Cuộc sống dưới thời Stefan Bathory 
Anna ủng hộ Báthory tiền bạc để sắm sửa nhiều loại vũ khí, nhưng từ chối kết hôn với per procura. Ngày 28 tháng 2 năm 1576, Anna vào Kraków làm Nữ hoàng chính thức; Báthory chính thức đồng cai trị với Anna vào ngày 23 tháng 4. Vào ngày 1 tháng 5, họ kết hôn và đăng quang tại Nhà thờ Wawel. Anna buộc phải từ bỏ quyền kế vị ngai vàng, đổi lại bà nhận được khối tài sản sử dụng suốt đời và một khoảng chu cấp hằng năm của chính quyền là 60.000 đồng vàng. Anna bắt đầu kinh doanh buôn bán từ mỏ muối Wieliczka và quan tâm đến khoản vay của mẹ mình cho Philip II của Tây Ban Nha (khoản vay chưa bao giờ được hoàn trả đầy đủ). Anna cũng chia sẻ mối quan tâm đó với em gái Catherine Jagiellon, nhưng dường như không mấy thân thiết.