Ngoài hệ thống chính để sử dụng cho hành khách, còn có một hệ thống bổ sung cho chính phủ sử dụng, tương tự Metro-2 của Moscow. Hệ thống Pyongyang bí mật được cho là kết nối các địa điểm quan trọng của chính phủ. Ngoài ra còn có một quảng trường ngầm khổng lồ để huy động, cũng như một con đường ngầm kết nối hai ga metro.