Не могу разобраться как лучше и проще сохранять данные на форме так, чтобы пользователь зашел заполнил форму документа на 50%, записал. Потом не открыл эту форму, а начал заново и в новой форме у него было всё чисто, но если он захотел зайти в прошлую через некоторое время и продолжить у него всё там осталось.

Помогите разобраться какими методами и объектами пользоваться, чтобы вышло именно так. То есть, чтобы сохранения формы происходили в рамках, одной формы.
---
То есть, чтобы каждая форма хранила свои данные и их в любой момент можно дозаполнить, а новая была бы чистой.
Формы не хранят данные, они их только отображают.
Хранят данные объекты - документы, справочники, регистры.

Это стандартное поведение, когда пользователь открыл форму документа/справочника, что то изменил и записал. Записываются данные этого измененного документа/справочника.

Поэтому все еще не понимаю, в чем проблема?
Создайте реквизиты в документе для хранения значений этих флажков.
И свяжите элементы на форме с реквизитами документа, или при изменении флажка меняйте значение реквизита документа.

Если количество флажков динамическое, то есть меняется от каких-либо условий, и реквизиты не подходят - создайте табличную часть для этой цели с колонками, условно, ИмяФлажка, ЗначениеФлажка.
Перед записью на сервере заполняйте эту табличную часть по данным флажков на форме.

ПриСозданииНаСервере - заполняйте начальные значения флажков по данным реквизитов или табличной части с данными флажков.
---
зашел заполнил форму документа на 50%, записал.
Хранить данные, которые редактируются на форме.
Где именно хранить - в реквизитах документа, или табличных частях документа, или в регистре сведений, который записывается при записи документа - зависит от данных.

Не очень понятно, в чем именно сложность.
Опишите полностью задачу.
---
Пользователь, на форме документа нажимает определенные флажки или переключатели. Он решает, что хватит и не заполнил форму до конца, записал. Потом думает начать новую форму, а не ту что была до этого. В новой форме у него всё сброшено, но если он захочет он может вернуться к прошлой форме, где у него на половину заполнено и завершить её до конца. То есть, чтобы каждая форма хранила свои данные и их в любой момент можно дозаполнить, а новая была бы чистой.
---
То есть, чтобы каждая форма хранила свои данные и их в любой момент можно дозаполнить, а новая была бы чистой.
Формы не хранят данные, они их только отображают.
Хранят данные объекты - документы, справочники, регистры.

Это стандартное поведение, когда пользователь открыл форму документа/справочника, что то изменил и записал. Записываются данные этого измененного документа/справочника.

Поэтому все еще не понимаю, в чем проблема?
Создайте реквизиты в документе для хранения значений этих флажков.
И свяжите элементы на форме с реквизитами документа, или при изменении флажка меняйте значение реквизита документа.

Если количество флажков динамическое, то есть меняется от каких-либо условий, и реквизиты не подходят - создайте табличную часть для этой цели с колонками, условно, ИмяФлажка, ЗначениеФлажка.
Перед записью на сервере заполняйте эту табличную часть по данным флажков на форме.

ПриСозданииНаСервере - заполняйте начальные значения флажков по данным реквизитов или табличной части с данными флажков.
---
Формы не хранят данные, они их только отображают.
Хранят данные объекты - документы, справочники, регистры.

Вот это я знаю, я попробовал сохранять по реквизитам данные формы включил автоматическое сохранения, но пользователь при создании новой формы видит, то что вводил в предыдущем документе. Подскажите как этого избежать?
---
Не использовать автоматическое сохранение, очевидно.
Вы используете механизм не по назначению.
Он для этого не предназначен.

Автоматическое сохранение реквизитов формы имеет смысл для каких нибудь опций - когда какое нибудь действие можно сделать разными способами, например, редактирование значение в поле, или в отдельной форме, чтобы пользователь для себя один раз выбрал настройку и потом она применялась для всех документов.

Или для обработок еще имеет смысл, чтобы каждый раз не заполнять начальные значения, можно так сохранять реквизиты формы обработки.

Это не предназначено для хранения данных каждого документа, настройки сохраняются для пользователя.

Что использовать вместо этого - написал выше.
---
а что вам мешает хранить полузаполненный (не проведенный) документ?
создание нового документа, будет открываться с чистой формы,
а продолжение заполнения старого, как раз с того места на котором бросили!!!