Tác dụng bất lợi 
Giống như các tetracycline khác, chlortetracyclin có thể ức chế quá trình khoáng hóa xương và răng ở động vật đang phát triển và chưa sinh, và làm răng có màu vàng hoặc nâu. Nó cũng có thể làm suy giảm chức năng gan và thận. Phản ứng dị ứng là rất hiếm.