Judul: Diversity of Pathogenic Phytophthora sp. Originated from Chili and Host Resistance Selection
Abstrak: Salah satu faktor utama yang menghambat produksi cabai adalah penyakit yang disebabkan oleh Phytophthora. Patogen ini menjadi kendala pada tanaman cabai di seluruh dunia termasuk Indonesia. Studi identifikasi Phytophthora yang menyebabkan infeksi pada cabai dan seleksi ketahanan inang perlu dilakukan untuk menentukan strategi pengendalian yang efektif dan efisien. Penelitian dilakukan dalam tiga bagian, yaitu: (1) identifikasi Phytophthora dari beberapa lokasi tanaman cabai di Jawa, (2) uji virulensi P. capsici asal tanaman cabai di Jawa, dan (3) uji ketahanan dan karakterisasi molekuler genotipe cabai Capsicum annuum. Penelitian ke-1 melakukan eksplorasi, isolasi, dan karakterisasi Phytophthora dari beberapa daerah sentra produksi cabai di Jawa. Isolasi dilakukan dengan menggunakan media CMA yang diperkaya dengan antibiotik ampicilin, rifampicin dan fungisida benomil. Karakterisasi secara morfologi dilakukan terhadap bentuk koloni, kecepatan tumbuh, bentuk sporangium, panjang dan lebar sporangium, sporangiofor, papila, serta tipe kawin. Karakterisasi secara molekuler dilakukan dengan menggunakan primer ITS dan EF-1. Data hasil perunutan basa dianalisis menggunakan BLASTn, restriksi in silico, filogeni, dan analisis diversitas haplotipe. Pada penelitian ke-2 dilakukan uji virulensi menggunakan empat cabai diferensial dan 23 isolat P. capsici. Persiapan sumber inokulum dan cara inokulasi mengikuti metode Bosland dan Lindsey yang dimodifikasi. Penentuan virulensi berdasarkan insidensi penyakit dan keparahan penyakit. Aktivitas pektinase dilakukan secara kualitatif dengan mengukur zona bening yang terbentuk pada media JG. Penelitian ke-3 adalah uji ketahanan dan karakterisasi dengan marka molekuler menggunakan genotipe C. annuum koleksi Departemen Agronomi dan Hortikultura IPB dan varietas komersial. P. capsici yang digunakan terdiri atas empat isolat yang telah diketahui virulensinya. Persiapan inokulum dan cara inokulasi sama seperti pada tahap penelitian sebelumnya. Karakterisasi molekuler menggunakan marka SCAR dilakukan dengan primer OpD04.717-F/OpD04.717-R. Keragaman genetik genotipe cabai dilakukan dengan menggunakan 11 marka simple sequence repeat (SSR). Hasil identifikasi menunjukkan bahwa meskipun secara morfologi terlihat beragam, namun secara molekuler 29 isolat koleksi menunjukkan satu spesies yang sama yaitu P. capsici. Isolat P. capsici yang dikoleksi dari berbagai lokasi pertanaman cabai di Jawa mempunyai keragaman genetik pada daerah ITS dan EF-1-nya. Isolat P. capsici asal cabai di Jawa memiliki virulensi yang beragam. Virulensi isolat bersifat spesifik genotipe, dimana tiap isolat menunjukkan virulensi yang berbeda terhadap empat genotipe cabai yang diuji. Selain itu, hasil penelitian ini juga menunjukkan bahwa virulensi berhubungan dengan aktivitas pektinase yang dihasilkan oleh P. capsici. Hasil pengujian menunjukkan bahwa 41 genotipe cabai yang diuji memiliki ketahanan yang beragam terhadap empat isolat P. capsici. Ketahanan genotipe cabai tersebut bersifat spesifik yang ditunjukkan dengan adanya interaksi genotipe dengan isolat. Hal ini berarti bahwa genotipe cabai hanya tahan terhadap P. capsici dari isolat tertentu. Berdasarkan hasil pengujian diketahui ada enam genotipe yang tahan terhadap isolat CpnsCK1, dua genotipe tahan terhadap KdrRM3, dan satu genotipe tahan terhadap WnsbCK1. Sementara terhadap isolat WnsbCK2 tidak satupun genotipe yang bereaksi tahan. Marka SCAR tidak berasosiasi dengan karakter ketahanan genotipe cabai terhadap isolat P. capsici asal Jawa di rumah kaca. Marka SSR yang digunakan dapat mengidentifikasi antar genotipe cabai. Sebelas marka SSR sangat aplikatif dan efektif dalam membedakan genotipe dalam spesies yang sama, C. annuum. Estimasi diversitas genetik yang dihasilkan oleh marka SSR pada penelitian ini dapat digunakan sebagai panduan bagi pemulia cabai untuk memilih tetua
Keyword: genetic, genotype, isolate, marker, virulence