Là Nữ vương đã được xức dầu, Mary Stuart từ chối công nhận quyền hạn của bất kì tòa án nào và từ chối tham gia cuộc điều tra nhằm vào bà tại York (thay vào đó bà gửi đại diện), và Elizabeth cấm bà xuất hiện trong phiên tòa. Như là một bằng chứng chống lại Mary, Moray trình lên cái gọi là bức thư trong quan tài— với 8 mật tự công khai từ Mary gửi đến Bothwell, hai thỏa thuận hôn nhân, và một bài thơ tình đã được tìm thấy trong một chiếc quan tài bạc mạ vàng có diện tích bề mặt nhỏ hơn một bàn chân, dài (30 cm), được trang trí với vài dòng chữ của vua Francis II. Mary không công nhận những văn bản đó, cho rằng chữ viết tay của bà không khó để bắt chước, và khẳng định tất cả là giả mạo. Người ta quan tâm đến việc Mary cảm nhận như thế nào về cái chết của Darnley. Chánh án phiên tòa, Công tước Norfolk, mô tả những dòng chữ là xấu và nguệch ngoạc, và gửi bản sao cho Elizabeth, nói rằng nếu lá thư là thực thì có thể chứng minh được tội lỗi của Mary.Tính xác thực của những lá thư trong quan tài cho đến nay vẫn là đề tài bàn tán sôi nổi giữa các sử gia. Rất khó để điều tra ngọn ngành sự việc. Bản gốc của những bức thư, viết bằng tiếng Pháp, có lẽ đã bị tiêu hủy vào năm 1584 bởi con trai của Mary. Các bản sao còn sót lại, có cả bản viết bằng tiếng Pháp và bản dịch ra tiếng Anh, đều không hoàn chỉnh. Có thêm những bản sao chép không đầy đủ bằng tiếng Anh, Scotland, Pháp và Latinh trong những năm 1570. Các tài liệu khác xem xét kĩ việc li hôn của Bothwell và Jean Gordon. Moray đã cử sứ giả tới Dunbar vào tháng 9 để lập bản sao các thủ tục tố cáo từ sổ sách của thành phố.Những người viết tiểu sử cho Mary, bao gồm Antonia Fraser, Alison Weir, và John Guy, đã kết luận rằng các tài liệu trên là giả mạo, hoặc là những đoạn buộc tội được cố tình thêm vào thư, hoặc là những bức thư trên do người khác gửi cho Bothwell và Mary viết cho một người khác. Guy chỉ ra rằng các bức thư khá rời rạc với nhau, và việc sử dụng ngữ pháp tiếng Pháp trong thư khá vụng về, không phù hợp với một người am hiểu tiếng Pháp và sống ở Pháp từ nhỏ như Mary. Tuy nhiên, một số cụm từ nhất định (bao gồm cả câu thơ viết theo phong cách của Ronsard) và một số dấu hiệu khác tương thích với cách hành văn trong các tác phẩm của Mary còn tồn tại đến giờ.Những lá thư trong quan tài không xuất hiện công khai cho đến Hội nghị năm 1568, mặc dù Hội đồng cơ mật Scotland đã phát hiện ra chúng vào tháng 12 năm 1567. Mary đã bị buộc phải thoái vị và bị giam lỏng trong một năm ở Scotland. Các bức thư không bao giờ được công bố công khai để biện minh cho việc người ta bỏ tù và ép Nữ vương phải thoái vị. Sử gia Jenny Wormald tin rằng sự thực là phía Scotland đã miễn cưỡng tạo ra những bức thư, và tiêu hủy chúng vào năm 1584, bất cứ nội dung trong thư đều là bằng chứng thực sự chống lại Mary, trong khi Weir nghĩ rằng phải mất một thời gian không ít để ngụy tạo những bức thư. Ít nhất cũng có một số người đương thời khi nhìn thấy những bức thư nhưng không nghi ngờ gì và cho chúng là thực. Một trong số đó là Công tước Norfolk, người bí mật lập mưu thành hôn với Mary, mặc dù ông phủ nhân việc này khi Elizabeth nói bóng gió về dự định kết hôn của ông với Mary, nguyên văn là "ông ta không bao giờ kết hôn với một người, nếu ông ta không chắc chắn về gối của ông ta".Đa số các thành viên trong Hội đồng công nhận rằng bức thư trong quan tài là thật sau khi nghiên cứu về nội dung và so sánh với nét chữ viết tay của Mary. Elizabeth, đúng như mong đợi của bà, đã tổng kết lại cuộc điều tra với một phán quyết là không có bất cứ điều gì được chứng minh, không đủ bằng chứng chống lại các lãnh chúa liên minh hay Mary. Đối mặt với những tình hình chính trị đương thời, Elizabeth không muốn kết tội nhưng cũng không muốn tha bổng tội giết người cho Mary, và bà không bao giờ có ý định can thiệp vào Scotland; Hội nghị trên rốt cục chỉ là một cuộc thử nghiệm chính trị. Cuối cùng, Moray trở về Scotland làm Nhiếp chính, và Mary vẫn bị giam giữ ở Anh. Elizabeth đã thành công trong việc duy trì chính quyền Kháng Cách ở Scotland, mà không kết tội hay phóng thích người em họ của bà. Theo ý kiến của Fraser, đây là một phiên "xét xử" kì lạ trong lịch sử, kết thúc mà không tìm ra được kết luận nào để buộc tội bất kì bên nào khi một bên đã nắm quyền ở Scotland còn bên kia vẫn bị giam giữ.