Judul: Application of SSR Markers for Segregation Identification of  VSD Disease Resistance Traits in F1 Populations from Crosses of Cocoa MCC 02  X SUL 1 Clones.
Abstrak: Tanaman kakao (Theobrema cacao L.) merupakan salah satu komoditas perkebunan yang memiliki peranan penting bagi perekonomian di Indonesia. Indonesia menempati posisi ketiga sebagai negara produsen kakao di dunia setelah Pantai Gading dan Ghana. Varietas dan klon kakao unggul yang tersedia saat ini terdiri dari varietas mulia dan lindak. Penyakit utama yang menyerang tanaman kakao yaitu Busuk Buah Kakao (BBK), Kanker batang dan penyakit Vascular Streak Dieback (VSD). Penyakit VSD dapat menyebabkan kematian pada klon rentan lebih dari 59%. Penyaki VSD merupakan penyakit yang disebabkan oleh cendawan Ceratobasidium theobromae yang menyerang bagian pembuluh xilem dan mengakibatkan nekrosis daun, absisi hingga tanaman menjadi mati. Perakitan varietas dan klona kakao dapat dilakukan melalui pendekatan konvensional dan inkonvensional. Pemuliaan kakao secara konvensional yang dilakukan melalui metode persilangan dengan waktu yang lama. Sedangkan Pendekatan non-konvensional merupakan pemanfaatan teknik molekuler yang dapat mempersingkat daur seleksi tanaman. Salah satu perbaikan genetik yang sangat penting untuk memberikan perlindungan penyakit utama pada tanaman kakao yaitu dengan satu gen adalah Single Nucleotide Polymorphism (SNP). Selanjutnya untuk mengetahui tanaman resisten dan rentan dapat dilakukan dengan menggunakan penanda marka SSR. Percobaan pertama bertujuan evaluasi keragaman respons ketahanan klon kakao MCC 02 dan Klon kakao Sulawesi 1 terhadap infeksi VSD. Pengujian dilakukan dengan metode Rancangan Acak Kelompok (RAK) dengan 4 ulangan. Dengan metode infeksi bibit kakao secara alami dibawah pohon kakao dewasa yang terserang penyakit VSD. Setiap perlakukan terdiri 2 tanaman klon kakao MCC 02 dan 2 tanaman klon kakao Sulawesi 1 yang di ulang 4 kali, sehingga total 16 tanaman dalam satuan percobaan. Karakter yang diamati adalah klorosis pada ujung daun dengan ciri-ciri (memiliki bintik-bintik berwarna hijau pada satu daun atau tiga daun), nekrosis pada ujung daun atau lembaran daun (lamina) dengan kondisi daun masih menempel pada ranting, ranting gundul (karena sebagian daun gugur), bekas dudukan tangkai daun terlihat tiga titik (noktah) berwarna coklat kehitaman dan jaringan xilem saat dibelah berwarna kehitaman. Hasil penelitian MCC 02 dan SUL 1 cocok untuk membandingkan gen yang terkait dengan respon infeksi penyakit VSD antara kultivar kakao tahan (MCC 02) dan rentan (SUL 1). Percobaan kedua bertujuan untuk isolasi dan karakterisasi keragaman nukleotida gen Chitinase 2 dan PR1 dari kedua tetua MCC 02 dan Sulawesi 1. Prosedur percobaan yaitu melakukan isolasi DNA, penentuan kualitas dan kuantitas, desain primer untuk Amplifikasi PCR, amplifikasi PCR gen Chitinase 2 dan PR1 dan sekuensing fragmen DNA, analisis sekuen berganda, identifikasi SNP, dan analisis filogenetik. Hasil primer spesifik gen berhasil dirancang menggunakan referensi dua gen yang responsif terhadap penyakit, Kitinase (Chi) dan Protein Terkait Patogenesis 1 (PR1), dan digunakan untuk menghasilkan amplikon dari kakao cv. MCC 02 (tahan terhadap VSD) dan Sul 1 (rentan terhadap VSD). Urutan amplikon Chi diduga terpanjang 858 bp, dan hasil analisis BLAST mengkonfirmasiKitinase parsial, mulai dari nomor nukleotida 55 hingga 912 dari urutan kode Chi. Penyelarasan beberapa urutan tujuh aksesi Chi dari kakao cv. MCC02 dan SUL1 mengidentifikasi keberadaan 4 SNP non-sinonim dan dua SNP sinonim di wilayah pengkodean Chi. Terakhir, konstruksi pohon filogenetik pada aksesi Chi dari tanaman kakao cv. MCC 02, SUL 1, dan 21 aksesi dari jenis tanaman terpilih menunjukkan bahwa Chi dari kakao lebih
Keyword: Kata kunci : resistensi, keragaman, validasi