Năm 2001 Viktoria Žižkov giành chức vô địch thứ 9 trong lịch sử sau khi loại đội bóng Rangers của Scotland khỏi Cúp UEFA vào năm 2002, họ đi tiếp nhờ luật bàn thắng trên sân khách ghi sau hiệp phụ tại Ibrox. Đội bóng kết thúc ở vị trí thứ 3 ở giải vô địch quốc trong hai mùa bóng 2002 và 2003.