Halmahera là nơi có một số dự án khai thác mỏ. Tập đoàn Newcrest Mining của Australia là chủ sở hữu chính của hai mỏ vàng trên đảo. Mỏ Gosowong là mỏ khai thác theo kiểu lộ thiên và quy trình xyanua, hoạt động từ tháng 6 năm 1999 tới tháng 5 năm 2002 nhưng hiện nay đã đóng cửa. Mỏ Toguraci bắt đầu hoạt động từ tháng 2 năm 2004. Mỏ này là nguyên nhân gây mâu thuẫn giữa cư dân địa phương và công ty khai thác mỏ. Mỏ này nằm trong khu vực rừng mà theo cư dân địa phương thì được bảo vệ theo luật pháp Indonesia. Tháng 1 năm 2004, tổng thống khi đó là bà Megawati đã ký một sắc lệnh sửa đổi trong luật Lâm nghiệp, mà theo Newcrest Mining, thì nó đảm bảo rằng hoạt động của tập đoàn này nằm trong phạm vi luật cho phép.