Judul: Identification of Polymorphisms in Exon 3 of Myglobin (MB) Gene in Ayam Cemani and IPB-D1 Chicken
Abstrak: Ayam cemani merupakan ayam asli Indonesia asal Temanggung, Jawa Tengah yang memiliki keseluruhan fenotipik berwarna hitam. Daging ayam cemani memiliki potensi sebagai pangan fungsional berkadar Fe tinggi bagi penderita anemia. Kandungan Myoglobin (MB) memiliki korelasi positif terhadap kadar Fe dalam daging. Hal tersebut digunakan sebagai landasan untuk menjadikan Gen MB sebagai gen kandidat yang diduga memiliki pengaruh terhadap kadar Fe dalam daging. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi keragaman ekson 3 gen MB pada ayam cemani yang berasal dari PT Sumber Unggas Indonesia (SUI), Balai Penelitian Ternak (Balitnak), serta ayam IPB-D1 sebagai pembanding. Sebanyak 45 sampel berhasil dilakukan sekuensing DNA menggunakan jasa Macrogen (Seoul, Korea Selatan). Hasil penelitian menunjukkan bahwa pada daerah ekson 3 gen MB terdapat 1 SNP yaitu di posisi basa g.3385T>C. SNP yang diperoleh bersifat polimorfik dan konsisten ditemukan pada ketiga populasi, sehingga SNP tersebut dapat digunakan untuk analisis lanjutan menuju proses seleksi. Sebanyak enam mutasi lainnya juga ditemukan pada daerah 3’UTR yaitu di posisi basa g.3497C>T, g.3549C>T, g.3583G>A, g.3749C>T, g.3800G>A, dan g.3814G>A., Ayam cemani is an Indonesian native chicken from Temanggung, Central Java which has a black phenotypic color. Ayam Cemani has the potential as a functional food with high Fe content for anemia sufferers. The existence of myoglobin has a positive correlation with Fe content in meat. This was used to make the MB gene as a candidate gene that has a role in Fe content in meat. This study aimed to identify the polymorphisms in exon 3 of MB gene in ayam cemani from PT Sumber Unggas Indonesia (SUI), Balai Penelitian Ternak (Balitnak), as well as IPB-D1 chickens as a comparison. A total of 45 samples were successfully DNA-sequenced using Macrogen services (Seoul, South Korea). The results showed that in exon 3 of MB genes there was 1 SNP at position g.3385T>C. The SNP obtained were polymorphic and consistently found in three populations so that the SNP could be used for further analysis towards the selection process. Other six mutations were also found in the 3'UTR region, i.e: g.3497C>T, g.3549C>T, g.3583G>A, g.3749C>T, g.3800G>A, and g.3814G>A.
Keyword: Cemani, MB gene, DNA sequencing

Judul: Identification of the THY1 Gene Polymorphisms in Candidate IPB-D2 Chicken Line
Abstrak: Gen THY1 merupakan anggota superfamili imunoglobulin yang memiliki kemiripan pada berbagai spesies. Fungsi dari gen THY1 belum sepernuhnya diketahui, namun berperan penting dalam respon imun yaitu berpartisipasi pada aktivasi sel T. Penelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi keragaman gen THY1 pada calon galur ayam IPB-D2 G0 yang dapat dijadikan sebagai kandidat marka genetik sifat ketahanan tubuh terhadap penyakit pada ayam. Penelitian ini dilakukan dengan teknik PCR dan sekuensing DNA. Hasil penelitian menemukan 2 titik SNP pada intron yaitu posisi basa g.2752 C>T dan g.3155 A>G, serta 1 titik SNP pada ekson 3 yaitu posisi basa g.2835 G>A. Kombinasi 3 SNPs membentuk 7 haplotipe. SNP g.2835 G>A merupakan synonymous mutation, bersifat polimorfik, berada pada keseimbangan Hardy-Weinberg, dan beragam. SNP g.2752 C>T dan g.3155 A>G bersifat polimorfik, namun tidak berada pada keseimbangan Hardy-Weinberg, dan keragamannya rendah., The THY1 gene is a member of the immunoglobulin superfamily which has the similarities in various species. The function of the THY1 gene is not fully known, but it plays an important role in the immune response, namely the activation of T cells. This study was conducted to identify the polymorphism of the THY1 gene in candidate IPB-D2 G0 chickens line which can be used as candidates for immunoresistance genetic markers chicken. This research was conducted by PCR techniques and DNA sequencing. The results of the study found 2 SNP points on the intron namely base position g.2752 C> T and g.3155 A> G, and 1 SNP point on exon 3 namely base position g.2835 G> A. The combination of 3 SNPs formed 7 haplotypes. SNP g.2835 G> A is an synonymous mutation, polymorphic, Hardy-Weinberg equilibrium, and varied. SNP g.2752 C> T and g.3155 A> G were polymorphic, but not in the Hardy-Weinberg equilibrium, and the diversity is low.
Keyword: immunity, IPB-D2 Chickens, polymorphisms, SNP, THY1 gene

Judul: Cycle Hamilton pada Graf Lengkap, Graf Regular, dan Graf 2-Connected 4-Regular Berorder Kurang dari Sepuluh
Abstrak: Suatu graf disebut graf Hamilton apabila graf tersebut memuat cycle Hamilton, yaitu cycle yang melewati setiap vertex tepat satu kali. Menentukan keberadaan cycle Hamilton pada suatu graf dapat menggunakan syarat cukup yang berupa teorema-teorema yang telah diperkenalkan sejak tahun 1950-an. Beberapa syarat cukup yang dibahas dalam karya ilmiah ini adalah syarat cukup yang berhubungan dengan graf lengkap dan graf regular. Suatu graf lengkap berorder 𝑛������ ≥ 3 dan graf r-regular berorder 𝑛������ ≤ 2𝑟������ + 1 merupakan graf Hamilton, Karena kedua graf tersebut memuat cycle Hamilton. Selanjutnya, syarat cukup tersebut digunakan untuk menentukan keberadaan cycle Hamilton pada graf 2-connected 4- regular berorder kurang dari 10.
Keyword: graf Hamilton, graf regular, graf lengkap, graf 2-connected 4-regular