Jackson phát hành album thứ tư, Rhythm Nation 1814, vào tháng 9 năm 1989. Mặc dù hãng thu âm mong muốn một album tương tự như Control, Jackson lại quyết định đưa nội dung về ý thức xã hội cùng nhiều thể loại âm nhạc khác nhau trong tác phẩm này. Cô khẳng định, "Tôi biết một album hay ca khúc đơn thuần không thể làm thay đổi thế giới. Tôi chỉ muốn âm nhạc và vũ đạo của mình được khán giả quan tâm, cố giữ chúng đủ lâu để họ có cơ hội lắng nghe đến lời nhạc." Chủ đề chính của album là sự thống nhất và đoàn kết, được triển khai sau khi giới truyền thông phơi bày hàng loạt tội ác và nỗi bi kịch trong xã hội lúc bấy giờ.Đạt vị trí quán quân trên Billboard 200, album này được chứng nhận 6 lần đĩa Bạch kim bởi RIAA và tiêu thụ hơn 20 triệu bản trên toàn thế giới. Rolling Stone chú ý sự trưởng thành về nghệ thuật của Jackson xoay chuyển từ "sự tự do bản thân sang những vấn đề rộng rãi hơn—sự bất công, tình trạng mù chữ, tội phạm, ma tuý—mà không bỏ sót chi tiết nào." Album được xem là "bước ngoặt trong sự nghiệp của cô", bao gồm một "tập hợp đa dạng các bài hát cùng tài năng thiên bẩm của Jackson", giúp mở rộng "phạm vi của Jackson theo mọi hướng có thể", khiến hình tượng của cô "vô cùng nữ tính, mà cũng nam tính một cách tàn bạo, mang dáng vẻ chững chạc, mà cũng rất ngây thơ." Rhythm Nation 1814 lập kỷ lục khi có tới 7 đĩa đơn quán quân tại Hoa Kỳ trong ba năm dương lịch liên tiếp, bao gồm "Miss You Much", "Rhythm Nation", "Escapade", "Alright", "Come Back to Me", "Black Cat" và "Love Will Never Do (Without You)". Nổi tiếng nhờ vũ đạo và bối cảnh, video âm nhạc "Rhythm Nation" được xem là một trong những video phổ biến nhất lịch sử, với hình tượng quân lính của Jackson góp phần biến cô trở thành một biểu tượng thời trang. Video "Love Will Never Do (Without You)" cho thấy Jackson lần đầu tiên chuyển sang hình tượng gợi cảm và phong cách hở bụng thường thấy của cô sau này. Rhythm Nation 1814 trở thành album bán chạy nhất năm 1990, chiến thắng 15 giải thưởng Billboard. Video "Rhythm Nation" thắng giải Grammy ở hạng mục "Video âm nhạc dài xuất sắc nhất" năm 1989.Rhythm Nation World Tour 1990 của Jackson trở thành chuyến lưu diễn mở màn của một nghệ sĩ thành công nhất và lập kỷ lục bán cháy vé nhanh nhất tại Tokyo Dome, Nhật Bản. Cô thành lập "Học bổng Rhythm Nation", gây quỹ từ chuyến lưu diễn tới nhiều chương trình giáo dục. Khi Jackson bắt đầu lưu diễn, cô nhận ra nhiều ảnh hưởng văn hóa bắt nguồn từ âm nhạc của mình. Joel Selvin của San Francisco Chronicle viết rằng "ca sĩ 23 tuổi này đã phát hành nhiều đĩa nhạc thành công trong 4 năm, trở nên gắn bó trên MTV và là hình mẫu chính cho nhiều thiếu nữ khắp lãnh thổ" và William Allen, phó Chủ tịch của United Negro College Fund lúc đó, nhắc đến Jackson trên Los Angeles Times như là một "hình mẫu cho tất cả thanh niên và thông điệp mà cô truyền đạt tới thiếu niên khắp đất nước này thông qua lời ca của 'Rhythm Nation 1814' đang có những dấu hiệu tích cực." Cô còn nhận một ngôi sao trên Đại lộ Danh vọng Hollywood cho những nỗ lực từ thiện và ảnh hưởng tới ngành công nghiệp thu âm. Thành công vượt bậc của Jackson giúp cô đứng ngang hàng với Michael Jackson, Madonna và Tina Turner. Tạp chí Ebony ghi nhận: "Chưa một cá nhân hay tập thể nào gây ảnh hưởng tới thế giới giải trí như Michael và Janet Jackson," cho rằng dù có nhiều thế hệ tiếp sau, chỉ có vài người có thể vượt qua "phong cách và sự khéo léo đáng kinh ngạc" của Jackson. Sau khi hoàn tất hợp đồng với hãng A&M Records năm 1991, cô ký kết một hợp đồng trị giá từ 32 tới 50 triệu đô-la Mỹ với Virgin Records, giúp cô trở thành nghệ sĩ thu âm được trả thù lao cao nhất thời điểm trên, với danh tiếng của một "Nữ hoàng nhạc Pop." Năm 1992, Jackson góp giọng trong ca khúc "The Best Things in Life Are Free" của Luther Vandross, lọt vào top 10 Billboard và nhiều quốc gia trên thế giới.