Judul: Keragaman Genetik Durian (Durio Spp) Berdasarkan Penanda Inter-Simple Sequence Repeat (Issr)
Abstrak: Durio adalah suatu marga yang anggotanya merupakan pohon tahunan yang secara taksonomi dikelompokkan pada bangsa Malvales dan suku Malvaceae, yang berjumlah 34 jenis, walaupun hanya sembilan jenis saja yang dapat dikonsumsi, yaitu D. zibethinus, D. kutejensis, D. dulcis, D. graveolens, D. grandiflorus, D. testudinarum D. oxleyanus, D. lowianus dan D. mansonii. Pusat keanekaragaman jenis durian adalah di pulau Kalimantan, tetapi hanya jenis D. zibethinus yang paling umum dan tersebar meluas ke pulau-pulau lain di Indonesia, serta dijumpai di negara-negara Asia Tenggara, seperti Malaysia, Thailand, Vietnam, Myanmar (Burma), Philipina, Sri Lanka, India, dan Papua New Guinea. Secara umum, nama lokal Durian lebih tertuju pada jenis D. zibethinus. Jenis lain yang banyak dibudidayakan adalah Lai (D. kutejensis) yang menghasilkan buah dengan aril berwarna kuning hingga jingga. Kedua jenis tersebut berbeda dengan Durian Tengkurak (D. tanjungpurensis). Durian Tengkurak (D. tanjungpurensis) mempunyai letak tandan buah pada pangkal batang pohon, sedangkan Durian (D. zibethinus) dan Lai (D. kutejensis) dengan buah yang terletak pada cabang pohon. Durian Tengkurak merupakan jenis baru dan endemik dari Kabupaten Sekadau, Kalimantan Barat, sebagai aset penting ketersediaan plasma nutfah durian, maka jenis ini perlu dieksplorasi keragaman genetiknya. Penelitian ini memiliki beberapa tujuan, yaitu mengoptimasi teknik isolasi DNA konvensional akibat banyaknya polisakarida yang mengganggu kualitas DNA; menganalisis keragaman genetik dari Durian Tengkurak (D. tanjungpurensis) Kalimantan Barat menggunakan penanda ISSR; menganalisis keragaman genetik pada Durian (D. zibethinus) dan Lai (D. kutejensis); dan menentukan penanda ISSR menjadi lokus spesifik-jenis yang digunakan untuk pembeda antara jenis durian. Manfaat penelitian yang diperoleh adalah (1) mendapatkan tahapan teknik isolasi DNA yang optimum; (2) menginformasikan profil keragaman genetik durian Tengkurak (D. tanjungpurensis), Durian (D. zibethinus) dan Lai (D. kutejensis) menggunakan penanda ISSR, yang dapat digunakan dalam tujuan konservasi plasma nutfah durian; dan (3) memperoleh lokus spesifik-jenis berbasis penanda ISSR yang berguna untuk mengidentifikasi jenis durian. Ada permasalahan dalam isolasi DNA khusus untuk Durian (D. zibethinus) dan Lain (D. kutejensis) yaitu sulitnya mendapatkan DNA hasil ekstraksi yang berkualitas baik. Adanya polisakarida yang tinggi pada daun menyebabkan sulitnya mendapatkan DNA berkualitas, dibandingkan dengan DNA hasil isolasi pada jenis Durian Tengkurak (D. tanjungpurensis). Rendahnya kualitas DNA yang diperoleh dari isolasi Durian (D. zibethinus) dan Lai (D. kutejensis) terlihat dari sulitnya melakukan amplifikasi DNA dalam proses PCR. Oleh karena itu, teknik isolasi DNA untuk kedua jenis ini dimodifikasi dengan melakukan pemisahan polisakarida secara berulang, setelah langkah pengeringan dan perolehan pelet DNA. Keragaman genetik Durian Tengkurak (D. tanjungpurensis) yang tersebar pada 6 populasi (Hutan Rejunak, Hutan Rawak, Tembaga, Bukit Merindang, Bukit Sagu 1 dan Bukit Sagu 2) berhasil digambarkan menggunakan sepuluh primer ISSR. Masing-masing primer menghasilkan produk PCR yang bervariasi pada ukuran (200 sampai 2000 bp) dan jumlah pita (11 sampai 23). Total jumlah pita yang terukur dan terdeteksi 5 adalah 148, dengan rata-rata jumlah pita per primer yaitu 14.8. Parameter keragaman genetik Durian Tengkurak (D. tanjungpurensis) bervariasi antar enam populasi berbeda. Jumlah rata-rata alel yang diamati berkisar dari 1.42 sampai 1.62, jumlah alel efektif bervariasi dari 1.19 sampai 1.34, nilai Indeks Informasi Shannon berkisar dari 0.20 sampai 0.31, dan tingkat keragaman genetik bervariasi dari 0.12 sampai 0.21. Tingkat polimorfisme lokus bervariasi dari 41.89% sampai
Keyword: Durio, Durian Tengkurak, jenis endemik, keragaman genetik, lokus spesifik, penanda ISSR, sidik jari DNA