Tòa án Quân sự Quốc tế vùng Viễn Đông đã cho rằng 20.000 (và có lẽ có thể lên tới 80.000) phụ nữ đã bị hãm hiếp - họ ở trong độ tuổi từ thiếu niên cho tới già lão (tới 80 tuổi). Những vụ hãm hiếp thường diễn ra ở nơi công cộng ngay giữa ban ngày, thỉnh thoảng trước mặt cả người chồng hay gia đình nạn nhân. Một số lớn trong những vụ hãm hiếp đó mang tính hệ thống theo một quy trình với các binh sĩ đi tìm kiếm từng nhà để bắt các cô gái trẻ, rất nhiều phụ nữ bị bắt và bị hiếp dâm tập thể. Những phụ nữ đó bị giết hại ngay sau khi bị hãm hiếp, thường bị cắt xẻo thân mình. Theo một số lời chứng, các phụ nữ khác bị buộc phải vào trại mại dâm quân đội làm phụ nữ giải trí. Thậm chí còn có những câu chuyện kể rằng quân đội Nhật buộc nhiều gia đình phải thực hiện các hành vi loạn luân. Con trai bị buộc phải hiếp mẹ mình, những người cha bị buộc phải hiếp con gái. Một phụ nữ có thai bị binh lính Nhật hiếp dâm tập thể đã sinh con chỉ vài giờ sau đó; đứa trẻ hoàn toàn khỏe mạnh (Robert B. Edgerton, Warriors of the Rising Sun). Những vị sư sãi đã nguyện trọn đời chay tịnh bị buộc phải hiếp các phụ nữ để làm trò vui cho quân Nhật. Đàn ông Trung Quốc bị buộc phải hiếp các xác chết. Bất kỳ sự chống cự nào đều dẫn tới sự hành quyết. Tình trạng hãm hiếp đạt tới đỉnh điểm ngay sau khi thành phố sụp đổ nhưng nó còn tiếp tục kéo dài suốt thời gian chiếm đóng của Nhật Bản.