SARS-CoV-2 Delta-varianten

Lineage B.1.617, også kjent som VUI (Variant Under Investigation)-21APR-01, er en av de kjente varianter av SARS-CoV-2, viruset som forårsaker covid-19.

Navn
Den 1. juni 2021 navngav Verdens helseorganisasjon (WHO) Lineage B.1.617 som Delta-varianten.

Bakgrunn, beskrivelse
Den ble først identifisert i India den 5. oktober 2020 og er en «dobbelmutasjonvariant». Den undervarianten som syntes å spre seg raskest ble i mai designert VOC (Variant Of Concern)-21APR-02.

Med «dobbel mutasjon» siktes det til B.1.617s mutasjoner i SARS-CoV-2s piggproteins kodesekvens i posisjonene 484 og 452 - E484Q og L452R. Den terminologien er omstridt. Kristian Andersen, forsker innen smittsomme sykdommer, sa til radiostasjonen NPR at «SARS-CoV-2 muterer hele tiden. Det er en mengde dobbeltmutasjoner overalt. Varianten i  India burde ikke omtales slik.»

Undervarianter («sublineages»)
Trass i sitt navn var B.1.617.3 den første sublineage av varianten som ble oppdaget, i oktober  2020 i India. Denne har vist seg å være relativt uvanlig sammenlignet med de to andre undervariantene, B.1.617.1 og B.1.617.2, som begge ble først oppdaget i desember 2020. Det var få kjente tilfeller av B.1.617 (av noen undervariant) inntil tidlig februar 2021, det det kom til en betydelig økning.

Den 7. mai 2021 omkategoriserte britiske forskere ved Public Health England én av de tre undervariantene, B.1.617.2, til «Variant of Concern» (VOC-21APR-02), etter at de i mai hadde funnet det evident den spredte seg raskere enn den opprinnelige versjonen av viruset. En annen grunn var at de hadde identifisert 48 klynger (clusters) av B.1.617.2, noe som tilkjennegav en grad av almen smitteoverføring i befolkninger.

Både B.1.617.1 og B.1.617.3 har E484Q-mutasjon, men B.1.617.2 har den ikke.

B.1.617.1 er senere blitt katalogisert i WHOs forenklede system som Kappa-varianten.

Mutasjoner
B.1.617-genomet har 13 mutasjoner som utgjør endringer av dets koding. Tre av dem, samtlige i virusets piggproteinkode, anses som særlig bekymringsfulle:
E484Q. Denne mutasjonen i posisjon 484, en glutaminsyre-til-glutamin-substitusjon, gir B.1.617-varianten et sterkerer bindingpotensial til hACE2 (den humane ACE2-reseptoren), og dessuten en større evne til å unngå immunsystemet det står overfor enn det andre varianter har. 
L452R. Denne mutasjonen i posisjon 452, en leucin-til-arginin-substitusjon, gir en sterkere affinitet i piggproteinet for ACE2-reseptoren og immunsystemets evne til å oppdage viruset svekkes. 

Disse mutasjonene er hver for seg ikke unike for varianten; det er at de er tilstede samtidig som er det unike.

P681R. Denne mutasjonen i posisjon 681, en prolin-til-arginin-substitusjon, kan, ifølge William A. Haseltine, øke smittespredende evne på cellenivå (boost cell-level infectivity).

«Delta Plus»
I juli 2021 ble det oppmerksomhet om en utgave av Delta-varianten som fryktes å være enda mer alarmerende. Denne er en Delta med tilleggsmutasjonen 
K417N. og har fått tilnavnene «Delta Plus»" eller «Nepal-varianten». Den nevnte K417N-mutasjonen er også til stede i Beta-varianten. 

Det var forskeren Vinod Scaria ved Indias Institute of Genomics and Integrative Biology som i juni 2021 satte et kraftig søkelys på denne B.1.617.2.1-varianten (AY.1 eller Delta Plus. B.1.617.2.1 var først oppdaget i Europa i mars 2021, og er senere dukket opp i Asia og Amerika. 

En annen av Indias fremste virologer, professor Shahid Jameel, fryktet sent i juli at Delta Plus kunne overvinne immunitet både skapt ved covid-vaksiner og immunitet oppbygd fra tidligere virusinfeksjoner. Han mente det var god grunn til å anta at Delta Plus er resistent både mot antistoff- og vaksine-immunitet, og dessuten mot medisinbruk som hemmer covid fra å utvikle seg i kroppen, slik som den nye monoklonale antistoffbehandling som markedsføres i India av Roche og Cipla, selv om disse medisiner har oppvist gode resultater brukt mot eldre varianter.

Delta Plus var pr 21. juni 2021 ifølge helseminister Rajesh Tope i delstaten Maharashtra - i Ratnagiri, Jalgaon, Mumbai, Palghar, Thane og i Sindhudurg.

I midten av oktober 2021 ekspanderte AY.4.2-Delta sublineage i England, og gjort til gjenstand for monitorering og vurdering. Den har mutasjonene A222V og Y145H i  spikeproteinet, noe som ikke er ansett som særlig bekymringsverdig. Det er blitt tenkt at AY.4.2 kanskje hunne være 10-15% mer smittsom en den opprinnelige Delta-varianten, men at dette ikke turde føre til noen stor økning av sykdomstilfeller.

Karakteristika
Pågående forskning tyder på at varianten er lettere overførbar - mer smittsom - enn tidligere varianter. Hvorvidt dette betyr noe for de vaksiner som er i bruk (april 2021) er gjenstand for utredning.

Tall fra den indiske regjerings Integrated Disease Surveillance Programme (IDSP) viser at rundt 32% av  pasienter, både på sykehus og utenfor sykehus, var under 30 i den indiske andre bølge, sammenlignet med 31% under første bølge. I aldersgruppen 30-40 steg 20-39-spennet til 25,5% fra 23,7% tidligere. Tallene påviste også en høyere andel asymptomatiske pasienter som ble innlagt på sykehus, slike som kun hadde sterke pustesbesvær.

Vaksineeffektivitet
ICMR fant at convalescent serum hos covid-19-rammede og mottagere av Bharat Biotechs BBV152-vaksine (Covaxin) var i stand til å nøytralisere VUI B.1.617, men med en svakere effekt. 

Anurag Agrawal, direktør for Director of the Institute of Genomics and Integrative Biology (IGIB), sa at analyser av de anvendte vaksiner i forhold til B.1.617-varianten av SARS-CoV2 at infeksjonene etter vaksinering var mildere. «Initial positive neutralisation studies of B.1.617, with both post-Covaxin or Covishield sera, are correlatable with milder disease during post-vaccination breakthrough infections. This is a positive while we get quantitative data for better understanding of infection protection,» skrev  Agrawal i en tweet 27. april.

Centers for Disease Control and Prevention (CDC) publiserte i juli 2021 tall som viste at Pfizer-vaksinen var mindre effektiv mot delta-varianten enn mot alfa-varianten. Beskyttelsen mot sykdom etter to doser varierte fra 64% til 87% (mot over 90% for alfa), men vaksinen var fremdeles minst 93% effektiv mot alvorlig sykdom og død.

Spredning
Per 27. april 2021 var varianten blitt funnet i 20 land. Internasjonal spredning ble oppdaget i slutten av februar: For eksempel i Storbritannia den 22. februar, USA 23. februar, og Singapore  26. februar.

Canadas første bekreftede tilfelle av the varianten ble identifisert i Quebec 21. april 2021, og senere samme dag ble 39 tilfeller identifisert i British Columbia. Alberta reported a single case of the variant 22. april 2021.

Fiji bekreftet sitt første tilfelle den 19. april 2021 i Lautoka, og det ble på drøyt en uke bekreftet 42 tilfeller i landet. Varianten e blitt indenrifiser so en superspreder og utløste lockdowns av fem byer (Lautoka, Nadi, Suva, Lami og Nausori), som samlet står for to tredeler av Fijis befolkni.

Den 29. april 2021 ble det meldt at tre prøver tatt der i mars hadde vist seg  å være av varianten. 

Filippinene bekreftet sine to første funn av varianten den 11. mai 2021, trass i innreiseforbudet fra landene på det indiske subkontinent. Ingen av de de to pasientene hadde vært i India de to forutgående ukene, men var innrest fra Oman og UAE.

I juli anslo CDC at en person smittet med Delta-varianten i gjennomsnitt smitter 9-10 andre, som gjør viruset like smittsomt som vannkopper.

Se også
SARS-CoV-2 Alfa-varianten
SARS-CoV-2 Beta-varianten
SARS-CoV-2 Gamma-varianten
SARS-CoV-2 Iota-varianten

Referanser

Eksterne lenker
 Public Health England: Variants of concern or under investigation, B.1.617

S04