Mười năm sau khi IS đầu tiên được công bố, thế giới đã tiến vào kỷ nguyên hòa bình. Tuy nhiên, hòa bình đó có nguy cơ sớm tan vỡ bởi một phát hiện không thể ngờ. Orimura Ichika - nột nam sinh người Nhật, được phát hiện rằng có khả năng điều khiển IS. Do đó Ichika phải vào học tập tại Học viện Infinite Stratos, một trường học quốc tế nơi các phi công IS từ khắp thế giới vào học, nơi mà cậu sẽ là nam sinh duy nhất của học viện và xung quanh cậu đều là các nữ sinh.