Cuối thập niên 1990, đầu thập niên 2000 - Thời kỳ tái tổ chức 
Khi "Chiến dịch Zero Tolerance" chấm dứt năm 1997, nhiều nhân vật chính như Bishop, Gambit, Jean Grey và Cyclops ly khai X-Men. Các tác giả đã lắp ghép một nhóm mới gồm Wolverine, Rogue, Beast, Storm và nhiều tân binh khác:
 Cannonball (Sam Guthrie), cựu thành viên của The New Mutants và X-Force, có thể bay với vận tốc của động cơ phản lực.
 Joseph, hiện tại được cho là một bản sao về trí óc (và trẻ hóa) của Magneto.
 Marrow (Sarah), cựu thành viên Morlocks, có thể dùng những khớp xương nhô ra làm kiếm hoặc dùi cui.
 Maggott (Japheth), một người Nam Phi có hệ tiêu hóa giống hình dáng một con giòi khổng lồ, cho phép anh ta tiêu hóa mọi thứ vật chất.
 Cecilia Reyes, một bác sĩ người Puerto Rico có thể tạo ra một trường bảo vệ bao bọc cơ thể.