Nguồn gốc của món chè này chưa rõ ràng, chỉ là những lời tương truyền: Chè bà ba là món chè được chế biến lại từ chè bột khoai đường cát của bà Ba bán chè nổi tiếng ở chợ Bình Tây (thuộc quận 6, Thành phố Hồ Chí Minh) cách đây khoảng nửa thế kỉ. Từ món chè bột khoai công thức chỉ gồm có nước cốt dừa, đậu xanh cà, bột khoai, khoai lang... bà đã thêm vào đó phổ tai, táo tàu, hạt sen, mộc nhĩ… tổng cộng tất cả từ 9, 10 thứ nguyên liệu mới trong một chén chè tạo nên món chè bà ba.