Theo phân tích phân tử
Các nghiên cứu phát sinh chủng loài phân tử gần đây không công nhận bộ này mà gộp nó trong bộ Perciformes nghĩa mới. Các họ của Scorpaeniformes đề cập trên đây được chia tách trong các phân bộ của Perciformes nghĩa mới như sau:
 Phân bộ Normanichthyoidei
 Normanichthyidae
 Phân bộ Platycephaloidei
 Bembridae
 Hoplichthyidae
 Parabembridae
 Platycephalidae
 Plectrogenidae
 Phân bộ Triglioidei
 Triglidae (nguyên xếp trong Scorpaenoidei)
 Peristediidae (nguyên xếp trong Platycephaloidei)
 Phân bộ Scorpaenoidei
 Apistidae
 Aploactinidae
 Congiopodidae
 Eschmeyeridae
 Gnathanacanthidae
 Neosebastidae
 Pataecidae
 Perryenidae
 Scorpaenidae (gộp cả Caracanthidae)
 Sebastidae
 Setarchidae
 Synanceiidae
 Tetraogidae
 Zanclorhynchidae (tách từ Congiopodidae) 
 Phân bộ Cottoidei
 Phân thứ bộ Anoplopomatales: Nguyên là phân bộ Anoplopomatoidei.
 Anoplopomatidae
 Phân thứ bộ Cottales: Nguyên là hai liên họ Cottoidea và Cyclopteroidea.
 Agonidae (gộp cả Hemitripteridae)
 Cottidae (gộp cả Abyssocottidae, Comephoridae, Cottocomephoridae, Icelidae) 
 Psychrolutidae (gộp cả Bathylutichthyidae)
 Rhamphocottidae (gộp cả Ereuniidae)
 Scorpaenichthyidae (tách ra từ Cottidae, gồm Scorpaenichthys)
 Trichodontidae (nguyên thuộc phân bộ Trachinoidei trong Perciformes nghĩa cũ)
 Jordaniidae (tách từ Cottidae, gồm Jordania và Paricelinus)
 Cyclopteridae
 Liparidae
 Phân thứ bộ Hexagrammales: Nguyên là phân bộ Hexagrammoidei.
 Hexagrammidae nghĩa hẹp.
 Phân thứ bộ Zaniolepidoales
 Zaniolepididae (phục hồi và tách ra từ Hexagrammidae, gồm Oxylebius và Zaniolepis)
 Phân thứ bộ Zoarcales: Nguyên là phân bộ Zoarcoidei trong Perciformes nghĩa cũ. 
 Phân thứ bộ Gasterosteales: Nguyên là một phần bộ Gasterosteiformes (trừ hai họ Indostomidae và Pegasidae).