Vào tháng 5 năm 1920, có một cuộc nổi dậy lớn chống lại Quân đội XI (Hồng quân Xô viết) đang chiếm đóng của Nga ở Ganja, có ý định khôi phục Musavat đang nắm quyền. Cuộc nổi dậy đã bị quân đội chính phủ đè bẹp vào ngày 31 tháng 5. Các nhà lãnh đạo của Cộng hòa Dân chủ Azerbaijan đã trốn sang Cộng hòa Dân chủ Gruzia, Thổ Nhĩ Kỳ và Iran, hoặc bị những người Bolshevik bắt giữ và xử tử, bao gồm Tướng Selimov, Tướng Sulkevich, Tướng Agalarov: tổng cộng hơn 20 tướng (Mammed Amin Rasulzade sau đó đã được phép di cư), hoặc bị ám sát bởi các chiến binh Armenia như Fatali Khan Khoyski và Behbudagha Javanshir. Hầu hết sinh viên và công dân đi du lịch nước ngoài vẫn ở những nước đó, không bao giờ quay trở lại. Các nhân vật quân sự nổi tiếng khác của Cộng hòa Dân chủ Azerbaijan như cựu Bộ trưởng Bộ Quốc phòng Samedbey Mehmandarov và phó bộ trưởng quốc phòng Ali-Agha Shikhlinski (người được gọi là "Thần pháo binh") lúc đầu bị bắt, nhưng sau đó vài tháng sau đã thả nhờ những nỗ lực của Nariman Narimanov. Tướng Mehmandarov và Tướng Shikhlinsky đã dành những năm cuối đời để giảng dạy tại trường quân sự của Azerbaijan Xô viết.