Judul: Potential of Endophytic Actinomycete of Liliaceae as Biocontrol Agents of Basal Plate Rot Disease (Fusarium oxysporum f.sp. cepae) on Shallots
Abstrak: RINGKASAN LISA MARIANAH. Potensi Aktinomiset Endofit Tanaman Liliaceae sebagai Agens Pengendali Penyakit Busuk Pangkal Umbi (Fusarium oxysporum f.sp. cepae) pada Bawang Merah. Dibimbing oleh ABDJAD ASIH NAWANGSIH, ABDUL MUNIF, GIYANTO dan EFI TODING TONDOK. Indonesia merupakan salah satu negara penghasil bawang merah dan sudah mengekspor ke beberapa negara seperti Malaysia, Thailand dan Singapura. Produktivitas bawang merah di Indonesia masih rendah dan masih dapat ditingkatkan. Faktor penyebab rendahnya produksi bawang merah nasional di antaranya adalah serangan patogen penyebab busuk pangkal umbi yaitu Fusarium spp. spesies kompleks. Penyakit busuk pangkal umbi termasuk penyakit merugikan pada tanaman bawang merah di Indonesia maupun di dunia, karena menyebabkan kerusakan di lapangan dan juga di penyimpanan. Patogen penyebab penyakit ini di Indonesia juga belum teridentifikasi secara pasti, apakah hanya disebabkan oleh satu spesies atau lebih. Upaya pengendalian di tingkat petani saat ini masih mengandalkan fungisida kimia sintetik. Aplikasi fungisida kimia yang bersifat sistemik dapat menyebabkan berkurangnya populasi mikroba bermanfaat, termasuk aktinomiset endofi pada tanaman. Berkurangnya kelimpahan mikroba bermanfaat pada tanaman menyebabkan tanaman lebih rentan terhadap patogen. Alternatif pengendalian yang diharapkan dapat mengurangi aplikasi fungisida dan aman bagi lingkungan adalah dengan pemanfaatan agens hayati. Beberapa agens hayati yang sudah diteliti mampu menekan perkembangan penyakit busuk pangkal umbi antara lain adalah bakteri Bacillus velezensis, Trichoderma sp., Fusarium non-patogen dan aktinomiset rizosfer. Saat ini di Indonesia belum ada penelitian yang mengungkapkan potensi aktinomiset endofit tanaman Liliaceae untuk menekan perkembangan penyakit penyakit busuk pangkal umbi pada tanaman bawang merah. Aktinomiset endofit merupakan kelompok bakteri yang dilaporkan berpotensi sebagai agens biokontrol. Aktinomiset endofit juga penghasil metabolit sekunder terbesar yang mengandung antibiotik, memproduksi senyawa bioaktif yang bersifat antifungi, menginduksi ketahanan dan memacu pertumbuhan tanaman. Kemampuan dalam menghambat patogen secara langsung dan sebagai penginduksi ketahanan tanaman merupakan keunggulan aktinomiset endofit dibandingkan dengan agens biokontrol lainnya. Aktinomiset endofit hidup di dalam jaringan tanaman, sehingga memberi keuntungan berkurangnya faktor-faktor pengganggu dari luar. Tingginya intensitas aplikasi pestisida pada budi daya bawang merah dikhawatirkan menyebabkan berkurangnya kelimpahan mikroba bermanfaat, sehingga dibutuhkan tanaman lain kelompok famili Liliaceae sebagai sumber isolat aktinomiset endofit. Penelitian ini bertujuan: 1) mengidentifikasi dan mempelajari morfologi cendawan Fusarium spp. spesies kompleks yang menyebabkan penyakit busuk pangkal umbi pada bawang merah di Jawa; 2) mempelajari gejala-gejala penyakit busuk pangkal umbi pada bawang merah akibat infeksi cendawan patogen Fusarium spp.; 3) mendapatkan isolat aktinomiset endofit potensial dalam menekan pertumbuhan cendawan F. oxysporum f.sp. cepae; 4) mengevaluasi mekanisme penghambatan aktinomiset endofit terhadap F. oxysporum f.sp. cepae. Penelitian terdiri 4 tahapan yaitu: 1) isolasi cendawan Fusarium spp. dan aktinomiset endofit tanaman Liliaceae; 2) uji potensi aktinomiset endofit sebagai agens biokontrol; 3) uji keefektifan isolat aktinomiset terhadap F. oxysporum f.sp. cepae; 4) uji kolonisasi dan identifikasi isolat aktinomiset endofit secara molekuler. Cendawan F. oxysporum f.sp. cepae diisolasi dari tanaman bawang merah bergejala penyakit busuk pangkal umbi dari Brebes. Isolat murni diamati morfologinya, dilakukan uji patogenisitas pada umbi dan tanaman bawang merah, lalu diidentifikasi secara molekuler menggunakan primer universal dan primer spesifik (SIX3, C5 dan CRX1). Aktinomiset endofit diisolasi dari tanaman famili Liliaceae menggunakan media pertumbuhan WYA, CSA, dan YEMA. Isolat dipastikan benar-benar aktinomiset dengan pengamatan morfologi dan dimurnikan pada media ISP2.
Keyword: Brebes, Fusarium, molecular identification, resistance induction, specific primers, Streptomyces

Judul: The Potential Of Actinomycetes from Rhizosphere of Liliaceae Plants as Biological Control Agents of Fusarium Basal Rot Disease (Fusarium oxysporum f. sp. cepae) on Shallots
Abstrak: Penyakit moler merupakan salah satu penyakit penting pada tanaman bawang merah yang disebabkan oleh Fusarium oxysporum f. sp. cepae. Patogen ini merupakan patogen tular tanah, yang dapat bertahan di tanah meskipun tidak ada inang. Pengendalian F. oxysporum f. sp. cepae dengan menggunakan fungisida sintetik merupakan pengendalian yang paling diminati oleh petani karena lebih praktis diaplikasikan dan mudah didapatkan. Namun, aplikasi fungisida sintetik ternyata belum efektif dalam mengendalikan penyakit moler. Selain itu, penggunaan fungisida sintetik yang tidak bijaksana dapat menyebabkan resistensi patogen. Keberhasilan aktinomiset dalam mengendalikan penyakit tular tanah telah banyak dilaporkan. Namun, pemanfaatan aktinomiset untuk mengendalikan penyakit moler belum banyak dilakukan. Aktinomiset merupakan penghasil antibiotik terbesar yang potensial dimanfaatkan dalam pengendalian penyakit tanaman. Penggunaan aktinomiset yang diisolasi dari tanaman Liliaceae diharapkan dapat menekan penyakit moler sekaligus memacu pertumbuhan tanaman. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi dan menyeleksi isolat-isolat aktinomiset yang dapat menekan pertumbuhan F. oxysporum f. sp. cepae sekaligus memacu pertumbuhan tanaman bawang merah. Penelitian terdiri dari empat tahap, yaitu: isolasi, seleksi, karakterisasi dan identifikasi isolat aktinomiset yang potensial. Isolat yang berhasil diisolasi diuji keamanan hayatinya melalui uji hipersensitivitas, uji patogenisitas dan uji hemolisis. Isolat yang lolos seleksi pada ketiga uji tersebut selanjutnya diuji kemampuan antagonismenya terhadap F. oxysporum f. sp. cepae melalui uji dual culture. Isolat yang memberikan penghambatan tertinggi diuji keefektifannya di rumah kaca. Isolat tersebut juga dikarakterisasi kemampuan fisiologinya dalam menghasilkan enzim kitinase, melarutkan fosfat, memproduksi IAA dan menambat nitrogen. Isolat-isolat potensial diidentifikasi secara molekuler menggunakan primer spesifik aktinomiset 27F dan 16Sact1114R. Isolat terbaik yang mampu menekan F. oxysporum f. sp. cepae baik secara in vitro maupun in vivo dianalisis kandungan senyawa bioaktifnya dengan menggunakan Gas Chromatography- Mass Spectrometry (GC-MS). Sebanyak 43 isolat aktinomiset berhasil diisolasi dari tanaman Liliaceae dan 14 isolat diantaranya tidak bersifat patogen pada tumbuhan dan mamalia. Pada pengujian in vitro, 14 isolat tersebut menghasilkan penghambatan terhadap F. oxysporum f. sp. cepae sebesar 3,67-53,67%. Sebanyak 13 isolat mampu memproduksi enzim kitinase dengan indeks kitinolitik sebesar 0,31-1,38. Berdasarkan hasil uji in vitro, sebanyak lima isolat yaitu: ABF 42, ABF 59, ACF 45, AEF 35 dan AEF 45 potensial untuk diuji secara in vivo. Pada pengujian pemacuan pertumbuhan menggunakan metode ragdoll seed germination, isolat ABF 42, ABF 59, AEF 45 dapat meningkatkan daya berkecambah. Isolat ABF 42, ACF 45, AEF 35, AEF 45 dapat meningkatkan panjang hipokotil. Isolat ACF 45 dan AEF 45 dapat meningkatkan bobot basah bawang merah. Berdasarkan hasil pengujian di rumah kaca, perlakuan lima isolat potensial dapat menurunkan kejadian penyakit moler baik pada varietas Bauji maupun varietas Tuk Tuk. Penekanan penyakit tertinggi pada varietas Bauji ditunjukkan oleh perlakuan isolat ABF 59 dan ABF 42 yang diisolasi dari tanaman Zephyrantes rosea. Pada varietas Tuk Tuk penekanan penyakit tertinggi ditunjukkan oleh isolat AEF 45 yang diisolasi dari tanaman Hymenocallis littoralis. Isolat ABF 42, ABF 59 dan AEF 45 juga dapat meningkatkan pertumbuhan tanaman bawang merah. Lima isolat potensial memiliki karakter fisiologi dapat melarutkan fosfat dan menghasilkan IAA. Indeks pelarutan fosfat tertinggi ditunjukkan oleh isolat ACF 45 sebesar 2,06. Produksi IAA tertinggi ditunjukkan oleh isolat AEF 45 sebesar 82,88 ppm. Isolat ABF 42, ACF 45, dan AEF 45 dapat
Keyword: busuk pangkal umbi, enzim kitinase, PGPR, PHT, Streptomyces spp.

Judul: Hamiltonian formulation for linear waves motion in two layers fluid
Abstrak: The surface wave could be considered as a wave that separates two fluids, namely water and air. Based on this assumption, it is introduced the interfacial wave, a wave between two layers of fluid with different density. The formulation of interfacial waves motion begins with deriving the base equation of irrotational ideal fluid. Furthermore, according to irrotational fluid assumption, the base equation can be stated in velocity potential. In this derivation, the fluids domain is assumed to be restricted by rigid lid boundary conditions, both at the upper and lower limit. Therefore, the interfacial waves motion can be explained in a hamiltonian formulation. In the hamiltonian formulation, total energy is defined as the sum of kinetic and potential energy. The hamiltonian system is obtained from reduction of kinetic energy by using the Dirichlet Neumann Operator. The resulted kinetic energy equation is nonlinear. Therefore, this form is linearized by first part of the Taylor expansion. This linearization gives a dispersion relation of linear wave. Based on this dispersion relation, the phase speed of the linear wave depends on the density ratio of the two layers fluid.
Keyword: