Judul: Deteksi Dan Identifikasi Erwinia Chrysanthemi Yang Berasosiasi Dengan Penyakit Busuk Lunak Pada Tanaman Kentang Di Jawa
Abstrak: Kentang (Solanum tuberosum L.) merupakan komoditas hortikultura yang banyak dikonsumsi masyarakat. Kebutuhan kentang yang cukup tinggi belum dapat dipenuhi pasar dalam negeri sehingga Indonesia masih mengimpor kentang baik untuk konsumsi maupun benih. Dalam proses importasi ada kemungkinan terbawanya patogen dari negara lain. Salah satu patogen penting pada tanaman kentang adalah Erwinia chrysanthemi (direklasifikasi sebagai Dickeya spp.) yang menyebabkan gejala busuk lunak dan layu. Sampai saat ini Badan Karantina Pertanian (Barantan) masih melakukan pemutakhiran data wilayah sebar E. chrysanthemi di Indonesia. Sebanyak 400 sampel tanaman kentang yang menunjukkan gejala layu serta busuk lunak diambil dari Jawa Barat (Pangalengan dan Garut), Jawa Tengah (Dieng), dan Jawa Timur (Batu-Malang). Insidensi E. chrysanthemi ditentukan berdasarkan uji serologi dengan indirect enzyme-linked immunosorbent assay (IELISA) menggunakan antiserum E. chrysanthemi. Sampel yang menunjukkan hasil positif pada pengujian ELISA kemudian diisolasi menggunakan media casamino acid peptone glucose (CPG). Beberapa sifat fisiologi yang diuji yaitu Gram, oksidase, katalase, oksidasi-fermentasi, dan kemampuan menyebabkan busuk pada umbi kentang. Isolat bakteri yang memiliki ciri fisiologi mirip dengan E. chrysanthemi kemudian diidentifikasi menggunakan GEN III OmniLog® ID System (Biolog, Hayward, CA, USA) yang dikonfirmasi melalui deteksi asam nukleat polymerase chain reaction (PCR) menggunakan primer spesifik E.chrysanthemi, 16S rRNA dan perunutan DNA. Insidensi E. chrysanthemi berdasarkan ELISA menunjukkan sebanyak 105 sampel positif dari total 400 sampel tanaman yang diuji, terdiri atas 3 sampel (3%) dari Pangalengan, 1 sampel (1%) dari Garut, 3 sampel (3%) dari Malang, dan 98 sampel (98%) dari Dieng. E. chrysanthemi diisolasi dari sampel dengan reaksi positif kecuali sampel dari Malang dan Dieng. Hanya 2 dari 3 sampel asal Malang yang diisolasi karena kondisi sampel sudah sangat kering, sedangkan dari lokasi Dieng hanya diisolasi 4 sampel yang memiliki nilai absorbansi ELISA (NAE) tertinggi. Total sampel yang diisolasi bakterinya ada 10 sampel dan diperoleh sebanyak 37 isolat bakteri. Sebanyak 18 isolat menunjukkan reaksi lesio lokal pada tanaman tembakau. Berdasarkan hasil uji fisiologi, 4 isolat dari 18 isolat yang diuji memiliki ciri-ciri genus Erwinia yaitu isolat 49P-5, 71G-1, 71G-6, dan 14M-6. Berdasarkan uji pemanfaatan sumber karbon menggunakan GEN III OmniLog ID System, keempat isolat bakteri tersebut teridentifikasi sebagai Flavimonas oryzihabitans, Pantoea dispersa, Pantoea agglomerans, dan Pseudomonas syringae pv. primulae. Konfirmasi hasil identifikasi berdasarkan GEN III OmniLog ID System dengan PCR menggunakan primer spesifik menunjukkan tidak ada DNA yang teramplifikasi. Hal ini menunjukkan keempat isolat bakteri bukan E. chrysanthemi. Namun, keempat DNA teramplifikasi dengan primer universal 16S rRNA. Hasil perunutan gen 16S rDNA isolat 49P-5, 71G-1, 71G-6, dan 14M-6 berturut-turut adalah Pseudomonas oryzihabitans, a b Pantoea agglomerans, dan Pseudomonas viridiflava dengan homologi yang tinggi terhadap isolat yang telah dideposit di Genbank, kecuali homologi P. agglomerans (80.5-83.8%). E. chrysanthemi tidak ditemukan di semua wilayah pengambilan sampel.
Keyword: 16S rRNA, layu, OmniLog, Pantoea agglomerans, Pseudomonas viridiflava