Judul: Deteksi Dan Identifikasi Spesies Nematoda Puru Akar Meloidogyne Penyebab Umbi Berbintil Pada Kentang
Abstrak: Kentang (Solanum tuberosum L.) adalah tanaman dari famili Solanaceae yang merupakan tanaman pangan keempat utama dunia sesudah gandum, jagung dan padi. Indonesia merupakan salah satu produsen kentang di Asia Tenggara dengan sentra produksi utama di Pulau Jawa, yaitu di provinsi Jawa Barat, Jawa Tengah, dan Jawa Timur. Produksi kentang mengalami penurunan yang disebabkan oleh beberapa faktor salah satunya adalah gangguan hama dan penyakit. Nematoda puru akar/NPA (Meloidogyne spp.) adalah salah satu patogen pada kentang yang berdampak nyata dalam mengurangi kualitas dan kuantitas umbi kentang. Penelitian untuk mendeteksi dan mengidentifikasi spesies Meloidogyne pada kentang di pulau Jawa dilaksanakan di Laboratorium Nematologi Departemen Proteksi Tanaman IPB, Laboratorium Karantina Tumbuhan Tanjung Priok Wilker Pos Bogor, dan Laboratorium Karantina Tumbuhan BBKP Soekarno-Hatta. Contoh umbi kentang yang sakit yaitu umbi berbintil diambil dari Pangalengan (Jawa Barat), Banjarnegara (Jawa Tengah), dan Kota Batu (Jawa Timur). Penelitian dilaksanakan dari bulan Oktober 2014 hingga Maret 2015. Identifikasi secara morfologi dilakukan terhadap pola perineal (sidik pantat) nematoda betina. Identifikasi secara molekuler menggunakan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) dilanjutkan dengan sikuensing fragmen DNA dan analisis filogenetik. DNA nematoda berasal dari ekstraksi nematoda betina dan diamplifikasi dengan PCR menggunakan primer spesifik untuk Meloidogyne incognita (MI-F dan MI-R), M. arenaria (Far dan Rar), dan M. javanica (Fjav dan Rjav). Primer multipleks, yaitu JMV1, JMV2, dan JMV-hapla digunakan untuk mendeteksi M. hapla, M. falax, dan M. chitwoodi. Gejala penyakit oleh NPA di lapangan ditemukan bervariasi, antara lain permukaan umbi tidak rata, bergelombang, tidak normal, dan berbintil dan terkadang disertai dengan adanya infeksi dari patogen lain sehingga umumnya umbi cepat busuk. Pada bagian dalam umbi terdapat bercak-bercak berwarna krem kekuningan (nekrosis) yang terdiri atas nematoda betina dan massa telur. Hasil identifikasi berdasarkan karakter morfologi diikuti (konfirmasi) identifikasi secara molekuler dengan PCR menunjukkan bahwa spesies yang berasosiasi dengan umbi berbintil pada kentang di tiga sentra produksi kentang di Pulau Jawa adalah M. arenaria, M. javanica, dan M. incognita. M. incognita dan M. javanica terdeteksi di Pangalengan, Banjarnegara, dan Kota Batu sedangkan M. arenaria hanya terdeteksi di Pangalengan dan Banjarnegara. Produk PCR kemudian digunakan untuk sikeunsing untuk menunjukkan adanya hubungan filogenetik dan homologi dengan isolat dari negara lain. Isolat M. javanica asal Pangalengan berkerabat sangat dekat dengan isolat M. javanica asal Cina dan Malaysia dengan tingkat homologi yang tinggi yaitu berturut-turut sebesar 95.7% dan 95.4%. Isolat M. incognita asal Pangalengan memiliki hubungan kekerabatan yang sangat dekat dengan isolat asal Cina, India, dan 5 Malaysia dan memiliki nilai homologi yang tinggi dengan M. incognita asal Cina, India, dan Malaysia berturut-turut sebesar 99.8%, 99.6%, dan 99.2%.
Keyword: filogenetik, M. arenaria, M. javanica, M. incognita, pola perineal