Judul: Identification and Sequencing of Salmonella spp. Isolate from Chicken Carcass with Invasion Gene Marker
Abstrak: Daging ayam merupakan sumber protein hewani yang paling banyak dikonsumsi di Indonesia. Salah satu cemaran patogen yang sering ditemukan pada karkas ayam adalah Salmonella spp. Jenis Salmonella berpengaruh pada kemampuan adaptasi, jenis inang, penyakit yang ditimbulkan pada inang, serta ketahanan terhadap antibiotik. Identifikasi jenis Salmonella yang terdapat pada isolat uji dari karkas ayam ras dan ayam kampung dapat dilakukan dengan sekuensing DNA dari isolat uji tersebut. InvA merupakan gen yang umum digunakan untuk mengidentifikasi Salmonella. Ketersediaan primer dengan target gen invA dengan amplikon panjang dan spesifikasi yang sesuai dengan ketentuan desain primer sulit ditemukan. Penelitian bertujuan mendesain primer untuk gen invA pada Salmonella spp., mengidentifikasi serovar isolat Salmonella spp. asal karkas ayam ras dan ayam kampung berdasarkan gen invA, mengidentifikasi kekerabatan genetik isolat Salmonella spp. tersebut dengan pohon filogenetik, dan mengevaluasi conserved region gen invA Salmonella. Sampel yang digunakan adalah masing-masing enam karkas ayam ras dan karkas ayam kampung. Karkas ayam tersebut didapatkan dari pedagang ayam yang sama (dari satu pedagang ayam, diambil satu karkas ayam ras dan satu karkas ayam kampung). Sebanyak 1-5 isolat diambil dari setiap karkas ayam hingga didapat masing-masing 25 isolat Salmonella spp. dari setiap jenis ayam. DNA isolat uji Salmonella spp. diekstraksi, diamplifikasi menggunakan PCR dengan primer yang dirancang dalam penelitian ini (ukuran amplikon 1486 bp), dan disekuensing. Hasil sekuensing diedit, diidentifikasi, disejajarkan, dianalisis conserved region pada DNA dan asam aminonya, serta dibuat pohon filogenetiknya. Salmonella Weltevreden paling banyak terdapat pada isolat uji dari karkas ayam kampung (13 dari 25 isolat uji), sedangkan Salmonella Typhimurium paling banyak terdapat pada isolat uji dari karkas ayam ras (5 dari 25 isolat uji). Salmonella Weltevreden, Typhimurium, Newport, Schwarzegrund, Kentucky, dan Chester ditemukan pada kedua jenis karkas ayam tersebut. Salmonella Enteritidis, Hadar, dan Albany hanya ditemukan pada karkas ayam ras. Perbedaan basa nukleotida terdapat pada gen invA dengan nomor akses OL581595 (berasal dari isolat uji Salmonella pada karkas ayam ras) dan OL581596 (berasal dari isolat uji Salmonella pada karkas ayam kampung) jika dibandingkan dengan gen invA pada Salmonella Newport lainnya. Mutasi ini tidak menyebabkan perubahan pada asam amino yang terbentuk (synonymous mutation). Hasil pohon filogenetik menunjukkan tidak ada perbedaan jenis antara Salmonella yang terdapat pada karkas ayam kampung dengan Salmonella yang terdapat pada karkas ayam ras. Pada penelitian ini dirancang primer baru yang dapat mendeteksi invA dengan amplikon yang panjang, spesifikasi yang sesuai dengan ketentuan desain primer, dan spesifik. Penelitian ini merupakan penelitian pertama yang melaporkan perbandingan serovar dan gen Salmonella dari ayam ras dan ayam kampung. Hasil identifikasi Salmonella dapat digunakan untuk mengetahui langkah pencegahan dan penanganan Salmonella pada karkas ayam., Chicken meat is the most widely consumed source of animal protein in Indonesia. One of the most common pathogenic contaminants in chicken carcasses is Salmonella spp. The type of Salmonella affects the adaptability, type of host, the disease caused to the host, and its resistance to antibiotics. Identifying the type of Salmonella found carcasses of broilers and kampung chickens can be done by sequencing DNA from the test isolates. InvA is a gene commonly used to identify Salmonella. Availability of primers targeting the invA gene with long amplicons and
Keyword: broiler chicken, kampung chicken, invA, Salmonella spp.