Năm 2003, Bryant bị một nhân viên khách sạn 19 tuổi buộc tội tấn công tình dục. Các cáo buộc đã được rút lại sau khi nguyên đơn từ chối làm chứng trước tòa và một vụ kiện dân sự đã được giải quyết ngoài tòa án. Bryant đã đưa ra một lời xin lỗi công khai, và các cáo buộc được coi là đã làm tổn hại đến hình ảnh của anh trước công chúng. Sau khi Lakers thua trong trận chung kết NBA 2004, O'Neal được trao đổi qua Miami Heat và Bryant trở thành hòn đá tảng trong đội hình của Lakers. Anh dẫn đầu danh sách cầu thủ ghi nhiều điểm nhất NBA trong mùa giải 2005 –2006 và 2006 – 2007. Năm 2006, anh đã ghi được 81 điểm – số điểm cao nhất trong sự nghiệp - trước Toronto Raptors, số điểm cao thứ hai ghi được trong một trận đấu trong lịch sử giải đầu, xếp sau trận đấu 100 điểm của Wilt Chamberlain vào năm 1962. Bryant được mệnh danh là MVP mùa giải thường vào năm 2008. Sau khi Lakers thua trong trận chung kết NBA 2008, Bryant đã dẫn dắt đội đến hai chức vô địch liên tiếp vào năm 2009 và 2010, cũng như giành được Giải thưởng MVP Chung kết NBA trong cả hai trận đấu. Anh tiếp tục là một trong những cầu thủ hàng đầu của giải đấu cho đến năm 2013, khi anh bị đứt gân Achilles ở tuổi 34. Anh đã hồi phục, nhưng bị chấn thương cuối mùa ở đầu gối và vai trong hai mùa tiếp theo. Ảnh hưởng bởi sự suy giảm thể lực của mình, Bryant quyết định nghỉ hưu sau mùa giải 2015 –2016.