Về mặt lịch sử, phân loại quagga phức tạp hơn nữa vì quần thể ngựa vằn Burchell đã tuyệt chủng ở cực nam (Equus quagga burchellii, trước đây là Equus burchellii burchellii) được cho là một phân loài riêng biệt (đôi khi cũng được cho là một loài đầy đủ, E. burchellii). Quần thể phía bắc còn tồn tại, "ngựa vằn Damara", sau này được đặt tên là Equus quagga antiquorum, có nghĩa là ngày nay nó còn được gọi là E. q. burchellii, sau khi người ta nhận ra rằng chúng là cùng một đơn vị phân loại. Quần thể đã tuyệt chủng từ lâu được cho là rất gần với quagga, vì nó cũng cho thấy các dải hạn chế ở các bộ phận sau. Ví dụ về điều này, Shortridge đã đặt cả hai vào chi con Quagga hiện không được sử dụng vào năm 1934. Hầu hết các chuyên gia hiện nay cho rằng hai phân loài này đại diện cho hai đầu của một cây gỗ.