Những thay đổi trong bản thảo của Sử ký trong thời gian gián đoạn này đã luôn luôn gây ra tranh cãi giữa các học giả. Đó là việc văn bản ít nhiều gì được hoàn toàn vào khoảng năm 91 TCN trong thư gửi Nhâm An, và Tư Mã Thiên đã nêu rõ con số chính xác của các quyển cho từng thiên của Sử ký . Sau khi ông qua đời (có lẽ chỉ một vài năm sau đó), vài người đã có cơ hội để xem toàn bộ công trình. Tuy nhiên, nhiều bổ sung khác nhau cho Sử ký vẫn được làm. Nhà sử học Lưu Tri Kỷ (劉知幾, 661-721) nêu lên tên của tổng cộng mười lăm học giả được cho là đã bổ sung cho Sử ký trong thời kỳ sau cái chết của Tư Mã Thiên. Chỉ có những bổ sung bởi Trử Thiểu Tôn (褚少孫, khoảng năm 105 TCN - khoảng năm 30 TCN) được chỉ rõ bằng cách thêm câu "Ông Trử nói" (Chu xiansheng yue, 褚先生曰).