Ông và Mặt Trận cũng bị chỉ trích vì việc đã xử tử nhiều người trong nội bộ tại chiến khu, cũng như tiến hành ám sát nhiều nhà báo tại hải ngoại vì những bài báo phơi bày nhiều sự thật về kháng chiến. Sau khi ông mất, tổ chức Mặt Trận cũng bị tố cáo về những gian lận tài chính. Tổ chức Việt Tân sau này cũng bị dư luận chỉ trích vì đã che giấu sự thật về cái chết của ông vào năm 1987 (đến năm 2001 thì Mặt trận mới công bố sự thật về ngày mất của ông và Mặt trận cũng giải tán vào năm 2004 để thành lập Việt Tân).