Judul: Deteksi dan Keragaman Molekuler Virus Newcastle Disease yang Bersirkulasi di Beberapa Wilayah Aceh
Abstrak: Newcastle Disease (ND) adalah penyakit menular yang sangat merugikan bagi industri peternakan unggas. Penyakit ND masih endemik di Indonesia termasuk Aceh. Diagnosis ND di Aceh umumnya masih berdasarkan gejala klinik, patologik maupun secara serologik. Kajian virologik yang dilakukan pada penelitian terdahulu membuktikan tingginya prevalensi infeksi virus ND pada ayam kampung di Aceh sedangkan kajian infeksi ND pada unggas lain masih belum dilakukan. Tujuan penelitian ini adalah 1) melihat keragaman isolat virus, 2) mendeteksi dan mengisolasi virus pada ayam buras dan unggas air, 3) mengidentifikasi dan mengkarakterisasi virus secara serologi dan molekuler. Pengambilan sampel dilakukan di penampungan maupun pasar unggas yang tersebar di 12 kecamatan dalam wilayah Kabupaten Aceh Besar dan Kota Banda Aceh. Sampel usap orofaring dan kloaka dikoleksi dari 35 ekor bebek dan 106 ekor ayam peternakan (broiler, layer dan ayam Arab). Real-time Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (rRT-PCR) dengan target gen matrix dari virus ND digunakan untuk uji skrining terhadap sampel pool yang terdiri dari 5-6 sampel. Sampel-sampel individu yang terpilih berdasarkan jenis unggas, sampel dan lokasi di inokulasi pada telur ayam embrio (SPF) untuk isolasi virus. Keanekaragaman genetik isolat-isolat virus ND di uji dengan menggunakan real-time dan konvensional gel-elektroforesis RT-PCR terhadap gen fusion; 69 isolat VND asal ayam kampung yang diperoleh dari hasil penelitian terdahulu dalam waktu dan area studi yang sama juga dikutsertakan dalam analisis ini. Infeksi virus ND dideteksi pada 15 (54%) pool sampel usap orofaring dan 21 usap kloaka sebanyak 15 pool (54%) dan swab kloaka sebanyak 21 pool (75%). Hasil inokulasi masing-masing sampel individu dari pool positif menghasilkan 15 isolat VND. Sebelas dari 15 isolat tersebut digolongkan sebagai virus virulen dan empat virus avirulent berdasarkan identifikasi dengan rRT-PCR gen fusion. Seekor bebek yang nampak sehat mampu mekskresikan virus ND virulen melalui orofaring dan kloaka, sementara sebagian besar ayam umumnya mengeluarkan virus virulen melalui orofaring. RT-PCR konvensional dengan target gen fusion berhasil mengamplifikasi ke 15 isolat tersebut. Penentuan patotipe menggunakan rRT-PCR terhadap 69 isolat VND ayam kampung menggolongkan 57 isolat sebagai VND virulen dan 12 isolat avirulent. VND. Enam isolat dari masing-masing patotipe VND tersebut tidak bisa dideteksi oleh RT-PCR konvensional. Hal ini menunjukkan adanya keragaman genetik dari VND yang bersirkulasi pada ayam kampung. Penelitian ini secara umum mengkonfirmasi adanya infeksi VND pada bebek dan beberapa ayam ras di beberapa wilayah Aceh dan infeksinya bisa bersifat subklinik. Metode RT-PCR konvensional maupun realtime dapat digunakan untuk tujuan deteksi dan identifikasi virus ND; tetapi, adanya keragaman genom VND bisa mengakibatkan perlunya pengembangan uji diagnostik berbasis PCR yang lain. Virus ND yang bersirkulasi pada ayam kampung pada umumnya lebih beragam secara genetik dari pada virus ND yang diisolasi dari jenis unggas lain. Penelitian lebih lanjut diperlukan untuk membuktikan keanekaragaman VND yang bersirkulasi di Aceh.
Keyword: Newcastle disease, RT-PCR, rRT-PCR, virulensi, keragaman antigenik.