Tuy thu được nguồn lợi từ những người Hoa định cư tại Việt Nam, nhưng các vị vua chúa Việt Nam chưa bao giờ cảm thấy yên tâm về lòng trung thành của họ. Tại thời điểm xấu nhất của quan hệ giữa hai bên, 10 ngàn người Hoa vùng cù lao Phố đã bị Nguyễn Nhạc của nhà Tây Sơn tàn sát vào thế kỷ XVIII, và người Hoa cũng là lực lượng ủng hộ nhà Nguyễn chống Tây Sơn. Những khi khác, người Hoa rất có khiếu làm ăn, được hưởng tự do và sự giàu có nhưng họ luôn bị người bản xứ kỳ thị.