Thổ Khối cũng có một vị trí quan trọng về quân sự. Cũng theo Khâm định Việt sử thông giám cương mục ghi lại: Tháng Giêng năm 1592. Trịnh Tùng tấn công thành Thăng Long... Khi đại quân kéo đến bờ phía Tây Ninh Giang, Tùng ra ba điều buộc quân lính phải tuân giữ: không được tự tiện vào nhà nhân dân mà hái rau, kiếm củi; không được cướp của cải, đồ đạc và đẵn cây cối; không được hiếp phụ nữ và giết người vì thù riêng. Kẻ nào vi phạm những điều cấm trên đây sẽ trị theo quân luật. Ba quân nghe theo lệnh, nghiêm chỉnh đội ngũ trẩy đi. Quân trẩy đến đâu, nhân dân vẫn an cư ở đó. Họ tranh nhau đem rượu và trâu bò đến đón quan quân. Tùng đốc suất quân lính sang sông. Khi Tùng trẩy đến chùa Thiên Xuân, chúa Mạc là Mậu Hợp cả sợ, bỏ thành Thăng Long, qua sông Nhị, đóng ở xã Thổ Khối, để các đại tướng ở lại chia nhau đóng giữ các cửa thành Thăng Long.