Judul: Evaluation of F3 Families of Foxtail Millet  (Setaria italica L. Beauv) Derived from Botok-4 x ICERI-6 Cross Assisted by SiDREB2 Gene-based SNAP Marker
Abstrak: Hotong (Setaria italica L. Beauv.) adalah tanaman potensial untuk dibudidayakan di lahan marginal dan dijadikan pangan fungsional karena memiliki adaptasi luas terhadap lingkungan marginal dan nilai gizi yang baik. Hotong memiliki karbohidrat setara dengan beras, indeks glikemik rendah, dan kandungan gizi dan manfaat kesehatan yang baik. Hotong dapat menjadi makananan diet bagi penderita diabetes, mengurangi faktor resiko kardiovaskular, dan berpotensi sebagai agen terapi terhadap sejumlah jenis kanker. Hotong memiliki adaptasi yang baik pada lahan marginal, termasuk lahan salin. Marka single nucleotide amplified polymorphism (SNAP) berbasis gen SiDREB2 (Setaria italica Dehydration Responsive Element Binding) telah dikembangkan berdasarkan variasi pada basa ke 558, dimana alel A diasosiasikan dengan toleransi terhadap cekaman kekeringan atau salinitas dan alel G diasosiasikan dengan kepekaan terhadap kedua cekaman tersebut. Perakitan varietas unggul hotong perlu dilakukan, terutama karena di Indonesia yang belum ada varietas unggul hotong yang dilepas. Idiotipe varietas unggul hotong yang diharapkan adalah produktivitas tinggi, umur panen cepat, habitus tanaman ideal, dan toleran terhadap salinitas. Penelitian ini terdiri atas dua percobaan. Percobaan pertama dilakukan dari bulan Desember 2022 hingga Februari 2023 di Rumah Kaca Kebun Percobaan Cikabayan Bawah, Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor. Percobaan ini menggunakan rancangan kelompok lengkap teracak (RKLT) dengan dua faktor dan tiga ulangan. Faktor pertama adalah lima belas famili F3 hasil persilangan Botok-4 x ICERI-6 dan lima genotipe pembanding. Faktor kedua adalah tingkat cekaman salinitas yang terdiri atas konsentrasi 0 dan 75 mM NaCl. Pengamatan dilakukan pada beberapa karakter pertumbuhan hingga 21 hari setelah tanam (HST). Hasil penelitian menunjukkan bahwa variasi pada basa ke-558 gen SiDREB2 berpengaruh pada respon famili F3 hasil persilangan Botok-4 x ICERI-6 terhadap cekaman salinitas 75 mM NaCl. Famili F3 dengan nomor B4I6-11-342 yang memiliki genotipe A/A diduga paling toleran terhadap cekaman salinitas, berdasarkan beberapa indeks toleransi seperti MP, GMP, STI, YI, HM, K1STI, dan K2STI yang dihitung berdasarkan bobot kering tanaman. Beberapa nomor famili F3 dengan genotipe G/G, seperti B4I6-11-451, B4I6-11-486, B4I6-11-436, dan B4I6-11-370, juga menunjukkan toleransi terhadap cekaman salinitas berdasarkan beberapa indeks toleransi yang diamati. Percobaan kedua dilakukan dari bulan Januari hingga Mei 2023 di Kebun Percobaan Cikabayan Bawah. Percobaan ini bertujuan untuk melakukan studi genetik dan seleksi pada famili F3 hasil persilangan Botok-4 x ICERI-6 dengan bantuan marka SNAP berbasis gen SiDREB2. Percobaan ini menggunakan rancangan kelompok lengkap teracak augmented dengan lima kelompok. Materi genetik yang digunakan terdiri atas 50 famili F3 hasil persilangan Botok-4 x ICERI-6 dengan genotipe A/A (berdasarkan marka SNAP berbasis gen SiDREB2), dua genotipe tetua (Botok-4 dan ICERI-6), dan tiga genotipe lokal (Mauliru-2, NTB-1, dan Toraja) sebagai pembanding. Tiga karakter utama yang diamati, yaitu bobot biji per tanaman, umur berbunga, dan tinggi tanaman, menunjukkan nilai heritabilitas yang sedang hingga tinggi, serta memiliki keragaman fenotipik dan genetik yang sempit hingga luas. Bobot biji per tanaman juga memiliki korelasi positif nyata terhadap tinggi tanaman dan umur berbunga. Seleksi indeks terboboti yang dilakukan berdasarkan tiga karakter target dengan intensitas seleksi 20% dari individu terbaik dalam 20% famili F3 terbaik menghasilkan 37 individu F3 terbaik dari sepuluh famili F3 terbaik. Nilai duga kemajuan seleksi berdasarkan indeks seleksi terboboti menunjukkan adanya peningkatan produktivitas, peningkatan
Keyword: cekaman salinitas, pangan fungsional, seleksi berbantu marka, seleksi  indeks terboboti, functional food, marker-assisted selection, salinity stress, weighted selection index