Judul: Karakterisasi enzim endo b 1,4 mananase dari Nonomuraea jabiensis ID06-379 dan kloning gen penyandinya
Abstrak: sampel tanah di Taman Nasional Kutai. Media yang dioptimasi dapat meningkatkan produksi enzim kasar mananase Nonomuraea jabiensis ID06-379. Produksi β-mananase Nonomuraea jabiensis ID06-379 tertinggi (5.33 U mg-1) dicapai pada medium optimasi (Vogel’s minimal medium) dengan penambahan nutrisi sebagai berikut: 0.5% locus bean gum, 1% ekstrak malt dan 0.05% (NH4)2HPO4, menggunakan fermentasi terendam dengan pengocokan pada 120 rpm, 28 oC selama 2 hari inkubasi. Analisis filogenetik dari urutan gen utuh (1491 bp) 16S rDNA, analisis kemotaksonomi mengungkapkan bahwa galur ID06-379 termasuk dalam genus Nonomuraea dan memiliki 99% kesamaan dengan spesies Nonomuraea jabiensis A4036T berdasarkan pencarian BLAST. Galur tersebut memiliki ciri-ciri kemotaksonomi yang umum bagi genus Nonomuraea, di antaranya pada dinding sel mengandung meso-diaminopimelic acid; kandungan gula dinding selnya terdiri dari manosa, glukosa, ribosa (mayor), madurosa (gula diagnostik, Tipe B), dan galaktosa (minor); fosfatidilkolin, fosfatidilinositol dan fosfatidilgliserol sebagai kandungan fosfolipida tipe P III; dan sebagai menakinon utama adalah MK-9(H4). Kandungan G+C sebesar 71.1%. Pengamatan morfologis dari miselia vegetatif menunjukkan hifa bercabang banyak dan terfragmentasi berbentuk batang. Galur ID06-379 membentuk cabang yang dekat dalam pohon filogenetik dengan spesies terdekatnya yaitu Nonomuraea jabiensis A4036T. Dapat disimpulkan bahwa galur tersebut termasuk dalam kelompok genus Nonomuraea. Namun berdasarkan pada karakteristik fenotipik dan kemotaksonominya, galur ID06-379 memiliki beberapa karakter yang berbeda dengan galur Nonomuraea jabiensis A4036T. Hasil ini menunjukkan bahwa galur ID06-0379 mungkin merupakan spesies baru dalam kelompok genus Nonomuraea. Untuk mengkonfirmasi bahwa isolat tersebut sebagai spesies baru, diperlukan penelitian lebih lanjut seperti hibridisasi DNA-DNA dengan spesies terdekat yang termasuk dalam genus Nonomuraea. Sampai dapat dibuktikan perbedaannya melalui DNA-DNA hibridisasi, sementara ini galur ID06-379 dinamakan sebagai Nonomuraea jabiensis ID06-379 berdasarkan kedekatan homologi gen 16S rRNAnya dengan Nonomuraea jabiensis A4036T. Penelitian ini telah berhasil mengisolasi dan menganalisis secara struktural gen endo-β-1, 4-mananase dari aktinomiset Nonomuraea jabiensis ID06-379. Deteksi gen mananase ini dilakukan menggunakan polymerase chain reaction (PCR) dengan metode LA Taq Invitro Cloning. Hasil penelitian menunjukkan bahwa keselarasan dari beberapa fragmen parsial urutan gen mananase N. jabiensis ID06-379 memberikan urutan suatu segmen DNA sepanjang 2100 pasang basa. Segmen ini berisi gen utuh β-mananase dari N. jabiensis ID06-379. Urutan dari gen β-mananase N. jabiensis ID06-379 matang terdiri atas 1338 bp yang mengkodekan polipeptida sebanyak 446 asam amino. Tempat pemotongan sinyal peptidase berada diantara posisi Ala26-Ser27-Ala28 dan Ala29-Ala30,...dst
Keyword: aktinomiset Indonesia, endo-1, 4-β-mananase, kloning gen, Nonomuraea jabiensis ID06-379, S. lividans 1326

Judul: Optimasi produksi enzim mannanase pycnoporus sanguinis
Abstrak: Enzim mananase merupakan salah satu enzim ekstraselular yang dihasilkan oleh beberapa organisme diantaranya Penicillium spp dan Streptomyces sp. Enzim ini menghidrolisis ikatan glikosida pada polimer manan. Mananase dapat digunakan sebagai enzim tambahan selain selulase dalam penguraian polisakarida kayu menjadi heksosa. Selain itu ẞ- mananase juga merupakan enzim yang potensial untuk pengolahan bubur kertas. Dari penelitian sebelumnya telah diketahui bahwa Pycnoporus. sanguinis 24 dan 49, dapat memproduksi mananase pada media cair dengan 1% bungkil kelapa (BK) dalam masa inkubasi 10 hari. Dalam percobaan ini dicari suatu kondisi optimum (konsentrasi bungkil kelapa dan masa inkubasi) agar produksi enzim mananase dari P. sanguinis 24, 48 dan 49 maksimum. Konsentrasi BK yang digunakan adalah 1% dan 3%, dengan periode inkubasi 4, 6, 8, dan 10 hari. Eupenicillium javanicum digunakan sebagai pembanding. Hasil percobaan ini menunjukkan bahwa konsentrasi BK yang optimum adalah 1%. Sedangkan masa inkubasi optimumnya bervariasi, delapan hari untuk P. sanguinis 24 dan sepuluh hari untuk P. sanguinis 48 dan 49. Nilai aktivitas enzim ketiga isolat tersebut pada kondisi optimumnya berbeda tidak nyata. Kadar protein ekstraseluler tertinggi ditunjukkan oleh P. sanguinis 24 dan 49 yang ditumbuhkan pada media dengan konsentrasi 3% BK berturut-turut dengan masa inkubasi delapan hari dan empat hari. Pada konsentrasi 1% BK, kadar protein ekstraseluler pada umumnya berbeda tidak nyata pada semua masa inkubasi kecuali P. sanguinis 24. Pada isolat ini, protein ekstraselular maksimumnya diperoleh pada masa inkubasi 6 hari, kemudian menurun pada masa inkubasi selanjutnya. Aktivitas spesifik tertinggi ditunjukkan oleh E. javanicum pada konsentrasi 3% BK dengan masa inkubasi 10 hari. Nilai aktivitas spesifik dari E. javanicum lebih tinggi dan berbeda sangat nyata dari nilai aktivitas spesifik P. sanguinis. Pada P. sanguinis, aktivitas spesifik tertinggi diperoleh pada konsentrasi 1% BK dengan masa inkubasi optimum bervariasi, delapan hari untuk P. sanguinis 24 dan sepuluh hari untuk P. sanguinis 48 dan 49.
Keyword: Production

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: