Đến ngày 10/11/1990, Nhà trưng bày tội ác Mỹ - Ngụy được đổi tên là Nhà trưng bày tội ác chiến tranh xâm lược. Ngày 04/7/1995, Nhà trưng bày được chuyển đổi thành Bảo tàng Chứng tích Chiến tranh. Bảo tàng là đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở Văn hóa và Thể thao Thành phố Hồ Chí Minh có nhiệm vụ nghiên cứu, sưu tầm, lưu trữ, bảo quản, trưng bày và tuyên truyền tư liệu, hình ảnh, hiện vật,... về những chứng tích tội ác và hậu quả chiến tranh mà các thế lực xâm lược đã gây ra đối với Việt Nam. Qua đó giáo dục thế hệ trẻ về lòng yêu nước, về tinh thần đấu tranh bảo vệ độc lập, tự do của Tổ quốc, đồng thời khẳng định tinh thần yêu chuộng hòa bình và đoàn kết của nhân dân Việt Nam đối với nhân dân thế giới trong sự nghiệp đấu tranh chống chiến tranh phi nghĩa, bảo vệ hòa bình.