Judul: Genetic Diversity of Mango Casturi ( Mangifera casturi Kosterm.) from South Kalimantan and Riau based on Microsatellite Markers
Abstrak: Mangifera casturi Kosterm. merupakan salah satu buah endemik asal Kalimantan Selatan. Tanaman mangga kasturi berasal dari keluarga Anacardiaceae, genus Mangifera. Saat ini, mangga kasturi termasuk dalam kategori langka di alam. Penyebaran mangga kasturi terdapat hampir di seluruh wilayah Indonesia, salah satunya di provinsi Riau. Penelitian ini bertujuan menganalisis keragaman genetik Mangifera casturi Kosterm. asal Kalimantan Selatan dan Riau dengan menggunakan marka simple sequence repeats. DNA dari 14 aksesi Mangifera casturi di amplifikasi menggunakan 14 lokus marka SSR, data yang dihasilkan digunakan untuk mengevaluasi keragaman genetiknya. Amplifikasi DNA menggunakan metode Multiplex PCR dengan menggunakan primer yang dilabeli dengan fluorescent dyes pada primer forwardnya yang akan dideteksi dengan menggunakan capillary electrophoresis. Sebanyak 42 alel diperoleh dari 14 lokus dengan rata-rata 3 alel per lokus. Nilai heterozigositas yang teramati (Ho) adalah 0,24, nilai tersebut lebih rendah dari nilai heterozigositas yang diharapkan (He) dengan rataan 0,48. Indeks fiksasi (FIS) keempat belas lokus mikrosatelit berkisar antara –0,876 dan 1. Hal ini mengindikasikan adanya proses inbreeding pada populasi yang mengakibatkan peningkatan alel homozigot dan menurunkan keragaman genetiknya. Rendahnya keragaman genetik berkaitan dengan adanya hanyutan genetik yang menyebabkan efek bottleneck pada populasi. Nilai PIC rata rata 0,39, nilai PIC tertinggi dimiliki oleh primer MC58089 (0,65) yang menunjukkan lokus tersebut sangat informatif untuk mengungkap keragaman genetik. Analisis filogenetik dengan metode neighbor-joining pada aplikasi Phylip versi 3.695 yang membentuk 4 kelompok. Mangga kasturi asal Riau berkerabat dekat dengan mangga kasturi asal Kalimantan Selatan dari kultivar pelipisan dan cuban., Mangifera casturi Kosterm. is one of the endemic fruits of South Kalimantan. It belongs to the family Anacardiaceae, genus Mangifera. Currently, kasturi mango is include in the rare category in nature. The distribution of kasturi mangoes is found in almost all regions of Indonesia, one of which is in Riau province. This study aimed to analyze the genetic diversity of Mangifera casturi from South Kalimantan and Riau using SSR markers. Fourteen DNA of Mangifera casturi accessions were amplified using 14 SSR markers loci, and the generated data were used to evaluate their genetic diversity. DNA amplification using Multiplex PCR method with a fluorescence-labeled dyes on the forward primer which will be detected using capillary electrophoresis. A total of 42 alleles were obtain from the 14 loci with an average 3 alleles per locus. The observed heterozigocity value (Ho) is 0.24, lower than the expected heterozygosity value (He) with an average 0.48. The fixation index (FIS) of the fourteen microsatellite loci ranged from –0.876 and 1. This indicates an inbreeding process in the population resulting an increase of homozygous alleles and reduced genetic diversity. The low genetic diversity related to the genetic drift that causes a bottleneck effect on the population. The average of PIC value is 0.39, with the highest found in primer MC58089 (0.65), indicating the SSR marker loci is very informative for revealing the genetic diversity. The phylogenetic analysis using neighbor-joining method on the Phylip program v. 3.695 formed 4 groups. Kasturi mangoes from Riau are closely related to kasturi mangoes from South Kalimantan from the pelipisan and cuban cultivars.
Keyword: mikrosatelit, alel, keragaman genetik, polimorfik