Mùa giải 2006–07: NBA MVP 
Trong mùa giải 2006–07, Nowitzki đạt tỉ lệ ném 50,2% thành tích tốt nhất sự nghiệp, ghi trung bình 24,6 điểm, 8,9 rebounds và 3,4 kiến ​​tạo, đồng thời dẫn dắt Mavericks tới 67 trận thắng và là hạt giống số 1 miền Tây trong NBA Playoffs 2007. Anh ấy đạt tỉ lệ 50% ghi điểm, 40% cho ném 3 và 90% ném phạt thành công, trở thành cầu thủ thứ năm trong lịch sử NBA gia nhập câu lạc bộ 50–40–90. Nowitzki được nhận định là ứng cử viên sáng giá cho giải thưởng Cầu thủ xuất sắc nhất và được kỳ vọng sẽ dẫn dắt Mavericks giành chiến thắng dễ dàng trước hạt giống số tám Golden State Warriors, mặc dù Warriors đã thắng trong cả ba lần gặp nhau trong mùa giải trước Dallas. Tuy nhiên, Mavericks cuối cùng lại để thua Warriors trong sáu trận, đánh dấu lần đầu tiên một hạt giống số 8 đánh bại hạt giống số 1 trong một loạt bảy trận hay nhất trong lịch sử NBA. Trong ván đấu thứ 6, Nowitzki chỉ đạt tỉ lệ ném 2–13 với vỏn vẹn 8 điểm. Bị kèm chặt bởi Stephen Jackson, Nowitzki có trung bình ít hơn gần 5 điểm so với trung bình mùa giải của anh ấy trong chuỗi trận đó và 38,3% tỉ lệ ném là 50,2% trong mùa giải thường xuyên. Anh ấy mô tả trận thua là một bước lùi trong sự nghiệp của mình: "Series này, tôi không thể tạo ảnh hưởng của mình theo cách tôi muốn. Đó là lý do tại sao tôi rất thất vọng." Bất chấp trận thua lịch sử này, Nowitzki đã được vinh danh là Cầu thủ xuất sắc nhất mùa giải thường niên của NBA, đánh bại người bạn thân của mình, người đã đạt NBA MVP 2 năm liên tiếp Steve Nash với hơn 100 phiếu bầu. Anh cũng trở thành cầu thủ châu Âu đầu tiên trong lịch sử NBA nhận được vinh dự này.