Blackburn Rovers là một trong những sáng lập viên của Liên Đoàn Bóng đá vào năm 1888. Đội bóng lại vào tới trận chung kết Cup FA vào 29.3.1890 và lần thứ 4 giành chiến thắng với tỷ số 6-1 trước Sheffield Wednesday. Trong trận này tiền đạo trái William Townley đã ghi 3 bàn và trở thành cầu thủ đầu tiên lập hat-trick trong một trận chung kết Cup FA. Năm 1890-91 Blackburn Rovers lại giành CUP FA lần thứ 5 sau khi thắng Notts County F.C 3-1 trong trận chung kết.