Judul: Character Diversity of Black Rot Bacterial Strains (Xanthomonas campestris pv. campestris) on Cabbage to Mixture of Active Inggredients Azoxystrobin and Difenokonazole
Abstrak: Salah satu penyakit pada kubis yang ditemukan pada daun yaitu penyakit busuk hitam (black rot) yang disebabkan oleh bakteri Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc). Gejala khas penyakit black rot pada kubis yaitu adanya lesio kuning yang berbentuk V. Gejala ini dimulai dari tepi daun yang berwarna kuning kemudian klorosis menuju vena tengah daun dan akhirnya menghitam tulang daunnya. Bakteri Xcc dapat menginfeksi kubis pada masa persemaian dengan gejala awal berupa lesio nekrotik dengan titik-titik berwarna hitam pada tepi daun. Pengendalian penyakit busuk hitam di lapangan oleh petani sering menggunakan fungisida yang memiliki spektrum sebagai bakterisida. Fungisida yang spektrum kerjanya tidak spesifik dapat memberikan pengaruh terhadap populasi dari mikroorganisme sekitarnya. Salah satu bahan aktif fungisida yang sering aplikasikan pada tanaman sayuran di daerah Cipanas yaitu campuran azoksistrobin dan difenokonazol. Azoksistrobin telah dilaporkan dapat menghambat pertumbuhan bakteri organotrofik, Actinomycetes, dan cendawan. Penelitian terkait dampak penggunaan campuran bahan aktif azoksistrobin dan difenokonazol terhadap mikroorganisme lain terutama bakteri X. campestris pv. campestris pada kubis belum ada yang melaporkan. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan mendapatkan data keanekaragaman secara genetik isolat bakteri X. campestris pv. campestris, mendapatkan data keanekaragaman secara fenotipik isolat bakteri X. campestris pv. campestris, dan mendapatkan data respon resistensi isolat bakteri X. campestris pv. campestris terhadap campuran bahan aktif azoksistrobin dan difenokonazol. Penelitian ini terdiri 5 tahap yaitu pengambilan sampel daun bergejala, isolasi dan seleksi isolat bakteri X. campestris pv. campestris, identifikasi secara molekuler menggunakan primer spesifik dan universal, pengujian isolat bakteri X. campestris pv. campestris dengan campuran bahan aktif azoksistrobin dan difenokonazol, dan uji produksi senyawa eksopolisakarida. Sampel kubis diambil dari lahan di daerah Cianjur, Jawa Barat. Isolat yang berhasil diisolasi kemudian diuji sifat Gram, hipersensitivitas, patogenesitas, dan hidrolisis pati. Identifikasi molekuker dilakukan menggunakan primer spesifik BE1 & BE2 dan primer universal 16S rRNA. Hasil sekuensing kemudian dianalisis keanekaragaman secara genetik menggunakan 5 enzim restriksi secara in silico. Pengujian dilakukan pada bahan aktif azoksistrobin dan difenokonazol. Konsentrasi bahan aktif yang digunakan yaitu 1/4X, 1/2X, 3/4X, X (konsentrasi anjuran), 3/2X, dan 2X. Hasil isolasi bakteri Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc) didapatkan sebanyak 70 isolat. Hasil isolasi tersebut terdiri dari isolat CHR sebanyak 8 isolat, isolat CLT sebanyak 9 isolat, isolat CDA sebanyak 17 isolat, dan isolat SDA sebanyak 36 isolat. Hasil seleksi isolat dilakukan berdasarkan uji Starch hydrolysis, uji hipersensitivitas, dan uji patogenesitas menunjukkan ada 15 isolat bakteri yang bersifat positif. Hasil analisis PCR menunjukkan terdapat 5 isolat bakteri yaitu CLT01, CDA08, SDA02, SDA22, dan SDA26 X. campestris pv. campestris. Isolat bakteri X.campestris pv. campestris bersifat Gram negatif, patogen terhadap tanaman, dan hidrolisis positif pada media yang mengandung pati. Bakteri X. campestris pv. campestris pada media YDCA memiliki koloni berwarna kuning, mengkilap, elevasi cembung, mucoid (berlendir), dan tepian licin. Hasil sekuensing menggunakan primer universal 16S rRNA dihasilkan bahwa kelima isolat terkonfirmasi sebagai X. campestris pv. campestris dengan kemiripan berkisar 98-100%. Analisis keanekaragaman menggunakan teknik RFLP in silico menunjukkan bahwa kelima isolat bakteri X. campestris pv. campestris memiliki keanekaragaman secara genetik. Pada pengujian dengan bahan aktif, dihasilkan nilai IC50 paling tinggi adalah isolat SDA22, sedangkan nilai paling rendah adalah isolat CDA08. Rata-rata berat eksopolisakarida yang
Keyword: eksopolisakarida, enzim restriksi, RFLP in silico, exopolisacaride, RFLP in silico, restriction enzymes