Do gãy xương bàn chân, Harnik nghỉ thi đấu phần lớn giai đoạn đầu nửa năm 2007. Đến mùa giải 2007-08, anh được đôn lên đội hình chính của Werder Bremen thi đấu tại Bundesliga và ký hợp đồng đến năm 2010.