Judul: Validasi single nucleotide polymorphisms (SNP) berbasis genom dan pemanfaatannya untuk uji kekerabatan 50 varietas kedelai
Abstrak: Kedelai adalah salah satu tanaman pangan yang banyak diimpor untuk memenuhi kebutuhan masyarakat Indonesia. Usaha peningkatan produktivitas dapat dilakukan dengan marka molekuler Single Nucleotide Polymorphism (SNP) yang dihasilkan dengan metode Next Generation Sequencing (NGS). Single Nucleotide Polymorphism (SNP) perlu divalidasi untuk dapat dimanfaatkan sebagai marka molekuler. Tujuan penelitian ini adalah melakukan validasi SNP hasil sekuensing genom dengan menggunakan marka Single Nucleotide Amplified Polymorphism (SNAP). Metode identifikasi SNP yang digunakan adalah SNAP. Hasil validasi SNP menunjukkan bahwa 11 dari 19 primer SNAP dinyatakan valid. Rerata nilai Polymorphisms Information Content (PIC) yang dihasilkan oleh sebelas marka SNAP tersebut sebesar 0.249 dengan nilai heterozigositas sebesar 0.000. Beberapa varietas dari 50 varietas kedelai belum mampu dibedakan oleh sebelas marka SNAP secara genetik
Keyword: soybean, Single Nucleotide Polymorphisms, Single Nucleotide Amplified Polymorphism

Judul: Desain Primer dan Validasi 20 Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Kedelai Menggunakan Hasil Sekuensing Sanger.
Abstrak: Keberadaan SNP pada genom kedelai khususnya Anjasmoro, Tanggamus dan Wilis telah terdeteksi melalui teknologi Next generation sequencing (NGS) Illumina namun masih berpeluang sebagai false SNP sehingga perlu dilakukan validasi. Validasi SNP dilakukan menggunakan sekuensing Sanger produk PCR yang sebelumnya diamplifikasi menggunakan primer. Tujuan penelitian ini adalah melakukan desain primer dan validasi SNP yang terdeteksi dari NGS menggunakan sekuensing Sanger. Sebanyak 20 pasang primer STS didesain menggunakan program Primer3 berhasil mengamplifikasi DNA genom kedelai Tanggamus. Terdapat 19 SNP yang terdeteksi dari 20 SNP yang diuji. Hasil validasi SNP menunjukkan bahwa terdapat 16 dari 19 SNP benar keberadaan karena memiliki alel yang sesuai dengan alel alternatif. Sebanyak 3 dari 19 SNP tidak benar keberadaannya dalam genom kedelai Tanggamus karena memiliki alel yang sama dengan alel referensi William 82.
Keyword: soybean, SNP, validation

Judul: Kekonsistenan Hamiltonian pada Gerak Gelombang Interfacial
Abstrak: The interfacial wave is an internal wave that occurs at boundary of two layers fluid. It appears because there is difference of mass density between the two layers. The objective of this thesis is to formulate the motion of internal wave with flat base and flat as well as free upper bound surface. The motion equation obtained is a Hamiltonian system. The Hamiltonian in this system is expressed by variable of wave deviation and horizontal component of potential velocity. Under assumption that interfacial wave moves only in one direction, it can be shown that the Hamiltonian depends on the solution of the wave motion equation. The coefficients of the equation depend on the physical characteristics of the two layers of fluid, i.e. thickness and mass density. The numerical results show that Hamiltonian in the system is constant. It is consistent with Hamiltonian characteristic, which does not depend on time.
Keyword: