Sự đan xen giữa các tình tiết lại lan tràn, và nó là sự kiện thường niên suốt thập niên 1990. Doanh thu không ngừng tăng trưởng, nhưng người hâm mộ bắt đầu phàn nàn rằng đó chỉ là sự loay hoay che giấu tình trạng sáo mòn thấy rõ. Một số tình tiết nổi bật trong thời kỳ này là:
 The X-Tinction Agenda (Kế hoạch tiêu diệt - 1990), nói về chính phủ Genosha, một hòn đảo hư cấu ngoài khơi châu Phi là nơi giam giữ những người đột biến.
 The Muir Island Saga (Truyền thuyết đảo Muir - 1991), sự trở lại của X-Factor và giáo sư Xavier.
 X-Cutioner's Song (Trường ca X-Cutioner - 1992), câu chuyện về bản sao của Cable giả dạng làm thủ lĩnh X-Force để lấy mạng Professor X, và kẻ thù không đội trời chung của X-Men đến từ tương lai, Stryfe. Hắn còn bắt giữ và tra tấn Cyclops và Jean Grey, cha mẹ của Cable và Stryfe.
 Fatal Attractions (Lực hút tai hại - 1993), Magneto trở lại, rút chất adamantium ra khỏi cơ thể Wolverine, Giáo sư Xavier buộc phải tẩy não ông ta. Đây là phần tiếp theo của Bloodties (Ràng buộc huyết thống).
 Phalanx Covenant (Hiệp ước Phalanx - 1994), một tập họp các ý thức bị nhiễm Transmode Virus thâm nhập vào X-Mansion, bắt cóc nhiều người đột biến chưa từng biết đến (như Husk), và lên kế hoạch tiêu diệt họ. Phalanx bị ngăn cản bởi một số ít các Dị nhân chưa bị vô hiệu hóa, về sau còn xuất hiện trong loạt truyện xen kẽ ăn theo Generation X.
 Age of Apocalypse (Điệp vụ Legion/Thời đại Apocalypse - 1995), Professor X bị giết bởi chính con trai của ông, Legion (David Haller), khi nó du hành xuyên thời gian đến thời điểm trước khi ông thành lập X-Men. Một thì hiện tại thay thế đã xuất hiện, trong đó Apocalypse cai trị Nam Mỹ và Magneto lãnh đạo các Dị nhân chống trả lại hắn.
 Onslaught (1996), thống trị mọi loạt truyện của hãng Marvel suốt hai tháng. Trong diễn tiến này, Professor X mất khả năng kiểm soát năng lực của mình, và phần nhân cách xấu xa của ông đã biến thành Onslaught, một thực thể gần như tối thượng, nó chỉ bị đánh bại dưới sự liên kết giữa các Dị nhân, nhóm Avengers và The Fantastic Four (Bộ Tứ Siêu Phàm).
 Operation: Zero Tolerance (Chiến dịch Zero Tolerance - 1997), đội quân chống Dị nhân được chính phủ bật đèn xanh để tiến hành một chiến dịch săn lùng những người đột biến.