Judul: Pengembangan Pipeline Identifikasi Single Nucleotide Polymorphism dan Konstruksi Pohon Filogenetik
Abstrak: Proses identifikasi SNP (single nucleotide polymorphism) melalui laboratorium memerlukan banyak biaya dan menyita waktu, sehingga digunakanlah bantuan program komputer. Informasi SNP dapat diperoleh melalui beberapa tahapan yang perlu dikerjakan. Masing-masing tahapan tersebut dieksekusi oleh satu program komputer berupa tools tertentu. Pada penelitian ini, tahapan-tahapan dan tools yang digunakan untuk memperoleh informasi SNP adalah penjajaran sekuens dengan Bowtie 2, praproses hasil penjajaran sekuens dengan GATK, identifikasi dan filtrasi SNP dengan SAMtools/BCFtools, dan prediksi efek SNP dengan SnpEff. Oleh karena identifikasi SNP memerlukan serangkaian tahapan yang cukup banyak, sehingga penelitian ini memanfaatkan pipeline untuk mengatur urutan eksekusi setiap task identifikasi SNP dan memproses keluaran setiap tahapan untuk diteruskan ke tahapan berikutnya. Penelitian ini juga menggunakan informasi SNP untuk mengonstruksi pohon filogenetik. Pipeline SNP yang dikembangkan berhasil mengidentifikasi SNP dari sekuens reads (unpaired atau paired) dan dapat menampilkan informasi detail SNP yang teridentifikasi. Pohon filogenetik berhasil dikonstruksi dari empat varietas kedelai menggunakan metode UPGMA atau Neighbor-Joining dengan tools VCF-kit.
Keyword: identifikasi SNP, pipeline, pohon filogenetik

Judul: Integration of database and single nucleotide polymorphism pipeline for soybean breeding
Abstrak: Upaya penemuan varietas unggul dengan cara pemuliaan tanaman secara konvensional membutuhkan waktu yang lama dan biaya yang besar. Kendala tersebut dapat diatasi dengan memanfaatkan informasi yang diperoleh dari analisis genom, yaitu berupa markah single nucleotide polymorphism (SNP) beserta asosiasi dengan fenotipenya. Selama ini identifikasi SNP dapat dilakukan menggunakan beberapa program komputer. Informasi SNP disimpan dalam fail berformat variant call format (VCF). Fail dengan format tersebut sulit dimengerti dan diolah oleh peneliti pemuliaan. Penelitian ini bertujuan mengintegrasikan perangkat lunak pipeline yang dihasilkan oleh penelitian sebelumnya dan basis data yang menyimpan informasi berupa SNP dan informasi pendukung lainnya yang terkait dengan identifikasi SNP, antara lain flanking area dan ID kandidat SNP yang terintegrasi dengan data referensi SNP kedelai dari NCBI. Selain itu, sistem ini juga dilengkapi fitur pencarian yang berbasis web untuk memudahkan peneliti pemuliaan menemukembalikan informasi kandidat SNP yang relevan., Plant breeding using conventional approaches is high cost and time consuming. Researchers started elaborating the oportunities of plant breeding based on genome analysis in order to obtain an efficient process. This approach used single nucleotide polymorphism (SNP) marker and their association with phenotypes. The SNP identification process actually can be conducted using application software. SNP information is stored in a VCF file. However this file format is not easy to be undertood and managed by breeding researchers. This research aims to integrate software pipeline yielded by previous research and database for storing SNP candidates and their supporting information such as flanking area and the SNP’s ID which is automatically integrated to Soybean SNP reference from NCBI. Moreover, the system also provides a web based searching feature for helping researchers retrieving relevant SNP candidate information. Keywords: database, pipeline, plant breeding, SNP, soybean
Keyword: basis data, kedelai, pemuliaan tanaman, pipeline, SNP

Judul: Durability of Specific Immunoglobulin (Ig) Y Againts Influenza and Covid-19 in Sunscreen
Abstrak: The benefit of specific immunoglobulin Y (Ig Y) as an active ingredient in personal care products such as sunscreen has not been properly studied. Our study aims to evaluate the reliability of specific IgY against influenza and the COVID-19 virus in a sample sunscreen product. Specific IgY influenza and COVID-19 viruses were inserted in the sample sunscreen at two concentrations of 0.1% and 0.25%. Three treatments were observed: control (C) sunscreen without IgY, treatment 1 (T1) sunscreen with 0.1% IgY, and treatment 2 (T2) sunscreen with 0.25% IgY. Organoleptic observations were carried out to monitor changes in aroma, color, and texture, and sunscreen sampling was done every week for 6 weeks. The durability of IgY was evaluated using an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) and a neutralization assay. Organoleptic observation from weeks 1 to 6 showed consistency in its aroma, color, and texture. Enzyme-linked immunosorbent assay and neutralization assay (NA) results of the T1 and T2 groups showed negative results except for sample T1 at week 5, which showed a positive result in the Influenza A ELISA. Based on the results, it seems that IgY concentrations of 0.1% or 0.25% were not optimal. However, this negative result might be due to low concentration of the IgY and the presence of beeswax, which inhibits IgY and causes it to dissolve in distilled water, thus preventing it from being detected in the assay.
Keyword: Immunoglobulin Y, Sunscreen, Influenza, COVID-19, Biological Activity