Trong Chiến tranh Thế giới thứ hai, Labuan bị Nhật Bản chiếm đóng từ tháng 12 năm 1941 đến tháng 6 năm 1945 và người Nhật đã đổi tên nơi này thành Đảo Maida (前田島 [Maeda-shima]). Tháng 6 năm 1945, Labuan lấy lại tên cũ và nằm dưới quyền quản lý của quân đội Anh, sau đó Labuan gia nhập Bắc Borneo thuộc Anh vào ngày 15/7/1946 và trở thành một phần của bang Sabah năm 1963.