Ngày 23 tháng 6 năm 2006, Chính phủ ban hành Nghị định 64/2006/NĐ-CP về việc:
Điều chỉnh 3 xã: Kim Linh, Kim Thạch, Phú Linh thuộc thị xã Hà Giang về huyện Vị Xuyên quản lý
Điều chỉnh một phần phường Quang Trung thuộc thị xã Hà Giang về xã Phong Quang thuộc huyện Vị Xuyên quản lý
Đồng thời tiếp nhận 2 xã Phương Độ và Phương Thiện chuyển từ huyện Vị Xuyên về thị xã Hà Giang quản lý.