Judul: Identifikasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Daerah 5'UTR Gen Kalpain (CAPN1) pada Sapi Bali
Abstrak: empukan daging yang memproduksi enzim kalpain sehingga berdampak pada kualitas daging. Tujuan dari penelitian ini adalah mengidentifikasi SNP 5’UTR gen CAPN1 pada sapi bali. Sampel DNA yang digunakan sebanyak 25 sampel sapi bali yang berasal dari BPTU-HPT sapi bali di Provinsi Bali. Analisis polymerase chain reaction (PCR) dan sequencing dilakukan untuk mendeteksi adanya SNP di daerah 5’UTR gen CAPN1. Data hasil sekuensing dianalisis menggunakan program Bio Edit, Finch TV dan MEGA7. Keragaman SNP dihitung mengunakan frekuensi alel dan genotipe, sedangkan keseimbangan Hardy-Weinberg dianalisis menggunakan uji χ2. Hasil menunjukkan bahwa ditemukan 1 SNP pada g.232 G>T di 5’UTR gen CAPN1 sapi bali. Berdasarkan hasil analisis frekuensi alel, ditemukan bahwa alel G memiliki frekuensi sebesar 0.6875 dan alel T sebesar 0.3125 dan dalam keadaan keseimbangan Hardy-Weinberg (P>0.05). Berdasarkan hasil yang diperoleh, SNP pada posisi g.232 G>T berpotensi dijadikan sebagai penanda genetik untuk kualitas daging. Perhitungan komposisi basa nukleotida menunjukkan basa G+C memiliki nilai lebih besar dibandingkan basa A+T.
Keyword: gen CAPN1, sapi bali, 5'UTR, SNP

Judul: Analisis Keragaman Gen Kalpastatin (Cast) Dan Kalpain-1 (Capn1) Terhadap Karakteristik Karkas Dan Daging Pada Sapi Bali
Abstrak: Sapi bali (Bos javanicus) sebagai sumber daya genetik ternak asli hasil domestikasi banteng (Bibos banteng) dan telah diakui oleh FAO sebagai salah satu bangsa sapi di dunia yang tersebar di seluruh Indonesia. Potensi yang dimiliki sapi bali belum dimanfaatkan secara optimal khususnya sebagai penghasil bibit dan produksi daging yang berkualitas (daging premium). Gen yang berperan penting terhadap karakteristik karkas dan daging adalah gen kalpastatin (CAST) dan kalpain-1 (CAPN1). Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi dan menganalisis ada tidaknya polimorfisme gen CAST dan CAPN1 pada sapi bali. Selain itu tujuan dari penelitian ini adalah menganalisis hubungan variasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP) gen CAST dan CAPN1 terhadap karakteristik karkas dan daging pada sapi bali. Sapi bali yang digunakan sebanyak 48 ekor dengan masing-masing 24 ekor jantan dan betina yang dipelihara di paddock yang sama dari BPTU-HMT Sapi Bali, Provinsi Bali. Keragaman SNP gen CAST pada ekson 15-16 dan gen CAPN1 pada ekson 5-6 diidentifikasi dengan metode direct-sequencing. Frekuensi alel, frekuensi genotipe, dan heterozigositas digunakan untuk menganalisis keragaman kedua gen tersebut. Keseimbangan genotipe dalam populasi dianalisis dengan uji keseimbangan Hardy-Weinberg (χ2) menggunakan program PopGen 1.32. Asosiasi keragaman genotipe gen CAST dan CAPN1 terhadap karakteristik karkas (TLD, TLP, TR, TLR) dan daging (MS dan PIMF) dianalisis menggunakan metode General Linear Model (GLM) dan diuji lanjut menggunakan Duncan Multiple Range Test dengan program SAS. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pada gen CAST ditemukan 25 SNP dan pada gen CAPN1 ditemukan 8 SNP yang bersifat polimorfik. Hasil asosiasi keragaman gen CAST terhadap karakteristik karkas ditemukan 20 SNP (c.100665A>G, c.100732T>C, c.100762C>G, c.100764A>G, c.100765T>A, c.100766T>G, c.100767T>G, c.100768T>G, c.100769T>G, c.100770A>T, c.100771G>A, c.100773C>G, c.100774T>C, c.100776C>T, c.100777T>C, c.100778G>T, c.100780A>C, c.100786C>T, c.100800G>A, c.100876G>A) nyata pengaruhnya (P>0.05) terhadap TR, namun tidak ditemukan SNP yang berasosiasi nyata terhadap karakteristik daging. Gen CAPN1 ditemukan 2 SNP yang berasosiasi nyata terhadap karakteristik karkas yaitu SNP c.3194C>T berasosiasi nyata terhadap TR dan SNP c.3379G>A berasosiasi nyata terhadap TLR. Selain itu ditemukan 2 SNP yang berasosiasi nyata terhadap karakteristik daging yaitu SNP c.3194C>T dan c.3424C>T berasosiasi nyata terhadap MS. SNP yang berasosiasi nyata berpotensi digunakan sebagai Marker Assisted Selection (MAS) khususnya pada sapi Bali.
Keyword: sapi bali, gen CAST, gen CAPN1, SNP

Judul: Tinjauan Matematis pada Model Makroskopik dan Mikroskopik Arus Lalu-lintas
Abstrak: Traffic flow phenomenon can be described through mathematical model such as continuous dynamic model with an ordinary differential equation so that it can be solved with integral factors. In this paper three simple models of traffic flow are discussed, i.e, two macroscopic and one microscopic models. Macroscopic model formulates dynamics of the traffic flow that occurs on a large number of vehicles on a road. While the microscopic model explains drivers’ behavior in their interaction with other vehicles ahead, i.e, car-following model. This paper shows the existence of ordinary differential equation found in the traffic flow model and indicates some different representations in the context of the same model. It also reviews a simple model of traffic flow along a single link, which leads to some unexpected results, i.e, it can express the solution model in term of link outflows as well as trip time. In the microscopic model, simulation is done to illustrate the behavior of the drivers with a sensitivity coefficient as a benchmark parameter.
Keyword: