Theo lý thuyết, Lãnh tụ Tối cao bổ nhiệm và giám sát Hội đồng Thông thái. Tất cả các ứng viên vào Hội đồng Thông thái, Tổng thống và Majlis (Quốc hội), được lựa chọn bởi Hội đồng Giám hộ, mà các thành viên được lựa chọn bởi Lãnh tụ Tối cao của Iran. Như vậy, Hội đồng chưa bao giờ đã chất vấn Lãnh tụ Tối cao. Đã có trường hợp khi Lãnh tụ Tối cao đương nhiệm Ali Khamenei đã công khai chỉ trích thành viên của Hội đồng Thông thái, dẫn đến vụ bắt giữ và truất quyền. Chẳng hạn như, Khamenei công khai gọi thành viên của Hội đồng Thông thái Ahmad Azari Qomi là kẻ phản bội, dẫn đến bắt giữ của Ahmad Azari Qomi và sau cùng truất quyền từ Hội đồng Thông thái. Cũng có đã được những trường hợp mà Hội đồng Giám hộ đảo ngược lệnh cấm, đặc biệt là sau khi nhận lệnh phải làm điều đó bởi Khamenei. Lãnh tụ Tối cao ban hành các nghị định và đưa ra quyết định cuối cùng về kinh tế, môi trường và mọi thứ khác. Bất kỳ tuyên bố chiến tranh hay hòa bình phải được sự thông qua bởi Lãnh tụ Tối cao cùng với 2/3 tổng số thành viên Quốc hội.