Judul: DNA Barcoding Based on rbcL Markers in Aquatic Plants from the Rote Ndao Region, Rote Island, East Nusa Tenggara
Abstrak: Pulau Rote terletak pada 100 25'-110 00' Lintang Selatan dan 1210 49'- 1230 26' Bujur Timur. Di wilayah Rote Ndao terdapat 96 pulau, dan hanya enam di antaranya yang berpenghuni. Hasil ekspedisi tim Oe Rote tahun 2018 yang menggabungkan survei terestrial dan citra satelit mengungkapkan bahwa terdapat 82 danau di Pulau Rote yang 24 diantaranya merupakan danau air asin. Sebanyak 24 danau air asin dan 2 danau air tawar terdapat di kawasan Laut Mati Rote. Di antara danau tersebut terdapat lima danau yang digunakan untuk penelitian ini yaitu Danau Ledulu, Oendui, Oemasapoka, Oesotimori dan Landu Leko. Danau Ledulu dan Oendui merupakan danau air tawar. Oemasapoka merupakan danau air asin dengan tingkat salinitas yang bervariasi antara 45-50 ppt. Selain itu, terdapat Oesotimori yang memiliki tingkat salinitas lebih dari 100 ppt. Landu leko merupakan wilayah laut yang memisahkan Pulau Rote Barat dengan Pulau Rote Timur, yang mengalami pengeringan air asin danau. Hal ini ditandai dengan kondisi tanah yang hampir kering pada musim kemarau, dan kondisi tanah yang mengandung air pada musim hujan. Di danau-danau tersebut tumbuh beragam tumbuhan air yang berperan sebagai bagian dari ekosistem danau. Tumbuhan air tersebut sampai saat ini belum teridentifikasi dengan baik. Identifikasi spesies tumbuhan air dapat dilakukan baik secara morfologi maupun secara molekuler menggunakan pendekatan DNA barcoding. Namun penggunaan identifikasi secara molekuler DNA barcoding dalam menganalisis lebih cepat dan tepat. Dalam identifikasi molekuler DNA barcoding diperlukan penanda genetik. Consortium for the Barcode of life (CBOL), melaporkan bahwa penanda rbcL (Ribulose-1,5-biphosphate carboxylase–oxygenase large subunit) merupakan penanda utama dalam penandaan tumbuhan, ideal dalam studi filogenetik dan taksonomi tumbuhan, bersifat universal, serta mudah diamplifikasi dan dianalisis. Spesies tumbuhan air di Pulau Rote terutama yang berasal dari lima danau yang berbeda belum pernah diteliti untuk molekuler DNA barcoding. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dan mempelajari keragaman spesies-spesies tumbuhan air yang tumbuh di danau sekitar Rote Ndao, Pulau Rote, Nusa Tenggara Timur menggunakan penanda rbcL. Pengambilan sampel tumbuhan air sebanyak 20 spesies dilakukan di Danau Ledulu, Oendui, Oemasapoka, Oesotimori dan Landu Leko. Provinsi Nusa Tenggara Timur Kabupaten Rote Ndao. Identifikasi morfologi tumbuhan air dilakukan di Laboratorium Botani Pusat Riset Biologi–BRIN Cibinong. Identifikasi molekuler dilakukan dengan menggunakan penanda rbcL. Isolasi DNA total menggunakan kit Genomic Plant DNA extraction (Intron Biotechnology, Korea). DNA hasil isolasi diamplifikasi menggunakan primer rcbL dengan forward (F) dan reverse (R) yaitu rbcL F (ATG TCA CCA CAA ACA GAG ACT AAA) dan rbcL R (GTA AAA TCA AGT CCA CCR CG). Volume PCR yang digunakan adalah 50 µl yang terdiri dari Green taq 1 x PCR master mix (Biogen, USA) sebanyak 25 µl, DNA 5 µl (154 µg/mL), primer forward dan reverse masing-masing sebanyak 2,5 µl (0,5 µM) dan ddH2O 15 µl. Tahapan PCR yang digunakan yaitu pre-denaturasi 95 °C (5 menit) dilanjutkan dengan 45 siklus denaturasi 94 °C (1 menit), annealing 52 °C (1 menit 30 detik), dan extension 72 °C (1 menit), kemudian diakhiri dengan final extension 72 °C (10 menit). Hasil produk PCR divisualisasi dengan elektroforesis gel agarosa 1,5% dalam buffer TBE 1x dengan voltase 120 volt selama 25-30 menit, kemudian didokumentasikan menggunakan Gel Doc
Keyword: Aquatic plants, DNA barcoding, rbcL genetic marker, Rote Island