Judul: Perbandingan pendugaan densitasikan ikan demersal antara metode akustik BIM terbagi dengan metode "Swept area" di perairan Timur Kalimantan
Abstrak: Penelitian ini dilakukan pada tanggal 10 Oktober 2004 sampai 31 Oktober 2004 di perairan timur Kalimantan, Penelitian ini dilakukan kerja sama dengan Balai Riset Perikanan Laut (BRPL) Jakarta dalam rangka studi mengenai Sumber Daya Ikan dan dinamika spasialnya. Adapun yang melatar belakangi penelitian ini yaitu untuk mengumpulkan data keberadaan dan stok sumber daya ikan, sehingga pemanfaatan sumber daya ikan di perairan timur Kalimantan ini dapat optimal serta untuk melihat seberapa jauh ketelitian dari metode akustik dalam menduga densitas ikan demersal yang berada dekat dengan dasar perairan. Penentuan stasiun dalam penelitian ini dilakukan dengan menggunakan Global Position System dengan mengikuti rancangan yang berbentuk parallel sistematik. Data yang diambil berupa data dugaan densitas (kelimpahan) ikan yang didapat dari alat akustik dan jaring trawl dasar (metode swept area). Parameter Oseanografi yang diambil meliputi data arus, suhu dan salinitas perairan yang digunakan untuk melihat pengaruhnya terhadap distribusi ikan-ikan demersal. Dugaan densitas ikan yang dihasilkan dengan alat akustik menunjukkan bahwa nilai densitas ikan terbesar terdapat pada stasiun 6 (2°.94 LU dan 117.84' BT), yaitu sebesar 216,5 ikan/1000m sedangkan nilai densitas ikan terendah terdapat pada stasiun 5 (3.83' LU dan 118°.04 BT), yaitu sebesar 0,5 ikan/1000m². Densitas ikan total dari setiap stasiun didapatkan sebesar 601,4 ikan/1000m². Berdasarkan metode Swept area, densitas ikan terbanyak terdapat pada stasiun 8 (3.59' LU dan 1179.99' BT), yaitu sebesar 6655 ikan/1000m² sedangkan untuk densitas ikan terkecilnya terdapat pada stasiun 5 (3.83 LU dan 118°.04' BT), yaitu sebesar 53,1 ikan/1000m². Hasil tangkapan dengan metode swept area ini, 97% merupakan ikan demersal dengan famili Leiognathidae mendominasi hasil tangkapan yaitu sebesar 3338,6 kg. Dari hasil perbandingan dugaaan nilai densitas antara metode akustik dengan metode swept area diketahui bahwa dugaan nilai densitas yang dihasilkan dari kedua metode berbeda. Hal ini ditunjukkan oleh nilai koefisien determinasi antara kedua metode yang jauh dibawah nilai satu, yaitu sebesar 0,0185. Ini berarti dugaan nilai densitas yang dihasilkan oleh metode akustik tidak bisa menjelaskan dugaan nilai densitas yang dihasilkan oleh metode trawl dengan ketepatan yang hanya sebesar 1,85%. Dari hasil penelitian diketahui bahwa distribusi ikan yang terbanyak terdapat pada posisi 2° LU sampai 3,60° LU. Hal ini menunjukkan bahwa kisaran nilai suhu dan salinitas tersebut tidak terlalu berpengaruh terhadap distribusi dari ikan- ikan demersal, karena fluktuasi suhu dan salinitas yang terjadi masih dalam kisaran yang kecil. Pada lokasi penelitian diketahui bahwa ikan-ikan demersal lebih banyak dipengaruhi oleh arus, dimana arus ini membawa ikan-ikan demersal ke muara-muara sungai yang banyak terdapat makanan.
Keyword: 

Judul: Pendugaan nilai dan sebaran densitas ikan pelagis dengan sistem akustik BIM terbagi di perairan selatan Banten, Jawa Barat
Abstrak: Penelitian ini bertujuan untuk menduga densitas ikan pelagis beserta sebarannya (vertikal dan horizontal) dengan menggunakan sistem akustik bim terbagi dan mengetahui hubungan densitas ikan dengan faktor oseanografi (suhu dan salinitas). Penelitian ini dilaksanakan di Perairan Selatan Banten - Jawa Barat pada bulan Oktober 2001. Desain Survei yang digunakan berbentuk parallel continues. Penelitian ini dilaksanakan tepatnya pada posisi 105,487°BT 108,819°BT dan 7,085°LS-8,912°LS. Dalam penelitian ini digunakan Kapal Riset Baruna Jaya VII milik Pusat Penelitian Oseanologi Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (P2O-LIPI) untuk pengambilan data akustik maupun osenografi. Pengumpulan data akustik dilakukan dengan menggunakan instrumen akustik berupa Scientific Echo Sounder Simrad EK 500 sedangkan pengumpulan data oseanografi menggunakan Conductifity Temperature Depth (CTD) dengan tipe SBE 9 SEABIRD. Pemrosesan data akustik menggunakan program EP 500 dengan menu analize pelagic layer dan dilanjutkan dengan menggunakan software postprosessing Excel dan ditampilkan menggunakan program surfer versi 7.0. Sebaran densitas secara vertikal memperlihatkan kecendrungan tingginya densitas ikan di permukaan, hal ini berhubungan dengan ketersediaannya makanan pada lapisan tersebut. Nilai densitas mengalami penurunan sejalan dengan bertambahnya kedalaman. Densitas rata-rata tertinggi terdapat di permukaan yaitu pada strata kedalaman 1 (5-25 m) sebesar 37,49 ikan/1000 m³ selanjutnya strata kedalaman 2 (25-50 m) sebesar 17,45 ikan/1000 m³, strata kedalaman 3 (50-75 m) sebesar 7,40 ikan/1000 m³, strata kedalaman 4 (75-100 m) sebesar 4,22 ikan/1000 m³, strata kedalaman 5 (100-125 m) sebesar 3,07 ikan/1000 m³, strata kedalaman 6 (125-150 m) sebesar 2,45 ikan/1000 m³, strata kedalaman 7 (150-175 m) sebesar 0,15 ikan/1000 m³, strata kedalaman 8 (175-200 m) sebesar 0,09 ikan/1000 m³, strata kedalaman 9 (200-225 m) sebesar 0,07 ikan/1000 m³.
Keyword: 

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA