Ngày 21 tháng 4 năm 2014, Harnik có hai pha lập công giúp Stuttgart trong hoàn cảnh có nguy cơ xuống hạng bất ngờ đánh bại đội đang đứng ở vị trí thứ ba tại Bundesliga là Schalke 04. Ngày 25 tháng 10 năm 2014, anh ghi hai bàn liên tiếp trong hai phút (34 và 36) trong chiến thắng 5-4 trước Eintracht Frankfurt. Trong trận đấu đầu tiên của tân huyến luyện viên Huub Stevens, anh lập một cú đúp giúp Stuttgart đánh bại Freiburg 4-1 vào ngày 28 tháng 11 năm 2014.