Các sàn chứa máy bay trên và dưới của lớp Graf Zeppelin dài và hẹp, bên hông và hai đầu không được bọc giáp. Các xưởng cơ khí, kho dự trữ và chỗ nghỉ của thủy thủ được bố trí phía ngoài các sàn chứa, một đặc tính thiết kế tương tự như các tàu sân bay Anh. Sàn chứa phía trên có kích thước × và có khoảng sáng trần là ; trong khi sàn chứa dưới có kích thước × và khoảng sáng thấp hơn do các thanh chống trần. Tổng cộng diện tích sàn chứa máy bay được sử dụng là đủ để chứa 41 máy bay: 18 chiếc máy bay ném bom-ngư lôi Fieseler Fi 167 trong sàn chứa bên dưới; 13 máy bay ném bom bổ nhào Junkers Ju 87C và 10 máy bay tiêm kích Messerschmitt Bf 109T trong sàn chứa bên trên.