Judul: Keragaman Genetik Tanaman Kacang Bogor (Vigna Subterranea L. Verdc.) In Vitro Dan In Vivo Berdasarkan Marka Ssr Dan Snap
Abstrak: Kacang bogor atau bambara groundnut (Vigna subterranea (L.) Verdcourt) adalah salah satu tanaman legume yang belum terlalu banyak dibudidayakan dan dapat menjadi sumber pangan alternatif di Indonesia. Tujuan penelitian ini adalah mengembangkan metode kultur in vitro (organogenesis dan embriogenesis) kacang bogor dan mempelajari keragaman planlet hasil kultur in vitro serta keragaman tanaman di lapang yang berasal dari daerah Sukabumi dan Sumedang. Penelitian ini dilakukan di Plant Molecular Biology Laboratorium (PMB-Lab), Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor, Bogor, Indonesia. Penelitian terdiri atas tiga percobaan yang berkesinambungan yaitu 1) organogenesis dan embriogenesis somatik kacang bogor asal Sukabumi, 2) Analisis keragaman genetik tanaman in vitro dan in vivo menggunakan marka SSR, dan 3) Pengembangan marka SNAP berdasarkan sekuen gen Pto asal kacang bogor. Percobaan organogenesis terdiri atas induksi tunas dan proliferasi tunas dan akar secara in vitro. Percobaan embriogenesis terdiri atas induksi kalus, proliferasi kalus dan regenerasi kalus menjadi embrio somatik. Analisis keragaman genetik tanaman in vitro dan in vivo dilakukan dengan menggunakan marka SSR. Pengembangan marka SNAP terdiri atas identifikasi situs SNP, desain primer SNAP dan evaluasi untuk menghasilkan marka SNAP. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa induksi tunas dipengaruhi oleh interaksi antara media perlakuan dengan jenis eksplan axis yang digunakan. Media yang optimal untuk induksi perakaran secara in vitro adalah kombinasi antara 2.0 mg L-1 BAP dengan 0.1 mg L-1 NAA pada media dasar MSVitB5 dengan persentase akar yang dihasilkan sebesar 83.33%. Media yang optimal untuk induksi kalus adalah media yang mengandung 5 mg L-1 2,4-D (96.67%) dan picloram 3 mg L-1 (88.33%) dan eksplan terbaik adalah daun muda. Tingkat proliferasi kalus lebih tinggi pada media yang mengandung picloram daripada media yang mengandung 2,4-D. Media yang optimal untuk induksi embrio somatik fase globular adalah 0.1 mg L-1 picloram. Bagaimanapun, pada percobaan ini embrio somatik fase hati, fase torpedo, dan fase kotiledon belum berhasil diregenerasikan. Analisis keragaman genetik tanaman in vitro dan in vivo kacang bogor berdasarkan lima pasang primer SSR menunjukkan tingkat keragaman yang rendah (0.119). Primer BamCo80 adalah primer yang informatif, mampu menghasilkan tiga alel dengan nilai PIC tertinggi (0.453). Keragaman genetik sampel asal Sumedang lebih tinggi (0.113-0.119) dari pada sampel asal Sukabumi (0.000-0.050). Pengelompokan sampel berdasarkan jarak genetik menggunakan software DARwin membagi sampel menjadi dua kelompok utama yang sesuai dengan daerah asal sampel. Hasil ini juga sejalan dengan hasil analisis menggunakan software Structure. Hasil pengembangan marka SNAP berdasarkan sekuen gen Pto kacang bogor berhasil mengidentifikasi 22 lokus SNP dan menghasilkan enam pasang primer SNAP. Primer SNAP dievaluasi dengan menggunakan PCR pada 80 individu tetua dan 47 individu progeni. Produk amplifikasi dihailkan dari lima pasang primer SNAP sedangkan satu primer SNAP tidak menghasilkan produk amplifikasi. Hasil analisis primer SNAP menunjukkan bahwa evaluasi sampel kacang bogor memiliki kombinasi alel heterozigot untuk empat lokus SNP (SNP_78; SNP_378; SNP_481 dan SNP_510) dan satu lokus memiliki kombinasi alel homozigot (SNP_502).
Keyword: Organogenesis dan embriogenesis somatik, marka SSR dan SNAP, kacang bogor, Sukabumi, Sumedang