Judul: Determination of Stock Units of The indian  Mackerel (Rastrelliger kanagurta) Using PCR-RFLP Method in IFMA 711, Sunda  Strait, and Southern Waters of Java Island
Abstrak: Sumber daya ikan kembung lelaki (Rastrelliger kanagurta) ialah salah satu sumber daya perikanan yang penting dan bernilai ekonomis di perairan Indonesia. Pemanfaatan yang semakin meningkat pada spesies ikan kembung lelaki dapat menyebabkan overfishing yang berpengaruh terhadap keragaman genetik, sehingga perlu adanya efektivitas pengelolaan perikanan. Kajian unit stok ikan kembung lelaki di WPP-NRI 711, Selat Sunda, dan Perairan Selatan Pulau Jawa dapat menjadi informasi penting dalam pendugaan stok dan strategi pengelolaan yang tepat. Salah satu metode yang dapat digunakan untuk menentukan unit stok ikan adalah Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) (Chiang et al. 2008). Hipotesis pada penelitian ini terdapat kedekatan stok antara ikan kembung lelaki di WPP-NRI 711, Selat Sunda, dan Perairan Selatan Pulau Jawa karena pengaruh pola migrasi. Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis unit stok berdasarkan keragaman genetik ikan kembung lelaki di WPPNRI 711, Selat Sunda, dan Perairan Selatan Pulau Jawa menggunakan metode PCR-RFLP sebagai dasar pengelolaan sumber daya perikanan. Pengambilan ikan contoh dilakukan pada Juni-September (musim timur) dan Oktober-November (peralihan 2). Pengambilan contoh dilakukan di enam lokasi pendaratan hasil tangkapan, yakni di Pelabuhan Perikanan Pantai (PPP) Pulau Bintan, Pelabuhan Perikanan Nusantara (PPN) Bangka, dan PPP Ketapang (Kalimantan Barat) (WPP-NRI 711); PPP Labuan (Kab. Pandeglang) (Selat Sunda), Pelabuhan Perikanan Samudera (PPS) Cilacap (Kab. Cilacap), dan PPP Muncar (Kab. Banyuwangi) (Perairan Selatan Pulau Jawa). Kegiatan analisis molekuler dilaksanakan mulai bulan Januari 2023 hingga Juli 2023 di Laboratorium Biologi Molekuler Akuatik Departemen Manajemen Sumberdaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor. Seluruh contoh ikan kembung lelaki diisolasi dan ekstraksi. Contoh DNA diisolasi dan diekstraksi menggunakan kit komersial (Gene Aid). DNA total hasil ektraksi dilanjutkan dalam proses amplifikasi fragmen DNA menggunakan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan menggunakan kit komersial Kapa Extra Hot Start dan gen COI. Band tunggal yang didapatkan dari proses PCR mtDNA akan dipotong dengan menggunakan tiga jenis enzim restriksi yaitu AluI (AGCT), HpaII (CCGG), dan HaeIII (GGCC). Hasil visualisasi produk RFLP yang dielektroforesis menunjukkan pola pemotongan band DNA tunggal dari proses pemotongan enzim restriksi. Perhitungan statistik terkait penentuan unit stok ikan kembung lelaki untuk mendapatkan nilai frekuensi alel, heterozigositas, Fst dan aliran gen, serta jarak genetik dilakukan dengan aplikasi popgene32 (Yeh et al. 2000). Amplifikasi mtDNA dengan menggunakan gen COI menghasilkan fragmen DNA tunggal berukuran ±650 bp yang ditunjukkan pita DNA terang dan jelas. Terdapat 109 contoh yang berhasil teramplifikasi dari 120 contoh. Contoh dari lokasi Pelabuhan Perikanan Pantai Ketapang (Kalimantan Barat) hanya mampu teramplifikasi sebanyak 9 contoh. Pola pemotongan pada enzim AluI menghasilkan dua tipe pemotongan yang diberi nama alel A dan alel B, sedangkan enzim HpaII hanya menghasilkan satu tipe pemotongan yaitu alel A. Sementara itu, enzim HaeIII memotong alel menjadi tiga tipe yakni alel A, alel B, dan alel C. Enzim yang dapat menunjukkan adanya polimorfisme adalah Enzim AluI dan enzim HaeIII karena dapat memotong fragmen DNA tunggal lokus COI secara variatif pada ikan kembung lelaki. Berdasarkan nilai frekuensi alel, enzim AluI dan HaeIII memotong fragmen DNA pada ikan kembung lelaki dengan lebih variatif dibandingkan dengan enzim HpaII. Enzim AluI dan HaeIII memiliki nilai frekuensi alel tinggi yang menunjukkan bahwa populasi yang diamati
Keyword: Genetic, PCR-RFLP, Rastrelliger kanagurta, restriction enzyme, stock