Judul: Molecular Interaction Analysis of Quercetin and Eugenol Compounds on Aging Regulator Proteins , Sir2
Abstrak: Proses penuaan dapat dipengaruhi oleh beberapa faktor, seperti peningkatan cekaman oksidatif dan inflamasi. Senyawa antioksidan dilaporkan dapat menjadi salah satu kandidat dalam mengatasi proses penuaan karena secara efektif dapat melawan cekaman oksidatif dan inflamasi. Contoh senyawa tersebut adalah kuersetin dan eugenol. Kuersetin dan eugenol merupakan senyawa antioksidan yang dapat ditemukan di alam. Melalui penelurusan literatur, diketahui bahwa senyawa kuersetin dan eugenol memiliki aktivitas antioksidan pada sel khamir maupun sel mamalia. Namun, mekanisme kedua senyawa ini dalam meregulasi penuaan di level molekuler belum tersedia. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk mengetahui interaksi senyawa kuersetin dan eugenol pada protein Sir2 Saccharomyces cerevisiae yang memiliki peran sebagai regulator sistem penuaan. Penelitian menggunakan studi penambatan molekular dengan senyawa kuersetin dan eugenol sebagai ligan uji, sedangkan reseptornya menggunakan Sir2 Saccharomyces cerevisiae dengan kode PDB, 2HJH. Hasil penelitian menunjukkan bahwa senyawa kuersetin dan eugenol dapat berikatan secara molekuler dengan protein Sir2. Parameter afinitas ikatan (ΔG) dilihat dengan nilai negatif yang tinggi. Senyawa kuersetin memiliki afinitas ikatan (ΔG) sebesar -8.5 kkal/mol, sedangkan pada senyawa eugenol memiliki afinitas ikatan (ΔG) sebesar -6.5 kkal/mol. Selain itu, adanya ikatan kimia dan residu asam amino menunjukkan bahwa senyawa ligan uji memiliki potensi untuk bersaing dengan ligan alami. Namun, penelitian lebih lanjut diperlukan untuk menentukan efek ligan uji terhadap lintasan penuaan, in vivo., The aging process may be affected by many factors, such as increased oxidative stress and inflammation. According to reports, antioxidant compounds are one of the drug candidates to overcome the aging process because they can effectively combat oxidative stress and inflammation. Examples of compound that can act as antioxidants are quercetin and eugenol wich can be found in nature. Through literature search, it is known that quercetin and eugenol compounds have antioxidant activity in yeast cells and mammalian cells. However, the mechanisms by which these two compounds regulate aging at the molecular level are still unclear. Therefore, the purpose of this study was to understand the interaction of quercetin and eugenol compounds on the protein Sir2 of Saccharomyces cerevisiae, which acts as a regulator of the aging pathway. In this study, quercetin and eugenol were used as test ligands for molecular docking studies. On the other hand, the receptor used was Sir2 with the PDB code of 2HJH. The results show that quercetin and eugenol compounds could bind to Sir2 protein molecules. The binding affinity parameter was considered a high negative value. The binding affinity of the quercetin compound is -8.5 kcal/mol, and the binding affinity of the eugenol compound is -6.5 kcal/mol. In addition, the presence of chemical bonds and amino acid residues indicates that the tested ligand compounds have the potential to compete with natural ligands. However, further study is required to determine the effect of these ligand in regulating aging, in vivo.
Keyword: antioxidants, in silico, ligand-receptor, yeast