Ngày 24 tháng 8 năm 2009, Harnik được thông báo là có thể rời Werder Bremen sau khi hết hợp đồng và sáu ngày sau anh đã được đem cho Fortuna Düsseldorf mượn. Sau một mùa giải thi đấu ở giải hạng dưới 2. Bundesliga và ghi được 12 bàn thắng, suýt nữa đã giúp Fortuna thăng hạng Bundesliga.