Judul: Peran Cendawan Dark Septate Endophyte sebagai Agens Biokontrol Penyakit Jamur Akar Putih dan Deteksinya Menggunakan Fluorescence Spectroscopy.
Abstrak: Cendawan dark septate endophyte (DSE) adalah kelompok cendawan endofit yang memiliki hifa melanin gelap, membentuk koloni berwarna gelap pada media agar dan mampu mengolonisasi akar tanaman tanpa menyebabkan gejala penyakit. Cendawan DSE saat ini semakin menarik perannya dalam memacu pertumbuhan tanaman inangnya yang luas terutama pada kondisi cekaman biotik dan abiotik. Laporan yang berkaitan dengan peran cendawan DSE sebagai agens pengendali penyakit jamur akar putih (Rigidoporus microporus), khususnya di Indonesia belum ada. Teknologi fluorescence spectroscopy dapat digunakan sebagai metode deteksi cendawan DSE yang efektif dan efisien. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh isolat cendawan DSE yang memiliki peran sebagai agens pengendali penyakit jamur akar putih dan cara mendeteksi keberadaan cendawan DSE menggunakan fluorescence spectroscopy. Penelitian ini terdiri atas dua kegiatan. Kegiatan pertama adalah isolasi cendawan DSE dari akar dan tanah sekitar perakaran tanaman karet (Hevea brasiliensis), uji patogenesitas, uji dual culture, uji senyawa volatile, dan analisis senyawa metabolit cendawan DSE menggunakan gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS). Selanjutnya dilakukan pengujian cendawan DSE pada tanaman karet batang bawah di rumah kaca menggunakan rancangan acak lengkap (RAL) non faktorial dengan tujuh perlakuan dan lima ulangan. Tahapan kedua adalah mendeteksi cendawan DSE yang terseleksi dari hasil pengujian pada kegiatan pertama menggunakan metode fluorescence spectroscopy. Hasil penelitian diperoleh tiga cendawan DSE APDS 3.2, TBMDS 2.4b, dan TMDS 3.2 yang mampu menghambat pertumbuhan R. microporus penyebab penyakit jamur akar putih secara in vitro dan in vivo. Hasil analisis senyawa metabolit menunjukkan bahwa ketiga isolat cendawan DSE tersebut menghasilkan beberapa senyawa metabolit yang berfungsi sebagai antimikrob seperti acetic acid butyl methyl-phosphinoylmethyl ester dan Ethanone, 1-(4-methyl-1H-imidazol-2-yl). Cendawan DSE APDS 3.2, TBMDS 2.4b dan TMDS 3.2 dapat dideteksi pada panjang gelombang emisi fluorescence berturut-turut 511 nm, 512 nm dan 520 nm. Hasil penelitian ini diharapkan dapat menjadi komponen paket teknologi pengendalian penyakit jamur akar putih yang disebabkan oleh R. microporus.
Keyword: cekaman biotik, GC-MS, Hevea brasiliensis, senyawa metabolit, Rigidoporus microporus, panjang gelombang

Judul: Exploration of Dark Septate Endophyte (DSE) Fungi from Oil Palm Roots as Biocontrol Agents of Ganoderma boninense
Abstrak: Ganoderma boninense adalah salah satu patogen utama yang menghambat produktivitas kelapa sawit di Indonesia. Keparahan infeksi cendawan G. boninense pada tanaman kelapa sawit di Indonesia yang telah dilaporkan paling besar mencapai 60% dengan luas area yang diserang lebih dari 50%. Infeksi G. boninense di Indonesia paling banyak dilaporkan terjadi di pulau Sumatera dan Jawa. Dampak infeksi cendawan G. boninense menyebabkan lahan kelapa sawit mengalami penurunan produktivitas hingga 85%. Berbagai upaya untuk mengendalikan infeksi G. boninense telah banyak dilakukan namun hingga saat ini belum ada teknik pengendalian yang efektif untuk mengendalikan G. boninense. Oleh karena itu pada penelitian ini dilakukan eksplorasi untuk mencari agens biokontrol potensial baru yang dapat menekan G. boninense. Salah satu kelompok cendawan yang belum banyak dilaporkan untuk mengendalikan G .boninense adalah dark septate endophyte (DSE). Cendawan DSE merupakan salah satu agens hayati yang berpotensi untuk digunakan dalam menekan penyebaran penyakit busuk pangkal batang. Penggunaan DSE telah terbukti menekan perkembangan patogen tular tanah lainnya, seperti Fussarium oxysporum, Rigidoporus microporus, G. boninense (in vitro). Salah satu mekanisme DSE sebagai agens pengendali hayati adalah menghasilkan metabolit sekunder yang bersifat toksik terhadap patogen. Penelitian ini bertujuan memperoleh isolat DSE dari perakaran kelapa sawit yang berpotensi sebagai agens pengendali hayati G. boninense dan menganalisis mekanisme kerja cendawan DSE dalam menghambat G. boninense. Penelitian ini terdiri dari empat kegiatan utama, yaitu: (1) pengamatan asosiasi antara cendawan DSE dan tanaman kelapa sawit dari sampel akar kelapa sawit dilapangan, (2) Isolasi dan karakterisasi DSE, (3) seleksi isolat cendawan DSE Potensial, (4) analisis senyawa metabolit sekunder yang dihasilkan oleh cendawan DSE. Pengamatan asosiasi pada sampel akar kelapa sawit dari lapangan dilakukan untuk melihat hubungan simbiosis cendawan DSE dan tanaman kelapa sawit di alam. Proses isolasi cendawan DSE dilakukan dari sampel akar kelapa sawit. Proses seleksi cendawan DSE dimulai dengan pengujian keamanan hayati yang meliputi uji fitopatogenisitas dan uji hemolisis darah. Selanjutnya isolat non patogen diuji lebih lanjut terkait kemampuannya dalam menghambat perkembangan G. boninense dan kemampuannya sebagai pemacu pertumbuhan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa hubungan simbiosis antara tanaman kelapa sawit dan cendawan DSE terjalin secara alami, yang dibuktikan dengan adanya kolonisasi hifa dan struktur mikroskopis di dalam akar kelapa sawit yang diamati. Kolonisasi cendawan DSE banyak ditemukan pada tanaman yang terinfeksi G. boninense. Persentase kolonisasi cendawan DSE pada akar kelapa sawit berkisar 5-60%. Kolonisasi cendawan DSE dapat dipengaruhi oleh beberapa faktor, seperti teknik budidaya, suhu, dan curah hujan. Dari proses isolasi diperoleh 12 isolat cendawan DSE dari akar kelapa sawit. Cendawan DSE yang diperoleh pada penelitian ini sebagian besar diperoleh dari akar tanaman yang sehat dengan persentase isolasi total sebesar 1,71%. Berdasarkan hasil kolonisasi dan isolasi membuktikan bahwa cendawan DSE mampu membentuk simbiosis dengan akar kelapa sawit. Isolat cendawan DSE yang telah diperoleh diuji keamanannya dengan uji fitopatogenisitas dan helolisis. Berdasarkan hasil uji keamanan hayati, diperoleh empat isolat yang tidak patogen, yaitu S51, S14, GS2, dan GS3. Keempat isolat cendawan tersebut juga memiliki kemampuan untuk meningkatkan berat kering tanaman, panjang tajuk, dan panjang akar Brassica rapa sebesar 38-125%, 35-163%, dan 23-140%. Selain meningkatkan pertumbuhan tanaman keempat cendawan DSE memiliki aktivitas antibiosis dan aktivitas kitinolitik. Aktivitas antibiosis cendawan DSE ditunjukkan
Keyword: Antifungal agent, Cladophialophora nyingchiensis, Exophiala pisciphila, secondary metabolites

Judul: The Construction of Greedy SVP LLL Algorithm
Abstrak: A lattice is a set of all integer linear combination of a set of linearly independent vectors in ℝ𝑛���. The independent vectors are called bases of lattice. Any lattice can be generated from many bases, and these bases have the same cardinality. In the lattice, the most fundamental and renowned problem is the Shortest Vector Problem (SVP). SVP is a tracking problem of the shortest nonzero vector in a lattice with equivalent bases. In two dimensions, SVP problem has resolved exactly by Gauss’ algorithm. When the lattice dimension is higher than two, A.K. Lenstra, H.W. Lenstra and L. Lovasz gave a LLL algorithm to compute approximation of nonzero shortest vector in the lattice. Reduced bases solution obtained from LLL algorithm still be an approximation and has polynomial running time of arbitrary dimension which large enough. In 1994, Schnoor and Euchner modified this LLL algorithm as a new variant which later was named deep insertion LLL algorithm. This algorithm is a modified version of the LLL algorithm to the terms of the exchange step to improve the accuracy of output of LLL reduced bases and applying it to the subset sum problem. The purpose of this research are: (1) Reconstruct the LLL algorithm and deep insertion LLL algorithm using a geometric approach. (2) Construct a greedy SVP LLL algorithm. (3) Implement the three algorithms in a symbolic programming language, and evaluate them experimentally. A bases ℬ=[𝐛���1,𝐛���2,…,𝐛���𝑛���] in ℝ𝑚��� is called reduced LLL with parameter 𝛿��� if satisfies: (a) |𝜇���𝑗���𝑖���|≤12, for every integer 𝑖���,𝑗��� with 1≤𝑖���<𝑗���<𝑛���. (b)𝛿���‖𝜋���𝑗���(𝐛���𝑗���)‖2≤‖𝜋���𝑗���(𝐛���𝑗���+1)‖2, for 𝑗���=1,2,…,𝑛���−1,where 𝛿��� is a reduced parameter of real numbers with 14<𝛿���<1. The first requirement is the reduced basis 𝛿��� must “nearly orthogonal” and in its computation case, this requirement can be reached out by using the Gram-Schmidt’s orthogonalization. While the second requirement is called exchange step, or used to called as Lovasz condition. By using both of these requirements, then they establish the LLL algorithm. Then, Schnoor and Euchner modify the LLL algorithm based on the requirements of the exchange step called the deep insertion LLL algorithm, where the exchange step is based on the comparison of the projected vector in orthogonal complement [𝐛���1,𝐛���2,…,𝐛���𝑘���−1]⊥ after j-th reduction. To construct greedy SVP LLL algorithm, the requirements of the exchange step is based on purely by comparing norm of lattice 𝐛���𝑗��� with norm lattice 𝐛���𝑖��� for 𝑖���=1,2,3…,𝑗���−1. The process of insertion reduced vector after the exchange step also has done greedily. Then, we calculate the number of arithmetic operation in greedy SVP LLL algorithm for further analysis. The result of our exprimentation for three algorithms on the certain matrix size shows that the running time of the three algorithms increases propotional to the size of the matrix. The result also shows that by using 𝛿���=34 for the LLL algorithm and the deep insertion LLL algorithm, and the greedy SVP LLL algorithm which is a new variant made by using no parameter of 𝛿���, outperform of the other of two previous algorithm in terms of speed with the same output.
Keyword: LLL algorithm, LLL deep insertion algorithm, greedy SVP LLL algorithm