Mặc dù chính thức kết hôn từ năm 1576, nhưng hai vợ chồng vua Ba Lan chưa có gần gũi với nhau vì nhà vua Stefan bận chiến dịch Livonia và tham dự cuộc họp của sejm ở Warsaw. Bà sống khép kín hơn trong ở Warsaw và Lâu đài Ujazdów, phải nghe những tin đồn về chồng có tình nhân mới - chồng có con ngoài giá thú. Những tin đồn trên làm Anna ngày càng xa lánh chồng mình, thậm chí còn tính gia nhập nhóm quý tộc chống chiến dịch Livonia của vua Stefan.