arulpm/triplet_large huggingface dataset:
Judul: Pengaruh tingkat masak, kadar air awal dan periode simpan terhadap viabilitas benih mengkudu (Morinda citrifolia L.)
Abstrak: Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh tingkat masak, kadar air awal dan periode simpan terhadap viabilitas benih mengkudu (Morinda citrifolia L.). Penelitian ini menggunakan Rancangan Kelompok Lengkap Teracak (RKLT) yang disusun secara faktorial menggunakan tiga faktor. Faktor pertama adalah tingkat masak benih dengan dua taraf yaitu benih yang berasal dari buah berwarna kuning (M₁) dan buah berwarna putih (M2). Faktor kedua adalah kadar air awal benih dengan taraf 9-13% (A₁), 18-22% (A2) dan 58-62% (A3). Faktor ke tiga adalah periode simpan benih, yaitu 0 minggu (S₁), 2 minggu (S2), 4 minggu (S3), 6 minggu (S4), 8 minggu (S3), 10 minggu (S6) dan 12 minggu (S7). Benih yang telah mencapai kadar air yang diharapkan disimpan dalam ruang penyimpanan AC yang berbeda berdasarkan pengelompokan ruang simpan. Ruang I dengan suhu rata-rata 21.05°C dan kelembaban rata-rata 64.53%. Ruang II dengan suhu rata-rata 22.55°C dan kelembaban rata-rata 70.89 %. Ruang III dengan suhu rata-rata 25.28°C dan kelembaban rata-rata 45.69 %. Setiap perlakuan diulang sebanyak tiga kali. Parameter yang diamati yaitu Viabilitas Potensial dengan tolok ukur Daya Berkecambah (DB) dan Berat Kering Kecambah Normal (BKKN), Viabilitas Total dengan tolok ukur Potensi Tumbuh Maksimum (PTM), Vigor Kekuatan Tumbuh dengan tolok ukur Kecepatan Tumbuh (KCT), Kadar Air dan Bobot 1000 butir. Hasil penelitian menunjukkan tingkat masak sebagai faktor tunggal tidak berpengaruh nyata terhadap semua parameter yang diamati. Faktor tunggal kadar air benih tidak berpengaruh nyata terhadap parameter viabilitas potensial, viabilitas total, dan vigor kekuatan tumbuh tetapi berpengarüh sangat nyata terhadap parameter kadar air benih. Sedangkan periode simpan berpengaruh sangat nyata terhadap semua parameter yang diamati. ...
Keyword:
Judul: Perbedaan Km dan V Maks Renin Berbagai Sumber Pada Koagulasi Protein Susu Pasteurisasi
Abstrak: Susu merupakan somber nutrisi terlengkap bagi manusia maupun hewan. Susu juga merupakan media tumbuh sempuma bagi beberapa jenis mikrob. Perturobuhan mikrob pada susu akan mengkontaminasi susu. Salah satu altematif untuk menjaga kestabilan komposisi susu ialah dengan mengubah susu menjadi keju. Keju dibuat dengan mengkoagulasi SUSll bingga terbentuk curd (dadib) dengan menambahkan renet pada SUSll. Awalnya renet diekstraksi dati abomasum babi yang merupakan binatang hararn bagi umat Islam, sehingga dicari altematif penggantinya, yaitu abomasum sapi, papain, dan mikrob (Mucor pusi/luS).
Keyword:
Judul: Evaluasi Pemberian Asam Fulvat dengan Tepung Daun Kelor Terhadap Hematologi dan Profil Lipid Puyuh Periode Petelur.
Abstrak: Tujuan dari penelitian ini untuk mengevaluasi pemberian suplementasi asam fulvat dengan tepung daun kelor terhadap hematologi dan profil lipid puyuh periode petelur. Puyuh yang digunakan sebanyak 180 ekor pullet dengan enam perlakuan dan tiga ulangan masing-masing terdiri dari 10 ekor, dan dipelihara selama 9 minggu. Penelitian ini menggunakan Rancangan Acak Lengkap Faktorial desain 2 x 3 faktor dengan 3 ulangan pada setiap perlakuan. Seluruh data dianalisis menggunakan analysis of variance (ANOVA) dan uji Duncan. Pakan perlakuan yang diberikan terdiri dari kombinasi antara dua faktor yaitu dua level pada asam fulvat (0% dan 0.5%) untuk faktor pertama dan tiga level pada tepung daun kelor (0%, 5%, dan 10%) untuk faktor kedua. Suplementasi asam fulvat dan tepung daun kelor dalam pakan tidak signifikan (P>0.05) terhadap parameter yang berkesimpulan bahwa hematologi darah puyuh masih berada pada kadar normal dan profil lipid yang normal juga, sehingga tidak ada interaksi antara asam fulvat dengan tepung daun kelor.
Keyword: asam fulvat, hematologi, profil lipid, puyuh petelur, tepung daun kelor
Judul: Ketahanan Ayam IPB D1 yang Memiliki Gen TLR4 terhadap Infeksi Bakteri Salmonella Enteritidis
Abstrak: Ayam IPB D1 merupakan hasil persilangan antara ayam pelung, sentul, kampung dan broiler. Persilangan ayam ini dilakukan oleh para peneliti dari Fakultas Peternakan-Institut Pertanian Bogor dengan tujuan mendapatkan galur ayam pedaging yang dikembangbiakan oleh masyarakat dengan sistem pemeliharaan tradisional yaitu dengan cara diumbar (back yard). Salah satu penyakit bakterial yang umumnya menyerang unggas adalah Salmonellosis, oleh sebab itu dilakukan penelitian untuk mengetahui ketahanan ayam IPB D1 ini terhadap agen penyakit Salmonellosis dengan menggunakan penciri genetik gen TLR4 (Toll-Like Receptor 4). Gen TLR4 merupakan salah satu gen yang mengontrol ketahanan ayam terhadap infeksi bakteri Gram negatif salah satunya Salmonella Enteritidis, melalui respon imun non-specific. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui ketahanan ayam IPB D1 yang memiliki gen TLR4 terhadap infeksi S. Enteritidis. Total sampel yang digunakan adalah sebanyak 11 ekor. Penelitian ini dilakukan melalui beberapa tahapan pengujian keberadaan gen TLR4 dengan uji Polymerase Chain Reaction (PCR) dan sekuensing serta pengamatan respon kekebalannya melalui pemeriksaan jumlah leukosit, diferensial leukosit serta gambaran umum darahnya dan kemampuan kekebalannya dalam menghambat pertumbuhan bakteri S. Enteritidis pada saat sebelum maupun setelah ditantang dengan bakteri S. Enteritidis. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa ayam IPB D1 yang memiliki gen TLR4 (genotipe GG dan AG) memiliki ketahanan terhadap bakteri S. Enteritidis berdasarkan gambaran leukosit dan darahnya secara umum. Secara in vitro sistem kekebalan humoralnya mampu menghambat pertumbuhan bakteri S. Enteritidis melalui uji clearance.
Keyword: Ayam IPB D1, Gen TLR, Respon imun non-specifi, Salmonella Enteritidis
Judul: Partisipasi Warga Dalam Pengelolaan Sampah Rumah Tangga Pada Program Bank Sampah
Abstrak: Salah satu cara yang dibutuhkan dalam mengurangi sampah yaitu dengan partisipasi warga dalam pengelolaannya. Pengelolaan sampah menjadi hal yang penting karena jika tidak dikelola dengan baik dapat menimbulkan permasalahan yang lebih kompleks seperti pencemaran lingkungan dan gangguan kesehatan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui bagaimana partisipasi warga dalam pengelolaan sampah dan faktor-faktor yang memiliki hubungan dengan tingkat partisipasi. Diduga terdapat faktor karakteristik individu yang berhubungan dengan tingkat partisipasi. Variabel karakteristik individu yang diteliti adalah umur, tingkat pendidikan, tingkat pendapatan, dan lama tinggal. Hasil penelitian kemudian menunjukkan bahwa tidak terdapat hubungan antara karakteristik individu dengan tingkat partisipasi. Tingkat partisipasi warga diduga berhubungan dengan faktor pelaksanaan kegiatan. Variabel faktor pelaksanaan kegiatan yang diteliti adalah metode kegiatan dan pelayanan kegiatan. Hasil penelitian kemudian menunjukkan bahwa terdapat hubungan antara faktor pelaksanaan kegiatan dengan tingkat partisipasi warga dalam pengelolaan sampah pada program bank sampah.
Keyword: Partisipasi Warga, Pengelolaan Sampah Rumah Tangga
Judul: Perilaku Anopheles sundaicus rodenwalt dalam hubungannya dengan penularan penyakit malaria dan cara pemberantasannya di Desa Tarahan, Tanjungan, Lampung Selatan
Abstrak: Tujuan penelitian ini untuk mengetahui puncak aktifitas menggigit nyamuk An sundaicus betina diluar rumah, kebiasaan hinggap didalam rumah pada malam hari, sumber hospes yang disukai, kebiasaan istirahat didalam rumah pada pagi hari dan penyebarannya dalam mencapai sumber darah ..dst
Keyword: Malaria
Judul: Pengaruh aromatase inhibitor dengan metode perendaman induk terhadap nisbah kelamin ikan gapi (poecilia reticulata peters) pada suhu 30 c
Abstrak: Penampakan morfologis dari ikan gapi jantan umumnya lebih menarik dibandingkan dengan betina. Hal ini menyebabkan nilai jual ikan gapi jantan lebih tinggi daripada ikan gapi betina, sehingga perlu adanya usaha manipulasi kelamin yang bertujuan untuk memperoleh populasi monoseks jantan. Untuk memproduksi monoseks jantan dapat dilakukan melalui teknik sex reversal dengan menggunakan inhibitor aromatase (aromatase inhibitor, AI). Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui pengaruh aromatase inhibitor terhadap nisbah kelamin ikan gapi (Poecilia reticulata Peters) melalui perendaman induk dengan dosis 100 mg/l, 200 mg/l, dan 300 mg/l selama 24 jam pada suhu 30°C. Penelitian ini berlangsung pada bulan Juni sampai Nopember 2002 bertempat di Laboratorium Sistem dan Teknologi, Laboratorium Lingkungan, dan Laboratorium Penyakit Ikan, Jurusan Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor. Adapun rancangan percobaan yang dilakukan adalah perbedaan dosis AI (0 mg/l, 100 mg/l, 200 mg/l, dan 300 mg/l) terhadap nisbah kelamin ikan gapi. Ikan uji yang digunakan sebanyak 12 ekor untuk 4 perlakuan dengan masing-masing 3 ulangan. Penghitungan nisbah kelamin dilakukan dengan cara identifikasi morfologis dan histologis setelah ikan berumur 1 bulan. Parameter lain yang diamati adalah ...
Keyword:
Judul: Analisis Logistik dan Transportasi dalam Pengendalian Penyakit Ayam Broiler di Jawa Barat.
Abstrak: Logistik dan transportasi unggas diduga mempengaruhi risiko penyebaran penyakit termasuk flu burung. Tujuan penelitian ini yaitu: (1) Menganalisis besaran kontribusi biaya logistik dan transportasi terhadap harga ayam broiler dan (2) Menganalisis hubungan logistik dan transportasi dengan tingkat kematian ayam broiler. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah analisis deskriptif, activity based costing system dan analisis regresi berganda. Hasil penelitian menunjukan rata-rata persentase kontribusi biaya logistik dan transportasi terhadap harga ayam broiler untuk pedagang besar, pedagang sedang, dan pedagang kecil yaitu masing-masing sebesar 0.29 persen, 0.33 persen, dan 1.24 persen. Upaya yang dilakukan pedagang untuk mengurangi tingkat kematian ayam broiler dengan cara mengetahui gejala-gejala penyakit flu burung, melakukan pengamatan pada ayam yang diperdagangkan dan melakukan perlakuan lain secara berkelanjutan untuk mengurangi tingkat kematian. Jumlah kematian ayam broiler terbukti secara signifikan meningkat seiring dengan peningkatan jarak tempuh dan skala pembelian. Serta pengetahuan pedagang yang kurang baik terhadap gejala flu burung seiring dengan penanganan yang kurang dilakukan akan meningkatkan jumlah kematian ayam broiler.
Keyword: Activity Based Costing (ABC) System, analisis regresi linier berganda, ayam broiler, jaringan distribusi, pengendalian penyakit
Judul: Rancang Bangun dan Uji Kinerja Mesin Penyemai Benih Sayuran Tipe Vacuum pada Persemaian Tray.
Abstrak: Penyemaian merupakan proses penyiapan bibit sebelum ditanam di lahan. Penyemaian benih sayuran di Indonesia saat ini masih dilakuakan secara manual. Penyemaian manual memiliki masalah seperti kapasitas dan keseragaman yang rendah. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk merancang mesin penyemai benih untuk tray semai yang dilengkapi metering device tipe vacuum untuk penyemaian sayuran pakcoy, caisim, dan sawi putih. Komponen utama perancangan mesin ini adalah vacuum metering device (VMD) yang bertugas menjatahkan benih sayuran sebanyak satu benih di setiap lubang tray. VMD bergerak menjatahkan benih dari baris pertama sampai baris terakhir dari tray semai dan kembali ke posisi baris pertama untuk siap melakukan penyemaian selanjutnya. Berdasarkan diameter benih ditentukan nozzle yang dengan diameter 0.9 mm. Uji kinerja penjatahan dilakukan pada tekanan 1.12 kPa, 1.35 kPa, 1.55 kPa dan 1.65 kPa sebanyak tiga ulangan untuk maing-masing tekanan. Hasil pengujian menunjukkan nilai quality of feed index (QFI) atau penjatahan benih tunggal paling optimum terjadi pada tekanan 1.65 kPa dengan hasil pada benih pakcoy sebesar 90.36%, caisim 90.36% dan sawi putih 96.09%. Kapasitas penyemaian sebesar 75.10 tray per jam atau 9613 lubang tray per jam. Mesin ini memiliki kapasitas penyemaian 2.4 kali lipat lebih cepat dari penyemaian manual.
Keyword: benih sayuran, penyemai benih, tray semai, vacuum metering device
Judul: Analisis Neraca Massa Gas Rumah Kaca di Kota Bekasi, Kota Depok, dan Kabupaten Bogor
Abstrak: Efek rumah kaca (ERK) adalah peristiwa tertahannya gelombang panjang yang dipancarkan bumi sebagai reaksi atas penerimaan cahaya matahari di dalam atmosfer bumi oleh gas-gas rumah kaca (GRK). Konsentrasi gas rumah kaca di atmosfer, terutama karbon dioksida (CO₂), metana (CH4), dan nitro oksida (N₂O), semakin meningkat dari tahun ke tahun akibat semakin besarnya emisi dari sumber anthropogenik gas-gas tersebut. Salah satu upaya mendasar dalam mengurangi emisi gas mah kaca adalah dengan menganalisis besarnya emisi gas yang dihasilkan oleh masing-masing Sumber gas rumah kaca sehingga upaya pengurangan emisi gas rumah kaca tersebut dapat dilakukan dungan efektif. Penelitian ini bertujuan untuk menghitung emisi GRK di tiga wilayah, yaitu Kota Bekasi, Kota Depok, dan Kabupaten Bogor, serta membandingkan hasil perhitungan emisi dari setiap ilayah. Perhitungan neraca massa gas rumah kaca merupakan suatu kalkulasi untuk melihat jumlah rumah kaca yang diemisikan oleh sumber dan yang diserap oleh rosot. Neraca massa ini dikenal juga dengan istilah fluks netto. Salah satu cara perhitungan yang banyak digunakan adalah dengan menggunakan faktor emisi. stitut Pertanian Bogor) Metode yang digunakan dalam estimasi emisi dan rosot gas rumah kaca pada penelitian ini merupakan metode yang terdapat dalam IPCC Guidelines 2006. Dalam perhitungannya, analisis uraca massa gas rumah kaca ini menggunakan data sekunder dari institusi berwenang, data hasil penelitian pihak lain, dan faktor emisi dari IPCC database. Data yang dikumpulkan untuk perhitungan emisi dan rosot gas rumah kaca berupa kompilasi data selama 10 tahun. Hasil akhir dari emisi GRK yang dihitung dinyatakan dalam satuan CO₂-c. Dari hasil perhitungan didapat total emisi di Kabupaten Bogor rata-rata sebesar 67 juta ton CO-- e tahun, Kota Bekasi sebesar 28 juta ton CO2-c/tahun, sedangkan Kota Depok sebesar 9 juta ton CO2 etahun. Emisi per kapita Kabupaten Bogor sebesar 17 ton CO2-c/kapita/tahun, sedangkan emisi per kupita Kota Bekasi dan Kota Depok berturut turut sebesar 12 dan 6 ton CO2-c/kapita setiap tahunnya. Tinggi emisi GRK di Kabupaten Bogor 65% diantaranya dicmisikan dari kegiatan pertanian padi dan pemeliharaan hewan ternak, sementara total emisi GRK Kota Bekasi lebih banyak dipengaruhi oleh Total emisi dari sektor energi (52%). Berbeda dengan kedua wilayah tersebut, di Kota Depok, sektor Sampah mengemisikan 79% dari total emisi wilayah tersebut….
Keyword: Emission, Greenhouse gas, Kota Depok, Kota Bekasi, Kabupaten Bogor, CO2-e
Judul: Kajian Retrospektif Kasus Infausta Fraktur Ekstremitas pada Satwa Liar Felidae di Taman Safari Indonesia
Abstrak: Conservation medicine is very important to maintain the survival of endangered animals in captivity or ex-situ conservation site such as Taman Safari Indonesia (TSI). In this position, conservation medicine should be able to judge the recovery progress of ill animal as good prognosis (fausta), bad prognosis (infausta), or doubt prognosis (dubius). In order to study the cause of infausta cases in TSI, we did a retrospective study of six extremity fracture cases on wild felids where three of it were considered infausta during 2011–2014. From the previous study, fluctuation of calcium and phosphor value were found as a predisposition factor of these extremity fractures. Clinical and laboratory data were used to find the complication factors that made these cases infausta. There were five of six felids which had eosinophilia as a figure of non-specific response of continuous degenerative chronic disease such as parasitism. This was confirmed with helminthic material findings in the vomit of one of the felids. Three of six felids died with complication of macrocytic anemia. One of them had a hypochromic macrocytic anemia. From those three, on one of them also had a high value of creatinin and urea, as a figure of glomerulonephritis or hydronephrosis. There was also an increased presentation of lymphocytes indicating a complication of feline viral infection. All these findings have to be a lesson learned in developing conservation medicine.
Keyword: feline glomerulonephritis, feline viral infection, macrocytic anemia, wild felids
Judul: Pengembangan Instrumentasi Pengukur Kelimpahan Chlorella sp. Berdasarkan Analisis RGB dengan Menggunakan Efek Fluorescence.
Abstrak: Penelitian ini bertujuan untuk melihat hubungan kelimpahan fitoplankton (Chlorella sp.) terhadap sinar RGB (merah, hijau, dan biru) berdasarkan nilai reflektansi (pantulan) dengan menggunakan efek fluorescence. Pengambilan data dilakukan pada bulan Agustus hingga September 2008. Penelitian dilakukan di Laboratorium Akustik dan Instrumentasi Kelautan, Departemen ITK,FPIK IPB, Laboratorium Biologi Mikro, Departemen MSP, FPIK IPB, dan Laboratorium Fisika Lanjut, Departemen Fisika, FMIPA IPB. Alat yang digunakan dalam penelitian ini adalah akuarium, aerator, mikroskop, pipet, cover glass, botol sampel, haemacytometer, gelas ukur, lampu UV, lampu TL, video kamera CCTV, reflektor, USB 2000 spektrofotometer, seperangkat komputer, software pengambil citra, pengolah citra dan pengolah data statistik. Bahan yang digunakan adalah Chlorella sp., air sumur yang telah disaring, aquades, lugol, pupuk Urea, NPK dan TSP. Chlorella sp. yang dikultur terlebih dahulu. Data kelimpahan Chlorella sp. diperoleh dari pengamatan langsung melalui mikroskop dengan menggunakan haemocytometer dan menggunakan metode kotak besar. Kelimpahan Chlorella sp. dihitung setiap hari menggunakan persamaan Eaton et al (1995). Lampu UV dan TL diukur intensitas relatifnya menggunakan spektrofotometer. Citra didapatkan dari hasil pemotretan pada sisi bagian permukaan air dalam akuarium menggunakan kamera CCTV dan menambahkan efek fluorescence. Citra yang didapatkan diolah lebih lanjut menggunakan Adobe Photoshop 7.0. Citra terlebih dahulu diseleksi, hasil seleksi dipindahkan ke spesifikasi lembar baru dan dilihat intensitas warna RGB melalui histogram pada masing-masing kanal. Histogram dari tiap-tiap kanal disajikan secara berurutan untuk melihat pergeseran warna yang terjadi. Pergeseran ke kanan menandakan terjadinya peningkatan nilai intensitas dan sebaliknya. Pembandingan antara satu perlakuan dengan perlakuan lain dilakukan menggunakan persamaan regresi multivariat. Lampu UV dengan panjang gelombang 300 nm sampai 1100 nm memiliki efek fluorescence yang erat antara kelimpahan Chlorella sp. dengan sinar RGB. Kelimpahan Chlorella sp. berpengaruh nyata dan positif terhadap sinar RGB. Semakin tinggi kelimpahan Chlorella sp.dan jarak antar partikel yang menyempit maka semakin besar sinar RGB yang dipantulkan. Peningkatan penggunaan energi sinar RGB sejalan dengan peningkatan konsentrasi kelimpahan Chlorella sp. Efek fluorescence mengidentifikasikan kelimpahan fitoplankton lebih akurat daripada tanpa efek fluorescence (dengan lampu TL). Hal ini dikarenakan efek fluorescence akan memendarkan cahaya hijau lebih jelas daripada lampu TL yang lebih memancarkan sinar biru.
Keyword:
Judul: The expression of indole acetic acid of genetically modified rhizobium RD-20 and their effect on the growth and nutrition uptake of legumes
Abstrak: Rhizobacteria have been known to stimulate the growth of some crops through their fitohormon (IAA=indoleacetic acid). Those rhizobacteria can stimulate the development of epidermis cell formation at root hair site and increase the infection sites to increase the nodulation and N2 fixation. The capability of Rhizobium to produce IAA can be increased by inserting DNA plasmid isolated from other bacteria strains which involved in IAA production.
Keyword:
Judul: Isolasi dan Seleksi Mikroba Penghasil Gum dari Sayuran Busuk, Lendir pada Tempat Pembuatan Tahu, dan Daun
Abstrak: Gum sangat berguna dalam industri karena dapat dimanfaatkan sebagai penstabil emulsi, flokulan, pengikat, pembentuk film, pelapis dan peredam gesekan. Gum diklasifikasikan menjadi tiga kelompok yaitu a)gum alami yaitu gum yang berasal dari tanaman, alga, hewan dan mikroba, b) gum sail modifikasigum alami atau semisintetik, dan c) gum dari sintesis kimia murni atau gum sintetik. pengembangan mikroba penghasil gum baru telah banyak dilakukan di luar negeri, tetapi di Indonesia eksplorasi tersebut belum banyak dilakukan. Dengan demikian terbuka peluang pengembangan mikroba yang berasal dari lingkungan sekitar yang berpotensi sebagi penghasil gum baru.
Keyword:
Judul: Pengaruh Konsentrasi Katalis Methyl Ester Sulfonic Acid Terhadap Sifat Fisikokimia Gliserol Ester Oleat yang Dihasilkan
Abstrak: Glycerol is a by-product from palm olein biodiesel industry which could be value-added to obtain various products. One of the alternatives is to modify glycerol become glycerol ester oleat. Before processing, glycerol was first refined using 5% (v/v) phosphoric acid 85%. The refinery showed that glycerol content was increased from 49% to 80%. Glycerol was then esterified with oleic acid and catalyst methyl ester sulfonic acid (MESA) to obtain glycerol ester. Esterification was conducted at 240°C and nitrogen atmosphere using 200 rpm of mixing for 90 minutes. The best catalyst concentration used in esterification process is at 0,5% and resulting glycerol ester oleat with acid number 48,07 mg KOH/g sample, density of 0,9124 g/cm3, viscosity 68,32 cP (25°C), kinematic viscosity 36 cSt (40°C), flash point 230°C and pour point -15°C.
Keyword: glycerol ester, glycerol
Judul: Variability of INHA_MYCTU Protein Molecular Structure Benchmark in Molecular Docking Ensemble
Abstrak: Rafli Rahmat Kurnia. Variasi Benchmark Struktur Protein Inha Myctu Pada Penambatan Ensemble Molekul. Dibimbing oleh Dr. Setyanto Tri Wahyudi, S.Si., M.Si. dan Dr. Agus Kartono, S.Si., M.Si. Asam mikolat dalam bakteri tuberkulosis membuat bakteri tahan dengan kondisi luar lingkungan dan obat. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui nilai afinitas ligan yang berikatan dengan struktur target obat, ligan terbaik yang berikatan dengan target obat, serta pengaruh variasi benchmark pada energi bebas dari struktur protein inha myctu yang telah dilakukan benchmarking dengan struktur 5G0T, 5OIF, 2H9I, 6SQ7. Dalam penelitian ini dilakukan penambatan ensemble molekul dengan mengacu kepada 4 struktur berbeda sebagai acuan sehingga diketahui energi afinitas dari setiap benchmark. Hasil yang didapatkan berdasarkan analisis ialah ligan-ligan co-crystal dengan nilai afinitas paling negatif, sehingga dapat beikatan baik dengan struktur Inha Myctu yang diantaranya ialah ligan dengan kode 53K, XT0, 4PI, TCU, 9CV, I4I, ZID, XT, EAD, dan VMY dengan rasio kesamaaan 92,5 persen pada semua benchmark, perbedaan benchmark tidak mempengaruhi nilai energi afinitas yang dihasilkan pada proses penambatan molekul., Rafli Rahmat Kurnia. Inha Myctu Protein Structure Benchmark Variations in Molecular Ensemble Docking. Supervised by Dr. Setyanto Tri Wahyudi, S.Si., M.Sc. and Dr. Agus Kartono, S.Si., M.Sc. Mycolic acid in tuberculosis bacteria makes the bacteria resistant to external environmental conditions and drugs. This research aims to determine the affinity value of the ligand that binds to the drug target structure, the best ligand that binds to the drug target, as well as the effect of benchmark variations on the free energy of the inha myctu protein structure which has been benchmarked with the 5G0T, 5OIF, 2H9I, 6SQ7 structures. In this research, molecular ensemble docking was carried out by referring to 4 different structures as references so that the affinity energy of each benchmark was known. The results obtained based on the analysis are co-crystal ligands with the most negative affinity values, so they can bond well with the Inha Myctu structure, including ligands with codes 53K, XT0, 4PI, TCU, 9CV, I4I, ZID, XT, EAD, and VMY with a similarity ratio of 92.5 percent in all benchmarks, differences in benchmarks do not affect the affinity energy value produced in the molecular docking process.
Keyword: Afinitas, Benchmark, Penambatan, Affinity, Docking