Ông đã có được tước hiệu Giám mục hoàn vũ; một tước hiệu chỉ thuộc về Giám mục Rôma mà thôi (Thượng phụ Constatinôpooli cũng mang tước hiệu này). Ông cũng đã ngăn cấm việc sắp xếp vận động cho cuộc bầu chọn Giáo hoàng mới trong 3 ngày (hiện nay là 9 ngày) sau khi vị tiền nhiệm qua đời. Khi trở thành Giáo hoàng, ngài đạt được một tuyên ngôn dựa theo Phocas, rằng chỉ có Giám mục Rôma mới có thể triệu tập "Công Đồng Đại Kết". Ông chỉ thị công bố Giáo hoàng là Giám mục Roma và cũng là Giám mục toàn cầu. Boniface III qua đời ngày 12 tháng 11 năm 607 và được chôn cất trong Vương cung thánh đường thánh Phêrô ở Roma.