Harnik được huấn luyện viên Marcel Koller triệu tập tham dự Euro 2016. Anh được ra sân trong hai trận đấu vòng bảng với Hungary và Bồ Đào Nha. Đội tuyển Áo đã rời giải ngay sau vòng bảng với chỉ vỏn vẹn 1 điểm, đứng cuối bảng F với 1 trận hòa và 2 trận thua, chỉ ghi được 1 bàn thắng và bị thủng lưới 4 bàn.