Các vấn đề với việc sử dụng tỷ lệ hoàn vốn nội bộ 
Là một công cụ quyết định đầu tư, IRR được tính toán không nên được sử dụng cho các dự án tỷ lệ loại trừ lẫn nhau, mà chỉ để quyết định liệu một dự án duy nhất có đáng để đầu tư. Trong trường hợp một dự án có vốn đầu tư ban đầu cao hơn so với một dự án loại trừ lẫn nhau thứ hai, dự án đầu tiên có thể có một IRR thấp hơn (hoàn vốn dự kiến), nhưng NPV cao hơn (tăng sự giàu có cổ đông) và do đó nên được chấp nhận trong dự án thứ hai (giả sử không có hạn chế vốn).