Johor Bahru là thủ đô của Vương quốc Johor từ năm 1899, khi trung tâm hành chính của Quân chủ được dời đến đây từ Telok Blangah thuộc Singapore. Thành phố phát triển và hiện đại hóa trong thời gian trị vì của Quốc vương Abu Bakar bằng việc xây dựng các tòa nhà, trường học, và công trình tôn giáo. Trong Chiến tranh thế giới thứ hai, Johor Bahru bị quân Nhật chiếm đóng từ năm 1942 đến năm 1945. Người Nhật sử dụng cung Istana Bukit Serene làm căn cứ chính để tiến hành cuộc tấn công quyết định vào Singapore. Sau chiến tranh, Johor là bộ phận của Liên bang Malaya và Johor Bahru duy trì là thủ phủ. Sau khi hình thành Malaysia vào năm 1963, Johor Bahru duy trì vị thế là thủ phủ cấp bang và được cấp vị thế thành phố vào năm 1994.