Tháng 9 năm 2007, Alsop được bổ nhiệm làm giám đốc âm nhạc thứ 12 của Dàn nhạc Giao hưởng Baltimore (Baltimore SO), Alsop là người phụ nữ đầu tiên được giữ vị trí này ở một dàn nhạc lớn của Mỹ. Vì là một nữ nhạc trưởng đầu tiên nên Alsop đã từng phải đối mặt với những định kiến, sự bất hợp tác và thậm chí với những phân biệt đối xử. Tháng 6 năm 2009, dàn nhạc đã thông báo gia hạn hợp đồng của với bà trong 5 năm cho đến tháng 8 năm 2015. Tháng 7 năm 2013, Baltimore SO đã công bố thêm phần mở rộng của hợp đồng với việc bà là giám đốc âm nhạc cho các mùa giải 2020-2021.