Judul: Pengembangan Marka Single Nucleotide Amplified Polymorphism (SNAP) terkait Ketahanan Kakao terhadap Penyakit Busuk Buah Kakao (BBK).
Abstrak: Perkebunan kakao di Indonesia mayoritas dikelola oleh petani dengan sentra produksi di Sulawesi. Masalah utama kakao di Indonesia yaitu serangan jamur Phytophthora palmivora yang menyebabkan penyakit Busuk Buah Kakao (BBK). Penyakit ini dapat menyebabkan penurunan produksi mencapai 50%. Pengendalian BBK terus dilakukan dengan merakit varietas unggul baru kakao tahan BBK. Perakitan tanaman unggul membutuhkan plasma nutfah yang telah teridentifikasi ketahanannya terhadap BBK. Identifikasi dapat dilakukan dengan pengamatan langsung terhadap infeksi jamur P. palmivora dan dengan berbantuan marka molekuler. Pada penelitian ini identifikasi ketahananan tanaman kakao terhadap BBK dilakukan dengan menggunakan metode cakram daun dan marka Single Nucleotide Amplified Polymorphism (SNAP). Marka SNAP dikembangkan berdasarkan hasil analisa metode cakram daun. Hasil pengujian cakram daun mengelompokkan klon Sca 6 ke dalam kelas sangat tahan, Sul 1 dan Sul 2 (tahan), MCC 02 (agak tahan), DRC 16 (rentan) dan DR 1 (sangat rentan). Klon Sca 6 merupakan klon yang paling tahan BBK, tetapi masih terdapat titik penetrasi dengan skor resistensi 0.1. Bercak infeksi jamur pada kedua klon ini tidak mengalami peluasan. Hal ini diduga karena mekanisme ketahanan pascapenetrasi yang menghambat perkecambahan jamur. Empat gen (Cat 1, Cat 2, Pto dan HbPR-1) telah dilaporkan terkait dengan mekanisme ketahanan terhadap infeksi P. Palmivora. Gen Catalase 1, 2 berhubungan dengan Pathogenesis Related Protein (PR protein) 9, gen Pto berfungsi menghasilkan PR-2 dan 5, sedangkan gen HbPR-1 mensintesis PR-1. PR protein adalah protein yang disandikan dari suatu gen untuk membatasi pertumbuhan, perkembangan dan perbanyakan patogen dalam tanaman. Isolasi gen Cat 1, Cat 2 dan Pto dari tanaman kakao dilakukan dengan menggunakan primer spesifik sedangkan gen HbPR-1 menggunakan degenerate primer. Berdasarkan penjajaran sekuen dari isolasi gen diperoleh sepuluh situs SNP yang membedakan klon kakao sangat tahan BBK dengan kelas lainnya. Situs SNP yang teridentifikasi di desain menjadi marka molekuler SNAP. Berdasarkan validasi marka SNAP, primer Cat1-71 memvisualisasikan tingkat ketahanan kakao sama dengan uji cakram daun. Primer ini memiliki situs SNP dengan varian nukleotida (C/T) pada nomor urut basa 71 dengan mentranslasikan asam amino leusina menjadi fenilalanina. Aplikasi Primer Cat1-71 pada 16 genotipe kakao hibrida berhasil mengelompokkan kakao kedalam kelas tahan, moderat dan tidak tahan busuk buah.
Keyword: cakram daun, Phytophthora palmivora, primer spesifik

Judul: Application of SSR Markers for Segregation Identification of  VSD Disease Resistance Traits in F1 Populations from Crosses of Cocoa MCC 02  X SUL 1 Clones.
Abstrak: Tanaman kakao (Theobrema cacao L.) merupakan salah satu komoditas perkebunan yang memiliki peranan penting bagi perekonomian di Indonesia. Indonesia menempati posisi ketiga sebagai negara produsen kakao di dunia setelah Pantai Gading dan Ghana. Varietas dan klon kakao unggul yang tersedia saat ini terdiri dari varietas mulia dan lindak. Penyakit utama yang menyerang tanaman kakao yaitu Busuk Buah Kakao (BBK), Kanker batang dan penyakit Vascular Streak Dieback (VSD). Penyakit VSD dapat menyebabkan kematian pada klon rentan lebih dari 59%. Penyaki VSD merupakan penyakit yang disebabkan oleh cendawan Ceratobasidium theobromae yang menyerang bagian pembuluh xilem dan mengakibatkan nekrosis daun, absisi hingga tanaman menjadi mati. Perakitan varietas dan klona kakao dapat dilakukan melalui pendekatan konvensional dan inkonvensional. Pemuliaan kakao secara konvensional yang dilakukan melalui metode persilangan dengan waktu yang lama. Sedangkan Pendekatan non-konvensional merupakan pemanfaatan teknik molekuler yang dapat mempersingkat daur seleksi tanaman. Salah satu perbaikan genetik yang sangat penting untuk memberikan perlindungan penyakit utama pada tanaman kakao yaitu dengan satu gen adalah Single Nucleotide Polymorphism (SNP). Selanjutnya untuk mengetahui tanaman resisten dan rentan dapat dilakukan dengan menggunakan penanda marka SSR. Percobaan pertama bertujuan evaluasi keragaman respons ketahanan klon kakao MCC 02 dan Klon kakao Sulawesi 1 terhadap infeksi VSD. Pengujian dilakukan dengan metode Rancangan Acak Kelompok (RAK) dengan 4 ulangan. Dengan metode infeksi bibit kakao secara alami dibawah pohon kakao dewasa yang terserang penyakit VSD. Setiap perlakukan terdiri 2 tanaman klon kakao MCC 02 dan 2 tanaman klon kakao Sulawesi 1 yang di ulang 4 kali, sehingga total 16 tanaman dalam satuan percobaan. Karakter yang diamati adalah klorosis pada ujung daun dengan ciri-ciri (memiliki bintik-bintik berwarna hijau pada satu daun atau tiga daun), nekrosis pada ujung daun atau lembaran daun (lamina) dengan kondisi daun masih menempel pada ranting, ranting gundul (karena sebagian daun gugur), bekas dudukan tangkai daun terlihat tiga titik (noktah) berwarna coklat kehitaman dan jaringan xilem saat dibelah berwarna kehitaman. Hasil penelitian MCC 02 dan SUL 1 cocok untuk membandingkan gen yang terkait dengan respon infeksi penyakit VSD antara kultivar kakao tahan (MCC 02) dan rentan (SUL 1). Percobaan kedua bertujuan untuk isolasi dan karakterisasi keragaman nukleotida gen Chitinase 2 dan PR1 dari kedua tetua MCC 02 dan Sulawesi 1. Prosedur percobaan yaitu melakukan isolasi DNA, penentuan kualitas dan kuantitas, desain primer untuk Amplifikasi PCR, amplifikasi PCR gen Chitinase 2 dan PR1 dan sekuensing fragmen DNA, analisis sekuen berganda, identifikasi SNP, dan analisis filogenetik. Hasil primer spesifik gen berhasil dirancang menggunakan referensi dua gen yang responsif terhadap penyakit, Kitinase (Chi) dan Protein Terkait Patogenesis 1 (PR1), dan digunakan untuk menghasilkan amplikon dari kakao cv. MCC 02 (tahan terhadap VSD) dan Sul 1 (rentan terhadap VSD). Urutan amplikon Chi diduga terpanjang 858 bp, dan hasil analisis BLAST mengkonfirmasiKitinase parsial, mulai dari nomor nukleotida 55 hingga 912 dari urutan kode Chi. Penyelarasan beberapa urutan tujuh aksesi Chi dari kakao cv. MCC02 dan SUL1 mengidentifikasi keberadaan 4 SNP non-sinonim dan dua SNP sinonim di wilayah pengkodean Chi. Terakhir, konstruksi pohon filogenetik pada aksesi Chi dari tanaman kakao cv. MCC 02, SUL 1, dan 21 aksesi dari jenis tanaman terpilih menunjukkan bahwa Chi dari kakao lebih
Keyword: Kata kunci : resistensi, keragaman, validasi

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: