Chẩn đoán phân biệt 
Cần chẩn đoán phân biệt với:
 Sởi Đức (rubella): Ban ít hơn sởi, sốt cũng nhẹ nhàng hơn.thường có hạch sau tai
 Đào ban ấu nhi (roseola infantum) do HHV 6: thường gặp ở trẻ nhũ nhi. Ban có hình dạng giống ban sởi nhưng thường xuất hiện khi sốt giảm đột ngột và thường xuất hiện đầu tiên ở bụng. Kết mạc mắt không viêm còn trong sởi kết mạc viêm đỏ gây nên biểu hiện mắt kèm nhèm trên lâm sàng.
 Nhiễm virus như echovirus, Coxackievirus và adenovirus: ban cũng không đặc trưng như ban sởi.
 Tăng bạch cầu đơn nhân nhiễm trùng do Epstein Barr virus: ban ít hơn nhưng cũng có thể xuất hiện dày lên khi dùng thuốc ampicilline. Bệnh thường kèm theo viêm họng đôi khi có mủ, sưng hạch cổ, gan lách to...
 Toxopalasmosis.
 Nhiễm khuẩn huyết do não mô cầu: bệnh thường nặng nề với bối cảnh sốc trụy mạch, ban lan nhanh và không theo tuần tự, ban thường có hình sao, xuất huyết màu tím thẫm (tử ban).
 Sốt tinh hồng nhiệt.
 Các bệnh do rickettsia.
 Bệnh Kawasaki.
 Nổi ban do dị ứng thuốc: tiền sử dùng thuốc.
 Các bệnh huyết thanh.
 Sốt xuất huyết: Sốt cao 39 đến 40 độ C. Tuy nhiên ở Sởi khi sốt, phát ban còn có triệu chứng ho, đau họng... Còn sốt xuất huyết thì không. Sốt xuất huyết thường gây biến chứng nặng sau 4 đến 5 ngày nếu không được chữa trị kịp thời