في ذروة حياته المهنية في عام 1982 تسلم خان قيادة فريق الكريكيت الباكستاني وهو في سن الثلاثين من جاويد ميانداد. ويستعيد ذكرياته في عدم ارتياحه لدوره الجديد، فقد قال لاحقاً: عندما أصبحت قائداً للفريق لم يكن بوسعي الحديث إلى الفريق مباشرة، فقد كنت خجولا جداً، كان علي أن أخبر المدير، قلت: اسمعني، هل يمكنك التحدث إليهم بما أريد أن أقوله للفريق. وأعني هنا اجتماعات الفريق الأولى، فقد كنت خجولا ومرتبكا، لم يكن بوسعي الحديث إلى الفريق. وكقائد لعب خان 48 مباراة تيست بواسطة فريق باكستان، فاز في 14 منها وخسر 8 وانتهت الـ 26 الأخرى بالتعادل. كما لعب 139 مباراة وان داي إنترناشيونال، فاز في 77، وخسر 57، وانتهت مباراة بالتعادل.وفي ثاني مباراة للفريق تحت قيادته، قادهم خان إلى أول فوز له في مبارة تيست على أرض إنجليزية منذ 28 عاماً في ملعب لودز. كانت السنة الأولى لخان في قيادة الفريق هي قمة تراثه كلاعب بولينج سريع ومتعدد المهارات كذلك. فقد سجل أفضل مباراة بولينج تيست في مجاله عند أخذ 8 ويكيت لـ 85 رمية ضد سيريلانكا في مدينة لاهور عام 1981- 1982. كما تفوق في كل من البولينج والباتينج في المتوسطات ضد إنجلترا في ثلاث مباريات تيست متوالية عام 1982، حيث أصاب 21 ويكيت ومسجلا في المتوسط 56 بالمضرب. وفي وقت لاحق من العام نفسه سجل أداءً عالياً معترفا به في سلسلة المباريات المحلية ضد الفريق الهندي القوي، وذلك من خلال إصابة 40 ويكيت في ست مباريات تيست بمتوسط 13.95. وبنهاية تلك السلسلة في عام 1982- 83 كان خان قد أحرز 88 ويكيت في 13 مباراة تيست على مدار فترة عام واحد من توليه قيادة الفريق.ومع ذلك، فنفس تلك السلسلة من مباريات التيست ضد الهند أسفرت عن إصابة خان بكسر في قصبة ساقه نتيجة الإجهاد، ما أبعده عن الكريكيت لمدة زادت على العامين. وقد مولت الحكومة الباكستانية علاجا تجريبياً ساعده على التعافي بنهاية عام 1984، ومن ثم حقق عودة ناجحة إلى الكريكيت الدولي في الجزء الثاني من موسم عام 1984- 85.ففي عام 1987 قاد خان باكستان إلى سلسلتها الأولى من مباريات التيست الناجحة في الهند، والتي تلاها أول انتصار متتالي لباكستان في إنجلترا في العام نفسه. خلال عقد الثمانينات سجل فريقه أيضا ثلاثة انتصارات كبيرة ضد فريق كريكيت الهند الغربية، وفي عام 1987 استضافت الهند وباكستان بطولة كأس العالم، لكن أحداً منهما لم يتجاوز الدور قبل النهائي. وبنهاية كأس العالم اعتزل خان الكريكيت الدولي. وفي عام 1988 طلب منه الرئيس الباكستاني الجنرال ضياء الحق العودة لقيادة الفريق، وفي 18 يناير أعلن قراره بالانضمام إلى الفريق. وبعيد عودته إلى قيادة الفريق سرعان ما قاد الفريق إلى انتصارات أخرى في جزر الهند الغربية، ويعلق على ذلك قائلاً: "حقا لقد كانت آخر مرة ألعب بولينج بشكل جيد". وقد أعلن أنه رجل السلاسل (Man of the Series) ضد جزر الهند الغربية، وذلك في عام 1988، عندما أحرز 23 ويكيت في ثلاث مباريات تيست.ظهرت مهارات خان المهنية العالية كقائد ولاعب كريكيت عندما قاد باكستان إلى النصر في كأس العالم للكريكيت عام 1992. خان الذي كان يلعب مع فريق باتينج هش، رقى نفسه كضارب كرة (batsmen) وذلك ليلعب في ترتيب متقدم جنباً إلى جنب مع جاويد ميانداد، لكن مساهماته كلاعب بولينج كانت قليلة. سجل خان وهو في سن التاسعة والثلاثين أعلى رمية لضارب كرة باكستاني، وأخذ آخر ويكيت فائزة بنفسه. ومَثّل قبول خان لكأس العالم منفعة للفريق الباكستاني، ومع ذلك فقد تعرض للنقد. وقد قيل إن قرار خان ألا يذكر زملاءه ودولته في خطابه للقبول، وتسليطه الضوء على نفسه وزيارته المرتقبة لمستشفى السرطان بدلاً من ذلك أزعج وضايق الكثير من المواطنين. وقد أثار استخدام الضمائر: أنا وإياي وملكي مشاعر الجميع، اقرأ افتتاحية صحيفة دايلي ناشيونال، والتي علقت على الخطاب بـ "ملاحظة متضاربة" (jarring note).