Classificatie en evolutie

Classificatie van organismen, indeling naar evolutionaire afstamming.

Alle organismen op aarde die "levend" worden genoemd, bestaan minimaal uit een cel met celmembraan, een cytoplasma, enzymen (bijna altijd eiwitten) en erfelijk materiaal. Omdat virussen niet voldoen aan al deze criteria worden deze uitgesloten. Het erfelijk materiaal bestaat uit dubbelstrengs-DNA. Volgens de evolutietheorie worden alle organismen en de virussen verondersteld één gemeenschappelijke voorouder te hebben gehad, die bekendstaat als LUCA (Last Universal Common Ancestor, maar ook weleens Last Universal Cellular Ancestor als de virussen worden uitgesloten).

Kenmerken van het leven 
Eigenschappen van leven zijn onder andere:

 homeostase: het vermogen van een organisme om het interne milieu constant te houden.
 leven vertoont organisatie en structuur: er is een verband tussen vorm (anatomie, histologie, morfologie) en functie (fysiologie, gedrag). De basale bouwstenen van het leven zijn cellen.
 metabolisme of stofwisseling: het opnemen van energie van het geheel van biochemische processen die plaatsvinden in cellen en organismen ten behoeve van de activiteit, groei, voortplanting en instandhouding. Energie wordt van de ene vorm in de andere vorm getransformeerd.
 groei: het proces van toename van grootte en complexiteit.
 Er vinden aanpassingen plaats in structuren of gedrag, die de organismen beter in staat stellen te overleven of voor nageslacht te zorgen. Dit principe van adaptatie aan het milieu is fundamenteel voor de evolutie van populaties.
 prikkelbaarheid: het kunnen reageren op stimuli, op veranderingen in het uitwendige of inwendige milieu van het organisme.
 voortplanting: het proces waarbij een organisme voor nakomelingen en voor het voortbestaan van de soort zorgt. Voor geslachtelijke voortplanting zijn twee individuen nodig. De nakomeling hebben kenmerken van beide ouders in nieuwe combinaties.

Taxonomie 
De oude indeling van de eukaryoten in planten en dieren is geleidelijk losgelaten. In de jaren 60 van de 20e eeuw werden eerst de schimmels (Fungi) als aparte groep erkend, later werden nog vele andere groepen organismen naast de planten, dieren en schimmels geplaatst omdat uit studie bleek dat het onhoudbaar was om bepaalde organismen binnen een van die drie groepen te houden. Veel van deze groepen kwamen in de vergaarbak van de protisten. Voorbeelden van moeilijk plaatsbare groepen zijn de roodwieren (uit de plantengroep gehaald) en de slijmzwammen (lijken slechts oppervlakkig op schimmels en zijn uit de Fungi gehaald).

Veel oudere groepsnamen zoals monera, prokaryoten, protisten of protoctista worden nog om praktische redenen gebruikt. Ze komen nog veel voor in bestaande literatuur en op websites, maar worden in de moderne taxonomie niet meer gebruikt. Een classificatie wordt geacht de evolutie van de organismen te weerspiegelen. Onderstaande indeling is naar recente inzichten. Een goede indeling moet monofyletisch zijn, dat wil zeggen dat alle organismen in de groep zijn terug te voeren op dezelfde voorouder, en dat alle nakomelingen van deze voorouder tot de groep behoren. Door enkele onduidelijkheden in de afstamming is onderstaande indeling waarschijnlijk nog niet geheel monofyletisch.

'Domein' van de virussen 

Virussen worden strikt genomen niet als "levend" beschouwd, omdat enkele belangrijke kenmerken van het leven ontbreken. Wel zijn ze verwant aan organismen en vertonen ze evolutie, die zelfs sneller kan verlopen dan bij organismen. Een virus is een stukje erfelijk materiaal verpakt in enkele eiwitten. Een virus is (dan wel heeft) geen cel met enzymen die voor de groei en vermenigvuldiging zorgen. Voor vermenigvuldiging is een virus volledig afhankelijk van een gastheercel. De gastheercel maakt nieuwe virusdeeltjes. Vanuit deze optiek gezien is een virus de ultieme parasiet.

Afhankelijk van de manier waarop een virus zijn erfelijk materiaal (DNA of RNA) vermenigvuldigt kan ook de volgende kunstmatige indeling in drie groepen worden gemaakt:
 "Domein" Virussen (niet-cellulair, plaats onduidelijk, parafyletisch)
 DNA-virussen
 Dubbelstrengs-DNA-virussen (dsDNA, 22 families)
 Enkelstrengs-DNA-virussen (ssDNA, 6 families)
 RNA-virussen
 Dubbelstrengs-RNA-virussen (dsRNA, 7 families)
 Negatief-strengs-enkelstrengs-RNA-virussen (-ssRNA, 7 families)
 Positief-strengs-enkelstrengs-RNA-virussen (+ssRNA, 24 families)
 Subvirale agentia
 Viroïden (2 families)
 Satellieten (2 families)
 Prionen (1 familie)

Het cellulaire leven

Zie ook 
 Biologie
 Classificatie
 Evolutie
 Taxonomie
 Fylogenie

Classificatiesysteem
Evolutiebiologie
Taxonomie