Ngoài số lượng nạn nhân, một số nhà phê bình Nhật Bản thậm chí đã tranh luận về việc liệu vụ thảm sát có thực sự xảy ra. Trong khi Chính phủ Nhật Bản đã thừa nhận vụ việc thật sự đã xảy ra, những người cực đoan đã trưng ra lý lẽ của mình bắt đầu bằng những tuyên bố của Quân đội Thiên hoàng tại Tòa án Quân sự Quốc tế vùng Viễn Đông rằng số người chết đều thuộc quân đội và những hành động thù địch với dân thường không hề xảy ra. Tuy nhiên, một số lượng khổng lồ các bằng chứng đã chống lại luận điểm đó. Sự tồn tại của vụ việc đã nhiều lần được khẳng định thông qua những lời tuyên bố của các chứng nhân phương Tây tại Tòa án Quân sự Quốc tế vùng Viễn Đông cũng như của những người đã tận mắt chứng kiến các thường dân bị thảm sát và phụ nữ bị binh lính Nhật hãm hiếp. Nhiều bộ sưu tập ảnh về các xác chết phụ nữ và trẻ em Trung Quốc hiện cũng đang tồn tại. Những tìm kiếm khảo cổ học gần đây càng ủng hộ lý lẽ về sự thực của vụ thảm sát.