Déclaration de M. Roger-Gérard Schwartzenberg, ministre de la recherche, interviews à RTL, France Inter, "Le Parisien" et "Le Figaro" du 12 février 2001, sur le programme génome humain notamment l'historique des recherches sur le séquençage, le budget et 
Date: 2001-02-12
Orateur: Roger-Gérard Schwartzenberg
Fonction: FRANCE. Ministre de la recherche

En juin 2000, le Consortium international du projet public de séquençage annonçait l'établissement d'une ébauche de la séquence du génome humain. Aujourd'hui, ce Consortium publie dans la revue Nature une série d'articles analysant ces données. Nous nous trouvons donc à un tournant capital de nos connaissances. Le stade auquel nous sommes parvenus permet maintenant d'avoir une image globale du génome humain, avec toutes les perspectives thérapeutiques et diagnostiques qu'elle ouvre. Nous entrons véritablement aujourd'hui dans la génomique fonctionnelle appliquée à l'homme - sans qu'il soit besoin d'attendre le " polissage " complet de la séquence, qui comporte encore environ 150 000 " trous ". Les analyses publiées aujourd'hui portent sur le nombre de gènes. Elles confirment l'estimation d'environ 34 000 gènes qu'avaient, les premiers, proposée les équipes de recherche du Centre National de Séquençage et de l'UMR 8030 du CNRS, dès le mois de mai 2000. Elles portent aussi sur la lecture des gènes, dans l'ensemble plus complexes que ceux des autres espèces multicellulaires analysés à ce jour. Leur inventaire permet à présent d'identifier lesquels, parmi ces gènes, ont le plus de chances d'être impliqués dans les maladies génétiques. D'une génomique qui était pour l'essentiel descriptive, nous entrons dans une génomique dynamique et prédictive. Une médecine préventive et régénérative en découlera. C'est un nouvel espoir pour le traitement de maladies graves comme les cancers, les diabètes, les maladies neurodégénératives ou des problèmes de santé publique comme l'hypertension ou l'obésité. Ces résultats sont le fruit des efforts conjugués de la recherche publique aux Etats-Unis, en l'Allemagne, au Royaume Uni, au Japon, en Chine et en France. Cette coopération internationale exemplaire a regroupé un millier de scientifiques de seize centres de recherche situés dans ces six pays. Notre participation à ce programme, même si elle est limitée, est qualitativement importante et reconnue par tous. Le Centre National de Séquençage français CNS est le deuxième centre de séquençage européen, bien sûr derrière le centre anglais - financé par le Wellcome Trust -, mais au même niveau que le centre japonais du RIKEN, et devant le centre allemand. Je tiens donc à remercier très chaleureusement tous les chercheurs français qui ont rendu possible le séquençage du génome humain et qui ont contribué à son achèvement - qui intervient, je vous le rappelle, plus de cinq ans avant la date prévue par ses initiateurs en 1990. Je voudrais brièvement rappeler l'implication de la recherche française dans les recherches en génomique, décrire le dispositif mis en place pour assurer, dans les meilleures conditions, l'étape suivante dite " post-séquençage ", enfin exposer les conséquences des travaux publiés aujourd'hui sur la brevetabilité. La France et le séquençage du génome humain Le projet de séquençage du génome humain a nécessité près de trente ans pour se réaliser, et a mobilisé les ressources de la recherche publique. Le grand programme américain de lutte contre le cancer, lancé dans les années 70, et les progrès parallèles de la biologie moléculaire ont créé une autre manière d'étudier le vivant : la génomique. Avec l'automatisation du séquençage, certains biologistes réalisent que l'on peut obtenir le séquençage du génome entier. C'est le projet Human Genome Organization (HUGO), initié en particulier par Lee Hood et James Watson. Il marque le début de l'industrie de la génomique. Un consortium de centres de séquençages se réunit en 1996 pour répartir et harmoniser les recherches entre les pays. C'est ce consortium, auquel la France adhérera en 1999, qui a permis d'arriver aujourd'hui à la réalisation de la première phase du programme. Très tôt, la France a pris conscience de l'importance de la recherche en génomique. Dès 1982, le Centre d'Etudes du Polymorphisme Humain (avec Jean Dausset et Daniel Cohen), puis les associations de malades ( en particulier l'Association Française de Myopathie à partir de 1987 - avec Bernard Barataud, Daniel Cohen, Jean Weissenbach, Mark Lathrop et Charles Auffray) avaient permis de développer une stratégie de recherche utilisant et développant les technologies de la génomique. Les équipes françaises ont été à l'avant-garde des travaux de génomique. Ce sont elles qui ont publié, dès 1993, les premières cartes du génome humain : sans elles, et sans les méthodes radicalement nouvelles inventées par les chercheurs du CEPH et du Généthon d'Evry, la recherche mondiale en génomique n'aurait pas progressé de la même façon. En 1997 puis en 1998, le Gouvernement a créé deux GIP, l'un pour le séquençage d'organismes entiers (le GENOSCOPE ou Centre National de Séquençage), et l'autre pour le génotypage à grande échelle (le Centre National de Génotypage sous la direction de Mark Lathrop). Dès lors la France s'est véritablement engagée dans le programme international de séquençage. Le CNS a pris en charge un chromosome humain complet : le chromosome 14. Sous la direction de Jean Weissenbach, le CNS se démarque des autres centres en utilisant une nouvelle stratégie de séquençage : elle lui permettra d'obtenir non pas une ébauche de séquençage du chromosome 14, mais un séquençage fini de ce chromosome, et de mettre en place les outils nécessaires à l'annotation " in silico " du génome humain. Deux autres programmes très originaux lui ont donné un avantage au niveau mondial pour l'annotation du génome humain : le séquençage de deux librairies de très grande qualité d'ADNc pleine longueur (Homme et souris). le séquençage du poisson tetrahodon, un génome très compact dont la plupart des éléments de séquence sont des gènes identifiables. Ce projet est maintenant rejoint par certains partenaires américains comme Eric Lander (WhiteHead Institute, Boston) ; il est en compétition avec le programme de séquençage d'un autre poisson, le fugu, mené par le Department Of Energy. Les techniques de génie génétique et les techniques de séquençage ont entraîné un bouleversement dans les méthodes et les fonctionnements de la biologie. Pour accéder à une connaissance exhaustive d'un génome ou des composants d'une cellule, il a fallu : automatiser les procédures d'acquisition des données biologiques, et donc développer une instrumentation de la génomique, modifier la gestion du laboratoire et du travail du biologiste, établir de nouvelles relations entre la recherche publique et la recherche privée. Il a donc fallu créer de grands plateaux techniques, véritables Très Grands Equipements de la biologie. La bioinformatique a été inventée en réponse aux nouveaux besoins exprimés. Une nouvelle synergie est née du renforcement des collaborations entre les unités publiques de recherche et les entreprises. Les applications de la génomique vont par ailleurs permettre de créer des emplois dans de grands secteurs industriels comme l'industrie pharmaceutique, l'industrie agro-alimentaire, le secteur de l'environnement. La structuration de la recherche Nous passons donc aujourd'hui du stade de la lecture à celui de la compréhension du texte, qui ouvre sur la génomique fonctionnelle. Des dispositions devaient donc être prises pour que la recherche soit menée avec les structures adéquates. En 1999 a été initié le programme Génomique. Ce programme d'une durée de cinq ans a pour objectifs : le développement des centres de ressources nationaux (GENOSCOPE - Centre National de Séquençage - et Centre National de Génotypage ainsi qu'un nouveau centre pour la bioinformatique, INFOBIOGEN). la mise en place d'un réseau de génopôles, concept que les Etats-Unis ont adopté un an plus tard sous le nom de "Genomic centers". Ces centres sont des instituts régionaux sans murs qui développent et gèrent des plates-formes technologiques associées à des projets à grande échelle. Ils intègrent un ou des programmes de formation en génomique, un fort pôle de bioinformatique et les structures de valorisation adéquates la création de consortiums privé/public permettant de créer et de développer une industrie de la génomique (GENOPLANTE et GENHOMME). Le programme Génome représente un budget de 4 milliards de francs sur cinq ans, dont la répartition est la suivante : - Réseau Genhomme crée en juillet 2000: 1 milliard de francs, (soit 100 MF provenant du Fonds nationale de la Science et 100 MF du Secrétariat d'Etat à l'Industrie chaque année), sans compter le milliard de Francs sur 5 ans provenant du secteur privé. - Réseau Génoplante ; 1 milliard de francs sur 5 ans . - Centres de ressources ( CNS + CNG + INFOBIOGEN ) : 1 milliard de francs sur 5 ans, soit 200 MF par an en provenance du FNS. - Réseau des génopoles : 1 milliard de francs sur 5 ans (seulement 100 MF en 2000, mais montée en puissance à 190 MF en 2001 sur le FNS, et il faut y ajouter 25 MF sur différentes lignes du FRT). Pour l'année 2001, ce sont donc 450 MF qui sont inscrits pour le programme de génomique sur les crédits du Fonds National de Science, et 120 MF sur ceux du Fonds de la recherche technologique. Il convient d'ajouter à ces budgets les dépenses directement issues des organismes de recherche (CNRS, INSERM, INRA, CEA) et des universités - ce qui conduit à une évaluation de l'effort public pour la génomique à plus de 1,2 milliard de francs (dont 570 MF provenant directement du ministère de la Recherche). La question de la brevetabilité Le développement de la génomique et de la post-génomique pose la question de la brevetabilité du génome humain. A cet égard, la directive européenne du 6 juillet 1998 sur la protection juridique des inventions biotechnologiques a conduit la France à expliciter son interprétation de cette directive. Notre position peut se résumer en quatre points : 1 ) Les séquences brutes du génome humain ne sont pas brevetables, elles doivent être mises dans le domaine public. Le génome humain constitue le patrimoine commun de l'humanité : sa connaissance doit appartenir à tous, il ne peut y avoir de confiscation du savoir génétique fondamental. Grâce à la recherche publique, menée sur fonds publics, les données brutes du séquençage seront librement accessible à tous. Sans la recherche publique, il aurait pu en être autrement du fait du comportement initial des sociétés privées américaines, comme Celera Genomics. A cet égard, l'accord entre Celera Genomics et le journal américain Science traduit un progrès, tout en illustrant l'ambiguïté de la fonction de Celera Genomics, sur l'accessibilité aux bases de données génomiques. La totalité de ces bases de données sera disponible librement et gratuitement par les chercheurs académiques. Toutefois, une limitation s'applique au chargement de séquences dont la taille est supérieure à un mégabase. Dans ce cas, le centre de recherche académique doit accepter contractuellement de ne pas redistribuer les données. Les chercheurs de l'industrie pourront eux aussi accéder librement à cette base de données tant qu'ils n'envisagent pas de commercialiser leurs résultats. L'accord a été conçu pour protéger l'investissement fait par Celera pour la production de la séquence du génome humain. Il illustre la dualité de l'attitude de cette société, qui souhaite à la fois la recherche d'une reconnaissance académique et la protection de ses intérêts commerciaux. Bref, malgré ce progrès, les acteurs publics et privés du Projet Génome humain continuent d'avoir une conception au moins partiellement différente sur les problèmes de l'accessibilité aux bases de données génomiques. La recherche publique est la meilleure garante de cette libre accessibilité Je dirais : à recherche publique, information publique, à fonds publics, données publiques. 2 ) Une simple découverte et ce qui existe à l'état naturel n'est pas brevetable. Seule peut l'être une véritable invention biotechnologique. 3 ) La brevetabilité requiert une véritable activité inventive, c'est-à-dire l'identification de la fonction d'un gène, démontrée par voie expérimentale, et la détermination concrète de ses applications à des fins diagnostiques, vaccinales, ou thérapeutiques, pour mettre au point de nouveaux tests, vaccins ou médicaments. C'est seulement à ce niveau d'inventabilité qu'il peut y avoir octroi de brevet. 4 ) En cas d'octroi de brevet, les recherches doivent pouvoir être poursuivies librement afin de pouvoir inventer de nouvelles applications pratiques d'un même gène. Les conditions d'octroi d'un brevet ne doivent pas avoir pour conséquence de limiter la liberté d'utiliser un gène ou une séquence de gène au seul motif qu'ils auraient été employés dans l'élaboration d'un produit ou d'une molécule ayant déjà fait l'objet d'un brevet pour une tout autre application que celle envisagée. Les demandes d'interprétations de la France auprès de la Commission - Les autorités françaises avaient déjà saisi la Commission européenne, le 30 juin 2000, d'une demande d'interprétation de la directive du 6 juillet 1998 sur la protection juridique des inventions biotechnologiques. Les éléments de réponse apportés par la Commission ont permis de lever une partie importante des difficultés. - Le 7 février 2001, les autorités françaises ont demandé à la Commission de poursuivre ce dialogue fructueux en réexaminant l'article 5 de la directive, qui concerne les règles applicables aux éléments issus du corps humain. Afin que l'approfondissement de la réflexion sur l'article 5 de la directive ne conduise pas à retarder la mise en uvre de ce texte, les autorités françaises envisagent de procéder dès maintenant à la transposition de l'ensemble de ses autres dispositions. Parallèlement à cette démarche, un nouvel examen de l'article 5 de la directive conduit par la Commission en concertation avec les Etats membres et avec l'Office européen des brevets sera très utile afin de prendre les dispositions nécessaires pour lever les dernières difficultés qui existent. Renforcer le système de licences obligatoires et des licences d'office (art. L 613 du CPI) Les autorités françaises sont conscientes que, dans le cas où la fonction d'une séquence génique aura fait l'objet d'un brevet, des brevets dépendants existeront. Elles souhaitent donc qu'une réflexion soit menée au niveau européen afin d'organiser le système de licences obligatoires et de licences d'office accordées dans l'intérêt public et dans l'intérêt de la santé publique lorsque les brevets dépendants porteront sur de nouvelles applications thérapeutiques ou diagnostiques de séquences préalablement brevetées. Pour leur part, les autorités françaises ont d'ores et déjà entrepris une réflexion sur cette question. Nous souhaitons renforcer le système de licences obligatoires et de licences d'office prévu au code de la propriété intellectuelle (CPI) à l'article L 613. - L'article L 613-15 prévoit la délivrance d'une licence obligatoire pour l'exploitation d'un brevet de perfectionnement dépendant du premier brevet, à condition qu'il existe un intérêt public et un intérêt économique important. Il s'agirait de prévoir que les deux conditions posées actuellement par cette transposition pour obtenir une licence obligatoire soient alternatives et non plus cumulatives, en parlant désormais d'un intérêt public ou d'un intérêt économique important. - L'article L 613-16 prévoit la délivrance d'une licence d'office dans l'intérêt de la santé publique, uniquement pour les médicaments. Il s'agirait d'étendre le champ de cet article à tout produit et de ne plus le réserver aux seuls médicaments. Actuellement, l'article L613-16 ne peut être utilisé pour prévoir une licence d'office pour un produit comme un test diagnostique, dans la mesure ou un tel produit ne peut être regardé comme un médicament. L'extension du champ de l'article L613-16 premettrait donc d'imposer une licence d'office sur un brevet portant sur un test diagnostique, empêchant ainsi le titulaire d'un tel brevet d'abuser de son droit en exigeant par exemple un niveau excessivement élevé de rémunération. En tout état de cause, l'amélioration du dispositif actuel de licences obligatoires et de licences d'office permettrait de rendre beaucoup plus difficile l'abus de son droit par le titulaire d'un brevet. Protéger l'activité inventive Le ministère de la Recherche souhaite à la fois garantir le respect des principes éthiques, préserver la liberté de la recherche et protéger l'activité inventive des chercheurs. En effet, le brevet protège - et donc encourage - l'activité inventive des chercheurs qui mettent au point de nouveaux procédés diagnostiques ou médicaments, pour lutter contre le cancer, le diabète, les maladies cardio-vasculaires ou neuro-dégénératives. Guérir davantage de patients, mieux les soigner, améliorer la santé humaine, à partir de cet alphabet de la vie, c'est aussi, bien évidemment, un grand enjeu éthique. Nous en revenons à cet espoir de nouveaux traitements que représente cette première analyse de la séquence du génome humain. Une nouvelle ère thérapeutique se dessine ce qui signifie aussi création d'emplois et de nouvelles entreprises. Des bioparcs s'installent au cur des génopoles : la génopole d'Evry, qui est actuellement la plus développée, abrite déjà 38 entreprises, et devront en compter 60 à la fin de l'année. C'est donc une forte dynamique qui s'engage, allant de la connaissance la plus fondamentale à la mise à disposition des malades de nouveaux outils diagnostiques et thérapeutiques. Les travaux que nous saluons aujourd'hui vont rendre de grands services à l'humanité. Ils illustrent à quel point la science, à son plus haut niveau, s'inscrit au cur de notre préoccupation essentielle : faire reculer la souffrance et la mort, donner de nouvelles chances à la vie. (Source http://www.recherche.gouv.fr, le 15 février 2001) RTL - 7h30 (Le décryptage du génome humain) Le 12 février 2001 - "Je crois qu'on comprend bien qu'il y a une médecine qui est prédictive, qui permet de prédire ce qui va se produire par des tests de diagnostic, donc de dire si telle personne a, dans son capital génétique, le risque de développer telle maladie et par conséquent d'intervenir assez tôt pour prévenir cette maladie. Et surtout, une médecine adaptée au profil personnel de chacun, une médecine à la carte qui ne sera pas la même pour tous, mais qui pourra traiter les patients en fonction de leurs propres prédispositions génétiques. Par conséquent, il peut y avoir des errements de la part d'un employeur qui voudrait connaître le profil génétique d'un salarié ou de la part d'une compagnie d'assurance avant qu'une personne puisse contracter une assurance. Il faut donc poser une règle : premièrement, que personne ne sera obligé de se soumettre à des tests de diagnostic s'il ne le souhaite pas. Et deuxièmement, que s'il s'y soumet, ces tests seront sa propriété et protégés par le secret médical." Ca veut dire que vous allez changer la loi dans les mois qui viennent ? - "Cela ne veut pas dire qu'on va changer la loi. Heureusement, le secret professionnel et le secret médical en particulier existent, notamment dans le Code pénal. Mais s'il y a nécessité de préciser l'application de cette loi par des dispositions nouvelles, nous le ferons." R.-G. Schwartzenberg France Inter - 8h00 (A propos du décryptage du génome humain) "Je dirais que c'est la fin du début. Le début, c'est le séquençage du génome humain, le décryptage de l'alphabet de la vie. Maintenant, on va passer à l'après-séquençage, c'est-à-dire tirer de cette masse d'informations des applications pratiques pour de nouveaux médicaments, vaccins ou tests diagnostics. C'est très important parce que c'est un consortium public international qui a, pour l'essentiel, réalisé ce séquençage du génome humain. Ce consortium public regroupe un millier de chercheurs dans six pays, dont la France, avec le Centre national de séquençage. L'importance tient au fait que c'est la recherche publique financée sur fonds publics qui a imposé que les données fondamentales du séquençage du génome humain soit dans le domaine public et ne soit pas brevetable. La firme privée américaine Celera Genomics a été obligée de s'aligner sur cette position. Le génome, c'est le patrimoine commun de l'humanité, sa connaissance doit donc appartenir à tous." (Source http://sig.premier-ministre.gouv.fr, le 12 février 2001)