Khoác áo ĐTQG Cameroon khi mới 16 tuổi, được xem là tài năng trẻ triển vọng nhất Thế giới lúc bấy giờ, không quá khó hiểu khi Real Madrid muốn chiêu mộ bằng được Eto'o thời điểm ấy. Ở tuổi 19, Eto'o là ​​trụ cột giúp U23 Cameroon giành HCV bóng đá nam Olympic năm 2000. Anh cũng đã tham dự 4 kỳ World Cup và 6 lần tham dự Cúp bóng đá châu Phi (là nhà vô địch hai lần) và là cầu thủ ghi nhiều bàn thắng nhất trong lịch sử của Cúp bóng đá châu Phi, với 18 bàn thắng. Anh cũng là cầu thủ ghi nhiều bàn thắng nhất mọi thời đại của Cameroon với 58 bàn thắng. Anh tuyên bố giã từ ĐTQG vào ngày 27/8/2014. Năm 2015, Eto'o nhận được giải thưởng Golden Foot.