Judul: Karakterisasi Fragmen Dna Dari Bakteri Antagonis Yang Terlibat Dalam Aktivitas Antifungi Ganoderma Boninense
Abstrak: Kelapa sawit (Elaeis guineensis jacq) merupakan salah satu tanaman komoditi yang telah digunakan secara luas dalam industri makanan, farmasi dan kosmetik. Indonesia merupakan negara yang telah dianugrahi dengan iklim, kondisi lingkungan yang cocok untuk pertumbuhan kelapa sawit dan luas areal yang menyebabkan Indonesia menjadi negara dengan perkebunan kelapa sawit terbesar di dunia. Namun demikian, budidaya kelapa sawit menghadapi beberapa ancaman yang dapat mengurangi tingkat produksi. Busuk pangkal batang (BPB) oleh Ganoderma boninense merupakan ancaman serius pada perkebunan kelapa sawit. Pengendalian penyakit tersebut hingga saat ini telah banyak dilakukan, namun belum menunjukkan hasil yang memuaskan. Pengembangan ketersediaan agen pengendali hayati merupakan solusi yang sangat baik dalam menekan infeksi BPB. Lebih lanjut lagi bahwa pendekatan berbasis bioteknologi molekuler atau penemuan baru senyawa antifungi diperlukan untuk strategi pengendalian yang lebih baik. Pada penelitian ini, 198 isolat bakteri berhasil diisolasi dari tiga jenis sumber isolasi yang berbeda. Empat puluh satu isolat menunjukkan efek penghambatan yang berbeda-beda terhadap miselium G. boninense. Enam belas isolat dipilih untuk diuji lebih lanjut berdasarkan kemampuan percentage inhibiton of radial growth (PIRG) lebih dari 50%. Perbedaan yang signifikan ditunjukkan pada uji kultur ganda (Dual culture assay) pada p>0.05, dimana isolat G.1.22 menunjukkan aktivitas penghambatan tertinggi yaitu 87.86%. Hasil uji filtrat menunjukkan bahwa isolat G.1.22 tahan terhadap pemanasan. Sebaliknya isolat K.3.2 sensitif terhadap pemanasan dan penambahan proteinase K sehingga diasumsikan memiliki senyawa antifungi berupa protein. Hasil identifikasi gen penyandi 16S rRNA menunjukan bahwa isolat G.1.22 dan K.3.2 memiliki tingkat kemiripan 100% dengan Pseudomonas aeruginosa strain B13 (accession number KM588370) dan Bacillus amyloliquefaciens strain SCDB1439 (accession number KM922581). Metode shotgun cloning digunakan untuk kloning sejumlah fargmen DNA kromosom Bacillus amyloliquefaciens JR02. Berdasarkan uji antagonis keseluruhan E. coli T0P 10 rekombinan dengan suspensi G. boninense belum menunjukkan adanya ekspresi gen antifungi. Disamping itu, karakterisasi DNA pengapit mutan transposon mini-Tn5KmR (BglK226) dengan teknik genome walking berhasil dilakukan. Berdasarkan hasil analisis pengurutan DNA dan blasting diperoleh bahwa DNA pengapit memiliki tingkat kemiripan 99% dengan sebagian gen beta-ketoacyl shyntase asal Bukholderia gladioli BSR3.
Keyword: bakteri antagonis, busuk pangkal batang, Ganoderma boninense, genome walking, shotgun cloning

Judul: Karakterisasi Fragmen DNA Burkholderia Gladioli Yang Terlibat Dalam Aktivitas Antifungi Ganoderma Boninense
Abstrak: Elaeis guineensis Jacq. atau dikenal dengan kelapa sawit merupakan salah satu komoditas penting yang digunakan secara luas dalam industri makanan, kosmetik dan farmasi. Sebagai negara tropis, Indonesia diberkahi iklim dan kondisi yang tepat bagi pertumbuhan dan produksi kelapa sawit, sekaligus daratan luas yang memungkinkan perkebunan dalam skala besar. Sejak tahun 2007, Indonesia merupakan penghasil minyak kelapa sawit terbesar di dunia. Meskipun demikian, perkebunan kelapa sawit tidak lepas dari ancaman patogen yang menurunkan tingkat produksi. Cendawan G. boninense merupakan patogen paling mematikan dan merugikan industri kelapa sawit di Indonesia dan Malaysia. Berbagai upaya telah dilakukan untuk mengatasi serangan G. boninense meliputi pengendalian secara kimia, mekanis dan biologis, tetapi belum menunjukkan hasil yang memuaskan. Meskipun demikian, pengendalian secara biologis menarik banyak perhatian karena memiliki efek negatif yang relatif kecil bagi tanah, lingkungan maupun kesehatan manusia. Oleh karena itu, diperlukan suatu strategi pengendalian yang terstruktur dengan pendekatan-pendekatan baru seperti biologi molekuler atau pengembangan senyawa antifungi yang aman dipergunakan dalam jangka panjang. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengkarakterisasi gen-gen yang berperan dalam aktivitas antifungi bakteri antagonis G. boninense sebagai langkah awal untuk memahami mekanisme ekspresinya. Sebagai langkah pertama, dilakukan isolasi seratus dua puluh lima bakteri dari sampel uji berupa bag-log (media tanam) jamur konsumsi, tanah pembibitan kelapa sawit dan janjangan kosong kelapa sawit. Sebanyak tiga belas isolat menunjukkan penghambatan dengan nilai lebih dari 50%. Salah satu isolat yaitu S.2.2 diketahui memiliki aktivitas penghambatan yang tinggi sekaligus stabil terhadap pemanasan dan perlakuan proteinase K. Analisis runutan gen penyandi 16S rRNA menunjukkan bahwa S.2.2 memiliki 99% kemiripan dengan Burkholderia gladioli strain ATCC 10248 (accession number CP009322.1). Isolat S.2.2 selanjutnya disebut sebagai B. gladioli JR01 Untuk memahami mekanisme yang mendasari ekspresi senyawa antifungi JR01, dilakukan mutagenesis transposisi menggunakan mini-Tn5 menghasilkan 612 mutan transposon. Berdasarkan uji antagonis, ditemukan dua mutan yang mengalami penurunan aktivitas penghambatan yaitu BglK259 dan BglK498. Karakterisasi runutan DNA pengapit transposon menunjukkan kemiripan yang tinggi dengan sebagian gen penyandi LysR-type transcriptional regulator (BglK259) dan gen proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase (BglK498). Kedua gen ini diduga terlibat dalam aktivitas antifungi B. gladioli sehingga inaktivasinya menyebabkan penurunan aktivitas.
Keyword: antifungi, Ganoderma boninense, mutagenesis transposon, analisis genome walking

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: