Judul: Utilization of molecular marker to support high yield culltivar construction of cocoa (Theobroma cacao L.)
Abstrak: Kakao (Theobroma cacao L.) merupakan salah satu tanaman perkebunan penting yang berasal dari wilayah Amerika Selatan. Biji tanaman ini merupakan bahan dasar untuk pembuatan coklat. Permintaan yang terus meningkat membuka peluang untuk terus meningkatkan produksi tanaman ini. Akan tetapi budi daya tanaman ini menemui berbagai kendala. Salah satu kendala yang cukup berarti adalah serangan penyakit busuk buah yang disebabkab oleh Phytophthora palmivora. Salah satu upaya peningkatan produksi kakao adalah dengan mengembangkan kultivar unggul kakao yang berdaya hasil tinggi dan resisten terhadap penyakit busuk buah yang disebabkan oleh P. palmivora. Kultivar tersebut dapat diperoleh dengan cara pengembangan hibrida F1 yang berasal dari tetua donor yang mempunyai sifat resisten dan tetua penerima yang mempunyai daya hasil tinggi. Keberhasilan penyilangan kakao ditentukan oleh pemilihan tetua yang tepat sehingga diperoleh hibrida yang sesuai dengan yang diharapkan. Untuk itu diperlukan informasi yang akurat tentang keragaman genetik plasma nutfah kakao yang akan dipilih sebagai tetua. Analisis keragaman terhadap plasma nutfah kakao perlu dilakukan untuk mencari klon-klon yang memiliki potensi sebagai tetua dalam upaya perakitan klon-klon kakao yang berdaya hasil tinggi sekaligus tahan terhadap penyakit busuk buah yang disebabkan P. palmivora. Pada kegiatan pertama dilakukan analisis keragaman plasma nutfah kakao berdasarkan karakter morfologi dan marka SSR. Hasil analisis keragaman morfologi dengan menggunakan descriptor list terhadap 22 klon kakao koleksi Puslit Kopi dan Kakao Indonesia, menunjukkan terdapat keragaman yang cukup tinggi. Dua puluh empat lokus SSR yang digunakan mampu mengamplifikasi DNA genom 29 klon kakao dan menghasilkan pita polimorfik. Hasil analisis menunjukkan rataan jumlah alel per lokus sebanyak 5.50. Hasil analisis data yang dilakukan juga menunjukkan nilai PIC untuk marka SSR yang digunakan sebesar 0.665. Untuk populasi klon kakao yang dievaluasi, diperoleh nilai rataan heterosigositas pengamatan (Ho) sebesar 0.651, dan rataan diversitas gen (He) sebesar 0.720. Nilai PIC, Ho dan He yang didapat tergolong tinggi.
Keyword: 

Judul: Studi Penyebaran Serbuk Sari pada Tanaman Kakao (Theobroma cacao L.) dalam Mendukung Program Pemuliaan Tanaman
Abstrak: Peningkatan produktivitas dan mutu biji kakao memerlukan ketersediaan bahan tanaman kakao yang unggul dan bermutu. Ketersediaan bahan tanaman kakao dapat diperbanyak secara vegetatif dan generatif. Tanaman kakao umumnya merupakan tanaman menyerbuk silang, namun ada beberapa genotipe yang kompatibel menyerbuk sendiri, kompatibel menyerbuk sendiri sebagian dan tidak kompatibel menyerbuk sendiri. Sifat kompatibilitas antarklon pada proses penyerbukan pada tanaman kakao merupakan salah satu informasi penting untuk memilih tetua dalam pembuatan benih hibrida. Pendekatan lain untuk mengetahui sistem perkawinan pada suatu tanaman dapat diketahui melalui analisis pola penyebaran serbuk sari. Studi evaluasi penyebaran serbuk sari pada tanaman kakao dengan menggunakan marka molekuler diharapkan dapat dimanfaatkan untuk identifikasi hibrida yang dihasilkan dari persilangan terbuka. Penelitian ini terdiri atas dua percobaan yaitu analisis penyebaran serbuk sari dan evaluasi keseragaman genetik dalam klon kakao pada populasi yang digunakan. Penelitian pertama bertujuan untuk mengidentifikasi tetua jantan progeni kakao hasil persilangan alami, serta menentukan tetua jantan dan tetua betina yang paling kompatibel sehingga diperoleh informasi mengenai klon-klon yang dapat dimanfaatkan sebagai komposisi tetua pengisi kebun induk benih kakao. Penelitian yang kedua bertujuan untuk mengetahui keseragaman genetik di dalam klon kakao. Percobaan kedua ini sebagai informasi penunjang untuk memvalidasi hasil dari percobaan pertama. Sampel penelitian diambil dari populasi tanaman kakao yang ditanam secara poliklonal di kebun percobaan Kalitelepak Genteng Banyuwangi Jawa Timur. Populasi tanaman kakao tersebut terdiri atas 12 klon kakao yaitu : DRC 16, GC 7, ICS 13, ICS 60, NIC 7, NW 6261, PA 300, PA 303, SD 6225, TSH 858, TSH 908, dan UIT. Percobaan pertama menggunakan bahan tanam 12 klon kakao dipilih satu pohon secara acak sebagai tetua betina dan kandidat tetua jantan. Selanjutnya 12 pohon tersebut diberi nomor dan diamati posisi koordinatnya menggunakan GPS Garmin GPSmap 78s. 12 sampel pohon tersebut diambil daun muda untuk dijadikan sebagai kandidat tetua jantan, enam pohon (6 klon) diantaranya sekaligus dijadikan sebagai kandidat tetua betina. Pohon kakao yang dijadikan sebagai tetua betina dipanen buahnya, kemudian benih tersebut dikecambahkan di rumah kaca hingga muncul daun muda dan di ambil untuk isolasi DNA. Total progeni yang digunakan dalam penelitian ini adalah 128, terdiri atas 24 progeni klon ICS 13, 24 progeni klon PA 303, 12 progeni klon NIC 7, 24 progeni klon SD 6225, 20 progeni TSH 858, dan 24 progeni klon TSH 908. Percobaan kedua menggunakan bahan tanam enam klon kakao, yaitu klon ICS 13, GC 7, PA 300, TSH 858, TSH 908, dan UIT. Masing-masing klon diambil sebanyak 10 tanaman secara acak. Setiap sampel tanaman diambil daun mudanya untuk isolasi DNA. Isolasi DNA pada percobaan satu dan dua menggunakan metode CTAB yang dimodifikasi dan amplikasi DNA menggunakan 12 marka SSR. Analisis parental menggunakan program Cervus berdasarkan data genotipe, dan analisis keseragaman genetik menggunakan program Darwin. Hasil penelitian menunjukkan marka SSR yang digunakan mampu menerangkan keragaman genetik pada populasi yang diuji baik pada percobaan studi penyebaran serbuk sari maupun pada percobaan evalusi keseragaman genetik dalam klon. Berdasarkan hasil analisis parental diperoleh informasi bahwa progeni yang teridentifikasi tetua jantan sebanyak 69 (54%) dari 128 progeni yang dianalisis (analisis simulasi dengan 6 lokus), sedangkan 59 progeni (46.09%) tidak teridentifikasi tetua jantannya. Hasil analisis
Keyword: analisis parental, kakao, kompatibilitas, marka SSR, serbuk sari

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: