Tư Mã Thiên cũng viết về vấn đề liên quan với những nguồn tư liệu không đầy đủ, rời rạc và mâu thuẫn. Ví dụ, ông đã đề cập trong lời mở đầu của quyển 15 rằng các sổ ghi chép của các nước chư hầu được ​​giữ trong kho lưu trữ của nhà Chu đã bị Tần Thủy Hoàng cho đem đốt bởi vì chúng chứa những lời chỉ trích và chế nhạo nhà Tần và rằng các biên niên sử của nhà Tần thì quá ngắn ngủi và không đầy đủ . Trong quyển 13, ông cũng đề cập việc các biên niên và phả hệ của các văn bản cổ khác nhau "không đồng tình và mâu thuẫn với nhau". Trong quyển thứ 18 của Sử ký, Tư Mã Thiên viết: "Tôi đã chỉ những gì nhất định, và trong trường hợp nghi ngờ sẽ để lại một khoảng trống" .