موضوع مقاله: بازسازی توالی | مخاطب: عمومی | لحن: دانشنامه‌ای | ساختار: عنوان، مقدمه، 3 بخش، جمع‌بندی | مقاله: | # بازسازی توالی | مقدمه: اهمیت بازسازی توالی در آن است که فناوری‌های موجود برای تعیین توالی DNA قادر به خواندن تمام ژنوم در یک مرحله نیستند و توالی به صورت قطعه‌های ۲۰ تا ۳۰۰۰۰ حرفی (هر حرف نشانهٔ یک باز است) خوانده می‌شود، این قطعه‌ها معمولاً نتیجهٔ رونویسی ژن (ESTها) یا تعیین توالی ژنوم با روش شاتگان‌اند. | ## بخش 1: بازسازی توالی | پیچیدگی‌های این مسئله می‌توان مسئلهٔ بازسازی توالی DNA را به این تشبیه کرد که؛ از یک کتاب نسخه‌های مختلفی ایجاد کنیم، هر نسخه را با دستگاهی متفاوت قطعه قطعه کنیم، تغییراتی در قطعه‌های ایجاد شده بدهیم، قطعاتی از کتاب‌های دیگر به آن‌ها اضافه کنیم و برخی قطعه‌ها را نابود کنیم و در نهایت بخواهیم با دیدن قطعه‌های نهایی، کتاب اصلی را بازسازی کنیم. مسئله حتی پیچیده‌تر می‌شود وقتی این کتاب شامل نوشته‌ها و قطعات تکراری بوده باشد. در این نمونه، مشکل بالقوه‌ای که قسمت‌های تکراری در بازسازی ایجاد می‌کنند، مشاهده می‌شود. تاریخچهٔ بازسازی ژنوم اولین روش‌ها در اواخر دههٔ ۱۹۸۰ و اوایل دههٔ ۱۹۹۰ میلادی، اولین برنامه‌های بازسازی توالی به عنوان نسخه‌های پیشرفته‌تر از برنامه‌های سادهٔ هم‌ترازسازی معرفی شدند تا توالی‌هایی که دستگاه‌های تعیین توالی قطعاتی از آن‌ها را یافته بودند، بازسازی کنند. با پیشرفت علم و فناوری، در ابتدا ژنوم ویروسهای ساده، سپس باکتریها و در نهایت یوکاریوتها مورد بررسی قرار گرفتند، و پیچیدگی مسئلهٔ بازسازی ژنوم با افزایش طول و پیچیدگی توالی‌های یافته شده بیشتر شد، پیچیدگی‌هایی از قبیل; پردازش حجم عظیمی از داده‌ها (از مرتبهٔ ترابایت) که نیاز به رایانش خوشه‌ای دارد، قسمت‌های تکراری ژنوم که می‌توانند پیچیدگی زمانی و مصرف حافظهٔ الگوریتم‌ها را، در بدترین حالت، به صورت نمایی افزایش دهند، خطا در خواندن توالی‌ها که می‌تواند موجب پیچیدگی و خطا در بازسازی شود. پیروی این ابداعات، در مراکز بازسازی توالی‌های ژنوم، گروه‌هایی به ساخت ابرابزارهای بازسازی پرداختند که نمونهٔ متن بازی از آن AMOS است که تلاشی برای گردآوری دست‌یافته‌های مختلف در این زمینه بود. تأثیرات تغییر فناوری پیچیدگی مسئلهٔ بازسازی توالی تحت تأثیر تعداد توالی و طول هرکدام است. | ## بخش 2: بازسازی توالی | تعداد زیادی توالی طولانی به یافتن بهتر همپوشانی‌ها کمک می‌کند، ولی زمان اجرای الگوریتم‌ها به صورت نمایی با تعداد و طول توالی‌ها افزایش می‌یابد. از طرفی، توالی‌های کوتاه‌تر به راحتی هم‌تراز می‌شوند، اما موجب پیچیدگی بازسازی می‌شوند، چراکه یافتن و استفاده از قسمت‌های تکراری در قطعات کوتاه‌تر، سخت‌تر است. در ابتدا، تعداد کمی توالی کوتاه از ژنوم به سختی و پس از چند هفته تلاش در آزمایشگاه بدست می‌آمد که به راحتی و به صورت دستی (!) هم‌تراز می‌شدند. با ابداع روش سنگر در سال ۱۹۷۵ میلادی و تا سال ۲۰۰۰ میلادی، فناوری به جایی رسید که ابزارهای پیشرفته و خودکار به صورت شبانه‌روزی توالی‌های ژنوم را بدست آورند و در نتیجهٔ آن نیاز به روش‌هایی برای پردازش توالی‌هایی ایجاد شده که; حدود ۸۰۰–۹۰۰ حرف (باز) طول دارند، شامل قسمت‌های ابداعی مانند توالی‌یابی یا ارگانیسم‌های تولید مثل‌کننده (Cloning Vectors) اند، مرتبهٔ خطای ۰/۵ تا ۱۰٪ دارند. فناوری سنگر این امکان را ایجاد کرد که با تنها یک رایانه بتوان توالی‌های باکتری با ۲۰۰۰۰ تا ۲۰۰۰۰۰ قطعه را بازسازی کرد، اما بازسازی توالی‌های بزرگتر مانند ژنوم انسان (با حدود ۳۵ میلیون قطعه) همچنان نیاز به استفاده از پردازش موازی با چندین رایانه دارند. حجم داده‌ها و خطاهای ابزارهای توالی یابی در خواندن قطعات موجب تأخیر در ساخت ابزارهای بازسازی توالی شد و در ابتدا (سال ۲۰۰۴ میلادی) فقط ابزار Newbler از شرکت ۴۵۴ در دسترس بود. فناوری ایلومینا از سال ۲۰۰۶ میلادی در دسترس است که می‌تواند در هر اجرا حدود ۱۰۰ میلیون قطعه را، در یک دستگاه، بخواند (ژنوم انسان نیاز به خواندن حدود ۳۵ میلیون قطعه دارد) که در ابتدا طول این قطعات به ۳۶ حرف (باز) محدود بود که برای روش De-Novo مناسب نبود، اما هم‌اکنون طول این قطعات به بالای ۱۰۰ حرف می‌رسد. | ## بخش 3: بازسازی توالی | ابزار بازسازی SHARCGS که اواخر سال ۲۰۰۷ میلادی معرفی شد، اولین ابزار بازسازی توالی بود که از قطعات توالی بدست آمده با Solexa (نام قبلی ایلومینا) استفاده می‌کرد که پس از آن چندین ابزار دیگر نیز ارائه شدند. توالی‌های mRNA نسبت به ژنوم قسمت‌های تکراری کمتری دارند (قسمت‌های تکراری معمولاً در اینترونها دیده می‌شوند). برخی ژنها بیشتر از بقیه بیان می‌شوند (ژن‌های خانه‌بان) که موجب وجود توالی‌های تکراری در داده‌ها می‌شود. این روش بسیار کندتر است و حافظهٔ بیشتری مصرف می‌کند، چراکه تمامی قطعات باید با هم مقایسه شوند (که در حالت عادی از مرتبهٔ زمانی است و البته با استفاده از جدول درهم‌سازی بهبود می‌یابد). استفاده از یک توالی اولیه و تطبیق قطعه‌های بدست آمده با قسمت‌های مختلف آن (mapping) برای ایجاد توالی‌ای جدید که مشابه توالی اولیه، ولی نه الزاماً یکسان با آن، است. | ## جمع‌بندی | اگر از نوع توالی پیش زمینه‌ای داشته باشیم، لازم نیست از ابتدا تمام توالی را بازسازی کنیم و با داشتن یک توالی به عنوان قالب می‌توانیم تفاوت‌های جزئی آن با توالی مورد نظر را با استفاده از قطعات بدست آمده اصلاح کنیم.