Dù san hô đen không xuất hiện trong Sách đỏ của IUCN, nhưng ngày nay vẫn có một số yếu tố đe dọa chúng. Mối đe dọa đơn lẻ lớn nhất là săn trộm - phần lớn hoạt động đánh bắt san hô đen được quản lý chặt chẽ, song vẫn có thị trường chợ đen cho san hô. Đặc biệt trên đảo nhiệt đới và Madagascar, thị trường san hô đen bị khai thác trái phép rất lớn. Do đánh bắt quá mức san hô trưởng thành, ở một số khu vực, gần 90% lượng san hô vẫn còn non (cao dưới 50 cm (19,7 in)).