Các nghiên cứu hình thái học sau đó đã đưa ra những kết luận trái ngược nhau. Một phân tích năm 1999 về các phép đo sọ cho thấy rằng quagga khác với ngựa vằn đồng bằng và sau này là vằn núi. Một nghiên cứu năm 2004 về da và hộp sọ cho thấy rằng quagga không phải là một loài riêng biệt, mà là một phân loài của ngựa vằn đồng bằng. Bất chấp những phát hiện này, nhiều tác giả sau đó đã giữ ngựa vằn đồng bằng và quagga thành những loài riêng biệt.