Judul: Analisis Sekuen DNA yang Terlibat dalam Patogenesitas dan Perancangan Primer PCR Spesifik untuk Xanthomonas axonopodis pv. glycines
Abstrak: Xanfhomonas axompodis pv, glycines (Xag) causes bacterial pustules an susceptible soybean cultivars. Therefore, understanding on the? mechanism of pathogenicity and soybean - Xag interaction are paramount impartant to develop strategy far disease control and as a model system fur a similar phenomenon. The objectives of this work are: (i) to identify pathogenicity gene(s) of Xag as an approach to understand the mechanism underlying specific pathogsnicrty in this group of bacteria, and (ii) to design specific PCR primers for Xag. A non-pathogenic Xag mutant derived from the wild type strain Xag YR32, designated M715, was constructed employing a mini-Tn5 transpusan. We have cloned a 1.8 kb-Pstl DNA fragment from Xag YR32. DNA sequence analysis indicated that the gene inactivated by the transposon in M"7 5 encoded a TonB-dependent receptor which is invofved in uptake of ferric-siderophore into the cell. Introduction of a broad-host range plasmid harboring a corresponding DNA fragment from the Xag YR32 into MY1 5 restored, albeit partially, pathogenicity of the mutant. We have designed two specific PCR primers for Xag, i.e., EttyOl (5'-TTgCggCgATTg-3') and EttyQ2 (5'- CgCATgCCATTg-3'). Arnpfificatian af Xag genornic DNA employing these specific primers generated a 436-bp amplimn. Southern hybridization analysis of five pathavars of Xanfhomonas and five wild types of Xag from Indonesia and Taiwan indicated that the pathogenicity gene was unique to Xag.
Keyword: 

Judul: Analisis gen penyandi protein terikat membran, impX, yang terlibat dalam patogenisitas pada Xanthomonas axonopodis pv. glycines
Abstrak: Xanthomonas axonopodis pv glycines (Xag) adalah bakteri penyebab penyakit pustul pada tanaman kedelai. Mutan non patogenik (Xag M715) telah dikonstruksi melalui mutagenesis transposon untuk mengetahui gen yang terlibat patogenisitas. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk 1) mengisolasi gen/gen-gen yang terlibat patogenisitas pada Xag YR32, (2) mengkarakterisasi gen/gen-gen yang terlibat patogenisitas pada Xag YR32, (3) mempelajari struktur dan fungsi gen yang terlibat patogenisitas pada Xag YR32, (4) menentukan posisi penyisipan transposon pada Xag M715. DNA sekitar penyisipan Tn5 dari Xag YR32 diisolasi melalui inverse Polymerase Chain Reaction (IPCR). Analisis BLASTN dari urutan DNA memperlihatkan similaritas pada nukleotida yang terlibat patogenisitas pada Xanthomonas axonopodis pv citri (GenBank accession No. NC003919) dengan identity 99%. BLASTX menunjukkan bahwa urutan nukleotida menyandikan inner membrane protein (imp) dan cystein protease (cp) (identity 90% dan 99%). Analisis Open Reading Frame (ORF) finder menunjukkan dua arah transkripsi yang berlawanan dari gen impX dan cp. Putative promoter, ribosom binding site (RBS), kodon awal dan akhir ditemukan pada gen impX. Putative promoter, RBS, kodon awal dan akhir ditemukan pada gen cp. Analisis ini menunjukkan bahwa transposon menyisip pada C-terminal impX. Analisis fungsi protein menunjukkan sebagai putative ABC-ATPase, suatu protein transmembran, famili ABC transporter, termasuk kelompok ABC-A1 yang mengekspor molekul. Analisis menunjukkan bahwa transposon menyisip pada ATP-ase dari ABC-ATPase. Analisis transkrip pada Xag YR32 menunjukkan bahwa gen ditranskrip tetapi hanya terdeteksi sangat tipis pada Xag M715. Analisis hibridisasi Northern memperlihatkan bahwa gen impX bersifat monosistronik dengan ukuran sekitar 546 bp. Introduksi impX ke dalam Xag M715 dapat mengembalikan sifat patogen pada bioesai kotiledon kedelai. Xag M715 menjadi patogen kembali. Sepuluh hari setelah infeksi, kotiledon yang terinfeksi oleh Xag YR32 menjadi coklat, sedangkan Xag M715 (pRP06) mencoklat pada 14 hari setelah infeksi. Analisis statistik menunjukkan bahwa fenotip Xag M715 berbeda dengan Xag M715 (pRP06) dan fenotip Xag YR32 sama dengan Xag M715 (pRP06). Analisis awal ekspresi protein menunjukkan bahwa gen impX diekspresikan pada E. coli BL21(DE3)pLysS. Fenotip non-patogenik dari Xag M715 disebabkan oleh penyisipan transposon pada ATP-ase dari ABC-ATPase transporter.
Keyword: Pustul bakteri, ABC transporter, Galur-galur bakteri dan plasmid, Isolasi DNA, Inverse Polymerase Chain Reaction, Glycine max L. Merr.

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: