Giáo đường Do Thái Regensburg đã bị phá hủy vào ngày 09 tháng 11 năm 1938 sau Kristallnacht (Đêm thủy tinh).Regensburg là nơi đặt nhà máy chế tạo máy bay Messerschmitt Bf 109 và một nhà máy lọc dầu đã bị quân Đồng Minh ném bom vào ngày 17 tháng 8 năm 1943 trong nhiệm vụ Schweinfurt–Regensburg và vào ngày 5 tháng 2 năm 1945 trong Chiến dịch Dầu mỏ. Mặc dù cả hai mục tiêu đều bị hư hại nặng, bản thân Regensburg chịu ít thiệt hại từ chiến lược ném bom của quân Đồng Minh và trung tâm thành phố thời Trung Cổ gần như còn nguyên vẹn, đã được UNESCO công nhận là Di sản thế giới. Mất mát văn hóa quan trọng nhất của thành phố là tu viện Obermünster của La Mã đã bị phá hủy trong một cuộc không kích diễn ra vào tháng 3 năm 1945 và không được xây dựng lại (chỉ còn lại một tháp chuông). Ngoài ra, sự phục hồi kinh tế chậm chạp của Regensburg sau chiến tranh đảm bảo rằng các tòa nhà lịch sử không bị phá hủy và thay thế bằng những công trình mới. Khi quá trình phục hồi có sự tăng vọt vào cuối những năm 1960, tư duy đã chuyển sang ủng hộ việc bảo tồn di sản của thành phố.