Năm 1993, Nesta được đôn lên đội hình 1 của Lazio. Với lối đá chắc chắn, kèm người chặt chẽ, truy cản bóng thông minh, Nesta là chỗ dựa vững chắc cho mọi hàng thủ của mọi đội bóng, từ năm 1997 trở đi anh là một thành viên không thể thiếu của Lazio, và là một trụ cột của đội bóng này khi giúp họ đăng quang Coppa Italia sau khi đánh bại Milan trong trận chung kết (trong trân này Nesta đã đóng góp 1 bàn thắng), năm 1998 lại đoạt Coppa Italia rồi Supercoppa Italiana. Trong hai năm liên tiếp la 1999 và 2000, cùng với các đồng đội của mình như Pavel Nedvěd, Dejan Stanković, Diego Simeone, Roberto Mancini, Juan Sebastián Verón, Siniša Mihajlović, Simone Inzaghi, anh đã giúp Lazio viết lên một trong những trang sử hào hùng của CLB khi liên tục đoạt được những danh hiệu cao quý: UEFA European Super Cup (1999), Scudetto, Coppa Italia, Supercoppa Italiana (2000).