Mặc dù phải rút khỏi Lạng Sơn, nhìn tổng thể thì quân Pháp vẫn chiếm ưu thế, cộng với các chiến thắng trên biển, khiến cho Lý Hồng Chương phải ký một hiệp ước gây nhiều tranh cãi ngày 6 tháng 9 năm 1885. Theo hiệp ước này, nhà Thanh chấp nhận Hòa ước Huế và từ bỏ quyền bá chủ trên lãnh thổ Việt Nam. Không lâu sau An-nam (Trung kỳ và Bắc kỳ bị sáp nhập vào Nam kỳ thuộc Pháp). Ảnh hưởng đáng kể nhất của cuộc chiến với Pháp là nó hạ bệ chính phủ lâu năm của Ferry.