Judul: Identifikasi molekuler dan keragaman genetik spons invasif Terpios hoshinota di Pulau Dapur, Kepulauan Seribu
Abstrak: Terpios hoshinota merupakan salah satu spesies spons invasif yang menyebarluas di perairan Indo-Pasifik. Penyebaran Terpios hoshinota di Indonesia telah ditemukan di Kepulauan Spermonde dan Kepulauan Seribu. Namun demikian, spons mempunyai keanekaragaman spesies yang tinggi tetapi dikenal sebagai organisme yang sulit diidentifikasi secara morfologi. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi Terpios hoshinota secara genetik, menganalisis keragaman genetik serta merekonstruksi pohon filogenetik Terpios hoshinota di Pulau Dapur, Kepulauan Seribu. Amplifikasi DNA dengan gen CO1 mengidentifikasi Terpios hoshinota dengan tingkat kemiripan 95 % - 99 %. Rata-rata panjang nukleotida 679 basepairs, rata-rata komposisi timin (T)= 37 %; sitosin (C)= 18.6 %; adenin (A)= 23 % dan guanin (G)= 21.4 %. Keragaman genetiknya yaitu 0.0962 (keragaman haplotiope) dan 0.4412 ± 0.2574 (keragaman nukleotida). Hasil analisis filogenetik menggunakan model Neighbor Joining Treedengan model substitusi Kimura 2-parameter menunjukkan 6 individu sampel Terpios hoshinota di Pulau Dapur mempunyai kekerabatan yang dekat.
Keyword: identification, molecular, DNA Barcoding, Terpios hoshinota

Judul: Identifikasi Molekuler, Keragaman Genetik, Struktur dan Konektivitas Populasi Spons Invasif Terpios hoshinota di Teluk Balikpapan dan Perairan Lombok
Abstrak: Terpios hoshinota merupakan spons yang termasuk ke dalam filum Porifera dengan kelas Demospongiae. Terpios hoshinota dapat mengancam keanekaragaman hayati terumbu karang di Indonesia yang merupakan pusat keragaman hayati laut di seluruh dunia, karena Terpios hoshinota merupakan spons pembunuh karang yang dapat tumbuh dengan cepat dan kadang-kadang mengalami wabah besar yang bisa menutupi area yang luas. Spons ini memiliki ciri berwarna hitam dan tumbuh berkembang di perairan bersama dengan beberapa jenis cyanobakteria dengan cara bersimbiosis. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi secara molekuler dan merekonstruksi pohon filogenetik, melihat keragaman genetik, serta struktur dan konektivitas populasi spons T. hoshinota antara Teluk Balikpapan dengan Perairan Lombok. Analisis yang dilakukan pada penelitian ini yaitu identifikasi molekuler dan rekonstruksi pohon filogenetik, keragaman genetik dengan perhitungan statistik AMOVA, dan analisis struktur serta konektivitas populasi. Rekonstruksi pohon filogenetik yang dilakukan menggambarkan bahwa spons T. hoshinota di dua populasi penelitian memiliki kekerabatan yang dekat. Hasil analisis AMOVA dengan nilai Fst sebesar 0,041 menunjukan bahwa struktur populasi antara Teluk Balikpapan dengan Perairan Lombok tidak memiliki perbedaan yang signifikan, analisis jarak genetik menujukkan bahwa jarak genetik antara populasi Perairan Lombok dengan Teluk Balikpapan cenderung dekat. Analisis terhadap niai keragaman genetik di dua populasi menunjukkan nilai keragaman genetik yang tergolong rendah. Konektivitas populasi antara dua populasi T. hoshinota di Indonesia menampilkan tiga haplotipe yang berbeda. Dekatnya jarak kekerabatan antar sampel disebabkan oleh tingginya aliran gen (gene flow) yang terjadi pada dua populasi penelitian.
Keyword: Identifikasi molekuler, keragaman genetik, konektivitas populasi, struktur populasi, Terpios hoshinota

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: