Thanh trừng 
Sau khi lên ngôi, Chu Đệ tiến hành hợp pháp hóa việc lên ngôi bằng việc sửa lại toàn bộ ghi chép lịch sử, xóa bỏ thời gian trị vì của Huệ Đế, chứng minh bản thân là con đẻ của Mã Hoàng hậu. được Thái Tổ có ý truyền ngôi nhưng bị các quan lại thân tín của Chu Tiêu cản trở. Toàn bộ quan viên trung thành với Huệ Đế, người tự sát, người bị tru di, người bị lưu đày. Tổng cộng gần 2 vạn người phải bỏ mạng. Người anh cả đã mất của Chu Đệ là Chu Tiêu, vốn được Huệ Đế truy tôn làm hoàng đế cũng bị giáng xuống làm Ý Văn Thái tử.