Judul: Konstruksi Vektor Ekspresi Dan Ekspresi Protein Rekombinan Superoksida Dismutase (Cuznsod) Dari Melastoma Malabathricum L. Pada Escherichia Coli.
Abstrak: Gen CuZn-SOD penyandi superoksida dismutase yang diisolasi dari tanaman Melastoma malabathricum L. telah berhasil diintroduksikan ke dalam genom tanaman tembakau dan padi. Namun sampai saat ini analisis protein yang diekspresikan belum dilakukan karena belum adanya antibodi spesifik untuk MmCuZnSOD. Pembuatan Antibodi MmCuZnSOD dapat dilakukan dengan memasukkan protein MmCuZnSOD kedalam tubuh hewan. Namun, kandungan protein ini pada tanaman sangat rendah, sehingga protein ini sulit diisolasi dan dipurifikasi dari tanaman. Hal ini dapat diatasi dengan melakukan ekspresi protein MmCuZnSOD secara berlebih di dalam sel bakteri Escherichia coli. Tujuan penelitian ini adalah mengkonstruksi vektor ekspresi untuk gen MmCuZnSOD dan mengekspresikan secara berlebih untuk memproduksi protein antigen. Penelitian dimulai dari konstruksi vektor ekspresi pET-14b-CuZnSOD yang membawa gen MmCuZnSOD dan vektor tersebut diintroduksi ke dalam E. coli strain Rosetta (DE3) sebagai sel inang. Optimasi ekspresi protein dilakukan dengan penentuan konsentrasi IPTG (0.1 mM, 0.3 mM, 0.5 mM dan 1 mM), lama waktu induksi (2 jam, 4 jam, 6 jam dan 8 jam) dan suhu (30 oC dan 37 oC) optimum. Analisis protein dilakukan dengan fraksinasi protein untuk memisahkan fraksi insoluble dan soluble dengan enzim lisosim dan sonikasi. Protein MmCuZnSOD dipurifikasi menggunakan kromatografi afinitas Ni-NTA dan elektroelusi protein. Protein hasil pemurnian diendapkan menggunakan aseton. Pada penelitian ini gen MmCuZnSOD berhasil disisipkan ke dalam vektor pET-14b. Verfikasi dilakukan dengan PCR koloni menggunakan primer T7 dan SOD-R menghasilkan amplikon yang berukuran 609 pb yang sesuai dengan ukuran dari daerah promoter sampai multiple cloning site (150 pb) dan gen MmCuZnSOD (459 pb). Pemotongan dengan enzim restriksi NdeI dan EcoRI menghasilkan dua pita DNA berukuran 4152 pb dan 978 pb. Pengurutan urutan DNA menunjukkan bahwa gen ini telah berfusi dengan penyandi His-tag pada ujung N-terminal. Berdasarkan hasil optimasi ekspresi,kondisi optimumuntuk sintesis protein MmCuZnSOD adalahkonsentrasi IPTG 0.5 mM dengan induksi selama enam jam pada suhu 37oC.Analisis lebih lanjut menggunakan SDS-PAGE menunjukkan bahwa protein MmCuZnSOD yang telah berfusi dengan 6x histidin memiliki ukuran 15 kDa dan terdapat pada kedua fraksi solubledaninsoluble. Analisis western blot dengan anti-histidin menunjukkan bahwa protein rekombinan MmCuZnSOD berhasil dipurifikasi dari fraksi insoluble dalam kondisi denaturasi dengan 8M urea menggunakan kromatografi afinitas Ni-NTA. Purifikasi dengan metode elektroelusi menghasilkan protein dengan kemurnian tinggi tetapi dalam konsentrasi rendah sehingga dilakukan pengendapan menggunakan aseton dengan konsentrasi aseton 50%. Protein murni yang dihasilkan adalah sebesar 3.75 mg dari 350 mL kultur sel.
Keyword: Superoksida dismutase, MmCuZnSOD, protein rekombinan

Judul: Introduction of MmCu/ZnSOD Gene into Potato (Solanum tuberosum L.) Genome Cultivar IPB CP3 Mediated Agrobacterium tumefaciens
Abstrak: Cekaman abiotik merupakan salah satu faktor penyebab penurunan kualitas dan hasil produksi pertanian. Pada kondisi tercekam, tanaman akan memproduksi reactive oxygen species (ROS) berlebih seperti superosida (O2*-) dan hydroxyl radical (OH*) yang dapat mendegradasi biomolekul penting seperti protein, lipid, karbohidrat dan DNA sehingga menyebabkan kerusakan dan kematian sel. Tujuan dari penelitian ini adalah mengintroduksi gen MmCu/ZnSOD dibawah kendali promotor 35S CaMV ke dalam genom tanaman kentang IPB CP3 untuk meningkatkan toleransinya terhadap cekaman kekeringan dan salinitas melalui detoksifikasi ROS. Transformasi genetik dengan perantara Agrobacterium tumefaciens pada 300 eksplan ruas batang tanpa mata tunas menghasilkan tanaman transgenik putatif dengan efisiensi transformasi dan regenerasi sebesar 47,33% dan 31,09%, secara berurutan. Analisis integrasi menunjukkan bahwa 18 klon transgenik terbukti membawa gen MmCu/ZnSOD di bawah kendali promotor 35S CaMV yang menandakan bahwa klon tersebut transgenik. Uji cekaman kekeringan dan salinitas secara in vitro menunjukkan bahwa keenam klon transgenik memiliki toleransi lebih tinggi dibandingkan non-transgenik berdasarkan jumlah dan panjang akar total.
Keyword: superoksida dismutase, kekeringan, salinitas, kentang, reactive oxygen species

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: