Judul: Polymorphism of SNP g.1117G>A of HSP70 Gene and Its Association with Birth Weight in Bali Cattle (Bos javanicus)
Abstrak: Indonesia memiliki sumber daya genetik ternak (SDGT) yang melimpah, termasuk sapi, khususnya sapi bali. Ternak indigenous merupakan ternak yang telah lama berkembang dan beradaptasi dengan lingkungan tropis Indonesia, dan pada umumnya jenis ternak ini cocok dengan lingkungan tropis basah Indonesia karena efisien low input feed, bereproduksi tinggi, dan tahan dengan iklim tropis basah. Sapi bali (Bos javanicus) sebagai ternak asli Indonesia memiliki keunggulan resistensi tinggi terhadap sebagian besar penyakit, mampu efisien tumbuh dengan pakan yang berkualitas rendah dan memiliki tingkat kesuburan yang tinggi. Peningkatan suhu lingkungan memberi dampak yang merugikan bagi ternak, seperti penurunan metabolisme, reproduksi, dan kinerja. Respon ternak terhadap cekaman panas dapat ditunjukkan dengan ekspresi gen HSP70. HSP70 bekerja untuk meningkatkan ambang cekaman panas yang berakibat pada panjangnya jarak translasi protein sehingga menurunkan pengaruh cekaman panas pada mekanisme pelipatan protein dan mengurangi intensitas kerusakan protein akibat unfolding atau misfolding. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman gen SNP g.1117G>A HSP70 (HSP70|BanI) menggunakan metode PCR-RFLP. Jumlah sampel yang digunakan sebanyak 104 sampel yang terdiri atas 66 ekor sapi bali dari BPTU-HPT Denpasar, Bali dan 38 ekor sapi bali dari BPT-HMT Serading, NTB. Pendekatan PCR-RFLP digunakan untuk menganalisis keragaman gen HSP70. Enzim yang digunakan untuk pemotongan adalah enzim restriksi BanI. Popgen32 digunakan untuk menganalisis frekuensi genotipe dan alel, heterozigositas, dan keseimbangan Hardy-Weinberg. General Linear Model digunakan untuk menganalisis hubungan gen g.1117G>A HSP70 dengan bobot lahir pada sapi bali. Amplifikasi gen HSP70 menghasilkan fragmen sepanjang 539 bp dan 2 alel (A dan G). Gen HSP70 terdiri atas tiga genotipe yaitu, AA (475 bp dan 64 bp), AG (475 bp, 369 bp, 148 bp, dan 106 bp), dan GG (369 bp, 148 bp, dan 106 bp). Frekuensi alel pada BPTU-HPT Denpasar dan BPT-HMT Serading berada pada keseimbangan Hardy-Weinberg. Genotipe dari SNP g.1117G>A berasosiasi dengan bobot lahir pada sapi bali. Alel G merupakan penentu berat badan lahir rendah pada sapi bali dimana genotipe AG memiliki bobot lahir terendah diikuti oleh genotipe GG., Indonesia has abundant livestock genetic resources, including cattle, especially Bali cattle. Indigenous livestock are livestock that have long developed and adapted to the tropical environment of Indonesia, and in general this type of livestock is suitable for the wet tropical environment of Indonesia because of its efficient low input feed, high reproduction, and resistance to the wet tropical climate. Bali cattle (Bos javanicus) as native Indonesian cattle have the advantage of high resistance to most diseases, able to efficiently grow with low quality feed and have a high fertility rate. Temperature increases have detrimental impacts on livestock, such as decreased metabolism, reproduction, and performance. The response of livestock to heat stress can be shown by the expression of HSP70 gene. HSP70 works to increase the heat stress threshold which results in a long protein translation distance, thereby reducing the effect of heat stress on the protein folding mechanism and reducing the intensity of protein damage due to unfolding or misfolding. This study aims to identify the SNP g.1117G>A HSP70 gene polymorphism (HSP70|BanI) using the PCR-RFLP method. The total sample used was 104 samples consisting of 66 bali cattle from BPTU-HPT Denpasar, Bali province and
Keyword: Bali cattle, genetic polymorphism, HSP70, PCR-RFLP