Thời gian của vụ việc cũng được định nghĩa theo khu vực địa lý của nó: người Nhật vào khu vực này càng sớm thì thời gian càng kéo dài. Trận Nam Kinh chấm dứt ngày 13 tháng 12, khi các sư đoàn của Quân đội Nhật Bản vượt qua bức tường bao thành phố Nam Kinh. Tòa án Tội phạm Chiến tranh Tokyo đã định nghĩa giai đoạn cuộc thảm sát là sáu tuần kể từ sau sự kiện đó. Những ước tính khác thận trọng hơn nói cuộc thảm sát bắt đầu ngày 14 tháng 12, khi quân đội xâm nhập An toàn khu, và rằng nó chấm dứt sau 6 tuần. Các nhà sử học định nghĩa vụ Thảm sát Nam Kinh bắt đầu từ khi quân đội Nhật tiến vào tỉnh Giang Tô coi vụ thảm sát bắt đầu vào khoảng giữa tháng 11 tới đầu tháng 12 (Suzhou thất thủ ngày 19 tháng 11), và chấm dứt ở cuối tháng 3 năm 1938. Vì thế, số lượng nạn nhân do các nhà sử học này đưa ra cũng lớn hơn nhiều so với ước tính của những nguồn thận trọng hơn.