arulpm/triplet_large huggingface dataset:
Judul: Perbandingan Usabilitas Aplikasi Transportasi Berbasis Aplikasi Di Indonesia Menggunakan Metode In The Wild
Abstrak: Aplikasi transportasi berbasis aplikasi sudah sangat lumrah dikalangan masyarakat Indonesia. Terbukti dari terus meningkatnya pengguna aplikasi transportasi berbasis aplikasi pada smartphone. Meskipun pengguna aplikasi transportasi semakin lumrah penelitian yang membahas tentang usabilitas sistem ini belum pernah dilakukan. Penelitian ini dilakukan bertujuan untuk membandingkan usabilitas dari aplikasi transportasi pada aspek efficiency, learnability, error, dan satisfaction serta mengetahui apakah usabilitas mempengaruhi loyalitas pengguna terhadap aplikasi transportasi tersebut. Penelitian menggunakan metode in the wild to in vivo video analysis. Metode in the wild digunakan karena penelitian dilakukan pada ruang terbuka dan pada tempat yang tidak dapat ditentukan sedangkan in vivo video analysis digunakan untuk merekam interaksi pengguna terhadap aplikasi dengan menggabungkan perekaman layar, kamera perekam yang dipasang pada pengguna, serta pengisian kuesioner yang kemudian akan dianalisa kemudian dibandingkan pada aspek usabilitasnya dan loyalitas terhadap aplikasi transportasi.
Keyword: aplikasi transportasi, in the wild, in vivo, smartphone, video analysis
Judul: Respon rumput,kikuyu terhadap pengapuran,pemupukan nitrogen dan fosfor tanah podzolik,megamendung
Abstrak: Penelitian ini dilakukan di rumah kaca Laboratorium Agrostologi, Jurusan Ilmu Nutrisi dan Makanan Ternak, Fa- kultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor, selama empat bulan mulai bulan Desember 1989 sampai bulan April 1990. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui pengaruh kapur, pupuk nitrogen dan fosfor terhadap beberapa aspek pertumbuhan rumput kikuyu pada tanah podzolik, Megamendung. Dosis kapur yang dipakai yaitu CaCO3/pot (0 ton CaCO/ha), 3.5 CaCO/pot (2 ton CaCO3/ha), Og N/pot (0 kg N/ha), 0.525 g N/pot (300 kg N/ha), 6.875 g N/pot (500 kg N/ha, 0 g P205/pot (0 kg P205/ha), 0.263 8 P205/pot (150 kg P205/ha), 0.438 PO/pot g P (300 kg P205/ha). Rancangan penelitian yang dipakai adalah Rancangan Acak Lengkap pola Faktorial 2 * 3 * 3 , dengan dua ulangan. Untuk melihat pengaruh tingkat perlakuan dilakukan uji Beda Nyata Terkecil (BNT). Hasil penelitian menunjukkan bahwa pengaruh kapur dan interaksi ketiga perlakuan nyata (P < 0.05) terhadap jumlah anakan, sedangkan pupuk N dan interaksi antara pupuk N dan kapur pengaruhnya sangat nyata (P < 0l) terhadap jumlah anakan. Pada dosis 500 kg N/ha menghasilkan jumlah anakar terbaik. Rataan jumlah anakan 8.7 batang/pot (naik 22.11% dari tanaman yang tidak dipupuk N). Pengapuran pada ting- kat 2 ton/ha dapat menaikkan jumlah anakan sebesar 11.64% dibanding tanpa pengapuran. Interaksi antara kapur dan pu- pun N dosis 500 kg/ha menghasilkan jumlah anakan paling tinggi (P<0.01). Kombinasi antara Ca1 P2N2 memberikan jum- lah anakan tertinggi dibanding perlakuan lainnya. Pengaruh pupuk N nyata pengaruhnya (P < 0.05) terhadap produksi total bahan kering. Dengan makin meningkatnya dosis pupuk N pro- duksi total bahan kering makin meningkat juga. Pemberian pupuk N 500 kg/ha membarikan hasil tertinggi yaitu 12.5 8/ pot, 300 kg N/ha menghasilkan 10.8 g/pot dan kontrol 9.46g/ pot. Pupuk N nyata ( overline P < 0.05 ) terhadap bahan kering akar. Pemupukan 500 kg/ha menghasilkan bahan kering akar tertinggi, namun tidak nyata dibanding kontrol. Sedangkan pengaruh ka- pur pengaruhnya sangat nyata (P < 0) terhadap peningkatan bahan kering akar. Pengaruh pupuk P terhadap para- meter yang diukur pengaruhnya tidak nyata (P deg > 0.05) ....
Keyword:
Judul: Biometric Identification of Heterakis gallinarum Eggs Using DinoLite and ImageJ Software
Abstrak: Heterakiasis adalah penyakit cacingan yang disesbabkan oleh Heterakis gallinarum yang menyerang saluran pencernaan pada ayam. Penelitian ini bertujuan mempelajari dan menentukan karakteristik telur Heterakis gallinarum berdasarkan ukuran panjang telur, lebar telur, radius mayor, radius minor, luas telur, keliling telur, eksentrisitas telur, dan panjang latus rectum telur. Penelitian dilakukan dengan menggunakan telur cacing dengan 3 kali pengulangan dan masing-masing 10 telur setiap pengulangan. Pengamatan biometrik dilakukan dengan kamera Dino-Eye yang dipasangkan ke mikroskop dan disambungkan dengan software Dino-Lite pada laptop. Data diolah menggunakan ImageJ, Microsoft Excel, SPSS, dan GeoGebra. Hasil pengamatan menunjukkan telur H. gallinarum berbentuk menyerupai elips dengan albumin tebal. Telur memiliki rata-rata panjang telur 58,605 ± 5,613 μm, lebar telur 36,174 ± 3,983 μm, radius mayor dan minor telur masing-masing 29,303 ± 2,806 μm dan 18,088 ± 1,992 μm, luas telur menggunakan rumus 1673,378 ± 309,556 μm , luas telur menggunakan ImageJ 1786,368 ± 355,535 μm2, keliling telur menggunakan rumus 148,803 ± 13,261 μm, keliling telur menggunakan ImageJ 174,744 ± 24,345 μm, panjang latus rectum telur 22,549 ± 4,215 μm, dan eksentrisitas 0,781 ± 0,052 μm. GeoGebra dapat memvisualiasikan bentuk telur H. gallinarum., Heterakiasis is a helminthic disease caused by Heterakis gallinarum which attacks the gastro-intestinal tract of chickens. This study aims to study and determine the characteristics of Heterakis gallinarum eggs based on the length, width, radius major, radius minor, area, perimeter, eccentricity, and the length of latus rectum. The study was conducted using the worm eggs with 3 repetitions and 10 eggs each repetition. Biometric observations were done by Dino-Eye camera attached to microscope and connected to the Dino-Lite software on laptop. The data was processed using ImageJ, Microsoft Excel, SPSS, and GeoGebra. The results showed the eggs of H. gallinarum were elliptical in shape with thick albumin. Eggs have an average length 58.605 ± 5.613 μm, width 36.174 ± 3.983 μm, major and minor radius 29.303 ± 2.806 μm and 18.088 ± 1.992 μm, egg area using the formula 1673,378 ± 309.556 μm , the circumference of the egg using the formula 148,803 ± 13,261 μm while using ImageJ 174,744 ± 24,345 μm, latus rectum length 22,549 ± 4,215 μm, and the eccentricity 0.781 ± 0.052 μm. GeoGebra can visualize the shape of H. gallinarum eggs.
Keyword: Heterakis gallinarum, biometric, Dino-Lite, GeoGebra, ImageJ
Judul: Transglikosilasi Enzimatik Dan Uji Aktivitas Polifenol-A-Glukosida Sebagai Senyawa Antibakteri
Abstrak: Senyawa fenol dan turunannya telah diketahui mempunyai aktivitas antibakteri. Namun senyawa ini belurn ditnanfaatkan secara optimum, karena sifatnya yang kurang larut air dan tidak stabil terhadap pengaruh oksidasi, cahaya, dan perubahan kimia. Salah satu cara untuk meningkatkan kelarutan dan kestabilamya adalali dengan nie~~ibentuske nyawa glikosida, melalui reaksi trar.sglikosilasi baik secara kimiawi maupun enzimatik dengan bantua~ie nzim transferase. Pada penelitian ini, senyawa polifenol-a-glukosida disintesis secara enzimatik menggunakan siklodekstrin glukanotransferase (CGTase) dari Bacilltrs rnegnterittrn, B. coagulans, B. polymixa, dan Coiidirln rtrgosa. Aktivitas transglikosilasi CGTase diuji pada empat akseptor polifenol (hidrokuinon, resorsinol, pirokatekol, dan katekin) dengan pati sebagai donor ygus glukosil, bertujuan untuk menentukan polifenol-a-glukosida yang akan disintesis dalam skala besar. Produk yang dihasilkan diidentifikasi menggunakan teknik kromatografi lapis tipis (KLT), dengan lal-utan propanol 85% (v/v) sebagai larutan pengembang. Kemudian prodr~k transfer yang dihasilkan dipisahkan dari komponen lain sampai homogen dengan kromatografi kololn (matriks ODS dan eluen metannl), dan diuji aktivilasnya sebagai senyawa antibakteri padn Bacillris szrbtilis, B. cercra, dan Escherichio coli,. Analisis KLT menunjukkan bahwa keempat mikrob dapat menghasilkan enzim CGTase. Enzini CGTase dari C. rngosa dan 5. rnegateri~rm dapat mentransfer gugus glukosil pada semua akseptor polifenol, sedangkan CGTase dari B. coag~rlansd an B. pnlyrr~ixah anya dapat mentransfer gugus glukosil ke Iiidrokuinon, resorsinol, dan katekin. Resorsinol-a-glukosida dipilih untul. disintesis dalam skala besar ~iienggunakan enzim CGTase dari B. coag~rlans. Kemampuan resorsinol-a-glukosida dalam menghambat pertnmbuhan bakteri uji dibandingkan dengan resorsinol dan arbutin. Dari ketiga bakteri uji, resorsinol-a-glukosida menunjukkan daya hambat terhadap pertumbuhan B. strbtilis dan E, coli, sedangkan arbutiu dan resorsinol tidak mempunyai kemampuan dalam mengliambat perturnbullan ketiga bakteri tersebut. Konsentrasi resorsinol-a-glukosida yang semakin meningkat menghasilkan daya hambat yang seniakin besar, sedangkan lamanya waktu inkubasi menyebabkan daya hambatnya semakin mentuun.
Keyword:
Judul: Analisa kuantitatifdan kuantitatif terhadap kredit pegadaan pangan sampai KUD Akhir Pelita III
Abstrak: Tujuan Praktek Lapang adalah untuk mempelajari mekanisme penyaluran dan pelunasan kredit, struktur penerimaan dan biaya kredit dari tiap-tiap lembaga yang berkaitan dengan penyaluran kredit serta cara-cara mengatasi tunggakan kredit. Metodologi yang digunakan dalam penelitian ini adalah analisa kuantitatif dan kualitatif. Analisa kuantitatif digunakan untuk menilai sistim penyaluran dan pelunasan kredit, sedang analisa kualitatif digunakan untuk mengetahui kemampuan KUD secara nasional dalam menggunakan dan melunasi kredit. Data yang digunakan dalam penelitian ini adalah data primer dan sekunder yang berupa data deret waktu (time series data) untuk jangka waktu 11 tahun, yaitu mulai tahun pengadaan 1973/1974 sampai dengan tahun 1983/1984.
Keyword:
Judul: Biologi Hama Tanaman Kelapa Sawit (Elaeis guineensi Jacq.) Tarathaba mundella Wlk. (Lepidoptera : Pyralidae) Serta Uji Beberapa Konsentrasi Cendawan Beauveria bassiana (Balsamo) Vuillemin dan Metarhizium anisopliae (Metschnikoff) Sorokin dalam Pengendaliannya
Abstrak: Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui tahap-tahap perkembangan siklus hidup T. mundella Wlk. serta mengetahui keefektifan cendawan B. bassiana (Balsamo) Vuillemin dan M. anisopliae (Metschnikoff) Sorokin dalam pengendalian larva instar dua T. mundella. Pengambilan serangga di lapang yang berlangsung dari bulan Februari-April menunjukkan bahwa sebagian besar populasi serangga di lapang adalah stadia larva yakni larva instar tiga dan larva instar empat dan ha1 ini mengakibatkan kerusakan yang sangat parah pada buah sawit di lapang.
Keyword:
Judul: Pengembangan Papan Komposit Berlapis Anyaman Bambu Dari Jenis Kayu Cepat Tumbuh Dengan Perekat Poliuretan
Abstrak: Sebagai salah satu upaya untuk meningkatkan kualitas papan partikel, digunakan lapisan pada face dan back papan. Penggunaan bambu dalam bentuk anyaman sebagai lapisan pada papan partikel merupakan salah satu alternatif untuk meningkatkan kualitas papan. Selain itu, untuk mendapatkan papan yang lebih ramah lingkungan, maka penggunaan perekat non-formaldehida terutama perekat berbasis methyllene diphenyl diisocyanate (MDI) seperti poliuretan (PU) juga semakin berkembang, khususnya di negara-negara maju. Di Indonesia, perekat non-formaldehida belum banyak digunakan karena ketersediaan dan peruntukan yang sangat terbatas dan harga yang masih sangat tinggi dibandingkan perekat berbasis formaldehida.
Keyword: quality of composite board, bamboo (Gigantochloa apus, sengon (Paraserianthes falcataria), akasia (Acacia mangium), gmelina (Gmelina arborea)
Judul: Efikasi Vaksin Sel Utuh Aeromonas Hydrophila Pada Induk Lele Clarias Sp. Dalam Meningkatkan Ketahanan Benih Terhadap Infeksi Bakteri Aeromonas Hydrophila
Abstrak: Transfer kekebalan dari induk kepada benih melalui imunisasi pasif merupakan salah satu cara untuk memberikan proteksi pada benih. Tujuan penelitian ini adalah menganalisa efektivitas vaksinasi sel utuh pada induk dalam transfer kekebalan ke benih dan menguji ketahanan benih hasil pemijahan induk yang divaksin. Induk lele yang digunakan pada penelitian ini memiliki bobot ratarata 650 ± 50 g dipelihara di kolam terpal berukuran 2 x 1 x 0,5 m3. Penelitian ini menggunakan rancangan acak lengkap dengan 2 perlakuan dan 3 ulangan. Induk betina lele divaksinasi secara intraperitonial dengan dosis 0,4 ml/kg ikan dan induk lele kontrol disuntik dengan phospate buffer saline (PBS). Parameter yang diamati meliputi hematologi induk, mortalitas, tingkat kelangsungan hidup relatif benih, titer antibodi, dan kualitas air pemeliharaan. Pengukuran titer antibodi pada induk, telur, dan benih lele umur 5 hari, 10 hari, dan 15 hari menggunakan metode aglutinasi. Vaksinasi induk lele memberikan hasil level antibodi yang signifikan (P<0.05) pada benih lele dibandingkan perlakuan kontrol dengan tingkat kelangsungan hidup relatif benih umur 5 hari, 10 hari, dan 15 hari masing-masing sebesar 67,76%, 82,66%, dan 71,66%.
Keyword: ikan lele, Aeromonas hydrophila, vaksinasi, transfer antibodi
Judul: Analisis Kopling Medan Elektromagnetik Transverse Magnetic (TM) pada Kristal Fotonik 2D dengan Defek Indeks Bias Simetrik Menggunakan Metode Tensor Green
Abstrak: Kristal fotonik adalah material dielektrik yang memiliki indeks bias atau permitivitas berbeda secara periodik, sehingga dapat mencegah perambatan cahaya dengan frekuensi dan arah tertentu. Rentang daerah frekuensi tersebut dinamakan photonic bandgap (PBG). Jika struktur Kristal fotonik dimodifikasi dengan mengambil satu baris silinder (rod) dalam kristal fotonik maka didapatkan sebuah pandu gelombang (waveguide). Dengan mamberikan struktur defek (cacat) simetris di sekitar kanal pandu gelombang dengan parameter-parameter kristal tertentu maka terjadi kopling antara kanal dan defek tersebut. Kopling yang terjadi menandakan pengalihan sebagian atau keseluruhan medan EM yang dirambatkan tergantung pada besarnya frekuensi yang dirambatkan dalam kristal fotonik tersebut. Metode tensor green dapat digunakan untuk menghitung kuat medan listrik total dalam suatu krital fotonik 2D. Dengan bantuan program MATLAB maka dapat ditunjukkan visualisasi penghitungan kuat medan listrik total pada kristal fotonik 2D. Melalui analisis grafik bandgap dari literatur serta grafik energi medan pada defek pada penelitian ini terlihat bahwa frekuensi efektif yang menghasilkan energi maksimum pada defek pada saat terjadi kopling berada di pertengahan selang frekuensi bandgap.
Keyword:
Judul: Aktinomiset Rizosfer Pemacu Tumbuh Tanaman Kedelai dan Karakternya.
Abstrak: Rizosfer merupakan habitat berbagai kelompok mikroorganisme, salah satu diantaranya adalah kelompok bakteri pemacu pertumbuhan tanaman atau Plant Growth Promoting Rhizobacteria (PGPR). PGPR berperan sebagai pemacu tumbuh tanaman dan agen biokontrol melalui mekanisme pemacuan secara langsung dan tidak langsung. Penelitian dilakukan untuk mengetahui potensi aktinomiset asal rizosfer kedelai dalam memacu pertumbuhan tanaman menggunakan benih kedelai, menguji kemampuan isolat aktinomiset dalam memfiksasi nitrogen menggunakan media N-free dan menguji kemampuan isolat dalam melarutkan fosfat menggunakan media agar Pikovskaya. Hasil uji pemacu tumbuh diperoleh 12 isolat yang berpengaruh nyata terhadap pemacuan pertumbuhan hipokotil, radikula dan jumlah rambut akar. Hasil uji penambatan nitrogen menunjukkan 12 isolat mampu memfiksasi nitrogen yang ditandai dengan tumbuhnya koloni berwarna putih pada media bebas nitrogen. Isolat dengan kemampuan pelarutan fosfat terbaik adalah isolat ARK 116. Hasil uji hipersensitivitas terhadap daun tembakau menunjukkan hasil negatif pada seluruh isolat yang diujikan, sedangkan hasil uji patogenisitas menunjukkan terdapat satu isolat dari 12 isolat pemacu tumbuh positif memiliki aktivitas hemolitik yaitu ARK 48. Hal tersebut menunjukkan bahwa sebanyak 11 isolat yang bersifat non-patogen dan selanjutnya dapat direkomendasikan untuk pemanfaatan dan aplikasi sebagai agen pemacu tumbuh.
Keyword: aktinomiset rizosfer, fiksasi nitrogen, hemolisis, pelarutan fosfat
Judul: Evaluasi Pemupukan Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.) di Kebun Gunung Sejahtera PT Pertiwi Agro Sejahtera Landak, Kalimantan Barat.
Abstrak: Kegiatan magang dilaksanakan di Kebun Gunung Sejahtera PT Pertiwi Agro Sejahtera, Landak, Kalimantan Barat pada tanggal 13 Februari 2019 hingga 15 Mei 2019. Kegiatan magang bertujuan meningkatkan pengetahuan dan pengalaman kerja secara nyata dalam aspek budidaya tanaman kelapa sawit baik secara teknis di lapangan maupun aspek manajerial. Tujuan khusus kegiatan magang ialah mempelajari dan mengevaluasi kegiatan pemupukan pada tanaman kelapa sawit berdasarkan efektivitas pemupukan yang terdapat di Divisi I PT PAS. Metode yang dilaksanakan selama kegiatan magang yaitu metode langsung dan metode tidak langsung. Data yang diperoleh dianalisis secara kualitatif dan kuantitatif dengan metode analisis deskriptif, rata-rata, dan uji t-student menggunakan Minitab 16. Pengamatan dilakukan terhadap efektivitas pemupukan meliputi kaidah 6T (tepat jenis, tepat dosis, tepat waktu, tepat cara, tepat tempat, dan tepat alat), prestasi kerja, dan gejala defisiensi hara. Hasil pengamatan gejala defisiensi unsur hara secara visual menunjukkan tanaman kelapa sawit masih mengalami kekurangan unsur Magnesium, Kalium, Boron, dan Nitrogen.
Keyword: defisiensi, efektivitas, pemupukan, rekomendasi, unsur hara
Judul: Struktur Populasi dan Keragaman Genetik Kerang Kima (Cardiidae: Tridacninae) di Perairan Kepulauan Kei Maluku
Abstrak: Kima merupakan biota laut yang penting secara ekologis di ekosistem terumbu karang. Biota laut ini mengalami tekanan antropogenik di sebagian besar wilayah di Indonesia. Oleh karena itu, penelitian tentang struktur populasi dan keragaman genetik kima di Perairan Kepulauan Kei perlu dilakukan dalam rangka menunjang upaya pengelolaan konservasi sumberdaya kima. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis struktur populasi kima, keragaman genetika kima Tridacna crocea dan menggambarkan implikasinya terhadap konservasi kima di Kepulauan Kei. Pengambilan data populasi kima dilakukan menggunakan garis transek kuadrat pada bulan September-Desember 2017 di sembilan titik di kawasan Kepulauan Kei, (yaitu Dar 1, Dar 2, Pulau Kur, Pulau Tanimbar Kei, Pulau Adranan, Pulau Dullah Laut, Difur, Labetawi, dan Ohoidertoom). Sampel T. crocea dikumpulkan dari enam lokasi yaitu Pulau Kur, Pulau Dulah Laut, Pulau Tanimbar Kei, Dar, Labetawi, dan Difur. Proses analisis sampel dilakukan dengan ekstraksi, Polymerase Chain Reaction (PCR), elektroforesis dan sekuensing DNA. Hasil penelitian ditemukan 5 jenis kima berdasarkan pengamatan morfologi yaitu Tridacna crocea, T. maxima, T. squamosa, T. noae, and Hippopus hippopus. Penelitian ini melaporkan catatan baru untuk T. noae yang sebelumnya tidak diketahui ada di wilayah tersebut. Kepadatan populasi kima secara keseluruhan adalah 428 individu/ha. Fase juvenil ditemukan jumlahnya lebih sedikit dibandingkan jumlah individu pada fase dewasa. Rendahnya jumlah individu yang ditemukan pada fase juvenil menunjukkan bahwa tingkat kelangsungan hidup atau proses rekruitmen rendah. Sebagian besar individu ditemukan hidup di substrat alga karang mati (75%). Analisis sekuens mitokondria (mt) DNA T. crocea menghasilkan 477 pasangan basa, yang berisi 42 haplotipe dengan jumlah total 52 situs polimorfik. Keragaman nukleotida (Pi) adalah 0,009 ± 0,001 dan keanekaragaman haplotipe (Hd) adalah 0,942 ± 0,013, menunjukkan bahwa keragaman genetik populasi sangat tinggi. Struktur populasi menunjukkan kedekatan genetik karena aliran gen antara kedua T. crocea. Nilai jarak genetik antar populasi T. crocea sangat rendah yaitu 0,008-0,011. Analisis haplotipe menunjukkan konektivitas di antara populasi T. crocea yang ditunjukkan adanya pola aliran gen di setiap populasi. Berdasarkan hasil penelitian menunjukkan bahwa populasi kima di Kepulauan Kei terancam, ditandai oleh kepadatan populasi yang rendah dan kepunahan lokal untuk spesies T. gigas dan T. derasa. Rekomendasi dari penelitian adalah membangun kawasan perlindungan kima dengan menerapkan sasi laut dengan jangka waktu minimal 5 tahun. Keragaman genetik yang tinggi dan informasi wilayah dengan populasi “Source” dapat dimanfaatkn untuk menetapkan rencana pengelolaan konservasi kima secara efektif
Keyword: Kima, eksploitasi, COI, mtDNA, amova, mutasi, matang hermaprodit
Judul: Kualitas Susu Sapi Berdasarkan Kepemilikan di Kawasan Usaha Peternakan Cibungbulang, Kabupaten Bogor.
Abstrak: Pengetahuan tentang kualitas susu sangat dibutuhkan untuk membangun usaha peternakan sapi perah. Dengan mengetahui kualitas susu di suatu daerah peternakan, maka dapat ditentukan faktor-faktor yang berhubungan dengan manajemen pemeliharaan sapi di daerah tersebut. Kualitas susu sapi dapat dilihat dari sifat-sifat susu yang meliputi sifat fisiko-kimia dan sifat mikrobiologi.
Keyword:
Judul: Reprocessing Crystal Structure of Vibrio  cholerae Multidrug and Toxic Compound Extrusion (MATE) Transporter with  AlphaFold2 as Search Model for Molecular Replacement
Abstrak: Transporter ESBM (Ekstrusi Senyawa Beracun dan Multi Obat) pada Vibrio cholerae telah diidentifikasi sebagai salah satu faktor penyebab resistensi terhadap antibiotik. Namun, struktur ESBM yang tersedia pada RCSB (3MKT) masih memiliki kualitas rendah. Penelitian ini bertujuan memperbaiki struktur kristal transporter ESBM V. cholerae pada database dengan struktur prediksi AlphaFold2. Struktur prediksi AlphaFold2 memiliki tingkat kepercayaan tinggi berdasarkan nilai plDDT sebesar 82,9 dan pTM sebesar 0,851 yang digunakan sebagai model dasar molecular replacement dengan nilai top LLG sebesar 826,549 dan top TFZ sebesar 25,6, dilanjutkan dengan proses refinement. Hasil refinement menunjukkan adanya perbaikan signifikan dalam berbagai parameter struktural seperti Rfree, Rwork, clashscore, Ramachandran outliers, sidechain outliers, dan Real Space Correlation. Superimpose antara struktur hasil refine dengan struktur awal pada database menghasilkan nilai RMSD sebesar 3,086 Å. Proses refinement yang dilakukan menghasilkan struktur yang secara keseluruhan memiliki kualitas yang lebih baik dari struktur database, Multidrug and Toxic Compound Extrusion (MATE) transporter in Vibrio cholerae has been identified as a significant contributor to antibiotic resistance. However, the available MATE structure in the RCSB database (3MKT) has suboptimal quality. This study aimed to enhance the crystal structure of MATE transporter in the database using the AlphaFold2 predicted structure which has a high level of confidence based on a plDDT score of 82.9 and pTM score of 0.851. The predicted structure of AlphaFold2 served as a search model for Molecular Replacement with top LLG and TFZ scores of 826.549 and 25.6, respectively, followed by a refinement process. The refinement process significantly enhanced various structural parameters such as Rfree, Rwork, clashscore, ramachandran outliers, sidechain outliers, and Real Space Correlation. Superimposing the refined structure with the initial structure in the RCSB database revealed an RMSD value of 3.086 Å. The conclusion of this research was the refinement process results had been better quality structure than the database structure
Keyword: AlphaFold2, MATE transporter, molecular replacement, refinement, x-ray crystallography