Judul: Deteksi Dan Karakterisasi Parsial Coronavirus Dari Kelelawar Asal Provinsi Gorontalo Dan Sulawesi Utara
Abstrak: Kelelawar dikenal sebagai reservoar alami untuk virus-virus yang baru muncul, seperti Lyssaviruses, Coronavirus, Ebola virus, virus Nipah, dan banyak lainnya. Karena kelimpahan populasi, distribusi yang luas dan mobilitasnya, kelelawar memiliki risiko lebih besar sebagai sumber penularan zoonosis dibandingkan dengan hewan lain. Peran kelelawar sebagai reservoar bagi banyak pathogen semakin mendapat perhatian, setelah ditemukannya kasus epidemik Severe Acute Respiratory Coronavirus (SARS-CoV) pada tahun 2003 dan Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV) 2012, sehingga masyarakat ilmiah mulai memberikan perhatian khusus terhadap coronavirus pada kelelawar. Virus yang mirip dengan virus penyebab SARS juga ditemukan pada kelelawar dengan tingkat prevalensi lebih tinggi. Penelitian ini dilakukan sebagai bagian dari proyek besar PREDICT Indonesia, khususnya untuk memeriksa coronavirus pada kelelawar dari Provinsi Gorontalo dan Sulawesi Utara, Indonesia. Dari 151 sampel feses atau sampel usap rektum kelelawar besar pemakan buah (Pteropus alecto) yang dianalisis di laboratorium menggunakan teknik nested Polymerase Chain Reaction (PCR) untuk mengamplifikasi target dari gen RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) dengan ukuran produk 434 pasang basa, ditemukan 65 sampel diduga positif (presumptive positive). Enam belas dari 65 sampel presumptive positive, diperiksa lebih lanjut dengan teknik sekuensing untuk dikonfirmasi sebagai Coronavirus. Pohon filogenetik terhadap 16 sampel yang dikonfirmasi positif coronavirus kemudian dianalisis dengan MEGA-6.0 dan hasilnya menunjukkan bahwa sekuen gen RdRp secara parsial memiliki tingkat kemiripan yang tinggi dengan coronavirus pada kelelawar yang dilaporkan sebelumnya di Indonesia dan Thailand.
Keyword: Coronavirus, Indonesia, Konsensus PCR, Pteropus alecto

Judul: Deteksi Dan Karakterisasi Parsial Paramyxovirus Dari Kelelawar Asal Hutan Bakau Olibuu, Kecamatan Paguyaman Pantai, Kabupaten Boalemo, Provinsi Gorontalo
Abstrak: Penyakit zoonotik didefinisikan oleh World Health Organization (WHO) sebagai penyakit-penyakit yang ditularkan secara alamiah antara hewan dan manusia. Dilaporkan bahwa 75% penyakit menular baru pada manusia merupakan penyakit zoonotik. Penyakit zoonotik baru yang muncul pada manusia kebanyakan ( sekitar 60,3%) akibat kontak dengan satwa liar. Pengendalian penyakit zoonotik saat ini belum dilaksanakan secara efektif dan efisien, hal ini disebabkan oleh banyak faktor dan kendala baik di dalam kebijakan pemerintah maupun masalah teknis di lapangan. Tindakan pencegahan dan pengendalian penyakit zoonotik yang paling efektif dan efisien adalah tindakan yang dilakukan pada sumber penyakit, salah satunya kelelawar. Virus merupakan patogen yang dapat menginfeksi hewan, tumbuhan, dan manusia. Salah satu virus yang perlu diwaspadai adalah berasal dari famili Paramyxoviridae seperti measles, mumps, Respiratory Syncitial Virus (RSV), Hendara dan Nipah virus yang di perantarai oleh kelelawar buah sebagai resevoar alami. One Health merupakan suatu konsep interaksi kerjasama berbagai disiplin ilmu dan sektor yang bekerja di tingkat lokal, nasional dan global untuk mencapai kesehatan yang optimal untuk manusia, hewan dan lingkungan. Adanya interaksi antara kelelawar dan manusia (human-animal interface), khususnya anggota masyarakat Gorontalo sebagai penangkap kelelawar dan mendistribusikan hasil tangkapannya ke Sulawesi Utara (suku Minahasa), mengindikasikan kemungkinan terdapatnya risiko penularan agen penyebab penyakit dari kelelawar kepada manusia. Di sisi lain, suku Minahasa dikenal sebagai konsumen satwa liar salah satunya kelelawar, hal ini mungkin dapat meningkatkan risiko tertularnya manusia terhadap penyakit zoonotik. Tujuan penelian ini untuk mendeteksi dan karakterisasi parsial materi genetik dari kelelawar di daerah Hutan Bakau Olibuu, Kecamatan Paguyaman Pantai, Kabupaten Boalemo, Provinsi Gorontalo dan membandingkan tingkat kekerabatan genetik virus yang dideteksi dan diidentifikasi dari kelelawar yang berasal dari daerah tersebut. Penelitian ini menggunakan 95 sampel dari specimen feses atau rectal swab dari spesies kelelawar pemakan buah (Pteropus alecto) dengan metoda Polymerase Chain Reaction (PCR), dilanjutkan dengan sekuensing kemudian dianalisis menggunakan program BioEdit menggunakan teknik Basic Local Alignment Search Tool (BLAST), NCBI dan program Molecular Evolutionary Genetics Analysis 6 (MEGA 6) untuk pembuatan pohon filogenetik. Hasil penelitian menunjukkan dari 95 sampel yang merupakan spesimen feses atau rectal swab (usap rektal) kelelawar besar pemakan buah (Pteropus alecto) yang diuji, 10 sampel dinyatakan presumptive positive paramyxovirus yang diindikasikan dengan teknik polymerase chain reaction (PCR), ditandai dengan munculnya pita sebesar 561 bp pada elektroforesis DNA, selanjutnya setelah dilakukan sekuensing terhadap 10 hasil PCR tersebut, tiga sampel dikonfirmasi memiliki runutan yang sesuai dengan paramyxovirus. Tiga sampel yang dikonfirmasi memiliki runutan nukleotida sesuai dengan paramyxovirus dianalisis lebih lanjut menggunakan sistem bioinformatika, salah satunya untuk melihat kekerabatan dengan membuat pohon filogenetik menggunakan program Bioedit dan MEGA6. tiga sampel, yaitu: INDSWBT-105, INDSWBT-107 dan INDSWBT-190 merupakan sampel yang dikonfirmasi positif terhadap paramyxovirus. Ketiga sampel positif paramyxovirus tersebut memiliki kekerabatan cukup dekat dengan beberapa paramyxovirus yang sudah dipublikasikan.
Keyword: Paramyxovirus, Pteropus alecto, Consensus PCR, Indonesia

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: