Một công ty dược phẩm đã phát triển một thuốc giải độc cho gen đột biến, gây ra những tranh cãi trong cộng đồng người đột biến. Magneto tuyên chiến tranh với con người và chiếm lấy thứ vũ khí của riêng mình: Phoenix, một cựu thành viên X-Men còn được biết với tên Jean Grey. Trận chiến cuối cùng giữa X-Men và Brotherhood xảy ra sau đó, và Wolverine phải chấp nhận rằng để ngăn chặn Jean Grey, ông sẽ phải giết cô.