N'Diaye thi đấu trận đầu tiên cho đội tuyển quốc gia Sénégal ngày 10 tháng 2 năm 2016, trong thất bại giao hữu 2–0 México ở Miami.. Anh tham dự Cúp bóng đá châu Phi 2017 diễn ra ở Gabon.