Sông Vạc là một trong bốn con sông thuộc tỉnh Ninh Bình là tuyến đường thủy quốc gia do trung ương quản lý. Theo phân loại của Ban Quản lý Quy hoạch lưu vực sông Hồng-Thái Bình thì sông Vạc là một phụ lưu của sông Đáy. Theo quyết định số 970/QĐ-BGTVT ngày 15/4/2009 về việc công bố tuyến đường thủy nội địa quốc gia thì sông Vạc tính từ ngã ba sông Vân (gần cầu Yên) đến ngã ba Kim Đài dài 28.5 km.