Judul: Identifikasi Marka SNP untuk Gen Crustacean Hyperglycemic Hormone Terkait Pertumbuhan Somatik pada Udang Galah (Macrobrachium rosenbergii)
Abstrak: Udang galah (Macrobrachium rosenbergii) termasuk salah satu spesies udang air tawar bernilai ekonomis penting yang sudah banyak dibudi dayakan di berbagai negara baik tropis maupun subtropis. Peluang pasar udang galah baik domestik maupun mancanegara masih sangat menjanjikan terutama untuk tujuan ekspor ke negara Uni Eropa, USA dan Jepang. Namun demikian, produktivitas budi daya udang galah masih jauh tertinggal dibandingkan dengan udang vaname maupun penaeid. Salah satu penyebab rendahnya produktivitas budidaya udang galah adalah adanya variasi ukuran individu yang sangat tinggi pada saat panen. Upaya yang dapat dilakukan untuk meningkatkan produksi antara lain dengan menghasilkan udang galah unggul melalui kegiatan pemuliaan. Kegiatan pemuliaan melalui seleksi konvensional saat ini masih terus digunakan dan terbukti berhasil meningkatkan produksi. Akan tetapi seleksi konvensional dinilai memiliki keterbatasan terutama dalam hal waktu yang diperlukan relatif lama untuk memunculkan gen-gen yang diinginkan. Saat ini, telah banyak informasi mengenai kegiatan seleksi berbasis teknologi molekuler. Salah satu marka DNA yang dapat diaplikasikan untuk program pemuliaan adalah single nucleotide polymorphism (SNP) karena SNP dianggap sebagai marka yang dapat digunakan untuk mempelajari bagaimana variasi nukleotida dapat mempengaruhi regulasi gen dengan mengidentifikasi lokasi gen dalam genom. Berdasarkan informasi tersebut, maka dilakukan penelitian identifikasi marka terkait pertumbuhan dengan tujuan untuk mengidentifikasi keberadaan marka SNP pada gen crustacean hyperglycemic hormone (CHH) dan mengevaluasi primer spesifik terkait pertumbuhan terhadap udang galah tumbuh cepat dan tumbuh lambat. Hewan uji yang digunakan adalah udang galah GI Macro-2 generasi ke-5 (G5) dan ke-6 (G6). Sebanyak 10 sampel DNA genom udang galah G5 yang terdiri atas 5 sampel populasi tumbuh cepat (TC) dan 5 sampel tumbuh lambat (TL) diisolasi dan diamplifikasi menggunakan primer Thanh et al. (2010) yaitu primer CH3 yang digunakan untuk mengidentifikasi keberadaan SNP pada gen CHH. Sementara itu, untuk mengevaluasi primer spesifik dilakukan pada 201 DNA genom udang galah G6 yang terdiri atas 129 tumbuh cepat dan 72 tumbuh lambat. Hasil percobaan diperoleh 10 sekuen fragmen gen CHH dengan kisaran panjang produk PCR sebesar 608 bp. Hasil analisis sekuen menunjukkan produk PCR tersebut memiliki tingkat kesamaan 99-100% dengan gen CHH M. rosenbergii. SNP yang berhasil diidentifikasi pada sekuen udang galah adalah sebanyak 6 situs, yaitu 48, 147, 158, 257, 324, dan 402. Variasi nukleotida yang terjadi pada fragmen gen CHH adalah termasuk tipe substitusi transisi dan tidak ditemukan adanya substitusi tipe transversi. Hasil analisis juga menunjukkan adanya delesi basa T pada fragmen gen CHH, yaitu terjadi pada 1 basa dan terdapat pada awal dari fragmen tepatnya pada posisi basa 48. Sekuen DNA dari fragmen gen CHH pada penelitian ini diketahui bahwa terdapat 1 SNP terletak pada daerah ekson (coding region) dan 5 SNP lainnya ditemukan terletak di luar dari gen fungsional atau intron (non-coding region). Primer spesifik didesain berdasarkan hasil identifikasi SNP pada fragmen gen CHH yang berhasil diamplifikasi dengan menggunakan primer Thanh (CH3) pada 10 sampel udang galah G5. Amplifikasi PCR menggunakan satu pasang primer (forward dan reverse) menghasilkan ukuran pita amplikon dengan ukuran sekitar 280 bp. Evaluasi efektivitas primer spesifik menggunakan pendekatan teknik PCR pada 72 sampel udang galah G6 populasi tumbuh lambat menghasilkan 31% menunjukkan adanya pita (positif) dan 69% tidak menunjukkan adanya pita (negatif).
Keyword: udang galah, SNP, CHH, tumbuh cepat, tumbuh lambat, DNA, basa