Judul: Introgresi Gen Pita-2 untuk Sifat Ketahanan Terhadap Penyakit Blas dari Padi IRBLta2-Re ke dalam Padi Varietas Ciherang Menggunakan Pendekatan Marker Assisted-Backcrossing Selection
Abstrak: Salah satu penyakit penting yang paling sering menyerang tanaman padi adalah blas, yang disebabkan oleh cendawan Pyricularia oryzae. Penyakit ini telah menyebar luas dan menyebabkan kerusakan padi sawah. Penggunaan varietas tahan merupakan cara paling efektif, ekonomis, dan praktis dalam usaha pengendalian penyakit blas. Perbaikan sifat ketahanan varietas unggul dapat dilakukan melalui introgresi gen-gen ketahanan. Kegiatan introgresi gen-gen ketahanan dapat dipercepat dengan menggunakan teknologi penanda DNA. Penanda DNA berfungsi sebagai alat seleksi yang tepat, cepat dan presisi dalam menyeleksi individu yang diinginkan sehingga mempercepat kegiatan pemuliaan. Salah satu metode pemuliaan berbasis penanda DNA adalah Marker Assited-Backcrosing Selection (MABS). Introgresi gen-gen ketahanan blas dengan menggunakan pendekatan MABS sangat sesuai diterapkan pada perbaikan sifat ketahanan blas pada padi varietas Ciherang. Tujuan penelitian ini adalah pengembangan galur-galur mirip Ciherang yang membawa gen Pita-2 dengan spektrum ketahanan luas terhadap penyakit blas. Secara garis besar penelitian dibagi menjadi empat tahap dengan tujuan spesifik, yaitu : 1) mendapatkan isolat P. oryzae standar untuk seleksi sifat ketahanan pada populasi silang balik IRBLta2-Re dan Ciherang, 2) mendapatkan marka molekuler untuk mendeteksi gen Pita-2 dari donor IRBLta2-Re dan segmen tetua penerima Ciherang, 3) introgresi gen Pita-2 dari padi IRBLta2-Re ke dalam padi varietas Ciherang dengan menggunakan pendekatan MABS, dan 4) Mendapatkan galur-galur BC2F1 dan BC3F1 dengan karakter agronomi mirip Ciherang yang membawa gen Pita-2 untuk sifat ketahanan terhadap penyakit blas. Penentuan isolat P. oryzae standar dilakukan dengan menggunakan delapan ras P. oryzae dan 10 varietas padi. Gejala penyakit blas ditentukan berdasarkan sistem evaluasi standar IRRI. Isolat P. oryzae standar ditentukan berdasarkan kerentanan padi varietas Ciherang dan ketahanan padi IRBLta2-Re. Hasil penelitian ini menunjukkan isolat ID96 memiliki virulensi rendah pada padi IRBLta2-Re dan virulensi tinggi pada varietas Ciherang dengan intensitas penyakit sebesar 3% dan 37%. Oleh sebab itu, ID96 digunakan sebagai isolat untuk seleksi sifat ketahanan blas pada populasi silang balik Ciherang dan IRBLta2-Re. Selain itu, hasil penelitian ini menunjukkan bahwa varietas Ciherang memiliki ketahanan terhadap beberapa ras P. oryzae yang diuji. Penentuan marka molekular gen Pita-2 dari donor padi IRBLta2-Re dan segmen Ciherang dilakukan dengan menggunakan 43 marka molekular, terdiri atas 25 marka gen Pita-2 dan 18 marka spesifik yang didesain dari data SNP tetua. Seleksi terhadap marka molekular tersebut menghasilkan 18 pasang marka molekular yang terdiri dari sepuluh marka terpaut dengan gen Pita-2 dan delapan marka spesifik SNP terpaut dengan segmen genom tetua. Delapan marka spesifik terdiri dari lima pasang primer yang mendeteksi segmen IRBLta2-Re dan tiga pasang primer mendeteksi segmen Ciherang. Kedelapan belas marka molekular ini selanjutnya digunakan dalam konfirmasi genotipe introgresi gen Pita-2 dari padi IRBLta2-Re ke dalam padi varietas Ciherang. Introgresi gen Pita-2 dari padi IRBLta2-Re ke dalam padi varietas Ciherang dilakukan dengan menggunakan pendekatan MABS. Pembentukan populasi F1 dilakukan dengan menyilangkan varietas Ciherang sebagai tetua betina dan padi IRBLta2-Re sebagai tetua jantan. Biji F1 yang dihasilkan semua ditanam tanpa dilakukan seleksi ketahanan blas. Populasi BC1F1 dihasilkan dari persilangan varietas Ciherang sebagai tetua betina dan tanaman F1 sebagai tetua jantan. Persilangan ini menghasilkan 3000 biji BC1F1. Seleksi ketahanan blas dilakukan pada 2074 tanaman BC1F1 menggunakan isolat ID96. Seleksi tersebut menghasilkan 148 tanaman tahan skor nol. Konfirmasi genotipe introgresi
Keyword: MAS, NIL, Pyricularia oryzae ID96, silang balik, SNP