Dallas lúc đó là một tập thể khá tầm thường. Lần gần nhất họ vào playoff là năm 1990. Hậu vệ ghi điểm Michael Finley làm đội trưởng, được hỗ trợ bởi trung phong Shawn Bradley cao 7 foot 6 inch (2.29 m) (từng được chọn ở lượt thứ 2 NBA Draft 1993) và cây ghi điểm chính Cedric Ceballos, một cựu tiền phong của Laker. Mùa giải bị trì hoãn bởi sự kiện NBA lockout 1998–99, khiến cả mùa giải rơi vào tình trạng nguy hiểm. Trong tình trạng lấp lửng, Nowitzki trở lại DJK Würzburg và chơi 13 trận trước khi cả hai bên đưa ra một thỏa thuận thỏa hiệp muộn dẫn đến lịch thi đấu NBA rút ngắn chỉ còn 50 trận. Khi mùa giải cuối cùng bắt đầu, Nowitzki gặp khó khăn. Được huấn luyện viên Don Nelson bố trí chơi như một tiền phong hàng trong, cầu thủ 20 tuổi cảm thấy bị áp đảo bởi các tiền phong thể hình lớn hơn của NBA, bị lo lắng bởi những kỳ vọng là lựa chọn số chín kỳ draft, và chơi phòng ngự tệ hại; nhiều người đã chế nhạo anh là "Irk Nowitzki", bỏ qua "D" là viết tắt của "defender-phòng thủ" trong tiếng lóng bóng rổ. Anh chỉ ghi được trung bình 8,2 điểm và 3,4 rebound trong 20,4 phút thi đấu. Nhìn lại, Nowitzki nói: "Tôi đã rất thất vọng, tôi thậm chí đã dự định quay trở lại Đức". Mavericks chỉ thắng 19 trong số 50 trận của họ và bỏ lỡ vòng loại trực tiếp.