Judul: Kloning dan ekspresi daerah determinan "a" gen S Virus hepatitis B pada khamir saccharomyces cerevisiae YRD15
Abstrak: Hepatitis B merupakan penyakit infeksi hati yang disebabkan oleh virus hepatitis B (VHB). Virus ini telah menginfeksi sekitar 2 milyar orang di seluruh dunia. Prevalensi VHB di Indonesia berkisar antara 3- 20 persen. Upaya terbaik untuk menghambat transmisi VHB menurut badan kesehatan dunia WHO adalah melalui vaksinasi. Vaksin hasil rekayasa genetik lebih dipilih karena memiliki beberapa keunggulan dibanding vaksin yang berasal dari serum darah. Penelitian ini bertujuan mengklon dan mengekspresikan daerah determinan "a" gen S VHB pada khamir Saccharomyces cerevisiae YRD15. Hasil ekspresi merupakan bahan dasar pembuatan vaksin hepatitis B rekombinan yang dapat digunakan untuk mencegah penyebaran virus hepatitis B khususnya di Indonesia. Pada penelitian ini, daerah determinan "a" diamplifikasi dan kemudian diligasi ke dalam vektor PGEM-T. Produk ligasi selanjutnya ditransformasi ke dalam sel Escherichia coli DH5a. Setelah koloni bakteri yang mengandung plasmid rekombinan diseleksi, plasmid rekombinan ini (pGEM-T/determinan "a" -6xHis tag) diisolasi dari sel. Sekuen basa DNA target dikonfirmasi dengan analisis sekuensing nukleotida. Klon rekombinan yang mengandung DNA sisipan yang diinginkan selanjutnya diputus dengan enzim restriksi EcoRI and BamHI. Fragmen DNA yang diinginkan kemudian diligasi ke dalam vektor ekspresi khamir pYES2/CT dan plasmid rekombinannya ditransformasi ke dalam khamir S. cerevisiae YRD15. Sel transforman yang membawa plasmid rekombinan diseleksi di dalam media minimum. Untuk mengkonfirmasi keberadaan DNA yang diklon, plasmid diisolasi dari sel khamir. Plasmid tersebut lalu ditransformasi ke dalam sel E. coli DH5 dan sel transforman kemudian dikultur ke dalam media LBA. Klon yang diinginkan diseleksi dengan memanfaatkan gen resisten antibiotik ampisilin dan teknik PCR screening. Koloni yang terseleksi dipecah untuk mendapatkan plasmid rekombinan dari sel. Sekuen DNA sisipan selanjutnya dikonfirmasi lagi menggunakan analisis sekuensing. Hasil sekuensing dijadikan sebagai tanda untuk dilakukannya proses ekspresi gen. Pada tahap ekspresi, khamir yang mengandung plasmid rekombinan dikultur pada media selektif mengandung glukosa 2% dan ekspresi diinduksi dengan penambahan galaktosa dalam berbagai konsentrasi (2%, 2,2%, 2,5%, 2,83%, dan 3%). Ekspresi dilakukan pada suhu 28°C dan 32°C. Setelah induksi galaktosa dalam interval waktu berbeda, sel dipanen dan protein produk ekspresinya diisolasi. Selanjutnya teknik SDS-PAGE dan analisis western blot dilakukan untuk mendeteksi keberadaan protein yang diinginkan. Produk protein yang diduga selanjutnya dimurnikan dengan kromatografi afinitas menggunakan Ni IDA agarose. Hasil penelitian menunjukkan bahwa melalui teknik PCR, daerah determinan "a" gen S VHB dengan panjang 447 pb yang mengandung situs restriksi BamHI dan EcoRI berhasil didapatkan. Fragmen DNA yang diinginkan juga berhasil diklon ke dalam vektor ekspresi pYES2/CT dan plasmid rekombinannya berhasil diintroduksi ke dalam sel inang E. coli DH5a dan S. cerevisiae YRD15. Namun, produk ekspresi belum berhasil didapatkan di bawah kondisi ekspresi yang dilakukan.
Keyword: 

Judul: Ekspresi dan Purifikasi Protein Inti Virus Hepatitis B (HBcAg) pada Inang Escherichia coli.
Abstrak: Hepatitis merupakan suatu peradangan pada organ hati yang dapat disebabkan oleh gaya hidup yang kurang baik, kelainan sistem kekebalan tubuh, dan infeksi mikroorganisme termasuk virus. Terdapat beberapa jenis hepatitis, yaitu hepatitis A, B, C, D, E, dan G. Hepatitis B merupakan salah satu jenis hepatitis yang berbahaya karena efek jangka panjangnya dapat menyebabkan sirosis dan kanker hati. Penyakit hepatitis B tersebar di seluruh dunia dan negara berkembang seperti Indonesia memiliki angka kejadian yang tinggi. Virus hepatitis B memiliki dua protein struktural, yaitu hepatitis B surface antigen (HBsAg) dan hepatitis B core antigen (HBcAg). HBsAg, anti-HBs, HBcAg, dan anti-HBc pada serum darah merupakan beberapa penanda serologi pada infeksi hepatitis B dan digunakan untuk diagnosa tingkat keparahan infeksi. Protein HBcAg memiliki imunogenisitas yang tinggi dan berpotensi untuk dikembangkan menjadi vaksin terapeutik bagi penyakit hepatitis B kronis. Keragaman genetik dari virus berperan penting dalam pengembangan terapi yang lebih efektif. Virus hepatitis B memiliki keragaman genetik yang tersebar secara khas di dunia. Virus hepatitis B subgenotipe B3 merupakan tipe virus hepatitis B yang dominan di Indonesia khususnya di pulau Jawa. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mensintesis protein HBcAg virus hepatitis B subgenotipe B3 pada inang Escherichia coli sebagai kontribusi terhadap pengembangan vaksin terapeutik hepatitis B di Indonesia. Ekspresi protein rekombinan HBcAg menghasilkan produk berupa protein fusi (Thioredoxin–His(6)tag–HBcAg). Plasmid pET32a-HBcAg diintroduksikan ke E. coli BL21 (DE3) pLysS. Konfirmasi keberhasilan transformasi dilakukan menggunakan seleksi antibiotik, PCR koloni, pemotongan gen dengan enzim restriksi, dan sekuensing nukleotida. Transforman ditumbuhkan pada media Luria- Bertani (LB) yang mengandung antibiotik ampisilin dengan agitasi. Induksi ekspresi protein rekombinan HBcAg dilakukan dengan penambahan isopropyl-β- D-thiogalactopyranoside (IPTG). Lisis sel dilakukan menggunakan metode bekucair yang dilanjutkan dengan sonikasi. Protein fusi yang dihasilkan dipurifikasi menggunakan kromatografi afinitas logam dengan resin TALON® Clontech. Bobot molekul protein fusi diperkirakan menggunakan perangkat lunak DNAMAN versi 9 dan dianalisis menggunakan Sodium Dodecyl Sulfate-Polyacrylamide Gel Electrophoresis (SDS-PAGE), analisis dot-blot, dan analisis western-blot. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa protein HBcAg berhasil diekspresikan dengan pada inang E. coli (DE3) pLysS dalam bentuk protein fusi yang soluble dengan bobot molekul sekitar 38.5 kDa. Ekspresi protein rekombinan optimum dengan penambahan 0.3 mM IPTG dan purifikasi optimum dilakukan menggunakan larutan buffer pH 8.
Keyword: protein inti, hepatitis B, subgenotipe B3, protein terapeutik

Judul: Power Monitoring System for Network Operations Center
Abstrak: Electricity power events such as power goes off and on can affect performance of a computer, especially a server. Often such power events occurred and noticed, but ignored. Computer intensive activity like servers in Network Operations Center (NOC) should has a power monitoring software. So, an administrator of NOC will have log of power events. Administrator should be noticed also when power goes off. Network Operations Center Power Monitor (NOCPM) is developed to meet this needs. It was developed using extreme programming (XP) methodology with object oriented approach. NOCPM evolved iteration by iteration in XP lifecycle. Each iteration will be explained using ICONIX process. NOCPM consists of two subsystems: Watch Tower and Data Viewer. Watch Tower concerns about monitoring certain serial port and make log for each data that received. A short message alert for each data that received from serial port will be sent also to an administrator. Data Viewer acts as data log visualizer and make graph from data log. Watch Tower and Data Viewer were tested using black box methodology. All use cases successfully passed black box testing. Response time when a power goes off signal received until that signal logged successfully at database was no more than one second. Time that notification via short messaging service took from Watch Tower to administrator’s phone was no more than one minute.
Keyword: