Judul: Struktur Komunitas Fitoplankton Di Perairan Teluk Jakarta
Abstrak: Teluk Jakarta merupakan perairan yang sangat subur sebagai akibat dari pasokan nutrien yang sangat melimpah dari limbah domestik dan industri. Teluk Jakarta dimanfaatkan oleh manusia untuk berbagai kegiatan, antara lain sebagai pintu gerbang hubungan lalu lintas nasional dan internasional, sebagai sumber perikanan bagi penduduk ibu kota, sebagai obyek pariwisata dan rekreasi dan juga sebagai perairan penampung bahanbahan buangan yang dimuntahkan ke dalam teluk oleh berbagai aliran sungai dari daratan. Adanya berbagai macam tekanan terhadap lingkungan laut, menyebabkan kondisi perairan Teluk Jakarta mengalami kemunduran sepanjang tahun. Salah satu cara untuk mengetahui kondisi perairan Teluk Jakarta adalah dengan mempelajari struktur komunitas fitoplankton yang terdapat di perairan. Kegiatan penelitian meliputi dua tahap. Tahap pertama, yaitu pengambilan data fisika dan air contoh dilakukan pada tanggal 23 Januari 2001. Sementara pengamatan dilaboratorium dilakukan dari tanggal 25 Januari hingga 28 Februari 2001. Lokasi penelitian terdiri dari 5 stasiun, yaitu Stasiun 1, stasiun 2, stasiun 3 (di perairan pantai) serta stasiun 4 dan 5 ( jauh dari pantai). Pengamatan yang dilakukan meliputi dua parameter, yaitu parameter biologi dan fisika. Pengumpulan data meliputi data primer dan data sekunder. Data primer di peroleh melalui pengukuran dan pengamatan langsung dilapangan, meliputi kedalaman, suhu, salinitas, posisi dan pengambilan air contoh fitoplankton. Sementara data sekunder yang digunakan adalah data kelimpahan fitoplankton dan parameter fisika hasil pengamatan BPPL pada musim barat Januari 1999 dan 2000. Analisa data struktur komunitas fitoplankton meliputi kelimpahan, keragaman, kewajaran dan dominansi. Sementara untuk analisa suksesi fitoplakton digunakan Grafik Suksesi Frontier (Frontier, 1985).
Keyword: 

Judul: Kajian Terhadap Struktur Komunitas dan Sebaran Fitoplankton di Perairan Teluk Jakarta
Abstrak: Teluk Jakarta terletak dibagian utara Kota Jakarta dan merupakan daerah yang sangat penting karena berbagai fungsinya antara lain : 1. Pelabuhan barang dan penumpang ; 2. Daerah penangkapan ikan ; 3. Tempat rekreasi ; 4. 'Tempat pembuangan sampah dan limbah'. Padatnya aktivitas tersebut akan mempengaruhi komponen biotik dan abiotik yaitu fitoplankton dan parameter fisika-kimia perairan. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui eksistensi komunitas fitoplankton dengan tujuan melihat distribusi spasial dan perkembangan bulanan ( Juli, September dan Nopember Tahun 2001 ) serta keterkaitannya dengan parameter fisika-kimia di perairan Teluk Jakarta. Penelitian ini dilaksanakan antara bulan Juli sampai Nopember 2001 yang berlokasi di perairan Teluk Jakarta dengan 14 stasiun. Pengambilan contoh dilakukan sebanyak tiga kali dalam selang waktu dua bulan sekali. Parameter fisika-kimia perairan yang dianalisis meliputi salinitas, pH, kekeruhan, DO, suhu, kecerahan. Nilai-nilai parameter nitrat, nitrit, ammonia, fosfat, silika merupakan data sekunder hasil penelitian Damar (2001). Sampel fitoplankton dianalisis dengan metode sedimentasi yang merupakan modifikasi dari metode Utermohl. Analisis data yang dilakukan meliputi kelimpahan, indeks keanekaragaman, keseragaman, dominansi, kesamaan antar stasiun berdasarkan kelimpahan dan nilai parameter fisika-kimia. Untuk melihat hubungan kelimpahan dengan parameter fisika-kimia digunakan analisis regresi berganda.
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA