Judul: Transcriptome Profiling of Oil Palm (Elaeis guineensis Jacq.) Somatic Embryogenesis
Abstrak: Salah satu upaya untuk mendukung penyediaan bibit unggul tanaman kelapa sawit yaitu dengan teknik kultur jaringan. Perbanyakan tanaman kelapa sawit secara kultur jaringan dilakukan melalui jalur embriogenesis somatik. Namun, rata-rata persentase pembentukkan embrioid somatik masih rendah berkisar 1-5%. Genotipe tanaman induk atau genotipe ortet merupakan salah satu faktor yang mempengaruhi daya embriogenesis somatik tanaman kelapa sawit. Analisis transkriptomik merupakan salah satu analisis molekuler yang memungkinan untuk analisis perbedaan pola ekspresi gen selama embriogenesis antara ortet dengan daya embriogensis tinggi dan rendah. Informasi mengenai pola ekspresi gen pada fase perkembangan embrio somatik ortet daya embriogenesis tinggi dan rendah masih terbatas. Oleh karena itu diperlukan penelitian dengan pendekatan transkriptomik untuk mempelajari pola ekspresi gen selama embriogenesis pada ortet daya embriogenesis tinggi dan rendah. Hasil ini diharapkan akan memberi gambaran untuk langkah perbaikan dalam proses kultur jaringan tanaman kelapa sawit melalui embriogenesis somatik. Tujuan penelitian ini adalah mendapatkan profil transkriptomik ortet dengan daya embriogenesis tinggi dan rendah pada tahap kalus dan embrio somatik. Sedangkan tujuan spesifik dari penelitian ini adalah untuk mendapatkan (1) differentially expressed genes (DEGs) pada setiap fase embriogenesis pada ortet daya embriogenesis tinggi dan rendah dan (2) DEGs yang selalu terlibat dalam semua fase perkembangan embriogenesis, dan (3) DEGs spesifik pada setiap fase perkembangan embriogenesis kelapa sawit. Tahapan utama penelitian yaitu analisis seluler dan analisis transkriptomik dengan perunutan RNA. Analisis seluler meliputi perhitungan persentase pembentukan kalus, persentase pembentukan embrioid, serta persentase proliferasi dan germinasi embrioid. Perunutan RNA dilakukan pada kalus dan embrio somatik tahap globular, skutelar, dan koleoptilar pada ortet dengan daya embriogenesis tinggi dan rendah berdasarkan persentase pembentukan embrio somatik. Analisis seluler tahap kalus menunjukkan ortet 10119-t dan 10319-t memiliki persentase pembentukan embrio somatik masing-masing 20,1 % dan 33,8%. Sedangkan ortet 10818-r dan 20818-r memiliki persentase pembentukan embrio somatik masing-masing 0,6% dan 0,2%. Dengan demikian ortet 10119-t dan 10319-t dikategorikan sebagai ortet dengan daya embriogenesis tinggi dan ortet 10818-r dan 20818-r dikategorikan sebagai ortet dengan daya embriogenesis rendah. Analisis seluler tahap embrioid menunjukkan ortet daya embriogenesis tinggi memiliki tingkat proliferasi dan germinasi embrioid yang lebih tinggi daripada ortet dengan daya embriogenesis rendah. Analisis transkriptomik dengan perunutan RNA diperoleh 1911 gen yang diekspresikan secara diferensial (DEGs) antara ortet embriogenesis tinggi dan rendah di tahap kalus dan embrio somatik. Perbedaan ekspresi gen antara kedua kategori ortet ditunjukkan oleh heatmap yang menunjukkan perbedaan profil transkriptomik antara ortet dengan daya emrbiogenesis tinggi dan rendah. Perbedaan profil transkriptomik antara ortet daya embriogenesis tinggi dan rendah juga ditunjukkan dengan analisis PCA. Analsis PCA mengelompokkan sampel menjadi dua kelompok utama yaitu kelompok embriogenesis tinggi dan rendah berdasarkan nilai transkrip per million dari DEGs. Kandidat gen penting yang terlibat dalam embriogenesis somatik tanaman kelapa sawit ditentukan berdasarkan nilai |log2FC| serta fungsi fisiologis dari DEGs. Gen terkait dengan persinyalan ABA upregulated pada ortet dengan daya embriogenesis tinggi diantaranya LEA, DDX28, dan vicilin-like protein. Selain itu DEGs terkait dengan persinyalan hormon lainnya, yaitu NPF terkait auksin dan HD-ZIP terkait brassinosteroid, upregulated pada ortet dengan daya embriogenesis tinggi. Hal ini mengindikasikan perbedaan fisiologis antara ortet daya embriogenesis tinggi dan rendah yang terkait dengan potensi embriogenesis somatik.
Keyword: ifferentially expressed genes (DEGs), embrio somatik, globular embrioid, kelapa sawit, RNA-seq

Judul: Characterization on Abnormalities of Oilpalm (Elaeis guineensis Jacq) Somatic Embryos
Abstrak: Kelapa sawit merupakan tanaman penghasil minyak nabati utama di Indonesia dan memegang peranan penting untuk memenuhi kebutuhan minyak nabati dalam negeri. Untuk meningkatkan peranan kelapa sawit dilakukan intensifikasi dan ekstensifikasi tanaman kelapa sawit. Untuk mencapai peningkatan perluasan areal pertanaman kelapa sawit membutuhkan bibit yang sangat besar. Salah satu cara penyediaan bibit kelapa sawit dapat melalui kultur jaringan. Kelebihan melalui kultur jaringan adalah mampu menghasilkan bibit dalam jumlah yang banyak dalam waktu yang relatif singkat. Namun demikian, kendala utama bibit hasil kultur jaringan adalah masalah abnormalitas pada organ reproduktif yang diduga terkait dengan perubahan genetik dan epigenetik selama masa pembentukan embrio somatik (ES)., Oilpalm is the most important vegetable oil producing plant in Indonesia. A mass production of oilpalm transplants to support new oilpalm estate can be conducted through tissue culture. However, the primary problem of tissue culture generated transplants is increasingly reproductive abnormalities postulated due to the genetic and/or epygenetic changes during somatic embryo (SE) formation. The objectives of this research were (1) to characterize abnormality of somatic embryos at several growth stages, (2) to study the genetic change of SEs at several growth stages and their plantles, and (3) to study the relationship of cytosine methylation of genomic DNA and abnormality at several SE growth stages and plantlets. Genetic characterization was accomplished by RAPD and RAF technique. Epigenetic characterization was conducted by RP-HPLC and RAFmethylation sensitive technique. The results showed that morphological characterization on SE at globular, heart form scutellar, and cotyledon resulted that there were morphological variations.
Keyword: Elaeis guineensis, Plant breeding, Variety trials, Biotechnology, Molecular biology, Somatic embryogenesis

Judul: Approximation of the Median of Poisson Distribution Using the Relation of Poisson-Gamma Distribution
Abstrak: A major drawback of median is that median cannot usually be defined in closed form, even in the cases where their distribution functions are known. This study gives an approximation of the closed form for the median of the Poisson distribution by using the relation of Poisson-Gamma distribution. The approximation uses elementary techniques based on the monotonicity of certain sequences involving tail probabilities of the Poisson distribution and the Central Limit Theorem. Furthermore, a closed form expression for the mean absolute deviation 􀜧|􀜰􀰒 􀵆 􀜯􀝁􀝀􁈺􀜰􀰒􁈻| is also studied. The median is relevant because of the fact that it minimizes the mean absolute deviation of a Poisson random variable (􀜰􀰒􁈻 by considering median as central tendency.
Keyword: