Judul: Long-read Sequences Analysis on Bisbul (Diospyros blancoi A.DC.), Sawo Duren (Chrysophyllum cainito L.) and Gandaria (Bouea macrophylla Griff.)
Abstrak: Tingginya laju deforestasi hutan di Indonesia berpengaruh pada penurunan keanekaragaman hayati dan ketersediaan sumber daya genetik. Bisbul (Diospyros blancoi), Sawo Duren (Chrysophyllum cainito) dan Gandaria (Bouea macrophylla) merupakan tiga jenis tanaman buah yang memiliki potensi ekonomi yang populasinya mulai menurun di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan data genomik dari jenis D. blancoi, C. cainito dan B. macrophylla serta menganalisis hubungan kekerabatan menggunakan pohon filogenetik. Hasil sekuensing pada D. blancoi, C. cainito dan B. macrophylla didapatkan sekuens partial genome dengan ukuran panjang masing-masing secara berurutan 155.282 bp, 84.370 bp dan 54.120 bp. Ukuran sekuens D. blancoi dinyatakan cukup sebagai partial genome dan dilakukan analisis filogeni. Analisis filogeni menggunakan marka rbcL diperoleh cabang terdekat dengan D. oblonga dengan nilai bootsrap sangat lemah (34%) sedangkan filogeni dengan marka matK menunjukkan sekuens D. blancoi memiliki kekerabatan dekat dengan D. discolor dan D. philipinensis dengan nilai bootstrap pada kategori tinggi (91%)., Deforestation and forest degradation have caused biodiversity loss including the plant genetic resources. Bisbul (Diospyros blancoi), Sawo Duren (Chrysophyllum cainito), and Gandaria (Bouea macrophylla) are three species of fruit trees that have economic values where their population sizes are decreasing in Indonesia. This study aims i) to obtain genomic data of D. blancoi, C. cainito, and B. macrophylla and ii) to analyze the species relatedness using phylogenetic trees. Sequencing works resulted on partial genome with size of 155.282 bp, 84.370 bp. and 54.120 bp, from D. blancoi, C. cainito, and B. macrophylla, respectively. Sequence size of D. blancoi is sufficient only to assembled partial chloroplast genome that can be used for subsequent phylogetic analysis. Phylogenetic analysis using the rbcL marker showed that the closest branch for D. blancioi was to D. oblonga but with a very weak bootstrap value (34%). On the other hand the phylogeny using the matK marker showed that D. blancoi sequences were closely related to D. discolor and D. philippinensis with a high bootstrap value (91%).
Keyword: Bouea macrophylla, Diospyros blancoi, Chrysophyllum cainito, Sequences, matK

Judul: Utilization of Long Read Sequences Data for Advanced Genetic Analysis on Dipterocarpus littoralis and Shorea javanica.
Abstrak: Banyak tumbuhan asli Indonesia yang termasuk spesies dengan status konservasi terancam dan sangat terancam punah/kritis seperti S. javanica yang berstatus endangered (EN) dan D. littoralis yang berstatus critically endangered (CR) berdasarkan IUCN Red List 2018. Upaya konservasi sumber daya genetik spesies tersebut memerlukan data dan informasi genetik dan genomik yang umumnya masih belum tersedia. Saat ini dengan adanya teknologi sekuensing generasi ketiga, khususnya teknologi long read sequence dari Oxford Nanopore, maka analisis genetik dapat dilakukan dengan lebih mudah dan terjangkau. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk melakukan analisis genetik tingkat lanjut yang hasilnya berupa draf genom kloroplas parsial dan klaster gen biosintesis pada D. littoralis dan S. javanica. Prosedur penelitian meliputi ekstraksi dan isolasi DNA dengan modifikasi dari metode CTAB (Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide), sekuensing menggunakan MinION dengan tipe pore flow cell R9.4 dan analisis DNA secara bioinformatika yang tahapannya meliputi basecalling, QC, assembly dan annotation. Untuk analisis lanjut DNA dilakukan dua kali annotation, yaitu untuk mengamati gen kloroplas dengan menggunakan CHLOROBOX di Geseq dan untuk mengamati biosynthetic gene cluster menggunakan BRAKER2 dan PlantiSMASH. Ukuran D. littoralis dan S. javanica yang berhasil dibaca sebesar 40.219.030 read dan 498.044 read dengan rata – rata panjang dan N50 masing – masing sebesar 1.204,4 bp & 1.816 bp dan 2.402,1 bp & 5.239 bp. Kemudian, rakitan seluruh read menghasilkan 8.399 contig dari DNA D. littoralis dan 4.409 contig dari DNA S. javanica dengan total panjang bacaan masing – masing sebesar 349,7 Mbp dan 105,7 Mbp. Berdasarkan data DNA tersebut, ditemukannya informasi genetik berupa beberapa gen dalam draf genom kloroplas dari D. littoralis sebanyak 5 gen yang utuh (rps7, rpl32, psbM, petA, petL) dan S. javanica sebanyak 8 gen yang utuh (ndhD, ndhG, ndhI, psbJ, psbL, psbF, psbE, rbcL) yang terlibat sintesis ribosom, fotosintesis dan gen lainnya. Kemudian, pada analisis klaster gen biosintesis ditemukan terdapat 77 klaster pada D. littoralis yang terdiri dari 44 klaster terpena, 4 klaster sakarida, 1 klaster lignan, 6 klaster alkaloid, 1 klaster sakarida-terpena yang diduga saponin terpenoid, dan 1 klaster sakarida-poliketida yang diduga glikosida antrakuinon serta terdapat 20 klaster lainnya yang masih termasuk putative cluster. Sedangkan, pada S. javanica hanya ditemukan 12 klaster yang terdiri dari 11 klaster terpena dan 1 klaster sakarida., Many native plants of Indonesia included species that is threatened in conservation status, such as S. javanica which is endangered (EN), and D. littoralis which is critically endangered (CR) based on the IUCN Red List 2018. Efforts to conserve the genetic resources of these species require genetic and genomic data and information, which are generally still unavailable. Currently, sequencing with the third generation of technology, particularly the long-read sequence technology from Oxford Nanopore, has made genetic and genomic analysis easier and more affordable. The objective of this study was to carry out an advanced genetic analysis, particularly on drafting a partial chloroplast genome and analyzing a biosynthetic gene cluster in D. littoralis and S. javanica. The research procedures included extraction and isolation of DNA with modifications of the CTAB (Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide) method, sequencing using MinION with pore flow cell R9.4 type, and bioinformatics DNA analysis whose
Keyword: Biosynthesis, Chloroplasts, Bioinformatics, DNA, Conservation

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: