Pokémon HeartGold và SoulSilver là trò chơi điện tử nhập vai có các yếu tố của trò chơi phiêu lưu. Cơ chế cơ bản của trò chơi phần lớn không khác gì những trò chơi trước đó. Cũng như tất cả các trò chơi Pokémon dành cho máy chơi game cầm tay, trò chơi được nhìn từ góc nhìn thứ ba từ trên cao và bao gồm ba chế độ màn hình cơ bản: bản đồ thực địa, nơi người chơi điều khiển nhân vật chính; một màn hình chiến đấu; và menu, nơi người chơi điều chỉnh đội hình nhóm, sử dụng vật phẩm hoặc cài đặt trò chơi. Người chơi bắt đầu trò chơi bằng một con Pokémon và có thể bắt được nhiều con hơn bằng các quả cầu thu phục Poké Ball.