Một bộ phận thiểu số dân chúng vẫn theo Công giáo La Mã và họ bị từ chối quyền công dân. Mặc dù đã thông qua Cải cách, thị trấn vẫn là trụ sở của một giáo phận Công giáo La Mã cùng một số tu viện. Ba trong số đó là Tu viện Thánh Emmeram, Niedermünster, và Obermünster là những bất động sản quyền tự do của Đế quốc La Mã thần thánh, có nghĩa là họ được cấp một ghế ngồi và quyền bỏ phiếu tại Hội nghị quốc tế Đế quốc. Vì vậy, có một tình huống là Regensburg tồn tại năm "chính quyền" độc lập (về phương diện Đế quốc La Mã Thần thánh): Bản thân nó là thành phố Kháng nghị, giáo phận Công giáo La Mã và ba tu viện. Ngoài ra, nó được coi là thủ đô truyền thống của vùng Bayern (không phải một nhà nước), đóng vai trò là thủ đô chức năng của Đế quốc (thứ hai sau Viên) do sự hiện diện của Hội nghị quốc tế thường xuyên Regensburg và đó là nơi ở của trưởng sĩ quan quân nhu của đế quốc về hội nghị quốc tế, người có điều kiện đặc biệt là một hoàng tử (trong nhiều năm là hoàng tử của gia tộc Thurn và Taxis và vẫn có nơi ở hoàng gia trong thị trấn).