Judul: Pertumbuhan Kentang Kultivar Atlantik Transgenik dan Non-transgenik yang Diinokulasi Bakteri Endofit Micrococcus endophyticus
Abstrak: Gen LYZ-C penyandi enzim lisozim telah diintroduksikan ke dalam tanaman kentang (kultivar Atlantik) dan menghasilkan tanaman transgenik, diantaranya ATT1 dan ATT4. Kedua tanaman transgenik tersebut mengekspresikan gen lisozim secara konstitutif yang menjadikannya resisten terhadap bakteri fitopatogen Ralstonia solanacearum dan Pectobacterium carotovorum. Lisozim merupakan enzim pendegradasi dinding sel bakteri sehingga bakteri menjadi lisis. Bakteri endofit Micrococcus endophyticus G053 mengkolonisasi tabung xilem dan meningkatkan pertumbuhan tanaman kentang. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan pertumbuhan tanaman kentang kultivar Atlantik transgenik yang mengandung gen LYZ-C dan tanaman non-transgenik yang diinokulasi dengan bakteri endofit M. endophyticus G053 secara in vitro. Perbandingan pertumbuhan kedua jenis tanaman tersebut dapat digunakan untuk mengetahui pengaruh tanaman transgenik yang mengandung gen LYZ-C terhadap bakteri endofit M. endophyticus. Penelitian ini menggunakan rancangan acak lengkap (RAL) dengan satu faktor perlakuan yaitu genotipe yang terdiri dari tiga klon tanaman yang meliputi satu klon kentang kultivar Atlantik non-transgenik dan dua klon transgenik yaitu ATT1 dan ATT4. Pengamatan pertumbuhan tanaman yang dilakukan meliputi tinggi batang, jumlah buku, jumlah akar, dan panjang akar. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pertumbuhan tinggi batang, jumlah buku, panjang akar, dan jumlah akar dari tanaman kentang non-transgenik dan kentang transgenik yang diinokulasi oleh M. endophyticus tidak berbeda nyata. Hasil reisolasi Micrococcus endophyticus G053 dari tanaman transgenik dan non-transgenik mengindikasikan bahwa keberadaan dan ekspresi gen LYZ-C pada tanaman transgenik tidak menyebabkan kematian bakteri endofit tersebut., LYZ-C gene encoding lysozyme was introduced into potato plant (Atlantic cultivar) producing transgenic plants i.e. diantaranya ATT1 dan ATT4. The two transgenic plants, express LYZ-C gene constitutively making them resistant to phytopathogenic bacteria, Ralstonia solanacearum and Pectobacterium carotovorum. Lysozymes are enzymes that degrade bacterial cell walls so that bacteria become lysis. Endophytic bacterium Micrococcus endophyticus G053 colonizes xylem tubes and increases the growth of potato plants. This study aims to compare the growth of transgenic Atlantic potato cultivars containing LYZ-C gene and non-transgenic plants inoculated with endophytic bacteria M. endophyticus G053 in vitro. The comparison of the growth of the two types of plants can be used to determine the effect of transgenic plants containing the LYZ-C gene on endophytic bacteria M. endophyticus. This study used a completely randomized design (CRD) with one treatment factor, namely a genotype consisting of three plant clones including one nontransgenic Atlantic potato cultivar clone and two transgenic clones namely ATT1 and ATT4. The growth of plant including stem height, number of books, number of roots, and root length was observed. The results showed that the growth of stem height, number of nodes, root length, and number of roots of non-transgenic and transgenic potatoes inoculated by M. endophyticus were not significantly different. Reisolation results of M. endophyticus G053 from the transgenic and non-transgenic plants indicated that the LYZ-C gene and its expression in the transgenic plants did not cause the death of the bacterium.
Keyword: endophytic bacteria, lysozyme, Micrococcus endophyticus, transgenic potato

Judul: Genetic Engineering of Potato (Solanum tuberosum L.) cv IPB CP1 with LYZ-C Gene to Control Bacterial Wilt Disease
Abstrak: Kentang (Solanum tuberosum L.) merupakan salah satu tanaman pangan pokok penting selain padi, gandum dan jagung serta menempati urutan ketiga berdasarkan tingkat konsumsi secara global. Kentang kultivar IPB CP1 merupakan kultivar yang dikembangkan dari mutasi kentang kultivar Atlantik dan memiliki karakteristik umbi yang sesuai sebagai olahan keripik kentang (potato chips). Infeksi penyakit layu bakteri yang disebabkan oleh bakteri Ralstonia solanacearum menjadi salah satu kendala dalam budidaya tanaman kentang di Indonesia. Infeksi bakteri patogen tersebut pada tanaman dapat berdampak serius terhadap kehilangan hasil panen. Perakitan tanaman kentang yang resisten terhadap penyakit bakteri dapat dilakukan melalui rekayasa genetik. Lisozim merupakan enzim-enzim glikosida yang dapat mengkatalisis pemutusan ikatan antara molekul N-asetil-D-glukosamin (NAG) dan asam N-asetil-D-muramat (NAM) sebagai penyusun peptidoglikan pada dinding sel bakteri. Ekspresi gen LYZ-C penyandi lisozim pada tanaman dapat meningkatkan resistensi tanaman terhadap infeksi bakteri patogen. Agrobacterium tumefaciens strain LBA4404 yang mengandung plasmid pCXSN-Lys(+) digunakan untuk mengintroduksikan gen LYZ-C ke dalam genom tanaman kentang kultivar IPB CP1. Tranformasi genetik pada kentang kultivar IPB CP1 terhadap 200 eksplan ruas batang telah berhasil dilakukan. Pembentukan kalus dan regenerasi kalus menjadi tunas berhasil diinduksi pada media MS yang mengandung IAA 1 mg/l, trans-zeatin 3 mg/l dan GA3 0,5 mg/l. Pada penelitian ini efisiensi transformasi dan efisiensi regenerasi yang diperoleh sebesar 35,1% dan 54,7%. Hasil analisis PCR menggunakan primer Lys114-F dan Nost2-R terhadap 10 tanaman transgenik putatif menunjukkan 6 tanaman mengandung transgen LYZ-C yang ditandai dengan adanya amplikon berukuran 565 pb. Uji resistensi secara in vitro pada 4 klon tanaman transgenik dan 1 tanaman non-transgenik, menunjukkan bahwa klon tanaman transgenik memiliki resistensi yang lebih baik terhadap infeksi R. solanacearum penyebab layu bakteri dibandingkan dengan tanaman CP1 non-transgenik. Hal ini menunjukkan bahwa gen LYZ-C yang diintroduksikan ke dalam tanaman kentang kultivar IPB CP1 meningkatkan resistensi tanaman terhadap penyakit layu bakteri. Pada penelitian ini klon CP1L3 merupakan tanaman transgenik yang paling resisten terhadap R. solanacearum dan memiliki nilai indeks penyakit terendah., Potato (Solanum tuberosum L.) is the most important crops besides rice, wheat, corns and includes in the third world crop plants in terms of global consumption. IPB CP1 cultivar is a derivative of radiated Atlantic cultivar and produce suitable tuber characteristics for potato chips. In Indonesia, bacterial wilt infection caused by Ralstonia solanacearum is one of the problems in potato cultivation. Infection of this patohegen has a serious effect to the yield losses. Assembly of transgenic potato resistant to bacterial wilt could be realize through genetic engineering. Lysozyme belongs to the glycoside enzymes that catalyze the cleavage of peptidoglican components of bacterial cell wall. LYZ-C gene expression can enhance the plant resistance against pathogenic bacteria. Agrobacterium tumefaciens strain LBA4404 harboring the pCXSN-Lys(+) used to introduces LYZ-C gene into the plant genome. Genetic transformation of IPB CP1 cultivar by using 200 internodes as the explants was done successfully. Callus formation and regeneration were induced successfully on MS medium containing IAA 1 mg/l, trans-zeatin 3 mg/l dan GA3 0,5 mg/l. In this study, the transformation efficiency and regeneration efficiency were 35,1% and 54,7%, respectively. Based on PCR analysis to 10 putative transgenic plants with Lys114-F and Nost2-R primers, confirmed that
Keyword: Agrobacterium tumefaciens, gen LYZ-C, kentang kultivar IPB CP1, penyakit layu bakteri, transformasi genetik

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: