Aboubakar đã có được hơn 90 lần khoác áo tuyển Cameroon kể từ khi ra mắt quốc tế vào tháng 5 năm 2010. Anh là một phần trong đội hình tham dự Giải vô địch bóng đá thế giới 2010 và 2014, cũng như Cúp bóng đá châu Phi trong các năm 2015 và 2017. Anh ấy đã ghi bàn thắng quyết định trong trận chung kết Cúp bóng đá châu Phi 2017.