Ngoài vấn đề tôn giáo, Minh Thành Tổ còn muốn thành lập một liên minh với Tây Tạng, thậm chí còn muốn gửi quân đến giúp thống nhất Tây Tạng dưới trướng của phái Kagyu nhưng Deshin Shekpa từ chối vì lúc này một phần Tây Tạng vẫn còn nằm dưới quyền những người ủng hộ Nhà Nguyên. Năm 1408, Deshin Shekpa rời khỏi Nam Kinh về Tây Tạng.