Judul: Keragaman Fenotipik dan Molekuler Pasteurella multocida dari Beberapa Wilayah di Indonesia
Abstrak: Pasteurella multocida adalah bakteri Gram-negatif penyebab septicemia epizootica (SE) pada kerbau dan sapi yang tergolong ke dalam penyakit hewan menular strategis (PHMS) dan masih menjadi masalah serius dalam dunia peternakan Indonesia. Bakteri ini memiliki keragaman yang sejauh ini lazim dideteksi melalui serotyping berdasarkan sifat antigenik polisakarida kapsul. Alternatif untuk menganalisis keragaman hayati adalah dengan menggunakan sodium dodecyl sulphate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) dan random amplified polymorphic DNA (RAPD). Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui keragaman hayati P. multocida dari beberapa wilayah di Indonesia berdasarkan karakter fenotipe, profil protein, dan pola pita RAPD. Identifikasi bakteri dilakukan secara biokimia dengan menggunakan sistem identifikasi tradisional dan API® 20NE yang selanjutnya dikonfirmasi secara molekuler menggunakan polymerase chain reaction (PCR). Ekstraksi protein bakteri dilakukan dengan teknik freeze-thawing dan ekstraksi DNA dilakukan dengan menggunakan reagen DNAzol®. Elektroforesis protein dan RAPD masing-masing dilakukan pada gel poliakrilamida 12% dan gel agarose 1,5%. Hasil penelitian menunjukkan P. multocida dari beberapa wilayah di Indonesia memiliki rentang berat molekul pita protein 12–209 kDa. Rentang fragmen RAPD P. multocida berkisar antara 307–3100 bp. Secara fenotipik, P. multocida dari Provinsi Sulawesi Selatan memiliki keragaman karakter pertumbuhan di media agar MacConkey. Berdasarkan analisis hierarchical clustering terhadap pola pita RAPD dan profil protein sel utuh, masing-masing terbentuk empat dan lima klaster yang menunjukkan keragaman molekuler P. multocida yang diisolasi dari beberapa wilayah di Indonesia. Keragaman molekuler juga teramati berdasarkan hasil pengurutan gen ompH yang mengelompokkan isolat-isolat P. multocida yang digunakan dalam penelitian ini ke dalam lima klaster., Pasteurella multocida is a Gram-negative bacteria that causes septicemia epizootica (SE) in buffaloes and cattle and the disease itself causes serious problems in the Indonesian livestock and is classified as a strategic transmissible animal disease. The diversity of these bacteria so far has been detected using the serotyping method based on the antigenic properties of the capsule polysaccharides. The alternative for analyzing its diversity is to use sodium dodecyl sulphate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) dan random amplified polymorphic DNA (RAPD). This study was conducted to determine P. multocida diversity from several regions in Indonesia based on its phenotypic character, protein profile, and band pattern of RAPD. Bacterial identification was carried out biochemically using traditional identification and API® 20NE systems and then confirmed molecularly using polymerase chain reaction (PCR). The freeze-thawing technique was performed to obtain the bacterial protein extract. The extracted protein and RAPD product were then electrophoresed on 12% polyacrylamide gel and 1.5% agarose gel, respectively. The results showed that the molecular weight range of the protein bands is 12–209 kDa and the band pattern of RAPD is ranged from 307–3,100 bp. Phenotypically, P. multocida from South Sulawesi Province had a variety of growth characters in MacConkey agar media. Based on the hierarchical clustering analysis of the band patterns of RAPD and the whole-cell protein profiles, four and five clusters were formed, respectively. It is showing the molecular diversity of P. multocida isolated from several regions in Indonesia. Molecular diversity was also observed based on sequence of the ompH gene which grouped P. multocida isolates used in this study into five clusters.
Keyword: Pasteurella multocida, protein profile, SDS-PAGE, RAPD, ompH, dendrogram

Judul: Antibiotic resistance patterns of Pasteurella multocida (Type B) isolated from Cattle in Indonesia
Abstrak: Septicemia hemoragik adalah penyakit pasteurelosis akut, sangat fatal pada sapi, kerbau, domba dan kambing yang menyebabkan kerugian ekonomi yang serius di daerah tropis dan subtropis di Asia dan Afrika. Serotipe Pasteurella multocida yang bertanggung jawab atas penyakit yang ditemukan di Asia adalah serotipe B:2 sedangkan di Afrika adalah serotipe E:2. Untuk mengobati infeksi bakteri, antibakteri atau antibiotik boleh digunakan. Namun, karena penggunaan antibiotik yang terus menerus, banyak strain P. multocida dan spesies bakteri lainnya yang resisten telah muncul. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui efektivitas berbagai antibiotik yang meliputi bacitracin, vancomycin, oxytetracycline, enrofloxacin, gentamicin, ampicillin, dan erythromycin terhadap Pasteurella multocida yang diisolasi dari sapi yang diduga menderita septikemia hemoragik di Indonesia. Sensitivitas antibiotik dengan antibiotik yang berbeda diperiksa dengan metode difusi disk dan ditemukan resisten terhadap bacitracin, vankomisin, ampisilin, dan eritromisin. Meskipun P. multocida cukup sensitif terhadap oksitetrasiklin, disimpulkan bahwa enrofloksasin dan gentamisin adalah antibiotik yang paling efektif yang dapat digunakan dalam pengobatan septikemia hemoragik karena sensitivitasnya yang tinggi.
Keyword: Pasteurella multocida, resistensi antibiotic, septicemia hemoragik

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: