Judul: Molecular Phylogenetic Tree using Three Different Methods based on p-distance Model
Abstrak: Phylogenetic inference is needed in describing the relationship between proteins, genes or species. In phylogeny, the object is assumed to be evolutionary related. The evolutionary tree is used to show the evolutionary relationship among the organisms. However, to build reliable evolutionary tree, reliable set of data is needed to find the best model. In this paper, the data is obtained from D-loop region in mitochondrion DNA (mtDNA) that is available in Gen Bank. Five different species of animals were used, those were: Bison bison, Bos taurus, Bos indicus, Bubalus bubalis, and Capra hircus. The objective was to obtain the most reliable method, measured by its stability among UPGMA, Minimum Evolution, and Neighbor-Joining. To build the cases, five species were grouped into seven classes that have different characters. P-distance model was used to build the distance matrices. The reliability of each method was measured using the Felsentein’s bootstrap method. The whole bootstrap process for each method will be repeated 100, 1000, and 10000 times to detect its reliability. Almost all methods do not have the misclassified problems in reconstructing the evolutionary tree. However, Minimum Evolution failed to reconstruct a reliable evolutionary tree compared to UPGMA and Neighbor-Joining.
Keyword: 

Judul: Performance Comparison Between Kimura 2-Parameters and Jukes-Cantor Model in Constructing Phylogenetic Tree of Neighbour Joining (NJ)
Abstrak: Bioinformatics as a recent improvement of knowledge has made an interest for scientist to collect and analyze data to provide the best estimate of the true phylogeny. The objective of this research is to construct and compare the phylogenetic tree of Neighbour Joining (NJ) based on different models (Kimura 2-Parameters and Jukes-Cantor) and to find out which model is more reliable on constructing NJ’s tree. In order to build the tree, reliable set of data is conducted from D-loop mtDNA sequences that is available in Gen Bank. The nucleotide sequences come from Bison bison (American bison), Bos taurus (European cow such as Shorthorn), Bos indicus (zebu breeds), Bos grunniens mutus (one of subspecies of cow), and Capra hircus (species of goat). The reliability of each models was measured using the Felsentein’s bootstrap method. The whole bootstrap process for each models was repeated 1.000, 5.000, and 10.000 times to detect its reliability. The performance was measured on the basis of the consistency of the topology relationship, the stability of nodes, the consistency of bootstrap confidence level (PB), standard error of distance, change of PB from (1.000-5.000) to (5.000-1.000), computational time, and BIC score. NJ’s phylogenetic tree with kimura 2-parameters and jukes cantor model have a good node stability and is also generally successful in representing topological relationships between taxa. The increasing of bootstrap replication number in common will increase the consistency of bootstrap confidence value ( . It means both models have a good reliability. But, when the number of sequences is large and the extent of sequence divergence is low, it is generally difficult to construct the tree by any models. In conclusion, Kimura 2-Parameters has a better performance than Jukes-Cantor.
Keyword: 

Judul: Analisis nilai ekonomi manfaat dan dampak negatif penambangan pasir illegal di Sungai Brantas Kelurahan Semampir Kota Kediri
Abstrak: Indonesia merupakan salah satu negara yang kaya akan hasil sumber daya alam, baik sumber daya alam darat, laut maupun udara. Keberadaan sumber daya yang melimpah kurang termanfaatkan dengan baik oleh masyarakat Indonesia. Pemanfaatan sumber daya yang tidak tepat akan menyebabkan kerusakan lingkungan. Menurut Undang-Undang Nomor 23 Tahun 1997 tentang Pengelolaan Lingkungan Hidup, definisi perusakan lingkungan hidup adalah tindakan yang menimbulkan perubahan langsung atau tidak langsung terhadap sifat fisik dan atau hayatinya yang mengakibatkan lingkungan hidup tidak berfungsi lagi dalam menunjang pembangunan berkelanjutan. Salah satu bentuk perusakan lingkungan adalah aktivitas penambangan pasir illegal di Sungai Brantas Kelurahan Semampir Kota Kediri. Menurut Kantor Lingkungan Hidup Kota Kediri, bahwa pada prinsipnya penambangan Galian C (penambangan pasir) di sepanjang Sungai Brantas, tidak diperbolehkan baik secara mekanik maupun konvensional dan hal tersebut dikarenakan kondisi Sungai Brantas dan lingkungannya telah mengalami kerusakan sangat parah dan membahayakan infrastruktur sungai yang ada dan telah dituangkan dalam kesepakatan bersama pada tahun 2009 antara KLH, Satpol PP dan Disperindagtamben Kota Kediri. Penambangan illegal di Sungai Brantas Kelurahan Semampir, terdiri dari 2 jenis penambangan. Penambangan tersebut diantaranya, penambangan secara mekanik/ menggunakan mesin dan penambangan secara tradisional/ menggunakan perahu. Penambangan secara mekanik/ menggunakan mesin yang dimaksud adalah proses penambangan/ pengambilan pasir menggunakan mesin. Mesin tersebut berfungsi untuk menyedot pasir dalam skala besar dimana batu-batu besar yang ada di dasar sungaipun dapat terangkut. Penambangan secara tradisonal/ mengunakan perahu yang dimaksud yakni para penambang menggunakan perahu untuk membantu mereka menuju ke tengah sungai untuk mengabil pasir. Pihak-pihak yang terlibat dalam aktivitas penambangan pasir illegal di kelurahan Semampir diantaranya pengusaha tambang pasir, buruh tambang pasir, kuli angkut pasir, sopir truk pasir dan preman yang bertugas menjaga keamanan area tambang. Truk-truk pasir yang sering melintasi jalan desa akibat adanya penambangan pasir illegal di Kelurahan Semampir menyebabkan dampak terhadap masyarakat sekitar. Dampak yang dirasakan masyarakat sekitar diantaranya menurunnya kualitas udara, meningkatnya polusi suara/ kebisingan dan kerusakan jalan di Kelurahan Semampir. Penambangan yang tidak ramah lingkungan juga menyebabkan dampak lain yakni rusaknya tebing-tebing sungai dan penurunan dasar sungai. Tidak hanya memberikan dampak kerusakan secara fisik jangka pendek namun pada jangka panjang akan menimbulkan hancurnya ekosistem DAS Brantas. Degradasi dasar sungai yang mencapai 6 meter menimbulkan munculnya palung-palung sungai yang sangat dalam. Longsornya tebing-tebing sungai sehingga kondisi sungai menjadi keruh dengan tingkat 1 padatan terlarut yang cukup tinggi. Hal ini, sangat berpengaruh pada kualitas air Sungai Brantas, sehingga perlu diwaspadai karena air Sungai Brantas digunakan sebagai bahan baku air minum. Total manfaat dari kegiatan penambangan pasir illegal di Kelurahan Semampir meliputi segala manfaat yang diterima oleh pihak-pihak yang terlibat dalam aktivitas penambangan yakni sebesar Rp 61 703 085 000.33. Terdiri dari pendapatan/ keuntungan pengusaha tambang pasir sebesar Rp 17 198 085 000.33, pendapatan buruh tambang pasir sebesar Rp 17 820 000 000, pendapatan kuli angkut pasir sebesar Rp 10 674 000 000, pendapatan sopir truk sebesar Rp 7 116 000 000, dan pendapatan preman/ keamanan sebesar Rp 8 895 000 000. Total kerugian yang dirasakan akibat penambangan pasir illegal di Kelurahan Semampir sebesar Rp 84 488 162 200. Terdiri dari kerugian akibat lapisan pasir yang hilang sebesar Rp 81 877 464
Keyword: