Judul: Studi keragaman genetika populasi udang galah, Macrobrachiumm rosenbergii berdasarkan Polimorfisme Mitokondria DNA
Abstrak: Indonesia dikenal sebagai pusat keberadaan spesies asli udang galah karena masih terdapat 19 spesies asli Indonesia. Udang galah Macrobrachium rosenbergii merupakan salah satu jenis udang Palaemonid air tawar yang umum dibudidayakan di Indonesia. Di alam bebas udang galah sering ditangkap di sekitar sungai, danau, dan rawa - rawa. Di Indonesia udang galah banyak terdapat di wilayah Pulau Sumatra, Pulau Kalimantan, sedangkan di Pulau Jawa, Sulawesi, dan Papua hanya sedikit ditemukan. Keragaman populasi genetik sangat penting untuk menjaga populasi, yang akan memberikan respon paralel terhadap perubahan parameter-parameter lingkungan. Pengamatan variasi atau keragaman genetik dapat dilakukan dengan dua cara yaitu melalui keragaman ale! (allelic diversity) dan heterozigositas. Estimasi keragaman genetik dapat dilakukan dengan menggunakan penanda­penanda molekuler. Salah satu penanda molekuler yang umum digunakan dalam bidang manajemen dan budidaya perikanan adalah penanda DNA mitokondria (mtDNA). Sekuens mtDNA CO-I udang galah yang diperoleh dari hasil amplifikasi memiliki panjang susunan basa antara 700-1500 bp. Dari tujuh enzim restriksi yang digunakan untuk memotong sekuens tersebut (Hae III, Rsa I, Mbo I, Taq I, Alu I, Sac I, dan Hin6 I), hanya terdapat empat enzim yang memberikan situs pemotongan pada sekuens mtDNA CO-I. Lokasi pengambilan koleksi udang galah akan mempengaruhi tingkat variasi haplotype dari tipe restriksi sekuens mtDNA CO-I udang galah.
Keyword: 

Judul: Identifikasi Marka SNP untuk Gen Crustacean Hyperglycemic Hormone Terkait Pertumbuhan Somatik pada Udang Galah (Macrobrachium rosenbergii)
Abstrak: Udang galah (Macrobrachium rosenbergii) termasuk salah satu spesies udang air tawar bernilai ekonomis penting yang sudah banyak dibudi dayakan di berbagai negara baik tropis maupun subtropis. Peluang pasar udang galah baik domestik maupun mancanegara masih sangat menjanjikan terutama untuk tujuan ekspor ke negara Uni Eropa, USA dan Jepang. Namun demikian, produktivitas budi daya udang galah masih jauh tertinggal dibandingkan dengan udang vaname maupun penaeid. Salah satu penyebab rendahnya produktivitas budidaya udang galah adalah adanya variasi ukuran individu yang sangat tinggi pada saat panen. Upaya yang dapat dilakukan untuk meningkatkan produksi antara lain dengan menghasilkan udang galah unggul melalui kegiatan pemuliaan. Kegiatan pemuliaan melalui seleksi konvensional saat ini masih terus digunakan dan terbukti berhasil meningkatkan produksi. Akan tetapi seleksi konvensional dinilai memiliki keterbatasan terutama dalam hal waktu yang diperlukan relatif lama untuk memunculkan gen-gen yang diinginkan. Saat ini, telah banyak informasi mengenai kegiatan seleksi berbasis teknologi molekuler. Salah satu marka DNA yang dapat diaplikasikan untuk program pemuliaan adalah single nucleotide polymorphism (SNP) karena SNP dianggap sebagai marka yang dapat digunakan untuk mempelajari bagaimana variasi nukleotida dapat mempengaruhi regulasi gen dengan mengidentifikasi lokasi gen dalam genom. Berdasarkan informasi tersebut, maka dilakukan penelitian identifikasi marka terkait pertumbuhan dengan tujuan untuk mengidentifikasi keberadaan marka SNP pada gen crustacean hyperglycemic hormone (CHH) dan mengevaluasi primer spesifik terkait pertumbuhan terhadap udang galah tumbuh cepat dan tumbuh lambat. Hewan uji yang digunakan adalah udang galah GI Macro-2 generasi ke-5 (G5) dan ke-6 (G6). Sebanyak 10 sampel DNA genom udang galah G5 yang terdiri atas 5 sampel populasi tumbuh cepat (TC) dan 5 sampel tumbuh lambat (TL) diisolasi dan diamplifikasi menggunakan primer Thanh et al. (2010) yaitu primer CH3 yang digunakan untuk mengidentifikasi keberadaan SNP pada gen CHH. Sementara itu, untuk mengevaluasi primer spesifik dilakukan pada 201 DNA genom udang galah G6 yang terdiri atas 129 tumbuh cepat dan 72 tumbuh lambat. Hasil percobaan diperoleh 10 sekuen fragmen gen CHH dengan kisaran panjang produk PCR sebesar 608 bp. Hasil analisis sekuen menunjukkan produk PCR tersebut memiliki tingkat kesamaan 99-100% dengan gen CHH M. rosenbergii. SNP yang berhasil diidentifikasi pada sekuen udang galah adalah sebanyak 6 situs, yaitu 48, 147, 158, 257, 324, dan 402. Variasi nukleotida yang terjadi pada fragmen gen CHH adalah termasuk tipe substitusi transisi dan tidak ditemukan adanya substitusi tipe transversi. Hasil analisis juga menunjukkan adanya delesi basa T pada fragmen gen CHH, yaitu terjadi pada 1 basa dan terdapat pada awal dari fragmen tepatnya pada posisi basa 48. Sekuen DNA dari fragmen gen CHH pada penelitian ini diketahui bahwa terdapat 1 SNP terletak pada daerah ekson (coding region) dan 5 SNP lainnya ditemukan terletak di luar dari gen fungsional atau intron (non-coding region). Primer spesifik didesain berdasarkan hasil identifikasi SNP pada fragmen gen CHH yang berhasil diamplifikasi dengan menggunakan primer Thanh (CH3) pada 10 sampel udang galah G5. Amplifikasi PCR menggunakan satu pasang primer (forward dan reverse) menghasilkan ukuran pita amplikon dengan ukuran sekitar 280 bp. Evaluasi efektivitas primer spesifik menggunakan pendekatan teknik PCR pada 72 sampel udang galah G6 populasi tumbuh lambat menghasilkan 31% menunjukkan adanya pita (positif) dan 69% tidak menunjukkan adanya pita (negatif).
Keyword: udang galah, SNP, CHH, tumbuh cepat, tumbuh lambat, DNA, basa

Judul: Thermal Characteristics and Dynamics of Tropical Cyclone over Western North Pacific Ocean: A Case Study of Typhoon Songda (Chedeng) 2011
Abstrak: The frequent occasion of Tropical Cyclone (TC) over Western North Pacific (WNP) Ocean lies from 10˚N to 26˚N and 121˚E to 170˚E. Sources of TC development come from warm ocean temperature where latent heat is released during condensation processes and subsequently concentrated in the boundary layer. Relative humidity at 850-700 hPa is responsible to produce the most intense storm. Meanwhile, weak vertical wind shear between 850-200 hPa is one of the dynamical factors that lead to the development of TC. Pressure level of 850-200 hPa is chosen to minimize the thermodynamic effect in the lower troposphere. Typhoon Songda (Chedeng in the Philippines) or TSC lasted from May 18th to 30th, 2011 and strengthened into powerful Super Typhoon stage between May 24th and 27th. Long curving track and the exhibition of all sequences of TC life cycle, TSC is then considered as an ideal case of TC. The objective of the study with case of TSC is to investigate the role of thermal characteristics and dynamics on TC intensity. The research is carried out by using Advanced Research of Weather Research and Forecasting model (WRF ARW model) version 3.3. Two domains are employed in the model. The first domain situate from 02˚N to 40˚N and 118˚E to 149˚E and cover spatial resolution () of 33.1 km. The second domain situate from 09˚N to 27˚N and 119˚E to 132˚E with of 11 km. Timestep of the model () is 120 seconds. The model is supported by the following physical parameterization, i.e., Yonsei University Scheme (YSU) in the boundary layer, Kain-Fritsch scheme (KF) in the cumulus, and WRF Single-Moment 3-class scheme in the microphysics. Initial meteorological condition prior to the formation of the cyclone is generated using WRF ARW standard-release model. Sensitivity of the model output is obtained from a selected single-parameter change scenarios, namely, 10 % to 20 % decrease and increase of wind shear initial data at 850-200 hPa, and by 10 % to 20 % decrease of relative humidity initial data at 850-700 hPa. The result showed that the negative correlations between wind shear and intensity are found in wind shear scenarios. Wind shears of 10 ms-1 which lead to strengthening of the wind intensity in the early period of Typhoon development are found in wind shear scenarios. The effect of wind shear changes on wind intensity is statistically significant in the 20 % wind shear scenarios. During mature stage, weak wind intensity occurred when wind shear increase as given in the WRF standard-release and the 20 % decreasing scenario. Different situation is found in the 20 % increasing scenario where wind shear tend to weak and lead to strong wind intensity at this stage. Meanwhile, the reduction of moisture supply at 850-700 hPa resulting from 20 % decreasing relative humidity play a major role in the weakening of wind intensity and reduces mechanical energy of the cycle process as much as 300 J kg-1.
Keyword: