Judul: Korelasi Populasi Klebsiella Dan Jumlah Kopi Gen Penyandi Kobalt-Prekorin-5a-Deasilase (Cbig) Pada Tempe.
Abstrak: Klebsiella pneumoniae sebagai anggota dari famili Enterobacteriaceae merupakan salah satu mikrob yang penting dalam menghasilkan vitamin B12 pada tempe. Gen cbiG adalah salah satu gen penting pensintesis vitamin B12 yang mengkodekan kobalt-prekorin-5A-deasilase dan gen ini dimiliki oleh Klebsiella penghasil vitamin B12. Real Time Quantitative Polymerase Chain Reaction (qPCR) digunakan untuk mendeteksi dan mengkuantifikasi keberadaan mikrob, sekuen DNA tertentu, ekspresi gen dan lain sebagainya. Suatu sekuen DNA diamplifikasi, kemudian produk hasil amplifikasi dianalisis dan dikuantifikasi dalam waktu yang bersamaan secara real time. Korelasi antara jumlah populasi Klebsiella pada tempe dan kopi gen cbiG dilakukan menggunakan qPCR. Penelitian ini dilakukan untuk mengevaluasi korelasi jumlah populasi Klebsiella pada tempe dan jumlah kopi gen cbiG sebagai indikator produksi vitamin B12 pada tempe dengan tingkat kematangan berbeda (24, 48 dan 72 jam). Sampel tempe diambil dari pengrajin tempe Empang (EMP) dan Warung Jambu (WJB) di Bogor setelah fermentasi tempe selesai (36 jam) kemudian disimpan selama 24, 48 dan 72 jam pada suhu ruang. Kuantifikasi Klebsiella dari tempe dilakukan menggunakan metode pengenceran dan diinokulasikan pada Eosin Methylene Blue Agar (EMBA) menggunakan metode cawan sebar. Isolat Klebsiella yang tumbuh pada EMBA dihitung dan dilakukan uji aktivitas degradasi sitrat pada Simmons’ Citrate Agar (SCA). DNA total diekstraksi dari tempe EMP dan WJB dan digunakan sebagai cetakan (template) DNA untuk mengamplifikasi gen cbiG menggunakan dua pasang primer spesifik Klebsiella, cbiG-F dan cbiG-R dengan gen target 755 bp, serta cbiG-Fnew2 dan cbiG-Rnew2 dengan gen target 250 bp. Ekstrak DNA tempe EMP dan WJB juga digunakan sebagai cetakan untuk mengkuantifikasi kopi gen cbiG menggunakan primer cbiG-Fnew2 dan cbiG-Rnew2 melalui qPCR. Seluruh isolat Klebsiella dari tempe EMP dan WJB menunjukkan karakteristik khusus Klebsiella, yaitu berbentuk bulat, mukoid dan berwarna ungu di bagian tengah koloni pada EMBA. Klebsiella juga mampu mendegradasi sitrat yang terlihat melalui perubahan warna dari hijau menjadi biru pada SCA. Jumlah populasi Klebsiella meningkat berdasarkan tingkat kematangan tempe. Tempe umur 24 jam memiliki jumlah populasi Klebsiella yang lebih rendah dibandingkan tempe umur 48 jam, begitu pula tempe umur 48 jam memiliki jumlah populasi Klebsiella yang lebih rendah dibandingkan tempe umur 72 jam. DNA genom setiap sampel tempe berhasil diisolasi dan gen cbiG juga berhasil diamplifikasi menggunakan PCR. Pita hasil PCR memiliki intensitas yang beragam. Intensitas pita tersebut meningkat berdasarkan tingkat kematangan tempe yang menunjukkan bahwa tempe umur 72 jam memiliki gen cbiG yang paling tinggi dibandingkan dengan tempe umur 48 dan 24 jam. Hasil kuantifikasi kopi gen cbiG menggunakan qPCR menunjukkan bahwa jumlah kopi gen cbiG meningkat berdasarkan tingkat kematangan tempe. Penelitian ini menunjukkan bahwa jumlah populasi Klebsiella berkorelasi dengan jumlah kopi gen cbiG yang meningkat berdasarkan tingkat kematangan tempe tersebut.
Keyword: Gen cbiG, K pneumoniae, qPCR, Tempe, Vitamin B12