Khởi nghiệp 
Sau khi có mùa giải thất vọng ở CLB Rennes (Pháp), anh đã thành danh dưới màu áo CLB São Paulo (Brazil) với màn trình diễn ấn tượng. Khả năng xử lý nhanh, hiệu quả và dứt điểm lạnh lùng của anh đã giúp São Paulo vào đến Bán Kết Copa Libertadores 2004. Tuy vậy, Fabiano cũng nổi tiếng "lắm tài nhiều tật" khi được gắn biệt danh Bad Boy. Trong trận đấu ở Copa Sudamericana 2003 giữa São Paulo và River Plate F.C., đã có va chạm xảy ra trên sân. Nhân lúc đó, Fabiano đã vòng ra sau lưng một cầu thủ đối phương đá vào "chỗ hiểm" anh ta. Khi được "hộ tống" ra khỏi sân, Fabiano đã nói: Hắn ta nên chiến đấu như đàn ông hơn là kiếm quả penalty