Judul: Deteksi Ikan Tenggiri (Scomberomorus Sp.) Dan Produk Olahannya Menggunakan Dna Barcoding
Abstrak: Ikan tenggiri merupakan salah satu jenis ikan yang sering digunakan sebagai bahan baku produk perikanan seperti pempek, bakso, otak-otak, kerupuk, dan lain-lain. Ketersediaan bahan baku yang terbatas serta keuntungan secara ekonomi sering dijadikan alasan terjadinya pemalsuan produk (mislabeling). Deteksi pemalsuan produk dapat dilakukan dengan penelusuran informasi secara morfologi, protein, dan DNA. Identifikasi secara morfologi dan analisis protein dapat dilakukan untuk ikan segar sedangkan untuk produk olahan perikanan tidak dapat dilakukan karena telah terjadi perubahan bentuk, ukuran, serta denaturasi protein selama proses produksi. DNA barcoding merupakan teknik identifikasi spesies yang dapat digunakan baik untuk sampel ikan segar maupun sampel produk olahan. Tujuan dari penelitian ini adalah menentukan keaslian produk olahan ikan tenggiri (Scomberomorus sp.) melalui pendekatan DNA barcoding menggunakan dua gen mitokondria yaitu cytochrome oxidase sub unit I (COI) dan cytochrome b (cyt b). Penelitian ini dibagi menjadi dua tahap. Tahap pertama meliputi pengukuran fisik (morfometrik dan rendemen) serta pengukuran kimia (proksimat). Penelitian tahap dua yaitu tahap molekuler (DNA barcoding) dimulai dari isolasi DNA, desain primer, uji kuantitatif DNA, amplifikasi DNA, elektroforesis, dan konstruksi pohon filogenetik. Sampel terdiri dari ikan segar (6 sampel), tenggiri giling (3), pempek (4), bakso (6), otak-otak (5), dan kerupuk (6). Sampel dikoleksi dari beberapa tempat yaitu Jakarta, Bogor, Banten, Bandung, Makasar, dan Palembang. Ciri morfometrik menunjukkan bahwa sampel ikan segar (6 sampel) terbagi menjadi dua kelompok spesies yaitu tenggiri papan (Scomberomorus commerson) dan tenggiri totol (Scomberomorus guttatus). Ciri khas ikan tenggiri totol adalah terdapat corak bulat yang tersebar tidak teratur di atas linea lateralis (LL) sedangkan tenggiri papan memiliki corak garis vertikal. Ikan tenggiri papan dan tenggiri totol memiliki bagian daging putih yang lebih besar dibandingkan daging merah yaitu 46,67% dan 48,38%. Hasil SDS-PAGE menunjukkan bahwa pada ikan segar dan sampel ikan giling terdapat pita protein yang jelas, sedangkan pada sampel produk olahan pita proteinnya tidak tergambarkan secara jelas. Hasil analisis DNA barcoding menunjukkan terdapat 9 dari 30 (30%) sampel tidak mengandung ikan tenggiri seperti yang tercantum pada labelnya yaitu pempek (2 sampel), bakso (2), dan kerupuk (5). Nilai homologi spesies yang teridentifikasi sebagai tenggiri papan (S. commerson) dan tenggiri totol (S. guttatus) berkisar antara 97%-99%.
Keyword: tenggiri, DNA barcoding, cytochrome b, cytochrome c subunit I

Judul: Identifikasi Ikan Tuna Dan Tenggiri Berdasarkan Sekuens Dna Barcode Dengan Menggunakan Support Vector Machine (Svm)
Abstrak: Ikan tuna dan tenggiri merupakan salah satu produk perikanan yang banyak diminati masyarakat dan memiliki nilai gizi yang baik bagi kesehatan. Banyak dari produk olahan ikan tuna dan tenggiri ini telah mengalami pemalsuan, yaitu digantikannya kandungan produk yang memiliki nilai jual tinggi dengan kandungan lain yang harganya lebih rendah. Untuk menjamin keamanan pangan, pemalsuan ini harus dicegah, salah satunya dengan melakukan identifikasi kandungan produk olahan tersebut. Identifikasi ini sangat penting untuk menjaga standar kualitas pada industri makanan dan pasar. Salah satu cara yang dilakukan untuk mengidentifikasi pemalsuan yaitu dengan menggunakan metode berbasis DNA barcode. DNA barcode adalah sekuen-sekuen pendek yang diambil dari bagian genom suatu makhluk hidup. Identifikasi DNA barcode dilakukan dengan menggunakan pendekatan komposisi, yaitu melakukan perhitungan jumlah frekuensi kemunculan pasangan basa yang membentuk sekuens DNA barcode. Metode yang digunakan dalam perhitungan frekuensi kemunculan pasangan basa ini adalah ekstraksi fitur k-mers, dengan k yang digunakan adalah 3-mers (trinucleotide) dan 4-mers (tetranucletode). Hasil dari ekstraksi fitur menjadi vektor masukan untuk melakukan identifikasi menggunakan Support Vector Machine (SVM) dengan kernel Radial Basis Function (RBF). Model yang terbentuk dari hasil identifikasi dengan SVM dianalisis dengan menghitung nilai akurasi, sensitivity, specificity dan Fmeasure. Berdasarkan identifikasi dengan menggunakan SVM pada sekuens DNA barcode ikan tuna, tenggiri dan ikan lain hasil akurasi terbaik dengan menggunakan tetranucletide pada tingkat genus yaitu sebesar 99,45% dan 88% pada tingkat spesies.
Keyword: DNA barcode, keamanan pangan, machine learning, support vector machine

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: