Trong cuộc chiến Bosnia năm 1992–1995, giống như những loài động vật trang trại khác, ngựa núi Bosnia suy giảm về số lượng rất nhiều. Tại Liên bang Bosnia và Herzegovina, tổng số con ngựa đã giảm từ 46.628 năm 1990 xuống còn 16.080 vào năm 1995, và đến năm 2002 đã giảm xuống còn 7.014, hay khoảng 15% tổng số trước chiến tranh; số lượng ngựa giống này tại Cộng hòa Srpska cũng giảm, mặc dù không quá thảm hại. Nhìn chung, số ngựa ở Bosnia và Herzegovina giảm 68% trong khoảng thời gian từ năm 1990 đến năm 2002.