Tham gia kháng chiến 
Năm 1946, Phạm Hồng Thám trở thành chỉ huy Vệ quốc đoàn tỉnh, phụ trách xây dựng các công binh xưởng và khu căn cứ trong rừng U Minh. Tháng 1 năm 1947, đơn vị của ông được Bộ Tư lệnh Khu 9 biên chế Đại đội độc lập 1088, tác chiến ở nhiều mặt trận Bạc Liêu, Sóc Trăng, Long Xuyên, Châu Đốc, Cần Thơ,...