Judul: Sugarcane streak mosaic virus pada Tebu di Lampung dan Sulawesi Selatan: Insidensi Penyakit, Karakterisasi Gen Protein Selubung dan Pengembangan Metode Deteksinya.
Abstrak: Tebu (Saccharum officinarum L.) merupakan tanaman komersial yang penting dan kontribusinya besar untuk produksi gula di dunia, termasuk di Indonesia. Produksi gula dalam negeri yang masih rendah, menyebabkan pemerintah melakukan impor gula untuk memenuhi kebutuhan dalam negeri. Pemerintah berusaha mengurangi nilai impor gula dengan melakukan peningkatan luas lahan, produktivitas dan rendemen. Peningkatan luas lahan secara ekstensifikasi dilakukan dengan mengembangkan perkebunan tebu ke luar wilayah sentra produksi dan secara intensifikasi dengan penggunaan varietas unggul dan benih bermutu. Produktivitas tanaman tebu terutama ditentukan oleh kondisi agroklimat dimana tanaman tumbuh dan gangguan hama dan penyakit, termasuk yang disebabkan oleh infeksi virus. Virus utama yang dilaporkan menginfeksi tanaman tebu adalah Sugarcane mosaic virus (SCMV), Sugarcane streak mosaic virus (SCSMV), dan Sugarcane yellow leaf virus (SCYLV). Informasi mengenai status sebaran ketiga virus utama tersebut di luar Pulau Jawa belum ada yang melaporkannya. Data mengenai status sebaran tersebut diperlukan, terkait dengan program pemerintah untuk mengembangkan daerah sentra produksi tebu baru di luar Pulau Jawa. Salah satu konsekuensi dari pembukaan lahan sebagai sentra produksi tebu baru adalah harus dijamin ketersediaan bibit tebu berkualitas dan sehat dalam jumlah besar. Kegiatan indeksing dan pemantauan kesehatan bibit tebu harus didukung oleh metode deteksi dengan tingkat sensitivitas dan spesifisitas yang baik, serta memungkinkan digunakan untuk mendeteksi sampel dalam jumlah besar. Penelitian telah dilakukan dengan tujuan: (1) Mengetahui daerah sebar SCSMV dan virus penyebab penyakit mosaik tebu yang lain di Lampung dan Sulawesi Selatan; (2) Melakukan karakterisasi molekuler berbasis asam nukleat dan protein terhadap gen selubung protein (CP) isolat SCSMV asal Lampung dan Sulawesi Selatan, serta hubungan filogenetiknya dengan isolat dari negara lain; dan (3) Mendapatkan metode deteksi cepat SCSMV sebagai metode untuk melakukan indeksing dan pemantauan kesehatan bibit tebu. Kegiatan penelitian yang dilakukan meliputi tiga topik penelitian, yaitu (1) Survei distribusi dan insidensi SCSMV, SCMV, dan SCYLV di perkebunan tebu di Lampung dan Sulawesi Selatan; (2) Karakterisasi molekuler asam nukleat dan protein gen CP beberapa isolat SCSMV; dan (3) Pengembangan metode serologi (dot immunobinding assay/DIBA dan enzyme-linked immunosorbent assay/ELISA) dan molekuler (reverse transcription polymerase chain reaction/RT-PCR, hibridisasi asam nukleat dan immunocapture (IC)-RT-PCR) sebagai metode deteksi SCSMV. Hasil survei lapangan dan deteksi di laboratorium mengonfirmasi bahwa infeksi SCSMV, SCMV dan SCYLV pada tebu secara tunggal maupun ganda telah ditemukan di Lampung Tengah, Bone, Gowa dan Takalar. SCSMV sudah menginfeksi beberapa klon tebu komersial yang ditanam di dalam maupun luar Pulau Jawa. Insidensi dan keparahan penyakit pada penyakit mosaik bergaris dipengaruhi oleh kondisi agroklimat, terutama curah hujan di daerah perkebunan tebu. Semakin tinggi curah hujan, nilai insidensi dan keparahan penyakit semakin tinggi. Berkaitan dengan kegiatan survei dan pemantauan penyakit di lapangan dapat direkomendasikan untuk mengambil daun tebu urutan -2 sebagai sampel lapangan, karena daun tersebut mengandung konsentrasi SCSMV yang tinggi (2.037 ng.μL-1) berdasarkan hasil uji PCR kuantitatif. Deteksi dengan metode konvensional PCR menggunakan pasangan primer SCSMV 547F/AP3 berhasil mengamplifikasi bagian dari gen protein selubung (CP) SCSMV dari sampel tebu hasil survei. Satu klon gen CP SCSMV yang mewakili masing-masing SCSMV isolat Bone, Gowa, Takalar dan Lampung Tengah dipilih untuk digunakan dalam analisis runutan gen CP SCSMV. Homologi runutan nukleotida maupun asam amino 4 klon tersebut
Keyword: bibit tebu sehat, distribusi penyakit, gen selubung protein, metode indeksing, sensitivitas