Nowitzki đã dẫn dắt Dallas đạt thành tích 60 trận thắng trong mùa giải thường niên. Đội bóng kết thúc với thành tích tốt thứ ba trong giải đấu sau đương kim vô địch San Antonio Spurs và đương kim vô địch miền Đông Detroit Pistons. Như trong mùa giải 2004–05, anh đứng thứ ba trong cuộc bầu chọn MVP của giải đấu, lần này là sau Nash và LeBron James. Anh ấy một lần nữa được bầu vào đội hình 1 toàn NBA. Nowitzki ghi trung bình 27,0 điểm, 11,7 rebounds và 2,9 kiến ​​tạo trong các trận playoffs. Trong vòng mở màn, Mavericks đã hạ gục Memphis Grizzlies 4–0. Nowitzki có 1 khoảnh khắc xuất thần khi thực hiện một cú clutch 3 điểm ở những giây cuối của Hiệp 3 khiến trận đấu kết thúc và buộc phải chơi hiệp phụ. Ở Bán kết miền Tây, Mavericks lại đối đầu với San Antonio Spurs. Sau khi hoà trong sáu ván đầu tiên, Mavericks dẫn trước 20 điểm trong ván 7 trước khi cầu thủ Spurs Manu Ginóbili giúp đội bóng vượt lên 101 điểm bằng một quả 3 điểm khi trận đấu còn 30 giây. Trong lượt tiếp theo, Nowitzki hoàn thành một cú ba điểm, dẫn ngược với điểm số 104. Cuối cùng, Mavericks thắng 119–111, và Nowitzki kết thúc trận với 37 điểm và 15 rebounds. Nowitzki bình luận: "Tôi không biết bóng đi vào thế nào. Manu đã đánh trúng tay tôi. Đó là một cú ném may mắn". Mavericks tiến đến Vòng chung kết phía Tây, nơi họ gặp lại Suns. Nowitzki đã ghi được 50 điểm để dẫn dắt Mavericks đến chiến thắng trong Game 5 quan trọng; Mavericks đã thắng loạt trận trong sáu trận và đối mặt với Miami Heat trong trận Chung kết NBA năm 2006. Về màn trình diễn của Nowitzki, nhà báo Bill Simmons của chuyên mục ESPN đã viết, "Dirk đang chơi ở một đẳng cấp cao hơn bất kỳ tiền phong nào kể từ sau [Larry] Bird."