Cuối năm 1940, cuộc khởi nghĩa Nam Kỳ thất bại, ông tạm thời làm công nhân ẩn núp một thời gian. Năm 1941, ông về Thới Bình bắt đầu tiến trình khôi phục các cơ sở Đảng ở một dải từ Hà Tiên đến Cà Mau. Đầu năm 1945, ông móc nối với các một số đồng chí mới trở về từ nhà tù như Tám Đại, Nguyễn Thành An, Hai Dân, Thái Ngọc Sanh, Tư Thạnh,... Ngày 20 tháng 1, tại Lung Lá - Nhà Thể, Ban vận động tái lập Đảng bộ Nam Kỳ được thành lập do Phạm Hồng Thám làm Trưởng ban. Ngày 5 tháng 5, tại Tân Bằng, Ban vận động tái lập Đảng bộ Nam Kỳ triệu tập Hội nghị đại biểu các chi bộ khu vực Cà Mau, thành lập Đảng bộ tỉnh lâm thời, xuất bản báo Độc lập làm cơ quan ngôn luận. Tháng 8 năm 1945, ông được điều động sang tỉnh Hà Tiên giữ chức Bí thư Tỉnh ủy lâm thời, lãnh đạo khởi nghĩa giành chính quyền trong tỉnh.