Trong 45 năm hoạt động (1975 - 2020), Bảo tàng Chứng tích Chiến tranh đã được Nhà nước trao tặng Huân chương lao động hạng Ba (1996), Huân chương lao động hạng Hai (2001) và Cờ thi đua xuất sắc của Bộ Văn hóa Thông tin (2004).