Đế chế M/Cuộc khủng hoảng/Giống nòi lâm nguy/Đấng cứu thế rắc rối 
Sự kiện chính trong năm 2005 là House of M (Đế chế M),bắt đầu bằng việc Scarlet Witch - con gái của Magneto, mất trí vì những mất mát gia đình nên đã thay đổi thế giới, đảo ngược vị thế giữa con người và người đột biến trên thế giới. Khi các siêu anh hùng quyết tâm lật đổ hiện thực giả tạo House of M, họ lại khiến Scarlet Witch gây ra một sự biến động mới: 98% người đột biến trên thế giới bị mất năng lực. Sự kiến đó dẫn tới một cuộc khủng hoảng chưa từng có(Decimation) trong cộng đồng dị nhân, làm hàng triệu người đột biến bị mất năng lực, có cả Magneto và Professor X. Sau đó là biến cố Deadly Genesis (Căn nguyên chết người), với sự khám phá 1 bí mật đen tối của Xavier đã được che giấu trong suốt 30 năm qua, khiến ông và Cyclops trở thành thù địch với nhau; một nhân vật hung ác khác xuất hiện là Vulcan, em của Cyclops. Wolverine cũng khôi phục hoàn toàn ký ức trong diễn tiến của loạt truyện Wolverine: Origins.