Judul: Karakter Biometrik Dan Genetik Abalon Haliotis Asinina (Linnaeus, 1758) Di Perairan Wilayah Barat Dan Timur Indonesia
Abstrak: Haliotis adalah genus abalon, termasuk famili Haliotidae, kelas Gastropoda. Kelompok abalon memiliki persamaan bentuk morfologi dan kadang tidak mudah untuk dibedakan menggunakan metode konvensional, karena kelompok abalon dipisahkan berdasarkan karakter fenotip yang dikontrol faktor lingkungan. Oleh karena itu, sangat penting mendapatkan karakter spesifik tanpa dipengaruhi faktor lingkungan, untuk membedakan kelompok abalon dan mendapatkan identifikasi yang tepat yang dapat digunakan selanjutnya. Sampai dengan saat ini, analisis biometrik dan molekuler pada abalon masih terbatas. Tujuan dari penelitian ini adalah (1) untuk mendapatkan karakter biometrik spesifik spesies Haliotis asinina dengan spesies pembanding H. squamata menggunakan truss morfometrik berdasarkan 12 karakter morfologi, (2) mendapatkan variasi fenotip populasi H. asinina menggunakan analisis diskriminan dan (3) menentukan identitas spesies Haliotis secara akurat menggunakan analisis genetik (DNA barcoding, jarak genetik, hubungan kekerabatan, haplotipe, penanda genetik antar populasi H. asinina di kepulauan Seribu, pulau Raas Madura, pulau Lombok dan pulau Raja ampat, menggunakan metode PCR. Pengumpulan sampel dilakukan di beberapa lokasi berbeda di perairan Indonesia meliputi Pulau Seribu (S 05°39’140"; E 106°34’67.1"), pulau Raas Madura (S 07°08’041"; E 114°35’22.0"), pulau Naeng Sulawesi (S 01°45’24.35"; E 124°48’48.26"), pulau Raja Ampat (S 0°16’12"; E 130°30’36"), Banten (S 06°49’87.4"; E 105°53’360"), Alas purwo (S 08°40’20.4"; E 114°22’6.24") dan Bali (S 08°09’18"; E 144°42’54"). Identifikasi spesies, pengukuran karakter biometrik dan analisis molekuler dilakukan di laboratorium Biologi Molekuler, Lembaga Penelitian dan Pengabdian Masyarakat (LPPM) IPB. Perunutan DNA dilakukan di 1st BASE Malaysia. Analisis biometrik dilakukan menggunakan komponen utama dan diskriminan. Analisis karakter genetik, penanda genetik, jarak genetik, dan kontruksi ulang pohon filogenetik dilakukan menggunakan program MEGA 6. Keragaman haplotipe dianalisis menggunakan program DNAsp dan network untuk mengetahui gambaran dari tipe haplotipe dari masing-masing populasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Analisis morfometrik menggunakan komponen utama dapat membedakan karakter cangkang antara spesies H. asinina dengan spesies pembandingnya H. squamata. Karakter spesifik yang dimiliki H. asinina adalah rataan proporsi lebar cangkang 54.12 ± 3.51% dan tinggi cangkang 19.12 ± 2.16% dari panjang standar serta jumlah lubang terbuka sebanyak lima sampai tujuh. Analisis diskriminan populasi H. asinina menunjukkan adanya variasi morfologis cangkang antar lokasi. Karakter yang membedakan antar lokasi dari populasi H. asinina ditemukan pada karakter - karakter BC (sisi atas) dan CD (sisi kanan) meskipun tidak signifikan. Identifikasi berdasarkan BLAST dari 10 runutan gen COI parsial sepanjang 580 pb menunjukan persentase identity spesies sebesar 99% dan Query cover berkisar 96 – 98% dengan spesies H. asinina yang ada di GenBank. Hal ini menunjukan bahwa spesimen yang diperoleh identik iii dengan spesies H. asinina yang ada di GenBank. Rata - rata jarak genetik intraspesies 1.17% yang berarti masih dalam populasi H. asinina. Konstruksi ulang pohon filogenetik dan Network ditemukan empat haplotipe H.asinina di perairan Indonesia, yang terdiri atas dua haplotipe asal perairan Indonesia bagian barat (pulau Kelapa kepulauan Seribu dan pulau Bira kepulauan Seribu) dan dua haplotipe asal perairan Indonesia bagian timur (pulau Raas Madura dan pulau Naeng Sulawesi). Terdapat enam Single Nucleotide Polymorphisme (SNP) penanda lokasi populasi H. asinina dan enam situs (54, 416, 438, 473, 486, 504) penanda genetik pembeda populasi H. asinina perairan Indonesia bagian barat dan perairan Indonesia bagian timur. Diharapkan dengan adanya karakter biometrik spesifik
Keyword: Biometrik, Gen COI, Haliotis asinina, genetik, morfologi