Từ số lượng hiện vật, tư liệu ban đầu còn khá ít ỏi, cho đến năm 2020, Bảo tàng đã có hơn 16.000 hiện vật được số hóa và đăng ký trong hồ sơ kiểm kê. Hàng nghìn phim tài liệu, tư liệu, hình ảnh, trong đó có nhiều hiện vật thuộc loại “độc bản” quý hiếm đang được trưng bày và bảo quản trong hệ thống kho. Bảo tàng Chứng tích Chiến tranh là đơn vị sự nghiệp có thu tự chủ tài chính một phần theo Nghị định 43/NĐ-CP của Chính phủ. Từ năm 2014, Bảo tàng đã được chuyển đổi sang đơn vị sự nghiệp có thu tự chủ tài chính toàn phần.