Sau khi đảng Dân chủ dần ghế đa số của đảng Cộng hòa sau cuộc bầu cử giữa kỳ năm 2018 và Chủ tịch Hạ viện Paul Ryan nghỉ hưu, McCarthy được bầu làm Lãnh đạo phe thiểu số vào tháng 1 năm 2019. Ông trở thành đảng viên Cộng hòa đầu tiên từ tiểu bang California giữ chức vụ này. McCarthy là người kiên định bảo vệ và ủng hộ cho cựu tổng thống Donald Trump. Sau khi Joe Biden giành chiến thắng trong cuộc bầu cử tổng thống năm 2020, McCarthy đã ủng hộ việc Trump phủ nhận chiến thắng của Biden và tham gia vào các nỗ lực lật ngược kết quả bầu cử. Sau khi đám đông ủng hộ Trump tấn công Quốc hội Hoa Kỳ trong vụ bạo loạn tại Điện Capitol Hoa Kỳ vào ngày 6 tháng 1 năm 2021, ông McCarthy đã lên án người biểu tình và đổ lỗi cho Trump vì kích động cuộc bạo động; ông nói rằng cuộc bầu cử năm 2020 thực chất là hợp pháp. Tuy nhiên không lâu sau thì ông McCarthy đã rút lại những bình luận này và hòa giải với Trump.