Ở cuối thời kỳ khoảng giữa, Anna đã chuẩn bị mọi thứ để sẵn sàng cho việc kế vị ngai vàng hiện đang bỏ trống - xưng hiệu là Chúa của đất Ba Lan. Để giữ vững quyền lực vừa mới khôi phục, Anna muốn kết hôn để trở thành Nữ hoàng Ba Lan. Bỏ qua việc bị vua Pháp từ chối kết hôn, Anna tiếp tục xem xét những đấng lang quân tương lai: Đại Công tước Áo Ernest, Công tước Ferrara Alfonso II d'Este, Frederick IV của Liegnitz. Tháng 12 năm 1575, theo đề xuất của Jan Zamoyski, Anna chính thức cưới tuyển hầu Stefan Batory của Transylvania. Vào ngày 15 tháng 12 năm 1575, tại Wola gần Warsaw, Anna và Stephen Báthory được bầu làm đồng cai trị của khối Thịnh vượng chung Ba Lan - Lietuva. Phái đoàn Lithuania không tham gia cuộc bầu cử và không công nhận kết quả bầu cử. Chỉ vào ngày 29 tháng 6 năm 1576, sau lễ đăng quang, giới quý tộc Lithuania đã đồng ý nhận ra Anna và Báthory