Trong một trận đấu chuẩn bị cho EuroBasket 2003, Nowitzki bị chấn thương bàn chân sau một pha va chạm với cầu thủ Pháp Florent Piétrus; Do đó, Nowitzki thi đấu không ổn định và thường xuyên là nạn nhân của những pha phạm lỗi thô bạo. Trong trận đấu quyết định ở vòng hai với Ý (chỉ có đội thắng mới được vào chơi vòng tranh huy chương), Đức thua với tỷ số 86–84, xếp thứ chín và không đủ điều kiện tham dự Thế vận hội 2004. Nowitzki ghi được 22,5 điểm mỗi trận (thứ ba chung cuộc), nhưng nhìn chung dường như thiếu ổn định và ảnh hưởng do chấn thương.