Judul: Utilization of molecular marker in plant breeding to support the provision of new high yielding cultivar of physic nut (Jatropha curcas L.)
Abstrak: Hambatan utama dalam budidaya dan komersialisasi jarak pagar (Jatropha curcas L.) sebagai tanaman penghasil bahan bakar nabati adalah belum tersedianya kultivar unggul yang berdaya hasil dan berkadar minyak tinggi. Modal utama untuk perbaikan genetik adalah tersedianya keragaman genetik dari spesies yang bersangkutan. Informasi keragaman genetik jarak pagar belum memadai karena sebagian besar masih berdasar pengamatan secara morfologis. Penelitian ini dimaksudkan untuk mengembangkan dan memanfaatkan marka molekuler untuk mendukung pemuliaan jarak pagar. Primer SSR telah dikembangkan berdasarkan informasi sekuen DNA yang tersedia pada basis data Genbank. Dua puluh delapan pasang primer spesifik SSR telah berhasil didesain menggunakan aksesi DNA asal jarak pagar yang ada di GenBank DNA database. Ekstraksi DNA pada penelitian ini menggunakan protokol standar CTAB yang dimodifikasi. Separasi dan visualisasi hasil amplifikasi menggunakan marka SSR dilakukan dengan polyacrilamide gel electrophoresis (PAGE) dan pewarnaan perak. Separasi dan visualisasi hasil amlifikasi menggunakan marka RAPD, ISSR dan SCAR dilakukan dengan elektroforesis gel agarosa dan ethidium bromida.
Keyword: 

Judul: Analisis Keragaman Genetik Jarak Pagar (Jatropha curcas L.) berdasarkan Karakter Morfologi, Agronomi dan Marka RAPD
Abstrak: Jarak pagar (Jatropha curcas L.) merupakan salah satu tanaman prioritas penghasil bahan baku bioenergi yang dikembangkan di Indonesia maupun dunia. Salah satu kebijakan pengembangan penyediaan tanaman jarak pagar yang ditempuh oleh pemerintah adalah penyediaan bahan tanam jarak pagar unggul yang telah teruji adaptabilitasnya, didukung dengan paket teknologi yang tepat guna. Dalam usaha penyediaan bahan tanam jarak unggul diperlukan kegiatan perbaikan genetik melalui pemuliaan tanaman untuk mendapatkan varietas unggul. Sejak tahun 2007, Pusat Penelitian Surfaktan dan Bioenergi (SBRC)-LPPM-IPB telah melakukan eksplorasi jarak pagar dari beberapa daerah di Indonesia dan mengintroduksi jarak pagar dari luar negeri. Koleksi plasma nutfah harus dievaluasi secara tepat untuk mengetahui tingkat keragaman genetik dan potensinya untuk dikembangkan lebih lanjut. Karakter yang dievaluasi dapat berupa karakter anatomi, morfologi, kimia, biokimia, fisiologi ataupun molekuler. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari keragaman genetik dan tingkat kemiripan antar genotipe jarak pagar dan mendapatkan kriteria seleksi jarak pagar berdaya hasil tinggi pada jarak pagar koleksi SBRC LPPM-IPB. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Agustus 2009 - Juli 2010. Penelitian dilaksanakan di Kebun Percobaan IPB Leuwikopo, Bogor dan Kebun Jarak Pagar PT Indocement Tunggal Prakarsa, Tbk., Citeureup, Laboratorium Proses SBRC-LPPM-IPB dan Laboratorium Marka Molekuler dan Spectophotometry UV-Vis Departemen Agronomi dan Hortikultura, IPB Darmaga. Penelitian analisis keragaman berdasarkan karakter morfologi dan agronomi di lapangan disusun dalam Rancangan Kelompok Lengkap Teracak (RKLT) satu faktor. Faktor yang digunakan yaitu genotipe jarak pagar yang terdiri dari 13 genotipe. Percobaan diulang sebanyak 3 kali sehingga terdapat 39 satuan percobaan. Pengamatan karakter morfologi dan agronomi tanaman jarak pagar meliputi karakter batang, daun, bunga, buah dan biji jarak pagar. Penelitian analisis keragaman menggunakan marka RAPD dilakukan dengan 11 primer dari OPERON, yaitu E3, E7, E19, E20, M2, M5, M6, M8, H14, H16, dan H19. Sampel daun berasal dari 13 genotipe jarak pagar yang ada di lapangan. Metode yang digunakan untuk mengisolasi DNA adalah metode ekstraksi menggunakan Kit SIGMA yang dimodifikasi. Amplifikasi DNA dilakukan dengan PCR reagent dari Vivantis dengan modifikasi konsentrasi taq DNA polymerase 1,5 kali konsentrasi anjuran. Data dianalisis menggunakan program SAS 9, SPSS 15 dan NTSYS.....dst
Keyword: Jatropha, genetic variability analysis, heritability, correlation, selection characters, RAPD

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: