Giữa tháng 7, Liên Xô thể hiện quan điểm chính thức của họ khi tờ Pravda cho đăng một bài về tình hình tại Afghanistan; Liên Xô không muốn thấy cảnh Hafizullah Amin trở thành nhà lãnh đạo của Afghanistan. Điều này gây ra một cuộc khủng hoảng chính trị tại Afghanistan, do Hafizullah Amin bắt đầu thi hành một chính sách đàn áp khắc nghiệt, và nó trở thành một trong những lý do chính cho sự can thiệp của Liên Xô vào cuối năm đó. Ngày 28 tháng 7, một cuộc bỏ phiếu trong Bộ Chính trị thông qua đề nghị của Hafizullah Amin về việc hình thành một cơ chế tập thể lãnh đạo với việc ra các quyết định tập thể; đây là một đòn giáng vào Nur Muhammad Taraki, và nhiều người ủng hộ người này bị thay thế bằng các thành viên ủng hộ Hafizullah Amin. Chỉ huy Lục quân Liên Xô là Ivan Pavlovsky tới Kabul vào giữa tháng 8 để nghiên cứu tình hình tại Afghanistan. Trong một bài phát biểu chỉ vài ngày sau khi Pavlovsky đến, Hafizullah Amin nói rằng ông mong muốn có mối quan hệ gần gũi hơn giữa Afghanistan và Trung Quốc; ông cũng ám chỉ rằng mình biết một cách hạn chế về sự can thiệp của Liên Xô vào Afghanistan. Ông so sánh sự giúp đỡ của Liên Xô đối với Afghanistan với sự giúp đỡ mà Vladimir Lenin dành cho Cộng hòa Xô viết Hungaria vào năm 1919. Nur Muhammad Taraki là một đại biểu tham dự hội nghị do Phong trào không liên kết tổ chức tại La Habana, và tại đó đã gặp riêng Bộ trưởng Ngoại giao Liên Xô Andrei Gromyko để thảo luận về tình hình Afghanistan vào ngày 9 tháng 9. Bộ trưởng Ngoại giao Afghanistan Shah Wali là một người ủng hộ Hafizullah Amin, và không tham gia vào cuộc họp. Theo Beverley Male thì điểu này "gợi ý rằng một số âm mưu chống lại Hafizullah Amin đang được chuẩn bị". Trong vòng vài giờ sau khi trở về Kabul vào ngày 11 tháng 9, Nur Muhammad Taraki triệu tập Hội đồng Bộ trưởng "bề ngoài là để thông báo về Hội nghị La Habana". Tuy nhiên, thay vì thông báo về Hội nghị, Nur Muhammad Taraki lại cố gắng loại bỏ chức Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng của Hafizullah Amin. Điều này là một tính toán sai lầm, ngoài "Bè lũ bốn tên" (gồm Mohammad Aslam Watanjar, Mazdoryar, Gulabzoi và Sarwari) thì toàn bộ những người khác đều ủng hộ Hafizullah Amin vẫn giữ chức Hội đồng Bộ trưởng.Nur Muhammad Taraki tìm cách vô hiệu hóa quyền lực và ảnh hưởng của Hafizullah Amin bằng cách yêu cầu ông phục vụ ở hải ngoại trong cương vị một đại sứ. Hafizullah Amin từ chối đề xuất này và hét lên "Ông mới là người nên ra đi! Do thói nghiện rượu và tuổi cao đã khiến cho khả năng phán đoán của ông mất đi." Ngày hôm sau, Nur Muhammad Taraki mời Hafizullah Amin đến phủ chủ tịch để dự tiệc trưa với ông ta và "Bè lũ bốn tên". Hafizullah Amin từ chối lời mời, nói rằng ông muốn họ từ chức thay vì ăn trưa với họ. Đại sứ Liên Xô Puzanov thuyết phục Hafizullah Amin thực hiện chuyến đi đến Phủ chủ tịch cùng với Cảnh sát trưởng Taroon và Nawab Ali (một sĩ quan tình báo). Khi họ đến phủ, có những người không rõ danh tiếng trong tòa nhà khai hỏa vào đoàn khách. Taroon thiệt mạng, trong khi Ali bị một chấn thương và chạy thoát cùng với Hafizullah Amin (không hề hấn gì). Ngay sau đó, Hafizullah Amin quay lại phủ cùng một đạo quân, tiến hành quản thúc Taraki. Tuy nhiên, "Bè lũ bốn tên" "biến mất" và nơi ở của họ vẫn không bị phát hiện trong 104 ngày cầm quyền của Hafizullah Amin. Sau khi Nur Muhammad Taraki bị quản thúc, Hafizullah Amin tường trình sự việc cho Leonid Brezhnev, và gián tiếp yêu cầu cho phép xử tử Taraki. Brezhnev trả lời rằng đó là sự lựa chọn của ông. Hafizullah Amin nay tin tưởng rằng ông có được sự ủng hộ toàn toàn của Liên Xô, và ra lệnh xử tử Taraki. Nur Muhammad Taraki sau đó bị làm cho nghẹt thở bằng gối. Truyền thông Afghanistan đưa tin rằng Nur Muhammad Taraki ốm yếu đã qua đời, song không đề cập gì về việc người này bị sát hại.