Hiện nay, phần lớn giao thông vận tải thủy tới phần còn lại của Indonesia là thông qua các đầu mối tại thủ phủ tỉnh, trên đảo Ternate; mặc dù Tobelo (thủ phủ quận Bắc Halmahera), thị trấn lớn nhất trên đảo Halmahera, cũng có phà các đầu mối vận tải hàng hóa đường biển trực tiếp tới Surabaya và Manado.