Vào tháng 4 năm 1943, Graf Zeppelin được cho kéo về phía Đông, trước tiên là đến Gotenhafen, rồi đến một vũng tàu tại Swinemünde, và cuối cùng được cho neo đậu tại một bến tàu trên sông Parnitz, cách Stettin hai dặm. Tại đây, nó mòn mỏi chờ đợi trong hai năm tiếp theo với một thủy thủ đoàn bảo trì và canh giữ chỉ có 40 người. Khi các lực lượng của Hồng quân tiến đến gần thành phố vào tháng 4 năm 1945, các van Kingston của con tàu được mở ra để làm ngập nước các khoang bên dưới, và nó mắc cạn xuống đáy bùn nông. Một đội công binh bao gồm mười người đã cài chất nổ bên trong con tàu nhằm tạo lỗ thủng và phá hủy các phần động cơ trọng yếu. Vào 18 giờ 00 ngày 25 tháng 4 năm 1945, khi quân Nga tiến vào Stettin, Trung tá Hải quân Wolfgang Kähler ra lệnh bằng vô tuyến cho đội công binh điểm hỏa các khối thuốc nổ. Khói bốc lên từ ống khói của con tàu xác nhận các khối thuốc nổ đã được kích nổ, khiến con tàu trở nên vô dụng đối với những chủ nhân mới của nó trong nhiều tháng tiếp theo sau.