Judul: Karakterisasi Enzim dan Ekspresi Heterolog Endo-β-1,4-xilanase dari Streptomyces sp. 45I-3 pada Escherichia coli
Abstrak: Endo-ß-1,4-xilanase (xilanase) merupakan enzim utama yang terlibat dalam hidrolisis xilan dengan cara mendepolimerisasi xilan melalui hidrolisis acak ikatan tulang punggung ß-1,4 menjadi xilooligosakarida dan xilosa. Berbagai mikrob dilaporkan mampu menghasilkan enzim xilanase. Eksplorasi enzim xilanase yang berasal dari bakteri semakin meningkat seiring dengan tingginya permintaan enzim ini dalam dunia industri. Bakteri dari genus Bacillus, cendawan dari genus Trichoderma dan Aspergillus, dan aktinobakteria dari genus Streptomyces diketahui merupakan mikrob potensial penghasil enzim xilanase. Analisis gen 16 sRNA isolat 45I-3 xilanolitik yang diisolasi dari sampel tanah rawa gambut di Kalimantan menunjukkan kedekatan terhadap Streptomyces costaricanus strain NBRC 100773 dengan kesamaan sebesar 99%. Isolat 45I-3 menunjukkan karakteristik morfologi koloni berbentuk hifa bulat, dengan tepian yang tidak rata dan permukaan yang bertepung, miselia substrat berwarna kuning sedangkan miselia aerial berwarna putih kekuningan dengan pigmentasi yang kuning terang pada media xilan beechwood, sedangkan pada media YMA, YSA, NA, PDA dan ISP4 miselia aerial berwarna coklat dan miselia substrat berwarna putih kekuningan sampai abu kecoklatan. Gambar mikroskopis dan foto Scanning Electron Microscope (SEM) menunjukkan karakter hifa fleoxous dengan morfologi spora tipe smooth. Optimasi produksi enzim xilanase ekstrak kasar dengan penambahan variasi jenis substrat, sumber karbon, nitrogen, dan fosfat menunjukkan bahwa penggunaan substrat xilan tongkol jagung mampu menghasilkan indeks enzimatik tertinggi (3.60) dibandingkan dengan substrat xilan beechwood (2.87), birchwood (2.8), oat spelt (2.77), dan xilan tembakau (2.08). Penambahan konsentrasi xilan beechwood 0-1.0% menunjukkan peningkatan aktivitas enzim xilanase seiring dengan penambahan konsentrasi xilan yang ditambahkan pada media produksi. Waktu produksi enzim xilanase terbaik diperoleh pada hari ke 8 dengan aktivitas sebesar 2.29 U/mL. Penggunaan variasi sumber fosfat menunjukkan bahwa, penggunaan natrium dihidrogen fosfat (NaH2PO4) merupakan sumber fosfat terbaik dengan aktivitas tertinggi (2.37 U/mL). Penggunaan variasi sumber nitrogen berbeda menunjukkan bahwa ammonium sulfat ((NH4)2S2O4) dan ekstrak khamir menghasilkan aktivitas yang lebih besar (2.36 U/mL) dibandingkan sumber nitrogen pepton (2.06 U/mL), ekstrak malt (1.87 U/mL), tripton (1.67 U/mL), dan ammonium persulfat (NH4)2S2O8 (0.2 U/mL). Penambahan surfaktan berpengaruh terhadap aktivitas xilanase yang dihasilkan. Penambahan SDS (0.146 U/mL) dan Tween 80 (0.428 U/mL) menunjukkan respon negatif berupa penurunan aktivitas enzim xilanase, sedangkan pada surfaktan Dimetilsulfoksida (DMSO) tidak menunjukkan penurunan aktivitas xilanase (2.457 U/mL) dibandingkan dengan perlakuan kontrol. Gen penyandi enzim xilanase dari Streptomyces sp. 45I-3 berhasil diamplifikasi menggunakan sepasang primer yang didesain berdasarkan hasil penelitian sebelumnya. Amplifikasi menggunakan mesin polymerase chains reaction (PCR) mendapatkan amplikon dengan panjang berkisar 1029 pb. Analisis ORF menujukkan bahwa ORF ini termasuk pada glikosil hidrolase famili 11 (GH11). Panjang gen xilanase 1029 pb menyandikan 342 asam amino termasuk 43 asam amino putative sinyal peptida. CDS xilanase (XynSc11) berhasil disubkloning pada plasmid pGEM-T Easy, dikloning pada plasmid pET15b(+), dan diekspresikan pada Escherichia coli BL21 (DE3). Ekspresi XynSc11 pada E.coli ditunjukkan dengan pita protein berukuran ~33.8 kDa. Induksi E. coli rekombinan menggunakan isopropil β-D-1- thiogalakto-piranosida (IPTG) pada berbagai kondisi suhu dan waktu inkubasi menunjukkan pengaruh pada peningkatan konsentrasi protein rekombinan. Konfirmasi pita protein dilakukan menggunakan analisis zimogram. Hasil zimogram menunjukkan bahwa pita protein rekombinan memiliki aktivitas dalam mendegradasi substrat xilan beechwood, ditandai dengan adanya zona bening disekeliling pita protein rekombinan. Sekuen asam amino penyusun enzim endo-β-1,4-xilanase putatif dari Streptomyces sp. 45I-3
Keyword: Ekspresi Gen, endo-β-1,4-xilanase, karakterisasi enzim, Streptomyces sp. 45I-3

Judul: Analisis Sekuens Gen Penyandi Enzim Xilanase Ekstraseluler pada Streptomyces costaricanus 45I-3
Abstrak: Streptomyces costaricanus 45I-3 isolated from peat soil is a bacterial strain in the group of actinomycetes. This bacterium is known to produce extracellular xylanase. The objectives of this study were to analyze sequence of gene involved in the synthesis of extracellular xylanase. Complete gene encoding xylanase was isolated from the bacterial genome by Inverse Polymerase Chain Reaction (i-PCR). The resulted gene sequence in a total alignment of 1664 bp amplicons, which consisted of two open reading frame (ORF) with opposite direction. ORF1 consisted of 1029 bp and ORF2 (Partial sequence) consisted of 309 bp. BLASTX analysis showed ORF1 homology with xylanase of bacterium enrichment culture clone Xyl8B8 (GenBank accession No. AFH35005.1) that had 95% identity and 99% similarity. ORF2 homolog with glyoxalase bacterium enrichment culture clone Xyl8B8 (GenBank accession No. AFH35007.1) that had 95% identity and 98% similarity. Upstream of the ORF1 sequence was found Ribosome Binding Site (RBS) 7 bp from the start codon and putative promotor sequence at 100 bp (-35) and 77 bp (-10) from the start codon. Analysis of protein sequence deduced from ORF1 showed that there were 2 domains, i.e Glyco_hydrolase 11 (GH11) and Carbohydrate Binding Type 2 (CBM2). Active sites found on the 130 amino acid on GH11 domain. Visualization of 3 dimension structure showed that 1664 bp fragment had 19 area.
Keyword: 

Judul: Implementation of Spatio-Temporal Change Query in Relational Database.
Abstrak: Geographic object changes in various views. Object changes are recorded using a model of static storage. No historical connection between old version data and new version data has been built. For that, a storage model of spatio-temporal queries that can analyze spatio-temporal changes has been developed. The object changes the geometry are grouped according to the taxonomy of Spatio-Temporal Pattern Change. This research has been able to apply the query patterns change including born, expand, merge, contract, split, normal and die. This query based on geometric (area) changes. The implementation of spatio-temporal change queries represents an object changes continuously with easy, change detection is done by comparing two versions of data. Keyword: spatio-temporal change query, spatio-temporal change pattern.
Keyword: