Inter Milan 
Chuyển sang Inter Milan vào tháng 7 năm 2009 với thỏa thuận Ibrahimovic chuyển sang Barcelona thi đấu,
cũng tại Inter Milan, anh vẫn chứng tỏ được khả năng của mình và là một trụ cột không thể thiếu được trong sơ đồ chiến thuật của huấn luyện viên Jose Mourinho. Tuy nhiên anh đã bị xếp đá thấp hơn so với Diego Milito, Là linh hồn trong mọi đợt phản - tấn công, anh thường xuyên được bầu chọn là cầu thủ xuất sắc nhất trận đấu tại Serie A, cũng như tại UEFA Champions League, đặc biệt Samuel Eto'o chính là nhân tố giúp Inter đánh bại đội bóng cũ Barcelona của mình tại đấu trường này - đội bóng mùa trước từng cùng anh giành cú ăn 6 lịch sử. Cũng trong thời gian ở Inter anh đã đi vào lịch sử khi là người tham gia đầy đủ ở 3 trân chung kết champions league đầu tiên và đều đi đến thắng lợi sau cùng, anh cũng là người góp công lới vào cú ăn ba thần thánh của Inter mùa giải 2009/2010 khi vô địch trên cả ba mặt trận là Copa Italy, Serie A, Champions league.