Judul: PLAG1 Gene Polymorphism of SNP c.795A>G in Bali, PO, and Madura Cattle Using PCR-RFLP
Abstrak: Gen PLAG1 merupakan salah satu gen pengontrol pertumbuhan dan ukuran tubuh. Penelitian ini bertujuan menganalisis keragaman gen PLAG1 dengan metode PCR-RFLP. Sampel DNA sapi yang digunakan sebanyak 90 sampel yang terdiri dari 30 ekor sapi bali, 30 ekor sapi PO kebumen, dan 30 ekor sapi madura. Analisis keragaman gen PLAG1 menggunakan metode Polymerase Chain ReactionRestriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) dengan enzim restriksi Sac1. Program Popgen32 digunakan untuk menganalisis frekuensi genotipe, frekuensi alel, nilai heterosigositas, dan keseimbangan Hardy-Weinberg. Amplifikasi fragmen gen PLAG1 pada exon 2 region 1 menghasilkan panjang produk PCR sebesar 776 bp dan 2 alel (A dan G) pada sapi bali dan madura, serta 1 alel (A) pada sapi PO. Genotipe yang dihasilkan adalah AA (562 bp dan 182 bp), AG (562 bp, 182 bp, dan 104 bp), dan GG (562 bp dan 104 bp). Frekuensi alel tertinggi sapi PO dan madura pada alel A dan sapi bali pada alel G. Hasil analisis keragaman menunjukan bahwa gen PLAG1 pada populasi sapi bali dan madura bersifat polimorfik (beragam) dan pada populasi sapi PO bersifat monomorfik., The PLAG1 gene is one of the genes that control growth and body size. This study aimed to analyze the polymorphism of the PLAG1 gene using PCR-RFLP. The total sample used was 90 samples consisting of 30 bali cattle, 30 PO cattle, and 30 madura cattle breeds. Analysis of PLAG1 gene polymorphism was carried out using PCR-RFLP and Sac1 restriction enzyme. Popgen32 was used to analyze the genotype and allele frequencies, heterozygosity, and Hardy-Weinberg equilibrium. PLAG1 gene amplification resulted from 776 bp fragments and 2 alleles (A and G) in bali and madura cattle, and only 1 allele (A) in PO cattle. The PLAG1 gene consisted of three genotypes i.e. AA (562 bp and 182 bp), AG (562 bp, 182 bp, and 104 bp), and GG (562 bp and 104 bp). The highest allele frequency of the A allele was found in PO and madura cattle and the G allele in bali cattle. Based on the results, it can be concluded that the PLAG1 gene in bali and madura cattle were polymorphic but monomorphic in PO cattle.
Keyword: Gen PLAG1, PCR-RFLP, polimorfisme

Judul: Polymorphism of SNP c.957A>C of PLAG1 Gene and Its Association with Growth Traits in Bali Cattle
Abstrak: Salah satu upaya yang dapat dilakukan untuk meningkatkan mutu genetik pada sapi bali adalah dengan menerapkan metode seleksi berbasis teknologi molekuler DNA. Gen Pleomorphic Adenoma Gene 1 (PLAG1) adalah salah satu gen yang berpengaruh pada sifat pertumbuhan sapi. Gen PLAG1 terletak pada kromosom 14 dan memiliki 2 ekson dan 1 intron yang tersusun dari 2422 bp. Informasi terkait karakteristik gen PLAG1 single nucleotide polymorphism (SNP) c.957A>C pada sapi bali dan pengaruhnya terhadap sifat pertumbuhan masih sangat terbatas. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan untuk menganalisis keragaman SNP c.957A>C gen PLAG1 dan asosiasinya dengan sifat pertumbuhan dengan menggunakan metode Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP). Penelitian ini juga menggunakan sapi peranakan ongole (PO), madura, belgian blue (BB), dan limousin digunakan sebagai pembanding. Jumlah sampel darah sapi yang digunakan dalam penelitian ini sebanyak 120 sampel yang terdiri dari sapi bali sebanyak 52 ekor yang berasal dari Balai Besar Pembibitan Ternak Unggul dan Hijauan Pakan Ternak (BPTU-HPT) Denpasar. Sampel darah sapi bali ini diambil pada bulan Juli 2019. Sapi PO sebanyak 10 ekor yang diambil dari Balai Embrio Ternak (BET) Cipelang, Bogor pada November 2019 dan sebanyak 10 ekor diambil dari Village Breeding Centre (VBC) Kebumen pada tahun 2011. Sapi madura sebanyak 30 ekor yang diambil di VBC Pulau Sapudi dari bulan Juli 2013. Sapi BB sebanyak 10 ekor dan sapi limousin sebanyak 8 ekor yang diambil dari BPTU-HPT Padang Mangatas pada Agustus 2019. Data sifat Pertumbuhan sapi bali yang diperoleh dari BPTU-HPT Denpasar di Pulau Bali selanjutnya dikoreksi berdasarkan umur dan sistem pemeliharaan. Keragaman gen PLAG1|TaqI SNP c.957A>C selanjutnya dianalisis dengan menggunakan program PopGen 1.32. Hubungan antara keragaman genotipe gen PLAG1 dengan sifat pertumbuhan sapi bali dianalisis dengan menggunakan uji-t. Amplifikasi SNP c.957A>C gen PLAG1 berhasil dilakukan pada suhu 52 oC dengan panjang produk 744 bp. Genotipe yang ditemukan adalah genotipe homozigot (AA dan CC) dan genotipe heterozigot (AC) dengan frekuensi alel A dan C masing masing sebesar 0,10 dan 0,90 pada sapi bali. Frekuensi alel A dan C pada sapi madura sebesar 0,70 dan 0,30, sedangkan pada sapi PO, BB, dan limousin gen PLAG1|TaqI SNP c.957A>C bersifat monomorfik. Frekuensi alel pada sapi bali dan madura berada dalam keadaan equilibrium dengan frekuensi alel tertinggi adalah alel C pada sapi bali. Alel C diduga merupakan alel spesifik pada sapi bali. Genotipe PLAG1 SNP c.957A>C pada sapi bali tidak berasosiasi (P>0,05) dengan sifat pertumbuhan., Bali cattle productivity could be improve by applying a selection method based on DNA molecular technology. The Pleomorphic Adenoma Gene 1 (PLAG1) is one of the genes that affect the growth traits of cattle. The PLAG1 gene is located on chromosome 14 and has 2 exons and 1 intron composed of 2422 bp. Information regarding the characteristics of the PLAG1 gene single nucleotide polymorphism (SNP) c.957A>C in Bali cattle and its effect on growth characteristics is very limited. Therefore, this study was conducted to analyze the polymorphism of the SNP c.957A>C of the PLAG1 gene and its association with growth traits using the Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) method. This study also used Ongole (PO), Madura, Belgian Blue (BB),
Keyword: gen PLAG1, PCR-RFLP, sapi bali, sifat pertumbuhan, SNP, growth traits

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: