Judul: Keragaman Genetik Ayam Asli Indonesia Yang Langka Berdasarkan Analisis Sekuen Komplit Daerah D-Loop Mitokondria Dan Gen Myxovyrus (Mx) Resistance
Abstrak: Ayam bekisar (BkSr), bekikuk (BKK), leher gundul (GUN), sumatera (SUM) dan walik (WLK) merupakan ayam asli Indonesia yang langka. Karakter molekuler merupakan salah satu kriteria standar teknis utama dalam penetapan rumpun (breed) dan galur ayam di Indonesia yang sampai saat ini masih terbatas datanya. Wabah penyakit viral seperti AI dan ND juga diperkirakan menjadi salah satu penyebab kelangkaan dan hilangnya breed ayam sehingga karakteristik gen yang terkait dengan tingkat kekebalan tubuh ayam terhadap serangan penyakit akan menentukan keberlangsungan hidup ayam. Tujuan penelitian ini adalah untuk menyediakan pangkalan data struktur populasi dan diferensiasi breed dan menduga asal-usul ayam asli Indonesia berdasarkan karakteristik mtDNA d-loop dan gen Mx. Penelitian ini terdiri dari 2 tahapan penelitian yaitu (1). Determinasi breed ayam asli Indonesia yang langka dan ayam Indonesia yang lain berdasarkan analisis sekuen komplit daerah d-loop mitokondria (mtdna d-loop), dan (2). variasi dan evolusi gen Mx ayam berdasarkan sejarah program seleksi dan pembentukan breed ayam. Penelitian ini menggunakan 23 breed ayam Indonesia (mewakili 35% jumlah total breed ayam yang ada di Indonesia), berdasarkan Sartika dan Iskandar (2007). Tiga set data digunakan pada penelitian tahap 1. Data pertama digunakan untuk menentukan haplogroup mtDNA d-loop ayam asli Indonesia dan hubungannya dengan ayam-ayam dari negara-negara lain dengan menggunakan analisis unrooted neighbor-joining (NJ). Data pertama ini terdiri dari 679 sekuen mtDNA d-loop (1227 bp) dari 6 breed ayam asli Indonesia yang langka (BkSr, Bkk, BRG, GUN, SUM dari populasi Indonesia dan Amerika Utara dan WLK), 17 breed ayam Indonesia yang lain (arab golden red ARGj dan ARGb, arab silver ARGs, bangkok BgK, black java (BJ, dari populasi Amerika Utara), cemani CMN, gaga’ GAG, kampung (KPGb, KPGb, KPGg, KPGbd, KPGs dan KPGsl), kate KT, kapas KPS, kedu hitam KDh, kedu lurik KDl, kedu putih KDp, kukuak balenggek AKB, pelung PLg, nunukan NNK, sentul STL, dan serama SRM, 2 ayam ras komersial (broiler BRO, dan layer L), 5 subspesies ayam hutan hijau (dari Bali AHHb, Jawa AHHj, dan Madura AHHm) dan 2 ayam hutan merah (dari Jawa AHMj, dan Sumatera AHMs) dan 154 sekuen perwakilan haplotype mtDNA d-loop ayam di dunia (A-I dan W-Y) (Mioa et al. 2013). Seratus sembilan puluh delapan (198) sekuen mtDNA D-loop ayam asli Indonesia dan ayam hutan telah disimpan di Genbank NCBI dengan no aksesi KR535995-KR536177 dan KT853000-KT853016. Data kedua terdiri dari 524 sekuen mtDNA D-loop (1227 bp) ayam Indonesia dan ayam hutan digunakan untuk memperkirakan struktur populasi dan determinasi spesies, subspecies, breed dan galur ayam. Keragaman haplotype (H) dan keragaman genetik (π) mtDNA d-loop dari 481 individu ayam Indonesia dan ayam ras komersial dihitung dengan menggunakan program DNA Sequence Polymorphism (DnaSP) versi 5.10.01. Struktur populasi dan determinasi breed ayam dianalisis dengan menggunakan program Mr. Bayes versi 3.0. Data ketiga mencakup 616 sekuen mtDNA D-loop ayam (ayam Indonesia=490; ayam dari luar negeri=126) yang digunakan untuk menganalisis aliran genetik dan penyebaran ayam yang dianalisis dengan menggunakan Median Joining Network (MJ) dalam program NETWORK versi 5.0.0.0. Penyebaran ayam berdasarkan 7 wilayah regional State of the World’s Animal Genetic Resources for Food and Agriculture (SoW-AnGR) yang ditetapkan FAO (2007) digunakan untuk menentukan pengelompokan breed ayam: (1). lokal (breed yang
Keyword: Ayam Indonesia, aliran genetik, diferensiasi breed, gen Mx, mtDNA d-loop, struktur populasi