Dòng chảy 
Sông Quây Sơn có chiều dài 89 km với diện tích lưu vực là 1.160 km², độ cao trung bình của sông là 556 m. Đoạn sông Quây Sơn chảy trên lãnh thổ Việt Nam dài 49 km với diện tích lưu vực 475 km² (theo Bộ Tài nguyên và Môi trường Việt Nam) hoặc dài 38 km với diện tích lưu vực là 370 km2 (theo Bách khoa toàn thư Việt Nam), Tại Việt Nam, sông có một chi lưu là suối Cạn có chiều dài 20 km.