Judul: Deteksi Papaya ringspot virus Asal Tanaman Pepaya (Carica papaya) Berdasarkan Teknik Reserve Transcription- Polymerase Chain Reaction
Abstrak: Papaya ringspot virus (PRSV) merupakan anggota genus Potyvirus yang dapat menyebabkan penyakit penting pada tanaman pepaya dan beberapa tanaman dari famili Cucurbitaceae. Penyebaran PRSV di Indonesia masih sangat terbatas, bahkan PRSV masih tergolong OPTK kategori A1 berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian Nomor.93/Permentan/OT.140/12/2011. Penelitian ini dilakukan untuk mendeteksi PRSV yang menyebabkan penyakit bercak cincin pada tanaman pepaya di Bogor, Jawa Barat dan untuk menyeleksi primer yang dapat mengamplifikasi DNA target secara konsisten dengan teknik RT-PCR. Penelitian diawali dengan kegiatan survei lapangan dan pengambilan contoh tanaman sakit, diikuti dengan deteksi menggunakan metode RT-PCR dan penularan secara mekanis pada tanaman pepaya sehat. Metode deteksi PRSV di laboratorium meliputi ekstraksi RNA total, sintesis cDNA, dan amplifikasi DNA menggunakan tiga jenis primer yaitu primer universal Potyvirus MJ1/MJ2 yang akan mengamplifikasi protein selubung Potyvirus dan dua pasang primer spesifik PRSV yaitu PRSV1298/PRSV1942 dan PRSV326/PRSV800 yang akan mengamplifikasi berturut-turut bagian gen Nib (nuclear inclusion protein) dan gen protein selubung PRSV. Pertanaman pepaya di lapangan menunjukkan gejala mosaik pada bagian daun, tangkai daun, batang dan buah dengan tingkat kejadian penyakit 20% hingga 100%. Semua sampel tanaman sakit dari Bogor berhasil ditularkan melalui penularan secara mekanis, walaupun hanya menunjukkan gejala mosaik ringan. Sampel tanaman sakit asal Bogor terbukti terinfeksi PRSV berdasarkan hasil deteksi dengan metode RT-PCR. Primer spesifik PRSV326/PRSV800 dapat mengamplifikasi DNA target dengan ukuran 475 bp dengan baik dan dapat disarankan sebagai primer untuk mendeteksi PRSV.
Keyword: inokulasi mekanis, organisme karantina, selubung protein, Potyvirus

Judul: Deteksi Diferensial Potyvirus dan Fabavirus dengan Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction (RTPCR)
Abstrak: Tanaman nilam (Pogostemon cablin Benth) sangat potensial untuk dikembangkan karena minyak nilam merupakan bahan baku yang penting dalam industri. Terdapat banyak kendala dalam upaya peningkatan pengembangan produksi tanaman nilam, salah satunya adalah adanya gangguan dari organisme pengganggu tumbuhan (OPT). Potyvirus dan Fabavirus merupakan virus yang yang sudah diketahui dapat menyerang tanaman nilam. Gejala yang ditimbulkan pada tanaman nilam oleh kedua virus ini hampir tidak bisa dibedakan. Penelitian ini bertujuan untuk menyiapkan metode diferensial yang dapat membedakan dengan tepat infeksi Potyvirus dan Fabavirus pada tanaman nilam baik secara tunggal maupun ganda melalui RT-PCR. Sumber virus merupakan tanaman nilam yang terinfeksi alami Potyvirus atau Fabavirus yang telah diverifikasi dengan uji serologi. RNA total diekstraksi dari tanaman nilam sumber virus dengan Bench- Top Protocols for Xprep Plant RNA Mini Kit (PKT Korea). cDNA (complementary DNA) disintesis dengan teknik Reverse Transcription (RT). PCR dilakukan dengan satu siklus pada 95 ºC selama 5 menit; 10 siklus pada 95 ºC selama 1 menit, pada 51 ºC selama 1 menit, dan pada 72 ºC selama 1 menit; 30 siklus pada 94 ºC selama 1 menit, pada 54 ºC selama 1 menit, dan pada 72 ºC selama 2 menit untuk; dan satu siklus pada 72 ºC selama 10 menit. Primer yang digunakan untuk deteksi Potyvirus adalah CPUP-F (5’-TGAGGATCCTGGTGY ATHGARAAYGG-3’, Y=C/T, H=A/T/C, R=A/G), CP9502-R (5’-GCGGATCCT TTTTTTTTTTTTTTTT-3’) dan untuk Fabavirus adalah BBWVVSSP (5’- GTBTCDAGTGCTYTDGAAGG-3’,B=C/G/T,D=A/G/T,Y=C/T),BBWVKMRM (5’-TDGWDCCATCVAGICKCATTTT-3’, W=A/T; V=A/C/G; I=Inosine; K=G/T). Kedua pasang primer ini dapat mengamplifikasi masing-masing genom Potyvirus sepanjang 800 bp maupun Fabavirus sepanjang 322 bp secara spesifik baik dalam uji terpisah maupun campuran. Metode deteksi diferensial ini berhasil diterapkan untuk mendeteksi infeksi Potyvirus dan Fabavirus pada sampel tanaman nilam bergejala mosaik yang dikoleksi dari wilayah Bogor yaitu Gunung Bunder dan Cicurug. Pada deteksi tersebut dengan jelas dapat dibedakan tanamantanaman yang hanya terinfeksi Potyvirus atau Fabavirus saja atau terinfeksi ganda kedua virus tersebut. Oleh karena itu, metode berbasis RT-PCR menggunakan campuran pasangan primer CPUP-F/CP952-R dan BBWVVSSP/BBWVKMRM valid digunakan untuk deteksi diferensial.
Keyword: 

Judul: The addition of a noun word graph dictionary module in bogordelftconstruct
Abstrak: Knowledge Graph is a new method in Natural Language Processing that is used to describe human language and displaying it into a graph form. BogorDelftConStruct is a tool to analyze Indonesian text, developed by Deni Romadoni (2009). The tool has limited feature, opening many opportunities to add some other features. The goal of this research is to develop a noun word graph dictionary module and add it in BogorDelftConStruct. The patterns of the noun word-graph are based the research of Saleh (2009). In this research, of the 20 patterns in Saleh (2009) only 13 patterns are used, since some of word graph patterns which have the same affix and also have the different meaning. As many as 144 nouns were used in scenario testing, with 1 error was generated (99,33% accuracy).
Keyword: