Judul: Deteksi Spesies Mamalia Menggunakan DNA Lingkungan dari Kubangan Garam Alami Adudu, Suaka Margasatwa Nantu, Gorontalo, Sulawesi.
Abstrak: Deteksi keberadaan spesies mamalia merupakan langkah penting dalam penilaian keanekaragaman hayati dan pengelolaan populasi satwaliar di habitat alami. Sejumlah penelitian terdahulu menunjukkan keberhasilan pendekatan metabarkoding eDNA dalam mendeteksi keberadaan spesies-spesies mamalia. Sebagian mamalia terestrial diketahui memanfaatkan kubangan garam alami sebagai sumber mineral di dalam diet dan meninggalkan material genetik yang dapat digunakan untuk mendeteksi keberadaan spesies mamalia. Penelitian ini bertujuan untuk menguji dan mengevaluasi keandalan metode metabarcoding eDNA menggunakan primer MiMammals dari penanda 12S rRNA dalam mendeteksi spesies mamalia endemik Sulawesi dari sampel air kubangan garam alami Adudu. Penelitian ini dilakukan di kubangan garam alami Adudu, Suaka Margasatwa Nantu, Gorontalo, Indonesia. Kerja lapangan dilakukan pada pertengahan September 2017. Prosedur metabarkoding eDNA telah dilakukan untuk mendeteksi keberadaan mamalia dari kubangan garam alami ini. Sampel air dari kubangan garam alami tersebut difilter dan kemudian DNA lingkungan diekstraksi menggunakan DNeasy Blood and Tissue kit. Kemudian pustaka amplikon disusun melalui amplifikasi PCR dan sekuensing menggunakan platform MiSeq Illumina. Pengolahan data sekuen dan penentuan taksonomi dilakukan menggunakan dua platform bioinformatika, PipeCraft-1.0 dan OBITools-1.2.13. Tiga sampel DNA berhasil diekstraksi dan digunakan untuk penyusunan pustaka amplikon. Proses penyaringan kualitas dan penggabungan R1 dan R2 menghasilkan 131.275 urutan basa dengan panjang minimum 161 pb, panjang maksimum 252 pb, dan panjang rata-rata 232 pb. Pemrosesan reads menghasilkan urutan basa yang akan dikelompokkan untuk menyusun tabel OTU, penentuan taksonomi mencari urutan basa yang sangat mirip di dalam database referensi untuk menentukan identitas mamalia Sulawesi hingga tingkat spesies. Dua spesies mamalia Sulawesi berhasil dideteksi, yaitu anoa dataran rendah (Bubalus depressicornis) dan babirusa (Babyrousa babyrussa). Reads yang teridentifikasi sebagai babirusa Buru (Babyrousa Babyrussa, Linnaeus, 1758) kemungkinan besar adalah false-positive, karena lokasi studi tidak termasuk ke dalam range distribusi alami dari spesies ini. Kemungkinan urutan basa tersebut seharusnya teridentifikasi sebagai babirusa Sulawesi Utara (Babyrousa celebensis, Deninger, 1910). Keakuratan identifikasi spesies mamalia menggunakan metabarcoding eDNA dipengaruhi oleh prosedur metabarkoding eDNA, ketersediaan database referensi, dan perilaku mamalia.
Keyword: eDNA, mamalia Sulawesi, metabarkoding, 12S rRNA, kubangan garam alami

Judul: Restriction fragment length polymorphism (RFLP) daerah sitokrom b DNA mitokondria dari tujuh spesies mamalia
Abstrak: Indonesia adalah negara yang kaya dengan biodiversitas dan menempati ranking nomor dua setelah negara Brazil. Di Indonesia, satwa liar banyak diburu walaupun dilindungi undang-undang. Selain diburu untuk dipelihara, beberapa satwa liar juga diburu untuk dikonsumsi karena dipercaya sebagai obat untuk beberapa penyakit. Beberapa tahun belakangan ini marak tejadi pemalsuan daging, salah satunya adalah daging sapi dengan daging celeng (babi liar, babi hutan). Daging hewan yang telah dipotong-potong dan dijual di pasar maupun dari hasil penyelundupan terkadang sulit diidentifikasi dari spesies apa daging tersebut berasal jika ciri-ciri morfologinya sudah hilang. Salah satu metode yang dapat digunakan untuk mengetahui data molekuler dan mendeteksi dari spesies apa daging tersebut berasal adalah dengan metode PCR-RFLP berdasarkan daerah sitokrom b dari DNA mitokondria. Metode ini sudah secara luas digunakan untuk identifikasi mamalia, burung, dan reptil. Walaupun sudah digunakan secara luas untuk mengetahui data molekuler hewan, namun identifikasi data molekuler hewan lokal yang ada di Indonesia baru sedikit yang dilakukan, antara lain ayam dan itik. Metode yang digunakan dalam penelitian ini dibagi menjadi pengumpulan sampel, ekstraksi DNA genom, amplifikasi fragmen DNA mitokondria, pemotongan DNA hasil PCR menggunakan enzim Hinf I dan Rsa I, pembacaan hasil menggunakan elektroforesis, dan penghitungan ukuran fragmen DNA. Pengumpulan sampel ketujuh spesies mamalia dilakukan di sekitar Bogor kemudian di dalam larutan DMSO 25 % dan NaCl 4,5 M. Ekstraksi DNA genom dengan metode presipitasi amonium asetat. Selanjutnya dilakukan amplifikasi daerah sitokrom b dengan teknik PCR. Reaksi PCR terdiri dari air milique steril (ddH2O) 16,5 μl, buffer 10X 2,5 μl, MgCl 2 μl, dNTP 2 mM, primer sitokrom b1 L14841 (5’CCATCCAACATCTCAGCATGATGAAA3’) 1 μg, primer sitokrom b2 H15149 (5’CCCCTCAGAATGATATTTGTCCTCA3’) 1 μg, taq polymerase 2,5 unit, dan DNA template ± 100ng sehingga diperoleh volume total 25μl. PCR mix tersebut dimasukkan ke dalam mesin PCR dan dilakukan amplifikasi sebanyak 35 siklus. DNA hasil amplifikasi atau amplikon kemudian dipotong dengan menggunakan enzim restriksi Hinf I (2,5 U) dan Rsa I (20 U). Bahan dan reagen yang dimasukkan dan dicampurkan dalam pemotongan DNA hasil PCR (amplikon) dengan enzim restriksi HinfI secara berurutan adalah 10 μl amplikon ditambahkan air milique steril (ddH2O) 12,25 μl, buffer 10 X 2,5 μl, dan enzim restriksi Hinf I 2,5 U, sehingga volume total menjadi 25 μl, sedangkan bahan dan reagen yang dimasukkan dan dicampurkan dalam pemotongan amplikon dengan enzim restriksi RsaI secara berurutan adalah 10 μl amplikon ditambahkan air milique steril (ddH2O) 10,5μl, buffer 10X 2,5μl, dan enzim restriksi RsaI 20 U sehingga volume total menjadi 25 μl. Amplikon yang dipotong dengan kedua enzim restriksi tersebut kemudian diinkubasi pada suhu 37 °C selama 2 jam untuk pemotongan dengan enzim restriksi Hinf I dan selama 6 jam untuk pemotongan dengan enzim restriksi Rsa I dengan mesin PCR. Penghitungan ukuran amplikon dan fragmen hasil pemotongan enzim atau fragment restriksi dilakukan dengan mengukur jarak antara migrasi DNA sampel dengan migrasi marka DNA dengan gel agarose masing-masing 1,5 % dan 2 % di atas sinar UV transluminator (260nm). Amplifikasi daerah sitokrom b dengan menggunakan primer L14841/H15149 memakai metode PCR menghasilkan amplikon yang sama pada setiap spesies yaitu sebesar 359 pb. Amplikon sitokrom b DNA mitokondria ketujuh spesies mamalia dipotong
Keyword: Species identification, Mammals, Cytochrome b, Mitochondrial DNA, PCR-RFLP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: