Những bất đồng của hai nhóm trong nội bộ đảng không dừng lại ở năm 1963-1964 mà kết thúc bằng đợt bắt giữ những người ủng hộ quan điểm của Khrushchyov vào năm 1967, theo tường thuật của Trần Đĩnh, người tự nhận là đã viết tiểu sử chính thức cho Hồ Chí Minh. Lê Duẩn đã lợi dụng cơ hội này để vô hiệu hóa đối thủ trong nước và thiết lập hệ thống công an chặt chẽ ở miền Bắc. Việc thanh lọc để bắt những nhân vật trong vụ án được diễn ra vào năm 1967, vào thời điểm xây dựng bản Nghị quyết 14 ban hành vào đầu năm 1968, đúc kết và định hướng cho cuộc Tổng công kích Tết Mậu Thân năm 1968. Ông Vũ Thư Hiên cho rằng "Trong vụ án này, đối tượng của họ chưa biết là xét lại hay là không, nhưng đều không đồng tình với quan điểm dùng bạo lực cách mạng để giải phóng miền Nam Việt Nam".