Judul: Klasifikasi Protein Family Menggunakan Metode Rantai Markov
Abstrak: Proteins are large biological molecules that consist of one or more chains of 20 amino acids sequences. Proteins have various functions such as catalyzing metabolic reactions, replicating DNA, and transporting molecules. Many new protein sequences have been found. Therefore, a new method is required to classify proteins which have similar amino acids sequence, structure and function into the same class. The aim of this research is to apply Markov chain concept for protein family classification based on amino acid sequences. Protein data samples are obtained from Pfam protein family database website. Samples are taken from three different protein family classes, namely: 1-cysPrx_C, 4HBT and ABC_Tran, 100 data samples each. This research utilizes two different extraction methods: first order and second order Markov chain. First order indicates that the data sequence stored in the transition matrix is every two adjacent sequences, while the second order indicates that the data sequence stored in the transition matrix is every two sequences that are intermittent twice. The results show that the first order method gives 96% as its best accuracy, whereas the second order method gives 89.33% as its best accuracy
Keyword: protein, classification,, Markov chain

Judul: Klasifikasi Enzim Protein Menggunakan Metode K-Nearest Neighbor Dan Analisis Komponen Utama
Abstrak: Enzim adalah suatu protein yang berfungsi sebagai biokatalisator dan mempunyai bentuk globular. Enzim merupakan biokatalisator yang aktif, sebab hanya dengan jumlah yang sedikit pada kondisi yang tepat, dapat mengatur jalannya reaksi kimia tertentu. Tujuan penelitian ini adalah untuk melakukan klasifikasi enzim berdasarkan 6 kelas yang ditentukan oleh Enzyme Commission. Data fasta sekuen protein enzim akan dilakukan ekstraksi fitur. Fitur yang digunakan adalah 470 fitur yang digunakan pada penelitian Rao et al (2009). Data yang digunakan adalah data fasta yang berjumlah 3000 data, masing-masing 500 data untuk 6 kelas. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah K-Nearest Neighbor sebagai metode klasifikasi pada enzim dan Principal Component Analysis digunakan untuk mereduksi dimensi fitur. Penelitian ini menunjukkan sensitivitas rata-rata tertinggi sebesar 0.79 pada K-NN dengan PCA 85% dan PCA 90%.
Keyword: enzim, K-NN, PCA, protein

Judul: Planning for the Public Open Space of Luaha Nou-Talu Saombo-Ture Mba'a with the Integration of Historical Aspect of the Coastal Area in the Gunung Sitoli City
Abstrak: Kota Gunungsitoli merupakan kota utama, pusat perekonomian, dan pintu gerbang menuju Kepulauan Nias. Kondisi tersebut berdampak pada pertumbuhan penduduk serta kebutuhan masyarakat terhadap ruang terbuka publik khususnya di Kecamatan Gunungsitoli. Terletak di sepanjang pesisir Kota Gunungsitoli, ruang publik Kecamatan Gunungsitoli memiliki lokasi yang strategis dan menyimpan nilai-nilai sejarah penting yang perlu dilestarikan. Namun, perlu adanya pertimbangan terhadap potensi bahaya lanskap mengingat lokasi ini berada pada area pesisir. Penelitian ini bertujuan untuk merencanakan ruang terbuka publik di kawasan pesisir Kota Gunungsitoli yang merepresentasikan karakter sejarah lokal dan responsif terhadap potensi bahaya lanskap. Penelitian ini mengikuti proses perencanaan lanskap dan menerapkan metode spasial dan kualitatif untuk mengatasi aspek fisik-biofisik dan nonfisik. Analisis spasial menunjukkan bahwa 39% area sesuai untuk ruang publik terbuka, 31% cukup sesuai, dan 30% tidak sesuai. Hasil ini selanjutnya menjadi dasar untuk mengembangkan rencana blok berdasarkan intensitas pembangunan dan interpretasi sejarah. Konsep dasar perencanaan ruang terbuka publik ini ialah menjadikan kawasan pesisir Luaha Nou-Talu Saombo-Ture Mba’a sebagai lanskap ruang terbuka publik yang inklusif bagi semua kelompok usia, sekaligus berperan dalam pelestarian sejarah kota dan bersifat responsif terhadap bahaya lanskap.
Keyword: landscape planning, public open space, historic urban landscape, landscape hazard, coastal area