Nubian đã hoạt động tích cực tại khu vực Địa Trung Hải, tham gia trận Calabria vào tháng 7 năm 1940, Trận chiến mũi Matapan vào tháng 3 năm 1941, trận chiến vận tải Tarigo vào tháng 4, và cuối cùng là trận Crete vào tháng 5. Trong Trận chiến mũi Matapan, nó đã bắn phát ân huệ vào chiếc tàu tuần dương Ý Pola vốn bị hư hại nặng do trúng ngư lôi phóng từ máy bay. Trong trận Crete vào ngày 26 tháng 5, nó bị trúng bom làm thổi tung phần đuôi tàu, khiến 7 thành viên thủy thủ đoàn thiệt mạng và 12 người khác bị thương. Cho dù phải chịu đựng thêm các cuộc tấn công khác, nó vẫn có khả năng quay trở về Alexandria dưới sự hộ tống của các đồng đội. Tuy nhiên, nó phải được kéo đi vào ngày 12 tháng 6 để được sửa chữa triệt để tại Bombay, Ấn Độ. Việc sửa chữa các hư hại mất đến 18 tháng.