Tuy nhiên, việc xây dựng thành Phượng Hoàng vấp phải sự phải đối của dân chúng do chính sách hà khắc của nhà Tây Sơn. Bên cạnh đó, vua Quang Trung cũng băng hà khi chưa kịp thực hiện việc dời đô. Thành Phượng Hoàng hoàn toàn bị bỏ phế.