Giống như trong chữ viết Ả Rập, không phải tất cả nguyên âm được viết trong chữ tượng hình Ai Cập; có thể tranh luận liệu các nguyên âm có được viết toàn bộ. Có thể, như với chữ Ả Rập, các bán nguyên âm và (như W và Y trong tiếng Anh) được coi như các nguyên âm và . Trong những bản phiên âm hiện đại, một chữ e được thêm vào giữa các phụ âm để giúp đánh vần chúng. Ví dụ, nfr "good" (tốt) thường được viết là nefer. Nó không phản ánh nguyên âm Ai Cập, vốn khó khiểu, mà chỉ đơn giản là cách viết được quy ước hiện tại. Tương tự và thường được chuyển tự thành a, như trong Ra.