Phạm Xuân Nguyên ủng hộ quan điểm đa nguyên, ủng hộ Phong Lê và Nguyễn Huệ Chi, đòi tự do trong sáng tác văn học. Ông thường xuyên ký tên trong các văn bản như Phản đối Dự án Bauxite Tây Nguyên, Vận động thành lập Diễn đàn Xã hội Dân sự, Vận động thành lập Văn đoàn độc lập. Phạm Xuân Nguyên còn tham gia các hoạt động biểu tình trên đường phố với danh nghĩa chống Trung Quốc.