Judul: Identifikasi Nematoda Puru Akar Pada Tanaman Padi Di Jawa Barat Dan Pengendaliannya Dengan Bakteri Endofit.
Abstrak: Nematoda puru akar (NPA), Meloidogyne sp. adalah salah satu patogen penting pada tanaman padi di beberapa wilayah di dunia. Informasi mengenai NPA pada tanaman padi di Indonesia, khususnya di Jawa Barat sangat penting mengingat posisinya sebagai salah satu sentra produksi padi nasional. Tujuan dari penelitian ini adalah mengidentifikasi nematoda puru akar pada tanaman padi di beberapa daerah di Jawa Barat secara morfologi dan molekuler dan menguji peranan bakteri endofit dalam mengendalikan NPA pada tanaman padi. Identifikasi Meloidogyne sp. terdiri atas pengamatan dan pengambilan sampel di lapangan, identifikasi morfologi mencakup pengukuran morfometrik dan pengamatan pola perineal, dan identifikasi molekuler mencakup analisis runutan untuk menentukan kesamaan susunan nukleotida dan pembuatan pohon filogenetik. Pengujian pengaruh bakteri endofit meliputi uji kultur filtrat bakteri endofit terhadap mortalitas larva instar 2 Meloidogyne secara in vitro dan efikasi bakteri endofit untuk mengendalikan puru akar pada tanaman padi di rumah kaca. Gejala penyakit yang disebabkan oleh Meloidogyne sp. pada tanaman padi terlihat pada bagian akar terbentuk puru dan bagian permukaan atas tanah pertumbuhan tanaman terhambat. Hasil pengamatan di lapangan menunjukkan bahwa NPA ditemukan menginfeksi tanaman padi di beberapa daerah di wilayah Jawa Barat yaitu di Bogor, Cirebon dan Sukabumi. Hasil pewarnaan nematoda membuktikan bahwa semua stadia perkembangan NPA yang meliputi telur, larva instar 2, 3, 4, betina dewasa dan jantan dewasa ditemukan pada jaringan akar padi yang terinfeksi. Hasil pengukuran morfometrik terhadap panjang tubuh, panjang stilet, lebar badan maksimum, dan panjang ekor larva instar 2 maupun identifikasi morfologi terhadap pola perineal betina dewasa, maka disimpulkan bahwa Meloidogyne sp. yang ditemukan pada tanaman padi di tiga daerah tersebut adalah M. graminicola. Metode PCR dengan menggunakan primer rDNA2 dan rDNA1.58s berhasil mengamplifikasi DNA nematoda puru akar asal Bogor, Cirebon, Sukabumi, dan Yogyakarta. Sampel NPA asal Yogyakarta digunakan sebagai konfirmasi ulang adanya M. graminicola pada padi yang pertama kali dilaporkan di Indonesia pada tahun 1993. Fragmen DNA hasil amplifikasi berukuran ±450 pb yang kemudian dilakukan analisis sekuens DNA. Hasil identifikasi molekuler menunjukkan bahwa NPA asal Jawa Barat dan Yogyakarta merupakan spesies M. graminicola. Tingkat kesamaan M. graminicola asal Jawa Barat dan Yogyakarta mencapai 99.5 sampai 100% dengan spesies M. graminicola asal Cina, India, Nepal, Bangladesh, dan Vietnam. Berdasarkan pohon filogenetik M. graminicola asal Cirebon, Sukabumi, dan Yogyakarta berada dalam satu kelompok dengan Cina, India, Nepal, Bangladesh, dan Vietnam, sedangkan M. graminicola asal Bogor berada di luar kelompok tetapi masih dekat kekerabatannya. Setelah dilakukan pensejajaran, perbedaan runutan nukleotida M. graminicola asal Bogor dengan yang lainnya terletak pada urutan basa 81 yaitu guanina dan yang lainnya adalah timina. vi Lima isolat bakteri endofit asal tanaman padi, yaitu isolat Si33, Si2, Sp24, GH1, dan G053 diuji untuk melihat pengaruhnya terhadap NPA pada tanaman padi. Uji in vitro kultur filtrat bakteri endofit terbukti efektif meningkatkan persentase mortalitas larva instar 2 M. graminicola mencapai 99.35 hingga 100 %. Isolat bakteri endofit juga mampu menekan jumlah puru akar pada tanaman padi dengan kisaran 42.75-49.25% pada percobaan di rumah kaca. Hasil penelitian ini mengindikasikan bahwa isolat bakteri endofit yang digunakan dalam penelitian ini mempunyai potensi sebagai agens biokontrol untuk mengendalikan M. graminicola pada tanaman padi.
Keyword: Morfologi, molekuler, filogenetik, in vitro, rumah kaca