Năm 2011, Okonjo-Iweala được Tổng thống Goodluck Jonathan bổ nhiệm lại làm Bộ trưởng Bộ Tài chính Nigeria với vai trò mở rộng là Bộ trưởng Điều phối Kinh tế. Di sản mà bà để lại là việc củng cố hệ thống tài chính công của đất nước và thành tựu kích thích lĩnh vực nhà ở với việc thành lập Công ty cho vay thế chấp (NMRC). Bà cũng thúc đẩy quyền phụ nữ và thanh niên với Chương trình Trẻ em gái và Phụ nữ gia tăng ở Nigeria (GWIN); một hệ thống lập ngân sách bình quyền giới, và chương trình Doanh nghiệp Thanh niên Đổi mới (YouWIN) được đánh giá cao; để hỗ trợ các doanh nhân, qua đó tạo ra hàng nghìn việc làm. Là một phần của chính phủ Goodluck Jonathan, bà nhận được những lời đe dọa giết chết và phải chịu đựng lời đe dọa bắt cóc mẹ mình.