Ngoài việc phải quản lý các khía cạnh kinh tế trong game ra, người chơi còn phải đối mặt với hiểm họa cướp biển đối phương quấy phá và kẻ địch của người Atlantis tấn công, cũng như đối phó với các thảm họa thiên nhiên dưới nước. Do vậy người chơi cần phải tuyển mộ đội tàu quân sự và quân phòng vệ Atlantis thân thiện nhằm phòng tránh trước các cuộc tấn công như vậy. Người chơi còn có thể điều khiển các công trình quân sự, chẳng hạn như đại bác siêu thanh và dàn phóng tên lửa, rồi pháo kích vào tàu bè của quân địch đẩy những mảnh vỡ văng ra giúp phá hủy đoàn tàu này nhanh hơn.