Trong lịch sử, Cộng hòa Hồi giáo có 2 Lãnh tụ Tối cao: Ruhollah Khomeini, nắm quyền từ năm 1979 tới khi qua đời 1989, và Ali Khamenei, đang nắm chức vụ sau khi Khomeini qua đời.