A fine ottobre 1959 venne nominato nuovo capo dell'UAR Ulderico Caputo, che si era distino per avere ideato insieme a Barletta un piano per mettere fuori gioco il PCI. Nonostante tale precedente, non abbiamo altre informazioni su azioni eclatanti: anzi, prese la sua nomina come una gravissima e non gradita responsabilità per il disastroso stato della situazione ereditata. Passato il ciclone triestino, per gli Affari Riservati iniziò una fase di transizione. Il solo cambiamento rispetto al periodo di De Nozza e Beneforti consistette nel definitivo scioglimento del G.O. Per il resto, Caputo si limitò a riorganizzare l'UAR in 5 sezioni:

- 1. Si doveva occupare dei partiti di sinistra (divisa in 1A e 1B)

2. Si doveva occupare di vigilare sugli stranieri sospetti e le attività economiche dei partiti

- 3. Si doveva occupare del casellario politico centrale
- 4. Si doveva occupare delle relazioni periodiche sulla situazione del Paese e servizio stampa
- 5. Servizio di ragioneria

Con Caputo iniziò un periodo di normalizzazione dei rapporti con le questure e si cercò di evitare il sorgere di nuovi contrasti. La direzione di Caputo terminò nel marzo del 1961 quando divenne questore di Torino e al suo posto il presidente Scelba nominò Efisio Ortona. Un'estinzione rimase al vertice per tre anni. Tra le operazioni più significative oggi documentabili, durante la sua direzione, nell'aprile del 1962, si ricorda l'aggancio di un commercialista milanese che avrebbe rivestito alte cariche nel PCI e a cui venne assegnato il nome in codice di 'Dr. Verde'. L'arma utilizzata per reclutarle è il ricatto. Egli avrebbe avuto in passato legami con con iscrizione segreti esteri e un ruolo preminente in un giro di tangenti finite in mano ad amministrazioni locali governate dal PCI. Viene posto quindi davanti ad un diktat: o affrontare lo scandalo pubblico, o collaborare con il Viminale: scelse questa seconda opzione. Sotto la direzione di Ortona, vennero riallacciati i rapporti con i servizi americani. Da un inedito interno, risulta che dal 9 al 25 agosto del 1961 alcuni funzionari dell'UAR si siano recati negli Stati Uniti e si sarebbero incontrati presso la sede della CIA con i massimi dirigenti del servizio segreto americano, tra cui Allen Dulles. Questo incontro sancì la rinascita della fiducia incondizionata fra UAR e CIA. Assieme a Ortona, la missione italiana era composta da Guido Zecca, Bonaventura Provenza, e Federico Umberto D'Amato.

######## II. L'OAS e l'omicidio Mattei

Sull'operato dell'UAR nei primi anni '60, abbiamo un consistente gruppo di note inerenti alle attività dei militanti dell'OAS (Organisation de l'armée secrète) che avevano trovato riparo in Italia. Tra i principali elementi sul suolo italiano si ricordano George Bidault e Jean Susini e tra i politici più legati al movimento Giorgio Almirante e Tullio Abelli. L'arrivo dell'OAS in Italia sarebbe stato facilitato dall'organizzazione Peregrinatio Romana, la quale predisponeva viaggi nella capitale però le comunità cattolicesimo di belgio e Francia. In un'ulteriore ora si sosteneva che il principale centro organizzativo italiano al quale avrebbero fatto capo gli uomini dell'OAS, era l'Istituto San Pio V, fondato a dicembre 1960 dal cardinale Ottaviani e dal monsignor Agustoni. Attraverso quest'ultimo, gli agenti dell'OAS troverebbero protezione in Vaticano. Secondo le informazioni in possesso dell'UAR, i militanti dell'OAS stavano progettando un attentato contro l'allora presidente dell'Eni Enrico Mattei, nemico dell'organizzazione terroristica francese a causa del suo Support agli indipendentisti algerini. Il colonnello Goddard, braccio destro del generale Salam (uno dei fondatori dell'OAS), si incontrerà con personalità cattoliche. Un successivo appunto riferiva della presenza in Italia di Bernard de La Rose, noto per le sue attività di attentatore per conto dei nazionalisti francesi. Egli sarebbe giunto a Roma col reciso incarico di predisporre i un attentato a Mattei: inquietante è un documento in cui si descrive dell'attento al suo aereo. Una bomba ad orologeria sarebbe dovuta esplodere dopo la partenza da Roma, sopra al mediterraneo per evitare inchieste.