Judul: Keberadaan dan Keragaman Burkholderia glumae serta Pengaruhnya Terhadap Kehilangan Hasil pada Beberapa Varietas Padi di Jawa Barat
Abstrak: Penyakit busuk bulir padi oleh bakteri Burkholderia glumae yang menunjukkan insidensi dan keparahan penyakit yang terus meningkat beberapa tahun terkahir, perlu diwaspadai termasuk di Jawa Barat sebagai salah satu sentra produksi padi nasional. Penyakit ini dikategorikan sebagai emerging infectious disease (EID) yang memiliki karakteristik meningkatnya insidensi, sebaran geografis, dan berubahnya patogenisitas dalam waktu singkat. Bioekologi B. glumae sebagai patogen penting untuk dikaji lebih lanjut, salah satunya sebagai dasar pengambilan keputusan dalam pengelolaan penyakit. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui insidensi, keparahan penyakit, kelimpahan bakteri, identitas, keragaman bakteri B. glumae di Provinsi Jawa Barat dan pengaruhnya terhadap kehilangan hasil pada beberapa varietas padi. Pengamatan dan pengambilan sampel dilakukan di 9 kabupaten penghasil padi di Jawa Barat yang dikelompokkan berdasarkan 3 kategori ketinggian tempat yaitu kategori 1 (0 – 200 m dpl) meliputi Karawang, Subang, Indramayu, dan Majalengka; kategori 2 (201 – 500 m dpl) meliputi Kota Bogor, Cianjur, dan Purwakarta; kategori 3 (˃ 500 m dpl) meliputi Purwakarta, Sumedang, dan Sukabumi. Data insidensi dan keparahan penyakit diperoleh dari hasil pengamatan 30 rumpun tanaman padi per varietas per lokasi. Bakteri diisolasi dari bulir padi yang bergejala busuk bulir, kemudian dihitung kelimpahannya, dan dilakukan uji biokimia dan fisiologi yang meliputi uji Gram serta uji pertumbuhan pada pH 4, 8, dan NaCl 2%. Primer spesifik JLBgF/JLBgR dan primer universal 16S rRNA, yaitu 27F/1492R dalam PCR digunakan untuk menentukan identitas bakteri secara molekuler. Variasi fenotipik diamati dari warna koloni pada media S-PG, produksi toksoflavin, respons hipersensitivitas pada daun tembakau, dan uji patogenisitas pada tanaman padi. Keragaman genotip dianalisis dari keberadaan plasmid, keragaman sikuen nukleotida gen 16S rRNA menggunakan program Mega-X dengan metode neighbour joining tree, dan situs pemotongan enzim AluI, DdeI, RsaI secara in silico dengan program pDraw 32 dilanjutkan pengelompokan bakteri menggunakan metode nearest neighbor dengan program Multivariate Statistical Package (MVSP). Hasil penelitian menunjukkan insidensi penyakit di lapangan berkisar antara 0 – 73.3%, sedangkan keparahan penyakit berkisar 0 – 15.33%. Kelimpahan bakteri pada bulir padi yang bergejala berkisar antara 3.9 x 104 – 6.8 x 107 cfu/g benih. Insidensi dan keparahan penyakit tertinggi di Kecamatan Dawuan (Karawang) pada Varietas Mekongga. Berdasarkan hasil uji biokimia, fisiologi, dan molekuler diperoleh 29 isolat yang terkonfirmasi sebagai B. glumae. Hasil pengamatan fenotipik menunjukkan adanya keragaman 29 isolat bakteri. Berdasarkan pengamatan tipe koloni, sebanyak 10 isolat tergolong koloni tipe A, 19 isolat tipe B; Hasil uji produksi toksoflavin, 25 isolat menghasilkan toksoflavin, 4 isolat tidak menghasilkan toksoflavin; Pengujian respons hipersensitifitas terhadap daun tembakau menunjukkan bahwa 29 isolat mampu menimbulkan hasil positif pada daun tembakau, sedangkan dari uji patogenisitas terhadap tanaman padi, 29 isolat menimbulkan gejala hawar pada bibit tanaman padi. Berdasarkan analisis keragaman genotip 29 isolat tersebut, 27 isolat memiliki 1 plasmid dan 2 isolat memiliki 2 plasmid. Analisis keragaman dengan metode neihgbour joining tree menunjukkan bahwa isolat-isolat dari Jawa Barat tersebut memiliki kedekatan secara genetis. Mayoritas isolat-isolat tersebut mengelompok berdekatan dan hanya isolat KRCH-2 asal Karawang dan INCH-6 asal Indramayu yang memiliki kedekatan dengan B. glumae asal China dan Amerika. Hal ini menjadi salah satu bukti bahwa bakteri B. glumae yang ada di Jawa Barat sebagian besar merupakan bakteri asli Indonesia.
Keyword: busuk bulir, hawar malai, Pseudomonas glumae, toksoflavin