Lazarus trở về Thành phố New York và bị ốm nặng sau khi hoàn thành chuyến đi thứ hai tới Châu Âu, bà qua đời hai tháng sau đó vào ngày 19 tháng 11 năm 1887, nguyên nhân đến từ bệnh ung thư hạch Hodgkin. Bà chưa bao giờ kết hôn. Lazarus được chôn cất tại Nghĩa trang Beth Olam ở Cypress Hills, Brooklyn. Những bài thơ của Emma Lazarus (2 tập, Boston và New York, 1889) được xuất bản sau khi bà qua đời, bao gồm hầu hết các tác phẩm thơ của bà từ các tuyển tập trước đó, các ấn phẩm định kỳ và một số di sản văn học mà những người thân thuộc của bà cho là phù hợp để bảo tồn. Các bài báo của bà được lưu giữ bởi Hiệp hội Lịch sử Do Thái Hoa Kỳ, Trung tâm Lịch sử Do Thái, và các bức thư của bà được thu thập tại Đại học Columbia.