Judul: Marka SNAP Berbasis Fragmen Gen SAD sebagai Indikator Kandungan Asam Lemak Tidak Jenuh Kelapa Sawit
Abstrak: Kelapa sawit merupakan salah satu tanaman penghasil minyak nabati utama dengan produktifitas per hektar tertinggi dibandingkan semua tanaman penghasil minyak lainnya. Kebutuhan terhadap kualitas minyak nabati yang sehat dengan harga yang murah menjadi tren pada perkembangan industri minyak dan asam lemak secara global, diharapkan kelapa sawit dapat memenuhi kebutuhan tersebut. Oleh karena itu perlu dikembangkan materi genetik dengan produktifitas yang tinggi dan kualitas minyak yang baik, sebagai sumber bahan pangan maupun non pangan. Salah satu cara mempercepat mendapatkan tanaman unggul yang memenuhi kriteria yang diinginkan adalah dengan mengembangkan marka molekuler yang dapat mengindikasikan kualitas minyak yang dihasilkan tanaman kelapa sawit sejak dini. SNPs (Single Nucleotide Polimorphisms) merupakan salah satu teknologi marka molekuler, selain pemuliaan konvensional yang dapat dimanfaatkan untuk memperkuat dan mempercepat program pemuliaan kelapa sawit. Kualitas minyak dipengaruhi oleh kandungan asam lemak tidak jenuh pada minyak. Asam oleat merupakan salah satu komponen utama asam lemak tidak jenuh tunggal yang baik untuk kesehatan, bersifat stabil dan mampu mengurangi resiko serangan penyakit jantung. Pembentukan dan kandungan asam oleat serta asam lemak tidak jenuh pada kelapa sawit dipengaruhi oleh gen kunci stearoyl ACP desaturase (SAD). Gen ini memainkan peran penting dalam menentukan komposisi asam lemak tidak jenuh pada kelapa sawit (Elaeis sp.). Dalam penelitian ini, fragmen gen SAD diisolasi dari genom sumber keragaman kelapa sawit untuk mengidentifikasi dan meanganalisis lokus SNP yang digunakan sebagai dasar pengembangan marka SNAP (Single Nucleotide Amplified Polimorphisme). Dua pasang primer gen SAD spesifik berhasil didisain untuk mengisolasi fragmen gen SAD dari genom sumber keragaman kelapa sawit, yakni primer SAD1 dan SAD2. Fragmen gen SAD telah berhasil diisolasi dan diamplifikasi dari DNA genom 5 aksesi kelapa sawit yang terdiri atas satu aksesi spesies E.oleifera (open polinated) dan 4 aksesi dari spesies E.guineensis var tenera, Dura, Pisifera, dan Virescens. Fragmen gen SAD yang diisolasi dari berbagai sumber keragaman kelapa sawit mempunyai tingkat homologi 99% dengan gen SAD yang terdeposit di NCBI (National Center for Biotechnology Information). Primer SAD1 berhasil mengamplifikasi semua sampel dengan ukuran 1100 bp dengan satu intron ukuran 507 bp. Primer SAD2 menghasilkan urutan basa dengan ukuran 600 bp. Total ukuran exon yang teramplifikasi berkisar antara 969-1032 bp. Hasil identifikasi dan analisis sekuens SAD menghasilkan 13 lokus SNPs gen SAD, yang kemudian dikembangkan untuk mendapatkan 26 pasang marka SNAP. Diantara 13 lokus SNP yang dievaluasi, terdapat enam (6) lokus marka SNAP (2 lokus di bagian intron, 3 lokus di bagian exon, dan 1 lokus di bagian 3’UTRs), yang dapat digunakan untuk menduga variasi aktivitas biosintesis dan komposisi asam lemak tidak jenuh dalam buah kelapa sawit umumnya dan kandungan asam oleat pada khususnya. Ini adalah hasil penelitian pertama yang menunjukkan gabungan lokus SNPs pada exon, intron dan 3’UTRs dapat mengindikasikan kandungan asam lemak tidak jenuh pada tanaman penghasil minyak nabati. Hasil penelitian ini dapat dimanfaatkan oleh industri benih kelapa sawit untuk mendapatkan induk superior dengan kandungan asam oleat yang tinggi, meningkatkan efisiensi seleksi dan mengurangi jumlah generasi silang balik pada backcross E.oleifera dan E.guineesis, mengindentifikasi tanaman tenera yang mengalami mutasi alami pada gen SAD dengan komposisi kandungan asam lemak spesifik yang dapat diperbanyak dengan teknik kultur jaringan sehingga didapatkan tanaman
Keyword: Elaeis guineensis, E. oleifera, Asam oleat, SAD (Stearoyl ACP Desaturase), SNPs, SNAP