Những lời tường thuật của các nhân chứng tận mắt chứng kiến nói rằng trong thời gian sáu tuần sau khi Nam Kinh sụp đổ, quân đội Nhật Bản đã thực hiện các hành vi hãm hiếp, giết hại, trộm cướp, và đốt phá. Những lời chứng đáng tin cậy nhất là từ phía những người nước ngoài đã chọn lựa ở lại để bảo vệ những thường dân Trung Quốc khỏi những hành động kinh hoàng đó, gồm những cuốn nhật ký của John Rabe và Minnie Vautrin. Những nguồn tin khác gồm những lời tường thuật từ phía những người sống sót sau vụ thảm sát Nam Kinh. Ngoài ra còn có báo cáo từ phía những nhân chứng tận mắt chứng kiến khác như các nhà báo, cả phương Tây và Nhật Bản, cũng như nhật ký của một số thành viên quân đội. Một nhà truyền giáo Mỹ, John Magee, đã ở lại và quay được một cuốn phim tài liệu 16mm và một số bức ảnh về vụ thảm sát Nam Kinh. Ngoài ra, dù rất ít cựu chiến binh Nhật thừa nhận từng tham gia vào những hành động tàn ác tại Nam Kinh, một số người mà nổi tiếng nhất là Shiro Azuma đã thừa nhận có thực hiện hành vi đó.