Judul: Modeling of Sea Circulation in The Lampung Bay, Lampung Province
Abstrak: Teluk Lampung merupakan salah satu wilayah yang strategis dalam bidang transportasi dan perikanan di Indonesia. Faktor oseanografi sangat berpengaruh pada aktivitas manusia dan lingkungan di perairan Teluk Lampung. Salah satu faktor fisik yang memengaruhinya adalah arus. Tujuan dilakukannya penelitian ini adalah untuk mengetahui pola sirkulasi arus tahunan dan pengaruh perairan disekitarnya yang mencakup suhu dan salinitas, serta mengetahui sebaran partikel dengan analisis trajektori. Coastal and Regional Ocean Community (CROCO) adalah tool yang digunakan untuk menganalisis pola arus di Teluk Lampung dengan resolusi 1/180 o . Siklus tahunan suhu menunjukkan nilai maksimum di dalam teluk yang terjadi pada musim barat dan timur, di luar teluk terjadi pada musim timur dan suhu lebih rendah pada musim peralihan 1 dan 2. Siklus tahunan salinitas di dalam teluk memiliki nilai maksimum pada musim barat, di luar teluk memiliki nilai maksimum yang terjadi pada musim peralihan 2. Pola sirkulasi laut hasil model di Teluk Lampung pada musim barat telihat bahwa secara umum bergerak ke barat dan mulai bergerak ke timur pada musim peralihan 1. Memasuki musim timur arus bergerak masuk ke dalam teluk dari Selat Sunda yang secara umum berasal dari arah timur menuju ke barat. Sedangkan pada musim peralihan 2 memperlihatkan arus yang bergerak lebih bervariasi. Hasil model CROCO digunakan untuk analisis trajektori partikel di perairan dengan Ichthyop, yang menunjukkan hasil dimana pada saat musim barat menyebar ke arah barat daya dan pada saat musim timur bergerak ke arah tenggara. Kata kunci: Teluk Lampung, CROCO, Sirkulasi laut, Ichthyop, Trajektori
Keyword: Lampung Bay, CROCO, Sea circulation, Ichthyop, Trajectory

Judul: Peran Zooplankton dalam Dinamika Nutrien di Teluk Lampung Menggunakan Gabungan Model Hidrodinamika 3 Dimensi dan Model Biogeokimia
Abstrak: Penelitian ini dilatarbelakangi permasalahan bagaimana peran zooplankton dan seberapa besar peran zooplankton dalam dinamika nutrien, oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk menganalisi dan mengkuantifikasi peran zooplankton dalam dinamika nutrien di ekosistem perairan. Simulasi model hidrodinamika dan model ekosistem di perairan Teluk Lampung dilakukan pada posisi 5.4007 - 5.7738 LS dan 105.1354-105.6210 BT. Simulasi hidrodinamik menggunakan Estuarine Lake and Coastal Model (ELCOM) dan model ekosistem menggunakan (Computational Aquatic Ecosystem Dynamic Model (CAEDYM) yang dikembangkan oleh Center for Water Research-University of Western Australia (CWR-UWA). Untuk dapat menyatakan hasil simulasi berhasil baik atau dapat diterima dilakukan dengan membandingkan data lapangan dan data hasil simulasi dengan melakukan uji kecocokan dengan pendekatan normalisasi kesalahan mutlak dirata-ratakan (NMAE). Analisis sensitivitas dilakukan pada parameter dalam model CAEDYM yang diasumsikan memiliki peran penting dalam perubahan variabel dengan menambahkan nilai masing-masing 10% dari nilai standar. Hasil simulasi pola sirkulasi arus di Teluk Lampung pada saat pasang purnama menunjukkan bahwa pada kondisi pasang tertinggi arus dominan bergerak dari arah selatan menuju utara atau arus bergerak masuk dari mulut teluk menuju ke kepala teluk. Sebaliknya pada saat kondisi surut terendah arus cenderung bergerak dari utara ke selatan atau keluar dari teluk. Pola sebaran horisontal temperatur memiliki kisaran yang relatif homogen, dan terjadi adanya peningkatan temperatur mulai bulan Mei hingga Agustus. Pola sebaran horisontal salinitas hasil simulasi menunjukkan adanya perubahan atau gradien salinitas antara bagian dalam teluk dan bagian luar teluk yang dipengaruhi oleh adanya asupan air tawar yang bermuara dari kedua sungai yang ada di kepala teluk. Hasil verifikasi data meteorologi secara umum menunjukkan bahwa nilai data hasil pengamatan menunjukan kisaran yang relatif lebih besar dibandingkan dengan data masukan model. Hasil validasi parameter fisik yang meliputi parameter temperatur dan salinitas menunjukkan bahwa profil menegak suhu memiliki kesamaan dengan nilai hasil simulasi yang cenderung lebih rendah. Korelasi antara hasil simulasi dan hasil observasi untuk temperatur menunjukan adanya kaitan yang cukup erat, hal ini dapat dilihat dari nilai korelasi tiap stasiun yang berkisar antara 0.8724 - 0.8943, korelasi antara hasil simulasi dan hasil observasi untuk salinitas untuk tiap stasiun berkisar antara 0.8997 - 0.9458. Hasil validasi elevasi pasang surut hasil simulasi mempuyai kemiripan dengan pola elevasi hasil pengamatan. Tingkat keakuratan kedua data yang divalidasi diperoleh hasil nilai Standart Error 0.004 dan nilai Root Mean Square Error 0.099.
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA