Judul: Identification of the THY1 Gene Polymorphisms in Candidate IPB-D2 Chicken Line
Abstrak: Gen THY1 merupakan anggota superfamili imunoglobulin yang memiliki kemiripan pada berbagai spesies. Fungsi dari gen THY1 belum sepernuhnya diketahui, namun berperan penting dalam respon imun yaitu berpartisipasi pada aktivasi sel T. Penelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi keragaman gen THY1 pada calon galur ayam IPB-D2 G0 yang dapat dijadikan sebagai kandidat marka genetik sifat ketahanan tubuh terhadap penyakit pada ayam. Penelitian ini dilakukan dengan teknik PCR dan sekuensing DNA. Hasil penelitian menemukan 2 titik SNP pada intron yaitu posisi basa g.2752 C>T dan g.3155 A>G, serta 1 titik SNP pada ekson 3 yaitu posisi basa g.2835 G>A. Kombinasi 3 SNPs membentuk 7 haplotipe. SNP g.2835 G>A merupakan synonymous mutation, bersifat polimorfik, berada pada keseimbangan Hardy-Weinberg, dan beragam. SNP g.2752 C>T dan g.3155 A>G bersifat polimorfik, namun tidak berada pada keseimbangan Hardy-Weinberg, dan keragamannya rendah., The THY1 gene is a member of the immunoglobulin superfamily which has the similarities in various species. The function of the THY1 gene is not fully known, but it plays an important role in the immune response, namely the activation of T cells. This study was conducted to identify the polymorphism of the THY1 gene in candidate IPB-D2 G0 chickens line which can be used as candidates for immunoresistance genetic markers chicken. This research was conducted by PCR techniques and DNA sequencing. The results of the study found 2 SNP points on the intron namely base position g.2752 C> T and g.3155 A> G, and 1 SNP point on exon 3 namely base position g.2835 G> A. The combination of 3 SNPs formed 7 haplotypes. SNP g.2835 G> A is an synonymous mutation, polymorphic, Hardy-Weinberg equilibrium, and varied. SNP g.2752 C> T and g.3155 A> G were polymorphic, but not in the Hardy-Weinberg equilibrium, and the diversity is low.
Keyword: immunity, IPB-D2 Chickens, polymorphisms, SNP, THY1 gene

Judul: Identification of Polymorphisms in Exon 3 of Myglobin (MB) Gene in Ayam Cemani and IPB-D1 Chicken
Abstrak: Ayam cemani merupakan ayam asli Indonesia asal Temanggung, Jawa Tengah yang memiliki keseluruhan fenotipik berwarna hitam. Daging ayam cemani memiliki potensi sebagai pangan fungsional berkadar Fe tinggi bagi penderita anemia. Kandungan Myoglobin (MB) memiliki korelasi positif terhadap kadar Fe dalam daging. Hal tersebut digunakan sebagai landasan untuk menjadikan Gen MB sebagai gen kandidat yang diduga memiliki pengaruh terhadap kadar Fe dalam daging. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi keragaman ekson 3 gen MB pada ayam cemani yang berasal dari PT Sumber Unggas Indonesia (SUI), Balai Penelitian Ternak (Balitnak), serta ayam IPB-D1 sebagai pembanding. Sebanyak 45 sampel berhasil dilakukan sekuensing DNA menggunakan jasa Macrogen (Seoul, Korea Selatan). Hasil penelitian menunjukkan bahwa pada daerah ekson 3 gen MB terdapat 1 SNP yaitu di posisi basa g.3385T>C. SNP yang diperoleh bersifat polimorfik dan konsisten ditemukan pada ketiga populasi, sehingga SNP tersebut dapat digunakan untuk analisis lanjutan menuju proses seleksi. Sebanyak enam mutasi lainnya juga ditemukan pada daerah 3’UTR yaitu di posisi basa g.3497C>T, g.3549C>T, g.3583G>A, g.3749C>T, g.3800G>A, dan g.3814G>A., Ayam cemani is an Indonesian native chicken from Temanggung, Central Java which has a black phenotypic color. Ayam Cemani has the potential as a functional food with high Fe content for anemia sufferers. The existence of myoglobin has a positive correlation with Fe content in meat. This was used to make the MB gene as a candidate gene that has a role in Fe content in meat. This study aimed to identify the polymorphisms in exon 3 of MB gene in ayam cemani from PT Sumber Unggas Indonesia (SUI), Balai Penelitian Ternak (Balitnak), as well as IPB-D1 chickens as a comparison. A total of 45 samples were successfully DNA-sequenced using Macrogen services (Seoul, South Korea). The results showed that in exon 3 of MB genes there was 1 SNP at position g.3385T>C. The SNP obtained were polymorphic and consistently found in three populations so that the SNP could be used for further analysis towards the selection process. Other six mutations were also found in the 3'UTR region, i.e: g.3497C>T, g.3549C>T, g.3583G>A, g.3749C>T, g.3800G>A, and g.3814G>A.
Keyword: Cemani, MB gene, DNA sequencing

Judul: Pendugaan Kecepatan Arus Sungai dengan Menggunakan Regresi Piecewise (Studi Kasus Sungai Soos Creek di Negara Bagian Washington)
Abstrak: Pada aliran sungai Soos Creek yang berada di Negara bagian Washington, kecepatan arus aliran sungai meningkat pesat dengan meningkatnya debit, tetapi peningkatan kecepatan arus air mengalami penurunan ketika mendekati nilai tertentu. Hal tersebut mengindikasikan bahwa kecepatan aliran air dan debit air sungai Soos Creek memiliki hubungan yang non-linear. Regresi piecewise dapat diterapkan untuk menduga kecepatan aliran sungai Soos Creek. Regresi piecewise adalah salah satu model regresi yang dapat digunakan pada kondisi model linear berganda (multiple linear model) untuk memperoleh model pada rentang x yang berbeda. Titik perubahan trend kecepatan arus aliran sungai disebut titik patahan. Banyaknya titik patahan dapat ditentukan dari plot yang dibuat dengan menggunakan pemulusan nonparametrik LOESS fit. Model regresi piecewise dibangun dengan menggunakan prosedur PROC NLIN yang memerlukan parameter awal. Parameter awal regresi piecewise ditentukan dengan melakukan regresi linear sederhana secara terpisah terhadap masing-masing segmen dengan setiap garis regresi dibuat sesuai dengan data yang memungkinkan untuk meminimumkan kuadrat tengah galat (KTG). Model regresi piecewise terbaik adalah ̂ = 0.680 + 0.018xi ; xi ≤ 123.6 ̂ = 2.607 + 0.002xi ; xi > 123.6 dengan nilai titik patahan yang dihasilkan terletak pada titik 123.6 cfs. Hasil analisis regresi piecewise ini menunjukkan bahwa kecepatan arus aliran sungai meningkat pesat dengan meningkatnya debit air sampai pada titik 123.6 cfs. Selanjutnya pada saat nilai debit air melebihi 123.6 cfs perubahan kecepatan arus aliran sungai mengalami penurunan. Model regresi piecewise mampu menjelaskan keragaman data yang lebih besar dari keragaman yang bisa dijelaskan oleh model regresi linear sederhana karena memberikan nilai koefisien determinasi yang lebih besar.
Keyword: