Judul: Analysis of the Abundance and Spatial Distribution of Zooplankton Using Scientific Echosounder
Abstrak: Perairan semenanjung Banyuasin memiliki daerah yang berbatasan langsung dengan Selat Bangka dan Taman Nasional Sembilang. Perairan ini juga dijadikan sebagai daerah aktivitas masyarakat seperti pemukiman, perikanan maupun pelabuhan. Beberapa aktivitas tersebut dapat memengaruhi kondisi perairan baik secara biotik maupun abiotik salah satunya yaitu zooplankton. Zooplankton memiliki peranan penting dalam mengindikasikan kondisi di perairan. Ada beberapa metode yang dapat digunakan untuk mengetahui kelimpahan zooplankton yaitu metode konvensional dengan menggunakan planktonnet atau bongonet, namun metode ini memiliki beberapa kelemahan sehingga salah satu solusi yang dapat dilakukan untuk mengetahui kelimpahan dan sebaran zooplankton yaitu menggunakan metode hidroakustik. Tujuan dari penelitian ini yaitu mengetahui dan menganalisis kelimpahan dan sebaran zooplankton di perairan serta melihat hubungan dengan parameter lingkungan di Semenanjung Utara Banyuasin. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Oktober 2020 menggunakan instrumen single beam echosounder SIMRAD EK-15 di perairan Semenanjung Utara Banyuasin secara temporal yaitu siang dan malam dengan jalur lintasan yang sama. Kalibrasi dilakukan sebelum memulai perekaman data akustik, dengan menggunakan bola sphere dan koreksi kecepatan suara. Validasi data dilakukan menggunakan metode konvensional dengan instrumen bongonet yang ditarik secara horizontal selama 5 menit. Parameter lingkungan yang diukur yaitu arah dan kecepatan arus, suhu, salinitas, oksigen terlarut, pH, kecerahan, klorofil-a, fitoplankton serta nutrien (nitrat dan fosfat). Pengambilan data parameter lingkungan dilakukan 2 cara yaitu secara in situ dan pengambilan data dari hasil pemodelan citra satelit yang diunduh secara open access pada http://marine.copernicus.eu/ di perairan semenanjung Utara Banyuasin. Analisis korelasi bivariat dilakukan untuk melihat adanya hubungan pada setiap variabel. Pengolahan data perekaman akustik menggunakan Echoview 5, surfer 13, ArcGis dan matlab 2016a. Keluaran dari penelitian ini yaitu nilai kelimpahan rata-rata zooplankton berdasarkan waktu pengamatan, strata kedalaman dan jalur lintasan, sebaran spasial temporal nilai kelimpahan zooplankton berdasarkan waktu pengamatan dan hubungannya dengan parameter lingkungan perairan. Jenis zooplankton yang teridentifikasi didominasi oleh filum Arthropoda sebesar 76%, dengan kelimpahan zooplankton filum Arthropoda 5640 ind/m3. Kelimpahan zooplankton di perairan Semenanjung Utara Banyuasin tertinggi berada di daerah perairan yang menuju ke laut dan pada waktu malam hari. Distribusi kelimpahan zooplankton di perairan Semenanjung Utara Banyuasin pada setiap kedalamannya berbeda karena adanya beberapa faktor seperti pemangsa atau predator seperti ikan planktvora. Selain itu parameter lingkungan juga memengaruhi perbedaan nilai kelimpahan zooplankton di perairan. Kelimpahan zooplankton berdasarkan dua metode memiliki perbedaan yang signifikan karena beberapa faktor seperti pergerakan bognonet pada saat pengambilan sampel zooplankton yang dinamis dapat bergerak pada kedalaman yang berbeda sehingga jika dibandingkan dengan perekaman data zooplankton secara akustik yang statis di kedalaman 1.5 meter dari permukaan perairan maka lapisan integrasi zooplankton berbeda. Sebaran spasial kelimpahan zooplankton berdasarkan waktu pengamatan dan strata kedalaman perairan menyebar dari arah perairan yang dekat dengan daratan menuju ke arah perairan laut disetiap kedalamannya memiliki pola sebaran kelimpahan yang sama. Hubungan kelimpahan zooplankton dengan parameter lingkungan perairan berdasarkan korelasi bivariat pearson terdapat korelasi positif yaitu parameter lingkungan seperti suhu, klorofil-a, fosfat dan fitoplankton terhadap kelimpahan zooplankton secara akustik sedangkan parameter lingkungan yang lainnya berkorelasi negatif terhadap kelimpahan zooplankton metode akustik. Kelimpahan zooplankton dengan metode konvensional dan metode akustik menunjukkan nilai korelasi negatif sebesar -0.603 dengan nilai signifikan 0.038. Pada penelitian ini hubungan kelimpahan zooplankton metode akustik dengan kelimpahan
Keyword: Hydroacoustics, Zooplankton Abundance, Temporal Spatial Distribution, The North Peninsula Banyuasin

Judul: Analysis of The Relation between Plankton’s Volume Backscattering Strength and Environmental Parameters at Tunda Island Waters, Banten.
Abstrak: Plankton merupakan mikroorganisme yang berperan sebagai sumber nutrisi bagi organisme lain dalam mata rantai makanan di suatu perairan sehingga keberadaannya mampu mengindikasikan kesuburan perairan tersebut. Pengukuran sebaran plankton dapat dilakukan dengan metode hidroakustik yang akan menghasilkan nilai volume backscattering strength (SV) yang menggambarkan nilai ukuran patch plankton yang terdeteksi. Tujuan dari penelitian ini adalah memetakan dan menganalisis sebaran nilai SV plankton secara spasial maupun temporal dan mengkaji keterkaitan nilai SV plankton dengan parameter lingkungan seperti suhu, salinitas, DO, kecerahan, pH, arus, dan kedalaman di Perairan Pulau Tunda, Banten. Pada penelitian ini, data diakuisisi secara tracking untuk menghasilkan sebaran spasial dan secara stasioner selama lima menit di 16 titik stasiun untuk memperoleh sebaran temporal menggunakan instrumen singlebeam echosounder SIMRAD EK-15. Nilai SV plankton yang didapatkan pada sebaran horizontal berkisar dari -82,04 dB sampai -76,06 dB sedangkan secara vertikal didapatkan kisaran SV plankton -82,04 dB sampai -75,07 dB dengan nilai maksimum terdapat di kedalaman 25 meter. Analisis yang dilakukan secara spasial menunjukkan bagian utara perairan cenderung memiliki sebaran plankton yang melimpah dibanding bagian perairan lainnya. Secara temporal nilai SV rata-rata plankton terbesar yaitu-76,24 dB terdapat di bagian timur perairan pada waktu 10.18-10.22 WIB. Sebaran plankton di kolom perairan cukup dipengaruhi oleh parameter lingkungan yang dianalisis menggunakan Principal Component Analysis (PCA). Hal ini ditunjukkan pada informasi persentase kumulatif dari hasil biplot PCA yaitu sebesar 57,2% dengan parameter paling dekat atau berkorelasi dengan nilai SV ialah kecerahan dan kedalaman yang ditunjukkan dengan sudut antar garis yang berdekatan pada grafik biplot., Plankton is a microorganism that acts as a source of nutrients for other organisms in the food chain in water so that its presence can indicate the fertility of these waters. Measurement of plankton distribution can be done with the hydroacoustic method which will produce a volume backscattering strength (SV) value that describes the size of the detected plankton patch. The purpose of this study is to map and analyze the spatial and temporal distribution of plankton SV values and examine the relationship between plankton SV values and environmental parameters such as temperature, salinity, DO, brightness, pH, current, and depth in Tunda Island Waters, Banten. In this study, data were acquired by tracking to produce spatial distribution and stationary for five minutes at 16 station points to obtain temporal distribution using SIMRAD EK-15 singlebeam echosounder instrument. Plankton SV values obtained in horizontal distribution ranged from -82.04 dB to -76.06 dB while vertically obtained plankton SV range from -82.04 dB to -75.07 dB with the maximum value found at a depth of 25 metres. Spatial analysis shows that the northern part of the water tends to have an abundant distribution of plankton compared to other parts of the water. Temporally, the largest average plankton SV value of -76.24 dB was found in the eastern part of the water at 10:18-10:22 am. The distribution of plankton in the water column is quite influenced by environmental parameters analysed using Principal Component Analysis (PCA). This is shown in the cumulative percentage information from the PCA biplot results which is 57.2% with the closest parameter or correlated with the SV value
Keyword: Spatial Distribution, Temporal Distribution, Volume Backscattering Strength (SV) of Plankton

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA