Năm 2008, Ma Chấn Quân được bổ nhiệm giữ chức Phó Tư lệnh Không quân trực thuộc Quân khu Tế Nam. Tháng 7 năm 2008, Ma Chấn Quân được phong quân hàm Thiếu tướng. Tháng 5 năm 2010, Ma Chấn Quân được điều động đến nhận công tác tại Không quân trực thuộc Quân khu Bắc Kinh giữ chức Tham mưu trưởng. Tháng 3 năm 2011, Ma Chấn Quân được bổ nhiệm làm Phó Tham mưu trưởng Không quân Quân Giải phóng Nhân dân Trung Quốc (PLAAF).