Judul: Rancang bangun sistem informasi data hidroakustik berbasis website
Abstrak: Penelitian sistem informasi hidroakuktik dilakukan di Laboratorium Akustik dan Instrumentasi Kelautan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institus Pertanian Bogor. Data hidroakustik yang digunakan merupakan data primer di perairan Selatan Jawa pada tanggal 10 Desember 2003 hasil penelitian bersama Tokyo University of Marine Science and Technology Japan dan FPIK-IPB. Hasil pengolahan diperoleh lokasi penelitian termasuk dalam kategori perairan yang dangkal dengan rata-rata kedalaman sebesar 122,9 m. Dalam pendeteksian ikan diperoleh data Target Strength (TS) terbesar terdapat pada strata kedalaman 110-120 m yaitu sebesar -32,95 dB dan nilai TS terkecil terdapat pada strata kedalaman 10-20 m yaitu sebesar -62,78 dB. Berdasarkan persamaan Foote (1987), dapat diduga bahwa panjang ikan terbesar sebesar 56,56 cm dan terkecil sebesar 1,82 cm. Nilai Scattering Volume (SV) terbesar terdapat pada strata kedalaman 110-120 m yaitu sebesar -43,75 dB dan nilai SV terkecil terdapat pada strata kedalaman 120-130 m yaitu sebesar -65,10 dB. Semakin besar nilai SV maka pengelompokan target semakin besar. Densitas ikan secara horizontal menyebar merata sekitar 0,588 ikan / m3 . Densitas ikan terbesar yaitu 0,599 ikan / m3 , sedangkan densitas ikan terkecil yaitu 0,584 ikan / m3 . Dari hasil pengklasifikasian pantulan pertama (E1) dan pantulan kedua (E2), lokasi penelitian didominasi oleh substrat pasir berlumpur. Distribusi pasir berlumpur ini sangat dipengaruhi oleh faktor pergerakan arus dan gelombang yang sangat kuat. Adanya pengaruh arus dan gelombang dapat mengakibatkan lumpur tidak dapat mengendap di sepanjang pantai, akibatnya pada daerah ini hampir sebagian besar didominasi oleh tipe pasir sedangkan kearah laut lepas didominasi substrat lumpur. Sistem informasi hidroakustik terdiri dari beberapa database yang saling berelasi atau berhubungan. Dalam relasi database memiliki kunci utama (Primary key) dan kunci tamu (Foregin key) pada tabel-tabel yang ada. Hubungan atau relasi yang digunakan adalah hubungan dari satu ke satu ( One to one) dan hubungan relasi dari satu ke banyak (One to many). Pada sistem informasi data hidroakustik terdiri dari halaman utama, hasil analisis hidroakustik, formula, download, buku tamu, kontak, link instansi terkait dan halaman jurnal / artikel yang tersedia. Sistem informasi hidroakustik memiliki fasilitas untuk user (peneliti / pembuat artikel) dapat mengupload hasil penelitianya. Peta lokasi penelitian pada halaman utama sistem informasi ini dapat memberikan informasi hidroakustik pada titik-titik yang telah ditentukan di peta. Website sistem informasi hidroakustik ini memiliki 2 tingkat keamanan yaitu tingkat administrator utama dan administrator tingkat kedua atau sering disebut dengan istilah user. Pengelolaan sistem informasi ini dilakukan oleh administrator termasuk dalam menentukan user yang akan diterima menjadi anggota. Sistem informasi hidroakustik diciptakan sebagai sarana untuk para peneliti untuk menyimpan dan menginformasikan hasil karyanya ke dunia luas. Data yang tersimpan dalam sistem informasi hidroakustik dapat disimpan dalam dua jenis yaitu dalam bentuk raw data (*.txt, *.csv) untuk data mentah dan dalam bentuk *.pdf, *.ppt dan*.doc untuk tulisan yang akan dipublikasikan.
Keyword: Hidroakustik

Judul: Sebaran Lokasi Stasiun Substrat Dasar Perairan di Beberapa Wilayah Perairan Indonesia Berbasis Website
Abstrak: Pendeteksian substrat dasar perairan dilakukan dengan cara menganalisa nilai hambur balik dari suatu substrat dasar perairan. Informasi tentang substrat dasar perairan dapat memberikan pengetahuan mengenai karakteristik suatu perairan. Salah satu media informasi yang sedang berkembang adalah website. Namun website yang memberikan informasi mengenai substrat dasar perairan masih sangat terbatas. Oleh karena itu, perlunya penelitian ini untuk membuat sistem informasi sebaran lokasi stasiun substrat dasar perairan di beberapa wilayah perairan Indonesia berbasis web. Penelitian ini menggunakan sebuah notebook yang dilengkapi perangkat lunak (software), yaitu XAMPP win32.1.7.7 (apache, PHP), macromedia dreamweaver 8, web page maker, World Map Harvard, Alov Map, ArcGIS 9.3, dan Adobe photoshop CS4. Data yang digunakan adalah data lokasi stasiun pengambilan substrat dasar perairan di beberapa wilayah perairan Indonesia. Pembuatan web based GIS terdiri dari perancangan arsitektur umum, desain, menu dan implementasi. Setelah itu perancangan penggunaan World Map Harvard dan Alov Map. Website ini dibangun dengan menggunakan HTML dan PHP sebagai tampilan web. Sistem website terdiri dari pengelola system (administrator) dan pengunjung (user). Pengelola sistem sebagai pengguna yang memiliki akses penuh terhadap sistem. Pengunjung (user) hanya dapat mengunjungi website, memperoleh informasi, mengirim pesan terhadap sistem, dan tidak dapat merubah informasi yang telah disediakan. Pada pembuatan halaman website terdapat 5 (lima) menu utama, yaitu: home, informasi, pemetaan, download, dan fitur. Menu home berisi mengenai tampilan utama web. Menu informasi berisi mengenai pendahuluan, tinjauan pustaka dan metodologi penelitian. Menu pemetaan berisi mengenai aplikasi web based GIS. Menu download berisi mengenai data yang disediakan oleh admin yaitu data substrat dan jurnal. Menu fitur berisi buku tamu, galeri foto, menu voting, artikel dan kontak. Website ini didukung dengan aplikasi web based GIS yaitu World Map Harvard dan Alov Map yang bersifat open source product. World Map Harvard lebih mudah dalam penggunaannya dibandingkan dengan Alov Map. Pada Alov Map harus melalui coding untuk merubah tampilan website dan sebaliknya. Penilaian terhadap website dilakukan dengan menggunakan fasilitas buku tamu dan menu polling. Website ini telah ter-publish di internet sejak tanggal 22 juli 2012 hingga 6 Agustus 2012. Berdasarkan hasil pada fasilitas buku tamu, terdapat 26 komentar saran dan kritik terhadap website. Pada menu voting menunjukkan 41 votes. Hasil penilaian website ini menunjukkan bahwa tampilan website masuk kategori "menarik" dengan persentase 42.46%. Secara keseluruan sistem ini telah berhasil menginventarisasi, memetakan, serta menampilkan dalam sebuah website hasil penelitian mengenai lokasi stasiun substrat dasar perairan di beberapa wilayah perairan Indonesia…
Keyword: Hydroacoustic, Bottom substrate, Web based GIS

Judul: Gene Editing  of Two Cyanide Synthesis-related Genes in Cassava using CRISPR/Cas9
Abstrak: Cassava (Manihot esculenta) contain toxic quantities of cyanogenic glucoside. Reducing the potentially toxic cyanogenic glucoside levels in cassava could be achieved by gene editing through Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR associated protein 9 (CRISPR/Cas9), a high- precision genome editing technique in plants. Two cassava UDP- glucosyltransferase (UGT) paralogs, UGT85K4 and UGT85K5, are the genes catalyzing the synthesis of cyanogenic glucosides in plants. The study aimed to construct the CRISPR/Cas9 recombinant vector carrying single guide RNA (sgRNA) to edit UGT85K4 and UGT85K5 genes, and transform sgRNA CRISPR/Cas9 construct into KU50 cassava calli. Five sgRNAs were designed, considering the on/off target efficiency score and GC content. Those sgRNAs were ligated into pRGEB32 plasmid and introduced to competent Escherichia coli DH5a. The PCR colony and DNA sequencing were performed to verify the sgRNA insert. The amplicons showed the expected band size of recombinant vector (180 bp). Based on sequencing results, only one sgRNA was successfully ligated into the plasmid that will be used to edit the UGT85K5 gene. The sgRNA CRISPR/Cas9 construct in pRGEB32 plasmid was successfully transformed into Agrobacterium tumefaciens and introduced into KU50 cassava calli through co-cultivation. The overgrowth of Agrobacterium occurred after the co-cultivation phase.
Keyword: CRISPR/Cas9, Cyanogenic glucoside, Gene editing, sgRNA