Judul: Kajian Gen-gen Pengontrol Pertumbuhan dan Perlemakan pada Ayam Kampung, Broiler Parent Stock, dan Silangannya
Abstrak: Ayam kampung merupakan sumber daya genetik ternak asli Indonesia. Ayam kampung mempunyai peranan penting dalam ketahanan pangan khususnya protein hewani asal ternak unggas. Konsumsi daging ayam kampung nasional pada tahun 2012 adalah 0.521 kg-1kapita-1tahun-1. Hal ini lebih rendah dari konsumsi ayam broiler yang mencapai 3.494 kg-1kapita-1tahun-1 (Ditjennak Keswan 2012). Hal ini karena ayam broiler merupakan ternak yang secara genetik memiliki keunggulan dalam pertumbuhan dan keempukan daging, tetapi daya adaptasi lingkungan dan ketahanan terhadap penyakit masih rendah. Perbaikan mutu genetik perlu dilakukan untuk meningkatkan pertumbuhan dan kualitas daging terutama perlemakannya. Perbaikan pertumbuhan melalui seleksi telah dilakukan dengan menggunakan beberapa gen pengontrol sifat pertumbuhan diantaranya gen growth hormon (GH), gen growth hormon reseptor (GHR), gen insuline-like growth factor-1 (IGF-1), dan gen insuline-like growth factor-1 reseptor (IGF-1R). Selain sifat pertumbuhan peningkatan mutu genetik dapat dilakukan berdasarkan sifat kualitas karkasnya terutama perlemakan. Ada beberapa gen pengontrol lemak yang memiliki peran penting seperti adipose fatty acid binding protein (A-FABP), very low density apolipoprotein (ApoVLDLII) dan stearoyl co-a desaturase (SCD). Tujuan dari penelitian ini adalah 1) mengidentifikasi keragaman gen terkait sifat pertumbuhan dan perlemakan ayam silangan Kampung-broiler, 2) mengasosiasikan keragaman gen dengan sifat pertumbuhan dan perlemakan ayam silangan Kampung-broiler, 3) menganalisis ekspresi gen ayam dengan asam lemak tinggi dan asam lemak rendah Hasil penelitian tahap I menunjukkan bahwa keragaman pada lokus IGF1|PstI bersifat monomorfik. Pada semua populasi hanya ditemukan satu genotipe (AA) dan satu alel (A). Keragam pada lokus IGF1R|AluI bersifat polimorfik pada populasi ayam kampung dan monomorfik pada populasi ayam broiler dan silangan kampung-broiler. Pada ayam broiler dan silangan kampungbroiler hanya ditemukan genotipe CC dan alel C. Pada populasi ayam kampung ditemukan dua genotipe (CC dan CT) dan dua alel (C dan T). Keragaman lokus IGFBP2|Eco72I bersifat polimorfik untuk semua populasi ayam. Pada lokus ini ditemukan tiga genotipe (CC, CT, TT) dan dua alel (C dan T). Pada lokus AFABP| TaqI, keragaman bersifat polimorfik dengan munculnya tiga genotipe (AA, AG, dan GG) dan dua alel (A dan G). Keberagaman (polimorfik) terjadi pada lokus SCD|AciI. Pada lokus ini ditemukan tiga genotipe (AA, GG dan AG) dan dua alel (A dan G). Keseimbangan Hardy-Weinberg secara umum terjadi pada semua populasi ayam. Keseimbangan ini menunjukkan adanya perkawinan acak dan tidak adanya seleksi. Hasil penelitian tahap II menunjukkan bahwa ditemukannya tiga genotipe (CC, CT dan TT) dan dua alel (C dan T) di lokus IGFBP2|Eco72I pada semua populasi ayam. Pada tahap ini diketahui bahwa keragaman gen IGFBP2 secara umum berasosiasi dengan komposisi karkas. Asosiasi signifikan terlihat pada peubah bobot potong, dada, daging dada, Pectoralis minor, dan sayap. Peubah bobot karkas, Pectoralis mayor, dan paha tidak berasosiasi dengan keragaman gen IGFBP2. Ayam kampung dengan genotipe TT memiliki nilai tertinggi pada peubah bobot potong, dada, dan sayap (P<0.05). Genotipe CC terbesar terlihat pada peubah bobot daging dada dan Pectoralis minor (P<0.05). Ayam dengan genotipe CT memiliki nilai paling rendah pada semua peubah (P<0.05). Pada tahap III, sepasang primer telah digunakan untuk mengamplifikasi 492 pb dari fragmen gen ApoVLDLII intron 1. Ada sebuah SNP G/A pada basa ke 634 berdasarkan nomor akses GenBank V00448. Pada penelitian ini genotipe AA tidak ditemukan dan hanya ada
Keyword: ayam kampung, keragaman gen, asosiasi, ekspresi gen, pertumbuhan, perlemakan