Judul: Referensi Awal DNA Barcode pada Famili Anacardiaceae
Abstrak: Anacardiaceae merupakan salah satu famili penting di Indonesia yang keberadaan sumberdaya genetiknya mulai terancam akibat dari kerusakan alam, namun identifikasi jenis secara molekuler pada famili tersebut belum menyeluruh. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendapatkan penanda genetik yang sesuai dan efektif dalam mengidentifikasi famili Anacardiaceae dengan metode DNA barcoding. Penanda genetik yang digunakan adalah penanda tunggal yaitu matK dan rbcL, serta penanda kombinasi matK+rbcL. Penelitian ini menggunakan data EFForTS sebanyak 28 sampel dengan penanda matK dan 31 sampel menggunakan penanda rbcL. Selain itu juga ditambahkan data dari Genbank sebanyak 24 sampel dengan penanda matK dan 19 sampel dengan penanda rbcL. Akurasi identifikasi pada tingkat spesies tertinggi dengan penanda matK yaitu sebesar 28.57%, sedangkan rbcL sebesar 22.58%, dan matK+rbcL sebesar 19.23%. Dalam penelitian ini, penanda matK, rbcL, dan matK+rbcL tidak dapat membentuk barcoding gap yang jelas, namun hasil t-test menunjukkan bahwa intraspesifik dan interspesifik dengan kedua penanda tersebut berbeda secara signifikan. Penanda matK dan rbcL berhasil membentuk grup-grup monofiletik dalam pohon filogeni untuk masing-masing spesies.
Keyword: anacardiaceae, DNA barcoding, matK, rbcL

Judul: Pemanfaatan Marka DNA Barcode Untuk Identifikasi Jenis Dari Genus Terpilih pada Famili Myrtaceae
Abstrak: Tumbuhan dari famili Myrtaceae adalah tumbuhan yang keberadaannya berlimpah di daerah tropis dan sub tropis. Menurunnya areal luas hutan Indonesia menyebabkan keanekaragaman dari famili Myrtaceae ikut menurun, akibatnya beberapa jenis tumbuhan dari famili Myrtaceae sudah masuk ke dalam status extinct dan banyak jenis lainnya yang telah masuk ke dalam kategori critically endangred. Maka dari itu, upaya konservasi perlu dilakukan untuk menyelamatkan keberadaan dan keragaman jenis tumbuhan dari famili Myrtaceae. Mengingat famili Myrtaceae terdiri dari jenis yang sangat beragam dan penyebarannya yang luas, seringkali jenis tumbuhan dari famili Myrtaceae sulit untuk diidentifikasi secara tepat jika hanya berdasarkan karakteristik morfologis. Kesalahan identifikasi jenis yang cukup sering terjadi dapat berakibat kurang baik jika dikaitkan dengan kegiatan konservasi. Pendekatan baru untuk identifikasi tumbuhan yang lebih akurat sangat diperlukan dalam upaya mengurangi kesalahan identifikasi, dan salah satu pendekatan yang telah terbukti cepat dan akurat dalam mengidentifikasi jenis, khususnya tumbuhan adalah DNA barcoding. Penggunaan penanda DNA matK dan rbcL telah direkomendasikan sebagai barcode standar untuk tumbuhan. Oleh karena itu, pada penelitian ini penanda matK dan rbcL digunakan untuk melihat efektifitasnya dalam mengidentifikasi tumbuhan dari famili Myrtaceae, khususnya pada 42 genus besar dari famili ini. Berdasarkan analisis kecocokan morfologi dan molekuler, dapat disimpulkan bahwa ketiga penanda yang digunakan sudah cukup baik dalam mengidentifikasi tumbuhan setidaknya sampai pada tingkat genus. Penanda yang direkomenadasikan untuk menjadi DNA barcode pada Myrtaceae adalah penanda dengan kemampuan diskriminasi yang tinggi, matK memiliki kemampuan diskriminasi yang tinggi dan secara signifikan meningkat pada penanda gabungan (matK+rbcL) dibanding rbcL yang meskipun baik dalam mengamplifikasi namun memiliki tingkat diskriminasi yang paling lemah. Pohon filogenetik dibangun untuk melihat kekerbatan yang terbentuk antar spesies, dengan membanding penenda-penanda yang digunakan, dan dengan dua pendekatan berbeda yaitu Maximum Likelihood (ML) dan Bayesian Inference (BI). Pohon filogenetik dari tiga penanda berbeda mampu memberikan taksonomi yang cukup jelas, dan penanda gabungan merupakan penanda yang menghasilkan pohon terbaik dengan penempatan topologi yang sesuai serta nilai dukungan statistik yang valid pada beberapa clade. Sedangkan metode terbaik yang mampu menggambarkan kekerabatan dalam famili Myrtaceae adalah BI dengan resolusi tertinggi pada tingkat genus maupun spesies jika dibandingkan dengan ML.
Keyword: DNA Barcode, Filogenetik, matK, Myrtaceae, rbcL

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: