Judul: Identification and Molecular Characterization of Simian Endogenous Retrovirus in Macaca fascicularis and Macaca nemestrina in Captive Facilities in Bogor
Abstrak: Macaca fascicularis (monyet ekor panjang, MEP) dan M. nemestrina (beruk) merupakan satwa primata endemik Indonesia yang digunakan sebagai hewan model dalam penelitian biomedis untuk menunjang kesehatan manusia, salah satunya pada penelitian pengembangan vaksin Human immunodeficiency virus (HIV). Vaksin konvensional HIV yang telah dikembangkan saat ini tidak efektif akibat tingginya keragaman retrovirus eksogen. Studi terbaru telah dilakukan pendekatan pengembangan jenis vaksin HIV dengan memanfaatkan Human endogenous retrovirus (HERV). HERV juga diketahui menginduksi respon kekebalan, sehingga memungkinkan untuk dilakukan pengembangan terapi terhadap HERV untuk pencegahan kanker. Retrovirus endogen juga ditemukan pada satwa primata salah satunya yaitu Simian endogenous retrovirus (SERV), sehingga retrovirus endogen pada satwa primata ini diharapkan dapat mendukung dalam penelitian vaksin HIV maupun terapi anti-kanker pada manusia. Penelitian dasar berupa identifikasi dan karakterisasi molekuler terhadap retrovirus endogen pada satwa primata Indonesia yang terdeteksi pada sampel MEP dan beruk perlu dilakukan. Penelitian memanfaatkan 131 sampel darah utuh asal MEP dan 58 sampel asal beruk dikoleksi dari Fasilitas Penangkaran Wanara Satwa Loka (WSL) dan PSSP-LPPM IPB di Bogor. Amplifikasi PCR pada sampel DNA dilakukan dengan teknik real-time PCR SYBR Green menggunakan primer spesifik SRV1-5 7585U19 dan SRV1-5 7695L21. Analisis hasil amplifikasi didasarkan pada profil nilai cycle threshold (Ct) <24,0 dan nilai kurva leleh (melt curve) pada suhu kisaran 80,0-82,0ºC. Runutan nukleotida genom utuh dilakukan dengan teknik sekuensing asam nukleat menggunakan metode primer walking dan dianalisis dengan metode bioinformatik yaitu 4peaks, clustalW dan BLAST (NCBI). Pohon filogenetik dikonstruksi dengan metode neighbor-joining menggunakan program MEGA X. Berdasarkan uji tapis dengan teknik real-time PCR SYBR Green, diperoleh dua sampel yang memiliki karakeristik SERV yaitu Mn B1 dan Mn B140910 dengan nilai Tm 82,0ºC dan nilai Ct 22,37-22,54. Analisis runutan genom utuh terhadap dua sampel SERV tersebut diperoleh hasil yang identik dengan total 7991 nukelotida yang disusun atas domain LTR, gag, prt, pol, dan env. Kedua sampel ini memiliki kemiripan (identity) nukleotida 99-100% dengan isolat sampel beruk Mn 92227 asal Indonesia yang berada di Pusat Primata Nasional Universitas Washington (NaPRC UW) sejak tahun 1998 yang terkonfirmasi sebagai novel SERV. Gambaran hasil pohon filogenetik menunjukkan sampel Mn B1 dan Mn B140910 pada genom utuh nukleotida dan asam amino env mengelompok bersama SRV-2 dengan identitas nilai 82% dan 79%, sementara itu asam amino Gag, Prt, dan Pol mengelompok bersama SRV-1, -3, -4, -5, dan -8 dengan identitas 82-88%. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa kedua sampel yang diperoleh merupakan novel SERV asal beruk. Data genetik SERV pada beruk asal Indonesia ini dapat menjadi penelitian dasar dan pertimbangan penggunaan satwa primata sebagai model in vivo yang dapat menunjang perkembangan vaksin HIV dan terapi anti-kanker pada manusia., Macaca fascicularis (long-tailed macaque, MEP) and M. nemestrina (pig-tailed macaque, beruk) are non-human primates commonly used as laboratory animals in biomedical research to support the human health, among others are the in vivo testing for the development of HIV-1 vaccine. Recent studies have explored approaches to HIV vaccine by utilizing Human endogenous retrovirus (HERV) due to the hypervariability of exogenous retroviruses which causes conventional vaccines to be ineffective. HERV is also known induces an immune response, so it is possible to develop therapies against HERV for
Keyword: HIV, M. fascicularis, M. nemestrina, retrovirus, SERV