan Sulawesi adalah bagian dari jalur Arus Lintas Indonesia (Arlindo) yang membawa massa air dari Samudera Pasifik ke Samudera Hindia. Massa air Arlindo mengalami transformasi ketika melalui Perairan Indonesia yang mengindikasikan adanya percampuran vertikal. Tujuan dari penelitian ini adalah mengidentifikasi karakteristik massa air dan mengestimasi nilai percampuran turbulen dengan menerapkan metode analisis Thorpe. Pengambilan data dalam penelitian ini dilakukan pada bulan Agustus 2015 dari pelayaran ekspedisi Makassar, Jawa, Flores (MAJAFLOX) dengan menggunakan kapal Riset Geomarin III dari Pusat Penelitian dan Pengembangan Geologi Kelautan (P3GL) Bandung. Kegiatan pelayaran dilaksanakan di sekitar Perairan Laut Jawa, Selat Makassar, dan Laut Flores. Lokasi penelitian terletak pada posisi 6.8138 oLS dan 119.4456 oBT. Instrumen yang digunakan adalah Conductivity, Temperature, Depth (CTD) Sea-Bird Electronic (SBE) 19 Plus V2 dengan konfigurasi frequency rate 4Hz dan laju penurunan alat 1 ms-1. Penurunan CTD dilakukan sebanyak 11 kali ulangan selama 24 jam “yoyo”. Data CTD dikonversi menggunakan perangkat lunak SBE Data Processing 7.21. Hasil konversi data CTD kemudian digunakan untuk perhitungan analisis skala Thorpe (LT), skala Ozmidov (Lo), frekuensi Brunt Vaisala (N2), disipasi energi kinetik turbulen (ε) dan estimasi nilai difusivitas eddy vertikal (Kz). Pola pelapisan massa air dapat dilihat melalui sebaran menegak temperatur, salinitas dan densitas. Lapisan yang mempunyai nilai temperatur yang paling tinggi dan hampir seragam merupakan lapisan tercampur (lapisan homogen). Nilai rata-rata temperatur pada lapisan permukaan tercampur sebesar 26.42 oC dan mempunyai ketebalan rata-rata 42 m. Di bawah lapisan tercampur terdapat lapisan termoklin dimana nilai temperatur akan menurun secara drastis terhadap kedalaman. Penurunan nilai temperatur pada lapisan ini rata-rata 0.68 oC. Rata-rata ketebalan lapisan termoklin mencapai 273 m. Lapisan yang paling bawah adalah lapisan dalam yang memiliki nilai temperatur paling rendah dan hampir homogen. Karakteristik massa air di Perairan Selayar dapat diketahui melalui Temperatur-Salinitas (TS) diagram. Hasil identifikasi tipe karakter massa air menunjukkan bahwa massa air yang melewati Perairan Selayar diduga massa air Laut Jawa di bagian permukaan, massa air North Pacific Subtropical Water (NPSW) di kedalaman 81-143 m, dan massa air North Pacific Intermediate Water (NPIW) di kedalaman 251-316 m. Hasil dari perhitungan rata-rata nilai frekuensi Brunt Vaisala menunjukkan bahwa lapisan tercampur memiliki nilai yang paling rendah dibandingkan dengan lapisan dalam dan lapisan termoklin, sehingga dapat dikatakan lapisan tercampur merupakan lapisan yang memiliki tingkat kestabilan yang paling rendah. Lapisan termoklin paling tinggi tingkat kestabilannya karena memiliki nilai Brunt Vaisala yang paling tinggi. Massa air yang tingkat kestabilannya rendah dapat menyebabkan terjadinya percampuran secara vertikal. Estimasi skala Thorpe dapat digunakan untuk memperkirakan besar atau kecilnya percampuran vertikal yang terjadi. Jarak perpindahan nilai densitas yang menyesuaikan kembali pada kondisi stabil inilah yang disebut dengan perpindahan Thorpe atau Thorpe displacement (Td). Lapisan termoklin memiliki nilai Td yang paling rendah (-5 m sampai 3 m) disusul lapisan dalam (-8 m sampai 5 m) dan yang paling tinggi adalah lapisan tercampur (-13 m sampai 13 m). Kondisi ini berkaitan dengan nilai stabilitas stasis massa air (tingkat kestabilan massa air). Nilai rata-rata ε dari semua lapisan yaitu sebesar 2.17 x 10-6 Wkg-1. Hasil dari rata-rata menunjukkan bahwa semakin bertambahnya kedalaman nilai ε semakin menurun. Pada lapisan tercampur nilai ε paling tinggi dibandingkan
Keyword: pencampuran turbulen, Arlindo ITF Makassar, analisis Thorpe, CTD “yoyo”

Judul: Cloning and Structure Prediction of C-Type Lectin 19 (CTL-19) from Silkworm (Bombyx mori L.)
Abstrak: Bombyx mori L. is a highly significant insect due to its silk production affects several industries. Unfortunately, B. mori farming has recently experienced mortality issues caused by pathogenic infectious diseases. Despite the extensive study of innate immunity of B. mori, information regarding the molecular functions and mode of actions of C-type lectin 19 (CTL-19) in the innate immunity of B. mori remains limited. Therefore, this study aimed to predict the structure of the B. mori CTL-19 also clone and produce the recombinant protein to better understand its role in the silkworm's innate immunity. The open reading frame (ORF) of the CTL-19 gene (945bp) was successfully amplified and cloned to pGEM®-T Easy Vector. The mature protein consists of 294 amino acids with 2 CRDs, 9 conserved cysteine, and two specific carbohydrate binding motifs. Protein threading demonstrated to be superior in order to predict the ligand binding site in comparison to homology modelling. The predicted molecular weight is 33.26 kDa, with pI value of 5.70. Furthermore, molecular docking analysis reveal that BmCTL-19 have ability to bind to various carbohydrate residues. The BmCTL-19 gene will be sub clone into an appropriate expression vector and produce purified recombinant protein to evaluate its properties.
Keyword: Innate immunity, Carbohydrate Binding Motif, Homology modelling, Protein Threading, Molecular docking