Judul: Analisis Keragaman Geminivirus Berdasarkan Restriction Fragment Length Plymorphism
Abstrak: Geminivirus merupakan salah satu kelompok patogen utama yang menyerang tanaman budidaya dan menimbulkan kerusakan terutama di daerah tropik dan · subtropik. Anggota geminivirus cukup ban.yak dan mereka dikelompokkan berdasarkan struktur genom, tanaman inang, dan serangga vektomya. Penelitian ini bertujuan mempelajari keragaman . dan hubungan kekerabatan beberapa isolat geminivirus yang menginfeksi tanaman tom.at, cabai, tembakau, dan babadotan berdasarkan pola fragmen DNA hasil restriction fragment length polymorphism (RFLP). Isolat geminivirus yang digu.nakan untuk analisis keragaman geminivirus adalah isolat tomat-Darmaga dan babadotan-Darmaga yang berasal dari tanaman yang terinfeksi di lapangan, isolat cabai-Segunuug, dfill tembakau-Jember yang berasal dari klon DNA. Isolat-isolat yang berasal dari lapangan tersebut diekstraksi dengan menggunakan bufer Dellaporta. PCR dilakukan dengan menggunakan sepasang primer universal PAV 1978 dan PAC 715. Metode RFLP dilakukan dengan menggunakan empat macam enzim restriksi endonuklease, yaitu BamHI, EcoRI, Hindi.II, dan Pstl. Untuk. mengamati keragaman yang lebih tinggi disertakan rujukan isolat geminiviruS cabai•Segunung yang dikoleksi tahun 2001. Hasil tersebut digunakan untuk analisis hubungan kekerabatan dengan program NTSYSpc. Uji PCR dengan primer universal berhasil mengamplifikasi semua isolat geminivirus yang diuji clan ukuran fragmen yang dihasilkan melalui PCR adalah 1,6-1,65 kb. Pola fragmen DNA hasil RFLP menunjukkan bahwa virus isolat tomat-Darmaga, virus isolat cabai-Segunwig, dan virus isolat ternbakau-Jember merupakan isolat yang berbeda, setfangkan hasil RFLP untuk isolat babadotanDarmaga tidak dapat tervisualisasi dengan baik. Dua isolat geminivirus cabai yang berasal dari Segunung merupakan dua isolat yang berbeda karena memiliki pola sidikjari DNA yang berbeda. Dendogram hasil analisis dengan NTSYSpc menunjukkan keragaman geminivirus yang cukup tinggi di Indonesia. Hal tersebut ditunjukkan dengan koefisien kesamaan yang berkisar 30%-86%.
Keyword: 

Judul: Interaksi geminivirus pada kejadian inokulasi ganda
Abstrak: Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari pengaruh inokualsi ganda dua strain geminivirus terhadap kemunculan gejala penyakit dan kemampuan masing- masing strain geminivirus untuk bermultiplikasi di dalam jaringan inang. Untuk mempelajari interaksi dua strain geminivirus yang menginfeksi bersama-sama dilakukan dua percobaan. Percobaan pertama adalah melakukan pencampuran sumber inokulum geminivirus yang berupa awetan kering, yaitu geminivirus isolat Segunung (2) dengan isolat Yogya, dan klon DNA, yaitu isolat tembakau-Jember (Tob 8) dan cabai-Segunung (1) (PL 8). Pada percobaan dua dilakukan inokulasi tunggal dan inokulasi ganda menggunakan geminivirus isolat Segunung (2) dan isolat Lembang dengan metode penularan melalui B. tabaci ke tanaman tomat dengan periode akuisisi dan periode inokulasi masing-masing selama 48 jam. Ekstraksi asam nukleat dari jaringan tanaman dilakukan dengan menggunakan metode non Phenol. Metode amplifikasi DNA dilakukan mengikuti metode yang dilakukan oleh Rojas et al. (1993) dengan menggunakan sepasang primer universal untuk geminivirus yaitu PAL Iv 1978 dan PAR Ic 715. Metode RFLP dilakukan dengan menggunakan empat macam enzim restriksi endonuklease, yaitu: Bam HI, EcoRI, Hindill dan Pst L Pada percobaan penularan virus secara tunggal, baik geminivirus isolat Segunung (2) maupun isolat Lembang dapat menginfeksi tanaman tomat yang ditunjukkan dengan timbulnya gejala. Gejala yang muncul dari hasil inokulasi ganda kedua virus tersebut merupakan gabungan dari gejala tanaman yang terinfeksi oleh masing-masing isolat secara tunggal, namun petunjuk tersebut belum cukup untuk dapat menentukan terjadinya infeksi ganda. Geminivirus yang diinokulasi ke tanaman tomat berhasil teramplifikasi dengan teknik PCR dan menghasilkan fragmen DNA dengan ukuran 1,6 kb. Analisis pola enzim restriksi pada perlakuan campuran awetan kering sumber inokulum mengindikasikan bahwa konsentrasi DNA virus isolat Yogya lebih tinggi daripada virus isolat Segunung (2). Hasil analisis pola enzim restriksi pada perlakuan campuran klon DNA juga menunjukkan bahwa konsentrasi DNA virus isolat cabai-Segunung (2) dalam klon jauh lebih tinggi daripada konsentrasi DNA virus isolat Tembakau- Jember. Pola enzim restriksi DNA hasil inokulasi ganda menunjukkan bahwa konsentrasi virus isolat Lembang dalam tanaman inang lebih tinggi daripada konsentrasi virus isolat Segunung (2). Meskipun dari hasil pola enzim restriksi DNA pada kejadian inokulasi ganda tidak terlihat pola pemotongan yang baru, namun belum bisa dipastikan tidak terjadi pseudorekombinasi.
Keyword: geminivirus strains, double inoculation, virus isolates concentration

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: