Năm 1998, Vương Ngọc Phát được phong quân hàm Thiếu tướng. Tháng 5 năm 1999, Vương Ngọc Phát được thăng chức Chính ủy Lực lượng quân đồn trú của Quân Giải phóng Nhân dân Trung Quốc (PLA) tại Hồng Kông. Năm 2003, Vương Ngọc Phát được bầu làm Đại biểu Nhân đại toàn quốc (Quốc hội Trung Quốc) khóa X, nhiệm kỳ 2003—2008.