Sau khi quay trở lại hoạt động cùng hạm đội, Bayern được phân các nhiệm vụ bảo vệ tại Bắc Hải. Đô đốc Scheer đã sử dụng các lực lượng hạng nhẹ để tấn công các đoàn tàu vận tải Anh đi đến Na Uy bắt đầu vào cuối năm 1917. Kết quả là Hải quân Hoàng gia phải phân một hải đội thiết giáp hạm để bảo vệ các đoàn tàu vận tải, bộc lộ cho Scheer cơ hội tiêu diệt từng phần Hạm đội Grand. Scheer nhận xét rằng "Một cuộc tấn công thành công vào một đoàn tàu vận tải như vậy không chỉ đưa đến việc đánh chìm một lượng tải trọng tàu buôn lớn, nhưng còn là một thành công quân sự vĩ đại… sẽ buộc phía Anh gửi thêm nhiều tàu chiến đến vùng biển phía Bắc." Ông ra lệnh im lặng vô tuyến tuyệt đối trong quá trình chuẩn bị cho cuộc tấn công. Điều này giúp vô hiệu hóa khả năng của phía Anh chặn và giải mã tín hiệu của phía Đức, vốn là một ưu thế đáng kể trước đây. Kế hoạch vạch ra dự định sử dụng các tàu chiến-tuần dương của Hipper tấn công một đoàn tàu vận tải và những tàu hộ tống cho nó vào ngày 23 tháng 4 trong khi các thiết giáp hạm của Hạm đội Biển khơi sẽ sẵn sàng hỗ trợ. Vào ngày 22 tháng 4, Bayern cùng phần còn lại của Hạm đội Đức tập trung tại Schillig Roads bên ngoài Wilhelmshaven và khởi hành lúc 06 giờ 00 sáng hôm sau. Tuy nhiên, hoàn cảnh sương mù dày đặc đã buộc lực lượng Đức phải ở lại trong các bãi mìn bảo vệ của họ trong nữa giờ.Lực lượng của Hipper ở cách 60 nmi (110 km; 69 mi) về phía Tây Egerö, Na Uy lúc 05 giờ 20 phút ngày 24 tháng 4. Cho dù đã thành công đến được tuyến đường vận tải mà không bị phát hiện, chiến dịch đã bị thất bại do sai lầm tình báo. Các báo cáo từ các tàu ngầm U-boat cung cấp thông tin cho Scheer rằng các đoàn tàu vận tải khởi hành vào đầu và giữa tuần, nhưng một đoàn tàu vận tải hướng sang phía Tây rời Bergen vào ngày thứ ba 22 tháng 4, và một đoàn khác hướng sang phía Đông rời Methil, Scotland vào ngày thứ năm 24 tháng 4. Kết quả là không có đoàn tàu vận tải nào cho Hipper tấn công.Cùng ngày hôm đó, một trong các chân vịt của Moltke bị rơi ra, gây hư hại nghiêm trọng cho động cơ và khiến con tàu bị tràn khoảng 2.000 tấn (2.000 tấn Anh; 2.200 tấn thiếu) nước. Moltke bị buộc phải phá vỡ sự im lặng vô tuyến để thông báo cho Scheer tình trạng của con tàu; điều này đã báo động cho Hải quân Hoàng gia về hoạt động của Hạm đội Biển khơi Đức. Beatty lên đường với 31 thiết giáp hạm và bốn tàu chiến-tuần dương, nhưng đã quá trễ để đánh chặn lực lượng Đức đã rút lui. Các con tàu Đức về đến các bãi mìn phòng thủ của họ vào sáng sớm ngày 25 tháng 4, nhưng ở vị trí cách 40 nmi (74 km; 46 mi) ngoài khơi Helgoland, Moltke trúng phải ngư lôi từ tàu ngầm Anh E42; nó vẫn có thể về đến cảng thành công.Bayern được dự định để tham gia hoạt động cuối cùng của hạm đội vào cuối tháng 10 năm 1918, nhiều ngày trước khi Hiệp định Đình chiến với Đức có hiệu lực. Phần lớn Hạm đội Biển khơi sẽ xuất phát từ căn cứ của chúng ở Wilhelmshaven để đối đầu với Hạm đội Grand của Anh; Reinhard Scheer, lúc này là Đại Đô đốc (Großadmiral) của Hạm đội, dự định gây tổn thất cho Hải quân Anh càng nhiều càng tốt nhằm duy trì một vị thế mặc cả tốt cho việc thương lượng hòa bình của Đức bất chấp tổn thất có thể phải chịu đựng. Tuy nhiên, nhiều người trong số những thủy thủ đã mệt mỏi vì chiến tranh cảm thấy chiến dịch này sẽ ngăn trở tiến trình hòa bình và kéo dài thời hạn chiến tranh. Khi hạm đội được lệnh tập trung tại Wilhelmshaven vào ngày 29 tháng 10, những thủy thủ đã mệt mỏi vì chiến tranh bắt đầu vắng mặt hay công khai bất tuân mệnh lệnh, sinh ra cuộc Binh biến Wilhelmshaven. Thủy thủ trên những chiếc König, Kronprinz và Markgraf biểu thị thái độ một cách hòa bình, nhưng binh lính trên chiếc Thüringen là những người đầu tiên công khai nổi loạn, rồi sau đó có sự tham gia của Helgoland và Kaiserin. Trong một nỗ lực nhằm dập tắt cuộc nổi loạn, Scheer ra lệnh cho các hải đội thiết giáp hạm phân tán.