arulpm/triplet_large huggingface dataset:
Judul: Respon Perkecambahan Polen Pepaya IPB 6 dan IPB 9 terhadap Penyimpanan Suhu Rendah
Abstrak: Percobaan dilakukan untuk mempelajari daya simpan dan daya berkecambah polen pepaya IPB 6 dan IPB 9 yang disimpan pada suhu 10 oC, 5 oC, dan -20 oC dengan waktu penyimpanan hingga 4 minggu. Percobaan dilaksanakan di Laboratorium Biofisik dan Biologi Reproduksi, Laboratorium Kultur Jaringan 3, dan Laboratorium Mikroteknik, Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor pada bulan April–Juni 2014. Parameter yang diamati pada percobaan ini adalah diameter polen, daya berkecambah, dan panjang tabung polen. Hasil percobaan menunjukkan bahwa suhu penyimpanan mempengaruhi ketiga parameter yang diamati. Selama penyimpanan 4 minggu, daya berkecambah terbaik untuk pepaya IPB 6 ditunjukkan oleh polen yang disimpan pada suhu 10 oC yaitu sebesar 23.11%, sedangkan untuk IPB 9 ditunjukkan oleh polen yang disimpan pada suhu 5 oC yaitu sebesar 30.68%. Tabung polen terpanjang untuk pepaya IPB 6 ditunjukkan oleh polen yang disimpan pada suhu -20 oC yaitu sebesar 63 μm, sedangkan tabung polen terpanjang untuk IPB 9 ditunjukkan oleh polen yang disimpan pada suhu 10 oC yaitu sebesar 47.72 μm. Diameter dan panjang tabung polen tidak mempengaruhi daya berkecambah polen pepaya IPB 6 dan IPB 9.
Keyword: daya berkecambah, daya simpan, diameter polen, tabung polen
Judul: Longivitas Spermatozoa Semen Beku Domba Garut Pada Pengencer Tris Kuning Telur
Abstrak: Longivitas spermatozoa setelah thawing dipengaruhi oleh pengencernya. Penelitian bertujuan untuk mengevaluasi kualitas dan longivitas spermatozoa, semen beku domba garut pada pengencer tris kuning telur (TKT). Dua belas ekor domba garut dikoleksi semennya menggunakan vagina buatan seminggu sekali. Setelah semen dikoleksi, dilanjutkanevaluasi semen makroskopis dan mikroskopis. Semen dengan motilitas >70% dan konsentrasi spermatozoa >2000.106 sel/ml, dibagi ke dalam tiga tabung. Tiap tabung diencerkan dengan tris kuning telur ayam ras (TKT), tris kuning telur omega-3 (TKTO), dan tris kuning telur omega-3 jel (TKTOJ). Semensetelah diencerkandikemas ke dalam mini straw (0.25ml) dan diequilibrasi pada suhu 5 oC selama 4 jam. Pembekuan straw diletakkan di atas permukaan nitrogen cair selama 10 menit, mini straw yang telah beku disimpan dalam kontainer nitrogen cair. Penelitian ini terlihattidak menunjukkan perbedaan nyata (p>0.05) pada motilitas post thawing di semua pengencer. Kualitas post thawing di TKT, TKTO dan TKTOJ adalah 60.00±0.00, 59.17±4.92, dan 62.50 ±2.74%dengan nilai yang sangat baik. Longivitas spermatozoa pada ketiga pengencer pada jam ke-4 yang diinkubasi pada suhu 37 °C mempunyai nilai yang tidak berbeda nyata. Dapat disimpulkan bahwa TKT, TKTO, dan TKTOJ mempunyai kualitas pengencer yang sama.
Keyword: Longivitas
Judul: Kajian Optimisasi Biaya Produksi Dan Persediaan Bahan Baku  Pada PT. Federal Karyatama
Abstrak: Tujuan dari penelitian ini adalah 1) Mempelajari pola produksi PT. FKT, dan mengidentifikasi parameter-parameter yang dibutuhkan untuk perumusan formulasi penetapan kombinasi produk dan tingkat persediaan optimal 2) Menghitung dan menganalisis kombinasi produk yang optimal dan menetapkan tingkat persediaan optimal. Peramalan permintaan menggunakan data historis, yaitu data time series total produksi produk dari tahun 2008 sampai dengan 2010, dilakukan dengan menggunakan menggunakan metode weighted moving average. Metode ini dipilih karena pada kasus rencana produksi PT. FKT, metode weighted moving average memiliki tingkat kesalahan paling kecil. Jumlah botol yang diproduksi dengan peramalan metode weighted moving average hanya terpaut sedikit dengan rencana produksi PT.FKT tetapi dengan kombinasi jumlah setiap produk yang berbeda. Total rencana produk PT FKT adalah 49.135.200 botol, sedangkan pada penelitian ini total rencana produksi adalah 49.135.075 botol. Biaya produksi dengan menggunakan rencana produksi PT. FKT adalah sebesar Rp 682.999.878.207. sedangkan dalam penelitian ini didapatkan perkiraan total biaya produksi adalah sebesar Rp 682.682.142.425. Manajemen persediaan bahan baku pada PT. FKT menggunakan sistem continuous review pada keseluruhan bahan untuk memproduksi produk Z1 hingga Z8 berikut botol kemasannya. Total biaya minimum dapat dilakukan dengan menemukan kombinasi produksi yang dapat meminimumkan biaya produksi. Biaya yang digunakan adalah biaya produksi dari bahan dibeli hingga proses blending dan oli dikemas pada botol. Terdapat selisih sebesar Rp, 619.047.446 antara rencana produksi yang telah disusun oleh pihak PT. FKT dengan hasil optimisasi. Total cost yang terjadi selama periode produksi 2011 diperkirakan sebesar Rp 5.959.940.670. Bahan A adalah bahan baku yang memiliki biaya inventory yang paling tinggi diantara 12 bahan yang lainnya, ini disebabkan bahan baku A adalah bahan yang paling banyak digunakan, yaitu hampir 80 persen dibanding bahan cair lainnya sehingga biaya pemesanan dan pengiriman menjadi mahal.
Keyword: production pattern, weighted moving average method, continuous review system
Judul: Mempelajari penggunaan kemasan plastik untuk memperpanjang masa simpan buah durian (Durio zibethinus)
Abstrak: Durian (Durio zibethinus) merupakan buah-buahan yang mempunyai nilai ekonomis yang tinggi. Durian termasuk salah satu jenis buah yang dapat diekspor. Durian mempunyai nilai ekonomis karena durian mempunyai aroma dan rasa yang khas. Mengingat nilai ekonomisnya, maka buah durian dapat dikembangkan baik di bidang produksi maupun penanganan pasca panen. Distribusi komoditas hortikultura segar mulai dari panen sampai dikonsumsi membutuhkan waktu yang cukup lama, di antaranya adalah untuk transportasi dan penyimpanan. Sedangkan daya simpan komoditi hortikultura seperti buah-buahan relatif singkat karena cepat rusak. Durian merupakan produk hortikultura yang mempunyai sifat yang mudah rusak (perishable food) dan tidak tahan lama. apalagi buah yang akan sampai ke tangan konsumen dalam keadaan terkupas. Durian tanpa dikemas yang disimpan pada suhu kamar hanya dapat bertahan sampai dua hari. Kemasan berfungsi untuk mengawetkan dan mempertahankan mutu kesegarannya, menarik selera pandang konsumen, memberi kemudahan penyimpanan dan distribusi, serta dapat menekan peluang kontaminasi lingkungan luar. adalah sifatnya sera dalam dari Kelebihan kemasan plastik dibandingkan dengan kemasan lain yang ringan, transparan, kuat, termoplastis, dan sifat permeabilitasnya terhadap uap air, CO2 dan O2. Sifat permeabilitas plastik terhadap uap air dan udara tersebut menyebabkan plastik mampu berperan memodifikasi ruang kemas selama penyimpanan. Kemampuan kemasan plastik untuk..dst
Keyword: durian, botani, masa panen, pengemasan, penyimpanan
Judul: Pelapisan permukaan dengan teknologi radiasi pada kayu karet (Hevea brasiliensis Muell Arg) dan Kayu Jeungjing (Paraserianthes falcataria L. Nielsen)
Abstrak: Penelitan ini bertujuan untuk mengetahui proses pelapisan dengan teknologi radiasi pada kayu Karet (Hevea brasiliensis Muell. Arg) dan Kayu Jeungjing (Paraserianthes falcataria (L) Nielsen). Membandingkan lapisan hasil teknologi radiasi dengan lapisan yang dibuat dengan cara konvensional. Penelitian ini dilakukan di Laboratorium bidang Proses Radiasi, Pusat Aplikasi Isotop dan Radiasi BATAN, Jakarta dan berlangsung dari bulan September 1989 sampai Februari 1990. Kayu Karet yang dipakai diperoleh dari Kebun Percobaan Darmaga dan kayu Jeungjing diperoleh dari PT Primasari, Bogor. Bahan kimia pelapis dan sumber radiasi diperoleh dari BATAN, Jakarta. Pelapisan dengan teknologi radiasi didasarkan pada terbentuknya suatu polimer karena proses polimerisasi radiasi. Lapisan yang terjadi merupakan lapisan yang keras, tahan terhadap bahan kimia, tahan terhadap noda, tahan kikis, memiliki adesi yang baik dan tahan terhadap cuaca.
Keyword: kayu karet
Judul: Pendugaan nilai heritabilitas bobot lahir dan bobot sapih domba Garut tipe laga
Abstrak: Domba Garut tipe laga merupakan plasma nutfah asli Indonesia yang harus dilindungi dan dilestarikan keberadaannya. Salah satu penyebab terjadinya penurunan genetik biasanya disebabkan karena peternak melakukan seleksi negatif yaitu dengan cara menjual ternak yang memiliki penampilan baik karena harga jualnya lebih baik. Salah satu upaya peningkatan mutu genetik domba laga ini adalah melalui sistem seleksi yang diarahkan untuk menghasilkan domba laga unggul seperti tetuanya yang diharapkan keunggulannya dapat diwariskan kepada anaknya. Hal ini dapat dilakukan apabila nilai heritabilitas yang menunjukkan persentase keunggulan tetua yang rata-rata diwariskan kepada anaknya terlebih dahulu diestimasi. Penelitian ini dilakukan di Peternakan Domba Laga Lesan Putera Ciomas, Kabupaten Bogor. Berlangsung dari bulan Agustus sampai dengan bulan Nopember 2002. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menduga nilai heritabilitas bobot lahir dan bobot sapih domba Garut tipe laga. Data yang digunakan dalam penelitian ini merupakan data sekunder dari catatan bobot lahir dan bobot sapih anak dari dua kelompok ternak yang dipelihara yaitu sebanyak (a) 175 anak domba Super (SR) dan 61 anak domba lokal Sukabumi (SB). Anak domba Super (SR) berasal dari hasil perkawinan antara pejantan domba Garut tipe laga dengan induk domba Garut terpilih yang telah lama dipelihara sebagai penghasil domba Garut tipe laga, yang berasal dari 64 induk dan 15 pejantan. Anak domba Lokal Sukabumi (SB) berasal dari hasil perkawinan antara pejantan domba Garut tipe laga dengan induk domba Lokal yang berasal dari Sukabumi dan dipelihara untuk menghasilkan keturunannya, yang berasal dari 20 induk dan 4 pejantan. Data yang digunakan dikumpulkan mulai bulan Maret 2001 sampai dengan Agustus 2002. Penampilan bobot lahir dan bobot sapih dilakukan dengan menggunakan uji-t untuk mengetahui perbedaaan antar sifat dan bangsa pada kedua kelompok domba yang diteliti yaitu SR dan SB. Pendugaan nilai heritabilitas bobot lahir dan bobot sapih dilakukan dengan menggunakan metode Best Linier Unbiased Prediction (BLUP) univariate animal model dengan menggunakan perangkat lunak VCE4 (Variance Component Estimation) Version 1.1 (Groeneveld, 1999). Pada model ini, pejantan dan induk diperlakukan sebagai random effect, sedangkan jenis kelamin, paritas, tipe kelahiran dan musim diperlakukan sebagai fixed effect. Rataan bobot lahir dan bobot sapih anak jantan dan betina hampir sama (P>0,05) baik pada domba SR maupun SB. Bobot lahir dan bobot sapih pada paritas periama merupakan yang tertinggi (P<0,05) dibandingkan bobot lahir dan bobot sapih pada paritas kedua baik pada domba SR maupun SB. Bobot lahir dan bobot sapih kelahiran tunggal lebih tinggi (P<0,05) dibandingkan dengan kelahiran kembar pada kedua kelompok ternak yang diteliti. Rataan bobot lahir dan bobot sapih domba SR...
Keyword:
Judul: Land suitability and landuse planning for agriculture at coastal area of kulon progo district, yogyakarta
Abstrak: Kabupaten Kulon Progo memiliki kawasan pesisir sangat luas meliputi 14.579,79 ha atau sekitar 25% dari wilayah kabupaten. Kawasan pesisir tersebut relatif subur sehingga sangat potensial untuk pengembangan pertanian. Seiring dengan perkembangan wilayah, kawasan pesisir berkembang sangat pesat dalam beberapa tahun terakhir ini. Untuk mengantisipasi perkembangan kawasan pesisir, maka penataan lahan perlu dilakukan dengan pendekatan evaluasi lahan sehingga pengembangannya sesuai dengan kemampuan lahan dengan tetap mempertahankan kelestarian lingkungan. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi karakteristik fisik, finansial usaha tani dan mengevaluasi kesesuaian lahan untuk pertanian khususnya tanaman cabai merah, melon dan semangka. Hasil identifikasi karakteristik fisik menunjukkan bahwa daerah penelitian bertopografi datar sampai berombak dengan kondisi tanah relatif subur dengan order Inceptisol, Alfisol, Mollisol dan Vertisol. Sekitar 75% dari sebanyak 32.442 rumah tangga di kawasan ini berprofesi sebagai petani atau buruh tani. Hasil analisis memperlihatkan bahwa, cabai merah menjadi komoditas basis di Kecamatan Temon, Wates dan Panjatan, sedangkan melon dan semangka menjadi komoditas basis di Kecamatan Galur. Analisis kesesuaian lahan untuk ketiga komoditas tersebut menunjukkan bahwa sebagian besar lahan termasuk sesuai (S2) dengan faktor pembatas utama kelebihan curah hujan tahunan. Oleh karena itu pengaturan pola tanam dan manajemen air menjadi kunci pokok suksesnya usaha tani cabai merah, melon dan semangka. Hasil analisis finansial menunjukkan bahwa usaha tani cabai merah, melon dan semangka adalah layak untuk diusahakan. Luas lahan yang berpotensi untuk pengembangan ketiga komoditas tersebut adalah 5.617,9 ha. Berdasarkan berbagai hasil analisis tersebut di atas maka pengembangan komoditas cabai merah diarahkan di wilayah Kecamatan Temon, Wates, Panjatan dan sebagian Kecamatan Galur pada existing landuse, rumput, sawah, ladang dan belukar; sedangkan komoditas melon dan semangka diarahkan ke Kecamatan Galur terutama pada existing landuse sawah.
Keyword:
Judul: Pola Pewarnaan pada Uji Tetrazolium untuk Deteksi Vigor Benih Bawang Merah (Allium ascalonicum L.).
Abstrak: Penggunaan benih bermutu merupakan salah satu faktor penting untuk menunjang produksi yang dihasilkan tanaman bawang merah. Informasi mengenai mutu benih dapat diperoleh melalui uji tetrazolium yang merupakan uji cepat untuk mengetahui viabilitas benih. Pengujian tetrazolium pada benih bawang merah menghasilkan pola pewarnaan untuk memprediksi; kecambah normal kuat sejumlah 5 pola, kecambah normal lemah sejumlah 7 pola, kecambah abnormal sejumlah 5 pola, dan benih mati sejumlah 9 pola. Uji tetrazolium kriteria normal kuat memiliki nilai koefisien korelasi (r) yang tinggi dengan parameter indeks vigor (r = 0,769), daya berkecambah (r = 0,742), berat kering kecambah normal (r = 0,727), dan kecepatan tumbuh (r = 0,725) pada uji fisiologis. Pola pewarnaan kriteria normal kuat pada uji tetrazolium dapat digunakan sebagai parameter vigor benih bawang merah.
Keyword: mutu benih, uji cepat, uji fisiologis, viabilitas benih
Judul: Kajian Ruang Terbuka Hijau Dalam Mengurangi Polutan NO2 Di Kota Bandung
Abstrak: Polusi NO2 di perkotaan rata rata dihasilkan oleh emisi dari kendaraan bermotor, industri, rumah tangga, pembakaran sampah dan lainya. Emisi emisi tersebut dapat terus meningkat seiring dengan bertambahnya pertumbuhan penduduk suatu kota. Salah satu kota tersebut adalah Kota Bandung. Menurut BPS (2018) Kota Bandung merupakan salah satu kota dengan jumlah penduduk terpadat, terdapat 2,5 juta penduduk yang belum termasuk komuter. Polutan NO2 sangatlah berbahaya jika terus dibiarkan dapat menyebabkan gangguan pernafasan sampai kematian. Untuk menghadapi hal tersebut perlunya ruang terbuka hijau di Kota Bandung. Namun kehadiran ruang terbuka hijau di Kota Bandung belumlah tepat jumlah dan penggunaan tanaman yang tidak sesuai dalam menangani polusi tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis distibusi ruang terbuka hijau Kota Bandung, menganalisis besaran emisi gas NO2 dan memberikan rekomendasi vegetasi untuk mengurangi polutan gas NO2. Hasil dari analisis distribusi RTH Kota Bandung terdapat 6 kategori diantaranya yaitu tidak ada vegetasi 3,88%, sangat jarang vegetasi 59,70%, jarang 18, 29%, sedang 6,31%, bervegetasi 3,61%, dan sangat bervegetasi 8,67%. Sementara hasil dari sumber polutan NO2 yang disebabkan oleh kawasan rumah tangga di Kecamatan Ciparay sebesar oleh LPG dan listrik dengan total 16.019.841,84 g/hari sedangkan paling kecil Kecamatan Regol pada LPG dan listrik dengan total 5.641.120,46 gr/hari. Emisi yang dihasilkan oleh industri Kecamatan Babakan Ciparay berjumlah dengan total 10.929,82 g/hari sedangkan emisi paling sedikit pada Kecamatan Bandung kidul berjumlah dengan total 1.987,3 g/hari. Pada transportasi emisi rata rata sebesar 1.9201,62 g/hari. Kapasitas RTH dalam menyerap emisi NO2 per kecamatan menunjukan Kecamatan Bojongloa Kaler memiliki serapan paling besar yaitu 6.067.097,92 g/hari sedangkan Kecamatan Andir sebesar 680.422,19 g/hari. Untuk itu RTH yang perlu ditambah untuk mengurangi emisi NO2 Kecamatan Babakan Ciparay paling besar berjumlah 6,36 ha sedangkan Kecamatan Bojongloa Kaler tidak memerlukan penambahan RTH.
Keyword: domestic household, green open space, industrial factories, pollutions, vehicles
Judul: Pola Reproduksi Babi
Abstrak: Pubertas pada babi jantan umumnya dapat dicapai pada umur 5 sampai 7 bulan dengan variasi 4 sampai 8 bulan. Babi jantan muda sebaiknya dibiarkan mencapai umkur 8 sampai 9 bulan sebelum digunakan untuk menagwini betina. Pada babi betina pubertas dicapai pada umur 5 sampai 8 bulan dengan rata-rata 6 bulan. Sedangkan umur yang dianjurkan untuk perkawinan pertama adalah 8 sampai 10 bulan.
Keyword:
Judul: Persepsi Pemuda terhadap Peranan Karang Taruna dalam Penanganan Masalah Sosial
Abstrak: Penanganan masalah sosial perlu dilakukan bukan hanya sesudah masalah terjadi, akan tetapi tindakan pencegahan sebelumnya. Usaha-usaha penanganan baik sebelum dan sesudah memerlukan peran serta masyarakat, diantaranya organisasi yang berada di akar rumput. Karang Taruna sebagai organisasi kepemudaan menjadi penting keberadaannya, ketika pemuda atau masyarakat memahami dan menyadari peranannya dalam penanganan masalah sosial. Penelitian ini bertujuan untuk: (1) Mengidentifikasi persepsi pemuda ter- hadap peranan karang taruna dalam penanganan masalah sosial; (2) Menganalisis faktor internal, faktor eksternal, pengetahuan tentang masalah sosial dan pengetahuan tentang peranan karang taruna dalam penanganan masalah sosial terhadap persepsi pemuda tentang peranan karang taruna dalam penanganan masalah sosial. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif analitis dengan metode survei, dimana lokasi penelitian ditentukan secara purposiv sesuai tujuan penelitian, yaitu Kelurahan Ciparigi (Kecamatan Bogor Utara) dan Kelurahan Cikaret (Kecamatan Bogor Selatan), Kota Bogor. Sampel adalah pemuda anggota karang taruna di dua lokasi tersebut, dengan jumlah 93 orang. Penelitian telah dilaksanakan pada bulan Februari - April 2014. Pengumpulan data dilakukan dengan teknik observasi, pengisian kuisioner dan wawancara mendalam. Data dianalisa dengan menggunakan statistik deskriptif (distibusi frekuensi) dan statistik inferensia (Regresi Linear Berganda), serta uji beda Mann Whitney dengan didukung oleh perangkat lunak SPSS 20.0. Hasil penelitian menunjukkan bahwa peranan karang taruna dalam penanganan masalah sosial dipersepsikan tinggi oleh pemuda pada karang taruna Teratai (Ciparigi) dan sangat tinggi oleh pemuda pada karang taruna Tunas Bhakti (Cikaret). Semakin tua umur, semakin tinggi pendidikan, motivasi dan pengalaman berpengaruh signifikan terhadap persepsi pemuda tentang peranan karang taruna dalam penanganan masalah sosial, demikian juga interaksi dengan organisasi dan lingkungan Sosial. Aspek pengetahuan yang berpengaruh nyata terhadap persepsi pemuda adalah keseluruhan pengetahuan tentang masalah sosial (terbatasnya lapangan kerja, penyalahgunaan narkoba dan premanisme), serta pengetahuan tentang peranan karang taruna dalam penyelenggaraan kesejahteraan sosial. Peranan karang taruna yang relatif lebih jauh dari kota lebih tinggi, dari pada karang taruna yang lebih dekat dengan kota, hal tersebut dapat dijadikan pertimbangan bagi pengembangan karang taruna di wilayah kota. Karang taruna sebagai mitra pemerintah dalam penangan masalah sosial memerlukan dukungan, diantaranya pemberian pelatihan yang sesuai dengan potensi yang dimiliki, selain itu sosialisasi tentang karang taruna sebagai pelaku pembangunan harus dilakukan sampai tingkat terkecil (Desa/Kelurahan).
Keyword: Peranan karang taruna, persepsi pemuda, penanganan masalah sosial
Judul: Pretreatment alkali hidrogen peroksida pada tanaman air Egeria densa untuk proses pembuatan bioetanol
Abstrak: Egeria densa merupakan gulma perairan yang pertumbuhannya tidak terkendali dan berpotensi sebagai bahan baku bioetanol. Pretreatment alkali hidrogen peroksida digunakan untuk mendegradasi lignin dan melarutkan hemiselulosa. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan karakteristik lignoselulosa tanaman air E. densa untuk dasar pemanfaatan sebagai bahan baku bioetanol dan mempelajari pengaruh pretreatment alkali hidrogen peroksida pada kombinasi konsentrasi, suhu, dan waktu yang berbeda terhadap regenerated biomass dan regenerated water dari tanaman air E. densa. Penelitian ini terdiri atas karakterisasi lignoselulosa, perhitungan Yield Regenerated Biomass (YRB), analisis mikrostruktur, gugus fungsi, indeks kristalinitas, gula pereduksi, dan profil gula sederhana. Egeria densa memiliki kadar hemiselulosa yang tinggi sebesar 35,5 ± 0,8% dengan kadar selulosa dan lignin lebih rendah dibandingkan hardwood, softwood, dan gandum jerami. Konsentrasi, suhu, dan waktu yang tinggi menyebabkan YRB dan kadar selulosa menurun, lignin terdegradasi, serta mikrostruktur regenerated biomass dari E. densa semakin halus dan membengkak. Perbedaan konsentrasi, suhu, dan waktu pretreatment menghasilkan gula pereduksi yang tidak berbeda pada regenerated water. Regenerated water pada perlakuan konsentrasi, suhu, dan waktu yang tinggi mengandung glukosa, maltosa dan arabinosa. Pretreatment yang terpilih adalah perlakuan H2O2 2% suhu 30 oC selama 6 jam karena memiliki YRB tinggi, konsentrasi selulosa yang meningkat, dan peningkatan indeks kristalinitas yang rendah.
Keyword: alkaline hydrogen peroxide, Egeria densa, lignocelullosic, pretreatment
Judul: Performance Comparison Between Kimura 2-Parameters and Jukes-Cantor Model in Constructing Phylogenetic Tree of Neighbour Joining (NJ)
Abstrak: Bioinformatics as a recent improvement of knowledge has made an interest for scientist to collect and analyze data to provide the best estimate of the true phylogeny. The objective of this research is to construct and compare the phylogenetic tree of Neighbour Joining (NJ) based on different models (Kimura 2-Parameters and Jukes-Cantor) and to find out which model is more reliable on constructing NJ’s tree. In order to build the tree, reliable set of data is conducted from D-loop mtDNA sequences that is available in Gen Bank. The nucleotide sequences come from Bison bison (American bison), Bos taurus (European cow such as Shorthorn), Bos indicus (zebu breeds), Bos grunniens mutus (one of subspecies of cow), and Capra hircus (species of goat). The reliability of each models was measured using the Felsentein’s bootstrap method. The whole bootstrap process for each models was repeated 1.000, 5.000, and 10.000 times to detect its reliability. The performance was measured on the basis of the consistency of the topology relationship, the stability of nodes, the consistency of bootstrap confidence level (PB), standard error of distance, change of PB from (1.000-5.000) to (5.000-1.000), computational time, and BIC score. NJ’s phylogenetic tree with kimura 2-parameters and jukes cantor model have a good node stability and is also generally successful in representing topological relationships between taxa. The increasing of bootstrap replication number in common will increase the consistency of bootstrap confidence value ( . It means both models have a good reliability. But, when the number of sequences is large and the extent of sequence divergence is low, it is generally difficult to construct the tree by any models. In conclusion, Kimura 2-Parameters has a better performance than Jukes-Cantor.
Keyword: