Trong khi đó tình hình tại Việt Nam giữa hai miền Nam Bắc từ năm 1960 trở đi đã khiến Hiệp định Genève coi như không thể thi hành được nữa. Hội nghị Trung ương lần thứ 9 tháng 12 năm 1963 cuối cùng chính thức thừa nhận đấu tranh vũ trang là hình thức đấu tranh chủ yếu, kêu gọi các lực lượng cách mạng miền Nam tìm cách giành thắng lợi trong thời gian ngắn nhất, nhưng không đưa quân chủ lực từ miền Bắc vào chi viện để không tạo cớ cho Mỹ nhảy vào. Nghị quyết này cũng đòi hỏi Đảng dẹp mọi hành động chống đối bằng cách loại bỏ những thành phần không tuân phục.