Judul: Screening Senyawa Aktif Berpotensi Anti Malaria pada Target PfTPI dengan Metode Komputasi Dinamika Molekul
Abstrak: Malaria merupakan penyakit yang disebabkan oleh parasite Plasmodium. Terdapat 5 jenis Plasmodium yang menyebabkan penyakit malaria di manusia antara lain Plasmodium falciparum, Plasmodium vivax, Plasmodium ovale, Plasmodium malariae, dan Plasmodium knowlesi. Plasmodium falciparum adalah penyebab penyakit malaria yang paling berbahaya. Tujuan penelitian ini adalah memprediksi senyawa aktif tumbuhan yang bisa digunakan untuk inhibitor protein Plasmodium falciparum. Penelitian ini melakukan penambatan molekul 50 ligan alami dan 1 ligan sintesis terhadap protein PfTPI. PfTPI adalah salah satu protein dari Plasmodium falciparum yang berfungsi pada proses pembentukan ATP. Simulasi dinamika molekul dilakukan pada ligan sintesis dan 4 ligan alami yang telah diseleksi. Hasil penelitian menunjukkan biscryptolepine dan cryptolepicarboline memiliki energi bebas Gibbs yang cukup tinggi dan kestabilan yang baik saat berikatan dengan protein PfTPI.
Keyword: penambatan molekul, Plasmodium falciparum, simulasi dinamika molekul

Judul: Penentuan Daerah Pengikatan PfSPP sebagai Kajian Studi Virtual Screening dan Dinamika Molekul
Abstrak: Plasmodium falciparum merupakan salah satu spesies nyamuk paling berbahaya yang membawa parasit protozoa penyebab malaria bernama Plasmodium. Plasmodium falciparum memiliki protein bernama Plasmodium falciparum Signal Peptide Peptidase (PfSPP) yang memiliki fungsi penting dalam sintesis protein untuk kelangsungan hidup Plasmodium di dalam tubuh manusia. Penghambatan fungsi protein PfSPP untuk menghentikan siklus Plasmodium dilakukan dengan penambatan (docking) senyawa aktif herbal maupun sintetis yang dimodelkan dengan suatu simulasi komputer sehingga selain efektif dan efisien juga dapat menghemat estimasi biaya. Simulasi komputer menggunakan metode dinamika molekul memiliki keluaran hasil simulasi berupa lintasan (trajectory) yang mengandung informasi perubahan posisi, kecepatan, sifat karakteristik sistem serta beberapa aspek mikroskopis lainnya. Tujuan penelitian ini adalah memperoleh prediksi struktur 3D beserta daerah pengikatan protein Plasmodium falciparum signal peptide peptidase (PfSPP) dan kestabilan penambatan senyawa aktif herbal dengan protein Plasmodium falciparum signal peptide peptidase (PfSPP) sehingga dapat memprediksi senyawa aktif yang mempunyai potensi sebagai obat antimalaria. Hasil evaluasi berdasarkan penilaian webserver PDBSUM dan Molprobity pada model prediksi struktur I-TASSER menunjukkan bahwa struktur model 5 yang dikonstruksi berdasarkan sekuens asam amino dengan entri Q8IKQ9_PLAF7 dipilih sebagai prediksi struktur dengan kemungkinan yang paling tinggi sesuai model yang telah ada. Hasil simulasi dinamika molekul pada model-model prediksi I-TASSER juga menunjukkan struktur model 5 memiliki kestabilan, kepadatan serta kerapatan yang tinggi sehingga tidak mengalami perubahan konformasi yang signifikan pada suhu 300 K. Prediksi daerah pengikatan pada protein PfSPP AutoLigand dari program AutoDockTools dengan 5 variasi kumpulan titik (fillpoints) untuk mendapatkan 5 daerah pengikatan dengan energi terendah sebagai letak penambatan (docking) dengan ligan herbal dan sintetis. Dari perhitungan efisiensi ligan seluruh kompleks diperoleh bahwa makromolekul kompleks protein PfSPP dengan ligan Harman, Ajoene, Emodin dan Mefloquine memiliki nilai terendah. Hasil simulasi MM/PBSA pada keempat kompleks didapatkan kompleks PfSPP-Ajoene dan PfSPP-Mefloquine memiliki energi ikat bebas paling rendah. Simulasi kestabilan diperoleh dari simulasi dinamika molekul 400ns dua pasangan kompleks PfSPP-Ajoene dan PfSPP-Mefloquine pada daerah pengikatan 5. Okupansi ikatan hidrogen juga menunjukkan bahwa pada daerah pengikatan 5 memiliki residu ikatan hidrogen yaitu Lys-389 yang memiliki okupansi tinggi dengan daerah pengikatan 5. Ikatan hidrogen Lys-389 dengan kedua ligan berperan penting dalam mempertahankan kestabilan struktur.
Keyword: daerah pengikatan, dinamika molekul, ligan herbal, malaria, Plasmodium falciparum

Judul: Estimation of Additive and Non-Additive Genetic Variances of Body Weight, Egg Weight and Egg Production for Quails (Coturnix coturnix japonica) with an Animal Model Analysis
Abstrak: This study estimates the additive and non-additive variances for egg production and body weight traits of two lines of quails from a long-term selection with the help of the REML method. For the body weight of 42-day-old females (BW42f) and males (BW42m), a total of 7,934 records for line 1 and 7,214 records for line 2 from 21 generations were used in our analyses. Additionally, 1,717 records of females from line 1 and 1,671 records of females from line 2 contained information on their egg production at an age of 42 to 200 days (EN200), on the average egg weight for the first 11 weeks of their laying season (EW1), on the average egg weight from weeks 12 to 23 (EW2), and on their body weight at an age of 200 days (BW200f). A multivariate additive animal model and one-trait dominance models, which include the inbreeding coefficients as covariates, were fitted to the data. The estimates of the heritability gained from our dominance models were smaller than those from the additive model. For line 1, the heritability values decreased for EN200 from 0.35 to 0.32, for EW1 from 0.66 to 0.56, for BW200f from 0.42 to 0.38, and for BW200m from 0.51 to 0.49, respectively. For the first line, the respective ratio (d2) of the dominance variance to the phenotypic variance for EN200, EW1, BW200f and BW200m was 0.08, 0.22, 0.09 and 0.21, and the values for the second line were 0.12, 0.06, 0.001 and 0.23.
Keyword: