Năm 1284, Ioannes II Megas Komnenos phải đối mặt liên tiếp từ hai mối đe dọa mới đối với triều đại của mình. Đầu tiên là từ người anh em cùng cha khác mẹ George, người đã trở lại Trebizond và thực hiện một nỗ lực không thành công để chiếm lấy ngai vàng, tiếp theo là chị gái cùng cha khác mẹ của ông, Theodora. Kết quả, Theodora với sự giúp đỡ của vua David VI Narin xứ Imereti thuộc Gruzia, đã giành được vương miện từ người anh em cùng cha khác mẹ, phế truất Ioannes II Megas Komnenos, buộc ông phải quy y ở Tripolis. Năm 1285, Ioannes II Megas Komnenos đã gây dựng lại lực lượng, mở cuộc tổng tấn công quy mô lớn đánh bại Theodora đoạt lại ngôi vị, sử sách không thấy tài liệu nào ghi chép về kết cục của vị nữ vương này ra sao sau khi Ioannes II Megas Komnenos phục bích.