Giữa Pixar và Disney xảy ra bất đồng sau quá trình sản xuất Câu chuyện đồ chơi 2. Ban đầu được dự định phát hành dưới dạng video (do vậy không nằm trong thỏa thuận phát hành 3 phim hoạt hình dài giữa hai hãng), bộ phim cuối cùng được nâng cấp lên phiên bản để ra mắt tại rạp. Pixar yêu cầu bộ phim sẽ được tính vào thỏa thuận nhưng bị Disney từ chối. Mặc dù đem lại lợi nhuận cho cả hai bên, Pixar sau đó phàn nàn rằng thỏa thuận trên là không công bằng. Pixar chịu trách nhiệm sản xuất, trong khi Disney quản lý việc marketing và phân phối. Lợi nhuận và chi phí sản xuất được chia 50-50 nhưng Disney sở hữu độc quyền toàn bộ cốt truyện và các sản phẩm ăn theo, đồng thời cũng thu cả phí phát hành. Việc mất đi quyền lợi với toàn bộ cốt truyền và các sản phẩm ăn theo có lẽ là khía cạnh gây khó khăn nhất cho Pixar và tạo tiền đề cho mối quan hệ tranh cãi.Hai công ty nỗ lực tiến tới một thỏa thuận mới vào đầu năm 2004. Thỏa thuận mới dự tính chỉ liên quan đến việc phân phối, do Pixar có ý định sẽ tự kiểm soát việc sản xuất và quyền sở hữu của các bộ phim. Hãng cũng muốn tự đầu tư cho các bộ phim và thu toàn bộ lợi nhuận, chỉ trả cho Disney từ 10 đến 15 phần trăm phí phát hành. Quan trọng hơn, như một phần của bất cứ thỏa thuận phân phối nào với Disney, Pixar đề nghị quyền kiểm soát các phim đang được sản xuất dưới thỏa thuận cũ, bao gồm Gia đình siêu nhân và Vương quốc xe hơi. Disney cho rằng các điều kiện này là không thể chấp nhận, nhưng Pixar không nhượng bộ.Bất đồng giữa Steve Jobs với chủ tịch và CEO của Disney là Michael Eisner khiến cho các cuộc đàm phán trở nên khó khăn hơn. Chúng thất bại hoàn toàn vào giữa năm 2004, với việc Jobs tuyên bố rằng Pixar đang tìm kiếm với đối tác khác ngoài Disney. Mặc dù vậy, Pixar không hề đàm phán với nhà phân phối nào khác. Thêm vào đó, Eisner thông báo việc Disney lập ra một hãng hoạt hình đồ họa mới có tên là Circle 7 Animation, với mục tiêu là sản xuất Câu chuyện đồ chơi 3. Để chuẩn bị cho khả năng ngừng hợp tác giữa Disney và Pixar, Jobs thông báo vào cuối năm 2004 rằng Pixar sẽ không ra mắt phim vào thời điểm cuối năm như thường lệ của Disney nữa, thay vào đó là khoảng thời gian đầu hè có lợi nhuận cao hơn. Điều này cũng cho phép Pixar phát hành đĩa DVD các phim của họ trong mùa mua sắm Giáng sinh. Một lợi ích nữa trong việc hoãn phát hành Vương quốc xe hơi đó là giúp kéo dài thời gian hợp đồng còn lại giữa Pixar và Disney để quan sát xem vấn đề giữa hai công ty sẽ diễn biến ra sao.Sau một thời gian dài gián đoạn, các cuộc thương lượng giữa hai bên được tiếp tục sau khi Eisner rời khỏi Disney vào tháng chín 2005. Giám đốc điều hành mới của Disney, thay vì một thỏa thuận phát hành phim, đã đưa ra đề nghị mua lại Pixar. Trong khoảng thời gian chờ đợi, hai bên ký kết một hợp đồng đặc biệt cho việc ra mắt bộ phim Chú chuột đầu bếp vào năm 2007. Bản hợp đồng này sẽ có hiệu lực trong trường hợp vụ mua lại thất bại, để đảm bảo rằng Chú chuột đầu bếp vẫn được phát hành bởi Disney. Không giống với các thỏa thuận cũ, thỏa thuận mới cho phép Pixar giữ quyền sở hữu đối với Chú chuột đầu bếp và Disney chỉ nhận được tiền phí phát hành. Tuy vậy, thương vụ mua lại Pixar của Disney được hoàn tất khiến cho bản hợp đồng không bao giờ được thực hiện.