Ban đầu Pháp Luân Công được nhà nước bảo vệ không bị làn sóng chỉ trích tấn công, nhưng sau khi rút khỏi HNKKT vào tháng 3 năm 1996, Pháp Luân Công đã không được bảo vệ nữa. Vào ngày 17 tháng 6 năm 1996, Quang Minh nhật báo, một tờ báo nhà nước có ảnh hưởng lớn đã xuất bản một bài bút chiến chống lại Pháp Luân Công, trong đó Chuyển Pháp Luân, tác phẩm trung tâm của môn phái này, được mô tả như một ví dụ của "mê tín thời phong kiến." Tác giả viết rằng lịch sử của nhân loại là một "cuộc đấu tranh giữa khoa học và mê tín dị đoan", và kêu gọi các nhà xuất bản Trung Quốc không in "sách giả khoa học của kẻ lừa đảo." Bài báo đã được ít nhất hơn hai mươi tờ báo khác trên toàn Trung Quốc cùng hưởng ứng. Ngay sau đó, vào ngày 24 tháng 7, Ban Tuyên giáo Trung ương cấm tất cả các ấn phẩm sách của Pháp Luân Công (mặc dù lệnh cấm đã không được thực thi một cách nhất quán). Hiệp hội Phật giáo do Nhà nước Trung Quốc quản lý cũng bắt đầu đưa ra những lời chỉ trích Pháp Luân Công, kêu gọi Phật tử không tham gia tập luyện nó.Các sự kiện xảy ra này là một thách thức quan trọng đối với học viên Pháp Luân Công, và các học viên của tổ chức này đã không hề xem nhẹ. Hàng ngàn người theo Pháp Luân Công đã viết thư cho Quang Minh nhật báo và HNKKT, khiếu nại chống lại các biện pháp trừng phạt, tuyên bố rằng họ đã vi phạm chỉ thị "Ba Không" của Hồ Diệu Bang về việc cấm các phương tiện truyền thông khuyến khích hoặc chỉ trích khí công. Trong một động thái phản đối khác, các học viên Pháp Luân Công đã tổ chức các cuộc biểu tình hòa bình bên ngoài phương tiện truyền thông địa phương hoặc cơ quan chính phủ để yêu cầu rút lại những bài báo đã viết về Pháp Luân Công mà họ coi là không công bằng. Lý Hồng Chí tuyên bố rằng phản ứng của các học viên đối với chỉ trích đã cho thấy cái tâm của họ và "sẽ loại bỏ các đệ tử giả mạo để giữ lại những đệ tử thật sự". Ông cũng nói rõ rằng việc công khai bảo vệ Pháp Luân Công là một hành động công chính và là một khía cạnh quan trọng của việc tu luyện Pháp Luân Công.Các cuộc bút chiến chống lại Pháp Luân Công là một phần của một phong trào lớn chống lại các tổ chức khí công bằng phương tiện truyền thông của nhà nước. Mặc dù Pháp Luân Công không phải là mục tiêu duy nhất của những lời chỉ trích trên các phương tiện truyền thông, cũng không phải là môn phái khí công duy nhất phản đối nhà nước, phản ứng của Pháp Luân Công là phản ứng có đông người tham gia nhất và kiên định nhất. Nhiều cuộc biểu tình của Pháp Luân Công chống lại việc mô tả tiêu cực về Pháp Luân Công trên các phương tiện thông tin đã thành công, kết quả là một số tờ báo đã rút lại một số bài báo chỉ trích môn phái này. Điều này góp phần củng cố niềm tin của các học viên rằng những chỉ trích truyền thông đối với Pháp Luân Công là sai hoặc phóng đại, và lập trường của họ là đúng đắn.Tháng 6 năm 1998, Hà Tộ Hưu, một nhà phê bình thẳng thắn môn khí công và một người bảo vệ chủ nghĩa Mác quyết liệt, xuất hiện trên một talk show trên truyền hình Bắc Kinh công khai chỉ trích khí công, và đề cập cụ thể đến Pháp Luân Công. Các học viên Pháp Luân Công đã đáp trả bằng các cuộc biểu tình hòa bình và vận động đài truyền hình sửa sai. Các phóng viên chịu trách nhiệm về chương trình trên đã bị sa thải, và một chương trình truyền hình khen ngợi Pháp Luân Công đã được phát sóng vài ngày sau đó. Các học viên Pháp Luân Công cũng tham gia biểu tình tại 14 cơ quan truyền thông khác.Trong năm 1997, Bộ Công an đã phát động một cuộc điều tra xem liệu Pháp Luân Công có nên được coi là tà giáo (邪教, xiejiao). Báo cáo đã kết luận rằng "không có bằng chứng nào cho đến thời điểm hiện tại". Tuy nhiên, một năm sau đó, vào ngày 21 tháng 7 năm 1998, Bộ Công an đã ban hành văn bản số 555, "Thông báo về cuộc điều tra Pháp Luân Công". Tài liệu này khẳng định rằng Pháp Luân Công là một "tà giáo", và lệnh cho các cuộc điều tra khác cần được tiến hành để tìm kiếm bằng chứng hỗ trợ cho kết luận trên. Các học viên Pháp Luân Công cho biết các đường dây điện thoại của họ bị ghi âm, nhà của họ bị lục soát và đột kích, và nơi tập luyện Pháp Luân Công bị nhân viên an ninh công cộng đến phá rối.Trong khoảng thời gian này, ngay cả khi những lời chỉ trích khí công và Pháp Luân Công tăng cao trong một số giới chức, Pháp Luân Công vẫn duy trì được sự ủng hộ của một số quan chức cao cấp trong chính phủ. Năm 1998, Kiều Thạch, Ủy viên trưởng Ủy ban Thường vụ Đại hội Đại biểu Nhân dân Toàn quốc mới về hưu khởi xướng cuộc điều tra riêng của cá nhân ông đối với Pháp Luân Công. Sau nhiều tháng điều tra, nhóm của ông đã kết luận rằng "Pháp Luân Công có hàng trăm lợi ích cho người dân Trung Quốc và nước Trung Quốc, và không có một tác động xấu nào." Vào tháng 5 cùng năm, Ủy ban Thể thao quốc gia Trung Quốc đã phát động cuộc điều tra riêng của mình về Pháp Luân Công. Dựa trên các cuộc phỏng vấn với hơn 12.000 học viên Pháp Luân Công ở tỉnh Quảng Đông, Ủy ban nói rằng họ "khẳng định các bài tập và hiệu quả của Pháp Luân Công là tuyệt vời. Nó đã làm được rất nhiều việc nhằm cải thiện sự ổn định và đạo đức của xã hội."