Tháng 8 năm 2012, Ma Chấn Quân được bổ nhiệm giữ chức vụ Tư lệnh Không quân trực thuộc Quân khu Bắc Kinh kiêm Phó Tư lệnh Quân khu Bắc Kinh. Tháng 8 năm 2013, Ma Chấn Quân được bổ nhiệm giữ chức Tham mưu trưởng Không quân Quân Giải phóng Nhân dân Trung Quốc (PLAAF). Sau đó, Ma Chấn Quân được phong quân hàm Trung tướng.