Tại đảo Mindanao, do mâu thuẫn nội bộ nên William Dampier được các thủy thủ trên tàu thả xuống đảo St Nicobar. Từ đây ông đi thuyền tới Thương điếm Anh ở Aceh trên đảo Sumatra tại Indonesia ở gần đó và bệnh rất nặng.