Năm 1703 ông tiếp tục chuyến vòng quanh Thế giới lần thứ II. Chiến thuyền Anh của ông bị thuyền Tây Ban Nha đánh chìm, một số thủy thủ bị bắt nhưng Dampier đã nhanh chân chạy thoát cùng khoảng ba chục người khác lên 1 hòn đảo. Tại đây họ hạ được 1 thị trấn là Puna, cướp thêm 1 tàu Tây Ban Nha rồi vượt Thái Bình Dương sang miền Đông Ấn để rồi bị người Hà Lan tóm cổ và cầm tù. Sau khi trở về nước, ông không còn một chút tài sản nào.