Năm 2004, Morrison ngưng loạt truyện New X-Men, hãng Marvel bắt tay chuẩn bị cho "Giai đoạn chuyển tiếp Morrison". Marvel chấm dứt X-Treme X-Men và kéo Claremont quay lại với Uncanny X-Men. Nhóm mới, gồm có Storm, Wolverine, Bishop, Sage, Marvel Girl, Nightcrawler và Cannonball, hoạt động dưới quyền hạn của Liên hiệp quốc trong vai trò Đội Siêu Phản Ứng X.S.E (X-Treme Sanctions Executive). Họ có toàn quyền hành động và được các chính phủ công nhận địa vị ngang với nhóm Avengers trong vai trò giám sát hành vi của các dị nhân trên toàn thế giới. Còn loạt truyện New X-Men một lần nữa đổi thành X-Men, với các thành viên Havok, Polaris, Iceman, Rogue, Gambit, Juggernaut. Hãng Marvel còn phát hành Astonishing X-Men do Joss Whedon viết cốt truyện (tác giả loạt phim truyền hình Buffy the Vampire Slayer) cùng họa sĩ John Cassaday (họa sĩ của truyện Planetary). Các nhân vật trong Astonishing X-Men gồm Cyclops, Frost, Beast, Shadowcat, Wolverine. Để chuẩn bị cho ba nhóm mới, Cyclops đã bỏ các trang bị bằng da và quay lại kiểu trang phục cũ, thẳng thắn loại bỏ Archangel, Husk, Jubilee và Northstar khỏi vai trò thường trực.