Az önkormányzatok egy tanulmányi félévre egy összegben utalják át a Támogatáskezelő Bursa Hungarica számlájára a támogatott hallgatók öthavi önkormányzati támogatási összegét. A Támogatáskezelő a beérkezett önkormányzati ösztöndíjrészeket a kifizetőhelyek (felsőoktatási intézmények) szerint újracsoportosítja, majd a jogosult hallgatók után továbbutalja a kifizető felsőoktatási intézményekhez abban az esetben, ha a felsőoktatási intézmény a hallgatók jogosultságát visszaigazolta, és az önkormányzat utalási kötelezettségét teljesítve a pontos támogatási összeget továbbította a Támogatáskezelő számlájára.

Az intézményi ösztöndíjrész forrása az 51/2007. (III. 26.) Korm. rendelet 18. § (3) bekezdése értelmében az intézmények költségvetésében megjelölt elkülönített forrás.

Az ösztöndíjat (mind az önkormányzati, mind az intézményi ösztöndíjrészt) az a felsőoktatási intézmény folyósítja a hallgatónak, amelytől a hallgató – az állami költségvetés terhére – a hallgatói juttatásokat kapja. Amennyiben a hallgató egy időben több felsőoktatási intézménnyel is hallgatói jogviszonyban áll, az a felsőoktatási intézmény folyósítja számára az ösztöndíjat, amellyel elsőként létesített hallgatói jogviszonyt. A felsőoktatási intézmények szerződése alapján folyó, közösen meghirdetett – egyik szakon nem hitéleti, a másik szakon hitoktató, illetve hittanár – kétszakos képzés esetében a hallgató számára az állami felsőoktatási intézmény folyósítja az ösztöndíjat. A kifizetés előtt a jogosultságot, valamint a hallgatói jogviszony fennállását az intézmény megvizsgálja.

Az ösztöndíj folyósításának kezdete legkorábban: 2016. március. Az önkormányzati ösztöndíjrész kifizetése a tavaszi félévben március hónaptól, az őszi félévben október hónaptól, de legkésőbb a felsőoktatási intézményhez történő átutalást követő első ösztöndíj-kifizetéskor indul, majd a továbbiakban az ösztöndíjfizetés rendje szerint történik.

Az intézményi ösztöndíjrész folyósítása március, illetve október hónapban kezdődik, azt a hallgatói juttatásokkal azonos rendben kell kifizetni. Az intézményi ösztöndíjrészt abban az esetben is ki kell fizetni, ha az önkormányzati ösztöndíjrész fedezete nem áll rendelkezésre az intézmény számláján. Az intézményi ösztöndíjrész független minden más, a felsőoktatási intézményben folyósított támogatástól. Az elnyert ösztöndíjat közvetlen adó- és TB-járulékfizetési kötelezettség nem terheli (lásd a személyi jövedelemadóról szóló 1995. évi CXVII. törvény 1. sz. melléklet 3.2.6. és 4.17. pontját).

Az ösztöndíjban részesülő hallgató köteles az ösztöndíj folyósításának időszaka alatt minden, az ösztöndíj folyósítását érintő változásról haladéktalanul (de legkésőbb 15 napon belül) írásban értesíteni a folyósító felsőoktatási intézményt és a Támogatáskezelőt (levelezési cím: Bursa Hungarica 1381 Budapest, Pf. 1418). A bejelentést az EPER-Bursa rendszeren keresztül kell kezdeményeznie. Az értesítési kötelezettséget a hallgató 5 munkanapon belül köteles teljesíteni az alábbi adatok változásakor:

Az az ösztöndíjas, aki értesítési kötelezettségének elmulasztása miatt esik el az ösztöndíj folyósításától, a tanulmányi félév lezárását követően, legkésőbb június 30-ig, illetve január 31-ig ki nem fizetett ösztöndíjára már nem tarthat igényt.