مساحة إندونيسيا ومناخها الاستوائي والجغرافيا الأرخبيلية تجعلها ثاني أعلى مستوى للتنوع البيولوجي في العالم (بعد البرازيل)، والنباتات والحيوانات هو خليط من الأنواع الآسيوية والأسترالاسية. جزر سوندا (سومطرة وجاوة وبورنيو وبالي) لديها ثروة من الحيوانات الآسيوية لكونها كانت متصلة بالقارة الآسيوية سابقاً. الأنواع الكبيرة مثل الببر ووحيد القرن وإنسان الغاب والفيل والفهد كانت وفيرة الشرق الأقصى وبالي، ولكن أعدادها وتوزيعها تضاءل بشكل كبير. تغطي الغابات حوالي 60٪ من البلاد. في سومطرة وكاليمانتان غالب الأنواع الآسيوية. ومع ذلك، فإن الغابات في جاوة أصغر، وأكثر كثافة سكانية، وتم إزالة الغابات إلى حد كبير للزراعة والمساكن. في سولاويزي ونوسا تينجارا ومالوكو تم عزل الأجزاء المسكونة عن النباتات والحيوانات. بابوا كانت جزءً من مساحة القارة الأسترالية، وموطناً لحيوانات فريدة من نوعها ونباتات ترتبط ارتباطاً وثيقاً بأستراليا، بما في ذلك أكثر من 600 نوعاً من الطيور.إندونيسيا تسلسلها الثانية بعد أستراليا من حيث العدد الإجمالي للأنواع المستوطنة، 36٪ من أنواع طيورها البالغ عددها 1531 نوعاً و39٪ من أنواع ثديياتها البالغ عددها 515 نوعاً هي أنواع مستوطنة. يحيط بإندونيسيا الساحل طوله 80000 كم (50000 ميل) محاط ببحار استوائية تساهم في ارتفاع مستوى التنوع البيولوجي في البلاد. إندونيسيا لديها مجموعة من النظم البيئية البحرية والساحلية تشمل الشواطئ والكثبان الرملية والأخوار وأشجار المانغروف والشعاب المرجانية والحشائش البحرية والسواحل الطينية وشقق المد والجزر والطحالب والنظم الإيكولوجية الجزرية الصغيرة. إندونيسيا هي واحدة من البلدان مثلث المرجان وفيها أكبر تنوع في العالم من أسماك الشعاب المرجانية بأكثر من 1650 نوع في شرق إندونيسيا فقط. مختص الطبيعة البريطانية ألفرد راسل والاس وصف الخط الفاصل بين توزيع وسلام الأنواع الآسيوية والأسترالية في إندونيسيا. خط والاس يمتد بين الشمال والجنوب على طول حافة جرف سوندا بين كاليمانتان وسولاويسي، وعلى طول مضيق لومبوك العميق، بين لومبوك وبالي. تمتاز نباتات وحيوانات غرب الخط بكونها أكثر الآسيوية، وكلما انتقلنا شرق لومبوك صارت الأنواع أسترالية أكثر. في كتابه أرخبيل الملايو في 1869 وصف والاس العديد من الأنواع الفريدة في المنطقة. تسمى الآن منطقة الجزر الواقعة بين خط والاس وغينيا الجديدة بوالاسيا.يمثل ارتفاع سكان إندونيسيا والنمو الصناعي السريع من القضايا البيئية الخطيرة، والتي غالباً ما تعطى أولوية أقل بسبب ارتفاع مستويات الفقر ووضعف الحكم ونقص الموارد. القضايا تشمل إزالة الغابات على نطاق واسع (الكثير منها غير قانوني) وحرائق الغابات المتسببة بالضباب الدخاني الكثيف على أجزاء من غرب ماليزيا وإندونيسيا وسنغافورة والإفراط في استغلال الموارد البحرية والمشاكل البيئية المرتبطة بالتحضر السريع والتنمية الاقتصادية، بما في ذلك تلوث الهواء وازدحام المرور وتصريف النفايات والمياه والمخلفات السائلة والصرف الصحي. إزالة الغابات وتدمير أراضي الخث جعل إندونيسيا ثالث أكبر مصدر للغازات المسببة للاحتباس الحراري في العالم. تدمير المواطن يهدد بقاء الأنواع المحلية المتوطنة، بما في ذلك 140 نوعاً من الثدييات التي حددها الاتحاد العالمي للحفاظ على الطبيعة كمهددة بخطر الانقراض، و15 نوعاً مهددة بحدة بالانقراض، بما في ذلك زرزور بالي وإنسان غاب سومطرة ووحيد قرن جاوة.الفل (Jasminum sambac) هي الزهرة الوطنية لإندونيسيا مع أوركيدة الشهر السحلبية (Anggrek Bulan) (Phalaenopsis amabilis) وزهرة رافليسيا أرنولدية (Rafflesia arnoldii). وقد تم اختيار الأزهار الثلاثة في يوم البيئة العالمي في عام 1990. وفي مناسبة أخرى أضيفت أيضاً زهرة الجثة (Titan arum). كل واحدة من المقاطعات الاندونيسية لديها أيضاً الشارتين الأزهار الخاصة.