Với tư cách là Thủ tướng, Lý là đại diện rõ ràng nhất của việc chính phủ Trung Quốc ủng hộ việc sử dụng vũ lực để dập tắt các cuộc biểu tình tại Quảng trường Thiên An Môn năm 1989. Trong sự kiện Thiên An Môn, Lý đã sử dụng quyền hạn của mình với tư cách là Thủ tướng để tuyên bố thiết quân luật, và theo sự điều phối của nhà lãnh đạo tối cao thực tế Chủ tịch Quân ủy Trung ương Đặng Tiểu Bình, ra lệnh quân đội đàn áp những sinh viên biểu tình ủng hộ dân chủ tại Quảng trường Thiên An Môn vào tháng 6 năm 1989, dẫn đến một vụ thảm sát gây rúng động dư luận thế giới. Lý ủng hộ một cách tiếp cận bảo thủ đối với Cải cách kinh tế Trung Quốc, điều này khiến ông mâu thuẫn với Tổng Bí thư Triệu Tử Dương, người không được ủng hộ vào năm 1989. Sau khi Triệu bị cách chức bởi Đặng Tiểu Bình và các nguyên lão, Lý đã thúc đẩy một chương trình nghị sự bảo thủ cho nền kinh tế xã hội chủ nghĩa, nhưng đã mất ảnh hưởng vào tay Phó Thủ tướng Chu Dung Cơ và không thể ngăn cản quá trình tự do hóa thị trường ngày càng tăng của nền kinh tế Trung Quốc. Trong thời gian tại vị, ông đã chỉ đạo xây dựng dự án Đập Tam Hiệp gây tranh cãi. Lý qua đời ở tuổi 90 tại Bắc Kinh.