Judul: Isolation and Identification of ACC Deaminase-Containing Rhizobacteria from Rhizosphere of Stressed Pineapple along with Detection, Expression, and Abundance of acdS Gene
Abstrak: ACC deaminase merupakan enzim sitoplasma yang berperan penting dalam menekan kadar etilen berlebih tanaman yang dilanda cekaman dengan cara menghidrolisis senyawa pembentuknya, ACC. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan isolat dan identitas bakteri penghasil ACC deaminase, primer gen acdS, tingkat ekspresi gen acdS, dan kelimpahan gen acdS pada tanah rizosfer nanas yang dilanda cekaman. Empat jenis sampel tanah asal bakteri diperoleh meliputi tanah dengan cekaman herbisida, cekaman Phytopthora spp., cekaman genangan, dan tanah noncekaman. Penelitian ini diawali dengan mengisolasi bakteri rizosfer pada media umum TSA (Tryptic Soy Agar) kemudian ditumbuhkan kembali pada media selektif DF (Dworkin-Foster) mengandung senyawa ACC. Bakteri yang tumbuh pada media selektif ini diindikasikan memiliki enzim ACC deaminase yang disandi oleh gen acdS. Tahap selanjutnya adalah melakukan identifikasi molekuler isolat bakteri tersebut berdasarkan gen 16S rRNA. Selanjutnya, tahap ekstraksi DNA dan RNA isolat bakteri serta DNA bakteri total tanah dilakukan sebagai template pada sistem deteksi berbasis real time PCR. Sebanyak 49 isolat bakteri berhasil tumbuh pada media TSA dan hanya 7 isolat yang mampu tumbuh pada media selektif DF mengandung 3 mM L-1ACC. Hasil identifikasi gen 16S rRNA menunjukkan bahwa keempat isolat 3, 2A, 5B, dan 1E dengan pertumbuhan terbaik termasuk ke dalam Stenotrophomonas maltophilia, Burkholderia territorii, Pseudomonas oryzihabitans, dan Bacillus tropicus. Sepasang primer 105F-acdS 5’-TGCCAAGCGTGAAGACTGC-3’ and 244R-acdS 5’-GGGTCTGGTTCGACTGGAT-3’ berhasil mengamplifikasi sekuens parsial acdS sepanjang 140 pb pada isolat 3, 2A, 5B, dan 1E dengan suhu disosiasi berturut-turut 86, 89, 87, dan 89.5oC berdasarkan analisis kurva melt peak dan dikonfirmasi dengan pelacakan BlastN dan BlastX. Berdasarkan analisis filogenetik, sekuens acdS isolat 2A dan 1E memiliki kemiripan yang lebih tinggi dibandingkan dengan isolat 3 dan 5B. Sedangkan tingkat ekspresi gen acdS pada keempat bakteri berturut-turut adalah B. tropicus (17.24), B. territorii (17.86), P. oryzihabitans (20.87), dan S. maltophilia yang tidak menunjukkan nilai Cq. Analisis DNA sampel tanah menyimpulkan bahwa kelimpahan gen acdS tanah noncekaman berbeda signifikan terhadap tanah cekaman herbisida dan Phytopthora spp. kecuali pada tanah cekaman genangan. Kelimpahan gen acdS antarcekaman secara umum berbeda signifikan kecuali pada sampel CPB terhadap CGB. Sedangkan kelimpahan gen acdS antara sampel tanah tanaman sehat dan sakit tidak berbeda signifikan kecuali pada sampel cekaman Phytopthora spp. Hasil penelitian ini menggambarkan bahwa bakteri rizosfer asal rizosfer nanas memliki gen acdS yang menyandi ACC deaminase dan diduga mampu meregulasi kadar etilen tanaman dalam merespon berbagai cekaman lingkungan., ACC deaminase is a cytoplasmic enzyme which play an important role in lowering overproduced ethylene in stressed plant by cleaving its precursor, ACC. The aim of this study was to obtain ACC deaminase-encoding rhizobacterial isolates and identity, acdS gene primers, acdS gene expression among bacterial isolates, and acdS gene abundance in stress soil of pineapple rhizosphere. Four types of soil samples where bacterial isolates obtained include herbicide-stress soil, flooding-stress soil, Phytopthora spp.-stress soil and nonstress soil. This study was initiated by isolating rhizobacteria on the TSA (Tryptic Soy Agar) medium and then re-growing on DF (Dworkin-Foster) selective medium containing 3 mM L-1ACC compound. Bacteria that grow on this selective medium were indicated to have ACC deaminase enzyme encoded by acdS gene. Following the purified isolates, the selected isolates were then
Keyword: Ethylene, AcdS Gene, Rhizosphere, Pineapple Plant, Uji Gram Bakteri, Plant Ethylene, Enzim Sitoplasma

Judul: Rhizobakteria Penghasil IAA dan ACC Deaminase Asal Tanaman Nanas dan Perananya dalam Memacu Pertumbuhan Tanaman.
Abstrak: Plant Growth Promoting Rhizobacteria (PGPR) memainkan peran kunci dalam mendukung pertumbuhan tanaman dan kesehatan tanah. Bakteri pemacu pertumbuhan tanaman yang diambil di rhizosfer tanaman dapat secara langsung berpengaruh dalam metabolisme tanaman atau memodulasi produksi fitohormon salah satunya yaitu bakteri penghasil asam indol asetat (IAA) dan 1- Amincyclopropana-1-carboxylateacid (ACC) deaminase. Penelitian ini bertujuan (1) mengisolasi bakteri penghasil IAA dan ACC deaminase dari tanah rhizosfer nanas (2) mengukur respirasi tanah, enzim urease dan enzim fosmonoesterase dari tanah rhizosfer tanaman nanas (3) mengukur produksi fitohormon IAA dan konsumsi ACC deaminase oleh rhizobakteria terpilih (4) mengukur aktivitas enzim ACC deaminase oleh rhizobakteria terpilih (5) mengidentifikasi isolat terpilih penghasil IAA dan ACC deaminase oleh rhizobakteria terpilih (6) menguji kemampuan isolat bakteri penghasil IAA dengan ACC deaminase dalam memacu pertumbuhan tanaman. Penelitian dilaksanakan pada bulan September 2017 hingga Agustus 2018 dengan mengisolasi rhizobakteria asal tanaman nanas dengan berbagai tipe cekaman seperti genangan, herbisida dan penyakit di PT Great Giant Foods, Lampung tengah. Penelitian dilakukan dalam 8 tahap, yakni (1) uji kimia dan biokimia tanah rhizosfer nanas (2) isolasi bakteri penghasil IAA (3) skrining bakteri penghasil IAA dan ACC deaminase (4) uji produksi IAA pada isolat terpilih (5) uji konsumsi ACC pada isolat terpilih (6) uji aktivitas ACC deaminase pada isolat terpilih (7) uji isolat terpilih dalam memacu pertumbuhan tanaman kedelai (8) identifikasi isolat terpilih penghasil IAA dan ACC deaminase secara molekuler. Hasil penelitian menunjukkan delapan bakteri menghasilkan IAA dengan selang 1.81 - 42.98 mg L-1 dengan konsentrasi IAA tertinggi pada isolat TPK5B2 Micrococcus aloeverae sebesar 42.98 mg L-1 yang didapatkan pada pertanaman padi konvensional. Bakteri penghasil ACC deaminase dapat mengkonsumsi ACC 52% - 88% dalam media dengan 2.5 mmol ACC dalam waktu 24 jam. Isolat CHTJ5H Brevundimonas intermedia mampu mengkonsumsi ACC dengan cepat yaitu 2.2 mmol L-1 (88%), isolat didapatkan dari tanah rhizosfer nanas dengan cekaman herbisida. Kedelapan isolat memiliki aktifitas enzim ACC deaminase dengan selang 1114 - 13370 nm α-ketobutirat mg-1 h-1, aktivitas ACC deaminase terbesar 13370 nm α-ketobutirat mg-1 h-1 yaitu isolat CHTB2C Brevundimonas diminuta. Bakteri dengan aktivitas ACC deaminase terbaik didapatkan pada rhizosfer tanaman nanas dengan cekaman herbisida pada pertanaman dengan tanaman bagus. Semua bakteri penghasil IAA dan ACC deaminase nyata meningkatkan tinggi tanaman kedelai, panjang akar, dan bobot kering akar serta tanaman kedelai.
Keyword: ACC deaminase, asam indol asetat (IAA), PGPR, ionosfer

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: