Từ năm 2004, Trường được sáp nhập thành đại học quốc gia theo luật mới áp dụng cho tất cả các trường đại học quốc gia. Mặc dù sáp nhập để tăng tính độc lập và tự chủ về tài chính nhưng Đại học Hokkaido vẫn chịu sự quản lý của Bộ Giáo dục Nhật Bản.