Trong phim, Đại tá William Stryker tẩy não và hỏi cung Magneto trong tù về máy định vị người đột biến giáo sư Xavier. Stryker tấn công X-Mansion, tẩy não và bắt Xavier định vị tất cả người đột biến để giết họ. Nhóm X-Men buộc phải kết hợp với nhóm Brotherhood để ngăn chặn thảm họa diệt chủng trên toàn thế giới của Stryker.