Mùa giải 2003–04 
Sau khi Dallas đổi trung phong Raef LaFrentz sang Boston để lấy về tiền phong Antoine Walker, Nelson quyết định sử dụng Nowitzki ở vị trí trung phong. Để chuẩn bị chơi ở vị trí cần nhiều thể chất hơn hiện tại, Nowitzki đã tăng khối lượng cơ bắp lên 20 lb (9,1 kg) trong mùa hè, chấp nhận bớt nhanh nhẹn và chú trọng nhiều hơn vào phòng ngự hơn là ghi điểm. Lần đầu tiên trong sự nghiệp, điểm trung bình của Nowitzki giảm xuống 21,8 điểm, 8,7 rebounds và 2,7 kiến tạo mỗi trận, nhưng anh vẫn dẫn đầu Mavericks về ghi điểm, rebound, steals (1,2 spg) và block (1,35 bpg). Những con số này đã giúp anh ấy được đề cử trong đội hình All-star và Đội hình ba toàn NBA. Lập kỷ lục 52–30, Mavericks gặp lại đối thủ quen thuộc là Sacramento Kings ở vòng loại trực tiếp một lần nữa, nhưng bị loại sau năm trận.