Trong lúc đó, The Avengers và Magneto giao du với các dị nhân thất lạc trong The Collective. Sư kiện House of M cũng dẫn đến một biến cố trong năm 2006: Civil War (Nội chiến). Chris Claremont chuyển sang phụ trách New Excalibur. Giáo sư Xavier thành lập một nhóm mới gồm Havok, Polaris, Rachel Summers, Nightcrawler, Warpath, và tân binh mới Darwin sau biến cố Deadly Genesis, với nhiệm vụ chống lại âm mưu lật đổ Shi'ar của Vulcan. trong khi Ed Brubaker tiếp quản bộ Uncanny X-Men.