Trong khi chiếm đóng Nam Kinh, quân đội Nhật Bản đã thực hiện nhiều hành động tàn ác như hãm hiếp, cướp bóc, đốt phá và hành quyết tù binh chiến tranh cũng như thường dân. Tuy những vụ hành quyết diễn ra trong bối cảnh nhiều binh lính Trung Quốc giả dạng làm thường dân, một số lớn dân thường vô tội đã bị quy là các chiến binh địch và bị giết hại, hay đơn giản bị giết ở bất kỳ hoàn cảnh nào có thể. Một số lớn phụ nữ và trẻ em cũng bị giết hại, khi những vụ hãm hiếp và giết người ngày càng lan rộng ở cả những vùng ngoại ô Nam Kinh.