系統解析
 得られた塩基配列のアライメントはDNASISおよびMEGA6.06を用いて行った。Cytb遺伝子(1045bp)、COI遺伝子(400bp)、RAG1遺伝子(755bp)の塩基配列の各々を基に、また、3つの遺伝子の塩基配列を結合させて、MrBayes ver. 3.1.2(Huelsenbeck et al. 2001)を用いてベイズ、MEGA6.06を用いて近隣結合(NJ)法、PAUP4.0(Swofford, 2002)を用いて最大節約(MP)法による系統樹を構築した。また、Tang et al.(2011)のカマツカ類のCytb遺伝子(1045bp)、COI遺伝子(353bp)、RAG1遺伝子(755bp)とKim et al.(2013)のクロムギツクPseudopungtungia nigraのRAG1遺伝子(755bp)の塩基配列をDNAデータベースから引用し、本研究で得られたカマツカ類の塩基配列と合わせて、3つの遺伝子の塩基配列を結合させてベイズ系統樹を構築した。さらに、Kakioka et al.(2013)のホンモロコ、タモロコのE1グループ、E2グループ、E3グループ、Tang et al.(2011)のタモロコのCytb遺伝子(1045bp)の塩基配列をDNAデータベースから引用し、本研究で得られたタモロコ属9個体の塩基配列と合わせてベイズ系統樹を構築した。
 ベイズ系統樹の構築の際、BEAST ver.2.6.6(Bouckaert et al. 2014) を用い、MCMC(マルコフ連鎖モンテカルロ法)解析を行った。MCMCのChain Lengthは100,000,000世代とし、1000世代毎にサンプリングを行い、TreeAnnotatorにてChain Lengthのうち10%にあたる最初の10,000,000世代を切り捨て、残りの世代から合意樹、枝長、事後確率を計算した。近隣結合系統樹の構築の際、NJ法の遺伝的距離は木村の2パラメーター法(Kimura 1980)により算出した。最大節約系統樹は発見的探索法(Heuristic search)により構築した。また、NJ法とMP法による系統樹の樹形の信頼性を評価するために、1000回の反復によるブートストラップ検定を行った。

カテゴリ: 生物学
質問: Chain Lengthのうち合意樹、枝長、事後確率を計算したのは、何世代ですか？
回答: Chain Lengthのうち合意樹、枝長、事後確率を計算したのは、90,000,000世代です。