Judul: Detection and Molecular Identification of Potentially Patulin-Producing Mold in Tropical Fruits
Abstrak: Produksi dan ekspor buah-buahan tropis Indonesia mengalami tren peningkatan dari tahun ke tahun. Salah satu faktor penting yang harus diperhatikan dalam produksi maupun ekspor buah-buahan ialah keamanan pangan. Salah satu cemaran yang dapat ditemukan pada buah adalah mikotoksin, khususnya patulin, yang merupakan hasil metabolit sekunder dari kapang. Patulin merupakan mikotoksin dengan kapang penghasil utamanya ialah Penicillium expansum yang sering ditemukan pada buah apel dan olahannya. Penelitian mengenai spesies kapang penghasil patulin pada buah-buahan tropis Indonesia masih terbatas. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk memperoleh isolat kapang yang tumbuh dari empat jenis buah-buahan tropis, kondisi running optimum polymerase chain reaction (PCR) untuk deteksi gen target isoepoxydon dehydrogenase (idh), dan identitas kapang yang berpotensi sebagai penghasil patulin pada buah-buahan tropis. Penelitian terdiri dari tiga tahap yaitu (1) isolasi kapang dari buah-buahan tropis, (2) optimasi kondisi running PCR dan deteksi gen target idh pada isolat yang diperoleh, serta (3) identifikasi spesies kapang secara molekuler menggunakan gen target internal transcribed spacer (ITS) rDNA yang selanjutnya dilakukan analisis homologi sekuen DNA dengan sekuen yang terdapat di GenBank. Total 26 kapang diisolasi dari empat jenis buah (apel malang, pisang ambon, jeruk medan dan alpukat) yang diperoleh dari lima tempat yang berbeda di Bogor antara lain kios buah, pasar tradisional dan supermarket. Isolat yang diperoleh yaitu 13 isolat dari apel malang, 9 isolat dari pisang ambon, 2 isolat dari jeruk medan dan 2 isolat dari alpukat. Colletotrichum musae PA01 digunakan sebagai kontrol positif kapang penghasil patulin. Hasil optimasi metode PCR untuk deteksi gen idh menunjukkan suhu annealing 54ºC, reagen mix A, dan konsentrasi primer sebesar 0,2 µm merupakan kondisi yang optimum. Deteksi kapang berpotensi menghasilkan patulin dilakukan menggunakan gen target idh dengan primer forward IDH1 dan primer reverse IDH2. Kapang yang positif terdeteksi gen idh adalah isolat kapang yang mempunyai amplikon dengan ukuran 620 bp. Hasil visualisasi produk PCR deteksi gen penghasil patulin ditemukan sebanyak 5 dari 26 (19,2%) isolat yang positif mempunyai gen idh yaitu isolat dengan kode A11, A34, A43, A51, dan B23. Identifikasi spesies dilakukan menggunakan gen ITS rDNA dengan primer universal yaitu primer forward ITS1 dan reverse ITS4. Sekuen DNA isolat kapang selanjutnya dianalisis BLAST dan pohon filogenetik menggunakan sekuen DNA yang terdapat di GenBank sebagai rujukan. Pohon filogenetik dikonstruksi menggunakan metode Maximum Likelihood dengan model yang terbaik dan bootstrap 1000x pada perangkat lunak MEGA X. Hasil penelitian menunjukkan bahwa isolat yang positif mengandung gen idh teridentifikasi sebagai Aspergillus aculeatus, Aspergillus niger, Cladosporium antropophilum, Cladosporium tenuissimum, dan Talaromyces verruculosus., Production and export of tropical fruits have an increasing trend every year. The important factor in the production and export of fruits is food safety. One of the contaminants that may be found in fruit is mycotoxin, especially patulin. The major producer of patulin is Penicillium expansum which is often found in apples and its products. Research on the identification of patulin-producing mold in Indonesian tropical fruit is still limited. This study aimed to obtain contaminant molds from tropical fruits, the optimum polymerase chain reaction (PCR) running condition for isoepoxydon dehydrogenase (idh) gene detection, and the identity of potentially patulin-producing mold. The research consisted of three
Keyword: molecular detection, patulin, toxigenic mold, tropical fruit