Johor Bahru nằm dọc Eo biển Johor vốn phân tách đô thị với đảo Singapore ở phương nam. Năm 1933, diện tích thành phố chỉ là 12,12 km², đến năm 2000 được mở rộng lên hơn 220 km². Núi Ophir (Gunung Ledang) có đỉnh nằm trên độ cao trên mực nước biển là điểm cao nhất tại Johor, nằm cách trung tâm thành phố 170 km.