Judul: Growth Hormone and Insulin-like Growth Factor-1 Genome DNA Sequences, and their Associations with Growth of Giant Gourami
Abstrak: Laju pertumbuhan ikan gurami lebih rendah dibandingkan komoditas air tawar lainnya, sehingga membutuhkan waktu pembesaran yang relatif lebih lama. Masa panen dapat dipersingkat dengan penggunaan benih unggul ikan gurami tumbuh cepat. Benih tersebut dapat dihasilkan melalui seleksi ikan berbasis DNA dengan marka single nucleotide polymorphism (SNPs). Informasi marka SNPs untuk membedakan ikan gurami tumbuh cepat dan tumbuh lambat saat ini belum tersedia. Gen growth hormone (GH) dan insulin-like growth factor-1 (IGF1) banyak dilaporkan menjadi kandidat marka SNPs dalam seleksi berbasis DNA, dan berpotensi juga digunakan pada seleksi ikan gurami. Tujuan penelitian ini adalah memisahkan populasi gurami tumbuh cepat (fast growth, FG) dan lambat (slow growth, SG), mengidentifikasi sekuens dan SNPs pada DNA genom GH dan IGF1, serta membandingkan variasi dan frekuensi SNPs pada alel tertentu dari populasi tumbuh cepat dan lambat. Benih ikan gurami berumur 25 hari dipelihara dalam ruangan menggunakan akuarium berukuran 100×40×40 cm3. Padat tebar ikan masing-masing akuarium 1250 ekor m−2 atau 500 ekor setiap akuarium. Pakan cacing sutra diberikan sebanyak tiga kali sehari secara at satiation (hingga kenyang) pada umur 25-65 hari. Ikan yang telah berumur 55 hari, kemudian dipisahkan berdasarkan sebaran bobot. Ikan populasi FG dipisahkan dari populasi dengan 20 % bobot tertinggi, dan SG dari 20 % populasi ikan dengan bobot terendah. Kedua populasi dipelihara secara terpisah hingga umur 85 hari secara outdoor pada bak beton berukuran 2×3×1 m3 dengan padat tebar ikan sebesar 100 ekor m−2. Pakan cacing sutra dan pakan komersial dengan kadar protein 39-41 % diberikan tiga kali sehari secara at satiation. Setelah berumur 85 hari, masing-masing populasi dipindahkan pada hapa ke kolam terpal dengan ukuran hapa 2×4×1.2 m3 dengan padat tebar ikan sebesar 50 ekor m−2. Ikan dipelihara hingga berumur 145 hari. Pemeliharaan dilanjutkan hingga ikan berumur 200 hari. Pakan komersial dengan kadar protein 39-41 % dan daun sente diberikan tiga kali sehari secara at satiation. Pertumbuhan panjang dan bobot ikan dianalisis setiap satu bulan. Analisis tingkat ekspresi gen GH dan IGF1 dilakukan dengan metode real-time PCR. Tingkat ekspresi gen dianalisis pada ikan FG dan SG yang dipuasakan selama 24 jam pada ikan umur 85 hari. Isolasi RNA untuk analisis ekspresi gen menggunakan jaringan hati dan otak ikan gurami berumur 85 hari diambil pada jam ke-0 (sebelum pemberian pakan), jam ke-3, dan jam ke-6 setelah pemberian pakan. Identifikasi sekuens DNA genom GH dan IGF1 serta marka SNPs dilakukan dengan metode polymerase chain reaction (PCR). Isolasi DNA dilakukan menggunakan sirip ekor yang dipotong dari 100 ekor ikan gurami populasi FG dan SG yang telah berumur 85 hari. Sebanyak 23 sampel DNA hasil amplifikasi dari masing-masing populasi dianalisis dengan metode sekuensing untuk mengetahui urutan sekuens DNA genom GH dan IGF1. Urutan sekuens DNA hasil amplifikasi dianalisis untuk membedakan variasi nukleotida SNPs pembeda antara FG dengan SG. Hasil menunjukkan populasi FG memiliki rata-rata bobot 3.88 pada umur 55 hari, 3.06 pada umur 85 hari, 2.06 pada umur 115 hari, 1.60 pada umur 145 hari, dan 2 kali lebih tinggi pada umur 200 hari dibandingkan populasi SG. Rata-rata bobot dan panjang populasi FG konsisten lebih tinggi hingga umur 200 hari. Sebaran ukuran populasi FG juga konsisten lebih
Keyword: gurami, growth hormone, insulin-like growth factor-1, pertumbuhan, SNPs