Judul: Pemanfaatan Imunostimulan Fikosianin dari Spirulina platensis untuk Mencegah Penyakit Motile Aeromonad Septicaemia (MAS) pada Ikan Mas Cyprinus carpio
Abstrak: Motile aeromonad septicaemia (MAS) adalah penyakit yang sering menyerang ikan mas Cyprinus carpio yang disebabkan oleh bakteri Aeromonas hydrophila. Dibutuhkan upaya dalam penanggulangan infeksi A. hydrophila, salah satunya adalah dengan menggunakan imunostimulan dari bahan alami yaitu Spirulina platensis. Pemanfaatan bioaktif fikosianin S. platensis sebagai peningkat daya tahan tubuh (imunitas) ikan, perlu untuk dilakukan. Aplikasi penambahan fikosianin pada pakan dalam pemeliharaan benih ikan mas diharapkan dapat meningkatkan status kesehatan, sistem imun, daya tahan terhadap infeksi penyakit, dan kinerja pertumbuhan pada ikan mas. Penelitian ini bertujuan untuk menguji kinerja imunostimulan fikosianin yang berasal dari S. platensis untuk mencegah penyakit MAS pada ikan mas C. carpio. Penelitian ada dua tahap, tahap pertama bertujuan untuk menentukan dosis fikosianin dalam pakan yang tepat untuk meningkatkan sistem imun dan resistansi ikan mas terhadap penyakit MAS serta peningkatan kinerja pertumbuhan, sedangkan tahap kedua untuk menguji lama waktu pemberian fikosianin dari dosis yang terbaik untuk meningkatkan sistem imun dan resistansi ikan mas terhadap penyakit MAS. Penelitian pertama terdiri dari 4 perlakuan dan 3 ulangan, yaitu tanpa penambahan fikosianin (K), penambahan fikosianin 150 mg kg-1 pakan (PF1), 250 mg kg-1 pakan (PF2), dan 350 mg kg-1 pakan (PF3) dan setelah 14 hari, ikan diuji tantang dengan A. hydrophila, sedangkan untuk pengamatan kinerja pertumbuhan ikan dipelihara selama 30 hari tanpa uji tantang. Penelitian kedua terdiri atas atas 5 perlakuan dan 3 ulangan, yaitu tanpa pemberian fikosianin (K), pemberian fikosianin selama 1 minggu (F1), 2 minggu (F2), 3 minggu (F3), dan interval 1 minggu (F4) dan setelah 28 hari, ikan diuji tantang dengan A. hydrophila. Bobot awal ikan mas adalah 8.28±0.19 g (tahap pertama) dan 8.72±0.22 g (tahap kedua). Ikan dipelihara dalam akuarium berukuran 60x30x30 cm3 dengan kepadatan 10 ekor/akuarium. Pembuatan pakan dilakukan dengan teknik coating dan pemberian pakan sebanyak 3 kali sehari secara at satiation. Parameter yang diuji meliputi kelangsungan hidup relatif (RPS), total eritrosit, hemoglobin, total leukosit, aktivitas fagositik, aktivitas respiratory burst, aktivitas lisozim, kelimpahan A. hydrophila pada organ hati, ginjal, dan usus, laju pertumbuhan spesifik, jumlah konsumsi pakan, rasio konversi pakan, dan sintasan. Hasil pada penelitian pertama menunjukkan bahwa kelangsungan hidup relatif (RPS) untuk ikan yang diberi pakan fikosianin 150 mg kg-1, 250 mg kg-1, dan 350 mg kg-1 pakan berturut-turut adalah 87.50%, 81.25%, dan 75.00%. Total eritrosit, hemoglobin, total leukosit, aktivitas fagositik, aktivitas respiratory burst, dan aktivitas lisozim menunjukkan hasil yang lebih tinggi daripada kontrol untuk semua perlakuan pemberian fikosianin. Penelitian kedua menunjukkan bahwa nilai RPS untuk ikan yang diberi pakan fikosianin selama 1 minggu, 2 minggu, 3 minggu, dan interval 1 minggu berturut-turut yaitu 65.38%, 69.23%, 76.92%, dan 69.23%. Respons imun ikan yang diberi pakan fikosianin memberikan hasil yang lebih tinggi daripada kontrol. Pemberian pakan fikosianin juga mampu menekan jumlah A. hydrophila di organ hati, ginjal, dan usus. Pemberian pakan dengan dosis 150 mg kg-1 pakan menunjukkan laju pertumbuhan spesifik, laju konsumsi pakan, dan nilai konversi pakan memberikan nilai yang lebih baik dibandingkan dengan kontrol (P<0.05). Hal ini menunjukkan bahwa pemberian fikosianin sebanyak 150 mg kg-1 pakan selama 3 minggu memberikan hasil terbaik untuk meningkatkan kelangsungan hidup, respons imun non-spesifik, kinerja pertumbuhan dan daya tahan tubuh ikan mas
Keyword: Aeromonas hydrophila, Cyprinus carpio, Fikosianin, Spirulina platensis

Judul: Pemberian Probiotik Saccharomyces Cerevisiae Dan Prebiotik Mannan Oligosakarida Untuk Pengendalian Infeksi Aeromonas Hydrophila Pada Ikan Mas Cyprinus Carpio.
Abstrak: Aeromonas hydrophila merupakan bakteri penyebab penyakit motile aeromonad septicaemia (MAS) yang menyerang berbagai ikan budidaya air tawar, termasuk ikan mas C. carpio, menyebabkan terjadinya kematian yang tinggi hingga mencapai 90%. Beberapa strategi alternatif yang aman untuk pengendalian penyakit bakterial diantaranya adalah probiotik, prebiotik, dan sinbiotik. Manipulasi respons imun organisme akuatik dan kinerja pertumbuhan dapat diberikan melalui pakan. Pada beberapa penelitian, pakan yang mengandung imunostimulan dapat meningkatkan kerja sistem imun non spesifik pada ikan. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi pengaruh pemberian probiotik S. cerevisiae, prebiotik mannan oligosakarida, dan gabungan keduanya (sinbiotik) melalui pakan terhadap imunitas dan kinerja pertumbuhan ikan mas yang diuji tantang A. hydrophila. Desain eksperimen yang digunakan pada penelitian ini adalah rancangan acak lengkap yang terdiri atas lima perlakuan dengan tiga ulangan. Pada pengujian in vivo, ikan mas (6,24±0,02 g), dipelihara di akuarium (40 x 30 x 30 cm3; volume 40 L), dengan kepadatan 10 ekor per akuarium. Ikan uji diberi pakan secara at satiation dengan frekuensi tiga kali sehari, yakni pada pukul 08.00 WIB, 12.00 WIB, dan 16.00 WIB selama masa pemeliharaan. Ikan diberi perlakuan pakan tanpa suplementasi yakni kontrol positif (K+) dan kontrol negatif (K-), pakan perlakuan probiotik S. cerevisiae 0,2% (Pro), prebiotik MOS 0,2% (Pre), dan gabungan probiotik 0,2% dan prebiotik 0,2% (Sin). Uji tantang bakteri A. hydrophila dilakukan pada hari ke-33, melalui injeksi intramuscular (IM) dengan dosis 10-7 CFU mL-1. Kematian ikan diamati setiap hari selama 10 hari. Pengambilan data parameter imunitas dan kepadatan bakteri patogen di organ hati dan ginjal dilakukan pada hari ke-34, 37, dan 41. Variabel pengamatan kinerja pertumbuhan meliputi, bobot akhir (Wt), jumlah konsumsi pakan (JKP), Specific Growth Rate (SGR), Feed Convertion Ratio (FCR), kelangsungan hidup dan rasio panjang usus (RPU), dan total probiotik S. cerevisiae dan total bakteri di usus ikan mas. Respons imunitas yang diamati terdiri dari jumlah sel darah merah (eritrosit), sel darah putih (leukosit), hematokrit, hemoglobin, aktivitas fagositosis, respiratory burst, serta total A. hydrophila pada organ hati dan ginjal ikan uji. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa pemberian pakan yang mengandung probiotik S. cerevisiae, prebiotik MOS, dan sinbiotik dapat meningkatkan SGR, JKP dan bobot akhir (wt), serta nilai FCR yang lebih rendah dibandingkan dengan kontrol. Bobot akhir (Wt), SGR, pada perlakuan sinbiotik menunjukkan hasil tertinggi diikuti dengan perlakuan prebiotik dan probiotik dibandingkan dengan kontrol positif dan kontrol negatif. Bakteri usus total (TBC) pada perlakuan prebiotik (8,64±0,03) menunjukkan nilai tertinggi dan diikuti oleh perlakuan sinbiotik (8,37±0,1). Nilai rasio panjang usus (RPU) menunjukkan bahwa perlakuan probiotik, prebiotik, dan sinbiotik lebih tinggi dibandingkan dengan kontrol. Total S. cerevisiae pada usus mengindikasikan bahwa probiotik yang diberikan mampu bertahan hidup pada saluran pencernaan inang dan melakukan fungsi-fungsinya. Terjadi peningkatan parameter gambaran darah pada hari ke-30 sebelum uji tantang, yang meliputi eritrosit (Et), hemoglobin (Hb), hematokrit (Ht), leukosit (Lc), aktivitas fagositik (AF), dan respiratory burst (RB) pada perlakuan probiotik, prebiotik, dan sinbiotik dan menunjukkan hasil yang lebih tinggi dibandingkan dengan kontrol. Pasca uji tantang terjadi fluktuasi nilai parameter gambaran darah pada setiap perlakuan, untuk parameter SDM, Hb, dan Ht pada H-34 mengalami penurunan, dan mulai meningkat kembali pada hari ke-37 hingga hari ke-41, karena merupakan proses
Keyword: Cyprinus carpio, probiotik, prebiotik, sinbiotik, A. hydrophila

Judul: Penyusunan Overlap Graph menggunakan Suffix Tree pada DNA Sequence
Abstrak: The DNA sequence assembly is very important in genome analysis. This step aims to reconstruct contigous DNA fragment (contigs) from short fragment by concatenating fragments based on the overlap region among them. This method employs overlap graph for solving the problems. In this graph, nodes represent fragments and edges represent overlap. This research developed a software for constructing overlap graph using suffix tree. The evaluation was conducted by measuring the number of nodes, number of edges, and the execution time in many values of minimum overlap. The minimum overlap is defined as the minimum length of substring which is considered as the overlap region between two fragments. The evaluation results showed that the number of nodes, the number of edges, and the execution time were increased with the decreasing of the minimum overlap value.
Keyword: