Tháng 4 năm 1944, Saitō trở thành chỉ huy trưởng Sư đoàn 43 Bộ binh và sư đoàn này được đưa đến tăng cường cho sự phòng thủ Saipan. Tuy nhiên, chỉ có 7.000 quân đến được đảo, số còn lại đã bị máy bay và tàu ngầm Mỹ đánh chìm trên đường đi. Saitō sau đó đã trở thành tư lệnh quân trú phòng trên đảo. Mặc dù các cơ sở phòng thủ trên đảo đã bị hải pháo tàn phá nặng nề nhưng ông vẫn quyết tâm chống trả cuộc đổ bộ với một sự lạc quan cao độ. Tuy nhiên, vì là một sĩ quan kỵ binh nên Saitō hầu như không hề có kinh nghiệm phòng ngự. Cùng tham gia nhiệm vụ phòng thủ với ông tại Saipan còn có Phó đô đốc Nagumo Chuichi, chỉ huy trưởng hạm đội Trung Thái Bình Dương.