Năm 1963, Liên bang Malaya cùng với North Borneo, Sarawak và Singapore hình thành Malaysia, Johor Bahru duy trì là thủ phủ cấp bang và tiếp tục phát triển, với đô thị được mở rộng và xây dựng nhiều khu đô thị và khu công nghiệp. Đối đầu với Indonesia không tác động trực tiếp đến Johor Bahru do điểm đổ bộ chính của Indonesia tại Johor là Labis. Chỉ có một tổ chức gián điệp của Indonesia tại đô thị mang tên Gerakan Ekonomi Melayu Indonesia (GEMI), lôi kéo các cộng đồng Indonesia cư trú tại địa phương để họ cung cấp thông tin cho các biệt kích Indonesian cho đến sự kiện đánh bom MacDonald House tại Singapore. Đến đầu thập niên 1990, đô thị được mở rộng đáng kể về kích thước, và chính thức được cấp vị thế thành phố vào ngày 1 tháng 1 năm 1994. Hội đồng Thành phố Johor Bahru được thành lập và quảng trường chính hiện tại của thành phố là Dataran Bandaraya Johor Bahru được xây dựng để kỷ niệm sự kiện này. Một khu kinh doanh trung tâm được phát triển tại trung tâm của thành phố từ giữa thập niên 1990 tại khu vực quanh phố Wong Ah Fook và đường đắp cao Johor–Singapore. Chính phủ cấp bang và liên bang cấp kinh phí đáng kể để phát triển thành phố, đặc biệt là sau khi hình thành hành lang phát triển Iskandar Malaysia vào năm 2006.