Judul: Molecular Characterization and Phylogenetic Study of African Swine Fever Virus in North Sumatra Outbreaks during 2019 – 2023
Abstrak: African swine fever (ASF) merupakan penyakit virus yang menyebabkan demam hemoragik pada babi domestik dan babi liar di dunia. Kasus pertama ASF di Indonesia dilaporkan pada Provinsi Sumatera Utara bulan September 2019. Sebanyak 20 sampel arsip positif ASF hasil koleksi Balai Veteriner Medan selama investigasi wabah berlangsung selama tahun 2019 sampai 2023, digunakan dalam penelitian ini. Gen B646L parsial (p72), sekuen penuh gen E183L (p54) dan wilayah variabel pusat (CVR) dari gen B602L diamplifikasi, dimurnikan, kemudian dilakukan sekuensing. Program BLAST berbasis web dan perangkat lunak MEGA 7? digunakan untuk menganalisis hasil sekuensing nukleotida. Hasil analisis karakterisasi molekuler dan filogenetik menunjukkan bahwa virus ASF yang menginfeksi babi di Provinsi Sumatera Utara tahun 2019-2023 termasuk dalam genotipe II. Analisis ketiga gen (B646L, E183L dan B602L) tidak menunjukkan perubahan sekuen nukleotida dan asam amino pada isolat dalam 5 tahun terakhir. Analisis gen B646L dan gen E183L menunjukkan bahwa strain virus ASF ini termasuk dalam genotipe II. Tidak ada varian baru yang ditemukan pada CVR gen B602L. Analisis CVR menunjukkan bahwa virus ASF ini termasuk dalam subkelompok XXXII. Hasil penelitian ini mengungkapkan bahwa virus ASF di Provinsi Sumatera Utara memiliki homologi yang tinggi dengan isolat virus ASF yang terdeteksi sebelumnya di negara Georgia, China, Vietnam dan Timor Leste., African swine fever (ASF) is a viral disease that causes hemorrhagic fever in domestic pigs and wild swine worldwide. The first case of ASF in Indonesia was reported in North Sumatra Province in September 2019. A total of 20 archival samples of positive ASF collected from the Animal Disease Investigation Center of Medan during the outbreak investigation took place from 2019 to 2023, were used in this study. The partial B646L gene (p72), the full sequence of the E183L gene (p54) and the central variable region (CVR) of the B602L gene were amplified, purified, then sequenced. Web-based BLAST program and MEGA XI software were used to analyze the nucleotide sequencing results. The results of molecular and phylogenetic characterization analysis revealed that the ASF virus that infected pigs in North Sumatra Province in 2019-2023 belonged to genotype II. Analysis of the three genes (B646L, E183L and B602L) did not indicate changes in the nucleotide and amino acid sequences in the isolates in the past 5 years. Analysis of the B646L, E183L genes showed that these ASF virus strains belonged to genotype II. No novel variants were found in the CVR gene B602L. CVR analysis showed that these ASF virus strains belonged to subgroup XXXII. The results of this study reveal that the ASF virus in North Sumatra Province has high homology with ASF virus isolates previously detected in Georgia, China, Vietnam and East Leste.
Keyword: African swine fever, Karakterisasi molekuler, Studi filogenetik, sumatera utara

Judul: IPB (Bogor Agricultural University)
Abstrak: African Swine Fever (ASF) merupakan penyakit menular pada babi peliharaan dan babi hutan yang disebabkan oleh virus ASF. Virus ini memiliki DNA beruntai ganda dan tergolong dalam keluarga Asfirvidae dan genus Asfivirus. Tingkat mortalitas penyakit ASF hampir mencapai 100% pada babi peliharaan maupun babi hutan dan menyebabkan kerugian ekonomi yang cukup tinggi bagi peternak. Penyakit ini menyebabkan penurunan populasi babi di beberapa daerah. Pencegahan dan pengendalian ASF hingga saat ini belum dapat ditangani dengan baik secara berkelanjutan, sehingga strategi dalam optimalisasi pencegahan dan pengendalian harus dapat dilakukan secara bersama – sama dengan pemangku kebijakan dalam pemberantasan ASF. Tujuan penelitian ini adalah menganalisis distribusi (sebaran) kasus ASF, menganalisis faktor risiko dan membuat peta risiko berdasarkan faktor lingkungan, menduga estimasi peluang risiko wabah ASF, dan mengukur estimasi rasio reproduksi dasar (R0) berdasarkan wabah kasus ASF pada babi di Provinsi Sumatera Utara. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Maret 2021 sampai September 2021 di Provinsi Sumatera Utara. Data penelitian ini terdiri dari data sekunder yang diperoleh dari database sistem kesehatan hewan nasional (iSIKHNAS) Kementerian Pertanian Republik Indonesia dan in-depth interview kepada petugas kesehatan hewan Dinas Ketahanan Pangan dan Peternakan Provinsi Sumatera Utara, Dinas yang mengurusi kesehatan hewan kabupaten/kota, Balai Karantina Pertanian Belawan, dan Balai Veteriner Medan (BVet Medan). Wabah ASF pertama kali terjadi pada babi peliharaan di dalam peternakan di Indonesia pada tahun 2019 dan menyebar hingga tahun 2020 ke hampir seluruh kabupaten di Provinsi Sumatera Utara. Arah sebaran dan pola kejadian wabah ASF dapat dianalisis menggunakan analisis kartografi. Analisis kartografi dilakukan dengan menggunakan dua metode yaitu standar deviation ellips (SDE) yang digunakan untuk mengetahui arah sebaran kasus ASF di Sumatera Utara pada tahun 2019-2020 dan Indeks Moran’s digunakan untuk melihat pola kejadian kasus ASF. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sebaran kasus ASF tahun 2019 mengikuti arah barat laut-tenggara, sedangkan sebaran kasus tahun 2020 mengikuti arah timur-barat. Hasil Indeks Morans kasus ASF tahun 2019 dibagi menjadi 4 kuadran, terdiri dari 34 kasus di kuadran pertama atau tinggi tinggi (HH) dan 203 kasus di kuadran ketiga atau rendah rendah (LL). Terdapat 1 kasus di area hotspot dan 36 kasus di area coldspot. Hasil Indeks Morans kasus ASF tahun 2020 terdiri dari kuadran pertama atau tinggi tinggi (HH) sebanyak 81 kasus dan kuadran ketiga atau rendah rendah (LL) sebanyak 173 kasus. Terdapat 10 kasus di area hotspot dan 55 kasus di area coldspot. Dampak sosial ekonomi akibat penyakit ASF sangat dirasakan oleh peternak akibat adanya pembatasan perdagangan babi maupun produk babi. Peternakan babi sangat terancam keberadaannya akibat kematian babi dalam peternakan. Penularan virus ASF antar babi dalam peternakan dan antar peternakan yang begitu cepat disebabkan oleh beberapa faktor. Salah satu parameter penyebab ASF adalah faktor anthropogenic, yaitu faktor lingkungan yang ada di sekitar kasus ASF. Faktor lingkungan pada penelitian ini adalah populasi babi, populasi manusia, jalan, pelabuhan, bandara, stasiun, sungai, dan tempat pembuangan sampah. Metode analisis regresi linier berganda digunakan untuk mengetahui faktor lingkungan yang berpengaruh terhadap kasus ASF menggunakan software Rstudio dan pembuatan peta risiko menggunakan ArcGIS versi 10.5. Penelitian ini menunjukkan bahwa faktor risiko antropogenic yang berpengaruh terhadap kejadian kasus ASF di Sumatera Utara adalah kepadatan populasi
Keyword: African swine fever (ASF), ASF cases, risk factors, risk map, risk probability, basic reproduction number (R0)

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: