Thuật ngữ "vi khuẩn có lợi" ban đầu chỉ ám chỉ vi khuẩn tạo ra hiệu ứng lên các vi khuẩn khác. Khái niệm vi khuẩn có lợi bao gồm ý tưởng rằng các chất do một loại vi khuẩn tiết ra kích thích sự phát triển của loại vi khuẩn khác. Thuật ngữ này đã được sử dụng lần nữa để miêu tả chiết xuất từ mô tả kích thích sự phát triển vi khuẩn. Thuật ngữ "vi khuẩn có lợi" đã được Parker sử dụng, người đã định nghĩa khái niệm là "Các hợp chất và vi khuẩn có tác động tốt lên cơ thể chủ bằng cách đóng góp vào cân bằng vi khuẩn ruột của nó." Sau đó, định nghĩa này đã được cải thiện đáng kể bởi Fuller, ông mô tả vi khuẩn có lợi như "thức ăn bổ sung vi khuẩn sống tác động tốt lên cơ thể chủ bằng cách cải thiện cân bằng vi khuẩn ruột trong ruột của nó." Ông nhấn mạnh hai điểm quan trọng về vi khuẩn có lợi: vi khuẩn phải sống và có khả năng giúp cân bằng ruột.