Judul: Detection and Identification of Aphelenchoides Species Nematode on Shallot (Allium ascalonicum L.) from Bogor, Brebes, and Nganjuk.
Abstrak: Bawang merah merupakan komoditas hortikultura penting di Indonesia. Masyarakat Indonesia mengkonsumsi bawang merah karena kandungan nutrisi yang baik untuk kesehatan. Konsumsi rata-rata bawang merah penduduk Indonesia tahun 2018 23 kg/kapita/tahun dan meningkat menjadi 27,72 kg/kapita/tahun pada tahun 2019. Indonesia mengimpor umbi bawang merah sebesar 228 ton pada tahun 2018 dan 241 ton tahun 2019. Organisme Pengganggu Tumbuhan (OPT) menjadi salah satu kendala utama dalam budidaya bawang merah. Hama dan penyakit penting bawang merah antara lain: hama ulat bawang (Spodoptera exigua), ulat grayak (Spodoptera litura), lalat pengorok daun (Liriomyza chinensis), dan thrips (Thrips tabaci), penyakit bercak ungu (Alternaria porri), downy mildew (Peronospora destructor), bercak daun (Cercospora), antraknosa (Colletotrichum gloeosporiodes), dan layu Fusarium (Fusarium oxysporum), serta nematoda parasit tumbuhan Dytylenchus spp. dan Aphelenchoides spp. Nematoda parasit tanaman (fitonematoda) adalah mikrofauna berbentuk seperti cacing dengan panjang tubuh rata-rata 0,3-1,0 mm. Beberapa fitonematoda penting dapat terbawa umbi, antara lain Aphelenchoides dan Ditylenchus. Aphelenchoides fragariae dan Aphelenchoides ritzemabosi menyebabkan kerugian ekonomi dan kehilangan hasil yang besar pada tanaman budidaya. Produksi stroberi dilaporkan menurun hingga 60% di Irlandia. Serangan nematoda pada stroberi kultivar Macherauchs fruhernte dan Cambridge yang rentan, menyebabkan kehilangan hasil sebesar 82% di Polandia. Di Indonesia, A. fragariae digolongkan sebagai OPT Karantina kategori A2 dengan wilayah penyebaran terbatas, berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian Republik Indonesia Nomor 31/Permentan/KR.010/7/2018 tanggal 20 Juli 2018. Nematoda ini dapat tersebar bersama umbi dan tanah atau media tanam yang berasosiasi dengan tanaman inang. Tanaman yang dibudidayakan di rumah kaca, pembibitan dan di lahan dapat menjadi inang A. fragariae. Publikasi tentang A. fragariae di Indonesia masih terbatas sehingga diperlukan penelitian. Keberadaan A. fragariae dilaporkan pada tanaman sambiloto dengan distribusi terbatas di wilayah Jawa Barat, DKI Jakarta dan Banten. Pada sambiloto gejala penyakit, yaitu bercak klorotik yang meluas kemudian berubah warna menjadi kecokelatan atau kehitaman yang dibatasi oleh tulang daun. Pada gejala penyakit lanjut, daun-daun yang terinfeksi akan berguguran dan tanaman tumbuh merana (Djiwanti dan Supriadi 2008). Nematoda A. fragariae dilaporkan terdeteksi pada umbi bawang konsumsi di pasar Induk TU Kemang Bogor. Sampel umbi bawang yang diduga membawa A. fragariae tidak menunjukkan gejala penyakit yang khas. Umbi tidak bergejala atau gejala laten terjadi karena nematoda terbawa umbi bawang merah berada pada fase dorman (Styaningrum 2018; Chairunnisa 2020). Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi spesies Aphelenchoides pada bawang merah berdasarkan karakter morfologi, morfometri dan molekuler serta menunjukkan hubungan kekerabatan genetiknya berdasarkan analisis filogenetika. Sampel umbi bawang merah diambil dari pasar tradisional di Bogor. Sampel akar, umbi dan tanaman diambil dari pertanaman bawang merah di Kabupaten Brebes dan Nganjuk. Ekstraksi nematoda dilakukan dengan metode perendaman air dingin dan pengabutan (mistchamber). Identifikasi morfologi dilakukan mengikuti metode standar taksonomi morfologi (“morphological taxonomy”) untuk genus Aphelenchoides FISCHER, 1894 (Aphelenchoididae). Identifikasi morfometri dilakukan dengan pengukuran tubuh nematoda berdasarkan formula de Man dengan menggunakan mikroskop Binokuler OLYMPUS BX51 yang telah dikalibrasi dalam ukuran mikrometer. Identifikasi molekuler dilakukan dengan teknik PCR dengan menggunakan primer spesifik dan universal dilanjutkan dengan sekuensing fragmen DNA. Aphelenchoides berhasil dideteksi pada bagian umbi bawang merah konsumsi dari pasar di Bogor. Pada sentra produksi bawang merah di Brebes, Aphelenchoides dideteksi pada bagian umbi dan daun. Umbi bawang merah
Keyword: hubungan filogenetik, morfologi, morfometri, morphology, morphometry, phylogenetic relationships