CLB được thành lập năm 1894 với tên gọi Bristol South End và đổi tên thành Bristol City theo phong cách chuyên nghiệp 3 năm sau đó khi họ được thi đấu ở Southern League. Kết thúc ở vị trí thứ 2 ở 3 trong 4 mùa giải đầu tiên, năm 1900 CLB hợp với kình địch ở Southern League là Bedminster, đội bóng thành lập với tên gọi Southville năm 1887. City tham gia vào Football League năm 1901 khi họ chỉ là CLB thứ 3 ở miền nam Birmimgham (theo chân của Woolwich Arsenal và Luton Town) tham gia giải đấu này. Trận đấu đầu tiên của họ ở Football League diễn ra ngày 7 tháng 9 năm 1901 ở Bloomfield Road, nơi Blackpool bị đánh bại với tỉ số 2–0.