Judul: Expression and Diversity of the Tyrosinase Gene (TYR) in Bali Cattle
Abstrak: Pigmentasi warna rambut merupakan salah satu sifat kualitatif yang memiliki peran penting pada produktivitas dan adaptabilitas terhadap lingkungan. Pada sapi bali (Bos javanicus) warna rambut normal jantan berwarna hitam dan pada betina berwarna merah bata, namun ditemukan adanya abnormalitas pada warna rambut sapi bali seperti white-spotted dan albino yang tidak sesuai dengan kriteria bibit sapi bali. Fenomena albino merupakan kelainan yang disebabkan oleh faktor genetik. Gen TYR yang mengenkripsi enzim tyrosinase untuk mensintesis melanin telah digunakan untuk mengidentifikasi abnormalitas warna rambut yaitu albinisme pada hewan maupun ternak. Penanda genetik Gen TYR sangat penting digunakan untuk mengidentifikasi fenomena albinisme pada sapi bali albino. Sapi tersebut merupakan sapi yang mengalami kelainan secara genetik sehingga tidak sesuai dengan kriteria bibit sapi bali yang telah diatur pada Standar Nasional Indonesia (SNI). Penelitian terkait ekspresi dan keragaman gen tyrosinase (TYR) pada sapi bali albino belum pernah dilaporkan. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi ekspresi dan keragaman gen tyrosinase pada sapi bali, di wilayah pengkodean ekson 1 gen TYR dan menganalisis keterkaitannya dengan abnormalitas warna rambut pada sapi bali. Penelitian telah dilaksanakan pada bulan Juni sampai November 2023 di Laboratorium Genetika Molekuler, Divisi Pemuliaan dan Genetika Ternak, Fakultas Peternakan, IPB University. Pengambilan sampel darah sapi bali warna rambut normal dan albino dilakukan di Desa Taro dan Sentra Ternak Daerah Sobangan, Provinsi Bali. Penelitian menggunakan sebanyak 189 sampel darah yang meliputi: sapi bali warna rambut normal (n=53); bali tutul (n=11); bali albino (n=17) dan sapi simmental (n=37); limousin (n=14); madura (n=21); peranakan ongole (PO) (n=36) sebagai pembanding. Analisis transkriptomik menggunakan ekstraksi RNA dengan Protokol Geneaid™. Reverse Transcriptase cDNA dilakukan dengan menggunakan protokol kit cDNA synthesis (Toyobo) dan kuantifikasi ekspresi gen TYR menggunakan quantitative real time PCR (qRT-PCR). Analisis genomik, keragaman gen TYR menggunakan metode PCR-Direct sequencing, genotiping (PCR-RFLP). Ekspresi gen dianalisis menggunakan uji-T dengan bantuan software SPSS versi 29. Keragaman gen TYR dianalisis menggunakan program Finct TV, BioEdit, MEGA, dan POPGENE Versi 1.32. Hasil analisis ekspresi gen TYR pada sapi bali normal dan sapi bali albino menunjukkan signifikan (P<0,05). Analisis keragaman menunjukkan bahwa terdapat dua mutasi gen TYR (SNP g. 939A>G dan SNP g. 887C>T) pada sapi bali. SNP tersebut tidak dapat digunakan sebagai penanda genetik untuk warna rambut pada sapi bali, namun, SNP g. 939A>G merupakan SNP baru yang hanya ditemukan pada sapi bali dan tidak ditemukan pada jenis sapi lain. SNP g. 939A>G bersifat polimorfik pada sapi bali sedangkan pada sapi madura, simmental, limousin, dan peranakan ongole (PO) bersifat monomorfik. Simpulan bahwa gen TYR ekson 1 pada sapi bali tidak dapat dijadikan penanda genetik untuk warna rambut albino., Coat color pigmentation is a qualitative trait that plays a crucial role in productivity and adaptability to the environment. In Bali cattle (Bos javanicus), the normal coat color for males is black, and for females, it is brick red. However, abnormalities in coat color, such as white-spotted and albino, have been found in bali cattle, which do not conform to the criteria of bali cattle seedlings. The albino phenomenon is a genetic disorder. The TYR gene, which encodes the enzyme tyrosinase for melanin synthesis, has been used to identify abnormalities
Keyword: bali cattle, SNP, PCR-RFLP, coat color, TYR gene expression