Đại đa số các trường hợp do vi khuẩn "Escherichia coli" gây ra (Có khoảng 90% trường hợp là do vi khuẩn E.coli gây ra) bởi vi khuẩn này có khả năng thâm nhập trực tiếp vào đường tiết niệu, hoặc qua sinh hoạt tình dục, qua các dụng cụ đặt xông dẫn lưu, phẫu thuật nội soi..., ngoài E.Coli còn có các loại vi khuẩn như Klebsiella, Proteus, Staphylococcus Saprophyticus. Không phải tất cả, nhưng đa phần những vi khuẩn này là vi khuẩn đường ruột, ký sinh trong ruột già ở trẻ, chỉ một tỷ lệ rất nhỏ là do vi rút hoặc do nấm gây ra. Ngoài ra, viêm đường tiết niệu còn có thể do thấp nhiệt (nóng trong) gây nóng, rát, buốt khi đi tiểu, các đối tượng này thường hay bị tái phát vào mùa hè.