Judul: Asosiasi Genetik dan Ekspresi Gen Mioglobin Terkait Kadar Mineral pada Ayam IPB-D2
Abstrak: Gen mioglobin (MB) mengkode protein mioglobin, protein yang ditemukan dalam jaringan otot, berfungsi untuk mengikat dan menyimpan oksigen. Mioglobin tidak hanya diekspresikan pada otot rangka dan jantung, tetapi juga diekspresikan pada sel endotel dan jaringan lain seperti otak dan hati. Mineral secara umumnya bertanggung jawab atas berbagai reaksi biokimia dan fungsi fisiologis dalam tubuh. Mineral mendorong pertumbuhan, reproduksi, dan produksi ternak secara optimal. Mineral yang dianalisis pada penelitian ini adalah Fe, Se, Zn, dan Mn. Mineralmineral ini memiliki fungsi antioksidan. Ayam IPB-D1 merupakan ayam pedaging lokal ras komposit yang dikembangkan oleh Fakultas Peternakan Institut Pertanian Bogor. Keunggulan ayam persilangan baru ini adalah pertumbuhannya yang cepat, kualitas daging yang tinggi, serta ketahanan terhadap penyakit khususnya Newcastle Disease (ND) dan Salmonella sp. Ayam IPB-D2 merupakan hasil seleksi ayam IPB-D1 generasi ke-9 yang diseleksi dengan kadar IgY di atas 10 mg mL -1 dalam serum darahnya. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis polimorfisme gen MB pada ayam, mengkaji asosiasinya dengan kandungan mineral daging, dan menganalisis ekspresinya pada jaringan otot hati dan paha ayam IPB-D2. Sebanyak 55 ekor ayam jantan IPB-D2 berusia 10-12 minggu digunakan dalam penelitian ini. Identifikasi polimorfisme gen, kuantifikasi kandungan mineral, dan ekspresi gen dilakukan masing-masing menggunakan metode direct sequencing, metode Atomic Absorption Spectroscopy (AAS), dan qRT-PCR. Jaringan otot paha dan hati digunakan sebagai sumber mRNA dalam penelitian ini. Metode analisis statistik yang digunakan adalah uji chi-square untuk menguji kesetimbangan HardyWeinberg, dan uji T untuk analisis asosiasi mineral dan analisis ekspresi gen. Daging paha ayam IPB-D2 rata-rata mengandung mineral Fe, Se, Zn, dan Mn sebesar 17,81; 0,22; 16,50; 0,34 mg kg-1 . Dari hasil sequensing ditemukan dua SNP pada 5'UTR gen MB ayam IPB-D2, yaitu SNP g.17 G>T dan SNP g.25 T>C. Genotipe TT (g.17 G>T) dan genotipe CC (g.25 T>C) berasosiasi nyata (P<0,05) dengan kandungan Fe tinggi pada ayam IPB-D2. Analisis ekspresi gen menunjukkan bahwa ekspresi gen MB di hati tidak berbeda secara statistik antara kombinasi genotipe GG/TT, GT/TC, dan TT/CC. Sedangkan pada otot paha, ekspresi gen MB pada kombinasi genotipe TT/CC lebih tinggi signifikan (P<0,05) dibandingkan kombinasi genotipe GG/TT dan GT/TC. Hasil ini menunjukkan bahwa polimorfisme yang teridentifikasi pada gen MB IPB-D2 dapat menjadi referensi untuk menyelidiki gen serupa pada rasa ayam lain, khususnya terkait kandungan mineral Fe, Se, Zn, dan Mn.
Keyword: IPB-D2 chicken, myoglobin, MB expression, mineral content, MB polymorphism

Judul: Identification of Polymorphisms in Exon 3 of Myglobin (MB) Gene in Ayam Cemani and IPB-D1 Chicken
Abstrak: Ayam cemani merupakan ayam asli Indonesia asal Temanggung, Jawa Tengah yang memiliki keseluruhan fenotipik berwarna hitam. Daging ayam cemani memiliki potensi sebagai pangan fungsional berkadar Fe tinggi bagi penderita anemia. Kandungan Myoglobin (MB) memiliki korelasi positif terhadap kadar Fe dalam daging. Hal tersebut digunakan sebagai landasan untuk menjadikan Gen MB sebagai gen kandidat yang diduga memiliki pengaruh terhadap kadar Fe dalam daging. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi keragaman ekson 3 gen MB pada ayam cemani yang berasal dari PT Sumber Unggas Indonesia (SUI), Balai Penelitian Ternak (Balitnak), serta ayam IPB-D1 sebagai pembanding. Sebanyak 45 sampel berhasil dilakukan sekuensing DNA menggunakan jasa Macrogen (Seoul, Korea Selatan). Hasil penelitian menunjukkan bahwa pada daerah ekson 3 gen MB terdapat 1 SNP yaitu di posisi basa g.3385T>C. SNP yang diperoleh bersifat polimorfik dan konsisten ditemukan pada ketiga populasi, sehingga SNP tersebut dapat digunakan untuk analisis lanjutan menuju proses seleksi. Sebanyak enam mutasi lainnya juga ditemukan pada daerah 3’UTR yaitu di posisi basa g.3497C>T, g.3549C>T, g.3583G>A, g.3749C>T, g.3800G>A, dan g.3814G>A., Ayam cemani is an Indonesian native chicken from Temanggung, Central Java which has a black phenotypic color. Ayam Cemani has the potential as a functional food with high Fe content for anemia sufferers. The existence of myoglobin has a positive correlation with Fe content in meat. This was used to make the MB gene as a candidate gene that has a role in Fe content in meat. This study aimed to identify the polymorphisms in exon 3 of MB gene in ayam cemani from PT Sumber Unggas Indonesia (SUI), Balai Penelitian Ternak (Balitnak), as well as IPB-D1 chickens as a comparison. A total of 45 samples were successfully DNA-sequenced using Macrogen services (Seoul, South Korea). The results showed that in exon 3 of MB genes there was 1 SNP at position g.3385T>C. The SNP obtained were polymorphic and consistently found in three populations so that the SNP could be used for further analysis towards the selection process. Other six mutations were also found in the 3'UTR region, i.e: g.3497C>T, g.3549C>T, g.3583G>A, g.3749C>T, g.3800G>A, and g.3814G>A.
Keyword: Cemani, MB gene, DNA sequencing

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: