Judul: Kondisi Alih Bahang dalam Proses Internal Mixing Melalui Tahapan Difusi Ganda dan Turbulensi di Perairan Raja Ampat pada November 2007
Abstrak: Perairan Raja Ampat sebagai bagian dari perairan Indonesia Timur merupakan salah satu tempat pertemuan massa air antara belahan bumi utara dan massa air dari belahan bumi selatan. Dari pertemuan dua massa air tersebut akan berdampak pada proses pencampuran, baik secara vertikal maupun horizontal. Proses pencampuran dapat melemahkan stratifikasi perairan yang di dalamnya terdapat proses-proses yang sangat lambat seperti difusi molekul dan proses turbulensi yang sangat cepat. Ffield (1994) menjelaskan bahwa pencampuran vertikal yang terjadi di dalam perairan Indonesia menyebabkan perubahan jumlah bahang, garam serta momentum massa air melalui aliran dari Samudera Pasifik ke Samudera Hindia, sehingga proses pencampuran ini akan memberikan dampak terhadap sirkulasi arus global samudera. Analisis massa air yang dilakukan pada penelitian ini yaitu berupa estimasi nilai alih bahang baik melalui aktivitas difusi ganda maupun berdasarkan turbulensi. Selain itu juga untuk melihat struktur pelapisan dan pencampuran internal massa air di perairan Raja Ampat. Gradien komponen arus terhadap kedalaman mulai meningkat pada kedalaman 200 m dan pada beberapa stasiun mengindikasikan terdapat pergerakan arus yang besar pada kedalaman di bawah 400 m. Nilai rata-rata shear vertikal arus berkisar antara 0,9149 s-1 sampai 1,4780 s-1. Berdasarkan frekuensi apungnya daerah piknoklin memiliki nilai yang lebih besar dibandingkan lapisan lain sehingga daerah piknoklin menjadi penghalang lewatnya air secara vertikal antara kolom permukaan dengan kolom air di bawahnya. Bilangan Richardson sebagai rasio antara frekuensi apung dan shear vertikal arus menunjukkan besarnya pencampuran yang terjadi pada suatu perairan, dimana pada perairan Raja Ampat memiliki nilai yang kecil pada seluruh lapisannya yang berarti turbulensi terjadi pada setiap lapisan yaitu berkisar antara 7,23 x 10-4 sampai 6,07 x 10-3 Pengalihan bahang terbesar terjadi pada batas-batas antara lapisan termoklin, dimana terdapat gradien suhu yang besar pada kedalaman tersebut. Rata-rata nilai alih bahang pada perairan Raja Ampat berdasarkan proses turbulensi yaitu antara 18,686 W/m2 sampai 20,5589 W/m2 Aktivitas difusi ganda berdasarkan sudut turner diketahui banyak terjadi pada kedalaman 61 – 342 m yang merupakan daerah haloklin, pada kedalaman ini di masing-masing stasiun di dominasi oleh aktivitas salt fingering. Secara keseluruhan jika diurutkan aktivitas difusi ganda yang terjadi dari yang tertinggi hingga terendah adalah salt fingering lemah, salt fingering kuat, diffusive layering kuat dan diffusive layering lemah. Pengalihan bahang melalui proses difusi ganda mencapai 6,2 W/m2 nilai ini lebih kecil dibandingkan pengalihan bahang melalui proses pencampuran (turbulensi) dikarenakan pada proses difusi ganda yang pengalihan bahang yang diamati melalui difusi molekul.
Keyword: 

Judul: Analisis Percampuran Turbulen Di Perairan Ambang Dewakang, Selatan Selat Makassar
Abstrak: Ambang Dewakang terletak di selatan Selat Makassar yang merupakan pertemuan massa air yang berbeda seperti massa air Samudera Pasifik dan massa air Laut Jawa. Keberadaan Ambang Dewakang pada kedalaman 680 m menjadi penghalang pergerakan massa air Arlindo menuju Laut Flores. Tujuan dari penelitian ini adalah 1) menganalisis karakteristik massa air Arlindo; 2) mengkuantifikasi nilai percampuran turbulen massa air; dan 3) menganalisis faktor utama (external forcing) penyebab dari percampuran turbulen tersebut. Penelitian ini merupakan bagian dari pelayaran ekspedisi Makassar–Jawa–Flores (MAJAFLOX) yang dilaksanakan pada tanggal 4–20 Agustus 2015 menggunakan Kapal Riset Geomarin III dari Pusat Penelitian dan Pengembangan Geologi Kelautan (P3GL), Balitbang ESDM Bandung. Kegiatan ekspedisi MAJAFLOX tersebut merupakan bagian dari pelaksanaan kolaborasi riset antara Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan, FPIK IPB dengan P3GL-ESDM. Pengambilan data suhu, salinitas dan kedalaman diperoleh dengan menggunakan CTD SBE (Sea Bird Electronic) 19plus V2 sebanyak sebelas (11) kali penurunan (casts) selama 24 jam. Selanjutnya dilakukan tahap pengolahan data dengan prosedur standar menggunakan perangkat lunak SBE Data Processing 7.21e. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah dengan analisis Thorpe. Dari data CTD dilakukan perhitungan nilai Thorpe displacement (d), skala Thorpe 𝐿���������! , skala panjang Ozmidov (𝐿���������!), frekuensi Brunt Vaisala (N2), energi kinetik disipasi turbulen (𝜀���������) dan difusivitas vertikal turbulen (𝐾���������!). Selanjutnya nilai energi kinetik disipasi turbulen akan dihubungkan dengan wind stress dan gelombang internal untuk mengetahui gaya yang menyebabkan percampuran turbulen pada tiap lapisan yaitu lapisan permukaan, lapisan termoklin dan lapisan dalam. Berdasarkan karakteristik massa air terlihat adanya pola pelapisan suhu, salinitas dan densitas terhadap kedalaman pada tiga lapisan utama diantaranya lapisan permukaan tercampur, lapisan termoklin dan lapisan dalam. Massa air di perairan Ambang Dewakang pada lapisan termoklin diindikasikan sebagai karakteristik massa air ditandai dengan salinitas 34.52–34.68 psu dan densitas 23.43–25.46 kg/m3 yang mencirikan sebagai karakteristik massa air North Pacific Subtropical Water (NPSW) yang mengalir melalui jalur Arlindo dari Pasifik Utara melewati Perairan Makassar. Di lapisan termoklin bawah diindikasikan sebagai karakteristik massa air yang mencirikan North Pacific Intermediate Water (NPIW) yang ditandai dengan salinitas antara 34.43–34.49 kg/m3 dan densitas 26.24–34.97 psu. Salinitas massa air NPSW mengalami penurunan konsentrasi yang tinggi dari pada massa air NPIW. Hal ini disebabkan oleh proses percampuran turbulen yang kuat pada lapisan dalam sepanjang jalur Arlindo dan diindikasikan juga karena akibat adanya aktivitas dari pasang surut internal, sehingga menyebabkan adanya perubahan karakteristik massa air. Hasil perhitungan frekuensi Brunt Vaisala dari seluruh pengulangan CTD diperoleh nilai yang relatif besar ditemukan pada lapisan termoklin yaitu berkisar antara 6.39×10!! − 1.58×10!! cycl/s. Kemudian nilai rata-rata energi kinetik disipasi turbulen (𝜀���������) dan difusivitas vertikal turbulen (𝐾���������!) untuk seluruh ulangan pada semua lapisan masing-masing adalah 1.08x10-6 W/kg dan 2.83×10!! m2/s. Nilai energi kinetik disipasi turbulen yang relatif besar ditemukan pada lapisan termoklin yaitu berkisar antara O(10-7–10-6) W/kg. Percampuran turbulen relatif kuat ditemukan pada lapisan permukaan tercampur dan lapisan termoklin. Hal ini ditandai dengan nilai korelasi silang yang cukup tinggi antara energi kinetik disipasi turbulen dengan wind sterss dengan koefisien korelasi sebesar 0.67. Selanjutnya percampuran turbulen di lapisan termoklin diduga disebabkan oleh gelombang pasang-surut internal yang juga memperoleh nilai korelasi yang tinggi yaitu 0.68. Hal ini menunjukkan bahwa wind stress monsun
Keyword: Selatan Selat Makassar, Ambang Dewakang, Arus Lintas Indonesia (Arlindo), MAJAFLOX cruise 2015, analisis Thorpe, percampuran turbulen, difusivitas vertikal turbulen

Judul: Cloning and Structure Prediction of C-Type Lectin 19 (CTL-19) from Silkworm (Bombyx mori L.)
Abstrak: Bombyx mori L. is a highly significant insect due to its silk production affects several industries. Unfortunately, B. mori farming has recently experienced mortality issues caused by pathogenic infectious diseases. Despite the extensive study of innate immunity of B. mori, information regarding the molecular functions and mode of actions of C-type lectin 19 (CTL-19) in the innate immunity of B. mori remains limited. Therefore, this study aimed to predict the structure of the B. mori CTL-19 also clone and produce the recombinant protein to better understand its role in the silkworm's innate immunity. The open reading frame (ORF) of the CTL-19 gene (945bp) was successfully amplified and cloned to pGEM®-T Easy Vector. The mature protein consists of 294 amino acids with 2 CRDs, 9 conserved cysteine, and two specific carbohydrate binding motifs. Protein threading demonstrated to be superior in order to predict the ligand binding site in comparison to homology modelling. The predicted molecular weight is 33.26 kDa, with pI value of 5.70. Furthermore, molecular docking analysis reveal that BmCTL-19 have ability to bind to various carbohydrate residues. The BmCTL-19 gene will be sub clone into an appropriate expression vector and produce purified recombinant protein to evaluate its properties.
Keyword: Innate immunity, Carbohydrate Binding Motif, Homology modelling, Protein Threading, Molecular docking