Judul: Genetic Diversity of Strawberry Based on Morphology and Molecular Marker and Evaluation of Drought Stress in In Vitro Conditions
Abstrak: Stroberi adalah salah satu buah beri populer di dunia yang banyak disukai karena rasa, aroma, dan kandungan nutrisinya. Upaya peningkatan stroberi baik kuantitas maupun kualitas dapat dilakukan dengan pendekatan pemuliaan tanaman yaitu dengan perakitan varietas unggul yang memiliki potensi hasil dan kualitas baik, tahan terhadap hama penyakit dan mampu beradaptasi dengan baik pada lingkungan tropis Indonesia yang dapat mengarah pada kondisi kekeringan. Keragaman genetik merupakan salah satu modal penting dalam kegiatan pemuliaan tanaman. Akses pada sumber daya pemuliaan dan keragaman genetik sering dikaitkan dengan keberhasilan dalam pemuliaan tanaman, oleh karena itu perlu dilakukan penelitian terhadap keragaman genetik stroberi baik secara morfologi maupun molekuler serta skrining terhadap cekaman kekeringan untuk mendapatkan informasi kutivar yang cocok dan adaptif ditanam pada kondisi lingkungan Indonesia serta sebagai pertimbangan dalam pemilihan tetua pada kegiatan pemuliaan tanaman dimasa datang. Penelitian keragaman genetik dilakukan pada 20 genotipe stroberi (P1-P20). Penelitian pertama dilakukan dengan melakukan analisis keragaman menggunakan marka morfologi yaitu dengan melakukan observasi visual pada 41 karakter morfologi tanaman yang selanjutnya dilakukan analisis klaster untuk mengetahui hubungan kedekatan antar genotipe berdasarkan nilai koefisien ketidakmiripannya. Tahapan selanjutnya yaitu analisis keragaman dengan menggunakan marka molekuler RAPD. Data hasil amplifikasi DNA dianalisis untuk mengetahui kemiripan antar genotipe, kemudian dilakukan analisis gabungan data hasil pengamatan morfologi dan molekuler. Pada penelitian selanjutnya dilakukan skrining sifat toleran cekaman kekeringan pada enam genotipe stroberi (P4, P6, P7, P15, P19, dan P20) secara in vitro dengan melakukan pemberian PEG pada media kultur sebagai agen seleksi. Hasil penelitian analisis keragaman dengan menggunakan marka morfologi menunjukkan bahwa terdapat keragaman genetik pada 20 genotipe stroberi yang diamati. Hal ini ditunjukkan dengan adanya perbedaan pada beberapa karakter morfologi tanaman yang diamati dimana terdapat 34 karakter yang polimorfik dari 41 karakter yang diamati. Analisis klaster membagi 20 genotipe stroberi menjadi 2 kelompok besar yang selanjutnya terbagi lagi menjadi beberapa sub kelompok. Nilai koefisien ketidakmiripan terendah adalah antara P16 dan P10 yaitu sebesar 0,0936 dan yang tertinggi adalah antara P1 dan P4 yaitu sebesar 0,5977 Penelitian dengan menggunakan 10 primer RAPD menghasilkan 111 pola pita dengan tingkat polimorfisme 95,5% dari total pita. Hasil perhitungan nilai Polymorphism Information Content (PIC) menunjukkan kisaran nilai antara 0,42 - 0,78 dengan rerata 0,52 yang berarti bahwa polimorfisme sebesar 42 – 78 % dapat dideteksi dengan menggunakan marka RAPD yang digunakan. Analisis klaster terhadap hasil PCR menunjukkan bahwa 20 genotipe stroberi terbagi menjadi 2 kelompok besar dan terbagi lagi menjadi beberapa sub kelompok. Nilai koefisien ketidakmiripan analisis molekuler berkisar antara 0,1321 - 0,5566 dengan nilai koefisien ketidakmiripan terendah antara P18 dengan P19 (0,1321) dan nilai koefisien ketidakmiripan tertinggi antara P8 dan P4 (0,5566). Analisis klaster gabungan memberikan hasil bahwa ke 20 genotipe terbagi menjadi 2 kelompok besar sebagaimana dendogram sebelumnya (morfologi dan molekuler). Koefisien ketidakmiripan analisis gabungan berkisar antara 0,1657 - 0,5264 dengan rerata 0,3697. Nilai koefisien ketidakmiripan terendah ialah antara P18 dengan P19 dan nilai koefisien ketidakmiripan tertinggi antara P8 dan P4. Hasil analisis ragam skrining enam genotipe stroberi secara in vitro menunjukkan bahwa interaksi antara perlakuan genotipe dan media berpengaruh nyata terhadap karakter panjang akar dan bobot kering akar. Berdasarkan nilai Stress Susceptibility Index (SSI) terhadap
Keyword: cluster analysis, coefficient dissimilarity

Judul: Genetic structure of mangosteen (Garcinia mangostana L.). based on morphology and molecular markers
Abstrak: Pengetahuan tentang variabilitas genetik manggis penting untuk program pemuliaan dan sebagai dasar bagi perbaikan tanaman serta peningkatan daya saing. Manggis dikenal sebagai tanaman buah tropika yang mempunyai mekasisme reproduksi secara apomiksis dengan variasi genetik yang sempit. Penelitian tentang variasi genetik pada manggis sudah cukup banyak dilakukan namun belum terverifikasi dengan baik. Informasi tentang struktur genetik serta hubungan antara keragaman morfologi dan genetik belum tersedia. Untuk itu perlu dilakukan serangkaian kegiatan penelitian yang bertujuan untuk: 1). Mempelajari variasi genetik manggis pada tingkat individu berdasarkan karakter morfologi dan molekuler, 2). Mempelajari hubungan antara variasi morfologi dan genetik, dan 3). Mengungkap struktur genetik empat populasi manggis Indonesia berbasis marka molekuler. Kombinasi antara pendekatan morfologi dengan teknik analisis DNA memegang peranan penting dalam studi keragaman dan identifikasi varietas manggis. Pendekatan ini dapat meningkatkan akurasi dan mempersingkat waktu penelitian. Sebelas marka Inter-simple sequence repeat (ISSR) digunakan untuk mengetahui variasi genetik 22 individu manggis dari berbagai wilayah Sumatera. Hubungan antara karakter morfologi dan molekuler dipelajari menggunakan 33 aksesi manggis yang berasal dari Leuwiliang (Bogor-Jawa Barat), Kiara Pedes (Purwakarta-Jawa Barat), dan Pulau Palas (Tembilahan-Riau). Pengamatan morfologi difokuskan pada 10 karakter buah, dan analisis molekuler dilakukan dengan menggunakan 8 primer RAPD dan 5 primer ISSR. Struktur genetik populasi dipelajari dengan menggunakan 106 sampel tanaman manggis dari empat populasi manggis di Indonesia yaitu Purwakarta (Jawa Barat), Kerinci (Jambi), Tembilahan (Riau) dan Bulukumba (Sulawesi Selatan). Data morfologi dianalisis dengan metode Kruskal Wallis. Pengelompokan berdasarkan morfologi, molekuler dan gabungan morfologi dan mplekuler dianalisis dengan program NTSYSpc 2.1. Struktur genetik populasi dianalisis menggunakan program GenAlex 6.2.
Keyword: 

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: