Ngay từ những ngày đầu mở cửa, Bảo tàng đã lần lượt bổ sung nội dung về tội ác của quân diệt chủng Pôn Pốt trong chiến tranh biên giới Tây Nam, tội ác của các tổ chức phản cách mạng, đồng thời sưu tầm bổ sung các chứng tích tội ác chiến tranh thời thực dân Pháp và phát xít Nhật nhằm hoàn chỉnh “hồ sơ” chứng tích tội ác của các thế lực xâm lược đối với nhân dân Việt Nam thời cận hiện đại. Song song đó, Bảo tàng còn từng bước bổ sung tư liệu về phong trào nhân dân thế giới ủng hộ nhân dân Việt Nam chống chiến tranh xâm lược, bảo vệ hòa bình,…