Năm 1999 và 2000, Halmahera là nơi diễn ra bạo lực giữa những người theo Hồi giáo và những người theo Kitô giáo, bắt đầu chỉ đơn giản là tranh chấp sắc tộc giữa các cư dân của hai phụ quận Kao (chủ yếu là Kitô giáo) và Malifut (toàn bộ là Hồi giáo) và sau đó đã biến thành tranh chấp có tính chất tôn giáo khi nó loang rộng ra phần lớn khu vực Bắc Moluccas. Hàng ngàn người dân đã chết trong những cuộc giao tranh giữa các lực lượng tôn giáo vũ trang, bao gồm các nhóm như Laskar Jihad và FPI (Mặt trận Phòng vệ Hồi giáo) đã đến đây từ Java với số lượng lớn. Tháng 6 năm 2000, khoảng 500 người đã chết khi một chiếc phà chở những người tị nạn di tản từ Halmahera đã bị chìm ngoài khơi ven rìa đông bắc đảo Sulawesi.