Judul: Keragaman Patotipe Xanthomonas Oryzae Pv. Oryzae Pada Tanaman Padi Di Beberapa Kabupaten Di Sulawesi Selatan.
Abstrak: Sulawesi Selatan (Sulsel) adalah salah satu provinsi di wilayah timur Indonesia yang menjadi sentra produksi padi dalam mencukupi kebutuhan pangan nasional termasuk Sulawesi, Maluku dan Papua. Salah satu kendala dalam produksi padi adalah adanya faktor biotik yang mempengaruhi pertumbuhan tanaman diantaranya infeksi bakteri patogen Xanthomonas oryzae pv. oryzae yang menyebabkan penyakit hawar daun atau kresek. Tingginya kehilangan hasil panen yang disebabkan oleh bakteri ini mendorong diupayakannya cara pengendalian yang tepat. Berbagai strategi pengendalian yang telah diupayakan untuk menekan penyakit ini namun sejauh ini penggunaan varietas tahan masih dianggap lebih efisien dan relatif lebih mudah. Informasi tentang perkembangan penyakit dan distribusi patotipe X. oryzae pv. oryzae dapat membantu dalam pengambilan keputusan tindakan pengendalian yang tepat, khususnya dalam penentuan varietas yang tahan terhadap bakteri tersebut untuk digunakan dalam pola tanam. Bakteri ini dilaporkan memiliki keragaman patotipe yang didasarkan pada kemampuan berbeda dalam menginfeksi tanaman padi pada berbagai varietas. Bakteri ini dilaporkan memiliki sifat yang mudah berubah dalam membentuk patotipe baru. Oleh karena itu pemantauan atau monitoring komposisi dan dominansi patotipe patogen perlu dilakukan secara teratur. Suatu varietas yang tahan terhadap bakteri X. oryzae pv. oryzae seringkali dijadikan komponen utama dalam pengendalian dan ditanam terus menerus yang dapat menjadi salah satu faktor memicu munculnya patotipe baru. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengevaluasi sebaran dan keragaman patotipe X. oryzae pv. oryzae yang berada di area penanaman padi sawah dibeberapa kabupaten di Sulawesi Selatan. Penelitian ini dilakukan dalam beberapa tahap yang meliputi pengambilan sampel tanaman sakit di lapangan yang meliputi Kabupaten Bantaeng, Barru, Jeneponto, Maros, Pangkep, Bone dan Takalar, isolasi dan pemurnian bakteri, identifikasi dan deteksi bakteri X. oryzae pv. oryzae hingga pengelompokan patotipe bakteri yang dilakukan dengan metode Kozaka yang menggunakan lima varietas tanaman padi diferensial yaitu Tetep, Kogyoku, Waseaikoku, Java14, dan Kinmase, masing-masing tanaman tersebut akan menunjukkan respon gejala yang berbeda jika diinokulasi X. oryzae pv. oryzae patotipe berbeda. Deteksi dan identifikasi dengan teknik polymerase chain reaction (PCR) menggunakan pasangan primer spesifik XOR-F(5'GCATGACGTCATCGTCCTGT-3') dan XOR-R2 (5'-CTCGGAGCTATATGCCGTGC-3') yang mengamplifikasi wilayah intergenik gen 16S-23S rDNA dengan ukuran DNA sasaran ± 470 pb. Amplikon DNA hasil PCR dilakukan perunutan dan dianalisis homologinya dengan bakteri lain yang tersimpan pada data GenBank melalui program BLAST dan dilakukan analisis kekerabatan menggunakan metode analisis filogenetika. Dalam penelitian ini diperoleh 29 isolat bakteri yang positif sebagai X. oryzaepv. oryzae yang terdiri dari patotipe III (6 isolat), patotipe IV (21 isolat), patotipe XII (2 isolat). Hasil analisis sekuen nukleotida isolat Xo126, Xo129, Xo118, Xo132, Xo135, Xo131, Xo130, Xo111, Xo137, Xo136, Xo114 dan Xo127 dengan program BLAST menunjukkan isolat bakteri X. oryzae pv. oryzae asal Sulawesi Selatan-Indonesia memiliki kekerabatan yang dekat terhadap isolat dari negara lain seperti Cina, Korea, India, Jepang, dan Amerika dengan tingkat homologi berkisar 99.5-100%. Patotipe XII merupakan patotipe yang selama ini belum pernah dilaporkan di Sulawesi Selatan, dalam penelitian ini telah ditemukan di Kabupaten Pangkep dan Takalar. Informasi terkini tentang distribusi dan komposisi patotipe X. oryzae pv. oryzae di wilayah penanaman padi di Sulawesi Selatan ini dapat dimanfaatkan sebagai dasar pertimbangan menentukan tindakan pengendalian yang akan digunakan. Penentuan tindakan pengendalian yang tepat dan efisien dapat menurunkan resiko kerusakan tanaman padi akibat
Keyword: PCR, Patotipe, Tanaman diferensial, Sulawesi Selatan, Xanthomonas oryzae pv. oryzae