Judul: IPB (Bogor Agricultural University)
Abstrak: Satwa liar seperti kelelawar buah saat ini banyak dikaitkan dengan fenomena penyebaran penyakit infeksius. Kelelawar buah telah diketahui berperan sebagai reservoir. Kelelawar buah yang terinfeksi mikroorganisme patogen tidak selalu menunjukkan gejala klinis, akan tetapi mampu membawa dan menularkan agen mikroorganisme patogen ke hewan lain atau ke manusia. Peranan kelelawar buah dalam penyebaran agen infeksius seperti cendawan masih belum banyak diketahui termasuk di Indonesia. Cendawan merupakan mikroorganisme yang menyebabkan mikosis dan infeksinya sering diabaikan. Keterbatasan pengetahuan tentang peran kelelawar dalam kejadian mikosis menjadi dasar penelitian ini. Penelitian bertujuan mendeteksi, mengisolasi, mengidentifikasi, dan mengkarakterisasi agen cendawan yang ada pada kelelawar buah di Indonesia serta mempelajari potensi penularan agen cendawan dari kelelawar buah terhadap hewan, manusia, atau lingkungan. Penelitian merupakan penelitian eksploratif yang melibatkan kelelawar buah hasil tangkapan alam di Nusa Tenggara Timur (NTT). Pemilihan wilayah NTT didasarkan pemanfaatan kelelawar buah dalam aktivitas masyarakat yaitu sebagai sumber daging pangan konsumsi, hewan perburuan, dan objek wisata alam. Interaksi menyebabkan resiko penularan penyakit infeksius dari kelelawar buah baik secara langsung dan tidak langsung. Kajian mikosis pada kelelawar buah dipandang dalam tiga perspektif yaitu patologi, mikrobiologi, dan diagnostik molekuler. Perspektif patologi didasarkan hasil pemeriksaan histopatologi dengan pewarnaan Haematoksilin-Eosin (HE), Gomori Methenamine Silver (GMS), dan Imunohistokimia (IHK) yang menunjang identifikasi mikosis pada organ tubuh. Perspektif mikrobiologi didasarkan isolat cendawan yang berhasil tumbuh dalam media kultur agar. Perspektif molekuler didasarkan pada proses identifikasi dan karakterisasi genom spesies kelelawar buah dan genom spesies cendawan dengan polymerase chain reaction (PCR) dan analisis sekuensing deoxyribonucleic acid (DNA). Tiga belas ekor kelelawar buah tangkapan alam NTT teridentifikasi sebagai Rousettus amplexicaudatus. Mikosis terjadi pada satu organ paru-paru kelelawar buah yang disebabkan infeksi cendawan patogen Pneumocystis dengan lesio paru-paru berupa pneumonia interstisial. Kista Pneumocystis teramati sebagai material hitam pada pewarnaan GMS yang disertai respon antigen-antibodi Pneumocystis sebagai material coklat dalam alveolar dengan pewarnaan IHK. Keberadaan kista Pneumocystis dalam alveolar paru-paru menyebabkan penularan terhadap hewan sehat lainnya. Cendawan Pneumocystis tidak dapat tumbuh atau dikultur dalam media agar. Cendawan lain berhasil diisolasi dari organ tubuh kelelawar buah R. amplexicaudatus menggunakan teknik kultur agar. Tujuh isolat cendawan diperoleh dari hasil isolasi organ paru-paru dan ginjal pada enam ekor kelelawar buah. Isolat cendawan yang teridentifikasi dari organ paru-paru yaitu satu isolat Acremonium murorum, satu isolat Sporothrix sp., dan satu isolat Madurella sp., sedangkan isolat cendawan yang teridentifikasi dari organ ginjal yaitu dua isolat Cladosporium sp., satu isolat Tricothecium sp., dan satu isolat Scopulariopsis sp.. Cendawan Sporothrix sp. asal kelelawar buah NTT diidentifikasi sebagai cendawan dimorfik patogen. Keseluruhan cendawan asal kelelawar buah NTT terdiri atas cendawan patogen opportunistik dan cendawan patogen dimorfik. Genom Pneumocystis asal kelelawar buah R. amplexicaudatus memiliki karakter susunan basa nukleotida yang berbeda dari basa nukleotida Pneumocystis yang telah tersedia dalam GenBank®. Perbedaan susunan basa nukleotida yang terjadi menggambarkan adanya karakter DNA yang spesifik dan khas dalam genom Pneumocystis asal kelelawar R. amplexicaudatus NTT. Temuan ini sebagai laporan kasus dan data genom Pneumocystis pertama yang melibatkan kelelawar buah dalam kejadian dan penyebaran mikosis di Indonesia serta menjadi kebaruan dalam penelitian ini. Keberadaan cendawan patogen pada kelelawar buah asal NTT menjadi bukti bahwa kelelawar buah di wilayah Indonesia berpotensi
Keyword: cendawan, kelelawar buah, reservoir, patogen, Pneumocystis

Judul: Identifikasi Molekuler Cendawan Patogen Penyakit Busuk Buah Cabai, Terung, Tomat, Jambu dan Pepaya
Abstrak: Tanaman hortikultura merupakan komoditas penting di Indonesia. Produktivitas dan produksi komoditas ini seringkali terkendala faktor abiotik maupun biotik, termasuk masalah penyakit busuk pada buah yang dipanen yang disebabkan berbagai jenis penyebab. Penyakit busuk buah oleh cendawan patogen memiliki gejala serupa yaitu dimulai dengan bercak kecil berwarna coklat, berlanjut dengan pembusukan yang meluas dan disertai tanda patogen berupa miselium atau struktur lainnya. Identifikasi cendawan tertentu berdasarkan gejala maupun morfologi seringkali kurang memadai untuk membedakan spesies. Metode molekuler dapat menjadi pelengkap identifikasi cendawan karena memiliki efisiensi dan akurasi yang tinggi. Contoh buah cabai, tomat, terong, pepaya, dan jambu yang sakit dari lapangan diisolasi untuk mendapatkan biakan murni. Koloni biakan murni diamati dan dilakukan ekstraksi DNA genomik. Identifikasi cendawan dengan PCR menggunakan primer universal ITS5/ITS4 untuk menghasilkan amplikon yang kemudian dilakukan sikuensing. Runutan nukleotida hasil sikuensing tersebut yang dianalisis dengan BLAST menunjukkan tingkat homologi tertinggi dengan cendawan yang tersimpan data nukleotidanya dalam GenBank sebagai berikut: isolat AW1 cabai dengan Colletotrichum acutatum (Korea) sebesar 99.15%, isolat AW2 tomat dengan Fusarium lichenicola (China) sebesar 99.28% , isolat AW3 terung dengan Fusarium falciforme (Belanda) sebesar 99.64%, isolat AW4 pepaya dengan Lasiodiplodia theobromae (Taiwan) sebesar 100%, dan isolat AW5 jambu Fusarium verticillioides (China) sebesar 100%. Pohon filogenetika menggunakan MEGA X juga menunjukkan bahwa isolat AW2, AW3 dan AW5 yang berafiliasi dengan Fusarium membentuk kekerabatan yang berdekatan dan terpisah dari AW1 dan AW4. Isolat AW1 (Colletotrichum) juga terpisah cluster dari AW4 (Lasiodiplodia).
Keyword: Colletotrichum, Fusarium, internal transcribe spacer (ITS), Lasiodiplodia, nucleotide analysis, polymerase chain reaction (PCR)

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: