Judul: Studi Penyebaran Makrozoobenthos Berdasarkan Karakteristik Substrataya Di Muara Cimandiri, Pelabuhan Ratu, Sukabumi
Abstrak: Hewan yang lebih besar yang hidup di dasar perairan disebut dengan makrofauna dan bisa dipisahkan dari substrat dengan mengayak sedimen melalui saringan yang tidak dapat dilewati oleh hewan tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui penyebaran dari struktur komunitas makrozoobenthos di Muara Cimandiri melalui pendekatan dari kepadatan, komposisi jenis, kekayaan jenis dan tipe substrat makrozoobenthos. Penelitian ini dilaksanakan di Muara Cimandiri, Pelabuhan Ratu, Sukabumi pada Bulan Agustus dan Bulan Desember 2002. Pengambilan contoh dilakukan satu kali dalam sebulan selama Bulan Agustus dan Bulan Desember 2002. Kepadatan dapat bernilai lebih rendah meskipun jumlah taksanya lebih banyak tetapi jumlah individunya sedikit yaitu pada zona laut dan sebaliknya juga kepadatan dapat bernilai lebih tinggi meskipun jumlah taksanya lebih sedikit tetapi jumlah individunya lebih banyak yaitu pada zona sungai. Komposisi jenis makrozoobenthos yang terdapat di muara Cimandiri terdiri dari tiga kelas yaitu Gastropoda, Bivalva dan Polychaeta. Bulan Agustus pada zona sungai, muara dan laut ditemukan satu, enam dan sebelas taksa sedangkan Desember pada zona sungai, muara dan laut ditemukan satu, sepuluh dan tiga taksa. Salinitas di zona I termasuk kategori stratifikasi sedang dominan air tawar sedangkan zona II dan III kategori stratifikasi sedang dominan air laut. Pada setiap zona terdapat degradasi DO mulai dari lapisan atas. tengah dan bawah perairan. Sebaran vertikal suhu yang relatif homogen dikarenakan lapisan suhu masih berada pada lapisan permukaan perairan (surface layer). Kecepatan arus pada bulan Agustus memiliki nilai yang lebih rendah daripada bulan Desember. Nilai kecerahan pada bulan Agustus lebih tinggi daripada bulan Desember. Kisaran nilai pH di perairan Muara Cimandiri tersebut termasuk dalam kategori yang diperbolehkan yaitu berdasarkan Keputusan Menteri Negara Lingkungan Ilidup no. 51 tahun 2004 tentang baku mutu air laut untuk biota laut, perairan dengan kisaran pll antara 7 sampai 8,5 termasuk perairan yang memenuhi syarat bagi kehidupan biota laut.
Keyword: 

Judul: Struktur komunitas makrozoobenthos sebagai bioindikator kualitas lingkungan perairan di Muara Sungai Cimandiri, Pelabuhan Ratu, Sukabumi Jawa Barat
Abstrak: Perairan estuari Muara Sungai Cimandiri sebagai bagian integral dari Teluk Pelabuhan Ratu sangat rentang terhadap perubahan lingkungan perairan karena menjadi daerah buangan limbah rumah tangga maupun MCK. Dengan demikian, untuk kepentingan pengelolaan, pengembangan, dan pemanfaatan sumberdaya alam pesisir dan laut, khususnya di sekitar perairan estuari muara Sungai Cimandiri diperlukan informasi secara periodik tentang kondisi lingkungan di perairan tersebut. Berdasarkan landasan pemikiran diatas, maka penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk melihat struktur komunitas makrozoobenthos yang dijadikan sebagai indikator biologis dalam menganalisis kualitas lingkungan perairan estuari muara Sungai Cimandiri. Untuk menopang analisis tersebut, juga dilakukan studi tentang kondisi, karakter, dan dinamika berbagai parameter fisika dan kimia perairan estuari muara Sungai Cimandiri. Pengambilan data dilakukan pada bulan Maret sampai bulan Juni 2002 di muara Sungai Cimandiri, Pelabuhan Ratu. Pengambilan contoh Makrozoobenthos dilakukan dengan mengambil contoh substrat dasar menggunakan Petersen Grab yang berukuran (20 cm x 20 cm) pada delapan stasiun pengamatan dengan tiga kali ulangan, kemudian substrat tersebut disaring dengan saringan berdiameter 0,5 mm untuk memisahkan makrozoobanthos dengan komponen dan jenis lainnya. Contoh makrozoobanthos yang didapat selanjutnya dimasukkan dalam botol sampel dan diberi larutan pengawet formalin empat persen. Selanjutnya diidentifikasi dengan menggunakan buku identifikasi dan dibandingkan dengan koleksi makrozoobenthos yang ada di Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor dan LIPI Cibinong. Organisme makrozoobenthos yang ditemukan di lokasi penelitian terdiri dari 16 spesies yang terbagi kedalam lima kelas, yaitu Gastropoda (Melanoides granifera, Thiara sp., Clypeomorus sp., Terebra sp., Pleurotoma sp., dan Natica sp.), Bivalvia (Tellina sp. dan Cardium sp.), Polychaeta (Diopatra cuprea, Nereis sp., Sigambra tentaculata, Owenia fusiformis, Cabira incerta), Crustacea (Cirolana sp.), dan Stelleroidea (Ophioderma sp. dan Opiopholis mirabilis). Komposisi terbesar makrozoobenthos antar bulan terdapat pada Bulan Juni, yaitu dari kelas Bivalvia (58.9%). Kepadatan tertinggi terdapat pada Bulan Juni (458 ind/m²), dari kelas Bivalvia. Indeks Keanekaragaman (H') jenis berkisar antara 0.64 (stasiun lima) - 3,44 (stasiun enam). Indeks Keseragaman (E) jenis berkisar antara 0,17 (stasiun lima) - 0,86 (stasiun enam). Indeks Dominansi (D) jenis berkisar antara 0,14 (stasiun enam)-0,74 (stasiun satu). Kisaran nilai indeks-indeks diatas mengindikasikan bahwa telah terjadi gangguan keseimbangan dari struktur komunitas makrozoobenthos pada beberapa stasiun pengamatan di muara Sungai Cimandiri, Pelabuhan Ratu, Sukabumi, Jawa Barat pada tahun 2002.
Keyword: 

Judul: Penyusunan Overlap Graph menggunakan Suffix Tree pada DNA Sequence
Abstrak: The DNA sequence assembly is very important in genome analysis. This step aims to reconstruct contigous DNA fragment (contigs) from short fragment by concatenating fragments based on the overlap region among them. This method employs overlap graph for solving the problems. In this graph, nodes represent fragments and edges represent overlap. This research developed a software for constructing overlap graph using suffix tree. The evaluation was conducted by measuring the number of nodes, number of edges, and the execution time in many values of minimum overlap. The minimum overlap is defined as the minimum length of substring which is considered as the overlap region between two fragments. The evaluation results showed that the number of nodes, the number of edges, and the execution time were increased with the decreasing of the minimum overlap value.
Keyword: