結果
 ・取得したデータ量(配列数)
 MIG-seq法に用いた236サンプルのうち、同一個体からの重複サンプルを除いた合計221サンプルを以降の解析に用いた。合計64316020リード(1サンプルあたり平均291022±5074リード、159654~505370)の配列が得られ、Quality controlにより60945325リード(1サンプルあたり平均275770±4822リード、151481~486104)が選抜された。Stacksによる解析により、80%以上のサンプルが保有する2782 SNPを決定した。
 
 ・ウツクシマツと普通マツの遺伝的関係
 主成分分析の結果、第一主成分の寄与率は6.4%、第二主成分の寄与率は3.0%だった。多くのサンプルが対象の中心部にまとまり、自生地ウツクシマツ(U)と自生地普通マツ(P)の間に明瞭な違いが認められなかった。一方、平松育苗ウツクシマツ稚樹(G)の一部は他の集団の近くに配置されたものの、残りの多くは離れた位置に配置された。
 
 ・最尤系統解析
 最尤系統関係解析を行った結果、ブートストラップ値は、多くの主要な分岐で極めて低い値であり、全体として明瞭な分化が認められなかった。自生地ウツクシマツ(U)は、まとまったクラスターを形成することなく散らばっており、自生地普通マツ(P)との間にも明瞭な分化が認められなかった。一方、平松育苗ウツクシマツ稚樹(G)の多くは比較的明瞭なクラスターを形成し、互いに遺伝的に近縁な個体群であると推定された。
 
 ・遺伝的集団構造解析(ADMIXTURE解析)
 ADMIXTURE解析の結果、自生地ウツクシマツ(U)と自生地普通マツ(P)の間には、どのKの値においても明瞭な違いが認められなかった。最適な想定集団数を示すCV error(交差検証)の値は2から10までの間に大きな違いはみられなかった。

カテゴリ: 生物学
質問: 第二主成分の寄与率は、第一主成分の寄与率と比べて何%低いですか。
回答: 第二主成分の寄与率は、第一主成分の寄与率と比べて3.4%低いです。

カテゴリ: 生物学
質問: MIG-seq法に用いたサンプル全体のうち、同一個体からの重複サンプルは、いくつありましたか。
回答: MIG-seq法に用いたサンプル全体のうち、同一個体からの重複サンプルは15ありました。

カテゴリ: 生物学
質問: Quality controlにより選抜されなかった配列は、何リードですか。
回答: Quality controlにより選抜されなかった配列は、3370695リードです。