Tháng 12 năm 2003, Vương Ngọc Phát được điều động giữ chức Chính ủy Không quân trực thuộc Quân khu Thành Đô. Tháng 7 năm 2005, ông được thăng quân hàm Trung tướng. Tháng 8 năm 2006, ông được luân chuyển làm Phó Chính ủy Quân khu Quảng Châu kiêm Chính ủy Không quân trực thuộc Quân khu Quảng Châu, kế nhiệm Chu Vĩnh Thanh. Tháng 12 năm 2012, Vương Ngọc Phát được miễn nhiệm chức vụ Chính ủy Không quân Quân khu Quảng Châu, nghỉ công tác trong quân đội. Năm 2013, Vương Ngọc Phát được bầu làm Ủy viên Ủy ban Toàn quốc Hội nghị Hiệp thương Chính trị Nhân dân Trung Quốc lần thứ 12.