Judul: Analysis of Long-read Sequences with MinION Technology on Kapur (Dryobalanops aromatica C.F Gaertn).
Abstrak: Salah satu spesies penting dari famili Dipterokarpa adalah kayu kapur (D. aromatica C.F Gaertn) dengan status konservasi rentan (vulnerable). Status tersebut mencerminkan perlunya upaya konservasi genetik berbasis sains yang didukung dengan teknologi baru, salah satunya adalah Oxford Nanopore Technology (ONT) MinION yang mampu menyajikan analisis long-read DNA sequences yang terjangkau. Saat ini penggunaan ONT masih jarang dilakukan pada pohon hutan asli Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan data sekuens whole genome liputan rendah (low coverage) dan memanfaatkannya untuk menganalisis kekerabatan D. aromatica. Prosedur penelitian mencakup tahapan isolasi dan sekuensing DNA hingga analisis bioinformatika. Hasil menunjukkan bahwa sekuensing DNA D. aromatica dengan pembacaan urutan basa DNA long-read 1,55 Gb dengan genom parsial kloroplas D. aromatica 148.856 bp. Analisis kekerabatan menunjukan D. aromatica berkerabat dekat dengan D. rappa dengan marka kombinasi gen (matK dan rbcL) lebih direkomendasikan untuk digunakan dalam analisis lanjutan D. aromatica., One important species of the dipterocarps is kapur (D. aromatica C.F. Gaertn) with a vulnerable conservation status. This status indicates the need for science based conservation through new technology, among other Oxford Nanopore Technoloy (ONT) MinION, that is able to provide affordable analysis for long-read DNA sequences. Nowadayas, the use of ONT is still rare being applied to native Indonesian forest trees. The objective of this study was to generate long- read sequence data of the whole genome with low coverage and use it to analyze genetic relationship D. aromatica. The research procedure included DNA isolation and sequencing to bioinformatics analysis. The results showed that DNA sequencing of D. aromatica resulted in 1,55 Gb of DNA base long read sequences in which a partial chloroplast genome length was constructed with a total of 148.856 bp. The genetic relationship analysis showed that D. aromatica was closely related to D. rappa with a combined marker of matK and rbcL are recommended for future use of phylogenetic analysis of D. aromatica.
Keyword: Dryobalanops aromatica, genome, markers, MinION, sequencing

Judul: Genetika Ekologi Kapur (Dryobalanops Aromatica Gaertn. F.) Pada Hutan Alam Dan Hutan Rakyat
Abstrak: Kapur (Dryobalanops aromatica Gaertn. f.) adalah jenis pohon yang memiliki nilai ekonomi tinggi yang mengandung borneol dan kualitas kayu yang baik. Penebangan liar dan konversi hutan menjadi perkebunan terutama industri telah menyebabkan penurunan populasi spesies ini. Pada tahun 2007, spesies ini diklasifikasikan menjadi spesies terancam punah oleh IUCN. Upaya konservasi untuk spesies ini belum dianggap sebagai informasi ilmiah yang cukup karena kurangnya informasi genetik. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui variasi genetik menggunakan RAPD dan pola distribusi ekologi spasial kapur. Metode RAPD digunakan sepuluh primer polimorfik (yaitu OPA-09, OPB-08, OPB-16, OPB-20, OPC-07, OPP-09, OPP-10, OPP-14, OPP-15 dan OPP-19) untuk fragmen DNA amplifikasi. Di lapangan, metode systematic sampling with random start digunakan untuk menganalisis struktur dan komposisi vegetasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa variasi genetik dalam populasi D. aromatica adalah sedang (He = 0.1760-0.2134), sedangkan diferensiasi genetik ditemukan juga tergolong sedang dengan nilai Gst 0.1257. Variasi genetik tertinggi ditemukan pada populasi Barus (He = 0.2134), sedangkan terendah terdeteksi pada populasi Sinkohor. Jarak genetik terdekat adalah antara Sinkohor dan populasi Danau Paris dengan nilai 0.0363, sedangkan jarak terbesar ditemukan antara Sinkohor dan Barus dengan nilai 0.0534. Berdasarkan hasil software STUCTURE, ketiga populasi dibagi menjadi dua kalster yaitu klaster 1 yang terdiri dari populasi Sinkohor dan Danau Paris sedangkan klaster 2 yaitu Barus. Secara spasial, distribusi D. aromatica adalah mengelompok baik di Barus maupun Danau Paris dengan nilai-nilai ip 0.06 dan 0.043. Keanekaragaman jenis pada lokasi Danau Paris dan Barus tergolong sedang hingga tinggi. Sterculia macrophylla, Shorea sp., Klenhovia hospita, Gluta renghas, Adinandra sp., Arthocarpus integer, Aporusa aurita dan Arthocarpus rigidus adalah spesies – spesies yang berasosiasi dengan D.aromatica. Konservasi genetik dapat dilakukan oleh strategi in-situ dengan mengkombinasikan dengan penanaman pengayaan menggunakan sumber benih lokal.
Keyword: Dryobalanops aromatica, IUCN, konservasi, variasi genetik, RAPD

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: