Judul: Profil Genetik Escherichia coli yang Diisolasi dari Tempe Berdasarkan Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus-Polymerase Chain Reaction (ERIC-PCR)
Abstrak: Tempe merupakan makanan khas Indonesia yang berasal dari fermentasi kacang kedelai yang diinokulasi menggunakan kapang Rhizopus spp. Pembuatan tempe dilakukan dengan cara yang sangat bervariasi oleh para pengrajin dan umumnya pada kondisi yang tidak terkontrol. Kondisi yang tidak higienis mengakibatkan tumbuhnya Escherichia coli yang dikenal sebagai bakteri indikator kebersihan lingkungan. Beberapa strain E. coli dapat menimbulkan diare, gastroenteritis akut atau infeksi saluran pencernaan. E. coli pada tempe kemungkinan berbeda dengan E. coli patogen pada manusia. Perbedaan genetik dapat mempengaruhi karakteristik E. coli, terutama dalam hubungannya dengan bidang medis. Analisis molekuler berdasarkan sifat genotipik penting dilakukan untuk melakukan identifikasi dan karakterisasi, mempelajari evolusi serta epidemiologi tentang patogenitas dari suatu bakteri. Salah satu metode molekuler yang digunakan untuk mengkaji keragaman mikroorganisme adalah Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus-Polymerase Chain Reaction (ERIC-PCR). Tujuan dari penelitian ini adalah untuk membandingkan keragaman genetik E. coli pada tempe dengan isolat medis dengan menggunakan metode ERIC-PCR. Sampel tempe diperoleh dari pengrajin tempe EMP, DRG, WJB dan CLR di Bogor. Tiga isolat medis digunakan untuk dibandingkan dengan isolat E. coli dari tempe yaitu E. coli ATCC 25922 (koleksi Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, Jakarta), E. coli O157 (koleksi Departemen Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Atma Jaya, Jakarta), dan EPEC K.1.1 (koleksi Laboratorium Mikrobiologi Institut Pertanian Bogor, Bogor). E. coli DH5α sebagai kontrol positif (koleksi Fakultas Teknobiologi Universitas Katolik Atma Jaya, Jakarta). Klebsiella pneumoniae yang diisolasi dari tempe digunakan sebagai outgroup. Isolasi E. coli dari tempe dilakukan dengan metode pengenceran bertingkat 10-2 sampai 10-5 dan disebar ke dalam media Eosin Methylene Blue (EMB) kemudian diuji dengan media Simmon Sitrat Agar (SSA). DNA genom E. coli diisolasi menggunakan Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide (CTAB). Gen 16S rRNA E. coli diamplifikasi menggunakan primer 63f dan 1387r. Hasil sekuensing dianalisis menggunakan program MEGA 5.2. Sekuen ERIC E. coli diamplifikasi menggunakan primer ERIC 1R dan ERIC 2. Profil pita DNA diinterpretasikan menjadi matriks data biner untuk pembuatan pohon filogenetik dengan menggunakan program MEGA 5.2. Konstruksi pohon filogenetik menggunakan metode Unweighted Pair Groups Method Analysis (UPGMA). Sebanyak 81 isolat yang diduga E. coli telah berhasil diisolasi dari tempe. Namun, setelah diuji lebih lanjut pada media SSA hanya 33 isolat yang menunjukkan positif E. coli. Tiga puluh tiga isolat E. coli tersebut terdeteksi diantara pengrajin EMP atau CLR. Tidak ditemukan E. coli dari dua pengrajin lainnya (DRG dan WJB). Sampel tempe yang sama dapat membawa genotip yang berbeda dari E. coli. Dilain pihak, genotip yang sama dapat ditemukan didalam sampel tempe yang berbeda. Gen 16S rRNA setiap isolat E. coli telah berhasil diamplifikasi menggunakan primer 63f dan 1387r dengan pita DNA berukuran sekitar 1.3 kb. Hasil BLASTN sekuen gen 16S rRNA menunjukkan 33 isolat tersebut adalah E. coli dengan persentase kemiripan 96%-100% dengan E-value 0.0. Visualisasi profil ERIC-PCR menunjukkan bahwa pola pita isolat E. coli yang berasal dari tempe berbeda dengan isolat medis. Profil pita isolat E. coli dari tempe menghasilkan pola pita DNA yang unik berukuran 0.25 kb dan 1.0 kb. Pada penelitian ini, tidak ada satupun E. coli yang diisolasi dari tempe yang menunjukkan pola pita identik dengan isolat medis. Profil ERIC-PCR isolat E. coli dari tempe CLR
Keyword: Escherichia coli, ERIC-PCR, tempe