Tháng 2 năm 1999, ông được bổ nhiệm làm Phó Cục trưởng Cục Lâm nghiệp Quốc gia. Tháng 11 năm 2000, ông được bổ nhiệm giữ chức Cục trưởng Cục Lâm nghiệp Quốc gia. Tháng 12 năm 2005, Chu Sinh Hiền được bổ nhiệm làm Tổng cục trưởng Tổng cục Bảo vệ Môi trường Quốc gia.