Ngày 14 tháng 2 năm 2009, anh ghi bàn thứ 99 và 100 tại La Liga cho Barcelona trong trận hòa 2–2 với Real Betis. Eto'o ghi bàn thứ 30 trong mùa giải 2008–09 trong trận đấu với Real Valladolid. Trận đấu kết thúc với tỉ số 1–0 và Barcelona dẫn trước Real Madrid 6 điểm. Anh cũng ghi bàn trong trận đấu với Villarreal CF qua đó giúp Barcelona vô địch La Liga sớm. Eto'o đã toả sáng trong trận chung kết UEFA Champions League 2009 với Manchester United khi ghi bàn mở tỷ số ở phút thứ 10 qua đó giúp đội bóng của anh giành chiến thắng chung cuộc 2-0.