arulpm/triplet_large huggingface dataset:
Judul: Kajian Pendugaan Area Kecil untuk Statistik Indeks Harga Konsumen Kabupaten/Kota di Provinsi Jawa Barat dan Maluku
Abstrak: Statistik indeks harga konsumen (IHK) dibutuhkan sebagai salah satu indikator untuk dapat mengetahui karakteristik ekonomi suatu wilayah. Statistik IHK dibutuhkan sampai ke tingkat kabupaten/kota di era desentralisasi ini, seperti statistik-statistik penting lainnya yang tersedia sampai ke tingkat kabupaten/kota. Di sisi lain, survei untuk memperoleh statistik IHK ini sangat terbatas sehingga statistik IHK tidak tersedia di banyak kabupaten/kota. Kabupaten/kota yang memiliki statistik IHK tidak lengkap dalam satu provinsi di seluruh provinsi yang ada di Indonesia. Ada dua masalah yang dihadapi ketika IHK kabupaten/kota ingin diduga. Pertama adalah statistik IHK yang dihasilkan hanya reperesentatif untuk daerah perkotaan karena pada area ini contoh tersedia untuk menduganya. Kedua, keberadaan kabupaten/kota yang tidak memiliki contoh tetapi statistik IHK-nya perlu disediakan. Metode pendugaan area kecil (small area estimation, SAE) dapat diterapkan sebagai solusi untuk meningkatkan akurasi hasil pendugaan langsung pada area contoh dan juga memperoleh statistik IHK di kabupaten/kota nircontoh. Data yang digunakan pada penelitian ini adalah data yang dikeluarkan oleh BPS. Peubah respon adalah indeks harga konsumen (IHK) Januari 2018 yang diperoleh dari SBH 2012 dan SHK 2018. Ada tujuh peubah respon sesuai dengan banyaknya kelompok pengeluaran. Peubah penyerta diperoleh dari pendataan potensi desa tahun 2018 (PODES 2018). Data PODES 2018 ini merupakan hasil kompilasi data administrasi desa oleh BPS. Ada sebanyak 37 peubah penyerta yang terdiri dari enam aspek. Data berupa rasio keberadaan desa di suatu kabupaten/kota berdasarkan enam aspek tersebut. Dalam penelitian ini, IHK kabupaten/kota diduga menggunakan model Fay-Herriot dan parameternya diduga dengan penduga tak bias linear terbaik empirik (EBLUP-FH). Hasil penelitian menunjukkan bahwa EBLUP-FH dapat menghasilkan statistik IHK di kabupaten/ kota contoh dengan akurasi yang lebih baik daripada pendugaan langsung di Provinsi Jawa Barat. Ini ditunjukkan oleh nilai relative root mean square error (RRMSE) dari EBLUP-FH IHK yang lebih kecil dari penduga langsung. EBLUP-FH menghasilkan statistik IHK kabupaten/ kota contoh dengan akurasi yang tidak lebih baik daripada pendugaan langsung di Provinsi Maluku. Artinya, penduga EBLUP-FH belum dapat memperbaiki hasil pendugaan langsung dengan ukuran contoh yang ada di Provinsi Maluku. Oleh karena itu, penelitian ini melakukan perbaikan model dengan imputasi observasi dengan rataan dan regresi sehingga dihasilkan penduga EBLUP-FH yang lebih baik. EBLUP-FH juga dapat menghasilkan statistik IHK kabupaten/ kota nircontoh dengan hasil yang baik.
Keyword: EBLUP, indeks harga konsumen, model Fay-Herriot, pendugaan area kecil
Judul: Ciri-Ciri Morfologi, Analisis Nutrisi dan Sensori Beberapa Varietas Lokal Padi Cianjur
Abstrak: Beberapa jenis padi varietas lokal yaitu Pandan Wangi, Peuteuy, Hawara Batu, dan Beureum Seungit terdapat di Cianjur. Keempat varietas tersebut termasuk ke dalam subspesies javanica. Dari keempat varietas tersebut, Pandan Wangi merupakan varietas yang paling dikenal masyarakat karena mempunyai aroma yang khas, sedangkan ketiga varietas lainnya belum banyak diketahui oleh masyarakat. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi karakteristik morfologi, nutrisi, dan sensori beras empat varietas lokal padi Cianjur tersebut. Hasil pengamatan menunjukkan bahwa ciri-ciri morfologi padi varietas Pandan Wangi, Peuteuy, Hawara Batu, dan Beureum Seungit memiliki kemiripan antara satu dengan yang lainnya. Hasil analisis nutrisi menunjukkan bahwa kandungan gizi beras pecah kulit keempat varietas lokal tersebut lebih tinggi daripada beras sosohnya, hal tersebut ditunjukkan dengan kadar air, abu, lemak, dan protein beras pecah kulit yang lebih tinggi daripada beras sosoh. Berdasarkan kandungan amilosanya, beras Pandan Wangi, Hawara Batu, dan Beureum Seungit termasuk ke dalam beras beramilosa tinggi, sedangkan beras Peuteuy termasuk ke dalam beras beramilosa sedang. Hasil QDA menunjukkan bahwa varietas Beureum Seungit memiliki intensitas aroma yang paling kuat baik pada sampel nasi maupun beras dibandingkan dengan ketiga varietas lainnya, dan varietas Peuteuy memiliki tingkat kepulenan tertinggi dibandingkan dengan varietas lainnya. Hasil pengamatan SEM menunjukkan bahwa struktur beras dengan kadar amilosa rendah memiliki struktur berongga, sedangkan beras dengan kadar amilosa tinggi memiliki struktur kompak. Hasil penelitian ini dapat dijadikan sebagai data dasar mengenai padi varietas lokal.
Keyword:
Judul: Dinamika Perikanan Payang di Palabuhanratu, Jawa Barat
Abstrak: Effort atau usaha merupakan salah satu komponen utama yang menyebabkan besar kecilnya hasil tangkapan yang diperoleh nelayan tiap waktunya. Bertambah dan berkurangnya effort pada industri perikanan tidak bersifat statis, ia akan bergerak dinamis mengikuti perubahan-perubahan yang terjadi pada sumberdaya dan faktor eksternal lainnya. Untuk itulah nelayan akan menerapkan berbagai stategi dan usaha agar dapat menghasilkan output yang maksimal dengan input dan effort yang minimal. Namun sebelum kita dapat menentukan effort yang optimal, sebelumnya kita harus mengetahui dinamika perikanannya terlebih dahulu. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari perkembangan payang di PPN Palabuhanratu sejak tahun 2005-2009 agar dapat mendeskripsikan dinamika perikanan payang di PPN Palabuhanratu selama lima tahun terakhir (2005-2009) dan untuk mengetahui faktor utama yang menyebabkan kedinamikaan perikanan payang tersebut. Metode yang digunakan dalam pengumpulan data adalah metode survei dengan jumlah reponden sebanyak 15 orang yang terdiri dari nelayan dan pemilik usaha nelayan. Data hasil wawancara digunakan untuk menganalisis faktor-faktor yang meyebabkan kedinamikaan perikanan payang di PPN Palabuhanratu tiap waktunya. Sementara data Statistik PPN Palabuhanratu digunakan untuk menganalisis musim-musim hasil tangkapan payang yang berikutnya akan digunakan untuk mengetahui prioritas usaha perikanan payang di PPN Palabuhanratu. Hasil penelitian menunjukkan bahwa faktor-faktor utama yang mempengaruhi tingkat kedinamikaan perikanan payang tiap waktunya meliputi kelimpahan ikan, cuaca dan modal yang dimiliki. Adapun untuk prioritas perikanan payang di PPN Palabuhanratu adalah untuk memaksimalkan hasil atau keuntungan yang didapat, bukanlah memaksimalkan target hasil tangkapan.
Keyword:
Judul: Productivity Taiwan Elephant Grass and Pakchong Elephant Grass in Mixed Cropping System with Indigofera zollingeriana
Abstrak: Sistem budidaya dengan pola penanaman campuran antara rumput gajah dengan Indigofera zolingeriana dapat meningkatkan produktivitas dan produksi biomassa dari rumput gajah. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi produktivitas dan produksi biomassa dengan menggunakan rumput gajah unggul varitas taiwan dan pakchong yang ditanam secara monokultur dan campuran dengan Indigofera zillingeriana, dengan umur panen 60 HST. Penelitian ini dilakukan di Desa Caringin Kulon, Kecamatan Caringin, Kabupaten Sukabumi. Bahan yang digunakan adalah stek rumput gajah taiwan dan rumput gajah pakchong, benih Indigofera zollingeriana, pupuk NPK dan pupuk kandang. Rancangan yang digunakan pada penelitian ini yaitu Rancangan Acak Kelompok Faktorial dengan pola 2x2 sebanyak 4 ulangan yang terdiri dari varietas, pola tanam dan umur panen. Peubah tyang diamati meliputi tinggi tanaman, jumlah anakan, diameter batang, jumlah daun setiap individu tanaman, panjang daun dan lebar daun dari varietas unggul rumput gajah. Indigofera zollingeriana menjadi bagian perlakuan untuk penanaman campuran. Data yang diperoleh dianalisis menggunakan sidik ragam anova, jika ada pengaruh nyata maka dilanjutkan dengan uji jarak berganda Duncan. Hasil penelitian menunjukan bahwa pola tanam meningkatkan produktivitas varietas unggul rumput gajah taiwan dan rumput gajah pakchong, juga dapat meningkatkan produksi biomassa tanaman
Keyword: Income contribution, fishers, fisheries, marine tourism
Judul: Analisis Model Hiperpolarisabilitas Nonlinier untuk Semikonduktor Bersimetri Cnv dan Oh
Abstrak: Teori Simplified Bond Hyperpolarizability Model (SBHM) dikemukakan oleh Aspnes pada tahun 2002. Model ini menyederhanakan model fenomenologis lainnya dengan menganggap bahwa muatan di permukaan dan didalam bahan mengalami polarisasi nonlinier hanya searah ikatan atom saja yang selanjutnya menghasilkan radiasi nonlinier. Model ini memiliki keunggulan yaitu menghasilkan variabel independen yang lebih sedikit dalam tensor suseptibilitasnya. Penelitian ini dilakukan untuk memodelkan respon dari bagian permukaan dan bulk Silikon ketika dikenai medan listrik. Respon tersebut dapat direpresentasikan melalui bentuk tensor suseptibilitas dan hiperpolarisabilitas. Silikon merupakan material centrosymmetric yang memilki simetri inversi sehingga tensor suseptibilitas yang terkait dengan generasi harmonik tinggi pada permukaan merupakan tensor rank tiga sedangkan pada bulk merupakan tensor rank empat. Bagian permukaan Silikon memilki jenis simetri C3v untuk Si(111) dan C2v untuk untuk Si(100). Bulk Silikon memilki simetri berjenis Oh. Intensitas keluaran generasi harmonik kedua dan ketiga dari masing-masing orientasi bidang Silikon dihitung untuk keempat kasus polarisasi yaitu: ss, sp, ps dan pp.
Keyword: generasi harmonik, intensitas, polarisasi, tensor suseptibilitas
Judul: Persepsi Masyarakat Sekitar Tentang Dampak Perkebunan Sawit PT Surya Agrolika Reksa dan PT Adimulia Agrolestari
Abstrak: Kemajuan sawit swasta diduga berdampak positif dan negatif terhadap ekonomi, sosial dan lingkungan masyarakat sekitar. Persepsi masyarakat sebagai pemangku kepentingan dapat menjadi variabel baru dalam pengelolaan perkebunan sawit swasta yang berkelanjutan, karena respon masyarakat akan berkorelasi positif dengan kemajuan perkebunan sawit swasta. Pengambilan data dilakukan dengan wawancara terstruktur terhadap 31 responden menggunakan pernyataan Skala Likert. Hasil penelitian menunjukkan bahwa >90% masyarakat merupakan transmigran Jawa, yang sebagian besar bekerja di perkebunan sawit, dimana 67.7% berpendidikan dasar dan 80.6% berpenghasilan utama Rp 1.2-5.4 juta/bulan. Secara keseluruhan, perkebunan sawit swasta memiliki dampak positif terhadap kondisi ekonomi dan sosial masyarakat sekitar, kecuali pada aspek program pemberdayaan masyarakat dan potensi konflik. Berbeda dengan dampak ekonomi dan sosial, dampak lingkungan tidak berpengaruh signifikan baik terhadap masyarakat sekitar, kecuali terhadap aspek kesuburan tanah dan volume air tanah yang dinilai memiliki dampak negatif oleh masyarakat masing-masing sebesar 45% dan 54%. Peubah karakteristik yang berkorelasi dengan persepsi yaitu gender, umur, asal, pendidikan, luas lahan dan lama kerja di perkebunan sawit swasta. Asal masyarakat adalah peubah karakteristik yang dominan berkorelasi dengan persepsi, yang dipengaruhi oleh budaya asal dan lama masyarakat menempati desa tersebut. Dapat disimpulkan bahwa budaya asal berhubungan dengan persepsi sosial dan lama tinggal di daerah tersebut berhubungan dengan dampak lingkungan. Hasil penelitian juga menemukan bahwa persepsi terhadap dampak ekonomi tidak dipengaruhi oleh peubah karakteristik masyarakat.
Keyword: Perkebunan sawit swasta, persepsi, karakteristik, masyarakat lokal, Riau
Judul: Precision Motion Analysis Using Motion Capture (Noitom) in Oil Palm Harvesting
Abstrak: Kegiatan pemanenan kelapa sawit di Indonesia masih dilakukan secara manual dengan menggunakan tenaga manusia. Aktivitas yang dilakukan secara manual ini sangat berisiko dalam menyebabkan gangguan otot rangka atau Musculoskeletal Disorders (MSDs). Penelitian ini bertujuan untuk memetakan tingkat risiko kerja berdasarkan postur pemanen dengan menggunakan analisis Range of Motion (ROM) dan Rapid Entire Body Assessment (REBA) untuk menjadi rekomendasi perbaikan postur kerja yang aman bagi pemanen kelapa sawit. Penelitian ini juga bertujuan untuk mengetahui korelasi antara ekstensi pada leher dengan tinggi badan, fleksi pada bahu dengan fleksi pada lengan bawah, dan fleksi pada pangkal paha dengan fleksi pada lutut pada pemanenan kelapa sawit, serta mengetahui gerakan yang besarnya dipengaruhi oleh letak bagian tubuh pada pemanenan kelapa sawit. Data pada penelitian ini diambil menggunakan metode motion capture lalu kemudian diolah dengan menggunakan software Axis Neuron dan Biomechanics of Bodies. Hasil analisis ROM menunjukkan tubuh bagian atas memiliki risiko lebih tinggi mengalami MSDs dengan leher, bahu, dan lengan bawah menjadi bagian tubuh yang paling banyak berada dalam zona bahaya. Kegiatan pemanenan kelapa sawit mendapat skor 12-14 pada penilaian REBA yang berarti perlu segera dilakukan intervensi ergonomika untuk memperbaiki metode ataupun prosedur kerja agar risiko dapat dimitigasi ataupun diminimalisir., Oil palm harvesting activities in Indonesia are still carried out manually using human labor. This manual activity is very risky to cause Musculoskeletal Disorders (MSDs). This study aims to map the level of work risk based on the posture of harvesters using Range of Motion (ROM) analysis and Rapid Entire Body Assessment (REBA) to be a recommendation for improving safe work postures for oil palm harvesters. This study also aims to determine the correlation between neck extension with height, shoulder flexion with elbow flexion, and hip flexion with knee flexion in oil palm harvesting, and determine the movements that are most influenced by the location of body parts in oil palm harvesting. The data were taken using the motion capture method and then processed using Axis Neuron and Biomechanics of Bodies. The ROM analysis results show that the upper body has a higher risk of MSDs with the neck, shoulders, and forearms as the body parts that are most in the danger zone. Oil palm harvesting activities received a score of 12-14 on the REBA assessment which means ergonomic interventions need to be carried out immediately to improve work methods or procedures so that risks can be mitigated or minimized.
Keyword: oil palm harvesting, ergonomy, motion analysis, ROM, REBA
Judul: Aktivitas Antioksidan Ekstrak Biji Mahoni (Swietenia mahagoni Jacq.) sebagai Kandidat Obat Antidiabetes
Abstrak: Diabetes mellitus (DM) is a progressive chronic degenerative disease with glucose, protein, and lipid metabolic dysfunction. DM is one of oxidative stress conditions that requiring additional exogenous antioxidants. Mahagony is potential for antioxidant which can be used as an antidiabetic medicine. The objective of this research is to compare antioxidant activity of several Swietenia mahagony seed extracts from different methods of extraction (reflux and maceration) and type of solvents (ethanol and water). Antioxidant activity of all extract were evaluated by DPPH method and quantified the IC50 values. The IC50 values of all extracts are 1.03 mg/ml, 1.87 mg/ml, 4.09 mg/ml, and 1.15 mg/ml, respectively to ethanol maceration extract (ME), water maceration extract (MA), ethanol reflux extract (RE), and water reflux extract (RA). The result showed that extract resulted from maceration method using ethanol has the highest antioxidant activity, compare to the others (MA, RE, and RA).
Keyword: Swietenia mahagoni Jacq, reflux, maceration, DPPH, antioxidant, Bogor Agricultural University (IPB)
Judul: Pengembangan model alokasi air untuk mendukung optimal water sharing: Kasus DAS Cicatih-Cimandiri, kabupaten Sukabumi, Jawa Barat
Abstrak: Terjadinya peningkatan kebutuhan berbagai sektor pengguna air (rumah tangga/domestik, pertanian, dan industri) di DAS Cicatih mengakibatkan tekanan dan persaingan dalam penggunaan sumber daya air semakin tinggi. Persaingan dalam penggunaan air telah memunculkan konflik terbuka antara petani/penduduk yang telah menggunakan mata air untuk keperluan air domestiknya dan pemanfaat air yang datang kemudian, yaitu perusahaan air minum dalam kemasan (AMDK). Hasil survei sosial ekonomi menunjukkan bahwa konflik telah terjadi sejak sepuluh tahun lalu dan semakin meningkat sejak lima tahun lalu. Konflik umumnya terjadi bilamana ada pihak yang merasa haknya diambil secara tidak adil, sehingga proporsi penggunaan air oleh para pengguna perlu diketahui secara transparan.
Keyword: West Java, Optimal Water Sharing, Water supply, Water demand, Watershed, Subsurface flow, Water allocation, Surface runoff
Judul: Kajian optimalisasi populasi padi pada budidaya padi gogo dengan tiga teknis persiapan lahan di pertanaman karet belum menghasilkan
Abstrak: Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari pemanfaaatan Iahan tidur perkebun­ an karet belmn menghasilkan dengan teknologi pengolahan tanah konservasi yang dititikberatkan pada populasi tanaman. Rancangan Petak Terbagi dalam Rancangan Acak Kelompok digunakan dalam penelitian ini dengan perlakuan persiapan Iahan yang terdiri dari Olah tanah sempuma (OTS), Olah Tanah Minimum (OTM) dan Tanpa Olah Tanah (TOT) sebagai petak utama dan populasi tanaman sebagai anak petak. Populasi tanaman dibedakan atas kebutuhan benih per helctar yaitu 20, 30 40 dan 50 kg/ha. Perlakuan diulang sebanyak 3 kali dengan ukuran masing-masing petak perlakuan adalah 2.0 m x 4.0 m. Tinggi tanaman dipengaruhi oleh k:etiga perlakuan persiapan Iahan terutama pada minggu k:edua setelah tanam. Pada 4, 6 dan 8 Minggu Setelah Tanam (MST) antara TOT dan OTM tidak menunjukkan respon berbeda tetapi keduanya memperlihatkan hasil yang Iebih baik daripada perlakuan OTS. Perlakuan populasi tanaman tidak menunjukkan respon yang berbeda terhadap tinggi tanaman, tetapi memperlihatk:an kecenderungan yang tetap yaitu semakin tinggi populasi tanaman maka terjadi peningkatan tinggi tanaman. Perlakuan olah tanah konservasi (TOT dan OTM) hanya menunjukkan respon yang berbeda dengan perlakuan olah tanah konvensional (OTS) terhadap jumlah anakan/25 cm larikan pada 6 MST.
Keyword:
Judul: The Impact of the "Black Swan" Phenomenon (COVID-19) on Herding Behavior in Nine Sectors in the Indonesian Stock Market
Abstrak: Herding behavior sering ditemukan pada investor di emerging market dan sebagian besar terjadi selama situasi market stress. Penelitian ini memberikan pengetahuan yang penting bagi investor pasar modal Indonesia dan perusahaan yang tercatat di BEI (yang terdiri dari 225 perusahaan terpilih) mengenai dampak fenomena black swan (COVID-19) terhadap herding behavior pada sembilan sektor di pasar modal Indonesia. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui apakah terdapat herding behavior terhadap sembilan sektor utama (225 perusahaan terpilih) pada Bursa Efek Indonesia yang diakibatkan oleh pandemi COVID-19. Selain itu tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui sektor-sektor mana yang mengalami fenomena herding behavior selama periode awal COVID-19 pada Bursa Efek Indonesia, lalu merumuskan implikasi manajerial berupa strategi investasi di masa pandemi. Pengukuran yang paling cocok untuk mendeteksi herding yaitu dengan mengukur nilai dispersi antara return saham dengan return pasar. Nilai dispersi pada penelitian ini diukur dengan metode Cross-Sectional Absolute Deviation (CSAD). Penelitian ini menggunakan harga penutupan harian untuk saham utama setiap sektor industri yang diperdagangkan pada periode mulai dari 1 Februari 2018 sampai 31 Maret 2022. Hal ini didasarkan fakta bahwa tanggal 2 Maret 2020 pemerintah Indonesia secara resmi menyatakan COVID-19 sebagai pandemi nasional. Tanggal 31 Maret 2022 dipilih sebagai akhir periode penelitian karena agar didapatkan data yang maksimal untuk melihat pergerakan harga saham pada rentang waktu yang cukup panjang. Penelitian ini dapat diklasifikasikan sebagai penelitian studi peristiwa (event study). Data yang dibutuhkan pada studi peristiwa ini adalah nama perusahaan publik, tanggal peristiwa, harga penutupan saham, dan indeks harga saham gabungan atau indeks sektoral. Penentuan sampel penelitian dilakukan dengan teknik purposive sampling, yaitu memilih anggota sampel tertentu oleh peneliti. Penelitian ini menggunakan data indeks harga saham sektoral yang diperdagangkan di Bursa Efek Indonesia (BEI). Berdasarkan hasil pemodelan, diketahui dari 9 sektor utama yang terdapat pada Bursa Efek Indonesia, 1 sektor memiliki kecenderungan herding dan 8 sektor lainnya tidak herding. Indeks perusahaan yang memiliki kecenderungan herding adalah indeks sektor industri dasar dan kimia (JKBIND). Periode waktu yang digunakan pada penelitian ini mulai dari 0 s.d. 10 hari sampai 0 s.d. 504 hari. Penelitian ini memperlihatkan bahwa herding yang terdapat pada sektor industri dasar dan kimia terjadi pada rentang waktu yang pendek (0-15 hari observasi). Para investor diharapkan untuk tidak terpengaruh dengan keputusan investor lain, terutama pada saham-saham yang terindikasi untuk herding sehingga kerugian lebih lanjut bisa dihindari.
Keyword: COVID-19, Herding Behavior, Indonesia, Pasar Modal
Judul: Pengaruh Perbedaan Atraktor Pada Korang Terhadap Hasil Tangkapan Juvenil Lobster di Desa Sangrawayang, Palabuhanratu.
Abstrak: This research has been done in Palabuhanratu Bay, Indonesia. Juvenile lobster (Panulirus sp.) is the main target fish in this research. This research was used Fish Aggregating Devices with two different types of attractor. This research was aimed to compared catches juvenile lobster from Fish Aggregating Devices by used different types of attractor, analyzed the effect of the attractor until getting the information about effectiveness kind of attractor. Attractor which used for comparison were seaweed and palm leaf as a test and a seaweed as a control. Korang is passive equipment was used to contain a fish or juvenile lobster and a tool that used to put a attractor. The result of comparition show that a total of catches with seaweed and palm leaf more than seaweed. This would be seen from succeed rank of catched a juvenile lobster in seaweed and palm leaf that value is 71,88 %. Furthermore, the result of statistic analyze with non parametric methode (Mann-Whitney) proved that is a effect of differences between seaweed and palm leaf and only seaweed because a mean rank of seaweed and palm leaf are higher than only seaweed. From the result concluded that seaweed and palm leaf more effective than seaweed.
Keyword:
Judul: Genetic diversity of microsatellite and cytochrome oxidase subunit I (COI) gene in Indonesian Buffalo
Abstrak: This study aims to determine genetic diversity in Indonesian buffaloes using microsatellite markers and cytochrome oxidase subunit I gene. The sample used in this study were 211 samples of buffaloes (30 samples of swamp buffaloes from Aceh, North Sumatra, Banten, Central Java, West Nusa Tenggara, South Sulawesi, and 19 samples from Riau) and 12 samples of river buffaloes from North Sumatra. Microsatellite markers used were CSSM66, ILSTS61, and ILSTS17 loci. Microsatellite data in term of observed number of alleles (na); effective number of alleles (ne); Observed heterozygosity (Ho); Expected heterozygosity (He); and polymorphism information content (PIC) were analyzed by GenAlEx 6.41 and Cervus 3.1. COI gene sequences were analyzed using MEGA 5.1 software with the Neighbor-joining method and kimura 2 parameter substitution models. This study showed that CSSM66 loci had two alleles and two genotypes. ILSTS61 loci had five alleles and 14 genotypes. ILSTS17 loci had two alleles and three genotypes. Microsatellite genetic distance between populations could separate Indonesian swamp buffalo. The reconstructed phylogeny tree based on COI gene sequences were able to distinguish Subspecies of swamp buffalo and river buffalo. COI gene sequences showed four haplotypes for Indonesian swamp buffalo, namely H1, H2, H3 and H4.
Keyword: genetic diversity, microsatellite, COI, Indonesian buffalo