Judul: Karakterisasi Fragmen DNA Burkholderia Gladioli Yang Terlibat Dalam Aktivitas Antifungi Ganoderma Boninense
Abstrak: Elaeis guineensis Jacq. atau dikenal dengan kelapa sawit merupakan salah satu komoditas penting yang digunakan secara luas dalam industri makanan, kosmetik dan farmasi. Sebagai negara tropis, Indonesia diberkahi iklim dan kondisi yang tepat bagi pertumbuhan dan produksi kelapa sawit, sekaligus daratan luas yang memungkinkan perkebunan dalam skala besar. Sejak tahun 2007, Indonesia merupakan penghasil minyak kelapa sawit terbesar di dunia. Meskipun demikian, perkebunan kelapa sawit tidak lepas dari ancaman patogen yang menurunkan tingkat produksi. Cendawan G. boninense merupakan patogen paling mematikan dan merugikan industri kelapa sawit di Indonesia dan Malaysia. Berbagai upaya telah dilakukan untuk mengatasi serangan G. boninense meliputi pengendalian secara kimia, mekanis dan biologis, tetapi belum menunjukkan hasil yang memuaskan. Meskipun demikian, pengendalian secara biologis menarik banyak perhatian karena memiliki efek negatif yang relatif kecil bagi tanah, lingkungan maupun kesehatan manusia. Oleh karena itu, diperlukan suatu strategi pengendalian yang terstruktur dengan pendekatan-pendekatan baru seperti biologi molekuler atau pengembangan senyawa antifungi yang aman dipergunakan dalam jangka panjang. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengkarakterisasi gen-gen yang berperan dalam aktivitas antifungi bakteri antagonis G. boninense sebagai langkah awal untuk memahami mekanisme ekspresinya. Sebagai langkah pertama, dilakukan isolasi seratus dua puluh lima bakteri dari sampel uji berupa bag-log (media tanam) jamur konsumsi, tanah pembibitan kelapa sawit dan janjangan kosong kelapa sawit. Sebanyak tiga belas isolat menunjukkan penghambatan dengan nilai lebih dari 50%. Salah satu isolat yaitu S.2.2 diketahui memiliki aktivitas penghambatan yang tinggi sekaligus stabil terhadap pemanasan dan perlakuan proteinase K. Analisis runutan gen penyandi 16S rRNA menunjukkan bahwa S.2.2 memiliki 99% kemiripan dengan Burkholderia gladioli strain ATCC 10248 (accession number CP009322.1). Isolat S.2.2 selanjutnya disebut sebagai B. gladioli JR01 Untuk memahami mekanisme yang mendasari ekspresi senyawa antifungi JR01, dilakukan mutagenesis transposisi menggunakan mini-Tn5 menghasilkan 612 mutan transposon. Berdasarkan uji antagonis, ditemukan dua mutan yang mengalami penurunan aktivitas penghambatan yaitu BglK259 dan BglK498. Karakterisasi runutan DNA pengapit transposon menunjukkan kemiripan yang tinggi dengan sebagian gen penyandi LysR-type transcriptional regulator (BglK259) dan gen proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase (BglK498). Kedua gen ini diduga terlibat dalam aktivitas antifungi B. gladioli sehingga inaktivasinya menyebabkan penurunan aktivitas.
Keyword: antifungi, Ganoderma boninense, mutagenesis transposon, analisis genome walking

Judul: Burkholderia sp. as Antifungal-Producing Bacteria to Suppress Ganoderma boninense in Oil Palm
Abstrak: Indonesia merupakan salah satu produsen minyak kelapa sawit di dunia, sehingga kelapa sawit merupakan salah satu komoditas penting di Indonesia. Indonesia menyediakan 46% minyak kelapa sawit di dunia dan permintaan akan minyak kelapa sawit semakin lama semakin meningkat. Penyakit yang paling banyak ditemukan di perkebunan kelapa sawit adalah busuk pangkal batang yang disebabkan oleh G. boninense. Berbagai usaha telah dilakukan untuk mencegah penyebaran penyakit ini, namun belum menunjukkan hasil yang optimum. Burkholderia sp. yang diisolasi dari rizosfer dan dalam jaringan (endofit) yang berasal dari tanaman kelapa sawit yang sehat menunjukkan potensi dalam menekan pertumbuhan G. boninense secara in vitro. Burkholderia sp. telah dilaporkan sebagai agen biokontrol karena kemampuannya dalam memproduksi beberapa senyawa antifungi. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengisolasi Burkholderia sp indigenus yang berpotensi dalam menghambat pertumbuhan G. boninense secara in vitro dan in vivo, dan profil komunitas bakteri di dalam tanaman setelah diberikan perlakuan Burkholderia sp. dan G. boninense. Lima isolat Burkholderia sp. rizosfer (B313, B51a, B52c, B51b, B52a) dan satu isolat Burkholderia sp. endofit (B212) telah berhasil diisolasi dari perkebunan kelapa sawit. Isolat Burkholderia sp. kemudian digunakan dalam uji antagonis terhadap pertumbuhan G. boninense di dalam media PDA. Burkholderia sp. dengan aktivitas antagonis yang tertinggi kemudian digunakan untuk uji in vivo. Profil komunitas bakteri endofit setelah perlakuan Burkholderia sp. dan G. boninense dianalisis dengan menggunakan DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis). Selanjutnya gen yang diduga terkait dengan biosistesis senyawa antifungi dari Burkholderia sp. dikonfirmasi dengan menggunakan primer spesifik pyrrolnitrin (prn), pyoluteorin (plt), phenazine (phz), dan DAPG (phl). Burkholderia sp. dengan kode B212 menunjukkan aktivitas hambat yang paling tinggi yaitu dengan nilai PIRG 24,38%. Genom dari isolat B212 tersebut menunjukkan hasil PCR dengan ukuran 790 bp menggunakan primer prn. Hasil sekuens menunjukkan bahwa hasil PCR tersebut 99% identik dengan gen prnD parsial dari B. cepacia strain ESR63. Hasil uji in vivo konsorsium B212 dan B52a pada tanaman yang tidak diberikan infeksi G. boninense menunjukkan adanya pertumbuhan tanaman yang lebih baik dibandingkan dengan kontrol. Namun, konsorsium B212 dan B52a tidak menurunkan tingkat infeksi dari G.boninense pada tanaman kelapa sawit. B212 juga cenderung menghambat pertumbuhan tanaman yang diberikan infeksi G. boninense jika dibandingkan dengan kontrol. Analisis DGGE menunjukkan bahwa tanaman yang diberikan Burkholderia sp. memiliki profil komunitas bakteri endofit yang berbeda dengan yang tidak diberikan dengan Burkholderia sp. Sedangkan pemberian G. boninense tidak memberikan profil bakteri endofit yang berbeda dengan kontrol (yang tidak diberikan G. boninense). Burkholderia sp. memiliki potensi sebagai agen biokontrol untuk fungi patogen seperti G. boninense, namun metode aplikasinya belum tepat. Aplikasi Burkholderia sp dan G. boninense pada kelapa sawit secara bersamaan memberikan hasil yang belum memuaskan. Metode aplikasi Burkholderia sp. endofit sebagai biokontrol terhadap G. boninense perlu dioptimasi dan riset yang lebih mendalam. Dari hasil DGGE menunjukkan bahwa introduksi bakteri dari luar dapat mengubah komunitas bakteri yang ada di dalam jaringan tanaman.
Keyword: gen penyandi antibiotik., busuk pangkal batang, agen biokontrol, bakteri endofit, aplikasi perendaman

Judul: Implementasi Space Time Composite (STC) Data Model Menggunakan Model Data Relasional
Abstrak: The data model is a concept that describes the data stored in the database and the relationship between the data to the user in logic. Development of data models is very important in the design of the database as the basis of the stage of database design to be made. This study aims to apply the concept of Space Time Composite (STC) on the Model Data storage vector data types that can store enough information and describes the process of drafting objects and objects spatiotemporal evolution over time. From the results of the test queries on the data model that have been created, queries in a system are acquired that can help display the information preparation of objects from time to time and know the history of the object polygon and arc that has undergone changes in topology.
Keyword: