Judul: Variasi Genetik Rotan Berdasarkan Penanda DNA Barcode matK, rbcL dan ITS Pada Pangkalan Data GenBank.
Abstrak: Species identification of rattan is usually done by assessing morphological characteristics. Along with the development of science and technology, biomolecular science began to be applied as a complementary tool identification, one of which is DNA barcoding technique. In the forestry both are still rarely applied as complementary to each other because of limited molecular data. This study was aimed to analyze the genetic structure of various rattan by three DNA Barcode markers that are available in the genetic database (NCBI), namely matK, rbcL and ITS. Data processing was performed using software MEGA and DnaSP. The results showed that markers of ITS have a longer sequence that is above 500 bp and higher GC content (%) 63.1% compared to the others. Constructed phylogeny trees do not show the most accurate marker in discriminating species because different species are still grouped into one clade. Nucleotide variation analysis was conducted to determine more accurate marker based on genetic variation approach to differentiate Calamus and non-Calamus. However, uncertainty in discriminating species was still observed.
Keyword: DNA Barcode, genetic markers, moleculer analysis, rattan

Judul: Aplikasi Dna Barcode Untuk Identifikasi Jenis Meranti Dan Rotan
Abstrak: Meranti dan rotan merupakan jenis tanaman hutan yang memiliki nilai ekonomi dan ekologi yang tinggi. Keberadaan kedua spesies ini semakin terancam karena over-eksploitasi dan perusakan habitat. Upaya yang saat ini dilakukan untuk melestarikan sumber daya genetik meranti dan rotan sering mengalami kesulitan terkait dengan identifikasi spesies berdasarkan penanda morfologi. Oleh karena itu, kesalahan dalam mengidentifikasi spesies akan mempengaruhi pengadaan bibit berkualitas dalam program pemuliaan. Penanda molekuler, seperti DNA barcode dapat digunakan sebagai alat pelengkap untuk mengidentifikasi spesies secara akurat. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengkarakterisasi calon barcode, yaitu matK, rbcL, trnH - psbA, ITS1 dan kombinasi mereka untuk mengidentifikasi spesies meranti dan rotan dengan benar. Tiga kriteria yang digunakan untuk diskriminasi spesies, yaitu: i) perbandingan antara hasil identifikasi morfologi dan molekuler, ii) jarak intra dan interspesifik untuk mendeteksi barcoding gap, dan iii) pembentukan pohon filogeni. Lokus rbcL dan ITS1 memiliki tingkat keberhasilan tertinggi untuk amplifikasi dan sekuensing, diikuti oleh trnH-psbA dan matK. Penelitian ini mengungkapkan bahwa setiap kandidat barcode menunjukkan perbedaan dalam mengidentifikasi jenis. Pada tanaman rotan berhasil diidentifikasi pada level genus dan famili, sedangkan pada meranti pada level genus dan spesies. Lokus ITS1 dan kombinasi dari matK + rbcL pada tanaman rotan mampu memisahkan jarak intra dan interspesifik, akan tetapi tidak membentuk gap. Pada tanaman meranti trnH – psbA mampu memisahkan jarak intra dan interspesifik akan tetapi tidak membentuk gap. Selanjutnya, pohon filogeni juga menunjukkan bahwa setiap calon barcode mampu mendiskriminasikan data sampel penelitian, data dari GenBank dan out group, kecuali rbcL. ITS1 adalah kandidat barcode terbaik dalam mengidentifikasi rotan serta trnH – psbA merupakan kandidat barcode terbaik dalam mengidentifikasi meranti.
Keyword: DNA Barcode, ITS 1, Meranti, Rotan, trnH-psbA

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: