Dưới thời Reigen trị vì, Nhật Bản gánh chịu nhiều tai ương: thành thị Edo và Kyoto bị đốt cháy 2 lần (1668, 1673 và 1682), đói lớn và lũ lụt làm nhiều người dân chết. Cá biệt năm 1681, đói lớn ở Kyoto lan ra nhiều vùng xung quanh làm nhiều người chết. Bên cạnh đó, chính quyền cho lập các tòa án thẩm tra ở các làng để lùng bắt và trục xuất các tín đồ Thiên Chúa giáo ra khỏi Nhật Bản. Hậu quả của những tai ương đó là hàng chục cuộc nổi dậy của nhân dân chống chính quyền, lớn nhất của cuộc nổi dậy của người Ainu do Shakushain lãnh đạo (1669 - 1672).