Ngày 5 tháng 6 năm 1862, triều đình Huế ký kết hòa ước với Pháp. Cũng theo sử nhà Nguyễn thì: Tháng 7 năm 1862...từ khi đã định hòa ước rồi, Ngài [Tự Đức] truyền dụ Nam Kỳ nghỉ binh và đòi Trương Định ra Phú Yên. Khi ấy trong các tỉnh Gia Định, Định Tường, Biên Hòa những người ứng nghĩa rủ nhau đoàn kết, tôn Trương Định làm Đại đầu mục, xin cho ra đánh, Đình thần nghị rằng: "bây giờ việc Bắc Kỳ đương khẩn, mà Nam Kỳ chưa có cơ hội gì, xin giao Phan Thanh Giản hiểu dụ". Nhưng Trương Định đã lâu mà không chịu về cung chức, bị cách chức hàm.