Tại cảng Rabaul, trong một cuộc không kích khác, một ngư lôi Mark 13 phóng từ một máy bay ném bom-ngư lôi Grumman TBF Avenger đã đánh trúng Agano về phía đuôi, gây hư hại đáng kể và làm bị thương Chuẩn Đô đốc Morikazu Osugi. Ngày hôm sau, 12 tháng 11 năm 1943, Agano rời Truk cùng ba tàu chiến khác, nhưng trên đường đi nó trúng phải ngư lôi phóng từ tàu ngầm Mỹ Scamp. Tàu ngầm Albacore cũng tìm cách tấn công nhưng bị ngăn chặn bởi hàng rào hỏa lực mìn sâu của Nhật. Agano được tàu chị em Noshiro kéo trở về Truk vào ngày 16 tháng 11 năm 1943.