Tính năng mới 
HeartGold và SoulSilver cho phép Pokémon đầu tiên trong nhóm của người chơi đi theo họ, đó là sự lặp lại cơ chế từ Pokémon Yellow, nơi mà Pikachu đi theo nhân vật người chơi. Ngoài Yellow, cơ chế này cũng được sử dụng trong Pokémon Diamond, Pearl và Platinum theo một cách giới hạn: khi người chơi ở trong Công viên Amity với một Pokémon "dễ thương". Người chơi có thể nói chuyện với Pokémon để xem hoặc kiểm tra xem Pokémon đó đang cảm thấy như thế nào và đôi khi nó có thể giúp họ nhặt các vật phẩm. Một minigame mới có tên là Pokéathlon sử dụng màn hình cảm ứng Nintendo DS và cho phép Pokémon tranh tài trong các sự kiện như chạy vượt rào. Các phiên bản Nhật Bản vẫn giữ các máy đánh bạc được tìm thấy trong các trò chơi trước đó, trong khi các bản phát hành quốc tế của tựa trò chơi này thay thế các máy đánh bạc bằng một trò chơi mới có tên "Voltorb Flip", được mô tả là sự pha trộn giữa Minesweeper và Picross. Một vật phẩm mới khác, GB Sounds, có thể thay đổi nhạc nền thành nhạc 8-bit gốc từ Pokémon Gold và Silver.