Thời kì tái cấu trúc 
Sự trở lại của loài mutant đưa các X-men quay lại với mục đích ban đầu của mình. Wolverine, Beast, Kitty Pryde và Storm quay lại học viện Jean Grey và chào đón làn sóng các học sinh mới vừa được bộc phát. Nhận ra sự thiếu sót của mình, Captain America đã thành lập một nhóm siêu anh hùng mới bao gồm các Avengers và các X-men Wolverine, Havok, Rogue với cái tên Uncanny Avengers để giải quyết các vấn đề giữa loài người và loài mutant. Trong khi đó, Cyclops vượt ngục và cùng Magneto, Emma Frost, Magik thành lập một học viện Xavier mới ở một căn cứ cũ của Weapon X.