X-Men tập 1 cũng giới thiệu đại kình địch của nhóm là Magneto, người có thể điều khiển kim loại và luôn cho rằng phải cai trị hoặc tiêu diệt tất cả người thường. Nhân vật Magneto về sau càng được tô đậm thêm khi việc ông ta từng có quan hệ bạn bè với Professor X được tiết lộ, và tôn chỉ "dị nhân phải khuất phục hoặc bị khuất phục" bắt nguồn từ việc ông ta là người sống sót trong cuộc thảm sát người Do Thái của Đức quốc xã. X-Men tập 4 là sự ra mắt hội Brotherhood of Evil Mutants của Magneto, với các thành viên như Mastermind, Toad, Quicksilver và Scarlet Witch. Còn có một số nhân vật phản diện khác có quan hệ với Brotherhood trong thời kỳ này như Unus the Untouchable, Vanisher và Blob, riêng Blob là kẻ có quan hệ lâu dài nhất, luôn tham gia và trợ giúp hội mỗi lần xuất hiện.