Phylum

En systématique, le phylum (au pluriel phyla) est le deuxième niveau dans la classification classique des espèces vivantes, le premier étant le règne. Ce terme est accepté par toutes les disciplines concernées par le monde vivant, comme terme principal ou comme terme de remplacement autorisé. Les mots embranchement et division (ou divisio) sont synonymes mais ne sont utilisés que pour certains règnes, embranchement en zoologie et division ou divisio en botanique.

Selon les biologistes Ruggiero  (2015), il existe sept règnes du vivant, constitués de .

Historique et définitions 
Le terme phylum a été inventé en 1866 par Ernst Haeckel à partir du grec phylon (φῦλον, « race »), apparenté à phyle (φυλή, « tribu, clan »). Haeckel a observé que les espèces évoluaient constamment vers de nouvelles espèces qui semblaient conserver peu de caractéristiques cohérentes entre elles et donc peu de caractéristiques qui les distinguaient en tant que groupe distinct (« une unité autonome ») :  qui peut se traduire par : 
En taxinomie végétale, August Wilhelm Eichler (1883) a classé les plantes en cinq groupes appelés divisions, un terme encore utilisé pour désigner des groupes de plantes, d'algues et de champignons. Les définitions des embranchements zoologiques ont changé depuis les six classes de Carl von Linné et les quatre embranchements de Georges Cuvier.

De manière informelle, les embranchements peuvent être considérés comme des groupements d'organismes basés sur une spécialisation générale du plan d'organisation. Dans sa forme la plus élémentaire, un phylum peut être défini de deux manières : comme un groupe d'organismes présentant un certain degré de similitude morphologique ou développementale (définition phénétique), ou comme un groupe d'organismes présentant un certain degré de parenté évolutive (définition phylogénétique). Il n'est pas satisfaisant de tenter de définir un niveau de la hiérarchie linnéenne sans référence à la parenté (évolutive), mais une définition phénétique est utile pour aborder des questions de nature morphologique, telles que le degré de réussite des différents plans corporels.

Définition basée sur la parenté génétique 
La mesure objective la plus importante dans les définitions ci-dessus est le « certain degré » qui définit comment différents organismes doivent être membres de différents embranchements. L'exigence minimale est que tous les organismes d'un embranchement soient clairement plus étroitement apparentés les uns aux autres qu'à tout autre groupe.10 Même cette exigence est problématique, car elle dépend de la connaissance des relations entre les organismes : à mesure que nous disposons de plus de données, notamment grâce aux études moléculaires, nous sommes en mesure de mieux déterminer les relations entre les groupes. Ainsi, les embranchements peuvent fusionner ou se diviser s'il apparaît clairement qu'ils sont apparentés ou non. Par exemple, les Pogonophores (« vers barbus ») ont été décrits comme un nouveau phylum (les Pogonophora) au milieu du , mais des travaux moléculaires réalisés près d'un demi-siècle plus tard ont révélé qu'il s'agissait d'un groupe d'annélides, ce qui a entraîné la fusion des phylums (les vers barbus constituent désormais une famille d'annélides). D'autre part, l'embranchement hautement parasitaire des Mesozoa s'est scindé en deux embranchements (Orthonectidae et Rhombozoa) lorsqu'on a découvert que les Orthonectidae étaient probablement des deutérostomiens et les Rhombozoa des protostomiens.

Cette mutabilité des embranchements a conduit certains biologistes à demander l'abandon du concept de phylum au profit d'un classement des taxons en clades sans classification formelle en rangs taxinomiques.

Définition basée sur le plan d'organisation 
Les paléontologues Graham Budd et Sören Jensen ont proposé une définition de l'embranchement (ou phylum) basée sur le plan d'organisation (comme Haeckel l'avait fait un siècle plus tôt). Cette définition a été proposée parce que les organismes éteints sont les plus difficiles à classer : ils peuvent être des ramifications qui ont divergé de la ligne d'un phylum avant que tous les caractères définissant le phylum moderne n'aient été acquis. Selon la définition de Budd et Jensen, un phylum est défini par un ensemble de caractères partagés par tous ses représentants vivants.

Cette approche pose quelques problèmes mineurs : par exemple, certains membres d'un phylum peuvent avoir perdu des caractères ancestraux communs à la plupart de ses membres. De plus, cette définition est basée sur un point arbitraire dans le temps : le présent. Cependant, comme elle est basée sur des caractères, elle est facile à appliquer au registre fossile. Un problème majeur est qu'elle est basée sur une décision subjective concernant les groupes d'organismes qui devraient être considérés comme des phylums.

Cette approche est utile car elle facilite la classification des organismes éteints dans le « groupe parent » des phylums auxquels ils ressemblent le plus, en se basant uniquement sur des similitudes importantes sur le plan taxonomique. 10 Cependant, il est difficile de prouver qu'un fossile appartient au groupe de tête d'un phylum, car il doit présenter un caractère unique à un sous-ensemble du groupe de tête.10 En outre, les organismes du groupe de tête d'un phylum peuvent posséder le « plan d'organisation » du phylum sans avoir toutes les caractéristiques nécessaires pour en faire partie. Cela remet en cause l'idée que chaque phylum représente un plan d'organisation distinct.

Une classification fondée sur cette définition peut être fortement influencée par la survie fortuite de groupes rares, ce qui peut rendre un phylum beaucoup plus diversifié qu'il ne le serait autrement.

Suffixes des noms des phylums 
Le nom des phylums se termine par le suffixe -phyta pour les plantes et les algues, par -mycota pour les champignons, par -ota pour les procaryotes (bactéries et archées) et par -viricota pour les virus. Pour le règne animal on ne trouve des suffixes standard qu'en dessous du rang de super-famille.

Liste des phylums par règne

Animaux (Animalia) 
Selon le Catalogue of Life (1er août 2023) :

Plantes (Plantae) 
Selon le Catalogue of Life (1er août 2023) :

Champignons (Fungi) 
Selon le Catalogue of Life (1er août 2023) :

Protozoaires (Protozoa) 
Selon le Catalogue of Life (1er août 2023) :

Chromistes (Chromista) 
Selon le Catalogue of Life (1er août 2023) :

Bactéries (Bacteria) 

Selon la LPSN (1er août 2023) :

Archées (Archaea) 
Selon la LPSN (1er août 2023) :

Virus 

Selon lInternational Committee on Taxonomy of Viruses (1er août 2023) :

Autres rangs taxonomiques

Notes et références

Notes

Références

Voir aussi

Articles connexes 
 Classification scientifique
 Classification classique
 Règne végétal
 Règne animal
 Classification phylogénétique
 Cladistique

Liens externes 

Rang taxinomique