Judul: IPB (Bogor Agricultural University)
Abstrak: Surra merupakan penyakit yang disebabkan oleh haemoparasit Trypanosoma evansi (T. evansi). Penyakit ini dapat ditularkan secara vertikal dan horizontal. Penularan secara horizontal melalui gigitan lalat (Tabanidae dan Stomoxis) yang bertindak sebagai vektor mekanik. Wabah Surra terjadi di Pulau Sumba Provinsi Nusa Tenggara Timur pada 2010. Masuknya Surra ke provinsi ini diduga melalui lalu lintas ternak khususnya yang berasal dari daerah endemis (Laporan Dinas Peternakan Sumba Timur). Wabah Surra di Pulau Sumba khususnya Sumba Timur memberikan dampak ekonomi dan sosial. Pengetahuan tentang dampak ekonomi akibat Surra dan efektivitas pengendalian penyakit selama wabah di Sumba Timur akan sangat bermanfaat sebagai bahan evaluasi dan masukan kebijakan pemerintah dalam mengatasi Surra lebih lanjut. Penelitian ini bertujuan untuk (i) menganalisis faktor yang mempengaruhi kejadian Surra, (ii) menghitung kerugian ekonomi akibat wabah Surra di Sumba Timur dari tahun 2010 sampai 2016, (iii) mengevaluasi kelayakan ekonomi program pengendalian Surra (2012–2015), (iv) menganalisis efektifitas metode pengobatan Surra tahun 2010 sampai 2016, (v) menganalisis pemilihan beberapa metode uji Surra berdasarkan nilai ekonominya. Data yang digunakan adalah data primer dan sekunder. Data primer diperoleh dari wawancara dengan menggunakan kuisioner semi terstruktur. Jumlah responden sebanyak 30 peternak yang ditetapkan secara multi stage sampling. Data sekunder berupa data ternak mati, ternak sakit dan populasi, sampel dan pengujian laboratorium, serta data lalu lintas ternak di dapat dari Dinas Peternakan Sumba Timur, Balai Besar Veteriner (BBVet) Denpasar, Balai Besar Penelitian Veteriner Bogor, dan Balai Karantina kelas I Kupang. Faktor-faktor yang dapat mempengaruhi kasus Surra di Sumba Timur dianalisa yaitu profil peternak, sistem peternakan, keberadaan vektor dan pengetahuan tentang Surra. Hasil uji korelasi Pearson menunjukkan faktor-faktor tersebut tidak memberikan pengaruh terhadap kasus Surra. Dampak ekonomi wabah Surra dihitung dengan menggunakan kerangka kerja yang dikembangkan dari Rusthon et al. 1999, menghasilkan kerugian ekonomi total dengan nilai Rp25.7 milyar, yang terdiri dari biaya langsung sebesar Rp9.5 milyar (37%), biaya tidak langsung sebesar Rp11.7 milyar (46%) dan pengeluaran pengendalian penyakit sebesar Rp4.5 milyar (17%). Evaluasi ekonomi terhadap program pengendalian Surra yang dilakukan selama 2012–2015 menghasilkan B/C rasio 1.18, NPV total Rp1.488 milyar, dan IRR 50,1%, yang menunjukkan bahwa program pengendalian Surra layak karena memberikan keuntungan secara ekonomi. Efektifitas pengendalian Surra dianalisa menggunakan uji proporsi terhadap 2 metode pengobatan. Pengobatan menggunakan diminazene aceturate (kuratif) dan isometamidium chloride (preventif) tahun 2012–2016 (periode 2), memberikan dampak penurunan mortalitas dan morbiditas yang lebih besar dibandingkan pengobatan menggunakan isometamidium chloride tahun 2010–2011 (periode 1). Dampak program pengendalian Surra terhadap penurunan jumlah hewan tertular dan kematian pada kuda dan kerbau diproyeksi untuk 12 bulan ke depan. Proyeksi menggunakan analisis forecasting dengan metode dekomposisi. Berdasarkan hasil peramalan, pengendalian Surra yang telah dilakukan sejak tahun 2010 sampai 2016 berhasil menurunkan jumlah kasus Surra pada beberapa bulan ke depan. Metode uji diagnostik Surra yang sering digunakan yaitu uji parasitologi, Micro-Hematocrit Centrifugation Technique (MHCT), Card Aglutination Trypanosome Test/T. evansi (CATT), dan Polymerase Chain Reaction (PCR). Evaluasi ekonomi terhadap metode uji Surra dengan analisa pohon keputusan (decision tree analysis) menggunakan software WinQSB. Hasil evaluasi menunjukkan yang memberikan Expected Monetary Value (EMV) tertinggi yaitu metode PCR sebesar Rp781.3 juta diikuti dengan MHCT dengan Rp668.4 juta. Hasil terendah yaitu WBF senilai Rp114.5 juta,
Keyword: Surra, Trypanosoma evansi, East Sumba, economic impact, analysis economi

Judul: Karakterisasi Protein Isolat Trypanosoma Evansi Dari Wilayah Kasus Surra Di Indonesia
Abstrak: Surra merupakan penyakit menular yang disebabkan oleh Trypanosoma evansi yang menimbulkan kerugian ekonomi tinggi di negara-negara Afrika, Amerika Selatan, Timur Tengah dan Asia. Kasus Surra di Indonesia sudah sejak lama terjadi, namun kasus dengan kematian ternak terbesar terakhir terjadi pada tahun 2010 – 2011 di Nusa Tenggara Timur (NTT). Pengendalian Surra belum optimal dilakukan karena adanya keragaman Trypanosoma evansi (T.evansi) khususnya yang berkaitan dengan kepekaan beberapa galur terhadap beberapa trypanosidal. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui adanya varian atau biotipe Trypanosoma evansi dilihat dari profil protein menggunakan metode SDS PAGE dan karakter protein imunogenik isolat Trypanosoma evansi yang berasal dari wilayah kasus Surra di Indonesia. Penelitian ini terbagi menjadi dua tahap, yaitu tahap pertama adalah identifikasi profil protein Soluble Trypanosoma Antigen (STrAg) Trypanosoma evansi menggunakan teknik Sodium Dodecyl Sulphate Polyacrilamide Gel Electrophoresis (SDS-PAGE) dan tahap kedua adalah karakterisasi protein imunogenik Trypanosoma evansi menggunakan teknik Western Blot. Hasil penelitian secara umum menunjukkan bahwa berat molekul (BM) protein sembilan isolat dari provinsi Jawa Timur, Jawa Tengah, Banten, Kalimantan Selatan, Kalimantan Tengah, Nusa Tenggara Timur dan Lampung berada pada kisaran 15,76 – 85,46 kD dan masing – masing isolat mempunyai profil protein yang berbeda. Perbedaan dapat dilihat dari jumlah dan ketebalan protein (garis/pita) yang teridentifikasi. Ketebalan protein pada tiap – tiap isolat lebih berkaitan dengan regulasi ekspresi protein terkait fisiologi individual dari setiap isolat. Isolat A13 dan A14 yang diisolasi dari tempat yang sama mempunyai profil protein yang berbeda. Demikian juga dengan isolat S13 dan S18 yang berbeda profil proteinnya meskipun diisolasi dari tempat dan waktu yang sama. Di sisi lain, isolat 372, isolat 87 dan isolat 06 mempunyai profil protein yang berbeda tetapi termasuk dalam biotipe yang sama, yaitu biotipe 1. Tidak semua protein yang muncul pada gel SDS PAGE dikenali antibodi anti Surra pada metode Western Blot. Pita protein ukuran 39 – 42 kD kesembilan isolat bereaksi sama kuat dengan antibodi anti Surra. Protein 50 – 93 kD sembilan isolat menunjukkan adanya perbedaan respon imunogenik terhadap antibodi anti Surra. Hal ini dapat dikatakan bahwa protein 39 – 42 kD merupakan protein imunogenik yang dapat disebut sebagai common protein dan protein 50 – 93 kD merupakan protein spesifik yang menunjukkan keragaman / varian pada sembilan isolat Trypanosoma evansi. Perbedaan profil protein dan karakter imunogenik merupakan indikasi lain adanya perbedaan varian atau tipe Trypanosoma evansi.
Keyword: Trypanosoma evansi, Surra, profil protein, common protein, protein spesifik

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: