Judul: Compounds of Ganoderma GKR7 Fruiting Body and Compound Interactions against Escherichia coli through In Silico
Abstrak: Ganoderma telah lama dikenal dan digunakan sebagai obat tradisional di negara-negara Asia selama lebih dari 2000 tahun. Senyawa bioaktif pada Ganoderma terutama dari spesies Ganoderma lucidum telah banyak diteliti dan memiliki berbagai manfaat medis. Salah satu isolat koleksi asal Indonesia yaitu Ganoderma GKR7 juga telah diuji memiliki aktivitas antimikrob terhadap empat strain enteropatogenik Escherichia coli (EPEC) resisten antibiotik namun Ganoderma isolat GKR7 dan senyawa antimikrob tubuh buah Ganoderma GKR7 belum diidentifikasi. Selain itu, interaksi biomolekul antara senyawa antimikrob Ganoderma GKR7 dan protein reseptor E. coli belum pernah diteliti. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi Ganoderma isolat GKR7, senyawa antimikrob tubuh buah Ganoderma GKR7, dan interaksi biomolekul senyawa antimikrob Ganoderma GKR7 terhadap protein E. coli secara in silico. Identifikasi Ganoderma isolat GKR7 dilakukan berdasarkan pengamatan karakteristik sifat kultur, morfologi tubuh buah, dan analisis molekuler dengan ITS5/ITS4. Tubuh buah diproduksi dengan perlakuan substrat serbuk gergajian kayu (S), jerami (J), serbuk sabut kelapa (K), campuran serbuk gergajian kayu dan jerami (SJ), campuran serbuk gergajian kayu dan serbuk sabut kelapa (SK), dan campuran serbuk gergajian kayu, jerami, dan serbuk sabut kelapa (SJK). Tubuh buah dari semua perlakuan substrat tersebut selanjutnya diekstraksi dengan metode maserasi. Ekstrak kasar tubuh buah Ganoderma GKR7 diuji untuk screening senyawa antimikrob. Ekstrak terpilih selanjutnya dilakukan deteksi senyawa aktif dengan TLC-bioautografi lalu dilanjutkan dengan purifikasi parsial untuk mendapatkan fraksi aktif antimikrob. Fraksi aktif kemudian diuji terhadap enteropatogenik E. coli (EPEC) lalu dilakukan analisis senyawa dengan menggunakan LC-MS/MS. Hasil identifikasi senyawa selanjutnya dilakukan docking molekuler secara in silico untuk mengetahui senyawa antimikrob yang berinteraksi dengan protein target E. coli. Ganoderma isolat GKR7 teridentifikasi sebagai Ganoderma sichuanense. Purifikasi parsial dari ekstrak tubuh buah Ganoderma GKR7 yang diproduksi pada substrat serbuk gergajian kayu (S) menghasilkan tiga fraksi dari dua zona hambat dengan Rf 0,51, Rf antara, dan Rf 0,63. Uji aktivitas secara in vitro menunjukkan ketiga fraksi memiliki aktivitas antimikrob terhadap enteropatogenik E. coli (EPEC). Analisis senyawa melalui LC-MS/MS menghasilkan 57 senyawa yang teridentifikasi secara putatif dari ketiga fraksi. Uji secara in silico menghasilkan 25 senyawa terpilih yang berperan baik dalam penghambatan delapan protein target E. coli (GlmS, GlmU, MurA, MurB, MurD, MurG, DdlB, dan PBP3) yang terlibat pada biosintesis peptidoglikan. Senyawa 1-pentofuranosyl-2,4(1H,3H)-pyrimidine dione (CID_312160) dari fraksi zona Rf 0,51, isopropyl 1,1-dimethyl-3-{3-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-benzoyl}-1,2,3,6-tetrahydroazepino[4,5-b]indole-5-carboxylate (CID_45104531) dari fraksi Rf antara, dan 4-(1-benzofuran-3-ylmethoxy)-N-[1-[2-(3,4-dihydroxy-5-methylpiperidin-1-yl)propyl]piperidin-4-yl]-1H-indole-2-carboxamide (CID_66842043) dari fraksi zona Rf 0,63 memiliki energi afinitas yang tinggi (dengan nilai rata-rata -7,55 kkal/mol, -8,40 kkal/mol, dan -8,72 kkal/mol secara berurutan) terhadap protein target E. coli yang diujikan. Selain itu, protein GlmS, MurB, MurD, dan PBP3 memiliki interaksi terbaik dengan 25 senyawa terpilih sehingga menjadi multitarget penghambatan oleh senyawa antimikrob Ganoderma GKR7. Kajian lanjutan pada penelitian ini ialah melakukan purifikasi lebih lanjut ketiga fraksi untuk mendapatkan senyawa murni CID_312160, CID_45104531, dan CID_66842043 dan mengevaluasi kembali aktivitas senyawa tersebut., Ganoderma has been widely used as a traditional medicinal mushroom in Asian countries for over 2000 years. The bioactive compounds of Ganoderma, foremost from Ganoderma lucidum, have been studied for various medicinal purposes. Ganoderma GKR7 is a culture collection from Indonesia that has been tested for antimicrobial activity against four enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) strains which resistant to antibiotic.
Keyword: antimicrobe, Ganoderma, in silico, LC-MS/MS, TLC-bioautography

Judul: Aktivitas dan purifikasi senyawa antimikroba dari tubuh buah Ganoderma isolat GKR7
Abstrak: Potensi jamur Ganoderma spp sebagai sumber senyawa antimikrob baru perlu mendapat perhatian untuk mengatasi berbagai persoalan yang ditimbulkan mikroorganisme patogen. Penelitian ini bertujuan untuk memurnikan senyawa antimikrob dari tubuh buah Ganoderma sp. isolat GKR7 dengan metode kromatografi lapis tipis preparatif (KLTP) dan menguji kembali aktivitas senyawa semi murni aktif hasil purifikasi tersebut terhadap mikrob uji. Tubuh buah Ganoderma sp. isolat GKR7 diekstraksi dua kali dengan metanol dan diuji aktivitasnya terhadap mikrob uji. Melalui bioautografi diketahui terdapat dua spot aktif dalam ekstrak kasar tubuh buah GKR7 yaitu pada R, 0,73 (fraksi F1) dan R. 0.40 (Fraksi F2). Kedua spot aktif tersebut dipisahkan dengan KLTP dan diuji kembali aktivitasnya. Untuk mengetahui kemungkinan senyawa yang terkandung dalam kedua fraksi, maka dilakukan revelasi kimia dan analisis sifat fisikokimia terhadap kedua fraksi. Ekstrak kasar tubuh buah GKR7, fraksi F1 dan fraksi F2 mampu menghambat pertumbuhan Bacillus subulis, empat galur Escherichia coli enteropatogen (Rb1.2, E12A, 006.5 dan D11.2), Xanthomonas campestris pv. glycines, Pseudomonas syringae pv. glycinea, dan Fusarium oxysporum. Fraksi F1 dan F2 memberi hasil positif ketika direvelasi dengan pereaksi iod, ninhidrin, a-naftol asam sulfat, dan pereaksi Nelson. Fraksi F1 juga memberi hasil positif ketika direvelasi dengan pereaksi kimia sedangkan fraksi F2 vanilin asam sulfat, anisaldehida asam sulfat, anisaldehida asam sulfat modifikasi, dan fenol asam sulfat, menunjukkan hasil negatif. Kedua fraksi diduga mengandung gugus gula Ekstrak kasar tubuh buah GKR7 menunjukkan satu spot bersifat fluoresen dengan UV 336 nm pada Re 0,73. Fraksi F1 bersifat fluoresen pada Rr yang sama, sedangkan fraksi F2 tidak bersifat fluoresen. Ekstrak kasar tubuh buah GKR7 dan fraksi F1 memiliki tiga absorbans maksimum. Absorbans maksimum ekstrak kasar pada panjang gelombang 219, 241, dan 258 nm, sedangkan fraksi F1 pada panjang gelombang 224, 248, dan 259 nm. Fraksi F2 hanya memiliki satu absorbans maksimum, yaitu pada panjang gelombang 217 nm.
Keyword: Ganoderma spp, mikroorganisme patogen, revelasi kimia

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: