Judul: Karakterisasi Fisiologi Dan Genetik Pseudomonas Sp. Sebagai Biokontrol Penyakit Cendawan Tular Tanah Pada Tanaman Kedelai
Abstrak: Proteksi tanaman modern sangat bergantung pada penggunaan bahan kimia untuk mengatasi hama dan penyakit. Akan tetapi, meningkatnya perhatian terhadap kesehatan dan kerusakan lingkungan yang disebabkan oleh penggunaan bahan kimia untuk pertanian menyebabkan peningkatan tuntutan yang lebih besar terhadap pertanian yang berkelanjutan. Pada tanah yang menekan penyakit dan kompos, penekanan penyakit diperoleh tanpa penggunaan bahan kimia. Penekanan penyakit selalu berhubungan dengan keberadaan bakteri antagonis yang jumlahnya semakin meningkat di dalam tanah. Bakteri rizosfer antagonis yang bermanfaat ini dapat dikembangkan sebagai agen pengendali biologi untuk mengurangi penggunaan bahan kimia di bidang pertanian. Di Indonesia, bakteri antagonis asli rizosfer tanaman kedelai belum banyak dilaporkan dan potensinya sebagai agen biokontrol perlu diteliti lebih lanjut. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendapatkan kandidat agen biokontrol terhadap cendawan patogen tular tanah Sclerotium rolfsii, Fusarium oxysporum atau Rhizoctonia solani untuk tanaman kedelai. Delapan puluh satu isolat bakteri rizosfer tanaman kedelai digunakan dalam penelitian ini. Cendawan patogen tular tanah S. rolfsii, F. oxysporum diperoleh dari Departemen Proteksi Tanaman, IPB. dan R. solani diperoleh dari Balai Penelitian Tanah Bogor. Bakteri Pseudomonas chlororaphis DF190 dan DF202 (Prof. Dr. Dilantha Fernando, University of Manitoba, Kanada); Pseudomonas aureofaciens 30-84, Pseudomonas fluorescens Q2-87, Q8-R1 dan Pseudomonas fluorescens Pf-5 (Dr. Linda Thomashow, Agricultural Research Service - United States Department of Agriculture (ARS-USDA), Washington State University, Amerika Serikat) disertakan dalam penelitian ini sebagai bakteri kontrol positif deteksi gen-gen anticendawan. Uji antagonisme dilakukan dengan menggunakan metode kultur ganda. Besarnya persentase penghambatan pertumbuhan radial cendawan oleh bakteri dihitung menggunakan rumus 1-(a/b) x 100%, dengan a menunjukkan jarak antara titik pusat cendawan ke arah isolat bakteri, b menunjukkan jarak antara titik pusat cendawan ke sisi yang berlawanan tanpa bakteri. Produksi siderofor oleh isolat-isolat dideteksi dengan menggunakan media agar-agar Chrome Azurol S (CAS). Produksi kitinase ditentukan dengan menggunakan medium sintetik yang mengandung koloid kitin. Produksi hidrogen sianida diketahui dengan menggunakan indikator alkali pikrat. Keragaman genetik berdasarkan amplified rDNA restriction analysis (ARDRA) dilakukan dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer hulu 63f dan primer hilir 1387r. Primer ini mengamplifikasi sekitar 1.300 bp konsensus gen 16S rRNA yang bersifat umum untuk domain bakteri. Produk amplifikasi 16S rDNA yang telah dipurifikasi dipotong dengan enzim restriksi endonuklease HaeIII, RsaI dan AluI (Fermentas Life Science, Uni Eropa). Pemotongan oleh enzim restriksi dilakukan pada suhu 37ºC semalam. Dendrogram filogenetik dibuat dengan menggunakan metode neighbour-joining dalam software TREECON for Windows 1.3b. Identifikasi molekuler dan analisis keragaman genetik berdasarkan sekuen gen 16S rRNA dilakukan dengan pencarian kemiripan sekuen menggunakan program Basic Local Alignment Search Tool for Nucleotide (BLASTN) yang terdapat di National Center for Biotechnology Information (NCBI), http://www.ncbi.nlm.gov/BLAST. Untuk pembuatan pohon filogenetik, sekuen gen 16S rRNA disejajarkan dengan menggunakan clustalW, dan dianalisis berdasarkan metode neighbour-joining menurut Jukes dan Cantor dalam program MEGA versi 4. Deteksi gen yang mengkode sintesis senyawa anticendawan dilakukan dengan metode PCR. Tujuh pasang primer digunakan untuk mengamplifikasi gen diacetylphloroglucinol (DAPG), fenazin, pioluteorin dan pirolnitrin. Amplifikasi dengan PCR (Veriti Thermal Cycler, Applied Biosystems, Amerika Serikat) dilakukan dalam 25μl campuran reaksi. Selanjutnya, produk amplifikasi dielektroforesis dengan gel agarosa 1% dalam 1x bufer Tris Boric acid EDTA (TBE) selama 30 menit 100 V, diwarnai dengan ethidium bromida, dan
Keyword: Pseudomonas sp., biocontrol, soybean