SARS-CoV-2 Omikron-varianten

SARS-CoV-2 Omikron-varianten (også kjent som lineage B.1.1.529, GISAID-identifikator GR/484A, og Nextstrain-identifikator 21K) er en av variantene av SARS-CoV-2, viruset som forårsaker covid-19. Den ble rapportert av Verdens Helseorganisasjon (WHO) fra Sør-Afrika den 24. november 2021.

Navngivning
Den 26. november 2021 designerte WHOs Technical Advisory Group on SARS-CoV-2 Virus Evolution B.1.1.529 som en Variant of Concern og WHO gav det navnet Omikron.

Man hoppet over den greske bokstaven Ny, likeledes ble Ksi (Xi) hoppet over, uten at noen ny variant ble assignert til disse bokstavene. Den greske bokstaven O/o transkriberes, uttales og ser ut som det latinske alfabetets O; gresk Ν/ν transkriberes enten ny eller nu, gresk Ξ/ξ transkriberes enten ksi eller xi - det siste slik den kinesiske president 习近平 - Xi Jinpings slektsnavn romaniseres i pinyin-systemet.

Historie og spredning 
Det første kjente speciment ble hentet inn den 9. november 2021 fra Botswana. Den ble også oppdaget i Sør-Afrika; ett tilfelle hadde reist til Hongkong, ett bekreftet tilfelle var identifisert i Israel hos en reisende som var returnert fra Malawi, sammen med to som hadde returnert fra Sør-Afrika og én fra Madagaskar. Et bekreftet tilfelle i Belgia syntes på ha blitt smittet i Egypt før den 11. november. Innen 3 uker var viruset oppdaget i 87 land. 

Flere land innførte innreiseforbud for ankommende fra det sørlige Afrika: Dette er blitt gjort av Japan, Den europeiske union, Israel, Storbritannia, og USA.

Omikron spredte seg også blant vaksinerte, og i Storbritannia var det effektive reproduksjonstallet for omikron-varianten 3,47 tidlig i desember, mens delta-varianten hadde mindre enn 1.  I Sør-Afrika var det effektive reproduksjonstallet nasjonalt 2,55 mens det i Guateng-regionen var over 3. Omikron variantens evne til å smitte vaksinerte eller tidligere smittede med andre varianter har ført til rask spredning også grupper med høy immunitet mot de tidligere variantene. 

Et spørsmål som er vel så viktig som geografien, er hvordan omikron kan ha oppstått. En artikkel publisert i desember 2021 i Science observerte at omikron ikke utviklet seg fra noen av de andre notable covid-varianter per 2021, men fra et egen «løype» som skilte seg ut fra hovedfeltet en gang i midten av år 2020. Dette er senere blitt generelt akseptert; men hvordan det kunne være mulig at en slik egen utviklingslinje kunne ha gått ubemerket til inn i november 2021, var uklart. Det ble i Science drøftet tre muligheter:

 Viruset kan ha sirkulert og utviklet seg i en befolkning som var lite påaktet - kanskje også isolert boende - og med lite sekvensering av smittefunn.
 Viruset kan ha utviklet seg over lang tid i en enkeltperson, som en pasient med kronisk covid-19, og eventuelt med andre sykdommer.
 Viruset kan ha utviklet seg i ikke-menneskelige arter, og så til slutt atter funnet veien tilbake til mennesker. Denne siste hypotesen fant noe støtte ved en forskningsrapport (pre-print-publisert) av 24. desember 2021 som ut fra analyser pekte på mus.

Alle disse tre hypoteser har til felles at de ikke dermed bygger opp om det dreier seg om den forventede gradvise svekking av et virus' farlighetsgrad over tid - som gjest fra fortiden er den ikke en utvikling fra virusene fra den mer umiddelbare fortid.

Mutasjoner og epidemiologi 
Varianten har et høyt antall mutasjoner, hvorav noen vekker særlig bekymring. Antallet funn i lineage B.1.1.529 er stigende i deler av Sør-Afrika, for det meste i provinsen Gauteng. Noen observasjoner viser at denne varianten innebærer en høyere risiko for reinfeksjon. Studier er under utarbeidelse for å evaluere mer presist hvordan viruset befinner seg med hensyn til smittsomhet, mortalitet og annet. Gransking pågår, også om vaksinenes effektivitet overfor varianten.

Tidlige undersøkelser tyder på at virusvarianten har forhøyet risiko for reinfeksjon, som vil si at tidligere koronasmittede kan bli smittet på nytt.

Varianten karakteriseres av 30 aminosyreendringer, tre små delesjoner og én liten innsetting i piggproteinet sammenlignet med det opprinnelige viruset, hvorav 15 er å finne i det reseptorbindende domene (residues 319-541). Det er også en rekke endringer og delesoner i andre genomiske regioner. Varianten har tre mutasjoner i furinspaltestedet (furin cleavage site). Furinspaltestedet forøker SARS-CoV-2-virusets infektivitet (smitteevne). Organisert etter genomisk region er mutasjonene de følgende:
 Piggprotein: A67V, Δ69-70, T95I, G142D, Δ143-145, Δ211, L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F
 ORF1ab
 nsp3: K38R, V1069I, Δ1265, L1266I, A1892T
 nsp4: T492I
 nsp5: P132H
 nsp6: Δ105-107, A189V
 nsp12: P323L
 nsp14: I42V
 Envelope protein: T9I
 Membrane protein: D3G, Q19E, A63T
 Nucleocapsid protein: P13L, Δ31-33, R203K, G204R

Subvarianter 2021–2022
På tampen av i 2021 fremstod det flere subvarianter av omikron som - trass omtrent uendet sykdomsforløpsprognose for de smittede - var bekymringsverdige fordi de spredte seg lettere (var mer smittsomme) og kunne i større grad omgå menneskers immunforsvar, også fullvaksinertes eller tidligere smittedes. Dersom tiden siden siste vaksinering var lang, steg risikoen.

BA.4 og BA.5 - Tidlig i mai 2022 tilkom varsko om omikronvariantene BA.4 og BA.5, som ble identifisert i Sør-Afrika, et av de få land som fortsatt sekvenserte store antall positive covid-19-tester. Siste på listen er Omicron-undervariantene BA.4 og BA.5, som nylig ble identifisert i Sør-Afrika, et av få land som fortsatt sekvenserer et stort antall covid-19-tester. Sør-Afrika hadde sett en rask økning i positive tester for covid-19, og myndighetene mente at BA.4 og BA.5 var ansvarlige. National Institute of Clinical Diseases i Sør-Afrika rapporterte at BA.4 og BA.5 var «Omikron-virus med en ny kombinasjon av mutasjoner.» Forskere i landet oppdaget BA.4 første gang 10. januar 2022, og den har siden spredt seg over hele Sør-Afrika, og utgjorde i mai nå 35 % av de positive testene. omikron subvariant BA.5 ble identifisert 25. februar, og utgjorde i mai 20 % av tilfellene i flere sørafrikanske regioner.

Begge undervariantene ligner på omikron BA.2, som siden senhøstes 2021 var blitt dominerende i Storbritannia, det kontinentale Europa og i USA. BA.3 har hatt sin styrke i Østasia.

Omikron-subvariantene BA.4 og BA.5 har identiske mutasjoner på piggproteinet – den delen av viruset som fester seg til reseptorer på menneskeceller – som skiller dem fra BA.2. Hver subvariant har sine egne forskjellige mutasjoner i andre områder av viruset. BA.4 ble erklært som en Variant of Concern i Storbritannia, og i midten av mai ble det funnet tilfeller i Vietnam og ved innreisetesting på Filippinene. 

BA.5 var dominant i Portugal per 25. mai, der to tredeler av alle nye tilfeller var av den subvarianten. Den 24. juni var BA.4 og BA.5 sammen blitt dominante subvarianter i Storbritannia og Tyskland. De samme to ble funnet å være dominante i USA per 28. juni. I slutten av juni stod BA.5 i Frankrike med 59% av nye tilfeller.

BA.5-varianten av omikron ble av FHI den 29. juni erklært å være klart dominerende i Norge, og at den da drev økningen i epidemien. Antallet innleggelser økte, skrev FHI, men det var foreløpig ingen tydelig økning i innleggelser på intensivavdeling.

I september 2022 var 95% av alle korona-smittede i Norge smittet av Omikron BA.5 viruset.

BA.2.75.2 ble oppdaget i oktober 2022 i Stockholm. Antistoffer er bare en sjettedel så effektive mot denne undervarianten, sammenlignet med BA.5. Denne varianten er også mer motstandsdyktig mot flere antivirale legemidler som brukes for å behandle personer med høy risiko for alvorlig covid-19.

Risikofaktorer 
FHI publiserte i mai 2022 "Covid-19: Omikron-variant og risikofaktorer for alvorlig sykdom – hurtigoversikt". Den sier at:

Etter omikron-smitte har uvaksinerte førstegangssmittede høyere risiko for alvorlig sykdom enn vaksinerte. Risiko for alvorlig sykdom ser ut til å avhenge av kjønn, alder og antall tilleggssykdommer (komorbiditet). Uvaksinerte menn i aldersgruppen 40-64 år med to eller flere tilleggssykdommer har ca. 12 prosent risiko for alvorlig sykdom.

Etter omikron-smitte er risiko for alvorlig covid-19 blant vaksinerte som er yngre enn 65 år lav for begge kjønn, selv for personer med tilleggssykdommer.

Etter omikron-smitte er risiko for alvorlig covid-19 forhøyet blant vaksinerte som er 65 år og eldre som også har èn eller flere tilleggssykdommer.

Prevensjon
WHO anbefalte at folk burde fortsette med å lufte godt i trange rom, unngå sammenstimlinger og tett kontakt, bære masker som passer godt, vaske hendene hyppig, og la seg vaksinere.

Referanser

S15