Được đặt trong bối cảnh những sự kiện sau X-Men: The Last Stand, phim nói về chuyến đi sang Nhật của Wolverine để gặp lại Yashida Ichirō, người lính được Wolverine cứu mạng hồi Chiến tranh thế giới thứ hai. Wolverine phải bảo vệ cháu gái ông, Yashida Mariko, khỏi âm mưu ấm sát của ninja và yakuza.