Vịnh Aboukir là một chỗ thụt vào ở ven biển dài 16 hải lý (30 km), kéo dài từ làng Abu Qir ở phía tây đến thị trấn Rosetta ở phía Đông, nơi mà một trong những cửa của sông Nin chảy ra Địa Trung Hải. Năm 1798, vịnh được bảo vệ ở phía tây bằng bãi cát ngầm rộng chạy dài 3 dặm (4,8 km) từ một doi đất được phòng vệ bởi lâu đài Aboukir vào vịnh. Những bãi cát ngầm cũng đã được bảo vệ bởi một pháo đài nhỏ nằm trên một hòn đảo giữa các tảng đá. Pháo đài này được đồn trú bởi lính Pháp và trang bị ít nhất bốn khẩu đại bác và hai khẩu pháo cối hạng nặng. Brueys đã gia cố cho đồn bằng tàu phóng bom và pháo hạm, được buông neo ở gần bãi đá ở phía tây của hòn đảo ở một vị trí để có thế hỗ trợ cho tuyến đầu của người Pháp. Các bãi cát ngầm chạy không đều ở phía nam của đảo và mở rộng ra vịnh theo hình bán nguyệt khoảng 1.650 thước Anh (1.510 m) từ bờ biển. Những bãi cát ngầm quá cạn để cho phép các tàu chiến lớn hơn đi qua, do đó Brueys đã ra lệnh mười ba tàu của ông ta lập đội hình thành một tuyến kéo từ rìa đông bắc của bãi cát ngầm ở phía nam của đảo, một vị trí cho phép các tàu để lấy nguồn cung cấp từ phía cảng của họ trong khi kiểm soát cả việc đổ bộ bằng pháo mạn phải của họ. Đế cho có trật tự, các tàu được buộc dây xích chặt lại với nhau, điều này biến nó thành một hàng đại bác về mặt lý thuyết có thể nói là bất khả chiến bại. Một tuyến thứ hai bên trong bao gồm bốn tàu frigate được bố trí khoảng 350 thước Anh (320 m) ở phía tây của tuyến chính, khoảng nằm giữa đội hình chiến đấu và bãi cát ngầm. Các tàu tiên phong của Pháp, dẫn đầu bởi chiếc Guerrier, được định vị ở khoảng 2.400 thước Anh (2.200 m) phía đông nam của đảo Aboukir và khoảng 1.000 thước Anh (910 m) từ cạnh của bãi cát ngầm bao quanh các hòn đảo. Tuyến tàu đó kéo dài về phía đông nam, với trung tâm hướng mũi ra phía biển từ bãi cát ngầm. Các tàu chiến của Pháp có khoảng cách với nhau khoảng 160 thước Anh (150 m) và toàn bộ đội hình tuyến kéo dài 2.850 thước Anh (2.610 m), với kỳ hạm Orient ở trung tâm và hai tàu lớn 80 pháo, neo ở hai bên. Đội hậu quân của đội hình này dưới sự chỉ huy của Chuẩn đô đốc Pierre-Charles Villeneuve từ chiếc Guillaume Tell.Bằng việc triển khai các tàu của mình theo cách này, Brueys hy vọng rằng người Anh sẽ bị mắc vào các bãi cát ngầm khi tấn công vào đội hình trung tâm và đội hậu quân trang bị mạnh mẽ của mình, cho phép tiền đội có thể mượn sức gió đông bắc để phản công người Anh khi tiền quân tham gia vào trận đánh. Tuy nhiên, ông đã thực hiện một sự xét đoán sai nghiêm trọng: giữa chiếc Guerrier và bãi cát ngầm có đủ khoảng trống cho một tàu của đối phương đi cắt ngang qua chiếc tàu đứng đầu tuyến của Pháp, làm cho các tàu tiên phong không được hỗ trợ và rơi vào trường hợp bị bắn chéo cánh sẻ từ hai đội tàu của đối phương. Ngoài ra, người Pháp chỉ chuẩn bị cho mạn phải cho các tàu của họ (hướng ra biển), hướng mà họ đoán rằng các cuộc tấn công sẽ đến; còn về phía cảng và đất liền, họ đã không chuẩn bị trước. Các pháo ở mạn trái đều bị đậy nắp lại trong khi trên sàn lại bày la liệt đồ dự trữ khiến việc tiếp cận pháo lại càng khó khăn hơn. Trong bố trí của Brueys có một lỗ hổng quan trọng thứ hai, đó là khoảng trống 160 yard giữa các tàu là đủ lớn cho một chiếc tàu của Anh xuyên qua và phá vỡ đội hình tuyến của Pháp và không phải tất cả các thuyền trưởng của ông đã làm theo lệnh buộc kèm dây cáp vào mũi và đuôi tàu gần họ, nếu làm việc này đã có thể ngăn ngừa sự vận động uyển chuyển của người Anh. Vấn đề đã trở nên nghiêm trọng bởi mệnh lệnh cho phép chỉ neo tại các mũi, cho phép các tàu dịch chuyển trong gió và mở rộng các khoảng trống. Nó cũng tạo ra các khu vực trong đội hình của Pháp mà (khu vực này) không bị bao phủ bởi những pháo mạn của bất kỳ tàu nào, trong khu vực đó, một tàu của Anh có thể neo và tấn công tầu của Pháp mà không sợ bị bắn trả. Ngoài ra, việc triển khai các hạm đội của ông ta đã ngăn cản đôị hậu quân hỗ trợ một cách có hiệu quả cho các các tàu tiên phong bằng gió mậu dịch.Một vấn đề nan giải hơn của Brueys là việc thiếu thức ăn và nước cho các đội tàu. Bonaparte đã bốc dỡ gần như tất cả các đồ cung cấp dự trữ trên tàu và không có nguồn cung cấp đã được mang tới cho các tàu từ bờ biển. Để khắc phục điều này, Brueys gửi các đội đi lục lọi dọc theo bờ biển để trưng thu thực phẩm và lấy nước, nhưng các cuộc tấn công liên tục của du kích Bedouin yêu cầu mỗi đội tàu phải có một đội bảo vệ vũ trang hạng nặng, dẫn đến một phần ba thủy thủ của hạm đội phải ra khỏi tàu của họ tại bất kỳ thời gian nào. Brueys đã viết một lá thư mô tả tình hình đển Bộ trưởng Bộ Hải quân Étienne Eustache Bruix, báo cáo rằng "Thuỷ thủ đoàn của chúng tôi rất yếu, cả về số lượng và chất lượng, buồm cơ của chúng tôi, nói chung không sửa chữa được nữa, và tôi chắc chắn rằng phải đòi hỏi không ít can đảm để quản lý một hạm đội được trang bị với những thứ như vậy."