Judul: Analisis Metagenomik Bakteri Filum Firmicutes dan Bacteroidetes pada Wanita Penderita Diabetes Melitus Tipe 2.
Abstrak: Diabetes melitus (DM) adalah penyakit yang disebabkan oleh tingginya kadar gula dalam darah akibat gangguan sekresi insulin, dimana penderita wanita lebih banyak dibandingkan pria. Perubahan komposisi keragaman mikrobiota di usus dapat menyebabkan ketidakseimbangan mikrobiota yang dapat memicu terjadinya beberapa penyakit diantaranya diabetes melitus. Namun demikian, kendala yang dihadapi saat ini adalah masih belum ada konsensus yang jelas terkait data mikrobiota wanita penderita DM tipe 2, sebab kelimpahan mikrobiota pada setiap orang berbeda. Analisis metagenomik bakteri filum Firmicutes dan Bacteroidetes pada wanita penderita DM tipe 2 belum pernah dilaporkan di Indonesia, sehingga kajian mengenai keragaman mikrobiota tersebut perlu dilakukan sebagai upaya menganalisis marka mikrobiota yang berasosiasi dengan kejadian penyakit DM tipe 2. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengkaji keragaman bakteri filum Firmicutes dan Bacteroidetes pada wanita penderita dan non-penderita DM tipe 2 melalui pendekatan metagenomik. Sampel feses diambil dari populasi yang terdiri atas 30 responden penderita dan 30 responden non-penderita. Responden diberikan kuesioner untuk mendapatkan informasi terkait beberapa karakteristik. Penentuan sampel penelitian berdasarkan kriteria tersebut di peroleh 5 responden penderita dan 5 responden non-penderita. Bakteri pada feses dianalisis dengan mengekstrak total DNA genom langsung dari sampel feses menggunakan ZymobiomicsTM DNA Miniprep Kit (USA). Gen 16S rRNA diamplifikasi dengan menggunakan primer 16S rRNA+GC clamp menghasilkan produk 200 Pb. Analisis komunitas bakteri dilakukan menggunakan Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE). Gen 16S rRNA bakteri yang diperoleh, diurutkan basa nukleotidanya dan dianalisis kekerabatannya menggunakan software bioinformatika MEGA 7. Hasil analisis DGGE pada 5 sampel feses orang sehat menghasilkan pita DGGEyang lebih beragam dibandingkan 5 sampel feses penderita DM tipe 2. Berdasarkan pengamatan langsung dan mempertimbangkan posisi pita hasil DGGE terdapat 3 pita DGGE yang selalu muncul pada semua sampel (pita 4,9,10), 5 pita yang yang hanya ditemukan pada sampel penderita (2,5,7,8,12), dan 4 pita yang hanya ditemukan pada sampel orang sehat (pita 1,3,6,11). 12 pita yang terpisah tersebut berhasil diisolasi melalui pemotongan gel untuk kemudian dianalisis sekuen penyusun DNA nya. Analisis indeks Shannon-Wienner (H’) digunakan untuk mengestimasi keragaman mikrob pada setiap sampel. Indeks keragaman (H’) berdasarkan gen 16S rRNA pada 10 sampel berkisar antara 2.624-2.997, sedangkan pada sampel orang sakit berkisar antara 2.476-2.829. Indeks kemerataan (e’) gen 16S rRNAberkisar antara 0.8422-0.9604. Hasil pita DNA yang terpisah dipotong dan di re-PCR menggunakan primer spesifik P338F/P518R tanpa GC clamps untuk sekuensing. Hasil pensejajaran basa nukleotida menunjukkan 9 pita DGGE mayoritas teridentifikasi sebagai uncultured bacterium, namun terdapat 3 pita DGGE yang teridentifikasi sebagai Bacteroides vulgatus, Bacteroides fragilis, dan Enterococcus sp. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa pada penderita DM tipe 2 pita yang disekuen paling banyak dari filum Bacteroidetes sedangkan pada kontrol orang sehat dari filum Firmicutes. Hasil penelitian juga menunjukkan pita 5 (Bacteroides vulgatus strain DNF00399) yang ditemukan pada penderita DM tipe 2 merupakan pita unik yang memiliki kelimpahan tertinggi. Pita tersebut dapat diduga sebagai marka mikrobiota usus yang berasosiasi dengan proses metabolisme penderita DM tipe 2. B. vulgatus merupakan anggota dari filum Bacteroidetes. Firmicutes dan Bacteroidetes merupakan filum bakteri yang kehadirannya di usus sangat mendominasi.
Keyword: Bacteroidetes, diabetes melitus tipe 2, Firmicutes, metagenomik

Judul: Profile of Gut Bacteria in Hypertensive Patients Based on Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism Analysis Profile of Gut Bacteria in Hypertensive Patients Based on Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism Analysis
Abstrak: Hipertensi merupakan salah satu penyakit tidak menular yang menjadi masalah kesehatan sangat serius saat ini, disebut sebagai the silent killer karena kerap terjadi tanpa adanya keluhan. Penyakit hipertensi dipengaruhi oleh faktor genetik, fisiologi dan lingkungan. Perubahan komposisi keragaman mikrobiota di usus dapat menyebabkan ketidakseimbangan mikrobiota yang dapat memicu terjadinya beberapa penyakit diantaranya hipertensi. Kendala yang terjadi saat ini adalah belum terdapat data yang jelas terkait kelimpahan mikrobiota pada penderita hipertensi, sebab kelimpahan mikrobiota pada setiap orang berbeda tergantung jenis asupan makanan yang dikonsumsi. Analisis metagenomik mikrobiota pada penderita hipertensi belum pernah dilaporkan di Indonesia, sehingga kajian mengenai keragaman mikrobiota tersebut perlu dilakukan untuk mengetahui profil dan karakteristik bakteri usus pada penderita hipertensi dan perbandingannya dengan yang tidak menderita hipertensi guna pengembangan pengendalian penyakit hipertensi berbasis mikrobiota. Penelitian ini diawali dengan pencarian responden untuk dijadikan sampel. Responden diberi kuesioner untuk mendapatkan informasi terkait beberapa karakteristik yang dijadikan sebagai syarat dalam menentukan sampel feses yang akan dianalisis. Kriteria responden yang dapat digunakan adalah sehat, tidak mengkonsumsi antibiotik selama 6 bulan dan tidak mengalami diare. Genom mikrobiota usus diisolasi secara langsung dari sampel feses penderita hipertensi dan non-hipertensi menggunakan Quick-DNA™ Fecal/Soil Microbe Miniprep Kit (USA). Gen 16S rRNA selanjutnya diamplifikasi dari genom bakteri menggunakan primer 516F berlabel fluoresens (6-FAM) dan 1510R. Amplikon gen 16S rRNA dipurifikasi dengan Gel/PCR DNA Fragments Kit (Geneaid Biotech Ltd.) dan hasil purifikasi dipotong dengan enzim restriksi BslI (New England, BioLab). Fragmen hasil pemotongan dianalisis dengan Applied Biosystems Genetic Analyzer dan diinterpretasi menggunakan software analisis GeneMapper® v4.0. Pendugaan untuk setiap unit klasifikasi dan OTU yang sesuai diidentifikasi menurut referensi profiling T-RFLP mikrobiota usus manusia oleh kelompok peneliti Koji Nagashima. Hasil analisis T-RFLP dengan pemotongan oleh enzim BslI pada 8 sampel feses penderita hipertensi menghasilkan lebih banyak TRF dibandingkan 6 sampel feses non-hipertensi. Analisis Indeks Shannon-Wienner (H’) digunakan untuk mengestimasi keragaman mikrob pada setiap sampel. Indeks keragaman (H’) berdasarkan gen 16S rRNA pada 8 sampel penderita hipertensi berkisar antara 1.00-2.09, sedangkan pada 6 sampel non-hipertensi berkisar antara 0.91-1.62. Indeks kemerataan (E’) gen 16S rRNA berkisar antara 0.80-0.91. Hasil analisis afiliasi dari 26 TRF yang diperoleh terdapat 6 kelompok bakteri pada penderita hipertensi dan non-hipertensi. Pemotongan gen 16S rRNA dengan enzim restriksi BslI berhasil mendeteksi kelompok mikrobiota usus yaitu Clostridium subcluster XIVa, Prevotella, Clostridium cluster IV, Clostridium cluster XI, Bacteroides dan kelompok bakteri lainnya. Perbandingan kelimpahan mikrobiota pada penderita hipertensi lebih tinggi dibandingkan non-hipertensi terlihat pada kelompok Clostridium cluster XI, Clostridium cluster IV dan Clostridium subcluster XIVa. Pada kelompok Bacteroides, penderita hipertensi lebih rendah (42%) dibandingkan non-hipertensi (58%). Persentase rendah pada penderita hipertensi juga ditemukan pada kelompok Prevotella yaitu 8%. Keragaman mikrobiota usus juga dikelompokkan menjadi tiga enterotipe yaitu enterotipe I, enterotipe II dan enterotipe III. Penderita hipertensi memiliki lebih banyak enterotipe III, sedangkan pada non-hipertensi persentase lebih tinggi ada pada Enterotipe I dan Enterotipe II. Rasio F/B pada penelitian ini terjadi peningkatan pada penderita hipertensi., Hypertension is a severe public health problem due to its high prevalence all around the globe. Hypertension is called a "silent killer" because it may have no warning signs or symptoms. The hypertensive disease is influenced by
Keyword: Bacteroides, Clostridium, gut microbiota, Prevotella, T-RFLP

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: