Đầu sự nghiệp, Mohamed Ennaceur phục vụ trong hội đồng quản trị của UNICEF (1963, 64) và Viện nghiên cứu phát triển xã hội của Liên hợp quốc (1966 Phản72). Ông là Tổng ủy viên của Văn phòng Công nhân Tunisia ở nước ngoài (năm 19734), chủ trì Hội nghị Việc làm Thế giới (1976) và Cục Các vấn đề Xã hội Liên đoàn Ả Rập (1980 Chuyện83). Từ năm 1991 đến 1996, ông tiếp tục làm điều phối viên của nhóm châu Phi trong Tổ chức Thương mại Thế giới và lãnh đạo phái bộ thường trực Tunisia đến Liên Hợp Quốc tại Geneva. Từ năm 2000, Mohamed Ennaceur làm kiểm toán viên trách nhiệm xã hội và tư vấn quốc tế. Năm 2005, ông trở thành điều phối viên cho Liên hiệp quốc toàn cầu tại Tunisia.