Mặc dù Duệ Tông được lập làm Hoàng tự, nhưng thế lực của Thân vương khác là Võ Thừa Tự, Võ Tam Tư cũng rất lớn mạnh. Năm Thiên Thụ thứ 2 (691), các đại thần Trương Gia Phúc, Vương Khánh Chi muốn lấy lòng Võ hoàng, nên dâng thư xin bà lập Võ Thừa Tự làm Thái tử, vì người họ Võ thì nên truyền ngôi cho người họ Võ. Bà ban đầu có vẻ bằng lòng. Tháng 7 (ÂL) cùng năm ấy, các Tể tướng Sầm Trường Sai, Cách Phụ Nguyên và Tư lễ khanh kiêm Phán Nạp ngôn sự Âu Dương Thông lên tiếng phản đối một cách gay gắt. Võ Thừa Tự ghét lắm, bày mưu với Lai Tuấn Thần vu hãm cả ba cùng các quan viên ủng hộ 3 người, đến tháng 10 cùng năm thì toàn bộ đều bị giam và giết hại. Đại thần Lý Chiêu Đức cũng vì bất bình với Võ Thừa Tự, liền sau đó bị lưu đày và bị giết, rất có thể do Võ Thừa Tự hãm hại. Tuy nhiên Võ hoàng vẫn chưa lập Võ Thừa Tự làm thái tử, chỉ cho Thừa Tự có thể tự do vào cung thỉnh an. Về sau do Vương Khánh Chi vào cung quá nhiều và tỏ ra vô lễ, bà bàn với tướng Lý Hiếu Dật trừng phạt hắn ta. Lý Du Đạo nhân cơ hội đó, cho đánh chết Vương Khánh Chi và khuyên bà giữ lại ngôi kế vị cho họ Lý, vì nếu họ Võ làm Hoàng đế thì 3 vị Hoàng đế nhà Đường sẽ không còn được thờ ở Thái miếu. Võ hoàng bằng lòng, sau đó bà còn hạ lệnh tước quyền tể tướng của Võ Thừa Tự, chỉ trao cho các chức vụ trên danh nghĩa, không nắm thực quyền.