Theo nhà văn Sơn Nam, địa hình Bến Nghé gồm hai vùng rõ rệt. Phía bắc là gò đất cao, nơi xây dựng thành trì; còn phía nam là đất thấp, vùng sình lầy ven rạch Bến Nghé. Nhà cửa phần nhiều là nhà sàn của dân nằm san sát ven kênh rạch, tại các khu chợ thì có những dãy nhà mái lợp ngói, cột gỗ, vách trát vôi (chủ yếu của quan lại, điền chủ). Trong vùng lúc này đã hình thành nhiều khu chợ như: chợ Bến Thành (đây là chợ chính của hệ thống chợ Bến Nghé), chợ Bến Sỏi, chợ Điều Khiển, chợ Thị Nghè, chợ Tân Kiểng... Ghe thuyền vẫn là phương tiện đi lại chủ yếu của người dân nhờ có mạng lưới kênh rạch chằng chịt. Sau cuộc nổi dậy Lê Văn Khôi, vua Minh Mạng cho phá bỏ thành Quy (thành Bát Quái) và xây thành mới nhỏ hơn là thành Phụng, lúc này chợ và phố xá tại Bến Nghé cũng bị tàn phá ít nhiều.