Sau khi cuộc chiến tranh Đông Dương kết thúc, Georges Boudarel nhờ sự can thiệp của Đảng Cộng sản Pháp để rời Việt Nam sang Praha vào năm 1964. Ông được Đảng Cộng sản Tiệp Khắc sắp xếp một công việc tại Tổng Công Đoàn thế giới (World Federation of Trade Unions). Năm 1967, sau khi chính phủ Pháp thông qua đạo luật ân xá cho những người phạm tội trong các cuộc chiến tại Đông Dương và Algérie, Georges Boudarel trở về Pháp và tiếp tục đi học. Ông bảo vệ luận án tiến sĩ với đề tài về Phan Bội Châu. Georges Boudarel trở thành một nhà nghiên cứu về Việt Nam quan trọng và được giới học giả công nhận, với nhiều tác phẩm giá trị như 'Phan Bội Châu', 'Cải cách ruộng đất', 'Trăm Hoa đua nở trong bóng đêm miền Bắc', 'Tự do tính dục tại các làng xã Việt cổ truyền' , v.v. Ông cũng là một dịch giả đã giới thiệu nhiều tác phẩm Việt Nam ra tiếng Pháp, như Tắt đèn của Ngô Tất Tố, Dế mèn phiêu lưu ký của Tô Hoài, Đại thắng mùa xuân của Văn Tiến Dũng... Từ năm 1967 đến khi nghỉ hưu, Georges Boudarel giảng dạy tại trường Đại học Paris VII.