Để giúp việc cho mình, Thành Tổ thành lập Nội các, tập hợp các đại thần thân tín với người đứng đầu được gọi là Thủ phụ, giúp ông quản lý Lục bộ và các sự kiện quan trọng. Tuy nhiên, khi các hoàng đế đời sau sa vào hưởng lạc, không quan tâm triều chính, không còn khống chế được Nội các, thì người đứng đầu Nội các mới là người thực sự nắm quyền như Nghiêm Tung hay lấn át cả hoàng đế như Trương Cư Chính. Đây là một trong những điều dẫn đến sự suy vong của nhà Minh.