Judul: Studi Fisiologi dan Molekuler Pembungaan pada Bawang Merah (Allium cepa var. aggregatum).
Abstrak: Pembungaan merupakan suatu proses fisiologis yang kompleks dan melibatkan sejumlah faktor eksternal dan internal. Pada bawang merah, pembungaan diperlukan untuk memperbaiki sifat tanaman melalui breeding program dan dalam upaya menghasilkan benih true shallot seeds (TSS). Beberapa sifat penting tanaman dapat diturunkan ke generasi berikutnya melalui proses hibridisasi. Manipulasi faktor lingkungan seperti perlakuan vernalisasi dapat dilakukan untuk menginduksi pembentukan bunga bawang merah. Mekanisme pengaturan perubahan meristem vegetatif menjadi inflorensia pembungaan berhubungan dengan proses fisiologi dan biokimia serta adaptasi tanaman terhadap perubahan lingkungan. Proses metabolisme yang terjadi pada fase transisi tersebut menghasilkan sejumlah senyawa metabolit yang menggambarkan aktifitas biologi dan biokimia dalam tanaman. Penelitian ini bertujuan untuk 1) mendapatkan informasi keragaan karakter pembungaan dan metabolit sekunder bawang merah terkait dengan perlakuan vernalisasi untuk induksi pembungaan, 2) informasi keterkaitan antara stadia perkembangan umbi yang mendapat perlakuan vernalisasi dengan karakter pembungaan bawang merah, 3) mendapakan informasi keterkaitan antara komposisi metabolit sekunder dengan karakter pembungaan bawang merah, dan 4) mengidentifikasi, dan menganalisis keragaman gen LEAFY terkait pembungaan pada tanaman bawang merah. Penelitian pendahuluan dilakukan untuk mengidentifikasi karakter morfologi terkait pola pembungaan dari 40 genotipe bawang merah yang ditanam di dataran rendah dan di dataran tinggi. Selanjutnya, 5 genotipe bawang merah digunakan sebagai bahan tanam yang mewakili masing-masing tipe pembungaan untuk diidentifikasi perubahan metabolomik dan karakter morfologi bawang merah terkait kemampuan berbunga. Analisis kelompok hierarki terhadap karakter morfologi dan metabolomik menunjukkan terdapat 3 kelompok bawang merah yang mengelompok sesuai pola pembungaanya. Genotipe Bentanis, Bima Brebes dan Tajuk terkonfirmasi sebagai genotipe yang sensitif terhadap pembungaan, dengan kandungan senyawa proline dan nitrogen (ammonium carbamate dan nitrogen oxide) yang lebih rendah, tetapi memiliki kandungan senyawa acyclic ditherphene alcohol (phytol) yang lebih tinggi. Genotipe Ilokos dan Sumenep merupakan genotipe yang tidak sensitif terhadap pembungaan, yang memiliki kandungan senyawa organosulfur (thiophene dan trisulfide) yang lebih tinggi. Pada perlakuan vernalisasi, genotipe Sumenep juga menghasilkan senyawa proline yang tertinggi diantara genotipe lainnya. Penelitian terhadap pengaruh vernalisasi pada stadia perkembangan umbi dilakukan pada genotipe Bima Brebes. Perlakuan vernalisasi secara signifikan meningkatkan karakter reproduktif tanaman seperti diameter umbel (53.6956.68 mm) dan persen berbunga (70.3779.63%) dibandingkan tanaman yang tidak divernalisasi (29.63%). Vernalisasi yang diberikan pada stadia awal perkembangan umbi (stadia embrio dan tunas 1 cm) terbukti lebih efektif dalam menerima perlakuan vernalisasi untuk menginduksi kemampuan berbunga bawang merah dibandingkan perlakuan lainnya. Vernalisasi pada stadia tunas 2 cm (S2) merupakan stadia yang tidak sensitif terhadap perlakuan vernalisasi, stadia ini memiliki karakter yang sama dengan perlakuan tanpa vernalisasi (S0). Hasil analisis korelasi menunjukkan bahwa karakter jumlah umbel dan diameter umbel memiliki korelasi positif yang sangat nyata terhadap persen berbunga bawang merah. Semakin besar jumlah umbel dan diameter umbel semakin meningkatkan persen berbunga bawang merah. Analisis metabolomik menghasilkan 104 metabolit sekunder spesifik dari 4 perlakuan vernalisasi, dan mengelompokkan bawang merah menjadi 3 kelompok stadia yang berbeda. Perlakuan vernalisasi pada stadia awal perkembangan umbi (stadia embrio dan tunas 1 cm) mampu menginduksi perubahan vegetatif menjadi fase reproduktif. Penelitian ini menunjukkan bahwa perlakuan vernalisasi stadia awal tersebut dapat meningkatkan kandungan senyawa phytol dan 2-propanone yang dapat menjadi indikator penting yang menunjukkan tanaman telah memasuki fase reproduktif. Sebaliknya, umbi tanpa perlakuan vernalisasi dan vernalisasi
Keyword: gen LEAFY, morfologi, metabolomik, phytol, vernalisasi

Judul: Invivo poliploid induction, gene expression analysis of  FLOWERING LOCUS T-2 and effect of photoperiodism on shallot (Allium cepa L.  var. aggregatum)
Abstrak: kuran dan warna umbi menjadi preferensi konsumen, hal tersebut juga menjadi faktor utama dalam usaha peningkatan kualitas bawang merah. True shallot seed (TSS) yang dihasilkan dari bunga bawang memiliki keunggulan karena benih bebas penyakit dan mampu meningkatkan produktivitas bawang merah dibandingkan dengan budidaya menggunakan umbi. Namun varietas bawang merah seperti Rubaru yang memiliki ukuran umbi lebih kecil dibandingkan dengan varietas bawang merah lokal lain dan tidak dapat menghasilkan bunga. Usaha mutasi dengan menggunakan kolkisina diharapkan mampu meningkatkan ukuran dan kualitas umbi. Selain itu, pemahaman terkait mekanisme kerja gen pada pembungaan juga penting untuk usaha pemuliaan melalui teknik hibridisasi. Tujuan utama penelitian ini ialah: 1) Memperoleh bawang merah kultivar Rubaru dengan ploidi yang lebih tinggi dari asalnya melalui penggandaan secara in vivo. 2) Mengidentifikasi sikuen gen AcFT2 pada varietas bawang merah Lokananta, Bima Brebes, Rubaru, Palasa, dan Biru Lancor. 3) Mempelajari ekspresi relatif gen AcFT2 dan korelasinya terkait pembungaan pada lima varietas bawang merah Lokananta dan Bima Brebes. 4) Mempelajari kemampuan berbunga lima varietas bawang merah terhadap perbedaan fotoperiodisme. Penelitian dilakukan pada tahun 2019–2020 yang terdiri atas tiga percobaan, 1) Induksi poliploid bawang merah Rubaru dengan kolkisina, 2) Isolasi dan analisa ekspresi relatif gen AcFT2 3) percobaan perlakuan fotoperiodisme hari panjang dan hari pendek pada bawang merah. Percobaan induksi poliploid dilakukan pada bawang merah Rubaru dengan menggunakan Rancangan Kelompok Lengkap Teracak (RKLT) dengan 6 taraf perlakuan konsentrasi kolkisina yaitu: 0, 0,01, 0,02, 0,05, 0,1 dan 0,2% serta 5 taraf lama perendaman yaitu: 0, 3, 6, 12, dan 24 jam. Percobaan analisa ekspresi gen AcFT2 dilakukan dengan vernalisasi bawang merah varietas Lokananta dan Bima Brebes. Percobaan fotoperiodisme dilakukan dengan penanaman bawang merah pada kondisi natural (10 jam penyinaran) di Rumah Kaca Laboratorium Horticulture Gifu University Jepang selama 60 hari kemudian sebagian di beri perlakuan pemberian cahaya dengan lampu fluorescence selama 4 jam. Aplikasi kolkisina pada umbi secara invivo menghasilkan peningkatan ploidi terbatas hanya pada sel-sel tertentu. Sikuen fragmen gen AcFT2 dapat diidentifikasi pada varietas bawang merah Lokananta, Bima Brebes, Palasa, Rubaru dan Biru Lancor dengan tingkat homologi yang tinggi dengan sikuen gen referensi AcFT2 CUDH2150 dan gen FT genus Allium lainnya. Ekspresi relatif gen AcFT2 like shallot pada varietas bawang merah Lokananta dan Bima Brebes berkorelasi terhadap tingkat pembungaan. Varietas Lokananta menunjukkan ekspresi relatif gen dan jumlah umbel bunga yang tinggi. Perbedaan fotoperiodisitas berpengaruh pada pada jumlah umbel bunga dan umbel bunga terbuka varietas bawang merah Lokananta, Bima Brebes, Palasa, Rubaru dan Biru Lancor. Varietas Lokananta mampu berbunga pembungaan baik pada hari pendek (± 10 jam) maupun hari panjang., Ukuran dan warna umbi menjadi preferensi konsumen, hal tersebut juga menjadi faktor utama dalam usaha peningkatan kualitas bawang merah. True shallot seed (TSS) yang dihasilkan dari bunga bawang memiliki keunggulan karena benih bebas penyakit dan mampu meningkatkan produktivitas bawang merah dibandingkan dengan budidaya menggunakan umbi. Namun varietas bawang merah seperti Rubaru yang memiliki ukuran umbi lebih kecil dibandingkan dengan varietas bawang merah lokal lain dan tidak dapat menghasilkan bunga. Usaha mutasi dengan menggunakan kolkisina diharapkan mampu meningkatkan ukuran dan kualitas umbi. Selain itu, pemahaman terkait mekanisme kerja gen pada pembungaan juga penting untuk usaha pemuliaan
Keyword: LC50, qRT-PCR, flowering induction

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: